Faits:
A. A.X._, domicilié avec son épouse, B.X._, à C._, a exercé différentes activités lucratives dans le canton du Valais. Il a notamment présidé, dès le 1er janvier 1994, la Caisse de retraite et de prévoyance du personnel enseignant du canton du Valais (ci-après : la CRPE), après avoir été membre, puis président, de la Commission de gestion de cette institution depuis 1973. Il a également assumé la fonction de secrétaire, du 14 janvier 1987 au 31 mars 2004, de la Fédération des magistrats, des enseignants et des fonctionnaires de l'Etat du Valais (ci-après: la FMEF). Il a par ailleurs été enseignant à temps partiel auprès du cycle d'orientation de C._ et directeur des hôtels-écoles de D._ et C._. En outre, il a été administrateur de différentes sociétés, en particulier de E._ SA.
Par jugement du 13 avril 2011, la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan a reconnu A.X._ coupable d'abus de confiance, d'escroquerie, de tentative d'escroquerie, de gestion déloyale, de faux dans les titres, d'instigation à faux dans les titres et de blanchiment d'argent. Les faits ayant entraîné cette condamnation avaient trait à ses activités pour le compte de la CFPE, de la FMEF et de E._ SA. Le recours interjeté contre ce jugement a été partiellement admis par le Tribunal fédéral le 14 mai 2012 (affaire 6B_489/2011), la cause étant renvoyée à la cour cantonale afin qu'elle se prononce à nouveau uniquement sur le montant et la garantie de la créance compensatrice à laquelle A.X._ a été condamné.
B. Par décision sur réclamation du 8 octobre 2009, la Commission d'impôt des personnes physiques du Service des contributions du canton du Valais (ci-après: la Commission d'impôt) a fixé les éléments imposables des époux X._ pour chacune des périodes fiscales de 1997 / 1998 à 2006. Elle a rejeté les réclamations portant sur les rappels d'impôt pour les périodes 1997 / 1998, 1999 / 2000 et 2001 / 2002 - à l'exception du rappel d'impôt en matière cantonale et communale pour la période 1997 / 1998 - et celles portant sur les taxations d'office pour les années 2003 à 2006.
Saisie d'un recours dirigé par A.X._ et B.X._ contre la décision précitée de la Commission d'impôt du 8 octobre 2009, la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours) l'a partiellement admis, par décision du 25 janvier 2012. Elle a annulé la décision attaquée en tant qu'elle concernait l'impôt fédéral direct et les impôts cantonaux et communaux pour la période 1999 / 2000 et l'a confirmée pour le surplus. Elle a rejeté la demande de suspension de la procédure jusqu'à droit connu sur la procédure pénale et a retenu, en substance, que les moyens des contribuables relatifs aux indemnités et remboursement de notes de frais, aux titres et avoirs non déclarés et aux taxations d'office pour les années 2003 à 2006 étaient irrecevables pour défaut de motivation, que les griefs d'ordre formel articulés par les intéressés (accès au dossier de l'autorité inférieure, composition de la Commission d'impôt, mode de signature et de notification de la décision attaquée du 8 octobre 2009) étaient infondés et que les revenus réalisés par A.X._ dans le cadre du commerce de titres auquel il s'était livré constituaient des revenus d'une activité indépendante soumis à l'impôt ordinaire sur le revenu.
C. A l'encontre de la décision de la Commission cantonale de recours du 25 janvier 2012, A.X._ et B.X._ forment auprès du Tribunal fédéral deux recours en matière de droit public, l'un en matière d'impôts cantonal et communal (affaire 2C_511/2012) et l'autre en matière d'impôt fédéral direct (affaire 2C_512/2012). Ils concluent, sous suite de frais et dépens, à titre préalable, à l'octroi de l'effet suspensif et de l'assistance judiciaire ainsi qu'à la suspension de la procédure jusqu'à droit connu sur l'affaire pénale concernant A.X._ et, à titre principal, à l'annulation de la décision entreprise. Ils se plaignent de la violation du droit d'être entendu, d'une application arbitraire du droit, de formalisme excessif, d'une violation du droit à un tribunal impartial et d'une violation du principe de la bonne foi.
La Commission cantonale de recours, le Service des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal des contributions) et l'Administration fédérale des contributions proposent de rejeter les recours.
Les contribuables ont confirmé leurs conclusions dans leurs observations sur les prises de position des autres parties en cause.
D. Par ordonnance du 21 juin 2012, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal fédéral a rejeté les requêtes d'effet suspensif présentées.

Considérant en droit:
1. La Commission cantonale de recours a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts (impôts cantonal et communal et impôt fédéral direct), ce qui est admissible, dès lors que les questions juridiques à trancher sont réglées de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262).
On ne peut toutefois pas reprocher aux recourants d'avoir formé deux recours distincts contenant les mêmes griefs et les mêmes conclusions pour les deux catégories d'impôts. Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a ouvert deux dossiers, l'un concernant les impôts cantonal et communal (2C_511/2012) et l'autre l'impôt fédéral direct (2C_512/2012). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF [RS 273]).
2. 2.1 Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 43; <ref-ruling> consid. 1 p. 103).
2.2 Les deux recours sont dirigés contre une décision finale (cf. <ref-law>) rendue dans une cause de droit public (cf, <ref-law>) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Déposés en temps utile (cf. art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. a LTF) par les destinataires de la décision attaquée qui ont un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (cf. <ref-law>), ils sont donc en principe recevables comme recours en matière de droit public - au sens des <ref-law> - s'agissant des deux catégories d'impôts (cf. <ref-law>, <ref-law> et <ref-ruling> consid. 1.3 p. 188 s.).
3. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté devant le Tribunal fédéral, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). Les pièces nouvelles produites par les recourants à l'appui de leur mémoire du 1er octobre 2012, qui constitue au demeurant une nouvelle écriture non sollicitée et non pas de simples observations sur les déterminations des autres parties intéressées à la procédure, ne peuvent en conséquence pas être prises en considération.
4. La requête de suspension de la présente cause jusqu'à droit connu sur le sort de l'affaire pénale concernant A.X._ est sans objet dès lors que le Tribunal fédéral a statué en dernière instance le 14 mai 2012 jugeant que le recours en matière pénale de A.X._ était admis partiellement et la cause renvoyée à la cour cantonale afin qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants. En effet, le renvoi ne concerne pas le bien-fondé des condamnations pénales qui sont dès lors devenues définitives.
5. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'<ref-law>, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine que les griefs invoqués, sauf en présence de violations de droit évidentes (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254). Il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). En outre, il ne se prononce sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief invoqué et motivé de façon détaillée (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 246; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254).
I. Griefs de nature formelle
6. 6.1 Invoquant une violation du droit d'être entendu, les recourants se plaignent de n'avoir pas eu accès à leur dossier fiscal avant le dépôt de leur recours du 9 novembre 2009 auprès de la Commission cantonale de recours, mais seulement en date du 11 novembre 2011, soit postérieurement à la clôture des écritures, prononcée le 12 octobre 2011. De ce fait, ils auraient été empêchés de motiver correctement leur recours.
6.2 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier, de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes,d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 270 s.).
6.3 Ce n'est qu'en date du 2 novembre 2009 que les recourants se sont adressés au Service cantonal des contributions pour lui demander l'envoi du dossier ou l'autorisation de le consulter avant le 5 novembre 2009. Le délai ainsi fixé était particulièrement bref et les recourants auraient pu aisément formuler leur requête dès réception de la décision litigieuse du 8 octobre 2009. En outre, une note interne au dossier du Service cantonal des contributions fait état d'un rendez-vous avec les contribuables en date du mardi 11 novembre 2009. On ignore si les recourants y ont donné suite, mais il est établi qu'une copie des déclarations d'impôt complètes pour les années 1997 à 2006 a été transmise le 12 novembre 2009 à leur mandataire. Le même jour, le Secrétariat de la Commission cantonale de recours a imparti aux recourants un délai au 2 décembre 2009 pour compléter leur recours. En cas de besoin, les recourants disposaient ainsi d'un délai de vingt jours pour consulter le dossier. Or, dans leur écriture du 2 décembre 2009, ceux-ci n'ont apporté aucun complément à l'argumentation de leur recours. Après la clôture de l'échange d'écritures, les recourants ont derechef requis, le 14 octobre 2009, la possibilité de consulter l'ensemble du dossier. Cette consultation a eu lieu le 11 novembre 2011 et diverses pièces, ainsi que deux dossiers originaux du Service cantonal des contributions, ont été adressés au mandataire des recourants. Nonobstant la clôture de l'instruction le 12 octobre 2011, les recourants ont encore eu l'occasion de compléter leur recours et de produire des pièces, les 25 octobre et 11 novembre 2011.
Les recourants ont donc eu tout loisir de consulter le dossier à de nombreuses occasions et pendant une longue période, qu'ils y ont eu finalement pleinement accès et qu'ils ont disposé de la faculté de compléter leur recours, ce qu'ils ont fait, avec retard, lequel leur est pleinement imputable.
Le grief de violation de leur droit d'être entendu est donc infondé.
7. 7.1 Les recourants soutiennent également que la Commission cantonale de recours a fait preuve de formalisme excessif en considérant que les moyens développés dans leur recours au sujet des reprises liées aux indemnités et notes de frais de A.X._ étaient trop sommaires pour satisfaire aux exigences formelles de recevabilité.
7.2 Le formalisme excessif est un aspect particulier du déni de justice prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. Il est réalisé lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi, complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (<ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 183; <ref-ruling> consid. 2a p. 142); <ref-ruling> consid. 2a/bb p. 34). Les formes procédurales sont nécessaires à la mise en oeuvre des voies de droit pour assurer le déroulement de la procédure conformément au principe de l'égalité de traitement, ainsi que pour garantir l'application du droit matériel; toutes les exigences formelles ne se trouvent donc pas en contradiction avec la prohibition du formalisme excessif découlant de l'art. 29 al. 2 Cst (arrêt 2C_133/2009 du 24 juillet 2009, consid. 2.1). Selon la jurisprudence en outre, l'avocat est non seulement représentant mais encore le collaborateur de la justice, de sorte que le juge est en droit d'admettre qu'il agit en pleine connaissance de cause: l'avocat est présumé capable, en raison de sa formation particulière, de représenter utilement la partie; il se justifie dès lors de se montrer plus rigoureux en présence de ses procédés qu'en présence d'un plaideur ignorant du droit (<ref-ruling> consid. 3d p. 90 et les références citées; Y. DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, Berne 2008, n° 751, p. 356 s.).
7.3 L'argumentation des recourants relative aux reprises pour indemnités et notes de frais est générale et sommaire. Ils se sont en effet contentés d'indiquer que les cas de double ou de triple facturation étaient contestés et ne ressortaient pas de la procédure pénale, au demeurant encore en cours. Ils ont également mentionné, sans la requérir formellement, qu'une expertise comptable serait de nature à confirmer que les frais facturés par A.X._ étaient justifiés. Les reprises contestées ressortent du rapport de contrôle du Service cantonal des contributions du 4 octobre 2007 qui récapitule, pour chacune des activités exercées par A.X._, les indemnités forfaitaires perçues et les demandes de remboursement de frais effectifs présentées pour les années 1993 à 2000. Ce rapport fait état également de frais de représentation pas toujours valablement justifiés, de nombreux cas de double, voire de triple facturation, ainsi que de demandes de remboursement pour des prestations privées. Ces reprises ont été reproduites dans la décision litigieuse du 8 octobre 2009 de la Commission d'impôt, de sorte que les recourants connaissaient précisément le détail des frais excessifs invoqués. Il leur incombait donc de se déterminer avec précision sur les griefs formulés à leur encontre. Ils ne pouvaient pas se contenter d'articuler une critique toute générale sous forme de simple dénégation et de mentionner, sans la justifier de quelque manière que ce soit, la nécessité d'une expertise comptable. A cela s'ajoute que la Commission cantonale de recours les a rendus attentifs, dès la réception de leur recours, à l'insuffisance de leurs moyens et leur a fixé un délai pour compléter leur écriture, qu'ils n'ont pas jugé bon d'utiliser.
Déclarer irrecevable une conclusion fondée sur des arguments manifestement insuffisants, après avoir invité en vain leur auteur à les compléter, ne saurait relever d'un formalisme excessif. C'est donc à tort que les recourants ont invoqué un tel grief, qui confine à la témérité.
8. Se fondant sur le droit à un tribunal impartial au sens de l'art. 30 Cst., les recourants font valoir qu'ils n'ont pas eu l'occasion de connaître les membres de la Commission d'impôt avant la réception de la décision litigieuse du 8 octobre 2009 et qu'ils ont ainsi été privés du droit de se prévaloir d'une composition irrégulière en raison de la participation de personnes qui auraient dû se récuser.
Le droit à un procès équitable, consacré à l'art. 30 al. 1 Cst. relatif aux garanties de procédure judiciaire implique que toute personne devant être jugée dans une procédure judiciaire a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial. Comme l'a relevé la Commission cantonale de recours, aucune règle légale n'impose aux autorités fiscales d'indiquer à l'avance la composition d'une commission de taxation. L'autorité de taxation n'est pas un tribunal et ne se prononce pas dans le cadre d'une procédure judiciaire. Les garanties de procédure au sens de l'art. 30 al. 1 Cst. ne lui sont donc pas applicables.
Si un contribuable nourrit des doutes quant à l'impartialité des fonctionnaires appelés à participer à sa taxation, il peut s'enquérir de la composition de l'autorité compétente et, le cas échéant, démontrer que l'un ou l'autre d'entre eux aurait dû se récuser. En l'espèce, les recourants, qui font état des qualités de secrétaire de la FMEF et de président de la CRPE de A.X._ - laissant ainsi entendre que celui-ci était bien placé pour connaître les membres des autorités administratives cantonales - pouvaient aisément se renseigner, au plus tard à réception de la décision du 8 octobre 2009, sur l'identité des membres de la Commission d'impôt pour se plaindre auprès de la Commission cantonale de recours d'une éventuelle prévention de l'un d'entre eux à leur égard. Ne l'ayant pas fait, leur grief s'apparente à un simple procédé d'intention dépourvu de toute justification, qui ne peut qu'être écarté.
II. Impôt fédéral direct
9. 9.1 Sur le fond, les recourants contestent les rappels d'impôt opérés en relation avec le commerce de titres auquel A.X._ s'est livré. Ils prétendent que celui-ci n'a jamais agi de manière systématique ou planifiée. En tant qu'ancien instituteur, il n'a pas pu entretenir un rapport particulièrement étroit entre les transactions qu'il a effectuées en bourse et son activité professionnelle; il ne disposait d'aucun contrat de travail avec la CRPE et les gains réalisés ne sauraient être considérés comme un revenu indépendant soumis à l'imposition sur le revenu.
9.2 L'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus uniques ou périodiques, excepté les gains en capital réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée (<ref-law>). Sont imposables tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante (<ref-law>).
Selon la jurisprudence, la distinction entre un gain privé en capital (non imposable sur le revenu) ou un bénéfice commercial en capital provenant de l'exercice d'une activité lucrative indépendante (imposable sur le revenu), dépend des circonstances concrètes du cas (cf. arrêts 2C_349/2009 du 16 novembre 2009 consid. 4.1.2; 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2). La notion d'activité lucrative indépendante s'interprète toutefois largement, de telle sorte que sont seuls considérés comme des gains privés en capital exonérés d'impôt ceux qui sont obtenus par un particulier de manière fortuite ou dans le cadre de la simple administration de sa fortune privée. En revanche, si l'activité du contribuable excède ce cadre relativement étroit et est orientée dans son ensemble vers l'obtention d'un revenu, l'intéressé est réputé exercer une activité lucrative indépendante dont les bénéfices en capital sont imposables. Une telle qualification peut se justifier, selon les cas, même en l'absence d'une activité reconnaissable pour les tiers et /ou organisée sur le modèle d'une entreprise commerciale, et même si l'activité n'est exercée que de manière accessoire ou temporaire, voire même ponctuelle (arrêts 2C_454/2011 et 2C_455/2011 du 5 avril 2012 consid. 5.1 et les références citées). Les éléments patrimoniaux utilisés pour l'accomplissement d'une activité lucrative indépendante sont pour leur part considérés comme des actifs commerciaux (cf. <ref-ruling> consid. 6c/bb p. 126 s.).
C'est avant tout en lien avec les transactions effectuées par les particuliers sur des immeubles ou sur des titres que la jurisprudence a été amenée à dégager des critères permettant de tracer la limite entre les gains (privés) en capital et les bénéfices (commerciaux) en capital (arrêt 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2). Elle a notamment considéré que valent comme indices d'une activité lucrative indépendante dépassant la simple administration de la fortune privée les éléments suivants : le caractère systématique et/ou planifié des opérations, la fréquence élevée des transactions, la courte durée de possession des biens avant leur (re)vente, la relation étroite entre l'activité indépendante (accessoire) supposée et la formation et/ou la profession (principale) du contribuable, l'utilisation de connaissances spécialisées, l'engagement de fonds étrangers d'une certaine importance pour financer les opérations, le réinvestissement du bénéfice réalisé ou encore la constitution d'une société de personnes. On peut aussi mentionner l'utilisation effective du bien et le motif de son aliénation. Chacun de ces indices peut conduire, en concours avec les autres voire même - exceptionnellement - isolément s'il revêt une intensité particulière, à la reconnaissance d'une activité lucrative indépendante (arrêts 2C_454/2011 et 2C_455/2011 du 5 avril 2012 consid. 5.1 et les références citées). En outre, l'absence d'éléments typiques d'une telle activité dans un cas concret peut être relativisée par d'autres circonstances revêtant une intensité particulière (cf. <ref-ruling> consid. 3c p. 118 et 6a p. 124; arrêt 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2). En tout état, les circonstances concrètes du cas sont déterminantes, telles qu'elles se présentent au moment de l'aliénation (arrêts 2C_454/2011 et 2C_455/2011 du 5 avril 2012 consid. 5.1 et les références citées).
9.3 En l'espèce, le nombre de transactions boursières effectuées par A.X._ n'a pas cessé d'augmenter depuis l'année 1995. A fin 2000, le volume de ses titres atteignait plus de cinq fois le montant initial de ses avoirs. Dans sa politique de placement, l'intéressé a toujours adopté une stratégie à court terme, destinée à un rendement optimum. Il s'est aventuré dans des opérations à risques l'ayant amené à réaliser de gros bénéfices et à subir d'importantes pertes. C'est ainsi qu'en l'an 2000, il a obtenu un gain net de plus de x millions dans une seule opération, en utilisant des fonds de la CRPE. C'est en vain que A.X._ invoque sa formation d'instituteur ou son statut d'enseignant pour soutenir que sa gestion de titres ne dépassait pas la simple administration de sa fortune privée. En effet, de 1993 à 2002, son taux d'activité au cycle d'orientation de C._ correspondait à une proportion de 3/42ème, selon le rapport du Service cantonal des contributions du 4 octobre 2007. Parallèlement à cette activité restreinte, A.X._ présidait la Commission de gestion de la CRPE et était membre de la Commission de placement. C'est dans le cadre de cette activité qu'il s'est familiarisé avec le domaine du commerce de titres. Il disposait d'ailleurs d'un pouvoir de disposition effectif sur les avoirs de la CRPE et assumait une position de gérant. Au bénéfice de solides connaissances boursières, l'intéressé occupait une place influente dans la gestion patrimoniale de la CRPE, assumant un rôle moteur dans la politique de placement. Comme cela ressort de l'arrêt du Tribunal fédéral du 14 mai 2012 dans l'affaire pénale le concernant, A.X._ était considéré par le Crédit Suisse comme un client très attentif à ses affaires et financièrement très avisé, doté en outre de capacités de négociation remarquables.
De par sa situation privilégiée et de ses responsabilités au sein de la CRPE, impliquant de nombreux contacts dans les milieux de la finance, A.X._ a pu se livrer à un nombre important de transactions en bourse pour son compte personnel. Il a agi de manière systématique et planifiée, avec une fréquence élevée de transactions. Il ne fait donc pas de doute que le commerce de titres qu'il a développé a largement dépassé la simple administration de la fortune privée. C'est donc à juste titre que la Commission cantonale de recours a confirmé les rappels d'impôt liés aux revenus ainsi réalisés.
10. Les recourants font également grief à la Commission cantonale de recours de n'avoir pas retenu l'existence d'un rapport fiduciaire entre eux et les époux F._, parents de B.X._, domiciliés en Belgique. Ils allèguent que les opérations sur titres réalisées par A.X._ étaient conclues en faveur de ces proches et que les bénéfices réalisés ainsi que les avoirs non déclarés ayant fait l'objet de rappels d'impôt ne les concernaient pas, mais devaient être imposés auprès des fiduciants.
La Commission cantonale de recours a considéré que l'argumentation selon laquelle le commerce de titres effectué par A.X._ relevait d'une gestion à titre fiduciaire des biens de ses beaux-parents n'était étayée par aucun élément de preuve sérieux. A juste titre. Les documents produits par les recourants devant la Commission de recours - au demeurant tardivement - sont impropres à démontrer l'existence du rapport de fiduciaire invoqué. La lettre du 16 mars 1980 de A.F._ fait état d'une modeste épargne placée en Suisse. Les attestations de l'intéressé des 17 août 1987 et 11 avril 1988 se réfèrent ainsi à un prêt de *** fr. à A.X._, dont les intérêts, à 5,15 %, ont été régulièrement versés de 1981 à 1988. Le courrier de B.F._ du 15 mars 1999 mentionne un héritage de son père et de sa tante, placé en Suisse dès le début des années quatre-vingt, non déclaré en Belgique et qui ne devait pas quitter la Suisse. Enfin, l'attestation de B.F._ du 1er février 2004 relève que les montants confiés à A.X._ l'ont été sans précision quant à la date à laquelle ils reviendraient à l'intéressé en remerciements des services rendus; toutefois, le don des montants en question concernait plutôt sa fille que son gendre.
Les preuves produites par les recourants ne contiennent donc qu'une seule indication chiffrée de transfert d'argent, soit un montant de *** fr., versé à Pâques 1980. Dans un premier temps, elles font état d'un prêt ou d'un montant confié pour un placement sûr, producteur d'intérêt. Dans un second temps, elles laissent entendre que la somme transférée en Suisse reviendra à titre de don à A.X._, de préférence toutefois à B.X._. Ces quelques éléments sont à l'évidence clairement insuffisants pour accréditer la thèse des recourants selon laquelle leurs titres et avoirs non déclarés - d'un montant de *** fr. au 1er janvier 2001 - et tous les revenus provenant du commerce de titres - *** fr. en 1999 et *** fr. en 2000, résulteraient d'une gestion à titre fiduciaire des biens des époux F._.
11. Les recourants invoquent enfin les principes de la protection de la bonne foi, de l'interdiction de l'arbitraire et de la légalité pour se plaindre de l'annulation, par la Commission cantonale de recours, du prononcé de la Commission d'impôt du 8 octobre 2009 relatif à l'impôt fédéral direct pour la période 1999/2000, qui leur était favorable, sans les avoir avisés au préalable, ce qui constituerait en outre une violation de l'<ref-law>.
11.1 Découlant directement de l'art. 9 Cst. et valant pour l'ensemble de l'activité étatique, le principe de la bonne foi protège le citoyen dans la confiance légitime qu'il met dans les assurances reçues des autorités, lorsqu'il a réglé sa conduite d'après des décisions, des déclarations ou un comportement déterminé de l'administration (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 636; <ref-ruling> consid. 8.1 p. 60). Selon la jurisprudence, un renseignement ou une décision erronés de l'administration peuvent obliger celle-ci à consentir à un administré un avantage contraire à la réglementation en vigueur, à condition que (1) l'autorité soit intervenue dans une situation concrète à l'égard de personnes déterminées, (2) qu'elle ait agi ou soit censée avoir agi dans les limites de ses compétences et (3) que l'administré n'ait pas pu se rendre compte immédiatement de l'inexactitude du renseignement obtenu. Il faut encore (4) qu'il se soit fondé sur les assurances ou le comportement dont il se prévaut pour prendre des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice et (5) que la réglementation n'ait pas changé depuis le moment où l'assurance a été donnée (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 637 et les références, en particulier <ref-ruling> consid. 4 p. 101 s.).
11.2 Les recourants n'allèguent pas qu'ils auraient reçu des assurances ou des renseignements erronés des autorités fiscales qui les auraient amenés à prendre des dispositions préjudiciables à leurs intérêts. Le principe de la bonne foi ne trouve donc pas application. En réalité, ce dont les recourants se plaignent est de n'avoir pas été avertis d'une possible "reformatio in pejus".
11.3 L'art. 143 al. 1 deuxième phrase LIFD autorise l'autorité cantonale de recours à modifier la décision de l'autorité de taxation au détriment du recourant, après avoir entendu le contribuable. En l'espèce, la Commission cantonale de recours n'était pas tenue d'avertir les recourants d'une péjoration de leur taxation résultant de l'annulation de la décision en révision de la Commission d'impôt concernant la période fiscale 1999/2000 tenant compte de pertes subies par A.X._ dans son activité de commerçant de titres. D'une part, ils avaient déjà reçu une décision de taxation entrée en force sur un revenu ne prenant pas en compte les pertes en cause et, d'autre part, ce sont les recourant eux-mêmes qui ont conclu à l'annulation des "rappels d'impôts" de la période fiscale 1999/2000 (arrêt attaqué, consid. 5c p. 14), qui consistaient en réalité en une révision de la taxation en leur faveur. Dès lors que les recourants étaient assistés par un mandataire professionnel et à défaut de griefs dirigés contre l'application du droit cantonal sur ce point (<ref-law>), on ne saurait reprocher à l'instance précédente de s'en être tenu aux conclusions formulées, d'avoir examiné le bien-fondé de la révision et de n'avoir pas entendu les recourants sur ce point.
III. Impôts cantonal et communal
12. Pour la période fiscale 2001/2002 seule encore en cause en l'espèce en matière d'impôt cantonal et communal, les autres étant atteinte par la prescription, la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (LF; RS/VS 642.1) contient les mêmes dispositions que la la loi sur l'impôt fédéral direct en ce qui concerne les griefs formels invoqués par les recourants (art. 150, 150bis al. 2 et 151 al. 1 LF), la notion de revenu indépendant provenant du commerce professionnel de titres (art. 12 et 14 LF) et les dispositions relatives au rappel d'impôt (art. 151 ss. LF). Les considérations émises pour l'impôt fédéral direct s'appliquent donc aux impôts cantonal et communal et il suffit d'y renvoyer.
13. Au vu de ce qui précède, les recours doivent être rejetés.
Les recours apparaissant d'emblée dénués de chances de succès, il n'y a pas lieu d'accorder le bénéfice de l'assistance judiciaire (cf. <ref-law> a contrario). Succombant les recourants supporteront les frais judiciaires, solidairement entre eux (cf. <ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_511_2012 et 2C_512/2012 sont jointes.
2. Les recours sont rejetés.
3. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 15 janvier 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey