Sachverhalt:
A. In der Gemeinde A._, Gebiet B._, befindet sich seit über 50 Jahren ein Garagenbetrieb in der Landwirtschaftszone. Der Betrieb, welcher eine Tankstelle, eine Auto-Waschanlage, ein Wohnhaus und eine Werkstatt mitumfasst, wird heute von X._ geführt. Dieser legte dem Amt für Raumordnung und Vermessung des Kantons Zürich Ende August 2007 den Entwurf eines Gestaltungsplans zur Vorprüfung vor, um auf diesem Weg eine Modernisierung und einen Ausbau seines Betriebs zu erreichen. Gemäss Gestaltungsplan bliebe das Wohnhaus bestehen (Baubereich A), doch würde der daran anschliessende, eingeschossige Werkstattanbau durch einen zweigeschossigen Büro- und Werkstattanbau ersetzt (Baubereich B). Neu soll südlich angrenzend an den Werkstattneubau eine eingeschossige Halle für Postautos (Postautobetrieb A._-C._) gebaut werden (Baubereich C). Die bestehende Tankstelle mit Waschbox soll einem Neubau mit Tankstelle, Büro- und Verkaufsräumen für Neuwagen und Auto-Waschbox weichen (Baubereiche D1 und D2). Neu ist ein Autounterstand für 28 Gebrauchtfahrzeuge zwischen der Halle für Postautos und dem Bereich Tankstelle/Waschbox/Verkaufsräume geplant. Vom Werkstattgebäude (westlich) bis zur Waschbox (östlich) soll eine Unterniveau-Garage mit 22 Parkplätzen für Neuwagen und Kundenfahrzeuge entstehen. Benötigt würden hierzu das Grundstück Kat.-Nr. 4470 (2'370 m2) sowie Teile des Grundstücks Kat.-Nr. 4469 (1'550 m2), welche X._ hinzukaufen möchte.
Im Bericht vom 4. Dezember 2007 kam das Amt für Raumordnung und Vermessung zum Schluss, dass das nicht zonenkonforme Vorhaben einer Kleinbauzone gleichkomme, die einzig der Realisierung und Erweiterung des Gewerbebetriebs diene, was sich mit dem Grundsatz der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet nicht vereinbaren lasse.
B. Nachdem im Projekt die Perimeterfläche durch eine Redimensionierung der überdachten Autounterstände von 5'000 m2 auf 4'000 m2 reduziert worden war, verabschiedete der Gemeinderat A._ den privaten Gestaltungsplan zuhanden der kantonalen Vorprüfung und publizierte das Vorhaben am 5. Dezember 2008.
Das Amt für Raumordnung und Vermessung nahm am 14. Januar 2009 eine zweite Vorprüfung vor, hielt jedoch an seiner Auffassung fest, mit dem Gestaltungsplan würde eine unzulässige Kleinbauzone begründet.
Mit Schreiben vom 27. Januar 2009 beantragte Pro Natura Zürich dem Gemeinderat A._, es sei auf die Festsetzung des privaten Gestaltungsplans zu verzichten, da damit eine unzulässige Gewerbezone innerhalb der Landwirtschaftszone geschaffen würde.
Am 8. April 2009 genehmigte der Gemeinderat A._ den privaten Gestaltungsplan B._ und beantragte der Gemeindeversammlung die Zustimmung zum Gestaltungsplan. Diese wurde anlässlich der Gemeindeversammlung vom 15. Juni 2009 mit grossem Mehr erteilt. Am 26. Juni 2009 publizierte der Gemeinderat A._ die Zustimmung der Gemeindeversammlung zum privaten Gestaltungsplan B._.
C. Mit Eingabe vom 15. Juli 2009 erhoben Pro Natura Schweiz und Pro Natura Zürich Rekurs an die Baurekurskommission III des Kantons Zürich mit dem Antrag, den Gemeindeversammlungsbeschluss vom 15. Juni 2009 aufzuheben. Am 19. November 2009 führte die Baurekurskommission einen Augenschein durch. Mit Entscheid vom 16. Dezember 2009 hiess sie die Rekurse gut und hob den Beschluss der Gemeindeversammlung A._ vom 15. Juni 2009 auf.
D. Gegen diesen Entscheid erhoben die Gemeinde A._ und X._ am 8. Februar 2010 Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
Mit Verfügung vom 7. September 2010 genehmigte die Baudirektion des Kantons Zürich den Privaten Gestaltungsplan B._.
Mit Urteil vom 13. Januar 2011 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde der Gemeinde A._ und von X._ ab.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 16. März 2011 beantragen die Gemeinde A._ und X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 13. Januar 2011 und den Entscheid der Baurekurskommission vom 16. Dezember 2009 aufzuheben und den Beschluss der Gemeindeversammlung A._ vom 15. Juni 2009 betreffend Festsetzung des privaten Gestaltungsplans B._ zu bestätigen. Eventualiter sei die Angelegenheit zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
F. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Pro Natura Schweiz und Pro Natura Zürich wie auch die Baudirektion des Kantons Zürich stellen Antrag auf Beschwerdeabweisung. Das Bundesamt für Raumentwicklung ARE verzichtet auf eine Vernehmlassung. In ihrer Stellungnahme vom 4. Juli 2011 halten die Beschwerdeführer an ihrem Standpunkt fest. Am 9. August 2011 hat die Pro Natura Zürich eine weitere Eingabe gemacht. Diese wurde den übrigen Verfahrensbeteiligten zur Kenntnisnahme zugestellt.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Zulässigkeit der Beschwerde von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 251). Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts hat einen von der zuständigen kommunalen Instanz genehmigten privaten Gestaltungsplan im Sinne von § 85 ff. und § 2 lit. b des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (PBG/ZH) zum Gegenstand. Es handelt sich dabei um einen kommunalen Nutzungsplan im Sinne von Art. 14 ff. des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG; SR 700). Gestützt auf <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251).
1.2 Die Beschwerdeführerin 1 erhebt Beschwerde wegen Verletzung der Gemeindeautonomie. Die Gemeinde ist als Trägerin der kommunalen Nutzungsplanung durch den vorinstanzlichen Entscheid in ihren hoheitlichen Befugnissen betroffen und gestützt auf <ref-law> zur Beschwerdeführung berechtigt. Ob die beanspruchte Autonomie tatsächlich besteht, ist keine Frage des Eintretens, sondern der materiellen Beurteilung. Dasselbe gilt für die Frage, ob die Autonomie im konkreten Fall tatsächlich verletzt wurde (<ref-ruling> E. 1.2 S. 45; <ref-ruling> E. 4.2 S. 319, 410 E. 1.1 S. 412 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer 2 hat am kantonalen Verfahren teilgenommen (<ref-law>). Er ist als Grundstückseigentümer und Inhaber der Garage durch den Entscheid der Vorinstanz besonders berührt und verfügt über ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids (Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG).
Auf die Beschwerde ist damit grundsätzlich einzutreten. Soweit die Beschwerdeführer jedoch die Aufhebung des Entscheids der Baurekurskommission beantragen, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden, denn Anfechtungsobjekt bildet einzig der kantonal letztinstanzliche Entscheid der Vorinstanz vom 13. Januar 2011 (vgl. <ref-law>).
1.3 Sachverhaltsfeststellungen können nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252) sind, auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen und für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sind (<ref-law>). Soweit die Beschwerdeführer der Vorinstanz offensichtlich unhaltbare Sachverhaltsfeststellungen anlasten, verfallen sie in appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, indem sie der vorinstanzlichen Begründung einzig ihre eigene Sicht der Dinge gegenüberstellen, ohne darzulegen, inwiefern die Feststellungen der Vorinstanz willkürlich sein sollten (vgl. hierzu auch nachfolgend E. 4.2.1).
2. 2.1 Die Beschwerdeführer bringen vorab vor, seitens der beiden Beschwerdegegnerinnen fehle es an einem Beschluss des zuständigen Vereinsorgans zur Anfechtung des Gemeindeversammlungsbeschlusses vom 15. Juni 2009. Die Baurekurskommission hätte daher mangels rechtsgültiger Vollmacht nicht auf den Rekurs der Beschwerdegegnerinnen eintreten dürfen, und die Vorinstanz ihrerseits wäre gehalten gewesen, den Entscheid der Baurekurskommission aufzuheben.
2.2 Die Beschwerdegegnerinnen machen in ihrer Beschwerdeantwort vom 30. April 2011 geltend, der Zentralvorstand der Beschwerdegegnerin 1 habe in seinem Geschäftsreglement die Erhebung von Rechtsmitteln an den Präsidenten und den Zentralsekretär delegiert. Der Vorstand der Beschwerdegegnerin 2 habe an der Sitzung vom 23. Juni 2008 in Einklang mit den Vereinsstatuten beschlossen, die Entscheidbefugnis für die Ergreifung von Rechtsmitteln an den Präsidenten und den Geschäftsführer bzw. deren Vertreter zu delegieren. Des Weiteren habe der Vorstand der Beschwerdegegnerin 2 an der Sitzung vom 22. Juni 2009 unter dem Traktandum "Rekurs Gestaltungsplan B._, A._" den Beschluss gefasst, gegen den Gemeindeversammlungsbeschluss vom 15. Juni 2009 zu rekurrieren.
Damit liegen gültige Beschlüsse der zuständigen Vereinsorgane zur Anfechtung des Gemeindeversammlungsbeschlusses vom 15. Juni 2009 vor. Diese von den Beschwerdegegnerinnen in ihrer Beschwerdeantwort gemachten und mit Beweismitteln belegten Ausführungen stellen entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer keine unzulässigen neuen Vorbringen dar, da erst die in der Beschwerde erhobenen Rügen hierzu Anlass gaben (vgl. LAURENT MERZ, Basler Kommentar BGG, 2008, N. 42 zu Art. 42).
Schliesslich haben die Beschwerdegegnerinnen im Verfahren vor der Baurekurskommission eine von der Präsidentin und dem Zentralsekretär der Beschwerdegegnerin 1 am 28. Juli 2009 unterzeichnete Vollmacht an die Beschwerdegegnerin 2, vertreten durch deren Geschäftsführer, eingereicht. Darin wird festgehalten, die Beschwerdegegnerin 1 als beschwerdeberechtigte Organisation erteile der Beschwerdegegnerin 2 die Befugnis, sie in der Angelegenheit "Privater Gestaltungsplan B._, A._" zu vertreten. Die Vollmacht beinhalte alle Rechtshandlungen, inklusive Rückzug eines Rechtsmittels und Abschluss eines Vergleichs.
Zusammenfassend ist die Baurekurskommission folglich zu Recht auf den Rekurs der Beschwerdegegnerinnen eingetreten, was von der Vorinstanz zu Recht geschützt wurde.
3. 3.1 Die Beschwerdeführer rügen, selbst wenn die beiden Beschwerdegegnerinnen berechtigt gewesen sein sollten, den Gemeindeversammlungsbeschluss vom 15. Juni 2009 bei der Baurekurskommission mit der Begründung anzufechten, der private Gestaltungsplan umgehe in unzulässiger Weise Art. 24 ff. RPG, so seien sie jedenfalls zur Erhebung anderer Rügen nicht legitimiert gewesen. Nicht zu hören seien sie insbesondere, wenn sie einwendeten, der Gestaltungsplan verstosse gegen die Regelungen des Kantonalen Richtplans, des kantonalen Planungs- und Baugesetzes oder der kommunalen Bau- und Zonenordnung. Ausgehend von der eingeschränkten Legitimation der Beschwerdegegnerinnen hätten die kantonalen Instanzen diese Fragen nicht prüfen dürfen. Indem sie dies trotzdem getan hätten, hätten sie ihre Kognition überschritten, was zur Gutheissung der Beschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids führen müsse.
3.2 Betreffend die Legitimation der Beschwerdegegnerinnen im kantonalen Verfahren ist Folgendes festzuhalten:
3.2.1 Gemäss Art. 33 Abs. 3 lit. a RPG gewährleistet das kantonale Recht gegen Verfügungen betreffend die Raumplanung und Nutzungspläne die Legitimation mindestens im gleichen Umfang wie für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht. Ferner schreibt <ref-law> in Fortführung von Art. 98a des früheren Bundesrechtspflegegesetzes vom 16. Dezember 1943 (OG) die Einheit des Verfahrens vor. Wer zur Beschwerde ans Bundesgericht berechtigt ist, muss sich am Verfahren vor allen kantonalen Vorinstanzen als Partei beteiligen können (<ref-law>). Die unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts muss grundsätzlich mindestens die Rügen nach den Artikeln 95-98 BGG prüfen können (<ref-law>). Aus diesen Bestimmungen ergibt sich, dass die kantonalen Behörden die Rechtsmittelbefugnis nicht enger fassen dürfen, als dies für die Beschwerde ans Bundesgericht vorgesehen ist.
3.2.2 Die Beschwerdeberechtigung der Beschwerdegegnerin 1 ergibt sich aus <ref-law> in Verbindung mit Art. 12 Abs. 1 und 2 des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451) und Ziff. 6 des Anhangs zur Verordnung vom 27. Juni 1990 über die Bezeichnung der im Bereich des Umweltschutzes sowie des Natur- und Heimatschutzes beschwerdeberechtigten Organisationen (VBO; SR 814.076). Nach <ref-law> erstreckt sich das Beschwerderecht der Verbände auf Verfügungen, gegen die letztinstanzlich die Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht oder ans Bundesgericht zulässig ist. Der vorliegende Gestaltungsplan betrifft lediglich die raumplanerische Behandlung der Parzellen Kat.-Nr. 4469 und 4470. Es handelt sich um planerische Anordnungen, die in Bezug auf Ausmass und konkrete Lage der zulässigen baulichen Veränderungen bereits entscheidende Elemente einer Baubewilligung enthalten. Solche detaillierte Planinhalte haben nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung Verfügungscharakter (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 214; Urteil des Bundesgerichts 1C_153/2007 vom 6. Dezember 2007 E. 1.3). Das Beschwerderecht im Sinne von <ref-law> berechtigt die entsprechenden Verbände, gegen solche Gestaltungspläne Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zu führen. Gemäss <ref-law> können die gesamtschweizerisch tätigen Organisationen ihre rechtlich selbstständigen kantonalen und überkantonalen Unterorganisationen für deren örtliches Tätigkeitsgebiet generell zur Erhebung von Einsprachen und im Einzelfall zur Erhebung von Beschwerden ermächtigen. Dies hat die Beschwerdegegnerin 1 getan, weshalb vorliegend auch die Beschwerdelegitimation der Beschwerdegegnerin 2 zu bejahen ist.
3.2.3 Die Beschwerdegegnerinnen können die Verletzung von Bundesrecht geltend machen (vgl. <ref-law>). Sie waren somit im kantonalen Verfahren zur Erhebung der Rüge berechtigt, es liege eine unzulässige Umgehung von Art. 24 ff. RPG vor (vgl. auch Urteil des Bundesgerichts 1C_153/2007 vom 6. Dezember 2007 E. 3). Dieses Vorbringen hat die Baurekurskommission geprüft und ist zum Schluss gekommen, der Einwand sei stichhaltig, da mit dem in Frage stehenden Gestaltungsplan eine unzulässige Kleinbauzone geschaffen würde, was einer Umgehung von Art. 24 ff. RPG gleichkäme. Dies führe zur Aufhebung des angefochtenen Gemeindeversammlungsbeschlusses. Diesen Entscheid hat die Vorinstanz geschützt. Inwiefern die kantonalen Instanzen hierdurch ihre Kognition überschritten haben sollten, ist nicht ersichtlich. Nicht von entscheidender Bedeutung ist insoweit, ob der Gestaltungsplan nach Auffassung der Vorinstanz nicht einzig auf eine Umgehung von Art. 24 ff. RPG hinausläuft, sondern überdies dem kantonalen Richtplan widerspricht.
4.1 4.1.1 Die Beschwerdeführer bestreiten, dass der Gestaltungsplan zu einer Umgehung von Art. 24 ff. RPG führt. Sie machen zusammenfassend geltend, mit dem Gestaltungsplan würden die bestehenden Bauten massvoll erweitert und eine Vergrösserung der Nutzflächen müsse nicht a priori den Zielen der Raumplanung zuwiderlaufen. Bei der vorzunehmenden Interessenabwägung falle entscheidend ins Gewicht, dass der Beschwerdeführer 2 als Inhaber der Garage aus betrieblichen Gründen auf eine solche Erweiterung angewiesen sei und hierdurch Arbeitsplätze gesichert sowie die Versorgung der Dorfbevölkerung mit Dienstleistungen gewährleistet werden könne.
Der angefochtene Entscheid stehe auch in Widerspruch zur bundesgerichtlichen Praxis. So habe das Bundesgericht in zwei den Kanton Zürich betreffenden Fällen private Gestaltungspläne geschützt, welche eine Erweiterung eines Behindertenheims (Urteil 1A.271/2005 vom 26. April 2006, in: ZBl 108/2007 S. 30) respektive eine Überdachung eines Reitplatzes (Urteil 1C_153/2007 vom 6. Dezember 2007) zum Gegenstand gehabt hätten. Es sei willkürlich und verstosse gegen den Grundsatz der Rechtsgleichheit, bei einem Behindertenheim oder einer Sportanlage von einem öffentlichen Interesse zu sprechen, ein solches aber bei einem Garagenbetrieb nicht in gleichem Masse anzuerkennen. Solchen gesellschaftspolitischen Anschauungen von Richtern dürfe im Bereich der Raumplanung keine entscheidende Bedeutung zukommen.
4.1.2 Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, die Baurekurskommission habe bei der Überprüfung der Zweckmässigkeit und Angemessenheit des privaten Gestaltungsplans die geforderte Zurückhaltung vermissen lassen. Indem sie in mehreren Punkten ihr eigenes Ermessen an die Stelle des Ermessens der Gemeindeversammlung gesetzt habe, habe sie in unzulässiger Weise in die Gemeindeautonomie der Beschwerdeführerin 1 eingegriffen. Die Vorinstanz habe ihrerseits Recht verletzt, indem sie den Entscheid der Baurekurskommission trotz Verletzung der Gemeindeautonomie geschützt habe.
4.1.2 Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, die Baurekurskommission habe bei der Überprüfung der Zweckmässigkeit und Angemessenheit des privaten Gestaltungsplans die geforderte Zurückhaltung vermissen lassen. Indem sie in mehreren Punkten ihr eigenes Ermessen an die Stelle des Ermessens der Gemeindeversammlung gesetzt habe, habe sie in unzulässiger Weise in die Gemeindeautonomie der Beschwerdeführerin 1 eingegriffen. Die Vorinstanz habe ihrerseits Recht verletzt, indem sie den Entscheid der Baurekurskommission trotz Verletzung der Gemeindeautonomie geschützt habe.
4.2 4.2.1 Die Vorinstanz hat unter Bezugnahme auf den Entscheid der Baurekurskommission in tatsächlicher Hinsicht festgestellt, die streitbetroffenen Grundstücke (Kat.-Nrn. 4469 und 4470) befänden sich ausserhalb der Bauzonengrenze in der Landwirtschaftszone, in einem Abstand von rund 120 Metern zum im kantonalen Richtplan vorgesehenen Siedlungsgebiet, das durch den Bahndamm klar abgeschlossen werde. Sie würden vom Siedlungsgebiet durch mehrere Grundstücke getrennt, die nicht vom Gestaltungsplan betroffen seien. Somit sei von einer deutlich vom Siedlungsgebiet abgesetzten Lage auszugehen.
Die Vorinstanz hat weiter erwogen, der Gestaltungsplan ermögliche eine den bestehenden Siedlungsumfang übersteigende Entwicklung. Das ergebe sich nicht nur aus dem zusätzlich beanspruchten Land von 1'550 m2, womit die vom Garagenbetrieb bisher beanspruchte Bodenfläche um nicht weniger als 65 % gesteigert werde, sondern auch aus den innerhalb des überbauten Gebiets weit erhöhten Nutzflächen durch mehrere Neubauten. Verglichen mit dem bisherigen Zustand sei beim nunmehr zweigeschossigen (bisher eingeschossigen) Anbau am Haupthaus (Baubereich B) von einer Mehrfläche von ca. 198 m2 (1. OG), im Baubereich C von ca. 230 m2, im Baubereich D2 (ohne Tankstelle und Waschanlage) von ca. 740 m2 (Untergeschoss ca. 230 m2, Erdgeschoss/Kundenraum ca. 420 m2, Büros/Infrastruktur 1. OG ca. 90 m2) und im Baubereich E von ca. 162 m2 auszugehen. Hieraus ergebe sich eine Mehrfläche von insgesamt rund 1'330 m2 (oberirdisch ca. 1'100 m2). Hinzu komme, dass die Kapazität des Garagenbetriebs mit dem Neuwagenvertrieb massiv erweitert würde; geplant sei ein Showroom (Baubereich D2) und eine Unterniveaugarage für 22 Neu- und Kundenwagen (rund 500 m2 ohne Tankraum und ohne Untergeschoss; Baubereich D2). Damit könne weder von einer massvollen Erweiterung bestehender Bauten noch von einer geringfügigen Erweiterung bereits bebauten Gebiets gesprochen werden.
Zudem liege es auf der Hand, dass ein Garagenbetrieb in der Landwirtschaftszone nicht standortgebunden sei und im Siedlungsgebiet zweckmässig untergebracht werden könnte. Angesichts des Abstands zum Siedlungsgebiet verstosse der Gestaltungsplan gegen das raumplanerische Ziel, die Siedlungstätigkeit in Bauzonen zusammenzufassen, und leiste einer zusätzlichen Streubauweise mit den Ergänzungsbauten Vorschub. Insgesamt sei das öffentliche Interesse an der Beibehaltung der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet und daran, dass nicht zusätzliches Landwirtschaftsland umgenutzt werde, stärker zu gewichten als das private Interesse des Beschwerdeführers 2 an einer Erweiterung seines Gewerbebetriebs.
Zusammenfassend sei folglich von einer unzulässigen Kleinbauzone auszugehen.
4.2.2 Schliesslich - so hebt die Vorinstanz weiter hervor - liege auch kein unzulässiger Eingriff in die Gemeindeautonomie vor. Von der Gemeinde getroffene Lösungen müssten sich aufgrund überkommunaler Interessen als zweckmässig erweisen und dürften wegleitenden Grundsätzen und Zielen der Raumplanung nicht widersprechen. Vorliegend habe die Beschwerdeführerin 1 die berechtigten raumplanerischen Bedenken den wirtschaftlichen Interessen des Beschwerdeführers 2 untergeordnet, was nicht angehe.
4.3 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist die Schaffung einer Bauzone bzw. Spezialnutzungszone für ein konkretes Projekt zulässig, wenn die Planungsmassnahme den Zielen und Grundsätzen der Nutzungsplanung gemäss RPG entspricht. Ist dies der Fall, so ist sie rechtmässig und stellt keine Umgehung von Art. 24 ff. RPG dar, auch wenn eine Ausnahmebewilligung für das Bauvorhaben ausgeschlossen wäre. Eine Umgehung von Art. 24 ff. RPG ist nur anzunehmen, wenn mit der fraglichen Planungsmassnahme eine unzulässige Kleinbauzone geschaffen wird oder wenn sie sonst auf einer sachlich nicht vertretbaren Interessenabwägung beruht. Kleinbauzonen sind im Allgemeinen unzulässig, wenn sie gegen das raumplanerische Ziel verstossen, die Siedlungstätigkeit in Bauzonen zusammenzufassen und die Streubauweise für nicht freilandgebundene Bauten zu verhindern. Ermöglicht eine Kleinbauzone jedoch keine zusätzliche Streubauweise, sondern einzig eine geringfügige Erweiterung bereits bebauten Gebiets oder die massvolle Erweiterung bestehender Bauten, ist sie zulässig, sofern sie auch sonst auf einer sachlich vertretbaren Interessenabwägung beruht (<ref-ruling> E. 3a S. 395; Urteil des Bundesgerichts 1A.271/2005 vom 26. April 2006, E. 3.1, in: ZBl 108/2007 S. 30).
Auch nach dem kantonalen Recht ist die Ausscheidung von Sondernutzungszonen innerhalb des Landwirtschaftsgebiets nicht absolut ausgeschlossen. Gemäss Ziff. 3.2.3 lit. c des kantonalen Richtplantextes kann "mit der nachgeordneten Richt- und Nutzungsplanung [...] das Landwirtschaftsgebiet zur Wahrnehmung der Aufgaben des jeweiligen Planungsträgers durch Ausscheidung von Erholungsgebieten bzw. in der Nutzungsplanung durch Festsetzung von Freihaltezonen, Erholungszonen, Gestaltungsplänen oder Zonen für öffentliche Bauten und Anlagen 'durchstossen' werden. Im Rahmen der Genehmigung solcher Planungsmassnahmen sind jedoch hohe Anforderungen an die sachgerechte Interessenabwägung zu stellen. Insbesondere ist darzulegen, weshalb die betreffenden Nutzungen nicht zweckmässig innerhalb des Siedlungsgebiets untergebracht werden können, und es sind die Anordnungen des Sachplans Fruchtfolgeflächen zu berücksichtigen."
Ausgehend davon, dass Planungsmassnahmen mit den Zielen und Grundsätzen der Nutzungsplanung gemäss Raumplanungsgesetz vereinbar sein müssen, ergeben sich aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung mit dem Richtplantext weitgehend deckungsgleiche Voraussetzungen für die Ausscheidung einer Spezialnutzungszone für ein konkretes Projekt. Primär ist dabei der Grundsatz der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet zu beachten (<ref-law>; Art. 3 Abs. 2 RPG), woraus sich das Verbot von Kleinbauzonen ergibt. Eine geringfügige Erweiterung bereits bebauten Gebiets oder die massvolle Erweiterung bestehender Bauten, kann sich jedoch wie erwähnt als zulässig erweisen, sofern sie auf einer sachlich vertretbaren Interessenabwägung beruht und eine zusätzliche Streubauweise vermieden wird (Urteil des Bundesgerichts 1C_153/2007 vom 6. Dezember 2007 E. 3.1; vgl. auch Gian Schmid, Projektbezogene Nutzungsplanung im Gebiet ausserhalb der Bauzonen, Zürich 2001, S. 173 f.).
4.4 Die Vorinstanz hat sich mit sämtlichen entscheiderheblichen Vorbringen der Beschwerdeführer auseinandergesetzt und eingehend begründet, weshalb aus ihrer Sicht - entgegen der Auffassung der Baudirektion des Kantons Zürich im Genehmigungsentscheid vom 7. September 2010 - mit dem Gestaltungsplan eine unzulässige Kleinbauzone geschaffen würde. Entgegen den Vorbringen in der Beschwerde kann der Vorinstanz damit keine Verletzung der Begründungspflicht als Ausfluss des Anspruchs der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör angelastet werden.
Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführer liegt eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör auch nicht darin begründet, dass die Vorinstanz von der Einholung eines Gutachtens zur Frage der Notwendigkeit des Gestaltungsplans für die Weiterführung des Betriebs des Beschwerdeführers 2 abgesehen hat. Die Vorinstanz hat ausgeführt, die Untersuchungsmaxime entbinde die Parteien nicht von der Obliegenheit, den massgeblichen Sachverhalt in den Rechtsschriften darzustellen. Die Beschwerdeführer aber hätten die angeblich gefährdete Existenz des Garagenbetriebs im Falle der Nichtgenehmigung des Gestaltungsplans nicht dargetan und die Einholung eines Gutachtens dürfe nicht dazu dienen, einen nicht substanziiert behaupteten Sachverhalt überhaupt erst zu erstellen. Diese Erwägungen sind nicht zu beanstanden. Im Übrigen ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die in einem betriebswirtschaftlichen Gutachten gemachten Einschätzungen von Entscheidrelevanz hätten sein können, sodass die Abweisung des entsprechenden Beweisantrags im Ergebnis eine zulässige antizipierte Beweiswürdigung darstellt.
4.5 Die Erwägungen der Vorinstanz sind auch in der Sache zutreffend:
Nach dem Gesagten ist die Schaffung einer Kleinbauzone nur zulässig, wenn damit einzig eine geringfügige Erweiterung bereits bebauten Gebiets oder die massvolle Erweiterung bestehender Bauten erreicht wird. Dies aber ist vorliegend offensichtlich nicht der Fall. Wie die Vorinstanz verbindlich festgestellt hat, würde mit dem Gestaltungsplan die vom Garagenbetrieb bisher beanspruchte Bodenfläche um 1'550 m2 erweitert und damit um 65 % gesteigert. Die geplanten Neubauten schliesslich würden zu einer weitreichenden Erweiterung des bestehenden Garagenbetriebs führen. Vor diesem Hintergrund hat die Vorinstanz zu Recht gefolgert, mit dem Gestaltungsplan würde eine unzulässige Kleinbauzone geschaffen.
4.6 Nichts ableiten können die Beschwerdeführer insoweit aus ihren Hinweisen auf die Urteile des Bundesgerichts 1A.271/2005 vom 26. April 2006, in: ZBl 108/2007 S. 30, und 1C_153/2007 vom 6. Dezember 2007:
4.6.1 Im Entscheid 1A.271/2005 vom 26. April 2006 hatte sich das Bundesgericht mit einem privaten Gestaltungsplan für die bauliche Erweiterung eines Heimes für Frauen mit geistiger Behinderung zu befassen. Das Bundesgericht erwog, das kantonale Verwaltungsgericht als Vorinstanz habe verbindlich festgestellt, dass der Ausbaubedarf für das Heim ausgewiesen sei (E. 3.2). Einem Schreiben des Bundesamts für Sozialversicherung (BSV) sei zu entnehmen, dass das Heim bei Beanspruchung von Subventionen die Vorgaben des Richtraumprogramms und die Qualitätsbestimmungen des BSV zu erfüllen habe, was entsprechende Um- und Erweiterungsbauten bedinge. Weiter stehe fest, dass die zuständigen Fachinstanzen den Standort des Heims für die dort zu betreuenden und teilweise mehrfach behinderten Frauen (weiterhin) als zweckmässig erachteten (E. 3.2.2).
Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer ist es weder willkürlich noch verstösst es gegen den Grundsatz der Rechtsgleichheit, das öffentliche Interesse an einem notwendigen Ausbau eines Behindertenheims als gewichtiger einzustufen als jenes an der aus betriebswirtschaftlichen Gründen angestrebten Erweiterung eines Garagenbetriebs.
4.6.2 Im Entscheid 1C_153/2007 vom 6. Dezember 2007 hatte das Bundesgericht die Überdachung eines bestehenden Reitplatzes in der Landwirtschaftszone zu beurteilen. Das Bundesgericht stufte die geplante Betriebserweiterung als massvoll ein, da mit der Überdachung der Reitanlage die zonenwidrig genutzte Fläche nicht vergrössert werde und keine neuen Nutzungsmöglichkeiten eröffnet würden. Erreicht werde einzig eine zeitliche Ausdehnung der bisher bereits bestehenden Nutzung. Zudem werde durch die geplanten Erweiterungen nur äusserst geringfügig in die Landschaft eingegriffen, und es trete auch keine gewichtige Störung des Landschaftsbildes auf (E. 3.3.1). Ferner bestehe ein öffentliches Interesse nicht nur an der Schaffung von Anlagen für den Breitensport, sondern auch von Sportanlagen, die zwar von einem eingeschränkteren Benützerkreis in Anspruch genommen würden, aber grundsätzlich jedermann offen stünden (E. 3.3.3).
Anders als im Entscheid 1C_153/2007 vom 6. Dezember 2007 kann im zu beurteilenden Fall, wie dargelegt, gerade nicht mehr von einer bloss massvollen Betriebserweiterung gesprochen werden.
4.7 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass mit dem privaten Gestaltungsplan in Umgehung von Art. 24 ff. RPG eine unzulässige Kleinbauzone geschaffen würde. Da die Genehmigung des Gestaltungsplans mithin dem wegleitenden raumplanerischen Grundsatz der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet widerspricht, bedeutet die Aufhebung des Gemeindeversammlungsbeschlusses auch keinen unzulässigen Eingriff in die Gemeindeautonomie.
5. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens haben die Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu gleichen Teilen zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Die nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnerinnen und die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegenden kantonalen Behörden haben keinen Anspruch auf Ausrichtung einer Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. September 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner