Erwägungen:
1. Mit Urteil vom 19. August 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern (Einzelrichter) die Beschwerde von X._ ab, soweit darauf einzutreten war, und bestätigte die Veranlagung für die Kantonssteuer und direkte Bundessteuer 2003. Hiergegen führt der Steuerpflichtige beim Bundesgericht Beschwerde mit folgendem Wortlaut:
Rechtsbegehren/Antrag
Kostenlose Abklärung des Entscheides. Taxation gemäss Selbstdeklaration. Aufhebung des Entscheides und Rückerstattung der geleisteten Kosten der Pauschalgebühren Fr. 1'000.-- Rekurskommission sowie Pauschal Fr. 1'500.-- Verwaltungsgericht.
Begründung: Verschleppung der Veranlagung sowie Nichteinhaltung der gesetzlich vorgeschriebenen Ratenzahlungen
Die Veranlagungsbehörde hat die Veranlagung erst am 13. April 2006 vorgenommen, obwohl sämtliche Fristen für die Einreichung der Steuererklärung 2003 sowie die verlangten Unterlagen immer fristgerecht eingereicht wurden. Ebenfalls wurden die gesetzlich vorgeschriebenen Raten nie zugestellt. Ich wurde im Jahr 2006 pensioniert, und damit ist mir ein riesiger Nachteil entstanden.
Akten und Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.
2. Rechtsschriften haben nach <ref-law> unter anderem die Begehren und deren Begründung mit Angabe der Beweismittel zu enthalten. Gemäss Absatz 2 von <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Damit obliegt dem Beschwerdeführer, die behaupteten Rechtsverletzungen zu nennen und die diesbezüglichen Rügen zu begründen. Diesen Anforderungen an die Begründung genügt eine Beschwerdeschrift von vornherein nur, wenn sie sachbezogen ist, d.h. sich auf die Motive im angefochtenen Entscheid bezieht. Nur dann ist aus der Beschwerde ersichtlich, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird, und kann sich das Bundesgericht mit der Eingabe materiell befassen (<ref-ruling> E. 2.1 f.; <ref-ruling> E. 3.3 f.; s. auch 118 Ib 134; <ref-ruling> E. 1.3 S. 452 für Art. 108 aOG).
3. Diesen Erfordernissen genügt die Eingabe des Beschwerdeführers offensichtlich nicht. Die Vorinstanz hat im Einzelnen ausführlich dargelegt, weshalb keine Ratenzahlungen für das Steuerjahr 2003 erhoben wurden: Da die Vorjahresveranlagungen mit einem Einkommen von Fr. 0 bzw. einem Einkommen unterhalb der Nullstufe als Berechnungsgrundlage für die Ratenzahlungen im laufenden Steuerjahr 2003 dienten, hätten keine Raten erhoben werden können. Hinsichtlich des sinngemäss angerufenen Instituts der Verjährung legte die Vorinstanz mit Hinweis auf die massgebenden Bestimmungen dar, dass für das Steuerjahr 2003 weder die Veranlagungs- noch die Bezugsverjährung eingetreten sei und die Steuerbehörde berechtigt war, die Veranlagung vorzunehmen. Mit dieser Begründung setzt sich der Beschwerdeführer in seiner Beschwerde mit keinem Wort auseinander. Die Rechtsschrift mag einen genügend bestimmten Antrag enthalten, wie zu entscheiden sei (Taxation gemäss Selbstdeklaration), eine Begründung fehlt hingegen völlig. Der Hinweis, dass die Veranlagung erst im Jahre 2006 erfolgte, genügt als Begründung nicht, nachdem der Einzelrichter des Verwaltungsgerichts die Verjährung prüfte. Es genügt auch nicht hinzuweisen, dass keine Raten erhoben worden seien, nachdem das Gericht erläuterte, weshalb keine Raten erhoben wurden. Auch wenn es sich vorliegend um eine Laienbeschwerde handelt und der Beschwerdeführer eine Altersrente bezieht, darf von ihm doch verlangt werden, dass er die Beschwerde wenigstens kurz begründet, so dass klar wird, was er am angefochtenen Entscheid bemängelt. Allgemeine Bestreitungen sind nicht sachbezogen und lassen nicht erkennen, weshalb der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzen soll. Auch der (sinngemäss) gestellte Antrag, es sei dem Beschwerdeführer für die vorinstanzlichen Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren, entbehrt einer Begründung.
Da die nach Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG erforderliche Begründung fehlt, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Es findet das Verfahren nach <ref-law> Anwendung.
4. Der Beschwerdeführer ersucht sinngemäss um unentgeltliche Prozessführung für das bundesgerichtliche Verfahren. Die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege setzt ausser der Bedürftigkeit der Prozesspartei voraus, dass deren Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint (<ref-law>). Eine Beschwerde ohne Begründung hat von vornherein keine Aussicht auf Erfolg, weshalb die unentgeltliche Rechtspflege nicht bewilligt werden kann.
Die Gerichtskosten (<ref-law>) sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 200.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung des Kantons Bern, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. September 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann