Faits :
A.
A.a. La société D._ SA, qui a pour administrateur B._, était locataire d'une surface commerciale de 525 m2, au 1er étage de l'immeuble sis avenue xxx 12b, à X._ (NE), ainsi que de huit places de parc non couvertes et d'une place de parc couverte, appartenant à A._, à Zurich.
Le 14 novembre 2008, la bailleresse A._ a mise la locataire en demeure de s'acquitter dans un délai de trente jours d'un arriéré de loyer de 123'080 fr.80, sous menace de résiliation du contrat en application de l'<ref-law>. Le 28 janvier 2009, la bailleresse a résilié le bail avec effet au 28 février 2009, au motif que la sommation était demeurée vaine.
La faillite de la locataire est survenue dans l'intervalle; elle prenait effet au 16 février 2009.
A.b. Le 27 février 2009, D._ SA en liquidation (ci-après: D._), C._ SA (ci-après C._) et B._ ont conjointement ouvert action en annulation du congé devant l'autorité de conciliation compétente, puis devant le Tribunal civil du district de Neuchâtel; selon leurs conclusions, le bail devait être « repris » par C._.
Le Tribunal civil s'est prononcé le 15 mars 2012, rejetant l'action dans la mesure où elle était recevable. Il a jugé que C._ et B._, faute d'être parties au contrat de bail à loyer, n'avaient pas qualité pour agir; D._ en liquidation ne pouvait pas non plus intenter une action en annulation du congé car cette démarche était étrangère aux opérations de liquidation d'une société; l'action en annulation du congé ne pouvait pas non plus tendre à imposer un autre partenaire contractuel à la bailleresse; par ailleurs, le tribunal a constaté que cette partie était créancière d'un montant de 146'074 fr. au jour de la sommation, de sorte que le congé était valable au regard de l'<ref-law> et qu'il n'existait pas de motif d'annulation.
Par arrêt du 18 décembre 2012, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, saisie d'un appel des demandeurs, l'a rejeté dans la mesure où il était recevable. Comme D._ était seule locataire des locaux sis avenue xxx 12b, qu'il n'a pas été prouvé que C._ soit sous-locataire (ce qui n'aurait pas été suffisant pour lui permettre de contester la validité du congé), ni que le bail lui ait été transféré, la cour cantonale a confirmé que C._ et B._ n'avaient pas qualité pour agir en contestation du congé. Quant à D._, puisqu'elle se trouvait en liquidation, elle n'était pas autorisée à agir. Subsidiairement, la cour cantonale a examiné la question de la validité du congé et confirmé « un retard considérable dans le paiement du loyer et des charges », quoiqu'il ne lui fût « pas possible d'affirmer avec certitude et totale précision le montant du retard ».
Par arrêt du Tribunal fédéral rendu le 13 mars 2013 (cause 4A_63/2013), le recours en matière civile déposé conjointement par D._, C._ et B._ a été déclaré irrecevable, pour défaut de motivation suffisante au sens de l'<ref-law>. Pour la juridiction fédérale, en tant que les recourants critiquaient le rejet de leur qualité pour agir, ils semblaient surtout faire valoir qu'un changement de locataire se serait produit après que D._ eut pris les locaux à bail; dès lors que leur argumentation divergeait des constatations de fait déterminantes et ne comportait pas de critiques suffisamment motivées de celles-ci, elle était irrecevable; quant aux griefs concernant l'existence d'un arriéré de loyer au 14 novembre 2008 et l'application de l'<ref-law>, la motivation du recours était en tous points insuffisante; enfin, la requête d'assistance judiciaire devait être rejetée.
La validité du congé donné le 28 janvier 2009 pour le 28 févier 2009 est donc en force et exécutoire, de sorte qu'elle ne peut pas être remise en question au cours de la procédure d'expulsion du locataire.
A.c. Dans l'intervalle, la faillite de D._ a été suspendue faute d'actif par le Tribunal civil du district de Neuchâtel le 27 août 2009 et clôturée par le même tribunal le 2 novembre 2009. La société est néanmoins restée inscrite au registre du commerce avec la mention " en liquidation " en raison d'une opposition à sa radiation au sens de l'<ref-law>.
B.
Le 17 avril 2013, A._ a requis l'expulsion de D._ selon la procédure de protection dans les cas clairs de l'<ref-law>.
Par décision du 23 mai 2013, la Juge du Tribunal civil de Neuchâtel a ordonné l'expulsion de l'ex-locataire, en lui fixant un délai au 3 juin 2013 pour quitter volontairement les lieux; elle a également pris les mesures d'exécution nécessaires conformément à l'<ref-law> (cf. <ref-law>) pour le cas où l'ex-locataire ne s'exécuterait pas, en ordonnant que l'exécution forcée pourra être mise en oeuvre par le greffe du tribunal sur simple demande écrite de la bailleresse, le cas échéant avec l'aide de la force publique (<ref-law>; art. 36-37 de la loi neuchâteloise d'introduction du code de procédure civile [LI-CPC; RS/NE 251.1]), ce qui rend superflue toute procédure d'exécution ultérieure au sens des <ref-law> (<ref-law>).
Par arrêt du 3 février 2014, le Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté l'appel de l'ex-locataire dans la mesure de sa recevabilité et confirmé la décision du premier juge.
C.
C.a. Le 16 avril 2013, D._, C._, dont l'administrateur est également B._, et ce dernier à titre privé ont déposé une requête de preuve à futur devant le Tribunal civil du Littoral et du Val-de-Travers, aux fins de faire constater les dommages subis par les appareils se trouvant dans les locaux de l'avenue xxx 12b. Ils faisaient valoir l'impossibilité dans laquelle A._ les avait mis d'emporter dans de bonnes conditions le matériel technique particulièrement délicat et de très grande valeur - se référant au montant de 2'300'000 fr. figurant dans les comptes de C._ - qui se trouve dans les locaux anciennement loués par D._, l'important préjudice commercial qui résulte de l'immobilisation forcée de ce matériel et l'imminence du danger que " les agents du propriétaire procèdent au déménagement de ces équipements ", envisageant une future demande de dédommagement contre le propriétaire des locaux.
C.b. Par ordonnance du 6 juin 2013, le Juge du Tribunal civil de Boudry a déclaré la requête irrecevable en tant qu'elle a été formée par D._ et l'a rejetée en tant qu'elle a été déposée par C._ et B._. Il a retenu que D._ SA en liquidation ne peut pas valablement solliciter une preuve à futur, les activités de celle-ci devant se limiter aux actes nécessaires à sa liquidation. Quant à C._ et B._, bien qu'ils n'aient pas eu qualité pour contester la résiliation du bail, il apparaît vraisemblable qu'ils soient - à tout le moins partiellement - propriétaires des équipements se trouvant dans les locaux précédemment remis à bail à D._. Le juge a toutefois rejeté leur requête de preuve à futur, considérant que la validité du congé était en force et exécutoire, que le principe d'une expulsion et donc un déplacement des équipements était acquis, seuls les modalités et le délai dans lequel celui-ci devait intervenir restant incertains; les requérants supportaient donc le risque d'un déménagement, de sorte qu'il leur appartiendra de tout mettre en oeuvre pour que l'opération se déroule bien. En tant qu'elle visait à faire effectuer des tests de fonctionnement des appareils pour prouver des dommages censés survenus depuis 2009, la requête était inutile dès lors que le fonctionnement antérieur de ceux-ci était inconnu.
La Cour d'appel civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a, par arrêt du 3 février 2014, confirmé l'irrecevabilité de la requête déposée par D._. En revanche, la cour cantonale a admis celle de C._ et de B._: elle a considéré que la bailleresse soutenait qu'il s'agissait d'un déménagement ordinaire alors que ce n'était pas le cas, que la bailleresse se plaignait de leur refus d'évacuer les locaux alors que C._ et B._ affirmaient ne pas pouvoir accéder aux locaux car la bailleresse leur interdirait ou limiterait à l'excès l'accès auxdits locaux; elle en a déduit que l'hypothèse de la responsabilité de la bailleresse ne pouvait pas être écartée d'un revers de main et qu'une preuve à futur visant à déterminer l'état et la valeur actuels des équipements se trouvant dans les locaux paraissait légitime; en outre, vu la procédure d'expulsion engagée contre la seule D._, il n'était pas exclu que l'exécution de l'expulsion se déroule dans des conditions ne garantissant pas à C._ et à B._ que leurs biens allaient être traités avec le soin prétendument nécessaire, vu que la bailleresse n'avait pas manifesté jusque-là de grande considération pour leurs intérêts. La cour cantonale a enfin admis, contrairement au premier juge, que le moyen de preuve proposé était adéquat.
D.
Contre cet arrêt, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral, le dirigeant uniquement contre C._ et B._ et concluant à la réforme de l'arrêt du 3 février 2014 en ce sens que la requête de preuve à futur des deux prénommés est rejetée. Elle se plaint d'appréciation arbitraire des faits et de fausse application de l'<ref-law>.
C._ et B._ proposent le rejet du recours.

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile, par la partie qui a succombé, contre une décision prise sur recours par le tribunal supérieur du canton de Neuchâtel, dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr., le recours en matière civile est en principe recevable au regard des art. 72 al. 1, 74 al. 1 let. b, 75 et 76 LTF.
Toutes les pièces nouvelles sont irrecevables devant le Tribunal fédéral, sauf si les exceptions mentionnées à l'art. 99 al. 1 in fine LTF sont réalisées. Tel n'est pas le cas en l'espèce.
2.
Les décisions portant sur l'administration de preuves à futur sont des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2 p. 639; arrêt 4A_532/2011 du 31 janvier 2012 consid. 1.4, non publié in <ref-ruling>), de sorte que seule peut être invoquée la violation de droits constitutionnels (cf. <ref-law>). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral peut procéder à une substitution de motifs pour autant que la nouvelle motivation, conforme à la Constitution, n'ait pas expressément été écartée par l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 4.3 et les références).
3.
En vertu de l'<ref-law>, une preuve à futur peut être obtenue dans deux cas: lorsque la preuve est mise en danger (cas n° 1) ou lorsque le requérant a un intérêt digne de protection (cas n° 2).
3.1. Dans le premier cas, la preuve à futur a pour but d'assurer la conservation de la preuve, lorsque le moyen de preuve risque de disparaître ou que son administration ultérieure se heurterait à de grandes difficultés. L'administration de la preuve, qui intervient normalement au cours des débats principaux (<ref-law>), est soit avancée à un stade antérieur du procès, soit effectuée hors procès, avant même l'ouverture de l'action (cf. art. 158 al. 1 in initio CPC, qui contient les termes" en tout temps ").
Dans le second cas, la preuve à futur est destinée à permettre au requérant de clarifier les chances de succès d'un procès futur, de façon à lui éviter de devoir introduire un procès dénué de chances. Il s'agit là d'une nouvelle institution, qui n'était connue que de certains droits de procédure cantonaux, tels ceux des cantons de Vaud, Berne et Bâle. Le requérant doit établir qu'il a un intérêt digne de protection à l'administration de la preuve. Il ne lui suffit pas d'alléguer avoir besoin d'éclaircir des circonstances de fait; il doit rendre vraisemblable l'existence d'une prétention matérielle concrète contre sa partie adverse, laquelle nécessite l'administration de la preuve à futur. Cette procédure n'a pas pour objet d'obtenir qu'il soit statué matériellement sur les droits ou obligations des parties, mais seulement de faire constater ou apprécier un certain état de fait; le tribunal ne statue pas sur le fond, ni même ne procède à un examen des chances de succès du requérant (<ref-ruling> consid. 2.2.2; <ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 81).
3.2. Dans les deux cas, il s'agit d'une procédure probatoire spéciale de procédure civile, qui ne s'applique que dans les affaires " civiles " soumises au CPC (<ref-law>).
4.
La cour cantonale a considéré que l'expertise à titre de preuve futur des équipements se trouvant dans les locaux précédemment remis à bail se justifie, car il ne peut être écarté qu'ils soient endommagés lors de leur évacuation, voire qu'ils deviennent irrécupérables ou même disparaissent, la bailleresse n'ayant jusqu'ici pas fait preuve de grande considération pour les intérêts de leurs propriétaires.
Avant toute chose, il s'impose de vérifier si la requête de preuve à futur déposée par les requérants s'inscrit bien dans le cadre d'une affaire civile.
4.1.
4.1.1. A la fin du bail, le locataire doit restituer les locaux loués (<ref-law>). S'il ne s'exécute pas de son plein gré, le bailleur peut ouvrir contre lui une action en expulsion. Cette action est une action condamnatoire par laquelle le bailleur demande au juge de contraindre le locataire à lui restituer les locaux, c'est-à-dire à exécuter une obligation de faire.
La restitution des locaux étant la conséquence de la résiliation du bail, l'action en expulsion présuppose que le contrat de bail ait valablement pris fin. Le juge de l'expulsion examine la validité du congé, comme la prolongation du bail, à titre préjudiciel. Toutefois, si ces questions ont déjà fait l'objet d'une action en contestation du congé et d'un jugement en force et exécutoire, le juge de l'expulsion est lié par celui-ci.
4.1.2. L'action en expulsion formée par le bailleur (<ref-law>) peut faire l'objet de la procédure du cas clair de l'<ref-law>, sans tentative de conciliation préalable, si l'état de fait n'est pas litigieux ou est susceptible d'être immédiatement prouvé (<ref-law>) et que la situation juridique est claire (<ref-law>; sur ces conditions en général, cf. <ref-ruling> consid. 5.1.1 p. 621 ss; arrêt 5A_768/2012 du 17 mai 2013, consid. 4.2.1, publié in SJ 2014 I p. 27). Tel est évidemment le cas lorsque l'action en expulsion a été précédée d'une procédure de contestation du congé et qu'un jugement constatant la validité du congé est en force et exécutoire, du moment qu'il ne reste plus au juge de l'expulsion qu'à donner ordre au locataire de restituer les locaux.
La décision d'expulsion peut également être assortie des mesures d'exécution nécessaires (<ref-law>, applicable à la procédure sommaire de par l'<ref-law>), ce qui rendra superflue une procédure d'exécution ultérieure au sens des <ref-law> (<ref-law>).
Les mêmes règles s'appliquent lorsque celui qui demeure dans les locaux n'est pas un ex-locataire, mais un tiers qui les occupe sans droit. Le propriétaire peut intenter l'action en revendication (action pétitoire; <ref-law>) en suivant la procédure du cas clair si les conditions de l'<ref-law> sont réunies (arrêt 5A_710/2013 du 17 février 2014 consid. 2 à 4). Les mesures d'exécution nécessaires peuvent également être prononcées par le juge de l'évacuation (<ref-law>).
4.1.3. Lorsque le juge de l'expulsion, respectivement de l'évacuation, prévoit que la personne chargée de l'exécution peut requérir l'assistance de l'autorité compétente, conformément à l'<ref-law>, l'exécution forcée, notamment en ce qui concerne le déplacement et la prise en charge des biens mobiliers du locataire, respectivement de l'occupant expulsé, est une tâche officielle, qui relève du droit public cantonal (arrêt 4A_132/2014 du 2 juin 2014 consid. 3). Elle n'est pas de la compétence du bailleur, respectivement du propriétaire des locaux, et ne relève donc pas du droit privé des contrats. La personne chargée de l'exécution est désignée à cette fin par le droit cantonal et celle-ci peut requérir l'assistance de l'autorité compétente, également désignée par le droit cantonal (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>; arrêt 4A_132/2014 précité; Jeandin, in CPC, Code de procédure civile commenté, 2011, n° 22 ad <ref-law>).
4.2.
4.2.1. En l'espèce, le congé de la bailleresse pour la surface commerciale de 525 m2, au 1er étage de l'immeuble sis avenue xxx 12b, à X._, ainsi que pour huit places de parc non couvertes et une place de parc couverte a été donné le 28 janvier 2009 pour le 28 février 2009.
D._, mais également C._ et B._ à titre privé ont ouvert action en annulation du congé le 27 février 2009. Statuant sur leur appel le 18 décembre 2012, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a jugé que D._ était seule locataire des locaux, qu'il n'a pas été prouvé que C._ soit sous-locataire (ce qui n'aurait pas été suffisant pour lui permettre de contester la validité du congé) ni que le bail lui ait été transféré, si bien que la cour cantonale a confirmé que C._ et B._ n'avaient pas qualité pour agir en contestation du congé. Quant à D._, puisqu'elle se trouvait en liquidation, elle n'était pas autorisée à agir. Cet arrêt, admettant la validité du congé donné pour le 28 février 2009, est en force et exécutoire, le Tribunal fédéral ayant déclaré le recours des deux sociétés et de B._ irrecevable par arrêt du 13 mars 2013 (4A_63/2013).
La situation de fait et de droit était donc claire, de sorte que le juge de l'expulsion a valablement ordonné à l'ex-locataire de libérer volontairement les locaux dans un délai au 3 juin 2013, à défaut en autorisant le recours à la force publique pour y procéder. L'appel formé par D._ contre son expulsion a été rejeté et son recours en matière civile au Tribunal fédéral a été déclaré irrecevable par arrêt du 16 juin 2014 (cause 4A_163/2014).
Conformément à la décision rendue le 23 mai 2013 par la Juge du Tribunal civil de Neuchâtel, la bailleresse est en droit de requérir désormais, par simple demande écrite, la mise en oeuvre de l'expulsion par le greffe du tribunal, au besoin avec l'assistance de la police neuchâteloise (art. 36 al. 1 de la LI-CPC). Les modalités de l'exécution sont arrêtées, sous l'autorité du tribunal, par le greffe, en collaboration avec la police neuchâteloise et, le cas échéant, les services cantonaux concernés ainsi que l'autorité communale compétente (art. 37 LI-CPC).
S'il y a lieu d'admettre que les locaux sont occupés - sans droit - par C._ et B._, comme ils le prétendent et comme semble l'admettre, à la suite du premier juge, la cour cantonale dans l'arrêt attaqué lorsqu'elle constate avec celui-ci qu'il peut être tenu pour vraisemblable que B._ lui-même et la société C._ sont à tout le moins partiellement propriétaires des équipements se trouvant dans les locaux, l'action en revendication de la propriétaire (<ref-law>) et tendant à l'évacuation des locaux par les occupants pourrait faire l'objet de la même procédure de protection dans les cas clairs de l'<ref-law>, assortie des mêmes mesures d'exécution (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>).
4.2.2. Il s'ensuit que, dans l'un et l'autre cas, qu'il s'agisse de la mise en oeuvre de l'exécution forcée de l'expulsion de D._ ou de celle de l'évacuation de C._ et de B._, le déplacement des équipements se trouvant dans les locaux par le greffe du tribunal, au besoin avec l'assistance de la police neuchâteloise, des services cantonaux concernés et de l'autorité communale, est une tâche relevant du droit public.
Par conséquent, la requête de preuve à futur déposée par C._ et B._ n'est pas destinée à la conservation de preuves en vue d'un procès civil futur, le déplacement de leurs prétendus biens ne relevant pas de la compétence de la bailleresse, contrairement à ce qu'ils croient. De surcroît, en tant que les requérants prétendent être propriétaires de ces biens, il leur appartiendra de coopérer à leur enlèvement et à leur prise en charge, selon les modalités qui seront décidées par les autorités compétentes. Ainsi, en tant qu'elle est fondée sur l'art. 158 al. 1 let. b, 1er cas, CPC, leur requête est irrecevable.
5.
La cour cantonale a également estimé qu'en raison des dommages susceptibles d'être causés par l'exécution de l'expulsion, qui ne garantirait pas que les biens des requérants soient traités avec soin, le moyen de preuve requis est adéquat. Se basant, en droit, sur un intérêt digne de protection des requérants, c'est-à-dire sur le second cas prévu par l'<ref-law>, elle a considéré que, même si les requérants n'ont pas encore établi, par un rapport d'expertise, l'état de leurs machines à fin décembre 2009, il ne leur serait pas inutile de connaître l'état actuel des appareils se trouvant encore dans les locaux.
Or, dans leur requête de preuve à futur du 16 avril 2013, par une motivation confuse se référant essentiellement à la procédure d'expulsion des locaux, les requérants n'ont pas allégué, ni rendu vraisemblable une prétention matérielle concrète à l'encontre de la bailleresse pour les prétendus dommages causés à leurs machines. Il y a lieu de rappeler que celles-ci sont demeurées sans droit dans les locaux depuis la fin du bail de la société locataire D._, le 28 févier 2009, et que, depuis lors, les requérants, pour lesquels B._ agit tant à titre d'administrateur qu'à titre privé, jouant sur la dualité des personnes impliquées, tentent de s'opposer par tous les moyens à l'évacuation des locaux, entretenant de surcroît la confusion entre les locaux sis avenue xxx 12b et 12c.
La cour cantonale semble avoir confondu les deux cas de preuve à futur prévus par l'<ref-law>. Or, comme on l'a vu, la requête ne contient aucun allégué, assorti d'offres de preuve, démontrant l'existence d'une prétention matérielle contre la propriétaire au sens du second cas. La détermination de l'état actuel des machines ne revêt pas non plus un caractère d'urgence au sens du premier cas, puisque les requérants doivent les reprendre et qu'ils y seront contraints lors de l'exécution forcée par le greffe, assisté de la police cantonale.
6.
Il suit de là que, par substitution des motifs qui précèdent, le recours doit être admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que la requête de preuve à futur est irrecevable.
Il est dès lors superflu d'examiner le grief d'appréciation arbitraire des preuves de la recourante.
Les frais de la procédure doivent être mis solidairement à la charge des intimés qui succombent (<ref-law>), lesquels devront également verser, avec solidarité entre eux, une indemnité de dépens à la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que la requête de preuve à futur du 16 avril 2013 est irrecevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis solidairement à la charge des intimés.
3.
Les intimés verseront solidairement à la recourante une indemnité de 7'000 fr. à titre de dépens.
4. La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens des instances cantonales.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour d'appel civile.
Lausanne, le 23 juin 2014
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Le Greffier :
Klett Ramelet