Faits:
A. A.X._, ressortissant péruvien né en 1980, est entré en Suisse le 19 juin 1998 au bénéfice d'une autorisation de séjour pour y effectuer ses études. Cette autorisation a été prolongée jusqu'au 30 juin 2004.
Le 24 mai 2004, l'Office cantonal genevois de la population (ci-après: l'"OCP") a rejeté la demande de prolongation d'autorisation de séjour déposée par A.X._, motif pris que le but de son séjour sur notre territoire n'était pas atteint. Un délai au 23 août 2004 lui a été imparti pour quitter la Suisse. Le 21 juin 2004, A.X._ a recouru contre cette décision, et déposé simultanément une demande de réexamen. Celle-ci a été rejetée le 8 novembre 2004 par l'OCP qui a rendu à son encontre une nouvelle décision de refus d'autorisation et de renvoi. Le 13 juin 2005, l'Office fédéral des migrations, invité à se prononcer dans le cadre de la procédure de recours, a refusé d'exempter A.X._ des mesures de limitation en matière de séjour des étrangers. Par arrêt du 18 août 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours interjeté par l'intéressé contre cette décision. L'OCP a imparti A.X._ un délai au 10 janvier 2010 pour quitter la Suisse.
B. Par arrêt du 27 février 2009, la Cour d'assises du canton de Genève a condamné A.X._ à une peine privative de liberté de trente-quatre mois pour actes d'ordre sexuel commis en avril 2006 sur une personne en état d'incapacité de discernement ou de résistance (cf. art. 191 du Code pénal suisse [CP]; RS 311.0). La peine a été prononcée sans sursis à raison de dix-sept mois, A.X._ étant mis, pour le surplus, au bénéfice du sursis partiel, avec un délai d'épreuve fixé à cinq ans.
La Cour de cassation genevoise a, par arrêt du 14 septembre 2009, annulé l'arrêt du 27 février 2009 et renvoyé la cause à la Cour d'assises du canton de Genève. Celle-ci a, par arrêt du 7 juin 2010, arrêté la peine privative de liberté de A.X._ à vingt-neuf mois et quinze jours pour les faits incriminés, dont douze mois sans sursis, avec un délai d'épreuve de cinq ans. A.X._ s'est à nouveau pourvu en cassation.
Par arrêt du 25 novembre 2010, la Cour de cassation genevoise a partiellement admis le pourvoi de A.X._ en tant qu'il portait sur la quotité de la peine ferme et la durée du délai d'épreuve. Le 21 mars 2011, le Tribunal correctionnel a rendu un jugement dans le sens des considérants de cet arrêt, fixant à dix mois la partie de la peine devant être exécutée par A.X._, avec un délai d'épreuve de trois ans.
Par jugement du 7 juillet 2011, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice a rejeté l'appel formé par l'intéressé contre le jugement du 21 mars 2011.
Le 12 septembre 2011, A.X._ a déposé un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral contre les arrêts du 14 septembre 2009 et du 25 novembre 2010 de la Cour de cassation et l'arrêt du 7 juillet 2011 de la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice. En substance, il se plaignait d'une violation des art. 448 ss du Code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312), d'un déni de justice formel et de la violation de son droit d'être entendu (cf. art. 29 al. 1 et 2 Cst.). Il invoquait aussi une motivation insuffisante dans la prise en compte d'une incapacité de résistance de la partie plaignante ainsi que la violation des art. 47 et 50 CP relatifs à la quotité de la peine, et, enfin, la violation de l'art. 29 al. 3 Cst.
Au surplus, A.X._ a fait l'objet des condamnations pénales suivantes:
- une peine pécuniaire de quinze jours-amende à CHF 30.-, avec sursis pendant trois ans, ainsi qu'une amende de CHF 100.-, pour conduite en état d'ébriété avec un taux d'alcool qualifié, prononcées par le Ministère public genevois par ordonnance du 2 juillet 2009, entrée en force.
- une peine pécuniaire de trente jours-amende à CHF 50.-, sous déduction d'un jour-amende, pour conduite en état d'ébriété avec taux d'alcool qualifié, prononcée par le Ministère public genevois par ordonnance du 30 août 2011, entrée en force. Le sursis du 2 juillet 2009 a été révoqué.
C. Le 6 avril 2010, A.X._ s'est marié avec B.X._, une ressortissante suisse et péruvienne. Invoquant le regroupement familial avec son épouse, A.X._ a déposé auprès de l'OCP, le 26 avril 2010, une requête tendant à l'octroi d'une autorisation de séjour. Le 11 novembre 2010, l'OCP a refusé de mettre A.X._ au bénéfice d'une telle autorisation. A.X._ et B.X._ ont recouru auprès du Tribunal administratif de première instance du canton de Genève contre cette décision.
Par jugement du 12 avril 2011, le Tribunal de première instance a rejeté le recours des époux A.X._ B.X._, au motif que la condamnation de A.X._ à une peine privative de liberté supérieure à deux ans constituait un motif de révocation de l'autorisation de séjour, dès lors que la culpabilité de l'intéressé, aussi bien que la quotité de la peine, étaient déterminées. Le 1er juillet 2011, un recours contre ce jugement a été déposé par les époux A.X._ B.X._ devant la chambre administrative de la Cour de justice genevoise (ci-après: la "Cour de justice").
D. Par arrêt 6B_597/2011 du 10 avril 2012, le Tribunal fédéral a rejeté le recours formé par A.X._ contre les arrêts du 14 septembre 2009 et du 25 novembre 2010 de la Cour de cassation et l'arrêt du 7 juillet 2011 de la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice. Le Tribunal de céans a en particulier jugé que la Cour de justice avait correctement fixé et motivé la peine infligée à A.X._, qui n'apparaissait pas sévère au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation.
E. Par arrêt du 17 avril 2012, la Cour de justice a rejeté le recours déposé le 1er juillet 2011 par les époux A.X._ B.X._ contre le jugement du 12 avril 2011 du Tribunal de première instance. Elle a relevé qu'au jour de ce prononcé, "le Tribunal fédéral n'a[vait] pas encore rendu son arrêt dans la procédure pénale P/6488/2006" (cf. arrêt attaqué, n. 38 ad p. 8). Elle a toutefois jugé que la condamnation de A.X._ pour actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance pouvait être prise en compte comme motif de révocation propre à refuser l'octroi d'une autorisation de séjour en faveur de l'intéressé, quand bien même le recours correspondant en matière pénale était "encore pendant au Tribunal fédéral". La pesée des intérêts commandait par ailleurs le renvoi de Suisse de A.X._.
F. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ demande au Tribunal fédéral, principalement, d'annuler l'arrêt du 17 avril 2012 de la Cour de justice et d'admettre sa demande d'autorisation de séjour pour regroupement familial; subsidiairement, de retourner le dossier à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il requiert, à titre préalable, que son recours soit doté de l'effet suspensif. Il se plaint, en substance, d'une violation de la présomption d'innocence, ainsi que d'une violation de l'art. 8 CEDH.
S'en rapportant à justice quant à la recevabilité du recours, la Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'OCP se réfère à l'arrêt de la Cour de justice et ne formule pas d'observation sur le recours. L'Office fédéral des migrations conclut au rejet de celui-ci.
Par ordonnance présidentielle du 30 mai 2012, la requête d'effet suspensif a été admise.
Par courrier séparé du 21 juin 2012, A.X._ et B.X._ ont demandé leur mise au bénéfice de l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (cf. <ref-law>); il revoit donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 103 et les arrêts cités).
1.1 Selon l'art. 83 let. c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions relatives à une autorisation de droit des étrangers à laquelle ni le droit fédéral, ni le droit international ne donnent droit. D'après la jurisprudence, il suffit qu'il existe un droit potentiel à l'autorisation, étayé par une motivation soutenable, pour que cette clause d'exclusion ne s'applique pas et, partant, que la voie du recours en matière de droit public soit ouverte (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 179).
En l'espèce, les recourants sont mariés depuis le 6 avril 2010. Il ne ressort par ailleurs pas des faits établis par la Cour de justice qu'ils entendaient, par cet acte, pouvoir invoquer abusivement les règles sur le regroupement familial (cf. arrêt attaqué, n. 8 ad p. 11). Se prévalant notamment de l'art. 8 CEDH au titre du droit au respect de la vie familiale avec la recourante, ressortissante péruvienne et suisse, le recourant est susceptible d'avoir un droit à l'obtention d'une autorisation de séjour pour regroupement familial (art. 42 al. 1 LEtr). Dans ces circonstances, le recours en matière de droit public est en principe recevable. La question de savoir si c'est ou non à juste titre que les juges cantonaux ont confirmé le refus d'accorder au recourant une autorisation de séjour pour regroupement familial ressortit au fond et non à la recevabilité (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 179).
1.2 Pour le surplus, le recours est dirigé contre un jugement final (cf. <ref-law>), rendu dans une cause de droit public (cf. <ref-law>) par un tribunal cantonal supérieur (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Déposé en temps utile (cf. <ref-law>), et dans les formes prescrites (cf. <ref-law>) par les destinataires de l'arrêt entrepris qui ont qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>, le recours en matière de droit public est par conséquent recevable.
2. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Aux termes de cet alinéa, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant.
En outre, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 7.1 p. 51) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. <ref-law>), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué.
Enfin, la Cour de céans ne tiendra pas compte de l'arrêt du Tribunal fédéral 6B_597/2011 du 10 avril 2012, puisqu'il ressort de l'arrêt attaqué du 17 avril 2012 de la Cour de justice que celle-ci n'avait pas connaissance de l'arrêt précité lorsqu'elle a confirmé le rejet de la demande de regroupement familial en faveur du recourant (cf. arrêt attaqué, n. 38 ad p. 8; <ref-law>).
3. La Cour de justice a confirmé le rejet de la demande de regroupement familial en faveur du recourant, au motif que ce dernier s'est rendu coupable d'actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance et a été condamné à une peine privative de longue durée. Elle a jugé que la condamnation pénale du recourant à une peine privative de liberté de vingt-neuf mois et quinze jours, confirmée par jugement du 7 juillet 2011 par la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice, était propre à justifier le rejet de la demande de regroupement familial du recourant, quand bien même cette condamnation faisait l'objet d'un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral.
3.1 Les recourants allèguent que la prise en compte, par la Cour de justice, de cette condamnation viole la présomption d'innocence, puisque l'instance précédente a retenu des éléments qui, en l'espèce, n'avaient pas encore fait l'objet d'un jugement définitif (cf. <ref-law>) pour justifier l'existence d'une menace pour l'ordre et la sécurité publics.
3.2 En tant que règle d'appréciation des preuves, la présomption d'innocence, garantie par les art. 6 par. 2 CEDH et 32 al. 1 Cst., signifie que le juge ne peut se déclarer convaincu d'un état de fait défavorable à l'accusé, lorsqu'une appréciation objective de l'ensemble des éléments de preuve laisse subsister un doute sérieux et insurmontable quant à l'existence de cet état de fait (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 41). Ainsi, la présomption d'innocence subordonne la condamnation de toute personne à ce que la culpabilité de celle-ci ait été établie (cf. ANDREAS AUER / GIORGIO MALINVERNI / MICHEL HOTTELIER, Droit constitutionnel suisse, volume II, Les droits fondamentaux, 2ème éd., Berne 2006, N 1350 ad p. 617; <ref-ruling> consid. 2c p. 36).
En revanche, la présomption d'innocence ne s'applique pas en cas de déclaration de responsabilité pour toutes les accusations prononcées lors de la procédure pénale (cf. AUER / MALINVERNI / HOTTELIER, op. cit., N 1356 ad p. 618 s.; ACEDH Phillips c. Royaume-Uni, du 5 juillet 2002, req. 41087/98, Rec. 2001-VII, par. 35). Selon la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'homme, la présomption d'innocence au titre de l'art. 6 par. 2 CEDH ne vaut qu'en rapport avec l'infraction précise dont le prévenu est "accusé". Or, dans la mesure où il a été dûment prouvé que celui-ci est coupable de l'infraction qui lui est reprochée, l'art. 6 par. 2 CEDH cesse de s'appliquer à l'égard des allégations formulées au sujet de la personnalité et du comportement de l'intéressé dans le cadre de la procédure d'infliction de la peine, à moins que ces allégations ne soient d'une nature et d'un degré tels qu'elles s'assimilent à une nouvelle "accusation" (cf. ACEDH Phillips c. Royaume-Uni, du 5 juillet 2002, req. 41087/98, Rec. 2001-VII, par. 35). Il en découle que la présomption d'innocence ne s'applique en principe ni à la nature, ni à la quotité de la peine.
3.3 Selon les faits établis par l'instance précédente, non entachés d'arbitraire et qui lient le Tribunal de céans (cf. <ref-law>), le recourant n'a jamais contesté les faits qui lui étaient reprochés dans sa condamnation pour actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance, contrairement à ce qu'il soutient, en vain (cf. recours, n. 14 ad p. 6). Ce constat est corroboré par les griefs formulés par le recourant dans son recours en matière pénale du 12 septembre 2011, où il se plaint, en substance, d'une violation des art. 47 et 50 CP relatifs à la fixation de la peine, et d'une motivation insuffisante de la mesure de la peine, s'agissant en particulier des conditions de l'<ref-law> (cf. arrêt attaqué, n. 34 ad p. 7). A aucun moment le recourant ne formule de grief relatif à sa culpabilité. Il ne se plaint en particulier pas, dans son recours en matière pénale, de ce que les instances pénales précédentes auraient établi sa culpabilité d'une manière contraire au droit.
Il découle de ce qui précède que la présomption d'innocence ne s'applique pas en l'espèce, dans la mesure où les faits établis par la Cour de justice démontrent que la déclaration de culpabilité du recourant n'était pas contestée. Dans ces circonstances, la question de savoir si la condamnation pénale du recourant pour actes d'ordre sexuel commis sur une personne incapable de discernement ou de résistance était ou non définitive (cf. <ref-law>) peut rester indécise (cf. arrêt 2C_262/2010 du 9 novembre 2010 consid. 2.3). Le grief tiré de la violation de la présomption d'innocence doit donc être rejeté.
4. Sur la base des faits constatés par la Cour de justice, il convient d'examiner si c'est à juste titre, sous l'angle des conditions dont la LEtr fait dépendre la limitation aux droits qu'elle confère, que l'instance précédente a confirmé le rejet de la demande de regroupement familial en faveur du recourant.
4.1 Aux termes de l'art. 42 al. 1 LEtr, le conjoint d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi d'une autorisation de séjour et à la prolongation de sa durée de validité à condition de vivre en ménage commun avec lui. D'après l'art. 51 al. 1 let. b LEtr, toutefois, les droits prévus à l'art. 42 LEtr s'éteignent s'il existe des motifs de révocation au sens de l'art. 63 LEtr, relatif à la révocation de l'autorisation d'établissement.
Selon l'art. 63 al. 1 let. b LEtr, l'autorisation d'établissement peut notamment être révoquée lorsque l'étranger attente de manière très grave à la sécurité et l'ordre publics en Suisse ou à l'étranger, les met en danger ou représente une menace pour la sécurité intérieure ou extérieure de la Suisse. Cette disposition suppose ainsi une atteinte qualifiée contre la sécurité et l'ordre publics. Tel est en particulier le cas si l'étranger, par ses actes, viole ou met en danger des biens particulièrement dignes de protection, comme l'intégrité sexuelle (cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 303; arrêts 2C_238/2012 du 30 juillet 2012 consid. 3.3.1; 2C_117/2012 du 11 juin 2012 consid. 4.4.2; 2C_833/2011 du 6 juin 2012 consid. 2.3; 2C_492/2011 du 6 décembre 2011 consid. 4.1). Par analogie, des violations de moindre gravité peuvent également, considérées dans leur ensemble, être qualifiées de "très graves" (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 302 ss). Ainsi, le message du Conseil fédéral précise que la révocation de l'autorisation d'établissement est envisageable lorsqu'une personne a violé de manière répétée, grave et sans scrupule la sécurité et l'ordre publics par des comportements relevant du droit pénal et montre ainsi qu'elle n'a ni la volonté, ni la capacité de respecter à l'avenir le droit (FF 2002 3469 p. 3565).
4.2 Ainsi que cela ressort du dossier, le recourant s'est rendu coupable d'actes d'ordre sexuel sur une personne incapable de discernement ou de résistance. De tels agissements dénotent une atteinte très grave à la sécurité et à l'ordre publics en Suisse selon la jurisprudence constante du Tribunal fédéral. Il ne faut par ailleurs pas perdre de vue que le recourant a persisté à violer l'ordre juridique suisse, puisqu'il a été condamné en 2009 et 2011 pour conduite en état d'ébriété avec un taux d'alcool qualifié. Outre qu'il est erroné, l'argument tiré de l'écoulement du temps et de la bonne conduite de l'intéressé depuis les faits ayant donné lieu à sa condamnation dans la procédure pénale pour actes d'ordre sexuel s'avérerait insuffisant pour admettre une diminution notable du danger émanant de sa personne. Son comportement passé s'est révélé suffisamment grave pour réunir déjà en soi les conditions permettant de retenir une menace significative pour l'ordre public, de sorte à justifier le rejet de sa demande d'autorisation de séjour pour regroupement familial.
4.3 Il résulte des considérations qui précèdent que le recourant remplit le motif de révocation tiré de l'art. 63 al. 1 let. b LEtr. C'est dès lors à bon droit que la Cour de justice a admis que les conditions d'extinction du droit à l'octroi d'un titre de séjour en Suisse en vertu de l'art. 42 al. 1 LEtr sont remplies.
5. Les recourants s'en prennent, sous l'angle de l'art. 8 CEDH, à la pesée des intérêts effectuée par les juges cantonaux. Ils leur reprochent d'avoir donné trop de poids à la condamnation pénale du recourant pour l'infraction contre l'intégrité sexuelle, sans avoir suffisamment tenu compte des liens profonds de celui-ci avec la Suisse, des années qu'il a passées dans notre pays, du temps écoulé depuis l'infraction considérée et des attaches de la recourante avec la Suisse.
5. Les recourants s'en prennent, sous l'angle de l'art. 8 CEDH, à la pesée des intérêts effectuée par les juges cantonaux. Ils leur reprochent d'avoir donné trop de poids à la condamnation pénale du recourant pour l'infraction contre l'intégrité sexuelle, sans avoir suffisamment tenu compte des liens profonds de celui-ci avec la Suisse, des années qu'il a passées dans notre pays, du temps écoulé depuis l'infraction considérée et des attaches de la recourante avec la Suisse.
5.1 Un étranger peut, selon les circonstances, se prévaloir de l'art. 8 par. 1 CEDH pour s'opposer à l'éventuelle séparation de sa famille. Pour qu'il puisse invoquer la protection de la vie familiale découlant de cette disposition, l'étranger doit entretenir une relation étroite et effective avec une personne de sa famille ayant le droit de résider durablement en Suisse (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 145; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 286). L'art. 8 CEDH ne confère en principe pas un droit à séjourner dans un État déterminé. Le fait de refuser un droit de séjour à un étranger dont la famille se trouve en Suisse peut toutefois entraver sa vie familiale et porter ainsi atteinte au droit au respect de la vie privée et familiale garanti par cette disposition (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 145, 153 consid. 2.1 p. 154 s.). En revanche, il n'y a pas atteinte à la vie familiale si l'on peut attendre des membres de la famille qu'ils réalisent leur vie de famille à l'étranger; l'art. 8 CEDH n'est a priori pas violé si le membre de la famille jouissant d'un droit de présence en Suisse peut quitter ce pays sans difficultés avec l'étranger auquel a été refusée une autorisation de séjour (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 249 s.; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 147, 153 consid. 2.1 p. 155).
En l'espèce, la recourante, double ressortissante suisse et péruvienne, a le droit de résider durablement en Suisse. Il n'est, au surplus, pas contesté qu'elle entretient avec le recourant une relation effective constitutive d'une vie familiale. Cela étant, la recourante connaissait le comportement délictueux de son conjoint et la poursuite pénale dont celui-ci faisait l'objet. Elle devait par conséquent se douter, au moment du mariage, que ce comportement serait susceptible de conduire à un refus d'autorisation de séjour. Ce faisant, elle a accepté l'éventualité, pour le couple, de devoir vivre le mariage à l'étranger (cf. arrêt attaqué, n. 28 ad p. 5). A cet égard, il sied de relever que la recourante est, comme son conjoint, originaire du Pérou, où elle a passé toute son enfance et son adolescence (ibid.). Les recourants ne seraient ainsi pas empêchés, ni de facto ni de jure, de poursuivre leur vie familiale à l'extérieur de la Suisse, dans leur pays d'origine. On peut dès lors se demander si le rejet de la demande de regroupement familial en faveur du recourant constitue une ingérence dans l'exercice du droit des recourants au respect de leur vie privée et familiale. Cette question peut toutefois rester indécise, au vu du sort du litige, l'intérêt public à l'éloignement du recourant l'emportant de toute évidence sur son intérêt privé à demeurer en Suisse (cf. infra consid. 5.2).
En l'espèce, la recourante, double ressortissante suisse et péruvienne, a le droit de résider durablement en Suisse. Il n'est, au surplus, pas contesté qu'elle entretient avec le recourant une relation effective constitutive d'une vie familiale. Cela étant, la recourante connaissait le comportement délictueux de son conjoint et la poursuite pénale dont celui-ci faisait l'objet. Elle devait par conséquent se douter, au moment du mariage, que ce comportement serait susceptible de conduire à un refus d'autorisation de séjour. Ce faisant, elle a accepté l'éventualité, pour le couple, de devoir vivre le mariage à l'étranger (cf. arrêt attaqué, n. 28 ad p. 5). A cet égard, il sied de relever que la recourante est, comme son conjoint, originaire du Pérou, où elle a passé toute son enfance et son adolescence (ibid.). Les recourants ne seraient ainsi pas empêchés, ni de facto ni de jure, de poursuivre leur vie familiale à l'extérieur de la Suisse, dans leur pays d'origine. On peut dès lors se demander si le rejet de la demande de regroupement familial en faveur du recourant constitue une ingérence dans l'exercice du droit des recourants au respect de leur vie privée et familiale. Cette question peut toutefois rester indécise, au vu du sort du litige, l'intérêt public à l'éloignement du recourant l'emportant de toute évidence sur son intérêt privé à demeurer en Suisse (cf. infra consid. 5.2).
5.2 5.2.1 Une ingérence dans l'exercice du droit à la protection de la vie familiale est possible selon l'art. 8 par. 2 CEDH, pour autant qu'elle soit prévue par la loi et qu'elle constitue une mesure qui, dans une société démocratique, est nécessaire à la sécurité nationale, à la sûreté publique, au bien-être économique du pays, à la défense de l'ordre et à la prévention des infractions pénales, à la protection de la santé ou de la morale ou à la protection des droits et libertés d'autrui. Le refus de prolonger une autorisation de séjour fondé sur l'art. 8 par. 2 CEDH suppose par conséquent une pesée des intérêts en présence et l'examen de la proportionnalité de la mesure (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 381). Pour apprécier ce qui est équitable, l'autorité doit notamment tenir compte de la gravité de la faute commise par l'étranger, son degré d'intégration, respectivement la durée de son séjour en Suisse et le préjudice que l'étranger et sa famille auraient à subir en raison de la mesure (cf. art. 96 al. 1 LEtr; <ref-ruling> consid. 4.3 et 4.4 p. 381 s.; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 185). Plus la durée de présence en Suisse d'un étranger est longue, plus les conditions pour prononcer l'expulsion administrative doivent être appréciées restrictivement (cf. arrêts 2C_432/2011 du 13 octobre 2011 consid. 3.1; 2C_903/2010 du 6 juin 2011 consid. 3.1 non publié aux <ref-ruling>). Il n'est pas non plus inutile de rappeler que les années passées en Suisse dans l'illégalité, en prison, ou au bénéfice d'une simple tolérance ne sont pas déterminantes dans la pesée des intérêts (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 24; <ref-ruling> consid. 4.6 p. 503; arrêt 2C_643/2012 du 18 septembre 2012 consid. 3.3).
5.2.2 L'instance précédente a jugé que la gravité des actes reprochés au recourant, ainsi que sa persistance à ne pas respecter l'ordre juridique suisse, s'opposaient à une prolongation de son séjour en Suisse. Ce raisonnement ne prête pas le flanc à la critique et doit être confirmé. C'est en effet à bon droit que la Cour de justice s'est essentiellement fondée sur l'infraction commise par le recourant contre l'intégrité sexuelle, à l'égard de laquelle sa culpabilité n'est pas contestée, de même que sur ses condamnations pour conduite en état d'ébriété avec un taux d'alcool qualifié, qui abondent dans le sens d'une incapacité du recourant à se conformer à l'ordre juridique suisse.
Le recourant fait grief à la Cour de justice de ne pas avoir tenu compte de ses années passées en Suisse. Or, si celui-ci est dans notre pays depuis 1998, il aurait dû le quitter en 2004. Depuis lors, il a toujours séjourné en Suisse de manière illicite ou y a été en détention. En effet, c'est uniquement parce que le recourant a ignoré les injonctions de l'autorité tendant à ce qu'il quitte notre pays, multipliant les procédures, que son séjour s'est prolongé. Partant, il ne saurait s'en prévaloir. Le recourant invoque également son intégration socio-professionnelle réussie en Suisse. Force est toutefois de constater que cet argument tombe à faux. D'une part, l'intégration professionnelle du recourant est pour le moins précaire, celui-ci ne bénéficiant d'un emploi stable que depuis un an et n'ayant jamais achevé les nombreuses formations qu'ils a entamées (cf. arrêt attaqué, n. 3 ad p. 2 et n. 28 ad p. 5). D'autre part, le recourant n'a pas démontré s'être créé des liens sociaux d'une intensité particulière en Suisse. De toute évidence, le refus d'autoriser le recourant à séjourner en Suisse ne signifie pas la rupture complète des contacts avec ses proches vivant dans notre pays, puisqu'il lui est loisible de maintenir avec eux les liens que permet la distance géographique (téléphone, visites, etc.; cf. arrêt 2C_117/2012 du 11 juin 2012 consid. 4.5.3). Avec l'instance précédente, il sied de rappeler que le recourant a passé toute son enfance et son adolescence au Pérou où il a des attaches culturelles, sociales et familiales (cf. arrêt attaqué, n. 24 ad p. 4). Maîtrisant la langue espagnole, il n'existe aucun indice qu'un retour du recourant dans son pays d'origine constituerait pour lui un sérieux obstacle à son intégration socio-professionnelle.
5.3 Il résulte de ce qui précède que l'extrême gravité des actes perpétrés par le recourant et le danger que celui-ci représente pour la sécurité et l'ordre publics suisses l'emportent sur son intérêt privé et celui de la recourante à rester en Suisse. Par conséquent, en rendant l'arrêt attaqué, la Cour de justice n'a pas enfreint l'art. 8 CEDH. Elle a en particulier procédé à une pesée des intérêts en présence correcte, qui s'inscrit dans les limites prévues par le droit fédéral et conventionnel.
6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, les recourants supportent les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il ne sera pas alloué de dépens (cf. art. 68 al. 1 et 3 LTF).
Les recourants ont sollicité leur mise au bénéfice de l'assistance judiciaire. Le recours se révélant d'emblée dénué de chances de succès (cf. <ref-ruling> consid. 7.1 p. 2), ils ne sauraient bénéficier de l'assistance judiciaire (cf. <ref-law>). Les frais, qu'ils supporteront solidairement (cf. <ref-law>), seront toutefois fixés en tenant compte de leur situation financière (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Office de la population et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 17 janvier 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Cavaleri Rudaz