Faits:
A. X._ exerce la profession d'ostéopathe dans le canton du Jura. Elle détient une autorisation d'exploiter un cabinet de physiothérapie, délivrée le 1er août 1988 par les autorités sanitaires jurassiennes; elle est également titulaire d'une autorisation d'exercer la physiothérapie à titre indépendant dans le canton de Berne, délivrée le 11 novembre 1996. En revanche, elle ne détient pas d'autorisation pour la pratique de l'ostéopathie dans le canton du Jura. Elle affirme y consacrer 50% au moins de ses activités professionnelles depuis l'année 2000 et a établi une "déclaration sur l'honneur", selon laquelle elle pratique à 50 % depuis l'été 2006.
Le 26 juillet 2010, X._ a adressé à la Commission intercantonale d'examen en ostéopathie (ci-après: la Commission d'examen), instituée par la Conférence suisse des directrices et directeurs cantonaux de la santé (CDS), un dossier d'inscription à l'examen intercantonal pour ostéopathes. Elle souhaitait se présenter à la session d'examen pratique destinée aux professionnels en exercice et organisée à l'automne 2010. Elle a annexé à sa demande ses titres et diplômes: diplôme de physiothérapeute délivré le 21 avril 1977 par l'Ecole cantonale vaudoise de physiothérapeutes, diplôme en ostéopathie délivrée le 17 avril 2000, à l'issue d'une formation "PHYO-Solère" attestée par un document émis par l'établissement d'enseignement le 23 novembre 2001, "Master international en osthéopathie clinique" délivré par la "Libera Università degli Studi (L.U.de.S)" de Gène en 2002 attestant du fait qu'elle avait suivi les cours pendant deux ans. Selon les documents produits, la première année d'enseignement de la filière "Master" comportait 100 heures de cours; les documents ne fournissent aucune indication sur le nombre d'heures dispensées pendant la deuxième année.
Enfin, en 2003, elle a présenté avec succès une thèse de doctorat.
Le dossier de candidature contenait aussi plusieurs attestations de participation à des séminaires, des cours de formation continue et des cours de formation pour des programmes tels que le "massage réflexe", la thérapie manuelle ou encore l'"anthropopsychologie chinoise".
Par décision du 12 octobre 2010 notifiée le 13 octobre 2010, la Commission d'examen a constaté que la formation complémentaire en ostéopathie dont se prévalait X._ correspondait au mieux à 1'325 heures d'enseignement, de sorte que, même en y ajoutant encore un crédit de 150 heures pour tenir compte de son expérience professionnelle pendant 5 ans, les exigences réglementaires de 1'800 heures de formation complémentaire en ostéopathie ne pouvaient pas être atteintes. En conséquence, la Commission d'examens rejetait la requête d'inscription.
Par mémoire du 10 novembre 2010, X._ a interjeté recours contre la décision du 12 octobre 2012 auprès de la Commission de recours CDIP/CDS (ci-après: la Commission de recours).
B. Par décision du 14 juin 2011, la Commission de recours a rejeté le recours. L'intéressée ne contestait pas le défaut de formation théorique et pratique en ostéopathie équivalant à une formation à plein temps de quatre années au minimum et ne pouvait pas se voir reconnaître une formation structurée en cours d'emploi en ostéopathie inscrite dans le prolongement d'un diplôme de physiothérapie reconnu et comprenant au moins 1'800 heures d'enseignement. Certes elle avait terminé sa formation d'ostéopathe avant le 31 décembre 2009 et avait bien pratiqué l'ostéopathie depuis plus de deux ans à temps complet. En revanche, elle ne pouvait se prévaloir que de 700 heures de formation "PHYO-Solère", de 100 heures de Master de 1ère année et de 250 heures de Master 2ème année et de 300 heures pour tenir compte de son travail personnel en doctorat, soit 1350 heures, à quoi par souci d'ouverture il était d'usage d'ajouter un "bonus" (en l'espèce 150, soit 30 heures par année de pratique professionnelle ici de 5 ans), ce qui était insuffisant par rapport aux 1'800 heures requises par le règlement.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision rendue le 14 juin 2011 par la Commission de recours et d'ordonner son admission à la prochaine session d'examens en ostéopathie.
La Commission d'examen conclut au rejet du recours sous suite de frais et dépens. La Commission de recours conclut à l'irrecevabilité subsidiairement au rejet du recours.
Les déterminations des deux Commissions ont été communiquées à X._, qui disposait d'un délai jusqu'au 16 janvier pour déposer d'éventuelles observations. Sur demande, ce délai a été prolongé au 6 février 2012 sans être utilisé. Une deuxième prolongation de ce délai a été refusée.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle donc librement la recevabilité des recours qui sont déposés devant lui (<ref-ruling> consid. 1 p. 472).
1.1 En vertu de l'art. 83 let. t LTF, le recours en matière de droit public n'est pas ouvert à l'encontre des décisions sur le résultat d'examens ou d'autres évaluations des capacités, notamment en matière de scolarité obligatoire, de formation ultérieure ou d'exercice d'une profession. L'art. 83 let. t LTF vise ainsi non seulement le résultat d'examens au sens étroit, mais encore toutes les évaluations de capacités qui reposent sur une appréciation des aptitudes intellectuelles ou physiques du candidat. En l'espèce, comme le souligne à bon droit la recourante, il s'agit d'examiner les conditions d'admission à un examen et non pas d'évaluer le résultat d'un examen.
1.2 La décision attaquée a été rendue en application du règlement du 23 novembre 2006 de la Conférence suisse des directrices et directeurs cantonaux de la santé (CDS) concernant l'examen intercantonal pour ostéopathes en Suisse (ci-après le règlement d'examen d'ostéopathe) fondé sur l'accord intercantonal du 18 février 1993 sur la reconnaissance des diplômes de fin d'études (accord sur la reconnaissance des diplômes). Elle peut faire l'objet d'un recours en matière de droit public du moment qu'elle a été rendue par une commission de recours intercantonale instituée par l'art. 10 al. 2 de l'accord sur la reconnaissance des diplômes au sens de l'art. 191b al. 2 Cst. qui revêt la qualité d'instance précédente au sens de l'art. 86 al.1 let. d et al. 2 LTF (cf. notamment arrêt 2C_332/2011 du 22 juillet 2011, consid. 1; pour un cas similaire, <ref-ruling> consid. 1.1 p. 341 et les références citées).
1.3 Déposé en temps utile par la destinataire de la décision attaquée qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (<ref-law>), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.4 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). Il s'ensuit que la pièce annexée au recours sous la référence PJ 4, produite pour la première fois devant le Tribunal fédéral, et les faits qui en résultent sont irrecevables.
2. 2.1 D'après l'art. 1er du règlement d'examen d'ostéopathe, la CDS organise l'examen intercantonal des ostéopathes pour l'ensemble de la Suisse. Quiconque a réussi l'examen intercantonal reçoit un diplôme intercantonal délivré par la CDS (art. 2 du règlement d'examen d'ostéopathe) qui atteste des compétences énoncées à l'art. 3 du règlement d'examen d'ostéopathe. L'examen a lieu en deux parties, l'une théorique et l'autre pratique (art. 12 ss du règlement d'examen d'ostéopathe). L'art. 25 du règlement d'examen d'ostéopathe contient des dispositions transitoires en faveur des ostéopathe en exercice: Les ostéopathes qui exercent déjà leur profession lors de l'entrée en vigueur du règlement, le 1er janvier 2007, peuvent obtenir le diplôme intercantonal prévu à l'article 2 s'ils réussissent l'examen pratique de la deuxième partie de l'examen intercantonal, décrit à l'article 15. Ils sont donc dispensés de l'examen théorique. D'après l'art. 25 al. 3 du règlement d'examen d'ostéopathe, est admis à se présenter à l'examen pratique l'ostéopathe qui, au jour de l'entrée en vigueur du présent règlement, exerce déjà l'ostéopathie et qui, au jour de son admission à l'examen pratique, a exercé à titre exclusif la profession d'ostéopathe pendant une période correspondant à deux ans à 100%, et accompli avec succès une formation théorique et pratique en ostéopathie dont le contenu équivaut à une formation à plein temps de quatre années au minimum, (let. a) ou une formation structurée en cours d'emploi en ostéopathie qui s'inscrit dans le prolongement d'un diplôme de physiothérapie reconnu et comprenant au moins 1800 heures d'enseignement (let. b).
2.2 Il est admis que la recourante ne détient pas de diplôme d'ostéopathie délivré à l'issue d'une formation de base suivie à plein temps pendant quatre ans au minimum. Il est aussi admis qu'elle détient un diplôme de physiothérapie, qu'elle a terminé sa formation d'ostéopathe avant le 31 décembre 2009 et qu'elle pratiquait bien l'ostéopathie depuis plus de deux ans à temps complet. Seule reste par conséquent litigieuse la réalisation de la condition exigeant une formation structurée en cours d'emploi d'une durée d'au moins 1800 heures, l'instance précédente ayant jugé que la recourante n'en totalisait que 1350.
3. La recourante se plaint d'abord de la constatation des faits par l'instance précédente, notamment du caractère erroné et arbitraire de l'appréciation des faits et des documents produits (recours, p.6, ch. 9 ss).
3.1 Selon l'<ref-law>, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 511). La notion de "manifestement inexacte" figurant à l'<ref-law> correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. A cet égard, l'appréciation des preuves est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier, ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou lorsque l'autorité ne tient pas compte, sans raison sérieuse, d'un élément propre à modifier la décision, se trompe sur le sens et la portée de celui-ci ou, se fondant sur les éléments recueillis, en tire des constatations insoutenables. Il appartient à la partie recourante de démontrer le caractère arbitraire par une argumentation répondant aux exigences accrues de motivation de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.).
3.2 La recourante se plaint de ce que, pour les études de Master en 2002 et 2003, l'instance précédente n'a comptabilisé que 100 heures pour la première année et 250 heures pour la deuxième. Elle soutient qu'elle aurait dû être créditée de 250 heures pour la première année aussi.
Il résulte de la décision attaquée que la Commission d'examen a revu à la hausse le crédit d'heures de la première année passant de 75 à 100 heures au vu de la pièce produite par la recourante en procédure devant la Commission de recours, ce que cette dernière a considéré comme justifié. La recourante ne démontre pas en quoi l'appréciation de la pièce portant la mention "PJ 10", qu'elle a elle-même produite devant la Commission de recours, serait insoutenable. Cette pièce indique "Master int. propedeutico di base: osteopatia clinica 50 ore dal 25.02.02 al 01.03.02" et "Master int. propedeutico di base: osteopatia clinica 50 ore dal 13.05.02 al 17.05.02". Le nombre effectif d'heures de formation de 1ère année de Master ressortant d'une attestation établie par L.U.de.S, il n'est pas arbitraire de s'y tenir et de s'écarter de la pratique des Commissions d'examen et de recours de créditer 250 heures lorsque ce nombre d'heures n'est pas connu, comme cela est le cas pour la 2ème année de Master de la recourante. Le grief relatif à l'établissement des heures d'enseignement liées au Master doit donc être rejeté, dans la mesure où il est recevable (cf. consid. 1.4 ci-dessus).
3.3 La recourante se plaint en vain de ce que l'instance précédente n'a pas pris en compte 2'086 heures résultant de la pièce établie le 23 novembre 2001 produite avec le recours auprès de la Commission de recours sous la référence "PJ 7". En effet, l'instance précédente a pris en compte 700 heures sur 2086 de formation "PHYO-Solère" expliquant que l'attestation produite par l'institution contient certes un chiffre très notablement supérieur, mais englobe dans le décompte de nombreuses heures qui ne sont pas à proprement parler des heures d'enseignement. La recourante n'expose pas en quoi l'appréciation de l'instance précédente serait arbitraire. Son grief est irrecevable.
3.4 Enfin, contrairement à ce qu'affirme la recourante, l'instance précédente a effectivement pris en compte 150 heures supplémentaires résultant du travail pratique à raison de 30 heures sur cinq ans, ainsi que cela ressort du considérant 5c de la décision attaquée. Ce grief est par conséquent rejeté.
4. Sur le fond, la recourante se plaint de ce que l'instance précédente a qualifié les autres formations qu'elle a suivies de formation continue. Ce faisant, elle se plaint implicitement au moins de la violation de l'art. 25 al. 3 let. b du Règlement des examens, qui constitue du droit intercantonal (art. 95 let. e LTF) dont le Tribunal fédéral n'examine la violation que si le grief est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>).
4.1 Dans la décision attaquée, l'instance précédente expose que les autres formations suivies par la recourante pour lesquelles elle a fourni des attestations correspondent à des cours suivis après l'obtention des titres et des diplômes dont cette dernière se prévaut. Elle en conclut que, pour autant qu'on puisse les retenir, elles doivent être considérées comme des cours de formation continue, auxquels tout professionnel de la santé est astreint et qui ne peuvent être englobées dans la formation de base, conformément à la lettre et à l'esprit de la norme.
4.2 La recourante n'expose pas conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law> en quoi l'interprétation de l'art. 25 al. 3 let. b du Règlement des examens par l'instance précédente serait erronée. Elle se borne à affirmer qu'il s'agit de formations complémentaires et non pas continues et que c'est dans le contexte de la suppression de l'examen théorique prévue par le droit transitoire que sa situation doit être examinée. A cet égard, force est de constater que l'instance précédente a dûment examiné la situation de la recourante sous l'angle de l'art. 25 al. 3 let. b du Règlement des examens. Par conséquent, à défaut de motivation suffisante, il n'est pas possible de prendre en considération les 75 heures de formation sur les syndromes polyalgiques idiopathiques diffus en thérapie alternative en kinésithérapie et ostéopathie basées sur de nouveaux modèles théoriques et thérapeutiques non médicamenteux en rééquilibration fonctionnelle ni les 270 heures de formation suivie auprès de la HES-SO, dont il est au demeurant notoire qu'elle ne dispense pas de formation en ostéopathie. Ce grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Dans ces conditions, en jugeant que la recourante n'avait pas suivi une formation structurée en cours d'emploi en ostéopathie comprenant au moins 1800 heures d'enseignement, l'instance précédente n'a pas violé l'art. 23 al. 3 du Règlement des examens.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante est condamnée à payer un émolument de justice (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la Commission intercantonale d'examen en ostéopathie et à la Commission de recours CDIP/CDS.
Lausanne, le 22 février 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey