Departements für auswärtige Angelegenheiten (EDA), hat sich ergeben:
A.- Der Bundesrat entschied am 13. August 1997, die Aufwendungen für die Auslandszulagen der Bediensteten des Eidgenössischen Departements für auswärtige Angelegenheiten (EDA) um 7,2 Millionen Franken zu kürzen. Am 29. September 1997 beschloss er, das entsprechende Zulagensystem mit ei-ner Änderung der Beamtenordnung (3) vom 29. Dezember 1964 (BO [3]; SR 172. 221.103) neu zu ordnen und auf den 1. Januar 1998 in Kraft zu setzen.
B.- Insgesamt 153 Bedienstete im Ausland ersuchten in der Folge um Erlass anfechtbarer Verfügungen. Das Generalsekretariat EDA erliess am 5. Juni 1998, in einzelnen Fällen zu einem späteren Zeitpunkt, Lohnverfügungen für den Monat Februar 1998. Die dagegen an die Eidgenössische Personalrekurskommission vom Personalverband der Bundesverwaltung (PVB) und den 153 Bediensteten erhobenen Beschwerden wur-den mit Zwischenentscheid der Personalrekurskommission vom 7. Oktober 1998 im Einvernehmen mit den Parteien vereinigt.
Mit Entscheid vom 9. Oktober 2000 trat die Eidgenössische Personalrekurskommission auf die Beschwerde nicht ein, soweit sie vom Personalverband der Bundesverwaltung erhoben wurde. Mit Bezug auf die individuellen Beschwerdeführer wurden die Beschwerden in dem Sinne teilweise gutgeheissen, als den Bediensteten der Nachweis offenstehe, wonach der Abzug gemäss Art. 55 Abs. 3 (recte: Art. 54 Abs. 3) BO (3) die aufgrund des gesamten Reineinkommens in Kanton und Stadt Bern geschuldeten Kantons- und Gemeindesteuern übersteige; der Nachweis sei im Einzelfall von den Bediensteten zu führen und der Abzug gegebenenfalls durch die Verwaltung zu korrigieren. In einem Fall (A._) wurde die Beschwerde darüber hinaus in dem Sinne gutgeheissen, dass der auf ihrer Besoldung vorgenommene Abzug unter die (nominelle) Besoldung rückgängig zu machen ist. Im Übrigen aber wurden die Beschwerden abgewiesen, soweit darauf eingetreten wurde.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 13. November 2000 beantragen der Personalverband der Bundesverwaltung und 133 Mitbeteiligte, der Entscheid der Eidgenössischen Personalrekurskommission vom 9. Oktober 2000 sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, die angefochtenen Lohnverfügungen seien aufzuheben und das EDA zu verhalten, den Beschwerdeführern rückwirkend ab 1.1.1998 Besoldung und Zulagen nach altem Recht auszurichten, nebst 5% Zins auf den Differenzbeträgen; eventuell sei festzustellen, dass die gestützt auf die Bundesratsbeschlüsse vom 13.8.1997 und 29.9.1997 erfolgte Neuordnung des Zulagensystems der Beamtenordnung (3) widerrechtlich sei.
Am 15. Januar 2001 hat der Anwalt der Beschwerdeführer mitgeteilt, dass sich elf der in der Beschwerdeschrift aufgeführten Personen entschieden hätten, auf die Erhebung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu verzichten.
D.- Das Eidgenössische Departement für auswärtige Angelegenheiten beantragt in seiner Vernehmlassung vom 22. Februar 2001, es sei festzustellen, der Entscheid der Eidgenössischen Personalrekurskommission vom 9. Oktober 2000 sei hinsichtlich der Nebenpunkte "Ferienanspruch des Lokalpersonals" und "vorzeitige Pensionierung" in Rechtskraft erwachsen.
Weiter ersucht es um die Feststellung, der angefochtene Entscheid sei betreffend 31 einzeln genannte Personen in Rechtskraft erwachsen, und beantragt, die Begehren des Personalverbandes der Bundesverwaltung sowie der weiteren Beschwerdeführer abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Die Eidgenössische Personalrekurskommission hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der angefochtene Entscheid stützt sich auf öffentliches Recht des Bundes. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist grundsätzlich zulässig (Art. 97 und Art. 98 lit. e OG in Verbindung mit <ref-law>), da kein Ausschlussgrund gemäss Art. 99-102 OG vorliegt. Namentlich ist der Ausschlussgrund von Art. 100 Abs. 1 lit. e OG nicht gegeben.
b) Der Entscheid der Eidgenössischen Personalrekurskommission ist vom Personalverband der Bundesverwaltung und 133 Mitbeteiligten angefochten worden. Für diejenigen, welche auf eine Weiterziehung verzichtet haben, ist der Entscheid der Personalrekurskommission in Rechtskraft erwachsen.
Entgegen dem Antrag des EDA braucht dies indessen nicht förmlich festgestellt zu werden. Hingegen ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde für diejenigen Beschwerdeführer, welche am 15. Januar 2001 nachträglich erklärt haben, doch nicht Beschwerde erheben zu wollen, als durch Rückzug erledigt von der Kontrolle abzuschreiben. Nicht mehr Streitgegenstand der Verwaltungsgerichtsbeschwerde bildet der "Ferienanspruch des Lokalpersonals" und die Frage der "vorzeitigen Pensionierung". Das bedeutet aber ebenfalls nicht, dass in diesen Punkten die Rechtskraft des angefochtenen Entscheids förmlich festzustellen wäre. Folge der Einschränkung des ursprünglich gestellten Begehrens ist nur, dass das Bundesgericht den angefochtenen Entscheid im Rahmen der noch aufrechterhaltenen Begehren überprüft.
c) Gegenstand der Verwaltungsrechtspflege bilden Verfügungen im Sinne von <ref-law>. Verfügungen sind Anordnungen im Einzelfall, das heisst individuelle, an den Einzelnen gerichtete Anordnungen, durch welche ein konkretes verwaltungsrechtliches Rechtsverhältnis in erzwingbarer Weise geregelt wird. Anders als Verfügungen können Erlasse nicht unmittelbar Gegenstand der Verwaltungsrechtspflege sein (<ref-ruling> E. 1a S. 302, mit Hinweis). Die Neuregelung der Beamtenordnung (3), auf welche sich die Verfügungen des EDA stützen, kann indessen vorfrageweise auf ihre Gesetz- und Verfassungsmässigkeit geprüft werden (<ref-ruling> E. 3b S. 290), ohne dass sie aber selber Anfechtungsobjekt wäre. Das eventualiter gestellte Begehren, die Neuordnung des Zulagensystems für widerrechtlich zu erklären, ist unzulässig. Damit wird eine abstrakte Normenkontrolle verlangt, die in der Verwaltungsrechtspflege nicht vorgesehen ist.
d) Neben den individuell von den jeweiligen Verfügungen betroffenen Beschwerdeführern, die ohne weiteres zur Ergreifung von Rechtsmitteln legitimiert sind (Art. 103 lit. a OG; Art. 48 lit. a OG), wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde - und wurde zuvor schon die Beschwerde an die Personalrekurskommission - auch vom Personalverband der Bundesverwaltung erhoben. Ein als juristische Person konstituierter Verband kann nach der Rechtsprechung die Interessen seiner Mitglieder vertreten, soweit deren Wahrung zu seinen statutarischen Aufgaben gehört und die einzelnen Mitglieder ihrerseits beschwerdebefugt wären (sog. "egoistische Verbandsbeschwerde":
BGE 121 II 39 E. 2d aa S. 46; <ref-ruling> E. 1b aa, mit Hinweisen). Vorliegend fehlt es jedoch an dieser Voraussetzung. Zwar sind zahlreiche Mitglieder der Sektion EDA des Verbandes der Bundesverwaltung durch die Neuregelung der Beamtenordnung (3) betroffen. Aber die Verordnung selber bildet nicht Anfechtungsgegenstand. Die einzelnen Verfügungen betreffen jeweils nur eine einzelne Person. Der Verband kann nicht anstelle oder zusammen mit dieser Person eine nur sie betreffende Verfügung anfechten (Urteil vom 12. Juni 1998 i.S. Verband Schweizer Presse). Ein weitergehendes Beschwerderecht sieht Art. 7 des Bundesgesetzes vom 24. März 1995 über die Gleichstellung von Frau und Mann (GIG; SR 151. 1) vor. Danach genügt für das Klage- und Beschwerderecht der Organisation, dass der Ausgang des Verfahrens sich voraussichtlich auf eine grössere Zahl von Arbeitsverhältnissen auswirken wird (Art. 7 Abs. 1 GIG). Für die Verbandsbeschwerde, wie sie hier gestützt auf die allgemeine Rechtsmittelordnung der Bundesverwaltungsrechtspflege erhoben wird, ist eine solche Auswirkung auf weitere Arbeitsverhältnisse nicht ausreichend. Vielmehr muss der angefochtene Hoheitsakt als solcher eine Grosszahl der Mitglieder betreffen, was hier nicht der Fall ist, richtet sich die einzelne Verfügung doch jeweils nur an eine Person, ohne dass andere tangiert wären. Weitere Verbandsmitglieder wären daher nicht beschwerdebefugt, weshalb auch dem Verband die Beschwerdelegitimation fehlt.
2.- a) Gemäss Art. 20a des Beamtengesetzes vom 30. Juni 1927 (BtG; SR 172. 221.10) in der Fassung vom 19. Dezember 1986 (AS 1987 939) regelt der Bundesrat die Besonderheiten des Dienstverhältnisses, die sich aus dem Dienst im Ausland ergeben und die zur Wahrung von Interessen in auswärtigen Angelegenheiten erforderlich sind. Art. 42 Abs. 1 BtG bestimmt, dass dem Beamten schweizerischer Nationalität, der im Ausland wohnen muss, neben der Besoldung eine Auslandzulage ausgerichtet werden kann, wenn die Verhältnisse es rechtfertigen. Gemäss Art. 42 Abs. 2 BtG ordnet der Bundesrat den Anspruch auf Auslandzulagen. Die entsprechende Regelung findet sich in der Beamtenordnung (3). Nach Art. 54 Abs. 1 BO (3), in der Fassung vom 29. September 1997, besteht die Auslandzulage aus einem pauschalen Kostenersatz nach Art. 55 BO (3) und, soweit die Voraussetzungen gegeben sind, aus den ergänzenden Entschädigungen und Vergütungen gemäss Art. 55a-57, 64 und 65 BO (3). Art. 54 Abs. 3 BO (3) sieht vor, dass die aufgrund internationaler Vereinbarungen gewährte Steuerfreiheit bei der Festsetzung der Auslandzulage in angemessener Weise berücksichtigt und als Minderkosten mit den nach Art. 55-57 BO (3) vorgesehenen Bestandteilen der Auslandzulage verrechnet wird. Einen Teil der Zulage bildet der in Art. 57 BO (3) geregelte Kaufkraftausgleich, der den Preisunterschied der Güter und Dienstleistungen zwischen dem Dienstort und der Schweiz ausgleichen soll. Die Beschwerdeführer erachten die Regelung über die Berücksichtigung der Steuerfreiheit und jene über den Kaufkraftausgleich für gesetzes- und verfassungswidrig.
b) Gemäss <ref-law> sind Bundesgesetze und Völkerrecht für das Bundesgericht und die anderen rechtsanwendenden Behörden massgebend. Dagegen können Verordnungen des Bundesrates vorfrageweise auf ihre Gesetzes- und Verfassungsmässigkeit geprüft werden. Bei unselbständigen Verordnungen, die sich auf eine gesetzliche Delegation stützen, prüft das Bundesgericht, ob sich der Bundesrat an die Grenzen der ihm im Gesetz eingeräumten Befugnisse gehalten hat.
Soweit das Gesetz den Bundesrat nicht ermächtigt, von der Verfassung abzuweichen, befindet das Gericht auch über die Verfassungsmässigkeit der unselbständigen Verordnung. Wird dem Bundesrat durch die gesetzliche Delegation ein sehr weiter Spielraum des Ermessens für die Regelung auf Verordnungsebene eingeräumt, so ist dieser Spielraum nach <ref-law> (vgl. Art. 113 Abs. 3 und Art. 114bis Abs. 3 aBV) für das Bundesgericht verbindlich; es darf in diesem Falle bei der Überprüfung der Verordnung nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen des Bundesrates setzen, sondern beschränkt sich auf die Prüfung, ob die Verordnung den Rahmen der dem Bundesrat im Gesetz delegierten Kompetenzen offensichtlich sprengt oder aus andern Gründen gesetz- oder verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 3b S. 290, mit Hinweisen).
c) Art. 42 Abs. 2 BtG ermächtigt den Bundesrat, die Auslandzulagen zu regeln, während Abs. 1 darüber hinaus nur festlegt, dass die Auslandzulage ausgerichtet werden kann, wenn die Verhältnisse es rechtfertigen. Irgendwelche konkreten Vorgaben, wie die Auslandzulagen auszugestalten sind, hat der Gesetzgeber nicht festgelegt. Dem Bundesrat wird damit eine umfassende Rechtsetzungskompetenz übertragen und ihm ein weiter Spielraum des Ermessens eingeräumt. Die Beschwerdeführer meinen, wenn das Gesetz den Rahmen der dem Bundesrat eingeräumten Befugnis nicht näher umschreibe, so verstosse dies gegen die Delegationsvoraussetzung, wonach die Grundzüge der delegierten Materie im Gesetz selber umschrieben sein müssten. Sie verkennen damit, dass Bundesgesetze für das Bundesgericht massgebend sind, weshalb die von ihnen beanstandete Delegationsnorm der Kontrolle entzogen ist (<ref-ruling> E. 3a S. 170 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 372; <ref-ruling> E. 5b S. 23; Pierre Moor, Droit administratif, Bd. I, 2. Aufl. , Bern 1994, S. 251 f.). Das Bundesgericht kann entsprechend der Regelung in der Verordnung die Anwendung nicht deshalb versagen, weil die Delegationsnorm im Bundesgesetz den verfassungsrechtlichen Anforderungen nicht genügen würde.
3.- a) Der Kaufkraftausgleich ist in Art. 57 BO (3) wie folgt geregelt:
1 Sind die Preise der Güter und Dienstleistungen am Dienstort höher oder geringer als in der Schweiz, so wird dem Bediensteten ein Kaufkraftausgleich angerechnet. Dem Kaufkraftausgleich unterliegen 30 Prozent der Besoldung nach den Artikeln 36, 40 und 41 BtG, der Familienzulage nach Artikel 43 Absatz 3 BtG, der Kinderzulage nach Artikel 43a BtG, der Auslagen und Vergütungen nach Artikel 44 Absatz 1 Buchstaben b, d und f BtG und 80 Prozent der in den Artikeln 55 und 56 vorgesehenen Entschädigungen. Die Bemessung des Kaufkraftausgleichs richtet sich nach den Lebenshaltungskosten an der Zentrale. Besondere Verhältnisse, die sich auf die Lebenshaltungskosten am Dienstort und die Höhe der Auslagen auswirken, sowie der Wechselkurs werden berücksichtigt.
Ein negativer Kaufkraftausgleich wird mit den Auslandszulagen nach den Artikeln 55-56 und falls nötig auch mit der Besoldung nach den Artikeln 36, 40 und 41 BtG verrechnet.
2 Der Kaufkraftausgleich wird aufgrund periodischer Erhebungen über den allgemeinen Stand der Preise bemessen.
Zwischen zwei Erhebungen wird er geändert, soweit die massgebenden Verhältnisse eine Erhöhung oder Verminderung rechtfertigen.
3 Das Departement legt den Kaufkraftausgleich im Einvernehmen mit dem Eidgenössischen Finanzdepartement fest.
b) Die Beschwerdeführer verweisen darauf, dass neben 80% der Zulagen auch 30% der Besoldung dem Kaufkraftausgleich unterliegen und ein allfälliger negativer Kaufkraftausgleich nicht nur mit den Auslandzulagen, sondern - falls nötig - auch mit der Besoldung verrechnet würde. Sie leiten daraus ab, dass hierfür die gesetzliche Grundlage fehle, weil eine solche nur für Auslandzulagen, nicht aber für die Regelung der Besoldung bestehe. Dabei beziehen sich die Beschwerdeführer auf einen Entscheid der Personalrekurskommission zur früheren Regelung des Kaufkraftausgleichs, in welchem diese zur Auffassung gelangt war, es fehle an der gesetzlichen Grundlage, den negativen Kaufkraftausgleich nicht nur auf die Auslandzulagen, sondern auch auf die Besoldung anzuwenden (VBP 61/1997 Nr. 81). Auch im angefochtenen Entscheid hat es die Personalrekurskommission für unzulässig erachtet, den negativen Kaufkraftausgleich mit der Besoldung zu verrechnen; in einem Fall ist die Beschwerde daher gutgeheissen worden, soweit der negative Kaufkraftausgleich zu einem Eingriff in die nominelle Besoldung führte.
Wie es sich damit verhält, ist hier mangels Anfechtung nicht mehr zu entscheiden. Soweit aber der Kaufkraftausgleich lediglich zu einer Reduktion der Auslandzulage führt, hält sich die Regelung von Art. 57 BO (3) zweifellos im Rahmen der dem Bundesrat delegierten Kompetenzen. Art. 42 Abs. 2 BtG ermächtigt den Bundesrat, die Auslandzulagen zu regeln, ohne dass inhaltliche Vorgaben gemacht würden. Die Bemessungsfaktoren zu bestimmen, ist Sache des Bundesrates.
Solange jedenfalls die Auslandzulage nicht negativ ist, sprengt die getroffene Regelung den Rahmen der delegierten Kompetenzen nicht. Es liegt nicht ein Eingriff in die Besoldung vor, wenn diese als Bemessungsfaktor bei der Bestimmung der Auslandzulage dient.
c) Die Beschwerdeführer erachten den Kaufkraftausgleich darüber hinaus als mit dem Rechtsgleichheitsgebot (<ref-law>) und dem Willkürverbot (<ref-law>) unvereinbar.
Je nach Ausmass der übrigen Zulagen und des Steuerabzugs würden die Einkommensverhältnisse der Auslandsbediensteten enorm verzerrt. Weshalb nur auf 30% der Besoldung der Kaufkraftausgleich vorgenommen werde, sei nicht einzusehen, da offensichtlich ein höherer Anteil des Gehalts im Ausland ausgegeben werde. Die Personalrekurskommission habe nicht geklärt, wieviel des ausbezahlten Gehalts effek- tiv im Ausland ausgegeben würde.
Die Beschwerdeführer verlangen unter dem Gesichtspunkt des Willkürverbots, dass mehr als 30% der Besoldung in den Kaufkraftausgleich einbezogen werde. Dies steht in einem gewissen Widerspruch dazu, dass nach Meinung der Beschwerdeführer ein Kaufkraftausgleich auf der Besoldung mangels gesetzlicher Grundlage unzulässig sei. Sodann hat das EDA ausführlich dargelegt, warum 80% der nach Art. 55 (pauschaler Kostenersatz) und Art. 56 (Pauschalentschädigung für die Interessenwahrung) vorgesehenen Entschädigungen sowie 30% der Besoldung dem Kaufkraftausgleich unterliegen. Es geht zunächst davon aus, dass es nicht möglich ist, das tatsächliche Ausgabenvolumen in der Schweiz und am ausländischen Dienstort zu ermitteln, weder im Einzelfall noch anhand von Durchschnittswerten, dies weil die Konsummöglichkeiten in den verschiedenen Ländern und das individuelle Konsumverhalten sehr unterschiedlich sind. Da es teilweise an der qualitativen Vergleichbarkeit oder der weltweiten Verfügbarkeit fehlt, wird daher ein Preisvergleich vorgenommen, in den nicht alle Güter und Dienstleistungen einbezogen werden, die im Ausland anfallen. Die Preisrelationen erfasster Produkte können auch nicht ohne weiteres auf andere Produkte übertragen werden, weil sich diese nicht gleich oder auch nur ähnlich verhalten müssen. Wenn deshalb 30% der Besoldung in den Kaufkraftausgleich einbezogen werden, bedeutet dies nicht, dass davon ausgegangen würde, dieser Anteil der Besoldung werde am Dienstort ausgegeben. Vielmehr soll vom Kaufkraftausgleich nur derjenige Anteil Waren und Dienstleistungen erfasst werden, der am ausländischen Dienstort anfällt und für den zusätzlich gesicherte Daten über die Preisunterschiede ermittelt werden können. Bei fehlender Vergleichbarkeit Waren und Dienstleistungen vom Kaufkraftausgleich auszuklammern, lässt sich sachlich rechtfertigen. Das Departement hat im Übrigen nachvollziehbar dargelegt, wie es den fraglichen Satz ermittelt hat. Eine substantielle Kritik daran lässt die Verwaltungsgerichtsbeschwerde vermissen, und das Bundesgericht hat keinen Anlass, nach allfälligen Mängeln zu forschen. Solche sind jedenfalls nicht ersichtlich.
4.- a) Gemäss Art. 54 Abs. 3 BO (3) wird bei der Festsetzung der Auslandzulage die den Beamten im Aussendienst aufgrund internationaler Vereinbarungen gewährte Steuerfreiheit in angemessener Weise berücksichtigt und als Minderkosten mit den gemäss Art. 55-57 BO (3) vorgesehenen Bestandteilen der Auslandzulagen verrechnet. Dabei wird von den ordentlichen Bezügen des Beamten an der Zentrale ausgegangen.
Im Anhang zu Art. 54 Abs. 3 BO (3) sind die Beträge aufgeführt, die für die Berücksichtigung der Steuerfreiheit abgezogen werden. Die Beschwerdeführer rügen auch hier in erster Linie, dass für einen Steuerabzug die gesetzliche Grundlage nicht gegeben sei.
b) Gemäss Art. 3 Abs. 5 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642. 11) sind Personen, die im Ausland wohnen und dort mit Rücksicht auf ein Arbeitsverhältnis zum Bund von den Einkommenssteuern ganz oder teilweise befreit sind, der direkten Bundessteuer unterstellt. Die Einzelheiten der Besteuerung sind in der Verordnung vom 20. Oktober 1993 über die Besteuerung von natürlichen Personen im Ausland mit einem Arbeitsverhältnis zum Bund oder zu einer andern öffentlichrechtlichen Körperschaft oder Anstalt des Inlandes (SR 642. 110.8) geregelt. Demgegenüber sind solche Personen im Bereich der direkten Steuern von Kantonen und Gemeinden nicht unbeschränkt, sondern nur aufgrund wirtschaftlicher Zugehörigkeit steuerpflichtig (vgl. 4 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642. 14]). Der Bundesgesetzgeber hat bei Erlass des Steuerharmonisierungsgesetzes davon abgesehen, für die Bediensteten des Bundes im Ausland die kantonale und kommunale Steuerpflicht einzuführen, einerseits deswegen, weil sich bei einer solchen Besteuerung für den Bund erhebliche Mehraufwendungen für die Lohnzahlung ergeben hätten, anderseits wegen der administrativen Umtriebe, die dabei entstanden wären (BBl 1983 III 86 f.).
Die Beschwerdeführer verweisen zu Unrecht auf die Anforderungen an die gesetzliche Grundlage und die Delegationsvoraussetzungen im Abgaberecht (<ref-ruling> E. 2 S. 182 ff., mit Hinweisen). Zunächst ist nochmals daran zu erinnern, dass eine vom Bundesgesetzgeber beschlossene Delegationsnorm für das Bundesgericht massgebend ist und somit einer vom Bundesrat getroffenen Regelung die Anwendung nicht deshalb versagt werden kann, weil die Delegationsnorm den verfassungsrechtlichen Anforderungen nicht genügen würde.
Vielmehr käme dies nur in Betracht, wenn die vom Bundesrat getroffene Regelung offensichtlich über den Rahmen der delegierten Kompetenz hinausginge. Sodann trifft es nicht zu, dass der Bundesrat die Besoldung der Besteuerung unterwerfen würde. Vielmehr wird lediglich die Steuerfreiheit bei der Festlegung der Höhe der Auslandzulagen berücksichtigt. Die besonderen Verhältnisse der im Ausland tätigen Bediensteten rechtfertigen eine Auslandzulage nur dann und in dem Masse, als den Mehraufwendungen nicht auch Einsparungen gegenüberstehen.
Die Berücksichtigung der Steuerfreiheit bei der Festlegung der Auslandzulage hält sich daher ohne weiteres im Rahmen der dem Bundesrat delegierten Kompetenz. Dass der Bundesgesetzgeber bei Erlass des Steuerharmonisierungsgesetzes auf die Einführung der unbeschränkten Steuerpflicht verzichtet hat, ändert daran entgegen der Meinung der Beschwerdeführer nichts, zumal dem Bund Mehraufwendungen für die Besoldung erspart werden sollten, mit anderen Worten, der Bundesgesetzgeber gerade davon ausging, dass die Steuerfreiheit bei der Festlegung der Einkünfte aus dem Dienstverhältnis Berücksichtigung finde. Entgegen der Darstellung der Beschwerdeführer wurde die Steuerfreiheit auch bisher schon berücksichtigt, nur floss sie - ohne separat ausgewiesen zu werden - in die Berechnung der Grundzulage ein, was in alt Art. 55 Abs. 2 BO (3) ausdrücklich vorgesehen war.
c) Die Beschwerdeführer meinen, der Abzug für die Steuerfreiheit verletze auch das Rechtsgleichheitsgebot und das Willkürverbot. Beides trifft nicht zu. Aus dem Gebot rechtsgleicher Behandlung ergibt sich vielmehr, dass nicht nur die durch den Einsatz im Ausland entstehenden Mehrkosten zu entschädigen sind, sondern auch die durch denselben Auslandaufenthalt bedingten Entlastungen berücksichtigt werden.
Ansonsten würde eine nicht zu rechtfertigende Besserstellung der im Ausland Bediensteten gegenüber jenen, die in der Schweiz zum Einsatz gelangen, resultieren. Willkürlich soll es sodann sein, dass sich der Minderkostenabzug wegen Steuerfreiheit am Quellensteuertarif im Kanton und der Gemeinde Bern orientiert. Indessen ist der Amtssitz der Bundesverwaltung, der sich in der Stadt Bern befindet (Art. 58 des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetz vom 21. März 1997 [RVOG; SR 172. 010]), ein vernünftiger Anknüpfungspunkt, haben die im Ausland Bediensteten doch keinen Wohnsitz in der Schweiz. Der Minderkostenabzug ist ausgehend von den Bruttobezügen differenziert nach Zivilstand und Anzahl Kindern festgelegt. Die Beschwerdeführer erachten auch dies für willkürlich. Nach ihrer Meinung wäre nur ein Anrechnungssystem mit detaillierter Deklaration, das alle persönlichen Abzüge erfassen würde, sachgerecht. Die Personalrekurskommission hat diesem Anliegen insofern Rechnung getragen, als dem Bediensteten der Nachweis offenstehen soll, dass die Steuerlast geringer ausfallen würde, wenn das gesamte Reineinkommen unter Berücksichtigung sämtlicher Einkünfte und Abzüge zugrunde gelegt würde. Dies ist seitens des Departements nicht angefochten worden, so dass das Bundesgericht nicht zu überprüfen hat, ob die im Anhang zu Art. 54 Abs. 3 BO (3) getroffene Regelung ohne eine solche Korrekturmöglichkeit verfassungskonform wäre. Die Beschwerdeführer ihrerseits sind dadurch nicht belastet. Mit der Rüge, es sei unpraktikabel und verletze Grundsätze des Persönlichkeits- und Datenschutzes, wenn Bedienstete ihre finanziellen Verhältnisse dem Arbeitgeber offenbaren müssten, wird ausser Acht gelassen, dass eine solche Verpflichtung gerade nicht besteht.
5.- Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird daran festgehalten, dass das System der Auslandzulagen Rechtsungleichheiten zwischen verheirateten und unverheirateten Bediensteten (Konkubinatspaare, gleichgeschlechtliche Paare) schaffe. Es kann diesbezüglich auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden. Hier sei nur kurz wiederholt, dass beim Steuerabzug zwangsläufig vom Zivilstand auszugehen ist, da auch das Steuerrecht hierauf abstellt und es gerade darum geht, die Auslandzulage in dem Masse zu reduzieren, wie dem Bediensteten wegen der Steuerfreiheit eine finanzielle Entlastung entsteht. Beim pauschalen Kostenersatz (Art. 55 BO [3]) wird sodann für den Ehepartner ein Zuschlag von Fr. 8'600.-- pro Jahr gewährt, bei der Mobilitäts- und Inkonvenienzentschädigung ein Zuschlag von 10 Prozent (Art. 55a Abs. 5 BO [3]). Ebenso wird dem verheirateten Beamten bei der Pauschalentschädigung für die Interessenwahrung ein Zuschlag ausgerichtet (Art. 56 Abs. 2 BO [3]). Das Rechtsgleichheitsgebot im Verhältnis zu unverheirateten Paaren wird dadurch aber nicht verletzt, denn diese Zuschläge sind Ausfluss der Versetzungsdisziplin einerseits und der (ehe-)rechtlichen Bindung zwischen den Ehepartnern anderseits, die bei unverheirateten Paaren nicht gegeben ist. Jedenfalls handelt es sich nicht um ein sachwidriges Kriterium, eherechtliche Bindungen zu berücksichtigen.
6.- a) Die Beschwerdeführer haben geltend gemacht, ihre finanzielle Situation sei durch die neue Zoneneinteilung per
1. Juli 1997 und die Revision der Auslandszulagen per 1. Januar 1998 massiv verschlechtert worden, was ein Vergleich des Gesamtlohns (Besoldung inklusive Zulagen) in den Monaten Februar 1997 und Februar 1998 zeige. In vielen Fällen erreichten die Einbussen beim Gesamtlohn bis 20%, in den meisten Fällen jedoch in der Grössenordnung von 20-35% und in einigen Fällen mehr als 40%. Die Personalrekurskommission hat freilich festgestellt, dass diese Vergleiche wenig aussagekräftig sind, indem sich die Beschwerdeführer darauf beschränkt haben, die Auszahlungsbeträge zu vergleichen, ohne die mannigfaltigen Ursachen für die Änderungen in die Rechnung einzubeziehen und jene auszuscheiden, die mit der geänderten Zulagenordnung nichts zu tun haben. Das EDA hat in der 3. Vernehmlassung an die Vorinstanz einen Vergleich für jeden Bediensteten vorgelegt, der (1) Änderungen ausscheidet, die nichts mit der Neuordnung zu tun haben, (2) nominelle Bezugskürzungen, die keine finanziellen Auswirkungen haben (Beispiel: Deckung von Einladungskosten nicht mehr durch eine Zulage, sondern durch einen Kredit der Vertretung) ebenfalls ausnimmt, und (3) auch die Verbesserungen berücksichtigt. Die Berechnungen des EDA ergaben, dass zahlreiche Bedienstete gar besser gestellt wurden und nur in sechs Fällen eine Einbusse von mehr als 10% eintrat. Die Personalrekurskommission hat sich in einem Fall detailliert mit den Berechnungen auseinandergesetzt. Dabei hat sie, anders als das EDA, die bereits per 1. Juli 1997 erfolgte neue Zoneneinteilung in den Vergleich einbezogen, weil die Beschwerdeführer geltend machten, diese Änderung zusammen mit der Neuordnung der Auslandzulagen per 1. Januar 1998 habe zu insgesamt unzumutbaren Kürzungen geführt. Ferner hat die Personalrekurskommission festgehalten, dass für einen korrekten Vergleich beim Kaufkraftausgleich das veränderte Preis- und Wechselkursniveau zwischen den beiden Vergleichsdaten berücksichtigt werden müsste. Dennoch hat die Personalrekurskommission darauf verzichtet, für alle Beschwerdeführer eine diesen Vorgaben angepasste Rechnung zu erstellen.
Die Beschwerdeführer sehen darin eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung und machen geltend, es hätte zu den Gehaltsvergleichen eine Expertise eingeholt werden müssen.
b) Ob genauere Abklärungen erforderlich gewesen wären, hängt in erster Linie davon ab, welchen rechtlichen Schranken eine Änderung der Bezüge unterliegt. Nach der Rechtsprechung kommt den finanziellen Ansprüchen der Beamten in der Regel nicht der Charakter wohlerworbener Rechte zu, sofern nicht das Gesetz die entsprechenden Beziehungen ein für alle Mal festlegt und von den Einwirkungen der gesetzlichen Entwicklung ausnimmt oder bestimmte, mit einem einzelnen Anstellungsverhältnis verbundene Zusicherungen abgegeben worden sind (<ref-ruling> E. 5b S. 255 f., mit Hinweis).
Das öffentliche Dienstverhältnis ist durch die jeweilige Gesetzgebung bestimmt und macht, auch was seine vermögensrechtliche Seite betrifft, die Entwicklung mit, welche die Gesetzgebung erfährt. Immerhin sind die vermögensrechtlichen Ansprüche der Beamten gegenüber Rechtsänderungen nach Massgabe des Willkürverbotes sowie der Gebote von Treu und Glauben und der Rechtsgleichheit geschützt; der Beamte kann sich dagegen zur Wehr setzen, dass solche Ansprüche willkürlich abgeändert, nachträglich entzogen oder im Wert herabgesetzt werden oder dass Eingriffe ohne besondere Rechtfertigung einseitig zu Lasten einzelner Berechtigter oder bestimmter Gruppen erfolgen (<ref-ruling> E. 5b S. 256; <ref-ruling> E. 1c S. 169; Urteil vom 3. April 1996, in: Praxis 86/1997 Nr. 1, E. 3b). Grundsätzlich liegt es im öffentlichen Interesse, eine Änderung des Rechts ohne Verzug in Kraft zu setzen, wenn keine besonderen Gründe dagegen sprechen (<ref-ruling> E. 4b S. 260/261). Es kann aber verfassungsrechtlich geboten sein, eine Übergangsregelung zu erlassen, was das Bundesgericht in erster Linie nach den Grundsätzen der rechtsgleichen Behandlung und des Willkürverbots (BGE <ref-ruling> E. 6b S. 25) sowie unter Berücksichtigung des Verhältnismässigkeitsprinzips (<ref-ruling> E. 3c/4a S. 260) und des Vertrauensschutzes (Urteil vom 3. April 1996, in: Praxis 86/1997 Nr. 1, E. 4b) beurteilt; im Übrigen ist die Ausgestaltung einer angemessenen Übergangsregelung allerdings dem Gesetzgeber anheim gestellt, dem dabei ein weiter Spielraum des Ermessens zusteht (<ref-ruling> E. 4a S. 260; Urteil vom 3. April 1996, in:
Praxis 86/1997 Nr. 1, E. 4b, mit Hinweisen; vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 2c/aa S. 79).
c) Die bisherige Prüfung hat nicht ergeben, dass die Neuregelung der Auslandzulagen in irgendeinem Punkt dem Rechtsgleichheitsgebot oder dem Willkürverbot widersprechen würde. Es lässt sich auch nicht sagen, dass Eingriffe ohne besondere Rechtfertigung einseitig zu Lasten einer bestimmten Gruppe erfolgt wären. Das Lohngefüge der Auslandbediensteten ist unangetastet geblieben. Neu geregelt wurden die Auslandzulagen, was notwendigerweise nur das Personal betrifft, das im Ausland Dienst tut. Was die seit 1. Juli 1997 geltende neue Zonenordnung angeht, so ist diese von den Beschwerdeführern als solche nicht beanstandet worden. Sie soll aber, zusammen mit der Revision der Auslandzulagen per
1. Januar 1998, zu einer im Ergebnis verfassungswidrigen Reduktion der Bezüge führen. Zu Recht hat sie die Personalrekurskommission daher in ihre Überlegungen insofern einbezogen, als die Notwendigkeit einer Übergangsregelung zu beurteilen war, wobei es sich diesfalls freilich um eine gestaffelt in Kraft gesetzte Änderung handelte, der schon aus diesem Grund die Eignung nicht abgesprochen werden kann, den Übergang zwischen altem und neuem Recht zu mildern. Hinzu kommt nun aber vor allem, dass vorliegend nicht die Besoldung als solche geändert wurde, vielmehr lediglich die Zulagen, die bei einem Einsatz im Ausland ausgerichtet werden.
Diese unterliegen aber ohnehin mannigfaltigen Änderungen, namentlich mit jeder Versetzung. Bei einer Versetzung an die Zentrale, die aufgrund der Versetzungsdisziplin jederzeit erfolgen kann, entfallen sie gar. Insofern können sich Bedienstete gerade bezüglich der Auslandzulage nicht in guten Treuen darauf verlassen, dass diese in gleicher Höhe über längere Zeit ausgerichtet wird. Die Änderung des Systems der Auslandzulagen hat sodann zwar insgesamt wohl dazu geführt, dass sich die Bezüge im Ergebnis verringerten. Wenn der Verordnungsgeber darauf abzielte, gewisse Einsparungen zu erreichen, so ist dies als solches nicht verfassungswidrig, denn die Rechtsordnung kann auch mit dem Ziel geändert werden, die staatlichen Ausgaben mit den finanziellen Verhältnissen und Möglichkeiten des Gemeinwesens in Einklang zu bringen (<ref-ruling> E. 2b S. 446 f.). Im Übrigen war vorliegend die Änderung des Zulagensystems nicht darauf ausgerichtet, die bisherigen Zulagen ohne Rücksicht auf das effektive Ausmass der Kosten und Inkonvenienzen einzuschränken.
Vielmehr ging es primär darum, die Zulagen den effektiven, gewandelten Verhältnissen und Bedürfnissen anzupassen.
Den allfälligen Härten der Neuregelung wurde dadurch Rechnung getragen, dass für das Jahr 1998 Einkommenseinbussen bis und mit der 17. Besoldungsklasse auf 10 Prozent der vorher massgeblichen Besoldung zuzüglich Zulagen beschränkt wurde. Angesichts des weiten Spielraums, der dem Bundesrat bei der Ausgestaltung der Bezüge zusteht, war es zudem nicht notwendig, für jeden einzelnen Bediensteten die exakte Änderung der finanziellen Verhältnisse durch die Neuordnung zu ermitteln. Auch die diesbezügliche Rüge ist mithin unbegründet.
7.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich damit, soweit darauf eingetreten werden kann und sie nicht durch Rückzug erledigt ist, als unbegründet.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang haben die Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 und 7 OG; <ref-ruling> E. 6 S. 208). Der obsiegenden Behörde ist eine Parteientschädigung nicht geschuldet.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann und sie nicht durch Rückzug erledigt ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 20'000.-- wird den Beschwerdeführern auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Eidgenössischen Departement für auswärtige Angelegenheiten sowie der Eidgenössischen Personalrekurskommission schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 29. Juni 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: