Faits:
A. R._ (née en 1951), qui occupait un poste de caissière à temps partiel auprès de X._, a été mise en arrêt de travail pour des raisons de santé en juillet 2005. Après qu'elle eut présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité (le 17 juin 2005), l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Berne (ci-après: l'office AI) a notamment confié une expertise au Centre d'expertise médicale à Y._ (rapport des docteurs A._ et E._ du 13 décembre 2006) et réalisé une enquête économique sur le ménage. Le 10 décembre 2007, l'office AI a rendu une décision par laquelle il a nié le droit de l'assurée à une rente, au motif que le degré d'incapacité de gain (fixé à 17 % en application de la méthode mixte d'évaluation de l'invalidité) était insuffisant pour ouvrir le droit à cette prestation.
B. Statuant le 5 septembre 2008 sur le recours formé par R._ contre cette décision, le Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, a fixé le degré d'invalidité à 35 %, voire 39 % au maximum, et débouté l'assurée.
C. Interjetant un recours en matière de droit public contre le jugement cantonal, R._ en demande l'annulation, puis le renvoi de la cause à l'office AI pour qu'il complète l'instruction et détermine "l'influence de la perte de rendement sur la capacité résiduelle de travail".
L'office AI conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Eu égard à l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine que les griefs invoqués, pour autant que les vices ne soient pas évidents. Il n'est pas tenu de traiter toutes les questions juridiques qui se posent, comme le ferait une autorité de première instance, lorsque celles-ci ne sont pas ou plus abordées devant lui. Le Tribunal fédéral fonde par ailleurs son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (<ref-law>).
2. Le litige porte sur le droit de la recourante à une rente de l'assurance-invalidité. A cet égard, le jugement entrepris expose correctement les normes légales et la jurisprudence sur la notion d'invalidité et son évaluation (selon la méthode mixte), ainsi que sur la valeur probante des rapports médicaux. Il suffit d'y renvoyer.
3. La recourante reproche uniquement aux premiers juges d'avoir retenu qu'elle serait capable d'exercer une activité adaptée à 50 % sans aucune diminution de rendement. Selon elle, il ressortirait du rapport du Centre d'expertise médicale qu'elle subirait une perte de rendement, ce dont la juridiction cantonale aurait dû tenir compte.
3.1 En critiquant l'étendue de la capacité de travail fixée par l'autorité cantonale de recours, l'assurée s'en prend à une constatation de fait qui ne peut être contrôlée que sous un angle restreint (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 398). Dans un tel cas, lorsque le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est limité, le recourant ne peut critiquer les constatations de fait que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire. L'appréciation des preuves est arbitraire, lorsqu'elle est manifestement insoutenable, en contradiction avec le dossier ou contraire au sens de la justice et de l'équité ou encore lorsque le juge a interprété les pièces du dossier de manière insoutenable, a méconnu des preuves pertinentes ou s'est fondé exclusivement sur une partie des moyens de preuve (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 62 et les arrêts cités).
3.2 Pour apprécier la capacité résiduelle de travail encore exigible de la recourante, les premiers juges se sont fondés sur les conclusions des docteurs A._ et E._. Ceux-ci ont fait état d'une capacité de travail de 50 % dans une activité adaptée tenant compte des limitations fonctionnelles décrites (let. C.13, p. 25 de l'expertise du 13 décembre 2006) et nié une diminution de rendement (let. C.14, p. 26). A ce sujet, les médecins ont précisé qu'en tenant compte de l'alternance de périodes d'exacerbation douloureuse dont la fréquence semblait aller en augmentant, même entrecoupées de périodes moins algiques, les incapacités fonctionnelles allaient alterner avec des moments plus calmes risquant fort probablement d'induire un absentéisme et une diminution de rendement (let. D, p. 26). De ces constatations, la juridiction cantonale a déduit que les médecins avaient considéré que la perte de rendement était hypothétique et occasionnelle et ne devait pas être prise en considération en plus de la diminution de la capacité de travail admise. Elle en a conclu que la capacité de travail de l'assurée dans une activité adaptée était de 50 %.
Contrairement à ce que prétend la recourante, cette constatation n'est pas manifestement inexacte, ni insoutenable. Les experts n'ont en effet pas "attesté" d'une diminution de rendement comme elle l'allègue, mais évoqué le risque d'une telle altération. Répondant clairement par la négative à la question de savoir si le rendement de l'assurée était diminué dans le cadre horaire des activités adaptées aux déficits - qu'ils ont fixé à "4 heures par jour (= 50 %)" -, les docteurs A._ et E._ ont mentionné, au titre de remarques finales, la probabilité d'une diminution de rendement à certains intervalles. Il s'agit là d'une hypothèse dont ils n'ont tiré aucune conséquence concrète et quantifiable quant à une éventuelle diminution de rendement qu'ils ont estimée nulle. Aussi, la juridiction cantonale était-elle en droit de faire abstraction de toute diminution de rendement au regard de la capacité de travail résiduelle de la recourante, sans qu'on puisse lui reprocher d'avoir interprété les conclusions de l'expertise de manière arbitraire. On constate, au demeurant, que les premiers juges n'ont pas totalement ignoré le risque d'une hypothétique perte de rendement, puisqu'ils en ont tenu compte dans leur appréciation de l'abattement sur le salaire d'invalide (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 78), sans que la recourante ne critique la réduction de 20 % ainsi retenue (consid. 3.3 p. 11 du jugement entrepris).
3.3 En conséquence de ce qui précède, il n'y a pas lieu de s'écarter des constatations de fait de la juridiction cantonale relatives à la capacité résiduelle de travail, de sorte que le renvoi de la cause à l'intimé tel que sollicité par la recourante n'apparaît pas justifié. Pour le reste, elle ne remet pas en cause l'évaluation de l'invalidité effectuée par la juridiction cantonale (degré d'invalidité de 35 %) qui paraît en tous points conforme au droit. Le recours se révèle dès lors mal fondé.
4. Etant donné l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être supportés par la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 8 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Moser-Szeless