Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens, hat sich ergeben:
A.- Die Stiftung X._ (im Folgenden abgekürzt: die Stiftung) mit Sitz in E._ wurde im Jahre 1984 von B._ gegründet. A._ gehörte dem Stiftungsrat als Präsident, B._ als Mitglied und Aktuar an, beide mit Einzelunterschrift. Die Stiftung verfügte zunächst über keine eigenen Grundstücke und führte ihren Therapiebetrieb in drei Liegenschaften in W._, E._ und O._, die im Eigentum der von B._ beherrschten Y._ AG standen. In den Jahren 1991 und 1992 erwarb die Stiftung von der Y._ AG die beiden bisher gemieteten Liegenschaften in E._ und W._ zu den von C._ erstellten Schätzungswerten. Nachdem gegen die Leitung der Stiftung der Vorwurf finanzieller Unregelmässigkeiten erhoben worden war, setzte die kanto- nale Behörde einen kommissarischen Stiftungsrat ein, der am 28. Februar und 31. März 1995 Bericht erstattete. Aufgrund dieser Berichte wurde im August 1995 gegen B._ und A._ eine Strafuntersuchung wegen Verdachts ungetreuer Geschäftsbesorgung und Veruntreuung eröffnet.
Im Oktober 1997 wurde ein von diesem (Haupt)- Strafverfahren abgetrenntes Verfahren gegen C._, B._ und A._ angehoben, das sich auf Vorwürfe betreffend Urkundenfälschung, Betrug und Veruntreuung im Zusammenhang mit dem Kauf der Liegenschaft in W._ bezog. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau stellte dieses Verfahren mit Verfügung vom 18. Februar 1999 ein. Hinsichtlich der Kosten verfügte sie Folgendes:
"2. Die Kosten im Betrage von Fr. 1'379. -- gehen
gemäss <ref-law> mit je 2/5 (gleich
je Fr. 551. 60) zu Lasten der Beschuldigten
B._ und A._. 1/5 (gleich
Fr.275. 80) geht zu Lasten des Verfahrens C._. "
Mit einer an das Obergericht des Kantons Aargau gerichteten Beschwerde stellte A._ das Begehren, Ziff. 2 der Einstellungsverfügung vom 18. Februar 1999 sei aufzuheben und es seien die gesamten, ihm überbundenen Kosten der Strafuntersuchung auf die Staatskasse zu nehmen. Das Obergericht wies die Beschwerde am 3. Mai 1999 ab.
B.- A._ reichte gegen diesen Entscheid staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht ein. Er beantragt, das angefochtene Urteil des Aargauer Obergerichts sei aufzuheben und die Sache sei zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen.
C.- Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht des Kantons Aargau stellen den Antrag, die Beschwerde sei abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Seit 1. Januar 2000 ist nicht mehr die alte Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 29. Mai 1874 (aBV), sondern die neue Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV) in Kraft (AS 1999 2555).
2.- Gemäss § 139 Abs. 2 der Strafprozessordnung des Kantons Aargau (StPO) trägt in der Regel der Staat die Kosten der eingestellten Untersuchung. Die Staatsanwaltschaft kann sie jedoch ganz oder teilweise dem Beschuldigten auferlegen, wenn er durch ein verwerfliches oder leichtfertiges Benehmen die Untersuchung verschuldet oder ihre Durchführung erschwert hat (<ref-law>). Der Beschwerdeführer macht geltend, es verstosse gegen Art. 6 Ziff. 2 EMRK (Grundsatz der Unschuldsvermutung) und gegen Art. 4 aBV (Willkürverbot), dass ihm Kosten des eingestellten Strafverfahrens überbunden worden seien.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts verstösst eine Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens gegen den Grundsatz der Unschuldsvermutung, wenn dem Angeschuldigten in der Begründung des Entscheids direkt oder indirekt vorgeworfen wird, er habe sich strafbar gemacht bzw. es treffe ihn ein strafrechtliches Verschulden. Dagegen ist es mit Verfassung und Konvention vereinbar, einem nicht verurteilten Angeschuldigten die Kosten zu überbinden, wenn er in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise, d.h. im Sinne einer analogen Anwendung der sich aus <ref-law> ergebenden Grundsätze, gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und dadurch das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> ff.).
Wird eine Kostenauflage wegen Verletzung des Grundsatzes der Unschuldsvermutung mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten, so prüft das Bundesgericht frei, ob der Text des Kostenentscheids direkt oder indirekt den Vorwurf einer strafrechtlichen Schuld enthält. Nur auf Willkür hin untersucht es dagegen, ob der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen und durch dieses Benehmen das Strafverfahren veranlasst oder dessen Durchführung erschwert hat. Es geht insoweit nicht mehr um den Schutzbereich von Art. 6 Ziff. 2 EMRK, welche Bestimmung den guten Ruf des Angeschuldigten gegen den direkten oder indirekten Vorwurf schützen will, ihn treffe trotz Freispruch oder Einstellung des Verfahrens eine strafrechtlich relevante Schuld. Die Voraussetzungen der Kostenauflage werden demgegenüber durch die kantonalen Strafprozessordnungen umschrieben, und in diesem Bereich greift ausschliesslich <ref-law> Platz, wonach die betreffenden Gesetzesbestimmungen nicht willkürlich angewendet werden dürfen (BGE <ref-ruling> E. 2f, zu Art. 4 aBV, mit Hinweisen).
3.- a) Die dem Beschwerdeführer in der Einstellungsverfügung vom 18. Februar 1999 auferlegten Kosten entstan- den in einem Verfahren, das gegen C._, B._ und den Beschwerdeführer wegen Verdachts strafbarer Handlungen im Zusammenhang mit einem Liegenschaftskauf der Stiftung eingeleitet worden war. Diese hatte Ende 1992 von der Y._ AG die von ihr bisher mietweise genutzte Liegenschaft in W._ gekauft. Die Finanzierung dieses Kaufs erfolgte über die Aargauische Kantonalbank (AKB). Das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) sicherte der Stiftung mit Verfügung vom 18. Januar 1993 einen Subventionsbeitrag von Fr. 300'000. -- für den Erwerb der Liegenschaft in W._ zu. Der inzwischen verstorbene C._ hatte in einer ersten Schätzung den Wert dieser Liegenschaft mit Fr. 1'095'000. --, in einer zweiten Schätzung mit Fr. 1'138'000. -- angegeben.
aa) C._ wurde Urkundenfälschung zur Last gelegt, da er den Schätzungswert für die Liegenschaft in W._ auf Intervention des B._ hin nachträg- lich verändert habe. B._ wurde vorgeworfen, er habe C._ zu diesem Delikt angestiftet. Der Beschwerdeführer wurde verdächtigt, eine Urkundenfälschung dadurch begangen zu haben, dass er gegenüber der kreditgewährenden Bank, der AKB, die manipulierte Schätzungsurkunde verwendet habe.
bb) Im Weiteren wurde dem Beschwerdeführer Betrug zur Last gelegt, weil er mit Erklärung vom 24. Februar 1993 Forderungen der Stiftung gegen den Kanton Aargau und gegen das Bundesamt für Sozialversicherung an die Aargauische Kantonalbank abgetreten habe, obschon gegen den Kanton Aargau keine Forderung bestanden habe und die Bundessubvention nicht hätte abgetreten werden dürfen.
cc) Sodann wurde dem Beschwerdeführer und B._ Veruntreuung vorgeworfen, weil sie im März und April 1993 zweckwidrig über eine Bundessubvention verfügt hätten.
b) Die Staatsanwaltschaft auferlegte dem Beschwerdeführer den vollen Anteil (zwei Fünftel) der Kosten des eingestellten Verfahrens. Sie begründete dies damit, der Beschwerdeführer habe die Strafuntersuchung in allen Punkten durch ein zumindest pflichtwidrig unvorsichtiges, d.h. fahrlässiges Verhalten verursacht, und zwar durch Verwenden einer manipulierten Schätzungsurkunde (Vorwurf der Urkundenfälschung), durch Unterzeichnen einer unwahren Abtretungserklärung (Vorwurf des Betruges) und durch zweckwidriges Verfügen über eine Bundessubvention (Vorwurf der Veruntreuung).
4.- a) Das Obergericht stützte sich bei der Auslegung des <ref-law> auf seine in AGVE 1990 Nr. 29 S. 102 publizierte Rechtsprechung. Es hielt fest, ein verwerfliches oder leichtfertiges Benehmen im Sinne dieser Vorschrift sei ein Verhalten, das in einer pflichtwidrigen Unvorsichtigkeit bestehe und so schwerwiegend oder ungeschickt sei, dass es "als Folge für den Beschuldigten voraussehbarermassen das gegen ihn eingeleitete Strafverfahren nach sich ziehen konnte". Ein solches Verhalten liege jedenfalls dann vor, wenn es den Bereich strafrechtlicher Belanglosigkeit überschreite und, ohne dass ein Rechtfertigungsgrund (<ref-law>) vorläge, einen Straftatbestand in objektiver Hinsicht ganz oder teilweise erfülle.
b) Bei der Anwendung des <ref-law> auf den vorliegenden Fall gelangte das Obergericht - im Gegensatz zur Staatsanwaltschaft - zum Schluss, die Untersuchung wegen Verdachts der Urkundenfälschung sei nicht durch ein fehlerhaftes Verhalten des Beschwerdeführers verursacht worden.
In den beiden anderen Punkten vertrat es die Auffassung, der Beschwerdeführer habe die Strafuntersuchung durch ein Fehlverhalten veranlasst.
aa) Hinsichtlich der Untersuchung wegen Betrugsverdachts führte das Obergericht aus, es stehe fest, dass die vom Beschwerdeführer der Aargauischen Kantonalbank gegenüber abgegebene Erklärung betreffend die Abtretung von Forderungen insofern falsch gewesen sei, als keine Subventionszusicherung des Kantons Aargau vorgelegen habe und der Baubeitrag des Bundesamtes für Sozialversicherung nicht hätte abgetreten werden dürfen.
bb) Bezüglich der Untersuchung wegen Verdachts der Veruntreuung erklärte das Obergericht, die Darstellung des Beschwerdeführers, die Bundessubvention sei "nicht anderweitig" verwendet worden, stehe in Widerspruch zu den Angaben, die B._ im Untersuchungsverfahren gemacht habe, sowie zu den erhobenen Kontenbewegungen. Die Auszahlung der Subvention sei auf das Konto der Institution N._ erfolgt, und von dort seien nur rund 14 Tage später die Bezüge zum Zweck einer Festgeldanlage bei der Tessiner Kantonalbank durch B._ und zum Zweck der Rückzahlung einer Kaufrechts-Vorschussleistung der Z._ Consulting AG durch den Beschwerdeführer vorgenommen worden, ohne dass die vertraglich vereinbarten Amortisationen geleistet worden wären. Daran ändere nichts, dass diese Amortisation sich wegen des Wegfalles der Investitionskosten allenfalls verringert habe und die kreditierende Bank später nicht darauf beharrt habe. Ausschlaggebend sei, dass mit der im Einverständnis des Beschwerdeführers vorgenommenen Verwendung der Subventionsmittel für andere als die im Zusicherungsentscheid des BSV und im Kreditvertrag bezeichneten Zwecke das Strafverfahren zumindest wegen Veruntreuung voraussehbarermassen angehoben worden sei. Fahrlässigkeit sei dem Beschwerdeführer als kaufmännischem Leiter der Stiftung in diesem Zusammenhang zur Last zu legen, weil zu diesem Vorgehen kein Einverständnis des Bundesamtes vorgelegen habe und das Einverständnis des zuständigen Sachbearbeiters der AKB nur mündlich und erst nach bereits erfolgter Disposition eingeholt worden sei.
Das Obergericht hielt abschliessend fest, da vorwiegend im Zusammenhang mit diesem Sachverhalt Untersuchungshandlungen hätten vorgenommen werden müssen, während die Untersuchung betreffend Urkundenfälschung keine besonderen Kosten verursacht habe, sei die Auferlegung von 2/5 der gesamten Untersuchungskosten gemäss Ziff. 2 der angefochtenen Verfügung im Ergebnis angemessen und zu bestätigen.
5.- Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht vor, es habe bei der Auslegung und Anwendung des <ref-law> gegen die Unschuldsvermutung und gegen das Willkürverbot verstossen.
a) Nach der erwähnten Rechtsprechung des Bundesgerichts setzt die Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens voraus, dass der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine geschriebene oder ungeschriebene Verhaltensnorm klar verstossen hat (BGE <ref-ruling> ff.). Das Obergericht ging auf diese Voraussetzungen nicht ein. Es stützte sich auf seine eigene Praxis (AGVE 1990 Nr. 29 S. 102), die mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht im Einklang steht. Wie im Urteil BGE <ref-ruling> betont wird, muss der Angeschuldigte in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise eine Verhaltensnorm verletzt haben; es geht um ein Verschulden im Sinne des Zivilrechts, d.h. um ein Verhalten, das von dem unter den gegebenen Verhältnissen als angebracht geltenden Durchschnittsverhalten abweicht (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 169/170). Demgegenüber scheint das Obergericht vom Verschuldensbegriff im Sinne des Strafrechts auszugehen, indem es von "pflichtwidriger Unvorsichtigkeit" spricht und damit die in <ref-law> enthaltene Definition des Begriffs der Fahrlässigkeit verwendet. Dies ist mit der Garantie der Unschuldsvermutung nicht vereinbar, schützt diese doch den Angeschuldigten gegen den direkten oder indirekten Vorwurf, ihn treffe trotz Einstellung des Verfahrens eine strafrechtlich relevante Schuld. Im Weiteren ist nach der Auffassung des Obergerichts ein Verhalten dann verwerflich oder leichtfertig im Sinne von <ref-law>, wenn es - "ohne dass ein Rechtfertigungsgrund (<ref-law>) vorläge" - einen Straftatbestand in objektiver Hinsicht ganz oder teilweise erfülle; ausserdem müsse das Verhalten "für den Beschuldigten voraussehbarermassen" das eingeleitete Strafverfahren nach sich ziehen. Diese Umschreibung entspricht den im Urteil BGE <ref-ruling> ff. aufgestellten Kriterien nicht und ist sachlich nicht vertretbar.
Die Auslegung der Vorschrift von <ref-law>, wie sie vom Obergericht vorgenommen wird, verletzt demnach sowohl den Grundsatz der Unschuldsvermutung als auch das Willkürverbot.
b) Was die Anwendung der genannten Vorschrift auf den vorliegenden Fall angeht, so macht der Beschwerdeführer mit Recht geltend, das Obergericht nenne keine Norm, die er verletzt und dadurch die Strafuntersuchung verursacht hätte.
Der Beschwerdeführer wurde des Betruges verdächtigt, weil er Forderungen der Stiftung, welche nicht bestanden bzw. einem Abtretungsverbot unterlagen, an die AKB abgetreten hatte. Das Obergericht führte zu diesem Punkt bloss aus, es stehe fest, dass die Abtretungserklärung, die der Beschwerdeführer gegenüber der AKB abgegeben habe, insofern falsch gewesen sei, als keine Subventionszusicherung des Kantons Aargau vorgelegen habe und der Baubeitrag des BSV nicht hätte abgetreten werden dürfen. Inwiefern der Beschwerdeführer mit der betreffenden Abtretungserklärung in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm klar verstossen habe, wird nicht dargelegt.
Hinsichtlich des Verhaltens des Beschwerdeführers, das Anlass zur Untersuchung wegen Verdachts der Veruntreuung gegeben hatte, beschränkte sich das Obergericht im Wesentlichen auf die Feststellungen, im Einverständnis des Beschwerdeführers seien Subventionsmittel für andere als die im Zusicherungsentscheid des BSV und im Kreditvertrag der AKB bezeichneten Zwecke verwendet worden; der Beschwerdeführer habe als kaufmännischer Leiter der Stiftung in diesem Zusammenhang fahrlässig gehandelt, da für die zweckwidrige Verwendung der Subventionsmittel kein Einverständnis des BSV und der AKB vorgelegen habe. Auch in diesem Punkt wird nicht ausgeführt, inwiefern der Beschwerdeführer in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen eine Verhaltensnorm klar verstossen habe.
Die Begründung, mit der das Obergericht Ziff. 2 der Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft geschützt hat, hält demnach vor dem Willkürverbot und vor dem Grundsatz der Unschuldsvermutung nicht stand.
6.- Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist ein mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochtener Entscheid erst dann aufzuheben, wenn er im Ergebnis gegen die Verfassung oder gegen die EMRK verstösst, nicht schon dann, wenn sich die Begründung als verfassungs- oder konventionswidrig erweist. Das Bundesgericht hat somit die Möglichkeit, die Motive des umstrittenen Entscheids zu ersetzen (<ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 5). Von dieser Möglichkeit ist indessen nur dann Gebrauch zu machen, wenn der massgebliche Sachverhalt aus den Akten hinreichend ersichtlich ist und die rechtliche Situation als klar erscheint (<ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 1b).
a) In der staatsrechtlichen Beschwerde wird erklärt, offensichtlich falsch und damit willkürlich sei die Feststellung des Obergerichts, die Verwendung der Subventionsmittel sei für andere als die im Zusicherungsentscheid des BSV bezeichneten Zwecke vorgenommen worden. Mit keinem Wort werde im angefochtenen Entscheid ausgeführt, inwiefern Auflagen des BSV verletzt worden seien. Es sei folglich unhaltbar, wenn das Obergericht davon ausgehe, die Stiftung bzw. der Beschwerdeführer hätten den Baubeitrag entgegen dem Zusicherungsentscheid des BSV verwendet.
Ausserdem wird vorgebracht, im angefochtenen Entscheid werde ohne nähere Abklärungen behauptet, die (nicht durch ein fehlerhaftes Verhalten des Beschwerdeführers veranlasste) Untersuchung wegen Verdachts der Urkundenfälschung habe keine "besonderen" Kosten verursacht. Aus dieser Formulierung müsse geschlossen werden, dass auch nach Auffassung des Obergerichts gewisse Kosten mit der Untersuchung betreffend Urkundenfälschung zusammenhingen. Den Akten sei jedoch zu entnehmen, dass der Untersuchungsrichter in diesem Zusammenhang "einlässliche Abklärungen" vorgenommen habe. Es sei daher willkürlich, wenn das Obergericht dem Beschwerdeführer Kosten auferlege, die er nicht verursacht habe.
Ob die Subventionsmittel anderweitig als im Zusicherungsentscheid vorgesehen verwendet wurden, ist aus den Akten nicht hinreichend ersichtlich. Das Gleiche gilt für die Frage, in welchem Umfang Kosten für die Untersuchung betreffend Urkundenfälschung entstanden sind, welche Kosten dem Beschwerdeführer nicht auferlegt werden dürfen. Bei dieser Situation kann eine Substitution der Motive nicht vorgenommen werden. Der angefochtene Entscheid des Aargauer Obergerichts muss daher aufgehoben werden.
b) Was die rechtliche Situation angeht, so ist den Akten zu entnehmen, dass das Bundesamt für Sozialversicherung der Stiftung mit Schreiben vom 18. Januar 1993 gestützt auf Art. 73 des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (IVG) einen Beitrag von Fr. 300'000. -- für den Erwerb und die Bereitstellung der Liegenschaft in W._ für ein Wohnheim für Drogengeschädigte zugesichert hatte. Die Zusicherung war an die "Allgemeinen Bedingungen und Auflagen für die Gewährung von Baubeiträgen der IV" geknüpft. Gemäss Ziff. 4 dieser Bedingungen dürfen die Beiträge nicht abgetreten werden. In Ziff. 7 der Bedingungen wird gesagt, vor einer Änderung der Zweckbestimmung oder einer Übertragung der Güter auf einen anderen Rechtsträger sei das BSV zu benachrichtigen.
Der Beschwerdeführer ist der Meinung, die Kostenauflage bei Einstellung des Strafverfahrens setze die Verletzung einer Gesetzesnorm voraus; da es im vorliegenden Fall ausschliesslich um vertragliche Abmachungen gehe, welche allenfalls nicht eingehalten worden seien, komme eine Überbindung von Kosten nicht in Frage. Diese Auffassung ist unrichtig. Wie dem Urteil BGE <ref-ruling> zu entnehmen ist, kann es sich um eine geschriebene oder ungeschriebene Norm handeln, d.h. um einen Grundsatz des ungeschriebenen Rechts oder um eine Vorschrift, die in einem Gesetz, einer Verordnung, einem Reglement, einem Vertrag oder sonst in einem Dokument enthalten ist. Entscheidend ist, dass es sich um eine Verhaltensnorm handeln muss, d.h. um eine Norm, die den Rechtsunterworfenen direkt oder indirekt zu einem bestimmten Tun oder Unterlassen verpflichtet (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 170). Das Obergericht wird abzuklären haben, ob die Ziffern 4 und 7 der Allgemeinen Bedingungen, mit denen die Subventionsgewährung des BSV verknüpft war, solche Verhaltensnormen darstellen, und - falls dies bejaht würde - ob der Beschwerdeführer in zivilrechtlich vorwerfbarer Weise gegen diese Normen klar verstossen habe.
7.-Nach dem Gesagten ist die staatsrechtliche Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben.
Gemäss Art. 156 Abs. 2 OG sind keine Kosten zu erheben. Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 3. Mai 1999 aufgehoben.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 3. Juli 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: