Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 11. August 2004 verneinte die IV-Stelle Basel-Stadt einen Anspruch des H._, geboren 1953, auf eine Invalidenrente bei einem ermittelten Invaliditätsgrad von 38 %. Die dagegen gerichtete Einsprache hiess sie mit Entscheid vom 29. Januar 2007 in dem Sinne teilweise gut, als sie nunmehr auf einen Invaliditätsgrad von 43 % und den Anspruch auf eine Viertelsrente erkannte. Mit einer am gleichen Tag erlassenen Verfügung, welche zum integrierenden Bestandteil des Einspracheentscheides erklärt wurde, gewährte die IV-Stelle dem Versicherten rückwirkend ab dem 1. August 1999 eine halbe Invaliden-Härtefallrente.
B. Das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt hob den Einspracheentscheid auf und sprach dem Versicherten bei einem Invaliditätsgrad von 50 % ab August 1999 eine halbe Rente zu.
C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und stellt den Antrag, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben.
Der Versicherte verzichtet auf eine Vernehmlassung, während die Vorinstanz und das Bundesamt für Sozialversicherungen auf Gutheissung schliessen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. 2.1 Nach <ref-law> sind Personen, Organisationen und Behörden vor Bundesgericht beschwerdeberechtigt, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt. Das ist für die IV-Stelle gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> der Fall (vgl. auch <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 56). Dabei handelt es sich um ein abstraktes Beschwerderecht. Die Erfordernisse der materiellen und formellen Beschwer nach Abs. 1 der Bestimmung (besonderes Berührtsein [lit. b] und ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder Änderung haben [lit. c]) müssen zwar nicht erfüllt sein; hingegen muss der Beschwerdeführer auch im Kontext von Abs. 2 ein aktuelles und praktisches Interesse an der Beschwerdeführung haben (vgl. WALDMANN, in: Basler Kommentar BGG, 2008, N 45 zu Art. 89).
2.2 Bei einer Verfügung über Versicherungsleistungen bildet grundsätzlich einzig die Leistung Gegenstand des Dispositivs. Die Beantwortung der Frage, welcher Invaliditätsgrad der Rentenzusprechung zu Grunde gelegt wurde, dient demgegenüber in der Regel lediglich der Begründung der Leistungsverfügung. Sie könnte nur dann zum Dispositiv gehören, wenn und insoweit sie Gegenstand einer Feststellungsverfügung ist. Da in jedem Fall nur das Dispositiv anfechtbar ist, muss bei Anfechtung der Motive einer Leistungsverfügung geprüft werden, ob damit nicht sinngemäss die Abänderung des Dispositivs beantragt wird. Vorausgesetzt ist dabei, dass die Beschwerde führende Partei allenfalls ein schutzwürdiges, das heisst besonderes, unmittelbares und aktuelles Interesse tatsächlicher oder rechtlicher Natur an der sofortigen Feststellung hinsichtlich des angefochtenen Verfügungsbestandteils hat (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 418, 106 V 91 E. 1 S. 92; Urteil I 586/04 vom 27. Oktober 2005 E. 1; ferner <ref-ruling> E. 2.2 S. 390 und E. 2.4 S. 391).
3. Gemäss Dispositiv des angefochtenen Entscheides wird der Einspracheentscheid vom 29. Januar 2007, in Gutheissung der Beschwerde aufgehoben und die Invalidenversicherung verurteilt, dem (damaligen) Beschwerdeführer mit Wirkung ab August 1999 eine halbe Rente zu entrichten. Die Beschwerdeführerin ist daher durch das Dispositiv des kantonalen Entscheides nicht beschwert, entspricht es doch der zum integrierenden Bestandteil des Einspracheentscheides erklärten Rentenverfügung vom 29. Januar 2007 mit welcher dem Versicherten ebenfalls eine halbe (Härtefall-)Rente zugesprochen worden war. Mit Bezug auf den - die Grenze der richterlichen Überprüfungsbefugnis bildenden (<ref-ruling> E. 1b S. 366) - Beurteilungszeitraum bis zum Erlass des Einspracheentscheides vom 29. Januar 2007 ist der von der Beschwerde führenden IV-Stelle behauptete Invaliditätsgrad von 49% (anstelle der letztinstanzlichen Festlegung von 50 %) ohne Einfluss auf den Umfang des von ihr selbst verfügten (halben) Rentenanspruchs. Damit fehlt es insoweit an einer Sachurteilsvoraussetzung (E. 2.2). Der Umstand, dass die Vorinstanz die Zusprechung einer halben Invalidenrente aufgrund einer modifizierten Invaliditätsbemessung und eines daraus resultierenden höheren Invaliditätsgrades bestätigt hat, begründet keine formelle Beschwer (vgl. SVR 2002 IV Nr. 40 S. 125; Urteil I 586/04 vom 27. Oktober 2005 E. 2.1 mit Hinweisen). Der Invaliditätsgrad stellt nach dem Gesagten lediglich ein Begründungselement dar (<ref-ruling> E. 2 S. 415), wogegen sich die formelle Beschwer allein aus dem Dispositiv des Entscheides ergibt.
4. 4.1 Die IV-Stelle führt in der Begründung ihrer Beschwerde lediglich an, sie sei vom vorinstanzlichen Entscheid berührt und somit zur Beschwerde legitimiert. Inwiefern sie berührt sein soll ist der Beschwerdeschrift nicht zu entnehmen. Sie rügt die Verletzung von Bundesrecht durch das kantonale Gericht, indem dieses ihres Erachtens die Rundungsregel unrichtig angewendet und bei der Bemessung des Invalideneinkommens einen Abzug vom statistisch ermittelten Durchschnittslohn vorgenommen habe. Das Rechtsbegehren um Aufhebung des kantonalen Entscheids zielt - sinngemäss - nicht auf Änderung des vorinstanzlichen Dispositivs, sondern auf Feststellung des ermittelten Invaliditätsgrades. Zur Begründung des erforderlichen schutzwürdigen aktuellen Interesses an einem letztinstanzlichen Feststellungsentscheid macht sie keine Angaben.
4.2 Dass die entsprechenden Voraussetzungen für einen Feststellungsentscheid gegeben sind, springt vorliegend keineswegs ins Auge. Es obläge daher der Beschwerdeführerin, im Rahmen der rechtsgenügenden Darlegung der Sachurteilsvoraussetzungen kurz aufzuzeigen, inwiefern sie erfüllt sind, konkret, worin ihr aktuelles Interesse an der Feststellung eines Invaliditätsgrades von weniger als 50 % besteht, nachdem sie selbst dem Versicherten für den hier massgebenden Zeitraum eine halbe Rente zugesprochen hat. Sie begnügt sich indessen mit der blossen unbegründeten Aussage, sie sei berührt. Es ist nicht Sache des Bundesgerichts seinerseits nach Argumenten zu suchen, weshalb eine Beschwerde führende Partei - ausnahmsweise - ein Interesse an einem reinen Feststellungsentscheid haben soll (E. 1). Nach dem Ausgeführten ist nicht hinreichend dargetan, dass die Voraussetzungen für die Zulässigkeit eines aktuellen Interesses am Erlass eines bundesgerichtlichen Feststellungsentscheides erfüllt sind, womit auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
5. Die IV-Stelle hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Da der Beschwerdegegner auf eine Vernehmlassung verzichtet hat, sind ihm letztinstanzlich auch keine Parteikosten angefallen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer