Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable et l'affaire est transmise au Tribunal cantonal vaudois comme objet de sa compétence.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux recourants, à la Conférence des maîtres de l'Etablissement primaire et secondaire de Rolle ainsi qu'au Département de la formation, de la jeunesse et de la culture du canton de Vaud.
Lausanne, le 30 septembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Merkli Mabillard