Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Im Beschwerdeverfahren um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen ist die Überprüfungsbefugnis des Eidgenössischen Versicherungsgerichts nicht auf die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens beschränkt, sondern sie erstreckt sich auch auf die Angemessenheit der angefochtenen Verfügung; das Gericht ist dabei nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden und kann über die Begehren der Parteien zu deren Gunsten oder Ungunsten hinausgehen (Art. 132 OG).
2.- Streitig und zu prüfen ist, ob die Einstellung in der Anspruchsberechtigung zu Recht erfolgt ist.
3.- Der Versicherte ist in der Anspruchsberechtigung einzustellen, wenn er die Kontrollvorschriften oder die Weisungen des Arbeitsamtes nicht befolgt, namentlich eine ihm zugewiesene zumutbare Arbeit nicht annimmt, oder einen Kurs, zu dessen Besuch er angewiesen worden ist, ohne entschuldbaren Grund nicht antritt oder abbricht (<ref-law>). Dieser Einstellungsgrund gelangt auch dann zur Anwendung, wenn die versicherte Person durch schuldhaftes Verhalten begründeten Anlass zur Entlassung aus einer ihr durch die Arbeitslosenversicherung zugewiesenen vorübergehenden Beschäftigung gibt (nicht veröffentlichtes Urteil H. vom 22. Juni 1999, C 387/98).
4.- a) In der Verfügung vom 16. Mai 2000 wird die Einstellung damit begründet, dass es der Versicherten "an der für die Zusammenarbeit notwendigen Kooperation" gemangelt habe. Im Verlauf des Beschwerdeverfahrens wurde das Verhalten, welches der Beschwerdeführerin zur Last gelegt wird, konkretisiert. Ihr wird vorgeworfen, sie habe sich trotz einer entsprechenden Aufforderung des Projektleiters geweigert, ihre Ziele für das Beschäftigungsprogramm ausführlicher zu formulieren, und dadurch die Weiterführung der vorübergehenden Beschäftigung verunmöglicht.
b) Am 2. Februar 2000 legte die Beschwerdeführerin gemeinsam mit der Personalbetreuerin des RAV die Ziele fest, welche sie sich (im Sinne von Schwerpunkten) für das Beschäftigungsprogramm setzte. Zu diesem Zweck wurde das für derartige Zielvereinbarungen entwickelte kantonale Formular (Version Januar 2000) ausgefüllt und sowohl von der Beschwerdeführerin als auch von der Personalberaterin des RAV unterzeichnet. Im Bereich "Selbstkompetenz" wurde der Schwerpunkt "Geduld", im Bereich "Sozialkompetenz" der Schwerpunkt "Tagesstrukturen", im Bereich "Fachkompetenz" der Schwerpunkt "Neues Berufsfeld kennenlernen" und im Bereich "Persönliche Zielsetzungen" der Schwerpunkt "eine Stelle finden" bezeichnet. Aus welchen Gründen und in welche Richtung eine Anpassung dieser im offiziellen Verfahren erarbeiteten Zielvereinbarung notwendig gewesen sein sollte, ist aus den Akten nicht ersichtlich und wurde insbesondere auch vom Projektleiter des Beschäftigungsprogramms nie konkretisiert. Die entsprechende Weigerung der Beschwerdeführerin kann daher nicht als schuldhaftes Verhalten gewertet werden. Die Voraussetzungen einer Einstellung in der Anspruchsberechtigung sind somit nicht erfüllt.
5.- a) Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG). Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin Anspruch auf eine Parteientschädigung zu Lasten des KIGA (Art. 135 in Verbindung mit Art. 159 Abs. 2 OG).
b) Weil auf dem Gebiet der Arbeitslosenversicherung kein bundesrechtlicher Anspruch auf Parteientschädigung für das erstinstanzliche Verfahren besteht, ist davon abzusehen, die Akten zu einer allfälligen Neufestsetzung der Parteientschädigung dem kantonalen Gericht zuzustellen. Es ist der letztinstanzlich obsiegenden Beschwerdeführerin indes unbenommen, mit Blick auf den Ausgang des Prozesses vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht bei der Vorinstanz einen entsprechenden Antrag zu stellen.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden
Dispositiv-Ziffer 1 des Entscheids des Verwaltungsgerichts
des Kantons Graubünden vom 3. Oktober
2000 und die Verfügung des Amtes für Industrie, Gewerbe
und Arbeit Graubünden vom 16. Mai 2000 aufgehoben.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Das Arbeitsamt Graubünden hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500.-
(einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, der Arbeitslosenkasse Graubünden und dem Staatssekretariat für Wirtschaft
zugestellt.
Luzern, 30. April 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: