Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) plante im Jahr 2004 den Bau mehrerer Mehrfamilienhäuser auf ihren Grundstücken Nrn. 001, 002 und 003, alle Grundbuch B._. A._ (Beschwerdegegner) und seine Ehefrau sind Eigentümer des benachbarten Grundstücks Nr. 004, Grundbuch B._. Sie erhoben am 1. Juli 2005 Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen den Gestaltungsplan und am 26. August 2005 Einsprache gegen das Baugesuch der Beschwerdeführerin. Am 2. September 2005 verkaufte die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner einen Streifen Land von ca. 514 m2 ab Grundstück Nr. 003 zum Preis von Fr. 100.--/m2. Gleichzeitig zogen der Beschwerdegegner und seine Ehefrau die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sowie die Einsprache zurück. In der Folge wurden auf den Grundstücken Nrn. 001 und 002 die sieben Mehrfamilienhäuser gemäss Gestaltungsplan C._ vom 23. März 2005 erstellt.
B. Mit Klage vom 11. Januar 2007 verlangte die Beschwerdeführerin die Nichtigerklärung und Rückabwicklung des Kaufvertrags vom 2. September 2005. Sie berief sich auf Übervorteilung im Sinne von <ref-law>, eventualiter auf Sittenwidrigkeit des Vertrags im Sinne von <ref-law>. Mit Urteil vom 15. Februar 2008 erklärte das Amtsgericht Luzern-Land den Vertrag vom 2. September 2005 für ungültig. Es ermächtigte die Beschwerdeführerin, den Grundbucheintrag gegen Nachweis der Zahlung von Fr. 46'400.-- an den Beschwerdegegner beim Grundbuchamt Luzern-Land löschen zu lassen. Den Antrag auf Bezahlung von Schadenersatz wies es ab. Das Amtsgericht bejahte das Vorliegen einer Übervorteilung.
Gegen dieses Urteil appellierte der Beschwerdegegner an das Obergericht des Kantons Luzern und verlangte die Abweisung der Klage. Mit Urteil vom 4. Dezember 2008 hiess das Obergericht die Appellation gut und wies die Klage ab. Es erachtete zwar ein offenbares Missverhältnis zwischen den unter den Parteien ausgetauschten Leistungen als gegeben, kam jedoch zum Schluss, es sei nicht dargetan, dass die Beschwerdeführerin sich beim Abschluss des Kaufvertrags vom 2. September 2005 in einer Notlage im Sinne von <ref-law> befunden habe.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts vom 4. Dezember 2008 aufzuheben und die Klage der Beschwerdeführerin vom 11. Januar 2007 gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, um die Nichtigkeit des Vertrags wegen Sittenwidrigkeit nach <ref-law> zu prüfen.
Der Beschwerdegegner beantragt die Bestätigung des angefochtenen Urteils und die Abweisung der Klage. Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Am 2. März 2009 ging eine vom 26. Februar 2009 datierte Replik der Beschwerdeführerin ein. Die Vorinstanz nahm zu dieser mit Duplikeingabe vom 3. März 2009 Stellung.

Erwägungen:
1. Auf die Beschwerde kann grundsätzlich eingetreten werden, da sie unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von der in ihren Anträgen unterliegenden Partei (<ref-law>) eingereicht wurde und sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in Zivilsachen (<ref-law>) in einer vermögensrechtlichen Angelegenheit mit einem Streitwert von über Fr. 30'000.- (<ref-law>) richtet.
2. Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (vgl. <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4).
Die Beschwerdeführerin stellt in ihrer Beschwerdeschrift den rechtlichen Ausführungen einen eingehenden Sachverhaltsteil voran. Soweit sie darin oder in ihren Ausführungen zum Recht vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt abweicht oder diesen ergänzt, ohne hinlängliche Sachverhaltsrügen zu erheben, kann darauf nicht abgestellt werden.
3. Wird ein offenbares Missverhältnis zwischen der Leistung und der Gegenleistung durch einen Vertrag begründet, dessen Abschluss von dem einen Teil durch Ausbeutung der Notlage, der Unerfahrenheit oder des Leichtsinns des andern herbeigeführt worden ist, so kann der Verletzte innerhalb Jahresfrist erklären, dass er den Vertrag nicht halte, und das schon Geleistete zurückverlangen (<ref-law>). Übervorteilung im Sinne von <ref-law> setzt demnach objektiv ein offenbares Missverhältnis zwischen den Austauschleistungen und subjektiv - soweit hier von Interesse - eine Notlage der benachteiligten Vertragspartei auf der einen und ihre Ausbeutung auf der anderen Seite voraus (<ref-ruling> E. 4). Dabei soll die Annahme einer Übervorteilung eine Ausnahme bleiben (Urteil 4C.254/2004 vom 3. November 2004 E. 3.3.2. in fine, SJ 2005 I 187).
3.1 Die Vorinstanz bejahte die Voraussetzung des offenbaren Missverhältnisses zwischen den Leistungen der Parteien, hielt es jedoch für nicht dargetan, dass die Beschwerdeführerin sich beim Abschluss des Kaufvertrags vom 2. September 2005 in einer Notlage befunden habe. Da eine Übervorteilung bereits aus diesem Grund entfiel, prüfte sie nicht mehr, ob die dritte Voraussetzung der Ausbeutung, d.h. des bewussten Ausnützens der Schwächesituation der Gegenpartei, vorliege.
3.2 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, willkürlich hohe Anforderungen an die Voraussetzungen für eine Notlage gestellt zu haben. Sie verkenne, dass eine Notlage bereits bei erheblichem Verzögerungsschaden gegeben sein könne. Vorliegend sei der Verzögerungsschaden immens. Dabei gehe es vor allem um die hohe monatliche Zinsbelastung von Fr. 21'000.-- aus den bestehenden Darlehensverträgen.
3.3 Eine Notlage im Sinne von <ref-law> liegt vor, wenn sich eine Partei bei Vertragsabschluss in starker Bedrängnis, in einer Zwangslage befindet. Die romanischen Gesetzestexte sind insoweit aussagekräftiger als der deutsche, wenn sie das Tatbestandselement mit "gêne" oder - am deutlichsten - mit "bisogni" umschreiben. In Betracht fällt dabei nicht nur die wirtschaftliche Bedrängnis, sie kann auch persönlicher, familiärer, politischer oder anderer rechtserheblicher Natur sein. Entscheidend ist, dass ein Verhandlungspartner den Abschluss des für ihn ungünstigen Vertrags gegenüber der Inkaufnahme drohender Nachteile als das kleinere Übel betrachtet, sofern diese Güterabwägung auch in objektiver Betrachtung (<ref-law>) als vertretbar erscheint. Auf eine solche Notlage kann sich ebenfalls eine juristische Person berufen (<ref-ruling> E. 5 S. 301 mit Hinweisen).
3.4 Die Beschwerdeführerin beruft sich auf das Strafurteil des Bundesgerichts 6S.8/2006 vom 12. Juni 2006. Dort liess das Bundesgericht die Androhung einer Bauverzögerung als "ernstlichen Nachteil" im Sinne des Erpressungstatbestandes (<ref-law>) genügen (Erwägung 6). Daraus kann aber nicht abgeleitet werden, dass es auch zur Annahme einer Notlage im Sinne des privatrechtlichen Übervorteilungstatbestandes nach <ref-law> ausreicht, dass eine Bauverzögerung erfahrungsgemäss für den Bauherrn mit erheblichen Nachteilen verbunden ist. Letztere Erfahrungstatsache liess das Bundesgericht auch im Rahmen eines Rückforderungsanspruchs nach <ref-law> nicht genügen, sondern verlangte "unzumutbare Nachteile", die der Bauherr "nicht anders als durch Leistung abwenden kann", bzw. "den Nachweis einer konkret vorliegenden Zwangslage wegen drohender finanzieller Nachteile" (<ref-ruling> E. 3b/c S. 108 f.). Demnach forderte die Vorinstanz zu Recht, dass die Beschwerdeführerin die Umstände konkret darzulegen hatte, aufgrund derer auf eine eigentliche Notlage geschlossen werden könnte. Dazu hätte die Beschwerdeführerin darlegen müssen, dass sie sich wegen der drohenden Bauverzögerung infolge der hängigen Rechtsmittel in so starker wirtschaftlicher Bedrängnis befunden hatte, dass ihr der Abschluss des für sie ungünstigen Vertrags noch als das kleinere Übel erschienen wäre. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin nun aber lediglich auf ihre hohe monatliche Zinsbelastung hingewiesen, jedoch nicht ansatzweise dargetan, inwiefern diese Zinsbelastung vor dem Hintergrund ihrer gesamten finanziellen Verhältnisse geeignet war, sie in starke wirtschaftliche Bedrängnis zu bringen. Dass die Vorinstanz bei dieser Sachlage nicht auf eine konkret vorliegende Notlage schloss, ist nicht zu beanstanden.
3.5 Da es an der Voraussetzung der Notlage mangelt, hat die Vorinstanz eine Übervorteilung im Sinne von <ref-law> zu Recht verneint.
4. Die Vorinstanz prüfte nicht, ob der Vertrag wegen Sittenwidrigkeit im Sinne von <ref-law> nichtig zu erklären ist. Die Beschwerdeführerin erblickt darin einen "Verstoss gegen Verfahrensrecht", eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör sowie ein willkürliches Vorgehen der Vorinstanz.
4.1 Die Sittenwidrigkeit eines Vertrags ist eine Rechtsfrage. Ob sie vorliegt, ist von Amtes wegen zu beachten (<ref-ruling> E. 2b; HUGUENIN, Basler Kommentar, N. 37 zu Art. 19/20 OR). Die Partei, die sich auf Sittenwidrigkeit des Vertrags beruft, muss freilich die tatsächlichen Grundlagen, aus denen sich die Sittenwidrigkeit ergeben soll, prozessrechtskonform dartun.
4.2 Die Beschwerdeführerin hat sich in der Klage eventualiter auf Sittenwidrigkeit des Vertrags vom 2. September 2005 berufen und dazu in der Klagschrift gewisse Ausführungen gemacht. Das Amtsgericht brauchte sich mit diesen Vorbringen nicht zu befassen, weil es den Vertrag bereits wegen Übervorteilung für ungültig erklärte. Der Beschwerdegegner appellierte an die Vorinstanz, womit die Sache in den streitigen Punkten vor zweiter Instanz hängig war. Die Beschwerdeführerin brachte in ihrer Appellationsantwort zur Frage der Sittenwidrigkeit was folgt vor:
"Angesichts der vorinstanzlichen Begründung erübrigen sich Ausführungen zur Sittenwidrigkeit des angefochtenen Vertrags nach <ref-law>. Betreffend die von der Klägerin behauptete Sittenwidrigkeit wird auf die Ausführungen in der Klage ab Ziff. 48 verwiesen."
Im angefochtenen Urteil findet sich keine Begründung dafür, weshalb die Vorinstanz die Frage der Sittenwidrigkeit des Vertrags nicht prüfte. In ihrer Vernehmlassung an das Bundesgericht führt sie unter Hinweis auf LGVE 2003 I Nr. 46 aus, der pauschale Verweis der Beschwerdeführerin in der Appellationsantwort auf ihre erstinstanzlichen Rechtsschriften sei im zweitinstanzlichen Verfahren unbeachtlich. Die von der Beschwerdeführerin behauptete Sittenwidrigkeit habe deshalb nicht geprüft werden müssen. Diese Auffassung bekräftigt sie in ihrer Duplikeingabe unter Hinweis auf einen weiteren Entscheid in LGVE 2007 I Nr. 36.
Diese Begründung überzeugt nicht. Im Entscheid LGVE 2003 I Nr. 46, auf den sich die Vorinstanz stützt, wird dargelegt, dass eine Appellationsbegründung den Anforderungen nicht genügt, wenn in der Appellationsschrift bloss die erstinstanzlichen Rechtsschriften wiedergegeben werden. Nötig sei eine Auseinandersetzung mit den erstinstanzlichen Erwägungen und die Darlegung, weshalb das angefochtene Urteil falsch sei. Selbst wenn diese auf die Appellationsbegründung bezogenen Anforderungen auch für die Appellationsantwort gelten sollten, stützen sie im vorliegenden Fall die Argumentation der Vorinstanz nicht. Die erste Instanz hat sich gerade nicht mit der behaupteten Sittenwidrigkeit im konkreten Fall befasst, weshalb sich die Beschwerdeführerin in ihrer Appellationsantwort auch nicht mit diesbezüglichen Erwägungen der Erstinstanz hätte auseinander setzen können. Insofern ist ihre Bemerkung, angesichts der vorinstanzlichen Begründung erübrigten sich Ausführungen zur Sittenwidrigkeit des angefochtenen Vertrags nach <ref-law>, verständlich. Die Beschwerdeführerin hielt jedoch an der behaupteten Sittenwidrigkeit fest, indem sie auf ihre Ausführungen in der Klagschrift unter Ziffer 48 ff. verwies. Diese Ausführungen hat die erste Instanz, wie gesagt, nicht behandelt. Dass unter solchen Umständen der Verweis auf die Ausführungen in der Klagschrift unbeachtlich sein soll, ist durch den angegebenen LGVE nicht abgedeckt.
In LGVE 2007 I Nr. 36 wird zwar bezüglich des Rekurses nach luzernischem Recht ausgeführt, die Überprüfung des angefochtenen Entscheids erfolge aufgrund der in der Rekursschrift und der Rekursantwort enthaltenen Ausführungen der Parteien. Der blosse Verweis auf erstinstanzliche Rechtsschriften genüge daher nicht. Diese Begründungsanforderungen beziehen sich indessen klarerweise nur auf den Fall, dass sich die Erstinstanz mit einem Standpunkt überhaupt auseinandergesetzt hat und es darum geht, aufzuzeigen, inwiefern sie dabei falsch entschieden haben soll. Diese Konstellation liegt hier nicht vor. Bei der vorliegend gegebenen Sachlage einen präzisen Verweis auf bestimmte, noch nicht beurteilte Ausführungen vor der Erstinstanz zu diesem Standpunkt unberücksichtigt zu lassen, bedeutet einen überspitzten Formalismus, der gegen <ref-law> verstösst (vgl. dazu <ref-ruling> E. 5 S. 253; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a/bb S. 34, je mit Hinweisen).
4.3 Die Beschwerdeführerin beanstandet daher zu Recht, dass die Vorinstanz die behauptete Sittenwidrigkeit des Vertrags nicht geprüft hat. Auf die von ihr eventualiter beantragte Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Prüfung der Nichtigkeit des Vertrags wegen Sittenwidrigkeit nach <ref-law> kann verzichtet werden, da das Bundesgericht die Frage selbst frei prüfen kann, und die Beschwerdeführerin nicht geltend macht, sie habe im kantonalen Verfahren diesbezüglich zu berücksichtigende Tatsachen vorgebracht, die von der Vorinstanz nicht festgestellt worden seien.
5. Die Beschwerdeführerin begründet die behauptete Sittenwidrigkeit des Vertrags vom 2. September 2005 einerseits mit dem Vorliegen einer verpönten Kommerzialisierung des Rechtsmittelverzichts, anderseits mit der Wertdisparität der ausgetauschten Leistungen.
5.1 Nicht jeder entgeltliche Verzicht auf ein Rechtsmittel ist sittenwidrig. Eine verpönte Kommerzialisierung ist vielmehr erst dann gegeben, wenn mit der entgeltlichen Verzichtsvereinbarung allein der drohende Verzögerungsschaden des Bauherrn vermindert werden soll. Soweit sich der wirtschaftliche Wert des Verzichts bloss aus dem möglichen Schaden wegen der Verlängerung des Bewilligungsverfahrens, nicht aber aus schutzwürdigen Interessen des Nachbarn ergibt, ist die Kommerzialisierung des Verzichts sittenwidrig (<ref-ruling> E. 2c S. 105 f.). Die Verabredung einer Vergütung für den Rückzug eines nicht aussichtslosen Baurekurses ist nicht sittenwidrig (<ref-ruling> E. 4b; Urteil 4A_37/2008 vom 12. Juni 2008 E. 3).
Nach den Feststellungen der Vorinstanz (mit Verweis auf die Feststellungen der Erstinstanz) zeitigte die Überbauung durchaus Einwirkungen auf das Grundstück des Beschwerdegegners. So sei die vormals freie Sicht gegen Süden unterbrochen, was aber vorab und hauptsächlich an der Überbauung an sich liege. Den massgebenden und vom Beschwerdegegner in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vorgebrachten Beanstandungen, dass statt 3-geschossige Bauten solche mit vier Vollgeschossen und ein Ausnützungszifferbonus von 15 % bewilligt worden seien, komme nur eine untergeordnete Bedeutung zu. Die dadurch verursachte Beeinträchtigung sei nicht übermässig.
Daraus ist nicht zu schliessen und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht behauptet, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei aussichtslos gewesen. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde war mithin durchaus geeignet, schutzwürdige Interessen des Beschwerdegegners zu wahren, auch wenn die durch die bewilligten Massnahmen (vier statt drei Vollgeschosse sowie Ausnützungszifferbonus von 15 %) bedingte Beeinträchtigung des Grundstücks des Beschwerdegegners nicht als übermässig bezeichnet werden kann. Sittenwidrigkeit wegen verpönter Kommerzialisierung des Rechtsmittelverzichts liegt daher nicht vor.
5.2 Soweit die Beschwerdeführerin die Sittenwidrigkeit mit dem erheblichen Missverhältnis zwischen den ausgetauschten Leistungen begründet, geht ihre Berufung auf <ref-law> von vornherein fehl. Die Wertdisparität von Leistung und Gegenleistung bedeutet für sich allein keine Sittenwidrigkeit. Der Problemkreis der Wertdisparität der Vertragsleistungen wird vielmehr abschliessend vom Übervorteilungstatbestand des <ref-law> erfasst (<ref-ruling> E. 4c).
5.3 Demnach ist der Vertrag vom 2. September 2005 nicht wegen Sittenwidrigkeit im Sinne von <ref-law> nichtig zu erklären. Die Vorinstanz hat die Klage der Beschwerdeführerin zu Recht abgewiesen.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, I. Kammer als Appellationsinstanz, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. März 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer