Sachverhalt:
A.
Der Bauausschuss Opfikon erteilte der Y._ AG am 6. März 2012 die Bewilligung für einen An- und Aufbau am bestehenden Bürogebäude auf dem Grundstück Kat.-Nr. 6521 in Opfikon-Glattbrugg. Da das Projekt zu einer Überschreitung der maximalen Ausnützung führt, ist vorgesehen, die fehlende Ausnützung, die einer Grundstücksfläche von 254.9 m2entspricht, vom Grundstück Kat.-Nr. 7808 zu übertragen. Dieses steht im Eigentum der SBB.
Gegen den Beschluss des Bauausschusses rekurrierte die Kommanditgesellschaft X._ ans Baurekursgericht des Kantons Zürich. Dieses wies den Rekurs mit Entscheid vom 19. Juli 2012 ab. Eine daraufhin von der Kommanditgesellschaft X._ eingelegte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 21. November 2012 ebenfalls ab.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 18. Januar 2013 beantragt die Kommanditgesellschaft X._, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Sache sei zur Neubeurteilung zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Der Bauausschuss Opfikon beantragt, die Beschwerde sei mangels Legitimation der Beschwerdeführerin abzuweisen und die Entscheide des Verwaltungsgerichts und des Baurekursgerichts seien ohne materielle Prüfung aufzuheben, weil das Verfahren von Beginn weg von der falschen Partei geführt worden sei; eventuell sei die Beschwerde materiell zu beurteilen und vollumfänglich abzuweisen. Im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels hat die Beschwerdegegnerin auf eine weitere Stellungnahme verzichtet, während die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen festhält.

Erwägungen:
1.
Dem angefochtenen Entscheid liegt ein Beschwerdeverfahren über eine baurechtliche Bewilligung zu Grunde. Dagegen ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> das zutreffende Rechtsmittel. Angefochten ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz, welcher in Bezug auf das vorliegend umstrittene Baugesuch das Verfahren abschliesst (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, ist als Nachbarin durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
Das Baugrundstück liegt in der Zentrumszone ZA2. Das Grundstück der SBB, von welchem der Nutzungstransfer erfolgen soll, besteht aus drei Teilen: Der östliche Teil liegt in der Erholungszone E1, der westliche Teil ebenfalls in der Zentrumszone ZA2. Verbunden werden beide durch einen Streifen, der als Bahntrassee dient. Für den Nutzungstransfer vorgesehen ist nur der westliche Grundstücksteil. Er hat die Form eines Dreiecks, liegt dem Baugrundstück direkt gegenüber auf der anderen Seite der Rohrstrasse und dient als Abstellplatz für Dritte.
Das Verwaltungsgericht beurteilte den Nutzungstransfer als zulässig. Das Gesetz des Kantons Zürich vom 7. September 1975 über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht (LS 700.1; im Folgenden: PBG) setze bei der Revision vom 1. September 1991 für Ausnützungsübertragungen nicht mehr voraus, dass die betreffenden Flächen zusammenhängen. Damit sei die zoneninterne Ausnützungsübertragung zwischen mehreren Grundstücken erleichtert worden. Ausnützungsübertragungen dürften sich aber nicht über eine beliebige Entfernung und verschiedene Zonentypen hinweg erstrecken. In Anwendung dieser Grundsätze hätten der Bauausschuss Opfikon und das Baurekursgericht eine räumliche Trennung der beiden Grundstücke trotz der dazwischen liegenden Rohrstrasse zu Recht verneint. Weiter könnten für die Ausnützung nur Flächen anrechenbar sein, die für eine Wohn- oder Gewerbenutzung überhaupt in Frage kämen. Auch diese Voraussetzung sei erfüllt. Die fragliche dreieckige Fläche diene nicht überwiegend dem Bahnbetrieb, nur weil sie der SBB gehöre. Schliesslich könne die Nutzungsübertragung auch nicht wegen der resultierenden Ausnützungskonzentration verweigert werden. Jede Ausnützungsübertragung habe in einem bestimmten Bereich eine Ausnützungskonzentration zur Folge.
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, bei der Auslegung von § 259 Abs. 1 PBG hätten die Gemeinden keine Autonomie und es bestehe kein Ermessensspielraum der Baubehörden. Die Formel, dass die Rechtmittelinstanz nur dann eingreifen dürfe, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, führe zu einer Willkürkognition. Das Verwaltungsgericht habe seine Kognition unzulässigerweise unterschritten (§ 50 Abs. 1 i.V.m. § 20 Abs. 1 lit. a und b sowie Abs. 2 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 [VRG; LS 175.2]). Dadurch habe es Art. 9, 29 Abs. 1 und 2 und <ref-law> verletzt.
3.2. Das Verwaltungsgericht hat seine Prüfung nicht auf Willkür beschränkt. Auch sprach es nicht davon, die Rechtsmittelinstanz dürfe nur eingreifen, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist. Die angeführten Bestimmungen der Bundesverfassung wurden nicht verletzt. Insoweit, als das Verwaltungsgericht dem Bauausschuss einen Beurteilungsspielraum zugestand, ist dies im Übrigen nicht zu beanstanden. Gerichte müssen den Beurteilungsspielraum, der das Gesetz der Verwaltung einräumt, respektieren. Das gilt in Angelegenheiten mit lokalem Bezug und im Autonomiebereich selbst dann, wenn sich im Einzelfall die richterliche Prüfungspflicht gemäss Art. 33 Abs. 3 lit. b RPG über Rechtsverletzungen hinaus auch auf die Angemessenheit erstreckt (vgl. Urteile 1C_156/2011 vom 15. Juli 2011 E. 2.3 mit Hinweisen; 1P.434/2002 vom 10. April 2003 E. 3.5.1).
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass sie bereits im Verfahren vor Baurekursgericht Kritik ästhetischer Art vorgebracht habe. Das Verwaltungsgericht habe zu Unrecht behauptet, dieser Bauhinderungsgrund sei neu. Indem es darauf nicht eingetreten sei, habe es ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt (<ref-law>).
4.2. In ihrer Rekursschrift ans Baurekursgericht machte die Beschwerdeführerin geltend, aus der Nutzungsübertragung resultiere eine Übernutzung und somit ein Nutzungsvorteil zugunsten der Liegenschaft der Beschwerdegegnerin und ein Nachteil für ihre eigene Liegenschaft. Eine Rüge der Verletzung der gestalterischen Anforderungen von § 238 Abs. 1 PBG ist in dieser Kritik nicht zu erblicken. Dementsprechend machte die Beschwerdeführerin denn auch vor Verwaltungsgericht keine Verletzung der Begründungspflicht geltend, nachdem das Baurekursgericht die Ästhetik nicht thematisiert hatte. Mit ihrem neuen Vorbringen erweiterte die Beschwerdeführerin vor der Vorinstanz den Prozessgegenstand. Diese verletzte <ref-law> nicht, wenn sie darauf nicht eintrat (vgl. in Bezug auf das Verfahren vor Bundesgericht <ref-ruling> E. 4.1 S. 366; Urteil 2C_538/2010 vom 19. Juli 2010 E. 4; je mit Hinweisen; vgl. auch KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl. 1999, N. 4 zu § 52 VRG; MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, 1997, N. 8 zu Art. 72 und N. 15 zu Art. 25 VRPG).
5.
5.1. Die Beschwerdeführerin bringt vor, das Verwaltungsgericht habe keinen Augenschein durchgeführt und es ihr damit verwehrt zu zeigen, dass das Grundstück der SBB räumlich zu einem anderen Gebiet gehöre als jenes der Beschwerdegegnerin. Das Gebiet, in welchem das Grundstück der SBB liege, sei noch weitgehend unüberbaut, das Gebiet, in welchem das Grundstück der Beschwerdegegnerin liege, dagegen weitgehend überbaut. Mit der Rohrstrasse trenne zudem eine 7.5 m breite Hauptverkehrsstrasse mit beidseitigen Trottoirs von 2 m die Grundstücke der Beschwerdegegnerin und der SBB. Dass dahinter die Bahnlinie eine weitere räumliche Zäsur schaffe, sei nicht entscheidend. Die gegenteilige Auffassung des Verwaltungsgerichts sei willkürlich. Willkürlich sei auch zu argumentieren, dass die Nutzungsübertragung nicht verweigert werden könne, nur weil dies zu einer unerwünschten Ausnützungskonzentration führe. Ein Vergleich mit Arealüberbauungen, wo die Grundausnützung um höchstens 10 % gesteigert werden könne, zeige, dass in dieser Hinsicht Grenzen bestünden. Schliesslich diene die dreieckige Fläche auf dem Grundstück der SBB schwergewichtig dem Bahnbetrieb. Die Nutzung als Autoabstellplatz sei denn auch nie genehmigt worden. Das Verwaltungsgericht habe dieses Vorbringen übergangen und damit zum einen <ref-law>, zum andern <ref-law> verletzt. Auch habe es in dieser Hinsicht den Sachverhalt nur unvollständig ermittelt (<ref-law>).
5.2. Bei der Ausnützungsübertragung wird eine noch nicht genutzte Grundstücksfläche einer benachbarten Parzelle dem zu bebauenden Grundstück angerechnet (Urteil 1C_416/2007 vom 3. Oktober 2008 E. 2.1 mit Hinweisen). Über die Zulässigkeit derartiger Übertragungen enthält das PBG keine umfassende Regelung. § 259 Abs. 1 PBG legt fest, dass die massgebliche Grundfläche zur Bestimmung der zulässigen Ausnützung (vgl. § 251 lit. a i.V.m. § 254 PBG) die von der Baueingabe erfasste Fläche der baulich noch nicht ausgenützten Grundstücke oder Grundstückteile der Bauzone ist. Daraus leiten Lehre und Praxis ab, dass Ausnützungsübertragungen zwischen verschiedenen Parzellen grundsätzlich zulässig sind. Seit der Revision des PBG vom 1. September 1991 wird zudem nicht mehr vorausgesetzt, dass die interessierenden Flächen zusammenhängen.
Diese Ordnung entspricht den Anforderungen des Bundesrechts. So hat das Bundesgericht interzonale Ausnützungsübertragungen ausserhalb von Arealüberbauungen als unzulässig erklärt, dagegen etwa "Kettenübertragungen" (Ausnützungsübertragungen in mehreren Etappen, über mehrere benachbarte Grundstücke hinweg) als zulässig (Urteile 1P.193/1997 vom 5. September 1997 E. 2c mit Hinweisen, in: ZBl 100/1999 S. 218; 1P.256/2006 vom 18. Juli 2006 E. 2.5 mit Hinweis, in: ZBl 108/2007 S. 446; 1C_351/2012 vom 12. Februar 2013 E. 8.2).
5.3. Das abgebende und das empfangende Grundstück liegen einander direkt gegenüber, getrennt lediglich durch die Rohrstrasse. Trotz deren Breite von insgesamt 11.5 m erscheint es nicht als willkürlich, dass das Verwaltungsgericht den räumlichen Zusammenhang für eine Ausnützungsübertragung nach § 259 Abs. 1 PBG als hinreichend bezeichnet hat. Hinzu kommt, dass hinter der zur Ausnützungsübertragung herbeizuziehenden Fläche eine Eisenbahnlinie liegt, die den räumlichen Zusammenhang zwischen der abgebenden und der empfangenden Fläche unterstreicht.
Die erwähnten örtlichen Gegebenheiten gehen aus den Akten hervor. Das Verwaltungsgericht hat deshalb den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör nicht verletzt, indem es in antizipierter Beweiswürdigung deren Antrag auf einen Augenschein ablehnte. Die Beschwerdeführerin selbst argumentiert denn auch ausschliesslich mit Umständen, die aktenkundig sind. Welche wesentlichen zusätzlichen Erkenntnisse ein Augenschein bringen würde, legt sie nicht dar.
Der angefochtene Entscheid erscheint auch nicht wegen des um 13 % vergrösserten Bauvolumens des aufgestockten Gebäudes als willkürlich. Das Verwaltungsgericht hat in dieser Hinsicht zu Recht festgehalten, dass jede Ausnützungsübertragung in einem bestimmten Bereich eine Ausnützungskonzentration zur Folge hat. Der Hinweis der Beschwerdeführerin auf Arealüberbauungen steht dem nicht entgegen. Sie übersieht, dass das PBG selbst keine starre Schranke für Nutzungsintensivierungen bei Arealüberbauungen vorsieht. Zudem scheint es sachlich gerechtfertigt, an Arealüberbauungen höhere Anforderungen anzulegen (vgl. § 71 PBG), zumal in diesem Bereich in verschiedener Hinsicht Abweichungen von der Regelbauweise möglich sind (vgl. § 72 PBG) - mithin auch solche, die über eine blosse Ausnützungsübertragung hinausgehen.
Nicht zu überzeugen vermag schliesslich die Berufung der Beschwerdeführerin auf <ref-law>. Diese Bestimmung regelt das eisenbahnrechtliche Plangenehmigungsverfahren. Sie beantwortet nicht die Frage, inwiefern ein Grundstück, auf welchem sich eine Eisenbahnanlage befindet, für eine Ausnützungsübertragung nach kantonalem Recht berücksichtigt werden kann. Das Verwaltungsgericht hat deshalb <ref-law> nicht verletzt, indem es die Ausnützungsübertragung zugelassen hat. Auch wendete es in dieser Hinsicht § 259 Abs. 1 PBG nicht willkürlich an. Auf der fraglichen Dreiecksfläche steht weder eine Bahnanlage noch eine andere Baute. Es erscheint deshalb keineswegs unhaltbar, diese Fläche im Rahmen einer Ausnützungsübertragung zu berücksichtigen. Ob für die gegenwärtige Nutzung als Autoabstellplatz eine Bewilligung eingeholt worden ist, ist dabei nicht massgebend (<ref-law>). Das Verwaltungsgericht hat zudem <ref-law> nicht verletzt, wenn es auf dieses Argument nicht näher einging. Das rechtliche Gehör verlangt nicht, dass die Behörde sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 5.2 S. 236 mit Hinweisen).
6.
Die Beschwerde ist aus den genannten Gründen abzuweisen.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bauausschuss Opfikon und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Juni 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Dold