Faits:
A. M._, né en 1979, est atteint d'une cataracte congénitale bilatérale. L'assurance-invalidité a pris en charge l'octroi de lunettes et de lentilles de contact, sur prescription médicale de la doctoresse L._, spécialiste FMH en ophtalmologie.
Le 2 novembre 2007, M._ a invité l'Office cantonal de l'assurance-invalidité de Genève à prendre en charge une note d'honoraires de cette praticienne, relative aux consultations des 25 novembre et 12 décembre 2006. Dans un préavis du 3 décembre 2007, l'office AI a rejeté la demande, attendu que depuis que l'assuré avait accompli sa vingtième année, il n'avait plus droit à la prise en charge par l'assurance-invalidité des frais de consultation d'ophtalmologie dans le cadre de l'octroi et du renouvellement de moyens auxiliaires (lunettes loupes, lentilles, etc), les consultations remboursées entre-temps par l'AI l'ayant été à tort.
Le 22 janvier 2008, M._ a fait part de ses observations. Par décision du 6 janvier (recte: février) 2008, l'office AI a refusé derechef la prise en charge des frais des consultations des 25 novembre et 12 décembre 2006 de la doctoresse L._.
B. Par jugement du 3 juin 2008, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève a rejeté le recours formé par M._ contre cette décision.
C. M._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, en concluant, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de celui-ci et au remboursement de la note d'honoraires en cause de la doctoresse L._. Il invite le Tribunal fédéral à dire que les frais de consultations d'ophtalmologie dans le cadre du renouvellement des lentilles et lunettes octroyées par l'assurance-invalidité seront pris en charge par l'AI.
L'Office cantonal de l'assurance-invalidité de Genève conclut au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales propose le rejet du recours sans formuler d'observations.

Considérant en droit:
1. Est litigieuse la prise en charge par l'assurance-invalidité des consultations des 25 novembre et 12 décembre 2006 de la doctoresse L._, spécialiste FMH en ophtalmologie. Dans la mesure où le recourant invite le Tribunal fédéral à dire que les frais de consultations d'ophtalmologie dans le cadre du renouvellement des lentilles et des lunettes seront pris en charge par l'assurance-invalidité, ces conclusions, d'ordre général, sortent de l'objet de la contestation déterminé par la décision du 6 janvier 2008.
2. 2.1 Les premiers juges ont nié le droit du recourant à la prise en charge des consultations litigieuses, considérant que ni la loi, ni le règlement (RAI), ni l'ordonnance (OMAI) ne prévoyaient au titre du droit aux moyens auxiliaires le remboursement des honoraires de l'ophtalmologue qui avait prescrit les lunettes ou les verres de contact octroyés par l'assurance. Bien que la remise du moyen auxiliaire s'effectuât sur prescription médicale de l'ophtalmologue, on ne pouvait voir dans la réglementation en cause une lacune justifiant l'intervention du juge.
Selon le recourant, la prise en charge des notes d'honoraires des 25 novembre et 12 décembre 2006 découlerait de la simple interprétation systématique de l'ordonnance.
2.2 Sur ce point, le recourant ne peut être suivi. D'après la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 193; <ref-ruling> consid. 7.2 p. 5; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 499). Ainsi que l'a relevé la juridiction cantonale, on ne trouve à l'<ref-law>, définissant le droit aux moyens auxiliaires, ou à l'<ref-law>, déléguant au Département fédéral de l'intérieur le mandat d'édicter la liste ainsi que les dispositions complémentaires concernant la remise ou le remboursement des moyens auxiliaires, aucune trace de la prise en charge des honoraires de l'ophtalmologue prescripteur de lunettes ou de verres de contact. L'ordonnance concernant la remise de moyens auxiliaires par l'assurance-invalidité (OMAI) dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007, n'en fait également pas mention. Si effectivement, comme le rappelle le recourant, le droit aux moyens auxiliaires s'étend aux accessoires et aux adaptations rendus nécessaires par l'invalidité (<ref-law>), et que l'assurance assume, à défaut d'un tiers responsable, les frais de réparation, d'adaptation ou de remplacement partiel nécessaires en dépit de l'usage soigneux qu'a fait l'assuré d'un moyen auxiliaire remis par elle (<ref-law>), la teneur de ces dispositions et l'examen de l'ordonnance montrent que la prise en charge de l'assurance vise le moyen auxiliaire en tant que tel, ou son utilisation (art. 7 al. 1, art. 7 al. 3 OMAI), mais non la prescription médicale requise ou le préalable à la remise du moyen. S'agissant d'une prestation qui relève en principe de l'assurance obligatoire des soins (art. 25 al. 1 et 2 let. a ch. 1 LAMal), on ne saurait voir dans l'absence de prise en charge des consultations de l'ophtalmologue prescripteur du moyen auxiliaire octroyé par l'assurance-invalidité dans les dispositions évoquées ci-dessus, une situation justifiant l'intervention du juge.
3. Toutefois, en l'espèce, la question de la prise en charge des consultations de la doctoresse L._ des 25 novembre et 12 décembre 2006 ne trouve pas sa résolution dans les seules dispositions régissant la remise des moyens auxiliaires. Selon l'<ref-law>, les frais de prothèses dentaires, de lunettes et de supports plantaires ne sont pris en charge par l'assurance que si ces moyens auxiliaires sont le complément important de mesures médicales de réadaptation.
S'il est patent que l'intimé a pris en charge les moyens auxiliaires requis par le recourant (2'042 fr. pour deux paires de lunettes double-foyers hi-vision selon communication du 19 janvier 2007), le jugement attaqué ne dit rien sur la mesure médicale de réadaptation dont ces moyens doivent être le complément, ni sur le caractère important que ce complément doit revêtir, ni sur la nature - dans ce cadre - des consultations litigieuses; sur ces éléments, les pièces au dossier ne sont pas plus explicites. En procédure cantonale, moyen qu'il a repris en instance fédérale, le recourant a en outre déjà fait valoir que les consultations litigieuses constituaient une mesure médicale de réadaptation ou faisaient toujours partie d'une telle mesure, sans que la juridiction cantonale n'ait examiné ce grief.
Dans ces conditions, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de compléter d'office les constatations de fait de l'autorité cantonale et d'examiner pour la première fois les griefs du recourant relatifs à la mesure médicale de réadaptation dont les moyens auxiliaires octroyés doivent être le complément important. Le jugement attaqué doit bien plutôt être annulé et la cause renvoyée à la juridiction cantonale pour qu'elle statue à nouveau en procédant conformément aux considérants.
4. Vu l'issue du litige, les frais judiciaires doivent être mis à la charge de l'intimé, qui succombe (<ref-law>). Non représenté par un avocat, le recourant ne saurait prétendre une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (art. 68 al. 1 et 2 LTF; <ref-ruling> consid. 4 p. 446).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis en ce sens que le jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, du 3 juin 2008, est annulé, la cause étant renvoyée à l'autorité judiciaire de première instance pour qu'elle statue à nouveau en procédant conformément aux considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 7 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Wagner