Faits :
A. A.A._ et B.A._ se sont mariés le 31 juillet 1992. Deux enfants sont nés de leur union, C.A._ le 7 septembre 1994 et D.A._ le 6 septembre 1996. Le couple vit séparé depuis le 1er janvier 2004. Selon un extrait du projet de convention soumis le 13 mai 2005 au juge du divorce pour ratification, les conjoints renonçaient à toute pension pour eux-mêmes; l'autorité parentale sur les enfants C.A._ et D.A._ était exercée conjointement et la garde alternée, une semaine sur deux; chaque parent assumait les frais courants d'entretien durant le séjour des enfants chez lui (nourriture, cotisations d'assurance-maladie pour un enfant, habits courants et autres); chaque parent touchait l'allocation pour un enfant et le père versait à la mère une pension mensuelle de 200 fr. par enfant.
Pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2004, le Service cantonal des contributions du canton de Fribourg (ci-après: le Service cantonal des contributions) a imposé B.A._ sur la pension alimentaire de 4'800 fr.; il a admis la déduction pour deux enfants mineurs à charge (2 x 5'600 fr.) ainsi que la déduction des primes d'assurance-maladie pour un enfant (700 fr.) et appliqué le barème de l'<ref-law> (ci-après: barème pour couple marié).
S'agissant de A.A._, le Service cantonal des contributions a admis la déduction de la pension alimentaire de 4'800 fr. pour les enfants, la déduction des primes d'assurance-maladie pour un enfant (700 fr.), mais n'a en revanche pas octroyé de déduction sociale pour enfant ni appliqué le barème pour couple marié. Il a fixé le revenu imposable de l'intéressé à 61'009 fr. et l'impôt fédéral direct à 879 fr. 55. Pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2004, le Service cantonal des contributions a admis la déduction de la pension alimentaire de 4'800 fr. pour les enfants, deux demi-déductions pour enfants à charge (5'500 fr.), la déduction des primes d'assurance-maladie pour un enfant, mais n'a pas appliqué à son revenu global imposable le taux correspondant à 60% de ce revenu (splitting) applicable aux personnes mariées vivant en ménage commun et aux contribuables veufs, séparés, divorcés ou célibataires faisant ménage commun avec des enfants ou des personnes nécessiteuses dont ils assurent pour l'essentiel l'entretien. Il a fixé le revenu imposable de l'intéressé à 52'982 fr. et l'impôt cantonal à 4'655 fr. 90. La taxation a été notifiée le 18 août 2005.
Le 17 septembre 2005, A.A._ a déposé une réclamation contre la décision du 18 août 2005 en matière d'impôt fédéral direct, cantonal et communal. Il a demandé des déductions supplémentaires pour ses frais de transport et repas hors du domicile. Il a aussi demandé une déduction sociale pour un enfant ainsi que l'application du barème pour couple marié tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal. Le 28 septembre 2005, le Service cantonal des contributions a partiellement admis la réclamation s'agissant des frais de transport et de repas hors du domicile. Il a en revanche refusé d'octroyer la déduction sociale pour un enfant et d'appliquer le barème pour couple marié tant en matière d'impôt fédéral direct qu'en matière d'impôt cantonal et communal.
Le 27 octobre 2005, A.A._ a interjeté recours auprès de la Cour fiscale du Tribunal administratif du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal administratif). Il a demandé que lui soient accordés une déduction sociale pour enfant et le barème pour couple marié en matière d'impôt fédéral direct et en matière d'impôt cantonal.
B. Par arrêt du 14 décembre 2006, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours en matière d'impôt fédéral (4F 05 211) et rejeté le recours en matière d'impôt cantonal et communal (4F 05 212). En matière d'impôt fédéral direct, il a accordé à l'intéressé la déduction pour personne nécessiteuse de 5'600 fr. pour chacun des enfants en lieu et place de la déduction de la contribution d'entretien de 4'800 fr., qu'il a supprimée, mais il a refusé d'appliquer le barème pour couple marié.
C. Agissant par la voie du recours de droit administratif pour violation du droit fédéral, l'Administration fédérale des contributions demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 14 décembre 2006 par le Tribunal administratif en la cause 4F 05 211 et de confirmer la décision sur réclamation rendue le 28 septembre 2005 par le Service cantonal des contributions.
Le Tribunal administratif conclut au rejet du recours. Le Service cantonal des contributions conclut à l'admission du recours. A.A._ n'a pas répondu à l'invitation à déposer une réponse au recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué a été rendu avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, de la nouvelle loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110). Le présent recours doit dès lors être examiné au regard des dispositions de la loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ; <ref-law>).
1.2 Déposé en temps utile contre une décision rendue par une autorité judiciaire statuant en dernière instance cantonale et fondée sur le droit public fédéral, le présent recours est recevable en vertu des art. 97 ss OJ, ainsi que de la règle particulière de l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (ci-après: LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11), qui confère précisément le droit de recourir à l'Administration fédérale des contributions.
2. Le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'abus ou l'excès du pouvoir d'appréciation (art. 104 lettre a OJ). Le Tribunal fédéral vérifie d'office l'application du droit fédéral, sans être lié par les motifs invoqués par les parties ni, en matière de contributions publiques, par leurs conclusions (art. 114 al. 1 in fine OJ). Lorsque le recours est dirigé, comme en l'espèce, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ). Une correction en défaveur du contribuable (reformatio in peius) n'est cependant entreprise que si celui-ci a été préalablement averti, si la décision concernée est manifestement erronée et si sa rectification revêt une importance notable (<ref-ruling> consid. 8b; <ref-ruling> consid. 1b; Archives 69 811 consid. 4b/bb; RF 55 2000 122 consid. 3a; RDAT 1998 II 22t 353 consid. 3c/bb et les références citées).
3. Dans le système d'imposition praenumerando bisannuel, la période fiscale comprend deux années civiles consécutives et l'impôt sur le revenu est calculé sur la base du revenu moyen du contribuable pendant les deux années ayant précédé la période fiscale (également bisannuelle), diminué par les déductions générales et les frais mentionnés aux art. 26 à 33 LIFD (art. 25, 40 al. 2 et 43 al. 1 LIFD). D'après l'<ref-law>, les cantons sont libres, en dérogation à l'art. 40, de fixer pour l'imposition dans le temps une période fiscale annuelle correspondant à une année civile en prenant comme base de calcul le revenu du contribuable durant cette même année civile (système d'imposition postnumerando annuel selon les art. 208 à 220 LIFD). Le canton de Fribourg ayant choisi d'appliquer le système postnumerando annuel depuis le 1er janvier 2001, ce sont les dispositions des art. 208 à 220 qui trouvent application en l'espèce.
4. 4.1 En vertu de l'<ref-law>, les revenus des époux qui vivent en ménage commun sont additionnés quel que soit le régime matrimonial. A contrario, en cas de divorce ou de séparation durable de fait ou de droit, les époux sont imposés séparément (cf. aussi <ref-law>).
4.2 La pension alimentaire obtenue pour lui-même par le contribuable divorcé ou séparé judiciairement ou de fait, ainsi que les contributions d'entretien qu'il obtient pour les enfants sur lesquels il a l'autorité parentale sont imposables dans son chapitre fiscal (art. 23 lettre f LIFD), tandis que ces mêmes montants sont déductibles par le contribuable qui les verse (art. 33 al. 1 lettre c LIFD par renvoi de l'<ref-law>). En revanche, les prestations versées en exécution d'une obligation d'entretien ou d'assistance fondée sur le droit de la famille (<ref-law>) ne sont pas déductibles (art. 33 al. 1 lettre c in fine LIFD) ni en conséquence imposées auprès de leur bénéficiaire (art. 24 lettre e LIFD).
Le revenu des enfants sous autorité parentale est en outre ajouté à celui du détenteur de l'autorité parentale, à l'exception du revenu de leur activité lucrative sur lequel les enfants sont imposés séparément (<ref-law>).
4.3 D'après l'<ref-law> (dans sa teneur en vigueur pour la période fiscale 2004, selon l'art. 7 de l'ordonnance du 4 mars 1996 sur la compensation des effets de la progression à froid pour les personnes physiques en matière d'impôt fédéral direct [RS 642.119.2]; ci−après: ordonnance du 4 mars 1996), sont déduits du revenu net 5'600 fr. pour chaque enfant mineur, ou faisant un apprentissage ou des études, dont le contribuable assure l'entretien (lettre a; ci-après: la déduction sociale pour enfant) ainsi que pour chaque personne totalement ou partiellement incapable d'exercer une activité lucrative, à l'entretien de laquelle le contribuable pourvoit, à condition que son aide atteigne au moins le montant de la déduction; cette dernière déduction n'est pas accordée pour l'épouse, ni pour les enfants pour lesquels la déduction selon la lettre a est accordée (lettre b; ci-après: la déduction pour personne nécessiteuse).
4.4 D'après l'<ref-law> (dans sa teneur en vigueur pour la période fiscale 2004, selon l'art. 6 de l'ordonnance du 4 mars 1996), les versements, primes et cotisations d'assurances-vie, d'assurances maladie, d'assurances accident ne tombant pas sous le coup de l'art. 33 al. 1 lettre f LIFD, ainsi que les intérêts des capitaux d'épargne du contribuable et des personnes à l'entretien desquelles le contribuable pourvoit, sont également déduits jusqu'à concurrence de 3'100 fr. pour les personnes mariées vivant en ménage commun et de 1'500 fr. pour les autres contribuables, augmentés de 700 fr. pour chaque enfant ou personne nécessiteuse pour lesquels le contribuable peut faire valoir la déduction prévue à l'art. 213 al. 1 lettre a ou b LIFD (ci-après: la déduction pour assurances).
4.5 L'<ref-law> (dans sa teneur en vigueur pour la période fiscale 2004, selon l'art. 5 de l'ordonnance du 4 mars 1996) prévoit un barème plus favorable pour les époux vivant en ménage commun ainsi que pour les contribuables veufs, séparés, divorcés et célibataires qui vivent en ménage commun avec des enfants ou des personnes nécessiteuses dont ils assument pour l'essentiel l'entretien (ci-après: le barème pour couple). Le barème ordinaire, fixé par l'<ref-law> (36 al. 1 LIFD), est applicable aux autres contribuables (ci-après: le barème de base).
5. 5.1 Les déductions sociales et les barèmes ont pour but d'adapter - de manière schématique - la charge d'impôt à la situation personnelle et économique particulière de chaque catégorie de contribuables conformément au principe de l'imposition selon la capacité contributive de l'art. 127 al. 2 Cst. (Peter Locher, Kommentar zum DBG, Ire partie, Therwil/Bâle 2001, n° 1 et 2 ad <ref-law>; Peter Locher, Steuerrechtliche Qualifikation von Kinderbetreuungskosten, Archives 68, p. 375, p. 380; F. Richner/W. Frei/S. Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zurich 2003, n° 6 et 7 ad <ref-law>; E. Bosshard/H.-R. Bosshard/W. Lüdin, Sozialabzüge und Steuertarife im schweizerischen Steuerrecht, Zurich 2000, p. 63; Ivo Baumgartner, in: Zweifel/Athanas [éd.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, vol. I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Bâle/Genève/Munich 2000, n° 3 ad <ref-law>).
La réglementation légale en la matière est nécessairement schématique en raison de la multiplicité des situations individuelles à considérer, ce qui est toutefois compatible avec les principes ancrés à l'art. 127 Cst. S'agissant du droit cantonal, le Tribunal fédéral a en effet reconnu à plusieurs reprises qu'il n'est pas réalisable, pour des raisons pratiques, de traiter chaque contribuable de façon exactement identique d'un point de vue mathématique et que, de ce fait, le législateur est autorisé à choisir des solutions schématiques. S'il n'est pas possible de réaliser une égalité absolue, il suffit que la réglementation n'aboutisse pas de façon générale à une charge sensiblement plus lourde ou à une inégalité systématique à l'égard de certaines catégories de contribuables (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 243 et la jurisprudence citée). A cela s'ajoute que les possibilités de comparer les différentes situations restent limitées (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 163; <ref-ruling> consid. 4c à 4e p. 336 à 338; <ref-ruling> consid. 3c p. 4/5) et qu'il existe un risque de créer de nouvelles inégalités (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 163; <ref-ruling> consid. 2a p. 78; <ref-ruling> consid. 6b p. 8; <ref-ruling> consid. 3 p. 333).
5.2 A teneur de l'art. 190 Cst., le Tribunal fédéral est tenu d'appliquer les lois fédérales. Il n'est donc pas habilité à en contrôler la constitutionnalité (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 236; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 566 et les références). Il peut tout au plus procéder à une interprétation conforme à la Constitution d'une loi fédérale, si les méthodes ordinaires d'interprétation laissent subsister un doute sur son sens (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 263 et les références). L'interprétation conforme à la Constitution trouve toutefois ses limites lorsque le texte et le sens de la disposition légale sont absolument clairs, quand bien même ils seraient contraires à la Constitution (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 716).
5.3 Les déductions et barèmes différenciés des art. 23 lettre f, 24 lettre e, 33 al. 1 lettre c, 212, 213 et 214 LIFD sont autant d'ajustements légaux de la charge fiscale qui montrent que le législateur fédéral a distingué les catégories de contribuables en fonction de leur capacité économique de façon à établir entre elles et sous cet angle restreint une certaine égalité de traitement (Message du Conseil fédéral du 25 mai 1983 concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral direct [Message sur l'harmonisation fiscale], FF 1983 III 1, p. 30, 34, spéc. 36 ss).
6. Les différentes catégories envisagées par le législateur fédéral lors de l'adoption de la loi sur l'impôt fédéral direct sont les suivantes.
6.1 Pour tenir compte de la capacité économique - plus basse à revenu égal - du couple marié par rapport à un contribuable célibataire, veuf, divorcé ou séparé (Message sur l'harmonisation fiscale, p. 24, 36), le législateur a décidé qu'à condition de vivre en ménage commun, les époux ont droit au barème pour couple, leurs revenus étant par ailleurs additionnés (<ref-law>).
6.2 Parmi les couples mariés vivant en ménage commun, le législateur distingue s'ils ont ou non des enfants. Sans enfant, les couples mariés vivant en ménage commun ne bénéficient que du barème pour couple et de la déduction pour assurances du couple.
A condition d'assurer l'entretien des enfants, les couples mariés vivant en ménage commun ont droit, en plus du barème pour couple, à la déduction sociale pour enfant et à la déduction pour assurances des enfants (<ref-law> ainsi que 212 al. 1 LIFD, qui renvoie au premier). La loi n'exige pas à cet effet qu'ils vivent en ménage commun avec les enfants (pour le cas d'un enfant majeur en formation: arrêt 2A.536/2001 du 29 mai 2002 in: RF 57/2002 p. 632).
6.3 Les contribuables célibataires, veufs, divorcés ou séparés sont soumis au barème de base. Parmi ces contribuables, le législateur distingue s'ils ont ou non des enfants et, s'il y a des enfants, selon que ces contribuables ont l'autorité parentale sur les enfants, d'une part, et font ménage commun avec ces derniers, d'autre part.
6.4 A condition d'en assurer l'entretien, un contribuable célibataire, veuf, divorcé ou séparé a droit à la déduction sociale pour enfant et à la déduction pour assurances qui lui est liée (<ref-law> ainsi qu'<ref-law>, qui renvoie au premier).
6.5 A condition d'avoir l'autorité parentale sur l'enfant, ce même contribuable est imposé sur la pension alimentaire qu'il reçoit pour ce dernier. L'autre parent peut déduire la pension alimentaire qu'il verse pour ce dernier. Son revenu fiscal étant net de la charge de l'enfant, il n'est pas considéré comme celui qui assure l'entretien de l'enfant au sens de l'<ref-law>. Le versement de la pension alimentaire constitue un déplacement des ressources: celui qui reçoit la pension alimentaire l'utilise pour les besoins de l'enfant en sus de ses propres ressources auxquelles cette pension est assimilée et sur laquelle il est imposé (E. Bosshard/H.-R. Bosshard/W. Lüdin, op. cit., p. 140). Par conséquent, c'est lui qui, sur le plan fiscal, assure l'entretien, voire l'essentiel de l'entretien, de l'enfant et a droit à la déduction sociale pour enfant.
6.6 A condition de vivre en ménage commun avec l'enfant et d'en assurer l'essentiel de l'entretien, le contribuable célibataire, veuf, divorcé ou séparé bénéficie - en sus de la déduction pour enfant et celle pour assurances de l'enfant - du barème pour couple (cf. <ref-ruling> consid. 3.4 p. 556). Jugée trop avantageuse par rapport au traitement réservé aux couples mariés avec enfants à charge, cette solution viole le principe de l'imposition selon la capacité contributive, comme l'a constaté le Tribunal fédéral à propos de l'art. 11 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) qui a une teneur identique à l'<ref-law> (<ref-ruling> et 131 II 710). Elle s'impose toutefois aussi dans le cadre de l'impôt fédéral direct, vu le texte clair des dispositions en cause (art. 190 Cst.; cf. ci-dessus consid. 5.2).
6.7 Le législateur fédéral n'a pas expressément réglé le cas des concubins s'agissant des abattements sociaux qui leur sont accordés (déductions en francs ou barèmes). Implicitement, il a admis que leur situation est analogue à celle de deux contribuables célibataires, veufs, divorcés ou séparés (cf. consid. 6.3 ss ci-dessus ainsi que l'arrêt 2A.566/1997 du 12 janvier 1999 in: Archives 69, p. 198).
S'ils ont un enfant, à condition d'en assurer l'entretien, l'un des concubins a droit à la déduction sociale pour enfant et à la déduction pour assurances de l'enfant. Il est imposé sur la pension alimentaire qu'il reçoit en principe de son partenaire et, à condition de vivre en ménage commun avec l'enfant et d'en assurer l'essentiel de l'entretien, il a droit au barème pour couple. Quant à l'autre concubin, il peut déduire de son revenu la pension alimentaire qu'il verse pour l'enfant sur lequel le premier a l'autorité parentale (arrêt 2A.37/2006 du 1er septembre 2006 in: StE 2007 B 27.2 n° 30). Le traitement fiscal des concubins est donc identique à celui des conjoints séparés ou divorcés, l'existence d'un ménage commun entre concubins ne jouant pas de rôle à cet égard.
6.8 Il ressort du système légal qu'un même abattement ne peut en principe être accordé plusieurs fois. Ainsi, d'après l'art. 213 al. 1 lettre b in fine LIFD, il est exclu d'accorder à un contribuable - pour une même personne dont il assure tout où partie de l'entretien - à la fois la déduction sociale pour enfant et la déduction pour personne nécessiteuse. De même, il est exclu d'accorder le barème pour couple à chacun des parents divorcés ou séparés (<ref-ruling> consid. 3 p. 555 ss). Pour les mêmes motifs, il est également exclu d'accorder plusieurs fois, pour un même enfant, la déduction sociale pour enfant, soit au contribuable séparé ou divorcé qui assure l'entretien de l'enfant et à celui qui verse la contribution d'entretien pour cet enfant (Agner/Jung/Steinmann, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, Zurich 2001, n° 2 in fine ad <ref-law>, p. 149; Agner/Digeronimo/Neuhaus/Steinmann, Complément au Commentaire précité, Zurich 2001, n° 9a ad <ref-law>, p. 139; F. Richner/W. Frei/S. Kaufmann, op. cit., n° 42 ad <ref-law>; contra: Gerhard Hauser, Zu den steuerlichen Folgen des neuen Scheidungsrechts, insbesondere zur gemeinsamen elterlichen Sorge, in: Archives 68, p. 353 ss, p. 364 s.; Ivo Baumgartner, op. cit., n° 32 ad <ref-law>; Peter Locher, Kommentar zum DBG, n° 35 et 65 ad <ref-law>; E. Bosshard/H.-R. Bosshard/W. Lüdin, op. cit., p. 164). Cette interdiction d'un cumul des déductions existait déjà sous l'empire de l'AIFD, puisque la déduction sociale pour enfant ne pouvait être revendiquée qu'une fois par enfant et, une fois accordée à l'un des parents, excluait également son octroi à l'autre parent de même que celui de la déduction pour personne nécessiteuse. Toutefois, l'Administration fédérale des contributions avait admis une exception à cette interdiction pour pallier l'absence de déduction de la pension alimentaire (Circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 14 juillet 1988: Nouveautés concernant l'impôt fédéral direct, Archives 57, 437 ss, chap. II, ch. 1, lettres c et d, p. 439 s.). Après l'introduction par le nouveau droit de la déduction, respectivement l'imposition de la pension alimentaire (art. 23 lettre f et 33 al. 1 lettre c LIFD), cette exception est tombée à bon droit. Au demeurant, elle favoriserait les parents taxés séparément par rapport aux parents mariés faisant ménage commun qui ne peuvent prétendre qu'à une seule déduction pour le même enfant.
6.9 En outre, tel qu'il a été voulu par le législateur fédéral dès le 1er janvier 1995, l'art. 33 al. 1 lettre c LIFD, même combiné avec l'<ref-law>, n'autorise aucun abattement social particulier qui permette au contribuable qui verse la pension alimentaire de déduire les dépenses d'entretien direct qu'il consent, par exemple, dans le cadre de son droit de visite sur les enfants, quand bien même celles-ci varient selon que le droit de visite exercé est sporadique, mensuel, hebdomadaire ou élargi et cela même si le montant de la contribution d'entretien est inférieur aux déductions sociales pour enfant ou pour personne nécessiteuse.
7. 7.1 Entrées en vigueur le 1er janvier 1995, les dispositions relatives à la déduction de la pension alimentaire, aux déductions sociales et aux barèmes applicables ne tiennent pas compte de la révision du droit de la famille du 26 juin 1998 (RO 1999 1118) qui prévoit, d'une part, la possibilité d'attribuer l'autorité parentale conjointe à des parents non mariés et, d'autre part, celle de maintenir l'exercice en commun de l'autorité parentale par des père et mère divorcés (art. 133 al. 3 et 298a CC). Elles ne tiennent pas compte non plus du fait que ces derniers peuvent se voir confier la garde alternée des enfants.
7.2 Selon le message du Conseil fédéral, l'introduction de l'autorité parentale conjointe repose essentiellement sur l'idée que le divorce concerne la relation du couple et non pas celle des parents et de l'enfant. Elle a pour but de minimiser les conséquences traumatisantes du divorce pour l'enfant, en favorisant le maintien de bonnes et étroites relations entre celui-ci et chaque parent. Elle tient compte de ce que les divorces conflictuels sont souvent remplacés par des séparations à l'amiable assorties d'une réglementation consensuelle dont ne doivent pas être exclues les questions relatives aux enfants, l'Etat devant s'abstenir autant que possible d'intervenir dans les relations de droit privé. Trouvés à l'amiable plutôt qu'imposés par l'autorité judiciaire, les arrangements relatifs à l'enfant semblent en outre être plus solides (message du Conseil fédéral du 15 novembre 1995 concernant la révision du code civil suisse (concernant notamment le divorce et le droit de la filiation), FF 1996 I 1 ss, 130 ss).
7.3 L'Administration fédérale des contributions a émis à l'attention des administrations cantonales de l'impôt fédéral direct la Circulaire n° 7 du 20 janvier 2000 relative à l'imposition de la famille selon la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct (LIFD) et à l'attribution de l'autorité parentale conjointement à des parents non mariés et au maintien de l'exercice en commun de l'autorité parentale par des père et mère séparés ou divorcés (ci-après: la Circulaire n° 7 du 20 janvier 2000).
Selon la Circulaire n° 7 du 20 janvier 2000 (chiffre 3), "l'attribution de l'autorité parentale conjointe ne doit pas entraîner une application multiple du barème applicable aux époux vivant en ménage commun et aux contribuables veufs, séparés, divorcés et célibataires qui vivent en ménage commun avec des enfants (art. 214, al. 2, LIFD, respectivement art. 36, al. 2, LIFD) et ne doit pas conduire à l'octroi de plusieurs déductions de nature identique pour le même enfant (art. 213, al. 1, let. a, LIFD, respectivement art. 35, al. 1, let. a, LIFD)."
L'Administration fédérale précise encore qu'en cas de garde alternée de l'enfant par les deux parents et à défaut du versement par l'un à l'autre d'une contribution pour l'entretien de l'enfant ou en cas d'égalité des contributions de l'un et de l'autre, le critère déterminant sera l'importance de la garde exercée par chacun des parents. La déduction sociale pour enfant (<ref-law>) et le barème de l'<ref-law> sont par conséquent accordés à celui des parents qui assume la garde de fait la plus importante ou, en cas de garde de même importance, à celui des parents qui a le revenu le plus élevé.
8. 8.1 D'après la jurisprudence, afin d'assurer l'application uniforme de certaines dispositions légales, l'administration peut expliciter l'interprétation qu'elle leur donne dans des directives. Celles-ci n'ont pas force de loi et ne lient ni les administrés, ni les tribunaux, ni même l'administration. Elles ne dispensent pas cette dernière de se prononcer à la lumière des circonstances du cas d'espèce. Par ailleurs, elles ne peuvent sortir du cadre fixé par la norme supérieure qu'elles sont censées concrétiser. En d'autres termes, à défaut de lacune, elles ne peuvent prévoir autre chose que ce qui découle de la législation ou de la jurisprudence (cf. <ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling>). C'est à la lumière de ces principes que doivent être appréciées les règles contenues dans la Circulaire n° 7 du 20 janvier 2000.
8.2 La Circulaire n° 7 du 20 janvier 2000 expose en particulier les conséquences de l'autorité parentale conjointe sur le sort fiscal de la contribution d'entretien dès lors que son imposition, respectivement sa déduction, dépend de l'attribution de l'autorité parentale (cf. ci-dessus: consid. 4.2, 6.5 et 6.7). Pour que la pension alimentaire soit déduite du revenu, l'art. 33 al. 1 lettre c LIFD exige notamment a) qu'une pension soit versée b) au conjoint divorcé, séparé de fait ou judiciairement c) pour les enfants sur lesquels ce dernier a l'autorité parentale. La lettre de l'art. 33 al. 1 lettre c LIFD n'excluant pas que l'autorité parentale soit conjointe, le contribuable séparé ou divorcé qui verse une pension alimentaire pour les enfants sur lesquels il a également l'autorité parentale conjointe peut donc déduire cette pension de son revenu, tandis qu'elle demeure imposable auprès de l'autre conjoint divorcé ou séparé qui la reçoit (art. 23 lettre f LIFD).
Lorsque les contribuables ayant l'autorité parentale conjointe sont célibataires, l'imposition de la contribution chez l'un et sa déduction chez l'autre obéissent aux mêmes conditions que celles qui régissent la situation des parents séparés ou divorcés (arrêt 2A.37/2006 du 1er septembre 2006 par analogie).
Il convient de souligner que l'introduction de l'autorité parentale conjointe n'a aucune influence sur les autres abattements sociaux prévus par la loi sur l'impôt fédéral direct. En particulier, l'autorité parentale ne se confond pas avec le fait d'assurer l'entretien de l'enfant, même si cela coïncide le plus souvent.
8.3 La Circulaire n° 7 du 20 janvier 2000 examine ensuite les conséquences fiscales de la garde alternée quant à la déduction sociale pour enfant et à celle pour assurances et quant aux barèmes différenciés. Pour que la déduction sociale pour enfant et celle pour assurances soient accordées, les art. 213 al. 1 lettre a et 212 al. 1 LIFD exigent que le contribuable en assure l'entretien. Pour que le barème pour couple soit accordé, l'<ref-law> prévoit que le contribuable doit faire ménage commun avec l'enfant et en assurer l'essentiel de l'entretien. Sous cet angle, "la prise en charge de l'enfant et la répartition des frais d'entretien", qui doivent faire l'objet d'une convention ratifiée par le juge ou l'autorité tutélaire aux termes des art. 133 al. 3 et 298a al. 2 CC en cas d'autorité parentale conjointe, sont des éléments pertinents. Tel n'est pas le cas de la notion de garde, la garde pouvant au demeurant être attribuée à un tiers en cas de problèmes familiaux. En usant dans la Circulaire n° 7 du 20 janvier 2000 des termes "garde alternée" comme critère d'attribution des déductions sociales, l'Administration fédérale des contributions introduit ainsi une notion étrangère à la loi sur l'impôt fédéral direct qui ne connaît que celles d'entretien et d'autorité parentale, ce qui peut prêter à confusion. Dans la mesure toutefois où la garde de l'enfant suppose son entretien et où "l'importance de la garde exercée par chacun des parents" permet de déterminer qui assure l'entretien de l'enfant, la solution de l'Administration fédérale des contributions peut être considérée comme conforme aux art. 213 al. 1 lettre a, 212 al. 1 et 214 al. 2 LIFD. Par conséquent, ce n'est que dans la mesure où le critère - extra légal - utilisé par l'Administration fédérale des contributions dans la Circulaire n° 7 du 20 janvier 2000 revient à déterminer le parent qui assure (l'essentiel de) l'entretien de l'enfant qu'il peut être admis. A l'instar de l'Administration fédérale des contributions dans sa Circulaire n° 7, diverses hypothèses doivent être envisagées, selon qu'une pension alimentaire est versée, ou non, et selon que la garde alternée est d'importance égale ou inégale.
8.4 Lorsque l'un des parents verse une pension alimentaire à l'autre, l'assimilation de cette pension aux ressources du parent qui la reçoit aux fins d'entretien de l'enfant désigne ce dernier comme le contribuable qui assure l'entretien de l'enfant (cf. consid. 6.5 ci-dessus). A cet égard, la situation créée par la garde alternée n'est pas sensiblement différente de celle qui existait précédemment lorsque le parent débiteur de la pension exerçait son droit de visite plus ou moins élargi (parfois jusqu'à un mi-temps) pendant lequel il subvenait à l'entretien de l'enfant sans avoir droit à une déduction supplémentaire. Ainsi, les dépenses d'entretien direct consenties par le parent débiteur de la pension alimentaire lors de la garde alternée ne font pas l'objet d'abattements sociaux particuliers. Il importe peu sous cet angle que la garde alternée soit, ou non, d'égale importance, le statut créé par l'existence d'une pension alimentaire l'emporte.
8.5 En l'absence de pension alimentaire, il convient de distinguer selon que la garde alternée est d'importance égale ou différente. Lorsque la garde alternée est d'importance inégale, la solution de l'Administration fédérale qui consiste à accorder la déduction sociale pour enfant et celle pour assurances, qui lui est légalement liée, au parent qui exerce la garde la plus importante peut être considérée comme conforme aux art. 212 al. 1 et 213 al. 1 LIFD, puisque celui-ci subvient par ses propres moyens à la plus grande part de l'entretien de l'enfant. Lorsque la garde alternée est d'égale importance, la solution de l'Administration fédérale des contributions consistant à accorder la déduction sociale pour enfant et celle pour assurances, qui lui est légalement liée, à celui des parents qui a le revenu le plus élevé relève de l'opportunité, puisqu'elle conduit à accorder la solution la plus favorable au plan fiscal, supposant que le parent le plus aisé contribue de manière plus importante à l'entretien de l'enfant. A défaut de solution préférable, elle peut également être considérée comme conforme aux art. 212 al. 1 et 213 al. 1 LIFD.
8.6 Ainsi dans tous les cas mentionnés ci-dessus, un seul parent, celui qui a l'autorité parentale (complète ou conjointe) et assure le principal de l'entretien de l'enfant par ses propres moyens ou ceux qui lui sont imputés fiscalement, soit la pension alimentaire, a droit aux abattements sociaux. Dans la mesure où il fait ménage commun avec l'enfant, il a également droit au barème pour couple.
Il est vrai qu'une partie de la doctrine propose d'accorder à chaque parent séparé ou divorcé la moitié de la déduction pour enfant, comme le font le canton de Fribourg et d'autres cantons (Peter Locher, Kommentar zum DBG, n° 39 ss ad <ref-law>; Gerhard Hauser, op. cit., p. 366). Toutefois, le système prévu par la loi sur l'impôt fédéral direct ne l'autorise pas et met en place un régime qui veut que les enfants soient rattachés à un parent unique ou à un couple qui forme une unité économique (<ref-law>), qui seul aura droit aux déductions pour enfants et pour assurances conformément à l'interdiction du cumul des déductions, ainsi que, le cas échéant, au barème pour couple. En outre, par nature schématiques (cf. Peter Locher, Kommentar zum DBG, n° 7 ad <ref-law>; Ivo Baumgartner, op. cit., n° 5 et 6 ad <ref-law>; F. Richner/W. Frei/S. Kaufmann, op. cit., n° 18 ad <ref-law>; E. Bosshard/H.-R. Bosshard/W. Lüdin, op. cit., p. 133), les déductions sociales - et les barèmes - revêtent un caractère forfaitaire, qui ne s'accommode pas d'une répartition par quote-part entre les parents, à moins d'aménager l'ensemble du système (Ivo Baumgartner, op. cit., n° 5 et 19 ad <ref-law>). Au demeurant si les déductions sociales devaient être divisées, il n'y aurait aucune raison de s'en tenir à une répartition par moitié et d'écarter une répartition selon d'autres proportions, selon la part d'entretien assurée par chaque parent. La détermination de la quote-part entraînerait alors d'importantes difficultés d'ordre pratique. S'agissant de l'impôt fédéral direct, une telle solution ne peut reposer sur une simple pratique. Elle devrait être instaurée par le législateur, si elle était jugée souhaitable.
9. 9.1 En l'espèce, l'intéressé et son ex-épouse ont l'autorité parentale conjointe sur les enfants C.A._ et D.A._ dont ils ont également la garde alternée à mi-temps. D'après la convention de divorce, chacun assume les frais courants d'entretien des enfants, lorsqu'ils séjournent chez lui (nourriture, cotisations d'assurance-maladie pour un enfant, habits courants et autres). L'intéressé verse en outre une pension alimentaire à la mère des enfants, qu'il peut déduire et qui est imposable auprès de la mère des enfants. Dans ces conditions, force est de constater que la mère assure au moins la moitié de l'entretien des deux enfants qui sont chez elle à mi-temps, avec ses propres moyens et la pension alimentaire qu'elle reçoit de l'intéressé. Celle-ci peut donc prétendre à la déduction pour enfant, à la déduction pour assurances des enfants et au barème pour couple.
On ne saurait toutefois ignorer qu'en l'espèce, la situation de l'intéressé peut paraître choquante dans la mesure où la pension alimentaire (de 4'800 fr. par année) qu'il verse à la mère des enfants est faible, et même inférieure au montant des déductions sociales de l'<ref-law> (5'600 fr. par enfant, soit 11'200 fr.). Toute récente qu'elle soit, l'introduction dans le code civil de l'autorité parentale conjointe et de la garde alternée n'autorise toutefois pas une interprétation qui s'écarte du texte clair des art. 33 al. 1 lettre c et 23 lettre f LIFD qui ne fixent aucune limite inférieure à l'imposition respectivement à la déduction de la pension alimentaire (art. 190 Cst.).
On ne saurait non plus dissocier, à l'encontre de la lettre claire de la loi, l'attribution de la déduction pour assurances de celle pour enfant ni accorder deux fois le barème pour couple. Des solutions différentes pour chaque enfant seraient également dépourvues de toute base légale, tant que chaque enfant ne vit pas de manière prédominante chez l'un ou l'autre des parents. Enfin, le fait que l'entretien des enfants serait plus coûteux en cas de garde alternée ne justifie pas une solution différente, la situation résultant du choix des intéressés et les abattements sociaux étant de toute manière forfaitaire.
9.2 Entre également en contradiction avec le texte légal la solution du Tribunal administratif consistant à accorder une déduction sociale pour personne nécessiteuse à celui des parents qui ne bénéfice pas des déductions sociales pour enfant et pour assurances. Une telle solution donne lieu à un cumul prohibé de déductions (cf consid. 6.8 ci-dessus) et place les parents divorcés ou séparés dans une situation doublement favorable par rapport aux parents mariés vivant en ménage commun avec des enfants. Les premiers sont non seulement imposés sur leur revenu séparément, soit à un taux plus bas que celui applicable aux revenus cumulés des époux, mais ils bénéficient encore d'une double déduction pour enfant (et pour assurance de l'enfant) que l'art. 213 al. 1 lettre b in fine LIFD refuse aux contribuables mariés. A cet égard, c'est en vain que le Tribunal administratif fait référence à l'arrêt du Tribunal fédéral 2A.406/2001 du 23 janvier 2002. Dans cette affaire, qui concernait trois enfants majeurs en formation faisant ménage commun avec leur mère divorcée, le Tribunal fédéral a jugé que la déduction pour enfant ne pouvait être refusée à celle-ci pour le motif que le père des enfants avait par ailleurs obtenu la déduction pour personne nécessiteuse. La situation des enfants (majeurs) en apprentissage ou aux études de parents taxés séparément n'est en effet pas comparable à celle d'enfants mineurs, du moment que les pensions alimentaires versées aux premiers à titre d'aliments sont exonérées (art. 24 lettre e LIFD) et qu'à l'inverse de celles versées pour les enfants mineurs, elles ne sont pas déductibles du revenu imposable du parent qui les verse. Par conséquent, la solution de l'arrêt 2A.406/2001 n'est d'aucune utilité en la présente cause.
En fait, seul le législateur fédéral peut corriger d'éventuelles inégalités en la matière. A cela s'ajoute que rien, dans les limites de l'évasion fiscale, n'empêche les parents taxés séparément d'aménager leur nouvelle situation et les obligations financières qui en découlent en fonction de leurs conséquences fiscales, de manière à tenir compte au mieux dans le cadre de l'autorité parentale conjointe et de la garde alternée, des capacités économiques de chacun d'eux.
9.3 Il résulte de ce qui précède que la décision du Tribunal administratif de supprimer la déduction de la contribution d'entretien viole l'art. 33 al. 1 lettre c LIFD. La pension alimentaire versée par l'intimé à son ex-épouse pour l'entretien de D.A._ et C.A._ a d'ailleurs été ajoutée au revenu imposable de cette dernière. Elle doit donc être déduite du revenu imposable de l'intimé.
En outre, l'octroi pour les mêmes enfants D.A._ et C.A._ des déductions sociales pour enfants à leur mère et l'octroi de la déduction pour personne nécessiteuse à l'intimé constitue un cumul prohibé par le droit fédéral. La décision du Tribunal administratif d'accorder la déduction pour personne nécessiteuse à l'intimé viole donc l'<ref-law>.
C'est en revanche à bon droit que le Tribunal administratif a refusé d'accorder à l'intimé le barème pour couple.
Il ressort également du dossier que l'intimé a obtenu une déduction supplémentaire de 700 fr. pour les primes d'assurance-maladie qu'il verse pour l'un des enfants, la seconde déduction ayant été accordée à la mère pour l'autre enfant. N'étant au bénéfice d'aucune déduction selon l'<ref-law>, l'intimé ne peut pas non plus bénéficier de la déduction pour assurances dont le sort est lié à la première (cf. art. 212 al. 1 in fine LIFD).
En résumé, l'intimé a droit de déduire de son revenu la contribution d'entretien de 4'800 fr. qu'il verse à son ex-épouse pour l'entretien de C.A._ et D.A._. En revanche, il n'a droit à aucune déduction au sens des art. 212 al. 1 in fine et 213 al. 1 LIFD et ne peut pas non plus être mis au bénéfice du barème pour couple.
En résumé, l'intimé a droit de déduire de son revenu la contribution d'entretien de 4'800 fr. qu'il verse à son ex-épouse pour l'entretien de C.A._ et D.A._. En revanche, il n'a droit à aucune déduction au sens des art. 212 al. 1 in fine et 213 al. 1 LIFD et ne peut pas non plus être mis au bénéfice du barème pour couple.
10. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours, à l'annulation de l'arrêt rendu le 14 décembre 2006 par le Tribunal administratif du canton de Fribourg en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et au renvoi de l'affaire à ce dernier pour nouvelle décision au sens des considérants. Il lui appartiendra de décider si la déduction pour assurances de 700 fr. accordée à tort au recourant doit être ou non supprimée, une telle rectification ne revêtant pas à première vue une importance notable (consid. 2).
Succombant, l'intimé doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ), même s'il n'a déposé d'observations devant le Tribunal fédéral (<ref-ruling> consid. 3b 157 s.).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt rendu le 14 décembre 2006 par le Tribunal administratif du canton de Fribourg est annulé en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct
2. La cause est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Fribourg pour nouvelle décision au sens des considérants.
3. Un émolument judiciaire de 1'000 fr. est mis à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties, au Service cantonal des contributions et au Tribunal administratif du canton de Fribourg.
Lausanne, le 4 septembre 2007
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: