Sachverhalt:
A. Die 1980 geborene T._, Mutter zweier Kinder (geboren 2001 und 2006), arbeitete in einem Pensum von 80 Prozent als Verkäuferin. Am 2. Juni 2005 zog sie sich durch einen Treppensturz eine Knieverletzung zu und musste sich am 23. August 2005 an der orthopädischen Klinik X._ einer Operation am rechten Knie unterziehen. Nachdem sie zwei Wochen nach diesem Ereignis mit ihrer Arbeit ausgesetzt hatte, nahm sie diese in der Folge nicht mehr auf. Am 17. Mai 2006 meldete sich T._ zum Leistungsbezug bei der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle Bern holte medizinische und erwerbliche Berichte ein, zog die Akten der zuständigen Unfallversicherung bei und liess einen Abklärungsbericht über den Aufgabenbereich als Hausfrau erstellen. Nach Intervention gegen einen ersten Vorbescheid vom 30. Januar 2007, mit dem die Abweisung des Leistungsbegehrens in Aussicht gestellt worden war, ermittelte die IV-Stelle einen Anspruch auf eine vom 1. Juni bis 30. November 2006 befristete Viertelsrente. Nach erneuten Einwänden gegen einen entsprechenden Vorbescheid veranlasste die Verwaltung eine medizinische Begutachtung durch Dr. med. H._, Spezialarzt FMH für orthopädische Chirurgie, und erhielt die Gelegenheit, im Rahmen eines von der Unfallversicherung in Auftrag gegebenen Gutachtens des medizinischen Zentrums Y._ Ergänzungsfragen zu stellen. Nachdem ein erneuter Haushaltsbericht eingeholt worden war, eröffnete die IV-Stelle der Versicherten mit Verfügung vom 7. Juli 2009, sie habe ab Juni 2006 Anspruch auf eine bis Ende Februar 2007 befristete Viertelsrente.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hiess die dagegen erhobene Beschwerde mit welcher eine höhere unbefristete Rente beantragt worden war, in dem Sinne teilweise gut, als es den Anspruch auf eine Viertelsrente auf Ende Dezember 2008 terminierte (Entscheid vom 3. August 2010).
C. T._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erheben und beantragen, der angefochtene Entscheid sei insofern aufzuheben, als ihr nicht eine unbefristete halbe Rente zugesprochen werde.
Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>). Hingegen hat eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides in tatsächlicher Hinsicht zu unterbleiben.
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über die Invaliditätsbemessung bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>, <ref-law> in der bis Ende 2007 gültig gewesen Fassung und <ref-law> in der seit 1. Januar 2008 geltenden Fassung; <ref-ruling> E. 3.4 S. 348 f. mit Hinweisen) sowie die Voraussetzungen, den Beginn (aArt. 29 Abs. 1 IVG in der bis zum 31. Dezember 2007 geltenden Fassung) und den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law>), zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Rechtsprechung über den Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten und das Prinzip inhaltlich einwandfreier Beweiswürdigung. Darauf wird verwiesen.
Zu ergänzen ist, dass bei teilerwerbstätigen Versicherten die Invalidität nach der gemischten Methode [<ref-law> und <ref-law> in Verbindung mit Art. 28a Abs. 1 und 2 IVG, <ref-law> und <ref-law>; vgl. ferner <ref-ruling> E. 6.3 S. 486 f. mit Hinweisen) bemessen wird und die rückwirkend ergangene Verfügung über eine befristete oder im Sinne einer Reduktion abgestufte Invalidenrente einerseits die Zusprechung der Leistung und andererseits deren Aufhebung oder Herabsetzung umfasst. Letztere setzt voraus, dass Revisionsgründe (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1a S. 275 mit Hinweisen) vorliegen, wobei der Zeitpunkt der Aufhebung oder Herabsetzung nach Massgabe des analog anwendbaren (AHI 1998 S. 119 E. 1b mit Hinweisen) <ref-law> festzusetzen ist (vgl. <ref-ruling> E. 6b/dd S. 275 mit Hinweis). Ob eine für den Rentenanspruch erhebliche Änderung des Invaliditätsgrades eingetreten und damit der für die Befristung oder Abstufung erforderliche Revisionsgrund gegeben ist, beurteilt sich in dieser Konstellation durch Vergleich des Sachverhalts im Zeitpunkt der Rentenzusprechung oder des Rentenbeginns mit demjenigen zur Zeit der Aufhebung bzw. Herabsetzung der Rente (<ref-ruling> E. 2d S. 418 am Ende, 368 E. 2 S. 369, 113 V 273 E. 1a S. 275, 109 V 262 E. 4a S. 265, je mit Hinweisen). In anfechtungs- und streitgegenständlicher Hinsicht ist es irrelevant, ob eine rückwirkende Zusprechung einer abgestuften und/ oder befristeten Invalidenrente in einer oder in mehreren Verfügungen gleichen Datums eröffnet wird. Es gelten die Grundsätze gemäss <ref-ruling> (<ref-ruling> E. 2.3.4 S. 166). Zu ergänzen bleibt weiter, dass die Feststellungen zur Arbeits(un)fähigkeit, die das kantonale Gericht gestützt auf medizinische Untersuchungen trifft, tatsächlicher Natur sind. Soweit die Beurteilung der Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird, geht es um eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.).
3. Streitig ist einerseits die Rentenhöhe und andererseits die Befristung des Rentenanspruchs auf Ende Dezember 2008.
3.1 Die Vorinstanz hat die verschiedenen medizinischen Berichte und Gutachten aufgelistet und festgestellt, dass hinsichtlich der Schädigung des rechten Kniegelenks letztlich übereinstimmende Diagnosen vorlägen, die Experten die noch zumutbare Arbeitsfähigkeit indessen unterschiedlich beurteilten. Das kantonale Gericht sah keinen Anlass an der Schlüssigkeit des Gutachtens des medizinischen Zentrums Y._ vom 17. September 2008, welches sich nicht in den Akten der IV-Stelle oder der Beschwerdeführerin fand, indessen vom kantonalen Gericht aus einem parallel laufenden Verfahren zwischen der Beschwerdeführerin und der Unfallversicherung beigezogen worden war, zu zweifeln. Es stellte hinsichtlich der als zumutbar erachteten Arbeitsfähigkeit auf die Ausführungen gemäss diesem Gutachten ab, soweit es den auf dessen Erstattung folgenden Zeitraum betraf, und hielt die Beschwerdeführerin ab September 2008 in der bisherigen oder jeder anderen knieschonenden Tätigkeit für uneingeschränkt arbeitsfähig. Der Sachverhaltsdarstellung der Beschwerdeführerin folgend ermittelte das Gericht in Anwendung der gemischten Methode und unter der Annahme, dass die Versicherte auch nach der Geburt ihres zweiten Kindes im November 2006 ihre Erwerbstätigkeit wieder im Umfang von 80 Prozent aufgenommen hätte, einen Invaliditätsgrad von 42.08 % ab Juni 2006 und einen solchen von 16.1 % ab September 2008.
3.2 Die Beschwerdeführerin lässt vor allem rügen, das kantonale Gericht habe den Sachverhalt unrichtig festgestellt, indem es sich einzig auf die attestierte Arbeitsfähigkeit gemäss Gutachten des medizinischen Zentrums Y._ gestützt habe. Dieses sei in vielerlei Hinsicht widersprüchlich. Im angefochtenen Entscheid werde zudem nicht ausgeführt, weshalb einerseits die in jenem Gutachten gemachte Feststellung, die Arbeitsfähigkeit sei nur bis zu drei Monaten nach der Operation vom 23. August 2005 eingeschränkt gewesen, als nicht schlüssig beurteilt worden sei, andererseits aber für den Zeitpunkt der Gutachtenserstellung auf dieses Attest abgestellt werde. Diese Feststellung sei daher willkürlich. Die Vorinstanz habe auch nicht genügend begründet, weshalb sie nicht auf die von der IV-Stelle selbst eingeholte und in jeder Beziehung den rechtsprechungsKgemässen Kriterien für ein beweiskräftiges Gutachten entsprechende Expertise des Dr. med. H._ vom 30. August 2008 abgestellt habe.
4. Zu prüfen ist vorerst die Höhe des Invaliditätsgrades im Zeitpunkt des Rentenbeginns per Juni 2006.
4.1 Das kantonale Gericht hat festgestellt, dass aufgrund der echtzeitlichen medizinischen Berichte der Dres. med. K._ und E._ im Zeitpunkt des Rentenbeginns von einer 50%igen Arbeitsfähigkeit in einer den Kniebeschwerden angepassten Tätigkeit ausgegangen werden kann. Es gibt letztinstanzlich keinen Grund von dieser Feststellung abzuweichen, was auch von der Beschwerdeführerin anerkannt wird. Weiter hat die Vorinstanz verbindlich und letztinstanzlich unwidersprochen festgestellt, die Beschwerdeführerin wäre als Gesunde in einem Pensum von 80 % erwerbstätig.
4.2 Das Valideneinkommen hat die Vorinstanz ab Sommer 2006 auf Fr. 39'465.- beziffert. Davon ist auszugehen. Das Invalideneinkommen wurde aufgrund statistischer Werte ermittelt und bei einem unbestrittenen sogenannten leidensbedingten Abzug aufgrund der behinderungsbedingten Einschränkungen von 15 % auf Fr. 21'368.- festgesetzt. Die Differenz zu dem in der Beschwerde angegebenen hypothetischen Invalidenlohn ergibt sich daraus, dass die Beschwerdeführerin in ihrer Argumentation davon ausgegangen ist, dass sie - ohne Berücksichtigung des Abzuges - noch ungefähr 50 % ihres Valideneinkommens verdienen könnte. Sie übersieht dabei, dass dieses nur 80 % beträgt. Die invaliditätsbedingte Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit entspricht daher lediglich 3/8 und nicht 4/8. Die Invalidität im erwerblichen Bereich beziffert sich demnach auf 45.85 %, diejenige im Haushalt unstrittig auf 27 %, was zu einem (gewichteten) Gesamtinvaliditätsgrad von 42.08 % führt (vgl. Berechnung im angefochtenen Entscheid S. 21). Damit wurde der Beschwerdeführerin per 1. Juni 2006 zu Recht eine Viertelsrente zugesprochen.
5. Zu prüfen bleibt demnach, ob sich die gesundheitlichen oder erwerblichen Verhältnisse in der Folge verbessert haben, sodass die Rente revisionsweise aufgehoben werden kann (vgl. Erwägung 2).
5.1 Die IV-Stelle hatte den Rentenanspruch befristet, weil sie davon ausgegangen war, dass die Beschwerdeführerin nach der Geburt des zweiten Kindes nur mehr einer 60%igen Erwerbstätigkeit nachgegangen wäre. Diese Annahme, die sich lediglich auf die allgemeine Lebenserfahrung und nicht auf die konkreten Verhältnisse gestützt hatte, wurde im angefochtenen Entscheid verbindlich widerlegt. Diesbezüglich liegt also kein Revisionsgrund vor. Das kantonale Gericht hat seinerseits den Anspruch auf Ende Dezember 2008 terminiert, ohne die Revisionsvoraussetzungen zu prüfen und das Bundesgericht bindende tatsächliche Feststellungen hinsichtlich veränderter Verhältnisse zu treffen. Damit hat es Bundesrecht verletzt. Gemäss Wortlaut der Erwägung 4.3 in fine, Seite 22 des angefochtenen Entscheides spricht die Vorinstanz zwar von einer geänderten gesundheitlichen Situation ab 17. September 2008, wonach der Beschwerdeführerin ab diesem Zeitpunkt wiederum eine vollzeitliche Erwerbstätigkeit zumutbar sei. Indessen wird auch in Erwägung 3.3.2, worauf im Entscheid verwiesen wird, nicht ausgeführt, worin diese Verbesserung bestehen soll. Vielmehr kann den dortigen Feststellungen lediglich entnommen werden, dass die Gutachter des medizinischen Zentrums Y._ den im Verhältnis zum Rentenbeginn gleich gebliebenen Gesundheitszustand unterschiedlich gewürdigt haben.
5.2 Vergleicht man die Diagnosen des Dr. med. K._ in seinem Bericht vom 4. April 2006 mit denjenigen im Gutachten des medizinischen Zentrums Y._ vom 17. September 2008 oder im Gutachten des Dr. med. H._ vom 30. August 2008, ergeben sich tatsächlich keine wesentlichen Differenzen. Letzterer hält die Beschwerdeführerin denn auch jeweils für zwei Stunden am Vor- und Nachmittag für arbeitsfähig, was ziemlich genau der Einschätzung des Dr. med. K._ (50 %) entspricht. Selbst die Gutachter des medizinischen Zentrums Y._, auf welche sich die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid stützen, behaupten nicht, der Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin habe sich seit Sommer 2006 relevant verbessert. Diese gingen im Gegenteil davon aus, die volle Arbeitsfähigkeit sei bereits wieder drei Monate nach der Operation vom 23. August 2005 erreicht worden. Damit liegen für September 2008 lediglich verschiedene Interpretationen desselben Sachverhaltes vor, weshalb keine Veränderung im Sinne von <ref-law> eingetreten ist. Zumindest bis zum Verfügungszeitpunkt vom 7. Juli 2009 liegt kein Revisionsgrund vor, weshalb der Anspruch auf eine Viertelsrente der Invalidenversicherung nicht zu befristen ist.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die Parteien haben die Gerichtskosten im Masse ihres Unterliegens je hälftig zu tragen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat Anspruch auf eine reduzierte Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 3. August 2010 und die Verfügung der IV-Stelle Bern vom 7. Juli 2009 werden aufgehoben, soweit damit der Anspruch auf eine Viertelsrente der Invalidenversicherung auf den 31. Dezember 2008 befristet wurde. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 250.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 250.- auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'400.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. Juni 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer