Sachverhalt:
A. Am 23. Dezember 2008 verweigerte das Amt für Städtebau der Stadt Zürich der X._ die Baubewilligung für vier Plakatwerbestellen auf dem Grundstück Kat.-Nr. AL8408 an der Badenerstrasse 760 in Zürich-Altstetten.
Am 19. Juni 2009 hiess die Baurekurskommission I des Kantons Zürich den Rekurs der X._ gut und lud das Amt für Städtebau ein, die umstrittene Baubewilligung zu erteilen.
Am 18. November 2009 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde der Stadt Zürich gut und stellte die Bauverweigerung des Amts für Städtebau vom 23. Dezember 2008 wieder her.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und denjenigen der Baurekurskommission I vom 19. Juni 2009 zu bestätigen. Eventuell sei der Verwaltungsgerichtsentscheid aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Anweisung, eventuell einen Augenschein durchzuführen und die Einordnung einer reduzierten Plakatierung zu prüfen. In prozessualer Hinsicht beantragt sie die Durchführung eines Augenscheins.
C. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, und verzichtet im Übrigen auf Vernehmlassung. Die Stadt Zürich beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Die X._ hält in ihrer Replik an der Beschwerde fest.
Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Duplik. Die Stadt Zürich hält an ihrem Standpunkt fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG) Entscheid über eine Baubewilligung, mithin eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a BGG. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die Beschwerdeführerin rügt verschiedene Verfassungsverletzungen, was zulässig ist (Art. 95 lit. a BGG). Als Partei des vorinstanzlichen Verfahrens und Adressatin des abschlägigen Baubescheids ist sie beschwerdebefugt (Art. 89 Abs. 1 lit. a BGG ). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, womit auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzutreten ist.
1.2 Der Antrag auf Durchführung eines Augenscheins durch das Bundesgericht ist abzuweisen, da sich der rechtserhebliche Sachverhalt mit ausreichender Klarheit aus den Akten - insbesondere auch aus den sich darin befindenden aussagekräftigen Fotodokumentationen - ergibt.
2. 2.1 Das "Micafil-Areal" liegt in der Wohnzone W4, in welcher ein Wohnanteil von mindestens 90 % vorgeschrieben ist. Den südlichen Abschluss der nach den Vorschriften eines privaten Gestaltungsplans erstellten Überbauung bildet ein 7-stöckiger, roter Gewerbebau, in welchem sich Büros und ein Kinderhort befinden. Dieses Gebäude liegt an der Badenerstrasse, unmittelbar neben einer Bahnüberführung, und trennt die dahinter (nördlich) liegenden Wohnbauten des "Micafil-Areals" von der vielbefahrenen Einfallstrasse in die Stadt Zürich. Die vier Reklametafeln im Format F12 (130 x 284 cm) für wechselnde Fremdwerbung sollen am mannshohen Staketenzaun aus Metall angebracht werden, welcher das "Micafil-Areal" von der Badenerstrasse abgrenzt.
2.2 Gemäss § 238 Abs. 1 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG) sind Bauten, Anlagen und Umschwung für sich und in ihrem Zusammenhang mit der baulichen und landschaftlichen Umgebung im ganzen und in ihren einzelnen Teilen so zu gestalten, dass eine befriedigende Gesamtwirkung erreicht wird. Nach den für das Baugrundstück - das "Micafil-Areal" - geltenden Gestaltungsplanvorschriften sind Bauten, Anlagen und Umschwung so zu gestalten, dass sie für sich und in ihrem Zusammenhang mit der baulichen und landschaftlichen Umgebung eine "besonders gute" städtebauliche Gesamtwirkung erreichen.
3. 3.1 Für die Stadt Zürich erzielen die vier Reklametafeln die nach den Gestaltungsplanvorschriften erforderliche besonders gute städtebauliche Gesamtwirkung nicht und sind deshalb nicht bewilligungsfähig. Gegenteiliger Ansicht ist die Baurekurskommission. Für das Verwaltungsgericht Zürich ist die Auffassung der Stadt vertretbar und deshalb im Rahmen der ihr zustehenden Gemeindeautonomie zu schützen.
Die Beschwerdeführerin rügt, der Entscheid der Baurekurskommission sei richtig gewesen und hätte vom Verwaltungsgericht geschützt werden müssen. Die Bauverweigerung beruhe weder auf einer objektiven Beurteilung noch einer nachvollziehbaren Begründung, sei mithin nicht vertretbar; das Amt für Städtebau habe den ihm als lokaler Baupolizeibehörde zustehenden autonomen Ermessensspielraum klar verletzt. Das Verwaltungsgericht sei in Willkür verfallen und habe ihre Eigentumsgarantie sowie ihre Wirtschaftsfreiheit schwer verletzt, indem es die Bauverweigerung wiederhergestellt habe.
3.2 Die Nichtbewilligung der vier Plakatwerbestellen berührt die Beschwerdeführerin als Plakatgesellschaft in ihrer Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 BV). Diese gilt indessen nicht absolut, sondern kann unter den Voraussetzungen von Art. 36 BV eingeschränkt werden, wobei Bund und Kantone den Grundsatz der Wirtschaftsfreiheit zu respektieren haben (Art. 94 Abs. 1 BV). Die Nichtbewilligung einzelner Plakatwerbestellen ist nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ein leichter, ein generelles Verbot von Werbeflächen auf Privatgrund ein schwerer Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit (E. 3.2 des die gleichen Parteien betreffenden Urteils 1C_293/2008 vom 4. November 2008).
3.2.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, bei der angefochtenen Bauverweigerung handle es sich nicht um eine beliebige Einzelverweigerung. Standorte an einer Hauptverkehrsachse seien für sie sehr wichtig, da solche schwierig zu finden und für ihre Geschäftstätigkeit von besonderer Bedeutung seien. Nur mit solchen besonders werbewirksamen Standorten könne sie ein vollständiges Netz an Reklameträgern anbieten. In Tat und Wahrheit bewillige ihr die Stadt nur noch sehr selten neue Plakatstellen, es gelte für sie faktisch ein Akquisitionsverbot, in dessen Rahmen die vorliegend zu beurteilende Bauverweigerung zu sehen sei. Von Anfang 2007 bis Ende 2009 habe sie 24 Gesuche für 54 Plakatstellen eingereicht, von denen lediglich 7 Plakatstellen auf Anhieb und 14 weitere nach Rechtsmittel- oder Wiedererwägungsverfahren bewilligt worden seien.
3.2.2 Diese Ausführungen sind nicht geeignet nachzuweisen, dass die Stadt Zürich der Beschwerdeführerin neue Plakatstellen generell verweigert. Das Bundesgericht hat bereits im erwähnten Entscheid 1C_293/2008 festgestellt, dass in der Stadt Zürich die Errichtung neuer Werbeflächen auf Privatgrund weder faktisch noch rechtlich verboten ist, und es ist nicht ersichtlich, dass sich seither etwas geändert hätte. Aus den Ausführungen der Beschwerdeführerin ergibt sich nichts anderes, wurden ihr in den letzten drei Jahren nach eigenen Angaben immerhin 21 neue Plakatstellen bewilligt. Dass im gleichen Zeitraum 33 Plakatstellen nicht bewilligt wurden, mag mit dem von der Beschwerdeführerin selber beklagten Mangel an geeigneten Standorten zusammenhängen und lässt keineswegs darauf schliessen, dass sie von der Stadt schikaniert oder gar boykottiert wird. Diese ist nicht verpflichtet, Reklame an baupolizeilich ungünstigen Standorten zu bewilligen, auch wenn dies einem geschäftlichen Bedürfnis der Beschwerdeführerin entsprechen würde. Im Streit liegt damit vorliegend einzig die verweigerte Baubewilligung für vier Reklametafeln und damit ein leichter Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit der Beschwerdeführerin. Dafür genügt als gesetzliche Grundlage ein Gesetz im materiellen Sinn oder eine Generalklausel, was unbestrittenermassen vorliegt. Deren Auslegung und Anwendung prüft das Bundesgericht nur auf Willkür (<ref-ruling> E. 4 mit Hinweisen; 1C_293/2008 vom 4. November 2008 E. 3.2).
3.2.3 Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheides, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5.4 S. 148; <ref-ruling> E. 3.1 S. 153; je mit Hinweisen).
3.3 Das Amt für Städtebau hat in seinem Entscheid vom 23. Dezember 2008 ausgeführt, die Überbauung des "Micafil-Areals" sei, entsprechend der mit dem Gestaltungsplan zugelassenen erhöhten Ausnützung, architektonisch und städtebaulich besonders gut gestaltet. Das 7-geschossige rote Gebäude sei als Teil dieser grösseren Überbauung städtebaulich sehr markant. Die Umgebung des Bauvolumens sei offen gehalten und durch einen filigranen, sorgfältig gestalteten Staketenzaun aus Metall vom Strassenraum abgegrenzt. Dieser transparente Metallzaun sei eine Referenz an die ehemalige Industrienutzung der Parzelle, ergebe ein stimmiges Bild und entspreche dem Quartiercharakter. Die vier überdimensionalen Plakatwände würden als Barriere zwischen dem bewusst offen gehaltenen Umschwung der Wohnbebauung und der Badenerstrasse wirken. Sie würden als räumliche Zäsur die Konzeption des offen gestalteten Aussenraums und die räumliche Disposition massiv stören und die transparente Wirkung des Metallzauns zerstören. Die vier grossformatigen Werbeflächen würden weder der vorherrschenden städtebaulichen noch der architektonischen Konzeption der Bebauung entsprechen, die Qualität des Ortes massiv beeinträchtigen und in Bezug zur Nutzung der direkt dahinter liegenden Bebauung (Wohnnutzung, Kinderkrippe) äusserst unpassend wirken. Die Dichte an Werbestellen sei zudem in diesem Bereich der Badenerstrasse bereits jetzt sehr hoch. Insgesamt vermöchten daher die vier Plakatstellen den Anforderungen einer besonders guten Gesamtwirkung nicht zu genügen.
Die Baurekurskommission ist demgegenüber zum Schluss gekommen, das Konzept des Gestaltungsplans für das "Micafil-Areal" habe gerade keinen "offenen, transparenten" Abschluss der Überbauung gegen die Badenerstrasse hin beinhaltet, sondern eine Abschottung der Wohnbauten durch das als Puffer dienende rote Gewerbegebäude; dessen (teilweise) Nutzung als Kinderkrippe entspreche ebensowenig dem Konzept des Gestaltungsplans wie die offene bzw. transparente Gestaltung der Umgebung - insbesondere durch den Staketenzaun - zur Badenerstrasse hin, sondern beruhe weit eher auf einer Nachlässigkeit bei der Umsetzung des Gestaltungsplans.
3.4 Es mag zwar diskutabel erscheinen, dass das Gestaltungsplankonzept einerseits die Wohnbauten des "Micafil-Areals" durch einen als Puffer dienenden Gewerbebau von der stark befahrenen Badenerstrasse abschotten will, anderseits aber dessen Umgebungsgestaltung eine möglichst grosse Transparenz zur Strasse schaffen soll. Indessen ergibt sich aus der Fotodokumentation, dass der Staketenzaun auf der benachbarten Gewerbeliegenschaft weitergeführt wird. Der Raum zwischen Zaun und Gebäude wird dabei als Parkplatz genutzt und ist damit in ähnlicher Weise "offen" bzw. unüberbaut gestaltet wie die Umgebung des roten Gewerbegebäudes auf dem "Micafil-Areal". Insofern sind die beiden benachbarten Areale in dieser Beziehung strassenseitig ähnlich gestaltet, bilden städtebaulich eine gewisse Einheit und entsprechen insbesondere auch dem vom Amt für Städtebau angeführten Anliegen der Stadt, bei diesem sich im Umbruch befindlichen ehemaligen Industriequartier von nach aussen abgeschotteten Parzellen abzukommen. Die Baurekurskommission nennt zudem keine Gestaltungsplanvorschrift, welche eine "offene" Umgebungsgestaltung des südlichen Abschlusses des "Micafil-Areals" zwingend ausschliessen würde. Insgesamt erweist sich die Auffassung des Amtes für Städtebau, die vier Reklametafeln würden den transparenten Abschluss des "Micafil-Areals" zur Badenerstrasse hin stören und damit den Anforderungen des Gestaltungsplans an eine "besonders gute städtebauliche Gesamtwirkung" nicht entsprechen, als vertretbar bzw. nicht willkürlich, die entsprechende Einschätzung des Verwaltungsgerichts ist nicht zu beanstanden. Das gilt ebenfalls für seine Auffassung, bereits zwei Reklametafeln hätten die unerwünschte ausgrenzende Wirkung, weshalb auch ein entsprechend reduziertes Bauprojekt nicht bewilligungsfähig sei.
3.5 Erweist sich somit die Bauverweigerung des Amtes für Städtebau als vertretbar, so konnte das Verwaltungsgericht diesen Entscheid in Respektierung der der Stadt dabei unbestrittenermassen zustehenden Gemeindeautonomie ohne Verfassungsverletzung schützen, auch wenn die Erteilung der Baubewilligung, wie sie die Baurekurskommission erteilte, ebenfalls vertretbar oder möglicherweise sogar vorzuziehen wäre. Die Rüge, die angefochtene Bauverweigerung verletze ihre Wirtschaftsfreiheit, ist unbegründet.
3.6 Ist die Bauverweigerung somit in Einklang mit den einschlägigen Bauvorschriften erfolgt, kann die Beschwerdeführerin aus der Eigentumsgarantie von vornherein nichts zu ihren Gunsten ableiten. Es kann daher offen bleiben, ob sie sich darauf berufen kann, obwohl sie nicht Eigentümerin des Baugrundstücks ist.
4. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. September 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi