Fatti:
A. A seguito di un controllo del conteggio dei salari - relativo al periodo dal 1° gennaio 2002 al 31 dicembre 2005 - eseguito il 26 settembre 2006 presso la S._ SA, la Cassa di compensazione del Cantone Ticino ha proceduto, mediante decisione 2 ottobre 2006, a una tassazione d'ufficio per ripresa di salari non notificati per complessivi fr. 31'200.-- fissando in fr. 4'348.15 i contributi AVS/AI/IPG dovuti dalla ditta.
Il 25 ottobre 2006 la Cassa ha confermato il proprio provvedimento e rigettato l'opposizione della società che contestava la ripresa sulle spese per i posteggi messi gratuitamente a disposizione di suoi tre dipendenti per l'espletamento delle proprie attività professionali.
B. Statuendo per giudice unico, la Corte cantonale ha respinto il ricorso della società e ritenuto che l'assegnazione regolare (mensile) e gratuita, da parte del datore di lavoro, ai suoi collaboratori di un parcheggio per scopi professionali costituiva un reddito in natura d'altra specie e andava incluso nel salario determinante e pertanto assoggettato al prelievo dei contributi (pronuncia del 28 giugno 2007).
C. La S._ SA interpone ricorso al Tribunale federale, al quale chiede l'annullamento del giudizio cantonale. Secondo l'insorgente il costo della locazione dei parcheggi pagato dalla società non può essere considerato come salario in natura, ma deve essere riconosciuto come onere della società.
La Cassa postula la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per contro, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>) e vi si può scostare solo qualora questo accertamento sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>). Per l'<ref-law>, inoltre, il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto.
2. Oggetto del contendere è sapere se la messa a disposizione, a titolo gratuito, di posteggi a scopo professionale da parte del datore di lavoro in favore dei suoi dipendenti costituisca un reddito in natura d'altra specie e debba essere incluso nel salario determinante dei suoi beneficiari, e di conseguenza essere assoggettato all'obbligo contributivo assicurativo.
3. 3.1 Nel querelato giudizio, cui si rinvia, la Corte cantonale ha già diffusamente esposto come in materia di AVS l'obbligo contributivo di persone esercitanti un'attività lucrativa dipenda, tra l'altro, dal reddito da esse realizzato durante un determinato periodo di tempo con attività dipendente o indipendente (art. 5 e 9 LAVS, art. 6 segg. OAVS).
Il salario determinante ai sensi dell'<ref-law> comprende così ogni retribuzione del lavoro a dipendenza d'altri per un tempo determinato o indeterminato, comprese le prestazioni in natura. Sono da ritenere salario determinante, per definizione, tutte le entrate del salariato economicamente in relazione con il rapporto di lavoro, irrilevante essendo che il rapporto persista o che esso sia stato sciolto e che le prestazioni siano corrisposte in virtù di un'obbligazione oppure a titolo volontario. Devono quindi essere considerate come reddito di un'attività sottoposta a imposizione contributiva non soltanto le retribuzioni versate direttamente per un lavoro svolto, bensì, per principio, anche tutte le indennità o le prestazioni aventi una relazione qualsiasi con il rapporto lavorativo, nella misura in cui esse non sono esonerate dall'imposizione giusta una esplicita disposizione legale (<ref-ruling> consid. 3c pag. 180 e la giurisprudenza ivi citata).
Secondo l'<ref-law> il salario determinante per il calcolo dei contributi comprende in particolare, per quanto non costituiscano rimborsi di spese, anche le prestazioni in natura regolari (lett. f). L'OAVS distingue tra vitto e alloggio (art. 10-12 OAVS) e il reddito in natura d'altro genere (<ref-law>). Sono segnatamente considerate reddito in natura d'altra specie l'assegnazione regolare di un'abitazione gratuita unicamente per il salariato o per tutta la famiglia, la consegna di una vettura di servizio per uso privato ecc. ( v. Direttive dell'UFAS sul salario determinante [DSD] cifra marg. 2058 con riferimenti alla giurisprudenza; sulla portata, non vincolante per il giudice delle assicurazioni sociali, delle direttive amministrative cfr. <ref-ruling> consid. 4.4 pag. 125 e sentenze ivi citate). Le prestazioni occasionali non fanno invece parte del salario determinante (v. DSD cifra marg. 2048 seg.).
3.2 Per parte sua, l'<ref-law> considera spese generali quelle cui il datore di lavoro deve far fronte nell'ambito della propria attività. Rientrano in questa categoria segnatamente le spese di viaggio (viaggio [solo eccezionalmente però per lo spostamento dal domicilio al luogo di lavoro], vitto e alloggio), le spese di rappresentanza e quelle per la clientela, le spese per il materiale e per il vestiario professionale e le spese d'uso dei locali di servizio, nella misura in cui essi sono utilizzati per lo svolgimento dell'attività lucrativa (DSD cifre marg. 3003 segg.).
4. 4.1 La Corte cantonale ha accertato, in maniera vincolante per questo Tribunale, che la società ha preso in locazione, assumendosi l'onere per la pigione, due posteggi che venivano usati esclusivamente da quei dipendenti (due in contemporanea) che, per necessità professionale, si dovevano recare presso clienti esterni e che quindi necessitavano della loro autovettura per spostarsi dalla sede di lavoro al luogo (esterno) di lavoro. Il primo giudice ha quindi constatato che questi collaboratori facevano uso quotidiano dei posteggi, fosse anche per poco tempo, visto che spesso si dovevano assentare dalla sede di lavoro per visitare i clienti fuori città, e che lo scopo di questi posteggi era di rendere più facile l'esercizio della loro funzione, evitando al dipendente in missione esterna di dover perdere tempo nella ricerca, al suo rientro in sede, di un'adeguata sistemazione per la sua vettura. Ha infine rilevato che nessun altro faceva capo a questi spazi.
4.2 Con il gravame la ricorrente osserva che sin dalla sua costituzione (1997) la società avrebbe stipulato un contratto di locazione relativo a due parcheggi che tiene a disposizione dei propri collaboratori incaricati del servizio esterno i quali, in virtù di tale loro funzione, sono chiamati ad espletare i mandati fuori sede. La società precisa che, viste le peculiarità del lavoro, è d'obbligo disporre di parcheggi nei pressi della sede, per poter offrire alla clientela un servizio esterno tempestivo. Aggiunge inoltre che il parcheggio come tale non sarebbe legato personalmente al singolo dipendente, ma piuttosto alla funzione che lo stesso svolge.
Infine rileva che, a livello fiscale, secondo le istruzioni emanate dall'Amministrazione federale delle contribuzioni in relazione all'entrata in vigore del nuovo certificato di salario, il posteggio gratuito sul posto di lavoro rientrerebbe nella categoria delle prestazioni da non dichiarare. Mal si comprenderebbe pertanto una diversità di trattamento nell'ambito delle assicurazioni sociali, a maggior ragione se si pensa che da tempo si sollecita un'armonizzazione e un allineamento di prassi tra AVS, IVA e imposte cantonali.
5. Decisivo, nel caso di specie, è stabilire se la disponibilità dei posteggi per i collaboratori addetti al servizio esterno vada a vantaggio dei dipendenti o del datore di lavoro.
Ora, questa Corte, contrariamente all'autorità giudiziaria di primo grado, è dell'avviso che in questo specifico caso - considerato l'accertato uso esclusivo dei posteggi da parte dei collaboratori addetti al servizio esterno (cfr. consid. 4.1) - la razionalizzazione conseguente alla disponibilità di due posteggi profitti al datore di lavoro.
Come adeguatamente esposto già in sede cantonale, posta di fronte a due ipotesi di soluzione - acquisto di vetture aziendali oppure utilizzo dell'auto del dipendente addetto al servizio esterno, con conseguente assunzione a carico dell'azienda di tutte le spese connesse, compreso il costo dei posteggi in zona centrale e nelle immediate vicinanze della sede della ditta - la S._ SA ha optato per ragioni di politica aziendale, giustificate e condivisibili, per la soluzione più logica e conveniente per la ditta, nel caso di specie la seconda.
Siffatto modo di procedere è di tutta evidenza motivato dalla necessità di evitare inutili e peraltro costose perdite di tempo da parte dei suoi collaboratori esterni alla ricerca di un posteggio nelle vicinanze, garantendo in tal modo interventi tempestivi nell'interesse della ditta. Detto altrimenti, mettere a disposizione dei propri dipendenti posti auto vicino alla sede della ditta equivale in sostanza a dotarli degli strumenti idonei a svolgere le loro funzioni nel modo più razionale e conveniente dal profilo organizzativo e finanziario aziendale, con conseguente contenimento dei costi, non essendovi inutili perdite di tempo riconducibili al girare a vuoto alla ricerca di un posteggio in zona centrale.
Né sarebbe lecito inferire che i dipendenti esterni beneficino di una retribuzione maggiorata per il fatto che godono di un posteggio per scopo professionale a costo zero. È appena il caso di rilevare in questo contesto che ai dipendenti addetti al servizio esterno risulta solo un vantaggio indiretto di comodità dal fatto di raggiungere e lasciare il posto di lavoro all'inizio e al termine della giornata lavorativa. E per il resto non va dimenticato che senza vincoli aziendali di vicinanza, gli interessati disporrebbero di altre soluzioni logistiche a costi inferiori rispetto a quelli di un posto auto in zona centrale.
Ne consegue che le spese riconducibili alla locazione dei due posteggi da parte della ricorrente sono da ritenere quali spese generali della società, in quanto necessarie all'esercizio razionale e corretto dal profilo dell'organizzazione aziendale, e non come reddito in natura d'altra specie a favore dei collaboratori esterni. Nel caso in esame tali costi possono infatti essere equiparati a tutte quelle spese d'uso di locali di servizio o di attrezzature (ad esempio PC, scrivanie, apparecchi telefonici, ecc.) che un datore di lavoro deve mettere a disposizione del collaboratore affinché possa svolgere in termini di razionalità organizzativa l'attività lavorativa per la quale è stato assunto.
Alla luce di quanto esposto, il ricorso è accolto. Di conseguenza la pronuncia impugnata e le decisioni amministrative della Cassa sono annullate.
6. Le spese giudiziarie, che seguono la soccombenza, devono essere poste a carico della Cassa opponente (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto; di conseguenza il giudizio impugnato del 28 giugno 2007 e la decisione su opposizione 25 ottobre 2006 della Cassa cantonale di compensazione sono annullati nella misura in cui è stabilita la ripresa salariale per le spese di posteggio contestate.
2. Le spese giudiziarie di fr. 700.-- sono poste a carico della Cassa cantonale di compensazione.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.