Ritenuto in fatto :
A.- Il progetto di galleria di base del San Gottardo per una linea delle Ferrovie federali svizzere (FFS) tra l'area di Altdorf/Erstfeld e quella di Bodio/Biasca fa parte dei progetti disciplinati dal decreto federale del 4 ottobre 1991 concernente la costruzione di una ferrovia transalpina (decreto sul traffico alpino; RS 742. 104 - cfr. art. 5bis lett. a di tale decreto). Per l'attuazione della tratta di Bodio (zona portale), il Dipartimento federale dei trasporti, delle comunicazioni e dell'energia (attualmente:
Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni; in seguito: Dipartimento federale) ordinava nel 1995 l'apertura di una procedura di approvazione dei piani, combinata con una procedura di espropriazione (procedura combinata). I piani del progetto venivano pubblicati dall'8 novembre al 7 dicembre 1995.
B.- B._, proprietario della particella n. YYY del registro fondiario del Comune di Bodio, presentava opposizione il 7 dicembre 1995. Il progetto prevede sulla particella confinante (n. VVV) un deposito di terra vegetale con un'altezza massima di 4 m. Criticando tale elemento del progetto, B._ chiedeva che fossero adottate tutte le misure idonee ad evitare le immissioni moleste (rumore, polvere, gas di scarico). Faceva valere che sulla particella di sua proprietà si trovano non solo il suo alloggio, ma anche il garage da lui esercito, con numerose autovetture esposte all'interno degli edifici o dinnanzi ad essi.
C.- Il Dipartimento federale approvava i piani della tratta di Bodio con decisione pronunciata il 27 agosto 1999. Nell'evadere l'opposizione di B._, il
Dipartimento federale ha disposto che il deposito litigioso venga seminato, in modo da evitare immissioni moleste. La decisione del Dipartimento federale descrive d'altronde il progetto e illustra come sia stato tenuto conto delle esigenze della protezione della natura e del paesaggio ecc. In tale quadro è stato effettuato un esame dell'impatto ambientale.
D.- Con tempestivo ricorso di diritto amministrativo, B._ chiede al Tribunale federale che sia ordinato alle FFS di adottare una serie di provvedimenti intesi a limitare al massimo le immissioni causate dalla creazione di un deposito di terra sulla particella attigua a quella di sua proprietà, e di far sì che tale deposito non comprometta la visibilità della sua esposizione di automobili.
La società AlpTransit San Gottardo SA (in seguito: AlpTransit), costituita nel 1998 per succedere alle FFS nell'attuazione del progetto, propone la reiezione del ricorso.
Nelle sue osservazioni, il Dipartimento federale formula le stesse conclusioni.
Entrambe le risposte evocano un progetto di modifica del perimetro del deposito litigioso: quest'ultimo non verrebbe più a occupare l'intera particella n. 354, ma sarebbe arretrato rispetto alla strada cantonale, che delimita a sud sia la particella n. VVV che la particella n. YYY, in modo da mantenere il campo visivo libero sulla vetrina/ esposizione del ricorrente. Un piano modificato in tal senso (estratto piano n. 1359. 1-005 Attacco portale Bodio e Area di cantiere, Fase di costruzione, piano n. 1359. 1-016, Novembre 1999) è stato comunicato dal Dipartimento federale al Tribunale federale e al ricorrente in pendenza del termine per le osservazioni. Il Tribunale federale ha in seguito invitato AlpTransit a pronunciarsi sulla procedura a cui sarebbe eventualmente sottoposto questo progetto di modifica dei piano approvati.

Considerando in diritto :
1.- Il ricorso di diritto amministrativo è diretto contro la decisione emanata il 27 agosto 1999 dal Dipartimento federale, ossia contro i piani approvati in tale data, che da allora non sono stati modificati formalmente. Oggetto della causa dinanzi al Tribunale federale sono esclusivamente tali piani. Ne segue che, per quanto riguarda il deposito vegetale sulla particella attigua a quella del ricorrente, è determinante il "piano n. 1359. 1-005, Attacco portale Bodio e Area di cantiere, Fase di costruzione", che porta il timbro e la data di approvazione del Dipartimento federale, e ciò prescindendo dai progetti di modifica elaborati ulteriormente (cfr. peraltro infra, consid. 3).
2.- Il ricorrente si duole delle immissioni connesse con la creazione del deposito di terra, in particolare di quelle derivanti dal traffico dei veicoli pesanti, dal rumore e dalla polvere. Egli rimprovera al Dipartimento federale di non aver esaminato nella decisione impugnata tale questione.
a) Il problema della polvere proveniente dal deposito di terra litigioso è stato trattato dal Dipartimento federale: imponendo ad AlpTransit l'onere di seminare sopra la terra vegetale, esso ha inteso precisamente impedire questo genere d'immissioni una volta che la vegetazione si sia sviluppata sull'area del deposito. Tale misura è manifestamente adeguata.
b) Le immissioni moleste provocate dal traffico degli autocarri in occasione della formazione del deposito saranno transitorie e d'importanza solo relativa, tenuto conto del volume limitato della terra vegetale depositata. Esse non giustificavano una specifica analisi nella decisione impugnata, che tratta d'altronde in modo globale, al termine di un esame dell'impatto ambientale, basato su di un rapporto dettagliato, i problemi vincolati al traffico stradale durante i periodi di attività del cantiere (cfr. , in particolare, pag. 45 segg. della decisione impugnata).
Il ricorrente non pone in discussione i dati precisi contenuti nella decisione impugnata e nell'incarto relativo all' approvazione dei piani. Né è dato a divedere per quali ragioni il progetto litigioso lederebbe, sotto questo aspetto, in modo sproporzionato gli interessi del ricorrente.
Nelle proprie osservazioni, il Dipartimento federale menziona altresì i progetti di dettaglio che, se del caso, costituiranno l'oggetto di decisioni ulteriori (cfr. <ref-ruling> consid. 6 pag. 392). Non è escluso che in quella fase siano adottati altri provvedimenti volti a proteggere più efficacemente gli interessi del convenuto. Ciò non impedisce che, allo stadio attuale, i piani approvati non risultano censurabili.
3.- Il ricorrente si duole altresì del fatto che il deposito di terra litigioso costituirebbe un ostacolo visuale tra la strada cantonale e i locali d'esposizione del suo garage.
La maggior parte delle aziende commerciali ubicate al bordo di una strada sono esposte a questo genere d'inconvenienti quando le particelle vicine vengono edificate o altrimenti modificate (per esempio, arborizzate, ecc. ). Grazie all'attuale utilizzazione della particella n. VVV, il ricorrente fruisce di un vantaggio fattuale, che non gli consente come tale di opporsi con successo al progetto di AlpTransit. Nondimeno, sia quest'ultima, sia il Dipartimento federale sembrano ora ammettere la possibilità di modificare piani approvati, allo scopo di permettere al ricorrente di conservare il menzionato vantaggio (cfr. supra, consid. 1). Il Tribunale federale prende atto di un eventuale accordo tra gli interessati su tale punto; è quindi possibile che, al termine della procedura relativa al ricorso di diritto amministrativo, il Dipartimento federale modifichi parzialmente, a favore del ricorrente, la sua decisione del 27 agosto 1999, ovvero che adotti a tal fine un progetto particolareggiato (cfr. supra, consid. 2b in fine). Questi nuovi elementi non giustificano peraltro un accoglimento parziale del ricorso di diritto amministrativo, poiché il Dipartimento non ha violato il diritto federale (cfr. art. 104 lett. a OG) approvando il progetto originario.
4.- Ne discende che il ricorso, infondato in ogni sua parte, deve essere respinto.
Conformemente alla norma dell'art. 116 cpv. 1 prima proposizione LEspr, applicabile in una procedura combinata, vanno poste a carico di AlpTransit la tassa di giustizia e l'indennità per ripetibili accordata al ricorrente, patrocinato da un avvocato.

Per questi motivi
il Tribunale federale
pronuncia :
1. Il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 1000. -- è posta a carico della società anonima AlpTransit San Gottardo SA, che rifonderà al ricorrente un importo di fr. 1000. -- quale indennità per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, alla società AlpTransit San Gottardo SA e al Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni.