A.- D._ a travaillé comme chef d'équipe au service de l'entreprise G._ SA à partir du 22 septembre 1986. Dès le 13 décembre 1995, il a été incapable de travailler, tout d'abord pour cause de maladie, puis à la suite d'un accident survenu le 24 août 1997. Il a été mis au bénéfice d'une rente entière de l'assurance-invalidité pour la période du 1er décembre 1996 au 31 juillet 1997, puis d'une demi-rente dès le 1er août 1997. La demi-rente se fondait sur un degré d'invalidité de 56 pour cent. Par ailleurs, D._ a perçu des indemnités journalières d'assurance-maladie jusqu'au 10 mars 1998, date de l'épuisement de son droit.
Le prénommé s'est annoncé à l'assurance-chômage en vue d'obtenir des indemnités de cette assurance à partir du 15 décembre 1997. Pour le mois de décembre 1997, la Caisse de chômage des organisations chrétiennes sociales du Valais (OCS) lui a versé, le 8 janvier 1998, un montant de 1428 fr. 25.
Ayant appris par la suite que l'assuré avait bénéficié d'indemnités journalières de l'assurance-maladie pour le mois de décembre 1997 également, la caisse a rendu une décision, le 7 avril 1998, par laquelle elle a décidé le "rejet du droit à des indemnités de chômage jusqu'au 11 mars 1998 pour cause d'un droit légal au salaire existant".
Dans sa décision, la caisse relevait qu'elle pourrait indemniser l'assuré à partir du 11 mars 1998 sur la base d'un taux d'indemnisation de 44 pour cent et que le montant des indemnités pour le mois de décembre 1997, payées indûment, serait déduit des indemnités dues pour le mois de mars 1998.
B.- D._ a recouru contre cette décision.
Statuant le 16 mars 2000, la Commission cantonale valaisanne de recours en matière de chômage a admis le recours et a annulé la décision attaquée; elle a renvoyé la cause à la caisse pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des motifs. En bref, la commission a retenu que, au moment où il s'est annoncé à l'assurance-chômage, l'assuré ne subissait pas de perte de travail à prendre en considération, car il était toujours au bénéfice d'un contrat de travail. Par conséquent, un délai-cadre applicable à la période d'indemnisation n'aurait pas dû être ouvert à partir du 15 décembre 1997. Pour la période ultérieure, un complément d'instruction était nécessaire afin de déterminer à partir de quel moment les rapports de travail avaient pris fin. La caisse fixerait ensuite le début d'un nouveau délai-cadre d'indemnisation.
C.- La caisse de chômage interjette un recours de droit administratif dans lequel elle conclut à l'annulation du jugement attaqué et demande au Tribunal fédéral des assurances de fixer au 15 décembre 1997 le début du délai- cadre d'indemnisation.
D._ conclut au rejet du recours et à l'annulation de la décision du 7 avril 1998.
La commission cantonale conclut au rejet du recours.
Quant au Secrétariat d'Etat à l'économie il ne s'est pas déterminé à son sujet.

Considérant en droit :
1.- Selon l'<ref-law>, des délais-cadres de deux ans s'appliquent aux périodes d'indemnisation et de cotisation, sauf disposition contraire de la présente loi.
Le délai-cadre applicable à la période d'indemnisation commence à courir le premier jour où toutes les conditions dont dépend le droit à l'indemnité sont réunies (<ref-law>).
L'assuré a droit à l'indemnité, entre autres conditions, s'il est sans emploi ou partiellement sans emploi (<ref-law>). Est réputé sans emploi celui qui n'est pas partie à un rapport de travail et qui cherche à exercer une activité à plein temps (<ref-law>).
2.- a) Selon les premiers juges, l'assuré n'était pas sans emploi au moment où il s'est annoncé à l'assurance-chômage (décembre 1997). En effet, dans une attestation du 12 décembre 1997, à l'intention de l'assurance-chômage, l'employeur a indiqué que les rapports de travail n'avaient pas été résiliés en précisant, à propos de l'assuré, qu'il "est à l'assurance-maladie depuis le 13.12.1995" et qu'il "n'est donc pas licencié". Aussi bien les premiers juges considèrent-ils qu'aucun délai-cadre applicable à la période d'indemnisation n'avait commencé à courir en décembre 1997.
La caisse soutient, en revanche, que le début du délai-cadre doit être maintenu au 15 décembre 1997, bien que l'assuré n'eût pas droit à l'indemnité de chômage, attendu qu'il était au bénéfice d'indemnités journalières d'assurance-maladie.
La recourante se prévaut de la convention collective nationale 95/97 du bâtiment, qui, entre autres dispositions, prévoit que l'employeur est en droit de résilier le contrat de travail quand le travailleur, en plus des indemnités journalières de l'assurance-maladie, reçoit une rente de l'assurance-invalidité.
Dans ses déterminations, l'intimé admet que son contrat de travail n'avait pas été résilié en décembre 1997.
Il reconnaît qu'il a reçu des indemnités indues pour ce même mois de décembre et demande une remise de son obligation de restituer.
b) Sur le vu des déclarations concordantes de l'employeur et de l'intimé, on ne voit pas quelle règle ou principe de droit fédéral les premiers juges auraient violé en retenant que les rapports de travail n'avaient pas pris fin en décembre 1997 et en jugeant qu'un complément d'instruction était nécessaire pour déterminer à quel moment la rupture de ces rapports était intervenue. Le fait qu'une convention collective de travail autorise l'employeur à résilier le contrat de travail si l'assuré est au bénéfice d'une rente de l'assurance-invalidité et d'indemnités journalières d'assurance-maladie ne signifie pas que les rapports de travail prennent fin automatiquement dans une telle éventualité.
En fait, dans la mesure où l'intimé a bénéficié d'indemnités journalières d'assurance-maladie, on est fondé à considérer que son employeur a conclu une assurance collective perte de gain en cas de maladie, ce qui est une pratique largement répandue dans le cadre des conventions collectives de travail (cf. Brunner/Bühler/Waeber Commentaire du contrat de travail 2ème édition, note 18 ad art. 324a).
Généralement, une telle assurance garantit au travailleur une indemnité journalière de 80 pour cent du salaire pendant 720 jours, sur une période de 900 jours (cf. <ref-law>). Cette garantie libère en principe l'employeur de l'obligation de payer le salaire selon l'<ref-law> (<ref-law>; Philippe Gnaegi, Le droit du travailleur au salaire en cas de maladie, thèse Neuchâtel 1995, p. 109 sv.). Sauf résiliation valable des rapports de travail, ceux-ci subsistent pendant le temps où l'indemnité est versée et, du point de vue de l'assurance-chômage, le salarié n'est pas réputé sans emploi au sens de l'<ref-law> (cf. Charles Munoz, La fin du contrat individuel de travail et le droit aux indemnités de l'assurance-chômage, thèse Lausanne 1992, p. 65).
c) On doit donc admettre, avec les premiers juges, que l'intimé n'était pas sans emploi au mois de décembre 1997.
Il ne remplissait pas les conditions du droit à l'indemnité, ce qui excluait, à ce moment là, l'ouverture d'un délai-cadre applicable à la période d'indemnisation
Le recours de droit administratif est ainsi mal fondé.
3.- L'intimé demande une remise de son obligation de restituer les indemnités versées pour le mois de décembre 1997. Formellement, la caisse n'a pas rendu de décision de restitution et ne s'est pas davantage prononcée sur la question d'une remise éventuelle. Apparemment, elle a compensé sa créance en restitution avec des indemnités allouées pour le mois de mars 1998. Ce procédé n'est pas admissible. La caisse est tenue de rendre une décision de restitution, conformément à l'<ref-law>. Car, faute d'une telle décision, l'intimé se trouve privé du droit de contester par la voie de recours le principe et le montant de la créance en restitution et risque de perdre, par ailleurs, la possibilité de demander la remise de l'obligation de restituer des indemnités de chômage touchées indûment conformément à l'<ref-law> (cf. DTA 2000 32 p. 174 consid. 2b et la jurisprudence citée).
Il appartiendra donc à la caisse, à qui la cause a été renvoyée par les premiers juges, de rendre une telle décision.
Pour le reste, il n'y a pas lieu d'annuler la décision litigieuse de la caisse, comme le demande l'intimé, puisque le jugement cantonal, qui annule cette décision, entre en force avec le prononcé du présent arrêt.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est rejeté.
II. Il n'est pas perçu de frais de justice.
III. La Caisse de chômage des organisations chrétiennes sociales du Valais versera à l'intimé une indemnité de dépens de 1500 fr. (y compris la taxe à la valeur
ajoutée) au titre de dépens pour la procédure fédérale.
IV. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, à la Commission cantonale valaisanne de recours en matière de chômage et au Secrétariat d'Etat à l'économie.
Lucerne, le 9 avril 2001
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
p. le Président de la IIe Chambre :
Le Greffier :