Sachverhalt:
A. X._ wird von der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich vorgeworfen, am Abend des 10. Mai 2007 an der Üetlibergstrasse vor der Poststelle Giesshübel in Zürich bei einer Streitigkeit im Zusammenhang mit Parkplätzen und den von den Beteiligten benutzten Fahrzeugen einen geladenen und schussbereiten Revolver gegen eine Person gerichtet und darauf gegen eine zweite Person einen Schuss abgegeben zu haben. Letztere erlitt eine subkutane Schussverletzung mit Ein- und Ausschusswunden am Hals links, unmittelbar unter dem Ohrläppchen. Sowohl das Ohrläppchen wie die Wange wurden verletzt.
Eine Beschwerde in Strafsachen des Angeschuldigten gegen die Abweisung seines Haftentlassungsgesuchs hat das Bundesgericht mit Urteil 1B_257/2007 vom 5. Dezember 2007 abgewiesen.
B. Gestützt auf die Schlusseinvernahme vom 20. November 2007 wurde Anklage wegen versuchter vorsätzlicher Tötung im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law>, mehrfacher Gefährdung des Lebens (<ref-law>) und Vergehens gegen das Waffengesetz im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> sowie Art. 31 Abs. 1 und 2 WV erhoben.

Eine weitere vom Beschuldigten am 10. Juli 2008 erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht mit Urteil 1B_191/2008 vom 29. Juli 2008 ab. Das Bundesgericht zog in seinem Entscheid in Erwägung, das Verfahren sei nun beförderlich voranzutreiben, nachdem am 15. April 2008 Anklage erhoben worden sei. Inzwischen wurde die Hauptverhandlung vor dem Geschworenengericht auf den 19. Januar 2009 anberaumt.
C. Mit Schreiben vom 3. September 2008 ersuchte der Beschuldigte erneut um Haftentlassung. Dieses Gesuch wies die Präsidentin der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich am 22. September 2008 ab.
D. X._ erhebt am 3. Oktober 2008 Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung der Verfügung der Anklagekammer vom 22. September 2008 sowie seine Entlassung aus der Sicherheitshaft. Eventualiter seien die zuständigen Behörden anzuhalten, ihn sofort aus der Sicherheitshaft zu entlassen. Gleichzeitig stellt er Antrag auf unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während die Präsidentin der Anklagekammer auf eine Stellungnahme verzichtet.
In seiner Replik hält der Beschwerdeführer sinngemäss an seinen Anträgen fest.
Erwägungen:
1. 1.1 Die Eintretensvoraussetzungen gemäss <ref-law> sind grundsätzlich erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass.
1.2 In der Begründung der Beschwerde ist gemäss <ref-law> in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Gemäss <ref-law> prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Im Anwendungsbereich dieser Bestimmung besteht eine qualifizierte Rügepflicht; die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b OG wird weitergeführt (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 88 mit Hinweisen). Demnach prüft das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 2a S. 3 f.; <ref-ruling> E. 1b S. 495, mit Hinweisen).
2. Der Beschwerdeführer bestreitet den dringenden Tatverdacht nicht. Die Bejahung von Fluchtgefahr durch die Anklagekammer erachtet er als "absolut lächerlich". Dass die mögliche Kollusionsgefahr im geschworenengerichtlichen Verfahren anders geregelt wäre als in anderen Verfahren, würden nicht einmal die kantonalen Behörden behaupten.
Diese allgemein gehaltenen Ausführungen stellen appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid dar und vermögen den Rügeanforderungen nicht zu genügen, weshalb darauf nicht einzutreten ist. Insgesamt kann in Bezug auf die besonderen Haftgründe auf das Urteil 1B_191/2008 des Bundesgerichts vom 29. Juli 2008, E. 3 und 4, verwiesen werden. Es wird von keiner Seite vorgebracht, dass sich die entscheidrelevanten Umstände in dieser Hinsicht inzwischen geändert hätten.
3. Der Beschwerdeführer erachtet in erster Linie das Beschleunigungsgebot als verletzt. Er führt sinngemäss aus, das Bundesgericht habe in seinem letzten Entscheid klar und deutlich festgehalten, das Verfahren sei nun beförderlich voranzutreiben. Dazu zitiert er E. 5.6 des Urteils 1B_191/2008. Die Hauptverhandlung sei jetzt auf den 19. Januar 2009 angesetzt worden. Das Geschworenengericht habe in seinem Schreiben vom 13. August 2008 mitgeteilt, "dass leider vorher kein anderer Termin gehe", was mitnichten mit den Terminkalendern der beteiligten Parteivertreter zu tun habe, sondern mit dem völlig überlasteten Terminplan des Geschworenengerichts.
3.1 Die Rüge, das Strafverfahren werde nicht mit der verfassungs- und konventionsrechtlich gebotenen Beschleunigung geführt, ist im Haftprüfungsverfahren nur soweit zu beurteilen, als die Verfahrensverzögerung geeignet ist, die Rechtmässigkeit der Untersuchungshaft in Frage zu stellen und zu einer Haftentlassung zu führen. Dies ist nur der Fall, wenn sie besonders schwer wiegt und zudem die Strafverfolgungsbehörden, z.B. durch eine schleppende Ansetzung der Termine für die anstehenden Untersuchungshandlungen, erkennen lassen, dass sie nicht gewillt oder nicht in der Lage sind, das Verfahren nunmehr mit der für Haftfälle verfassungs- und konventionsrechtlich gebotenen Beschleunigung voranzutreiben und zum Abschluss zu bringen. Ist die gerügte Verzögerung des Verfahrens weniger gravierend, kann offenbleiben, ob eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes vorliegt. Es genügt diesfalls, die zuständige Behörde zur besonders beförderlichen Weiterführung des Verfahrens anzuhalten und die Haft gegebenenfalls allein unter der Bedingung der Einhaltung bestimmter Fristen zu bestätigen. Ob eine Verletzung des Beschleunigungsgebots gegeben ist, kann in der Regel denn auch erst der Sachrichter unter der gebotenen Gesamtwürdigung beurteilen, der auch darüber zu befinden hat, in welcher Weise - z.B. durch eine Strafreduktion - eine allfällige Verletzung des Beschleunigungsgebotes wieder gutzumachen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1 f., S. 151 f.).
3.2 Die Anklagekammer hält den Rügen des Beschwerdeführers im angefochtenen Entscheid entgegen, die Staatsanwaltschaft verweise zu Recht darauf, dass der Beschwerdeführer nach der Durchführung der Schlusseinvernahme einen Verteidigerwechsel vorgenommen und darum ersucht habe, seinen neuen Vertreter als amtlichen Verteidiger zu bestellen. Wegen dieses Gesuches hätten die Akten der Anklagebehörde während etwa drei Wochen nicht zur Verfügung gestanden. Die sich daraus ergebenden Verzögerungen seien allein dem Beschwerdeführer anzulasten.
Zwar treffe es zu, dass erst auf den 19. Januar 2009 ein Verhandlungstermin habe anberaumt werden können. Die sich daraus ergebende Verfahrensverzögerung sei jedoch noch nicht als besonders gravierend zu qualifizieren. Im Schreiben des Geschworenengerichts vom 13. August 2008 werde lediglich festgehalten, es gehe vor dem 19. Januar 2009 kein Termin. Bei der Festsetzung der Hauptverhandlung sei in der Regel nicht nur entscheidend, an welchen Daten das Geschworenengericht und die Anklagebehörde über freie Kapazitäten verfügen würden, sondern auch, wann der Verteidiger und die Geschädigtenvertreterin zu einer solchen erscheinen könnten. Es sei vorliegend nicht ersichtlich, dass die Verzögerung allein den Strafverfolgungsbehörden anzulasten sei, weshalb der Vorwurf der Verletzung des Beschleunigungsgebots auch hier ins Leere ziele.
3.3 Es kann nicht angehen, dass die kantonalen Behörden dem Beschwerdeführer zum Vorwurf machen, er habe seinen Verteidiger gewechselt, weshalb ihm die daraus entstandene Verzögerung von ca. drei Wochen anzulasten sei. Einerseits geht aus dem angefochtenen Entscheid selber hervor, dass sich die massgeblichen Schriftstücke zwei Wochen bei der Anklagekammer befanden und nur eine Woche beim neuen Rechtsvertreter. Andererseits ist diese Verzögerung mit Blick auf die gesamte Verfahrensdauer marginal, weshalb die diesbezügliche Argumentation allein nicht geeignet ist, den Vorwurf des Beschwerdeführers zu entkräften und darzutun, weshalb nach der Anklageerhebung vom 15. April 2008 - also nach dem Verteidigerwechsel - mit der Ansetzung der Hauptverhandlung weiter zugewartet wurde.
Indes wurde nach dem letzten Bundesgerichtsurteil vom 29. Juli 2008, in welchem die Behörden zu einer Beschleunigung und insbesondere zur Festsetzung der Hauptverhandlung angehalten wurden, umgehend ein Termin vor dem Geschworenengericht anberaumt. Dass es zu Verzögerungen kommen kann, wenn verschiedene Beteiligte ihre verfügbaren Daten koordinieren müssen, ist notorisch. In dieser Hinsicht ist den kantonalen Behörden keine verfassungswidrige Verschleppung des Verfahrens vorzuwerfen. Der Vollständigkeit halber sei festgehalten, dass dem Beschwerdeführer diesbezüglich ebenso wenig eine Verfahrensbehinderung zur Last zu legen ist. Im Lichte der in E. 3.1 hiervor zitierten Rechtsprechung ist die von ihm anbegehrte Haftentlassung jedoch nicht angezeigt, da jedenfalls eine besonders schwere Verletzung des Beschleunigungsgebotes zu verneinen ist.
4.1 Soweit der Beschwerdeführer sinngemäss die Verhältnismässigkeit der Haft in Abrede stellt, sei auf E. 5.1 und 5.2 des Urteils 1B_191/2008 des Bundesgerichtes verwiesen. Die dortigen Ausführungen haben nach wie vor Gültigkeit, auch wenn seither zwei Monate verstrichen sind.
4.2 Der Beschwerdeführer macht in diesem Zusammenhang eine Verletzung der persönlichen Freiheit und der Unschuldsvermutung geltend: Die Haftdauer werde stets als angemessen betrachtet, weil für eine versuchte vorsätzliche Tötung ein Strafrahmen von fünf Jahren Freiheitsentzug bestehe. Diese Argumentationsweise übersehe klar, dass das Geschworenengericht gerade deswegen angerufen werde, weil er seine Schuld respektive den Hauptvorwurf bestreite. Dabei verkennt er, dass bei der Prüfung der Verhältnismässigkeit der Haftdauer namentlich der Schwere der untersuchten Straftaten Rechnung zu tragen ist. Der Haftprüfungsrichter fällt damit kein Sachurteil, weshalb auch die Verletzung der Unschuldsvermutung zu verneinen ist. Zudem blendet der Beschwerdeführer die ebenfalls noch im Raum stehenden Vorwürfe der mehrfachen Gefährdung des Lebens und des Verstosses gegen die Waffengesetzgebung aus. Auch in dieser Hinsicht sei auf E. 5.2 des Urteils 1B_191/2008 verwiesen.
5. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer hat um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Diesem Antrag kann entsprochen werden (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
3. Rechtsanwalt Dr. Marcel Bühler, Zürich, wird zum unentgeltlichen Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV und dem Obergericht des Kantons Zürich, Anklagekammer, Präsidentin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Oktober 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer