Sachverhalt:
A. X._ fuhr am 11. November 2009, um ca. 11:20 Uhr, am Steuer eines Lastwagens von Mülligen in Richtung Birrhard. Als er bei der Verzweigung Birrstrasse/Ortsverbindungsstrasse nach links abbog, kollidierte er mit dem aus seiner Sicht von links entgegenkommenden, geradeaus fahrenden, von Y._ gelenkten Sattelschlepper. Beide Lenker wurden leicht verletzt, und beide Fahrzeuge wurden erheblich beschädigt.
Mit Strafbefehl vom 13. September 2010 bestrafte das Bezirksamt Brugg X._ wegen Missachtens des Vortritts beim Linksabbiegen (Art. 36 Abs. 3 i.V.m. Art. 90 Ziff. 1 SVG) sowie geringfügiger Verstösse gegen die Chauffeurverordnung (ARV 1 vom 19. Juni 1995; SR 822.221) mit einer Busse von Fr. 700.--. Der Strafbefehl blieb unangefochten.
B. Am 3. März 2011 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau X._ den Führerausweis wegen mittelschwerer Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften in Anwendung von Art. 16b SVG für 4 Monate.
Am 26. Juli 2011 wies das Departement Volkswirtschaft und Inneres (DVI) des Kantons Aargau die Beschwerde von X._ gegen den Führerausweisentzug ab.
Am 2. Mai 2012 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde von X._ gegen diesen Departementalentscheid ab.
Am 26. September 2012 hob das Bundesgericht mit Urteil 1C_324/2012 diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts auf und wies die Sache zu neuem Entscheid nach Durchführung einer öffentlichen Verhandlung an die Vorinstanz zurück.
C. C.a Das Verwaltungsgericht führte am 14. November 2012 eine öffentliche Verhandlung durch und wies die Beschwerde von X._ gleichentags erneut ab.
C.b Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, dieses Urteil aufzuheben und ihm den Führerausweis für höchstens 2 Monate zu entziehen oder eventuell eine Staffelung des Entzugs anzuordnen oder subeventuell die Sache zur Vervollständigung der Beweislage und Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
C.c Das präsidierende Mitglied der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung erkannte der Beschwerde am 1. März 2013 aufschiebende Wirkung zu.
C.c Das präsidierende Mitglied der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung erkannte der Beschwerde am 1. März 2013 aufschiebende Wirkung zu.
C.d Das Strassenverkehrsamt, das DVI und das Verwaltungsgericht verzichten auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Auf die Beschwerde ist aus den gleichen Gründen und im gleichen Umfang einzutreten wie im Urteil 1C_324/2012 vom 26. September 2012.
2. Das Gesetz unterscheidet zwischen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung (Art. 16a-c SVG). Gemäss Art. 16a SVG begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Abs. 1 lit. a). Die fehlbare Person wird verwarnt, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen war und keine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Abs. 3). Gemäss Art. 16b SVG begeht eine mittelschwere Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer mittelschweren Widerhandlung wird der Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen (Abs. 2 lit. a) bzw. für mindestens vier Monate, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis einmal wegen einer schweren oder mittelschweren Widerhandlung entzogen war (Abs. 2 lit. b). Leichte und mittelschwere Widerhandlungen werden von Art. 90 Ziff. 1 SVG als einfache Verkehrsregelverletzungen erfasst (<ref-ruling> E. 2.4 S. 143). Eine Unterschreitung der gesetzlichen Mindestentzugsdauern ist ausgeschlossen (Art. 16 Abs. 3 SVG).
3. 3.1 Unbestritten ist, dass dem Beschwerdeführer der Ausweis am 28. Februar 2008 wegen einer mittelschweren Widerhandlung für einen Monat entzogen worden war, und der hier zur Diskussion stehende Vorfall vom 11. November 2009 ebenfalls als mittelschwere Widerhandlung einzustufen ist, womit die Mindestentzugsdauer nach Art. 16b Abs. 2 lit. b SVG mindestens vier Monate beträgt. Der Beschwerdeführer macht indessen geltend, er sei als Berufschauffeur besonders massnahmeempfindlich, weil ihm bei einem Ausweisentzug von dieser Dauer die Entlassung drohe. In einem solchen Fall müsse entgegen der Praxis des Bundesgerichts entweder die Unterschreitung der Mindestentzugsdauer oder eine Staffelung des Vollzugs möglich sein.
3.2 Eine Unterschreitung der gesetzlichen Mindestentzugsdauern hat der Gesetzgeber in Art. 16 Abs. 3 SVG bewusst ausdrücklich ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.3; Urteile 1C_3/2008 vom 18. Juli 2007 E. 5.4 und 1C_224/2010 vom 6. Oktober 2010 E. 5.2), womit vorliegend für eine Senkung des Entzugs unter die Mindestdauer von vier Monaten kein Spielraum besteht. Der Beschwerdeführer hält dem zwar entgegen, auch im Strafrecht sei die Unterschreitung der angedrohten Mindeststrafe zulässig, etwa wenn sich der Täter im Notstand befunden oder aus achtenswerten Beweggründen gehandelt habe; daher müsse auch die Unterschreitung der Mindestentzugsdauer möglich sein. Abgesehen davon, dass sich der Beschwerdeführer beim Vorfall vom 11. November 2009 weder in einem Notstand befunden hat noch achtenswerte Beweggründe geltend machen kann, geht der Vergleich fehl, weil das Strafrecht die Unterschreitung der gesetzlich angedrohten Mindeststrafe bei Vorliegen eines Strafmilderungsgrundes explizit vorsieht (Art. 48 und 48a StGB). Unerfindlich ist schliesslich, inwiefern die einheitliche und gleichmässige Anwendung des Gesetzes auf alle Lenker - der Beschwerdeführer spricht von "Vereinheitlichung und Gleichmacherei" - gegen das Willkürverbot von Art. 9 BV und das Gebot der "gleichen und gerechten Behandlung" im Sinn von Art. 29 Abs. 1 BV verstossen sollte. Die Rüge ist unbegründet.
3.3 Eine Staffelung des Vollzugs ist gesetzlich nicht vorgesehen und nach der Praxis des Bundesgerichts ausgeschlossen, insbesondere weil ein ratenweiser Vollzug des Entzugs nach den Bedürfnissen des fehlbaren Lenkers nicht dem gesetzgeberischen Konzept entspricht und die Erreichung der präventiven und erzieherischen Massnahmenzwecke in Frage stellen würde (<ref-ruling> E. 3; Urteil 1C_288/2008 vom 22. Dezember 2008 E. 4). Das Bundesgericht hat zudem eine Sonderbehandlung der naturgemäss besonders massnahmeempfindlichen Berufschauffeure erwogen und unter Verweis auf die parlamentarische Beratung verworfen (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2.3). Der Beschwerdeführer bringt zur Begründung seines Antrags, die Entzugsdauer zu staffeln, im Wesentlichen bloss vor, er sei als Berufschauffeur ein Härtefall und bringt damit keine erheblichen neuen Gesichtspunkte vor, die eine Praxisänderung rechtfertigen könnten (dazu <ref-ruling> E. 6.1; <ref-ruling> E. 3), und solche sind auch nicht erkennbar. Das Verwaltungsgericht hat kein Bundesrecht verletzt, indem es dem Beschwerdeführer den ratenweisen Vollzug verweigerte.
4. Die Beschwerde ist damit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt, dem Departement Volkswirtschaft und Inneres sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Mai 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi