Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 1. April 2010 und Einspracheentscheid vom 11. Oktober 2010 sprach die AXA Versicherungen AG (nachfolgend: AXA) M._, geboren 1958 und vormals als Reinigungsangestellte beschäftigt, für die am 29. September 2001 und am 6. November 2002 erlittenen Unfälle (Verletzung der rechten Schulter nach Ausrutschen und Sturz beim Autowaschen, Verletzung der linken Schulter bei Treppensturz) eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 60% sowie eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 23,33% (Fr. 24'920.-) zu.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 10. Februar 2012 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihr eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 100% sowie eine Integritätsentschädigung von Fr. 42'720.- zuzusprechen.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung (Art. 18 Abs. 1 UVG), zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (Art. 16 ATSG), zum Anspruch auf eine Integritätsentschädigung (Art. 24 Abs. 1 UVG) sowie zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 4.3 S. 468 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz hat nach eingehender Würdigung der medizinischen Stellungnahmen erwogen, dass gestützt auf die Einschätzung der Gutachterstelle Z._ vom 23. Februar 2010 von einer 50%igen Arbeitsfähigkeit auszugehen sei.
4. Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss im Wesentlichen geltend, dass sie kein Erwerbseinkommen mehr erzielen könne. Was sie im Einzelnen vorbringt, vermag indessen an der vorinstanzlichen Beurteilung nichts zu ändern.
4.1 So entfaltet zunächst die Invaliditätsschätzung der Invalidenversicherung gegenüber dem Unfallversicherer rechtsprechungsgemäss keine Bindungswirkung (<ref-ruling>). Dem Einwand, das kantonale Gericht hätte seinem eigenen Entscheid im Verfahren gegen die Invalidenversicherung folgen müssen, kann daher nicht gefolgt werden, und es ist auf die diesbezüglichen beschwerdeweisen Ausführungen nicht weiter einzugehen.
4.2 Die Beschwerdeführerin beruft sich des Weiteren auf Widersprüche zwischen den verschiedenen ärztlichen Einschätzungen. Das kantonale Gericht hat diesbezüglich zutreffend erwogen, dass ihr auch gemäss dem von ihr favorisierten Gutachten des Prof. Dr. med. K._, Uniklinik X._, vom 19. Februar 2007 eine den Schulterbeschwerden angepasste Tätigkeit zu 50% zuzumuten sei. Zu berücksichtigen ist zudem, dass sich die Ärzte der Gutachterstelle Z._ einlässlich auch zur Kausalität der übrigen gesundheitlichen Probleme äussern. So wird eingehend dargelegt, dass sowohl die Beschwerden an der Halswirbelsäule als auch die lumbalen Beschwerden unfallfremd sind. Eine entsprechende Differenzierung beziehungsweise Begründung, weshalb die Rückenbeschwerden in Zusammenhang mit der Schulterproblematik stehen sollten, fehlt im genannten Gutachten des Prof. Dr. med. K._, aber auch im Gutachten des Dr. med. L._, Klinik Y._, vom 20. August 2004 und im Bericht des PD Dr. med. N._, Spezialarzt FMH für Physikalische Medizin und Rehabilitation, speziell Rheumatologie, vom 6. April 2009, welcher im Übrigen auch zur Arbeitsfähigkeit nicht Stellung genommen hat. Dr. med. O._, Innere Medizin FMH, hatte sich in seinen Einschätzungen zuhanden der Beamtenversicherungskasse des Kantons Zürich (zuletzt am 24. Oktober 2004) zur Unfallkausalität (insbesondere auch der lumbalen Beschwerden) nicht zu äussern. Die Beschwerdeführerin verweist im Übrigen pauschal auf die Einschätzung ihres Hausarztes Dr. med. P._, welcher am 16. Januar 2004 eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit seit dem 1. Oktober 2001 attestiert und am 16. November 2004 berichtet hat, dass seiner Auffassung nach an eine Wiedereingliederung nicht zu denken sei; daraus lässt sich nichts zu ihren Gunsten ableiten, zumal es an einer Begründung fehlt.
Es ergeben sich aus den erwähnten Stellungnahmen, die mit Ausnahme derjenigen des Vertrauensarztes der Pensionskasse von den behandelnden Ärzten verfasst wurden, insgesamt keine Indizien, die gegen die Zuverlässigkeit der Einschätzung der Ärzte der Gutachterstelle Z._ sprechen würden (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 227; <ref-ruling> E. 4.4 S. 470; <ref-ruling> E. 3b/bb S. 353). Der Vorwurf, es sei mit dem Auftrag an die Gutachterstelle Z._ zu Unrecht eine "second opinion" eingeholt worden, ist unberechtigt, nachdem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers relevante Fragen offen geblieben waren (SVR 2007 UV Nr. 33 S. 111, U 571/06 E. 4.2). Die Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> wäre nur bei einer Rentenrevision zu beachten. Dass die Gutachterstelle Z._ gewinnorientiert sei, vermag für sich allein weder zur fehlenden Unabhängigkeit und Unparteilichkeit der Gutachter noch zu einer Verminderung des Beweiswerts des Gutachtens zu führen (<ref-ruling> E. 1.3.3 u. 1.3.4 S. 226 f.).
4.3 Es wird schliesslich geltend gemacht, dass die Restarbeitsfähigkeit nicht verwertbar sei.
An die Konkretisierung von Arbeitsgelegenheiten (und Verdienstaussichten) sind praxisgemäss nicht übermässige Anforderungen zu stellen. Die bundesgerichtliche Rechtsprechung hat wiederholt darauf hingewiesen, dass körperlich leichte und wechselbelastende Tätigkeiten auf dem allein massgebenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt (Art. 16 ATSG; <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 70 f.; <ref-ruling> E. 4b S. 276) durchaus vorhanden sind (SVR 2003 IV Nr. 11 S. 33, I 761/01 E. 2.5). Die von den Ärzten Gutachterstelle Z._ geschilderte Zumutbarkeit einer leicht belastenden handwerklichen Tätigkeit, die mit Rücksicht auf den hängenden linken Arm, das heisst mit am Körper angeschlossenem Oberarm und flektiertem Ellbogen bei vollständig erhaltener Pro- und Supination, ausgeübt werden kann, mit einem Pensum von mindestens 75% lässt sich mit Blick darauf nicht bemängeln. Die Trophik der Unterarme und Hände erschien im Seitenvergleich identisch und sprach dafür, dass die linke Hand normal eingesetzt wird. Die Gerichtspraxis ist indessen selbst bei Versicherten, welche ihre dominante Hand gesundheitlich bedingt nur sehr eingeschränkt als unbelastete Zudienhand einsetzen können, von einem hinreichend grossen Arbeitsmarkt mit realistischen Betätigungsmöglichkeiten ausgegangen (vgl. Urteile 8C_971/2008 vom 23. März 2009 E. 4.2.5, 9C_418/2008 vom 17. September 2008 E. 3.2.2). Berücksichtigt haben die Ärzte der Gutachterstelle Z._ dabei auch, dass die psychokognitiven Funktionen ungestört waren. Dass das kantonale Gericht das Invalideneinkommen mit dem Unfallversicherer gestützt auf den Tabellenlohn gemäss der vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Lohnstrukturerhebung (LSE) für einfache und repetitive Tätigkeiten ermittelt hat, ist nach dem Gesagten nicht zu beanstanden, zumal es zusätzlich entsprechend der Einschätzung der Ärzte der Gutachterstelle Z._ eine 25%ige Leistungseinbusse, bedingt durch die nach längerer Tätigkeit bei eingeschränkten Schulterfunktionen notwendige vermehrte Erholungs- beziehungsweise Regenerationszeit, berücksichtigt sowie einen leidensbedingten Abzug von 10% (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 481; <ref-ruling> E. 5 S. 78 ff.) gewährt hat.
4.4 Der von Verwaltung und Vorinstanz vorgenommene Einkommensvergleich wird im Übrigen nicht beanstandet und gibt keinen Anlass zu Weiterungen.
5. Hinsichtlich der zugesprochenen Integritätsentschädigung rügt die Beschwerdeführerin, dass keine Schädigungen vorbestanden hätten, die hier im Sinne einer Kürzung zu berücksichtigen wären. Diesbezüglich wird indessen von den Ärzten der Gutachterstelle Z._ ausgeführt, dass anhand der bildgebenden Untersuchungen (Ultraschall beziehungsweise MRI) an beiden Schultern eindeutig präexistente degenerative Rotatorenrisse festgestellt worden seien. Zudem habe sich links zusätzlich zur Supraspinatusruptur eine sogenannte SLAP-Läsion Grad I gezeigt, welche nicht überwiegend wahrscheinlich durch den Unfall vom 6. November 2002 verursacht worden sei. Sie beziffern den Integritätsschaden rechts auf 15%, links (in der Annahme einer permanenten Versteifung) auf 20%, jeweils zu zwei Dritteln unfallbedingt, insgesamt also 23,33%. Auch Dr. med. Q._, Orthopädische Chirurgie FMH, stellte am 22. November 2004 einen degenerativen Vorzustand fest. Prof. Dr. med. K._ äusserte sich dazu nicht, und die Frage war zuhanden der Pensionskasse nicht zu beantworten. Einzig Dr. med. L._ berücksichtigte, ohne weitere diesbezügliche Erörterungen, keinen Vorzustand. Dies vermag angesichts der einlässlichen und differenzierten Begründung der Ärzte der Gutachterstelle Z._ keine konkreten Indizien zu begründen, die diesbezüglich gegen die Zuverlässigkeit der Expertise sprechen würden (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 227; <ref-ruling> E. 4.4 S. 470; <ref-ruling> E. 3b/bb S. 353).
6. Die Beschwerde kann ohne Durchführung des Schriftenwechsels (Art. 102 Abs. 1 BGG) erledigt werden.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Mai 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo