Par ces motifs, le Président prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, à la Commission de recours interne des EPF ainsi qu'à l'Ecole polytechnique fédérale de Lausanne.
Lausanne, le 14 novembre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey