Faits:
A. Y._ a ouvert action contre X._ devant le Juge des districts d'Hérens et Conthey, en vue d'obtenir le paiement de 407'784 fr. pour violation d'une convention d'actionnaires. Le défendeur a requis le juge de faire application de l'<ref-law> et de limiter la procédure à la question de la légitimation active et au fait que le litige était sans objet, ensuite d'une convention pour solde de tout compte. A l'issue de l'échange d'écritures sur ces deux objets, le défendeur a demandé la tenue de débats d'instruction au sens de l'<ref-law>, l'audition de deux témoins et l'interrogatoire des parties, estimant que la procédure ordinaire était obligatoire. Par décision du 12 novembre 2012, le juge de district a constaté que la "procédure sommaire dite atypique" pouvait s'appliquer à une "procédure incidentelle" (cf. <ref-law>). En conséquence, il a exclu la tenue de débats d'instruction; il a en outre refusé d'entendre les deux témoins proposés au motif qu'une telle mesure était inutile.
B. Par mémoire du 23 novembre 2012, le défendeur a interjeté un recours stricto sensu contre cette décision, concluant à son annulation. Le 20 décembre 2012, le Juge de la Chambre civile du Tribunal cantonal valaisan a déclaré le recours irrecevable faute de risque d'un préjudice difficilement réparable (<ref-law>).
C. Le défendeur (recourant) interjette un recours en matière civile. Il conclut à ce que la nullité des décisions des 12 novembre et 20 décembre 2012 soit constatée, subsidiairement à ce que la décision du 20 décembre 2012 soit annulée, et à ce qu'il soit dit que la procédure ordinaire s'applique; il demande en outre l'effet suspensif. Le demandeur (intimé) conclut principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet; il s'oppose à l'octroi de l'effet suspensif. Le recourant confirme ses conclusions dans des observations complémentaires. L'autorité précédente se réfère à sa décision.

Considérant en droit:
1. Le recourant soutient que la décision d'irrecevabilité du Tribunal cantonal est nulle parce que la décision incidente du juge de district est nulle. Il ne motive pas ce point de vue, et l'on ne discerne pas pourquoi la nullité de la décision incidente devrait nécessairement entraîner la nullité de la décision d'irrecevabilité, motivée par le défaut de risque de dommage difficilement réparable. Pour le surplus, la nullité d'une décision incidente de procédure n'est admise que dans des cas exceptionnels (cf. <ref-ruling> consid. 3.1); en l'occurrence, l'on ne voit pas en quoi la décision du 12 novembre 2012, fût-elle erronée, devrait être considérée comme nulle et non avenue. La cour de céans ne saurait dès lors constater la nullité des deux décisions.
2. L'objet du présent recours est la décision de l'autorité précédente (<ref-law>), à savoir la décision d'irrecevabilité du 20 décembre 2012, et non pas la décision incidente du 12 novembre 2012.
La décision d'irrecevabilité attaquée ne met pas fin à la procédure divisant les parties. Il s'agit donc d'une décision incidente, contre laquelle le recours immédiat n'est ouvert qu'à certaines conditions (<ref-law>). Le recourant soutient qu'il en va différemment en l'espèce; la décision serait sans autre attaquable dès lors qu'elle mettrait en péril le principe de célérité. Or, la jurisprudence à laquelle il se réfère concerne un recours contre une décision de suspension de la procédure (cf. <ref-ruling> consid. 6); elle ne saurait trouver application en l'espèce.
Le recourant se prévaut subsidiairement d'un risque de préjudice irréparable (<ref-law>). Le préjudice doit être de nature juridique; un préjudice de fait ou un préjudice purement économique, comme l'allongement ou le renchérissement de la procédure, ne suffit pas (<ref-ruling> consid. 6). L'<ref-ruling> consid. 1.3.5 invoqué par le recourant se contente certes d'un préjudice de fait; toutefois, il se rapporte à une spécificité du droit public de la construction, et reste sans pertinence en droit civil. Le préjudice doit en outre être irréparable, c'est-à-dire qu'il ne peut pas être entièrement supprimé par une décision finale ultérieure qui serait favorable à la partie recourante. Le fait d'être exposé au paiement d'une somme d'argent n'entraîne, en principe, aucun préjudice de cette nature (<ref-ruling> consid. 1.3.1). En outre, les décisions relatives à l'administration des preuves ne causent généralement pas un dommage irréparable; il est normalement possible, en recourant contre la décision finale, d'obtenir l'administration de la preuve refusée à tort, ou d'écarter la preuve administrée à tort (cf. <ref-ruling> consid. 1). En l'occurrence, le litige au fond porte sur le paiement d'une somme d'argent uniquement; par ailleurs, le recourant n'invoque que des préjudices de fait, essentiellement la durée et les frais supplémentaires au cas où la procédure devrait être reprise ultérieurement.
Le recours est ainsi irrecevable. Il n'y a dès lors pas à examiner les griefs soulevés contre la décision d'irrecevabilité attaquée. La demande d'effet suspensif est sans objet.
3. Le recourant supporte les frais et dépens de la présente procédure (art. 66 et 68 LTF). L'émolument judiciaire sera réduit vu le sort de la cause. En revanche, il sera alloué des dépens entiers à l'intimé, qui a dû répondre sur le fond.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. La conclusion en constatation de la nullité des décisions cantonales est rejetée.
2. Le recours est irrecevable.
3. La requête d'effet suspensif est sans objet.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
5. Le recourant versera à l'intimé une indemnité de 5'000 fr. à titre de dépens.
6. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Juge de la Chambre civile du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 18 avril 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
La Greffière: Monti