Sachverhalt:
A. In der von der A._ AG beim Betreibungsamt R._ gegen sie eingeleiteten Betreibung Nr. _ auf Grundpfandverwertung verlangte X._ mit Eingabe vom 26. Januar 2009 beim Bezirksgerichtspräsidium S._ als unterer kantonaler Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen, das zu verwertende Grundstück Nr. _ in R._ sei (allenfalls durch einen Sachverständigen) neu zu schätzen (betreibungsamtliche Schätzung: 1,86 Mio. Franken). Am 7. April 2009 erstattete der mit der Schätzung beauftragte B._ seinen Bericht, worin er den Verkehrswert auf 1,98 Mio. Franken schätzte; er wies darauf hin, dass dieser Wert unter der Annahme ermittelt worden sei, dass das Mietverhältnis über von der C._ GmbH genutzte Räume aufgelöst sei, und bemerkte, dass die Liegenschaft mit dem bestehenden Mietverhältnis "nicht handelbar" sei.
Mit Verfügung des Gerichtspräsidenten von S._ vom 15. April 2009 wurde der Schätzungsbericht vom 7. April 2009 zur allfälligen Stellungnahme innert einer Frist von zehn Tagen X._ zugestellt. Diese reichte mit Eingabe vom 18. Mai 2009, dem letzten Tag der ihr in der Folge erstreckten Frist, eine Stellungnahme ein. Der Gerichtspräsident forderte B._ hierauf am 19. Mai 2009 auf, seinen Bericht im Sinne der Vorbringen von X._ zu erläutern. Die vom 8. Juni 2009 datierte Ergänzung des Schätzungsberichts sandte der Gerichtspräsident am 12. Juni 2009 X._.
Durch Urteil vom 15. Juni 2009 wies das Gerichtspräsidium S._ das Betreibungsamt an, den vom Sachverständigen geschätzten Verkehrswert von 1,98 Mio. Franken einzusetzen.
Mit einer vom 16. Juni 2009 datierten und am gleichen Tag zur Post gebrachten Eingabe ersuchte X._ das Gerichtspräsidium darum, ihr eine angemessene Frist zur Stellungnahme zum ergänzenden Bericht von B._ vom 8. Juni 2009 anzusetzen.
B. Gegen das Urteil des Gerichtspräsidiums vom 15. Juni 2009 erhob X._ mit Eingabe vom 6. Juli 2009 Beschwerde an das Obergericht (Schuldbetreibungs- und Konkurskommission) des Kantons Aargau als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde. Sie beantragte im Hauptstandpunkt, die untere Aufsichtsbehörde anzuweisen, den Schätzungswert unter Berücksichtigung des mit der C._ GmbH bestehenden Mietvertrags festzusetzen, und anzuhalten, das Gutachten von B._ vom 7. April 2009 zurückzuweisen und den genannten Sachverständigen oder einen Dritten zu beauftragen, detailliert auszuführen und zu begründen, in welchem Umfang ein allfälliger Erwerber durch den bestehenden Mietvertrag in der Ausübung seiner Eigentumsrechte eingeschränkt wäre und was für Auswirkungen die Beeinträchtigung der Eigentumsrechte bis zur Auflösung des Mietverhältnisses auf den Verkehrswert der Liegenschaft habe. Ausserdem sei die untere Aufsichtsbehörde anzuweisen, bei der Festsetzung des Schätzungswertes die von ihr, X._, gegen den erläuternden Bericht des Sachverständigen vom 8. Juni 2009 (in der Beschwerdeschrift) erhobenen Vorwürfe zu berücksichtigen, ihr ferner das Recht einzuräumen, zu den Ergänzungen des Gutachters vom 8. Juni 2009 Stellung zu nehmen und den Sachverständigen aufzufordern, sich zu ihren Einwänden zu äussern. X._ verlangte schliesslich, die Kosten für die Neuschätzung (Schätzung durch einen Sachverständigen) seien zur Hälfte auf die Gerichtskasse zu nehmen.
Das Obergericht erkannte am 24. August 2009, dass das Urteil des Gerichtspräsidiums S._ vom 15. Juni 2009 in teilweiser Gutheissung der Beschwerde aufgehoben und das Verfahren zu neuer Entscheidung an diese Instanz zurückgewiesen werde; soweit mit der Beschwerde mehr oder etwas anderes verlangt werde, werde sie abgewiesen.
C. X._ verlangt mit Beschwerde vom 11. September 2009 an das Bundesgericht, den obergerichtlichen Entscheid teilweise aufzuheben und dem Gerichtspräsidium als unterer kantonaler Aufsichtsbehörde Anweisungen im Sinne des schon im vorinstanzlichen Verfahren von ihr Beantragten zu erteilen; allenfalls sei das Obergericht anzuhalten, die entsprechenden Anweisungen zu erteilen.
Vernehmlassungen zur Beschwerde sind nicht eingeholt worden.

Erwägungen:
1. Entscheide der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen unabhängig von einem allfälligen Streitwert der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Der angefochtene Entscheid stammt von der letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Das Obergericht hat über die Beschwerde nicht endgültig entschieden, sondern die Sache zu neuer Beurteilung der (Neu-)Schätzung des zu verwertenden Pfandgrundstücks an die untere Aufsichtsbehörde zurückgewiesen. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich demnach um einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>. Indessen enthält er hinsichtlich der von der Beschwerdeführerin verlangten Berücksichtigung des auf der Pfandliegenschaft bestehenden Mietverhältnisses und des Begehrens, die untere Aufsichtsbehörde anzuhalten, der Beschwerdeführerin Gelegenheit einzuräumen, sich zum ergänzenden Schätzungsbericht zu äussern, verbindliche (negative) Anweisungen. Die Beschwerde ist unter diesen Umständen deshalb gleichwohl zulässig (dazu <ref-ruling> E. 1.2 S. 138). Auf die innert der Frist von zehn Tagen (<ref-law>) eingereichte Beschwerde ist mithin einzutreten.
2. 2.1 Nach Art. 9 Abs. 2 letzter Satz (bei der Grundpfandbetreibung wie hier in Verbindung mit Art. 99 Abs. 2) VZG werden Streitigkeiten über die Höhe der Schätzung des Grundstückwertes endgültig durch die (obere) kantonale Aufsichtsbehörde beurteilt. Das Bundesgericht kann einen derartigen (Ermessens-)Entscheid einzig daraufhin überprüfen, ob die kantonale Aufsichtsbehörde allenfalls bundesrechtliche Verfahrensvorschriften verletzt oder das ihr zustehende Ermessen überschritten oder missbraucht habe. Letzteres trifft dann zu, wenn Kriterien mitberücksichtigt worden sind, die keine Rolle hätten spielen dürfen, oder umgekehrt rechtserhebliche Umstände ausser Acht geblieben sind (dazu <ref-ruling> E. 2.1 S. 51; <ref-ruling>, E. 4.1 S. 32, und 571, E. 4.3 S. 576; je mit Hinweisen).
2.2 Die bei der Schätzung des Verkehrswertes des strittigen Pfandgrundstücks angewendete (anerkannte und verbreitete) Methode, die darin besteht, das (gewichtete) Mittel aus Ertrags- und Realwert zu errechnen (dazu <ref-ruling> E. 4 S. 44), stellt die Beschwerdeführerin nicht in Frage. Sie beanstandet indessen, dass der Sachverständige das bestehende Mietverhältnis, das in den Steigerungsbedingungen und im Liegenschaftsbeschrieb ausdrücklich erwähnt werde und sich offensichtlich wertmindernd auswirke, ausser Acht gelassen habe. Dem nach den Feststellungen des Obergerichts im Beschrieb der Pfandliegenschaft enthaltenen, die wesentlichen Punkte des Vertrags vom 8. Januar 2008 wiedergebenden Vermerk ist zu entnehmen, dass drei auf drei verschiedenen Geschossen des Hauses liegende Räume sowie ein Autoabstellplatz für monatlich Fr. 2'000.--, zuzüglich Fr. 75.-- für den Abstellplatz, zur ausschliesslichen Nutzung an die C._ GmbH vermietet sind, wobei Hauseingang, Treppenhaus, Küche, Toilette im Erdgeschoss, Essraum, Wintergarten und Archivraum von der Mieterin mitbenutzt werden dürfen. In welcher Form dieses Mietverhältnis bei der Ermittlung des Verkehrswertes hätte berücksichtigt werden müssen, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Aus dem bei den kantonalen Akten liegenden Schätzungsbericht vom 7. April 2009 geht hervor, dass der Sachverständige als Teil des Ertragswertes einen monatlichen Mietzins von Fr. 4'500.-- für das gesamte Haus und die Aussenparkplätze eingesetzt hat. Die vermieteten Räume wurden somit nicht gesondert behandelt, was von der Beschwerdeführerin in keiner Weise beanstandet wird. Es ist nicht zu bestreiten, dass Steigerungsinteressenten das von der Beschwerdeführerin angesprochene (richtigerweise in den Beschrieb der Liegenschaft aufgenommene) Mietverhältnis - wie andere Eigenschaften des Steigerungsobjekts - je nach Nutzungsabsichten gewichten werden und jenes daher die Bildung der Angebote beeinflussen wird. Mit dem Verkehrswert des Pfandgrundstücks hat dies jedoch nichts zu tun, so dass der Hinweis der Beschwerdeführerin auf das bestehende Mietverhältnis von vornherein nicht geeignet ist, die (Neu-)Schätzung in Frage zu stellen. Soweit die Beschwerdeführerin die obergerichtliche Auffassung beanstandet, dass eine Ergänzung oder Korrektur dieser Schätzung aufgrund der Nichtberücksichtigung des bestehenden Mietverhältnisses nicht erforderlich sei, ist die Beschwerde daher unbegründet.
3. 3.1 Vor Obergericht hatte die Beschwerdeführerin beantragt, die untere Aufsichtsbehörde sei anzuweisen, ihr das Recht zu geben, zum Ergänzungsbericht von B._ vom 8. Juni 2009 Stellung zu nehmen. Die Vorinstanz geht davon aus, dass die Beschwerdeführerin keine Gelegenheit gehabt habe, sich bei der unteren Aufsichtsbehörde zu den für deren Entscheid wesentlichen ergänzenden Ausführungen des Gutachters zu äussern, da an dem Tag, da sie den ihr vom Bezirksgerichtspräsidium zugestellten Ergänzungsbericht in Empfang genommen habe, diese Instanz bereits das am Vortag gefällte Urteil zugeschickt habe. Damit sei der Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör verletzt worden. Das Obergericht erklärt sodann, als obere kantonale Aufsichtsbehörde greife es in das der unteren Aufsichtsbehörde bei Schätzungen der vorliegenden Art zustehende Ermessen nicht ohne Not ein, so dass die Rügen der Beschwerdeführerin zum Verkehrswertgutachten und zum erläuternden Bericht des Gutachters in erster Linie vom Bezirksgerichtspräsidium zu behandeln seien; eine Heilung des Makels der Gehörsverletzung durch einen von ihm, dem Obergericht, gefällten Sachentscheid käme nur in Frage, wenn eine solche sich aus zeitlichen oder anderen Gründen aufdrängen würde, was hier nicht der Fall sei. Schliesslich weist die Vorinstanz darauf hin, dass die Beschwerdeführerin in der bei ihr eingereichten Beschwerde zum erläuternden Bericht von B._ vom 8. Juni 2009 Stellung bezogen habe. Dem Vorbringen der Beschwerdeführerin, die Beschwerdefrist von zehn Tagen sei zu kurz gewesen, um die ergänzenden Ausführungen des Gutachters von einer Fachperson überprüfen zu lassen, hält sie entgegen, es sei davon auszugehen, dass eine von der Beschwerdeführerin konsultierte Fachperson schon vor der Zustellung des erläuternden Berichts vom 8. Juni 2009 mit dem Fall vertraut gewesen sei, zumal die Beschwerdeführerin für die Stellungnahme zum eigentlichen Verkehrswertgutachten vom 7. April 2009 mit dem Hinweis auf die Notwendigkeit des Beizugs einer Fachperson um Erstreckung der ihr angesetzten Frist ersucht habe und die Frist hierauf (bis zum 18. Mai 2009) verlängert worden sei; unter den gegebenen Umständen sei die zehntägige Beschwerdefrist für eine Stellungnahme zum erläuternden Bericht ausreichend gewesen, so dass sich die untere Aufsichtsbehörde werde darauf beschränken können, bei dem von ihr neu zu fällenden Entscheid das von der Beschwerdeführerin in der Beschwerde an sie, die Vorinstanz, Vorgebrachte zu berücksichtigen. Damit hat das Obergericht - in Abweisung des entsprechenden Antrags der Beschwerdeführerin - die untere Aufsichtsbehörde in verbindlicher Weise angehalten, davon abzusehen, (nochmals) Gelegenheit zur Stellungnahme zu den erläuternden Ausführungen von B._ vom 8. Juni 2009 einzuräumen.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt, die Auffassung des Obergerichts führe zu einer unhaltbaren materiellen Verkürzung ihres Gehörsanspruchs; die Beschwerdefrist von zehn Tagen, in die im vorliegenden Fall zwei Wochenende gefallen seien, habe nicht ausgereicht, um den Ergänzungsbericht im Hinblick auf eine Stellungnahme von einem Fachmann überprüfen zu lassen.
Welche durch das Verkehswertgutachten ausgelösten Fragen auch nach dessen Erläuterung im Bericht vom 8. Juni 2009 für sie noch nicht geklärt gewesen sein und den (nochmaligen) Beizug einer Fachperson nötig gemacht haben sollen, legt die Beschwerdeführerin in keiner Weise dar. Die Auffassung des Obergerichts, dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) sei hinsichtlich des gutachterlichen Ergänzungsberichts dadurch Genüge getan worden, dass die Beschwerdeführerin die Möglichkeit gehabt habe, sich dazu in der Beschwerde an die Vorinstanz zu äussern, ist unter den gegebenen Umständen nicht zu beanstanden. Die Beschwerde ist mithin auch in diesem Punkt unbegründet.
4. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen. Bei diesem Ausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Betreibungsamt R._ sowie dem Gerichtspräsidium S._ als unterer und dem Obergericht (Schuldbetreibungs- und Konkurskommission) des Kantons Aargau als oberer betreibungsrechtlicher Aufsichtsbehörde schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Oktober 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Gysel