Sachverhalt:
A. X._ war seit 1981 in der Abteilung Sicherheit der Eidgenössischen Technischen Hochschule (ETH) Zürich tätig. Am 8. April 2003 ordnete der Präsident der ETH Zürich eine Administrativuntersuchung über die Abteilung an. Mit der Untersuchung wurde ein externer Rechtsanwalt beauftragt. Aufgrund der Ergebnisse des Untersuchungsberichts vom 16. Juli 2003 erstattete die ETH Zürich am 9. September 2003 Strafanzeige gegen X._. Tags darauf stellte der Präsident der ETH X._ frei und mit Verfügung vom 27. Oktober 2003 kündigte der Präsident der ETH Zürich das Arbeitsverhältnis mit X._ auf den 30. April 2004. Die Kündigung stützte sich auf Art. 12 Abs. 6 lit. a des Bundespersonalgesetzes vom 24. März 2000 (BPG; SR 172.220.1), wonach die Verletzung wichtiger gesetzlicher oder vertraglicher Pflichten die ordentliche Kündigung durch den Arbeitgeber gestattet. X._ wurde vorgeworfen, er habe während des Dienstes unerlaubt eine Waffe getragen, bei falsch parkierten Autos die Ventile entfernt und für das Abschleppenlassen von Fahrzeugen durch einen Abschleppdienst jeweils Fr. 20.-- entgegengenommen, wobei es keine Rolle spiele, dass er das Geld in eine gemeinsame Kasse gelegt habe. Weiter habe er Mitarbeiter zur Aussage bei der Polizei aufgefordert, Strafanzeige gegen ETH-Angehörige erstattet, mutwillig Gegenstände angezündet, Mitarbeiter angewiesen, einer Aufforderung des Leiters der Sicherheitsabteilung keine Folge zu leisten, während der Nacht ETH-Material zu Dritten transportiert und unverhältnismässige Gewalt angewendet.
Mit Urteil vom 13. Juli 2004 bestätigte die ETH-Beschwerdekommission die Gültigkeit der Kündigung. Das Urteil wurde nicht angefochten und erwuchs in Rechtskraft.
B. Mit Gesuch vom 2. November 2006 beantragte X._ die Revision des Urteils vom 13. Juli 2004. Er begründete seinen Antrag insbesondere mit der Einstellung des gegen ihn eingeleiteten Strafverfahrens und mit das Kündigungsverfahren betreffenden Informationen, von welchen er im Strafverfahren erfahren habe. Die ETH-Beschwerdekommission wies das Revisionsgesuch ab, soweit sie darauf eintrat. Das in der Folge von X._ angerufene Bundesverwaltungsgericht hiess die gegen diesen Entscheid gerichtete Beschwerde wegen Verletzung des Anspruchs auf rechtmässige Zusammensetzung der Entscheidbehörde im Wesentlichen gut und wies die Angelegenheit an die ETH-Beschwerdekommission zurück. Mit Urteil vom 22. April 2008 wies die ETH-Beschwerdekommission das Revisionsgesuch vom 2. November 2006 erneut ab, soweit sie darauf eintrat. Ein dagegen erhobenes Rechtsmittel wies das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 29. September 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 3. November 2008 beantragt X._, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und das Revisionsgesuch sei gutzuheissen. Sinngemäss beantragt er weiter, eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese die Nichtigkeit der Kündigung feststelle. Sodann sei festzustellen, dass das Arbeitsverhältnis weiterhin bestehe. Eventuell habe die ETH Zürich das Kündigungsverfahren aufgrund von unparteilichen und unverfälschten Aussagen nochmals einzuleiten.
Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die ETH-Beschwerdekommission beantragt die Abweisung der Beschwerde. Mit Schreiben vom 10. Januar 2009 reichte der Beschwerdeführer dem Bundesgericht unaufgefordert eine weitere Stellungnahme ein.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts betrifft die Revision eines Beschwerdeentscheids über die Auflösung eines auf dem Bundespersonalgesetz beruhenden Arbeitsverhältnisses. Es handelt sich um eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit (<ref-law>). Diese ist vermögensrechtlicher Natur, denn mit dem Begehren wird letztlich und überwiegend ein wirtschaftlicher Zweck verfolgt. Der Ausschlussgrund von <ref-law> ist somit nicht gegeben.
In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse zulässig, wenn der Streitwert nicht weniger als Fr. 15'000.-- beträgt (<ref-law>). Lautet ein Begehren nicht auf Bezahlung einer bestimmten Geldsumme, setzt das Bundesgericht gemäss <ref-law> den Streitwert nach Ermessen fest. Vom Ausgang des Verfahrens hängen Lohnforderungen ab, welche die Streitwertgrenze von Fr. 15'000.-- klar überschreiten. Eine genauere Bestimmung des Streitwerts ist unter diesen Umständen nicht erforderlich.
Der Beschwerdeführer ist als Adressat des angefochtenen Entscheids besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer ist als Adressat des angefochtenen Entscheids besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung (<ref-law>).
1.2 Gemäss <ref-law> sind neue Begehren unzulässig. Nicht einzutreten ist deshalb auf die Begehren, soweit sie erstmals im bundesgerichtlichen Verfahren vorgetragen werden. Dies betrifft den Antrag, es sei festzustellen, dass das Arbeitsverhältnis weiterhin bestehe sowie den Antrag, eventuell habe die ETH Zürich das Kündigungsverfahren aufgrund von unparteilichen und unverfälschten Aussagen nochmals einzuleiten.
2. Der Beschwerdeführer beantragt eine mündliche Parteiverhandlung gemäss <ref-law>. Nach dem Wortlaut dieser Bestimmung ist die Durchführung einer mündlichen Parteiverhandlung dem Ermessen des Abteilungspräsidenten anheim gestellt. Ein Anspruch auf eine mündliche Anhörung vor Bundesgericht kann sich ausnahmsweise aus <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK ergeben. Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Bundesgericht als einzige Instanz entscheidet und Rechte im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK betroffen sind. Im vorliegenden Fall sind diese Voraussetzungen für die Durchführung einer Parteiverhandlung jedoch offensichtlich nicht gegeben. Der Antrag ist deshalb abzuweisen.
3. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung belegt zu haben, dass die Administrativuntersuchung einseitig gewesen sei und die Zeugen in wesentlichen Punkten gelogen hätten. Er sei absichtlich und fälschlicherweise verschiedener Delikte beschuldigt worden, womit zumindest der Tatbestand der falschen Anschuldigung nach <ref-law> erfüllt sei. Die Vorinstanz habe seine Darlegung der Ereignisse überhaupt nicht zur Kenntnis genommen und dadurch seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt (<ref-law>).
Gemäss <ref-law> (SR 172.021) zieht die Beschwerdeinstanz ihren Entscheid von Amtes wegen oder auf Begehren einer Partei in Revision, wenn ihn ein Verbrechen oder Vergehen beeinflusst hat. Der Bestimmung ist nicht zu entnehmen, wie der Nachweis einer Straftat zu erbringen ist. <ref-law> verlangt für die Revision eines Entscheids des Bundesgerichts grundsätzlich die Durchführung eines Strafverfahrens. Nur wenn dies nicht möglich ist, kann der Beweis auch auf andere Weise erbracht werden. Es sind keine Gründe ersichtlich, die Möglichkeit der Revision infolge eines Verbrechens oder Vergehens nach dem Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren an andere Voraussetzungen zu knüpfen als nach dem Bundesgerichtsgesetz. Die Regelung von <ref-law> gilt deshalb analog auch für <ref-law>.
Im konkreten Fall erging kein Strafurteil wegen falscher Anschuldigung im Zusammenhang mit den gegen den Beschwerdeführer erhobenen Vorwürfen. Ebensowenig ist ersichtlich, dass überhaupt eine Strafanzeige erstattet worden wäre. Im Übrigen vermag der Beschwerdeführer nicht darzulegen, dass er wider besseres Wissen eines Verbrechens oder Vergehens beschuldigt worden ist. Die Voraussetzungen des Revisionsgrunds von <ref-law> sind somit nicht erfüllt. Das Bundesverwaltungsgericht hat sich in diesem Zusammenhang mit dem Vorbringen des Beschwerdeführers auseinandergesetzt und seinen Entscheid begründet. Der Anspruch auf rechtliches Gehör wurde entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers nicht verletzt.
4. Der Beschwerdeführer rügt, im Kündigungsverfahren sei sein Recht auf Akteneinsicht verletzt worden. Die Vorinstanz habe verkannt, dass er diese Rüge nicht schon früher habe vorbringen können. Er habe die Unzulässigkeit erst entdeckt, als er im Rahmen des Strafverfahrens vollständige Akteneinsicht erhielt und sich dadurch die Einseitigkeit der Administrativuntersuchung zeigte.
Die Verletzung der Bestimmungen über die Akteneinsicht (Art. 26 - 28 VwVG) durch die Beschwerdeinstanz gilt als Revisionsgrund (<ref-law>). Vorausgesetzt ist, dass die Partei eine entsprechende Rüge nicht im Rahmen des Verfahrens, das dem Beschwerdeentscheid voranging, oder auf dem Wege einer Beschwerde, die ihr gegen den Beschwerdeentscheid zustand, geltend machen konnte (<ref-law>). Der Beschwerdeführer macht sinngemäss geltend, er habe wesentliche Teile der Akten nicht einsehen können (<ref-law>). Bei Anwendung der ihm zumutbaren Sorgfalt hätte er die Rüge jedoch schon im ursprünglichen Verfahren vorbringen können, denn er wusste, dass ihm nicht die gesamten Verfahrensakten vorgelegt worden waren (vgl. <ref-ruling> E. 6 S. 137 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 89 f.; je mit Hinweisen). Der angerufene Revisionsgrund besteht folglich nicht und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts ist insoweit zu bestätigen.
Die verspätete Rüge der Verletzung der Bestimmungen über die Akteneinsicht schliesst nicht aus, dass der Beschwerdeführer Tatsachen und Beweismittel, die sich unter den vorenthaltenen Akten befinden, als Noven im Sinne von <ref-law> geltend macht. Darauf ist nun einzugehen.
5. Nach <ref-law> zieht eine Beschwerdeinstanz ihren Entscheid auf Begehren einer Partei in Revision, wenn die Partei neue erhebliche Tatsachen oder Beweismittel vorbringt. Wiederum gilt der Vorbehalt von <ref-law>.
5.1 Nach Ansicht des Beschwerdeführers kann der Vorwurf, er habe bei falsch parkierten Autos die Ventile entfernt, wegen Verjährung nicht mehr gegen ihn verwendet werden. Es wird nicht behauptet (<ref-law>) und ist auch nicht ersichtlich, dass eine solche Tatsache nicht im ursprünglichen Verfahren hätte geltend gemacht werden können (<ref-law>). Auf das Vorbringen ist nicht einzutreten.
5.2 Der Beschwerdeführer beruft sich auf verschiedene Zeugnisse und Referenzschreiben. Zudem reichte er ein vom 16. März 1999 datiertes Protokoll ein, woraus hervorgehen soll, dass die Personalabteilung der ETH Zürich seit Jahren wusste, dass er vom beauftragten Abschleppdienst Trinkgelder erhielt. Schliesslich will er mit einem Rechtsgutachten vom 3. Juli 2007 die Parteilichkeit des Leiters der Administrativuntersuchung belegen. Bezüglich all dieser Beweismittel wird nicht behauptet (<ref-law>) und ist auch nicht ersichtlich, dass sie nicht im ursprünglichen Verfahren hätten beigebracht werden können (<ref-law>). Auf sie ist nicht einzutreten.
5.2 Der Beschwerdeführer beruft sich auf verschiedene Zeugnisse und Referenzschreiben. Zudem reichte er ein vom 16. März 1999 datiertes Protokoll ein, woraus hervorgehen soll, dass die Personalabteilung der ETH Zürich seit Jahren wusste, dass er vom beauftragten Abschleppdienst Trinkgelder erhielt. Schliesslich will er mit einem Rechtsgutachten vom 3. Juli 2007 die Parteilichkeit des Leiters der Administrativuntersuchung belegen. Bezüglich all dieser Beweismittel wird nicht behauptet (<ref-law>) und ist auch nicht ersichtlich, dass sie nicht im ursprünglichen Verfahren hätten beigebracht werden können (<ref-law>). Auf sie ist nicht einzutreten.
5.3 5.3.1 Die Vorinstanz anerkannte als neue Tatsachen bzw. Beweismittel im Sinne von <ref-law> zwei Einstellungsverfügungen der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 22. August 2006, einen Ermittlungsbericht der Kantonspolizei Zürich vom 23. November 2004 sowie einen Brief vom 8. Mai 2001 von A._, einem ehemaligen Mitarbeiter des Beschwerdeführers, an dessen direkten Vorgesetzten B._. Sie verneinte jedoch deren Erheblichkeit. Wie sich das Strafverfahren entwickelt habe, sei irrelevant, denn für die Kündigung sei die strafrechtliche Beurteilung nicht entscheidend gewesen. Zudem würden weder der Ermittlungsbericht, der einzig die strafrechtliche Beurteilung betreffe, noch die Tatsache, dass der Vorgesetzte des Beschwerdeführers bereits im Jahre 2001 wusste, dass Letzterer die Ventile falsch parkierter Fahrzeuge entfernte, die Rechtmässigkeit der Kündigung in Frage stellen.
Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie die genannten Tatsachen bzw. Beweismittel als nicht erheblich bezeichnet habe.
5.3.2 Die ETH-Beschwerdekommission nahm in ihrem Urteil vom 13. Juli 2004 an, dass der Vorgesetzte des Beschwerdeführers, B._, nicht davon ausging, dass dieser stets eine Waffe auf sich trug. Der Beschwerdeführer argumentiert, mit den Strafakten könne das Gegenteil bewiesen werden. Bei den Strafakten handelt es sich um Noven im Sinne von <ref-law>, was von der Vorinstanz nicht in Frage gestellt wird. In der Einvernahme durch die Staatsanwaltschaft Zürich vom 4. August 2006 gab der Vorgesetzte zu Protokoll, er sei davon ausgegangen, dass sich der Beschwerdeführer an das 1992 von der ETH Zürich erlassene Waffentragverbot halten würde. Er habe es jedoch nicht überprüft. Auf Nachfragen räumte er ein, gewusst zu haben, dass der Beschwerdeführer ab und zu mit einer Waffe seinen Dienst verrichtete. Kurz nach Erlass des Verbots habe er ihn denn auch darauf hingewiesen. Weiter räumte der Vorgesetzte ein, unter den Mitarbeitern sei auch später noch gemunkelt worden, dass sich der Beschwerdeführer nicht an das Verbot halte. Überprüft habe er jedoch nichts, da er anderes zu tun gehabt habe. Das Verfahren wegen unerlaubten Waffentragens wurde in der Folge eingestellt, da es die Staatsanwaltschaft nicht als erwiesen ansah, dass der Beschwerdeführer das Waffentragverbot überhaupt kannte.
5.3.3 Ein neues Beweismittel im Sinne von <ref-law> ist auch der erwähnte Brief von A._ an B._ vom 8. Mai 2001. Daraus ergibt sich, dass B._ als direkter Vorgesetzter wusste, dass der Beschwerdeführer bei unzulässig parkierten Autos die Ventile entfernte und dass es sich bei dem beschriebenen Vorfall nicht um einen Einzelfall handelte.
5.3.4 Wie bereits erwähnt, erwog die Vorinstanz, die Entwicklung des Strafverfahrens sei überhaupt irrelevant, da die Kündigung unabhängig von der strafrechtlichen Beurteilung erfolgt sei. Die Einstellung des Strafverfahrens habe keinen Einfluss auf die Beurteilung des angefochtenen Entscheids. Im Übrigen seien dem Beschwerdeführer Kosten auferlegt worden, da er die Strafuntersuchung zumindest teilweise durch leichtfertiges Benehmen verursacht habe.
Es trifft zu, dass der Kündigungsgrund von Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG grundsätzlich nicht von einer allfälligen strafrechtlichen Beurteilung abhängt. Die Erwägung der Vorinstanz geht jedoch insofern an der Sache vorbei, als die im Kündigungsverfahren erhobenen Vorwürfe in direktem Zusammenhang mit den im Strafverfahren untersuchten Delikten stehen. Im Bericht über die Administrativuntersuchung vom 16. Juli 2003 wurde der Beschwerdeführer als Straftäter dargestellt. Der mit der Untersuchung beauftragte Rechtsanwalt schrieb etwa, die Administrativuntersuchung könne ihn zwar nicht im strafprozessualen Sinne überführen, erhärte aber die bestehenden Verdachtsgründe in einer Weise, die der Schulleitung ermöglichten, sich ein recht genaues Bild von dem zu machen, was geschehen sei. Der Bericht bezichtigt den Beschwerdeführer ohne Vorbehalt der Sachbeschädigung (<ref-law>), der ungetreuen Geschäftsbesorgung (<ref-law>), der verbotenen Annahme von Geschenken (Art. 316 aStGB), der Verletzung eines Schulleitungsbeschlusses der ETH Zürich über ein Waffentragverbot und der Amtsanmassung (<ref-law>), und er spricht davon, dass auch Veruntreuung (<ref-law>), Diebstahl (<ref-law>) Betrug (<ref-law>) und falsche Anschuldigung (<ref-law>) gegeben sein könnten. Am 9. September 2003 erstattete die ETH gegen den Beschwerdeführer Strafanzeige wegen dieser Delikte und am 27. Oktober 2003 kündigte sie das Arbeitsverhältnis. Gemäss der Kündigungsverfügung sollen sich die Pflichtverletzungen klar aus dem Untersuchungsbericht ergeben. Auch wenn in der Kündigungsverfügung die strafrechtlichen Vorwürfe nicht erwähnt werden, so wurde sie doch unter dem Eindruck der Ergebnisse der Administrativuntersuchung erlassen. Der Präsident der ETH Zürich und in der Folge die ETH-Beschwerdekommission mussten annehmen, es mit einem noch nicht verurteilten Straftäter und mit einem ausserordentlich gravierenden Fehlverhalten zu tun zu haben. Aufgrund der in der Strafanzeige aufgelisteten und dem Beschwerdeführer zur Last gelegten Verbrechen und Vergehen ist kaum vorstellbar, dass der Präsident der ETH damals hätte andere Massnahmen treffen können, als den Beschwerdeführer freizustellen und ihm zu kündigen, ohne sich dem Vorwurf der Inkonsequenz auszusetzen. Dass sich die betreffenden Vorwürfe in der Strafuntersuchung nicht bestätigten und das Strafverfahren eingestellt wurde, ist deshalb grundsätzlich auch für den verwaltungsrechtlichen Entscheid bedeutsam.
5.3.5 Die neuen Tatsachen müssen erheblich sein, das heisst, sie müssen geeignet sein, die tatsächliche Grundlage des angefochtenen Urteils zu verändern, so dass sie bei zutreffender rechtlicher Würdigung zu einer anderen Entscheidung führen können (<ref-ruling> E. 5b S. 358; Urteil 4A_42/2008 vom 14. März 2008 E. 4.1; je mit Hinweisen).
Dass der direkte Vorgesetzte des Beschwerdeführers wusste und damit duldete, dass dieser trotz Waffentragverbots bewaffnet seinen Dienst verrichtete und bei falsch parkierten Autos die Ventile entfernte, ist für die Vorwerfbarkeit solchen Verhaltens bedeutsam. Weiter ist bedeutsam, dass die Kündigung unter dem Eindruck der Ergebnisse einer Administrativuntersuchung erfolgte, deren strafrechtliche Vorwürfe sich in der Folge als nicht fundiert erwiesen. Die vorgebrachten Noven werfen damit ein anderes Licht auf die dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Pflichtverletzungen und sind geeignet, die Rechtmässigkeit der Kündigung nach Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG in Frage zu stellen. Auch wenn sie nicht alle Vorwürfe auszuräumen vermögen, sind sie so zentral, dass sie die Beschwerdeinstanz hätten veranlassen müssen, ihren früheren Entscheid zu überprüfen. Der Revisionsgrund von <ref-law> ist gegeben und die diesbezügliche Rüge des Beschwerdeführers begründet.
Dass der direkte Vorgesetzte des Beschwerdeführers wusste und damit duldete, dass dieser trotz Waffentragverbots bewaffnet seinen Dienst verrichtete und bei falsch parkierten Autos die Ventile entfernte, ist für die Vorwerfbarkeit solchen Verhaltens bedeutsam. Weiter ist bedeutsam, dass die Kündigung unter dem Eindruck der Ergebnisse einer Administrativuntersuchung erfolgte, deren strafrechtliche Vorwürfe sich in der Folge als nicht fundiert erwiesen. Die vorgebrachten Noven werfen damit ein anderes Licht auf die dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Pflichtverletzungen und sind geeignet, die Rechtmässigkeit der Kündigung nach Art. 12 Abs. 6 lit. a BPG in Frage zu stellen. Auch wenn sie nicht alle Vorwürfe auszuräumen vermögen, sind sie so zentral, dass sie die Beschwerdeinstanz hätten veranlassen müssen, ihren früheren Entscheid zu überprüfen. Der Revisionsgrund von <ref-law> ist gegeben und die diesbezügliche Rüge des Beschwerdeführers begründet.
5.4 5.4.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör durch die Vorinstanz, weil diese auf die Rüge der Parteilichkeit des mit der Administrativuntersuchung beauftragten Rechtsanwalts nicht eingegangen sei.
5.4.2 Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen).
5.4.3 Der Beschwerdeführer stützt seine Rüge auf den Ermittlungsbericht der Kantonspolizei Zürich vom 23. November 2004 und das Protokoll der Befragung A._s durch den Leiter der Administrativuntersuchung. Letzterem wird im Ermittlungsbericht Parteilichkeit vorgeworfen. Er habe einseitig jene Mitarbeiter befragt, welche dem Beschwerdeführer gegenüber feindselig eingestellt gewesen seien. Aus dem Protokoll zur Einvernahme von A._ am 12. Mai 2003 geht denn auch hervor, dass dieser zum Beschwerdeführer ein ausgesprochen angespanntes Verhältnis hatte, aber auch, dass der die Einvernahme durchführende Untersuchungsleiter nicht vor Suggestivfragen zurückschreckte ("Haben Sie im Zusammenhang mit diesen Tatbeständen die Meinung, dass X._ ein Gauner ist? Sie können mir nun sagen, ob Sie diese Frage beantworten wollen und ob ich sie protokollieren soll."). Wie bereits dargelegt, waren die Ergebnisse der Administrativuntersuchung für die Auflösung des Arbeitsverhältnisses zentral. Auf die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Anhaltspunkte für die Parteilichkeit des Untersuchungsleiters hätte die Vorinstanz eingehen müssen. Indem sie dies nicht getan hat, setzte sie sich mit wesentlichen Punkten der Vorbringen des Beschwerdeführers nicht auseinander und verletzte dadurch dessen Anspruch auf rechtliches Gehör. Die Rüge des Beschwerdeführers erweist sich als begründet.
6. Die Beschwerde ist gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 29. September 2008 ist aufzuheben. Es obliegt dem Bundesverwaltungsgericht, die Kosten- und Entschädigungsfolgen für das vorangegangene Verfahren neu zu regeln, weshalb die Angelegenheit diesbezüglich an die Vorinstanz zurückzuweisen ist. Das Revisionsgesuch ist gutzuheissen und die Angelegenheit zur materiellen Beurteilung unter Berücksichtigung der neuen Tatsachen und Beweismittel an die ETH-Beschwerdekommission zurückzuweisen (<ref-law>).
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind im bundesgerichtlichen Verfahren keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG; Urteil 1C_296/2008 vom 5. März 2009 E. 4 mit Hinweis). Es ist gerechtfertigt, in Anwendung von Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG dem Beschwerdeführer zulasten der ETH Zürich für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf eingetreten wird. Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 29. September 2008 wird aufgehoben und das Revisionsgesuch gutgeheissen. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen an das Bundesverwaltungsgericht und zur materiellen Beurteilung an die ETH-Beschwerdekommission zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die ETH Zürich hat den Beschwerdeführer mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der ETH-Beschwerdekommission und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold