Art. 5, 9, 27, 29 Abs. 2 und 36 Abs. 3 BV (Bewilligung zur selbständigen Berufsausübung als Ärztin), hat sich ergeben:
A.- Dr. med. A._, geboren 1960, praktiziert seit 1993 als selbständige Ärztin mit Bewilligung zur Führung einer Privatapotheke in Z._.
Im Oktober 1995 hatte A._ einem Patienten, der bei einem anderen Arzt in einem Methadonprogramm stand, mehrmals die Medikamente Toquilone (Wirkstoff Methaqualon) und Rohypnol (Wirkstoff Flunitrazepam) - beides Benzodiazepine - verschrieben. Die Gesundheitsdirektion wies sie in der Folge darauf hin, wegen der Gefahr bei kombiniertem Konsum von Benzodiazepinen und Opiaten seien solche Verschreibungen an drogenabhängige Patienten unter den Ärzten abzusprechen.
Nachdem A._ dem genannten Patienten sowie zwei weiteren drogenabhängigen Personen in den folgenden Monaten erneut wiederholt Rohypnol verschrieben hatte, fand am 28. Januar 1997 eine Aussprache mit dem Kantonsarzt und dessen Stellvertreter statt. Dabei entstand auf Grund der Schilderungen der Ärztin der Eindruck, dass sie die Kontrolle in der Behandlung von drogensüchtigen Patienten verloren hatte und sich durch diese Patienten bedroht und erpresst fühlte. Dies führte am 17. Februar 1997 zu einer Verfügung der Gesundheitsdirektion, welche A._ im Wesentlichen Folgendes auferlegte: Ein grundsätzliches Verbot der Verschreibung und der Abgabe von Medikamenten, die unter die Betäubungsmittelgesetzgebung fallen; als Ausnahme von diesem Verbot jedoch die Erlaubnis, psychotrope Substanzen gemäss Art. 3 lit. b der Verordnung über die Betäubungsmittel und die psychotropen Stoffe vom 29. Mai 1996 (BetmV; SR 812. 121.1) über die Apotheke X._ in Z._ zu verschreiben (an Drogenabhängige jedoch nur mit Bewilligung des Kantonsärztlichen Dienstes im Einzelfall), ferner ein absolutes Verbot der Verschreibung der psychotropen Substanzen Flunitrazepam und Methaqualon. Schliesslich enthielt die Verfügung einen Vorbehalt für den Betäubungsmittelbezug bei der Kantonsapotheke in Notfällen. Für den Fall erneuter Regelwidrigkeiten bei der Berufsausübung wurde A._ der Entzug der Praxisbewilligung angedroht. Im gleichen Sinne schränkte auch die Kantonale Heilmittelkontrolle am 16. Juli 1997 die an A._ erteilte Bewilligung zur Führung einer Privatapotheke ein.
B.-Am 5. November 1999 stellte die Stadtpolizei Zürich in der Drogenszene bei B._, dessen Ehefrau als Arzthelferin bei A._ angestellt ist, verschiedene psychotrope Medikamente sicher, darunter auch Toquilone (Methaqualon), Rohypnol (Flunitrazepam), Dormicum (Midazolam) und Valium (Diazepam). B._ erklärte, er selber sei kein Drogenkonsument, sondern gehöre einer Institution an, die Drogensüchtige zum Aufhören bewegen wolle. Er gehe zwei- bis dreimal pro Monat in die Drogenszene und sammle jeweils die von den Süchtigen vor Polizeiaktionen versteckten Drogen ein, um sie zu vernichten. Von den in seinem Besitz befindlichen Medikamenten habe er das Dormicum für seinen Sohn und das Nozinam (nicht psychotrop) von A._, ansonsten stammten die Medikamente von den Süchtigen. Anlässlich einer Hausdurchsuchung bei der Familie B._ wurden neben verschiedenen rezeptpflichtigen nicht-psychotropen Medikamenten auch zwei psychotrope vorgefunden, nämlich 1,5 mg Lexotanil (Bromazepam) und 30 mg Normaform (Phentermin). Gemäss Polizeirapport hatte A._ auf telefonische Anfrage angegeben, sie habe B._ "diese Medikamente" abgegeben, da er an einer Nervenkrankheit leide.
Anlässlich einer durch die Kantonale Heilmittelkontrolle am 29. Februar 2000 durchgeführten Inspektion in der Arztpraxis von A._ mussten verschiedene Arzneimittel eingezogen werden. Dies betraf zum grossen Teil Produkte, deren Verfalldatum abgelaufen war, sodann zwei registrierungspflichtige Produkte, für deren Bezug und Verwendung A._ über keine Bewilligung der Gesundheitsdirektion im Sinne von § 6a der Verordnung über den Verkehr mit Heilmitteln vom 28. Dezember 1978 verfügte, und schliesslich eine Packung Rohypnol und eine Packung Ionamine (Phentermin).
Eine Nachfrage bei der Y._ AG ergab sodann, dass A._ in der Zeit zwischen Juli 1997 und Februar 2000 zahlreiche psychotrope Arzneimittel bezogen hatte, welche unter das Verbot der Gesundheitsdirektion fielen.
Dabei handelte es sich einerseits um verschiedene Schlaf- und Beruhigungsmittel sowie um Appetitzügler, die sie zwar an nicht drogenabhängige Personen verschreiben, aber nicht selber abgeben durfte. Ausserdem hatte sie in der fraglichen Zeit insgesamt 191 Packungen Rohypnol und 84 Packungen Toquilone bezogen, welche sie weder abgeben noch verschreiben durfte. Schliesslich waren drei Notfallprodukte geliefert worden, die nur über die Kantonsapotheke hätten bezogen werden dürfen.
C.- A._ nahm - von der Gesundheitsdirektion hierzu aufgefordert - zu diesen Vorfällen Stellung. Sie machte im Wesentlichen geltend, die Medikamente habe sie an nicht drogenabhängige Patienten aus ihrem Familien- und Freundeskreis bzw. in zwei Fällen an Patienten abgegeben, die die Medikamente nicht von der Apotheke X._ hätten beziehen wollen. Andere Medikamente seien von ihrer Praxisvertreterin bestellt worden. Rohypnol und Ritalin habe sie selber konsumiert; sie verwende zuweilen 4-5 mg Rohypnol, um schlafen zu können, und umgekehrt zur Bewältigung ihrer 60-80 Std. /Woche Ritalin, um in der Nacht wach zu bleiben.
Mit dem Polizeirapport schliesslich habe sie "medizinisch nichts zu tun", diesbezüglich habe sie sich aus Rücksicht auf ihre Sekretärin "zu einer falschen Aussage am Telefon" hinreissen lassen.
D.- Mit Verfügung vom 28. April 2000 entzog die Gesundheitsdirektion des Kantons Zürich A._ die Bewilligung zur selbständigen ärztlichen Tätigkeit. Die Gesundheitsdirektion erwog, A._ habe wiederholt und über längere Zeit gegen die mit der Verfügung vom 17. Februar 1997 auferlegten Beschränkungen verstossen, weshalb ihr - wie in der genannten Verfügung angedroht - die Bewilligung zu entziehen sei.
A._ erhob am 8. Juni 2000 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, mit der sie beantragte, die Verfügung der Gesundheitsdirektion vom 28. April 2000 aufzuheben, eventuell die Bewilligung zur selbständigen Berufsausübung aufrechtzuerhalten unter Aufhebung der Bewilligung zur Führung einer Privatapotheke.
Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 29. August 2000 ab.
E.- A._ hat am 19. Oktober 2000 staatsrechtliche Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich aufzuheben, eventuell die Sache zu neuer Entscheidung an dieses zurückzuweisen.
Die Gesundheitsdirektion und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen, die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
F.- Der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung hat der Beschwerde mit Verfügung vom 7. November 2000 die aufschiebende Wirkung beigelegt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der angefochtene Hoheitsakt ist ein letztinstanzlicher Endentscheid, der sich auf kantonales Recht stützt und gegen den im Bund kein anderes Rechtsmittel zur Verfügung steht. Die staatsrechtliche Beschwerde ist somit zulässig (Art. 84 Abs. 2, Art. 86 Abs. 1 und Art. 87 OG).
Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid in ihren rechtlich geschützten eigenen Interessen betroffen und zur staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert (Art. 88 OG).
b) Die staatsrechtliche Beschwerde ist grundsätzlich kassatorischer Natur (<ref-ruling> E. 1b S. 328 mit Hinweisen), weshalb die Beschwerdeführerin nur beantragen kann, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben. Gegebenenfalls hätte das Verwaltungsgericht - unter Berücksichtigung der Ergebnisse des vorliegenden Verfahrens - ohne besondere Anweisung durch die erkennende Abteilung neu zu entscheiden (dazu <ref-ruling> E. 3c/bb S. 354 mit Hinweis).
Der mit dem Eventualbegehren gestellte Rückweisungsantrag der Beschwerdeführerin ist demnach überflüssig.
2.- a) Nach Art. 27 Abs. 1 BV ist die Wirtschaftsfreiheit gewährleistet. Sie umfasst insbesondere die freie Wahl des Berufes sowie den freien Zugang zu einer privatwirtschaftlichen Erwerbstätigkeit und deren freie Ausübung (Art. 27 Abs. 2 BV). Hierauf kann sich die Beschwerdeführerin, welche als Ärztin eine eigene Praxis betreibt und eine privatwirtschaftliche Tätigkeit ausübt, berufen (vgl. <ref-ruling> E. 3h S. 240; <ref-ruling> E. 1 S. 176). Wie andere Grundrechte kann die Wirtschaftsfreiheit auf gesetzlicher Grundlage (Art. 36 Abs. 1 BV), im öffentlichen Interesse (Art. 36 Abs. 2 BV) und unter Wahrung des Grundsatzes der Verhältnismässigkeit (Art. 36 Abs. 3 BV) eingeschränkt werden.
b) Zur Ausübung der selbständigen ärztlichen Tätigkeit ist nach dem Zürcher Gesetz vom 4. November 1962 über das Gesundheitswesen (Gesundheitsgesetz) eine Bewilligung der Gesundheitsdirektion erforderlich (§§ 7 und 16 Gesundheitsgesetz).
Die Bewilligung wird erteilt, wenn der Gesuchsteller die durch dieses Gesetz verlangten fachlichen Anforderungen erfüllt, vertrauenswürdig ist und nicht an einem geistigen oder körperlichen Gebrechen leidet, das ihn zur Berufsausübung offensichtlich unfähig macht (§ 8 Gesundheitsgesetz).
Die Bewilligung kann entzogen werden, wenn deren Voraussetzungen nicht mehr vorhanden sind oder wenn den Behörden nachträglich Tatsachen zur Kenntnis gelangen, auf Grund derer die Bewilligung hätte verweigert werden müssen (§ 9 Abs. 1 erster Satz Gesundheitsgesetz). Als Entzugsgründe gelten insbesondere: schwere, die Patienten gefährdende Verletzung der Berufspflichten; missbräuchliche Ausnützung der beruflichen Stellung; ernstliche sittliche Verfehlungen an Patienten; offensichtliche Überforderung von Patienten (§ 9 Abs. 1 zweiter Satz Gesundheitsgesetz). Der Entzug kann für die ganze oder einen Teil der Berufstätigkeit auf bestimmte oder unbegrenzte Zeit erfolgen (§ 9 Abs. 2 Gesundheitsgesetz).
3.- Das Verwaltungsgericht ist auf Grund der tatsächlichen Begebenheiten zum Ergebnis gelangt, dass es der Beschwerdeführerin an der für die ärztliche Berufsausübung erforderlichen Vertrauenswürdigkeit gebricht (§ 8 Gesundheitsgesetz) und ihr die Gesundheitsdirektion daher zu Recht die Bewilligung zur selbständigen ärztlichen Tätigkeit entzogen hat. Im Einzelnen hielt das Gericht Folgendes fest:
a) Dass die Beschwerdeführerin für den Sohn der Arzthelferin das Medikament Dormicum abgegeben habe, sei nicht besonders gravierend. Es sei nachvollziehbar, wenngleich verboten, wenn die Beschwerdeführerin in diesem Fall den komplizierten Weg der Verschreibung über die Apotheke X._ umgangen und das Medikament direkt abgegeben habe. Der Umstand allerdings, dass sie aus Gefälligkeit bei polizeilichen Ermittlungen falsche Angaben gemacht habe, werfe "kein besonders günstiges Licht auf sie".
b) Es wiege aber schwer, dass die Beschwerdeführerin regelmässig Medikamente an nicht drogensüchtige Patienten abgegeben habe, die sie über die Apotheke X._ hätte verschreiben müssen. Damit habe sie sich von allem Anfang an klar über die Verfügung der Gesundheitsdirektion hinweggesetzt und damit verhindert, dass ihr Medikamentenbezug lückenlos kontrolliert werden konnte. Ihr Einwand, dass sie die Medikamente auf Wunsch von Patienten abgegeben habe, die die Medikamente nicht aus der Apotheke X._ beziehen wollten, belege gerade, dass sie nach wie vor Mühe habe, sich gegen die Wünsche ihrer Patienten abzugrenzen.
c) Die Abgabe des Medikamentes Toquilone an eine Patientin, die den Arzt nicht habe wechseln wollen, sei ein klarer Verstoss gegen die der Beschwerdeführerin auferlegten Beschränkungen. Schwer wiege auch die Tatsache, dass die Beschwerdeführerin ihre Praxisvertretung nur ungenügend über die Einschränkungen der Praxisbewilligung orientiert habe.
d) In einer zusammenfassenden Würdigung hält das Verwaltungsgericht fest:
"Gesamthaft zeigen diese Vorfälle, dass sich die Beschwerdeführerin
offensichtlich über die ihr auferlegten
Berufseinschränkungen hinwegsetzte, und dies
trotz ausdrücklicher Androhung des Bewilligungsentzuges
im Fall erneuter Regelwidrigkeiten. Im Wesentlichen
behinderte ihr Verhalten die ihr auferlegte
Kontrolle der Medikamentenverschreibung, in
einem Fall kam dabei eine Patientin zu einem Medikament,
welches ihr die Beschwerdeführerin nicht
einmal hätte verschreiben dürfen. Dass die Beschwerdeführerin
mit ihrem Verhalten die Gesundheit
ihrer Patientinnen und Patienten konkret gefährdet
hätte, ist zwar aufgrund der Akten nicht erstellt,
immerhin beinhaltet aber die Verhinderung der Kontrolle
der Rezeptierung eine indirekte Patientengefährdung.
Ihr Fehlverhalten betraf daher nicht
nur eine rein formale Ebene. Die Beschwerdeführerin
verkennt offenbar den Sinn der ihr auferlegten Berufseinschränkungen,
wenn sie glaubt, indem sie
keine drogenabhängige Patienten mehr behandle, sei
die Gefahr gebannt. Die Verfügung der Gesundheitsdirektion
sollte nicht nur die direkte Abgabe von
Benzodiazepinen an Drogenabhängige verhindern, sondern
auch den Bezug durch Drogenabhängige über
nichtdrogenabhängige Mittelsleute. Das Vertrauen,
dass die Beschwerdeführerin das dafür notwendige
Urteilsvermögen selber aufzubringen vermag, fehlte
der Gesundheitsdirektion zu Recht. Die früheren
Vorfälle zeigten deutlich, dass sie sich allzu
leichtfertig auf Angaben von Patienten verliess und
sich nicht gegen diese abgrenzen konnte. Eine nach
wie vor mangelnde Distanz ihren Patienten und deren
Wünschen gegenüber belegen auch die neuerlichen Begebenheiten.. "
Sodann führt das Verwaltungsgericht aus:
"Die Vertrauenswürdigkeit der Beschwerdeführerin
wird nicht zuletzt auch durch ihren eigenen beträchtlichen
Betäubungsmittelkonsum erheblich belastet.
Nach ihren Angaben braucht sie zuweilen 4
bis 5 mg Rohypnol, um schlafen zu können, und umgekehrt
zur Bewältigung ihrer 60-80 Std. /Woche Ritalin,
um in der Nacht wach zu bleiben (...). Laut
Arzneimittelkompendium liegt die empfohlene Tagesdosis
von Rohypnol für Erwachsene bei 0,5 bis 1 mg,
zu steigern höchstens auf 2 mg, während Ritalin
(...) nicht zur Behandlung normaler Ermüdungszustände
angewendet werden soll. Beide Mittel machen
insbesondere bei längerer Einnahme abhängig (vgl.
www. kompendium. ch). Wer in diesem Masse Betäubungsmittel
benötigt, um den beruflichen Anforderungen
zu genügen, ist diesen offensichtlich nicht gewachsen.
(...)."
4.- a) Die Beschwerdeführerin rügt, in dieser Beurteilung durch das Verwaltungsgericht liege vorab eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV). So sei der Verweis auf die Internetadresse nicht haltbar.
Des weiteren habe das Gericht den Eventualantrag (auf Entzug der Bewilligung zur Führung einer Privatapotheke unter Orientierung der potentiellen Lieferfirmen) mit der von der Gesundheitsdirektion in der Vernehmlassung gegebenen Begründung abgewiesen, ohne der Beschwerdeführerin zuvor Gelegenheit zur Stellungnahme gegeben zu haben. Sodann habe die "Vorinstanz" bei der "Beurteilung der Vertrauenswürdigkeit der Beschwerdeführerin namentlich auch auf ihren eigenen 'beträchtlichen Betäubungsmittelkonsum' abgestellt".
Zusammenfassend macht die Beschwerdeführerin diesbezüglich geltend, die "Vorinstanz" habe in Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör diese "Darstellung neu in das Verfahren eingebracht" (S. 5 der Beschwerdeschrift).
b) Der Umfang des Anspruchs auf rechtliches Gehör wird zunächst durch die kantonalen Verfahrensvorschriften umschrieben. Unabhängig davon greifen die unmittelbar aus Art. 29 Abs. 2 BV (Art. 4 aBV) folgenden Verfahrensregeln zur Sicherung des rechtlichen Gehörs Platz. Da die Beschwerdeführerin keine Verletzung kantonaler Verfahrensvorschriften rügt, ist einzig, und zwar mit freier Kognition, zu prüfen, ob unmittelbar aus Art. 29 Abs. 2 BV (Art. 4 aBV) folgende Regeln missachtet wurden (<ref-ruling> E. 2 S. 242 f.; <ref-ruling> E. 2c S. 138; <ref-ruling> E. 1b S. 18, je mit Hinweisen).
c) Das durch Art. 29 Abs. 2 BV gewährleistete rechtliche Gehör dient der Sachaufklärung und garantiert dem Betroffenen ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht im Verfahren. Er soll sich vor Erlass des Entscheids zur Sache äussern, erhebliche Beweise beibringen, Einsicht in die Akten nehmen und an der Erhebung von Beweisen mitwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis äussern können, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen. Dem Mitwirkungsrecht entspricht die Pflicht der Behörde, die Argumente und Verfahrensanträge der Partei entgegenzunehmen und zu prüfen sowie die ihr rechtzeitig und formrichtig angebotenen Beweismittel abzunehmen, es sei denn, diese beträfen eine nicht erhebliche Tatsache oder seien offensichtlich untauglich, über die streitige Tatsache Beweis zu erbringen (<ref-ruling> S. 242; <ref-ruling> E. 2d S. 139; <ref-ruling> E. 4b S. 268). Der Grundsatz der Gewährung des rechtlichen Gehörs wird verletzt, wenn die urteilende Behörde, ohne dem Beschwerdeführer Gelegenheit zum Beweis zu geben, ihre Entscheidung auf Tatsachen stützt, über die vor der Vorinstanz nicht Beweis geführt worden war, weil sie für deren Entscheidung nicht von Bedeutung waren (<ref-ruling> E. 1b S. 383; Michele Albertini, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, Bern 2000, S. 370).
d) Soweit sich der Vorwurf, das rechtliche Gehör sei verletzt, darauf bezieht, dass das Verwaltungsgericht unter Hinweis auf eine Internet-Adresse (www. kompendium. ch) Ausführungen zur Wirkungsweise von Rohypnol und Ritalin gemacht hat, ist er zum Vornherein unbegründet. Beim Arzneimittelkompendium, das auch in gedruckter Form vorliegt und wohl in jeder Arztpraxis vorhanden sein dürfte, handelt es sich um eine allgemein zugängliche Informationsquelle, auf die sich das Verwaltungsgericht stützen durfte. Eine andere Frage ist, welche Schlüsse das Verwaltungsgericht aus dem Konsum dieser Medikamente für den Entscheid über den Entzug der Bewilligung zur selbständigen ärztlichen Tätigkeit ziehen durfte (vgl. dazu E. 4e nachstehend).
Eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör sieht die Beschwerdeführerin weiter darin, dass das Verwaltungsgericht ihren Eventualantrag auf Entzug der Bewilligung zur Führung einer Privatapotheke unter Orientierung der potentiellen Lieferfirmen mit der von der Gesundheitsdirektion in ihrer Vernehmlassung gegebenen Begründung, eine Orientierung aller möglichen Bezugsquellen sei gar nicht möglich, abgewiesen hat, ohne ihr zuvor Gelegenheit zur Stellungnahme zu geben. Die Beschwerdeführerin hat indessen die Stellungnahme der Gesundheitsdirektion zugestellt erhalten, dies zwar mit dem Vermerk, ein zweiter Schriftenwechsel sei nicht angeordnet worden. Das hätte sie indessen nicht davon abhalten müssen, einen entsprechenden begründeten Antrag zu stellen, wenn sie ihrerseits noch einmal Stellung nehmen wollte.
Auch der Hinweis, allfällige weitere Eingaben würden aus dem Recht gewiesen, hindert ein Gesuch um Anordnung eines zweiten Schriftenwechsels (§ 58 des Zürcher Verwaltungsrechtspflegegesetzes [VRG]) oder auf Durchführung einer mündlichen Verhandlung (§ 59 VRG) nicht, da das Verwaltungsgericht auf diesen prozessleitenden Entscheid wieder zurückkommen konnte.
Auch insoweit ist die Rüge, der Gehörsanspruch der Beschwerdeführerin sei verletzt, unbegründet.
e) aa) Das Verwaltungsgericht ist zum Ergebnis gelangt, der Beschwerdeführerin fehle es - um ihren Beruf weiterhin selbständig ausüben zu dürfen - an der hierzu erforderlichen Vertrauenswürdigkeit (§ 8 des Gesundheitsgesetzes).
Seinem Entscheid legte es einerseits die Pflichtverletzungen der Beschwerdeführerin gegen die ihr von der Gesundheitsdirektion auferlegten Beschränkungen zu Grunde.
Darüber hinaus begründete das Gericht seinen Entscheid - anders als die Gesundheitsdirektion - aber wesentlich damit, dass die Beschwerdeführerin selber übermässig Medikamente konsumiere und deshalb den beruflichen Anforderungen nicht (mehr) gewachsen sei (vgl. E. 3d, 2. Absatz).
bb) Fragen betreffend den Medikamentenkonsum bzw.
die allfällige Medikamentenabhängigkeit der Beschwerdeführerin waren für die Gesundheitsdirektion bei ihrem Entscheid über den Bewilligungsentzug nicht relevant. Darüber wurde im Verfahren vor der Gesundheitsdirektion auch nicht Beweis geführt.
Das Verwaltungsgericht hingegen stellte erstmals und massgeblich auf diesen Umstand ab, um zu begründen, dass es der Beschwerdeführerin an der erforderlichen Vertrauenswürdigkeit zur selbständigen Berufsausübung fehle. Dies tat es - trotz der Schwere des Eingriffs in die Rechtsstellung der Beschwerdeführerin - allein auf Grund der ihm zur Verfügung stehenden Akten. Hierin liegt eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör: Das Verwaltungsgericht hätte, weil es die erwähnten Fragen (im Gegensatz zur Gesundheitsdirektion) für die Beurteilung der Vertrauenswürdigkeit der Beschwerdeführerin als entscheidwesentlich erachtete, selber ein Beweisverfahren durchführen und die Beschwerdeführerin zumindest vorgängig hierüber orientieren müssen, damit sie sich hätte äussern können, namentlich zum neu erhobenen Vorwurf, sie sei wegen ihres Medikamentenkonsums den beruflichen Anforderungen offensichtlich nicht gewachsen (vgl. zum Anspruch auf Orientierung auch Michele Albertini, a.a.O., S. 216). Dass nach dem Arzneimittelkompendium die Substanzen Rohypnol und Ritalin zu Abhängigkeit führen "können", lässt - ohne weitere Beweiserhebungen - den Schluss nicht zu, dass die Beschwerdeführerin es ist. Auf eine Betäubungsmittelabhängigkeit wäre deshalb nur nach konkreter Abklärung der Verhältnisse zu schliessen, nicht allein auf Grund möglicher Auswirkungen des Arzneimittelkonsums.
f) Indem das Verwaltungsgericht - um darzulegen, dass die Beschwerdeführerin als selbständige Ärztin nicht (mehr) vertrauenswürdig sei - im angefochtenen Entscheid massgeblich auf deren Medikamenten- bzw. Betäubungsmittelkonsum abgestellt hat, ohne dass hierüber je Beweis geführt worden wäre, verletzte es wie erwähnt ihren Anspruch auf rechtliches Gehör (vgl. E. 4c und 4e). Da das angefochtene Urteil aus formellen Gründen aufzuheben ist und das Verwaltungsgericht neu zu entscheiden haben wird, brauchen die weiteren Rügen nicht mehr geprüft zu werden. Mit Blick auf Art. 6 Ziff. 1 EMRK wird das Verwaltungsgericht die Beschwerdeführerin mit Vorteil (auch) mündlich anhören, zumal es ihm anders nur schwer möglich wäre, sich von der Persönlichkeit der Beschwerdeführerin ein verlässliches Bild zu machen.
5.- Die staatsrechtliche Beschwerde ist demnach gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind keine Kosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Hingegen hat der Kanton Zürich der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 159 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. August 2000 aufgehoben.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.-Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin sowie der Gesundheitsdirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 16. März 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: