Sachverhalt:
A.
Staatsanwältin Gabriela Alkalay von der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl führte gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen des Verdachts, als Treuhänderin in das Verwalten und Verschieben von Drogengeldern verwickelt gewesen zu sein. Am 5. März 2010 ersuchte sie die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich, ihr das Überwachen des Telefon- und E-Mail-Verkehrs von X._ zu genehmigen. Die Anklagekammer erteilte die Genehmigung am 9. März 2010.
Am 20. Februar 2013 stellte die Staatsanwaltschaft das Verfahren gegen X._ betreffend "Verbrechen gegen das Betäubungsmittelgesetz/Geldwäscherei" ein und erhob beim Bezirksgericht Bülach Anklage wegen Betrugs etc.
Am 19. April 2013 reichte X._ bei der Leitenden Staatsanwältin der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl eine Strafanzeige gegen die Staatsanwältin Gabriela Alkalay ein betreffend "Verleumdung/Üble Nachrede, Irreführung der Rechtspflege, Amtsmissbrauch, Freiheitsberaubung, Nötigung, Amtsgeheimnisverletzung etc.".
Am 26. April 2013 überwies die Leitende Staatsanwältin die Sache ans Obergericht des Kantons Zürich. Sie hielt fest, die Strafanzeige enthalte auch ein Ausstandsbegehren gegen die Staatsanwältin Gabriela Alkalay. In Bezug auf die Strafanzeige hielt sie fest, nach summarischer Prüfung liege kein deliktsrelevanter Tatverdacht vor, weshalb sie beantrage, die Ermächtigung zur Durchführung eines Strafverfahrens nicht zu erteilen.
Das Obergericht trennte das Ausstands- vom Ermächtigungsverfahren. In Letzterem erteilte es der Staatsanwaltschaft am 25. Juli 2013 "die Ermächtigung zur Strafverfolgung (vorab Entscheid über die Untersuchungseröffnung bzw. Nichtanhandnahme eines Strafverfahrens) gegen die Gesuchsgegnerin nicht".
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Beschluss des Obergerichts aufzuheben und die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl, eventuell eine ausserkantonale Staatsanwaltschaft zu beauftragen, gegen Staatsanwältin Gabriela Alkalay eine Strafuntersuchung anhand zu nehmen, d.h. zu prüfen, ob eine Strafuntersuchung zu eröffnen sei oder nicht. Sie ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
C.
Das Obergericht, die Leitende Staatsanwältin, und die Oberstaatsan-waltschaft verzichten auf Vernehmlassung. X._ reicht eine Beschwerdeergänzung ein.

Erwägungen:
1.
Nach <ref-law> i.V.m. § 148 des Zürcher Gerichtsorganisationsgesetzes vom 10. Mai 2010 (GOG) entscheidet das Obergericht über die Eröffnung oder Nichtanhandnahme einer Strafuntersuchung gegen Beamte im Sinn von <ref-law> wegen im Amt begangener Vergehen oder Verbrechen. Mit dem angefochtenen Entscheid hat es das Obergericht abgelehnt, die Staatsanwaltschaft zur Strafverfolgung der angezeigten Person zu ermächtigen. Damit fehlt es an einer Prozessvoraussetzung für die Durchführung des Strafverfahrens, womit das Verfahren abgeschlossen ist. Angefochten ist ein Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>), gegen den nach der Rechtsprechung die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist (<ref-ruling> E. 1.3.1). Die Beschwerdeführerin, die am kantonalen Verfahren als Partei beteiligt war und deren Strafanzeige nicht mehr weiterbehandelt werden kann, ist befugt, sie zu erheben (<ref-law>).
Gegenstand des Verfahrens ist allerdings einzig, ob das Obergericht die Ermächtigung zur Strafverfolgung der Beschwerdegegnerin zu Recht verweigert hat oder nicht. Soweit die Kritik der Beschwerdeführerin an der Verfahrensführung der Beschwerdegegnerin über die strafrechtlichen Gesichtspunkte hinausgeht, was in erheblichem Masse zutrifft, ist darauf nicht einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin wirft der Beschwerdegegnerin vor, in ihrem Gesuch vom 5. März 2010 wahrheitswidrig und wider besseres Wissen ausgeführt zu haben, sie (die Beschwerdeführerin) weise Vorstrafen wegen Betrugs auf, und es sei aufgrund der Erkenntnisse der Stadt- und Kantonspolizei sowie der Aussagen von A._ erstellt, dass sie, B._ und C._ seit mehreren Jahren gemeinsam dem Drogenhandel nachgingen. Dadurch habe sich die Beschwerdegegnerin der Ehrverletzung im Sinn von Art. 174 Ziff. 2, ev. Ziff. 1 und/oder <ref-law> schuldig gemacht.
2.1. Der Üblen Nachrede im Sinn von <ref-law> macht sich schuldig, wer jemanden bei einem anderen eines unehrenhaften Verhaltens oder anderer Tatsachen, die geeignet sind, seinen Ruf zu schädigen, beschuldigt oder verdächtigt oder eine solche Beschuldigung oder Verdächtigung weiterverbreitet. Der Verleumdung im Sinn von <ref-law> macht sich schuldig, wer dies wider besseres Wissen tut. Nach der Rechtsprechung erfordert der subjektive Tatbestand direkten Vorsatz in Bezug auf die Unwahrheit der Beschuldigung oder Verdächtigung. "Wider besseres Wissen" erhoben ist sie nur dann, wenn der Täter oder die Täterin sicher weiss, dass die Anschuldigung unwahr ist; das Bewusstsein, dass sie möglicherweise falsch sein könnte, genügt mithin nicht (<ref-ruling> E. 2.1; 76 IV 243).
Das Obergericht hat im angefochtenen Entscheid dazu erwogen (E. 3 und 4 S. 5 ff.), soweit die Beschwerdegegnerin in ihrer Funktion als Staatsanwältin im Rahmen einer Strafuntersuchung die Beschwerdeführerin beschuldigt und verdächtigt habe, sei ihr Vorgehen von <ref-law> grundsätzlich gesetzlich erlaubt gewesen. Eine Verurteilung wegen Übler Nachrede im Sinn von <ref-law> falle daher von vornherein ausser Betracht. Der Verleumdung im Sinn von <ref-law> hätte sie sich jedoch dann strafbar gemacht, wenn sie die Beschuldigungen und Verdächtigungen wider besseres Wissen erhoben hätte, da ein solches Vorgehen von der Amtspflicht nicht gedeckt würde.
2.2. Die Auffassung des Obergerichts, dass das Erheben von Anschuldigungen und Verdächtigungen durch die Staatsanwaltschaft im Rahmen eines Strafverfahrens im Sinn von <ref-law> gesetzlich erlaubt bzw. geboten und damit nicht nach <ref-law> strafbar ist, trifft offensichtlich zu, ebenso wie die weitere Überlegung, dass bewusst falsche Anschuldigungen den Rahmen der Amtspflicht sprengen und grundsätzlich als Verleumdung nach <ref-law> strafbar sind. In tatsächlicher Hinsicht schloss das Obergericht indessen aus, dass die Beschwerdegegnerin ihre Vorwürfe gegen die Beschwerdeführerin wider besseres Wissen erhob.
2.2.1. Die Beschwerdegegnerin verfasste das Gesuch um Genehmigung einer Telefonüberwachung am 5. März 2010 und damit im Anfangsstadium der Strafuntersuchung, gestützt insbesondere auf den Rapport der Kantonspolizei Zürich (Fw D._) vom 8. Februar 2010 über das Ermittlungsverfahrens "Duplio". Danach ging die Polizei davon aus, dass der bereits 2001 wegen Handels mit Marihuana polizeilich erfasste B._ 2007 in Roggwil eine grössere Gärtnerei kaufte und dort seither mit seinen Komplizen - insbesondere mit C._ und A._ - in grossem Stil banden- und gewerbsmässig Marihuana produzierte und es verkaufte. Die Polizei verdächtigte die Beschwerdeführerin, die als Treuhänderin und Geschäftspartnerin von B._ - sie gründeten gemeinsam die Firma "E._ AG" - mit dem Hauptverdächtigen geschäftlich verbunden war, die Drogengelder verwaltet zu haben bzw. für die finanzielle Abwicklung des Drogenhandels zuständig gewesen zu sein. Dieser Verdacht stützte sich insbesondere auch auf die Aussage des in Österreich verhafteten A._s, welcher zu Protokoll gab, B._ habe ihm gesagt, die Beschwerdeführerin wickle sämtliche Geschäfte für ihn ab, zum Beispiel seine Autokäufe, einfach alles, was mit seiner finanziellen Situation zu tun habe. Er (A._) sei im Juni 2009 mit B._ in der Wohnung der Beschwerdeführerin gewesen, um seinen Arbeitsvertrag aufzusetzen. Dabei habe er noch eine Bestätigung erhalten, um im Namen von B._s Firma Bargeld bis zu einem Betrag von EUR 28'000.-- vom Ausland in Schweiz einführen zu können, ohne die Herkunft des Geldes nachweisen zu müssen. Dabei habe B._ die Beschwerdeführerin konkret nach einer Möglichkeit gefragt, Drogenerlös in bar in die Schweiz einzuführen. Die Beschwerdeführerin habe gesagt, mit der Bestätigung, dass das Geld aus der Firma B._s stamme, sei dies ohne Probleme möglich. Weiter wird im Rapport ausgeführt, die Beschwerdeführerin habe bei der Stadt- und Kantonspolizei bereits Akten betreffend Wirtschaftsdelikte erwirkt.
2.2.2. In ihrem Gesuch vom 5. März 2010 um Genehmigung einer Telefonüberwachung gegen die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin den sich aus dem Polizeirapport vom 8. Februar 2010 ergebenden Verdacht gegen die Beschwerdeführerin teilweise unzutreffend und zumindest zugespitzt dargestellt. Es war entgegen der Darstellung im Gesuch offensichtlich nicht "erstellt", dass B._, C._ und die Beschwerdeführerin seit mehreren Jahren gemeinsam dem Drogenhandel nachgingen, und die Behauptung, die Beschwerdeführerin sei wegen Betrugs vorbestraft, war falsch. Das ändert allerdings nichts daran, dass gegen die Beschwerdeführerin aufgrund der schweren Belastungen A._s, die aufgrund ihrer geschäftlichen Verbundenheit mit dem Hauptverdächtigen jedenfalls in diesem frühen Stadium der Untersuchung plausibel erscheinen mussten, der dringende Verdacht bestand, massgebend in die Drogengeschäfte B._s verwickelt zu sein. Dies lässt die Stellung des Telefonüberwachungsgesuchs durch die Beschwerdegegnerin gerechtfertigt erscheinen. Vor allem aber hatte die Beschwerdegegnerin zu diesem Zeitpunkt weder sichere Erkenntnisse über die Beteiligung der Beschwerdeführerin an diesen Drogengeschäften noch über ihre Vorstrafen bzw. deren Fehlen. Der Vorwurf, die Beschwerdegegnerin habe die Beschwerdeführerin in ihrem Gesuch vom 5. März 2010 wider besseres Wissen der Mitwirkung am Drogenhandel und einer kriminellen Vergangenheit bezichtigt, lässt sich damit nicht einmal ansatzweise begründen. Ob die Begründung des Gesuchs fehlerhaft, übertrieben oder gar leicht tendenziös ausgefallen sein mag, ist nach dem Gesagten strafrechtlich unerheblich und damit in diesem Zusammenhang ohne Belang.
2.2.3. Die Beschwerdeführerin wirft der Beschwerdegegnerin vor, ihren Ruf durch ehrverletzende Äusserungen planmässig im Sinn von <ref-law> untergraben zu haben. Obschon von Anfang an klar gewesen sei, dass kein Tatverdacht hinsichtlich eines Verbrechens gegen das BetmG bestehe, habe sie auf ihren Schreiben an verschiedene Banken oder mit ihr verbundene Gesellschaften stets vermerkt, sie führe gegen die Beschwerdeführerin ein umfangreiches Strafverfahren wegen Verbrechens gegen das Betäubungsmittelgesetz und Geldwäscherei. Dadurch habe sie ihren Ruf nachhaltig geschädigt.
Dieser Vorwurf beruht auf der unzutreffenden Annahme, dass gar nie ein Verdacht gegen die Beschwerdeführerin bestand, in den Drogenhandel B._s verwickelt gewesen zu sein bzw. dass die Beschwerdegegnerin von Anfang an um die Unbegründetheit dieser Vorwürfe wusste. Ein solcher Verdacht bestand, und die Beschwerdegegnerin konnte nicht wissen, dass sich der Verdacht nicht erhärten würde. Aus dem Umstand, dass das Verfahren wegen Drogendelikten und Geldwäscherei eingestellt wurde, lässt sich entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin offenkundig nicht ableiten, dass es auch zu Beginn des Verfahrens an einem einschlägigen Verdacht fehlte.
3.
Nach <ref-law> macht sich der Irreführung der Rechtspflege schuldig, wer bei einer Behörde wider besseren Wissens anzeigt, es sei eine strafbare Handlung begangen worden.
Die Beschwerdeführerin machte in ihrer Strafanzeige geltend, die Beschwerdegegnerin habe im Gesuch vom 5. März 2010 wahrheitswidrig ausgeführt, es sei erstellt, dass sie jahrelang dem bandenmässigen Drogenhandel nachgegangen sei.
Einmal abgesehen von der Frage, ob sich eine Staatsanwältin bei ihrer Tätigkeit überhaupt der Irreführung der Rechtspflege schuldig machen kann, wusste die Beschwerdegegnerin am 5. März 2010 nicht, dass diese Behauptung nicht zutraf, weshalb sie jedenfalls nicht "wider besseres Wissen" erfolgte. Zudem konnte für das Obergericht kein Zweifel daran bestehen, dass in diesem frühen Verfahrensstadium entgegen der unzutreffenden Formulierung der Vorwurf des Drogenhandels keineswegs sicher feststand - sonst hätte die Staatsanwaltschaft das Verfahren ohne Weiterungen abschliessen können -, sondern dass damit nur gemeint sein konnte, es bestehe ein entsprechender Verdacht. Es ist auszuschliessen, dass das Obergericht durch diese fehlerhafte Formulierung in die Irre geführt worden sein könnte.
4.
Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, wenn schon die erste Telefonüberwachung illegal gewesen sei und die Beschwerdegegnerin dies gewusst habe, so seien auch alle weiteren Untersuchungshandlungen - insbesondere die Zwangsmassnahmen - missbräuchlich gewesen. Die Beschwerdegegnerin sei dementsprechend wegen Freiheitsberaubung (<ref-law>) und Amtsmissbrauchs (<ref-law>) zur Rechenschaft zu ziehen. Wie bereits erwähnt, war die erste Telefonüberwachung nicht illegal, womit die daraus abgeleiteten Vorwürfe von vornherein unbegründet sind.
5.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Sie hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches indessen abzulehnen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich, dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, und dem Bezirksgericht Bülach, I. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. November 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi