Sachverhalt:
A. Die Bausektion des Stadtrates Zürich erteilte am 21. August 2007 der Liegenschaftenverwaltung der Stadt Zürich die baurechtliche Bewilligung für eine Arealüberbauung mit 7 Mehrfamilienhäusern und insgesamt 105 Wohnungen sowie mit 89 Autoabstellplätzen in einer Unterniveaugarage und 9 Parkplätzen im Freien auf dem Grundstück Kat.-Nr. AL7927 an der Stampfenbrunnenstrasse/Rautistrasse/Girhaldenstrasse in Zürich 9 - Altstetten.
Dagegen erhoben A._ und 34 weitere Personen gemeinsam Rekurs und beantragten die Aufhebung der Baubewilligung. Mit Entscheid vom 4. Juli 2008 wies die Baurekurskommission I das Rechtsmittel ab.
Am 18. September 2008 beantragten A._ sowie weitere 20 unterlegene Mitrekurrierende dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zur Hauptsache, den Entscheid der Baurekurskommission aufzuheben und die Baubewilligung zu verweigern. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde am 14. Januar 2009 ab.
B. Eine von A._ und 17 weiteren Verfahrensbeteiligten erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hiess das Bundesgericht mit Urteil 1C_100/2009 vom 22. September 2009 gut. Es hob den angefochtenen Entscheid auf und wies die Sache wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs an das Verwaltungsgericht zurück. Die Beschwerdeführer hatten im kantonalen Verfahren keine Kenntnis vom Modell des Bauprojekts erhalten.
C. Das Verwaltungsgericht räumte den Beschwerdeführern hierauf mit Verfügung vom 20. Oktober 2009 die Möglichkeit ein, sich zum Modell des Bauprojekts zu äussern. Davon machten diese mit Stellungnahme vom 14. Dezember 2009 Gebrauch. Am 27. Januar 2010 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die Beschwerde ab und auferlegte den Beschwerdeführern die Gerichtskosten von Fr. 26'090.-- sowie eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.--.
D. A._ und 17 Mitbeteiligte gelangen erneut mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht. In ihrer Eingabe vom 19. März 2010 verlangen sie die Aufhebung des neuerlichen Urteils des Verwaltungsgerichts und eventualiter die Rückweisung der Angelegenheit zur Weiterbehandlung und Neuentscheidung an die Vorinstanz. In jedem Fall sei die Spruchgebühr für das vorinstanzliche Verfahren in teilweiser Aufhebung von Dispositiv-Ziff. 2 des angefochtenen Entscheids auf maximal Fr. 10'000.-- zu reduzieren. Gleichzeitig stellen sie den Antrag, das bundesgerichtliche Verfahren bis zum Entscheid der Bausektion des Stadtrates Zürich über das Gesuch der Beschwerdeführenden um Widerruf der Baubewilligung zu sistieren.
Nachdem die Bausektion des Stadtrates Zürich auf das Widerrufsgesuch der Beschwerdeführer mit Entscheid vom 20. April 2010 nicht eingetreten ist, hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Sistierungsbegehren als gegenstandslos abgeschrieben und das Verfahren weiter instruiert.
Die Bausektion des Stadtrates Zürich und die Ligenschaftenverwaltung der Stadt Zürich schliessen je auf Abweisung der Beschwerde, ebenso das kantonale Verwaltungsgericht. Die Beschwerdeführer halten in der Folge an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen kantonalen Entscheid, der eine Baubewilligung zum Gegenstand hat. Dabei handelt es sich um eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Der angefochtene Entscheid schliesst den kantonalen Instanzenzug ab (<ref-law>). Die beschwerdeführenden Nachbarn bringen Gehörsrügen vor; dazu sind sie ohne Weiteres befugt (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 253). In der Sache wenden sie sich gegen die Recht- und Zweckmässigkeit der kommunalen Arealüberbauungsprivilegien, die Arealüberbauungsqualität des umstrittenen Bauprojekts sowie die Festlegung der Spruchgebühr. Soweit diese Punkte Auswirkungen auf die Stellung der Beschwerdeführer haben, ist auch diesbezüglich die Beschwerdelegitimation im Sinn von <ref-law> zu bejahen (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 253). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist unter dem Vorbehalt rechtsgenüglicher Rügen grundsätzlich einzutreten.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem oder kommunalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung; siehe <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.3 Der rechtserhebliche Sachverhalt ergibt sich mit hinreichender Klarheit aus den Akten. Auf den von den Beschwerdeführern anbegehrten Augenschein ist darum zu verzichten.
2. Die Beschwerdeführer rügen zunächst eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil das Verwaltungsgericht ihre Stellungnahme zum Modell in seinem Entscheid gar nicht berücksichtigt habe.
2.1 Gemäss <ref-law> steht den Parteien das rechtliche Gehör zu. Dieser Anspruch ist formeller Natur, womit seine Verletzung ungeachtet der materiellen Begründetheit des Rechtsmittels zur Gutheissung der Beschwerde und zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids führt (statt vieler: <ref-ruling> E. 2.2 E. S. 190). Das rechtliche Gehör dient einerseits der Klärung des Sachverhalts, anderseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört insbesondere das Recht der betroffenen Person, sich vor Erlass eines ihn belastenden Entscheids zur Sache, jedenfalls zumindest zum Beweisergebnis äussern zu können, wenn dieses geeignet ist, den Ausgang des Verfahrens zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 236). Weiter folgt aus <ref-law> die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (statt vieler <ref-ruling> E. 5.2 S. 236).
2.2 Aus <ref-law> ergibt sich für die Parteien zudem das Recht, Beweisanträge zu stellen, und für die Behörden die Pflicht, rechtzeitig und formgültig angebotene Beweisbegehren entgegenzunehmen und zu berücksichtigen (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 56). Indes kann der Richter das Beweisverfahren schliessen, wenn die Anträge nicht erhebliche Tatsachen betreffen. Gleichermassen kann er Beweisanträge ohne Verletzung des rechtlichen Gehörs ablehnen, wenn er aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener antizipierter Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236 f.; <ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 3 S. 157; je mit Hinweisen).
2.3 Unbestritten ist, dass den Beschwerdeführern vom Verwaltungsgericht die Möglichkeit gewährt wurde, sich zum Modell zu äussern. Offensichtlich erachtete das Verwaltungsgericht die Vorbringen der Beschwerdeführer für nicht entscheidrelevant. Es war nicht gehalten, auf jeden einzelnen Punkt einzugehen, denn aus dem Urteil gehen die Motive für die Abweisung der Beschwerde mit genügender Klarheit hervor.
Gleiches gilt für den verweigerten Augenschein. Das Verwaltungsgericht hat in willkürfreier, antizipierter Beweiswürdigung auf die Akten und das Modell zum Bauvorhaben abgestellt. Zudem hatte sich die Baurekurskommission I vor Ort über das Projekt informiert, sodass die örtlichen Verhältnisse ausreichend dokumentiert waren.
3. Weiter werfen die Beschwerdeführer dem Verwaltungsgericht vor, es habe sich willkürlich geweigert, die neue Bestimmung in Art. 8 Abs. 6 der Bau- und Zonenordnung der Stadt Zürich vom 23. Oktober 1991 (BZO) negativ vorwirkend anzuwenden. Auf dieses Vorbringen ist nicht einzutreten (<ref-law>), haben die Beschwerdeführer doch im kantonalen Verfahren keinen diesbezüglichen Einwand gemacht, obwohl die BZO-Änderung vom 5. Juni bis 4. August 2009 auflag, mithin vor Urteilsfällung durch das Verwaltungsgericht. Die Beschwerdeführer stellen sich auf den Standpunkt, das Verwaltungsgericht hätte von Amtes wegen einschreiten und die Baubewilligung verweigern müssen. Indes wird der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen durch die Mitwirkungspflicht der Verfahrensbeteiligten relativiert. Zudem haben die Beschwerdeführer ebenfalls wegen Missachtung der neuen Bestimmung ein Widerrufsgesuch an die städtische Bausektion gestellt, welche mit Entscheid vom 20. April 2010 nicht darauf eingetreten ist. In diesem Verfahren wurde der kantonale Rechtsweg bis anhin nicht ausgeschöpft, was ebenfalls gegen ein Eintreten des Bundesgerichts spricht.
4. Sodann werfen die Beschwerdeführer dem Verwaltungsgericht vor, dass es sich geweigert habe, Art. 8 BZO akzessorisch auf seine Recht- und Zweckmässigkeit zu prüfen.
4.1 Das Bundesgericht hat Nutzungspläne in seiner Rechtsprechung im Wesentlichen den Regeln der Einzelaktanfechtung unterworfen. Insoweit ist die spätere akzessorische Überprüfung eines Plans grundsätzlich ausgeschlossen (Heinz Aemisegger/Karin Scherrer, Basler Kommentar zum BGG, N. zu Art. 82 lit. b). Sie ist nur zulässig, wenn sich der Betroffene bei Planerlass noch nicht über die ihm auferlegten Beschränkungen Rechenschaft geben konnte und er im damaligen Zeitpunkt keine Möglichkeit hatte, seine Interessen zu verteidigen (<ref-ruling> E. 5c S. 486; <ref-ruling> E. 3b S. 211; <ref-ruling> E. 3d S. 131; <ref-ruling> E. 3c S. 387). Der Grundsatz, wonach die Bestandteil eines Zonenplanes bildenden Vorschriften in der Regel nur im Zeitpunkt ihres Erlasses angefochten werden können, gilt zudem gemäss BGE <ref-ruling> E. 3 S. 210 ff. nicht für Normen, die nicht dazu dienen, Art, Natur und Umfang der im Zonenplan kartografisch dargestellten Nutzungen zu umschreiben. Dieser letztgenannte Fall trifft auf die hier zu beurteilenden Norm von vornherein nicht zu, äussert sich diese doch zu Art, Natur und Umfang von Arealüberbauungen:
4.2 Gemäss dem umstrittenen Art. 8 BZO sind Arealüberbauungen in allen Wohnzonen, ausgenommen W2B, sowie in Zentrumszonen und Zonen für öffentliche Bauten zulässig (Abs. 1). Die Arealfläche muss mindestens 6 000 m2 betragen (Abs. 2). Dabei darf die zonengemässe Vollgeschosszahl in den zweigeschossigen Wohnzonen auf drei und in den übrigen Zonen auf sieben Vollgeschosse erhöht werden. Die maximale Gebäudehöhe beträgt in den zweigeschossigen Wohnzonen 11.5 m und in den übrigen Zonen 25 m (Abs. 4). Abs. 5 schliesslich legt die Formel fest, nach welcher die Ausnützungsziffer in den Wohn- und Zentrumszonen sowie in den Zonen für öffentliche Bauten Oe2-Oe5 erhöht werden darf.
Das Verwaltungsgericht hat eine akzessorische Überprüfung von Art. 8 BZO mit Blick auf die in E. 4.1 hiervor zitierte Rechtsprechung abgelehnt. Zu Recht hat es darauf hingewiesen, dass die fragliche Bestimmung die gegenüber der Regelbauweise zulässige Erhöhung der baulichen Möglichkeiten im Rahmen einer Arealüberbauung in unmissverständlicher Weise festhalte. Bei Erlass der BZO hätten sich die Beschwerdeführer über die Konsequenzen einer Arealüberbauung in ihrer Nachbarschaft, insbesondere hinsichtlich der zulässigen Erhöhung der Vollgeschosszahl von drei auf sieben, im Klaren sein müssen. Das Bauareal sei von seiner Grösse her (11 582 m2) für eine Arealüberbauung geeignet. Der Rechtsschutz gegen Art. 8 BZO sei der Nachbarschaft im Zeitpunkt des Erlasses gewährt worden. Weiter führt das Verwaltungsgericht aus, die rechtlichen und tatsächlichen Verhältnisse hätten sich seit dem Planerlass nicht in rechtsrelevanter Weise geändert. Die Inventarisierung von Bauten habe keine grundeigentümerverbindliche Wirkung; die Beschwerdeführer hätten darum nicht darauf vertrauen können, dass die benachbarten Bauten formell unter Schutz gestellt würden, was eine Arealüberbauung faktisch verunmöglicht hätte.
4.3 Die Beschwerdeführer bringen dagegen keine stichhaltigen Argumente vor. Soweit ihre Vorbringen den Anforderungen an eine rechtsgenügliche Begründung überhaupt genügen, überzeugen sie nicht. Die Abweichungen von der Regelbauweise und Privilegierungen, insbesondere auch was die Geschosszahl anbelangt, sind in der umstrittenen Bestimmung klar formuliert. Die Beschwerdeführer konnten nicht einfach darauf vertrauen, dass nie ein Projekt vorgelegt würde, welches diese Möglichkeiten ausschöpft. Sie mussten mit einem "worst case" Szenario rechnen. Die von ihnen angeführten veränderten tatsächlichen Verhältnisse sind rechtlich nicht relevant. Selbst wenn sich in den letzten Jahren ein Wandel vollzogen hat und von den rechtlich eingeräumten Baumöglichkeiten vermehrt Gebrauch gemacht wird, können die Beschwerdeführer daraus nichts zu ihren Gunsten ableiten und auf frühere Gegebenheiten abstellen. Erfüllt ein Bauprojekt die gesetzlichen Vorgaben, hat die Bauherrschaft Anspruch auf Erteilung der Baubewilligung. Unbehelflich ist in diesem Zusammenhang auch der nicht belegte Einwand, die neuere Bewilligungspraxis der Stadt Zürich stehe in Widerspruch zu § 71 PBG/ZH, welcher insbesondere Gestaltungsvorgaben für Arealüberbauungen macht (dazu sogleich E. 5 hienach). Selbst wenn dem so wäre, begründet dies keinen Anspruch auf eine akzessorische Überprüfung von Art. 8 BZO.
5. Im Hauptpunkt machen die Beschwerdeführer eine willkürliche Auslegung und Anwendung von § 71 PBG/ZH geltend. Für das Verwaltungsgericht habe keine Beschränkung der Überprüfungsbefugnis bestanden, da sich die städtische Baubehörde in einem Interessenskonflikt befunden habe. Das Bauprojekt sei in einem Wettbewerbsverfahren ausgesucht worden. Faktisch sei die Wettbewerbsjury Bewilligungsbehörde gewesen, zumindest was die ästhetischen Belange angehe. Die Beschwerdeführer fordern das Bundesgericht in diesem Zusammenhang auf, den Baubewilligungsentscheid ohne Kognitionsbeschränkung zu überprüfen und die Sache eventuell mit entsprechenden Anweisungen an das Verwaltungsgericht oder die Baurekurskommission zurückzuweisen.
5.1 Das Bundesgericht überprüft die Anwendung von eidgenössischem und kantonalem Verfassungsrecht mit freier Kognition, die Handhabung von Gesetzes- und Verordnungsrecht unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots. Es auferlegt sich Zurückhaltung, soweit die Beurteilung der Streitsache von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser überblicken (<ref-ruling> E. 1.2 S. 305 mit Hinweisen). Das Bundesgericht hat den Beurteilungs- und Entscheidungsspielraum der kantonalen Instanzen zu beachten, soweit das Ermessen nach rechtlich zulässigen, sachlichen Kriterien ausgeübt worden ist (<ref-ruling> E. 3a S. 366 und E. 5a S. 372). Es ist nicht ersichtlich und wurde auch nicht rechtsgenüglich dargetan, weshalb sich vorliegend eine Abweichung von diesen Grundsätzen aufdrängen sollte.
5.2 Im Urteil 1P.678/2004 vom 21. Juni 2005 (publ. in: ZBl 107/2006 S. 430) hat das Bundesgericht überdies dem Verwaltungsgericht eine willkürliche Überschreitung der Kognitionsbefugnis und eine Verletzung der Gemeindeautonomie vorgeworfen. Obwohl sich die von der Baubehörde vorgenommene ästhetische Würdigung des Bauprojekts im Rahmen der geltenden Zonenordnung als vertretbar erwiesen hatte, hatte das Verwaltungsgericht eine eigene Würdigung vorgenommen und zu Unrecht in das Ermessen der kommunalen Behörde eingegriffen (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 414; <ref-ruling> E. 7a S. 389; <ref-ruling> E. 2b S. 71). Zwar handelte es sich damals um eine Anwendung von § 238 PBG/ZH. Gleiches gilt aber auch für den vorliegenden Fall in Bezug auf § 71 PBG/ZH. Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführer hat sich das Verwaltungsgericht eingehend mit der gestalterischen Lösung des Vorprojekts und den Gegenargumenten der Beschwerdeführer auseinandergesetzt. Dabei hat es sich unter Berufung auf die einschlägigen Bestimmungen im kantonalen Verwaltungsrechtspflegegesetz vom 24. Mai 1959 (VRG/ZH; LS 175.2), nämlich auf § 50 Abs. 2 und § 20 VRG/ZH, und den zitierten Entscheid des Bundesgerichts die angezeigte Zurückhaltung auferlegt. Auch hat es zu Recht eingewandt, die Durchführung eines Wettbewerbs binde die Baubewilligungsbehörde keineswegs. Eine Ermessensunterschreitung ist ihm nicht vorzuwerfen.
5.3 Der von den Beschwerdeführern zitierte § 71 PBG/ZH fordert, dass bei Arealüberbauungen die Bauten und Anlagen sowie deren Umschwung besonders gut gestaltet sowie zweckmässig ausgestattet und ausgerüstet sein müssen (Abs. 1). Nach Abs. 2 sind bei der Beurteilung insbesondere folgende Merkmale zu beachten: Beziehung zum Ortsbild sowie zur baulichen und landschaftlichen Umgebung; kubische Gliederung und architektonischer Ausdruck der Gebäude; Lage, Zweckbestimmung, Umfang und Gestaltung der Freiflächen; Wohnlichkeit und Wohnhygiene; Versorgungs- und Entsorgungslösung; Art und Grad der Ausrüstung. Schliesslich können nach Abs. 3 Arealüberbauungen auch bereits überbaute Grundstücke umfassen, wenn die Überbauung als Ganzes den Anforderungen genügt.
5.4 Was die Beschwerdeführer dem Verwaltungsgericht entgegenhalten, erschöpft sich weitgehend in appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid, ohne Willkür darzutun. Das Verwaltungsgericht hat sich entgegen der Behauptung der Beschwerdeführer detailliert zum konkreten Projekt geäussert und aufgezeigt, dass dieses aus seiner Sicht in Übereinstimmung mit § 71 PBG/ZH steht. Zunächst hält es fest, die Durchführung eines Wettbewerbs binde die Baubewilligungsbehörde keineswegs, erhöhe aber generell die Qualität der Bauprojekte und erlaube der Bewilligungsbehörde, bei ihrem Beschluss auf eine breite fachlich abgestützte Entscheidgrundlage zurückzugreifen. Die Meinung der Beschwerdeführer, wonach eine Arealüberbauung in einer Wohnzone W3 an der Grenze zur Wohnzone W2 regelmässig die geforderte gute Beziehung zur baulichen Umgebung nicht erreichen könne, wenn die Geschosszahl ganz oder beinahe ausgeschöpft werde, teilt das Verwaltungsgericht nicht. Nach Auffassung der Vorinstanz würde es dem Zweck des Instituts der Arealüberbauung und auch dem Willen des Gesetzgebers zuwiderlaufen, wenn generell in der dreigeschossigen Wohnzone die gemäss Art. 8 Abs. 5 BZO zulässige Vollgeschosszahl nicht ausgeschöpft werden könnte. Der Gesetzgeber habe die entsprechenden klaren Zäsuren bewusst in Kauf genommen. Der durch eine Arealüberbauung zur Nachbarschaft geschaffene Kontrast, der auf die Erhöhung der Vollgeschosszahl, der Gebäudehöhe und der Ausnützung zurückzuführen sei, könne nicht mit einer ungenügenden Einordnung gleichgesetzt werden. Es folgen eingehende Schilderungen des Bauvorhabens, auf welche hier verwiesen werden kann (E. 5.2.4; <ref-law>). Im Lichte der zitierten Rechtsprechung (vgl. E. 5.1 hiervor) besteht für das Bundesgericht kein Anlass, die Würdigung durch das Verwaltungsgericht als willkürlich zu qualifizieren.
6. Schliesslich erachten die Beschwerdeführer die vom Verwaltungsgericht erhobenen Kosten von Fr. 26'090.-- als übersetzt und sehen darin einen Verstoss gegen § 13 Abs. 1 VRG/ZH und § 2 der Verordnung über Gebühren, Kosten und Entschädigungen im Verfahren vor Verwaltungsgericht vom 26. Juni 1997 (GebV VGr/ZH; LS 175.252). Sie machen einen Verstoss gegen das Äquivalenzprinzip geltend. Der Zeitaufwand des Gerichts und die Schwierigkeit des Falls vermöchten diese Spruchgebühr offensichtlich nicht zu rechtfertigen.
6.1 Das Verwaltungsgericht begründet die Summe mit dem Umstand, dass die Beschwerdeführer die Aufhebung einer Baubewilligung für eine Arealüberbauung mit sieben Mehrfamilienhäusern und insgesamt 105 Wohnungen sowie veranschlagten Baukosten von 35 Millionen Franken beantragt hätten. Es beruft sich dabei u.a. auf § 2 der GebV VGr/ZH. Dieser besagt, dass sich die Gerichtsgebühr nach den (in der Verordnung) folgenden Bestimmungen bemisst und insbesondere den Zeitaufwand des Gerichts, die Schwierigkeit des Falles und das tatsächliche Streitinteresse berücksichtigt. Der nachfolgende § 3 GebV VGr/ZH sieht sodann bei Streitwerten über 1 Million Franken Gerichtsgebühren bis zu Fr. 50'000.-- vor.
6.2 Dem Verwaltungsgericht ist mit Blick auf die erwähnten kantonalen Normen keine Willkür vorzuwerfen: In <ref-ruling> E. 2.3 S. 228 hat das Bundesgericht festgehalten, dass das Äquivalenzprinzip das Verhältnismässigkeitsprinzip und das Willkürverbot für den Bereich der Kausalabgaben konkretisiert (<ref-ruling> E. 4a S. 52; <ref-ruling> E. 3b S. 468; Adrian Hungerbühler, Grundsätze des Kausalabgaberechts, ZBl 104/2003, S. 522). Das Äquivalenzprinzip bestimmt, dass eine Gebühr nicht in einem offensichtlichen Missverhältnis zum objektiven Wert der Leistung stehen darf und sich in vernünftigen Grenzen halten muss. Der Wert der Leistung bemisst sich nach dem wirtschaftlichen Nutzen, den sie dem Pflichtigen bringt, oder nach dem Kostenaufwand der konkreten Inanspruchnahme im Verhältnis zum gesamten Aufwand des betreffenden Verwaltungszweigs (BGE <ref-ruling> E. 3b S. 468), wobei schematische, auf Wahrscheinlichkeit und Durchschnittserfahrungen beruhende Massstäbe angelegt werden dürfen. Es ist nicht notwendig, dass die Gebühren in jedem Fall genau dem Verwaltungsaufwand entsprechen; sie sollen indessen nach sachlich vertretbaren Kriterien bemessen sein und nicht Unterscheidungen treffen, für die keine vernünftigen Gründe ersichtlich sind (<ref-ruling> E. 4a S. 52; <ref-ruling> E. 3a/bb S. 188 mit Hinweisen). Bei der Festsetzung von Verwaltungsgebühren darf deshalb innerhalb eines gewissen Rahmens auch der wirtschaftlichen Situation des Pflichtigen und dessen Interesse am abzugeltenden Akt Rechnung getragen werden (BGE <ref-ruling> E. 3a/bb S. 191), und bei Gerichtsgebühren darf namentlich der Streitwert eine massgebende Rolle spielen (BGE 120 la 171 E. 2a S. 174; Alain Wurzburger, De la constitutionnalité des émoluments judiciaires en matière civile, Festschrift für Jean-François Poudret, Lausanne 1999, S. 307 f.), wobei dem Gemeinwesen nicht verwehrt ist, mit den Gebühren für bedeutende Geschäfte den Ausfall in weniger bedeutsamen Fällen auszugleichen (BGE 120 la 171 E. 2a S. 174 und E. 4c S. 177/178). In Fällen mit hohem Streitwert und starrem Tarif, der die Berücksichtigung des Aufwandes nicht erlaubt, kann die Belastung allerdings unverhältnismässig werden, namentlich dann, wenn die Gebühr in Prozenten oder Promillen festgelegt wird und eine obere Begrenzung fehlt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3c/cc S. 193).
6.3 Unter Berücksichtigung dieser Rechtsprechung ist das Vorgehen des Verwaltungsgerichts nicht zu beanstanden. Letztendlich beträgt der Anteil für jede beteiligte beschwerdeführende Partei Fr. 1'449.40. Das scheint zumutbar und ist durch den Wortlaut der einschlägigen kantonalen Bestimmung abgedeckt.
7. Demzufolge ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>). Parteientschädigungen sind in Anwendung von <ref-law> keine auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Liegenschaftenverwaltung der Stadt Zürich, der Bausektion des Stadtrates Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Oktober 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer Reber