Sachverhalt:
A. A.A._ und B.A._ sind Gesellschafter der X._ GmbH, die Eigentümerin von fünf Liegenschaften ist und über die mit rechtskräftigem Entscheid des Regionalgerichts Emmental-Oberaargau am 22. November 2011 der Konkurs eröffnet wurde. A.A._ beherrscht ferner die J._ GmbH.
B. Vom 4. bis 24. Oktober 2012 lagen für die konkursite X._ GmbH der Kollokationsplan und als dessen Bestandteil die Lastenverzeichnisse der fünf Liegenschaften auf.
Mit Beschwerde gemäss <ref-law> vom 12. Oktober 2012 verlangten A.A._, B.A._ und die J._ GmbH die Aufhebung des Kollokationsplanes und von vier der fünf Lastenverzeichnisse, alles mitsamt der je dazugehörenden Verfügung. Die Beschwerdeführer machten geltend, das Konkursamt habe unter Missachtung von <ref-law> auf die Einholung einer Stellungnahme der Gemeinschuldnerin verzichtet, womit dieser verunmöglicht worden sei, sich zu den einzelnen Eingaben im Hinblick auf die spätere Kollozierung zu äussern. Dies habe zur Nichtkollozierung von berechtigten Forderungen, zur ungerechtfertigten Kollozierung pfandgesicherter Forderungen und zur ungerechtfertigten Kollozierung von Drittforderungen geführt.
Mit Entscheid vom 22. November 2012 wies das Obergericht des Kantons Bern als Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat, zusammengefasst mit der Begründung, dass C.A._ eine Vielzahl von Terminen nicht wahrgenommen sowie das Verzeichnis der Forderungseingaben nicht unterzeichnet und keine Erklärungen abgegeben habe. Es führte weiter an, dass im Übrigen auch eine Stellungnahme der Gemeinschuldnerin nicht zu einem anderen Entscheid der Konkursverwaltung geführt hätte.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 3. Dezember 2012 verlangen A.A._, B.A._ und die J._ GmbH die Aufhebung dieses Entscheides sowie des Kollokationsplanes vom 4. Oktober 2012 und der Lastenverzeichnisse betreffend R._-GBB-xxxx, R._-GBB-yyyy, S._-GBB-xxxx und T._-GBB-yyyy, je mitsamt dazugehörender Verfügung. Mit Präsidialverfügung vom 20. Dezember 2012 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Entscheide der oberen oder einzigen kantonalen Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen streitwertunabhängig der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c und Art. 75 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführer haben am kantonalen Verfahren teilgenommen und sind insofern zur Beschwerdeerhebung legitimiert (<ref-law>).
2. Vorweg machen die Beschwerdeführer eine Verletzung von <ref-law> geltend. Sie rügen, dass ihnen das Konkursprotokoll, welches das Konkursamt mit der Vernehmlassung eingereicht und auf welches die Aufsichtsbehörde abgestellt habe, nicht zugestellt worden sei.
Die Rüge geht fehl. Die Aufsichtsbehörde hat den Beschwerdeführern mit Verfügung vom 7. November 2012 eine Kopie der Vernehmlassung zugestellt, in welcher das Konkursprotokoll explizit als Beilage aufgeführt war und in welcher auch dessen Inhalt ausführlich thematisiert wurde. Die Beschwerdeführer wussten mithin bereits aus den Ausführungen in der Vernehmlassung des Konkursamtes vom genauen Inhalt des Protokolls. Ferner war ihnen klar, dass das Protokoll als Beilage zu den Akten gegeben wurde und sie hätten, soweit nötig, Akteneinsicht nehmen können. Die sich aus <ref-law> ergebenden verfassungsrechtlichen Ansprüche (Kenntnisgabe von Aktenstücken, Möglichkeit zur Akteneinsicht, Gelegenheit zur Replik, vgl. <ref-ruling> E. 6.2 S. 391, 133 I 100 E. 4.5 S. 103 f.) sind damit gewahrt.
3. In der Sache selbst geht der Hauptvorwurf der Beschwerdeführer dahin, dass das Konkursamt die Gemeinschuldnerin nicht angehört und deshalb <ref-law> verletzt habe, zumal die unterlassene Anhörung direkten Einfluss auf die Kollokation gehabt habe.
3.1 Aufgrund des im Konkursprotokoll festgehaltenen Verfahrensablaufes hat die Aufsichtsbehörde die folgenden Sachverhaltsfeststellungen getroffen: Am 27. Februar 2012 sei mit C.A._ für den 6. März 2012 ein erster Termin für die Prüfung der Forderungen vereinbart worden. Dieser Termin habe nicht stattfinden können, weil die Familie A._ sich ein weiteres Mal mit einem Rechtsanwalt habe besprechen wollen. In der Folge sei auch die Einreichung der Schuldbriefe immer weiter hinausgezögert und seien versprochene Termine nicht eingehalten worden (gemäss Konkursprotokoll fanden eine Vielzahl von Telefonaten mit C.A._ statt, in welchen dieser die Unterlagen bis 22. Mai 2012 bzw. 29. Mai 2012 bzw. 4. Juni 2012 und sodann bis 11. Juni 2012 in Aussicht stellte). Schliesslich sei am 11. Juni 2012 ein weiterer Besprechungstermin auf den 15. Juni 2012 angesetzt worden. Wiederum sei es zu einer kurzfristigen Absage durch C.A._ gekommen; er habe aber in Aussicht gestellt, am 22. Juni 2012 auf dem Amt zu erscheinen. Abermals habe C.A._ den Termin kurz vor Beginn abgesagt. Anlässlich dieses Telefongesprächs sei ihm mitgeteilt worden, dass keine weiteren Verschiebungen gewährt würden. Darauf habe C.A._ versichert, am 26. Juni 2012 vorbeizukommen. In der Tat habe er an diesem Tag auf dem Amt vorgesprochen, aber alle seine Unterlagen vergessen. Es sei ein weiterer Termin für den 29. Juni 2012 vereinbart worden, der jedoch wiederum nicht eingehalten worden sei. Am 11. Juli 2012 seien C.A._ und der Beschwerdeführer 1 auf dem Amt erschienen, um das Verzeichnis der Forderungseingaben zu prüfen. Dieses sei indes nicht unterzeichnet und es seien auch keine Erklärungen abgegeben worden; C.A._ habe den Saal verlassen, weil er sich erpresst fühlte. Schliesslich habe er sich am 11. September 2012 wieder gemeldet und es sei für 27. September 2012 ein Termin zur Abgabe der Erklärungen anberaumt worden. Zehn Minuten vor Beginn der Besprechung habe sich C.A._ gemeldet und den Termin wegen einer Autopanne abgesagt. Das Obergericht hielt diese erneute Ausflucht angesichts der Vorgeschichte für unglaubwürdig. Es anerkannte, dass aufgrund einer Rechnung an diesem Tag tatsächlich ein Fahrzeug der Beschwerdeführerin 3 repariert wurde, hielt es aber nicht für bewiesen, dass der Beschwerdeführer 1 und C.A._ gerade auf dieses Fahrzeug angewiesen gewesen wären, um den Termin beim Konkursamt U._ wahrzunehmen.
3.2 Ausgehend von den erwähnten Feststellungen hielt die Aufsichtsbehörde fest, dass das Konkursamt alles Zumutbare unternommen habe, um eine Erklärung der Gemeinschuldnerin einzuholen, weshalb ihm keine Pflichtverletzung vorzuwerfen sei. Es habe mit dem Erstellen des Kollokationsplanes auch nicht weiter zuwarten können, da es - freilich im Sinn einer Ordnungsfrist - gehalten gewesen sei, den Kollokationsplan innert 60 Tagen nach Ablauf der Eingabefrist zu erstellen (<ref-law>). Die Eröffnung des Kollokationsplanes am 1. Oktober 2012 sei daher bundesrechtskonform gewesen. Subsidiär führte die Aufsichtsbehörde in ihrem Entscheid aus, weshalb auch eine abgegebene Stellungnahme der Gemeinschuldnerin nichts an den vom Konkursamt vorgenommenen Kollokationen geändert hätte.
3.3 Die von der Aufsichtsbehörde getroffenen Sachverhaltsfeststellungen werden nicht bestritten. Die Beschwerdeführer bringen einzig vor, das Konkursprotokoll sei zumindest ungenau, da gewisse Handlungen nicht vermerkt seien. Dies tut indes nichts zur vorliegend interessierenden Sache. Ebenso wenig können die Beschwerdeführer etwas aus dem Umstand ableiten, dass die wesentlichen Arbeiten für die Erstellung des Kollokationsplanes gemäss Konkursprotokoll am 25. September 2012 und somit vor dem auf 27. September 2012 anberaumten Termin, den die Gemeinschuldnerin ohnehin wiederum platzen liess, stattfanden; das Konkursamt musste mit seinen Arbeiten angesichts der konsequent obstruktiven Haltung der Gemeinschuldnerin voranschreiten, wobei die Eröffnung ohnehin erst am 1. Oktober 2012 erfolgte.
Im Hauptpunkt werfen die Beschwerdeführer dem Konkursamt vor, es hätte nicht ohne Einvernahme der Gemeinschuldnerin zur Erstellung des Kollokationsplanes schreiten dürfen; indem die Aufsichtsbehörde dieses Vorgehen geschützt habe, sei Bundesrecht verletzt worden. Die Beschwerdeführer übersehen dabei den Sinn und die Tragweite von <ref-law>. Kern dieser Norm sind nämlich die Abklärungspflichten der Konkursverwaltung bei der Erwahrung der Konkursforderungen, wobei die im 2. Satz der Bestimmung genannte Einholung der Erklärung des Gemeinschuldners ein Bestandteil der Erwahrungshandlungen ist. Es steht deshalb nicht im Belieben des Konkursamtes, ob es den Gemeinschuldner einvernehmen will; vielmehr ist es hierzu verpflichtet (HIERHOLZER, in: Basler Kommentar, N. 19 zu <ref-law>; SPRECHER, in: Kurzkommentar SchKG, N. 29 zu <ref-law>). Selbst wenn das Amt diese Pflicht verletzt hat, kann aber einer seitens des Gemeinschuldners oder Gläubigers erhobenen Beschwerde nur dann Erfolg beschieden sein, wenn die Befragung die Kollokation hätte beeinflussen können (<ref-ruling> E. 8 S. 20), weil das Konkursamt nicht an die Erklärung des Schuldners gebunden ist (vgl. <ref-law>). Vorliegend geht es aber gar nicht darum, dass das Konkursamt von einer Einvernahme der Gemeinschuldnerin absehen und somit seine Pflichten vernachlässigen wollte. Im Gegenteil hat es sich über Monate hinweg anhaltend um eine Einvernahme der Gemeinschuldnerin bemüht. Wiederholt hat diese unter offensichtlichen Vorwänden die Termine platzen lassen, teilweise erst wenige Minuten vor Beginn. Zweimal erschien C.A._ auf dem Amt; beim einen Mal hatte er aber die (zuvor in einer ganzen Kette von Telefongesprächen für immer wieder neue Termine versprochenen) Unterlagen nicht dabei und beim anderen Mal wollte er sich zu den Eingaben nicht äussern und verliess den Saal, weil er sich erpresst fühlte. Vor diesem Hintergrund, dass die Gemeinschuldnerin letztlich tatsächlich befragt wurde, sie aber jegliche Kooperation verweigerte, kann keine Rede davon sein, dass das Konkursamt seinen Abklärungspflichten nicht nachgekommen wäre. Eine Verletzung von <ref-law> liegt folglich nicht vor.
4. Aufgrund des Gesagten laufen die Ausführungen, inwiefern der Kollokationsplan bei Befragung der Gemeinschuldnerin anders ausgefallen wäre, ins Leere. Ferner geht der Vorwurf, die Schuldbriefforderungen seien gemäss <ref-law> von Amtes zu kollozieren, an der Sachverhaltsfeststellung der Aufsichtsbehörde vorbei, dass die Schuldbriefe in den Lastenverzeichnissen von Amtes wegen aufgeführt, jedoch die entsprechenden angemeldeten Forderungen vom Konkursamt nicht zugelassen worden seien. <ref-law> schliesst weder die Prüfungspflicht noch die Entscheidbefungnis der Konkursverwaltung aus; vielmehr ist die Erwahrung der Pfandforderungen durch die Konkursverwaltung stillschweigend vorausgesetzt (HIERHOLZER, a.a.O., N. 1 zu <ref-law>; SPRECHER, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>, je mit weiteren Hinweisen). Ob das Resultat der Erwahrung (Nichtkollozierung der Schuldbriefforderungen) materiell zutreffend ist, kann im vorliegenden Verfahren ebenso wenig thematisiert werden wie die übrigen materiellen Beanstandungen; diesbezüglich ist Kollokationsklage zu erheben (HIERHOLZER, a.a.O., N. 25a zu <ref-law>).
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>) und sie haben H._, welche als einzige Gläubigern eine Vernehmlassung zum Gesuch um aufschiebende Wirkung eingereicht hat, hierfür unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 500.-- zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 und Art. 68 Abs. 4 i.V.m. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer werden verpflichtet, H._ unter solidarischer Haftbarkeit Fr. 500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Konkursamt Bern-Mittelland, Dienststelle Mittelland, und dem Obergericht des Kantons Bern, Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Januar 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli