Fatti:
A. In data 21 gennaio 2006, P._, nato nel 1954, all'epoca dei fatti alle dipendenze dell'allora Banca X._ in qualità di addetto al servizio Y._ con un pensum del 64.1% e in quanto tale assicurato d'obbligo contro gli infortuni presso la Helsana Assicurazioni, è rimasto vittima di un incidente della circolazione a seguito del quale ha riportato in particolare la frattura del ginocchio destro e una ferita lacero-contusa all'arcata sopraciliare destra.
Dopo avere assunto il caso e aver versato le prestazioni di legge, la Helsana, mediante decisione del 16 giugno 2008, ha comunicato la chiusura del medesimo e, ritenendo l'interessato pienamente abile al lavoro in attività leggere a partire dal 1° febbraio 2008, ha negato l'erogazione di una rendita d'invalidità per mancanza di incapacità di guadagno pensionabile. Statuendo su opposizione dell'assicurato, l'assicuratore ha confermato la propria decisione con provvedimento del 10 settembre 2008.
B. Patrocinato dall'avv. Sergio Sciuchetti, P._ si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, statuendo per giudice unico, ha accolto il ricorso, annullando la decisione su opposizione querelata e condannando la Helsana a corrispondere una rendita d'invalidità del 19%. Nel contempo ha pure fatto obbligo all'assicuratore infortuni di versare all'interessato fr. 1'500.- a titolo di ripetibili (pronuncia del 1° dicembre 2008).
C. La Helsana ha presentato ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede, in accoglimento del gravame, l'annullamento del giudizio cantonale e la conseguente conferma della sua decisione su opposizione.
Sempre assistito dall'avv. Sciuchetti, l'assicurato propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, come in concreto, il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (<ref-law>); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (<ref-law>). Per il resto, di regola il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>; cfr. tuttavia l'eccezione di cui al cpv. 2) e non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore.
2. Oggetto del contendere è il diritto dell'opponente a una rendita d'invalidità, e in particolare la determinazione del reddito da invalido da contrapporre al reddito senza invalidità ai fini del calcolo dell'incapacità di guadagno. Pacifica è per contro la situazione dal profilo medico e l'accertata piena capacità lavorativa dell'assicurato a svolgere attività sostitutive leggere. Ugualmente incontestato e risultante dagli atti è il reddito senza invalidità per l'anno 2007, stabilito in fr. 60'598.- annui (sul momento determinante - nella specie incontestato - per l'accertamento del grado d'invalidità: <ref-ruling>).
3. 3.1 Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, l'istanza precedente ha già esposto le norme e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti che reggono il diritto a una rendita d'invalidità dell'assicurazione contro gli infortuni (<ref-law>), la nozione stessa d'invalidità (<ref-law>) come pure il metodo generale di confronto dei redditi per la determinazione del grado d'invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa (<ref-law>).
3.2 A tale esposizione può essere fatto riferimento, non senza tuttavia ribadire che ai fini della determinazione del reddito da invalido fa stato in primo luogo la situazione salariale concreta della persona assicurata, a condizione che quest'ultima sfrutti in maniera completa e ragionevole la capacità lavorativa residua e che il reddito derivante dall'attività effettivamente svolta sia adeguato e non costituisca un salario sociale (<ref-ruling> segg.). Qualora difettino indicazioni economiche effettive, possono essere ritenuti i dati forniti dalle statistiche salariali, come risultano dall'inchiesta svizzera sulla struttura dei salari (ISS), edita dall'Ufficio federale di statistica (<ref-ruling> consid. 3b pag. 76), oppure quelli deducibili dalla documentazione dell'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni relativa ai posti di lavoro (DPL; RAMI 1999 no. U 343 pag. 412, U 40/98). Al riguardo occorre ancora rilevare, come già pertinentemente esposto dal primo giudice, che la giurisprudenza non ammette più la possibilità di fare capo ai dati statistici regionali desumibili dalla tabella TA13, il reddito ipotetico da invalido dovendo invece essere stabilito sulla base della tabella TA1 dell'ISS, concernente i salari medi nazionali conseguibili nel settore privato (SVR 2007 UV n. 17 pag. 56, U 75/03).
3.3 In una recente sentenza 8C_652/2008 dell'8 maggio 2009, non ancora pubblicata nella Raccolta ufficiale, il Tribunale federale, precisando la propria giurisprudenza, ha stabilito che quando il reddito effettivamente conseguito differisce di almeno il 5% rispetto al salario statistico riconosciuto nel corrispondente settore economico, esso deve essere considerato considerevolmente inferiore alla media nel senso della <ref-ruling> e può - in caso di adempimento degli altri presupposti - giustificare un parallelismo dei redditi di raffronto (consid. 6.1.2). A questo parallelismo si procederà però soltanto limitatamente alla parte percentuale eccedente la soglia determinante del 5% (consid. 6.1.3). Questa Corte ha nella stessa sentenza confermato che i fattori estranei all'invalidità di cui si dovesse già aver tenuto conto con il parallelismo non possono essere presi in considerazione una seconda volta nell'ambito della deduzione per circostanze personali e professionali.
4. 4.1 L'assicuratore ricorrente rimprovera essenzialmente al giudice cantonale di avere operato una deduzione del 9.41% dal reddito base da invalido per tenere conto della differenza salariale tra il reddito da valido di fr. 60'598.-, che l'assicurato avrebbe percepito nel 2007, lavorando con un pensum del 100%, se non fosse rimasto vittima dell'infortunio, e il salario medio di fr. 66'895.- realizzato, nello stesso anno, a livello svizzero dai lavoratori nei servizi ausiliari di attività finanziarie e assicurative con qualifiche analoghe. Contesta inoltre l'importo del reddito base da invalido accertato dalla precedente istanza che, a mente dell'insorgente, andrebbe fissato nei citati fr. 66'895.- anziché in fr. 60'226.-.
4.2 Orbene, alla luce della più recente giurisprudenza appena esposta (consid. 3.3), che la ricorrente non poteva tuttavia conoscere, poiché successiva all'inoltro del ricorso, la censura riferita alla deduzione dal reddito da persona invalida della quota del 9.41% si rivela, perlomeno parzialmente, infondata. Contrariamente a quanto sostiene la ricorrente, il giudizio cantonale non è censurabile nemmeno nella misura in cui, tenendo conto della configurazione professionale esigibile dal punto di vista medico, il giudice ha determinato il reddito da invalido, da contrapporre a quello da valido ai fini del calcolo dell'incapacità di guadagno, facendo riferimento al valore totale mediano, livello di esigenze 4 per attività semplici e ripetitive, dell'intero settore privato di cui all'ISS 2006, e non già alla media dei salari nazionali conseguibili nello specifico settore economico in cui l'assicurato era attivo prima dell'infortunio (cifra 67, colonna 4).
4.3 Come già esposto in precedenza, il giudice cantonale ha accertato un reddito base da invalido di fr. 60'226.- annui per il 2007. Anche se pur minimamente, questo importo deve essere rettificato in fr. 60'144.- (cfr. per analogia, ad esempio, sentenza 8C_689/2008 del 1° aprile 2009 consid. 5.2: fr. 4'732 : 40 x 41.7 x 12 + 1.6%). Deducendo dapprima da questo valore una quota del 4.41% (9.41 ./. 5: cfr. consid. 3.3), e poi un'ulteriore quota del 10% (incontestata) per tenere conto adeguatamente delle circostanze particolari del caso (<ref-ruling>; in concreto: limitazioni riconducibili al danno alla salute), si ottiene un guadagno da persona invalida di fr. 51'742.- per il 2007. Confrontato questo dato con il reddito da valido per lo stesso anno, pari a fr. 60'598.-, si ricava un tasso d'invalidità del 14.61% ([60'598 ./. 51'742] x 100 : 60'598), che, arrotondato (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 122), giustifica il riconoscimento di una rendita del 15%.
5. In base alle considerazioni che precedono, si giustifica pertanto di accogliere parzialmente il gravame dell'assicuratore ricorrente, anche se per motivi dissimili da quelli addotti nel gravame. Visto l'esito della procedura, le spese processuali vengono ripartite fra le parti. Anche se parzialmente vincente in lite, non si assegnano ripetibili all'insorgente (<ref-law>). Patrocinato da un legale e pronunciatosi in sede di risposta, l'assicurato ha diritto per contro a ripetibili ridotte.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. In parziale accoglimento del ricorso, il giudizio impugnato 1° dicembre 2008 del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino è modificato nel senso che all'opponente è riconosciuto il diritto a una rendita di invalidità per una incapacità di guadagno del 15%, il gravame essendo per il resto respinto. L'incarto è retrocesso all'assicuratore ricorrente per fissare la data di decorrenza del diritto alla rendita.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico dell'assicuratore ricorrente in ragione di 2/3 (500.-) e dell'opponente in ragione di 1/3 (250.-).
3. L'assicuratore ricorrente verserà all'opponente la somma di fr. 500.- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino statuirà (eventualmente) di nuovo sulla questione delle spese ripetibili di prima istanza, tenuto conto dell'esito del processo nella presente sede.
5. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.