Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Die 1993 von den Schweizerischen Bundesbahnen (SBB), der BLS AG (damals: BLS Lötschbergbahn AG) und den italienischen Ferrovie dello Stato (FS) gegründete Cisalpino AG betreibt Zugsverbindungen zwischen der Schweiz und Italien. Am 26. März 1999 erteilte ihr das Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation eine Konzession zur Personenbeförderung nach Italien auf drei Linien (von Basel über Bern und Brig, von Genf über Brig sowie von Zürich über Chiasso). Der Deckungsbeitrag, den die Cisalpino AG den SBB und der BLS AG für den Zugang zu deren Schienennetz zu bezahlen hat (vgl. unten E. 2), wurde dabei zunächst auf 1 Prozent jenes "Verkehrserlöses" bestimmt, den die Cisalpino AG auf dem Schweizer Streckenabschnitt erzielt. Ab 1. Januar 2002 wurde er auf 1,5 Prozent erhöht (Verfügung des Bundesamts für Verkehr vom 12. März 2002).
A. Die 1993 von den Schweizerischen Bundesbahnen (SBB), der BLS AG (damals: BLS Lötschbergbahn AG) und den italienischen Ferrovie dello Stato (FS) gegründete Cisalpino AG betreibt Zugsverbindungen zwischen der Schweiz und Italien. Am 26. März 1999 erteilte ihr das Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation eine Konzession zur Personenbeförderung nach Italien auf drei Linien (von Basel über Bern und Brig, von Genf über Brig sowie von Zürich über Chiasso). Der Deckungsbeitrag, den die Cisalpino AG den SBB und der BLS AG für den Zugang zu deren Schienennetz zu bezahlen hat (vgl. unten E. 2), wurde dabei zunächst auf 1 Prozent jenes "Verkehrserlöses" bestimmt, den die Cisalpino AG auf dem Schweizer Streckenabschnitt erzielt. Ab 1. Januar 2002 wurde er auf 1,5 Prozent erhöht (Verfügung des Bundesamts für Verkehr vom 12. März 2002).
B. Mit Schreiben vom 19. März 2004 gelangten die SBB an das Bundesamt für Verkehr; im Hinblick auf die geplante schrittweise Übergabe der Zugsverbindungen im internationalen Fernverkehr nach Italien an die Cisalpino AG ersuchten sie um eine (nochmalige) Erhöhung des Deckungsbeitrags per 1. Juli 2004 auf 4 Prozent. Nach Anhörung der Cisalpino AG legte das Bundesamt den von dieser an SBB und BLS AG zu bezahlenden Deckungsbeitrag - mit Wirkung ab Fahrplanwechsel im Dezember 2004 - auf 3,5 Prozent fest (Verfügung vom 7. Juli 2004). Hiergegen gelangte die Cisalpino AG ans Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation, welches ihre Verwaltungsbeschwerde am 7. Juli 2006 guthiess und die angefochtene Verfügung des Bundesamts aufhob.
B. Mit Schreiben vom 19. März 2004 gelangten die SBB an das Bundesamt für Verkehr; im Hinblick auf die geplante schrittweise Übergabe der Zugsverbindungen im internationalen Fernverkehr nach Italien an die Cisalpino AG ersuchten sie um eine (nochmalige) Erhöhung des Deckungsbeitrags per 1. Juli 2004 auf 4 Prozent. Nach Anhörung der Cisalpino AG legte das Bundesamt den von dieser an SBB und BLS AG zu bezahlenden Deckungsbeitrag - mit Wirkung ab Fahrplanwechsel im Dezember 2004 - auf 3,5 Prozent fest (Verfügung vom 7. Juli 2004). Hiergegen gelangte die Cisalpino AG ans Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation, welches ihre Verwaltungsbeschwerde am 7. Juli 2006 guthiess und die angefochtene Verfügung des Bundesamts aufhob.
C. Das Departement eröffnete seinen Entscheid - den es getroffen hatte, ohne die SBB oder die BLS AG vorgängig zur Stellungnahme einzuladen - zunächst nur der Cisalpino AG und dem Bundesamt für Verkehr. Auf Intervention des Letzteren gab es am 15. September 2006 auch den SBB davon Kenntnis.
C. Das Departement eröffnete seinen Entscheid - den es getroffen hatte, ohne die SBB oder die BLS AG vorgängig zur Stellungnahme einzuladen - zunächst nur der Cisalpino AG und dem Bundesamt für Verkehr. Auf Intervention des Letzteren gab es am 15. September 2006 auch den SBB davon Kenntnis.
D. Am 19. Oktober 2006 haben die SBB und die BLS AG je Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht eingereicht mit dem Antrag, den Departementsentscheid vom 7. Juli 2006 aufzuheben und die Sache der Eidgenössischen Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt (Reko INUM) zur Beurteilung zuzuweisen; eventuell sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und der von der Cisalpino AG ab Fahrplanwechsel 2004 zu bezahlende Deckungsbeitrag auf 3,5 Prozent festzulegen. Die Beschwerdeführerinnen rügen je eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) und machen weiter geltend, dem Departement fehle die Zuständigkeit für die Beurteilung der Beschwerde der Cisalpino AG.
Die Cisalpino AG schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerden, während das Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation beantragt, die Beschwerde der SBB abzuweisen und auf die Beschwerde der BLS AG nicht einzutreten; eventuell sei auch die Beschwerde der BLS AG abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Auf das vorliegende Verfahren findet noch das bis Ende 2006 geltende Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) Anwendung (vgl. Art. 132 Abs. 1 des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht [BGG; SR 173.110]).
1.2 Die beiden Verwaltungsgerichtsbeschwerden (2A.629/2006 und 2A.630/2006) betreffen den gleichen Sachverhalt und lauten inhaltlich gleich; es drängt sich deshalb auf, die beiden Verfahren zu vereinigen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit Art. 40 OG).
1.3 Gegen Beschwerdeentscheide des Departements für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig (Art. 97 Abs. 1 und Art. 98 lit. b OG in Verbindung mit <ref-law>), wenn - wie hier - kein Ausschlussgrund gemäss Art. 99 ff. OG erfüllt ist. Demnach ist auf beide form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden einzutreten: Ob die Verfügung des Bundesamts für Verkehr, wie das Departement geltend macht, ursprünglich nur auf Begehren der SBB ergangen ist oder ob gleichzeitig ein dahingehender Antrag der BLS AG vorgelegen hat, ist unerheblich. So oder anders hätte das Departement nämlich vor seinem Entscheid über die Verwaltungsbeschwerde der Cisalpino AG nicht nur die SBB, sondern auch die BLS AG zur Vernehmlassung einladen müssen (vgl. E. 3). Richtigerweise wäre die BLS AG im vorinstanzlichen Verfahren als Partei zu behandeln gewesen; sie ist daher ebenfalls legitimiert, beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzureichen.
1.3 Gegen Beschwerdeentscheide des Departements für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig (Art. 97 Abs. 1 und Art. 98 lit. b OG in Verbindung mit <ref-law>), wenn - wie hier - kein Ausschlussgrund gemäss Art. 99 ff. OG erfüllt ist. Demnach ist auf beide form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden einzutreten: Ob die Verfügung des Bundesamts für Verkehr, wie das Departement geltend macht, ursprünglich nur auf Begehren der SBB ergangen ist oder ob gleichzeitig ein dahingehender Antrag der BLS AG vorgelegen hat, ist unerheblich. So oder anders hätte das Departement nämlich vor seinem Entscheid über die Verwaltungsbeschwerde der Cisalpino AG nicht nur die SBB, sondern auch die BLS AG zur Vernehmlassung einladen müssen (vgl. E. 3). Richtigerweise wäre die BLS AG im vorinstanzlichen Verfahren als Partei zu behandeln gewesen; sie ist daher ebenfalls legitimiert, beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzureichen.
2. 2.1 Das Eisenbahngesetz vom 20. Dezember 1957 (EBG; SR 742.101) regelt den Bau und den Betrieb von Eisenbahnen sowie deren Beziehung zu anderen öffentlichen Transportunternehmungen, zur öffentlichen Verwaltung und zu Dritten (<ref-law>). Es sieht vor, dass einer Konzession des Bundesrats bedarf, wer eine Eisenbahninfrastruktur aufbauen und betreiben will (<ref-law>), wobei andere (Transport-)Unternehmungen beim Bundesamt für Verkehr eine Bewilligung für die Mitbenützung der Infrastruktur von konzessionierten Eisenbahnunternehmungen einholen können (<ref-law>). Eine derartige Bewilligung verschafft gegenüber Letzteren einen Anspruch auf diskriminierungsfreien Netzzugang (<ref-law>).
2.2 Die Einzelheiten des Zugangsrechts und des hierfür geschuldeten Entgelts haben die beteiligten Unternehmungen grundsätzlich in einem Vertrag zu regeln; wenn sie insoweit keine Einigung erzielen können, entscheidet eine vom Bundesrat eingesetzte spezielle Schiedskommission (<ref-law> und <ref-law>). Die Grundsätze, nach denen das Entgelt für die Benützung der Infrastruktur (sog. Trassenpreis) festzulegen ist, hat der Gesetzgeber aber selber umschrieben: Es hat mindestens die anfallenden Grenzkosten zu decken und den "unterschiedlichen Kosten im Netz, der Umweltbelastung der Fahrzeuge sowie der Nachfrage" Rechnung zu tragen (Art. 9b Abs. 3 Sätze 1 und 2 EBG). Der Gesetzgeber hat alsdann dem Bundesrat die Kompetenz erteilt, weitere Bemessungsregeln aufzustellen (<ref-law>). Letzterer hat am 25. November 1998 die Eisenbahn-Netzzugangsverordnung (NZV; SR 742.122) erlassen, gemäss deren Art. 18 Abs. 1 sich die Trassenpreise aus einem Grundpreis (für die Benützung der Geleise, für den örtlich und zeitlich definierten Fahrweg, die bezogene Energie sowie die Betriebsabwicklung auf der Strecke; vgl. <ref-law>) und einem Preis für allfällige Zusatzleistungen (vgl. <ref-law>) zusammensetzen. Der Grundpreis ergibt sich dabei aus dem sog. Deckungsbeitrag sowie dem Mindestpreis (<ref-law>), welchen das Bundesamt für Verkehr entsprechend den "Normgrenzkosten" der Infrastrukturbetreiberin (vgl. <ref-law>) festlegt (zu den Trassenpreisen im Allgemeinen vgl.: Oliver Bucher, Open Access im Schienenverkehr, Diss. Zürich 2006, S. 326 ff.). Der in <ref-law> näher umschriebene Deckungsbeitrag soll - wie aus der Botschaft des Bundesrats vom 13. November 1996 zur (ersten) Bahnreform ersichtlich ist - als nachfrageorientiertes Element des Trassenpreises "die Zahlungsbereitschaft" der Infrastrukturbenützer "abschöpfen" (BBl 1997 I 953).
2.3 Für die Beförderung von Personen mit der Eisenbahn ist zudem das Bundesgesetz vom 18. Juni 1993 über die Personenbeförderung und die Zulassung als Strassentransportunternehmung (Personenbeförderungsgesetz; PBG [SR 744.10]) zu beachten. Dessen zweiter, vierter und fünfter Abschnitt haben auch für Eisenbahnen Geltung (vgl. Art. 1 Abs. 2 lit. a PBG). Dabei steht die Regelung von Art. 2 PBG im Vordergrund, welche ein Monopol des Bundes für die regelmässige Beförderung von Reisenden begründet. Konzessionen werden in diesem Bereich gemäss Art. 4 Abs. 1 PBG vom Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation erteilt, wenn die Transportunternehmung die Voraussetzungen gemäss Art. 4 Abs. 2 PBG und der zugehörigen Verordnung vom 25. November 1998 über die Personenbeförderungskonzession (VPK; SR 744.11) erfüllt. Im konzessionierten Personenverkehr basiert der für den Netzzugang geschuldete Trassenpreis nicht auf einer Vereinbarung der beteiligten Unternehmen, sondern wird von der Konzessionsbehörde verfügt (<ref-law>); er umfasst den Ersatz der vom Bundesamt für Verkehr für die Streckenkategorie bestimmten Grenzkosten und einen (festzusetzenden) Anteil an den "Erträgen aus dem Verkehr" (<ref-law>). Diese Spezialregelung geht darauf zurück, dass im konzessionierten Personenverkehr kein Markt besteht. Aus diesem Grund wird für die Abgeltung der Fixkosten der Infrastrukturbetreiberin ein von der Konzessionsbehörde aufgrund der konkreten Umstände zu bestimmender Prozentsatz der Einnahmen des Netzbenutzers herangezogen (BBl 1997 I 953 f.; vgl. auch Bucher, a.a.O., S. 349 f.). Während die erstmalige Erteilung der Konzession einschliesslich der Festsetzung des Deckungsbeitrags durch das Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation erfolgt (Art. 30 VPK), ist das Bundesamt für Verkehr zuständig, wenn lediglich die Erneuerung oder Abänderung einer Konzession in Frage steht (Art. 31 Abs. 1 lit. b VPK).
2.3 Für die Beförderung von Personen mit der Eisenbahn ist zudem das Bundesgesetz vom 18. Juni 1993 über die Personenbeförderung und die Zulassung als Strassentransportunternehmung (Personenbeförderungsgesetz; PBG [SR 744.10]) zu beachten. Dessen zweiter, vierter und fünfter Abschnitt haben auch für Eisenbahnen Geltung (vgl. Art. 1 Abs. 2 lit. a PBG). Dabei steht die Regelung von Art. 2 PBG im Vordergrund, welche ein Monopol des Bundes für die regelmässige Beförderung von Reisenden begründet. Konzessionen werden in diesem Bereich gemäss Art. 4 Abs. 1 PBG vom Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation erteilt, wenn die Transportunternehmung die Voraussetzungen gemäss Art. 4 Abs. 2 PBG und der zugehörigen Verordnung vom 25. November 1998 über die Personenbeförderungskonzession (VPK; SR 744.11) erfüllt. Im konzessionierten Personenverkehr basiert der für den Netzzugang geschuldete Trassenpreis nicht auf einer Vereinbarung der beteiligten Unternehmen, sondern wird von der Konzessionsbehörde verfügt (<ref-law>); er umfasst den Ersatz der vom Bundesamt für Verkehr für die Streckenkategorie bestimmten Grenzkosten und einen (festzusetzenden) Anteil an den "Erträgen aus dem Verkehr" (<ref-law>). Diese Spezialregelung geht darauf zurück, dass im konzessionierten Personenverkehr kein Markt besteht. Aus diesem Grund wird für die Abgeltung der Fixkosten der Infrastrukturbetreiberin ein von der Konzessionsbehörde aufgrund der konkreten Umstände zu bestimmender Prozentsatz der Einnahmen des Netzbenutzers herangezogen (BBl 1997 I 953 f.; vgl. auch Bucher, a.a.O., S. 349 f.). Während die erstmalige Erteilung der Konzession einschliesslich der Festsetzung des Deckungsbeitrags durch das Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation erfolgt (Art. 30 VPK), ist das Bundesamt für Verkehr zuständig, wenn lediglich die Erneuerung oder Abänderung einer Konzession in Frage steht (Art. 31 Abs. 1 lit. b VPK).
3. Das Bundesamt für Verkehr hatte auf Gesuch der SBB den von der Cisalpino AG geschuldeten Deckungsbeitrag auf 3,5 Prozent des Verkehrserlöses erhöht. Diese Erhöhung bildete Gegenstand des anschliessenden Rechtsmittelverfahrens, weshalb das von der Cisalpino AG angerufene Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation die durch die angefochtene Verfügung begünstigten Beschwerdeführerinnen zwingend und von Amtes wegen am Verfahren hätte beteiligen müssen. Entsprechendes ergibt sich nicht nur aus der von den Beschwerdeführerinnen angerufenen Bundesverfassung (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 504 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236), sondern bereits aus der einschlägigen Regelung des Verwaltungsverfahrens: Die Frage, ob der von der Cisalpino AG für den Netzzugang geschuldete Deckungsbeitrag zu erhöhen ist, betrifft unmittelbar die Rechte der Beschwerdeführerinnen als Betreiberinnen der Eisenbahninfrastruktur. Letztere haben mithin als Parteien des Verwaltungsbeschwerdeverfahrens im Sinne von <ref-law> zu gelten, denen das Departement die Beschwerdeschrift der Cisalpino AG "ohne Verzug" hätte zur Kenntnis bringen müssen (<ref-law>). Weil die Beschwerdeführerinnen in Verletzung dieser verfahrensrechtlichen Bestimmung nicht über die Beschwerde informiert wurden und der sie belastende Rechtsmittelentscheid erging, ohne dass sie sich vorgängig hätten äussern können, ist der angefochtene Departementsentscheid wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs aufzuheben (<ref-ruling> E. 3 S. 118). Eine Heilung der Gehörsverletzung kommt angesichts der im Vergleich zum Departement engeren Kognition des Bundesgerichts (vgl. Art. 104 OG und <ref-law>) zum Vornherein nicht in Frage (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 390; <ref-ruling> E. 2 S. 72).
3. Das Bundesamt für Verkehr hatte auf Gesuch der SBB den von der Cisalpino AG geschuldeten Deckungsbeitrag auf 3,5 Prozent des Verkehrserlöses erhöht. Diese Erhöhung bildete Gegenstand des anschliessenden Rechtsmittelverfahrens, weshalb das von der Cisalpino AG angerufene Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation die durch die angefochtene Verfügung begünstigten Beschwerdeführerinnen zwingend und von Amtes wegen am Verfahren hätte beteiligen müssen. Entsprechendes ergibt sich nicht nur aus der von den Beschwerdeführerinnen angerufenen Bundesverfassung (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 504 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236), sondern bereits aus der einschlägigen Regelung des Verwaltungsverfahrens: Die Frage, ob der von der Cisalpino AG für den Netzzugang geschuldete Deckungsbeitrag zu erhöhen ist, betrifft unmittelbar die Rechte der Beschwerdeführerinnen als Betreiberinnen der Eisenbahninfrastruktur. Letztere haben mithin als Parteien des Verwaltungsbeschwerdeverfahrens im Sinne von <ref-law> zu gelten, denen das Departement die Beschwerdeschrift der Cisalpino AG "ohne Verzug" hätte zur Kenntnis bringen müssen (<ref-law>). Weil die Beschwerdeführerinnen in Verletzung dieser verfahrensrechtlichen Bestimmung nicht über die Beschwerde informiert wurden und der sie belastende Rechtsmittelentscheid erging, ohne dass sie sich vorgängig hätten äussern können, ist der angefochtene Departementsentscheid wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs aufzuheben (<ref-ruling> E. 3 S. 118). Eine Heilung der Gehörsverletzung kommt angesichts der im Vergleich zum Departement engeren Kognition des Bundesgerichts (vgl. Art. 104 OG und <ref-law>) zum Vornherein nicht in Frage (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 390; <ref-ruling> E. 2 S. 72).
4. Der angefochtene Entscheid ist schon wegen dieses Verfahrensmangels aufzuheben. Zu beantworten bleibt die von den Beschwerdeführerinnen ebenfalls aufgeworfene Zuständigkeitsfrage, zumal die Streitigkeit der sachlich und funktionell zuständigen Behörde zu neuem Entscheid zuzuweisen ist.
4.1 Die für das vorinstanzliche Verfahren massgebende gesetzliche Zuständigkeitsordnung ist auslegungsbedürftig:
4.1.1 Es ist unbestritten, dass es sich beim Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation um die zuständige Konzessionsbehörde handelt, welcher es auch oblag, den von der Cisalpino AG für den Netzzugang geschuldeten Deckungsbeitrag erstmals zu bestimmen (vgl. <ref-law>). Weiter wird von keiner Seite in Frage gestellt, dass das Bundesamt für Verkehr, welches generell über die Änderung von erteilten Konzessionen zu befinden hat (Art. 31 Abs. 1 lit. b VPK), zur hier streitigen Anpassung des Deckungsbeitrags berufen war. Strittig ist dagegen, bei welcher Instanz der vom Bundesamt getroffene Abänderungsentscheid anzufechten war. Die Beschwerdeführerinnen bestreiten vorliegend die Zuständigkeit des Departements für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation als Rechtsmittelinstanz unter Berufung auf <ref-law>. Gemäss der damals anwendbaren Fassung dieser Bestimmung (Fassung vom 18. Juni 1999; AS 1999 3124) waren Verfügungen des Bundesamts für Verkehr an die Eidgenössische Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt (vormals Rekurskommission UVEK) weiterziehbar.
4.1.2 Das Departement hat seine Zuständigkeit ohne nähere Prüfung aus seiner Stellung als unmittelbar dem Bundesamt für Verkehr übergeordnete Verwaltungsbehörde abgeleitet (vgl. <ref-law>; in Kraft bis Ende 2006). Im bundesgerichtlichen Verfahren beruft es sich nunmehr auf Art. 15 PBG, wonach sich das Beschwerdeverfahren im Bereich der Personenbeförderung nach den allgemeinen Regeln des Verwaltungsverfahrensgesetzes (VwVG) und des Bundesrechtspflegegesetzes (OG) richtet. Nach Auffassung des Departements findet das Eisenbahngesetz keine Anwendung, weil sich die streitbetroffene Konzession nicht auf dieses, sondern auf das Personenbeförderungsgesetz stütze. Mit seiner Argumentation verkennt das Departement zunächst, dass Art. 15 PBG Teil des für Eisenbahnen nicht geltenden dritten Abschnitts des Personenbeförderungsgesetzes bildet und deshalb vorliegend nicht massgebend sein kann (vgl. Art. 1 Abs. 2 lit. a PBG). Weiter übersieht es, dass sich die streitbetroffene Konzession zum Teil zwar auf das Personenbeförderungsgesetz stützt, dieses jedoch auf Strassentransportunternehmungen zugeschnitten ist (vgl. Art. 1 Abs. 1 PBG), während sich das für Eisenbahnen massgebende Recht primär aus dem Eisenbahngesetz und den zugehörigen Verordnungen ergibt. Der Geltungsbereich des ersteren Gesetzes ist, was Eisenbahnen betrifft, auf das "Personenbeförderungsregal" sowie die zugehörigen (im vierten und fünften Gesetzesabschnitt enthaltenen) Straf- und Schlussbestimmungen beschränkt; eine Regelung des Rechtsmittelwegs oder -verfahrens für Konzessionen zur Personenbeförderung findet sich jedenfalls in den einschlägigen Vorschriften nicht (vgl. Art. 2-6 PBG bzw. Art. 13-31 VPK). Es liegt deshalb nahe, mangels Sondernormen betreffend Personenbeförderungskonzessionen für die Eisenbahnen bei Streitigkeiten über den Deckungsbeitrag auch im Bereich des Personenverkehrs auf die Rechtsmittelregelung des Eisenbahngesetzes zurückzugreifen. Wie gesehen, eröffnete diese gegen Verfügungen des Bundesamts für Verkehr die Beschwerde an die Eidgenössische Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt (<ref-law>; Fassung vom 18. Juni 1999). Für diese Lösung spricht im vorliegenden Zusammenhang auch, dass der streitige Deckungsbeitrag für den Netzzugang ausschliesslich - auch hinsichtlich Personenbeförderungskonzessionen - im Eisenbahngesetz sowie in der Netzzugangsverordnung geregelt ist.
4.2 Letztlich braucht hier jedoch nicht abschliessend beurteilt zu werden, ob das Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation zur Beurteilung der Beschwerde der Cisalpino AG zuständig war, oder ob es deren Eingabe an die Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt hätte weiterleiten müssen. Heute ist die Sache so oder anders dem Bundesverwaltungsgericht zu neuem Entscheid zu überweisen:
4.2.1 Im Rahmen der Totalrevision der Bundesrechtspflege wurde auf Bundesebene das verwaltungsinterne Beschwerdeverfahren weitgehend abgeschafft. Ordentliche Rechtsmittelinstanz für Verfügungen, die sich auf Bundesrecht stützen (vgl. <ref-law>), ist heute das Bundesverwaltungsgericht (<ref-law> [Fassung vom 17. Juni 2005] in Verbindung mit Art. 31 des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht [VGG; SR 173.32]). Den Departementen der Eidgenossenschaft kommt gegenüber den ihnen unterstellten Bundesämtern nur noch dann Rechtsprechungsfunktion zu, wenn entweder eine Sondernorm eines Spezialerlasses dies ausdrücklich vorsieht (vgl. <ref-law>; Fassung vom 17. Juni 2005) oder wenn eine Ausnahme von der Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht gegeben ist (vgl. Art. 32 VGG), ohne dass der Gesetzgeber eine andere Beschwerdeinstanz bezeichnet hätte (vgl. <ref-law>; Fassung vom 17. Juni 2005).
4.2.2 Nachdem hier eine (vom Departement erteilte) Personenbeförderungskonzession und keine (vom Bundesrat verliehene) Infrastrukturkonzession in Frage steht, liegt kein Fall von Art. 32 Abs. 1 lit. f VGG vor; mithin ist die Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht zulässig, ausser eine Sondernorm würde etwas anderes bestimmen. Dies ist nicht der Fall, zumal die einschlägigen Spezialgesetze keine abweichende Regelung von Rechtsmittelweg und -verfahren enthalten: <ref-law> wurde auf den 1. Januar 2007 aufgehoben, während Art. 15 PBG, der vorliegend ohnehin nicht anwendbar ist (vgl. E. 4.1.2), zum Vornherein bloss auf die allgemeinen Regeln des öffentlichen Verfahrensrechts des Bundes verweist. Demnach steht fest, dass weder die Voraussetzung von <ref-law> noch jene von <ref-law> erfüllt ist und das Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation für die infolge der Gehörsverletzung erforderliche Neubeurteilung der Streitigkeit nach heutigem Recht nicht mehr zuständig sein kann.
4.2.3 Unzutreffend ist die Auffassung der Cisalpino AG, welche vorliegend von einer Rechtsmittelzuständigkeit der Schiedskommission (vgl. E. 2.2) ausgeht: Letztere ist für Streitigkeiten im Zusammenhang mit Vereinbarungen über den Netzzugang bzw. deren Erfüllung zuständig. Sie amtiert nicht als Rechtsmittelinstanz für Beschwerden betreffend Verfügungen des Bundesamts über die Anpassung von Personenbeförderungskonzessionen. Mithin steht fest, dass die Beschwerde der Cisalpino AG gegen die Verfügung des Bundesamts für Verkehr vom 7. Juli 2004 durch das Bundesverwaltungsgericht zu beurteilen ist.
4.2.3 Unzutreffend ist die Auffassung der Cisalpino AG, welche vorliegend von einer Rechtsmittelzuständigkeit der Schiedskommission (vgl. E. 2.2) ausgeht: Letztere ist für Streitigkeiten im Zusammenhang mit Vereinbarungen über den Netzzugang bzw. deren Erfüllung zuständig. Sie amtiert nicht als Rechtsmittelinstanz für Beschwerden betreffend Verfügungen des Bundesamts über die Anpassung von Personenbeförderungskonzessionen. Mithin steht fest, dass die Beschwerde der Cisalpino AG gegen die Verfügung des Bundesamts für Verkehr vom 7. Juli 2004 durch das Bundesverwaltungsgericht zu beurteilen ist.
5. Nach dem Gesagten sind die Verwaltungsgerichtsbeschwerden gutzuheissen. Auf den gestellten Eventualantrag ist nicht weiter einzugehen. Die Akten sind zu neuem Entscheid ans nunmehr zuständige Bundesverwaltungsgericht weiterzuleiten (Art. 53 Abs. 2 VGG).
Bei diesem Verfahrensausgang hat die Cisalpino AG die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG). Sie hat zudem den obsiegenden Beschwerdeführerinnen je eine Parteientschädigung von 10'000 Franken auszurichten (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2A.629/2006 und 2A.630/2006 werden vereinigt.
1. Die Verfahren 2A.629/2006 und 2A.630/2006 werden vereinigt.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden gutgeheissen, der Entscheid des Eidgenössischen Departements für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation vom 7. Juli 2006 aufgehoben und die Sache zu neuem Entscheid an das Bundesverwaltungsgericht weitergeleitet.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden gutgeheissen, der Entscheid des Eidgenössischen Departements für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation vom 7. Juli 2006 aufgehoben und die Sache zu neuem Entscheid an das Bundesverwaltungsgericht weitergeleitet.
3. Die Gerichtsgebühr von insgesamt Fr. 15'000.-- wird der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Gerichtsgebühr von insgesamt Fr. 15'000.-- wird der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit je Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit je Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. September 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: