Sachverhalt:
A. A.a Die X._ GmbH (Beschwerdeführerin) erstellt als Unternehmen des Baugewerbes Wintergärten, Balkonverglasungen, Oberlichter und weitere Glaskonstruktionen an Gebäuden. Sie schloss als Mieterin mit der Y._ AG an verschiedenen Daten Mietverträge ab über eine Werkstatt mit Büro und Keller, einen Büropavillon, mehrere Lagerschuppen und Parkplätze. Sämtliche Mietobjekte befinden sich an der C._-Strasse in D._ auf dem ehemaligen Areal der Y._ AG.
Die Mietverträge sind unbefristet. In den einen ist aber eine Mindestvertragsdauer bis zum 31. März 2007 und in den anderen bis am 30. September 2006 vorgesehen. Zudem enthalten die Mietverträge betreffend die Werkstatt "alte Banderei", den Büropavillon und die Lagerschöpfe Nrn. 27-29 mit Garage Nr. 1 Optionsklauseln mit folgendem Wortlaut:
"Die Vermieterin räumt dem Mieter eine Option zur Verlängerung dieses Mietvertrages um 3 Jahre ein. Dieses Optionsrecht fällt dahin, wenn es vom Mieter nicht bis spätestens 6 Monate vor Ablauf des Mietvertrages schriftlich geltend gemacht wird. Bei Geltendmachung der Option wird der Mietzins neu für weitere drei Jahre den dannzumaligen Marktverhältnissen angepasst, der Anfangsmietzins darf jedoch nicht unterschritten werden. Macht der Mieter von diesem Optionsrecht keinen Gebrauch, besteht nach Ablauf der festen Vertragsdauer ein normales Mietverhältnis, welches jeweils unter Berücksichtigung der 6-monatigen Kündigungsfrist auf Ende März und Ende September gekündigt werden kann."
A.b A._ und B._ (Beschwerdegegner) sind Immobilienentwickler. Sie erwarben von der Y._ AG die von der Beschwerdeführerin gemieteten Grundstücke an der C._-Strasse. Der für die erworbenen Grundstücke erstellte private Gestaltungsplan E._ wurde am 31. Oktober 2005 von der Gemeindeversammlung D._ gutgeheissen und am 23. Februar 2006 von der Baudirektion genehmigt. Er ist rechtskräftig. Auf dem Teil des Areals, wo die Beschwerdeführerin heute ihr Unternehmen betreibt, sollen Einfamilienhäuser und ein Mehrzweckgebäude (Gemeinschaftsräume, Kinderhort etc.) entstehen.
Je mit amtlichen Formularen vom 29. September 2006 kündigten die Beschwerdegegner die Mietverhältnisse mit der Beschwerdeführerin "auf das nächstmögliche Datum". Die Beschwerdeführerin rief in der Folge die Schlichtungsstelle für Mietsachen des Bezirks Dielsdorf an. Je mit Entscheid vom 21. März 2007 stellte die Schlichtungsbehörde fest, die Kündigungen seien per 30. September 2007 gültig, da sie der Beschwerdeführerin erst anfangs Oktober 2006 zugegangen seien. Zudem erstreckte die Schlichtungsbehörde die Mietverhältnisse einmalig bis zum 30. September 2008.
B. Je mit Klage vom 14. Juli 2007 beantragte die Beschwerdeführerin bezüglich des jeweiligen Mietverhältnisses, die Kündigung vom 29. September 2006 für ungültig zu erklären, eventualiter das Mietverhältnis um drei Jahre, bis 31. März 2010, zu erstrecken. Das Mietgericht Dielsdorf vereinigte die neun Verfahren und wies die Klage mit Urteil vom 28. Februar 2008 vollumfänglich ab.
Dagegen gelangte die Beschwerdeführerin an das Obergericht des Kantons Zürich und beantragte weiterhin, die Kündigungen für ungültig zu erklären, eventualiter die Mietverhältnisse für drei Jahre, bis 31. März 2010, zu erstrecken. Mit Beschluss vom 29. Januar 2009 erstreckte das Obergericht die Mietverhältnisse letztmals bis zum 30. Juni 2009. Im Übrigen wies es die Berufung und Klage ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, den Beschluss des Obergerichts vom 29. Januar 2009 aufzuheben. Es seien die mit Formular vom 29. September 2006 mitgeteilten Kündigungen betreffend die Mietverhältnisse an der C._-Strasse in D._ für ungültig zu erklären. Eventualiter seien die vorgenannten Mietverhältnisse bis zum 31. März 2010 zu erstrecken.
Die Beschwerdegegner schliessen in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Präsidialverfügung vom 28. April 2009 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1.1).
1.1 Der angefochtene Entscheid des Obergerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>).
1.2 Der Streitwert übersteigt bei einem monatlichen Mietzins von insgesamt Fr. 5'155.-- die nach <ref-law> geforderte Streitwertgrenze von Fr. 15'000.-- (vgl. Urteil 4C.198/2004 vom 6. Juli 2004 E. 2.2 mit Hinweisen; <ref-law>).
1.3 Damit ein kantonaler Entscheid mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten werden kann, muss der Instanzenzug im Kanton erschöpft sein (<ref-law>). Für Rügen, die mit der Beschwerde in Zivilsachen erhoben werden können, darf kein kantonales Rechtsmittel mehr offen stehen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527). Im vorliegenden Verfahren wäre gegen das angefochtene Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich nach § 281 des Gesetzes über den Zivilprozess vom 13. Juni 1976 (ZPO/ZH; LS 271) möglich gewesen. Soweit das angefochtene Urteil vom Kassationsgericht hätte überprüft werden können, ist es daher nicht kantonal letztinstanzlich. Auf Rügen, wonach der angefochtene Entscheid auf einer Verletzung eines wesentlichen Verfahrensgrundsatzes, auf einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme oder auf einer Verletzung klaren materiellen Rechts beruht (<ref-law>/ZH), kann demzufolge mangels Letztinstanzlichkeit nicht eingetreten werden (vgl. <ref-law>; Urteile 5A_136/2008 vom 25. September 2008 E. 1.2; 4A_22/2008 vom 10. April 2008 E. 1).
1.4 Da die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - vorbehältlich der Rügen, die mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde dem Kassationsgericht hätten unterbreitet werden können (vgl. Erwägung 1.3) - einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin rügt, die von den Beschwerdegegnern ausgesprochenen Kündigungen würden gegen <ref-law> verstossen, da sie in Kenntnis der von ihr (behauptetermassen) rechtzeitig abgegebenen Optionserklärungen ausgesprochen worden seien. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz handle es sich nicht um unechte, sondern um echte Optionen.
2.1 Ein Optionsrecht gibt dem Berechtigten die Möglichkeit, durch einseitige Willenserklärung ein inhaltlich bereits festgelegtes Vertragsverhältnis herbeizuführen oder zu verlängern (<ref-ruling> E. 4b S. 15; <ref-ruling> E. 2a S. 34 f. mit Hinweisen). Ein Vertrag, der durch Optionsausübung zustande kommt, ist ein aufschiebend bedingtes Rechtsgeschäft. Die Geltung eines solchen Vertrags hängt von der blossen, später erfolgenden Gestaltungserklärung der optionsberechtigten Partei ab, ihn gelten lassen zu wollen (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 15 mit Hinweisen). Daraus ergibt sich, dass der künftige Vertrag bereits vor Ausübung des Optionsrechts hinsichtlich aller objektiv und subjektiv wesentlicher Vertragspunkte hinreichend bestimmt sein muss. Nicht erforderlich ist jedoch, dass das Schuldverhältnis selber von Anfang an die Leistung genau umschreibt; vielmehr genügt Bestimmbarkeit der zu erbringenden Leistung, wobei der Verweis auf ein objektives Kriterium, nach welchem sich der Leistungsumfang bestimmen lässt, ausreichend ist (Urteil 4A_551/2008 vom 12. Mai 2009 E. 5.1 mit Hinweisen). Sehen die Parteien vor, dass über die Höhe des Mietzinses nach Ausübung der eingeräumten Befugnis erst verhandelt wird, liegt keine Option im dargelegten Sinne vor, da die einseitige Erklärung nicht bereits Vereinbartes in Gang setzt. Denn in derartigen Konstellationen wirkt die Ausübungserklärung nicht unmittelbar rechtsgestaltend, was aber für eine echte Option unabdingbar wäre (Urteil 4C.152/2004 vom 9. Juli 2004 E. 3.1). Die Option ist rechtzeitig, in der vertraglich vorgesehenen Frist, auszuüben (Lachat/Thanei, Das Mietrecht für die Praxis, 8. Auflage 2009, S. 501).
2.2 Zwischen den Parteien ist zum einen streitig, ob es sich bei vorliegender Optionsklausel um eine echte oder unechte Option handelt und zum anderen, ob die Optionsrechte rechtzeitig ausgeübt worden sind.
2.3 Nach den Feststellungen der Vorinstanz finden sich lediglich in den Mietverträgen betreffend die Werkstatt "alte Banderei", den Büropavillon und die Lagerschöpfe Nrn. 27-29 mit Garage Nr. 1 Optionsklauseln. Betreffend die Ausübung des Optionsrechts haben die Parteien vereinbart, dass der Mieter bis spätestens sechs Monate vor Ablauf der Mindestvertragsdauer das jeweilige Optionsrecht auszuüben hat.
2.4 Die Beschwerdeführerin bringt zum Zeitpunkt der Ausübung der Optionsrechte vor, der Sachverhalt sei im Sinne von <ref-law> dahingehend zu ergänzen, dass die Optionserklärungen den Beschwerdegegnern am 29. September 2006 zugegangen seien. Sie verkennt dabei, dass die Vorinstanz in ihren Erwägungen zur Gültigkeit der Kündigungen auf die Ausführungen des Mietgerichts verwiesen hat. Eine ergänzungsbedürftige Lücke in der Sachverhaltsfeststellung besteht demnach nicht. Das Mietgericht erwog, die jeweiligen Optionserklärungen hätten vereinbarungsgemäss ein halbes Jahr vor Ablauf der Mindestvertragsdauer abgegeben werden müssen, d.h. betreffend die Verträge über die Werkstatt "alte Banderei" und die Lagerschöpfe Nrn. 27-29 mit Garage Nr. 1 bis spätestens Ende September 2006 und betreffend den Vertrag über den Büropavillon bis spätestens Ende März 2006. In tatsächlicher Hinsicht führte das Mietgericht weiter aus, es sei aktenkundig, dass die schriftlichen Optionserklärungen der Beschwerdeführerin den Beschwerdegegnern erst anfangs Oktober 2006 zugegangen seien, weshalb keine der möglichen Optionen auf eine Vertragsverlängerung innert Frist wahrgenommen worden sei.
Das Bundesgericht ist an die tatsächliche Feststellung, wonach die Optionserklärungen den Beschwerdegegnern erst anfangs Oktober 2006 zugegangen sind, gebunden (<ref-law>). Mit einer Rüge, wonach diese Sachverhaltsfeststellung willkürlich sei, könnte die Beschwerdeführerin mangels Letztinstanzlichkeit zudem von vornherein nicht gehört werden (vgl. Erwägung 1.3).
2.5 Die Beschwerdeführerin übte ihre Optionserklärungen somit verspätet aus. Da sie von ihren Optionsrechten nicht fristgemäss Gebrauch machte, entstanden vertragsgemäss auch betreffend die Werkstatt "alte Banderei", den Büropavillon und die Lagerschöpfe Nrn. 27-29 mit Garage Nr. 1 unbefristete Mietverhältnisse, die jeweils unter Berücksichtigung einer sechsmonatigen Kündigungsfrist auf Ende März und Ende September aufgelöst werden konnten. Demzufolge waren die der Beschwerdeführerin anfangs Oktober 2006 zugegangenen Kündigungen dieser Verträge genauso wie die Kündigungen der Verträge, die keine Optionsklausel enthielten, gültig. Es erübrigt sich somit, auf die Rüge der Beschwerdeführerin einzugehen, wonach die Vorinstanz zu Unrecht von unechten Optionen ausgegangen sei.
3. Die Beschwerdeführerin wendet sich weiter dagegen, dass ihr die Vorinstanz eine letztmalige Erstreckung bis am 30. Juni 2009 und nicht - wie von ihr gefordert - bis am 31. März 2010 gewährte.
3.1 Nach <ref-law> kann der Mieter die Erstreckung eines befristeten oder unbefristeten Mietverhältnisses verlangen, wenn die Beendigung der Miete für ihn oder seine Familie eine Härte zur Folge hätte, die durch die Interessen des Vermieters nicht zu rechtfertigen wäre. Bei der Interessenabwägung berücksichtigt die zuständige Behörde nach Absatz 2 dieser Bestimmung insbesondere die Umstände des Vertragsschlusses und den Inhalt des Vertrags (lit. a), die Dauer des Mietverhältnisses (lit. b), die persönlichen, familiären und wirtschaftlichen Verhältnisse der Parteien und deren Verhalten (lit. c), einen allfälligen Eigenbedarf des Vermieters für sich, nahe Verwandte oder Verschwägerte sowie die Dringlichkeit des Bedarfs (lit. d) und überdies die Verhältnisse auf dem örtlichen Markt für Wohn- und Geschäftsräume (lit. e). Verlangt der Mieter eine zweite Erstreckung, so berücksichtigt die zuständige Behörde auch, ob er zur Abwendung der Härte alles unternommen hat, was ihm zuzumuten war (<ref-law>).
Die Interessenabwägung nach diesen nicht abschliessend aufgeführten Kriterien bestimmt nicht nur den Grundsatz, sondern auch die Dauer einer allfälligen Erstreckung. Die Bestimmungen über die Erstreckung der Mietverhältnisse bezwecken, die Folgen der Vertragsauflösung für die Mietpartei zu mildern, indem ihr mehr Zeit für die mit der Auflösung des Mietverhältnisses erforderliche Neuorientierung gelassen wird (<ref-ruling> E. 3b). Der Entscheid über die Dauer der Erstreckung aufgrund der gebotenen Interessenabwägung beruht auf richterlichem Ermessen. Derartige Ermessensentscheide überprüft das Bundesgericht an sich frei. Es übt dabei aber Zurückhaltung und schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgewichen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die zwingend hätten beachtet werden müssen. Ausserdem greift das Bundesgericht in Ermessensentscheide ein, falls sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling>21 E. 2; <ref-ruling> E. 4; je mit Hinweisen).
3.2 Die Vorinstanz bezog in ihre Interessenabwägung namentlich folgende Umstände mit ein: das Interesse der Beschwerdeführerin am Weiterbestand des Unternehmens, die von der Beschwerdeführerin an den Mietobjekten getätigten Investitionen, die Aufnahme von Optionsklauseln als Umstand des Vertragsabschlusses, die Suchbemühungen der Beschwerdeführerin, den Zeitraum von fast einem ganzen Jahr zwischen dem Empfang der Kündigung und dem Ablauf der Kündigungsfrist, den Umstand, dass sowohl die Schlichtungsbehörde als auch das Mietgericht die Kündigungen für gültig erachteten, das Interesse der Beschwerdegegner an einem raschen Baubeginn, das dem Geschäft der Immobilien-Entwicklung immanente Risiko von Verzögerungen, die Gefährdung der Stellen der zwölf Mitarbeiter der Beschwerdeführerin bei einer Ausweisung sowie die Schaffung von Arbeitsplätzen durch ein grösseres Bauprojekt. Zusammenfassend erwog die Vorinstanz, dass der Empfang der angefochtenen Kündigungen etwas über zwei Jahre zurückliegen würde. In der Zwischenzeit sei die Beschwerdeführerin ihrer Obliegenheit, neue Geschäftsräume zu suchen, nur ungenügend nachgekommen. Sie stehe vielmehr auf dem Standpunkt, die Option für die Verlängerung eines Teils der Mietverhältnisse bis ins Jahr 2010 rechtzeitig ausgeübt zu haben und versuche, eine Verlängerung der Mietverhältnisse durch ungenügende Suchbemühungen zu erzwingen. Dieses Verhalten dürfe sich nicht lohnen. Die Beschwerdegegner hätten ein legitimes wirtschaftliches Interesse daran, möglichst schnell zu bauen, obwohl sich mit einer Erstreckung ein Risiko verwirkliche, das einzugehen Teil ihres Geschäfts als Immobilien-Entwickler sei. Die Beschwerdeführerin habe wiederum ein gewichtiges Interesse daran, keinen Unterbruch in ihrer Geschäftstätigkeit zu erleiden. Eine kurze Bauverzögerung sei deshalb hinzunehmen, namentlich mit Blick auf die Mitarbeiter der Beschwerdeführerin. Ein weitergehendes Entgegenkommen stünde der Beschwerdeführerin jedoch nicht zu. Sie könne sich nicht auf den Standpunkt stellen, sie benötige mehrere Jahre, um einen zumutbaren Standort zu finden, ohne die bereits erwirkte Erstreckung zu nutzen. Unter den Umständen des vorliegenden Falles könne eine Erstreckung nur dazu dienen, der Beschwerdeführerin Zeit für eine Übergangslösung zu geben. In Würdigung all dieser Umstände seien die Mietverhältnisse somit letztmalig bis zum 30. Juni 2009 zu erstrecken.
3.3 Der Entscheid der Vorinstanz, die Mietverhältnisse letztmalig bis zum 30. Juni 2009 zu erstrecken, ist nicht zu beanstanden. Er ist weder offensichtlich unbillig noch in stossender Weise ungerecht. Entsprechendes macht die Beschwerdeführerin auch nicht geltend. Sie zeigt nicht auf, weshalb das Bundesgericht den Ermessensentscheid der Vorinstanz korrigieren sollte. Insbesondere bringt sie nicht vor, dass die Vorinstanz Tatsachen berücksichtigt hätte, die für den Entscheid keine Rolle hätten spielen dürfen, oder umgekehrt zwingend zu beachtende Umstände ausser Betracht gelassen hätte. Sofern sie rügt, die Vorinstanz habe ihre Suchbemühungen zu Unrecht als ungenügend erachtet und betreffend die tatsächlichen Feststellungen zu den Suchbemühungen Sachverhaltsrügen erheben will, ist sie damit nicht nur infolge ungenügender Substantiierung, sondern bereits mangels Letztinstanzlichkeit nicht zu hören (vgl. Erwägung 1.3). Die Beschwerdeführerin verkennt zudem, dass die Vorinstanz ihren Entscheid über die Erstreckung nicht nur auf die ungenügenden Suchbemühungen stützte, sondern in die Interessenabwägung nach <ref-law> die verschiedenen relevanten Umstände des konkreten Falles einbezog (vgl. Erwägung 3.2). Unerheblich und als neue Tatsache im Sinne von <ref-law> nicht zu berücksichtigen ist zudem das Vorbringen der Beschwerdeführerin, dass sie mittlerweile einen neuen Standort gefunden habe und die neuen Geschäftsräume nach einem Um- und Ausbau ab Januar resp. Februar 2010 bezugsbereit seien.
4. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Juni 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer