Festsetzung Voranschlag 2000 und Steueranlage, hat sich ergeben:
A.- Der Stadtrat von Bern (Stadtparlament) verabschiedete am 23. September 1999 den Voranschlag samt Steueranlage der Stadt Bern für das Jahr 2000 und beschloss die entsprechende Botschaft an die Stimmberechtigten für die geplante Budgetabstimmung vom 28. November 1999. Die Vorlage bestand in einer Variantenabstimmung über die Höhe der Steueranlage.
Bei identischem Voranschlag hätte den Stimmberechtigten eine Variante mit Steueranlage 2,4 und einem ausgeglichenen Budget sowie eine Variante mit Steueranlage 2,3 und einem Bilanzfehlbetrag von rund 21 Millionen Franken unterbreitet werden sollen.
Gegen diese Vorlage wurden drei Beschwerden an den Regierungsstatthalter von Bern erhoben. Dieser hiess am 13. Oktober 1999 die Beschwerden gut und hob die entsprechenden Beschlüsse des Stadtrates auf. Er erwog im Wesentlichen, gemäss Art. 74 Abs. 3 des Gemeindegesetzes vom 16. März 1998 (GG) müsse, wenn ein nicht durch Eigenkapital gedeckter Aufwandüberschuss ausgewiesen werde, der Gemeinderat im Finanzplan aufweisen, wie der Fehlbetrag ausgeglichen werden könne. Ein solcher Finanzplan liege aber nicht vor.
Die Stadt Bern erhob gegen den Entscheid des Regierungsstatthalters Beschwerde an den Regierungsrat des Kantons Bern, welcher die Beschwerde am 16. Februar 2000 abwies.
B.- In der Folge erarbeitete der Stadtrat eine neue Vorlage, welche ein ausgeglichenes Budget und eine Steueranlage von 2,4 vorsah. Diese Vorlage wurde in der Volksabstimmung vom 21. Mai 2000 mit 59,22% Nein gegen 40,78% Ja abgelehnt.
Da es der Gemeinde nicht möglich war, bis Mitte Jahr eine weitere Abstimmung durchzuführen, beschloss der Regierungsrat des Kantons Bern am 11. September 2000 gemäss Art. 77 Abs. 1 GG den Voranschlag der Stadt Bern für das Jahr 2000 und legte die Steueranlage auf 2,3 fest.
C.- Die Stadt Bern erhebt staatsrechtliche Beschwerde mit dem Antrag, den Beschluss des Regierungsrates aufzuheben.
Sie rügt eine Verletzung der Gemeindeautonomie sowie eine Verletzung von <ref-law>, indem der Regierungsrat die massgebenden Bestimmungen des Gemeindegesetzes willkürlich angewendet habe.
D.- Der Regierungsrat des Kantons Bern beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die staatsrechtliche Beschwerde gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid ist zulässig (Art. 84 Abs. 2, Art. 86 Abs. 1 und Art. 87 OG).
b) Die staatsrechtliche Beschwerde ist ein Rechtsmittel zum Schutze der Träger verfassungsmässiger Rechte gegen Übergriffe der Staatsgewalt. Solche Rechte stehen grundsätzlich nur Privaten zu, nicht dagegen dem Gemeinwesen als Inhaber hoheitlicher Gewalt. Gemeinden sind zur staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert, wenn sie durch einen staatlichen Akt wie eine Privatperson betroffen werden. Sie können sich zudem mit staatsrechtlicher Beschwerde gegen eine Verletzung ihrer durch das kantonale Recht gewährleisteten Autonomie oder Bestandesgarantie zur Wehr setzen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1b S. 175, mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin beruft sich auf ihre Autonomie und ist insoweit zur staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert. Ob ihr im betreffenden Bereich eine Autonomie zusteht, ist gemäss bundesgerichtlicher Praxis nicht eine Frage des Eintretens, sondern der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1b S. 226, mit Hinweisen). Auf die Beschwerde ist insoweit einzutreten.
Hingegen kann die Gemeinde eine willkürliche Rechtsanwendung nicht selbstständig, sondern nur im Zusammenhang mit ihrer Autonomie rügen (<ref-ruling> E. 3b S. 454; <ref-ruling> E. 3b S. 255; Urteil des Bundesgerichts vom 3. Oktober 1997, ZBl 1999 273, E. 1e; Markus Dill, Die staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung der Gemeindeautonomie, Diss. Bern 1996, S. 107 ff.). Auf die Willkürrüge der Beschwerdeführerin kann daher nur eingetreten werden, soweit sich erweist, dass die Gemeinde in dem Bereich, der durch die angeblich willkürlich angewendeten Normen geregelt ist, autonom ist.
2.- a) Bei der Behandlung einer Autonomiebeschwerde prüft das Bundesgericht in einem ersten Schritt, ob die Gemeinde im Sachbereich, welcher Gegenstand der Beschwerde bildet, autonom ist. Wird die Autonomie bejaht, prüft das Bundesgericht in einem zweiten Schritt, ob die Autonomie im konkreten Fall verletzt ist (<ref-ruling> E. 2a und f S. 226 und 229; Dill, a.a.O., S. 41).
b) Eine Gemeinde ist in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt (<ref-ruling> E. 2 S. 136, mit Hinweisen).
Der geschützte Autonomiebereich kann sich auf die Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften beziehen oder einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung des kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen (<ref-ruling> E. 2b S. 227, mit Hinweisen). Autonomie im Vollzug von kantonalem Recht kann bestehen, wenn die Gemeinde für den (erstinstanzlichen) Vollzug zuständig ist und die zu beurteilende Materie für ein Selbstbestimmungsrecht der einzelnen Gemeinde Raum lässt (<ref-ruling> E. 3b/c S. 219 f.). Auch kann sich eine Gemeinde unter Umständen auf ihre Autonomie berufen, wenn eine kantonale Behörde zur Anwendung kommunaler Vorschriften zuständig ist; sie kann alsdann von den kantonalen Behörden verlangen, dass sie das kommunale Recht nicht willkürlich anwenden (<ref-ruling> E. 2a S. 54 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 37 f.; <ref-ruling>, 65).
Hingegen besteht kein relativ erheblicher Entscheidungsspielraum der Gemeinde, soweit eine kantonale Behörde für den erstinstanzlichen Vollzug kantonalen Rechts zuständig ist, auch dann nicht, wenn der Entscheid der kantonalen Behörde finanzielle oder andere Auswirkungen auf die Gemeinde hat (nicht publiziertes Urteil des Bundesgerichts vom 21. Juni 2000 i.S. Einwohnergemeinde Biel-Benken, E. 2c).
3.- a) Gemäss Art. 109 Abs. 1 KV/BE ist die Autonomie der bernischen Gemeinden gewährleistet. Ihr Umfang wird durch das kantonale und das eidgenössische Recht bestimmt.
Die wörtlich gleiche Bestimmung enthält Art. 3 Abs. 1 GG.
Gemäss Art. 109 Abs. 2 KV und Art. 3 Abs. 2 GG gewährt das kantonale Recht den Gemeinden einen möglichst weiten Handlungsspielraum.
Diese jeweiligen Abs. 2 haben einen programmatischen Gehalt im Sinne einer Handlungsmaxime für den kantonalen Rechtsetzer, geben aber der Gemeinde keinen justiziablen Anspruch auf bestimmte Autonomiebereiche. Soweit kantonales Recht besteht, umschreibt dieses den Umfang der Autonomie (nicht publiziertes Urteil des Bundesgerichts vom 28. Dezember 1998 i.S. Gemeinde Moutier, E. 3d; Markus Müller, Kommentar zum Gemeindegesetz des Kantons Bern, Bern 1999, N. 18 zu Art. 3; Walter Kälin/Urs Bolz, Handbuch des bernischen Verfassungsrechts, Bern 1995, N. 4 zu Art. 109).
b) Die Einwohnergemeinden erheben gemäss Art. 113 Abs. 1 KV/BE Einkommens- und Vermögenssteuern, Gewinn- und Kapitalsteuern sowie Vermögensgewinnsteuern. Sie setzen die Steueranlage fest. Gemäss Art. 197 Abs. 2 des kantonalen Gesetzes vom 29. Oktober 1944 über die direkten Staats- und Gemeindesteuern (StG) wird die Steueranlage alljährlich von der Gemeinde bei der Abstimmung über den Voranschlag festgesetzt.
Das kantonale Gemeindegesetz regelt - in Übereinstimmung mit Art. 111 Abs. 1 KV/BE - gemäss seinem Art. 1 unter anderem die Finanzordnung der Gemeinden und die kantonale Aufsicht über die Gemeinden. Nach Art. 23 Abs. 1 lit. d GG steht die Änderung der Steueranlage den Stimmberechtigten der Gemeinde als unübertragbares Geschäft (mindestens fakultatives Referendum) zu. Die Art. 70 ff. GG enthalten Bestimmungen über den Finanzhaushalt der Gemeinden. Der Voranschlag ist gemäss Art. 73 Abs. 1 GG so auszugestalten, dass der Finanzhaushalt ausgeglichen ist. Ein Aufwandüberschuss kann budgetiert werden, wenn er durch Eigenkapital gedeckt ist oder wenn Aussicht auf Deckung gemäss Art. 74 GG besteht (Art. 73 Abs. 2 GG). Gemäss Art. 74 Abs. 1 GG muss ein Bilanzfehlbetrag innert acht Jahren seit der erstmaligen Bilanzierung abgeschrieben sein. Budgetiert die Gemeinde einen Aufwandüberschuss, der nicht durch Eigenkapital gedeckt werden kann, weist der Gemeinderat im Finanzplan aus, wie der Fehlbetrag auszugleichen ist (Art. 74 Abs. 3 GG). Aus diesen Bestimmungen geht hervor, dass die Gemeinde grundsätzlich innerhalb bestimmter kantonaler Rahmenbedingungen ihre Steueranlage selber festlegen kann. Insoweit besteht eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit und damit Autonomie der Gemeinde (vgl. Urteil des Bundesgerichts vom 24. August 1993, ZBl 1994 130, E. 2b; vom 12. Oktober 1990, ASA 60 652, E. 3b; nicht publiziertes Urteil des Bundesgerichts vom 28. Dezember 1998 i.S. Gemeinde Moutier, E. 3d). Zwingend sieht zudem das kantonale Recht vor, dass eine Änderung der Steueranlage der (zumindest stillschweigenden) Zustimmung der Stimmberechtigten bedarf. Dadurch wird einerseits die Organisationsautonomie der Gemeinde eingeschränkt, andererseits aber die direkte Demokratie auf Gemeindeebene gewährleistet und dadurch einem Grundanliegen der Gemeindeautonomie entsprochen, welche darauf beruht, dass die Gemeinden als Grundzellen des demokratischen Staates betrachtet werden (<ref-ruling> E. 3 S. 176; Ivo Lorenzo Corvini, Kommunale Rechtsetzung unter besonderer Berücksichtigung der Verhältnisse im Kanton Basel-Landschaft, Liestal 1999, S. 56 ff.).
c) Wenn das zuständige Gemeindeorgan den Voranschlag bis zum 30. Juni des Rechnungsjahres nicht beschlossen hat, so beschliesst gemäss Art. 77 Abs. 1 GG der Regierungsrat den Voranschlag und legt unter Berücksichtigung von Art. 74 GG die Steueranlage fest. Diese Bestimmung gibt dem Regierungsrat das Recht und die Pflicht zur Ersatzvornahme für den Fall, dass die Gemeinde nicht selber in der Lage ist, einen Voranschlag zu beschliessen und die Steueranlage festzusetzen. Insoweit geht von Gesetzes wegen die Entscheidungskompetenz auf eine kantonale Behörde über. Eine Zuständigkeit und Entscheidungsfreiheit der Gemeinde besteht in diesem Fall nicht mehr.
d) Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass die formellen Anforderungen für ein Eingreifen des Regierungsrates gemäss Art. 77 Abs. 1 GG erfüllt sind. Ebenso wenig macht sie geltend, der Regierungsrat habe bei seinem Entscheid kommunales Recht verletzt. Sie rügt einzig, er habe bei der Ausübung seiner ihm nach Art. 77 GG zustehenden Kompetenz die Art. 73 und 74 GG verletzt und damit auch Art. 77 GG willkürlich angewendet. Sie kritisiert damit aber ausschliesslich die Handhabung kantonalen Rechts durch erstinstanzlich entscheidende kantonale Behörden in einem Bereich, in welchem die Gemeinde selber gar keine Entscheidungszuständigkeit (mehr) besitzt. Sie kann sich daher nicht auf ihre Autonomie berufen (E. 2b). Es verhält sich hier anders als bei einer aufsichtsrechtlichen Massnahme, mit welcher eine kantonale Behörde in Ausübung kantonalen Rechts eine kommunale Massnahme aufhebt oder überprüft, wobei die Gemeinde unter Berufung auf ihre Autonomie geltend machen kann, die kantonale Behörde habe ihre Prüfungsbefugnis überschritten und das massgebliche kantonale Recht willkürlich ausgelegt und angewendet (<ref-ruling> E. 4 S. 159). Vorliegend geht es nicht um eine Aufsichts-, sondern um eine Ersatzmassnahme, welche der Regierungsrat anstelle der säumigen Gemeinde anordnen muss, damit es überhaupt für das Jahr 2000 einen Voranschlag und eine festgesetzte Steueranlage gibt.
e) Geniesst die Gemeinde im fraglichen Bereich keine Autonomie, so ist sie auch nicht legitimiert zur Rüge, der Regierungsrat habe Art. 77 oder 74 GG willkürlich ausgelegt oder in diesem Zusammenhang den Sachverhalt willkürlich festgestellt (E. 1b).
f) Die Beschwerdeführerin macht allerdings geltend, der angefochtene Entscheid greife in unzulässiger Weise in ihre künftige Haushaltpolitik ein und stipuliere für die mittelbare Zukunft ein faktisches Verbot der Erhöhung der Steueranlage.
aa) Der angefochtene Entscheid bezieht sich einzig auf das Rechnungsjahr 2000. Er hat keine unmittelbaren rechtlichen Auswirkungen auf kommende Jahre. Insbesondere ist nicht ersichtlich, inwiefern dadurch für die Folgejahre eine Erhöhung der Steueranlage verunmöglicht werden soll.
Der angefochtene Entscheid bringt in seinen Erwägungen zum Ausdruck, dass nach Ansicht des Regierungsrates eine ausgabenseitige Sanierung des Haushalts möglich und tunlich wäre, hindert aber die Stimmberechtigten in keiner Weise daran, für die nächsten Jahre einer Erhöhung der Steueranlage zuzustimmen, wenn sie mehrheitlich der Ansicht sind, die Sanierung sollte eher einnahmenseitig erfolgen. Wenn die Beschwerdeführerin vorbringt, der Regierungsratsentscheid verunmögliche es den Gemeindebehörden, den Stimmberechtigten einen Antrag zur Erhöhung der Steueranlage zu kommunizieren, so befürchtet sie in Wirklichkeit bloss, dass die Mehrheit der Stimmberechtigten allenfalls anders entscheiden könnte als der Gemeinde- und Stadtrat dies wünschen. Die Gemeindeautonomie kann jedoch nicht dadurch verletzt werden, dass der kommunale Souverän anders entscheidet als die kommunalen Behörden beantragt haben.
bb) Zutreffend ist freilich, dass der Budgetfehlbetrag im Jahr 2000 mit der Festsetzung der Steueranlage auf 2,3 zunimmt. Die Beschwerdeführerin wird daher in den kommenden Jahren einen höheren Fehlbetrag abschreiben müssen.
Insoweit wird ihr zukünftiger finanzieller Handlungsspielraum eingeschränkt. Dies stellt jedoch keine Autonomieverletzung dar. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass sie ohne ein regierungsrätliches Eingreifen gemäss den Art. 76 oder 77 GG die Steueranlage nur mit Zustimmung ihrer eigenen Stimmberechtigten erhöhen könnte, welche in dieser Frage den rechtsverbindlichen politischen Willen der Stadt ausdrücken.
Die Stimmberechtigten - und damit das zuständige Organ der Beschwerdeführerin - haben jedoch die Erhöhung der Steueranlage in der Volksabstimmung vom 21. Mai 2000 abgelehnt. Die Autonomie der Gemeinde wird nicht verletzt, wenn der Regierungsrat eine Massnahme nicht anordnet, welche das zuständige Organ der Gemeinde auch abgelehnt hat. Der Entscheid des Regierungsrates schafft für die Beschwerdeführerin keine andere Situation als diejenige, die ohne diesen Entscheid bestünde und welche sie sich selbst geschaffen hat. In Wirklichkeit kritisiert die Beschwerdeführerin eher den Entscheid ihres eigenen Souveräns als denjenigen des Regierungsrates.
Dies kann aber von vornherein nicht Gegenstand einer Autonomiebeschwerde sein. Selbst wenn infolge zunehmender Budgetdefizite der Regierungsrat in Zukunft Massnahmen gemäss Art. 76 GG anordnen müsste, wäre dies in erster Linie auf den eigenen Entscheid der Beschwerdeführerin zurückzuführen, nicht auf denjenigen des Regierungsrates.
g) Unerheblich ist sodann die Kritik der Beschwerdeführerin an den vom Regierungsrat empfohlenen Massnahmen zur Haushaltsanierung. Diese Empfehlungen bilden nicht Gegenstand des rechtsverbindlichen Dispositivs des angefochtenen Entscheids, sondern stellen unverbindliche Vorschläge dar, mit denen der Regierungsrat der Gemeinde aufzeigt, wie seines Erachtens das Defizit behoben werden könnte. Die zuständigen politischen Behörden der Stadt Bern bleiben aber frei, andere Massnahmen zu treffen, sei dies einnahmen- oder ausgabenseitig.
4.- Die staatsrechtliche Beschwerde erweist sich daher als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann. Es sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und dem Regierungsrat des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 20. November 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: