Sachverhalt:
A. Am 3. April 2003 erlitt X._ einen Arbeitsunfall. Er und A._ transportierten über einen Handseilzug Isolierelemente in die Höhe. X._ bediente den Handseilzug, während A._ die Isolierelemente oben auf dem Baugerüst in Empfang nahm. Bei diesem Vorgang stürzte ein Paket Isolierelemente auf X._ und verletzte ihn. X._ erstattete am 12. September 2005 Strafanzeige gegen Unbekannt wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung.
B. Mit Verfügung vom 15. Januar 2007 stellte die Staatsanwaltschaft See/ Oberland die Strafuntersuchung wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung gegen Unbekannt ein. Sie hielt fest, dass die Verletzungen, soweit sie auf den Unfall zurückzuführen sind, nicht schwer sind und dass ein Strafantrag wegen einfacher Körperverletzung innert der dreimonatigen Antragsfrist nicht eingereicht worden sei.
C. Das Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, wies den dagegen erhobenen Rekurs von X._ mit Beschluss vom 17. September 2008 ab.
D. X._ erhebt gegen diesen Beschluss Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, die Sache zur Fortführung der Strafuntersuchung und Anklageerhebung an die Staatsanwaltschaft See/Oberland zurückzuweisen. Weiter beantragt er, es sei ihm im Rahmen der Strafuntersuchung die Gelegenheit zu geben, eine Zivilforderung einzureichen, und die B._ AG sei zu verpflichten, alle sachdienlichen Dokumente zur Strafuntersuchung zu edieren.
E. Das mit der Beschwerde gestellte Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege hat X._ am 24. November 2008 zurückgezogen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer hat seine Beschwerde frist- und formgerecht eingereicht. Er ist Opfer im Sinne von <ref-law> (SR 312.5), und daher gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde gegen den letztinstanzlichen kantonalen Einstellungsbeschluss legitimiert. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung seines Anspruchs auf den verfassungsmässigen Richter nach <ref-law>. Er macht geltend, die Strafuntersuchung gegen "Unbekannt" sei durch die Staatsanwaltschaft als nicht richterliche Behörde eingestellt worden. Die Einstellungsverfügung habe er mit Rekurs an das Obergericht des Kantons Zürich weiterziehen können. Trotz der umfassenden Kognition der Vorinstanz könne das Verfahren nicht gleichgesetzt werden mit einem ordentlichen Hauptverfahren vor dem zuständigen Strafrichter nach § 161 ff. der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH, LS 321), in welchem der Geschädigte über diverse prozessuale Rechte verfüge. Die Ausübung dieser Rechte hätte dazu führen können, dass der zuständige Strafrichter zu einem anderen Ergebnis gelangt wäre als die Staatsanwaltschaft oder Vorinstanz. Indem die Staatsanwaltschaft als erste Instanz und die Vorinstanz als Rekursinstanz über materiellrechtliche Fragen entschieden hätten, sei <ref-law> verletzt.
2.2 <ref-law> garantiert den Anspruch auf Beurteilung einer Rechtssache durch ein gesetzlich geschaffenes, zuständiges, unabhängiges und unparteiisches Gericht. Inhalt der Garantie bildet der Anspruch auf den gesetzlichen, in institutioneller, persönlicher, zeitlicher, örtlicher und sachlicher Hinsicht unabhängigen Richter (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 4.2, je mit Hinweisen). Bei der Ausgestaltung der Gerichtsorganisation kommt dem Gesetzgeber ein weiter Spielraum zu; es besteht kein grundrechtlicher Anspruch auf eine bestimmte institutionelle Ausgestaltung (BGE <ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 2.2 je mit Hinweisen). Insbesondere lässt sich aus der Rechtsweggarantie nach Art. 29a und Art. 191b BV sowie der Rechtsmittelgarantie nach <ref-law> lediglich ein Anspruch auf Beurteilung durch zwei kantonale Instanzen, nicht aber durch auf einen doppelten kantonalen gerichtlichen Instanzenzug herleiten (MARC THOMMEN, in: Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, 1. Aufl. 2008, N. 7 zu <ref-law>). Dies bedeutet, dass der Beschwerdeführer keinen Anspruch auf eine Gerichtsbehörde als erste urteilende kantonale Instanz bzw. einen doppelten Instanzenzug vor zwei kantonalen gerichtlichen Behörden zur Beurteilung der von ihm gerügten Einstellungsverfügung aus <ref-law> geltend machen kann. <ref-law> spricht sich lediglich zum Erfordernis der Unabhängigkeit der Gerichtsbehörden, nicht aber der erstinstanzlich entscheidenden kantonalen Verwaltungsbehörden aus. Über die Einstellungsverfügung hat mit dem Obergericht eine von den Ermittlungsbehörden unabhängige, gerichtliche Instanz mit voller Kognition als Rechtsmittelinstanz im Rekursverfahren entschieden (§ 398 Abs. 1 und§ 402 Ziff. 1 StPO/ZH ), womit <ref-law> nicht verletzt ist.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt als weiteren Punkt, die Vorinstanz habe das Willkürverbot bei der Sachverhaltsfeststellung nach <ref-law> verletzt. Sie habe seine Zeugenaussage und die Aussagen des Zeugen C._ willkürlich gewürdigt, indem sie festgestellt habe, es sei nicht erwiesen, dass A._ das Paket mit dem Isolationsmaterial in den Händen gehalten habe, bevor es auf den Beschwerdeführer gefallen sei, obwohl sich der Zeuge C._ gegenteilig geäussert habe. Der Beschwerdeführer habe das Isolationsmaterial am Handseilzug fertig hochgezogen. Durch die Übernahme der hochgezogenen Last sei die Verantwortung auf A._ übergegangen. A._ habe das Isolationspaket in den Händen gehalten und fallen lassen. Damit habe er seine Sorgfaltspflichten verletzt. Ebenfalls willkürlich sei die Annahme der Vorinstanz, es seien mehrere Unfallursachen möglich und es stehe nicht fest, ob der Beschwerdeführer die Last am Seil korrekt befestigt habe. Massgebend ist nach Ansicht des Beschwerdeführers vielmehr, dass A._ das Paket in den Händen gehalten habe, bevor es auf ihn gefallen sei. Damit bestehe eine genügende Grundlage für eine Anklageerhebung vor Gericht.
3.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung der Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten, wie z.B. des Willkürverbots, geltend gemacht wird. Die Begründungsanforderungen entsprechen jenen Anforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und belegte Rügen. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Es prüft die Verletzung des Willkürverbots nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss sich dazu mit den Entscheidgründen der Vorinstanz auseinandersetzen und präzise angeben, worin er die Rechtsverletzung erblickt bzw. inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 3.3. mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2; <ref-ruling> E. 1.3 mit Hinweisen).
3.3 Nach der bundesgerichtlichen Praxis liegt Willkür in der Beweiswürdigung nach <ref-law> vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht bzw. im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 6). Das Bundesgericht hebt einen Entscheid nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Für die Annahme von Willkür genügt es nicht, wenn eine andere Lösung auch als vertretbar oder sogar zutreffender erscheint (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 3.1, je mit Hinweisen).
3.4 Was der Beschwerdeführer vorbringt, erschöpft sich weitgehend in appellatorischer Kritik. Er legt in seiner Beschwerdeschrift auf Seite 10 bis Seite 16 dar, wie er selbst die Aussagen des Zeugen C._, des am Unfall beteiligten A._ und seine eigenen Aussagen sowie das betriebsinterne Protokoll der B._ AG gewürdigt hätte und welcher Sachverhalt sich nach seiner Ansicht zugetragen hat, ohne darzulegen, weshalb der Entscheid der Vorinstanz im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein sollte. Auf seine diesbezüglichen Vorbringen ist nicht einzutreten.
3.5 Entgegen den Einwänden des Beschwerdeführers hat sich die Vorinstanz umfassend mit den verschiedenen möglichen Hypothesen zur Frage des Sachverhalts und damit zur Unfallursache auseinandergesetzt. Sie hat in ihrer Beweiswürdigung die Aussagen des Beschwerdeführers als Unfallopfer und des Unfallbeteiligten A._ zur Frage der Befestigung der Last ausführlich gegeneinander abgewogen. Gestützt auf diese Aussagen ist sie zum Schluss gelangt, es sei nicht erwiesen, dass der Beschwerdeführer die Last am Seil korrekt befestigt habe, zumal der Beschwerdeführer seine Aussagen dahingehend präzisiert habe, dass er das Seil ein wenig oberhalb der Mitte angebunden habe (angefochtener Entscheid S. 6). Sie hat ebenfalls berücksichtigt, dass A._ nach den Aussagen des Zeugen C._ das Paket bereits in der Hand gehalten hat, bevor es auf den Beschwerdeführer heruntergefallen ist (vgl. angefochtener Entscheid S. 7 Mitte). Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid die Aussage des Zeugen C._ wiedergegeben, wonach er zwar gesehen habe, dass sich A._ nach dem Paket gestreckt und es in die Hände genommen habe, dass er aber nicht mehr im Detail wisse, wie A._ das Paket angefasst habe, und nicht gesehen habe, wie die Last hinuntergestürzt sei. Die Vorinstanz ist unter Berücksichtigung dieser Aussage zum Schluss gelangt, es lasse sich nicht anklagegenügend erhärten, dass A._ das Paket entglitten und dies die Unfallursache gewesen sei. Es könne aufgrund des Untersuchungsergebnisses nicht eruiert werden, wo das Seil am Paket befestigt gewesen sei, ob der Handseilzug einwandfrei funktioniert und der Beschwerdeführer diesen korrekt bedient habe. Die Vorinstanz hat weiter festgestellt, dass ein Widerspruch besteht zur Frage, ob das Paket mit dem Isoliermaterial "regennass" gewesen sei, da einerseits der Unfallbericht der Arbeitgeberfirma B._ AG an die SUVA besage, dass dem im vierten Geschoss auf dem Gerüst stehenden Mitarbeiter das wegen Regen nasse und rutschige Paket aus der Hand gerutscht sei, und andererseits der Wetterbericht der Meteo-Schweiz, festhalte, dass die Messstation Uster im Zeitraum zwischen dem 3. April 2003, 7.00 Uhr, und dem 4. April 2003, 7.00 Uhr, keinen Niederschlag verzeichnete. Unter Berücksichtigung aller dieser Umstände hat die Vorinstanz die Einstellung des Strafverfahrens geschützt.
3.6 Die Vorinstanz durfte willkürfrei zum Schluss gelangen, der Unfallablauf könne bei der gegebenen Beweislage nicht mehr rekonstruiert werden und es fehlten hinreichende Anhaltspunkte für eine Anklageerhebung, zumal der einzige Augenzeuge des Unfalls, der Zeuge C._, nicht gesehen hat, wie und weshalb das Paket mit dem Isoliermaterial heruntergefallen ist, er sich nicht mehr im Detail erinnern kann, wie A._ das Paket in die Hände genommen hat und im Übrigen die zwei Unfallbeteiligten - der Beschwerdeführer und A._, welche beide ein finanzielles Interesse an der Klärung der Unfallursache haben - gegenläufige Aussagen zum Unfallhergang machen. Dass andere Zeugen zum Unfallhergang existieren, behauptet auch der Beschwerdeführer ausdrücklich nicht (vgl. S. 11 Ziff. 1.5 der Beschwerdeschrift).
4. Aufgrund der vorstehenden Ausführungen ist die Beschwerde insgesamt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Kosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch