Faits:
A. A.a Le 6 avril 1993, S._, ressortissant étranger né en 1967, a été mis au bénéfice d'une rente entière de l'assurance-invalidité à partir du 1er juillet 1992, en raison des séquelles d'un accident survenu le 3 octobre 1989. L'événement accidentel avait entraîné l'amputation de plusieurs orteils du pied droit, les deux dernières interventions chirurgicales ayant eu lieu en août 1992 et février 1993.
Au début de l'année 1994, les organes de l'assurance-invalidité soumirent l'assuré à un stage de réadaptation professionnelle qui dut être interrompu en raison des douleurs ressenties par l'intéressé (rapport du 27 mai 1994 de l'Office régional de réadaptation professionnelle AI). Par une communication du 29 août 1994, ils confirmèrent à S._ que son droit à une rente entière d'invalidité était maintenu. Par la suite (le 19 mai 2000), l'assuré - qui était entre-temps retourné dans son pays d'origine - fut à nouveau informé du maintien de la prestation.
A.b Initiant une procédure de révision en avril 2005, l'Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger (ci-après: l'office AI) a, entre autres mesures d'instruction, soumis l'assuré à un examen auprès du Centre X._. Dans un rapport du 4 avril 2006, les docteurs A._ et T._ ont conclu que l'assuré disposait d'une capacité entière de travail dans une activité sédentaire (avec changement de position de temps à autre et possibilité de surélever par moments le pied droit), mais que les limitations présentées pouvaient engendrer une légère diminution de rendement de 10% environ. Après avoir requis l'avis de son Service médical sur la documentation médicale produite par l'intéressé, l'office AI a rendu une décision le 19 janvier 2007, par laquelle il a supprimé le droit de S._ à une rente à partir du 1er mars 2007. En bref, il a considéré que celui-ci était en mesure de réaliser dans une activité adaptée un gain équivalant à 85% du revenu qu'il obtenait avant l'invalidité.
B. Statuant le 11 septembre 2008 sur le recours formé par l'assuré contre la décision du 19 janvier 2007, le Tribunal administratif fédéral l'a rejeté.
C. S._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation en concluant, sous suite de frais, au maintien de son droit à une rente entière d'invalidité.
L'office AI conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Le Tribunal fédéral statue par ailleurs sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Cette disposition lui donne la faculté de rectifier ou compléter d'office l'état de fait de l'arrêt attaqué dans la mesure où des lacunes ou erreurs dans celui-ci lui apparaîtraient d'emblée comme manifestes.
2. Le litige porte sur la suppression du droit du recourant à la rente entière d'invalidité qui lui a été allouée depuis le 1er juillet 1992 (par décision du 6 avril 1993).
2.1 En vertu de l'art. 17 LPGA, si le taux d'invalidité du bénéficiaire de la rente subit une modification notable, la rente est, d'office ou sur demande, révisée pour l'avenir, à savoir augmentée ou réduite en conséquence, ou encore supprimée. Tout changement important des circonstances, propre à influencer le degré d'invalidité, donc le droit à la rente, peut donner lieu à une révision de celle-ci. Le point de savoir si un tel changement s'est produit doit être tranché en comparant les faits tels qu'ils se présentaient au moment de la dernière décision entrée en force qui reposait sur un examen matériel du droit à la rente avec une constatation des faits pertinents, une appréciation des preuves et une comparaison des revenus conformes au droit, et les circonstances régnant à l'époque de la décision litigieuse (<ref-ruling> consid. 5 p. 110; voir également <ref-ruling> consid. 2 p. 369 et la référence).
2.2 Si les conditions de l'art. 17 LPGA font défaut, la décision de rente peut encore être modifiée si les exigences prévues à l'art. 53 al. 2 LPGA pour la reconsidération d'une décision administrative entrée en force sont réalisées. Selon cette disposition, l'assureur peut revenir sur les décisions formellement passées en force lorsqu'elles sont manifestement erronées et que leur rectification revêt une importance notable. Lorsque c'est le juge qui, le premier, constate le caractère sans nul doute erroné de la décision de rente initiale, il peut confirmer, en invoquant ce motif, la décision de révision prise par l'administration en application de l'art. 17 LPGA (<ref-ruling> consid. 2 p. 369 et les arrêts cités). Pour juger s'il est admissible de reconsidérer une décision pour le motif qu'elle est sans nul doute erronée, il faut se fonder sur les faits et la situation juridique existant au moment où cette décision a été rendue, compte tenu de la pratique en vigueur à l'époque (<ref-ruling> consid. 3 p. 389 et les références).
3. 3.1 L'autorité de recours précédente a considéré que le point de départ temporel pour l'examen d'une éventuelle modification du degré d'invalidité au sens de l'art. 17 LPGA était la décision initiale du 6 avril 1993 et non pas les communications subséquentes des 29 août 1994 et 19 mai 2000. La première de ces communications était fondée sur un dossier d'évaluation incomplet, dans la mesure où aucune tentative de reclassement de l'assuré dans une activité exercée en position assise n'avait été mise en oeuvre, tandis que la seconde ne reposait pas sur une évaluation matérielle de la situation de l'assuré.
Comme l'a implicitement admis la juridiction fédérale de première instance, la décision du 29 août 1994 reposait, à l'inverse de la communication du 19 mai 2000, sur un examen matériel du droit à la rente. Le prononcé administratif a été précédé d'une nouvelle évaluation de la situation à la suite de la mise en oeuvre d'une mesure de reclassement (rapport de l'Office de réadaptation professionnelle AI du 27 mai 1994), au terme de laquelle l'organe de l'assurance-invalidité alors compétent a décidé de maintenir le droit à la rente au vu des renseignements recueillis. Cette décision constitue donc le point de départ pour la comparaison des faits pertinents sous l'angle de la révision, sans que le résultat de cette évaluation doive, à ce stade, être examiné plus avant. En critiquant la tentative de réadaptation effectuée en 1994, qui était à leurs yeux insuffisante, les premiers juges s'en prennent en réalité à l'appréciation effectuée à l'époque par les organes de l'assurance-invalidité et, de manière indirecte, au résultat auquel sont parvenus ceux-ci. Or, pour fixer le cadre temporel des faits à comparer au regard d'une éventuelle révision, seul importe que la décision se fonde sur un examen matériel, sans que le résultat de celui-ci ne doive être apprécié ou ne joue un rôle dans ce contexte. C'est donc bien la décision du 29 août 1994 qui constitue le point de départ temporel pour la comparaison des faits pertinents, puisqu'elle est fondée sur un examen matériel de la prestation en cause, indépendamment de la question de savoir si cet examen doit être qualifié d'"incomplet" comme l'a retenu l'autorité de recours précédente.
Comme l'a implicitement admis la juridiction fédérale de première instance, la décision du 29 août 1994 reposait, à l'inverse de la communication du 19 mai 2000, sur un examen matériel du droit à la rente. Le prononcé administratif a été précédé d'une nouvelle évaluation de la situation à la suite de la mise en oeuvre d'une mesure de reclassement (rapport de l'Office de réadaptation professionnelle AI du 27 mai 1994), au terme de laquelle l'organe de l'assurance-invalidité alors compétent a décidé de maintenir le droit à la rente au vu des renseignements recueillis. Cette décision constitue donc le point de départ pour la comparaison des faits pertinents sous l'angle de la révision, sans que le résultat de cette évaluation doive, à ce stade, être examiné plus avant. En critiquant la tentative de réadaptation effectuée en 1994, qui était à leurs yeux insuffisante, les premiers juges s'en prennent en réalité à l'appréciation effectuée à l'époque par les organes de l'assurance-invalidité et, de manière indirecte, au résultat auquel sont parvenus ceux-ci. Or, pour fixer le cadre temporel des faits à comparer au regard d'une éventuelle révision, seul importe que la décision se fonde sur un examen matériel, sans que le résultat de celui-ci ne doive être apprécié ou ne joue un rôle dans ce contexte. C'est donc bien la décision du 29 août 1994 qui constitue le point de départ temporel pour la comparaison des faits pertinents, puisqu'elle est fondée sur un examen matériel de la prestation en cause, indépendamment de la question de savoir si cet examen doit être qualifié d'"incomplet" comme l'a retenu l'autorité de recours précédente.
3.2 3.2.1 En ce qui concerne l'évolution de la situation depuis le mois d'août 1994, les premiers juges ont constaté qu'en comparaison avec le status de 1993/1994, le status et la situation de l'assuré s'étaient nettement améliorés: alors qu'il lui était à l'époque impossible d'exercer une activité lucrative, le recourant était en mesure, en 2006, d'occuper un poste adapté à plein temps, avec une diminution de rendement de 10%, ce dont attestaient tant les médecins du Service médical de l'intimé que ceux du Centre X._. Admettant ainsi que les conditions de l'art. 17 LPGA étaient réalisées, les premiers juges ont confirmé la comparaison des revenus déterminants effectuée par l'intimé et le degré d'invalidité de 15,23% qui en résultait. Ils en ont déduit que S._ n'avait plus droit à la rente d'invalidité à compter du 1er mars 2007.
3.2.2 Selon les conclusions des docteurs A._ et T._ (rapport du 4 avril 2006), la situation clinique du recourant s'était aggravée au cours des dernières années: bien que les métatarsalgies droites étaient stationnaires depuis 1993, des lombalgies chroniques s'étaient ajoutées au tableau clinique, tandis qu'un état dépressif sévère s'était surajouté aux problèmes somatiques depuis deux ans. Alors que ces atteintes à la santé empêchaient le recourant d'exercer son ancienne activité d'ouvrier agricole, sa capacité de travail dans une activité adaptée sédentaire (avec possibilité de changer de position de temps à autre et de surélever par moments le pied droit, sans déplacements à pied, ni port répété de charges et de mouvements en porte-à-faux du tronc) était totale, avec une légère diminution de rendement de 10% environ. De l'avis des experts, la capacité de travail dans une activité adaptée était entière en 1993 déjà, mais avec moins de limitations entraînées par les lombalgies apparues postérieurement.
Au regard de cette appréciation médicale, les constatations de la juridiction fédérale de première instance quant à une "nette" amélioration de l'état de santé de l'assuré entre 1993 et 2006 apparaissent manifestement inexactes. Il en va de même de celles relatives à une modification de la capacité de travail résiduelle de l'assuré dans une activité adaptée, puisque celui-ci était en mesure en 1993 déjà, tant selon les docteurs A._ et T._ que du docteur M._, qui s'était prononcé le 27 septembre 1993 à la demande de l'assureur-accidents, d'exercer une activité adaptée à plein temps (avec une diminution de rendement de 10% selon l'expertise du 4 avril 2006). Contrairement à ce qu'ont retenu les premiers juges, on ne saurait donc admettre qu'il y a eu, depuis le maintien de la rente d'invalidité, un changement de la situation du recourant de nature à justifier la révision du droit au sens de l'art. 17 LPGA.
4. Il reste à déterminer si le jugement entrepris peut être confirmé pour le motif substitué que les conditions d'une reconsidération de la décision du 29 août 1994 sont réalisées (consid. 2.2 supra).
4.1 Pour des motifs de sécurité juridique, l'irrégularité doit être manifeste, de manière à éviter que la reconsidération devienne un instrument autorisant sans autre limitation un nouvel examen des conditions à la base des prestations de longue durée. En particulier, les organes d'application ne sauraient procéder en tout temps à une nouvelle appréciation de la situation après un examen plus approfondi des faits. Ainsi, une inexactitude manifeste ne saurait être admise lorsque l'octroi de la prestation dépend de conditions matérielles dont l'examen suppose un pouvoir d'appréciation, quant à certains de leurs aspects ou de leurs éléments, et que la décision initiale paraît admissible compte tenu de la situation antérieure de fait ou de droit. S'il subsiste des doutes raisonnables sur le caractère erroné de la décision initiale, les conditions de la reconsidération ne sont pas remplies (par exemple arrêts 9C_71/2008 du 14 mars 2008 consid. 2, 9C_575/2007 du 18 octobre 2007 consid. 2.2).
4.2 Au vu du résultat de la mesure de réadaptation professionnelle apprécié au regard des conclusions médicales datant de la même époque, on ne saurait retenir que la décision de maintien du droit à la rente prononcée le 29 août 1994 était manifestement erronée au sens de l'art. 53 al. 2 LPGA. Dans son rapport établi le 27 septembre 1993 à la demande de l'assureur-accidents, le docteur M._ avait considéré que le traitement suivi par le recourant était terminé et s'était prononcé en faveur de la reprise d'une activité lucrative: l'assuré présentait une incapacité de travail de 50% dans sa profession d'ouvrier agricole, mais disposait d'une capacité de travail entière dans une activité adaptée (en position assise ou sans trop de déplacements avec possibilité de s'asseoir et de se reposer de temps en temps). Peu après, le recourant a effectué un stage de réadaptation professionnelle en tant qu'installateur de cabines de traduction qui s'est soldé par un échec. La mesure mise en oeuvre par l'Office régional de réadaptation professionnelle AI a été interrompue parce que l'intéressé souffrait de douleurs trop importantes "pour que l'on [pût] envisager une activité professionnelle" (rapport du 27 mai 1994). Selon cet office, la capacité de gain du recourant était nulle et toute (nouvelle) tentative vouée à l'échec. Compte tenu du résultat de la mesure de reclassement suivie par le recourant, la décision selon laquelle l'assuré présentait une incapacité totale de travail et, en conséquence, un degré d'invalidité de 100% n'était de toute façon pas insoutenable sous l'angle de la reconsidération.
Il est vrai, comme l'ont constaté les premiers juges, que l'essai de réadaptation avait porté sur une activité impliquant des déplacements et permettant de varier les positions et non pas sur une activité purement sédentaire. Ceci ne suffit cependant pas à considérer que la décision en cause n'était pas "basée sur un dossier d'évaluation complet" - dût-on, au demeurant, admettre qu'on pût tirer de cette seule circonstance le caractère manifestement erroné du prononcé administratif. Le reclassement mis en oeuvre correspond en effet à l'appréciation médicale donnée à la même période par le docteur M._, selon laquelle l'assuré était capable de marcher environ quatre heures et un recyclage pouvait être entrepris dans une activité ne requérant pas trop de déplacements et ménageant des temps de repos ou en position assise. Dans la mesure où la tentative de réadaptation apparaît compatible avec les indications médicales datant de la même époque, on ne saurait reprocher aux organes de l'assurance-invalidité d'avoir mis en place une mesure de reclassement inadéquate ou d'avoir instruit le dossier de manière incomplète.
4.3 Il résulte de ce qui précède que la décision de suppression du droit à la rente ne peut pas être maintenue au motif substitué que l'octroi, respectivement la confirmation de la rente, était manifestement erroné. Le jugement entrepris et la décision litigieuse doivent dès lors être annulés. En conséquence, le recours se révèle bien fondé.
5. Vu l'issue du litige, les frais de justice seront supportés par l'intimé qui succombe (art. 66 al. 1 en relation avec l'art. 65 al. 4 let. a LTF). Celui-ci est par ailleurs tenu de verser au recourant une indemnité de dépens (art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement du Tribunal administratif fédéral, Cour III, du 11 septembre 2008 et la décision de l'Office AI pour les assurés résidant à l'étranger du 19 janvier 2007 sont annulés.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera au recourant la somme de 2800 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. La cause est renvoyée au Tribunal administratif fédéral, Cour III, pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de la procédure antérieure.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 19 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Moser-Szeless