Sachverhalt:
A. Z._ ist Schuldner von R._, S._, T._, V._ und der Genossenschaft U._.
Am 29. Oktober 2008 schloss Z._ mit seinem Sohn X._ zu einem Preis von Fr. 2'144'965.65 einen Kaufvertrag über sämtliche Grundstücke seines landwirtschaftlichen Gewerbes an der Strasse A._ in B._ (insgesamt 35 Parzellen, inkl. Wohnhaus und Ökonomiegebäude), unter Begründung eines lebenslänglichen Wohnrechts im Hochparterre des Wohnhauses für sich und seine Frau.
Am 16. September und 7. Dezember 2009 vollzog das Betreibungsamt B._ bei Z._ Pfändungen zugunsten der vorgenannten Gläubiger. Mangels pfändbarer Aktiven wurden ihnen Verlustscheine ausgestellt (Verlustscheinforderungen von total Fr. 1'022'393.20).
B. Mit Klage vom 11. Juni 2010 gegen X._ stellten die fünf vorgenannten Gläubiger die Anträge, der Kaufvertrag sei als anfechtbar zu erklären und der Beklagte habe die Pfändung und Verwertung des landwirtschaftlichen Gewerbes ohne das Wohnrecht zu dulden, wobei das Betreibungsamt B._ anzuweisen sei, die Pfändung der betreffenden Grundstücke unverzüglich zu vollziehen; eventualiter sei der Beklagte zu Ersatzleistungen entsprechend den Verlustscheinforderungen zu verurteilen.
Mit Urteil vom 8. Dezember 2010 erklärte das Bezirksgericht Zurzach den Kaufvertrag als anfechtbar und verpflichtete X._ zur Duldung der Pfändung und Verwertung der Grundstücke, soweit zur Deckung der klägerischen Forderungen notwendig und ohne Beachtung des Wohnrechtes. In seiner Begründung führte das Bezirksgericht aus, dass der Kaufvertrag sowohl im Sinn von Art. 286 als auch gemäss <ref-law> anfechtbar sei.
Mit Urteil vom 4. April 2012 wies das Obergericht des Kantons Aargau die hiergegen von X._ erhobene Berufung ab. In seiner Begründung hielt es die Tatbestandsvoraussetzungen von <ref-law> für erfüllt und erwog, dass sich deshalb Ausführungen zu <ref-law> erübrigen würden.
C. Gegen dieses Urteil hat X._ am 23. Mai 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit den Begehren um dessen Aufhebung, eventualiter um Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung. Ferner verlangte er die aufschiebende Wirkung sowie die unentgeltliche Rechtspflege. Mit Präsidialverfügung vom 22. Juni 2012 wurde der Beschwerde im Sinn der Erwägungen die aufschiebende Wirkung erteilt. In ihrer Vernehmlassung vom 4. Oktober 2012 schlossen die Gläubiger auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG) und die Beschwerde in Zivilsachen steht bei Anfechtungsklagen mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert grundsätzlich offen (Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Es sind sämtliche Vorbringen gemäss Art. 95 f. BGG zulässig.
2. Das Obergericht hat erwogen, bei einem Verkaufspreis von Fr. 2'144'965.65 sei ein objektives Missverhältnis im Sinn von <ref-law> zum tatsächlichen Verkehrswert von rund Fr. 3,2 Mio. gegeben. Zwar habe sich der Kaufpreis aufgrund von <ref-law> grundsätzlich am Ertragswert orientieren müssen. Der Vater sei aber sowohl in seinem Grundentschluss zum Verkauf als auch bei der Wahl des Zeitpunktes absolut frei gewesen. Diese Grundentscheidungsfreiheit führe zur Anfechtbarkeit des vermögensentäussernden Geschäftes. Wohl hätte der Sohn auch im Rahmen einer Zwangsversteigerung sein Vorkaufsrecht ausüben können, aber er wäre dabei an den gebotenen Höchstpreis gebunden gewesen und hätte sich nicht auf das Ertragswertprinzip berufen können. Sodann sei im Sinn von <ref-law> auch die Einräumung des teilzahlungshalber erfolgten Wohnrechtes anfechtbar. Weil bei <ref-law> die subjektiven Motive des Vertragsschlusses irrelevant seien, könne auf die vom Sohn zur Rechtfertigung der Hofübernahme angeführten Einwände nicht eingegangen werden. Zufolge Erfüllung des Tatbestandes von <ref-law> müsse auf die Absichtspauliana gemäss <ref-law> nicht näher eingegangen werden.
3. Der Beschwerdeführer rügt vorweg eine Verletzung von Art. 104 Abs. 1 und Art. 238 lit. d ZPO, indem ihm die unentgeltliche Rechtspflege gewährt, aber im angefochtenen Entscheid keine Parteientschädigung für seinen Rechtsvertreter zugesprochen worden sei. Sodann macht er eine Verletzung von <ref-law> geltend, indem das Obergericht eigenmächtig eine Beschränkung der Prüfungsbefugnis vorgenommen habe. Das Obergericht habe seine Ausführungen, aus welchen Gründen der Hof wirklich übergeben worden sei (familiäre und gesundheitliche Gründe), im angefochtenen Entscheid nur zusammengefasst, aber sich dazu nicht geäussert; auch die dazu eingereichten Beweismittel seien nicht gewürdigt worden. Ebenso wenig habe es sich damit auseinandergesetzt, dass der Vater im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses zwar Betreibungen im Betrag von Fr. 377'056.15 gehabt habe, diese Beträge aber hätten zurückbezahlt werden können, wenn der Kanton im Jahr 2008 Entschädigungszahlungen wegen der Tierseuchenkrankheit (Enzootische Pneumonie) geleistet hätte. Der Vater habe deshalb Anlass gehabt, den Hof zu verkaufen. Der gemäss <ref-law> relevante Ertragswert der Liegenschaft hätte sich auf Fr. 1'110'180.-- belaufen, wenn der Galtsauenstall realisiert worden wäre; weil dies nicht der Fall sei, habe sich der Ertragswert auf ca. Fr. 850'000.-- reduziert. Bei Grundpfandschulden von Fr. 1'779'000.-- und einem Kaufpreis von Fr. 2'144'965.65 sei sodann auch <ref-law> eingehalten. Ein Verkauf zum Preis von Fr. 3,2 Mio. würde den vorgenannten Werten widersprechen und den Zielen des BGBB zuwiderlaufen.
4. Was das rechtliche Gehör anbelangt, welches wegen der formellen Natur des Anspruches vorweg zu behandeln ist, so gehen die Ausführungen (Darlegung der angeblichen Gründe für die Überschreibung des Hofes) insofern an der Sache vorbei, als bei der Schenkungspauliana im Sinn von <ref-law> subjektive Momente, insbesondere auch die Frage des guten oder bösen Glaubens, nicht von Belang sind (<ref-ruling> E. 2.1.1 S. 237; Urteile 5A_555/2011 vom 16. März 2012 E. 2.2.4; 5A_682/2011 vom 29. Mai 2012 E. 4.2.1); es geht ausschliesslich um die Frage, ob ein objektives Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung besteht (vgl. <ref-law>; sodann Urteil 5A_353/2011 vom 31. Oktober 2011 E. 5). Anders verhält es sich bei der sog. Absichtspauliana gemäss <ref-law>, wo die Schädigungsabsicht und deren Erkennbarkeit subjektiver Natur sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 523; <ref-ruling> E. 4 S. 251; <ref-ruling> E. 2.4 S. 281); zu diesem Tatbestand hat sich aber das Obergericht ausdrücklich nicht geäussert.
5. Die Übertragung eines landwirtschaftlichen Gewerbes unterliegt in verschiedener Hinsicht strengen Vorschriften, welche sich nicht zuletzt auch auf den Übernahmepreis beziehen. Vorliegend geht es um einen Verkauf an den Sohn, der über ein Vorkaufsrecht verfügte (<ref-law>) und das Gewerbe als Selbstbewirtschafter übernommen hat (Art. 9 und Art. 42 Abs. 1 BGBB). Als solcher konnte er das landwirtschaftliche Gewerbe zu einem am Ertragswert orientierten Kaufpreis übernehmen (<ref-law>), wobei der Mindestpreis den Grundpfandschulden zu entsprechen hatte (<ref-law>).
Gesetzliche Vorkaufsrechte, wozu namentlich diejenigen des BGBB gehören, können grundsätzlich auch bei einer Zwangsversteigerung ausgeübt werden, aber nur an der Steigerung selbst und zu den Bedingungen, zu welchen das Grundstück dem Ersteigerer zugeschlagen wird (<ref-law>; <ref-law>). Soweit es zur Zwangsversteigerung kommt, ist die durch Angebote erfolgende Preisbildung frei (<ref-law>), nachdem die frühere Regelung betreffend den übersetzten Erwerbspreis bei Zwangsversteigerungen per 1. Januar 1999 abgeschafft worden ist (Aufhebung des früheren <ref-law>, vgl. Teilrevision vom 26. Juni 1998, AS 1998 S. 3009 ff.).
Angesichts des auf Fr. 3,2 Mio. geschätzten Verkehrswertes liegt es nahe, dass bei einer Zwangsvollstreckung mutmasslich ein höherer Preis als der im Kaufvertrag vereinbarte geboten worden wäre. Allein daraus ergibt sich allerdings noch keine anfechtbare Schenkung im Sinn von <ref-law>: Bei einem freiwilligen Verkauf an einen Dritten hätte der Sohn sein Vorkaufsrecht ausüben und das Gewerbe zu den Bedingungen von Art. 44 und 52 BGBB erwerben können; die gleichen Bedingungen gelten, wie die kantonalen Gerichte zutreffend ausführen, bei einem direkten Verkauf an den Sohn (vgl. HOFER, in: Das bäuerliche Bodenrecht, Kommentar, 2. Aufl. Brugg 2011, N. 4 und 7a zu <ref-law>). Soweit aber der Sohn als Selbstbewirtschafter bei einem Verkauf an einen Dritten sein Vorkaufsrecht zu den gleichen Bedingungen hätte ausüben können wie bei einer direkten Übernahme, halten sich Leistung und durch die Regelungen im BGBB bestimmte Gegenleistung die Waage bzw. steht die Gegenleistung nicht in einem offensichtlichen Missverhältnis gemäss <ref-law>, weshalb die direkte Übertragung an den selbstbewirtschaftenden Nachkommen den Tatbestand der Schenkungspauliana nicht erfüllt. Insbesondere kann dem Vater auch nicht der Willensentschluss zum Verkauf zum Vorwurf gemacht werden, da er grundsätzlich frei war, über seine Vermögenswerte zu verfügen, solange diese nicht mit Beschlag (Arrest, Pfändung, Konkurs) belegt waren. Allein im Umstand, dass der Vater es nicht zur Zwangsvollstreckung seiner noch nicht mit Beschlag belegten Grundstücke hat kommen lassen, in deren Rahmen der Sohn sein Vorkaufsrecht wohl nur zu einem höheren Preis hätte ausüben können, kann keine Schenkung bzw. kein anfechtbares Verhalten im Sinn von <ref-law> erblickt werden. Hingegen kann potentiell der Anfechtungstatbestand von <ref-law> gegeben sein (dazu unten).
Aufgrund des Hinweises in E. 2.1.1 des angefochtenen Entscheides hat das Bezirksgericht offenbar auch befunden, die Überschuldung des Vaters müsse als besonderer Umstand im Sinn von <ref-law> gewertet werden und die Hofübernahme sei aus diesem Grund anfechtbar, was der Beschwerdeführer vor Obergericht offenbar bestritt (vgl. E. 2.1.2). Eigene Ausführungen zu dieser Frage macht das Obergericht nicht. Indes ist klar, dass vorliegend keine besonderen Umstände im Sinn von <ref-law> ersichtlich sind, welche eine Erhöhung des Übernahmepreises erlaubt hätten: Was "besondere Umstände" sind, nennt <ref-law>, wo namentlich der höhere Ankaufswert des Gewerbes und alle erheblichen Investitionen der letzten zehn Jahre als Erhöhungsgründe genannt sind. Es geht folglich um die Gestehungskosten bzw. um wertvermehrende Investitionen, welche angemessen entschädigt werden sollen. Ferner legt <ref-law> fest, dass der Übernahmepreis in jedem Fall mindestens den Grundpfandschulden zu entsprechen hat. Hintergrund dieser Bestimmung ist, dass der Veräusserer bei fehlender Schuldübernahme (<ref-law>) durch den Käufer nicht für die Differenz zwischen Grundpfandschulden und Übernahmepreis weiterhaften soll. Es geht mithin bei <ref-law> stets um Anlage- oder Finanzierungskosten, die in unmittelbarem Zusammenhang mit dem zu verkaufenden Objekt stehen. Demgegenüber begründet die allgemeine Vermögenslage des Veräusserers keine "besonderen Umstände" im Sinn von Art. 52 Abs. 1 und 2 BGBB.
Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die Tatbestandsmerkmale der Schenkungspauliana nicht erfüllt sind, soweit der Verkaufspreis den Vorschriften von Art. 44 und 52 BGBB entspricht. Dem angefochtenen Entscheid lässt sich nicht entnehmen, ob dies vorliegend der Fall ist; sinngemäss gehen die Ausführungen zwar davon aus, indem von einem Missverhältnis des Verkaufspreises im Verhältnis zum Verkehrswert gesprochen wird, aber explizit wird dies nirgends festgehalten, weshalb es an den erforderlichen und für das Bundesgericht verbindlichen Sachverhaltsfeststellungen fehlt (Art. 105 Abs. 2 und Art. 112 Abs. 1 lit. b BGG) mit Bezug auf die Frage, ob die Tatbestandsmerkmale von <ref-law> gegeben sind. Gleiches gilt im Zusammenhang mit <ref-law> in Bezug auf das Wohnrecht, das potentiell anfechtbar sein kann (vgl. <ref-ruling> E. 2.1.1 S. 237). Dem angefochtenen Entscheid lässt sich einzig entnehmen, dass das Wohnrecht zahlungshalber (also offenbar in Anrechnung auf den Kaufpreis) gewährt worden sei; konkrete Zahlen zum Anrechnungs- und zum Marktwert fehlen aber, so dass die Überprüfung der Anwendung des Bundesrechts nicht möglich ist.
Der angefochtene Entscheid ist somit aufzuheben und zur Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts an das Obergericht zurückzuweisen. In diesem Zusammenhang sei der Vollständigkeit halber festgehalten, dass gegebenenfalls auch mit Bezug auf den Anfechtungstatbestand von <ref-law> der nötige Sachverhalt zu erstellen sein wird. Diesbezüglich ist zu bemerken, dass für das objektive Tatbestandselement der Gläubigerschädigung ein anderer Vergleichswert massgeblich ist: Es geht bei <ref-law> um die durch Beiseiteschaffen von Exekutionssubstrat herbeigeführte Benachteiligung der Gläubiger in der Spezial- oder Generalexekution und um die Wiederherstellung des Zustandes, in welchem sich ohne das angefochtene Geschäft das zur Befriedigung der Gläubiger dienende Vermögen des Schuldners im Zeitpunkt der Pfändung oder Konkurseröffnung befunden hätte (vgl. BGE <ref-ruling> E. 4.1 S. 283 m.w.H.). Der relevante Vergleichswert ist mithin nicht der Preis, zu welchem das landwirtschaftliche Gewerbe zivilrechtlich hätte verkauft werden können (anders bei der Schenkungspauliana, dazu oben), sondern der mutmassliche Preis, der an einer Zwangsversteigerung geboten worden wäre, insbesondere wenn der Schuldner mit dem Geschäft den Zweck verfolgte, über seine letzten Aktiven zum Schaden der Gläubiger zu verfügen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1.2 S. 238; <ref-ruling> E. 3.1 S. 455). Nach dem Gesagten kann das Höchstangebot, welches auch für den intervenierenden Vorkaufsberechtigten verbindlich ist, den Preis übersteigen, zu welchem ein zivilrechtlicher Verkauf an den Vorkaufsberechtigten möglich gewesen wäre. Sodann müssten als weitere Tatbestandsmerkmale von <ref-law> auch die Schädigungsabsicht und deren Erkennbarkeit etabliert werden. Dabei lassen sich mannigfaltige Aspekte beweiswürdigend herziehen (Alter, Gesundheit, finanzielle Situation des Vaters; Alter, Ausbildung, Situation des Sohnes; seit langem diskutierte und beabsichtigte Lösung oder überstürzter Beschluss; Art der früheren und heutigen Zusammen-/Mitarbeit zwischen Vater und Sohn; Art und Weise der Abwicklung sowie Begleitumstände des Kaufvertrages; Finanzierungsmodalitäten; etc.).
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass der angefochtene Entscheid aufzuheben und zur Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes sowie zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen ist, womit die Vorbringen im Zusammenhang mit der Parteientschädigung für das kantonale Verfahren von vornherein gegenstandslos werden.
Angesichts des offenen Ausganges in der Sache sind für das bundesgerichtliche Verfahren praxisgemäss die Gerichtskosten den Parteien hälftig aufzuerlegen (<ref-law>) und die Parteikosten wettzuschlagen (<ref-law>), für den Beschwerdeführer unter Vorbehalt der unentgeltlichen Rechtspflege, welche ihm angesichts der prozessualen Bedürftigkeit auch für das bundesgerichtliche Verfahren zu gewähren ist (<ref-law>), unter Verbeiständung durch den ihn vertretenden Rechtsanwalt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung des Eventualbegehrens wird das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 4. April 2012 aufgehoben und die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und neuen Beurteilung an das Obergericht zurückgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt, unter Verbeiständung durch Rechtsanwalt Markus Roos.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt, für den Beschwerdeführer unter Vorbehalt der unentgeltlichen Rechtspflege.
4. Die Parteikosten werden wettgeschlagen.
5. Rechtsanwalt Markus Roos wird aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 10'000.-- entschädigt.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Dezember 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli