Fatti:
A. Con pubblicazione sul Foglio ufficiale del Cantone Ticino n. 31/2011 del 19 aprile 2011, il Consorzio Depurazione Acque Lugano e Dintorni ha indetto un concorso, retto dalla legge ticinese sulle commesse pubbliche del 20 febbraio 2001 (LCPubb; RL/TI 7.1.4.1) ed impostato secondo la procedura libera, concernente la fornitura di celle e trasformatori così come l'esecuzione d'impianti Media Tensione presso le proprie strutture site nel Comune di Bioggio.
B. Entro il termine impartito, il committente ha ricevuto quattro offerte, tra cui quelle delle ditte C._ SA, di fr. 303'316.97, e A._ AG, di fr. 311'481.87. Sulla scorta delle valutazioni del proprio consulente, il 18 luglio 2011 la delegazione consortile ha deliberato la commessa alla C._ SA, classificatasi prima in graduatoria con 597.50 punti.
Adito dalla A._ AG, seconda classificata con 581.35 punti, con giudizio del 20 settembre 2011 il Tribunale cantonale amministrativo ha annullato la delibera della commessa, poiché era stata pronunciata a favore di una ditta che in realtà non disponeva del personale specialistico richiesto. Ha quindi rinviato gli atti al committente per nuova decisione, "previo ricontrollo dell'offerta inoltrata dall'insorgente, anch'essa affetta da qualche pecca (vedi rapporto di valutazione 22 giugno 2011 D._ SA, pag. 4)".
C. Nel seguito, oltre a quella della C._ SA, la delegazione consortile del CDALED ha risolto di escludere dalla procedura due ulteriori offerte, tra cui quella della A._ AG, alla quale veniva rimproverato di non aver compilato la documentazione concernente le prescrizioni di sicurezza prevista dal capitolato per le ditte che volevano lavorare presso l'impianto di depurazione acque (IDA). Per questo motivo, il 1° dicembre 2011, ha assegnato la commessa alla B._ SA di X._, unica concorrente rimasta in gara.
Contro la seconda delibera, la A._ AG si è nuovamente rivolta al Tribunale cantonale amministrativo, con ricorso del 15 dicembre 2011. Con sentenza del 6 febbraio successivo, quest'ultimo ha respinto il gravame, nella misura in cui fosse ricevibile.
Confermato che i responsabili della A._ AG non avevano compilato e firmato il modulo denominato "Prescrizioni di sicurezza per ditte che lavorano presso l'impianto di depurazione acque (IDA)", la Corte cantonale ha rilevato che la decisione presa dal committente di escludere l'offerta da loro presentata andasse tutelata. Nel suo giudizio, la Corte adita ha in particolare concluso che la decisione di esclusione non era affatto il risultato di un formalismo eccessivo.
D. Il 14 marzo 2012, la sentenza del Tribunale cantonale amministrativo è stata impugnata davanti al Tribunale federale con un ricorso in materia di diritto pubblico e, subordinatamente, con un ricorso sussidiario in materia costituzionale.
In via principale, la ricorrente chiede l'annullamento della sentenza impugnata, della decisione di aggiudicazione del 1° dicembre 2011 del CDALED e l'aggiudicazione della commessa da parte del Tribunale federale oppure, in via eventuale, del Tribunale cantonale amministrativo, cui dovrebbe essere rinviato l'incarto.
In via subordinata, per il caso in cui l'aggiudicazione non dovesse essere annullata, postula invece che venga annullato almeno il n. 2 del dispositivo della sentenza impugnata, che le impone il pagamento di una tassa di giustizia di fr. 1'500.-- e, in riforma dello stesso, che le vengano assegnate congrue ripetibili per la procedura davanti all'istanza precedente.
Nel merito, fa valere una violazione del divieto di formalismo eccessivo e del principio dell'affidamento. Con memoria completiva del 17 aprile 2012, denuncia inoltre una violazione del divieto d'arbitrio.
In corso di procedura, il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle motivazioni e nelle conclusioni della propria sentenza. La delegazione consortile del CDALED si è da parte sua rimessa al giudizio di questa Corte. Entro il termine impartitole, la B._ SA non ha per contro formulato nessuna osservazione al ricorso.

Diritto:
1. 1.1 In ambito di commesse pubbliche, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile solo se il valore dell'appalto raggiunge i valori soglia previsti dall'art. 83 lett. f n. 1 LTF e, cumulativamente, se la fattispecie pone una questione di diritto d'importanza fondamentale giusta l'art. 83 lett. f n. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 194 seg.). Nel caso le due condizioni di ammissibilità non siano adempiute, resta aperta unicamente la via del ricorso sussidiario in materia costituzionale (<ref-law>).
1.1.1 Per prassi contante, quando il punto sollevato concerne l'applicazione di principi giurisprudenziali a una fattispecie particolare, essa non riguarda una questione giuridica d'importanza fondamentale (sentenza 2C_197 e 198/2010 del 30 aprile 2010 consid. 3.3 con rinvii). Nemmeno il fatto che la questione non sia mai stata decisa basta poi, per sé solo, a realizzare la condizione richiesta. Oltre ad avere significato per le parti coinvolte nella procedura, occorre infatti che il problema giuridico sollevato abbia importanza generale e sia quindi suscettibile di ripresentarsi nei medesimi termini e in casi analoghi (sentenza 2C_559/2008 del 17 dicembre 2008 consid. 1.2, in RtiD 2009 II pag. 133 seg., 135 e le referenze ivi citate).
1.1.2 Nella fattispecie la ricorrente denuncia la violazione degli art. 9 e 29 Cost., ravvisando una problematica di diritto d'importanza fondamentale nella questione a sapere se sia ammissibile oppure costituisca un formalismo eccessivo escludere dalla gara d'appalto un'offerta firmata, nel caso in cui l'offerente abbia omesso di sottoscrivere un documento complementare.
Sennonché, come esplicitamente rilevato da questa Corte nella menzionata sentenza 2C_197 e 198/2010 del 30 aprile 2010 (consid. 3.3, con ulteriori rinvii), la questione a sapere se un vizio è sufficientemente grave per giustificare l'esclusione da una procedura di aggiudicazione di una commessa pubblica dipende in larga parte, se non esclusivamente, dalle condizioni previste per il caso specifico e non ha pertanto il carattere di una questione giuridica di principio. In un simile contesto, devono in effetti solo essere applicati e messi in relazione tra loro, come spesso capita in materia di appalti pubblici, i principi della legalità, della proporzionalità, del divieto del formalismo eccessivo, ecc. così come già fatto in molteplici altre occasioni dal Tribunale federale.
1.1.3 Non vertendo su nessuna questione giuridica d'importanza fondamentale, il ricorso in materia di diritto pubblico risulta pertanto inammissibile, a prescindere dal raggiungimento dei valori soglia richiesti dall'art. 83 lett. f n. 1 LTF.
1.2 Interposta tempestivamente (art. 117 e 100 cpv. 1 LTF) contro una decisione finale (art. 117 e 90 LTF) pronunciata da un'autorità cantonale di ultima istanza con natura di tribunale superiore (art. 114 e 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF), l'impugnativa è per contro di principio proponibile come ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF).
Preso atto del fatto che il ricorso è stato inoltrato da una parte soccombente in sede cantonale, la cui offerta si era classificata seconda in graduatoria dietro a quella di un'offerta già scartata con sentenza del Tribunale cantonale amministrativo del 20 settembre 2011, cresciuta in giudicato (precedente consid. B), dato è anche un interesse giuridicamente protetto a ricorrere (<ref-law>).
Tale conclusione vale inoltre nel caso in cui all'assegnazione della commessa alla B._ SA dovesse nel frattempo aver fatto seguito la sottoscrizione del contratto. In simile evenienza - sulla quale le parti non risultano essersi espressamente pronunciate e che non può nemmeno automaticamente essere desunta dal fatto che la ricorrente non abbia sollecitato il conferimento dell'effetto sospensivo al gravame - l'interesse giuridicamente protetto dovrebbe infatti essere ravvisato nell'interesse alla constatazione dell'illiceità dell'aggiudicazione nell'ottica di una possibile richiesta di risarcimento del danno subito (sentenze 2D_74/2010 del 31 maggio 2011 consid. 1.2 e 2D_50/2009 del 25 febbraio 2010 consid. 1.2).
1.3 Occorre però precisare che, in ragione dell'effetto devolutivo dei ricorsi interposti, con l'impugnativa presentata davanti al Tribunale federale la ricorrente è unicamente legittimata a formulare conclusioni riguardanti l'annullamento o la riforma della sentenza del Tribunale cantonale amministrativo e che, per quanto direttamente volte all'annullamento della decisione di aggiudicazione del 1° dicembre 2011, le conclusioni tratte nel ricorso risultano quindi inammissibili (<ref-ruling> consid. 1.4 pag. 144).
Poiché tardivo, inammissibile è infine anche il complemento al ricorso del 17 aprile 2012 (sentenze 1C_575/2011 del 27 marzo 2012 consid. 1 e 1C_448/2008 del 13 marzo 2009 consid. 1).
2. 2.1 Con ricorso sussidiario in materia costituzionale può venir censurata solo la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Il rispetto di tali diritti non è inoltre esaminato d'ufficio (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>). Ciò significa che il ricorrente deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, quali diritti costituzionali sarebbero stati violati (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 234; <ref-ruling> consid. 6.1 pag. 31 seg.; <ref-ruling> consid. 6 pag. 397; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 9).
2.2 Nella misura in cui i requisiti esposti sono stati disattesi - in particolare, poiché la ricorrente si esprime in maniera appellatoria, invoca la violazione di norme di diritto cantonale senza sostenerne un'applicazione arbitraria oppure non sostanzia compiutamente tale censura - il gravame è pertanto inammissibile pure per questa ragione.
3. 3.1 Come già detto, la delegazione consortile del CDALED ha deciso di escludere dalla procedura di aggiudicazione l'offerta presentata dalla ricorrente poiché i responsabili della società non avevano compilato (data, ditta, cognome e firma del responsabile) il modulo denominato "Prescrizioni di sicurezza per ditte che lavorano presso l'impianto di depurazione acque (IDA)".
3.2 La Corte cantonale ha da parte sua confermato tale decisione di esclusione. Nel giudizio impugnato, essa si è richiamata all'art. 26 LCPubb, che impone agli offerenti di inoltrare la loro offerta per iscritto, in modo completo e tempestivo e che prevede l'esclusione dalla procedura delle offerte che presentano lacune formali rilevanti, ricordando inoltre che, in base all'art. 42 cpv. 1 lett. e del regolamento d'applicazione del 12 settembre 2006 (RLCPubb; RL/TI 7.1.4.1.6), vanno escluse anche le offerte mancanti delle firme richieste.
Rammentato il tenore delle disposizioni indicate, che prevedono appunto anche l'esclusione di un'offerta nel caso essa manchi delle firme necessarie, ha quindi considerato che l'esclusione dell'offerta presentata dalla ricorrente non violasse nemmeno il divieto del formalismo eccessivo: conclusione con cui la ricorrente non concorda e che contesta in prima battuta in questa sede.
4. 4.1 Secondo un principio generale in materia di appalti pubblici, al momento della loro apertura le offerte devono essere complete, corrette e rispettose delle condizioni stabilite dal bando di concorso e dalla relativa documentazione di gara (sentenza 2C_458/2008 del 15 dicembre 2008 consid. 2.1). La conformità dell'offerta alle condizioni di gara costituisce dunque un requisito preliminare per l'aggiudicazione di qualsiasi commessa pubblica.
Al fine di garantire la parità di trattamento tra i concorrenti, è di regola vietato correggere le offerte dopo la loro presentazione. Un'eccezione è ammessa solo se l'offerta è viziata da errori involontari di forma, a condizione che la possibilità di rettifica non abbia effetti discriminatori nei confronti degli altri partecipanti alla gara. Il committente ha inoltre la facoltà, durante la fase di analisi delle offerte, di chiedere spiegazioni o complementi d'informazione, prestando però sempre attenzione a non disattendere il principio della parità di trattamento tra i concorrenti (sentenza 2C_458/2008 del 15 dicembre 2008 consid. 2.1; sentenza 2P.130/2005 del 21 novembre 2005 consid. 7, in RtiD 2006 I n. 32; sentenza 2P.339/2001 del 12 aprile 2002 consid. 5b, in RDAT 2002 II n. 47).
4.2 Come rilevato anche dalla Corte cantonale, la facoltà del committente di escludere un'offerta viziata da errori o non conforme alle prescrizioni di gara trova però i suoi limiti nel divieto di formalismo eccessivo ancorato nell'<ref-law>
Il formalismo eccessivo si realizza quando la stretta applicazione delle norme di procedura non si giustifica da nessun interesse degno di protezione, diviene pertanto fine a se stesso, complica in maniera insostenibile la realizzazione del diritto materiale o l'accesso ai tribunali (<ref-ruling> consid. 5 pag. 253; <ref-ruling> consid. 5.4.1 pag. 183; <ref-ruling> consid. 2a pag. 142 con ulteriori rinvii).
4.3 Anche in ambito di appalti pubblici, non ogni errore commesso da un concorrente nell'allestimento dell'offerta è di conseguenza suscettibile di cagionarne l'estromissione dalla gara. Conformemente al divieto del formalismo eccessivo, deve piuttosto trattarsi di un errore di una certa importanza, atto ad influire sull'esito della gara stessa (sentenze 2C_197/2010 del 30 aprile 2010 consid. 6.3 e 2C_458/2008 del 15 dicembre 2008 consid. 3.1).
Nel contempo, va tuttavia considerato che le istanze cantonali godono comunque di un margine di apprezzamento, di cui il Tribunale federale tiene conto imponendosi un certo riserbo (sentenza 2C_197/2010 del 30 aprile 2010 consid. 6.4, con numerosi rinvii; sentenza 2C_458/2008 del 15 dicembre 2008 consid. 3.3).
4.4 Nel caso in esame, la Corte cantonale ha considerato che la mancata compilazione del modulo denominato "Prescrizioni di sicurezza per ditte che lavorano presso l'impianto di depurazione acque (IDA)" giustificava l'esclusione dell'offerta della ricorrente, segnatamente perché esso figurava espressamente tra le "prescrizioni di sicurezza CDALED", menzionate nell'indice del capitolato d'appalto, così come per il fatto che, visto il suo contenuto, la dichiarazione richiesta aveva un'importanza tutt'altro che trascurabile. La ricorrente nega invece tale importanza, attribuendo al documento in questione solo un ruolo complementare e subordinato che, a suo avviso, ne permetteva addirittura la non sottoscrizione o che avrebbe comunque imposto al Consorzio CDALED di assegnarle un breve termine per provvedervi.
4.5 Contrariamente a quanto sostenuto nel ricorso, la conclusione cui è giunta la Corte cantonale non travalica il margine d'apprezzamento conferitole e non viola quindi il divieto del formalismo eccessivo.
4.5.1 Così come rilevato dal Tribunale cantonale amministrativo e come risulta dall'incarto, il capitolato d'appalto è suddiviso in 11 punti distinti, di cui uno (il p.to 5) dedicato espressamente alle "prescrizioni di sicurezza CDALED". Il documento che la ricorrente ha mancato di sottoscrivere si trova nella relativa sezione del capitolato, inizia con la precisa dicitura "Prescrizioni di sicurezza per ditte che lavorano presso l'impianto di depurazione acque (IDA)" e, contrariamente ad altri documenti componenti l'incarto, è formulato quale vera e propria dichiarazione, che la ditta concorrente deve completare con data, indicazione della ragione sociale, cognome e firma del responsabile.
Affermare su queste basi, come fatto dalla Corte cantonale, che simile dichiarazione costituisse un elemento essenziale dell'offerta, da compilare e firmare a parte, e quindi aggiungere che, se così non fosse stato, l'ente banditore non si sarebbe nemmeno premurato di annetterla ai documenti di gara, era quindi senz'altro legittimo.
4.5.2 Preso atto del tenore della dichiarazione in discussione, altrettanto legittime devono essere considerate le conclusioni in merito alla sua importanza dal punto di vista dei contenuti: definita dalla Corte cantonale come tutt'altro che trascurabile.
Le "Prescrizioni di sicurezza per ditte che lavorano presso l'impianto di depurazione acque (IDA)" attiravano in effetti specificatamente l'attenzione sui particolari pericoli cui va incontro chi lavora presso un impianto di depurazione acque.
Contrariamente a quanto sostenuto dalla ricorrente - per altro adducendo argomenti in buona parte nuovi - la loro sottoscrizione non era pertanto solo complementare alla presentazione di un piano di sicurezza di cantiere. Come rilevato in modo sostenibile dal Tribunale amministrativo, era invece piuttosto volta ad attestare che il committente aveva preso conoscenza delle prescrizioni necessarie ad evitare tali specifici pericoli, si impegnava ad imporne il rispetto ad ogni singolo collaboratore coinvolto nei lavori, oltre a garantirne l'osservanza in prima persona.
4.5.3 Alla ricorrente non giova infine denunciare la mancata assegnazione di un termine per porre rimedio al difetto. Su questo punto l'impugnativa non si confronta in effetti con il giudizio querelato ed è pertanto inammissibile (precedente consid. 2).
4.6 Per quanto precede, nella misura in cui sia ammissibile, la critica secondo cui la sentenza impugnata violerebbe il divieto del formalismo eccessivo risulta infondata.
5. 5.1 Oltre a denunciare la violazione del divieto del formalismo eccessivo, la ricorrente sostiene che il giudizio impugnato sia lesivo della buona fede e, segnatamente, del principio dell'affidamento.
5.1.1 Essa considera in via principale che il principio richiamato sia stato leso dal Consorzio CDALED: escludendola dalla gara per un difetto che, al momento della prima aggiudicazione della commessa alla ditta C._ SA (precedente consid. B), non aveva portato all'esclusione della sua offerta.
Rilevando che il Tribunale amministrativo avrebbe omesso a torto di tenere conto di tale aspetto, chiede pertanto che la decisione impugnata venga annullata anche per questo motivo.
5.1.2 Nel caso questa Corte confermasse la liceità dell'esclusione della sua offerta, considera in via subordinata che gli stessi principi sarebbero stati lesi direttamente anche dal Tribunale cantonale amministrativo: decidendo, nel giudizio del 6 febbraio 2012, qui impugnato, che le carenze formali riscontrate nell'offerta della ricorrente giustificavano la sua esclusione, quando invece, nel giudizio del 20 settembre 2011 (precedente consid. B), le aveva solo qualificate come una "pecca".
In questo contesto, chiede pertanto in subordine che venga annullato almeno il p.to 2 del dispositivo della sentenza impugnata, che le impone il pagamento di una tassa di giustizia di fr. 1'500.-- e, in riforma dello stesso, che le vengano assegnate congrue ripetibili per la procedura davanti all'istanza precedente.
5.2 L'<ref-law> istituisce un diritto fondamentale del cittadino ad essere trattato secondo il principio della buona fede da parte degli organi dello Stato. In materia di diritto amministrativo, tale principio tutela l'amministrato nei confronti dell'autorità, quando, assolte determinate condizioni, il medesimo abbia agito conformemente alle istruzioni e alle dichiarazioni di quest'ultima. Il principio tutela in particolare la fiducia riposta in un'informazione ricevuta dall'autorità o in un suo determinato comportamento suscettibile di destare un'aspettativa legittima quando l'autorità sia intervenuta in una situazione concreta riguardo a determinate persone, quand'essa era competente a rilasciare l'informazione o il cittadino poteva ritenerla competente sulla base di fondati motivi, quando affidandosi all'esattezza dell'informazione egli abbia preso delle disposizioni non reversibili senza subire un pregiudizio e quando non siano intervenuti mutamenti legislativi posteriori al rilascio dell'informazione stessa (<ref-ruling> consid. 2.5.1 pag. 72 seg.; <ref-ruling> consid. 6.1 pag. 636 seg.; <ref-ruling> consid. 8.1 pag. 60 con ulteriori rinvii).
Anche se le condizioni poste per beneficiare della protezione della buona fede sono realizzate, occorre infine ancora che al richiamo a tale protezione non si oppongano interessi pubblici preponderanti (DTF <ref-ruling> consid. 6 pag. 636 segg.; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 170; <ref-ruling> consid. 3a pag. 36).
5.3 La ricorrente non sostanzia compiutamente, con una motivazione conforme alle esigenze degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, l'adempimento di tutte le citate condizioni per ammettere in concreto la tutela della buona fede. L'ammissibilità della sua critica - per altro, presentata in parte solo in questa sede - è quindi per lo meno dubbia. Per quanto ammissibile, anche questa seconda censura, formulata in relazione al comportamento del Consorzio CDALED e, in subordine, direttamente riguardo al comportamento della Corte cantonale, è tuttavia priva di fondamento.
5.3.1 Se infatti è vero che il Consorzio CDALED non aveva inizialmente scartato l'offerta della ricorrente, è altrettanto vero che esso ha dovuto svolgere un ricontrollo formale dell'offerta sulla base di una precisa decisione del Tribunale cantonale amministrativo, che le imponeva di procedere in tal senso (precedente consid. B, da cui emerge che il Tribunale amministrativo aveva fatto addirittura rinvio al rapporto allestito dalla ditta D._ SA, che aveva a suo tempo esaminato le offerte in qualità di consulente del committente). Così stando le cose, il rimprovero di un comportamento contraddittorio è quindi a priori escluso (sentenze 2C_117/2010 del 17 agosto 2010 consid. 5.3.1 e 1C_242/2007 dell'11 giugno 2008 consid. 3.3.1; ULRICH HÄFELIN/GEORG MÜLLER/FELIX UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6a ed. 2010, n. 622 segg., 707 segg.).
5.3.2 I criteri cumulativi sviluppati dalla giurisprudenza per potersi validamente richiamare al principio dell'affidamento non sono dati nemmeno in relazione al comportamento della Corte cantonale, cui è diretta in subordine la censura.
Con giudizio del 20 settembre 2011, il Tribunale cantonale era infatti chiamato a pronunciarsi sulla legalità dell'aggiudicazione della commessa alla ditta C._ SA (precedente consid. B) e non si è pertanto espresso in maniera concreta e vincolante sulla validità formale dell'offerta presentata dalla qui ricorrente, sì da suscitare una legittima aspettativa in quest'ultima (sentenza 2C_771/2010 del 22 marzo 2011 consid. 5.3).
Occorre inoltre aggiungere che, più che a valutare positivamente l'esito di un nuovo ricorso davanti al Tribunale amministrativo, come sostenuto dalla ricorrente, la seppur comprensibilmente cauta formulazione contenuta nel considerando 3 della sentenza del 20 settembre 2011 avrebbe semmai dovuto indurla a concludere il contrario.
Anche la domanda, formulata in subordine dalla ricorrente, di annullare e quindi di riformare il p.to 2 del dispositivo della sentenza impugnata, col quale viene condannata a pagare l'importo di fr. 1'500.-- a titolo di tassa di giustizia dev'essere di conseguenza respinta.
6. Per quanto precede, il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso sussidiario in materia costituzionale, dev'essere invece respinto sia riguardo alle conclusioni presentate in via principale che subordinata. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile.
2. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso sussidiario in materia costituzionale, è respinto.
3. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
4. Comunicazione alle parti, alla B._ SA e al Tribunale cantonale amministrativo.