Sachverhalt:
A. Der 1962 geborene H._ meldete sich am 31. März 2008 bei der Arbeitslosenversicherung zum Leistungsbezug an, nachdem er vom 1. Juli 1999 bis 31. März 2008 bei der Firma X._ tätig gewesen war, welcher er auch als einzelzeichnungsberechtigter Verwaltungsrat angehörte. Mit Verfügung vom 12. Juni 2008 verneinte das Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Aargau (AWA) einen Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung für die Zeit vom 1. bis 20. April 2008 wegen der arbeitgeberähnlichen Stellung des Versicherten bei Beginn der Arbeitslosigkeit, die erst mit Konkurseröffnung über die Firma am ........ dahingefallen sei. Daran hielt das AWA auf Einsprache hin fest (Einspracheentscheid vom 9. Juli 2008).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 28. Oktober 2008 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei ihm ab 1. April 2008 Arbeitslosenentschädigung zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Durchführung weiterer Abklärungen an die Verwaltung zurückzuweisen.
Das Staatssekretariat für Wirtschaft und das AWA liessen sich nicht vernehmen, während die Vorinstanz auf eine Stellungnahme verzichtet hat.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen über den Ausschluss arbeitgeberähnlicher Personen vom Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung (<ref-law>) sowie die Rechtsprechung zur analogen Anwendung dieser Norm auf arbeitgeberähnliche Personen, welche Arbeitslosenentschädigung beanspruchen (<ref-ruling> ff.; ARV 2005 Nr. 23 S. 268, C 102/04) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
Bei Arbeitnehmern, bei denen sich aufgrund ihrer Mitwirkung im Betrieb die Frage stellt, ob sie einem obersten betrieblichen Entscheidungsgremium angehören und ob sie in dieser Eigenschaft massgeblich Einfluss auf die Unternehmensentscheidungen nehmen können, muss jeweils geprüft werden, welche Entscheidungsbefugnisse ihnen aufgrund der internen betrieblichen Struktur zukommen. Hievon ausgenommen sind einzig die mitarbeitenden Verwaltungsräte, da diese unmittelbar von Gesetzes wegen (Art. 716 bis 716b OR) über eine massgebliche Entscheidungsbefugnis im Sinne von <ref-law> verfügen. Handelt es sich somit um ein Mitglied des Verwaltungsrates, so greift der persönliche Ausschlussgrund des <ref-law> ohne weiteres Platz, und es bedarf diesfalls keiner weiteren Abklärungen zu seinen konkreten Verantwortlichkeiten in der Firma (<ref-ruling> E. 7a S. 238; <ref-ruling> E. 3 S. 273; ARV 2004 Nr. 21 S. 196, C 113/03; 2002 Nr. 28 S. 183, C 373/00; 1996/97 Nr. 10 S. 48, C 35/94; Nr. 31 S. 170, C 296/96; Nr. 41 S. 224, C 42/97).
3. 3.1 Nach den Feststellungen des kantonalen Gerichts war der Versicherte auch nach der Anmeldung zum Bezug von Arbeitslosenentschädigung ab 1. April 2008 bei der Firma X._ als Verwaltungsratsmitglied mit Einzelzeichnungsberechtigung im Handelsregister eingetragen, bei der er bis zur Kündigung aus wirtschaftlichen Gründen, laut Arbeitgeberbescheinigung vom 31. März 2008, als Einkäufer/Verkäufer angestellt gewesen war. Am ........ erstattete die Aktiengesellschaft beim Gerichtspräsidium eine Überschuldungsanzeige gemäss <ref-law>, worauf dieses am ........ über die Firma den Konkurs eröffnete. Die Vorinstanz kam gestützt hierauf zum Schluss, die arbeitgeberähnliche Position habe damit ex lege auch bei Eintritt der Arbeitslosigkeit bestanden und zumindest noch bis zur Konkurseröffnung am ........ weitergedauert. Überdies sei mit Blick auf die Kompetenzregelung bei der Firma X._ zu beachten, dass der Beschwerdeführer selbst seine Kündigung und die Arbeitgeberbescheinigung unterzeichnet habe, womit er auch nach Hinterlegung der Bilanz beim Richter am ........ noch Einfluss auf den Geschäftsgang gehabt habe und beispielsweise noch Gefälligkeitsbescheinigungen über Lohnhöhe und Anstellungsdauer hätte machen können oder seine Arbeitslosigkeit hätte nach Belieben verlängern oder verkürzen können. Mit Blick auf das wegen der Stellung des Versicherten als Verwaltungsrat bestehende Missbrauchsrisiko sei die Verneinung des Anspruchs auf Arbeitslosentaggeld für die Zeit vom 1. bis 20. April 2008 daher rechtens.
3.2 Was in der Beschwerde hiegegen vorgebracht wird, ist nicht stichhaltig. Insbesondere ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz Verfahrensvorschriften verletzt, den rechtserheblichen Sachverhalt unrichtig und unvollständig festgestellt oder eine Rechtsverletzung begangen haben soll. Nicht zu folgen ist sodann dem Einwand, die arbeitgeberähnliche Stellung des Beschwerdeführers sei mit der Überschuldungsanzeige und Hinterlegung der Bilanz nach <ref-law> aufgegeben worden. Zutreffend ist, dass der Richter, wenn er benachrichtigt wird, grundsätzlich den Konkurs eröffnet, falls die formellen und materiellen Voraussetzungen dazu erfüllt sind; d.h. der Richter hat nach formell korrekter Überschuldungsanzeige die Überschuldung der Gesellschaft materiell zu prüfen und, sofern kein Antrag auf Konkursaufschub vorliegt, den Konkurs zu eröffnen. Dabei ist auch im Rahmen eines Konkursaufschubs die Verfügungs- und Vertretungsmacht der Organe nicht eingeschränkt, kann aber als vermögenserhaltende Massnahme durch entsprechende richterliche Anordnung begrenzt werden (Homburger, Zürcher Kommentar, Zürich 1997, N. 1295 ff. zu <ref-law>; Wüstiner, Basler Kommentar OR II, 3. Aufl., Basel 2008, N. 10 zu <ref-law>; Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Bern 1996, § 50 N. 223 ff.; vgl. Auch Urteile H 213/00 vom 27. Juni 2002 E. 5a und H 99/06 vom 11. September 2007 E. 6a). Mit der Benachrichtung des Richters fällt demnach nicht jede Möglichkeit der Einflussnahme auf die Gesellschaft sofort dahin, zumal die Konkurseröffnung nicht die automatische Folge der vom Verwaltungsrat erstatteten Anzeige ist. Der Beschwerdeführer macht ferner nicht geltend, der Richter habe sofort nach Erhalt der Überschuldungsanzeige im Sinne einer vorsorglichen Massnahme zur Wahrung der Gläubigerrechte die Befugnisse des Verwaltungsrats eingeschränkt (vgl. Homburger, a.a.O. N. 1302 zu <ref-law>). Dass der Versicherte im Zeitpunkt der Konkurseröffnung keinen Einfluss mehr auf die Geschicke der Unternehmung hatte, da der Konkurs auch nicht mangels Aktiven wieder eingestellt wurde und der Versicherte nicht als Liquidator amtete, ist ausserdem unbestritten und hinsichtlich der hier in Frage stehenden Zeitspanne bis Konkurseröffnung am ........ ohne Belang, weshalb es die Vorinstanz auch nicht in willkürlicher Weise unterlassen hat, die Gerichtsakten bezüglich der Konkurseröffnung und die Konkursakten beizuziehen. Nach dem Gesagten ging der Versicherte als mitarbeitender Verwaltungsrat seiner formellen Organstellung und damit seiner arbeitgeberähnlichen Funktion mit der Verschuldungsanzeige nicht verlustig. Die Vorinstanz durfte dementsprechend, ohne Bundesrecht zu verletzen, von einer arbeitgeberähnlichen Stellung bis Konkurseröffnung ausgehen, weshalb dem Beschwerdeführer in der Zeit vom 1. bis 20. April 2008 keine Arbeitslosenentschädigung zusteht.
4. Die Kosten des Verfahrens sind vom unterliegenden Beschwerdeführer zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Staatssekretariat für Wirtschaft schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla