Sachverhalt:
A.
A.a. Das Wasserkraftwerk Eglisau wurde zwischen 1915 und 1921 erstellt, gestützt auf eine Konzession, welche der Nordostschweizerischen Kraftwerke AG (NOK; heute: Axpo AG) für eine Dauer von 80 Jahren erteilt worden war. Am 16. Dezember 1998 erteilte die Schweizerische Eidgenossenschaft der NOK eine neue Konzession, die am 1. April 2002 in Kraft trat und bis 2046 befristet ist. Die Wasserkraft entfällt zu 61 % auf den Kanton Zürich, zu 31,8 % auf den Kanton Schaffhausen und zu 7,2 % auf das Land Baden-Württemberg. Am 30. September 2002 wurde die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG als 100%-ige Tochtergesellschaft der Axpo AG gegründet und es wurden ihr sämtliche Rechte und Pflichten aus der Konzession übertragen.
A.b. Vom Oktober 2008 bis Juni 2012 wurde das Wasserkraftwerk Eglisau umfassend erneuert, um die Leistungsfähigkeit des Werks um 30 % zu steigern. Da während der Bauarbeiten nur eine reduzierte Wasserkraftnutzung möglich war, stellte die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG am 28. Mai 2010 bei der Baudirektion des Kantons Zürich das Gesuch, den Wasserzins während der Bauzeit zu reduzieren. Die Baudirektion beantwortete dieses Begehren mit Schreiben vom 26. Juli 2010 abschlägig. Ein analoges Gesuch stellte die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG an die Schaffhauser Behörden, welche darüber offenbar noch nicht rechtskräftig entschieden haben.
A.c. Am 3. November 2010 gelangte die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG an das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) und ersuchte um Meinungsäusserung über die sachliche Zuständigkeit zur Beurteilung ihres Reduktionsgesuchs. Mit Stellungnahme vom 14. Januar 2011 vertrat der Direktor des Bundesamtes für Energie (BFE) die Auffassung, das UVEK sei dafür nicht zuständig.
B.
Am 3. März 2011 ersuchte die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG die Baudirektion des Kantons Zürich um Erlass einer rekursfähigen Verfügung betreffend Wasserzinsreduktion. Am 12. Juli 2011 wies die Baudirektion das Gesuch ab. Gegen diese Verfügung erhob die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG am 12. August 2011 Rekurs beim Regierungsrat des Kantons Zürich. Dieser hob mit Beschluss vom 23. Mai 2012 die Verfügung der Baudirektion vom 12. Juli 2011 auf und wies diese an, das Gesuch der Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG zuständigkeitshalber dem UVEK zur Behandlung zu überweisen.
C.
Dagegen gelangte die Kraftwerk Eglisau-Glattfelden AG mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und beantragte, der Regierungsrat sei anzuweisen, den Rekurs vom 12. August 2011 materiell zu behandeln. Mit Urteil vom 28. Februar 2013 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
D.
Die Kraftwerke Eglisau-Glattfelden AG erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und den Regierungsrat des Kantons Zürich anzuweisen, den Rekurs vom 12. August 2011 materiell zu behandeln.
E.
Das Verwaltungsgericht und die Staatskanzlei des Kantons Zürich beantragen Abweisung der Beschwerde, die Baudirektion deren Gutheissung. Das zur Vernehmlassung eingeladene UVEK bestätigt seine Ausführungen, die es zum einen durch das BFE in der vorliegenden Sache am 14. Januar 2011 gegenüber der Beschwerdeführerin und zum anderen in einem Schreiben vom 26. Juni 2012 an den Regierungsrat des Kantons Schaffhausen in der parallelen Angelegenheit vertreten hatte, wonach das UVEK für die Behandlung des Gesuchs nicht zuständig sei.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den kantonal letztinstanzlichen Zwischenentscheid über eine Frage der Zuständigkeit in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 92 BGG) und die Beschwerdeführerin ist dazu legitimiert (<ref-law>).
1.2. Das Bundesgericht prüft frei die Anwendung von Bundesrecht (<ref-law>). Es wendet das Bundesrecht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution: <ref-ruling> E. 2.2 S. 540; <ref-ruling> E. 3 S. 386; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550).
2.
2.1. Über die Wasservorkommen verfügen die Kantone. Sie können für die Wassernutzung in den Schranken der Bundesgesetzgebung Abgaben erheben. Der Bund hat das Recht, die Gewässer für seine Verkehrsbetriebe zu nutzen; er entrichtet dafür eine Abgabe und eine Entschädigung (<ref-law>). Materiellrechtlich stehen somit die (öffentlichen) Wasservorkommen den Kantonen zu, bzw. nach kantonalem Recht allenfalls Bezirken, Gemeinden oder anderen Körperschaften (vgl. Art. 2 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte [Wasserrechtsgesetz, WRG; SR 721.80]; GIOVANNI BIAGGINI, BV-Kommentar, 2007, Rz. 7 zu Art. 76; ARNOLD MARTI, St. Galler BV-Kommentar, 2. A. 2008, Rz. 22 zu Art. 76). Ihnen - und nicht etwa dem Bund - stehen auch die Wasserzinsen zu, wobei aber der Bund die maximal zulässigen Zinsen festsetzt (Art. 49-51 WRG). Prozedural entscheiden grundsätzlich die Kantone (bzw. die von ihnen bezeichneten anderen Körperschaften) über die Verleihung von Wassernutzungsrechten (Art. 3 und 4 sowie <ref-law>). Die kantonale Verleihungsbehörde setzt auch den Wasserzins fest (<ref-law>), der obligatorischer Bestandteil der Konzession bildet (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3b S. 177).
2.2. Der Bund ist in zwei Konstellationen für die Verleihung der Rechte zuständig, nämlich einerseits bei internationalen Wasservorkommen (<ref-law>; Art. 7 und Art. 38 Abs. 3 WRG), andererseits bei interkantonalen Wasservorkommen, wenn sich die beteiligten Kantone nicht einigen können (<ref-law>; Art. 6 sowie damit übereinstimmend [vgl. BGE 78 I 14 E. 3 S. 25 f.] <ref-law>). Der Bund legt dabei auch die Wasserzinsen fest (<ref-law>). Diese Bundeszuständigkeit ergibt sich im ersten Fall daraus, dass für internationale Beziehungen grundsätzlich der Bund zuständig ist (<ref-law>; MARTI, a.a.O., Rz. 24 zu Art. 76), im zweiten Fall aus der Rolle als neutraler Dritter, die der Bund bei Streitigkeiten zwischen Kantonen einnimmt, und um zu verhindern, dass infolge von Streitigkeiten zwischen Kantonen eine rationelle Ausnutzung der Wasserkraft verunmöglicht wird (BGE 78 I 14 E. 6 S. 37 f.); sie ändert aber nichts an der kantonalen Verfügungsberechtigung: Auch wenn der Bund entscheidet und die Wasserzinsen festlegt, stehen die Wasserkräfte und Wasserzinsen den Kantonen zu; der Bund handelt im Interesse der betroffenen Kantone und auf deren Rechnung. Die Kantone können die vom Bund festgesetzten Zinsen geltend machen (Urteil 2A.179 / 2A.183/2000 vom 4. Dezember 2000 E. 2a und b; Urteil 1A.204/1998 vom 23. August 1999 E. 2a). Sie können aber nicht die vom Bund gemäss <ref-law> festgesetzten Leistungen ändern (Urteil 1A.204/1998 vom 23. August 1999 E. 2c/bb); entstehen Streitigkeiten über deren Umfang, so entscheidet bei den vom Bund erteilten Konzessionen das Departement (<ref-law>).
3.
Die Beschwerdeführerin stützt ihre Reduktionsforderung auf <ref-law>. Nach dieser Bestimmung soll während der für den Bau bewilligten Frist kein Wasserzins erhoben werden (Abs. 1). Während der ersten sechs Jahre nach Ablauf der Baufrist kann der Konzessionär verlangen, dass der Wasserzins im jeweiligen Verhältnis der wirklich ausgenutzten zur verliehenen Wasserkraft, jedoch höchstes bis zur Hälfte, herabgesetzt wird (Abs. 2). Streitig ist im vorliegenden Verfahren, ob zur Beurteilung dieses Begehrens die kantonalen Behörden (so die Auffassung der Beschwerdeführerin, der Baudirektion und des UVEK) oder das UVEK (so die Auffassung des Regierungsrats und des Verwaltungsgerichts) zuständig sind.
3.1. Die Vorinstanz hat erwogen: Der Bund habe nach <ref-law> den Wasserzins festzulegen. Die Kantone dürften diesen Wasserzins nicht überschreiten, es stehe ihnen aber frei, einen tieferen Zins festzulegen bzw. auf einen Teil ihrer höchstmöglichen Wasserzinseinnahmen zu verzichten. Vorliegend sei die Reduktionsforderung nicht bloss geringfügig; die Beschwerdeführerin verlange eine eigentliche Neufestsetzung des Wasserzinsmaximums, was für eine bundesrechtliche Zuständigkeit spreche. Zudem verpflichte die vom Bund erteilte Konzession die Beschwerdeführerin dazu, die Leistungsfähigkeit von 400 auf 500 m3/s zu erhöhen; es erscheine konsequent, wenn der Bund auch darüber entscheide, ob die mit dem Umbau verbundenen Produktionseinbussen zu Zinsreduktionen führen. Es wäre auch problematisch, wenn die Frage der Wasserzinsreduktion für ein und dasselbe Wasserkraftwerk kantonal unterschiedlich ausgelegt werde. Das Gesuch sei daher gemäss Art. 75 (recte: 76) Abs. 5 BV und <ref-law> durch den Bund zu beantworten.
3.2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Bund setze die grundsätzliche Leistung fest, die einzelnen konkret geschuldeten Beträge würden jedoch vom Kanton im Rahmen der Konzessionsbestimmungen festgesetzt. Das gelte auch für die für eine beschränkte, konkret genannte Zeitdauer beantragte Reduktion des Zinses. Diese sei keine neue Festsetzung der Leistung gemäss <ref-law>, weshalb dafür die Zürcher Behörden zuständig seien.
3.3. Das UVEK ist der Ansicht, es bestehe keine ausdrückliche Zuständigkeitsnorm auf Gesetzesebene. Daher seien die Kantone zuständig für die Beurteilung von Gesuchen nach <ref-law>. Das rechtfertige sich auch deshalb, weil mit den im WRG enthaltenen Zuständigkeitsnormen des Bundes den Kantonen nicht das Recht entzogen werde, die Leistungen selbständig gegenüber dem Konzessionär geltend zu machen. Auch <ref-law> sei nicht einschlägig, weil er einen Streit zwischen Verleihungsbehörde und Konzessionär voraussetze. Die in <ref-law> enthaltene Bundeskompetenz bedeute keine Verschiebung der Sachkompetenz und bezwecke nur, dass der Bund in seiner neutralen Stellung die gesamthaft (maximal) zu erbringenden Leistungen billig auf die beteiligten Kantone verteile, doch sei der Bund nicht verpflichtet, die zu bezahlenden Wasserzinse präzise festzulegen. Der Bund habe denn auch in der Vergangenheit in den von ihm erteilten Konzessionen lediglich die Anteile der beteiligten Kantone bestimmt und im Übrigen auf die jeweils gültige eidgenössische bzw. kantonale Gesetzgebung verwiesen, so auch in Art. 28 der hier zur Diskussion stehenden Konzession, wonach "das Kraftwerkunternehmen [...] den Kantonen Zürich und Schaffhausen die einmalige Gebühr und den jährlichen Wasserzins nach der jeweiligen eidgenössischen und kantonalen Gesetzgebung zu entrichten [hat]". Gestützt darauf setzten die Kantone jeweils jährlich den konkret geschuldeten Wasserzins fest. Es obliege daher auch den kantonalen Behörden, Gesuche nach <ref-law> zu beurteilen.
4.
4.1. Zutreffend ist, wie das UVEK ausführt, dass die Bundeszuständigkeit keine Verschiebung der materiellen Berechtigung bedeutet (vgl. oben E. 2.2). Daraus lässt sich aber nichts ableiten für die Frage, wer bei internationalen Wasservorkommen für die Behandlung der Gesuche nach <ref-law> zuständig ist. Zu unterscheiden sind einerseits die materiellrechtlichen Fragen, wie hoch der Wasserzins ist und ob er allenfalls reduziert werden kann, und andererseits die prozedurale Frage, wer über die Höhe und die allfällige Reduktion des Zinses entscheidet. Der Umstand, dass der Zins materiellrechtlich den Kantonen zusteht (vgl. oben E. 2.1) spricht für sich allein nicht für die kantonale Zuständigkeit, wäre doch sonst <ref-law> nicht verständlich; zu prüfen ist die Tragweite dieser Bestimmung.
4.2. Nach dem Wortlaut von <ref-law> bestimmt bei Bundeskonzessionen das Departement "die ihnen [d.h. den Kantonen] zu entrichtenden Leistungen" ("les prestations dues à chacun d'eux"; "le prestazioni che sono loro dovute"). Das spricht dafür, dass das Departement entgegen der Ansicht des UVEK die konkreten Leistungen festlegt und nicht nur die Anteile der beteiligten Kantone.
4.3. Auch die Systematik des Gesetzes spricht für die Auffassung der Vorinstanz: Die Art. 48-52a WRG stehen unter dem gemeinsamen Titel "E. Pflichten des Konzessionärs I. Kraft Konzession". Unter dem Marginale "1. Im Allgemeinen" regelt <ref-law> die Grundsätze, nach denen die Verleihbehörde die Leistungen und Bedingungen festsetzt. Es handelt sich dabei um den Regelfall der kantonalen Konzessionsbehörde, wobei zum Schutze des Konzessionärs vor unzumutbaren Leistungen das eidgenössische Departement die Leistungen begrenzen kann (<ref-law>). Die Art. 49-51 WRG enthalten sodann unter dem gemeinsamen Marginale "2. Gebühren und Wasserzinse" materiellrechtliche Regeln für die Festsetzung namentlich der Wasserzinse, darunter auch die hier zur Diskussion stehende Ermässigung während der Bauperiode (<ref-law>). Im Normalfall der kantonalen Konzessionserteilung werden diese Leistungen durch die kantonalen Behörden festgelegt (<ref-law>). Als Ausnahme von diesem Normalfall regelt sodann <ref-law> unter dem Marginale "3. Bei Bundeskonzessionen" die Aufgaben des Departements bei Bundeskonzessionen. Dies bezieht sich klarerweise auf die Fälle von Art. 6 und 7 bzw. Art. 38 Abs. 2 und 3 WRG (interkantonale und internationale Verhältnisse). Die Systematik des Gesetzes ist offensichtlich die, dass bei diesen vom Bund erteilten Konzessionen das eidg. Departement auch diejenigen Leistungen festlegt, die materiellrechtlich in den Art. 49-51 WRG geregelt sind und sonst durch die kantonalen Behörden festgelegt werden. Zwar sind die Kantone frei, innerhalb des bundesrechtlichen Maximums (<ref-law>) auch tiefere Zinsen zu verlangen (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 175); insofern ergibt sich die konkrete Höhe der Zinsen nicht nur aus Bundes-, sondern auch aus kantonalem Recht. Das ändert aber nichts daran, dass, sofern die Konzession vom Bund zu erteilen ist, dieser auch "in billiger Rücksichtnahme" auf die kantonale Gesetzgebung die Höhe des Wasserzinses festzusetzen hat (<ref-law>; Urteil 2A.58/2004 vom 21. Mai 2004 E. 3.3).
4.4. Das entspricht auch der bisherigen bundesgerichtlichen Rechtsprechung: Im Urteil 2A.179 / 2A.183/2000 vom 4. Dezember 2000 ging es ebenfalls um eine vom Bund an einem internationalen Gewässer erteilte Konzession, in welcher der Wasserzins wie bei der hier zur Diskussion stehenden Konzession nur durch Verweis auf die jeweilige schweizerische Gesetzgebung festgelegt worden war. Streitig war die Wasserzinserhöhung, die sich aus der Revision von <ref-law> vom 13. Dezember 1996 ergab. Die Zürcher Behörden hatten gestützt darauf eine Nachzahlung der für das Jahr 1997 geschuldeten Zinsen verlangt, worauf das Zürcher Verwaltungsgericht die entsprechenden Beschlüsse aufhob mit der Begründung, dafür sei einzig der Bund zuständig. Das vom Kanton Zürich und vom UVEK angerufene Bundesgericht erwog, mit der vom Bund erteilten Konzession werde der konkrete, von der Konzessionärin jährlich geschuldete Wasserzins genügend bestimmt festgesetzt. Indem der Kanton den festgesetzten Betrag einfordere, setze er nicht den Wasserzins fest, sondern ziehe lediglich die vom Bund zu seinen Gunsten festgesetzten Leistungen ein, wozu er berechtigt sei (E. 2b). Zu prüfen bleibe aber im Zusammenhang mit der durch den Gesetzgeber vorgenommenen Erhöhung des Wasserzinsmaximums die Tragweite der in <ref-law> erwähnten notwendigen Abstimmung. Dabei handle es sich um eine Streitigkeit zwischen Konzessionär und Verleihbehörde, die gemäss <ref-law> von der eidgenössischen Behörde (nach damaliger Rechtslage die Rekurskommission UVEK) zu beurteilen sei (E. 2c). Demgemäss wies das Bundesgericht die Akten an die Rekurskommission UVEK zur Prüfung der Voraussetzungen nach <ref-law>.
4.5. <ref-law>, auf den die Beschwerdeführerin ihr Reduktionsbegehren stützt, ist gleichermassen wie <ref-law> eine materiellrechtliche Bestimmung über die Höhe der Wasserzinsen. Wenn bei den vom Bund erteilten Konzessionen das Departement in Anwendung von <ref-law> (und der kantonalen Gesetzgebung) die den Kantonen zustehenden Wasserzinsen festlegt, dann muss dies gleichermassen gelten für die auf <ref-law> gestützte Reduktion. Wohl könnte der Kanton allenfalls auf die vom Departement festgelegten, ihm zustehenden Wasserzinsen verzichten. Vorliegend geht es aber nicht um einen Verzicht, sondern um die Frage, ob die Beschwerdeführerin aufgrund von <ref-law> während der Bauphase Anspruch auf eine Reduktion der Wasserzinsen hat. Es ist nicht einzusehen, weshalb die Zuständigkeitsvorschrift von <ref-law> nur für die Anwendung von <ref-law> gelten sollte, nicht aber für diejenige von <ref-law>, der ja den Marginalien entsprechend Besonderheiten zu <ref-law> regelt. Auch der Streit über die Reduktion der Wasserzinsen ist eine Streitigkeit im Sinne von <ref-law>, die bei den vom Bund erteilten Konzessionen aufgrund von Abs. 2 dieser Bestimmung durch das eidg. Departement zu entscheiden ist. Der Bund greift damit nicht - wie das UVEK annimmt - in unzulässiger Weise in die Zuständigkeiten der Kantone ein: Denn materiellrechtlich ist <ref-law> ohnehin eine bundesrechtliche Norm, deren Anwendung allenfalls Auslegungsfragen aufwirft, aber keine Ermessensspielräume einräumt.
4.6. Für die Beurteilung des Reduktionsbegehrens ist daher das UVEK zuständig. Die Beschwerde ist unbegründet. Die Beschwerdeführerin trägt die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>). Parteikosten sind keine geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Kammer, und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass