Erwägungen:
1. Mit Urteil vom 17. Februar 2009 ist das Bundesgericht auf die von X._ gegen zwei am 10. Juli 2008 bzw. am 5. Januar 2009 ergangene Verfügungen des Verwaltungsgerichts des Kantons Solothurn der Sache nach erhobenen Beschwerden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) nicht eingetreten (Verfahren 1C_48+49/2008).
Mit Eingabe vom 6. März 2009 hat X._ auf dieses Urteil Bezug genommen und es kritisiert. Nachdem er mit Schreiben vom 18. März 2009 auf die gesetzlichen Revisionsvoraussetzungen (<ref-law>) aufmerksam gemacht worden ist, hat er mit Eingabe vom 29. März 2009 ausdrücklich um Revision des fraglichen Urteils ersucht.
2. Die Aufhebung oder Abänderung eines wie hier nach <ref-law> in Rechtskraft erwachsenen Bundesgerichtsurteils ist nur bei Vorliegen eines Revisionsgrundes gemäss <ref-law> möglich, worauf der Gesuchsteller gemäss Schreiben vom 18. März 2009 aufmerksam gemacht worden ist.
Der Gesuchsteller kritisiert das bundesgerichtliche Urteil vom 17. Februar 2009, ohne sich aber in Bezug auf diesen Nichteintretensentscheid auf einen der gesetzlichen Revisionsgründe (<ref-law>) zu berufen, worauf er - wie erwähnt - hingewiesen worden ist. Auf sein Gesuch ist daher ohne Schriftenwechsel (<ref-law>) nicht einzutreten. Weitere Eingaben in dieser Sache werden in Zukunft ohne Antwort abgelegt.
3. Unter den gegebenen Umständen rechtfertigt es sich, für das vorliegende Verfahren keine Kosten zu erheben, wodurch das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege gegenstandslos wird.

Demnach wird erkannt:
1. Auf das Revisionsgesuch wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Gesuchsteller sowie dem Departement des Innern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Mai 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Bopp