Faits:
A. B._ exerce en tant qu'avocat indépendant depuis 1994. En mars 2001, A._, ancien directeur général de la Banque X._ (ci-après: la Banque X._ ou la Banque), l'a mandaté afin de le défendre dans trois procédures pénales dans lesquelles il a finalement été inculpé à divers titres. La Banque X._ était partie civile dans ces mêmes procédures, soit
- la procédure no 1/**** dans laquelle la banque était représentée par les avocats C._ et D._,
- la procédure no 2/**** où la banque était représentée par l'avocat D._,
- la procédure no 3/**** où la banque était représentée par l'avocat C._.
B. Le 1er janvier 2005, B._ a rejoint l'Etude E._, F._, G._ et H._ (ci-après: l'Etude E._) en tant qu'associé. Depuis plusieurs années, F._ assurait la défense des intérêts de la Banque X._ dans différentes procédures, dont une procédure pénale visant I._, débiteur de la Banque X._, dans laquelle celle-ci s'était constituée partie civile. F._ était également le conseil de la Banque X._ dans diverses procédures civiles, connexes à la précédente, notamment une action en responsabilité contre l'organe de révision des sociétés de I._.
Au cours des pourparlers précédant l'association avec l'Etude E._, l'hypothèse d'un conflit d'intérêts entre les mandats confiés par A._ à B._ et ceux confiés par la Banque X._ à F._ a été évoquée. Les futurs associés ont estimé qu'aucun conflit d'intérêts ne pouvait être retenu.
La Banque X._ est toutefois intervenue auprès de F._ en invoquant un tel conflit. A la suite d'un entretien avec le directeur du département juridique de la Banque X._, B._ a cessé de défendre les intérêts de A._ dans les procédures pénales 2/**** et 3/****, soit les procédures qui opposaient son mandant à la Banque dans un affrontement direct. Il a toutefois refusé de se retirer de la procédure 1/****, considérant qu'il n'y avait pas de conflit d'intérêts actuel ou potentiel.
Par courrier du 2 juin 2005, B._ a saisi le conseil ad hoc "conflits d'intérêts de la Banque X._" de l'ordre des avocats (ci-après: le conseil ad hoc de l'ordre des avocats), afin que celui-ci se prononce.
C. Le 4 janvier 2006, la Banque X._ a dénoncé B._ à la Commission du barreau du canton de Genève (ci-après: la Commission du barreau) afin que cesse "la situation de conflits d'intérêts qui existe à notre préjudice au sein de l'Etude E._".
Invité à se déterminer sur la dénonciation de la Banque, B._ a expliqué que, dans la procédure en cause (1/****), il est reproché à A._, ainsi qu'à d'autres personnes, d'avoir, en leur qualité d'organes de la Banque, constitué des provisions insuffisantes pour les exercices allant de 1994 à 1999. A._ avait été inculpé de gestion déloyale et de faux dans les titres. La Banque X._ n'avait pas porté plainte mais s'était constituée partie civile. B._ avait assisté A._ depuis le début de la procédure. Il soutenait qu'il n'y avait jamais eu d'affrontement entre la Banque et son client dans ce dossier. Il était même arrivé, à l'occasion de diverses procédures de recours devant la Chambre d'accusation du canton de Genève, que la Banque X._ et son client aient pris des conclusions identiques. Par ailleurs, un accord avait été conclu entre la Banque et A._ au terme duquel les frais encourus par ce dernier pour sa défense seraient remboursés par la Banque hormis le cas où il serait condamné pénalement en raison des faits qui lui étaient reprochés. B._ a également mentionné que plus de trois cents audiences avaient été tenues devant le juge d'instruction et que le nombre de pièces et de procédures de recours à la chambre d'accusation et au Tribunal fédéral était important. En outre, les experts avaient rendu un rapport de trois cents pages dont la compréhension était ardue pour toute personne n'ayant pas participé à l'instruction. Dès lors, la reprise du dossier par un confrère, après plus de cinq ans d'instruction, mettrait en péril la défense de son client et impliquerait de lourdes conséquences financières. B._ a encore invoqué la similitude entre la situation de son étude d'avocats et celle d'une autre étude de la place genevoise. En effet, une des personnes également inculpées dans la procédure susmentionnée, était défendue par certains membres de ladite étude. Or, parallèlement, d'autres membres de cette étude défendaient les intérêts de la Banque X._ qui s'était constituée partie civile dans une autre affaire.
Dans une décision du 27 avril 2006, le conseil ad hoc de l'ordre des avocats a constaté à l'unanimité que le risque d'un conflit d'intérêts dans l'exercice simultané du mandat de B._ pour A._ et dans celui de F._ pour la Banque X._ existait et invitait l'intéressé à prendre des mesures pour le faire cesser.
Par courrier du 8 décembre 2006 à la Commission du barreau, A._ a demandé à être considéré comme intervenant dans la procédure, requête qui a été acceptée. Il développait les mêmes arguments que son avocat.
Le 9 mai 2007, la Commission du barreau a rendu une décision concluant qu'il existait un conflit d'intérêts dans l'affaire en cause. En conséquence, elle a interdit à B._ de représenter A._ dans la procédure pénale 1/****.
D. B._ et A._ ont porté la décision du 9 mai 2007 de la Commission du barreau devant le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif). Par arrêt du 27 mai 2008, ledit Tribunal a déclaré irrecevable le recours de A._ et a rejeté le recours de B._. La Banque X._ n'était pas partie à la procédure.
En ce qui concerne A._, le Tribunal administratif a jugé que le client d'un avocat ne pouvait subir que de manière indirecte les conséquences négatives d'une sanction de son mandataire, en étant, notamment, obligé d'en changer. Il ne pouvait être considéré comme lésé puisqu'il n'était pas victime du comportement poursuivi disciplinairement. A._ n'aurait ainsi pas dû être admis comme partie à la procédure devant la Commission du barreau. Dès lors, ne pouvant être partie à une procédure disciplinaire, son recours était irrecevable.
Sur le fond, le Tribunal administratif a jugé qu'un simple risque de conflit d'intérêts suffisait. Le fait que la Banque et A._ ne soient pas véritablement opposés dans le cadre de la procédure pénale concernée n'était pas déterminant. D'une part, une telle situation risquait de changer au gré de l'évolution de ladite procédure et, d'autre part, B._ avait admis qu'il existait un conflit d'intérêts, à tout le moins abstrait, entre la Banque et son client puisqu'il avait cessé de s'occuper des deux autres procédures pénales impliquant les mêmes parties. C'était d'ailleurs l'élément déterminant: on ne pouvait admettre qu'il existait un conflit d'intérêts dans deux procédures pénales et que ce conflit soit absent de la troisième procédure alors que les parties impliquées étaient identiques. Même si les procédures diligentées à l'encontre de I._ et dans lesquelles l'associé du recourant défendait les intérêts de la Banque étaient terminées, il n'en demeurait pas moins qu'elles n'étaient pas dépourvues de connexité avec celle qui impliquait A._ puisque I._ était débiteur de la Banque au temps où A._ était l'organe de celle-ci. Or, dans la procédure en cause, il était précisément reproché à A._ d'avoir constitué des provisions insuffisantes. Finalement, vu le type d'association dite intégrée et le nombre restreint d'associés de l'étude dont faisait partie B._, il était permis de penser que ceux-ci communiquaient et que le risque de transgresser l'obligation de confidentialité, même involontairement, était présent. Ainsi, il existait un risque de conflit d'intérêts qui justifiait l'interdiction de représenter le client.
En outre, le Tribunal administratif a considéré que l'absence de référence, dans les lois applicables en l'espèce, à une injonction visant à interdire à l'avocat de continuer de représenter son client en cas de conflit d'intérêts était une lacune qu'il appartenait au juge de combler. Il en allait de même de la compétence de l'autorité chargée de prononcer une telle mesure. Ledit Tribunal a ainsi estimé que la Commission du barreau pouvait interdire à B._ de représenter son client dans la procédure pénale en cause.
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, B._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 27 mai 2008 du Tribunal administratif et de lui renvoyer l'affaire pour une nouvelle décision dans le sens des considérants. Il invoque la violation de l'art. 12 lettre c de la loi fédérale du 23 juin 2000 sur la libre circulation des avocats (ci-après: la loi sur les avocats ou LLCA; RS 935.61), la violation des principes de la légalité, de l'interdiction de l'arbitraire et de l'égalité, ainsi qu'une atteinte à sa liberté économique.
A._ a également déposé un recours en matière de droit public demandant au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 27 mai 2008 du Tribunal administratif et de lui renvoyer l'affaire pour une nouvelle décision dans le sens des considérants. Il estime avoir la qualité pour recourir et fait valoir la violation de l'art. 12 LLCA, la violation des principes de la légalité, de l'interdiction de l'arbitraire et de l'égalité, ainsi que le non respect du droit à un procès équitable.
Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours de A._ et, pour le reste, persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. La Commission du barreau n'a pas déposé d'observations.
F. Après avoir ordonné, à titre superprovisoire, l'effet suspensif pour les recours de B._ et de A._, le Président de la IIe Cour de droit public a, par ordonnance du 23 septembre 2008, confirmé l'octroi de l'effet suspensif à ces recours.

Considérant en droit:
1. L'arrêt du 27 mai 2008 du Tribunal administratif fait l'objet d'un recours de B._ (2C_505/2008) et d'un recours de A._ (2C_504/2008). Les deux recours reposent sur des argumentations en grande partie semblables et soulèvent des problèmes identiques, si ce n'est que le premier dénonce une atteinte à la liberté économique et le second au droit à un procès équitable. Dès lors, il convient, pour des raisons d'économie de procédure, de prononcer la jonction des deux causes et de traiter les deux recours dans le même arrêt (cf. art. 24 de la loi fédérale de procédure civile fédérale du 4 décembre 1947 [RS 273], applicable par analogie en vertu de l'art. 71 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS 173.110]; <ref-ruling> consid. 1 p. 60/61).
2. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 381 et les arrêts cités).
I. Procédure 2C_504/2008
3. Le litige, dans la procédure 2C_504/2008, porte sur le point de savoir si A._ avait la qualité de partie dans la procédure devant la Commission du barreau, le Tribunal administratif lui ayant nié cette qualité et, partant, ayant déclaré son recours irrecevable.
3.1 En vertu de l'art. 89 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (lettre a), est particulièrement atteint par la décision attaquée (lettre b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (lettre c).
Le recourant a qualité pour recourir au sens de cette disposition. Il a notamment un intérêt digne de protection à demander l'annulation de l'arrêt attaqué afin d'obtenir qu'il soit statué sur le fond de sa cause; cela indépendamment et sans préjudice du motif d'irrecevabilité retenu en procédure administrative, qui constitue l'objet de la contestation devant le Tribunal fédéral, et à l'exclusion du fond de l'affaire (<ref-ruling> consid. 4 p. 241 et les arrêts cités).
3.2 Dans une procédure administrative, l'auteur d'un recours déclaré irrecevable pour défaut de qualité pour agir est habilité à contester l'arrêt d'irrecevabilité par un recours en matière de droit public (arrêt 1C_52/2008 du 2 juin 2008 consid. 1.2) lorsque l'arrêt au fond de l'autorité intimée aurait pu être déféré au Tribunal fédéral par cette voie (<ref-ruling> consid. 1 p. 500; <ref-ruling> consid. 1b p. 502). Tel est le cas en l'espèce (cf. infra consid. 7).
3.3 Pour le surplus, le recours, déposé dans le délai et la forme prescrits (art. 42 et 100 al. 1 LTF), est en principe recevable.
4. Comme susmentionné (cf. supra consid. 3), le Tribunal administratif a nié la qualité de partie de A._ et a déclaré le recours de celui-ci irrecevable. Dès lors, devant le Tribunal de céans, les griefs ne peuvent porter, outre sur ses droits de partie, que sur le refus d'entrer en matière sur le recours. En tant que les griefs du recourant ont trait au fond du litige, à savoir la violation de l'art. 12 LLCA, la violation des principes de la légalité, de l'interdiction de l'arbitraire et de l'égalité, ainsi que le non-respect du droit à un procès équitable, l'intéressé se voyant obligé de changer d'avocat, ils sont irrecevables.
Toutefois, en démontrant qu'il a la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, sur le fond de l'affaire, au regard de l'art. 89 al. 1 LTF (recours p. 5-12) et en se plaignant du fait que c'est à tort que le Tribunal administratif ne lui a pas reconnu la qualité de partie (recours p. 6 ch. 14) et, par conséquent, que celui-ci n'est pas entré en matière sur le fond, le recourant soulève indirectement la question de l'application de l'art. 111 LTF, question que le Tribunal fédéral examine d'office (art. 106 al. 1 LTF).
5. Aux termes de l'art. 111 al. 1 LTF, la qualité de partie à la procédure devant toute autorité cantonale précédente doit être reconnue à quiconque a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral. L'alinéa 3 précise que l'autorité qui précède immédiatement le Tribunal fédéral doit pouvoir examiner au moins les griefs visés aux art. 95 à 98 LTF. Il en résulte que la qualité pour recourir devant les autorités cantonales ne peut pas s'apprécier de manière plus restrictive que la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral, les cantons demeurant libres de concevoir cette qualité de manière plus large (cf. Bernhard Ehrenzeller, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, n. 4 ss ad art. 111 LTF; arrêts non publiés 1C_387/2007 du 25 mars 2008 consid. 2; 1C_82/2007 du 19 novembre 2007 consid. 3.1). En l'occurrence, il convient donc d'examiner la qualité pour recourir sous l'angle de l'art. 89 al. 1 LTF. S'agissant de droit fédéral (art. 111 al. 1 LTF), le Tribunal fédéral examine cette question librement (arrêt 1C_387/2007 du 25 mars 2008 consid. 2).
6. 6.1 Les lettres b et c de l'art. 89 al. 1 LTF (cf. supra consid. 3.1) reprennent en particulier les exigences qui prévalaient sous l'empire de l'art. 103 lettre a OJ - lequel prévoyait qu'avait qualité pour recourir quiconque était atteint par la décision attaquée et avait un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée - pour le recours de droit administratif (cf. Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4126 ch. 4.1.3.3 art. 83). Il n'y a dès lors pas lieu de s'écarter de la jurisprudence applicable à ce recours (<ref-ruling> consid. 2.3.3.3 p. 59; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 253, 400 consid. 2.2 p. 404).
Selon celle-ci, l'intérêt digne de protection représente tout intérêt pratique ou juridique à demander la modification ou l'annulation de la décision attaquée. Cet intérêt consiste donc dans l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait au recourant, en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait. Toujours selon la jurisprudence, cet intérêt doit être direct et concret; en particulier, le recourant doit se trouver, avec la décision entreprise, dans un rapport suffisamment étroit, spécial et digne d'être pris en considération. Il doit être touché dans une mesure et avec une intensité plus grande que l'ensemble des administrés. Le recours d'un particulier formé dans l'intérêt général ou dans l'intérêt d'un tiers est exclu. Cette exigence a été posée de manière à empêcher l'action populaire au niveau de la juridiction administrative fédérale (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 651 et les arrêts cités). L'art. 89 al. 1 let. b LTF reprend la condition de l'intérêt direct et concret de manière plus stricte que l'art. 103 OJ puisqu'il prévoit que le recourant doit être "particulièrement atteint" par l'acte attaqué (FF 2001 4127 ch. 4.1.3.3 art. 83 et <ref-ruling> consid. 1). Le législateur a voulu cette limitation car il avait constaté que "la pratique a parfois été trop généreuse dans la reconnaissance de la qualité pour agir de tiers" (FF 2001 4127 ch. 4.1.3.3 art. 83; cf. les références doctrinales citées à l'<ref-ruling> consid. 1 p. 470).
Dans une procédure non contentieuse, la seule qualité de plaignant ou de dénonciateur ne donne pas le droit de recourir contre la décision prise; le plaignant ou le dénonciateur doit encore pouvoir invoquer un intérêt digne de protection à ce que l'autorité de surveillance intervienne (<ref-ruling> consid. 3b p. 355). La jurisprudence a ainsi dénié la qualité pour recourir au plaignant dans le cadre d'une procédure disciplinaire dirigée contre un avocat, considérant que celui-là n'avait pas un intérêt propre et digne de protection à demander une sanction disciplinaire à l'encontre de l'avocat pour une éventuelle violation de ses obligations professionnelles. En effet, la procédure de surveillance disciplinaire des avocats a pour but d'assurer l'exercice correct de la profession par les avocats et de préserver la confiance du public à leur égard, et non de défendre les intérêts privés des particuliers (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 255; <ref-ruling> consid. 2b p. 232). Cette jurisprudence a été reprise, sous l'angle de l'art. 89 al. 1 LTF, dans le cadre d'une procédure disciplinaire dirigée contre un notaire (<ref-ruling> consid. 2 p. 471 ss).
6.2 A._ n'a ni la qualité de plaignant ni celle de dénonciateur et se trouve dans une situation inverse de ceux-ci, dans la mesure où, d'une part, il n'est pas l'initiateur de la procédure mais en subit les conséquences puisqu'il se voit privé de son avocat contre sa volonté et où, d'autre part, il ne demande pas qu'une sanction soit prise mais au contraire qu'elle soit annulée.
La défense des intérêts de A._ est liée au sort de la procédure entreprise à l'encontre de son avocat. En cas de maintien de l'interdiction faite à B._ de le représenter, A._ sera en effet obligé de mandater un autre avocat pour le défendre dans la procédure pénale en cause. Ladite interdiction aura, par conséquent, effectivement des répercussions sur la défense de l'intéressé puisque le nouvel avocat devra prendre connaissance du dossier de la procédure en cours depuis plus de cinq ans, dossier volumineux et, aux dires de A._, complexe. En outre, l'intérêt financier de A._ à pouvoir conserver son mandataire actuel est évident. En conséquence, A._ a un intérêt à faire tomber l'interdiction faite à son mandataire de le défendre dans la procédure pénale en cause.
Cet intérêt est de pur fait. Or, au regard de l'art. 89 al. 1 let. c LTF un intérêt de fait suffit pour que la condition de l'intérêt digne de protection soit remplie. Pour que l'intéressé puisse recourir, il n'est donc pas nécessaire qu'il soit affecté dans des intérêts que la norme prétendument violée a pour but de protéger. Toutefois, le lien avec la norme invoquée ne disparaît pas totalement: le recourant ne peut en effet se prévaloir d'un intérêt digne de protection à invoquer des dispositions édictées dans l'intérêt général ou dans l'intérêt de tiers que si elles peuvent avoir une influence directe sur sa situation de fait ou de droit (ATF <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 253; cf. à ce sujet, en droit des constructions, le voisin qui a un intérêt digne de protection à se prévaloir de dispositions relatives à la hauteur d'une construction [ATF <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 253], à sa densité, à la distance aux limites et aux immixtions [<ref-ruling> consid. 2 p. 45 ss]). En l'espèce, les dispositions en cause visent à assurer l'exercice correct de la profession d'avocat. A ce titre, seul B._ est directement concerné par l'objet de la contestation. En outre, une sanction ne touche directement que la personne qui en est l'objet (Thierry Tanquerel, Les tiers dans les procédures disciplinaires, in Les tiers dans la procédure administrative, 2004, p. 105). Dans le cas présent, la sanction prononcée, soit l'interdiction de représenter le client, l'a été uniquement à l'encontre de B._ qui est l'associé de F._, le client n'étant pas impliqué. A._ ne fait que subir les conséquences de cette interdiction. Il est touché par l'arrêt en cause, puisque, le cas échéant, son avocat devra cesser de défendre ses intérêts, mais que de manière indirecte en sa qualité de mandant de l'avocat. Il n'a donc pas qualité pour recourir au sens de l'art. 89 LTF. La situation de l'intéressé peut être comparée à celle d'un tiers dans le cadre des marchés publics: dans ce domaine, lorsque le soumissionnaire évincé ne conteste pas la décision d'adjudication, les tiers - par exemple ses employés ou ses sous-traitants - ne sauraient se voir reconnaître la qualité pour recourir (ZBl 103/2002 p. 146 = RDAF 2003 I p. 495, 2P.42/2001 consid. 2e/bb).
6.3 Au vu de ce qui précède, la qualité pour recourir, au sens de l'art. 89 al. 1 LTF, ne peut être reconnue à A._. Dès lors, l'arrêt cantonal la lui déniant est conforme à cette disposition. Il ne consacre ainsi pas une conception plus restrictive de la qualité pour recourir, si bien que l'art. 111 al. 1 LTF est respecté. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
II. Procédure 2C_505/2008
7. Interjeté par B._ (ci-après: le recourant) qui est directement touché par la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (art. 89 LTF), le recours, dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF), est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prescrits (art. 42 LTF). Il ne tombe sous aucun des cas d'exceptions mentionnés à l'art. 83 LTF.
8. 8.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), alors qu'il n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 ainsi que 42 al. 1 et 2 LTF). Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. art. 105 al. 1 LTF), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (cf. art. 105 al. 2 LTF). La notion de "manifestement inexacte" de l'art. 97 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398).
8.2 A teneur de l'art. 112 al. 1 let. b LTF, les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral doivent contenir les motifs déterminants de fait et de droit. Il résulte de cette norme que lesdites décisions doivent indiquer clairement les faits qui sont établis et les déductions juridiques qui sont tirées de l'état de fait déterminant (cf. Bernhard Ehrenzeller, op. cit., n. 8 ad art. 112 LTF; Hansjörg Seiler/Nicolas von Werdt/Andreas Güngerich, Bundesgerichtsgesetz, 2007, n. 9/10 ad art. 112 LTF). Savoir quels sont les faits déterminants revêt une importance particulière dans la mesure où le Tribunal fédéral est en principe lié par ceux arrêtés par la dernière instance cantonale (cf. supra consid. 8.1). Un état de fait insuffisant empêche l'application des règles de droit pertinentes à la cause. Un tel manquement constitue donc une violation du droit (Yves Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, 2008, no 4462 et 4468 ad art. 112).
Si une décision attaquée ne satisfait pas aux exigences fixées à l'art. 112 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (art. 112 al. 3 LTF; cf. arrêt 4A_252/2007 du 15 novembre 2007 consid. 3).
9. 9.1 Dans la section relative aux règles professionnelles et à la surveillance disciplinaire, l'art. 12 let. c LLCA dispose:
"L'avocat est soumis aux règles professionnelles suivantes:
a. il exerce sa profession avec soin et diligence;
b. il exerce son activité professionnelle en toute indépendance, en son nom personnel et sous sa propre responsabilité;
c. il évite tout conflit entre les intérêts de son client et ceux des personnes avec lesquelles il est en relation sur le plan professionnel ou privé;
(...)"
L'avocat a notamment le devoir d'éviter la double représentation, c'est-à-dire le cas où il serait amené à défendre les intérêts opposés de deux parties à la fois (François Bohnet, Conflits d'intérêts: seuls les risques concrets comptent, in Revue de l'avocat, 8/2008 p. 364 ss, II. 1. b.; Walter Fellmann, in Kommentar zum Anwaltsgesetz, Walter Fellmann et Gaudenz G. Zindel (éd.), 2005, nos 96 ss ad art.12; Franz Werro/Anne-Catherine Hahn, Les conflits d'intérêts de l'avocat, in Droit suisse des avocats, 1998, p. 231 ss, p. 243-246), car l'opposition entre les intérêts des deux clients interdit en pareil cas à l'avocat de respecter pleinement son obligation de fidélité et son devoir de diligence (Jacques Matile, L'indépendance de l'avocat, in L'avocat moderne, Mélanges publiés par l'ordre des avocats vaudois à l'occasion de son centenaire, 1998, p. 207 ss, p. 210). En outre, l'incapacité de représentation affectant un avocat rejaillit sur ses associés (arrêt 2P.297/2005 du 19 avril 2006 consid. 4.1).
Le Tribunal fédéral a jugé, le 30 avril 2008 (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 111 ss), que, lorsque le risque d'un conflit d'intérêts entre un assureur et un assuré est purement abstrait, l'avocat qui représente les deux parties dans un procès dirigé contre un tiers ne contrevient pas à l'interdiction de la double représentation. Selon le Tribunal fédéral, dans l'affaire en cause, l'autorité intimée n'avait examiné que des critères théoriques et retenu l'existence d'un conflit d'intérêts en raison de l'existence d'un simple risque abstrait. Or, in casu, un risque théorique ne suffisait pas. L'avocat ne devait refuser de représenter à la fois l'assureur et l'assuré que s'il existait un conflit d'emblée de cause. Le fait que, par la suite, un conflit puisse surgir entre l'avocat et son client ou que les clients puissent se retrouver opposés l'un à l'autre n'interdit pas à l'avocat de défendre l'intérêt de ses clients tant qu'aucun problème ne se pose. Toutefois, dès qu'un tel conflit surgit, l'avocat doit arrêter de les représenter (cf. à propos de cet arrêt: François Bohnet, op. cit.; Hans Nater, Interessenkollisionen: Herausforderung für Anwältinnen und Anwälte, in Revue suisse de jurisprudence 104/2008 p. 466).
9.2 Si le conflit d'intérêts a été retenu par le Tribunal administratif, c'est que le recourant s'est associé avec, notamment, F._ lequel s'était vu confier des mandats par la Banque à certaines occasions. Toutefois, la Banque n'est pas représentée par F._ dans la procédure (1/****) dont il est question dans cette affaire. Retenir l'existence d'un conflit d'intérêts dans ces conditions nécessite donc un exposé des faits minutieux, afin que l'on puisse saisir en quoi consiste le conflit. Or, les faits contenus dans l'arrêt attaqué sont pour le moins succincts. L'arrêt ne décrit ni la procédure pénale en cause (1/****), ni les deux autres procédures (2/**** et 3/****) dans lesquelles le recourant représentait A._. On ne sait pas quelles sont les parties à ces procédures et on ignore tout de leur contenu. Les événements ayant conduit aux inculpations ne sont pas n'ont plus décrits. De plus, l'arrêt ne dit pas pourquoi le recourant a cessé de défendre les intérêts de son client dans les procédures 2/**** et 3/**** et non dans la procédure 1/****. On ne sait donc pas quelles différences justifiaient que le recourant se retire spontanément de deux d'entre elles mais pas de la troisième. Ces faits sont d'autant plus importants que, selon le Tribunal administratif, l'élément déterminant était qu'on ne pouvait pas admettre qu'il existait un conflit d'intérêts dans les deux procédures desquelles le recourant s'était retiré mais qu'il soit absent de la troisième alors que les parties impliquées étaient les mêmes (cf. supra partie "Faits" lettre D).
En outre, l'arrêt parle de procédures à l'encontre de I._ dans lesquelles F._ assurait la défense des intérêts de la Banque. A nouveau, les tenants et aboutissants de ces procédures ne sont pas décrits dans l'arrêt. Un conflit d'intérêt dans la procédure en cause (1/****) ne peut être retenu sur la base du simple fait que I._ ait été débiteur de la Banque à l'époque où A._ était l'organe de celle-ci. Cet élément doit être étayé plus avant et il doit être démontré concrètement en quoi cette situation, le cas échéant, aboutit à un tel conflit. Ce d'autant plus que, selon le Tribunal administratif, les procédures à l'encontre de I._ seraient terminées (arrêt p. 15). En outre, l'arrêt ne dit pas si, à part ces procédures, la Banque a confié d'autres mandats à F._ dont celui-ci s'occuperait encore à l'heure actuelle. Or, bien que de tels renseignements soient couverts par le secret professionnel, c'est la Banque qui a saisi la Commission du barreau et elle a donc dû, à cette occasion, étayer ses griefs relatifs à un éventuel conflit d'intérêts. Le fait que le nom de la Banque apparaisse dans différents dossiers où elle est représentée par F._ ne suffit pas pour retenir l'existence d'un conflit d'intérêts autre que purement théorique.
Ainsi, l'arrêt attaqué ne contient pas un état de fait qui permette au Tribunal fédéral d'appliquer l'art. 12 let. c LLCA et de statuer sur l'existence d'un conflit d'intérêts concret. Il n'est en effet pas possible de déterminer les faits nécessaires à l'application de la disposition susmentionnée. Il se justifie donc d'annuler cet arrêt en application de l'art. 112 al. 3 LTF et de retourner la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle rende une décision qui réponde aux exigences de l'art. 112 al. 1 LTF.
III. Frais et dépens
10. Au vu de ce qui précède, le recours interjeté par A._ (2C_504/2008) est rejeté dans la mesure où il est recevable.
Dans la cause 2C_505/2008, l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Genève du 27 mai 2008 est partiellement annulé. L'affaire est renvoyée pour une nouvelle décision au Tribunal administratif (art. 112 al. 3 LTF), qui réglera également à nouveau le sort des frais et dépens de la procédure cantonale (art. 67 et 68 al. 5 LTF).
Succombant dans l'affaire 2C_504/2008, A._ supporte les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF). L'autorité intimée n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 3 LTF).
Les vices de la décision étant imputables au Tribunal administratif dans la cause 2C_505/2008, il convient de rendre l'arrêt sans frais (art. 66 al. 1 in fine LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'avocat qui agit dans sa propre cause sans invoquer un investissement particulier et qui ne fait pas valoir de frais spécifiques.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_504/2008 et 2C_505/2008 sont jointes.
2. Le recours dans la cause 2C_504/2008 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. L'arrêt du Tribunal administratif du canton de Genève du 27 mai 2008 est partiellement annulé dans la cause 2C_505/2008 conformément à l'art. 112 al. 3 LTF et la cause est renvoyée au Tribunal administratif pour une nouvelle décision dans le sens des considérants.
4. Les frais judiciaires de la cause 2C_504/2008, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de A._.
5. Il n'est pas perçu de frais judiciaires dans la cause 2C_505/2008 ni alloué de dépens.
6. Le présent arrêt est communiqué aux recourants, à la Commission du Barreau et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 28 janvier 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
R. Müller E. Kurtoglu-Jolidon