Sachverhalt:
A. Die Y._ AG (Vermieterin, Beschwerdegegnerin) kündigte mit Schreiben vom 25. Juli 2008 das mit X._ (Mieter, Beschwerdeführer) bestehende Mietverhältnis wegen Zahlungsverzugs auf den 31. August 2008, trieb aber die Ausweisung nicht voran, obwohl der Beschwerdeführer in den Mieträumlichkeiten verblieb. Erst am 24. Dezember 2008 teilte sie ihm brieflich mit, sie habe festgestellt, dass er noch nicht ausgezogen sei und diverse nicht einzuordnende Zahlungen geleistet habe. Diese betrachte sie "als Schadenminderungszahlungen", da sein "Konto ... immer noch einen Schuldsaldo von Fr. 20'136.30" aufweise. Mit Schreiben vom 30. April 2009 drohte die Vermieterin dem Beschwerdeführer wegen Zahlungsrückstandes im Betrage von Fr. 24'548.85 die Kündigung an, welche sie nach unbenütztem Ablauf der gleichzeitig angedrohten dreissigtägigen Zahlungsfrist mit Einschreibebrief vom 8. Juni 2009 auf den 31. Juli 2009 aussprach. Der Beschwerdeführer focht die Kündigung nicht an, verblieb aber dennoch im Mietobjekt.
B. Die Vermieterin klagte am 10. August 2009 beim Kreisgericht St. Gallen auf Ausweisung des Beschwerdeführers. Am 12. November 2009 gab die Einzelrichterin diesem Begehren statt unter Androhung von Busse nach <ref-law> und Zwangsvollstreckung im Säumnisfall. Das Kantonsgericht St. Gallen, Einzelrichter für Rekurse im Obligationenrecht, wies sowohl das Sistierungsgesuch als auch den Rekurs des Beschwerdeführers am 25. Januar 2010 ab.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen die Aufhebung des Entscheids des Kreisgerichts St. Gallen vom 12. November 2009 und des Entscheids des Kantonsgerichts vom 25. Januar 2010, und er verlangt die Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens bis zum Ausgang eines beim Kreisgericht St. Gallen hängigen Verfahrens über die Streitfrage, ob die Beschwerdegegnerin den Mietzins per Oktober 2008 auf Fr. 3'000.-- herabgesetzt hat. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Kantonsgericht St. Gallen auf eine Vernehmlassung verzichtet hat.
Mit Verfügung vom 23. März 2010 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung gewährt.

Erwägungen:
1. Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesverwaltungsgerichts. Dabei knüpft der Begriff der Letztinstanzlichkeit an jenen von Art. 86 Abs. 1 OG an. Letztinstanzlichkeit gemäss <ref-law> bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, ausgeschöpft sein muss (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen). Auf den Antrag um Aufhebung des erstinstanzlichen Entscheids ist daher von vornherein nicht einzutreten. Hingegen ist Letztinstanzlichkeit des angefochtenen Entscheids des Kantonsgerichts integral zu bejahen, da die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde in der vorliegenden Mietsache, für die ein einfaches und rasches Verfahren vorgeschrieben ist (<ref-law>), ausgeschlossen ist (Art. 238 Abs. 1 lit. c des Zivilprozessgesetzes vom 20. Dezember 1990, ZPO/SG, sGS 961.2).
2. Die Beschwerdeschrift enthält keinen materiellen Antrag, wie er nach <ref-law> erforderlich ist. Die Voraussetzungen, unter denen ein blosser Rückweisungsantrag genügt (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen), sind indessen erfüllt, da nach der in der Beschwerde vertretenen Auffassung die Streitsache erst spruchreif ist, wenn festgestellt ist, ob unter den Parteien eine Vereinbarung zustande kam, wonach der Beschwerdeführer ab Oktober 2008 einen auf Fr. 3'000.-- reduzierten Mietzins schuldet. Darüber hinaus genügt es nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtes, wenn aus der Begründung mindestens sinngemäss ersichtlich ist, in welchem Sinn das angefochtene Urteil abgeändert werden soll (<ref-ruling> E. 1b S. 414; Urteil des Bundesgerichts 4C.165/2003 vom 3. November 2003 E. 1.1, nicht publiziert in <ref-ruling>; je mit Hinweisen). Der Beschwerde ist zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer den Standpunkt vertritt, er sei seiner Zahlungspflicht im vereinbarungsgemäss reduzierten Umfang lückenlos nachgekommen, weshalb kein Kündigungsgrund im Sinne von <ref-law>, mithin auch kein Ausweisungsgrund gegeben und die Klage daher abzuweisen sei. Auch unter diesem Gesichtspunkt kann auf die Beschwerde eingetreten werden.
3. 3.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 4.3.4 S. 241). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; je mit Hinweis).
3.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (BGE <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 466 f.).
4. Der Beschwerdeführer behauptet, per 1. Oktober 2008 sei ein neuer Mietvertrag zustande gekommen mit einem auf Fr. 3'000.-- reduzierten Mietzins. Er macht geltend, der von der Vorinstanz auf der Basis eines Mietzinses von Fr. 3'000.-- errechnete Ausstand von Fr. 10'478.85 resultiere aus dem alten Mietverhältnis und könne nicht für eine Kündigung nach <ref-law> herhalten.
4.1 Die Vorinstanz erwog, allein aus einer allfälligen Vereinbarung einer Mietzinssenkung sei nicht auf das Zustandekommen eines neuen Mietvertrages zu schliessen. Hinweise, die für den Abschluss eines neuen Vertrages sprechen würden, seien weder behauptet noch ersichtlich. Für den Fall, dass eine Mietzinssenkung per 1. Oktober 2008 vereinbart worden wäre, sei daher davon auszugehen, dass (bloss) das bisherige Mietverhältnis mit verändertem Mietzins fortgesetzt worden sei.
4.2 Die Vorinstanz liess letztlich aber mangels Erheblichkeit offen, ob gemäss der Behauptung des Beschwerdeführers per 1. Oktober 2008 ein neuer Mietvertrag zustande kam und ob tatsächlich ab 1. Oktober 2008 ein auf Fr. 3'000.-- reduzierter Mietzins geschuldet war. Sie stellte - insoweit unangefochten - fest, der Mietzins sei vertragsgemäss monatlich im Voraus, spätestens am Monatsersten, zu bezahlen gewesen. Für die Zahlungen von je Fr. 3'000.-- vom 29. September 2008, 6. Oktober 2008, 3. November 2008, 9. Dezember 2008 und 26. Januar 2009 nahm die Vorinstanz an, diese seien nach dem konkludent geäusserten Willen des Beschwerdeführers für den jeweils nachfolgenden Monat bestimmt gewesen. Mit Bezug auf die Zahlung des Beschwerdeführers vom 10. Februar 2009 über Fr. 12'000.-- kam die Vorinstanz dagegen zum Ergebnis, diese sei entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers nicht als Vorauszahlung von drei (recte: vier) Monatsmieten anzusehen. Der Beschwerdeführer mache nicht geltend, er habe ausdrücklich erklärt, dass es sich um eine Vorauszahlung handeln sollte. Dies ergebe sich auch nicht aus den Umständen. Es sei unwahrscheinlich, dass der Beschwerdeführer, der nach eigener Darstellung aus finanziellen Gründen auf eine Mietzinssenkung angewiesen war, freiwillig gleich mehrere Monatsmieten im Voraus habe begleichen wollen. Hingegen sei im Zeitpunkt der Zahlung der Fr. 12'000.-- noch eine Mietzinsforderung der Beschwerdegegnerin von Fr. 16'478.85 aus der Zeit vor Oktober 2008 offen gewesen, weshalb auf der Hand liege, dass die Zahlung vom 10. Februar 2009 über Fr. 12'000.-- als Akontozahlung an diese Schuld bestimmt gewesen sei. Die Beschwerdegegnerin habe in ihrer Kündigungsandrohung denn auch implizit die Anrechnung dieser Zahlung an die offenen Ansprüche aus der Zeit vor Oktober 2008 erklärt, wogegen der Beschwerdeführer nicht remonstriert habe. Selbst ohne diese Äusserung der Beschwerdegegnerin wäre die erwähnte Zahlung nach Auffassung der Vorinstanz mangels ausdrücklicher oder konkludenter Anrechnungserklärung des Beschwerdeführers nach <ref-law> auf diese früheren Ausstände anzurechnen. Auch wenn man für die Zeit ab Oktober 2008 einen monatlichen Mietzins von bloss Fr. 3'000.-- berücksichtigen und von einem neuen Mietvertrag ab diesem Zeitpunkt ausginge, wäre der Beschwerdeführer am 30. April 2009 (Datum der Kündigungsandrohung) mit Fr. 6'000.--, bei Annahme eines neuen Mietvertrages ab 1. September 2008 zusätzlich um den Septembermietzins im Verzug gewesen. Da er innerhalb der 30-tägigen Zahlungsfrist nur Fr. 3'000.-- bezahlt habe, sei die Beschwerdegegnerin am 8. Juni 2009 (Datum des Kündigungsschreibens) berechtigt gewesen, auf den 31. Juli 2009 zu kündigen (<ref-law>).
4.3 Der Beschwerdeführer bringt vor, er habe am 10. Februar 2009 den Betrag von Fr. 12'000.-- als Vorauszahlung für vier Monatsmieten bezahlt, um weiteren Problemen zu entgehen. Er sei daher am 30. April 2009 entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht mit Mietzinsen von Fr. 6'000.-- im Rückstand gewesen. Die Kündigung und die Ausweisung seien mithin zu Unrecht erfolgt. Weshalb die behauptete Abrede über eine Mietzinsreduktion das Zustandekommen eines neuen Mietvertrages bewirkt haben soll, legt er indes auch vor Bundesgericht nicht substanziiert dar und ist auch nicht ersichtlich. Er macht zwar geltend, wenn ein Vermieter kein Ausweisungsverfahren einleite, könne dies so verstanden werden, "dass stillschweigend ein neuer Mietvertrag geschlossen wurde bzw. dass das Mietverhältnis fortgesetzt wird." Es bleibt aber offen, was an einem derartigen Verhalten der Vermieterschaft auf den Abschluss eines neuen statt die Fortsetzung des alten Mietvertrages schliessen lassen sollte. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist daher von ein und demselben Mietvertragsverhältnis auszugehen, selbst wenn der Mietzins tatsächlich reduziert worden sein sollte (vgl. E. 4.1 hiervor). Bei einer Fortsetzung des Mietverhältnisses mit tieferem Mietzins ist aber nicht relevant, welche Mietzinsbetreffnisse offen geblieben sind. Damit hält die Auffassung der Vorinstanz, es sei nicht rechtserheblich, ob der Beschwerdeführer ab 1. Oktober, allenfalls ab 1. September 2008 einen tieferen Mietzins schuldete als zuvor, vor Bundesrecht stand.
5. Aus den dargelegten Gründen konnten die vom Beschwerdeführer verlangten Abklärungen betreffend die behauptete Vereinbarung einer Mietzinsherabsetzung mangels Rechtserheblichkeit unterbleiben. Eine Verletzung von <ref-law> oder des rechtlichen Gehörs scheidet daher aus. Damit erweist sich die Beschwerde insgesamt als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Einzelrichter für Rekurse im Obligationenrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak