Sachverhalt:
A. X._ betreibt in K._ den Schweinezucht- und -maststall "A._". Gleichzeitig ist er Verwaltungsratspräsident der Y._ AG mit Produktionsstätten in L._ und M._ sowie der Z._ AG mit Produktionsstätte in N._.
Mit Schreiben vom 7. Dezember 2006 teilte das Bundesamt für Landwirtschaft X._ mit, es habe bei der Kontrolle seiner Tierbestände festgestellt, dass der zulässige Höchstbestand nach Massgabe der Höchstbestandesverordnung um 91 % überschritten worden sei, und stellte in Aussicht, für die zuviel gehaltenen Tiere allenfalls eine Abgabe zu erheben. Das Bundesamt führte nebst dem Stall "A._" auch die zwei Stallungen der Y._ AG sowie jene der Z._ AG auf und zählte den Tierbestand unter dem Titel "Gesamtbetrieb X._" zusammen. Mit Schreiben vom 6. Februar 2007 liess X._ vorbringen, dass sich die genannten Aktiengesellschaften nicht mehr in seinem Eigentum befänden.
B. Mit Verfügung vom 15. März 2007 auferlegte das Bundesamt für Landwirtschaft X._ wegen Zuwiderhandlung gegen die Höchstbestandesvorschriften für das Jahr 2006 eine Abgabe von Fr. 102'150.-- für 227 zuviel gehaltene Zuchtsauen à Fr. 450.--. Es erwog, massgebend sei nicht, wer als Eigentümer der beiden Aktiengesellschaften auftrete, sondern wer die strategischen Entscheidungen in der Tierhaltung treffe; als Verwaltungsratspräsident habe X._ die Verantwortung übernommen.

Gegen die erwähnte Verfügung erhob X._ Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Das Gericht setzte ihn mit Zwischenverfügung vom 26. Februar 2008 darüber in Kenntnis, dass es in Erwägung ziehe, die angefochtene Verfügung zu seinen Ungunsten abzuändern. Mit Zwischenverfügung vom 6. Juni 2008 räumte es zudem der Y._ AG und der Z._ AG Parteistellung ein und gab ihnen die Möglichkeit, sich am Verfahren zu beteiligen.
C. Mit Urteil vom 17. Juli 2008 hob das Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, "den Entscheid" des Bundesamtes für Landwirtschaft vom 15. März 2007 auf, setzte die Abgabe für das Jahr 2006 wegen Überschreitung des Höchstbestands auf Fr. 104'400.-- fest und auferlegte diese X._, der Y._ AG und der Z._ AG unter solidarischer Haftung.
D. Mit Eingabe vom 15. September 2008 erheben X._, die Y._ AG sowie die Z._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 17. Juli 2008 aufzuheben und damit von der Erhebung einer Abgabe abzusehen, eventuell das angefochtene Urteil aufzuheben und zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen, subeventuell die Abgabe auf den "angemessenen, verfassungskonformen Betrag" herabzusetzen.
E. Das Eidgenössische Volkswirtschaftsdepartement EVD und das Bundesamt für Landwirtschaft schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht erklärt vorerst den Verzicht auf eine Vernehmlassung.
Mit Eingabe vom 23. Februar 2009 nehmen die Beschwerdeführer zu den eingereichten Vernehmlassungen Stellung, wobei sie an ihren Anträgen festhalten.
Am 25. März 2009 nimmt das Bundesamt für Landwirtschaft zu dieser Eingabe der Beschwerdeführer Stellung. Das Bundesverwaltungsgericht äussert sich dazu mit Eingabe vom 30. März 2009 und beantragt aufgrund seiner Ausführungen nunmehr die Abweisung der Beschwerde.
Mit Eingabe vom 19. Mai 2009 nehmen die Beschwerdeführer nochmals Stellung, unter Festhaltung an ihren Anträgen.
Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 (insbesondere lit. s) BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG).
1.2 Als Abgabepflichtiger ist der Beschwerdeführer 1 zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert (<ref-law>). Gleiches gilt für die Beschwerdeführerinnen 2 und 3, welchen im Verlaufe des vorinstanzlichen Verfahrens Parteistellung mit entsprechenden Äusserungsmöglichkeiten eingeräumt wurde, und welche vom angefochtenen Entscheid, der ihnen die Abgabe neben dem Beschwerdeführer 1 neu als solidarisch Mithaftende auferlegt, besonders berührt sind.
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
Eine qualifizierte Rügepflicht gilt u.a. hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287). Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
Die Eingabe der Beschwerdeführer genügt diesen Begründungsanforderungen nur zum Teil.
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law> bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.5 S. 146 f.).
2. 2.1 Das Bundesgesetz vom 29. April 1998 über die Landwirtschaft (Landwirtschaftsgesetz, LwG; SR 910.1) enthält im 3. Kapitel (Viehwirtschaft) unter dem Abschnitt "Strukturlenkung" Bestimmungen betreffend Höchstbestände an Nutztieren je Betrieb (Art. 46) und die bei deren Überschreitung zu entrichtende jährliche Abgabe (Art. 47), welche wie folgt lauten:
Art. 46 Höchstbestände
1 Der Bundesrat kann für die einzelnen Nutztierarten Höchstbestände je Betrieb festsetzen.
2 Werden auf einem Betrieb verschiedene Nutztierarten gehalten, so darf die Summe der einzelnen prozentualen Anteile an den jeweiligen Höchstbeständen 100 Prozent nicht überschreiten.
3 Der Bundesrat kann Ausnahmen vorsehen für:
a. die Versuchsbetriebe und die landwirtschaftlichen Forschungsanstalten des Bundes sowie für die Geflügelzuchtschule in Zollikofen und die Mast- und Schlachtleistungsprüfungsanstalt in Sempach;
b. Betriebe, die eine im öffentlichen Interesse liegende Entsorgungsaufgabe von regionaler Bedeutung erfüllen, indem sie Nebenprodukte von Metzgerei- und Schlachtbetrieben sowie von Milch- und Lebensmittelverarbeitungsbetrieben an Schweine verfüttern.
Art. 47 Abgabe
1 Bewirtschafter oder Bewirtschafterinnen von Betrieben, welche den Höchstbestand nach Artikel 46 überschreiten, müssen eine jährliche Abgabe entrichten.
2 Der Bundesrat setzt die Abgabe so fest, dass die Haltung überzähliger Tiere unwirtschaftlich ist.
3 Halten mehrere Bewirtschafter oder Bewirtschafterinnen Tiere im gleichen Betrieb, so bestimmt sich ihre Abgabe nach ihrem Anteil am gesamten Tierbestand.
4 Betriebsteilungen zur Umgehung der Höchstbestandesbestimmungen werden nicht anerkannt.
Gestützt auf Art. 46 Abs. 1 und 3, Art. 47 Abs. 2 sowie Art. 177 Abs. 1 LwG, wonach der Bundesrat die erforderlichen Ausführungsbestimmungen erlässt, wo das Gesetz die Zuständigkeit nicht anders regelt, hat dieser die Verordnung vom 26. November 2003 über Höchstbestände in der Fleisch- und Eierproduktion (Höchstbestandesverordnung, HBV; SR 916.344) erlassen, welche unter anderem für Betriebe mit Schweinezucht und Schweinemast gilt (Art. 1 HBV), die Höchstbestände für die erfassten Nutztierarten (Art. 2 HBV) und die jährliche Abgabe je zuviel gehaltenes Tier festlegt (Art. 17 HBV).
2.2 Die Beschwerdeführer stellen sich im Wesentlichen auf den Standpunkt, dass - entgegen den Erwägungen im angefochtenen Urteil des Bundesverwaltungsgerichts - der Erlass der Höchstbestandesverordnung durch den Bundesrat unzulässig gewesen sei, die darin enthaltenen Höchstbestandeszahlen gesetzes- und verfassungswidrig seien und die Wirtschaftsfreiheit sowie die Eigentumsgarantie der betroffenen Tierhalter verletzten.
2.3 Das Bundesgericht kann Verordnungen des Bundesrates vorfrageweise auf ihre Gesetzes- und Verfassungsmässigkeit prüfen. Bei unselbständigen Verordnungen, die sich auf eine gesetzliche Delegation stützen, prüft es, ob sich der Bundesrat an die Grenzen der ihm im Gesetz eingeräumten Befugnisse gehalten hat. Soweit das Gesetz den Bundesrat nicht ermächtigt, von der Verfassung abzuweichen, befindet das Gericht auch über die Verfassungsmässigkeit der unselbständigen Verordnung. Wird dem Bundesrat durch die gesetzliche Delegation ein sehr weiter Ermessensspielraum für die Regelung auf Verordnungsstufe eingeräumt, so ist dieser Spielraum nach <ref-law> (Fassung gemäss Justizreform, vormals <ref-law>) für das Bundesgericht verbindlich; es darf in diesem Falle bei der Überprüfung der Verordnung nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen des Bundesrates setzen, sondern es beschränkt sich auf die Prüfung, ob die Verordnung den Rahmen der dem Bundesrat im Gesetz delegierten Kompetenzen offensichtlich sprengt oder aus anderen Gründen gesetz- oder verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 6.1 S. 25 f., 162 E. 2.3 S. 166 f., 271 E. 4 S. 275 f., 735 E. 4.1 S. 740; <ref-ruling> E. 2.3 S. 164, 249 E. 5.4 S. 263, je mit Hinweisen). Es kann dabei namentlich prüfen, ob sich eine Verordnungsbestimmung auf ernsthafte Gründe stützen lässt oder ob sie <ref-law> widerspricht, weil sie sinn- und zwecklos ist, rechtliche Unterscheidungen trifft, für die ein vernünftiger Grund in den tatsächlichen Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder Unterscheidungen unterlässt, die richtigerweise hätten getroffen werden müssen. Für die Zweckmässigkeit der angeordneten Massnahme trägt der Bundesrat die Verantwortung; es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, sich zu deren wirtschaftlichen oder politischen Sachgerechtigkeit zu äussern (<ref-ruling> E. 5.1 S. 571; <ref-ruling> E. 4 S. 176; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 32; <ref-ruling> E. 2.3 S. 164; <ref-ruling> E. 3b S. 41).
3. Um die Verfassungs- und Gesetzmässigkeit der Höchstbestandesverordnung zu überprüfen, ist zunächst mit Hilfe der Materialien die Entstehungsgeschichte der betreffenden Regelung nachzuzeichnen und deren Zielsetzung zu ermitteln.
3.1 Die Ermächtigung des Bundesrates, eine Höchstzahl für die einzelnen Nutztierarten pro Betrieb festzusetzen und bei Überschreitung derselben eine Abgabe zu erheben, geht zurück auf eine Änderung vom 22. Juni 1979 (AS 1979 2058; in Kraft gesetzt auf den 1. Januar 1980) des früheren Landwirtschaftsgesetzes vom 3. Oktober 1951 (AS 1953 1073; aufgehoben per Ende 1998; im Folgenden: aLwG). Diese zur Lenkung der Fleisch- und Eierproduktion konzipierte Massnahme (Art. 19a Ingress und lit. a aLwG) sollte (nebst weiteren Instrumentarien wie dem Ausrichten von Beiträgen an kleine und mittelgrosse Betriebe nach der Zahl ihrer Tiere oder Tierplätze und der Bewilligungspflicht für Stallbauten) dazu dienen, die Tierbestände an die "Produktions- und Absatzverhältnisse" sowie die "betriebs- und landeseigenen Futtergrundlagen" anzupassen (Art. 19 Abs. 1 lit. b aLwG). Für die Festsetzung der Höchstzahl war dabei von einem Tierbestand auszugehen, der bei rationeller Haltung ein ausreichendes Einkommen ermöglicht (Art. 19b Abs. 1 Satz 1 aLwG, in der Fassung vom 1. Januar 1988; AS 1988 640). Die (nach Ablauf der Anpassungsfrist von Art. 19b Abs. 4 aLwG zu erhebende) Abgabe für das Überschreiten der Höchstzahl sollte so angesetzt werden, dass die Haltung der überzähligen Tiere unwirtschaftlich wird (Art. 19f Abs. 1 aLwG). Mit der Revision vom 22. Juni 1979 wollte der Gesetzgeber erreichen, dass die Betriebe, welche die seiner agrarpolitischen Zielsetzung entsprechende Grössenordnung übersteigen, im Hinblick auf ausgeglichene Produktions- und Absatzverhältnisse reduziert werden (vgl. <ref-ruling> E. 1 und 4 S. 276 ff., unter Hinweis auf die einschlägigen Materialien). Auch sollte eine Produktion mit betriebs- und landesfremdem Futter, insbesondere in der Schweine- und Geflügelhaltung, nur so weit zulässig sein, als sie zur angemessenen Versorgung des inländischen Marktes notwendig ist (vgl. die betreffende Botschaft in BBl 1977 I S. 203). Hingewiesen wurde auf eine anhaltend steigende Produktion auf dem Fleischsektor mit der Gefahr ernsthafter Absatzschwierigkeiten einerseits und eine zunehmende Tendenz weg vom bäuerlichen Betrieb hin zur gewerblich-industriellen Massenproduktion andererseits. Die genannten, im damaligen Landwirtschaftsgesetz vorgesehenen Massnahmen, worunter die vom Bundesrat in Vorgängererlassen der heutigen Höchstbestandesverordnung (Verordnungen vom 10. Dezember 1979, AS 1979 2084; vom 26. August 1981, AS 1981 1424, bzw. vom 13. April 1988, AS 1988 670) umgesetzte Begrenzung der Tierbestände, dienten damit sowohl der Produktions- als auch der Strukturlenkung, indem sie zugleich eine Begrenzung der Produktion als auch deren Rückführung in den bäuerlichen Betrieb bewirken sollten (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 244, unter Hinweis auf die betreffenden Materialien sowie Meinrad Huser, Die Lenkung der Fleisch- und Eierproduktion, Grüsch 1989, S. 15 ff.; Urteil 2A.41/1992 vom 31. August 1992, E. 3b). Diese Anliegen fanden ihre verfassungsrechtliche Grundlage im früheren Landwirtschaftsartikel der vormaligen Bundesverfassung vom 29. Mai 1874 (Art. 31bis Abs. 3 lit. b aBV, in der Fassung gemäss den revidierten Wirtschaftsartikeln von 1947; BS 1 3 S. 12 f.), welcher als Zielsetzung (abgesehen von der Festigung des bäuerlichen Grundbesitzes) die Erhaltung eines gesunden Bauernstandes und einer leistungsfähigen Landwirtschaft nannte (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 246; zu diesen Zielsetzungen und den diesbezüglichen Zielkonflikten: René A. Rhinow, in: Kommentar aBV, Art. 31bis, Rz. 160 ff., insbesondere Rz. 171 f.). Die Bestimmungen des vormaligen Landwirtschaftsgesetzes betreffend die Höchstzahlen blieben in der Folge abgesehen von wenigen Anpassungen (vgl. BG vom 19. Dezember 1986, AS 1988 S. 640 und dazu die betreffende Botschaft in BBl 1983 IV 50, S. 62 ff.) unverändert.
3.2 Mit dem siebten Landwirtschaftsbericht vom 27. Januar 1992 (BBl 1992 II 130) leitete der Bundesrat eine Neuorientierung der Agrarpolitik ein mit der Zielsetzung einer vermehrten Trennung von Preis- und Einkommenspolitik (u.a. durch den Ersatz von Preisstützungen und produktgebundenen Beiträgen durch produktunabhängige Direktzahlungen), der Verwirklichung ökologischer Anliegen durch ökonomische Anreize und einer Lockerung der staatlichen Markteingriffe zur Verbesserung der Wettbewerbsfähigkeit des gesamten Ernährungssektors. Hinsichtlich der Fleisch- und Eierproduktion wurde jedoch der produktions- und strukturlenkende Effekt der ergriffenen Lenkungsmassnahmen (worunter die Höchstzahlenbegrenzung) insbesondere für den Bereich der Schweinehaltung als positiv beurteilt und empfohlen, auch in Zukunft daran festzuhalten (vgl. Siebter Landwirtschaftsbericht, a.a.O., S. 326 ff., insbesondere S. 331). Am 9. Juni 1996 haben Volk und Stände den im Zuge der Agrarreform entstandenen neuen Landwirtschaftsartikel 31octies aBV angenommen (AS 1996 2502), welcher in der Folge - im Wesentlichen inhaltlich unverändert - in die aktuelle Bundesverfassung (<ref-law>) übernommen wurde (vgl. Urteil 2A.40/2005 vom 16. August 2005, E. 4.2; Vallender/Hettich, in: St. Galler Kommentar zur neuen Bundesverfassung, 2. Aufl. 2008, Rz. 1 f. zu <ref-law>). Die neugestaltete Verfassungsbestimmung bekennt sich zu einer nachhaltig und auf den Markt ausgerichteten Produktion und betont die Multifunktionalität der Landwirtschaft (vgl. Vallender/Hettich, a.a.O., Rz. 5 ff.; Paul Richli, Wirtschaftsstrukturrecht, SBVR XIII, Basel 2005, Rz. 413 ff.). Konkretisiert wurde diese Zielsetzung im totalrevidierten, aktuellen Landwirtschaftsgesetz vom 29. April 1998 (vgl. die betreffende Botschaft zur Reform der Agrarpolitik: Zweite Etappe [Agrarpolitik 2002], in: BBl 1996 IV 1, S. 10 ff.). Hinsichtlich der Massnahmen in der Fleisch- und Eierproduktion folgte der Gesetzgeber den betreffenden Vorschlägen im Entwurf des Bundesrates (Art. 44 f. LwG-E; BBl 1996 IV S. 322 f.), welcher an einer Regelung betreffend Höchstbestände festhalten wollte, wobei - aufgrund der Neuausrichtung der Agrarpolitik - nicht mehr die Produktionslenkung im Vordergrund stand, sondern eine nachhaltige Produktion in bäuerlichen Betrieben (Botschaft Agrarpolitik 2002, a.a.O., S. 169, zu Art. 44; vgl. auch Urteil 2A.40/2005 vom 16. August 2005, E. 4.2.3) und damit - wie sich auch in gesetzessystematischer Auslegung ergibt (vgl. den Gliederungstitel des betreffenden Abschnitts) - eine Strukturlenkung. Damit sollten agrarpolitisch unerwünschte bodenunabhängige Grossbetriebe, wie sie im Bereich der Geflügel- und Schweinehaltung möglich wären, verhindert werden; demgegenüber erübrigten sich Höchstbestände bei der Rindviehhaltung, wo die erwünschte Strukturentwicklung bereits gewässerschutzrechtlich durch einen (ausnahmslos geltenden) maximalen Tierbesatz pro Hektare landwirtschaftlicher Nutzfläche vorbestimmt wird (Botschaft Agrarpolitik 2002, a.a.O., S. 155 f., Ziff. 224.11; vgl. dazu auch Richli, a.a.O., Rz. 569 f.). Während die Beratungen von Art. 46 f. LwG im Ständerat zu keinen Diskussionen Anlass gab (vgl. AB 1998 S 138), blieb im Nationalrat ein Antrag ohne Erfolg, welcher die Kompetenz des Bundesrates zur Festlegung von Höchstbeständen auf Betriebe beschränken wollte, die den ökologischen Leistungsnachweis nicht erbringen (AB 1997 N 2050). Auch anlässlich der parlamentarischen Beratung wurde betont, die neue Agrarpolitik wolle die Tierhaltung bewusst auf bäuerliche Betriebe beschränken und nicht industrielle Betriebe fördern (AB 1997 N 2048, Votum Nebiker, Berichterstatter), und es solle eine erneute Debatte über Tierfabriken vermieden werden (AB 1997 N 2049, Votum Bundesrat Delamuraz). Gestützt auf Art. 46 f. LwG erliess der Bundesrat die Höchstbestandesverordnung vom 7. Dezember 1998 (AS 1999 452).
3.3 Die Bestimmungen im Landwirtschaftsgesetz, welche den Bundesrat ermächtigen, Tierhöchstbestände je Betrieb festzulegen (Art. 46 f. LwG), wurden in der Folge anlässlich der Debatte über die Agrarpolitik 2007 (BBl 2002 4721) im Parlament erneut zur Diskussion gestellt; die betreffenden Aufhebungsanträge blieben indessen in beiden Räten erfolglos (AB 2002 S 1234 f.; AB 2003 N 395 f.). Am 26. November 2003 verabschiedete der Bundesrat die heute geltende Höchstbestandesverordnung (AS 2003 4933), mit welcher die Höchstbestände für Tiere der Schweinegattung, Kälber, Mastpoulets, Truten und Legehennen auf den 1. Januar 2004 um 50 % erhöht bzw. für Junghennen aufgehoben wurden (vgl. Agrarbericht 2004 des Bundesamtes für Landwirtschaft, S. 133). Anlässlich der Beratung der Agrarpolitik 2011 bildete die in der Vernehmlassung kontrovers beurteilte Notwendigkeit einer Höchstbestandesregelung im Landwirtschaftsgesetz (vgl. Botschaft zur Agrarpolitik 2011, BBl 2006 6337, S. 6569 f.) im Nationalrat aufgrund des Streichungsantrages einer Kommissionsmehrheit erneut Anlass für eine eingehende Debatte (AB 2007 N 245-250): Die sich für eine Streichung der Bestimmungen einsetzenden Votanten stellten sich hauptsächlich auf den Standpunkt, eine Begrenzung der Tierbestände werde bereits durch das geltende Gewässerschutz-, Umwelt-, Tierschutz- und Raumplanungsrecht sichergestellt und bedürfe einer zusätzlichen Höchstzahlenregelung nicht (Voten Pelli, Parmelin, Scherer). Auch wurde darauf hingewiesen, dass die Regelung ein Missbrauchspotential aufweise und in der Praxis umgangen werden könne (Voten Weyeneth, Scherer sowie Bundesrätin Leuthard). Die Gegner des Streichungsantrages begründeten die Notwendigkeit der bisherigen Regelung damit, dass es um den Erhalt und die Förderung einer Tierproduktion im Rahmen traditioneller bäuerlicher Strukturen und um die Verhinderung einer industriellen Grossproduktion wie im Ausland im Rahmen von sog. Tierfabriken gehe; ökologisch, naturnah und tiergerecht produzierte landwirtschaftliche Güter könnten gerade in sich öffnenden Märkten profitieren und entsprächen einem Anliegen der Konsumenten. Die Raumplanungs- und Umweltgesetzgebung böte keinen hinreichenden Schutz vor einer Aufstockung von Tierbeständen (Voten Genner, Marty Kälin, Graf, Aeschbacher). Verschiedentlich wurde aber auch betont, es gehe in diesem Zusammenhang letztlich um eine politische Entscheidung (Voten Brun, Bundesrätin Leuthard). Der Nationalrat lehnte den Streichungsantrag in der Folge ab, womit Art. 46 f. LwG unverändert in Kraft blieb.
3.4 Aus dem Vorstehenden ergibt sich, dass die Höchstbestandesregelung von Art. 46 f. LwG, deren Beibehaltung vom Gesetzgeber bis in jüngste Zeit mehrfach bestätigt wurde, aus heutiger Sicht als Massnahme zur Strukturlenkung in der Viehwirtschaft konzipiert ist. Beabsichtigt wird damit in erster Linie, die Tierproduktion im Rahmen bäuerlicher Strukturen zu erhalten und industrielle Grossbetriebe mit Massentierhaltung zu verhindern bzw. entsprechende Bewirtschaftungsformen unattraktiv zu gestalten. Dass bestehende gewässerschutz-, raumplanungs-, umwelt- und tierschutzrechtliche Vorgaben allenfalls (mittelbar) eine ähnliche Lenkungswirkung erzielen könnten, war dem Gesetzgeber bewusst. Mit der dem Bundesrat eingeräumten Kompetenz zum Erlass von Höchstbestandesvorschriften wollte er indessen an einem eigenständigen, landwirtschaftspolitisch motivierten Instrument festhalten, welches eine direktere und nötigenfalls auch weitergehendere Lenkung der Strukturen in der Viehwirtschaft in die gewünschte Richtung erlaubt. Von ihrer Zweckbestimmung her dient diese Massnahme der Förderung einer auf Nachhaltigkeit ausgerichteten bäuerlichen Produktion (vgl. Yves Donzallaz, Traité de droit agraire suisse, Band 1, Bern 2004, § 1110) und korrespondiert damit mit der betreffenden Zielsetzung des Landwirtschaftsartikels (<ref-law>), wenn auch gewisse Konflikte im Hinblick auf andere Vorgaben innerhalb des verfassungsrechtlichen Zielkatalogs bestehen mögen (vgl. zu dieser bei einer auf Multifunktionalität ausgerichteten Landwirtschaft systemimmanenten Problematik: Richli, a.a.O., Rz. 418 ff.). Entsprechend war der Bundesrat als Verordnungsgeber befugt und mit Blick auf den in den Materialien zum Ausdruck kommenden gesetzgeberischen Willen - trotz blosser "Kann-Vorschrift" in <ref-law> - auch gehalten, entsprechende Vorschriften zu den Höchstbeständen vorzusehen. Dies gilt insbesondere für den Bereich der Schweinezucht- und -mastbetriebe, welche in den Beratungen im Parlament wie auch in den einschlägigen Botschaften und Berichten verschiedentlich als Beispiel für die Notwendigkeit einer derartigen Strukturlenkung angeführt wurden. Dass der verfassungsrechtliche Auftrag zur (subsidiären) Förderung der bodenbewirtschaftenden bäuerlichen Betriebe (<ref-law>) teilweise mit anderen Mitteln, namentlich mit Direktzahlungen, verfolgt werden kann, hindert den Verordnungsgeber, soweit ihm die damit erzielte Wirkung als ungenügend erscheint, nicht daran, ergänzend auch von der ihm eingeräumten Kompetenz zur Strukturlenkung auf dem Wege der Dekretierung von betrieblichen Höchstbeständen Gebrauch zu machen. Ein damit einhergehender grundsatzwidriger Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 in Verbindung mit <ref-law>) der von dieser Massnahme betroffenen bodenunabhängig produzierenden Tierhaltungsbetriebe - auch wenn diese (aufgrund ihrer Produktionsmethode) nicht mehr als bäuerlich zu qualifizieren (vgl. Urteil 2A.40/2005 vom 16. August 2005, E. 4.2.3 mit Hinweis auf die Materialien), sondern bloss dem Nachbarbereich der Landwirtschaft zuzuordnen sind - gilt als durch <ref-law> gedeckt (vgl. Paul Richli, Grundriss des schweizerischen Wirtschaftsverfassungsrechts, 3. Aufl., Bern 2007, Rz. 879; vgl. ferner das einschlägige Gutachten der Justizabteilung, in: VPB 42/1978 Nr. 70 S. 300). Dass eine gewisse (indirekte) Lenkungswirkung allenfalls bereits von den gewässerschutzrechtlichen Bestimmungen (<ref-law> [SR 814.20] in Verbindung mit Art. 22 ff. GSchV [SR 814.201]) ausgehen könnte, verpflichtete den Verordnungsgeber nicht dazu, von der Festlegung von Höchstzahlen in der Schweinehaltung abzusehen, zumal in diesem Bereich - im Unterschied zur Rindviehhaltung, für welche die HBV keine Höchstbestände mehr vorschreibt - Ausnahmen von den (bestandesbegrenzenden) Anforderungen an die zur Erreichung einer ausgeglichenen Düngerbilanz erforderliche Nutzfläche möglich sind (<ref-law> in Verbindung mit Art. 25 GSchV). Die von den Beschwerdeführern ins Feld geführte Kritik der Wettbewerbskommission an der Höchstbestandesverordnung (in: RPW 1998/4 S. 578 f.), wonach derartige Regelungen den Grundsätzen einer freiheitlichen und marktwirtschaftlichen Ordnung diametral entgegenliefen, richtet sich bei genauer Betrachtung nicht gegen die Bestimmungen in der Verordnung selber, sondern gegen die Höchstbestandesregelung als Ganzes, welche - wie ausgeführt - vom Gesetzgeber gewollt beibehalten und in für die rechtsanwendenden Behörden verbindlicher Weise (<ref-law>) normiert wurde. Gleiches gilt für die Ausführungen der Beschwerdeführer zur Verhältnismässigkeit dieser Massnahme. Soweit sie schliesslich geltend machen, die Verordnung von Höchstbeständen sei nicht notwendig zum Erreichen der in der Bundesverfassung statuierten Ziele in der Landwirtschaft, betrifft dies letztlich die Frage nach der Zweckmässigkeit der angeordneten Massnahme, welche von den Gerichten nicht zu überprüfen ist (E. 2.3 in fine). Aus dem nämlichen Grund war die Vorinstanz auch nicht gehalten, sich damit vertieft auseinander zu setzen bzw. die diesbezüglich beantragten Beweismittel abzunehmen; eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung, eine Verletzung des rechtlichen Gehörs oder Rechtsverweigerung liegt somit nicht vor. Die Vorbringen der Beschwerdeführer sind nach dem Gesagten nicht geeignet, die Höchstbestandesverordnung und die darin vorgesehene Erfassung der Schweinehaltung als verfassungs- oder gesetzwidrig erscheinen zu lassen. Der angefochtene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts ist in dieser Hinsicht somit nicht zu beanstanden.
4. 4.1 Die Beschwerdeführer machen im Weiteren geltend, die Höchstbestandeszahlen bei der Schweinehaltung seien vom Verordnungsgeber willkürlich festgesetzt worden, da dabei keine konkrete Berechnungsmethode angewendet worden sei und es für die Zahlen keine sachliche Begründung gebe. Mit den vom Bundesrat im Bereich der Schweinehaltung vorgesehenen tiefen Höchstzahlen sei ein ausreichendes Einkommen nicht mehr gewährleistet, womit die Landwirte von der Substanz leben müssten und die bodenunabhängige Produktion faktisch verboten würde. Darin liege sowohl eine Verletzung der Wirtschaftsfreiheit als auch der Eigentumsgarantie.
4.2 Soweit die Beschwerdeführer vorbringen, indem die Vorinstanz (wie zuvor auch der Bundesrat) es unterlassen habe, den für die Festsetzung der Höchstbestände und der Abgabenhöhe in der Verordnung erforderlichen Sacherhalt festzustellen, begehe sie eine Gehörsverletzung bzw. Rechtsverweigerung, übersehen sie, dass es sich dabei nicht um eine Frage der Sachverhaltsermittlung, sondern eine solche der Auslegung der massgeblichen rechtlichen Bestimmung und damit eine Rechtsfrage handelt; über die Beweggründe des Normsetzers ist kein Beweisverfahren zu führen. Auch trifft den Bundesrat in seiner rechtsetzenden Funktion (als Verordnungsgeber) keine aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör abgeleitete Begründungspflicht. Vielmehr obliegt es dem Rechtsuchenden, in einer den Begründungsanforderungen entsprechenden Weise (oben E. 1.3) darzulegen, inwieweit eine Verordnungsbestimmung sich nicht auf ernsthafte sachliche Gründe stützen lässt oder sinn- und zwecklos ist und damit als willkürlich erscheint (oben E. 2.3). Die betreffenden formellen Rügen und die im Hinblick auf eine angeblich unvollständige Sachverhaltsfeststellung gestellten Beweisanträge gehen mithin an der Sache vorbei.
4.3 Während das frühere Landwirtschaftsgesetz vom 3. Oktober 1951 vorsah, für die Festsetzung der Höchstzahl sei von einem Tierbestand auszugehen, der bei rationeller Haltung ein ausreichendes Einkommen ermöglicht (Art. 19b Abs. 1 Satz 1 aLwG; vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 246 f.), fehlt es im aktuellen Gesetz (in <ref-law>) an einer entsprechenden Vorgabe. Mithin vergrösserte sich der Ermessensspielraum, welche der Gesetzgeber dem Verordnungsgeber einräumte. Inwieweit sich bei der Festsetzung der Höchstzahl verfassungsrechtlich dennoch eine konkrete Berechnungsmethode aufdrängt, welche sich an der bisherigen Vorgabe orientiert, wie die Beschwerdeführer dies verlangen, ist nicht ersichtlich und wird von ihnen auch nicht schlüssig dargelegt. Der Bundesrat hat unter dem Geltungsbereich des neuen Landwirtschaftsgesetzes in Bezug auf die Schweinehaltung zunächst an den bisherigen Höchstzahlen festgehalten (vgl. Art. 2 Abs. 1 der früheren Verordnung vom 7. Dezember 1998, AS 1999 452) und diese mit der vorliegend massgeblichen Höchstbestandesverordnung (in Art. 2 Abs. 1 HBV) per 1. Januar 2004 um 50 % angehoben. Von einer willkürlich tiefen Festsetzung der Höchstbestandeszahlen kann unter den gegebenen Umständen nicht gesprochen werden. Ebenso wenig wird dadurch in vorbestehende, durch die Eigentumsgarantie geschützte Rechtspositionen eingegriffen; anders lägen die Dinge allenfalls dann, wenn der Bundesrat die Höchstzahlen ohne entsprechende Übergangsfristen herabgesetzt oder auf bisher nicht erfasste Tierarten ausgedehnt hätte (vgl. die betreffenden Überlegungen in <ref-ruling> E. 5-10), was indessen nicht der Fall ist. Dass Interessenvertreter (wie u.a. der Schweizerische Bauernverband) eine weitere Anhebung der Höchstbestandesgrenzen fordern, lässt ebenso wenig auf einen Missbrauch des Ermessensspielraums durch den Verordnungsgeber schliessen wie der Umstand, dass der Beschwerdeführer angeblich in der Zucht Ver-luste und in der Mast einen "völlig ungenügenden Betriebsgewinn" zu verzeichnen hatte. Es entspricht gerade Sinn und Zweck der Höchstbestandesregelung gemäss Art. 46 f. LwG, dass Bewirtschaftungsformen, welche den angestrebten Strukturen in der Fleischproduktion widersprechen, unrentabel gemacht werden. Indem die Verordnung lediglich die Produktionsmöglichkeiten jener (bodenunabhängig produzierenden) Betriebe beschränkt, welche nicht über eine genügende landwirtschaftliche Nutzfläche verfügen und somit den ökologischen Leistungsnachweis (<ref-law>) nicht oder nur durch Abgabe von Hofdünger an Dritte erbringen können (Art. 2-6 HBV), während für die übrigen Betriebe eine differenzierte, flexiblere Obergrenze gilt (Art. 7 HBV), fördert der Bundesrat eine naturnahe und umweltfreundliche Bewirtschaftung, was der verfolgten Zielsetzung der Nachhaltigkeit (oben E. 3.4) entspricht. Die mit den verordneten Höchstzahlen einhergehende Beeinträchtigung der Wirtschaftsfreiheit der bodenunabhängig produzierenden Betriebe erscheint insofern gerechtfertigt.
5. 5.1 Die Beschwerdeführer richten sich schliesslich gegen die vom Bundesrat in der Verordnung festgelegte Höhe der Abgabe (Art. 17 HBV), welche sie in Bezug auf die Zuchtsauen (Fr. 450.-- pro Tier und Jahr) und Mastschweine (Fr. 100.-- pro Tier und Jahr) als verfassungswidrig hoch taxieren.
5.2 Die streitige, in <ref-law> dem Grundsatz nach vorgesehene und in Art. 16 f. HBV konkretisierte Abgabe, welche von denjenigen Bewirtschaftern jährlich erhoben wird, die den vorgesehenen betrieblichen Höchstbestand an Tieren überschreiten, ist als Lenkungsabgabe zu qualifizieren (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 339; <ref-ruling> E. 5f S. 252). Die Regelung von Art. 46 f. LwG untersagt das Halten von Tieren über dem Höchstbestand nicht schlechthin, doch soll der beabsichtigte strukturlenkende Effekt dadurch erzielt werden, dass das Halten überzähliger Tiere durch die Abgabe unwirtschaftlich gemacht wird. Mit der Vorinstanz ist davon auszugehen, dass die Vorgabe des Gesetzgebers in <ref-law> das Ermessen des Bundesrates in der Festsetzung der Abgabehöhe insofern beschränkt, als damit grundsätzlich lediglich die Haltung der überzähligen Tiere, nicht aber jene des gesamten Bestandes des betreffenden Betriebs unrentabel gemacht werden soll (ebenso: Huser, a.a.O., S. 105, insbesondere Fn. 8). Umgekehrt soll durch die Abgabe das Halten von Tieren über dem Höchstbestand nach den Materialien aber "eindeutig" unwirtschaftlich werden, weshalb auch von einer "prohibitiven Abgabe" gesprochen wird, welche verhindern soll, dass die Tierbestände nicht bis auf den vorgesehenen Höchstbestand abgebaut werden (Botschaft Agrarpolitik 2002, in: BBl 1996 IV 169, zu Art. 45; vgl. auch Siebter Landwirtschaftsbericht, in: BBl 1992 II 329, Ziff. 234.12).
5.3 Nicht zu beanstanden ist zunächst, dass die Verordnung die Lenkungsabgabe in Art. 17 für die in Frage stehenden Tiergattungen schematisch nach einem festen Tarif pro Tier veranschlagt, ohne die konkrete Kostenstruktur des jeweils betroffenen Betriebes zu berücksichtigen. Solches drängte sich dem Verordnungsgeber weder aus Sicht der gesetzlichen Vorgabe (<ref-law>) noch mit Blick auf die Natur der in Frage stehenden Abgabe auf. Vielmehr durfte der Bundesrat einen Abgabenansatz wählen, welcher das Lenkungsziel - das Halten überzähliger Tiere unwirtschaftlich zu machen - bei einem durchschnittlichen Betrieb erreicht. Soweit die Beschwerdeführer mithin die Höhe der Lenkungsabgabe unter Hinweis auf ihre eigenen Geschäftszahlen kritisieren, geht ihr Einwand an der Sache vorbei. Jedenfalls tun sie nicht dar und ist auch nicht ersichtlich, dass sich ihre Betriebsstruktur von einem durchschnittlichen Tierhaltungsbetrieb in derart grundlegender Weise unterscheiden würde, dass sich eine Abkehr von der schematischen Abgabe verfassungsrechtlich geradezu aufdrängen würde.
5.4 Auch wenn die Lenkungsabgabe grundsätzlich bloss das Halten der überzähligen Tiere unrentabel machen soll, bedeutet dies - entgegen der Meinung der Beschwerdeführer - nicht, dass sie sich lediglich auf ein Abschöpfen eines mit den zuviel gehaltenen Tieren erzielten Gewinnes zu beschränken hätte. Vielmehr erscheint es sachgerecht, wenn der gewählte Abgabenansatz - wie dies die Vorinstanz vertritt - zudem auch unterbindet, dass Tiere, welche den Höchstbestand überschreiten, dazu beitragen, die Gemeinkosten für den betreffenden Betriebszweig mitzufinanzieren. Nach allgemeiner Erfahrung sinken mit zunehmender Bestandesgrösse die Gemeinkosten pro Tier, weshalb ein Betrieb, welcher die Höchstzahl überschreitet, letztlich von einer günstigeren Kostenstruktur pro gehaltenes Tier profitieren könnte als ein Betrieb, welcher die Höchstzahlen einhält; diesem Aspekt durfte bei der Festlegung der Lenkungsabgabe Rechnung getragen werden. Dass die vom Verordnungsgeber festgelegten und vorliegend zur Anwendung gebrachten, seit Einführung der Höchstbestandesregeln im Jahr 1980 (nominal) praktisch unveränderten Ansätze der gesetzlichen Vorgabe von <ref-law> entsprechen und damit auch verfassungskonform sind, hat die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid anhand einer auf durchschnittliche Leistungs- und Kostenwerte abstellenden Deckungsbeitragsberechnung in nicht zu beanstandender Weise dargelegt. Auf das Einholen einer zusätzlichen Expertise zu diesen Berechnungen durfte das Bundesverwaltungsgericht verzichten.
5.5 Nach dem Gesagten erweist sich der angefochtene Entscheid, welcher den Beschwerdeführern die streitige Abgabe unter Anwendung der in der Höchstbestandesverordnung im Bereich der Schweinehaltung vorgesehenen Höchstzahlen und Abgabenansätzen auferlegt, als verfassungs- und bundesrechtskonform. Für eine Herabsetzung der Abgaben im Sinne des von den Beschwerdeführern erhobenen Eventualantrags besteht nach dem oben Ausgeführten kein Anlass.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde als unbegründet abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Entsprechend dem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt, unter solidarischer Haftung.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Bundesamt für Landwirtschaft, dem Bundesverwaltungsgericht (Abteilung II) und dem Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. November 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Moser