Sachverhalt:
A. A.a Die 1950 geborene P._ arbeitete bei der Firma X._ und war damit obligatorisch bei der Basler Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Basler) gegen die Folgen von Unfällen und Berufskrankheiten versichert. Laut Unfallmeldung vom 17. September 2003 klemmte sich die Versicherte am 11. Juli 2003 das rechte Handgelenk in einer sich automatisch schliessenden Türe ein. Ein Röntgenbild vom 17. Juli 2003 zeigt gemäss Dr. med. A._ korrekte Stellungsverhältnisse der Handwurzelknochen sowie einen alten, kaum dislozierten Abriss des Processus styloidus ulnae. Hinweise auf eine frische ossäre posttraumatische Läsion fand der Arzt nicht. Dr. med. B._, Facharzt für Wiederherstellungschirurgie, spez. Handchirurgie FMH, stellte im Zeugnis vom 29. September 2003 die Diagnosen eines Status nach Radiusfraktur rechts / Quetschtrauma Handgelenk rechts vom 11. Juli 2003 und eines Verdachts auf scapholunäre Dissoziation des rechten Handgelenks / Pseudoarthrose Ulnastyloid Handgelenk rechts. Es kam zu starken, genau lokalisierten Bewegungsschmerzen, weshalb Dr. med. B._ am 3. Mai 2004 am rechten Handgelenk ein Ganglion scapholunär und ein Pseudoarthrosefragment des Ulnastyloid entfernte. Am 8. Juni 2004 bestand wieder eine volle Arbeitsfähigkeit, die Behandlung wurde im Verlaufe des Monats Juli abgeschlossen. Die Basler erbrachte Versicherungsleistungen in Form von Heilbehandlung und Taggeldzahlungen.
A.b Am 17. Juli 2006 teilte P._ der Basler im Sinne einer Rückfallmeldung mit, sie befinde sich wieder in ärztlicher Behandlung. Dr. med. C._, Co-Chefärztin der Klinik für Hand- und periphere Nervenchirurgie am Spital D._, stellte die Diagnosen einer chronischen Tendovaginitis der Extensor carpi ulnaris-Sehne am rechten Handgelenk. Eine Röntgen- und Magnetresonanz-Arthrographie vom 21. Juli 2006 bestätigte die Diagnose einer Tendovaginitis. Mit Verfügung vom 1. November 2006 teilte die Basler der Versicherten mit, gestützt auf die Beurteilung ihres beratenden Arztes seien die mit dem Rückfall gemeldeten Beschwerden nicht überwiegend wahrscheinlich auf den Unfall vom 11. Juli 2003 zurückzuführen, weshalb sie keine weiteren Versicherungsleistungen ausrichte. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 2. Mai 2007).
B. Die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde, mit welcher auch eine weitere ärztliche Beurteilung der Dr. med. C._ vom 15. Januar 2007 eingereicht wurde, wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 12. März 2008 ab.
C. P._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides seien ihr die gesetzlichen Leistungen auszurichten.
Die Basler schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.
D. Mit Schreiben vom 10. November 2008 lässt P._ unaufgefordert einen Operationsbericht vom 23. September 2008 als weiteres Beweismittel auflegen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Strittig ist, ob die Basler für die am 17. Juli 2006 gemeldeten Beschwerden Versicherungsleistungen zu erbringen hat. Die Versicherung bestreitet einen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen diesen und dem Unfall vom 11. Juli 2003. Das kantonale Gericht verneint den adäquaten Kausalzusammenhang.
Das kantonale Gericht hat die Rechtsgrundlagen der umstrittenen Leistungspflicht des Unfallversicherers (<ref-law>) im Rückfall (<ref-law>) und die Rechtsprechung zu dem für diese vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) sowie zur vorausgesetzten Adäquanz des Kausalzusammenhangs (<ref-ruling>, siehe auch 129 V 177 E. 3.3 S. 181, 127 V 102 E. 5b/bb S. 103) bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling>), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Entsprechendes gilt für die von der Judikatur entwickelten allgemeinen Grundsätze zur freien Beweiswürdigung und zum Beweiswert eines Arztberichtes beziehungsweise eines medizinischen Gutachtens (<ref-ruling> E. 3a S. 352).
3. Prof. Dr. med. E._, welcher am 21. Juli 2006 eine Röntgen- und Magnetresonanz-Diagnostik durchführte, fand eine Tendovaginitis der Extensor carpi ulnaris-Sehne bei Zustand nach Osteotomie des Processus styloideus mit einer winzigen spornartigen Konfiguration der lateralen Osteotomiestelle an der Ulna. Weiter berichtete er über ein iatrogenes Extravasat von Kontrastmitteln bei leichter Überfüllung des distalen Radioulnargelenks (DRUG), wobei der Discus triangularis und die scapho-lunato-triquetralen Bänder intakt seien. Dr. med. C._ kam gestützt auf diese Beurteilung und auf eine eigene Untersuchung zum Schluss, die bei der Beschwerdeführerin erhobenen Befunde seien auf den Unfall zurückzuführen. Unfallfremde Faktoren spielten keine Rolle. In seiner Aktenbeurteilung vom 21. August 2006 hielt der die Unfallversicherung beratende Dr. med. F._, Facharzt FMH für orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates, fest, das Datum der Verletzung, welche zur Pseudoarthrose des Processus styloideus ulnae rechts geführt habe, lasse sich aus den Akten nicht bestimmen. Da eine Tendovaginitis drei Jahre nach dem Unfall eigentlich abgeheilt sein sollte, bestehe nur möglicherweise ein Kausalzusammenhang mit dem Unfallereignis.
Der Neurologe Dr. med. G._ hält in seinem Bericht zu einer EMG-Untersuchung vom 4. September 2006 eine Überlastung bei Status nach Unfall und Operation am rechten Handgelenk für eine wahrscheinliche Ursache der Insertionstendinose sämtlicher Muskelgruppen beider Arme. Schliesslich nimmt Dr. med. C._ mit Schreiben vom 15. Januar 2007 Stellung zu den verschiedenen Beurteilungen und erläutert auch anhand der Röntgenbilder vom 17. Juli 2003 ausführlich, warum sie an ihrer Beurteilung hinsichtlich der Unfallkausalität festhält.
4. Das kantonale Gericht erwägt, aus den vorhandenen medizinischen Unterlagen lasse sich nicht zuverlässig beurteilen, ob ein natürlicher Kausalzusammenhang zwischen den Beschwerden der Versicherten und dem Unfall vom 11. Juli 2003 bestehe. Dies müsste noch sorgfältiger durch weitere medizinische Akten untermauert werden. Aufgrund der Arztberichte geht die Vorinstanz weiter davon aus, die Beschwerden seien nicht objektivierbar und von weiteren Erhebungen könne abgesehen werden, weil der adäquate Kausalzusammenhang in jedem Fall zu verneinen sei.
5. 5.1 Dieser Argumentation kann nicht gefolgt werden. Dr. med. C._ hat in ihrem Bericht vom 27. Juli 2006 eine chronische Tendovaginitis am rechten Handgelenk diagnostiziert, was auch mittels Magnetresonanz-Arthrographie bildgebend bestätigt wurde. Damit bestehen organisch objektivierbare Beschwerden, womit eine Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhanges entfällt. Hinweise für eine zusätzliche psychische Erkrankung fehlen. Umstritten ist einzig, ob die Tendovaginitis (Sehnenscheidenentzündung) auf einen Unfall mit Radiusfraktur - welche die im Unfallzeitpunkt 53-jährige Beschwerdeführerin im Kindesalter erlitten hatte - zurückzuführen ist, oder ob diese eine Folge des versicherten Unfalls vom 11. Juli 2003 darstellt.
5.2 Zu Diskussionen Anlass gibt insbesondere die Interpretation der ersten Röntgenbilder vom 17. Juli 2003. Laut Bericht des Dr. med. A._ ist darauf ein kaum dislozierter Abriss des Processus styloideus ulnae ersichtlich, wobei dieser Arzt davon ausgeht, dass es sich um eine alte Fraktur handle. Demgegenüber hält die Handchirurgin Dr. C._ dafür, auf dem Röntgenbild sei zwar auch eine alte Fraktur ersichtlich, bei der nicht dislozierten Fraktur des Processus styloideus ulnae handle es sich aber um eine frische Fraktur. Sie führt weiter aus, bei einer radiologischen Untersuchung sei eine frische von einer alten Fraktur nicht immer klar zu unterscheiden. Grundlage für die Ablehnungsverfügung der Basler bildete der Aktenbericht vom 21. August 2006 des Dr. med. F._. Aufgrund seiner Formulierungen ist nicht davon auszugehen, dass er die Röntgenbilder vom 17. Juli 2003 selbst beurteilte. Vielmehr stützte er sich auf die Interpretation des Dr. med. A._. Die Vorinstanz stellt auf die Beurteilung des Dr. med. F._ ab. Sie führt an, für den Beweiswert von Aktenbeurteilungen sei entscheidend, ob genügend Unterlagen auf Grund anderer persönlicher Unersuchungen vorlägen, welche ein vollständiges Bild über Anamnese, Verlauf und gegenwärtigen Status ergeben, und ob diese Daten unbestritten seien. Ferner sei erforderlich, dass der Untersuchungsbefund lückenlos vorliege und sich der Experte aufgrund der vorhandenen Unterlagen ein gesamthaft lückenloses Bild machen könne. Wie dargestellt, werden diese Voraussetzungen im Bericht vom 21. August 2006 nicht erfüllt.
5.3 Eine Auseinandersetzung mit den Ausführungen der Dr. med. C._ vom 15. Januar 2007 fehlt. Insbesondere stützen sich die Beschwerdegegnerin und das kantonale Gericht einzig auf die pauschale Aussage des Dr. med. F._, eine Tendovaginitis sollte drei Jahre nach dem Unfall "eigentlich" abgeheilt sein. Objektivierte Tatsache ist, dass eine Tendovaginitis - auch bildgebend - verifiziert ist. Dr. med. C._ führt in ihrem Bericht vom 15. Januar 2007 aus, dass diese auf eine beim Unfall stattgefundene Verletzung im dorsalen Bereich des ulnocarpalen Komplexes (sog. TFCC) zurückzuführen sein könne. Im letztinstanzlichen Verfahren lässt die Beschwerdeführerin lite pendente den Operationsbericht der Dr. med. C._ vom 23. September 2008 über eine diagnostische Handgelenksarthroskopie mit einer Verankerung des Discus am Proscessus styloideus ulnae und Exzision einer ganglionartigen Läsion einreichen. Inwieweit es sich dabei um unzulässige, im letztinstanzlichen Verfahren unbeachtliche neue Tatsachenvorbringen (<ref-law>; ULRICH MEYER, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N 6 zu <ref-law>) handelt, kann offen bleiben, da, wie die Vorinstanz bereits feststellte, die vorhandenen Unterlagen ohnehin keine zweifelsfreie Beurteilung zulassen. Die gesamten medizinischen Akten inklusive Röntgenbilder sind im Sinne eines Obergutachtens einem auf Handchirurgie spezialisierten Experten zu unterbreiten, welcher sich darüber zu äussern haben wird, ob auf den 11. Juli 2003 zurückzuführende, physische Gesundheitsschädigungen vorliegen. Die Sache ist daher zu entsprechender Aktenergänzung sowie zum Erlass einer neuen Verfügung an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Als unterliegende Partei hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5). Diese hat der Beschwerdeführerin überdies eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, als der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 12. März 2008 und der Einspracheentscheid der Basler Versicherungs-Gesellschaft vom 2. Mai 2007 aufgehoben werden und die Sache an die Basler Versicherungs-Gesellschaft zurückgewiesen wird, damit sie nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen über den Anspruch der Beschwerdeführerin auf Versicherungsleistungen neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Dezember 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer