Schlussabrechnung über das Sicherheitskonto, hat sich ergeben:
A.- Die aus Bosnien-Herzegowina stammenden Eheleute M. und S. A._ (geb. 1960 bzw. 1962) hielten sich seit 1987 verschiedentlich in der Schweiz als Saisonniers auf.
Laut Bundesamt für Flüchtlinge reisten sie mit ihren Kindern (B._, geb. 1983, C._ und D._, geb.
1988) 1991 erneut in die Schweiz ein und erhielten im Rahmen der "Aktion Jugoslawien" bis März 1992 gültige Aufenthaltsbewilligungen.
Mit am 6. April 1992 beim Bundesamt für Flüchtlinge eingegangenem Schreiben ersuchten sie um Asyl.
Das Bundesamt für Flüchtlinge wies sie mit Entscheid vom 27. April 1992 dem Kanton Graubünden zu. Als die Eheleute A._ tags darauf bei den Graubündner Behörden vorsprachen, wurden sie zunächst dem Erstaufnahmezentrum FlimsWaldhaus zugeteilt. Am 4. Mai 1992 traten sie ins Durchgangszentrum X._ ein.
Am 4. Februar 1993 lehnte das Bundesamt für Flüchtlinge das Asylgesuch der Familie A._ ab und verfügte ihre Wegweisung. Da es die Rückschaffung nach Bosnien-Herzegowina als nicht zumutbar erachtete, ordnete es gleichzeitig deren vorläufige Aufnahme an. Mit Entscheid vom 2. Juni 1997 hob es die vorläufige Aufnahme auf. Nachdem hiegegen gerichtete Rechtsmittel erfolglos geblieben waren, verliess die Familie am 11. bzw. 15. Juli 1999 die Schweiz.
B.- Bis zur Ausreise waren vom schweizerischen Erwerbseinkommen der Eheleute A._ Überweisungen auf zwei vom Bund eingerichtete Sicherheitskonten getätigt worden. Die Eheleute beantragten die Auszahlung der auf den Konten befindlichen Guthaben. Darauf stellte ihnen das Bundesamt für Flüchtlinge sukzessiv verschiedene Entwürfe von Abrechnungen für während der Zeitspanne des Asylverfahrens und der vorläufigen Aufnahme angeblich entstandene und rückerstattungspflichtige Fürsorgekosten zu, die jedes Mal zu anderen Ergebnissen führten. Die Eheleute A._ bestritten jeweils, dass solche Kosten überhaupt entstanden seien.
Schliesslich verfügte das Bundesamt für Flüchtlinge in seiner Schlussabrechnung vom 8. August 2000 Folgendes:
"1. Die Sicherheitskonti Nr. 1........ und
Nr. 2........ weisen mit Datum vom 8.8.2000
einen Saldo von insgesamt Fr. 25'092. 45 auf.
2. Die aus der Sicherheitsleistungspflicht zurückzuerstattenden
Kosten werden auf Fr. 26'400.-- festgesetzt.
3. Die Sicherheitskonti Nr. 1........ und
Nr. 2........ werden saldiert. Der Saldo gemäss
Ziff. 1, zuzüglich Zins, abzüglich Spesen, wird
dem Bundesamt für Flüchtlinge als anteilsmässige
Rückerstattung an die verursachten Kosten überwiesen.. "
Hierbei ging das Bundesamt für Flüchtlinge davon aus, die Eheleute A._ seien während des Asylverfahrens vom 28. April bis zum 15. Dezember 1992 (231 Tage) und während der vorläufigen Aufnahme vom 31. März bis zum 5. Juli 1993 (96 Tage) ohne Erwerbseinkommen und damit fürsorgebedürftig gewesen. Die in dieser Zeit entstandenen Fürsorgekosten setzte es sodann bezogen auf das Asylverfahren auf pauschal Fr. 7'200.-- (= Fr. 3'600.-- pro erwachsene Person) fest; betreffend die vorläufige Aufnahme berechnete es für 96 Tage eine Tagespauschale von Fr. 40.-- pro Person (Fr. 40.-- x 5 Personen x 96 Tage = Fr. 19'200.--).
C.- Gegen die Schlussabrechnung gelangten die Eheleute A._ an das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement, welches ihre Beschwerde am 25. April 2001 abwies.
D.- M. und S. A._ haben am 22. Mai 2001 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit dem Antrag, den Entscheid des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements vom 25. April 2001 aufzuheben. Zudem ersuchen sie um unentgeltliche Rechtspflege.
Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Soweit es vorliegend um die Rückerstattung von während des Asylverfahrens erbrachter Sozialhilfe geht, fällt dies in den Regelungsbereich des Asylwesens; soweit es sich um Fürsorgeleistungen handelt, die nach abgeschlossenem Asylverfahren während der vorläufigen Aufnahme der Beschwerdeführer gewährt wurden, kommt das Bundesgesetz vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG, SR 142. 20) zum Tragen (vgl. Art. 14c Abs. 4 und 6 ANAG, Art. 44 Abs. 2 des Asylgesetzes vom 26. Juni 1998, AsylG, SR 142. 31, sowie Art. 18 des Asylgesetzes vom 5. Oktober 1979, aAsylG, zuletzt in der Fassung des zweimal verlängerten Bundesbeschlusses vom 22. Juni 1990, AS 1990 938, AS 1995 4356, AS 1997 2372).
Im Gegensatz zu Art. 11 Abs. 5 aAsylG, der die Verwaltungsgerichtsbeschwerde von Flüchtlingen bzw. Asylbewerbern gegen Verfügungen, die sich auf das Asylgesetz stützten, auch ausserhalb des Bereichs rein asylrechtlicher Entscheide weitgehend ausschloss (vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 492 f.), lässt das am 1. Oktober 1999 in Kraft getretene neue Asylgesetz vom 26. Juni 1998 die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen Entscheide des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements nun auch im Asylwesen zu, soweit sie für die konkrete Frage nicht - nach dem Asylgesetz oder dem Bundesrechtspflegegesetz - ausdrücklich für unzulässig erklärt wird (vgl. <ref-law>; E. 1 des nicht publizierten Urteils des Bundesgerichts vom 17. April 2000, 2A.52/2000). Für die im Zeitpunkt des Inkrafttretens des neuen Asylgesetzes hängigen Verfahren gilt - in materiell- wie verfahrensrechtlicher Hinsicht - grundsätzlich das neue Recht (<ref-law>).
Auch im Regelungsbereich des Ausländerrechts (ANAG) ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht grundsätzlich zulässig, es sei denn, sie wird explizit ausgeschlossen (vgl. Art. 20 Abs. 3 ANAG).
Für Beschwerden gegen Entscheide über die Abrechnung bzw. Rückerstattung von Fürsorgeleistungen besteht kein gesetzlicher Ausschlussgrund (vgl. Art. 99 ff. OG; E. 1 des erwähnten Urteils vom 17. April 2000). Insbesondere stellt der Entscheid über die Abrechnung der Fürsorgeleistungen keine Verfügung über die Gewährung oder Verweigerung des Asyls und über die vorläufige Aufnahme von Ausländern dar (vgl. Art. 100 Abs. 1 lit. b Ziff. 2 und 5 OG). Damit steht gegen den Beschwerdeentscheid des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartementes vom 25. April 2001 die Verwaltungsgerichtsbeschwerde insgesamt offen (Art. 98 lit. b in Verbindung mit Art. 97 OG und <ref-law>). Die Beschwerdeführer sind als direkt Betroffene legitimiert (Art. 103 lit. a OG). Auf die frist- und formgerecht erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist damit einzutreten.
2.- a) Die Beschwerdeführer können mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde eine Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts rügen (Art. 104 lit. a und b OG). Im vorliegenden Fall kann das Bundesgericht, da als Vorinstanz nicht eine richterliche Behörde entschieden hat, auch die Feststellung des Sachverhalts von Amtes wegen überprüfen (Art. 105 OG).
Das Bundesgericht wendet im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde das Recht von Amtes wegen an, wobei es grundsätzlich an die Parteibegehren, nicht aber an die vorgebrachten Begründungen gebunden ist (Art. 114 Abs. 1 OG; <ref-ruling> E. 1 S. 513). Es kann die Beschwerde auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder den angefochtenen Entscheid mit einer Begründung bestätigen, die von jener der Vorinstanz abweicht (<ref-ruling> E. 4a S. 117; <ref-ruling> E. 4a S. 203).
b) Der Saldo der Sicherheitskonten gibt zu keinen Bemerkungen Anlass und ist auch zwischen den Beteiligten unbestritten.
Uneinig sind sich die Beteiligten nur, ob die Beschwerdeführer die Auszahlung des Guthabens der Sicherheitskonten verlangen können oder ob das Bundesamt für Flüchtlinge das Guthaben als Ausgleich für angeblich erbrachte Fürsorgekosten an sich überweisen darf. Die Beschwerdeführer behaupten, es seien keine Fürsorgekosten angefallen.
3.- a) "Soweit zumutbar, sind Fürsorge-, Ausreise- und Vollzugskosten sowie die Kosten des Rechtsmittelverfahrens zurückzuerstatten", wobei grundsätzlich der Bund diesen Anspruch geltend macht (<ref-law>). Nach <ref-law> sind Asylsuchende und Schutzbedürftige ohne Aufenthaltsbewilligung verpflichtet, für die Rückerstattung der erwähnten Kosten Sicherheit zu leisten. Verlässt eine sicherheitsleistungspflichtige Person die Schweiz endgültig, wird ihr die erbrachte Sicherheitsleistung "abzüglich der verrechenbaren Kosten auf Antrag ausbezahlt" (<ref-law>).
Gemäss <ref-law> regelt der Bundesrat die Einzelheiten der Rückerstattungspflicht, wobei er bei der Festsetzung der rückerstattungspflichtigen Kosten von Regelvermutungen ausgehen kann. Laut Art. 9 Abs. 3 lit. d der bundesrätlichen Asylverordnung 2 vom 11. August 1999 über Finanzierungsfragen (Asylverordnung 2, AsylV 2, SR 142. 312) werden diese Kosten - abgesehen von den effektiv verursachten Kosten der Ausreise, des Vollzugs und zahnmedizinischer Behandlungen sowie der Verfahrenskosten bei der Asylrekurskommission oder beim Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement - festgesetzt auf Grund
"einer Pauschale an die übrigen Fürsorgekosten von
40 Franken pro Tag und Person. Dabei gilt die Vermutung,
dass jede Person während 210 Tagen und
Eheleute sowie ihre Kinder, welche kein eigenes
Sicherheitskonto haben, zusammen nicht mehr als 630 Tage vollumfänglich unterstützt worden sind.
Das Bundesamt überprüft diese Vermutungen, wenn:
1. die Kontoinhaberinnen und -inhaber nachweisen,
dass die Bedürftigkeit von Einzelpersonen weniger
als 210 Tage und jene von Eheleuten sowie ihren
Kindern zusammen weniger als 630 Tage gedauert hat
oder Eigen- beziehungsweise Drittleistungen erbracht
wurden,
2. mit aus dem Vermögen geleisteten Sicherheiten
höhere Kosten gedeckt werden können.. "
Art. 9 AsylV 2 gilt für Verfahren, in denen das Bundesamt für Flüchtlinge die Schlussabrechnung oder Zwischenabrechnung nach dem Inkrafttreten der Asylverordnung 2 am 1. Oktober 1999 zu veranlassen hat (Art. 82 Abs. 1 AsylV 2). Bei endgültiger Ausreise aus der Schweiz ist die Schlussabrechnung frühestens sechs Monate danach zu erstellen (Art. 17 Abs. 2 und 3 AsylV 2 in Verbindung mit <ref-law>). Da die Beschwerdeführer Mitte Juli 1999 aus der Schweiz ausgereist sind, war die Schlussabrechnung erst nach Inkrafttreten der Asylverordnung 2 zu veranlassen.
Art. 9 AsylV 2 ist somit grundsätzlich anwendbar.
b) Die Anwendung von neuen Pauschalen bzw. Ansätzen auf abgeschlossene Sachverhalte würde freilich eine echte Rückwirkung darstellen. Gegen eine solche bestehen gewichtige verfassungsrechtliche Bedenken, weshalb sie nur ausnahmsweise als zulässig erachtet wird (vgl. E. 2b des nicht publizierten Entscheids des Bundesgerichts vom 5. Dezember 2000, 2A.319/2000; in sic! 2000 S. 586 veröffentlichte E. 2b von <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4e S. 271; <ref-ruling> E. 3b/dd S. 124). Insbesondere müsste eine echte Rückwirkung vom Gesetz ausdrücklich angeordnet worden sein (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 408, mit Hinweisen). Dies trifft auf die hier interessierenden Ansätze nicht zu, da die Übergangsbestimmung des <ref-law> keine ausdrückliche Verweisung betreffend die Rückerstattungspflicht bzw. Abrechnung von Sicherheitskonten enthält. <ref-law> lässt vielmehr darauf schliessen, dass der Gesetzgeber in finanziellen Belangen keine Rückwirkung einführen wollte (E. 2b des erwähnten Entscheids 2A.319/2000). Die Bundesbehörden haben denn auch die Ansätze berücksichtigt, die während der Dauer des Asylverfahrens (April 1992 bis Februar 1993) galten. Damals hatte der Asylbewerber gemäss Art. 38 Abs. 2 der bundesrätlichen Asylverordnung 2 vom 22. Mai 1991 über Finanzierungsfragen (aAsylV 2, AS 1991 1166) an die Fürsorgekosten einen Betrag von Fr. 3'600.-- zurückzuerstatten.
Mit Änderung vom 26. Oktober 1994 (AS 1994 2494), die am 1. Januar 1995 in Kraft trat, wurde die Pauschale auf Fr. 4'800.-- erhöht. Aus den Akten (vgl. Schlussabrechnung des Bundesamtes für Flüchtlinge vom 11. Mai 2000 und korrigierte Schlussabrechnung vom 29. Juni 2000) ergibt sich, dass der Bund bereits bei diesen Beträgen von einem Tagesansatz von Fr. 40.-- ausgegangen ist und die Pauschale nach der mutmasslichen Dauer des Verfahrens bemessen hat (zunächst 90, später 120 Tage). In die Berechnung einbezogen wurden jedoch nur erwachsene Asylbewerber; die Fürsorge für ihre minderjährigen Kinder wurde nicht gesondert in Anschlag gebracht (vgl. demgegenüber Art. 9 AsylV 2, der einen Ansatz von Fr. 40.-- pro Person festlegt).
c) Es versteht sich von selbst und ergibt sich im Übrigen sowohl aus dem Wortlaut von Art. 21a Abs. 1 aAsylG und Art. 38 Abs. 1 aAsylV 2 als auch aus dem Begriff der "Rückerstattung", dass die Pauschalen von Fr. 3'600.-- bzw.
Fr. 4'800.-- Höchstbeträge darstellen. Sie können nur in Anrechnung gebracht werden, soweit die Fürsorgebedürftigkeit eines Asylbewerbers während einer bestimmten Periode und seine Unterstützung erstellt sind und dieser nicht hinreichend darzutun vermag, dass er Fürsorgeleistungen während einer kürzeren Periode oder in geringerem Umfang als angenommen bezogen hat (in diesem Sinne auch Art. 38 Abs. 2 aAsylV 2 in der Fassung vom 25. November 1996, AS 1996 3253).
4.- a) Betreffend die Fürsorge einschliesslich der Rückerstattungs- und Sicherheitsleistungspflicht im Stadium der vorläufigen Aufnahme nach Art. 14a ff. ANAG gelten grundsätzlich die Regelungen für Asylsuchende sinngemäss (vgl. Art. 14c Abs. 4 Satz 2 und Abs. 6 Satz 2 ANAG sowie Art. 22 Abs. 1 der Verordnung vom 11. August 1999 über den Vollzug der Weg- und Ausweisung von ausländischen Personen [VVWA, SR 142. 281]). Gemäss Art. 23 lit. b VVWA setzen sich die rückerstattungspflichtigen Kosten - ähnlich wie im Asylbereich - zusammen aus
"einer Pauschale an die übrigen Fürsorgekosten von
40 Franken pro Tag und Person. Dabei geht das Bundesamt
namentlich von der Vermutung aus, dass
Personen während der Zeit ohne Arbeitsverhältnis
vollumfänglich unterstützt worden sind. Das Bundesamt
überprüft diese Vermutung, wenn die Person
nachweist, dass die Bedürftigkeit während der erwerbslosen
Zeit nicht oder nicht vollumfänglich
bestanden hat oder Eigen- beziehungsweise Drittleistungen
erbracht wurden.. "
b) In der Zeit des angeblichen Bezugs von Fürsorge während der vorläufigen Aufnahme (31. März bis 5. Juli 1993) galt noch die Regelung des Art. 14c Abs. 6 ANAG in der Fassung des Bundesbeschlusses vom 22. Juni 1990 über das Asylverfahren (AS 1990 938, insbes. S. 952), wonach sich die Rückerstattung von Fürsorgeleistungen nach kantonalem Recht richtet, sofern das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement keine abweichenden Bestimmungen erlässt. Art. 8 Abs. 1 der damals geltenden bundesrätlichen Verordnung vom 25. November 1987 über die vorläufige Aufnahme und die Internierung von Ausländern in der am 1. Januar 1992 in Kraft getretenen Fassung (Internierungsverordnung, AS 1987 1669, AS 1990 1579, AS 1991 1165) lautete:
"Die gesamten Fürsorge- und Vollzugskosten sind
zurückzuerstatten.. "
Die Regelung im Kanton Graubünden, dem die Beschwerdeführer zugeteilt waren und in welchem sie sich aufhielten (vgl. die damals für Asylbewerber und vorläufig Aufgenommene noch anwendbaren Art. 20 ff. des Bundesgesetzes vom 24. Juni 1977 über die Zuständigkeit für die Unterstützung Bedürftiger, Zuständigkeitsgesetz, ZUG, SR 851. 1; AS 1978 221, AS 1991 1328 1332), sieht vor, dass der Unterstützte zur Rückerstattung der bezogenen Unterstützungshilfe ohne Zins verpflichtet werden kann, wenn sich seine Vermögens- oder Erwerbsverhältnisse verbessern; allerdings soll die Rückerstattung nur soweit erfolgen, als dadurch keine neue Bedürftigkeit entsteht (Art. 11 Abs. 2 des Graubündner Gesetzes vom 3. Dezember 1978 über die Unterstützung Bedürftiger, Unterstützungsgesetz). Die Rückerstattungspflicht für vorläufig Aufgenommene wurde im formellen Gesetz landesweit einheitlich erst mit dem am 1. Januar 1995 in Kraft getretenen Bundesbeschluss vom 16. Dezember 1994 über Sparmassnahmen im Asyl- und Ausländerbereich geregelt (AS 1994 2876, dort Art. 14c Abs. 10 ANAG; vgl. auch Botschaft vom 19. Oktober 1994 über dringliche Massnahmen zur Entlastung des Bundeshaushalts, BBl 1994 V 581, insbes. S. 588).
Im Übrigen galt damals für vorläufig Aufgenommene keine mit Art. 23 lit. b VVWA vergleichbare Tagespauschale.
Eine solche (in Höhe von Fr. 40.--) wurde erst mit der Änderung vom 22. November 1995 (AS 1995 5041) ohne Übergangsregelung auf den 1. Januar 1996 eingeführt. Auch Regelvermutungen, wie sie Art. 23 lit. b VVWA und Art. 9 Abs. 3 lit. d AsylV 2 vorsehen, bestanden noch nicht. Solche Vermutungen wurden für vorläufig Aufgenommene erst mit der Ablösung der Internierungsverordnung durch die Verordnung über den Vollzug der Weg- und Ausweisung von ausländischen Personen am 1. Oktober 1999 (vgl. Art. 27 und 29 VVWA) eingeführt. Auch insoweit fehlt eine Übergangsregelung.
5.- a) Die Beschwerdeführer haben konkret und detailliert aufgezeigt, dass sie während der Dauer des Asylverfahrens und der vorläufigen Aufnahme ihrer Familie grösstenteils gearbeitet und genug verdient haben, um ihren Lebensunterhalt zu bestreiten, dass sie über eine eigene Wohnung verfügt und nicht in Gemeinschaftsunterkünften im Durchgangszentrum gewohnt haben, dass sie mit der Leitung des Durchgangszentrums eine Sonderabmachung betreffend die Mitarbeit von S.A._ als Köchin getroffen haben und dass sie im Übrigen ausser Gutscheinen keine weiteren geldwerten Leistungen bezogen haben. Ihre Aussagen sind im Wesentlichen glaubhaft. Es ist in diesem Zusammenhang auch darauf hinzuweisen, dass der Kleine Landrat der Landschaft X._ Gemeinde mit Schreiben vom 29. Januar 1999 ausdrücklich mitgeteilt hat, die Familie A._ sei dem Gemeinwesen während "ihres gesamten Aufenthaltes in der Schweiz" von über zehn Jahren "nie zur Last gefallen".
Selbst wenn man gestützt auf die heute geltenden Regelvermutungen (vgl. E. 3 und 4 hiervor) davon ausgehen will, dass die Beschwerdeführer während der Zeit ohne Arbeitsverhältnis mit bestimmten Pauschalbeträgen unterstützt worden sind, wenn sie nicht darlegen können, dass keine oder nur eine teilweise Bedürftigkeit bestanden hat oder Eigen- bzw.
Drittleistungen erbracht worden sind (vgl. Art. 9 Abs. 3 lit. d AsylV 2, Art. 23 lit. b VVWA.), hätte Anlass zu einer Überprüfung der Vermutungen bestanden. Die glaubwürdigen Angaben und eingereichten Unterlagen reichen aus, um die Vermutungsbasis zu erschüttern, weshalb die Vermutungsfolge nicht greifen kann. Dabei ist auch zu berücksichtigen, dass an den Nachweis eigener Leistungen keine hohen Anforderungen gestellt werden können, wenn - wie es für den vorliegenden Fall zutrifft - die Nachweispflicht erst nachträglich eingeführt wird und der Betroffene somit nach Treu und Glauben nicht hat damit rechnen müssen, er habe die Bestreitung des eigenen Unterhalts dereinst zu belegen, um nicht "rückleistungspflichtig" zu werden. Den Beschwerdeführern können daher nicht einfach die Pauschalansätze (in der Regel Fr. 40.-- pro Tag und Erwachsener bzw. Person) belastet werden, wie es die Behörden getan haben. Vielmehr ist im Einzelnen zu prüfen, welche anrechenbare Unterstützung die Beschwerdeführer während der Dauer ihrer Erwerbslosigkeit tatsächlich bezogen haben.
Es fragt sich, ob die Angelegenheit zu diesem Zweck an die Bundesbehörden zurückzuweisen ist. Nachdem das Bundesamt aber - nach Rücksprache mit dem kantonalen Sozialamt - in mehreren Anläufen zu völlig unterschiedlichen Berechnungsergebnissen gelangt ist und nicht einmal über die Anwendung der Pauschalansätze Klarheit zu bestehen scheint, und weil anzunehmen ist, die verfügbaren Informationen und Unterlagen seien im Verlauf des Instanzenzuges eingebracht worden und ein Beweisverfahren würde wegen der langen Zeitdauer seit den massgeblichen Ereignissen kaum zur weiteren Klärung beitragen, rechtfertigt es sich, dass das Bundesgericht aufgrund der Akten selber entscheidet (vgl. Art. 114 Abs. 2 OG). Dabei ist mit den Bundesbehörden davon auszugehen, dass die Beschwerdeführer während ihrer Erwerbstätigkeit für sich selber aufgekommen sind und für diese Zeit keine Rückerstattungspflicht besteht. Mit den Behörden ist der Überprüfung ferner zugrunde zu legen, dass die Unterstützungsbedürftigkeit der Familie erst mit der Ankunft im Kanton Graubünden begonnen hat.
b) Aus den Akten ergibt sich, dass der Beschwerdeführer Ende Januar 1992 arbeitslos geworden ist und für eine neue Stelle keine Bewilligung erhalten hat. In der Folge ist die Aufenthaltserlaubnis für die ganze Familie Ende März 1992 nicht mehr verlängert worden, worauf die Beschwerdeführer anfangs April 1992 ein Asylgesuch eingereicht haben.
Mit Anordnung vom 27. April 1992 sind sie dem Kanton Graubünden zugeteilt und in das Erstaufnahmezentrum Gutveina in Flims eingewiesen worden. Dort ist die Familie nach den Aufzeichnungen der Bündner Behörden am 28. April 1992 eingetroffen.
Dass sie bereits damals über eine eigene Wohnung in Graubünden verfügt hat, wie ihren in diesem Punkt summarischen Ausführungen zu entnehmen ist, erscheint nicht glaubhaft.
Die Beschwerdeführer waren vorher im Kanton Thurgau wohnhaft, und es ist nicht anzunehmen, dass sie bereits unmittelbar nach der Zuweisung an den Kanton Graubünden in die später vom Durchgangszentrum X._ zur Verfügung gestellte Wohnung einziehen konnten. Auch Geldreserven scheinen nicht vorhanden gewesen zu sein, haben die Beschwerdeführer doch anlässlich der Befragung zum Asylbegehren angegeben, sie hätten nur noch Fr. 150.-- Erspartes.
Mithin hat ihre Unterstützungsbedürftigkeit und Beherbergung für die Zeit im Erstaufnahmezentrum Gutveina/Flims (28. April bis 3. Mai 1992) als erstellt zu gelten. Nach den damals geltenden Ansätzen von Fr. 40.-- pro erwachsene Person sind für diese Periode somit Fr. 480.-- (2 Personen zu Fr. 40.-- während sechs Tagen) zurückzuerstatten.
c) Anfang Mai 1992 ist die Familie A._ dem Durchgangszentrum X._ zugewiesen worden und dort am 4. Mai 1992 eingetroffen. Wie aus den Unterlagen weiter zu schliessen ist, hat sie eine vom Durchgangszentrum zur Verfügung gestellte Wohnung zu einem Zins von Fr. 300.-- pro Monat bezogen und diese während der ganzen Periode ihrer Unterstützungsbedürftigkeit bewohnt (Schreiben von Rechtsanwalt Bieler vom 3. Juli 2000; ein anderer Mietvertrag ist erst für die Zeit ab 1. Dezember 1993 vorgelegt worden, vgl. Schreiben von Rechtsanwalt Hew vom 5. Januar 1994). Die Beschwerdeführerin hat sich als ausgebildete Köchin zur Verfügung gestellt, im Durchgangsheim zu kochen, und der Beschwerdeführer hat gelegentlich Dienste als Übersetzer geleistet.
Die Beschwerdeführer machen zwar geltend, sie hätten den Mietzins für ihre Wohnung während der ganzen Zeit der Inanspruchnahme bezahlt. Dies kann jedoch für die beiden mehrmonatigen Perioden, in denen nicht mindestens ein Ehegatte ein regelmässiges Arbeitseinkommen erzielte, nicht angenommen werden, da nicht nachvollziehbar ist, woher die erforderlichen finanziellen Mittel hätten stammen sollen und die Beschwerdeführer im Schreiben vom 3. Juli 2000 ausführen, wegen der Koch- und Übersetzerdienste (im Jahre 1992) sei ihnen damals der Mietzins erlassen worden, was auf Nichtbezahlen hindeutet. Unbestritten geblieben ist zudem, dass die Familie vor Beginn der Erwerbstätigkeit in X._ Gutscheine im Betrag von Fr. 400.-- pro Monat erhalten hat.
Dass es sich bei den Gutscheinen um Geschenke gehandelt habe und ihnen die Wohnungsmiete als Abgeltung für Kochdienste erlassen worden sei, ist dagegen wiederum durch nichts belegt.
Dagegen spricht auch die Lebenserfahrung, erfolgt doch die Unterstützung Bedürftiger oft durch Abgabe von Gutscheinen bzw. Sachleistungen (vgl. auch Art. 20a Abs. 3 aAsylG und <ref-law>). Es liegt auf der Hand, dass dadurch bei gutem Einvernehmen und gelegentlichen Diensten der Asylbewerber der Eindruck entstehen kann, die Unterstützung werde ihnen geschenkweise geleistet und stelle keine Form der Fürsorge dar. Für die Zeitspanne während der Dauer des Asylverfahrens bis zur Erwerbsaufnahme Mitte Dezember 1992 (acht Monate) sind die Beschwerdeführer somit rückleistungspflichtig für Mietzinse im Betrag von Fr. 2'400.-- und Unterstützungsleistungen in Form von Gutscheinen im Betrag von Fr. 3'200.-- (insgesamt Fr. 5'600.--). Weitere Leistungen (in Geld, Inanspruchnahme ärztlicher Dienste usw.) sind nicht geltend gemacht worden und ergeben sich auch nicht aus den Akten.
d) In der Wintersaison 1992/1993 arbeiteten beide Beschwerdeführer in der Hotellerie (Hotel E._ und Hotel F._). Ihre Arbeitsverhältnisse dauerten laut den Arbeitsverträgen vom 27. Oktober und 11. November 1992 bis zum 15. bzw. 30. April 1993 (nicht wie von den Behörden angenommen bis zum 31. März 1993). Zu diesem Zeitpunkt waren die Beschwerdeführer - nach Abweisung ihres Asylgesuchs - vorläufig aufgenommen, aber immer noch in der vom Durchgangsheim vermittelten Wohnung wohnhaft. Sie blieben bis anfangs Juli 1993, d.h. während zwei Monaten, ohne Arbeit.
Ab Juli 1993 bis zum Verlassen der Schweiz Mitte 1999 hat stets mindestens einer der Beschwerdeführer ein Erwerbseinkommen erzielt. Irgendwelche Leistungen der Fürsorgebehörden an die Beschwerdeführer während der zweimonatigen erwerbslosen Zeitspanne sind nicht dargetan worden. Im Hinblick auf die unmittelbar vorangegangene mehrmonatige Erwerbstätigkeit beider Beschwerdeführer ist aufgrund der Aktenlage ohne weiteres davon auszugehen, dass die Familie ihren Lebensunterhalt in der kurzen Zeit bis zur Aufnahme der neuen Beschäftigung im Juli 1993 aus eigenen Ersparnissen bestritten hat.
Zu Unrecht haben die Bundesbehörden den Beschwerdeführern daher den - erst 1999 eingeführten - Tagesansatz von Fr. 40.-- pro Person und Tag belastet (vgl. oben E. 4b).
Nicht zu beanstanden ist hingegen die Annahme, dass ihnen für die Zeit ohne Arbeitserwerb wiederum keine Wohnungsmiete in Rechnung gestellt wurde, was einem geldwerten Vorteil von Fr. 600.-- entspricht.
6.- a) Nach dem Ausgeführten ergeben sich für die Beschwerdeführer insgesamt anrechenbare Fürsorgekosten von Fr. 6'680.-- (Fr. 480.-- + Fr. 5'600.-- + Fr. 600.--). Hierfür sind sie rückleistungspflichtig. Davon sind unbestrittenermassen Fr. 1'828. 50 in Abzug zu bringen, die als Eigenleistung der Beschwerdeführer an die Kanzlei der Asylorganisation des kantonalen Sozialamtes anerkannt worden sind (vgl. Vernehmlassung des Bundesamtes für Flüchtlinge vom 5. Oktober 2000, S. 3, und Abrechnung des Kantonalen Sozialamtes Graubünden vom 26. Juni 2000). Die verbleibenden Restbeträge auf den Sicherheitskonten sind den Beschwerdeführern nebst Zins zu 0,75% für 15 Monate (ausmachend Fr. 195. 30) auszubezahlen, zumal die Beschwerdeführer - entgegen den Feststellungen des Departementes auf S. 3 des angefochtenen Entscheids - in ihrer Beschwerde vom 28. August 2000 (S. 2) ausdrücklich die Erhöhung des Saldos um die aufgelaufenen Zinsen beantragt haben. Laut der Verfügung des Bundesamtes für Flüchtlinge (Ziff. 1) beträgt der Saldo der Sicherheitskonten Fr. 25'092. 45. Er ist nach dem Gesagten um Fr. 195. 30 zu erhöhen. Von diesem Betrag (Fr. 25'287. 75) sind Fr. 4'851. 50 (Fr. 6'680.-- - Fr. 1'828. 50) abzuziehen.
Die Beschwerde ist deshalb insofern teilweise gutzuheissen, als der angefochtene Entscheid aufzuheben und das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement anzuweisen ist, den Beschwerdeführern Fr. 20'436. 25 zu überweisen.
b) Bei diesem Verfahrensausgang obsiegen die Beschwerdeführer weitgehend. Es rechtfertigt sich mit Blick auf die Verfahrensumstände, die Verfahrenskosten dem für den Bund handelnden Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement aufzuerlegen, dessen Vermögensinteressen hier betroffen sind (Art. 156 Abs. 1 und 2, Art. 153 und 153a OG). Den Beschwerdeführern ist zudem zu Lasten des Departements eine Parteientschädigung zuzusprechen, die auch den Parteiaufwand für das vorinstanzliche Verfahren mitumfasst (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements vom 25. April 2001 aufgehoben und dieses angewiesen, den Beschwerdeführern aus den Sicherheitskonten Nrn. 1........ und 2........ einen Betrag von Fr. 20'436. 25 zu überweisen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement auferlegt.
3.- Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement hat die Beschwerdeführer für das vorinstanzliche und das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird als gegenstandslos abgeschrieben.
5.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern und dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2001
_
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: