Sachverhalt:
A. A.a Y._, verstorben 1980, und Z._, verstorben 1997, hinterliessen als gesetzliche Erben ihre sechs Kinder. Der Nachlass besteht aus einer Reihe von Liegenschaften. Im Rahmen des vor Bezirksgerichts hängigen Erbschaftsstreites schlossen die Erben am 31.Oktober/7. November 2002 einen aussergerichtlichen Vergleich ab. Der Miterbe X._ räumte seinen Geschwistern ein Kaufrecht zu Lasten seines Grundstückes LB Nr. 1 in K._ ein, welches im Grundbuch vorgemerkt wurde. Zugleich wurde er ermächtigt, das genannte Grundstück bis zum Beginn der Überbauung unentgeltlich landwirtschaftlich zu nutzen.
A.b Am 20. September 2004 wurde das Kaufrecht ausgeübt. Nachdem der Grundeigentümer sich der Grundbucheintragung widersetzt hatte, gelangten die Kaufrechtsberechtigten an das Bezirksgericht L._. Mit Urteil vom 30. November 2005 wies das Bezirksgericht unter anderm das Grundbuchamt an, die Parzellierung des Grundstückes LB Nr. 1 in LB Nr. 1 und LB Nr. 2 vorzunehmen und die Kaufsrechtsberechtigten als Miteigentümer des neugebildeten Grundstücks LB Nr. 2 einzutragen. Das Obergericht des Kantons Aargau wies die von X._ dagegen eingereichte Appellation am 9. Mai 2006 ab. Das Bundesgericht trat auf die Berufung nicht ein (4C.246/2006 vom 2. Oktober 2006).
A.c Am 13. Januar 2005 trug X._ zu Lasten seines Grundstückes LB Nr. 2 ein landwirtschaftliches, vererbliches Nutzungsrecht zu seinen Gunsten und einen Inhaberschuldbrief über Fr. 50'000.-- im ersten Rang ein. Daraufhin erhoben die Kaufrechtsberechtigen am 4. Juli 2007 Grundbuchberichtigungsklage. Das Bezirksgericht hiess diese gut und ordnete antragsgemäss die Löschung des landwirtschaftlichen Nutzungsrechtes an. Zudem verpflichtete es X._ zu Schadenersatz an die Kläger. Das Obergericht wies die von X._ dagegen erhobene Appellation am 21. August 2008 ab.
B. X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) ist am 17. Oktober 2008 mit Beschwerde in Zivilsachen und mit Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht gelangt. Er verlangt die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils. Zudem stellt er das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Es sind keine Antworten eingeholt worden.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über den Bestand einer Personaldienstbarkeit und die Leistung von Schadenersatz, mithin eine Zivilsache mit Vermögenswert (Art. 72 Abs. 1 und Art. 75 Abs. 1 BGG). Die gesetzliche Streitwertgrenze ist überschritten (<ref-law>). Die Beschwerde in Zivilsachen ist gegeben, womit sich die Verfassungsbeschwerde erübrigt (<ref-law>).
2. Mit der Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonaler verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Auf die Vorbringen des Beschwerdeführers ist nur soweit einzutreten, als sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen genügen. Die Beschwerde nach <ref-law> hat nebst einem Antrag eine Begründung zu enthalten, in welcher in gedrängter Form dargelegt wird, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.3). Auch Verfassungsrügen sind in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (<ref-law>).
3. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet ausschliesslich die Frage, ob der Beschwerdeführer zur Eintragung eines landwirtschaftlichen Nutzungsrechtes in Gestalt einer Personaldienstbarkeit zu Lasten seines Grundstückes berechtigt war, nachdem die Miterben das ihnen an diesem Grundstück zustehende Kaufsrecht bereits ausgeübt hatten und nun gerichtlich durchsetzen wollten.
3.1 Die Vorinstanz befand in ihrem Entscheid vom 9. Mai 2006, dass die Dauer der im aussergerichtlichen Vergleich vom 31. Oktober/7. November 2002 begründeten unentgeltlichen landwirtschaftlichen Nutzung des Grundstückes LB Nr. 1 (nunmehr LB Nr. 2) sich aufgrund des Wortlautes ("bis zu Beginn der Überbauung") nicht eindeutig festlegen lasse. Insbesondere werde daraus noch nicht klar, ob sich die Nutzung auf die Vormerkungsdauer oder auch auf die Zeit nach Ausübung des Kaufrechtes und insbesondere auf die Zeit nach der Veräusserung des Grundstückes beziehen sollte. Aus dem Gesamtzusammenhang des Vergleiches lasse sich indes der Schluss ziehen, dass die Parteien in erster Linie an den Verkauf des Grundstücks zum Zweck der Überbauung gedacht hätten. Die Nutzung sei dem Beschwerdeführer daher nur bis zur Realisierung des Kaufrechts eingeräumt worden. Daraus folgert die Vorinstanz im nunmehr angefochtenen Urteil, dass das während des Verfahrens betreffend die Ausübung des Kaufrechts zu Lasten des Grundstücks LB Nr. 2 eingetragene Nutzungsrecht nicht gerechtfertigt und daher zu löschen sei. Der Beschwerdeführer bestehe weiterhin auf einer landwirtschaftlichen Nutzung bis zum Beginn der Überbauung. Damit verkenne er, dass über die Nutzungsdauer bereits im vorangegangenen Verfahren entschieden worden sei und aufgrund seiner Vorbringen kein Anlass bestehe, auf das Urteil vom 9. Mai 2006 zurückzukommen. Das von ihm begründete Nutzungsrecht stellt nach Ansicht der Vorinstanz zudem eine Vertragsverletzung dar, da das Kaufrecht nicht ohne dieses ausgeübt werden könne. Daher sei er zur Leistung von Schadenersatz verpflichtet.
3.2 Der Beschwerdeführer hält auch vor Bundesgericht an der ihm vergleichsweise eingeräumten Nutzung des Grundstückes Nr. 2 fest. Zudem wendet er sich gegen die Leistung von Schadenersatz. Er begründet dies im Wesentlichen mit dem Umstand, dass das Grundstück noch nicht überbaubar sei. Es fehle an der Erschliessung und eine Umzonung sei im Gange. Seinerseits habe er alles vorgekehrt, um die Erbteilung voranzutreiben.
3.3 Damit verkennt der Beschwerdeführer, dass es im vorliegenden Verfahren um den Bestand des von ihm am 13. Januar 2005 begründeten landwirtschaftlichen Nutzungsrechtes geht und nicht um dasjenige, welches die Miterben ihm im seinerzeitigen aussergerichtlichen Vergleich eingeräumt haben. Zudem ist er zur Zahlung von Schadenersatz wegen Vertragsverletzung verpflichtet worden. Seine Vorbringen erschöpfen sich im Wesentlichen in der Schilderung der rechtlichen und tatsächlichen Beschaffenheit des Grundstücks LB Nr. 2 und gehen an der Sache vorbei. Es wird weder ein Zusammenhang mit dem Streitgegenstand erkennbar noch wird zumindest ansatzweise eine Verletzung von Bundesrecht (<ref-law>) gerügt.
4. Nach dem Gesagten kann auf die Beschwerde in Zivilsachen insgesamt nicht eingetreten werden. Sie erwies sich von Anfang an als aussichtslos. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist daher abzuweisen (<ref-law>). Ausgangsgemäss trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfassungsbeschwerde erweist sich als gegenstandslos.
2. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Dezember 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Schett