Sachverhalt:
A. X._ führte eine Gärtnerei (Einzelfirma) in E._. Nach seinem Ableben (1999) erlosch die Einzelfirma und sein Nachlass ging an die Erbengemeinschaft X._ - bestehend aus seiner Witwe, seinen beiden Söhnen und seiner Tochter - über. Anfangs Oktober 2003 teilte der Rechtsdienst der kantonalen Steuerverwaltung den Erben sinngemäss mit, dass die Steuerbehörde sämtliche Liegenschaften der ehemaligen Gärtnerei als Geschäftsvermögen betrachte. Weder X._ noch seine Erben hätten jemals eindeutig und unmissverständlich erklärt, die Liegenschaften der Gärtnerei in das Privatvermögen zu überführen. Am 28. November 2003 verkauften die Erben die Grundstücke zum Preis von Fr. 1'300'000.--.
B. Die kantonale Steuerverwaltung erhob am 13. April 2004 eine den Erbanteilen entsprechende Grundstückgewinnsteuer für das Jahr 2003. Diese ist formell rechtskräftig geworden. Am 18. Mai 2005 veranlagte die kantonale Steuerverwaltung, Bezirkssteuerkommission für die Gemeinde E._, den Verkauf als Liquidationsgewinn, setzte diesen auf insgesamt Fr. 832'600.-- fest und teilte ihn auf die Erben entsprechend ihrer Erbanteile auf. Dagegen erhoben diese erfolglos Einsprache. Eine Beschwerde gegen den Einspracheentscheid wies die Steuerrekurskommission des Kantons Wallis ab.
C. Vor Bundesgericht beantragen die Erben, der Entscheid der Steuerrekurskommission vom 26. März 2008 (Versand 26. November 2008) einschliesslich der Veranlagungsverfügung betreffend direkte Bundes-, Staats- und Gemeindesteuer sei aufzuheben. Sie rügen, der Sachverhalt sei willkürlich festgestellt und zudem seien die Offizialmaxime, das Doppelbesteuerungsgebot (recte: Doppelbesteuerungsverbot) sowie der Grundsatz von Treu und Glauben verletzt worden. Die Steuerrekurskommission, die kantonale Steuerverwaltung und die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) beantragen, die Beschwerde abzuweisen.
Am 13. Februar 2009 wies der Abteilungspräsident das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde ab.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG; Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und der Gemeinden [StHG; SR 642.14] sowie Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]). Die Beschwerdeführer haben vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen, sind als unterlegene Abgabepflichtige durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (<ref-law>). Auf die fristgerecht (vgl. Art. 100 i.V.m. Art. 45 und 46 BGG) eingereichte Eingabe ist grundsätzlich einzutreten.
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG; Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und der Gemeinden [StHG; SR 642.14] sowie Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]). Die Beschwerdeführer haben vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen, sind als unterlegene Abgabepflichtige durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (<ref-law>). Auf die fristgerecht (vgl. Art. 100 i.V.m. Art. 45 und 46 BGG) eingereichte Eingabe ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 1.2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen gilt nicht, soweit eine Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht geltend gemacht wird (vgl. <ref-law>). In diesem Fall müssen die Beschwerdeführer in ihrer Eingabe präzise und in Auseinandersetzung mit den Ausführungen der Vorinstanz im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid widerrechtlich sein soll ("qualifizierte Rügepflicht"; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287).
1.2.2 Unzulässig ist der Antrag der Beschwerdeführer, nicht nur das Urteil vom 26. März 2008 der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis, sondern auch die Veranlagungsverfügung betreffend direkte Bundes-, Staats- und Gemeindesteuer aufzuheben: Diese wurde durch den angefochtenen Entscheid ersetzt (Devolutiveffekt); sie gilt lediglich inhaltlich als mitangefochten (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 441; <ref-ruling> E. 1c S. 33; BGE 2C_899/2008 vom 18. Juni 2009 E. 1.3.2). Die Rüge einer Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots (<ref-law>) ist nicht rechtsgenügend begründet; es ist deshalb darauf nicht weiter einzugehen.
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (<ref-law>). Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in <ref-law> genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von <ref-law>, die dem Richter geradezu in die Augen springen (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
Die Beschwerdeführer rügen lediglich appellatorisch die unrichtige Feststellung des Sachverhalts. Aus ihren Ausführungen geht nicht hervor, inwiefern die vorinstanzlichen Feststellungen unhaltbar sein sollen. Diese sind deshalb für das Bundesgericht verbindlich. Im Übrigen ist aus der Beschwerdebegründung insgesamt ersichtlich, dass nicht die Sachverhaltsermittlung als solche, sondern die rechtliche Würdigung dieses Sachverhalts in Frage gestellt wird.
3. Der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis stützt sich sowohl auf das DBG (unten E. 3.1) als auch auf das kantonale Steuerrecht (unten E. 3.2).
3. Der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis stützt sich sowohl auf das DBG (unten E. 3.1) als auch auf das kantonale Steuerrecht (unten E. 3.2).
3.1 3.1.1 Der angefochtene Entscheid basiert auf den Regelungen über die steuerbaren Einkünfte einer selbständigen Erwerbstätigkeit, insbesondere auf <ref-law>. Im Laufe des bundesgerichtlichen Verfahrens ist auf den 1. Januar 2009 ein neuer <ref-law> in Kraft getreten (AS 2008 2893, 2894). Für die bundesgerichtliche Beurteilung ist grundsätzlich die Rechtslage massgebend, wie sie bestand, als der angefochtene Verwaltungsakt erging (<ref-ruling> E. 5e/aa S. 598 mit weiteren Hinweisen). Demnach ist noch die vor dem 1. Januar 2009 geltende Version von <ref-law> (AS 1991 1184, 1190; AS 1999 2374, 2377: Satz 3 von <ref-law>) anwendbar.
3.1.2 Steuerbar sind alle Einkünfte aus einem Handels-, Industrie-, Gewerbe-, Land- und Forstwirtschaftsbetrieb, aus einem freien Beruf sowie aus jeder anderen selbständigen Erwerbstätigkeit (<ref-law>). Zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Der Veräusserung gleichgestellt ist u.a. die Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen. Als Geschäftsvermögen gelten alle Vermögenswerte, die ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dienen (Art. 18 Abs. 2 Satz 1, 2 und 3 1. Halbsatz DBG). Grundstücke, welche Geschäftsvermögen darstellen, bleiben auch nach Ableben des früheren Eigentümers Geschäftsvermögen und die Erben treten an die Stelle des Verstorbenen. Diese werden quasi zu Selbständigerwerbenden, selbst wenn sie das Geschäft nicht weiterführen (vgl. MARKUS REICH, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), 2. Aufl. 2008, N. 38 zu <ref-law>). Soll Geschäftsvermögen in Privatvermögen überführt werden, so bedarf es dazu einer Abrechnung des Steuerpflichtigen mit der Steuerbehörde; durch den blossen Zeitablauf können Liegenschaften nicht in das Privatvermögen übergehen (<ref-ruling> E. 6c/bb S. 127). Erfolgt keine Abrechnung, so verbleiben die Grundstücke im Geschäftsvermögen. Ein Verkauf einer Liegenschaft gilt somit als Verkauf von Geschäftsvermögen. Gewinne aus diesem Verkauf sind entsprechend <ref-law> steuerbar.
3.1.3 Es ist unbestritten, dass der Erblasser Inhaber einer Gärtnerei und somit Selbständigerwerbender war und dass die verkauften Grundstücke bisher der selbständigen Erwerbstätigkeit dienten. Die Beschwerdeführer haben - wie sich aus dem für das Bundesgericht verbindlichen Sachverhalt (<ref-law>) ergibt - mit der Steuerbehörde nicht über die dem Geschäftsvermögen zugerechneten Liegenschaften abgerechnet. Diese sind deshalb nicht durch Zeitablauf ins Privatvermögen übergegangen. Die Besteuerung des Verkaufsgewinns (Liquidationsgewinn) ist deshalb zu Recht erfolgt. Gestützt auf <ref-law> zählen zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit auch Kapitalgewinne aus Veräusserung von Geschäftsvermögen.
3.2 In Art. 8 StHG werden die Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit bezeichnet, welche der Einkommenssteuer unterliegen. Nach dessen Abs. 1 zählen u.a. auch alle Kapitalgewinne auf Geschäftsvermögen aus Veräusserung zu den steuerbaren Einkünften. Art. 8 Abs. 1 StHG entspricht nach dem Wortlaut und dem Gehalt <ref-law> (dazu auch REICH, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>). Art. 14 des Steuergesetzes (des Kantons Wallis) vom 10. März 1976 (StG; SGS 642.1) stimmt mit Art. 18 Abs. 1 und 2 DBG überein. Die Rechtslage ist somit für das kantonale Steuerrecht die gleiche wie bei der direkten Bundessteuer. Es kann deshalb auf die vorstehenden Erwägungen verwiesen und festgehalten werden, dass die Besteuerung des Verkaufsgewinns zu Recht als Liquidationsgewinn erfolgt ist (Art. 14 Abs. 1 und 2 StG/VS i.V.m. Art. 8 StHG).
3.2 In Art. 8 StHG werden die Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit bezeichnet, welche der Einkommenssteuer unterliegen. Nach dessen Abs. 1 zählen u.a. auch alle Kapitalgewinne auf Geschäftsvermögen aus Veräusserung zu den steuerbaren Einkünften. Art. 8 Abs. 1 StHG entspricht nach dem Wortlaut und dem Gehalt <ref-law> (dazu auch REICH, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>). Art. 14 des Steuergesetzes (des Kantons Wallis) vom 10. März 1976 (StG; SGS 642.1) stimmt mit Art. 18 Abs. 1 und 2 DBG überein. Die Rechtslage ist somit für das kantonale Steuerrecht die gleiche wie bei der direkten Bundessteuer. Es kann deshalb auf die vorstehenden Erwägungen verwiesen und festgehalten werden, dass die Besteuerung des Verkaufsgewinns zu Recht als Liquidationsgewinn erfolgt ist (Art. 14 Abs. 1 und 2 StG/VS i.V.m. Art. 8 StHG).
3.3 3.3.1 Die Beschwerdeführer machen geltend, dass der Gewinn des Verkaufs der Grundstücke bereits rechtskräftig mit der Grundstückgewinnsteuer veranlagt worden sei. Es verstosse deshalb gegen die Offizialmaxime und gegen das Prinzip von Treu und Glauben, wenn der gleiche Sachverhalt nun noch als Liquidationsgewinn erfasst werde. Die Veranlagungsverfügung betreffend der Grundstückgewinnsteuer ist zwar nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens; es rechtfertigt sich allerdings aufgrund des engen Sachzusammenhangs (Urteil 2A.121/2004 vom 16. März 2004 E. 2.1; Urteil 2A.441/2000 vom 25. Juni 2001 E. 2b und c), auch die entsprechenden Rügen zu behandeln.
3.3.2 Die strittigen, verkauften Grundstücke können nur entweder als Geschäftsvermögen oder als Privatvermögen qualifiziert und der zu besteuernde Gewinn demgemäss nur entweder als Veräusserungs- bzw. Liquidationsgewinn oder als Grundstückgewinn veranlagt werden. Insoweit ist der Argumentation der Beschwerdeführer zuzustimmen. Der Rechtsdienst der Steuerverwaltung des Kantons Wallis führt dazu allerdings aus, dass die erste Veranlagung (d.h. die Grundstückgewinnsteuer) nur rechtskräftig werde, wenn die zweite Behörde, welche für die Liquidationsgewinne zuständig sei, auf die Besteuerung verzichtet habe. Diese Auffassung ergibt sich weder aus der Veranlagungsverfügung für die Grundstückgewinnsteuer noch aus den gesetzlichen Grundlagen (StG/VS; SGS 642.1). Die Verfügung hat deshalb als formell rechtskräftig zu gelten. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer folgt daraus jedoch nicht, dass die hier umstrittene Verfügung nicht zulässig wäre. Diese ist - wie ausgeführt - rechtens. Da allerdings nicht beide, sich widersprechenden Verfügungen über den gleichen Sachverhalt zugleich bestehen können, ist die Steuerverwaltung des Kantons Wallis darauf zu behaften, dass sie den bereits geleisteten Steuerbetrag zurückerstatten und infolgedessen die erwähnte Verfügung widerrufen wird.
4. 4.1 Die Beschwerde erweist sich im Resultat als unbegründet und ist deshalb im Sinne der Erwägungen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Steuerverwaltung des Kantons Wallis wird darauf behaftet, dass sie den bereits aus der Grundstückgewinnsteuer geleisteten Steuerbetrag den Beschwerdeführern zurückerstattet.
4.2 Die Gerichtskosten (<ref-law>) werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt. Wenn es die Umstände rechtfertigen, kann das Bundesgericht die Kosten anders verteilen oder darauf verzichten, Kosten zu erheben (<ref-law>). Im vorliegenden Fall sind die Beschwerdeführer zwar unterlegen. Doch hat die kantonale Steuerverwaltung durch ihr unkoordiniertes Veranlagungsverfahren den Beschwerdeführern zusätzlichen Aufwand verursacht (<ref-law>), zumal sie ihnen erst im Laufe des bundesgerichtlichen Verfahrens zugestanden hat, dass die Verfügung über die Grundstückgewinnsteuer zu Unrecht erhoben worden ist und deshalb der bereits geleistete Betrag zurückerstattet wird. Es kann nicht Aufgabe des Steuerpflichtigen sein, die fehlende kantonale Koordination beschwerdeweise vor Bundesgericht zu veranlassen. Demgemäss hat der Kanton Wallis die Hälfte der Verfahrenskosten zu tragen.
4.3 Als obsiegende Partei steht der kantonalen Steuerverwaltung keine Parteientschädigung zu (Art. 68 Abs. 1, 2 und 3 BGG). Sie ist vielmehr zu verpflichten, der unterliegenden Partei eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen. Wie bereits bei den Ausführungen zur Kostenaufteilung ausgeführt, hat die kantonale Steuerverwaltung den Beschwerdeführern zusätzlichen Aufwand verursacht. Die Regel, wonach derjenige, der unnötige Kosten verursacht, diese zu bezahlen hat, gilt auch für die Parteientschädigung (<ref-law>). Die kantonale Steuerverwaltung hat den Beschwerdeführern demgemäss eine Parteientschädigung von Fr. 1'000.-- zu bezahlen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern und der Steuerverwaltung des Kantons Wallis je zur Hälfte auferlegt.
3. Die Steuerverwaltung des Kantons Wallis hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerrekurskommission des Kantons Wallis und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. August 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Errass