Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Kulm verurteilte A.X._ am 30. November 2010 wegen versuchten Betrugs (Art. 146 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>), mehrfacher Veruntreuung (<ref-law>) und Urkundenfälschung (<ref-law>) zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 10 Monaten und einer Busse von Fr. 1'000.--.
B. Das Obergericht des Kantons Aargau hiess die Beschwerde von A.X._ gegen das Urteil des Bezirksgerichts Kulm am 15. März 2012 teilweise gut und sprach ihn des versuchten Betrugs (Art. 146 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>), des mehrfachen Diebstahls (<ref-law>), der Veruntreuung (<ref-law>) und der mehrfachen Urkundenfälschung (<ref-law>) schuldig. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 300 Tagessätzen zu Fr. 10.-- und einer Busse von Fr. 1'000.--.
C. Das Obergericht hält u.a. folgende Sachverhalte für erwiesen:
C.a Die Finanzdirektion des Kantons Zürich stellte der Ehefrau von A.X._, B.X._, im Nachgang zur Erbschaft ihres Onkels Fr. 24'560.-- Erbschaftssteuern in Rechnung. Rechtsanwalt E._ reichte im Auftrag von B.X._ am 22. April 2005 bei der Finanzdirektion des Kantons Zürich ein Gesuch um Erlass der Erbschaftssteuer ein. Er führte darin aus, B.X._ habe das geerbte Geld auf Anraten eines Freundes in eine im Jahre 2004 gegründete Transportgesellschaft investiert, was sich als wenig glücklich erwiesen habe, da diese ohne Aussicht auf Besserung rote Zahlen schreibe. Es sei deshalb davon auszugehen, dass ihre Investition wertlos sei (Urteil E. 4.2 S. 15). Mit Schreiben vom 1. Juli 2005 reichte B.X._ der Finanzdirektion des Kantons Zürich einen auf den 23. März 2004 zurückdatierten Darlehensvertrag zwischen ihr und der C._ AG über Fr. 150'000.-- ein. Der Darlehensvertrag wurde seitens der C._ AG von D._ unterzeichnet (Urteil E. 4.2 und E. 4.3.1 S. 15 f.). Dieser schlug B.X._ und A.X._ vor, mit einem fiktiven Darlehensvertrag zu belegen, dass sie nicht in der Lage seien, die Erbschaftssteuer zu bezahlen. A.X._ liess sich gemeinsam mit seiner Ehefrau bezüglich der Umgehung der geschuldeten Erbschaftssteuer von D._ beraten und begleitete diese ins Notariatsbüro von E._, wo sie den Darlehensvertrag im Wissen um den unwahren Inhalt unterzeichnete (Urteil E. 4.3.6 S. 18). In Tat und Wahrheit hatte B.X._ das geerbte Geld in die im Jahre 2004 gegründete und im Gütertransport tätige F._ AG investiert (Urteil E. 4.3.3 S. 17). Der Darlehensvertrag veranlasste die Finanzdirektion des Kantons Zürich, das Steuererlassgesuch vom 22. April 2005 genau zu prüfen, bevor sie dieses mit Verfügung vom 28. September 2005 abwies (Urteil E. 4.3.1 S. 16 und E. 4.3.4 S. 17).
C.b D._, G._ und H._ beschlossen anlässlich der "ausserordentlichen Generalversammlung" vom 3. Januar 2006, A.X._ mit sofortiger Wirkung seines Amtes als Verwaltungsratspräsident der F._ AG zu entheben und stattdessen H._ einzusetzen. Im anlässlich der Verhandlung vom 19. November 2007 mit der F._ AG abgeschlossenen gerichtlichen Vergleich zog A.X._ seine beim Handelsgericht des Kantons Aargau eingereichte Klage auf Feststellung der Ungültigkeit des Generalversammlungsbeschlusses vom 3. Januar 2006 zurück (Urteil E. 5.2.2 S. 20).
A.X._ drang am 2. Februar 2006 mit Gefolgsleuten und unter Beizug der Polizei in die Geschäftsräume der F._ AG ein, entwendete einen auf die F._ AG eingelösten und in deren Eigentum oder dem Eigentum von D._ stehenden Audi S6 sowie sieben Schuldbriefe. Den Audi S6 und die Schuldbriefe veräusserte er später an Dritte (Urteil E. 5.1.1 S. 19; E. 5.2.4.1 S. 22; E. 8 S. 27). Am 2. Februar 2006 verkaufte er zudem den ihm als Geschäftsfahrzeug von der F._ AG zum Gebrauch überlassenen Renault Espace seiner Ehefrau B.X._, welche diesen weiterverkaufte (Urteil E. 6 S. 25 f.). Die F._ AG erhielt für den Verkauf der beiden Fahrzeuge und der Schuldbriefe keine Gegenleistung (Urteil E. 5.1.1 S. 19; E. 6.1 S. 25; E. 8.1.1 S. 27).
C.c Kurz vor dem 29. November 2006 brachte A.X._ auf zwei auf die F._ AG lautenden Namenschuldbriefen auf den 6. Januar 2006 rückdatierte Indossamente an. Die Schuldbriefe verkaufte er am 29. November 2006 an I._. Er handelte in der Absicht, diesen über die nicht vorhandene Berechtigung an den Schuldbriefen zu täuschen (Urteil E. 9.1 S. 29).
D. A.X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, ihn vom Vorwurf des versuchten Betrugs, des mehrfachen Diebstahls, der Veruntreuung und der mehrfachen Urkundenfälschung freizusprechen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
E. Die Oberstaatsanwaltschaft und das Obergericht reichten eine Vernehmlassung ein. A.X._ nahm dazu Stellung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer in Mittäterschaft mit B.X._ wegen versuchten Betrugs zum Nachteil der Finanzdirektion des Kantons Zürich schuldig, weil sie mittels des fiktiven Darlehensvertrags einen Erlass der Erbschaftssteuern von Fr. 24'560.-- bewirken wollten. Der Beschwerdeführer rügt, die Verurteilung basiere auf einer willkürlichen Sachverhaltsfeststellung und verletze <ref-law>, da sein Verhalten nicht arglistig gewesen sei.
1.2 Das Bundesgericht wendet Bundesrecht von Amtes wegen an (<ref-law>). Eingangs ist zu prüfen, ob <ref-law> zur Anwendung gelangt.
1.2.1 Gemäss § 62 des Erbschafts- und Schenkungssteuergesetzes des Kantons Zürich vom 28. September 1986 (ESchG/ZH) kann die Finanzdirektion die Steuerschuld ganz oder teilweise erlassen, wenn die Bezahlung der Steuern für den Steuerschuldner infolge besonderer Verhältnisse eine grosse Härte bedeutet. Der Betrug gemäss <ref-law> wird als Verbrechen (<ref-law>) mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren bestraft. Handelt der Täter gewerbsmässig, lautet die Strafe bis zu zehn Jahren Freiheitsstrafe, bei einer Mindestgeldstrafe von 90 Tagessätzen (<ref-law>). Täuscht ein Steuerpflichtiger die Steuerbehörde, wird die Tat demgegenüber in der Regel als Übertretung (<ref-law>) mit einer blossen Busse (Steuerhinterziehung), allenfalls als Vergehen im Sinne von <ref-law> (Steuerbetrug) geahndet (so die Widerhandlungen auf dem Gebiet der Einkommens- und Vermögenssteuer, siehe Art. 175 und Art. 186 DBG [SR 642.11] bzw. Art. 56 und Art. 59 StHG [SR 642.14]).
1.2.2 Die Erbschaftssteuer ist eine rein kantonale Steuer (XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4. Aufl. 2012, N. 1 S. 459). Die Kantone sind gemäss <ref-law> befugt, die Widerhandlungen gegen das kantonale Verwaltungs- und Prozessrecht mit Sanktionen zu bedrohen. Das Steuerstrafrecht wurde bezüglich der kantonalen Steuern vollständig den Kantonen überlassen (<ref-ruling> E. 2b). Der Steuerhinterziehung nach § 68 Abs. 1 ESchG/ZH macht sich strafbar, wer als Steuerpflichtiger vorsätzlich oder fahrlässig bewirkt, dass er unvollständig eingeschätzt wird. Einen Steuerbetrug im Sinne von § 74 Abs. 1 ESchG/ZH begeht, wer zum Zweck der Steuerhinterziehung gefälschte, verfälschte oder inhaltlich unwahre Urkunden zur Täuschung gebraucht. Die Steuerhinterziehung wird mit einer Strafsteuer geahndet, die ein Viertel bis das Dreifache, in der Regel das Einfache der hinterzogenen Steuer beträgt (§ 68 Abs. 1 ESchG/ZH). Begeht der Steuerpflichtige einen Steuerbetrug, wird er unabhängig von der Festsetzung einer Strafsteuer mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft (§ 74 Abs. 1 ESchG/ZH).
1.2.3 Die Fiskalstraftatbestände gehen dem gemeinrechtlichen Betrug von <ref-law> als speziellere und privilegierende Bestimmungen grundsätzlich vor. Die Tragweite von <ref-law> wird entsprechend eingeschränkt. Dies gilt gemäss der Rechtsprechung auch, wenn im konkreten Fall eine anwendbare Spezialnorm fehlt, z.B. weil der zuständige Kanton keine solche Strafbestimmung kennt oder weil es sich um ein in der Schweiz gegen einen ausländischen Staat begangenes Fiskaldelikt handelt. Der strengere Betrugstatbestand von <ref-law> greift nicht subsidiär ein, wo das für den Bereich der Fiskaldelikte zuständige Recht gar keine Strafbestimmung enthält oder aus irgendwelchen Gründen nicht zur Anwendung kommt (<ref-ruling> E. 2d).
Der gesetzgeberische Grund für die mildere Strafdrohung bei Fiskaldelikten liegt wie bei allen Spezialbestimmungen über täuschendes Verhalten in einem Verwaltungsverfahren darin, dass der Täter einer hoheitlich handelnden, mit besonderen Kompetenzen ausgestatteten Behörde gegenübersteht und vielfach vor allem im Bereich des Abgaberechts ex lege dem betreffenden Verfahren unterworfen wird. Der Grund für die Privilegierung entfällt, wenn ein Täter nicht als Steuerpflichtiger in einem gegen ihn eingeleiteten Veranlagungsverfahren oder ihm durch den vorangehenden Quellensteuerabzug aufgezwungenen Rückerstattungsverfahren betrügerische Handlungen begangen, sondern aus eigener Initiative entschlossen hat, sich durch Irreführung der Behörden unrechtmässig zu bereichern, indem er beispielsweise auf raffinierte Weise systematisch fiktive Rückerstattungsansprüche existierender oder erfundener Personen geltend macht und mittels falscher Urkunden die Auszahlung erwirkt. Ein solches Verhalten ist als gemeinrechtlicher Betrug zum Nachteil des betroffenen Gemeinwesens und nicht als Steuerbetrug zu ahnden, da jeder Zusammenhang mit einem regulären Steuerverfahren fehlt (<ref-ruling> E. 2e).
1.3 Das Bundesgericht lud die Parteien unter Hinweis auf <ref-ruling> und <ref-law> ein, zur Anwendbarkeit von <ref-law> Stellung zu nehmen, da die Frage im bisherigen Verfahren nicht aufgeworfen wurde und sich auch der Beschwerdeführer in seiner Beschwerde dazu nicht äusserte.
1.3.1 Das Obergericht stellt sich in seiner Vernehmlassung auf den Standpunkt, an der in <ref-ruling> begründeten Rechtsprechung könne nicht festgehalten werden. Nicht einsichtig sei, weshalb ein Täter, der sowohl die objektiven als auch subjektiven Tatbestandsmerkmale des Betrugs gemäss <ref-law> erfülle, nur kantonalem Steuerstrafrecht unterstehen solle. Sinn und Zweck von <ref-law> sei die Schliessung von Strafbarkeitslücken und nicht die Privilegierung von Tätern. Da die Kantone nur Übertretungsstrafrecht aufstellen könnten, habe dies im Ergebnis eine nicht zu rechtfertigende Bevorzugung eines Täters und eine Bagatellisierung seines Verhaltens in einem vom kantonalen Steuerstrafrecht erfassten Bereich zur Folge. Gelange ausschliesslich kantonales Steuerstrafrecht zur Anwendung, führe dies sodann zu uneinheitlichen gesetzlichen Regelungen mit unterschiedlichen Strafandrohungen, was nicht zu befriedigen vermöge. Auch sei nicht ersichtlich, weshalb die betrügerische Erschleichung kantonaler und kommunaler Leistungen unter <ref-law> falle, die betrügerische Erschleichung des Erlasses einer kantonalen Erbschaftssteuer hingegen nicht (act. 22).
1.3.2 Die Staatsanwaltschaft vertritt die Auffassung, der Vorbehalt des Fiskalstrafrechts betreffe lediglich qualifizierte Täuschungshandlungen zum Zwecke einer Steuerhinterziehung durch Verwendung falscher Urkunden, während im Übrigen gegebenenfalls der gemeinrechtliche Betrugstatbestand anwendbar bleiben müsse. §§ 68 und 74 ESchG/ZG würden bloss qualifizierte Täuschungen im Veranlagungsverfahren, nicht aber solche im Erlassverfahren erfassen. Demnach müsse hier wiederum das gemeine Strafrecht des Bundes greifen, wenn die öffentliche Hand mittels qualifizierter Täuschungen um die Durchsetzung rechtskräftiger Forderungen geprellt werden soll (act. 21).
1.3.3 Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, kantonales Steuerstrafrecht habe vor dem Betrugstatbestand von <ref-law> Vorrang. Da das ESchG/ZH (§§ 68 und 74) nur das Bewirken einer unvollständigen Einschätzung mit Strafe bedrohe, nicht hingegen das Erwirken eines ungerechtfertigten Erlasses, sei er freizusprechen (act. 26 Ziff. 1). Dies erkläre auch, weshalb die Finanzdirektion des Kantons Zürich seinerzeit trotz Anzeigepflicht nach § 76 ESchG/ZH auf eine Anzeige verzichtet habe (act. 26 Ziff. 4).
1.4 An der bisherigen Rechtsprechung ist festzuhalten. Die privilegierende Verfolgung von Fiskaldelikten basiert auf einem bewussten Entscheid des Gesetzgebers. Der Gedanke dahinter ist klar (oben E. 1.2.3). Das Bundesgericht ist daran gebunden. Entgegen der Auffassung des Obergerichts ist es den Kantonen im Rahmen von <ref-law> nicht untersagt, Widerhandlungen gegen das kantonale Steuerrecht anders als mittels blosser Übertretungstatbestände zu ahnden (vgl. TRECHSEL/LIEBER, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 12 zu <ref-law>; GÜNTER STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil I, 4. Aufl. 2011, N. 22 S. 94; ROLAND WIPRÄCHTIGER, in: Basler Kommentar, 2. Aufl. 2007, N. 27 zu <ref-law>).
1.5 Nicht gefolgt werden kann auch der Auffassung der Staatsanwaltschaft. Zutreffend ist, dass der Tatbestand der Steuerhinterziehung von § 68 Abs. 1 ESchG/ZH (auf welchen auch in § 74 Abs. 1 ESchG/ZH Bezug genommen wird) nur die unvollständige Steuereinschätzung erwähnt. Anders als <ref-law> und Art. 56 Abs. 1 al. 3 StHG, aber auch etwa der auf dem Gebiet der Erbschafts- und Schenkungssteuer anwendbare Tatbestand der Steuerhinterziehung des Steuergesetzes des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (vgl. § 1 Abs. 1 lit. f i.V.m. § 236 Abs. 1 lit. c StG/AG) wird das Bewirken eines ungerechtfertigten Steuererlasses in § 68 Abs. 1 ESchG/ZH nicht explizit unter Strafe gestellt. Von § 68 Abs. 1 ESchG/ZH ausdrücklich erfasst wird nur das Steuerveranlagungsverfahren, nicht jedoch der Steuerbezug, obschon es auch insofern um eine fiskalische Tat geht. Daraus kann nicht der Schluss gezogen werden, <ref-law> sei anstelle des kantonalen Steuerstrafrechts anwendbar (vgl. <ref-ruling> E. 2d). Im Übrigen ist auch nicht ersichtlich, weshalb sich der Kanton Aargau für die Auslegung von § 68 Abs. 1 ESchG/ZH und die Strafverfolgung gestützt auf zürcherisches Steuerstrafrecht für zuständig erachtet. Die Staatsanwaltschaft äussert sich nicht dazu.
1.6 <ref-law> gelangt auf die dem Beschwerdeführer vorgeworfene (versuchte) Täuschung der Finanzdirektion des Kantons Zürich nicht zur Anwendung. Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, er sei Alleinaktionär der F._ AG gewesen. Aufgrund der Hingabe des Geldes aus der Erbschaft seiner Ehefrau an D._ und seiner feierlichen Einsetzung als alleinigen Verwaltungsrat der F._ AG vom 21. Juni 2004, bei der ihm D._ auch ein Aktienzertifikat über 300 Namenaktien überreicht habe, sei er davon ausgegangen, Inhaber und alleiniger Eigentümer der F._ AG zu sein. Dies habe auch der Abmachung mit D._ entsprochen. Das Handelsgericht des Kantons Aargau habe das Handelsregisteramt des Kantons Aargau mit Entscheid vom 1. Februar 2006 angewiesen, die von H._ eingereichte Registeranmeldung vom 4. Januar 2006 nicht im Handelsregister einzutragen. Durch diesen Entscheid, der ihm am 2. Februar 2006 zugegangen sei, habe er sich in seiner Auffassung bestärkt gefühlt, er sei nach wie vor alleiniger Verwaltungsrat und Aktionär der F._ AG. Die Vorinstanz gehe fälschlicherweise davon aus, er sei zur Tatzeit am 2. Februar 2006 nicht mehr Organ der F._ AG gewesen. Der Beschluss vom 3. Januar 2006 sei nichtig, da eine Universalversammlung nicht gültig einberufen worden sei. Der Klagerückzug vom 19. November 2007 führe nicht dazu, dass er am 3. Januar 2006 gültig aus dem Verwaltungsrat der F._ AG abgewählt worden sei. Die Verurteilung wegen mehrfachen Diebstahls und Veruntreuung sei bundesrechtswidrig. Das Gesellschaftsvermögen von Handelsgesellschaften sei deren Organen gemäss der Rechtsprechung nicht anvertraut. In Betracht käme höchstens eine ungetreue Geschäftsbesorgung nach <ref-law>. Dabei sei allerdings zu beachten, dass er in der Vorstellung gehandelt habe, Inhaber und Alleinaktionär der F._ AG zu sein. Als solcher habe er nach Belieben über das Gesellschaftsvermögen verfügen können, solange das Grundkapital inklusive gebundener Reserven davon nicht berührt gewesen sei.
2.2 Die Vorinstanz führt aus, die Gültigkeit des Generalversammlungsbeschlusses vom 3. Januar 2006 sei im Ergebnis unbestritten geblieben, da der Beschwerdeführer seine Klage auf Feststellung der Ungültigkeit des Beschlusses am 19. November 2007 zurückgezogen habe. Er sei im Tatzeitpunkt am 2. Februar 2006 somit nicht mehr Verwaltungsrat der F._ AG gewesen (Urteil E. 5.2.2 S. 20). Sie erachtet als erstellt, dass dieser zu keinem Zeitpunkt (Allein-)Aktionär der F._ AG war. Nicht ersichtlich sei, woraus der Beschwerdeführer seine Alleinaktionärsstellung herleite. Das einzige Dokument, auf welches er seine Behauptung zu stützen vermöge, sei ein Aktienzertifikat, das 300 Namenaktien im Gesamtwert von Fr. 300'000.-- verurkunde und in seinem Besitz gewesen sei. Das Aktienzertifikat laute indessen nicht auf den Beschwerdeführer, sondern weise an der Stelle, an welcher der Aktionärsname eingetragen werden sollte, eine leer gebliebene Linie auf. Wer tatsächlich die Aktionärsstellung innehatte, lässt sie offen (Urteil E. 5.2.3 S. 21).
2.3 Das Handelsgericht des Kantons Aargau hiess am 1. Februar 2006 das Begehren des Beschwerdeführers um Erlass von vorsorglichen Massnahmen gut und wies das Handelsregisteramt an, die von H._ eingereichte Registeranmeldung vom 4. Januar 2006 betreffend Löschung des Beschwerdeführers als Verwaltungsratsmitglied und Neueintragung von H._ nicht im Handelsregister einzutragen (kant. Akten, Ordner 4.3 Urk. 87 ff.). Es führte u.a. aus, die ausserordentliche Generalversammlung sei nicht vom Beschwerdeführer als einziges formelles Mitglied des Verwaltungsrats einberufen worden (Entscheid Handelsgericht E. 6.3.1 S. 12). Auch habe keine gültige Universalversammlung im Sinne von <ref-law> stattgefunden, da daran nicht die Eigentümer oder Vertreter sämtlicher Aktien teilgenommen hätten. Die Beschlüsse vom 3. Januar 2006 stellten somit keine gültige Grundlage dar (Entscheid Handelsgericht E. 6.7 S. 16). Als im Handelsregister gelöschter Verwaltungsrat wären dem Beschwerdeführer die Hände gebunden. H._ könnte als neues einziges formelles Verwaltungsratsmitglied Entscheide treffen und irreversibel ausführen, die nicht im Interesse des Beschwerdeführers wären (Entscheid Handelsgericht E. 7.2 S. 17). Das Handelsgericht verpflichtete den Beschwerdeführer zur Leistung einer Sicherheit von Fr. 300'000.-- innert 20 Tagen (Entscheid Handelsgericht E. 7.4 S. 17 f.). Die vorsorgliche Massnahme wurde mit Verfügung des Handelsgerichts vom 23. Februar 2006 aufgehoben, da der Beschwerdeführer die Frist für die Leistung der Sicherheit von Fr. 300'000.-- unbenutzt verstreichen liess (kant. Akten, Ordner 4.3 Urk. 118 ff.).
Am 2. Februar 2006 war der Beschwerdeführer nach wie vor Verwaltungsrat der F._ AG und als solcher gemäss dem Entscheid des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 1. Februar 2006 berechtigt, die mit dieser Funktion einhergehenden Aufgaben wahrzunehmen. Die vorsorgliche Massnahme wurde erst am 23. Februar 2006 hinfällig. Die Vorinstanz geht zu Unrecht davon aus, der Beschwerdeführer sei mit dem Rückzug der Klage auf Feststellung der Ungültigkeit des Beschlusses am 19. November 2007 rückwirkend auf den 3. Januar 2006 seiner Funktion als Verwaltungsrat enthoben worden.
2.4 2.4.1 Die Vorinstanz verurteilte den Beschwerdeführer für die Entwendung des Audi S6 und der sieben Schuldbriefe wegen mehrfachen Diebstahls nach <ref-law>.
2.4.2 Des Diebstahls im Sinne von <ref-law> macht sich strafbar, wer jemandem eine fremde bewegliche Sache zur Aneignung wegnimmt, um sich oder einen andern damit unrechtmässig zu bereichern. Wegnehmen ist Bruch fremden und Begründung neuen, meist eigenen Gewahrsams. Dieser besteht in der tatsächlichen Sachherrschaft, verbunden mit dem Willen, sie auszuüben. Bruch des Gewahrsams ist die Aufhebung des fremden Gewahrsams gegen den Willen des bisherigen Inhabers (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen; Urteil 6B_100/2012 vom 5. Juni 2012 E. 3).
2.4.3 Die Vorinstanz argumentiert, der Audi S6 habe zum Fahrzeugpark der F._ AG gehört und sei in deren Geschäftslokalitäten eingestellt gewesen. Indem sich der Beschwerdeführer unter Polizeischutz Zutritt zu den Geschäftsräumlichkeiten der F._ AG verschafft habe, das Fahrzeug in Besitz genommen habe und mit diesem weggefahren sei bzw. dieses durch seine Gefolgsleute habe wegfahren lassen, sei der Gewahrsam der F._ AG am Fahrzeug gebrochen und neuer Gewahrsam begründet worden (Urteil E. 5.2.4.2 S. 22). Die Schuldbriefe hätten für ihn eine fremde Sache dargestellt. Durch deren Behändigung habe er fremden Gewahrsam gebrochen und eigenen begründet (Urteil E. 8.2.1 S. 28).
Damit lässt sich kein Gewahrsamsbruch im Sinne von <ref-law> begründen. Die Vorinstanz geht von der falschen Annahme aus, der Beschwerdeführer sei im Tatzeitpunkt am 2. Februar 2006 nicht Verwaltungsrat der F._ AG gewesen. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt gutzuheissen und die Angelegenheit zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Damit lässt sich kein Gewahrsamsbruch im Sinne von <ref-law> begründen. Die Vorinstanz geht von der falschen Annahme aus, der Beschwerdeführer sei im Tatzeitpunkt am 2. Februar 2006 nicht Verwaltungsrat der F._ AG gewesen. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt gutzuheissen und die Angelegenheit zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
2.5 2.5.1 Den Verkauf des Renault Espace qualifiziert die Vorinstanz als Veruntreuung.
2.5.2 Eine Veruntreuung im Sinne von <ref-law> begeht, wer sich eine ihm anvertraute fremde bewegliche Sache aneignet, um sich oder einen andern damit unrechtmässig zu bereichern (Abs. 1). Als anvertraut gilt, was jemand mit der Verpflichtung empfängt, es in bestimmter Weise im Interesse des Treugebers zu verwenden, insbesondere es zu verwahren, zu verwalten oder einem anderen abzuliefern (<ref-ruling> E. 6.2 mit Hinweisen). Die Veruntreuung nach <ref-law> wird mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe geahndet.
Den Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung nach <ref-law> erfüllt, wer aufgrund des Gesetzes, eines behördlichen Auftrages oder eines Rechtsgeschäfts damit betraut ist, Vermögen eines andern zu verwalten oder eine solche Vermögensverwaltung zu beaufsichtigen, und dabei unter Verletzung seiner Pflichten bewirkt oder zulässt, dass der andere am Vermögen geschädigt wird. Handelt der Täter in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, so kann auf Freiheitsstrafe von einem Jahr bis zu fünf Jahren erkannt werden (<ref-law>).
2.5.3 Pflichtwidrige Vermögensdispositionen im Rahmen der Organtätigkeit fallen nach der Rechtsprechung grundsätzlich unter den Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung, wenn die Gesellschaft dadurch geschädigt wird. Dies wird damit begründet, dass das Organ einer Aktiengesellschaft in Bezug auf die Gesellschaft nicht ein Dritter, sondern Teil der Gesellschaft ist. Es empfängt nicht Gesellschaftsvermögen, um dieses im Interesse der Gesellschaft zu verwalten (Urteile 6B_609/2010 vom 28. Februar 2011 E. 4.2.2; 6B_446/2010 vom 14. Oktober 2010 E. 6.3).
Dies bedeutet nicht, dass eine Person mit Organstellung am Gesellschaftsvermögen keine Veruntreuung begehen kann (vgl. NIKLAUS SCHMID, Zur Frage der Abgrenzung der Veruntreuung [<ref-law>] zur ungetreuen Geschäftsführung [<ref-law>], SJZ 68 [1972], S. 118 ff.). Der Tatbestand der Veruntreuung geht der ungetreuen Geschäftsbesorgung in Bereicherungsabsicht gemäss <ref-law> nach herrschender Lehre (NIKLAUS SCHMID, a.a.O., S. 117 f.; MARCEL ALEXANDER NIGGLI, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 155 zu <ref-law>; NIGGLI/RIEDO, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 195 zu <ref-law>; ANDREAS DONATSCH, Strafrecht III, Delikte gegen den Einzelnen, 9. Aufl. 2008, S. 281) und Rechtsprechung (vgl. Urteile 6B_446/2011 vom 27. Juli 2012 E. 5.4.2; 6B_446/2010 vom 14. Oktober 2010 E. 4.5.1 mit Hinweis) im Falle der Konkurrenz vor. Lehre und Rechtsprechung betonen, dass eine Veruntreuung ausgeschlossen ist, wenn das Organ "im Rahmen der Organtätigkeit" bzw. "bei Ausübung der Geschäftstätigkeit" handelt (Urteile 6B_609/2010 vom 28. Februar 2011 E. 4.2.2; 6B_446/2010 vom 14. Oktober 2010 E. 6.3; ANDREAS DONATSCH, Aspekte der ungetreuen Geschäftsbesorgung nach <ref-law>, ZStrR 114/1996, S. 219). Insoweit verfügt der Betroffene über die Vermögenswerte oder Gegenstände der Gesellschaft als Organ und damit im Namen der Gesellschaft, welcher ihr eigenes Vermögen nicht anvertraut ist. Anders verhält es sich, wenn das inkriminierte Verhalten jeglichen Bezug zur Geschäftstätigkeit vermissen lässt und es dem Gesellschaftsorgan einzig darum geht, sich Gegenstände oder Vermögenswerte der Gesellschaft zwecks persönlicher Bereicherung anzueignen. Handlungen, die den Rahmen der Organtätigkeit offensichtlich verlassen, können mit anderen Worten unter den Tatbestand der Veruntreuung fallen, da sich der Funktionsträger diesbezüglich nicht auf seine Organstellung berufen und geltend machen kann, die Vermögenswerte der Gesellschaft seien ihm nicht anvertraut. Ein Gesellschaftsorgan, wie auch die in <ref-law> ausdrücklich erwähnten Organe von öffentlichrechtlichen Körperschaften (vgl. <ref-ruling> E. 2a), können sich der Veruntreuung strafbar machen. Sowohl die Veruntreuung nach <ref-law> als auch die ungetreue Geschäftsbesorgung in Bereicherungsabsicht im Sinne von <ref-law> sind mit einer Höchststrafe von fünf Jahren Freiheitsentzug bedroht, weshalb die rechtliche Qualifikation auf diesem Gebiet keinen Einfluss auf das Strafmass hat. Der Verwaltungsrat einer Aktiengesellschaft gilt bezüglich des Gesellschaftsvermögens nicht als berufsmässiger Vermögensverwalter im Sinne von <ref-law> (Urteil 6S.249/2002 vom 21. November 2002 E. 1.2; NIGGLI/RIEDO, a.a.O., N. 176 zu <ref-law>). Eine qualifizierte Tatbegehung nach <ref-law> scheidet aus, wenn die Veruntreuung bloss zum Nachteil der Gesellschaft erfolgt und nicht etwa eines Dritten, welcher der Gesellschaft Gegenstände oder Vermögenswerte anvertraute.
2.5.4 Beim Renault Espace handelte es sich um das Geschäftsfahrzeug des Beschwerdeführers. Das Fahrzeug war ihm anvertraut, da es ihm von der F._ AG zur Benutzung überlassen wurde und er verpflichtet war, deren Eigentum daran zu wahren. Der Verkauf erfolgte offensichtlich nicht als Organ der F._ AG, da dieser keinen Bezug zur Geschäftstätigkeit aufwies und der Erlös daraus nicht der F._ AG zufloss. Dies ergibt sich auch aus der Argumentation des Beschwerdeführers, der als angeblicher Alleinaktionär der F._ AG über das Fahrzeug verfügt haben will. Er kann sich nicht auf die Organtätigkeit berufen.
2.5.5 Die Vorinstanz stellt verbindlich fest, der Beschwerdeführer sei nicht Alleinaktionär der F._ AG gewesen. Zum gleichen Ergebnis gelangte auch das Handelsgericht im Entscheid vom 1. Februar 2006, welches davon ausging, die C._ AG (über welche im August 2005 der Konkurs erklärt wurde) sei Aktionärin gewesen. Die Vorinstanz weist darauf hin, dass der Beschwerdeführer spätestens bei der Lektüre des Entscheids des Handelsgerichts vom 1. Februar 2006 damit habe rechnen müssen, nicht (Allein-)Aktionär zu sein (Urteil E. 5.2.5.1 S. 23). Nicht zu hören ist sein Einwand, er sei im Tatzeitpunkt gutgläubig vom Gegenteil ausgegangen (vgl. Beschwerde Ziff. 48 S. 21). Die bundesgerichtliche Rechtsprechung, wonach Vermögensdispositionen des einzigen Verwaltungsrats und Alleinaktionärs auf Kosten der Einmannaktiengesellschaft nach Belieben zulässig sind, solange die aktienrechtlichen Kapitalschutzbestimmungen dadurch nicht verletzt werden (<ref-ruling> E. 4 und 5), kommt nicht zum Tragen.
2.5.6 Die Verurteilung wegen Veruntreuung nach <ref-law> verletzt kein Bundesrecht.
3. 3.1 Im Zusammenhang mit dem Schuldspruch wegen mehrfacher Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> rügt der Beschwerdeführer, die Sekretärin von I._ habe die rückdatierten Indossamente angebracht. Er habe die Tat anfänglich gestanden, weil er gedacht habe, dieser gehöre der Mafia an, und er sich vor ihm gefürchtet habe. Ihm könne keine Täuschungsabsicht vorgeworfen werden, da er Alleinaktionär der F._ AG gewesen sei und die Gültigkeit seiner Abwahl als Verwaltungsrat der F._ AG nicht erstellt sei. In rechtlicher Hinsicht macht er geltend, <ref-law> könne allenfalls die Richtigkeit der Angabe bezüglich des Erwerbers auf der Übertragungsanmerkung gewährleisten, nicht aber die Richtigkeit allfälliger Datumsangaben. Die Angabe des Datums sei nach <ref-law> nicht vorgeschrieben. Die Rückdatierung der Übertragung eines Schuldbriefs sei nicht als Falschbeurkundung im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren.
3. 3.1 Im Zusammenhang mit dem Schuldspruch wegen mehrfacher Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> rügt der Beschwerdeführer, die Sekretärin von I._ habe die rückdatierten Indossamente angebracht. Er habe die Tat anfänglich gestanden, weil er gedacht habe, dieser gehöre der Mafia an, und er sich vor ihm gefürchtet habe. Ihm könne keine Täuschungsabsicht vorgeworfen werden, da er Alleinaktionär der F._ AG gewesen sei und die Gültigkeit seiner Abwahl als Verwaltungsrat der F._ AG nicht erstellt sei. In rechtlicher Hinsicht macht er geltend, <ref-law> könne allenfalls die Richtigkeit der Angabe bezüglich des Erwerbers auf der Übertragungsanmerkung gewährleisten, nicht aber die Richtigkeit allfälliger Datumsangaben. Die Angabe des Datums sei nach <ref-law> nicht vorgeschrieben. Die Rückdatierung der Übertragung eines Schuldbriefs sei nicht als Falschbeurkundung im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren.
3.2 3.2.1 Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie willkürlich (<ref-law>) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1). Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 5.4; je mit Hinweisen). Die Rüge der Willkür muss präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-law>). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
3.2.2 Die Vorinstanz legt dar, weshalb sie zur Überzeugung gelangt, der Beschwerdeführer habe die rückdatierten Indossamente angebracht in der Absicht, I._ über seine Berechtigung an den Schuldbriefen zu täuschen. Die Einwände des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, Willkür darzutun. Auf sie ist nicht einzutreten.
3.2.2 Die Vorinstanz legt dar, weshalb sie zur Überzeugung gelangt, der Beschwerdeführer habe die rückdatierten Indossamente angebracht in der Absicht, I._ über seine Berechtigung an den Schuldbriefen zu täuschen. Die Einwände des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, Willkür darzutun. Auf sie ist nicht einzutreten.
3.3 3.3.1 Den Tatbestand der Urkundenfälschung nach <ref-law> erfüllt u.a., wer in der Absicht, jemanden am Vermögen oder an andern Rechten zu schädigen oder sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen (Abs. 1), eine Urkunde fälscht oder verfälscht, die echte Unterschrift oder das echte Handzeichen eines andern zur Herstellung einer unechten Urkunde benützt oder eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkundet oder beurkunden lässt (Abs. 2).
3.3.2 Die Urkundenfälschung im engeren Sinne erfasst das Herstellen einer unechten Urkunde. Eine Urkunde ist unecht, wenn deren wirklicher Urheber nicht mit dem aus ihr ersichtlichen Aussteller übereinstimmt bzw. wenn sie den Anschein erweckt, sie rühre von einem anderen als ihrem tatsächlichen Urheber her. Wirklicher Aussteller einer Urkunde ist derjenige, dem sie im Rechtsverkehr als von ihm autorisierte Erklärung zugerechnet wird. Dies ist gemäss der insoweit vorherrschenden sogenannten "Geistigkeitstheorie" derjenige, auf dessen Willen die Urkunde nach Existenz und Inhalt zurückgeht (<ref-ruling>67 E. 2.3.1 mit Hinweisen). Die Rechtsprechung bejahte eine Urkundenfälschung im engeren Sinne etwa bezüglich eines nicht zeichnungsberechtigten Angestellten einer juristischen Person, der im Namen der Gesellschaft und auf Briefpapier mit dem Briefkopf der Gesellschaft Garantieerklärungen errichtete und unterschrieb (<ref-ruling> E. 2). Gleich entschied das Bundesgericht hinsichtlich eines ehemaligen Vertreters einer Aktiengesellschaft, der einen Mietvertrag zurückdatierte und mangels Zeichnungsberechtigung über den Aussteller des Mietvertrages täuschte (Urteil 6S.268/2002 vom 6. Februar 2003 E. 3; vgl. auch das Urteil 6B_1073/2010 vom 21. Juni 2011 E. 5).
3.3.3 Der Beschwerdeführer brachte auf den zwei auf die F._ AG lautenden Namenschuldbriefen Indossamente an, wonach die Schuldbriefe am 6. Januar 2006 von der F._ AG an ihn übertragen wurden. Den Indossamenten fügte er seine Unterschrift bei.
Bei Namenschuldbriefen bedarf es für die Übertragung einer Indossierung, d.h. der Anmerkung der Übertragung auf dem Titel unter Angabe des Erwerbers (Art. 869 Abs. 2 aZGB [Fassung in Kraft bis am 31. Dezember 2011]; <ref-law>). Schuldbriefe inklusive Indossamente sind Urkunden im Sinne von <ref-law>. Der Beschwerdeführer war im Zeitpunkt, als er die Indossamente auf den Schuldbriefen anbrachte, nicht mehr Verwaltungsrat der F._ AG. Indem er die Indossamente auf einen Zeitpunkt zurückdatierte, als er noch alleiniger Verwaltungsrat der F._ AG war, erweckte er den Anschein, diese gingen von der F._ AG aus. Damit machte er sich der Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> strafbar, da er über die Identität des Ausstellers täuschte. Der vorinstanzliche Schuldspruch verletzt kein Bundesrecht.
4. 4.1 Die Beschwerde ist in Bezug auf die Verurteilungen wegen versuchten Betrugs und mehrfachen Diebstahls teilweise gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
4.2 Der Kanton Aargau hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren im Umfang seines teilweisen Obsiegens eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Die Entschädigung ist dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers zuzusprechen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird in diesem Umfang gegenstandslos. Soweit der Beschwerdeführer unterliegt, ist es zufolge Aussichtslosigkeit der Beschwerde abzuweisen (<ref-law>). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 15. März 2012 in Bezug auf die Verurteilungen wegen versuchten Betrugs und mehrfachen Diebstahls aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen, soweit es nicht zufolge teilweiser Gutheissung der Beschwerde gegenstandslos geworden ist.
3. Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 800.-- auferlegt.
4. Der Kanton Aargau hat Rechtsanwalt Beat Rohrer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- zu bezahlen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Januar 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld