Ehescheidung, hat sich ergeben:
A.- K._ (geboren 1930) und M._ (geboren 1940) heirateten im Jahre 1963; seit dem 1. Juni 1980 leben die Ehegatten getrennt. Am 29. Oktober 1981 klagte K._ beim Bezirksgericht Bülach auf Scheidung der Ehe; im September 1982 zog er jene Klage wieder zurück. Er reichte am 5. Dezember 1994 beim gleichen Gericht erneut eine Scheidungsklage ein. K.M._ widersetzte sich von Anfang an der Scheidung.
B.- Das Bezirksgericht Bülach hiess mit Urteil vom 19. Dezember 1996 die Ehescheidungsklage von K._ gut und verpflichtete ihn, an K.M._ gestützt auf aArt. 151 Abs. 1 ZGB indexierte Unterhaltsbeiträge von monatlich Fr. 800. -- (zuzüglich AHV-Zusatzrente) bis zu deren Eintritt in das AHV-Alter sowie Fr. 25'322. -- aus Güterrecht zu bezahlen; ihr Begehren um Zusprechung einer Genugtuungssumme wurde abgewiesen. Gegen dieses Urteil gelangte K.M._ mit Berufung an das Obergericht des Kantons Zürich, das am 3. September 1998 das vorinstanzliche Urteil im Wesentlichen bestätigte. Das Obergericht verpflichtete hingegen K._ zur Bezahlung monatlicher Unterhaltsbeiträge von Fr. 1'600. -- an K.M._ bis zu deren Eintritt ins ordentliche Rentenalter und von da an lebenslänglich zur Bezahlung der Hälfte der Differenz zwischen dem Einkommen, welches er aus der AHV und seinem Pensionskassenguthaben erzielt, und dem Einkommen, welches die Ehefrau aus der AHV und ihrem Pensionskassenguthaben (bei einer Weiterbeschäftigung im Umfang von Ende 1996 und mit dem damaligen Lohn bei ihrem damaligen Arbeitgeber) erzielt hätte; falls K.M._ ein niedrigeres Pensionskassenguthaben erzielen sollte, so bleibt dieses unberücksichtigt.
Eine von K.M._ gegen das obergerichtliche Urteil eingereichte kantonale Nichtigkeitsbeschwerde hat das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 18. September 1999 abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist.
C.- K.M._ hat am 7. Oktober 1998 eidgenössische Berufung eingelegt und beantragt dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 3. September 1998 aufzuheben und die Scheidungsklage abzuweisen. K._ schliesst auf Abweisung der Berufung und auf Bestätigung des obergerichtlichen Urteils. Das Obergericht des Kantons Zürich hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz ist zum Schluss gekommen, dass die Ehe der Parteien tief und unheilbar zerrüttet sei und den Kläger daran das überwiegende Verschulden treffe, sodass die Beklagte gestützt auf aArt. 142 Abs. 2 ZGB an sich das Recht habe, sich der Scheidungsklage zu widersetzen. Vorliegend habe das Festhalten der Beklagten an der hoffnungslos zerstörten Ehe nach 15-jährigem Getrenntleben jeden Sinn verloren, zumal sie weder ideelle noch wirtschaftliche Gründe für dieses Festhalten dargetan habe; ihr Widerstand erscheine deshalb als rechtsmissbräuchlich.
2.- Das Widerstandsrecht der beklagten Scheidungspartei gemäss aArt. 142 Abs. 2 ZGB ist dann rechtsmissbräuchlich, wenn das Festhalten an der Ehe völlig sinnlos erscheint und der schuldlose Ehegatte keinerlei schützenswertes Interesse an der Fortdauer der Ehe geltend machen kann. Nach 15-jähriger
Trennung der Ehegatten bei Einreichung der Scheidungsklage wird das Erlöschen des Ehewillens auf beiden Seiten vermutet, ausser der widersprechende Ehegatte erbringe den Nachweis, dass seine eheliche Gesinnung noch nicht endgültig erloschen seiodererschützenswerteideelleodermaterielleInteressenamFortbestandderEhehabe(BGE108II503E. 3506ff. ).
a) Das Obergericht hat die Tatsache, dass der wirkliche Ehewille erloschen ist, vermutet und der Beklagten den Nachweis des Gegenteils auferlegt, obwohl ein 15-jähriges Getrenntleben der Ehegatten im Zeitpunkt der Einreichung der Scheidungsklage nicht gegeben ist. Da nach den - für das Bundesgericht verbindlichen (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG) - Feststellungen der Vorinstanz die Parteien seit dem 1. Juni 1980 getrennt leben und die Scheidungsklage am 5. Dezember 1994 eingereicht wurde, ergibt sich, dass das Getrenntleben der Ehegatten im massgebenden Zeitpunkt die Limite von 15 Jahren noch nicht erreicht hatte. Die Anwendung der Tatsachenvermutung kann sich indessen dann rechtfertigen, wenn das 15-jährige Getrenntleben der Ehegatten wenigstens vor Erlass des erstinstanzlichen Urteils erreicht ist, dem widersprechenden Gatten die Möglichkeit zur Erbringung des Nachweises des Gegenteils auch im zweitinstanzlichen Verfahren offen steht und die Parteien mit der Anwendung der Beweislastumkehr einverstanden sind (nicht veröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 19. Dezember 1997 i.S. X., E. 2). Im vorliegenden Fall wurde die 15-jährige Trennungszeit im Verlauf des Scheidungsprozesses, und zwar noch vor Erlass des erstinstanzlichen Urteils erreicht. Der Beklagten stand die Möglichkeit, das Gegenteil nachzuweisen, auch im Rahmen des obergerichtlichen Verfahrens offen. Keine der Parteien erhob irgendwelche Einwendungen gegen die Beweislastumkehr durch die kantonalen Instanzen; vielmehr ging auch die Beklagte stillschweigend davon aus, dass vorliegend die Tatsachenvermutung nach 15-jährigem Getrenntleben Platz greife. Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn das Obergericht vorliegend die Beweislast umkehrte und die Beklagte nachzuweisen hatte, dass ihre eheliche Gesinnung nicht endgültig erloschen sei oder sie andere schutzwürdige Interessen an der Aufrechterhaltung der Ehe habe.
b) Die Beklagte bringt vor, von Rechtsmissbrauch könne keine Rede sein. Sie habe die Tatsachenvermutung entkräftet, weil sie den Nachweis des bei ihr noch vorhandenen intakten Ehewillens erbracht habe; das Obergericht habe diesbezüglich ihr Rechtsschutzinteresse am Festhalten der Ehe zu Unrecht verneint. Der Vorwurf der Beklagten ist unbegründet. Die Vorinstanz hat in tatsächlicher Hinsicht wohl festgestellt, dass die Beklagte nicht bloss einen Ehewillen vortäuscht, sondern bei ihr noch eine echte eheliche Gesinnung vorhanden ist. Der Widerstand gegen die Scheidung aus rein ideellen Gründen zur Beseitigung der Tatsachenvermutung genüge jedoch kaum (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 508); weder der allgemeine Verlauf der Trennungszeit noch das Verhalten der Beklagten gegenüber dem Kläger im Besonderen könnten vorliegend für sich allein ein Festhalten an dieser hoffnungslos zerstörten und völlig sinnlos gewordenen Ehe rechtfertigen. Damit nimmt die Vorinstanz offensichtlich Bezug auf den Umstand, dass sich der Kontakt der Parteien während des langjährigen Getrenntlebens auf das Prozessieren um Unterhaltsbeiträge beschränkt hat und der Kläger einen Rückforderungsprozess gegen die Beklagte wegen zu viel bezahlter Unterhaltsbeiträge durchführen musste. Die Beklagte hat indessen vor Obergericht keine hinreichend konkretisierte Interessen am formalen Weiterbestand der Ehe dargetan, sondern sich mit der pauschalen Bemerkung begnügt, ihr Ehewille sei noch intakt (vgl. nicht veröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 18. November 1999 i.S. X., E. 4d, betreffend eine Ehefrau, die ihr Festhalten an der Ehe mit dem Hinweis auf die Stellung der geschiedenen Frau in der mohammedanischen Gesellschaft begründet hatte). Wenn das Obergericht vor diesem Hintergrund angenommen hat, das Festhalten an einer derart sinnentleerten Ehe erscheine nicht schutzwürdig, und daher ein objektives Rechtsschutzinteresse der Beklagten verneinte, hat es Bundesrecht nicht verletzt, zumal nach menschlichem Ermessen vorliegend praktisch keine Chance besteht, dass das eheliche Zusammenleben je wieder aufgenommen wird.
c) Soweit die Beklagte dem Obergericht in diesem Zusammenhang weiter vorwirft, es habe zur Begründung seiner Auffassung, dass kein objektives Rechtsschutzinteresse vorhanden sei, rechtswidrig auf Art. 113 des Entwurfes zum revidierten Scheidungsrecht verwiesen, sind die Vorbringen unbegründet. Das Obergericht hat seinen Entscheid auf die im Urteilszeitpunkt geltenden Normen und die einschlägige Lehre sowie Rechtsprechung abgestützt; beiläufig hat es auf Art. 113 des Entwurfes zur Scheidungsrechtsrevision hingewiesen, um das zeitgemässe Verständnis des Instituts der Ehe zu erhellen. Der aktuelle Wertungshorizont, nach welchem gesetzliche Bestimmungen grundsätzlich auszulegen sind (<ref-ruling> E. 2e/bb S. 298, 105 Ib 49 E. 5a S. 60 f.; Kramer, Juristische Methodenlehre, Bern 1998, S. 102 f.), kann gerade im Zusammenhang mit einer Gesetzesrevision deutlich zutage treten und zum besseren Verständnis der zeitgemässen Rechtsüberzeugung beitragen. Da das Obergericht auf eine Bestimmung des Revisionsentwurfes hingewiesen hat, um lediglich die zeitgenössische Interpretation der einschlägigen Normen zu verdeutlichen, kann von einer Missachtung anerkannter Auslegungsmethoden und mithin von einer falschen Anwendung von Bundesrecht keine Rede sein.
d) Die Beklagte beanstandet schliesslich, das Obergericht hätte ihr Festhalten an der Ehe auch deshalb nicht als rechtsmissbräuchlich einstufen dürfen, weil sie es mit wirtschaftlichen Interessen rechtfertigen könne. Ihre Kritik am vorinstanzlichen Urteil ist auch diesbezüglich unbehelflich. Das Obergericht hat festgestellt, dass die Beklagte seit 1991 zu 80% erwerbstätig war und ihre Arbeitsstelle im Februar 1997 verloren hatte; ihre Leistungen aus der Arbeitslosenversicherung würden in einigen Monaten entfallen und es sei wenig wahrscheinlich, dass sie wieder ein entsprechendes Erwerbseinkommen erzielen werde. Indem die Beklagte vorbringt, sie sei arbeitslos und habe keine Stelle gefunden, das zumutbare Arbeitspensum sei im Hinblick auf ihren Gesundheitszustand zu hoch angesetzt worden, und sie könne in ihrem Alter keine Arbeitsstelle mehr finden, wendet sie sich gegen tatsächliche Feststellungen der Vorinstanz. Auf die entsprechenden Vorbringen kann nicht eingetreten werden, da die Schlüsse, die das kantonale Gericht in tatsächlicher Hinsicht aus Beweisen und konkreten Umständen zieht, im Berufungsverfahren nicht überprüfbar sind (<ref-ruling> E. 3c mit Hinweisen); für Willkürrügen bleibt die staatsrechtliche Beschwerde vorbehalten (Art. 43 Abs. 1 OG). Soweit die Beklagte im Übrigen die Regelung des Obergerichts kritisiert, weil ihr allenfalls tieferes Pensionskassenguthaben im AHV-Alter unberücksichtigt bleibt, sind die Vorbringen unbegründet. Das Obergericht hat die finanzielle Situation der Beklagten bei Weiterführung der Ehe mit den mutmasslichen finanziellen Verhältnissen bei einer Scheidung verglichen und ist aufgrund dieses Vergleiches zum Ergebnis gelangt, dass eine Scheidung für die Beklagte keine gewichtigen finanziellen Nachteile gegenüber dem blossen Getrenntleben mit sich bringen würde. Es ist nicht ersichtlich, inwieweit die Vorinstanz schützenswerte finanzielle Interessen der Beklagten übergangen hätte, denn ihr in Zukunft allenfalls tieferes Pensionskassenguthaben stellt eine Unwägbarkeit dar, die sich bei Fortbestand der Ehe nicht anders als bei deren Scheidung auswirken würde.
3.- Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beklagte kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich (I. Zivilkammer) vom 3. September 1998 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000. -- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat den Kläger für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich (I. Zivilkammer) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 17. Februar 2000
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: