Sachverhalt:
A. X._ gründete im Jahre 1991 die Einzelunternehmung "A._", mit Sitz in G._, welche die Herstellung von und den Handel mit Drucksachen und Verpackungen bezweckte und welche im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen wurde. 1997 gründete X._ eine weitere Einzelunternehmung "B._", mit Sitz in H._, welche den Handel mit und den Import und Export von Druckpapieren und Karton bezweckte. Er gelangte mit einem Schreiben der "B._" an die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) mit dem Ersuchen, ihm infolge Neubeginns mit der Firma "B._" die Unterlagen betreffend Mehrwertsteuernummer zuzustellen. Darauf teilte ihm die ESTV unter anderem mit, die Voraussetzungen der Steuerpflicht seien zur Zeit nicht gegeben, die Firma "B._" werde deshalb nicht in das Steuerregister eingetragen.
Im Rahmen einer Mehrwertsteuer-Kontrolle von Ende 2005 bei "A._" stellte die ESTV fest, dass X._ für die Einzelunternehmung "B._" nicht abgerechnet und dementsprechend keine Mehrwertsteuer bezahlt hatte.
B. Mit Ergänzungsabrechnung vom 6. Dezember 2005 forderte die ESTV von X._ für die Steuerperioden 1. Januar 2000 bis 31. Dezember 2004 Mehrwertsteuern im Betrag von Fr. 56'865.-- nach (zuzüglich Verzugszins). Mit einer zweiten Ergänzungsabrechnung vom gleichen Datum forderte sie für die Steuerperioden 1. Januar 2005 bis 30. September 2005 Mehrwertsteuern von Fr. 25'572.-- nach (zuzüglich Verzugszins). Bei beiden Abrechnungen wurden die Umsätze der "A._" sowie der "B._" zusammengezählt. Mit Entscheid vom 3. Mai 2006 bestätigte die ESTV die Ergänzungsabrechnungen.
Die von X._ erhobene Einsprache, in welcher er beantragte, die Umsatzdifferenzen für die Jahre 2000 bis 2004 über Fr. 531'452.-- seien nicht zu berücksichtigen, wies die ESTV am 13. November 2007 ab, soweit sie darauf eintrat. Die dagegen erhobene Beschwerde wurde vom Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, mit Urteil vom 22. Dezember 2009 abgewiesen.
C. X._ beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 5. Februar 2010, es sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vollumfänglich aufzuheben, in dem Sinne als in der Verfügung vom 3. Mai 2006 der Eidgenössischen Steuerverwaltung die Umsatzdifferenzen für die Jahre 2000 bis 2004 über Fr. 531'452.-- nicht zu berücksichtigen seien. Demzufolge sei die Mehrwertsteuerpflicht diesbezüglich zu verneinen.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss Art. 83 BGG fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG). Als Steuerpflichtiger ist der Beschwerdeführer zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Die Anfechtung der Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz ist demgegenüber lediglich beschränkt möglich. Gemäss Art. 97 Abs. 1 BGG kann sie nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. Offensichtlich unrichtig ist eine Sachverhaltsermittlung nicht schon dann, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist. Wer Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sind. Andernfalls ist vom Sachverhalt des angefochtenen Entscheids auszugehen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht grundsätzlich unter Zugrundelegung des von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalts von Amtes wegen an (vgl. Art. 105 und 106 Abs. 1 BGG). Allerdings prüft es unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (vgl. Art. 42 Abs. 2, 97 Abs. 1 und 106 Abs. 2 BGG) - vorbehältlich offensichtlicher Fehler - nur die in seinem Verfahren geltend gemachten Rechtswidrigkeiten (<ref-ruling> E. 1.1 S. 104 f.; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
2. Der zu beurteilende Sachverhalt hat sich in den Jahren 2000 bis 2004 verwirklicht. Am 1. Januar 2010 ist das Bundesgesetz vom 12. Juni 2009 über die Mehrwertsteuer (MWSTG; SR 641.20) in Kraft getreten. Die bisherigen gesetzlichen Bestimmungen sowie die darauf gestützt erlassenen Vorschriften bleiben grundsätzlich weiterhin auf alle während ihrer Geltungsdauer eingetretenen Tatsachen und entstandenen Rechtsverhältnisse anwendbar (Art. 112 Abs. 1 MWSTG). Soweit der Sachverhalt vom 1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2004 betroffen ist, untersteht das vorliegende Verfahren deshalb in materieller Hinsicht dem Bundesgesetz vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer (aMWSTG; AS 2000 1300). Für die Zeit vom 1. Januar bis 31. Dezember 2000 finden ferner die Bestimmungen der Verordnung des Bundesrates vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (aMWSTV; AS 1994 1464) Anwendung (Art. 93 und 94 aMWSTG). Demgegenüber ist das neue mehrwertsteuerliche Verfahrensrecht im Sinne von Art. 113 Abs. 3 MWSTG auf sämtliche im Zeitpunkt des Inkrafttretens hängigen Verfahren anwendbar.
3. Der Beschwerdeführer bestreitet grundsätzlich seine subjektive Steuerpflicht betreffend die Einzelunternehmung "B._" bzw. die Zulässigkeit der Zusammenrechnung der Umsätze seiner beiden Einzelunternehmungen "B._" und "A._".
3.1 Die Voraussetzungen der subjektiven Steuerpflicht bei der Inlandsteuer ergeben sich aus Art. 17 aMWSTV bzw. Art. 21 aMWSTG. Danach ist steuerpflichtig, wer eine mit der Erzielung von Einnahmen verbundene gewerbliche oder berufliche Tätigkeit selbständig ausübt, sofern seine Lieferungen, seine Dienstleistungen und sein Eigenverbrauch im Inland jährlich gesamthaft Fr. 75'000.-- übersteigen (Abs. 1). Steuerpflichtig sind nach Absatz 2 der genannten Bestimmungen insbesondere natürliche Personen, Personengesellschaften, juristische Personen des privaten und öffentlichen Rechts, unselbständige öffentliche Anstalten sowie Personengesamtheiten ohne Rechtsfähigkeit, die unter gemeinsamer Firma Umsätze tätigen.
3.2 Aufgrund der vorgenannten Bestimmungen ergibt sich, dass die Steuerpflicht nicht an der Tätigkeit anknüpft, sondern an deren Rechtsträger. Dies bedeutet u.a., dass Personen, welche mehrere Tätigkeiten ausüben, als einheitliches Steuersubjekt behandelt werden.
Der Beschwerdeführer vertritt die Auffassung, seine beiden Einzelunternehmen, welche je einen eigenen Handelsregistereintrag aufweisen, würden je die Rechtsfähigkeit besitzen. Es trifft zwar grundsätzlich zu, dass ein Einzelkaufmann gleichzeitig mehrere, voneinander separat geführte Geschäfte betreiben kann, bei denen die Frage der Eintragungspflicht gesondert zu prüfen ist (<ref-ruling> E. 2b, mit Hinweis). Die Eintragung einer Einzelunternehmung im Handelsregister führt jedoch nicht dazu, dass die betreffende Unternehmung Rechtsfähigkeit erwirbt (vgl. zur Wirkung der Eintragung einer Zweigniederlassung <ref-ruling> E. 1a). Die Rechte und Pflichten aus dem eingetragenen Unternehmen stehen vielmehr der natürlichen Person zu, welche das fragliche Gewerbe betreibt. Dies ergibt sich für das Zivilrecht u.a. aus Art. 39 der Handelsregisterverordnung vom 17. Oktober 2007 (HRegV; SR 221.411), wonach u.a. bei Übertragung des Geschäfts auf eine Person (Abs. 1) oder bei Versterben des Inhabers der Einzelunternehmung (Abs. 2) die Einzelunternehmung im Handelsregister zu löschen ist, ungeachtet darum, dass die Geschäftstätigkeit von jemandem anderen weitergeführt wird. Bestätigt wird dies auch durch Art. 36 Abs. 1 HRegV, wonach der Umsatz mehrerer Einzelunternehmen, welche einer Person gehören, zusammenzurechnen ist. Für das Mehrwertsteuerrecht ergeben sich diesbezüglich keine abweichenden Schlüsse. Zwar sehen Art. 17 aMWSTV bzw. Art. 21 aMWSTG die Steuerpflicht auch für Personengesamtheiten vor, denen keine Rechtsfähigkeit zukommt. Diese Bestimmung kann jedoch auf Einzelunternehmen keine Anwendung finden.
Die Vorinstanz hat demnach zu Recht festgestellt, eine natürliche Person, welche mehrere Einzelunternehmungen besitze, sei bezüglich aller dieser Einzelfirmen subjektiv steuerpflichtig und die Einzelunternehmungen seien als solche nicht als Steuersubjekt zu behandeln (vgl. auch GERHARD SCHAFROTH/DOMINIK ROMANG, in: mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Basel/Genf/München 2000, N. 10 zu Art. 21; PASCAL MOLLARD/XAVIER OBERSON/ANNE TISSOT BENEDETTO, Traité TVA, Basel 2009, S. 431 ff.). Daraus ergibt sich ohne weiteres, dass sämtliche erzielten Umsätze aus den verschiedenen Einzelunternehmungen mehrwertsteuerrechtlich zusammenzufassen sind, ungeachtet darum, ob die Einzelunternehmen in wirtschaftlich unterschiedlichen Tätigkeitsfeldern operieren, ob eigenständige Buchhaltungen geführt werden, ob räumliche Trennung besteht und ob unter unterschiedlichen Namen aufgetreten wird (Grundsatz der Einheit des Unternehmens; vgl. dazu Urteile 2C_518/2007 vom 11. März 2008, in: ASA 77 S. 567, E. 2.3 und 2C_742/2008 vom 11. Februar 2009 E. 5.3; MOLLARD/OBERSON/TISSOT BENEDETTO, a.a.O., S. 431, N. 51). Die Beschwerde erweist sich mithin in dieser Hinsicht als unbegründet.
4. Der Beschwerdeführer bringt im Weiteren vor, er sei in seinem Vertrauen auf behördliche Zusicherung gestützt auf den Grundsatz von Treu und Glauben zu schützen.
4.1 Nach dem in Art. 9 BV verankerten Grundsatz von Treu und Glauben kann eine (selbst unrichtige) Auskunft, welche eine Behörde dem Bürger erteilt, unter gewissen Umständen Rechtswirkungen entfalten. Voraussetzung dafür ist, dass sich die Auskunft der Behörde: a) auf eine konkrete, den Bürger berührende Angelegenheit bezieht; b) dass die Amtsstelle, welche die Auskunft gegeben hat, hiefür zuständig war oder der Bürger sie aus zureichenden Gründen als zuständig betrachten durfte; c) dass der Bürger die Unrichtigkeit der Auskunft nicht ohne weiteres hat erkennen können; d) dass er im Vertrauen hierauf nicht ohne Nachteil rückgängig zu machende Dispositionen getroffen hat; e) und dass die Rechtslage zur Zeit der Verwirklichung noch die gleiche ist wie im Zeitpunkt der Auskunftserteilung (vgl. <ref-ruling> E. 6.1 S. 636 f.; <ref-ruling> E. 4c S. 274; <ref-ruling> E. 2c S. 479; Urteil 1C_242/2007 vom 11. Juni 2008 E. 3.3.1 S. 637; CHRISTOPH ROHNER, in: St. Galler Kommentar zur schweizerischen Bundesverfassung, 2. Aufl. 2008, Art. 9 BV, Rz. 52, mit Literaturhinweisen). Erforderlich ist dabei grundsätzlich, dass die Darstellung des Sachverhalts durch einen um Auskunft Ersuchenden vollständig und richtig erfolgt (vgl. Urteile 2C_463/2008 vom 27. Januar 2009 E. 2.3; 2A.300/1989 vom 16. Februar 1990, in: ASA 60 S. 53, E. 3; FRITZ GYGI, Verwaltungsrecht, Bern 1986, S. 160). Als Folge der Bedeutung des Legalitätsprinzips im Abgaberecht ist der Vertrauensschutz in diesem Bereich zudem praxisgemäss nur mit Zurückhaltung zu gewähren (<ref-ruling> E. 6.1 S. 637). Eine vom Gesetz abweichende Behandlung eines Steuerpflichtigen kann nur in Betracht fallen, wenn die Voraussetzungen des Vertrauensschutzes klar und eindeutig erfüllt sind. Einem Steuerpflichtigen darf aufgrund einer unrichtigen Auskunft oder einer bis anhin tolerierten gesetzwidrigen Behandlung nicht ein Vorteil erwachsen, der zu einer krassen Ungleichbehandlung führen würde (Urteil 2A.261/2001 vom 29. Oktober 2001 E. 2d/cc).
4.2 Im vorliegenden Fall ist aufgrund des von der Vorinstanz - für das Bundesgericht verbindlich - festgestellten Sachverhalts davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer der Steuerverwaltung die relevanten Umstände nicht umfassend dargelegt hat. So hat er es insbesondere unterlassen, auf die Tatsache hinzuweisen, dass er neben der die Auskunft betreffenden neuen Firma ("B._") eine weitere Einzelfirma ("A._") betreibt. Der Beschwerdeführer macht diesbezüglich sinngemäss geltend, es wäre Aufgabe der auskunfterteilenden Steuerverwaltung gewesen, bei ihm nähere Erkundigungen einzuziehen. Diese Auffassung geht fehl, obliegt es doch aufgrund des bei der Mehrwertsteuer geltenden Selbstveranlagungsprinzips (Art. 37 ff. aMWSTV bzw. Art. 46 ff. aMWSTG) dem Steuerpflichtigen, zu klären, ob die Voraussetzungen der Steuerpflicht gegeben sind (vgl. Urteile 2C_356/2008 vom 21. November 2008 E. 3.2; 2A.61/2006 vom 29. November 2006 E. 3.1). Dies bedeutet auch, dass es seine Aufgabe ist, bei allfälligen Erkundigungen über die Steuerpflicht der Steuerverwaltung den Sachverhalt genau darzulegen.
Da der vorliegend relevante Sachverhalt der Steuerverwaltung anlässlich der Anfrage durch den Steuerpflichtigen nicht in ausreichender Art vorgetragen worden war, fehlten ihr entscheidende Beurteilungselemente. Ihre Auskunft erfolgte nicht aufgrund einer vollständigen und richtigen Darstellung des Sachverhaltes und kann daher nichts als Vertrauensbasis für den hier zu beurteilenden Sachverhalt gelten.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde in allen Teilen unbegründet und deshalb abzuweisen. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 und 66 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Eidgenössischen Steuerverwaltung, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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