Sachverhalt:
A. X._ erhob am 20. Januar 2011 bei der Stadtpolizei Zürich Strafantrag gegen A._ wegen Tätlichkeiten und Beschimpfung. Er machte geltend, dieser habe ihn am 19. Januar 2011 bespuckt und ihm den gestreckten mittleren Zeigefinger ("Stinkfinger") gezeigt.
Das Stadtrichteramt Zürich stufte den Spuckvorfall als Tätlichkeit im Sinn von <ref-law> ein und verurteilte A._ am 15. März 2011 zu einer Busse von 100 Franken. Gegen diesen Strafbefehl erhoben sowohl X._ als auch A._ Einsprache. Seither ist das Untersuchungsverfahren beim Stadtrichteramt hängig.
Die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat stufte die obszöne Geste als Beschimpfung im Sinn von <ref-law> ein und verurteilte A._ mit Strafbefehl vom 5. Dezember 2011 zu einer bedingten Geldstrafe von 5 Tagen. Mit Verfügung vom gleichen Tag nahm sie das Verfahren in Bezug auf den Spuckvorfall nicht an die Hand. Es könne offen bleiben, ob das Spucken als Beschimpfung im Sinn von <ref-law> zu qualifizieren sei, wie X._ geltend mache. Mit dieser Frage habe sich das Stadtrichteramt zu befassen. Sollte sich in dessen Untersuchung herausstellen, dass von einer Beschimpfung auszugehen sei, könne jederzeit ein zusätzlicher Strafbefehl bzw. ein zusätzliches Strafurteil erlassen werden. Keinerlei Hinweise sprächen dafür, dass A._ X._ durch sein Spucken mit HIV oder einer anderen ansteckenden Krankheit habe infizieren wollen; das von X._ angestrengte Strafverfahren wegen versuchter schwerer Körperverletzung im Sinn von Art. 122 i.V.m. <ref-law> sei dementsprechend nicht an die Hand zu nehmen.
X._ focht diese Nichtanhandnahmeverfügung der Staatsanwaltschaft beim Obergericht des Kantons Zürich an. Dieses wies die Beschwerde am 25. September 2012 ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid des Obergerichts aufzuheben und die Sache an die Staatsanwaltschaft zur Eröffnung einer Strafuntersuchung zurückzuweisen.
C. Mit Eingabe vom 15. November 2012 teilte X._ mit, das Stadtrichteramt habe ihm drei Einvernahmetermine angesetzt. Diese seien geeignet, das bundesgerichtliche Verfahren zu präjudizieren, weshalb es im Rahmen von <ref-law> anzuweisen sei, diese Termine zu widerrufen und weitere Verfahrenshandlungen bis zum Abschluss des bundesgerichtlichen Verfahrens zu unterlassen.
Mit Verfügung vom 20. November 2012 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen ab.
D. Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht verzichten auf Vernehmlassung. A._ beantragt sinngemäss, die Beschwerde abzuweisen.
X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Angefochten ist der Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Strafsache, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1, Art. 90 BGG). Allerdings schliesst der angefochtene Entscheid das Verfahren bezüglich des Spuckvorfalls entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht ab. Nach der vorläufigen Einschätzung der Zürcher Strafverfolgungsbehörden ist das Spucken voraussichtlich als Tätlichkeit zu qualifizieren, weshalb das Verfahren zuständigkeitshalber vom Stadtrichteramt geführt wird. Ergeben sich in diesem Verfahren ernsthafte Anhaltspunkte dafür, dass der Beschwerdegegner mit dem Bespucken des Beschwerdeführers andere (z.B. <ref-law>) oder weitere (z.B. <ref-law>) Straftatbestände verwirklicht haben könnte, die Vergehen oder Verbrechen darstellen und damit in die Zuständigkeit der Staatsanwaltschaft fallen, wird es das Verfahren nach <ref-law> an diese zu überweisen haben. Darauf wird im Übrigen in der Nichtanhandnahmeverfügung jedenfalls in Bezug auf eine mögliche Qualifikation des Spuckens als Beschimpfung ausdrücklich hingewiesen (S. 2 Ziff. 2 am Ende). Das vom Beschwerdeführer gegen den Beschwerdegegner wegen des Spuckvorfalls angestrengte Strafverfahren läuft damit ungeachtet des angefochtenen Entscheids weiter. Dieser stellt danach einen Zwischenentscheid dar, der nach <ref-law> anfechtbar ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Es ist weder ersichtlich noch dargetan, dass die eine oder die andere dieser Voraussetzungen erfüllt sein könnten. Auf die Beschwerde ist damit nicht einzutreten.
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Stadtrichteramt Zürich, der Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi