Faits:
A. N._, né en 1972, bénéficie de prestations complémentaires à une rente de l'assurance-invalidité. Sa mère est décédée en février 2008. Le 17 décembre 2009, il a informé le Service des prestations complémentaires du canton de Genève (ci-après: le SPC) qu'il avait reçu, dans le courant du mois, la somme de 313'368 fr. au titre de sa part dans la succession.
Par décision du 19 avril 2010, le SPC a procédé à un calcul du droit aux prestations complémentaires tenant compte de ce nouvel élément. Il en ressortait que l'intéressé devait restituer, pour la période allant de février 2008 à décembre 2009, la somme de 90'909 fr. (90'381 fr. au titre de prestations complémentaires de droit fédéral et 528 fr. au titre de frais médicaux). Par décision sur opposition du 6 juillet 2010, l'administration a revu à la baisse les intérêts de l'épargne imputés à l'assuré et lui a réclamé 88'254 fr. au titre de prestations complémentaires versées à tort; elle a confirmé sa position s'agissant des frais médicaux.
B. L'intéressé a déféré cette décision auprès du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève (aujourd'hui: la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales), concluant à son annulation en ce qu'elle ajoutait des intérêts au capital qu'il avait reçu à la fin de l'année 2009, lesdits intérêts étant déjà inclus dans le capital successoral.
Le Tribunal cantonal, par jugement du 17 novembre 2010, a admis partiellement le recours, annulé la décision du 6 juillet 2010 et renvoyé la cause au SPC pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants. Les premiers juges ont estimé que le produit de la somme héritée devait être retenu au titre de revenus déterminants dans le cadre du calcul rétrospectif des prestations complémentaires, mais ils ont considéré qu'il ne leur était pas possible d'en établir le montant. En outre, si l'assuré avait disposé du montant de sa part successorale en février 2008 déjà, cette augmentation de fortune aurait diminué son droit aux prestations complémentaires et il aurait compensé cette baisse de revenus en puisant dans son patrimoine dans une mesure correspondante; il appartenait cependant à l'administration de procéder à un nouveau calcul tenant compte d'une diminution de fortune pendant la période considérée.
C. Le Service des prestations complémentaires du canton de Genève interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut à la confirmation de sa décision du 6 juillet 2010 et à ce qu'il soit dit que le montant de la restitution par lui réclamé à N._ s'élève à 88'782 fr. (88'254 fr. de prestations complémentaires fédérales et 528 fr. de frais médicaux).
N._ conclut au rejet du recours alors que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se prononcer.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine librement et d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 438, 497 consid. 3 p. 499).
1.2 Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. 2.1 Un jugement de renvoi constitue une décision incidente qui peut être attaquée séparément aux conditions prévues à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 481 s. et les références).
2.2 En renvoyant la cause au recourant pour complément d'instruction afin de déterminer si la somme reçue par l'intimé à la fin de l'année 2009 comprenait ou non des intérêts, la juridiction cantonale ne lui a donné aucune instruction contraignante sur la manière de trancher un aspect du litige. Dès lors, sur ce point, la décision attaquée ne cause pas de préjudice irréparable (<ref-law>) au recourant (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 483). En outre, on ne voit pas qu'une décision finale immédiate (<ref-law>) permettrait d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. Dès lors, dans cette mesure, le recours est irrecevable.
2.3 En revanche, le jugement attaqué a un effet contraignant pour le recourant en ce sens qu'il doit statuer sur le montant des revenus de l'intimé déterminants pour le calcul rétrospectif des prestations complémentaires en tenant compte d'une diminution progressive de fortune pendant la période considérée. Sur ce point, le jugement incident entraîne sans aucun doute un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law>. Le recours est donc admissible à cet égard.
3. L'instance cantonale a retenu, sans qu'une preuve correspondante n'ait été rapportée, une diminution constante de la fortune de l'intimé entre février 2008 et décembre 2009 au motif qu'il n'aurait pas pu assurer sa subsistance sans puiser régulièrement dans son patrimoine. L'admissibilité d'un tel raisonnement n'a été discutée ni durant la procédure administrative, ni devant l'instance cantonale. En outre, les parties ne pouvaient pas supputer la pertinence de cette considération juridique (cf. infra consid. 4). Dans ces conditions, les premiers juges auraient dû les interpeller sur cette question (<ref-ruling> consid. 5 p. 39). Cependant, vu que les parties ont eu l'occasion de s'exprimer à ce sujet devant le Tribunal de céans et que celui-ci jouit d'une pleine cognition quant à l'application du droit fédéral, la violation du droit d'être entendu commise par l'instance cantonale doit être considérée comme réparée.
4. Selon l'<ref-law>, le montant des prestations complémentaires correspond à la part des dépenses reconnues qui excède les revenus déterminants. Les premières sont appréhendées par l'<ref-law> et comprennent - pour les personnes ne vivant pas en permanence ou pour une longue période dans un home ou un hôpital - les montants forfaitaires qui y sont définis (al. 1 let. a) ainsi que des montants correspondant, dans certains cas limitativement énumérés, à des frais effectifs, parfois uniquement à concurrence d'une certaine somme (al. 1 let. b et al. 3). Les revenus déterminants sont fixés par l'<ref-law>, lequel précise notamment que le produit de la fortune mobilière et immobilière est pris en compte (al. 1 let. b) ainsi qu'une quote-part de la fortune nette (al. 1 let. c). Le Tribunal fédéral a précisé que dans le cadre d'un calcul rétrospectif de prestations complémentaires, il faut tenir compte des faits susceptibles d'affecter, à la hausse ou à la baisse, les revenus déterminants du bénéficiaire (<ref-ruling> consid. 5c p. 26). Ainsi, ni la loi ni la jurisprudence ne permet de procéder à l'amortissement systématique - et indépendant des circonstances du cas d'espèce - de la fortune de l'intimé tel que retenu par les premiers juges. Dès lors, il y a lieu de renvoyer la cause au recourant pour instruction complémentaire et nouvelle décision qui tienne compte de la situation financière concrète de l'intimé pendant la période considérée et n'opère pas des déductions méthodiques sur sa fortune.
5. Le recours se révèle par conséquent bien fondé.
6. Vu l'issue du litige, l'intimé, qui succombe, devra supporter les frais de justice (art. 66 al. 1, première phrase, LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable. Le jugement de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 17 novembre 2010 est réformé en ce sens que la cause est renvoyée au recourant pour instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants du présent arrêt.
2. Les frais de justice, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 20 février 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Bouverat