Sachverhalt:
A. X._ (Beklagte und Beschwerdeführerin) schloss mit der Y._ GmbH (Klägerin und Beschwerdegegnerin) eine Vertriebsvereinbarung auf Provisionsbasis. Gemäss Anhang 5 zu dieser Vereinbarung erhielt sie für die Startphase anteilig monatliche Vorschusszahlungen von EUR 5'000.-- bis zum Erreichen eines Provisionsvolumens von dieser Höhe. Ab diesem Zeitpunkt war eine monatliche Rückzahlung aus dem erzielten Überschuss vereinbart.
B. Am 6. Februar 2009 kündigte die Klägerin das Vertragsverhältnis fristlos und verlangte mit Klage vom 15. Dezember 2009 von der Beklagten die Rückzahlung der Vorschüsse im Umfang von EUR 20'500.-- nebst Zins mit der Begründung, die Beklagte habe während der Dauer des Vertrages kein einziges Geschäft vermittelt und daher die Vorschüsse nach Massgabe des Rechts der ungerechtfertigten Bereicherung zurückzuerstatten. Nachdem die Klageantwort der anwaltlich nicht vertretenen Beklagten am 22. April 2010 einen Tag nach Ablauf der zweimal erstreckten Frist beim Kantonsgericht des Kantons Obwalden eingegangen war, wies der Kantonsgerichtspräsident I die Eingabe als verspätet aus dem Recht. Dagegen erhob die Beklagte einen Rekurs, der mangels Leistung des Kostenvorschusses mit Entscheid des Obergerichtspräsidenten des Kantons Obwaldens vom 2. September 2010 als erledigt abgeschrieben wurde. Am 7. Februar 2011 hiess das Kantonsgericht die Klage mit Ausnahme einer Korrektur bezüglich des Zinsenlaufes gut. Mit Berufung an das Obergericht des Kantons Obwalden beantragte die nunmehr anwaltlich vertretene Beklagte sinngemäss, die Klage kostenfällig abzuweisen und eventualiter festzustellen, dass die Klageantwort rechtzeitig eingereicht worden sei, und die Sache an das Kantonsgericht zu neuer Entscheidung zurückzuweisen. Das Obergericht wies die Berufung am 21. März 2012 ab, wobei es der Beklagten die unentgeltliche Prozessführung bewilligte.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, das Urteil des Obergerichts aufzuheben, festzustellen, dass die Verfügung des Kantonsgerichts vom 31. Mai 2010, mit der die Klageantwort aus dem Recht gewiesen wurde, nichtig sei und die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Am 15. Juni 2012 gewährte das Bundesgericht der Beschwerde antragsgemäss aufschiebende Wirkung. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wies das Bundesgericht am 20. August 2012 ab, worauf die Beschwerdeführerin binnen erstreckter Frist den Kostenvorschuss leistete. Vernehmlassungen wurden nur zur Gewährung der aufschiebenden Wirkung eingeholt.

Erwägungen:
1. Im erstinstanzlichen Klagebegehren hält die Beschwerdegegnerin fest, die eingeklagte Summe von EUR 20'500.-- entspreche Fr. 32'264.10 gemäss dem Wechselkurs von 1.573858. Für die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen ist nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts auf den Kurs am Tag der Klageanhebung abzustellen (BGE 63 II 34 S. 35 mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 4A_274/2011 vom 3. November 2011 E. 1, teilw. publ. in SJ 2012 I S. 160 f.). Ob bereits die Anrufung des Friedensrichters (Datum des Vermittlungsgesuchs vom 21. August 2009 oder der Ausstellung des Weisungsscheins vom 21. Oktober 2009) oder erst die Klage an das Kantonsgericht vom 15. Dezember 2009 massgebend ist (vgl. BGE 59 II 339 E. 1 S. 341), kann offen bleiben. In allen Fällen wird der nach <ref-law> für die Beschwerde in Zivilsachen notwendige Streitwert überschritten (vgl. http://www.oanda.com/lang/de/currency/converter/, zuletzt besucht am 17. Oktober 2012), wie auch gemäss dem von der Beschwerdegegnerin angenommenen Wechselkurs.
1.1 Das von der Beschwerdeführerin gestellte Feststellungsbegehren ist, soweit sie damit ein Feststellungsurteil erreichen möchte und nicht bloss die Massgaben im Rahmen des beantragten Rückweisungsentscheides umschreibt, neu und damit unzulässig (<ref-law>). Ausser dem unzulässigen Feststellungsbegehren enthält die Beschwerdeschrift keinen materiellen Antrag, wie er nach <ref-law> an sich erforderlich ist. Der blosse Rückweisungsantrag genügt nur, wenn das Bundesgericht, sollte es die Rechtsauffassung der Beschwerdeführerin für begründet erachten, kein Sachurteil fällen kann, sondern die Streitsache zur weiteren Abklärung des Sachverhaltes an die Vorinstanz zurückweisen muss (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen). Diese Voraussetzung ist, soweit ein Entscheid unter Berücksichtigung der Klageantwort verlangt wird, gegeben. Mit Bezug auf die von der Beschwerdeführerin erhobenen materiellen Einwände ist dies weniger offensichtlich. Da die Vorinstanz aber Fragen, wie diejenige, ob die fristlose Kündigung gerechtfertigt war, offen gelassen hat, wäre eine Rückweisung an die Vorinstanz wohl unumgänglich. Zudem lässt die Argumentation der Beschwerdeführerin erkennen, dass sie der Auffassung ist, materiell sei die Klage abzuweisen. Mit Bezug auf den Streitwert und die Rechtsbegehren sind die Eintretensvoraussetzungen gegeben.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 241). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400). Unerlässlich ist daher, dass die beschwerdeführende Partei auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingeht und dartut, worin sie eine Verletzung von Bundesrecht sieht (<ref-ruling> E. 3.3 S. 60; <ref-ruling> E. 3 S. 748 f.; vgl. auch 134 II 244 E. 2.1 S. 246). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53; <ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
1.3 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind nach Massgabe von <ref-law> zu begründen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von <ref-law>, die dem Richter geradezu in die Augen springen (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen).
1.4 Wer sich auf eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz beruft und den Sachverhalt gestützt darauf berichtigt oder ergänzt wissen will, hat mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile des Bundesgerichts 4A_275/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.4.3 S. 129 mit Hinweisen), was in der Beschwerde ebenfalls näher darzulegen ist (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 395).
1.5 Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesverwaltungsgerichts. Dabei knüpft der Begriff der Letztinstanzlichkeit an jenen von Art. 86 Abs. 1 OG an. Letztinstanzlichkeit gemäss <ref-law> bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, ausgeschöpft sein muss (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen).
1.6 Die dargelegten Regeln einer Beschwerde in Zivilsachen und die Begründungsanforderungen an die erhobenen Rügen missachtet die Beschwerdeführerin über weite Strecken. Die Rechtzeitigkeit der Klageantwort hat die Beschwerdeführerin schon in der Berufung an die Vorinstanz thematisiert: Sie reichert vor Bundesgericht ihre Sachverhaltsdarstellung bezüglich der Nichtigkeit der Verfügung des Kantonsgerichts vom 31. Mai 2010 aber mit Umständen an, wie dem Kontakt mit den Behörden und dem Gerichtsschreiber oder angeblichen Verzögerungen am Zoll, die weder im angefochtenen Urteil noch in der Verfügung vom 31. Mai 2010, auf die sie verweist, aufgeführt sind, ohne mit Aktenhinweisen darzutun, dass sie die entsprechenden Tatsachen prozesskonform in das Verfahren eingebracht hat. In dieser Hinsicht ist die Begründung der Beschwerde mangelhaft.
1.7 Die Beschwerdeführerin hat den Kostenvorschuss für den kantonalen Rekurs nicht bezahlt, so dass am 2. September 2010 ein Erledigungsentscheid erging, ohne dass die Verfügung vom 31. Mai 2010, mit der die Klageantwort aus dem Recht gewiesen wurde, vom Obergericht überprüft worden wäre. Insoweit fehlt es an der materiellen Ausschöpfung des kantonalen Instanzenzuges. Die Beschwerdeführerin beruft sich aber auf die Nichtigkeit der Verfügung.
1.7.1 Fehlerhafte Entscheide sind nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nichtig, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, wenn er offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist und wenn zudem die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel einer Entscheidung führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht. Die Nichtigkeit eines Entscheids ist von sämtlichen rechtsanwendenden Behörden jederzeit von Amtes wegen zu beachten (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 367; <ref-ruling> E. 2.1 S. 363 f. mit Hinweisen).
1.7.2 Nichtigkeit ist nur anzunehmen, wenn aufgrund der konkreten Umstände die blosse Anfechtbarkeit des Entscheides offensichtlich keinen hinreichenden Schutz bietet (<ref-ruling> E. 3a/aa S. 99; <ref-ruling> E. 1a S. 159). Zu denken ist an Fälle, in denen dem Betroffenen entweder die Anfechtung nicht zugemutet werden kann, oder in denen selbst das Einverständnis des Betroffenen nichts an der Unzulässigkeit des Entscheides zu ändern vermöchte. Verfahrensmängel, die in Gehörsverletzungen liegen, führen in der Regel nur zur Anfechtbarkeit des fehlerhaften Entscheids. Nur ein besonders schwer wiegender Verstoss gegen grundlegende Parteirechte hat Nichtigkeit zur Folge. Dies ist beispielsweise der Fall, wenn der Betroffene von einer Entscheidung mangels Eröffnung gar nichts weiss bzw. wenn er gar keine Gelegenheit erhalten hat, an einem gegen ihn laufenden Verfahren teilzunehmen (BGE <ref-ruling> E. 2.1 S. 364 mit Hinweisen).
1.7.3 Umstände, die den in der Anfechtbarkeit liegenden Schutz als offensichtlich ungenügend erscheinen liessen, sind im konkreten Fall nicht gegeben. Die erste Instanz ging davon aus, die in Deutschland wohnhafte Beschwerdeführerin hätte mit Blick auf die infolge des Vulkanausbruchs bei der Zustellung der Klageantwort zu befürchtenden Verzögerungen (Einstellung des Flugverkehrs) die Klageantwort früher aufgeben müssen. Zudem hielt der Kantonsgerichtspräsident in der Verfügung fest, ungeachtet der Verzögerungen im Luftverkehr sei die Sendung am 21. April 2010, 7.45 Uhr in die Schweiz gelangt und trotzdem erst am Folgetag zugestellt worden. Dieses Verhalten ihrer Hilfsperson (des mit der Zustellung beauftragten Expressdienstes) müsse sich die Beschwerdeführerin anrechnen lassen. Soweit die Beschwerdeführerin mit dieser Einschätzung nicht einverstanden ist, bietet die blosse Anfechtbarkeit einen ausreichenden Schutz. Es besteht kein Grund für die Annahme von Nichtigkeit, selbst wenn die Verfügung mangelhaft gewesen sein sollte, was überdies, entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin, keineswegs offensichtlich ist.
1.8 Dass die Beschwerdeführerin nicht auf die Möglichkeit, um unentgeltliche Rechtspflege nachzusuchen, hingewiesen wurde, wie sie vorbringt, vermöchte daran nichts zu ändern, zumal sie nicht dartut, woraus sich unter dem anwendbaren kantonalen Prozessrecht eine entsprechende Pflicht ergeben sollte. Nicht stichhaltig ist der Vorwurf, der angefochtene Entscheid verletze <ref-law>, da er nur festhalte, ein besonders schwerer Mangel bei der Verfügung des Kantonsgerichtspräsidenten sei weder offensichtlich noch leicht erkennbar, und nicht begründe, inwiefern der Mangel weder offensichtlich noch leicht erkennbar sei. Die Beschwerdeführerin teilt die Einschätzung der Vorinstanz nicht. Sie konnte jedoch erkennen, dass die Vorinstanz den behaupteten Mangel nicht als derart schwer und offensichtlich erachtete, dass er die Nichtigkeit der Verfügung zur Folge hätte. Insoweit ist der angefochtene Entscheid hinreichend begründet, um die Überprüfung durch das Bundesgericht beziehungsweise eine sachgerechte Anfechtung zu ermöglichen.
2. Die Vorinstanz qualifizierte die Vertriebsvereinbarung wie die erste Instanz als Agenturvertrag (<ref-law>). Sie erwog, die Rückzahlung der Vorschüsse im Fall der vorzeitigen Vertragsbeendigung oder des Nichterreichens des Provisionsvolumens von EUR 5'000.-- entspreche dem Wesen des Agenturvertrages (Art. 418g und 418n OR) und gründe damit auf Vereinbarung. Durch die vorzeitige Vertragsauflösung entfalle die Möglichkeit der Rückerstattung mittels Provisionszahlungen. Aufgrund des nachträglich weggefallenen Vertrages seien die Vorschüsse nach Massgabe der ungerechtfertigten Bereicherung zurückzuerstatten.
3. Die Vorinstanz wie auch die Parteien gehen davon aus, die Rückforderung der bezahlten Beträge richte sich nach den Regeln der ungerechtfertigten Bereicherung. Entsprechend thematisiert die Beschwerdeführerin die Frage einer allfälligen gutgläubigen Entreicherung. Die Vorinstanz hat indessen selbst erkannt, dass die Kündigung nur für die Zukunft wirkt, der Vertrag durch die Kündigung mithin nicht nachträglich wegfällt, wie die erste Instanz, deren Ausführungen die Vorinstanz übernommen hat, annahm. Die Vorschüsse sind aufgrund des gültig geschlossenen und bis zur Kündigung geltenden Vertrages geschuldet. Ob und wenn ja in welchem Umfang die Pflicht zur Rückzahlung der Vorschüsse bestehen bleibt, wenn infolge der Kündigung keine für die Rückzahlung zu verwendenden Provisionen mehr entstehen können, bestimmt sich durch Auslegung der von den Parteien getroffenen Vereinbarung. Dies erkannten im Prinzip auch die kantonalen Instanzen, die festhielten, die Rückzahlung der Vorschüsse im Fall der vorzeitigen Vertragsbeendigung gründe auf Vereinbarung. Damit sind die Rückforderungsansprüche vertraglicher Natur, so dass sich die Frage der gutgläubigen Entreicherung nicht stellt. Dass die Beschwerdeführerin für allfälligen Aufwand, der nicht zu einem Vertragsschluss führte, grundsätzlich keine Entschädigung beanspruchen kann, ergibt sich aus Art. 418n, auf den die kantonalen Instanzen verwiesen haben. Die Beschwerdeführerin ist daher nicht berechtigt, mit Blick auf derartigen Aufwand die Rückzahlung zu verweigern. Ihre Vorbringen zur ungerechtfertigten Bereicherung gehen an der Sache vorbei.
4. Die Vorinstanz hat mangels entsprechender Rechtsbegehren nicht geprüft, ob der Beschwerdeführerin durch die fristlose Kündigung ein durch die Beschwerdegegnerin zu ersetzender Schaden entstanden ist.
4.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Formulierung, "dass sie nicht mehr zurückzahlen könne, weil durch die unrechtmässige Kündigung ihr die Möglichkeit genommen wurde, Umsatz zu generieren, somit Provisionen zu erwirtschaften und dementsprechend der erfolgsabhängigen Vereinbarung Nr. 5 zur Vertriebsvereinbarung nachzukommen", genüge als Verrechnungsantrag, da damit klar zum Ausdruck komme, dass die Beschwerdeführerin im Umfang der klägerischen Forderung Verrechnung geltend mache, "weil sie zufolge der fristlosen Entlassung (unrechtmässige Kündigung) keinen Umsatz mehr generieren kann". Als Minimalantrag sei dieser Antrag ausreichend und selbstverständlich auf den möglichen Verrechnungsbetrag begrenzt. Die Vorinstanz setzte sich nicht mit dem Argument auseinander, der Antrag sei bestimmbar gewesen.
4.2 Prozessuale Anträge und Verrechnungserklärungen sind auseinanderzuhalten. Unter Geltung der Dispositionsmaxime bestimmt sich nach dem Antrag, worüber das Gericht zu urteilen hat. Die (gültige) Verrechnung tilgt die eingeklagte Forderung. Die Verrechnungserklärung bildet mithin keinen Antrag, sondern eine Tatsache, die zur Tilgung der eingeklagten Forderung führen kann. Die Ausführungen der Beschwerdeführerin genügen aber weder als Verrechnungserklärung noch als Widerklageantrag. Dass die Beschwerdeführerin die Forderung der Beschwerdegegnerin durch Verrechnung mit einer eigenen Forderung zu tilgen gedenkt oder eine derartige Forderung geltend macht, geht aus ihren Ausführungen nicht hervor. Diese können ebenso gut dahin gehend gedeutet werden, sie sei der Auffassung, bei ungerechtfertigter Kündigung entfalle die Pflicht zur Rückerstattung, da die Voraussetzungen, unter denen diese geschuldet sei, nicht mehr eintreten könnten. Dass die Beschwerdeführerin Verrechnung erklärt oder ihrerseits Schadenersatzansprüche geltend macht, geht daraus nicht hervor. Zudem hätte die Beschwerdeführerin im Prozess sowohl für die Annahme einer Verrechnung als auch für eine eigentliche Widerklage substanziieren müssen, worin ihr Schaden besteht. Auch daran fehlt es.
5. Dass die Beschwerdeführerin vor erster Instanz nicht anwaltlich vertreten war, ändert grundsätzlich nichts an den anwendbaren prozessualen Bestimmungen und bedeutet nicht, dass das Gericht verpflichtet gewesen wäre, über allfällige Schadenersatzansprüche von Amtes wegen zu urteilen. Auch ist nicht zu beanstanden, wenn für die Abnahme von Beweisen verlangt wird, dass angegeben wird, wofür und inwiefern die angebotenen Beweismittel Beweis erbringen sollen, wobei die Beweismittel ohnehin nicht entscheidrelevant sind, soweit die Beschwerdeführerin damit ihre Entreicherung unter Beweis stellen wollte (vgl. E. 3 hiervor).
6. Die Beschwerde erweist sich als offensichtlich unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig. Die Beschwerdegegnerin wurde nur bezüglich der Gewährung der aufschiebenden Wirkung zur Stellungnahme eingeladen, wo sie mit ihrem Antrag nicht durchdrang. Daher steht ihr keine Parteientschädigung zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Obwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Oktober 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak