Sachverhalt:
A. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Aargau bestellte X._ am 18. März 2011 in einem schweren Betäubungsmittelfall als amtlichen Verteidiger. Seine Kostennote belief sich auf Fr. 10'124.35.
Das Bezirksgericht Aarau genehmigte am 22. Juli 2012 Fr. 8'175.60, wobei ohne ausdrücklichen Gegenbericht innert fünf Tagen davon ausgegangen werde, dass die Korrektur der Kostennote akzeptiert werde. Am 26. Juli 2012 hielt X._ am ursprünglichen Betrag fest.
B. Das Bezirksgericht beharrte am 2. August 2012 auf seinem Kostenentscheid vom 22. Juli 2012 und schrieb in der Rechtsmittelbelehrung, dass die Verfügung innert 20 Tagen mit Beschwerde im Sinne von § 94 Gerichtsorganisationsgesetz (GOG) beim Obergericht angefochten werden könne. X._ erhob am 19. August 2012 Beschwerde.
Das Obergericht des Kantons Aargau trat am 2. Dezember 2011 auf die Beschwerde nicht ein, weil die 10-tägige Frist des <ref-law> nicht eingehalten sei.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz erwägt, dem Beschwerdeführer sei als Rechtsanwalt bekannt gewesen, dass am 1. Januar 2011 die Schweizerische Strafprozessordnung (StPO) in Kraft getreten sei, die eine umfassende und grundsätzlich abschliessende Kodifikation darstelle. Deshalb habe sich ihm zwingend die Frage nach der Geltung des neuen Prozessrechts für das Rechtsmittelverfahren hinsichtlich des Entschädigungsentscheids aufdrängen müssen. Bei dieser Sachlage hätte zur Grobkontrolle der Rechtsmittelbelehrung ein Blick in die StPO gehört. Dabei erschliesse sich direkt aus der Lektüre der massgeblichen Bestimmungen (Art. 135 Abs. 3 lit. a und Art. 396 StPO), dass für das Rechtsmittel der Beschwerde gegen den angefochtenen Entscheid eine Frist von 10 Tagen gelte. Dass es bei der neuen bundesgesetzlichen Regelung der Beschwerde gegen Entschädigungsentscheide gemäss <ref-law> keinen Raum mehr für eine kantonale Regelung geben könne, habe dem Beschwerdeführer - trotz versehentlicher Nichtaufhebung von § 94 GOG beim Erlass des EG StPO (und des EG ZPO), welche Bestimmung nach der Rechtsprechung auch auf die Festsetzung der Entschädigung des amtlichen Verteidigers anwendbar gewesen sei - auch ohne Konsultation von Rechtsprechung und Literatur klar sein müssen. Der Beschwerdeführer könne daher keinen Schutz des Vertrauens in die falsche Rechtsmittelbelehrung beanspruchen (angefochtener Entscheid S. 5 Ziff. 2.3).
2. Es trifft zwar zu, dass der Beschwerdeführer verpflichtet war, den Text der StPO zu konsultieren, und diese eine Beschwerdefrist von 10 Tagen statuiert (Art. 135 Abs. 3 lit. a und Art. 396 StPO). Beim Erlass des kantonalen Einführungsgesetzes zur StPO jedoch wurde § 94 GOG/AG, der eine Beschwerdefrist von 20 Tagen vorsieht, nicht aufgehoben. Somit sah sich der Beschwerdeführer zwei sich widersprechenden gesetzlichen Regelungen gegenüber. Deshalb stellt sich die Frage, ob es als grobe prozessuale Unsorgfalt zu werten ist, wenn er sich auf die falsche Rechtsmittelbelehrung verliess (Urteil des Bundesgerichts 5A_704/2011 vom 23. Februar 2012 E. 8.3 mit Hinweisen, zur Publikation bestimmt).
Entgegen der vorinstanzlichen Auffassung ist ohne Konsultation von Rechtsprechung und Literatur nicht klar, dass die StPO keinen Raum mehr für eine kantonale Regelung zulässt. Im Gesetzestext selbst findet sich keine derartige explizite Aussage. Die Vorinstanz zitiert den Basler Kommentar mit Hinweis auf Niklaus Schmid, um aufzuzeigen, dass die StPO eine umfassende und grundsätzlich abschliessende Kodifikation sei. Wenn sie nur "grundsätzlich" abschliessend ist, muss es Ausnahmeregelungen geben. Da gerade Anwaltstarife nach wie vor kantonal geregelt sind, wäre es denkbar, dass auch die Rechtsmittel gegen Entschädigungsentscheide weiterhin kantonalem Verfahrensrecht unterliegen. Nicht abwegig ist eine solche Sicht der Dinge jedenfalls im Kanton Aargau, der im Zusammenhang mit der StPO sein Gerichtsorganisationsgesetz revidiert und dabei die 20-tägige Frist für die Anfechtung von Entschädigungsentscheiden beibehalten hat. Dass es sich dabei um ein Versehen handelt, ergibt sich erst nach einem Blick in Rechtsprechung und Literatur. Dem Beschwerdeführer kann somit nicht vorgeworfen werden, er habe sich grob unsorgfältig verhalten, als er auf die falsche Rechtsmittelbelehrung der zuständigen Behörde vertraute.
3. Damit erweist sich die Beschwerde als begründet, und der angefochtene Entscheid ist aufzuheben.
Dem Kanton Aargau sind keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>). Er hat dem Beschwerdeführer eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 66 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Aargau vom 2. Dezember 2011 aufgehoben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juni 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Borner