Faits:
A. Par arrêt du 12 juin 2007, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a déclaré Z._ coupable de violation du secret de fabrication ou du secret commercial. Elle l'a condamné à une peine de 60 jours-amende d'un montant de 100 fr. l'un, avec sursis pendant deux ans, mettant à sa charge des frais de procédure par 7500 fr.
Saisi d'un recours en matière pénale par le condamné, le Tribunal fédéral l'a partiellement admis par arrêt du 9 avril 2008 (dossier 6B_496/2007). En bref, la cour de céans a considéré que le recourant avait été reconnu coupable à deux reprises pour des faits identiques, ce qui avait influencé négativement la quotité de la peine prononcée. La cause a été renvoyée au premier juge afin qu'il rende une nouvelle décision.
B. Par lettre du 7 mai 2008, le Tribunal pénal fédéral a informé le Ministère public de la Confédération et Z._ que le jugement serait rendu par écrit et les a invités à se déterminer de la même manière. L'accusé a également été prié de dresser un état actuel de sa situation personnelle et financière, ce qu'il a fait en date du 30 mai 2008.
Par arrêt du 5 février 2009, la Cour des affaires pénales a déclaré Z._ coupable de violation du secret de fabrication ou du secret commercial pour la transmission d'un fichier dit « ROD », l'acquittant, par ailleurs, de cette infraction en relation avec la transmission du fichier dit « MBE ». Le tribunal a prononcé une peine pécuniaire de quarante jours-amende d'un montant de 100 fr. chacun, avec sursis pendant deux ans. La somme de 3500 fr. a été mise à la charge du condamné à titre de participation aux frais de la cause et une indemnité de 3000 fr. lui a été allouée.
C. Z._ interjette un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut avec suite de dépens à l'annulation de la décision entreprise et au renvoi de la cause à l'autorité de première instance pour nouveau jugement au sens des considérants. Il requiert en outre la restitution de l'effet suspensif.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence, respectivement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2, p. 630 et les arrêts cités).
1.2 Dans la mesure où il statue sur l'action pénale et sur les frais de justice, l'arrêt de la Cour des affaires pénales du TPF peut faire l'objet d'un recours en matière pénale, au sens des art. 78 al. 1 et 80 al. 1 in fine LTF. En sa qualité d'accusé, acquitté partiellement mais néanmoins condamné en application de l'<ref-law>, le recourant est habilité à former un tel recours au Tribunal fédéral, en application de l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF.
1.3 Quant à la disposition par laquelle la Cour des affaires pénales a statué sur la demande d'indemnité (art. 122 en corrélation avec l'art. 176 PPF) du recourant, elle porte sur une prétention en responsabilité fondée sur le droit public fédéral, qui ressortit, en principe, au recours en matière de droit public (<ref-ruling> consid. 1.1.2 p. 46; arrêt non publié du 13 novembre 2007, 6B_300/2007, consid. 1.2 et 1.3; sur la notion de responsabilité de droit public au sens de cette disposition, v. <ref-ruling> consid. 5 p. 101 ss). Cette voie de droit n'est cependant pas ouverte en l'espèce. Le recourant, à qui 3000 fr. ont été alloués réclame une indemnité de 25'000 fr., qui correspond au solde encore litigieux des conclusions prises devant l'autorité précédente (cf. <ref-law>). La valeur litigieuse de 30'000 fr. n'est pas atteinte (<ref-law>). Le recourant, qui se borne à taxer le montant de 3000 fr. qui lui a été alloué de trop faible, ne soutient, par ailleurs, pas qu'il y aurait là une question de principe (sur la notion et son interprétation restrictive: v. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 269). Faute de toute motivation sur ce point, il n'y a pas lieu d'examiner la recevabilité du recours sous cet angle (art. 42 al. 2 deuxième phrase LTF).
1.4 La voie du recours constitutionnel subsidiaire est, enfin, exclue contre les décisions des autorités fédérales (<ref-law>). A supposer qu'une telle voie de recours ait été ouverte, on ne pourrait, au demeurant, que constater que le recourant ne développe aucun grief constitutionnel. Il ne satisferait donc pas aux exigences de forme de cette voie de droit (art. 42 al. 2 en corrélation avec les art. 106 al. 2 et 117 LTF). La conversion du recours en matière pénale formé par le recourant en un tel recours serait ainsi de toute manière exclue.
1.5 Il résulte de ce qui précède que le recours est irrecevable en ce qui concerne la question de l'indemnité en cas d'acquittement.
2. Le recourant reproche tout d'abord à l'autorité précédente d'avoir violé son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) en ne lui donnant pas une nouvelle occasion de s'exprimer ensuite de l'arrêt de renvoi du 9 avril 2008.
2.1 Ainsi articulé, le grief tombe à faux. Il s'agissait uniquement, ensuite de l'arrêt de la cour de céans du 9 avril 2008, de fixer à nouveau la peine compte tenu des considérants de la décision de renvoi. Saisie derechef, l'autorité de première instance a invité le recourant à se déterminer et à dresser un état actuel de sa situation personnelle et financière par lettre du 7 mai 2008. Le recourant a donné suite à cette invitation le 30 mai 2008 et déposé des conclusions par mémoire du 4 juillet et mémoire complémentaire du 8 septembre 2008. Il a, de la sorte, eu tout loisir de s'exprimer avant que soit rendue la décision entreprise. Le Tribunal fédéral a, du reste, déjà eu l'occasion de constater, dans un cas similaire, qu'une telle manière de procéder ne violait pas les garanties de procédure offertes par les art. 29 al. 2 Cst. et 6 par. 1 CEDH (arrêt non publié du 1er septembre 2000, 6P.104/2000, consid. 2 et 3). Enfin, le recourant, qui ne soutient pas que sa situation personnelle et financière se serait modifiée entre le moment où il en a informé l'autorité précédente et celui où cette dernière a statué, ne peut rien déduire en sa faveur, sous l'angle de la violation de son droit d'être entendu, du fait que la décision entreprise n'a été rendue qu'au mois de février 2009.
2.2 Au demeurant, bien que la renonciation au droit d'être entendu, et plus particulièrement à la tenue d'une audience publique, ne doive pas être admise trop facilement, mais doit être établie de manière non équivoque et s'entourer d'un minimum de garanties correspondant à sa gravité, la jurisprudence admet qu'elle peut être tacite (<ref-ruling> consid. 5f p. 37 ss).
En l'espèce, dans ses observations adressées à l'autorité précédente le 8 juillet 2008, le recourant se réservait « de compléter ses moyens écrits et de modifier ses conclusions, ainsi que de requérir formellement la tenue de débats ». Il n'a, cependant, formulé aucune requête en ce sens dans la suite de la procédure, dans son mémoire complémentaire du 8 septembre 2008 en particulier, dans lequel il ne se réservait même plus cette possibilité. Le recourant a, ce faisant, clairement renoncé à la tenue de débats publics. Il ne peut en conséquence rien déduire non plus en sa faveur, sous l'angle du droit d'être entendu, du fait qu'ensuite du renvoi à l'autorité de première instance, la cause avait été confiée à un nouveau juge, dont il connaissait avec certitude l'identité depuis le mois de juillet 2008. Le grief est infondé.
3. Le recourant soutient ensuite que l'absence de débats publics violerait diverses dispositions de la loi de procédure pénale fédérale, les art. 24 al. 1, 140 al. 2, 167 al. 3, 4 et 5 et 178 PPF en particulier.
On ne voit cependant pas que ces dispositions empêcheraient toute renonciation à la tenue d'une audience publique, moins encore lorsqu'il s'agit uniquement, comme en l'espèce, de statuer à nouveau sur la fixation de la peine ensuite d'un arrêt de renvoi du Tribunal fédéral. On peut dès lors se borner à renvoyer à ce qui a été exposé ci-dessus (v. supra consid. 2.2). Le grief est infondé.
4. Le recourant invoque la violation du principe de célérité (art. 6 par. 1 CEDH et 29 al. 1 Cst.). Il relève la durée de la procédure dans son ensemble (près de huit ans) ainsi que celle de certaines phases de la procédure (quatorze mois entre le dépôt du rapport du juge d'instruction fédéral et l'établissement de l'acte d'accusation, dix mois entre l'arrêt de renvoi et le nouveau jugement). Il allègue également que les faits retenus à sa charge ont été établis rapidement, que les opérations de la procédure d'instruction étaient disproportionnées et que les vices entachant les décisions des autorités précédentes, qui ont donné lieu à deux procédures, soit une plainte et un recours, ont inutilement allongé la procédure dans son ensemble.
4.1 Le principe de célérité impose aux autorités, dès le moment où l'accusé est informé des soupçons qui pèsent sur lui, de mener la procédure pénale sans désemparer, afin de ne pas maintenir inutilement l'accusé dans les angoisses qu'elle suscite (<ref-ruling> consid. 2a p. 140). Il s'agit d'une exigence posée à l'égard des autorités pénales, qui se distingue de la circonstance atténuante du temps relativement long (art. 64 avant-dernier al. CP dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2006; art. 48 let. e CP, dont la teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2007 n'a subi que des modifications purement rédactionnelles [Message du Conseil fédéral concernant la modification du Code pénal suisse, du 21 septembre 1998, FF 1999 II 1787 ss, spéc. p. 1868]), liée à l'approche de la prescription et qui suppose que l'accusé se soit bien comporté dans l'intervalle (WIPRÄCHTIGER, Commentaire bâlois, n. 31 ad <ref-law>). Comme les retards dans la procédure pénale ne peuvent être guéris, le Tribunal fédéral a fait découler de la violation du principe de la célérité des conséquences sur le plan de la peine. Le plus souvent, la violation de ce principe conduira ainsi à une réduction de la peine, parfois même à la renonciation à toute peine ou encore à une ordonnance de non-lieu (en tant qu'ultima ratio dans des cas extrêmes; <ref-ruling> consid. 4d p. 129; <ref-ruling> consid. 2a p. 140/141). La jurisprudence a ainsi créé praeter legem des sanctions autonomes de nature matérielle (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 54 s.).
4.2 Le caractère raisonnable de la durée d'une procédure s'apprécie suivant les circonstances de la cause, lesquelles commandent généralement une évaluation globale, en tenant compte notamment de la complexité de l'affaire, du comportement de l'accusé et de celui des autorités compétentes (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 332; <ref-ruling> consid. 2c p. 142 et les références citées). Comme on ne peut pas exiger de l'autorité pénale qu'elle s'occupe constamment d'une seule et unique affaire, il est inévitable qu'une procédure comporte quelques temps morts. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut. Des périodes d'activités intenses peuvent donc compenser le fait que le dossier a été laissé momentanément de côté en raison d'autres affaires (<ref-ruling> consid. 2c p. 142). Selon la jurisprudence européenne, apparaissent comme des carences choquantes une inactivité de treize ou quatorze mois au stade de l'instruction, un délai de quatre ans pour qu'il soit statué sur un recours contre l'acte d'accusation, un délai de dix ou onze mois pour que le dossier soit transmis à l'autorité de recours (<ref-ruling> consid. 2c p. 144; <ref-ruling> consid. 1c p. 110). Le principe de la célérité peut être violé, même si les autorités pénales n'ont commis aucune faute; elles ne sauraient exciper des insuffisances de l'organisation judiciaire (<ref-ruling> consid. 3.3.3 p. 56 s.).
4.2 Le caractère raisonnable de la durée d'une procédure s'apprécie suivant les circonstances de la cause, lesquelles commandent généralement une évaluation globale, en tenant compte notamment de la complexité de l'affaire, du comportement de l'accusé et de celui des autorités compétentes (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 332; <ref-ruling> consid. 2c p. 142 et les références citées). Comme on ne peut pas exiger de l'autorité pénale qu'elle s'occupe constamment d'une seule et unique affaire, il est inévitable qu'une procédure comporte quelques temps morts. Lorsqu'aucun d'eux n'est d'une durée vraiment choquante, c'est l'appréciation d'ensemble qui prévaut. Des périodes d'activités intenses peuvent donc compenser le fait que le dossier a été laissé momentanément de côté en raison d'autres affaires (<ref-ruling> consid. 2c p. 142). Selon la jurisprudence européenne, apparaissent comme des carences choquantes une inactivité de treize ou quatorze mois au stade de l'instruction, un délai de quatre ans pour qu'il soit statué sur un recours contre l'acte d'accusation, un délai de dix ou onze mois pour que le dossier soit transmis à l'autorité de recours (<ref-ruling> consid. 2c p. 144; <ref-ruling> consid. 1c p. 110). Le principe de la célérité peut être violé, même si les autorités pénales n'ont commis aucune faute; elles ne sauraient exciper des insuffisances de l'organisation judiciaire (<ref-ruling> consid. 3.3.3 p. 56 s.).
4.3 4.3.1 En l'espèce, il ressort du dossier de la cause, soit en particulier de l'arrêt du 12 juin 2007, que la procédure ouverte le 15 octobre 2001 par une plainte contre le dénommé X._ et contre inconnu n'a été étendue au recourant que par décision du 4 novembre 2002, de sorte que ce dernier ne peut rien déduire en sa faveur des faits antérieurs à cette date.
4.3.2 Dès ce moment, l'enquête a concerné quatre accusés au total. Elle portait sur des questions techniques (la nature des informations transmises par le recourant), qui ont nécessité une expertise, réalisée entre le 14 avril et le 9 octobre 2003. Parallèlement, des mesures d'instruction ont été effectuées par voie de commission rogatoire, exécutée à fin août 2003, en République Tchèque, où était sise l'entreprise dans laquelle travaillait X._. Le recourant s'y était lui-même rendu, avec deux de ses coaccusés, au mois de juin 2001. L'enquête présentait ainsi des aspects internationaux et une indéniable complexité.
4.3.3 Le 27 septembre 2004, le Ministère public de la Confédération a requis l'ouverture d'une instruction préparatoire. Le Juge d'instruction fédéral y a donné suite le 22 novembre 2004. Il a remis son rapport de clôture le 16 décembre 2005. Le recourant ne soulève aucun grief sur ce point, de sorte qu'il n'est pas nécessaire d'examiner de manière plus approfondie si le laps de temps nécessaire à l'établissement de ce rapport était excessif au regard des exigences de célérité.
4.3.4 Le recourant soutient, en revanche, que le Ministère public de la Confédération aurait tardé en ne saisissant le Tribunal pénal fédéral de l'acte d'accusation que le 16 février 2007.
Dans l'intervalle, deux coaccusés ont cependant saisi la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral de recours, le 21 novembre 2005, qui ont été tranchés respectivement les 27 février et 1er mars 2006. La Cour des plaintes a précisé, à cette occasion, que la poursuite des infractions en cause (<ref-law>) était soumise à autorisation en vertu de l'art. 105 PPF. Dite autorisation a été délivrée le 4 août 2006. Ces aléas de procédure expliquent ainsi, en grande part, le temps écoulé entre le dépôt du rapport de clôture et l'établissement de l'acte d'accusation qui n'est, dès lors, pas imputable à l'inaction des autorités.
4.3.5 Le recourant reproche encore à l'autorité précédente d'avoir mis près de dix mois pour rendre son nouveau jugement, du 5 février 2009, ensuite de l'arrêt de renvoi du 9 avril 2008.
Par courrier du 7 mai 2008, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a fixé au recourant un délai au 30 mai 2008 pour actualiser sa situation personnelle et déposer ses conclusions. Ce délai a été prolongé au 4 juillet 2008 à la demande du recourant, par décision du 2 juin 2008. Par lettre du 30 juillet 2008, un délai au 25 août suivant lui a, par ailleurs, été fixé pour se déterminer sur la prise de position du Ministère public, du 25 juillet de la même année. Ce délai a encore été prolongé au 5, puis au 8 septembre 2008 à la demande de l'intéressé. Il s'ensuit que l'échange des écritures explique en grande partie la durée de la procédure à ce stade, sans que l'on puisse reprocher à l'autorité précédente d'inutiles atermoiements. Pour le surplus, si la consultation du dossier de la cause n'explique guère les cinq mois écoulés ensuite jusqu'au jugement, il n'apparaît pas que la procédure ait, dans son ensemble, été inutilement prolongée dans une mesure telle que le principe de la célérité en aurait été violé. Le grief est infondé.
5. Le recourant fait ensuite grief à l'autorité précédente d'avoir violé l'art. 48 let. e CP.
5.1 Le principe d'une telle atténuation avait déjà été évoqué par le Tribunal fédéral dans son arrêt du 9 avril 2008 (consid. 6). La Cour des affaires pénales a jugé que les conditions d'application de cette disposition étaient réalisées (arrêt entrepris, consid. 4, p. 5). Il s'ensuit que le grief du recourant porte exclusivement sur la quotité de la réduction accordée, qu'il juge insuffisante. Il y a lieu de traiter ce moyen conjointement avec les autres griefs relatifs à la fixation de la peine.
5.2 Le recourant soutient, en substance, qu'en ramenant sa peine de 60 à 40 jours-amende, la Cour des affaires pénales aurait insuffisamment tenu compte, d'une part, du fait qu'une seule infraction devait être sanctionnée et non plus deux - ce qui excluait l'application de l'<ref-law> - et, d'autre part, du fait que la circonstance atténuante de l'art. 48 let. e CP était réalisée.
5.3 En ce qui concerne l'abandon du concours d'infractions (<ref-law>), l'arrêt entrepris indique de manière laconique que la peine doit être revue « en tant que la part correspondant à l'augmentation proportionnée alors prononcée doit être supprimée. ». Quant à l'arrêt du 12 juin 2007, on recherche en vain dans ses considérants une indication sur la manière dont la peine a été augmentée pour tenir compte de ce concours.
Il ressort, en revanche, de ce dernier arrêt les éléments pertinents suivants. Le fichier ROD, transmis au printemps 2001 (consid. 3) constituait un fichier excel contenant le retour d'information de la production par machines/mois ainsi que la synthèse pour la globalité du parc machines (consid. 3.2.2). Ces informations étaient mises à jour à fin 2000. Elles n'étaient pas de nature à renseigner sur la technologie utilisée pour la fabrication des produits et constituaient ainsi des secrets d'affaires (consid. 3.2.3). Il a, par ailleurs, été établi que le recourant avait transmis le dossier « MBE » comprenant notamment les sous-fichiers « ROD », mis à jour à fin 2000 (consid. 9.1). Il s'agissait de tableaux excel relatifs à une analyse de rendement pour six machines ROD « base sur trois équipes » de même qu'un graphique et un tableau excel récapitulatifs de ces données (consid. 5.1). Le dossier « MBE », transmis en juin 2001 (consid. 5) contenait des observations instantanées, constituant une méthode de calcul pour connaître la rentabilité des machines. Ces sous-fichiers fournissaient cependant aussi des informations précises sur le rendement des machines utilisées (consid. 5.2).
Le premier juge a certes considéré - à tort - que la transmission de ces deux documents constituait deux infractions distinctes. On peut cependant déduire de l'état de fait sur lequel il a fondé sa décision qu'à ses yeux, le second document ne fournissait guère plus d'informations que le premier. Cela étant, compte tenu de la proximité dans le temps des faits, qui s'inscrivent en outre dans le même contexte, il faut admettre, en l'absence de toute précision spécifique sur la quotité de l'augmentation de la peine justifiée, aux yeux du premier juge, par le concours d'infractions, que ce facteur n'a constitué qu'un élément minime dans la fixation de la peine.
Dans ces conditions, la réduction d'un tiers de la peine, tenant compte à la fois de la suppression du concours et de l'application de l'art. 48 let. e CP n'apparaît pas procéder d'un excès ou d'un abus du pouvoir d'appréciation du premier juge. Le grief est infondé.
6. Le recourant succombe. Il supporte les frais de la cause (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF). La requête de restitution de l'effet suspensif est sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 27 août 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le juge présidant: Le Greffier:
Schneider Vallat