Sachverhalt:
A. Am 4./20. Dezember 2007 schloss die Y._ Genossenschaft (Beschwerdegegnerin), die unter Anderem Schokoladenprodukte herstellt, mit der X._ AG (Beschwerdeführerin) einen mit "Handhabung von Chocolat-Formen" überschriebenen Werkvertrag. Darin verpflichtete sich diese, die bis anhin manuell gefertigte Produktion von Schokoladenhohlformen zu automatisieren. Sie entwickelte ein Konzept, welches den Einsatz von drei Robotern vorsah und versprach Produktionsbereitschaft beim Kunden auf den 30. April 2008. Diesen Termin konnte sie jedoch nicht einhalten, weshalb die Parteien die Vorabnahme auf den 19. Mai 2008 und die Endabnahme auf den 6. Juni 2008 vereinbarten. Auf Verlangen der Beschwerdeführerin wurde die Vorabnahme verschoben und fand am 21. Mai 2008 statt. Dabei stellte sich heraus, dass eine termingerechte Installation der Anlage in den Räumlichkeiten der Beschwerdegegnerin nicht möglich bzw. eine neue Frist zur Modifikation der Anlage notwendig war. In einer E-Mail vom 10. Juni 2008 schrieb die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin:
"Bei 5 Formen pro Formenhalter können im Minimum 16 Formen pro Minute gehandhabt werden. Das gilt für folgende Typen: [...]
Das Produkt Z._ kann nur mit 14 Formen pro Minute gefahren werden, da davon nur 4 Formen auf einem Formenhalter Platz haben.
Um diese Taktzeiten zu erreichen, müssen die Führungsstangen der Formenhalter um 25mm verlängert werden, die Greifer der beiden Q._-Roboter umgebaut und bei beiden Entstapelplätzen Hubelemente von 30mm Hub angebaut werden.
Dieser Umbau und Umprogrammierung dauert 3 Wochen. Die Vorabnahme müsste dann in KW 27 erfolgen.
Mit unserem Konzept sehen wir leider zur Zeit keine Möglichkeit die Taktzeiten noch weiter zu erhöhen."
Am 12. Juni 2008 hielt die Beschwerdegegnerin schriftlich fest, die Beschwerdeführerin habe weder die vereinbarten Fristen eingehalten noch die vertraglichen Leistungen erbracht. Mit Schreiben vom 9. Juli 2008 erklärte die Beschwerdegegnerin den Rücktritt vom Vertrag mit der Begründung, die vereinbarten Leistungen und Werke könnten nicht erfüllt resp. erbracht werden.
B. Am 12. Februar 2009 klagte die Beschwerdeführerin beim Handelsgericht des Kantons Aargau mit dem Rechtsbegehren, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihr Fr. 370'089.30 nebst Zins zu bezahlen. Sie hielt im Wesentlichen dafür, die Beschwerdegegnerin sei ohne Mahnung und Nachfristansetzung nicht zum Rücktritt vom Werkvertrag berechtigt gewesen. Für den bereits fertiggestellten Teil der Anlage verlangte die Beschwerdeführerin Werklohn. Das Handelsgericht des Kantons Aargau wies die Klage mit Urteil vom 23. Februar 2011 ab.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das handelsgerichtliche Urteil aufzuheben und wiederholt das im kantonalen Verfahren gestellte Klagbegehren. Das Handelsgericht hält in seiner Vernehmlassung am angefochtenen Urteil fest. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Bestätigung des angefochtenen Urteils und Abweisung der Klage. Darüber hinaus beantragt sie, die Beschwerdeführerin zur Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung zu verpflichten, da die Beschwerdeführerin selbst angeführt habe, vor dem Ruin zu stehen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdegegnerin hat das Begehren um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung gemäss <ref-law> zusammen mit ihrer Beschwerdeantwort und damit zu einem Zeitpunkt eingereicht, als sämtliche Parteikosten bereits entstanden waren. Das Gesuch ist deshalb gegenstandslos (<ref-ruling> E. 2 S. 88; 79 II 295 E. 3 S. 305).
2. Im Rahmen der Beschwerde in Zivilsachen wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Macht der Beschwerdeführer beispielsweise eine Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen zu zeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352).
2.1 Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f. mit Hinweisen).
2.2 Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 sowie <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749).
2.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.4 Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
2.5 Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin über weite Strecken, indem sie appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil übt und ihren rechtlichen Erörterungen Tatsachen zugrunde legt, die im angefochtenen Urteil keine Stütze finden und andererseits darin festgestellte Umstände schlicht übergeht.
3. Die Vorinstanz ging zunächst auf die Uneinigkeit der Parteien betreffend die vereinbarten Leistungsmerkmale der zu erstellenden Anlage ein. Sie kam aufgrund des Wortlauts des Vertrages zum Ergebnis, die in Ziff. 1 erwähnte maximale Leistung von 18 Formen pro Minute beziehe sich auf die Abfüllanlage der Beschwerdegegnerin. Ziff. 4.2 des Vertrages sehe vor, dass bei der Abnahme der klägerischen Roboteranlage eine einwandfreie Funktion in der geforderten Taktzeit (18 Formen/Minute) vorliegen müsse. Eine weitere Konkretisierung wie beispielsweise "maximal" fehle. Auch eine Spezifikation der einzelnen Formen mit Bezug auf die Taktzeiten gehe aus keinem der im Recht liegenden Dokumente hervor. Im Übrigen sei auch für die Beschwerdeführerin klar gewesen, dass die Beschwerdegegnerin mit der Roboteranlage eine Leistungssteigerung habe bewirken wollen. Allerdings gebe die Beschwerdeführerin eine Steigerung auf 16 bis 18 Takte an, während die Beschwerdegegnerin von 18 Formen pro Minute ausgehe. Da die Beschwerdegegnerin manuell bereits einen Takt von 14 Formen pro Minute erreicht habe, sei anzunehmen, dass für alle Formen 18 Takte pro Minute gefordert gewesen seien. In tatsächlicher Hinsicht belege auch das Verhalten der Beschwerdeführerin nach Vertragsschluss, dass mit 18 Formen pro Minute ohne Unterscheidung nach Formen gerechnet wurde. Das von ihr am 31. Januar 2008 zugestellte Steuerungskonzept enthalte ein Berechnungsbeispiel mit 18 Formen pro Minute für sämtliche Formen. Sodann habe sie nach der Vorabnahme mehrfach Umbauarbeiten zur Erreichung einer Taktzeit von 18 Formen pro Minute vorgeschlagen. Aufgrund dieser Indizien kam das Handelsgericht zum Schluss, es habe ein übereinstimmender Wille im Sinne der Behauptung der Beschwerdegegnerin bestanden, nach welcher sich die Parteien auf eine Taktzeit von 18 Stück pro Minute für alle Formen geeinigt hätten.
3.1 Die Beschwerdeführerin rügt als Verletzung von <ref-law>, dass die Vorinstanz aus der Beweislosigkeit der klägerischen Darstellung (maximal 18 Takte) den Beweis für die beklagtische Darstellung (minimal 18 Takte) abgeleitet habe. Die Rüge ist offensichtlich unbegründet, hat doch die Vorinstanz die Umstände klar beschrieben, welche sie zur Überzeugung führten, die Behauptung der Beschwerdegegnerin sei bewiesen.
3.2 Als Verletzung von <ref-law> beanstandet die Beschwerdeführerin sodann, das Handelsgericht habe seine Begründungspflicht verletzt, indem es sich nicht mit der von den Parteien thematisierten Frage auseinandergesetzt habe, ob die 18-Taktigkeit erst bei Inbetriebnahme beim Kunden oder bereits bei der Vorabnahme nachgewiesen werden müsse. Die Vorinstanz stellte indessen fest, der vereinbarte Endabnahmetermin vom 6. Juni 2008 sei verstrichen, ohne dass das Werk die vereinbarte Taktzeit hätte erreichen können, was die Beschwerdeführerin nicht als willkürlich ausweist. Die verlangte Ergänzung des Sachverhalts ist daher nicht rechtserheblich.
4. Gestützt auf die Erklärung der Beschwerdeführerin vom 10. Juni 2008, wonach sie zur Zeit keine Möglichkeit sehe, mit ihrem Konzept die Taktzeit noch weiter zu erhöhen, und da umfangreiche Umgestaltungen an der Anlage notwendig gewesen wären, gelangte die Vorinstanz zum Ergebnis, die Beschwerdeführerin sei nicht in der Lage gewesen, die Maschine innert nützlicher Frist dergestalt umzubauen, dass sie den vereinbarten Parametern entsprochen hätte. Die Ansetzung einer Nachfrist (<ref-law>) hätte sich daher als unnütz erwiesen (<ref-law>). Nach Auffassung der Vorinstanz durfte die Beschwerdegegnerin daher ohne Ansetzung einer Nachfrist vom Vertrag zurücktreten.
4.1 Ohne auf diese Argumentation einzugehen unterbreitet die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht ihre abweichende Meinung, wonach die Beschwerdegegnerin am 12. Juni 2008 sowie am 9. Juli 2008 die Abnahme des Werkes zu Unrecht verweigert habe. Sie macht geltend, eine unberechtigte Abnahmeverweigerung des Werkbestellers führe von vornherein nicht zum Verlust der Rechte des Werkunternehmers nach Art. 366 Abs. 2 und Art. 368 Abs. 2 OR. Indem sie anführt, das Werk sei bis auf geringfügige Modifikationen und die Montage bei der Beschwerdegegnerin zu 87 % vollendet gewesen, erweitert sie indessen den Sachverhalt, ohne eine hinreichend begründete Rüge zu erheben. Andererseits lässt sie ihre eigene, von der Vorinstanz angeführte Erklärung ausser Acht. Auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin unter dem Titel "Rücktritt nach Art. 366/368 OR bzw. nach Art. 107 Abs. 2/<ref-law>" ist daher nicht einzutreten.
4.2 Wurde für die Erfüllung ein bestimmter Verfalltag verabredet oder ergibt sich ein solcher infolge einer vorbehaltenen und gehörig vorgenommenen Kündigung, so kommt der Schuldner schon mit Ablauf dieses Tages in Verzug (<ref-law>). Ein Verfalltagsgeschäft liegt vor, wenn die Parteien ein bestimmtes Datum für die Erfüllung vereinbart haben oder wenn sich zumindest der Fälligkeitszeitpunkt kalendermässig genau berechnen lässt (Urteil des Bundesgerichts 4C.241/2004 E. 4.1 mit Hinweisen). Die Mahnung ist entbehrlich, weil sich der Schuldner unter den genannten Voraussetzungen ohne besonderen Hinweis darüber im Klaren sein muss, wann er seine Verbindlichkeit zu erfüllen hat (WIEGAND, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, 4. Aufl. 2007, N. 10 zu <ref-law>). Dass die Parteien bestimmte Termine für die Vorabnahme und die Abnahme vereinbart haben, legt die Beschwerdeführerin selbst dar. Ihre Rüge, das Handelsgericht habe <ref-law> verletzt, indem es von einem Verfalltagsgeschäft ausging, ist demnach offensichtlich unbegründet.
4.3 Nach den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz verstrich der Termin der Endabnahme vom 6. Juni 2008, ohne dass das Werk die vereinbarte Taktzeit hätte erreichen können, und die Beschwerdeführerin war, wie sie selbst angab, auch nicht in der Lage, die Maschine innert nützlicher Frist derart umzubauen, dass sie den vereinbarten Parametern entsprochen hätte. Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin kann bei dieser Sachlage nicht ernsthaft in Frage gestellt werden, dass sie sich in Herstellungsverzug befand, wie ihn auch <ref-law> voraussetzt. Diese Regelung, die einen Anwendungsfall der Art. 107 - 109 OR darstellt (<ref-ruling> E. 2a S. 55), bedarf der Ergänzung durch das allgemeine Verzugsrecht (Art. 102 bis 109 OR; GAUCH, Der Werkvertrag, 5. Aufl. 2011, S. 269 Rz. 675). Mithin ist auch <ref-law> anwendbar, nach welchem die Ansetzung einer Frist zur nachträglichen Erfüllung nicht erforderlich ist, wenn aus dem Verhalten des Schuldners hervorgeht, dass sie sich als unnütz erweisen würde (Urteil des Bundesgerichts 4C.255/1996 vom 28. März 2000 E. 6c/aa, nicht publ. in <ref-ruling>).
4.4 Die Beschwerdeführerin legt selbst dar, dass die Beschwerdegegnerin vom Vertrag zurücktrat, weil sie davon ausging, dass die Anlage die geforderte Leistung an der Vorabnahme vom 21. Mai 2008 nicht erreicht hat und nie in der Lage sein wird, diese zu erreichen. Sie geht indessen nicht auf die Feststellung der Vorinstanz ein, sie - die Beschwerdeführerin - habe mit der E-Mail vom 10. Juni 2008 eingeräumt, dass mit dem von ihr erstellten Konzept keine Möglichkeit mehr bestehe, die Taktzeit zu erhöhen, und damit eingestanden, dass sie die vereinbarte Vertragsleistung nicht erbringen könne. Daraus schloss die Vorinstanz, die Beschwerdeführerin sei nicht in der Lage gewesen, die Maschine innert nützlicher Frist dergestalt umzubauen, dass sie den vereinbarten Parametern entsprochen hätte. Wenn sie vor diesem Hintergrund zum Ergebnis kam, die Ansetzung einer Nachfrist hätte sich als unnütz erwiesen, verletzt dies <ref-law> nicht.
5. Die Vorinstanz ging davon aus, dass kein absolutes Fixgeschäft vorlag. Daher setze ein Verzicht auf die Leistung eine entsprechende Erklärung des Bestellers voraus. Die relevante Rücktrittserklärung erblickte die Vorinstanz im Brief der Beschwerdegegnerin vom 9. Juli 2008. Darin habe die Beschwerdegegnerin gegenüber der Beschwerdeführerin den Rücktritt vom Vertrag erklärt und die von ihr bereits geleistete Anzahlung im Betrag von Fr. 216'110.-- zurückgefordert. Sie habe von Rückabwicklung des Vertragsverhältnisses zwecks Beendigung der Zusammenarbeit gesprochen und sich die Geltendmachung von Schadenersatzansprüchen vorbehalten. Damit habe sie klar zum Ausdruck gebracht, dass sie auf die Leistung der Klägerin verzichte und vom Vertrag zurücktrete, denn die Umwandlung des bisherigen Schuldverhältnisses in ein Rückabwicklungs- oder Liquidationsverhältnis sei nach herrschender Lehre und Rechtsprechung die direkte Folge des Rücktritts vom Vertrag mit Wirkung ex tunc. Dass die Beschwerdegegnerin nach dem Rücktritt mit der Beschwerdeführerin in Kontakt blieb und eine Übernahme des Werks in Betracht zog, falls die Nachfolgerin der Beschwerdeführerin die Anlage erfolgreich weiterentwickeln könne (diese Bedingung trat in der Folge nicht ein), wertete die Vorinstanz als Verhandlungen über einen allfälligen Kauf der Anlage, wobei ein Kaufvertrag nicht zustande gekommen sei.
5.1 Die Vorinstanz ging davon aus, auch eine Rücktrittserklärung nach <ref-law> habe wie jene nach <ref-law> "unverzüglich" zu erfolgen. Unter Hinweis auf die Lehre (WEBER, Berner Kommentar, N. 144 zu <ref-law> und N. 52 zu <ref-law>) erwog sie, an die Unverzüglichkeit der Wahlerklärung seien weniger strenge Anforderungen zu stellen, wenn der Schuldner mitteile, die Leistungserbringung zu verweigern, oder wenn er nicht mehr dazu imstande sei. Wenn sich aus dem Verhalten des Schuldners ergebe, dass die Nachfristansetzung ohnehin unnütz sei, weil der Schuldner mit grösster Wahrscheinlichkeit nicht leisten werde, verdiene er auch den Schutz nicht, den der Gesetzgeber mit der Notwendigkeit einer unverzüglichen Wahlerklärung vorgesehen habe. Solange die Nachfrist unnütz sei, brauche der Schuldner nicht zu wissen, wie sich der Gläubiger entscheide. Der Besteller sei daher so lange berechtigt, von seinem Verzichtsrecht Gebrauch zu machen, als der Tatbestand von <ref-law> andauere. Wenn dies nicht mehr zutreffe, habe er nach <ref-law> vorzugehen und eine Nachfrist anzusetzen, nach deren Ablauf er den Verzicht unverzüglich zu erklären habe.
5.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Beschwerdegegnerin habe ursprünglich mit einer E-Mail vom 18. Juni 2008 Interesse an der Übernahme der Anlage bekundet. Auch im Besichtigungsprotokoll der Anlage vom 26. Juni 2008 habe die Beschwerdegegnerin weiter taktiert und sich sowohl den Rücktritt ex nunc mit der Übernahme von Anlageteilen als auch einen Rücktritt ex tunc ohne deren Übernahme offen gelassen. In diesem Zusammenhang sei von Bedeutung, ob die Beschwerdegegnerin im Zeitpunkt der Rücktrittserklärung bereits einen Vertrag mit der Nachfolgerin der Beschwerdeführerin abgeschlossen habe. Eine Verzichtserklärung, die für den Schuldner keine Klarheit über die angestrebte Rechtsfolge schaffe, sei als unwirksam anzusehen. Der von der Vorinstanz für zulässig erachtete, "gestaffelte" Rücktritt stehe im klarem Widerspruch zu <ref-law>.
5.3 Will der Gläubiger auf die nachträgliche Leistung verzichten, so hat er dem Schuldner diese Absicht sofort klar und deutlich zu erkennen zu geben. Dies gilt nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts auch, wenn der Schuldner nach Eintritt des Verzuges dem Gläubiger auf irgend eine Weise bestimmt kundgetan hat, dass er nicht erfüllen könne oder wolle, und infolgedessen die Fristansetzung entbehrlich wird. Mit dem Erfordernis der unverzüglichen Verzichtserklärung bezweckt das Gesetz den Schutz des säumigen Schuldners: es will damit die Spekulation auf dessen Kosten durch den Gläubiger nach Ablauf der Nachfrist verhindern. Der Schuldner soll wissen, woran er ist, ob er noch liefern muss oder nicht (so schon BGE 54 II 30 S. 33 f.; vgl. auch Urteil des Bundesgerichts 4C.58/2004 vom 23. Juni 2004 E. 3.3).
5.4 Vor diesem Hintergrund ist das angefochtene Urteil nicht zu beanstanden. Selbst wenn entgegen der Auffassung der Vorinstanz die zwischen den Parteien geführten Verhandlungen betreffend eine allfällige Übernahme des Werks nicht als Gespräche im Hinblick auf den Abschluss eines neuen Kaufvertrages zu qualifizieren wären, sondern für die Erklärung des Rücktritts ex tunc oder ex nunc Bedeutung erlangen sollten, liesse sich daraus nichts zu Gunsten der Beschwerdeführerin ableiten. Denn aus dem angefochtenen Urteil geht nicht hervor, dass die Beschwerdeführerin nach ihrer Erklärung vom 10. Juni 2008 weiteren namhaften Aufwand im Rahmen der Erfüllung des Werkvertrages betrieben hätte, und die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, dass sie entsprechende Behauptungen im kantonalen Verfahren prozesskonform aufgestellt hätte, damit aber nicht gehört worden wäre. Bei dieser Sachlage konnten sich Gespräche über eine allfällige Übernahme der vorliegenden Werkleistung ausschliesslich zu Gunsten der Beschwerdeführerin auswirken und lagen in ihrem Interesse. Die Gefahr einer Spekulation der Beschwerdegegnerin zu Lasten der Beschwerdeführerin fiel von vorneherein ausser Betracht (vgl. BGE 69 II 243 E. 5 S. 246; WEBER, a.a.O., N. 144 zu <ref-law>). Dass die Beschwerdegegnerin abklärte, ob sie die Werkleistung allenfalls verwenden könnte, führt nicht dazu, dass ihre Erklärung als verspätet oder nicht hinreichend klar anzusehen wäre. Inwiefern in diesem Zusammenhang die von der Beschwerdeführerin beantragte Edition des später geschlossenen Vertrags zwischen der Beschwerdegegnerin und der N._ AG von Bedeutung sein soll, ist nicht nachvollziehbar. Die Vorinstanz ging im Ergebnis zu Recht davon aus, die Erklärung der Beschwerdegegnerin sei rechtzeitig erfolgt.
6. Aus den dargelegten Gründen erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. September 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak