Fatti:
A. Nel 2003 il Consiglio comunale di Cavigliano ha adottato la revisione generale del piano regolatore. In tale ambito, un vasto comparto residenziale è stato ampliato e attribuito a una zona residenziale. Con risoluzione del 20 giugno 2006, il Consiglio di Stato aveva approvato la revisione, negata nondimeno l'approvazione di alcune proposte pianificatorie, modificate altre e sospeso la decisione su altre ancora: esso aveva pure anticipato l'intenzione di non approvare l'estensione di una zona residenziale e della relativa strada di servizio, invitando il Comune e i proprietari interessati a esprimersi in merito.
B. Preso atto delle osservazioni, il 19 settembre 2007, il Governo non ha approvato la menzionata estensione né la strada di servizio. La decisione è stata comunicata per invio semplice all'avv. X._, patrocinatore di proprietari toccati da queste misure e per i quali aveva formulato osservazioni, che l'ha ricevuta il 24 settembre successivo. La decisione è stata poi pubblicata presso la cancelleria comunale dal 10 ottobre all'8 novembre 2007, con l'indicazione della possibilità di ricorrere al Tribunale cantonale amministrativo entro il termine di pubblicazione. Con ricorso dell'8 novembre 2007, i menzionati proprietari sono insorti alla Corte cantonale, chiedendo l'approvazione sia dell'estensione della zona edificabile sia della strada di servizio. Con giudizio del 18 settembre 2008 il Tribunale amministrativo ha dichiarato il ricorso irricevibile, siccome tardivo.
C. Avverso questa pronunzia A._, B._, C._, D._, E._, F._, G._, H._, I._ e J._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di rinviare gli atti alla Corte cantonale affinché esamini il loro gravame nel merito.
La Corte cantonale si riconferma nell'impugnato giudizio, il Governo rinvia alle osservazioni presentate nella sede cantonale, mentre il Comune di Cavigliano si rimette al giudizio del Tribunale federale.

Diritto:
1. 1.1 Contro una decisione emanata dall'ultima istanza cantonale (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF) in ambito pianificatorio è dato il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1). I ricorrenti sono legittimati a impugnare una decisione con la quale il loro gravame non è stato esaminato nel merito (<ref-law>; sentenza 2C_504/2008 del 28 gennaio 2009 consid. 3.1 destinata a pubblicazione; <ref-ruling> consid. 1).
1.2 La Corte cantonale ha rilevato che, secondo l'art. 38 cpv. 1 della legge cantonale del 23 maggio 1990 di applicazione della LPT (LALPT), contro le decisioni con le quali il Consiglio di Stato approva il piano regolatore è dato ricorso dinanzi a essa "entro trenta giorni dalla notificazione". In concreto, la risoluzione governativa del 19 settembre 2007 è stata comunicata con invio semplice al patrocinatore dei ricorrenti, che l'ha ricevuta il 24 settembre successivo, come risulta dal timbro di attestazione dello studio legale apposto sulla stessa. Il termine ricorsuale scadeva quindi il 24 ottobre 2007, molti giorni prima dell'inoltro, l'8 novembre successivo, del gravame ritenuto tardivo.
Essa non ha seguito la tesi degli insorgenti, secondo cui il gravame sarebbe stato nondimeno tempestivo poiché inoltrato entro la data di pubblicazione. Ha ritenuto infatti che quest'ultimo termine, di per sé ossequiato, era applicabile soltanto a coloro che prendevano conoscenza della decisione per il tramite della pubblicazione all'albo comunale; sistema alternativo di notifica che può eccezionalmente essere impiegato quando non tutti i destinatari della decisione possono essere identificati senza oneri eccessivi, come previsto anche dall'<ref-law> (RS 172.021) e che in ambito pianificatorio, proprio per questo motivo, costituisce piuttosto la regola. Chi, come gli insorgenti, ha ricevuto personalmente la decisione, conformemente al principio generale dell'art. 26 cpv. 1 della legge di procedura ticinese per le cause amministrative del 19 aprile 1966 (LPamm), non può tuttavia appellarsi al termine di pubblicazione. In applicazione di questo principio, ha stabilito la Corte cantonale, il dispositivo n. 3 della decisione governativa ricordava, al comune e al già ricorrente in prima istanza, il termine di trenta giorni dalla notificazione della decisione per impugnarla, per cui il gravame, volto a chiedere l'estensione della zona edificabile, doveva essere interposto entro tale termine.
1.3 Il dispositivo della decisione governativa 19 settembre 2007 ha il seguente tenore:
"1. La zona edificabile residenziale (...) non è approvata.
2. Il relativo ricorso è deciso ai sensi dei considerandi (...).
3. Contro i dispositivi n. 1 e 2 del presente decreto, il Comune e il ricorrente hanno facoltà di ricorso al Tribunale cantonale amministrativo entro 30 giorni dalla data di notificazione. Il ricorso è da presentare in 4 copie.
4. Il Municipio di Cavigliano deve pubblicare la presente risoluzione al più presto e non oltre 45 giorni dalla sua intimazione, per un periodo consecutivo di 30 giorni e previo annuncio della pubblicazione agli albi comunali, nel FU e nei quotidiani del Cantone a norma dell'art. 34 cpv. 3 LALPT.
Contro il contenuto della decisione CdS di cui al punto 1 è conferito diritto di ricorso al TRAM entro il termine di pubblicazione. Sono legittimati a ricorrere coloro che ne hanno il diritto ai sensi dell'art. 35 LALPT (...).
5. (...)
6. La presente risoluzione viene pubblicata nel suo dispositivo nel Foglio ufficiale cantonale e notificata per esteso al Municipio di Cavigliano e ai ricorrenti."
2. 2.1 Secondo i ricorrenti, la Corte cantonale, ritenendo applicabile nei loro confronti soltanto il dispositivo n. 3 e non il n. 4, avrebbe violato i principi costituzionali dell'uguaglianza di trattamento (<ref-law>), della protezione della buona fede e del divieto dell'arbitrio (<ref-law>), nonché la preminenza della legge speciale rispetto a quella generale (lex specialis derogat generali).
Al riguardo, essi ricordano che per il Consiglio di Stato le osservazioni da loro prodotte erano intese solo a tutelare il diritto di essere sentiti e non avevano valenza ricorsuale giusta l'art. 35 LALTP, che disciplina il ricorso al Governo, per cui non sono state oggetto di una trattazione specifica. Ne deducono che il Governo, esaminando soltanto il ricorso precedentemente sospeso di un altro proprietario, non li avrebbe quindi considerati come parti. Proprio per sottolineare la distinzione tra questi differenti ruoli, la decisione governativa è stata "intimata" con invio raccomandato al Municipio e al già ricorrente, mentre è stata "comunicata" con invio normale ai proprietari dei fondi interessati che avevano formulato, come loro, osservazioni. Sostengono quindi che la Corte cantonale avrebbe equiparato a torto due situazioni del tutto differenti, segnatamente quella delle diverse parti coinvolte da un lato e dei differenti modi di notifica dall'altro.
2.2 L'assunto è infondato. In effetti, queste differenziazioni, sulle quali è incentrato il gravame, non sono decisive. Determinante non è infatti tanto la forma della comunicazione, quanto il fatto ch'essi, come il Comune e l'altro ricorrente, sono venuti a conoscenza del testo integrale della decisione prima degli altri interessati, per cui la loro situazione è stata ritenuta, in maniera non arbitraria, analoga. È quindi chiaro che per i primi il termine di ricorso iniziava a decorrere, secondo il principio generale, a partire dalla conoscenza del contenuto della decisione, appunto avvenuta con la comunicazione personale della stessa.
Anche la circostanza che le censure sollevate dal già ricorrente sono state esaminate in maniera dettagliata e non generica come le osservazioni addotte dai proprietari interessati, è ininfluente. Decisivo è che alle parti, direttamente coinvolte nella procedura, la decisione governativa è stata comunicata personalmente, mentre ad altri eventuali interessati soltanto in seguito, mediante pubblicazione all'albo. Sotto il profilo della protezione giuridica non vi è quindi alcuna disparità di trattamento tra il proprietario che aveva presentato un ricorso e quelli che avevano inoltrato solo osservazioni.
2.3 I ricorrenti accennano a un accertamento manifestamente inesatto dei fatti, poiché il timbro recante la data del 24 settembre 2007 figurante sulla decisione governativa da essi prodotta né sarebbe stato apposto né vistato dal loro legale, per cui egli non potrebbe confermare la correttezza di questa data. Ora, premesso che il fatto di sapere se detto timbro sia stato apposto dal legale o dalla segreteria del suo studio è ininfluente, con tale accenno i ricorrenti non dimostrano affatto l'arbitrarietà del criticato accertamento (art. 97 cpv. 1 e art. 105 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2.2 e 1.4.3; <ref-ruling> consid. 1.4 e 6.2).
2.4 Neppure le differenti denominazioni utilizzate per la notifica della decisione (intimazione da una parte e comunicazione dall'altra) influiscono sulla questione, decisiva, di sapere quando i ricorrenti ne hanno avuto conoscenza. Essi misconoscono che sotto il profilo della parità di trattamento, riguardo all'inizio del termine ricorsuale, determinante è il momento in cui le parti hanno avuto conoscenza diretta della decisione e non il modo della sua comunicazione.
A torto essi lamentano una disparità di trattamento e un pregiudizio a loro carico perché la decisione impugnata li tratterrebbe in maniera differente rispetto ad altri cittadini legittimati a ricorrere giusta l'art. 35 LALPT, al beneficio di fatto di un termine di ricorso più lungo. In effetti, ricordato che detta norma concerne i ricorsi al Governo e non alla Corte cantonale, qualora i proprietari che hanno previamente ricevuto personalmente la decisione potessero impugnarla entro il termine - più lungo - di pubblicazione, questi non sarebbero sfavoriti, bensì indebitamente avvantaggiati rispetto agli altri che ne hanno avuto conoscenza solo in seguito, durante il periodo di pubblicazione all'albo. La soluzione adottata dalla Corte cantonale concede in entrambe le fattispecie agli interessati lo stesso lasso di tempo (30 giorni) per proporre, dalla conoscenza del contenuto della decisione, un eventuale ricorso.
Per di più, contrariamente alla tesi ricorsuale, la risoluzione governativa soddisfa i criteri posti a una decisione ai sensi dell'art. 26 LPamm, ritenuto ch'essa è motivata e munita dell'indicazione dei mezzi e del termine di ricorso. Essa doveva pertanto essere impugnata entro trenta giorni dalla sua conoscenza (<ref-ruling> consid. 2d pag. 220 seg.; <ref-ruling> consid. 3b).
3. 3.1 L'assunto ricorsuale, secondo cui un invio postale semplice, e non per lettera raccomandata, costituirebbe un atto "informale", estraneo a una procedura come quella in esame, dal quale non potrebbe risultare alcun pregiudizio, è privo di ogni fondamento.
3.2 Certo, gli art. 33 LPT e 29 Cost. non impongono, di massima, una comunicazione personale al proprietario interessato da una modifica di un piano di utilizzazione, un siffatto diritto potendo nondimeno essere previsto dal diritto cantonale (sentenza P.543/1982 del 14 ottobre 1983 consid. 4a/bb, in ZBl 86/1985 pag. 167). Contrariamente all'assunto ricorsuale, la comunicazione personale, disciplinata dal diritto cantonale, può tuttavia avvenire sia con lettera semplice sia con raccomandata (WALDMANN/HÄNNI, Raumplanungsgesetz, 2006, n. 15 ad art. 33 pag. 766; cfr. SCOLARI, Commentario, 1996, n. 337/338 ad art. 34 LALPT). Nel Cantone Ticino, l'art. 37 cpv. 2 LALPT prevede che la risoluzione governativa di approvazione dev'essere intimata al Comune, ai ricorrenti e ai proprietari dei fondi la cui situazione è stata modificata: ciò è avvenuto in concreto.
3.3 I ricorrenti disattendono che né quest'ultima norma né l'art. 14 LPamm, il quale prevede l'intimazione mediante invio postale semplice o raccomandato, esigono una comunicazione per raccomandata e che il termine di ricorso di 30 giorni al Tribunale amministrativo decorre a partire dalla notifica personale della decisione e non dalla pubblicazione del dispositivo di approvazione all'albo comunale e nel Foglio ufficiale (SCOLARI, op. cit., n. 367 ad art. 38 LALPT).
L'accenno ricorsuale, secondo cui l'abolizione del previgente obbligo sancito dall'art. 14 LPamm di intimare le decisioni mediante invio raccomandato si fondava essenzialmente su motivi d'ordine finanziario, è ininfluente. Come sottolineato dalla dottrina, richiamata anche dai ricorrenti, secondo un principio uniformemente applicato nel diritto processuale il termine per impugnare una decisione comunicata per scritto inizia a decorrere il giorno seguente la notifica. La differenza tra l'invio raccomandato e per lettera semplice, utilizzato soprattutto nei procedimenti amministrativi non contenziosi, consiste unicamente nella difficoltà per l'autorità di accertare in quest'ultimo caso il giorno della notifica, data determinante per la decorrenza del termine d'impugnazione (BORGHI/CORTI, Compendio di procedura amministrativa ticinese, 1997, n. 2-5 ad art. 14 e nota a piè di pagina n. 71; sulla notificazione fittizia di un invio raccomandato vedi <ref-ruling> consid. 4).
3.4 Del resto, anche l'<ref-law> esige soltanto una notifica per scritto delle decisioni impugnabili al Tribunale federale e non necessariamente un invio raccomandato, seppure ciò sia consigliabile per motivi inerenti all'onere della prova (AMSTUTZ/ARNOLD e EHRENZELLER, in Bundesgerichtsgesetz (BGG), 2007, n. 14 ad art. 44, rispettivamente n. 4 ad art. 112; <ref-ruling> consid. 3c pag. 54). Pure l'<ref-law> richiede solo una notifica per scritto, ricordato che l'invio per raccomandata non costituisce una condizione di validità della decisione (Kneubühler, in Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren (VwVG), 2008, n. 3 e 4 ad art. 34).
4. 4.1 I ricorrenti lamentano poi la violazione del principio della buona fede (<ref-law>), adducendo che l'autorità avrebbe agito in maniera contraddittoria. Essi sostengono che avrebbero potuto fare affidamento sul chiaro e inequivocabile testo del dispositivo della decisione governativa e sulla citata distinzione dei ruoli delle parti operata dal Governo. Quest'ultima tesi, come si è visto, non regge.
4.1.1 I ricorrenti sostengono che si è in presenza di una modifica del piano regolatore operata d'ufficio dal Consiglio di Stato, che in tal caso si sostituirebbe in sostanza al Consiglio comunale. In tale ambito la Corte cantonale disporrebbe pertanto di pieno potere cognitivo, contrariamente agli altri casi in cui detto potere spetterebbe soltanto al Governo. La Corte cantonale, in applicazione dell'art. 37 cpv. 1 LALPT, avrebbe quindi dovuto rinviare gli atti al Comune che, attuata la modifica, l'avrebbe pubblicata secondo l'art. 35 LALPT, norma che non opera alcuna differenza tra chi ne ha preso conoscenza prima, per esempio in veste di consigliere comunale, o dopo la pubblicazione.
4.1.2 La tesi è ininfluente, visto che in tale ipotesi farebbe difetto una comunicazione scritta personale. Per di più, riguardo ai ricorrenti, il Governo non ha operato alcuna modifica d'ufficio del piano regolatore, limitandosi, ritenuto il sovradimensionamento delle zone edificabili, a non approvarne l'ulteriore ampliamento e invitato il Comune a elaborare una nuova variante.
4.2 I ricorrenti lamentano poi una lesione del principio della buona fede, poiché in una sentenza del 24 settembre 2007 il Tribunale cantonale amministrativo, rilevata la tardività di un ricorso presentato entro il termine di pubblicazione della decisione governativa di approvazione, previamente comunicata con invio raccomandato, l'ha nondimeno esaminato nel merito. In quella causa è tuttavia stato precisato che l'insorgente, in buona fede, poteva fare affidamento sull'indicazione erronea contenuta nel dispositivo, la quale suscitava l'impressione che anche i già ricorrenti dinanzi al Governo che avevano ricevuto personalmente la risoluzione potessero beneficiare del termine di pubblicazione per impugnarla (sui requisiti per la tutela della buona fede vedi <ref-ruling> consid. 6.1 pag. 636). Del resto, in una causa analoga a quella in esame, la Corte cantonale aveva dichiarato irricevibile, siccome tardivo, un ricorso inoltrato entro il termine di pubblicazione ma dopo trenta giorni dalla notifica personale per raccomandata della decisione governativa (sentenza 1C_115/2007 del 1° giugno 2007). Non vi è quindi una disparità di trattamento né una lesione della buona fede.
I ricorrenti accennano poi a un'altra sentenza emanata il 14 marzo 2008 dalla Corte cantonale, concernente l'impugnazione con ricorso del 31 ottobre 2006 di una risoluzione governativa del 22 agosto 2006, permettendo loro di ipotizzare che il gravame sarebbe stato inoltrato soltanto entro il termine di pubblicazione. L'ipotesi non è sorretta da alcun riscontro fattuale, ritenuto che in quel giudizio, senza far riferimento a un'eventuale notifica personale della decisione, è stato semplicemente accertato che il gravame era tempestivo.
4.3 I ricorrenti sostengono poi che la Corte cantonale, non ritenendo errato ma soltanto inapplicabile nei loro confronti il dispositivo n. 4 della decisione governativa, sarebbe incorsa in una "contraddittorietà interna insanabile". Essi si limitano tuttavia a rilevare che la decisione era già stata pubblicata nel Foglio ufficiale del 25 settembre 2007, per cui il termine di ricorso, iniziando il giorno seguente, sarebbe scaduto per tutti i cittadini già il 26 ottobre e non l'8 novembre successivo. L'assunto è privo di consistenza, ritenuto che all'epoca era stato pubblicato solo il dispositivo e non, come nel Foglio ufficiale del 9 ottobre 2007, anche il termine di pubblicazione all'albo, per cui i cittadini, nel primo caso, non potevano consultare la risoluzione.
4.4 Certo, occorre dare atto ai ricorrenti che il noto dispositivo di primo acchito non è del tutto chiaro. In effetti, nel n. 3 dello stesso si cita che soltanto il Comune e il ricorrente possono insorgere entro trenta giorni dalla data di notificazione, mentre al punto 6 si indica che la decisione è notificata per esteso al Municipio e ai ricorrenti, intendendo per questi ultimi, in maniera imprecisa, sia il citato ricorrente sia i proprietari che avevano inoltrato osservazioni. Nel n. 4 è poi indicato il diritto di ricorrere entro il termine di pubblicazione: è tuttavia intellegibile che questo termine non vale per i proprietari ai quali la decisione è stata comunicata per esteso e che pertanto ne hanno avuto conoscenza, personalmente, prima della pubblicazione. Indiscutibilmente una maggior chiarezza nei dispositivi di approvazione dei piani regolatori avrebbe contribuito a evitare l'irricevibilità per motivi formali dei citati ricorsi.
4.5 Per di più, nella fattispecie i ricorrenti erano patrocinati da un legale, al quale è stata comunicata la decisione governativa e che pertanto con la dovuta attenzione poteva riconoscere l'esatta portata del criticato dispositivo e ricorrere nel termine ordinario di trenta giorni dalla sua conoscenza (<ref-ruling> consid. 1.3.2; <ref-ruling> consid. 3.3 pag. 134; sentenza 5A_814/2008 del 12 marzo 2009 consid. 1.2.2.2 destinata a pubblicazione; BORGHI/CORTI, op. cit., n. 4 e 5a ad art. 26). Un legale deve infatti sapere che una decisione di approvazione di un piano regolatore è impugnabile entro trenta giorni dalla sua comunicazione personale all'interessato. La decisione impugnata non è quindi arbitraria neppure nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 4.1).
5. Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione al patrocinatore dei ricorrenti, al Municipio di Cavigliano, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.