Sachverhalt:
A. Am 16. April 2008 beendete die deutsche Staatsangehörige A._ in den Räumen einer Sterbehilfeorganisation ihr Leben. Dabei hatte sich nach der Darstellung von X._ eine "Komplikation" ergeben. Frau A._ sei nach der Einnahme einer geringen Menge des Medikaments Natrium-Pentobarbital (NaP) mittels eines Trinkhalms unvermittelt eingeschlafen. Nach ihrem Aufwachen habe sie ihren Sterbewillen bestätigt. Der Arzt, der das Rezept für das Medikament ausgestellt hatte, sei herbeigerufen worden und habe eine Magensonde gelegt, damit A._ "auf diese Weise in die Lage versetzt wurde, sich das für ihr Ableben notwendige NaP mittels der von ihr selbst betätigten Medikamentenspritze in den Magen zu befördern". Nach dem Legen der Magensonde habe er (X._, der wegen der Komplikation herbeigeeilt war) den Raum verlassen und sei nach Hause gefahren.
B. Die beim Sterbevorgang anwesenden vier Personen, nämlich der aus Deutschland mitgereiste Betreuer, der Arzt und zwei Sterbebegleiterinnen, wurden in der Nacht vom 16. auf den 17. April 2008 polizeilich als Auskunftspersonen befragt. X._ weigerte sich, zu dieser üblichen Abklärung bei aussergewöhnlichen Todesfällen zur Einvernahme bei der Polizei zu erscheinen. Am 13. Juni 2008 erschien er aber auf Vorladung hin zur Befragung als Auskunftsperson bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich. Die Oberstaatsanwaltschaft stellt in ihrem Entscheid vom 23. Oktober 2008 zum Verlauf dieser Einvernahme fest, X._ sei auf seine Rechte als Auskunftsperson hingewiesen worden, unter anderem auch darauf, dass er die Aussage ohne Gründe verweigern könne. Dieser habe erklärt: "Wir können es gleich kurz machen: Ich werde keine Aussage machen." Der Staatsanwalt habe ihm entgegnet, selbstverständlich müsse er keine Aussagen machen. Er (der Staatsanwalt) werde ihm seine Fragen stellen, und er könne sie so beantworten, wie er wolle. X._ habe erwidert, dass er sich die Fragen nicht anhöre. Er sei nicht bereit, an einem Verfahren mitzuwirken, welches überflüssig sei. Er werde jetzt gleich gehen. Der Staatsanwalt habe ihn zum Bleiben und Anhören der Fragen aufgefordert, worauf dieser abgelehnt, die Urteilsfähigkeit des Staatsanwalts bestritten und den Raum verlassen habe. Das Protokoll sei fünf Minuten nach der Eröffnung geschlossen worden.
Mit Schreiben vom 15. Juli 2008 orientierte der Staatsanwalt X._ darüber, dass er ihn "[f]ür Ihr Betragen anlässlich der Einvernahme" vom 13. Juni 2008 mit einer Ordnungsbusse zu belegen gedenke, weshalb er ihm vorab das rechtliche Gehör gewähre und ihm deshalb Gelegenheit zur Stellungnahme einräume. X._ nahm Stellung.
In der Folge belegte ihn die Staatsanwaltschaft See/Oberland mit Verfügung vom 8. September 2008 gestützt auf §§ 1, 2 lit. a-d und § 4 Abs. 1 Ziff. 2 des Gesetzes betreffend die Ordnungsstrafen vom 30. Oktober 1866 (LS 312) sowie <ref-law>/ZH mit einer Ordnungsbusse von Fr. 300.-- und auferlegte ihm die Kosten von Fr. 100.--.
X._ rekurrierte gegen diese Verfügung bei der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich. Die Staatsanwaltschaft wurde zur Vernehmlassung eingeladen, und X._ äusserte sich dazu. Die Oberstaatsanwaltschaft wies am 23. Oktober 2008 den Rekurs ab. Sie hielt zusammenfassend fest, der Rekurrent habe "durch sein eigenmächtiges Verlassen der Einvernahme den ordnungsgemässen formellen Gang des Verfahrens gestört und gegen die vorgeschriebene Verfahrensordnung im Sinne von § 2 lit. c des Gesetzes betreffend die Ordnungsstrafen verstossen". Die Ordnungsbusse sei angemessen. Sie auferlegte ihm die Kosten von Fr. 800.--.
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, den Entscheid der Oberstaatsanwaltschaft unter Kosten- und Entschädigungsfolgen aufzuheben.
In der Vernehmlassung betrachtet die Oberstaatsanwaltschaft Art. 6 Ziff. 1 EMRK vorliegend nicht als anwendbar. In der Replik hält X._ an seinem in der Beschwerde vertretenen Standpunkt fest, dass die Sache unter den Begriff der strafrechtlichen Anklage im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK falle. Ausserdem sei angezeigt, dass das Bundesgericht dafür sorge, dass im Kanton Zürich endlich auch derartige Verfahren aufgrund von Gesetzen aus dem 19. Jahrhundert von dessen Gerichten beurteilt werden könnten.

Erwägungen:
1. 1.1 In der Rechtsmittelbelehrung geht die Vorinstanz davon aus, dass eine bundesrechtliche Beschwerde in Strafsachen im Sinne von Art. 93 und 98 BGG erhoben werden könne. Nach dem Konzept der Einheitsbeschwerde hängt der Rechtsmittelweg an das Bundesgericht vom Rechtsgebiet ab, auf welches die Rechtssache letztlich zurückgeht. Bei dem angefochtenen Rekursentscheid der Oberstaatsanwaltschaft handelt es sich um einen formellen Endentscheid (<ref-law>) im Rahmen eines Strafuntersuchungsverfahrens (einer Vorabklärung), welches nach der Darstellung des Beschwerdeführers eingestellt worden ist. Damit erweist sich die Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> als das zutreffende Rechtsmittel.
1.2 Gemäss der am 1. Januar 2007 in Kraft gesetzten Rechtsweggarantie von <ref-law> hat jede Person bei Rechtsstreitigkeiten Anspruch auf Beurteilung durch eine richterliche Behörde. Bund und Kantone können durch Gesetz die richterliche Beurteilung in Ausnahmefällen ausschliessen. <ref-law> wird insbesondere durch <ref-law> konkretisiert. Danach setzen die Kantone als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein. Übergangsrechtlich bestimmen sich jedoch für Beschwerden in Strafsachen die massgeblichen Vorinstanzen gemäss Art. 80 in Verbindung mit <ref-law> in der Fassung des Bundesgesetzes vom 23. Juni 2006 über die Bereinigung und Aktualisierung der Totalrevision der Bundesrechtspflege (AS 2006 4213). Gemäss <ref-law> erlassen die Kantone auf den Zeitpunkt des Inkrafttretens einer schweizerischen Strafprozessordnung Ausführungsbestimmungen über die Vorinstanzen in Strafsachen im Sinne von <ref-law> sowie zur Gewährleistung der Rechtsweggarantie von <ref-law>. Kantonale Vorschriften, welche eine gerichtliche Überprüfung ausschliessen, sind bis zum Ablauf der Übergangsfristen von <ref-law> als gesetzliche Ausnahmen von der Rechtsweggarantie zu qualifizieren (vgl. Urteil 2C_64/2007 vom 29. März 2007 E. 3.2, in: Pra 2007 Nr. 134 S. 920; Urteil 1C_267/2008 vom 27. Oktober 2008 E. 2.1). Somit ist die Oberstaatsanwaltschaft nach konstanter Praxis als Vorinstanz im Sinne von Art. 80 in Verbindung mit <ref-law> zu betrachten (vgl. Urteil 6B_590/2007 vom 19. Dezember 2007; zu anderen Konstellationen <ref-ruling> sowie Urteil 6B_677/2008 vom 23. Februar 2009). Auf die Beschwerde ist insoweit einzutreten.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 1.4). Auf rein appellatorische Kritik tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 3.1). Die Feststellung des Sachverhalts und die Anwendung des kantonalen Rechts prüft es auf Willkür hin (<ref-law>). Es hebt einen Entscheid auf, wenn er schlechterdings unhaltbar ist, d.h. mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offenkundigen Versehen beruht oder sich sachlich in keiner Weise rechtfertigen lässt (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1, 467 E. 3.1).
2. Der Beschwerdeführer rügt in formeller Hinsicht eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Das Gesetz betreffend die Ordnungsstrafen bedrohe jeden mit strafrechtlichen Massnahmen, dem bestimmte Vorwürfe gemacht würden. Den angedrohten Geldbussen bis Fr. 1'000.-- (§ 4 Abs. 1 Ziff. 2 des Gesetzes betreffend die Ordnungsstrafen i.V.m. <ref-law>/ZH) komme eindeutig Strafcharakter zu. Es handle sich nicht um eine Disziplinarrechtsausnahme zu Art. 6 Ziff. 1 EMRK.
2.1 Es ist nicht zweifelhaft, dass die Vorinstanz kein Gericht im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK ist. Der geltend gemachte Anspruch auf Zugang zu einem Gericht, der zurzeit im Kanton Zürich nicht besteht (oben E. 1.2), ist daher aufgrund der Rechtsprechung des EGMR zu prüfen. Das Bundesgericht ist nicht in der Lage, als einzige gerichtliche Instanz im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK die Sache zu beurteilen, da es insbesondere den Sachverhalt und das kantonale Recht nicht frei prüft (oben E. 1.3; Urteil 1C_267/2008 vom 27. Oktober 2008 E. 2.4; Urteil in Sachen Weber gegen Schweiz vom 22. Mai 1990, Ziff. 39 [zur früheren staatsrechtlichen Beschwerde], in: EuGRZ 1990 S. 265).
2.2 Gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK hat jede Person ein Recht darauf, dass über Streitigkeiten in Bezug auf ihre zivilrechtlichen Ansprüche und Verpflichtungen oder über eine gegen sie erhobene strafrechtliche Anklage von einem unabhängigen und unparteiischen, auf Gesetz beruhenden Gericht in einem fairen Verfahren, öffentlich und innerhalb angemessener Frist verhandelt wird.
2.2.1 Dieser Anspruch setzt im vorliegenden Zusammenhang voraus, dass es sich um eine "strafrechtliche Anklage" handelt. Der EGMR prüft diese Frage nach den drei im Urteil Engel entwickelten Kriterien (vgl. Urteil in Sachen Öztürk gegen Bundesrepublik Deutschland vom 21. Februar 1984, Ziff. 50, in: EuGRZ 1985 S. 62). Massgeblich sind nach dieser Judikatur erstens die Zuordnung der Vorschrift im nationalen Recht, zweitens die Natur des Vergehens sowie drittens die Art und Schwere der Sanktion (CHRISTOPH GRABENWARTER, Europäische Menschenrechtskonvention, 3. Auflage, München 2008, S. 317 Rz. 17).
2.2.2 Die Vorinstanz stützt sich auf § 2 lit. c des Gesetzes betreffend die Ordnungsstrafen. Gemäss § 1 Abs. 1 dieses Gesetzes sind Verwaltungsstellen und Gerichte "berechtigt, Disziplinarfehler [...] der bei ihnen in mündlichen oder schriftlichen Verfahren stehenden Privaten durch Ordnungsstrafen zu rügen". Gemäss § 2 gilt als Disziplinarfehler "jede rechtswidrige und schuldhafte Verletzung der Dienstpflichten, insbesondere [..] c) die Störung der vorgeschriebenen Verfahrensordnung". Als "Ordnungsstrafe" kann gemäss § 4 Abs. 1 Ziff. 1 ein "Verweis" oder gemäss Ziff. 2 eine "Geldbusse nach den für die Polizeibussen geltenden Ansätzen" verhängt werden.
Der Beschwerdeführer verweist hinsichtlich der "für die Polizeibussen geltenden Ansätze" entsprechend den Anmerkungen zu § 4 Ziff. 2 des Gesetzes auf <ref-law>/ZH (oben E. 2). Es ist indessen festzustellen, dass <ref-law>/ZH durch das kantonale Gesetz vom 19. Juni 2006 über die Anpassung an den geänderten allgemeinen Teil des Strafgesetzbuches und an das neue Jugendstrafgesetz (OS 61, 391; LS 211.1) seit dem 1. Januar 2007 aufgehoben ist.
Die Erstinstanz stützte sich denn auch entgegen der in der Beschwerde vertretenen Ansicht in ihrer Verfügung vom 8. September 2008 ausdrücklich auf <ref-law>/ZH (und nicht auf § 328 aStPO/ZH). Die Vorinstanz bestätigt diese Verfügung (oben E. B). Der am 1. Januar 1996 in Kraft gesetzte <ref-law>/ZH ist in der Zürcher Strafprozessordnung systematisch unter die Bestimmungen zum "Verfahren bei Ordnungsbussen" eingeordnet und gilt insbesondere für die "kantonalrechtlichen Ordnungsbussen". Gemäss dieser Norm können "Übertretungen des kantonalen Rechts [...] in einem vereinfachten Verfahren mit Ordnungsbussen bis zu Fr. 500.-- geahndet werden."
2.2.3 Nach den ersten beiden "Engel-Kriterien" (oben E. 2.2.1), nämlich der Zuordnung der Vorschrift im nationalen Recht und der Natur des Vergehens ist § 2 lit. c des Gesetzes betreffend die Ordnungsstrafen dem Disziplinarrecht zuzuordnen. Dies wird durch die Verjährungsbestimmungen von § 3 des Gesetzes bestätigt, wonach die Verfolgungsverjährung für "Disziplinarfehler" gegebenenfalls "von der rechtskräftigen Erledigung des Strafverfahrens an" läuft. Analog erfolgt gemäss § 4 Abs. 2 des Gesetzes bei Behördenmitgliedern, Beamten und Angestellten der Entscheid über eine disziplinarische Bestrafung und den Fortbezug der Besoldung während der vorläufigen Einstellung [...] nach Beendigung des Strafverfahrens".
Das Gesetz über die Ordnungsstrafen behält somit ein allfälliges Strafverfahren ausdrücklich vor. Dies gilt auch bei den "Privaten" im Sinne von § 1 des Gesetzes. Die "Störung der vorgeschriebenen Verfahrensordnung" gemäss § 2 lit. c des Gesetzes erfasst nach dem klaren Wortlaut disziplinarische Störungen. Es handelt sich um eine auch in modernen Gesetzen übliche Umschreibung. So lautet etwa Art. 33 Abs. 1 des auf den 1. Januar 2007 in Kraft gesetzten Bundesgerichtsgesetzes (BGG) unter dem Randtitel "Disziplin" wie folgt: "Wer im Verfahren vor dem Bundesgericht den Anstand verletzt oder den Geschäftsgang stört, wird mit einem Verweis oder einer Ordnungsbusse bis zu 1000 Franken bestraft." Damit ist der Disziplinartatbestand von § 2 lit. c des Gesetzes hinreichend bestimmt umschrieben, was für den Beschwerdeführer, einen forensisch erfahrenen Rechtsanwalt, klar sein musste. Es handelt sich um eine in Prozessgesetzen der Verfahrensleitung regelmässig zugestandene sitzungspolizeiliche Kompetenz, bei Verletzungen der Verfahrensdisziplin gegenüber Parteien, Anwälten und weiteren Verfahrensbeteiligten Verweise und Bussen auszusprechen. Ein strafbares Verhalten ist nicht vorausgesetzt (FRANZ RIKLIN, Schweizerisches Strafrecht, 3. Auflage, Zürich 2007, S. 11). Der Beschwerdeführer unterstand als einzuvernehmende Auskunftsperson dieser Disziplinargewalt der Untersuchungsbehörde. Gemäss <ref-law>/ZH ist die Auskunftsperson zum Erscheinen verpflichtet, wobei gemäss § 149b Abs. 3 i.V.m. <ref-law>/ZH auch der Vorführungsbefehl zulässig ist.
Entgegen dem Beschwerdeführer unterscheidet sich damit die zu beurteilende Sache massgeblich vom Fall Ötztürk, in welchem dieser mit seinem Wagen gegen ein parkiertes Fahrzeug gefahren war und an beiden Fahrzeugen einen Sachschaden von etwa 5'000 DM verursacht hatte. Hier hatte der EGMR entschieden, dass es sich trotz der deutschen Zuordnung zum innerstaatlichen Ordnungswidrigkeitsrecht um eine strafrechtliche Anklage handelte. Und anders als im Fall Weber wird der Beschwerdeführer wegen Verletzung der Verfahrensdisziplin und nicht wegen eines anderen Sachverhalts (Verletzung des Untersuchungsgeheimnisses im Fall Weber) sanktioniert.
2.2.4 Das dritte "Engel-Kriterium", die Art und Schwere der Sanktion, steht der Einordnung als Disziplinarrecht offenkundig ebenfalls nicht entgegen. Die angedrohte Sanktion erscheint ihrer Natur und Schwere nach nicht als Kriminalstrafe. Dabei ist entgegen der Beschwerde nicht auf den inzwischen aufgehobenen § 328 aStPO/ZH, sondern auf <ref-law>/ZH abzustellen, welcher für kantonalrechtliche Ordnungsbussen einen gesetzlichen Rahmen bis zu 500 Franken vorsieht (oben E. 2.2.2).
2.3 Zusammenfassend handelt es sich vorliegend um eine Disziplinarrechtsausnahme zu Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Solche Bussen gelten nach der Strassburger Praxis nicht als strafrechtlich im Sinne von Art. 6 EMRK (RIKLIN, a.a.O.; ARTHUR HAEFLIGER/FRANK SCHÜRMANN, Die europäische Menschenrechtskonvention und die Schweiz, 2. Auflage, Bern 1999, S. 153). Bereits die Europäische Menschenrechtskommission erklärte Art. 6 EMRK nicht anwendbar bei vom Bundesgericht ausgesprochenen Disziplinarbussen gemäss Art. 31 aOG, einer Bestimmung, die dem heutigen <ref-law> entspricht (oben E. 2.2.3; vgl. die Nachweise in <ref-ruling> E. 3c/aa S. 382). Ebenso dient § 2 lit. c des Gesetzes betreffend die Ordnungsstrafen im zu beurteilenden Zusammenhang dem geordneten Geschäftsgang der Behörden und stellt eine reine Disziplinarmassnahme dar. Das Bundesgericht hat in einer eine Zürcher Beamtin betreffenden Sache bereits entschieden, dass eine Busse von 300 Franken gemäss § 4 dieses Gesetzes keine strafrechtliche Anklage beinhaltet (<ref-ruling>). Der Beschwerdeführer kann sich somit nicht auf die Verfahrensgarantien von Art. 6 Ziff. 1 EMRK berufen.
3. Anfechtungsobjekt ist die vorinstanzliche Entscheidung. Materiell sind einzig das Verhalten des Beschwerdeführers während seiner Einvernahme vom 13. Juni 2008 und die deswegen erfolgte Sanktionierung zu prüfen.
3.1 Der Beschwerdeführer hält zum Sachverhalt fest, unmittelbar nach dem Beginn der Einvernahme habe er dem Staatsanwalt erklärt, man könne die Sache kurz machen, er verweigere die Aussage. Davon habe der Staatsanwalt zwar Kenntnis genommen, aber erklärt, er werde jetzt seine Fragen stellen, worauf er jeweils antworten könne. Dieser Absicht habe er opponiert. Da der Staatsanwalt jedoch seine Absicht habe in die Tat umsetzen wollen, habe er ihm erklärt: "Nein. Ich werde mir ihre Fragen nicht anhören. Ich bin nicht bereit, an einem Verfahren mitzuwirken, welches überflüssig ist. Ich werde jetzt gleich gehen." Auf die Aufforderung des Staatsanwalts, hierzubleiben und sich seine Fragen anzuhören, habe er erklärt: "Nein. Ich bestreite Ihre Urteilsfähigkeit." Dann habe er sich erhoben und den Raum verlassen. Ausserhalb des Einvernahmeraumes habe sich noch ein kurzer Dialog ergeben, in welchem der Staatsanwalt ihm die polizeiliche Vorführung angedroht habe.
3.2 Diese Darstellung des Beschwerdeführers stimmt mit den Feststellungen im angefochtenen Entscheid überein (oben E. B). Der Vorhalt im Schreiben des Staatsanwalts vom 15. Juli 2008, dass er den Beschwerdeführer für sein "Betragen anlässlich der Einvernahme" mit einer Ordnungsbusse zu belegen gedenke (oben E. B), umschreibt hinreichend präzise das beanstandete Verhalten. Damit wurde das Gehörsrecht gewährt. Sachverhaltlich steht fest, dass der Beschwerdeführer gegen den ausdrücklichen Willen des einvernehmenden Staatsanwalts die Einvernahme eigenmächtig vorzeitig verliess.
Eine strafprozessuale Einvernahme unterwirft den Betroffenen einer Einschränkung seiner persönlichen Bewegungsfreiheit. Er muss sich dieser Einvernahme grundsätzlich unterziehen, jedenfalls soweit sie rechtsstaatskonform, d.h. unter Wahrung der verfassungsmässigen und strafprozessualen Rechte des Betroffenen durchgeführt wird. Es steht nicht im Belieben des Einzuvernehmenden, wann er kommen oder gehen will. Von einer rechtsstaats- und menschenrechtswidrigen Einvernahme oder von verbotenen oder schikanösen Einvernahmemethoden kann vorliegend keine Rede sein. Offenkundig ist ferner, dass der Beschwerdeführer wissentlich und willentlich gegen den ausdrücklichen Willen des einvernehmenden Staatsanwalts die Einvernahme verliess. Dass eine "Abmahnung im Hinblick auf einen ordnungsgemässen Abschluss der Einvernahme" seitens des Staatsanwalts nicht ergangen sei, wie der Beschwerdeführer vorbringt, trifft nicht zu. Er hält vielmehr selber fest, der Staatsanwalt habe ihn aufgefordert, "hierzubleiben und sich seine Fragen anzuhören", und habe ihm sogar die polizeiliche Vorführung angedroht (oben E. 3.1).
3.3 Die zusammenfassende Erwägung der Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe "durch sein eigenmächtiges Verlassen der Einvernahme den ordnungsgemässen formellen Gang des Verfahrens gestört und gegen die vorgeschriebene Verfahrensordnung im Sinne von § 2 lit. c des Gesetzes betreffend die Ordnungsstrafen verstossen" (angefochtener Entscheid S. 11), wie auch die betragsmässige Festsetzung der Busse, sind unter Willkürgesichtspunkten, unter denen das Bundesgericht die Feststellung des Sachverhalts und die Anwendung des kantonalen Rechts prüft (oben E. 1.4), nicht zu beanstanden.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Der Beschwerdeführer hat die Kosten vor Bundesgericht zu tragen (<ref-law>). Der in ihrem amtlichen Wirkungskreis tätigen Beschwerdegegnerin ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw