Sachverhalt:
A. Die 1951 geborene M._ war seit 1. Februar 2000 als Account Manager Supplies bei der Firma E._ AG tätig und damit bei der Schweizerischen National-Versicherungs-Gesellschaft (nachstehend: National) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 20. Mai 2000 verunfallte (Auffahrkollision). Zuvor hatte sie bereits am 16. April 1999 einen Unfall erlitten, bei dem ihr ein aus den Schienen gesprungenes Garagenkipptor auf den Kopf fiel und sie sich eine Kopf- und HWS-Kontusion und HWS-Distorsion sowie eine Rissquetschwunde links pariental zugezogen hatte. Die National erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 29. Juni 2006, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 6. Februar 2007, stellte sie diese jedoch per 31. Dezember 2005 ein, da die über dieses Datum hinaus geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal zum Unfallereignis vom 20. Mai 2000 seien.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 17. Dezember 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei ihr eine Rente sowie eine Integritätsentschädigung nach Gesetz zuzusprechen.
Während die National auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (<ref-law>). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Objektivierbar sind Untersuchungsergebnisse, die reproduzierbar sind und von der Person des Untersuchenden und den Angaben des Patienten unabhängig sind. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann somit erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber in diesem Sinne objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), anzuwenden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.; vgl. auch Urteil 8C_583/2007 vom 10. Juni 2008, E. 2.2).
2.2 Mit Urteil vom 19. Februar 2008 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht die sog. Schleudertrauma-Praxis bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden präzisiert. Im genannten Urteil wurde zunächst der Grundsatz bestätigt, dass der Fallabschluss und damit verbunden die Adäquanzprüfung im Hinblick auf die Rentenleistungen in dem Zeitpunkt zu erfolgen hat, in dem von der Weiterführung der medizinischen Massnahmen keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten ist (zitiertes Urteil, E. 4). Hinsichtlich der Beurteilung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und den geklagten organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden wurde festgehalten, dass diese aufgrund einer eingehenden medizinischen Abklärung zu erfolgen hat (zitiertes Urteil, E. 9.4 und 9.5). Schliesslich wurden in E. 10 dieses Urteils die Kriterien, welche zur Beurteilung der Adäquanz bei mittelschweren Unfällen (vgl. dazu insbesondere SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, E. 5.3.1 [U 2/07]) dienen, neu gefasst. Diese lauten nunmehr:
- besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrück- lichkeit des Unfalls;
- die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen;
- fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung;
- erhebliche Beschwerden;
- ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich ver- schlimmert;
- schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen;
- erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen.
Weiterhin gilt, dass nicht in jedem Fall der Einbezug sämtlicher Kriterien in die Gesamtwürdigung erforderlich ist. Je nach den konkreten Umständen kann für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schweren Unfall zu qualifizieren ist. Anderseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes bzw. ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht wird. Diese Würdigung des Unfalles zusammen mit den objektiven Kriterien führt zur Bejahung oder Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 6b S. 367).
2.3 Hat die versicherte Person mehr als einen Unfall mit Schleudertrauma der HWS oder gleichgestellter Verletzung erlitten, so ist die Adäquanz prinzipiell für jeden Unfall gesondert zu beurteilen. In diesem Rahmen ist es nach der Rechtsprechung jedoch nicht generell ausgeschlossen, die wiederholte Betroffenheit desselben Körperteils bei der Adäquanzprüfung zu berücksichtigen. Letzteres ist insbesondere dann denkbar, wenn die Auswirkungen der verschiedenen Ereignisse auf gewisse Beschwerden und/oder auf Grad und Dauer der Arbeitsunfähigkeit nicht voneinander abgegrenzt werden können. Der hinreichend nachgewiesenen, durch einen früheren versicherten Unfall verursachten dauerhaften Vorschädigung der HWS kann diesfalls im Rahmen der Beurteilung einzelner Kriterien - beispielsweise der besonderen Art der Verletzung, der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen oder der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung - Rechnung getragen werden (SVR 2007 UV Nr. 1 S. 3, U 39/04, E. 3.3.2 mit Hinweisen).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die über den 31. Dezember 2005 hinaus geklagten Beschwerden in einem rechtsgenüglichen Kausalzusammenhang zum Unfallereignis vom 20. Mai 2000 stehen.
4. Es ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin am 20. Mai 2000 einen Auffahrunfall erlitten hat. Ausser Streit liegt zudem, dass die von der Versicherten über den 31. Dezember 2005 hinaus geklagten Beschwerden nicht auf einen im Sinne der Rechtsprechung organisch hinreichend nachweisbaren Gesundheitsschaden zurückzuführen sind. Offen bleiben kann, ob zwischen dem Ereignis und den geklagten Beschwerden ein natürlicher Kausalzusammenhang besteht: Selbst wenn man den natürlichen Kausalzusammenhangs bejaht und die Adäquanz des Kausalzusammenhanges nach der sog. "Schleudertrauma-Praxis" (<ref-ruling>) prüft, ist die Adäquanz - wie nachfolgend gezeigt wird - zu verneinen (vgl. zur Zulässigkeit dieser Vorgehensweise: Urteil 8C_89/2008 vom 3. Oktober 2008 E. 5.3).
5. 5.1 Für die Adäquanzbeurteilung ist an das (objektiv erfassbare) Unfallereignis anzuknüpfen, wobei zwischen banalen bzw. leichten Unfällen einerseits, schweren Unfällen anderseits und schliesslich dem dazwischen liegenden mittleren Bereich unterschieden wird. Diese Rechtsprechung hat das Bundesgericht kürzlich bestätigt (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126). Trotz des Hinweises in der Beschwerdeschrift auf aktuelle Forschungsergebnisse besteht für das Gericht kein Anlass, davon abzuweichen (vgl. auch Urteil 8C_875/2008 vom 6. März 2009 E. 5.1). Massgebend für die Beurteilung der Unfallschwere ist der augenfällige Geschehensablauf mit den sich dabei entwickelnden Kräften (SVR 2008 UV Nr. 36 S. 137, 8C_637/2007, E. 2.5.1). Einfache Auffahrkollisionen auf ein (haltendes) Fahrzeug werden dabei in der Regel als mittelschwere Unfälle im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04, E. 5.1.2). Die entsprechende vorinstanzliche Qualifikation des Unfallereignisses vom 20. Mai 2000 ist mithin nicht zu beanstanden. Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges wäre somit nur dann zu bejahen, wenn eines der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter oder auffälliger Weise erfüllt wären.
5.2 Die Versicherte macht zu Recht nicht geltend, das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder der besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls sei gegeben.
5.3 Was das Kriterium der Schwere und besonderen Art der erlittenen Verletzung betrifft hat das Bundesgericht im erwähnten Urteil <ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f. seine Rechtsprechung bestätigt, wonach die Diagnose einer HWS-Distorsion (oder einer anderen, adäquanzrechtlich gleich zu behandelnden Verletzung) für sich allein zu dessen Bejahung nicht genügt. Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können. Diese können beispielsweise in einer beim Unfall eingenommenen besonderen Körperhaltung und den dadurch bewirkten Komplikationen bestehen (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, U 339/06, E. 5.3; RKUV 2003 Nr. U 489 S. 357, U 193/01, E. 4.3 mit Hinweisen). Daneben gilt es zu beachten, dass eine HWS-Distorsion, welche eine bereits erheblich vorgeschädigte Wirbelsäule trifft, speziell geeignet ist, die "typischen" Symptome hervorzurufen, weshalb sie als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren ist (vgl. Urteil 8C_785/2007 vom 11. Juni 2008 E. 4.4).
Die Versicherte macht geltend, die von ihr beim Unfall vom 20. Mai 2000 erlittene Verletzung sei als von besonderer Art zu betrachten, da ein relevanter Vorzustand vorliege. Am 16. April 1999 hatte sich ein Garagentor gelöst und sie auf der linken Kopf- und Nackenseite getroffen. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist indessen nicht bereits deshalb eine Verletzung besonderer Art anzunehmen, weil die versicherte Person bereits in der Vergangenheit einmal ein Schleudertrauma oder eine dem Schleudertrauma ähnliche Verletzung erlitten hat. Vielmehr rechtfertigt sich eine entsprechende Qualifikation der erlittenen Verletzungen nur bei Vorliegen einer erheblich vorgeschädigten Wirbelsäule (vgl. Urteile 8C_759/2007 vom 14. August 2008, E. 5.3 und 8C_61/2008 vom 10. Juli 2008 E. 7.3.2). Den Berichten des behandelnden Arztes Dr. med. H._, Neurologie FMH, vom 26. Februar und vom 13. November 2001 ist zu entnehmen, dass die Beschwerdeführerin ab dem 24. Januar 2000 mit Restbeschwerden im Sinne von Schulter- und Armschmerzen links sowie cervico-occipitale Schmerzen wieder voll arbeitsfähig war. Mithin war die HWS der Versicherten am 20. Mai 2000 nicht dermassen erheblich vorgeschädigt, als dass die erlittene Distorsion als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren wäre. Auch im Rahmen der Beurteilung der weiteren Kriterien kommt dem geltend gemachten Vorzustand mithin keine zusätzliche Bedeutung zu (vgl. E. 2.3 hievor).
5.4 Neu gefasst wurde in <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128 das Kriterium der ärztlichen Behandlung. Nunmehr ist zu seiner Bejahung erforderlich, dass nach dem Unfall fortgesetzt eine spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war. Eine solche ist vorliegend auch unter Berücksichtigung der Behandlung im Medizinischen Zentrum X._, welche im Übrigen ambulant erfolgte (Bericht vom 5. Dezember 2001), nicht gegeben. Gemäss Bericht des Dr. med. H._ vom 13. November 2001 wurde neben der medikamentösen Behandlung auch Physiotherapie durchgeführt. Eine erhebliche Mehrbelastung kann darin nicht gesehen werden (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.2.4 in fine; Urteile 8C_89/2008 vom 3. Oktober 2008, E. 8.3 mit diversen Hinweisen); das Kriterium ist somit zu verneinen.
5.5 Das nicht geänderte Kriterium der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmerte, ist ebenfalls nicht erfüllt. Entgegen den Einwendungen der Versicherten kann nicht als Fehlbehandlung gewertet werden, dass ihr von den behandelnden Ärzten nicht von Beginn weg eine Arbeitsunfähigkeit bescheinigt wurde. Zum einen hat die Beschwerdeführerin nach dem Unfall vom 20. Mai 2000 bei Fortführung der vollen Arbeitstätigkeit erst nach zwei Monaten einen Arzt konsultiert. Zudem tritt bei Auffahrunfällen mit Distorsion der HWS in vielen Fällen schon nach kurzer Zeit eine deutliche Besserung der geklagten Beschwerden ein (<ref-ruling> E. 9.3 S. 124 mit weiteren Hinweisen).
5.6 Unverändert beibehalten wurde das Kriterium des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen (<ref-ruling> E. 10.2.6 S. 129). Diese beiden Teilaspekte müssen nicht kumulativ erfüllt sein (<ref-ruling> E. 7b S. 369). Aus der ärztlichen Behandlung und den erheblichen Beschwerden - welche im Rahmen der spezifischen Adäquanzkriterien zu berücksichtigen sind - darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf und/oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu vielmehr besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben. Die Einnahme vieler Medikamente und die Durchführung verschiedener Therapien genügen nicht zur Bejahung dieses Kriteriums. Gleiches gilt für den Umstand, dass trotz regelmässiger Therapien keine Beschwerdefreiheit erreicht werden konnte (Urteile 8C_252/2007 vom 16. Mai 2008 E. 7.6, und 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008 E. 9.6.1, je mit Hinweisen). Im Vergleich mit anderen Fällen von HWS-Distorsionstraumen und äquivalenten Verletzungen kann vorliegend nicht von erheblichen Komplikationen ausgegangen werden. Auch ein schwieriger Heilungsverlauf liegt nicht vor. Das Kriterium ist mithin ebenfalls zu verneinen.
5.7 Was schliesslich die beiden Kriterien der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen betrifft, gilt festzustellen, dass selbst wenn diese bejaht werden könnten, sie jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise gegeben wären.
5.8 Da somit keines der massgeblichen Kriterien besonders ausgeprägt vorliegt und selbst dann, wenn man zu Gunsten der Versicherten die beiden Kriterien der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als erfüllt erachten würde, die Kriterien nicht in gehäufter Weise gegeben sind, ist die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis vom 20. Mai 2000 und den über den 31. Dezember 2005 hinaus geklagten Beschwerden zu verneinen. Die Leistungseinstellung auf dieses Datum hin ist somit nicht zu beanstanden.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter