Faits:
A. A.a Par décision du 8 décembre 2010, l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'office AI) a supprimé avec effet au 1er novembre 2005 la rente d'invalidité qu'il allouait à V._ depuis le 1er juillet 1997, au motif que le droit à cette prestation n'avait été reconnu à l'assuré que jusqu'au 31 décembre 1997 (décision du 18 septembre 1998), et lui a réclamé la restitution des montants versés jusqu'au 31 octobre 2010.
Sur recours de l'assuré, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, a annulé la décision du 8 décembre 2010, le droit à la restitution étant périmé (jugement du 9 novembre 2011).
A.b Après avoir pris connaissance de la décision du 8 décembre 2010, le Service des prestations complémentaires (ci-après: SPC) a réclamé à V._ la restitution des prestations fédérales et cantonales qu'il lui avait versées du 1er novembre 2005 au 31 août 2009 (2'748 fr. de prestations complémentaires cantonales à l'AVS/AI, 41'388 fr. de subsides à l'assurance-maladie de base et 5'085 fr. 10 de frais médicaux), au motif qu'elles l'avaient été à tort (décisions des 8, 10 et 18 novembre 2011, confirmées sur opposition le 15 mai 2012).
B. V._ a déféré la décision sur opposition à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, qui a admis son recours par jugement du 28 novembre 2012 et annulé la décision litigieuse ainsi que les autres décisions du SPC.
C. Le SPC interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation en ce qu'il concerne les prestations complémentaires fédérales.
L'assuré conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours, dans la mesure où celui-ci serait recevable, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) renonce à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Selon la jurisprudence, des conclusions non chiffrées sont suffisantes à condition que la somme à allouer soit d'emblée reconnaissable (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 236). Or, comme les décisions administratives litigieuses indiquent de manière détaillée le montant soumis à restitution pour chacune des prestations versées à tort (prestations complémentaires cantonales à l'AVS/AI, subsides à l'assurance-maladie de base, frais médicaux) et que les conclusions du service recourant se limitent aux prestations complémentaires fédérales (frais médicaux), le montant soumis à restitution est aisément reconnaissable. Le grief d'irrecevabilité soulevé par l'intimé est par conséquent mal fondé.
2. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération.
3. Le litige porte sur la restitution des prestations complémentaires fédérales (frais médicaux) versées à l'intimé du 1er novembre 2005 au 31 août 2009, le service recourant ayant correctement limité ses conclusions à de telles prestations (voir <ref-ruling>).
4. 4.1 La juridiction cantonale a considéré que l'administration ne pouvait pas se prévaloir du jugement du 9 novembre 2011, entré en force, pour fonder un droit à la restitution des prestations. Quand bien même il y était admis que la rente d'invalidité avait été versée à tort depuis le 1er janvier 1998, le dispositif ne renvoyait pas aux considérants, de sorte qu'ils n'étaient pas revêtus de l'autorité matérielle de la chose jugée. Il n'existait par ailleurs aucune modification de la situation juridique de l'assuré qui aurait justifié une révision procédurale ouvrant la voie à la restitution des prestations complémentaires.
4.2 Le service recourant reproche en substance aux premiers juges d'avoir méconnu les conséquences du versement indu de la rente d'invalidité à partir du 1er janvier 1998 sur le droit aux prestations complémentaires. Il soutient par ailleurs que le droit à la restitution de ces dernières n'était pas atteint par la péremption.
5. 5.1 Aux termes de l'art. 25 al. 1, 1ère phrase, LPGA, les prestations indûment touchées doivent être restituées. Sont indues, au sens de cette disposition, les prestations d'assurance auxquelles un assuré n'a pas droit ou, en d'autres termes, lorsque celui-ci perçoit économiquement plus que ce dont il aurait droit en suite d'une constatation et d'une appréciation correctes de l'état de faits et d'une application conforme du droit matériel. Savoir si la perception de prestations est indue se détermine d'après la situation de fait et de droit prévalant au moment où celles-ci ont été allouées. Lorsqu'ils s'agit de prestations durables, comme cela est souvent le cas en droit des assurances sociales, l'inexactitude des faits retenus ou du droit appliqué peut non seulement exister dès l'origine (anfängliche tatsächliche oder rechtliche Unrichtigkeit) mais également survenir de manière subséquente, soit en cours de prestations, en raison d'une modification des circonstances de fait ou des bases légales (nachträgliche tatsächliche oder rechtliche Unrichtigkeit). Il convient donc toujours de se fonder sur un élément de l'état de fait qui permettrait la modification d'une décision formelle entrée en force d'après les principes juridiques et jurisprudentiels applicables en la matière (Ulrich Meyer-Blaser, Die Rückerstattung von Sozialversicherungsleistungen, Revue de la société des juristes bernois (RSJB) 1995 p. 476 s.).
5.2 En l'espèce, les prestations complémentaires réclamées par le service recourant ont été versées alors que l'intimé n'avait plus droit à une rente d'invalidité, ce droit n'ayant été reconnu que jusqu'au 31 décembre 1997. Or, le droit aux prestations complémentaires était intrinsèquement lié au droit de l'intimé à bénéficier d'une rente d'invalidité (cf. art. 4 al. 1 let. c LPC). Celui-ci a donc indûment touché les prestations complémentaires puisqu'elles lui ont été versées après le 1er janvier 1998. La péremption reconnue par jugement du 9 novembre 2011 n'y change rien. Elle concernait uniquement la créance en restitution de l'office AI sur les montants perçus par l'intimé sous la forme d'une rente d'invalidité et avait pour seule conséquence l'extinction de ce droit. Elle ne saurait en revanche remettre en cause le caractère indu des montants perçus sous forme de rente d'invalidité depuis le 1er janvier 1998, de sorte que les prestations complémentaires à ces rentes ont été également versées à tort. Au demeurant, en réclamant à l'intimé en novembre 2011 la restitution des prestations complémentaires indues, le service recourant a exercé son droit dans le délai de péremption d'un an (art. 25 al. 2, 1ère phrase, LPGA). En effet, ce n'est qu'à réception de la décision du 8 décembre 2010 de l'office AI qu'il a pu se rendre compte de son erreur. Il convient toutefois de préciser que seules les prestations complémentaires versées à partir du 1er novembre 2006 sont soumises à restitution, celles précédant cette date étant quant à elles atteintes par la péremption de cinq ans (art. 25 al. 2, 1ère phrase, LPGA).
5.3 Dans ces circonstances, l'intimé a indûment touché des prestations complémentaires sous la forme du remboursement de frais médicaux. Le service recourant était donc fondé à lui réclamer la restitution des prestations versées à ce titre du 1er novembre 2006 au 31 août 2009. Le recours doit être admis pour ce seul motif, sans qu'il soit besoin d'examiner les autres points soulevés par les parties, notamment l'autorité matérielle de la chose jugée des considérants du jugement du 9 novembre 2011. Le jugement cantonal doit donc être annulé en ce qu'il concerne les prestations complémentaires fédérales versées depuis le 1er novembre 2006.
6. Dans la mesure où il succombe pour l'essentiel, les frais judiciaires doivent être mis à la charge de l'intimé (<ref-law>). Pour le même motif, l'intimé n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. La décision de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 28 novembre 2012 est annulée en tant qu'elle porte sur les prestations complémentaires fondées sur le droit fédéral versées depuis le 1er novembre 2006. Il est rejeté pour le surplus.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales pour nouvelle décision sur les dépens de la procédure antérieure.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 30 avril 2013
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
Le Greffier: Hichri