Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ am 23. September 2011 zweitinstanzlich der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und 3 StGB), der mehrfachen Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung (<ref-law>) und der Urkundenfälschung (<ref-law>) schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 240 Tagessätzen zu Fr. 250.--. Es verpflichtete ihn, A._ Fr. 58'186.-- und B._ Fr. 73'586.90 Schadenersatz je zuzüglich Zins ab dem 21. Januar 2004 zu bezahlen.
Das Obergericht geht von folgendem Sachverhalt aus:
X._ war Geschäftsführer und Verwaltungsrat der Z._ AG. Gleichzeitig war er Geschäftsführer mit Einzelunterschrift und alleiniger Verwaltungsrat der Y._ AG, einer Tochtergesellschaft der Z._ AG. Beide Gesellschaften waren im Handel mit Baumaterialien tätig. Die Y._ AG hatte ihre operative Tätigkeit per Ende 2001 jedoch eingestellt und führte lediglich noch Verwaltungs- und Liquidationstätigkeiten aus. Sie unterhielt Ende 2001 ein (Rest-)Warenlager im Wert von ca. Fr. 20'000.--, das im Verlaufe des Jahres 2002 liquidiert wurde.
Die Y._ AG gewährte der Z._ AG im Januar 2001 ein Darlehen über Fr. 500'000.--, welches sich per Ende 2002 noch auf Fr. 300'000.-- belief. Die Z._ AG stellte der Y._ AG am 1. Juni 2002 für die Geschäftsjahre 2001 und 2002 Management Fees und Lager- bzw. Buchhaltungskosten in der Höhe von Fr. 245'000.-- in Rechnung. Die Rechnungen waren im Betrag von insgesamt mindestens Fr. 120'000.-- übersetzt. X._ akzeptierte namens der Y._ AG die überhöhten Rechnungen und verrechnete den Rechnungsbetrag anfangs Februar 2003 mit der Darlehensforderung der Y._ AG gegenüber der Z._ AG. Am 20. November bzw. 5. Dezember 2003 liess er zudem zwei Konten der Y._ AG bei der PostFinance und der Crédit Suisse saldieren. Die auf den Konten befindlichen Beträge von Fr. 5'338.42 bzw. Fr. 1'072.10 überwies er an die Z._ AG. Ein geschäftsmässig begründeter Vorgang für die Zahlung bestand nicht.
X._ handelte im Wissen um die desolate finanzielle Situation der Y._ AG. Ihm war namentlich bekannt, dass diese mit Urteil vom 15. November 2002, versandt am 21. November 2002, vom Arbeitsgericht Zürich zur Zahlung von rund Fr. 40'600.-- zuzüglich Zins an A._ bzw. rund Fr. 52'500.-- zuzüglich Zins an B._ sowie rund Fr. 7'500.-- und ca. Fr. 9'000.-- Prozessentschädigung verpflichtet worden war. Das Urteil des Arbeitsgerichts wurde vom Obergericht des Kantons Zürich am 16. Oktober 2003 bestätigt. Als erfahrener und gewiefter Geschäftsmann nahm X._ zumindest in Kauf, dass die beiden Gläubiger, falls es zu einem Konkurs kommen sollte, nicht mehr befriedigt würden.
Obschon die Y._ AG kein Warenlager mehr besass, wies die Bilanz per Ende 2002 ein solches im Wert von Fr. 135'000.-- aus. Des Weiteren liess X._ transitorische Aktiven über Fr. 163'000.-- bilanzieren, dies mit der Begründung, die Rechnungen der Z._ AG an die Y._ AG vom 1. Juni 2002 über insgesamt Fr. 245'000.-- würden im Umfang von Fr. 163'000.-- entgegen der darin aufgeführten Perioden auch die Jahre 2003 und 2004 abdecken. Rückstellungen für die arbeitsrechtliche Auseinandersetzung mit den ehemaligen Mitarbeitern A._ und B._ unterblieben. In Berücksichtigung der zu korrigierenden Bilanzposten (kein Warenlager und keine transitorische Aktiven, Rückstellungen von Fr. 125'000.--) wäre die Y._ AG per Ende 2002 mit über Fr. 35'000.-- überschuldet gewesen. X._ wusste, dass die bilanzierten Zahlen falsch waren und dass er dadurch die finanzielle Situation der Y._ AG massiv beschönigte. Die Umgehung der Benachrichtigung des Richters gemäss <ref-law> nahm er in Kauf.
Über die Y._ AG wurde am 21. Januar 2004 der Konkurs eröffnet. Gemäss dem Konkursinventar vom 24. Februar 2004 verfügte die Gesellschaft zu diesem Zeitpunkt, mit Ausnahme der pro memoria aufgeführten Verantwortlichkeitsansprüche gemäss <ref-law>, über keine Vermögenswerte mehr. Die Gläubiger A._ und B._ erlitten im Konkurs der Y._ AG einen Verlust (Kapital, Zinsen und Kosten) von Fr. 58'186.-- bzw. Fr. 73'586.90.
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil vom 23. September 2011 aufzuheben, ihn von der Anklage vollumfänglich freizusprechen und die Zivilkläger auf den ordentlichen Zivilprozess zu verweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um aufschiebende Wirkung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung des Anklagegrundsatzes geltend. Die Anklageschrift umschreibe nur Handlungen des Geschäftsführers der Z._ AG, nicht jedoch des Geschäftsführers der Y._ AG. Dennoch habe die Vorinstanz ihn als Geschäftsführer der Y._ AG schuldig gesprochen. Auch werde in der Anklageschrift kein Vermögensschaden behauptet. Darin sei nur von einem der Z._ AG nicht zustehenden Vermögensvorteil die Rede.
1.2 Nach dem aus Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie aus Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. a und b EMRK abgeleiteten Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens. Die Anklageschrift muss die Person des Angeklagten sowie die ihm zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise umschreiben, dass die Vorwürfe im objektiven und subjektiven Bereich genügend konkretisiert sind. Das Anklageprinzip bezweckt zugleich den Schutz der Verteidigungsrechte des Angeklagten und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen).
Konkretisiert wird der Anklagegrundsatz zur Hauptsache durch die formellen Anforderungen, welche das Verfahrensrecht an die Anklageschrift stellt (BGE <ref-ruling> E. 2c mit Hinweisen).
1.3 Am 1. Januar 2011 trat die Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) in Kraft. Der erstinstanzliche Entscheid des Bezirksgerichts Zürich erging am 8. Dezember 2010. Das kantonale Verfahren einschliesslich die Berufung an das Obergericht und die dagegen vor Bundesgericht erhobenen Rügen richten sich gemäss Art. 453 Abs. 1 und Art. 454 Abs. 2 StPO weiterhin nach der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH).
Gemäss <ref-law>/ZH bezeichnet die Anklageschrift kurz, aber genau die dem Angeklagten zur Last gelegten Handlungen oder Unterlassungen unter Angabe aller Umstände, welche zum gesetzlichen Tatbestand gehören, sowie unter möglichst genauer Angabe von Ort, Zeit und anderen Einzelheiten, so dass der Angeklagte daraus ersehen kann, was Gegenstand der Anklage bildet. Das Bundesgericht überprüft die Anwendung kantonalen Gesetzesrechts - von hier nicht relevanten Ausnahmen abgesehen - nur auf Willkür (vgl. <ref-law>).
1.4 Dem Beschwerdeführer wird in der Anklageschrift vorgeworfen, er habe als Geschäftsführer der Z._ AG der Y._ AG wissentlich völlig unangemessene bzw. nicht ausgewiesene Auslagen in Rechnung gestellt. Die Rechnungen habe er als alleiniger Verwaltungsrat und Geschäftsführer mit Einzelunterschrift der Y._ AG akzeptiert und mit der Darlehensforderung der Y._ AG gegenüber der Z._ AG verrechnet. Er habe in der Absicht gehandelt, der Z._ AG einen ihr nicht zustehenden Vermögensvorteil zu verschaffen. Auf diese Weise habe er der Y._ AG zumindest Fr. 175'000.-- entzogen.
Aus der Anklageschrift ergibt sich ohne Weiteres, dass dem Beschwerdeführer in seiner Funktion als Geschäftsführer der Y._ AG ein strafbares Verhalten vorgeworfen wird, wobei er die Y._ AG im Umfang von mindestens Fr. 175'000.-- geschädigt haben soll. Der Einwand des Beschwerdeführers ist unbegründet.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt auch im Zusammenhang mit dem Schuldspruch wegen Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung eine Verletzung des Anklagegrundsatzes. Er sei nur der scheinbaren Vermögensminderung durch Beiseiteschaffen von Vermögenswerten und damit wegen betrügerischen Konkurses nach <ref-law> angeklagt gewesen. Faktisch sei er aber wegen Anerkennen einer vorgetäuschten bzw. überhöhten Forderung und nicht wegen Beiseiteschaffen von irgendwelchen Vermögenswerten schuldig gesprochen worden.
2.2 Gemäss der Anklageschrift soll der Beschwerdeführer als Geschäftsführer der Y._ AG wissentlich nicht bestehende Forderungen anerkannt und mit der Darlehensschuld verrechnet haben. Ob es sich dabei um eine Vermögensminderung zum Schein im Sinne von <ref-law> oder ein tatsächliche Vermögensminderung im Sinne von <ref-law> handelt, ist eine Rechtsfrage. Das Gericht ist an den in der Anklage wiedergegebenen Sachverhalt gebunden, nicht aber an dessen rechtliche Würdigung durch die Anklagebehörde. Das Anklageprinzip schliesst insbesondere eine Verurteilung wegen eines gleichartigen oder geringfügigeren Delikts nicht aus (<ref-ruling> E. 2.7; <ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen). Eine Verletzung des Anklageprinzips ist auch insofern nicht auszumachen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer sieht <ref-law> verletzt. Die Vorinstanz habe verbindlich festgestellt, die Y._ AG sei per 31. Dezember 2002 überschuldet gewesen. <ref-law> schütze das Gesellschaftsvermögen. Sei im Zeitpunkt der Tathandlung kein Gesellschaftsvermögen mehr vorhanden, sei eine Schädigung der Gesellschaft nicht mehr möglich.
3.2 Der Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung ist ein Verletzungs-, nicht ein Gefährdungsdelikt. Er ist erfüllt, wenn der Täter in der Stellung eines Geschäftsführers treuwidrig eine Schutzpflicht zur Wahrung fremder Vermögensinteressen verletzt hat und es dadurch zu einer Schädigung des anvertrauten Vermögens gekommen ist. In subjektiver Hinsicht ist Vorsatz erforderlich, wobei Eventualvorsatz genügt. Ein Vermögensschaden liegt nach der Rechtsprechung vor bei tatsächlicher Schädigung durch Verminderung der Aktiven, Vermehrung der Passiven, Nicht-Verminderung der Passiven oder Nicht-Vermehrung der Aktiven und wenn das Vermögen in einem Masse gefährdet wird, dass es in seinem wirtschaftlichen Wert vermindert ist (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen).
3.3 Gemäss der Rechtsprechung kann ein und dieselbe Handlung des Geschäftsführers im Falle der Eröffnung des Konkurses über die Gesellschaft sowohl den Tatbestand von <ref-law> als auch Konkurstatbestände gemäss <ref-law> erfüllen. Diesfalls besteht unter anderem wegen der Verschiedenheit der durch die genannten Strafbestimmungen geschützten Rechtsgüter Idealkonkurrenz (<ref-ruling> E. 6; Urteil 6P.28/2006 vom 26. Juli 2006 E. 6).
3.4 Der Beschwerdeführer schädigte die Y._ AG, indem er pflichtwidrig eine nicht geschuldete Forderung akzeptierte und mit der Darlehensforderung der Y._ AG gegenüber der Z._ AG verrechnete. Wohl geht die Vorinstanz davon aus, die Y._ AG sei am 31. Dezember 2002 überschuldet gewesen, da sie Rückstellungen von Fr. 125'000.-- hätte bilden müssen. Dies kann auf den Eintritt des Vermögensschadens im Sinne von <ref-law> jedoch keinen Einfluss haben, weil es sich bei Rückstellungen um blosse Eventualverbindlichkeiten handelt.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer ficht den Schuldspruch wegen Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung an, dies mit der Begründung, er habe im Zeitpunkt der Verrechnung der Darlehensforderung der Y._ AG nicht mit einer Zwangsvollstreckung rechnen müssen.
4.2 Der Schuldner, der zum Schaden der Gläubiger sein Vermögen vermindert, indem er Vermögenswerte beschädigt, zerstört, entwertet oder unbrauchbar macht, Vermögenswerte unentgeltlich oder gegen eine Leistung mit offensichtlich geringerem Wert veräussert, ohne sachlichen Grund anfallende Rechte ausschlägt oder auf Rechte unentgeltlich verzichtet, macht sich der Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung strafbar, wenn über ihn der Konkurs eröffnet oder gegen ihn ein Verlustschein ausgestellt worden ist (<ref-law>). In subjektiver Hinsicht setzt der Tatbestand Vorsatz voraus, wobei Eventualvorsatz genügt (Art. 12 Abs. 1 und 2 StGB). Verlangt wird, dass der Täter im Bewusstsein des drohenden Vermögenszusammenbruchs handelt, d.h. sich bereits in einer bedrängten Vermögenslage befand, welche die konkrete Möglichkeit der Zwangsvollstreckung voraussehen liess (BGE 74 IV 33; Urteil 6B_415/2011 vom 13. Oktober 2011 E. 4.2).
4.3 Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft innere Tatsachen (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 3c S. 252; je mit Hinweisen), welche das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür prüft (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1). Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 5.4 mit Hinweisen). Die Rüge der Willkür muss vorgebracht und begründet werden (<ref-law>). Es gelten erhöhte Begründungsanforderungen (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
4.4 Die Vorinstanz legt dar, weshalb sie zur Überzeugung gelangt, der Beschwerdeführer habe mit der Möglichkeit gerechnet, dass es zu einem Konkurs und einer Gläubigerschädigung kommen könnte. Sie weist namentlich darauf hin, dass sich die Y._ AG per Ende 2002 in schwierigen finanziellen Verhältnissen befand und die Gesellschaft ihre operative Tätigkeit bereits Ende 2001 eingestellt und damit keine Aussicht auf die Generierung von Umsätzen mehr hatte. Der Beschwerdeführer setzt sich mit der vorinstanzlichen Begründung nur am Rande auseinander. Er bringt wie bereits vor Obergericht vor, er habe sich - im Wissen darum, dass es sich beim Urteil des Arbeitsgerichts um einen erstinstanzlichen Entscheid handelte - auf die Versicherung seines Anwalts bzw. seiner Anwälte verlassen dürfen, die Y._ AG werde schliesslich obsiegen. Damit vermag er keine Willkür darzutun. Selbst wenn er in zweiter Instanz von guten Erfolgsaussichten ausgegangen wäre bzw. hätte ausgehen dürfen, konnte er die Möglichkeit nicht ausschliessen, dass das Urteil bestätigt würde. Dass die Y._ AG für diesen Fall nicht fähig war, ihren finanziellen Verpflichtungen nachzukommen, lag auf der Hand, da der Beschwerdeführer gemäss der nicht widerlegten Feststellung der Vorinstanz faktisch im Begriff war, die Gesellschaft zu liquidieren.
4.5 Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer mit dem Einwand, ihm könne nicht vorgeworfen werden, er habe beabsichtigt, die Y._ AG in den Konkurs gehen zu lassen. Die Konkurseröffnung stellt eine objektive Strafbarkeitsbedingung dar (<ref-ruling> E. 2d mit Hinweis; Urteil 6B_415/2011 vom 13. Oktober 2011 E. 4.2). Die Tatbestandsvoraussetzungen von <ref-law> können auch erfüllt sein, wenn der Täter den Konkurs nicht wollte.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer ficht den Schuldspruch wegen Urkundenfälschung an. Falsche Bewertungen, Prognosen etc. fielen nicht unter den Tatbestand der Falschbeurkundung von <ref-law>. Bei Bewertungen bestehe zumindest ein Ermessensspielraum. Sowohl beim tatsächlichen Wert des Warenlagers als auch bei der Rechnungsabgrenzung (transitorische Aktiven) und beim Rückstellungsbedarf handle es sich um Ermessensentscheide, die er im damaligen Zeitpunkt noch so habe treffen dürfen. Als gelernter Maurer habe er sich auf die Beurteilung seiner Anwälte verlassen. Sei die Y._ AG per 31. Dezember 2002 nicht überschuldet gewesen, da er nicht verpflichtet gewesen sei, Rückstellungen von Fr. 120'000.-- für die Prozesse A._ und B._ zu bilanzieren, falle auch die von der Vorinstanz aufgeführte Begründung des subjektiven Tatbestands in sich zusammen. Unabhängig davon stelle die blosse Verhinderung der Benachrichtigung des Konkursrichters noch keine ausreichend formulierte und nachgewiesene Benachteiligungs- oder Vorteilsabsicht im Sinne von <ref-law> dar. Sei eine Gesellschaft überschuldet und versäume es ein Pflichtiger, deswegen den Richter anzurufen, so begehe er zwar eine Pflichtverletzung, mehr aber nicht. Die Anklage werfe ihm vor, er habe den Wert der Y._ AG in der Bilanz der Z._ AG in Schritten abschreiben wollen. Die Vorinstanz habe zutreffend festgehalten, dass darin keine unrechtmässige Vorteilsabsicht gesehen werden könne.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer ficht den Schuldspruch wegen Urkundenfälschung an. Falsche Bewertungen, Prognosen etc. fielen nicht unter den Tatbestand der Falschbeurkundung von <ref-law>. Bei Bewertungen bestehe zumindest ein Ermessensspielraum. Sowohl beim tatsächlichen Wert des Warenlagers als auch bei der Rechnungsabgrenzung (transitorische Aktiven) und beim Rückstellungsbedarf handle es sich um Ermessensentscheide, die er im damaligen Zeitpunkt noch so habe treffen dürfen. Als gelernter Maurer habe er sich auf die Beurteilung seiner Anwälte verlassen. Sei die Y._ AG per 31. Dezember 2002 nicht überschuldet gewesen, da er nicht verpflichtet gewesen sei, Rückstellungen von Fr. 120'000.-- für die Prozesse A._ und B._ zu bilanzieren, falle auch die von der Vorinstanz aufgeführte Begründung des subjektiven Tatbestands in sich zusammen. Unabhängig davon stelle die blosse Verhinderung der Benachrichtigung des Konkursrichters noch keine ausreichend formulierte und nachgewiesene Benachteiligungs- oder Vorteilsabsicht im Sinne von <ref-law> dar. Sei eine Gesellschaft überschuldet und versäume es ein Pflichtiger, deswegen den Richter anzurufen, so begehe er zwar eine Pflichtverletzung, mehr aber nicht. Die Anklage werfe ihm vor, er habe den Wert der Y._ AG in der Bilanz der Z._ AG in Schritten abschreiben wollen. Die Vorinstanz habe zutreffend festgehalten, dass darin keine unrechtmässige Vorteilsabsicht gesehen werden könne.
5.2 5.2.1 Der Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> macht sich strafbar, wer in der Absicht, jemanden am Vermögen oder an andern Rechten zu schädigen oder sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen (Abs. 1), eine Urkunde fälscht oder verfälscht, die echte Unterschrift oder das echte Handzeichen eines andern zur Herstellung einer unechten Urkunde benützt oder eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkundet oder beurkunden lässt (Abs. 2) oder eine Urkunde dieser Art zur Täuschung gebraucht (Abs. 3).
5.2.2 Die Urkundenfälschung im engeren Sinne erfasst das Herstellen einer unechten Urkunde. Eine Urkunde ist unecht, wenn deren wirklicher Urheber nicht mit dem aus ihr ersichtlichen Aussteller übereinstimmt bzw. wenn sie den Anschein erweckt, sie rühre von einem anderen als ihrem tatsächlichen Urheber her (<ref-ruling>67 E. 2.3.1 mit Hinweisen). Eine Falschbeurkundung begeht demgegenüber insbesondere, wer eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkundet oder beurkunden lässt, in der Absicht, jemanden am Vermögen oder an andern Rechten zu schädigen oder sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen. Die Falschbeurkundung betrifft die Errichtung einer echten, aber unwahren Urkunde, bei der der wirkliche und der in der Urkunde enthaltene Sachverhalt nicht übereinstimmen. Die Falschbeurkundung erfordert eine qualifizierte schriftliche Lüge. Eine solche wird nur angenommen, wenn der Urkunde eine erhöhte Glaubwürdigkeit zukommt und der Adressat ihr daher ein besonderes Vertrauen entgegenbringt. Das ist der Fall, wenn allgemeingültige objektive Garantien die Wahrheit der Erklärung gegenüber Dritten gewährleisten, die gerade den Inhalt bestimmter Schriftstücke näher festlegen. Blosse Erfahrungsregeln hinsichtlich der Glaubwürdigkeit irgendwelcher schriftlicher Äusserungen genügen dagegen nicht, mögen sie auch zur Folge haben, dass sich der Geschäftsverkehr in gewissem Umfang auf die entsprechenden Angaben verlässt (<ref-ruling> E. 8.1; <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen).
5.2.3 Die kaufmännische Buchführung und ihre Bestandteile (Belege, Bücher, Buchhaltungsauszüge über Einzelkonten, Bilanzen oder Erfolgsrechnungen) sind kraft Gesetzes (<ref-law>) bestimmt und geeignet, Tatsachen von rechtlich erheblicher Bedeutung zu beweisen (<ref-ruling> E. 8.1; <ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweisen). Die Buchhaltung muss ein genaues und vollständiges Bild der tatsächlichen wirtschaftlichen Lage vermitteln. Dabei hat die Bilanz die Vermögensverhältnisse eines Unternehmens auf einen bestimmten Stichtag hin korrekt auszuweisen. Eine falsche Buchung erfüllt den Tatbestand der Falschbeurkundung, wenn sie ein falsches Gesamtbild der Buchführung zeichnet und dabei Buchungsvorschriften und -grundsätze verletzt, die errichtet worden sind, um die Wahrheit der Erklärung und damit die erhöhte Glaubwürdigkeit der Buchführung zu gewährleisten. Blosse Verstösse gegen zivilrechtliche Buchungsvorschriften genügen jedoch nicht. Solche Grundsätze werden namentlich in den gesetzlichen Bestimmungen über die ordnungsgemässe Rechnungslegung des Aktienrechts in <ref-law> und in den Bilanzvorschriften in <ref-law> aufgestellt, die den Inhalt bestimmter Schriftstücke näher festlegen (<ref-ruling> E. 8.1; <ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen).
5.2.4 Die Buchhaltung hat gemäss ihrer Zielsetzung (<ref-law>) die der tatsächlichen wirtschaftlichen Lage entsprechende Vermögenssituation wiederzugeben. Sie muss deshalb nicht nur formell, sondern auch materiell richtig sein (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling>; MARKUS BOOG, Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 54 zu <ref-law> mit Hinweisen). Die Buchführung beruht, namentlich bei der Bewertung von Aktiven und Passiven, oftmals auf Ermessensentscheiden. Die Bilanz ist unwahr, wenn die Vermögens- und Ertragslage günstiger als in Wirklichkeit dargestellt wird, so wenn Aktiven klarerweise überbewertet oder Passiven eindeutig unterbewertet werden, d.h. die Bewertung ausserhalb des Ermessensspielraums liegt (BOOG, a.a.O., N. 54 zu <ref-law> mit Hinweisen; vgl. auch Urteil 6B_453/2011 vom 20. Dezember 2011 E. 5.6 mit Hinweisen). Die Jahresrechnung ist auch falsch, wenn Eventualverpflichtungen in Verletzung von <ref-law> im Anhang zur Bilanz nicht ausgewiesen werden (vgl. <ref-ruling> E. 8; Urteil 6P.39/2005 vom 1. Oktober 2005 E. 4).
5.2.4 Die Buchhaltung hat gemäss ihrer Zielsetzung (<ref-law>) die der tatsächlichen wirtschaftlichen Lage entsprechende Vermögenssituation wiederzugeben. Sie muss deshalb nicht nur formell, sondern auch materiell richtig sein (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling>; MARKUS BOOG, Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 54 zu <ref-law> mit Hinweisen). Die Buchführung beruht, namentlich bei der Bewertung von Aktiven und Passiven, oftmals auf Ermessensentscheiden. Die Bilanz ist unwahr, wenn die Vermögens- und Ertragslage günstiger als in Wirklichkeit dargestellt wird, so wenn Aktiven klarerweise überbewertet oder Passiven eindeutig unterbewertet werden, d.h. die Bewertung ausserhalb des Ermessensspielraums liegt (BOOG, a.a.O., N. 54 zu <ref-law> mit Hinweisen; vgl. auch Urteil 6B_453/2011 vom 20. Dezember 2011 E. 5.6 mit Hinweisen). Die Jahresrechnung ist auch falsch, wenn Eventualverpflichtungen in Verletzung von <ref-law> im Anhang zur Bilanz nicht ausgewiesen werden (vgl. <ref-ruling> E. 8; Urteil 6P.39/2005 vom 1. Oktober 2005 E. 4).
5.3 5.3.1 In subjektiver Hinsicht erfordert der Tatbestand der Urkundenfälschung Vorsatz bezüglich aller objektiver Tatbestandselemente, wobei Eventualvorsatz genügt (Art. 12 Abs. 1 und 2 StGB). Verlangt wird zudem, dass der Täter in der Absicht handelt, jemanden am Vermögen oder an anderen Rechten zu schädigen oder sich oder einem anderen einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen. Der Täter muss die Urkunde im Rechtsverkehr als wahr verwenden (lassen) wollen, was eine Täuschungsabsicht voraussetzt. Der erstrebte Vorteil bzw. die Schädigung muss sich gerade aus dem Gebrauch der unechten bzw. unwahren Urkunde ergeben (<ref-ruling> E. 2.2; Urteil 6P.51/2005 vom 30. November 2005 E. 4.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Dass eine Person tatsächlich getäuscht wird, ist nicht erforderlich (<ref-ruling> E. 4).
5.3.2 Bei der Schädigungsabsicht muss sich die angestrebte Benachteiligung gegen fremdes Vermögen oder andere fremde Rechte richten. Die Vorteilsabsicht umfasst nicht bloss vermögensrechtliche Vorteile, sondern jegliche Besserstellung. <ref-law> schützt eine heterogene Vielzahl von möglicherweise betroffenen Rechtspositionen und Geschäftsverkehrsinteressen, welche im Einzelnen nicht konkretisiert werden müssen und auch regelmässig im Voraus nicht näher konkretisiert werden können (<ref-ruling> E. 3.5; Urteil 6B_183/2009 vom 14. Juli 2009 E. 4.4.2; je mit Hinweisen).
5.3.2 Bei der Schädigungsabsicht muss sich die angestrebte Benachteiligung gegen fremdes Vermögen oder andere fremde Rechte richten. Die Vorteilsabsicht umfasst nicht bloss vermögensrechtliche Vorteile, sondern jegliche Besserstellung. <ref-law> schützt eine heterogene Vielzahl von möglicherweise betroffenen Rechtspositionen und Geschäftsverkehrsinteressen, welche im Einzelnen nicht konkretisiert werden müssen und auch regelmässig im Voraus nicht näher konkretisiert werden können (<ref-ruling> E. 3.5; Urteil 6B_183/2009 vom 14. Juli 2009 E. 4.4.2; je mit Hinweisen).
5.4 5.4.1 Die Vorinstanz geht davon aus, der Beschwerdeführer habe nicht bloss das ihm zustehende Ermessen ausgeschöpft, sondern es sei ihm im Gegenteil darum gegangen, durch bewusste Manipulation der Buchhaltung die finanziellen Verhältnisse der Y._ AG in einem besseren Lichte erscheinen zu lassen. Die Bilanz der Y._ AG per 31. Dezember 2002 war insofern falsch, als die Gesellschaft zu diesem Zeitpunkt in Wirklichkeit über kein Warenlager mehr verfügte. Auch den transitorischen Aktiven von Fr. 163'000.-- stand offensichtlich kein entsprechender Wert gegenüber, da gemäss der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung für die weitgehend inaktive Y._ AG in den Jahren 2003 und 2004 keine Auslagen in dieser Höhe anfallen sollten. Die verbuchten transitorischen Aktiven waren daher, wie die Vorinstanz willkürfrei feststellt (S. 39), jedenfalls nicht im vollen Umfang wirtschaftlich bzw. geschäftsmässig begründet. Zutreffend ist, dass es nicht darum gehen kann, den Buchführenden aus retrospektiver Sicht den Vorwurf zu machen, diese oder jene Position hätte mit Blick auf die Entwicklung anders bewertet werden müssen. Werden tatsächlich nicht existierende oder geschäftsmässig offensichtlich nicht begründete Vermögenspositionen bilanziert in der Absicht, die Gesellschaft besser dastehen zu lassen, können sich jene allerdings nicht darauf berufen, sie hätten lediglich ihr Ermessen ausgeschöpft.
5.4.2 Abschreibungen, Wertberichtigungen und Rückstellungen müssen gemäss <ref-law> vorgenommen werden, soweit sie nach allgemein anerkannten kaufmännischen Grundsätzen notwendig sind (Satz 1). Rückstellungen sind insbesondere zu bilden, um ungewisse Verpflichtungen und drohende Verluste aus schwebenden Geschäften zu decken (Satz 2). <ref-law> bezweckt, dass bei der Bilanzierung diejenigen Korrekturen vorgenommen werden, die erforderlich sind, um eine korrekte und dem Vorsichtsprinzip Rechnung tragende Darstellung der finanziellen Lage der Gesellschaft sicherzustellen. Die Bestimmung gilt für alle künftig erwarteten oder zumindest befürchteten Verbindlichkeiten, deren Eintritt, Höhe oder Fälligkeitstermin ungewiss ist. Beim konkreten Entscheid darüber, ob und in welcher Höhe Rückstellungen getätigt werden müssen, verfügt die Unternehmensleitung als Folge der Ungewissheit der Verbindlichkeiten über einen gewissen Ermessensspielraum. Sie hat ihr Ermessen aber stets pflichtgemäss, das heisst nach kaufmännischen Grundsätzen auszuüben (Urteil 4C.192/2004 vom 11. August 2004 E. 2.4 mit Hinweisen). Das Gesetz äussert sich nicht dazu, ab welcher Wahrscheinlichkeit für sowohl im Eintreffen als auch in der Höhe noch ungewisse künftige Mittelabflüsse Rückstellungen gebildet werden müssen. Im Schrifttum wird mit Hinweis auf die International Financial Reporting Standards (IFRS) teilweise die Auffassung vertreten, bei einer unter 50% liegenden Wahrscheinlichkeit müssten nicht zwingend Rückstellungen verbucht werden und es könne genügen, wenn die Eventualverbindlichkeit (erfolgsneutral) im Anhang vermerkt werde. Nach einer anderen Lehrmeinung kann auch bei einer Wahrscheinlichkeit unter 50% Bedarf für Rückstellungen bestehen, wobei der geschätzten Eintreffenswahrscheinlichkeit bei der Höhe der Rückstellung Rechnung zu tragen ist (vgl. dazu PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, S. 1079 f. mit Hinweisen auf die Lehre sowie die International Accounting Standards [IAS] 37; zur Berücksichtigung der IFRS-Normen zudem <ref-ruling> E. 3.2-3.4). Nach der Rechtsprechung können gestützt auf <ref-law> Rückstellungen (in der Höhe eines Teilbetrags des schlimmstmöglichen Ausgangs) unter Umständen bereits bei einer Wahrscheinlichkeit von 50% oder darunter angebracht sein (Urteil 4A_277/2010 vom 2. September 2010 E. 2.1).
Die pflichtwidrige Unterlassung der Verbuchung von Eventualverpflichtungen erfüllt gemäss der Rechtsprechung den Tatbestand der Falschbeurkundung, soweit die Jahresrechnung ein besseres Bild als in Wirklichkeit zeigt (<ref-ruling> E. 8).
5.4.3 Weder das Bezirksgericht noch das Obergericht setzten sich vertiefter mit den Anforderungen an die Bilanzierung von Rückstellungen auseinander. Das Bezirksgericht geht davon aus, die Verbuchung von Rückstellungen sei nach dem erstinstanzlichen Urteil des Arbeitsgerichts erforderlich gewesen, wenn die Gewinnchancen vor Obergericht nicht 100% betrugen (erstinstanzliches Urteil S. 37 f.). Die Vorinstanz weist ohne nähere Begründung darauf hin, der Beschwerdeführer habe spätestens nach dem erstinstanzlichen Urteil mit einem Unterliegen der Y._ AG in einer höheren Instanz "rechnen" müssen. Er hätte daher Rückstellungen in der Höhe von Fr. 125'000.-- bilden müssen, da nebst den Forderungen (einschliesslich Zinsen) und Prozessentschädigungen auch die eigenen Anwaltskosten zu berücksichtigen gewesen seien (Urteil S. 41).
Ob dem Beschwerdeführer strafrechtlich zum Vorwurf gemacht werden kann, er hätte nach dem erstinstanzlichen Urteil Rückstellungen von Fr. 125'000.-- bilanzieren müssen, könnte in Zweifel gezogen werden. Immerhin anerkannte sein damaliger Anwalt, dass er seinem Klienten gegenüber von einem krassen Fehlurteil sprach (kant. Akten, Urk. 10/4 S. 5). Entscheidend ist allerdings nicht, dass der Beschwerdeführer keine Rückstellungen in der Höhe der vom Arbeitsgericht zugesprochenen Beträge (inklusive Zinsen und Anwaltskosten) bildete, sondern dass die erstinstanzlich bereits anerkannten Forderungen der ehemaligen Arbeitnehmer weder als (Teil-)Rückstellung in der Bilanz noch als Eventualverbindlichkeit im Anhang Eingang in die Jahresrechnung fanden und damit gänzlich unerwähnt blieben. Die Buchhaltung der Y._ AG war auch in dieser Hinsicht falsch.
Ob dem Beschwerdeführer strafrechtlich zum Vorwurf gemacht werden kann, er hätte nach dem erstinstanzlichen Urteil Rückstellungen von Fr. 125'000.-- bilanzieren müssen, könnte in Zweifel gezogen werden. Immerhin anerkannte sein damaliger Anwalt, dass er seinem Klienten gegenüber von einem krassen Fehlurteil sprach (kant. Akten, Urk. 10/4 S. 5). Entscheidend ist allerdings nicht, dass der Beschwerdeführer keine Rückstellungen in der Höhe der vom Arbeitsgericht zugesprochenen Beträge (inklusive Zinsen und Anwaltskosten) bildete, sondern dass die erstinstanzlich bereits anerkannten Forderungen der ehemaligen Arbeitnehmer weder als (Teil-)Rückstellung in der Bilanz noch als Eventualverbindlichkeit im Anhang Eingang in die Jahresrechnung fanden und damit gänzlich unerwähnt blieben. Die Buchhaltung der Y._ AG war auch in dieser Hinsicht falsch.
5.5 5.5.1 In subjektiver Hinsicht handelte der Beschwerdeführer mit Vorsatz und Täuschungsabsicht, da er wusste, dass die Buchhaltung falsch war, und deren Verwendung im Verkehr mit Dritten in Kauf nahm.
5.5.2 Die Vorinstanz bejaht auch die Vorteilsabsicht, da der Beschwerdeführer die Absicht gehabt habe, die finanzielle Situation der Y._ AG zu beschönigen, insbesondere per Ende 2002 keine Überschuldung auszuweisen, und damit den Gang zum Richter zu verhindern. Sie weist darauf hin, dass anlässlich einer Verwaltungsratssitzung der Z._ AG vom 28. August 2002 auch Bilanzprobleme im Zusammenhang mit einer Stilllegung der Y._ AG erwähnt wurden (Urteil E. 4.5 S. 43 f.). Anders als das Bezirksgericht (erstinstanzliches Urteil S. 41) und die Anklage, welche dem Beschwerdeführer vorwerfen, er habe auch in der Absicht gehandelt, den Wert der Y._ AG in der Bilanz der Z._ AG in Schritten abschreiben zu können, sieht sie darin jedoch keine Vorteilsabsicht.
Fraglich ist zwar, ob dem Beschwerdeführer vorgeworfen werden kann, er hätte bei richtiger Bilanzierung bereits Ende 2002 bzw. Anfang 2003 den Konkursrichter informieren müssen, wenn man berücksichtigt, dass die Vorinstanz die Verbuchung der transitorischen Aktiven nicht grundsätzlich, sondern lediglich in ihrer Höhe beanstandet, und dem Beschwerdeführer möglicherweise auch bei der Bildung der Rückstellungen ein gewisser Ermessensspielraum eingeräumt werden muss. Selbst wenn man per Ende 2002 eine Überschuldung knapp verneinen würde, ändert dies jedoch nichts daran, dass der Beschwerdeführer die Vermögensverhältnisse der Y._ AG, welche er im Begriff war zu liquidieren (teilweise unter Verletzung seiner Pflichten als Geschäftsführer, vgl. oben E. 3), wissentlich in einem massiv besseren Lichte präsentierte. Wird die Vermögens- und Ertragslage einer Gesellschaft in Missachtung von handelsrechtlichen Grundsätzen bewusst günstiger als in Wirklichkeit dargestellt, erhoffen sich die Betroffenen damit in der Regel einen Vorteil. Eine Vorteilsabsicht ist nach der Rechtsprechung zu bejahen, wenn der Täter mit der Urkundenfälschung eine Straftat verheimlichen möchte (<ref-ruling> E. 2d), sich seiner Verantwortlichkeit als Folge einer Pflichtverletzung entziehen will (<ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 7) oder Zeit zu sparen und den Zeitpunkt der Erteilung einer Aufenthalts- und Arbeitsbewilligung zu beeinflussen beabsichtigt (<ref-ruling> E. 2.2). Entsprechend kann der Vorteil auch in der Hinauszögerung der Konkurserklärung oder der Umgehung von Bilanzproblemen bei der Muttergesellschaft liegen. Aufgrund der massiven Beschönigung der Bilanz durfte die Vorinstanz als erstellt annehmen, dass sich der Beschwerdeführer damit einen unrechtmässigen Vorteil erhoffte, zumal die Y._ AG jedenfalls nahe einer Überschuldung war, während sie in der Bilanz der Z._ AG per Ende 2002 noch mit einem Wert von Fr. 1,5 Mio. (Urteil S. 42) eingesetzt wurde. Unter diesen Umständen dürfen an die Konkretisierung der Vorteilsabsicht keine allzu hohen Anforderungen gestellt werden.
5.6 Der Schuldspruch wegen Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> verletzt kein Bundesrecht.
5.7 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist das Unterlassen der Überschuldungsanzeige im Sinne von <ref-law> nicht schlechthin straflos. Das Verhalten kann nach der Rechtsprechung vielmehr unter den Tatbestand der Misswirtschaft von <ref-law> fallen (vgl. Urteile 6B_492/2009 vom 18. Januar 2010 E. 2; 6S.1/2006 vom 21. März 2006 E. 8). Danach macht sich unter anderem strafbar, wer als Schuldner durch Misswirtschaft, namentlich durch arge Nachlässigkeit in der Berufsausübung oder Vermögensverwaltung, seine Überschuldung verschlimmert, seine Zahlungsunfähigkeit herbeiführt oder im Bewusstsein seiner Zahlungsunfähigkeit seine Vermögenslage verschlimmert, sofern über ihn der Konkurs eröffnet oder gegen ihn ein Verlustschein ausgestellt worden ist (<ref-law>). Dies wird dem Beschwerdeführer nicht vorgeworfen.
6. Die Aufhebung des angefochtenen Urteils im Zivilpunkt begründet der Beschwerdeführer nicht bzw. nur mit den beantragten Freisprüchen (Beschwerde S. 13). Da es bei den Schuldsprüchen bleibt, ist darauf nicht weiter einzugehen.
7. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).
Die Beschwerdegegner 2 und 3 wurden nicht zur Stellungnahme aufgefordert. Es sind ihnen im bundesgerichtlichen Verfahren keine Kosten erwachsen und daher keine Parteientschädigungen zuzusprechen.
Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wird mit dem Entscheid in der Sache gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. April 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld