Sachverhalt:
A. A.a Der 1961 geborene B._ arbeitete seit 13. März 1991 bis 31. März 2001 als Gipser/Handlanger bei der Firma Y._ und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 19. Dezember 1998 erlitt er bei einem Autounfall eine Commotio cerebri, Schnittwunden sowie Kontusionen des Thorax beidseits und der linken Hand. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Am 8. Dezember 2000 und 31. März 2001 erlitt der Versicherte mit seinem Auto Auffahrkollisionen. Seit 3. April 2001 war er zu 100 % als Gipser bei der Firma X._ angestellt und wiederum bei der SUVA obligatorisch unfallversichert. Am 1. November 2001 stürzte er von einer Leiter, wobei er sich Kontusionen der Lendenwirbelsäule (LWS) sowie des rechten Knies mit Bursitis präpatellaris rechts zuzog. Im Kreisspital F._ wurde am 10. Dezember 2001 eine Bursektomie präpatellaris am rechten Knie und am 15. Dezember 2001 eine Hämatomausräumung im Bursektomie-Bereich am rechten Knie vorgenommen. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Vom 26. Juni bis 7. August 2002 war der Versicherte in der Rehaklinik A._ hospitalisiert. Die SUVA holte diverse Arztberichte ein. Mit Verfügung vom 10. September 2004 sprach sie dem Versicherten für die Folgen des Unfalls vom 19. Dezember 1998 ab 1. August 2004 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 53 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 45 % zu. Die hiegegen erhobene Einsprache wies sie mit Entscheid vom 21. Februar 2005 ab.
A.b Die IV-Stelle des Kantons Zürich sprach dem Versicherten mit Verfügung vom 16. Juni 2005 ab 1. November 2002 eine halbe Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 53 % zu. Die hiegegen erhobene Einsprache wies sie mit Entscheid vom 21. November 2005 ab. Die dagegen eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Mai 2007 ab. Diese Sache ist Gegenstand des beim Bundesgericht hängigen Verfahrens 8C_456/2007.
B. Die gegen den Einspracheentscheid der SUVA vom 21. Februar 2005 eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich nach Beizug der IV-Akten mit Entscheid vom 30. Mai 2007 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm eine ganze Unfallrente entsprechend einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit sowie eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 80 % zuzusprechen; eventuell sei die Sache zur weiteren medizinischen Abklärung inkl. psychiatrischer Beurteilung zurückzuweisen und ein Obergutachten einzuholen. Ferner verlangt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.
Die SUVA schliesst auf Beschwerdeabweisung, während das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG). Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (<ref-law>).
2. 2.1 Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung im Allgemeinen (<ref-law>), den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>) und auf eine Integritätsentschädigung (<ref-law>, vgl. auch <ref-law> sowie <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 f. S. 226 f., 124 V 29 E. 1 S. 31 f., 115 V 147, 113 V 218 E. 4b S. 221; RKUV 2004 UV Nr. 514 S. 415 E. 5.1, U 134/03, 1998 Nr. U 296 S. 235, 1997 Nr. U 278 S. 207 E. 2a, 1989 Nr. U 78 S. 357 E. 2), die Invalidität (<ref-law>) und die Invaliditätsbemessung nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt zu den Begriffen des Rückfalls und der Spätfolge (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4b S. 457, 118 V 293 E. 2c S. 296; SVR 2003 UV Nr. 14 S. 42 E. 4, U 86/02; RKUV 1994 Nr. U 206 S. 326 E. 2). Richtig wiedergegeben hat die Vorinstanz auch die Rechtsprechung zum Begriff des ausgeglichenen Arbeitsmarktes (<ref-ruling> E. 4b S. 276; ZAK 1991 S. 318 E. 3b, 1989 S. 319 E. 4a; Urteile U 425/00 vom 29. Januar 2003, E. 4.4, und I 680/00 vom 21. Dezember 2001, E. 4), zur Ermittlung des ohne Invalidität erzielbaren Einkommens (Valideneinkommen; <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 224 mit Hinweis), zur Bestimmung des trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch erzielbaren Einkommens (Invalideneinkommen) nach den vom Bundesamt für Statistik in der Lohnstrukturerhebung (LSE) ermittelten Tabellenlöhnen und der von diesen zulässigen Abzüge (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 und E. 4.2.3 S. 481) sowie zum Beweiswert eines Arztberichts (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232, 125 V 351 E. 3 S. 352 ff.; SVR 2007 UV Nr. 33 S. 111 E. 4.2, U 571/06). Darauf wird verwiesen.
2.2 Zu ergänzen ist, dass die im ATSG enthaltenen Formulierungen der Arbeitsunfähigkeit (Art. 6), der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7), der Invalidität (Art. 8) sowie der Einkommensvergleichsmethode (Art. 16) den bisherigen von der Rechtsprechung dazu entwickelten Begriffen in der Invalidenversicherung entsprechen. Keine materiellrechtliche Änderung beinhaltet auch der redaktionell neu gefasste Unfallbegriff des <ref-law> (<ref-ruling> ff.; RKUV 2004 Nr. U 529 S. 572, U 192/03, und Nr. U 530 S. 576, U 123/04). Gleiches gilt bezüglich des unfallversicherungsrechtlichen Begriffs des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhanges sowie dessen Bedeutung als Voraussetzung für die Leistungspflicht der obligatorischen Unfallversicherung (<ref-ruling> E. 2.2 S. 112; Urteil U 459/05 vom 16. Oktober 2006, E. 1.3). Die am 1. Januar 2004 in Kraft getretene Neuerung - die ausdrückliche Anerkennung psychischer Integritätsschäden in <ref-law> und Art. 36 Abs. 1 und 3 UVV sowie in Anhang 3 zur UVV - entspricht bisheriger Rechtslage (<ref-ruling> ff.; RKUV 2000 Nr. U 381 S. 251, U 172/99; Urteil 8C_319/2007 vom 6. Mai 2008, E. 2.2).
Das Bundesgericht hat jüngst die so genannte Schleudertrauma-Praxis hinsichtlich der Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung und der Kriterien, welche abhängig von der Unfallschwere gegebenenfalls in die Adäquanzbeurteilung einzubeziehen sind, teilweise modifiziert (<ref-ruling> E. 9 und 10 S. 121 ff.). Die bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall geltenden Grundsätze liess das Bundesgericht hingegen unverändert bestehen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116; vgl. auch Urteil 8C_33/2008 vom 20. August 2008, E. 2).
3. Umstritten und zu prüfen ist die Einschränkung der Arbeitsfähigkeit und der Integrität des Versicherten in Folge der Unfälle vom 19. Dezember 1998 und 1. November 2001.
3.1 Vom 26. Juni bis 7. August 2002 weilte der Versicherte in der Rehaklinik A._, wo er neurologisch, neuropsychologisch, logopädisch, neurootologisch und orthopädisch abgeklärt wurde. Im Austrittsbericht vom 28. August 2002 wurden folgende Diagnosen gestellt: 1. Chronisches lumbovertebrales Schmerzsyndrom mit bewegungs- und belastungsabhängigen lumbosakralen Beschwerden seit 1998 bestehend, seit dem Unfall vom 1. November 2001 zunehmend, mässiggradig schmerzhaft eingeschränkter LWS-Beweglichkeit, vorwiegend Aufrichtschmerz, ohne Anhaltspunkte für radikuläre Reiz- oder Ausfallsymptomatik bei Status nach Leitersturz am 1. November 2001 mit unter anderem LWS-Kontusion, 2. Mittelschwere Störung mit kognitiven Defiziten und Verdacht auf eine Persönlichkeitsveränderung nach traumatischer Hirnverletzung, 3. Verdacht auf peripher-vestibuläre Funktionsstörung rechts, 4. Vorbestehende, laut Angaben des Versicherten seit dem Unfall vom 19. Dezember 1998 verstärkte Stotterstörung und 5. Belastungs- und bewegungsabhängige Restschmerzsymptomatik peripatellär sowie leichtgradig schmerzhaft eingeschränkte Knieflexion rechts bei Status nach Kniekontusion rechts mit Bursitis präpatellaris am 1. November 2001, Bursektomie sowie Hämatomausräumung im Bursektomiebereich im Dezember 2001. Die Tätigkeit als Gipser sei dem Versicherten in Folge des Unfalls vom 19. Dezember 1998 in Anbetracht der aktuell noch bestehenden Behinderungen und Fähigkeitsstörungen nicht mehr in vollem Ausmass zumutbar. Von Seiten des Unfalls vom 1. November 2001 sei keine richtunggebende Verschlimmerung des Vorzustandes im LWS-Bereich eingetreten. Medizinisch-theoretisch seien dem Versicherten auch in Zukunft nur noch leichte bis höchstens mittelschwere wechselbelastende Tätigkeiten ohne erhöhte Absturzgefährdung und ohne erhöhte konzentrative Anforderungen zeitlich zweimal drei Stunden täglich zumutbar.
3.2 Dr. med. G._, Facharzt FMH für Ohren-, Nasen- und Halskrankheiten, Hals- und Gesichtschirurgie, Allergologie, klinische Immunologie und Arbeitsmedizin, SUVA Abteilung Arbeitsmedizin, führte im Bericht vom 19. Mai 2003 aufgrund der Untersuchung des Versicherten vom 13. Mai 2003 aus, es bestehe eine leichte objektivierbare zentral-vestibuläre Funktionsstörung, die gestützt auf Tabelle 14 einem Integritätsschaden von 10 % entspreche; diese Störung sei wahrscheinlich durch den Unfall vom 19. Dezember 1998 verursacht worden. Durch eine weitere medizinische Behandlung sei keine erhebliche Besserung dieser Funktionsstörung zu erwarten. Im Gegensatz zur Voruntersuchung vom 30. Juli 2002 hätten sich die neurootologischen Untersuchungsresultate anlässlich der aktuellen Untersuchung weitgehend normalisiert. Das tendenzielle Richtungsüberwiegen nach rechts bei den Reaktionsantworten sowohl bei der kategorischen Spülung als auch im Drehpendelstuhl sei mit Wahrscheinlichkeit vereinbar mit Status nach traumatischer Hirnverletzung am 19. Dezember 1998. Aufgrund der anamnestischen Angaben dürften die gegenwärtigen Schwindelbeschwerden am ehesten in kausalem Zusammenhang mit einer otostatischen Blutdruckregulationsstörung stehen. Die unfallbedingten Schwindelbeschwerden seien gegenwärtig von untergeordneter Bedeutung und bedürften keiner weiteren therapeutischen Massnahmen. Der Verdacht auf eine peripher-vestibuläre Funktionsstörung rechts habe aufgrund der heutigen neurootologischen Kontrolluntersuchung nicht bestätigt werden können. Was die Arbeitsfähigkeit betreffe, sei der Versicherte rein aus ORL-ärztlicher Sicht ganztags voll arbeitsfähig, ausser für Arbeiten mit erhöhter Absturzgefahr bzw. auf ungesicherten Gerüsten oder an schnell rotierenden Maschinen.
3.3 Dr. med. P._, Facharzt FMH für Chirurgie, SUVA Versicherungsmedizin, verwies im Akten-Bericht vom 22. Mai 2003 bezüglich Befunde, Diagnosen und Zumutbarkeit auf den Bericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002. Dem habe er nichts hinzuzufügen. Invalidisierend seien einzig die Folgen des Unfalls vom 19. Dezember 1998. Von weiteren Behandlungen könne keine wesentliche Besserung mehr erwartet werden. Am Bewegungsapparat sei kein dauernder und erheblicher Integritätsschaden objektivierbar. Zur neuropsychologischen Problematik könne er sich mangels Fachkompetenz nicht äussern.
3.4 Dr. med. C._, Facharzt FMH für Neurologie, SUVA Versicherungsmedizin, legte im Akten-Bericht vom 18. Juli 2003 dar, inwieweit die massgebenden Sprachkenntnisse sowie das niedrige Schulbildungsniveau des Versicherten sich auf die festgestellten unspezifischen neuropsychologischen Defizite auswirkten, lasse sich nicht abschätzen. Ob es in der Zwischenzeit zu einer Besserung der festgestellten neuropsychologischen Defizite gekommen sei, sei ebenfalls nicht bekannt. Deswegen schlage er die Durchführung einer SUVA-unabhängigen neuropsychologischen Verlaufskontrolle vor. Nach Vorliegen dieser Evaluation seien ihm die Akten vorzulegen.
3.5 Der Neuropsychologe Dr. phil. O._, der den Versicherten im Auftrag der SUVA am 2. März 2004 untersucht hatte, diagnostizierte im Bericht vom 8. März 2004 eine wahrscheinlich leichte bis mittelschwere neuropsychologische Funktionsstörung mit Belastbarkeitsminderung bei Status nach Schädelhirntrauma am 19. Dezember 1998. Im Vergleich zum Vorbefund (Juli 2002) zeige sich heute ein verbessertes Leistungsvermögen, insbesondere im Bereich der Aufmerksamkeit und der Gedächtnisfunktionen sowie der kognitiven Belastbarkeit (heute seien mehr Aufgaben durchführbar). Unverändert seien die Einschränkungen bezüglich intellektueller Umstellfähigkeit, des konzeptuellen Denkens und des Stotterns. In der verkehrspsychologischen Abklärung vom August 2003 sei die Fahreignung des Versicherten aufgrund kognitiver Defizite verneint worden. Es bestünden Hinweise auf eine leichte Persönlichkeitsveränderung. In prognostischer Hinsicht ergäben sich betreffend die neuropsychologische Seite wahrscheinlich keine wesentlichen Veränderungen mehr (ausser allenfalls leichte Stabilisierung des Konzentrationsvermögens bei verbesserter Schmerzsymptomatik). Eine neuropsychologische Therapie sei nicht indiziert bzw. würde bei gegebenen Voraussetzungen kaum eine wesentliche Veränderung bewirken können. Aus therapeutischer Sicht wäre eine regelmässige Tagesstruktur mit einer leichten beruflichen Beschäftigung sinnvoll und nützlich (Abklärung/Tätigkeit in einer geschützten Werkstätte, vorerst mit stunden- oder halbtageweiser Belastung; Möglichkeiten wären durch die IV [Invalidenversicherung] abzuklären).
3.6 In der Akten-Stellungnahme vom 10. Mai 2004 legte Dr. med. W._, Facharzt FMH für Neurochirurgie, Executive MBA HSG, SUVA Versicherungsmedizin, dar, gemäss dem Bericht des Dr. phil. O._ vom 8. März 2004 liege eine leichte bis mittelschwere neuropsychologische Funktionsstörung mit Belastbarkeitsminderung vor. Nach Tabelle 8 Abs. 4 betrage der Integritätsschaden der psychischen Folgen durch Hirnverletzungen bei leichten bis mittelschweren Störungen 35 %. Hinsichtlich der Zumutbarkeit von Arbeiten habe er den Berichten der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 und des Dr. phil. O._ vom 8. März 2004 nichts mehr hinzuzufügen. Die Fahrtauglichkeit sei dem Versicherten vorläufig abgesprochen worden.
3.7 Der Hausarzt Dr. med. J._ diagnostizierte im Bericht vom 24. August 2004 eine Commotio cerebri/Contusio cerebri nach Autounfall am 19. Dezember 1998; eine wahrscheinlich leichte bis mittelschwere neuropsychologische Funktionsstörung mit Belastbarkeitsminderung bei Status nach Schädelhirntrauma. Die Behandlung werde weiter medikamentös fortgeführt. Die Arbeit sei vom Versicherten vorerst nicht aufgenommen worden. Im Zeugnis vom 16. Februar 2005 gab Dr. med. J._ an, der Versicherte sei seit 24. Januar 2005 bis auf Weiteres zu 100 % arbeitsunfähig.
3.8 Der Neurologe Dr. med. R._, der den Versicherten am 23. Juni 2005 untersucht hatte, diagnostizierte im Bericht vom 29. Juni 2005 ein posttraumatisches cervico-cephales Schmerzsyndrom mit Begleitschwindel, leichten bis mittelschweren neuropsychologischen Defiziten und Wesensveränderung, bei Status nach Schädelhirntrauma am 19. Dezember 1998 mit Contusio cerebri und Status nach Sturz von der Leiter am 1. November 2001 mit Prellungen an LWS und beiden Knien. Das am 19. Dezember 1998 erlittene Schädelhirntrauma mit Contusio cerebri hinterlasse im heutigen Beschwerdebild den grössten Schaden, bestehend aus leichten bis mittelschweren neuropsychologischen Defiziten, einer Wesenveränderung und einem chronischen cervico-cephalen Schmerzsyndrom. Der Sturz vom 1. November 2001 habe zu einer weiteren und bis heute bestehenden Verschlechterung dieses Beschwerdebildes mit seither zusätzlichen LWS-Beschwerden geführt. Der Sturz in der Badewanne im Jahre 1999, die Auffahrkollision vom 8. Dezember 2000 und die Kollision mit dem Tram vom 31. März 2001 schienen bezüglich des heutigen Beschwerdebildes und somit im Hinblick auf die noch vorhandene Arbeitsfähigkeit und den Integritätsschaden keine Bedeutung zu haben. Relevante Befunde in der neurologischen Untersuchung seien das auffällige Stottern und die erwähnten neuropsychologischen Defizite. Im EEG fänden sich auffällige herdförmige Funktionsstörungen, die mit einer durchgemachten Schädigung des Hirns im Sinne einer Contusio cerebri gut vereinbar seien. Dafür spreche auch die Latenzverzögerung bei monokularer Stimulation rechts bei den visuell evozierten Potentialen. Unter Würdigung aller dieser Befunde sei eine Arbeitsfähigkeit des Versicherten nicht mehr gegeben, d.h. es sei von 100%iger Arbeitsunfähigkeit auszugehen. Der Integritätsschaden betrage gemäss seiner Berechnung 75 %, 10 % betrage der neurootologische Schaden mit klinischem Bild von ständigem Schwindel. Der neuropsychologische Schaden betrage 50 %, wobei dieser zu unterteilen sei in 35 % leichte bis mittelschwere neuropsychologische Defizite und 15 % Wesensveränderung. Dann bestünden Schäden an der Halswirbelsäule (HWS) und LWS in Form eines chronischen cervico-cephalen bzw. lumbo-vertebralen Schmerzsyndroms, da der Versicherte beim Unfall vom Dezember 1998 auch eine Überdehnung an der HWS und beim Sturz von der Leiter am 1. November 2001 eine LWS-Prellung erlitten habe. Diese Schäden ergäben 15 %, entsprechend ++ = geringe Dauerschmerzen, bei Belastung verstärkt, auch in Ruhe. Dies ergebe einen Gesamtschaden von 75 %.
4. 4.1 Die Vorinstanz führte aus, im Wesentlichen unbestritten seien die unfallkausalen Restbefunde, die vom Unfall vom 19. Dezember 1998 und von demjenigen vom 1. November 2001 stammten und die sich aus den übereinstimmenden medizinischen Beurteilungen ergäben. Die Folgen des Unfalls vom 1. November 2001, aus dem eine Bursektomie am rechten Knie und eine Lendenwirbelkontusion resultiert hätten, seien nach fachärztlicher orthopädischer Ansicht ohne weitere objektivierbare Folgen und ohne weitere Behandlungsbedürftigkeit abgeheilt. Im Besonderen habe keine richtunggebende Verschlechterung an der Lendenwirbelsäule festgestellt werden können. Gestützt auf den Bericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 könne seitens des Unfalls vom 19. Dezember 1998 und des damals durchgemachten Schädelhirntraumas von den unfallkausalen Restbefunden einer verminderten Gesamtbelastbarkeit, Schwindelbeschwerden mit erhöhter Absturzgefährdung, einer leichten bis mittelschweren neuropsychologischen Störung mit kognitiven Defiziten und einer zwar vorbestehenden, sich inzwischen verstärkten Stotterstörung ausgegangen werden. Hinsichtlich der Arbeitsfähigkeit des Versicherten stellte die Vorinstanz ebenfalls auf den Bericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 ab, wonach ihm leichte bis höchstens mittelschwere wechselbelastende Tätigkeiten ohne erhöhte Absturzgefährdung und ohne erhöhte konzentrative Anforderungen zeitlich zweimal drei Stunden täglich zumutbar seien (E. 3.1 hievor). Diese Arbeitsfähigkeit sei auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt verwertbar. Der Umstand, dass die versicherte Person zur Verwertung ihrer Restarbeitsfähigkeit auf einen Nischenplatz angewiesen sei, führe rechtsprechungsgemäss nicht zur Verneinung des Vorhandenseins entsprechender Arbeitsgelegenheiten.
4. 4.1 Die Vorinstanz führte aus, im Wesentlichen unbestritten seien die unfallkausalen Restbefunde, die vom Unfall vom 19. Dezember 1998 und von demjenigen vom 1. November 2001 stammten und die sich aus den übereinstimmenden medizinischen Beurteilungen ergäben. Die Folgen des Unfalls vom 1. November 2001, aus dem eine Bursektomie am rechten Knie und eine Lendenwirbelkontusion resultiert hätten, seien nach fachärztlicher orthopädischer Ansicht ohne weitere objektivierbare Folgen und ohne weitere Behandlungsbedürftigkeit abgeheilt. Im Besonderen habe keine richtunggebende Verschlechterung an der Lendenwirbelsäule festgestellt werden können. Gestützt auf den Bericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 könne seitens des Unfalls vom 19. Dezember 1998 und des damals durchgemachten Schädelhirntraumas von den unfallkausalen Restbefunden einer verminderten Gesamtbelastbarkeit, Schwindelbeschwerden mit erhöhter Absturzgefährdung, einer leichten bis mittelschweren neuropsychologischen Störung mit kognitiven Defiziten und einer zwar vorbestehenden, sich inzwischen verstärkten Stotterstörung ausgegangen werden. Hinsichtlich der Arbeitsfähigkeit des Versicherten stellte die Vorinstanz ebenfalls auf den Bericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 ab, wonach ihm leichte bis höchstens mittelschwere wechselbelastende Tätigkeiten ohne erhöhte Absturzgefährdung und ohne erhöhte konzentrative Anforderungen zeitlich zweimal drei Stunden täglich zumutbar seien (E. 3.1 hievor). Diese Arbeitsfähigkeit sei auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt verwertbar. Der Umstand, dass die versicherte Person zur Verwertung ihrer Restarbeitsfähigkeit auf einen Nischenplatz angewiesen sei, führe rechtsprechungsgemäss nicht zur Verneinung des Vorhandenseins entsprechender Arbeitsgelegenheiten.
4.2 4.2.1 Dr. phil. O._ ging im Bericht vom 8. März 2004 davon aus, aus therapeutischer Sicht wäre eine regelmässige Tagesstruktur mit einer leichten beruflichen Beschäftigung sinnvoll und nützlich. Erforderlich sei eine Abklärung/Tätigkeit in einer geschützten Werkstätte, vorerst mit stunden- oder halbtageweiser Belastung; die Möglichkeiten wären durch die IV abzuklären (E. 3.5 hievor). Aufgrund dieses Berichts kann mithin nicht angenommen werden, der Versicherte sei in den von der Rehaklinik A._ am 28. August 2002 umschriebenen Tätigkeiten während zweimal drei Stunden täglich arbeitsfähig. Aufgrund der Akten haben zudem weder die IV noch die SUVA die von Dr. phil. O._ verlangte Abklärung in einer geschützten Werkstätte vorgenommen.
Soweit die Vorinstanz ausführte, Dr. phil. O._ sei kein Arzt, ist dies nicht stichhaltig, da der SUVA-Arzt Dr. med. P._ am 22. Mai 2003 angab, zur neuropsychologischen Problematik könne er sich mangels Fachkompetenz nicht äussern, und der SUVA-Arzt Dr. med. C._ am 18. Juli 2003 eine neuropsychologische Abklärung des Versicherten verlangte (E. 3.3 f. hievor).
4.2.2 Weiter ist zu beachten, dass der Neurologe Dr. med. R._ im Bericht vom 29. Juni 2005 festhielt, unter Würdigung aller Befunde sei eine Arbeitsfähigkeit des Versicherten nicht mehr gegeben, d.h. es sei von 100%iger Arbeitsunfähigkeit auszugehen (E. 3.8 hievor). Der Vorinstanz ist zwar beizupflichten, dass aus diesem Bericht nicht eindeutig hervorgeht, ob die postulierte 100%ige Arbeitsunfähigkeit die bisherige oder eine leidensangepasste Tätigkeit betraf. Indessen spricht der Bericht des Dr. med. R._ vom 29. Juni 2005 und seine Formulierung betreffend die Arbeitsunfähigkeit insgesamt eher dafür, dass er von vollständiger Arbeitsunfähigkeit des Versicherten ausging. Diese Frage ist mithin zu klären. Auch wenn der Bericht des Dr. med. R._ vom 29. Juni 2005 datiert, ist er geeignet, die Beurteilung bezogen auf den Zeitraum vor Erlass des Einspracheentscheides vom 21. Februar 2005 zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 1 S. 169, 121 V 362 S. 366), zumal der Hausarzt Dr. med. J._ im Bericht vom 24. August 2004 festhielt, der Versicherte stehe weiter in Behandlung und habe die Arbeit vorerst nicht wieder aufgenommen, und im Zeugnis vom 16. Februar 2005 von dessen 100%iger Arbeitsunfähigkeit bis auf Weiteres ausging (E. 3.7 hievor). Auf diese Berichte der Dres. med. R._ und J._ kann indessen unter den gegeben Umständen für sich allein nicht abgestellt werden. Hinsichtlich der Angaben des Letzteren ist insbesondere zu beachten, dass Hausärzte wegen ihrer auftragsrechtlichen Vertrauensstellung in Zweifelsfällen mitunter eher zu Gunsten ihrer Patienten aussagen (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 353).
4.2.3 Zudem ist festzuhalten, dass sich die Entscheide der Vorinstanz widersprechen. Während sie im unfallversicherungsrechtlichen Entscheid davon ausging, die Folgen des Unfalls vom 1. November 2001 seien ohne weitere objektivierbare Folgen und ohne weitere Behandlungsbedürftigkeit abgeheilt (E. 4.1 hievor), führte sie im invalidenversicherungsrechtlichen Entscheid - entsprechend der Auffassung des Dr. med. R._ (E. 3.8 und 4.2.2 hievor) - aus, der Versicherte leide noch an Folgen der beiden Unfälle vom 19. Dezember 1998 und 1. November 2001 (vgl. das heute ergangene Urteil im Verfahren 8C_456/2007, E. 5.1 und 5.2.5). Diese Frage bedarf ebenfalls der Klärung. Denn die Rehaklinik A._ gab im Bericht vom 28. August 2002 zwar an, bezüglich der LWS-Beschwerden sei seitens des Unfalls vom 1. November 2001 keine richtunggebende Verschlimmerung des Vorzustandes eingetreten. Gleichzeitig führte sie aber im Rahmen der Diagnose aus, die lumbalen Beschwerden bestünden seit 1998 und seien seit dem Unfall vom 1. November 2001 zunehmend. Weiter diagnostizierte sie eine Schmerzsymptomatik am rechten Knie seit dem Unfall vom 1. November 2001 (E. 3.1 hievor).
4.2.4 Im Weiteren ist zu beachten, dass bereits die Rehaklinik A._ im Bericht vom 28. August 2002 den Verdacht auf eine Persönlichkeitsveränderung nach traumatischer Hirnverletzung diagnostizierte (E. 3.1 hievor). Dr. phil. O._ stellte im Bericht vom 8. März 2004 Hinweise auf eine leichte Persönlichkeitsveränderung fest (E. 3.5 hievor). Dr. med. W._ wies in der Akten-Stellungnahme vom 10. Mai 2004 darauf hin, der Integritätsschaden der psychischen Folgen durch Hirnverletzungen betrage bei leichten bis mittelschweren Störungen 35 % (E. 3.6 hievor). Dr. med. E._, Psychiatrie und Psychotherapie, Regionalärztlicher Dienst der IV-Stelle, führte in der Akten-Stellungnahme vom 19. Oktober 2004 aus, es bestehe noch einiger Klärungsbedarf, und er verwies unter anderem auf die psychische Problematik. Dr. med. R._ diagnostizierte im Bericht vom 29. Juni 2005 eine Wesensveränderung, die zu einem Integritätsschaden von 15 % führe (E. 3.8 hievor).
Unter diesen Umständen drängt sich auch eine psychiatrische Begutachtung des Versicherten auf, welche bis anhin nicht stattgefunden hat. Falls aufgrund der ergänzenden Abklärungen ein natürlich unfallkausaler psychischer Gesundheitsschaden festgestellt wird (zum Genügen einer Teilursächlichkeit zur Bejahung der Kausalität: <ref-ruling> E. 9.5 S. 125 mit Hinweisen), hat die SUVA die adäquate Kausalität der psychischen Beschwerden zu prüfen (vgl. <ref-ruling> E. 6.1 S. 116, 115 V 133 ff.; Urteil 8C_369/2008 vom 11. August 2008, E. 11.2).
4.2.5 Ergänzend sei angefügt, dass die natürliche und adäquate Unfallkausalität der übrigen bisher von der Vorinstanz festgestellten gesundheitlichen Beschwerden des Versicherten nicht in Frage gestellt wird, weshalb es diesbezüglich sein Bewenden hat.
4.2.6 Aufgrund der Aktenlage bildet der Bericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 (E. 3.1 hievor) - entgegen der vorinstanzlichen Auffassung - keine rechtsgenügliche Beurteilungsgrundlage für den massgebenden Zeitraum bis zum Erlass des Einspracheentscheides am 21. Februar 2005 (<ref-ruling> E. 1 S. 169; vgl. auch Urteil 8C_168/2008 vom 11. August 2008, E. 6.1). Auf den ORL-Bericht des Dr. med. G._ vom 19. Mai 2003 und die Akten-Stellungnahmen der Dres. med. P._ vom 22. Mai 2003, C._ vom 18. Juli 2003 sowie W._ vom 10. Mai 2004 (E. 3.2 bis 3.4 und 3.6 hievor) kann ebenfalls nicht abgestellt werden.
4.3 Nach dem Gesagten enthält der vorinstanzliche Entscheid nicht rechtsgenügliche Feststellungen zur Frage, inwieweit die Arbeitsfähigkeit und die Integrität des Versicherten als Folge der Unfälle vom 19. Dezember 1998 und 1. November 2001 eingeschränkt sind. Der Sachverhalt enthält Widersprüche und wurde unter Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG; E. 4 hievor) festgestellt. Es kann vorliegend nicht im Sinne einer antizipierten Beweiswürdigung (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 157, 124 V 90 E. 4b S. 94; SVR 2007 IV Nr. 45 S. 149 E. 4, I 9/07) gesagt werden, dass von einer zusätzlichen, nachvollziehbar und schlüssig begründeten interdisziplinären medizinischen/neuropsychologischen Beurteilung keine verwertbaren entscheidrelevanten Erkenntnisse zu erwarten sind. Die Sache ist daher zwecks Einholung eines interdisziplinären Gutachtens an die SUVA zurückzuweisen (vgl. auch erwähntes Urteil 8C_168/2008, E. 6.3 mit Hinweisen). Hernach hat sie über den Anspruch des Versicherten auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung neu zu verfügen. Damit bleiben den Parteien alle Rechte, insbesondere der doppelte Instanzenzug, gewahrt (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 417; erwähntes Urteil 8C_319/2007, E. 5.3).
5. 5.1 In erwerblicher Hinsicht hat die Vorinstanz die Validen- und Invalideneinkommen für das Jahr 2004 (Rentenbeginn) ermittelt und gestützt darauf einen Invaliditätsgrad von gerundet 53 % errechnet, wobei sie aufgrund der leidensbedingten Einschränkung des Versicherten den maximalen 25%igen Abzug vom gemäss der LSE-Tabelle eruierten Invalideneinkommen vornahm (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.1 und 4.2.3 S. 475 und 481).
5.2 Das vorinstanzlich für das Jahr 2004 ermittelte Valideneinkommen von Fr. 65'000.- ist unbestritten und nicht zu beanstanden, weshalb es diesbezüglich sein Bewenden hat. Indessen ist festzuhalten, dass für den Einkommensvergleich die Verhältnisse im Zeitpunkt des Beginns des Rentenanspruchs massgebend sind, wobei Validen- und Invalideneinkommen auf zeitidentischer Grundlage zu erheben und unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung allfällige rentenwirksame Änderungen der Vergleichseinkommen bis zum Erlass des Einspracheentscheides im Jahre 2005 zu bestimmen sind (<ref-ruling>, 484; erwähntes Urteil 8C_168/2008, E. 7.1).
5.3 Über das zu veranschlagende Invalideneinkommen und die Frage, ob und bejahendenfalls in welchem Umfang vom heranzuziehenden Tabellenlohn ein Abzug gerechtfertigt ist, kann erst nach rechtsgenüglicher Ermittlung der Arbeits(un)fähigkeit befunden werden (vgl. erwähntes Urteil 8C_168/2008, E. 7.1; Urteil 8C_780/2007 vom 27. August 2008, E. 6.3). Gleiches gilt zur Frage der Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit des Versicherten auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4a S. 28, 110 V 273 E. 4b S. 276; AHI 1998 S. 287 ff. E. 3b; ZAK 1991 S. 318 E. 3b, 1989 S. 319 E. 4a; Urteile I 45/06 vom 5. März 2007, E. 4.2.3, und I 654/05 vom 22. November 2006, E. 7.2.2).
6. Die unterliegende SUVA hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und dem Versicherten eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 6.1 S. 235). Sein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. Mai 2007 und der Einspracheentscheid der SUVA vom 21. Februar 2005 aufgehoben werden und die Sache an die SUVA zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. September 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar