Sachverhalt:
A. Am 28. Januar 2008 erteilte die Baukommission Uetikon am See der Y._ AG die baurechtliche Bewilligung für die Arealüberbauung "Holländer" auf den Grundstück Kat.-Nrn. 3864 und 3865. Auf dem östlichen Teil des Grundstücks Kat.-Nr. 3864 steht bereits die Altersklinik "Bergheim". Westlich daran anschliessend sollen 6 Reiheneinfamilienhäuser und 7 Mehrfamilienhäuser mit insgesamt 40 Wohnungen sowie eine Tiefgarage gebaut werden. Insgesamt wurden 178 Abstellplätze bewilligt. Am 28. Januar 2008 erteilte die Baudirektion die strassenpolizeiliche, die forstrechtliche und die wasserpolizeiliche Bewilligung; diese wurden zusammen mit der Baubewilligung eröffnet.
Am 11. August 2008 bewilligte die Baukommission eine Projektänderung; diese wurde zusammen mit der hierfür erforderlichen forst- und wasserpolizeilichen Bewilligung vom 28. Juli 2008 eröffnet. Mit Verfügung vom 15. August 2008 erteilte die Baukommission Uetikon am See die baurechtliche Bewilligung für eine Erweiterung der Parkierungsfläche.
B. Gegen alle fünf Verfügungen rekurrierte X._ an die Baurekurskommission II des Kantons Zürich. Diese führte einen Augenschein durch. Am 27. Januar 2009 hiess sie die Rekurse in einem Nebenpunkt gut (Aufhebung der Gebühr für die Zustellung der baurechtlichen Entscheide) und wies sie im Übrigen ab, soweit sie darauf eintrat.
C. Dagegen erhob X._ am 2. März 2009 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde am 6. Mai 2009 im Kostenpunkt teilweise gut und setzte die Spruchgebühr im Rekursverfahren von Fr. 9'000.-- auf Fr. 5'000.-- herab. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, weil der Beschwerdeführer zum Rekurs gegen die Baubewilligung nicht legitimiert gewesen sei, und die Baukommission deshalb auf den Rekurs nicht hätte eintreten dürfen.
D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat X._ am 3. Juli 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu formeller und materieller Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Eventualiter seien die vom Verwaltungsgericht und der Baurekurskommission festgesetzten Spruchgebühren und Parteientschädigungen angemessen zu reduzieren bzw. vollumfänglich der Gemeinde Uetikon am See zu belasten oder gegebenenfalls aufzuheben.
E. Die Y._ AG (im Folgenden: Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Baudirektion des Kantons Zürich weist darauf hin, dass die Erschliessung des Bauvorhabens östlich über die Holländerstrasse unstreitig ausreiche, und damit einzig zu klären bleibe, ob der aus dem Bauvorhaben resultierende Verkehr weitere (nebenbestimmungsweise zu verfügende) Massnahmen im westlichen Bereich der Holländerstrasse erforderlich mache oder nicht.
In seiner Replik hielt der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest.
F. Mit Verfügung vom 7. September 2009 wurde das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Entscheid weist die Beschwerde in der Hauptsache ab und bestätigt damit die angefochtene Baubewilligung. Es handelt sich um einen Endentscheid, gegen den grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen steht (Art. 82 ff. und 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist zur Beschwerde gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid, mit dem ihm die Rekurslegitimation abgesprochen wurde, befugt (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde ist daher (vorbehältlich rechtsgenügender Rügen; Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 OG) einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, er erfülle alle Voraussetzungen für die Beschwerdebefugnis gemäss <ref-law>, weshalb seine Rekursberechtigung auch im kantonalen Verfahren hätte anerkannt werden müssen.
2.1 Gemäss Art. 33 Abs. 3 lit. a RPG (SR 700) gewährleistet das kantonale Recht gegen Verfügungen betreffend die Raumplanung (z.B. Baubewilligungen gemäss Art. 22 RPG) die Legitimation mindestens im gleichen Umfang wie für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Ferner schreibt <ref-law> in Fortführung von Art. 98a des früheren Bundesrechtspflegegesetzes vom 16. Dezember 1943 (OG) die Einheit des Verfahrens vor: Wer zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt ist, muss sich am Verfahren vor allen kantonalen Vorinstanzen als Partei beteiligen können (<ref-law>); die unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts muss grundsätzlich mindestens die Rügen nach den Artikeln 95-98 BGG prüfen können (<ref-law>). Aus diesen Bestimmungen ergibt sich, dass die kantonalen Behörden die Rechtsmittelbefugnis nicht enger fassen dürfen, als dies für die Beschwerde an das Bundesgericht vorgesehen ist.
2.2 Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht ist berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung besitzt (<ref-law>). Verlangt ist somit neben der formellen Beschwer (lit. a), dass der Beschwerdeführer über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache verfügt (lit. b) und einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids zieht (lit. c). Die Nähe der Beziehung zum Streitgegenstand muss bei Bauprojekten insbesondere in räumlicher Hinsicht gegeben sein. Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (<ref-ruling> E. 1.3 S. 413 mit Hinweisen). Die Voraussetzungen von <ref-law> hängen eng zusammen; insgesamt kann insoweit an die Grundsätze, die früher zur Legitimationspraxis bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 103 lit. a OG entwickelt worden sind, angeknüpft werden (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 252 f., 353 E. 3 S. 356 f., 400 E. 2.2 S. 404 f.).
2.3 Das Bundesgericht ist an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
3. Die Baurekurskommission stellte anlässlich ihres Augenscheins fest, dass die Baugrundstücke bei einer Distanz von gut 200 m vom rekurrentischen Grundstück aus sichtbar seien. Entscheidend sei jedoch, dass die Grundstücke beider privater Parteien durch die Holländerstrasse erschlossen werden. Wegen der gemeinsamen Erschliessungsstrasse sei nicht von vornherein auszuschliessen, dass auch der westliche Teil der Holländerstrasse durch das Bauvorhaben mehr Verkehr erfahren könne; diese Möglichkeit betreffe den Rekurrenten besonders. Die Baurekurskommission trat daher auf die Rekurse ein, wies jedoch die Rügen gegen die Verkehrserschliessung der Baugrundstücke materiell ab.
Die Baurekurskommission hielt fest, dass die Holländerstrasse verkehrstechnisch zwei Teile aufweise: Der östliche, zwischen der Bergstrasse und der Specklistrasse gelegene Abschnitt, durch den die Baugrundstücke erschlossen werden, weise eine 5 m breite Fahrbahn und ein 2 m breites Trottoir auf. Dieser Strassenabschnitt genüge für die Erschliessung von bis zu 150 Wohneinheiten, und stelle eine ausreichende Verkehrserschliessung der Baugrundstücke dar.
Westlich der Specklistrasse verschmälere sich die Fahrbahn der Holländerstrasse auf 3.5 bis 4 m; ein Trottoir sei nicht vorhanden. Dieser Strassenabschnitt entspreche knapp einer Zufahrtsstrasse im unteren Anwendungsbereich mit einer Erschliessungskapazität für bis zu 30 Wohneinheiten. Zwar könnten die Benützer der Baugrundstücke aufgrund der vorhandenen Signalisation sowohl von Westen als auch von Osten her zufahren. Die Zufahrt von Osten sei jedoch ungleich kürzer und einfacher. Die übergeordnete Bergstrasse, von der beide Zufahrten ihren Ausgang nehmen, verlaufe weitgehend parallel zur Holländerstrasse. Bei einer Zufahrt von Osten her führe ein kurzes, gut ausgebautes Stück der Holländerstrasse zum Ziel, während der Weg von Westen her mindestens fünfmal länger und an den meisten Stellen so schmal sei, dass ein allfälliges Kreuzen zweier Fahrzeuge nur im Schrittempo möglich sei. Da eine Zufahrt von Westen her ausgesprochen unattraktiv sei, habe die kommunale Vorinstanz ohne Weiteres davon ausgehen dürfen, dass diese kaum je benützt würde. Sie habe deshalb im Stadium der Baubewilligung darauf verzichten dürfen, präventive Massnahmen zur Verhinderung eines Befahrens des westlichen Teils der Holländerstrasse zu ergreifen. Sollte sich die Verkehrssituation auf der Holländerstrasse wider Erwarten dennoch entsprechend den Befürchtungen des Rekurrenten entwickeln, so wäre eine neue Signalisation bzw. das Anbringen baulicher Hindernisse immer noch möglich. Somit liege der Entscheid der Baukommission, zum jetzigen Zeitpunkt auf derartige Massnahmen zu verzichten, im Rahmen ihres Ermessensspielraums und sei nicht zu beanstanden.
4. Dagegen ging das Verwaltungsgericht davon aus, aufgrund der örtlichen Verhältnisse sei bereits eine besondere Betroffenheit des Beschwerdeführers zu verneinen. Allein das Vorhandensein einer Sichtverbindung zum Baugrundstück vermöge die erforderliche nahe Raumbeziehung nicht zu begründen. Die nächstgelegene der geplanten Bauten liege ca. 280 m von der Liegenschaft des Beschwerdeführers entfernt und werde nur am Rande seines Blickfelds in Erscheinung treten. Es sei nicht ersichtlich und werde vom Beschwerdeführer auch nicht dargetan, inwiefern unter diesen Umständen die blosse Sichtbarkeit der teilweise durch ein Waldstück verdeckten und keine aussergewöhnlichen Dimensionen aufweisenden Neubauten die Interessen des Beschwerdeführers in ästhetischer Hinsicht beeinträchtigen könnten.
Wie die Baurekurskommission in ihren materiellen Erwägungen zutreffend erwogen habe, sei davon auszugehen, dass Zu- und Wegfahrten zur Klinik und der geplanten Arealüberbauung in aller Regel über das gut ausgebaute östliche Stück der Holländerstrasse zur Bergstrasse erfolgen, während die ausgesprochen unattraktive Zufahrtsmöglichkeit von Westen her eher selten genutzt werde. Dass die gelegentliche Benützung der westlichen Zufahrt bei der Liegenschaft des Beschwerdeführers zu einem objektiv als Nachteil erscheinenden Mehrverkehr führe, könne mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit ausgeschlossen werden und werde vom Beschwerdeführer auch nicht geltend gemacht. Praxisgemäss werde als Richtwert für die Rekursberechtigung eine Zunahme des durchschnittlichen täglichen Verkehrsaufkommens von 10% angenommen, was durch gelegentliche Zu- und Wegfahrten zur neuen Arealüberbauung kaum erreicht werde.
5. Der Beschwerdeführer macht dagegen geltend, im Verhältnis zur Ausdehnung der Baugrundstücke (400 m Länge und 100 m Breite) und ihrer vollen Ausnützung durch die geplante Arealüberbauung (46 neue Wohneinheiten und bestehende Klinik "Bergheim") erscheine die Distanz von 280 m geradezu marginal. Das Terrain der geplanten Neubauten liege ca. 10 m erhöht, und die geplanten dreigeschossigen Gebäude würden über die Sträucher und Laubbäume hinausragen. Die Sichtbarkeit des Bauvorhabens von der Liegenschaft des Beschwerdeführers aus sei durch die kürzliche Rodung mehrerer Bäume am Rundibach noch verbessert worden; gemäss dem Waldgrenzenplan der Gemeinde Uetikon könne der Wald zudem noch um 12 m verkleinert werden. Im Übrigen stelle der Wald (hauptsächlich Laubbäume) im Herbst und Winter ohnehin keinen Sichtschutz dar. Die Arealüberbauung liege genau östlich der Liegenschaft des Beschwerdeführers und schränke die östliche Fernsicht, vor allem von Balkon und Schlafzimmer aus, ein.
Der Beschwerdeführer bestreitet nicht (mehr), dass die projektierte Arealüberbauung über die östliche Holländerstrasse ausreichend erschlossen sei. Er befürchtet jedoch, dass ein wesentlicher Teil des Verkehrs der projektierten neue Wohneinheiten westwärts über die Holländerstrasse fliessen werde. Dabei sei nicht die Länge der Zufahrt bis zur Bergstrasse entscheidend, sondern die Gesamtlänge des Weges nach Meilen bzw. Uetikon. Vom Baugrundstück aus sei die westliche Verbindung (über Charrhalten- und Bergstrasse) nicht fünf mal länger, sondern ca. 300 m bzw. 17% kürzer als die östliche Zufahrt. Hinzu komme, dass die westliche Einmündung in die Bergstrasse (von der Charrhaltenstrasse) wesentlich übersichtlicher sei als die östliche Einmündung (von der östlichen Holländerstrasse herkommend). Besonders zu Stosszeiten sei das Fortkommen auf der Holländerstrasse in westlicher Richtung wesentlich schneller als auf der sehr verkehrsreichen, unübersichtlichen und mit verschiedenen Fussgängerübergängen versehenen Bergstrasse. Demzufolge sei die westliche Zufahrtsmöglichkeit für die Anwohner der Arealüberbauung ausgesprochen attraktiv und es sei zu erwarten, dass ein grosser Teil des Verkehrsaufkommens über den ungenügend erschlossenen Teil der Holländerstrasse stattfinden werde. Der Beschwerdeführer rechnet damit, dass der tägliche Verkehr mehr als verdoppelt werde. Es genüge aber bereits, wenn nur 5% des Mehrverkehrs über die westliche Holländerstrasse erfolge, um das durchschnittliche tägliche Verkehrsaufkommen um mehr als 10% zu erhöhen.
6. Die Beschwerdegegnerin teilt die Auffassung des Verwaltungsgerichts, wonach eine legitimationsbegründende räumliche Beziehung zur Bauparzelle fehle: Selbst wenn die oberen Geschosse der beiden westlichsten Gebäude der geplanten Arealüberbauung vom Balkon und vom Schlafzimmer des Beschwerdeführers aus erspäht werden könnten und die Fernsicht dadurch etwas eingeschränkt sein sollte, seien die Interessen des Beschwerdeführers in ästhetischer Hinsicht nicht beeinträchtigt.
Die Ausführungen des Beschwerdeführers zum möglichen Erschliessungsverkehr über den westlichen Teil der Holländerstrasse seien irrelevant, weil die Erschliessung rechtsverbindlich über den östlichen Abschnitt der Holländerstrasse erfolgen müsse. Sollte wider Erwarten Erschliessungsverkehr über den westlichen Abschnitt auftreten, wäre dieser unzulässig und müsste mittels geeigneter Signalisation oder baulicher Massnahmen behoben werden. Die Beschwerdegegnerin vertritt die Auffassung, schon bei der heutigen Signalisation (allgemeines Fahrverbot für Fahrzeuge und Motorräder; Zubringerdienst gestattet) seien die zukünftigen Bewohner der geplanten Überbauung klarerweise nicht Zubringer und könnten daher gebüsst werden.
Die Unattraktivität der Fahrt auf der westlichen Holländerstrasse ergebe sich schon aufgrund der Tatsache, dass das Kreuzen zweier Fahrzeuge nur durch Ausweichen auf Einfahrten, Kreuzungen, private Garagenplätze oder Weideland möglich sei. Derlei Manöver seien auf der breiten Bergstrasse nicht nötig, weshalb das Fortkommen selbst bei höherem Verkehrsaufkommen auf dieser Staatsstrasse wesentlich angenehmer sei.
Der Beschwerdeführer gebe zudem ein verfälschtes Bild der Streckenverhältnisse: Da die Zufahrt zur Tiefgarage sich am östlichen Ende des Baugrundstücks befinde, verlängere sich die Strecke über die westliche Holländer- und Charrhaltenstrasse entsprechend. Beide Wege seien rund 1.65 km lang, und es liege auf der Hand, dass der Erschliessungsverkehr automatisch die Strecke über die östliche Holländerstrasse wählen werde.
7. Die Ausführungen des Verwaltungsgerichts zur fehlenden ästhetischen Beeinträchtigung sind aus Sicht des Bundesrechts nicht zu beanstanden. Zwischen der Liegenschaft des Beschwerdeführers und dem Baugrundstück liegen noch mehrere überbaute Parzellen sowie der - überwiegend bestockte - Rundibach. Selbst wenn der Beschwerdeführer von seinem Schlafzimmer und seinem Balkon aus die obersten Etagen der beiden östlichen Mehrfamilienhäuser erblicken kann, versperren diese ihm nicht die Aussicht. Es handelt sich nicht um besonders grosse oder imposante Bauten, sondern um gewöhnliche Mehrfamilienhäuser (die Ostfassade misst ca. 16 m), die aus einer Entfernung von 280 m nur untergeordnet in Erscheinung treten werden. Unter diesen Umständen durfte das Verwaltungsgericht eine besondere Betroffenheit des Beschwerdeführers verneinen.
8. Näher zu prüfen ist, ob der Beschwerdeführer aufgrund des möglichen Zusatzverkehrs auf der westlichen Holländerstrasse und den damit verbundenen Immissionen (Lärm) und Verkehrsproblemen (schwieriger Kreuzungsverkehr; Überlastung der Zufahrt) besonders betroffen ist.
8.1 Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin sind Zu- oder Wegfahrten über die westliche Holländerstrasse nicht bereits durch die Baubewilligung und die bestehende Signalisation ausgeschlossen: Die Holländerstrasse ist heute auf ihrer ganzen Länge mit einem Fahrverbot mit Zubringerzulassung belegt; wie bereits die Baurekurskommission festgehalten hat (E. 5.4 S. 14), könnten daher Benützer der Baugrundstücke sowohl von Westen als auch von Osten her zu- und wegfahren, ohne gebüsst zu werden.
8.2 Dem Beschwerdeführer ist auch einzuräumen, dass die Gesamtlänge des Weges nach Meilen bzw. Uetikon etwa gleich lang ist, ob man vom Baugründstück aus über den östlichen Teil der Holländerstrasse und die Bergstrasse nimmt, oder die westliche Verbindung (westlicher Holländerweg, Charrhalten- und Bergstrasse) wählt. Allerdings kann den Vorinstanzen insoweit keine offensichtlich falsche Sachverhaltsfeststellung vorgeworfen werden, weil sie die Länge der Verbindungen zur Bergstrasse und nicht die Gesamtstrecke verglichen haben.
8.3 Es ist unstreitig, dass der westliche Teil der Holländerstrasse (jedenfalls auf Uetikoner Gemeindegebiet) sehr eng ist, so dass ein allfälliges Kreuzen von Fahrzeugen nur im Schritttempo möglich und ein Ausweichen auf Einfahrten, private Garagenplätze, Weideland usw. erforderlich ist. Unter diesen Umständen kann die Einschätzung des Verwaltungsgerichts und der Baurekurskommission, wonach es sich um eine ausgesprochen unattraktive Zufahrtsmöglichkeit handle, die selten benutzt werden wird, jedenfalls nicht als offensichtlich unrichtig bezeichnet werden. Es gibt in den Akten keine Hinweise dafür, dass es auf der Bergstrasse häufig zu Staus kommt oder der Verkehrsfluss auf andere Weise (z.B. durch Ampeln) behindert wird. Der blosse Hinweis des Beschwerdeführers auf die Existenz verschiedener Fussgängerübergänge und auf das grössere Verkehrsaufkommen auf der Bergstrasse genügt hierfür nicht, ebensowenig der nicht näher belegte Hinweis auf die angebliche Unübersichtlichkeit der östlichen Einmündung (sofern es sich überhaupt um zulässige Noven handelt). Unter diesen Umständen ist nicht ersichtlich, weshalb die Bewohner der Neubauten die schwierigere westliche Route anstatt den gut ausgebauten Weg über den östlichen Holländerweg und die Bergstrasse wählen sollten.
Die Annahme des Verwaltungsgerichts, dass die neue Überbauung bei der Liegenschaft des Beschwerdeführers nur zu gelegentlichem Verkehr führen werde, der das durchschnittlich tägliche Verkehrsaufkommen um weniger als 10% erhöhen werde, ist daher nicht offensichtlich unrichtig und bindet das Bundesgericht (<ref-law>).
8.4 Die vom Verwaltungsgericht zugrunde gelegte Grenze der Legitimation (mindestens 10-prozentige Zunahme des durchschnittlichen täglichen Verkehrs) wird vom Beschwerdeführer nicht beanstandet und wurde auch vom Bundesgericht als recht- und zweckmässig erachtet (vgl. Urteil 1A.148/2005 vom 20. Dezember 2005, in: ZBl 107/2006 S. 609; URP 2006 S. 144, E. 3).
8.5 Damit durfte das Verwaltungsgericht die Legitimation des Beschwerdeführers verneinen, ohne Bundesrecht zu verletzen.
9. Der Beschwerdeführer beantragt eventualiter eine Herabsetzung der Gebühren und Parteientschädigungen im Rekurs- und im verwaltungsgerichtlichen Verfahren.
9.1 Die Kostenentscheide des Verwaltungsgerichts und der Baurekurskommission beruhen auf kantonalem Recht, dessen Anwendung vom Bundesgericht grundsätzlich nur unter dem Blickwinkel des Willkürprinzips überprüft werden kann. Willkür liegt nach der Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht weicht vom Entscheid der kantonalen Instanz nur ab, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2a S. 168; <ref-ruling> E. 3a S. 15, 129 E. 5b S. 134; je mit Hinweisen). Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheids als unhaltbar erweist. Die Aufhebung eines Entscheids rechtfertigt sich nur, wenn dieser auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2 S. 139 mit Hinweisen).
9.2 Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, die Rechtsmittelverfahren seien durch die missverständliche und zweideutige Formulierung in der Verfügung der Baudirektion vom 28. Januar 2008 verursacht worden, wonach die Verkehrserschliessung ausschliesslich "rückwärtig über die Holländerstrasse" zu erfolgen habe. Erst in der Vernehmlassung der Volkswirtschaftsdirektion (Rechtsdienst Verkehr und Infrastruktur Strasse) sei klargestellt worden, dass damit lediglich eine direkte Zufahrt zur Bergsstrasse verboten worden sei, und mit der Formulierung "über die Holländerstrasse" die Ausrichtung nach Osten zur Einmündung in die Staatsstrasse gemeint gewesen sei, und nicht die Zufahrt über die westliche Holländerstrasse.
Auch nach dieser Klarstellung hielt der Beschwerdeführer jedoch an seinen Rekursanträgen fest, und führte anschliessend noch Beschwerde an das Verwaltungsgericht und an das Bundesgericht. Damit hat er zu erkennen gegeben, dass er die Baubewilligung auch ohne die - möglicherweise - missverständliche Formulierung der Baudirektion angefochten hätte. Unter diesen Umständen durften die Vorinstanzen ohne Willkür davon absehen, die dem Beschwerdeführer auferlegten Kosten zu reduzieren.
9.3 Weiter rügt der Beschwerdeführer, die verschiedenen Projektänderungen der Beschwerdegegnerin sowie die mangelnde Koordination der Verfügungen durch die Baubewilligungsbehörde hätten 5 separate Rekursverfahren nötig gemacht und damit überflüssigen Aufwand verursacht, der dem Beschwerdeführer nicht zur Last gelegt werden dürfe.
Die "Projektänderungen" wurden erforderlich, weil die Baukommission die Baubewilligung vom 28. Januar 2008 (Stammbewilligung) mit der Auflage erteilt hatte, dass vor Baufreigabe noch verschiedene Nachweise zur Beurteilung und Genehmigung vorzulegen seien. Dieses Vorgehen wurde von der Baurekurskommission nicht beanstandet und musste (mangels Rekurslegitimation des Beschwerdeführers) vom Verwaltungsgericht nicht überprüft werden. Dieses Vorgehen kann daher auch im vorliegenden Verfahren nicht mehr in Frage gestellt werden.
Der Beschwerdeführer legt im Übrigen nicht dar, weshalb es überhaupt erforderlich war, zusätzlich zur Stammbewilligung auch die nachfolgenden Bewilligungen anzufechten, zumal er in seinen Rekursschriften keine inhaltlichen Einwände gegen die Änderungen vorbrachte, sondern sich im Wesentlichen auf die Wiederholung und Ergänzung der Rügen gegen die Stammbewilligung beschränkte (vgl. Entscheid der Baurekurskommission, E. 4.2.3 und E. 8).
9.4 Insgesamt erweisen sich somit die Rügen gegen die Kostenentscheide als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
10. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Damit wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Y._ AG für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Baukommission Uetikon am See sowie der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber