Art. 29 Abs. 2 BV (Strafverfahren), hat sich ergeben:
A.- In einer unter anderem gegen W._ geführten Strafuntersuchung wegen verschiedener Wirtschaftsdelikte stellte der Untersuchungsrichter am 9. September 1999 in einigen Fällen Antrag auf Überweisung an das Wirtschaftsstrafgericht des Kantons Bern. In anderen Fällen beantragte er eine Aufhebung des Verfahrens, wobei für sieben Fälle ein Verfahrenskostenanteil von je Fr. 200.-- auszuscheiden und dem Kanton aufzuerlegen, eine Parteientschädigung jedoch zu verweigern sei. Am 3. Dezember 1999 stimmte der kantonale Prokurator 1 diesen Anträgen mit der Änderung zu, dass er für einen der genannten sieben Fälle eine Überweisung beantragte.
W._ erhob gegen die Kosten- und Entschädigungsregelung in den Aufhebungsbeschlüssen Rekurs an die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern. Sie machte geltend, da das Verfahren in drei Fünfteln der Fälle aufgehoben worden sei, seien auch drei Fünftel der Verfahrens- und Verteidigungskosten dem Staat aufzuerlegen. Entsprechend dem Antrag der stellvertretenden Generalprokuratorin wies die Anklagekammer den Rekurs am 14. Februar 2000 ab (Ziffer 2 ihres Entscheids). Ausserdem änderte sie den angefochtenen Beschluss von Amtes wegen dahingehend zu Ungunsten von W._ ab, dass die Aufhebung der Strafverfolgung in allen Fällen ohne Ausscheidung der Verfahrenskosten zu erfolgen habe (Ziffer 1 ihres Entscheids).
B.- W._ beantragt mit staatsrechtlicher Beschwerde die Aufhebung des Beschlusses der Anklagekammer vom 14. Februar 2000. Sie rügt, es verstosse gegen Art. 29 Abs. 2 BV, dass sie von der Anklagekammer nicht angehört worden sei, bevor diese auf ihren Rekurs hin zu einer "reformatio in peius" geschritten sei.
Die stellvertretende Generalprokuratorin und die Anklagekammer beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit einer staatsrechtlichen Beschwerde von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1a S. 414 mit Hinweisen).
a) In ihrer Beschwerde begründet die Beschwerdeführerin einzig, warum Ziffer 1 des Dispositivs des angefochtenen Entscheids aufzuheben sei. Soweit ihr Aufhebungsantrag auch dessen Ziffer 2 mitumfasst, welche ihren kantonalen Rekurs abweist, kann darauf mangels Begründung nicht eingetreten werden (vgl. Art. 90 Abs. 1 lit. b OG).
b) Mit dem angefochtenen Entscheid, die Kosten für das Verfahren in den aufgehobenen Fällen nicht auszuscheiden, werden der Beschwerdeführerin noch keine Kosten auferlegt.
Über deren Tragung wird vielmehr im Urteil über die überwiesenen Anschuldigungen zu befinden sein. Es fragt sich, ob der angefochtene Entscheid trotzdem ein Endentscheid ist, oder ob es sich um einen Zwischenentscheid handelt, gegen den die staatsrechtliche Beschwerde nur unter den einschränkenden Voraussetzungen von Art. 87 OG zulässig ist.
aa) Als Endentscheid gilt jeder Entscheid, der ein Verfahren vorbehältlich der Weiterziehung an eine höhere Instanz abschliesst, sei es durch einen Entscheid in der Sache selbst (Sachentscheid), sei es aus prozessualen Gründen (Prozessentscheid). Zwischenentscheide schliessen dagegen ein Verfahren nicht ab, sondern stellen bloss einen Schritt auf dem Weg zum Endentscheid dar, gleichgültig, ob sie eine Verfahrensfrage oder eine Frage des materiellen Rechts zum Gegenstand haben (<ref-ruling> E. 1 a/aa S. 41 f. mit Hinweisen).
Zu den Zwischenentscheiden zählen auch echte Teilentscheide, in denen über einen Teil der Rechtsbegehren endgültig entschieden wird (<ref-ruling> E. 3b S. 89 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 82; <ref-ruling> E. 1a/aa S. 319; <ref-ruling> E. 2 S. 228).
Rekursentscheide der Anklagekammer gemäss Art. 322 Ziff. 1 des Berner Gesetzes vom 15. März 1995 über das Strafverfahren (StrV/BE, BSG 321. 1) sind an sich rechtskräftige Sachentscheide und nicht bloss prozessleitende Verfügungen (vgl. Thomas Maurer, Das bernische Strafverfahren, 1999, S. 476). Soweit sie jedoch wie die einzig umstrittene Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids die Verfahrenskosten nicht selbst auferlegen, sondern zu den übrigen Kosten schlagen, handelt es sich nicht um Endurteile. Der angefochtene Entscheid bewirkt vielmehr, dass die Frage, wer die Kosten für die aufgehobenen Verfahren zu tragen hat, anders als im Beschluss von Untersuchungsrichter und Prokurator noch nicht endgültig entschieden ist.
bb) Als Zwischenentscheid kann gegen den angefochtenen Entscheid, da er keine gerichtsorganisatorische Frage betrifft, nur dann staatsrechtliche Beschwerde geführt werden, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (vgl. Art. 87 OG in der am 1. März 2000 in Kraft getretenen Fassung des Bundesgesetzes vom 8. Oktober 1999 über prozessuale Anpassungen an die neue Bundesverfassung [AS 2000 417]). Der nicht wieder gutzumachende Nachteil muss rechtlicher Natur sein. Dies ist nur der Fall, wenn er auch durch einen der Beschwerdeführerin günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1 a/aa S. 42 mit Hinweisen). Der angefochtene Entscheid kann keinen solchen Nachteil bewirken. Gegenwärtig hat die Beschwerdeführerin keinerlei Kosten für die Strafuntersuchung in den aufgehobenen Fällen zu tragen. Im Endentscheid wird sie entweder (etwa im Rahmen eines Freispruchs) nicht zur Kostentragung verurteilt und es erwächst ihr keinerlei Nachteil aus dem angefochtenen Entscheid. Wenn sie hingegen (zumindest zur Kostentragung) verurteilt wird, ist es zwar möglich, dass die kantonalen Behörden im Endentscheid zum Schluss kommen, der angefochtene Entscheid sei (entsprechend der Lehrmeinung von Maurer, a.a.O.) rechtskräftig und kein Anwendungsfall von Art. 383 Abs. 3 StrV/BE. Sie könnten daher zum Schluss kommen, sie dürften die Kosten nicht mehr, wie nach dem Beschluss des Prokurators und des Untersuchungsrichters, unabhängig vom Ausgang des überwiesenen Verfahrens dem Staate auferlegen. Auch dann könnte die Beschwerdeführerin jedoch mit einer staatsrechtlichen Beschwerde gemäss Art. 87 Abs. 3 OG immer noch rügen, es sei verfassungswidrig, ihr die Kosten der Strafuntersuchung in den aufgehobenen Fällen aufzuerlegen.
Auch wenn ein Nachteil derart erst im bundesgerichtlichen Verfahren beseitigt werden könnte, wäre er wieder gutgemacht (<ref-ruling> E. 1 S. 371; <ref-ruling> E. 1b S. 254, je mit Hinweisen). Da die in der Beschwerde vorgebrachten Rügen ausschliesslich Verfahrensgarantien betreffen, kann im Übrigen damit gerechnet werden, dass mögliche Verletzungen dieser Garantien bis zum Endurteil geheilt werden können. Auch von daher erscheint es verfahrensökonomisch sinnvoll, dass sich das Bundesgericht entsprechend dem Zweck von Art. 87 OG höchstens einmal mit dem Strafverfahren gegen die Beschwerdeführerin befassen muss (vgl. <ref-ruling> E. 1a/aa S. 42 f.; <ref-ruling> E. 1b S. 154; <ref-ruling> E. 3d S. 235).
2.- Somit kann nicht auf die Beschwerde eingetreten werden. Angefochten ist einzig ein Zwischenentscheid, gegen den die staatsrechtliche Beschwerde nach Art. 87 OG nicht zulässig ist. Die Beschwerdeführerin hat bei diesem Ausgang des Verfahrens die Gerichtskosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin sowie der Stellvertretenden Generalprokuratorin und dem Obergericht des Kantons Bern, Anklagekammer, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 3. Mai 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: