Fatti:
A. Il 14 settembre 1993 il Municipio di X._ ha autorizzato A._ a realizzare una pista di cantiere sui fondi uuu e vvv (ora www e yyy) di sua proprietà, situati fuori della zona edificabile, allo scopo di realizzare alcuni muri di sostegno e di riattare dei manufatti annessi alla sua casa di abitazione. L'autorizzazione era subordinata alla condizione di ripristinare la situazione preesistente a lavori conclusi. Terminati gli stessi, la proprietaria ha presentato l'8 settembre 1994 al Municipio una domanda di costruzione per trasformare la pista di cantiere in una strada carrozzabile. Preso atto del preavviso negativo dell'autorità cantonale, che ha ritenuto non adempiute le condizioni di un'autorizzazione eccezionale, con decisione del 23 luglio 1999 l'Esecutivo comunale ha negato all'istante il rilascio della licenza edilizia. Il Municipio ha contestualmente accolto le opposizioni della vicina B._ e delle C._SA, la cui linea ferroviaria zzz costeggia le suddette particelle. Il diniego della licenza edilizia è stato confermato dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino con decisione del 2 febbraio 2000 e, su ricorso dell'istante, dal Tribunale cantonale amministrativo con sentenza del 25 aprile 2000. Una domanda di revisione presentata dall'istante contro tale giudizio è stata respinta il 10 novembre 2003 dalla Corte cantonale.
B. Il 3 marzo 2001 il Municipio di X._ ha quindi ordinato a A._ di ripristinare lo stato primitivo dei fondi. Contro l'ordine di ripristino la proprietaria ha adito il Consiglio di Stato, chiedendone l'annullamento. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con decisione del 15 maggio 2007 il Governo ha respinto il gravame, confermando il provvedimento municipale. Con sentenza del 10 dicembre 2007 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso della proprietaria contro la risoluzione governativa. Adita da A._, con giudizio del 30 maggio 2008 questa Corte ha respinto, in quanto ammissibile, un gravame contro la sentenza della Corte cantonale (causa 1C_49/2008). Il 13 novembre 2008 ha inoltre respinto, sempre in quanto ammissibile, una domanda di revisione della sentenza del 30 maggio 2008 (causa 1F_21/2008).
C. Il 13 marzo 2009 la proprietaria ha comunicato al Municipio che avrebbe dato seguito all'ordine di ripristino, nel senso che si sarebbe limitata a ripristinare il tracciato di una strada preesistente mediante alcuni interventi sullo stesso. L'Ufficio delle domande di costruzione del Dipartimento del territorio non ha condiviso la proposta, ritenendo sufficientemente chiaro l'ordine di ripristino. La proprietaria ha formalizzato la proposta presentando il 16 settembre 2009 al Municipio di X._ una domanda di costruzione per il "ripristino della strada preesistente ed eliminazione della pista di cantiere". Il progetto prevede in particolare di sbarrare l'ultimo tratto della pista e di restringerne il calibro, soprattutto in corrispondenza dei tornanti. All'altezza del primo tornante è inoltre previsto il consolidamento della scarpata con un ulteriore muro. Alla domanda si sono opposti B._, C._SA e l'autorità cantonale. Con decisione del 10 dicembre 2010, il Municipio ha quindi negato il rilascio della licenza edilizia. Adito dall'istante, il Consiglio di Stato ha respinto il ricorso il 17 agosto 2011, confermando la risoluzione municipale.
D. Con sentenza del 25 settembre 2012 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso presentato dalla proprietaria contro la decisione governativa. Ha sostanzialmente ritenuto che l'opera costituiva una nuova costruzione che non poteva beneficiare di un'autorizzazione eccezionale in applicazione degli art. 24 e 24c LPT.
E. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla, di accertare che una licenza edilizia non è necessaria per dare seguito all'ordine municipale del 3 marzo 2001 e di prendere atto della proposta di ripristino del 13 marzo 2009. In via subordinata, chiede di rinviare gli atti alle istanze inferiori affinché si esprimano sulla proposta dopo l'esperimento di un sopralluogo e un accertamento completo dei fatti. Postula inoltre il conferimento dell'effetto sospensivo al gravame. La ricorrente fa valere l'accertamento arbitrario dei fatti e la violazione dei principi della buona fede, della legalità e della parità di trattamento.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1. Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha confermato il diniego della licenza edilizia per l'opera stradale progettata, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF. La legittimazione della ricorrente giusta l'<ref-law> è pacifica.
2. 2.1 La ricorrente lamenta la violazione del diritto di essere sentita e l'accertamento arbitrario dei fatti, rimproverando alla Corte cantonale di avere statuito senza esperire un sopralluogo. Riconosce che gli atti contengono fotografie, planimetrie e piani che consentono di chiarire la situazione. Sostiene tuttavia che una visita dei luoghi avrebbe comunque permesso di constatare l'effettiva larghezza del tracciato esistente, la ripidità del terreno e la sua inidoneità all'agricoltura. La conoscenza della conformazione del terreno avrebbe inoltre consentito di rendersi conto della possibile instabilità del pendio e di valutare diversamente la proposta di ripristino. La ricorrente critica inoltre la mancata presa in considerazione dei fatti intercorsi tra il 13 marzo 2009 e il 16 settembre 2009, idonei a dimostrare che la presentazione della domanda di costruzione sarebbe stata richiesta dall'autorità e che sarebbe data la sua buona fede.
2.2 Ora, come rilevato dalla Corte cantonale, oggetto della presente controversia è la conformità al diritto vigente dell'opera stradale presentata con la domanda di costruzione del 16 settembre 2009. Al riguardo, le caratteristiche del progetto e la situazione dei luoghi risultano con sufficiente chiarezza dagli atti, segnatamente dai piani e dalla descrizione della domanda di costruzione, nonché dalla documentazione concernente la precedente procedura dell'ordine di ripristino, richiamata dalla Corte cantonale. Senza violare il diritto di essere sentito della ricorrente, la precedente istanza poteva quindi ritenere superfluo un sopralluogo e rinunciare di conseguenza ad esperirlo sulla base di un apprezzamento anticipato della sua irrilevanza.
Adducendo poi che il tracciato esistente sul fondo sarebbe largo 2-3 m (e non 3-4 m come ritenuto dalla Corte cantonale), che la particella non si presterebbe a uno sfruttamento agricolo e presenterebbe rischi di scoscendimenti e che la presentazione della domanda di costruzione sarebbe stata richiesta dall'autorità, la ricorrente non sostanzia accertamenti manifestamente in contrasto con gli atti e quindi arbitrari. Le caratteristiche del tracciato esistente, soggetto a un ordine di ripristino cresciuto in giudicato, non sono peraltro decisive per la procedura edilizia in esame, riconducibile alla domanda di costruzione del 16 settembre 2009. Né è determinante l'idoneità o meno della particella ad uno sfruttamento agricolo, giacché non è qui in discussione la sua eventuale destinazione agricola giusta l'art. 16 LPT, ma la possibilità di realizzare il progetto stradale su un fondo situato fuori della zona edificabile. A torto la ricorrente rimette in discussione in questa sede l'ordine di ripristino di cui alla precedente procedura, conclusa con il giudizio del 30 maggio 2008 di questa Corte. Al riguardo, nella sentenza del 10 dicembre 2007 (consid. 3.2, pag. 7), il Tribunale cantonale amministrativo ha rilevato che "ripristinare il pendio naturale preesistente significa semplicemente chiudere gli sbancamenti eseguiti sul lato a monte della strada eliminando nel contempo i terrapieni realizzati sul lato opposto". Ha inoltre ritenuto, in modo sostenibile, che il provvedimento di ripristino non comportava particolari difficoltà di ordine tecnico o costi sproporzionati (cfr. sentenza 1C_49/2008 del 30 maggio 2008, consid. 3). Criticando il fatto di avere dovuto inoltrare una domanda di costruzione, la ricorrente disattende che l'intervento da lei previsto è diverso dal ripristino ordinato dall'autorità.
2.3 La ricorrente fa valere una violazione del principio della buona fede, adducendo di essersi adeguata alle indicazioni delle autorità, che le avrebbero chiesto di presentare formalmente una domanda di costruzione per gli interventi da lei prospettati il 13 marzo 2009.
Sollevando questa censura, la ricorrente non fa valere una violazione del diritto (<ref-law>) con una motivazione conforme alle esigenze dell'<ref-law>. In particolare non sostiene, né dimostra, che le sarebbe stata rilasciata dall'autorità competente un'assicurazione concreta che le avrebbe consentito di riporre la sua fiducia nell'ottenimento del permesso di costruzione per il prospettato progetto stradale (cfr., sul principio della buona fede, la sentenza 1C_49/2008, citata, consid. 5).
3. 3.1 La ricorrente fa poi valere una violazione del principio della legalità, sostenendo che la Corte cantonale avrebbe trattato a torto la strada progettata quale "nuova costruzione". Lamenta inoltre una disparità di trattamento, richiamando uno stralcio della sentenza del 10 dicembre 2007 della Corte cantonale in cui sono messe in dubbio le pretese difficoltà ad eseguire il ripristino del terreno.
3.2 Limitandosi a richiamare genericamente il principio della legalità, la ricorrente non fa tuttavia valere una violazione dello stesso in relazione con uno specifico diritto costituzionale (cfr. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 4 e riferimenti). Non lamenta in particolare l'assenza di una base legale sufficientemente determinata, né fa valere una violazione delle disposizioni applicate dalla precedente istanza, segnatamente degli art. 24 e 24c LPT. Né la ricorrente spiega, con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, in che misura casi simili alla fattispecie sarebbero stati trattati in modo diverso senza motivi oggettivi da parte della stessa autorità (cfr., sulla garanzia della parità di trattamento, <ref-ruling> consid. 3.6 e rinvii). In tali circostanze, il gravame, che rimette nuovamente in discussione l'ordine di ripristino oggetto della precedente procedura, non deve essere esaminato oltre.
3.3 Né occorre vagliare se la strada rispetta la distanza minima dal bosco, giacché la relativa considerazione contenuta nel giudizio impugnato è abbondanziale.
4. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (<ref-law>).
L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, al Municipio di X._, all'Ufficio delle domande di costruzione del Dipartimento del territorio, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.