Sachverhalt:
A. Das Amtsstatthalteramt Luzern verurteilte X._ und Y._ am 9. Mai 2007 wegen Widerhandlungen gegen das Gesundheits- und Heilmittelgesetz je zu einer Busse von Fr. 500.--.
B. Das Amtsgericht Luzern-Stadt sprach X._ und Y._ am 11. Juni 2008 im Einspracheverfahren vom Vorwurf der Widerhandlungen gegen das Heilmittelgesetz frei und stellte das Verfahren wegen Widerhandlungen gegen das Gesundheitsgesetz ein.
C. Das Obergericht des Kantons Luzern verurteilte X._ und Y._ am 9. Juni 2009 im Appellationsverfahren wegen Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz je zu einer Busse von Fr. 500.--. Das Verfahren wegen Widerhandlung gegen das Gesundheitsgesetz stellte es infolge Verjährung ein.
D. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt einen Freispruch. Eventualiter sei die Sache zur ergänzenden Abklärung und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze den Anklagegrundsatz nach § 182 Abs. 1 des Gesetzes über die Strafprozessordnung des Kantons Luzern vom 3. Juni 1957 (SRL 305, StPO/LU), den Anspruch auf rechtliches Gehör sowie Art. 30 und Art. 32 BV. Der subjektive Tatbestand werde im Entscheid der Amtsstatthalterin, welcher als Anklageschrift gelte, nicht umschrieben. Er enthalte nicht, was er tatsächlich wusste, hätte wissen sollen und wollte. Die Ausführungen der Vorinstanz seien von der Anklageschrift nicht abgedeckt.
1.2 Die Amtsstatthalterin führte im Entscheid vom 9. Mai 2007 aus, zur Abgabe von Arzneimitteln in Apotheken sei eine kantonale Bewilligung nach Art. 30 des Bundesgesetzes über Arzneimittel und Medizinprodukte vom 15. Dezember 2000 (Heilmittelgesetz, HMG; SR 812.21) erforderlich (Entscheid Ziff. II. 2.2). Die vom Beschwerdeführer in der B._Apotheke, eine Filiale der "C._AG", beschäftigte A._ habe ohne Bewilligung Arzneimittel verkauft (Entscheid Ziff. II. 2.2.3). Der Beschwerdeführer habe für A._ ein Bewilligungsgesuch beim Kantonsapotheker eingereicht. Die Unterlagen für die Praxis- und Betriebsbewilligung seien widersprüchlich und wenig vertrauenserweckend gewesen. Er habe nicht damit rechnen können, eine Bewilligung für A._ zu erhalten. Dies sei ihm nie zugesichert worden und der Kantonsapotheker habe ihn im Schreiben vom 14. Dezember 2004 darüber orientiert, dass die Unterlagen mangelhaft seien. Er habe nicht darauf vertrauen können, keine unrechte Tat zu begehen, wenn er A._ ohne Bewilligung des Departementes in der Apotheke arbeiten lasse (Entscheid Ziff. II. 2.2.4 und 2.1.2). Er sei über die fehlenden Bewilligungen orientiert gewesen (Entscheid Ziff. 2.2.4). Die Erteilung einer Bewilligung sei mit Entscheid des Gesundheits- und Sozialdepartements vom 31. Mai 2005 abgelehnt worden (Entscheid I. 5.). A._ habe von Dezember 2004 bis Mitte Juni 2005 die B._Apotheke ohne Praxis-, Betriebs- und Detailhandelsbewilligung geleitet (Entscheid I. 7.).
1.3 Nach § 182 Abs. 1 StPO/LU beurteilt das Gericht die Tat, die Gegenstand der Anklage oder des Antrages des Amtsstatthalters bildet. Die Strafverfügung des Amtsstatthalters, welche dem Gericht überwiesen wurde, enthält unter anderem den Sachverhalt, die Begründung und den Schlussbefund (§ 132 Ziff. 2, § 133ter Abs. 1 StPO/LU). Das auch in <ref-law> umschriebene Anklageprinzip bezweckt den Schutz der Verteidigungsrechte und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör. In der Anklage sind namentlich die Umstände aufzuführen, welche zum gesetzlichen Tatbestand gehören (<ref-ruling> E. 2c S. 22; <ref-ruling> E. 2 S. 353 f.; Urteil 1P.461/2002 vom 9. Januar 2003, E. 2.1, in: Pra 2003 Nr. 82 S. 448; je mit Hinweisen). Hinsichtlich der Vorsatzelemente genügt der Hinweis auf den gesetzlichen Straftatbestand im Anschluss an die Darstellung des Sachverhalts als zureichende Umschreibung der subjektiven Merkmale, wenn der betreffende Tatbestand nur mit Vorsatz begangen werden kann (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3c S. 355 ff. mit Hinweisen). Bei Fahrlässigkeitsdelikten sind die tatsächlichen Umstände anzuführen, aus denen sich die Pflichtwidrigkeit des vorgeworfenen Verhaltens sowie die Voraussehbarkeit und die Vermeidbarkeit des eingetretenen Erfolgs ergeben sollen. Es ist insbesondere auch darzulegen, inwiefern der Angeklagte die gebotene Vorsicht nicht beachtet hat (<ref-ruling> E. 3a/cc S. 458 f. mit Hinweisen).
1.4 Übertretungen gegen das Heilmittelgesetz können vorsätzlich (<ref-law>) oder fahrlässig (<ref-law>) begangen werden. <ref-law> erklärt Art. 6 des Bundesgesetzes über das Verwaltungsstrafrecht vom 22. März 1974 (VStrR; SR. 313.0) betreffend Widerhandlung in Geschäftsbetrieben auf die Strafverfolgung durch die kantonalen Behörden anwendbar. Nach Art. 6 Abs. 2 VStrR untersteht der Geschäftsherr, Arbeitgeber, Auftraggeber oder Vertretene, der es vorsätzlich oder fahrlässig in Verletzung einer Rechtspflicht unterlässt, eine Widerhandlung des Untergebenen, Beauftragten oder Vertreters abzuwenden oder in ihren Wirkungen aufzuheben, den Strafbestimmungen, die für den entsprechend handelnden Täter gelten.
1.5 Die Amtsstatthalterin wendete in ihrem Entscheid vom 9. Mai 2007 <ref-law> an, welcher die vorsätzliche Tatbegehung betrifft. Damit brachte sie zum Ausdruck, dass sie von einem vorsätzlichen Handeln des Beschwerdeführers als Verwaltungsrat nach Art. 6 Abs. 2 VStrR ausgeht. Der Anklagegrundsatz ist nicht verletzt, da sich aufgrund der Anklage als Vorsatzdelikt weitere Ausführungen zum Tatbestand erübrigen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3c S. 355 ff. mit Hinweisen). Der gerügte Verstoss gegen die Unschuldsvermutung fällt mit der Rüge des Anklageprinzips zusammen. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, die richterliche Unabhängigkeit nach <ref-law> sei verletzt, weil die Vorinstanz das Anklageprinzip als eingehalten erachtet, geht seine Rüge an der Sache vorbei. Denn er wendet sich nicht gegen die Behördenorganisation, sondern das Ergebnis des angefochtenen Entscheids. Der Anklagegrundsatz gewährt ihm keinen Anspruch auf eine bestimmte inhaltliche Beurteilung von Rechtsfragen.
2. Der Beschwerdeführer rügt zusammengefasst, er erfülle den objektiven und subjektiven Tatbestand der Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz nach Art. 87 Abs. 1 lit. f i.V.m. <ref-law> i.V.m. Art. 6 Abs. 2 und Abs. 3 VStrR nicht.
2. Der Beschwerdeführer rügt zusammengefasst, er erfülle den objektiven und subjektiven Tatbestand der Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz nach Art. 87 Abs. 1 lit. f i.V.m. <ref-law> i.V.m. Art. 6 Abs. 2 und Abs. 3 VStrR nicht.
2.1 2.1.1 Er macht geltend, der Wegfall der Bewilligung des Apothekenleiters, Dr. D._, habe nicht zur Folge, dass die Stellvertreterin, A._ ihre Berechtigung zur Abgabe von Heilmitteln verliere. Sie verfüge über eine eigene Bewilligung. Solange die Stellvertreterbewilligung vorliege, sei sie als Inhaberin der Bewilligung zur Abgabe von Heilmitteln berechtigt. Deshalb sei der objektive Tatbestand nicht erfüllt.
2.1.2 Die Erteilung der Detailhandelsbewilligung (Berufsausübungsbewilligung nach der Terminologie der Vorinstanz) für die Abgabe von Heilmitteln nach <ref-law> sowie die Stellvertreterbewilligung und deren Wirkung richten sich nach kantonalem Recht (angefochtenes Urteil S. 8). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rügepflicht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
2.1.3 Der Beschwerdeführer legt aus seiner Sicht dar, welche Wirkungen die Stellvertreterbewilligung habe. Er zeigt nicht auf, inwiefern die Vorinstanz die kantonalen Normen über die Stellvertreterbewilligung qualifiziert falsch ausgelegt hätte, und setzt sich nicht mit ihren Erwägungen über die Gültigkeit einer solchen Bewilligung auseinander (vgl. angefochtenes Urteil S. 8 ff.), wonach die Stellvertreterbewilligung gemäss kantonalem Recht nicht zum dauernden, selbständigen Verkauf von Heilmitteln berechtige. Auf seine Rüge ist nicht einzutreten.
2.1.3 Der Beschwerdeführer legt aus seiner Sicht dar, welche Wirkungen die Stellvertreterbewilligung habe. Er zeigt nicht auf, inwiefern die Vorinstanz die kantonalen Normen über die Stellvertreterbewilligung qualifiziert falsch ausgelegt hätte, und setzt sich nicht mit ihren Erwägungen über die Gültigkeit einer solchen Bewilligung auseinander (vgl. angefochtenes Urteil S. 8 ff.), wonach die Stellvertreterbewilligung gemäss kantonalem Recht nicht zum dauernden, selbständigen Verkauf von Heilmitteln berechtige. Auf seine Rüge ist nicht einzutreten.
2.2 2.2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe ihm als Verwaltungsratspräsidenten das tatbeständliche Handeln von A._ unter Verletzung von Bundesrecht angerechnet. Es sei eine Garantenstellung erforderlich, damit Art. 6 VStrR erfüllt sei. Die Vorinstanz habe diese Garantenstellung zu Unrecht bejaht. Die Pflicht zur Einholung einer Bewilligung treffe (nach kantonalem Recht) den jeweiligen Apotheker. Sie werde üblicherweise auf dessen Namen ausgestellt. A._ habe über eine Stellvertreterbewilligung verfügt und sei zur Abgabe von Heilmitteln berechtigt gewesen. Zudem habe er darauf vertrauen dürfen, dass die beantragten Bewilligungen zur Leitung der Apotheke rückwirkend erteilt würden.
2.2.2 Wer einziger Verwaltungsrat eines Familienunternehmens ist, als dessen Inhaber nach aussen in Erscheinung tritt, eine beherrschende Rolle einnimmt und in dieser Eigenschaft eine strafbare Handlung eines Angestellten erkennt, ist als Garant verpflichtet, für Abhilfe zu sorgen (vgl. <ref-ruling> E. II.4.a S. 174 f. mit Hinweisen).
2.2.3 Der Beschwerdeführer beanstandet die vorinstanzlichen Feststellungen zu seiner Position in der C._AG nicht. Danach leitete er die Firma als Familienunternehmen mit seiner mitangeklagten Ehefrau und trat in dieser Funktion nach aussen in Erscheinung. Er nahm eine beherrschende Stellung ein und reichte insbesondere das Bewilligungsgesuch für A._ ein. Gestützt auf die festgestellten Umstände verletzt die Vorinstanz kein Bundesrecht, wenn sie von einer Garantenstellung des Beschwerdeführers ausgeht (vgl. E. 2.2.2). Er ist als Geschäftsherr und Arbeitgeber in Verletzung seiner Rechtspflicht nicht gegen die Abgabe von Heilmitteln durch A._ eingeschritten, obwohl sie über keine Bewilligung nach <ref-law> verfügte. Damit erfüllt der Beschwerdeführer den Tatbestand von Art. 6 Abs. 2 VStrR.
2.2.3 Der Beschwerdeführer beanstandet die vorinstanzlichen Feststellungen zu seiner Position in der C._AG nicht. Danach leitete er die Firma als Familienunternehmen mit seiner mitangeklagten Ehefrau und trat in dieser Funktion nach aussen in Erscheinung. Er nahm eine beherrschende Stellung ein und reichte insbesondere das Bewilligungsgesuch für A._ ein. Gestützt auf die festgestellten Umstände verletzt die Vorinstanz kein Bundesrecht, wenn sie von einer Garantenstellung des Beschwerdeführers ausgeht (vgl. E. 2.2.2). Er ist als Geschäftsherr und Arbeitgeber in Verletzung seiner Rechtspflicht nicht gegen die Abgabe von Heilmitteln durch A._ eingeschritten, obwohl sie über keine Bewilligung nach <ref-law> verfügte. Damit erfüllt der Beschwerdeführer den Tatbestand von Art. 6 Abs. 2 VStrR.
2.3 2.3.1 Der Beschwerdeführer rügt, es fehle ihm am subjektiven Tatbestand. Die Vorinstanz verletze <ref-law> i.V.m. Art. 6 Abs. 2 VStrR. Er habe nichts von der Unwirksamkeit der Stellvertreterbewilligung gewusst. Er sei davon ausgegangen, A._ sei zur Abgabe von Heilmitteln berechtigt gewesen. Überdies habe er darauf vertrauen dürfen, dass die Behörden A._ eine rückwirkende Praxis- und Berufsausübungsbewilligung nach Heilmittelgesetz erteilen würden. Sie habe Anspruch auf eine solche Bewilligung. Diese dürfe nicht von der Bewilligung nach KVG abhängig gemacht werden.
2.3.2 Was der Täter weiss, will und in Kauf nimmt, betrifft nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung eine innere Tatsache und ist Tatfrage. Rechtsfrage ist hingegen, nach welchen tatsächlichen Voraussetzungen bewusste Fahrlässigkeit, Eventualvorsatz oder direkter Vorsatz gegeben ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.1. S. 17; <ref-ruling> E. 8.5 S. 62). Feststellungen zum Sachverhalt prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-law>).
2.3.3 Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht (<ref-law>). Er beanstandet die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz zu seinem Wissen und Willen nicht. Soweit er von diesen Feststellungen abweichende Tatsachen behauptet, ohne Willkür darzulegen, genügt die Beschwerde den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht. Auf diese Rügen ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f. mit Hinweisen). Aktenwidrig ist seine Behauptung, die Vorinstanz prüfe sein Wissen und Wollen nur in Bezug auf die Leitung der Apotheke und nicht auf die Abgabe von Heilmitteln (vgl. E. 3.2.4 des angefochtenen Entscheids: A._ durfte ohne die Bewilligung zur Leitung der Apotheke keine Heilmittel verkaufen). Nach den Feststellungen der Vorinstanz wusste der Beschwerdeführer, welcher die Korrespondenz des Bewilligungsverfahrens führte, dass A._ zur Leitung der Apotheke eine Bewilligung brauchte und ohne diese keine Heilmittel verkaufen durfte. Er war sich seiner Pflicht als Verwaltungsratspräsident, für eine Bewilligung zu sorgen, bewusst. Dennoch reichte er dem Kantonsapotheker mangelhafte und widersprüchliche Unterlagen ein. Auf diesen Umstand wurde er aufmerksam gemacht (angefochtenes Urteil E. 3.2.5.1). Vom verbindlich und nachvollziehbar festgestellten Wissen um den möglichen Erfolgseintritt schliesst die Vorinstanz zu Recht aus den im angefochtenen Entscheid aufgeführten Gründen auf das Wollen des Beschwerdeführers im Sinne der Inkaufnahme des Erfolgs. Sie durfte den Eventualvorsatz nach <ref-law> ohne Bundesrechtsverletzung bejahen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei überzeugt gewesen, dass ein Rechtsanspruch auf die beantragten Bewilligungen bestehe und dass diese rückwirkend erteilt würden. Er sei einem Rechtsirrtum im Sinne von <ref-law> unterlegen. Er sei davon ausgegangen, er handle rechtmässig nach <ref-law>. Er könne sich bezüglich der Bewilligungserteilung zudem auf Vertrauensschutz nach <ref-law> berufen. A._ habe Anspruch auf die rückwirkende Erteilung der Leitung der Apotheke. Er habe sich anwaltlich beraten lassen und langjährige einschlägige Erfahrung.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei überzeugt gewesen, dass ein Rechtsanspruch auf die beantragten Bewilligungen bestehe und dass diese rückwirkend erteilt würden. Er sei einem Rechtsirrtum im Sinne von <ref-law> unterlegen. Er sei davon ausgegangen, er handle rechtmässig nach <ref-law>. Er könne sich bezüglich der Bewilligungserteilung zudem auf Vertrauensschutz nach <ref-law> berufen. A._ habe Anspruch auf die rückwirkende Erteilung der Leitung der Apotheke. Er habe sich anwaltlich beraten lassen und langjährige einschlägige Erfahrung.
3.2 3.2.1 Wer bei der Begehung der Tat nicht weiss und nicht wissen kann, dass er sich rechtswidrig verhält, handelt nicht schuldhaft. War der Irrtum vermeidbar, so mildert das Gericht die Strafe (<ref-law>). Im Falle des Rechtsirrtums handelt der Täter in Kenntnis aller Tatumstände, d.h. vorsätzlich, er hält aber sein Tun versehentlich für erlaubt. Der Irrtum bezieht sich auf die Rechtswidrigkeit der konkreten Tat (<ref-ruling> E. 3.1 S. 241 mit Hinweisen). Für das Bewusstsein um die Rechtswidrigkeit genügt es, wenn der Täter den Tatbestand so versteht, wie es der landläufigen Anschauung eines Laien entspricht (sog. Parallelwertung in der Laiensphäre) (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 243 mit Hinweisen).
3.2.2 Der verfassungsrechtliche Vertrauensschutz nach <ref-law> verleiht einen Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Er setzt weiter voraus, dass gestützt auf berechtigtes Vertrauen nicht mehr rückgängig zu machende nachteilige Dispositionen getroffen wurden und dass nicht überwiegende öffentliche Interessen entgegenstehen (<ref-ruling> E. 4.1).
3.3 Die Vorinstanz erwägt zu Recht, die Mitteilung des Kantonsapothekers vom 14. Dezember 2004 drei Tage nach Gesuchseinreichung bzw. einen Tag vor Stellenantritt von A._ habe das Vertrauen des Beschwerdeführers in eine Bewilligungserteilung zerstört. Sie bringt damit zum Ausdruck, der Beschwerdeführer habe gewusst, dass A._ keine Heilmittel in der Apotheke abgeben dürfe. Aus der Korrespondenz mit dem Kantonsapotheker durfte der Beschwerdeführer nicht ableiten, die Bewilligung sei blosse Formsache und werde ohne Weiteres gar rückwirkend erteilt. Aufgrund dieses Schreibens kann er sich auch nicht auf Rechtsirrtum berufen. Wer von einer zuständigen behördlichen Stelle die Mitteilung erhält, die Unterlagen reichten für eine Bewilligungserteilung nicht aus, der irrt nicht über die Zulässigkeit seines Handelns. Nicht entscheidend ist, dass sich der Beschwerdeführer anwaltlich beraten liess und er einen anderen Rechtsstandpunkt einnimmt als ihm der Kantonsapotheker ausdrücklich kommunizierte. Die Mitteilung des Kantonsapothekers genügt, um auch bei einem Laien Zweifel hervorzurufen. Der Beschwerdeführer macht insoweit auch nicht geltend, die Vorinstanz habe sein Wissen und Willen in willkürlicher Weise festgestellt. Die Rüge ist unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch