Fatti:
A. Il piano regolatore del Comune di Sonvico, istituisce in località D._ un'ampia zona attrezzature pubbliche/edifici pubblici destinata a infrastrutture private d'interesse pubblico. A questa zona sono attribuite, in particolare, le particelle www e xxx, appartenenti a una fondazione che vi gestisce una casa per anziani. I due fondi sono separati da una striscia di terreno destinata alla realizzazione del tratto di strada di servizio ancora mancante per completare il collegamento tra la strada E._ (particella yyy) e la strada cantonale.
B. Il 30 maggio 2006 il Consiglio comunale di Sonvico ha adottato alcune varianti di piano regolatore presentate dal Municipio. Una prevede di rinunciare alla realizzazione del tratto di strada di servizio che attraversa la proprietà della fondazione, sostituendolo con un percorso pedonale che dev'essere coordinato con il previsto ampliamento della casa per anziani. Contro questa variante A.A._ e B.A._, proprietari di una casa di abitazione (particella zzz) situata a monte dei fondi della casa anziani, sono insorti al Consiglio di Stato del Cantone Ticino. Il ricorso è ancora pendente.
C. Il 21 agosto 2006 il Municipio di Sonvico ha deciso la dismissione da bene amministrativo in bene patrimoniale della striscia di terreno che separa i fondi della fondazione (697 m2 della particella yyy). Il 28 agosto seguente, ha poi proposto al Consiglio comunale di autorizzare la vendita della citata striscia di terreno alla fondazione e di approvare una convenzione tra questa e il Comune volta a disciplinare il progetto edificatorio e la costruzione del menzionato percorso pedonale. Il 4 ottobre 2006 il Consiglio comunale ha approvato con talune modifiche le proposte di decisioni accompagnanti il relativo messaggio. Avverso questa decisione del legislativo comunale e contro la precedente decisione del Municipio di togliere la demanialità al terreno da cedere alla fondazione, A.A._ e B.A._ sono insorti dinanzi al Consiglio di Stato. L'Esecutivo cantonale, con decisione del 21 agosto 2007, ha accolto il ricorso, ha dichiarato nulla la decisione del Municipio e ha annullato quella del Consiglio comunale. Esso ha in particolare ritenuto che la decisione municipale di declassare il terreno da cedere alla fondazione è nulla, poiché resa da un organo incompetente.
D. Il Comune di Sonvico e il presidente del Consiglio comunale si sono allora rivolti al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino. Con giudizio del 16 ottobre 2007, questo ha parzialmente accolto, in quanto ricevibile, il ricorso, annullando la decisione governativa e rinviando gli atti al Consiglio di Stato, affinché esamini nel merito l'impugnativa dei citati proprietari, coordinando la nuova decisione con quella che dovrà emanare sul ricorso inoltrato dagli stessi proprietari contro la variante di piano regolatore.
E. Avverso questa sentenza A.A._ e B.A._ presentano un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiedono di accogliere il gravame e di rinviare gli atti alla Corte cantonale affinchè si pronunci sul merito della vertenza e sulle ripetibili a carico del presidente del Consiglio comunale.
Non sono state chieste osservazioni, ma è stato richiamato l'incarto cantonale.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza (art. 29 cpv. 1 della legge federale sul Tribunale federale del 17 giugno 2005, LTF; RS 173.110). Esso vaglia quindi d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1, 249 consid. 1.1).
1.2 In concreto è manifestamente dato il ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi dell'<ref-law>, visto che non si è in presenza di una delle eccezioni previste dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.1, 353 consid. 2). I ricorrenti, tranne che per un generico accenno, non tentano neppure di spiegare perché in concreto sarebbe dato il ricorso sussidiario in materia costituzionale ai sensi dell'<ref-law>: quest'ultimo rimedio è quindi manifestamente inammissibile.
1.3 Presentato da parti che hanno partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore, direttamente toccate dalla decisione e avente un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (<ref-law>; sulla legittimazione vedi <ref-ruling> consid. 1.3, 253 consid. 3), il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (<ref-law>) e diretto contro una decisione resa da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF) è, sotto questi aspetti, ammissibile.
2. 2.1 Secondo l'<ref-law> il ricorso al Tribunale federale è ammissibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. Giusta l'<ref-law>, il ricorso è inoltre ammissibile contro le decisioni che concernono soltanto talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre (lett. a) o che pongono fine al procedimento solo per una parte dei litisconsorti (lett. b). Eccettuati i casi disciplinati dall'<ref-law>, il ricorso contro le decisioni pregiudiziali e incidentali, notificate separatamente, è ammissibile unicamente se possono causare un pregiudizio irreparabile o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF).
2.2 Il Tribunale amministrativo, negata la legittimazione a ricorrere al presidente del Consiglio comunale, ha ritenuto che la classificazione dei beni comunali nelle due categorie dei beni amministrativi e patrimoniali compete di massima al legislativo comunale, mentre al Municipio spetta il compito di conservarli e amministrarli. Secondo la Corte cantonale, la conversione di beni amministrativi in beni patrimoniali compete al legislativo comunale. Essa ha poi stabilito che la citata striscia di terreno, che serve per collegare due strade e quindi all'adempimento di un compito pubblico, rientra tra i beni amministrativi. Mediante l'adozione della variante di piano regolatore, il Consiglio comunale ha tuttavia rinunciato alla realizzazione di quest'opera, riconoscendo in tal modo, implicitamente, che il terreno non serviva più all'adempimento di un compito pubblico. A partire da questo momento, in assenza di un'esplicita pronuncia dell'organo competente circa la definizione della destinazione del terreno in questione, la sua classificazione era per lo meno divenuta incerta: la Corte cantonale ha nondimeno lasciato aperta questa questione. Il 21 agosto 2006 il Municipio ha infatti classificato la citata striscia fra i beni patrimoniali. Il Consiglio di Stato ha dichiarato nullo il provvedimento per difetto di competenza, decisione non contestata, su questo punto, dal Comune.
Oggetto di giudizio davanti alla Corte cantonale erano quindi la decisione del Consiglio comunale di vendere il menzionato terreno alla fondazione e quella di approvare una convenzione volta a realizzare un passaggio pedonale. Il Tribunale amministrativo ha stabilito che la decisione governativa di annullarle, ritenendo nulla la decisione municipale di modificare la qualifica giuridica del terreno, è manifestamente errata. Ha ritenuto che pregiudiziale per le decisioni del Consiglio comunale non era la decisione municipale di modificare la classificazione dello stesso, bensì la precedente decisione del 30 maggio 2006 del legislativo di adottare la variante di piano regolatore. Questa decisione, di natura pianificatoria, destinata a esplicare effetti anche sulla qualifica del bene comunale in discussione, è stata impugnata dai vicini A.A._ e B.A._ dinanzi al Consiglio di Stato: il ricorso era ancora pendente al momento del giudizio della Corte cantonale. Quest'ultima ha ritenuto che la pronunzia sulla legittimità della decisione del Consiglio comunale di vendere la striscia di terreno non può prescindere dall'esito del ricorso presentato dai vicini contro la variante di piano regolatore, che sopprime la strada di servizio in contestazione. Se la variante non fosse approvata, hanno aggiunto i giudici cantonali, mal si comprenderebbe infatti come potrebbe essere confermata la decisione di convertire il bene amministrativo in bene patrimoniale. Ne hanno concluso che la risoluzione governativa dev'essere annullata, poiché la decisione municipale di classificazione, sebbene nulla, non è comunque atta a invalidare le controverse decisioni del legislativo comunale. Essi hanno quindi ordinato il rinvio degli atti al Consiglio di Stato, affinchè coordini il nuovo giudizio con quello sul gravame presentato dai vicini, qui ricorrenti, contro la variante di piano regolatore.
2.3 È quindi chiaro che la decisione della Corte cantonale non pone termine alla lite: essa costituisce infatti una decisione incidentale, segnatamente una decisione di rinvio. Nemmeno costituisce, né i ricorrenti lo sostengono, una decisione parziale ai sensi dell'<ref-law>, suscettibile di essere contestata direttamente dinanzi al Tribunale federale.
2.4 La pronuncia con cui un'autorità cantonale di ricorso rinvia la causa alle istanze inferiori per nuovo giudizio costituisce, di regola, una decisione incidentale, che non comporta per gli interessati alcun pregiudizio irreparabile (<ref-ruling> consid. 1.2 e rinvii; <ref-ruling> consid. 4.2; sentenza 1C_109/2007 del 30 agosto 2007, consid. 2.5.2; Messaggio del Consiglio federale del 28 febbraio 2001 concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, FF 2001 pag. 3889; cfr. anche <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1a/bb).
3. 3.1 I ricorrenti ammettono che si è in presenza di una decisione di rinvio, ma asseriscono che la fattispecie presenterebbe alcune particolarità. Sostengono ch'essi, con ricorso del 19 ottobre 2006, avevano chiesto al Consiglio di Stato di annullare la decisione del legislativo comunale relativa alla cessione alla fondazione della citata striscia di terreno e la precedente risoluzione municipale mediante la quale la particella yyy era stata trasformata da bene amministrativo in bene patrimoniale. L'Esecutivo cantonale ha accolto il ricorso, ritenendo nulla quest'ultima decisione poiché emanata da un'autorità incompetente. Aggiungono che, parallelamente, è in corso una procedura separata inerente all'approvazione della variante di piano regolatore. Essi sostengono, richiamando la dottrina sull'art. 65 della legge ticinese per le cause amministrative del 19 aprile 1966 (LPamm; Marco Borghi/Guido Corti, Compendio di procedura amministrativa ticinese, Lugano 1997, n. 2 all'art. 65), che il contestato rinvio sarebbe ingiustificato, poiché la decisione governativa verterebbe su una questione giuridica, ossia la validità o meno della classificazione del noto terreno e come tale finale. La critica non regge già per il fatto che le premesse dell'<ref-law> non sono identiche a quelle previste dall'art. 65 cpv. 2 LPamm. D'altra parte, il predetto richiamo è incompleto, ritenuto che i citati autori, ricordato che il Tribunale amministrativo dispone di una concreta libertà di scelta in tale ambito, precisano che il rinvio appare opportuno quando la decisione necessita, come nella fattispecie, di ulteriori accertamenti di fatto.
In effetti, la conclusione dei giudici cantonali, secondo cui il giudizio sulla legittimità della decisione del Consiglio comunale di vendere il terreno in questione, per la costruzione della strada di servizio, non può prescindere dall'esito del gravame presentato contro la variante del piano regolatore che sopprime quest'opera, è corretta. Infatti, in caso di mancata approvazione, la conferma della decisione di convertire il bene amministrativo in bene patrimoniale non sarebbe comprensibile. La criticata imposta coordinazione dei giudizi governativi, che ne segue, è quindi opportuna e giustificata.
3.2 Certo, i ricorrenti aggiungono che la contestata decisione di rinvio implicherebbe, per loro, un pregiudizio irreparabile, poiché non comporterebbe soltanto un prolungamento della procedura, ma escluderebbe la possibilità di contestare in futuro la validità della criticata classificazione e le decisioni relative alla validità della cessione. Ora, impregiudicata l'applicabilità dell'<ref-law>, mal si comprende l'interesse pratico e attuale (cfr. <ref-ruling> consid. 1.2), né i ricorrenti lo spiegano, a una siffatta disamina, qualora la variante di piano regolatore non fosse approvata.
3.3 D'altra parte, l'<ref-law> riprende la regola dell'art. 87 cpv. 2 OG applicabile in materia di ricorso di diritto pubblico (Messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale del 28 febbraio 2001, FF 2001 pag. 3890). Secondo la giurisprudenza relativa all'art. 87 cpv. 2 OG, un pregiudizio era irreparabile quando era suscettibile di provocare un danno di natura giuridica che una decisione favorevole nel merito non avrebbe permesso di eliminare completamente, segnatamente con il giudizio finale (<ref-ruling> consid. 1 pag. 59; <ref-ruling> consid. 1 pag. 371; <ref-ruling> consid. 1 pag. 398; <ref-ruling> consid. 1c pag. 446 e riferimenti). Per contro, nell'ambito del ricorso di diritto amministrativo, l'impugnazione di una decisione incidentale o pregiudiziale non richiedeva l'esistenza di un danno di natura giuridica (art. 45 vPA in relazione con gli art. 97 OG e 5 PA; cfr. <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 153; <ref-ruling> consid. 1c pag. 100 e rinvii): non era nondimeno sufficiente che il ricorrente intendesse solo evitare il prolungamento della procedura o un aumento delle relative spese (DTF <ref-ruling> consid. 1c pag. 100; <ref-ruling> consid. 1c).
In giudizi resi in materia civile e penale il Tribunale federale ha considerato che il pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law> dev'essere di carattere giuridico, come sotto l'egida dell'art. 87 cpv. 2 OG (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 632; <ref-ruling> consid. 3.1 pag 291 e rinvii). Ciò premesso, taluni autori sostengono che in materia amministrativa un pregiudizio di fatto sarebbe sufficiente (in questo senso: Felix Uhlmann in: Basler Kommentar - Bundesgerichtsgesetz, Basilea 2008, n. 4 all'art. 93; Heinz Aemisegger, Der Beschwerdegang in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, in Bernhard Ehrenzeller/Rainer J. Schweizer (ed.), Die Reorganisation der Bundesrechtspflege - Neuerungen und Auswirkungen in der Praxis, San Gallo 2006, pag. 126; cfr. DTF <ref-ruling> consid. 5.2 pag. 483). La questione non deve comunque essere ulteriormente approfondita, poiché in concreto i ricorrenti non subiscono nemmeno un danno di natura fattuale ai sensi della giurisprudenza relativa al previgente ricorso di diritto amministrativo.
3.4 Del resto i ricorrenti si limitano ad affermare che la Corte cantonale avrebbe soltanto inteso sanare atti del Comune, che sarebbero nulli. Se il Tribunale amministrativo avesse reso una decisione di merito, e non di rinvio, la decisione governativa sarebbe stata, al loro dire, verosimilmente confermata ed essi avrebbero ottenuto ragione. Sotto il profilo teorico, il contestato rinvio permetterebbe ai Comuni di adottare atti nulli e consentirebbe loro di sanarli a posteriori. Con quest'argomentazione i ricorrenti disattendono che il Tribunale federale, come già sotto l'egida dell'OG, non deve occuparsi di questioni meramente teoriche (cfr. <ref-ruling> consid. 1.2).
3.5 I ricorrenti sostengono infine, pure a torto, che il ricorso sarebbe eccezionalmente ammissibile, poiché la decisione di rinvio non lascerebbe alcuna libertà di azione al Consiglio di Stato (vedi al riguardo <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 412 e rinvii; <ref-ruling> consid. 1b). È manifesto che il Consiglio di Stato potrà decidere liberamente i ricorsi sottopostigli. Esso dovrà infatti emanare nuove decisioni, che potranno se del caso ancora essere contestate dinanzi alla Corte cantonale. Il giudizio dell'ultima istanza cantonale potrà a sua volta essere oggetto di un'impugnativa al Tribunale federale (<ref-law>). Ne segue che il ricorso non può essere esaminato nel merito.
3.6 Questa conclusione si giustifica anche in considerazione delle finalità perseguite dall'<ref-law>, che i ricorrenti parrebbero misconoscere, adottato, come il previgente 87 OG, per esigenze di economia processuale e che mira a evitare che il Tribunale federale debba occuparsi più volte della medesima procedura (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 1.1).
3.7 Visto l'esito del ricorso, la conclusione ricorsuale di invitare la Corte cantonale a pronunciarsi sulle ripetibili a carico del presidente del Consiglio comunale non può essere esaminata, né, non essendo stata modificata la decisione impugnata, il Tribunale federale può pronunciarsi al riguardo (<ref-law>). I ricorrenti potranno semmai riproporre questa tematica davanti al Tribunale amministrativo cantonale.
4. Ne segue che i ricorsi sono inammissibili. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. I ricorsi sono inammissibili.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione alla patrocinatrice dei ricorrenti, al Municipio e al presidente del Consiglio comunale di Sonvico, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.