Faits:
A. JohnsonDiversey Europe B.V., Utrecht (ci-après: JohnsonDiversey Europe) est une société dont le but est l'import-export, la fabrication, le traitement et le commerce de marchandises, principalement de produits de nettoyage. Elle dispose d'une succursale dans le canton de Thurgovie, à Münchwilen, inscrite au registre du commerce sous la désignation JohnsonDiversey Europe B.V., Utrecht, Zweigniederlassung Münchwilen.
B. Le 4 octobre 2002, JohnsonDiversey Europe a demandé, pour sa succursale JohnsonDiversey Europe B.V., Utrecht, Zweigniederlassung Münchwilen, l'inscription du nom commercial et de l'enseigne "JohnsonDiversey Schweiz" auprès du registre du commerce du canton de Thurgovie. Celui-ci a procédé à l'inscription requise et l'a transmise à l'Office fédéral du registre du commerce (ci-après: OFRC) pour approbation.
Le 15 octobre 2002, l'OFRC a refusé de donner son approbation et a avisé l'autorité cantonale qu'il suspendait électroniquement l'inscription.
Le 7 novembre 2002, JohnsonDiversey Europe a interjeté un recours de droit administratif auprès du Tribunal fédéral contre l'annonce de suspension de l'OFRC du 15 octobre 2002. L'OFRC a conclu à l'irrecevabilité du recours.
Dans sa réplique devant le Tribunal fédéral, JohnsonDiversey Europe, tout en maintenant sa position selon laquelle l'acte du 15 octobre 2002 émanant de l'OFRC constituait une décision finale, a manifesté sa volonté d'obtenir de l'OFRC une décision formelle concernant l'inscription litigieuse au registre du commerce de Thurgovie.
Par décision du 28 mars 2003 adressée au mandataire de JohnsonDiversey Europe, l'OFRC a déclaré ne pas approuver l'inscription n° 3612 du journal du 14 octobre 2002 du registre du commerce de Thurgovie concernant JohnsonDiversey Europe B.V., Utrecht, Zweigniederlassung Münchwilen. L'Office a toutefois soumis sa décision à la condition que le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur le recours du 7 novembre 2002.
Par arrêt du 25 juin 2003 dont le dispositif a été notifié aux parties le 3 juillet 2003, la Cour de céans a déclaré irrecevable le recours déposé le 7 novembre 2002 par JohnsonDiversey Europe.
C. Le 1er septembre 2003, JohnsonDiversey Europe a interjeté un recours de droit administratif au Tribunal fédéral à l'encontre de la décision de l'OFRC du 28 mars 2003. Elle a conclu, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de la décision attaquée et à ce que l'inscription "JohnsonDiversey Schweiz, JohnsonDiversey Suisse, JohnsonDiversey Switzerland" soit ordonnée en tant que nom commercial et en tant qu'enseigne au registre du commerce de Thurgovie.
L'OFRC a proposé le rejet du recours, avec suite de frais.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Dans la décision entreprise, l'OFRC a avisé formellement la recourante de son refus d'approuver l'inscription au registre du commerce des désignations spéciales destinées à la succursale thurgovienne lui appartenant. La société à qui le refus a été signifié a donc qualité pour interjeter un recours de droit administratif au Tribunal fédéral à l'encontre de cette décision, en application de l'art. 5 al. 1 de l'ordonnance du 7 juin 1937 sur le registre du commerce (ORC; RS 221.411) et des art. 97, 98 let. c et 103 let. a OJ.
1.2 En dépit de l'autonomie dont elle dispose, une succursale est dépourvue d'existence juridique et n'a pas la capacité d'ester en justice, ni celle d'être poursuivie; la jurisprudence admet toutefois la possibilité pour la succursale d'intervenir dans une procédure, mais au nom de la société en vertu d'un pouvoir de représentation spécial (cf. <ref-ruling> consid. 1a). La recourante faisant état d'un tel pouvoir, la succursale de Münchwilen peut apparaître dans la présente procédure, mais seulement en qualité de représentante de la société basée à Utrecht.
1.3 Il est possible de prononcer une décision conditionnelle sous l'angle du droit administratif (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 223; Moor, Droit administratif, vol. II, 2e éd. Berne 2002, p. 78). Tel est le cas de la décision entreprise, qui était soumise à la condition que le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur le recours pendant du 7 novembre 2002. Cette condition s'est en l'occurrence réalisée, puisque, par arrêt du 25 juin 2003 dont le dispositif a été notifié aux parties le 3 juillet 2003, le Tribunal fédéral a rendu une décision d'irrecevabilité. Il y a donc lieu de considérer que le présent recours, qui a été déposé dans le délai de trente jours à partir de cette notification, l'a été en temps utile compte tenu des féries (art. 32, 34 al. 1 let. b et 106 al. 1 OJ) et dans les formes requises (art. 108 OJ), de sorte qu'il est en principe recevable.
2. Selon l'art. 104 let. a OJ, le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation. Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral, qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (<ref-ruling> consid. 2b). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer l'arrêté attaqué pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; <ref-ruling> consid. 3.4; <ref-ruling> consid. 1.2.2).
Lorsque le recours est dirigé, comme en l'espèce, contre une décision n'émanant pas d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral peut revoir d'office les constatations de fait (art. 105 al. 1 OJ). En pareil cas, la possibilité d'alléguer des faits nouveaux et de faire valoir de nouveaux moyens de preuve dans le cadre de l'acte de recours est généralement admise (cf. <ref-ruling> consid. 1 in fine p. 457). Rien ne s'oppose donc en principe à la prise en considération des faits ressortant du recours et des documents annexés à cette écriture (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2b p. 331 et les arrêts cités). Du reste, l'autorité intimée a souligné, dans sa réponse, que les faits présentés par la recourante n'étaient pas contestés.
3. En vertu de l'<ref-law>, le préposé au registre du commerce transmet à l'OFRC, au plus tard le jour qui suit l'inscription, une copie de celle-ci. Cet office examine les inscriptions et, s'il constate qu'elles sont conformes aux prescriptions, il en ordonne la publication (cf. <ref-law>). S'il refuse d'approuver une inscription, il en informe sans délai le préposé intéressé et lui indique les motifs de son refus (<ref-law>).
La décision attaquée fait suite à cette procédure et constitue la confirmation formelle et définitive du refus de l'OFRC d'approuver l'inscription au registre du commerce de la désignation "JohnsonDiversey Schweiz" en tant que nom commercial et enseigne se rapportant à la succursale de la recourante basée dans le canton de Thurgovie.
4. 4.1 A l'appui de son refus, l'OFRC relève en substance que l'utilisation de cette désignation risque de tromper les tiers sur la nature juridique de l'entreprise établie en Suisse, car ceux-ci pourraient légitimement croire que cette entité constitue un sujet de droit autonome capable de nouer des relations juridiques indépendantes, alors qu'en réalité il ne s'agit que d'une succursale, sans personnalité juridique.
4.2 La recourante soutient, pour sa part et en résumé, que les motifs avancés par l'autorité intimée sont injustifiés. De son point de vue, "JohnsonDiversey Schweiz" serait un nom commercial admissible selon la loi, les directives, ainsi que la pratique de l'OFRC, et il en irait a fortiori de même de son utilisation comme enseigne. En outre, la décision attaquée violerait le principe de la légalité et de la bonne foi, car elle serait en contradiction avec les directives et les règles édictées par l'OFRC lui-même.
5. 5.1 La recourante est une société étrangère qui dispose d'une succursale en Suisse. En vertu de l'<ref-law>, cette succursale est en principe régie par le droit suisse. On peut toutefois se demander si, en application de l'art. 155 let. d LDIP, le nom ou la raison sociale de la succursale suisse d'une société étrangère ne relève pas en définitive du droit de la société principale (cf. Küng/Meisterhans/Zenger/Bläsi/Nussbaum, Kommentar zur Handelsregisterverordnung, Handbuch für das Handelsregister, vol. VII, Zurich 2000, N. 6 ad <ref-law>; Vischer, IPRG-Kommentar, Zurich 1993, n. 11 s. ad <ref-law>; Dutoit, Commentaire de la loi fédérale du 18 décembre 1987, 3e éd. Bâle 2001, n. 1 s. ad <ref-law>). Cette question peut demeurer indécise, car le litige se limite à l'inscription au registre du commerce suisse du nom commercial et de l'enseigne choisis pour la succursale de la recourante se trouvant en Suisse. Dans un tel cas de figure, c'est exclusivement en fonction des prescriptions impératives du droit public suisse régissant le registre du commerce qu'il convient de se prononcer sur l'inscription litigieuse (cf. <ref-ruling> consid. 3b p. 282; <ref-ruling> consid. 1, 110 consid. 2; <ref-ruling> consid. 1).
5.2 Le nom commercial est une désignation spéciale qui s'attache à qualifier l'entreprise en tant que telle, sans lien avec le local affecté au commerce (Küng, Commentaire bernois, N. 296 ad <ref-law>). L'enseigne commerciale se rapporte en revanche au local affecté au commerce (cf. Meier-Hayoz/Forstmoser, Schweizerisches Gesellschaftsrecht, 9e éd., Berne 2004 [recte: 2003], p. 164 nos 21 et 23; OFRC, Guide à l'attention des autorités du registre du commerce concernant l'examen des raisons de commerce et des noms, Berne, janvier 1998, no 200 ss p. 37).
Il ressort du texte de l'<ref-law> que l'inscription au registre du commerce de ces deux désignations spéciales est facultative, ce qui signifie que l'intéressé est libre d'en demander l'inscription, mais qu'il est en droit de l'obtenir, lorsque les conditions en sont remplies (Vianin, L'inscription au registre du commerce et ses effets, thèse Fribourg 2000, p. 127). Cette inscription n'a qu'une fonction de preuve (Küng, op. cit., n. 298 ad <ref-law>); elle ne confère aucun droit à l'usage exclusif (art. 48 2e phrase ORC).
5.3 Les noms commerciaux et les enseignes ne doivent pas forcément correspondre à la raison de commerce (Meier-Hayoz/Forstmoser, op. cit., p. 164 no 22; Guide de l'OFRC précité, nos 201 et 204 p. 37). Toutefois, leur contenu est soumis à des exigences semblables (cf. Küng, op. cit., n. 299 ad <ref-law>; Bühler, Grundlagen des materiellen Firmenrechts, thèse Zurich 1991, p. 84). Ainsi, l'art. 48 in fine ORC renvoie aux dispositions concernant la formation des raisons de commerce, notamment à l'<ref-law>, qui prévoit que toutes les inscriptions au registre du commerce doivent être conformes à la vérité et ne rien contenir qui soit de nature à induire en erreur ou contraire à un intérêt public.
L'interdiction des indications fallacieuses ou trompeuses est en particulier violée lorsqu'un public moyen peut tirer des conclusions erronées quant au siège, à la nature de l'entreprise ou quant à son genre d'activité. Il importe peu qu'il existe une volonté de tromper ou que le responsable ait été conscient du risque d'erreur (<ref-ruling> consid. 4b p. 226 et les références citées). Ce risque ne doit pas être examiné de façon abstraite, mais en fonction des circonstances particulières du cas d'espèce (arrêt du Tribunal fédéral 4A.5/2000 du 25 janvier 2001, publié in sic! 4/2001 p. 327, consid. 4a; <ref-ruling> consid. 4b/bb p. 197; <ref-ruling> consid. 1b p. 61; <ref-ruling> consid. 4).
L'examen de la conformité d'une inscription avec l'<ref-law> est une question d'appréciation. Conformément à l'art. 104 let. a OJ, le Tribunal fédéral ne substitue pas sa propre appréciation à celle de l'OFRC, mais n'intervient qu'en cas d'abus (cf. <ref-ruling> consid. 4a). Il vérifie donc seulement que l'autorité s'est laissée guider par des critères objectivement déterminants et qu'elle a fondé sa décision sur le droit et l'équité (ATF <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2b p. 266; <ref-ruling> consid. 2b in fine).
Il convient ainsi d'examiner si, compte tenu des circonstances, l'OFRC a abusé de son pouvoir d'appréciation en refusant, sur la base de l'<ref-law>, l'inscription au registre du commerce de la désignation "JohnsonDiversey Schweiz" en tant que nom commercial et enseigne de la succursale en Suisse de la recourante.
6. 6.1 La notion de succursale a des contours imprécis et il n'est pas facile pour un agent économique de s'assurer que l'établissement avec lequel il est en relation présente bien les caractéristiques d'une succursale (Vianin, op. cit., p. 314). Cette difficulté est accrue lorsque le siège de l'entreprise auquel se rattache la succursale se trouve à l'étranger. En ce domaine, l'<ref-law> impose des exigences particulières quant à la désignation de la raison de commerce des succursales (al. 1), qui sont renforcées lorsque le siège de l'entreprise est à l'étranger (al. 2). Cet alinéa, repris textuellement à l'<ref-law>, prévoit que, dans cette hypothèse, la raison de la succursale indiquera en outre le siège de l'établissement principal, celui de la succursale et la désignation expresse de celle-ci avec sa qualité. En d'autres termes, l'inscription au registre du commerce de la succursale suisse d'une entreprise dont le siège principal se trouve à l'étranger doit indiquer, sans qu'il n'y ait d'ambiguïté, qu'il s'agit d'une succursale. Il n'est pas admissible d'utiliser des expressions qui laisseraient planer un doute (Rebsamen, Das Handelsregister, 2e éd., Zurich 1999, no 1552 p. 355; en ce sens également: Gauch, Der Zweigbetrieb im schweizerischen Zivilrecht, Zurich 1974, no 1480).
6.2 L'emploi de désignations nationales et territoriales, anciennement prohibé, est libre depuis le 1er janvier 1998, pour autant que celles-ci soient conformes à la vérité, qu'elles ne revêtent pas un caractère trompeur et qu'elles soient compatibles avec l'intérêt public (Altenpohl, Commentaire bâlois, n. 24 ad <ref-law>; Meier-Hayoz/Forstmoser, op. cit., p. 178 s. no 88). Selon l'OFRC, des désignations géographiques peuvent être utilisées lorsqu'elles servent à individualiser les sociétés qui font partie d'un groupe, à condition qu'une telle désignation corresponde au rayon d'influence territoriale de la société membre du groupe, tel qu'il ressort du but de la société, ou que les sociétés membres du groupe ne portent pas la même raison de commerce (Guide de l'OFRC précité, no 54 ss p. 9 s.). Les filiales suisses d'un groupe de sociétés dont la maison-mère se trouve à l'étranger, peuvent ainsi ajouter la désignation "Suisse" ou "Schweiz" à leur raison de commerce, en particulier pour délimiter leur rayon d'activité (cf. Altenpohl, op. cit., n. 25 ad <ref-law>; Küng, op. cit., n. 167 ad <ref-law>). En revanche, les instructions de l'OFRC ne peuvent être comprises comme s'appliquant également aux succursales, dont on a vu que les raisons doivent contenir les mentions obligatoires prévues à l'<ref-law> (cf. supra consid. 6.1). L'énumération de ces différentes catégories d'entreprises dans l'annuaire téléphonique démontre du reste que la mention "Suisse" ou "Schweiz" est caractéristique des filiales et non des succursales. On peut lire, par exemple, Crédit Agricole Indosuez (Suisse) S.A., Opel Suisse S.A., Campari Schweiz AG, IBM (Schweiz) AG pour désigner les filiales situées en Suisse de groupes de sociétés dont la maison-mère est à l'étranger, alors que les succursales en Suisse de sociétés étrangères se présentent ainsi: Citibank, N.A., New York, succursale de Genève, Banque Ippa & Associés Luxembourg, succursale de Lausanne, Agridec (Bruxelles), succursale de Genève, Tunnel Services Limited, succursale de Genève, etc.
Il en découle que le public suisse moyen risque d'être induit en erreur par l'utilisation du nom commercial "JohnsonDiversey Schweiz" pour désigner une succursale appartenant à une société étrangère. En effet, même si, en vertu de l'<ref-law>, la raison de commerce de la succursale, telle qu'inscrite au registre du commerce et qui comporte les mentions obligatoires prévues par l'<ref-law>, doit figurer de manière complète et inchangée sur les lettres, les bulletins de commande et les factures, ainsi que les communications des sociétés, l'utilisation complémentaire notamment du nom commercial et de l'enseigne est aussi admissible. La probabilité existe ainsi qu'un lecteur moyennement attentif ne retienne que la désignation la plus simple mise en évidence, en l'occurrence "JohnsonDiversey Schweiz". Or, cette désignation peut, à tort, lui faire croire à l'existence d'une filiale suisse d'un groupe international de sociétés, alors qu'il ne s'agit que d'une succursale, soit d'une entité sans personnalité juridique.
Un tel risque de confusion n'est pas conforme à l'interdiction des indications fallacieuses ou trompeuses que le nom commercial doit également respecter (cf. supra consid. 5.3). L'entreprise doit ainsi faire en sorte que "l'étiquette qu'elle utilise pour se présenter corresponde à son contenu", car les tiers qui sont en contact avec une société doivent pouvoir en déduire sa structure et le type de responsabilité qui en découle (cf. Meier-Hayoz/Forstmoser, op. cit., p. 172 no 55). Or, comme on vient de le voir, le nom commercial proposé par la recourante peut, pour le public moyen, faire penser à l'existence d'une autre forme juridique de société que celle en présence, ce qui est contraire aux principes de clarté et de véracité que doit respecter le registre du commerce (Meier-Hayoz/Forstmoser,, op. cit., p. 176 no 76; cf. Hilti, Firmenrecht, in Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, vol. III, Bâle 1996, p. 242).
Il résulte de ce qui précède que le refus de l'OFRC d'approuver l'inscription au registre du commerce du nom de la succursale suisse de la recourante repose sur des motifs objectifs liés au risque de confusion avec l'existence d'une filiale et n'apparaît pas contraire au droit ou à l'équité. Certes, il faut relever qu'il s'agit d'un cas limite, mais, comme il l'a été souligné (cf. supra consid. 5.3), l'OFRC jouit en cette matière d'un pouvoir d'appréciation et le Tribunal fédéral n'a pas à se substituer à cette autorité, mais il doit se limiter à intervenir en cas d'abus. En l'occurrence, on ne discerne pas d'abus dans la manière dont l'OFRC a exercé son pouvoir d'appréciation en refusant l'inscription en cause, de sorte que la décision attaquée doit être confirmée en ce qui concerne le nom commercial.
6.3 L'enseigne étant soumise aux mêmes exigences que le nom commercial (cf. <ref-law>), on ne peut, pour les mêmes motifs, faire grief à l'OFRC d'avoir aussi refusé l'inscription de la désignation proposée en qualité d'enseigne.
6.4 La décision de l'OFRC étant conforme aux dispositions légales applicables, les critiques de la recourante selon lesquelles la décision attaquée ne correspondrait ni aux directives ni à la pratique de l'autorité intimée ne sont pas pertinentes. Même si ces inscriptions avaient été accordées à tort, la recourante n'en tirerait d'ailleurs pas un droit à être à son tour traitée de manière illégale (cf. <ref-ruling> consid. 3c p. 217 s.). Au demeurant, comme on l'a vu, les directives de l'OFRC, en particulier les indications concernant les groupes de sociétés, visent les filiales suisses de sociétés dont la maison-mère se situe à l'étranger et non les succursales situées en Suisse d'entreprises étrangères (cf. supra consid. 6.2). En outre, les exemples tirés de la pratique de l'OFRC dont cherche à se prévaloir la recourante ne démontrent pas de contradiction dans la position de l'office, car les noms commerciaux de succursales cités ne contiennent pas de référence qui pourrait faire penser à l'existence d'une filiale en Suisse, plutôt que d'une succursale. II s'agit pourtant de l'élément déterminant qui justifie en l'espèce le refus de l'inscription des désignations spéciales proposées par la recourante.
6.5 Enfin, comme on ne discerne aucune violation de la loi ni de contradiction entre la décision attaquée et les directives, ainsi que la pratique de l'OFRC, les critiques de la recourante concernant la violation du principe de la légalité et de la bonne foi par l'autorité intimée sont privées de tout fondement.
Le recours doit par conséquent être rejeté.
7. Les frais seront mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 156 al. 1 OJ). Aucun dépens ne sera alloué à l'office fédéral, qui n'a pas droit à être indemnisé pour ses frais de procès (art. 159 al. 2 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie à la recourante et à l'Office fédéral du registre du commerce.
Lausanne, le 28 novembre 2003
Au nom de la Ire Cour civile
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: