Faits:
A. La société X._ SA, précédemment Y._ SA (ci-après la contribuable), a pour but l'exploitation d'un bureau d'architectes et de services dans les domaines des projets, de l'exécution, de l'assistance et de la conduite des projets, des systèmes informatiques du bâtiment et de l'immobilier, ainsi que dans les domaines de l'aménagement du territoire, de la recherche et des études générales, des expertises et des conseils. Elle a son siège à A._, dans le canton de Genève.
Selon la déclaration fiscale de la contribuable du 10 août 2006 et le compte de pertes et profits 2005 qui y était annexé, les honoraires encaissés en 2005 s'étaient élevés à CHF 3'046'681.- et le chiffre d'affaires à CHF 2'926'448.-, pour un bénéfice de CHF 108'937.-.
Le 5 septembre 2006, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après l'Administration cantonale) a établi le bordereau pour l'impôt cantonal et communal 2005 de la société en se fondant sur les montants déclarés. L'impôt dû à ce titre se montait à CHF 28'300.-. Quant à l'impôt fédéral direct pour 2005, il s'élevait à CHF 9'256.50 selon bordereau du 12 septembre 2006.
B. Le 20 février 2007, l'Administration cantonale a ouvert une procédure de contrôle à l'encontre de la contribuable pour l'année fiscale 2005. A l'issue de la procédure et par courrier du 29 août 2008, elle l'a informée qu'elle envisageait de procéder à une reprise pour 2005 en raison des factures et travaux en cours suivants:
Date de la facture
Dates des travaux
Montant facturé
08.05.2006
01.05.-31.10.2005
790'860.-
02.02.2006
01.06.-31.12.2005
167'303.-
06.02.2006
01.08.-31.12.2005
15'352.-
06.02.2006
01.01.-31.12.2005
428'688.-
06.02.2006
01.01.-31.12.2005
102'222.-
24.02.2006
01.01.2005-31.03.2006
326'465.-
dont 258'743.-
pour travaux en 2005
Selon l'Administration cantonale, la première facture, comptabilisée en 2006, permettait une économie d'impôt en 2005. Les deux factures suivantes entraînaient une double économie d'impôt, car elles n'étaient comptabilisées ni en 2005 ni en 2006 alors que les charges y relatives l'étaient. Les dernières factures permettaient quant à elles de réaliser une économie d'impôt en 2005, puisque leur produit était réparti entre 2005 et 2006, alors qu'elles n'étaient comptabilisées qu'en 2006.
La contribuable a accepté la reprise globale envisagée de CHF 700'000.- environ pour l'exercice 2005, tout en contestant l'accusation de soustraction d'impôt.
Le 23 décembre 2008, l'Administration cantonale a notifié à la contribuable un supplément d'impôt cantonal et communal 2005 de CHF 171'443.35 avec des intérêts de retard de CHF 12'023.90 et une amende de CHF 57'147.-, équivalant au tiers de l'impôt soustrait. Le supplément pour l'impôt fédéral direct 2005 était de CHF 61'098.- avec des intérêts de retard de CHF 5'356.-, et une amende de CHF 20'366.-. L'Administration cantonale se fondait sur les factures émises les 2 et 6 février, ainsi que le 8 mai 2006, pour un total de CHF 1'546'945.-, prises en compte à bien plaire à raison de 50 %, de sorte que le total de la reprise s'élevait à CHF 718'840.-.
Ne contestant pas la reprise, la contribuable a élevé réclamation contre les amendes relatives aux impôts cantonal et communal et à l'impôt fédéral direct, ainsi que contre le décompte des intérêts effectué pour les impôts cantonal et communal. Cette réclamation a été rejetée le 4 février 2009. Par deux recours du 5 mars 2009, concernant l'un l'amende et les intérêts relatifs à l'impôt cantonal et communal 2005 et l'autre l'amende relative à l'impôt fédéral direct 2005, la contribuable a porté l'affaire devant les commissions cantonales de recours en matière d'impôts, devenues la Commission cantonale de recours en matière administrative, à laquelle a succédé le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance (ci-après le TAPI). Celui-ci a admis les recours par jugement du 14 juin 2011 et annulé le deux bordereaux d'amende. Sur la base consolidée des exercices fiscaux 2005 et 2006, le TAPI a considéré qu'il n'y avait pas eu d'atteinte aux intérêts patrimoniaux de la collectivité publique, de sorte qu'une des conditions à la réalisation d'une soustraction d'impôt faisait défaut. Il a également renvoyé le dossier à l'Administration cantonale, afin qu'elle procède à un nouveau calcul des intérêts s'agissant des impôts cantonal et communal.
L'Administration cantonale a recouru contre ce jugement auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après la Cour de justice). Par arrêt du 31 juillet 2012, cette dernière a admis le recours, annulé le jugement du TAPI du 14 juin 2011, rétabli les décisions sur réclamation du 4 février 2009, et donné acte à l'Administration cantonale de ce qu'elle acceptait de corriger le calcul des intérêts dus au titre de l'impôt cantonal et communal 2005 et de rembourser à la contribuable la somme de CHF 12'262.80 selon un décompte établi le 26 juillet 2011. La Cour de justice a considéré, en substance, qu'il n'était pas admissible, sans violer le principe de l'étanchéité des exercices fiscaux, de prendre en considération la base consolidée de deux périodes. La contribuable avait par ailleurs indiqué elle-même que les factures litigieuses n'avaient pas été comptabilisées en 2005 en raison "de la volonté de son conseil d'administration de ne pas chiffrer les travaux en cours à la fin d'exercice et de considérer ces derniers comme des réserves latentes", ce qui démontrait l'intention de diminuer artificiellement le bénéfice déclaré en 2005. Selon la Cour de justice, la soustraction intentionnelle était par conséquent avérée. La quotité de l'amende ayant été fixée au minimum prévu par les dispositions applicables, le principe de proportionnalité avait en outre été respecté.
C. Par acte du 14 septembre 2012, la contribuable dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt de la Cour de justice du 31 juillet 2012.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de l'arrêt attaqué. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contribution se rallie aux observations de l'Administration cantonale et conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
I. Recevabilité
1. La Cour de Justice a rendu un seul arrêt valant pour les deux amendes prononcées, l'une en matière d'impôts cantonal et communal, l'autre concernant l'impôt fédéral direct, ce qui est admissible, dès lors que l'amende pour soustraction fiscale est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.; arrêt 2C_918/2012 du 11 février 2013 consid. 1). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher à la recourante d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux amendes dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'impôt fédéral direct (2C_908/2012), l'autre les impôts cantonal et communal (2C_907/2012). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF [RS 273]).
2. Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>) ne tombant pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'<ref-law> (cf. <ref-law> [RS 642.11] et art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). Le recours concerne en effet une soustraction d'impôt, soit une matière harmonisée (cf. <ref-law>). La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. <ref-law>). Le recours a en outre été déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et <ref-law>).
La recourante, bien que représentée par deux avocats, prend des conclusions qui portent uniquement sur l'annulation de l'arrêt attaqué. Des conclusions purement cassatoires ne sont en principe pas suffisantes (<ref-law>). Dès lors que l'on comprend qu'en concluant à l'annulation de l'arrêt attaqué, la recourante requiert l'annulation des amendes prononcées à son encontre tout en ne remettant pas en cause la partie de l'arrêt qui lui donne raison sur les intérêts, il y a lieu de ne pas se montrer trop formaliste et d'admettre la recevabilité du recours (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 317; <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 414 s.).
Il convient donc d'entrer en matière.
3. D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, lorsque les dispositions de la LHID laissent une marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.), dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'<ref-law>.
4. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (cf. pour cette notion <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560; arrêt 2C_122/2012 du 1er novembre 2012 consid. 3.1) - ou en violation du droit (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
II. Impôt fédéral direct
5. Le litige ne concerne pas la reprise d'impôt effectuée, mais uniquement l'amende prononcée pour soustraction fiscale.
5.1 Aux termes de l'<ref-law> (RS 642.11), le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète, est puni d'une amende. En règle générale, l'amende est fixée au montant de l'impôt soustrait. Si la faute est légère, l'amende peut être réduite jusqu'au tiers de ce montant; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (<ref-law>). Pour qu'une soustraction fiscale soit réalisée, trois éléments doivent dès lors être réunis: la soustraction d'un montant d'impôt, la violation d'une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier (arrêt 2C_664/2008 du 4 février 2009 consid. 2 non publié aux <ref-ruling>). La recourante conteste la réalisation de ces éléments constitutifs.
5.2 La recourante nie en premier lieu avoir violé une obligation légale. Elle soutient que ni le droit fiscal ni le droit comptable en vigueur en 2005 ne l'obligeaient à facturer chaque année ses travaux de longue durée en cours ou à les comptabiliser.
5.2.1 D'après l'<ref-law>, le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent. Il s'ensuit que le bénéfice imposable est, sous réserve des règles correctrices prévues notamment par l'art. 58 al. 1 let. b et c LIFD, celui qui ressort de la comptabilité commerciale, dont le contenu, pour autant qu'il soit conforme au droit commercial, est contraignant pour l'autorité fiscale en vertu du principe de l'autorité du bilan commercial, si bien que, pour autant que les autres conditions soient remplies, une soustraction est commise dès qu'il y a irrégularité dans la comptabilité (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 88).
5.2.2 En l'absence d'une réglementation expresse contraire, le droit applicable à la taxation est celui en vigueur pendant la période fiscale en cause. Le rappel d'impôt relevant du droit matériel, le droit applicable obéit aux mêmes règles (cf. arrêt 2C_620/2012 du 14 février 2013 consid. 3.1). Le présent litige porte sur la période fiscale 2005. C'est par conséquent le droit comptable antérieur à la révision du 23 décembre 2011 (RO 2012 6679) qui est applicable (cité ci-après aCO).
La comptabilisation est soumise à un certain nombre de principes. Le principe de sincérité représente l'un des buts même des comptes annuels, comme cela ressort de l'exigence de transparence figurant à l'art. 959 aCO. En vertu de la sincérité matérielle, il est ainsi interdit d'omettre purement et simplement un actif dans les comptes pour créer une réserve latente (cf. PIERRE-MARIE GLAUSER, Apports et impôt sur le bénéfice, 2005, p. 55; PETER BÖCKLI, Aktienrecht, 4e éd. 2009, § 8 n° 899; PETER BRÜLISAUER/FLURIN POLTERA, in Zweifel/Athanas (éd.), Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2e éd. 2008, n° 23 ad <ref-law>). Le principe de l'intégralité découle du principe de sincérité. Il exige que tous les faits économiques qui ont un effet sur les capitaux engagés soient prise en compte, aussi bien dans le bilan que dans le compte de profits et pertes. Les comptes ne doivent ainsi ni taire, ni escamoter des éléments essentiels (cf. <ref-law>; GLAUSER, op. cit., p. 56; BÖCKLI, op. cit., § 8 n° 115). Le principe de prudence pousse à une approche pessimiste dans les différents aspects de la démarche comptable; en cas d'hésitation sur l'évaluation, c'est ainsi la valeur la plus basse qui doit être retenue (cf. art. 662a al. 2 ch. 3 aCO; GLAUSER, op. cit., p. 56; BRÜLISAUER/POLTERA, op. cit., n° 26 ad <ref-law>). Le principe de périodicité réclame que la comptabilité soit bouclée périodiquement et que les revenus et les charges de l'entreprise soient alloués aux différentes périodes comptables (cf. arrêt 2A.108/2004 du 31 août 2005 consid. 3; GLAUSER, op. cit., p. 57; BRÜLISAUER/POLTERA, op. cit., n° 43 ad <ref-law>; ROBERT DANON, in Yersin/Noël (éd.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 75 ad art. 57-58 LIFD). Le principe de réalisation permet de déterminer le moment où un revenu peut et doit être comptabilisé. Un produit est ainsi inscrit au compte de résultats lorsque la société acquiert un droit juridique ferme et exécutable envers sa contrepartie. Dans le cas d'honoraires résultant de contrats de mandat, une telle prétention est acquise au moment où le mandat confié a été porté à son terme ou, par facilité, au moment de la facturation. Pour pouvoir se baser sur la facturation, il est cependant nécessaire que celle-ci ne soit pas artificiellement retardée (cf. arrêt 2C_157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.1, in RDAF 2011 II 418; GLAUSER, op. cit., p. 58; BÖCKLI, op. cit., § 8 n° 124; BRÜLISAUER/POLTERA, op. cit., n° 28 ad <ref-law>). Lorsque des revenus de l'année en cours ne sont encaissés qu'après la clôture du bilan, la pratique comptable recourt à l'utilisation d'actifs transitoires anticipés, comptabilisés sous les postes transitoires classiques (cf. LUKAS HANDSCHIN, Rechnungslegung im Gesellschaftsrecht, 2013, n° 319).
5.2.3 Dans ce contexte, un problème particulier émane des "activités en cours", soit des prestations non encore terminées, en particulier dans les contrats portant sur une longue durée. La pratique comptable moderne se réfère à cet égard à la méthode de "percentage-of-completion", et recommande que le revenu soit comptabilisé en fonction de la progression du travail (cf. BÖCKLI, op. cit., § 8 n° 124). Selon la pratique classique en revanche, dans la mesure où la facturation n'a pas eu lieu, le gain relatif à ces contrats doit être activé seulement dans la mesure de son "coût de revient" (cf. art. 666 al. 1 aCO; arrêts 2C_157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 4.2; 2A.196/1988 du 30 août 1989 consid. 3b; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 2001, n° 69 ad <ref-law>; MATHIAS OERTLI, Angefangene Arbeiten beim Jahresabschluss, 1988, p. 67 s.; HEINRICH SCHWÄGLER, Die Besteuerung von Eigenleistungen im Geschäftsvermögen, 1994, p. 83 s.; MARKUS WEIDMANN, Einkommensbegriff und Realisation, 1996, p. 181). Les activités en cours doivent ainsi être évaluées à leur valeur de production et non à celle de leur facturation prévue (cf. arrêts 2C_157/2010 du 12 décembre 2010 consid. 5.5; 2P.260/1996 du 22 février 1999, consid. 3c).
5.2.4 En l'espèce, les factures litigieuses concernent différents mandats d'architecte et de suivis de chantiers. Elles portent par conséquent sur des mandats de longue durée. Si ces mandats se poursuivaient au-delà de l'exercice 2005, ils devaient être activés dans la comptabilité 2005 à leur coût de revient. La même démarche devait être entreprise pour les mandats qui ont pris fin en 2005, mais pour lesquels la facturation effectuée en 2006 est intervenue encore en temps utile. En revanche, si la facturation a été artificiellement retardée, les mandats concernés devaient être comptabilisés en 2005 à leur prix de facturation. Aucune de ces opérations n'a été effectuée en l'occurrence, le conseil d'administration de la recourante ayant décidé de ne pas comptabiliser les travaux en cours à la fin de l'exercice et de considérer ces derniers comme des réserves latentes (cf. infra consid. 5.4.2). Or, ce procédé viole les principes comptables applicables, qui commandent, pour les contrats de longue durée en cours à la fin de l'exercice pour lesquels aucune facture n'a encore été établie, de comptabiliser leurs coûts de revient. Dans ces conditions, la Cour de justice pouvait juger, sans violer les art. 58 al. 1 let. a et 175 al. 1 LIFD, que la recourante avait violé une disposition de droit commercial et constater que cet élément objectif de la soustraction fiscale était réalisé. Mal fondé, ce grief doit être rejeté.
5.3 La recourante conteste également qu'un montant d'impôt aurait été soustrait à la collectivité publique par son comportement. Elle estime qu'en raison du caractère proportionnel de l'impôt sur le bénéfice des sociétés et du fait que les montants litigieux ont été dûment déclarés et taxés l'année suivante, le montant global et cumulé de l'impôt dû était identique, de sorte que la collectivité publique n'avait subi aucune perte.
5.3.1 Le bien juridiquement protégé par l'<ref-law> est le patrimoine de la collectivité publique, qui est lésé dès lors que les ressources financières n'augmentent pas conformément à ce que prévoit la loi fiscale (cf. PIETRO SANSONETTI, in Yersin/Noël (éd.), Commentaire romand de la LIFD, 2008, n° 4 ad <ref-law>). L'<ref-law> protège la créance fiscale en tant que fortune de la collectivité publique (cf. <ref-ruling> consid. 5b p. 271). Le dommage est égal à la différence entre le montant de l'impôt qui a été fixé dans la décision arrêtant définitivement la taxation, et le montant qui aurait été dû dans le cas où le contribuable n'avait pas violé ses obligations (cf. HENRI TORRIONE, Les infractions fiscales en matière d'impôts directs, in OREF (éd.), Les procédures en droit fiscal, 2e éd. 2005, p. 1014). Dans ce contexte, le principe de périodicité prend une importance déterminante en raison du besoin de l'État d'assurer une source régulière de rentrées fiscales afin de financer les tâches qui lui sont dévolues (cf. ROMAN SIEBER, in Zweifel/Athanas (éd.), Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2e éd. 2008, n° 5 ad <ref-law>; GLAUSER, op. cit., p. 18). En droit suisse, le principe de périodicité est ancré dans la loi (cf. pour l'imposition des personnes morales, <ref-law> en relation avec l'<ref-law>). Il est ainsi un principe de droit matériel et non seulement une règle de nature technique servant à la perception de l'impôt. Au vu de son importance, il doit être pris en compte, de préférence au principe de l'imposition du bénéfice total, lors de la mise en oeuvre du principe de l'imposition selon la capacité contributive (cf. arrêt 2C_33/2009 du 27 novembre 2009 consid. 3.3). Les actions comptables - qu'elles soient admises ou non par les règles comptables - qui aboutissent à la création de réserves latentes, ont pour conséquence de reporter l'imposition à un exercice ultérieur et, par là même, perturbent le prélèvement périodique de l'impôt voulu par le législateur (cf. DANON, op. cit., n° 57 ad art. 57-58 LIFD). La formation de réserves latentes n'est donc pas compatible avec le principe de périodicité (cf. BRÜLISAUER/POLTERA, op. cit., n° 43 ad <ref-law>).
5.3.2 Au vu de ce qui précède, et dès lors que la violation des règles comptables par la recourante est établie (cf. supra consid. 5.2.4), il suffit donc de constater qu'en raison de cette violation, pour la période fiscale 2005, l'impôt perçu selon la taxation du 12 septembre 2006, à savoir CHF 9'256.50, est inférieur à celui qui était dû, soit CHF 70'354.50 compte tenu du supplément d'impôt de CHF 61'098.- notifié le 23 décembre 2008. Au demeurant, ce procédé revient à pénaliser la collectivité publique pour la période fiscale 2005, puisque le défaut de comptabilisation a entraîné pour cette dernière, pour la période en cause, une perte équivalente à l'impôt non perçu.
Il y a donc bien eu soustraction d'un montant d'impôt et le grief y relatif doit être rejeté.
5.4 La recourante estime enfin qu'aucun comportement imputable à une faute de ses organes ne peut lui être reproché.
5.4.1 Lorsque la soustraction d'impôt est commise par une personne morale, la faute au sens des art. 175 et 181 LIFD ne peut être qu'un attribut de la personne physique, en l'espèce d'un organe de la personne morale, dont le comportement doit être imputé à celle-ci. (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 89 ss et les références citées). La soustraction est punissable aussi bien lorsqu'elle est commise intentionnellement que lorsqu'elle l'est par négligence. La preuve d'un comportement intentionnel doit être considérée comme apportée lorsqu'il est établi avec une sécurité suffisante que le contribuable était conscient que les indications fournies étaient erronées ou incomplètes. Si cette conscience est établie, il faut admettre qu'il a volontairement cherché à induire les autorités fiscales en erreur, afin d'obtenir une taxation moins élevée ou du moins qu'il a agi par dol éventuel (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 29 s.; arrêt 2C_908/2011 du 23 avril 2012 consid. 3.4).
Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève par ailleurs des constatations de faits, qui lient le Tribunal fédéral, à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte (cf. <ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 156; supra consid. 4).
5.4.2 En l'espèce, selon l'état de fait retenu par la Cour de justice, la raison pour laquelle la recourante n'avait pas comptabilisé les factures litigieuses en 2005 était "la volonté de son conseil d'administration de ne pas chiffrer les travaux en cours à la fin d'exercice et de considérer ces derniers comme des réserves latentes". En outre, selon les juges cantonaux, les montants des honoraires qui n'ont pas été déclarés en 2005 représentaient 50 % du chiffre d'affaires de la société pour cette année-là, soit une proportion sans comparaison avec celle de 10 % prétendument rendue nécessaire à titre de provisions. La Cour de justice en a déduit que le seul but du conseil d'administration de la recourante était par conséquent de diminuer artificiellement le bénéfice déclaré par la société en 2005, ce qui démontrait la soustraction intentionnelle.
De son côté, la recourante expose que ses administrateurs entendaient respecter le principe comptable de la prudence, de sorte qu'ils n'ont jamais envisagé que les informations figurant dans la comptabilité et les déclarations fiscales puissent être considérées comme inexactes, puisque tous les honoraires facturables ont été facturés et comptabilisés.
Dans la mesure où les critiques de la recourante portent sur l'établissement des faits, sans exposer concrètement, dans le respect des exigences accrues de motivation de l'<ref-law>, en quoi l'instance précédente serait tombée dans l'arbitraire en matière de constatation des faits, ses griefs sont irrecevables.
Les faits retenus par les juges cantonaux lient par conséquent la Cour de céans. Il en découle que, en décidant de ne pas comptabiliser du tous les travaux en cours à la fin d'exercice afin de constituer des réserves latentes, les administrateurs de la recourante ont, à tout le moins par dol éventuel, cherché à obtenir une taxation moins élevée. Le grief relatif à cette question doit par conséquent également être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
5.5 L'ensemble des griefs soulevés par la recourante en lien avec l'application de l'<ref-law> s'avère ainsi sans fondement. La recourante ne conteste par ailleurs que le principe et, à juste titre, non le montant de l'amende qui lui a été infligée. Celui-ci a été fixé au montant minimum incompressible prévu par l'<ref-law> (cf. arrêt 2C_188/2009 du 7 juillet 2009 consid. 2.5), ce qui prend en compte la bonne collaboration de la contribuable au cours de la procédure (cf. arrêt attaqué consid. 8), ainsi que le fait qu'il n'est pas exclu qu'une partie de l'impôt soustrait à la collectivité en 2005 - période fiscale litigieuse - en violation du principe de la périodicité, n'ait été récupérée sur les périodes fiscales subséquentes (cf. supra consid. 5.3).
Dans ces conditions, le recours en matière de droit public doit être rejeté en tant qu'il porte sur l'amende relative à l'impôt fédéral direct pour la période fiscale 2005.
III. Impôts cantonal et communal
6. Les <ref-law> et 69 al. 1 de la loi genevois de procédure fiscale (LPFisc; RS-GE D 3 17) relatifs à la soustraction d'impôt, ont la même teneur que l'<ref-law>. Par ailleurs, conformément aux <ref-law> et 12 de la loi genevoise sur l'imposition des personnes morales (LIPM; RS-GE D 3 15), le bénéfice net se détermine de manière comparable et selon les mêmes principes comptables que ceux prévus à l'<ref-law> (cf. STEPHAN KUHN/PETER BRÜLISAUER, in Zweifel/Athanas (éd.), Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, 2002, n° 9 ss ad <ref-law>; GLAUSER, op. cit., p. 69 s.). Partant, les considérations développées en relation avec l'amende pour l'impôt fédéral direct trouvent à s'appliquer à l'amende relative aux impôts cantonal et communal pour la période fiscale sous examen (cf. arrêt 2C_104/2008 du 20 juin 2008 consid. 3.2). Il suffit donc de renvoyer, s'agissant de l'amende pour les impôts cantonal et communal, aux considérants relatifs à l'amende relative à l'impôt fédéral direct (cf. arrêt 2C_276/2010 du 19 octobre 2010 consid. 5).
Le recours doit par conséquent être rejeté également en tant qu'il concerne l'amende prononcée en lien avec les impôts cantonal et communal pour la période fiscale 2005.
IV. Frais et dépens
7. Succombant en tous points, la recourante supportera les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_907/2012 et 2C_908/2012 sont jointes.
2. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct pour 2005.
3. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal pour 2005.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 4'000.-, sont mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 22 mai 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti