Sachverhalt:
A. Am 5. Oktober 2001 ging die SAirLines in die (provisorische) Nachlassstundung, und am 20. Juni 2003 bestätigte das Bezirksgericht Zürich den von der SAirLines mit ihren Gläubigern geschlossenen Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung. Die Nachlassliquidatoren Karl Wüthrich und Roger Giroud wiesen mit Verfügungen vom 18. Juli 2006 die Forderungen des Staates Belgien (Verfügung Nr. SL00161), Société Fédérale de Participations S.A. (Verfügung Nr. SL00160), der Société Fédérale d'Investissement S.A. (Verfügung Nr. SL00162) und S.A. Zephyr-Fin (Verfügung Nr. SL00164) ab und liessen diese in dem am 19. Juli 2006 aufgelegten Kollokationsplan nicht zu. Hiergegen erhoben die vier Gläubiger Beschwerde und verlangten, dass die Verfügungen aufzuheben und ihre in der Nachlassliquidation der SAirLines angemeldeten Forderungen von insgesamt fast 3,9 Mia. Schweizer Franken im Kollokationsplan pro memoria mit Fr. 1.-- bis zur rechtskräftigen Erledigung der von ihnen in Belgien anhängig gemachten Klage vorzumerken seien.
B. Mit Beschluss vom 9. August 2006 wies das Bezirksgericht Zürich als untere Aufsichtsbehörde die Beschwerde ab, soweit darauf eingetreten wurde. Das Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als obere kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen wies die von den Gläubigern erhobene Beschwerde mit Beschluss vom 16. November 2006 ebenfalls ab.
C. Die Gläubiger haben den Beschluss der oberen Aufsichtsbehörde mit Beschwerdeschrift vom 18. Dezember 2006 (rechtzeitig) an die Schuldbetreibungs- und Konkurskammer des Bundesgerichts weitergezogen und beantragen, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben. In der Sache verlangen sie (wie im kantonalen Verfahren), die Verfügungen der Nachlassliquidatoren seien aufzuheben und ihre angemeldeten Forderungen seien im Kollokationsplan pro memoria mit Fr. 1.-- bis zur rechtskräftigen Erledigung der von ihnen in Belgien anhängig gemachten Klage vorzumerken. Weiter verlangen sie aufschiebende Wirkung und die Sistierung des Beschwerdeverfahrens.
Die obere Aufsichtsbehörde hat anlässlich der Aktenüberweisung auf Gegenbemerkungen (Art. 80 OG) verzichtet. Die Nachlassliquidatoren beantragen die Abweisung der Beschwerde.
Mit Präsidialverfügungen vom 4. Januar 2007 bzw. 25. Januar 2007 wurden die Gesuche um aufschiebende Wirkung sowie um Sistierung des Beschwerdeverfahrens abgewiesen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Der angefochtene Entscheid ist vorher ergangen, so dass noch die Bestimmungen des Bundesrechtspflegegesetzes (OG) anzuwenden sind (vgl. <ref-law>). Die Schuldbetreibungs- und Konkurskammer (Art. 12 Abs. 1 lit. c OG) besteht indessen nicht mehr, und die vorliegende Beschwerde ist von der II. zivilrechtlichen Abteilung zu beurteilen (Art. 32 Abs. 1 lit. c des Reglements vom 20. November 2006 für das Bundesgericht [BgerR; SR 173.110.131]).
2. 2.1 Verfügungen der Liquidationsorgane bei der Durchführung des Nachlassvertrages mit Vermögensabtretung können mit Beschwerde angefochten werden (Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 7. Aufl. 2003, § 55 Rz. 27). Die vorliegende Beschwerde richtet sich nicht gegen den Inhalt der Kollokationsverfügungen, sondern gegen das Recht der Liquidatoren, eine solche zu treffen. Dies kann ohne weiteres Gegenstand des Beschwerdeverfahrens sein (<ref-ruling> E. 1 S. 771). Die Beschwerde ist grundsätzlich zulässig.
2.2 Die Société Fédérale d'Investissement S.A. hat nach den Angaben der Beschwerdeführer die Société Fédérale de Participations S.A. zufolge Fusion absorbiert und firmiert neu unter Société Fédérale de Participations et d'Investissement S.A., so dass die Beschwerdeführerin 2 beschwerdelegitimiert ist.
2.3 Gemäss Art. 79 Abs. 1 OG ist in der Beschwerdeschrift kurz darzulegen, welche Bundesrechtssätze und inwiefern diese durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind (<ref-ruling> E. 1). Soweit die Beschwerdeführer auf Vorbringen im kantonalen Verfahren verweisen, genügen sie diesen Begründungsanforderungen nicht (<ref-ruling> E. 1 S. 42). Insoweit kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2.4 Auf den Vorwurf der Beschwerdeführer, die obere Aufsichtsbehörde habe mit ihrem Beschluss <ref-law> verletzt, weil sie sich nicht hinreichend mit den von ihnen erhobenen Vorbringen auseinandersetze, kann nicht eingetreten werden, da im Beschwerdeverfahren gemäss <ref-law> ein Verstoss gegen verfassungsmässige Rechte nicht gerügt werden kann (Art. 43 Abs. 1 i.V.m. Art. 81 OG; <ref-ruling> E. 1 S. 35).
3. 3.1 Die obere Aufsichtsbehörde hat im Wesentlichen unter Hinweis auf <ref-ruling> erwogen, dass im Zeitpunkt der Konkurseröffnung bereits im Prozess liegende Forderungen nicht - wie in Art. 63 der Verordnung des Bundesgerichts vom 13. Juli 1911 über die Geschäftsführung der Konkursämter (KOV; SR 281.32) vorgesehen - lediglich pro memoria vorgemerkt werden könnten, wenn der Prozess im Ausland hängig sei. Da der ausländische - hier der belgische - Richter nicht verpflichtet sei, den schweizerischen Konkurs zu beachten und den Prozess gemäss <ref-law> zu sistieren, bestehe keine gesetzliche Grundlage, um die hoheitliche Kompetenz der Konkursverwaltung gemäss <ref-law> zu beschneiden und ihre Kollokationsverfügung der Anfechtung durch eine Klage gemäss <ref-law> zu entziehen. Daran ändere nichts, wenn der Prozess (wie hier) in einem Vertragsstaat des Übereinkommens über die gerichtliche Zuständigkeit und die Vollstreckung gerichtlicher Entscheidungen in Zivil- und Handelssachen vom 16. September 1988 (Lugano-Übereinkommen, LugÜ; SR 0.275.11) hängig sei.
3.2 Die Beschwerdeführer behaupten, bereits im Juli 2001, vor Gewährung der provisorischen Nachlassstundung, in Belgien einen Prozess gegen die SAirLines anhängig gemacht zu haben, dessen Gegenstand die angemeldeten Forderungen seien. Sie machen im Wesentlichen geltend, dass die belgischen Gerichte für die betreffende Klage gestützt auf <ref-law> (Vereinbarung über die Zuständigkeit) zuständig seien. Diese in Belgien anhängig gemachte Klage habe den Bestand der Kollokationsforderung zum Gegenstand; das betreffende Verfahren wickle sich nicht im Rahmen des schweizerischen Konkursverfahrens ab und bestehe unabhängig vom schweizerischen Zwangsvollstreckungsverfahren. Die obere Aufsichtsbehörde habe daher zu Unrecht die Anwendbarkeit des LugÜ verneint. Das SchKG sage nichts über die internationale Zuständigkeit zur Beurteilung der materiellrechtlichen Vorfrage über den Bestand der Kollokationsforderung aus; bei Auslandsachverhalten könne die Zuständigkeit eines ausländischen Gerichts zur Beurteilung der Kollokationsforderung begründet sein. Die Liquidatoren müssten vorfrageweise berücksichtigen, dass der schweizerische Kollokationsrichter sich gestützt auf <ref-law> (Rechtshängigkeit) zu Gunsten des belgischen Gerichts als unzuständig erklären müsste, wobei sich diese Unzuständigkeit auf die materielle Prüfung der im Nachlassverfahren angemeldeten Forderung beschränke. Im Falle eines ganz oder teilweise gutheissenden Urteils der belgischen Gerichte beschränke sich die Erwahrung im Rahmen des Kollokationsverfahrens auf die Prüfung der Anerkennungsfähigkeit des belgischen Urteils. Das Kollokationsverfahren sei gestützt auf <ref-law> auszusetzen und die Forderung entsprechend Art. 63 KOV pro memoria im Kollokationsplan vorzumerken, bis der Prozess in Belgien rechtskräftig entschieden sei.
4. 4.1 Beim Nachlassvertrag mit Vermögensabtretung haben die Liquidatoren zur Feststellung der am Liquidationsergebnis teilnehmenden Gläubiger und ihrer Rangstellung einen Kollokationsplan zu erstellen (<ref-law>). Hierfür gelten nicht allein die gesetzlichen Vorschriften des Konkursverfahrens (<ref-law> mit Verweisung auf Art. 244 bis 251 SchKG), sondern sinngemäss auch die einschlägigen Vorschriften der KOV (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 145; <ref-ruling> E. 3.1 S. 772).
Gemäss Art. 63 KOV sind streitige Forderungen, welche im Zeitpunkt der Konkurseröffnung bereits Gegenstand eines Prozesses bilden, im Kollokationsplan zunächst ohne Verfügung der Konkursverwaltung lediglich pro memoria vorzumerken (Abs. 1). Wird der Prozess weder von der Masse noch von einzelnen Gläubigern nach <ref-law> fortgeführt, so gilt die Forderung als anerkannt, und die Gläubiger haben kein Recht mehr, ihre Kollokation nach <ref-law> anzufechten (Abs. 2). Wird der Prozess dagegen fortgeführt, so wird er zum Kollokationsprozess gemäss <ref-law> bzw. das Urteil des Richters zum Kollokationsurteil (<ref-ruling> E. 1.4 S. 94; <ref-ruling> E. 3.2 S. 772; Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, N. 11 zu <ref-law>) und erfolgt je nach Ausgang des Prozesses die Streichung der Forderung oder ihre definitive Kollokation, welche von den Gläubigern ebenfalls nicht mehr angefochten werden kann (Abs. 3).
4.2 Die Beschwerdeführer haben nach eigenem Vorbringen im Juli 2001 gegen die SAirLines über die streitigen Forderungen in Belgien Klage erhoben, noch bevor diese in die Nachlassstundung ging (5. Oktober 2001) bzw. der Nachlassvertrag bestätigt wurde (20. Juni 2003). Die obere Aufsichtsbehörde hat erwogen, dass es keinen Grund gebe, die in Belgien im Prozess liegenden Forderungen im Kollokationsplan lediglich pro memoria vorzumerken. Sie hat sich dabei auf <ref-ruling> (E. 3.2.3 S. 773) gestützt. Das Bundesgericht hat in diesem Urteil entschieden, dass die in Art. 63 KOV getroffene Einschränkung der Regeln betreffend die Kollokation, wonach über Konkursforderungen, welche Gegenstand eines Prozesses bilden, keine Kollokationsverfügung und kein Kollokationsverfahren durchzuführen ist, gemäss dem Territorialitätsprinzip auf das Gebiet der Schweiz beschränkt ist. Die Beschwerdeführer behaupten zu Recht nicht, dass der belgische Richter durch einen Staatsvertrag verpflichtet sei, den schweizerischen Konkurs zu beachten und den Prozess gemäss <ref-law>, auf welchen sich Art. 63 KOV stützt, zu sistieren. Das Abkommen vom 29. April 1959 zwischen der Schweiz und Belgien über die Anerkennung und Vollstreckung von gerichtlichen Entscheidungen und Schiedssprüchen (SR 0.276.191.721) ist auf Konkurs- und Nachlassvertragssachen nicht anwendbar (Art. 1 Abs. 2 des Abkommens). Der Hinweis der Beschwerdeführer auf <ref-law> geht ins Leere, da diese Bestimmungen die Anerkennung eines ausländischen Konkursdekretes in der Schweiz betreffen. Insoweit ist keine gesetzliche Grundlage ersichtlich, um die hoheitliche Kompetenz der Liquidatoren (Art. 245 i.V.m. <ref-law>) zur Anerkennung bzw. Abweisung der angemeldeten Forderungen in Frage zu stellen.
4.3 Die Beschwerdeführer erheben im Wesentlichen den Einwand, gestützt auf die dem SchKG vorgehenden Regeln (<ref-law>) über die gerichtliche Zuständigkeit gemäss LugÜ seien die in Belgien im Prozess liegenden Forderungen lediglich pro memoria im Kollokationsplan vorzumerken. Sie machen sinngemäss geltend, das LugÜ verpflichte die Schweiz, für die Kollokation (Kollokationsverfügung und -klage) vom Territorialitätsprinzip abzuweichen.
4.3.1 Nach <ref-law> sind "Konkurse, Vergleiche und ähnliche Verfahren" vom Anwendungsbereich des Übereinkommens ausgenommen. Nach der Rechtsprechung gilt gemäss EuGH der Ausschluss allgemein nur für solche Klagen, welche im Rahmen einer Konkursliquidation stattfinden, direkt aus dem Konkursverfahren hervorgehen und sich eng in eine Liquidation von Vermögenswerten oder einen gerichtlichen Vergleich einfügen. Das Bundesgericht hielt mit Hinweis auf die Lehre allgemein fest, dass Verfahren, die ihren Ursprung nicht im Schuldbetreibungs- und Konkursrecht haben bzw. keine direkte Folge davon sind, und stattdessen aller Wahrscheinlichkeit nach auch ohne den Konkurs erhoben worden wären, nicht unter den Ausschluss fallen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 231).
4.3.2 Nach überwiegender Lehre fällt die Kollokationsklage gemäss <ref-law> nicht in den Anwendungsbereich des LugÜ (Stoffel, Ausschliessliche Gerichtsstände des Lugano-Übereinkommens und SchKG-Verfahren, insbesondere Rechtsöffnung, Widerspruchsklage und Arrest, in: Festschrift Vogel, Freiburg 1991, S. 370; Walter, Internationales Zivilprozessrecht der Schweiz, 4. Aufl. Bern 2007, S. 177, S. 249 Fn. 240; Brunner/Reutter, Kollokations- und Widerspruchsklagen nach SchKG, 2. Aufl. Bern 2002, S. 50; Meier, Internationales Zivilprozessrecht und Zwangsvollstreckungsrecht, 2. Aufl. Zürich 2005, S. 180; Braconi, La collocation des créances en droit international suisse de la faillite, Diss. Zürich 2005, S. 149; a.M. Donzallaz, La Convention de Lugano, Bd. I, Bern 1996, Ziff. 965).
Zum Teil wird in der Lehre <ref-law> als Ausnahme von <ref-law> aufgefasst und geschlossen, die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichte für die konkursrechtliche Kollokationsklage ergebe sich jedenfalls aus <ref-law> (Spühler/ Infanger, Anwendung des LugÜ, insbesondere von <ref-law> auf SchKG-Klagen, in: Spühler [Hrsg.], Aktuelle Probleme des nationalen und internationalen Zivilprozessrechts, Zürich 2000, S. 126; im Ergebnis gleich Donzallaz, a.a.O., Bd. III, Bern 1998, Ziff. 6393). Auf <ref-law>, welche der Ausübung staatlicher Hoheitsrechte Rechnung trägt und die zwingende Zuständigkeit von Verfahren auf Zwangsvollstreckung aus Entscheidungen vorsieht (Stoffel, a.a.O., S. 365 f.), berufen sich stellenweise auch die Beschwerdeführer.
4.3.3 Zweck des Kollokationsverfahrens im Konkurs (Art. 244 bis 251 SchKG) ist die Feststellung der Passivmasse, d.h. der Forderungen, die am Konkursergebnis nach Bestand, Höhe, Rang und allfälligen Vorzugsrechten am Vermögen des Schuldners teilzunehmen haben. Der Kollokationsprozess dient ausschliesslich der Bereinigung des Kollokationsplanes und hat so wenig wie dieser irgendwelche Rechtskraftwirkung über das Konkursverfahren hinaus. Das Schuldverhältnis als solches - zwischen Schuldner und Gläubiger - wird dadurch nicht rechtskräftig festgelegt. Im Kollokationsprozess kann der Bestand einer Forderung wohl Gegenstand gerichtlicher Prüfung, nicht aber Gegenstand rechtskräftiger Beurteilung sein. Vielmehr ist Gegenstand des Kollokationsurteils nur die Feststellung, inwieweit die streitigen Gläubigeransprüche bei der Liquidationsmasse zu berücksichtigen sind. Diese in BGE 65 III 28 (E. 1 S. 30) festgelegten Grundsätze entsprechen konstanter Rechtsprechung (zuletzt <ref-ruling> E. 2b S. 85; Urteil 5C.193/2005 vom 31. Januar 2006, E. 1 nicht publ. in <ref-ruling>) und werden von der Lehre bestätigt, welche die Kollokationsklage (<ref-law>) daher als konkursrechtliche Klage mit Reflexwirkung auf das materielle Recht bezeichnet (Gilliéron, a.a.O., N. 44 zu <ref-law>; Amonn/Walther, a.a.O., § 46 Rz. 62; Braconi, a.a.O., S. 119, mit weiteren Hinweisen). Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer ist die Kollokationsklage nicht mit der Arrestprosequierungsklage (<ref-law>) vergleichbar, welche - als eine rein materiellrechtliche Streitigkeit - zu einem Urteil mit voller materieller Rechtskraft führt (Amonn/Walther, a.a.O., § 4 Rzn. 48 und 49).
Wohl kann - wie die Beschwerdeführer zu Recht festhalten - ein strittiges Rechtsverhältnis, wie es in einem positiven Kollokationsprozess (<ref-law>) als materielle Vorfrage zu beurteilen ist, Gegenstand eines vor Konkurseröffnung und insoweit unabhängig vom Konkurs erhobenen Prozesses sein. Der enge Zusammenhang mit dem Konkursverfahren ist aber dennoch gegeben (Brunner/ Reutter, a.a.O.), weil der betreffende Prozess zu einem Kollokationsurteil führt (E. 4.1), dessen Wirkungen nicht über das Konkursverfahren hinausgehen. Die schweizerische Kollokationsklage unterscheidet sich insoweit nicht von der schweizerischen Anfechtungsklage, welche als konkursrechtliche Klage mit Reflexwirkung auf das materielle Recht vom LugÜ ausgenommen ist (<ref-ruling> E. 3.3 S. 232). Auch die Kollokationsklage ist ein Rechtsbehelf, der eng mit der Struktur des Konkursrechts und seinen Besonderheiten verbunden ist (Gilliéron, a.a.O., N. 47 zu <ref-law>) und einen integrierenden Bestandteil der Konkursliquidation bildet.
Ob der enge Zusammenhang mit dem Konkursverfahren dazu führt, dass die Kollokationsklage schweizerischen Rechts im Lichte der Rechtsprechung zu den konkursrechtlichen Verfahren gemäss <ref-law> (Ausschluss) zu zählen ist, oder die Kollokationsklage unter den zwingenden Gerichtsstand gemäss <ref-law> fällt, musste im vorliegenden Verfahren, d.h. von den Aufsichtsbehörden nicht weiter erörtert werden. Entscheidend ist, dass sich in jedem Fall aus der verfahrensrechtlichen Natur der Auseinandersetzung ergibt, dass das Territorialitätsprinzip gilt und die Schweiz für das Kollokationsverfahren (Art. 244 bis 251 SchKG) im hierzulande durchgeführten Nachlassvertrag international zuständig ist (vgl. Spühler/Gehri/Pfister, Schuldbetreibungs- und Konkursrecht I, 3. Aufl. Zürich 2004, S. 41). Das LugÜ bietet jedenfalls keine staatsvertragliche Grundlage, um die hoheitliche Kompetenz der schweizerischen Konkursverwaltung zu beschneiden (<ref-law>) und ihre Kollokationsverfügung der Anfechtung vor dem schweizerischen Kollokationsrichter zu entziehen. Der Einwand der Beschwerdeführer, die Liquidatoren müssten "vorfrageweise berücksichtigen", dass der schweizerische Kollokationsrichter sich wegen einer Vereinbarung über die Zuständigkeit belgischer Gerichte, wo bereits eine Klage hängig sei, unzuständig erklären müsse, geht daher fehl. Es ist nicht zu beanstanden, wenn die obere Aufsichtsbehörde zum Ergebnis gelangt ist, dass die Liquidatoren die Kollokationsverfügungen zu treffen und diese weder auszusetzen noch die Forderungen pro memoria vorzumerken haben.
4.4 Nach dem Dargelegten ergibt sich, dass Art. 63 KOV bei Prozessen in einem Vertragsstaat des LugÜ ebenso wenig wie in anderen Staaten anwendbar ist; über die Kollokation entscheiden einzig die Konkursverwaltung bzw. der Kollokationsrichter in der Schweiz. Damit fällt ausser Betracht, diese Bestimmung im Rahmen der Durchführung des Liquidationsvergleichs analog anzuwenden (<ref-law>). Die Rüge, die obere Aufsichtsbehörde habe einen dem SchKG vorgehenden Staatsvertrag verletzt, ist unbegründet.
5. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Beschwerdeverfahren ist kostenlos (<ref-law>, der hier auf Grund von <ref-law> noch anzuwenden ist), und es darf keine Parteientschädigung zugesprochen werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, Rechtsanwalt Karl Wüthrich (Seestrasse 39, 8700 Küsnacht) und Rechtsanwalt Dr. Roger Giroud (Seefeldstrasse 116, Postfach, 8034 Zürich) als Liquidatoren der SAirLines in Nachlassliquidation und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. April 2007
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: