Faits:
A. A.a A._, né en 1965, et dame A._, née en 1975, se sont mariés le 9 septembre 1997 à Genève.
Le couple a trois enfants: B._, née le 30 août 1998, C._, né le 9 août 2001, et D._, né le 12 juillet 2003. C._ souffre d'autisme infantile.
Les époux vivent séparés depuis 2004.
A.b La situation financière des parties peut être résumée comme suit:
A.b.a Durant la vie commune, les parties avaient adopté un mode traditionnel de répartition des tâches, l'épouse s'occupant des trois enfants et du ménage tandis que son mari percevait le revenu destiné à l'entretien de la famille.
A.b.b Suite à la séparation du couple, dame A._ a repris une activité professionnelle. Depuis 2004, elle travaille en tant qu'assistante médicale auprès d'un cabinet de pédiatrie à un taux de 80% et a exercé, entre juin et décembre 2009, une activité complémentaire auprès de la Clinique X._. Son salaire annuel net s'élevait, en 2009, à 49'154 fr. (42'405 fr. [activité principale] + 6'749 fr. [activité complémentaire]), soit 4'096 fr. nets par mois. En janvier et février 2010, dame A._ a perçu un salaire mensuel brut de 4'550 fr., respectivement de 3'880 fr. 22 nets.
Ses charges mensuelles ont été évaluées à 3'974 fr.
A.b.c De fin 1993 au premier trimestre 2006, A._ a exploité à titre d'indépendant le commerce à l'enseigne "Y._".
A._ a produit sa comptabilité révisée des années 2002 à 2005, dont il ressort un "Compte Propriétaire" pour les quatre premières années, puis un compte "prélèvements privés" en 2005. Ces comptes, additionnés aux bénéfices nets du bilan, donnent les résultats arrondis suivants:
- 55'255 fr. en 2002, soit 4'605 fr. mensuels;
- 64'895 fr. en 2003, soit 5'408 fr. mensuels;
- 61'140 fr. en 2004, soit 5'137 fr. mensuels;
- 77'220 fr. en 2005, soit 6'435 fr. mensuels.
Début 2006, l'exploitation du commerce a été poursuivie sous la raison sociale "Y._ Sàrl", inscrite au registre du commerce de Genève le 23 mars 2006, avec pour but l'exploitation d'un magasin de jouets à l'enseigne "Y._".
Depuis le 1er avril 2006, A._ est employé de ladite société en qualité de vendeur gérant, à un taux d'activité de 70%. Son salaire mensuel s'élève à 3'300 fr. bruts, respectivement à 2'831 fr. 40 nets, sans qu'il ne perçoive d'autre rémunération. Le magasin est ouvert entre 14 et 20 heures hebdomadaires, à savoir 7 heures les mardi et jeudi et 6 heures un samedi sur deux. Y._ Sàrl dispose également d'un site internet, qui offre, depuis 2005, la possibilité d'effectuer des commandes en ligne.
Les charges mensuelles de A._ ont été arrêtées à 2'670 fr. par mois (1'250 fr.[loyer] + 70 fr. [transports publics] + 1'350 fr. [montant mensuel de base avec charge de soutien]).
A.b.d Dame A._ obtient des allocations familiales à raison de 200 fr. par enfant, plus un supplément de 100 fr. pour famille nombreuse.
C._, qui a besoin d'aide permanente pour ses soins quotidiens, perçoit une allocation pour impotence grave d'un montant de 60 fr. 80 par jour, versée par l'assurance-invalidité; il reçoit en outre un supplément pour soins intenses de 30 fr. 40 par jour. Au total, l'aide financière perçue se chiffre entre 2'774 fr. et 2'900 fr. par mois.
B. B.a Par jugement de mesures protectrices de l'union conjugale du 9 juin 2005, le Tribunal de première instance du canton de Genève a, notamment, attribué la garde des trois enfants à leur mère, fixé un large droit de visite du père, ce dernier étant condamné à verser une pension mensuelle de 2'100 fr., destinée à l'entretien de la famille.
Le jugement a été confirmé par la Cour de justice.
Les deux instances ont imputé à l'époux un revenu mensuel de 6'000 fr. nets par mois pour un plein temps, respectivement de 4'800 nets pour un 80%, se distançant ainsi de la situation comptable présentée par l'intéressé.
B.b Le 22 décembre 2006, invoquant son nouveau statut d'employé au sein de la société Y._ Sàrl ainsi que la baisse de salaire en résultant, A._ a requis du Tribunal de première instance la réduction de la contribution d'entretien mensuelle due à la famille à 300 fr. par mois.
Par jugement du 25 mars 2008, le Tribunal de première instance a réduit la contribution à 800 fr. par mois. Statuant sur appel de dame A._, la Cour de justice a fixé la contribution d'entretien mensuelle à 1'800 fr., jugeant que la diminution des revenus invoquée n'était pas vraisemblable.
C. C.a Le 12 mars 2009, dame A._ a formé une requête unilatérale en divorce, concluant, entre autres, à l'attribution de la garde des trois enfants, avec un droit de visite du père, et au versement d'une contribution à l'entretien de ceux-ci d'un montant de 650 fr. par mois de 6 à 12 ans et de 750 fr. par mois de 12 à 18 ans, voire au-delà mais jusqu'à 25 ans en cas d'études régulières et suivies, voire sans limitation de temps en cas d'incapacité de l'enfant à devenir indépendant sur le plan financier en raison d'un handicap. Subsidiairement, dans l'hypothèse où la garde et l'autorité parentale sur C._ devait être accordée au père, dame A._ a conclu à l'exercice d'un large droit de visite et s'est engagée à verser une contribution d'entretien en faveur de l'enfant d'un montant mensuel de 250 fr. jusqu'à l'âge de 10 ans et de 350 fr. par la suite. Elle a également sollicité l'instauration d'une curatelle d'assistance éducative en faveur de C._.
A._ a acquiescé au divorce et a notamment conclu à l'octroi de la garde sur les trois enfants, avec un droit de visite de la mère, et au versement d'une contribution mensuelle de 500 fr. jusqu'à leur majorité, voire au-delà mais jusqu'à 25 ans en cas d'études régulières et sérieuses, voire sans limitation de temps en cas d'incapacité de l'enfant à devenir indépendant sur le plan financier en raison d'un handicap.
Par jugement du 21 janvier 2010, le Tribunal a prononcé le divorce des époux A._ (ch. 1), attribué à la mère la garde et l'autorité parentale sur les enfants B._ et D._ (ch. 2) avec un large droit de visite du père (ch. 3), attribué à ce dernier la garde et l'autorité parentale sur l'enfant C._ (ch. 4) avec un large droit de visite de la mère (ch. 5) et a renoncé à fixer des contributions à l'entretien des enfants (ch. 8). Le droit aux relations personnelles de chaque parent envers l'(es) enfant(s) dont il n'avait pas la garde était en outre soumis à une curatelle de surveillance et d'organisation (ch. 6 et 7); l'instauration d'une curatelle éducative en faveur de C._ n'a pas été ordonnée (ch. 13).
C.b Dame A._ a appelé de ce jugement le 2 mars 2010 et a conclu à son annulation en tant qu'il renonçait à fixer des contributions d'entretien en faveur des enfants (ch. 8) et qu'il refusait la mise sur pied d'une curatelle éducative (ch. 13). Elle a "éventuellement" sollicité l'annulation du ch. 4, par lequel la garde et l'autorité parentale sur l'enfant C._ étaient attribuées au père, pour finalement renoncer à prétendre à ses droits parentaux sur cet enfant en cours de procédure.
Lors de l'audience de comparution personnelle des parties du 5 octobre 2009, A._ a indiqué être favorable à l'instauration d'une curatelle d'assistance éducative.
Par arrêt du 22 octobre 2010, la Cour de justice a, entre autres, annulé les ch. 8 et 13 du jugement attaqué. Elle a ainsi instauré une curatelle d'assistance en faveur de C._, condamné A._ à verser une contribution d'entretien mensuelle en faveur de B._ et D._ d'un montant de 650 fr. de 6 à 12 ans, puis de 750 fr. dès 12 ans jusqu'à leur majorité, voire au-delà en cas d'études régulières et suivies, mais jusqu'à 25 ans au maximum, et ordonné en outre à tout débiteur ou employeur de A._ de verser, directement en mains de dame A._, tout ou partie de leurs paiements à concurrence des sommes dues pour l'entretien de B._ et de D._. Dame A._ était quant à elle condamnée à verser une contribution d'entretien en faveur de C._ d'un montant de 650 fr. par mois de 6 à 12 ans, puis de 750 fr. dès 12 ans pour une durée indéterminée.
D. Le 29 novembre 2011, A._ recourt contre cette dernière décision au Tribunal fédéral. Il conclut à l'admission de son recours ainsi qu'à l'annulation de l'arrêt attaqué en tant qu'il instaure une curatelle d'assistance éducative, le condamne au versement de contributions d'entretien en faveur des enfants dont il n'a pas la garde et ordonne à ses débiteurs d'opérer tout ou partie de leurs paiements en mains de son ex-épouse. Le recourant demande ensuite à être libéré du paiement de toute contribution d'entretien et la confirmation de la décision cantonale pour le surplus.
Le recourant sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire.
L'intimée n'a pas été invitée à répondre.
E. Par ordonnance du 1er décembre 2010, la Présidente de la Cour de céans a refusé d'octroyer l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. Le recours a été interjeté en temps utile (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>), prise en dernière instance cantonale et sur recours par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>), dans une affaire civile non pécuniaire (<ref-law>). Le recourant a par ailleurs pris part à la procédure devant l'autorité précédente et démontre un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée (art. 76 al. 1 aLTF), de sorte que la voie du recours en matière civile est ouverte.
2. Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (<ref-law>), à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 39; <ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation; le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire que si un tel grief a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée par le recourant (principe d'allégation; <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une appréciation des preuves manifestement insoutenable. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 1.3 et les arrêts cités).
3. Dans un premier grief, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir ordonné l'instauration d'une curatelle d'assistance éducative en faveur de C._, se plaignant à cet égard d'une appréciation arbitraire des faits et de la violation de l'<ref-law>.
3. Dans un premier grief, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir ordonné l'instauration d'une curatelle d'assistance éducative en faveur de C._, se plaignant à cet égard d'une appréciation arbitraire des faits et de la violation de l'<ref-law>.
3.1 3.1.1 La curatelle d'assistance éducative, prévue par l'<ref-law>, constitue une mesure de protection de l'enfant (<ref-law>) qui permet à l'autorité tutélaire, lorsque les circonstances l'exigent, de nommer à l'enfant un curateur qui assiste les père et mère de ses conseils et de son appui dans le soin de l'enfant. La curatelle éducative au sens de l'<ref-law> va plus loin que la simple surveillance d'éducation au sens de l'<ref-law>, en ce sens que le curateur ne se borne pas à exercer une surveillance, mais intervient lui-même activement (<ref-ruling> consid. 1; arrêt 5C.109/2002 du 11 juin 2002 consid. 2.1 publié in FamPra.ch 2002). L'institution d'une telle curatelle suppose d'abord, comme pour toute mesure protectrice (cf. <ref-law>), que le développement de l'enfant soit menacé (<ref-ruling> consid. 1; arrêt 5C.109/2002 du 11 juin 2002 consid. 2.1 publié in FamPra.ch 2002), que ce danger ne puisse être prévenu par les père et mère eux-mêmes (cf. <ref-law>), ni par les mesures plus limitées de l'<ref-law> (principe de subsidiarité; arrêt 5C.109/2002 du 11 juin 2002 consid. 2.1 publié in FamPra.ch 2002 p. 851; cf. <ref-ruling> consid. 5; <ref-ruling> consid. 4), et que l'intervention active d'un conseiller apparaisse appropriée pour atteindre ce but (principe de l'adéquation; arrêt 5C.109/2002 du 11 juin 2002 consid. 2.1 publié in FamPra.ch 2002 p. 851 et les références doctrinales citées).
3.1.2 Le principe de la proportionnalité est la pierre angulaire du système de protection civile de l'enfant, la mesure ordonnée devant notamment être apte à atteindre le but de protection visé et nécessaire à cette fin (principe de la proportionnalité au sens étroit; PHILIPPE MEIER, in: Commentaire romand, Code civil I, 2010, n. 33 ad Intro. art. 307 à 315b CC). L'autorité qui ordonne une mesure de protection de l'enfant dispose à cet égard d'un large pouvoir d'appréciation (<ref-law>; arrêt 5A_656/2010 du 13 janvier 2011 consid. 3). Le choix de la mesure nécessite en effet une part importante d'anticipation et de pronostic quant à l'évolution des circonstances déterminantes (<ref-ruling> consid. 4d); il dépendra de toutes les circonstances concrètes du cas, non seulement sous l'angle juridique, mais aussi en fonction des aspects sociaux, médicaux et éducatifs de la situation et de la constellation familiale (MEIER, op. cit., n. 34 ad Intro. art. 307 à 315b CC; cf. PETER BREITSCHMID, in: Basler Kommentar, ZGB I, 4e éd. 2010, n. 3 ad <ref-law>). Le Tribunal fédéral s'impose dès lors une certaine retenue en la matière: iI n'intervient que si l'autorité cantonale a pris en considération des éléments qui ne jouent aucun rôle au sens de la loi ou a omis de tenir compte de facteurs essentiels (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 183; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 576; <ref-ruling> consid. 3a p. 141).
3.2 Le Tribunal de première instance a refusé la mise sur pied d'une curatelle d'assistance éducative, jugeant que non seulement les conclusions de la mère à cet égard n'étaient pas suffisamment motivées, mais qu'elles étaient en outre infondées au regard du rapport d'évaluation sociale établi par le Service de protection des mineurs (SPMi).
La Cour de justice a en revanche considéré que cette mesure devait être ordonnée. A l'appui de cette décision, elle a d'abord rappelé que le recourant y avait acquiescé en comparution personnelle avant de conclure à la confirmation du premier jugement et donc à son refus. L'autorité cantonale a ensuite souligné que le changement de lieu de vie d'un parent à l'autre était déstabilisant pour un enfant, son handicap étant de plus susceptible d'accroître ses difficultés d'adaptation. Elle a également retenu les craintes exposées par la mère quant au risque que l'enfant ne devienne "déstructuré" en passant d'un mode de vie organisé, assuré par elle-même, à un style d'organisation beaucoup plus souple, celui du père: le bien-être de C._ pourrait ainsi être affecté par la disparition d'un cadre rigide au niveau des horaires, susceptible d'être rassurant pour lui. Les juges cantonaux ont enfin noté que la prise en charge ponctuelle que le père assurait jusqu'alors ne préjugeait pas d'un encadrement quotidien adéquat, beaucoup plus astreignant, susceptible de l'éprouver et l'exposant au risque de ne plus être en mesure de prodiguer un encadrement de qualité à son fils.
3.3 Contrairement à ce que prétend le recourant, la Cour de justice n'a pas méconnu que le rapport du SPMi ne préconisait pas l'instauration d'une curatelle éducative: elle a toutefois relevé que le recourant y avait lui-même été favorable. Afin de contester l'instauration de la curatelle d'assistance éducative, le recourant présente, pour l'essentiel, sa propre version des faits, sans démontrer l'arbitraire de celle retenue par la cour cantonale pour ordonner la mesure litigieuse. Ainsi, il ne conteste pas que le changement de lieu de vie pourrait être déstabilisant pour son enfant, ni que son ex-épouse offrait un cadre de vie plus rigide, susceptible d'être davantage rassurant pour C._. Invoquer que cette dernière affirmation serait sans valeur car émise par son ex-épouse, avec laquelle il entretenait des rapports particulièrement tendus est à cet égard insuffisant. Le recourant ne critique pas non plus le fait que la prise en charge quotidienne d'un enfant autiste constitue une charge particulièrement lourde, distincte de l'encadrement ponctuel pratiqué avant qu'il n'obtienne la garde de C._. Se contenter d'affirmer être parfaitement en mesure de s'occuper de celui-ci, en citant les déclarations de différents professionnels - émises alors qu'il n'avait pas la charge de C._ à temps plein - ainsi qu'en invoquant le soutien de la fondation "Insieme", ne permet pas de retenir l'arbitraire de cette dernière considération cantonale (cf. consid. 2 supra).
Pour fonder ensuite la violation de l'<ref-law>, le recourant se limite à prétendre que l'appréciation arbitraire des faits par l'autorité cantonale entraînerait la violation de cette dernière disposition. Ayant précisément échoué à démontrer l'arbitraire des éléments de fait sur lesquels la cour cantonale s'était fondée pour ordonner la mesure contestée, il ne peut parvenir, par cette motivation, à établir la violation invoquée. Pour ce faire, il aurait convenu qu'il soutienne que les conditions permettant de l'instaurer n'étaient pas remplies, ou démontre l'abus de pouvoir d'appréciation dont l'autorité cantonale aurait fait preuve à ce propos.
4. Dans un second grief, le recourant s'en prend non seulement au montant du revenu que lui a imputé la cour cantonale, mais également à celui de ses charges, estimant celles-ci plus élevées que ne l'a retenu cette dernière juridiction. Il invoque l'appréciation arbitraire des faits ainsi que la violation de l'<ref-law>.
4. Dans un second grief, le recourant s'en prend non seulement au montant du revenu que lui a imputé la cour cantonale, mais également à celui de ses charges, estimant celles-ci plus élevées que ne l'a retenu cette dernière juridiction. Il invoque l'appréciation arbitraire des faits ainsi que la violation de l'<ref-law>.
4.1 4.1.1 Lorsque le juge procède à la détermination du revenu d'une personne en appréciant les indices concrets à sa disposition, il détermine son revenu effectif ou réel; il s'agit d'une question de fait. En revanche, lorsque le juge examine quelle activité ou quelle augmentation de son activité on pourrait raisonnablement exiger d'une personne et quel revenu il lui serait possible de réaliser, le juge fixe son revenu hypothétique: savoir si l'on peut raisonnablement exiger du débiteur l'exercice d'une activité ou une augmentation de celle-ci, eu égard notamment à sa formation, à son âge et à son état de santé, est une question de droit; déterminer quel revenu cette personne a la possibilité effective de réaliser, compte tenu du marché du travail, est cependant une question de fait (<ref-ruling> consid. 4).
4.1.2 Pour l'essentiel, l'argumentation de la cour cantonale se fonde sur le changement de statut du recourant au sein de la société Y._ Sàrl. Alors que, lorsqu'il exerçait son activité à titre individuel, il percevait un revenu mensuel net de l'ordre de 5'400 fr. - au demeurant sous-évalué selon la juridiction cantonale -, il recevait, en tant qu'employé, une rémunération nette de 2'831 fr. 40. Or, ce statut de salarié paraissait purement formel, différents indices démontrant que le recourant était en réalité demeuré le seul exploitant et responsable de la Sàrl Y._. Il s'ensuivait que son revenu ne se limitait pas à son salaire, mais qu'il participait nécessairement aux bénéfices. Examinant le compte postal privé du recourant, la Cour de justice a également observé que celui-ci disposait d'un solde positif moyen situé entre 2'435 fr. et 3'000 fr. par mois entre juillet 2008 et février 2010, après règlement de ses charges courantes d'entretien. Le compte ne faisant état d'aucun retrait privé d'espèces, il fallait en conclure que le recourant devait nécessairement disposer d'une autre source de revenus pour toutes ses dépenses réglées au comptant. La Cour de justice a par ailleurs estimé qu'elle n'était pas liée par le jugement du Tribunal de police, rendu le 9 novembre 2009 sur plainte du Service cantonal d'avance et recouvrement des pensions alimentaires (SCARPA). Cette juridiction, qui fixait à 3'300 fr. bruts le revenu du recourant, s'était en effet limitée à consulter les documents fournis par celui-ci, sans s'interroger sur la réalité du changement de son statut.
La Cour de justice a par ailleurs remarqué que la prétendue rémunération de 2'831 fr. 40 par mois ne correspondait pas à un temps partiel de 70% ou 34 heures hebdomadaires dans la mesure où le magasin n'était ouvert qu'entre 14 à 20 heures par semaine. L'autorité cantonale a alors opposé au recourant qu'il pourrait ouvrir son magasin tous les jours, à l'exception du mercredi, étant ainsi en mesure d'augmenter sa capacité contributive à près de 5'200 fr. nets par mois (2'841 fr. 40 / 68 heures [14h + 20h. + 14h. + 20h.] = 41 fr. 78 par heure; en y ajoutant 2 jours de 7 heures par semaine: 56 heures x 41 fr. 78 = 2'340 fr.; 2'841 fr. 40 + 2'340 fr. = 5'171 fr.). La présence de son employé lui accordait en outre suffisamment de souplesse pour s'adapter à l'emploi du temps de C._.
S'en tenant aux conclusions de l'ex-épouse, la Cour de justice a cependant maintenu le revenu qui avait été imputé au recourant dans le cadre des mesures protectrices de l'union conjugale, à savoir 4'800 fr. nets.
4.1.3 La question de savoir si la cour cantonale a procédé à une estimation du revenu effectif du recourant ou si elle lui a plutôt imputé un revenu hypothétique peut être laissée ouverte dans la mesure où l'essentiel des critiques du recourant se limite à reprocher à la juridiction d'avoir arbitrairement apprécié les faits.
Il convient avant tout de relever que le recourant ne conteste pas directement que son statut d'employé serait purement formel et qu'il serait en réalité demeuré le seul exploitant et responsable de la Sàrl Y._. Il se limite à cet égard à critiquer l'appréciation comptable à laquelle l'autorité cantonale a procédé. Celle-ci se serait d'abord manifestement trompée sur le sens et la portée des comptes afférents aux années 2002 à 2005, le recourant se contentant de prétendre, sans plus de motivation, qu'un simple calcul suffisait à déterminer un revenu moyen de 3'948. fr. 75 par mois au lieu de la somme de 5'400 fr. retenue par la juridiction cantonale. La Cour de justice aurait ensuite exclu les bilans et avis de taxation de la société de 2006 à 2008, alors qu'à cette période, la situation familiale du recourant était bouleversée "ce qui avait inévitablement impacté sa capacité contributive"; à la lecture de ces pièces comptables, la cour cantonale aurait par ailleurs pu constater que le recourant percevait bien le salaire allégué. Pour autant qu'on les comprenne, ses critiques ne permettent nullement de démontrer la prétendue erreur d'appréciation comptable de la cour cantonale.
Concernant ses relevés bancaires, le recourant se contente de remarquer que les relevés examinés font état de soldes positifs supérieurs à 2'000 fr. dans la mesure où son salaire venait d'être crédité sur son compte postal; il affirme également effectuer tous ses achats courants par carte bancaire, ce qui expliquerait l'absence de retraits en espèces. Ses critiques ne remettent nullement en cause la motivation cantonale. Appellatoires, elles sont irrecevables.
A propos enfin d'un élargissement des horaires d'ouverture de son magasin, le recourant prétend que c'est arbitrairement que la juridiction cantonale avait retenu une limitation de son temps de travail aux heures d'ouverture actuelles du magasin, à savoir entre 14 et 20 heures par semaine. Ce faisant, elle occultait le temps absolument indispensable aux tâches dites administratives et de gestion pure de la société, lesquelles augmentaient nécessairement son taux d'occupation à 34 heures hebdomadaires, à savoir un taux d'activité de 70%. Le recourant ne peut toutefois se contenter d'affirmer que l'administration de la société l'occuperait entre 20 et 14 heures par semaine sans prendre la peine de l'étayer; il occulte au demeurant le fait que la société dispose d'un employé travaillant à 30%, ce qui lui permettrait parfaitement de gérer les tâches administratives en déléguant la tenue du magasin à ce dernier.
4.1.4 Les critiques du recourant relatives à la violation de l'<ref-law> sont sans objet dans la mesure où son argumentation consiste à affirmer avoir fourni l'intégralité des documents permettant d'établir sa situation financière, à savoir un revenu effectif net de 2'831 fr. 40. Le sort de cette critique est en effet scellé par le considérant précédent.
4.2 S'agissant de ses charges, le recourant reproche à l'autorité cantonale de les avoir chiffrées à 2'670 fr. L'autorité cantonale aurait toutefois omis de prendre en considération le fait qu'il avait désormais la garde de C._ et n'aurait ainsi pas retenu le montant de 400 fr. correspondant, selon les normes d'insaisissabilité, à l'entretien de base d'un enfant de moins de dix ans, ni les charges liées à l'assurance-maladie de l'enfant, à savoir une somme mensuelle de 37 fr. Ses charges ainsi modifiées s'élèveraient à 3'107 fr. (1'350 [entretien de base du recourant] + 400 fr. [entretien de base de C._] + 1'250 fr. [loyer] + 70 fr. [transports publics] + 37 fr. [assurance-maladie de C._]).
Cette critique est justifiée, le recourant devant en effet bénéficier des frais minimums liés à l'enfant dont il a la garde. Néanmoins, en procédant à la correction du montant de ses charges, son solde disponible se chiffre à 1'693 fr. (4'800 fr. - 3'107 fr. [charges alléguées par le recourant]), montant lui permettant de s'acquitter du montant des contributions d'entretien pour B._ et D._ fixé par la Cour de justice à 650 fr. par mois et par enfant âgé de 6 à 12 ans, puis à 750 dès 12 ans.
4.3 Concluant à être libéré du paiement de toute contribution d'entretien, le recourant ne s'en prend pas, par une motivation suffisante, au dispositif du jugement cantonal ordonnant à ses débiteurs d'opérer tout ou partie de leurs paiements en mains de son ex-épouse. Cette question n'a donc pas à être examinée, bien que le recourant sollicite l'annulation de ce point particulier du dispositif du jugement attaqué.
5. En définitive, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les conclusions de l'intéressé étant dépourvues de toutes chances de succès, sa requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (<ref-law>) et les frais judiciaires mis à sa charge (<ref-law>). L'intimée n'a droit à aucune indemnité de dépens, étant précisé qu'elle n'a été invitée à se déterminer ni sur la requête d'effet suspensif, ni sur le fond du litige.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire du recourant est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 31 mai 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret Bortolaso