Faits:
A. X._, domicilié à Genève, a été engagé en qualité de comptable en date du 1er juillet 2005 par Y._ SA. Parallèlement à l'exercice de sa profession , il a suivi dès janvier 2006 des cours à Lausanne en vue de l'obtention du brevet fédéral de spécialiste en finance et comptabilité. Le 26 août 2008, il a résilié son contrat de travail pour le 31 décembre 2008. Il a obtenu le brevet convoité en date du 29 avril 2009.
Dans sa déclaration fiscale 2006, X._ a déduit de son revenu, à titre de frais de perfectionnement, de reconversion ou de réinsertion liés à la fréquentation de ces cours, un montant de 8'010 fr. 90, correspondant à des frais de matériel (1'214 fr. 40), de transport (1'830 fr. 50) et de repas (966 fr.).
Après avoir recueilli certains renseignements complémentaires de la part du contribuable, l'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale ou le fisc) lui a notifié le 2 août 2007 deux décisions de taxation, l'une pour les impôts cantonaux et communaux, l'autre pour l'impôt fédéral direct, refusant toute déduction au titre de frais de perfectionnement. Suite à la réclamation de l'intéressé du 22 août 2007, qui ne précisait pas si elle concernait la taxation des impôts cantonaux et communaux et/ou celle de l'impôt fédéral direct, l'Administration fiscale cantonale, par décision du 15 octobre 2007, a maintenu les taxations litigieuses.
B. Par acte du 13 novembre 2007, X._ a interjeté recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève, devenue depuis le 1er janvier 2009 la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après: la Commission cantonale de recours), en omettant à nouveau de spécifier si son recours portait sur les impôts cantonaux et communaux ou sur l'impôt fédéral direct. Statuant par décision du 4 mars 2009, la Commission cantonale de recours a rejeté le recours relatif aux impôts cantonaux et communaux, sans se prononcer sur l'impôt fédéral direct. Elle a considéré que les frais de perfectionnement professionnels n'étaient déductibles qu'en présence d'un rapport direct entre la formation entreprise et l'activité professionnelle exercée, soit dans l'hypothèse où le perfectionnement portait sur des connaissances utilisées dans le cadre de la profession, mais ne l'était pas lorsque, comme en l'espèce, la formation permettait de se spécialiser en acquérant de nouvelles connaissances.
C. Saisi d'un recours dirigé contre la décision de la Commission cantonale de recours du 14 mars 2009, le Tribunal administratif du canton de Genève, (ci-après: le Tribunal administratif) l'a rejeté, par arrêt du 24 novembre 2009. Limitant son examen à la seule application du droit cantonal - sur la foi de l'indication de l'Administration fiscale cantonale, dont on peut se demander si elle est réellement fondée, selon laquelle la Commission cantonale de recours se prononcerait encore sur la taxation 2006 du contribuable au plan de l'impôt fédéral direct -, il a retenu en substance que les frais litigieux n'étaient pas déductibles aux motifs qu'ils auraient vraisemblablement permis à l'intéressé d'obtenir une promotion auprès de Y._ SA s'il n'avait pas quitté cette société et qu'ils n'avaient pas seulement pour but de maintenir ses connaissances professionnelles et son revenu, mais de pouvoir assumer une fonction supérieure et réaliser un revenu plus élevé. En outre, l'intéressé n'avait pas démontré à satisfaction qu'il était victime d'une inégalité de traitement par rapport à d'autres contribuables ayant suivi la même formation.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'admettre en déduction les frais de perfectionnement invoqués, à concurrence de 5'000 fr., subsidiairement, de déclarer que les renseignements obtenus par le Tribunal administratif de la part de Y._ SA l'ont été en violation du principe de l'égalité et que le Tribunal administratif a violé les principes de l'égalité de traitement et de l'interdiction de l'arbitraire.
Le Tribunal administratif renonce à formuler des observations et persiste dans les considérants et le dispositif de l'arrêt entrepris. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS 173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 2), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Le recourant étant destinataire de l'arrêt attaqué, il a qualité pour recourir (<ref-law>).
2. L'arrêt attaqué et les conclusions du recours ne concernent que les impôts cantonaux et communaux 2006. Selon l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale.
D'après l'<ref-law> en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droit fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.). Dans ces conditions, l'<ref-law> exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 67; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 143).
3. Le litige porte sur la déductibilité des frais de cours suivis en vue de l'obtention du brevet fédéral de spécialiste en finance et comptabilité.
3.1 Aux termes de l'art. 9 al. 1 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu et les déductions générales sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables. Les frais de perfectionnement et de reconversion professionnelle en rapport avec l'activité exercée font également partie des dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu. Malgré son caractère général, cette définition des frais d'acquisition du revenu est considérée comme claire et s'impose aux cantons (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 290 et les références citées).
En droit cantonal genevois, la loi du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation de la progression à froid (LIPP-V; RSGE 3 16, remplacée depuis le 1er janvier 2010 par la loi du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques [RSGE D 3 08]) prévoit à son art. 3 al. 2 que les frais de perfectionnement en rapport avec l'activité exercée sont déductibles à concurrence de 5'000 fr. A teneur de l'art. 9 let. b de la loi en revanche, les frais de formation professionnelle ne peuvent pas l'être. Cette réglementation correspond à celle de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11). L'<ref-law> dispose en effet que les frais de perfectionnement et de reconversion professionnels en rapport avec l'activité exercée peuvent être déduits du revenu provenant d'une activité lucrative dépendante. Et l'<ref-law> précise que les frais de formation professionnelle ne peuvent pas l'être. Les dispositions du droit fédéral et du droit cantonal ont donc une portée identique, de sorte que leur interprétation doit être la même, en application du principe de l'harmonisation fiscale verticale. Les règles jurisprudentielles dégagées de l'application de la loi sur l'impôt fédéral direct sont donc transposables en droit cantonal genevois.
3.2 Il convient donc d'opérer une distinction entre les frais de perfectionnement (et de reconversion) déductibles fiscalement et les frais de formation, qui ne peuvent pas être déduits. Sont considérés comme des frais de perfectionnement ceux que le contribuable engage pour maintenir son niveau de connaissances et ceux qui lui permettent d'élargir ses connaissances afin de satisfaire aux exigences croissantes ou nouvelles de sa profession (X. OBERSON, Droit fiscal suisse, 3e édition, 2007 p. 141 et les références citées). Dans ces deux hypothèses, les cours suivis doivent être directement et objectivement en rapport avec la profession exercée. Une telle relation n'est pas établie lorsque la formation n'est entreprise que dans un but culturel ou d'enrichissement personnel (<ref-ruling> consid. 3b). En outre, les frais de perfectionnement destinés à obtenir une promotion professionnelle peuvent également être déduits s'ils permettent au contribuable de mieux exercer sa profession actuelle ou de mieux répondre aux exigences de celle-ci (J.-B. ECKERT, Commentaire romand de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, no 49 ad art. 26). Le perfectionnement englobe ainsi toute formation que le contribuable doit entreprendre pour maintenir à jour ses connaissances ou en acquérir de nouvelles qui sont nécessaires à sa profession. La consolidation de son bagage professionnel doit donc lui permettre d'assurer sa situation professionnelle (J.-M. RIVIER, Droit fiscal suisse, l'Imposition du revenu et de la fortune, 2ème édition, Lausanne 1998, p. 378; B. KNÜSEL, Kommentar zum schweizerischem Steuerrecht, 1/2a, Bundesgericht über die direkte Bundesteuer, 2e édition, Bâle 2008, n° 8 ss ad <ref-law>; P. LOCHER, Kommentar zum DGB, Bâle 2001, n° 60 ss ad <ref-law> et n° 16 ss <ref-law>).
A l'inverse, le frais de formation engagés pour une première activité professionnelle ou pour une nouvelle activité se différenciant clairement de la profession exercée ne sont pas déductibles du revenu. Dans ce sens, les frais d'une formation continue engagée en vue d'une ascension professionnelle ou qui ont permis ou favorisé un tel élan sont assimilés à ceux consentis dans le cadre d'une nouvelle formation (J.-B. ECKERT, op. cit., nos 49 et 50 ad art. 26 et la jurisprudence citée). Un tel avancement professionnel se traduit généralement par l'obtention d'un poste hiérarchique supérieur, comprenant des responsabilités plus étendues et une rémunération plus élevée.
3.3 En application de ces principes, le Tribunal fédéral a admis la déductibilité, à titre de frais de perfectionnement, des frais liés à un cours de français suivi par le titulaire d'un diplôme fédéral de comptable licencié de son poste de chef de la division des finances et de la comptabilité au sein d'une entreprise privée qui, après avoir retrouvé un emploi dans une fiduciaire, accéda au poste de chef comptable adjoint, sans que sa rémunération n'ait augmenté (<ref-ruling> ss, également publié in RDAF 1990 p. 113 ss). Il en a fait de même pour les frais d'acquisition d'un ordinateur et les frais d'inscription à un cours en matière de "Software" auprès de l'Ecole d'ingénieurs de Bienne pour un ingénieur actif dans la technique d'automatisation (arrêt 2A.222/1991 du 24 mars 1992, notamment publié in RDAF 1994 p. 85 ss), pour l'achat d'un ordinateur et les frais liés à la fréquentation de cours d'informatique et de gestion encourus par une assistante de chef de clinique au chômage effectuant à son domicile des travaux de rédaction de rapports médicaux (arrêt 2A.574/2002 du 13 mai 2003) et pour les frais engagés pour la fréquentation des cours de l'Ecole supérieure de cadres de Saint-Gall en vue de l'obtention d'un diplôme d'économiste d'entreprise de la part d'un cadre d'une entreprise privée, la formation en cause étant prioritairement destinée à assurer le poste qu'il occupait (arrêt 2A.671/2004 du 6 juillet 2005).
Le Tribunal fédéral a en revanche refusé de déduire les frais relatifs à l'obtention d'un doctorat de la part d'un licencié en droit (ATF 2A.263/1990 du 14 mars 1991, notamment publié in Archives 60 p. 35 ss), ceux engagés pour des cours d'astrologie et de psychologie par une contribuable responsable d'un centre de rencontre et de séminaires (arrêt 2A.130/2002 du 8 août 2002, notamment publié in RDAF 2004 II p. 373 ss), ceux encourus pour l'obtention d'un "Master in Business Administration " (MBA) de la part d'un "Business Development Manager" déjà titulaire d'un "Bachelor in Business Administration" (2A.277/2003 du 18 décembre 2003, notamment publié in RF 59/2004 p. 451 ss) et de la part d'un économiste d'entreprise issu d'une école supérieure de cadres pour l'économie et l'administration (arrêt 2A.623/2004 du 6 juillet 2005, publié in StE 2006 B 22.3 n° 86), ceux liés à une spécialisation en psychiatrie et psychologie pour l'employée d'une clinique psychiatrique en qualité de médecin assistante (arrêt 2A.182/2005 du 17 octobre 2005 notamment publié in RDAF 2006 II p. 133 ss), ceux occasionnés par une formation de technicien économiste par un contribuable contremaitre dans le domaine de la rénovation (arrêt 2A.183/2005 du 3 novembre 2005 publié in StE 2006 B 22.3 n° 85), ceux liés à l'obtention d'un MBA en "wealth Management" de la part d'un employé de banque titulaire d'un diplôme d'économiste auprès de l'Ecole supérieure pour cadres en économie et en administration de la Suisse italienne (arrêt 2A.424/2005 du 18 avril 2006 publié in RTiD 2006 II p. 524 ss) et ceux engagés par le collaborateur d'une fiduciaire pour une formation en cours d'emploi en économie d'entreprise aboutissant à l'obtention d'un MBA (arrêt 2C_589/2007 du 9 avril 2008 publié in StE 2008 B 22.3 n° 96).
Le Tribunal fédéral a en revanche refusé de déduire les frais relatifs à l'obtention d'un doctorat de la part d'un licencié en droit (ATF 2A.263/1990 du 14 mars 1991, notamment publié in Archives 60 p. 35 ss), ceux engagés pour des cours d'astrologie et de psychologie par une contribuable responsable d'un centre de rencontre et de séminaires (arrêt 2A.130/2002 du 8 août 2002, notamment publié in RDAF 2004 II p. 373 ss), ceux encourus pour l'obtention d'un "Master in Business Administration " (MBA) de la part d'un "Business Development Manager" déjà titulaire d'un "Bachelor in Business Administration" (2A.277/2003 du 18 décembre 2003, notamment publié in RF 59/2004 p. 451 ss) et de la part d'un économiste d'entreprise issu d'une école supérieure de cadres pour l'économie et l'administration (arrêt 2A.623/2004 du 6 juillet 2005, publié in StE 2006 B 22.3 n° 86), ceux liés à une spécialisation en psychiatrie et psychologie pour l'employée d'une clinique psychiatrique en qualité de médecin assistante (arrêt 2A.182/2005 du 17 octobre 2005 notamment publié in RDAF 2006 II p. 133 ss), ceux occasionnés par une formation de technicien économiste par un contribuable contremaitre dans le domaine de la rénovation (arrêt 2A.183/2005 du 3 novembre 2005 publié in StE 2006 B 22.3 n° 85), ceux liés à l'obtention d'un MBA en "wealth Management" de la part d'un employé de banque titulaire d'un diplôme d'économiste auprès de l'Ecole supérieure pour cadres en économie et en administration de la Suisse italienne (arrêt 2A.424/2005 du 18 avril 2006 publié in RTiD 2006 II p. 524 ss) et ceux engagés par le collaborateur d'une fiduciaire pour une formation en cours d'emploi en économie d'entreprise aboutissant à l'obtention d'un MBA (arrêt 2C_589/2007 du 9 avril 2008 publié in StE 2008 B 22.3 n° 96).
3.4 3.4.1 En l'espèce, le recourant soutient que les frais liés aux cours suivis en vue de l'obtention du brevet de spécialiste en finance et comptabilité constituent des frais de perfectionnement déductibles au sens de la loi fiscale genevoise. Il fait valoir que cette formation est clairement de type professionnel, que ce soit au plan des matières enseignées, de l'organisation des cours ou des conditions d'admission. Elle est dispensée parallèlement à l'exercice de l'activité professionnelle et requiert des candidats au brevet une pratique professionnelle antérieure dans le domaine comptable. En ce sens, elle nécessite un lien immédiat avec la profession actuelle exercée et se distingue des formations de type universitaire, postgrade ou de troisième cycle. Or, cette délimitation serait pertinente et décisive pour la définition des frais de perfectionnement déductibles. Il fait également grief au Tribunal administratif d'avoir confondu les notions de promotion et d'ascension professionnelles et d'avoir passé sous silence l'attestation de Y._ SA du 7 novembre 2007 selon laquelle la formation suivie devait lui permettre d'acquérir toutes les connaissances pour conserver son poste actuel pour retenir au contraire que cette formation lui avait permis de prétendre à une ascension professionnelle au vu de la lettre de Y._ SA du 29 septembre 2009 faisant état d'une probable promotion si son employé était resté à son service. Enfin, le recourant conteste l'appréciation du Tribunal administratif selon laquelle les différentes matières abordées dans les cours étaient sans rapport direct et objectif avec l'activité professionnelle qu'il exerçait, mais devait l'amener à assumer une fonction dirigeante dans tous les domaines de la finance ou de la comptabilité d'entreprise.
3.4.2 Si les modalités des cours dispensés (variété des matières abordées, coût, durée, enseignement en cours d'emploi, ou non) peuvent constituer, dans certains cas, des indices permettant de les ranger dans les cours de perfectionnement ou de formation, elles ne sauraient être décisives à elles seules. Dans ce sens, une formation de type universitaire à plein temps peut, selon les circonstances, être considérée comme un perfectionnement et un cours de type plus professionnel, fréquenté parallèlement à l'exercice de l'activité professionnelle, être considéré comme une formation facilitant une ascension professionnelle. Il convient donc d'examiner dans chaque cas particulier quelle était la nature de l'activité professionnelle avant la fréquentation de la formation litigieuse et de la comparer avec celle exercée ultérieurement, à moyen terme, après l'obtention du titre de formation visé. A cet égard, le dossier ne contient guère d'éléments sur la situation professionnelle exacte du recourant au sein de Y._ SA en 2006. Il en ressort uniquement que le recourant alors âgé de 29 ans exerçait la profession de comptable pour un revenu mensuel de brut de 6'350 fr. Or, le terme générique de comptable peut recouvrir des activités professionnelles variées dans des domaines différents, avec des responsabilités plus ou moins étendues. On ignore donc si les matières abordées dans les cours en cause, dont le fisc soutient que la variété et l'étendue traduisent un élargissement sensible des connaissances du recourant, étaient, ou non, en rapport direct et objectif avec le métier qu'il exerçait effectivement. En outre, toute comparaison avec l'activité professionnelle du recourant après l'obtention du brevet fédéral de spécialiste en finance et comptabilité - dont le libellé et la description des avantages qu'il est censé procurer ne saurait suffire aux besoins des distinctions fiscales à opérer - est rendue impossible par l'absence totale de renseignements sur la nature de l'activité professionnelle qu'il a exercée depuis l'année 2009. Il faudrait pourtant pouvoir examiner si l'obtention du titre convoité a permis au recourant d'accéder à un poste dans une activité différente ou dans une activité analogue avec ou sans ascension professionnelle, au plan des responsabilités confiées, de la position hiérarchique, des perspectives professionnelles et du salaire réalisé. Les renseignements fournis par Y._ SA sont à ce sujet insuffisants et le recourant n'a pas fourni spontanément les éléments de faits relatifs à sa situation actuelle. Ces lacunes ne permettent pas au Tribunal fédéral de qualifier les cours litigieux ni les frais encourus, de sorte qu'il convient de renvoyer la cause au Tribunal administratif pour qu'il complète utilement l'état de fait.
4. Les considérants qui précèdent conduisent à l'annulation de l'arrêt rendu le 24 novembre 2009 par le Tribunal administratif. L'affaire est renvoyée pour complément d'instruction et nouvelle décision audit Tribunal (<ref-law>), qui réglera également à nouveau le sort des frais et dépens de la procédure cantonale (art. 67 et 68 al. 6 LTF).
Les frais judiciaires sont mis à la charge du canton de Genève, dont l'intérêt patrimonial est en cause (<ref-law>). Le canton de Genève versera en outre une indemnité à titre de dépens au recourant, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un mandataire professionnel (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt rendu le 24 novembre 2009 par le Tribunal administratif du canton de Genève est annulé.
2. La cause est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Genève pour complément d'instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr. sont mis à la charge du canton de Genève.
4. Une indemnité de 1'500 fr. à payer au recourant est mise à la charge du canton de Genève.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif du canton de Genève et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 26 août 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey