Sachverhalt:
A. X._ wurde am 29. Januar 2008 angehalten und wegen Verdachts der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie Flucht-, Fortsetzungs- und Kollusionsgefahr verhaftet. Mit Beschlüssen vom 22. Februar 2008 und 18. April 2008 wurde die Untersuchungshaft bis zum 21. Oktober 2008 verlängert.
B. Mit Schreiben vom 2. September 2008 beantragte X._ beim Untersuchungsgefängnis Basel-Stadt die Überprüfung seiner Hafterstehungsfähigkeit. Gleichentags beantragte er beim Bezirksstatthalteramt Liestal die Haftentlassung per 19. September 2008.
Mit Verfügung vom 19. September 2008 wies das Statthalteramt das Haftentlassungsgesuch ab. Es ging davon aus, dass weiterhin Kollusions-, Flucht- und Fortsetzungsgefahr bestehe. X._ werde auch ausreichend medizinisch betreut; dass er seit einiger Zeit die Einnahme der verordneten Medikamente verweigere, entspreche seinem freien Willen und könne die Haftentlassung nicht begründen. Seine Hafterstehungsfähigkeit werde laufend überprüft.
Dagegen erhob X._ am 24. September 2008 Beschwerde an das Verfahrensgericht in Strafsachen Basel-Landschaft. Das Statthalteramt beantragte die Abweisung der Haftbeschwerde und die Verlängerung der Untersuchungshaft um 6 Monate.
Das Verfahrensgericht wies die Beschwerde X._s am 6. Oktober 2008 ab. Es hiess den Haftverlängerungsantrag des Statthalteramts gut und verlängerte die Untersuchungshaft bis zum 6. April 2009. Das Gericht ging davon aus, dass weiterhin Kollusionsgefahr vorliege und - v.a. im Hinblick auf ein noch ausstehendes Rechtshilfeersuchen an die Niederlande - eine Haftverlängerung von 6 Monaten verhältnismässig sei. Auch im Hinblick auf den Gesundheitszustand des Beschwerdeführers sei die Verhältnismässigkeit der Untersuchungshaft nicht zu beanstanden.
C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 7. November 2008 Beschwerde in Strafsachen erhoben. Er beantragt, es sei das angefochtene Urteil aufzuheben und seine sofortige Haftentlassung zu verfügen. Überdies ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Das Statthalteramt und das Verfahrensgericht beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne.
E. Am 27. Oktober 2008 stellte X._ ein neues Haftentlassungsgesuch, gestützt auf den Bericht von Prof. Y._, Oberarzt an der Rheumatologischen Universitätsklinik des Felix-Platter-Spitals, Basel, vom 13. Oktober 2008. Dieses Gesuch wies das Statthalteramt am 29. Oktober 2008 ab.
F. In seiner Replik vom 27. November 2007 hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest. Er teilt mit, dass jüngste Unersuchungen überraschend ergeben hätten, dass er gar nicht an Wegener Granulomatose leide.

Erwägungen:
1. Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in Strafsachen einzutreten.
Streitgegenstand ist allerdings nur der Entscheid des Verfahrensgerichts vom 6. Oktober 2008; hierfür ist grundsätzlich die damalige Sach- und Rechtslage massgeblich (Art. 105 und 99 Abs. 1 BGG). Spätere Arztberichte sind Gegenstand des Haftentlassungsgesuchs vom 27. Oktober 2008 und des Entscheids des Statthalteramts vom 29. Oktober 2008; diesbezüglich liegt noch kein kantonal letztinstanzlicher Entscheid vor.
2. Voraussetzung für die Anordnung und Fortdauer von Untersuchungshaft ist nach § 77 Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Basel-Land vom 3. Juni 1999 (StPO/BL), dass gegen den Angeschuldigten der dringende Verdacht eines Verbrechens oder Vergehens besteht und aufgrund konkreter Indizien ernsthaft zu befürchten ist, er werde die Freiheit benützen zur Flucht (lit. a), zur Erschwerung oder Vereitelung der Untersuchung (lit. b) oder zur Fortsetzung der deliktischen Tätigkeit, sofern diese eine erhebliche Gefahr für Leib, Leben, Freiheit oder Eigentum anderer Personen darstellt (lit. c). Untersuchungshaft darf nicht angeordnet werden oder muss unverzüglich aufgehoben werden, wenn sie unverhältnismässig wäre oder geworden ist, insbesondere wenn Ersatzmassnahmen nach <ref-law>/BL möglich und ausreichend sind oder sie die Dauer einer zu erwartenden Freiheitsstrafe erreicht (<ref-law>/BL).
2.1 Der dringende Tatverdacht ist vorliegend unstreitig: Der Beschwerdeführer hat gestanden, verschiedene Betäubungsmittel in grossem Umfang (47 kg billigeres und 3 kg reines Kokain, 10 kg Marihuana, 5 kg Speed, ca. 40'000 Ecstasy Pillen und ca. 5 kg Haschisch) für den Verkauf in die Schweiz eingeführt zu haben. Streitig ist dagegen, ob noch Kollusionsgefahr vorliegt.
2.2 Kollusion bedeutet insbesondere, dass sich der Angeschuldigte mit Zeugen, Auskunftspersonen, Sachverständigen oder Mitangeschuldigten ins Einvernehmen setzt oder sie zu wahrheitswidrigen Aussagen veranlasst, oder dass er Spuren und Beweismittel beseitigt. Die strafprozessuale Haft wegen Kollusionsgefahr soll verhindern, dass der Angeschuldigte die Freiheit dazu missbraucht, die wahrheitsgetreue Abklärung des Sachverhaltes zu vereiteln oder zu gefährden. Gemäss <ref-law>/BL genügt indessen die theoretische Möglichkeit, dass der Angeschuldigte in Freiheit kolludieren könnte, nicht, um die Fortsetzung der Haft unter diesem Titel zu rechtfertigen; es müssen vielmehr konkrete Indizien für die Annahme von Verdunkelungsgefahr sprechen. Dies entspricht auch der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur Kollusionsgefahr (<ref-ruling> E. 3c S. 35; <ref-ruling> E. 4c S. 261).
Je weiter das Strafverfahren vorangeschritten ist und je präziser der Sachverhalt bereits abgeklärt werden konnte, desto höhere Anforderungen sind an den Nachweis von Verdunkelungsgefahr zu stellen (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 24 mit Hinweisen).
2.3 Das Verfahrensgericht führte aus, das Verfahren sei noch nicht abgeschlossen; insbesondere sei noch ein Rechtshilfeersuchen an die Niederlande ausstehend. Es handle sich um ein umfangreiches und komplexes Verfahren. Beim Drogenhandel seien Absprachen einfach und kämen häufig vor. Zudem seien vorliegend mehrere Familienangehörige beteiligt. Der Beschwerdeführer sei als mutmasslicher Kopf des Drogenhandels am besten über die Organisation informiert. Er habe am 5. April 2008 aus dem Gefängnis heraus einen Brief an zwei Mitangeschuldigte überbringen lassen. Durch Verwendung des Kassibers habe der Beschwerdeführer seine Kollusionsbereitschaft eindrücklich belegt. Zwar sei der Beschwerdeführer zu einem grossen Teil geständig; jedoch gelte im Kanton Basel-Landschaft gemäss <ref-law> das Unmittelbarkeitsprinzip. Zudem seien noch Detailabklärungen notwendig, denen im organisierten Drogenhandel wesentliche Bedeutung zukomme.
2.4 Der Beschwerdeführer macht dagegen geltend, die Untersuchung sei praktisch vollständig abgeschlossen. Das klare und detaillierte Untersuchungsergebnis könne nicht mehr aus der Welt geschaffen werden, auch nicht mit einer Einflussnahme auf Angehörige. Aus diesem Grund liege keine Kollusionsgefahr mehr vor.
2.5 Aus den Akten ergibt sich, dass das Untersuchungsverfahren zwar weit fortgeschritten, aber noch nicht abgeschlossen ist. Insbesondere steht noch ein umfangreiches Rechtshilfeersuchen an die Niederlande aus, mit dem nicht nur die Identität des Drogenlieferanten "Chris", sondern auch Art und Zahl der Geld- und Betäubungsmitteltransporte und die Identität der daran beteiligten Personen ermittelt werden sollen. Die Ermittlungsbehörden schätzen, dass in den letzten 2 Jahren mindestens 115-322 kg sehr reines Kokain in die Schweiz transportiert worden seien; demgegenüber hat der Beschwerdeführer in seinem Geständnis "nur" die Einfuhr von 47 kg billigerem und 3 kg reinem Kokain zugegeben. Angesichts der Stellung des Beschwerdeführers als mutmasslicher Organisator des Drogenhandels und der Verwicklung von Familienangehörigen besteht weiterhin die Gefahr, dass der Beschwerdeführer die Aussagen von Mitangeschuldigten beeinflussen könnte, um sich oder Familienangehörige zu entlasten. Nachdem der Beschwerdeführer bereits aus der Haft Briefe an Mitangeschuldigte überbringen liess, um deren Aussagen zu beeinflussen, liegen auch klare Indizien für seine Kollusionsbereitschaft vor.
2.6 Insgesamt ist daher die Annahme von Kollusionsgefahr beim derzeitigen Verfahrensstand nicht zu beanstanden.
3. Zu prüfen ist weiter, ob der Beschwerdeführer aufgrund seines Gesundheitszustands aus der Haft zu entlassen ist.
3.1 Das Verfahrensgericht bejahte die Hafterstehungsfähigkeit des Beschwerdeführers gestützt auf den Bericht vom 30. September 2008 von Dr. Z._, stellvertretende Oberärztin des Kantonsärztlichen Diensts und Verantwortliche für den medizinischen Dienst des Untersuchungsgefängnisses Waaghof. Weitere Untersuchungen seien Anfang Oktober durch Spezialärzte geplant. Das Statthalteramt habe jeweils bei Fragen zur medizinischen Behandlung des Beschwerdeführers die notwendigen Abklärungen getroffen. Als sich der Beschwerdeführer geweigert habe, seine Medikamente einzunehmen und über geschwollene Gelenke geklagt habe, habe das Statthalteramt angeordnet, dass die notwendigen Kontrollen im Kantonsspital Basel vorzunehmen seien. Gleichzeitig habe es vorläufige Anweisungen gegeben, wie vorzugehen sei, wenn eine stationäre Behandlung notwendig werde, und wo diese durchzuführen sei (Inselspital Bern, Schreiben vom 9. Juli 2008). Der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers sei trotz seines zeitweiligen Verzichts auf medizinische Behandlung überwacht worden und nun, nachdem er eine Untersuchung durch Spezialärzte wünsche, sei diese auch angeordnet worden. Ob allenfalls eine weitergehende medizinische Betreuung notwendig sei, ob diese im Rahmen der Untersuchungshaft durchgeführt werden könne und welchen Einfluss die Ergebnisse der nun angeordneten spezialärztlichen Untersuchungen auf die Verhältnismässigkeit der Untersuchungshaft hätten, sei im Moment nicht zu prüfen.
3.2 Der Beschwerdeführer hält die Fortsetzung der Untersuchungshaft aufgrund seines Gesundheitszustands für unverhältnismässig. Während der Dauer der Untersuchungshaft sei er nicht adäquat medizinisch versorgt worden. Aus Protest gegen die willkürliche, ohne den Beizug von Fachärzten erfolgte Absetzung wichtiger Medikamente, habe er sich geweigert, weiter Medikamente einzunehmen. Am 17. Juli 2008 habe sein Verteidiger den medizinischen Dienst des Untersuchungsgefängnisses Waaghof darauf hingewiesen, dass der Beschwerdeführer an einer schweren Krankheit (Wegener Granulomatose) leide, die bei unterlassener Behandlung tödlich verlaufen könne, und um Einsicht in die Krankenunterlagen gebeten. Daraufhin habe Dr. Z._ den Beschwerdeführer am 22. Juli 2008 eine umfassende Verzichtserklärung für sämtliche Untersuchungen und Behandlungen unterzeichnen lassen, um sich von ihrer medizinischen Verantwortlichkeit zu entlasten. Diese Verzichtserklärung sei von Anfang an ungültig gewesen, weil der Beschwerdeführer damals an Depressionen gelitten habe und nicht zurechnungsfähig gewesen sei. Zudem hätte die Verzichtserklärung auch nicht dazu führen dürfen, dass jegliche medizinische Untersuchungen unterlassen wurden. Obwohl die Verteidigung mehrfach Einsicht in die medizinischen Unterlagen verlangt habe, sei ihr dies bislang nicht gewährt worden. Dies lege den Verdacht nahe, dass die medizinische Betreuung des Beschwerdeführers in der Untersuchungshaft nicht angemessen sei.
Inzwischen habe Prof. Y._, Oberarzt an der Rheumatologischen Klinik des Felix-Platter-Spitals in Basel, den Beschwerdeführer untersucht und ihm einen sehr schlechten Allgemeinzustand attestiert (Bericht vom 13. Oktober 2008). Die Hafterstehungsfähigkeit sei deshalb eindeutig nicht mehr gegeben.
3.3 Auf die Untersuchungshaft muss verzichtet werden, wenn ihre Auswirkung auf den Gesundheitszustand des Betroffenen in keinem vernünftigen Verhältnis zum Haftzweck steht. Im Allgemeinen greift aber die Untersuchungshaft bei kranken Personen nicht derart stark in deren persönliche Freiheit ein, dass letztere völlig unterdrückt oder ihres Gehaltes als Institution der Rechtsordnung entleert würde (<ref-ruling> E. 3a/b S. 423). Immerhin besitzen Untersuchungsgefangene einen grundrechtlichen Anspruch auf ausreichende (spezial-)ärztliche Versorgung. Dieser Anspruch kann im Einzelfall den Beizug eines weiteren Arztes zusätzlich zum Gefängnisarzt oder die Verlegung in eine geeignete Klinik als notwendig erscheinen lassen.
In Übereinstimmung mit diesen Grundsätzen sieht <ref-law>/BL vor, dass die verhaftete Person in eine geeignete Einrichtung verlegt wird, wenn die ambulante medizinische Versorgung im Bezirksgefängnis nicht ausreichend möglich ist (Abs. 3); die Haftentlassung ist anzuordnen, wenn die Hafterstehungsfähigkeit auch mit einer solchen Verlegung nicht gewährleistet werden kann (Abs. 4).
3.4 Beim Beschwerdeführer wurde vor über zwei Jahren eine Wegener Granulomatose diagnostiziert, eine gefährliche und potentiell lebensbedrohende Krankheit, deren Verlauf und Symptomatologie aber sehr unterschiedlich sein können. Es handelt sich um eine spezielle Art der Gefässentzündung, die jedes Gefäss im Körper befallen kann, insbesondere die Atemwege und die Nieren. In der Therapie werden zwei Phasen unterschieden: Die Induktionstherapie zur Erzielung einer Remission, d.h. einer Kontrolle der Symptome und einer Normalisierung der krankhaften Befunde, und - nach Eintreten einer Remission - eine Konsolidierungstherapie zur Vermeidung eines Rückfalls.
Wie sich aus dem Schreiben des Verteidigers an Dr. Z._ vom 2. September 2008 (S. 3 oben) ergibt, war offenbar der Verlauf der Krankheit in der Zeit vor der Untersuchungshaft unter Einsatz schwerer Medikamente gestoppt worden. Wird jedoch die Behandlung unterbrochen, besteht die Gefahr eines Rückfalls. Eine solche Unterbrechung erfolgte in den Monaten Juli bis September 2008, als sich der Beschwerdeführer weigerte, seine Medikamente einzunehmen.
Das Statthalteramt reagierte jedoch stets auf Vorwürfe der Verteidigung über die medizinische Betreuung des Beschwerdeführers und ordnete die notwendigen Abklärungen an (vgl. Aktennotiz des Statthalteramts vom 7. Juli 2008, Schreiben vom 9. Juli, vom 5., 23. und 26. September 2008). Insbesondere wurde schon am 9. Juli 2008 angeordnet, den Beschwerdeführer vorsorglich einer Kontrolle im Kantonsspital Basel zu unterziehen.
Auf diese und weitere Kontrollen verzichtete der Beschwerdeführer jedoch in der Folge; am 22. Juli 2008 unterschrieb er eine entsprechende Erklärung, obwohl er vom medizinischen Dienst auf die möglichen Folgen hingewiesen worden war. Diese Erklärung wurde erst mit Schreiben des Verteidigers vom 2. September 2008 widerrufen bzw. für ungültig erklärt. Unter welchen Umständen es zu dieser Verzichtserklärung kam, lässt sich den Akten nicht entnehmen. Die Frage kann auch offen bleiben.
Entscheidend für das vorliegende Haftentlassungsverfahren ist, dass seither eine ausreichende medizinische Betreuung des Beschwerdeführers in der Untersuchungshaft sichergestellt wird. Insbesondere wurden auch die vom Beschwerdeführer für notwendig erachteten Untersuchungen bei Fachärzten am Felix-Platter-Spital und an der Universitätsklinik Basel bewilligt; diese sind zwischenzeitlich durchgeführt worden. Das Statthalteramt war auch stets bereit, den Beschwerdeführer für allfällige, von den (Fach-)Ärzten für notwendig erachtete, stationäre Massnahmen an das Inselspital in Bern zu verlegen. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, weshalb diese Einrichtung nicht geeignet sei; dies ist auch nicht ersichtlich. Ob stationäre Massnahmen erforderlich sind, wird aufgrund der nun vorliegenden Untersuchungsergebnisse zu beurteilen sein.
Inzwischen hat das Statthalteramt auch die Krankenakten des Beschwerdeführers angefordert und eine neutrale Stelle (IRM Basel) beauftragt, die medizinische Versorgung des Beschwerdeführers während der Untersuchungshaft zu begutachten (Verfügungen vom 31. Oktober 2008). Im Rahmen dieses Verfahrens wird der Verteidiger des Beschwerdeführers die Möglichkeit haben, Einsicht in die Krankenunterlagen zu nehmen und sich dazu äussern zu können.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen.
Der Beschwerdeführer hat um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Da die Voraussetzungen hierfür vorliegen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG), ist diesem Gesuch zu entsprechen. Demnach sind keine Kosten zu erheben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt David Schnyder, Basel, wird als amtlicher Vertreter des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 2'000.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksstatthalteramt Liestal und dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Dezember 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber