Sachverhalt:
A. Das Bundesamt für Kommunikation (BAKOM) legte am 25. August 2003 den Anteil an den Empfangsgebühren von Tele CX._ für das Rechnungsjahr 2003 auf einen Höchstbetrag von Fr. 790'625.-- fest. Vier Fünftel dieser Summe wurden innert Monatsfrist ausbezahlt. Das BAKOM stellte die definitive Abrechnung und eine allfällige Restauszahlung nach Genehmigung der Jahresrechnung 2003 in Aussicht. Für die Einreichung der entsprechenden Unterlagen setzte sie der X._ Radio/TV AG (heute: X._ TV AG) Frist bis zum 30. April 2004. Im Sommer 2004 beschloss das BAKOM, unter anderem bei der X._ Radio/TV AG eine vertiefte Wirtschaftsprüfung bezüglich des Gebührensplittings und der Konzessionsabgaben 2003 durchzuführen. Am 30. Dezember 2004 teilte es der X._ Radio/TV AG mit, dass sich die Revisionsergebnisse vermutlich auf ihren Gebührenanteil auswirken würden, weshalb mit der Festlegung des definitiven Betrags zugewartet werde.
B. Gestützt auf den definitiven Revisionsbericht vom 17. Februar 2005 legte das BAKOM am 26. Januar 2007 widerrufsweise den Gebührensplittingbetrag für Tele CX._ für das Jahr 2003 definitiv auf Fr. 493'670.-- fest; bezüglich der bereits ausbezahlten 80 % des ursprünglichen Höchstbetrags von Fr. 790'625.-- machte es eine Rückforderung von Fr. 138'830.-- geltend. Mit Urteil vom 23. Januar 2008 hob das Bundesverwaltungsgericht die Widerrufsverfügung des BAKOM auf und erklärte den Rückerstattungsanspruch für verjährt. Das Bundesamt setzte in der Folge am 13. August 2008 den Gebührensplittingbetrag für das Rechnungsjahr 2003 erneut auf Fr. 493'670.-- fest, verzichtete aber auf die (verjährte) Rückforderung; die Verfahrenskosten in der Höhe von Fr. 9'360.-- auferlegte es der X._ Radio/TV AG. Mit Urteil vom 26. August 2009 lehnte es das Bundesverwaltungsgericht ab, der X._ TV AG den auf die ursprünglichen Fr. 790'625.-- verbleibenden Restbetrag von 20 %, d.h. Fr. 158'125.--, zuzusprechen. Das BAKOM sei trotz der Verjährung des Rückerstattungsanspruchs nicht verpflichtet, die noch nicht geleisteten Gelder auszuschütten. Es reduzierte die vorinstanzlichen Verfahrenskosten jedoch auf Fr. 5'140.--.
C. Die X._ TV AG beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 26. August 2009 aufzuheben und das Gebührensplitting für Tele CX._ für das Jahr 2003 im vollen Umfang von Fr. 790'625.-- zu leisten. Der noch verbleibende Restbetrag (20 % des Gesamtbetrags) von Fr. 158'125.-- sei nebst Verzugszins von 5 % seit dem 30. Juni 2004 auszurichten. Die X._ TV AG macht geltend, dieses Geld sei ihr verbindlich zugesichert worden und müsse deshalb vollumfänglich ausbezahlt werden.
Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Das Bundesamt für Kommunikation beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gegen Entscheide betreffend Subventionen ausgeschlossen, auf die kein Rechtsanspruch besteht (<ref-law>). Ob ein solcher gegeben ist, beurteilt sich hier noch nach dem Bundesgesetz vom 21. Juni 1991 über Radio und Fernsehen (aRTVG, AS 1992 601) bzw. nach der Radio- und Fernsehverordnung vom 6. Oktober 1997 (aRTVV, AS 1997 2903): Umstritten ist der Splittingbetrag für das Rechnungsjahr 2003 und damit eine Leistung, die nach dem damals geltenden Recht zu berechnen war, auch wenn aus verfahrenstechnischen Gründen die strittige (Widerrufs-)Verfügung des BAKOM erst am 13. August 2008 und damit nach Inkrafttreten des neuen Rechts erging (vgl. Art. 113 des Bundesgesetzes vom 24. März 2006 über Radio und Fernsehen [RTVG, SR 784.40]).
1.2 Praxisgemäss räumten weder das aRTVG (Art. 17 Abs. 2 und 3) noch die aRTVV (Art. 10; AS 1997 2903, 2004 4531) lokalen und regionalen Veranstaltern einen Rechtsanspruch auf Gebührenanteile ein (VPB 67/2003 Nr. 26). Gegen solche Entscheide war deshalb die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht bereits bisher ausgeschlossen (Art. 99 Abs. 1 lit. h OG; vgl. den Entscheid des Bundesrats vom 20. Februar 2008 i.S. Radio AX._ [Gebührensplitting für das Rechnungsjahr 2005] E. 1.3). Das BAKOM hat in der beanstandeten Verfügung für das umstrittene Rechnungsjahr den ursprünglich gewährten Gebührenanteil aufgrund einer Kontrolle der Buchhaltung um den noch nicht ausbezahlten Betrag reduziert, jedoch von einer Rückforderung wegen Verjährung abgesehen. Damit geht es in der Sache hier nicht um die erstmalige Festsetzung des Gebührenbeitrags, sondern um ein allfälliges Abweichen von der ursprünglichen Zusicherung bzw. um einen entsprechenden (Teil-)Widerruf. In solchen Fällen ist wegen des damit verbundenen Eingriffs in die Rechtsstellung des Betroffenen die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht auch dann zulässig, wenn kein Anspruch auf die Ausrichtung des Staatsbeitrags besteht (Urteil 2C_266/2007 vom 21. Januar 2008 E. 1.1, publ. in: RtiD 2008 II S. 303 ff.; <ref-ruling> E. 1; vgl. auch Thomas Häberli, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], BSK BGG, 2008, N. 205 zu <ref-law>; Alain Wurzburger, in: Corboz et al. [Hrsg.], Commentaire de la LTF, 2009, N. 119 zu <ref-law>). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde der hierzu legitimierten Verfügungsadressatin ist grundsätzlich einzutreten.
1.3 Nach <ref-law> muss in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen im angefochtenen Entscheid auseinandersetzt. Genügt seine Beschwerdeschrift dieser Anforderung nicht, so ist auf die Eingabe nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht in der Regel von Amtes wegen an (<ref-law>); das bedingt jedoch, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt. Soweit die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht lediglich die bereits vor dem Bundesverwaltungsgericht erhobenen Rügen wiederholt, ohne darzulegen, inwiefern die im angefochtenen Entscheid vertretene Auffassung Bundesrecht verletzt, ist auf ihre Eingabe mangels sachbezogener Begründung nicht weiter einzugehen (<ref-ruling> E. 2.1). Dies gilt insbesondere für die vom BAKOM erhobenen Kosten: Die Beschwerdeführerin beantragt zwar, diese "adäquat zu reduzieren", legt indessen nicht dar, inwiefern der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts, worin die Kosten von Fr. 9'360.-- auf Fr. 5'140.-- reduziert wurden, bundesrechtswidrig sein soll.
2.1 Der rundfunkrechtliche Gebührenanteil ist eine Subvention im Sinne des Bundesgesetzes vom 5. Oktober 1990 über Finanzhilfen und Abgeltungen (SuG, SR 616.1; Art. 3 Abs. 1 SuG; heute auch: <ref-law>; BBl 2003 1708; Rolf H. Weber, Rundfunkrecht, 2008, N. 12 zu <ref-law>). Das Subventionsgesetz kommt mangels Sonderregeln auf dessen Ausrichtung als Ganzes - einschliesslich seines dritten Kapitels (Allgemeine Bestimmungen für Finanzhilfen und Abgeltungen) - zur Anwendung (Art. 2 Abs. 2 SuG). Finanzhilfen und Abgeltungen werden demnach in der Regel durch Verfügung gewährt (Art. 16 Abs. 1 SuG). Die zuständige Behörde bezeichnet darin die Rechtsgrundlage, die Art und den Betrag der Finanzhilfe oder Abgeltung. Kann der Betrag - wie bei den rundfunkrechtlichen Gebührenanteilen, bei denen die definitive Festlegung nach der Genehmigung der Vorjahresrechnung erfolgt - nicht endgültig festgesetzt werden, bestimmt die Behörde aufgrund der vorgelegten Unterlagen die anrechenbaren Kosten, den Prozentsatz und den Höchstbetrag der Leistung (Art. 17 Abs. 1 SuG). Hat sie den endgültigen Betrag in der Finanzhilfe- oder Abgeltungsverfügung nicht festgesetzt "so legt sie ihn ohne neue Verfügung fest, sobald ihr die Abrechnung vorliegt" (Art. 18 Abs. 1 SuG). Vor der Festsetzung des endgültigen Betrages dürfen in der Regel höchstens 80 Prozent der Finanzhilfe oder Abgeltung ausbezahlt werden (Art. 23 Abs. 2 SuG). Die zuständige Behörde widerruft ihre Verfügung, wenn sie die Leistung in Verletzung von Rechtsvorschriften oder aufgrund eines unrichtigen oder unvollständigen Sachverhalts zu Unrecht gewährt hat (Art. 30 Abs. 1 SuG). Mit dem Widerruf fordert sie die bereits ausgerichteten Leistungen zurück (Art. 30 Abs. 3 SuG). Der Anspruch auf Rückerstattung von Finanzhilfen und Abgeltungen verjährt ein Jahr, nachdem die verfügende Behörde vom Rechtsgrund des Anspruchs Kenntnis erhalten hat, in jedem Fall aber zehn Jahre nach dessen Entstehung (Art. 32 Abs. 2 SuG). Die Verjährung wird durch jede schriftliche Zahlungsaufforderung unterbrochen; sie ruht, solange der Schuldner in der Schweiz nicht betrieben werden kann (Art. 33 SuG).
2.1 Der rundfunkrechtliche Gebührenanteil ist eine Subvention im Sinne des Bundesgesetzes vom 5. Oktober 1990 über Finanzhilfen und Abgeltungen (SuG, SR 616.1; Art. 3 Abs. 1 SuG; heute auch: <ref-law>; BBl 2003 1708; Rolf H. Weber, Rundfunkrecht, 2008, N. 12 zu <ref-law>). Das Subventionsgesetz kommt mangels Sonderregeln auf dessen Ausrichtung als Ganzes - einschliesslich seines dritten Kapitels (Allgemeine Bestimmungen für Finanzhilfen und Abgeltungen) - zur Anwendung (Art. 2 Abs. 2 SuG). Finanzhilfen und Abgeltungen werden demnach in der Regel durch Verfügung gewährt (Art. 16 Abs. 1 SuG). Die zuständige Behörde bezeichnet darin die Rechtsgrundlage, die Art und den Betrag der Finanzhilfe oder Abgeltung. Kann der Betrag - wie bei den rundfunkrechtlichen Gebührenanteilen, bei denen die definitive Festlegung nach der Genehmigung der Vorjahresrechnung erfolgt - nicht endgültig festgesetzt werden, bestimmt die Behörde aufgrund der vorgelegten Unterlagen die anrechenbaren Kosten, den Prozentsatz und den Höchstbetrag der Leistung (Art. 17 Abs. 1 SuG). Hat sie den endgültigen Betrag in der Finanzhilfe- oder Abgeltungsverfügung nicht festgesetzt "so legt sie ihn ohne neue Verfügung fest, sobald ihr die Abrechnung vorliegt" (Art. 18 Abs. 1 SuG). Vor der Festsetzung des endgültigen Betrages dürfen in der Regel höchstens 80 Prozent der Finanzhilfe oder Abgeltung ausbezahlt werden (Art. 23 Abs. 2 SuG). Die zuständige Behörde widerruft ihre Verfügung, wenn sie die Leistung in Verletzung von Rechtsvorschriften oder aufgrund eines unrichtigen oder unvollständigen Sachverhalts zu Unrecht gewährt hat (Art. 30 Abs. 1 SuG). Mit dem Widerruf fordert sie die bereits ausgerichteten Leistungen zurück (Art. 30 Abs. 3 SuG). Der Anspruch auf Rückerstattung von Finanzhilfen und Abgeltungen verjährt ein Jahr, nachdem die verfügende Behörde vom Rechtsgrund des Anspruchs Kenntnis erhalten hat, in jedem Fall aber zehn Jahre nach dessen Entstehung (Art. 32 Abs. 2 SuG). Die Verjährung wird durch jede schriftliche Zahlungsaufforderung unterbrochen; sie ruht, solange der Schuldner in der Schweiz nicht betrieben werden kann (Art. 33 SuG).
2.2 Entgegen der Kritik der Beschwerdeführerin verstösst der angefochtene Entscheid - soweit er sie noch belastet - nicht gegen diese Regeln:
2.2.1 Das Bundesamt für Kommunikation setzte in seiner Verfügung vom 25. August 2003 mit Fr. 790'625.-- den Maximalbetrag für das Rechnungsjahr 2003 fest, wobei es in der Folge 80 % davon zur Auszahlung brachte und die definitive Festlegung des Beitrags von der Genehmigung der Jahresrechnung abhängig machte. Dabei hielt es ausdrücklich fest: "Erweist sich die geleistete Zahlung als zu hoch, so erfolgt eine Rückerstattungsforderung oder - bei einem erneuten Anspruch auf einen Gebührenanteil - eine Verrechnung mit einer nächsten Teilzahlung". Im Sommer 2004 liess das BAKOM - unter anderem auch bei der X._ Radio/TV AG - eine vertiefte Buchprüfung zur Jahresrechnung 2003 durchführen, die am 17. Februar 2005 zu Beanstandungen Anlass gab (PWC-Bericht) und am 26. Januar 2007 bezüglich der Tele CX._ zu einer Widerrufsverfügung im Sinne von Art. 30 SuG führte, wogegen die Beschwerdeführerin an das Bundesverwaltungsgericht gelangte, das zum Schluss kam, dass der Rückforderungsanspruch des BAKOM verjährt war (Urteil A-1570/2007 vom 23. Januar 2008).
2.2.2 Da das Bundesverwaltungsgericht die Verfügung des BAKOM vollumfänglich aufhob, musste dieses den definitiven Beitrag an Tele CX._ in der Folge neu festlegen: Richtig ist, dass nach Art. 18 SuG der endgültige Betrag in der Regel ohne neue Verfügung festgelegt wird, sobald die Abrechnung vorliegt; anders verhält es sich aber, wenn die Finanzhilfe- oder Abgeltungsverfügung nicht alle Grundlagen enthält, die zur Festsetzung des endgültigen Betrags notwendig sind. In diesem Fall muss die Behörde von Gesetzes wegen die fehlenden oder neu zu beurteilenden Elemente in einer weiteren Verfügung festlegen (so Art. 18 Abs. 2 SuG). Dasselbe gilt, wenn die ursprüngliche Verfügung, wie hier, ganz oder teilweise widerrufen werden soll, weil die "Leistung in Verletzung von Rechtsvorschriften oder aufgrund eines unrichtigen oder unvollständigen Sachverhalts zu Unrecht gewährt" worden ist (Art. 30 Abs. 1 SuG). Der Einwand, das BAKOM habe gestützt auf Art. 18 Abs. 1 SuG gar nicht mehr neu verfügen dürfen, weshalb die ursprüngliche Verfügung zu vollziehen und der Beschwerdeführerin der dort festgelegte Maximalbetrag auszuzahlen sei, verkennt diese subventionsrechtlichen Zusammenhänge.
2.2.3 Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Frage, dass der Sachverhalt, welcher der Zusicherungsverfügung zugrunde lag, nicht den Realitäten entsprach, sondern wendet ein, nicht nur die Rückerstattungsansprüche seien verjährt, sondern auch das Recht, den nicht ausbezahlten Betrag (20 % der Maximalsumme) zurückzubehalten. Dem ist nicht so: Der Maximalbetrag von Fr. 790'625.-- wurde provisorisch zugesichert; gerade deshalb konnte er in Anwendung von Art. 23 Abs. 2 SuG nur zu 80 % ausbezahlt werden. Zwar werden die Restbeträge jeweils innert weniger Monate nach Prüfung der Rechnung ausbezahlt und hatte die Beschwerdeführerin ihre Unterlagen rechtzeitig bis zum 30. April 2004 eingereicht, doch musste ihr aufgrund der anfangs Juli 2004 vorgenommenen Rechnungsprüfung klar sein, dass sich eine allfällige Auszahlung verzögern würde oder es zu deren Reduktion kommen könnte. Die Verfügung vom 25. August 2003 stand materiell unter dem Vorbehalt von Art. 18 Abs. 2 bzw. Art. 30 SuG. Die Verjährungsregelung von Art. 32 Abs. 2 SuG ist ihrerseits <ref-law> nachgebildet (BBl 1987 I 415 f.). Nach <ref-law> kommt die einjährige Verjährungsfrist von Absatz 1 nicht zur Anwendung, wenn die Bereicherung in einer Forderung besteht; in diesem Fall kann die Erfüllung auch dann verweigert werden, wenn der Bereicherungsanspruch verjährt ist. Dies gilt auch hier: Zwar sind die Rückforderungsansprüche gegen die Beschwerdeführerin - wie das BAKOM in Konkretisierung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 23. Januar 2008 festgestellt hat - verjährt, dies hinderte es jedoch nicht daran, auf die Auszahlung der restlichen 20 % des ursprünglichen Maximalbetrags zu verzichten.
2.2.3 Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Frage, dass der Sachverhalt, welcher der Zusicherungsverfügung zugrunde lag, nicht den Realitäten entsprach, sondern wendet ein, nicht nur die Rückerstattungsansprüche seien verjährt, sondern auch das Recht, den nicht ausbezahlten Betrag (20 % der Maximalsumme) zurückzubehalten. Dem ist nicht so: Der Maximalbetrag von Fr. 790'625.-- wurde provisorisch zugesichert; gerade deshalb konnte er in Anwendung von Art. 23 Abs. 2 SuG nur zu 80 % ausbezahlt werden. Zwar werden die Restbeträge jeweils innert weniger Monate nach Prüfung der Rechnung ausbezahlt und hatte die Beschwerdeführerin ihre Unterlagen rechtzeitig bis zum 30. April 2004 eingereicht, doch musste ihr aufgrund der anfangs Juli 2004 vorgenommenen Rechnungsprüfung klar sein, dass sich eine allfällige Auszahlung verzögern würde oder es zu deren Reduktion kommen könnte. Die Verfügung vom 25. August 2003 stand materiell unter dem Vorbehalt von Art. 18 Abs. 2 bzw. Art. 30 SuG. Die Verjährungsregelung von Art. 32 Abs. 2 SuG ist ihrerseits <ref-law> nachgebildet (BBl 1987 I 415 f.). Nach <ref-law> kommt die einjährige Verjährungsfrist von Absatz 1 nicht zur Anwendung, wenn die Bereicherung in einer Forderung besteht; in diesem Fall kann die Erfüllung auch dann verweigert werden, wenn der Bereicherungsanspruch verjährt ist. Dies gilt auch hier: Zwar sind die Rückforderungsansprüche gegen die Beschwerdeführerin - wie das BAKOM in Konkretisierung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 23. Januar 2008 festgestellt hat - verjährt, dies hinderte es jedoch nicht daran, auf die Auszahlung der restlichen 20 % des ursprünglichen Maximalbetrags zu verzichten.
2.3 2.3.1 Die Vorinstanz verwarf zu Recht auch den Einwand, die Beschwerdeführerin habe darauf vertrauen dürfen, den Restbetrag ausbezahlt zu erhalten, weil die Verfügung des BAKOM zeitliche Angaben enthalten und dieses ihr erst im Januar 2007 mitgeteilt habe, dass der Restbetrag nicht ausbezahlt werde. Nach Art. 30 Abs. 2 SuG ist auf den Widerruf und die damit verbundene Rückforderung - ausserhalb der Verjährungsregelung von Art. 32 Abs. 2 SuG - zu verzichten, wenn (a) der Empfänger aufgrund der Verfügung Massnahmen getroffen hat, die nicht ohne unzumutbare finanzielle Einbussen rückgängig gemacht werden können; (b) die Rechtsverletzung für ihn nicht leicht erkennbar war und (c) eine allfällige unrichtige oder unvollständige Feststellung des Sachverhalts nicht auf schuldhaftes Handeln seinerseits zurückzuführen ist. Diese Kriterien gelten kumulativ (Urteil 2A.301/1991 vom 26. November 1992 E. 5a unter Hinweis auf die Botschaft zum Subventionsgesetz: BBl 1987 I 415).
2.3.2 Sollte die Beschwerdeführerin gestützt auf die provisorische Verfügung vom 25. August 2003 Massnahmen getroffen haben, die sie nicht ohne unzumutbare Einbussen rückgängig machen konnte, war die Problematik einer möglichen Infragestellung des Umfangs der Leistungen für sie doch erkennbar, als ihr mitgeteilt wurde, dass eine Rechnungsprüfung erfolgen würde. Soweit die Beschwerdeführerin geltend machte, sie habe auf die Genehmigung des Budgets abstellen dürfen, verkennt sie, dass die ursprüngliche Verfügung unter dem Vorbehalt der Genehmigung der Jahresrechnung stand und damals noch nicht bekannt war, dass für die Berechnung des Anteils an den Empfangsgebühren relevante Buchungen unzutreffend vorgenommen worden waren. Da die Kriterien für den Verzicht auf den Widerruf nach Art. 30 Abs. 2 SuG kumulativ erfüllt sein müssen, kann dahingestellt bleiben, ob sich die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang entgegenhalten lassen muss, sie habe mit den unzutreffenden Buchungen die unrichtige oder unvollständige Feststellung des für die Berechnung relevanten Sachverhalts selber schuldhaft verursacht. Entgegen ihrer Kritik kann schliesslich auch nicht gesagt werden, das BAKOM habe rechtsmissbräuchlich gehandelt: Richtig ist, dass sich die verschiedenen Verfahren in die Länge gezogen haben und eine straffere Verfahrensführung seitens des BAKOM wünschenswert gewesen wäre. Die Beschwerdeführerin hat hiervon indessen insofern profitiert, als deswegen die Rückforderungsansprüche verjährten (Art. 32 Abs. 2 SuG), sodass es heute weder rechtsmissbräuchlich noch anderweitig stossend erscheint, wenn ihr der für das Jahr 2003 zurückbehaltene Restbetrag nicht auch noch ausgerichtet wird.
3. 3.1 Die vorliegende Beschwerde erweist sich als unbegründet, weshalb sie, soweit darauf eingetreten werden kann, abzuweisen und der angefochtene Entscheid in den noch umstrittenen Punkten zu bestätigen ist.
3.2 Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Es sind weder ihr noch dem Bundesamt Parteientschädigungen geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar