Sachverhalt:
A. Der 1970 geborene R._ leidet an einer fazio-scapulo-humeralen Muskeldystrophie. Nachdem am 24. Januar 2002 und am 4. Februar 2004 die Ausrichtung einer Hilflosenentschädigung abgelehnt wurde, stellte R._ am 25 Juli 2007 ein erneutes Gesuch um Hilflosenentschädigung. Die IV-Stelle des Kantons Zürich holte einen Bericht von Dr. med. B._, Allgemeinmedizin FMH, ein, der von diesem am 27. Februar 2008 vorgelegt wurde. Ebenso veranlasste die IV-Stelle des Kantons Zürich eine Abklärung, worüber am 4. März 2008 ein Bericht erstellt wurde. Am 4. März 2008 teilte die IV-Stelle des Kantons Zürich R._ die Ausrichtung einer unveränderten Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 90% mit und stellte ihm gleichzeitig mit Vorbescheid vom 4. März 2008 die Ablehnung der Ausrichtung einer Hilflosenentschädigung in Aussicht, was am 4. November 2008 verfügt wurde.
B. Am 4. Dezember 2008 hat R._ gegen die Verfügung der IV-Stelle Zürich vom 4. November 2008 Beschwerde beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich erhoben. Im Rahmen des Beschwerdeverfahrens wurden mit Verfügung vom 3. Februar 2009 Dr. B._ ergänzende Fragen zur Hilfsbedürftigkeit unterbreitet, die von Dr. B._ am 3. März 2009 beantwortet wurden. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, II. Kammer, hat in teilweiser Gutheissung der Beschwerde die angefochtene Verfügung vom 4. November 2008 aufgehoben und festgestellt, dass R._ ab dem 1. September 2007 Anspruch auf eine Entschädigung für leichte Hilflosigkeit hat.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten hat R._ am 21. Juni 2010 den Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich, II. Kammer, vom 5. Mai 2010 angefochten. Vom Beschwerdeführer werden die Aufhebung des Urteils der Vorinstanz und die Ausrichtung einer Hilflosenentschädigung mittleren Grades ab 1. September 2007 verlangt. Die Vorinstanz hat auf eine Stellungnahme zur Beschwerde verzichtet. Die IV-Stelle des Kantons Zürich beantragt deren Abweisung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. 1.1 Nicht angefochten ist die vorinstanzliche Zusprechung einer Entschädigung für leichte Hilflosigkeit, weshalb darüber nicht zu befinden ist (<ref-law>).
1.2 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2. 2.1 Gemäss <ref-law> haben Versicherte mit Wohnsitz und gewöhnlichem Aufenthalt in der Schweiz, die hilflos sind, Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung. Als hilflos gilt nach <ref-law> eine Person, die wegen der Beeinträchtigung der Gesundheit für alltägliche Lebensverrichtungen dauernd der Hilfe Dritter oder der persönlichen Überwachung bedarf. Das Gesetz unterscheidet zwischen schwerer, mittelschwerer und leichter Hilflosigkeit (<ref-law>). Als hilflos gilt ebenfalls eine Person, welche zu Hause lebt und wegen der Beeinträchtigung der Gesundheit dauernd auf lebenspraktische Begleitung angewiesen ist. Ist nur die psychische Gesundheit beeinträchtigt, so muss für die Annahme einer Hilflosigkeit mindestens ein Anspruch auf eine Viertelsrente gegeben sein. Ist eine Person lediglich dauernd auf lebenspraktische Begleitung angewiesen, so liegt immer eine leichte Hilflosigkeit vor (<ref-law>). Die Hilflosigkeit gilt u.a. als mittelschwer, wenn die versicherte Person trotz der Abgabe von Hilfsmitteln in mindestens zwei alltäglichen Lebensverrichtungen regelmässig in erheblicher Weise auf die Hilfe Dritter und überdies dauernd auf lebenspraktische Begleitung im Sinne von Art. 38 angewiesen ist (<ref-law>).
Nach <ref-law> liegt ein Bedarf an lebenspraktischer Begleitung im Sinne von <ref-law> vor, wenn eine volljährige versicherte Person ausserhalb eines Heimes lebt und infolge Beeinträchtigung der Gesundheit für Verrichtungen und Kontakte ausserhalb der Wohnung auf Begleitung einer Drittperson angewiesen ist (lit. b) oder ernsthaft gefährdet ist, sich dauernd von der Aussenwelt zu isolieren (lit. c). Zu berücksichtigen ist nur diejenige lebenspraktische Begleitung, die regelmässig und im Zusammenhang mit den in Abs. 1 erwähnten Situationen erforderlich ist. Nicht darunter fallen insbesondere Vertretungs- und Verwaltungstätigkeiten im Rahmen vormundschaftlicher Massnahmen nach Art. 398 bis 419 ZGB (<ref-law>) (Urteil 9C_28/2008 vom 21. Juli 2008 E. 2.1).
2.2 Letztinstanzlich ist einzig umstritten, ob der Beschwerdeführer auf lebenspraktische Begleitung im Sinne von <ref-law> i.V. mit <ref-law> angewiesen ist. Der Beschwerdeführer beanstandet demgegenüber nicht die Feststellung der Vorinstanz, dass er lediglich in zwei und nicht in vier Lebensverrichtungen beeinträchtigt ist, was schon ohne lebenspraktische Begleitung Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung bei leichter Hilflosigkeit gibt (<ref-law>); nur wenn der Beschwerdeführer für mindestens vier Lebensverrichtungen regelmässig in erheblicher Weise der Hilfe Dritter bedürfte, wäre eine Hilflosigkeit mittleren Grades schon ohne lebenspraktische Begleitung gegeben (<ref-law> sowie Kreisschreiben über Invalidität und Hilflosigkeit in der Invalidenversicherung KSIH, gültig ab 1. Januar 2010, Rz. 8009).
2.3 Im Urteil 9C_28/2008 vom 21. Juli 2008 E. 2 und 3 sowie in <ref-ruling> (vgl. auch <ref-ruling>) hat sich das Bundesgericht mit dem Begriff der lebenspraktischen Begleitung im Sinne der in Ziffer 2.1 zitierten, seit 1. Januar 2004 in Kraft stehenden Bestimmungen befasst. Danach umfasst die lebenspraktische Begleitung weder die (direkte oder indirekte) Dritthilfe bei den sechs alltäglichen Lebensverrichtungen noch die Pflege oder Überwachung. Vielmehr stellt sie ein zusätzliches und eigenständiges Institut der Hilfe dar. Des Weiteren hat das Gericht in <ref-ruling> die vom BSV in den Verwaltungsweisungen vorgenommene Konkretisierung der Anwendungsfälle der lebenspraktischen Begleitung als sachlich gerechtfertigt und damit als gesetzes- und verordnungskonform erachtet (<ref-ruling> E. 9 S. 466). Sodann ist gemäss <ref-ruling> E. 10.2 im Rahmen der lebenspraktischen Begleitung nach <ref-law> die direkte und indirekte Dritthilfe zu berücksichtigen. Demnach kann die Begleitperson die notwendigerweise anfallenden Tätigkeiten auch selber ausführen, wenn die versicherte Person dazu gesundheitsbedingt trotz Anleitung oder Überwachung/Kontrolle nicht in der Lage ist. (Urteil 9C_28/2008 vom 21. Juli 2008 E. 10.2 S. 467).
3. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, von einem überholten Begriff der Voraussetzungen, dass eine lebenspraktische Begleitung Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung geben könne, auszugehen. Dies trifft zu; denn die Vorinstanz wiederholt in E. 4.3 ihres Urteils die Voraussetzungen, wie sie schon von der Beschwerdegegnerin in ihrem Abklärungsbericht wiedergegeben wurden. Die Beschwerdegegnerin hat in ihrem Abklärungsbericht vom 4. März 2008 den Wortlaut von Ziff. 8047.2 KSIH in der ab 1. Januar 2008 gültigen Version zitiert. Sie hat dabei lediglich eine teilweise falsche Quellenangabe vorgenommen, indem sie auf S. 4 des Abklärungsberichtes Rz. 8057.2 anstatt 8047.2 anführte. Die Vorinstanz hat dann zwar die Quellenangabe, was die Ziffer in KSIH betrifft, in E. 4.3 ihres Urteils korrigiert. Jedoch wurde dabei in dem vom 5. Mai 2010 stammenden Urteil nicht beachtet, dass die KSIH gerade in dieser Ziffer aufgrund des vom Beschwerdeführer zitierten Urteils 9C_28/2008 vom 21. Juli 2008 korrigiert wurde (KSIH Rz. 8047.2 in der ab 1. Januar 2010 gültigen Form). Tatsächlich ist es aufgrund dieses Urteils, das sich auf <ref-ruling> bezieht, unzulässig, die lebenspraktische Begleitung auf Versicherte mit psychischen oder geistigen Behinderungen zu beschränken. Damit kann auch beim Beschwerdeführer, der nachweislich weder unter einer psychischen Erkrankung noch einer hirnorganischen Verletzung oder anderen kognitiven Einschränkungen leidet, mit dieser Begründung eine Hilflosenentschädigung nicht verweigert respektive ihm die Erhöhung einer Hilflosenentschädigung nicht verwehrt werden.
4. Die Vorinstanz hat Dr. B._, Hausarzt des Beschwerdeführers, verschiedene Fragen gestellt, aufgrund dessen Antworten dann eine regelmässige und erhebliche Hilfe in zwei Lebensverrichtungen festgestellt wurde. Jedoch fehlen sowohl im Abklärungsbericht der Beschwerdegegnerin vom 4. März 2008 wie auch in den Antworten von Dr. B._ Angaben darüber, ob der Beschwerdeführer ohne Begleitung einer Drittperson nicht selbständig wohnen kann, für Verrichtungen und Kontakte ausserhalb der Wohnung auf Begleitung einer Drittperson angewiesen ist oder ob er ernsthaft gefährdet ist, sich dauernd von der Aussenwelt zu isolieren (Art. 38 Abs. 1 litt. a bis c IVV). Zwar wird von Dr. B._ in seinem Begleitschreiben vom 3. März 2009 erwähnt, es sei wichtig, dass der Beschwerdeführer schon jetzt Hilfeleistung erhalte, da sich eine übermässige Beanspruchung der Muskulatur wegen seiner Erkrankung längerfristig ungünstig auswirken könne. Jedoch kann aus dieser kurzen Bemerkung nach dem im Sozialversicherungsrecht erforderlichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit kein notwendiges Bedürfnis nach lebenspraktischer Begleitung abgeleitet werden, wie es <ref-law> verlangt. Die Beschwerdegegnerin wird daher ihren Abklärungsbericht bezüglich Bedarf an lebenspraktischer Begleitung zu vervollständigen haben. Ebenso wird sich der den Beschwerdeführer behandelnde Arzt Dr. B._ zum Bedarf an lebenspraktischer Begleitung zu äussern haben. Bei wesentlichen Abweichungen der Angaben des behandelnden Arztes und dem Abklärungsbericht wird die Beschwerdegegnerin durch gezielte Rückfragen und unter Einbezug des RAD eine Klärung herbeizuführen haben (Rz. 8133 KSIH in der ab 1. Januar 2010 gültigen Version). Dabei wird die Beschwerdegegnerin auch zu ermitteln haben, ob die Notwendigkeit des Bedarfes einer lebenspraktischen Begleitung schon seit September 2006 (wie für die Hilfe in zwei Lebensverrichtungen) ausgewiesen ist, da dies Einfluss auf den Ablauf des Wartejahres in sinngemässer Anwendung von <ref-law> (in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung) haben kann (vgl. Rz. 8092 KSIH in der ab 1. Januar 2010 gültigen Version). Sollte sich aufgrund dieser Abklärungen ergeben, dass ein Bedarf an lebenspraktischer Begleitung ausgewiesen ist, wird die Beschwerdegegnerin eine Hilflosenentschädigung bei mittelschwerer Hilflosigkeit zuzusprechen haben (<ref-law>). Sollte kein Bedarf an lebenspraktischer Begleitung ausgewiesen sein, hat der Beschwerdeführer Anspruch auf eine Hilflosenentschädigung bei leichter Hilflosigkeit gestützt auf <ref-law>, nachdem der Umstand, dass der Beschwerdeführer in mindestens zwei Lebensverrichtungen regelmässig in erheblicher Weise auf die Hilfe Dritter angewiesen ist, von der Beschwerdegegnerin im vorliegenden Verfahren nicht mehr bestritten wurde und die Vorinstanz dies als gegeben betrachtet hat (E. 1.1).
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Die Gerichtskosten sind der Beschwerdegegnerin als der unterliegenden Partei aufzuerlegen (<ref-law>). Der aufgrund der Rückweisung obsiegende Beschwerdeführer (<ref-ruling> E. 6.2) hat Anspruch auf eine Parteientschädigung zulasten der Beschwerdegegnerin (<ref-law>). Da die Vorinstanz aufgrund ihres Rückweisungsentscheides bereits der Beschwerdegegnerin die Kosten jenes Verfahrens auferlegte und dem Beschwerdeführer eine ungekürzte Parteientschädigung zusprach (1 E. 6 und 7), ist von einer Rückweisung an die Vorinstanz zur Neuverlegung der Verfahrens- und Parteikosten abzusehen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 5. Mai 2010, soweit er nicht den Anspruch auf Entschädigung für leichte Hilflosigkeit sowie die Gerichts- und Parteikosten betrifft, aufgehoben und die Sache an die IV-Stelle des Kantons Zürich zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgten Abklärungen im Sinne der Erwägungen, über die Hilflosenentschädigung neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.-- (inkl. Mehrwertsteuer) zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Dezember 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Scartazzini