Faits:
A. Par jugement du 27 janvier 2009, rendu sur appel d'un prononcé préfectoral du 18 septembre 2008, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a condamné X._ à 700 francs d'amende, avec peine privative de liberté de substitution de sept jours, pour infraction à la loi fédérale sur l'alcool. Ce jugement repose, en résumé, sur l'état de fait suivant.
A.a X._, né en 1978, est responsable de l'établissement à l'enseigne « A._ », à Lausanne, qu'il dirige depuis le printemps 2007. La licence, délivrée le 11 janvier 2008 avec effet du 1er août 2007 au 31 juillet 2012, indique que X._ est titulaire de l'autorisation d'exercer et la société B._, de celle d'exploiter l'établissement. C._ et D._ sont actionnaires et administrateurs de cette société.
A.b En janvier 2007 déjà, X._ qui assistait l'ancien tenancier de l'établissement alors exploité à l'enseigne « E._ », a fait état dans la presse de la pratique d'un « service à l'espagnole ». En d'autres termes, le client déterminait lui-même la quantité d'alcool qui lui était servie pour une consommation, selon le principe « c'est le client qui dit stop ». Cette pratique s'est perpétuée au « A._ » dès son ouverture.
Par courrier du 9 mars 2007, la Police du commerce a rappelé aux exploitants du « E._ » que les quantités de boissons devaient être clairement spécifiées avec le prix et les consommations servies selon ces indications, ce qui excluait le « service à l'espagnole » ainsi que la publicité de cette pratique. X._ s'est rendu à plusieurs reprises au guichet de la police du commerce afin de présenter aux inspecteurs les nouvelles cartes de l'établissement, modifiées conformément à la législation. Il lui a été rappelé que le « service à l'espagnole » était interdit.
A.c Le 30 novembre 2007, les inspecteurs de la police du commerce ont procédé à un contrôle au « A._ ». Ils ont observé durant une trentaine de minutes la manière dont les clients y étaient servis en boissons alcooliques. Ils ont constaté que, de manière systématique, lorsqu'un client commandait un « long drink », soit une boisson distillée proposée en quantité de 2 ou 4 cl, servie dans un verre de 2 dl au minimum avec ou sans adjonction de boisson sans alcool, un verre contenant des glaçons lui était présenté sur le comptoir. L'employé versait alors la boisson distillée dans le verre marqué à 2 ou 4 cl et attendait que le client lui fasse signe d'arrêter de verser. Le serveur ajoutait ensuite la boisson sans alcool. Parfois, la dose d'alcool ainsi versée était si importante et l'apport de boisson sans alcool si restreint que la boisson distillée conservait en partie sa couleur d'origine. Ils ont en outre relevé que plusieurs clients de l'établissement étaient dans un état d'ébriété avancé.
Constatant que, malgré les assurances passées de X._, le « service à l'espagnole » perdurait dans l'établissement, les inspecteurs se sont adressés à l'intéressé, qui a d'abord nié les faits avant de les admettre. X._ a ajouté que ce concept était le fondement même de l'établissement et y attirait du monde. Les inspecteurs ont en outre constaté que la carte des consommations avait été modifiée sans que la police du commerce soit consultée. Les clients désireux d'un « service à l'espagnole » devaient passer la commande désignée sur la carte par l'expression « long drink 6 cl, accompagnement 20 cl, Fr. 14.- ». Or, le service était effectué dans des verres non marqués à 6 cl. Enfin, dans les doseurs, la mesure de 4 cl était inférieure à ce qui était indiqué.
Les inspecteurs de la police du commerce ont mis X._ en garde contre ses pratiques et l'ont sommé de cesser le « service à l'espagnole ». Ils ont exigé qu'il utilise des verres marqués à 4 et 6 cl et qu'il serve l'alcool au client jusqu'à la marque, sans adjonction de glaçons, afin que le consommateur puisse vérifier la quantité servie.
A.d Le 4 avril 2008 à 0h30, les inspecteurs de la police du commerce se sont rendus à proximité du « A._ ». Se faisant passer pour des touristes, ils ont demandé à chaque client sortant de l'établissement s'il connaissait à Lausanne un bar connu pour pratiquer le « service à l'espagnole ». Les huit clients ainsi abordés ont désigné le « A._ », ajoutant qu'une telle promotion y avait lieu, à ce moment-là.
Les inspecteurs se sont à nouveau rendus dans l'établissement. En observant la façon de procéder des serveurs, ils ont constaté que, de manière systématique, lorsqu'un client commandait un « long drink », un verre contenant des glaçons lui était présenté. L'employé versait la boisson distillée dans un verre de 2 dl, marqué à 2 et 4 cl, selon la volonté du client, sans en limiter la quantité. C'est le client qui intimait l'ordre au serveur de cesser de verser. Parfois la quantité d'alcool atteignait le haut du verre. Ils ont constaté, pour les bouteilles munies d'un doseur, que le serveur devait incliner celles-ci à trois ou quatre reprises pour remplir le verre. X._ a contesté pratiquer le « service à l'espagnole ».
B. X._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement. Il conclut à sa réforme en ce sens qu'il soit libéré des fins de la poursuite pénale.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Dans le canton de Vaud, les jugements rendus sur appel d'un prononcé préfectoral en matière de délits et de contraventions de droit fédéral sont définitifs (art. 80a al. 2 de la Loi vaudoise sur les contraventions du 18 novembre 1969 [RS/VD 312.11; LContr/VD]). Ces jugements sont rendus en seconde instance cantonale (<ref-ruling> consid.1b p. 223 s.). En revanche, le recours au Tribunal cantonal est ouvert contre le jugement rendu sur appel en matière de contraventions ou de délits de droit cantonal (art. 80a al. 1 LContr/VD).
En l'espèce, si, à rigueur de son dispositif, le prononcé préfectoral du 18 septembre 2008 condamnait le recourant en application de la loi vaudoise du 26 mars 2002 sur les auberges et les débits de boissons (LADB; RS/VD 935.31), la décision entreprise a réformé ce prononcé en ce sens que la condamnation du recourant a été fondée sur l'art. 57 al. 2 let. b de la Loi fédérale sur l'alcool (LAlc; RS 680). Il s'ensuit que, le jugement sur appel statuant en application du droit fédéral, la voie du recours au Tribunal cantonal de l'art. 80a al. 1 LContr/VD n'était pas ouverte. Le recours en matière pénale est donc recevable (<ref-law>).
2. Le recourant critique tout d'abord l'état de fait de la décision entreprise. Il conteste avoir pratiqué le « service à l'espagnole » après le printemps 2007. En résumé, il reproche au premier juge d'avoir confondu cette pratique avec le fait de servir les boissons alcooliques dans un verre préalablement rempli de glaçons et d'utiliser ou non un doseur.
2.1 Saisi d'un recours en matière pénale, le Tribunal fédéral ne réexamine l'établissement des faits - sous réserve de la violation du droit au sens de l'<ref-law> - que lorsqu'il est entaché d'inexactitude manifeste (<ref-law>), soit d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.4.1, p. 39). Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable voire même préférable (<ref-ruling> consid. 5.4 et les arrêts cités, p. 148, 129 I 8 consid. 2.1 p. 9). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
2.2 Dans la mesure où le recourant oppose à la version des faits retenue par l'autorité cantonale les déclarations de deux témoins, soit F._ et C._, qui ont affirmé que la pratique du « service à l'espagnole » avait cessé dans le courant du printemps 2007, son argumentation est de nature appellatoire, de sorte que le grief est irrecevable (<ref-ruling> consid. 6 p. 397). Au demeurant, C._ étant actionnaire et administrateur de la société exploitant l'établissement et F._ y travaillant comme serveuse et paraissant avoir eu maille à partir avec les inspecteurs lors de la visite de ces derniers, le 4 avril 2008 (arrêt entrepris, consid. 12b, p. 12), il n'était pas arbitraire de préférer aux déclarations de ces deux personnes directement concernées par l'exploitation de l'établissement celles, précises et dénuées d'ambiguïté, des inspecteurs de la police du commerce.
2.3 Le recourant objecte que le rapport de dénonciation serait dénué de toute valeur probante faute pour les policiers d'avoir respecté certaines règles prévues par l'Ordonnance relative à la loi sur l'alcool et à la loi sur les distilleries domestiques (Ordonnance sur l'alcool, OLalc; RS 680.11), dont l'art. 52 OLalc, qui a trait au prélèvement d'échantillons.
Contrairement à ce que paraît penser le recourant, l'art. 52 OLalc n'institue cependant pas une mesure d'instruction nécessaire à l'enquête et conditionnant la validité de cette dernière, mais prescrit uniquement la manière de procéder pour prélever des échantillons (art. 52 al. 1 OLalc). Le recourant ne tente par ailleurs pas de démontrer qu'il aurait lui-même demandé que de tels prélèvements soient effectués, comme il en avait la faculté (art. 52 al. 2 OLalc). Il ne peut dès lors rien déduire en sa faveur de cette disposition qui n'exclut d'aucune manière que des constatations de fait soit opérées de visu par les personnes chargées de l'application de la loi. Cette manière de procéder apparaît, pour le surplus, suffisante pour constater qui, du serveur ou du consommateur, détermine le volume d'alcool servi dans un verre et pour apprécier si la quantité d'alcool servie excède manifestement celle annoncée sur la carte (4 ou 6 cl).
2.4 Le recourant conteste ensuite la démarche des policiers qui ont demandé dans la rue à des personnes sortant du « A._ » si elles connaissaient un établissement « connu pour pratiquer le service à l'espagnole » ainsi que la validité de leurs constatations relatives à la couleur des boissons servies.
En se bornant à « s'étonner » de la démarche entreprise par les policiers auprès des consommateurs, le recourant n'expose pas en quoi elle violerait ses droits fondamentaux ou le droit cantonal. Il n'est pas nécessaire d'examiner la question sous cet angle (<ref-law>). On ne perçoit pas non plus en quoi cette mesure d'instruction violerait le droit fédéral. Pour le surplus, le recourant souligne sur ce point l'imprécision de la dénomination « service à l'espagnole ». Il en déduit que les réponses données par les clients, telles qu'elles ont été rapportées par les agents ne seraient pas déterminantes. On ne saurait cependant reprocher au premier juge d'avoir déduit de ces réponses que le concept de « service à l'espagnole » faisait la réputation de l'établissement et d'y avoir vu tout au moins un indice de l'existence de pratiques contraires à l'art. 41 let. h LAlc. Quant aux constatations des agents sur la couleur des boissons, si elles ne permettent pas de déterminer précisément les quantités d'alcool servies, on ne saurait faire grief au premier juge d'y avoir vu un indice supplémentaire du fait qu'elles excédaient, dans certains cas tout au moins, celles annoncées sur la carte. Le grief est infondé dans la faible mesure où il apparaît recevable.
2.5 Le recourant reproche enfin à l'autorité cantonale d'avoir ignoré certaines pièces du dossier, soit notamment la réclamation adressée à un guide touristique qui faisait allusion au « service à l'espagnole ».
Le recourant se réfère sur ce point au consid. 12c de l'arrêt entrepris, qui a trait à la compétence pour poursuivre les infractions réprimées par l'<ref-law>. Or, cette disposition réprime certaines formes de publicité en faveur de l'alcool. Le recourant n'a pas été condamné pour ce motif. Cette critique porte ainsi sur la seule motivation de la décision et n'est pas susceptible d'influencer l'issue du litige sur le fond. Pour le surplus, le seul fait que le recourant se soit opposé à la publicité faite sur ce point par un guide au mois de mai 2008 ne permet pas encore de remettre en cause les faits constatés au mois de novembre 2007 et au mois d'avril 2008. Le grief est infondé.
2.6 Le Tribunal fédéral n'a, dès lors, aucune raison de s'écarter de l'état de fait de la décision entreprise, qui le lie (<ref-law>).
3. Le recourant soutient ensuite que sa condamnation violerait certaines dispositions de la LAlc. Il objecte, d'une part, que le comportement qui lui est reproché ne constituerait pas une violation de l'art. 41 al. 1 let. h LAlc et conteste, d'autre part, que l'on puisse lui reprocher d'être l'auteur de l'infraction, en soulignant n'être qu'un employé de la société qui exploite l'établissement.
3.1 L'<ref-law> sanctionne d'une amende de 10'000 francs au plus celui qui, intentionnellement ou par négligence, n'aura pas observé dans le commerce de détail les interdictions de faire le commerce prévues à l'art. 41. L'al. 1 let. h de cette dernière disposition interdit en particulier, dans le commerce de détail, la vente impliquant des cadeaux ou d'autres avantages tendant à séduire le consommateur.
3.1.1 Le débit pour la consommation sur place constitue une activité de commerce de détail (<ref-law>). Il en va notamment ainsi de la profession d'aubergiste (Message, concernant la modification de la loi fédérale sur l'alcool, du 11 décembre 1978, FF 1979 I 57 ss, ch. 3, p. 87). Le recourant ne conteste du reste pas que son activité a trait au commerce de détail de l'alcool.
3.1.2 L'art. 41 al. 1 let. h LAlc tend à empêcher que les prescriptions concernant les prix (art. 41 al. 1 let. g LAlc: principe de l'interdiction de la vente à des prix ne couvrant pas les frais) soient éludées par l'octroi de cadeaux ou autres avantages. Cette disposition ne vise que l'octroi abusif de cadeaux, mais non les avantages en usage dans le commerce, tels que les ristournes et rabais ou encore les objets-réclame de peu de valeur (Message, ch. 225, p. 76).
En l'espèce, l'arrêt entrepris constate que, le 30 novembre 2007, les inspecteurs de la police du commerce ont observé que, de manière systématique, lorsqu'un client commandait un « long drink », l'employé versait la boisson distillée dans un verre contenant des glaçons, marqué à 2 et 4 cl, et attendait que le client lui fasse signe d'arrêter de verser. Parfois la dose d'alcool ainsi versée était si importante et l'ajout de boisson sans alcool si restreint que la boisson conservait en partie sa couleur d'origine. Le 4 avril 2008, ces mêmes policiers ont constaté que, de manière systématique, les boissons distillées servies en « long drink » étaient versées « selon la volonté du client, sans en limiter la quantité ». C'est le client qui intimait l'ordre au serveur de cesser de verser. Parfois la quantité d'alcool atteignait le haut du verre (arrêt entrepris, consid. 4 et 8, pp. 7 et 9).
Savoir si cette manière de servir doit ou non être qualifiée de « à l'espagnole » n'est, en définitive, pas pertinente pour l'issue du litige. Cela étant, le premier juge pouvait déduire des déclarations recueillies que, dans certains cas tout au moins, les clients recevaient une dose d'alcool plus importante que celle annoncée sur la carte (6 cl). Cela ne fait, en particulier, aucun doute lorsque, comme ont pu le constater les inspecteurs de la police du commerce, la quantité d'alcool atteignait le haut du verre (2 dl), même si ce dernier était préalablement rempli de glace. Dans un tel cas, le client bénéficiait ainsi d'un avantage destiné à le séduire prohibé par l'art. 41 al. 1 let. h LAlc. Enfin, les modalités du service faisant la réputation de l'établissement et les quantités d'alcool contenues dans les « long drinks » étant laissées au libre arbitre des clients, on peut admettre que de tels excès n'étaient pas exceptionnels, mais participaient plutôt de la marche ordinaire du service.
La décision entreprise ne viole dès lors pas le droit fédéral sur ce point.
3.2 Par son deuxième moyen, le recourant soutient, implicitement, que l'infraction aurait en réalité été commise soit par les serveurs de l'établissement, soit par la personne morale qui exploite ce dernier, mais qu'aucun reproche ne pourrait lui être adressé personnellement.
3.2.1 L'<ref-law>, déclare la loi fédérale sur le droit pénal administratif (DPA) applicable sauf disposition contraire des art. 60 à 63. Un tel renvoi rend les dispositions du DPA applicables à la poursuite des infractions prévues par la LAlc indépendamment de l'autorité compétente, cantonale ou fédérale, respectivement administrative ou judiciaire (v. KURT HAURI, Verwaltungsstrafrecht, 1998, art. 1 n. 3; ROBERT ROTH, Tribunaux pénaux, autorités administratives et droit pénal administratif, RDAF 1981 p. 291; v. aussi RENÉ SCHWOB, Droit pénal administratif de la Confédération I, FJS 1286 p. 3 s.).
3.2.2 Conformément à l'<ref-law>, lorsqu'une infraction est commise dans la gestion d'une personne morale, d'une société en nom collectif ou en commandite, d'une entreprise individuelle ou d'une collectivité sans personnalité juridique ou de quelque autre manière dans l'exercice d'une activité pour un tiers, les dispositions pénales sont applicables aux personnes physiques qui ont commis l'acte (al. 1). Le chef d'entreprise, l'employeur, le mandant ou le représenté qui, intentionnellement ou par négligence et en violation d'une obligation juridique, omet de prévenir une infraction commise par le subordonné, le mandataire ou le représentant ou d'en supprimer les effets, tombe sous le coup des dispositions pénales applicables à l'auteur ayant agi intentionnellement ou par négligence (al. 2). Lorsque le chef d'entreprise, l'employeur, le mandant ou le représenté est une personne morale, une société en nom collectif ou en commandite, une entreprise individuelle ou une collectivité sans personnalité juridique, l'al. 2 s'applique aux organes et à leurs membres, aux associés gérants, dirigeants effectifs ou liquidateurs fautifs (al. 3).
En l'espèce, l'infraction réprimée consiste dans la violation de certaines interdictions dans le commerce de détail de l'alcool. Il est constant que le recourant ne sert pas personnellement les clients et qu'il n'exploite pas non plus à titre personnel l'établissement dans lequel les faits qui lui sont reprochés ont été commis. Cet établissement est exploité par une société anonyme qui revêt ainsi à la fois la qualité de chef de l'entreprise et d'employeur des personnes chargées du service, respectivement du recourant. C'est également cette entreprise qui doit être considérée comme exerçant le commerce de détail au sens de l'<ref-law>. Il s'ensuit que l'on se trouve dans l'hypothèse visée par l'<ref-law>.
Par ailleurs, comme cela ressort de l'état de fait de la décision entreprise, en tant que titulaire de l'autorisation d'exercer au sens de la LADB le recourant répond de la direction de fait de l'établissement (art. 4 al. 2 et 37 LADB). Le jugement entrepris constate également que c'est du recourant, qui était toujours physiquement sur les lieux, que les serveuses et serveurs recevaient des ordres. En d'autres termes, il était responsable du personnel en ce qui concerne les questions de service et agissait en qualité d'organe du chef d'entreprise ou tout au moins de dirigeant de fait.
3.2.3 Cela étant, il convient d'examiner si le recourant, en tant qu'organe ou dirigeant de fait a, par son omission, violé une obligation juridique au sens de l'<ref-law>.
La violation d'une obligation juridique au sens de l'<ref-law> suppose une position de garant, soit l'existence d'une obligation juridique spécifique d'empêcher le comportement en cause en exerçant une surveillance, en donnant des instructions et en intervenant au besoin (v. HAURI, op. cit., art. 6 n. 8/d; PETER BÖCKLI, Zur Garantenhaftung des Vorgesetzten im Verwaltungsstrafrecht, namentlich bei Steuerstrafen, RPS 1980, pp. 88 s.). Dans la mesure où, dans la règle, c'est au chef d'entreprise que s'adressent les normes de droit administratif, il faut admettre qu'il est juridiquement tenu d'en garantir l'application, respectivement d'en empêcher la violation (ROBERT W. PFUND, Der Entwurf eines Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht, ZBl 1973, p. 63). Il s'ensuit, en l'espèce, que, la règle de l'art. 41 let. h LAlc interdisant certains comportements à celui qui exerce le commerce de détail d'alcool, la société exploitant l'établissement était juridiquement tenue d'en assurer le respect. Quant au recourant, en tant que responsable de fait de l'établissement, chargé de la direction du personnel de service, il assumait une obligation de surveillance spécifique sur le service, celui des boissons alcooliques en particulier. Son omission de prendre des mesures et de donner des instructions adéquates au personnel suffit ainsi à engager sa responsabilité pénale. Le grief est infondé.
4. Le recourant succombe. Il supporte les frais de la cause. Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 francs, sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne.
Lausanne, le 20 mai 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat