Sachverhalt:
A. Am 31. Juli 2006 fiel K._ als Lenker seines Personenwagens auf der A1 zwischen Kirchberg und Gunzgen einem anderen Fahrzeuglenker (Anzeiger) und dessen Beifahrerin (Anzeigerin) auf, weil er angeblich mehrfach rechts überholte, eine Sicherheitslinie überfuhr und zu voranfahrenden Autos zu wenig Abstand einhielt.
B. Das Untersuchungsrichteramt II Emmental-Oberaargau verurteilte K._ am 29. Dezember 2006 wegen mehrfacher einfacher und grober Verkehrsregelverletzung zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 15 Tagen und Fr. 12'000.-- Busse.
Die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts wies am 1. März 2007 eine Beschwerde von K._ ab und erklärte den Kanton Bern für berechtigt und verpflichtet, die fraglichen strafbaren Handlungen zu verfolgen und zu beurteilen.
C. Der Gerichtspräsident 6 des Gerichtskreises V Burgdorf-Fraubrunnen verurteilte K._ am 27. Februar 2008 wegen mehrfacher einfacher und grober Verkehrsregelverletzung zu einer bedingten Geldstrafe von 35 Tagessätzen zu Fr. 1'380.-- und zu einer Busse von Fr. 12'000.--.
Auf Appellation des Verurteilten und Anschlussappellation des Generalprokurators des Kantons Bern bestätigte das Obergericht des Kantons Bern am 16. Oktober 2008 die erstinstanzlichen Schuldsprüche, verhängte jedoch eine bedingte Geldstrafe von 24 Tagessätzen zu Fr. 1'400.-- und eine Busse von insgesamt Fr. 9'000.--.
D. K._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben, es sei festzustellen, dass der Kanton Bern zur Strafverfolgung in dieser Angelegenheit nicht zuständig sei, eventuell sei der Beschwerdeführer vollumfänglich freizusprechen und subeventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer stellt die örtliche Zuständigkeit des Kantons Bern für die Durchführung des Strafverfahrens und mithin den Entscheid der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts vom 1. März 2007 in Frage.
Darauf ist nicht einzutreten. Denn von hier nicht zutreffenden Ausnahmen abgesehen ist die Beschwerde in Strafsachen gegen Entscheide der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts nicht zulässig (<ref-law>).
2. Der Beschwerdeführer erachtet die vorinstanzliche Beweiswürdigung in mehrfacher Hinsicht als willkürlich.
Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung nur vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht bzw. im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen). Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (<ref-ruling>, unveröffentlichte E. 3.2; Urteil 6P.180/2004 vom 13. März 2005, E. 4.1; <ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen).
2.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, sie habe die allgemeine Glaubwürdigkeit des Anzeigers willkürlich bejaht. Dieser habe nämlich gelogen, als er an der Hauptverhandlung vom 27. Februar 2008 angegeben habe, das Schreiben der Anzeigerin nie gesehen zu haben. Auch anlässlich der polizeilichen Befragung vom 20. Juni 2008 habe er nicht mit Bestimmtheit angeben können, ob er im Anschluss an die vorerwähnte Verhandlung zusammen mit der Anzeigerin im Zug nach Hause gefahren sei.
Zum Vorwurf der Lüge führt die Vorinstanz unter anderem aus, gut wahrscheinlich sei, dass sich der Anzeiger fast zwei Jahre nach dem Vorfall nicht mehr oder nicht mehr genau an dieses Dokument erinnert und subjektiv wahrheitsgemäss, objektiv aber wahrheitswidrig erklärt habe, er hätte dieses nie gesehen. Somit geht auch die Vorinstanz davon aus, dass die entsprechende Aussage des Anzeigers objektiv nicht den Tatsachen entsprach. Schon darin zeigt sich, dass die Vorinstanz - entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers - die Äusserungen des Anzeigers kritisch würdigte. Dessen unbestimmte Antwort bezüglich der Zugfahrt (er glaube sich zu erinnern) erklärt der Beschwerdeführer gleich selbst mit dem Hinweis auf die Aussage des Anzeigers, er habe wegen einer Narkose im Jahre 2007 verschiedentlich Mühe mit dem Erinnerungsvermögen.
Die Vorinstanz geht davon aus, dass sich die beiden Zeugen wahrscheinlich mehrmals über den Vorfall unterhalten hatten, und schrieb unter anderem deshalb den tatnächsten Aussagen bzw. Darstellungen, d.h. der polizeilichen Einvernahme vom 4. August 2006 des Anzeigers sowie der schriftlichen Darstellung der Anzeigerin, vorrangigen Beweiswert zu (angefochtener Entscheid S. 6). Sie bestätigte auch die Annahme der ersten Instanz, der Anzeiger habe den Sachverhalt nicht erkennbar ausgeschmückt, scheine nicht zu dramatisieren und habe den Beschwerdeführer zum Teil auch entlastet. So habe er zu Protokoll gegeben, es wäre auch nicht zu einer Kollision gekommen, wenn er nicht gebremst hätte, oder er denke nicht, dass der Beschwerdeführer ihn habe ausbremsen wollen (kantonale Akten, act. 163).
Dass der Anzeiger den Beschwerdeführer somit auch entlastete, was für seine allgemeine Glaubwürdigkeit spricht, vermag der Beschwerdeführer nicht zu entkräften. Seine Hinweise auf Ungenauigkeiten und Widersprüche insbesondere in den späteren und damit nur am Rande relevanten Äusserungen des Anzeigers reichen nicht aus, um die vorinstanzliche Beweiswürdigung als willkürlich erscheinen zu lassen. Die Rüge ist unbegründet.
2.2 Der Beschwerdeführer beanstandet die vorinstanzliche Feststellung als willkürlich, er sei bei einer Geschwindigkeit von ca. 80 km/h 10 Meter hinter dem Anzeiger hergefahren. Dabei verweist er auf die Rekonstruktion der Stadtpolizei Winterthur, wonach auch bei einem Abstand von 15 Meter je nach Kopfhaltung und Sitzposition des Voranfahrenden sein vorderes Kontrollschild (nur) teilweise sichtbar sei. Nach dem Grundsatz "in dubio pro reo" hätte die Vorinstanz deshalb einen eingehaltenen Abstand von 15 Meter annehmen müssen.
Die Vorinstanz stützt ihren Schluss einerseits auf die Aussage des Anzeigers, er habe das Kontrollschild auch bei mehrmaligem Blick in den Rückspiegel nicht mehr sehen können. Dies legt gemäss polizeilicher Rekonstruktion einen Abstand von 10 Meter nahe, schliesst aber einen Abstand von 15 Meter je nach Kopfhaltung und Sitzposition des Lenkers nicht aus. Anderseits berücksichtigte die Vorinstanz aber auch den Umstand, der Anzeiger hätte bei einem Nachfahrabstand von 15 Meter (mehr als drei Autolängen) dies nicht als extremes "Aufsitzen" wahrgenommen (angefochtener Entscheid S. 9 f. lit. a). Mit diesem zweiten Argument setzt sich der Beschwerdeführer überhaupt nicht auseinander. Die Kombination beider Argumente lässt den vorinstanzlichen Schluss jedenfalls nicht als willkürlich erscheinen.
Entgegen den Behauptungen des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz somit auf die tatnächste Aussage des Anzeigers abgestellt. Denn bei einem Abstand von 10 Metern war das Kontrollschild nicht mehr sichtbar, während es bei 15 Metern immerhin teilweise sichtbar gewesen wäre. Dass der Anzeiger fälschlicherweise verneint haben soll, das Schreiben der Anzeigerin gekannt zu haben, ist für das zu beurteilende Kerngeschehen nicht von Bedeutung. Zudem ist irrelevant, ob der Anzeiger vor oder nach der Rekonstruktion der Abstände eine Narkose (2007) erhalten hat, die sein Erinnerungsvermögen beeinträchtigte. Denn die entscheidende Aussage bei der Polizei machte er bereits am 4. August 2006 und damit zeitlich vor der fraglichen Narkose.
Der Beschwerdeführer zieht die angenommene Fahrgeschwindigkeit von 80 km/h in Zweifel. Dabei argumentiert er, angesichts der Zeitspanne von 12 - 14 Minuten gemäss Angaben auf den Fotos ergebe sich für die kurze Strecke von 7 km eine durchschnittliche Geschwindigkeit von etwa 30 km/h. Zunächst ist festzuhalten, dass die Fotos innerhalb von 7 Minuten gemacht wurden (angefochtener Entscheid S. 11 Abs. 2), weshalb eine deutlich höhere Geschwindigkeit naheliegen würde. Doch ist abgesehen davon nicht die durchschnittliche Geschwindigkeit massgebend, die gerade bei relativ dichtem Verkehr recht unterschiedlich sein kann. Entscheidend ist vielmehr der Zeitpunkt, bevor der Beschwerdeführer zum Überholen ansetzte. Dazu äusserten sich der Anzeiger und die Anzeigerin übereinstimmend, sie seien mit ca. 80 km/h gefahren. Die Argumentation des Beschwerdeführers geht an der Sache vorbei, weil er Aussagen der beiden Zeugen einander gegenüberstellt, die sich auf verschiedene Zeitpunkte beziehen. Dies reicht nicht aus, um eine willkürliche Beweiswürdigung darzutun.
2.3 Den Vorwurf, der Beschwerdeführer habe die beiden Zeugen rechts überholt, bestreitet dieser insbesondere damit, es sei ebenso wahrscheinlich, dass auf beiden Fahrspuren Kolonnenverkehr geherrscht habe, und die rechte Fahrspur im Moment der Feststellungen der Zeugen schneller unterwegs gewesen sei.
Die Vorinstanz erachtet den Sachverhalt als erwiesen, wie ihn der Anzeiger schilderte. Danach wechselte der nahe aufgeschlossene Beschwerdeführer, als es rechts ein relativ grosses "Loch" hatte, auf die rechte Fahrspur, überholte den Anzeiger und lenkte knapp vor ihm wieder ein bzw. er fuhr auf dem Normalstreifen auf ein anderes Fahrzeug auf und wechselte daher zurück auf die linke Spur (kantonale Akten, act. 14 und 120).
Insbesondere die Aussage, der Beschwerdeführer sei auf dem Normalstreifen auf ein anderes Fahrzeug aufgefahren, weshalb er wieder auf die Überholspur gewechselt habe, ist mit der Argumentation des Beschwerdeführers nicht vereinbar, wahrscheinlich sei die Kolonne auf der Normalspur schneller unterwegs gewesen. Hier und auch mit seinen übrigen Vorbringen übt der Beschwerdeführer appellatorische Kritik, insbesondere auch bezüglich der genauen Lokalisierung des Tatorts. Inwiefern die Aussagen der beiden Zeugen zum Kerngeschehen widersprüchlich sein sollten, vermag er nicht darzulegen. Eine willkürliche Beweiswürdigung ist zu verneinen.
2.4 Auch beim Vorwurf, der Beschwerdeführer habe beim unvorsichtigen Spurwechsel vor dem Anzeiger eine Sicherheitslinie überfahren, ergeht sich der Beschwerdeführer in appellatorischer Kritik. So zitiert er z.B. einzelne Zeugenaussagen und interpretiert sie dann in einem anderen Zusammenhang, um den Zeugen widersprüchliche Depositionen in den Mund zu legen und der Vorinstanz Willkür vorzuwerfen.
Der Beschwerdeführer argumentiert, im Schreiben der Zeugin stehe wörtlich: "... der Falschfahrer war eine Zeitlang hinter einem dunkelroten Peugeot, der in der Kolonne auf der linken Spur fuhr, fuhr meistens rittlings auf der roten Leitlinie und roten Sicherheitslinie und suchte sich eine Lücke in der rechten Spur, um das Auto rechts zu überholen, was er dann auch tat". Sie beschreibe also das spätere Ereignis mit dem roten Peugeot und behaupte, diesen Wagen habe er über eine rote Sicherheitslinie überholt. Die Zeugin behaupte also gar nicht, er habe nach dem rechts Vorbeifahren am Auto des Anzeigers beim Spurwechsel eine Sicherheitslinie überfahren. Für sie sei das später gewesen, wo es bewiesenermassen gar keine Sicherheitslinien gegeben habe (Beschwerdeschrift, S. 20 Ziff. 38).
Das Zitat ist zutreffend widergegeben. Doch unterschlägt der Beschwerdeführer folgende Zeilen am Anfang des Schreibens: "Autobahn Bern - Aarau, Autobahnstrecke im Bau, Richtung Bern - Aarau, verengte zwei Fahrspuren, mit roter Leitlinie, häufig zu Sicherheitslinie ausgezogen. ... Auf Sicherheitslinienstrecke überholt uns das Auto des Beschwerdeführers rechts: aus der linken Spur auf die rechte Spur gewechselt, überholt, und uns den Weg beim knappen Wiedereinlenken auf die linke Spur uns den Weg so stark abgeschnitten, dass ein Abremsen unausweichlich war, um einen Unfall zu vermeiden" (kantonale Akten, act. 12; Hervorhebungen durch das Bundesgericht).
Damit beschrieb die Anzeigerin offensichtlich das Wiedereinschwenken auf die Überholspur nach dem erstmaligen Rechtsüberholen. Somit durfte die Vorinstanz den Schuldspruch sehr wohl auch auf die Darstellung der Zeugin stützen. Von Willkür kann keine Rede sein.
2.5 Beim Vorwurf, der Beschwerdeführer habe gegenüber einem weiteren Fahrzeug einen ungenügenden Abstand eingehalten, macht der Beschwerdeführer geltend, die Vorinstanz hätte nicht auf die Aussagen der beiden Zeugen abstellen dürfen.
Die Rüge geht an der Sache vorbei. Denn die Vorinstanz nahm die Angaben der beiden Zeugen von 3 - 4 Meter bzw. von 1,5 Autolängen gar nicht zum Nennwert, sonst hätte der Beschwerdeführer auch für diesen Sachverhalt wegen grober Verkehrsregelverletzung verurteilt werden müssen. Diesbezüglich erfolgte ein Schuldspruch lediglich gestützt auf <ref-law>. Inwiefern die Vorinstanz die Aussagen der Lenkerin des roten Peugeot für diesen Schuldspruch willkürlich gewürdigt hätte, legt der Beschwerdeführer nicht dar.
2.6 Beim Rechtsüberholen zweier weiterer Fahrzeuge bringt der Beschwerdeführer vor, gestützt auf die Fotos sei auch möglich, dass seine Kolonne etwas schneller gefahren sei als die linke, was gar kein Überholen darstelle.
Damit zeigt der Beschwerdeführer lediglich eine andere mögliche Sicht der Dinge auf, was nicht ausreicht, um Willkür darzutun. Die Beweiswürdigung der Vorinstanz ist differenziert und nachvollziehbar. So stellt sie nicht unbesehen auf alle Angaben des Anzeigers und der Anzeigerin ab, sondern erachtet zugunsten des Beschwerdeführers gewisse Aussagen als nicht erwiesen. Damit ist aber auch dessen Vorwurf entkräftet, die Vorinstanz habe in allen Punkten vollumfänglich auf die Aussagen des Anzeigers abgestellt.
3. Im Rahmen der Strafzumessung beanstandet der Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe im Gegensatz zur ersten Instanz sein Aussageverhalten nicht als ungünstig qualifiziert und ihm weniger Verfehlungen angelastet, die Anzahl Tagessätze aber trotzdem nur minimal reduziert. Insofern liege eine unbegründete relative Strafschärfung vor.
Die Vorinstanz hat zwar einen etwas weniger geringen Abstand des Beschwerdeführers zum Fahrzeug der Zeugen angenommen als die erste Instanz, das Verhalten des Beschwerdeführers gegenüber dem Berner Fahrzeug jedoch gleich eingeschätzt wie diese. Indem sie das ursprüngliche Strafmass um etwa einen Siebtel tiefer ansetzte, hat sie die (geringen) Unterschiede ausreichend begründet.
Schliesslich beanstandet der Beschwerdeführer, die Verbindungsbusse von Fr. 8'400.-- sei unverhältnismässig hoch und nicht mehr von untergeordneter Bedeutung.
Die Höhe der Verbindungsbusse ist im Verhältnis zur bedingten Geldstrafe zu beurteilen und entspricht etwa einem Fünftel. Ein solcher Anteil ist von untergeordneter Bedeutung, stehen ihm doch 4/5 gegenüber. Dass die Vorinstanz bei der Berechnung des Bussenbetrags von falschen Beurteilungsmerkmalen ausgegangen wäre, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf und ist auch nicht ersichtlich.
Eine Verletzung von Bundesrecht liegt nicht vor.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Borner