Faits :
A.
Le 30 mai 2013, la police est intervenue au domicile de la famille A._. Une violente dispute y avait éclaté entre les époux X.A._ et Y.A._ dès 9 heures du matin environ, motif pris que la première aurait entretenu une relation avec un autre homme. Y.A._ s'est mis à crier et à menacer son épouse, à la traiter de salope, à la saisir par les cheveux, à lui tordre le bras et à la frapper, à lui arracher son leggins, à lui donner des tapes sur le fessier et à lui écraser le visage avec son pied nu. A 11 heures, il lui aurait demandé de lui prodiguer une fellation, ce qu'elle a fait. Puis les époux ont eu une relation sexuelle. X.A._ conteste avoir consenti à ces actes. Durant tout ce temps, les époux étaient enfermés dans l'appartement et Y.A._ avait confisqué le téléphone portable de son épouse et ses clefs. Vers 13 heures, Y.A._ était à nouveau énervé et a mordu son épouse à l'oreille puis l'a menacée, l'a enfermée dans l'appartement et s'est absenté pendant une heure et demie.
X.A._ a été examinée par un médecin. Il a été constaté qu'elle souffrait de multiples lésions, au visage et au tympan notamment.
X.A._ s'était déjà plainte à maintes reprises auparavant de violences conjugales mais avait chaque fois retiré sa plainte.
B.
Après enquête, le Ministère public de la République et canton de Genève a rendu un acte d'accusation par lequel il a renvoyé Y.A._ en jugement pour menaces, injure, lésions corporelles simples, séquestration et enlèvement. Cet acte d'accusation contient les faits à la base de ces infractions, notamment l'arrachage du leggins de l'épouse et les propos à caractère sexuel proférés par le mari mais aucun acte de violence de nature sexuelle.
Le 5 mai 2014, le ministère public a rendu une ordonnance de classement partiel séparée pour les infractions de contrainte sexuelle et de viol. Il a notamment relevé que les déclarations des parties étaient contradictoires et que, même à admettre une contrainte, Y.A._ ne pouvait pas se rendre compte du refus de son épouse, dès lors qu'elle ne l'avait pas manifesté.
C.
Par arrêt du 16 juin 2014, la Chambre pénale de recours de la Cour de Justice de la République et canton de Genève a déclaré d'emblée, sans échange d'écritures ni débats, irrecevable le recours de X.A._ contre l'ordonnance de classement partiel.
D.
X.A._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre cet arrêt (réf. 6B_714/2014). Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à son annulation, à ce que son recours contre l'ordonnance de classement partiel du 5 mai 2014 soit déclaré recevable et au renvoi de la cause au ministère public pour qu'il dresse un acte d'accusation s'agissant des infractions de viol et de contrainte sexuelle.
Le ministère public forme également un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du 16 juin 2014 (réf. 6B_690/2014). Il conclut à son annulation, à ce que le recours cantonal formé par X.A._ soit déclaré recevable et rejeté, subsidiairement à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
Le ministère public a conclu à l'admission du recours de X.A._ dans la mesure où elle conteste l'irrecevabilité prononcée par l'autorité précédente et au renvoi de la cause à cette dernière. X.A._ a conclu à l'admission du recours du ministère public, sauf en tant qu'il vise à ce que son recours cantonal, une fois déclaré recevable, soit rejeté.
Y.A._ a conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet des recours et demandé à être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire. L'autorité précédente a déclaré maintenir son arrêt, estimant les recours irrecevables, respectivement infondés. X.A._ a déposé des observations.

Considérant en droit :
1.
Les deux recours concernent la même décision et la même question (recevabilité du recours cantonal interjeté par la recourante contre une ordonnance de classement partiel). Il y a lieu de joindre les causes et de statuer sur les deux recours par un seul arrêt (<ref-law> applicable par renvoi de l'<ref-law>).
2.
La décision attaquée a été rendue dans le cadre d'une procédure pénale. Elle a un caractère final dès lors qu'elle exclut toute voie de droit contre un classement partiel. Elle peut donc faire l'objet d'un recours en matière pénale au sens de l'<ref-law>.
Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Indépendamment des conditions posées par cette disposition, la partie recourante est aussi habilitée à se plaindre d'une violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, sans toutefois pouvoir faire valoir par ce biais, même indirectement, des moyens qui ne peuvent être séparés du fond (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 44). Il en est ainsi de la décision qui, comme en l'espèce, déclare irrecevable un recours cantonal et prive la recourante d'une voie de droit prévue par le CPP (<ref-law>).
Le ministère public dispose aussi de la qualité pour recourir (art. 81 al. 1 let. b ch. 3 LTF). Son intérêt au recours se confond avec l'intérêt public à une application uniforme du droit fédéral ( PIERRE FERRARI, in Commentaire de la LTF, 2e éd. 2014, n° 30 ad art. 81).
3.
Dans un raisonnement peu clair, l'autorité précédente considère que si on admettait que le ministère public est compétent pour prononcer une ordonnance de classement partiel pour les faits à la base des infractions sexuelles, le tribunal de première instance serait privé de la faculté qui lui est accordée par les art. 329 et 333 CPP et ces dispositions deviendraient lettre morte. Ainsi, le tribunal ne pourrait se saisir d'infractions que l'autorité précédente qualifie de connexes à un était de fait renvoyé en jugement. Il appartiendrait en réalité au tribunal de première instance d'inviter le cas échéant le ministère public à compléter l'état de fait décrit dans l'acte d'accusation par des actes qui n'y sont pas évoqués, mais qui ont fait l'objet d'investigations et qui entraînent une qualification nouvelle et complémentaire. Le principe de l'égalité des armes serait violé si la partie plaignante disposait d'une voie de recours contre le classement alors que le prévenu ne peut pas recourir contre l'acte d'accusation (consid. 3). Enfin, l'autorité précédente a jugé que les infractions figurant dans l'ordonnance de classement partiel du 5 mai 2014 ne sont « pas classées » (consid. 4), sans pour autant annuler ledit classement dans le dispositif de son jugement.
4.
Les recourants prétendent notamment que la décision attaquée viole l'<ref-law> et constitue un déni de justice.
4.1. Aux termes de l'<ref-law>, les parties peuvent attaquer l'ordonnance de classement dans les dix jours devant l'autorité de recours.
4.2. La mise en accusation incombe au ministère public, qui l'assume seul. Elle n'est pas sujette à recours. Le ministère public saisit le tribunal in remet in personam, de telle sorte que la juridiction saisie ne peut pas connaître des faits ou des qualifications juridiques qui ne sont pas contenues dans l'acte d'accusation. A certaines conditions les art. 329 et 333 CPP dérogent à la maxime accusatoire en permettant au tribunal saisi de donner au ministère public la possibilité de modifier ou de compléter l'acte d'accusation. Cette possibilité a été ouverte d'une part en raison de l'absence de recours possible contre l'acte d'accusation et d'autre part parce que ce dernier n'est pas un véritable jugement et doit décrire le plus brièvement possible les actes reprochés au prévenu et les infractions paraissant applicables (cf. PIERRE-HENRI WINZAP, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n° 1 ad art. 329 et n° 1 ad art. 333). L'exemple souvent cité par la doctrine est celui d'un prévenu renvoyé pour abus de confiance. Le tribunal saisi songe à la commission d'une escroquerie. Comme le ministère public n'a pas inclus dans l'acte d'accusation les faits qui décrivent le processus astucieux, l'<ref-law> permet au tribunal d'inviter le ministère public à modifier cet acte ( STEPHENSON/ZALUNARDO-WALSER, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, vol. 2, 2e éd. 2014, n° 3 ad art. 333; WINZAP, op. cit., n° 5 ad <ref-law> ).
Cette entorse à la maxime accusatoire ne doit pas devenir la règle. Il appartient au ministère public, en principe exclusivement, sous réserve des correctifs prévus aux art. 329, 333 et 344 CPP de décider quels faits et quelles infractions vont être renvoyés en jugement. Si le ministère public décide de ne pas poursuivre certains faits, il doit prononcer un classement (<ref-law>). En effet, le CPP subordonne l'abandon de la poursuite pénale au prononcé d'une ordonnance formelle de classement mentionnant expressément les faits que le ministère public renonce à poursuivre, de manière à en définir clairement et formellement les limites. Une telle formalisation de l'abandon des charges constitue le préalable essentiel à l'exercice du droit de recours prévu par l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 254). Un classement partiel n'entre en ligne de compte que si plusieurs faits ou comportements doivent être jugés et qu'ils peuvent faire l'objet de décisions séparées. Tel n'est pas le cas en présence de plusieurs qualifications juridiques d'un seul et même état de faits (arrêt 6B_653/2013 du 20 mars 2014 consid. 3.2).
4.3. En l'espèce, toutes les infractions dont l'intimé avait été prévenu ont eu lieu le 30 mai 2013. Les préventions de contrainte sexuelle et de viol étaient cependant non seulement discernables temporellement mais également distinctes des préventions de menaces, injures, lésions corporelles simples, séquestration et enlèvement, objets de l'acte d'accusation. Il ne s'agissait ainsi en aucun cas de qualifier le même état de faits. L'acte d'accusation rendu par le ministère public ne mentionne d'ailleurs aucun acte ou violence de nature sexuelle, ce qu'admet l'autorité précédente (arrêt attaqué p. 4 let. i et p. 9 consid. 3.1). Il appartenait donc au ministère public de prononcer un classement s'agissant de ces derniers faits s'il n'entendait pas renvoyer le prévenu pour ceux-ci auprès l'autorité de répression, ce qu'il a fait.
4.4. Contrairement à l'acte d'accusation qui ne peut faire l'objet d'un recours (<ref-law>), les art. 322 al. 2 et 393 al. 1 let. a CPP ouvrent la voie du recours contre l'ordonnance de classement. Cette différence a été voulue par le législateur pour privilégier la célérité de la procédure. Elle s'explique également par le fait qu'une condamnation pour les faits objets de l'acte d'accusation peut fait l'objet d'un appel alors qu'un classement, même partiel, devient définitif s'il n'est pas attaqué en temps utile. L'autorité de jugement ne peut en effet plus se saisir des infractions classées sans violer le principe ne bis in idem (arrêt 6B_653/2013 du 20 mars 2014 consid. 3.1).
4.5. Au vu de ce qui précède, une ordonnance de classement valable ayant été prononcée par le ministère public, le refus d'entrer en matière sur le recours contre un tel classement prive la recourante de la voie de droit prévue à l'<ref-law> et constitue un déni de justice. Il convient dès lors de renvoyer la cause à l'autorité précédente pour qu'elle entre en matière sur le recours, examine les autres conditions de recevabilité puis, cas échéant, le mérite du recours cantonal formé par la recourante. Il n'appartient pas au Tribunal fédéral, à ce stade, de juger ce dernier point.
5.
Il résulte de ce qui précède que les recours doivent être admis au sens des considérants, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
Au vu du sort des recours, il ne sera pas prélevé de frais judiciaires (<ref-law>) et des dépens seront accordés à la recourante (<ref-law>). Compte tenu du déroulement de la procédure, ceux-ci seront mis à la charge du canton de Genève uniquement, alors même que l'intimé Y.A._ a conclu au rejet des recours (cf. <ref-law> par renvoi de l'<ref-law>). La requête d'assistance judiciaire de ce dernier doit être admise au vu de sa situation financière et une indemnité appropriée doit être accordée à son conseil d'office, à charge de la caisse du Tribunal fédéral (<ref-law>). L'intimé est toutefois rendu attentif au fait qu'il devra rembourser cette dernière, s'il peut ultérieurement le faire (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 6B_690/2014 et 6B_714/2014 sont jointes.
2.
Les recours sont admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
3.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4.
La République et canton de Genève versera à la recourante une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
5.
La demande d'assistance judiciaire de l'intimé Y.A._ est admise, Me Fidèle Joye est désigné comme avocat d'office et une indemnité de 1'500 fr., supportée par la caisse du Tribunal fédéral, lui est allouée à titre d'honoraires.
6.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 12 juin 2015
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Denys
La Greffière : Cherpillod