Sachverhalt:
A. M._, geboren 1959, gelernter Bootsbauer und Zimmermann, ist seit 1988 Geschäftsführer der Firma X._ GmbH, mit Sitz in Y._ und Zweigniederlassung in Z._, die das Ausführen von Holz- und Glasbauarbeiten sowie den Handel mit Holz-, Garten- und Freizeitprodukten bezweckt. Am 29. Juli 2004 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen in medizinischer und beruflich-erwerblicher Hinsicht und Einholung einer Expertise der medizinischen Begutachtungsstelle des Medizinischen Zentrums H._ (vom 11. Juli 2005) verweigerte die IV-Stelle des Kantons Zürich mit Verfügung vom 29. Juli 2005 bei einem Invaliditätsgrad von 30 % den Anspruch auf eine IV-Rente. Sie bestätigte dies mit Einspracheentscheid vom 18. Oktober 2005.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 24. November 2006 ab.
C. M._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur weiteren Abklärung an die IV-Stelle zurückzuweisen; eventualiter sei ihm eine ganze Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. 2.1 Der angefochtene Entscheid betrifft Leistungen der Invalidenversicherung. Das Bundesgericht prüft daher nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzte, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde (Art. 132 Abs. 2 OG [in der Fassung gemäss Ziff. III des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG, in Kraft seit 1. Juli 2006] in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.2 Mit Blick auf diese neue Kognitionsregelung für die Invalidenversicherung ist auf Grund der Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen Bundesrecht verletzt (Art. 104 lit. a OG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 105 Abs. 2 OG). Hingegen hat eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides in tatsächlicher Hinsicht (aArt. 132 lit. b OG) ebenso zu unterbleiben wie eine Prüfung der Ermessensbetätigung (aArt. 132 lit. a OG) nach den Grundsätzen zur Angemessenheitskontrolle (<ref-ruling> E. 6 S. 81 mit Hinweisen). Auch besteht (entgegen aArt. 132 lit. c OG) Bindung an die Parteianträge, handelt es sich doch nicht um eine Abgabestreitigkeit (Art. 114 Abs. 1 OG; zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.2 S. 396).
3. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf Invalidenrente. Im angefochtenen Gerichtsentscheid werden die Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und die Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten (Einkommensvergleichsmethode [<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 2a und b S. 136]) sowie die Voraussetzungen für einen Rentenanspruch und dessen Umfang (<ref-law>) richtig angegeben. Darauf wird verwiesen. Dasselbe gilt hinsichtlich der Rechtsprechung zum Beweiswert ärztlicher Berichte (<ref-ruling> f. E. 3 S. 352 mit Hinweisen).
4. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz die Verletzung des rechtlichen Gehörs vor, da sie sich im angefochtenen Entscheid nicht mit dem Bericht von Frau Prof. Dr. phil. R._ von der Neurologischen Klinik und Poliklinik des Universitätsspitals A._ vom 17. Februar 2006 inhaltlich auseinandergesetzt und damit gegen die Begründungspflicht verstossen habe.
4.1 Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Das rechtliche Gehör dient einerseits der Sachaufklärung, andererseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung einer Person eingreift. Dazu gehört insbesondere deren Recht, sich vor Erlass des in ihre Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 370 mit Hinweisen).
4.2 Die hier interessierende Begründungspflicht ist wesentlicher Bestandteil des verfassungsrechtlichen Gehörsanspruchs. Diese soll verhindern, dass sich die Behörde von unsachlichen Motiven leiten lässt, und es dem Betroffenen ermöglichen, die Verfügung gegebenenfalls sachgerecht anzufechten. Dies ist nur möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheides ein Bild machen können. In diesem Sinn müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf welche sich ihre Verfügung stützt. Dies bedeutet indessen nicht, dass sie sich ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 1a S. 181 mit Hinweisen; Georg Müller, in Kommentar aBV, Art. 4 Rz 112 ff. mit Hinweisen). Die Vorinstanz hat in den Erwägungen einlässlich dargelegt, worauf sie sich stützt. Wenn das kantonale Gericht bei der Würdigung des medizinischen Sachverhaltes den im Entscheid aufgeführten Bericht der Frau Prof. R._ nicht mitberücksichtigt hat, so offensichtlich deshalb, weil es ihn als nicht erheblich erachtete. Es ist dies nicht eine Frage der Begründungspflicht, sondern der Sachverhaltsfeststellung, die für das Bundesgericht verbindlich (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397) und nur im Rahmen von Art. 105 Abs. 2 OG zu überprüfen ist, also bei offensichtlicher Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit, was hier jedoch nicht der Fall ist. Entgegen der Darstellung in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde hat die Vorinstanz auch den Bericht des Dr. med. S._, Neurologische Klinik und Poliklinik des Universitätsspitals A._, vom 13. Juli 2005 gewürdigt.
5. Die Vorinstanz ist wie die Beschwerdegegnerin gestützt auf das Gutachten des Medizinischen Zentrums H._ vom 11. Juli 2005 von einer 70-prozentigen Arbeitsfähigkeit ausgegangen. Dabei handelt es sich nicht um eine offensichtlich unrichtige oder unvollständige Sachverhaltsfeststellung. Auch aus dem Bericht der Frau Prof. R._ ergibt sich nichts zu Gunsten des Beschwerdeführers. Sie erwähnt eine Pseudodemenz mit erheblicher Aggravation (s. auch die Wiedergabe ihrer Aussage im Bericht des Dr. med. G._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 2. März 2006), was nicht invalidisierend ist (vgl. Urteile vom 29. September 1989 [U 66/86] E. 7d und 20. Dezember 1988 [I 504/87] E. 4). Dass im Gutachten des Medizinischen Zentrums H._ von einer "Gartenbaufirma" die Rede ist, - an anderer Stelle wird jedoch zutreffend erwähnt, dass der Betrieb des Beschwerdeführers Schwimmbäder, Gartenanlagen und Wintergärten konstruiert (Gutachten S. 4) -, ändert an der Aussagekraft der Expertise nichts. Aus dem vom Unternehmen am 11. August 2004 mit Unterlagen eingereichten "Fragebogen für den Arbeitgeber" geht hervor, dass in diesem Betrieb für den Beschwerdeführer ähnliche Arbeiten anfallen wie bei einem Leiter einer Gartenbaufirma. Dass er nicht mehr voll in der Montage mitwirken kann, ist mit der bloss 70-prozentigen Arbeitsfähigkeit berücksichtigt.
6. 6.1 Was die Bemessung des Invaliditätsgrades betrifft, ist festzustellen, dass ein im Arbeitgeberfragebogen bezeichnetes Invalideneinkommen von Fr. 20'000.- nur bedingt aussagekräftig ist, da die Angabe von der Ehefrau des Beschwerdeführers gemacht worden ist; auch das dort benannte und von der Beschwerdegegnerin übernommene Valideneinkommen von Fr. 100'000.- ist angesichts der für die Vorjahre meist erheblich tieferen Einträge im Auszug aus dem individuellen Konto fraglich.
6.2 Lassen sich die beiden hypothetischen Erwerbseinkommen nicht zuverlässig ermitteln oder schätzen, so ist in Anlehnung an die spezifische Methode für Nichterwerbstätige (<ref-law>) ein Betätigungsvergleich anzustellen und der Invaliditätsgrad nach Massgabe der erwerblichen Auswirkungen der verminderten Leistungsfähigkeit in der konkreten erwerblichen Situation zu bestimmen. Dabei wird, im Unterschied zur spezifischen Methode für Nichterwerbstätige, die Invalidität nicht unmittelbar nach Massgabe des Betätigungsvergleichs als solchem bemessen. Vielmehr ist zunächst anhand des Betätigungsvergleichs die leidensbedingte Behinderung festzustellen; sodann aber ist diese im Hinblick auf ihre erwerbliche Auswirkung besonders zu gewichten. Eine bestimmte Einschränkung im funktionellen Leistungsvermögen eines Erwerbstätigen kann zwar, braucht aber nicht notwendigerweise, eine Erwerbseinbusse gleichen Umfangs zur Folge zu haben. Wollte man bei Erwerbstätigen ausschliesslich auf das Ergebnis des Betätigungsvergleichs abstellen, so wäre der gesetzliche Grundsatz verletzt, wonach bei dieser Kategorie von Versicherten die Invalidität nach Massgabe der Erwerbsunfähigkeit zu bestimmen ist (ausserordentliches Bemessungsverfahren; <ref-ruling> E. 1 S. 30, 104 V 135 E. 2c S. 137; AHI 1998 S. 120 E. 1a und S. 252 E. 2b).
6.3 Es ist angesichts der konkreten Verhältnisse indessen nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz im Sinne eines Prozentvergleiches vorgegangen ist (Urteil vom 25. März 2003, I 166/02, E. 4.2). Zwar wären grundsätzlich die einzelnen Tätigkeiten des Beschwerdeführers zu gewichten, doch kann in Anlehnung an den Prozentvergleich auch beim ausserordentlichen Bemessungsverfahren der Anspruch auf eine Invalidenrente verneint werden, ohne dass die einzelnen Bemessungsfaktoren möglichst exakt und konkret zu ermitteln sind, wenn sich nur unter unrealistischen Annahmen ein rentenbegründender Invaliditätsgrad ergeben würde (Urteil vom 18. Dezember 2002, I 72/02, E. 4). Dies ist hier der Fall. Zwar sind die Tätigkeiten des Beschwerdeführers im eben genannten Fragebogen nur ungenau gewichtet angegeben worden, aber es ergibt sich daraus das Bild einer wechselbelastenden, nicht einseitigen Tätigkeit, was global gemäss der medizinischen Beurteilung zu 70 % zumutbar ist. Es ist unrealistisch anzunehmen, dass diejenigen Tätigkeiten, die dem Beschwerdeführer nicht mehr zumutbar sind, einen so grossen Anteil an der gesamten Tätigkeit ausmachen könnten, dass sich insgesamt ein rentenbegründender Invaliditätsgrad ergäbe.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 134 zweiter Satz OG in der ab 1. Juli 2006 geltenden Fassung). Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 135 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 22. Juni 2007
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: