Faits:
A. Par décision du 5 septembre 2007, l'Office d'exécution des peines du canton de Vaud (ci-après: OEP) a ordonné à l'endroit de X._, avec effet rétroactif au 17 juillet 2007, l'interruption de l'exécution des peines sous la forme des arrêts domiciliaires et l'exécution du solde de peines en régime ordinaire.
B. Par arrêt du 29 juillet 2008, le Juge d'application des peines du canton de Vaud a rejeté le recours de l'intéressée. Cet arrêt retient en substance ce qui suit:
B.a Par ordonnance du 2 juin 2006, le Juge d'instruction de l'arrondissement de Lausanne a condamné X._ à la peine d'un mois d'emprisonnement pour ivresse au volant. En outre, il a révoqué le sursis qui lui avait été octroyé le 22 juillet 2005 et ordonné l'exécution de la peine de vingt-cinq jours d'emprisonnement, infligée pour violation simple des règles de la circulation et ivresse au volant.
B.b Fondé sur le préavis favorable de la Fondation vaudoise de probation, l'OEP a autorisé, par décision du 14 juin 2007, X._ à exécuter dès le 20 juin 2007 les peines d'un mois et de vingt-cinq jours d'emprisonnement sous la forme des arrêts domiciliaires. A ce titre, il lui a été signalé que tout manquement de sa part pourrait entraîner l'interruption de ce mode particulier d'exécution de peine.
B.c Le dimanche 15 juillet 2007, le système de surveillance a indiqué que X._ avait quitté son domicile à 14h33 pour ne rentrer que le lundi 16 juillet 2007 à 9h13 et qu'elle n'avait ainsi pas respecté le programme horaire inhérent à la surveillance électronique.
X._ a contesté les faits. Elle a soutenu être sortie le dimanche 15 juillet 2007, vers 14h20, accompagnée par sa fille cadette et un ami de celle-ci, pour aller se baigner au lac et être rentrée pour préparer le souper vers 17h. Selon elle, le bracelet électronique aurait connu une défaillance à la suite d'une immersion dans l'eau et d'un confinement durant plusieurs heures dans un tissu mouillé, le système fonctionnant à nouveau après avoir intégralement séché.
C. Contre l'arrêt du Juge d'application des peines, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle s'en prend à l'établissement des faits qu'elle juge manifestement inexact et conclut à la réforme de l'arrêt attaqué dans le sens qu'elle est autorisée à poursuivre l'exécution de ses peines sous la forme des arrêts domiciliaires. En outre, elle sollicite l'assistance judiciaire.
D. Il n'a pas été requis de déterminations.

Considérant en droit:
1. 1.1 Saisi d'un recours contre une décision de l'OEP, le Juge d'application des peines statue en dernière instance cantonale (art. 37 al. 3 de la loi vaudoise sur l'exécution des condamnations pénales; RSV 340.01). Le recours en matière pénale est recevable (art. 80 al. 1 et 78 al. 2 let. b LTF).
1.2 Dans le cadre d'un recours en matière pénale, le Tribunal fédéral ne réexamine l'établissement des faits - sous réserve de l'allégation d'une violation du droit au sens de l'<ref-law> - que lorsqu'il est entaché d'inexactitude manifeste (<ref-law>), à savoir d'arbitraire (<ref-ruling>, consid. 1.4.1). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 6 p. 397).
Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
1.3 Le recours doit être motivé conformément à l'<ref-law>, qui exige que le recourant indique en quoi la décision attaquée viole le droit. Les griefs mentionnés à l'<ref-law>, en particulier celui pris d'une violation des droits fondamentaux, sont toutefois soumis à des exigences de motivation accrues, qui correspondent à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
2. Se fondant sur l'<ref-law>, la recourante soutient que l'autorité cantonale aurait établi les faits de manière manifestement inexacte en retenant qu'elle avait quitté son domicile entre les 15 et 16 juillet 2007. Pour cela, elle invoque une défaillance technique du système de surveillance et critique, à cet égard, le témoignage du responsable de la mise en place et la maintenance du monitorage électronique, lequel exclurait tout dysfonctionnement du système de surveillance. Par ailleurs, elle se réfère au procès-verbal des opérations du juge, d'où il ressort qu'une collaboratrice de la Fondation des Oliviers aurait eu connaissance d'un dysfonctionnement du bracelet électronique trois ou quatre ans plus tôt et qui était peut-être lié avec une question d'étanchéité ou de contact avec un liquide.
2.1 Contrairement à ce que soutient la recourante, le responsable du système n'a pas exclu toute panne. Il a reconnu qu'il existait parfois des problèmes techniques, mais dans une proportion inférieure à 1% et que, dans ces cas, l'appareil ne fonctionnait pas du tout. En revanche, il n'avait jamais rencontré et ne pouvait imaginer des cas - comme en l'espèce - de dysfonctionnement temporaire. Le témoin a ajouté qu'il n'y avait eu aucune coupure de courant, ni coupure de téléphone, car des appels (« hello-calls ») étaient intervenus régulièrement pendant le laps de temps litigieux. Il n'apparaît ainsi pas arbitraire de se fonder sur ce témoignage pour exclure le dysfonctionnement allégué. Au demeurant, les propos de la collaboratrice de la Fondation des Oliviers ne sauraient mettre en doute ce témoignage, puisqu'ils concernent un cas déjà ancien, que la collaboratrice n'a pas précisé s'il s'agissait d'un dysfonctionnement temporaire et que l'origine en est incertaine. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
2.2 La recourante reproche en outre à l'autorité cantonale de ne pas avoir tenu compte du témoignage de sa voisine qui l'aurait aperçue sur son balcon le dimanche en question.
Dès lors que la voisine n'a pas pu être formelle quant à la date de ce dimanche, son témoignage n'est pas pertinent et c'est donc à juste titre que l'autorité cantonale l'a écarté.
2.3 Au vu de ces éléments, l'autorité cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en retenant comme probant le bon fonctionnement du bracelet et en conséquence l'absence de la recourante dans la nuit du 15 au 16 juillet 2007. On ne saurait lui reprocher de ne pas avoir interrogé d'office les proches de la recourante, dès lors qu'au terme d'une appréciation anticipée des preuves, elle est arrivée à la conclusion que le bracelet fonctionnait correctement.
3. Le recours doit ainsi être rejeté.
Comme ses conclusions étaient d'emblée vouées à l'échec, la recourante doit être déboutée de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 et 2 LTF) et supporter les frais de justice (art. 65 et 66 al. 1 LTF), réduits à 800 fr. compte tenu de sa situation financière actuelle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Juge d'application des peines du canton de Vaud.
Lausanne, le 10 novembre 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Kistler Vianin