Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 21. Januar 2009 wies die BVG- und Stiftungsaufsicht Y._ (Stiftungsaufsicht) den Antrag der Patronalen Stiftung E._ (nachfolgend: Stiftung) auf Genehmigung der Art. 12 und 13 ihres Anlage-, Organisations- und Teilliquidationsreglements (kurz: Reglement), welche Artikel die Voraussetzungen und das Verfahren zur Teilliquidation regeln, ab. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen aus, es mangle an einer hinreichenden Konkretisierung der einzelnen Tatbestände von Art. 53b Abs. 1 BVG; es genüge nicht, diese, wie in Art. 12 Reglement geschehen, bloss abzuschreiben.
B. Am 17. November 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die dagegen erhobene Beschwerde der Stiftung teilweise gut, weil eine Begründung betreffend die Nichtgenehmigung von Art. 13 Reglement (Verfahren zur Teilliquidation) fehle, wodurch das rechtliche Gehör der Stiftung verletzt worden sei. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Die Stiftung habe mit der Formulierung von Art. 12 Reglement auch nicht ansatzweise das Konkretisierungsgebot beachtet, weshalb die Stiftungsaufsicht die Genehmigung dieser Reglementsbestimmung zu Recht verweigert habe. In der Folge wies das Bundesverwaltungsgericht die Sache an die Stiftungsaufsicht zurück, damit sich diese erneut mit der Genehmigung von Art. 13 Reglement befasse.
C. Die Stiftung reicht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ein und beantragt, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 17. November 2011 sei aufzuheben, soweit er Art. 12 Reglement betrifft, und es sei die Sache zu dessen Genehmigung an die Stiftungsaufsicht zurückzuweisen.
Die Stiftungsaufsicht schliesst auf Abweisung der Beschwerde und vollumfängliche Bestätigung ihrer Verfügung vom 21. Januar 2009 unter entsprechender Anpassung des Entscheids des Bundesverwaltungsgerichts.
Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet auf eine Stellungnahme.
Am 24. Februar 2012 gelangte die Stiftung mit einer weiteren Eingabe an das Bundesgericht.

Erwägungen:
1. Der vorinstanzliche Entscheid ist einzig in Bezug auf die Nichtgenehmigung von Art. 12 Reglement (Voraussetzungen zur Teilliquidation) angefochten. Diesbezüglich wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde nicht nur in der Begründung, sondern auch dispositivmässig ab. Dabei handelt es sich um einen Teilentscheid (Art. 91 lit. a BGG). Abgesehen davon, dass die Frage nach der (Nicht-)Genehmigung von Art. 12 Reglement auch Gegenstand eines eigenen Verfahrens hätte bilden können, wird mit dem angefochtenen Entscheid ein Teil des gesamten Prozessgegenstandes abschliessend beurteilt, welches Vorgehen keine Gefahr birgt, dass das Schlussurteil über den verbliebenen Prozessgegenstand im Widerspruch zum bereits ausgefällten Teilurteil steht (Urteil 8C_55/2010 vom 6. August 2010 E. 2.3.2 [nicht publ. in: <ref-ruling>], 135 III 212 E. 1.2.2 und 1.2.3 S. 217). Die Beschwerde ist demnach zulässig.
2. Die Stiftungsaufsicht beantragt vernehmlassungsweise ausserhalb der Beschwerdefrist (Art. 100 BGG), ihre Verfügung vom 21. Januar 2009 sei vollumfänglich zu bestätigen und es sei der angefochtene Entscheid entsprechend anzupassen. Darauf ist nicht einzutreten. Die Beschwerdeführerin hat den Rückweisungs-(Teil-)Entscheid nicht angefochten, mithin eine diesbezügliche Anschlussbeschwerde von vornherein nicht statthaft ist. Ausserdem handelt es sich nicht um einen kantonalen Rückweisungsentscheid, welcher beiden Parteien teilweise Recht gibt (<ref-ruling>).
3. Bei der Beschwerdeführerin handelt es sich um eine nicht registrierte Stiftung im Sinne von Art. 80 ff. ZGB. Vorab ist somit darüber zu befinden, ob sie eine auf dem Gebiet der Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge tätige Personalfürsorgestiftung gemäss Art. 89bis Abs. 6 ZGB ist. Diesfalls ist Art. 53b BVG betreffend die Teilliquidation auf Grund des Verweises in Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 9 ZGB unmittelbar anwendbar. Ist die Beschwerdeführerin demgegenüber als patronaler Wohlfahrtsfonds zu qualifizieren, stellt sich die Frage, ob und inwieweit der Verweis in Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 9 ZGB auf Art. 53b BVG allenfalls analog anzuwenden ist.
3.1 3.1.1 Gemäss Rechtsprechung und Lehre zeichnet sich die Personalfürsorgestiftung durch ihren besonderen Destinatärkreis sowie Zweck aus: So umfasst der Destinatärkreis die Arbeitnehmer eines oder mehrerer Unternehmen, d.h. diejenigen Personen, die in einem Arbeitsverhältnis (Art. 319 ff. OR i.V.m. Art. 331 OR) zum Arbeitgeber stehen oder gestanden haben, und ihre Angehörigen. Der Zweck umfasst sodann die Personalvorsorge. Darunter fallen Leistungen für bestimmte Wechselfälle des Lebens, wie insbesondere für Alter, Tod und Invalidität. Dabei kann die Ausrichtung dieser Leistungen vom Vorliegen einer wirtschaftlichen Notlage des Arbeitnehmers abhängig gemacht werden. Zu den typischen Wesensmerkmalen einer Personalfürsorgestiftung im Sinne von Art. 89bis Abs. 6 ZGB gehört, dass sie den beitragspflichtigen Destinatären planmässig Rechtsansprüche auf versicherungsmässige Leistungen (Renten, Kapital oder Kombinationen) beim Eintritt versicherter Risiken gewährt (Einrichtungen mit Versicherungscharakter). Werden hingegen den Destinatären ohne Beitragspflicht blosse Ermessensleistungen (in Kapital- oder Rentenform) ohne festen Plan, ohne versicherbare Risikodeckung und ohne Rechtsanspruch gewährt, welche allein durch die Stifterfirma finanziert werden, handelt es sich um einen patronalen Wohlfahrtsfonds (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 3.3.3 S. 85, <ref-ruling> E. 1 S. 216 f.; SVR 2009 BVG Nr. 2 S. 4, 9C_193/2008; CHRISTINA RUGGLI-WÜEST, Wohlfahrtsfonds heute: Ein Auslaufmodell, oder ...?, in: Schaffhauser/ Stauffer [Hrsg.], BVG-Tagung 2009, Aktuelle Fragen der beruflichen Vorsorge, S. 158 ff. Ziff. 2.1; RIEMER/RIEMER-KAFKA, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2. Aufl. 2006, S. 31 ff.; HANS MICHAEL RIEMER, in: Berner Kommentar zu Art. 80-89bis ZGB, Systematischer Teil, S. 197 ff. N. 297-305; JÜRG BRÜHWILER, Die betriebliche Personalvorsorge in der Schweiz, 1989, S. 64 ff.; CARL HELBLING, Personalvorsorge und BVG, 8. Aufl. 2006, Bern/Stuttgart/Wien 2006, S. 92 Ziff. 3.23; ISABELLE VETTER-SCHREIBER, Berufliche Vorsorge, BVG-Kommentar, 2009, N. 11 zu Art. 73 BVG; JACQUES-ANDRÉ SCHNEIDER, Attributions volontaires de prévoyance de l'employeur; fiscalité et cotisations AVS/AI, in: SZS 2009 S. 437 [nachfolgend: Attributions volontaires]; HAROLD GRÜNINGER, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch, Bd. I, 4. Aufl. 2010, N. 6 f. zu Art. 89bis ZGB; FRANZISKA BUR BÜRGIN, Wohlfahrtsfonds, Vorsorgeeinrichtungen im luftleeren Raum? in: Festschrift "25 Jahre BVG", Hans-Ulrich Stauffer [Hrsg.], 2009, S. 56 f.).
Bezweckt ein patronaler - also ausschliesslich arbeitgeberseits alimentierter - Wohlfahrtsfonds einzig die Finanzierung von Beiträgen des Arbeitgebers an verbundene, steuerbefreite Vorsorgeeinrichtungen dieses Arbeitgebers (Arbeitgeberbeitragsreserve), ist eine sogenannte Finanzierungsstiftung gegeben (RUGGLI-WÜEST, a.a.O., S. 160).
3.1.2 Zwar lassen sich unter den Begriff "Personalfürsorgestiftungen", wie er in Art. 89bis Abs. 6 ZGB verwendet wird, grundsätzlich sowohl Stiftungen subsumieren, die Destinatären reglementarische Rechtsansprüche verleihen, als auch solche, gegenüber welchen die Destinatäre keine reglementarischen Rechtsansprüche haben. Die Unterscheidung zwischen einer Personalfürsorgestiftung gemäss Art. 89bis Abs. 6 ZGB und einem patronalen Wohlfahrtsfonds findet ihre Begründung in der Konzeption des auf den 1. Januar 1985 in Kraft getretenen Bundesgesetzes über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG). Während für die registrierten Vorsorgeeinrichtungen das BVG im obligatorischen wie auch - gemäss aArt. 49 Abs. 2 BVG - im überobligatorischen Bereich ohnehin und direkt zur Anwendung gelangt, hat der Gesetzgeber diese Verknüpfung für nicht registrierte Personalfürsorgestiftungen, die im überobligatorischen Bereich berufliche Vorsorge im Sinne der zweiten Säule resp. im engeren Sinn betreiben, mittels Art. 89bis Abs. 6 ZGB geschaffen. Auch sie unterliegen unmittelbar gewissen Grundsätzen des BVG (<ref-ruling> E. 1a in fine S. 358). Dass patronale Wohlfahrtsfonds von vornherein nicht ebenso direkt Art. 89bis Abs. 6 ZGB unterstellt sein können, ergibt sich schon daraus, dass die zweite Säule in erster Linie dem Versicherungsgedanken Rechnung trägt (Botschaft vom 19. Dezember 1975 zum Bundesgesetz über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge, BBl 1976 I 149, insbesondere S. 160 unten). Lässt sich im Übrigen aus der zitierter Rechtsprechung lediglich implizit auf die nicht direkte Anwendbarkeit von Art. 89bis Abs. 6 ZGB auf patronale Wohlfahrtsfonds schliessen, so ist dies auch auf die - nicht weiter zu Diskussionen Anlass gebende - Thematik der BVG-Bestimmungen zurückzuführen, auf die vor der 1. BVG-Revision verwiesen wurde (vgl. E. 4.1 hienach).
3.1.3 Die Rechtsfrage, ob eine Personalfürsorgestiftung ein patronaler Wohlfahrtsfonds oder eine Vorsorgeeinrichtung im Sinne von Art. 89bis Abs. 6 ZGB ist, beurteilt sich nicht nach den dazu von den Stiftungsorganen oder den Revisoren in den Jahres- und Revisionsberichten oder korrespondenzweise abgegebenen Verlautbarungen, sondern nach dem reglementarisch umschriebenen Stiftungszweck und der stiftungsrechtlich vorgesehenen Finanzierung der Stiftungsaufgaben (SVR 2009 BVG Nr. 2 S. 4, 9C_193/2008).
3.2 Die Beschwerdeführerin bezeichnet sich in ihrer revidierten Stiftungsurkunde vom 21. März 2001 als Stiftung im Sinne von Art. 331 OR (Art. 1 Ziff. 1.1 Abs. 4). Gemäss Art. 2 bezweckt sie die freiwillige Vorsorge zu Gunsten der Arbeitnehmer der Stifterfirma sowie ihrer Angehörigen und Hinterbliebenen in Ergänzung zu den Leistungen der AHV/IV und der obligatorischen beruflichen Vorsorge gegen die wirtschaftlichen Folgen von Alter, Invalidität, Tod sowie in Notlagen wie bei Krankheit, Unfall oder Arbeitslosigkeit (Ziff. 2.1). Sie kann Beiträge, Leistungen oder Versicherungsprämien auch an andere steuerbefreite Vorsorgeeinrichtungen erbringen, die einen analogen Zweck verfolgen (Ziff. 2.2). Art. 4 sieht vor, dass das Stiftungsvermögen durch freiwillige Arbeitgeber- und Arbeitnehmerbeiträge, weitere freiwillige Zuwendungen des Arbeitgebers und Dritter sowie durch allfällige Überschüsse aus Versicherungsverträgen und durch die Erträgnisse des Stiftungsvermögens geäufnet wird (Ziff. 4.2). Aus dem Stiftungsvermögen dürfen ausser zu Vorsorgezwecken keine Leistungen entrichtet werden, zu denen die Stifterfirma rechtlich verpflichtet ist oder die sie als Entgelt für geleistete Dienste üblicherweise entrichtet (z.B. Teuerungs-, Familien- und Kinderzulagen, Gratifikationen [Ziff. 4.3]). Die Beiträge des Arbeitgebers können aus Mitteln der Stiftung erbracht werden, wenn von diesem vorgängig Beitragsreserven geäufnet wurden und diese gesondert ausgewiesen sind (Ziff. 4.5).
3.3 Am 26. März 2001 genehmigte die Stiftungsaufsicht die neue Fassung der Stiftungsurkunde mit dem Vermerk, dass der neue Name "Patronale Stiftung E._" (davor: Pensionskasse der AG, Elektrizitätswerk X._) den tatsächlichen Verhältnissen besser entspreche, da er nicht mehr auf eine planmässige Vorsorge schliessen lasse und die Herkunft der Mittel korrekt fasse.
Die Vorinstanz qualifizierte die Beschwerdeführerin anhand der neuen Statuten, des neuen Namens und der Tatsache, dass sie keine planmässige Vorsorge betreibe, sondern lediglich freiwillige, seitens der Destinatäre nicht direkt einklagbare Ermessensleistungen erbringe, vermutungsweise als patronale Wohlfahrtsstiftung.
3.4 Gemäss verbindlicher Feststellung der Vorinstanz (Art. 105 BGG) richtet die Beschwerdeführerin reine Ermessensleistungen, das heisst keine rechtsverbindlichen Leistungen aus. Wohl können die Destinatäre die Stiftungsmittel mitäufnen, sie sind dazu jedoch nicht verpflichtet. Indessen fehlen Anhaltspunkte - und es wird auch nichts Gegenteiliges vorgebracht -, dass sich die Beschwerdeführerin nicht gänzlich aus Mitteln seitens der Arbeitgeber- resp. Stifterfirma finanziert. Ebenso ist unbestritten, dass den Destinatären keine Rechtsansprüche gegenüber der Beschwerdeführerin zustehen. Für das Bundesgericht besteht demnach keine Veranlassung, von der vorinstanzlichen Qualifikation der Beschwerdeführerin als patronaler Wohlfahrtsfonds abzuweichen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
4. Als nächstes ist zu prüfen, ob und inwieweit Art. 89bis Abs. 6 ZGB, insbesondere der Verweis in dessen Ziffer 9 auf Art. 53b BVG betreffend die Teilliquidation, analog auf patronale Wohlfahrtsfonds anzuwenden ist.
4.1 Bis zum Inkrafttreten der 1. BVG-Revision am 1. Januar 2005 wendeten Rechtsprechung und Lehre - überwiegend einheitlich - einzelne Bestimmungen aus dem Katalog gemäss Art. 89bis Abs. 6 ZGB auch auf patronale Wohlfahrtsfonds an. Im Vordergrund standen die Aufsicht (Art. 62 BVG in der entsprechend gültigen Fassung) sowie der diesbezügliche Rechtsweg (Art. 74 BVG in der entsprechend gültigen Fassung; vgl. Urteil 2A.424/1997 vom 5. November 1998 E. 2; HANS MICHAEL RIEMER, Die patronalen Wohlfahrtsfonds nach der 1. BVG-Revision, SZS 2007 S. 550 [nachfolgend: Wohlfahrtsfonds]; RUGGLI-WÜEST, a.a.O., S. 163; BUR BÜRGIN, a.a.O., S. 64). Dabei handelt es sich um Bestimmungen rechtlich-organisatorischer Art, die den Gestaltungs- und Handlungsspielraum der patronalen Wohlfahrtsfonds nicht einengen (HERMANN WALSER, Ein vorsorgerechtlicher Spezialfall: der patronale Wohlfahrtsfonds, in: Festschrift für Erwin Murer zum 65. Geburtstag, 2010, S. 970 oben).
4.2 Mit der 1. BVG-Revision ist der Katalog von Art. 89bis Abs. 6 ZGB erheblich ausgebaut worden. Während davor auf rund ein Dutzend BVG-Bestimmungen verwiesen wurde - bei Erlass des BVG im Jahr 1982 waren es sogar nur deren sechs (AS 1983 797, 822) -, umfasst er heute dreiundzwanzig Ziffern, die über vierzig Artikel des BVG als anwendbar erklären. Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 1 ZGB sieht dabei neu vor, dass für Personalfürsorgestiftungen, die auf dem Gebiet der Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge tätig sind, "die Definition und Grundsätze der beruflichen Vorsorge sowie des versicherbaren Lohnes oder des versicherbaren Einkommens" gemäss Art. 1 BVG gelten. Wird diese Verweisung wörtlich genommen, drängt sich der Schluss auf, dass ausschliesslich solche Stiftungen in den - auch nur analogen - Anwendungsbereich von Art. 89bis Abs. 6 ZGB fallen können, die reglementarische Vorsorge betreiben. Denn in Art. 1 BVG und den diese Bestimmung näher ausführenden Art. 1 sowie 1a-i BVV 2 wird die berufliche Vorsorge als kollektive reglementarische Vorsorge definiert. Teil davon ist u.a. das Versicherungsprinzip (Art. 1h BVV 2), welches vorschreibt, dass die Risiken Tod und Invalidität nach versicherungstechnischen Grundsätzen berechnet und abgesichert sein müssen. In Anbetracht dieser verstärkten Geltung der BVG-Grundlagen fragt sich, inwieweit überhaupt noch Raum für eine analoge Anwendung von Art. 89bis Abs. 6 ZGB auf patronale Wohlfahrtsfonds, die weder eine reglementarische Leistungsverpflichtung noch vorsorgerechtliche Grundsätze kennen (vgl. E. 3.1 hievor), verbleibt.
4.3 In der Lehre wird die Problematik kontrovers diskutiert: So vertreten einzelne Autoren (RIEMER, Wohlfahrtsfonds, S. 550; RIEMER/ RIEMER-KAFKA, a.a.O., S. 37 f. Ziff. 26; SCHNEIDER, Attributions volontaires, S. 437 Ziff. 26) die (sinngemässe) Meinung, die Gesetzesänderung habe im Ergebnis dazu geführt, dass für die patronalen Wohlfahrtsfonds nun ausschliesslich die Bestimmungen von Art. 89bis Abs. 1-5 ZGB anwendbar seien und sie damit von den weiteren Bestimmungen in Abs. 6 insofern "abgekoppelt" (RIEMER, Wohlfahrtsfonds, S. 550) worden seien, als diese weder direkt noch analog anwendbar seien. Für andere Autoren (RUGGLI-WÜEST, a.a.O., S. 166 ff.; BUR BÜRGIN, a.a.O., S. 64 ff.; UELI KIESER, in: Handkommentar zum BVG und FZG, Schneider/Geiser/Gächter [Hrsg.], N. 6 zu Art. 53b BVG; HERMANN WALSER, Wie weiter mit den Wohlfahrtsfonds?, Schweizer Personalvorsoge 4/2012 S. 87 [nachfolgend: Wohlfahrtsfonds]) haben die patronalen Wohlfahrtsfonds als urtümliche Einrichtungen der beruflichen Vorsorge nach ihrer Zwecksetzung und dem Destinatärskreis auch nach der BVG-Revision immer noch einen Bezug zur beruflichen Vorsorge, weshalb diese einer Personalfürsorgestiftung im Sinne von Art. 89bis Abs. 6 ZGB näher als einer klassischen Stiftung stünden. Daher rechtfertige es sich nach der ratio legis nach wie vor, die in Abs. 6 in den Ziff. 1-23 aufgeführten BVG-Bestimmungen wie bisher analog anzuwenden. RUGGLI-WÜEST (a.a.O., S. 166) nimmt dabei eine Differenzierung im Einzelnen vor, während WALSER (Wohlfahrtsfonds, S. 87) und BUR BÜRGIN (a.a.O., S. 65 f. unten) in allgemeiner Form für eine solche plädieren.
4.4 Art. 1 BVG hat erst im Rahmen der parlamentarischen Beratung im Ständerat Eingang in das Gesetz gefunden, ohne dass Bezug auf patronale Wohlfahrtsfonds genommen wurde. Einziges Ziel war es, steuerliche Missbräuche zu verhindern (AB 2002 S 1034 f.). Der Nationalrat ist dem ständerätlichen Vorschlag, abgesehen von geringfügigen redaktionellen Änderungen, diskussionslos gefolgt (AB 2003 N 618). Den Materialien lassen sich somit keine Anhaltspunkte dafür entnehmen, dass der Gesetzgeber mit der Verankerung der Grundsätze über die berufliche Vorsorge im BVG (Art. 1) und ZGB (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 1) die patronalen Wohlfahrtsfonds vom Anwendungsbereich von Art. 89bis Abs. 6 ZGB fernhalten wollte. Wie die per 1. Januar 2009 erfolgte Revision der Anlagebestimmungen der BVV 2 zeigt, hat der Verordnungsgeber die Intentionen des Gesetzgebers nicht anders verstanden: Gemäss Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 18 ZGB sind die Bestimmungen des BVG über die Vermögensverwaltung (Art. 71 BVG) für die Personalfürsorgestiftungen anwendbar; dementsprechend ist in Art. 59 BVV 2, der den Titel "Anwendbarkeit der Anlagevorschriften auf andere Einrichtungen der beruflichen Vorsorge" trägt, explizit festgehalten, dass die Anlagebestimmungen sinngemäss auch für patronale Wohlfahrtsfonds gelten (Abs. 1 lit. b). Mit anderen Worten hat der Gesetzgeber eine Rechtsfrage übersehen, was Raum für richterliche Rechtsfindung eröffnet (<ref-ruling> E. 5.2 S. 134 f., 182 E. 4.1 S. 185).
4.5 Es spricht grundsätzlich nichts gegen die Auffassung eines Teils der Lehre, wonach der enge Bezug - Zweck und Destinatärkreis - von patronalen Wohlfahrtsfonds zu den Personalfürsorgestiftungen mit Versicherungscharakter bestehen geblieben ist und sich daher, vor allem in teleologischer Hinsicht, keine Geltungsänderung aufdrängt. Patronalen Wohlfahrtsfonds kommt regelmässig eine Ergänzungs- und Auffangfunktion zu, namentlich in Härtefällen, in welchen Personalvorsorgestiftungen des betreffenden Arbeitgebers keine oder nicht ausreichende Leistungen erbringen können (RIEMER, Wohlfahrtsfonds, S. 549 f. unten).
Trotz ihrer Einbettung in den BVG-Kontext können patronale Wohlfahrtsfonds auf Grund ihrer Eigenheiten (vgl. E. 3.1 hievor) jedoch nicht durchwegs wie reglementarische, nicht registrierte Personalvorsorgestiftungen behandelt werden. Der - stark angewachsene und über bloss Rechtlich-Organisatorisches weit hinausgehende (vgl. E. 4.1 hievor) - Kriterienkatalog von Art. 89bis Abs. 6 ZGB darf nicht unbesehen auf patronale Wohlfahrtsfonds übertragen werden. Insbesondere darf nicht bedenkenlos von seiner integralen und strikten Anwendbarkeit ausgegangen werden. Wird das besondere Wesen patronaler Wohlfahrtsfonds ausgeblendet, würde dies zu einer unsachgemässen und letztlich vom Gesetzgeber, der im Rahmen der 1. BVG-Revision keine Regelung für die Wohlfahrtsfonds getroffen hat (vgl. E. 4.4 hievor), nicht gewünschten Gleichstellung mit den reglementarischen Vorsorgeeinrichtungen gemäss Art. 89bis Abs. 6 ZGB führen. In diesem Sinne ist - wie von einem Teil der Lehre gefordert (vgl. E. 4.3 hievor; letztlich auch von RIEMER/RIEMER-KAFKA, a.a.O., S. 38 Ziff. 26, und RIEMER, Wohlfahrtsfonds, S. 551) - der Verweiskatalog von Art. 89bis Abs. 6 ZGB auf patronale Wohlfahrtsfonds analog anzuwenden, wenn und soweit die BVG-Normen mit deren Charakter vereinbar sind.
4.6 Einer Analogie zugänglich sind ohne weiteres die Bestimmungen betreffend die Revisionsstelle und die Aufsicht (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 7 und 12 ZGB). Zum einen sind auch klassische Stiftungen der Stiftungsaufsicht (Art. 84 Abs. 2 ZGB) und - seit 1. Januar 2006 - der Revisionspflicht (Art. 83b ZGB) unterstellt. Zum andern hat die Beziehungsnähe von patronalen Wohlfahrtsfonds zu den Personalfürsorgestiftungen in diesem Zusammenhang klar Übergewicht. Es bleibt höchstens noch die - hier jedoch nicht zu beantwortende - Frage nach der inhaltlichen Ausgestaltung der Aufsicht und der Revision von derartigen Wohlfahrtseinrichtungen (RUGGLI-WÜEST, a.a.O., S. 166). Ebenso wenig bietet die Rechtspflegebestimmung (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 19 ZGB) Schwierigkeiten. Konsequenz der analogen Anwendung von Art. 61 und 62 BVG ist, dass die Aufsicht (weiterhin) unter Art. 74 BVG fällt. Sind Entscheidungen der Aufsichtsbehörde gerichtlich zu überprüfen, gibt die enge Verknüpfung von patronalen Wohlfahrtsfonds mit der beruflichen Vorsorge auch für die rechtliche Beurteilung der Zulässigkeit und Angemessenheit der Massnahmen den Ausschlag. Damit war auch die Zuständigkeit des Bundesverwaltungerichts zur Beurteilung der vorliegenden Streitsache gegeben. Indes sind - wie bisher und in der Rechtsprechung des Bundesgerichts nach Inkrafttreten der 1. BVG-Revision fortgeführt - die kantonalen Berufsvorsorgegerichte nicht zuständig für Streitigkeiten mit patronalen Wohlfahrtsstiftungen, die reine Ermessensleistungen, d.h. keine rechtsverbindlichen Leistungen ausrichten und sich ohne Beiträge der Destinatäre finanzieren (<ref-ruling> E. 3.3.3 S. 85; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 391 f.; <ref-ruling> E. 1d S. 218). In dieser Hinsicht entsprechen patronale Wohlfahrtsfonds ausgeprägt(er) rein vermögensrechtlichen Stiftungen im Sinne von Art. 80-89 ZGB.
Insoweit hat die 1. BVG-Revision grundsätzlich keine Neuerungen mit sich gebracht (vgl. auch E. 4.1 hievor). Nicht ganz so offensichtlich präsentiert sich die Rechtslage in Bezug auf Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 6 ZGB - Teil- oder Gesamtliquidation gemäss Art. 53b-53d BVG -, welche Bestimmung, insbesondere Art. 53b BVG, hier zur Diskussion steht.
5. 5.1 Das Bundesgericht unterstellte die Teilliquidation patronaler Wohlfahrtsfonds bis Inkrafttreten der 1. BVG-Revision am 1. Januar 2005 den zivilrechtlichen Bestimmungen des Stiftungsrechts und nicht dem Freizügigkeitsgesetz, vor allem nicht aArt. 23 FZG (Urteil 2A.402/2005 vom 15. Februar 2006). Einerseits bemerkte es, dass weder aArt. 89bis Abs. 6 ZGB noch aArt. 49 Abs. 2 BVG eine Anwendung von aArt. 23 FZG auf patonale Wohlfahrtsfonds vorsehen würden (E. 3.1 Abs. 3). Anderseits hielt es fest: D'après l'art. 84 al. 2 CC, l'autorité de surveillance pourvoit à ce que les biens des fondations soient employés conformément à leur destination. Le pouvoir de surveillance de l'autorité est toutefois limité par le principe de la liberté du fondateur et le principe de l'autonomie de la fondation, et consiste par conséquent uniquement à examiner si le conseil de fondation a agi conformément à la loi et dans les limites de son pouvoir d'appréciation. Un examen plus large de l'autorité de surveillance constitue une violation du principe d'autonomie de la fondation (E. 3.2). Zwar liess das Urteil 5A.14/1999 vom 7. Dezember 1999 (noch) auf das Gegenteil schliessen (E. 3b) wie auch im Urteil 2A.189/2002 vom 10. Oktober 2002 (noch) die analoge Anwendung von aArt. 23 FZG im Rahmen einer Teilliquidation eines patronalen Wohlfahrtsfonds bejaht worden war, dies jedoch u.a. deshalb, weil der Wohlfahrtsfonds zumindest teilweise auch mit Arbeitnehmerbeiträgen finanziert worden und die Qualifikation als patronaler Wohlfahrtsfonds nicht eindeutig war. Ausserdem hatte der Wohlfahrtsfonds ein Recht auf Leistung eingeräumt (E. 3.3). Mit Urteil 2A.46/2007 vom 20. September 2007 bestätigte das Bundesgericht in einer Streitsache, die zeitlich vor Inkrafttreten der 1. BVG-Revision anzusiedeln war, dass patronale Wohlfahrtsfonds nicht in den Anwendungsbereich von aArt. 23 FZG gelangen würden (a.a.O., E. 3.1). Zwar wird dies in SVR 2009 BVG Nr. 24 S. 87, 9C_101/2008 E. 4.1 wiederum anders gesehen. Dieser vermeintliche Widerspruch ist jedoch darauf zurückzuführen, dass sowohl das Urteil 2A.46/2007 vom 20. September 2007 als auch die Besonderheiten des Urteils 2A.189/2002 vom 10. Oktober 2002 ausgeklammert blieben.
5.2 RUGGLI-WÜEST, a.a.O., S. 168 f. vertritt die Auffassung, der Gesetzgeber habe mit der Überführung der Gesetzesbestimmungen zur Teilliquidation aus dem Freizügigkeitsgesetz (vgl. aArt. 23 FZG) in das Bundesgesetz über die berufliche Vorsorge (vgl. Art. 53b-53d BVG) und der Ergänzung mit den Bestimmungen zur Gesamtliquidation im Rahmen der 1. BVG-Revision den Anwendungsbereich der Teil- bzw. Totalliquidationsbestimmungen nach Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 9 ZGB direkt auf patronale Wohlfahrtsfonds ausgedehnt. Die registrierten Vorsorgeeinrichtungen (inkl. die umhüllenden Vorsorgeeinrichtungen) seien ausschliesslich über das BVG den Bestimmungen von Art. 53b-53d BVG in Verbindung mit Art. 49 Abs. 2 Ziff. 11 BVG unterstellt. Die FZG-unterstellten Vorsorgeeinrichtungen würden über Art. 23 FZG, welcher explizit auf Art. 53b-53d BVG verweise, aufgefangen, so dass die Aufzählung in Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 9 ZGB nur den Schluss zulasse, dass diese Bestimmung auch für patronale Wohlfahrtsfonds gilt.
Dieser Analyse ist anzufügen: So wenig der Gesetzgeber mit der Verankerung der Grundsätze über die berufliche Vorsorge im BVG (Art. 1) und ZGB (Art. 89bis Abs. 6 Ziff. 1) patronale Wohlfahrtsfonds vom Anwendungsbereich von Art. 89bis Abs. 6 ZGB ausschliessen wollte (vgl. E. 4.4 hievor), so wenig lassen sich - auch in den parlamentarischen Beratungen zu Art. 53b-53d BVG nicht - Anzeichen dafür finden, dass er den Inhalt von aArt. 89bis Abs. 6 ZGB, der noch auf keine Bestimmungen über die Teil- oder Gesamtliquidation verwies, für die patronalen Wohlfahrtsfonds statisch belassen wollte. Eine statische Verweisung liegt vor, wenn das Verweisungsobjekt eine bestehende Regelung ist, die in einer ganz bestimmten Fassung Anwendung finden soll. Das verweisende Organ kennt den Inhalt der Norm, auf die verwiesen wird, und dieser verändert sich nicht ohne Zustimmung des für die Verweisung zuständigen Organs. Dynamisch ist dagegen die Verweisung, wenn Normen nicht in einer bestimmten, sondern in der jeweils geltenden Fassung als anwendbar erklärt werden. Das bedeutet, dass sich die Norm, auf die verwiesen wird, ohne Zutun des verweisenden Organs ändern kann (vgl. dazu GEORG MÜLLER, Elemente einer Rechtssetzungslehre, 2. Aufl. 2006, Rz. 373 ff.; Bundesamt für Justiz, Gesetzgebungsleitfaden, 3. Aufl. 2007, S. 362; PIERRE MOOr, Droit administratif, vol. III, 1992, S. 101 f.).
5.3 Der elementare Grundsatz der Teilliquidation - das freie Stiftungsvermögen folgt dem Personal - geht auf patronale Wohlfahrtsfonds zurück (vgl. <ref-ruling>). Zur Beurteilung stand damals die Stellung der Destinatäre im Falle einer Ausgliederung und Neugründung einer Aktiengesellschaft. In Anwendung von Art. 84 Abs. 2 ZGB, wonach sämtliches Vermögen dem Zweck verhaftet ist, erwog das Bundesgericht, dass bei Änderungen der Stifterfirma die bisherigen Destinatäre, die von der neuen Firma beschäftigt werden, in ihren Rechten gegenüber einer patronalen Personalfürsorgestiftung nicht geschmälert werden dürften. Keine rechtsungleiche Behandlung sei indessen gegeben, wenn die neuen Arbeitnehmer der ausgegliederten Unternehmung, die an der Stiftung nicht mehr beteiligt sei, nicht zu Destinatären der Stiftung würden.
Die Notwendigkeit einer Teilliquidation bei patronalen Wohlfahrtsfonds im Fall von wirtschaftlich bedingten Entlassungen oder Umstrukturierungen bei der Stifterfirma wird nicht in Frage gestellt (THOMAS GEISER, Teilliquidation bei Pensionskassen, Der Schweizer Treuhänder 2007 S. 83; JAQUES-ANDRÉ SCHNEIDER, in: Handkommentar zum BVG und FZG, Schneider/Geiser/Gächter [Hrsg.], N. 221 Einleitung; RUGGLI-WÜEST, a.a.O., S. 169; HERMANN WALSER, Gesamt- und Teilliquidation patronaler Stiftungen, in: Teilliquidationen von Vorsorgeeinrichtungen, Hans Schmid [Hrsg.], 2000, S. 104 oben [nachfolgend: Gesamt- und Teilliquidation]). Zwar enthalten auch die sogenannten klassischen Einsatzgebiete eines patronalen Wohlfahrtsfonds - z.B. die Ermöglichung von vorzeitigen Pensionierungen oder Überbrückungsrenten - den Grundgedanken, dass das Vorsorgevermögen dem Personal folgt. Dabei gilt es jedoch in Erinnerung zu rufen, dass das Stiftungsvermögen patronaler Wohlfahrtsfonds, wenn auch einseitig durch den Arbeitgeber finanziert, grundsätzlich allen Destinatären zusteht. Insoweit haben sich auch patronale Wohlfahrtsfonds im Rahmen der ermessensweisen Verteilung der freien Stiftungsmittel im Wesentlichen an das Willkürverbot, das Gleichbehandlungsgebot sowie den Grundsatz von Treu und Glauben zu halten (vgl. E. 5.5.2 Abs. 1 hienach; vgl. auch SVR 2010 BVG Nr. 5 S. 17, 9C_421/2009 E. 6.4 mit Hinweisen). Die Zweckgebundenheit des Stiftungsvermögens und der Grundsatz der Gleichbehandlung der Destinatäre sind daher hinreichende Begründung, um eine flächendeckende Ausschüttung, wie sie die Bejahung eines Teilliquidationstatbestands mit sich bringt, aufrechtzuerhalten. Den Unterschieden im Destinatärsbestand kann u.a. mit einer Wahl von geeigneten Verteilkriterien Rechnung getragen werden (RUEGGLI-WÜEST, a.a.O., S. 180). In gleicher Weise lassen sich, soweit sachgerecht und der Personalvorsorge dienend (vgl. E. 5.5.2 Abs. 2 hienach), auch soziale Anliegen realisieren. Anders als bei reglementarischen Vorsorgeeinrichtungen fällt eine Orientierung bezüglich des Anteils der mitzugebenden freien Mittel an der Höhe der reglementarischen Ansprüche der ausscheidenden Versicherten weg (WALSER, Gesamt- und Teilliquidation, S. 105; vgl. allgemein zu den Verteilkriterien <ref-ruling> E. 4.2-4.5 S. 398 ff.). Dem fürsorgerischen Zweck von patronalen Wohlfahrtsfonds folgend ist es somit durchaus denkbar, andere Gewichtungen vorzunehmen als bei reglementarischen Vorsorgeeinrichtungen und besonderen Härtefallsituationen auch besonders Rechnung zu tragen (WALSER, Gesamt- und Teilliquidation, S. 108 Mitte und S. 110; BUR BÜRGIN, a.a.O., S. 82).
5.4 Die Teilliquidation hat primär die Verteilung freier Stiftungsmittel zum Ziel. Die freien Mittel stellen diejenigen Mittel dar, deren Verwendung der Stiftungsrat im Rahmen der reglementarischen Bestimmungen in freiem Ermessen festlegen kann (<ref-ruling> E. 3.3 S. 397 f.; Schweizerisches Handbuch der Wirtschaftsprüfung, Bd. 4, 2009, S. 215). Nachdem sich solche ungebundenen Mittel nicht nur bei patronalen Wohlfahrtsfonds, sondern auch bei registrierten und nicht registrierten Vorsorgeeinrichtungen mit Versicherungscharakter finden, vermag die Platzierung allein keine unterschiedliche Handhabung der Teilliquidation zu begründen. Vielmehr drängt sich ein kohärentes Vorgehen auf. Dies gilt umso mehr, als infolge des engen Zusammenhangs des patronalen Wohlfahrtsfonds mit der Vorsorgeeinrichtung der gemeinsamen Stifter- resp. Arbeitgeberfirma (vgl. E. 4.5 hievor) gewöhnlich parallel danach zu fragen ist, ob ein Tatbestand der Teilliquidation erfüllt ist. Teilliquidationen von patronalen Wohlfahrtsfonds finden kaum je isoliert statt, sondern folgen regelmässig der Teilliquidation der reglementarischen Vorsorgeeinrichtungen, denen die Destinatäre angehören (WALSER, Gesamt- und Teilliquidation, S. 105 f.; MARTINA STOCKER, Die Teilliquidation von Vorsorgeeinrichtungen, 2012, S. 187). Dass heute - zumindest bei Vorsorgeeinrichtungen mit Versicherungscharakter - vermehrt auch eine zur Verteilung freier Stiftungsmittel gegenteilige Frage im Vordergrund steht, nämlich inwieweit ausscheidende Versicherte versicherungstechnische Defizite mitzutragen haben (vgl. dazu zur Publikation vorgesehenes Urteil 9C_545/2011 vom 16. Mai 2012), ändert an dieser Parallelität nichts.
5.4 Die Teilliquidation hat primär die Verteilung freier Stiftungsmittel zum Ziel. Die freien Mittel stellen diejenigen Mittel dar, deren Verwendung der Stiftungsrat im Rahmen der reglementarischen Bestimmungen in freiem Ermessen festlegen kann (<ref-ruling> E. 3.3 S. 397 f.; Schweizerisches Handbuch der Wirtschaftsprüfung, Bd. 4, 2009, S. 215). Nachdem sich solche ungebundenen Mittel nicht nur bei patronalen Wohlfahrtsfonds, sondern auch bei registrierten und nicht registrierten Vorsorgeeinrichtungen mit Versicherungscharakter finden, vermag die Platzierung allein keine unterschiedliche Handhabung der Teilliquidation zu begründen. Vielmehr drängt sich ein kohärentes Vorgehen auf. Dies gilt umso mehr, als infolge des engen Zusammenhangs des patronalen Wohlfahrtsfonds mit der Vorsorgeeinrichtung der gemeinsamen Stifter- resp. Arbeitgeberfirma (vgl. E. 4.5 hievor) gewöhnlich parallel danach zu fragen ist, ob ein Tatbestand der Teilliquidation erfüllt ist. Teilliquidationen von patronalen Wohlfahrtsfonds finden kaum je isoliert statt, sondern folgen regelmässig der Teilliquidation der reglementarischen Vorsorgeeinrichtungen, denen die Destinatäre angehören (WALSER, Gesamt- und Teilliquidation, S. 105 f.; MARTINA STOCKER, Die Teilliquidation von Vorsorgeeinrichtungen, 2012, S. 187). Dass heute - zumindest bei Vorsorgeeinrichtungen mit Versicherungscharakter - vermehrt auch eine zur Verteilung freier Stiftungsmittel gegenteilige Frage im Vordergrund steht, nämlich inwieweit ausscheidende Versicherte versicherungstechnische Defizite mitzutragen haben (vgl. dazu zur Publikation vorgesehenes Urteil 9C_545/2011 vom 16. Mai 2012), ändert an dieser Parallelität nichts.
5.5 5.5.1 Die Aufsichtsbehörde wacht darüber, dass die Vorsorgeeinrichtung die gesetzlichen Vorschriften einhält (aArt. 62 Abs. 1 BVG). Sie übernimmt bei Stiftungen auch die Aufgaben nach den Artikeln 84 Abs. 2, 85 und 86 des Zivilgesetzbuches (aArt. 62 Abs. 2 BVG). Diese Zuständigkeit gilt auch für nicht registrierte Personalfürsorgestiftungen, die auf dem Gebiet der Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge tätig sind (Art. 89bis Abs. 6 ZGB; Urteil 9C_954/2010 vom 16. Mai 2011 E. 5.1 mit Hinweisen).
Gemäss Art. 84 Abs. 2 ZGB hat die Aufsichtsbehörde allgemein dafür zu sorgen, dass das Stiftungsvermögen seinen Zwecken gemäss verwendet wird. Sie hat darüber zu wachen, dass die Organe der Stiftung keine Verfügungen treffen, die der Stiftungsurkunde oder dem Reglement bzw. dem Gesetz widersprechen oder unsittlich sind. Die Aufsicht erstreckt sich aber nicht nur auf die Anlage und Verwendung des Stiftungsvermögens im engeren Sinne, sondern in dieser Hinsicht auch auf die generellen Anordnungen der Stiftungsorgane wie den Erlass von Reglementen und Statuten usw. und auf die Verwaltung im Allgemeinen. In reinen Ermessensfragen hat sich die Aufsichtsbehörde indessen grösste Zurückhaltung aufzuerlegen. Sie hat nur dann einzugreifen, wenn die Stiftungsorgane bei der Ausführung des Stifterwillens das ihnen zustehende Ermessen überschritten oder missbraucht haben, das heisst, wenn ein Entscheid unhaltbar ist, weil er auf sachfremden Kriterien beruht oder einschlägige Kriterien ausser Acht lässt. Greift die Aufsichtsbehörde ohne gesetzliche Grundlage in den Autonomiebereich der Stiftungsorgane ein, so verletzt sie Bundesrecht (<ref-ruling> E. 3 S. 99).
5.5.2 Wie in E. 5.4 hievor dargelegt, verfügen die Stiftungsorgane bei der Bestimmung und Verteilung der freien Mittel - unabhängig von der Qualifikation der Stiftung - über ein erhebliches Ermessen, das sie in den Schranken, welche sich aus Verfassung, Gesetz und Reglement ergeben, immerhin pflichtgemäss ausüben müssen (vgl. RIEMER/RIEMER-KAFKA, a.a.O., S. 143 f. Ziff.. 129; ROLF WIDMER, Aufteilung der freien Stiftungsmittel, in: Teilliquidationen von Vorsorgeeinrichtungen, Hans Schmid [Hrsg.], 2000, S. 61 f.). Nach dem in E. 5.5.1 Gesagten setzt dies - nicht nur bei patronalen Wohlfahrtsfonds (vgl. diesbezüglich E. 5.3 hievor), sondern auch bei Stiftungen mit Versicherungscharakter - eine entsprechende Zurückhaltung der Aufsichtsbehörde voraus und beschränkt deren Kognition im Wesentlichen darauf, die jeweils, je nach Umständen weit(er)reichende Ermessensausübung (vgl. E. 5.3 Abs. 2 hievor) auf Missbrauch (Willkür, Über- oder Unterschreitung des Ermessens) hin zu überprüfen. Sie darf ihr eigenes Ermessen nicht an die Stelle desjenigen des Stiftungsrates setzen. Sie kann nur einschreiten, wenn der Entscheid des Stiftungsrats unhaltbar ist, weil er auf sachfremden Kriterien beruht oder einschlägige Kriterien ausser Acht lässt (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 397 f. mit Hinweisen).
Anzumerken ist schliesslich, dass die Stiftungsurkunde eines patronalen Wohlfahrtsfonds in allen Fällen auf den Vorsorgezweck zu Gunsten der Arbeitnehmer und des Arbeitgebers hinweist, so dass die Steuerbefreiung gemäss Art. 80 BVG gewährt werden kann. Folglich verfügt der Stiftungsrat bei der Leistungserteilung nie über ein unbeschränktes Ermessen (SCHNEIDER, in: Handkommentar zum BVG und FZG, N. 219 in fine Einleitung).
5.6 Nachdem in Bezug auf Art. 89bis Abs. 6 ZGB von einem dynamischen Verweis auszugehen ist (vgl. E. 5.2 hievor), patronale Wohlfahrtsfonds ebenfalls vom Grundsatz, dass das freie Stiftungsvermögen den Destinatären folgt, beherrscht werden (E. 5.3 hievor), das Vorliegen eines Teilliquidationstatbestands bei Wohlfahrtsfonds und "zusammenhängenden" Vorsorgeeinrichtungen in der Regel gleichzeitig zu untersuchen ist (vgl. E. 5.4 hievor) sowie die aufsichtsrechtliche Überprüfungsbefugnis betreffend die Verteilung der freien Stiftungsmittel bei einer analogen Anwendung von Art. 53b BVG auf patronale Wohlfahrtsfonds im Kern gleich (eng) bleibt (vgl. E. 5.5.2 hievor), ist Letztere nicht nur sinnvoll, sondern auch sachlich geradezu geboten. An der unter dem altrechtlichen Art. 89bis Abs. 6 ZGB begründeten Rechtsprechung, welche die Teilliquidation patronaler Wohlfahrtsfonds den zivilrechtlichen Bestimmungen des Stiftungsrechts, vor allem Art. 84 Abs. 2 ZGB unterstellt hat (vgl. E. 5.1 hievor), ist daher nach Inkrafttreten der 1. BVG-Revision nicht festzuhalten. Mit dieser Änderung der Rechtsprechung wird das Gebot der Rechtssicherheit nicht verletzt (zu den Voraussetzungen einer Änderung der Rechtsprechung vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 291 f. mit Hinweisen). Zum einen hat die bisherige Rechtsanwendung nur relativ kurze Zeit gegolten (in der Praxis wird seit der 1. BVG-Revision von Wohlfahrtsfonds die Erstellung eines Teilliquidationsreglements verlangt [vgl. Merkblatt der Konferenz der kantonalen BVG- und Stiftungsaufsichtsbehörden über die Teilliquidation von Wohlfahrtsfonds vom 6. September 2005, SZS 2005 S. 561, im November 2010 leicht überarbeitet: http://www.zbsa.ch/teilliquidationen_wohlfahrtsfonds_20101130.pdf). Zum andern fehlte es der bisherigen Rechtsprechung, die ausschliesslich die Zeit vor Inkrafttreten der 1. BVG-Revision betrifft (so auch SVR 2011 BVG Nr. 20 S. 74, 9C_804/2010), ohnehin an der gebotenen Stringenz (vgl. E. 5.1 hievor).
6. Steht fest, dass Art. 53b BVG analog auch für patronale Wohlfahrtsfonds gilt, stellt sich abschliessend die Frage nach seiner reglementarischen Ausgestaltung.
6.1 Nach Art. 53b Abs. 1 BVG regeln die Vorsorgeeinrichtungen in ihren Reglementen die Voraussetzungen und das Verfahren zur Teilliquidation. Die Voraussetzungen für eine Teilliquidation sind vermutungsweise erfüllt, wenn eine erhebliche Verminderung der Belegschaft erfolgt (lit. a), eine Unternehmung restrukturiert wird (lit. b), der Anschlussvertrag aufgelöst wird (lit. c). Die reglementarischen Vorschriften über die Voraussetzungen und das Verfahren zur Teilliquidation müssen von der Aufsichtsbehörde genehmigt werden (Abs. 2).
Die massgebenden Teilliquidationstatbestände von Art. 53b Abs. 1 lit. a-c BVG verstehen sich abschliessend und alternativ (<ref-ruling> E. 8.2 S. 325 f.).
6.2 In seiner Mitteilung Nr. 100 vom 19. Juli 2007über die berufliche Vorsorge hat das BSV Stellung zum Mindestinhalt der Reglementsbestimmungen bezüglich der Voraussetzungen einer Teilliquidation genommen (Rz. 590). Danach sind die (verschiedenen) Vermutungen im Reglement zu spezifizieren. Es reicht nicht, Art. 53b Abs. 1 BVG im Wortlaut zu übernehmen. Dabei obliegt es geeigneterweise den Vorsorgeeinrichtungen, die konkreten Bedingungen einer Teilliquidation ihren Eigenarten entsprechend festzulegen. So können zum Beispiel Gemeinschaftseinrichtungen bei der reglementarischen Umschreibung der Teilliquidationsvoraussetzungen zusätzliche Umstände vorsehen (wie eine Reduktion des Versichertenbestandes oder eine Verminderung des Gesamtdeckungskapitals), die zu einer Umkehr der gesetzlichen Vermutung nach Art. 53b Abs. 1 BVG führen (Bestätigung dieser Besonderheit in <ref-ruling>).
Wohl richten sich Verwaltungsweisungen an die Durchführungsstellen und sind für das Sozialversicherungsgericht nicht verbindlich. Dieses soll sie bei seiner Entscheidung aber berücksichtigen, sofern sie eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulassen. Das Gericht weicht also nicht ohne triftigen Grund von Verwaltungsweisungen ab, wenn diese eine überzeugende Konkretisierung der rechtlichen Vorgaben darstellen. Insofern wird dem Bestreben der Verwaltung, durch interne Weisungen eine rechtsgleiche Gesetzesanwendung zu gewährleisten, Rechnung getragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 258 f., 579 E. 6.1 S. 591; je mit weiteren Hinweisen).
Wohl richten sich Verwaltungsweisungen an die Durchführungsstellen und sind für das Sozialversicherungsgericht nicht verbindlich. Dieses soll sie bei seiner Entscheidung aber berücksichtigen, sofern sie eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulassen. Das Gericht weicht also nicht ohne triftigen Grund von Verwaltungsweisungen ab, wenn diese eine überzeugende Konkretisierung der rechtlichen Vorgaben darstellen. Insofern wird dem Bestreben der Verwaltung, durch interne Weisungen eine rechtsgleiche Gesetzesanwendung zu gewährleisten, Rechnung getragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 258 f., 579 E. 6.1 S. 591; je mit weiteren Hinweisen).
6.3 6.3.1 Der Wortlaut von Art. 53b Abs. 1 BVG ist klar: Die Vorsorgeeinrichtungen regeln in ihren Reglementen u.a. die Voraussetzungen zur Teilliquidation. Er belässt keinen Raum für einen Entscheid im konkreten Einzelfall, sondern verlangt, die einzelnen Voraussetzungen "präventiv (zu) spezifizieren" (KIESER, a.a.O., N. 26 zu Art. 53b BVG; HANS MICHAEL RIEMER, Vorsorgeeinrichtungen, SZS 2005 S. 67).
6.3.2 In systematischer Hinsicht erfordert Art. 53b Abs. 2 BVG die Genehmigung der reglementarischen Vorschriften. Eine solche Genehmigung würde sich erübrigen, wenn die reglementarischen Vorschriften nicht mehr als den blossen Gesetzestext wiederzugeben hätten.
6.3.3 Wie das Bundesverwaltungsgericht zu Recht festgehalten hat, spricht sodann auch das historische Auslegungselement für ein Konkretisierungsgebot seitens der Vorsorgeeinrichtungen. Die Vorschriften über die Teil- (wie auch Gesamt-)Liquidation waren bis zur 1. BVG-Revision in Art. 23 FZG integriert. Seine Formulierung wurde im neuen Art. 53b Abs. 1 Satz 2 BVG übernommen. Der Botschaft lässt sich nicht entnehmen, dass der Gesetzgeber beabsichtigte, mit Art. 53b BVG die Teilliquidation materiell neu zu regeln. Ziel der Revision war in erster Linie die Änderung des Verfahrens. Die Aufsichtsbehörden sollten von der Prüfung der Voraussetzungen einer Teilliquidation im konkreten Einzelfall entlastet werden (vgl. BBl 2000 2696; in gleichem Sinn PETER/ROOS, Konkretisierung der Teilliquidationstatbestände im Reglement, Der Schweizer Treuhänder 2008 S. 689; FRITZ STEIGER, Entscheidungen, AJP 2008 S. 363 f.). So beschliesst und vollzieht die Vorsorgeeinrichtung die Teilliquidation neu autonom, ohne Mitwirkung der Aufsichtsbehörde. Diese wird nur dann eingeschaltet, wenn die Destinatäre an sie gelangen und eine Überprüfung der Voraussetzungen, des Verfahrens oder des Verteilungsplans verlangen (Art. 53d Abs. 6 BVG).
6.3.4 Zusammengefasst normiert Art. 53b Abs. 1 BVG somit ein reglementarisches Konkretisierungsgebot hinsichtlich der einzelnen Tatbestandsvoraussetzungen. Vom eindeutigen und unmissverständlichen Wortlaut ist nicht abzuweichen. Abgesehen davon, dass er den wahren Sinn der Norm wiedergibt, weist auch die Entstehungsgeschichte der streitigen Bestimmung auf die nämliche Regelungsabsicht des Gesetzgebers hin.
6.4 Der Grundsatz, dass das Personalvorsorgevermögen den bisherigen Destinatären folgt (<ref-ruling> E. 3d S. 52; vgl. auch E. 5.1 hievor), ist unbestritten. Im Falle von Personalabbaumassnahmen beim Arbeitgeber resp. bei der Stifterfirma ist auch beim patronalen Wohlfahrtsfonds eine Teilliquidation zu prüfen (vgl. E. 5.4 hievor). Würde das reglementarische Konkretisierungsgebot von Art. 53b Abs. 1 BVG für patronale Wohlfahrtsfonds nicht gelten, würde dies zu einer divergierenden Abwicklung führen. Anders als bei der ordentlichen Vorsorgeeinrichtung könnte nicht das Teilliquidationsreglement konkret angewendet werden, sondern es bedürfte - dem Vorgehen vor der 1. BVG-Revision entsprechend (vgl. E. 6.3.3 hievor) - weiterhin einer individuellen Beurteilung des Teilliquidationssachverhalts durch die Aufsichtsbehörde. Logische Folge der in E. 5.4 hievor angerufenen Kohärenz ist daher, dass auch patronale Wohlfahrtsfonds dem reglementarischen Konkretisierungsgebot von Art. 53b BVG unterliegen.
6.4 Der Grundsatz, dass das Personalvorsorgevermögen den bisherigen Destinatären folgt (<ref-ruling> E. 3d S. 52; vgl. auch E. 5.1 hievor), ist unbestritten. Im Falle von Personalabbaumassnahmen beim Arbeitgeber resp. bei der Stifterfirma ist auch beim patronalen Wohlfahrtsfonds eine Teilliquidation zu prüfen (vgl. E. 5.4 hievor). Würde das reglementarische Konkretisierungsgebot von Art. 53b Abs. 1 BVG für patronale Wohlfahrtsfonds nicht gelten, würde dies zu einer divergierenden Abwicklung führen. Anders als bei der ordentlichen Vorsorgeeinrichtung könnte nicht das Teilliquidationsreglement konkret angewendet werden, sondern es bedürfte - dem Vorgehen vor der 1. BVG-Revision entsprechend (vgl. E. 6.3.3 hievor) - weiterhin einer individuellen Beurteilung des Teilliquidationssachverhalts durch die Aufsichtsbehörde. Logische Folge der in E. 5.4 hievor angerufenen Kohärenz ist daher, dass auch patronale Wohlfahrtsfonds dem reglementarischen Konkretisierungsgebot von Art. 53b BVG unterliegen.
6.5 6.5.1 Die Beschwerdeführerin hat die gesetzlichen Voraussetzungen zur Teilliquidation gemäss Art. 53b Abs. 1 lit. a-c BVG als einfache Rechtsnorm - und nicht als widerlegbare Vermutung - in Art. 12 ihres Reglements übernommen. Danach hat die Stiftung eine Teilliquidation durchzuführen, wenn eine erhebliche Verminderung der Belegschaft (lit. a) oder eine Neustrukturierung der Unternehmung (lit. b) oder aber die Auflösung des Anschlussvertrages (lit. c) gegeben ist. Eine solche absolute Formulierung stellt - unabhängig von der Frage nach der Zulässigkeit - keine Konkretisierung der einzelnen Voraussetzungen dar. Ebenso wenig bildet der Verzicht auf weitere Tatbestände eine Konkretisierung, zumal die massgebenden Teilliquidationstatbestände abschliessend zu verstehen sind.
6.5.2 Zu konkretisieren sind vor allem die unbestimmten Rechtsbegriffe "erhebliche Verminderung der Belegschaft" und "Restrukturierung" (Art. 53b Abs. 1 lit. a und b BVG). Dazu hat das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 8.3 S. 326 und E. 10.1 S. 328 erste Leitlinien aufgestellt.
In Übereinstimmung mit der Konferenz der kantonalen BVG- und Stiftungsaufsichtsbehörden gilt bei patronalen Wohlfahrtsfonds der Tatbestand der Teilliquidation vermutungsweise als erfüllt, wenn dieser auch bei der Vorsorgeeinrichtung mit Leistungsansprüchen der gemeinsamen Stifter- oder Arbeitgeberfirma erfüllt ist (Merkblatt, a.a.O., Ziff. 3 Abs. 3). Diese Folgerung ergibt sich aus dem engen Zusammenhang zwischen reglementarischer Vorsorgeeinrichtung und patronalem Wohlfahrtsfonds. Es ist im Bewusstsein zu behalten, dass die (freien) Mittel eines patronalen Wohlfahrtsfonds, wenn auch einzig vom Arbeitgeber geäufnet, nicht ihm gehören und er über diese Gelder nicht frei verfügen kann. Vielmehr stehen sie allen Destinatären zu (vgl. E. 5.3 Abs. 2 hievor). Dessen ungeachtet sind die Stiftungsräte - legaler- und legitimerweise - rein patronal ernannt. Eine Verpflichtung zur paritätischen Verwaltung im Sinne von Art. 51 Abs. 1 BVG besteht nicht. Die Zusammensetzung des Stiftungsrats vermag den Inhalt des Entscheids zur Teilliquidation daher in besonderem Masse zu bestimmen. Nur ein paralleles Vorgehen zwischen reglementarischer Vorsorgeeinrichtung und patronalem Wohlfahrtsfonds bezüglich der Annahme von Teilliquidationstatbeständen schafft in der Praxis die wünschbare Klarheit und Vorhersehbarkeit bei der Frage, wann eine Teilliquidation durchgeführt werden muss (WALSER, Gesamt- und Teilliquidation, S. 105 f.). Im berechtigten Interesse der Destinatäre sind deshalb die Teilliquidationstatbestände von Art. 53b Abs. 1 lit. a und b BVG auch in Bezug auf einen patronalen Wohlfahrtsfonds möglichst präzise zu umschreiben. Wohl geht damit eine nicht unerhebliche Bindung einher. Indessen darf nicht ausser Acht bleiben, dass es sich um eine (gesetzliche) Vermutungsbasis handelt, die umgestossen werden kann. Entscheidend ist und bleibt sodann, dass patronale Wohlfahrtsfonds bei der Durchführung der Teilliquidation über einen wesentlich grösseren Ermessensspielraum als reglementarische Vorsorgeeinrichtungen verfügen (vgl. E. 5.3 Abs. 2 hievor).
6.5.3 Was den Teilliquidationstatbestand der Auflösung eines Anschlussvertrags betrifft (Art. 53b Abs. 1 lit. c BVG), so kann diese Vermutungsbasis nicht umgestossen werden. Entweder ist ein Anschlussvertrag aufgelöst oder er ist es nicht. Unweigerliche Rechtsfolge ist die Eröffnung des Verfahrens zur Teilliquidation. Die Frage, ob und inwieweit patronalen Wohlfahrtsfonds in Anbetracht ihrer einseitigen Finanzierung zuzubilligen ist, die Art und Weise bzw. den Umfang der "Partizipation" eines solchen Kollektivs im Teilliquidationsreglement - und nicht nur im Rahmen des Verteilschlüssels - zu würdigen (vgl. RUGGLI-WÜEST, a.a.O., S. 179 ff., insbesondere S. 180 f. unten; dieselbe, Ursprung und aktueller Stand der Teilliquidation, Die Gedanken hinter der Gesetzgebung, Schweizer Personalvorsorge 6/2010 S. 15), braucht an dieser Stelle nicht weiterverfolgt zu werden. In concreto fehlen Anzeichen dafür, dass der Destinatärkreis über "normale" Einstellungen/Fluktuationen bei der Stifterfirma hinaus erweitert wurde.
6.6 Da Art. 12 des Reglements der Beschwerdeführerin dem Konkretisierungsgebot gemäss Art. 53b Abs. 1 BVG nicht ansatzweise nachkommt, ist die Beschwerde als unbegründet abzuweisen.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Auf die Anschlussbeschwerde wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. August 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Widmer