Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Streitig ist der Taggeldanspruch für die Zeit ab
2. Mai 1994. Anwendbar sind daher die bis Ende 1995 gültig gewesenen Bestimmungen des Bundesgesetzes über die Krankenversicherung vom 13. Juni 1911 (KUVG; Art. 102 Abs. 1 und Art. 103 des Bundesgesetzes über die Krankenversicherung vom 18. März 1994 [KVG]).
2.- a) Aufgrund des vom Arbeitgeber vereinbarten Anschlusses an die Globalversicherung für landwirtschaftliche Arbeitnehmer war der Beschwerdeführer unter anderem für Krankentaggeld gemäss dem zwischen der Vorsorgestiftung der schweizerischen Landwirtschaft, Brugg, und der Krankenkasse Agrisano abgeschlossenen Kollektiv-Krankenversicherungsvertrag versichert. Nach Ziff. 8.2 des Vertrages richtet sich der Leistungsumfang in der Taggeldversicherung nach dem entsprechenden Reglement der Agrisano. Dieses bestimmt in der Fassung vom 15. November 1991 unter dem Titel "Leistungsvoraussetzungen", dass das Mitglied die Arbeitsunfähigkeit innert sechs Tagen zu melden und innert weiterer drei Tage eine Arbeitsunfähigkeitsbescheinigung des Arztes oder Chiropraktors einzureichen hat (Art. 14 Ziff. 1). Bei selbstverschuldeter verspäteter Einreichung besteht frühestens ab Eingang des ärztlichen Zeugnisses Anspruch auf das versicherte Kranken- oder Unfallgeld (Art. 14 Ziff. 2).
b) Nach der Rechtsprechung gelten solche Ordnungsvorschriften grundsätzlich nicht als bundesrechtswidrig. Wie das Eidgenössische Versicherungsgericht wiederholt entschieden hat, sind die Kassen befugt, ihre Leistungen bis zum Zeitpunkt der ordnungsgemässen Meldung zu verweigern, wenn vom Versicherten die rechtzeitige Meldung vernünftigerweise verlangt werden kann. Erscheint dagegen eine Pflichtverletzung nach den Umständen als entschuldbar, so dürfen damit in der Regel keine Sanktionen verbunden werden; zudem darf die Sanktion nicht gegen den Grundsatz der Verhältnismässigkeit verstossen (<ref-ruling> Erw. 2 und RKUV 1990 Nr. K 829 S. 4 Erw. 2a, je mit Hinweisen; vgl. auch Erw. 4b des zur Veröffentlichung in BGE 127 V bestimmten Urteils G. vom 20. Juni 2001, K 129/00, wonach diese Rechtsprechung auch unter der Herrschaft des auf den
1. Januar 1996 in Kraft getretenen KVG anwendbar ist).
3.- a) Der Beschwerdeführer macht geltend, für die Verwirkung des Taggeldanspruchs sei mangels einer ausdrücklichen gesetzlichen Vorschrift die Bestimmung von Art. 46 Abs. 1 AHVG analog anwendbar und es bestehe kein Raum für eine abweichende statutarische Regelung. Denn es stehe den Krankenversicherern nicht zu, ohne gesetzliche Grundlage eigene Verwirkungsfristen aufzustellen. Dies schliesse zwar nicht aus, dass der Krankenversicherer autonome Regelungen hinsichtlich des Verfahrens aufstelle. Solche "Ordnungsvorschriften" seien unter der Herrschaft des KUVG als "grundsätzlich nicht bundesrechtswidrig" qualifiziert worden. Es sei jedoch betont worden, dass die Verletzung von allfälligen Meldefristen keine Verwirkung bedeute und dass höchstens bei schuldhafter Pflichtverletzung und unter Wahrung des Verhältnismässigkeitsprinzips eine Sanktion ergriffen werden könne. Der vorliegende Fall biete Gelegenheit, die Rechtsprechung dahingehend zu präzisieren, dass die Versicherer die gesetzlichen Verwirkungsbestimmungen nicht einseitig abändern könnten und die Leistungen nur ausnahmsweise, bei einem Verhalten gegen Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 BV), gekürzt bzw. entzogen werden dürften.
b) Zu einer Präzisierung der Rechtsprechung in dem Sinne, dass die Krankenversicherer die gesetzlichen Verwirkungsfristen nicht einseitig abändern dürfen, besteht schon deshalb kein Grund, weil es - wie der Beschwerdeführer selber ausführt - bei der Verweigerung der Leistungen bis zum Zeitpunkt der ordnungsgemässen Meldung nicht um eine Verwirkung des Leistungsanspruchs, sondern um eine vom Verschulden abhängige Sanktion geht (<ref-ruling> Erw. 2; a.M.
Maurer, Schweizerisches Sozialversicherungsrecht, Bd. I, S. 308 Fn 692). Diese hat ihre Grundlage in der Verletzung von Meldepflichten, welche eine rechtzeitige Wahrnehmung der dem Krankenversicherer zustehenden Kontrollfunktionen dienen. Die Krankenversicherer haben im Rahmen des Gesetzes und der Statuten dafür zu sorgen, dass nur Leistungen erbracht werden, auf die der Versicherte tatsächlich Anspruch hat; sie haben daher jederzeit das Recht und gegebenenfalls die Pflicht, die Angaben des Versicherten und auch diejenigen des Arztes zu überprüfen. Die ihnen obliegende Kontrollaufgabe können die Krankenversicherer aber nur wahrnehmen, wenn sie rechtzeitig vom anspruchsbegründenden Sachverhalt Kenntnis haben (<ref-ruling> mit Hinweisen; RKUV 1987 Nr. K 738 S. 253; vgl. auch Eugster, Krankenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht (SBVR), Soziale Sicherheit, S. 206 Rz 374).
Dem Beschwerdeführer kann auch insoweit nicht gefolgt werden, als festgestellt werden soll, dass eine Sanktion nur ausnahmsweise, bei einem Verhalten gegen Treu und Glauben (Art. 5 Abs. 3 BV), zulässig ist. Nach dem Gesagten ist vielmehr daran festzuhalten, dass die in den Statuten vorgesehene Verweigerung der Leistungen bis zum Zeitpunkt der ordnungsgemässen Meldung bundesrechtskonform ist, sofern die Pflichtverletzung nach den Umständen nicht als entschuldbar erscheint und die Leistungsverweigerung nicht gegen das Verhältnismässigkeitsprinzip verstösst (<ref-ruling> Erw. 2). Dem Grundsatz von Treu und Glauben ist insofern Rechnung zu tragen, als dem Versicherten statutarische Vorschriften nur entgegengehalten werden können, wenn sie ihm vorgängig zur Kenntnis gebracht worden sind (RSKV 1969 Nr. 47 S. 85; vgl. betr. Statutenänderungen auch <ref-ruling> Erw. 4b, 120 V 35 Erw. 2c, je mit Hinweisen). Ferner sind Kassenbestimmungen so auszulegen, wie sie der Versicherte bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit verstehen durfte und musste; eine mangelnde Klarheit darf sich nicht zum Nachteil des Versicherten auswirken (<ref-ruling> Erw. 4, 118 V 51 Erw. 3 und RKUV 1992 Nr. K 895 S. 134 Erw. 1b/bb; zur Anwendung auf die Kollektivversicherung vgl. RSKV 1981 Nr. 457 S. 170 und EVGE 1967 S. 131).
4.- a) In tatsächlicher Hinsicht steht fest, dass sich der Beschwerdeführer am 3. Mai 1994 zu Dr. med. W._ in Behandlung begeben hatte, welcher ihn ab 2. Mai 1994 zu 100 % arbeitsunfähig schrieb. Das entsprechende Arztzeugnis vom 16. Mai 1994 war an den Arbeitgeber gerichtet und von diesem anscheinend nicht an die Versicherung weitergeleitet worden. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass ihm unter den gegebenen Umständen bewusst sein musste, dass seine Krankheit eine für den Taggeldanspruch relevante Arbeitsunfähigkeit zur Folge hatte. Er macht indessen geltend, von der Krankentaggeldversicherung bei der Agrisano nichts gewusst zu haben. Dem Arbeitsvertrag vom 31. März 1994 ist zu entnehmen, dass der Beschwerdeführer bei einer Arbeitsfähigkeit von 50 % zu einem Bruttolohn von Fr. 1'275.- im Monat angestellt war, wobei laut Vertrag vom monatlichen Bruttolohn "die Arbeitnehmerbeiträge für AHV, IV, EO, ALV, UVG, BVG sowie der Arbeitnehmeranteil der Krankenkassenprämie" in Abzug zu bringen waren. Nach Ziff. 3 des Vertrags war das Arbeitsverhältnis durch die Bestimmungen des kantonalen Normalarbeitsvertrages geregelt und hatte der Arbeitgeber dem Arbeitnehmer bei der Anstellung ein Exemplar dieses Vertrages auszuhändigen. Aus den Akten geht hervor, dass der Arbeitgeber dieser Pflicht nachgekommen ist und dem Arbeitsvertrag eine Kopie des Normalarbeitsvertrages über das Arbeitsverhältnis in der Landwirtschaft und in Freilandgärtnereien vom 8. Januar 1973 (Stand 1. Juli 1990) beigelegt hatte. Nach § 12 dieses Vertrages hat der Arbeitgeber den Arbeitnehmer gegen die wirtschaftlichen Folgen von Krankheit (Abs. 1) und u.a. für ein Krankengeld in Höhe von 80 % des bei Versicherungsbeginn vereinbarten Bar- und Naturallohnes ab 31. Krankheitstag zu versichern (Abs. 2 lit. c). Der Beschwerdeführer hatte somit Kenntnis von der bestehenden Taggeldversicherung oder hätte bei hinreichender Aufmerksamkeit davon Kenntnis haben müssen. Fraglich ist, ob er auch Kenntnis von der Meldepflicht gemäss Reglement der Agrisano hatte.
b) Nach Auffassung der Vorinstanz kann die Frage, ob der Beschwerdeführer Kenntnis von der Meldepflicht hatte, offen bleiben, weil der Rechtsvertreter spätestens anlässlich der Verhandlung vor dem Friedensrichter am 23. Oktober 1997 erfahren habe, dass der Beschwerdeführer bei der Agrisano krankengeldversichert war, sich aber erst am 11. September 1998 beim Krankenversicherer mit einem Leistungsbegehren gemeldet habe. Massgebend für die sanktionsweise Leistungsverweigerung nach Art. 14 des Reglementes der Agrisano ist indessen nicht, wann der Rechtsvertreter von der Taggeldversicherung Kenntnis erhalten hat (das entsprechende Reglement wurde ihm auszugsweise mit der Verfügung vom 6. Oktober 1998 zugestellt), sondern ob der Beschwerdeführer die Meldepflicht schuldhaft verletzt hat, was voraussetzt, dass er von der Meldepflicht Kenntnis hatte. Wie es sich damit verhält, lässt sich aufgrund der Akten nicht feststellen. Es geht daraus lediglich hervor, dass ihm der Normalarbeitsvertrag ausgehändigt worden ist, welcher jedoch keine Bestimmungen über die Meldepflichten im Krankheitsfall enthielt. Dagegen ist nicht erstellt, ob ihm auch die Reglemente der Agrisano, insbesondere dasjenige über die Krankentaggeldversicherung, ausgehändigt worden sind.
Nach dem Gesagten können statutarische und reglementarische Bestimmungen über die Meldepflichten dem Versicherten aber nur entgegengehalten werden, wenn er hierüber gebührend in Kenntnis gesetzt worden ist (RSKV 1969 Nr. 47 S. 85). Dies hat auch im Rahmen einer Kollektivversicherung zu gelten, soweit es sich um statutarische und reglementarische Meldepflichten handelt, die der Versicherte persönlich zu erfüllen hat. Etwas anderes ergibt sich weder aus dem Reglement der Agrisano noch aus dem Kollektivversicherungsvertrag. Es geht daraus namentlich nicht hervor, dass die Meldepflicht dem Arbeitgeber obliegt.
Nachdem die Vorinstanz den Sachverhalt in diesem Punkt nicht näher geprüft hat, rechtfertigt es sich, die Sache an das kantonale Gericht zurückzuweisen, damit es die erforderlichen Abklärungen nachhole. Sollte es am rechtsgenügenden Nachweis einer ordnungsgemässen Bekanntgabe der Meldepflicht fehlen (vgl. hiezu <ref-ruling>), fiele eine Leistungsverweigerung wegen verspäteter Meldung nur unter dem Gesichtspunkt einer Verwirkung des Leistungsanspruchs oder eines Leistungsverzichts in Betracht. Hiezu ist festzustellen, dass das KUVG (wie das KVG) keine ausdrückliche Verwirkungsbestimmung enthält. Während in der AHV und IV eine relative einjährige und eine absolute fünfjährige Verwirkungsfrist gilt (Art. 46 Abs. 1 und 2 AHVG, Art. 48 Abs. 1 und 2 IVG), kennen die obligatorische Unfallversicherung und die Militärversicherung lediglich eine absolute fünfjährige Frist (Art. 51 UVG, Art. 14 MVG; vgl. auch Art. 41 Abs. 1 BVG). Das Bundesgesetz über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) vom 6. Oktober 2000 (BBl 2000 5041 ff.) sieht für sämtliche Sozialversicherungen, auf welche dieses Gesetz anwendbar ist, ausschliesslich eine fünfjährige Frist ab Ende des Monats, für welchen die Leistung geschuldet war, vor (Art. 24 Abs. 1 ATSG).
Diese Regelung wird gemäss ATSG Anhang Ziff. 7 und 8 auch in der AHV und Invalidenversicherung Geltung haben (BBl 2000 5069 und 5079). Bei dieser Rechtslage rechtfertigt es sich, analog auch in der Krankenversicherung eine fünfjährige Verwirkungsfrist als anwendbar zu erachten. Im vorliegenden Fall hatte der Beschwerdeführer im Mai 1994 Kenntnis vom anspruchsbegründenden Sachverhalt und den Leistungsanspruch am 11. September 1998 geltend gemacht, weshalb der Anspruch nicht verwirkt ist. Es bestehen auch keine Anhaltspunkte für einen Leistungsverzicht. Ein solcher wäre zudem nur rechtswirksam, wenn hiefür ein schutzwürdiges Interesse gegeben wäre (<ref-ruling> Erw. 3a mit Hinweisen). An einem solchen Interesse fehlt es aber, ist der Beschwerdeführer doch zur Bestreitung des Lebensunterhaltes auf Ergänzungsleistungen angewiesen (vgl. AHI 2000 S. 181). Die Vorinstanz wird über den Taggeldanspruch daher materiell zu entscheiden haben, falls sich herausstellen sollte, dass eine schuldhafte Meldepflichtverletzung zu verneinen ist.
5.- a) Nach dem Gesagten kann der Vorinstanz auch insoweit nicht gefolgt werden, als sie das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde abgewiesen hat. Sie wird hierüber bzw. über den Anspruch auf Parteientschädigung entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses neu zu entscheiden haben.
b) Das Begehren um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung im letztinstanzlichen Verfahren erweist sich als gegenstandslos. Zum einen sind in Verfahren um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 134 OG); zum andern hat die Krankenkasse Agrisano dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne
gutgeheissen, dass der Entscheid des Versicherungsgerichts
des Kantons Aargau vom 25. April 2001 und der
Einspracheentscheid der Krankenkasse Agrisano vom 11. Januar 1999 aufgehoben werden und die Sache zur
Vornahme ergänzender Abklärungen und zur Neubeurteilung
an die Vorinstanz zurückgewiesen wird.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die Krankenkasse Agrisano hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich
Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wird über den Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung bzw.
Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend
dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses
zu befinden haben.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht
des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 9. Oktober 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: