Strafverfahren, hat sich ergeben:
A.- Mit Strafbescheid vom 11. Mai 1998 verurteilte das Bezirksamt Werdenberg L._ wegen mehrfachen Verstosses gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer Busse von Fr. 900.--.
Auf Einsprache von L._ hin verurteilte die Gerichtskommission Werdenberg ihn am 24. September 1998 in Anwendung von Art. 48 Ziff. 2, Art. 58 Abs. 1, Art. 63 und Art. 68 StGB sowie Art. 19a Ziff. 1 BetmG wegen mehrfachen Betäubungsmittelkonsums und des Besitzes von Betäubungsmitteln zu einer Busse von Fr. 800.--.
Das Kantonsgericht St. Gallen wies die Nichtigkeitsbeschwerde L._s gegen diese Verurteilung am 31. März 1999 ab.
Das Bundesgericht hob dieses Urteil des Kantonsgerichts am 30. August 1999 auf staatsrechtliche Beschwerde von L._ hin wegen willkürlicher Beweiswürdigung auf, weil es ohne stichhaltigen Beweis davon ausgegangen war, dass es sich bei dem beim Beschwerdeführer in einem Säckchen sichergestellten braunen Pulver um Kokain gehandelt hatte.
B.- Nachdem die von ihr angeordnete Analyse ergeben hatte, dass es sich beim braunen Pulver um Kokain handle, verurteilte die Gerichtskommission Werdenberg L._ am 9. Dezember 1999 wegen mehrfachen Verstosses gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer Busse von Fr. 800.--.
Die von L._ dagegen erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kantonsgericht St. Gallen am 7. Februar 2000 ab.
C.- Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 13. März 2000 wegen Verletzung von Art. 8 und 9 BV beantragt L._, die Entscheide von Kantonsgericht und Gerichtskommission Werdenberg aufzuheben und ihn freizusprechen oder die Vorinstanzen entsprechend anzuweisen. Ausserdem ersucht er um aufschiebende Wirkung.
Die Gerichtskommission Werdenberg und das Kantonsgericht verzichten auf Vernehmlassung.
D.- Mit Verfügung vom 10. April 2000 erkannte der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichtes der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Auf die Beschwerde ist aus den gleichen Gründen einzutreten wie sie im Urteil des Bundesgerichts vom 30. August 1999 erwähnt werden. Wie bereits damals erläutert, ist sie unzulässig, soweit sie sich gegen das Urteil der Gerichtskommission Werdenberg richtet, und die Erteilung von Anweisungen an die kantonalen Gerichte scheitert an der kassatorischen Natur der staatsrechtlichen Beschwerde (<ref-ruling> E. 5a S. 96).
2.- Der Beschwerdeführer wirft dem Kantonsgericht Willkür vor, weil es die Auswirkung der vom Bundesgericht der ersten staatsrechtlichen Beschwerde zuerkannten aufschiebenden Wirkung auf die Verjährung verkannt und ihn verurteilt habe, obwohl die absolute Verjährung eingetreten sei. Zur Begründung verweist der Beschwerdeführer auf seine Nichtigkeitsbeschwerde ans Kantonsgericht vom 21. Dezember 1999.
Die Verjährung ist ein Institut des materiellen Strafrechts des Bundes, dessen Verletzung nach Art. 268 ff.
BStP mit Nichtigkeitsbeschwerde an den Kassationshof geltend gemacht werden kann. Diese Rüge ist somit nach Art. 84 Abs. 2 OG in der staatsrechtlichen Beschwerde unzulässig, weshalb darauf nicht eingetreten werden kann.
3.- a) Der Beschwerdeführer wirft dem Kantonsgericht Willkür und Gehörsverweigerung vor, weil die Betäubungsmittel, deren Besitz ihm vorgeworfen werde, entgegen der klaren Vorschrift von Art. 150 Abs. 2 des Gesetzes über die Strafrechtspflege vom 9. August 1954 (StPO) an der Verhandlung nie aufgelegen hätten und weder dem Beschwerdeführer, seinem Verteidiger noch dem Gericht je vorgelegt worden seien. Das Minigripsäcklein mit dem braunen Pulver habe sich zudem gar nicht bei den Verfahrensakten befunden, sondern sei in einem anderen Verfahren (H._) abgelegt gewesen. Die Identität des untersuchten mit dem seinerzeit beim Beschwerdeführer beschlagnahmten Stoffes stehe damit nicht fest, was seine Verurteilung als willkürlich erscheinen lasse.
b) Willkürlich ist ein Entscheid, der mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft.
Dabei genügt es nicht, dass die Begründung unhaltbar ist, der Entscheid muss sich vielmehr im Ergebnis als willkürlich erweisen (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 5b je mit Hinweisen).
c) Es trifft zu, dass sich die Gerichtskommission Werdenberg offensichtlich über Art. 150 Abs. 2 StPO hinweggesetzt und die Beweismittel - die sichergestellten Betäubungsmittel - während der Verhandlung nicht aufgelegen haben. Der Beschwerdeführer legt indessen nicht in nachvollziehbarer Weise dar, inwiefern ihm daraus ein Nachteil erwachsen sein könnte. Das ist auch nicht ersichtlich, stand doch im vorliegenden Fall von vornherein fest, dass die Auflage der Beweismittel während der Verhandlung nicht geeignet gewesen wäre, dem Gericht neue Erkenntnisse zu verschaffen.
Solche konnte nur eine naturwissenschaftliche Untersuchung bringen, wie sie schliesslich nach dem Urteil des Bundesgerichts vom 30. August 1999 auch angeordnet wurde.
Hinweise dafür, dass eine falsche Probe untersucht wurde, sind keine ersichtlich. Das beim Beschwerdeführer als Kokain sichergestellte Pulver wurde von der Kantonspolizei zwar aus unbekanntem Grund unter einem anderen Namen abgelegt, der zuständige Sachbearbeiter R._ von der Dienststelle Betäubungsmittel der Kantonspolizei St. Gallen konnte dem Gerichtspräsidenten von Werdenberg auf telefonische Anfrage hin über zwei Jahre nach der Beschlagnahme Auskunft über dessen Verbleib erteilen. Das deutet entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers gerade darauf hin, dass die Beweismittel von der Polizei mit der notwendigen Sorgfalt aufbewahrt worden sind.
Unter diesen Umständen ist das Kantonsgericht nicht in Willkür verfallen, indem es den angefochtenen Entscheid der Gerichtskommission Werdenberg nicht deswegen aufhob, weil diese die Beweismittel in Missachtung von Art. 150 Abs. 2 StPO während der Verhandlung nicht aufgelegt hatte.
Inwiefern in diesem Vorgehen eine Gehörsverweigerung liegen soll, ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht in einer den Anforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG genügenden Weise dargetan (<ref-ruling> E. 1b S. 495). Die Rüge ist unbegründet.
4.- Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Gerichtskommission Werdenberg sowie der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 25. Mai 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: