Ausrichtung von Insolvenzleistungen, hat sich ergeben:
A.- Die X._-Sammelstiftung und die Y._-Sammelstiftung waren bis Anfang 1996 als Vorsorgeeinrichtungen im Sinne von Art. 48 des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG; SR 831. 40) im Register der beruflichen Vorsorge eingetragen. Der X._-Sammelstiftung waren sieben Arbeitgeber mit rund 700 Arbeitnehmern angeschlossen, der Y._-Sammelstiftung mehr als 100 Arbeitgeber mit rund 2'000 Arbeitnehmern. Am 16. Januar 1996 stellte das Bundesamt für Sozialversicherung als zuständige Aufsichtsbehörde die Aufhebung der beiden Stiftungen wegen Unerreichbarkeit ihres Zweckes fest und ordnete ihre Streichung aus dem Register für die berufliche Vorsorge an. Gleichzeitig wurden die Stiftungen in Liquidation versetzt. Am 8. März 1996 wurden die Stiftungsräte aufsichtsrechtlich neu besetzt.
Zur Deckung der Ansprüche der Versicherten sahen sich die Stiftungen gezwungen, Vorschussleistungen des Sicherheitsfonds BVG gemäss Art. 56 BVG in Verbindung mit Art. 8 Abs. 1 der damaligen Verordnung vom 7. Mai 1986 über die Verwaltung des Sicherheitsfonds BVG (aSFV2; AS 1986 867 ff.) in Anspruch zu nehmen. Dabei beantragten sie, dass das noch vorhandene Deckungskapital in Anwendung der bisherigen Praxis des Sicherheitsfonds vorweg für die Deckung der ausserobligatorischen Leistungsansprüche verwendet wird, also für jenen Bereich, der nach den damaligen Rechtsgrundlagen (Art. 56 Abs. 1 lit. b BVG in der ursprünglichen Fassung des Gesetzes; Art. 8 Abs. 1 aSFV 2) nicht durch den Sicherheitsfonds abgedeckt wurde. Unter Hinweis auf die später erfolgte Ausdehnung der Insolvenzdeckung auf Teile der ausserobligatorischen Ansprüche der Versicherten teilte der Sicherheitsfonds mit Schreiben vom 10. Juni 1996 mit, dass der geschäftsleitende Ausschuss seine bisherige Praxis betreffend die Anrechnung noch vorhandener Mittel bestätigt habe.
B.- Mit einer am 21. Juni 1996 verabschiedeten und am 1. Januar 1997 in Kraft getretenen Revision von Art. 56 BVG wurden sodann die Insolvenzleistungen des Sicherheitsfonds auf Teile des ausserobligatorischen Bereichs ausgedehnt.
Nach Art. 56 Abs. 1 lit. c und Abs. 2 BVG waren nunmehr auch überobligatorische Leistungen auf der Basis eines massgebenden AHV-Lohnes bis zum anderthalbfachen oberen Grenzbetrag nach Art. 8 Abs. 1 BVG, d.h. bis Fr. 107'460.--, sichergestellt.
Weiterhin nicht abgedeckt durch den Sicherheitsfonds war - und ist - der Bereich über der genannten Limite (sog.
"überüberobligatorischer" Bereich). In der Folge traten unterschiedliche Auffassungen über die Auswirkung der Gesetzesänderung auf. Einig waren sich Sicherheitsfonds auf der einen und die Stiftungen auf der andern Seite darüber, dass die vorhandenen Mittel den Gläubigern nach den Grundsätzen des Konkursrechts zur Verfügung stehen sollten. Während die Stiftungen davon ausgehen, dass in der 1. Klasse nur die überüberobligatorischen Leistungen privilegiert sind, nimmt der Sicherheitsfonds an, alle Ansprüche aus der nicht obligatorischen Vorsorge wären es, woran die Revision von Art. 56 BVG nichts geändert habe.
Die unterschiedlichen Auffassungen haben Auswirkung auf die durch den Sicherheitsfonds sicherzustellenden Leistungen.
Bei der X._-Sammelstiftung stehen nach einer provisorischen Aufstellung 13,2 Mio. Franken Mittel für die Gläubiger zur Verfügung. Das überüberobligatorische Deckungskapital beträgt 0,42 Mio. Franken, das überobligatorische 1,9 Mio. Franken. Beide können mit den vorhandenen Mitteln vollumfänglich abgedeckt werden, wenn sie konkursrechtlich als privilegiert der 1. Klasse zugeordnet werden.
Beim obligatorischen Deckungskapital von 20,6 Mio. Franken, welches unstreitig der 3. Klasse zuzuordnen ist, wären bei weiteren nichtprivilegierten Forderungen anderer Gläubiger in Höhe von 1,0 Mio. Franken nur 10,37 Mio. Franken (Dividende 50,37%) gedeckt, so dass vom Sicherheitsfonds 10,23 Mio.
Franken sicherzustellen wären. Wären hingegen nach der Auffassung der X._-Sammelstiftung nur das überüberobligatorische Deckungskapital in Höhe von 0,42 Mio. Franken in der 1. Klasse privilegiert, so wäre auch das überobligatorische Deckungskapital von 1,9 Mio. Franken der 3. Klasse zuzuordnen.
Bei den für die 3. Klasse vorhandenen Mitteln von noch Fr. 12,78 Mio. Franken, würde eine Dividende von 54,38% resultieren, was beim überobligatorischen Deckungskapital Fr. 1,03 Mio. Franken (Verlust Fr. 0,87 Mio. Franken) und beim obligatorischen Deckungskapital Fr. 11,2 Mio. Franken (Verlust 9,4 Mio. Franken) entspricht. Insgesamt wäre durch den Sicherheitsfonds ein Betrag von 10,27 Mio. Franken sicherzustellen anstelle von 10,23 Mio. Franken, wenn in der 1. Klasse sowohl das überüberobligatorische wie auch das überobligatorische Deckungskapital privilegiert wären.
Bei der Y._-Sammelstiftung ergibt sich eine ähnliche Rechnung. Mit den vorhandenen Mitteln von 47,2 Mio.
Franken könnten das überüberobligatorische Deckungskapital von 1,7 Mio. Franken und das überobligatorische von 40,5 Mio.
Franken sichergestellt werden. Für das obligatorische von 66,8 Mio. Franken und Forderungen von weiteren Drittklassgläubigern in Höhe von 3,9 Mio. Franken ergäbe sich eine Dividende von 4.72 Mio. Franken (7.07%), somit ein Verlust von 62,08 Mio. Franken, der durch den Sicherheitsfonds sicherzustellen wäre. Sofern entsprechend der Auffassung der Y._-Sammelstiftung der 1. Klasse nur das überüberobligatorische Deckungskapital von 1,7 Mio. Franken zugewiesen würde, blieben für die 3. Klasse 45,5 Mio. Franken, was eine Dividende von 40,91% ergäbe, beim überobligatorischen Deckungskapital 16,56 Mio. Franken (Verlust 23,94 Mio. Franken), beim obligatorischen 27,32 Mio. Franken (Verlust 39,48 Mio.
Franken). Der Sicherheitsfonds hätte einen Betrag von 63,42 Mio. Franken sicherzustellen, anstelle von 62,08 Mio.
Franken, wenn in der 1. Klasse sowohl das überüberobligatorische wie auch das überobligatorische Deckungskapital privilegiert wären.
C.- Die Stiftungen einerseits und der Sicherheitsfonds anderseits trafen im September 1998 unter Vermittlung des Bundesamtes für Sozialversicherung eine Vereinbarung, die gewährleisten soll, dass die Deckung der BVG-Guthaben der versicherten Arbeitnehmer ohne Zeitverlust erfolgen kann, ohne dass die umstrittene Frage präjudiziert würde. In der Folge reichten die beiden Stiftungen am 6. Oktober 1998 vereinbarungsgemäss Gesuche um vorschussweise Ausrichtung von Insolvenzleistungen in der Höhe des strittigen Differenzbetrages ein, d.h. Fr. 40'000.-- für die X._-Sammelstiftung und Fr. 1'340'000.-- für die Y._-Sammelstiftung.
Der Sicherheitsfonds BVG lehnte die Gesuche mit Verfügungen vom 19. Januar 1999 ab. Hiegegen erhobene Beschwerden hiess die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge am 5. Juli 2000 gut und wies den Sicherheitsfonds an, für die Ermittlung des sicherzustellenden Betrags davon auszugehen, dass nur das überüberobligatorische Deckungskapital konkursrechtlich in der 1. Klasse privilegiert ist.
D.- Der Sicherheitsfonds BVG hat gegen die Urteile der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge am 11. September 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerden beim Bundesgericht eingereicht mit den Anträgen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Gesuche der X._-Sammelstiftung und der Y._-Sammelstiftung abzuweisen.
In den Vernehmlassungen vom 27. November 2000 beantragen die beiden Stiftungen die Abweisung der Beschwerden.
Das Bundesamt für Sozialversicherung hat unter Hinweis auf seine besondere Stellung im vorliegenden Streit auf Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die erhobenen Beschwerden betreffen nicht nur dieselbe Rechtsfrage, sondern gehen auf den Zusammenbruch von zwei Sammelstiftungen zurück, die aufgrund der nämlichen Umstände in Liquidation versetzt werden mussten. Es rechtfertigt sich, die Verfahren zusammenzulegen und sie in einem Urteil zu entscheiden.
2.- a) Streitig ist die Auslegung von <ref-law> und das Verhältnis dieser Norm zum revidierten Art. 56 BVG. Der Sicherheitsfonds vertritt in Anlehnung an den Wortlaut von <ref-law> die Auffassung, dass sämtliche Ansprüche der Versicherten aus der nicht obligatorischen beruflichen Vorsorge dem Privileg der ersten Klasse unterstellt seien. Der Wortlaut unterscheide nicht zwischen Ansprüchen, die vom Sicherheitsfonds gemäss Art. 56 Abs. 1 lit. c BVG sichergestellt werden müssten und jenen, die diesen Insolvenzschutz nicht geniessen. Vielmehr ziehe das SchKG die Grenze zwischen Ansprüchen aus der obligatorischen Vorsorge und jenen aus der weitergehenden beruflichen Vorsorge.
Demgegenüber meint die Vorinstanz in Übereinstimmung mit den beiden zu liquidierenden Stiftungen gestützt auf eine Auslegung contra verba sed secundum rationem legis, dass das Privileg der ersten Klasse nur den vom Sicherheitsfonds nicht gedeckten Ansprüchen zukomme, somit aufgrund der Erweiterung der Insolvenzdeckung auf die reglementarischen Leistungen bis zur anderthalbfachen Höhe des oberen Grenzbetrags nach Art. 8 Abs. 1 BVG nur noch den darüber hinausgehenden sogenannten überüberobligatorischen Ansprüchen.
b) Nach <ref-law> in der Fassung vom 16. Dezember 1994, in Kraft seit 1. Januar 1997 (AS 1995 1227 ff., 1275, 1307), werden die nicht pfandgesicherten Forderungen sowie der ungedeckte Betrag der pfandgesicherten Forderungen in folgender Rangordnung aus dem Erlös der ganzen übrigen Konkursmasse gedeckt:
Erste Klasse
a. Die Forderungen von Arbeitnehmern aus dem Arbeitsverhältnis,
die in den letzten sechs Monaten
vor der Konkurseröffnung entstanden sind, sowie die
Forderungen wegen vorzeitiger Auflösung des Arbeitsverhältnisses
infolge Konkurses des Arbeitgebers und
die Rückforderungen von Kautionen.
b. Die Ansprüche der Versicherten nach dem Bundesgesetz
über die Unfallversicherung sowie aus der nicht
obligatorischen beruflichen Vorsorge und die Forderungen
von Personalvorsorgeeinrichtungen gegenüber
den angeschlossenen Arbeitgebern.
c. Die familienrechtlichen Unterhalts- und Unterstützungsansprüche,
die in den letzten sechs Monaten
vor der Konkurseröffnung entstanden und durch Geldzahlungen
zu erfüllen sind.
Zweite Klasse
Die Forderungen von Personen, deren Vermögen kraft
elterlicher Gewalt dem Schuldner anvertraut war, für
alles, was derselbe ihnen in dieser Eigenschaft
schuldig geworden ist.
Dieses Vorzugsrecht gilt nur dann, wenn der Konkurs
während der elterlichen Verwaltung oder innert einem
Jahr nach ihrem Ende eröffnet worden ist.
Dritte Klasse
Alle übrigen Forderungen.
Dem Sicherheitsfonds BVG kommt gemäss Art. 56 Abs. 1 lit. b BVG unter anderem die Aufgabe zu, die gesetzlichen Leistungen von zahlungsunfähig gewordenen Vorsorgeeinrichtungen sicherzustellen. Eine Gesetzesrevision, die am 21. Juni 1996 verabschiedet und am 1. Januar 1997 in Kraft gesetzt wurde, weitete die Insolvenzleistungen auf Teile des ausserobligatorischen Bereichs aus. Nach Art. 56 Abs. 1 lit. c und Abs. 2 BVG sind nunmehr auch überobligatorische Leistungen auf der Basis eines massgebenden AHV-Lohnes bis zum anderthalbfachen oberen Grenzbetrag nach Art. 8 Abs. 1 BVG sichergestellt. Wenngleich die Neuordnung der Konkursprivilegien und die Ausdehnung der Insolvenzleistungen bei der beruflichen Vorsorge am 1. Januar 1997 gleichzeitig in Kraft traten, so fehlt es unstreitig an einer Koordination der Gesetzgebungsarbeiten. Die Schlussabstimmung der Revision des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts fand in den eidgenössischen Räten am 16. Dezember 1994 statt. Die Ausdehnung der Insolvenzdeckung bei der beruflichen Vorsorge beruht auf einer Parlamentarischen Initiative Rechsteiner, die zwar schon am 17. Dezember 1993 eingereicht worden war; Bericht und Entwurf der Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrates datieren aber erst vom 24. August 1995 (BBl 1996 I 564 ff.). Weder der Stellungnahme des Bundesrates (BBl 1996 I 580 ff.) noch den Beratungen in den eidgenössischen Räten lassen sich Hinweise darauf entnehmen, dass die Wechselwirkung mit der neuen konkursrechtlichen Regelung Beachtung gefunden hätte.
Von Bedeutung ist ferner, dass die eidgenössischen Räte unter dem Eindruck der Auswirkungen der Abschaffung des Konkursprivilegs für die Sozialversicherungen, die hohe Beitragsverluste zu verzeichnen hatten (BBl 1999 9126 ff., 9547 ff.), dieses Konkursprivileg mit einer Gesetzesänderung vom 24. März 2000, in Kraft seit 1. Januar 2001 (AS 2000 2531), wieder eingeführt haben:
Art. 219 Abs. 4, zweite Klasse
Zweite Klasse
a. Die Forderungen von Personen, deren Vermögen
kraft elterlicher Gewalt dem Schuldner anvertraut
war, für alles, was derselbe ihnen in dieser Eigenschaft
schuldig geworden ist.
Dieses Vorzugsrecht gilt nur dann, wenn der Konkurs
während der elterlichen Verwaltung oder innert einem
Jahr nach ihrem Ende veröffentlicht worden ist.
b. Die Beitragsforderungen nach dem Bundesgesetz vom 20. Dezember 1946 über die Alters- und Hinterlassenenversicherung,
dem Bundesgesetz vom 19. Juni 1959
über die Invalidenversicherung, dem Bundesgesetz vom 20. März 1981 über die Unfallversicherung, dem Erwerbsersatzgesetz
vom 25. September 1952 und dem
Arbeitslosenversicherungsgesetz vom 25. Juni 1982.
c. Die Prämien- und Kostenbeteiligungsforderungen
der sozialen Krankenversicherung.
d. Die Beiträge an die Familienausgleichskasse.
Nicht berücksichtigt wurde bei dieser Revision das Anliegen des Sicherheitsfonds BVG, der die Privilegierung der versicherten Personen in der beruflichen Vorsorge auf die gesetzlichen Leistungen ausgedehnt wissen wollte. Der Bundesrat hielt entgegen, dass ein solcher Schritt über die Wiedereinführung des Konkursprivilegs für Sozialversicherungen hinausginge und vertiefte Abklärungen erforderlich machen würde (BBl 1999 9550).
3.- a) Ausgangspunkt jeder Auslegung ist der Wortlaut der Bestimmung. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Auslegungen möglich, so muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente, wobei es namentlich auf den Zweck der Regelung, die dem Text zugrunde liegenden Wertungen sowie auf den Sinnzusammenhang ankommt, in dem die Norm steht (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 2a, je mit Hinweisen). An den klaren und unzweideutigen Wortlaut einer Bestimmung ist die rechtsanwendende Behörde in der Regel gebunden (<ref-ruling> E. 4, mit Hinweisen), doch sind Abweichungen vom klaren Wortlaut ausnahmsweise zulässig oder gar geboten, wenn triftige Gründe zur Annahme bestehen, dass dieser nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt.
Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung, aus ihrem Sinn und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit anderen Vorschriften ergeben (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 2a, je mit Hinweisen).
b) Der Wortlaut von <ref-law> ist in allen drei Amtssprachen klar. In der ersten Klasse sind die Ansprüche der Versicherten "aus der nicht obligatorischen beruflichen Vorsorge" ("prévoyance professionnelle non obligatoire", "previdenza professionale non obbligatoria") privilegiert. Es wird nicht zwischen Ansprüchen unterschieden, die durch den Sicherheitsfonds sichergestellt sind, und solchen, die den Insolvenzschutz nicht geniessen würden ("überüberobligatorische Ansprüche"). Das Gesetz zieht die Grenze vielmehr zwischen Ansprüchen aus gesetzlicher Vorsorge und jenen aus der weitergehenden, nicht obligatorischen Vorsorge. Steht mithin nicht in Frage, die Tragweite eines nicht restlos klaren Gesetzeswortlauts zu ergründen, sondern gegebenenfalls vom klaren Gesetzeswortlaut abzuweichen, so bedarf es hierfür triftiger Gründe.
c) aa) Entstehungsgeschichtlich ist zunächst festzuhalten, dass die Straffung der Privilegienordnung einen der Kernpunkte der Revision des SchKG bildete. Im Interesse einer gleichmässigen Befriedigung der Gläubiger sollte die vorrangige Befriedigung auf das "wirklich Notwendige" beschränkt werden (BBl 1991 III 128). Privilegiert bleiben sollten nur Forderungen wegen eines "spezifischen individuellen Schutzbedürfnisses" in "ausgeprägten Abhängigkeitsverhältnissen" (BBl 1991 III 129). So entfielen die Privilegien bei den Prämien- und Beitragsforderungen der Sozialversicherung, weil den Leistungsbezügern nicht ein unmittelbarer Schaden erwachsen konnte (BBl 1991 III 130 ff.). Entsprechend wurde bei der beruflichen Vorsorge das Konkursprivileg nur noch dort für gerechtfertigt erachtet, wo der Sicherheitsfonds nicht greift, also im nichtobligatorischen Bereich (BBl 1991 III 129). Es trifft entstehungsgeschichtlich somit zu, dass auf eine Privilegierung der gesetzlichen Leistungen der beruflichen Vorsorge verzichtet wurde, weil diese durch den Sicherheitsfonds abgedeckt sind, bei den überobligatorischen Leistungen eine solche aber mangels Abdeckung durch den Sicherheitsfonds für notwendig erachtet wurde.
bb) Das bedeutet freilich noch nicht, dass triftige Gründe dafür bestünden, abweichend vom klaren Wortlaut das Konkursprivileg dahin zu verstehen, dass dieses nicht den überobligatorischen Ansprüchen, sondern nur den Ansprüchen zukommen soll, für welche eine Deckung durch den Sicherheitsfonds fehlt. Zunächst ist zu bemerken, dass die Konkursprivilegien durch den Gesetzgeber nicht derart rigoros, wie es den Anschein haben mag, auf unabweisliche Schutzbedürfnisse bei fehlender anderweitiger Deckung beschränkt worden sind. So bleiben etwa Forderungen von Arbeitnehmern aus dem Arbeitsverhältnis unbesehen darum in der ersten Klasse privilegiert, dass diese Forderungen (teilweise) durch Insolvenzentschädigungen nach dem Bundesgesetz vom 25. Juni 1982 über die obligatorische Arbeitslosenversicherung und die Insolvenzentschädigung (AVIG; SR 837. 0) abgedeckt sind. Wiewohl der SchK-Reformgesetzgeber sich von der Idee leiten liess, nur Forderungen zu privilegieren, wenn ein individuelles Schutzbedürfnis besteht, ging er doch nicht so weit, eine solche Privilegierung in jedem Fall schon deshalb auszuschliessen, weil das Schutzbedürfnis anderweitig befriedigt wird. Gegenteils gehen bei der Insolvenzentschädigung für Forderungen aus dem Arbeitsverhältnis die Lohnansprüche samt dem gesetzlichen Konkursprivileg auf die Kasse über (<ref-law>), so dass im Ergebnis die Kasse für die Lasten nur subsidiär einzustehen hat. Bei der beruflichen Vorsorge wurde der umgekehrte Weg eingeschlagen und das Konkursprivileg im Bereich des Obligatoriums verweigert. Das individuelle Schutzbedürfnis der Versicherten, das auch hier unzweifelhaft besteht, wird nicht durch ein Konkursprivileg befriedigt und subsidiär durch die Insolvenzdeckung abgesichert, sondern direkt durch die Insolvenzdeckung ohne Konkursprivileg. Finanziert wird diese Ordnung durch die Vorsorgeeinrichtungen, d.h. indirekt durch alle Versicherten und ihre Arbeitgeber gemeinsam. Sie bevorteilt Versicherte mit Ansprüchen, die über das gesetzliche Obligatorium hinausgehen, sowie die Kurrentgläubiger. Im Ergebnis werden auch die überobligatorischen Ansprüche in das solidarisch finanzierte System einbezogen, da sie aufgrund des ausschliesslichen Konkursprivilegs eine grosse Chance haben, im Konkurs der Vorsorgeeinrichtung voll gedeckt zu werden. Es ist fraglich, ob nun in gleicher Weise die überüberobligatorischen Ansprüche abgesichert werden sollen, nachdem die Insolvenzdeckung ausgedehnt worden ist.
Dass die sozialpolitische Interessenlage eine erheblich andere ist, liegt auf der Hand: Das Konkursprivileg käme nur noch für ein oberes Segment der Versicherungsansprüche zum Tragen, und profitieren würden vor allem die Kurrentgläubiger, weil weniger privilegierte Forderungen bestünden. Es kann nicht unterstellt werden, dass der Gesetzgeber die Abgrenzung zwischen konkursrechtlich privilegierten und nicht privilegierten Versicherungsansprüchen bei dieser Interessenlage weiterhin nach dem Kriterium vorgenommen hätte, ob eine Insolvenzdeckung besteht oder nicht.
cc) Mit der Wiedereinführung des Konkursprivilegs zweiter Klasse für Beiträge der Sozialversicherungen ist der Gesetzgeber zudem von der Leitidee, dass ausschliesslich individuelle Schutzbedürfnisse in ausgeprägten Abhängigkeitsverhältnissen privilegiert werden sollten, wieder abgerückt.
Er hat nicht nur die besondere Schutzbedürftigkeit der Sozialversicherung anerkannt (dazu BBl 1999 9127 ff., 9548 ff.), sondern auch in den Blick genommen, dass die Einnahmenausfälle indirekt letztlich von den Versicherten getragen werden müssen (BBl 1999 9128, 9130; AB 1999 N 2432 [Votum Dreifuss, Bundespräsidentin]). Um so weniger lässt es sich heute rechtfertigen, das Konkursprivileg für die überobligatorischen Ansprüche aufgrund der Entstehungsgeschichte und gestützt auf den Zweck der Regelung auf überüberobligatorische Ansprüche zu beschränken und auf diese Weise die von der Solidargemeinschaft aller Versicherten zu tragenden Ausfälle zu erhöhen. Triftige Gründe für eine Auslegung gegen den klaren Wortlaut, die Ausnahmecharakter hat, bestehen jedenfalls nicht.
4.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden erweisen sich demnach als begründet. Sie sind gutzuheissen, die Urteile der Beschwerdekommission sind aufzuheben und die ursprünglichen Verfügungen des Sicherheitsfonds, mit denen die vorschussweise Ausrichtung von Insolvenzleistungen abgelehnt wurde, zu bestätigen.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten den unterliegenden Beschwerdegegnerinnen aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Für die Festlegung der Gerichtsgebühren ist der jeweilige Streitwert zu berücksichtigen (Art. 153a OG), d.h. Fr. 40'000.-- [Y._] bzw. Fr. 1,34 Mio. [X._]. Dem obsiegenden Sicherheitsfonds BVG, der öffentlichrechtliche Aufgaben wahrnimmt, ist nach der Regel von Art. 152 Abs. 2 OG keine Parteientschädigung zuzusprechen. Die Kosten des Verfahrens vor der Beschwerdekommission sind von dieser entsprechend dem Ausgang des Verfahrens zu verlegen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verfahren 2A.408/2000 und 2A.409/2000 werden vereinigt.
2.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden gutgeheissen, die Urteile der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 5. Juli 2000 aufgehoben und die Gesuche um vorschussweise Ausrichtung von Insolvenzleistungen in Bestätigung der Verfügungen des Sicherheitsfonds vom 19. Januar 1999 abgelehnt.
3.- Der X._-Sammelstiftung in Liquidation wird eine Gerichtsgebühr von Fr. 7'000.--, der Y._-Sammelstiftung in Liquidation eine solche von Fr. 2'000.-- auferlegt.
4.- Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet.
5.- Für die Regelung der Kostenfolgen der Verfahren vor der Beschwerdekommission gehen die Akten an diese zurück.
6.- Dieses Urteil wird den Parteien und der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge sowie dem Bundesamt für Sozialversicherung schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 4. Mai 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: