Fatti:
A. Il 5 giugno 2008 la Corte delle assise criminali di Locarno ha riconosciuto A._ autore colpevole di ripetuta appropriazione indebita, in parte aggravata, per un importo complessivo di fr. 37'083'656.89 (di cui fr. 1'269'135.90 nella sua funzione di tutore e fr. 35'814'520.99 in quella di procuratore) ai danni di B._, e di falsità in documenti, per avere, in qualità di tutore, omesso di iscrivere e di far iscrivere nell'inventario iniziale ex art. 398 CC beni di pertinenza del tutelato per un ammontare di circa fr. 20'000'000.--. Lo ha quindi condannato alla pena detentiva di tre anni, da dedursi il carcere preventivo sofferto, sospesa condizionalmente in ragione di 18 mesi per un periodo di prova di tre anni. La Corte ha inoltre ammesso il principio del risarcimento del danno alla parte civile, rinviandola al competente foro per la sua quantificazione, e le ha riconosciuto un risarcimento parziale equivalente ai valori sotto sequestro che, previa confisca e deduzione della tassa di giustizia e delle spese, le sono stati assegnati.
B. Con sentenza del 29 dicembre 2008, la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CCRP; dal 1° gennaio 2011 Corte di appello e di revisione penale) ha parzialmente accolto il ricorso di A._ e rinviato gli atti a una nuova Corte delle assise criminali per nuovo giudizio. Pur confermando la condanna per titolo di appropriazione indebita e di falsità in documenti, la CCRP ha constatato una violazione dei diritti della difesa in relazione a un'ipotizzata e ritenuta estorsione e coazione, nonché all'imputazione di appropriazione indebita relativa a un'operazione di addebito su un conto bancario. La Corte del rinvio veniva quindi invitata, rispettando le formalità dell'art. 250 CPP/TI, a prospettargli i reati di estorsione e di coazione, nonché il reato di truffa, subordinatamente di appropriazione indebita e a procedere a una nuova commisurazione della pena.
C. Statuendo sul rinvio, il 28 aprile 2010 la Corte delle assise correzionali ha condannato A._ per titolo di truffa, per aver indotto B._ a firmare l'ordine di estinguere una sua relazione bancaria e di trapassare gli averi in conto a un'altra relazione di cui il primo era beneficiario economico. Lo ha per contro prosciolto dall'accusa di tentata e consumata estorsione, nonché dalle accuse di truffa e di appropriazione indebita per i successivi trasferimenti degli averi patrimoniali in questione. In applicazione della pena, tenuto anche conto dei reati di cui è stato riconosciuto autore colpevole con sentenza del 5 giugno 2008, è quindi stato condannato alla pena detentiva di due anni e otto mesi, da dedursi il carcere preventivo sofferto, sospesa condizionalmente in ragione di due anni, con periodo di prova di due anni. Inoltre è stato condannato a versare a B._ l'importo di fr. 3'765'245.-- a titolo di risarcimento parziale; per ogni eventuale maggior danno la parte civile è stata rinviata al competente foro. La Corte delle assise correzionali ha pure ordinato la confisca dei saldi di svariate relazioni bancarie e di due fondi ubicati a W._, assegnandoli alla parte civile a decurtazione del risarcimento parziale riconosciutole, ha mantenuto a garanzia delle relative pretese il sequestro conservativo sul saldo attivo di un'ulteriore relazione bancaria e infine ha ordinato la confisca e la distruzione delle armi vietate ancora sotto sequestro.
D. Con sentenza del 28 febbraio 2011, la Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino (CARP), sedente quale Corte di cassazione e di revisione penale giusta l'art. 453 CPP, ha parzialmente accolto il ricorso di A._ contro il giudizio del 28 aprile 2010. In sintesi, la CARP ha rilevato che, pronunciandosi sulle pretese della parte civile, sulle confische, sui sequestri conservativi e sulle relative assegnazioni, i giudici del rinvio hanno oltrepassato il loro potere d'esame, trattandosi di questioni non contemplate dal rinvio. La CARP ha per contro confermato la condanna e la pena inflitta a A._.
E. A._ si aggrava al Tribunale federale con ricorso in materia penale. Postula in via principale e subordinata l'annullamento delle sentenze del 29 dicembre 2008 della Corte di cassazione e di revisione penale e del 28 febbraio 2011 della Corte di appello e di revisione penale. Chiede in via principale la loro riforma nel senso che sia dichiarato autore colpevole unicamente di falsità in documenti e condannato a una pena detentiva di tre mesi, da dedursi il carcere preventivo sofferto, sospesi condizionalmente per un periodo di prova di due anni, nonché il suo proscioglimento da qualsiasi altra imputazione, rispettivamente l'abbandono del relativo procedimento. Formula inoltre istanza di assistenza giudiziaria e di gratuito patrocinio.
Non sono state chieste osservazioni sul merito del gravame.

Diritto:
1. Presentato dall'imputato, le cui conclusioni sono state disattese (art. 81 cpv. 1 lett. a e b n. 1 LTF), e diretto rispettivamente contro una decisione finale e una precedente decisione incidentale (art. 90 e 93 cpv. 3 LTF) rese in materia penale (art. 78 cpv. 1 LTF) da un'autorità di ultima istanza cantonale (art. 80 cpv. 1 LTF), il ricorso in materia penale, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF), è di massima ammissibile.
2. L'insorgente lamenta segnatamente la violazione degli art. 288 lett. c e 295 CPP/TI e di riflesso dell'art. 9 Cost. In primo luogo, nonostante la CCRP fosse vincolata dagli accertamenti di fatto del giudice di prima istanza, avrebbe determinato la volontà interna del ricorrente e di B._ circa la creazione di una comunione domestica, mescolando accertamenti di fatto di prima istanza e stabilendone altri in contrasto con gli atti. Così facendo la CCRP sarebbe incorsa nell'arbitrio.
2.1 Secondo le topiche disposizioni della procedura penale ticinese, che disciplinano questo procedimento, la CCRP è vincolata dai fatti accertati, senza arbitrio (sulla cui definizione v. <ref-ruling> consid. 2.4), dal giudice del merito (art. 295 cpv. 1 e 288 lett. c CPP/TI).
2.2 La Corte delle assise criminali ha accertato che a partire dall'anno 2000, ossia dal raggiungimento della maggiore età di B._, i rapporti tra questi e il ricorrente sono andati via via deteriorandosi: tra i due vi erano spesso dei litigi e il giovane - che nel 2000 era già fuggito di casa - cercava di rimanere fuori di casa il più possibile, al fine di evitare l'insorgente (sentenza del 5 giugno 2008 pag. 31, 69, 77 seg., 80, 85, 87, 89, 91, 137). Ha inoltre appurato che già nei primi mesi del 2001 i loro rapporti erano ormai definitivamente compromessi e che la volontà del ricorrente era di separarsi al più presto dal ragazzo, tanto che acquistò dapprima un terreno a W._ con l'intenzione di costruirvi una casa dove andare ad abitare ed in seguito l'attico di X._ (sentenza citata pag. 138).
2.3 Contrariamente all'assunto dell'insorgente, la CCRP non si è tuttavia affatto scostata da quanto accertato in prima istanza nel ritenere che "terminata la tutela, la convivenza non si è protratta per una reale volontà dei due di fondare una comunione domestica simile a quella di una famiglia, ma si è piuttosto trascinata in modo burrascoso, contro il reale desiderio di entrambi" (sentenza del 29 dicembre 2008 pag. 25). Già la Corte del merito aveva infatti constatato i difficili rapporti tra il giovane e il ricorrente, il tentativo del primo di restare fuori di casa il più possibile e il desiderio del secondo di trovare quanto prima un'altra sistemazione. La CCRP non ha fatto altro che affermare in modo più esplicito quanto già accertato dai giudici di prime cure. Sicché, nella fattispecie, non si ravvede alcuna violazione arbitraria del potere d'esame dell'autorità di ricorso.
3. Il ricorrente si duole di un ulteriore accertamento arbitrario dei fatti, in quanto la CCRP avrebbe negato che i rapporti intrattenuti con l'ex pupillo fossero caratterizzati da uno spirito di comunanza e di familiarità e avrebbe invece ritenuto che egli fosse per il giovane un riferimento soprattutto per questioni amministrative. In realtà, dall'intero incarto risulterebbe che tra i due vi era un rapporto molto stretto, simile a quello che unisce padre e figlio. A riprova della natura di questo rapporto sono riprodotti stralci delle deposizioni di diversi testi.
3.1 Nella misura in cui il ricorrente si avvale delle dichiarazioni dell'allora segretario della Delegazione tutoria e di quelle dell'allora capo dell'Autorità di vigilanza sulle tutele, le censure di arbitrio cadono nel vuoto. Se infatti è vero che essi hanno riferito che il ragazzo considerava l'insorgente come una sorta di genitore sostitutivo, è anche vero che simili affermazioni riguardano la situazione in essere al momento della tutela. Le criticate valutazioni della CCRP, per contro, concernono il periodo che segue la fine della tutela.
3.2 Per quanto concerne più in particolare quest'ultimo periodo, l'insorgente si richiama, tra l'altro, a quanto affermato dalla psichiatra, secondo cui tra loro due esisteva un rapporto di fiducia e affettivo estremamente forte. Sennonché, tale dichiarazione si riferisce al momento in cui il giovane è stato degente presso la clinica C._ (dal 24 settembre al 21 ottobre 2000; v. sentenza del 5 giugno 2008 pag. 70). Il ricorrente però tace sulle ulteriori affermazioni della psichiatra, riportate nella sentenza di primo grado e relative all'incontro avuto con l'insorgente nel giugno 2001, quando ha in particolare dichiarato che in quell'occasione il ricorrente le ha riferito che il giovane "aveva degli atteggiamenti tirannici e aggressivi verbalmente nei confronti suoi (n.d.r. del ricorrente) e della sua compagna", situazione che divergeva da quella da lui stesso delineatale in precedenza (sentenza del 5 giugno 2008 pag. 90). È quindi l'insorgente medesimo a segnalare una mutazione dei rapporti rispetto a quelli pregressi.
3.3 Nel gravame vengono poi citate le dichiarazioni del giovane e del vice direttore della banca. Il primo ha confidato che, in occasione dell'incontro del 9 luglio 2001 in banca, l'insorgente nonostante tutto gli faceva "un po' pena", aggiungendo che se proprio fosse rimasto senza un centesimo gli sarebbe dispiaciuto "un po' ", anche se era quello che si meritava e, più avanti, che l'incontro è stato "una cosa brutta e antipatica (...) non solo l'accenno alla prigione ma anche il resto, perché era la fine di un rapporto durato 9 anni". Il secondo, dal canto suo, ha riferito che i rapporti iniziali tra il ricorrente e il ragazzo erano buoni e che quando l'ex pupillo è andato in banca "aveva prospettato fin dall'inizio di arrivare a un accordo".
Per quanto concerne le dichiarazioni di quest'ultimo, non si scorge, e nel ricorso non viene spiegato, come possano attestare l'esistenza di un rapporto molto stretto tra l'insorgente e il giovane. Che i rapporti tra i due fossero inizialmente buoni, ancora non significa che tra loro ci fosse quello spirito di comunanza e di familiarità, che la CCRP, secondo il ricorrente, avrebbe arbitrariamente negato. Nemmeno la pretesa propensione ad arrivare a un accordo manifestata dal giovane è rivelativa di una particolare affettività. Secondo gli accertamenti di prima istanza, che il ricorrente non mette in discussione, tale propensione - se di propensione si può parlare, visto che è il ragazzo stesso ad aver qualificato il "colmo" la proposta di lasciare al ricorrente un milione di franchi in cambio della retrocessione di quanto gli spettava (v. sentenza del 5 giugno 2008 pag. 99) - non era motivata da un particolare sentimento di affetto, quanto piuttosto dall'interesse personale di evitare gli importanti rischi fiscali paventatigli dai consulenti bancari e dallo stesso insorgente, poiché metà del consistente patrimonio non era dichiarato al fisco (v. sentenza citata pag. 101 seg.). Certo, il ragazzo provava "un po' " di pena, ma nulla indica che ciò consistesse in qualcosa che andava oltre la compassione o la commiserazione. Sentimenti questi peraltro neppure tanto spontanei, ricordato che è stato il direttore della filiale della banca a reputare sia di non poter lasciare il ricorrente "senza un centesimo" sia di concedergli un milione di franchi (v. sentenza citata pag. 98).
3.4 Il ricorrente cita infine le sue dichiarazioni, secondo cui lui e il giovane vivevano "come una famiglia". Nulla però conforta tale affermazione. Anzi. È l'insorgente medesimo che, in uno scritto del 12 giugno 2001 indirizzato alla Delegazione tutoria (un anno e mezzo dopo la fine del suo incarico di tutore), afferma di ritenersi "moralmente esonerato da qualsiasi responsabilità", aggiungendo che a decorrere dal raggiungimento della maggiore età del giovane i loro rapporti si sono deteriorati (v. sentenza del 5 giugno 2008 pag. 90-91 e sentenza del 29 dicembre 2008 pag. 25).
3.5 Ne consegue che nel ritenere che tra il ricorrente e il giovane non vi era spirito di comunanza e di familiarità, che la loro convivenza si è trascinata in modo burrascoso e non si è protratta per una reale volontà di fondare una comunione domestica simile a quella di una famiglia, la CCRP non ha commesso arbitrio.
4. A mente dell'insorgente, la CCRP sarebbe pure incorsa nell'arbitrio nel ritenere, senza alcun elemento probatorio o anche soltanto interpretativo a favore, che i valori patrimoniali affidatigli comprendevano non solo il patrimonio iniziale del giovane, ma anche gli utili degli investimenti eseguiti dagli operatori bancari. Come rettamente ipotizzato dallo stesso ricorrente, si tratta di una questione di diritto da vagliare nell'ambito dell'esame della censura relativa alla violazione dell'art. 138 CP (v. infra consid. 6.4).
5. Sotto il profilo del diritto materiale, l'insorgente lamenta un'errata applicazione degli art. 110 cpv. 2 e 31 CP, con conseguente violazione degli art. 138 n. 1 cpv. 4 e 146 cpv. 3 CP. Sulla base di accertamenti arbitrari, la CCRP, negando che lui e il ragazzo formavano una comunione domestica, avrebbe lasciato in sospeso la questione della tempestività della querela di parte. A mente del ricorrente, in realtà, fra i due vi erano rapporti di vita e affettivi talmente intensi e stretti da essere equiparati a quelli tra un padre e un figlio, formanti dunque una comunione domestica. Il perseguimento e la condanna dell'insorgente presupporrebbero pertanto l'esistenza di una valida querela, che in casu sarebbe però tardiva.
5.1 Sia l'appropriazione indebita sia la truffa, se commesse a danno di un congiunto o di un membro della comunione domestica, sono reati puniti solo a querela di parte (art. 138 n. 1 cpv. 4 e 146 cpv. 3 CP). Giusta l'art. 110 cpv. 2 CP, per membri della comunione domestica s'intendono le persone conviventi nella medesima economia domestica.
Secondo la giurisprudenza, il privilegio della necessità della querela si giustifica in ragione del particolare legame che unisce l'autore e il danneggiato (DTF 72 IV 4 pag. 6). Con questa esigenza il legislatore ha voluto evitare che le autorità penali intervengano, contro la volontà del danneggiato, all'interno della comunione domestica, compromettendone l'armonia dei suoi membri e rendendone più difficile o impossibile la convivenza (<ref-ruling>). Detto privilegio intende dunque favorire l'equilibrio tra persone che, vivendo nella medesima economia domestica, formano una comunità simile a quella dei membri di una famiglia (<ref-ruling> consid. 2a). Queste persone devono avere la possibilità di risolvere tra di loro i conflitti causati dal reato. La pretesa punitiva dello Stato va quindi accantonata sino a quando non appare evidente, dall'inoltro di una querela, che una soluzione tra le parti non è possibile (MARTIN SCHUBARTH, in Kommentar zum schweizerischen Strafrecht, vol. 2, 1990, n. 62 ad art. 140 CP e n. 160 ad art. 137 CP).
5.2 La nozione di membri della comunione domestica - come quella di congiunti - va interpretata in modo restrittivo, tenuto conto dell'interesse della società e della giustizia al perseguimento dell'autore di un'infrazione, i cui rapporti particolari con il danneggiato nulla tolgono all'esistenza di un reato (DTF 72 IV 4; 74 IV 88 pag. 92).
Compongono una comunione domestica due o più persone che, oltre a mangiare insieme, vivono e dormono sotto lo stesso tetto (<ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling>). La convivenza dev'essere duratura (STEFAN TRECHSEL/BRUNO STÖCKLI, in Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, n. 6 ad art. 110 CP) e la relazione intesa a priori come il desiderio di vivere insieme in modo stabile e a tempo indeterminato (YVAN JEANNERET, in Commentaire romand, Code pénal I, n. 3 ad art. 110 cpv. 2 CP). La natura quasi familiare sottesa dalla nozione di comunione domestica presuppone inoltre che i suoi membri siano uniti da una relazione personale di una certa vicinanza, analoga a quella che accomuna una coppia e/o i suoi figli (JEANNERET, op. cit., n. 4 ad art. 110 cpv. 2 CP; ANDREAS ECKERT, in Basler Kommentar, Strafrecht I, 2a ed. 2007, n. 5 ad art. 110 cpv. 2 CP). Quest'ultimo elemento non va però compreso in un senso psicologico o emozionale: i sentimenti non possono infatti essere misurati con la precisione necessaria alla sicurezza del diritto (CHRISTOF RIEDO, Der Strafantrag, 2004, pag. 25). Per determinare se l'autore e il danneggiato formano una comunione domestica, occorre fondarsi unicamente su criteri oggettivi (sentenza 6S.623/2000 del 29 marzo 2001 consid. 1c/bb).
5.3 La comunione domestica deve esistere al momento della commissione del reato. Non importa se immediatamente dopo l'autore abbandoni la comunione o abbia l'intenzione di abbandonarla dopo il reato, perché il privilegio della querela non cessa con essa (sentenza 6S.623/2000 del 29 marzo 2001 consid. 1c/bb, di altra opinione TRECHSEL/STÖCKLI, op. cit., n. 9 ad art. 110 CP).
5.4 È stato accertato che il ricorrente ha conosciuto la madre del danneggiato negli anni 1992-1993. Tra i due è presto nata una relazione sentimentale sfociata nella convivenza. Dopo la morte della donna, avvenuta il 9 febbraio 1998, l'insorgente ha continuato a vivere nella casa di Y._ insieme al di lei figlio (di cui è stato tutore dal 20 febbraio 1998 al 6 gennaio 2000) fino a fine giugno/inizio luglio 2001, quando si è trasferito provvisoriamente in una pensione a Z._, in attesa di poter abitare un attico a X._, lasciando il ragazzo senza soldi e senza comunicargli il suo recapito. L'insorgente ha iniziato a commettere i fatti imputatigli il 12 marzo 1998, ossia pochi giorni dopo la sua nomina a tutore, continuando durante tutta la durata della funzione. Gli addebiti concernono pure il periodo successivo, estendendosi dal 12 gennaio 2000 fino al 3 luglio 2001. Nel 2000 i loro rapporti si sono deteriorati. Il giovane ha cercato in vari modi di sottrarsi alla convivenza che viveva come un'imposizione: dapprima con la fuga, poi con il consumo di droghe leggere, quindi con soggiorni all'estero, apparentemente motivati dalla volontà di frequentare dei corsi, e infine cercando di restare fuori di casa il più possibile, per evitare il ricorrente. Sulla base di questi fatti, la CCRP ha rilevato, senza commettere arbitrio (v. supra consid. 3), che la convivenza con il giovane, dopo la morte della madre, non è stata la manifestazione di rapporti di affetto particolari, né l'espressione dell'impegno dell'insorgente ad assumere un ruolo educativo quasi-paterno. La possibilità di continuare a vivere nella casa di Y._ è stata anzi il compenso che il ricorrente stesso chiese per l'esercizio della funzione di tutore. Al termine della tutela, poi, la convivenza non si è protratta per una reale volontà dei due di fondare una comunione domestica, ma si è trascinata in modo burrascoso. La CCRP ha quindi concluso che il modus vivendi degli interessati non potesse essere qualificato di comunione domestica ai sensi dell'art. 110 cpv. 2 CP.
5.5 La conclusione della Corte cantonale merita tutela. Sebbene il ricorrente abbia vissuto per diversi anni con il danneggiato, la forma e l'intensità della loro convivenza non erano tali da renderla una comunione domestica ai sensi della sua definizione legale penale che, si ricorda, va interpretata in modo restrittivo (v. supra consid. 5.2). Posto come il giovane cercasse di restare fuori di casa il più possibile, la convivenza al momento della commissione dei reati, di cui è stato vittima, in realtà si riduceva a ben poca cosa. Peraltro, il ricorrente non solo aveva deciso di trasferirsi altrove senza di lui, ma aveva già intrapreso passi concreti in tal senso, dapprima con l'acquisto del terreno a W._ (il primo acconto per l'acquisto è stato effettuato il 22 marzo 2001) e poi con quello dell'attico a X._ (primo assegno emesso in data 19 giugno 2001), manifestando così chiaramente che la relazione non era accompagnata dal desiderio di vivere con il giovane in modo stabile e duraturo. Si tratta di elementi oggettivi che - in effetti senza arbitrio - impediscono di concludere sull'esistenza di una comunione domestica e che prescindono dagli aspetti puramente emozionali, segnatamente dalle difficoltà relazionali più volte evocate dai giudici cantonali. Ciò premesso, non potendo essere considerato membro di una comunione domestica, il perseguimento del ricorrente non presupponeva l'inoltro di una querela e la questione dell'eventuale tardività della stessa non si pone.
6. Per quanto concerne la condanna per appropriazione indebita, in parte aggravata, il ricorrente si duole della violazione dell'art. 138 CP.
Innanzitutto, a sua mente, il suo agire dovrebbe essere giudicato alla luce dell'art. 158 CP e non dell'art. 138 CP. Nell'arco dell'intero periodo in cui ha investito la fortuna del giovane, egli avrebbe infatti agito come gestore del suo patrimonio, godendo di totale indipendenza e autonomia. Gli potrebbe pertanto tutt'al più venir rimproverato di aver abusato della sua qualità di rappresentante ai sensi dell'art. 158 n. 2 CP. Nella fattispecie farebbe però difetto l'elemento del danno al patrimonio del rappresentato, dal momento che il capitale ha registrato un incremento di circa dieci milioni. Si tratterebbe di un reddito netto, pur dedotte tutte le "scremature" operate dall'insorgente sugli utili realizzati, pari a più del 20 %.
Ma quand'anche si dovesse ritenere il comportamento del ricorrente caratteristico di un'appropriazione indebita, si dovrebbero considerare affidati unicamente i valori patrimoniali che costituivano il capitale iniziale del giovane, oltre interessi e/o utili che ne potevano derivare, e non anche, come fatto dalla CCRP, i potenziali proventi. L'insorgente non avrebbe infatti avuto alcun obbligo legale e/o contrattuale di adoperarsi in una gestione patrimoniale frenetica con utili milionari, di cui si è appropriato in ragione di nemmeno un terzo. L'obbligo del ricorrente di conservare il controvalore si limitava pertanto al capitale iniziale depositato sulle varie relazioni bancarie e semmai a un utile netto usuale non superiore al 10-15 %.
A titolo abbondanziale, infine, l'insorgente sostiene che nemmeno sarebbero dati i presupposti per ritenerlo colpevole di appropriazione indebita aggravata giusta l'art. 138 n. 2 CP. Egli sarebbe stato nominato unicamente tutore educativo e di rappresentanza del ragazzo, il ruolo di tutore finanziario sarebbe invece stato attribuito ad altre persone.
6.1 L'appropriazione indebita giusta l'art. 138 CP prevale sull'amministrazione infedele ai sensi dell'art. 158 CP (sentenza 6P.225/2006 del 5 marzo 2007 consid. 9.2). Si giustifica quindi esaminare dapprima se il comportamento del ricorrente possa essere qualificato di appropriazione indebita.
6.2 Secondo l'art. 138 n. 1 cpv. 2 CP, si rende colpevole di appropriazione indebita ed è punito con una pena detentiva sino a cinque anni o con una pena pecuniaria chiunque indebitamente impiega a profitto proprio o di un terzo valori patrimoniali affidatigli. Il colpevole è punito con una pena detentiva sino a dieci anni o con una pena pecuniaria se ha commesso il fatto in qualità di membro di un'autorità, di funzionario, di tutore, di curatore, di gerente di patrimoni, o nell'esercizio di una professione, di un'industria o di un commercio, per il quale ha ottenuto l'autorizzazione da un'autorità (art. 138 n. 2 CP).
6.2.1 L'appropriazione indebita presuppone l'esistenza di valori patrimoniali affidati. Ciò implica che l'autore ha ottenuto la possibilità di disporne, ma che, in virtù di un accordo (espresso o tacito) o in base a un altro rapporto giuridico, possa farne un uso determinato nell'interesse dell'affidante, segnatamente conservarli, amministrarli o consegnarli a qualcun altro (<ref-ruling> consid. 6.2 pag. 27). Secondo la giurisprudenza, un conto bancario sul quale è stata accordata una procura costituisce un valore patrimoniale affidato, indipendentemente dall'ulteriore facoltà di disposizione del titolare del conto. Basta che l'autore sia posto nella situazione di poterne disporre da solo. Nonostante critiche dottrinali, il Tribunale federale ha mantenuto questa giurisprudenza (<ref-ruling> consid. 6.2 pag. 27; <ref-ruling> e rinvii).
L'art. 138 n. 1 cpv. 2 CP non tutela la proprietà, bensì il diritto di colui che ha affidato i valori patrimoniali a un loro utilizzo conforme allo scopo fissato e alle istruzioni impartite. L'elemento caratteristico di questo reato è dunque il comportamento con cui l'autore dimostra chiaramente la sua volontà di non rispettare i diritti dell'affidante (DTF <ref-ruling> consid. 6.1.1; <ref-ruling> consid. 2.2.1). Il gerente di patrimoni che, contravvenendo ai suoi obblighi, dispone a proprio profitto di averi affidatigli per versarli su un conto di sua pertinenza, viola l'obbligo di conservare il controvalore (Werterhaltungspflicht) e impiega di conseguenza in modo illecito i valori affidatigli (v. sentenza 6P.225/2006 del 5 marzo 2007 consid. 9.1).
6.2.2 L'art. 138 n. 2 CP enumera in modo esaustivo coloro che possono rendersi colpevoli della fattispecie aggravata di appropriazione indebita (MARCEL ALEXANDER NIGGLI/CHRISTOF RIEDO, in Basler Kommentar, Strafrecht II, 2a ed. 2007, n. 146 ad art. 138 CP). Si tratta di persone in cui viene riposta un'accresciuta fiducia (<ref-ruling> consid. 1b pag. 184). È necessario che l'autore agisca in una delle vesti elencate dalla disposizione rispettivamente nell'esercizio di tali funzioni (GÜNTER STRATENWERTH/GUIDO JENNY/FELIX BOMMER, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil I, 7a ed. 2010, §13 n. 64).
Per tutore giusta l'art. 138 n. 2 CP s'intende la persona a cui le competenti autorità hanno validamente affidato tale incarico ai sensi degli art. 360 segg. CC e che è pertanto autorizzata a rappresentare giuridicamente il tutelato (NIGGLI/RIEDO, op. cit., n. 164 ad art. 138 CP).
6.2.3 L'appropriazione indebita è un reato intenzionale. L'autore deve inoltre agire al fine di procacciare a sé o ad altri un indebito profitto. Non agisce con il proposito di conseguire un indebito profitto l'autore che ha la possibilità e la volontà di fornire in qualsiasi momento all'avente diritto l'equivalente dei valori patrimoniali affidatigli e da lui impiegati a profitto proprio o di un terzo (capacità di restituzione, Ersatzbereitschaft; <ref-ruling> consid. 6.1.2).
6.3 Il ricorrente è stato tutore del danneggiato dal 20 febbraio 1998 al 6 gennaio 2000. Sino al 6 ottobre 1998 ha rivestito questa funzione da solo. Considerata l'entità del patrimonio del pupillo, il 7 ottobre 1998 la Delegazione tutoria ha deciso di affiancargli un secondo tutore, con il compito e la responsabilità di gestire il patrimonio del tutelato. Il mandato del ricorrente veniva limitato agli aspetti educativi e di rappresentanza del minore.
6.3.1 Confermando la condanna del ricorrente per appropriazione indebita qualificata, la CCRP ha ritenuto che egli, oltre al compito educativo, aveva anche quello di rappresentanza e che grazie a quest'ultima funzione disponeva della procura sui conti del minore. I beni risultavano quindi a lui affidati anche dopo la nomina del secondo tutore.
6.3.2 È indubbio che, perlomeno nel periodo in cui il ricorrente è stato l'unico tutore del minore, i beni di quest'ultimo risultavano affidati al ricorrente, per cui tutte le malversazioni compiute dall'insorgente in questo periodo, descritte nella sentenza del 5 giugno 2008 pag. 50-53, commesse nell'esercizio della tutela, al fine di procacciarsi un indebito profitto, sono costitutive del reato di appropriazione indebita aggravata ai sensi dell'art. 138 n. 2 CP.
Più delicata appare la questione dell'affidamento a far tempo dal 7 ottobre 1998, quando al ricorrente è stato affiancato il secondo tutore. Benché la gestione dei beni non fosse più attribuita all'insorgente, come rettamente rilevato in sede cantonale, egli, in virtù del suo potere di rappresentanza, era comunque posto nella situazione di poter disporre senza l'ausilio di chicchessia, e segnatamente dell'ulteriore tutore, dei valori patrimoniali del minore, che dunque risultavano ancora affidati al ricorrente (v. supra consid. 6.2.2). Questi avrebbe dovuto impiegarli per i bisogni del tutelato e non per i bisogni e sfizi personali propri e di terzi. Sicché, anche gli atti compiuti in questo periodo (descritti nella sentenza del 5 giugno 2008 pag. 53-60) adempiono la fattispecie di appropriazione indebita aggravata ai sensi dell'art. 138 n. 2 CP.
6.4 Per il periodo successivo alla tutela, il giovane che aveva raggiunto la maggiore età il 7 gennaio 2000, con documento post-datato al 10 gennaio 2000 (verosimilmente sottoscritto domenica 9 gennaio 2000), ha conferito all'insorgente una procura generale per tutti i fondi di sua spettanza depositati in banca, che continuavano a essere così affidati al ricorrente (v. supra consid. 6.2.2) per l'amministrazione e la gestione.
A torto il ricorrente sostiene che possono essere considerati affidati ai sensi dell'art. 138 n. 1 cpv. 2 CP esclusivamente i valori patrimoniali costituenti il capitale iniziale del giovane. Secondo i termini della procura, riprodotta nella sentenza del 5 giugno 2008, questi s'impegnava tra l'altro a riconoscere "perfettamente valide, per lui vincolanti e come se fossero da lui stesso effettuate, tutte le operazioni eseguite dal mandatario o fatte a suo nome dal mandatario in virtù della presente procura, comprese quelle concluse con terze persone e con l'intermediazione della banca". Così, per effetto del rapporto di rappresentanza, tutti gli utili derivanti dalle operazioni effettuate o ordinate dall'insorgente andavano automaticamente ad accrescere il capitale iniziale. Il ricorrente-mandatario poteva disporre "di tutti i fondi deposti in banca al nome del mandante, in particolare di averi in conto corrente, su libretti di risparmio nonché di titoli e valori di qualsiasi natura e specie". La procura non era limitata a un importo determinato, ma comprendeva tutti i beni che il giovane deteneva in banca, ivi compresi dunque gli utili delle operazioni finanziarie. Che poi, come giustamente rilevato dalla CCRP, l'insorgente, invece di adoperarsi per una gestione conservativa dei beni, abbia optato per una gestione del patrimonio volta alla crescita, non gli dava di sicuro il diritto di impiegare a proprio profitto e a quello di altri i maggiori utili derivanti da questa scelta.
Effettuando ripetuti, a tratti addirittura frenetici e ingenti prelievi dai conti a lui affidati per finanziare il suo lussuoso tenore di vita e quello di persone a lui vicine e per costituirsi una sorta di fortuna personale, il ricorrente ha senz'altro adempiuto tutti gli elementi oggettivi del reato di appropriazione indebita. Egli ha pure agito intenzionalmente e allo scopo di indebito profitto proprio e di terzi, per non avere la possibilità, non svolgendo alcuna attività lucrativa e non disponendo di alcuna fortuna propria, e ancor meno la volontà di restituire quanto illecitamente prelevato dai conti affidatigli. Il comportamento del ricorrente adempie pertanto tutti gli elementi costitutivi dell'art. 138 n. 1 cpv. 2 CP e la sua condanna per questo titolo risulta conforme al diritto.
7. Il ricorrente, con riferimento all'art. 29 Cost., lamenta la violazione del principio di celerità. Rileva che nei suoi confronti la promozione dell'accusa per truffa sarebbe avvenuta soltanto il 4 maggio 2009, a distanza di sette anni e mezzo dall'apertura del procedimento penale. La stessa avrebbe pertanto dovuto essere abbandonata o perlomeno il ricorrente avrebbe dovuto andare esente da pena.
7.1 Il principio della celerità sancito dall'art. 29 Cost. impone alle autorità di condurre la procedura penale con la dovuta sollecitudine, non appena l'accusato è informato dei sospetti che pesano su di lui, al fine di non lasciarlo inutilmente nello stato di angoscia che comporta una causa penale. Poiché i ritardi accumulati nel corso del procedimento penale non possono essere sanati, il Tribunale federale ne ha dedotto, in caso di sua violazione, delle conseguenze a livello di commisurazione della pena. La violazione del principio comporta di regola una riduzione della pena, talvolta pure l'esenzione da pena oppure, quale ultima ratio in casi estremi, l'abbandono del procedimento (<ref-ruling> consid. 8 con rinvii). Per rimediare a una sua violazione, occorre tener conto sia dell'impatto sull'accusato dei ritardi della procedura sia della gravità dei reati rimproveratigli, nonché della pena che sarebbe stata irrogata se non ci fosse stata alcuna violazione del principio in questione. Anche gli interessi dei danneggiati devono essere presi in considerazione. Il giudice è tenuto ad accertarne la violazione e, se del caso, a spiegare in che misura ne ha tenuto conto (sentenza 6P.128/2001 del 18 dicembre 2001 consid. 11 c/bb).
7.2 Pur riconoscendo una violazione del principio di celerità, la CARP non ha ravvisato nel caso concreto quell'eccezionalità che giustificherebbe un'esenzione da pena o addirittura l'abbandono del procedimento. Il tempo trascorso, che peraltro non gli varrebbe il riconoscimento dell'attenuante specifica giusta l'art. 48 lett. e CP, è certo importante, ma non sarebbe ancora tale da rendere priva di senso la pronuncia di una sanzione. Se è vero che il diritto al risarcimento del danno patito dalla parte civile non verrebbe compromesso da un eventuale abbandono dell'imputazione di truffa, ciò non toglie che il ricorrente si è reso colpevole di diversi reati particolarmente gravi, tra cui, considerati l'importo sottratto e le modalità di esecuzione, la truffa rappresenta indubbiamente quello più grave. La CARP ha inoltre osservato che, nel caso in cui l'inchiesta non avesse subito ritardi di rilievo, il ricorrente si sarebbe visto infliggere una detenzione di sei anni, pena di gran lunga più severa. Tenuto conto di tutti questi elementi e posto che il procedimento non ha subito ritardi a tal punto gravi da configurare una situazione di ultima ratio, i giudici cantonali hanno ritenuto giustificata unicamente una riduzione della pena.
7.3 Queste considerazioni non prestano il fianco a critiche. Del resto, il ricorrente medesimo non si avvale di alcun pregiudizio particolarmente grave, riconducibile agli incontestati ritardi della procedura, che imporrebbe l'esenzione da pena o addirittura l'abbandono del procedimento. Egli si limita ad addurre una non meglio precisata sofferenza e generici disagi, osservando di vivere tuttora in parte a carico dell'assistenza sociale. Non pretende però che la sua dipendenza economica sia una conseguenza della violazione del principio della celerità. Nemmeno va poi dimenticata, come giustamente rimarcato dalla CARP, la gravità tanto oggettiva che soggettiva della truffa per la quale è stato condannato. Sebbene il danneggiato abbia potuto recuperare il frutto del reato, il ricorrente era comunque riuscito, approfittando della fiducia in lui riposta da un giovane inesperto, a sottrarre in un colpo solo valori patrimoniali superiori ai venti milioni di franchi, somma di gran lunga maggiore a quella di cui si era indebitamente appropriato nell'arco di oltre tre anni. In concreto, in punto al reato di truffa manifestamente né sono dati i presupposti per abbandonare il procedimento né per esentare da pena il suo autore. Infondata, la censura va quindi respinta.
8. Il ricorrente si duole infine dell'entità come tale della pena inflittagli. Condannato a una pena detentiva di due anni e otto mesi, di cui due anni sospesi condizionalmente, la stessa avrebbe dovuto essere contenuta in modo da essere compatibile con una sua totale sospensione condizionale. Tenuto conto del carcere preventivo sofferto, egli dovrebbe tornare in carcere per quattro mesi, trascorsi dieci anni dai fatti rimproveratigli. La pena violerebbe inoltre l'art. 47 CP, perché nella sua commisurazione non sarebbero stati presi in considerazione diversi elementi. Innanzitutto, sarebbe definitivamente caduto il reato di estorsione, di cui era stato tenuto conto nell'ambito della commisurazione della pena nella sentenza del 5 giugno 2008. Il ricorrente, per di più, sarebbe stato prosciolto dall'imputazione relativa a un determinato addebito di un conto bancario con conseguente accredito di un altro. Nella valutazione della sua colpa, non si sarebbe considerato a sufficienza che, nonostante le "scremature", il patrimonio del danneggiato è aumentato di ben fr. 9'800'000.--. Infine, non sarebbe stato accordato sufficiente peso alla crassa violazione del principio della celerità e al lungo tempo trascorso dai fatti.
8.1 Giusta l'art. 47 CP, il giudice commisura la pena alla colpa dell'autore. Tiene conto della vita anteriore e delle condizioni personali dell'autore, nonché dell'effetto che la pena avrà sulla sua vita (cpv. 1); la colpa è determinata secondo il grado di lesione o esposizione a pericolo del bene giuridico offeso, secondo la riprensibilità dell'offesa, i moventi e gli obiettivi perseguiti, nonché, tenuto conto delle circostanze interne ed esterne, secondo la possibilità che l'autore aveva di evitare l'esposizione a pericolo o la lesione (cpv. 2).
La norma conferisce al giudice un ampio potere di apprezzamento. Il Tribunale federale interviene solo quando il giudice cantonale cade nell'eccesso o nell'abuso di questo potere, ossia laddove la pena esca dal quadro edittale, sia valutata in base a elementi estranei all'art. 47 CP o appaia eccessivamente severa o clemente (<ref-ruling> consid. 5.3.1; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 6.1 e rinvii).
8.2 Con sentenza del 5 giugno 2008 il ricorrente è stato condannato a una pena detentiva di tre anni, dopo essere stato riconosciuto colpevole di ripetuta appropriazione indebita, in parte aggravata, e di falsità in documenti. A seguito del rinvio ordinato dalla CCRP, sono state prospettate al ricorrente le nuove accuse di truffa, subordinatamente appropriazione indebita, per due distinte operazioni di addebito di altrettanti conti bancari e di tentata e consumata estorsione. Con sentenza del 28 aprile 2010, l'insorgente è stato condannato per titolo di truffa in relazione a uno di questi addebiti, ma è stato prosciolto dalle ulteriori imputazioni. In applicazione della pena, tenuto conto anche dei reati per i quali era stato riconosciuto colpevole con la prima sentenza, è quindi stato condannato alla pena detentiva di due anni e otto mesi. La Corte delle assise correzionali non ha proceduto a una commisurazione della pena autonoma, ma ha ricommisurato la pena inizialmente inflitta dalla Corte delle assise criminali. In sostanza, la pena inizialmente inflitta è stata ridotta di quattro mesi tenuto anche conto dell'ulteriore allungamento del procedimento penale risultante dal rinvio.
La colpa del ricorrente è stata definita di una gravità inaudita. Alla gravità per l'entità plurimilionaria delle malversazioni si è aggiunta quella della loro regolarità e frequenza in un arco temporale di oltre tre anni e quella di essersi appropriato di oltre un milione nel periodo in cui fungeva da tutore, al solo fine di condurre una vita dispendiosa, senza peraltro lavorare, agendo con un'avidità e una cupidigia senza limiti. Anche quando sono venuti alla luce i suoi misfatti, invece di assumersi appieno e subito le proprie responsabilità, ha manifestato un'arroganza fuori dal comune, pretendendo un lauto compenso. A favore dell'insorgente, quale attenuante generica, è stato ritenuto il fatto di aver agito unicamente a danno degli utili dei capitali investiti, senza intaccare la sostanza del capitale che, nonostante le operazioni indebite, è comunque cresciuto. Sempre a suo favore sono inoltre stati considerati l'incensuratezza, la sua attuale condizione personale, familiare, sociale e il comportamento processuale caratterizzato da una discreta collaborazione. Ancora in senso attenuante sono stati considerati i comportamenti grossolanamente passivi degli altri protagonisti del caso, degli altri tutori, delle autorità tutelari, nonché del comportamento della banca. Valutati tutti questi elementi, i giudici di primo grado hanno ritenuto che il ricorrente avrebbe dovuto essere condannato a una pena minima di sei anni. Constatata l'importante violazione del principio di celerità e applicando inoltre l'attenuante specifica del lungo tempo trascorso dai fatti giusta l'art. 48 lett. e CP, la pena è stata fissata a tre anni. L'entità di questa pena poi è stata ulteriormente ridotta a due anni e otto mesi, a seguito del proscioglimento dai reati testé citati e dell'ulteriore violazione del principio della celerità per il periodo posteriore alla decisione di rinvio della CCRP.
8.3 Tutti gli elementi elencati nel ricorso sono stati compiutamente presi in considerazione per la commisurazione della pena finalmente inflitta all'insorgente.
Per quanto concerne in particolare il proscioglimento da alcune imputazioni, il ricorrente del resto non spiega per quali motivi ciò avrebbe giustificato una pena inferiore. Come già rettamente sostenuto dalla CARP, non va infatti enfatizzata la portata dell'assoluzione per un solo fatto relativo a un determinato addebito di un conto bancario con conseguente accredito di un altro, operazione considerata un atto posteriore non punibile (straflose Nachtat), perché la sostanza del reato rimane. Egli si era infatti impossessato di titoli del valore di oltre venti milioni di franchi. Il proscioglimento per questo fatto non modifica in modo sensibile la sua colpa e nemmeno può giustificare consistenti sconti di pena. Analogamente, neppure l'assoluzione dal reato di estorsione, imputato per aver tentato di ottenere dall'ex pupillo il versamento dell'importo di oltre un milione di franchi, quale liquidazione dei rapporti di dare e avere, facendo leva sulle conseguenze finanziarie e personali della mancata dichiarazione alle autorità fiscali di metà del suo patrimonio, può implicare una sostanziale riduzione di pena. La gravità della colpa, così come diffusamente descritta nella sentenza del 5 giugno 2008, resta praticamente intatta, nonostante il proscioglimento da questa accusa. Basti rilevare che i giudici di prima istanza hanno considerato che già solo gli atti commessi durante la tutela avrebbero giustificato una pena di due anni.
La CARP ha poi ricordato come la circostanza che nonostante le ripetute e massicce malversazioni la sostanza del giovane sia addirittura cresciuta era già stata valutata in senso attenuante nella prima sentenza, che lo condannava a tre anni di pena privativa della libertà. Alla luce di tutti gli atti di cui si è reso colpevole il ricorrente per importi multimilionari, pretendere ora che tale elemento debba assumere un maggior peso non si giustifica.
Infine, né la violazione del principio di celerità né l'attenuante specifica del lungo tempo trascorso, compreso quello per la presente trattazione del gravame, possono giustificare ulteriori sconti di pena. Nonostante la considerevole gravità della colpa, come già rilevato dalla CARP, il ricorrente, con riferimento al peso accordato agli elementi in questione, si è visto irrogare una pena oggettivamente mite. Maggiori riduzioni non sono ipotizzabili, anche tenuto conto che gli estremi per vedersi riconoscere l'attenuante specifica dell'art. 48 lett. e CP non risultavano dati.
9. In conclusione, il ricorso si rivela infondato e va pertanto integralmente respinto.
La domanda di assistenza giudiziaria e di gratuito patrocinio può essere accolta. Le conclusioni ricorsuali non erano infatti prive di possibilità di successo e il ricorrente ha dimostrato di non disporre dei mezzi finanziari necessari per far fronte alle spese giudiziarie e di patrocinio (art. 64 LTF).
Non essendo stati invitati a esprimersi sul ricorso, non occorre assegnare un'indennità per ripetibili agli opponenti (art. 68 cpv. 1 e 3 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. La domanda di assistenza giudiziaria e di gratuito patrocinio è accolta.
3. Non si prelevano spese giudiziarie.
4. L'avv. Marco Broggini viene incaricato del gratuito patrocinio del ricorrente e per la procedura in sede federale al medesimo viene corrisposta un'indennità di fr. 3'000.--, a carico della cassa del Tribunale federale.
5. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico e alla Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino.