Weisung, Einziehung (Art. 41 Ziff. 2, 58 StGB), (eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich, II. Strafkammer, vom 8. Juli 1999), hat sich ergeben:
A.- In der Nacht vom 26. zum 27. Mai 1996 wartete B._ (Jahrgang 1958) in seinem Auto auf dem Parkplatz vor den Geschäftsräumen seiner Frau in Zürich, um nach verschiedenen Beschädigungen am Auto dem vermuteten "Pneustecher" auf die Spur zu kommen. Gegen 0.50 Uhr nahm er wahr, wie A._ (Jahrgang 1939) am Auto vorbeiging, in die Hocke ging und eine Stechbewegung machte. Eine Beschädigung des Autos ist allerdings nicht erstellt, und A._ wird im vorliegenden Verfahren nicht vorgeworfen, das Fahrzeug in diesem oder in früheren Fällen beschädigt zu haben.
B._ kam nach den von ihm beobachteten Bewegungen von A._ aber zum Schluss, den "Pneustecher" erwischt zu haben. Er sprang aus dem Wagen und packte A._ von hinten mit einem Würgegriff. A._ schlug mit einer kurzen Eisenstange, die er in einen Plastiksack gewickelt bei sich trug, nach B._ und traf ihn am Kopf, worauf dieser einen Moment benebelt war und losliess. A._ rannte davon, wurde von B._ aber wieder eingeholt. A._ drehte sich um und gab aus ca. zwei Metern Distanz in Richtung von B._ zwei Schüsse aus einem Revolver ab, den er in der Hosentasche mitgeführt hatte. B._ gelang es trotzdem, A._ erneut in den Würgegriff zu nehmen, worauf es zu weiterem Gerangel mit Schlägen und zu zwei weiteren Schussabgaben durch A._ kam; der letzte Schuss wurde in nächster Nähe des Ohrs von B._ abgegeben. Die tätliche Auseinandersetzung wurde durch das Eintreffen anderer Personenbeendet.
B._ erlitt einen Einschuss im Bauch, einen Steckschuss in der Kopfschwarte (beide ohne langfristige Folgen) und eine bleibende Schädigung des Gehörs. A._ erlitt leichte Verletzungen sowie eine Gehirnerschütterung durch Schläge auf Kopf und Hand, wobei hinsichtlich der Kopfverletzungen davon auszugehen ist, dass er sich diese selber zugefügt hat im Bemühen, B._ zu treffen.
A._ leugnete zunächst, geschossen zu haben oder einen Revolver zu besitzen. Nachdem die Tatwaffe beim Tatort gefunden worden war und eine Hausdurchsuchung nebst einem Sturmgewehr eine Pump-Action Flinte sowie einen Schalldämpfer und anderes Zubehör zutage gebracht hatte, gab er schliesslich zu, die vier Schüsse abgefeuert zu haben. Als Begründung für sein Waffenarsenal gab er allgemeine Bedrohungsgefühle an, sei es durch kriminelle Banden bei seinen nächtlichen Spaziergängen, sei es vor politischen Umstürzen wie in Ex-Jugoslawien; für solche Fälle sei es gut, im Voraus gewappnet zu sein.
B.- Am 20. Mai 1998 sprach das Bezirksgericht Zürich A._ schuldig der Gefährdung des Lebens, der Körperverletzung sowie der mehrfachen Widerhandlung gegen die kantonale Waffenverordnung und verurteilte ihn zu einer bedingten Gefängnisstrafe von 6 Monaten (abzüglich 36 Tage Untersuchungshaft) bei einer Probezeit von drei Jahren, zu einer Busse von Fr. 1'000. -- und zur Leistung einer Genugtuung von Fr. 1'000. -- an B._. Ebenso erteilte es A._ die Weisung, inskünftig keine Schusswaffen mehr zu erwerben oder zu besitzen und verfügte die Einziehung der bei A._ beschlagnahmten Schusswaffen und Munition. Die Schadenersatzforderungen von B._ wies es ab.
C.- Auf Berufung sowohl von A._ wie von B._ hob das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 8. Juli 1999 die Verurteilung wegen Widerhandlung gegen die Waffenverordnung auf und bestätigte im Übrigen das erstinstanzliche Urteil einschliesslich der Weisung und Einziehungsverfügung, mit Ausnahme der an B._ zu bezahlenden Genugtuung, die es auf Fr. 5'000. -- erhöhte.
Die von A._ dagegen erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 23. September 2000 ab, soweit es darauf eintrat.
D.- A._ führt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde gegen das Urteil des Obergerichts mit dem Antrag, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zum Freispruch von Schuld und Strafe, Aufhebung der Genugtuungspflicht sowie der Kostenfolgen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ebenso sei die Weisung bezüglich des Erwerbs und Besitzes von Schusswaffen und die Einziehung der Schusswaffen aufzuheben.
Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Staatsanwaltschaft verweist zur Begründung der Weisung und der Einziehung der Schusswaffen auf die Urteile von Ober- und Bezirksgericht; angesichts des Verhaltens von A._ und der von ihm ausgehenden Gefahr seien Weisung wie Einziehung gerechtfertigt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-a) Hält der Kassationshof die Beschwerde im Strafpunkt für begründet, so hebt er den angefochtenen Entscheid auf und weist die Sache zu neuer Entscheidung an die kantonale Behörde zurück (Art. 277ter BStP). Auf die Rechtsbegehren kann nur in diesem Umfang eingetreten werden.
Die Nichtigkeitsbeschwerde kann nur damit begründet werden, dass der angefochtene Entscheid eidgenössisches Recht verletze (Art. 269 Abs. 1 BStP). Ausführungen über die Verletzung kantonalen Rechts sind unzulässig (Art. 273 Abs. 1 lit. b BStP). Die Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im angefochtenen Urteil beruht auf kantonalem Recht; soweit kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
b) Die Verurteilung wegen Körperverletzung wird vom Beschwerdeführer nicht bestritten, auf diesen Punkt ist deshalb nicht weiter einzugehen (Art. 273 Abs. 1 lit. a, Art. 277bis BStP). Des weiteren ficht der Beschwerdeführer die Zusprechung einer Genugtuung an den Geschädigten an, ohne aber sein Rechtsbegehren zu begründen, weshalb darauf nicht einzutreten ist (Art. 273 Abs. 1 lit. b BStP).
c) Ausführungen, die sich gegen die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz richten, oder das
Vorbringen neuer Tatsachen sind unzulässig. Der Kassationshof ist im Verfahren der Nichtigkeitsbeschwerde an den von der kantonalen Behörde festgestellten Sachverhalt gebunden (Art. 273 Abs. 1 lit. b, Art. 277bis BStP). Soweit sich der Beschwerdeführer gegen die tatsächlichen Vorbringen der Vorinstanz wendet, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Insbesondere hat sich die Vorinstanz ausdrücklich für die Darstellung der Tatsachen nach den Angaben des Geschädigten entschieden. Die anders lautenden Darstellungen des Beschwerdeführers sind damit nicht zu hören.
d) Der Beschwerdeführer verlangt eine Berichtigung von offensichtlichen Irrtümern gemäss Art. 277bis Abs. 1 Satz 3 BStP. Damit ist er nicht zu hören. Die offensichtlichen Versehen, auf welche ein Beschwerdeführer den Kassationshof im Rahmen der Nichtigkeitsbeschwerde aufmerksam machen kann, sind eng definiert und kommen insbesondere nicht in Betracht, wenn die kantonale Behörde eine Tatsache gestützt auf Beweiswürdigung festgestellt hat (<ref-ruling> E. 2b). Der Beschwerdeführer rügt Widersprüche in der Feststellung des Sachverhalts, wofür die staatsrechtliche Beschwerde für willkürliche Beweiswürdigung offen gestanden hätte; eine solche wurde aber nicht eingereicht.
2.-a) Der Beschwerdeführer macht eine Bundesrechtsverletzung geltend, in dem die Vorinstanz annehme, er habe bei der Schussabgabe skrupellos gehandelt.
Die Vorinstanz verweist auf den Bericht des Wissenschaftlichen Dienstes der Stadtpolizei Zürich, nach welchem die vom Beschwerdeführer verwendete Waffe und Munition geeignet gewesen sind, das Leben des Geschädigten in Gefahr zu bringen. Dies sei dem Beschwerdeführer bewusst gewesen, und mit der mehrfachen Schussabgabe aus nächster Nähe (selbst in der von ihm selber behaupteten Version des Sachverhaltes) habe er auch skrupellos gehandelt. Damit seien die objektiven und subjektiven Tatbestandsmerkmale der Gefährdung des Lebens erfüllt.
b) <ref-law> bedroht mit Zuchthaus bis zu fünf Jahren oder mit Gefängnis, wer einen Menschen in skrupelloser Weise in unmittelbare Lebensgefahr bringt. Die Bestimmung ist insbesondere auf Fälle ausgerichtet, in denen die Verletzungen, die das Opfer erlitten hat, nicht schwer genug sind, um auf eine lebensgefährliche Körperverletzung nach <ref-law> schliessen zu können, aber das Verhalten des Täters dennoch andere in Lebensgefahr gebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 57 f.).
Der Beschwerdeführer hat aus nächster Nähe mehrmals auf den Geschädigten geschossen, wobei sich die Mündung des Revolvers einmal unmittelbar neben dessen Kopf befand. Unter diesen Umständen hätte bei einer nur geringfügig geänderten Schussbahn der Geschädigte lebensgefährlich verletzt werden können. Eine unmittelbare Gefährdung des Lebens war damit gegeben. Nach der Rechtsprechung kann es genügen, eine schussbereite Waffe auf den Gegner zu richten, um dessen Leben im Sinne von <ref-law> zu gefährden (<ref-ruling> E. 2b/aa, E. 2d S. 75).
Als subjektive Tatbestandsmerkmale verlangt <ref-law>, dass der Täter bezüglich der Gefährdung des Lebens vorsätzlich und skrupellos gehandelt hat. Der Gefährdungsvorsatz ist gegeben, wenn der Täter die Gefahr kennt und trotzdem handelt (<ref-ruling> E. 3a). Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft so genannte innere Tatsachen, ist damit Tatfrage und für das Bundesgericht im Verfahren der Nichtigkeitsbeschwerde verbindlich festgestellt (Art. 273 Abs. 1 lit. b, 277bis BStP, <ref-ruling> E. 3c S. 252 mit Hinweisen). Nach den Feststellungen der Vorinstanz und des Bezirksgerichts, auf das die Vorinstanz sich abstützt, wusste der Beschwerdeführer um die Gefährlichkeit seiner Waffe und vertraute auf deren Wirkung, um sich zu befreien. Es musste ihm bewusst sein, dass er den Geschädigten in Lebensgefahr brachte. Damit hat er vorsätzlich gehandelt.
Zweites subjektives Tatbestandsmerkmal ist die Skrupellosigkeit. Skrupellos ist eine Handlung, wenn sie allgemein vom Standpunkt der Ethik aus missbilligt werden muss, mit dem öffentlichen Gewissen nicht zu vereinbaren ist, den anerkannten Grundsätzen von Sitte und Moral zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen). Je grösser die Gefahr ist, die der Täter verursacht, je weniger seine Beweggründe Beachtung verdienen, umso eher wird man auf Skrupellosigkeit schliessen (<ref-ruling> E. 3). Damit fällt die Beurteilung der Skrupellosigkeit im vorliegenden Fall zusammen mit der vom Beschwerdeführer geltend gemachten Notwehr. Die vom Beschwerdeführer verursachte Gefahr war gross. Nur Notwehr, oder allenfalls deren Exzess im entschuldbaren Affekt (Art. 33 Abs. 1 und Abs. 2 Satz 2 StGB), können die Gefährdung rechtfertigen. Sind die Bedingungen dafür nicht erfüllt, entbehren die vom Beschwerdeführer abgegebenen Schüsse eines legitimen Zwecks und sind skrupellos im Sinne von <ref-law>.
3.- a) Die Vorinstanz geht davon aus, dass der Geschädigte den Beschwerdeführer rechtswidrig gepackt und dieser sich in einer Notwehrsituation befunden habe. Indem er aber ohne Warnschuss direkt auf den unbewaffneten Geschädigten geschossen habe, habe der Beschwerdeführer die Grenzen der Notwehr überschritten.
Der Beschwerdeführer macht demgegenüber geltend, er sei vom körperlich überlegenen Geschädigten grundlos angegriffen worden und habe gar keine Gelegenheit gehabt, diesen zu warnen, respektive Warnschüsse abzugeben. Er habe sich zunächst mit der Eisenstange gewehrt, doch sei es ihm, durch frühere Rückenverletzungen leicht gehbehindert, nicht geglückt, dem Gegner zu entkommen. Er habe nicht ahnen können, was der Geschädigte von ihm wolle und annehmen müssen, dieser sei durch die Schläge noch zusätzlich gereizt worden. Er habe angesichts der zunehmenden Kriminalität in Zürich um sein Leben gefürchtet. Der Geschädigte habe sich ihm im vollen Lauf genähert und sei bei der Schussabgabe weniger als zwei Meter entfernt gewesen. Warnschüsse seien nicht mehr möglich gewesen, zudem habe sich der Geschädigte von den abgegebenen Schüssen nicht abhalten lassen. Im Handgemenge habe er fürchten müssen, dass der Geschädigte ihm die Waffe entwinde, wenn er lediglich in die Luft schösse.
b) <ref-law> gibt dem Angegriffenen das Recht, den widerrechtlichen Angriff in einer den Umständen angemessenen Weise abzuwehren. Das heisst, dass er nur zu verhältnismässiger Abwehr berechtigt ist. Ob im gegebenen Fall die Reaktion des Angegriffenen diesem Erfordernis entspricht, ist vorwiegend eine Frage des Ermessens. Zu ihrer Beantwortung hat der Richter insbesondere der Schwere des tatsächlichen oder drohenden Angriffs sowie der Wichtigkeit des gefährdeten Rechtsgutes einerseits und der Bedeutung des Gutes, das durch die Abwehr verletzt wurde, anderseits Rechnung zu tragen. Dabei sind auch die Art des Abwehrmittels und diejenige seiner tatsächlichen Verwendung von Belang (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen, insb. BGE 79 IV 148 E. 1). Die Angemessenheit der Abwehr ist dabei auf Grund jener Situation zu beurteilen, in welcher sich der rechtswidrig Angegriffene im Zeitpunkt seiner Tat befand; es dürfen nicht nachträglich von den Behörden allzu subtile Überlegungen darüber angestellt werden, ob der Angegriffene sich nicht allenfalls auch mit anderen, weniger einschneidenden Massnahmen hätte begnügen können und sollen (<ref-ruling> E. 3a, mit Hinweisen).
Beim Einsatz von Schusswaffen ist besondere Vorsicht geboten. Die Abwehr, die zu dauernder Verstümmelung oder zum Tode führen kann, ist in der Regel unangemessen, wenn sich der rechtswidrige Angriff allein gegen Eigentum und Vermögen richtet, doch kann eine Schussabgabe unter besonderen Umständen auch dann gerechtfertigt sein (<ref-ruling> E. 3b; E. 4 zur Frage, unter welchen Umständen eine Schussabgabe auch bei Bedrohung wirtschaftlicher Güter zulässig ist). Der Angegriffene ist nicht verpflichtet, eine ernst zu nehmende Attacke einfach zu dulden, doch rechtfertigt auch im Falle einer drohenden Körperverletzung nicht jede Bagatelle den Einsatz einer lebensgefährlichen Waffe (<ref-ruling> E. 3). Wesentlich ist, ob dem Angegriffenen noch andere Mittel oder ein weniger gefährlicher Einsatz der Schusswaffe möglich waren.
Der Beschwerdeführer wurde zwar überraschend gepackt und damit angegriffen, doch blieben ihm noch andere Handlungsmöglichkeiten, als direkt und aus nächster Nähe auf den Geschädigten zu schiessen. Entgegen seiner Ansicht wäre es ihm zumutbar gewesen, sich zunächst passiv zu verhalten und zu versuchen, herauszufinden, was der Geschädigte eigentlich von ihm wollte. Der Beschwerdeführer war gepackt und festgehalten worden, aber das stellt noch keine derart gefährliche Bedrohung dar, dass eine lebensgefährdende Schussabgabe gerechtfertigt ist.
Spätestens nachdem ihm die Flucht gelungen war, wäre es dem Beschwerdeführer bei besonnenem Verhalten möglich gewesen, den Geschädigten zu warnen, mit der Waffe zu bedrohen oder allenfalls Warnschüsse abzugeben, anstatt soweit zu rennen, bis der Gegner praktisch wieder zu ihm aufgeholt hatte. Durch die Schussabgabe auf den Geschädigten aus nächster Nähe zwang er diesen geradezu, seinerseits mit dem Angriff fortzufahren und zu versuchen, dem Beschwerdeführer die Waffe zu entwinden oder sie zumindest von sich abzuwenden. Dazu war er auch berechtigt (vgl. <ref-ruling> E. 3). Die vom Beschwerdeführer gewählte Abwehr war unverhältnismässig und ein Beispiel dafür, dass das Mitführen einer Schusswaffe nicht zwangsläufig die Sicherheit des Trägers erhöht, sondern zu einer Gefahr auch für ihn selber werden kann. Die Vorinstanz konnte ohne Verletzung von Bundesrecht auf eine Überschreitung der Notwehr schliessen.
4.- Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe in entschuldbarer Aufregung über den Angriff des Geschädigten gehandelt. Ob er bereits bewaffnet gewesen sei und mit einem Angriff gerechnet habe, spiele dabei keine Rolle, sondern nur die konkreten Umstände der Tat. Es müsse jedem klar sein, dass er angesichts des nicht provozierten und ohne jede Vorwarnung erfolgten Überfalls Angst gehabt habe. Er habe mit Schlimmem rechnen und davon ausgehen müssen, dass sein Angreifer durch den Schlag mit der Eisenstange noch zusätzlich gereizt worden sei. Durch den Schlag auf den Kopf habe er zudem eine Gehirnerschütterung erlitten; die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie zusätzlich zum Gutachten über den psychischen Allgemeinzustand des Beschwerdeführers kein Gutachten zur Abklärung seiner Zurechnungsfähigkeit im Moment der Schussabgabe veranlasst habe.
Die Vorinstanz hält dem (unter Verweis auf die Ausführungen des Bezirksgerichts) entgegen, dass das Verhalten des Beschwerdeführers am Tatort keine Zweifel an dessen Zurechnungsfähigkeit begründe, weshalb weiterführende Gutachten unnötig seien. Er sei zu koordinierten Handlungen wie seiner Gegenwehr und Flucht, dem von ihm selber als umständlich geschilderten Entsichern der Waffe und dem Betätigen des schweren Abzugs fähig gewesen und habe alle diese Vorgänge auch im Detail schildern können, ebenso wie sein Erstaunen über die fehlende Wirkung der Schüsse. Ein Zeuge habe den Beschwerdeführer ebenfalls als ruhig und nicht nervös geschildert. Der Beschwerdeführer sei somit zurechnungsfähig gewesen und habe überlegt gehandelt, nicht unter einer entschuldbaren Gemütsbewegung im Sinne von <ref-law>.
a) <ref-law> verpflichtet den Richter, bei Zweifeln an der Zurechnungsfähigkeit des Beschuldigten Untersuchungen anzuordnen. Die Zweifel müssen ernsthaft sein, was z.B. bei Drogensucht bejaht wurde (<ref-ruling> E. 4a mit Hinweisen). Anzeichen einer verminderten Schuldfähigkeit stellen etwa ein Widerspruch zwischen Tat und Täterpersönlichkeit oder völlig unübliches Verhalten dar, oder wenn der Täter in früheren Verfahren für vermindert schuldfähig erklärt wurde, wenn er in ärztlicher Behandlung stand oder steht, oder wenn die Schuldfähigkeit eines Epileptikers, eines geistig Zurückgebliebenen oder eines Hirngeschädigten zu beurteilen ist (a.a.O. mit weiteren Beispielen, vgl. auch <ref-ruling> E. 4).
Das Verhalten des Beschwerdeführers bietet keinen Anlass zu solchen Zweifeln. Das in Auftrag gegebene Gutachten verneint psychische Störungen oder Erkrankungen und bescheinigt dem Beschwerdeführer einen unbeeinträchtigten Geisteszustand auch im Moment der Straftat. Seine Tat steht auch nicht im Widerspruch zu seiner Persönlichkeit, führte er die geladene Pistole doch regelmässig mit sich, um sich dieser im Falle einer Bedrohung bedienen zu können. Sein Verhalten entspricht jenem Szenario, auf das er sich vorbereitet hatte. Die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht, indem sie auf ein zusätzliches Gutachten verzichtet hat.
b) Nach <ref-law> bleibt der Abwehrende straflos, wenn er die Grenzen der Notwehr in entschuldbarer Aufregung oder Bestürzung über den Angriff überschreitet. Art und Umstände des Angriffs müssen derart sein, dass sie die Aufregung oder die Bestürzung entschuldbar erscheinen lassen. Entschuldbar müssen also, analog wie bei Totschlag, Aufregung oder Bestürzung sein, nicht aber die deliktische Reaktion des Angegriffenen (<ref-ruling> E. 3b). Ein gewalttätiger Angriff in der Nacht wird den Angegriffenen immer in eine besondere Spannungslage versetzen. Nicht jede noch so exzessive, gefährliche Abwehrreaktion kann wegen der durch den Angriff verursachten Aufregung straflos bleiben; an eine die Straflosigkeit von schweren Notwehrüberschreitungen rechtfertigende Emotion sind besondere Anforderungen zu stellen. Dabei müssen Art und Ausmass der unangemessenen Abwehr sowie die gesamten Umstände des Einzelfalles berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 3).
Wer Schusswaffen mit sich führt, unterliegt einer besonderen Verantwortung; die vom Beschwerdeführer missachtete Bewilligungspflicht ist Ausdruck davon. Er muss sich im Klaren darüber sein, welche Gefahr von der Waffe ausgeht und wie sie im Ernstfall einzusetzen ist. Der Beschwerdeführer hatte die Waffe aus einem Bedrohungsgefühl heraus regelmässig mit sich geführt, gerade weil er fürchtete, überfallen zu werden. Er kann sich damit nicht auf eine entschuldbare Aufregung für den Fall berufen, auf den er sich vorbereitet hat, auch wenn ihn der Angriff überrascht und erschreckt hat. Es war im Gegenteil seine Pflicht, auch in diesem Fall besonnen und verantwortlich zu handeln. Die Vorinstanz konnte eine entschuldbare Gemütsbewegung ohne Verletzung von Bundesrecht verneinen.
Der Beschwerdeführer kann sich somit auf keine Rechtfertigungsgründe für die Schussabgabe berufen, weshalb auch der Schuldspruch der Gefährdung des Lebens kein Bundesrecht verletzt.
5.- Der Beschwerdeführer verlangt, die Einziehung seiner Schusswaffen mit Zubehör sei aufzuheben. Er habe in einer aussergewöhnlichen Situation einmalig von einer Schusswaffe Gebrauch gemacht, eine allgemeine Gefährdung gehe von ihm nicht aus. Die beschlagnahmten Gewehre und Zubehöre unterstünden keiner Bewilligungspflicht und hätten keinen Zusammenhang mit der begangenen Straftat, weshalb die Einziehung Bundesrecht verletze. Mit derselben Begründung verlangt der Beschwerdeführer auch die Aufhebung der ihm erteilten Weisung, inskünftig keine Schusswaffen mehr zu erwerben.
Die Vorinstanz rechtfertigt (unter Verweis auf Bezirksgericht und den Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft vom 7. Oktober 1997 zur Beschlagnahme) die Einziehung mit dem Vollzug der im Rahmen des bedingten Strafvollzuges erteilten Weisung, inskünftig keine Schusswaffen mehr zu erwerben oder zu besitzen. Der Beschwerdeführer habe seinen Revolver, den er aus Angst vor Kriminellen mit sich geführt habe, direkt und nicht zur Warnung in unverhältnismässiger Weise eingesetzt. Nach diesem Vorfall müssten auch seine Hinweise auf die allgemeine politische Lage und Krisenherde wie Ex-Jugoslawien ernst genommen werden, mit denen er seine Schusswaffensammlung begründet habe. Es sei davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer gegebenenfalls auch diese Waffen gegen andere einsetzen werde, weshalb sie einzuziehen seien, wie dies auch das psychiatrische Gutachten als vordringlich empfohlen habe.
a) <ref-law> erlaubt es dem Richter, einem Verurteilten für sein Verhalten während der Probezeit bestimmte Weisungen zu erteilen, insbesondere über Berufsausübung, Aufenthalt, ärztliche Betreuung, Verzicht auf alkoholische Getränke und Schadensdeckung innerhalb einer bestimmten Frist. Wahl und Inhalt der Weisung haben sich nach dem Zweck des bedingten Strafvollzuges zu richten, durch den der Verurteilte dauernd und innerlich gebessert werden soll. Eine Weisung darf nicht vorwiegend oder gar ausschliesslich darauf abzielen, dem Verurteilten Nachteile zuzufügen oder Dritte vor ihm schützen zu wollen. Damit eine Weisung zulässig ist, muss sie in erster Linie vielmehr im Interesse des Verurteilten liegen und voraussichtlich befolgt werden können. Das ist der Fall, wenn sie dazu bestimmt und geeignet ist, erzieherisch auf den Verurteilten einzuwirken und damit der Gefahr neuer Verfehlungen vorzubeugen. Innerhalb der sich daraus ergebenden Schranken sind Wahl und Inhalt der Weisung ins richterliche Ermessen gestellt (<ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen, 108 IV 152 E. 3a, Rechtsprechung bestätigt im unveröffentlichten Urteil des Kassationshofes vom 26. Februar 2001 i. S. D.).
Vorinstanz und Bezirksgericht kommen auf Grund der Aussagen und Handlungen des Beschwerdeführers sowie des psychiatrischen Gutachtens zum Schluss, dass es besser sei, wenn der Beschwerdeführer in Zukunft nicht mehr über Waffen verfügen kann. In der Sache erscheint dies nachvollziehbar. Der Beschwerdeführer begründete den Besitz seiner Langwaffen und Zubehörteile mit Bedrohungsgefühlen, die denen ähneln, aus denen heraus er einen Revolver mit sich geführt und in gefährlicher Weise benutzt hat. Das muss Bedenken wecken. Eine Weisung nach <ref-law> ist allerdings nicht geeignet, den Beschwerdeführer von Waffen fernzuhalten. Das Gesetz beschränkt die mögliche Höchstdauer von Weisungen ausdrücklich auf diejenige der Probezeit ("für sein Verhalten während der Probezeit bestimmte Weisungen erteilen", "Il pourra lui imposer, pendant le délai d'épreuve, des règles de conduite", "Può anche imporgli, per il periodo di prova, norme di condotta"). Eine Weisung, "inskünftig", ohne zeitliche Begrenzung und Bindung an die Probezeit, keine Schusswaffen zu erwerben oder zu besitzen, verletzt Bundesrecht. Die Beschwerde ist insoweit begründet und die Weisung an den Beschwerdeführer bezüglich ihrer unbegrenzten Dauer aufzuheben. Ob der Beschwerdeführer das Recht hat, über die Dauer der Probezeit hinaus Schusswaffen zu erwerben oder zu besitzen, hat die zuständige Behörde auf Grund der Bestimmungen des Bundesgesetzes über Waffen, Waffenzubehör und Munition vom 20. Juni 1997 (Waffengesetz, WG, SR 514. 54, in Kraft seit dem 1. Januar 1999) zu entscheiden.
b) Nach <ref-law> verfügt der Richter ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer bestimmten Person die Einziehung von Gegenständen, die zur Begehung einer strafbaren Handlung gedient haben oder bestimmt waren, wenn diese Gegenstände die Sicherheit von Menschen oder die öffentliche Ordnung gefährden. Es handelt sich um eine präventive Massnahme. Bei Gegenständen wie Schusswaffen, die nicht a priori zur Begehung von strafbaren Handlungen bestimmt sind, sondern bloss dazu geeignet sind, kommt die Einziehung nur in Betracht, wenn sie entweder zur Verübung eines Delikts tatsächlich gedient haben oder aber im Hinblick auf eine zu begehende Straftat ernstlich als Tatmittel in Aussicht genommen worden sind (<ref-ruling> E. 1a, bestätigt im unveröffentlichten Urteil vom 27. August 1997 i. S. D.).
Die Vorinstanz verfügt nicht nur die (nicht angefochtene) Einziehung der Tatwaffe und der verbotenen Zubehörteile, sondern auch des anlässlich der Hausdurchsuchung beschlagnahmten Sturmgewehrs und der Vorderschaft-Repetierflinte des Beschwerdeführers. Mit der Staatsanwaltschaft sieht die Vorinstanz darin einen Teil des Vollzugs der Weisung, inskünftig keine Schusswaffen mehr zu erwerben oder zu besitzen und begründet die Einziehung mit der vom Beschwerdeführer ausgehenden Gefahr und mit der schlechten Prognose, die sie ihm angesichts seiner Bedrohungsgefühle und seines Einsatzes des Revolvers stellt.
Damit überschreitet die Vorinstanz den Anwendungsbereich von <ref-law>. Die beiden Gewehre haben nicht zur Verübung eines Delikts gedient, der Beschwerdeführer hat sie im Unterschied zum Revolver auch nicht mit sich getragen. Sie wurden nicht im Sinne der Rechtsprechung bereits als Tatmittel in Aussicht genommen (<ref-ruling> E. 1a). Da sie keine "instrumenta sceleris" darstellen, kann auch ihre Gefährlichkeit keine Einziehung begründen. Der Kassationshof hat bereits vor Inkrafttreten des Waffengesetzes festgehalten, dass <ref-law> nicht dazu dienen kann, das Problem der sich aus dem Besitz von Schusswaffen ergebenden Gefährdung der Allgemeinheit zu lösen (unveröffentlichtes Urteil vom 22. August 1990 i. S. G. E. 3). Umso mehr muss dies nach Inkrafttreten des Waffengesetzes gelten. Der Anwendungsbereich von <ref-law> unterscheidet sich von dem des Waffengesetzes. Es obliegt der zuständigen Behörde, nach den Bestimmungen des Waffengesetzes und gegebenenfalls unter Berücksichtigung des Übergangsrechts zu überprüfen, ob der Beschwerdeführer berechtigt ist, Waffen zu besitzen, und über eine Beschlagnahme oder Einziehung seiner Waffen nach Waffengesetz zu befinden. Die Beschwerde ist insoweit begründet und die Verfügung zur Einziehung der beiden Gewehre des Beschwerdeführers nach <ref-law> aufzuheben.
6.- Die Nichtigkeitsbeschwerde ist somit teilweise gutzuheissen, die Weisung ist bezüglich ihrer unbegrenzten Dauer und die Einziehung der nicht als Tatwaffen verwendeten Gewehre mit Zubehör im Sinne der Erwägungen (E. 5b) aufzuheben. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Da der Beschwerdeführer teilweise obsiegt, in der Hauptsache aber unterliegt, sind die von ihm zu tragenden Kosten zu ermässigen. Ebenso ist ihm eine herabgesetzte Parteientschädigung zuzusprechen, die mit den Kosten zu verrechnen ist (Art. 156 Abs. 3 OG, Art. 278 Abs. 3 BStP).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen, Ziff. 4 des angefochtenen Urteils wird bezüglich der unbeschränkten Dauer der Weisung und Ziff. 2 des Einziehungsbeschlusses im Sinne der Erwägungen aufgehoben. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Es werden weder Kosten erhoben noch wird dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung ausbezahlt.
3.- Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht (II. Strafkammer) des
Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 10. April 2001
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: