Sachverhalt:
A. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt sprach X._ am 11. Januar 2006 des Diebstahls, des Hausfriedensbruchs, des mehrfachen Konsums von Betäubungsmitteln und der Widerhandlung gegen das Waffengesetz schuldig und verurteilte ihn zu zwei Jahren Gefängnis. Anstelle des Vollzugs der Freiheitsstrafe ordnete es in Anwendung des damals geltenden Rechts, Art. 42 Ziff. 1 StGB, die Verwahrung des Verurteilten als Gewohnheitsverbrecher an.
B. Die Abteilung Freiheitsentzug und Soziale Dienste des Justizdepartements des Kantons Basel-Stadt unterbreitete den Fall am 6. November 2006 dem Strafgericht Basel-Stadt zwecks Vornahme der in Ziff. 2 Abs. 2 der Schlussbestimmungen der Änderung des Strafgesetzbuches vom 13. Dezember 2002 vorgesehenen Überprüfung der altrechtlichen Verwahrung im Sinne von Art. 42 Ziff. 1 aStGB. Das Strafgericht überwies die Akten dem zuständigen Appellationsgericht. Dieses beauftragte die Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel (UPK) mit der Erstellung eines Gutachtens, das sich unter anderem zur Notwendigkeit und den Erfolgsaussichten einer therapeutischen Behandlung von X._, zur Begehung weiterer möglicher Straftaten sowie zur Möglichkeit des Vollzugs der therapeutischen Massnahme in einer geeigneten Institution aussprechen sollte. Anlässlich der Verhandlung vor dem Appellationsgericht vom 12. Dezember 2007 beantragte die Verteidigung die Einholung eines Obergutachtens zur Massnahmebedürftigkeit und die Aufhebung der Massnahme, eventualiter die bedingte Entlassung unter Anordnung einer Probezeit von 5 Jahren und subeventualiter die Anordnung einer therapeutischen Massnahme im Foyer A._.
C. Mit Entscheid vom 12. Dezember 2007 erkannte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stad, dass die mit Urteil vom 11. Januar 2006 gegen X._ gemäss Art. 42 Ziff. 1 aStGB angeordnete Verwahrung in Anwendung von Art. 64 StGB sowie Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB nach neuem Recht weitergeführt wird.
D. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, es seien das Urteil des Appellationsgerichts vom 12. Dezember 2007 und die im Jahre 2006 gerichtlich angeordnete Verwahrung aufzuheben. Zudem ersucht er um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege.
E. In seiner Vernehmlassung vom 3. Juli 2008 hat das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, ohne einen entsprechenden Antrag zu stellen, im Wesentlichen auf seine Ausführungen im angefochtenen Entscheid verwiesen. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt hat sich innert Frist nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. 1.1 Am 1. Januar 2007 sind der revidierte Allgemeine Teil des Strafgesetzbuches (Erstes Buch) und die revidierten Bestimmungen über die Einführung und Anwendung des Gesetzes (Drittes Buch) gemäss Gesetzen vom 13. Dezember 2002 beziehungsweise vom 24. März 2006 in Kraft getreten. Die Revision betrifft namentlich das Sanktionensystem.
1.2 Das alte Recht sah in Artikel 42 die "Verwahrung von Gewohnheitsverbrechern" vor. Hat der Täter schon zahlreiche Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich verübt und wurde ihm deswegen durch Zuchthaus- oder Gefängnisstrafen oder eine Arbeitserziehungsmassnahme die Freiheit während insgesamt mindestens zwei Jahren entzogen, oder war er an Stelle des Vollzugs von Freiheitsstrafen bereits als Gewohnheitsverbrecher verwahrt, und begeht er innert fünf Jahren seit der endgültigen Entlassung ein neues vorsätzliches Verbrechen oder Vergehen, das seinen Hang zu Verbrechen oder Vergehen bekundet, so kann der Richter an Stelle des Vollzuges einer Zuchthaus- oder Gefängnisstrafe Verwahrung anordnen (Art. 42 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB).
1.2.1 Das neue Recht regelt die "Verwahrung" in Artikel 64. Das Gericht ordnet gemäss Art. 64 Abs. 1 StGB eine solche an, wenn der Täter einen Mord, eine vorsätzliche Tötung, eine schwere Körperverletzung, eine Vergewaltigung, einen Raub, eine Geiselnahme, eine Brandstiftung, eine Gefährdung des Lebens oder eine andere mit einer Höchststrafe von fünf oder mehr Jahren bedrohte Tat begangen hat, durch die er die physische, psychische oder sexuelle Integrität einer anderen Person schwer beeinträchtigt hat oder beeinträchtigen wollte, und wenn (a.) auf Grund der Persönlichkeitsmerkmale des Täters, der Tatumstände und seiner gesamten Lebensumstände ernsthaft zu erwarten ist, dass er weitere Taten dieser Art begeht; oder (b.) auf Grund einer anhaltenden oder langdauernden psychischen Störung von erheblicher Schwere, mit der die Tat in Zusammenhang stand, ernsthaft zu erwarten ist, dass der Täter weitere Taten dieser Art begeht und die Anordnung einer Massnahme nach Artikel 59 keinen Erfolg verspricht.
Die Verwahrung im Sinne von Art. 64 StGB ersetzt die altrechtliche Verwahrung von Gewohnheitsverbrechern gemäss Art. 42 aStGB und diejenige von gefährlichen psychisch abnormen Tätern gemäss Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB.
2. Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine Verletzung von Art. 56 ff. StGB und von Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB. Er sei ursprünglich wegen Straftaten verwahrt worden, die mit Blick auf den in Art. 64 Abs. 1 StGB umschriebenen Anlasstatenkatalog neu nicht (mehr) zu einer Verwahrung führen könnten. Die gegen ihn verhängte altrechtliche Massnahme könne deshalb nicht weitergeführt werden, sondern sei aufzuheben.
2.1 Bei altrechtlich Verwahrten im Sinne von Art. 42 oder 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB hat das Gericht nach Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB (in der Fassung vom 24. März 2006; in Kraft getreten am 1. Januar 2007) innerhalb von 12 Monaten nach Inkrafttreten des neuen Rechts zu überprüfen, ob die Voraussetzungen für eine therapeutische Massnahme nach Art. 59-61 oder Art. 63 StGB erfüllt sind. Ist dies der Fall, so ordnet das Gericht die entsprechende Massnahme an; andernfalls wird die Verwahrung nach neuem Recht weitergeführt.
2.1.1 Nach der ursprünglichen Gesetzesfassung, wie sie von den Eidgenössischen Räten am 13. Dezember 2002 verabschiedet worden ist, wäre nach der damaligen Schlussbestimmung vom Gericht von Amtes wegen zu prüfen gewesen, ob die nach altem Recht gemäss Art. 42 und 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB verwahrten Personen die Voraussetzungen der Verwahrung nach Art. 64 StGB StGB erfüllten. Nur dann, d.h. nur bei Vorliegen dieser Voraussetzungen, wäre die altrechtliche Massnahme nach neuem Recht weiterzuführen gewesen. Andernfalls hätte die unter altem Recht angeordnete Massnahme aufgehoben werden müssen (vgl. Botschaft des Bundesrats vom 21. September 1998, BBl 1999 2188).
Art. 64 StGB und die Schlussbestimmung Ziff. 2 Abs. 2 sind indessen nachträglich mit der Novelle vom 24. März 2006 geändert worden. In der Botschaft des Bundesrats vom 29. Juni 2005 heisst es dazu, dass die unter der Herrschaft des alten Rechts verwahrten Personen nach dem Inkrafttreten des revidierten AT-StGB nicht einfach (aus der Massnahme) entlassen werden könnten, falls es in diesen Fällen an einer Voraussetzung für die Anordnung einer neurechtlichen Verwahrung gemäss Art. 64 StGB fehle, so zum Beispiel an einer genügend schweren Anlasstat. Damit werde dem Umstand Rechnung getragen, dass ein Teil der Kritiker mit der Forderung nach einer weiten Öffnung des Anlasstatenkatalogs in Art. 64 Abs. 1 StGB bis hin zu den Vergehen hauptsächlich bezweckten, die automatische Aufhebung altrechtlicher Verwahrungen, die bloss auf einem Vergehen beruhen, zu vermeiden. Nach altem, härterem Recht angeordnete Massnahmen fortzusetzen - so in der Botschaft weiter - verstosse nicht gegen bisher geltende Grundsätze des intertemporalen Rechts. Immerhin kämen beim weiteren Vollzug der Verwahrung die neuen Bestimmungen über das Vollzugsregime und die Rechte und Pflichten der Gefangenen zur Anwendung (BBl 2005 4689 ff., 4711).
Daraus ergibt sich, dass gemäss nachgebesserter Schlussbestimmung die unter der Herrschaft des alten Rechts angeordneten Verwahrungen eines Gewohnheitsverbrechers im Sinne von Art. 42 aStGB oder eines gefährlichen psychisch abnormen Täters im Sinne von Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB nach dem Inkrafttreten des neuen Rechts weitergeführt werden, falls die Anordnung einer therapeutischen Massnahme nach Art. 59-61 oder 63 StGB mangels Vorliegen der diesbezüglichen Voraussetzungen ausser Betracht fällt. Dies gilt entgegen der in der Beschwerde vertretenen Auffassung selbst dann, wenn die neurechtlichen Voraussetzungen einer Verwahrung im Sinne von Art. 64 StGB nicht erfüllt sind (vgl. zur Publikation bestimmtes Urteil des Bundegerichts vom 9. September 2008, 6B_144/2008, E. 1.1.1). Der vom Beschwerdeführer verfochtene Lösungsansatz, wonach eine altrechtliche Verwahrung auf ihre grundsätzliche Konformität mit dem neuen Recht zu überprüfen und bei einem negativen Entscheid eine Aufhebung bzw. eine Entlassung aus der Massnahme vorzunehmen ist, widerspricht bereits dem Wortlaut der nachgebesserten Schlussbestimmung, ist doch danach - falls die Voraussetzungen für eine therapeutische Massnahme im Einzelfall nicht gegeben sind - die unter altem Recht angeordnete Verwahrung zwingend fortzusetzen.
2.1.2 Die altrechtliche Verwahrung ist dabei - wie Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB statuiert - "nach neuem Recht" weiterzuführen. Das bedeutet entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers allerdings nicht, dass die Verwahrung nur weitergeführt werden kann, wenn auch die neurechtlichen Voraussetzungen für die Anordnung einer Verwahrung erfüllt sind; bei einer solchen Auslegung hätte Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB gar nicht geändert werden müssen. Der Hinweis auf das neue Recht bedeutet vielmehr einzig, dass die weiterzuführende Verwahrung nach dem neuen Recht vollzogen wird. Auf den Vollzug der Verwahrung finden die Bestimmungen des neuen Rechts über das Vollzugsregime und die Rechte und Pflichten der Gefangenen Anwendung (BBl 2005 4689 ff., 4711). Dies entspricht der Regelung in der allgemeinen Übergangsbestimmung von Art. 388 Abs. 3 StGB betreffend den Vollzug früherer Urteile. Danach sind die Bestimmungen des neuen Rechts über das Vollzugsregime von Strafen und Massnahmen sowie über die Rechte und Pflichten des Gefangenen auch auf Täter anwendbar, die nach bisherigem Recht verurteilt worden sind. Zu diesen Bestimmungen des neuen Rechts im Sinne von Art. 388 Abs. 3 StGB gehören auch die Vorschriften betreffend die bedingte Entlassung (Botschaft vom 21. September 198, BBl 1997 1979 ff., 2183; siehe auch <ref-ruling>). Entsprechend gehören zum "neuen Recht" gemäss Art. 2 Abs. 2 SchlBestStGB auch die neuen Bestimmungen über die bedingte Entlassung im Sinne von Art. 64a f. StGB.
2.1.2.1 Ein Teil der Lehre geht in diesem Zusammenhang davon aus, dass die altrechtlich angeordnete Verwahrung von Gewohnheitsverbrechern (Art. 42 aStGB) und von gefährlichen psychisch abnormen Tätern (Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB) gestützt auf Art. 56 Abs. 6 StGB aufzuheben bzw. der Verwahrte in Anwendung besagter Bestimmung zu entlassen ist, wenn die Voraussetzungen für die Anordnung einer Verwahrung nach neuem Recht nicht (mehr) erfüllt sind. Entsprechende Entlassungsgesuche (Art. 64b StGB) könnten dabei, nach dem 1. Januar 2007, jederzeit bei der hierfür zuständigen kantonalen (Vollzugs-)Behörde gestellt werden (vgl. Franz Riklin, Revision des Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches: Frage des Übergangsrechts, AJP 12/2006 S. 1471 ff., 1485; ähnlich Marianne Heer, Basler Kommentar, StGB I und II, 2. Aufl. 2007, Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB N. 17 und Art. 64b N 2).
In der Tat sind strafrechtliche Massnahmen, so insbesondere auch Verwahrungen, während des Vollzugs regelmässig auf ihre (weitere) Notwendigkeit zu überprüfen (Art. 64b StGB). In diesem Zusammenhang stellt sich die Frage, ob vom Betroffenen noch immer eine Gefahr für die öffentliche Sicherheit ausgeht. Wer bzw. was dabei als gefährlich zu gelten hat, ist relativ und nicht präzise definiert; der Begriff der Gefährlichkeit bedarf mithin der Auslegung. Ausgangspunkt derselben bildet dabei namentlich die Art und Bedeutung des gefährdeten Rechtsguts. Im Zusammenhang mit Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB hat das Bundesgericht zum erforderlichen Grad an Gefährdung der öffentlichen Sicherheit unter früherem Recht die (allgemeine) Richtlinie formuliert, dass bei der Gefährdung hochwertiger Rechtsgüter wie Leib und Leben an Nähe und Ausmass der Gefahr weniger hohe Anforderungen zu stellen sind als bei der Gefährdung weniger bedeutender Rechtsgüter wie Eigentum und Vermögen. Entsprechend könne die Verwahrung bei Gefährdung von Leib und Leben schon dann im Sinne von Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB notwendig sein, wenn die Gefahr nicht besonders gross sei (<ref-ruling> E. 2a). Im Rahmen der Revision des allgemeinen Teils des Strafgesetzbuchs hat der Gesetzgeber das Konzept der Gefährlichkeit bzw. der Gefährdung der öffentlichen Sicherheit präzisiert. Er hat klar dafür Stellung bezogen, dass eine Verwahrung nur bei gravierenden körperlichen, sexuellen oder psychischen Verletzungen des Opfers in Frage kommt, grundsätzlich also nur bei schweren Sexual- und Gewaltverbrechen, wohingegen Delinquenz im Vermögensbereich prinzipiell nicht (mehr) zur Anordnung bzw. Aufrechterhaltung einer solchen Massnahme führen kann (vgl. BBl 2005 4689 ff., 4709 und 4711). Dies ergibt sich aus der Umschreibung der Anlasstaten in Art. 64 Abs. 1 StGB, die ihrerseits als Ausdruck der besonderen Gefährlichkeit des Täters verstanden werden (vgl. Heer, Basler Kommentar, StGB I, 2. Aufl., Art. 64 N. 14 und 18 ff.).
2.1.2.1 Der allgemeine Grundsatz nach Art. 56 Abs. 6 StGB - wonach eine Massnahme, soweit ihre Voraussetzungen nicht (mehr) erfüllt sind, aufzuheben ist - findet seine Konkretisierung unter anderem in Art. 64a StGB, der besagt, dass der Täter aus der Verwahrung bedingt entlassen wird, wenn zu erwarten ist, dass er sich in Freiheit bewährt. Die Probezeit beträgt zwei bis fünf Jahre. Ganz wie bei der bedingten Entlassung aus dem Freiheitsstrafvollzug oder aus der stationären Massnahme kann für ihre Dauer Bewährungshilfe angeordnet und können dem Betroffenen Weisungen erteilt werden (Abs.1). Erscheint bei Ablauf der Probezeit eine Fortführung der Bewährungshilfe oder der Weisungen als notwendig, um der Gefahr weiterer Straftaten im Sinne von Art. 64 Abs. 1 zu begegnen, so kann das Gericht auf Antrag der Vollzugsbehörde die Probezeit jeweils um weitere zwei bis fünf Jahre verlängern. Ist auf Grund des Verhaltens des bedingt Entlassenen während der Probezeit ernsthaft zu erwarten, dass er weitere Straftaten im Sinne von Art. 64 Abs. 1 begehen könnte, so ordnet das Gericht auf Antrag der Vollzugsbehörde die Rückversetzung an (Abs. 3). Entzieht sich der bedingt Entlassene der Bewährungshilfe oder missachtet er die Weisungen, so ist Art. 95 Abs. 3-5 anwendbar (Abs. 4). Hat sich der bedingt Entlassene bis zum Ablauf der Probezeit bewährt, so ist er endgültig zu entlassen (Abs. 5).
Die in Art. 64a Abs. 1 StGB vorausgesetzte Erwartung der Bewährung bezieht sich auf Straftaten im Sinne von Art. 64 Abs. 1 StGB. Dies ergibt sich nicht nur aus Art. 64a Abs. 2 StGB betreffend die Fortführung der Bewährungshilfe und der Weisungen, sondern auch aus Art. 64a Abs. 3 StGB betreffend die Rückversetzung, welche ausdrücklich die Gefahr bzw. die ernsthafte Erwartung von weiteren Straftaten im Sinne von Art. 64 Abs. 1 StGB voraussetzen. Nach Sinn und Zweck dieser Regelung ist die Bewährung nach Art. 64a Abs.1 so auszulegen, dass die Gefahr von weiteren Delikten im Sinne von Art. 64 Abs. 1 StGB zu verneinen ist. Ein anderweitiges mögliches Fehlverhalten ist hier nicht relevant (Heer, Basler Kommentar, StGB I, 2. Aufl., Art. 64a N. 14; Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, AT II: Strafen und Massnahme, Bern 2006, § 12 Rz 28; Schwarzenegger/Hug/Jositsch, Strafrecht II, Strafen und Massnahmen, 8. Aufl., Zürich 2007, § 9 S. 250). Folglich sind auch diejenigen Täter, die als Gewohnheitsverbrecher im Sinne von Art. 42 aStGB oder als psychisch Abnorme im Sinne von Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB verwahrt worden sind, aus der Massnahme in Anwendung von Art. 64a StGB zu entlassen, wenn zu erwarten ist, dass sie in Freiheit keine Delikte der in Art. 64 Abs. 1 StGB aufgeführten Straftaten begehen werden. Umgekehrt steht der Umstand, dass mit strafbaren Handlungen ausserhalb des in Art. 64 Abs. 1 StGB definierten Deliktskatalogs zu rechnen ist, der Täter in Freiheit also allenfalls (weitere) Vermögensdelikte begehen wird, einer bedingten Entlassung aus der altrechtlichen Verwahrung nach Art. 64a StGB nicht entgegen. Denn die bedingte Entlassung aus der Verwahrung bestimmt sich als Bestandteil des Vollzugsregimes nach dem neuen Recht, mithin nach Art. 64a StGB (zum Ganzen siehe das zur Publikation bestimmte Urteil des Bundesgerichts vom 9. September 2008, 6B_144/2008, E. 1.1.2.2).
In der Tat sind strafrechtliche Massnahmen, so insbesondere auch Verwahrungen, während des Vollzugs regelmässig auf ihre (weitere) Notwendigkeit zu überprüfen (Art. 64b StGB). In diesem Zusammenhang stellt sich die Frage, ob vom Betroffenen noch immer eine Gefahr für die öffentliche Sicherheit ausgeht. Wer bzw. was dabei als gefährlich zu gelten hat, ist relativ und nicht präzise definiert; der Begriff der Gefährlichkeit bedarf mithin der Auslegung. Ausgangspunkt derselben bildet dabei namentlich die Art und Bedeutung des gefährdeten Rechtsguts. Im Zusammenhang mit Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB hat das Bundesgericht zum erforderlichen Grad an Gefährdung der öffentlichen Sicherheit unter früherem Recht die (allgemeine) Richtlinie formuliert, dass bei der Gefährdung hochwertiger Rechtsgüter wie Leib und Leben an Nähe und Ausmass der Gefahr weniger hohe Anforderungen zu stellen sind als bei der Gefährdung weniger bedeutender Rechtsgüter wie Eigentum und Vermögen. Entsprechend könne die Verwahrung bei Gefährdung von Leib und Leben schon dann im Sinne von Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB notwendig sein, wenn die Gefahr nicht besonders gross sei (<ref-ruling> E. 2a). Im Rahmen der Revision des allgemeinen Teils des Strafgesetzbuchs hat der Gesetzgeber das Konzept der Gefährlichkeit bzw. der Gefährdung der öffentlichen Sicherheit präzisiert. Er hat klar dafür Stellung bezogen, dass eine Verwahrung nur bei gravierenden körperlichen, sexuellen oder psychischen Verletzungen des Opfers in Frage kommt, grundsätzlich also nur bei schweren Sexual- und Gewaltverbrechen, wohingegen Delinquenz im Vermögensbereich prinzipiell nicht (mehr) zur Anordnung bzw. Aufrechterhaltung einer solchen Massnahme führen kann (vgl. BBl 2005 4689 ff., 4709 und 4711). Dies ergibt sich aus der Umschreibung der Anlasstaten in Art. 64 Abs. 1 StGB, die ihrerseits als Ausdruck der besonderen Gefährlichkeit des Täters verstanden werden (vgl. Heer, Basler Kommentar, StGB I, 2. Aufl., Art. 64 N. 14 und 18 ff.).
2.1.2.1 Der allgemeine Grundsatz nach Art. 56 Abs. 6 StGB - wonach eine Massnahme, soweit ihre Voraussetzungen nicht (mehr) erfüllt sind, aufzuheben ist - findet seine Konkretisierung unter anderem in Art. 64a StGB, der besagt, dass der Täter aus der Verwahrung bedingt entlassen wird, wenn zu erwarten ist, dass er sich in Freiheit bewährt. Die Probezeit beträgt zwei bis fünf Jahre. Ganz wie bei der bedingten Entlassung aus dem Freiheitsstrafvollzug oder aus der stationären Massnahme kann für ihre Dauer Bewährungshilfe angeordnet und können dem Betroffenen Weisungen erteilt werden (Abs.1). Erscheint bei Ablauf der Probezeit eine Fortführung der Bewährungshilfe oder der Weisungen als notwendig, um der Gefahr weiterer Straftaten im Sinne von Art. 64 Abs. 1 zu begegnen, so kann das Gericht auf Antrag der Vollzugsbehörde die Probezeit jeweils um weitere zwei bis fünf Jahre verlängern. Ist auf Grund des Verhaltens des bedingt Entlassenen während der Probezeit ernsthaft zu erwarten, dass er weitere Straftaten im Sinne von Art. 64 Abs. 1 begehen könnte, so ordnet das Gericht auf Antrag der Vollzugsbehörde die Rückversetzung an (Abs. 3). Entzieht sich der bedingt Entlassene der Bewährungshilfe oder missachtet er die Weisungen, so ist Art. 95 Abs. 3-5 anwendbar (Abs. 4). Hat sich der bedingt Entlassene bis zum Ablauf der Probezeit bewährt, so ist er endgültig zu entlassen (Abs. 5).
Die in Art. 64a Abs. 1 StGB vorausgesetzte Erwartung der Bewährung bezieht sich auf Straftaten im Sinne von Art. 64 Abs. 1 StGB. Dies ergibt sich nicht nur aus Art. 64a Abs. 2 StGB betreffend die Fortführung der Bewährungshilfe und der Weisungen, sondern auch aus Art. 64a Abs. 3 StGB betreffend die Rückversetzung, welche ausdrücklich die Gefahr bzw. die ernsthafte Erwartung von weiteren Straftaten im Sinne von Art. 64 Abs. 1 StGB voraussetzen. Nach Sinn und Zweck dieser Regelung ist die Bewährung nach Art. 64a Abs.1 so auszulegen, dass die Gefahr von weiteren Delikten im Sinne von Art. 64 Abs. 1 StGB zu verneinen ist. Ein anderweitiges mögliches Fehlverhalten ist hier nicht relevant (Heer, Basler Kommentar, StGB I, 2. Aufl., Art. 64a N. 14; Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, AT II: Strafen und Massnahme, Bern 2006, § 12 Rz 28; Schwarzenegger/Hug/Jositsch, Strafrecht II, Strafen und Massnahmen, 8. Aufl., Zürich 2007, § 9 S. 250). Folglich sind auch diejenigen Täter, die als Gewohnheitsverbrecher im Sinne von Art. 42 aStGB oder als psychisch Abnorme im Sinne von Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB verwahrt worden sind, aus der Massnahme in Anwendung von Art. 64a StGB zu entlassen, wenn zu erwarten ist, dass sie in Freiheit keine Delikte der in Art. 64 Abs. 1 StGB aufgeführten Straftaten begehen werden. Umgekehrt steht der Umstand, dass mit strafbaren Handlungen ausserhalb des in Art. 64 Abs. 1 StGB definierten Deliktskatalogs zu rechnen ist, der Täter in Freiheit also allenfalls (weitere) Vermögensdelikte begehen wird, einer bedingten Entlassung aus der altrechtlichen Verwahrung nach Art. 64a StGB nicht entgegen. Denn die bedingte Entlassung aus der Verwahrung bestimmt sich als Bestandteil des Vollzugsregimes nach dem neuen Recht, mithin nach Art. 64a StGB (zum Ganzen siehe das zur Publikation bestimmte Urteil des Bundesgerichts vom 9. September 2008, 6B_144/2008, E. 1.1.2.2).
2.2 Im zu beurteilenden Fall kam die Vorinstanz insbesondere gestützt auf das bei der UPK in Auftrag gegebene psychiatrische Gutachten vom 5. November 2007 und die ergänzenden Ausführungen der Sachverständigen anlässlich der Gerichtsverhandlung in Übereinstimmung mit der Gutachterin zum Schluss, dass die Voraussetzungen für eine therapeutische Massnahme im Sinne von Art. 59-61 oder 63 StGB mangels Therapierbarkeit und -motivation des Beschwerdeführers nicht erfüllt sind. Angesichts dieser Schlussfolgerung, welche vom Beschwerdeführer nicht beanstandet wird, ist die unter der Herrschaft des alten Rechts gestützt auf Art. 42 Ziff. 1 aStGB angeordnete Verwahrung gemäss der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz weiterzuführen. Das angefochtene Urteil verletzt insoweit kein Bundesrecht.
Sollten auch die als verletzt gerügten Art. 10 Abs. 2 BV und Art. 15 UNO-Pakt II einer Weiterführung der Verwahrung nicht entgegen stehen, was nachfolgend zu prüfen sein wird (E. 2.3), ist der Beschwerdeführer bereits hier auf die Möglichkeit hinzweisen, dass er seine Entlassung aus der Massnahme in Anwendung von Art. 64a und 64b StGB bei der zuständigen kantonalen (Vollzugs-)Behörde beantragen kann. Eine Entlassung gestützt auf diese Bestimmungen wäre nach dem bisher Gesagten vorzunehmen, wenn vom Beschwerdeführer in Zukunft "lediglich" Vermögensdelikte, die bei der Anordnung der Massnahme nach Art. 42 aStGB im Jahre 2006 denn auch im Vordergrund standen, zu erwarten wären und nicht (auch) solche nach Art. 64 Abs. 1 StGB. Dabei geht es nicht darum, die Verwahrung in Bezug auf die Berechtigung ihrer Anordnung in Frage zu stellen. Diese Thematik hat der Gesetzgeber in den Übergangsbestimmungen abschliessend geregelt; er hat eine umfassende Überprüfung aller Verwahrungen auf ihre grundsätzliche Konformität mit dem neuen Recht über den Weg von Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB ausdrücklich ausgeschlossen (vgl. Heer, Basler Kommentar, StGB II, 2. Aufl. 2007, Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB N. 15). Das hat aber nichts damit zu tun, dass Massnahmen während des Vollzugs regelmässig auf ihre (weitere) Erforderlichkeit zu überprüfen sind, wobei der Verwahrte jederzeit verlangen kann, aus der Verwahrung entlassen zu werden (vgl. Art. 64b Abs. 1 StGB; Heer, Basler Kommentar, StGB I II, 2. Aufl. 2007, Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB N. 14 und 17 sowie Art. 64b N. 20). Die Frage nach der weiteren Existenz einer relevanten Gefährlichkeit bzw. die entsprechende prognostische Bewertung des Zustands des Betroffenen bzw. seines zukünftigen Verhaltens ist dabei nach dem Sinn und Geist des neuen Rechts auszulegen und beurteilt sich folglich einzig nach der Umschreibung der Anlasstaten, wie sie in Art. 64 Abs. 1 StGB abschliessend vorgenommen wurde (vgl. vorstehend E. 2.1.2).
2.3 Nach dem Dafürhalten des Beschwerdeführers verstösst die Weiterführung der Verwahrung gegen Art. 10 Abs. 2 BV (persönliche Freiheit) und Art. 15 UNO-Pakt II (Grundsatz der "lex mitior"). Einerseits mangle es für eine Einschränkung seiner persönlichen Freiheit an einer genügend klaren Gesetzesgrundlage, weil die neurechtlichen Voraussetzungen einer Verwahrung im Sinne von Art. 64 StGB in seinem Fall nicht erfüllt seien und sich Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB nicht klar darüber auslasse, was es bedeute, eine altrechtliche Massnahme nach neuem Recht fortzuführen. Andererseits sei durch die Gesetzesrevision in Bezug auf seine Taten ein milderes Regime bei sichernden Massnahmen eingeführt worden. Auf die Anwendung dieses neuen milderen Regimes habe er Anspruch.
2.3.1 Nach Art. 10 Abs. 2 BV hat jeder Mensch das Recht auf persönliche Freiheit, namentlich auf Bewegungsfreiheit. Damit soll der Einzelne insbesondere vor ungerechtfertigten Freiheitsentzügen geschützt werden. Die Vorinstanz hat den Beschwerdeführer mit Urteil vom 11. Januar 2006 zu einer Freiheitsstrafe von zwei Jahren verurteilt. Anstelle des Vollzugs der ausgesprochenen Freiheitsstrafe hat sie den Beschwerdeführer gestützt auf Art. 42 aStGB als Gewohnheitsverbrecher auf unbestimmte Zeit verwahrt. Die vorliegende Einschränkung der persönlichen Freiheit geht mithin zurück auf die in Anwendung von Art. 42 aStGB gerichtlich angeordnete Verwahrung. Gestützt auf Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB wird diese altrechtliche Sanktion - unter der Bedingung der Nichtanordnung einer therapeutischen Massnahme - nach neuem Recht (lediglich) weitergeführt, d.h. vollzogen, und zwar entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers auch wenn es an den neurechtlichen Voraussetzungen für die Anordnung einer Verwahrung nach Art. 64 Abs. 1 StGB fehlt (vorstehend E. 2.1.1 und 2.1.2). Die beanstandete Schlussbestimmung erweist sich somit als hinreichend klare Gesetzesgrundlage. Dass und inwiefern bei dieser Sachlage die Weiterführung der Verwahrung die persönliche Freiheit des Beschwerdeführers aber verletzen sollte, ist nicht ersichtlich.
2.3.2 Gemäss Art. 15 Abs. 1 UNO-Pakt II darf niemand wegen einer Handlung oder Unterlassung verurteilt werden, die zur Zeit ihrer Begehung nach innerstaatlichem oder internationalem Recht nicht strafbar war. Es darf auch keine schwerere als zur Zeit der Begehung angedrohte Strafe verhängt werden. Wird nach Begehung einer strafbaren Handlung durch Gesetz eine mildere Strafe eingeführt, so ist das mildere Gesetz anzuwenden. Diese Grundsätze ("nulla poena sine lege" und "lex mitior") sind im innerstaatlichen Recht in Art. 1 StGB und Art. 2 StGB verankert. Aus ihnen ergibt sich das Verbot der Rückwirkung. Das neue Recht darf auf Sachverhalte, die sich vor seinem Inkrafttreten verwirklicht haben, nicht angewendet werden, es sei denn, dass es für den Betroffenen milder als das neue Recht ist. Diese Grundsätze gelten nach der neueren bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht nur für Strafen, sondern auch für strafrechtliche Massnahmen, jedenfalls aber für Verwahrungen (<ref-ruling> E. 3.3.3).
Aus den genannten Grundsätzen ergibt sich nicht, dass eine in Anwendung des alten Rechts angeordnete und in Rechtskraft erwachsene Sanktion nach dem Inkrafttreten des neuen Rechts aufgehoben werden muss, falls die neurechtlichen Voraussetzungen für die Anordnung einer solchen Sanktion im Einzelfall nicht gegeben sind. Diese Grundsätze sind nur anwendbar, wenn nach dem Inkrafttreten des neuen Rechts eine Sanktion angeordnet wird. Hingegen finden sie keine Anwendung, soweit es (bloss) um die Vollstreckung eines unter der Herrschaft des alten Rechts ergangenen rechtskräftigen Entscheids geht, d.h. um die Weiterführung einer unter altem Recht angeordneten Sanktion. Insoweit gilt der Grundsatz der Vollstreckung des Urteils nach altem Recht bzw. der Nichtanpassung des Urteils an das neue Recht (vgl. dazu das Urteil des Bundesgerichts vom 9. Januar 2008, 6B_365/2007 E. 3.3.1; siehe auch Benjamin F. Brägger, Basler Kommentar, StGB II, 2. Aufl., Basel 2007, Art. 388 N. 2; Riklin, a.a.O., S. 1479). Die Sanktion bleibt damit bestehen. Entsprechend sieht Art. 388 Abs. 1 Satz 1 StGB vor, dass altrechtliche Urteile grundsätzlich nach altem Recht zu vollziehen sind.
Der Beschwerdeführer wurde am 11. Januar 2006 gestützt auf Art. 42 aStGB, also in Anwendung des alten Rechts, als Gewohnheitsverbrecher verwahrt. Die Weiterführung dieser Sanktion nach dem Inkrafttreten des neuen Rechts verstösst nach dem Gesagten nicht gegen den vom Beschwerdeführer angerufenen Art. 15 UNO-Pakt II und das darin statuierte Gebot der "lex mitior", auch wenn davon ausgegangen wird, dass im konkreten Fall allenfalls die neurechtlichen Voraussetzungen für die Anordnung einer Verwahrung im Sinne von Art. 64 StGB nicht erfüllt wären.
3. Zusammenfassend erweist sich der angefochtene Entscheid, mit welchem die am 11. Januar 2006 gegenüber dem Beschwerdeführer gestützt auf Art. 42 aStGB angeordnete Verwahrung weitergeführt wird, als bundesrechtskonform. Die Beschwerde ist als unbegründet abzuweisen. Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann entsprochen werden, da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Dr. Christian von Wartburg, wird eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. September 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill