Sachverhalt:
A. A._ wurde am 20. August 2009 von der Kantonspolizei Zürich festgenommen und mit Verfügung vom 21. August 2009 des Haftrichters des Bezirksgerichts Zürich in Untersuchungshaft gesetzt. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich verdächtigt A._ der sexuellen Handlungen mit Kindern (<ref-law>). Er sei von der Association DIL SE, eines in Indien tätigen Kinderhilfswerks, angezeigt worden. A._ habe gemäss der Anzeige in den Jahren 2007 und 2008 je für einige Wochen als Freiwilliger in Einrichtungen der Association DIL SE in Kochi und Madurai in Indien gearbeitet und sich im Verlaufe dieser Tätigkeit an ihm anvertrauten Knaben im Alter von ca. 11 bis 13 Jahren vergangen.
Mit Eingabe vom 22. Oktober 2009 ersuchte A._ um Haftentlassung, eventuell unter Anordnung einer Schriftensperre oder eines Kontaktverbots. Mit Verfügung vom 29. Oktober 2009 wies der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich das Gesuch ab. Zur Begründung führte er an, es bestehe neben dringendem Tatverdacht sowohl Kollusions- als auch Fluchtgefahr im Sinne von § 58 Abs. 1 Ziff. 1 und 2 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH; LS 321).
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 11. November 2009 beantragt A._, die Verfügung des Haftrichters sei aufzuheben und er selbst sei aus der Untersuchungshaft zu entlassen, eventualiter unter Auferlegung einer Schriftensperre oder eines Kontaktverbots.
Die Staatsanwaltschaft verweist in ihrer Vernehmlassung unter anderem auf ihre früheren Anträge. Der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich verweist seinerseits auf eine in der Zwischenzeit ergangene haftrichterliche Verfügung vom 20. November 2009, welcher er sich vollumfänglich anschliesse. Gemäss dieser neuen Verfügung wird die Untersuchungshaft bis zum 21. Februar 2010 fortgesetzt. Der Beschwerdeführer liess sich dazu nicht mehr vernehmen.

Erwägungen:
1. Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Ein kantonales Rechtsmittel gegen den angefochtenen Entscheid steht nicht zur Verfügung. Die Beschwerde ist nach Art. 80 i.V.m. <ref-law> zulässig. Der Beschwerdeführer nahm vor der Vorinstanz am Verfahren teil und hat ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Er ist nach <ref-law> zur Beschwerde berechtigt. Das Bundesgericht kann nach <ref-law> bei Gutheissung der Beschwerde in der Sache selbst entscheiden. Deshalb ist der Antrag auf Haftentlassung zulässig. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Die Untersuchungshaft schränkt die persönliche Freiheit des Beschwerdeführers ein (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>, Art. 5 EMRK). Eine Einschränkung dieses Grundrechts ist zulässig, wenn sie auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist; zudem darf sie den Kerngehalt des Grundrechts nicht beeinträchtigen (<ref-law>). Im vorliegenden Fall steht ein Freiheitsentzug und damit eine schwerwiegende Einschränkung der persönlichen Freiheit in Frage. Es bedarf deshalb sowohl nach <ref-law> als auch nach <ref-law> einer Grundlage im Gesetz selbst.
Bei Beschwerden, die gestützt auf das Recht der persönlichen Freiheit wegen der Ablehnung eines Haftentlassungsgesuchs erhoben werden, prüft das Bundesgericht im Hinblick auf die Schwere des Eingriffs die Auslegung und Anwendung des kantonalen Prozessrechts frei. Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.5 S. 73 f. mit Hinweis).
Die Untersuchungshaft darf nach Zürcher Strafprozessrecht nur angeordnet bzw. fortgesetzt werden, wenn der Angeschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird und ausserdem ein besonderer Haftgrund vorliegt (<ref-law>/ZH). Der Beschwerdeführer bestreitet sowohl den dringenden Tatverdacht wie auch das Vorliegen eines besonderen Haftgrunds.
3. 3.1 Die Vorinstanz verweist zur Begründung des dringenden Tatverdachts auf die haftrichterliche Verfügung vom 21. August 2009. Sie fügt ergänzend an, der Beschwerdeführer habe mittlerweile zugegeben, zwei Knaben im Genitalbereich angefasst und deren Penis in den Mund genommen zu haben. Aufgrund der ihn konkret belastenden und detaillierten Aussagen von vier Knaben sowie auf dem Computer des Beschwerdeführers gefundenen Bilder sei nicht auszuschliessen, dass sich der dringende Tatverdacht auch in Bezug auf den ihm vorgeworfenen Kindesmissbrauch gegenüber B._ und C._ bestätige.
3.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, es reiche nicht, dass nicht ausgeschlossen werden könne, dass sich ein dringender Tatverdacht bestätige. Der vierte Knabe, der gemäss der Staatsanwaltschaft als Opfer in Frage komme, sei sodann nicht C._, sondern D._, wobei auch dieser von der Staatsanwaltschaft als Opfer eher ausgeschlossen werde. Abgesehen von den zugegebenen Handlungen gebe es keinen hinreichenden Tatverdacht. Die Anschuldigungen stützten sich ausschliesslich auf gefilmte Aussagen. Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers habe dabei keine Gelegenheit gehabt, Ergänzungsfragen zu stellen. Auch sei die Identität der gefilmten Personen nicht erstellt. Ebensowenig sei klar, wann und wo die Aufnahmen gefilmt und weshalb die Behörden nicht involviert worden seien. Offenbar seien die Aufnahmen erst mehr als zwei Jahre nach den Vorfällen erstellt worden. Die Aussagen, aus der seltenen indischen Sprache Malayalam übersetzt, könnten falsch oder unvollständig wiedergegeben worden sein. Der übersetzte Text weise denn auch verschiedene Fehler auf. Weiter sei das Alter der Opfer nicht nachgewiesen und die Staatsanwaltschaft habe nicht aufgezeigt, mit welchen weiteren Personen - neben E._, F._ und B._ - der Beschwerdeführer sexuelle Handlungen vorgenommen haben solle. Es sei nicht nachvollziehbar, weshalb der Beschwerdeführer zwei konkrete sexuelle Handlungen zugeben, andere aber abstreiten sollte.
3.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, es reiche nicht, dass nicht ausgeschlossen werden könne, dass sich ein dringender Tatverdacht bestätige. Der vierte Knabe, der gemäss der Staatsanwaltschaft als Opfer in Frage komme, sei sodann nicht C._, sondern D._, wobei auch dieser von der Staatsanwaltschaft als Opfer eher ausgeschlossen werde. Abgesehen von den zugegebenen Handlungen gebe es keinen hinreichenden Tatverdacht. Die Anschuldigungen stützten sich ausschliesslich auf gefilmte Aussagen. Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers habe dabei keine Gelegenheit gehabt, Ergänzungsfragen zu stellen. Auch sei die Identität der gefilmten Personen nicht erstellt. Ebensowenig sei klar, wann und wo die Aufnahmen gefilmt und weshalb die Behörden nicht involviert worden seien. Offenbar seien die Aufnahmen erst mehr als zwei Jahre nach den Vorfällen erstellt worden. Die Aussagen, aus der seltenen indischen Sprache Malayalam übersetzt, könnten falsch oder unvollständig wiedergegeben worden sein. Der übersetzte Text weise denn auch verschiedene Fehler auf. Weiter sei das Alter der Opfer nicht nachgewiesen und die Staatsanwaltschaft habe nicht aufgezeigt, mit welchen weiteren Personen - neben E._, F._ und B._ - der Beschwerdeführer sexuelle Handlungen vorgenommen haben solle. Es sei nicht nachvollziehbar, weshalb der Beschwerdeführer zwei konkrete sexuelle Handlungen zugeben, andere aber abstreiten sollte.
3.3 3.3.1 Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des allgemeinen Haftgrunds des dringenden Tatverdachts keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Macht ein Inhaftierter geltend, er befinde sich ohne ausreichenden Tatverdacht in strafprozessualer Haft, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers an dieser Tat vorliegen, die Justizbehörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Im Haftprüfungsverfahren genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 146). Das Beschleunigungsgebot in Haftsachen lässt dabei nur wenig Raum für ausgedehnte Beweismassnahmen. Zur Frage des dringenden Tatverdachts hat der Haftrichter weder ein eigentliches Beweisverfahren durchzuführen, noch dem erkennenden Strafrichter vorzugreifen. Vorbehalten bleibt allenfalls die Abnahme eines liquiden Alibibeweises (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 210 mit Hinweisen).
3.3.2 Die dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Handlungen stützen sich in erster Linie auf die gefilmten Aussagen der Knaben E._, F._ und B._ sowie die Aussage der Leiterin des betroffenen Kinderheims. Für die Abklärung des dringenden Tatverdachts ist unmassgeblich, dass der Beschwerdeführer bisher keine Ergänzungsfragen stellen konnte. Aufgrund der genannten Aussagen und der ebenfalls in den Akten befindlichen Personendossiers der Association DIL SE kann die Identität der Opfer als für das Haftprüfungsverfahrens genügend erstellt bezeichnet werden. Der Beschwerdeführer führt weiter keinerlei konkrete Hinweise an, welche auf eine falsche Übersetzung der Aussagen von E._, F._ und B._ hinweisen würden. Die Staatsanwaltschaft reichte zusammen mit ihrer Vernehmlassung dem Bundesgericht einen Auszug aus dem Dolmetscherverzeichnis des Obergerichts des Kantons Zürich ein. Danach ist Malayalam die Muttersprache des mit der Übersetzung betrauten Dolmetschers.
Gemäss der Aussage der Heimleiterin sind die Vorfälle anfangs Juli 2009 bekannt geworden. Eines der Opfer habe sich einem Angestellten des Kinderheims anvertraut. Dieser habe dann mit zwei weiteren Knaben gesprochen, die unabhängig voneinander von ähnlichen Vorkommnissen berichtet hätten. Die Aufnahme der Aussagen habe sie dann selbst veranlasst. In den gefilmten Aussagen berichten die drei Opfer (laut der erwähnten Übersetzung) von verschiedenen Übergriffen durch den Beschwerdeführer. E._ sagte unter anderem, der Beschwerdeführer habe seinen Penis in den Mund genommen. Der Beschwerdeführer habe seinen eigenen Penis mit Creme eingerieben und E._ sowie einen weiteren Knaben gezwungen, ihn zu masturbieren. Dann sei "Wasser" herausgekommen. Bei zwei anderen Gelegenheiten seien er und F._ vom Beschwerdeführer gezwungen worden, miteinander Analsex zu praktizieren. F._ selbst berichtete von ähnlichen Vorkommnissen. Er erwähnte zudem, der Beschwerdeführer habe ihm gesagt, er solle ihm seinen Penis in den Hintern stecken. B._ erzählte, der Beschwerdeführer habe ihm mehrmals nach Drohung und Gewaltanwendung den Finger und den Penis in den After eingeführt. Die Heimleiterin erklärte in ihrer Einvernahme, die Aussagen der drei Kinder seien glaubhaft.
Gemäss <ref-law> ist dem schweizerischen Strafgesetzbuch unterworfen, wer sich in der Schweiz befindet, nicht ausgeliefert wird und im Ausland den Tatbestand der sexuellen Handlungen mit Kindern erfüllt hat, sofern das Opfer weniger als 14 Jahre alt war. In den Verfahrensakten befinden sich schriftliche Angaben zum Alter der Opfer in Form von "Personal Files", einer Art Personalbogen, der Association DIL SE. Diesen beigefügt sind "Transfer Certificates", welche offensichtlich der Dokumentation von Schulübertritten dienen. Die Altersangaben in diesen beiden Unterlagen unterscheiden sich zwar, doch ergibt sich in jedem Fall sowohl im Falle von E._ wie auch von F._ und B._ für das Jahr 2008 ein Alter von unter 14 Jahren. Im Übrigen gab der Beschwerdeführer in seiner polizeilichen Befragung vom 11. September 2009 selber an, er sei davon ausgegangen, E._ und F._ seien damals zwischen 12 und 13 Jahre alt gewesen.
Vor diesem Hintergrund hat der Haftrichter kein Bundesrecht verletzt, wenn er von einem dringenden Tatverdacht auf sexuelle Handlungen mit Kindern nach <ref-law> und der Anwendbarkeit des Strafgesetzbuchs gemäss <ref-law> ausging. Gemäss den vorangehenden Ausführungen bezieht sich der dringende Tatverdacht zudem auf Handlungen, welche in ihrer Schwere klar über jene hinausgehen, welche der Beschwerdeführer im Laufe des Untersuchungsverfahren eingestanden hat. Es ist deshalb nicht erforderlich, auf die Kritik des Beschwerdeführers einzugehen, wonach der angefochtene Entscheid bzw. die Angaben der Staatsanwaltschaft in Bezug auf mögliche andere Opfer (neben E._, F._ und B._) nicht klar sein sollen.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer bestreitet, dass Kollusionsgefahr bestehe. Er spreche die Sprache der Geschädigten nicht. Diese befänden sich zudem in einem Heim in Indien und er würde es wegen den schlechten Haftbedingungen und drakonischen Strafen in diesem Land nicht riskieren, dorthin zu reisen. Die Möglichkeit eines Kontaktverbots oder der Schriftensperre als mildere Massnahmen liessen jedenfalls eine weitere Inhaftierung als unverhältnismässig erscheinen.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer bestreitet, dass Kollusionsgefahr bestehe. Er spreche die Sprache der Geschädigten nicht. Diese befänden sich zudem in einem Heim in Indien und er würde es wegen den schlechten Haftbedingungen und drakonischen Strafen in diesem Land nicht riskieren, dorthin zu reisen. Die Möglichkeit eines Kontaktverbots oder der Schriftensperre als mildere Massnahmen liessen jedenfalls eine weitere Inhaftierung als unverhältnismässig erscheinen.
4.2 4.2.1 Kollusion bedeutet insbesondere, dass sich der Angeschuldigte mit Zeugen, Auskunftspersonen, Sachverständigen oder Mitangeschuldigten ins Einvernehmen setzt oder sie zu wahrheitswidrigen Aussagen veranlasst, oder dass er Spuren und Beweismittel beseitigt. Die strafprozessuale Haft wegen Kollusionsgefahr soll verhindern, dass der Angeschuldigte die Freiheit dazu missbraucht, die wahrheitsgetreue Abklärung des Sachverhalts zu vereiteln oder zu gefährden. Die theoretische Möglichkeit, dass der Angeschuldigte in Freiheit kolludieren könnte, genügt indessen nicht, um die Fortsetzung der Haft unter diesem Titel zu rechtfertigen. Es müssen vielmehr konkrete Indizien für die Annahme von Kollusionsgefahr sprechen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 23; <ref-ruling> E. 2.1 S. 151; je mit Hinweisen).
Konkrete Anhaltspunkte für Kollusion können sich nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts namentlich ergeben aus dem bisherigen Verhalten des Angeschuldigten im Strafprozess (Aussageverhalten, Kooperationsbereitschaft, Neigung zu Kollusion usw.), aus seinen persönlichen Merkmalen (Leumund, allfällige Vorstrafen usw.), aus seiner Stellung und seinen Tatbeiträgen im Rahmen des untersuchten Sachverhalts sowie aus den persönlichen Beziehungen zwischen ihm und den ihn belastenden Personen (Art der beruflichen, freundschaftlichen, familiären oder sozialen Kontakte). Bei der Frage, ob im konkreten Fall eine massgebliche Beeinträchtigung des Strafverfahrens wegen Kollusionsgefahr droht, ist auch der Art und Bedeutung der von Beeinflussung bedrohten Aussagen bzw. Beweismittel, der Schwere der untersuchten Straftaten sowie dem Stand des Verfahrens Rechnung zu tragen. Je weiter das Strafverfahren vorangeschritten ist und je präziser der Sachverhalt bereits abgeklärt werden konnte, desto höhere Anforderungen sind grundsätzlich an den Nachweis von Kollusionsgefahr zu stellen (<ref-ruling> E. 3.2.1 und 3.2.2 S. 23 f.; Urteil 1P.90/2005 vom 23. Februar 2005 E. 3.3, in: Pra 2006 Nr. 1 S. 1; je mit Hinweisen).
4.2.2 Die Staatsanwaltschaft wies in ihrer Vernehmlassung im bundesgerichtlichen Verfahren darauf hin, dass derzeit die Einvernahme von zwei der Geschädigten in die Wege geleitet werde. Auch wenn der Beschwerdeführer selber kein Malayalam spricht, so ist zu befürchten, dass er die Freiheit dazu missbrauchen würde, auf diese und andere Geschädigte Einfluss zu nehmen. Es handelt es sich um Kinder, die vermutlich keinen gefestigten familiären Hintergrund aufweisen. Nach den Angaben der Heimleiterin haben E._ und F._ das Kinderheim mittlerweile verlassen. B._s Eltern seien Alkoholiker. Er selber sei seit den Vorfällen noch anhänglicher geworden und erscheine ihr traumatisiert. Die ins Deutsche übersetzten Aussagen der drei Kinder und der Heimleiterin zeichnen vom Beschwerdeführer das Bild einer Person, die vor der Anwendung psychischen und physischen Zwangs nicht zurückschreckt. Angesichts moderner Kommunikationsmittel und dem Umstand, dass der Beschwerdeführer Indien gut kennt, besteht deshalb die Gefahr, dass dieser - eventuell in Verbindung mit Drittpersonen - versuchen könnte, auf mögliche Zeugen und Auskunftspersonen einzuwirken. Eine mildere Massnahme wie ein Kontaktverbot oder eine Schriftensperre erscheint unter den gegenwärtigen Umständen nicht geeignet, dieser Kollusionsgefahr wirksam zu begegnen.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Beschaffung weiterer Beweise sei auch nach Ansicht der Staatsanwaltschaft nahezu unmöglich. Ein internationales Rechtshilfeverfahren könnte sich über mehrere Jahre hinziehen. Die Fortsetzung der Untersuchungshaft bis zu diesem Zeitpunkt sei unangemessen, zumal der Beschwerdeführer höchstens mit einer bedingt vollziehbaren Strafe zu rechnen habe.
5.2 Gemäss <ref-law> und Art. 5 Ziff. 3 EMRK hat eine in strafprozessualer Haft gehaltene Person Anspruch darauf, innerhalb einer angemessenen Frist richterlich beurteilt oder während des Strafverfahrens aus der Haft entlassen zu werden. Eine übermässige Haftdauer stellt eine unverhältnismässige Beschränkung dieses Grundrechts dar. Der Richter darf die Haft nur so lange erstrecken, als sie nicht in grosse zeitliche Nähe der (im Falle einer rechtskräftigen Verurteilung) konkret zu erwartenden Dauer der freiheitsentziehenden Sanktion rückt (<ref-ruling> E. 3.4.2 S. 281 mit Hinweisen).
Gemäss den vorangehenden Ausführungen besteht ein dringender Verdacht der sexuellen Handlungen mit Kindern. <ref-law> sieht eine Höchststrafe von fünf Jahren Freiheitsstrafe vor. Bei Konkurrenz droht zudem eine Strafschärfung (<ref-law>). Der Beschwerdeführer befindet sich seit ungefähr viereinhalb Monaten in Haft, was sich vor dem Hintergrund der drohenden Strafe nicht als unverhältnismässig erweist. Die Rüge der Überhaft erweist sich deshalb als unbegründet.
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Da der besondere Haftgrund der Kollusionsgefahr zu bejahen ist, erübrigt es sich, auf die Ausführungen des Beschwerdeführers zur Fluchtgefahr einzugehen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (<ref-law>). Er hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Dezember 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold