Sachverhalt:
A. Am 21. Juli 2006 erhob die X._ (Beschwerdeführerin) beim Kantonsgericht Graubünden gegen die in Chur domizilierte Y._ AG (Beschwerdegegnerin) eine patentrechtliche Klage. Der Kantonsgerichtspräsident ordnete die Erstellung eines Sachverständigengutachtens an. Am 30. April 2007 reichten die Parteien Anträge zur Nomination und Instruktion des Sachverständigen ein. Mit prozessleitender Verfügung vom 14. Februar 2008 setzte der Kantonsgerichtspräsident als Sachverständigen Patentanwalt Z._ von der Firma A._ AG ein.
Nach erfolgter Experteninstruktion vom 10. März 2008 orientierte der Experte den Kantonsgerichtspräsidenten am 4. Juni 2008 telefonisch über den Umstand, dass er bzw. seine Kanzlei in einer anderen Patentsache von einer Drittfirma beauftragt worden sei, diese als Lizenznehmerin bei der Verhandlung und Abwicklung eines Patentlizenzvertrages mit der Erfinderin und hiesigen Beschwerdeführerin zu vertreten. Seine Mandantin habe dabei lizenzvertraglich die Pflicht übernommen, beim Europäischen Patentamt ein Patent auf den Namen der Beschwerdeführerin zu erwirken. Zur Herstellung der Handlungsfähigkeit der Kanzlei vor dem Europäischen Patentamt sei diese von der Beschwerdeführerin formell bevollmächtigt worden. Nach Angaben des Experten äusserte sich der Kantonsgerichtspräsident ihm gegenüber dahingehend, dass dieser Umstand kein Befangenheitsproblem darstelle. Der Auftrag an Patentanwalt Z._ zur Erstellung der Gerichtsexpertise wurde jedenfalls nicht widerrufen. Am 1. Dezember 2008 erstattete er sein Gutachten. Dieses wurde den Parteien am 4. Dezember 2008 zugestellt.
B. Am 26. Januar 2009 stellte die Beschwerdegegnerin nebst weiteren Begehren den Antrag, Patentanwalt Z._, sei seiner Funktion als gerichtlicher Experte zu entheben und sein Gutachten vom 1. Dezember 2008 aus dem Recht zu weisen. Zur Begründung brachte sie im Wesentlichen vor, dass zwischen dem Gutachter Z._, der geschäftsführendes Mitglied der Patentanwaltskanzlei A._ sei, und der Beschwerdeführerin ein im August 2007 eingegangenes und andauerndes Mandatsverhältnis bestehe. Mit Schreiben vom 30. Januar 2009 nahm der Gerichtsexperte Stellung zur Ausstandsfrage. Dabei stellte er ein Mandatsverhältnis zwischen ihm bzw. der Kanzlei A._ und der Beschwerdeführerin in Abrede. Die Kanzlei arbeite ausschliesslich im Auftrag und auf Weisung einer Lizenznehmerin an der dem Patent EP XXX._ zu Grunde liegenden Erfindung.
Mit Verfügung vom 21. August 2009 wies der instruierende Richter die mit Eingabe vom 26. Januar 2009 gestellten Anträge der Beschwerdegegnerin vollumfänglich ab.
Gegen diese Verfügung erhob die Beschwerdegegnerin Beschwerde an die II. Zivilkammer des Kantonsgerichts Graubünden, u. a. mit den Anträgen, die angefochtene Verfügung aufzuheben, Patentanwalt Z._, seiner Funktion als gerichtlicher Experte zu entheben und sein Gutachten vom 1. Dezember 2008 aus dem Recht zu weisen. Mit Beiurteil vom 16. Dezember 2009 hiess das Gericht die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut, soweit darauf einzutreten war, hob die angefochtene Verfügung auf und schloss das Gutachten von Z._ vom 1. Dezember 2008 als Beweismittel aus.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Beiurteil des Kantonsgerichts vom 16. Dezember 2009 vollumfänglich aufzuheben.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz beantragt unter Verzicht auf Gegenbemerkungen, die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie einzutreten sei.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde zulässig. Diese Entscheide können später nicht mehr angefochten werden (<ref-law>). Bei den Entscheiden über Ausstandsbegehren geht es vor allem um solche betreffend den Ausstand von Gerichtspersonen. Nach der Rechtsprechung fallen aber auch Entscheide über den Ausstand von Gerichtsexperten unter <ref-law> (Urteil 1B_22/2007 vom 29. Mai 2007 E. 2.2).
Beim angefochtenen Beiurteil handelt es sich in der Sache um einen selbständig eröffneten Entscheid über ein Ausstandsbegehren gegenüber einem Gerichtsexperten, auch wenn in Konsequenz der Gutheissung desselben das Dispositiv formell nur dahingehend lautet, dass das vom besagten Gerichtsexperten erstellte Gutachten als Beweismittel ausgeschlossen wird. Die Beschwerde erweist sich demnach gestützt auf <ref-law> als zulässig.
1.2 Nach dem Grundsatz der Einheit des Verfahrens sind Zwischenentscheide mit dem in der Hauptsache zulässigen Rechtsmittel anzufechten (<ref-ruling> E. 2.2). In der Hauptsache geht es im eine Zivilrechtsstreitigkeit in Anwendung des PatG (SR 232.14). <ref-law> schreibt für Zivilklagen im Patentrecht eine einzige kantonale Instanz vor. Die Beschwerde in Zivilsachen ist demnach unabhängig vom Streitwert zulässig (<ref-law>).
1.3 Die Beschwerdeführerin stellt keinen materiellen Antrag, sondern begnügt sich mit dem Rechtsbegehren, das angefochtene Beiurteil sei vollumfänglich aufzuheben. Es ist fraglich, ob dieses Rechtsbegehren hinreichend ist. Aus der Begründung wird indessen ohne weiteres klar, dass die Beschwerdeführerin die Ablehnung des Ausstandsgesuchs gegen den Experten und demzufolge die Zulassung des Gutachtens vom 1. Dezember 2008 als Beweismittel anbegehrt.
1.4 Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, der angefochtene Entscheid verletze den Anspruch auf den verfassungsmässigen Gutachter nach <ref-law>, eventuell <ref-law>.
2.1 Nach <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK, denen in dieser Hinsicht dieselbe Tragweite zukommt, hat der Einzelne Anspruch darauf, dass seine Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. Ob diese Garantien verletzt sind, prüft das Bundesgericht frei (<ref-ruling> E. 5.2 S. 3; <ref-ruling> E. 2.1.2.1 S. 34 f.; je mit Hinweisen).
Der von einem Gericht beigezogene Sachverständige gilt als Hilfsperson des Richters (<ref-ruling> E. 3 S. 31 oben). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist deshalb die Garantie nach <ref-law> sinngemäss auch auf die Unabhängigkeit und Unparteilichkeit von Sachverständigen anzuwenden. Demnach können Gerichtsexperten von einer Partei abgelehnt werden, wenn Umstände vorliegen, die nach objektiven Gesichtspunkten geeignet sind, den Anschein der Befangenheit zu erwecken (<ref-ruling> E. 3f/bb S. 81; <ref-ruling> E. 4a S. 544 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 365). Da Sachverständige nicht Mitglied des Gerichts sind, stützt sich der Anspruch auf Unparteilichkeit und Unbefangenheit der Gerichtsexperten nicht auf <ref-law>, sondern auf <ref-law>. Hinsichtlich der Unparteilichkeit und Unbefangenheit kommt <ref-law> indessen ein mit <ref-law> weitgehend übereinstimmender Gehalt zu, so dass sich die inhaltlichen Anforderungen an die gerichtsgutachterliche Unabhängigkeit grundsätzlich nach <ref-law> richten (Urteil 8C_509/2008 vom 4. Februar 2009 E. 4.2; KIENER/KRÜSI, Die Unabhängigkeit von Gerichtssachverständigen, ZSR 2006 I 487 ff., 491; vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 3a S. 364 f. und Gerold Steinmann, in: Die schweizerische Bundesverfassung, Kommentar, Ehrenzeller und andere [Hrsg.], 2. Aufl. 2008, N. 5 zu Art. 30).
Diese Garantie ist verletzt, wenn Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 21; <ref-ruling> E. 6.2 S. 6; <ref-ruling> E. 3.4 S. 116). Solche Umstände können in einem bestimmten Verhalten der betreffenden Person oder in äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein. Bei der Beurteilung solcher Umstände ist nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abzustellen. Das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen. Für den Ausstand wird nicht verlangt, dass der Sachverständige tatsächlich befangen ist. Es genügt, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung den Anschein der Befangenheit und Voreingenommenheit erwecken (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2.1 S. 240 mit Hinweisen). Dass das kantonale Recht diesbezüglich strenger wäre als das Bundesrecht wird in der Beschwerde nicht geltend gemacht.
2.2 Die Vorinstanz bejahte den Anschein der Befangenheit des Gerichtsexperten Z._ aufgrund des Umstands, dass sich Z._ bzw. sein Patentanwaltsbüro im Auftrag einer Drittfirma (der B._ AG) mit einer Patentsache der Beschwerdeführerin zu befassen hatte. Sie stellte fest, dass die Beschwerdeführerin als Erfinderin in der betreffenden Patentsache mit der B._ AG einen Lizenzvertrag abgeschlossen hat. Nach Art. 19.2 des Lizenzvertrags betraute die Beschwerdeführerin die B._ AG auf deren Verantwortung und Kosten mit dem Erwirken von noch hängigen Patentanmeldungen und der Aufrechterhaltung von Patentanmeldungen und erteilten Patenten. Zugleich räumte sie der B._ AG das Recht ein, die entsprechenden Handlungen durch einen Patentanwalt ihrer Wahl vorzunehmen. Die B._ AG machte von dieser Möglichkeit Gebrauch und betraute das Patentanwaltsbüro A._ bzw. Patentanwalt Z._ mit der Wahrnehmung der erwähnten Aufgaben.
Die Vorinstanz erwog, zwischen der Beschwerdeführerin und der B._ AG bestehe ein Auftragsverhältnis, nicht aber zwischen der Beschwerdeführerin und dem Patentanwaltsbüro A._ bzw. Patentanwalt Z._ . Dieser fungiere als Substitut der beauftragten Firma. Als solcher stehe er auch gegenüber dem Hauptauftraggeber in der Treuepflicht und habe ihm gegenüber Schutzpflichten, insbesondere dessen Interessen zu wahren. Da das Patentanwaltsbüro A._ bzw. Patentanwalt Z._ in einem hängigen Patentanmeldungsverfahren auch die Interessen der Beschwerdeführerin zu vertreten gehabt habe, erwecke die gleichzeitige Übernahme eines Mandats als gerichtlicher Gutachter in einer Patentstreitigkeit zwischen der Beschwerdeführerin und der Beschwerdegegnerin bei objektiver Betrachtung zwangsläufig den Anschein der Befangenheit. In zeitlicher Hinsicht habe Z._ das Gutachten in der vorliegenden Streitigkeit exakt zu einem Zeitpunkt ausgearbeitet, als er mit der Patentierung der Erfindung der Beschwerdeführerin befasst gewesen sei. Im Zeitpunkt der Erstattung des Gutachtens habe die Frist zum Einspruch gegen die Patenterteilung erst zu laufen begonnen. Die Bevollmächtigung habe sich auch auf allfällige Einspruchverfahren bezogen und der Auftrag sei mithin nicht abgeschlossen gewesen.
2.3 Die Beschwerdeführerin bringt vor, der Gutachter stehe zur Beschwerdeführerin nicht in einem Mandatsverhältnis. Diese habe weder die Befugnis, ihm Weisungen zu erteilen noch ihm das Mandat zu entziehen. Damit stehe Patentanwalt Z._ nicht in einem Abhängigkeitsverhältnis zu ihr, weil er selbst bei Erstattung eines der Beschwerdeführerin nachteiligen Gutachtens keinerlei Konsequenzen zu befürchten hätte. Der Auftrag der B._ AG habe lediglich in der Betreuung einer europäischen Patentanmeldung bestanden. Die ohnehin nur sehr schwach ausgeprägte Interessenwahrungspflicht von A._ bzw. Patentanwalt Z._ gegenüber der Beschwerdeführerin betreffe also einen Bereich, der keinerlei Bezüge zur vorliegenden Streitsache aufweise und durch den Verfahrensausgang in keiner Weise beeinflusst werde. Damit erreiche die zwischen Patentanwalt Z._ und der Beschwerdeführerin bestehende Beziehung keineswegs eine Intensität, die nach objektiven Gesichtspunkten den Anschein der Befangenheit zu begründen vermöge.
2.4 Befangenheit oder zumindest ein Anschein von Befangenheit eines Gerichtsexperten kann sich aus dem Umstand ergeben, dass er zu einer Prozesspartei in einer wirtschaftlichen Beziehung steht oder stand, wobei dieselbe eine gewisse Intensität aufweisen muss (BGE <ref-ruling> E. 4b S. 545; Urteil 2P.78/2005 vom 21. Juli 2005 E. 3.2; KIENER/KRÜSI, a.a.O., S. 500 ff.). Das Bundesgericht hatte sich wiederholt mit Fällen zu befassen, in denen ein nebenamtlicher Richter (oder Schiedsrichter) in anderen Verfahren mit einer Prozesspartei in besonderer Weise verbunden war. Dabei erkannte es, dass ein als Richter amtender Anwalt als befangen erscheine, wenn zu einer Partei ein noch offenes Mandat bestehe oder wenn er für eine Partei mehrmals oder kurze Zeit vorher anwaltlich tätig gewesen ist, so dass zu befürchten ist, er könnte versucht sein, in einer Weise zu handeln, die seinen Klienten ihm gegenüber weiterhin gut gesinnt sein lasse (vgl. den Überblick über die Rechtsprechung in <ref-ruling> E. 4.1). In Präzisierung dieser Rechtsprechung hielt es sodann fest, dass Befangenheit nicht nur bei einem noch offenen oder kurz zuvor abgeschlossenen Mandatsverhältnis zu einer Prozesspartei anzunehmen ist, sondern auch, wenn ein solches Vertretungsverhältnis zu deren Gegenpartei in einem anderen Verfahren besteht oder bestand (<ref-ruling> E. 4.3). Zur Annahme einer besonderen Verbundenheit zwischen Prozesspartei und Experte, die Befangenheit zu begründen vermag, kommt somit auch eine andere Beziehung als ein direktes Mandatsverhältnis zu dieser Partei in Betracht.
2.5 Vorliegend hat die Beschwerdeführerin nicht Patentanwalt Z._, sondern ihre Lizenznehmerin, die B._ AG, mit der Betreuung der Patentanmeldung beim Europäischen Patentamt beauftragt. Das wirtschaftliche Verhältnis zwischen der Beschwerdeführerin und Patentanwalt Z._ besteht somit nicht in einem Mandatsverhältnis, aber zum einen in einer Vollmachtserteilung zur Vertretung gegenüber dem Europäischen Patentamt und zum andern im Umstand, dass Patentanwalt Z._ als auftragsrechtlicher Substitut der von der Beschwerdeführerin beauftragten Lizenznehmerin letztlich doch die Interessen der Beschwerdeführerin wahrzunehmen hatte (vgl. WALTER FELLMANN, Berner Kommentar, 1992, N. 618 ff. zu <ref-law>; <ref-ruling> E. 4c) und dieser bei nicht gehöriger Auftragserfüllung ein direkter Haftungsanspruch vertraglicher Natur gegen ihn zusteht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4a S. 314 f. und E. 5a; ROLF H. WEBER, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 4. Aufl. 2007, N. 6 zu <ref-law>). Dabei dauerte dieses Verhältnis im Zeitraum der Übernahme und Ausführung der Expertentätigkeit aktuell an. Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin weist es eine Intensität auf, die aus objektiver Sicht den Anschein der Befangenheit zu begründen vermag.
Die Beschwerdeführerin hätte A._ bzw. Patentanwalt Z._ zwar nicht den Unterauftrag entziehen können, da dieser von der Lizenznehmerin nach deren Wahl erteilt worden war. Indessen hätte sie die Vollmachtserteilung widerrufen können, womit im Resultat A._ bzw. Patentanwalt Z._ die Tätigkeit gegenüber dem Europäischen Patentamt nicht mehr hätte wahrnehmen können. Von daher trifft es nicht zu, dass A._ bzw. Patentanwalt Z._ bei einer für die Beschwerdeführerin negativen Expertisierung keinerlei Konsequenzen hätte befürchten müssen. Vielmehr ist es in Anbetracht der Verbindung, wie sie zwischen der Beschwerdeführerin und A._ bzw. Patentanwalt Z._ im Zeitraum der Gutachtertätigkeit bestand, objektiv nachvollziehbar, wenn die Beschwerdegegnerin befürchtete, Patentanwalt Z._ habe sich bei seiner Gutachtertätigkeit nicht völlig frei fühlen können und erscheine nicht mehr neutral. Dass die vor dem Europäischen Patentamt wahrzunehmende Patentangelegenheit ein anderes Patent betrifft als die vorliegende Streitsache, ändert nichts. Es geht nicht darum, dass der Ausgang der vorliegenden Streitsache Auswirkungen auf das Verfahren vor dem Europäischen Patentamt haben könnte oder umgekehrt, sondern um den Umstand, dass A._ bzw. Patentanwalt Z._ durch die Tätigkeit und Interessenwahrnehmungspflicht im Verfahren vor dem Europäischen Patentamt mit der Beschwerdeführerin in einer besonderen Beziehung steht, die objektive Zweifel an der Unbefangenheit des Experten zu wecken vermag.
Schliesslich kann die von der Beschwerdeführerin angerufene Konstellation im Urteil 2P.78/2005 vom 21. Juli 2005 nicht auf den vorliegenden Fall übertragen werden. In jenem Verfahren stellte das Bundesgericht fest, dass dem Gutachter Angestellteneigenschaften und die damit verbundenen Rücksichtspflichten allein gegenüber der Universität bzw. deren Forschungsinstitut für Arbeit und Arbeitsrecht zukamen, nicht aber gegenüber dem Kanton, der Prozesspartei war. Es sei nicht ersichtlich, inwiefern der bestellte Gutachter sich allein wegen der Aufsichts- und Genehmigungskompetenzen der Regierung im Bereich Universität bei der Erstellung seines Berichts nicht frei fühlte (E. 3.2). Vorliegend kommt hingegen Patentanwalt Z._ in seiner Eigenschaft als auftragsrechtlicher Substitut eine Interessenwahrungspflicht auch gegenüber der Beschwerdeführerin zu. Zudem ergibt sich aus dem Umstand, dass er von der Beschwerdeführerin zur Vertretung vor dem Europäischen Patentamt bevollmächtigt wurde, eine gewisse Beeinträchtigung seiner Unabhängigkeit, indem er im Bestreben, die Vertretungsbefugnis nicht einzubüssen, bemüht sein könnte, das Wohlwollen der Beschwerdeführerin im Auge zu behalten.
Unter diesen Umständen hat die Vorinstanz <ref-law> nicht verletzt, indem sie die Ausstandspflicht des Experten Z._ bejahte und das von ihm erstellte Gutachten nicht als Beweismittel zuliess.
3. Die Beschwerdeführerin rügt, der angefochtene Entscheid verletze das Rechtsverzögerungsverbot. Eine Bestätigung des Entscheids würde den Patentprozess um über drei Jahre zurückwerfen, nämlich auf den Stand, den das Verfahren vor den Stellungnahmen der Parteien zur Expertennomination und -instruktion am 30. April 2007 hatte.
Das Bundesgericht führte in einem Entscheid betreffend die Ablehnung eines psychiatrischen Gutachters in einem Strafverfahren aus, im Interesse einer beförderlichen Rechtspflege seien Ablehnungs- und Ausstandsbegehren gegen nicht richterliche Justizpersonen bzw. gegen Entscheidungsgehilfen des Gerichts nicht leichthin gutzuheissen, zumal eine Bewilligung solcher Begehren zur Komplizierung und Verzögerung des Verfahrens führen könne (Urteil 1B_22/2007 vom 29. Mai 2007 E. 3.3). Das ändert aber nichts an der formellen Natur des Anspruchs auf einen unvoreingenommenen und unparteiischen Sachverständigen. Die Durchsetzung von verfassungsmässigen Verfahrensgarantien kann zu Verfahrensverzögerungen führen. Allein deswegen darf aber ein Ausstandsgesuch nicht abgelehnt werden, wenn effektiv (ein Anschein der) Befangenheit besteht. Entsprechend war vorliegend vorzugehen, auch wenn die Nichtzulassung der Expertise von Z._ bedeutet, dass eine erneute Begutachtung eingeleitet werden muss. Um ungebührliche Verzögerungen zu verhindern, besteht die Pflicht, einen Ablehnungsgrund unverzüglich nach dessen Kenntnisnahme geltend zu machen, ansonsten Verwirkung eintritt (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 4.3.1; <ref-ruling> E. 4.3). Eine verzögerte Anrufung des Ablehnungsgrundes wird der Beschwerdegegnerin vorliegend aber nicht vorgeworfen. Die Rüge des Verstosses gegen das Rechtsverzögerungsverbot erweist sich als unbegründet.
4. Die Beschwerde ist demzufolge abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von
Graubünden, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Juli 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer