Sachverhalt:
A. S._, geboren 1944, arbeitete seit 13. Juni 1995 im Containerbau bei der Firma T._ AG und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherung (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Im Januar 1997 hatte er sich bei einem Arbeitsunfall eine Verletzung der rechten Schulter zugezogen. Nach einem ersten Rückfall im März 2000 mit entsprechenden Versicherungsleistungen wurde im Dezember 2006 ein erneuter Rückfall zum Unfallereignis aus dem Jahre 1997 gemeldet. Der Versicherte war wegen Schulterbeschwerden seit April 2006 erneut arbeitsunfähig. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht und richtete Heilkosten und Taggeldleistungen bis 31. Juli 2007 aus. Mit Verfügung vom 13. August 2007 sprach sie S._ in der Folge ab 1. August 2007 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 29 % sowie eine Integritätsentschädigung von 20 % zu. Auf Einsprache hin erhöhte sie die Integritätsentschädigung auf 25 %, hielt jedoch am Rentenentscheid fest (Einspracheentscheid vom 13. März 2008).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 5. November 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei die SUVA zu verpflichten, ihm auf der Basis einer Erwerbsunfähigkeit von mindestens 60 % ab 1. August 2007 die entsprechende Rente zu bezahlen, eventuell sei sie zu verhalten, ein polydisziplinäres Gutachten in Auftrag zu geben.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Unbestritten ist, dass der Versicherte ab 1. August 2007 Anspruch auf eine Rente der Unfallversicherung hat. Streitig und zu prüfen bleibt jedoch, ob dieser Rente ein Invaliditätsgrad von mehr als 29 % zu Grunde zu legen ist, wovon der Beschwerdeführer ausgeht. Das kantonale Gericht hat die für die Beurteilung massgebenden Rechtsgrundlagen, insbesondere die Bestimmungen und Grundsätze über den Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung (<ref-law>) sowie die allgemeine Methode der Bemessung des Invaliditätsgrades nach dem Einkommensvergleich (<ref-law>), namentlich bei Verwendung der LSE-Tabellenlöhne oder der DAP-Zahlen (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475) zutreffend dargelegt. Richtig sind auch die vorinstanzlichen Ausführungen zum Beweiswert medizinischer Berichte und Stellungnahmen (<ref-ruling> E. 3a S. 352; E. 3b/ee S. 353). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Nach Würdigung der medizinischen Akten gelangte die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid zum Schluss, dass der Versicherte an einer schweren posttraumatischen Periarthrosis humeroscapularis rechtsdominant leidet und ihm aufgrund der verbleibenden Unfallrestfolgen die angestammte Tätigkeit mit schwerer körperlicher Arbeit nicht mehr möglich ist. Zumutbar wären leichte Tätigkeiten auf Tischhöhe, bei welchen der rechte Arm aufgestützt werden könnte. Ansonsten sei die rechte Hand nur als Hilfshand einsetzbar. Vibrations- und Schlagbelastungen seien auch bei aufgestütztem rechten Arm nicht mehr möglich. Als nicht mehr ausführbar bezeichnete sie Arbeiten auf Höhe der Horizontalen oder darüber sowie Tätigkeiten auf Leitern und Gerüsten wegen eingeschränkter Haltefunktion rechts. Unter Berücksichtigung dieser Einschränkungen hielt sie einen ganztägigen Arbeitseinsatz als zumutbar. Die Vorinstanz stützte sich dabei auf den Untersuchungsbericht des Kreisarztes Dr. med. I._, Facharzt FMH für Chirurgie, vom 7. Juli (recte Juni) 2007, dem sie vollen Beweiswert zuerkannte. Dies ist nicht zu beanstanden, erfüllt er doch alle rechtsprechungsgemässen Kriterien (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff. mit Hinweisen) für eine beweiskräftige ärztliche Entscheidungsgrundlage. Indizien, die gegen die Zulässigkeit dieser versicherungsinternen ärztlichen Stellungnahme sprechen, sind nicht zu erkennen. Die Tatsache allein, dass der befragte Arzt in einem Anstellungsverhältnis zum Versicherungsträger steht, lässt nicht schon auf mangelnde Objektivität und auf Befangenheit schliessen (<ref-ruling> E. 3b/ee S. 353).
3.2 Was dagegen in der Beschwerde vorgebracht wird, überzeugt nicht. Insbesondere vermag, wie die Vorinstanz zu Recht erkannte, auch die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit durch den behandelnden Arzt Dr. med. K._, Chefarzt des Spitals C._ (vom 17. Januar 2008) nicht zu einem andern Ergebnis zu führen. Dieser unterstützt grundsätzlich die Einschätzung der verbliebenen Leistungsfähigkeit. Allerdings bezeichnet er sie als sehr theoretisch und auf dem heutigen Arbeitsmarkt als absolut aussichtslos. Damit bezweifelt er jedoch die effektive Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit, was nicht relevant ist, da mit der Vorinstanz bei der Invaliditätsbemessung nicht der effektive, sondern der hypothetische ausgeglichene Arbeitsmarkt Referenzpunkt bildet. Der ausgeglichene Arbeitsmarkt ist ein theoretischer und abstrakter Begriff. Er berücksichtigt die konkrete Arbeitsmarktlage nicht, umfasst in wirtschaftlich schwierigen Zeiten auch tatsächlich nicht vorhandene Stellenangebote und sieht von den fehlenden oder verringerten Chancen Teilinvalider, eine zumutbare und geeignete Arbeitsstelle zu finden, ab. Er umschliesst einerseits ein bestimmtes Gleichgewicht zwischen dem Angebot von und der Nachfrage nach Stellen; anderseits bezeichnet er einen Arbeitsmarkt, der von seiner Struktur her einen Fächer verschiedenartiger Stellen offenhält (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 70 f.; <ref-ruling> E. 4b S. 276). Damit sind bei der Beurteilung die Aussichten einer versicherten Person, auf dem Arbeitsmarkt effektiv vermittelt zu werden, nicht die dort herrschenden konjunkturellen Verhältnisse massgebend; vielmehr wird - abstrahierend - unterstellt, hinsichtlich der in Frage kommenden Stellen bestehe ein Gleichgewicht zwischen Angebot und Nachfrage (AHI 1998 S. 287 E. 3b mit Hinweis auf <ref-ruling> Erw. 4b). Ob der Beschwerdeführer tatsächlich als "Einhänder" zu qualifizieren ist, wie weiter geltend gemacht wird, kann offen bleiben. Die Gerichtspraxis geht davon aus, dass der ausgeglichene Arbeitsmarkt für Personen, welche funktionell als Einarmige zu betrachten sind und überdies nur noch leichte Arbeiten verrichten können, genügend realistische Betätigungsmöglichkeiten bietet (Urteil 9C_418/2008 vom 17. September 2008 mit Hinweisen). Zu denken ist etwa an einfache Überwachungs-, Prüf- und Kontrolltätigkeiten sowie an die Bedienung und Überwachung von (halb-)automatischen Maschinen oder Produktionseinheiten, die keinen Einsatz von rechtem Arm und rechter Hand voraussetzen (vgl. Urteil 8C_635/2007 vom 27. August 2008 E. 4.2 mit Hinweisen). Bei dieser Ausgangslage sind von weiteren medizinischen Abklärungen keine neuen Erkenntnisse zu erwarten, weshalb von der beantragten polydisziplinären Begutachtung abgesehen werden kann (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 4b S. 94).
3.3 Was den Einkommensvergleich betrifft, liess die Vorinstanz die strittige Frage offen, ob die von der SUVA im Rahmen der Ermittlung des Invalideneinkommens anhand der DAP-Löhne als zumutbar erachteten Arbeitsplätze tatsächlich zumutbar sind, mit der Begründung, dass die Vergleichsrechnung mit den LSE-Tabellenlöhnen - wie übrigens auch im Einspracheentscheid erwogen - selbst unter Berücksichtigung des maximal zulässigen leidensbedingten Abzugs von 25 % ein höheres Einkommen ergab. Dies ist nicht zu beanstanden (vgl. <ref-ruling>. E. 4.2.1 S. 475). Nachdem der Einkommensvergleich selbst vom Versicherten zu Recht nicht als unrichtig gerügt wurde, hat es beim von der SUVA festgesetzten Invaliditätsgrad von 29 % sein Bewenden.
4. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. September 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter