Erwägungen:
1. Die Verkehrspolizei hielt am 4. Juni 2012 X._ in Erlen zur Kontrolle an. Die Polizei führte einen Drogen-Schnelltest durch, welcher positiv auf Cannabis verlief. Die Polizei nahm X._ zum Polizeiposten Bischofszell mit. Die Staatsanwaltschaft Bischofszell ordnete mit "Untersuchungsbefehl (Untersuchung von Personen)" vom 4. Juni 2012 eine Blut- und Urinprobe an, welche durch den Amtsarzt durchgeführt wurde. Die Auswertung der Probe durch das Institut für Rechtsmedizin des Kantonsspitals St. Gallen ergab eine über dem Grenzwert gemäss Art. 34 der Verordnung des ASTRA zur Strassenverkehrskontrollverordnung (SR 741.013.1) liegende Konzentration des aktiven Cannabiswirkstoffs THC.
Gegen den Untersuchungsbefehl erhob X._ am 8. Juni 2012 Beschwerde mit den Rechtsbegehren, der Untersuchungsbefehl vom 4. Juni 2012 sei aufzuheben, und die Staatsanwaltschaft Bischofszell sei anzuweisen, sämtliche Befunde, Analyseresultate, Dokumente und Ergebnisse von durch den Untersuchungsbefehl erhobenen Untersuchungen unverzüglich zu vernichten. Das Obergericht des Kantons Thurgau wies mit Entscheid vom 26. Juli 2012 die Beschwerde ab.
2. X._ führt mit Eingabe vom 11. September 2012 Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht abchliesst. Da dieser weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betrifft (vgl. <ref-law>), ist er nur anfechtbar, falls er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirkt (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen kann und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart (<ref-law>).
Nach konstanter Rechtsprechung hat der Beschwerdeführer im Einzelnen darzulegen, inwiefern die Beschwerdevoraussetzungen nach <ref-law> erfüllt sind, ansonsten auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 4 je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer legt weder dar noch ist ersichtlich, inwiefern ihm durch den angefochtenen Entscheid ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> drohen sollte oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen könnte. Auf die Beschwerde ist deshalb mangels einer hinreichenden Begründung im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
4. Die Gerichtskosten sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Bischofszell und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. September 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli