Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführerin) trat am 15. Mai 2004 als Senior Sales Executive in die Dienste der Zürcher Zweigniederlassung der X._ (AG) (Beschwerdegegnerin) ein. Am 29. August 2006 kündigte die Beschwerdegegnerin das Arbeitsverhältnis auf den 31. Oktober 2006, wobei sie die Beschwerdeführerin per sofort freistellte. Infolge einer ärztlich bescheinigten Krankheit vom 26. Oktober bis 3. November 2006 verlängerte sich das Arbeitsverhältnis bzw. der Ablauf der Kündigungsfrist bis Ende November 2006. Am 29. November 2006 erhob die Beschwerdeführerin Einsprache gegen die Kündigung und machte Missbräuchlichkeit geltend.
B. B.a Am 25. Mai 2007 klagte sie beim Arbeitsgericht Zürich gegen die Beschwerdegegnerin auf Zahlung ausstehender Löhne in der Höhe von insgesamt Fr. 22'423.--, darunter eines 13. Monatslohnes pro rata temporis. Weiter verlangte sie eine Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung in der Höhe von Fr. 17'660.--.
Den Anspruch auf einen 13. Monatslohn stützte die Beschwerdeführerin auf folgende Klausel des Arbeitsvertrages, die unter dem Titel "13th Month Annual Bonus Payment" steht:
"Subject to satisfactory annual individual performance appraisal results of the Employee, the Employee will be paid an annual 13th month bonus payment of upto 1.0 months basic salary, which will be paid to all Employees in all grades in December each year, and will be based upon the monthly basic salary for December. The Employee must be in employment on 23rd December to receive this payment. The bonus will be pro-rated for Employees with less than one complete year of service."
Da die Beschwerdeführerin am 23. Dezember 2006 nicht mehr in den Diensten der Beschwerdegegnerin stand, verneinte das Arbeitsgericht einen Anspruch gestützt auf diese Vertragsklausel.
Ebenso verneinte das Arbeitsgericht die Missbräuchlichkeit der Kündigung. Den Ausschlag für die Kündigung habe die Akquisition der später in Konkurs gefallenen Y._ AG als Kundin gegeben. Diese Akquisition sei vor allem deswegen erfolgt, weil die Beschwerdeführerin mit der Geschäftsführerin der Y._ AG befreundet gewesen sei. Die Akquisition eines schlechten Risikos sei ein genügender Anlass bzw. eine Kündigung aus diesem Grund nicht rechtsmissbräuchlich.
Mit Urteil vom 22. Februar 2008 wies das Arbeitsgericht die Klage in Bezug auf den 13. Monatslohn und die Entschädigung wegen Missbräuchlichkeit der Kündigung ab (Dispositiv-Ziffer 3). Bezüglich Ferienguthaben im Umfang von Fr. 5'530.55 hiess es die Klage gut (Dispositiv-Ziffer 1).
B.b Gegen dieses Urteil erhob die Beschwerdeführerin Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich mit den Begehren, die Dispositiv-Ziffern 1 und 3 aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zur Zahlung von Lohn in der Höhe von Fr. 17'985.80 und einer Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung in der Höhe von Fr. 17'660.-- zu verurteilen. Mit Urteil vom 26. November 2008 wies das Obergericht die Berufung ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 15. Januar 2009 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zur Zahlung von Lohn in der Höhe von Fr. 7'140.-- (brutto) und einer Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung in der Höhe von Fr. 17'660.-- (netto) zu verurteilen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde, soweit auf sie einzutreten sei. Das Obergericht des Kantons Zürich verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 521; <ref-ruling> E. 2 S. 465; je mit Hinweisen).
1.1 Gegenstand des Verfahrens bildet eine Zivilsache (<ref-law>). Die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin sind im kantonalen Verfahren nicht vollständig geschützt worden (<ref-law>), der für Arbeitsstreitigkeiten massgebende Streitwert von Fr. 15'000.-- ist überschritten (Art. 51 i.V.m. <ref-law>). Die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law> i.V.m. <ref-law>).
1.2 Damit ein kantonaler Entscheid mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten werden kann, muss der Instanzenzug im Kanton erschöpft sein (<ref-law>). Für Rügen, die mit der Beschwerde in Zivilsachen erhoben werden können, darf kein kantonales Rechtsmittel mehr offen stehen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527). Wurde keine kantonale Nichtigkeitsbeschwerde erhoben, so ist daher auf Rügen, die mit diesem Rechtsmittel einer weiteren kantonalen Instanz hätten vorgetragen werden können, mangels Letztinstanzlichkeit des angefochtenen Entscheids nicht einzutreten.
Die Beschwerdeführerin hat gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 26. November 2008 keine Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht erhoben. Dennoch macht sie vor Bundesgericht diverse Verletzungen der aus <ref-law> fliessenden Begründungspflicht und aktenwidrige bzw. willkürliche Sachverhaltsfeststellungen geltend. Diese von den Beschwerdeführern mit Beschwerde in Zivilsachen erhobenen Rügen hätten dem Kassationsgericht des Kantons Zürich nach <ref-law>/ZH mit Nichtigkeitsbeschwerde vorgetragen werden können (vgl. FRANK/STRÄULI/MESSMER, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, 3. Aufl. 1997, N. 16 ff. zu <ref-law>/ZH). Darauf kann im vorliegenden Beschwerdeverfahren mangels Letztinstanzlichkeit des angefochtenen Entscheids (<ref-law>) nicht eingetreten werden.
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 mit Hinweisen). Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749).
2. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, sie habe Bundesrecht verletzt, indem sie die Vergütung gemäss der Klausel unter dem Titel "13th Month Annual Bonus Payment" nicht als Lohnbestandteil im Sinne von <ref-law>, sondern als Gratifikation im Sinne von <ref-law> qualifiziert habe. Die Beschwerdeführerin habe die Klausel als Zusicherung eines fixen 13. Monatslohnes aufgefasst.
2.1 Die Vorinstanz erwog, dass es gemäss dem Urteil des Bundesgerichts 4C.426/2005 vom 28. Februar 2006 bei Vergütungen mit Lohncharakter nicht zulässig sei, einen Stichtag zu vereinbaren, an dem ein noch ungekündigtes Arbeitsverhältnis vorliegen muss. Anders sei dies jedoch bei freiwilligen Zahlungen, die im Grundsatz wie auch hinsichtlich der Höhe vom Ermessen der Arbeitgeberin abhängig seien (Gratifikationen). Ein solches Ermessen liege unter anderem dann vor, wenn die Höhe des Bonus nicht nur vom Erreichen eines bestimmten Geschäftsergebnisses abhänge, sondern auch von der subjektiven Einschätzung der persönlichen Arbeitsleistung durch die Arbeitgeberin. Weiter dürfe die Gratifikation lediglich akzessorischen Charakter in Bezug auf den Lohn haben.
Diese Kriterien erachtete die Vorinstanz im vorliegenden Fall als erfüllt, da die Zusatzleistung einerseits von einer befriedigenden persönlichen Arbeitsleistung im jeweiligen Jahr abhängig gemacht werde ("Subject to satisfactory annual individual performance appraisal results of the Employee ...") und andererseits die Höhe der Vergütung nicht genau beziffert, sondern nur der Rahmen von bis zu einem Monatslohn auf der Basis des jeweiligen Dezemberlohnes festgelegt wurde ("... payment of upto 1.0 month basic salary ... upon the monthly basic salary for December."). Damit sei die Zahlung als solche wie auch deren Höhe dem Ermessen der Beschwerdegegnerin bzw. deren Einschätzung der Arbeitsleistung der Beschwerdeführerin anheim gestellt. Zudem sei der maximale Vergütungsbetrag von einem Monatslohn nicht derart hoch, dass er im Vergleich zum ordentlichen Lohn ein überragendes Gewicht bekäme, so dass er nach Treu und Glauben als Lohnbestandteil betrachtet werden müsse.
2.2 Der Inhalt eines Vertrages bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>). Nur wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Während das Bundesgericht die objektivierte Vertragsauslegung als Rechtsfrage prüfen kann, beruht die subjektive Vertragsauslegung auf Beweiswürdigung, die vorbehaltlich der Ausnahmen von Art. 105 Abs. 2 und 3 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung im Beschwerdeverfahren entzogen ist. Der Vorrang der subjektiven vor der objektivierten Vertragsauslegung ergibt sich aus <ref-law> als Auslegungsregel (<ref-ruling> E. 1.1). Auch bei der objektivierten Auslegung von Willenserklärungen ist das Bundesgericht allerdings an die Feststellungen des kantonalen Gerichts über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten gebunden (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2.2.1; <ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 611; je mit Hinweisen).
2.3 Eine Gratifikation ist eine Sondervergütung, welche der Arbeitgeber neben dem Lohn bei bestimmten Anlässen, wie Weihnachten oder Abschluss des Geschäftsjahrs, ausrichtet (<ref-law>). Sie zeichnet sich dadurch aus, dass sie zum Lohn hinzutritt und immer in einem gewissen Masse vom Willen des Arbeitgebers abhängt. Die Gratifikation wird damit ganz oder zumindest teilweise freiwillig ausgerichtet (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 5.2 S. 620). Dies ist anzunehmen, wenn dem Arbeitgeber zumindest bei der Festsetzung der Höhe des Bonus ein Ermessen zusteht. Ein solches Ermessen ist zu bejahen, wenn die Höhe des Bonus nicht nur vom Erreichen eines bestimmten Geschäftsergebnisses, sondern zudem auch von der subjektiven Einschätzung der persönlichen Arbeitsleistung durch den Arbeitgeber abhängig gemacht wird (Urteil 4A_115/2007 vom 13. Juli 2007 E. 4.3.3). Überdies darf eine Gratifikation, um den Charakter einer Sondervergütung zu wahren, neben dem Lohn nur eine zweitrangige Bedeutung haben (BGE <ref-ruling> E. 5.2. S. 621).
2.4 Die Vorinstanz ist zutreffend zum Schluss gelangt, dass die hier in Frage stehende Vertragsklausel sämtliche der genannten Merkmale einer Gratifikation enthält. Aus dem Titel der Klausel lässt sich entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ebensowenig etwas anderes schliessen, wie aus der Tatsache, dass die Zahlung im Dezember erfolgt. Der Gratifikationscharakter kann auch nicht aufgrund des fixierten Maximalbetrags der Vergütung in Frage gestellt werden, denn entscheidend ist einzig, dass ein Spielraum bei der Festsetzung des Betrages besteht.
Es ist weiter unerheblich, ob die Beschwerdeführerin die Klausel subjektiv als Zusicherung eines fixen 13. Monatslohnes verstanden hat, denn darauf kann und darf jedenfalls angesichts der klaren Formulierung nach Treu und Glauben nicht geschlossen werden. Von der Vorinstanz festgestellte äussere Umstände, die auf eine gegenteilige Auslegung schliessen liessen, liegen nicht vor.
Die Vorinstanz hat somit kein Bundesrecht verletzt, indem sie die fragliche Klausel als Gratifikationsabrede im Sinne von <ref-law> ausgelegt und qualifiziert hat. Im Lichte der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist es folglich auch zulässig, die Ausrichtung der Vergütung davon abhängig zu machen, dass die Arbeitnehmerin am 23. Dezember noch in einem Arbeitsverhältnis zur Beschwerdegegnerin steht (vgl. <ref-ruling> E. 5c S. 448; Urteil 4C.426/2005 vom 27. Februar 2006 E. 5.2.1).
3. Weiter wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz vor, sie habe ihr zu Unrecht keine Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung zugesprochen und damit <ref-law>, <ref-law> und <ref-law> verletzt.
3.1 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz ist der Beschwerdeführerin die Kündigung in einem persönlichen Gespräch im Büro ihres Vorgesetzten und in Anwesenheit des Rechtsvertreters der Beschwerdegegnerin eröffnet worden. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, dass es nicht den allgemeinen Gepflogenheiten entspreche, bei der Eröffnung einer Kündigung einen Rechtsanwalt beizuziehen. Sie habe sich wie eine Verbrecherin gefühlt, die aus dem Betrieb gejagt werde. Die Art und Weise der Kündigung sei daher entgegen der Auffassung der Vorinstanz keineswegs schonend erfolgt.
Weiter seien die von der Vorinstanz festgestellten, anlässlich des Kündigungsgesprächs von der Beschwerdegegnerin gegen die Beschwerdeführerin vorgebrachten Vorwürfe des illoyalen, allenfalls geschäftsschädigenden Verhaltens sowie der allfälligen Verletzung von Geschäftsgeheimnissen schwer persönlichkeitsverletzend. Diese haltlosen Vorwürfe hätten entgegen der Auffassung der Vorinstanz durchaus einen strafrechtlich relevanten Inhalt. Die Beschwerdeführerin sei in ihrem Ehrgefühl verletzt worden, ein achtbarer, verantwortungs- und pflichtbewusster Mensch zu sein. Zudem habe auch eine erhöhte Fürsorgepflicht der Beschwerdegegnerin für die Beschwerdeführerin mit entsprechend erhöhten Anforderungen an das Kündigungsmotiv bestanden. Diese habe die Beschwerdegegnerin entgegen der Auffassung der Vorinstanz ebenfalls verletzt.
3.2 Das Schweizerische Arbeitsvertragsrecht geht vom Grundsatz der Kündigungsfreiheit aus (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 116; <ref-ruling> E. 4.1 S. 537 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 88). Für die Rechtmässigkeit einer Kündigung bedarf es deshalb grundsätzlich keiner besonderen Gründe. Missbräuchlich ist die Kündigung nur, wenn sie aus bestimmten unzulässigen Gründen ausgesprochen wird, die in <ref-law> umschrieben werden, wobei diese Aufzählung nicht abschliessend ist. Sie konkretisiert vielmehr das allgemeine Rechtsmissbrauchsverbot. Es sind deshalb - neben den in <ref-law> aufgeführten - weitere Tatbestände ohne weiteres denkbar und vom Bundesgericht auch schon mehrfach anerkannt worden (<ref-ruling> E. 7.1 S. 110; <ref-ruling> E. 2.1 S. 116 f.). Der Vorwurf der Missbräuchlichkeit setzt indessen voraus, dass die geltend gemachten Gründe eine Schwere aufweisen, die mit jener der in <ref-law> ausdrücklich aufgeführten vergleichbar ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 117; <ref-ruling> E. 4.2 S. 538).
Grundsätzlich knüpft der sachliche Kündigungsschutz am Motiv der Kündigung an. Die Missbräuchlichkeit kann sich aber auch aus der Art und Weise ergeben, wie die kündigende Partei ihr Recht ausübt. Auch wenn eine Partei die Kündigung rechtmässig erklärt, muss sie das Gebot schonender Rechtsausübung beachten. Sie darf insbesondere kein falsches und verdecktes Spiel treiben, das Treu und Glauben krass widerspricht (BGE <ref-ruling> E. 4.2 S. 538 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 73; <ref-ruling> E. 4b/cc S. 166 f.). Ein krass vertragswidriges Verhalten, namentlich eine schwere Persönlichkeitsverletzung im Umfeld einer Kündigung, kann diese als missbräuchlich erscheinen lassen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 117). Zu beachten ist nämlich, dass der Arbeitgeber gemäss <ref-law> verpflichtet ist, die Persönlichkeitsgüter des Arbeitnehmers zu achten und zu schützen, wozu auch die persönliche und berufliche Ehre zu zählen ist (Wolfgang Portmann, in: Basler Kommentar, 4. Aufl. 2007, N. 4 zu <ref-law>). Er hat sich jedes durch den Arbeitsvertrag nicht gerechtfertigten Eingriffs in die Persönlichkeitsrechte der Arbeitnehmer zu enthalten und diese auch gegen Eingriffe von Vorgesetzten, Mitarbeitern oder Dritten zu schützen. Diese Fürsorgepflichten bilden das Korrelat der Treuepflicht des Arbeitnehmers (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 117, 257 E. 5.1 S. 259). Ein bloss unanständiges, einem geordneten Geschäftsverkehr unwürdiges Verhalten des Arbeitgebers genügt indessen noch nicht, um die Kündigung als missbräuchlich erscheinen zu lassen. Es ist nicht Aufgabe der Rechtsordnung, bloss unanständiges Verhalten zu sanktionieren (<ref-ruling> E. 2.3 S. 118; <ref-ruling> E. 4.2 S. 539; <ref-ruling> nicht publizierte E. 3, SJ 2002 I S. 389 ff.).
3.3 Der Vorwurf des illoyalen Verhaltens und besonders der Verletzung von Geschäftsgeheimnissen kann zwar durchaus geeignet sein, die persönliche und berufliche Ehre eines Arbeitnehmers zu beeinträchtigen. Damit eine Persönlichkeitsverletzung jedoch als so schwerwiegend einzustufen ist, dass eine in deren Umfeld ausgesprochene Kündigung missbräuchlich erscheint, müssen erschwerende Umstände hinzutreten, wie z.B. die Äusserung der persönlichkeitsverletzenden Aussagen auch gegenüber betriebsfremden Dritten. Dass anlässlich von Kündigungen auch Gründe genannt werden, die dem Ehrgefühl des Arbeitnehmers zuwiderlaufen können, liegt in der Natur der Sache und kann dem Arbeitgeber nicht per se zum Vorwurf gemacht werden. Ein einmalig geäusserter Vorwurf des illoyalen Verhaltens sowie einer möglichen Geschäftsgeheimnisverletzung anlässlich des Kündigungsgesprächs stellt jedenfalls kein Verhalten dar, das eine Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung rechtfertigen würde.
Ebenfalls nicht gefolgt werden kann der Auffassung der Beschwerdeführerin, dass schon die blosse Anwesenheit eines Rechtsvertreters anlässlich des Kündigungsgesprächs eine Missbräuchlichkeit der Kündigung indiziert. Es kann einem Arbeitgeber nicht zum Vorwurf gemacht werden, dass er sich beim Kündigungsgespräch durch den Rat eines anwesenden Rechtsvertreters gegen rechtliche Risiken absichert.
Weiter ist auch nicht ersichtlich, inwiefern die Beschwerdegegnerin eine erhöhte Fürsorgepflicht für die Beschwerdeführerin gehabt haben soll, zumal diese im Kündigungszeitpunkt erst zweieinviertel Jahre in ihrem Betrieb tätig war.
3.4 Schliesslich sieht die Beschwerdeführerin einen Widerspruch zwischen den Kündigungsgründen und den guten früheren Arbeitszeugnissen. Daraus will sie ein treuwidriges Verhalten der Beschwerdegegnerin ableiten. Die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem sie daraus keinen Missbrauchsgrund abgeleitet habe.
Diese Rügen gehen zum Vornherein ins Leere, da sie sich auf einen bloss behaupteten, von der Vorinstanz nicht festgestellten Sachverhalt stützen. Soweit die Beschwerdeführerin der Vorinstanz in diesem Zusammenhang eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung bzw. eine willkürliche Anwendung des kantonalen Prozessrechts vorwirft, ist sie mangels Ausschöpfung des kantonalen Instanzenzugs nicht zu hören (vorne E. 1.2).
4. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Hurni