Sachverhalt:
A. Am 22. Mai 2000 kündigte Deutschland die schweizerisch-deutsche Vereinbarung von 1984 über die An- und Abflüge zum bzw. vom Flughafen Zürich über deutschem Hoheitsgebiet. Im Herbst 2001 einigten sich die Parteien auf einen Staatsvertrag, mit dessen Umsetzung - voranwendungs- und schrittweise - sogleich zu beginnen war. So wurde am 19. Oktober 2001 ein neues, den deutschen Luftraum entlastendes Nachtflugregime eingeführt; die Landungen, die bis dahin von Norden erfolgt waren, wurden auf die Piste 28 verlegt, mit Anflug aus Osten. Weitere Ostanflüge wurden eingeführt, als am 27. Oktober 2002 die neue staatsvertragliche Wochenend- und Feiertagsregelung zu greifen begann. Dem bloss vorläufig angewandten, aber noch nicht ratifizierten Staatsvertrag erwuchs im schweizerischen Parlament Widerstand; am 18. März 2003 scheiterte er dort endgültig. Die Beschränkungen des Staatsvertrags entfielen jedoch nicht, da sie von Seiten Deutschlands in einer einseitigen Durchführungsverordnung (DVO) verankert wurden. Die DVO wurde sukzessive verschärft, so dass es zu stets noch mehr Anflügen aus Osten kam, v.a. während der Nachtstunden.
B. Seit der Einführung der Ostanflüge im Herbst 2001 meldeten eine Vielzahl von Grundeigentümern aus dem betroffenen Gebiet bei der Flughafen Zürich AG Entschädigungsbegehren an. Diese übermittelte die Gesuche an die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10 (ESchK), die ab dem 11. August 2003 - für jede der 24 betroffenen Gemeinden und Städte separat - Enteignungsverfahren einleitete. Auf Antrag der Flughafen Zürich AG beschränkte die ESchK am 2. März 2005 die Verfahren auf die Frage der Unvorhersehbarkeit als eine der Anspruchsvoraussetzungen. Mehrere Verfahren wurden erst später eröffnet; die ESchK fasste diese mit den für die betreffende Gemeinde bereits laufenden Verfahren zusammen.
C. Am 17. Dezember 2007 kam die ESchK zum Schluss, massgeblicher Stichtag für die Unvorhersehbarkeit sei der 1. Januar 1961. Sie wies daher die Begehren all jener ab, die ihr Grundeigentum nach diesem Datum erworben hatten und die auch nicht von einem direkten Überflug betroffen seien. Dieser Entscheid wurde den insgesamt 1'116 Betroffenen am 7. März 2008 in 24 Sammel- und Einzelentscheiden eröffnet. Am 3. April 2008 fällte die ESchK einen analogen Sammelentscheid mit weiteren 73 Betroffenen und am 18. April 2008 vier Sammel- und Einzelentscheide mit zusätzlich 14 Betroffenen.
D. Gegen 17 dieser 29 Entscheide gingen beim Bundesverwaltungsgericht (BVGer) vom 20. März bis zum 23. Mai 2008 insgesamt 37 Beschwerden mit 1'093 beschwerdeführenden Parteien ein. Alle Beschwerdeführer beantragten die Aufhebung des sie betreffenden Entscheids sowie - ausdrücklich oder sinngemäss - die Feststellung der Unvorhersehbarkeit der Ostanflüge. Ausserdem wurde bezogen auf viele einzelne Grundeigentümer eine Aufhebung des jeweils fraglichen Entscheids verlangt, weil die ESchK angeblich zu Unrecht ein Erwerbsdatum nach dem 1. Januar 1961 bzw. keinen direkten Überflug angenommen habe.
E. Das BVGer vereinigte alle Beschwerdeverfahren in dieser Sache. Am 26. Mai 2009 hiess es die Beschwerden gut, soweit die ESchK die Entschädigungsforderungen wegen Lärmimmissionen abgewiesen hatte. Es ging davon aus, Stichdatum für die Frage der Vorhersehbarkeit sei der 23. Mai 2000, d.h. der Tag nach der Kündigung der Verwaltungsvereinbarung von 1984 durch Deutschland. Es hob insoweit die angefochtenen Entscheide der ESchK vom 17. Dezember 2007, vom 3. April 2008 und vom 18. April 2008 auf (Disp.-Ziff. 3.1) und wies die Sache an die ESchK zurück mit der Anweisung, für die Frage der Vorhersehbarkeit das Stichdatum 23. Mai 2000 zu berücksichtigen (Disp.-Ziff. 3.2).
Die Beschwerden betreffend Entschädigungsforderungen wegen direkten Überflugs hiess das BVGer überwiegend gut, weil die ESchK die Rechtslage zur horizontalen und vertikalen Umschreibung des eigentlichen Überflugs nicht erläutert und sich nicht genügend mit den tatsächlichen Gegebenheiten auseinandergesetzt habe. Es sei daher nicht nachvollziehbar, weshalb im Einzelfall ein direkter Überflug verneint worden sei (Disp.-Ziff. 5.4; E. 9.3.1-9.3.4 S. 51 ff.). Das BVGer hob daher die Teilentscheide Kloten vom 17. Dezember 2007 und Nürensdorf vom 17. Dezember 2007, 3. April 2008 und 18. April 2008 auf und wies die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Urteilserwägungen an die ESchK zurück (Disp.-Ziff. 5.5).
Dagegen trat es auf die Beschwerden von A._, Eheleute B._, C._, Eheleute D._, E.G._ und F.G._, H._, Eheleute I._, Eheleute J._, Eheleute K._, L.O._, M.O._ und N.O._, Eheleute P._, Eheleute Q._ (Verfahren A-2667/2008 bzw. Ent.-Verf. Nr. 2003-159 Gemeinde Kloten) sowie von R._ (Verfahren A-3068/2008 bzw. Ent.-Verf. Nr. 2002-153 Gemeinde Nürensdorf) nicht ein (Disp.-Ziff. 5.1), weil diese erst in der Replik geltend gemacht hatten, dass sie - entgegen den Feststellungen der ESchK - direkt und in einer die Entschädigung nicht ausschliessenden Höhe überflogen würden.
F. Die zuvor genannten Beschwerdeführer haben am 29. Juni 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben und beantragen, Ziff. 5.1 des Erkenntnisses der Vorinstanz sei ersatzlos aufzuheben und sie seien in die in Ziff. 5.5 des vorinstanzlichen Erkenntnisses verfügte Neubeurteilung des direkten Überflugs zu integrieren. In verfahrensrechtlicher Hinsicht beantragen sie die Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels.
G. Die Flughafen Zürich AG beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf überhaupt einzutreten sei. Das BVGer schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die ESchK beantragt, die Schätzungsentscheide vom 17. Dezember 2007, 3. April 2008 und 18. April 2008 seien zu bestätigen.
Im zweiten Schriftenwechsel hielten die Parteien an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts schliesst das Entschädigungsverfahren nicht ab, sondern weist die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die ESchK zurück.
1.1 Allerdings ist das Bundesverwaltungsgericht auf die Beschwerde der Beschwerdeführer nicht eingetreten, soweit diese geltend gemacht hatten, sie würden direkt und in einer die Entschädigung nicht ausschliessenden Höhe überflogen. Dies hat zur Folge, dass die Beschwerdeführer vor der ESchK nicht mehr eine Entschädigung unter dem Titel "eigentlicher Überflug", sondern nur noch wegen übermässiger Lärmimmissionen verlangen können. Zu prüfen ist daher, ob dem angefochtenen Entscheid insofern prozessual die Bedeutung eines End- bzw. eines Teilendentscheids i.S.v. Art. 90 f. BGG zukommt.
Ein selbstständig anfechtbarer Teilentscheid i.S.v. <ref-law> liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid nur einen Teil der gestellten Begehren behandelt, und diese unabhängig von den anderen Begehren beurteilt werden können (lit. a), oder wenn es das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen abschliesst (lit. b).
Das BVGer hat das Enteignungsverfahren für die Beschwerdeführer nicht abgeschlossen; vielmehr wurden auch ihre Entschädigungsbegehren an die ESchK zurückgewiesen, mit der Anweisung, sie neu zu beurteilen, wenn auch nur noch unter dem Aspekt der Lärmimmissionen.
Die Beschwerdeführer hatten nicht mehrere, sondern nur ein Begehren um Entschädigung für den fluglärmbedingten Minderwert ihrer Liegenschaften gestellt, wenn auch mit zwei alternativen Begründungen (Enteignung von nachbarlichen Abwehransprüchen wegen übermässiger Lärmimmissionen bzw. Überflugs im engeren Sinne). Eine getrennte Entschädigungsbemessung für die Benutzung des zum Grundeigentum gehörenden Luftraums einerseits und für übermässige Lärmimmissionen aus der Nachbarschaft andererseits wurde von den Beschwerdeführern nicht verlangt und wäre auch gar nicht durchführbar gewesen (vgl. Margrit Schilling, Enteignungsrechtliche Folgen des zivilen Luftverkehrs, ZSR 2006 I S. 26).
Mit dem Nichteintreten des BVGer auf die erst in der Replik erhobenen Rügen der Beschwerdeführer betreffend Überflugs entfällt für die Beschwerdeführer die Möglichkeit, sich im neuen Verfahren vor der ESchK auf Überflug zu berufen. Damit wurde jedoch über ihr Entschädigungsbegehren noch nicht (teilweise) entschieden, sondern lediglich eine von zwei möglichen materiellen Anspruchsgrundlagen ausgeschlossen. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Grundsatzentscheide, die einen Teilaspekt einer Streitsache, z.B. eine von mehreren materiellrechtlichen Anspruchsvoraussetzungen, beantworten, nach der Systematik des BGG nicht als Teil-, sondern als Zwischenentscheide im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 34; <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 140; <ref-ruling> E. 4.1.3 S. 481 mit Hinweisen).
Der angefochtene Entscheid ist daher ein Zwischenentscheid i.S.v. <ref-law>.
1.2 Zwischenentscheide i.S.v. <ref-law> können selbstständig angefochten werden, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Die zweite Alternative kommt nach dem oben (E. 1.1) Gesagten nicht in Betracht. Näher zu prüfen sind die in <ref-law> genannten Eintretensvoraussetzungen.
1.2.1 Nach dieser Bestimmung ist die Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid zulässig, wenn dieser einen Nachteil bewirken könnte, der auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Endentscheid (sei es im kantonalen Verfahren, sei es in einem anschliessenden Verfahren vor Bundesgericht) nicht mehr behoben werden könnte (<ref-ruling> E. 2.1 S. 190 mit Hinweisen). Die blosse Verzögerung oder Verteuerung des Verfahrens genügt generell nicht, um einen sofortigen Entscheid des Bundesgerichts zu erwirken (so schon die Rechtsprechung zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde unter dem OG: vgl. BGE <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 140 mit Hinweisen).
Immerhin muss sichergestellt werden, dass das Verfahren insgesamt dem verfassungsrechtlichen Gebot genügt, im Rahmen eines fairen Verfahrens innert angemessener Frist einen wirksamen Rechtsschutz zu gewähren (<ref-law>; Art. 6 Ziff. 1 EMRK). Unter diesem Aspekt kann es ausnahmsweise verfassungsrechtlich geboten sein, bereits auf einen Zwischenentscheid einzutreten, wenn es rechtsstaatlich unzumutbar wäre, die Parteien auf die Anfechtung des Endentscheids zu verweisen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1.3.2 und 1.3.3 S. 140 f.; <ref-ruling> E. 1.3.4 und 1.3.5 S. 35 ff.; vgl. auch <ref-ruling> E. 1.4 S. 263 f.).
1.2.2 Im vorliegenden Fall ist zu berücksichtigen, dass die Enteignungsverfahren bereits seit über 6 Jahren hängig sind und noch geraume Zeit bis zum Vorliegen eines vor Bundesgericht anfechtbaren Endentscheids vergehen wird. Unter dem Aspekt der angemessenen Verfahrensdauer (<ref-law>; Art. 6 Ziff. 1 EMRK) erscheint es unzumutbar, die Beschwerdeführer auf eine Anfechtung des Endentscheids zu verweisen, mit der Folge, dass das Verfahren bei Gutheissung der Beschwerde nochmals neu aufgerollt werden müsste.
Auch unter dem Gesichtspunkt des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) und des Anspruchs der Parteien auf gleiche und gerechte Behandlung (<ref-law>) wäre es (die Begründetheit ihrer Beschwerde unterstellt) fragwürdig, die Beschwerdeführer vom weiteren Verfahren der ESchK auszuschliessen. Diese wurde vom BVGer angewiesen, im neuen Verfahren den Überflugkorridor und die Überflughöhe in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht näher zu definieren. Diese Sach- und Rechtsfragen müssen von der ESchK für alle Beteiligten einheitlich beantwortet werden, in Kenntnis und unter Berücksichtigung der Stellungnahmen aller Betroffenen. Zwar könnte eine Verletzung des rechtlichen Gehörs möglicherweise nachträglich geheilt werden. Unter dem Aspekt der Gewährleistung eines fairen Verfahrens, namentlich der Gleichbehandlung der Beteiligten und der Rechtssicherheit, erscheint es jedoch geboten, in einem komplexen, aufwändigen, viele Beteiligten umfassenden Verfahren wie dem vorliegenden die selbstständige direkte Anfechtung des umstrittenen Zwischenentscheids zuzulassen.
Auch unter dem Gesichtspunkt des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) und des Anspruchs der Parteien auf gleiche und gerechte Behandlung (<ref-law>) wäre es (die Begründetheit ihrer Beschwerde unterstellt) fragwürdig, die Beschwerdeführer vom weiteren Verfahren der ESchK auszuschliessen. Diese wurde vom BVGer angewiesen, im neuen Verfahren den Überflugkorridor und die Überflughöhe in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht näher zu definieren. Diese Sach- und Rechtsfragen müssen von der ESchK für alle Beteiligten einheitlich beantwortet werden, in Kenntnis und unter Berücksichtigung der Stellungnahmen aller Betroffenen. Zwar könnte eine Verletzung des rechtlichen Gehörs möglicherweise nachträglich geheilt werden. Unter dem Aspekt der Gewährleistung eines fairen Verfahrens, namentlich der Gleichbehandlung der Beteiligten und der Rechtssicherheit, erscheint es jedoch geboten, in einem komplexen, aufwändigen, viele Beteiligten umfassenden Verfahren wie dem vorliegenden die selbstständige direkte Anfechtung des umstrittenen Zwischenentscheids zuzulassen.
1.3 Da alle übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Das BVGer vertrat die Auffassung, die ESchK habe einen Entschädigungsanspruch unter dem Titel des direkten Überflugs verneint. Dies sei für die Beschwerdeführer ohne Weiteres erkennbar gewesen, weshalb die erst in der Replik vorgebrachten Rügen verspätet seien. Die Frage, ob die den Überflug betreffenden Entscheide der ESchK zu wenig individualisiert bzw. nicht oder unzureichend begründet waren, habe keinen Einfluss auf die Möglichkeit gehabt, die Entscheide auch in diesem Punkt rechtzeitig anzufechten.
2.1 Die Beschwerdeführer machen dagegen geltend, die ESchK habe die Überflugsituation in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht ungenügend erläutert. Für die Enteigneten sei daher nicht ersichtlich gewesen, ob ihre Begehren abgewiesen worden seien, weil sie in zu grosser Höhe überflogen werden, oder weil ihre Grundstücke seitlich ausserhalb des Überflugkorridors liegen. Sie hätten insbesondere keine Kenntnis von den Überflugplänen erhalten, die von der Flughafen Zürich AG im Sommer 2007, lange nach Abschluss des Schriftenwech-sels, unaufgefordert eingereicht worden seien. Diese Pläne seien auch in den Schätzungsentscheiden nicht erwähnt worden, weshalb die Beschwerdeführer erst bei der Vorbereitung der Replik darauf gestossen seien. Diese Pläne seien aber notwendig gewesen, um zu entscheiden, ob eine Liegenschaft, bezogen auf ihre Lage zum Leitstrahl des Instrumentenlandesystems für Piste 28 (ILS 28), sich im 1.25°-Korridor des eigentlichen Überflugs befindet oder nicht. Die Beschwerdeführer hätten deshalb erst in der Replik präzisieren können, dass - entgegen der Feststellung der ESchK - auch ihre Liegenschaften direkt überflogen werden.
Die Beschwerdeführer räumen ein, dass ihr Anwalt bei der Abfassung der Beschwerdeschrift insofern einen Fehler gemacht habe, als er gewisse Betroffene namentlich identifiziert habe, ohne durch einen Zusatz erkennbar zu machen, dass es sich um eine beispielhafte und nicht um eine abschliessende Auflistung handelte. Dieser Fehler wäre ihm aber nicht unterlaufen, wenn die ESchK die vom eigentlichen Überflug Betroffenen konkret bezeichnet bzw. ihre Entscheidgrundlagen, namentlich den Überflugplan, im Entscheid genannt hätte.
Gemäss <ref-law> dürfe den Parteien aus mangelhafter Eröffnung kein Nachteil erwachsen. Dabei handle es sich um eine Konkretisierung des Grundsatzes von Treu und Glauben. Aus diesem Prinzip ergebe sich, dass die Anforderungen an die Beschwerdebegründung bei bloss rudimentärer Begründung des Entscheids herabzusetzen seien. Es sei überspitzt formalistisch und unfair (Art. 29 und 9 BV sowie Art. 6 EMRK), wenn das BVGer das Verfahren wegen der klar diagnostizierten Mängel gesamthaft an die Erstinstanz zu neuem Entscheid zurückweise, vorab aber diejenigen Beschwerdeführenden, die ihre Rechte und Prozessaussichten wegen dieser Mängel nicht klar erkannt hätten, mit Nichteintreten vom weiteren Verfahren ausschliesse.
2.2 Die Beschwerdegegnerin ist dagegen der Auffassung, die heutigen Beschwerdeführer hätten in ihren Beschwerden vom 24. April 2008 (Kloten) und vom 7. Mai 2008 (Nürensdorf) in Bezug auf die Überflugproblematik die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids nur für die in der Beschwerdebegründung spezifizierten Personen beantragt. Alle anderen, nicht namentlich genannten Beschwerdeführer hätten somit die Verneinung der direkten Überflüge durch die ESchK akzeptiert. Damit hätten sie den Streitgegenstand festgelegt. Dieser habe nachträglich, in der Replik, nicht mehr erweitert, sondern nur noch eingeschränkt werden können.
3. Aus den Akten ergibt sich Folgendes:
3.1 Die Beschwerdeführer des vorliegenden Verfahrens führten gemeinsam mit zahlreichen weiteren Gesuchstellern der Gemeinden Kloten und Nürensdorf Beschwerde vor BVGer. Ihre Beschwerdeanträge 1-3 betrafen die Entschädigung wegen übermässigen Fluglärms; Beschwerdeantrag 4 betraf die Entschädigung wegen direkten Überflugs und lautete:
"Der angefochtene Entscheid sei auch deshalb aufzuheben, weil er sämtliche von ihm Betroffenen von der Entschädigung für direkte Überflüge ausschliesst, ohne auch nur aufzulisten, in welchen Fällen dies der Fall war (für die vom Unterzeichneten Vertretenen vgl. die Spezifizierung in Rz. ...)".
In den entsprechenden Randziffern wurden bestimmte Enteignete genannt, die angeblich vom Prozess aus "unbekannten, nicht nachkontrollierbaren und nicht nachvollziehbaren Gründen" ausgeschlossen worden seien. Nicht genannt wurden die Beschwerdeführer des vorliegenden Verfahrens.
3.2 In ihrer Beschwerdeantwort vom 2. Oktober 2008 führte die Beschwerdegegnerin aus, die Vorinstanz habe den massgeblichen Überflugsektor mittels eines 1.25°-Winkels bestimmt. Welche Liegenschaften in diesem Korridor liegen, ergebe sich ohne Weiteres aus der "Darstellung der Überflugsituation beim ILS-Anflug auf die Piste 28 des Flughafens Zürich", welches die Beschwerdegegnerin der Vorinstanz im Sommer 2007 eingereicht habe. Auf diese Darstellung habe die Vorinstanz auch tatsächlich abgestellt.
3.3 In ihrer Replik vom 5. Dezember 2008 warf der Anwalt der Beschwerdeführer der ESchK vor, ihn nie auf die Eingabe der Beschwerdegegnerin vom 21. August 2007 hingewiesen zu haben. Ihm sei auch keine Frist für die Eingabe von Schlussbemerkungen angesetzt worden. Er habe deshalb nicht damit rechnen müssen, dass wichtige neue Akten ganz spät im Verfahren eingereicht worden seien. Deshalb habe er auch keine Veranlassung gehabt, erneut Akteneinsicht zu verlangen. Auch aus den angefochtenen Schätzungsentscheiden sei nicht ersichtlich gewesen, dass die Beschwerdegegnerin den Anflugkorridor genau ausgewiesen hatte. Den Beschwerdeführern sei somit das rechtliche Gehör beschnitten worden, obwohl <ref-law> eine Anhörungspflicht zu wesentlichen Vorbringen ausdrücklich vorschreibe.
Die nachträgliche Überprüfung anhand des Überflugplans habe ergeben, dass sich die Liegenschaften weiterer Beschwerdeführer im Überflugkorridor befinden und diese somit zu Unrecht von einer Überflugentschädigung ausgeschlossen worden seien. Die betroffenen Eigentümer (d.h. die Beschwerdeführer des vorliegenden Verfahrens) wurden in Rz. 6 f. der Replik genannt und die Beschwerdegegnerin aufgefordert, zu erklären, ob sie den eigentlichen Überflug in diesen Fällen anerkenne (neuer Antrag Ziff. 2).
3.4 Tatsächlich befindet sich in den Akten der ESchK eine Eingabe der Flughafen Zürich AG vom 21. August 2007, mit der eine neue Darstellung der Überflugsituation beim ILS-Anflug auf Piste 28 des Flughafens Zürich eingereicht wurde. Diese enthält u.a. den Plan "Überflugsituation Anflug 28" (Beilage 4) sowie Detailpläne für Kloten, Bassersdorf und Nürensdorf (Beilagen 5-7), in denen der Überflugkorridor (ILS-Strahl +/- 0.5° und 1.25°) und die Überflughöhe bezogen auf die einzelnen Parzellen eingetragen sind. Es gibt in den Akten keinen Hinweis darauf, dass dieser Eingang den Verfahrensbeteiligten angezeigt wurde.
3.5 In ihrer Duplik vom 13. März 2009 nahm die Flughafen Zürich AG zu den neuen Vorbringen der Beschwerdeführer Stellung. Sie führte aus, dass die Beschwerdeführenden 1-12 (des vorliegenden Verfahrens) Stockwerkeigentum auf dem Grundstück Kat.-Nr. 4733 in Kloten haben. Auf diesem sehr grossen Grundstück befänden sich vier Blöcke, von denen nur einer direkt überflogen werde. Sie anerkannte daher den Anspruch der Beschwerdeführer 10 auf eine Überflugentschädigung, bestritt dagegen einen direkten Überflug in den übrigen Fällen. Das Grundstück des Beschwerdeführers 13 in Nürensdorf befinde sich zwar im Überflugbereich, werde jedoch in einer nicht entschädigungspflichtigen Höhe von mindestens 250 m überflogen.
3.6 Das BVGer hielt die neuen Vorbringen für verspätet und trat auf die Beschwerden betreffend direkten Überflugs der erst in der Replik genannten Enteigneten (d.h. der Beschwerdeführer des vorliegenden Verfahrens) nicht ein. Die übrigen Beschwerden betreffend Überflugs hiess es im Wesentlichen gut. In diesem Zusammenhang hielt das BVGer fest, dass sich die Vorinstanz ungenügend mit den tatsächlichen Gegebenheiten auseinandergesetzt habe. Zwar beruhten die Überlegungen der Vorinstanz offensichtlich auf dem Überflugsituationsplan der Beschwerdegegnerin, in dem der Korridor mit einem Anflugs-Toleranz-Winkel von je 1.25° zur Pistenachse eingezeichnet sei. Dieser Überflugsituationsplan sei aber in den Entscheiden der ESchK nicht erwähnt, geschweige denn gewürdigt worden.
4. Gemäss <ref-law> hat die Beschwerdeschrift an das Bundesverwaltungsgericht die Begehren und deren Begründung mit Angabe der Beweismittel zu enthalten. Sie ist innerhalb der Beschwerdefrist einzureichen (<ref-law>); u.U. kann gemäss Art. 52 Abs. 2 oder Art. 53 VwVG eine Nachfrist zur Beschwerdeverbesserung oder -ergänzung gesetzt werden. Diese Bestimmung schliesst jedoch spätere Vorbringen tatsächlicher oder rechtlicher Art nicht aus (FRANK SEETHALER/ FABIA BOCHSLER, in: Waldmann/Weissenberger (Hrsg.), Praxiskommentar VwVG, Zürich/Basel/Genf 2009, N. 80-82 zu Art. 52; PATRICK SUTter, in: Auer/Müller/Schindler (Hrsg.), VwVG-Kommentar, Zürich/St. Gallen 2008, N. 8-10 zu Art. 32).
4.1 Im Beschwerdeverfahren vor Bundesverwaltungsgericht gelten die Untersuchungsmaxime (<ref-law>) und der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen (<ref-law>). Das Bundesverwaltungsgericht verfügt über eine umfassende Kognition (<ref-law>) und kann den angefochtenen Entscheid, im Rahmen von <ref-law>, zugunsten oder zuungunsten einer Partei abändern.
4.2 <ref-law> bestimmt zudem ausdrücklich, dass verspätete Parteivorbringen, die ausschlaggebend erscheinen, trotz der Verspätung berücksichtigt werden können. Trotz der "Kann"-Formulierung geht die herrschende Lehre von einer Verpflichtung zur Berücksichtigung verspäteter Parteivorbringen aus, sofern diese ausschlaggebend sind (PATRICK SUTTER, a.a.O., N. 8 zu Art. 32; ALFRED KÖLZ/ISABELLE HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., N. 325 und 615; PETER SALADIN, Das Verwaltungsverfahrensrecht des Bundes, Basel 1979, Ziff. 16.232 S. 141; ANDRÉ MOSER/PETER UEBERSAX, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen: Die erstinstanzliche nachträgliche Verwaltungsgerichtsbarkeit im Bund, 1998, N. 2.80; Bernhard Waldmann/Jürg Bickel, Praxiskommentar VwVG, N. 16 zu Art. 32; a.A. Rhinow/Koller/Kiss, Öffentliches Prozessrecht und Justizverfassungsrecht des Bundes, Basel 1996, N. 1352).
4.3 Allerdings wird es im Beschwerdeverfahren überwiegend für zulässig erachtet, Vorbringen ausser Acht zu lassen, die auf nachlässiger Prozessführung beruhen oder der Verschleppung des Prozesses dienen (REKO EVD vom 5. Dezember 1996, in: VPB 61/1997 Nr. 31 E. 3.2.3; Sutter, a.a.O., N. 11 zu Art. 32; Madeleine Camprubi, VwVG-Kommentar, N. 9 zu Art. 62 in fine; Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl., S. 67 f.; einschränkend KÖLZ/HÄNER, a.a.O., N. 615: nur soweit nicht ausschlaggebend).
4.4 Im vorliegenden Fall kann den Beschwerdeführern jedoch keine nachlässige Prozessführung vorgeworfen werden. Es ist unstreitig, dass ihnen der Eingang der von der Flughafen Zürich AG im Sommer 2007 eingereichten "Darstellung der Überflugsituation beim ILS-Anflug auf die Piste 28 des Flughafens Zürich" nicht angezeigt worden war. Diese - für die Beurteilung der Überflugsituation erhebliche Darstellung - wurde auch von der ESchK in ihren Entscheiden nicht erwähnt, wie das BVGer im angefochtenen Entscheid festgehalten hat (vgl. oben E. 3.6). Die Beschwerdeführer erfuhren somit erst im Verlauf des Beschwerdeverfahrens vor dem BVGer von der Existenz des Überflugsituationsplans und entdeckten erst aufgrund dieses Plans, dass auch ihre Liegenschaften (ganz oder teilweise) im Überflugkorridor liegen.
Zwar ist dem BVGer einzuräumen, dass der Anwalt der Beschwerdeführer angesichts der Begründungsmängel der Schätzungsentscheide die Möglichkeit gehabt hätte, diese pauschal für alle von ihm vertretenen Enteigneten anzufechten, ohne die unmittelbar Betroffenen näher zu spezifizieren. Jedoch darf es ihm nicht zum Vorwurf gereichen, wenn er diese Spezifizierung versucht hat, diese aber - aufgrund der fehlenden Planunterlagen - unvollständig war.
5. Neue Vorbringen sind allerdings nur im Rahmen des Streitgegenstands zulässig (WALDMANN/BICKEL, a.a.O., N. 17 zu Art. 32; REKO EVD vom 5. Dezember 1996, in: VPB 61/1997 Nr. 31 E. 3.2.1). Dieser wird durch die Beschwerdeanträge festgelegt, die sich ihrerseits im Rahmen des Anfechtungsobjekts, d.h. des Dispositivs des angefochtenen Entscheids, bewegen müssen. Der Streitgegenstand kann von den Parteien im Lauf des Beschwerdeverfahrens grundsätzlich nicht mehr erweitert werden (<ref-ruling> E. 2 S. 31 f.; CAMPRUBI, a.a.O., N. 5 und 9 zu Art. 62; Kölz/Häner, a.a.O., N. 405 und 612; Moser/Uebersax, a.a.O., N. 2.13 und 2.85).
5.1 Abweichend von den allgemeinen Grundsätzen des Beschwerdeverfahrens lässt allerdings Art. 77 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 20. Juni 1930 über die Enteignung (EntG; SR 711) neue Begehren im Beschwerdeverfahren gegen Entscheide über die Festsetzung der Entschädigung zu, soweit sie nachweisbar nicht schon vor der ESchK gestellt werden konnten. Diese Bestimmung übernimmt die schon bisher im Enteignungsrecht des Bundes geltende Regelung (Botschaft des Bundesrats zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. Februar 2001, BBl 2001 S. 4445 zu Art. 77 EntG) und will dem Enteigneten die Möglichkeit geben, Entschädigungsforderungen für erst nachträglich aufgetretene oder erkennbar gewordene Schäden anzumelden (Urteil E.9/1992 vom 24. Juni 1993, E. 1a; HEINZ HESS/HEINRICH WEIBEL, Das Enteignungsrecht des Bundes: Kommentar zum Bundesgesetz über die Enteignung, zu den verfassungsrechtlichen Grundlagen und zur Spezialgesetzgebung des Bundes, Teil I, Bern 1986, N. 16 zu Art. 77 EntG).
Ob und inwieweit diese Spezialbestimmung eine Ausweitung von Beschwerdebegehren noch in der Replik zulässt, kann im vorliegenden Fall offenbleiben.
5.2 Wie bereits oben (E. 1.1) dargelegt worden ist, verlangten die Beschwerdeführer im Schätzungsverfahren eine Entschädigung für die fluglärmbedingte Wertminderung ihrer Liegenschaften, wobei als Begründung sowohl die Enteignung nachbarlicher Abwehrrechte wegen übermässiger Lärmimmissionen als auch eigentlicher Überflug in Betracht kamen. Streitgegenstand war somit die beantragte Entschädigung. Dass diese unter verschiedenen Voraussetzungen gewährt werden kann, schränkt den Streitgegenstand nicht ein: Die rechtliche Wirkung, nicht die Begründung oder Herleitung definiert den Streitgegenstand (<ref-ruling> E. 3.3 S. 204).
In ihrer Beschwerdeschrift ans BVGer hielten die Beschwerdeführer an ihren Entschädigungsbegehren vollumfänglich fest. Insofern erfolgte keine Einschränkung des Streitgegenstands. Die Ausführungen der Beschwerdeführer zu den vom direkten Überflug betroffenen Personen waren lediglich Begründungselemente, die nach dem oben Gesagten (E. 4) nachträglich ergänzt werden konnten. Zudem hat das BVGer innerhalb des Streitgegenstands das Recht von Amtes wegen anzuwenden und grundsätzlich den Sachverhalt zugrunde zulegen, wie er sich im Zeitpunkt des Entscheids verwirklicht hat und bewiesen ist (KÖLZ/ HÄNER, a.a.O. Rz. 615; CAMPRUBI, a.a.O., N. 10 zu Art. 62; REKO EVD vom 6. April 1995, in: VPB 60/1996 Nr. 48 E. 6 S. 429 f.).
6. Das BVGer hätte somit auf die Beschwerden der Beschwerdeführer insgesamt, auch im Hinblick auf den direkten Überflug, eintreten müssen. In diesem Fall hätte es diese - wie die übrigen Beschwerden betreffend direkten Überflugs - gutheissen, die angefochtenen Entscheide der ESchK insoweit aufheben und die Sache zur Neubeurteilung der Entschädigungsansprüche auch unter dem Blickwinkel des direkten Überflugs an die ESchK zurückweisen müssen.
Mit Blick auf die vorstehenden Ausführungen ist die Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid im beantragten Sinne abzuändern. Die ESchK wird beurteilen müssen, ob die Liegenschaften der Beschwerdeführer in einer entschädigungsbegründenden Höhe überflogen werden, und ob alle Stockwerkeigentümer der Liegenschaft Kat.-Nr. 4733 (oder nur diejenigen des direkt überflogenen Blocks) Anspruch auf eine Entschädigung haben.
7. Bei diesem Ausgang des Verfahrens unterliegt die private Beschwerdegegnerin. Diese wird daher kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG i.V.m. Art. 116 Abs. 3 EntG).
Da das Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht für die Beschwerdeführer kostenlos war, und ihnen gestützt auf Art. 116 Abs. 1 EntG eine Parteientschädigung zugesprochen worden ist (deren Höhe sie nicht beanstanden), erübrigt sich eine Aufhebung des bundesverwaltungsgerichtlichen Kostenentscheids.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird Disp.-Ziff. 5.1 des Entscheids des Bundesverwaltungsgerichts, Abteilung I, vom 26. Mai 2009 aufgehoben. Disp.-Ziff. 5.4 und 5.5 werden dahingehend ergänzt, dass die Beschwerden der Beschwerdeführer des vorliegenden Verfahrens (Beteiligte 3, 7, 10, 20, 22, 33, 39, 43, 47, 49, 50 und 77 der Beschwerdeführenden 13 und Beteiligter 3 der Beschwerdeführenden 30 des vorinstanzlichen Verfahrens) gutgeheissen werden, und die Sache auch insoweit an die Eidgenössische Schätzungskommission, Kreis 10, zurückgewiesen wird.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Flughafen Zürich AG auferlegt.
3. Die Flughafen Zürich AG hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Eidgenössischen Schätzungskommission, Kreis 10, und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber