Fatti:
A.
A._ SA è proprietaria della particella xxx di X._, ubicata in zona nucleo di tamponamento. Sul fondo si trova un edificio articolato su quattro piani, di cui tre sotto il livello della strada. Al pianterreno e al piano sottostante vi è un ristorante, da tempo non più in attività, al seminterrato una piccola abitazione e al piano interrato una cantina. Con domanda di costruzione dell'11 luglio 2011 A._ SA ha chiesto il permesso di trasformare l'edificio in un'abitazione adibita a residenza secondaria. Al progetto si sono opposti, tra altri D.D._, E.D._ e F.D._, nonché B.B._ e C.B._, comproprietari di fondi limitrofi, che hanno contestato l'intervento sotto il profilo della completezza della domanda, del rispetto dell'indice di sfruttamento, delle distanze dal confine e dalla strada, dell'altezza dei locali e dell'inserimento estetico paesaggistico e, infine, delle norme comunali sulle residenze secondarie. Preso atto dell'avviso favorevole del Dipartimento del territorio, il 3 febbraio 2012 il Municipio ha nondimeno negato il richiesto cambiamento di destinazione, ritenendo che la norma comunale sulla promozione della residenza primaria imporrebbe di destinare l'edificio a tale destinazione. Con risoluzione del 2 maggio 2012 il Consiglio di Stato, adito dall'istante, ha annullato la decisione municipale per carenza di motivazione.
B.
Con decisione del 31 agosto 2012 il Municipio ha nuovamente negato la licenza edilizia. Il 18 dicembre 2012 il Governo cantonale ha respinto un ricorso della società proprietaria del fondo. Adito da quest'ultima, con giudizio del 26 giugno 2014 il Tribunale cantonale amministrativo ne ha parzialmente accolto il ricorso, annullando la decisione governativa e quella municipale (dispositivo n. 1.1); ha quindi rinviato gli atti al Municipio affinché, in applicazione dell'<ref-law>, rilasci il permesso per la trasformazione dell'edificio, purché destinato ad abitazione primaria (dispositivo n. 1.2).
C.
Avverso questa decisione A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di riformare la decisione impugnata nel senso di autorizzare la destinazione secondaria dell'edificio litigioso senza alcuna condizione, in via subordinata, di rinviare gli atti per nuovo giudizio alla Corte cantonale per rilasciare una siffatta licenza.
La Corte cantonale si riconferma nella contestata decisione, il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, il Municipio di X._ propone di respingere il ricorso, mentre D.D._, E.D._ e F.D._ non si sono espressi sul gravame, precisando poi di essersi già ritirati dalla causa. B.B._ e C.B._, comunicato di non essere più parte nella causa in esame, criticano nondimeno l'accollamento di spese e ripetibili nella sede cantonale, chiedendone l'annullamento; postulano di non porre a loro carico spese e ripetibili della sede federale. La ricorrente ha poi trasmesso al Tribunale federale la decisione del 10 ottobre 2014, con la quale il giudice delegato della Corte cantonale ha dichiarato irricevibile una domanda di revisione sulle citate spese presentata da B.B._ e C.B._. L'Ufficio federale dello sviluppo territoriale rileva che le domande di costruzione decise in prima istanza prima dell'11 marzo 2012 e che non hanno subito modifiche sostanziali in sede di ricorso, devono essere esaminate secondo il diritto anteriore. Il Comune si riconferma nelle proprie osservazioni.

Diritto:
1.
1.1. Presentato tempestivamente (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>) contro una decisione finale in ambito edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF. La legittimazione della ricorrente è pacifica.
1.2. Il criticato giudizio costituisce, formalmente, una decisione di rinvio e pertanto, di massima, una decisione incidentale ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 4.2). Secondo questa norma, il ricorso contro una tale decisione è ammissibile se può causare un pregiudizio irreparabile (lett. a) o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (lett. b). L'adempimento di quest'ultima condizione, non addotta dalla ricorrente, è comunque ravvisabile in concreto. In effetti, un eventuale accoglimento del gravame comporterebbe immediatamente una decisione finale sulla lite.
La ricorrente rileva infatti, rettamente, che la decisione impugnata non lascia più alcun margine decisionale al Municipio. Il Comune, come ancora si vedrà, subirebbe in effetti un danno irreparabile ai sensi dell'<ref-law>, consistente nel dover dar seguito a un'istruzione che reputa errata, per poi impugnare la propria decisione per violazione dell'autonomia comunale (<ref-ruling> consid.1.2; <ref-ruling> consid. 1.2 in fine; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1b). La Corte cantonale gli ha infatti retrocesso gli atti affinché conceda alla ricorrente il permesso per la trasformazione dell'edificio, purché destinato ad abitazione primaria, alle condizioni dell'art. 6 dell'ordinanza sulle abitazioni secondarie del 22 agosto 2012 (RS 702; menzione nel registro fondiario). Ritenuto che sono necessari tre posteggi, ha pure imposto al Municipio di statuire anche in merito al contributo sostitutivo dovuto per la mancata formazione di due posteggi. Il Municipio non dispone quindi più di alcun margine di apprezzamento, essendo obbligato ad autorizzare l'intervento edilizio senza ulteriori condizioni. La decisione contestata deve quindi essere equiparata a un giudizio finale ai sensi dell'<ref-law>, contro il quale il rimedio esperito è di principio ammissibile (cfr. DTF <ref-ruling> consid. 1.3 pag. 127).
2.
2.1. La Corte cantonale ha esaminato le condizioni per una trasformazione parziale dell'edificio litigioso sulla base dell'art. 66 della legge ticinese sullo sviluppo territoriale del 21 giugno 2011 (Lst) e dell'art. 86 cpv. 3 del relativo regolamento, inerenti alle costruzioni esistenti in contrasto col nuovo diritto. Ha ritenuto che se l'immobile non è in contrasto con l'ordinamento sulle distanze, la superficie utile lorda (SUL) è per contro superiore a quella ammissibile. Ha tuttavia stabilito che, contrariamente a quanto ritenuto dal Municipio e dal Governo, l'intervento non costituisce un'inammissibile trasformazione sostanziale né sotto il profilo quantitativo, poiché il progetto prevede una diminuzione della volumetria e della SUL, né sotto quello qualitativo. Non sarebbe inoltre ravvisabile un particolare pregiudizio sia dell'interesse pubblico sia di quello dei vicini e l'utilizzazione residenziale è conforme alla destinazione della zona.
I giudici cantonali hanno poi vagliato la tesi municipale, secondo cui il cambiamento di destinazione da ristorante ad abitazione secondaria violerebbe l'art. 15 delle norme di attuazione del piano regolatore (NAPR), quesito, come quello dell'applicazione dell'<ref-law>, non valutato dal Governo cantonale. L'art. 15 n. 1 NAPR, dal titolo "promozione della residenza primaria", prevede che in determinate zone almeno il 50 % della SUL complessiva di nuove costruzioni abitative o di ampliamenti che comportano insediamenti di nuove unità di abitazione dev'essere destinato alla residenza primaria. La norma si applica, secondo il n. 3, alle nuove costruzioni, alle ricostruzioni e agli ampliamenti con formazione di nuove unità abitative. La Corte cantonale ha ritenuto che anche secondo il nuovo art. 15 NAPR, attualmente in vigore, l'intervento, da qualificare come trasformazione, non è in contrasto con il diritto comunale. Ciò poiché il legislatore comunale non avrebbe tralasciato casualmente di citare tra le tipologie d'intervento la trasformazione, a maggior ragione visto che le stesse NAPR, all'art. 4 n. 8, disciplinano espressamente quest'ultimo tipo di intervento, distinguendolo chiaramente dal riattamento, dalla ricostruzione e dall'ampliamento. Ha aggiunto che anche il contenuto dell'art. 35 n. 4 NAPR conforta questo risultato, visto che per gli alberghi il legislatore comunale ha disciplinato la conversione delle strutture alberghiere in edifici residenziali, ciò che dimostra che il tema non è stato ignorato. L'omessa indicazione nell'art. 15 n. 3 NAPR della trasformazione non è quindi frutto di una dimenticanza. Ha rilevato infine che l'entrata in vigore dell'<ref-law> non muta tale esito, ritenuto ch'esso non può essere utilizzato per interpretare il contenuto precettivo di una norma comunale di parecchi anni anteriore.
2.2. La Corte cantonale si è pronunciata compiutamente sull'inapplicabilità al progetto litigioso della citata norma comunale sulla promozione delle residenze primarie, procedendo a un'interpretazione accurata ed esaustiva della stessa, chiaramente non insostenibile e quindi non arbitraria sia nella motivazione sia nel risultato (<ref-ruling> consid. 6.1; <ref-ruling> consid. 2.4 pag. 5). Del resto, nelle osservazioni al ricorso, il Municipio, rilevando che i giudici cantonali hanno aggiunto, invero in maniera poco comprensibile, che detta questione poteva rimanere aperta poiché al rilascio del permesso per un'abitazione secondaria si opporrebbe il diritto federale, nemmeno tenta di dimostrare che le citate conclusioni sarebbero arbitrarie, limitandosi a rilevare in maniera del tutto generica, che l'infondatezza del criticato diniego municipale sarebbe ancora tutta da dimostrare. Ora, visto che la domanda di costruzione è stata inoltrata l'11 luglio 2011 e che il Comune non adduce alcun ulteriore motivo che si opporrebbe alla licenza edilizia, ritenuto che la situazione giuridica è chiara, ulteriori lungaggini nel suo rilascio potrebbero adempiere gli estremi di un diniego di giustizia.
3.
3.1. Riguardo alla licenza edilizia per la trasformazione dell'edificio litigioso in un'abitazione secondaria, la Corte cantonale ha ricordato che nelle sentenze di principio del 22 maggio 2013 (<ref-ruling> consid. 9-11, 263 consid. 6 e 7), il Tribunale federale ha ritenuto che l'<ref-law>, in relazione con l'art. 197 cifra 9 cpv. 2 Cost., è direttamente applicabile a partire dalla sua entrata in vigore, l'11 marzo 2012. Ha poi precisato che nei comuni in cui la quota del 20 % di abitazioni secondarie è già superata, come è il caso per quello di X._, nel quale essa supera il 60 %, le licenze edilizie rilasciate tra l'11 marzo 2012 e il 31 dicembre 2012 sono annullabili, quelle rilasciate in seguito nulle.
Ha ritenuto che il citato divieto vale per tutte le licenze concesse in prima istanza nei comuni interessati dopo l'11 marzo 2012, di massima anche se la domanda di costruzione, come nel caso di specie, è stata presentata prima. Ha poi richiamato l'art. 3 dell'ordinanza sulle abitazioni secondarie, entrata in vigore il 1° gennaio 2013, ritenendo che la facoltà da esso prevista, per cui le abitazioni che in data 11 marzo 2012 esistevano già o beneficiavano di un'autorizzazione con decisione passata in giudicato potevano essere oggetto di cambiamento di destinazione, passando da abitazioni primarie ad abitazioni secondarie e viceversa, riguarderebbe unicamente le costruzioni adibite a uso abitativo. Ne ha concluso che la trasformazione in abitazione secondaria di edifici preesistenti, aventi destinazioni diverse da quella abitativa, sarebbe preclusa. Anche l'eccezione relativa alle strutture alberghiere che esistevano già prima dell'11 marzo 2012, prevista dall'art. 3 cpv. 3 dell'ordinanza, non sarebbe applicabile nella fattispecie. Ha quindi ritenuto che l'intervento litigioso non può essere approvato in quanto volto alla formazione di un'ulteriore abitazione secondaria, mentre nulla si oppone al rilascio di un permesso di costruzione per una residenza primaria, con la relativa menzione nel registro fondiario di cui all'art. 6 dell'ordinanza (al riguardo vedi sentenza 1C_916/2013 del 19 febbraio 2015 consid. 3.1 e 3.3).
3.2. La ricorrente sottolinea l'accertamento del Tribunale cantonale amministrativo secondo cui la domanda di costruzione dell'11 luglio 2011, mai modificata in seguito, era conforme al diritto pubblico applicabile al momento della decisione municipale del 3 febbraio 2012. Fa valere che l'applicazione dell'<ref-law> e della citata ordinanza violerebbe i principi dell'uguaglianza giuridica (<ref-law>), della parità di trattamento, del diritto di essere giudicato entro un termine ragionevole (<ref-law>), nonché il divieto dell'arbitrio e la tutela della buona fede (<ref-law>). Richiamando <ref-ruling>, la ricorrente ricorda che la domanda di costruzione dev'essere esaminata sulla base del diritto in vigore al momento della decisione di prima istanza, ossia il 3 febbraio 2012, quindi prima dell'entrata in vigore della norma costituzionale e dell'ordinanza. Qualora non si volesse ritenere tale data, si sarebbe in presenza di un effetto retroattivo improprio dell'<ref-law>, lesivo del principio dell'affidamento e della buona fede.
3.3. Secondo la giurisprudenza, la legalità di atti amministrativi (comprese le licenze edilizie), in mancanza di una regolamentazione transitoria specifica, dev'essere esaminata sulla base della situazione giuridica vigente al momento del loro rilascio (<ref-ruling> consid. 6 e 7 pag. 267 seg.; <ref-ruling> consid. 2b; PIERRE TSCHANNEN/ULRICH ZIMMERLI/MARKUS MÜLLER, Allgemeines Verwaltungsrecht, 4aed. 2014, pag. 202 n. 20). Non si è d'altra parte in presenza di motivi imperativi che imporrebbero un'applicazione immediata del nuovo diritto, ravvisabili in particolare negli ambiti della legislazione sulle acque e della protezione della natura e del paesaggio, nonché dell'ambiente (<ref-ruling> consid. 11.1 pag. 259) : non vi rientrano per contro quelli di natura pianificatoria dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 11.2 pag. 277).
Il Tribunale federale ha stabilito che il divieto dell'<ref-law> vale per tutte le licenze edilizie rilasciate a partire dal'11 marzo 2012: esso non è per contro applicabile a progetti che erano stati decisi in ultima istanza a livello cantonale prima di questa data (<ref-ruling> consid. 11.1 pag. 260 e consid. 11.6 pag. 263). Nella sentenza di principio <ref-ruling>, ha ritenuto che l'<ref-law> in relazione con l'<ref-law>, è di massima applicabile quando la licenza edilizia è stata rilasciata in prima istanza dopo l'entrata in vigore di queste norme l'11 marzo 2012, anche se la domanda di costruzione è stata presentata prima. La stessa conclusione vale per le licenze edilizie che, dopo tale data, sono state modificate in misura importante nell'ambito di una procedura di ricorso (consid. 7) : rimangono tuttavia riservate circostanze particolari concernenti la protezione della buona fede, la denegata o ritardata giustizia (consid. 8). In singoli casi si può pertanto tener conto di situazioni particolari inerenti alla tutela della buona fede (<ref-ruling> consid. 11.7 pag. 263).
3.4. Nella <ref-ruling> è stata negata la sussistenza di una particolare fattispecie inerente alla tutela della fiducia, poiché da una parte non invocata dal ricorrente e, dall'altra, poiché questi con l'inoltro della domanda di costruzione il 14 dicembre 2011, in considerazione dell'imminenza della nota votazione popolare, doveva tener presente che, in caso di accettazione, il progetto possibilmente non avrebbe potuto essere approvato (consid. 8 pag. 269) : ciò a maggior ragione poiché, in seguito a opposizioni, un progetto modificato è stato presentato soltanto il 13 marzo 2012 (consid. 8.4 pag. 270).
Per contro, nel quadro di una domanda di costruzione, esaminata per la prima volta dall'autorità comunale nel marzo 2009 e, dopo un rinvio del Tribunale amministrativo, nel luglio 2011, sulla base del diritto vigente all'epoca, e giudicata il 13 dicembre 2011 dall'autorità cantonale di ultima istanza, quindi prima dell'adozione dell'<ref-law>, il Tribunale federale non ha ritenuto giustificato applicarla per la prima volta nell'ambito della procedura ricorsuale dinanzi ad esso: ciò poiché il progetto era stato pubblicato molto tempo prima dell'entrata in vigore della norma costituzionale (sentenza 1C_159/2012 del 14 dicembre 2012 consid. 6.2).
Anche in un'altra causa, nel cui contesto un permesso di costruzione era stato rilasciato il 3 febbraio 2011 e la decisione dell'autorità cantonale di ultima istanza, che lo confermava, il 9 marzo 2012, è stato ritenuto che non sussistevano motivi per applicare la norma costituzionale per la prima volta dinanzi al Tribunale federale: la domanda era infatti stata pubblicata prima dell'introduzione dell'<ref-law> ed era conforme al diritto in vigore al momento in cui le istanze cantonali avevano statuito (sentenza 1C_215/2012 del 14 dicembre 2012 consid. 2.4).
3.5. Certo, nella fattispecie la decisione dell'ultima istanza cantonale sul progetto edilizio è stata emanata il 26 giugno 2014. Ciò non toglie che la domanda di costruzione è stata inoltrata l'11 luglio 2011, ossia otto mesi prima della nota votazione popolare, il cui esito nemmeno appariva scontato. Come accertato in maniera vincolante dalla Corte cantonale, a quel tempo al rilascio della licenza edilizia non si opponeva alcuna norma del diritto comunale o cantonale, motivo per cui il Comune avrebbe dovuto rilasciare il permesso prima dell'11 marzo 2012. Come stabilito dall'Ufficio federale dello sviluppo territoriale, in concreto la domanda di costruzione doveva essere esaminata secondo il diritto anteriore. La circostanza che la licenza edilizia sia stata negata a torto il 3 febbraio 2012 sulla base di una decisione annullata per carenza di motivazione, non giustifica di applicare alla stessa la normativa entrata in vigore posteriormente. Decisiva non è infatti la circostanza che il Comune ha negato il permesso, ma che ha esaminato la domanda di costruzione prima della nota votazione e che, rettamente, avrebbe dovuto rilasciare la licenza richiesta. In concreto occorre inoltre considerare che il progetto edilizio non è stato modificato (sentenza 1C_166/2014 del 27 novembre 2014 consid. 2.4). La licenza avrebbe dovuto essere rilasciata prima dell'11 marzo 2012, per cui il momento della sua crescita in giudicato non è determinante (<ref-ruling> consid. 11.6 in fine pag. 263). Per di più, nel caso in esame, non si tratta di edificare una costruzione ex novo, ma di trasformare un edificio già esistente che, come accertato in maniera vincolante per il Tribunale federale (<ref-law>), comporta una riduzione della SUL di circa 40 m2. Viste le particolarità della fattispecie, non sono quindi ravvisabili motivi imperativi che militerebbero a sostegno di un'applicazione immediata del nuovo diritto (<ref-ruling> consid. 11.1 pag. 259 e rinvii; <ref-ruling> consid. 2.3 pag. 390).
4.
4.1. Il ricorso dev'essere pertanto accolto, il dispositivo n. 1.2 della decisione impugnata annullato e la causa rinviata al Municipio di X._ affinché rilasci la licenza edilizia con la possibile destinazione a residenza secondaria dello stabile sito sulla particella xxx, come alla domanda di costruzione dell'11 luglio 2011. Il Municipio statuirà anche in merito al contributo sostitutivo dovuto per la mancata formazione di due posteggi.
4.2. Sull'accollamento delle spese, occorre rilevare che B.B._ e C.B._ non sono più parte alla lite, che gli altri vicini non sono intervenuti in questa causa e che le stesse non possono essere addossate al Comune, che ha agito nell'ambito delle sue attribuzioni ufficiali, senza avere alcun interesse pecuniario (<ref-law>). Esso dovrà nondimeno rifondere adeguate ripetibili alla ricorrente, che si è avvalsa dell'assistenza di un legale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto e il dispositivo n. 1.2 della sentenza del 26 giugno 2014 del Tribunale cantonale amministrativo è annullato. La causa è rinviata al Municipio di X._ affinché rilasci la licenza edilizia con la possibile destinazione a residenza secondaria dello stabile sito sulla particella xxx come alla domanda di costruzione dell'11 luglio 2011: il Municipio statuirà anche in merito al contributo sostitutivo dovuto per la mancata formazione di due posteggi.
2.
Non si prelevano spese. Il Comune di X._ rifonderà alla ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- per ripetibili della sede federale.
3.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale e, per conoscenza, a B.B._ e C.B._ e a D.D._, E.D._ e F.D._.