A.- Der 1981 geborene P._ leidet an Trisomie 21 (Down-Syndrom). Die Invalidenversicherung sprach Leistungen für verschiedene medizinische Massnahmen zu, richtete Pflegebeiträge aus und übernahm die Kosten für die heilpädagogische Sonderschule Langnau von April 1987 bis Juli 1999. Die IV-Zweigstelle Burgdorf beantragte am 4. Februar 1999 die Übernahme der Kosten für eine Einarbeitung in eine geschützte Tätigkeit vom 1. August 1999 bis 31. Januar 2000 im Sinne einer erstmaligen beruflichen Ausbildung bei der sozialtherapeutischen Ateliergemeinschaft X._. Die IV-Stelle Bern wies nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens und gestützt auf eine ablehnende Stellungnahme des Bundesamtes für Sozialversicherung den Antrag ab (Verfügung vom 12. April 1999). Im August 1999 trat P._ ins Atelier X._ ein.
B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 18. Dezember 2000 gut und wies die Sache zur Festsetzung der Kostengutsprache für die berufliche Massnahme in der Ateliergemeinschaft X._ an die IV-Stelle zurück.
C.- Die IV-Stelle Bern führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Begehren um Aufhebung des kantonalen Entscheids.
P._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen, während das Bundesamt für Sozialversicherung deren Gutheissung beantragt.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Das kantonale Gericht hat die massgeblichen Bestimmungen über den Anspruch auf Eingliederungsmassnahmen im Allgemeinen (<ref-law>) wie über den Anspruch auf erstmalige berufliche Ausbildung (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und die ihr gleichgestellte Vorbereitung auf eine Tätigkeit in einer geschützten Werkstätte (<ref-law>) sowie die dazu ergangene Rechtsprechung, namentlich zur wirtschaftlichen Verwertbarkeit der Arbeit (<ref-ruling>), zutreffend dargelegt.
Darauf wird verwiesen.
2.- Streitig und zu prüfen ist, ob die Invalidenversicherung gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> die Kosten der beantragten beruflichen Massnahme in der sozialtherapeutischen Ateliergemeinschaft X._ zu übernehmen hat.
a) Die Vorinstanz erwog, im Sinne von <ref-law> werde lediglich eine minimale sachliche Angemessenheit (Eingliederungswirksamkeit) der Vorbereitung auf eine Tätigkeit in einer geschützten Werkstätte verlangt: Die wirtschaftliche Verwertbarkeit einer Arbeit nach der Ausbildung in einer geschützten Werkstätte könne vermutet werden, wenn der Lohn dem Minimallohn für die Gewährung von Betriebsbeiträgen nach <ref-law> entspreche, welcher gemäss dem ab 1. Januar 2000 gültigen Kreisschreiben über die Eingliederungsmassnahmen beruflicher Art (KSBE) Fr. 2.- pro Stunde betrage. Diese Vermutung könne hingegen umgestossen werden, wenn aufgrund der tatsächlichen Verhältnisse anzunehmen sei, der ausbezahlte Lohn stelle keinen Leistungslohn dar (<ref-ruling>). Weiter beziehe sich die Aussage der Vereinigung Y._, sozialtherapeutische Wohn-, Arbeits- und Lebensgemeinschaft, vom 2. März 1999, wonach der Versicherte Fr. 160.- pro Monat erhalten werde, lediglich auf die sechsmonatige Einarbeitungszeit im Atelier X._ und nicht auf den nachher voraussichtlich erzielbaren Verdienst. Dieser könne vielmehr zwischen Fr. 2.- und Fr. 4.- betragen, sodass die Minimalvoraussetzungen einer wirtschaftlich ausreichenden Erwerbstätigkeit erfüllt seien.
b) Demgegenüber machen die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherung geltend, das Atelier X._ sei eine Beschäftigungswerkstätte, welche keine erstmalige berufliche Ausbildung anbiete. Daher könne dort auch keine solche Ausbildung oder eine Vorbereitung im Sinne von <ref-law> absolviert werden. Im Beschäftigungsbereich werde zudem kein Erwerbslohn in der Höhe von Fr. 2.- angeboten.
Der Betrag von Fr. 160.- sei vielmehr als Taschengeld zu verstehen.
3.- a) Der Beschwerdegegner arbeitet bis heute im Atelier X._. Die Ateliergemeinschaft X._ ist eine Beschäftigungswerkstätte, welche keine berufliche Massnahme im Sinne einer erstmaligen beruflichen Ausbildung durchführen kann (Zusatzbericht der IV-Zweigstelle Burgdorf vom 30. Januar 2001), wobei auch die Vorbereitung auf die Tätigkeit in einer geschützten Werkstätte unter <ref-law> fällt, wenn sie nach getroffener Berufswahl zur Vorbereitung auf die eigentliche Berufsausbildung notwendig wird (ZAK 1981 S. 488; vgl. KSBE Rz 3013), was vorliegend unbestrittenermassen jedoch nicht der Fall ist.
Die Werkstätte vereinbarte mit den Eltern des Versicherten ein Taschengeld von monatlich Fr. 160.-, welches auch nach der Einführungszeit weiterhin in dieser Höhe ausgerichtet wird. Dieser Betrag entspricht nicht dem zum Zeitpunkt des Verfügungserlasses massgeblichen Mindestlohnansatz von Fr. 2.- pro Stunde (IV-Rundschreiben 121 vom 8. April 1997). Die rechtsprechungsgemäss verlangte Voraussetzung an die wirtschaftliche Verwertbarkeit der Arbeit im Sinne einer minimalen Eingliederungswirksamkeit ist demnach nicht erfüllt. Selbst bei einem Verdienst über dem Mindestansatz käme jedoch die Vermutung der Verwertbarkeit nicht zum Tragen, da das Entgelt vereinbarungsgemäss nicht als Leistungslohn anzusehen ist. Damit kann der Aufenthalt vom 1. August 1999 bis 31. Januar 2000 nicht als Vorbereitung auf die Tätigkeit in einer geschützten Werkstätte im Sinne von <ref-law> gelten, zumal das Atelier X._, wie erwähnt, auch kein auf eine berufliche Ausrichtung gezieltes Ausbildungsprogramm anbieten kann und unbestrittenermassen eine erstmalige berufliche Ausbildung gar nicht geplant war, obwohl eine solche dem Beschwerdegegner aufgrund seiner Fähigkeiten aus berufsberaterischer Sicht offen gestanden wäre (Schlussbericht vom 5. Juli 1999).
b) Auch wenn der Umstand, dass die Berufsberatung der IV-Zweigstelle selbst die Kostenübernahme der Massnahme beantragt hatte, gewisse Hoffnung auf deren Gutheissung weckte, wussten die Eltern des Beschwerdegegners, dass der Berufsberater nicht allein über das Leistungsbegehren entscheidet. Aufgrund der Aktenlage ist davon auszugehen, dass mit den Eltern vor Arbeitsbeginn beim Atelier die finanzielle Situation insoweit geklärt wurde, als die IV-Stelle die Kosten des Aufenthaltes nicht im Sinne einer erstmaligen beruflichen Ausbildung übernehmen wird, wobei die Finanzierung durch die Eltern geregelt schien, was der Berufsberater ausdrücklich bestätigte (Zusatzbericht vom 30. Januar 2001). Somit kann hinsichtlich des Verhaltens der Berufsberatung auch kein Anspruch gestützt auf den Grundsatz von Treu und Glauben begründet werden (AHI 2000 S. 193).
4.- Die Frage eines Kostgeldbeitrages im Sinne von <ref-law> bildet nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Dennoch sei auf den in der Vernehmlassung des Bundesamtes für Sozialversicherung aufgezeigten Anspruch eines entsprechenden Beitrages bei allfälligem Heimaufenthalt hingewiesen, welcher sich zusammen mit dem Pflegebeitrag bei einer Hilflosigkeit mittleren Grades (gemäss Verfügung vom 9. April 1997) auf insgesamt Fr. 73.- pro Tag - bis zum Rentenbeginn am 1. Dezember 1999 - belaufen würde.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird
der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern
vom 18. Dezember 2000 aufgehoben.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und
dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 7. November 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: