<ref-law> (Zivilprozess), hat sich ergeben:
A.- Seit Dezember 1998 ist zwischen der Matcon Ltd.
sowie der Matcon (R & D) Ltd. als Klägerinnen und der ANAG A. Nussbaumer AG sowie der AT Anlagetechnik AG als Beklagte ein Prozess wegen angeblicher Patentverletzung hängig.
Im Rahmen dieses Verfahrens erliess der II. Appellationshof des Kantonsgerichts Freiburg am 16. Februar 2001 folgenden Entscheid:
"1. Die Begehren um Trennung und Beschränkung des
Verfahrens werden abgewiesen.
2. Das Gesuch um Einstellung des Verfahrens wird
abgewiesen.
3. Es werden folgende verfahrensleitende Entscheide
getroffen:
3.1. Die ANAG A. Nussbaumer AG und die AT Anlagetechnik
AG werden aufgefordert, innert einer peremptorischen
Frist von 30 Tagen nach Erhalt des Entscheides einen
Fragenkatalog für die Expertise einzureichen.
3.2. Herbert Laederach, Leiter des Nachdiplomstudiums
Geistiges Eigentum ETH Zürich, wird als Experte im
Verfahren bezeichnet.
3.3. Der Matcon Ltd. und der Matcon (R & D) Ltd.
einerseits und der ANAG A. Nussbaumer AG und der AT
Anlagetechnik AG andererseits wird eine peremptorische
Frist von 30 Tagen nach Erhalt des Entscheides
gesetzt, um der Gerichtsschreiberei des Kantonsgerichts
einen zusätzlichen Kostenvorschuss von je
Fr. 17'500.-- zu überweisen.
Werden die Gerichtskosten nicht rechtzeitig vorgeschossen,
so treten die Säumnisfolgen der Art. 109
und 110 ZPO ein.
4. Die Kosten des Verfahrens werden dem Endentscheid
vorbehalten.. "
Die Beklagten stellten ein Gesuch um Interpretation (<ref-law> FR) von Ziffer 3.3. mit dem Antrag, diese Ziffer zu vervollständigen, indem die Gerichtskosten in Gebühren und Auslagen aufzuteilen seien, wobei die Gerichtskosten beiden Parteien und die Auslagen ausschliesslich den Klägerinnen aufzuerlegen seien. Der II. Appellationshof wies das Gesuch am 5. März 2001 mit der Begründung ab, damit werde eine Abänderung des Urteils und nicht dessen Interpretation verlangt.
B.- Mit staatsrechtlicher Beschwerde beantragen die ANAG A. Nussbaumer AG sowie die AT Anlagetechnik AG dem Bundesgericht, den Entscheid des II. Appellationshofes des Kantonsgerichts vom 16. Februar 2001 aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen; es seien keine Gerichtskosten zu erheben und den Beschwerdeführerinnen sei eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen.
Die Matcon Ltd. und die Matcon (R & D) Ltd. stellen den Hauptantrag, auf die Beschwerde nicht einzutreten, und den Eventualantrag, die Beschwerde abzuweisen.
Das Kantonsgericht Freiburg hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Dem Gesuch der Beschwerdeführerinnen um aufschiebende Wirkung für die Beschwerde ist mit Präsidialverfügung vom 17. April 2001 stattgegeben worden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Aus der Begründung der Beschwerde ergibt sich, dass der gestellte Antrag zu weit gefasst ist und die Beschwerdeführerinnen in Wirklichkeit bloss Ziffer 3.3. des Entscheids vom 16. Februar 2001 anfechten wollen. In der Folge ist deshalb die Beschwerde so zu behandeln, als ob sie sich lediglich gegen die erwähnte Ziffer richten würde.
2.- Gemäss Art. 87 Abs. 2 OG kann ein selbständig eröffneter Zwischenentscheid abgesehen von den in Art. 87 Abs. 1 OG aufgezählten Fällen nur mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten werden, wenn er einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken kann. Das Kantonsgericht hat die Aufforderung zur Leistung des Kostenvorschusses innerhalb angesetzter Frist mit der Androhung der Säumnisfolgen der Art. 109 und 110 ZPO FR verbunden. Zu prüfen ist, ob aus dieser Androhung für die Beschwerdeführerinnen ein nicht wiedergutzumachender Nachteil entstehen kann.
Art. 109 und 110 der Zivilprozessordnung des Kantons Freiburg vom 28. April 1953 (SGF 270. 1 [abgekürzt ZPO FR]) lauten wie folgt:
(Marginalie: II. Vorschuss der Gebühren)Art. 109. 1 Jede Partei ist verpflichtet, einen vom Präsidenten festgesetzten Vorschuss als Sicherheit für die voraussichtlichen Gerichtsgebühren zu leisten.
2 Bei Entgegennahme der Klage setzt der Präsident hiezu dem Kläger eine Frist. Erfolgt der Vorschuss nicht innerhalb der festgesetzten Frist, so wird die Klageschrift nicht zugestellt und die Klage abgeschrieben; Gerichts- und Parteikosten fallen zu Lasten des Klägers.
3 Bei der Zustellung der Klageschrift lädt der Präsident den Beklagten ein, einen Vorschuss in derselben Höhe innert der Antwortfrist zu leisten. Erfolgt der Vorschuss nicht innerhalb der festgesetzten Frist, so verwirkt der Beklagte sein Antwortrecht. Mit dem Begehren auf Sicherstellung und auf unentgeltliche Rechtspflege wird die Frist zur Vorschussleistung hinfällig; werden die Begehren abgewiesen oder die Sicherheiten geleistet, setzt der Präsident eine neue Frist.
4 Erweist sich der Vorschuss im Verlaufe des Verfahrens als ungenügend, so lässt ihn der Präsident erhöhen. Leistet der Kläger die Nachzahlung nicht innerhalb der festgesetzten Frist, so wird die Klage abgeschrieben; Gerichts- und Parteikosten fallen zu Lasten des Klägers. Leistet der Beklagte die Nachzahlung nicht innerhalb der festgesetzten Frist, so wird seine Antwort nicht berücksichtigt.
5 Dieselben Bestimmungen gelten sinngemäss im Rechtsmittelverfahren.
(Marginalie: III. Vorschuss für Auslagen)Art. 110. 1 Jede Partei ist vorschusspflichtig für Auslagen, die während des Verfahrens durch ihre Anträge (Entschädigungen an die Zeugen und Experten, Rechtshilfebegehren usw.) verursacht werden, sowie für ihren Anteil an den Kosten aus gemeinsamen Anträgen oder aus Prozesshandlungen, die der Richter von Amtes wegen vornimmt. Der Gerichtspräsident setzt jeweils die Höhe des Vorschusses fest.
2 Erfolgt der Vorschuss nicht innert der festgesetzten Frist, so wird die Prozesshandlung, deren Kosten nicht gedeckt sind, nicht vollzogen und der Prozess nimmt seinen Fortgang.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts liegt ein nicht wiedergutzumachender Nachteil vor, wenn die Aufforderung zur Leistung eines Kostenvorschusses mit der Androhung verbunden wird, dass im Säumnisfall auf eine Klage oder ein Rechtsmittel nicht eingetreten werde (BGE 77 I 42 E. 2). Die in <ref-law> FR vorgesehenen Säumnisfolgen sind damit vergleichbar. Der nicht wiedergutzumachende Nachteil im Sinne von Art. 87 Abs. 2 OG ist deshalb im vorliegenden Fall gegeben und auf die Beschwerde kann - entgegen dem Hauptantrag der Beschwerdegegnerinnen - eingetreten werden.
3.- In der Begründung der Beschwerde wird auch der Entscheid des Appellationshofs vom 5. März 2001 betreffend Interpretation als verfassungswidrig bezeichnet. Die diesbezüglichen Vorbringen sind nicht zu hören. Auf der ersten Seite der Beschwerdeschrift wird zwar erklärt, die Beschwerde richte sich sowohl gegen den Entscheid vom 16. Februar 2001 wie auch gegen jenen vom 5. März 2001. In den Rechtsbegehren auf der zweiten Seite der Beschwerdeschrift wird dagegen der Entscheid vom 5. März 2001 nicht mehr erwähnt.
Mangels eines formellen Antrags, wie er gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. a OG erforderlich ist, kann das Bundesgericht den Entscheid vom 5. März 2001 nicht überprüfen.
Im Übrigen kann festgehalten werden, dass der von den Beschwerdeführerinnen erhobene Vorwurf der formellen Rechtsverweigerung bzw. der Verweigerung des rechtlichen Gehörs unberechtigt ist. Der Entscheid vom 5. März 2001 ist zwar sehr knapp begründet. Aus der Begründung lässt sich indessen ableiten, dass die Interpretation im Sinne von <ref-law> FR nach Auffassung des Kantonsgerichts nicht zur Abänderung eines Urteils führen kann. Das reicht unter dem Aspekt der verfassungsrechtlichen Begründungspflicht aus (vgl. <ref-ruling> E. 2d S. 242). Ob diese Auslegung des kantonalen Prozessrechts willkürlich ist, könnte dagegen nicht geprüft werden, da mit der Beschwerde keine entsprechende bzw. ausreichend detaillierte Rüge erhoben wird (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 1b S. 495).
4.- In Bezug auf den Entscheid vom 16. Februar 2001 werfen die Beschwerdeführerinnen dem Appellationshof eine willkürliche Anwendung oder Auslegung von Art. 109 und 110 ZPO FR vor. Sie machen geltend, gestützt auf <ref-law> FR hätte lediglich von den Beschwerdegegnerinnen ein Kostenvorschuss verlangt werden dürfen, da nur diese die Expertise beantragt hätten. Sie behaupten sodann, der Entscheid des Appellationshofs sei widersprüchlich und unklar, weil einerseits in der Begründung die Vorschusspflicht auf <ref-law> FR gestützt werde und andererseits in Ziffer 3.3.
des Dispositivs die Säumnisfolgen von Art. 109 und 110 ZPO FR angedroht würden.
a) Willkürlich im Sinne von <ref-law> ist ein Entscheid nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre. Vielmehr hebt das Bundesgericht einen kantonalen Entscheid nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Wegen Willkür wird ein Entscheid im Übrigen nur dann aufgehoben, wenn nicht bloss dessen Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5b S. 134 mit Hinweisen).
b) In der Begründung des Entscheids vom 16. Februar 2001 wird festgehalten, der zusätzliche Kostenvorschuss von je Fr. 17'500.-- werde "im Hinblick auf die Kosten der Expertise" eingefordert. Nach der Darstellung in der Beschwerdeschrift haben die Beschwerdegegnerinnen den Antrag auf Einholung einer Expertise gestellt; die Beschwerdeführerinnen hätten an einer Sitzung vom 11. Juli 2000 gegenüber dem Instruktionsrichter klar zum Ausdruck gebracht, dass sie zwar bereit seien, sich bei der Bezeichnung des Experten und der Ausarbeitung der Fragen zu beteiligen, dass sie aber nicht bereit seien, für die voraussichtlichen Auslagen für die Expertise die entsprechenden Vorschüsse zu leisten, da die Expertise ausschliesslich von den Gegenparteien beantragt werde. Aus dem angefochtenen Entscheid geht in - teilweiser - Bestätigung dieser Darstellung hervor, dass die Parteien anlässlich der erwähnten Sitzung vereinbart haben, bis zum 30. September 2000 je einen Fragenkatalog für die Expertise einzureichen, und sie später dem Gericht einen Vierervorschlag für die Person des Experten unterbreiten liessen.
<ref-law> FR unterscheidet zwischen Anträgen, die von einer Partei ausgehen, und gemeinsamen Anträgen sowie Prozesshandlungen, welche der Richter von Amtes wegen vornimmt. Für die beiden letzten Kategorien sind die Parteien anteilsmässig vorschusspflichtig. Die Expertise ist zwar nach der Darstellung in der Beschwerdeschrift ursprünglich von den Beschwerdegegnerinnen beantragt worden. Die Beschwerdeführerinnen haben sich indessen bereit erklärt, bei der Bezeichnung des Experten mitzuwirken und einen Fragenkatalog auszuarbeiten. Damit haben sie zu erkennen gegeben, dass sie ein eigenes Interesse an der Einholung der Expertise besitzen und auch an ihrer Vorbereitung teilnehmen wollen.
Unter diesen Umständen erscheint nicht willkürlich, von einem "gemeinsamen Antrag" im Sinne von <ref-law> FR auszugehen. Das hat von Gesetzes wegen die anteilsmässige Vorschusspflicht von Beschwerdeführerinnen und Beschwerdegegnerinnen zur Folge, weshalb die gegenüber dem Instruktionsrichter abgegebene Erklärung der Beschwerdeführerinnen, dass sie nicht zur Vorschussleistung bereit seien, unerheblich ist. Folgerichtig ist auch nicht willkürlich, dass in Ziffer 3.3. des Dispositivs die Säumnisfolgen von <ref-law> FR angedroht werden.
Dagegen lässt sich nicht erklären, warum in Ziffer 3.3. des Dispositivs auch die Säumnisfolgen von <ref-law> FR angedroht werden. Diese Bestimmung bezieht sich auf die Vorschusspflicht für die Gerichtsgebühren und kann nicht angewendet werden, wenn es um Auslagen im Sinne von <ref-law> FR geht. Den gleichen Widerspruch weist auch die Entscheidbegründung auf, wenn dort festgehalten wird, im Hinblick auf die Kosten der Expertise werde [von] den Parteien gestützt auf <ref-law> ein zusätzlicher Kostenvorschuss von je Fr. 17'500.-- verlangt. Richtigerweise hätte es "gestützt auf <ref-law>" heissen sollen. Dieser Mangel in der Entscheidbegründung schadet jedoch nicht, da der Entscheid jedenfalls in diesem Punkt im Ergebnis nicht willkürlich ist. Dagegen ist er auch im Ergebnis willkürlich und deshalb insoweit aufzuheben, als in Ziffer 3.3. des Dispositivs im zweiten Satz die Säumnisfolgen von <ref-law> FR angedroht werden.
5.- Beide Parteiseiten obsiegen mit ihren Anträgen etwa zur Hälfte. Das rechtfertigt es, ihnen die Gerichtsgebühr je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteientschädigungen wettzuschlagen (Art. 156 Abs. 3 und Art. 159 Abs. 3 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des II. Appellationshofs des Kantonsgerichts Freiburg vom 16. Februar 2001 in Ziffer 3.3.
insoweit aufgehoben, als im zweiten Satz die Säumnisfolgen von <ref-law> angedroht werden.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3.- Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem II. Appellationshof des Kantonsgerichts Freiburg schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 1. Juni 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: