Sachverhalt:
A. Z._ und X._ sind spanische Staatsangehörige und die Eltern des am 7. Juli 2006 geborenen Kindes Y._.
Im Juli 2008 lösten die Eltern ihre nichteheliche Lebensgemeinschaft auf und schlossen in der Folge eine Vereinbarung, wonach ihnen die elterliche Sorge gemeinsam (cotitularidad de la patria potestad) und die Obhut (guarda y custodia) der Mutter allein zustehen und dem Vater ein Besuchsrecht zukommen soll (jedes zweite Wochenende von Freitagabend bis Montagmorgen sowie alternierend am Donnerstagnachmittag und Dienstagabend). Diese Vereinbarung wurde mit Urteil vom 1. Oktober 2009 vom Juzgado de Primera Instancia von Figueres (Spanien) genehmigt und in der Folge auch so gelebt.
Im März 2011 verliess die Mutter mit dem Kind ohne Benachrichtigung des Vaters das Land. Via Interpol konnte sie in Deutschland ausfindig gemacht werden. Darauf zog sie im Mai 2011 in die Schweiz, wo sie sich in A._ (FR) niederliess. Am 15. März 2012 zog sie nach B._ (ZH).
Unterdessen leitete der Vater in Spanien ein Verfahren auf Umteilung des Obhutsrechtes ein. Mit Entscheid vom 14. September 2011 entsprach der Juzgado de Primera Instancia von Figueres diesem Ersuchen.
B. Nachdem das Kind in der Schweiz lokalisiert werden konnte, stellte der Vater am 21. September 2011 beim Kantonsgericht Freiburg ein Gesuch um dessen Rückführung.
Am 2. November 2011 fand vor dem Kantonsgericht eine mündliche Verhandlung statt, an welcher beide Elternteile teilnahmen; die Kindervertreterin hatte auf eine Teilnahme verzichtet. Anlässlich der Verhandlung verzichteten die Parteien auf ein Mediationsverfahren.
Am 27. Februar 2012 ging der vom Kantonsgericht am 8. November 2011 angeforderte Bericht des Juzgado de Primera Instancia von Figueres ein, zu welchem sich die Parteien äussern konnten.
Mit Schreiben vom 21. Mai 2012 verzichtete die Kindesvertreterin auf eine Antragstellung im Rückführungsverfahren. Die Mutter teilte mit Schreiben vom 29. Mai 2012 mit, keine besonderen Bemerkungen zu haben. Der Vater nahm ebenfalls am 29. Mai 2012 Stellung.
Darauf hiess das Kantonsgericht das Rückführungsgesuch mit Entscheid vom 27. Juni 2012 gut und wies die Mutter an, dieses dem Vater zur Rückkehr nach Spanien zu übergeben, unter detaillierter Regelung der Übergabe in den Räumlichkeiten des Jugendsekretariates C._; für den Fall, dass die Mutter das Kind nicht gemäss dieser Regelung übergeben würde, beauftragte es das Amt für Jugend und Berufsberatung des Kantons Zürich mit dem zwangsweisen Vollzug. Ferner verpflichtete das Kantonsgericht die Mutter zu den Parteikosten des Vaters und sah davon ab, ihr Parteikosten zuzusprechen.
C. Gegen diesen Entscheid hat die Mutter am 12. Juli 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und Abweisung des Rückführungsgesuches. Ferner verlangt sie eine Parteientschädigung für das bundesgerichtliche und das kantonale Verfahren, wobei deren Höhe für das kantonale Verfahren eventualiter durch das Kantonsgericht zu bestimmen sei.
Am 19. Juli 2012 reichte das Kantonsgericht seine Vernehmlassung ein, in welcher es festhielt, dass es die Beiständin als Kindesvertreterin angesehen und behandelt habe. Am 26. Juli 2012 reichte das Jugendamt des Kantons Freiburg eine Vernehmlassung ein, in welcher es die Interventionen im kantonalen Verfahren auflistete und im Übrigen festhielt, infolge Kantonswechsels von Mutter und Kind sei die Beistandschaft (Beiständin S._) in der Zwischenzeit aufgehoben worden. Am 30. Juli 2012 reichte der Vater seine Vernehmlassung ein, mit welcher er die Abweisung der Beschwerde verlangte.
Mit Präsidialverfügung vom 31. Juli 2012 wurde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt. Sodann wurde dem Kind mit Instruktionsverfügung vom 8. August 2012 in der Person von Rechtsanwältin Annegret Lautenbach-Koch von Amtes wegen eine Kindesvertreterin bestellt.
Mit Eingabe vom 20. August 2012 bekräftigte die Beschwerdeführerin ihre beiden Hauptstandpunkte, wonach die vom Friedensgericht des Sensebezirkes ernannte Beiständin nicht als Vertreterin im Sinn von <ref-law> habe gelten können, weshalb der kantonale Entscheid zu kassieren sei, und wonach sich der Status quo ante nicht mehr herstellen lasse, weil inzwischen das Obhutsrecht umgeteilt worden sei.
Am 30. August 2012 reichte die Kindesvertreterin ihre Stellungnahme ein, in welcher sie die gegenwärtige Situation von Y._ darlegte. Dieser habe ihr gegenüber klar den Wunsch geäussert, dass an seiner heutigen Lebenssituation nichts geändert werden soll. Auf den Vater angesprochen, habe er gesagt, dass dieser nicht hierher gehöre und er ihm "auf den Mund schlagen" würde; als Begründung habe er nach langem Schweigen angeführt, dass sein Vater eine kleine Tochter habe und er befürchte, dass diese jetzt mit seinen Spielsachen in seinem Zimmer in Spanien spiele. Die Kindesvertreterin führte weiter aus, dass das Deutsch von Y._ oft fehlerhaft sei, er aber Freude am Gespräch zeige und offen sei. Sodann äusserte sie sich zur Familiensitation, wonach die Beschwerdeführerin zwischenzeitlich mit T._, welcher als Bäcker arbeite, verheiratet sei und mit ihm ein weiteres Kind habe. Die Familie lebe in einer netten Wohnung in einem Mehrfamilienhaus in kinderfreundlicher Umgebung. Die Familie wolle nicht nach Spanien zurückkehren und die Beschwerdeführerin sei der Meinung, dass eine Rückführung von Y._ für diesen traumatisierend wäre und seine hiesigen Probleme darauf zurückzuführen seien, dass er in Spanien Dinge erlebt habe, die er noch nicht verarbeitet habe (die Kindesvertreterin weist sodann auf die gegenseitigen Vorwürfe der Eltern hin, wonach jeweils der andere Teil zur Kindererziehung ungeeignet und für negative Einflüsse auf das Kind verantwortlich sei). Mit Bezug auf die Situation in Spanien hält die Kindesvertreterin fest, dass das Zimmer von Y._ unverändert und eingerichtet vorhanden sei. Der Vater hat zwischenzeitlich ebenfalls geheiratet und lebt mit seiner Frau, mit welcher er eine vier Monate alte Tochter hat, und seiner Mutter (Grossmutter von Y._; der Grossvater ist am 3. August 2012 verstorben) in einem geräumigen Duplex-Appartement mit fünf Schlafzimmern und zwei Nasszellen, welches er seit zwölf Jahren zu Eigentum besitzt. Der Vater habe geschildert, wie sehr er Y._ vermisse und dass die Situation unerträglich sei. Seine Frau arbeite zu 50 % und er selbst ebenfalls in einem Teilzeitpensum, so dass sie Y._ umfassend betreuen könnten, wie dies auch für die gemeinsame Tochter der Fall sei.

Erwägungen:
1. Bei Rückführungsentscheiden nach dem Haager Übereinkommen über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführungen (HKÜ, SR 0.211.230.02) geht es um die Regelung der Rechtshilfe zwischen den Vertragsstaaten (<ref-ruling> E. 2b S. 224), die in unmittelbarem Zusammenhang mit der Respektierung und Durchsetzung ausländischen Zivilrechts steht (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 1 BGG; <ref-ruling>). Das Kantonsgericht hat als einzige kantonale Instanz entschieden (Art. 7 Abs. 1 des Bundesgesetzes über internationale Kindesentführung und die Haager Übereinkommen zum Schutz von Kindern und Erwachsenen, BG-KKE, SR 211.222.32), d.h. das Prinzip der double instance gilt in diesem Bereich nicht (<ref-law>). Die Beschwerdefrist von zehn Tagen ist eingehalten (<ref-law>).
Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann nebst der Verletzung von Bundesrecht insbesondere die Verletzung von Staatsverträgen, vorliegend namentlich des HKÜ, geltend gemacht werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Normen des HKÜ, des BG-KKE, des ZGB und der EMRK.
Aus der Vernehmlassung des Jugendamtes des Kantons Freiburg hat sich ergeben, dass die im Kanton Freiburg über das Kind errichtete Beistandschaft infolge Kantonswechsels zwischenzeitlich aufgehoben wurde. Zwar ist im Kanton Zürich eine neue Beistandschaft errichtet worden, aber es schien opportun, dem Kind für das bundesgerichtliche Verfahren überdies eine in Rückführungsangelegenheiten erfahrene Rechtsanwältin als Kindesvertreterin zu bestellen.
2. Das Kantonsgericht hat erwogen, dass nach spanischem interlokalem Kollisionsrecht für das droit de garde im Sinn von Art. 3 HKÜ auf die Gebietszugehörigkeit (cecindad civil) abzustellen sei (Art. 14 Abs. 1 spanCC) und somit auf den katalanischen Codi de família vom 15. Juli 1998 (CF), gemäss dessen Art. 139 Ziff. 4 der die potestat tatsächlich ausübende Elternteil verpflichtet sei, bei Änderung des Wohnsitzes des Kindes aus der gewohnten Umgebung heraus die Zustimmung des anderen Elternteils einzuholen (... el pare o la mare que exerceix la potestat necessita el consentiment exprés o tàcit de l'altre ... per a variar el domicili del fill o filla menor de manera que l'aparti del seu entorn habitual ...). Sodann sei auch Art. 135 Ziff. 1 und 2 CF relevant, wonach der andere Elternteil ein Recht auf persönlichen Umgang mit dem Kind habe und den die potestat ausübenden Elternteil die Pflicht treffe, die Beziehung des Kindes zu seinen Verwandten zu fördern; gemäss dem beim Juzgado de Primera Instancia eingeholten Bericht stehe dies einem eigenmächtig erfolgenden Verbringen des Kindes entgegen. Aufgrund dieser beiden Gesetzesartikel sei davon auszugehen, dass der Vater im Zeitpunkt des Verbringens (Mit-)Inhaber des droit de garde im Sinn des HKÜ und das ohne seine Zustimmung erfolgte Verbringen des Kindes deshalb widerrechtlich gewesen sei, zumal eine stillschweigende Genehmigung mangels Benachrichtigung ausscheide. Zum selben Schluss würde man im Übrigen gelangen, wenn man das gemein-spanische Recht für anwendbar erachte: Stehe die patria potestad beiden Elternteilen, die guarda y custodia aber nur einem Elternteil zu, so besitze dieser nicht das alleinige Aufenthaltsbestimmungsrecht (Verweis auf das Urteil des Obersten Gerichtshofes der Republik Österreich 5Ob227/10h vom 29. März 2011 E. 2), sondern komme dem Inhaber der gemeinsamen elterlichen Sorge das droit de garde gemäss HKÜ zu (Verweis auf das Urteil des Bundesgerichts 5A_441/2010 vom 7. Juli 2010 E. 4.3.2). Im Übrigen habe der Vater nach seinen Aussagen mit dem Kind viele gemeinsame Aktivitäten unternommen und die Mutter bringe nicht vor, dass er sich in Spanien nicht um das Kind gekümmert habe, weshalb von einer tatsächlichen Ausübung des droit de garde gemäss Art. 3 Abs. 2 HKÜ auszugehen sei.
Sodann hat das Kantonsgericht befunden, dass die Behauptungen der Mutter (diese hatte vorgebracht, ihrem spanischen Anwalt aufgetragen zu haben, den Gegenanwalt mit der Information des Vaters zu betrauen, während dieser geltend machte, vom Wegzug nichts gewusst zu haben) nicht belegt und im Übrigen so oder anders keine Zustimmung oder Genehmigung des Vaters im Sinn von Art. 13 Abs. 1 HKÜ nachgewiesen sei.
Schliesslich hat das Kantonsgericht im Zusammenhang mit dem Standpunkt der Mutter, es sei ihr nicht möglich, mit ihrem Sohn nach Spanien zurückzukehren, erwogen, dass für das Kind keine schwerwiegende Gefahr im Sinn von Art. 13 Abs. 1 lit. b HKÜ drohe, wenn es nach Spanien zurückkehre. Der Vater habe vorgebracht, das Kind würde alsdann mit ihm, seiner schwangeren Frau [inzwischen ist das Kind geboren], seinem Vater [dieser ist inzwischen gestorben] und seiner Mutter wohnen. Er sei Polizist und arbeite zu 75%. Dank seiner Arbeitszeit könne er seinen Sohn zur Schule bringen und wieder abholen. Er habe an der Verhandlung einen guten Eindruck hinterlassen und er habe sich um die Auferechterhaltung des Kontaktes bemüht. Bislang habe der Sohn zwar bei der Mutter gelebt, er sei aber nicht mehr in einem Alter, wo eine Trennung von ihr und eine Platzierung bei der väterlichen Familie nicht in Frage kommen könnte. Die engen Voraussetzungen von Art. 13 HKÜ i.V.m. <ref-law> seien nicht erfüllt und folglich die Rückführung des Kindes anzuordnen. Damit sei aber nichts über die materielle Frage gesagt, unter wessen Obhut das Kind in Spanien letztendlich leben werde. Wohl sei mit Beschluss des Juzgado de Primera Instancia von Figueres vom 14. September 2011 die guarda y custodia dem Vater zugesprochen worden (unter Aufrechterhaltung der patria potestad compartida). Es sei aber unklar, inwiefern es der Mutter nicht möglich oder zumutbar sein soll, ihrem Sohn nach Spanien zu folgen und sich dort um die Zuteilung der guarda zu bemühen.
3. Die Mutter macht eine Verletzung von Art. 3 und 13 Abs. 1 lit. a HKÜ sowie von Art. 8 EMRK geltend mit der Begründung, sie verfüge über die alleinige Obhut und das Kind habe seit der Trennung alleine bei ihr gelebt. Sodann werde mit einer Rückführung zum Vater gar nicht der Status quo ante wiederhergestellt. Dieser verfüge lediglich über ein Besuchsrecht und es könne deshalb vorliegend (wenn überhaupt) nur um die Frage des Besuchsrechts gehen, umso mehr als das HKÜ diese Frage in Art. 21 ausdrücklich regle. Im Übrigen widerspreche sich das Kantonsgericht selbst, wenn es sage, alle Entscheide nach dem Verbringen seien unbeachtlich, es aber mit der Anordnung der Rückgabe an den Vater eine Rückführung im Sinn des Beschlusses des Juzgado de Primera Instancia vom 14. September 2011 (mit welchem dem Vater die Obhut zugeteilt wurde) vollziehe. Damit werde auch Art. 8 EMRK verletzt, indem es ihr faktisch unmöglich gemacht werde, nach der Rückkehr des Kindes zum Vater eine dem Recht auf Familienleben entsprechende Lösung in Spanien zu erreichen, weil dort bereits ein dem Status quo ante nicht ensprechender Beschluss vorliege, welcher die jahrelang gelebte Mutter-Kind-Beziehung zerstöre. Das Kantonsgericht fördere die Zerstörung dieser Beziehung und verletze seine Entscheidkompetenz, indem es in schockierender Weise über den Status quo ante hinausgehe.
Soweit die Mutter mit dem Verweis auf die Tatsache, dass ihr im Zeitpunkt des Verbringens des Kindes die alleinige Obhut zustand, implizit die Widerrechtlichkeit im Sinn von Art. 3 HKÜ in Frage stellen sollte, ist festzuhalten, dass sich das gemäss Art. 5 HKÜ massgebliche Aufenthaltsbestimmungsrecht über das Kind nach dem Recht des Herkunftsstaates bestimmt (<ref-ruling> E. 2.1.1 S. 696; Urteil 5A_479/2012 E. 4.3). In der Schweiz fliesst das Aufenthaltsbestimmungsrecht nach der aktuellen Rechtslage aus dem Obhutsrecht (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 356 f.), während es nach der geplanten Gesetzesrevision neu ein Teil des Sorgerechtes sein (Art. 301a Abs. 1 Entwurf ZGB, vgl. BBl 2011 S. 9118) und der Wegzug ins Ausland der Zustimmung des andern sorgeberechtigten Elternteils oder einer positiven gerichtlichen bzw. behördlichen Entscheidung bedürfen soll (Art. 301a Abs. 2 lit. a Entwurf ZGB). Was den vorliegenden Fall anbelangt, hat das Kantonsgericht auf den katalanischen Codi de família abgestellt, wonach der Wegzug die Zustimmung des Vaters als Mitinhaber des elterlichen Sorgerechtes erfordert hätte, und subsidiär festgehalten, dass dies auch nach dem gemein-spanischen Código Civil der Fall wäre. Dass unzutreffendes Heimatrecht oder inwiefern dieses inhaltlich falsch ermittelt worden wäre, tut die Beschwerdeführerin nicht dar. Ebenso wenig stellt sie den vom Kantonsgericht beim Juzgado de Primera Instancia eingeholten Bericht, welcher die gleiche Feststellung enthält, in Frage. Mithin ist nicht zu sehen, inwiefern das Kantonsgericht gegen Konventionsrecht verstossen haben soll, wenn es zum Schluss gekommen ist, dass das Verbringen des Kindes widerrechtlich im Sinn von Art. 3 HKÜ war. Insbesondere hat es nicht auf die erst nach dem widerrechtlichen Verbringen des Kindes ergangene Entscheidung in Figueres abgestellt, sondern vielmehr zutreffend festgehalten, dass diese keinen Einfluss auf die massgebliche Sorgerechtslage - nämlich gemäss Art. 3 lit. a HKÜ diejenige im Zeitpunkt des widerrechtlichen Verbringens (vgl. dazu Urteil 5A_713/2007 vom 28. Februar 2008 E. 3) - haben könne.
Mit den Ausführungen zum Status quo ante übergeht die Mutter zunächst die Erwägung des Kantonsgerichts, es bleibe unklar, weshalb sie mit dem Kind nicht nach Spanien zurückkehren könne oder wolle; wieso dies nicht möglich sein soll, wird auch in der Beschwerde in Zivilsachen mit keinem Wort thematisiert (aus der Stellungnahme der Kindesvertreterin geht allerdings hervor, dass die Beschwerdeführerin inzwischen verheiratet ist und sich mit ihrer neuen Familie in der Schweiz niedergelassen hat, womit nachvollziehbar wird, dass und weshalb sie nicht nach Spanien zurückkehren möche). Was den Status quo ante anbelangt, ist sodann festzuhalten, dass beide Elternteile wie auch das Kind spanische Staatsangehörige sind und ihr bisheriges Leben in Katalonien verbracht haben. Ferner ordnet der angefochtene Entscheid eine Rückführung in eine angestammte Umgebung an, nämlich ins väterliche Haus, wo Y._ seine beiden ersten Lebensjahre und anschliessend bis zu seiner Entführung die Besuchswochenenden verbrachte und wo er nach wie vor über sein voll eingerichtetes Kinderzimmer verfügt. Ein nicht zu übersehendes Faktum ist indes, dass der Vater zwischenzeitlich in Spanien ein Verfahren eingeleitet hatte, an welchem die Mutter nicht teilnahm (sie machte geltend, davon keine Kenntnis gehabt zu haben, während der Juzgado de Primera Instancia in seinem Bericht festhielt, dass der Mutter das verfahrenseinleitende Schriftstück am 15. August 2011 sowie der Entscheid am 28. November 2011 rechtshilfeweise zugestellt worden seien und sich ihre Kenntnisnahme des Verfahrens im Übrigen auch darin manifestiere, dass sie dem Gericht am 28. August 2011 ein Schreiben habe zukommen lassen, in welchem sie die spanische Zuständigkeit bestritten und die Absicht geäussert habe, gegen einen Entscheid ein Rechtsmittel einzulegen [vgl. p. 138 und ferner p. 29 oben der vorinstanzlichen Akten]). In diesem Verfahren erhielt der Vater vom erstinstanzlichen Gericht in Figueres die Obhut zugesprochen mit der Begründung, entgegen dem Kindeswohl sei die Mutter ohne Benachrichtigung des Vaters in ein fremdes Land und von dort in ein weiteres Land gezogen, dessen Sprachen dem Kind unbekannt seien, und seither bestehe kein Kontakt zum Vater sowie zu den Grosseltern väterlicher- und mütterlicherseits mehr (vgl. p. 28 f. der vorinstanzlichen Akten). Bei einer Rückführung nach Spanien würde also vorerst nicht die ursprüngliche Obhutslage bestehen, wie sie im Zeitpunkt des Verbringens gegeben war. Aus der Begründung des Entscheides ist aber ersichtlich, dass die Obhutsumteilung wegen des heimlichen Weg- und Weiterzuges in einen fremden Sprachraum und des Unterbindens jeglichen Kontaktes mit den in Spanien zurückgebliebenen Familienmitgliedern erfolgte. Es darf davon ausgegangen werden, dass diese Entscheidung nicht in Stein gemeisselt, sondern das Gericht bereit ist, die aktuelle Lage zu prüfen und einen neuen Entscheid zu fällen, soweit die Mutter sich dem Verfahren stellt und vor dem zuständigen spanischen Richter ihre Standpunkte materiell einbringt, sei es, indem sie mit dem Kind generell nach Spanien zurückkehrt, sei es, dass sie nur für die Verhandlung nach Spanien reist. In diesem Zusammenhang bestehen jedenfalls keine Anhaltspunkte, dass Obhuts- bzw. Sorgerechtsentscheide nicht auch in Spanien jederzeit abgeändert bzw. der aktuellen Sachlage angepasst werden können, so dass nicht davon gesprochen werden kann, dass der Status quo ante von vornherein nicht mehr hergestellt werden könnte. Damit soll freilich nichts über den endgültigen materiellen Ausgang des Verfahrens gesagt sein; wie die definitive Ausgestaltung der Elternrechte aussehen wird, kann und darf allein der dafür zuständige spanische Richter festlegen (Art. 16 und 19 HKÜ).
4. Die Mutter rügt weiter eine Verletzung von <ref-law>, indem das Kind nicht angehört und ihm keine Vertretung gegeben worden sei. Die Mitarbeiterin des Jugendamtes Freiburg könne nicht als Vertreterin im Sinn von <ref-law> gelten, da sie in einem separaten Verfahren vom Friedensgericht des Sensebezirks eingesetzt worden und ihr Mandat die Regelung des Besuchsrechts im Rahmen einer Beistandschaft gemäss <ref-law> gewesen sei. Das Kantonsgericht habe <ref-law> verletzt, indem sie dem Kind keine Vertretung ernannt habe, weshalb der angefochtene Entscheid aufzuheben sei, zumal der Wohnort gar nicht mehr im Kanton Freiburg liege und nunmehr die zürcherischen Behörden zuständig seien. Mit Bezug auf die Anhörung sei zu beachten, dass das Kind kurz nach der angefochtenen Entscheidung sechsjährig geworden sei und es deshalb auf jeden Fall anzuhören gewesen wäre, zumal <ref-ruling> überholt sei und es vorliegend nicht nur um rückführungstechnische Fragen, sondern um eine Änderung des Status quo ante gehe.
Soweit bemängelt wird, das Kind sei entgegen <ref-law> nicht angehört worden, ist vorab zu bemerken, dass die während der ganzen Zeit anwaltlich vertretene Mutter im kantonalen Verfahren keinen entsprechenden Antrag stellte und das Kind demnach - abgesehen davon, dass es bis zum Erlass des angefochtenen Entscheides weniger als sechs Jahre alt war - selbst in einem materiellen Verfahren nicht zwingend anzuhören gewesen wäre (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 und E. 1.2.3); umso weniger war das Kantonsgericht gehalten, das weniger als sechs Jahre alte Kind im Rückführungsverfahren von Amtes wegen anzuhören (vgl. <ref-ruling> E. 2.6: zwingende Anhörung ab ungefähr elf bis zwölf Jahren).
Was sodann die Kindesvertretung im Sinn von <ref-law> anbelangt, so wurde diese nicht durch das Kantonsgericht angeordnet. Vielmehr ging dieses gemäss seiner Vernehmlassung davon aus, dass die bereits durch den Friedensrichter eingesetzte Beiständin das Kind im Rückführungsverfahren vertreten könne. In diesem Zusammenhang trifft die Kritik der Mutter zu, dass die Beiständin an sich zur Realisierung des väterlichen Besuchsrechtes ernannt worden war (vgl. Beschluss des Friedensrichters vom 26. August 2011, p. 95 der vorinstanzlichen Akten). Indes ging es klarerweise um die Durchführung des Besuchsrechtes während der Zeit des Rückführungsverfahrens und wurde die Beiständin vom Kantonsgericht ins Rückführungsverfahren einbezogen; insbesondere wurde sie an die Verhandlung vom 2. November 2011 eingeladen und am 9. Mai 2012 zur Einreichung von Schlussbemerkungen bzw. zur Stellung von Anträgen betreffend den Ausgang des Verfahrens aufgefordert. Ins Gewicht fällt sodann, dass die Mutter ihre Kritik nicht bereits im kantonalen Verfahren vorbrachte, obwohl ihr von Anfang an klar war, dass nicht das Kantonsgericht selbst eine Kindesvertretung angeordnet hatte; ferner wies der Vorsitzende an der Verhandlung vom 2. November 2011 auch unmissverständlich darauf hin, dass Frau S._ die Vertreterin des Kindes sei, sie aber nicht an der Verhandlung teilnehme (vgl. Sitzungsprotokoll, p. 97 der vorinstanzlichen Akten), und auch in der Aufforderung vom 9. Mai 2012 an die Beiständin zur Stellung von Schlussanträgen, wovon die Anwälte beider Elternteile eine Kopie erhielten, wurde die Beiständin ausdrücklich als Vertreterin des Kindes bezeichnet (vgl. Schreiben vom 9. Mai 2012, p. 187 der vorinstanzlichen Akten). Es ist deshalb treuwidrig, wenn die während der ganzen Zeit anwaltlich vertretene Mutter ihre Einwände erst im Rechtsmittelverfahren vorbringt. Unabhängig von der Treuwidrigkeit würde sich aber eine Kassation des vorinstanzlichen Verfahrens vor dem Hintergrund, dass das Kind während des Rückführungsverfahrens eine Beiständin hatte, welche als Mitarbeiterin des Jugendamtes fraglos eine "in fürsorgerischen und rechtlichen Fragen erfahrene Person" im Sinn von <ref-law> ist, und es nunmehr über eine gerichtlich eingesetzte Vertretung verfügt, nicht rechtfertigen.
5. Die Mutter macht weiter eine Verletzung von Art. 13 Abs. 1 lit. b HKÜ sowie von <ref-law> geltend. Die Ansicht des Kantonsgerichts, wonach die Mutter die Beweislast für die Gefährdung des Kindeswohles trage, könne nicht angehen, weshalb <ref-law> verletzt sei, umso mehr als das Kind keine rechtmässige Vertretung gehabt habe, welche Argumente im Sinn von Art. 13 HKÜ hätte vorbringen können. Im Übrigen gelte die Offizial- und Untersuchungsmaxime und das Bundesgericht habe jedenfalls bei der neu beauftragten vormundschaftlichen Behörde im Kanton Zürich (Beistandschaft gemäss <ref-law>) einen Bericht einzufordern.
Die Frage der Kindesvertretung im kantonalen Verfahren wurde in E. 4 erörtert. Darauf ist nicht zurückzukommen, zumal die Vertretungsfrage nichts mit der Beweislast zu tun hat. Soweit gefordert wird, dass bei den Vormundschaftsbehörden im Kanton Zürich ergänzend ein Bericht einzuholen sei, ist das Bundesgericht darüber hinausgegangen, indem es dem Kind von Amtes wegen eine anwaltliche Vertretung bestellt hat, welche eine umfangreiche Stellungnahme abgegeben hat.
Was die "Beweislast" anbelangt, ist zu bemerken, dass nach dem Wortlaut von Art. 13 Abs. 1 HKÜ die Person, Behörde oder sonstige Stelle, die sich der Rückgabe des Kindes widersetzt, die in lit. a und b genannten Ausschlussgründe darzutun hat (engl.: "if the person ... establishes"; frz.: "lorsque la personne ... établit"). Damit ist freilich nicht ein strikter Beweis verlangt; vielmehr muss die sich einer Rückgabe widersetzende Partei die Tatsachen, welche den Ausnahmetatbestand begründen, anhand substanziiert vorgetragener Anhaltspunkte objektiv glaubhaft machen (RASELLI/HAUSAMMANN/MÖCKLI/URWYLER, Ausländische Kinder und andere Angehörige, in: Ausländerrecht, 2. Aufl. Basel 2009, Rz. 16.189 m.w.H.). Wenn das Kantonsgericht erwogen hat, es seien keine Ausschlussgründe für eine Rückführung ersichtlich, zumal unklar bleibe, weshalb die Mutter nicht mit dem Sohn zurückkehren könne oder wolle, so hat es sich nicht in Widerspruch zu den konventionsrechtlichen Bestimmungen gesetzt und ist keine Verletzung von <ref-law> gegeben. Im Übrigen bringt die Mutter auch vor Bundesgericht mit keinem Wort vor, inwiefern dem Kind in Spanien (namentlich auch bei einer Unterbringung in der väterlichen Familie) eine akute Gefahr drohen könnte. Auch die Kindesvertreterin sieht keine solche Gefahr als glaubhaft gemacht. Sie hält in ihrer Stellungnahme fest, dass zwar die Aussagen beider Elternteile je auf eine Gefährdung beim anderen Teil schliessen lassen würden, dass aber aus ihrer Sicht weder die Befürchtungen der Mutter noch diejenigen des Vaters in einer Art glaubhaft gemacht seien, dass das Kindeswohl aktuell gefährdet wäre. Die Kindesvertreterin weist aber darauf hin, dass Y._ in einem Alter ist, in welchem er Befürchtungen seiner Mutter als die eigenen empfinden könnte; so habe er die Ablehnung des Vaters deutlich verinnerlicht. Das Kind stehe in einem Konflikt und es sei zu vermuten, dass Y._ die Auffälligkeiten, die er gemäss den schulpsychologischen Berichten zeige, unabhängig von der Umgebung aufweise. Die sprachliche Integration habe jedenfalls in der Schweiz noch nicht vollständig stattgefunden und es sei durchaus möglich, dass er sich sehr schnell an die neue/alte Umgebung gewöhnen und sich dort nach den Wünschen des Vaters orientieren und diese seinerseits "verinnerlichen" würde.
Vor diesem Hintergrund lässt sich nicht sagen, dass eine schwerwiegende Gefahr im Sinn von Art. 13 Abs. 1 lit. b HKÜ erstellt ist, weder bei einer Rückkehr von Mutter und Sohn (mit oder ohne weitere Familienmitglieder) nach Spanien und einem Zusammenbleiben von Mutter und Kind noch bei einer Unterbringung von Y._ in der väterlichen Familie im Rahmen der aktuellen Obhutsverhältnisse, zumal für den letzteren Fall zu berücksichtigen ist, dass die Eltern während der ersten zwei Lebensjahre von Y._ im gemeinsamen Haushalt gelebt haben und sich der Vater nach der Trennung bis zum Zeitpunkt des Verbringens im Rahmen eines relativ ausgedehnten Besuchsrechtes um den Sohn gekümmert und er sich auch seither anhaltend um Kontakt bemüht hat.
6. In verfahrensrechtlicher Hinsicht ist abschliessend zu erwähnen, dass ein Begehren um Zuspruch von Parteikosten für das kantonale Verfahren gestellt worden ist, es diesbezüglich aber an jeglicher Begründung fehlt. Weil der angefochtene Entscheid detaillierte Ausführungen enthält, weshalb von einer Parteientschädigung abzusehen sei, und die Begründungsvorschrift von <ref-law> die Beschwerdeführerin verpflichtet, sich wenigstens kurz mit diesen Erwägungen auseinanderzusetzen (<ref-ruling>), kann auf das betreffende Begehren nicht eingetreten werden.
7. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen im Grundsatz abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
Aus der Stellungnahme der Kindesvertreterin wird klar, dass die Mutter bzw. ihre neue Familie nicht nach Spanien zurückkehren möchte; wie gesagt macht aber sie selbst in ihrer Beschwerde keine dahingehenden Ausführungen, weshalb es nicht ausgeschlossen ist, dass sie angesichts der mit dem vorliegenden Entscheid rechtskräftigen Rückführungsanordnung doch nach Spanien zurückkehren würde. Deshalb scheint es, zumal aus den Akten keine konkreten Anhaltspunkte für ein unkontrolliertes Abtauchen der Beschwerdeführerin mit dem Kind ersichtlich sind, gerechtfertigt und a maiore ad minorem durch ihr Rechtsbegehren um Abweisung des Rückführungsgesuches abgedeckt, wenn ihr praxisgemäss vorerst eine Frist von 30 Tagen zur freiwilligen Rückführung des Kindes gegeben wird, womit die Erfordernisse des HKÜ ebenfalls erfüllt wären und womit sie gegebenenfalls auch bereits beim zuständigen Richter in Spanien vorsorgliche Massnahmen erwirken könnte. Immerhin hat sie für den Fall der freiwilligen Rückkehr den Vater, die Kindesvertreterin und das Amt für Jugend und Berufsberatung des Kantons Zürich, bei welchem der sich zur Zeit in den Verfahrensakten befindliche Reisepass des Kindes zu hinterlegen ist, mindestens drei Arbeitstage im Voraus über den genauen Reiseplan und die Art der Unterbringung des Kindes in Spanien zu orientieren. Am Vorabend oder Tag der Abreise kann der Reisepass des Kindes an die Mutter ausgehändigt werden. Lässt die Mutter die Frist zur freiwilligen Rückführung (Variante 1) unbenutzt verstreichen, ist das Kind entsprechend dem angefochtenen Entscheid in den Räumlichkeiten des Jugendsekretariates C._ dem Vater zu übergeben (Variante 2); subsidiär ist die Rückführung durch das Amt für Jugend und Berufsberatung zwangsweise zu vollziehen (Variante 3). Aufgrund der nunmehr gewährten Frist zur freiwilligen Rückführung ist es nicht möglich und unter Umständen auch entbehrlich, einen neuen genauen Zeitpunkt für die Übergabe des Kindes in den Räumlichkeiten des Jugendsekretariates (Variante 2) gerichtlich festzulegen. Das Jugendsekretariat hat für den Fall, dass die Übergabe im diesem Rahmen stattfinden würde, auch keine Rückreise zu organisieren (Buchen von Flügen oder Zügen, etc.); vielmehr hätten die Parteien bei der betreffenden Vollzugsvariante das Jugendsekretariat über den Zeitpunkt zu orientieren und dieses würde die räumliche und personelle Infrastruktur für eine geordnete Übergabe des Kindes bereitstellen und dabei auch den Reisepass an den Vater aushändigen. Soweit diese zweite Rückführungsvariante ebenfalls scheitern sollte, hat wie gesagt das Amt für Jugend und Berufsberatung die Rückführung zwangsweise zu vollziehen.
Es werden keine Gerichtskosten gesprochen und der Rechtsvertreter des um Rückführung ersuchenden Elternteils ist aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen (Art. 26 Abs. 2 HKÜ), ebenso die Rechtsvertreterin des Kindes, deren Aufwand zu den Gerichtskosten gehört. Angesichts der mutmasslichen ökonomischen Verhältnisse und der anfallenden Kosten im Zusammenhang mit einer allfälligen Rückkehr ist von der Möglichkeit abzusehen, sämtliche Kosten der unterliegenden rückführungsverpflichteten Partei aufzuerlegen (Art. 26 Abs. 4 HKÜ); immerhin scheint es gerechtfertigt, sie mangels eines Gesuches um unentgeltliche Rechtspflege die Kosten ihrer eigenen Vertretung tragen zu lassen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Der Beschwerdeführerin wird eine Frist von 30 Tagen ab Erhalt dieses Urteils zur freiwilligen Rückführung des Kindes Y._ nach Spanien eingeräumt.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner, die Kindesvertreterin und das Amt für Jugend und Berufsberatung des Kantons Zürich (Rechtsabteilung, Frau U._) mindestens drei Arbeitstage im Voraus über den genauen Reiseplan und die Art der Unterbringung des Kindes in Spanien zu orientieren.
Im Übrigen richtet sich die Rückführung nach der Regelung im angefochtenen Entscheid (freiwillige Übergabe an den Vater in den Räumlichkeiten des Jugendsekretariates C._ bzw. Zwangsvollstreckung).
3. Der spanische Reisepass und die Aufenthaltsbewilligung B des Kindes werden dem Amt für Jugend und Berufsberatung des Kantons Zürich (Rechtsabteilung) übermacht.
4. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
5. Rechtsanwalt Rouven Brigger wird für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- entschädigt.
6. Rechtsanwältin Lautenbach-Koch wird mit Fr. 4'000.-- entschädigt.
7. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Freiburg, II. Zivilappellationshof, der Bildungsdirektion des Kantons Zürich, Amt für Jugend und Berufsberatung, Rechtsabteilung, dem Jugendsekretariat C._, und dem Bundesamt für Justiz, Zentralbehörde für Kindesentführungen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. September 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli