hat sich ergeben:
A.- Die Plastic AG (Klägerin) beauftragte am 4. Januar 1985 die Johann Dürr AG (Beklagte) mit der Dachsanierung des Fabrikgebäudes der Thuroplast AG in Lichtensteig. Am 8. Januar 1985 bestätigte die Beklagte den Auftrag und hielt fest, dass auf Arbeit und Material für 10 Jahre Garantie geleistet werde. Im Frühjahr 1993 meldete die Klägerin der Beklagten diverse Wassereintritte. Diese führte gewisse Reparaturarbeiten durch und stellte dafür Rechnung. Die Klägerin verweigerte die Zahlung unter Hinweis auf die Garantie und bemängelte, das Dach sei trotz der Reparatur immer noch undicht. Die Beklagte weigerte sich, eine Dachsanierung vorzunehmen, da die Schäden nicht auf fehlerhafte Arbeit zurückzuführen seien. Die Klägerin suchte beim Bezirksgericht Neutoggenburg um eine vorsorgliche Beweisaufnahme nach, worauf der Sachverständige Urs Spuler am 27. Oktober 1994 ein Gutachten erstattete. Da die Beklagte sich immer noch weigerte, eine Sanierung der Dachhaut vorzunehmen, wurde das Dach im September 1995 durch Drittfirmen saniert.
B.- Am 23. Dezember 1997 klagte die Klägerin beim
Handelsgericht St. Gallen gegen die Beklagte und verlangte Fr. 81'948.-- nebst Zins. Dieses Klagebegehren reduzierte sie im Verlaufe des Prozesses auf Fr. 77'449.-- nebst Zins. Am 7. September 1999 sprach das Handelsgericht der Klägerin Fr. 9'000.-- nebst Zins zu und wies die Klage im Übrigen ab.
C.- Gegen dieses Urteil hat die Klägerin Berufung erhoben. Sie verlangt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben, soweit die Klage abgewiesen werde, und ihr Fr. 63'000.-- nebst Zins zuzusprechen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das Handelsgericht hält fest, die Beklagte habe unsorgfältig gearbeitet. Insoweit sei sie zur Leistung der Garantiearbeiten verpflichtet gewesen. Nach Auffassung des Handelsgerichts deckt die Garantie nur die Sanierung derjenigen Teile des Daches, die innerhalb der Gartantiedauer undicht geworden sind. Dementsprechend hat das Handelsgericht der Klägerin lediglich Fr. 9'000.-- zugesprochen und die Forderung im Übrigen abgewiesen.
b) Die Klägerin beruft sich auf Zeugenaussagen und das Gutachten des Sachverständigen, um darzulegen, dass das gesamte Dach schadhaft gewesen sei. Das Handelsgericht hat indes sowohl das Gutachten als auch die Zeugenaussagen berücksichtigt und ist zum Schluss gekommen, dass das Dach nur an gewissen Stellen undicht gewesen sei. Ob diese Beweiswürdigung zutrifft, kann das Bundesgericht im Rahmen der Berufung nicht überprüfen (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 3 S. 372, 120 II 97 E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2 S. 93, 480 E. 3d S. 489, 745 E. 3 S. 749 mit Hinweisen).
2.- a) Die Klägerin macht geltend, das Handelsgericht
habe die Tragweite der Garantie verkannt. Zwar stelle es zunächst richtig fest, dass es sich um eine Haltbarkeitsgarantie handle. Davon weiche es später wieder ab und gehe lediglich von einer Dichtigkeitsgarantie aus. Dabei stütze es sich zu Unrecht auf eine Bemerkung der Klägerin in einer Rechtsschrift. Dort sei der Begriff "Dichtigkeitsgarantie" in einem untechnischen Sinn verwendet worden. Diese Aussage stelle kein Zugeständnis dar. Die Garantie dürfe nicht als blosse Schadensfreiheitsgarantie verstanden werden.
b) Soweit das Handelsgericht keinen übereinstimmenden tatsächlichen Willen der Parteien festgestellt hat, kann das Bundesgericht die Auslegung der Garantieerklärung frei überprüfen. Dabei ist nicht allein vom Wortlaut auszugehen, vielmehr sind die Erklärungen der Parteien unter Berücksichtigung der gesamten Umstände zu würdigen (<ref-ruling> E. 2b S. 308 f., 435 E. 2a/aa S. 438 f., je mit Hinweisen).
c) Das Handelsgericht mass den Ausführungen der Klägerin in den Rechtsschriften keine entscheidende Bedeutung zu, sondern prüfte, welchen Sinn die Parteien der Garantieerklärung nach Treu und Glauben beilegen durften. Es hat erkannt, dass in der Erklärung der Beklagten keine Garantie gesehen werden kann, die eine ständige Wartung des Daches notwendig macht. Dies ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Daraus folgt, dass nicht jeder Mangel Anspruch auf die Garantieleistung gewährt. Blosse Abnützungserscheinungen sind von der Garantie nicht gedeckt, sofern sie die Tauglichkeit des Objekts zum vorausgesetzten Gebrauch nicht mindern. Solange das Dach dicht ist, erfüllt es seine Funktion, auch wenn Abnützungserscheinungen auftreten. Entgegen der Meinung der Klägerin liegt in der Annahme einer Dichtigkeitsgarantie keine Einschränkung der Haltbarkeitsgarantie. Mit der Haltbarkeitsgarantie wird lediglich zugesichert, dass das Dach während der Garantiedauer funktionsfähig und damit wasserdicht bleibt.
3.- a) Nach Auffassung der Klägerin geht es nicht an, die Garantieleistungen auf die undichten Stellen des Daches zu beschränken. Das Gutachten zeige, dass eine umfassende Sanierung notwendig sei, da es früher oder später überall zu undichten Stellen kommen werde. Der Eintritt eines eigentlichen Schadenfalls sei nicht notwendig, um die Garantieleistung beanspruchen zu können.
b) Ist das Dach undicht, kann die Garantieleistung beansprucht werden, auch wenn es wegen einer Trockenperiode noch zu keinen Schäden gekommen ist. Dagegen genügt nicht, dass das Dach in Zukunft irgendwann einmal undicht werden wird. Die Beklagte hat die Haltbarkeit des Daches nur während 10 Jahren garantiert. Die Garantieleistung kann nur für Mängel beansprucht werden, die nachweislich noch innerhalb der Garantiezeit zu undichten Stellen führen würden. Das Handelsgericht geht davon aus, dass diese Voraussetzung nur für bestimmte Bereiche des Daches gegeben ist. Die Klägerin übt unzulässige Kritik an dieser Beweiswürdigung und ist damit in der Berufung nicht zu hören. Inwiefern das Handelsgericht in seinem Entscheid Bundesrecht verletzt oder die Tragweite der Garantie falsch eingeschätzt haben soll, ist nicht ersichtlich.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 7. September 1999 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'500.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'500.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 17. Februar 2000
LKC/bie
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: