Sachverhalt:
A. Der türkische Staatsangehörige X._ (geb. 1983) reiste am 30. Juli 1996 im Rahmen des Familiennachzugs von Österreich her, wo er seit 1991 lebte, zu seinem Vater in die Schweiz ein und erhielt eine Aufenthaltsbewilligung. Am 21. Juli 2001 wurde ihm die Niederlassungsbewilligung erteilt.
Bereits als Jugendlicher wurde X._ von der Jugendanwaltschaft des Kantons Aargau am 14. November 2001 wegen Raubs mit 14 Tagen Einschliessung bestraft. In der Folge musste er innert einem Jahr sechsmal wegen Widerhandlungen gegen das Transportgesetz gebüsst werden. Am 1. Oktober 2003 wurde X._ verhaftet. Mit Urteil 28. April 2005 sprach ihn das Bezirksgericht Bremgarten des Raubs, des mehrfachen teilweise versuchten Raubs, der mehrfachen Freiheitsberaubung, der mehrfachen Beschimpfung, der Drohung, der Hinderung einer Amtshandlung und der Schändung schuldig und bestrafte ihn mit sechs Jahren Zuchthaus. In teilweiser Gutheissung seiner Berufung wurde er mit Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 30. November 2006 vom Vorwurf der Schändung freigesprochen. Er wurde schuldig gesprochen des Raubs im Sinne von Art. 140 Ziff. 1 Abs. 1 und Art. 140 Ziff. 3 Abs. 3 StGB, der mehrfachen Freiheitsberaubung, der mehrfachen Beschimpfung, der Drohung sowie der Hinderung einer Amtshandlung und in eine Arbeitserziehungsanstalt eingewiesen. Im März 2007 entwich er aus dem Massnahmevollzug, meldete sich aber in der Folge wieder freiwillig zurück.
B. Das Migrationsamt des Kantons Aargau verfügte am 7. August 2007 die Ausweisung von X._ aus der Schweiz auf den Zeitpunkt seiner Entlassung aus dem Massnahmevollzug. Am 16. August 2007 entwich X._ erneut aus dem Massnahmezentrum B._. Bei einer allgemeinen Personenkontrolle wurde er am 28. Oktober 2008 im Bahnhof Killwangen/Spreitenbach nach anfänglicher Flucht im Besitze von Marihuana angehalten, wobei er sich jedoch - wie sich nachträglich herausstellte - als seinen Bruder ausgab.
Die von X._ gegen die Ausweisungsverfügung erhobene Einsprache wies der Rechtsdienst des Migrationsamtes mit Entscheid vom 26. September 2008 ab. Die dagegen beim Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau eingereichte Beschwerde blieb ohne Erfolg.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 30. Januar 2009 beantragt X._, das Urteil des Rekursgerichts im Ausländerrecht vom 19. Dezember 2008 aufzuheben, eventualiter die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Aufforderung, X._ zu verwarnen. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
Das Migrationsamt und das Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau sowie das Bundesamt für Migration schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid über eine gestützt auf Art. 10 Abs. 1 lit. a des Bundesgesetzes vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG; BS 1 121) verfügte Ausweisung, wogegen das ordentliche Rechtsmittel der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist (<ref-law> e contrario). Der Beschwerdeführer ist hierzu legitimiert (<ref-law>). Auf die form- und fristgerechte Beschwerde ist somit einzutreten.
1.2 Gemäss Art. 126 Abs. 1 des neuen Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20), welches am 1. Januar 2008 in Kraft getreten ist, bleibt das bisherige Recht auf alle Verfahren anwendbar, die erstinstanzlich vor Inkrafttreten des neuen Rechts eingeleitet wurden, unabhängig davon, ob sie von Amtes wegen oder auf Gesuch hin eröffnet wurden (Urteil 2C_745/2008 vom 24. Februar 2009 E. 1.2.3 mit Hinweisen). Das war hier der Fall. Die Voraussetzungen für die Nachwirkung des alten Rechts gemäss Art. 126 Abs. 1 AuG sind damit vorliegend erfüllt.
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht - inklusive Bundesverfassungsrecht -, Völkerrecht sowie kantonale verfassungsmässige Rechte (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law> bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels sich für den Ausgang des Verfahrens als entscheidend erweisen kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2. Nach Art. 10 Abs. 1 lit. a ANAG kann ein Ausländer ausgewiesen werden, wenn er wegen eines Verbrechens oder Vergehens gerichtlich bestraft wurde. Jede Ausweisung setzt eine Interessenabwägung voraus; die verfügte Massnahme muss nach den gesamten Umständen angemessen, d.h. verhältnismässig sein (Art. 11 Abs. 3 ANAG; <ref-ruling> S. 3 E. 2.2 S. 3; <ref-ruling> E. 4a S. 12). Dabei sind namentlich die Schwere des Verschuldens des Betroffenen, die Dauer seiner Anwesenheit in der Schweiz sowie die ihm und seiner Familie drohenden Nachteile zu berücksichtigen (Art. 16 Abs. 3 der Vollziehungsverordnung vom 1. März 1949 zum Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer, ANAV).
Je länger ein Ausländer in der Schweiz anwesend war, desto strengere Anforderungen sind grundsätzlich an die Anordnung einer Ausweisung zu stellen. Zu berücksichtigen ist auch, in welchem Alter der Ausländer in die Schweiz eingereist ist. Selbst bei einem Ausländer, der bereits hier geboren ist und sein ganzes bisheriges Leben in der Schweiz verbracht hat (Ausländer der "zweiten Generation"), ist eine Ausweisung nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung aber nicht ausgeschlossen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.4 S. 189 ff.). Eine Entfernungsmassnahme fällt namentlich in Betracht, wenn der Ausländer besonders schwere Gewalt-, Sexual- oder Betäubungsmitteldelikte begangen hat bzw. hier wiederholt straffällig geworden ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.4.2 S. 190; <ref-ruling> E. 2b S. 523 f.; <ref-ruling> E. 2 u. 3 S. 435 ff.). Ähnliches gilt, falls es sich beim Betroffenen zwar nicht um einen Ausländer der "zweiten Generation" im eigentlichen Sinn handelt, aber doch um eine Person, die bereits ausgesprochen lange hier lebt. Solche Ausländer dürfen in der Regel ebenfalls nicht schon wegen eines einzelnen Delikts ausgewiesen werden, sondern nur bei wiederholten Straftaten von einigem Gewicht, insbesondere falls eine sich zusehends verschlechternde Situation besteht, d.h. der Ausländer - statt sich zu bessern - mit der deliktischen Tätigkeit fortfährt und sich namentlich immer schwerere Straftaten zu Schulden kommen lässt (Urteile 2A.274/2005 vom 17. Oktober 2005 E. 2.2.2; 2A.468/2000 vom 16. März 2001 E. 3b). Entscheidend ist in jedem Fall die Verhältnismässigkeitsprüfung, die gestützt auf die gesamten wesentlichen Umstände des Einzelfalles vorzunehmen ist.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wurde wiederholt straffällig und zuletzt mit Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 30. November 2006 unter anderem des Raubs und der mehrfachen Freiheitsberaubung - mithin eines Verbrechens - schuldig gesprochen. Damit ist der Ausweisungsgrund gemäss Art. 10 Abs. 1 lit. a ANAG erfüllt, setzt dieser doch einzig einen Schuldspruch wegen eines Verbrechens oder eines Vergehens voraus. Ob es sich bei der dem Ausländer durch Strafurteil auferlegten Sanktion um eine Strafe oder eine Massnahme handelt, ist dabei unerheblich (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 524 ff.). Es bleibt zu prüfen, ob die Ausweisung verhältnismässig ist.
3.2 Ausgangspunkt und Massstab für die fremdenpolizeiliche Interessenabwägung ist das strafrechtliche Verschulden (<ref-ruling> E. 3.1 S. 216). Der Beschwerdeführer beging im Sommer 2003 in weniger als einem Monat zwei gravierende Raubüberfälle. Die Straftaten wurden mit hoher krimineller Energie und mit grosser Brutalität ausgeführt. Das Verhalten des Beschwerdeführers bei der Deliktsbegehung wird als ungehemmt und aggressiv bezeichnet. Die Vorinstanz ist gestützt auf das Urteil des Obergerichts vom 30. November 2006 zu Recht von einem sehr schweren Verschulden ausgegangen. Im ausländerrechtlichen Verfahren besteht regelmässig kein Raum, die Beurteilung des Strafrichters in Bezug auf das Verschulden zu relativieren (Urteile 2C_488/2007 vom 6. Februar 2008 E. 3.1; 2A.16/2007 vom 10. Mai 2007 E. 3.1.1; 2A.373/2006 vom 15. September 2006 E. 3.1). Bereits als Jugendlicher musste der Beschwerdeführer wegen Raubs bestraft werden. Dass er zwei Jahre später zwei weitere Raubüberfälle verübt hat, zeigt, dass er nicht gewillt ist, aus seinen Fehlern zu lernen und sich in die in der Schweiz geltende Ordnung einzufügen. Dieser Schluss wird zudem durch sein renitentes Verhalten im vorzeitigen Strafvollzug bestätigt. Nachdem der Beschwerdeführer aus der Arbeitserziehungsanstalt entwichen ist, kann auch nicht von einem erfolgreichen Massnahmevollzug und einer entsprechenden positiven Prognose ausgegangen werden. Abgesehen davon, dass das Urteil des Obergerichts in Rechtskraft erwachsen ist, vermöchte die vom Beschwerdeführer daran geübte Kritik dessen Flucht aus der Arbeitserziehungsanstalt ohnehin nicht zu rechtfertigen. Es besteht somit eine erhebliche Rückfallgefahr (im psychiatrischen Gutachten vom 29. September 2006 wurde sie als mittelgradig bis hoch eingeschätzt), die mit Blick auf die Schwere der begangenen Delikte nicht in Kauf genommen werden kann. Das öffentliche Interesse, den Beschwerdeführer von der Schweiz fernzuhalten, ist demnach sehr gross.
3.3 Dem öffentlichen Interesse sind die privaten Interessen des Beschwerdeführers an einem Verbleib in der Schweiz gegenüberzustellen. Der Beschwerdeführer reiste 1996 im Alter von 13 Jahren in die Schweiz ein. Er ist demnach kein Ausländer der zweiten Generation. Zwar hält er sich inzwischen schon dreizehn Jahre in der Schweiz auf, wovon er aber über fünf Jahre in Haft, im Straf- und Massnahmevollzug bzw. auf der Flucht verbrachte. Der Beschwerdeführer, der über keine Berufsausbildung verfügt, hat verschiedene Erwerbstätigkeiten ausgeübt, was ihm positiv anzurechnen ist. Von einer ausserordentlich guten beruflichen und gesellschaftlichen Integration kann allerdings nicht gesprochen werden. Er macht hingegen eine besonders enge Beziehung zu seinen Eltern und seinem Bruder geltend. Zwischen seinen Familienangehörigen und dem volljährigen Beschwerdeführer besteht indessen nicht ein eigentliches Abhängigkeitsverhältnis, weshalb er sich nicht auf das Recht auf Achtung des Familienlebens nach Art. 8 EMRK bzw. <ref-law> berufen kann (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2 S. 14; <ref-ruling> E. 1d und e S. 261 f. mit Hinweis). Dass er, wie er geltend macht, aus einem Kulturkreis stammt, in welchem dem Familienclan eine besonders starke Bedeutung zukommt, ändert daran nichts. Im Übrigen hat ihn sein familiäres Umfeld in der Schweiz bereits bisher nicht davon abhalten können, wiederholt und immer schwerere Delikte zu begehen. Die ihm im Massnahmevollzug eingeräumte Möglichkeit, seinen Schulabschluss nachzuholen und eine Ausbildung abzuschliessen, hat er nicht genutzt. Er ist aus der Arbeitserziehungsanstalt entwichen und offensichtlich nicht bereit, sich in der Schweiz zu resozialisieren. Gemäss unbestrittener Feststellung der Vorinstanz beherrscht der Beschwerdeführer die heimatliche Sprache und ist mit den dortigen kulturellen Gepflogenheiten vertraut. Die Rückkehr in die Türkei mag den Beschwerdeführer, der seit dem achten Lebensjahr nicht mehr in seinem Heimatland gelebt hat, zwar hart treffen und mit etlichen Schwierigkeiten verbunden sein, aber erweist sich unter den vorliegenden Umständen als zumutbar. Dass der Beschwerdeführer Kurde ist und in der Türkei eventuell Militärdienst leisten muss, steht dieser Beurteilung nicht entgegen.
3.4 Nach dem Gesagten überwiegt das sicherheitspolizeiliche Interesse an der Entfernung und Fernhaltung des Beschwerdeführers sein privates Interesse, in der Schweiz bleiben zu können. Die Ausweisung erweist sich als verhältnismässig; sie bildet namentlich nicht eine zu einschneidende Massnahme, welche der blossen Androhung einer Ausweisung hätte weichen müssen. Entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers hat die kantonale Behörde im Übrigen bereits bei der Gewährung des rechtlichen Gehörs mitgeteilt, dass sie die Ausweisung (und nicht bloss deren Androhung) des Beschwerdeführers erwäge. Für die Begründung kann ergänzend auf die Ausführungen im angefochtenen Urteil verwiesen werden (<ref-law>).
4. 4.1 Die Beschwerde ist somit als offensichtlich unbegründet im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> abzuweisen.
4.2 Der Beschwerdeführer ersucht für das bundesgerichtliche Verfahren um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung. Dem Gesuch kann wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren nicht entsprochen werden (<ref-law>). Damit wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Bei der Bestimmung der Gerichtsgebühr wird jedoch der finanziellen Lage des Beschwerdeführers Rechnung getragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Migrationsamt und dem Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Müller Dubs