Faits:
A. La commune de Prangins est propriétaire de la parcelle 220 du registre foncier sur laquelle se trouve le bâtiment ECA n° 45, d'une surface de 508 m2 et composé de trois parties historiques, soit La Passade (sud du bâtiment), La Forge (centre du bâtiment) et l'Ancienne Poste (nord du bâtiment), ainsi que d'un atelier (est du bâtiment). Ce bien-fonds, d'une surface de 1'433 m2, supporte encore l'auberge communale (ECA n° 49, partie sud-est de la parcelle); le solde de la parcelle est en nature de place-jardin pour environ 733 m2. La parcelle 220 est bordée à l'ouest par la rue de Carroz, voie sans issue desservant un quartier essentiellement résidentiel, à l'est par la route de Bénex et au sud-est par la rue de la Gare.
Ce bien-fonds se situe dans le périmètre du plan partiel d'affectation du centre approuvé par le Conseil d'Etat le 16 juin 1989 (ci-après: le PPA) et son règlement d'application (ci-après: le RPPA). La coopérative d'habitation G._ (ci-après: la coopérative) bénéficie d'une promesse de droit distinct et permanent de superficie sur cette parcelle.
L'ensemble composé des trois parties historiques précitées a été placé à l'inventaire des bâtiments protégés le 13 mars 1985; il n'a pas été classé. La Passade a reçu la note *2* au recensement architectural cantonal, alors que le reste du bâtiment ECA n° 45 est composé de plusieurs parties d'âge et d'état très différents, qui ont reçu la note *4* (partie au centre, soit La Forge), *5* (partie au nord-est, soit l'Ancienne Poste), *6* (partie au nord-ouest, soit également l'Ancienne Poste) ou *7* (atelier à l'est).
A.A._ et B.A._, C.C._ et D.C._ ainsi que E.E._ sont respectivement propriétaires des parcelles 229, 223 et 230 du cadastre de la commune de Prangins. Chacun de ces bien-fonds supporte une maison d'habitation.
B. A la suite d'un concours, la coopérative a déposé une demande de permis de construire portant sur la rénovation totale et la revalorisation des bâtiments La Passade, La Forge et l'Ancienne Poste. Mis à l'enquête publique du 18 janvier au 17 février 2011, le projet a suscité plusieurs oppositions ou observations.
Le 19 avril 2011, la Municipalité de Prangins (ci-après: la municipalité) a décidé de lever les oppositions et de délivrer le permis de construire aux conditions figurant dans la synthèse du 22 mars 2011 de la Centrale des autorisations (synthèse CAMAC n°108072).
Après avoir procédé à une inspection locale en présence des parties, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Tribunal cantonal) a, par arrêt du 5 juin 2012, rejeté le recours interjeté par A.A._ et B.A._, C.C._ et D.C._ ainsi que E.E._ et F.E._ contre la décision de la municipalité du 19 avril 2011, qu'elle a confirmée.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.A._ et B.A._, C.C._ et D.C._ ainsi que E.E._ et F.E._ demandent au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal du 5 juin 2012 en ce sens que la décision de la municipalité du 19 avril 2011 accordant le permis de construire litigieux est annulée. Subsidiairement, ils concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Les recourants se plaignent essentiellement d'une application arbitraire du droit cantonal et communal.
Le Tribunal cantonal renonce à déposer une réponse et conclut au rejet du recours, au bénéfice des considérants de son arrêt. La municipalité conclut également au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public conformément aux <ref-law>. Aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée.
Selon la jurisprudence, le voisin a qualité pour agir lorsque son terrain jouxte celui du constructeur ou se trouve à proximité immédiate de celui-ci (<ref-ruling> consid. 2b p. 174; <ref-ruling> consid. 5c p. 511). Tel est le cas des recourants C.C._ et D.C._, propriétaires de la parcelle 223 contiguë à la parcelle 220, et des autres recourants dont les parcelles ne sont séparées du bien-fonds litigieux que par la rue du Carroz.
2. Le Tribunal fédéral applique le droit fédéral d'office (<ref-law>). En revanche, il ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal et communal que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci se révèle insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, ou si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain, ce qu'il appartient au recourant de démontrer par une argumentation qui réponde aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 351 s.; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254 et les références). Le recourant doit ainsi indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation. En outre, si l'interprétation défendue par la cour cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 17).
3. Dans un premier grief, les recourants reprochent au Tribunal cantonal d'avoir procédé à une application arbitraire des dispositions relatives à l'obligation de prévoir un nombre minimum de places de stationnement, en accordant une dérogation sans que les conditions en soient remplies. Ils invoquent l'art. 85 al. 1 de la loi cantonale du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et les constructions (ci-après: la LATC) ainsi que les art. 7.3 RPPA, 9.3 et 9.3bis du règlement communal sur les constructions et l'aménagement du territoire (ci-après: le RCAT).
3.1 En vertu de l'art. 85 al. 1 LATC, des dérogations aux plans et à la réglementation y afférente peuvent être accordées par la municipalité dans la mesure où le règlement communal le prévoit et pour autant que des motifs d'intérêt public ou des circonstances objectives le justifient. L'octroi de dérogations ne doit pas porter atteinte à un autre intérêt public ou à des intérêts prépondérants de tiers.
L'art. 7.3 RPPA prévoit que, lors d'une construction nouvelle ou de transformations importantes, le propriétaire d'un bâtiment d'habitation doit mettre à disposition des utilisateurs de la construction des places de stationnement pour véhicules dans les proportions prévues aux art. 9.3 et 9.3bis RCAT, qui ont la teneur suivante:
Art. 9.3
Tout propriétaire de bâtiment doit aménager sur son fonds, en dehors des espaces de non bâtir délimités le long des voies carrossables, des garages ou places de stationnement pour véhicules.
Pour les bâtiments d'habitation, le nombre minimum de places pour voitures est fixé à 1,5 place par logement, mais au minimum 2 places par bâtiment.
Pour les bâtiments comportant plusieurs logements, le nombre de places pour voitures nécessaires doit être augmenté de 20 % pour les livreurs et visiteurs. La Municipalité fixe le nombre de places nécessaires pour les bâtiments non destinés exclusivement à l'habitation.
Ces dispositions sont applicables en cas de construction nouvelle comme aussi en cas de transformation ou de changement d'affectation d'un immeuble existant ayant pour effet d'augmenter les besoins en places de stationnement.
Art. 9.3 bis
S'agissant d'un terrain en zone village et lorsque le propriétaire établit qu'il est dans l'impossibilité de construire sur son propre fonds ou sur un fonds voisin les places de stationnement imposées, la Municipalité peut l'exonérer totalement ou partiellement de cette obligation moyennant le versement d'une contribution compensatoire de Fr. 4000.- par place de stationnement manquante.
Cette contribution est exigible lors de la délivrance du permis de construire.
Les montants perçus sont affectés à la construction par la commune de places publiques de stationnement et sont versés dans un fonds spécial prévu à cet effet.
3.2 En l'espèce, le Tribunal cantonal a considéré qu'en application de l'art. 9.3 RCAT, le nombre minimum de places de stationnement était de 29 pour 16 logements (16 x 1.5 + 20 %). Or, la construction de ces places était impossible dès lors que le crédit pour envisager un parking souterrain avait été refusé par le conseil communal de Prangins et que le sous-sol de la parcelle était utilisé pour les locaux de l'auberge communale. Au surplus, la surface résiduelle de la parcelle, colloquée en aire de dégagement et en aire de mouvement, ne permettait manifestement pas de réaliser les places nécessaires.
Les recourants estiment pour leur part que les coûts élevés des travaux pour la création d'un parking souterrain ne permettent pas de conclure à une impossibilité de construire. Ceci serait par ailleurs contraire à la jurisprudence cantonale selon laquelle une dérogation ne peut être accordée au constructeur sur la base de critères économiques qui lui sont imputables. Il apparaissait ensuite que seule la commune avait refusé de verser une indemnité de 150'000 fr. au voisin par la parcelle duquel l'accès à l'éventuel parking souterrain devait être créé, mais que l'on ne savait pas si le constructeur avait été interpellé. Ce même voisin (parcelle 221) avait au demeurant été contraint par la commune à construire un parking souterrain sur sa parcelle et il n'était pas admissible de libérer en l'espèce le constructeur de cette obligation uniquement parce qu'il n'en avait pas les moyens; il n'était au surplus pas déterminant que le parking souterrain avait été réalisé sur la parcelle 221 à l'occasion d'une construction nouvelle. Rien n'indiquait en outre que le parking en question n'était pas réalisable techniquement et la cour cantonale n'avait pas examiné les intérêts privés des recourants concernant le manque de places de stationnement dans le quartier. En définitive, la cour cantonale avait accordé une importance considérable à l'intérêt économique du constructeur, sans mettre en balance les intérêts contraires en présence, soit l'intérêt public à la tranquillité et les intérêts privés des tiers.
La motivation des recourants est purement appellatoire, ceux-ci se contentant de discuter l'arrêt attaqué et d'opposer leur opinion à celle des juges cantonaux. Ils ne démontrent nullement que le raisonnement attaqué serait insoutenable, ce qui n'apparaît pas être le cas. Il est en effet indéniable que la construction d'un parking souterrain sous les bâtiments existants, certes réalisable, impliquerait des contraintes techniques importantes et coûteuses. La municipalité avait par ailleurs indiqué qu'une étude au sujet des problèmes de stationnement dans le village et sur la mobilité générale était en cours. Le plan directeur communal mis en consultation du 16 novembre au 16 décembre 2011 confirmait cette intention d'établir un concept général de stationnement dans la commune, notamment en vue d'offrir aux habitants du centre ne disposant pas d'une place privée, la possibilité de stationner de manière illimitée. Les intérêts des recourants n'ont ainsi pas été méconnus. En toute hypothèse, il apparaît que les juges cantonaux ne sont pas tombés dans l'arbitraire en retenant que la réalisation des places de stationnement sur la parcelle 220 était impossible au sens de l'art. 9.3bis RCAT et en accordant au constructeur une dérogation fondée sur cette disposition, même si une autre solution, plus favorable aux recourants, aurait été envisageable.
Mal fondé, le grief doit être rejeté.
4. 4.1 Les recourants se plaignent d'une application arbitraire de l'art. 6.1 RCAT relatif au calcul de la hauteur des bâtiments.
Selon l'art. 6.1 RCAT, en aucun endroit du bâtiment, accès au sous-sol de largeur limitée exceptés, les hauteurs ne peuvent dépasser, s'agissant de la zone village, la cote "h" de 7.00 m et la cote "H" de 12.00 m. Selon l'illustration jointe à cette disposition, "h" correspond à la hauteur à la corniche et "H" à la hauteur au faîte du bâtiment, les deux grandeurs étant calculées depuis le point le plus bas présenté par le terrain naturel ou aménagé.
4.2 Dans le cas particulier, les juges cantonaux ont retenus que l'art. 6.1 RCAT se référait expressément au "terrain" (naturel ou aménagé), à savoir le terrain extérieur à la construction; contrairement à ce qu'affirmaient les recourants, cette disposition ne concernait pas les niveaux intérieurs de la construction. En particulier, on ne pouvait déduire autre chose de l'arrêt cantonal cité par les recourants, dans lequel le tribunal avait relevé que, "lorsque le terrain naturel a été aménagé, que ce soit sous la forme d'un déblai ou d'un remblai, ces hauteurs se calculent à partir du niveau le plus bas". Dans la mesure où, comme en l'espèce, il s'agissait d'un bâtiment existant composé de corps de bâtiments contigus, était déterminant le terrain extérieur existant.
Les recourants contestent cette appréciation. Comme devant l'instance précédente, ils citent l'arrêt cantonal où les juges avaient considéré que le point de calcul de la hauteur au faîte devait se faire à partir du fond d'une dépression dans lequel le bâtiment projeté se situait; le fond de cette dépression correspondait au niveau de la cour et à la dalle inférieure du rez-de-chaussée de la construction existante. Dans le cas d'espèce, les juges cantonaux auraient refusé d'appliquer leur propre jurisprudence en considérant que seul le terrain extérieur était déterminant. A leur avis, la hauteur au faîte doit être respectée au niveau le plus bas du bâtiment, qu'il s'agisse du terrain extérieur ou de l'intérieur du bâtiment. Ce faisant, les recourants ne montrent pas en quoi la solution retenue par le Tribunal cantonal serait arbitraire. Quoi qu'il en soit, l'interprétation de l'art. 6.1 RCAT par les juges cantonaux n'est pas contraire au texte et au but de la disposition, et n'aboutit pas à un résultat choquant. Dans ces conditions, les arguments avancés par les recourants, de style appellatoire, ne sont pas pertinents et le recours doit également être rejeté sur ce point.
5. Les recourants critiquent enfin l'esthétique et l'implantation des bâtiments. Ils invoquent à cet égard les art. 2.6 RPPA ainsi que 4.4 et 7.1 RCAT.
L'art. 2.6 al. 1 et 2 RPPA prévoit qu'en cas de constructions nouvelles ou lors de transformations, l'architecture des bâtiments doit être conçue de façon à insérer la réalisation dans le cadre où elle est implantée. La proportion qui existe entre le volume et la hauteur des bâtiments d'une part et la largeur des rues d'autre part doit être maintenue. L'aspect résultant de la contiguïté de bâtiments relativement étroits, de hauteur et de couleur différente, doit être conservé. L'architecture des façades et des toitures devra se référer à celle qui a présidé à la réalisation des bâtiments anciens de bonne qualité.
Selon l'art. 4.4 RCAT, les bâtiments bien intégrés dans une rue, un quartier ou un groupe de maisons peuvent être modifiés et, cas échéant, faire l'objet de démolition et reconstruction pour autant que soit respecté le caractère spécifique de leur intégration (gabarit, rythme et forme des percements, matériaux) et que l'harmonie des lieux soit sauvegardée.
L'art. 7.1 RCAT dispose pour sa part que la Municipalité prend toutes mesures pour éviter l'enlaidissement du territoire communal et les nuisances. Les bâtiments et les installations qui, par leur destination, leur forme ou leur proportion, sont de nature à nuire à l'aspect d'un site ou à compromettre l'harmonie ou l'homogénéité d'un quartier ou d'une rue ou qui portent atteinte à l'environnement sont interdits.
5.1 Le Tribunal fédéral fait preuve de retenue dans l'appréciation des circonstances locales. Dans ce domaine, les autorités locales disposent en effet d'un large pouvoir d'appréciation (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 416 et les références; arrêt 1P.678/2004 du 21 juin 2005 consid. 4, in ZBl 2006 p. 430). C'est le cas notamment lorsqu'il s'agit de savoir si une construction est de nature à compromettre l'aspect ou le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue (<ref-ruling> consid. 3d p. 118, 363 consid. 3b p. 367; arrêt P.265/1985 du 16 avril 1986 consid. 3 in RDAF 1987 p. 155).
5.2 En l'occurrence, le Tribunal cantonal a constaté, lors de l'inspection locale, que la zone de village comportait des bâtiments anciens rénovés ainsi que des bâtiments plus récents, de différents styles architecturaux. Dans le centre du village, certains bâtiments présentaient en outre des parties en bois, comme le projet litigieux. Des balcons étaient aussi présents, en particulier sur le bâtiment adjacent au projet (parcelle 221). Le projet litigieux, quand bien même il présentait une architecture de style plus récent que certains bâtiments voisins existants, ne paraissait pas contraster de manière inadmissible avec son environnement; le volume du bâtiment projeté était par ailleurs sensiblement identique au volume existant et à celui des bâtiments adjacents. Dans ces conditions, l'appréciation de la municipalité, qui considérait que le projet s'intégrait parfaitement à l'environnement bâti, quant à ses volumes et sa typologie, devait être confirmée.
5.3 Les recourants ne partagent pas ce point de vue. Ils allèguent que le projet se trouve à un jet de pierre du château de Prangins, ce qui devrait conduire à un respect encore plus minutieux de la règlementation relative à l'esthétique. L'autorité intimée faisait par ailleurs grand cas du fait que le projet litigieux résultait d'un concours d'architecture. Or, le projet avait entre-temps été modifié, le pignon qui donnait son aspect caractéristique au bâtiment de l'Ancienne Poste ayant par exemple disparu en cours de procédure et le nombre d'appartements ayant varié.
La motivation des recourants est manifestement déficiente sous l'angle de la démonstration de l'arbitraire (cf. consid. 2 ci-dessus). Les intéressés se contentent en effet de présenter leur appréciation, sans démontrer en quoi celle du Tribunal cantonal serait insoutenable. Or, celle-ci n'apparaît pas déraisonnable. En particulier, il sied de relever que les juges cantonaux ont à bon droit fait preuve d'une certaine retenue dans l'examen de la question de l'esthétique et qu'ils se sont prononcés après s'être déplacés sur les lieux. En outre, les recourants ne font valoir aucun élément concret permettant d'établir que le projet ne s'intégrerait pas dans l'environnement bâti. Dans ces conditions, la cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en confirmant l'appréciation de la municipalité selon laquelle la construction projetée ne posera pas de problème d'intégration.
6. Il résulte de ce qui précède que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté, aux frais des recourants qui succombent (art. 65 et 66 al. 1 et 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 14 mars 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Aemisegger
La Greffière: Mabillard