Sachverhalt:
A. Die Y._ AG verkaufte D._ am 26. September 1989 die Parzelle Nr. 001, GB E._. D._ verpflichtete sich in der entsprechenden öffentlichen Urkunde, sämtliche Baumeisterarbeiten auf dem Grundstück durch die Firma X._ AG (Beschwerdegegnerin) ausführen zu lassen (im Folgenden "Baumeisterverpflichtung" genannt). Bei Nichteinhaltung der Verpflichtung wurde eine Konventionalstrafe vereinbart, zahlbar an die Y._ AG. Weiter verpflichteten sich die Vertragsparteien, sämtliche Verpflichtungen auf allfällige Dritterwerber zu überbinden.
Mit Grundstückkaufvertrag vom 16. März 2004 verkaufte D._ die genannte Parzelle B.A._ und C.A._ (Beschwerdeführer) zu je hälftigem Miteigentum. In diesem Vertrag wurde der Text des Vertrages vom 26. September 1989 betreffend Baumeisterarbeiten und Konventionalstrafe in Anführungszeichen wortwörtlich übernommen.
Die Beschwerdeführer liessen die Baumeisterarbeiten für ihre in der Folge errichtete Liegenschaft nicht durch die Beschwerdegegnerin ausführen.
B. Die Beschwerdegegnerin beantragte dem Kantonsgericht Nidwalden mit Klage vom 23. Februar 2006, die Beschwerdeführer seien je zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 16'700.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 1. November 2004 zu bezahlen; eventuell seien die Beschwerdeführer solidarisch zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 33'400.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 1. November 2004 zu bezahlen.
Das Kantonsgericht verurteilte die Beschwerdeführer mit Urteil vom 10. Januar 2007 in weitgehender Gutheissung des Hauptbegehrens je, der Beschwerdegegnerin einen Betrag von Fr. 16'700.-- (d.h. insgesamt Fr. 33'400.--) nebst Zins zu 5 % seit 8. Februar 2005 zu bezahlen. Eine dagegen gerichtete Appellation der Beschwerdeführer wies das Obergericht des Kantons Nidwalden am 25. Oktober 2007 ab.
C. Die Beschwerdeführer verlangen mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts vom 25. Oktober 2007 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen, eventuell sei das Verfahren an das Obergericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, unter Gutheissung der Klage und Bestätigung des angefochtenen Urteils. Eventuell sei das Verfahren an das Obergericht zurückzuweisen. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde verzichtet.
D. Der Präsident der I. zivilrechtlichen Abteilung gewährte der Beschwerde mit Verfügung vom 22. Mai 2008 die aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4).
Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2 S. 61, 217 E. 2.1).
2. Nach Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>; vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.4). Die Verletzung von Grundrechten kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 6, 439 E. 3.2). Auch im Übrigen ist in der Beschwerdeschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dabei ist es entsprechend den altrechtlichen Begründungsanforderungen des Art. 55 Abs. 1 lit. c OG (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001, S. 4207 ff., S. 4294; Merz, Basler Kommentar, N. 45 zu <ref-law>) unerlässlich, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen zeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749; Urteile 4A_22/2008 vom 10. April 2008 E. 1, 5A_56/2007 vom 6. Juni 2007 E. 2.1 und 5A_129/2007 vom 28. Juni 2007 E. 1.4).
Diese Begründungsanforderungen gelten auch für die Beschwerdeantwort, wenn darin Erwägungen der Vorinstanz beanstandet werden, die sich für die im kantonalen Verfahren obsiegende Partei ungünstig auswirken können (vgl. zur altrechtlichen Berufung: Peter Münch, in: Geiser/Münch [Hrsg.], Prozessieren vor Bundesgericht, 2. Aufl., Basel 1998, S. 156 f. Rz. 4.91/4.95).
3. Strittig ist, ob sich die Beschwerdeführer mit dem Kaufvertrag vom 16. März 2004 verpflichtet haben, die Baumeisterarbeiten auf der von ihnen erworbenen Parzelle Nr. 001, GB E._, durch die Beschwerdegegnerin ausführen zu lassen und bei Nichteinhaltung der Verpflichtung eine Konventionalstrafe zu bezahlen.
3.1 Das Kantonsgericht kam in subjektiver Auslegung des Kaufvertrags unter eingehender Beweiswürdigung zum Schluss, die Beschwerdeführer hätten mit dem Kaufvertrag vom 16. März 2004 die Baumeisterverpflichtung aus dem Vertrag vom 26. September 1989 übernommen. Sodann hielt es u.a. dafür, die Verpflichtung gemäss Vertrag vom 26. September 1989 sei nicht infolge Zeitablaufs untergegangen. Es ging dabei in Würdigung des Vertrags davon aus, die Baumeisterverpflichtung sei nach dem Willen der Parteien auf fünf Jahre zu limitieren. Nach Ablauf dieser Zeitspanne sei eine zehnjährige Verjährungsfrist bis im September 2004 gelaufen, so dass die Verpflichtung im Zeitpunkt des Abschlusses des Vertrages vom 16. März 2004 noch nicht verjährt gewesen sei.
Die Vorinstanz pflichtete diesen Erwägungen in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht bei und machte sie durch Verweis zu den ihrigen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2a), unter Beifügung ergänzender eigener Erwägungen. Sie hielt fest, bei der "Bauverpflichtung" im Vertrag vom 26. September 1989 handle es sich um eine suspensiv bedingte Verpflichtung im Sinne von <ref-law>. Zwar seien beide Vertragsparteien von einer nachfolgenden Liegenschaftsüberbauung ausgegangen. Eine unbedingte Verpflichtung dazu könne jedoch dem Vertrag nicht entnommen werden. Die Bedingung gelte als eingetreten, sobald der Käufer den definitiv gefassten Bauentschluss nach aussen manifestiere. Sodann verwarf die Vorinstanz namentlich den von den Beschwerdeführern aufrechterhaltenen Standpunkt, die Aufnahme der Unternehmerklausel in den Kauvertrag aus dem Jahre 2004 in Anführungs- und Schlusszeichen habe lediglich orientierenden Charakter gehabt, indem die seinerzeitige Willenserklärung zur blossen Wissenserklärung mutiert sei, und dass bei den Beschwerdeführern kein Bindungswille vorhanden gewesen sei. Das Beweisergebnis sei diesbezüglich eindeutig. Sodann seien die Beschwerdeführer auch keine durch Zeitablauf unwirksame Baumeisterverpflichtung eingegangen. Und selbst wenn man diesbezüglich der Argumentation der Beschwerdeführer folgen würde, wonach die Suspensivbedingung zur Geltendmachung der Baumeisterverpflichtung, nämlich der Eintritt der Bauabsicht in der zeitlichen Limite von fünf Jahren bis zum 26. September 1994, nicht eingetreten sei, weshalb auch keine zehnjährige Verjährungsfrist zu laufen begonnen habe, käme man nicht darum herum festzuhalten, dass sich die Beschwerdeführer mit dem Abschluss des Vertrages vom 16. März 2004 selbständig verpflichtet hätten, allfällige Baumeisterarbeiten auf ihrem Grundstück durch die Beschwerdegegnerin ausführen zu lassen und bei deren Nichtberücksichtigung eine Konventionalstrafe zu zahlen; der Wortlaut der öffentlichen Urkunde als auch das Beweisergebnis seien unmissverständlich und eindeutig.
3.2 Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe den Sachverhalt im Sinne von <ref-law> offensichtlich unrichtig festgestellt, indem sie geschlossen habe, sie hätten die Baumeisterverpflichtung mit dem Vertrag vom 16. März 2004 übernommen. Diese Feststellung sei falsch, widerspreche der Aktenlage und sei willkürlich.
Was sie zur Begründung vorbringen, genügt jedoch den rechtlichen Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge nicht. Soweit sie geltend machen, es habe überhaupt keine Übertragung bzw. Übernahme der Unternehmerklausel stattgefunden, weil es mit der blossen Anführung derselben in Anführungszeichen an einer vertraglich festgehaltenen Äusserung fehle, dass sie sich damit gegenüber der Beschwerdegegnerin hätten binden wollen, beharren sie bloss auf ihrem bereits im kantonalen Verfahren eingenommenen Standpunkt. Dies ohne sich mit der diesbezüglichen eingehenden Beweiswürdigung des Kantonsgerichts, auf welche die Vorinstanz verwiesen hat, auseinanderzusetzen und im Einzelnen darzulegen, inwiefern diese willkürlich sein soll. Darauf ist nicht einzutreten (vgl. vorstehende Erwägungen 1 und 2).
3.3 Die Übernahme der bestehenden Verpflichtung aus dem Vertrag von 1989 hat das Kantonsgericht willkürfrei schon aus dem Wortlaut des Vertrages vom 16. März 2004 abgeleitet. Die von den Beschwerdeführern erhobene Rüge, der entsprechende Verpflichtungswille von ihnen fehle in der öffentlichen Urkunde vom 16. März 2004, weshalb die Vorinstanz mit der Bejahung der Übernahme <ref-law> verletzt habe, ist damit offensichtlich haltlos. Es kann keine Rede davon sein, dass der Übernahmewille der Beschwerdeführer im Rahmen des Kaufvertrags nicht formgenüglich öffentlich verurkundet worden ist und damit nicht formgültig erklärt worden wäre (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4b/bb mit Hinweisen).
3.4 Für den Fall, dass anzunehmen wäre, die übernommene Verpflichtung sei im Zeitpunkt der Übernahme bereits infolge Zeitablaufs unwirksam geworden, hat die Vorinstanz hilfsweise festgehalten, die Beschwerdeführer hätten sich mit dem Vertrag vom 16. März 2004 selbständig, neu und direkt gegenüber der Beschwerdegegnerin bzw. der Y._ AG verpflichtet. Die Beschwerdeführer rügen, diese Feststellung stehe mit den vorangehenden Darlegungen der Vorinstanz bzw. denjenigen des Kantonsgerichts, wie auch mit den Akten (Zeugenaussagen) im Widerspruch.
3.4.1.1 Das Kantonsgericht kam in Auslegung des Wortlauts des Kaufvertrags vom 16. März 2004 zum "eindeutigen" beweismässigen Ergebnis, dass die Beschwerdeführer mit diesem Vertrag die Baumeisterverpflichtung "übernommen" hätten. Aus den vom Kantonsgericht im Rahmen der weiteren Beweiswürdigung widergegebenen Zeugenaussagen zum Verhalten der Parteien vor dem Vertragsabschluss geht sodann klar hervor, dass vor dem Abschluss des Kaufvertrags nicht eindeutig geklärt werden konnte bzw. eindeutig geklärt wurde, ob die Unternehmerklausel durch Zeitablauf wirkungslos geworden sei. Die Beschwerdeführer hätten wenn möglich keine Verpflichtung übernehmen wollen, während der Verkäufer, D._, darauf bestanden habe, dass die Klausel in den Vertrag aufgenommen werde. Der vermittelnde Makler habe die Beschwerdeführer, nachdem seine Abklärungen betreffend die Verjährung zu keinem klaren Ergebnis geführt hätten, darauf aufmerksam gemacht, dass sie die Verpflichtung einhalten müssten, wenn sie noch Bestand habe. Die Beschwerdeführer seien sich bewusst gewesen, dass sie mit dem Kaufvertrag die Verpflichtung übernähmen, hätten jedoch darauf gehofft, dass die Verpflichtung verjährt sei. Ihnen sei somit klar gewesen, dass sie die Verpflichtung übernähmen und bei deren Nichtbeachtung eventuell ins Recht genommen würden, hätten aber einfach darauf gehofft, dass dies nicht der Fall sein werde. Bezüglich der Baumeisterverpflichtung seien die Interessen der Parteien diametral entgegengesetzt gewesen. Dasjenige der Beschwerdeführer sei es gewesen, wenn möglich keine Verpflichtung zu übernehmen, während das Interesse des Verkäufers gewesen sei, die mit Vertrag vom 26. September 1989 eingegangene Baumeisterverpflichtung vereinbarungsgemäss auf die Beschwerdeführer zu überbinden; "den Vertrag wie er ihn gehabt habe", habe er nach seinen Aussagen "weitergeben wollen".
3.4.1.2 Die wiedergegebenen Beweismittel bzw. Erwägungen ergeben klarerweise, dass die Beschwerdeführer die Aufnahme der Unternehmerklausel in den Kaufvertrag widerwillig akzeptiert haben, um das Grundstück überhaupt erwerben zu können, indessen darauf hofften, dass diese Verpflichtung infolge Zeitablaufs ohnehin wirkungslos sei. Der Schluss, dass sich die Beschwerdeführer im Vertrag vom 16. März 2004 neu und selbständig, d.h. unabhängig davon, ob die Unternehmerklausel im vorangehenden Kaufvertrag vom 26. September 1989 überhaupt noch rechtswirksam war, verpflichten wollten, die Baumeisterarbeiten auf ihrem Grundstück an die Beschwerdegegnerin zu vergeben und andernfalls eine Konventionalstrafe zu bezahlen, lässt sich daraus schlechterdings nicht ziehen. Die zusammenfassende Feststellung des Kantonsgerichts, die Erwähnung der Baumeisterverpflichtung im Kaufvertrag habe nicht bloss orientierenden Charakter gehabt, sondern die Beklagten hätten sich mit dem Kaufvertrag verpflichtet, allfällige Baumeisterarbeiten durch die Beschwerdegegnerin ausführen zu lassen und bei dessen Nicht-Berücksichtigung eine Konventionalstrafe zu bezahlen, kann im Lichte seiner vorangehenden Erwägungen denn auch keinesfalls in diesem Sinne verstanden werden. Aus diesen Erwägungen ergibt sich eindeutig, dass es einzig darum ging, den Einwand zu widerlegen, die Baumeisterverpflichtung sei überhaupt nicht übernommen worden. Wenn nun die Vorinstanz ohne jegliche eigene Begründung oder Beweiswürdigung die Feststellung trifft, die Beschwerdeführer hätten sich mit dem Kaufvertrag selbständig, d.h. neu verpflichtet, ist sie in Willkür verfallen, da sich dies aus den vom Kantonsgericht übernommenen Erwägungen nicht ableiten lässt und überhaupt nicht begründet wird. Die Baumeisterverpflichtung wurde nach den Feststellungen des Kantonsgerichts klarerweise nur für den Fall in den Vertrag vom 16. März 2004 aufgenommen, dass sie noch wirksam sei. Dies entspricht, auch dem Interesse des Verkäufers, D._, seiner Pflicht zur Überbindung der Verpflichtung nachzukommen, um nicht seinerseits schadenersatzpflichtig zu werden, falls die Verpflichtung noch gültig ist.
3.4.1.3 Daran vermag der von der Beschwerdegegnerin hervorgehobene Umstand nichts zu ändern, dass die Beschwerdeführer vor der Überbauung ihres Grundstücks zunächst bei ihr eine Offerte eingeholt hätten. Daraus lässt sich zwar, wie es das Kantonsgericht tat, ableiten, dass die Beschwerdeführer die Unternehmerklausel (überhaupt) übernommen hatten und sich dessen auch bewusst waren. Dass sie sich neu und selbständig verpflichten wollten, lässt sich daraus indessen nicht entnehmen. Denn angesichts der bestehenden Unsicherheit, ob die übernommene Verpflichtung noch wirksam ist oder nicht, leuchtet es ohne weiteres ein, wenn die Beschwerdeführer vor der Bauaufnahme eine Offerte bei der Beschwerdegegnerin einholten. Dass sie diese in der Folge wegen ihrer Ansicht nach überhöhten Preisen nicht berücksichtigten, ohne sich vorher an die Beschwerdegegnerin zu wenden und ihr ihre Ansicht mitzuteilen, deutet darauf hin, dass sie nach wie vor auf die rechtliche Unwirksamkeit der Unternehmerklausel infolge Zeitablaufs hofften und beim Abschluss des Kaufvertrags vom 16. März 2004 nicht den Willen hatten, sich neu und selbständig, mithin in rechtlich hieb- und stichfester Weise gegenüber der Beschwerdegegnerin zu verpflichten.
Ferner ist die Beschwerdegegnerin mit ihrer Behauptung nicht zu hören, der Verkäufer, D._, habe darauf bestanden, dass die Bauarbeiten durch die Beschwerdeführer an die Beschwerdegegnerin zu vergeben seien und andernfalls die Konventionalstrafe zu bezahlen sei. Denn damit widerspricht sie den vorstehend widergegebenen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz bzw. des Kantonsgerichts, bzw. erweitert diese, ohne eine Sachverhaltsrüge im Sinne von Art. 105 Abs. 2 und <ref-law> zu erheben (Erwägung 1 vorne).
3.5 Mithin ist im Folgenden davon auszugehen, dass die Beschwerdeführer im Vertrag vom 16. März 2004 die Unternehmerklausel aus dem Kaufvertrag vom 26. September 1989 unverändert, d.h. im bestehenden rechtlichen Zustand, übernommen haben, jedoch keine neue, selbständige Verpflichtung eingegangen sind.
4. Damit stellt sich die Frage, ob die Unternehmerklausel gemäss Vertrag vom 26. September 1989 infolge Zeitablaufs untergegangen war.
4.1 Das Kantonsgericht führte dazu aus, die Baumeisterverpflichtung des Käufers unterliege der zehnjährigen Verjährungsfrist (<ref-law>), die mit dem Eintritt der Fälligkeit zu laufen beginne (<ref-law>), bei suspensiv bedingter Verpflichtung frühestens mit dem Eintritt der Bedingung, weshalb hier der Verjährungsbeginn ungewiss sei. Werde davon ausgegangen, dass vorliegend die Bedingung eintrete, wenn die Käuferschaft beginne, das Grundstück zu überbauen, so beginne die Verjährung erst in diesem Zeitpunkt, auch wenn dies erst Jahre nach Abschluss des Verkaufs des Grundstücks sei. Dies führe jedoch zu einer übermässigen Bindung des Käufers, falls die Parteien es unterlassen hätten, die bedingte Verpflichtung durch eine angemessene Befristung zeitlich zu limitieren. Im vorliegenden Fall folgerte das Kantonsgericht aus dem Umstand, dass die Parteien des Kaufvertrags vom 26. September 1989 vereinbart hätten, welche Preise generell für die Baumeisterarbeiten gelten sollten, dass sie mit einer absehbaren Arbeitsaufnahme gerechnet und die Baumeisterverpflichtung auf fünf Jahre limitiert hätten, obwohl dies im Vertrag nicht ausdrücklich geregelt worden sei. Damit habe die Verjährungsfrist im September 1994, d.h. fünf Jahre nach Vertragsabschluss, zu laufen begonnen und sei die Verjährung im September 2004 eingetreten. Am 16. März 2004, als die Beklagten mit D._ den Kaufvertrag abgeschlossen hätten, sei die Baumeisterverpflichtung somit noch nicht verjährt gewesen. Die Vorinstanz pflichtete diesen Erwägungen pauschal bei, ohne sie zu ergänzen.
4.2 Der Schluss, die Baumeisterverpflichtung sei von den Parteien des Kaufvertrags vom 26. September 1989 auf fünf Jahre limitiert worden, wird im vorliegenden Verfahren nicht oder jedenfalls nicht rechtsgenüglich bestritten. Während die Beschwerdeführer ihm zustimmen, bemerkt die Beschwerdegegnerin dazu lediglich, die Limitierung auf fünf Jahre müsse grundsätzlich als sehr kurz bezeichnet werden und es wäre eine Befristung auf zehn Jahre angemessen, ohne dies aber in einer den Begründungsanforderungen im Rahmen einer Beschwerde in Zivilsachen entsprechenden Weise zu begründen (Erwägung 2). Sie macht zwar weiter geltend, unter Bezugnahme auf <ref-law> und <ref-law> könne vorliegend von einer Vertragsdauer von mindestens zwanzig Jahren ausgegangen werden. Dabei verkennt sie aber, dass die Vorinstanz die Befristung der Baumeisterverpflichtung auf fünf Jahre nicht damit begründet hat, dies wäre die nach <ref-law> maximal zulässige Verpflichtungsdauer. Vielmehr stellte sie fest, die Limitierung auf fünf Jahre habe dem tatsächlichen Willen der Parteien des Kaufvertrags vom 26. September 1989 entsprochen. Ob im Lichte von <ref-law> eine bis im Jahre 2004 wirksame Baumeisterverpflichtung zulässig gewesen wäre, bleibt daher unerheblich.
Somit ist vorliegend davon auszugehen, die Gültigkeitsdauer der Baumeisterverpflichtung sei von den Parteien des Kaufvertrags vom 26. September 1989 auf fünf Jahre beschränkt worden. Immerhin ist anzumerken, dass es, wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, am Ergebnis nichts ändern würde, wenn vorliegend von der seitens der Beschwerdegegnerin als angemessen bezeichneten Verpflichtungsdauer von zehn Jahren ausgegangen würde.
4.3 Die Parteien des Kaufvertrags vom 26. September 1989 haben die Baumeisterverpflichtung und die Forderbarkeit der Konventionalstrafe bei Nichtbeachtung der Verpflichtung unbestrittenermassen vom Eintritt der aufschiebenden Bedingung abhängig gemacht, dass der Käufer den definitiv gefassten Bauentschluss nach aussen manifestiert (vgl. dazu Gauch, Der Werkvertrag, 4. Aufl., Zürich 1996, Rz. 425). Zudem haben sie die Verpflichtung nach dem vorstehend Ausgeführten auf fünf Jahre limitiert. Dies bedeutet, dass sich die Bedingung innert dieser Frist verwirklicht haben muss, damit sie als erfüllt gilt (Gauch, a.a.O., Rz. 426; Gauch/Schluep/Schmid/Rey, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Bd. I, 8. Aufl., Zürich 2003, Rz. 4189). Verwirklicht sich die Suspensivbedingung innert der gesetzten Zeitspanne nicht, ist sie ausgefallen und ist es so zu halten, als hätte zwischen den Parteien nie ein rechtliches Band bestanden. Die bedingte Verpflichtung fällt endgültig dahin (Gauch/Schluep/Schmid/Rey, a.a.O., Rz. 4226), ohne dass die daraus fliessende Forderung überhaupt als unbedingte, wirksame entsteht, mithin der Gläubiger jemals in die Lage kommt, Erfüllung zu fordern.
Nachdem vorliegend während fünf Jahren nach Abschluss des Vertrages im Jahre 1989 keine definitive Absicht manifestiert wurde, das streitbetroffene Grundstück zu überbauen, ist somit die Baumeisterverpflichtung endgültig dahingefallen. Dies ohne dass jemals einklagbare Forderungen daraus entstanden sind, mithin die Beschwerdegegnerin die Berücksichtigung bei der Vergebung der Baumeisterarbeiten oder die Leistung der Konventionalstrafe wegen Missachtung der Baumeisterverpflichtung hätte verlangen können.
Die Frage der Verjährung der entsprechenden Ansprüche stellt sich damit überhaupt nicht. Wenn die Vorinstanz davon ausgeht, die auf fünf Jahre befristete Baumeisterverpflichtung habe sich nach Ablauf der Fünfjahresfrist um eine zehnjährige Verjährungsfrist verlängert, so verkennt sie, dass die Verjährung erst mit der Fälligkeit der Forderung beginnt (<ref-law>) und Voraussetzung der Fälligkeit das Entstehen der Forderung ist (Däppen, Basler Kommentar, N. 2 zu <ref-law>). Im vorliegenden Fall ist aber mangels Eintritts der aufschiebenden Bedingung innert der Fünfjahresfrist gar nie eine Forderung aus der Baumeisterverpflichtung entstanden und hat dementsprechend nie eine Verjährungsfrist zu laufen begonnen (vgl. <ref-ruling> E. 3d S. 222). Vielmehr ist die Baumeisterverpflichtung mit Ablauf der Fünfjahresfrist, d.h. am 26. September 1994, endgültig dahingefallen und unwirksam geworden. Die Beschwerdeführer haben somit im Vertrag vom 16. März 2004 eine bereits unwirksam gewordene Verpflichtung übernommen. Daraus können sie nicht belangt werden.
Selbst wenn mit der Beschwerdegegnerin von einer Limitierung der Baumeisterverpflichtung auf zehn Jahre ausgegangen würde, wären die Beschwerdeführer mit der Übernahme der entsprechenden Vertragsklausel in ihrem rechtlichen Zustand, in dem sie sich beim Abschluss des Kaufvertrags vom 16. März 2004 befand, keinerlei wirksame Verpflichtung eingegangen. Die Beschwerdegegnerin hat daher von ihnen daraus nichts zu fordern.
5. Zusammenfassend hat die Vorinstanz Bundesrecht verletzt, indem sie die Unwirksamkeit der Baumeisterverpflichtung infolge Zeitablaufs verneinte und die Beschwerdeführer zur Bezahlung der Konventionalstrafe verurteilte. Die Beschwerde ist daher gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Klage der Beschwerdegegnerin abzuweisen. Weiter ist die Sache zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, das angefochtene Urteil des Obergerichts des Kantons Nidwalden vom 25. Oktober 2007 wird aufgehoben und die Klage abgewiesen.
2. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung Grosse Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juli 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Widmer