Sachverhalt:
A. X._ erwarb am 28. Oktober 2005 in St-Blaise/NE ein landwirtschaftliches Gewerbe samt Inventar zum Preis von Fr. 3'175'000.--, wobei die Hofübernahme auf den 1. Januar 2007 festgelegt wurde. Am 26. Januar 2006 erhielt X._ von seinem Vater als Erbvorbezug das in der Gemeinde Rümlang/ZH gelegene Grundstück Kat.-Nr. ... (2'350 m2 Kulturland mit Scheune), welches er am 24. Februar 2006 an eine Immobilienfirma zum Preis von Fr. 1'527'500.-- verkaufte (Grundbucheintrag am 26. September 2006).
B. Mit der Steuererklärung für die Grundstückgewinnsteuer beantragte X._ am 26. September 2006, die Steuer sei wegen Reinvestition des Erlöses in das Ersatzgrundstück in St-Blaise/NE aufzuschieben. Am 19. Juni 2007 veranlagte die Kommission für Grundsteuern der Gemeinde Rümlang einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 903'900.-- und auferlegte dem Veräusserer eine Grundstückgewinnsteuer in der Höhe von Fr. 175'480.--. Sie lehnte den Steueraufschub wegen mangelnder Funktionsgleichheit von veräussertem Grundstück und Ersatzobjekt ab und hielt daran in ihrem Einspracheentscheid vom 30. Oktober 2007 fest. Den hiergegen erhobenen Rekurs wies die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich mit Entscheid vom 6. August 2008 ab, indem sie gleichfalls die zur Annahme einer Ersatzbeschaffung erforderliche funktionelle Gleichwertigkeit beider Liegenschaften verneinte. X._ gelangte hiergegen erfolglos an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
C. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 18. März 2009 führt X._ mit Eingabe vom 13. Mai 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Grundstückgewinnsteuer sei mit Fr. 0.-- festzusetzen, eventualiter sei die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zwecks Festsetzung der Grundstückgewinnsteuer zurückzuweisen. Er rügt eine Verletzung von Bundesrecht (Art. 12 Abs. 3 lit. d des Steuerharmonisierungsgesetzes), weil diese Bestimmung das Erfordernis der "funktionellen Gleichwertigkeit" des Ersatzobjekts nicht verlange.
D. Die Gemeinde Rümlang, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Der Beschwerdeführer hat vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen, ist als Abgabepflichtiger durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung; er ist daher zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>).
1.3 Der Bundesgesetzgeber hat in Art. 12 Abs. 3 StHG abschliessend umschrieben, welche Steueraufschubstatbestände von den Kantonen bei der Grundstückgewinnsteuer zu übernehmen sind. Zugleich hat der Bundesgesetzgeber auch eine inhaltliche Harmonisierung der kantonalen Regelungen betreffend Steueraufschub angestrebt (BGE 130 Il 202 E. 3.2 S. 207 f.). Dies ist insbesondere im vorliegenden Fall, wo es um eine interkantonale Ersatzbeschaffung geht, von Bedeutung. Den Kantonen verbleibt insoweit kein Spielraum, welchen das Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüfen könnte (vgl. Urteil 2C_119/2009 vom 29. Mai 2009 E. 2.1 mit Hinweisen, in: StE 2009 B. 44.13.5 Nr. 9); die Prüfung des angefochtenen Entscheids erfolgt somit mit freier Kognition.
1.4 Der Beschwerdeführer beantragt neben der Aufhebung des angefochtenen Entscheids, es sei die Grundstückgewinnsteuer mit Fr. 0.-- festzusetzen. Materiell strebt er allerdings einen Steueraufschub im Sinne von Art. 12 Abs. 3 StHG an. Wären hierfür die Voraussetzungen tatsächlich erfüllt, könnte das Bundesgericht - gestützt auf <ref-law> - nicht eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 0.-- festsetzen, sondern bloss einen Steueraufschub gewähren. Es erweist sich aber als fraglich, ob ein solcher Entscheid nicht über das Begehren der Partei hinausginge (vgl. <ref-law>). Die Frage kann hier indes offen gelassen werden, weil die Beschwerde in der Sache ohnehin abzuweisen ist.
2. 2.1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen von Bundesrechts wegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstücks des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt (Art. 12 Abs. 1 StHG). Der steuerbare Grundstückgewinn ergibt sich somit aus der Differenz zwischen Erlös und Anlagekosten. Die Besteuerung eines Grundstückgewinns wird gemäss Art. 12 Abs. 3 lit. d StHG aufgeschoben bei "vollständiger oder teilweiser Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks, soweit der Veräusserungserlös innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstücks oder zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke verwendet wird."
Das Steuergesetz [des Kantons Zürich] vom 8. Juni 1997 (StG/ZH; LS 631.1) enthält in § 216 Abs. 3 lit. h eine analoge Bestimmung; sie unterscheidet sich lediglich darin, dass im zweiten Teil der Bestimmung die Verbesserung von entsprechenden Grundstücken "im Kanton" verlangt wird.
2.2 In Literatur und Praxis ist umstritten, ob § 216 Abs. 3 lit. h StG/ZH ganz oder nur im Rahmen der zweiten Tatbestandsvariante (Erlösverwendung zur Verbesserung des eigenen Landwirtschaftsbetriebs) auf der sog. Reinvestitionstheorie beruht (für vollständige Anwendung: HANS ULRICH MEUTER, Ersatzbeschaffung, ZStP 2001 S. 251 f.; MARKUS LANGENEGGER, Handbuch zur bernischen Grundstückgewinnsteuer 2001, 2002, N. 3 zu Art. 132 StG/BE; BERNHARD ZWAHLEN, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/1], Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinde [StHG], 2. Aufl. 2002, N. 73 zu Art. 12 StHG; für nur teilweise Anwendung: Urteil [des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich] vom 25. Mai 2005 E. 4.2, in: StE 2006 B 42.38 Nr. 27; noch restriktiver sind MARIANNE KLÖTI-WEBER, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl. 2009, N. 3 zu § 99 StG/AG; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Züricher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N. 265 und 317 zu § 216 StG/ZH, welche bei land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken generell die Ersatzbeschaffungstheorie [manchmal ungenau als "Identitätstheorie" bezeichnet] als massgebend erachten).
Nach der oben erwähnten Reinvestitionstheorie ist keine funktionelle Gleichartigkeit zwischen ersetztem und Ersatzobjekt erforderlich, wogegen eine solche nach der sog. Ersatzbeschaffungstheorie notwendig ist (vgl. dazu PETER LOCHER, Ernst Känzig und die Ersatzbeschaffungstheorie in der Schweiz, in: ASA 57 S. 53; KURT WEIBEL, Die steuerliche Behandlung der Ersatzbeschaffung in der Schweiz, 1988, S. 87 ff.). Während sich die Ersatzbeschaffungstheorie bereits aus dem Realisationsbegriff ergibt und keiner speziellen gesetzlichen Grundlage bedarf, beruht die Reinvestitionstheorie auf viel weiter gehenden wirtschaftspolitischen Anliegen (LOCHER, a.a.O, S. 61; vgl. auch BBI 2005 4817) und kommt nicht ohne klare gesetzliche Grundlage aus.
2.3 Diese Verunsicherung ist darauf zurückzuführen, dass Art. 8 Abs. 4 (bzw. Art. 24 Abs. 4) StHG - wie übrigens auch Art. 30 Abs. 1 bzw. <ref-law> - ursprünglich klarerweise auf der Ersatzbeschaffungstheorie ("Ersatzobjekt mit gleicher Funktion") beruhten (Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 11 zu <ref-law>; Markus Reich/Marina Züger, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl. 2008, N. 9 f. zu <ref-law>; Robert Danon, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008, N. 13 zu <ref-law>), während in Art. 12 Abs. 3 lit. d StHG diese Präzisierung fehlt. Dieses Schweigen des Gesetzgebers erweist sich vor allem deshalb als verhängnisvoll, weil Art. 12 Abs. 4 StHG verschiedene Systeme der Besteuerung von Grundstückgewinnen auf Geschäftsvermögen zulässt. Soweit das dualistische System anwendbar ist, gilt für Gewinne auf Geschäftsgrundstücken ohnehin die für die Einkommens- und Gewinnsteuer massgebende Ersatzbeschaffungstheorie. Für Gewinne auf land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücken ist andererseits zwingend die Unterstellung unter die Objektsteuer vorgeschrieben, weshalb eine Andersbehandlung sachwidrig wäre.
Während die meisten Kantone dieses Schweigen als gesetzgeberisches Versehen beurteilen und die Funktionsgleichheit ebenfalls im Rahmen von Art. 12 Abs. 3 lit. d StHG (jedenfalls für den Grundtatbestand) verlangen, geht insbesondere der Kanton Bern eigene Wege und verzichtet generell bei der Ersatzbeschaffung auf das Erfordernis der Funktionsgleichheit. Dies begründet er mit der "Gleichbehandlung von Landwirtschaft und übrigen Unternehmen" (Langenegger, a.a.O., N. 7 zu Art. 133 StG/BE; vgl. auch Paul Scherer/Priska Rösli, Die Harmonisierung der steuerneutralen Ersatzbeschaffung, ST 75/2001 S. 257). Weil andere Kantone gegenüber dem Kanton Bern keinen "Wettbewerbsnachteil" in Kauf nehmen wollten und teilweise gleichzogen, resultierte in diesem Bereich eine unhaltbare Entharmonisierung (vgl. Scherer/Rösli, a.a.O., S. 260 mit Hinweisen auf die unterschiedlichen kantonalen Regelungen). Diese Entwicklung bewog den Gesetzgeber, im Rahmen der Unternehmenssteuerreform II in Art. 8 StHG resp. Art. 30 und 64 DBG den Begriff der Ersatzbeschaffung auszuweiten und auf das Erfordernis der Funktionsgleichheit des Ersatzgutes zu verzichten (vgl. Botschaft vom 22. Juni 2005 zum Bundesgesetz über die Verbesserung der steuerlichen Rahmenbedingungen für unternehmerische Tätigkeiten und Investitionen [Unternehmenssteuerreformgesetz II]; BBl 2005 4803 ff., insb. Ziffer 4.2.1). Mit der Verabschiedung des Unternehmenssteuerreformgesetzes II vom 23. März 2007 (AS 2008 2893) wurde dieses Ziel erreicht (vgl. auch Stefan Kuhn/Peter Sebestyen/Cypriano Gadola, Steuerliche Ersatzbeschaffung im neuen Kleid, StR 64/2009 S. 538). Die neuen Bestimmungen des StHG gelten - soweit hier von Interesse - seit dem 1. Januar 2009, und die entsprechenden Normen des DBG werden am 1. Januar 2011 in Kraft treten (AS 2008 2902). Diese Neuerungen sind damit im vorliegenden Fall noch nicht anwendbar. Entsprechend ist im Folgenden durch Auslegung zu ermitteln, welche Lösung unter dem noch bis 31. Dezember 2010 gültigen Recht zu gelten hat.
2.4 Das Steuerharmonisierungsgesetz ist ein Rahmen- und Grundsatzerlass, dessen Regelungsdichte je nach Gegenstand variiert, weshalb auslegungsweise zu ermitteln ist, welcher Gestaltungsspielraum dem kantonalen Gesetzgeber jeweils im Einzelnen verbleibt (vgl. Danielle Yersin, Harmonisation fiscale: procédure, interprétation et droit transitoire, RDAF 2003 II p. 1 ff., insb. p. 8 f.). Ausgangspunkt bildet dabei der Wortlaut der betroffenen Bestimmung. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Interpretationen möglich, so muss - unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente - nach dessen wahren Tragweite gesucht werden. Dabei ist namentlich auf den Zweck der Regelung, die dem Text zu Grunde liegenden Wertungen sowie den Sinnzusammenhang abzustellen, in dem die Norm steht. Die Gesetzesmaterialien sind nicht unmittelbar entscheidend, dienen aber als Hilfsmittel, um den Sinn der Norm zu erkennen; ihnen kommt um so grössere Bedeutung zu, je jünger ein Text ist, da sich in diesem Fall die Umstände in der Regel noch nicht verändert haben und nicht ein inzwischen (allenfalls) gewandeltes Rechtsverständnis zu berücksichtigen ist. Das Bundesgericht hat sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten lassen und nur dann allein auf das grammatikalische Element abgestellt, wenn sich daraus zweifelsfrei die sachlich richtige Lösung ergeben hat. Sind mehrere Interpretationen denkbar, soll jene gewählt werden, welche die verfassungsrechtlichen Vorgaben am besten konkretisiert; die verfassungskonforme Auslegung findet ihre Schranken jedoch wiederum im klaren Wortlaut und Sinn des Gesetzes (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 702 f. mit Hinweisen).
2.4 Das Steuerharmonisierungsgesetz ist ein Rahmen- und Grundsatzerlass, dessen Regelungsdichte je nach Gegenstand variiert, weshalb auslegungsweise zu ermitteln ist, welcher Gestaltungsspielraum dem kantonalen Gesetzgeber jeweils im Einzelnen verbleibt (vgl. Danielle Yersin, Harmonisation fiscale: procédure, interprétation et droit transitoire, RDAF 2003 II p. 1 ff., insb. p. 8 f.). Ausgangspunkt bildet dabei der Wortlaut der betroffenen Bestimmung. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Interpretationen möglich, so muss - unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente - nach dessen wahren Tragweite gesucht werden. Dabei ist namentlich auf den Zweck der Regelung, die dem Text zu Grunde liegenden Wertungen sowie den Sinnzusammenhang abzustellen, in dem die Norm steht. Die Gesetzesmaterialien sind nicht unmittelbar entscheidend, dienen aber als Hilfsmittel, um den Sinn der Norm zu erkennen; ihnen kommt um so grössere Bedeutung zu, je jünger ein Text ist, da sich in diesem Fall die Umstände in der Regel noch nicht verändert haben und nicht ein inzwischen (allenfalls) gewandeltes Rechtsverständnis zu berücksichtigen ist. Das Bundesgericht hat sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten lassen und nur dann allein auf das grammatikalische Element abgestellt, wenn sich daraus zweifelsfrei die sachlich richtige Lösung ergeben hat. Sind mehrere Interpretationen denkbar, soll jene gewählt werden, welche die verfassungsrechtlichen Vorgaben am besten konkretisiert; die verfassungskonforme Auslegung findet ihre Schranken jedoch wiederum im klaren Wortlaut und Sinn des Gesetzes (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 702 f. mit Hinweisen).
2.5 2.5.1 Es ist unbestritten, dass Art. 12 Abs. 3 lit. d StHG und § 216 Abs. 3 lit. h StG/ZH - im Gegensatz zu Art. 8 Abs. 4 StHG (in der bis 31. Dezember 2008 gültig gewesenen Fassung) bzw. Art. 24 Abs. 4 StHG (und ebenso § 28 Abs. 1 bzw. § 68 StG/ZH) - nicht ausdrücklich ein "Ersatzobjekt mit gleicher Funktion" voraussetzen. Aufgrund des Wortlauts allein lässt sich mithin für die hier interessierende Frage noch nichts Schlüssiges aussagen. Zwar wird teilweise die Auffassung vertreten, von einem Ersatz könne nur gesprochen werden, wenn ein Aktivum aus äusserem Zwang oder betrieblichen Gründen aus dem Geschäftsvermögen ausscheide und durch ein Aktivum ersetzt werde, das die gleiche wirtschaftliche Funktion wie das ausgeschiedene übernimmt und der Fortsetzung des Betriebes dient (Urteil [des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich] vom 25. Mai 2005 E. 4.2, in: StE 2006 B 42.38 Nr. 27; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, a.a.O., N. 316 zu § 216 StG/ZH). Allerdings verwenden auch die ab 1. Januar 2009 bzw. 1. Januar 2011 in Kraft stehenden Fassungen des Unternehmenssteuerreformgesetzes Il vom 23. März 2007 nach wie vor den Begriff "Ersatz", obschon man dort bewusst die Ersatzbeschaffungstheorie verlassen hat. Dieses rein grammatikalische Argument vermag mithin nicht weiter zu helfen.
2.5.2 Die Vorinstanz umschreibt den Sinn und Zweck von § 216 Abs. 3 lit. h (bzw. Art. 12 Abs. 3 lit. d StHG) im angefochtenen Urteil in Anlehnung an das Urteil [des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich] vom 25. Mai 2005 E. 4.2, in: StE 2006 B 42.38 Nr. 27 wie folgt: Die grundlegende agrarpolitische Zweckbestimmung von § 216 Abs. 3 lit. h StG könne darin erblickt werden, einem Landwirt die Fortführung seiner bisherigen Erwerbstätigkeit zu erleichtern, indem ihm bei ganzer oder teilweiser Aufgabe seines ursprünglichen Betriebs der Erwerb einer Ersatzliegenschaft oder die Verbesserung von bestehenden landwirtschaftlichen Grundstücken nicht durch die Grundstückgewinnbesteuerung erschwert oder sogar verunmöglicht werden soll. Dieser Zielsetzung ist grundsätzlich beizupflichten; sie kann sowohl durch die Ersatzbeschaffungs- als auch durch die Reinvestitionstheorie erreicht werden. Somit vermögen auch Sinn und Zweck der Norm für die Beantwortung der hier interessierenden Frage nichts Entscheidendes beizutragen.
2.5.3 Damit erhält das systematische Auslegungselement starkes Gewicht. Grundsätzlich galt bis zum Inkrafttreten des Unternehmenssteuerreformgesetzes II im Einkommens- und Gewinnsteuerrecht von DBG und StHG die Ersatzbeschaffungstheorie (vgl. E. 2.3 hiervor). Daran ändert nichts, dass sich gewisse Kantone nicht daran hielten, um so einen Vorteil im interkantonalen Standortwettbewerb zu erlangen. Für Kantone mit dualistischem System der Grundstückgewinnbesteuerung galt damit von Bundesrechts wegen die Ersatzbeschaffungstheorie ebenso für Gewinne auf Geschäftsliegenschaften. Auch Grundstücke, die zu einem land- oder forstwirtschaftlichen Betrieb gehören, sind an sich Geschäftsliegenschaften, werden aber kraft ausdrücklicher Regelung in Art. 12 Abs. 1 StHG der Grundstückgewinnsteuer unterstellt. In einem solchen Fall musste aber aus Gründen der Gleichbehandlung ebenso für land- oder forstwirtschaftliche Grundstücke die Ersatzbeschaffungstheorie gelten. Gilt diese aber für Kantone mit dualistischem System, dann muss zwangsläufig dasselbe für Kantone mit monistischem System der Grundstückgewinnbesteuerung (wie der Kanton Zürich) rechtens sein.
2.5.4 Schliesslich ist auch die Entstehungsgeschichte der Norm zu berücksichtigen. Zwar liegt diese bereits mehr als zwanzig Jahre zurück, aber Abs. 3 lit. d von Art. 12 StHG war - wie der Beschwerdeführer zu Recht ausführt - bereits im bundesrätlichen Entwurf enthalten (in der damaligen Fassung noch Art. 15) und wurde von den Eidgenössischen Räten diskussionslos und in unveränderter Form verabschiedet (AB 1986 S 141; AB 1989 N 49). Der Bundesrat weist in der Botschaft über die Steuerharmonisierung vom 25. Mai 1983 in keiner Weise darauf hin, es handle sich hier um ein anderes Konzept als bei den Ersatzbeschaffungen im Einkommens- und Gewinnsteuerrecht. Er kommentiert den "Ersatzerwerb von selbstbewirtschafteten land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken" nur kurz (BBI 1983 III 102). Wäre er aber der Meinung gewesen, hier gehe es effektiv nicht mehr um die Ersatzbeschaffungs-, sondern um die "modernere" Reinvestitionstheorie, dann hätte er dies mit Sicherheit entsprechend herausgestrichen. lm Übrigen lässt sich die Skepsis des Bundesrats gegenüber einer allzu weitgehenden Reinvestitionstheorie ebenso aus der Botschaft zur Unternehmenssteuerreform II ableiten (BBI 2005 4816 ff.).
2.5.5 Zusammengefasst ergibt sich, dass Art. 12 Abs. 3 lit. d StHG mit Blick auf das systematische (unter Berücksichtigung verfassungsrechtlicher Vorgaben) sowie das historische Auslegungselement in dem Sinne zu konkretisieren ist, dass der Veräusserungserlös (aus der Veräusserung eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstückes) innert angemessener Frist zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstückes mit gleicher Funktion verwendet werden muss. Dieselbe Einschränkung gilt damit analog im Rahmen von § 216 Abs. 3 lit. h StG/ZH.
3. 3.1 Im vorliegenden Fall ist unbestritten, dass - zumindest formal betrachtet (vgl. E. 3.2 hiernach) - ein landwirtschaftlich genutztes Grundstück verkauft und andererseits ein selbstbewirtschaftetes Ersatzgrundstück erworben wurde. Dass der Kauf dem Verkauf voranging (sog. Vorausbeschaffung), spielt keine Rolle (Urteil 2A.445/2004 vom 7. Juni 2005 E. 6, in: StE 2005 A 23.1 Nr. 11; Richner/Frei/Kaufmann/ Meuter, a.a.O., N. 268 zu § 216 StG/ZH).
Die Vorinstanz verneinte hier zu Recht die funktionale Gleichartigkeit der beiden Grundstücke. Einerseits verkaufte der Beschwerdeführer ein Grundstück von 2'350 m2, auf welchem Schafe weideten und auf welchem eine Scheune zur Lagerung von Stroh, Dünger und Landmaschinen stand; andererseits erwarb er in St-Blaise/NE ein vollständiges landwirtschaftliches Gewerbe samt Wohnhaus (Fläche von 135'939 m2). Die Vorinstanz ist zu Recht davon ausgegangen, dass die Funktion des erworbenen landwirtschaftlichen Gewerbes weit über jene des veräusserten Grundstücks hinausreicht.
3.2 Schliesslich wäre hier eine Ersatzbeschaffung ebenso aus dem Grund zu verneinen, welchen die Steuerrekurskommission III in ihrem Entscheid vom 6. August 2008 hilfsweise angeführt hat: Der Beschwerdeführer erhielt das Grundstück in Rümlang/ZH am 26. Januar 2006 als Erbvorbezug von seinem Vater. Bereits am 24. Februar 2006 wurde der Verkaufsvertrag mit der Immobiliengesellschaft verurkundet (Eintrag im Grundbuch am 26. September 2006). Die eigentliche Funktion dieses Grundstücks bestand demnach aus der Sicht des Beschwerdeführers nicht in der landwirtschaftlichen Nutzung im Rahmen seines Betriebs in Rümlang/ZH (dessen Aufgabe per Jahresende feststand), sondern in der Verschaffung des notwendigen Kapitals zum Erwerb des neuen Betriebs. Selbst wenn das veräusserte Baulandgrundstück vom Beschwerdeführer pro forma landwirtschaftlich genutzt worden sein sollte, müsste eine solche "Nutzung" als unmassgeblich bezeichnet werden. Somit fehlt es hier auch an einem echten "landwirtschaftlichen Grundstück", das zum Erwerb eines selbstbewirtschafteten Ersatzgrundstücks verkauft worden ist.
4. 4.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Es ist keine Parteientschädigung geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Gemeinde Rümlang, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Oktober 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger