Sachverhalt:
A. Die 1979 geborene B._ arbeitete als Polygraphin bei der C._ AG und war daher bei den Winterthur Versicherungen (nunmehr AXA Versicherungen AG; nachfolgend: AXA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Sie meldete am 19. Oktober 2006 einen Bagatellunfall. Gemäss erstem Arztzeugnis hatte B._ am 9. Oktober 2006 bei Umzugsarbeiten ruckartig eine Bücherkiste nach rechts oben gehoben, wobei diese schwerer gewesen sei als vorgängig angenommen. Die Versicherte habe dabei eine Art Explosivgeräusch gehört und an der rechten Schulter Schmerzen verspürt. Beim Geräteturnen könne sie seither gewisse Bewegungen und Übungsteile nur unter Schmerzen oder gar nicht mehr ausführen. Im Fragebogen der Unfallversicherung schilderte B._ am 8. November 2006 - mit Ausnahme einer rechts/links-Verwechslung - den Hergang des Ereignisses identisch. Dr. med. L._, allgemeine Medizin FMH, stellte die Diagnose einer Zerrung der Schulterblattfixatoren rechts bei einer klinisch unauffälligen Rotatorenmanschette. Dr. med. S._, Oberarzt Orthopädie an der Klinik X._, welchem B._ wegen persistierenden Beschwerden zugewiesen worden war, stellte die Diagnose eines posttraumatischen subacromialen Impingementsyndroms an der rechten Schulter und eines klinischen Verdachts auf eine assoziierte craniale Limbusläsion (SLAP-Läsion). Mit Schreiben vom 1. Februar 2007 informierte die AXA B._, dass es sich beim Ereignis vom 9. Oktober 2006 weder um einen Unfall im Rechtssinne noch um eine unfallähnliche Körperschädigung gehandelt habe, weshalb sie keine Versicherungsleistungen erbringen könne. Daraufhin ergänzte die Versicherte mit Eingabe vom 19. Februar 2007, am Vortag des bereits geschilderten Ereignisses sei sie über einen Treppenabsatz gestolpert, einen Sturz habe sie mit dem rechten Arm am Geländer noch knapp abfangen können. Beim Aufstützen habe sie einen kurzen heftigen Schmerz im rechten Schulterbereich verspürt, sich am nächsten Morgen aber wieder fit gefühlt. Mit Verfügung vom 5. Juni 2007 bekräftigte die AXA die Abweisung des Leistungsanspruchs. Daran hielt sie auch auf Einsprache der Krankenversicherung der B._, der Helsana Versicherungen AG (Helsana), hin fest (Entscheid vom 26. Januar 2009).
B. Die von der Helsana hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 10. September 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Helsana, die AXA habe unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheids die gesetzlichen Leistungen nach UVG zu erbringen.
Während die AXA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichten B._ und das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die rechtlichen Grundlagen über den Anspruch auf Leistungen der Unfallversicherung im Allgemeinen (<ref-law>) und den Unfallbegriff (<ref-law>) sowie die Rechtsprechung zum Unfallbegriffsmerkmal der Ungewöhnlichkeit des äusseren Faktors (<ref-ruling>, 130 V 117) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt bezüglich des Begriffs der unfallähnlichen Körperschädigungen, die auch ohne ungewöhnliche äussere Einwirkung Unfällen gleichgestellt sind (<ref-law> in Verbindung <ref-law>), wobei am Erfordernis des äusseren Faktors festzuhalten ist (<ref-ruling>; Urteil 8C_532/2007 vom 9. Juni 2008 E. 5, aufgeführt in SZS 2009 S. 153 f.). Richtig wiedergegeben hat die Vorinstanz auch die Grundsätze über die Untersuchungsmaxime (Art. 43 Abs. 1, <ref-law>; <ref-ruling> E. 5.2.5 S. 68 f.; RKUV 2004 Nr. U 515 S. 418 E. 2.2.3 [U 64/02]), den Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125) sowie der Beweismaxime der "Aussage der ersten Stunde", die eine im Rahmen der freien Beweiswürdigung (<ref-law>) zu berücksichtigende Entscheidungshilfe darstellt (<ref-ruling> E. 2a S. 47; RKUV 2004 Nr. U 524 S. 546 [U 236/03]). Darauf wird verwiesen.
3. Streitig ist, ob das Ereignis vom 9. Oktober 2006 eine unfallähnliche Körperschädigung darstellt.
3.1 Mit Schadenmeldung vom 19. Oktober 2006 liess die Versicherte mitteilen, sie habe sich beim Heben einer Bücherkiste die Schulter verrenkt. Sie habe im Moment des Ereignisses einen starken Schmerz verspürt, der im Laufe des Nachmittags etwas nachgelassen habe. Danach hätten die Schmerzen aber wieder kontinuierlich zugenommen, weshalb ein Arztbesuch unabwendbar geworden sei. Auf detaillierte Nachfrage der Unfallversicherung hin gab sie an, die Kiste habe ungefähr 15 kg gewogen. Zudem ergänzte die Versicherte, sie habe die Bücher etwas ruckartig vom Boden über Kreuz nach links auf eine Treppenstufe gestellt. Das kantonale Gericht hat das geschilderte Ereignis mit dem Heben eines bepackten ca. 20 kg schweren Koffers verglichen und mit dem Hinweis auf ein Urteil des Bundesgerichts vom 13. Februar 2009 (8C_656/2008 E. 3.3) das Vorliegen eines unfallähnlichen Vorfalls verneint.
3.2 Bei unfallähnlichen Körperschädigungen nach <ref-law> müssen zur Begründung der Leistungspflicht des Unfallversicherers - wie das kantonale Gericht zutreffend dargelegt hat - mit Ausnahme der Ungewöhnlichkeit die übrigen Tatbestandsmerkmale des Unfalls erfüllt sein. Besondere Bedeutung kommt hierbei der Voraussetzung des äusseren Ereignisses zu, d.h. eines ausserhalb des Körpers liegenden, objektiv feststellbaren, sinnfälligen, eben unfallähnlichen Vorfalles (<ref-ruling> E. 2.2 S. 467). Die schädigende äussere Einwirkung kann in einer körpereigenen Bewegung bestehen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 468 mit Hinweisen). Das Auftreten von Schmerzen als solches ist kein äusserer (schädigender) Faktor im Sinne der Rechtsprechung, weshalb dieser nicht gegeben ist, wenn die versicherte Person nur das (erstmalige) Auftreten von Schmerzen in zeitlicher Hinsicht anzugeben vermag (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 469). Nicht erfüllt ist das Erfordernis des äusseren schädigenden Faktors auch, wenn das erstmalige Auftreten der Schmerzen mit einer blossen Lebensverrichtung einhergeht, welche die versicherte Person zu beschreiben in der Lage ist. Vielmehr ist gemäss Rechtsprechung für die Bejahung eines äusseren auf den menschlichen Körper schädigend einwirkenden Faktors stets ein Geschehen verlangt, dem ein gewisses gesteigertes Gefährdungspotenzial innewohnt. Das ist zu bejahen, wenn die zum einschiessenden Schmerz führende Tätigkeit im Rahmen einer allgemein gesteigerten Gefahrenlage vorgenommen wird, wie dies etwa für viele sportliche Betätigungen zutreffen kann. Der äussere Faktor mit erheblichem Schädigungspotenzial ist sodann auch zu bejahen, wenn die in Frage stehende Lebensverrichtung einer mehr als physiologisch normalen und psychologisch beherrschten Beanspruchung des Körpers, insbesondere seiner Gliedmassen, gleichkommt. Deswegen fallen einschiessende Schmerzen als Symptome einer Schädigung nach <ref-law> ausser Betracht, wenn sie allein bei der Vornahme einer alltäglichen Lebensverrichtung auftreten, ohne dass hiezu ein davon unterscheidbares äusseres Moment hineinspielt. Die physiologische Beanspruchung des Skelettes, der Gelenke, Muskeln, Sehnen und Bänder stellt keinen äusseren Faktor dar, dem ein zwar nicht ungewöhnliches, jedoch gegenüber dem normalen Gebrauch der Körperteile gesteigertes Gefährdungspotenzial innewohnen muss (<ref-ruling> E. 4.2.2 S. 470). Erforderlich für die Bejahung eines äusseren Faktors ist demzufolge ein gesteigertes Schädigungspotenzial, sei es zufolge einer allgemein gesteigerten Gefahrenlage, sei es durch Hinzutreten eines zur Unkontrollierbarkeit der Vornahme der alltäglichen Lebensverrichtung führenden Faktors (<ref-ruling> E. 4.3 S. 471).
3.3 Die Beschwerde führende Helsana stellt sich auf den Standpunkt, die beim ungewöhnlichen Hebevorgang - ruckartig und über Kreuz - aufgetretene Krafteinwirkung im Schulterbereich stelle eine gesteigerte Gefahrenlage und damit ein sinnfälliges, unfallähnliches Ereignis dar.
Im Urteil U 148/04 vom 2. Dezember 2004 E. 2.3 hatte das frühere Eidgenössische Versicherungsgericht das Anheben und anschliessendes Abdrehen einer ca. 20 kg schweren Waage durch einen Mann zu beurteilen; es hat erkannt, dass von einer im Rahmen der üblichen Arbeit und unter normalen Bedingungen erfolgten Bewegung auszugehen sei, sodass der äussere Faktor infolge fehlendem gesteigertem Schädigungspotenzial und somit ein unfallähnliches Ereignis zu verneinen seien. Im Urteil 8C_656/2008 vom 13. Februar 2009 E. 3.3 hat das Bundesgericht entschieden, beim Heben eines bepackten ca. 20 kg schweren Koffers durch eine Frau sei ein äusserer Faktor rechtsprechungsgemäss zu verneinen; es fehle an einem gesteigerten Schädigungspotenzial. Zum selben Schluss kam das Bundesgericht auch im Urteil 8C_696/2009 vom 12. November 2009 E. 6.2, als es zu entscheiden hatte, ob ein beim Ausziehen eines 25 bis 30 kg schweren Rucksackes erlittener Sehnenriss als unfallähnliche Körperschädigung zu qualifizieren sei.
Davon kann auch vorliegend nicht ausgegangen werden. Im Anheben einer Kiste mit etwas Schwung liegt nichts Programmwidriges. Vielmehr gehört dies zum natürlichen Ablauf, um ein Gewicht zu verschieben. Es kann nicht von einer unkontrollierten Bewegung gesprochen werden, wollte die Versicherte die Bücher doch bewusst verstellen. Da aber das Auftreten von Schmerzen als solches - wie oben dargelegt - kein äusserer schädigender Faktor ist und dem Heben einer Kiste mit einem Gewicht von 15 kg kein generell gesteigertes Gefährdungspotenzial zugesprochen werden kann, fehlt es, wie die Vorinstanz richtig erkannte, an einer Leistungsvoraussetzung für eine Schädigung gemäss <ref-law>. Bei dieser Sachlage muss daher nicht weiter geprüft werden, ob es sich bei den bei der Versicherten diagnostizierten Beschwerden um solche der Liste gemäss <ref-law> handelt.
4. Die Beschwerdeführerin hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. März 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer