Sachverhalt:
A. Der 1955 geborene S._ war vom 30. November 1998 bis 15. November 2001 bei der Schweizerischen Post als Postaushelfer angestellt und gestützt auf dieses Arbeitsverhältnis bei der Pensionskasse Post (im Folgenden: Pensionskasse) berufsvorsorgeversichert. Am 10. Dezember 2001 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärung der medizinischen und erwerblichen Verhältnisse ermittelte die IV-Stelle des Kantons Thurgau einen Invaliditätsgrad von 78 % und sprach ihm mit Verfügungen vom 27. August 2004 und 12. Oktober 2006 ab 1. November 2002 eine ganze Invalidenrente, eine Zusatzrente für die Ehefrau sowie sechs Kinderrenten, ab 1. Juni 2003 fünf Kinderrenten und ab 1. September 2006 vier Kinderrenten zu.
Mit Schreiben vom 1. Juli 2005 teilte die Pensionskasse dem Rechtsvertreter von S._ mit, dass sie ihm ab 1. Dezember 2001 eine Teilinvalidenrente von 69,133 %, vom 1. Dezember 2001 bis 31. Oktober 2002 einen festen Zuschlag zur Teilinvalidenrente sowie vom 1. Dezember 2001 bis 31. Mai 2003 sechs Kinderrenten und ab 1. Juni 2003 fünf Kinderrenten ausrichte. Am 28. November 2006 eröffnete sie dem Versicherten, aufgrund einer Reglementsänderung sei dem Bezüger einer Invalidenrente das zumutbarerweise noch erzielbare Erwerbseinkommen in der Überentschädigungsberechnung anzurechnen, was zur Aufhebung der Invalidenleistungen mit Wirkung ab 1. September 2006 führe.
B. Am 28. Februar 2008 liess S._ Klage erheben mit dem Rechtsbegehren, die Pensionskasse sei zu verpflichten, ihm ab 1. September 2006 die gesetzlichen und vertraglichen Invalidenleistungen auszurichten; eventuell sei die Sache zur weiteren Abklärung und Neufestsetzung der Leistungen an die Pensionskasse zurückzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau führte einen doppelten Schriftenwechsel durch und wies die Klage mit Entscheid vom 3. September 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt S._ sein vorinstanzliches Rechtsbegehren erneuern. Die Pensionskasse schliesst in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
D. Mit Eingabe vom 15. Dezember 2008 nimmt der Beschwerdeführer Stellung zur Vernehmlassung seiner Pensionskasse.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Zu den Rechtsverletzungen gemäss <ref-law> gehört namentlich auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen (Urteile 9C_40/2007 vom 31. Juli 2007, E. 1, 9C_360/2007 vom 30. August 2007, E. 3; ULRICH MEYER, N 25, 36 und 58-61 zu Art. 105, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008 [nachfolgend: BSK BGG]; HANSJÖRG SEILER/NICOLAS VON WERDT/ANDREAS GÜNGERICH, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Streitig ist die von der Pensionskasse per 1. September 2006 vorgenommene Überentschädigungsberechnung. Dabei beanstandet der Beschwerdeführer die von der Vorinstanz auf Fr. 60'372.- festgesetzte Überentschädigungsgrenze von 90 % des mutmasslich entgangenen Verdienstes von Fr. 67'080.- ebenso wenig wie das bei Berücksichtigung von vier Kinderrenten anrechenbare Einkommen von Fr. 73'743.60 bzw. von Fr. 64'119.- bei drei Kinderrenten. Es besteht aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde und der Akten kein Anlass, von diesen Eckwerten abzuweichen.
2.2 Der Beschwerdeführer rügt, das kantonale Gericht habe den Sachverhalt unter Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes insofern offensichtlich unrichtig festgestellt, als es ausser Acht gelassen habe, dass ihm von der Invalidenversicherung ab 1. August 2007 lediglich noch drei statt wie vorher vier Kinderrenten ausgerichtet worden seien.
2.3 Die Vorsorgeeinrichtung kann die Voraussetzungen und den Umfang einer Kürzung der Invalidenleistungen jederzeit überprüfen und ihre Leistungen anpassen, wenn die Verhältnisse sich wesentlich ändern (Art. 24 Abs. 5 BVV2). Eine wesentliche Sachverhaltsänderung, welche die Vorsorgeeinrichtung zur Überprüfung der ausgerichteten Invalidenleistungen berechtigt, stellt auch die Beendigung des Anspruches eines Invalidenrentenbezügers auf eine oder mehrere Kinderrenten dar. Umgekehrt hätte die Vorinstanz die erneute Ausrichtung einer vierten Kinderrente ab 1. August 2008 in zeitlicher Hinsicht ebenfalls in die Beurteilung der Überversicherungsfrage einbeziehen müssen. Im Berufsvorsorgeprozess, der im Klageverfahren stattfindet, wird der Streitgegenstand durch das Klagebegehren definiert (<ref-ruling> E. 3.2 S. 453). In der Klage vom 28. Februar 2008 hatte der Beschwerdeführer Leistungen ab 1. September 2006 beantragt, mithin für einen in die Zukunft zeitlich offenen Dauerzustand. In solchen Fällen erstreckt sich der Streitgegenstand in zeitlicher Hinsicht bis zum erstinstanzlichen Gerichtsurteil am 3. September 2008 (Urteil B 39/96 vom 11. September 1998, E. 3; SZS 1999 S. 149 E. 3). Die Unterlassung der Vorinstanz stellt eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 73 Abs. 2 BVG) und eine unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes dar, was vom Bundesgericht als Rechtsverletzung und nicht als offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung - wie vom Beschwerdeführer gerügt - zu berücksichtigen ist (SEILER, a.a.O., Art. 97 N 24). Aus prozessökonomischen Gründen und angesichts des Grundsatzes der Raschheit des Verfahrens (Art. 73 Abs. 2 BVG) rechtfertigt es sich nicht, die Sache an das kantonale Gericht zurückzuweisen, da sich der Beschwerdeführer zur Frage des zumutbarerweise erzielbaren Erwerbseinkommens in der Beschwerde und in der Eingabe vom 15. Dezember 2008 als Replik auf die Vernehmlassung der Beschwerdegegnerin eingehend äussern konnte und der Sachverhalt liquid ist.
3. 3.1 Nach Art. 24 Abs. 2 zweiter Satz BVV2 und Art. 27 Abs. 1 dritter Satz des Vorsorgeplans (in der hier anwendbaren, ab 1. Januar 2005 bzw. 1. Januar 2006 gültigen Fassungen, vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 67, 126 V 468 E. 3 S. 470) wird im Rahmen der Überentschädigungsberechnung das weiterhin erzielte oder zumutbarerweise noch erzielbare Erwerbs- oder Ersatzeinkommen angerechnet. Nach der Rechtsprechung besteht eine Vermutung, wonach das zumutbarerweise noch erzielbare Erwerbseinkommen mit dem von der IV-Stelle ermittelten Invalideneinkommen übereinstimmt (<ref-ruling> E. 4.1.3 S. 70). Der versicherten Person ist das Gehörsrecht mit Bezug auf persönliche Umstände und tatsächliche Lage auf dem im Einzelfall relevanten Arbeitsmarkt zu gewähren (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 70 f.)
3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, das kantonale Gericht habe ihm das rechtliche Gehör zu seinen Vorbringen, wonach persönliche und arbeitsmarktbezogene Umstände ihm die Erzielung eines Resterwerbseinkommens in der Höhe des Invalideneinkommens erschwerten oder verunmöglichten, verweigert und damit die bundesgerichtliche Rechtsprechung zu Art. 24 Abs. 2 BVV2 (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 71) verletzt. Er sei alters- und krankheitsbedingt nicht mehr in der Lage, einer Arbeitstätigkeit nachzugehen, weshalb ihm kein zumutbarerweise noch erzielbares Resterwerbseinkommen angerechnet werden dürfe.
3.3 Die Rüge des Beschwerdeführers ist - wie bereits angetönt (vgl. E. 2.3 hievor) - für den Zeitraum ab 1. August 2007 (Wegfall der vierten Kinderrente) insofern begründet, als auch dieser Zeitraum in die Beurteilung einzubeziehen ist. Für die davor liegende Zeitspanne zwischen 1. September 2006 und 31. Juli 2007 verkennt der Beschwerdeführer, dass die Vorinstanz die gemäss Art. 24 Abs. 2 BVV2 und Art. 27 Abs. 1 des Reglements der Pensionskasse anrechenbaren Einkünfte ohne Einbezug eines zumutbarerweise noch erzielbaren Erwerbseinkommens auf Fr. 73'743.60 festgesetzt hat. Dieser Betrag umfasst nur die ungekürzten dem Beschwerdeführer von der Invalidenversicherung und der Pensionskasse ab dem 1. September 2006 ausgerichteten Rentenleistungen. Für die aus der Gegenüberstellung von 90 % des mutmasslich entgangenen Verdienstes in der Höhe von Fr. 60'372.- resultierende Überversicherung von Fr. 13'371.60 war daher ohne Belang, ob die Pensionskasse in ihrer ursprünglichen, dem Beschwerdeführer am 28. November 2006 mitgeteilten Überversicherungsberechnung zu Recht ein zumutbarerweise erzielbares Resterwerbseinkommen von Fr. 12'939.- einbezogen hatte oder nicht. Auf jeden Fall wird in der Beschwerde nichts vorgebracht, was die Überentschädigungsberechnung der Vorinstanz für den Zeitraum bis 31. Juli 2007 und für August 2008, dem letzten ganzen Monat vor dem angefochtenen Entscheid vom 3. September 2008, als offensichtlich unrichtig oder rechtsfehlerhaft erscheinen liesse.
3.4 Anders verhält es sich für die Zeitspanne vom 1. August 2007 bis 31. Juli 2008, als der Beschwerdeführer eine Kinderrente der IV weniger erhielt. Für diese Periode hängt ein Leistungsanspruch entscheidend davon ab, ob dem Beschwerdeführer noch ein zumutbarerweise erzielbares Erwerbseinkommen angerechnet wird, da er mit Fr. 52'992.- IV-Leistungen um Fr. 7'380.- die Überentschädigungsgrenze unterschreitet. Ab 1. August 2008 hat der Beschwerdeführer unbestrittenermassen wieder Anspruch auf eine vierte Kinderrente.
3.4.1 Die IV-Stelle ermittelte einen Invaliditätsgrad von 78 %, welchem sie ein Invalideneinkommen von Fr. 14'734.- für eine leidensangepasste Tätigkeit von 30 % zugrunde legte. Dabei stützte sie sich auf das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) vom 28. Juli 2003 ab. Nach diesem Gutachten besteht in der zuletzt ausgeübten Tätigkeit als Postaushelfer eine Arbeitsfähigkeit von unter 30 %. Jede andere ausserhäusliche Tätigkeit sei dem Beschwerdeführer aktuell nur zu 30 % infolge der psychopathologischen Befunde zumutbar. In einem beschützenden Rahmen betrage die Arbeitsfähigkeit initial 50 %, wobei hier der weitere Verlauf in Anbetracht der noch nicht erfolgten Therapie der Angstzustände offen sei. Daraus ist zu schliessen, dass der Beschwerdeführer noch über eine Restarbeitsfähigkeit von 30 % in einer leidensangepassten Tätigkeit verfügt und deren Verwertung zumutbar ist. Der Einwand des Beschwerdeführers, er könne sich wegen seiner Panikstörung nicht mehr als 500 bis 1000 Meter von seiner Wohnung entfernen, war den Gutachtern der MEDAS bekannt. Ihre Einschätzung der Restarbeitsfähigkeit erfolgte unter Berücksichtigung der "psychopathologischen" Befunde, d.h. der Panikstörung. Auch der Umstand, dass die dem Beschwerdeführer zur Auflage gemachte Psychotherapie während eines Jahres erfolglos blieb, bedeutet nicht Unzumutbarkeit eines längeren Arbeitsweges als 500 bis 1000 Meter, solange der Beschwerdeführer nicht einen entsprechenden Arbeitsversuch effektiv realisiert hat.
3.4.2 Die Unverwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit leitet der Beschwerdeführer im Wesentlichen ebenfalls aus der Panikstörung ab. Nach dem Gutachten der MEDAS vom 28. Juli 2003 traten die beiden letzten Attacken vor der Untersuchung in einem mehrmonatigen Intervall im Dezember 2002 und am 9. Mai 2003 auf. Der allgemeine Arbeitsmarkt kennt aber auch Teilzeitstellen mit flexiblen Arbeitszeiten und der Möglichkeit des Nachholens von infolge einer Panikattacke ausgefallener Arbeitszeit, z.B. Reinigungs- oder Aufräumarbeiten. Die Beschwerdegegnerin weist in der Vernehmlassung darauf hin, dass es bei der früheren Arbeitgeberin des Beschwerdeführers, der Schweizerischen Post, rund 2'200 Anstellungen mit einem Beschäftigungsgrad von 22 % oder weniger gibt. Darunter seien auch Beschäftigte zu finden, welche eine ganze Rente der IV beziehen. Für die fehlende Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit auf dem Arbeitsmarkt beruft sich der Beschwerdeführer denn auch einzig auf einen Bericht des Regionalen Arbeitsvermittlungszentrums (RAV) vom 15. April 2008 und eine allgemein gehaltene Anfrage beim Kundendienst der Schweizerischen Post vom 10. April 2008. Weitere Arbeitsbemühungen oder Arbeitsversuche seit Zusprechung der Invalidenrente sind nicht dargetan oder erstellt. Bereits bei einem Stundenlohn von Fr. 20.- und bloss acht Arbeitsstunden pro Woche könnte der Beschwerdeführer ein Einkommen von mehr als Fr. 7'380.- pro Jahr erzielen (Fr. 20.- x 8 x 52 = Fr. 8'320.-), was zu einer Überentschädigung auch für die Zeitspanne vom 1. August 2007 bis 31. Juli 2008 führt. Unter diesen Umständen gelingt es dem Beschwerdeführer selbst in Berücksichtigung seines Alters und der fehlenden beruflichen Ausbildung nicht, die Vermutung eines zumutbarerweise erzielbaren Erwerbseinkommens umzustossen (vgl. <ref-ruling>).
4. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Dezember 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Borella Nussbaumer