überlange Verfahrensdauer, hat sich ergeben:
A.- Das Bezirksgericht Zürich verurteilte X._ am 29. August 1995 wegen mehrfacher Urkundenfälschung (Art. 251 Ziff. 1 Abs. 1 und 2 aStGB) und wegen mehrfacher Erschleichung einer falschen Beurkundung (<ref-law>) zu fünf Monaten Gefängnis, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren.
Das Obergericht des Kantons Zürich bestätigte am 22. November 1996 auf Berufung der Staatsanwaltschaft und Anschlussberufung des Verurteilten den erstinstanzlichen Schuldspruch und erhöhte die Strafe auf sieben Monate Gefängnis, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren.
Das Kassationsgericht des Kantons Zürich hob am 19. Mai 1998 auf Nichtigkeitsbeschwerde des Verurteilten den Obergerichtsentscheid auf und wies die Sache zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an das Obergericht zurück.
B.- Das Obergericht des Kantons Zürich verurteilte X._ am 7. April 1999 wegen Urkundenfälschung im Sinne von Art. 251 Ziff. 1 Abs. 1 und 2 aStGB (Anklageziffer II.C.9) und wegen mehrfacher Erschleichung einer falschen Beurkundung im Sinne von <ref-law> (Anklageziffern II.C.9 und II.C.12) zu einem Monat Gefängnis, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren. In einem weiteren Anklagepunkt wurde er vom Vorwurf der Urkundenfälschung und der Erschleichung einer falschen Beurkundung freigesprochen. In den übrigen Punkten wurde auf die Anklage infolge Eintritts der absoluten Verfolgungsverjährung nicht eingetreten.
C.- Das Kassationsgericht des Kantons Zürich stellte mit Beschluss vom 7. Juli 2001 in teilweiser Gutheissung der von X._ gegen das Urteil des Obergerichts erhobenen kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde fest, dass das Beschleunigungsgebot im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK verletzt worden sei. Im Übrigen wies es die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Das Kassationsgericht erkannte, dass das Obergericht die von ihm selbst angenommene Verletzung des Beschleunigungsgebots, entsprechend dem Antrag des Beschwerdeführers, im Urteilsdispositiv hätte festhalten müssen, dass sich aber eine Rückweisung der Sache zu diesem Zweck an das Obergericht unter Aufhebung von dessen Urteil erübrige, da die Feststellung der Verletzung des Beschleunigungsgebots auch im Dispositiv des Beschlusses des Kassationsgerichts noch getroffen werden könne.
D.- Mit eidgenössischer Nichtigkeitsbeschwerde beantragt X._, das Urteil des Obergerichts vom 7. April 1999 sei aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der Beschwerdeführer macht geltend, die Strafverfolgung sei verjährt. Die Verfolgungsverjährung sei auch nach dem verurteilenden ersten Obergerichtsentscheid vom 22. November 1996 weitergelaufen und daher am 28. Dezember 1997 (in Bezug auf den Vorwurf der Urkundenfälschung) bzw. am 21. März 1998 (hinsichtlich des Vorwurfs der Erschleichung einer falschen Beurkundung), mithin vor Ausfällung des hier angefochtenen zweiten Obergerichtsentscheids vom 7. April 1999, eingetreten. Die Verfolgungsverjährung habe entgegen den Erwägungen der Vorinstanz im hier angefochtenen Urteil in der Zeit zwischen der Ausfällung des ersten Obergerichtsentscheids vom 22. November 1996 und dessen Aufhebung durch den Beschluss des Kassationsgerichts vom 19. Mai 1998 nicht geruht. Die Auffassung der Vorinstanz, die Verfolgungsverjährung habe in dieser Zeit geruht, so dass sich die absolute Verjährungsfrist um den entsprechenden Zeitraum verlängere, stehe im Widerspruch zu Sinn und Zweck des Instituts der Verfolgungsverjährung und finde im Gesetz keine Grundlage, verstosse mithin auch gegen das unter anderem in <ref-law> verankerte Legalitätsprinzip (Nichtigkeitsbeschwerde S. 6 - 12).
b/aa) Nach der Rechtsprechung des Bundesge- richts hört die Verfolgungsverjährung mit der Ausfällung des verurteilenden Erkenntnisses der letzten kantonalen Instanz, das in Rechtskraft erwächst, zu laufen an. Die Verfolgungsverjährung wird weder durch die Einreichung einer eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde noch durch die Einreichung einer staatsrechtlichen Beschwerde wieder in Gang gesetzt; sie läuft somit während der Hängigkeit dieser Verfahren nicht weiter. Wenn aber das Bundesgericht in Gutheissung einer eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde oder einer staatsrechtlichen Beschwerde den kantonalen Entscheid aufhebt, so läuft der im Zeitpunkt der Ausfällung des kantonalen Urteils verbliebene Rest der Verjährungsfrist ab der Eröffnung des Bundesgerichtsentscheides weiter. Die absolute Verjährungsfrist verlängert sich mithin um den Zeitraum, der zwischen der Ausfällung des verurteilenden Erkenntnisses der letzten kantonalen Instanz und der Eröffnung des dieses Urteil aufhebenden Bundesgerichtsentscheides verstrichen ist (<ref-ruling> E. 3a S. 90; <ref-ruling> E. 3e S. 325; <ref-ruling> E. 2, je mit Hinweisen).
Dieselben Grundsätze gelten für kantonale Rechtsmittel, welche nach dem massgebenden kantonalen Prozessrecht als ausserordentliche, kassatorische Rechtsmittel ausgestaltet und daher mit der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde bzw. mit der staatsrechtlichen Beschwerde vergleichbar sind, so beispielsweise für die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde gegen verurteilende Erkenntnisse des Obergerichts nach dem zürcherischen Strafprozessrecht (<ref-ruling> E. 3b und 3c; <ref-ruling> E. 3e S. 325).
bb) Die Rechtsprechung gründet auf der Überlegung, dass die "Strafverfolgung" im verjährungsrechtlichen Sinne von <ref-law> mit der Ausfällung eines verurteilenden Erkenntnisses, welches in Rechtskraft erwächst und nur noch mit ausserordentlichen Rechtsmitteln angefochten werden kann, beendet ist. Das Verfahren bei Einreichung eines ausserordentlichen Rechtsmittels ist nicht mehr als Strafverfolgung in diesem verjährungsrechtlichen Sinne zu betrachten, weil es auf bestimmte Fragen beschränkt und zudem vom Rügeprinzip beherrscht ist. Erst bei allfälliger Aufhebung des Entscheides im ausserordentlichen Rechtsmittelverfahren und Rückweisung der Sache an die Vorinstanz wird die Strafverfolgung allenfalls wieder aufgenommen. In diesem Falle läuft der zur Zeit der Ausfällung des angefochtenen Urteils verbliebene Rest der Verjährungsfrist weiter. Dies hat im Ergebnis zur Folge, dass die Verjährungsfrist um den Zeitraum zwischen der Ausfällung des angefochtenen Urteils und der Eröffnung des dieses Urteil aufhebenden Rechtsmittelentscheides als "verlängert" erscheint, wie wenn die Verjährung während dieses Zeitraumes "geruht" hätte. Die Verjährung hat aber nicht im eigentlichen Sinne "geruht", sondern sie hat mit der Ausfällung des in Rechtskraft erwachsenen Urteils, wie die Strafverfolgung, ein Ende gefunden, wobei es vom Ausgang eines allfälligen Rechtsmittelverfahrens abhängt, ob dieses Ende definitiv sei. Durch die Rechtsprechung wird mithin nicht ein im Gesetz nicht geregelter Grund des Ruhens der Verfolgungsverjährung festgelegt, sondern auf dem Wege der Auslegung des Begriffs der "Strafverfolgung" im verjährungsrechtlichen Sinn ein (allenfalls nur vorläufiges) Ende der Verjährung bestimmt.
Durch diese restriktive Auslegung des Begriffs der "Strafverfolgung" im verjährungsrechtlichen Sinne soll insbesondere verhindert werden, dass Verurteilte ein ausserordentliches Rechtsmittel vor allem mit dem Ziel ergreifen, dass während der Hängigkeit des Rechtsmittelverfahrens die Verjährung eintritt.
cc) Diesem der Rechtsprechung zugrunde liegenden Gedanken trägt auch Art. 97 Abs. 2 des bundesrätlichen Entwurfs betreffend die Revision des Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches Rechnung: "Ist vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen, so tritt die Verjährung nicht mehr ein". Der Entwurf sieht mit anderen Worten vor, dass die Verjährung der Strafverfolgung schon vor Ablauf der Verjährungsfrist definitiv endet, sobald ein erstinstanzliches Urteil ergangen ist (siehe zum Ganzen Botschaft und Gesetzesentwurf BBl 1999 1979 ff., 2133 ff., 2331). Dies wird in der Botschaft unter anderem damit begründet, "dass Verurteilte, welche auf die Ergreifung eines Rechtsmittels verzichten, nicht benachteiligt sind gegenüber solchen, die ihre Rechte nur deshalb ausüben, um den Eintritt der Rechtskraft des Strafurteils hinauszuschieben und die Verjährung eintreten zu lassen" (a.a.O. S. 2134/2135). Dabei soll nach dem Entwurf die Verjährung vor Ablauf der Frist bereits mit dem erstinstanzlichen Urteil enden, also schon mit einem Entscheid, welcher nach dem massgebenden kantonalen Prozessrecht allenfalls auch mit einem ordentlichen Rechtsmittel angefochten werden kann. Damit soll laut Botschaft verhindert werden, dass das Ende der Verjährung, wie heute, von der Ausgestaltung des kantonalen Rechtsweges abhängt (a.a.O. S. 2134). Dem Vorschlag des Bundesrates, wonach die Verjährung nicht mehr eintritt, wenn vor Ablauf der Verjährungsfrist ein erstinstanzliches Urteil ergangen ist, haben die eidgenössischen Räte im Rahmen der Verhandlungen betreffend die Aenderung des Strafgesetzbuches (Strafbare Handlungen gegen die sexuelle Integrität; Verjährung bei Sexualdelikten an Kindern) durch eine entsprechende Ergänzung von <ref-law> zugestimmt (AB 2000 S 906 ff., 909; AB 2001 N 528 ff., 530).
dd) An der Rechtsprechung ist daher festzu- halten (siehe auch das zur Publikation bestimmte Urteil des Kassationshofes vom 9. August 2001 i.S. X. c. VD, 6S.633/2000). Der Einwand des Beschwerdeführers, die Verfolgungsverjährung sei nach der Ausfällung des ersten Obergerichtsurteils vom 22. November 1996 weitergelaufen und daher am 28. Dezember 1997 bzw. am 21. März 1998 eingetreten, ist somit unbegründet.
Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde ist demnach in diesem Punkt abzuweisen.
2.- a) Die Verurteilung wegen Urkundenfälschung im Sinne von Art. 251 Ziff. 1 Abs. 1 und 2 aStGB und wegen Erschleichung einer falschen Beurkundung gemäss <ref-law> erfolgte wegen Handlungen des Beschwerdeführers im Zusammenhang mit der Erhöhung des Aktienkapitals der A._ AG im Dezember 1982 und deren Eintragung im Handelsregister im März 1983.
aa) Der Beschwerdeführer erstellte ein Konto, welches per 5. Juli 1982 eine Darlehensschuld der A._ AG gegenüber der B._ AG in Höhe von Fr. 383'220. -- auswies. Diese Darlehensschuld der A._ AG bzw. die Darlehensforderung der B._ AG bestand in Tat und Wahrheit nicht. Vielmehr hatte die A._ AG gegenüber der B._ AG ein Guthaben in der Höhe von Fr. 552'108. 35. Das entsprechende Konto der B._ AG wurde sodann um den Zeichnungsbetrag von Fr. 383'220. -- erhöht und gegengleich dem Aktienkapital-Einzahlungskonto gutgeschrieben. Diese Manipulation erfolgte zu dem Zweck, die von der B._ AG im Rahmen der Erhöhung des Aktienkapitals der A._ AG gezeichneten Aktien durch angebliche Verrechnung mit der angeblichen Forderung der B._ AG von Fr. 383'220. -- gegenüber der A._ AG zu "liberieren" (siehe erstes Urteil der Vorinstanz, S. 63 [Anklageschrift], S. 90 - 94, 118 - 121; angefochtenes Urteil S. 26 ff.). Der Beschwerdeführer liess das von ihm erstellte unwahre Kontoblatt am 29. Dezember 1982 vom Notariat N._ amtlich beglaubigen (erstes Urteil des Obergerichts, S. 63 [Anklageschrift], S. 121).
Die Vorinstanz ist offenbar, der Anklageschrift folgend, der Auffassung, der Beschwerdeführer habe in diesem Punkt - Anklageziffer II.C.9 - den Tatbestand der Urkundenfälschung (Falschbeurkundung) im Sinne von Art. 251 Ziff. 1 Abs. 1 und 2 aStGB erfüllt, indem er das inhaltlich unwahre Kontoblatt betreffend eine angebliche Schuld der A._ AG gegenüber der B._ AG erstellte, und er habe den Tatbestand der Erschleichung einer falschen Beurkundung im Sinne von <ref-law> erfüllt, indem er dieses inhaltlich unwahre Kontoblatt dem Notar zur Beglaubigung vorlegte (erstes Urteil des Obergerichts S. 121; angefochtenes Urteil S. 28).
bb) Am 22. März 1983 meldete der Beschwerdeführer die am 29. Dezember 1982 erfolgte Erhöhung des Aktienkapitals beim Handelsregisteramt des Kantons Zürich an. Er legte der Anmeldung neben anderen Unterlagen das notariell beglaubigte, inhaltlich unwahre Kontoblatt betreffend die angebliche Schuld der A._ AG gegenüber der B._ AG bei. Er täuschte unter anderem durch Vorlage dieses Dokuments dem Beamten vor, dass das neue Aktienkapital durch Verrechnung voll liberiert sei, was der Beamte im Handelsregister eintrug (erstes Urteil der Vorinstanz, S. 66 [Anklageschrift], S. 121 f. i.V.m. S. 107 ff.).
Nach der Auffassung der Vorinstanz machte sich der Beschwerdeführer in diesem Punkt - Anklageziffer II.C.12 - der Erschleichung einer falschen Beurkundung im Sinne von <ref-law> schuldig (erstes Urteil der Vorinstanz S. 121 f.; angefochtenes Urteil S. 28 f.).
b/aa) Der Beschwerdeführer machte im kantonalen Verfahren unter anderem geltend, die ihm in Anklageziffer II.C.12 zur Last gelegte Erschleichung einer falschen Beurkundung im Sinne von <ref-law>, angeblich begangen durch die Anmeldung der Kapitalerhöhung beim Handelsregisteramt unter Vorlage von manipulierten Urkunden betreffend vollumfängliche Liberierung, sei als straflose Nachtat zu qualifizieren.
Die Vorinstanz verwarf diesen Einwand. Das dem Beschwerdeführer in Anklageziffer II.C.12 vorgeworfene Verhalten sei nicht eine straflose Nachtat, sondern ein eigenständiges Delikt. Der Beschwerdeführer habe mit seiner Handlungsweise nicht nur Gebrauch gemacht von der zuerst erschlichenen Urkunde, sondern er habe nochmals eine Urkundsperson, nämlich den Handelsregisterführer (und qua Veröffentlichung im Handelsamtsblatt auch die Öffentlichkeit), getäuscht und von diesem erneut eine Urkunde erschlichen. Mit dem wiederum unwahre Angaben enthaltenden Anmeldeformular ans Handelsregister und den weiteren - nebst der zunächst erschlichenen Urkunde - beigelegten Urkunden sei eine eigenständige Täuschung des Handelsregisterführers erwirkt worden (angefochtenes Urteil S. 29 E. 4.3.3. mit Verweisung auf das erste Urteil der Vorinstanz, kant. Akten act. 90, S. 122 E. 7.7.2. i.V.m. S. 107 ff., insbesondere S. 110 f. E. 7.4.3.4. und
E. 7.4.3.5.).
bb) Der Beschwerdeführer hält in der Nichtigkeitsbeschwerde an seiner Auffassung fest, dass zwischen den ihm in Anklageziffer II.C.9 einerseits und in Anklageziffer II.C.12 andererseits vorgeworfenen Handlungen unechte Konkurrenz bestehe. Nach der Lehre sei unechte Konkurrenz anzunehmen, wenn mehrere Straftaten dergestalt miteinander im Zusammenhang stünden, dass die eine nur als das Vorstadium des eigentlichen Angriffs auf die Rechtsordnung oder nur als Ausnutzung, Verwertung oder Sicherung des durch diesen Angriff Erreichten erscheine.
Durch die Bestrafung des eigentlichen Angriffs würden die übrigen Handlungen mitabgegolten. Bei den Fälschungsdelikten liege der eigentliche Angriff auf die rechtlich geschützten Interessen darin, dass Falsifikate benützt, in Verkehr gebracht oder in Umlauf gesetzt würden. Daher müsse nach der in der Lehre vertretenen Auffassung die Fälschung als mitbestrafte Vortat behandelt werden. Auch im vorliegenden Fall richteten sich die noch zur Beurteilung stehenden Straftaten durchwegs gegen dasselbe Rechtsgut, nämlich gegen Treu und Glauben im Verkehr. Falschbeurkundung und Erschleichung einer falschen Beurkundung hingen hier in einer Weise zusammen, welche die eine als reine Vorbereitung für die andere erscheinen lasse. Der Zweck der Urkunde habe vorliegend letztlich darin bestanden, im Handelsregister den Eintrag der Aktienkapitalerhöhung zu erwirken. Nur durch den Handelsregistereintrag habe die Erhöhung des Aktienkapitals Gültigkeit erlangen können. Daraus folge, dass mit der Registrierung im Handelsregister der eigentliche "Angriff" auf das geschützte Rechtsgut erfolgt sei. Liege aber darin der eigentliche "Angriff" auf das geschützte Rechtsgut, so könne im Verhältnis zwischen der Beglaubigung der unwahren Urkunde und der Anmeldung zur Eintragung der Aktienkapitalerhöhung beim Handelsregisteramt keine echte Konkurrenz angenommen werden. Daran ändere auch der zeitliche Abstand zwischen der Erstellung der unwahren Urkunde und der Anmeldung beim Handelsregister nichts. Entscheidend sei, dass erst die letztere den eigentlichen "Angriff" auf das geschützte Rechtsgut darstelle, so dass die erstere als blosse Vorbereitung dazu erscheine, welche durch die Bestrafung wegen Erschleichung einer falschen Beurkundung abgegolten werde. Die gegenteilige Auffassung der Vorinstanz verstosse gegen <ref-law> (Nichtigkeitsbeschwerde S. 12 - 14).
Mit diesen Ausführungen weicht der Beschwerdeführer offenbar von seiner im kantonalen Verfahren vertretenen Auffassung ab, dass die von ihm veranlasste Eintragung der angeblich voll liberierten Aktienkapitalerhöhung im Handelsregister eine straflose Nachtat sei. Vielmehr scheint er stattdessen nun der Meinung zu sein, die Erstellung der unwahren Urkunde (betreffend das Konto, B._ AG) bzw. deren von ihm veranlasste notarielle Beglaubigung sei als straflose Vortat zur Registrierung der Aktienkapitalerhöhung im Handelsregister zu qualifizieren.
c) Stehen mehrere Straftaten so miteinander im Zusammenhang, dass die eine nur als Vorstufe des eigentlichen Angriffs auf das geschützte Rechtsgut oder nur als Ausnützung des durch die andere Straftat Erreichten erscheint, so nimmt die herrschende Lehre unechte Konkurrenz in Form der so genannten straflosen bzw. mitbestraften Vortat respektive Nachtat an, wobei bei unterschiedlichen Strafandrohungen jene Tat straflos bzw. mitbestraft sein soll, für welche das Gesetz die niedrigere Strafe vorsieht. Das Bundesgericht lehnt die Theorie der mitbestraften Vortat respektive Nachtat weitgehend ab. Wer beispielsweise eine Ware fälsche und die gefälschte Ware danach in Verkehr bringe, mache "sowohl unter dem Gesichtspunkt desErfolges als auch unter dem der Schuld mehr als jemand, der nur entweder die Vortat oder die Nachtat begeht" (BGE 77 IV 92). Auf eine Verurteilung wegen beider Taten könne nur dann verzichtet werden, wenn sich aus dem Gesetz deutlich ergebe, dass die für die eine Tat ausgefällte Strafe auch die andere abgelten soll (zum Ganzen <ref-ruling> E. 4a/aa S. 160 f., mit Hinweisen). In <ref-ruling> hat der Kassationshof offen gelassen, ob zwischen der Geldfälschung im Sinne von <ref-law> und dem In-Umlaufsetzen falschen Geldes gemäss <ref-law> Realkonkurrenz oder unechte Konkurrenz bestehe. Jedenfalls sei der blosse unvollendete Versuch des In-Umlaufsetzens falschen Geldes als durch die Verurteilung wegen Geldfälschung im Sinne von <ref-law> mitbestrafte Nachtat zu werten (E. 4a/cc S. 162).
Der vorliegend zu beurteilende Sachverhalt kann nicht mit den Sachverhalten betreffend Herstellung eines Falsifikats und dessen Inverkehrbringen bzw. In-Umlaufsetzen verglichen werden. Die dem Beschwerdeführer in den Anklageziffern II.C.9 und II.C.12 zur Last gelegten Straftaten hatten lediglich einen gemeinsamen Endzweck, was aber in der Regel die Vortat sowenig wie die Nachtat straflos macht (<ref-ruling> ff., 248, mit Hinweisen). Indem der Beschwerdeführer die von ihm hergestellte unwahre Urkunde zunächst dem Notariat N._ und in der Folge dem Handelsregisteramt des Kantons Zürich vorlegte, hat er sie auch nicht lediglich im Sinne von Art. 251 Ziff. 1 Abs. 2 (a)StGB "gebraucht".
d/aa) Indem der Beschwerdeführer im März 1983 dem Handelsregisterbeamten unter anderem durch Vorlage von inhaltlich unwahren Dokumenten wahrheitswidrig angab, das Aktienkapital sei auch im Umfang der per Ende Dezember 1982 beschlossenen Erhöhung voll liberiert (Anklageziffer II.C.12), erfüllte er nach der zutreffenden und in der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde denn auch nicht mehr bestrittenen Auffassung der Vorinstanz den Tatbestand der Erschleichung einer falschen Beurkundung im Sinne von <ref-law>. Diese Handlung ist nicht bloss eine straflose Nachtat zum vorangegangenen Verhalten, sondern aus den von der Vorinstanz im ersten Urteil genannten Gründen eine eigenständige Straftat, was der Beschwerdeführer in der Nichtigkeitsbeschwerde offenbar nicht mehr in Abrede stellt.
bb) Indem der Beschwerdeführer die inhaltlich unwahren Dokumente erstellte, aus denen sich ergab, dass die A._ AG der B._ AG angeblich Fr. 383'220. -- schulde (Anklageziffer II.C.9), erfüllte er nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz den Tatbestand der Falschbeurkundung im Sinne von Art. 251 Ziff. 1 aStGB; denn diese Dokumente sind als Bestandteil der Buchhaltung zu betrachten und daher als Urkunden zu qualifizieren. Indem der Beschwerdeführer eine Kopie des manipulierten Kontoblatts vom Notariat N._ amtlich beglaubigen liess (Anklageziffer II.C.9), erfüllte er nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz den Tatbestand der Erschleichung einer falschen Beurkundung im Sinne von <ref-law>. Weder die eine noch die andere Tat ist als blosse straflose Vortat zur anschliessenden Erschleichung einer falschen Beurkundung durch Anmeldung der Aktienkapitalerhöhung beim Handelsregisteramt zu qualifizieren. Bei Gelegenheit der Beglaubigung des inhaltlich unwahren Kontoblatts wurde ein anderer Beamter getäuscht, nämlich ein Beamter des Notariats N._. Durch die Erstellung des inhaltlich unwahren Kontoblatts betreffend angebliche Schulden der A._ AG gegenüber der B._ AG schuf der Beschwerdeführer eine inhaltlich unwahre Buchhaltung, was in Anbetracht der erheblichen Bedeutung der Buchhaltung im Geschäftsverkehr als eigenständige Straftat zu qualifizieren ist, auch wenn die Fälschung im konkreten Fall einzig zum Zwecke der Vortäuschung der vollständigen Liberierung des Aktienkapitals im Umfang der Erhöhung erfolgte. Im Übrigen macht der Beschwerdeführer in der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde nicht geltend, dass zwischen den beiden Straftaten der Erstellung des unwahren Dokuments betreffend das Konto (Falschbeurkundung) und der notariellen Beglaubigung dieses Dokuments (Erschleichung einer falschen Beurkundung), die ihm in Anklageziffer II.C.9vorgeworfenwerden, unechteKonkurrenzbestehe.
Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde ist daher auch in diesem Punkt abzuweisen.
3.-a) Die Vorinstanz hat in ihrem ersten Urteil vom 22. November 1996 in Anwendung von <ref-law> dem Beschwerdeführer erheblich strafmildernd zugute gehalten, dass seit der letzten Tat beinahe 14 Jahre verstrichen seien und er sich in dieser sehr langen Zeit wohl verhalten habe (erstes Urteil der Vorinstanz, kant. Akten act. 90, S. 125 E. 3.5.). Das Kassationsgericht des Kantons Zürich hat in seinem ersten Entscheid vom 19. Mai 1998 die vom Beschwerdeführer erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde gutgeheissen, da das Urteil vom 22. November 1996 bezüglich der Schuldsprüche in verschiedenen Anklagepunkten mit Nichtigkeitsgründen behaftet sei, und es hat daher das erste Urteil der Vorinstanz aufgehoben. Das Kassationsgericht wies darauf hin, dass eine erneute Verurteilung des Beschwerdeführers in den Anklagepunkten B praktisch nicht mehr in Frage kommen werde, da die absolute Verjährungsfrist nach der Rückweisung nur noch für wenige Tage wieder aufleben werde und diese Zeit für eine erneute Verhandlung und Beurteilung nicht ausreiche. Im Anschluss daran hielt das Kassationsgericht Folgendes fest: "Für die Anklagepunkte C beträgt die verbleibende Frist nur noch etwas mehr als ein Jahr. Das Strafverfahren wurde anfangs 1989 eröffnet. Unter diesen Umständen könnte die Vorinstanz allenfalls auch prüfen, ob sich im Hinblick auf eine übermässige Verfahrensdauer ein Nichteintreten auch auf die Anklagepunkte C rechtfertigen liesse (vgl. <ref-ruling>)" (erster Entscheid des Kassationsgerichts vom 19. Mai 1998, kant. Akten act. 108, S. 29/30).
Die Vorinstanz hat in den Erwägungen des angefochtenen Urteils eine Verletzung des Beschleunigungsgebots festgestellt (angefochtener Entscheid S. 13 E. 2.5.). Sie hat eine Verfahrenseinstellung in den wenigen noch verbliebenen, nicht verjährten Anklagepunkten abgelehnt (angefochtenes Urteil S. 15 f. E. 2.6.4.). Sie hat aber die festgestellte Verletzung des Beschleunigungsgebots "erheblich strafmildernd" berücksichtigt (angefochtenes Urteil S. 33/34).
Das Kassationsgericht hat in seinem zweiten Entscheid vom 7. Juli 2001 die Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe die Verletzung des Beschleunigungsgebots zu Unrecht lediglich in den Urteilserwägungen statt im Dispositiv festgestellt, als begründet erachtet und daher in teilweiser Gutheissung der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde in seinem eigenen Entscheiddispositiv festgestellt, dass das Beschleunigungsgebot im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK verletzt worden sei.
b) Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe der festgestellten Verletzung des Beschleunigungsgebots nicht gebührend Rechnung getragen. Zwar sei richtig, dass er keine Untersuchungshaft erlitten habe. Doch nicht nur die Untersuchungshaft beschränke die persönliche Freiheit, sondern auch das andauernde Verfahren, indem z.B. jede Auslandreise als Anzeichen für Flucht oder Fluchtgefahr gedeutet werden und zum Erlass eines Haftbefehls führen könnte. Sodann werde das soziale Ansehen des Beschuldigten nicht erst durch die Strafe, sondern schon durch das Strafverfahren als solches beeinträchtigt. Er habe vor der Vorinstanz unwidersprochen darauf hingewiesen, dass er keine Chance gehabt habe, eine Stelle zu erhalten, die auch nur einigermassen mit jener vergleichbar sei, welche er bei der A._- Gruppe gehabt habe. Die Treuhandfirma T._ habe seit einem Jahrzehnt mit geschickten ruf- und karriereschädigenden Medieninformationen dafür gesorgt, dass er auch keine Aufstiegschancen mehr gehabt habe. Gerade bei Strafverfahren, die, wie im vorliegenden Fall, in den Medien ein grosses Echo fänden, seien die Folgen für das soziale Ansehen, im beruflichen Bereich und in wirtschaftlicher Hinsicht besonders schwerwiegend. Diese Folgen würden noch verstärkt, wenn das Verfahren über Gebühr andauere. Er sei mit schwerwiegenden Vorwürfen konfrontiert und daher durch die Ungewissheit über den Ausgang des Verfahrens ebenfalls belastet worden. Die Vorinstanz habe alle diese Umstände gänzlich übergangen, obwohl sie diese in tatsächlicher Hinsicht keineswegs in Frage gestellt habe.
Demgegenüber fielen die Interessen der Geschädigten nur geringfügig ins Gewicht. Schadenersatzansprüche seien nicht zur Diskussion gestanden. Die Vorinstanz habe den Beschwerdeführer in Bestätigung des erstinstanzlichen Entscheids lediglich zur Bezahlung einer Umtriebsentschädigung von Fr. 5'000. -- verpflichtet. Insgesamt erscheine daher die Gewichtung der Wirkungen der Verfahrensverzögerung durch die Vorinstanz als den Umständen nicht angemessen. Bei der Strafzumessung habe die Vorinstanz zudem berücksichtigen müssen, dass im angefochtenen Urteil auf zahlreiche Anklagepunkte, in welchen er im ersten vorinstanzlichen Entscheid vom 22. November 1996 noch verurteilt worden sei, infolge Verjährung nicht mehr eingetreten und dass er in einem Anklagepunkt neu freigesprochen worden sei. Dem angefochtenen Urteil könne nicht entnommen werden, inwieweit die Herabsetzung der bedingt vollziehbaren Gefängnisstrafe von sieben Monaten gemäss dem ersten vorinstanzlichen Entscheid auf einen Monat auf den Wegfall weiterer Anklagepunkte und inwieweit sie auf die festgestellte Verletzung des Beschleunigungsgebots zurückzuführen sei. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sei der Richter aber verpflichtet, im Urteil darzulegen, in welchem Ausmass er die festgestellte Verletzung des Beschleunigungsgebots berücksichtigt habe. Dieser Verpflichtung sei die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid nicht nachgekommen. Der Beschwerdeführer habe die noch Gegenstand des angefochtenen Urteils bildenden Straftaten Ende 1982 bzw. im Frühjahr 1983 begangen. Angesichts der langen Zeit, die in zwischen verstrichen sei, sei eine Bestrafung höchstunbillig (Nichtigkeitsbeschwerde S. 15ff. ).
c) Am 17. April 1985 wurde über die A._ AG der Konkurs eröffnet. Im November 1985 wurde die Treuhandfirma T._ zur ausseramtlichen Konkursverwalterin ernannt. Diese erstattete am 18. Januar 1989 Strafanzeige, welche Sachverhalte zum Gegenstand hatte, die sich in den Jahren 1980 - 1982 ereignet hatten. Am 14. September 1989 wurde der Beschwerdeführer erstmals vom Bezirksanwalt allgemein einvernommen; dabei wurde ihm amtlich die Begehung von Straftaten angelastet. Mit Verfügung von 6. Oktober 1994 stellte die Anklagebehörde das Verfahren gegen den Beschwerdeführer und den Mitangeklagten teilweise ein; damit entfielen die Vorwürfe des Betrugs, der ungetreuen Geschäftsführung, des betrügerischen Konkurses sowie des leichtsinnigen Konkurses und Vermögensverfalls. Am 23. Oktober 1994 wurde gegen den Beschwerdeführer und den Mitangeklagten Anklage erhoben wegen mehrfacher Falschbeurkundung und Erschleichung einer falschen Beurkundung, begangen im Rahmen von drei Erhöhungen des Aktienkapitals der A._ AG in den Jahren 1980, 1981 und 1982 (Anklagepunkte A, B und C) in Höhe von mehreren Millionen Franken im Wesentlichen dadurch, dass unter Verwendung von inhaltlich unwahren Dokumenten, welche wahrheitswidrig Schulden der A._ AG auswiesen, vorgetäuscht wurde, die von den angeblichen Gläubigern gezeichneten Aktien seien, durch Verrechnung, voll liberiert worden, was jeweils durch Täuschung des Registerführers auch im Handelsregister eingetragen wurde. Mit erstinstanzlichem Urteil vom 29. August 1995 wurde der Beschwerdeführer in einigen Anklagepunkten schuldig gesprochen und deshalb zu einer bedingt vollziehbaren Gefängnisstrafe von fünf Monaten verurteilt; in den meisten Anklagepunkten wurde er freigesprochen (kant. Akten act. 77, S. 90 ff.). Die Vorinstanz bestätigte in ihrem ersten Urteil vom 22. November 1996 im Wesentlichen die erstinstanzlichen Schuld- und Freisprüche mit der Modifikation, dass auf die Anklage im Zusammenhang mit der Aktienkapitalerhöhung vom 11. Juni 1980 infolge Verjährung auch in dem Punkt nicht eingetreten wurde, in welchem der Beschwerdeführer von der ersten Instanz freigesprochen worden war. Die Vorinstanz erhöhte die Strafe auf sieben Monate Gefängnis, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren (kant. Akten act. 90 S. 127, 130 ff., ferner S. 78 f.). Das Kassationsgericht des Kantons Zürich hob in seinem ersten Entscheid vom 19. Mai 1998 das Urteil des Obergerichts vom 22. November 1996 in Gutheissung der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde des Beschwerdeführers auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Diese verurteilte den Beschwerdeführer im hier angefochtenen Entscheid vom 7. April 1999 wegen Falschbeurkundung im Anklagepunkt II.C.9 und wegen mehrfacher Erschleichung einer falschen Beurkundung in den Anklagepunkten II.C.9 und II.C.12 - d.h. wegen insgesamt drei Straftaten - zu einer bedingt vollziehbaren Gefängnisstrafe von einem Monat.
d) Die Frist, deren Angemessenheit unter dem Gesichtspunkt der Verletzung des Beschleunigungsgebots zu prüfen ist, begann am 14. September 1989, als dem Beschwerdeführer anlässlich der ersten Einvernahme erstmals die Begehung von Straftaten amtlich angelastet wurde (siehe dazu <ref-ruling> E. 3 S. 126). In der Folge wurden der Beschwerdeführer und der Mitangeklagte sowie mehrere Zeugen, teilweise mehrfach, einvernommen und Gutachten in Auftrag gegeben. Der Fall war sehr umfangreich und komplex. Er war in tatsächlicher, materiell-rechtlicher und auch verfahrensrechtlicher Hinsicht schwierig. Zeitraubend waren vor allem die Untersuchungen durch die Bücherexperten. Zudem war der Mitangeklagte häufig und für längere Zeit auslandabwesend. Rund fünf Jahre nach der ersten Einvernahme des Beschwerdeführers wurde die Untersuchung in Bezug auf die schwerwiegenden Vorwürfe des Betrugs, der ungetreuen Geschäftsführung, des betrügerischen Konkurses sowie des leichtsinnigen Konkurses und Vermögensverfalls eingestellt und Anklage wegen mehrfacher Falschbeurkundung und Erschleichung einer falschen Beurkundung erhoben. In der Folge wurden Entscheide in den - in Anbetracht der Komplexität des Falles - einigermassen üblichen zeitlichen Abständen gefällt (erstinstanzliches Urteil vom 29. August 1995; erstes Berufungsurteil der Vorinstanz vom 22. November 1996; erster Entscheid des Kassationsgerichts vom 19. Mai 1998; angefochtenes Urteil vom 7. April 1999). Mit der Ausfällung des hier angefochtenen Entscheides endete die Frist, deren Angemessenheit unter dem Gesichtspunkt der Verletzung des Beschleunigungsgebots zu prüfen ist.
aa) Die von der Vorinstanz anerkannte Verletzung des Beschleunigungsgebots bei einer massgebenden Verfahrensdauer von insgesamt rund 9 1/2 Jahren wiegt angesichts der insbesondere in der ersten Phase des Verfahrens gegebenen Komplexität des Falles nicht allzu schwer.
Unter diesen Umständen kann eine Einstellung des Verfahrens, die "ultima ratio" ist, nur unter ganz besonderen, den Beschuldigten ausserordentlich belastenden Umständen in Betracht kommen. Solche Umstände vermag der Beschwerdeführer nicht darzulegen und sind auch nicht ersichtlich.
bb) Der Beschwerdeführer befand sich nie in Untersuchungshaft. Spätestens seit der Einstellung des Verfahrens wegen Betrugs, ungetreuer Geschäftsführung und Konkursdelikten durch Verfügung vom 6. Oktober 1994 konnte der nicht vorbestrafte Beschwerdeführer davon ausgehen, dass lediglich eine bedingt vollziehbare Freiheitsstrafe in Betracht käme. Die Behauptung des Beschwerdeführers, er sei in seiner Freiheit insoweit beschränkt gewesen, als z.B. jede Auslandreise als Anzeichen für Flucht hätte gewertet und daher zu einem Haftbefehl hätte führen können, ist nicht belegt. In diesem Zusammenhang ist immerhin darauf hinzuweisen, dass der Mitangeklagte, welchem im Wesentlichen dieselben Straftaten wie dem Beschwerdeführer zur Last gelegt wurden, sich schon in der ersten Phase des Verfahrens mehrmals für längere Zeit im Ausland aufhielt (siehe dazu angefochtenes Urteil S. 12 unten). Die Beeinträchtigung des sozialen Ansehens und der Karriereaussichten des Beschwerdeführers ergab sich zwangsläufig aus dem Strafverfahren sowie aus Art und Schwere der gegen ihn erhobenen Vorwürfe im Zusammenhang mit der bisherigen beruflichen Tätigkeit. Wenn diese zwangsläufige Beeinträchtigung infolge von Verfahrensverzögerungen unnötig lange andauert, so kann dies strafmildernd berücksichtigt werden. Dass der Beschwerdeführer gerade wegen der Verfahrensverzögerung als solchen einer besonderen, zusätzlichen Belastung ausgesetzt gewesen sei, wird in der Nichtigkeitsbeschwerde nicht dargelegt. Soweit die angeblichen ruf- und karriereschädigenden Medieninformationen von Seiten der Treuhandfirma T._, welche übrigens in der Nichtigkeitsbeschwerde, auch zeitlich, nicht näher spezifiziert werden, allenfalls vor der Strafanzeige erfolgten, welche von der Treuhandfirma T._ erst rund 4 1/2 Jahre nach der Eröffnung des Konkurses über die A._ AG erstattet wurde, sind sie ohnehin unbeachtlich, da die allenfalls daraus resultierenden Belastungen des Beschwerdeführers in keinem Zusammenhang mit dem Strafverfahren standen.
cc) Dass die Vorinstanz die Möglichkeit eines Schuldspruchs unter Verzicht auf Strafe nicht explizit in Erwägung zog, ficht der Beschwerdeführer mit Recht nicht an. Diese Folge einer Verletzung des Beschleunigungsgebots kann an Stelle einer Verfahrenseinstellung dann in Betracht kommen, wenn Zivilansprüche aus strafbarer Handlung zur Diskussion stehen, deren Durchsetzung durch einen Schuldspruch erleichtert wird; diese Voraussetzung ist vorliegend nicht erfüllt.
Unter Berücksichtigung der gesamten Umstände erscheint eine Strafmilderung als Folge der Verletzung des Beschleunigungsgebots als bundesrechtskonform.
e) Im Falle der Verletzung des Beschleunigungsgebots hat der Richter im Urteil darzulegen, in welchem Ausmass er diesen Umstand berücksichtigt hat (<ref-ruling> E. 4d S. 129). Die Vorinstanz hält fest, der Verletzung des Beschleunigungsgebots sei "erheblich strafmildernd" Rechnung zu tragen (angefochtenes Urteil S. 33/ 34). Dies reicht im konkreten Fall zur Begründung aus. Eine Bezifferung der Strafmilderung in Zahlen oder Prozenten könnte zum Zwecke der Erleichterung der Überprüfung zwar gerade in einem Fall der vorliegenden Art wünschenswert sein, in welchem die im ersten Berufungsurteil ausgefällte Strafe zudem auch deshalb herabzusetzen war, weil in einigen Anklagepunkten, in welchen der Beschwerdeführer im ersten Berufungsentscheid noch verurteilt worden war, das Verfahren infolge inzwischen eingetretener Verjährung eingestellt werden musste. Auch in einem solchen Fall ist aber, wie grundsätzlich ganz allgemein (vgl. z.B. <ref-ruling> E. 2a/aa S. 56; <ref-ruling>), eine Bezifferung entgegen den Andeutungen in der Nichtigkeitsbeschwerde, anders als ausnahmsweise etwa bei der retrospektiven Konkurrenz (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2b S. 120 f.), bundesrechtlich nicht vorgeschrieben.
Die Vorinstanz hat den Beschwerdeführer im ersten Berufungsurteil vom 22. November 1996 zu einer bedingt vollziehbaren Gefängnisstrafe von sieben Monaten und im hier angefochtenen Entscheid zu einer bedingt vollziehbaren Gefängnisstrafe von einem Monat verur- teilt. Nach der Darstellung in der Nichtigkeitsbeschwerde (S. 17) entfielen infolge Verjährung fünf Anklageziffern, in welchen der Beschwerdeführer im ersten Entscheid der Vorinstanz noch verurteilt worden war. Es verblieben die beiden Anklageziffern II.C.9 und II.C.12. Der Wegfall der vom Beschwerdeführer genannten Anklageziffern allein konnte offensichtlich nicht zu einer Herabsetzung der Freiheitsstrafe von sieben Monaten auf einen Monat führen, zumal bei Mehrheit von Straftaten nicht das Kumulations-, sondern das Asperationsprinzip Anwendung findet. Allerdings war auch dem Strafmilderungsgrund des Wohlverhaltens während verhältnismässig langer Zeit, welchen die Vorinstanz schon in ihrem ersten Berufungsurteil vom 22. November 1996 erheblich strafmildernd berücksichtigt hatte (kant. Akten act. 90 S. 125), zusätzlich Rechnung zu tragen, da in der Zwischenzeit wiederum knapp 2 1/2 Jahre verstrichen waren. Es kann jedoch angenommen werden, dass die Vorinstanz im angefochtenen Urteil im Falle der Verneinung einer Verletzung des Beschleunigungsgebots unter Berücksichtigung aller Umstände eine bedingt vollziehbare Freiheitsstrafe von jedenfalls mindestens zwei Monaten ausgefällt hätte und sie somit der festgestellten Verletzung des Beschleunigungsgebots durch Herabsetzung der Strafe auf einen Monat tatsächlich erheblich Rechnung getragen hat.
Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde ist daher auch in diesem Punkt abzuweisen.
4.- Da die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde somit abzuweisen ist, hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000. -- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Zürich, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 24. August 2001
Im Namen des Kassationshofes des
SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: