hat sich ergeben:
A.- Der 1962 geborene, gemäss eigenen Angaben aus Afghanistan stammende A._ reiste im Oktober 1990 in die Schweiz ein und ersuchte um Asyl. Das Bundesamt für Flüchtlinge lehnte sein Asylgesuch am 16. November 1993 ab; die Schweizerische Asylrekurskommission bestätigte diesen Entscheid am 28. Oktober 1994. Am 20. Juli 1995 nahm die Fremdenpolizei des Kantons Bern (im Folgenden: Fremdenpolizei) A._ in Ausschaffungshaft, welche der Gerichtspräsident XI von Bern am 24. Juli 1995 genehmigte. Am 1. September (schriftliche Begründung: 11. September) 1995 hiess der a.o. Gerichtspräsident XI von Bern ein Haftentlassungsgesuch von A._ gut und ordnete seine sofortige Entlassung aus der Ausschaffungshaft an. Ende 1996 verliess A._ die Schweiz und begab sich nach Pakistan.
Am 9. Oktober 1997 stellte das Bundesamt für Flüchtlinge dem Parteivertreter von A._ einen Ent-wurf der Schlussabrechnung des Sicherheitskontos zu.
Den geleisteten Sicherheiten von Fr. 8'519. 10 standen da-bei rückerstattungspflichtige Fürsorgeleistungen von Fr. 9'200.-- (Pauschale von Fr. 4'800.-- pro Person, zuzüglich Vollzugskosten von Fr. 4'400.--) gegenüber, was einen Negativsaldo von Fr. 680. 90 ergab. Mit Antwortschreiben vom 5. November 1997 anerkannte der Rechtsvertreter zwar die Höhe der geleisteten Sicherheiten sowie die Pauschale für die Fürsorgekosten, wandte sich aber dagegen, dass A._ ebenfalls die Kosten für die Ausschaffungshaft zu tragen habe.
In seiner Schlussabrechung vom 15. Dezember 1997 erhöhte das Bundesamt für Flüchtlinge die Vollzugskosten um den Betrag von Fr. 191.-- (für die Vorführung von A._ bei der Botschaft und für die Begleitgebühr) und verfügte Folgendes:
"1. Das Sicherheitskonto Nr. **** weist mit Datum
vom 8. Oktober 1997 einen Saldo von Fr. 8'519. 10
auf.
2. Die zurückerstattenden Fürsorge- und Vollzugskosten
werden auf Fr. 9'391.-- festgesetzt. Vom aus
dem Erwerbseinkommen geäufneten Sicherheitskonto
hat Herr A._ an die verursachten Fürsorge- und Vollzugskosten einen Betrag von maximal
Fr. 9'391.-- zu leisten.
3. Das Sicherheitskonto Nr. **** wird saldiert. Der
Saldo des Sicherheitskontos von Fr. 8'519. 10 - abzüglich
Spesen, zuzüglich Zins - wird dem Bundesamt
für Flüchtlinge als anteilmässige Kostenrückerstattung
überwiesen.. "
B.- Diese Verfügung focht A._ beim Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement an. Mit Entscheid vom 14. Juni 2000 wies das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement die Beschwerde ab.
C.- Dagegen hat A._ am 12. Juli 2000 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Er beantragt, den Entscheid des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartementes aufzuheben und ihm den Betrag von Fr. 3'719. 10 nebst 5% Zins seit dem 1. Januar 1997 auszuzahlen.
Er ersucht zudem um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement schliesst auf Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Im Gegensatz zu Art. 11 Abs. 5 des Asylgesetzes vom 5. Oktober 1979 (aAsylG; zuletzt in der Fassung des zweimal verlängerten Bundesbeschlusses vom 22. Juni 1990 [AS 1990 938; AS 1995 4356; AS 1997 2372] der die Verwaltungsgerichtsbeschwerde von Flüchtlingen bzw. Asylbewerbern gegen Verfügungen, die sich auf das Asylgesetz stützten, auch ausserhalb des Bereichs rein asylrechtlicher Entscheide weitgehend ausschloss (vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 492 f.), lässt das am 1. Oktober 1999 in Kraft getretene neue Asylgesetz vom 26. Juni 1998 (AsylG; SR 142. 31) die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen Entscheide des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements nun auch im Asylwesen zu, soweit sie für die konkrete Frage nicht - nach dem Asylgesetz oder dem Bundesrechtspflegegesetz - ausdrücklich für unzulässig erklärt wird (vgl. <ref-law>). Für Beschwerden gegen Entscheide über die Rückerstattung von Ausreise- und Vollzugskosten besteht kein gesetzlicher Ausschlussgrund.
Da für die im Zeitpunkt des Inkrafttretens des neuen Asylgesetzes hängigen Verfahren - in materiell- wie verfahrensrechtlicher Hinsicht - grundsätzlich das neue Recht gilt (<ref-law>), steht gegen den Beschwerdeentscheid des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartementes vom 14. Juni 2000 die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offen.
2.- a) Am 1. Oktober 1999 trat neben dem neuen Asylgesetz auch die neue Asylverordnung 2 über Finanzierungsfragen vom 11. August 1999 (AsylV 2; SR 142. 312) in Kraft.
Gemäss <ref-law> sind, soweit zumutbar, Fürsorge-, Ausreise- und Vollzugskosten sowie die Kosten des Rechtsmittelverfahrens zurückzuerstatten. Der Bundesrat regelt die Einzelheiten und die Ausnahmen von der Rückerstattungspflicht.
Er kann bei der Festsetzung der rückerstattungspflichtigen Kosten von Regelvermutungen ausgehen (<ref-law>). <ref-law> legt fest, dass Asylsuchende und Schutzbedürftige ohne Aufenthaltsbewilligung verpflichtet sind, für die Rückerstattung von Fürsorge-, Ausreise- und Vollzugskosten sowie für die Kosten des Rechtsmittelverfahrens Sicherheit zu leisten; zu diesem Zweck richtet der Bund Sicherheitskonti ein (<ref-law>); der Bundesrat regelt die Einzelheiten (<ref-law>).
b) Der Beschwerdeführer macht unter anderem geltend, das neue Asylgesetz dürfe auf den vorliegenden Fall wegen des Rückwirkungsverbots keine Anwendung finden.
Gemäss <ref-law> gilt für die im Zeitpunkt des Inkrafttretens dieses Gesetzes (hier: 1. Oktober 1999) hängigen Verfahren das neue Recht. Das Asylgesetz regelt in erster Linie das Asyl- und das Wegweisungsverfahren.
Es fragt sich, ob <ref-law> so zu verstehen ist, dass das neue Recht auch auf das vorliegende Verfahren betreffend Abrechnung eines Sicherheitskontos anwendbar ist.
Die Anwendbarkeit von <ref-law> auf Verfahren betreffend Abrechnung eines Sicherheitskontos für bereits vor seinem Inkrafttreten abgeschlossene Sachverhalte würde eine sogenannte echte Rückwirkung darstellen. Gegen eine solche bestehen aber gewichtige verfassungsrechtliche Bedenken, weshalb sie nur ausnahmsweise als zulässig erachtet
wird (unveröffentlichte E. 2b in <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4e S. 271; <ref-ruling> E. 3b/aa S. 408; <ref-ruling> E. 3b/dd S. 124). Insbesondere müsste eine echte Rückwirkung in einer gesetzlichen Bestimmung ausdrücklich angeordnet sein (BGE <ref-ruling> E. 3b/aa S. 408, mit Hinweisen).
<ref-law> nennt nicht ausdrücklich die Verfahren betreffend Rückerstattungspflicht bzw. Abrechnung von Sicherheitskonten.
Aufgrund der oben ausgeführten verfassungsrechtlichen Bedenken rechtfertigt es sich, diese Übergangsbestimmung so auszulegen, dass diese Verfahren jedenfalls dann nicht von ihr erfasst werden, wenn - wie hier - die Schlussabrechnung noch unter dem alten Recht erfolgt ist.
Für diese Auslegung von <ref-law> spricht auch die vom Bundesrat für die neue Asylverordnung 2 gewählte Übergangsregelung: Gemäss Art. 17 Abs. 2 AsylV 2 in Verbindung mit <ref-law> erhalten sicherheitsleistungspflichtige Personen, welche die Schweiz nachgewiesenermassen oder vermutungsweise endgültig verlassen haben, eine Abrechnung, in welcher der Saldo des Sicherheitskontos den rückerstattungspflichtigen Kosten gegenüber gestellt wird. Nur in den hängigen Verfahren betreffend Fälle, wo das Bundesamt eine solche Schlussabrechnung erst nach Inkrafttreten der neuen Asylverordnung 2 zu veranlassen hatte, kommen die Artikel 8-19 AsylV 2 zur Anwendung (vgl. Art. 82 AsylV 2). Damit ist auf den vorliegenden Fall, da die Schlussabrechnung vor dem 1. Oktober 1999 erstellt worden ist, noch die alte Asylverordnung 2 vom 22. Mai 1991 (aAsylV 2; AS 1991 1166; AS 1993 3281; AS 1994 2494; AS 1995 5045; AS 1996 3253) anwendbar.
Der vorliegende Fall ist daher nach dem alten Asylgesetz zu beurteilen.
3.- Gemäss Art. 39 aAsylV 2 sind die gesamten Kosten für den Vollzug der Wegweisung zurückzuerstatten; dabei gelten als Vollzugskosten namentlich die Kosten nach Art. 9 Abs. 1. Art. 9 Abs. 1 lit. c aAsylV 2 nennt die Kosten für den Transport von Asylbewerbern zu ausländischen Vertretungen zwecks Beschaffung der erforderlichen Reisedokumente, lit. d nennt eine Tagespauschale von Fr. 100.-- an die Kosten der Ausschaffungshaft. Auf dieser Grundlage und diesem Tagesansatz basierte denn auch Position 1 der Rechnung des Polizeikommandos der Stadt Bern (44 Tage Ausschaffungshaft à Fr. 100.--).
a) Diese vom Verordnungsgeber geregelte Kostentragungspflicht stützt sich auf Art. 21a Abs. 1 aAsylG, wonach der Gesuchsteller verpflichtet ist, Fürsorgekosten zurückzuerstatten und für künftige Fürsorge-, Ausreise- und Vollzugskosten Sicherheit zu leisten. Gemäss Art. 21a Abs. 6 aAsylG legt der Bundesrat die Einzelheiten fest, insbesondere die Kriterien für die Rückerstattungen und Sicherheitsleistungen.
Der Beschwerdeführer macht geltend, Art. 21a aAsylG stelle für die bestrittene Rückerstattungspflicht keine genügende gesetzliche Grundlage dar, da diese Bestimmung für die Vollzugskosten lediglich eine Sicherstellungspflicht, nicht aber eine Rückzahlungspflicht postuliere.
Diese Argumentation überzeugt nicht: Art. 21a aAsylG spricht vom "Gesuchsteller"; gemeint ist der Asylsuchende (vgl. z.B. Art. 19 aAsylG). Im Zeitpunkt der Hängigkeit eines Asylgesuches ist aber noch unbestimmt, ob der Betreffende eines Tages als Flüchtling anerkannt wird oder ob er die Schweiz verlassen muss und dadurch Ausreise- bzw.
Vollzugskosten entstehen können; es ist daher folgerichtig, wenn das Gesetz für diese Phase erst von einer Sicherstellungspflicht spricht. Eine Sicherstellungspflicht machte aber keinen Sinn, wenn der Sicherheitsleistungspflichtige die Kosten, welche er sicherstellen muss, auf keinen Fall je würde bezahlen müssen; damit, dass das Gesetz eine Sicherstellungspflicht festgesetzt hat, hat es auch die entsprechende Rückerstattungspflicht statuiert. Damit aber besteht für die Rückerstattungspflicht betreffend Ausreise- und Vollzugskosten mit Art. 21a Abs. 1 aAsylG eine genügende gesetzliche Grundlage.
b) Der Beschwerdeführer betrachtet die Rückerstattungspflicht für Kosten der Ausschaffungshaft als rechtsungleich und damit verfassungswidrig, weil im Gegensatz dazu Strafhäftlinge nicht mit Strafvollzugskosten belastet würden.
aa) Das Bundesgericht kann im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vorfrageweise Verordnungen des Bundesrates auf ihre Gesetzes- und Verfassungsmässigkeit prüfen.
Bei unselbständigen Verordnungen, die sich auf eine gesetzliche Delegation stützen, prüft es, ob sich der Bundesrat an die Grenzen der ihm im Gesetz eingeräumten Befugnis gehalten hat. Soweit das Gesetz den Bundesrat nicht ermächtigt, von der Verfassung abzuweichen, befindet das Gericht auch über die Verfassungsmässigkeit von unselbständigen Verordnungen.
Wird dem Bundesrat durch die gesetzliche Delegation ein sehr weiter Bereich des Ermessens für die Regelung auf Verordnungsstufe eingeräumt, so ist dieser Spielraum nach Art. 114bis Abs. 3 aBV bzw. <ref-law> für das Bundesgericht verbindlich. Es darf in diesem Fall bei der Überprüfung der Verordnung nicht sein eigenes Ermessen an
die Stelle desjenigen des Bundesrats setzen, sondern hat seine Prüfung darauf zu beschränken, ob die Verordnung den Rahmen der dem Bundesrat im Gesetz delegierten Kompetenz offensichtlich sprengt oder aus anderen Gründen gesetz- oder verfassungswidrig ist (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 245, mit Hinweisen).
bb) Eine Regelung verletzt den Grundsatz der Rechtsgleichheit und damit Art. 4 Abs. 1 aBV bzw. <ref-law>, wenn sie rechtliche Unterscheidungen trifft, für die ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder Unterscheidungen unterlässt, die sich aufgrund der Verhältnisse aufdrängen.
Die Rechtsgleichheit ist verletzt, wenn Gleiches nicht nach Massgabe seiner Gleichheit oder Ungleiches nicht nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Vorausgesetzt wird, dass sich der unbegründete Unterschied oder die unbegründete Gleichstellung auf eine wesentliche Tatsache bezieht. Die Frage, ob für eine rechtliche Unterscheidung ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen ersichtlich ist, kann zu verschiedenen Zeiten verschieden beantwortet werden, je nach den herrschenden Anschauungen und Zeitverhältnissen (vgl. <ref-ruling> E. 6a S. 7).
Es trifft nicht zu, dass die Strafhäftlinge, wie der Beschwerdeführer behauptet, zum Vornherein nicht mit Strafvollzugskosten belastet werden dürfen; der Strafvollzug ist nicht immer und überall unentgeltlich: Gemäss <ref-law> bestimmen die Kantone, unter Vorbehalt der Unterstützungspflicht der Verwandten (<ref-law>), wer die Kosten des Vollzuges von Strafen und Massnahmen zu tragen hat, wenn weder der Betroffene selbst noch, falls er unmündig ist, die Eltern die Kosten bestreiten können. Diese Bestim- mung schliesst die Überbindung der Strafvollzugskosten an den Verurteilten, namentlich wenn dieser in günstigen wirtschaftlichen Verhältnissen lebt, jedenfalls nicht aus (vgl.
z.B. § 242 der Strafprozessordnung des Kantons Aargau und § 37 des zürcherischen Straf- und Vollzugsgesetzes; ferner <ref-ruling> E. 2a S. 290).
Die Ausschaffungshaft verfolgt sodann ein ganz anderes Ziel als der Strafvollzug; sie dient der Sicherstellung des Vollzugs einer Wegweisung (vgl. Art. 13b Abs. 1 ANAG) und kann daher naturgemäss einzig Ausländer betreffen, die kein Bleiberecht (mehr) in unserem Land haben. Der Vollzug einer Zuchthaus- oder Gefängnisstrafe hingegen soll erziehend auf den Gefangenen einwirken und ihn auf den Wiedereintritt in das bürgerliche Leben vorbereiten (vgl. <ref-law>); er betrifft gleichermassen Schweizer wie Ausländer mit oder ohne Bleiberecht in der Schweiz.
Dieser massgebliche Unterschied rechtfertigt ohne weiteres eine unterschiedliche Regelung in Bezug auf die Kostentragung; es ist daher nicht verfassungswidrig, dem Ausländer die Kosten von Ausschaffungshaft und Vorführung vor den ausländischen Behörden aufzuerlegen (vgl. auch <ref-ruling> E. 2e S. 172 f. bezüglich Kosten der Untersuchungshaft).
c) Nachdem für die unterschiedliche Regelung der Kostentragungspflicht von Strafvollzugskosten einerseits und Kosten der Ausschaffungshaft anderseits vernünftige Gründe bestehen, steht die angefochtene Rückforderungsverfügung entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers auch nicht im Widerspruch zu dem in Art. 26 UNO-Pakt II verankerten Diskriminierungsverbot (vgl. dazu, insbesondere
auch in Bezug auf den durch die Schweiz angebrachten Vorbehalt, <ref-ruling> E. 4d S. 479).
4.- a) Der Beschwerdeführer macht geltend, die Kosten der Ausschaffungshaft dürften ihm nicht auferlegt werden, da sie ungerechtfertigt gewesen sei, was die Haftentlassung gezeigt habe.
Der Beschwerdeführer hat damals den Entscheid des Haftrichters vom 24. Juli 1995, mit welchem die Anordnung der Ausschaffungshaft bestätigt wurde, nicht angefochten; entsprechend kann er sich nun nicht nachträglich darauf berufen, die Ausschaffungshaft hätte nicht angeordnet werden dürfen. Im Übrigen geht aus dem Haftentlassungsentscheid vom 1./11. September 1995 hervor, dass der Haftrichter die Untertauchensgefahr als weggefallen betrachtete, insbesondere weil nach dem Haftentscheid neu dazugekommen war, dass die Gemeinde X._ bereit war, dem Beschwerdeführer eine Unterkunft zur Verfügung zu stellen und ihn finanziell zu unterstützen.
b) Der Beschwerdeführer argumentiert ferner, in seinem Fall habe die Anordnung der Ausschaffung letztendlich gar nicht dem Vollzug seiner Wegweisung gedient, denn er sei nicht ausgeschafft worden, sondern habe die Schweiz selber verlassen.
Auch diese Argumentation überzeugt nicht: Es muss für die Auferlegung der Kosten genügen, dass die Ausschaffungshaft grundsätzlich der Sicherstellung des Vollzugs der Wegweisung dient (vgl. Art. 13b Abs. 1 ANAG). Für das Erfordernis einer eigentlichen Kausalität zwischen der Ausschaf- fungshaft und dem Verlassen der Schweiz durch den Ausländer hingegen finden sich in Gesetz und Verordnung keine Anhaltspunkte.
Ein solches Erfordernis wäre im Übrigen auch kaum praktikabel. Hätte der Beschwerdeführer im Übrigen die Schweiz bis zum 15. Februar 1995 (Ausreisefrist gemäss Verfügung des Bundesamt für Flüchtlinge vom 8. November 1994) ordnungsgemäss verlassen, so wären die Kosten der Ausschaffungshaft gar nicht angefallen.
5.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen. Gemäss diesem Verfahrensausgang würde der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (vgl.
Art. 156 Abs. 1 OG). Da die Beschwerde nicht als zum Vornherein aussichtslos gelten kann, ist seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung trotz gewisser Zweifel an der Bedürftigkeit zu entsprechen (vgl. Art. 152 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen:
a) Es werden keine Kosten erhoben.
b) Fürsprecher Christian Flückiger wird als amtlicher Vertreter des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 1'800.-- ausgerichtet.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 5. Dezember 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: