Sachverhalt:
A.
X._ ist Eigentümer der 62'504 m2 und 32'654 m2 grossen Parzellen Nrn. 240 und 241, Grundbuch Jonschwil. Beide Grundstücke sind unbebaut und der Landwirtschaftzone zugeteilt sowie teilweise bzw. ganz als Fruchtfolgefläche (FFF) ausgeschieden. Die nebeneinanderliegenden Grundstücke werden einzig durch die schmale Bachparzelle Nr. 242 getrennt, auf welcher der Schwarzenbach als offener Entwässerungsgraben fliesst. Bei der nordwestlichen Ecke des Grundstücks Nr. 241 mündet der Bach in einen rechteckigen Durchlass unterhalb der Berghofstrasse. Ab hier verläuft der Bach eingedolt, unmittelbar an einer Transformatorenstation vorbei, durch das Siedlungsgebiet. Nach rund 160 m tritt der Bach wieder zu Tage.
B.
Am 15. April 2010 stellte die Politische Gemeinde Jonschwil ein Baugesuch für die Öffnung und Umlegung des Schwarzenbachs. Danach soll der Bach neu unmittelbar vor der Eindolung in einer Linkskurve nach Süden über die nordwestliche Ecke des Grundstücks Nr. 241 geleitet werden; von dort soll er unter einer neuen Strassenbrücke hindurch und anschliessend südlich an der Transformatorenstation vorbei auf die Parzelle Nr. 1628 als leicht mäandrierendes Niedriggewässer offen geführt werden. Die bestehende Eindolung soll saniert und fortan als öffentlicher Regenwasserauffangkanal für das Siedlungsgebiet genutzt werden. Für die Umlenkung des Baches werden 120 m2 des Grundstücks Nr. 241 benötigt.
Mit der Auflage des Wasserbauprojekts erliess der Gemeinderat gleichzeitig den Teilzonenplan Breiti II, mit dem die Parzelle Nr. 1628 von der Landwirtschaftszone in die Bauzone bzw. (im Bereich des neuen Bachlaufs) in die Grünzone Freihaltung eingezont werden soll, und den Baulinienplan Schwarzenbach, der beidseits des Bachs Gewässerabstandslinien festlegt.
C.
X._ erhob gegen das Wasserbauprojekt und gegen beide Planerlasse Einsprache. Er verlangte, das Projekt und die Planerlasse seien derart anzupassen, dass sein Grundstück von der Bachverlegung unberührt bleibe. Der Gemeinderat wies die Einsprache am 20. Oktober 2010 ab.
D.
Gegen den abschlägigen Beschluss der Gemeinde erhob X._ am 8. November 2010 beim Baudepartement des Kantons St. Gallen Rekurs. Er verlangte die Abänderung des Bachprojekts und der Planerlasse; zudem sei festzustellen, dass die formelle Enteignung unzulässig sei. Die Rekursbehörde wies das Rechtsmittel mit Entscheid vom 29. Juni 2011 ab.
E.
Dagegen erhob X._ am 13. Juli 2011 beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen Beschwerde. Er wehrte sich vor allem dagegen, dass er wertvolles Ackerland hergeben müsse, damit andernorts Bauland geschaffen werden könne, und zwar einzig deshalb, weil die Gemeinde vor 20 Jahren die Transformatorenstation am falschen Ort errichtet habe.
Das Verwaltungsgericht sistierte das Verfahren, bis das Baudepartement die nötigen Genehmigungen für die angefochtenen Änderungen erlassen hatte (Genehmigung des Teilzonenplans Breiti II und des Baulinienplans Schwarzenbach vom 14. November 2012; Genehmigung des Gewässerbauprojekts vom 1. Oktober 2012). Diese Unterlagen wurden den Verfahrensbeteiligten zur Stellungnahme zugestellt. Am 24. Januar 2013 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
F.
Dagegen hat X._ am 7. März 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts, der Rekursentscheid des Baudepartements und der Einspracheentscheid des Gemeinderates Jonschwil seien aufzuheben. Das Verfahren sei zur Festsetzung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für die kantonalen Verfahren an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
Die Gemeinde Jonschwil, das Verwaltungsgericht und das Baudepartement schliessen auf Abweisung der Beschwerde. A._ (Eigentümer der Parzelle Nr. 1628) hat sich nicht vernehmen lassen.
In seiner Replik hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest.
G.
Mit Verfügung vom 13. Mai 2013 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1.
Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde einzutreten.
Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht) prüft es dagegen nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und genügend begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht ist an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 und <ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2.
Gemäss Art. 38 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 24. Januar 1991 über den Schutz der Gewässer (GSchG; SR 814.20) dürfen Fliessgewässer nicht überdeckt oder eingedolt werden; Ausnahmen können nur in den Fällen gemäss Abs. 2 bewilligt werden. Nach <ref-law> dürfen Fliessgewässer u.a. korrigiert werden, wenn der Schutz von Menschen oder erheblichen Sachwerten es erfordert (lit. a) oder dadurch der Zustand eines bereits verbauten oder korrigierten Gewässers verbessert werden kann. Dabei muss der natürliche Verlauf des Gewässers möglichst beibehalten oder wiederhergestellt werden; Gewässer und Gewässerraum müssen so gestaltet werden, dass sie einer vielfältigen Tier- und Pflanzenwelt als Lebensraum dienen können, die Wechselwirkungen zwischen ober- und unterirdischem Gewässer weitgehend erhalten bleiben und eine standortgerechte Ufervegetation gedeihen kann (Abs. 2).
Vorliegend ist unstreitig, dass der Schwarzenbach auf der bisher eingedolten Strecke offengelegt werden muss: Die Eindolung ist (zumindest mittelfristig) sanierungsbedürftig und kann nach <ref-law> nicht mehr erneuert werden. Ihre Kapazität ist zudem bei starken Niederschlägen ungenügend, weshalb ein Teil des Planungsgebiets überflutungsgefährdet ist. Dies betrifft nicht nur die einzuzonende Parzelle Nr. 1628, sondern auch weitere Grundstücke in der Bauzone. Unstreitig ist grundsätzlich auch, dass der offengelegte Bach nicht der bestehenden Eindolung folgen, sondern in die natürliche Geländemulde auf Parzelle Nr. 1628 verlegt werden soll.
Streitig ist dagegen, ob für das Projekt ca. 120 m2 der Parzelle Nr. 241 des Beschwerdeführers in Anspruch genommen und enteignet werden dürfen (Art. 34 Abs. 1 des St. Galler Wasserbaugesetzes vom 17. Mai 2009 [WBG/SG] i.V.m. Art. 5 ff. des St. Galler Enteignungsgesetzes vom 31. Mai 1984 [EntG/SG]). Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, der Bach müsse entweder nördlich an der Transformatorenstation vorbei geführt werden (vgl. unten, E. 4), oder aber die Transformatorenstation müsse verlegt werden (vgl. unten, E. 3).
3.
Das Verwaltungsgericht führte aus, die Transformatorenstation sei in massiver Bauweise erstellt und seither regelmässig unterhalten und auf dem aktuellsten Stand der Technik gehalten worden. Ihre Verlegung würde gemäss der plausiblen Schätzung eines Ingenieurbüros aus Wil (ohne Landerwerb und weitere Kosten) rund Fr. 426'000.-- kosten. Dies würde die Baukosten des heutigen Gesamtprojekts von Fr. 530'000.-- um rund 80% erhöhen und sei unverhältnismässig. Zwar werde sich die Transformatorenstation im Gewässerraum des verlegten Bachs befinden; sie geniesse jedoch Bestandesschutz gemäss Art. 41c Abs. 2 der Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 (GSchV; SR 814.201).
Diese Erwägungen sind bundesrechtlich nicht zu beanstanden: Ist die Transformatorenstation in absehbarer Zeit nicht umfassend zu erneuern, auszubauen oder zu ersetzen, und ist ihre Verlegung auch gewässerschutzrechtlich nicht geboten, spricht das öffentliche Interesse klar gegen eine solche, zumal sich dadurch die Kosten der Bachverlegung massiv erhöhen würden.
Der Beschwerdeführer wendet dagegen ein, dass die Wertsteigerung der Parzelle Nr. 1628, die nur dank der Bachverlegung dem Baugebiet zugewiesen werden könne, die Kosten der Verschiebung der Transformatorenstation bei Weitem übersteige. Dies mag sein, ist aber nicht entscheidend. Denn die sehr erheblichen Mehrkosten einer Verlegung werden durch den geringfügigen Verlust an Landfläche, die für das Projekt beansprucht wird, in keiner Weise aufgewogen. Abgesehen davon legt der Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern die Verlegungskosten dem Eigentümer der Parzelle Nr. 1628 und nicht der Gemeinde bzw. der Dorfkorporation Schwarzenbach (als Betreiberin der Transformatorenstation) zur Last fallen würden; dies ist auch nicht ohne Weiteres ersichtlich. A._ träg bereits einen erheblichen Kostenanteil (Fr. 267'000.--) und stellt das Land für die Bachverlegung zur Verfügung.
4.
Der Beschwerdeführer befürwortet in erster Linie eine Linienführung des Schwarzenbachs nördlich an der bestehenden Transformatorenstation vorbei, um erst dann in südlicher und westlicher Richtung auf Parzelle Nr. 1628 geleitet zu werden.
4.1. Das Verwaltungsgericht ging mit den Vorinstanzen davon aus, dass die gewählte Linienführung südlich der Transformatorenstation die einzig zweckmässige sei, weil sie dem natürlichen Verlauf des Geländes angepasst in einer Muldenlage verlaufe. Die vom Beschwerdeführer bevorzugte Variante nördlich an der Transformatorenstation vorbei hätte zudem den Nachteil, dass das nötige Freibord von 50 cm, das für ein alle 100 Jahre auftretendes Hochwasserereignis nötig sei, nicht realisiert werden könnte. Weiter würde diese Linienführung eine verstärkte Kurvenführung bedingen, was vermehrte Ausschwemmungen in den Kurvenbereichen zur Folge hätte bzw. zusätzliche kostenaufwendige Sicherungen der Böschungen und zusätzlichen Unterhalt bedingen würde. Und schliesslich müssten auch bei dieser Variante Dritte ihr Land hergeben (Parzellen Nrn. 1324 und 1327). Dieses läge allerdings in der Bauzone und würde damit die betroffenen Grundbesitzer mit ihren kleinflächigen Wohnparzellen unverhältnismässig stärker treffen als den Beschwerdeführer mit seiner grossflächigen Landwirtschaftsparzelle.
Die Gemeinde weist überdies darauf hin, dass die gewählte südliche Linienführung am wenigsten Landfläche von Dritten beanspruche (120 m2; im Gegensatz zu rund 300 m2, wenn der Bach nördlich um die Transformatorenstation herum geführt würde).
4.2. Grundsätzlich steht der Planungsbehörde bei der Festlegung der Linienführung eines zu verlegenden Gewässers ein Gestaltungsspielraum zur Verfügung. Gemeinde und Verwaltungsgericht haben sachliche Gründe für die Wahl der südlichen gegenüber der nördlicheren Linienführung genannt. Der Beschwerdeführer bestreitet zwar, dass bei einer Linienführung nördlich der Transformatorenstation eine steilere Kurvenführung notwendig wäre; er legt jedoch nicht dar, inwiefern die diesbezügliche Feststellung des Verwaltungsgerichts offensichtlich unrichtig sei (<ref-law>). Auch mit den übrigen erwähnten Argumenten setzt er sich nicht auseinander.
4.3. Näher zu prüfen ist jedoch der Einwand des Beschwerdeführers, die von der Gemeinde gewählte Variante widerspreche den Zielen und Grundsätzen des Raumplanungsrechts.
4.3.1. Seines Erachtens widersprecht es dem Gebot der Trennung von Bau- und Nichtbaugebiet und der haushälterischen Bodennutzung (<ref-law>; Art. 1 Abs. 1 RPG) sowie dem Planungsgrundsatz, der Landwirtschaft genügende Fläche geeigneten Kulturlandes und insbesondere Fruchtfolgeflächen zu erhalten (Art. 3 Abs. 2 lit. a RPG, insbesondere in der Fassung der Revision vom 15. Juni 2012), solche für eine Bachverlegung und -offenlegung zu beanspruchen, die der Schaffung von Bauland diene (hier: Einzonung von Parzelle Nr. 1628). Verschiebungen von Nichtbaugebiet zu Baugebiet dürften nur dann stattfinden, wenn keine Alternativen im Baugebiet zur Verfügung stehen. Vorliegend werde durch die Verlegung des Schwarzenbachs das Baugebiet geschont, nämlich die Parzellen Nr. 1327 und 1324, zulasten der Landwirtschaftszone und der Fruchtfolgefläche (Parzelle Nr. 241).
Der offengelegte Bach und sein Gewässerabstand sind nicht überbaubar; insofern bleibt auch die in Anspruch genommene Fläche von 120 m2 der Parzelle Nr. 241 Nichtbaugebiet. Es ist daher nicht ersichtlich, inwiefern das streitige Projekt zu einem "Ausfransen" des Siedlungsgebiets führen sollte. Zwar ermöglicht es die Einzonung der Parzelle Nr. 1628. Diese Parzelle ragt jedoch keilförmig in das bereits überbaute Gebiet hinein; ihre (grundsätzlich unstreitige) Einzonung führt somit zu einer Begradigung der Siedlungsgrenze.
4.3.2. Der Beschwerdeführer verweist auf die Rechtsprechung zum Ausnützungstransfer zwischen Parzellen mit verschiedenen Nutzungsziffern bzw. zwischen Bau- und Nichtbauzone (<ref-ruling> ff.; Urteil des Verwaltungsgerichts St. Gallen vom 3. Dezember 2009, B 2009/34), der unzulässig sei, wenn er dazu diene, einer Zone mit niedriger Ausnützung eine höhere Nutzung zu ermöglichen. Vorliegend führe die Inanspruchnahme seiner Parzelle dazu, dass im Baugebiet eine höhere Nutzung zugelassen werden könne; dies sei unzulässig.
Die Rechtsprechung zum interzonalen Ausnützungstransfer will jedoch insbesondere verhindern, dass die vom Zonenplan festgelegten Zonengrenzen missachtet und die vom kommunalen Gesetzgeber beschlossene Unterteilung des Baugebiets geändert wird (<ref-ruling> E. 3 S. 191 mit Hinweisen). Im vorliegenden Fall geht es dagegen um ein mit der kommunalen Zonenplanung (Teilzonenplan Breiti II) koordiniertes Projekt.
4.3.3. Zwar sollen Fruchtfolgeflächen vor Überbauung geschützt werden und der langfristigen Versorgungssicherung erhalten bleiben (Art. 26 der Raumplanungsverordnung [RPV; SR 700.1]). Wie das Verwaltungsgericht zutreffend dargelegt hat, bedeutet dies nicht, dass solche Flächen für eine Bachverlegung nicht verwendet werden dürften; verlangt wird jedoch eine qualifizierte Interessenabwägung aller massgeblichen Einzelaspekte.
Das Verwaltungsgericht führte dazu aus, das offenzulegende Fliessgewässer werde in eine Geländemulde verlegt, die dem heutigen natürlichen Verlauf des Gewässers entspreche. Dadurch könne das oberflächlich anfallende Wasser natürlich dem Gerinne zufliessen. Das Projekt entschärfe die Hochwassersituation und führe zu einer erheblichen Verbesserung des ökologischen Werts des Gewässers. Die gewählte Linienführung passe den offenzulegenden Bach optimal in die Topographie ein und verursache am wenigsten Kosten. Mit Blick auf die Gesamtfläche von 12 ha, die dem Kanton jährlich für die nicht rückführbare Beanspruchung von Fruchtfolgeflächen zur Verfügung stehe, sei die vorliegend im Streit liegende Fläche von 120 m2 vergleichsweise klein bzw. vernachlässigbar. Aus diesen Gründen sei jede andere Variante nachteiliger. Es rechtfertige sich deshalb, 120 m2 Fruchtfolgeflächen zu Gunsten des vorliegenden Gewässerbauprojekts einzusetzen.
Diese Erwägungen sind aus Sicht des Bundesrechts nicht zu beanstanden. Zwar sieht <ref-law> grundsätzlich eine Kompensation des Verlusts an Fruchtfolgefläche für die Revitalisierung von Gewässern vor. Gemäss Rundschreiben des ARE vom 4. Mai 2011 zum Umgang mit Fruchtfolgeflächen im Gewässerraum geschieht dies jedoch i.d.R. losgelöst vom konkreten Projektverfahren. Dagegen ist jedenfalls gegenüber einem kleinflächigen Vorhaben wie dem Vorliegenden, dessen Kompensation keine Schwierigkeiten bereiten dürfte, nichts einzuwenden.
Der Beschwerdeführer wendet ein, es gingen nicht nur 120 m2, sondern weitere 3'999 m2 Fruchtfolgefläche durch die Einzonung der Parzelle Nr. 1628 verloren. Dieser Verlust entsteht jedoch unabhängig davon, ob der offengelegte Bach über Parzelle Nr. 241 (wie geplant) oder über die (in der Bauzone gelegenen Parzellen Nrn. 1324 bzw. 1327 geführt wird.
5.
Zur Verhältnismässigkeit der Enteignung i.e.S. hat das Verwaltungsgericht festgehalten, dass dem Beschwerdeführer allein in der Politischen Gemeinde Jonschwil sieben Grundstücke, darunter die beiden nebeneinanderliegenden Landwirtschaftsparzellen Nrn. 240 und 241 von insgesamt 95'158 m2, gehören. Allein auf diese beiden Grundstücke bezogen mache die zu enteignende Parzellenecke von 120 m2 lediglich 0,1 Prozent aus. Der Beschwerdeführer werde für den Verlust der Grundstücksecke entschädigt, sofern ihm dafür kein Realersatz angeboten werden könne. Es erachtete die Enteignung daher als zumutbar.
Dem ist zuzustimmen. Sofern die abgeschnittene Ecke der Parzelle Nr. 241 die Bewirtschaftung des übrigen Grundstücks erheblich erschweren und dieses daher im Wert mindern sollte, wie der Beschwerdeführer behauptet, kann dies bei der Festsetzung der Entschädigungssumme berücksichtigt werden (vgl. Art. 15 Abs. 1 lit. b EntG/SG).
6.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gemeinde Jonschwil obsiegt in ihrem amtlichen Wirkungskreis und hat daher praxisgemäss keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, A._, der Politischen Gemeinde Jonschwil sowie dem Baudepartement und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Juni 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber