Sachverhalt:
A. Die 1961 geborene R._ war zuletzt als Technikerin der L._ GmbH erwerbstätig gewesen, als sie sich am 13. März 2008 bei der IV-Stelle des Kantons Aargau zum Leistungsbezug anmeldete und eine Rente beantragte. Nach medizinischen Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidverfahrens wies diese mit Verfügung vom 2. Dezember 2009 das Rentenbegehren bei einem Invaliditätsgrad von 35 % ab.
B. Die von R._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 18. November 2010 in dem Sinne teilweise gut, als es der Versicherten ab 1. Juli 2007 eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zusprach.
C. Mit Beschwerde beantragt R._ sinngemäss, ihr seien unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides ab 1. Juli 2007 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig stellt R._ ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt namentlich dann Bundesrecht, wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 8C_727/2009 vom 19. November 2009 E. 1.2).
2. 2.1 Der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung setzt unter anderem voraus, dass die versicherte Person invalid oder von Invalidität unmittelbar bedroht ist. Invalidität ist gemäss <ref-law> die voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde ganze oder teilweise Erwerbsunfähigkeit.
2.2 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 3.2).
2.3 Streitig und zu prüfen ist, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzte, als der Beschwerdeführerin keine höhere als eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zusprach.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat in umfassender Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere aber gestützt auf das Gutachten der Akademie X._ vom 25. Juni 2009 und unter Berücksichtigung des Berichts des Dr. med. H._, Oberarzt für Hämatologie des Spitals Y._, vom 31. August 2010 für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass die Beschwerdeführerin in der Lage wäre, einer angepassten Tätigkeit zu 50 % nachzugehen. Was die Versicherte gegen diese Feststellung vorbringt, vermag sie nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen. Insbesondere enthält der Bericht des Dr. med. H._ keine konkreten Indizien, welche gegen die Zuverlässigkeit des Gutachtens der Akademie X._ sprechen. Der Hämatologe bestätigt vielmehr ausdrücklich die Einschätzung der Gutachter, dass die Versicherte in angepasster Tätigkeit zu 50 % arbeitsfähig wäre. Zwar begründet er die bestehende Einschränkung in ihrer Erwerbsfähigkeit anders als die Gutachter; der vorinstanzliche Schluss, die von diesem Arzt geschätzte zeitliche Einschränkung sei nicht mit jener der Gutachter zu addieren, ist jedenfalls nicht offensichtlich unrichtig. Dies gilt umso mehr, als auch Dr. med. H._ seine Zufriedenheit darüber zum Ausdruck bringt, dass die Versicherte nicht vollständig aus dem Alltagsprozess herausgenommen werden muss, und er es als realistisches Ziel betrachtet, durch die aufgenommene Behandlung bei abnehmenden Beschwerden wieder eine volle Arbeitsfähigkeit zu erlangen.
3.2 Das kantonale Gericht durfte demnach, ohne Bundesrecht zu verletzen, von einer 50%igen Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin in einer angepassten Tätigkeit ausgehen. Gemäss der darauf basierenden und von der Versicherten nicht beanstandeten vorinstanzlichen Invaliditätsbemessung nach der gemischten Methode beträgt ihr Invaliditätsgrad 41 %, so dass die Zusprache einer Viertelsrente rechtens erscheint. Die Beschwerde ist abzuweisen.
4. Dem Ausgang der Verfahren entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Ihrem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist stattzugeben, da die entsprechenden gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Dominik Frey wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, der Ausgleichskasse des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. März 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer