Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 29. März 2001 erteilte der Bundesrat den Verkehrsbetrieben Glattal VBG, Aktiengesellschaft mit Sitz in Opfikon, die Konzession zum Bau und Betrieb der Glatttalbahn für die Dauer von fünfzig Jahren. Die Glatttalbahn soll als Strassenbahn mit einer Spurweite von 1 m die verkehrsmässige Erschliessung des Siedlungsraumes zwischen der Stadt Zürich und dem Flughafen Zürich-Kloten verbessern. Die insgesamt 12,7 km lange Neubaustrecke führt von Zürich-Oerlikon (Tramhaltestelle Messe/Hallenstadion) bis zur Haltestelle Ambassador, wo sich die Bahn verzweigt. Über den nördlichen Ast wird der Flughafen Kloten erreicht, während die in südöstlicher Richtung führenden Geleise den Raum Wallisellen erschliessen und über das Glatt-Zentrum zum Bahnhof Stettbach gelangen. Die Stadtbahn wird weitgehend ebenerdig verkehren und das Bahntrassee soll vorwiegend auf öffentlichem Strassenraum erstellt werden.
Am 6. März 2002 reichten die Verkehrsbetriebe Glattal dem Bundesamt für Verkehr (BAV) die Pläne und das Plangenehmigungsgesuch für die neue Strassenbahn ein. Projektbestandteile bilden neben der Erstellung des Bahntrassees verschiedene Anpassungen und Umgestaltungen von öffentlichen Strassen, Plätzen und Wegen sowie der Bau von Nebenanlagen. Vorgesehen ist auch die Umlegung zahlreicher im Strassenkörper verlegter Werkleitungen.
Nach Eröffnung des ordentlichen eisenbahn- und enteignungsrechtlichen Plangenehmigungsverfahrens wurden während der Planauflage zahlreiche Einsprachen erhoben. In diesen verlangten u.a. die Eigentümer der vom Bahnbau betroffenen Werkleitungen, dass die Kosten der Umlegung von der Bahn übernommen würden. Die Einigungsverhandlungen verliefen in dieser Hinsicht erfolglos.
Auf Antrag des kantonalen Tiefbauamtes verpflichtete die Baudirektion des Kantons Zürich mit Verfügung vom 2. Mai 2002 die Eigentümer der Werkleitungen, die Kosten für deren Verlegung zu übernehmen. Das hierauf von den Leitungseigentümern beim Regierungsrat angehobene Rekursverfahren wurde bis zum Vorliegen des rechtskräftigen Plangenehmigungsentscheides des BAV sistiert.
Mit Entscheid vom 27. Januar 2004 erteilte das BAV dem Projekt Glatttalbahn unter verschiedenen Vorbehalten und Auflagen die Plangenehmigung. Hinsichtlich der Umlegung der Werkleitungen hielt das BAV fest, die im Auflagedossier enthaltenen Werkleitungspläne würden mit der Auflage genehmigt, dass die Anpassungen der Werkleitungen im Rahmen der Ausführungsprojektierung im Einvernehmen mit den jeweiligen Werkleitungseigentümern auszuarbeiten seien; im Streitfall entscheide das BAV. Auf die Begehren um Übernahme der Kosten für die Umlegung der Werkleitungen trat das Bundesamt nicht ein. Zu diesem Punkt wurde im Entscheid ausgeführt, es sei an sich unbestritten, dass der Bau der Stadtbahn der Eisenbahngesetzgebung unterstehe und die Bahnunternehmung über das Enteignungsrecht gemäss der Bundesgesetzgebung verfüge. Für die Benützung der öffentlichen Strassen bedürfe es allerdings gemäss Art. 6 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes der nach kantonalem Recht erforderlichen Bewilligung. Diese sei vom Regierungsrat des Kantons Zürich erteilt worden. Die Benützung des Strassenraums sei daher kantonalrechtlich ausreichend gesichert. Der Kanton Zürich habe im Rahmen eines Verfahrens nach kantonalem Recht dafür zu sorgen, dass die Bahn von der erteilten kantonalen Bewilligung Gebrauch machen könne. Die Benützung des öffentlichen Strassenraums bilde somit nicht Gegenstand des eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahrens und auch nicht Gegenstand eines Enteignungsverfahrens. Demzufolge könne das BAV auf die von den Werkleitungseigentümern geltend gemachten Entschädigungsansprüche im Rahmen des Plangenehmigungsverfahrens mangels Zuständigkeit nicht eintreten. Über die Tragung der Kosten der Verlegung der bestehenden Werkleitungen sei vielmehr in einem Verfahren nach kantonalem Recht zu befinden.
B. Gegen den Plangenehmigungs- und Einspracheentscheid des BAV haben insgesamt 15 Eigentümerinnen von Werkleitungen - nämlich die Flughafen Zürich AG (Beschwerdeführerin 1), die Swisscom Fixnet AG (Beschwerdeführerin 2), die Stadt Zürich, die Gruppenwasserversorgung Vororte und Glattal (GVG), die Nordostschweizerischen Kraftwerke (NOK), die Erdgas Zürich AG, die Industriellen Betriebe Kloten AG (IBK), die Gemeinde Rümlang, die Elektrizitätswerke des Kantons Zürich (EKZ), die Genossenschaft Wasserversorgung Dübendorf, die Glattwerk AG, die Energie Opfikon AG und die Stadt Opfikon (Beschwerdeführende 3) sowie die Avireal AG (Beschwerdeführerin 4) - bei der Eidgenössischen Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt (Rekurskommission INUM) Beschwerde erhoben.
Die Beschwerdeführenden verlangten im Wesentlichen, dass das BAV angewiesen werde, auf ihre enteignungsrechtlichen Ansprüche einzutreten und über ihre Einsprachebegehren einen materiellen Entscheid zu fällen bzw. diese gutzuheissen. Die Beschwerdeführerin 2 stellte zudem den Antrag, dass das Bahntrassee an verschiedenen Orten verschoben und auf eine Umlegung der Leitungen verzichtet werde. Die Beschwerdeführenden 3 ersuchten um die Anweisung, dass die Verlegung der Werkleitungen durch die Eigentümerinnen selber oder durch ein von ihnen beauftragtes Unternehmen durchgeführt werden könne. Die Beschwerdeführerin 4 beantragte, die Kosten der Leitungsverlegung den Verkehrsbetrieben Glattal aufzuerlegen.
Mit Entscheid vom 15. Oktober 2004 hiess die Rekurskommission INUM die Beschwerden der Beschwerdeführerin 1, der Beschwerdeführerin 2 und der Beschwerdeführerin 4 gut sowie jene der Beschwerdeführenden 3 teilweise gut. Die angefochtene Plangenehmigungsverfügung wurde aufgehoben, soweit die Vorinstanz auf die geltend gemachten Entschädigungsansprüche der Beschwerdeführenden für die Umlegung ihrer Versorgungsanlagen nicht eingetreten war. Die Streitsache wurde im Sinne der Erwägungen zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückgewiesen (alles Dispositiv Ziffer 1).
In ihren Erwägungen hielt die Rekurskommission INUM im Wesentlichen fest, bei der geplanten Glatttalbahn handle es sich um ein schienengebundenes Transportmittel mit eigenem Trassee, das - als Nebenbahn im Sinne von Art. 2 Abs. 1 des Eisenbahngesetzes - dem Bundesrecht unterstehe. Bau und Betrieb solcher Eisenbahnanlagen bedürften einer eidgenössischen Plangenehmigung, und der hierfür nötige Land- und Rechtserwerb sei im eidgenössischen Enteignungsverfahren zu tätigen. Dem kantonalen Recht unterstünden nur die Erstellung oder Änderung von Bauten, die nicht ganz oder überwiegend dem Bahnbetrieb dienten, so auch die sog. gemischten Bauten, deren Zwecksetzung vorwiegend bahnbetriebsfremd sei. Nun seien in den Strassen, die künftig als Trassee für die Stadtbahn dienen sollten, zahlreiche Werkleitungen (für Strom, Wasser, Abwasser, Gas, Fernwärme und Telekommunikation) verlegt, welche gemäss den Plänen entfernt werden sollen, um einen möglichst ungestörten, dauerhaften Bahnbetrieb zu gewährleisten. Diese Versorgungsanlagen dienten zwar unbestrittenermassen nicht dem Bahnbetrieb, doch sei dies im fraglichen Zusammenhang nicht ausschlaggebend; massgebend sei vielmehr, dass die Verlegung der Versorgungsanlagen allein aus bahnbetrieblichen Gründen erfolgen solle. Gehe es somit bei der Umlegung der Versorgungsanlagen um ein dem Bahnbetrieb dienendes Vorhaben, müssten die baulichen Massnahmen der Umlegung sowie alle damit zusammenhängenden Rechtsfragen im Rahmen des eisenbahnrechtlichen Plangenehmigungsverfahrens durch das BAV genehmigt bzw. geklärt werden. Allein der Umstand, dass das Bahntrassee mehrheitlich öffentlichen Strassenraum beanspruche, mache das Eisenbahnprojekt noch nicht zu einem der kantonalen Strassengesetzgebung unterliegendes Strassenbauvorhaben. Daran vermöge Art. 6 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes, der für die Erteilung einer Strassenbahn-Konzession eine kantonale Bewilligung verlange, nichts zu ändern. Mit dieser Bestimmung werde lediglich dem Umstand Rechnung getragen, dass die Strassenhoheit Sache der Kantone sei, und zu vermeiden versucht, dass beim Strassenbahn-Bau gegen den Strasseneigentümer zwangsweise vorgegangen werden müsse. Die Bestimmung von Art. 6 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes ändere auch nichts an dem den Leitungseigentümern zugestandenen Recht, ihre Werkleitungen im öffentlichen Grund zu verlegen. Diese wohlerworbenen Rechte seien durch die Eigentumsgarantie geschützte Vermögenswerte, deren Substanz nur auf dem Wege der formellen Enteignung und gegen Entschädigung wieder entzogen oder eingeschränkt werden könne. Das BAV hätte sich demnach mit den im Einspracheverfahren gestellten Begehren betreffend die Umlegung der Versorgungsanlagen befassen müssen.
Schliesslich stelle sich noch die Frage, ob ein enteignungsrechtliches Schätzungsverfahren durchzuführen oder anhand der Sondervorschriften des Eisenbahngesetzes über die Kostenfolgen der Umlegung der Werkleitungen zu befinden sei. Als solche fielen insbesondere Art. 19 über die Aufrechterhaltung öffentlicher Einrichtung sowie Art. 25 bis 32 über Kreuzungen in Betracht. Da sämtliche dieser Vorschriften die Kostentragung nach dem Verursacherprinzip regelten, könne offen bleiben, inwieweit - je nach Ausgestaltung des Projekts - die eine oder die andere Norm anwendbar sei. Die Vorinstanz habe demnach die Kostenfolgen für die Umlegung der Leitungen nach demselben Grundsatz zu regeln. Soweit die Beschwerdeführenden eine über die Art. 19 und Art. 31 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes hinausgehende Ersatzpflicht geltend machten, habe das BAV nach Art. 20 des Eisenbahngesetzes zu verfahren.
Abschliessend stellte die Rekurskommission fest, die Leitungseigentümer könnten nicht verlangen, dass sie selbst bestimmen dürften, wer die notwendigen Verlegungsarbeiten vorzunehmen habe. Diese Frage betreffe die Vergabe der Bauaufträge, die sich nach den öffentlichen Submissionsvorschriften richte und demnach das Plangenehmigungsverfahren sprenge.
C. Gegen den Entscheid der Rekurskommission INUM haben die Verkehrsbetriebe Glattal Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben mit dem Antrag, Dispositiv Ziffer 1 des angefochtenen Entscheides sei aufzuheben und die Plangenehmigungsverfügung des BAV zu bestätigen. In prozessualer Hinsicht ersucht die beschwerdeführende Aktiengesellschaft um Beiladung des Kantons Zürich.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung der verfassungsrechtlichen Kompetenzordnung in dem Sinne, dass die Gleichrangigkeit der Bundeskompetenz in Eisenbahnsachen und der kantonalen Strassenhoheit missachtet worden sei. Gleichzeitig sei gegen Eisenbahnrecht, insbesondere gegen Art. 6 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes, verstossen worden. Durch die gemäss Art. 6 Abs. 2 des Eisenbahngesetzes erteilte kantonale Bewilligung sei der Glatttalbahn eine Sondernutzungskonzession zur Inanspruchnahme der öffentlichen Strassen eingeräumt worden, gleich jener, über die die Werkleitungseigentümer verfügten. Das Verhältnis verschiedener Sondernutzungskonzessionäre untereinander bestimme sich nach den gesetzlichen Vorschriften über die Inanspruchnahme des öffentlichen Grundes; die Zuständigkeit liege beim Hoheitsträger über den öffentlichen Grund. Soweit Leitungen gemäss den Sondervorschriften des Fernmeldegesetzes auf öffentlichen Grund verlegt worden seien, liege allerdings keine Konzessionserteilung vor, sei der Leitungsinhaber von Bundesrechts wegen zur Umlegung der Leitung verpflichtet und habe die Vorinstanz daher auch die Bestimmungen des Fernmeldegesetzes verletzt. Für die übrigen Leitungen gelte die Umlegungspflicht gemäss § 37 des kantonalen Strassengesetzes. Die Durchleitungsrechte der Leitungseigentümer seien jedenfalls unter dem Vorbehalt der entschädigungslosen Beendigung eingeräumt worden und es sei fraglich, ob sie überhaupt unter dem Schutz der Eigentumsgarantie stünden. Es sprächen übrigens auch praktische Überlegungen dafür, die Konfliktregelung zwischen den verschiedenen Berechtigten beim Träger der Hoheit über den öffentlichen Grund zu belassen, habe doch dieser als Einziger die Übersicht über die erteilten Rechte und Bewilligungen. Wollte man die Frage der Kostenverteilung auf verschiedene Strassenbenützungsberechtigte im Plangenehmigungsverfahren behandeln, würde dieses auf sachfremde Fragen ausgedehnt und verkompliziert. Schliesslich wäre es auch stossend, wenn die Leitungsträger, die gesetzlich verpflichtet seien, ihre Leitungen auf eigene Kosten veränderten Verhältnissen anzupassen, im vorliegenden Verfahren von ihren finanziellen Obliegenheiten entlastet würden.
D. Die Flughafen Zürich AG und die Swisscom Fixnet AG ersuchen um Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, soweit auf diese überhaupt einzutreten sei. Die Stadt Zürich und die 11 weiteren von den gleichen Rechtsanwälten vertretenen Werkleitungseigentümerinnen beantragen Nichteintreten auf die Beschwerde; eventuell sei die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden könne. Die Avireal AG stellt Hauptantrag auf Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerinnen sprechen sich im Übrigen gegen eine Beiladung des Kantons Zürichs aus.
Die Rekurskommission INUM ersucht um Abweisung der Beschwerde. Nach Auffassung des BAV ist die Beschwerde gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Plangenehmigungsverfügung des Bundesamtes zu bestätigen.
Der ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Kanton Zürich ersucht um Beiladung als Nebenpartei. Materiell äussert er sich im Sinne der Beschwerdeführerin.
E. Mit Verfügung des Instruktionsrichters vom 11. April 2005 ist der Schriftenwechsel abgeschlossen und der Entscheid über den Eintritt des Kantons Zürich in das bundesgerichtliche Verfahren auf einen späteren Zeitpunkt in Aussicht gestellt worden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Von Seiten der Beschwerdegegnerinnen wird die Frage aufgeworfen, ob es sich beim angefochtenen Entscheid nicht lediglich um einen Zwischenentscheid über die Zuständigkeit handle, der innert einer zehntägigen Frist hätte angefochten werden müssen. Mit dem Entscheid der Rekurskommission INUM ist jedoch abschliessend beurteilt worden, ob die Frage der Verlegung von Werkleitungen und die Tragung der entsprechenden Kosten dem kantonalen oder dem Bundes-Recht unterstehe. Der Entscheid über die Abgrenzung von kantonalem und eidgenössischen Recht und damit über das im konkreten Fall anwendbare Recht ist aber ein Vorentscheid bzw. ein Teilentscheid in der Sache selbst (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 169, 117 Ib 111 E. 1a, 121 II 8 E. 1). Dass damit auch über die Zuständigkeit der eidgenössischen oder kantonalen Behörde befunden wird, ändert an der Natur des Entscheides nichts.
1.2 Die Flughafen Zürich AG zieht in Zweifel, ob die Verkehrsbetriebe Glattal überhaupt zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert seien, da die Rekurskommission INUM noch gar nicht über die umstrittene Kostenverlegung entschieden habe. Die beschwerdeführende Bahnunternehmung wird jedoch als Gesuchstellerin und Enteignerin im Plangenehmigungs- und Enteignungsverfahren vom Entscheid der Rekurskommission über den Umfang dieses bundesrechtlichen Verfahrens betroffen; sie hat auch ein schutzwürdiges Interesse an dessen Überprüfung, da die Durchführung eines kantonalen Verfahrens anstelle eines eidgenössischen in der Kostenverlegungsfrage zu einem abweichenden Ergebnis führen könnte. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher einzutreten.
2. Der Kanton Zürich begründet sein Gesuch um Beiladung als Nebenpartei der Beschwerdeführerin damit, dass sich die Kosten der Umlegung der Werkleitungen auf rund 37 Mio. Franken beliefen und der Kanton diese, falls der Entscheid der Rekurskommission bestätigt würde, zum grössten Teil übernehmen müsste. Dieser Umstand reicht jedoch als Grund für eine Beiladung zum bundesgerichtlichen Verfahren nicht aus. Inhaberin der Eisenbahn-Konzession für die Glatttalbahn und Gesuchstellerin im Plangenehmigungsverfahren ist die Aktiengesellschaft Verkehrsbetriebe Glattalbahn VBG; ihr steht die Bauherrschaft und auch das Enteignungsrecht zu. Es ist daher ihre Aufgabe, die Interessen und Anliegen des Bahnbaus in den erforderlichen Bewilligungsverfahren und auch vor Bundesgericht zu vertreten. Weshalb zusätzlich noch die hinter der Bahnunternehmung stehenden Auftrag- und Geldgeber beigeladen werden müssten, ist nicht einzusehen. Es liefe den Legitimationsvorschriften, insbesondere Art. 18f Abs. 1 des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 (EBG, SR 742.101), und den Grundsätzen der Prozessökonomie zuwider, wenn das Bundesgericht immer dann, wenn ein Entscheid über ein Bauvorhaben kostenwirksam sein könnte, neben der Bauherrschaft auch die - bisher nicht verfahrensbeteiligten - finanziell Betroffenen als Partei behandeln müsste. Dem Gesuch um Beiladung des Kantons Zürich ist daher nicht stattzugeben. Dagegen kann der Kanton, da es hier um die Abgrenzung von kantonalem und Bundes-Recht geht, gleich wie in den vorinstanzlichen Verfahren in Anwendung von <ref-law> angehört werden, was durch die Einladung zur Vernehmlassung geschehen ist.
3. Unbestritten ist im vorliegenden Verfahren, dass es sich beim Bau der Glatttalbahn als Strassenbahn um ein Eisenbahnbau-Vorhaben im Sinne von <ref-law> handelt, das grundsätzlich dem Bundesrecht untersteht. Es wird auch von keiner Seite in Abrede gestellt, dass die vorgesehene Entfernung der unter dem künftigen Bahntrassee verlaufenden Werkleitungen durch den Bahnbau bedingt ist. Das BAV hat denn auch im eisenbahn- und enteignungsrechtlichen Verfahren die Verlegung der Leitungen als Bestandteil des Bahnprojekts (unter Auflagen) genehmigt. Die Rekurskommission INUM hat hieraus geschlossen, dass sich die Kosten- und Entschädigungsfrage für den fraglichen Projektbestandteil ebenfalls nach eidgenössischem Eisenbahn- und Enteignungsrecht richte. Darin liegt nach Auffassung der Beschwerdeführerin eine Missachtung der Gleichrangigkeit eidgenössischer Eisenbahnhoheit und kantonaler Strassenhoheit sowie ein Verstoss gegen <ref-law>, gegen § 37 des zürcherischen Strassengesetzes (Gesetz über den Bau und den Unterhalt der öffentlichen Strassen vom 27. September 1981, kStrG; Zürcher Loseblattsammlung 722.1) und gegen Art. 35 des Fernmeldegesetzes vom 30. April 1997 (FMG, SR 784.10). Dieser Betrachtungsweise ist nicht zu folgen.
3.1 Die Beschwerdeführerin übersieht offenbar, dass es beim vorliegenden Streit weder um das Verhältnis zwischen Bahnunternehmung und Strasseninhabern noch um jenes zwischen Strasseninhabern und Eigentümern von Werkleitungen geht, sondern um die Beziehung der Bahnunternehmung als Bauherrin und Enteignerin zu den durch den Bahnbau betroffenen Eigentümern von Werkleitungen. Nun führen zwar diese Werkleitungen auf den hier umstrittenen Strecken durch öffentlichen Grund bzw. öffentliche Strassen. Sie sind jedoch dadurch, dass sie in Strassen verlegt worden sind, nicht zu deren Bestandteilen geworden und nicht ins öffentliche Grundeigentum übergegangen, sondern als Zubehör des jeweiligen Versorgungswerks im Eigentum des Werkinhabers verblieben (vgl. <ref-law>; s. a. <ref-law> sowie § 3 lit. c kStrG a contrario). Die Werkleitungseigentümer nehmen daher gegenüber der Bahnunternehmung die gleiche Stellung ein wie andere Dritte (Private oder Gemeinwesen), in deren dingliche Rechte infolge des Bahnprojekts eingegriffen wird. Im Verhältnis zwischen der Bahnunternehmung und den Werkleitungseigentümern spielt mithin die von der Beschwerdeführerin angerufene kantonale Strassenhoheit keine oder nur eine untergeordnete Rolle.
3.2 Nach <ref-law> wird die Konzession für eine Strassenbahn nur gewährt, wenn die nach kantonalem Recht erforderliche Bewilligung zur Benützung der öffentlichen Strassen erteilt oder zugesichert ist. Diese Bestimmung berührt die Beziehung zwischen den Trägern der Strassenhoheit und der Bahn und betrifft allfällige Drittberechtigte nicht. Zudem umschreibt sie - zusammen mit <ref-law> - lediglich die Voraussetzungen für die Gewährung einer Konzession. Zur Frage, nach welchem Recht sich der Bahnbau und die damit verbundenen Vorkehren richten, äussert sie sich nicht. Die Sondernorm von <ref-law> mag, wie im angefochtenen Entscheid angeführt, aus staatspolitischen Gründen aufgestellt worden sein, um die Anwendung des Enteignungsrechts durch Bahnunternehmungen gegenüber öffentlichen Gemeinwesen zu vermeiden (vgl. dazu auch Julius Oetiker, Die Eisenbahn-Gesetzgebung des Bundes, Zürich 1913 Bd. I S. 30 N. 9, Rolf Tinner, Rechtsbeziehungen zwischen Bund und Kantonen im Eisenbahnwesen, Diss. Zürich 1941 S. 166 ff.). Zur Beurteilung der vorliegenden Streitsache trägt sie jedenfalls nichts bei.
3.3 § 37 Abs. 1 des zürcherischen Strassengesetzes verpflichtet den Eigentümer einer öffentlichen Strasse, die Verlegung von öffentlichen Verkehrs- und Versorgungsanlagen eines anderen Gemeinwesens oder von öffentliche Aufgaben erfüllenden Unternehmungen zu dulden, sofern die Zweckbestimmung und die technische Anlage der Strasse dies gestatten. Dem Strasseneigentümer sind alle aus solchen Anlagen entstehenden Kosten zu ersetzen und die Strasse ist nach erfolgter Beanspruchung wieder instandzustellen; eine weitere Entschädigung ist nicht geschuldet (§ 37 Abs. 2 kStrG). Die Versorgungsanlagen sind auf Kosten ihres Trägers zu verlegen oder anzupassen, wenn dies ein Strassenprojekt erfordert (§ 37 Abs. 3 kStrG).
§ 37 kStrG ordnet somit das Verhältnis zwischen den Eigentümern der öffentlichen Strassen und den Inhabern von Versorgungsanlagen. Er verpflichtet die einen zur Duldung von Anlagen auf öffentlichem Grund und verhält die anderen, ihre Leitungen bei strassenbaubedingten Änderungen auf eigene Kosten zu verlegen. Dagegen sagt § 37 kStrG nichts darüber aus, wie vorzugehen sei, wenn nicht ein Strassenbauprojekt sondern das Vorhaben eines Dritten Anlass zur Strassenänderung und zur Entfernung der Leitungen gibt. Untersteht das Bauvorhaben des Dritten wie hier dem Bundesrecht, findet grundsätzlich dieses auf sämtliche Projektbestandteile Anwendung.
3.4 Ähnliche Überlegungen gelten hinsichtlich dem in der Beschwerde ergänzend angerufenen <ref-law>. Nach dieser bundesrechtlichen Vorschrift haben die Eigentümer von Boden im Gemeingebrauch den Konzessionärinnen von Fernmeldediensten die Benutzung des Bodens für den Bau und Betrieb von Leitungen zu bewilligen, sofern diese Einrichtungen den Gemeingebrauch nicht beeinträchtigen (<ref-law>). Die Bewilligung ist entschädigungslos, lediglich gegen eine kostendeckende Gebühr, zu erteilen (<ref-law>). Die Konzessionärinnen tragen die Kosten für die Wiederherstellung des ursprünglichen Zustandes und sind gehalten, ihre Leitungen zu verlegen, wenn vom Grundeigentümer eine Benützung des Grundstücks beabsichtigt wird, die sich mit der Leitungsführung nicht verträgt (<ref-law>). Die Einzelheiten, namentlich auch die Voraussetzungen für die Leitungsumlegung, sind vom Bundesrat zu regeln (<ref-law>).
Auch diese Bestimmungen legen die Beziehung des Gemeinwesens, welches über Boden im Gemeingebrauch verfügt, zu den Inhaberinnen von Fernmelde-Leitungen fest. Nicht Bezug genommen wird dagegen auf das Verhältnis der Leitungs-Eigentümerinnen zu einem anderen öffentlichen Werk, das gestützt auf eidgenössisches Spezialverwaltungs- und Enteignungsrecht den Boden im Gemeingebrauch ebenfalls in Anspruch nehmen will. Zwar sieht Art. 37 Abs. 3 der Verordnung über die Fernmeldedienste vom 31. Oktober 2001 (FDV, SR 784.101.1) auch eine Verlegung (d.h. Umlegung) von Leitungen "zu Gunsten Dritter" vor. Da es sich jedoch bei <ref-law> um eine Ausführungsbestimmung zu <ref-law> handelt und dieser die Umlegungspflicht nur gegenüber dem Grundeigentümer statuiert, kann es sich bei solchen Dritten nur um Personen oder Gemeinwesen handeln, die anstelle des Grundeigentümers tätig werden und über keine eigenen Rechtstitel und Zwangsmittel für die Durchsetzung der Leitungsverlegung verfügen.
Fraglich ist im Übrigen auch, ob sich die weitere Ausführungsbestimmung von <ref-law> auf eine genügende gesetzliche Grundlage stützen lasse. Gemäss dieser soll <ref-law> "sinngemäss auch für die kürzest mögliche Querung von Eisenbahngrundstücken mit Fernmeldeleitungen" gelten. Ob und inwiefern sich diese Anordnung mit dem Fernmeldegesetz selbst und vorab mit dem Eisenbahngesetz vereinbaren lasse, braucht hier jedoch nicht geklärt zu werden, da es nicht um die nachträgliche Unter- oder Überquerung von bestehenden Eisenbahnanlagen, sondern um den Bau eines neuen Eisenbahntrassees über bestehenden Werk- und Fernmeldeleitungen geht.
3.5 Demnach ist mit der Vorinstanz festzustellen, dass sich die bahnbaubedingte Umlegung der Werkleitungen und die damit zusammenhängende Entschädigungspflicht nach eidgenössischem Eisenbahn- und Enteignungsrecht richten. Die Einsprachen, die von den Werkleitungseigentümerinnen gegen die Umlegungen erhoben worden sind, sind daher vom BAV als Plangenehmigungs- und Einsprachebehörde materiell zu behandeln (vgl. Art. 18 Abs. 2 und Art. 18h Abs. 1 EBG in Verbindung mit Art. 7 Abs. 2, Art. 35 lit. b und Art. 50 des Bundesgesetzes vom 20. Juni 1930 über die Enteignung [EntG; SR 711]). Eine andere - noch zu prüfende - Frage ist, inwieweit das BAV gemäss Bundesrecht auch über die Umlegungskosten und über die weiteren von den Leitungseigentümerinnen gestellten Entschädigungsansprüche zu entscheiden hat.
4.1 Bestimmte sich die umstrittene Kostenübernahme- und Entschädigungsfrage allein nach dem Enteignungsgesetz, wäre sie wie folgt zu beantworten:
Werden bestehende öffentliche Einrichtungen, wie Wege oder Leitungen, durch die Ausführung oder den Betrieb des Unternehmens des Enteigners in Mitleidenschaft gezogen, so hat dieser nach Art. 7 Abs. 2 EntG alle Vorkehren zu treffen, um deren Fortbenützung sicherzustellen, soweit dies durch das öffentliche Interesse gefordert wird. Über den Umfang der Vorkehren, die im öffentlichen Interesse liegen und für welche das Enteignungsrecht ausgeübt werden darf (Art. 4 lit. e EntG), ist von der Einsprachebehörde im Einspracheverfahren zu entscheiden. Dagegen hat die Eidgenössische Schätzungskommission im Anschluss an den Einspracheentscheid darüber zu befinden, ob trotz der Vorkehren des Enteigners ein Schaden entstanden sei und allenfalls wem die neu erstellten Anlagen gehörten und wer für deren Unterhalt aufzukommen habe (vgl. Art. 26 und Art. 64 Abs. 1 lit. c und d EntG; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3a S. 246; <ref-ruling> E. 7 S. 444; <ref-ruling> E. 1a S. 14 f.).
Obliegt aber dem Enteigner die Wiederherstellung der durch sein Werk beeinträchtigten Leitungen, soweit dies im öffentlichen Interesse liegt, so gehen auch die damit verbundenen Kosten zu seinen Lasten. Von diesem enteignungsrechtlichen Grundsatz könnte nur abgewichen werden, wenn und soweit die Leitungseigentümer durch Sondernormen, die dem Enteignungsgesetz vorgehen, zur Mitfinanzierung des Unternehmens des Enteigners verpflichtet würden. Wie bereits dargelegt (E. 3.3 und 3.4), können weder <ref-law> noch § 37 des zürcherischen Strassengesetzes als Vorschrift zur Unterstützung von Bahnen verstanden werden. Andere Subventionsbestimmungen zugunsten des Bahnbaus enthält das kantonale Recht soweit ersichtlich nicht (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2d S. 353; Entscheid 1A.176/1992 vom 3. Mai 1995 E. 3). Eine von der enteignungsrechtlichen abweichende Lösung könnte sich daher nur aufgrund weiterer eidgenössischer Spezialgesetzgebung, insbesondere des Eisenbahnrechts, ergeben.
4.2 Im angefochtenen Entscheid wird zu Recht ausgeführt, dass in den Plangenehmigungsverfahren für den Bahnbau in erster Linie die Spezialvorschriften des Eisenbahngesetzes zum Zuge kämen und das eidgenössische Enteignungsrecht nur subsidiär anzuwenden sei (vgl. <ref-law>). Als anwendbare Bestimmungen fielen insbesondere Art. 19 und <ref-law> in Betracht.
4.2.1 Nach <ref-law> trifft die Bahnunternehmung die Vorkehren, die zur Sicherheit des Baues und Betriebes der Bahn sowie zur Vermeidung der Gefahr für Personen und Sachen notwendig sind. Werden durch Bauarbeiten öffentliche Einrichtungen, wie Strassen und Wege, Leitungen und ähnliche Anlagen betroffen, so sorgt die Bahnunternehmung für deren Fortbenützung, soweit es das öffentliche Interesse erfordert (<ref-law>). Die Bahnunternehmung trägt die Kosten dieser Vorkehren. Kosten für Vorkehren, welche wegen Bauvorhaben oder anderer Bedürfnisse Dritter nötig werden, gehen zu deren Lasten (<ref-law>).
<ref-law> übernimmt somit lediglich die Bestimmung von Art. 7 Abs. 2 EntG, während in <ref-law> die in Art. 7 EntG vorausgesetzte Kostenpflicht des Enteigners ausdrücklich festgestellt wird. Insofern besteht zwischen den eisenbahnrechtlichen und den enteignungsrechtlichen Bestimmungen keine Diskrepanz. Dass gemäss <ref-law> Streitigkeiten über die Kostentragung für Vorkehren im Sinne von <ref-law> vom Bundesamt zu beurteilen sind, bedeutet übrigens nach der Rechtsprechung nicht, dass über solche Streitigkeiten notwendigerweise in einem speziellen Verfahren zu befinden sei und nicht im Plangenehmigungsverfahren entschieden werden dürfe (vgl. <ref-ruling> E. 1a; <ref-ruling> E. 1a mit Hinweisen). Die Frage, mit welchen Vorkehren den Bedürfnissen (kostenpflichtiger) Dritter und nicht den öffentlichen Interessen entsprochen werde, kommt ohnehin der Frage gleich, welches der Umfang der unerlässlichen Vorkehren sei, die der Enteigner im öffentlichen Interesse auf eigene Kosten zu ergreifen hat.
4.2.2 <ref-law> sieht für die Kreuzungen zwischen Bahn und (u. a.) Leitungen vor, dass die durch Erstellung einer neuen Kreuzung oder Änderung einer bestehenden Kreuzung entstehenden Kosten für Bau, Unterhalt und Erneuerung sowie für alle Schadensverhütungsmassnahmen zu Lasten des jeweiligen Bauherrn gehen. Die Rekurskommission INUM ist angesichts der ihr vorliegenden Projektpläne und des Verlaufs der Leitungen davon ausgegangen, dass auch diese Bestimmung teilweise anwendbar sei. Ob dies zutreffend oder <ref-law> deshalb nicht einschlägig sei, weil mit den Leitungsumlegungen Kreuzungen gerade vermieden werden sollen, kann offen gelassen werden. Jedenfalls geht auch <ref-law> für die Änderung von Kreuzungen von der grundsätzlichen Kostentragung durch die Bauherrschaft, hier also durch die Bahnunternehmung, aus. Demnach führt <ref-law> zum gleichen Resultat wie die enteignungsrechtlichen Bestimmungen.
4.3 Zusammenfassend kann festgehalten werden, dass die Vorkehren zur Fortbenützung der bestehenden Werkleitungen, so auch deren bahnbaubedingte Neuverlegung, von der Bahnunternehmung zu treffen und grundsätzlich von ihr zu finanzieren sind. Die Kosten für solche Massnahmen können bloss insoweit auf Dritte überwälzt werden, als mit diesen nicht (nur) den öffentlichen Interessen am Fortbestand der Leitungen, sondern (auch) den Bedürfnissen dieser Drittpersonen Rechnung getragen wird. Da die Ersatzvorkehren für die Beeinträchtigung der Leitungen wie gesehen Bestandteil des Projektes der Bahnunternehmung sind (s. a. Urteil 1E.32/1995 vom 28. Dezember 1995), hat im Streitfall das BAV als Einsprachebehörde darüber zu entscheiden, welche einzelnen Vorkehren als im öffentlichen Interesse liegend von der Enteignerin ergriffen werden müssen. Das Bundesamt beurteilt im Plangenehmigungsverfahren ebenfalls, in welchem Umfange die vorgesehenen Vorkehren Bedürfnissen Dritter entsprächen und daher von diesen abzugelten sind. Dagegen wird nicht vom BAV, sondern von der Eidgenössischen Schätzungskommission zu beurteilen sein, ob nach Vornahme der nach Art. 7 Abs. 2 EntG und <ref-law> zu treffenden Massnahmen immer noch ein Schaden verbleibe, der den Eigentümerinnen der Werkleitungen zu vergüten ist. Ein solcher Schaden kann denn auch nicht ausgeschlossen werden, bloss weil die Durchleitung auf öffentlichem Grund entschädigungslos gestattet worden ist. Wie bereits dargelegt (E. 3.1), richtet sich der Eingriff der Enteignerin nicht nur gegen die konzedierten oder auf andere Weise eingeräumten Durchleitungsrechte, sondern gegen das Eigentum an den Werkleitungen selbst, denen ein gewisser Vermögenswert nicht abgesprochen werden kann (so auch Rudolf Kappeler, Rechtsfragen beim Zusammentreffen öffentlicher Werke, Zürich 1969 S. 17). Im Übrigen werden von der Schätzungskommission auch die Vorteile zu berücksichtigen sein, die den Leitungseigentümerinnen aus den Neuanlagen entstehen (vgl. Art. 26 Abs. 1 Satz 2 EntG).
Die Vorinstanz hat demnach in ihren Erwägungen zu Recht festgestellt, es sei Sache der Plangenehmigungsbehörde, über Art und Umfang der Ersatzvorkehren zu entscheiden, während die Schätzungskommission allenfalls noch darüber zu befinden habe, ob trotz der Ersatzvorkehren der Enteignerin ein Schaden entstanden und hierfür Entschädigung zu leisten sei (E. 8.4 und E. 8.5.2 in fine des angefochtenen Entscheides). Die von der Rekurskommission INUM verfügte Rückweisung der Streitsache zu neuem Entscheid an das BAV ist in diesem Sinne zu verstehen.
5. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist nach dem Gesagten als unbegründet abzuweisen.
Da es sich beim vorliegenden Verfahren um ein mit einem Enteignungsverfahren verbundenes Plangenehmigungsverfahren handelt, richten sich die prozessualen Kosten- und Entschädigungsfolgen nach den Sondervorschriften des Enteignungsrechts (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 460, 124 II 146 nicht publ. E. 7, 129 II 106 mit Hinweisen). Demgemäss sind die bundesgerichtlichen Kosten von vornherein der Beschwerdeführerin als Enteignerin zu überbinden, welche den Beschwerdegegnerinnen ausserdem eine angemessene Parteientschädigung auszurichten hat (Art. 116 Abs. 1 EntG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegnerinnen Flughafen Zürich AG, Swisscom Fixnet AG und Avireal AG eine Parteientschädigung von je Fr. 2'500.-- und den Beschwerdegegnerinnen Stadt Zürich und 11 Mitbeteiligten eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 3'500.-- für das bundesgerichtliche Verfahren zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Verkehr (BAV) und der Eidgenössischen Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt sowie dem Kanton Zürich, vertreten durch die Volkswirtschaftsdirektion, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. April 2005
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: