Sachverhalt:
A. Mit Eingabe vom 17. September 2012 an die Polizeistation Wattwil liess X._ durch Klausfranz Rüst-Hehli Strafanzeige wegen Amtsanmassung gemäss <ref-law> gegen Y._, Gemeindepräsident von Lichtensteig und Geschäftsstellenleiter der Vereinigung der St. Galler Gemeindepräsidentinnen und Gemeindepräsidenten (VSGP) erstatten. Darin wird ihm insbesondere vorgeworfen, er habe ohne rechtliche Befugnis verlangt, die Familie von X._ müsse von ihrer Aufenthaltsgemeinde Gossau weg in eine andere Gemeinde des Kantons St. Gallen ziehen, um dort Sozial- bzw. Nothilfe beziehen zu können.
Das Untersuchungsamt Uznach leitete die Strafanzeige an die Anklagekammer des Kantons St. Gallen zur Durchführung eines Ermächtigungsverfahrens weiter.
Die Anklagekammer erteilte am 12. November 2012 keine Ermächtigung zur Durchführung eines Strafverfahrens gegen Y._ mit der Begründung, es liege kein Tatverdacht gegen ihn vor.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, es sei festzustellen, dass die Anklagekammer für die Ermächtigung zur Durchführung des Strafverfahrens unzuständig sei, der angefochtene Entscheid sei ersatzlos aufzuheben und die Staatsanwaltschaft sei anzuweisen, über die Eröffnung eines Strafverfahrens zu befinden. Eventuell sei die Angelegenheit an die Vorinstanz zur weiteren Abklärung des Sachverhalts zurückzuweisen. Ausserdem ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
C. Die Anklagekammer verzichtet auf Vernehmlassung. Y._ beantragt, die Beschwerde abzuweisen, X._ die Verfahrenskosten aufzuerlegen und ihren Rechtsvertreter zu verurteilen, ihm eine Entschädigung von Fr. 500.-- zu bezahlen.
In ihren verschiedenen Eingaben hält X._ an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Nach Art. 17 Abs. 2 lit. b des Einführungsgesetzes zur Schweizerischen Straf- und Jugendstrafprozessordnung des Kantons St. Gallen vom 3. August 2010 (EGzStPO) entscheidet die Anklagekammer über die Eröffnung des Strafverfahrens gegen Behördenmitglieder oder Mitarbeitende des Kantons und der Gemeinden wegen strafbarer Handlungen, die deren Amtsführung betreffen, soweit nicht der Kantonsrat zuständig ist. Ausgenommen sind Widerhandlungen gegen die Vorschriften über den Strassenverkehr. Mit dem angefochtenen Entscheid hat es die Anklagekammer abgelehnt, die Staatsanwaltschaft zur Strafverfolgung des Beschwerdegegners zu ermächtigen. Damit fehlt es an einer Prozessvoraussetzung für die Durchführung des Strafverfahrens, womit das Verfahren abgeschlossen ist. Angefochten ist damit ein Endentscheid (<ref-law>), gegen den nach der Rechtsprechung die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist (<ref-ruling> E. 1.3.1). Die Beschwerdeführerin, die am kantonalen Verfahren als Partei beteiligt war und deren Strafanzeige nicht mehr weiterverfolgt werden kann, ist befugt, sie zu erheben (<ref-law>).
2. Eine Amtsanmassung im Sinn von <ref-law> begeht, wer sich "in rechtswidriger Absicht die Ausübung eines Amtes oder militärische Befehlsgewalt anmasst".
2.1 Nach der unbestrittenen Darstellung der Anklagekammer im angefochtenen Entscheid war der Beschwerdegegner Gemeindepräsident von Lichtensteig und als solcher, wie alle seine Amtskolleginnen und -kollegen im Kanton St. Gallen, Mitglied der VSGP; überdies war er Geschäftsführer dieses Vereins. Da sich in der Stadt St. Gallen überdurchschnittlich viele Asylbewerber aufhielten, auf deren Gesuch nicht eingetreten worden war, wirkte die Geschäftsstelle des Vereins daran mit, diese sogenannten NEE-Fälle zur Gewährung der Nothilfe besser auf die einzelnen Gemeinden zu verteilen. In diesem Zusammenhang teilte der Stadtpräsident von Gossau der Beschwerdeführerin mit, nach Absprache mit der VSGP bzw. der dieser offenbar angegliederten, ebenfalls vom Beschwerdegegner geführten Koordinationsstelle der St. Galler Gemeinden für Migrationsfragen (KOMI), werde ihr der ihr zustehende verfassungsrechtliche Anspruch auf Nothilfe in der Unterkunft Seeben/Nesslau gewährt. Die Anklagekammer hat die Ermächtigung zur Verfolgung des Beschwerdegegners nicht erteilt, weil sie keinerlei Anhaltspunkte dafür fand, dass er in strafrechtlich relevanter Weise Einfluss auf diese Entscheidung genommen haben könnte.
2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Vorwurf strafbaren Verhaltens beziehe sich auf die Tätigkeit des Beschwerdegegners als Geschäftsführer eines privatrechtlichen Vereins; seine Strafverfolgung dürfe dementsprechend nicht von einer Ermächtigung der Anklagekammer abhängig gemacht werden.
Der Beschwerdegegner war in seiner Funktion als Gemeindepräsident Mitglied der VSGP; seine Tätigkeit als deren Geschäftsführer steht somit in einem engen Zusammenhang mit seiner Amtsführung als Mitglied dieser Behörde. Es ist daher jedenfalls vertretbar, die von der Beschwerdeführerin als strafbar gerügte Tätigkeit des Beschwerdegegners für die VSGP als Handlungen im Sinn von Art. 17 Abs. 2 lit. b EGzStPO einzustufen, die seine Amtsführung als Gemeindepräsident betreffen. Es ist damit nicht zu beanstanden, dass die Anklagekammer das Ermächtigungsgesuch beurteilte. Der Einwand, sie sei dafür nicht zuständig gewesen, ist unbegründet.
2.3 Gegenstand des Verfahrens ist in materieller Hinsicht einzig, ob die Anklagekammer die Ermächtigung zur Strafverfolgung des Beschwerdegegners zu Recht verweigert hat. Die Kritik der Beschwerdeführerin an der Tätigkeit der St. Galler Migrations- und Sozialhilfebehörden, die einen grossen Teil der Beschwerdeschrift beansprucht, geht an der Sache vorbei.
Die Beschwerdeführerin wirft dem Beschwerdegegner im Wesentlichen vor, er habe ohne jede rechtliche Befugnis verlangt, dass sie und ihre Familie in eine andere Gemeinde zu ziehen hätten, da sie nur dort Nothilfe erhalten würden. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern dieses Verhalten den Tatbestand von <ref-law> erfüllen könnte. Dem Beschwerdegegner wird gar nicht vorgehalten, er sei bei seiner Tätigkeit nicht als Geschäftsführer der VSGP, sondern irreführend als Vertreter einer für die Behandlung der Angelegenheit zuständigen und gegenüber der Gemeinde Gossau weisungsbefugten Behörde aufgetreten und habe sich auf diese Weise ihm nicht zustehende Amtsgewalt angemasst. Es besteht gegenüber dem Beschwerdegegner kein Anfangsverdacht, welcher die Eröffnung einer Strafuntersuchung wegen Amtsanmassung rechtfertigen könnte. Die Anklagekammer hat unter diesen Umständen kein Bundesrecht verletzt, wenn sie die Ermächtigung zur Verfolgung des Beschwerdegegners nicht erteilte. Die Rüge ist unbegründet.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen. Unter den vorliegenden Umständen rechtfertigt sich, auf die Erhebung von Kosten zu verzichten (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist abzuweisen, da die Beschwerde aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Dem Vertreter der Beschwerdeführerin hätte im Übrigen auch bei einer Gutheissung des Gesuchs keine Parteientschädigung zugestanden, da er nicht über das Rechtsanwaltspatent verfügt. Der nicht anwaltlich vertretene Beschwerdegegner hat ebenfalls keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und keine Parteikosten gesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen, Untersuchungsamt Uznach, und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. März 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Störi