Fatti:
A. Il 24 dicembre 2004 l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) è stata autorizzata ad aprire un'inchiesta fiscale speciale nei confronti degli avvocati A.A._ e B.A._, quest'ultima titolare di uno studio legale e notarile a Lugano. Il legale è sospettato d'aver commesso gravi infrazioni fiscali ai sensi dell'art. 190 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11), per aver sottaciuto al fisco federale una parte importante della sua sostanza e dei suoi redditi imponibili. Egli avrebbe inoltre partecipato a reati fiscali commessi da C._, mentre B.A._ avrebbe partecipato a quelli commessi dal marito.
B. Il 2/3 febbraio 2005 la Divisione delle inchieste speciali dell'AFC ha perquisito lo studio legale e sequestrato numerosi documenti, posti sotto suggello. L'8 agosto 2005 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale ha accolto una richiesta di levata dei sigilli presentata dall'AFC, stabilendo per la cernita, da effettuare dalla Corte medesima, una procedura in tre fasi, confermata dal Tribunale federale (vedi <ref-ruling>).
C. Il 20 febbraio 2007, la I Corte dei reclami penali (I CRP), ritenendo impossibile distinguere i clienti protetti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli non protetti, sostenendo che l'anonimizzazione degli atti le imporrebbe un lavoro considerevole, ha accolto la richiesta di versare agli atti tutti i documenti ancora in sospeso. Con sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 il Tribunale federale, ritenuta sbrigativa e superficiale detta tesi, ha accolto, in quanto ammissibile, un ricorso dei coniugi A._ e ha annullato questa decisione. In seguito i legali hanno prodotto listati contenenti i nomi dei clienti da loro ritenuti protetti dal segreto professionale.
D. La I CRP ha poi comunicato alle parti la sua volontà di procedere a tappe. Il 12 novembre 2007, statuendo su una parte degli incarti, essa ritenuto che l'individuazione di relazioni attinenti all'attività tipica dell'avvocato e la relativa anonimizzazione avrebbe implicato un investimento sproporzionato di tempo, ha versato agli atti solo determinati atti, anonimizzandoli senza la verifica effettiva dell'esistenza di un segreto da proteggere. Con sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 il Tribunale federale l'ha annullata.
E. La I CRP, con decisione del 28 novembre 2007, si è pronunciata sui documenti concernenti il 1999. Rilevato che si tratta di un gran numero di atti, in gran parte contenenti nomi di terzi, e richiamati i motivi addotti nella sentenza del 12 novembre 2007, essa ha ribadito che la cernita e l'anonimizzazione dei nomi rappresenterebbe un lavoro totalmente sproporzionato, decidendo quanto segue:
"1. I seguenti incarti devono essere restituiti, ai sensi dei considerandi, agli indagati: S374 (parziale), S375 (parziale), S382, S383, S385 (parziale), S386 (parziale), S387 (parziale).
2. I seguenti incarti devono essere versati agli atti ai sensi dei considerandi: S374 (parziale), S375 (parziale), S385 (parziale), S386 (parziale), S387 (parziale).
3. L'utilizzo o la trasmissione a terzi, per altre procedure, di documenti o informazioni concernenti clienti degli indagati provenienti dall'incarto S375 di cui al punto 2 del presente dispositivo è proibito in assenza di nuove decisioni da parte della I Corte dei reclami penali.
4. (spese)".
F. Avverso questo giudizio l'AFC presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via cautelare, di concedere l'effetto sospensivo al gravame e di congiungere i susseguenti ricorsi che saranno inoltrati; in via principale, di annullare la decisione impugnata e, in sostanza, di versare agli atti del procedimento penale in forma integrale e non anonimizzata i libri base (cassa, posta, banca, debitori e creditori) per verificare la completezza e la correttezza delle registrazioni contabili, il libro mastro delle relative registrazioni, le liste delle corrispondenti registrazioni di ogni singolo conto e le pezze giustificative, con il divieto di utilizzare le informazioni riguardanti terzi in altri procedimenti, salvo autorizzazione della I CRP; postula inoltre di versare agli atti tutte le fatture concernenti l'attività tipica e atipica dei legali in forma integrale; in via subordinata, chiede di versarli in maniera anonimizzata.
La I CRP chiede la reiezione, in quanto ammissibile, del ricorso. I coniugi A._ postulano, proceduralmente, di stralciare dall'incarto gli allegati n. da 2 a 19 prodotti dalla ricorrente, in via principale, di dichiarare irricevibile il ricorso e, in via subordinata, di respingerlo.
Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in via superprovvisionale.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si è già espresso sull'ammissibilità del rimedio esperito e sulla legittimazione della ricorrente, ritenendo ingiustificata l'avversata domanda di congiungere le differenti cause (sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 consid. 1.1-1.4.6). Anche per il resto si rinvia a quanto già stabilito dal Tribunale federale nella citata sentenza e nella decisione 1B_286/2007 del 30 settembre 2008.
2. 2.1 La ricorrente, richiamando l'<ref-law>, secondo cui le persone fisiche con reddito da attività lucrativa indipendente devono allegare alla dichiarazione i conti annuali firmati (bilanci e conti profitti e perdite), precisa di possederli. Essa insiste nondimeno sulla necessità di poter accedere ai libri contabili dello studio legale dai quali sono state estratte le cifre riportate sul conto d'esercizio e sul bilancio, allo scopo di procedere alle necessarie verifiche (<ref-law>), ricordato che in ambito penale non sono ammesse le regole valide per la tassazione d'ufficio. Essa espone poi quattro esempi che dimostrerebbero l'impossibilità di proseguire nell'inchiesta fondandosi soltanto sulla documentazione messa a disposizione dalla I CRP. Sottolinea che il segreto professionale sarebbe venuto meno, per cui occorrerebbe poter disporre anche delle fatture relative alle prestazioni tipiche dell'attività d'avvocato. Critica infine l'assunto secondo cui l'anonimizzazione degli atti costituirebbe un lavoro sproporzionato, potendo procedere al loro annerimento automatico.
2.2 Nella risposta, i legali ripropongono l'argomentazione secondo cui la domanda principale del ricorso, segnatamente di versare agli atti tutti i documenti bancari in forma integrale e non anonimizzata, sarebbe inammissibile, siccome costitutiva di "res iudicata". Pure la domanda ricorsuale formulata in via subordinata sarebbe inammissibile, poiché la ricorrente sarebbe d'accordo per la prima volta con il principio dell'anonimizzazione. Contestano quindi la possibilità di esaminare l'apprezzamento compiuto dalla I CRP circa l'utilità o no di un documento per l'inchiesta. Nel merito, essi criticano l'asserita mancata separazione diligente dell'attività tipica dell'avvocato da quella commerciale e contestano il fatto che non potrebbero prevalersi del segreto professionale, rilevando infine che l'istanza precedente avrebbe proceduto a una cernita "quantomeno sommaria". Queste critiche, come pure le osservazioni della I CRP, sono già state respinte nelle sentenze del 30 settembre 2008. D'altra parte, come si vedrà, di massima, allo stadio attuale gli opponenti non possono più prevalersi del segreto professionale, per cui anche le loro ulteriori critiche, secondo cui l'apprezzamento operato dalla I CRP costituirebbe un accertamento fattuale insindacabile, non sono decisive (cause 1B_288/2007 e 1B_286/2007).
2.3 Come visto, la I CRP si è limitata in sostanza a ribadire che la cernita e l'eventuale anonimizzazione dei documenti comporterebbe un lavoro "totalmente sproporzionato".
Nel giudizio impugnato, la I CRP ha ripreso l'argomentazione esposta nella sua precedente decisione del 12 novembre 2007, secondo cui l'esame dell'effettiva esistenza di un segreto professionale e l'anonimizzazione dei relativi documenti costituirebbero misure troppo dispendiose e sproporzionate. Questa pronunzia è stata annullata dal Tribunale federale con la citata sentenza 1B_288/2007: è stato ribadito, come già esposto nella sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007, che detta tesi sbrigativa e superficiale non era condivisibile.
È stato rilevato che l'argomentazione della I CRP, secondo cui in caso di dubbio si sarebbe in presenza di documenti coperti dal segreto professionale, ma che, considerato il dispendio di tempo richiesto, la loro anonimizzazione non potrebbe essere pretesa, contraddiceva manifestamente quanto espresso dal Tribunale federale. In effetti, anche nell'ambito del procedimento in esame, l'unione nella medesima persona delle funzioni di amministratore e di avvocato non permette più di distinguere chiaramente quanto rientra in ciascun tipo di attività, per cui il richiamo alla tutela del segreto professionale dell'avvocato è di massima escluso. Visto il coinvolgimento dei legali nell'inchiesta e il fatto che gran parte dei documenti concernono attività estranee a quella tipica dell'avvocato e che tale distinzione non può essere operata in maniera chiara, nella fattispecie l'interesse pubblico a perseguire le gravi sospettate infrazioni prevale sulla tutela del segreto professionale, per di più invocato in modo generico ed essendo peraltro manifesto che A.A._ in nessun caso poteva invocarlo. Un'eventuale anonimizzazione potrebbe quindi limitarsi a determinati documenti: rientra comunque nel potere di apprezzamento della I CRP esprimersi al riguardo (1B_288/2007 consid. 3 e 4).
3. Riguardo ai singoli incarti oggetto della decisione in esame, la I CRP ha stabilito quanto segue:
S374: questo incarto contiene estratti e avvisi di addebito e di accredito relativi a un conto postale per l'anno 1999. Secondo l'istanza precedente, l'anonimizzazione di centinaia di nomi di terzi figuranti in tali atti costituirebbe un lavoro sproporzionato: ha pertanto versato agli atti soltanto gli estratti al 31 dicembre 1997 (recte: 1999), decidendo di restituire gli altri documenti agli opponenti.
Questa generica argomentazione, per i motivi suesposti, non regge. Anche questi documenti devono pertanto, di massima, essere versati agli atti in forma integrale, ricordato inoltre che solo sulla base degli estratti intermediari, nei quali sono indicate semmai le causali delle singole transazioni o altre informazioni, la ricorrente potrà ricostruire compiutamente i flussi di denaro confluiti nella sostanza e nei redditi imponibili degli opponenti.
S375: l'incarto concerne il libro di cassa e le pezze giustificative del 1999. Poiché nel primo documento figurano in gran numero nomi di terzi, la loro anonimizzazione, secondo la I CRP, sarebbe sproporzionata. Tutti i documenti sono caratterizzati da una referenza a una rubrica contabile, di modo che si può presumere, sempre secondo l'istanza precedente, che gli stessi sarebbero stati correttamente contabilizzati. Essa ha aggiunto che il loro interesse per l'inchiesta sarebbe esiguo, per cui ha deciso di restituirli agli opponenti. Le pezze giustificative concernono in gran parte spese generali, senza la menzione di nomi di clienti: la cernita e l'anonimizzazione di quelle contenenti nomi di clienti potenzialmente protetti dal segreto professionale rappresenterebbe tuttavia un lavoro considerevole e sproporzionato, per cui la I CRP ha deciso di versarle agli atti alle condizioni espresse in altri casi analoghi.
Anche questa tesi, sbrigativa, fondata su un criterio meramente quantitativo e sul fatto che si sarebbe in presenza di documenti soggetti al segreto professionale, senza tuttavia effettivamente procedere al relativo esame, non può essere condivisa, a maggior ragione visto che, di massima, non si è più in presenza di un segreto professionale tutelabile. Spetterà inoltre all'AFC esaminare tutti i documenti per verificare se, effettivamente, i conti dello studio legale sono completi riguardo ai redditi conseguiti e a quelli dichiarati. Per i motivi suesposti, i documenti, che non sembrano d'altra parte inutili per le necessarie verifiche perseguite con l'inchiesta, devono essere versati agli atti, di massima, in forma non anonimizzata.
S382/S383/S385/S386: questi incarti si compongono di centinaia di pagine di listati contabili relativi al 1999. La loro anonimizzazione sarebbe, secondo la I CRP, totalmente sproporzionata e la loro utilità per l'inchiesta esigua, visto che i bilanci e i conti economici, già versati agli atti, riportano i medesimi risultati: essa ha quindi deciso, eccezione fatta per i bilanci e i conti economici contenuti negli incarti S385 e S386, di restituirli agli opponenti.
La tesi, sbrigativa, fondata su un criterio meramente quantitativo non può essere seguita. D'altra parte, l'utilità di questi documenti per l'inchiesta, anche se esigua, non può comunque essere negata e spetterà alla ricorrente effettuare tutte le verifiche ch'essa riterrà necessarie. Ne segue che anche questi listati devono essere versati agli atti, di massima, in forma non anonimizzata.
S387: l'incarto contiene centinaia di note di onorario saldate nel 1999. L'anonimizzazione di questi atti rappresenterebbe, secondo la I CRP, un lavoro sproporzionato, per cui ha stabilito di versare agli atti solo quelle fatture che riguardano prestazioni manifestamente atipiche.
Come si è visto, l'argomento della mole di lavoro non è determinante e, inoltre, la tutela del segreto professionale è di massima esclusa in concreto. Di conseguenza, anche le note di onorario, decisive per l'inchiesta, devono essere versate agli atti, in principio in forma non anonimizzata.
4. 4.1 Ne segue che il ricorso dev'essere accolto e la decisione impugnata annullata nel senso dei considerandi.
4.2 Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili (<ref-law>).
4.3 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la decisione emanata dalla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale il 28 novembre 2007 è annullata. La causa viene rinviata alla I Corte dei reclami penali per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico degli opponenti.
3. Comunicazione alla ricorrente, ai patrocinatori delle parti e alla I Corte dei reclami penali Tribunale penale federale.