Erwägungen:
1. Die Staatsanwaltschaft Nidwalden beschlagnahmte mit zwei Verfügungen vom 17. Februar 2011 u.a. ein Konto von X._ bei der Raiffeisenbank Region Stans und ein Kontokorrentkonto der Y._AG bei der Nidwaldner Kantonalbank. Die Beschlagnahmen erfolgten im Rahmen eines bei der Staatsanwaltschaft Nidwalden anhängig gemachten Strafverfahrens wegen Verdachts der Veruntreuung, des Betruges usw.
Gegen die Kontosperren der Staatsanwaltschaft Nidwalden erhoben X._ und die Y._AG mit Eingabe vom 24. Februar 2011 Beschwerde beim Obergericht des Kantons Nidwalden. Die Beschwerdeabteilung in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Nidwalden wies die Beschwerde mit Urteil vom 9. Juni 2011 ab, soweit sie darauf eintrat.
2. X._ und die Y._AG führen gegen das Urteil der Beschwerdeabteilung in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Nidwalden mit Eingabe vom 5. Januar 2012 Beschwerde in Strafsachen. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach <ref-law> ist die Beschwerde innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen. Diese Frist ist nicht erstreckbar (<ref-law>).
3.1 Das angefochtene Urteil des Obergerichts vom 9. Juni 2011 ist den Beschwerdeführern nach eigenen Angaben am 25. November 2011 zugestellt worden. Die Frist zur Anfechtung des Urteils begann somit am 26. November 2011 zu laufen (<ref-law>) und endete am 27. Dezember 2011 (<ref-law>). Die vorliegende Beschwerde vom 5. Januar 2012 haben die Beschwerdeführer gleichentags der Post übergeben. Sie berufen sich auf den Fristenstillstand gemäss <ref-law>.
3.2 Kein Fristenstillstand gilt u.a. bei Verfahren betreffend andere vorsorgliche Massnahmen (<ref-law>). In <ref-ruling> E. 1.1-1.5 S. 259-261 hat das Bundesgericht entschieden, dass insbesondere strafprozessuale Beschlagnahmungen und Kontensperren als vorsorgliche Massnahmen in Sinne von <ref-law> zu behandeln sind, bei denen der Fristenstillstand nicht gilt. Die erst am 5. Januar 2012 der Post übergebene Beschwerde ist daher klarerweise verspätet eingereicht worden, weshalb auf sie im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten ist.
4. Die Beschwerdeführer tragen entsprechend dem Verfahrensausgang die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern je zur Hälfte unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern sowie der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Beschwerdeabteilung in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Januar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli