Sachverhalt:
A. C. X._ und Z._ (Beschwerdegegner 1) erwarben im Jahr 1984 Land in Q._ als Miteigentümer je zur Hälfte. Am 28. November 1984 räumten sie der sich in Gründung befindenden R._ AG (Baurechtsnehmerin) ein selbständiges, 100 Jahre dauerndes Baurecht ein. Mit Begründung der Baurechtsdienstbarkeit wurde der Baurechtszins festgelegt. Er sollte an einen bestimmten Zinssatz der Bank S._ gebunden sein und auf einem Landwert von Fr. 520.--/m2 berechnet werden.
B. Ursprünglich standen von den 500 Aktien der Baurechtsnehmerin deren 275 im Eigentum des Beschwerdegegners 1 und seines Sohnes, C. X._ hielt 175 und D._ 50 Aktien. Dieser verkaufte im Juni 1989 seine Aktien zu gleichen Teilen an die X._ AG und an die Z._ AG (Beschwerdegegnerin 2). Damit bestanden zwei Aktionärsgruppen. Die "Gruppe A" (Z._) mit 60 % und die "Gruppe B" (C. X._) mit 40 %.
C. Am 23. Juni 1989 liessen der Beschwerdegegner 1, C. X._ und die Baurechtsnehmerin eine Änderung der Zinsberechnung öffentlich beurkunden und im Grundbuch eintragen: künftig galt ein Landwert von Fr. 2'100.--/m2. Dieser Wert sollte jährlich der Ortsüblichkeit oder der Veränderung der Konsumentenpreise angepasst werden.
D. Mit einfacher Schriftlichkeit schlossen C. X._ und der Beschwerdegegner 1 drei weitere Vereinbarungen betreffend den Baurechtszins.
D. Mit einfacher Schriftlichkeit schlossen C. X._ und der Beschwerdegegner 1 drei weitere Vereinbarungen betreffend den Baurechtszins.
D.a In einer mit "Aenderungen durch Uebernahme der Aktien D._" betitelten Übereinkunft vom 31. Oktober 1990 hielten sie u.a. unter dem Titel "Baurechtszinsen" fest:
"Der Baurechtszins wurde laut Grundbuch-Vertrag vom 23. Juni 1989, resp. Vertrag Z._/C. X._ vom 20. Juni 1989 neu festgelegt auf Total Fr. 712'000.--. Der zusätzlich erhöhte Baurechtszins wird den beiden Landeignern zu je 50% gutgeschrieben, dadurch wird die anfallende Dividende der Aktionäre entsprechend kleiner. Die Benachteiligung von Gruppe A (60% Aktien) betreffend die Dividenden-Schmälerung wird durch erhöhte Verwaltungskosten ausgeglichen."
"Der Baurechtszins wurde laut Grundbuch-Vertrag vom 23. Juni 1989, resp. Vertrag Z._/C. X._ vom 20. Juni 1989 neu festgelegt auf Total Fr. 712'000.--. Der zusätzlich erhöhte Baurechtszins wird den beiden Landeignern zu je 50% gutgeschrieben, dadurch wird die anfallende Dividende der Aktionäre entsprechend kleiner. Die Benachteiligung von Gruppe A (60% Aktien) betreffend die Dividenden-Schmälerung wird durch erhöhte Verwaltungskosten ausgeglichen."
D.b Mit Vertrag vom 8. Februar 1991 verkaufte C. X._ "Z._ oder Z._ AG" seine 200 Aktien an der Baurechtsnehmerin zum Preis von insgesamt Fr. 6 Mio. Bezüglich Baurechtszins hielten die Vertragsparteien fest:
3.0. Der Baurechtszins von Fr. 356'000.00 gilt als Basiswert per 01.04.1991, für den Landanteil des Verkäufers und gilt demzufolge als Basiswert für die Zinskorrekturen gemäss Art. 3.2 und 3.3 dieses Vertrages, welche jährlich erstmals per 01.04.1992 zu erfolgen haben.
3.0. Der Baurechtszins von Fr. 356'000.00 gilt als Basiswert per 01.04.1991, für den Landanteil des Verkäufers und gilt demzufolge als Basiswert für die Zinskorrekturen gemäss Art. 3.2 und 3.3 dieses Vertrages, welche jährlich erstmals per 01.04.1992 zu erfolgen haben.
... 3.2. Der Baurechtszins erhöht sich um die Hälfte des Landesindex der Konsumentenpreise (Beispiel: 4% Teuerung = 2% Erhöhung Baurechtszins.)
3.3. Für Erhöhungen des Hypothekarzinses gilt die Basis 63⁄4%.
Wenn der Hypothekarzins über 63⁄4% steigt, wird wiederum die Hälfte erhöht. (Beispiel 1⁄4% Erhöhung = 1/8% Aufschlag des Baurechtszins)
Wenn der Hypothekarzins unter 61⁄4% fällt, wird der Baurechtszins um die Hälfte ermässigt."
Wenn der Hypothekarzins unter 61⁄4% fällt, wird der Baurechtszins um die Hälfte ermässigt."
D.c Am 9. Mai 1995 modifizierten C. X._ und der Beschwerdegegner 1 den Aktienkaufvertrag vom 8. Februar 1991 wie folgt:
Für Erhöhungen des Hypothekarzinssatzes gilt die Basis 61⁄2%. Wenn der Hypothekarzinssatz 1. Hyp. laut ZKB für Gewerbehäuser über 61⁄2% steigt, wird wiederum die Hälfte erhöht. ... Wenn der Hypothekarzins unter 61⁄2% fällt, wird der Baurechtszins um die Hälfte ermässigt."
E. In der Zwischenzeit hatte C. X._ im Jahre 1993 seinen hälftigen Miteigentumsanteil an der Baurechtsliegenschaft an seine beiden Kinder A. X._ (Beschwerdeführerin 1) und B. X._ (Beschwerdeführer 2) abgetreten.
F. Am 6. November 1996 teilte die Baurechtsnehmerin den Grundeigentümern mit, sie werde den Baurechtszins künftig auf einem "aktuellen ortsüblichen" Landwert von Fr. 500.-- berechnen. Entsprechend reduzierte sie ihre Zahlungen ab dem ersten Quartal 1997 sowie zusätzlich unter Berufung auf die Senkung des Hypothekarzinses ab April 1998. Die Beschwerdeführer waren der Ansicht, der Baurechtszins bestimme sich nach den drei zusätzlichen Verträgen, namentlich dem Aktienkaufvertrag vom 8. Februar 1991. Sie klagten gegen die Baurechtsnehmerin auf Zahlung des Differenzbetrages. Dieses Verfahren wurde bis an das Bundesgericht gezogen, welches mit Urteil 5C.275/2002 vom 3. Juli 2003 erkannte, die drei zusätzlichen Vereinbarungen seien für die Baurechtsnehmerin nicht verbindlich, und der geschuldete Zins sei gemäss der Vereinbarung vom 23. Juni 1989 festzusetzen.
G. Daraufhin machten die Beschwerdeführer mit Klageschrift vom 23. August 2004 beim Bezirksgericht Meilen eine Klage gegen die Beschwerdegegner hängig. Sie verlangten im Wesentlichen die Differenzbeträge zwischen dem nach ihrer Ansicht gemäss den Zusatzvereinbarungen geschuldeten und dem von der Baurechtsnehmerin tatsächlich bezahlten Baurechtszins von den Beschwerdegegnern unter solidarischer Haftbarkeit. Ein erstes Urteil des Bezirksgerichts hob das Obergericht des Kantons Zürich am 6. Juni 2007 im Wesentlichen auf. Es wies einen Teil der geltend gemachten Differenzbeträge zufolge Verjährung ab und erachtete die Forderung auf Ersatz der durch das Gerichtsverfahren gegen die Baurechtsnehmerin verursachten Kosten für nicht begründet. Es kam zum Schluss, gestützt auf den Wortlaut der Vereinbarungen könnten die Beschwerdeführer die eingeklagten Beträge von den Beschwerdegegnern nicht verlangen. Es wies die Sache an das Bezirksgericht zurück zur Durchführung eines Beweisverfahrens über einen allenfalls von der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip abweichenden tatsächlich übereinstimmenden Parteiwillen. Nachdem das Bezirksgericht erneut entschieden hatte, wies das Obergericht am 17. Juni 2011 die Klage, soweit sie noch zu beurteilen war, im Gegensatz zum Bezirksgericht ab.
H. Vor Bundesgericht verlangen die Beschwerdeführer im Wesentlichen die bereits im kantonalen Verfahren geltend gemachten Differenzbeträge nebst Zins. Die Beschwerdegegner schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet. Die Parteien haben eine Replik und eine Duplik eingereicht, obwohl das Bundesgericht keinen weiteren Schriftenwechsel angeordnet hat.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführer fechten vor Bundesgericht neben dem Entscheid der Vorinstanz vom 17. Juni 2011 auch denjenigen vom 6. Juni 2007 an. Dies ist zulässig, soweit in letzterem die Sache zur Durchführung des Beweisverfahrens an das Bezirksgericht zurückgewiesen wurde. Insoweit handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der nach <ref-law> zusammen mit dem Endentscheid mitangefochten werden kann, soweit er sich auf diesen auswirkt. Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegner können mithin nicht nur diejenigen Erwägungen, welche die Vorinstanz von ihrem Entscheid vom 6. Juni 2007 in denjenigen vom 17. Juni 2011 übernommen hat, Gegenstand der Beschwerde sein. Anfechtungsobjekt bildet alles, was von der Rückweisung an die erste Instanz betroffen war.
1.1 Im Entscheid vom 6. Juni 2007 hatte die Vorinstanz in Auslegung nach dem Vertrauensprinzip erkannt, es sei nicht davon auszugehen, dass der Beschwerdegegner 1 für die Baurechtszinsen hafte. Es wies die Sache aber an das Bezirksgericht zurück zur Klärung der Frage, ob die Vertragsparteien ungeachtet des Wortlauts übereinstimmend eine persönliche Haftung des Beschwerdegegners 1 gewollt hätten. Nachdem das Bezirksgericht diese Frage bejaht hatte, kam die Vorinstanz im Entscheid vom 17. Juni 2011 in eigener Würdigung der Beweismittel zum Schluss, der Beweis, dass die Beschwerdegegner für die im Aktienkaufvertrag festgelegten Baurechtszinsen haften wollten, sei misslungen.
1.2 Die Beschwerdeführer machen geltend, die Vorinstanz habe die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip nicht korrekt vorgenommen und sei auch bei der Feststellung des tatsächlichen Willens in Willkür verfallen. Sie sind primär der Auffassung, dass die Beschwerdegegner sowohl nach dem tatsächlich übereinstimmenden Parteiwillen als auch aufgrund der Vertragsauslegung nach dem Vertrauensprinzip für die Baurechtszinsen aus Garantievertrag nach <ref-law> haften, eventuell aus <ref-law> zufolge Verletzung der Pflichten aus dem Aktienkaufvertrag. Sie machen geltend, die Vorinstanz sei ohne überzeugende Gründe vom sorgfältigen Entscheid des Bezirksgerichts abgewichen und zu Unrecht davon ausgegangen, dieses hätte den Vertrag normativ ausgelegt. Überdies missachte die Vorinstanz die Bindungswirkung des zwischen ihnen und der Baurechtsnehmerin ergangenen Bundesgerichtsentscheides.
1.3 Die Beschwerdegegner halten die Auslegung der Vorinstanz für zutreffend. Wenn kein Garantievertrag vorliege, bleibe für die Anwendung von <ref-law> kein Raum. Sollte eine Haftung der Beschwerdegegner vereinbart worden sein, wäre das entsprechende Rechtsverhältnis als Bürgschaft zu qualifizieren und damit formungültig. Sie tragen zudem vor, die im Aktienkaufvertrag enthaltenen Bestimmungen würden gegen die für die Festsetzung des Baurechtszinses bestehenden Formvorschriften verstossen. Sie berufen sich in diesem Zusammenhang auf Nichtigkeit infolge von Gesetzesumgehung.
2. Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien festzustellen (vgl. <ref-law>). Diese subjektive Vertragsauslegung beruht auf Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 97 und 105 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung entzogen ist. Steht eine tatsächliche Willensübereinstimmung fest, bleibt für eine Auslegung nach dem Vertrauensgrundsatz kein Raum. Erst wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist. Massgebend ist dabei der Zeitpunkt des Vertragsabschlusses. Nachträgliches Parteiverhalten ist bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip nicht von Bedeutung; es kann höchstens - im Rahmen der Beweiswürdigung - auf einen tatsächlichen Willen der Parteien schliessen lassen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen).
2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 130, 397 E. 1.5 S. 401; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252).
2.2 Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9).
2.3 Diese Grundsätze missachten die Beschwerdeführer, wenn sie sich auf die Argumentation des Bezirksgerichts berufen und vorbringen, die Vorinstanz habe diese zu Unrecht beanstandet. Ob die Kritik am Entscheid des Bezirksgerichts zutrifft, ist mit Bezug auf die tatsächlichen Feststellungen nicht massgeblich, solange die Beschwerdeführer nicht aufzeigen, dass die Beweiswürdigung der Vorinstanz auch im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist.
2.4 Nicht stichhaltig ist auch die Rüge, die Vorinstanz habe die Bindungswirkung des zwischen den Beschwerdeführern und der Baurechtsnehmerin ergangenen Urteils missachtet. Dieses entfaltet nämlich nur zwischen den damals ins Verfahren einbezogenen Parteien Rechtskraft. Dass dazu auch die Beschwerdegegner gehörten, ist nicht festgestellt und machen die Beschwerdeführer nicht geltend.
3. Bei der Auslegung von Willenserklärungen hat das Gericht zu berücksichtigen, was sachgerecht ist, weil nicht anzunehmen ist, dass die Parteien eine unangemessene Lösung gewollt haben (<ref-ruling> E. 3a S. 424; <ref-ruling> E. 6c S. 621). Zu beachten ist insbesondere auch der vom Erklärenden verfolgte Regelungszweck, wie ihn der Erklärungsempfänger in guten Treuen verstehen durfte und musste (<ref-ruling> E. 4 S. 28), wobei auch insoweit für den Regelfall anzunehmen ist, der Erklärende strebe eine vernünftige, sachgerechte Regelung an (<ref-ruling> E. 2.2 S. 610; <ref-ruling> E. 5a S. 268 mit Hinweisen). Die Vereinbarungen der Parteien sind in diesem Licht zu prüfen.
3.1 Der Verkäufer der Aktien, der mit der Übertragung der Aktien aus der Aktiengesellschaft ausschied, war (zusammen mit dem Beschwerdegegner 1, der als Käufer auftrat) gleichzeitig Baurechtsgeber. Daher ist bei der Beurteilung der Vereinbarung dem wirtschaftlichen Zusammenhang zwischen dem Baurechtszins und dem Wert der Aktien Rechnung zu tragen. Je tiefer der Baurechtszins ist, desto mehr Kapital verbleibt in der Aktiengesellschaft entsprechend dem geringfügigeren Aufwand. Davon profitieren die Aktionäre nach Massgabe ihres Aktienbesitzes, mit Bezug auf die Übertragung der Aktien also die Käufer. Je höher der Baurechtszins ist, desto mehr Kapital fliesst aus der Gesellschaft ab, die den Zins zu bezahlen hat. Davon profitieren zu Lasten der Baurechtsnehmerin die Baurechtsgeber nach Massgabe ihrer Eigentumsanteile, mit Bezug auf die Übertragung der Aktien also insbesondere der Verkäufer. Dass sich die Parteien über diesen Mechanismus im Klaren waren, belegt die Vereinbarung vom 31. Oktober 1990, namentlich die Passage betreffend die Dividenden-Schmälerung durch die Baurechtszinserhöhung. Auch im Aktienkaufvertrag regelten die Parteien die Festsetzung des Baurechtszinses und bestimmten damit, in welchem Mass Käufer und Verkäufer von der Abwicklung des Aktienkaufvertrages profitieren sollten. Die Höhe des Kaufpreises wurde offensichtlich mit Blick auf die Berechnungsweise des Baurechtszinses vereinbart. Diese und der im Vertrag festgesetzte Kaufpreis bildeten somit die wesentlichen Elemente für das Wertverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung. In dieses Verhältnis, welches dem Konsens über den Aktienverkauf zugrunde liegt, würde eingegriffen, sollte nachträglich eine von der vereinbarten abweichende Festsetzung des Baurechtszinses Platz greifen, und damit die Äquivalenz zwischen Leistung und Gegenleistung aus dem zwischen den Parteien ausgehandelten Gleichgewicht gebracht. Auf einen Verkauf der Aktien unter anderen als den vereinbarten Bedingungen haben sich die Parteien aber nicht geeinigt.
3.2 Die Vorinstanz hat festgehalten: "Nach Treu und Glauben war nicht anzunehmen, Z._ werde persönlich die Baurechtszinsen zahlen oder dafür einstehen. Vielmehr war davon auszugehen, Z._ werde kraft seiner beherrschenden Stellung bei der R._ AG dafür sorgen, dass diese den Zins künftig nach den Vorstellungen von Z._ und C. X._ berechne, dass also die Zusage von Z._ faktisch die Bauberechtigte binde. In der Tat rechnete diese in den nächsten Jahren entsprechend ab, und auch die Kläger gingen ja zunächst von diesem Verständnis aus, als sie die R._ AG vor Handels- und Bundesgericht ins Recht fassten".
Die Vorinstanz hielt mithin fest, der Verkäufer habe nach Treu und Glauben davon ausgehen dürfen, der Beschwerdegegner 1 werde faktisch für die Festsetzung des Baurechtzinses gemäss der getroffenen Vereinbarung sorgen. Dies entspricht auch dem tatsächlichen Verständnis der Parteien, wurde doch in den nächsten Jahren auf diese Weise abgerechnet. Ungeachtet dessen kann sich der Verkäufer jedenfalls nach dem Vertrauensprinzip auf dieses Verständnis berufen. Nach dem Vertrag bestand die Gegenleistung für die Aktien aus zwei Elementen, aus dem "klassischen" Element des vereinbarten Kaufpreises als Geldleistung einerseits und der zusätzlich vom Übernehmer der Aktien geschuldeten Realleistung andererseits, nämlich dafür zu sorgen, dass die Baurechtsnehmerin künftig einen nach den im Aktienkaufvertrag festgeschriebenen Vorgaben berechneten Baurechtszins schulde. Damit wurde gewährleistet, dass dem Verkäufer der im Aktienkaufvertrag vorgesehene Profit zukommen würde.
3.3 Wenn der Beschwerdegegner 1 sich dazu verpflichtete, dafür zu sorgen, dass die Baurechtsnehmerin den Zins künftig nach den Vorstellungen gemäss dem Kaufvertrag berechnet, dann verletzt er seine vertraglichen Pflichten, wenn er seine beherrschende Stellung in der Baurechtsnehmerin nicht dazu einsetzt, dass diese den Baurechtszins entsprechend der Vereinbarung akzeptiert. Bereits die Verletzung dieser vertraglichen Pflicht lässt Schadenersatzansprüche entstehen (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 453 f.). Soweit das Verhalten der Baurechtsnehmerin kraft der beherrschenden Stellung vom Willen des Beschwerdegegners 1 abhängt, haftet dieser primär nicht für die Leistung eines Dritten (WEBER, a.a.O., N. 132 zu <ref-law>), sondern für sein eigenes vertragswidriges Verhalten. Daher gehen die Ausführungen der Beschwerdegegner zur Bürgschaft an der Sache vorbei (vgl. WEBER, Berner Kommentar, 2002, N. 46 zu <ref-law>), und es kann offen bleiben, ob der Beschwerdegegner 1 - wie das Bezirksgericht im Gegensatz zur Vorinstanz annahm - auch die Erfüllung der Verpflichtungen durch die Baurechtsnehmerin im Sinne von <ref-law> garantiert hat (diesfalls würde er selbst dann schadenersatzpflichtig, wenn ihm keine Vertragsverletzung zur Last gelegt werden könnte; vgl. WEBER, a.a.O., N. 151 zu <ref-law>). So oder anders haftet er für den Schaden, der entsteht, wenn er nicht vertragsgemäss dafür sorgt, dass die Baurechtsnehmerin die vorgegebene Berechnung des Baurechtszinses akzeptiert.
3.4 Gemäss den Ausführungen der Beschwerdegegner selbst hat sich der Beschwerdegegner 1 bei einem seiner heutigen Rechtsvertreter erkundigt, "ob wir tatsächlich einen so hohen Baurechtszins zahlen müssten". Darauf habe der Rechtsvertreter ihm aufgezeigt, dass gestützt auf den Baurechtsvertrag die Möglichkeit bestehe, den Baurechtszins zu reduzieren. Die Beschwerdegegner anerkennen mithin, dass die Initiative zur Anpassung des Baurechtszinses vom Beschwerdegegner 1 ausgegangen ist. Soweit diese der im Aktienkaufvertrag vereinbarten Berechnungsweise nicht entspricht, hat der Beschwerdegegner 1 die übernommene Pflicht, für die vertragsgemässe Festsetzung des Baurechtszinses besorgt zu sein, offensichtlich verletzt. Dass es dem Beschwerdegegner 1 nicht möglich gewesen wäre, aufgrund seiner beherrschenden Stellung die Baurechtsnehmerin dazu zu bringen, die im Kaufvertrag festgelegte Berechnung des Baurechtszinses zu akzeptieren, macht er nicht geltend. Damit haftet er für den aus seiner Pflichtverletzung entstandenen Schaden.
3.5 Ob die Anpassung des Baurechtszinses im konkreten Fall formbedürftig war (vgl. hierzu: Urteil des Bundesgerichts 5A_251/2010 vom 19. November 2010; kritisch ALFRED KOLLER, Ist die Verabredung eines Baurechtszinses formbedürftig i.S.v. <ref-law>?, in: Innovatives Recht: Festschrift für Ivo Schwander, 2011, S. 163 ff.), wie die Beschwerdegegner behaupten, kann offen bleiben, da sich diese ohnehin nicht in einem für den Wert von Leistung und Gegenleistung wesentlichen Punkt auf die Nichtigkeit des Vertrages berufen und gleichzeitig an der Übertragung der Aktien festhalten können. Eine derartige Verhaltensweise wäre in sich völlig unvereinbar und darum auch ohne Enttäuschung berechtigter Erwartungen widersprüchlich und missbräuchlich (Urteile des Bundesgerichts 4C.202/2006 vom 29. September 2006 E. 3.1; 4A_167/2010 vom 11. Oktober 2010 E. 3.4.2).
3.6 Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz nach dem Vertrauensprinzip zwar zutreffend erkannt, dass der Beschwerdegegner 1 sich verpflichtet hat, dafür zu sorgen, dass auch die Baurechtsnehmerin den Baurechtszins gemäss den im Aktienkaufvertrag enthaltenen Vorstellungen festsetzt. Die Vorinstanz hat jedoch übersehen, dass eine Verletzung dieser Pflicht Schadenersatzansprüche auslöst. Die Sache ist an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie über die Schadenersatzansprüche im Quantitativ befindet. Die Vorinstanz wird sich weiter zur Frage der solidarischen Haftbarkeit der Beschwerdegegnerin 2 zu äussern haben.
4. Damit ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, und das Urteil vom 17. Juni 2011 ist aufzuheben. Die Gutheissung der Beschwerde wirkt sich nur auf die Begründung, nicht aber auf das Dispositiv des Entscheids vom 6. Juni 2007 aus, weshalb sich dessen Aufhebung erübrigt. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend werden die Beschwerdegegner für das Verfahren vor Bundesgericht kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil vom 17. Juni 2011 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden unter solidarischer Haftbarkeit den Beschwerdegegnern auferlegt.
3. Die Beschwerdegegner haben die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit insgesamt Fr. 22'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Mai 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak