Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ mit Urteil vom 5. Oktober 2005 des gewerbsmässigen Betrugs, der mehrfachen Veruntreuung bzw. des Versuchs dazu sowie der mehrfachen Urkundenfälschung schuldig und bestrafte ihn mit drei Jahren und 11 1⁄2 Monaten Zuchthaus als Zusatzstrafe zu einer früher ausgefällten Strafe.
X._ führt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde und beantragt, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben. Das Verfahren in drei "Komplexen" sei einzustellen.
2. Der angefochtene Entscheid ist vor dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (BGG) am 1. Januar 2007 ergangen. Auf das Rechtsmittel ist daher noch das bisherige Verfahrensrecht anwendbar (<ref-law>, e contrario), hier somit dasjenige der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde nach Art. 268 ff. BStP.
3. Der Beschwerdeführer hat neben der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde auch eine kantonale Nichtigkeitsbeschwerde erhoben. Das Kassationsgericht des Kantons Zürich hat diese Beschwerde mit Sitzungsbeschluss vom 2. April 2007 teilweise gutgeheissen, unter anderem die Strafe aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückgewiesen. Im Übrigen wurde die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden konnte. Soweit sich die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde gegen die Strafe richtet (lit. b), fehlt es infolge des kassationsgerichtlichen Beschlusses im Verfahren vor Bundesgericht an einem Anfechtungsobjekt. Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde muss deshalb insoweit als gegenstandslos abgeschrieben werden.
Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde richtet sich auch gegen den Schuldpunkt (lit. a), der von der Aufhebung durch das Kassationsgericht nicht betroffen ist. Der Beschwerdeführer beantragt, die Beschwerde insoweit zu behandeln.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kommt die Behandlung einer Nichtigkeitsbeschwerde, obwohl das Kassationsgericht den angefochtenen Entscheid ganz oder teilweise aufgehoben und die Sache an das Obergericht zurückgewiesen hat, nur ausnahmsweise in Betracht. Dafür sprechen können Rechtsschutzinteressen eines Beteiligten oder Gründe der Verfahrensökonomie (<ref-ruling> E. 1). Nach Möglichkeit sollte das Bundesgericht jedoch nicht zweimal mit derselben Angelegenheit befasst werden (vgl. Erhard Schweri, Eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde in Strafsachen, Bern 1993, S. 163 N 513). Die Literatur spricht sich denn auch für eine ausnahmslose Gegenstandslosigkeit bei ganzer oder teilweiser Aufhebung des angefochtenen Entscheids aus (Schweri a.a.O. S. 164 f. N 519).
Im vorliegenden Fall ist davon auszugehen, dass selbst unter der Voraussetzung, dass die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde heute teilweise behandelt wird, ein weiteres Beschwerdeverfahren vor Bundesgericht nicht ausgeschlossen ist. Der Beschwerdeführer bemängelt vor Bundesgericht nicht nur den vom Kassationsgericht bestätigten Schuldpunkt, sondern macht zudem geltend, dass bei der Strafzumessung eine überlange Pass- und Schriftensperre zu berücksichtigen gewesen wäre (Beschwerde lit. b). Mit dieser Frage hat sich das Kassationsgericht, dessen Gutheissung einen anderen Punkt betrifft (vgl. Beschluss S. 23 E. 2.11), nicht befasst. Es ist deshalb nicht ausgeschlossen, dass der Beschwerdeführer gegen die neue Strafzumessung des Obergerichts erneut und damit ein zweites Mal ans Bundesgericht gelangen wird. Dies spricht dagegen, und prozessökonomische Gründe sprechen auch nicht zwingend dafür, dass die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde in Bezug auf den Schuldpunkt bereits heute behandelt werden müsste. Andere Gründe, die die teilweise Behandlung der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde gebieterisch nahelegen würden, sind nicht ersichtlich. Folglich ist das gesamte Verfahren als gegenstandslos geworden am Geschäftsverzeichnis abzuschreiben.
4. Praxisgemäss sind bei diesem Ausgang keine Kosten zu erheben. In einem Fall wie dem vorliegenden wird auch keine Parteientschädigung ausgerichtet, weil der Beschwerdeführer, wenn er einen mehrfachen Rechtsmittelweg beschreitet, das Risiko, dass eines der Rechtsmittel gegenstandslos wird, selber zu tragen hat.

Demnach beschliesst das Bundesgericht:
1. Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird als gegenstandslos geworden am Geschäftsverzeichnis abgeschrieben.
2. Es werden keine Kosten erhoben und keine Entschädigung ausgerichtet.
3. Dieser Beschluss wird dem Beschwerdeführer, der Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Mai 2007
Im Namen des Kassationshofes
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: