Sachverhalt:
A. Die L._ GmbH (Gesuchstellerin und Beschwerdeführerin) ist eine Gesellschaft mit beschränkter Haftung nach deutschem Recht mit Sitz in Deutschland. Sie ist Inhaberin des europäischen Patents EP vvv._, das auch in der Schweiz eingetragen ist und ein Verfahren zum "Aufgeben einer Schlammmasse auf bewegtes Mischmaterial" zum Gegenstand hat.
Die M._ AG (Gesuchsgegnerin und Beschwerdegegnerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in der Schweiz. Sie bezweckt die Planung, Herstellung, Montage, Entwicklung, Wartung sowie die Vertretung von und den Handel mit Maschinen, Geräten und Apparaten der Verfahrens-, Förder- und Umwelttechnik, einschliesslich deren Zubehör, Beratung bei und Ausführung der Erstellung von industriellen Anlagen sowie Verwertung von Patentrechten.
B. B.a Mit Eingabe vom 11. April 2011 stellte die Gesuchstellerin dem Handelsgericht des Kantons Aargau folgende Anträge:
"1. Es sei gerichtlich
(a) ein Augenschein der Anlage zur Schlammzuführung bei der Beschickung des Feuerraums in der Kehrichtverbrennungsanlage N._ anzuordnen, und
(b) die entsprechende Anlage im Rahmen dieses Augenscheins zu dokumentieren.
2. Über die Kosten dieser vorsorglichen Beweisführung sei mit der Hauptsache zu entscheiden."
Zur Begründung führte die Gesuchstellerin im Wesentlichen aus, sie wolle mittels vorsorglicher Beweisführung gemäss Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO ihre Beweis- und Prozessaussichten für einen allfälligen Patentverletzungsprozess gegen die Gesuchsgegnerin abklären. Die Gesuchsgegnerin habe eine "mittelbare Patentverletzung" begangen, indem sie der Betreiberin der Kehrichtverbrennungsanlage N._ im Rahmen der Erstellung der Anlage namentlich verschiedene Komponenten für die Schlammzuführung geliefert habe. Das patentgeschützte Verfahren werde in der Kehrichtverbrennungsanlage N._ offensichtlich ohne Lizenz genutzt. Mit der betreffenden Lieferung habe die Gesuchsgegnerin der Betreiberin der Kehrichtverbrennungsanlage die Verletzung des Patents ermöglicht, was eine "mittelbare Patentverletzung" darstelle. Der anbegehrte Augenschein sei geeignet, ein Hauptverfahren zu vermeiden.
B.b Mit Entscheid vom 9. August 2011 wies das Handelsgericht des Kantons Aargau das Gesuch um vorsorgliche Beweisführung ab (Ziff. 1), auferlegte die Gerichtskosten in Höhe von Fr. 8'000.-- der Gesuchstellerin (Ziff. 2) und verpflichtete diese, der Gesuchsgegnerin deren Parteikosten in richterlich festgesetzter Höhe von Fr. 4'650.70 zu ersetzen (Ziff. 3).
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei die Ziffer 1 des Entscheids des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 9. August 2011 aufzuheben und die Vorinstanz sei anzuweisen, (a) einen Augenschein der Anlage zur Schlammzuführung bei der Beschickung des Feuerraums in der Kehrichtverbrennungsanlage N._ anzuordnen, und (b) die entsprechende Anlage im Rahmen dieses Augenscheins zu dokumentieren. Eventualiter sei die Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und die Streitsache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Weiter seien die Ziffern 2 und 3 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und die Streitsache zur neuen Regelung der Kostenliquidation an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz verzichtet in ihrer Vernehmlassung auf Antragstellung.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 103, 470 E. 1 S. 472; <ref-ruling> E. 1).
1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um eine Zivilsache (Art. 72 BGG) in einer Streitigkeit im Zusammenhang mit geistigem Eigentum, für welche das Bundesrecht eine einzige kantonale Instanz vorsieht (Art. 75 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 5 Abs. 1 lit. a ZPO), weshalb die Beschwerde unbesehen einer Streitwertgrenze zulässig ist (Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen vor der Vorinstanz unterlegen (Art. 76 BGG) und die Beschwerdefrist ist gewahrt (Art. 100 BGG).
1.2 Der angefochtene Entscheid betrifft ein Gesuch um vorsorgliche Beweisführung, auf das die Bestimmungen über die vorsorglichen Massnahmen Anwendung finden (Art. 158 Abs. 2 ZPO). Massnahmenentscheide gelten nur dann als Endentscheide im Sinne von Art. 90 BGG, wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen. Selbständig eröffnete Massnahmenentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens Bestand haben bzw. unter der Bedingung, dass ein Hauptverfahren eingeleitet wird, stellen Zwischenentscheide im Sinne von Art. 93 BGG dar (<ref-ruling> E. 3.1 S. 86 f.).
Der vorliegend angefochtene Entscheid ist in einem Gesuchsverfahren betreffend vorsorgliche Beweisführung ergangen, das von der Einleitung eines ordentlichen Hauptverfahrens unabhängig und damit eigenständig ist. Mit dem angefochtenen Entscheid wurde das Gesuch abgewiesen und damit das Gesuchsverfahren zum Abschluss gebracht. Es handelt sich folglich um einen Endentscheid i.S. von Art. 90 BGG (vgl. auch Urteil 5A_433/2007 vom 18. September 2007 E. 1, nicht publ. in: <ref-ruling>, betreffend eine vorsorgliche Beweisführung nach früherem Berner Zivilprozessrecht). Dagegen ist die Beschwerde in Zivilsachen zulässig.
1.3 Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (Art. 42 Abs. 1 BGG). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (Art. 107 Abs. 2 BGG), darf sich die beschwerdeführende Partei grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheides zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig, sofern ein blosser Rückweisungsantrag nicht ausnahmsweise ausreicht, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen fehlen (<ref-ruling> E. 3.1).
Soweit die Beschwerdeführerin mit ihrem Beschwerdeantrag Ziff. 1 verlangt, es sei die Dispositiv-Ziff. 1 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, einen Augenschein der Anlage zur Schlammzuführung bei der Beschickung des Feuerraums in der Kehrichtverbrennungsanlage N._ anzuordnen und die entsprechende Anlage im Rahmen dieses Augenscheins zu dokumentieren, genügen ihre Anträge den Anforderungen an ein reformatorisches Rechtsbegehren. Soweit die Beschwerdeführerin hingegen den vorinstanzlichen Kostenentscheid gesondert anfechten will, indem sie eine Verletzung des Willkürverbots geltend macht, verkennt sie die Anforderungen von Art. 107 Abs. 2 BGG. Mit ihrem Beschwerdeantrag Ziff. 2 verlangt sie lediglich die Aufhebung der Kostenregelung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung der Streitsache "zur neuen Regelung der Kostenliquidation an die Vorinstanz". Einen materiellen Antrag auf Abänderung der vorinstanzlichen Kostenregelung lässt sich dem Beschwerdeantrag Ziff. 2 nicht entnehmen. Auf die entsprechenden eigenständigen Rügen gegen den Kostenentscheid ist damit mangels hinreichenden Antrags nicht einzutreten.
1.4 Bei einem Entscheid über vorsorgliche Beweisführung handelt es sich um einen Entscheid i.S. von Art. 98 BGG (<ref-ruling> E. 2 S. 639). Dagegen kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden.
Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das bedeutet, dass klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 88; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444 f.; je mit Hinweisen).
1.5 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Von diesen tatsächlichen Feststellungen kann es nur dann abweichen, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Offensichtlich unrichtig bedeutet dabei willkürlich (<ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62, 136 II 304 E. 2.4 S. 313 je mit Verweisen). In der Beschwerde ist entsprechend den Anforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG zu begründen, inwiefern der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt einen Mangel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG aufweisen soll (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254).
2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO willkürlich ausgelegt und damit ihren Anspruch auf Klärung der Beweis- und Prozessaussichten willkürlich eingeschränkt.
2.1 2.1.1 Die Vorinstanz hat sich in ihrer Entscheidbegründung zunächst in allgemeiner Weise zu den Voraussetzungen der vorsorglichen Beweisführung gemäss ZPO und der vorsorglichen Massnahmen gemäss Art. 77 des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1954 über die Erfindungspatente (PatG; SR 232.14) geäussert.
Nach Art. 158 Abs. 1 lit. b 2. Satzhälfte ZPO nimmt das Gericht jederzeit Beweis ab, wenn die gesuchstellende Partei ein schutzwürdiges Interesse glaubhaft macht. Gemäss der Vorinstanz kann ein solches schutzwürdiges Interesse in einem prozessökonomischen Ziel bestehen, namentlich in der Abklärung der Beweis- und Prozessaussichten (mit Hinweis auf die Botschaft vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, BBl 2006 7221, S. 7315). Nebst der Glaubhaftmachung eines prozessökonomischen Ziels hat die gesuchstellende Partei gemäss der Vorinstanz den Hauptsacheanspruch in den Grundzügen darzulegen und Tatsachen glaubhaft zu machen, die für die Identifikation dieses Anspruchs notwendig sind.
Bei einer vorsorglichen Beweisführung im Hinblick auf eine Patentstreitigkeit ist gemäss der Vorinstanz sodann auch die spezialgesetzliche Vorschrift betreffend vorsorgliche Massnahmen zu beachten. Gemäss Art. 77 PatG können spezielle patentrechtliche Massnahmen verlangt werden, namentlich die genaue Beschreibung des angeblich widerrechtlich angewendeten Verfahrens. Nach Ansicht der Vorinstanz richten sich die Voraussetzungen für die spezialgesetzlichen Massnahmen im Patentrecht nach Art. 77 PatG i.V.m. Art. 261 ZPO. Die gesuchstellende Partei hat gemäss der Vorinstanz somit glaubhaft zu machen, dass einerseits ein Hauptsacheanspruch besteht und andererseits ein nicht leicht wieder gutzumachender Nachteil droht (mit Hinweis auf PETER HEINRICH, Kommentar zu PatG/EPÜ, 2. Aufl. 2010, Neuerungen nach dem 1. März 2010, N. 1 zu Art. 77 PatG, Stand 13. Mai 2011, abrufbar unter www.heinrich-iplaw.com, letztmals abgerufen am 27. Juli 2011).
Die Voraussetzungen von Art. 77 PatG und Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO unterscheiden sich nach Auffassung der Vorinstanz u.a. darin, dass die Anwendung von Art. 77 PatG die Glaubhaftmachung des Hauptsacheanspruchs verlange, während es für die vorsorgliche Beweisführung gemäss Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO genüge, den Hauptsacheanspruch in den Grundzügen darzulegen und einzelne zur Identifikation notwendige Tatsachen glaubhaft zu machen. Gemäss der Vorinstanz stellt Art. 77 PatG strengere Anforderungen an die Darlegung des Hauptsacheanspruchs. Die blosse Behauptung, ein Schutzrecht sei verletzt worden, genügt gemäss der Vorinstanz für die Anwendung von Art. 77 PatG nicht; die gesuchstellende Partei habe vielmehr darzulegen, dass eine hinreichende Wahrscheinlichkeit für die Verletzung ihres Patentrechts besteht.
Nach Auffassung der Vorinstanz steht die vorsorgliche Beweisführung gemäss Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO zwar als Alternative zu Art. 77 PatG zur Verfügung. Diese dürfe aber nicht dazu dienen, die strengeren spezialgesetzlichen Voraussetzungen zu umgehen. Für den Bereich des Patentrechts müssen deshalb gemäss der Vorinstanz auch für die vorsorgliche Beweisführung gestützt auf Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO nicht nur das Bestehen eines schützenswerten Interesses, sondern auch des Hauptsacheanspruchs glaubhaft gemacht werden. Einzig betreffend Tatsachen, über welche die vorsorgliche Beweisführung erst Aufschluss geben soll, seien nicht alle Einzelheiten glaubhaft zu machen. Vorliegend brauchte die Gesuchstellerin damit gemäss der Vorinstanz nur die verletzende Nutzung des patentgeschützten Verfahrens durch die Betreiberin der Kehrichtsverbrennungsanlage N._ nicht umfassend glaubhaft zu machen, da sie gerade dies anhand der vorsorglichen Beweisführung genauer abklären will. Für die weiteren tatsächlichen Voraussetzungen des Anspruchs gegenüber der Gesuchsgegnerin verlangt die Vorinstanz demgegenüber eine umfassende Glaubhaftmachung.
2.1.2 Im konkreten Fall prüfte die Vorinstanz, ob die Gesuchstellerin einen Anspruch gegenüber der Gesuchsgegnerin aus "mittelbarer Patentverletzung" glaubhaft gemacht hat.
Dabei hielt die Vorinstanz zunächst fest, dass das schweizerische Patentgesetz den von der Gesuchstellerin verwendeten Begriff der "mittelbaren Patentverletzung" nicht kennt, in Art. 66 lit. d PatG jedoch eine zivil- und strafrechtliche Verantwortung für die Teilnahme an einer Patentverletzung vorsieht. Unter Hinweis auf <ref-ruling> E. 4 S. 590 ff. führte die Vorinstanz aus, dass das Anbieten und Inverkehrbringen von Vorrichtungen zur Verwendung in einem patentierten Verfahren grundsätzlich als Anwendungsfall der Teilnahme gemäss Art. 66 lit. d PatG betrachtet wird. Vorausgesetzt ist dabei zum einen, dass die vom Lieferanten an einen Abnehmer gelieferte Vorrichtung patentverletzend eingesetzt wird. Die Teilnahmehandlung des Lieferanten muss akzessorisch zu einer Verletzung sein (<ref-ruling> E. 4.1 S. 591). Zum anderen ist ein Tatbestand nach Art. 66 lit. d PatG nur gegeben, wenn sich die gelieferte Vorrichtung zu keinem anderen Zweck eignet als zur patentgemässen Verwendung oder wenn diese ausdrücklich für eine patentgemässe Verwendung angepriesen wird. Handelt es sich um spezielle, d.h. nicht allgemein im Handel erhältliche Vorrichtungen, wird anstelle der Anpreisung vorausgesetzt, dass der Lieferant weiss oder wissen muss, dass die von ihm angebotenen oder gelieferten Mittel geeignet und vom Empfänger der Lieferung dazu bestimmt sind, für die Benützung des geschützten Patents verwendet zu werden (<ref-ruling> E. 4.1 S. 591 f.).
Gemäss der Vorinstanz hat die Gesuchstellerin glaubhaft gemacht, dass sie Inhaberin des auch in der Schweiz eingetragenen europäischen Patents EP vvv._ ist, welches ein Verfahren zum "Aufgeben einer Schlammmasse auf bewegtes Mischmaterial" zum Gegenstand hat. Sie hat weiter glaubhaft gemacht, dass sie der Generalunternehmerin des Baus der Kehrichtverbrennungsanlage N._ einen Rohrverteiler zur Schlammaufgabe offerierte. In der Korrespondenz mit der Generalunternehmerin wies die Gesuchstellerin explizit auf ihr Patent hin und liess der Generalunternehmerin ein Bild einer Anlage in Z._ zukommen, in der ihre Vorrichtungen bereits eingesetzt werden. Im Februar 2007 sandte die Generalunternehmerin der Gesuchstellerin aktualisierte Dispositionspläne zur Führung der Klärschlammleitungen für die Kehrichtverbrennungsanlage N._. Zwischen der Gesuchstellerin und der Generalunternehmerin kam jedoch letztlich kein Vertrag über die Lieferung von Rohrverteilern zustande. Ausserdem machte die Gesuchstellerin gemäss der Vorinstanz glaubhaft, dass die Gesuchsgegnerin der Generalunternehmerin im Rahmen des Baus der Kehrichtverbrennungsanlage N._ verschiedene Komponenten lieferte, namentlich die Dickstoff-Verrohrung mit Verteilbalken und getakteten Q._-Armaturen DN 50 PN 16 je Rohrleitungslinie.
Gemäss der Vorinstanz vermag die Gesuchstellerin mit diesen Vorbringen nicht glaubhaft zu machen, dass die Gesuchsgegnerin an einer allfälligen Patentverletzung durch die Betreiberin der Kehrichtverbrennungsanlage N._ i.S. von Art. 66 lit. d PatG teilgenommen hätte. Sie vermag nicht aufzuzeigen, dass die Gesuchsgegnerin die angeblich patentverletzende Nutzung ihrer Lieferung anpries oder davon wusste, dass die gelieferten Vorrichtungen verletzend eingesetzt werden sollen. Gemäss der Vorinstanz behauptet die Gesuchstellerin lediglich allgemein, dass die Anlage zur Verletzung des Patents bestimmt gewesen sei, zeigt aber nicht, dass die Anlage nur zu diesem Zweck geeignet war. Sie führt vielmehr aus, dass die von der Gesuchsgegnerin gelieferten Komponenten als solche auch patentfrei sein könnten. Weiter legt die Gesuchstellerin gemäss der Vorinstanz auch nicht dar, dass die Gesuchsgegnerin von einer allfällig patentverletzenden Verwendung der gelieferten Komponenten gewusst bzw. eine patentverletzende Verwendung gar angepriesen haben soll. Nach Auffassung der Vorinstanz vermag die Gesuchstellerin damit die Voraussetzungen einer Teilnahmehandlung gemäss Art. 66 lit. d PatG, auf die sie ihren Anspruch gegen die Gesuchsgegnerin stützt, nicht glaubhaft zu machen, weshalb das Gesuch um vorsorgliche Beweisführung abzuweisen ist.
2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz verkenne mit ihrer Argumentation in willkürlicher Weise das Ziel der schweizerischen ZPO, den Parteien zur Vermeidung unnötiger Prozesse die vorprozessuale Klärung ihrer Beweisaussichten zu ermöglichen. Das vom Gesetzgeber neu eingeführte Institut der vorsorglichen Beweisführung aufgrund eines schutzwürdigen Interesses - konkret zwecks Abklärung der Beweisaussichten - mache nur dann Sinn, wenn man ernsthafte Indizien für eine Rechtsverletzung genügen lasse und keine Hauptsachenprognose im eigentlichen Sinne verlange. Indem die Vorinstanz die Glaubhaftmachung des Hauptsacheanspruchs verlange, werde die Idee des Gesetzgebers ad absurdum geführt. Schliesslich sei auch die Auffassung willkürlich, dass die Anordnung einer vorsorglichen Beweisführung nach Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO in patentrechtlichen Streitigkeiten von den strengeren spezialgesetzlichen Voraussetzungen gemäss Art. 77 PatG abhänge. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin gelten die allgemeinen zivilprozessualen Vorschriften für alle Rechtsgebiete, soweit die ZPO nicht selbst - wie z.B. im Scheidungsrecht - eine fachspezifische Differenzierung der Prozessregeln vorsehe.
2.3 Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Praxis nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint. Willkür in der Rechtsanwendung liegt nur vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft; dabei ist erforderlich, dass der Entscheid nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1 S. 211; je mit Hinweisen).
2.4 2.4.1 Art. 158 ZPO regelt die vorsorgliche Beweisführung. Nach Abs. 1 nimmt das Gericht jederzeit Beweis ab, wenn das Gesetz einen entsprechenden Anspruch gewährt (lit. a) oder die gesuchstellende Partei eine Gefährdung der Beweismittel oder ein schutzwürdiges Interesse glaubhaft macht (lit. b). Nach Abs. 2 finden die Bestimmungen über die vorsorglichen Massnahmen Anwendung.
Art. 77 PatG in der vom Inkrafttreten der ZPO am 1. Januar 2011 bis zum Inkrafttreten des Bundesgesetzes über das Bundespatentgericht (PatGG; SR 173.41) am 1. Januar 2012 geltenden Fassung besteht aus einem Absatz und sieht vor, dass eine Person, die um die Anordnung vorsorglicher Massnahmen ersucht, insbesondere verlangen kann, dass das Gericht eine genaue Beschreibung der angeblich widerrechtlich angewendeten Verfahren (lit. a Ziff. 1) oder der hergestellten Erzeugnisse und der zur Herstellung dienenden Einrichtungen und Geräte (lit. a Ziff. 2) anordnet (AS 2010 1739). Diese Norm entspricht Abs. 1 lit. b der auf 1. Januar 2012 in Kraft getretenen Fassung von Art. 77 PatG (AS 2010 513, 2011 2241). Gemäss Abs. 2 hat die Partei, die eine genaue Beschreibung beantragt, glaubhaft zu machen, dass ein ihr zustehender Anspruch verletzt ist oder eine Verletzung zu befürchten ist.
Beim Anspruch auf eine genaue Beschreibung gemäss Art. 77 PatG (in alter wie neuer Fassung) handelt es sich um einen gesetzlichen Anspruch i.S. von Art. 158 Abs. 1 lit. a ZPO (WALTER FELLMANN, in: Sutter-Somm et al. [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2010, N. 9 zu Art. 158; PETER GUYAN, in: Basler Kommentar, 2010, N. 2 zu Art. 158; Botschaft zum Patentgerichtsgesetz vom 7. Dezember 2007, BBl 2007 455, S. 495). Unter den Voraussetzungen von Art. 77 PatG kann damit eine genaue Beschreibung von Verfahren, Erzeugnissen sowie zur Herstellung dienenden Hilfsmitteln gestützt auf Art. 158 Abs. 1 lit. a ZPO bereits vor einem allfälligen Hauptverfahren als vorsorgliche Beweismassnahme verlangt werden.
Davon unabhängig ist die von der Beschwerdeführerin im vorliegenden Fall beantragte Durchführung eines Augenscheins i.S. von Art. 181 f. ZPO als vorsorgliche Beweismassnahme gemäss Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO. Dass den Parteien auch bei patentrechtlichen Streitigkeiten die Möglichkeit offensteht, die vorsorgliche Abnahme anderer Beweismittel als der genauen Beschreibung nach Art. 77 PatG, also z.B. die Einvernahme von Zeugen, die Edition von Konstruktionszeichnungen oder Wartungshandbüchern etc., gestützt auf Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO zu erwirken, wird in der Literatur als selbstverständlich erachtet (MARK SCHWEIZER, Vorsorgliche Beweisabnahme nach schweizerischer Zivilprozessordnung und Patentgesetz, ZZZ 2010, S. 16; DERS., Der Anspruch auf genaue Beschreibung gemäss Art. 77 PatG - Gedanken eines Mitglieds des Bundespatentgerichts, sic! 12 [2010], S. 932; sodann FABIAN WIGGER, Der neue Immaterialgüterrechtsprozess, sic! 2 [2011], S. 147 f. mit Hinweis auf Voten von ANDRI HESS-BLUMER und FELIX ADDOR). Es ist in der Tat kein Grund ersichtlich, weshalb das allgemeine zivilprozessuale Instrumentarium nicht auch im Bereich des Patentrechts zur Anwendung gelangen soll. Ein Augenschein gemäss Art. 181 f. ZPO kann auch in patentrechtlichen Streitigkeiten gestützt auf Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO als vorsorgliche Beweismassnahme angeordnet werden, sofern die gesuchstellende Partei ein schutzwürdiges Interesse glaubhaft macht.
Der Begründung der Vorinstanz kann damit insoweit nicht gefolgt werden, als sie eine vorsorgliche Durchführung eines Augenscheins gestützt auf Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO nur dann als zulässig erachten will, wenn gleichzeitig die spezialgesetzlichen Voraussetzungen von Art. 77 PatG erfüllt sind.
2.4.2 Gemäss der Botschaft wird mit dem Begriff des schutzwürdigen Interesses in Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO auf die Möglichkeit Bezug genommen, eine vorsorgliche Beweisführung auch zur Abklärung der Beweis- und Prozessaussichten durchzuführen. Diese Möglichkeit soll dazu beitragen, aussichtslose Prozesse zu vermeiden (Botschaft ZPO, a.a.O., S. 7315). Mit der blossen Behauptung eines Bedürfnisses, Beweis- und Prozessaussichten abzuklären, ist ein schutzwürdiges Interesse an einer vorsorglichen Beweisführung jedoch noch nicht hinreichend glaubhaft gemacht. Eine vorsorgliche Beweisführung kann nur mit Blick auf einen konkreten materiellrechtlichen Anspruch verlangt werden, hängt doch das Interesse an einer Beweisabnahme vom Interesse an der Durchsetzung eines damit zu beweisenden Anspruchs ab. Die Gesuchstellerin, die sich auf Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO stützt, muss daher glaubhaft machen, dass ein Sachverhalt vorliegt, gestützt auf den ihr das materielle Recht einen Anspruch gegen die Gesuchsgegnerin gewährt, und zu dessen Beweis das abzunehmende Beweismittel dienen kann (MARK SCHWEIZER, op. cit., ZZZ 2010, S. 7; ISAAK MEIER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2010, S. 311; HANS SCHMID, in: Oberhammer [Hrsg.], Schweizerische Zivilprozessordnung, Kurzkommentar, 2010, N. 4 zu Art. 158; JOHANN ZÜRCHER, in: Brunner at al. [Hrsg.], Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], 2011, N. 15 zu Art. 158; LAURENT KILLIAS et al., Gewährt Art. 158 ZPO eine "pre-trial discovery" nach US-amerikanischem Recht?, in: Lorandi/Staehelin [Hrsg.], Innovatives Recht, Festschrift für Ivo Schwander, 2011, S. 941; in diesem Sinne auch FRANCESCO TREZZINI, in: Commentario al Codice di diritto processuale civile svizzero [CPC], 2011, S. 760; a.M. aber wohl WALTER FELLMANN, in: Sutter-Somm et al. [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2010, N. 23 zu Art. 158, der auch im Anwendungsbereich von Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO keine Glaubhaftmachung eines Hauptanspruches zu verlangen scheint). Lediglich für Tatsachen, die mit dem vorsorglich abzunehmenden Beweismittel bewiesen werden sollen, kann keine eigentliche Glaubhaftmachung verlangt werden, denn sonst würde der Zweck von Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO, die vorprozessuale Abklärung von Beweisaussichten zu ermöglichen, vereitelt. Stellt das abzunehmende Beweismittel das einzige dar, mit dem die Gesuchstellerin ihren Anspruch beweisen kann, muss es genügen, dass sie das Vorliegen der anspruchsbegründenden Tatsachen lediglich substanziiert behauptet (vgl. SCHWEIZER, op. cit., ZZZ 2010, S. 7 f.).
2.4.3 Die Vorinstanz hat Art. 158 Abs. 1 lit. b ZPO im Ergebnis nicht willkürlich angewendet, wenn sie von der Beschwerdeführerin zwar nicht die Glaubhaftmachung der mit dem beantragten Augenschein zu beweisenden patentverletzenden Handlung verlangt hat, sehr wohl aber der Voraussetzungen einer Teilnahmehandlung gemäss Art. 66 lit. d PatG, auf welche die Beschwerdeführerin ihren Anspruch aus "mittelbarer Patentverletzung" vornehmlich stützt. Dass die Vorinstanz auch Art. 66 lit. d PatG willkürlich ausgelegt hätte, macht die Beschwerdeführerin zu Recht nicht geltend. Die Rüge, die Vorinstanz habe in willkürlicher Weise den Anspruch der Beschwerdeführerin auf Klärung der Beweis- und Prozessaussichten vereitelt, ist damit unbegründet.
3. Die Beschwerdeführerin rügt sodann eine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV). Sie habe in ihrem Gesuch unter Ziff. 4 anhand einer Merkmalsanalyse den begründeten Verdacht einer Patentverletzung dokumentiert. Diese Gegenüberstellung der Merkmalsanalyse des Patents und der Lösung, wie sie dank der von der Beschwerdegegnerin gelieferten Komponente in der Kehrichtverbrennungsanlage N._ eingesetzt werde, bilde in sachverhaltlicher Hinsicht das Kernelement des Gesuchs um vorsorgliche Beweisführung. Dennoch fehle eine ernsthafte Auseinandersetzung mit dieser Gegenüberstellung von Merkmalsanalyse und verletzender Anlage. Es sei daher unhaltbar und gehörsverletzend, wenn die Vorinstanz die vorsorgliche Beweisführung einerseits an den Nachweis einer glaubhaft dargelegten Patentverletzung knüpfen wolle und insoweit der Beschwerdeführerin eine ungenügende Substanziierung vorwerfe, gleichzeitig aber ihrerseits eine echte Auseinandersetzung mit der tabellarisch vorgelegten Dokumentation der Patentverletzung verweigere.
3.1 Das rechtliche Gehör nach Art. 29 Abs. 2 BV verlangt, dass das Gericht die Vorbringen der Parteien auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt (<ref-ruling> E. 5.1 S. 236; <ref-ruling> E. 3a, 241 E. 2, je mit Hinweisen). Daraus folgt die Verpflichtung, den Entscheid zu begründen. Dabei braucht sich das Gericht nicht mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinanderzusetzen und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich zu widerlegen. Vielmehr kann es sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 5.1).
3.2 Die Vorinstanz hat den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör nicht verletzt. Denn entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin hat sich die Vorinstanz in E. 5.3 nämlich durchaus auf die im Gesuch aufgeführte Merkmalsanalyse bezogen. Dabei hat sie ausgeführt, dass die Beschwerdeführerin mit der Merkmalsanalyse lediglich die unmittelbare Patentverletzung durch die Betreiberin der Kehrichtverbrennungsanlage N._ und damit das Vorliegen einer patentverletzenden Handlung glaubhaft zu machen versuche, damit jedoch keine Anhaltspunkte für eine Teilnahmehandlung i.S. von Art. 66 lit. d PatG liefere. Die Beschwerdeführerin macht in ihrer Beschwerde an das Bundesgericht zwar geltend, dass mit der Merkmalsanalyse "gleichzeitig auch das 'Wissenmüssen' der Beschwerdegegnerin zumindest glaubhaft gemacht" sei, zeigt dies jedoch nicht in einer den Begründungsanforderungen nach Art. 106 Abs. 2 BGG genügenden Weise auf. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist nicht ersichtlich.
4. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet, soweit auf sie einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Januar 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni