Sachverhalt:
A. Am 23. Juli 2004 wurde dem Baukonsortium X._ die Baubewilligung Nr. 2620/2002 zur Errichtung eines Mehrfamilienhauses auf der Parzelle Nr. 1779 in Muttenz erteilt. Anlässlich der Baukontrolle vom 13. Mai 2005 stellte das Bauinspektorat des Kantons Basel-Landschaft (Bauinspektorat) fest, dass teilweise entgegen den bewilligten Plänen gebaut worden war. Mit Verfügung vom 19. Mai 2005 ordnete es die Einstellung sämtlicher Arbeiten am Mehrfamilienhaus an. Der Bauherrschaft wurde bis zum 31. Mai 2005 Frist gesetzt zur Mitteilung, ob die ohne Baubewilligung ausgeführten Arbeiten entsprechend den bewilligten Plänen abgeändert würden. Andernfalls seien bereinigte Planunterlagen einzureichen. Falls eine nachträgliche Baubewilligung nicht erteilt werden könne, würde die Baubewilligungsbehörde die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands anordnen. In der Folge reichte die Bauherrschaft mehrmals, zuletzt am 5. September 2005, bereinigte Pläne ein.
B. Am 20. Oktober 2006 verfügte das Bauinspektorat unter Androhung von Strafe und Ersatzvornahme, dass einerseits die ohne Baubewilligung erstellten Dachaufbauten und der Dacheinschnitt an der Südfassade bis zum 31. Januar 2007 im Sinne der Erwägungen abzuändern seien und dass andererseits bis zu demselben Zeitpunkt die Stützmauer an der Ostfassade gemäss den bewilligten Plänen vom 26. Mai 2004 abzuändern sei. Zur Begründung wurde zum einen ausgeführt, dass die Dachaufbauten und der Dacheinschnitt an der Südfassade die maximal zulässige Höhe von 1.60 Meter nicht einhielten und damit die zulässige Fassadenhöhe an der Südfassade übeschritten werde. Die Dachaufbauten und der Dacheinschnitt seien im unteren Bereich so abzuändern, dass die Dachhaut durchgezogen werde, wobei anstelle von Ziegeln Kupferblech angebracht werden könne. Zum andern überschreite die Ostfassade die zulässige Fassadenhöhe, da die Stützmauer mit Einblick gewährenden Schlitzen versehen sei und das fertige Terrain somit nicht an der Oberkante der Stützmauer, sondern an deren Fuss zu liegen komme.
Gegen diese Verfügung gelangten das Baukonsortium X._ bestehend aus Y._ und Z._ an die Baurekurskommission des Kantons Basel-Landschaft. Diese wies die Beschwerde am 28. August 2007 ab.
Daraufhin erhoben die Abgewiesenen Beschwerde beim Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht. Dieses führte einen Augenschein durch und wies die Beschwerde am 19. August 2009 ab.
C. Am 18. Dezember 2009 haben das Baukonsortium X._ bestehend aus Y._ und Z._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass Dachaufbau und Dacheinschnitt gemäss Ausführung im Rahmen des Baugesuchs Nr. 2620/2002 bewilligt und dass die Öffnungen in den genehmigten Lichtschächten gemäss Baugesuchs Nr. 2620/2002 bewilligt werden könnten. Die Beschwerdeführer rügen sinngemäss eine Verletzung des Willkürverbotes (<ref-law>), des Anspruchs auf rechtliches Gehörs (<ref-law>) und des Verhältnismässigkeitsprinzips (<ref-law>).
Die kantonalen Instanzen sowie die Gemeinde Muttenz haben auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid (<ref-law>), der in einer Bausache und damit in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit im Sinne von <ref-law> ergangen ist. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> besteht nicht. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist berechtigt, wer durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung besitzt (<ref-law>). Dies trifft auf Y._ und Z._ zu. Als Miteigentümer und Baugesuchssteller bez. Eigentümer der fraglichen Wohnungen und Gebäudeteile sind sie durch die Änderungsverfügung besonders betroffen und damit zur Beschwerde legitimiert. Auf die Beschwerde kann eingetreten werden.
1.2 Der angefochtene Entscheid stützt sich in der Sache auf kantonales Planungs- und Baurecht. Dessen Verletzung stellt keinen Beschwerdegrund nach <ref-law> dar. Das Kantonsgerichtsurteil kann daher nur darauf überprüft werden, ob es auf willkürlicher Gesetzesanwendung beruht oder sonst wie gegen Vefassungsrecht verstösst (vgl. BGE 133 II E. 1.2.1 S. 251 f.).
2. Die Beschwerdeführer rügen vorerst eine Verletzung des rechtlichen Gehörs im Sinne von <ref-law>. Sie machen geltend, die zugrunde liegende Verfügung sei hinsichtlich der Dachaufbauten und des Dacheinschnitts nicht hinreichend begründet. Weder die Baurekurskommission noch das Kantonsgericht hätten dargelegt, warum die Kombination zweier erlaubter Massnahmen unzulässig sei und warum sich die Bauherrschaft nicht auf Ziff. 7.1 des Zonenreglements Siedlung der Gemeinde Muttenz (aZRS) vom 1. März 1997 berufen könne.
2.1 Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) folgt unter anderem die grundsätzliche Pflicht der Behörden, ihren Entscheid zu begründen. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass der Betroffene den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Die Begründung muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinander setzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen).
2.2 Die Baurekurskommission hat in ihrem Entscheid erwogen, dass aus dem nachträglich eingereichten, nicht bewilligten Plan "Querschnitt a-a", welcher am 4. Mai 2006 beim Bauinspektorat eingereicht worden sei, klar ersichtlich sei, dass die Höhe der Dachaufbauten und des Dacheinschnitts ab Geländer 1.60 Meter betrage. Dies habe sich am Augenschein bestätigt. Gemäss Zonenvorschriften werde die Höhe von Dachaufbauten und -einschnitten ab Dachfläche gemessen. Somit sei die Höhe gemäss Ziff. 7.3 bzw. Ziff. 7.4 i.V.m 7.3 aZSR offensichtlich nicht eingehalten. Insofern liegt eine im Lichte des Anspruchs auf rechtliches Gehör hinreichende Begründung vor, auf die das Kantonsgericht ohne Verfassungsverletzung verweisen durfte. Das gilt auch für den Einwand der Beschwerdeführer, weder das Bauinspektorat noch die Baurekurskommission hätten die Kombination zweier erlaubter baulicher Massnahmen abgeklärt. Indem sowohl das Bauinspektorat als auch die Baurekurskommission die vorliegenden Dachaufbauten als nicht mit den kommunalen Bauvorschriften vereinbar qualifiziert haben, haben sie so auch zum Ausdruck gebracht, dass die von den Beschwerdeführern gewählte Kombination unzulässig sei. Schliesslich war das Bauinspektorat nicht gehalten, in ihren Motiven ausführlich zu begründen, weshalb die von den Beschwerdeführern geltend gemachte 10%-Regelung von Ziff. 7.1 aZRS nicht angewendet werden könne, nachdem gar nicht zur Diskussion stand, ob die fraglichen Dachaufbauten ein Flach- oder Pultdach aufweisen dürfen.
Es zeigt sich somit, dass sich das Bauinspektorat und die Baurekurskommission mit den relevanten Rechtsfragen auseinandergesetzt haben und aus ihren Entscheiden hervorgeht, aus welchen Gründen und gestützt auf welche gesetzlichen Grundlagen die Baute als nicht bewilligungsfähig bzw. materiell baurechtswidrig erachtet werde. Das Kantonsgericht durfte darauf verweisen. Bei dieser Sachlage erweist sich die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs als unbegründet. Die Beschwerdeführer verkennen, dass sie gestützt auf <ref-law> zwar einen Anspruch auf eine Begründung haben, nicht aber auf eine ihnen materiell zusagende Begründung.
3. Weiter rügen die Beschwerdeführer, das Kantonsgericht habe den Sachverhalt hinsichtlich der Öffnungen in der Stützmauer offensichtlich falsch abgeklärt.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 97 Abs. 1 bzw. <ref-law>). Eine entsprechende, rechtsgenüglich substanziierte Rüge (Art. 42 Abs. 2 bzw. <ref-law>) setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
Die Rüge der offensichtlich falschen Sachverhaltsermittlung erweist sich von vornherein als unbegründet. Die Beschwerdeführer stellen nicht in Frage, dass die Stützmauer nunmehr mit Lichtschächten versehen worden ist. Diese Feststellung bildete Ausgangspunkt für die Beurteilung der Frage, wie die Fassadenhöhe zu berechnen sei. Daran vermögen die Ausführungen der Beschwerdeführer, die die Fragen von Sachverhalt und materieller Beurteilung vermengen, nichts zu ändern.
4. Die Beschwerdeführer machen in materieller Hinsicht eine willkürliche Anwendung der Vorschriften des Zonenreglements Siedlung der Gemeinde Muttenz in Bezug auf die Dachaufbauten und die Fassadenhöhe geltend.
4.1 Gemäss Ziff. 7.3 aZRS darf die Höhe von Dachaufbauten ab Dachfläche maximal 1.60 Meter betragen. Für offene Dachaufbauten gelten gestützt auf Ziffer 7.4 aZRS dieselben Flächen- und Abstandsbestimmungen wie für Dachaufbauten.
4.1.1 Das Kantonsgericht erwog, dass die Bauherrschaft einen Dacheinschnitt vorgenommen und im Bereich dieses Dacheinschnitts ausserdem Dachaufbauten erstellt habe. Entgegen den bewilligten Plänen sei dabei der Dacheinschnitt nach unten völlig geöffnet. In diesem Bereich sei somit kein Schnittpunkt der Dachfläche mit der Fassade mehr vorhanden, anhand welchem die Höhe der Dachaufbauten bemessen werden könnte. Mit der vollständigen Öffnung des Dacheinschnitts gegen unten sei vielmehr ein Flachdach bzw. eine Flachdachterrasse entstanden. Die Höhe der Dachaufbauten könne somit einzig ab der so entstandenen Dachfläche bemessen werden, wodurch die zulässige Höhe der Dachaufbauten gemäss Ziff. 7.3 und Ziff. 7.4 aZRS ohne Weiteres überschritten werde. Hinzu komme, dass mit der vorgenommenen Ausführung des Dacheinschnitts ein zurückgestaffelter Fassadenteil entstehe, was zu einer Überschreitung der gemäss Ziff. 5.3 aZRS zulässigen Fassadenhöhe im Bereich der Südfassade führe. Daran ändere nichts, dass zurückgestaffelte Gebäudeteile gemäss Ziff. 7.1 aZRS Flachdächer aufweisen dürften, wenn deren Dachfläche nicht 10% der Dachfläche des ganzen Gebäudes ausmache. Aus dem Umstand, dass diese Bestimmung vorliegend allenfalls eingehalten sei, könnten die Beschwerdeführer jedenfalls nichts zu ihren Gunsten ableiten.
4.1.2 Die Beschwerdeführer widersprechen der Auffassung des Kantonsgerichts, wonach die Aufbaute vom Flachdach resp. Terrassenboden aus gemessen werden müsse. Die Höhe des Dachaufbaus dürfe gemäss Ziff. 7.3 aZRS ab der Dachfläche und nicht ab dem Terrassenboden maximal 1.60 Meter betragen. Dass in vorliegendem Fall keine Dachfläche mehr vorhanden sei, lasse sich nicht halten. Gerade bei Dachaufbauvorschriften gehe es letztlich um das optische Erscheinungsbild einer Aufbaute oberhalb der Dachfläche. Der Terrassenboden sei jedoch von nirgends her einsehbar. Oberhalb der Dachfläche bleibe somit einzig der Aufbau erkennbar. Der Einschnitt liege klar unter der Dachfläche. Das Kantonsgericht und die Vorinstanzen beanspruchten für den erstellten Baukörper eine Messweise, die sich nirgends aus dem Zonenreglement ergebe und auch der Logik des Reglements widerspreche.
4.1.3 Die Beschwerdeführer gehen mit ihrer Behauptung fehl, die Auffassung des Kantonsgerichts widerspreche dem Sinn und Zweck des fraglichen Reglements und missachte Gesetzesrecht. Der Wortlaut von Ziff. 7.3 aZSR lässt vielmehr Raum für eine Bemessung der relevanten Höhe im Sinne der gängigen Praxis der kommunalen und kantonalen Behörden. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer lässt sich aus dem Umstand, dass Ziff. 7.3 des geltenden Zonenreglements Siedlung vom 22. November 2005 auf die horizontal gemessene Fronthöhe von maximal 1.60 Meter abstellt, nicht folgern, dass die von ihnen vertretene Messweise nach altem Recht zonenkonform sei. Es ist daher dem Kantonsgericht nicht Willkür vorzuwerfen, wenn es die Höhe der Dachaufbauten von vorne und nicht seitlich, wie von den Beschwerdeführern sinngemäss geltend gemacht, gemessen hat. Inwiefern der Umstand, dass der Terrassenboden von der Strasse aus nicht einsehbar ist, für die Bemessung der Höhe der Dachaufbauten von Bedeutung sein soll, ist nicht nachvollziehbar. Wenn das Kantonsgericht bei der vorliegenden Konstellation (Fehlen eines Schnittpunktes der Dachfläche mit der Fassade) auf den Terrassenboden als massgebliche Referenzlinie abgestellt hat, so erscheint dies nicht als unhaltbar. Von Willkür bei der Anwendung der genannten baurechtlichen Bestimmungen kann somit nicht gesprochen werden.
Der Schluss des Kantonsgerichts, wonach die Dachaufbauten bzw. der Dacheinschnitt sowohl nach dem geltenden als auch nach dem alten Zonenreglement als nicht bewilligungsfähig bzw. materiell baurechtsfähig zu qualifizieren sind, lässt sich somit verfassungsrechtlich nicht beanstanden.
4.2 Nach Ziff. 6.6 aZRS gilt als Fassadenhöhe das Mass vom fertigen Terrain bis zum Schnittpunkt der Fassadenflucht mit der Oberkante Tragkonstruktion des Daches. Gemäss Ziff. 5.3 aZRS beläuft sich die maximal zulässige Fassadenhöhe in der vorliegend massgebenden Zone W3 auf 9 Meter.
4.2.1 Das Kantonsgericht hat im angefochtenen Entscheid geprüft, ob aufgrund der Ausführung der Stützmauer mit seitlichen Öffnungen der Messpunkt der Fassadenhöhe nicht mehr an der Oberkante, sondern am Fuss der Stützmauer festzusetzen sei. Anlässlich des Augenscheins habe sich die Feststellung der Vorinstanz bestätigt, wonach das optische Erscheinungsbild der Stützmauer durch das Anbringen von vier seitlichen Öffnungen wesentlich verändert werde und die Stützmauer dadurch als eigentliche Verlängerung der Gebäudefassade in Erscheinung trete. Die Vorinstanz habe daraus zu Recht den Schluss gezogen, der Messpunkt für das fertige Terrain im Sinne von Ziff. 6.6 aZSR sei nicht mehr an der Oberkante der Stützmauer, sondern an deren Fuss festzusetzen. Die zulässige Fassadenhöhe gemäss Ziff. 5.3 aZSR werde dadurch im Bereich der Ostfassade überschritten und die Baute erweise sich insofern als materiell baurechtswidrig.
4.2.2 Die Beschwerdeführer rügen, der Entscheid des Kantonsgerichts sei willkürlich. Mit der seitlichen Öffnung der Lichtschächte sei die Fassade in keiner Art und Weise verändert worden. Vielmehr befinde sich diese nach wie vor hinter dem umstrittenen Lichtschacht. Nach Ziff. 6.6 aZRS werde die Fassadenhöhe an der Fassade gemessen. Weil jedoch an der Fassade keine kubischen Änderungen vorgenommen worden seien, sei nicht ersichtlich, warum die Fassadenhöhe plötzlich nicht mehr an der Fassade, sondern an einem weiter vorne liegenden Lichtschacht gemessen werden solle. Massgeblich sei in der Gemeinde Muttenz nicht, ob Fenster in Fassadenteilen eingelassen seien, sondern es gälten die üblichen Abgrabungsvorschriften. Demzufolge gehe es entgegen der Auffassung des Kantonsgerichts im vorliegenden Fall einzig darum, ob gesetzliche Vorschriften existierten, die das seitliche Anbringen einer Öffnung in einem bewilligten Lichtschacht ausschliessen würden. Eine solche Vorschrift sei weder vom Kantonsgericht noch von den Vorinstanzen zitiert worden. Die Argumentation, dass sich mit dem Einbau einer Öffnung in einen Lichtschacht die Messweise der Fassadenhöhe ändere, widerspreche somit klar den gesetzlichen Grundlagen sowie Sinn und Zweck der Bauvorschriften.
4.2.3 Von einer willkürlichen Rechtsanwendung kann auch in dieser Hinsicht nicht gesprochen werden. Gemäss Ziff. 6.6 aZSR ist für die Bestimmung der Höhe der Fassadenhöhe das fertige Terrain massgebend. Wie sich den in den Akten befindlichen Plänen und Fotografien entnehmen lässt, kann die Auffassung der Vorinstanz, wonach sich die Stützmauer durch das nachträgliche Einfügen der vier seitlichen Öffnungen als Teil der Gebäudefassade präsentiert, nicht als unhaltbar bezeichnet werden. Wenn das Kantonsgericht gestützt auf die am Augenschein gewonnene Erkenntnis zum Schluss gekommen ist, dass für die Beurteilung der Fassadenhöhe auf die Unterkante der Stützmauer abzustellen sei, so erscheint dies mit Blick auf das Gesamterscheinungsbild der Liegenschaft als haltbar. Zudem darf berücksichtigt werden, dass die Stützmauer aufgrund der vier Öffnungen nicht mehr als separater Bauteil, sondern als integrierter Bestandteil der Fassade wirkt. Aufgrund des Umstandes, dass der Gesetzgeber in Ziff. 6.6 aZSR ausdrücklich das gestaltete und damit ein künstlich geschaffenes Terrain als massgeblichen Anknüpfungspunkt gewählt hat, lässt sich nicht sagen, die Auffassung des Kantonsgerichts widerspreche den gesetzlichen Bestimmungen sowie Sinn und Zweck der Bauvorschriften. Dass seitliche Öffnungen der Stützmauer als solche gestützt auf die Zonenvorschriften nicht untersagt sind, ändert an dieser Beurteilung nichts. Es liegt auf der Hand, dass auch bei einem Einbau von Fenstern in eine Stützmauer die massgeblichen Fassadenhöhen eingehalten werden müssen.
Damit erweist sich die Willkürrüge auch in diesem Punkt als unbegründet. Das Kantonsgericht durfte demnach die Gestaltung der Fassade in der ausgeführten Form als nicht bewilligungsfähig und damit als materiell baurechtswidrig bezeichnen.
5. Schliesslich erachten die Beschwerdeführer die Änderungsverfügung auch dann als verfassungswidrig, wenn die vorgenommene Bauausführung als materiell baurechtswidrig betrachtet werden sollte. Sie berufen sich sinngemäss auf die Eigentumsgarantie nach <ref-law> und rügen eine Verletzung des Grundsatzes der Verhältnismässigkeit.
5.1 Eine Eigentumsbeschränkung ist nur zulässig, wenn sie auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist (<ref-law>). Das Verhältnismässigkeitsprinzip besagt, dass die Grundrechtseinschränkung zur Erreichung des angestrebten Ziels geeignet und erforderlich sein muss und dem Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung zumutbar ist (<ref-ruling> E. 8.1). Das Vorliegen eines öffentlichen Interesses und die Verhältnismässigkeit prüft das Bundesgericht bei der Beschränkung von Grundrechten frei. Es auferlegt sich aber Zurückhaltung, soweit die Beurteilung von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser überblicken (<ref-ruling> E. 4.3 S. 415 f.).
Im Falle einer nicht den Bauvorschriften bzw. der Baubewilligung entsprechenden Baute kann die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands unterbleiben, wenn die Abweichung vom Erlaubten nur unbedeutend ist oder die Wiederherstellung nicht im öffentlichen Interesse liegt, ebenso, wenn der Bauherr in gutem Glauben angenommen hat, die von ihm ausgeübte Nutzung stehe mit der Baubewilligung im Einklang, und wenn ihre Fortsetzung nicht schwerwiegenden öffentlichen Interessen widerspricht (<ref-ruling> E. 6 S. 35; <ref-ruling> E. 6 S. 221 mit Hinweisen). Auf die Verhältnismässigkeit berufen kann sich auch ein Bauherr, der nicht gutgläubig gehandelt hat. Er muss aber in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, namentlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baulichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands erhöhtes Gewicht beimessen und die dem Bauherrn allenfalls erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Masse berücksichtigen (<ref-ruling> E. 6.4 S. 39 f.; <ref-ruling> E. 6b S. 224).
Im vorliegenden Fall beziehen sich die Beschwerdeführer einzig auf den Grundsatz der Verhältnismässigkeit und erachten den angefochtenen Entscheid aus diesem Grunde als verfassungswidrig.
5.2 Das Kantonsgericht hielt unter dem Gesichtswinkel der Verhältnismässigkeit fest, die entgegen den bewilligten Plänen vorgenomme Ausführung der Baute führe zu einer erheblichen Überschreitung der Höhe der Dachaufbauten und sei damit in einem erheblichen Ausmass baurechtswidrig. Es könne nicht mehr von einer bloss geringfügigen Abweichung gesprochen werden. Die den Beschwerdeführern aus der Wiederherstellung erwachsenden finanziellen Nachteile, welche nach ihren eigenen Angaben auf rund Fr. 3'000.-- im Bereich der Stützmauer sowie rund Fr. 35'000.-- im Bereich der Dachaufbauten und des Dacheinschnitts belaufen würden, seien demgegenüber als relativ gering anzusehen. Die privaten Interessen erschienen jedenfalls nicht als so gewichtig, dass deshalb auf eine Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands aus Gründen der Verhältnismässigkeit zu verzichten wäre.
5.3 Die fraglichen Dachaufbauten bzw. der Dacheinschnitt sowie die Fassadenhöhe an der Ostfassade widersprechen den materiellen Bauvorschriften. In beiderlei Hinsicht handelt es sich um erhebliche Überschreitungen der zulässigen Höhe. Das Kantonsgericht hielt denn gestützt auf seinen Augenschein auch fest, dass sich das Erscheinungsbild der Stützmauer durch das Anbringen von seitlichen Öffnungen wesentlich verändert habe. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer kann daher nicht von untergeordneten Abweichungen von den baurechtlichen Bestimmungen gesprochen werden. Daran vermag der Umstand nichts zu ändern, dass das Zonenreglement zwischenzeitlich geändert worden ist. Das Kantonsgericht ist in dieser Hinsicht davon ausgegangen, dass allenfalls das mildere neue Recht anzuwenden wäre. Bei dieser Sachlage ist das öffentliche Interesse an der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands als gross einzustufen. Das Kantonsgericht durfte dem allgemeinen Interesse an der Durchsetzung der baurechtlichen Ordnung sowie der Wahrung der Rechtsgleichheit gegenüber andern Bauherren Rechnung tragen. Umgekehrt können sich die Beschwerdeführer nicht auf den Gutglaubensschutz berufen. Sie machen denn auch nicht geltend, dass sie hinsichtlich der Ausführung der Bauarbeiten von Seiten der Behörden getäuscht worden wären. Sie haben es selber zu vertreten, von den bewilligten Plänen abgewichen zu sein. Ihr privates Interesse an der Aufhebung der Änderungsverfügung ist demnach von beschränktem Gewicht. Sie bringen nicht vor, dass die Wiederherstellung mit besondern baulichen Schwierigkeiten verbunden wäre oder die Nutzung in erheblichem Masse einschränken würde. Schliesslich durfte das Kantonsgericht ohne Verfassungsverletzung festhalten, dass die finanziellen Nachteile und die Kosten der Wiederherstellung verhältnismässig gering ausfallen.
Angesichts der den Beschwerdeführern anzurechnenden Bösgläubigkeit in Bezug auf die Herbeiführung des unrechtmässigen Zustands, der erheblichen Abweichung vom baurechtlich Erlaubten und des hoch zu gewichtenden öffentlichen Interesses am Schutz der Rechtsgleichheit und der baulichen Ordnung erscheint die sich durch die Anordnung der Wiederherstellung ergebende Einschränkung der Eigentumsrechte als zumutbar. Demnach erweist sich die Beschwerde auch unter dem Gesichtswinkel der Verhältnismässigkeit als verfassungsrechtlich haltbar.
6. Die Beschwerde erweist sich damit gesamthaft als unbegründet und ist demnach abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend haben die unterliegenden Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Einwohnergemeinde Muttenz, der Baurekurskommission des Kantons Basel-Landschaft und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Verfassungs- und Verwaltungsrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. April 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann