Sachverhalt:
A. Der 1973 geborene G._ war seit 1994 als Versicherungsberater, zuletzt ab 1. Juni 2002 bei der Versicherungen X._ tätig. Am 23. Januar 2004 meldete er sich unter Hinweis auf zwei Verkehrsunfälle in den Jahren 2002 und 2003 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht, insbesondere einer vom Unfallversicherer in Auftrag gegebenen MEDAS-Begutachtung (Gutachten des Zentrums für Medizinische Begutachtung vom 2. Februar 2006) und einer beruflichen Abklärung im Arbeits- und Bildungszentrum vom 24. Oktober 2005 bis 13. April 2006 sowie der Unterstützung durch einen vom Unfallversicherer beauftragten Case Manager stellte die IV-Stelle G._ mit Vorbescheid vom 29. September 2006 ab 1. September 2003 rückwirkend die Ausrichtung einer ganzen und ab 1. Januar 2005 einer halbe Rente der Invalidenversicherung in Aussicht (gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 100%, dann 50%), befristet bis zum 31. Juli 2005. Mit dagegen erhobenem Einwand vom 30. Oktober 2006 ersuchte G._ die IV-Stelle um Beizug der Berichte der behandelnden Ärzte Dr. med. A._ und Dr. med S._. Die Mitteilung des Beschlusses erfolgte am 20. November 2006. Am 13. Februar 2007 reichte G._ drei Berichte des Prof. Dr. med. L._, Facharzt FMH für Anästhesiologie, Praxis für Schmerztherapie, vom 9. und 29. Januar sowie 6. Februar 2007 ein, worauf die IV-Stelle am 19. Februar 2007 einen weiteren Bericht dieses Arztes vom 5. März 2007 einholte. Am 21. Dezember 2007 ergingen schliesslich zwei Verfügungen betreffend den in Aussicht gestellten Rentenanspruch (je eine für den Anspruch vom 1. September 2003 bis 31. Dezember 2004 und vom 1. Januar bis 31. Juli 2005).
B. Die gegen die Verfügung betreffend den Rentenanspruch ab 1. Januar 2005 erhobene Beschwerde, mit welcher unter anderem Arztberichte des Dr. med. S._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, externer psychiatrischer Dienst, ins Recht gelegt wurden, wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 3. Juli 2008 ab.
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache zu neuer Entscheidung an die IV-Stelle zurückzuweisen. Zudem sei ihm für das Verfahren vor Vorinstanz eine Parteientschädigung zuzusprechen.
Die IV-Stelle und das kantonale Gericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>; ohne Beschwerden gemäss <ref-law> und <ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde an das Bundesgericht (<ref-law>) nur zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (unter anderem) Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>). Hiezu gehört insbesondere auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen und die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (Urteile 9C_534/2007 vom 27. Mai 2008, E. 1 mit Hinweis auf Ulrich Meyer, N 58-61 zu Art. 105, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008; Seiler/von Werdt/ Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N. 24 zu Art. 97). Das Bundesgericht ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese letztinstanzlich nicht (mehr) vorgetragen wurden.
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung; vgl. jetzt <ref-law>) sowie die Invaliditätsbemessung nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>, ab 1. Januar 2004 bis Ende 2007 in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.4 S. 348 f., 128 V 29 E. 1 S. 30 f.) zutreffend dargelegt. Ebenfalls richtig sind die Ausführungen zu den bei einer rückwirkenden Zusprechung einer abgestuften und/oder befristeten Invalidenrente geltenden Grundsätzen (analoge Anwendung von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> [in der bis 31. Dezember 2003 und vom 1. Januar bis Ende Februar 2004 gültig gewesenen sowie in der seit 1. März 2004 geltenden Fassung]; <ref-ruling> E. 6b/dd S. 275, 109 V 125 E. 4a S. 127) sowie zum Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten und zur Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.; <ref-ruling> E. 1c S. 160 ff., je mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.1 S. 400). Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist der Rentenanspruch des Versicherten ab 1. Januar 2005. Dabei steht insbesondere in Frage, ob Vorinstanz und Verwaltung bei der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit zu Recht auf das MEDAS-Gutachten vom 2. Februar 2006 abgestellt haben.
3.1 Das kantonale Gericht hat festgestellt, dass der Versicherte nach seinen beiden Unfällen 2002 und 2003 sowohl aus somatischen wie auch aus psychiatrischen Gründen zu 100% arbeitsunfähig war. Bereits im März 2005 berichtete Dr. med. S._ jedoch im Verlauf der letzten Monate sukzessive von positiven Veränderungen. Gemäss MEDAS-Gutachten vom 2. Februar 2006 betrug die Arbeitsfähigkeit anfangs 2005 ca. 50% und seit August 2005 80%. Das kantonale Gericht erwog, dem MEDAS-Gutachten komme volle Beweiskraft zu. Es begründete dies insbesondere damit, dass die rechtsprechungsgemässen Kriterien an ein beweiskräftiges Gutachten erfüllt seien. Die beiden Stellungnahmen der Frau Dr. med. T._, Fachärztin FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, erachtete es unter anderem wegen der fehlenden eigenen Untersuchung und der Diagnosestellung ohne Klassifikation nach einem international anerkannten System als nicht massgeblich. Auch der Bericht des Dr. med. S._ vom 11. Oktober 2007 spreche mangels konkreter Beurteilung der Arbeitsfähigkeit nicht gegen die Zuverlässigkeit des Gutachtens (zumal er behandelnder Spezialarzt des Versicherten sei). Dasselbe gelte für den Bericht des Prof. Dr. med. L._ vom 5. März 2007, da sich dieser vorwiegend auf die subjektiven Schmerzangaben des Versicherte stützte und es sich bei ihm zwar um einen Spezialarzt handle, jedoch nicht im relevanten Fachgebiet. Schliesslich verfügten die MEDAS-Gutachter über eine weitaus umfassendere Beurteilungsgrundlage als der behandelnde Arzt. Weitere Abklärungen seien entbehrlich, da der entscheidwesentliche Sachverhalt aus den Akten mit genügender Klarheit hervorgehe und von ihnen keine zusätzlichen Erkenntnisse mehr zu erwarten wären.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes. Die Vorinstanz verkenne, dass die MEDAS -Ärzte eine abschliessende Beurteilung ausdrücklich nicht vorgenommen hätten. Vielmehr hätten sie ausgeführt, der Zeitpunkt für die Beurteilung der dauernden beruflichen Einschränkung sei verfrüht. Zwar werde im Gutachten der Eindruck erweckt, es könne eine weitere Steigerung der Arbeitsfähigkeit erreicht werden, doch sei dies lediglich im Sinne einer Prognose beachtlich. Auf Grund der später erstellten Berichte von Prof. Dr. med. L._ und Dr. med. S._ ergebe sich, dass trotz durchgeführter Schmerztherapie und anhaltender psychotherapeutischer Betreuung eine Verbesserung nicht möglich gewesen sei. Es sei auch verfrüht angenommen worden, er sei fähig, sich auf selbstständiger Basis in seinem angestammten Bereich erfolgreich beruflich zu betätigen. Genau das Gegenteil sei eingetreten, indem er auf Grund der anhaltenden Beschwerden mit seinem Projekt gescheitert sei. Bereits aus den Feststellungen des Prof. Dr. med. L._ gehe hervor, dass der Versicherte nicht mehr fähig sei, im angestammten Bereich tätig zu sein, namentlich nicht mehr mit einem selbstständigen Profil. Unter diesen Umständen sei es unzulässig, wenn die Vorinstanz vollumfänglich auf das MEDAS-Gutachten abstelle, welches auf Untersuchungen Mitte November 2005 Bezug nehme, und die später eingeholten ärztlichen Berichte zwar zitiere, diese letztlich jedoch unberücksichtigt lasse und gestützt auf eine angeblich zulässige antizipierte Beweiswürdigung weitere Abklärungen nicht als notwendig erachte.
4. 4.1 Die vorinstanzlichen Feststellungen zur Arbeitsfähigkeit betreffen grundsätzlich eine Tatfrage, welche bloss unter dem eingeschränkten Blickwinkel von <ref-law> zu prüfen ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen beschlägt die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln eine Rechtsfrage (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil 8C_74/2008 vom 22. August 2008, E. 2.3).
4.2 Die MEDAS-Gutachter gaben an, bezüglich der invaliditätsrelevanten, dauernden beruflichen Einschränkung in bisherigen Beruf des Versicherten als Versicherungsangestellter im Aussendienst sei der Endzustand noch nicht erreicht und der Zeitpunkt für die Beurteilung der dauernden beruflichen Einschränkung verfrüht. Sie erwähnten, der Versicherte habe selbst angegeben, in den letzten Monaten weitere Fortschritte gemacht zu haben, und liessen die Frage bezüglich einer beruflichen Einschränkung in einer anderen Tätigkeit offen.
4.3 Die Vorinstanz hat sich bei der Würdigung des Gutachtens nicht damit befasst, dass sich die Gutachter ausdrücklich einer abschliessenden Stellungnahme zur Arbeitsfähigkeit enthielten, und sich auch nicht zur Arbeitsfähigkeit in einer Verweisungstätigkeit geäussert. Dazu hätte zwar nicht allein schon wegen der zeitlichen Distanz (vgl. Urteil 9C_561/2007 vom 11. März 2008, E. 5.2.2 mit Hinweisen) von immerhin über zwei Jahren zwischen Begutachtung und Verfügungserlass Anlass bestanden, sondern weil die Ausgangslage im massgebenden Zeitpunkt des Verfügungserlasses eine grundlegend andere war als bei der Begutachtung: Einerseits lag der (nicht abschliessenden) gutachterlichen Beurteilung der Arbeitsfähigkeit eine günstige Prognose zugrunde, die sich in der Folge nicht verwirklichte, wie dem Bericht des Dr. med. S._ vom 11. Oktober 2007 zu entnehmen ist. Dieser führte aus, in seinem Wiedereinstiegsversuchs im angestammten Beruf als Versicherungsberater ab 1. Juni 2006 sei der Versicherte letztlich aus gesundheitlichen Gründen gescheitert. Die Hauptgründe für das Scheitern seien mangelnde Belastbarkeit, kognitive Einschränkungen und die chronischen Schmerzen gewesen, die ihn daran gehindert hätten, vor allem nachmittags und abends als Versicherungsmakler tätig zu sein. Die Konfrontation mit dem Scheitern des Projekts habe zur Zunahme der Beschwerden, insbesondere der Schmerzen und der depressiven Symptomatik geführt. Von Januar bis Juni 2007 habe sich der Versicherte in der schmerzspezifischen Behandlung bei Prof. Dr. med. L._ befunden. Davon habe der Versicherte nur wenig profitieren können.
Zum andern war der Beschwerdeführer anders als im Zeitpunkt des Gutachtens, als er noch zu 50% tätig war, im Verfügungszeitpunkt mit seinem Projekt als Selbstständigerwerbender bereits gescheitert und nicht mehr als Versicherungsmakler tätig. Dabei ist festzuhalten, dass das Gutachten in der Anamnese noch aufführte, der Versicherte sei seit 24. Oktober 2005 zu 50% in einer Import-Exportfirma angestellt, obwohl er im Zeitpunkt der Begutachtung tatsächlich nicht in der freien Wirtschaft, sondern im Rahmen der beruflichen Abklärung in einer Übungsfirma tätig war.
Unter diesem Umständen durfte die Vorinstanz die späteren Arztberichte nicht mit der Begründung verwerfen, das Gutachten verfüge über eine weitaus umfassendere Beurteilungsgrundlage, und allein auf dieses zwei Jahre vor Verfügungserlass erstellte MEDAS-Gutachten abstellen. Vielmehr erlaubt das Gutachten kein zuverlässiges und vollständiges Bild der gesundheitlichen Situation des Versicherten und der ihm zumutbaren Arbeitsfähigkeit im hier massgebenden Zeitraum bis zum Erlass der Verfügung vom 21. Dezember 2007 (<ref-ruling> E. 1.2 S. 446 f. mit Hinweisen), zumal eine Auseinandersetzung mit zumutbaren Verweisungstätigkeiten nicht nur im Gutachten und sondern auch im vorinstanzlichen Entscheid fehlt. Deshalb wäre das kantonale Gericht gehalten gewesen, weitere Abklärungen zu veranlassen. Diese Unterlassung der Vorinstanz stellt eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (<ref-law>, Art. 43 Abs. 1 und <ref-law>; <ref-ruling> E. 5.2.5 S. 68 f.) und eine unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes dar, was vom Bundesgericht als Rechtsverletzung zu berücksichtigen ist (9C_865/2007; Seiler, a.a.O., Art. 97 N 24). Die Sache ist daher an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie ergänzende Abklärungen vornehme und anschliessend über den Rentenanspruch neu entscheide. Dabei wird sie auch in erwerblicher Hinsicht zu berücksichtigen haben, dass der Versicherte bereits im Zeitpunkt des Verfügungserlasses nicht mehr als Versicherungsberater tätig war.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 3. Juli 2008 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Aargau vom 21. Dezember 2007 werden aufgehoben. Die Sache wird an die IV-Stelle des Kantons Aargau zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf eine Invalidenrente ab 1. Januar 2005 neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. März 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke