Sachverhalt:
A. F._ (Beschwerdeführerin) arbeitete seit dem 16. Juli 2007 als Account Supervisor bei der X._ GmbH (Beschwerdegegnerin). Diese kündigte das Arbeitsverhältnis im November 2009 per 31. Januar 2010, wobei umstritten war, ob diese Kündigung gültig erfolgt sei.
B. Am 20. Juli 2010 beantragte die Beschwerdeführerin dem Arbeitsgericht Zürich, die Beschwerdegegnerin zur Zahlung von Fr. 10'353.15 netto zu verpflichten (Löhne für die Monate Februar und März 2010 abzüglich für diese Monate erhaltene Leistungen der Arbeitslosenversicherung). Mit Urteil vom 1. Dezember 2010 befand das Arbeitsgericht die Kündigung vom 24. November 2009 für gültig und wies die Klage ab.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Berufung an das Obergericht des Kantons Zürich mit dem gleichen Antrag. Die Parteien wurden auf den 13. April 2011 zur Referentenaudienz mit Vergleichsverhandlung vorgeladen. Die Vergleichsgespräche blieben erfolglos. Mit Beschluss vom 29. April 2011 wies das Obergericht die Klage ebenfalls ab.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde, es sei der Beschluss vom 29. April 2011 aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zur Durchführung von Replik und Duplik zur Neubeurteilung zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Mit Schreiben vom 2. August 2011 reichte die Beschwerdeführerin eine Replik ein.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Beschluss des Obergerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz im Sinne von Art. 75 Abs. 1 und 2 BGG. Der Streitwert von Fr. 10'353.15 erreicht die Grenze nach Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG nicht. Die erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde erweist sich demnach als zulässig (Art. 113 BGG).
2. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde kann die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 116 BGG). Das Bundesgericht kann die Verletzung eines Grundrechtes nur prüfen, wenn eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2). Auf unzureichend begründete Beschwerden wird nicht eingetreten.
3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 116 BGG, mithin auf einer Verletzung von verfassungsmässigen Rechten, beruht (Art. 118 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 i.V.m. Art. 117 BGG), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1; <ref-ruling> E. 3).
4. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz eine Verletzung von Art. 9 BV vor (Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben).
4.1 Sie legt dar, anlässlich der Referentenaudienz vom 13. April 2011 habe der Referent ausgeführt, sollte keine Einigung zustande kommen, werde er Frist zur Replik ansetzen. Für die Ablehnung des Vergleichsvorschlags des Referenten sei für die Beschwerdeführerin massgebend gewesen, dass sie nochmals Gelegenheit zur Replik erhalten sollte. Ohne weitere Kontaktaufnahme seitens der Vorinstanz sei dann aber gleichentags die Verfügung vom 13. April 2011 ergangen, wonach der Schriftenwechsel geschlossen sei. Kurz darauf sei der angefochtene Beschluss vom 29. April 2011 erfolgt. Dieses Vorgehen der Vorinstanz verstosse gegen Treu und Glauben und sei willkürlich, nachdem zuvor in der Referentenaudienz die Möglichkeit einer Replik in Aussicht gestellt worden sei, obwohl gestützt auf § 259 aZPO/ZH kein Anspruch auf Replik bestehe. Die Vorinstanz hätte zumindest vor Erlass der Verfügung vom 13. April 2011 Gelegenheit geben müssen, den Vergleichsvorschlag noch anzunehmen, wenn nun trotz mündlicher Anordnung einer Replik diese nicht gewährt worden sei.
4.2 Weder die Rüge des Verstosses gegen Treu und Glauben noch die Willkürrüge sind begründet, soweit darauf mit Blick auf eine rechtsgenügliche Motivierung überhaupt eingetreten werden kann.
Zunächst ist nicht erstellt, ob der Referent an der Referentenaudienz der Beschwerdeführerin ausdrücklich die Möglichkeit zur Replik in Aussicht gestellt hat, wenn der Vergleichsvorschlag nicht angenommen werden sollte, wie die Beschwerdeführerin behauptet. Nach der Erinnerung des an der Referentenaudienz ebenfalls anwesenden Rechtsvertreters der Beschwerdegegnerin habe der Referent die Parteien lediglich dahingehend informiert, dass das Verfahren bei Nichtannahme des Vergleichsvorschlags seinen Fortgang nehme. Explizite Anträge zur Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels seien nicht gestellt worden. Im Gegenteil, die Beschwerdeführerin habe sogar den Wunsch geäussert, das in der Sache eindeutige Verfahren nicht weiter zu verlängern und für die Parteien zu verteuern, insbesondere auf die Verfassung weiterer Rechtsschriften zu verzichten. Die Vorinstanz liess sich nicht vernehmen, so dass seitens des vorinstanzlichen Referenten keine Angaben zu seinen Äusserungen anlässlich der Referentenaudienz vorliegen. Es steht demnach nicht fest, dass der Referent der Beschwerdeführerin mündlich eine Replikmöglichkeit gewährte.
Abklärungen dazu können unterbleiben. Selbst wenn angenommen wird, dass der Referent eine Replikmöglichkeit in Aussicht stellte, würde dies der Beschwerdeführerin nicht weiterhelfen. Denn diese hätte auf den in der Verfügung vom 13. April 2011 angeordneten Schluss des Schriftenwechsels unverzüglich reagieren müssen, wenn sie der Meinung war, diese Verfügung widerspreche der ihr mündlich eingeräumten Replikmöglichkeit, was im Ergebnis eine Gehörsverweigerung bedeutet hätte. So ist es unzulässig, formelle Rügen, die in einem früheren Stadium des Verfahrens hätten vorgebracht werden können, noch später vor Bundesgericht geltend zu machen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 5f S. 38; <ref-ruling> E. 2c/aa). Die Verfügung vom 13. April 2011, die den Schriftenwechsel schloss, wurde vorliegend am 18. April 2011 verschickt und dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin am folgenden Tag zugestellt. Die Beschwerdeführerin hätte mithin vor Ergehen des Erledigungsbeschlusses am 29. April 2011 hinreichend Zeit für eine Reaktion gegen den Schluss des Schriftenwechsels gehabt. Es ist nicht dargetan, dass ein Gesuch auf Gewährung der (angeblich) in Aussicht gestellten Replikmöglichkeit abgelehnt worden wäre, wenn die Beschwerdeführerin ein solches gestellt hätte. Indem sie aber die Verfügung vom 13. April 2011 stillschweigend hinnahm, kann sie nicht später, im Nachgang zum Beschluss in der Sache, rügen, es sei ihr in Verletzung von Treu und Glauben und des Willkürverbots keine Replikmöglichkeit gewährt worden. Vielmehr hat sie die Möglichkeit, diesen (angeblichen) Verfahrensmangel zu beanstanden, verwirkt.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. Art. 65 Abs. 4 lit. c sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 600.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. September 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer