Faits:
A. X._ est administrateur unique de la société Y._, qui a pour but l'importation, l'exportation, la distribution et l'exploitation d'appareils électroniques. Cette société place des machines à sous dans divers établissements publics.
En tant que directeur et administrateur de Y._, X._ a exploité deux appareils de jeux de hasard de type poker Royal Card, l'un, de septembre 2000 au 10 avril 2001, au café A._ et, l'autre, de septembre à novembre 2000, au café-restaurant B._. Ces appareils n'avaient pas fait l'objet d'un examen, d'une évaluation de conformité ou d'une homologation, et les exploitants convertissaient en consommations les points gagnés par les joueurs.
B. B.a Le 30 avril 2004, la Commission fédérale des maisons de jeu (ci-après: CFMJ) a rendu un mandat de répression à l'encontre de X._, le condamnant, pour violation de l'art. 56 al. 1 let. a et c de la loi fédérale sur les jeux de hasard et les maisons de jeu (LMJ; RS 935.52), à une amende de 4000 fr. Le même jour, elle a ordonné la confiscation et la destruction de l'appareil Royal Card saisi au café A._, de même que la confiscation de la somme de 920 fr. trouvée dans cet appareil.
Sur opposition de X._ et de Y._, la CFMJ les a renvoyés en jugement, en application des art. 71 et 72 de la loi fédérale sur le droit pénal administratif (DPA; RS 313.0).
B.b Par jugement du 9 octobre 2006, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné X._, pour infraction à l'art. 56 al. 1 let. a et c LMJ, à une amende de 1000 fr. et au paiement à la Confédération d'une créance compensatrice de 1700 fr.
Par jugement du même jour, il a ordonné, à l'encontre de Y._, la confiscation et la destruction de l'appareil Royal Card saisi au café A._, de même que la confiscation de la somme de 920 fr. trouvée dans cet appareil.
B.c Statuant le 19 mars 2007 sur appel de X._, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a considéré que les deux jugements formaient un tout et devaient être traités comme tel.
Elle a a acquitté X._ au bénéfice du doute et constaté la nullité absolue du jugement en tant qu'il concernait Y._, au motif que cette dernière n'avait pas été citée à l'audience.
B.d Statuant le 9 novembre 2007, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a admis le recours formé par la CFMJ, a annulé l'arrêt attaqué et a renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
En substance, elle a considéré que la cour cantonale avait procédé à une interprétation extensive du principe « in dubio por reo », dès lors qu'une jurisprudence fédérale claire reconnaissait au Magic Card, appelé aussi Royal Card, le caractère de jeu de hasard et qu'au demeurant, ce fait n'avait jamais été litigieux durant la procédure. En outre, elle a estimé que Y._ s'identifiait pratiquement à X._, de sorte que le tribunal de police était fondé à ne convoquer que ce dernier et à considérer que celui-ci comparaissait tant pour lui-même que pour Y._; par conséquent, la constatation de nullité concernant la confiscation relevait du formalisme excessif.
C. Par arrêt du 14 avril 2008, la Chambre pénale de la Cour de justice de Genève a « annulé le jugement rendu le 9 octobre 2006 sauf en tant qu'il ordonne la confiscation de l'appareil Royal Card saisi en date du 10 avril 2001 au café A._ à Carouge et de la somme de 920 francs retrouvée dans l'appareil ». Statuant à nouveau, elle a ordonné la réalisation de l'appareil Royal Card au bénéfice de X._, a constaté la prescription de l'action pénale et dit qu'il n'y avait plus matière à fixer une créance compensatrice.
D. Contre cet arrêt cantonal, la CFMJ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Elle conclut que celui-ci condamne X._ au paiement d'une amende et d'une créance compensatrice et ordonne la confiscation et la destruction de l'appareil Royal Card saisi au café A._, de même que la confiscation de la somme trouvée dans ledit appareil.
E. Le Procureur général genevois a conclu à l'admission du recours, alors que l'intimé n'a pas déposé d'observations.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'art. 57 LMJ prévoit que la loi fédérale sur le droit pénal administratif (DPA; RS 313.0) s'applique à la poursuite et au jugement des infractions à la LMJ.
1.2 L'<ref-law>, en vigueur au moment du dépôt du recours, prévoyait que« le pourvoi en nullité à la Cour de cassation du Tribunal fédéral est recevable contre les jugements des tribunaux cantonaux qui ne peuvent pas donner lieu à un recours de droit cantonal pour violation du droit fédéral et contre les ordonnances de non-lieu rendues en dernière instance cantonale; le Procureur général de la Confédération et l'administration concernée peuvent aussi se pourvoir en nullité de façon indépendante ». La jurisprudence avait admis que, malgré la teneur de l'<ref-law>, l'administration concernée avait conservé sa qualité pour recourir et était désormais légitimée à former un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral (arrêt du 9 novembre 2007 du Tribunal fédéral, 6B_153/2007, consid. 2). Entre-temps, le législateur a abrogé l'<ref-law> et ajouté à l'<ref-law> un chiffre 7 prévoyant que la qualité pour former un recours en matière pénale appartient également au Ministère public de la Confédération et à l'administration concernée en ce qui concerne les affaires pénales administratives au sens du DPA; ces modifications sont entrées en vigueur le 1er août 2008 (Message du 22 août 2007 relatif à la mise à jour formelle du droit fédéral, FF 2006 p. 5786 ss, spéc. 5820 et 5822).
L'administration concernée est celle qui a rendu le mandat de répression et qui avait la qualité de partie dans la procédure judiciaire devant les instances cantonales. En l'espèce, la Commission fédérale des maisons de jeu, qui est compétente pour juger des infractions à la LMJ (art. 57 al. 1 LMJ), a rendu le mandat de répression à l'encontre de l'intimé, de sorte qu'elle a qualité pour interjeter un recours en matière pénale.
1.3 Sous l'empire de l'ancienne organisation judiciaire, la CFMJ ne pouvait former qu'un pourvoi en nullité pour violation du droit fédéral, à l'exclusion des droits constitutionnels. Dorénavant, le recours en matière pénale qui a remplacé le pourvoi en nullité permet de se plaindre de la violation du droit fédéral (<ref-law>), notion qui inclut la violation de la Constitution fédérale (cf. Message du 28 février 2001 relatif à la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale; FF 2001, 4000 ss, 4132). Selon le Tribunal fédéral, la CFMJ est donc habilitée à se plaindre, outre de la violation de la loi matérielle, de la violation des droits constitutionnels (arrêt du 9 novembre 2007 du Tribunal fédéral 6B_153/2007 consid. 3; cf. aussi <ref-ruling> en ce qui concerne le droit de recours de l'accusateur public).
2. Pour la cour cantonale, les infractions commises par l'intimé sont prescrites en application des nouvelles dispositions sur la prescription, entrées en vigueur le 1er octobre 2002 (principe de la lex mitior).
La recourante estime que le calcul effectué par la cour cantonale est erroné, celle-ci ayant omis d'appliquer l'<ref-law>.
2.1 Les dispositions en matière de prescription ont été modifiées par la loi du 5 octobre 2001, entrée en vigueur le 1er octobre 2002 (RO 2002 2993 2996). Avec la révision de la partie générale du code pénal, en vigueur depuis le 1er janvier 2007 (RO 2006 3459), les dispositions sur la prescription figurent désormais, sans nouvelle modification, aux <ref-law>.
Selon l'art. 337 aCP (qui correspond à l'<ref-law>), les dispositions du nouveau droit concernant la prescription de l'action pénale sont applicables aux infractions commises avant l'entrée en vigueur du nouveau droit si elles sont plus favorables à l'auteur que celles de la loi ancienne (principe de la lex mitior). Si, au contraire, la loi nouvelle fixe un délai de prescription plus long, on appliquera la loi ancienne à une infraction commise sous son empire (ATF 77 IV 206; principe de la non-rétroactivité).
2.2 A juste titre, il n'est pas contesté que, selon l'ancien droit, la prescription n'est pas acquise ainsi que l'ont retenu les juges cantonaux. Dès lors, il ne se justifie pas d'examiner plus avant cette question non litigieuse. Se pose en revanche la question de la prescription suivant le nouveau droit.
2.3 Les nouvelles dispositions sur la prescription, entrées en vigueur le 1er octobre 2002, ont supprimé la suspension et l'interruption de la prescription et, en contrepartie, allongé les délais de prescription. L'art. 333 al. 5 let. b aCP (version du 1er octobre 2002) et 333 al. 6 let. b CP (version du 1er janvier 2007) règlent les délais de prescription dans les lois accessoires jusqu'à leur adaptation. Ils prévoient, en ce qui concerne les contraventions, que les délais de prescription de l'action pénale, qui dépassent un an, sont augmentés d'une fois la durée ordinaire. Ainsi que l'a considéré le Conseil fédéral à propos de l'<ref-law> (cf. FF 1999 1963), il serait disproportionné de porter un délai de cinq ans, prévu pour les contraventions dans une autre loi fédérale, à quinze ans, ce qui correspond au délai prévu pour les crimes (cf. également Roland Wiprächtiger, Basler Kommentar, Strafrecht II, 2e éd., 2007, Art. 333, N 31).
Dans un arrêt récent (arrêt X du 20 juin 2008 consid. 1.4 et 1.5, 6B_92/2008), la Cour de droit pénal a abordé la question du délai de prescription des infractions à la LMJ. Selon l'art. 57 LMJ, le délai de prescription de cinq ans est valable aussi bien pour les délits de l'art. 55 al. 1 que pour les contraventions à l'art. 56 LMJ. La conséquence curieuse qui en découle, par application de l'<ref-law>, est que la prescription absolue pour les délits est de sept ans et demi alors qu'elle est de dix ans pour les contraventions. La Cour de droit pénal a toutefois laissé indécise la question de savoir si, dans une telle situation, il n'y aurait pas lieu, pour les contraventions, de retenir le même délai que pour les délits, car la prescription selon le nouveau droit n'était de toutes manières pas acquise.
Dans le cas d'espèce, la question n'a pas non plus besoin d'être résolue. En effet, lorsque le tribunal de police a rendu le 9 octobre 2006 le jugement de première instance (cf. <ref-law>), ni le délai de dix ans, ni celui de sept ans et demi n'étaient échus. Les infractions reprochées à l'intimé ne sont donc pas prescrites selon le nouveau droit, qui n'est dès lors pas plus favorable que l'ancien droit.
2.4 Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis sur la question de la prescription. Pour éviter un nouveau renvoi à l'autorité cantonale et ne pas prolonger ainsi indûment la procédure, le Tribunal fédéral réforme, comme le lui autorise l'<ref-law>, l'arrêt attaqué en ce sens qu'il condamne l'intimé à une amende dont il fixe le montant à 500 francs, compte tenu de la gravité de l'infraction et de la faute de l'intimé (<ref-law>).
La créance compensatrice prononcée accessoirement par le Tribunal de police n'est pas non plus prescrite, puisque la prescription de plus longue durée qui régit l'infraction s'applique aussi à la confiscation (art. 59 ch. 1 al. 3 aCP [version du 1er octobre 2002]; 70 al. 3 CP [version du 1er janvier 2007]). Conformément à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral condamne donc l'intimé également au paiement d'une créance compensatrice d'un montant de 1700 fr., qui correspond au bénéfice réalisé.
La créance compensatrice prononcée accessoirement par le Tribunal de police n'est pas non plus prescrite, puisque la prescription de plus longue durée qui régit l'infraction s'applique aussi à la confiscation (art. 59 ch. 1 al. 3 aCP [version du 1er octobre 2002]; 70 al. 3 CP [version du 1er janvier 2007]). Conformément à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral condamne donc l'intimé également au paiement d'une créance compensatrice d'un montant de 1700 fr., qui correspond au bénéfice réalisé.
3. Ayant servi à commettre une infraction, l'appareil Royal Card saisi dans le café A._ a été confisqué en application de l'art. 58 aCP (<ref-law>). La confiscation de l'appareil n'est en soi pas contestée; seule est controversée sa destination.
La cour cantonale a considéré que l'appareil en question, qui ne présentait pas de danger en soi, pouvait être exploité tout à fait légalement dans une maison de jeu au sens de l'art. 7 LMJ, de sorte qu'il était disproportionné d'ordonner sa destruction. En conséquence, elle a annulé le jugement du tribunal de police et a ordonné que l'appareil en question soit réalisé au bénéfice de l'intimé X._.
La recourante est d'avis que l'appareil litigieux doit être détruit, dès lors qu'il ne peut être installé tel quel dans une maison de jeu, mais doit, au préalable, obtenir, auprès d'un laboratoire agréé par la CFMJ, une certification, qui requiert habituellement des modifications de l'appareil (art. 58 de l'ordonnance du DFJP sur les systèmes de surveillance et les jeux de hasard, OJH; RS 935.521.21).
La recourante est d'avis que l'appareil litigieux doit être détruit, dès lors qu'il ne peut être installé tel quel dans une maison de jeu, mais doit, au préalable, obtenir, auprès d'un laboratoire agréé par la CFMJ, une certification, qui requiert habituellement des modifications de l'appareil (art. 58 de l'ordonnance du DFJP sur les systèmes de surveillance et les jeux de hasard, OJH; RS 935.521.21).
3.1 3.1.1 L'art. 58 al. 2 aCP (<ref-law>) mentionne que « le juge peut ordonner que les objets confisqués soient mis hors d'usage ou détruits ». L'objet confisqué sera en règle générale détruit lorsque son existence, sa fabrication ou sa possession est interdite par l'ordre juridique; tel sera notamment le cas des appareils détecteurs de radars, de cocktail Molotov ou de la drogue (Schmid, StGB 69, n. 73, in: Schmid (Hrsg.), Kommentar, Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, vol. I, 2e éd., Zurich 2007; Schwarzenegger/-Hug/Jositsch, Strafrecht II, Strafen und Massnahmen, 8e éd., Zurich 2007, p. 206). Conformément au principe de la proportionnalité, le juge se bornera à ordonner la mise hors d'usage de l'objet confisqué s'il est possible d'en supprimer le caractère dangereux en intervenant dans le mécanisme, la substance ou le contenu de l'objet, sans que sa destruction ne soit nécessaire (Schmid, op. cit, StGB 69, n. 74). Par exemple, de fausses pièces de monnaie en or seront fondues et le métal précieux restitué à l'auteur ou une arme de collection sera rendue impropre au tir.
Comme la formulation de l'art. 58 al. 2 aCP n'est que potestative (« le juge peut ordonner »), d'autres mesures entrent en ligne de compte. En règle générale, elles seront ordonnées pour les objets qui sont dangereux uniquement en mains de l'auteur ou d'un cercle déterminé de personnes. Ainsi l'objet confisqué peut être restitué à son propriétaire si celui-ci n'est pas identique au détenteur et n'a pas participé à l'infraction (Schwarzenegger/Hug/Jositsch, op. cit., p. 206). Mais il peut aussi être réalisé au profit de l'ayant droit (auteur, tiers ou lésé selon l'<ref-law>) pour autant qu'il perde son caractère dangereux en main de l'acquéreur (Schwarzenegger/Hug/Jositsch, op. cit., p. 206; message concernant la modification du code pénal suisse et du code pénal militaire [révision du droit de la confiscation, punissabilité de l'organisation criminelle, droit de communication du financier], FF 1993 III 269, spéc. 298). Si l'objet ou son produit ne peut être remis à son propriétaire ou alloué au lésé, l'Etat peut le conserver (<ref-law>). Il peut ensuite le transférer à des collections non publiques ou aux autorités de poursuite pénale à des fins d'instruction (<ref-ruling>, 101 IV 211).
La confiscation à des fins de sécurité porte atteinte à la garantie de la propriété et doit en conséquence respecter le principe de la proportionnalité (<ref-ruling> consid. 3a p. 59; <ref-ruling> consid. 8b p. 370; <ref-ruling> consid. 2a p. 346). Conformément à ce principe, non seulement la mesure restrictive doit être apte à produire le résultat escompté, mais encore faut-il qu'elle soit seule à même de le faire, c'est-à-dire qu'il n'y en ait pas d'autres, plus respectueuses des libertés, qui soient efficaces. En matière de confiscation, la réalisation de l'objet confisqué doit être considérée comme la mesure la moins grave (Schmid, op. cit., StGB 69, n. 76). Dans la mesure où la réalisation est possible, il n'existe aucune raison de priver le propriétaire (y compris l'auteur de l'infraction) du produit de la réalisation et de faire ainsi de la confiscation une peine pécuniaire (Florian Baumann, Strafrecht I, Basler Kommentar, 2e éd., 2007, art. 69, n. 14).
Si le tribunal ordonne une mesure de confiscation, il doit préciser dans son jugement, plus précisément dans le dispositif de celui-ci, les modalités de cette mesure, c'est-à-dire le destin des objets confisqués. Il doit en outre ordonner sa destruction, sa mise hors d'usage ou sa réalisation et mandater une autorité déterminée. En cas de réalisation, il doit ordonner ce qu'il faut faire du produit (Schmid, op. cit., StGB 69, n. 92).
3.1.2 La cour cantonale a ordonné la réalisation de l'appareil confisqué au motif que celui-ci pourrait être exploité licitement dans une maison de jeu (art. 7 LMJ). Avant de pouvoir être installé dans une maison de jeu, l'appareil litigieux devrait toutefois obtenir une certification et faire très vraisemblablement l'objet de modifications, si bien que le risque qu'il soit à nouveau exploité illicitement n'est pas négligeable. L'autorité d'exécution ne peut - sans dépenses disproportionnées - s'assurer que l'acquéreur exploite l'appareil litigieux licitement en Suisse ou, en cas de vente à l'étranger, que celui-ci ne soit pas réimporté. Ainsi, faut-il admettre que l'appareil en cause ne présente pas un danger uniquement en main de l'intimé, mais de tout acheteur potentiel. Dès lors, sa réalisation au bénéfice de l'ayant droit n'entre pas en considération, et sa destruction doit être ordonnée. Le recours doit dès lors également être admis sur ce point.
4. Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis. Conformément à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral réforme l'arrêt attaqué en ce sens que l'intimé est condamné à une amende de 500 francs, qu'il est débiteur de la Confédération d'une créance compensatrice d'un montant de 1700 francs, que l'appareil Royal Card est confisqué en vue de sa destruction et que la somme trouvée dans ledit appareil est confisquée et dévolue à la Confédération.
La recourante obtient gain de cause. Aucun dépens ne lui sera alloué (<ref-law>). L'intimé qui succombe sera condamné aux frais (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé dans le sens suivant:
1.1 X._ est condamné à une amende de 500 francs.
1.2 Il est débiteur de la Confédération d'une créance compensatrice d'un montant de 1700 francs.
1.3 L'appareil Royal Card saisi au café A._, à Carouge (Genève), est confisqué en vue de sa destruction.
1.4 La somme de 920 francs trouvée à l'intérieur de l'appareil Royal Card mentionné sous chiffre 1.3 est confisquée et dévolue à la Confédération.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 francs, sont mis à la charge de X._.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 30 septembre 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Kistler Vianin
Schneider Kistler Vianin