Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 6. November 2007 änderte der Gerichtspräsident Bremgarten I das Eheschutzurteil vom 8. November 2006 zugunsten der Ehefrau Z._ ab und verpflichtete den Ehemann X._ als Folge verbesserter wirtschaftlicher Verhältnisse zur Bezahlung von Unterhaltsbeiträgen für die Ehefrau und das Kind. Im Rahmen der Prüfung, ob eine Rückkehr des in Spanien wohnhaften Ehemannes in die Schweiz zumutbar sei, führte der Gerichtspräsident zusammenfassend aus, der Ehemann sei gehalten, sich an den Kosten für seinen Sohn zu beteiligen, wozu in der Schweiz die besseren Voraussetzungen gegeben seien, "als an den Sandstränden von A._/ESP". Die Parteien haben inzwischen das Scheidungsverfahren eingeleitet.
B. Der Ehemann reichte am 14. November 2007 bei der Inspektionskommission des Obergerichts des Kantons Aargau ein Ausstandsbegehren gegen den Gerichtspräsidenten ein und beantragte für dieses Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege. Mit Entscheid vom 10. September 2008 erklärte die Kommission das Ausstandsbegehren bezüglich das Eheschutzverfahren als gegenstandslos, hiess es aber hinsichtlich des hängigen Scheidungsverfahrens gut und befahl dem Gerichtspräsidenten, in diesem Verfahren in den Ausstand zu treten. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wies sie ab mit der Begründung, praxisgemäss würden bei der Beurteilung von Ausstandsbegehren keine Verfahrenskosten erhoben und keine Parteientschädigungen gesprochen, womit sich auch die unentgeltliche Rechtspflege sowie die Geltendmachung von Entschädigungsansprüchen erübrigten.
C. Mit Eingabe vom 17. Oktober 2008 erhebt der Ehemann Beschwerde in Zivilsachen, evtl. subsidiäre Verfassungsbeschwerde gegen die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege für das obergerichtliche Verfahren mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid insoweit aufzuheben und ihm die unentgeltliche Rechtspflege unter Beiordnung eines amtlichen Anwalts zu bewilligen. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht er ebenso um unentgeltliche Rechtspflege.
D. Die Kommission hat in ihrer Vernehmlassung vom 10. November 2008 die Begründung hinsichtlich der Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege nachgeschoben.
Der Beschwerdeführer hat am 12. Dezember 2008 der bundesgerichtlichen Einladung entsprechend auf die Vernehmlassung des Obergerichts repliziert. Das Obergericht hat auf Duplik verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher Entscheid (<ref-law>), mit dem die unentgeltliche Rechtspflege verweigert worden ist. Beim Entscheid über die unentgeltliche Rechtspflege handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1), dessen ungeachtet, ob er während des Hauptverfahrens, zusammen mit dessen Endentscheid oder nach diesem ergangen ist (Urteil 5A_108/2007 vom 11. Mai 2007, E. 1.2).
1.2 Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg jenem der Hauptsache. Im vorliegenden Fall betrifft es die unentgeltliche Rechtspflege in einem Ausstandsverfahren; dieses stellt indes nicht die Hauptsache dar, gilt doch der entsprechende Entscheid seinerseits als Zwischenentscheid (vgl. <ref-law>). Als Hauptsache erweist sich vielmehr das Verfahren, in dem sich die Ausstandsfrage gestellt hat, mithin hier in erster Linie das Scheidungsverfahren. Die Ehescheidung gilt als Zivilsache im Sinn von <ref-law>, welche nicht dem Streitwerterfordernis von <ref-law> unterliegt (Urteil 5D_60/2007 vom 9. August 2007, E. 1.2 und Urteil 5A_108/2007 vom 11. Mai 2007, E. 1.2). Somit ist gegen den Entscheid in der Hauptsache die Beschwerde in Zivilsachen zulässig, womit sie auch gegen den vorliegenden Zwischenentscheid ergriffen werden kann. Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann eine Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>), zu dem laut der Begriffsbestimmung des BGG auch das Verfassungsrecht gehört. Für die Verfassungsbeschwerde bleibt damit kein Raum (<ref-law>).
1.3 In Art. 95 lit. c bis lit. e BGG sind in Bezug auf das kantonale Recht gewisse Teilbereiche aufgeführt, in denen das Bundesgericht kantonales Recht frei prüft. Ausserhalb dieser Teilbereiche bleibt die bundesgerichtliche Überprüfungsbefugnis unverändert. Es kann nur geltend gemacht werden, die Anwendung kantonalen Rechts verletze Bundesrecht (z.B. das Willkürverbot, <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 203; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 252).
2. 2.1 Die Kommission wies im angefochtenen Entscheid das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege für das Ausstandsverfahren ab mit der Begründung, praxisgemäss würden bei der Beurteilung von Ausstandsbegehren keine Verfahrenskosten erhoben und keine Parteientschädigungen gesprochen, womit sich auch die unentgeltliche Rechtspflege sowie die Geltendmachung von Entschädigungsansprüchen erübrigten.
2.2 In seinem Rechtsmittel macht der Beschwerdeführer geltend, die Kommission habe die Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege nicht geprüft. Damit wirft er dem Obergericht im Ergebnis vor, den angefochtenen Entscheid nicht begründet zu haben.
2.3 Der Grundsatz des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) verlangt, dass der Entscheid so begründet wird, dass der Betroffene ihn gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann (<ref-ruling> E. 4.3 S. 540; <ref-ruling> E. 2b S. 102 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 149; <ref-ruling> E. 2c S. 34; <ref-ruling> E. 2c S. 14 f., je mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445).
2.4 Die Kommission hat in ihrer Vernehmlassung vom 10. November 2008 die Begründung für die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege nachgeschoben und der Beschwerdeführer hat dazu auf ausdrückliche Einladung des Bundesgerichts Stellung nehmen und seine Beschwerde ergänzen können. Der Verfahrensmangel ist damit als vor Bundesgericht geheilt zu betrachten, zumal dem Beschwerdeführer dadurch kein Nachteil entstanden ist. Dem Umstand, dass der Verfahrensmangel nachträglich geheilt wurde, ist indessen bei der Regelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen angemessen Rechnung zu tragen (<ref-ruling>; <ref-ruling> E. 2.2.3 S. 135). Damit fällt eine Aufhebung des angefochtenen Entscheides allein wegen der unzureichenden Begründung ausser Betracht. Im Folgenden gilt es, die in der Beschwerdeergänzung erhobenen Rügen gegen die nachgelieferte Begründung zu prüfen.
3. 3.1 Die Kommission begründete die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege in der Vernehmlassung zur Beschwerde damit, sie betrachte die Ablehnungsbegehren als einfache Gesuchssache, deren Ansprüche auf unentgeltliche Rechtspflege mit der Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege in der Hauptsache als abgegolten angesehen würden oder in Ausnahmefällen aufgrund eines besonderen Aufwandes zu einer zusätzlichen Entschädigung in der Hauptsache führen könnten.
3.2 Der Beschwerdeführer erachtet die Begründung der Kommission als unhaltbar. Die vom Obergericht angesprochene Praxis, wonach die in einem Nebenverfahren erteilte unentgeltliche Rechtspflege sich auch auf das Hauptverfahren erstrecke, gelte nur insoweit, als zwischen beiden Verfahren ein innerer Zusammenhang bestehe, was klarerweise zwischen einem Präliminar- und einem Scheidungsverfahren bejaht werden könne; der geforderte innere Zusammenhang bestehe aber nicht zwischen einem Präliminarverfahren und einem Ablehnungsbegehren, zumal die Aussichten eines Ablehnungsbegehrens bei der Prüfung der unentgeltlichen Rechtspflege im Präliminarverfahren nicht geprüft würden und auch nicht geprüft werden könnten. Schliesslich seien die vorliegenden Verhältnisse auch nicht mit jenen im Urteil 4P.183/2000 vom 24. Oktober 2000 vergleichbar, zumal es darin vor beiden Instanzen um die Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege gegangen sei und der erforderliche innere Zusammenhang somit bestanden habe. Im vorliegenden Fall habe das Obergericht die unentgeltliche Rechtspflege nicht mit der Begründung abgewiesen, dass der Aufwand für das Ablehnungsbegehren im Hauptprozess berücksichtigt werden könne, was mangels inneren Zusammenhangs zwischen den beiden Verfahren auch gar nicht möglich gewesen sei. Der angefochtene Entscheid verletze daher <ref-law>.
3.3 Soweit sich die Beschwerde überhaupt als rechtsgenüglich begründet erweist (<ref-law>), kann ihr kein Erfolg beschieden sein:
3.3.1 Entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers hat das Obergericht in der Vernehmlassung, zu der sich der Beschwerdeführer hat äussern können, die Ansprüche auf unentgeltliche Rechtspflege des Ablehnungsverfahrens durch die Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege für die Hauptsache und der hiefür entrichteten Entschädigung als abgegolten betrachtet. Im vorliegenden Fall ist unbestritten, dass das Scheidungsverfahren zwischen den Parteien bereits hängig ist; das Obergericht geht davon aus, dass dem Beschwerdeführer für das Scheidungsverfahren die unentgeltliche Rechtspflege gewährt worden ist und der Beschwerdeführer behauptet nicht, dass dies nicht der Fall sei. Es stellt sich somit die Frage, ob die in der Vernehmlassung des Obergerichts wiedergegebene Auffassung mit <ref-law> zu vereinbaren ist.
3.3.2 Die zu Beginn des Prozesses bewilligte unentgeltliche Rechtspflege erstreckt sich auf den ganzen kantonalen Prozess (<ref-law>/AG). Sie gilt auch für mit dem Hauptprozess zusammenhängende Neben- und Zwischenverfahren, namentlich für ein mit dem Hauptprozess zusammenhängendes Verfahren auf Erlass vorsorglicher Massnahmen (BÜHLER/EDELMANN/KILLER, Kommentar zur aargauischen Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 1998, N. 8 zu <ref-law>). Im Verfahren vor der Justizkommission ging es darum, ob der Gerichtspräsident infolge seines Verhaltens gegenüber dem Beschwerdeführer als befangen für das Scheidungsverfahren gelte. Im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren gelten solche selbständig eröffneten Entscheide über den Ausstand einer Gerichtsperson ausdrücklich als Zwischenentscheide (<ref-law>). Damit erweist es sich unter Berücksichtigung des Wortlautes von <ref-law>/AG nicht als willkürlich, den Entscheid über den Ausstand einer Gerichtsperson als Zwischenentscheid und das entsprechende Verfahren als Zwischenverfahren im Scheidungsverfahren (Hauptverfahren) zu qualifizieren.
3.3.3 Mit Bezug auf die Bemühungen im Verfahren der Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege gilt nach der Praxis des Obergerichts, dass die anwaltlichen Bemühungen im Verfahren um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege auch im Fall der Gutheissung des Gesuchs im Rahmen eines Rekurses gegen den erstinstanzlichen abweisenden Entscheid grundsätzlich nicht separat entschädigt werden, da die mit dem Bewilligungsverfahren notwendigerweise verbundenen Aufwendungen des Anwalts in der Regel als von der Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege mitumfasst und durch die Entschädigung im Hauptverfahren abgegolten betrachtet werden und nur in Ausnahmefällen (besonderer Aufwand) zu einer zusätzlichen Entschädigung berechtigen. Das Bundesgericht hat diese Praxis als mit <ref-law> vereinbar erklärt (Urteil 4P.183/2000 vom 24. Oktober 2000 E. 4c den Kanton Aargau betreffend).
Im Lichte der Auslegung von <ref-law>/AG (E. 3.3.2) und soeben geschilderten Praxis im Zusammenhang mit der Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege (E. 3.3.3) ist es mit <ref-law> zu vereinbaren, Ansprüche auf unentgeltliche Rechtspflege des Ausstandsverfahrens als mit der Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege für die Hauptsache (Scheidungsverfahren) und der hierfür entrichteten Entschädigung abgegolten zu betrachten. Vorbehalten bleibt selbstverständlich ein besonderer Aufwand des Ausstandsverfahrens, wofür eine zusätzliche Entschädigung zu jener der Hauptsache zu entrichten wäre (vgl. 4P.183/2000 vom 24. Oktober 2000 E. 4c), was das Obergericht dem Beschwerdeführer denn auch ohne weiteres zugesteht. Da die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das Scheidungsverfahren das Ausstandsverfahren mitumfasst, geht die Argumentation des Beschwerdeführers an der Sache vorbei, der Richter habe bei der Prüfung des Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege für das Präliminar- bzw. Scheidungsverfahren die Erfolgsaussichten des Ausstandsbegehrens nicht zu prüfen. Die Beschwerde erweist sich demnach als unbegründet.
4. Damit ist die Beschwerde abzuweisen. Unter Berücksichtigung des Ausgangs des Verfahrens sowie der Tatsache, dass das Obergericht das Beschwerdeverfahren durch die erst in der Vernehmlassung nachgeschobene Begründung zum Teil veranlasst hat, rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten lediglich in einem gewissen Umfang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 3 BGG; <ref-ruling>). Vom Kanton Aargau werden keine Kosten erhoben (<ref-law>). Hingegen hat er den Beschwerdeführer zur Hälfte zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1, 2 und 4 BGG).
5. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ist zu bewilligen, soweit es mit der vorstehenden Kostenregelung nicht gegenstandslos geworden ist, gilt der Beschwerdeführer doch nachgewiesenermassen als bedürftig und kann die Beschwerde nicht als von Anfang aussichtslos betrachtet werden (<ref-law>). Dem Beschwerdeführer ist ein amtlicher Rechtsbeistand zu bewilligen, welcher zur Hälfte aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen ist. Der auf den Beschwerdeführer entfallende Anteil der Gerichtskosten wird einstweilen auf die Bundesgerichtskasse genommen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird gutgeheissen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist. Dem Beschwerdeführer wird Rechtsanwalt Franz Holliger als amtlicher Rechtsbeistand bestellt.
3. Die Gerichtskosten werden im Umfang von Fr. 1'000.-- dem Beschwerdeführer auferlegt; dieser Betrag wird einstweilen auf die Bundesgerichtskasse genommen.
4. 4.1 Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zur Hälfte, d.h. mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4.2 Rechtsanwalt Holliger wird aus der Bundesgerichtskasse ein reduziertes Honorar von Fr. 1'000.-- entrichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Inspektionskommission, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Januar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden