Faits:
A. Les époux X._ se sont mariés le 23 décembre 1998.
Le couple a adopté deux enfants: A._, née en 1999, et B._, né en 2004.
Les conjoints vivent séparés depuis fin novembre 2007.
B. B.a Le 8 mars 2010, l'épouse a déposé une demande en divorce devant le Tribunal civil du district de Boudry (ci-après tribunal de district), concluant notamment à l'attribution de l'autorité parentale et de la garde sur les deux enfants.
Dans sa réponse et demande reconventionnelle du 10 juin 2010, le mari a conclu, entre autres, à ce qu'il soit ordonné à son épouse de lui donner "toute information importante quant au lieu, à la santé, à la scolarité, au développement et aux perspectives d'avenir des enfants " et à l'attribution, à ces conditions, de la garde des enfants à la mère avec maintien de l'autorité parentale conjointe.
B.b En mesures provisoires, l'épouse a sollicité l'attribution de la garde sur les enfants, avec un droit de visite usuel en faveur de leur père. Celui-ci s'est déclaré d'accord avec l'attribution de la garde des enfants à leur mère, tout en sollicitant un droit de visite élargi.
Par ordonnance de mesures provisoires du 20 septembre 2010, le président du tribunal de district a pris acte de l'accord du père quant à l'attribution de la garde des enfants à la mère.
Le 19 janvier 2011, une mesure de curatelle a été instituée en faveur des enfants afin d'organiser et de surveiller le droit de visite du père.
C. C.a Le 20 juin 2011, le mari a adressé au président du tribunal de district une requête urgente de mesures provisoires visant à interdire à la mère, sous menace des peines prévues par l'art. 292 CP, de quitter le territoire suisse et de s'installer à l'étranger avec les enfants, à inscrire les enfants au système de recherches informatisées de police (RIPOL) dans un but de prévention d'enlèvement international d'enfants au sens de l'art. 15 al. 1 let. i de la Loi fédérale sur les systèmes d'information de police de la Confédération, et à intimer au contrôle des habitants de la Commune de Y._ d'annoncer au tribunal toute démarche entreprise par la mère en vue de retirer ses papiers pour un déménagement à l'étranger.
A l'appui de sa requête, l'intéressé alléguait que A._ lui avait fait part de l'intention de sa mère de s'établir en France auprès de ses parents et que l'enfant, particulièrement inquiète de cette situation, ne souhaitait pas quitter la Suisse. Lui-même ne pouvait accepter qu'une grande distance kilométrique le sépare de ses enfants sans qu'il y ait eu au préalable une discussion sereine avec eux à ce sujet.
Après avoir soutenu qu'aucun indice ne confirmait cette information, la mère des enfants a finalement reconnu en audience avoir entrepris des démarches afin de s'installer en France avec les enfants, du mois d'août 2011 au mois de juin 2012. Elle a conclu au rejet de la requête de son mari.
Le premier juge a procédé à l'audition des enfants; il a également contacté la psychomotricienne qui suit A._ ainsi que le médecin de B._ et obtenu un rapport du curateur. L'office cantonal des mineurs a rendu son rapport le 1er juillet 2011. Statuant par ordonnance du 14 juillet 2011, le président du tribunal de district a interdit à la mère de s'installer à l'étranger avec ses enfants, sous la menace des peines prévues à l'art. 292 CP.
C.b La Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel a rejeté le 18 août 2011 l'appel interjeté par la mère des enfants.
D. Par acte du 19 septembre 2011, dame X._ dépose un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt qu'elle attaque et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. La recourante invoque la protection contre l'arbitraire (art. 9 Cst.), le droit à la vie et la liberté personnelle (art. 10 Cst.) et l'inopportunité de la décision prise par la cour cantonale.
La recourante précise avoir passé outre l'arrêt rendu par le tribunal cantonal et résider actuellement en France.
L'intimé n'a pas été invité à présenter d'observations.

Considérant en droit:
1. Le recours a été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF), contre une décision finale (art. 90 LTF), prise en dernière instance cantonale et sur recours par le tribunal supérieur du canton de Neuchâtel (art. 75 LTF), dans une affaire civile non pécuniaire (art. 72 al. 1 LTF). La recourante a par ailleurs pris part à la procédure devant l'autorité précédente et démontre un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée (art. 76 al. 1 aLTF), de sorte que la voie du recours en matière civile est ouverte.
2. Le recours en matière civile des art. 72 ss LTF étant une voie de réforme (art. 107 al. 2 LTF), le recourant ne peut se borner à demander l'annulation de la décision attaquée et le renvoi de la cause à l'instance cantonale; il doit également, sous peine d'irrecevabilité, prendre des conclusions sur le fond du litige (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 3.1). En l'espèce, les conclusions de la recourante se limitent à exiger l'annulation de l'arrêt rendu par le tribunal cantonal et le renvoi de la cause à cette dernière autorité pour nouvelle décision, de sorte qu'elles sont a priori insuffisantes au regard des exigences posées par la jurisprudence. Il convient néanmoins de les interpréter au regard de la motivation contenue dans le mémoire de recours (<ref-ruling> consid. 1; arrêt 4A_206/2011 du 19 août 2011 consid. 1.2), dont on retient que la recourante souhaite pouvoir demeurer licitement en France et, en conséquence, que la requête de mesures provisoires urgentes déposée par son mari soit rejetée. Il a donc lieu d'entrer en matière sur le recours.
3. L'arrêt attaqué porte sur des mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF (<ref-ruling> consid. 5, 585 consid. 3.3 p. 587), de sorte que seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels.
Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (principe d'allégation; <ref-ruling> consid. 1.4). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision est manifestement insoutenable (<ref-ruling> consid. 3 et les arrêts cités).
En ce qui concerne l'appréciation des preuves et la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b p. 40; <ref-ruling> consid. 9 p. 399 et les arrêts cités). Il n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis, sans motifs objectifs, de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1 et les références citées); encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause.
4. La cour cantonale a considéré que l'ordonnance rendue par le premier juge limitait certes la liberté de la recourante de choisir le lieu de résidence des enfants alors qu'elle en détenait le droit de garde exclusif. Elle a néanmoins jugé que les conditions restrictives que posait la jurisprudence à cet égard étaient réalisées, de sorte qu'en parvenant à la conclusion que le projet de déménagement en France constituait une menace pour le bien des enfants, la décision attaquée échappait à toute critique.
Les juges cantonaux ont d'abord souligné que le déplacement envisagé n'était que temporaire, circonstance impliquant que les enfants devraient quitter leur milieu social et scolaire dans le canton de Neuchâtel pour s'intégrer en France, puis accomplir, quelques mois plus tard, la démarche inverse. A cela s'ajoutait le fait que les enfants avaient été adoptés et qu'ils présentaient une sensibilité particulière aux ruptures en raison de leur histoire personnelle. L'aînée avait en outre manifesté une opposition claire et affirmée au projet maternel, tandis que le cadet était en proie à des difficultés notables, qui avaient nécessité la mise en place d'un important réseau de soutien par des professionnels. Les enseignants des deux enfants se montraient aussi inquiets d'un départ durant une phase cruciale pour eux (année d'orientation pour l'aînée, classe de développement pour le cadet). Le tribunal cantonal a également observé que le déménagement se ferait dans la précipitation, la mère n'ayant admis que tardivement la réalité de ses intentions et n'ayant fourni que peu de renseignements sur les conditions de scolarisation et de vie offertes à ses enfants en France. La recourante paraissait enfin fragilisée et ne contestait pas être dans une situation personnelle délicate, alors que les enfants, privés de leur curateur et de leurs thérapeutes respectifs, n'ayant plus que des relations personnelles raréfiées avec leur père, ne pourraient plus compter que sur elle pour faire face à l'ensemble de leurs besoins psychologiques, affectifs et éducatifs.
5.1 5.1.1 La recourante soutient qu'en se fondant sur une appréciation arbitraire des preuves, la juridiction cantonale aurait statué en contradiction flagrante avec la jurisprudence rendue en matière de droit de garde. Le bien de ses enfants ne serait en effet nullement sérieusement menacé par un départ en France, ne serait-ce que pour une année.
Concernant sa fille A._, la recourante affirme que la cour cantonale se serait principalement basée sur les réserves émises par la jeune fille quant au déménagement. Or le simple désir exprimé de rester auprès de ses amis serait insuffisant à fonder une "menace sérieuse pour le bien de l'enfant", condition posée par la jurisprudence pour interdire le départ à l'étranger du parent titulaire du droit de garde. La recourante reproche enfin aux juges cantonaux de s'être référés au rapport établi par l'office des mineurs le 1er juillet 2011, pourtant lacunaire et incomplet en tant que l'assistant social qui l'avait rédigé ne s'était pas renseigné auprès de la seconde enseignante de A._.
Cette dernière critique s'appliquait également à propos de B._, l'assistant social ne s'étant pas non plus entretenu avec la seconde enseignante de l'enfant, ni avec son éducatrice. La recourante souligne aussi à l'adresse des juges cantonaux que son fils ne se serait nullement opposé à un déménagement en France. En remarquant que l'enfant se trouverait éloigné des professionnels qui le suivaient, l'autorité cantonale n'aurait arbitrairement pas tenu compte du fait qu'elle avait pourtant affirmé que son fils serait inscrit dans une école privée où il existait une structure ergothérapeutique et qu'elle lui trouverait un psychiatre. L'enfant ne souffrirait par ailleurs d'aucune pathologie pour laquelle les traitements médicaux nécessaires ne pourraient lui être administrés dans le nouveau pays de résidence envisagé. Se référant à l'avis de la pédopsychiatre de son fils, qu'elle reproche à la cour cantonale de ne pas avoir pris en considération, la recourante soutient qu'en réalité, un départ pour la France se révélerait plutôt salutaire pour B._ en tant que non seulement elle serait entièrement disponible pour lui, mais que ses propres parents pourraient également la soutenir. Elle précise enfin que, même en l'absence de tout déménagement, B._ aurait pu rencontrer des difficultés en intégrant une classe de développement dans une commune distincte de son domicile, avec de nouveaux enseignants et sans ses camarades.
Quant à sa situation personnelle, qu'elle qualifie certes de délicate, la recourante reproche à la dernière instance cantonale de s'en être tenue à des remarques, émises de manière infondées par l'assistant social dans son rapport du 1er juillet 2011, pour en conclure qu'elle ne serait plus en mesure de tenir compte du réel intérêt de ses enfants.
5.1.2 La loi ne définit pas l'autorité parentale. La doctrine l'appréhende comme la responsabilité et le pouvoir légal des parents de prendre les décisions nécessaires pour l'enfant mineur. Il s'agit ainsi d'un faisceau de droits et de devoirs des père et mère à l'égard de l'enfant, dont l'étendue varie en fonction de plusieurs facteurs soit en particulier de l'âge et de la maturité de l'enfant (PARISIMA VEZ, Commentaire romand, 2010, n. 1 ad art. 296 CC; MEIER/STETTLER, Droit de la filiation, 4e éd., n. 442 p. 259). Quant au droit de garde, il est une composante de l'autorité parentale. Il comprend en particulier la faculté de déterminer le lieu de résidence et le mode d'encadrement de l'enfant (<ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 2 et les références). En cas de vie séparée des père et mère, le domicile légal de l'enfant se trouve auprès de celui des parents auquel le droit de garde a été attribué (art. 25 al. 1 CC). Le titulaire unique du droit de garde peut donc, sous réserve de l'abus de droit - par exemple s'il n'a pas de motif plausible ou si son seul but est de rendre plus difficiles les relations entre l'enfant et l'autre parent -, déménager à l'étranger avec l'enfant sans l'accord de l'autre parent, le droit de visite devant alors être adapté en conséquence. En cas de menace sérieuse pour le bien de l'enfant, l'autorité tutélaire - respectivement le juge des mesures protectrices ou provisoires (cf. art. 315a al. 1 CC) - peut toutefois interdire le départ à l'étranger, en se fondant sur l'art. 307 al. 3 CC. Si tel n'est pas le cas, le parent seul titulaire du droit de garde ne se rend coupable d'aucune infraction en s'installant à l'étranger; le parent qui ne bénéficie pas du droit de garde n'a, quant à lui, pas qualité pour former une demande de retour au sens de la Convention de La Haye sur les aspects civils de l'enlèvement international d'enfants du 25 octobre 1980 (<ref-ruling> consid. 3).
En règle générale, des difficultés initiales d'intégration ou de langue ne représentent pas un danger sérieux pour l'intérêt de l'enfant. De telles difficultés sont en effet plus ou moins inhérentes à tout changement de domicile, qu'il s'agisse d'une installation à l'étranger ou dans une autre partie du pays, et se présentent, pour l'essentiel, lorsque non seulement le titulaire du droit de garde, mais aussi l'ensemble de la famille, déménage. La perspective d'un changement d'établissement scolaire ou les limitations de l'exercice du droit de visite résultant inévitablement d'un éloignement géographique du titulaire du droit de garde ne sont pas non plus de nature, en principe, à mettre le bien de l'enfant sérieusement en danger. Tel peut en revanche être le cas lorsque l'enfant souffre d'une maladie et ne pourrait bénéficier des soins médicaux nécessaires dans son nouveau lieu de résidence, lorsqu'il est profondément enraciné en Suisse et n'a guère de liens avec l'endroit de destination ou encore lorsqu'il est relativement proche de la majorité et qu'une fois celle-ci atteinte, il retournera probablement vivre en Suisse. Il convient d'ailleurs de relever qu'en présence d'un tel danger pour le bien de l'enfant, une attribution du droit de garde à l'autre parent s'imposera le plus souvent, de sorte que la question d'une mesure de protection selon l'art. 307 CC ne se posera plus (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 357 ss).
5.1.3
5.1.3.1 Pour conclure que le déménagement envisagé par la recourante n'allait pas dans l'intérêt des enfants, la cour cantonale s'est fondée sur différents motifs qui vont au-delà des simples désagréments inhérents à tout changement de domicile. Or, pour l'essentiel, l'argumentation de la recourante ne saisit aucunement lesdits motifs: elle ne conteste ainsi nullement le caractère temporaire du déplacement, qui implique un retour et ainsi une démarche en sens inverse après quelques mois; de même, elle ne discute pas le fait que les enfants, tous deux adoptés, sont particulièrement sensibles aux ruptures en raison de leur histoire personnelle; elle ne réfute pas non plus que l'un et l'autre vivent une phase cruciale de leur développement scolaire et ne s'étend guère sur les conditions de scolarisation et de vie offertes à ses enfants en France, critère pourtant également relevé par la cour cantonale pour souligner la précipitation du déménagement et son impact négatif sur les enfants.
L'opposition exprimée par A._ au projet de sa mère a certes été prise en considération par la cour cantonale, mais contrairement à ce que paraît penser la recourante, la juridiction ne s'y est cependant pas exclusivement référée pour former sa décision: elle l'a en revanche appréciée parmi les autres éléments précités, sans que l'on puisse lui reprocher un quelconque arbitraire. Quant aux prétendues lacunes relevées dans le rapport établi par l'assistant social, elles ne sont pas développées par la recourante.
De même, les reproches liés à l'absence de considération de l'avis de la pédopsychiatre de B._, ou les critiques concernant la référence au rapport prétendument lacunaire de l'assistant social à son sujet ne suffisent pas pour démontrer, au vu des différents éléments retenus par la cour cantonale, que celle-ci aurait conclu à la mise en danger du bien des enfants en opérant des déductions insoutenables.
5.1.3.2 La recourante se plaint en outre de ce que les juges cantonaux se seraient largement fondés sur le rapport établi par l'assistant social pour juger de son état psychique. Elle remarque n'avoir jamais rencontré l'auteur du rapport et s'étonne des différents contacts que celui-ci aurait pu nouer avec l'école, la police, un point rencontre ou un témoin anonyme, pour finalement en déduire qu'elle se trouvait dans une situation de détresse et présentait d'apparents dysfonctionnements.
La cour cantonale a certes repris textuellement le rapport contesté, mais elle a ensuite souligné que la recourante elle-même ne contestait pas sa situation personnelle délicate, se disant proche d'un "burn out". Contrairement à ce que soutient toutefois la recourante, les juges cantonaux n'ont pas déduit du rapport critiqué qu'elle ne serait pas en mesure de tenir compte du réel intérêt de ses enfants. Ils ont simplement relevé le caractère délicat de la situation dans la mesure où il était incontesté que la recourante, fragilisée, serait seule pour faire face à l'ensemble des besoins psychologiques, affectifs et éducatifs des enfants, privés de leurs thérapeutes respectifs et de relations personnelles régulières avec leur père. On ne saisit nullement l'arbitraire d'une telle appréciation.
5.2 La recourante prétend encore qu'en lui interdisant un déménagement provisoire à l'étranger, sur la base d'éléments non pertinents au regard de la jurisprudence fédérale, la décision attaquée violerait sa liberté personnelle, protégée par l'art. 10 Cst.
En tant qu'il a été constaté que l'interdiction de s'installer en France était parfaitement conforme aux principes sus-évoqués, cette critique tombe à faux.
5.3 Dans un dernier grief, la recourante reproche aux juges cantonaux d'avoir arbitrairement refusé de retenir qu'étant en congé sabbatique, ses moyens financiers l'empêchaient de pouvoir continuer à entretenir ses enfants en Suisse. Il s'ensuivait que son époux n'aurait d'autre choix que d'agir en modification du droit de garde et, dans la mesure où il ne pouvait prendre en charge les enfants, ceux-ci seraient placés. Le déménagement en France, où le coût de la vie était légèrement inférieur et où ses parents pouvaient les loger dans un premier temps, permettait d'éviter de telles conséquences.
La recourante ne peut sérieusement prétendre être dénuée de ressources financières suffisantes pour élever ses enfants en Suisse, pour ensuite affirmer qu'elle aurait les moyens d'assurer leur entretien en France. Une simple référence au coût de la vie qui y est inférieur et à la perspective - temporaire à ses dires - d'un hébergement par ses parents est à cet égard insuffisante. Au demeurant, l'éventuel placement des enfants ne repose sur aucun fait avéré mais sur une série de pures hypothèses que les pièces produites, à supposer qu'elles soient recevables (art. 99 al. 1 LTF), ne permettent nullement de confirmer.
6. En conclusion, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr. sont mis à la charge de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). L'intimé, qui n'a pas été invité à présenter d'observations, n'a droit à aucun dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 22 novembre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret Bortolaso