Faits:
A. X._, né en 1970, travaille comme chauffeur-livreur chez A._SA, avec un statut de travailleur sur appel à environ 70 %.
Le 4 septembre 2006, vers 13 h., il a fait une livraison à l'usine des Jurats, à Vallorbe, au moyen d'un train routier léger appartenant à son employeur. Pour repartir, il a dû exécuter une marche arrière et faire demi-tour dans la cour de l'usine. A 13h.45, B._ a constaté que son Alfa Roméo avait été fortement bousculée, ripée sur environ 1.5 mètres et se retrouvait l'arrière plaqué contre la Dodge de son collègue C._, à côté de laquelle elle était garée. Il a expliqué à la police qu'un camion bâché était venu dans la cour pour des livraisons à deux reprises, vers 11h.40 et 12h.50.
Les premières recherches de la police se sont orientées vers le train routier piloté par X._. Les agents ont constaté et photographié une légère trace sur l'angle arrière droit du châssis de la remorque, où la peinture bleue était écaillée de manière visiblement récente, c'est-à-dire sans aucune trace de rouille. X._ a confirmé sa livraison, mais affirmé ne rien avoir remarqué d'une éventuelle collision ou « touchette ».
B. Par prononcé du 8 janvier 2007, le préfet d'Orbe a condamné X._, pour contravention à l'OCR et à la LCR, à une amende de 300 fr.
Par jugement du 2 juillet 2008, le Tribunal de police de l'arrondissement de La Broye et du Nord vaudois, après avoir procédé à une expertise technique, a rejeté l'appel de X._, constaté que celui-ci s'était rendu coupable de violation simple des règles de la circulation et des devoirs en cas d'accident et confirmé le prononcé préfectoral en ce qui concerne la condamnation à une amende de 300 fr.
C. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation du principe de la présomption d'innocence, il conclut à l'annulation du jugement précité et au prononcé de son acquittement. Il requiert également l'effet suspensif.

Considérant en droit:
1. 1.1 Rendue en matière pénale, la décision attaquée ne peut faire l'objet d'aucun recours cantonal, de sorte que, bien qu'elle n'émane pas d'un tribunal supérieur, le recours en matière pénale est recevable en vertu de l'<ref-law> en relation avec l'<ref-law>. Par ailleurs, le recourant, qui remplit manifestement les conditions de l'<ref-law>, est habilité à recourir.
1.2 Le recours ordinaire au Tribunal fédéral peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels. Sous peine d'irrecevabilité, il doit être motivé conformément à l'<ref-law>, respectivement à l'art. 106 al. 2 LT pour les griefs mentionnés à cette disposition, dont les exigences correspondent à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
2. Invoquant une violation du principe "in dubio pro reo" découlant de la présomption d'innocence, le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir fondé sa culpabilité sur deux seuls éléments, tout en ignorant de nombreux indices ressortant du dossier.
2.1 Comme règle de l'appréciation des preuves, le principe "in dubio pro reo" interdit au juge de se déclarer convaincu d'un état de fait défavorable à l'accusé, lorsqu'une appréciation objective des éléments de preuve recueillis laisse subsister un doute sérieux et insurmontable quant à l'existence de cet état de fait. Sa violation prétendue revient donc à se plaindre d'arbitraire dans l'établissement des faits (<ref-ruling> consid. 2a p. 41).
Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable. Il faut encore qu'elle soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 17; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 219).
L'appréciation des preuves est en particulier arbitraire lorsque le juge de répression n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9). Il en va de même lorsqu'il retient unilatéralement certaines preuves ou lorsqu'il rejette des conclusions pour défaut de preuves, alors même que l'existence du fait à prouver résulte des allégations et du comportement des parties (<ref-ruling> consid. 1b p. 30). Il ne suffit pas qu'une interprétation différente des preuves et des faits qui en découlent paraisse également concevable pour que le Tribunal fédéral substitue sa propre appréciation des preuves à celle effectuée par l'autorité de condamnation, qui dispose en cette matière d'une grande latitude. En serait-il autrement que le principe de la libre appréciation des preuves par le juge du fond serait violé (<ref-ruling> consid. 2d p. 37 s.).
2.2 Le Tribunal de police a acquis la conviction que le recourant était l'auteur de la collision en se basant, d'une part, sur la présence et la manoeuvre de l'intéressé au jour, à l'heure et à l'endroit où l'accrochage s'est produit et, d'autre part, sur les dommages des deux véhicules impliqués dans l'accident.
S'agissant de la présence du recourant, le lésé a déclaré, lors de son audition par la police, qu'un camion bâché était venu vers 11h.40 pour livrer un carton, que celui-ci était revenu vers 12h.50 pour effectuer une autre livraison, qu'il pensait que c'était ce camion qui avait causé les dommages à son véhicule, mais qu'il ne l'avait pas vu. Il résulte de ces déclarations que plusieurs livraisons ont été effectuées par d'autres véhicules le jour de l'accrochage. Or, l'enquête policière n'a porté que sur la personne du recourant. De plus, la description du camion faite par le lésé ne correspond pas au train routier piloté par l'accusé, véhicule qui n'était pas bâché, mais carrossé en camion frigorifique.
S'agissant des marques sur les véhicules impliqués, les agents ont uniquement constaté et photographié une très légère trace sur l'angle arrière droit du châssis de la remorque du camion où la peinture bleue était écaillée de manière visiblement récente. Pour le reste, le dossier ne comporte aucune photographie des dommages causés à l'Alfa Romeo et à la Dodge endommagées le jour des faits, l'instruction ayant simplement permis d'établir que la carrosserie de la première voiture était déformée assez profondément au niveau de l'aile arrière gauche, au-dessus de la roue du même côté. L'expert judiciaire a considéré que les déformations et une partie des traces relevées à l'arrière de la remorque n'étaient pas en rapport avec l'accident du 4 septembre 2006, mais que la peinture fraîchement écaillée sur l'angle arrière droit de la remorque pourrait provenir de l'impact contre le flanc arrière gauche de l'Alfa Romeo. Il a toutefois précisé que, n'ayant aucune illustration des dommages occasionnés aux voitures, tout véhicule disposant d'une partie saillante située entre 70 et 80 cm du sol aurait pu entraîner les déformations relevées sur la voiture. Sur la base des éléments à sa disposition, l'expert n'a donc pu formuler que des hypothèses quant à l'implication du recourant dans l'accrochage.
2.3 L'appréciation de l'ensemble des éléments précités laisse subsister un doute sérieux quant à la mise en cause du recourant dans l'accident, d'une part en raison du fait que plusieurs véhicules sont susceptibles d'être impliqués dans cet accrochage et, d'autre part, que la marque constatée sur le camion piloté par le recourant ne peut être attribuée de manière claire à l'accident, faute de dépôt de peinture, de photos ou d'analyses suffisantes effectuées sur les véhicules endommagés. Le doute est également insurmontable étant donné le temps écoulé depuis l'accident et la réparation des voitures endommagées.
3. En conclusion le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé. Le recourant est acquitté. Il n'est pas perçu de frais (<ref-law>). Le canton de Vaud versera au recourant une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
La cause étant ainsi jugée, il n'y a pas lieu de statuer sur la requête d'effet suspensif, qui n'a plus d'objet .

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le jugement entrepris est annulé.
2. Le recourant est acquitté.
3. Il n'est pas prélevé de frais judiciaires.
4. Le canton de Vaud versera à la mandataire du recourant une indemnité de dépens de 3000 francs.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal de police de l'arrondissement de La Broye et du Nord Vaudois.
Lausanne, le 16 octobre 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Bendani