Sachverhalt:
A. B._, geboren 1956, hatte sich am 4. Juli 2006 bei einer Auffahrkollision ein Distorsionstrauma der Halswirbelsäule zugezogen. Er hatte bei einem Fussgängerstreifen angehalten, um einen Fussgänger die Strasse überqueren zu lassen, als ein Sattelschlepper (Iveco Daily) auf das Heck seines VW Golf aufgeprallte. Die Ersatzkasse UVG, bei welcher er für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, hatte ihre Leistungspflicht dem Grundsatz nach anerkannt und die gesetzlichen Leistungen erbracht, diese indessen mit Verfügung vom 12. März 2010 und Einspracheentscheid vom 16. Juli 2010 gestützt auf ein Gutachten des Zentrums X._ vom 13. Juli 2009 (mit psychiatrischer sowie neurologisch-neuropsychologischer Abklärung durch das Institut Y._) auf den 30. Juni 2008 eingestellt. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich bestätigte die Leistungseinstellung mit Entscheid vom 31. Mai 2012.
B. Am 31. August 2012 beantragte B._ unter Hinweis auf einen neuen Arztbericht die Revision des Entscheides vom 31. Mai 2012. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies das Gesuch mit Beschluss vom 26. September 2012 ab, soweit darauf eingetreten wurde.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Beschlusses sei der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 31. Mai 2012 in Revision zu ziehen und es seien ihm die gesetzlichen Versicherungsleistungen zuzusprechen.
Die Ersatzkasse UVG lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, wozu sich der Beschwerdeführer in einer weiteren Eingabe geäussert hat. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz und die Beschwerde ans Bundesgericht ist zulässig (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG; Urteil 8C_70/2013 vom 12. März 2013 E. 1).
1.2 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.3 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Gemäss <ref-law> muss die Revision von Entscheiden wegen Entdeckung neuer Tatsachen oder Beweismittel oder wegen Einwirkung durch Verbrechen oder Vergehen im Verfahren vor dem kantonalen Versicherungsgericht gewährleistet sein.
3. Das kantonale Gericht hatte in seinem Entscheid vom 31. Mai 2012 erkannt, dass die vom Beschwerdeführer geklagten anhaltenden Beschwerden organisch objektiv nicht ausgewiesen seien und der gesondert zu prüfende adäquate Kausalzusammenhang mit dem beim Unfall vom 4. Juli 2006 erlittenen Distorsionstrauma der Halswirbelsäule nicht gegeben sei. Im vorinstanzlichen Revisionsverfahren machte der Gesuchsteller geltend, dass eine am 9. August 2012 wegen chronischer Cephalgien durchgeführte MRI-Untersuchung des Schädels (Neurocranium) traumatische Verletzungen gezeigt habe.
Nach Auffassung der Vorinstanz war das Vorbringen nicht neu. Organische Unfallfolgen seien im Hauptverfahren gestützt auf das Gutachten des Zentrums X._ objektiv nicht ausgewiesen gewesen und der im Revisionsverfahren eingereichte Bericht des Zentrums für medizinische Radiologie, Röntgeninstitut, vom 9. August 2012 sei nicht geeignet, den Entscheid vom 31. Mai 2012 in Frage zu stellen, denn es sei daraus nicht mit der erforderlichen überwiegenden Wahrscheinlichkeit auf schon damals vorhandene, unfallbedingte Läsionen zu schliessen. Zwar sei in dem vom Unfallversicherer eingeholten Gutachten des Zentrums X._ eine entsprechende Abklärung empfohlen worden, dies jedoch zum Ausschluss einer nicht unfallbedingten vaskulär-enzephalopathischen Komponente.
4. Gemäss neurologisch-neuropsychologischer Einschätzung der Frau Dr. med. W._ (Gutachten des Instituts Y._ vom 3. Januar 2009) fanden sich bei subjektiver Einschränkung der Aufmerksamkeits- und Gedächtnisleistungen seit dem Unfallereignis aktuell unter Berücksichtigung eines prämorbid mittleren Leistungsprofils durchwegs unauffällige Befunde. Insbesondere bestanden keine Hinweise auf eine kortikale oder subkortikale Funktionsstörung beziehungsweise für eine hirnorganisch bedingte Leistungseinschränkung. Ebenso ergebe sich gestützt auf die aktuellen Konsensuskriterien für die Feststellung einer substantiellen beziehungsweise strukturellen Hirnschädigung der diesbezüglichen massgeblichen Begutachtungsleitlinien kein Anhalt für eine im Rahmen des Unfalls erlittene traumatische Hirnschädigung. Die subjektiven neurokognitiven Beschwerden seien hinreichend durch die chronifizierte Schmerzsymptomatik und Müdigkeits-assoziierte Interferenzen erklärbar. Eine durch das Unfallereignis bedingte dauernde oder erhebliche Schädigung der körperlichen oder geistigen Integrität lasse sich nicht ableiten. Ihrer Auffassung nach unklar blieben die vom Versicherten beschriebenen präsynkopalen Zustände, die einerseits beim Stehen sowie beim Gehen ausgeprägt seien und subjektiv mit einer Gangunsicherheit und Gangabweichung einhergingen, anderseits auch beim Essen in sitzender und weniger in stehender Körperposition verspürt würden. Phänomenologie und Verlauf der Symptomatik würden gegen epileptische Anfälle sprechen. Aus neurologischer Sicht wurde zum Ausschluss einer vaskulär-enzephalopathischen Komponente bei vaskulärem Risikoprofil (insbesondere arterielle Hypertonie) eine Bildgebung des Kopfes empfohlen; ein direkter Zusammenhang der präsynkopalen Zustände oder der Entwicklung der arteriellen Hypertonie mit dem Unfallereignis liess sich indessen nicht ableiten. Gemäss dem von PD Dr. med. K._, MSc, FMH Physikalische Medizin und Rehabilitation/Rheumatologie, Dr. med. I._, FMH Innere Medizin/Rheumatologie, sowie Frau F._, Physiotherapeutin, verfassten Gutachten des Zentrums X._ blieben die geschilderten, nach Angaben des Versicherten im Vordergrund stehenden Ohnmachtszustände ätiologisch unklar. Auch eine intern-medizinische Ursache könne die Symptomatik kaum erklären. Die Resultate der in einer Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit durchgeführten Belastbarkeitstests waren für die Beurteilung nach Auffassung der Gutachter wegen Selbstlimitierung nur teilweise verwertbar. Insbesondere aufgrund der Annahme, dass sich der Versicherte keine traumatische Hirnverletzung zugezogen habe, wurden weiterhin anhaltende Unfallfolgen ausgeschlossen.
5. Die MRI-Untersuchung vom 9. August 2012 zeigte multiple Läsionen im Marklager und im Bereich des Crus cerebri sowie eine leichte allgemeine Volumenminderung im Grosshirn. Im Kontext des erlittenen Traumas, von welchem der Radiologe gemäss einer Telefonnotiz des Rechtsvertreters erst nach seiner Untersuchung auf Rückfrage beim Versicherten hin erfuhr, liessen sich diese Veränderungen durch eine diffuse axonale Schädigung erklären, es wurden jedoch auch Differentialdiagnosen (demyelisierende Prozesse oder mikrovaskuläre Läsionen) in Betracht gezogen.
6. 6.1 Zu prüfen ist, ob die Vorinstanz bei Kenntnis des Berichts über die MRI-Untersuchung vom 9. August 2012 schon im Hauptverfahren und dessen zutreffender rechtlicher Würdigung zu einem andern Ergebnis hätte gelangen müssen (<ref-ruling> E. 2 S. 141; <ref-ruling> E. 5 S. 204 f.; Urteile 8F_16/2012 vom 27. März 2013 E. 2.2; 8F_9/2012 vom 6. November 2012 E. 3; 8F_4/2007 vom 14. Juli 2008 E. 2.2).
6.2 Eine organisch objektiv ausgewiesene Unfallfolge kann bei Distorsionen der Halswirbelsäule insbesondere dann vorliegen, wenn in bildgebenden Untersuchungen eine Hirnschädigung (intrakranielle Läsionen) feststellbar ist (SVR 2007 UV Nr. 25 S. 81, U 479/05 E. 5.4; Urteile 8C_614/2007 vom 10. Juli 2008 E. 4.4; 8C_101/2007 vom 17. August 2007 E. 5.1; U 444/05 vom 6. November 2006 E. 5.2; U 197/04 vom 29. März 2006 E. 3.1).
Auch wenn, wie hier, im Hauptverfahren (im vorliegenden Fall vor dem kantonalen Gericht) gestützt auf umfassende medizinische Unterlagen keine Hinweise auf die geltend gemachten organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen bestanden hatten, erachtete das Eidgenössische Versicherungsgericht (seit 1. Januar 2007: I. und II. sozialrechtliche Abteilungen des Bundesgerichts) anlässlich von späteren MRI-Untersuchungen entdeckte pathologische Veränderungen als geeignet, die tatbeständliche Grundlage des Urteils im Hauptverfahren zu verändern (Urteil U 189/02 vom 24. Dezember 2002). Das Gericht hat die Aufnahme eines Revisionsverfahrens zugelassen und es ordnete diesbezügliche weitere Abklärungen an (vgl. auch die nicht Verletzungen der Halswirbelsäule betreffenden Fälle RKUV 1991 Nr. K 855 S. 15 und Urteil U 395/04 vom 12. September 2006; Meyer, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 22 zu <ref-law>).
6.3 Im vorliegenden Fall bestanden nach gutachtlicher Einschätzung gestützt auf die massgeblichen Begutachtungsleitlinien keine Hinweise auf eine traumatische Hirnschädigung und wurden die geklagten neurokognitiven Beschwerden deshalb als subjektiv und durch die chronifizierte Schmerzsymptomatik und Müdigkeits-assoziierte Interferenzen hinreichend erklärbar erachtet. Massgeblich ist indessen, ob die Expertin zu einer anderen Auffassung gelangt wäre, wenn ihr die Befunde der erst später erfolgten MRI-Untersuchung des Schädels vorgelegen hätten. Gleiches gilt hinsichtlich der Ohnmachtszustände, welche gemäss Gutachten des Zentrums X._ ätiologisch unklar geblieben waren, bei Kenntnis der allenfalls unfallbedingten Läsionen jedoch möglicherweise weiteren Untersuchungen zugeführt worden wären. Diese Fragen liessen sich ohne ärztliches Fachwissen nicht beurteilen und hätten daher ergänzender medizinischer Abklärungen bedurft.
6.4 Zu Recht hegte das kantonale Gericht zwar Bedenken, ob der am 9. August 2012 entdeckte Befund bereits zum Zeitpunkt des allenfalls zu revidierenden vorinstanzlichen Entscheides vom 31. Mai 2012 bestanden hat; nur unter dieser Voraussetzung wäre eine Revision allenfalls gerechtfertigt (vgl. dazu Sabine Spross, in: Zünd/Pfiffner Rauber [Hrsg.], Kommentar zum Gesetz über das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, 2. Aufl. 2009, N. 6 zu § 29 GSVGer). Über die Zulässigkeit des (unechten) Novums wird jedoch erst gestützt auf die noch vorzunehmenden Abklärungen zu befinden sein.
6.5 Die Beschwerde gegen die vorinstanzliche Abweisung des Revisionsgesuchs ist daher gutzuheissen und die Vorinstanz wird darüber nach Einholung der unabdingbaren ärztlichen Stellungnahmen neu entscheiden müssen.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend der Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat sie dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Beschluss des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 26. September 2012 wird aufgehoben. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie über das Revisionsgesuch neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. Mai 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo