Sachverhalt:
A. Die X._ AG, (nachfolgend X._ AG oder Steuerpflichtige) wurde am 4. März 2008 für die Staats- und Bundessteuern 2006 mit einem Reinertrag von Fr. 795'597.-- und einem Kapital von Fr. 666'461.-- eingeschätzt. Dabei nahm die Veranlagungsbehörde erhebliche Aufrechnungen u.a. aufgrund geldwerter Leistungen vor. Dagegen liess die X._ AG durch ihre damalige Vertreterin, die Y._ am 10. März 2008 Einsprache erheben. Am 13. November 2008 fand eine Einspracheverhandlung statt, an welcher der Sitzleiter der damaligen Vertreterin teilnahm. Mit Einspracheprotokoll vom 19. November 2008 wurde für einen Teil der Aufrechnungen festgehalten, diese würden akzeptiert, für einen weiteren Teil wurde festgehalten, darauf werde verzichtet, und in einem Punkt wurde festgehalten, die Einsprecherin müsse noch einen Nachweis erbringen. Das Protokoll wurde seitens der Steuerpflichtigen durch den Sitzleiter der damaligen Vertreterin unterzeichnet.
Am 16. Dezember 2008 eröffnete das Steueramt des Kantons Solothurn den Einspracheentscheid, welcher auf dem Einspracheprotokoll basierte und mit dem die Einsprache teilweise gutgeheissen wurde, indem der steuerbare Reinertrag auf Fr. 629'343.-- und das steuerbare Kapital auf Fr. 597'439.-- festgesetzt wurden.
B. Am 16. Januar 2009 liess die X._ AG durch ihre neue Vertreterin gegen den Einspracheentscheid Rekurs und Beschwerde erheben, wobei sie beantragte, der steuerbare Gewinn sei auf Fr. 10'426.-- und das steuerbare Kapital auf Fr. 741'439.-- festzusetzen.
Mit Urteil vom 17. August 2009 trat das Steuergericht des Kantons Solothurn auf Rekurs und Beschwerde nicht ein. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, der Sitzleiter der damaligen Vertreterin der X._ AG habe sich anlässlich der Einspracheverhandlung mit dem Vorgehen des Steueramtes betreffend verschiedene Aufrechnungen einverstanden erklärt. Das heisse, er habe nicht an den bisherigen Rechtsbegehren festgehalten. Damit weiche der Einspracheentscheid nicht von den (geänderten) Anträgen der Vertreterin der X._ AG ab. Diese sei daher nicht beschwert, womit es an einer zwingenden Prozessvoraussetzung fehle.
C. Die X._ AG beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde vom 20. November 2009, das Urteil des Steuergerichts des Kantons Solothurn vom 17. August 2009 aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, einen Sachentscheid zu fällen.
Das Steueramt des Kantons Solothurn und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde, das Steuergericht des Kantons Solothurn beantragt die Abweisung, soweit darauf einzutreten sei.
Mit Stellungnahme vom 17. März 2010 und Duplik vom 7. Mai 2010 halten die X._ AG und das Steueramt des Kantons Solothurn an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG; siehe auch Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG, SR 642.11] bzw. Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR. 642.14]). Die Beschwerdeführerin ist gemäss <ref-law> zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert. Auf die Beschwerde ist einzutreten. Verfahrensgegenstand bildet ausschliesslich die Frage, ob der beanstandete Nichteintretensentscheid Bundesrecht verletzt (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 41).
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es legt sodann seinem Urteil grundsätzlich den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>).
2. Die Vorinstanz hat ihren Nichteintretensentscheid damit begründet, es fehle der Beschwerdeführerin an einem Rechtsschutzinteresse, weil sie durch den angefochtenen Einspracheentscheid nicht beschwert sei. Der Einspracheentscheid weiche nicht von den - anlässlich einer Einspracheverhandlung - geänderten Anträgen der Vertreterin der Beschwerdeführerin ab. Sie stützte sich dabei auf das Einspracheprotokoll vom 19. November 2008 ab, betreffend die Einspracheverhandlung vom 13. November 2008, welches von einem Mitarbeiter der Vertreterin der Beschwerdeführerin unterzeichnet worden war und in welchem zu verschiedenen Positionen festgehalten wurde, die fragliche Aufrechnung werde akzeptiert. Daraus schloss sie, der Vertreter der Beschwerdeführerin habe diesbezüglich nicht an den bisherigen Rechtsbegehren festgehalten.
2.1 Gemäss <ref-law> bzw. Art. 50 Abs. 1 StHG kann der Steuerpflichtige gegen den Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung schriftlich Beschwerde bzw. Rekurs erheben. Die Zulässigkeit der Erhebung einer Beschwerde bzw. eines Rekurses setzt ein schutzwürdiges Interesse voraus. Dies bedeutet nicht nur, dass das Rechtsmittel auf eine Abänderung des angefochtenen Einspracheentscheides abzielen muss (vgl. <ref-law>), sondern auch, dass der Beschwerdeführer - soweit er am vorinstanzlichen Verfahren beteiligt war - mit seinem Rechtsbegehren vor der Vorinstanz nicht oder nur teilweise durchgedrungen ist (formelle Beschwer; vgl. FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUF-MANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl., Zürich 2009, N. 11 zu Art. 140 in Verbindung mit N. 13 zu <ref-law>; MARTIN ZWEIFEL/HUGO CASANOVA, Schweizerisches Steuerverfahrensrecht Direkte Steuern, Zürich/Basel/Genf 2008, § 24 Rz. 23).
2.2 Das Recht der direkten Bundessteuer sieht, ebenso wie das Steuerharmonisierungsgesetz, die Durchführung von Einspracheverhandlungen nicht explizit vor. Das solothurnische Recht bestimmt demgegenüber, der Steuerpflichtige oder sein Vertreter seien zu einer Verhandlung vorzuladen, wenn er es verlange oder wenn es die Untersuchung über die Einsprache erforderlich mache (§ 150 Abs. 2 des Gesetzes [des Kantons Solothurn] vom 1. Dezember 1985 über die Staats- und Gemeindesteuern). Gemäss <ref-law> haben im Einspracheverfahren die Veranlagungsbehörde, die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die Eidgenössische Steuerverwaltung die gleichen Befugnisse wie im Veranlagungsverfahren. Betreffend die kantonalen Steuern regelt Art. 48 Abs. 3 StHG in analoger Weise, dass die Veranlagungsbehörde die gleichen Befugnisse wie im Veranlagungsverfahren hat. Nach <ref-law> bzw. Art. 42 StHG muss der Steuerpflichtige alles tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (Abs. 1); er muss u.a. auf Verlangen der Veranlagungsbehörde mündlich oder schriftlich Auskunft erteilen (Abs. 2). Aufgrund dieser Regelungen ergibt sich - zusätzlich zur im solothurnischen Recht explizit enthaltenen Bestimmung - ohne weiteres die Befugnis der Steuerbehörden, eine Einspracheverhandlung durchzuführen. Weder das Gesetz über die direkte Bundessteuer noch das Steuerharmonisierungsgesetz oder das solothurnische Steuergesetz enthalten im übrigen Bestimmungen bezüglich der Wirkungen der Einspracheverhandlung.
2.2.1 Steuerverwaltung und Steuerpflichtiger können sich ausnahmsweise an Stelle einer amtlichen Untersuchung über Teile des steuerlich relevanten Sachverhalts einigen, wenn dies durch besondere Umstände gerechtfertigt ist (wenn beispielsweise der Verkehrswert einer Liegenschaft weder dem Pflichtigen noch der Behörde bekannt und die Ermittlung oder Schätzung nur mit unverhältnismässigem Aufwand erreichbar ist; vgl. ERNST KÄNZIG/URS R. BEHNISCH, Die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2. Aufl., Basel 1992, N. 26 zu Art. 88 BdBSt). Die Einigung kann sich nur auf unsichere Sachverhaltsfeststellungen beziehen, Auslegungsfragen hingegen sind davon ausgeschlossen (vgl. Urteile 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004 E. 4.2, in: ASA 74 S. 737, sowie 2C_296/2009 vom 11. Februar 2010 E. 3.1, in: StR 65/2010 S. 453; vgl. KÄNZIG/BEHNISCH, a.a.O.; ERNST BLUMEN-STEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl., Zürich 2002, S. 320 und 416 f., mit Hinweisen). Eine derartige Verständigung entfaltet nicht ohne weiteres materiellrechtliche Wirkung, sondern stellt - wie etwa der Veranlagungsvorschlag - als Vereinbarung über verfahrensrechtliche Rechte und Pflichten blosse Grundlage für den Erlass einer Verfügung dar. Die Verständigung bedeutet damit, dass die Verwaltung den Rechtsunterworfenen von einer weiteren Mitwirkung bei der Klärung des Sachverhaltes entbindet und der Private auf den Antrag der Abnahme zusätzlicher Beweise verzichtet (AUGUST MÄCHLER, Vertrag und Verwaltungsrechtspflege, Zürich/Basel/Genf 2005, § 11 Rz. 81). Weitere Wirkungen entfaltet eine derartige Verständigung grundsätzlich nicht. Sie ersetzt weder die Verfügung über die zu treffende Veranlagung noch einen zu fällenden Einspracheentscheid; diese ergehen vielmehr als eigenständige Verwaltungsakte im Anschluss an die Verständigung. Letztere bildet mithin lediglich die sachverhaltsmässige Grundlage für die anschliessende hoheitliche Regelung der betreffenden Rechtsverhältnisse (vgl. MÄCHLER, a.a.O., § 11 Rz. 83; PETER RICKLI, Die Einigung zwischen Behörden und Privaten im Steuerrecht, Basel/Frankfurt am Main 1987, S. 10 und 39 f.).
2.2.2 Die zu fällenden Verwaltungsakte können grundsätzlich ohne Einschränkungen auf dem Rechtsmittelweg weitergezogen werden und das Treffen einer Vereinbarung steht der Erhebung eines Rechtsmittels nicht von Vornherein entgegen (vgl. dazu bezüglich Vergleichen: MÄCHLER, a.a.O., § 11 Rz. 138; bezüglich steuerrechtlicher Verständigungen im genannten Sinne: ders., a.a.O., § 11 Rz. 83; ZWEIFEL/CASANOVA, a.a.O., § 1 Rz. 7). Die Frage der Zulässigkeit sowie der Verbindlichkeit des Vereinbarten und die Tragweite des verfassungsrechtlich in Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV verankerten Grundsatzes von Treu und Glauben ist denn auch eine materielle Frage, und nicht eine solche der Zulässigkeit eines Rechtsmittels (vgl. BVGE 2008/51 E. 2.4.2 und 2.4.3 S. 719 ff.; vgl. auch Urteil des Zürcher Verwaltungsgerichts vom 19. März 2003, in: StE 2004 A 21.14 Nr. 14, E. 2a/bb; RICKLI, a.a.O., S. 137 f.). Dass dem so ist, zeigt sich auch mit Blick auf die Regelung von Verständigungen, wie sie sich seit dem 1. Januar 2007 für die vom Bund erhobenen (indirekten) Steuern nunmehr im Verwaltungsverfahrensgesetz des Bundes (VwVG; SR 172.021) findet: Unter dem Marginale "Gütliche Einigung und Mediation" besteht in <ref-law>, der auch auf (solche) Steuerverfahren anwendbar ist (<ref-law> e contrario), im Sinne einer so genannten Kann-Vorschrift die Möglichkeit, sich über den Inhalt der Verfügung zu einigen. Die alsdann allenfalls erzielte Einigung wird durch die Behörde zum Inhalt ihrer Verfügung gemacht, es sei denn, deren Inhalt verstosse gegen Bundesrecht, beruhe auf einer unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts oder erweise sich als unangemessen (Art. 33b Abs. 4 i.V.m. <ref-law>; vgl. MICHAEL BEUSCH, Steuerrechtlicher Rechtsschutz durch das Bundesverwaltungsgericht, in: Michael Beusch/ISIS [Hrsg.], Steuerrecht 2008 - Best of zsis, Zürich/Basel/Genf 2008, S. 196, insbesondere Fn. 23). Inhaltlich entspricht der Konzeption von <ref-law> auch Art. 50 des Bundesgesetzes vom 6. Oktober 2000 über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG; SR 830.1); dessen Abs. 2 spricht ausdrücklich von einer "anfechtbaren Verfügung". Bezeichnenderweise und zu Recht ist denn auch in keinem der zum Thema der Verständigung ergangenen Urteile (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 437 f.; Urteile 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004 E. 4.2, in: StE 2004 A 21.14 Nr. 15, und 2A.306/1993 vom 23. Juni 1994 E. 5a, in: ASA 63 S. 661; Entscheid der Eidg. Steuerrekurskommission vom 3. Februar 1998 E. 2a, in: StR 53/1998 S. 512) angetönt worden, es sei fraglich, ob auf die Rechtsmittel einzutreten gewesen wäre. Solches würde nämlich auch bedeuten, dass selbst bei einer Verständigung nicht zugänglichen Fragen die gerichtliche Kontrolle von Vornherein ausgeschlossen würde, was nicht zuletzt angesichts des Grundsatzes der Rechtsanwendung von Amtes wegen (vgl. Art. 135 Abs. 1 und Art. 143 Abs. 1 DBG bzw. Art. 48 Abs. 4 StHG) schlechterdings nicht der Fall sein kann (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004 E. 4.2, in: StE 2004 A 21.14 Nr. 15; vgl. zum Ganzen BVGE 2008/51 E. 2.4.3 S. 720 f.)
2.2.2 Die zu fällenden Verwaltungsakte können grundsätzlich ohne Einschränkungen auf dem Rechtsmittelweg weitergezogen werden und das Treffen einer Vereinbarung steht der Erhebung eines Rechtsmittels nicht von Vornherein entgegen (vgl. dazu bezüglich Vergleichen: MÄCHLER, a.a.O., § 11 Rz. 138; bezüglich steuerrechtlicher Verständigungen im genannten Sinne: ders., a.a.O., § 11 Rz. 83; ZWEIFEL/CASANOVA, a.a.O., § 1 Rz. 7). Die Frage der Zulässigkeit sowie der Verbindlichkeit des Vereinbarten und die Tragweite des verfassungsrechtlich in Art. 5 Abs. 3 und Art. 9 BV verankerten Grundsatzes von Treu und Glauben ist denn auch eine materielle Frage, und nicht eine solche der Zulässigkeit eines Rechtsmittels (vgl. BVGE 2008/51 E. 2.4.2 und 2.4.3 S. 719 ff.; vgl. auch Urteil des Zürcher Verwaltungsgerichts vom 19. März 2003, in: StE 2004 A 21.14 Nr. 14, E. 2a/bb; RICKLI, a.a.O., S. 137 f.). Dass dem so ist, zeigt sich auch mit Blick auf die Regelung von Verständigungen, wie sie sich seit dem 1. Januar 2007 für die vom Bund erhobenen (indirekten) Steuern nunmehr im Verwaltungsverfahrensgesetz des Bundes (VwVG; SR 172.021) findet: Unter dem Marginale "Gütliche Einigung und Mediation" besteht in <ref-law>, der auch auf (solche) Steuerverfahren anwendbar ist (<ref-law> e contrario), im Sinne einer so genannten Kann-Vorschrift die Möglichkeit, sich über den Inhalt der Verfügung zu einigen. Die alsdann allenfalls erzielte Einigung wird durch die Behörde zum Inhalt ihrer Verfügung gemacht, es sei denn, deren Inhalt verstosse gegen Bundesrecht, beruhe auf einer unrichtigen oder unvollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts oder erweise sich als unangemessen (Art. 33b Abs. 4 i.V.m. <ref-law>; vgl. MICHAEL BEUSCH, Steuerrechtlicher Rechtsschutz durch das Bundesverwaltungsgericht, in: Michael Beusch/ISIS [Hrsg.], Steuerrecht 2008 - Best of zsis, Zürich/Basel/Genf 2008, S. 196, insbesondere Fn. 23). Inhaltlich entspricht der Konzeption von <ref-law> auch Art. 50 des Bundesgesetzes vom 6. Oktober 2000 über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG; SR 830.1); dessen Abs. 2 spricht ausdrücklich von einer "anfechtbaren Verfügung". Bezeichnenderweise und zu Recht ist denn auch in keinem der zum Thema der Verständigung ergangenen Urteile (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 437 f.; Urteile 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004 E. 4.2, in: StE 2004 A 21.14 Nr. 15, und 2A.306/1993 vom 23. Juni 1994 E. 5a, in: ASA 63 S. 661; Entscheid der Eidg. Steuerrekurskommission vom 3. Februar 1998 E. 2a, in: StR 53/1998 S. 512) angetönt worden, es sei fraglich, ob auf die Rechtsmittel einzutreten gewesen wäre. Solches würde nämlich auch bedeuten, dass selbst bei einer Verständigung nicht zugänglichen Fragen die gerichtliche Kontrolle von Vornherein ausgeschlossen würde, was nicht zuletzt angesichts des Grundsatzes der Rechtsanwendung von Amtes wegen (vgl. Art. 135 Abs. 1 und Art. 143 Abs. 1 DBG bzw. Art. 48 Abs. 4 StHG) schlechterdings nicht der Fall sein kann (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004 E. 4.2, in: StE 2004 A 21.14 Nr. 15; vgl. zum Ganzen BVGE 2008/51 E. 2.4.3 S. 720 f.)
2.3 2.3.1 Ein erhobenes Rechtsmittel kann vom Beschwerdeführer - von der vorliegend nicht relevanten Konstellation einer Mehrheit von Beschwerdeführern abgesehen (vgl. dazu MARTIN ZWEIFEL, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, 2. Aufl., Basel 2008, N. 20 ff. zu <ref-law>) - grundsätzlich jederzeit zurückgezogen werden, wobei der Rückzug bedingungslos und ausdrücklich erklärt werden muss (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 38 f. und 111 V 58 E. 1 S. 60 f.). Im Verfahren betreffend die direkte Bundessteuer wird gemäss <ref-law> einem Rückzug einer Einsprache keine Folge gegeben, wenn nach den Umständen anzunehmen ist, dass die Veranlagung unrichtig war. Dies gilt - auch ohne explizite gesetzliche Erwähnung im Steuerharmonisierungsgesetz - aufgrund der Rechtsnatur des Einspracheentscheides als neue Veranlagungsverfügung und der Geltung der Offizialmaxime mit der Befugnis der Veranlagungsbehörde, die Steuerfaktoren auch zum Nachteil des Steuerpflichtigen abzuändern, in analoger Weise für die kantonalen Steuern (vgl. MARTIN ZWEIFEL, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, 2. Aufl., Basel 2002, N. 37 zu Art. 48 StHG). Betreffend die direkte Bundessteuer kann zudem das Einspracheverfahren nur mit Zustimmung aller an der Veranlagung beteiligten Steuerbehörden eingestellt werden (<ref-law>).
Ein Rückzug eines Rechtsmittels kann auch im Rahmen einer Verständigung im Einspracheverfahren erfolgen. Nach dem zur Verständigung Ausgeführten ist im Anschluss an eine solche das Einspracheverfahren ebenfalls durch Entscheid zu erledigen, wobei dieser gegebenenfalls auf Abschreibung des Verfahrens infolge Rückzuges lauten kann (vgl. MATTHIAS HÄRRI, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 16 zu Art. 32).
2.3.2 Grundsätzlich ist auch der Teilrückzug eines erhobenen Rechtsmittels möglich. Dabei ist allerdings zu beachten, dass nach der Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 2, mit Hinweisen, auch zum Folgenden) Anfechtungsgegenstand in der nachträglichen Verwaltungsrechtspflege formell betrachtet Verfügungen bilden und materiell betrachtet die in Verfügungen geregelten Rechtsverhältnisse. Die begriffliche Unterscheidung von Streit- und Anfechtungsgegenstand erfolgt danach auf der Ebene von Rechtsverhältnissen und nicht auf der Ebene der das verfügungsweise festgelegte Rechtsverhältnis bestimmenden Elemente ("Teilaspekte", "aspects").
Die bundesgerichtliche Rechtsprechung schliesst allerdings nicht aus, dass der Streitgegenstand, der normalerweise das gesamte Rechtsverhältnis erfasst, auf Teilaspekte desselben beschränkt wird (<ref-ruling> E. 2c S. 416). Eine entsprechende Verengung des Streitgegenstands kann auch durch Parteierklärung erfolgen.
In Bezug auf den Teilrückzug eines Rechtsmittels bedeutet dies, dass sich ein solcher demnach auch bloss auf Teilaspekte eines Rechtsverhältnisses, wie beispielsweise einzelne Aufrechnungen, beziehen kann.
2.4 Vorliegend ist zu beachten, dass der Vertreter der Beschwerdeführerin im Rahmen der Einspracheverhandlung wohl diverse Aufrechnungen anerkannte, dass jedoch gleichzeitig die Steuerbehörde ihrerseits auf diverse Aufrechnungen verzichtete. Das bedeutet insbesondere, dass das Ergebnis der Einspracheverhandlung in einer Vereinbarung der Steuerpflichtigen und der Steuerbehörden über die vorzunehmende Veranlagung bzw. den vorzunehmenden Einspracheentscheid bestand. Bei dieser Sachlage kann es nicht angehen, die Anerkennung einzelner Positionen durch die Steuerpflichtige - ohne ausdrückliche derartige Äusserung - als Teilrückzug des erhobenen Rechtsmittels zu qualifizieren. Andernfalls wäre die Folge, dass die Steuerpflichtige ihrer Rechtsmittelmöglichkeiten verlustig gehen würde, ohne Gewähr dafür zu haben, dass nicht die Steuerbehörden - im Rahmen der Offizialmaxime - im Verlaufe des weiteren Verfahrens, sei es im Einspracheentscheid oder mittels Weiterzug durch eine dazu berechtigte Behörde, auf ihre Zusagen zurückkommen würden. Aufgrund der Wirkungen einer Verständigung im Einspracheverfahren einerseits und den erforderlichen Voraussetzungen für die Annahme eines - teilweisen - Rückzuges des erhobenen Rechtsmittels andererseits ergibt sich somit, dass die vorliegende Anerkennung bloss einzelner Aufrechnungen im Rahmen der Einspracheverhandlung nicht als Teilrückzug des Rechtsmittels qualifiziert werden kann. Das heisst nicht, dass die Verständigung bedeutungslos wäre, sondern sie ist (wie vorliegend) dem Einspracheentscheid durchaus zugrunde zu legen und alsdann im Rahmen eines allfällig nachfolgenden Rechtsmittelverfahrens sachgerecht zu würdigen, beispielsweise indem zu prüfen ist, inwieweit ein Zurückkommen darauf mit dem Grundsatz von Treu und Glauben zu vereinbaren wäre.
2.5 Fehlt es an einem Teilrückzug der erhobenen Einsprache, so ist damit die vorliegende Anerkennung von Teilaspekten der Veranlagung auch nicht relevant bei der Prüfung der Frage, ob die Einsprecherin mit ihren Rechtsbegehren vor der Einspracheinstanz durchgedrungen ist. Dadurch ergibt sich ohne weiteres, dass die Beschwerdeführerin durch den Einspracheentscheid formell beschwert ist. Die Vorinstanz ist damit zu Unrecht auf die erhobene Beschwerde nicht eingetreten. Bei diesem Ergebnis erübrigt es sich, auf die weiteren erhobenen Rügen einzugehen.
3. Nach dem Gesagten ist der angefochtene Nichteintretensentscheid in Gutheissung der dagegen erhobenen Beschwerde aufzuheben und die Sache zur weiteren Behandlung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Kanton Solothurn, der vermögensrechtliche Interessen wahrnimmt, aufzuerlegen (<ref-law>). Dieser hat zudem die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Kantonalen Steuergerichts Solothurn vom 17. August 2009 aufgehoben. Die Sache wird zur weiteren Behandlung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Kanton Solothurn auferlegt.
3. Der Kanton Solothurn hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Steueramt des Kantons Solothurn, dem Kantonalen Steuergericht Solothurn und der Eidgenössischen Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Juni 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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