Sachverhalt:
A. X._ und seine Ehefrau gründeten 1980 die A._ AG, über welche am 9. Juli 2001 zufolge Überschuldung der Konkurs eröffnet wurde. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau erhob am 3. August 2005 Anklage gegen X._ wegen verschiedenen im Zusammenhang mit der A._ AG begangenen strafbaren Handlungen gegen das Vermögen sowie Urkundenfälschung. Am 6. November 2006 sprach die Bezirksgerichtliche Kommission Kreuzlingen X._ in fast allen Anklagepunkten schuldig und verurteilte ihn zu drei Jahren Zuchthaus und zu einer Busse von Fr. 10'000.--.
B. Gegen dieses Urteil erhob X._ Berufung. Das Obergericht des Kantons Thurgau reduzierte mit Urteil vom 18. September 2007 in teilweiser Gutheissung der Berufung und in Anwendung des neuen Rechts die Strafe auf 32 Monate Freiheitsstrafe, wobei es den Vollzug gemäss <ref-law> teilweise aufschob. Den unbedingt vollziehbaren Teil legte es auf 16 Monate fest. Im Übrigen wies es die Berufung ab.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, das Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 18. September 2007 sei im Strafpunkt aufzuheben, und er sei mit einer Freiheitsstrafe von höchstens zwei Jahren, unter Gewährung des bedingten Strafvollzuges, zu bestrafen. Eventualiter sei der unbedingt vollziehbare Teil der teilbedingten Freiheitsstrafe von 32 Monaten auf 6 Monate festzusetzen.
D. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Am 1. Januar 2007 ist der revidierte Allgemeine Teil des Strafgesetzbuches in Kraft getreten. Dieses neue Recht gelangt jedoch auf Taten, welche noch unter Geltung des alten Rechts begangen wurden, nur zur Anwendung, wenn es für den Täter das mildere ist (<ref-law>). Das ist hier der Fall (vgl. angefochtenes Urteil E. 10 b S. 26).
2. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Bundesrecht durch fehlerhafte Anwendung von <ref-law>. Die Vorinstanz habe bei der Strafzumessung nicht nur wesentliche Komponenten ausser Acht gelassen bzw. falsch gewichtet, insbesondere erweise sich auch die ausgefällte Freiheitsstrafe von 32 Monaten als unverhältnismässig streng.
2.1 Der auf den 1. Januar 2007 in Kraft getretene Allgemeine Teil des Strafgesetzbuches hat die bisherigen Strafzumessungsgrundsätze in <ref-law> beibehalten. Danach misst der Richter die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Er berücksichtigt das Vorleben, die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Schuldigen. Die Bewertung des Verschuldens wird in Abs. 2 dahingehend präzisiert, dass dieses nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt wird, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden. Es liegt im Ermessen des kantonalen Richters, in welchem Umfang er die verschiedenen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt. Die strafrechtliche Abteilung greift auf Beschwerde in Strafsachen hin nur in die Strafzumessung ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wenn sie wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. (in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens) falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 f., mit Hinweisen auf das bisherige Recht).
2.2 Die Vorinstanz bezeichnet das Verhalten des Beschwerdeführers während der Strafuntersuchung als bedenklich. Dieser habe weder Kooperationsbereitschaft noch Einsicht gezeigt. Im Berufungsverfahren habe er sich verändert, dies wahrscheinlich aus taktischen Gründen zur Erlangung einer Strafminderung. In einem gewissen Ausmass sei ihm diese auch zu gewähren. Strafmindernd wirke weiter die Tatsache, dass er sich durch sein Verhalten selber in den Ruin getrieben und insbesondere sein Vorsorgekapital verspielt habe. Dieser Strafminderung stehe aber als enge Begrenzung die Tatsache gegenüber, dass er während Jahren ein Leben in unrechtmässigem Saus und Braus auf Kosten anderer geführt habe. Weiter sei keine besonders zu berücksichtigende Strafempfindlichkeit ersichtlich. Das Alter von 64 Jahren vermöge sich mit Blick auf die durchschnittliche Lebenserwartung von 77 Jahren nicht strafmindernd auszuwirken. Dass die zu beurteilenden Straftaten schon lange zurückliegen, bewirke ebenfalls keine Strafminderung. Die Untersuchung von Wirtschaftsdelikten sei stets mit einem grossen und zeitraubenden Aufwand verbunden. Hinzu komme, dass der Beschwerdeführer durch sein unkooperatives Verhalten und durch den Verteidigerwechsel im Berufungsverfahren zur Länge des Verfahrens beigetragen habe. Hingegen wirke sich strafmildernd aus, dass bei der Gläubigerschädigung der Erfolg nicht eingetreten sei (angefochtenes Urteil E. 11 b bb S. 29).
2.3 Der Beschwerdeführer bringt vor, indem die Vorinstanz sein Verhalten während der Strafuntersuchung als offensichtlich straferhöhend werte, verstosse sie gegen das "nemo tenetur-Prinzip". Mangelnde oder ungenügende Kooperationsbereitschaft dürfe nicht als straferhöhend gewichtet werden. Nicht vertretbar sei, dass die Vorinstanz nur in einem gewissen Ausmass berücksichtigt habe, dass er im Berufungsverfahren vollumfänglich geständig gewesen sei. Sie habe auch die Tatsache, dass er seine gesamten Vorsorgegelder sowie einen Erbvorbezug seiner Ehefrau zur Bezahlung von A._ AG-Geldern zur Verfügung gestellt und dadurch den Schaden reduziert habe, nur wenig strafmindernd berücksichtigt. Die Schädigung der A._ AG sowie deren Gläubiger sei zudem bereits in der Gewichtung des Verschuldens als "recht schwer" berücksichtigt worden. Weiter bringt der Beschwerdeführer vor, die Vorinstanz habe zu Unrecht sein Alter nicht strafmindernd berücksichtigt. Für die Strafempfindlichkeit sei nicht die durchschnittliche Lebenswartung entscheidend, sondern die Tatsache, dass er sein gesamtes Vorsorgekapital zur Begleichung der A._ AG-Schulden eingesetzt habe, so dass er dringend darauf angewiesen sei, in den verbleibenden Jahren ein Einkommen zu erzielen. Insoweit würde ihn eine (teilweise) zu verbüssende Strafe ausserordentlich hart treffen. Die Vorinstanz habe auch zu Unrecht die lange Verfahrensdauer nicht strafmindernd berücksichtigt. Sie verkenne, dass ein nicht unerheblicher Teil der ihm zur Last gelegten Handlungen bereits zum Zeitpunkt der Eröffnung der Untersuchung im Jahre 2001 sehr lange zurückgelegen sei. Ausserdem handle es sich selbst angesichts der Tatsache, dass Wirtschaftsdelikte untersucht worden seien und sich die Durchführung der Berufungsverhandlung infolge eines Verteidigerwechsels um wenige Monate verzögert habe, um eine unverhältnismässig lange Verfahrensdauer. Insgesamt habe die Vorinstanz mehrere Strafzumessungsgründe entweder fälschlicherweise angeführt bzw. zu Unrecht nicht berücksichtigt oder falsch gewichtet. Die ausgesprochene Freiheitsstrafe von 32 Monaten erweise sich als unverhältnismässig streng. Er sei mit einer Freiheitsstrafe von höchstens zwei Jahren zu bestrafen, unter Gewährung des bedingten Strafvollzuges. Eventualiter sei die Sache zur neuen Festsetzung der Strafe und zur Anordnung des bedingten Strafvollzuges an die Vorinstanz zurückzuweisen (Beschwerde S. 7 bis 10).
2.4 Die Vorinstanz ist von der theoretisch möglichen Höchststrafe von siebeneinhalb Jahren ausgegangen. Die von der ersten Instanz ausgefällte Freiheitsstrafe von drei Jahren hat sie aufgrund der im Berufungsverfahren erfolgten weiteren Freisprüche und einer etwas differenzierteren Würdigung der persönlichen Verhältnisse des Beschwerdeführers auf 32 Monate reduziert (angefochtenes Urteil E. 11 b cc S. 30). Beim Tatverschulden hat sie strafmindernd berücksichtigt, dass sich der wirtschaftliche Schaden der A._ AG nicht auf den vollen strafrechtlichen Deliktsbetrag belief, sondern vermindert um die vom Beschwerdeführer eingeschossenen Gelder aus der beruflichen Vorsorge sowie dem Erbvorbezug seiner Ehefrau (angefochtenes Urteil E. 11 b aa S. 28). Es liegt im Ermessen der Vorinstanz, diesen Umstand bei der Täterkomponente nur leicht strafmindernd zu berücksichtigen. Entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers musste sie dies bei der Strafempfindlichkeit nicht nochmals berücksichtigen, zumal der Beschwerdeführer sein Vorsorgekapital durch eigenes Verschulden verbraucht hat.
Nach einem im Strafprozessrecht allgemein anerkannten, von der früheren Rechtsprechung aus Art. 4 aBV abgeleiteten Grundsatz ist im Strafverfahren niemand gehalten, zu seiner Belastung beizutragen ("nemo tenetur se ipsum accusare"). Der Beschuldigte ist demnach nicht zur Aussage verpflichtet. Er ist vielmehr berechtigt, die Aussage zu verweigern und zu schweigen, ohne dass ihm daraus Nachteile erwachsen dürfen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 128, mit Hinweisen). Dem Urteil der Vorinstanz ist nicht zu entnehmen, dass sie die fehlende Kooperationsbereitschaft straferhöhend bewertet hat. Dass sie die Geständnisse des Beschwerdeführers im Berufungsverfahren nur leicht strafmindernd berücksichtigt hat, liegt im Rahmen ihres Ermessens. Die Rüge des Beschwerdeführers erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet.
Das als verletzt gerügte Doppelverwertungsverbot besagt, dass Umstände, die zur Anwendung eines höheren bzw. tieferen Strafrahmens führen, innerhalb des geänderten Strafrahmens nicht noch einmal als Straferhöhungs- oder Strafminderungsgrund berücksichtigt werden dürfen. Sonst würde dem Täter der gleiche Umstand zweimal zur Last gelegt oder zu Gute gehalten. Indes darf der Richter zusätzlich berücksichtigen, in welchem Ausmass ein qualifizierender oder privilegierender Tatumstand gegeben ist. Der Richter verfeinert damit nur die Wertung, die der Gesetzgeber mit der Festsetzung des Strafrahmens vorgezeichnet hat (<ref-ruling> E. 2b S. 72, mit Hinweis). Die Vorinstanz wertet das Verschulden des Beschwerdeführers als "recht schwer". Er habe während Jahren die wirtschaftliche Selbständigkeit der A._ AG missachtet und deren Vermögenswerte als eigene betrachtet (angefochtenes Urteil E. 11 b aa S. 27). Das Verschulden hat die Vorinstanz lediglich innerhalb des anwendbaren Strafrahmens berücksichtigt, so dass keine unzulässige Doppelverwertung vorliegt.
Schliesslich liegt es auch im Ermessen der Vorinstanz, angesichts der Komplexität des vorliegenden Falles die lange Verfahrensdauer nicht strafmindernd zu berücksichtigen. Wie sie zu Recht vorbringt, ist ihr die mit dem unkooperativen Verhalten des Beschwerdeführers und dem Verteidigerwechsel verbundene Verzögerung nicht anzulasten.
Insgesamt hat die Vorinstanz alle wesentlichen Strafzumessungsfaktoren berücksichtigt und in nicht zu beanstandender Weise gewichtet. Eine Ermessenverletzung ist zu verneinen, womit der Hauptantrag des Beschwerdeführers abzuweisen ist.
3. Eventualiter macht der Beschwerdeführer die Verletzung von Bundesrecht im Zusammenhang mit der Festsetzung des zu vollziehenden Teils der teilbedingten Strafe geltend. Das Verhältnis zwischen dem zu vollziehenden und dem aufgeschobenen Strafteil sei nicht haltbar.
3.1 Das Gericht kann den Vollzug einer Geldstrafe, von gemeinnütziger Arbeit oder einer Freiheitsstrafe von mindestens einem Jahr und höchstens drei Jahren nur teilweise aufschieben, wenn dies notwendig ist, um dem Verschulden des Täters genügend Rechnung zu tragen (<ref-law>).
Grundvoraussetzung für die teilbedingte Strafe im Sinne von <ref-law> ist eine begründete Aussicht auf Bewährung. Zwar fehlt ein entsprechender Verweis auf <ref-law>, doch ergibt sich dies aus Sinn und Zweck von <ref-law>. Wenn und soweit die Legalprognose des Täters nicht schlecht ausfällt, verlangt die Bestimmung, dass zumindest ein Teil der Strafe auf Bewährung ausgesetzt wird. Umgekehrt gilt, dass bei einer Schlechtprognose auch ein bloss teilweiser Aufschub der Strafe nicht gerechtfertigt ist. Denn wo keinerlei Aussicht besteht, der Täter werde sich in irgendeiner Weise durch den - ganz oder teilweise - gewährten Strafaufschub beeinflussen lassen, muss die Strafe in voller Länge vollzogen werden. Die Auffassung, dass die subjektiven Voraussetzungen von <ref-law> auch für die Anwendung von <ref-law> gelten müssen, entspricht ganz überwiegender Lehrmeinung (<ref-ruling> E. 5.3.1 S. 10, mit Hinweisen).
Für Freiheitsstrafen, die über der Grenze für bedingte Strafen liegen (zwischen zwei und drei Jahren), sieht <ref-law> einen eigenständigen Anwendungsbereich vor. An die Stelle des vollbedingten Strafvollzuges, der hier ausgeschlossen ist (<ref-law>), tritt der teilbedingte Vollzug, wenn die subjektiven Voraussetzungen dafür gegeben sind. Der Zweck der Spezialprävention findet seine Schranke am gesetzlichen Erfordernis, dass angesichts der Schwere des Verschuldens wenigstens ein Teil der Strafe zu vollziehen ist. Hierin liegt die "hauptsächliche Bedeutung" bzw. der "Hauptanwendungsbereich" von <ref-law> (<ref-ruling> E. 5.5.1 S. 14).
Wenn das Gericht auf eine teilbedingte Strafe erkennt, hat es im Zeitpunkt des Urteils den aufgeschobenen und den zu vollziehenden Strafteil festzusetzen und die beiden Teile in ein angemessenes Verhältnis zu bringen. Nach <ref-law> muss der unbedingt vollziehbare Teil mindestens sechs Monate betragen (Abs. 3), darf aber die Hälfte der Strafe nicht übersteigen (Abs. 2). Im äussersten Fall (Freiheitsstrafe von drei Jahren) kann das Gericht demnach Strafteile im Ausmass von sechs Monaten Freiheitsstrafe unbedingt mit zweieinhalb Jahren bedingt verbinden. Innerhalb des gesetzlichen Rahmens liegt die Festsetzung im pflichtgemässen Ermessen des Gerichts. Als Bemessungsregel ist das "Verschulden" zu beachten, dem in genügender Weise Rechnung zu tragen ist (<ref-law>). Das Verhältnis der Strafteile ist so festzusetzen, dass darin die Wahrscheinlichkeit der Legalbewährung des Täters einerseits und dessen Einzeltatschuld anderseits hinreichend zum Ausdruck kommen. Je günstiger die Prognose und je kleiner die Vorwerfbarkeit der Tat, desto grösser muss der auf Bewährung ausgesetzte Strafteil sein. Der unbedingte Strafteil darf dabei das unter Verschuldensgesichtspunkten (<ref-law>) gebotene Mass nicht unterschreiten (<ref-ruling> E. 5.6 S. 15).
3.2 Die Vorinstanz stellt dem Beschwerdeführer eine günstige Bewährungsprognose. Obschon sein Tatverschulden recht schwer wiege, sei die Anordnung eines teilbedingten Vollzuges möglich. Bei dieser Sachlage müsse indessen der Anteil an unbedingter Strafe auf das nach <ref-law> höchstmögliche Mass - die Hälfte der ausgefällten Strafe - angesetzt werden (angefochtenes Urteil E. 12 c S. 34 ff.).
3.3 Der Beschwerdeführer bringt vor, indem die Vorinstanz sowohl hinsichtlich der Frage, ob die Strafe teilbedingt ausgesprochen werden könne, als auch bei der Festsetzung der Strafanteile auf die bei der Strafzumessung vorgenommene Verschuldensbewertung abstelle, verstosse sie gegen Bundesrecht und insbesondere gegen das Doppelbestrafungsverbot. Die Auffassung der Vorinstanz widerspreche dem Wortlaut von <ref-law>, der nur hinsichtlich der Frage, ob überhaupt ein teilbedingter Vollzug möglich sei, auf das Verschulden verweise. So sei auch gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bei der Festsetzung der Strafanteile zusätzlich zur Einzeltatschuld die Wahrscheinlichkeit der Legalbewährung zu berücksichtigen. Er sei nicht vorbestraft und habe sich seit der Straferöffnung im Jahr 2001 tadellos verhalten. Deshalb sei der unbedingt zu vollziehende Teil auf das gesetzlich vorgesehene Minimum von sechs Monaten festzusetzen. Eventualiter sei die Sache zur Festsetzung des unbedingt vollziehbaren Teils der Freiheitsstrafe an die Vorinstanz zurückzuweisen (Beschwerde S. 12 ff.).
3.4 Die Vorinstanz hat die günstige Legalprognose des Beschwerdeführers nur für die Zulässigkeit des teilbedingten Vollzuges berücksichtigt, nicht aber bei der Festsetzung der Strafteile. Indem sie für das Verhältnis der Strafteile nur auf die Einzeltatschuld abgestellt hat und die Legalbewährung des Beschwerdeführers unerwähnt liess, hat sie einen wesentlichen Gesichtspunkt ausser Acht gelassen und mithin ihr Ermessen missbraucht. Die Rüge erweist sich demnach als begründet und die Sache ist zur Festsetzung des unbedingt vollziehbaren Teils der Freiheitsstrafe an die Vorinstanz zurückzuweisen.
4. Demgemäss ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen. Im Übrigen ist sie abzuweisen. Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig (<ref-law>). Der Kanton Thurgau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 18. September 2007 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Kanton Thurgau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Mai 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Binz