Sachverhalt:
A. Im Anschluss an die Fusion der Micarna SA und der ehemaligen Optigal SA beantragte der Migros-Genossenschafts-Bund am 23. Dezember 2006 beim Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) in zwölf Teilgesuchen neue Arbeitszeitbewilligungen für die Micarna SA in Courtepin/FR unter einer einheitlichen Betriebsnummer. Das Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) erteilte in der Folge der Micarna SA ohne Zuweisung einer einheitlichen Betriebsnummer insgesamt 17 Arbeitszeitbewilligungen der drei Klassen "Permis de travail de nuit (sans alternance avec un travail de jour) et pour jours fériés" gemäss den Art. 17, 19 und 20 des Arbeitsgesetzes vom 13. März 1964 (ArG; SR 822.11), "Permis de travail de nuit (sans alternance avec un travail de jour) et du dimanche" nach Art. 17 und 19 ArG sowie "Permis de travail de nuit et du dimanche (Service de piquet)" gemäss Art. 14 und 15 der Verordnung 1 vom 10. Mai 2000 zum Arbeitsgesetz (ArGV 1; SR 822.111).
B. Am 15. März 2007 erhob die Gewerkschaft UNIA beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde gegen sämtliche vom Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) ausgestellten Arbeitszeitbewilligungen. In ihrer Beschwerdeantwort vom 20. April 2007 bestritt die Micarna SA unter anderem die Beschwerdebefugnis der Gewerkschaft UNIA, insbesondere weil diese branchenfremd sei. Mit Urteil vom 28. März 2008 bejahte das Bundesverwaltungsgericht die Legitimation der Gewerkschaft UNIA und fällte nachfolgenden Entscheid in der Sache:
B. Am 15. März 2007 erhob die Gewerkschaft UNIA beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde gegen sämtliche vom Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) ausgestellten Arbeitszeitbewilligungen. In ihrer Beschwerdeantwort vom 20. April 2007 bestritt die Micarna SA unter anderem die Beschwerdebefugnis der Gewerkschaft UNIA, insbesondere weil diese branchenfremd sei. Mit Urteil vom 28. März 2008 bejahte das Bundesverwaltungsgericht die Legitimation der Gewerkschaft UNIA und fällte nachfolgenden Entscheid in der Sache:
"1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen.
Die Bewilligungen Nr. 07-9451/100106, 07-9452/100106, 07-9453/100106, 07-9454/100106, 07-0455/100106, 07-0456/100106, 07-9457/100106, 07-9458/100106, 07-9460/100224, 07-9461/100224, 07-9462/100224, 07-9463/100224, 07-9464/100224, 07-9465/100224 und 07-9466/100224 werden in Bezug auf Dauernachtarbeit aufgehoben.
Die Bewilligungen Nr. 07-9452/100106, 07-9457/100106, 07-9458/100106, 07-9460/100224, 07-9464/100224, 07-9465/100224 und 07-9466/100224 werden in Bezug auf regelmässig wiederkehrende Sonntagsarbeit aufgehoben.
Die Bewilligungen Nr. 07-9459/100106 und 07-9467/100224 werden in Bezug auf die Ausdehnung der wöchentlichen Höchstarbeitszeit aufgehoben.
2. Die Aufhebung der Bewilligungen gemäss Ziff. 1 des Dispositivs wird vier Monate nach der Eröffnung dieses Urteils wirksam.
3. Das Rechtsbegehren, wonach die Bewilligungen Nr. 07-9451/100106, 07-9453/100106, 07-9454/100106, 07-0455/100106, 07-0456/100106, 07-9461/100224, 07-9462/100224 und 07-9463/100224 in Bezug auf Feiertagsarbeit aufzuheben seien, wird abgewiesen.
Das Rechtsbegehren, wonach die Bewilligungen Nr. 07-9451/100106, 07-9452/100106, 07-9453/100106, 07-9454/100106, 07-0455/100106, 07-0456/100106, 07-9457/100106, 07-9458/100106, 07-9460/100224, 07-9461/100224, 107-9462/100224, 07-9463/100224, 07-9464/100224, 07-9465/100224 und 07-9466/100224 in Bezug auf die Verlängerung der Höchstarbeitszeit aufzuheben seien, wird abgewiesen.
Das Rechtsbegehren, wonach die Bewilligungen Nr. 07-9459/100106 und 07-9467/100224 bzgl. Pikettdienst insgesamt aufzuheben seien, wird abgewiesen.
4. (Verfahrenskosten) ..."
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 5. Mai 2008 an das Bundesgericht (Verfahren 2C_344/2008) stellt die Micarna SA die folgenden Anträge:
"1. Es sei festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin nicht zur Beschwerde gegen die vom Staatssekretariat für Wirtschaft erteilten Arbeitszeitbewilligungen legitimiert war und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 28. März 2008 sei dementsprechend aufgrund fehlender Prozessvoraussetzungen vollständig aufzuheben.
2. Eventualiter sei in materieller Beurteilung der Sache festzustellen, dass der Beschwerdeführerin Dauernacht- und Sonntagsarbeit zu Recht bewilligt worden sind und deshalb Ziffer 1 des Dispositivs des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts betreffend die Bewilligungen für Dauernacht- (Bewilligungen Nr. ...) und Sonntagsarbeit (Bewilligungen Nr. ...) sowie Ziffer 4 des Dispositivs des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts betreffend die Kostenauflage zulasten der Beschwerdeführerin aufzuheben ist.
..."
Die Gewerkschaft UNIA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) und das Bundesverwaltungsgericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
D. Ebenfalls am 5. Mai 2008 erhob auch die Gewerkschaft UNIA Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht (Verfahren 2C_345/2008) mit den folgenden Rechtsbegehren:
"1. Es sei Ziffer 3 Absatz 2 des Dispositivs vom Urteil vom 28. März 2008 aufzuheben.
2. Die vom seco erteilten Bewilligungen Nr. 07-9451/100106, Nr. 07-9452/100106, Nr. 07-9453/100106, Nr. 07-9454/100106; Nr. 07-0455/100106, Nr. 07-0456/100106; Nr. 07-9457/100106, Nr. 07-9458/100106; Nr. 07-9460/100224, Nr. 07-9461/100224; Nr. 07-9462/100224, Nr. 07-9463/100224; Nr. 07-9464/100224; Nr. 07-9465/100224 und Nr. 07-9466/100224, seien in Bezug auf die Verlängerung der Höchstarbeitszeit aufzuheben.
..."
Die Micarna SA stellt den Antrag, auf die Beschwerde der Gewerkschaft UNIA nicht einzutreten; eventuell sei die Beschwerde abzuweisen. Das Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) und das Bundesverwaltungsgericht haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. In den zwei bundesgerichtlichen Verfahren stehen sich dieselben Parteien mit vertauschten Rollen gegenüber. Inhaltlich stehen die beiden Verfahren in engem Zusammenhang. Es rechtfertigt sich daher, die getrennt eröffneten Verfahren 2C_344/2008 und 2C_345/2008 zu vereinigen und über die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu entscheiden (vgl. Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 24 BZP; <ref-ruling> E. 1 S. 194 mit Hinweisen).
2. 2.1 Angefochten ist ein Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts in Anwendung öffentlich-rechtlicher Bestimmungen des Arbeitsgesetzes des Bundes. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Ein Ausnahmetatbestand gemäss Art. 83 BGG liegt nicht vor. Die beiden Beschwerden erweisen sich insoweit als grundsätzlich zulässig.
2.2 Die Micarna SA ist direkte Adressatin des angefochtenen Entscheides und als Arbeitgeberin - und Tochtergesellschaft des ursprünglich gesuchstellenden Migros-Genossenschafts-Bundes - vom Urteil des Bundesverwaltungsgerichts über die strittigen Arbeitszeitbewilligungen direkt betroffen und daher zur Beschwerde legitimiert (vgl. Art. 89 Abs. 1 BGG). Ob dies auch, in Anwendung von Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG, für die Gewerkschaft UNIA zutrifft, ist umstritten. Die analoge Frage der Beschwerdeberechtigung der Gewerkschaft vor der Vorinstanz bildet jedoch Gegenstand der Beschwerde der Micarna SA und ist bei der materiellen Behandlung derselben vertieft zu prüfen (vgl. E. 3).
2.3 Die Beschwerde der Gewerkschaft UNIA steht unter dem Vorbehalt, dass diejenige der Micarna SA gutgeheissen würde.
2.3.1 In der Beschwerdebegründung wird dazu wörtlich ausgeführt:
"Sollte das Bundesgericht die von der Micarna SA ... bereits im Vorfeld angekündigte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten in Sachen Dauernachtarbeit gutheissen, müssten die Arbeitnehmenden dieser Betriebsteile fortan bis zu 49 Stunden auch im Fall von Dauernachtarbeit ohne Wechsel mit Tagesarbeit arbeiten. Wie bereits im Rahmen der vorinstanzlichen Eingaben mehrfach festgehalten, ist eine Erhöhung der Höchstarbeitszeit bei Dauernachtarbeit nicht statthaft. ... Zusammenfassend kann festgehalten werden, dass die Voraussetzungen für die Verlängerung der Höchstarbeitszeit bei dauernder Nachtarbeit ohne Wechsel mit Tagesarbeit nicht erfüllt sind ...".
2.3.2 Die Beschwerde der Gewerkschaft UNIA hängt damit vom Entscheid des Bundesgerichts über die Beschwerde der Micarna SA, insbesondere über die Frage der Zulässigkeit der strittigen Befreiung vom Schichtwechselsystem (dazu E. 4), ab. Dabei kommt ihr insoweit der Charakter einer bedingten Beschwerde bzw. derjenige einer Art vorzeitig erhobener Anschlussbeschwerde zu, was im Bundesgerichtsgesetz nicht vorgesehen ist. Das Bundesgericht hat dazu, insbesondere mit Blick auf die Gewährleistung klarer Verhältnisse und der prozessualen Lauterkeit, entschieden, die Erhebung einer Beschwerde an das Bundesgericht unter der Bedingung, dass auch die Gegenpartei Beschwerde einreicht, sei unzulässig; dieser Entscheid stützt sich auf einen entsprechenden Beschluss der Vereinigung aller Abteilungen des Bundesgerichts gemäss Art. 23 BGG (vgl. <ref-ruling>).
2.3.3 Auch nach allgemeinen prozessualen Grundsätzen gilt die bedingte Anfechtung eines Entscheides nur im Ausnahmefall als erlaubt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 333 f.; <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1 S. 352 f.; Urteil des Bundesgerichts 4P.289/1998 vom 23. März 1999 E. 4b/aa). Vorliegend erscheint immerhin fraglich, ob es der Gewerkschaft UNIA überhaupt möglich wäre, ihr Anliegen vorzutragen, wenn sie nicht selbst vorsorglich Beschwerde führen würde. Die gemäss Ziff. 3 des Dispositivs des angefochtenen Entscheids betreffend die Verlängerung über die Höchstarbeitszeit geschützten Bewilligungen wurden von der Micarna SA nicht angefochten, die insofern auch gar nicht beschwert ist. Unter der Voraussetzung, dass es beim Entscheid der Vorinstanz über die Dauernachtarbeit bleibt, erachtet offenbar auch die Gewerkschaft UNIA das angefochtene Urteil nunmehr als bundesrechtskonform; sie ist daher durch das angefochtene Urteil ebenfalls nicht beschwert, da die Frage des Schichtwechsels bei Dauernachtarbeit in ihrem Sinne entschieden wurde. Nach ihrer Auffassung würde hingegen die getroffene Regelung über die Höchstarbeitszeit bei Gutheissung des Antrags der Micarna SA betreffend die Dauernachtarbeit bzw. über die Befreiung vom Schichtwechselzwang bundesrechtswidrig. Ob es genügt, die Abweisung der Beschwerde zu beantragen und in der Vernehmlassung darauf hinzuweisen, ist fraglich. Wäre der angefochtene Entscheid hinsichtlich des Schichtwechselzwanges bundesrechtswidrig, müsste er insoweit aufgehoben werden, woraus sich hinsichtlich der Regelung der Höchstarbeitszeit ein neuer Verstoss gegen das Bundesrecht ergeben könnte, der sich nur durch eine entsprechende zusätzliche Anpassung des Urteils vermeiden liesse. Dies wäre aber nur möglich, wenn das Urteil auch in diesem zweiten Punkt nicht rechtskräftig würde, was einzig eine vorsorgliche Beschwerde der Gewerkschaft UNIA bewirken könnte. Weder würde dadurch die Lauterkeit des Verfahrens in Frage gestellt, noch sähe sich das Bundesgericht unklaren Verhältnissen gegenüber. Streng genommen handelt es sich um zwei verschiedene Streitgegenstände, deren rechtliche Behandlung inhaltlich teilweise voneinander abhängt. Wie es sich damit verhält, kann letztlich aber offen bleiben, da der angefochtene Entscheid zu schützen ist, womit die Grundlage für die Beschwerde der Gewerkschaft UNIA so oder so dahinfällt (vgl. E. 6.1).
2.4 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
3. 3.1 Die Gewerkschaft UNIA stützt ihre Beschwerdelegitimation vor dem Bundesverwaltungsgericht nicht auf die allgemeine Bestimmung über die Beschwerdebefugnis nach Art. 48 Abs. 1 VwVG, sondern auf die besondere Bestimmung über die Verbandsbeschwerde gemäss Art. 48 Abs. 2 VwVG. Danach sind jene Personen, Organisationen und Behörden zur Beschwerde berechtigt, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt. Es handelt sich um die so genannte ideelle Verbandsbeschwerde, da die Beschwerdeberechtigten kein selbständiges persönliches Interesse, sondern öffentliche Interessen vertreten. Die Beschwerdelegitimation richtet sich dabei nach den spezialgesetzlichen Voraussetzungen (vgl. ISABELLE HÄNER, in: Auer/Müller/Schindler, VwVG, Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zürich/St. Gallen 2008, N. 27 ff. Zu Art. 48 VwVG; ANDRÉ MOSER/MICHAEL BEUSCH/LORENZ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basel 2008, Rz. 2.84 ff.).
3.2 Eine solche spezialgesetzliche Grundlage findet sich in Art. 58 ArG (Häner, a.a.O., N. 32; Moser/Beusch/Kneubühler, a.a.O., Rz. 2.86). Danach sind zur Beschwerde gegen Verfügungen der kantonalen Behörden und der Bundesbehörden auch die Verbände der beteiligten Arbeitgeber und Arbeitnehmer berechtigt. Dabei kommt es insbesondere nicht darauf an, ob die betroffenen Arbeitnehmer oder einzelne von ihnen Verbandsmitglieder sind oder selbst ein Interesse an der Beschwerdeführung bekunden (vgl. <ref-ruling> E. 2b/aa S. 378; <ref-ruling> E. 1a S. 271 und 284 E. 1b S. 286; <ref-ruling> E. 1 S. 346; Benoît Bovay, in: Thomas Geiser/Adrian von Kaenel/Rémy Wyler, Arbeitsgesetz, Bern 2005, N. 2 zu Art. 58 ArG). Hingegen ist Voraussetzung, dass der beschwerdeführende Verband die Verteidigung beruflicher, wirtschaftlicher, sozialer oder kultureller Interessen seiner Mitglieder bezweckt (Urteil des Bundesgerichts 2A.578/1999 vom 5. Mai 2000 E. 1b). In der Rechtsprechung wurde auch verschiedentlich darauf abgestellt, ob der beschwerdeführende Verband die Interessen der Arbeitnehmer im von der Verfügung betroffenen Sektor oder der betroffenen Branche verfolgt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1a S. 271 und 284 E. 1b S. 286; <ref-ruling> E. 1 S. 346; Urteile des Bundesgerichts 2A.16/1998 vom 24. November 1998 E. 1c in RDAT 1999 I Nr. 68 S. 268 und 2A.224/1991 vom 31. August 1992 E. 2; Roland A. Müller, Arbeitsgesetz mit ergänzenden Verordnungen, Zürich 2001, Art. 58 ArG).
3.3 Diese Rechtsprechung schliesst aus, dass ein in einer bestimmten Branche tätiger und einzig darauf fokussierter Verband in anderen Gewerbe- und Industriezweigen aktiv wird und Beschwerde führt, sich also sozusagen in fremde Rechtsstreitigkeiten einmischt. Die Praxis stammt allerdings aus einer Zeit, in der die Sozialpartner noch viel strenger branchenmässig organisiert waren als heute. Wie die Gewerkschaft UNIA nachzeichnet, fand in den letzten Jahren namentlich auf Seiten der Arbeitnehmerverbände eine gewisse Neu- und Umstrukturierung statt, die zu grösseren und branchenübergreifenden Verbänden führten. In ähnlicher Weise schlossen sich auch einzelne Arbeitgeberverbände zu grösseren Einheiten zusammen. Diese Entwicklung lässt sich nicht nur im Ausland, sondern spezifisch auch in der Schweiz feststellen. Dadurch wird der Anwendungsbereich der bisherigen Rechtsprechung zwar nicht völlig aufgehoben, aber doch erheblich eingeschränkt. Sie erscheint nur noch sinnvoll bei Arbeitnehmer- oder Arbeitgeberverbänden, die ihre Aktivitäten bewusst auf eine genau bestimmbare Branche beschränken, nicht aber bei solchen, die nach ihrer Zwecksetzung branchenübergreifende Interessen verfolgen, entsprechend aktiv sind und über Mitglieder aus verschiedenen Wirtschaftszweigen verfügen. Die Beschwerdelegitimation ist denn auch nicht dem grössten oder dem allenfalls einzig als Sozialpartner in einem bestimmten Betrieb auftretenden Verband einer Branche vorbehalten, sondern allen Verbänden, die im fraglichen Wirtschaftszweig massgebliche Interessen vertreten.
3.4 Die Gewerkschaft UNIA bezweckt insbesondere die Verfolgung der beruflichen, wirtschaftlichen und sozialen Interessen ihrer Mitglieder und erfüllt insoweit die Voraussetzung der Beschwerdelegitimation. Die Micarna SA erachtet die Gewerkschaft UNIA jedoch als branchenfremd; Arbeitnehmerverband in der Fleischbranche sei der Metzgereipersonal-Verband der Schweiz, der auch Sozialpartner der Micarna SA sei und in dem die Mehrheit der gewerkschaftlich organisierten Arbeitnehmer der Micarna SA die Mitgliedschaft innehabe. Dieser Verband, der mithin in erster Linie die Arbeitnehmer der Micarna SA vertrete, habe die umstrittenen Arbeitszeitbewilligungen gerade nicht angefochten. Die hier beschwerdeführende Gewerkschaft UNIA ist indessen ein Beispiel eines Arbeitnehmerverbands neuerer Prägung, der nicht mehr nur in einer einzelnen oder ein paar wenigen, klar definierten Branchen tätig ist, sondern praktisch flächendeckend in allen oder jedenfalls in einer Vielzahl von Wirtschaftszweigen aktiv wird. So ist sie nach den verbindlichen und insofern unbestrittenen Feststellungen der Vorinstanz auch Sozialpartnerin bei verschiedenen Gesamtarbeitsverträgen der Lebens- und Genussmittelindustrie. Überdies verfügt sie über eine bestimmte, wenn auch gemessen an der Gesamtheit ihrer Mitglieder nicht allzu grosse Zahl von Mitgliedern, die in der hier interessierenden Fleischverarbeitungsindustrie erwerbstätig sind. Weder ist es möglich und sinnvoll, wie das Bundesverwaltungsgericht zu Recht festhält, den Tätigkeitsbereich der Micarna SA (Fleischproduktion und -verarbeitung) in Abgrenzung vom übrigen Detailhandel als in sich geschlossene Branche zu behandeln, noch schlösse dies die Gewerkschaft UNIA definitiv von der Beschwerdelegitimation aus. Als branchenübergreifender Arbeitnehmerverband vertritt sie auch die Interessen der Arbeitnehmer im hier fraglichen Wirtschaftszweig. Sie ist überdies Sozialpartnerin der grössten Detailhandelskonkurrentin der Muttergesellschaft der Micarna SA. Schliesslich ist insoweit auch nicht entscheidend, dass der Metzgereipersonal-Verband der Schweiz konkret Sozialpartner der Micarna SA ist und die Mehrheit der gewerkschaftlich organisierten Arbeitnehmer der Micarna SA bei dieser Gewerkschaft Mitglieder sind, verfügt doch auch die Gewerkschaft UNIA über brancheneigene Mitglieder.
3.5 Der angefochtene Entscheid verletzt somit Bundesrecht nicht, indem er der Gewerkschaft UNIA die Beschwerdebefugnis zuspricht. Zugleich ergibt sich daraus, dass die Gewerkschaft UNIA gestützt auf Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG in analoger Anwendung der vor dem Bundesverwaltungsgericht geltenden Grundsätze auf das vorliegende Verfahren auch zur Beschwerdeführung vor dem Bundesgericht legitimiert ist (vgl. E. 2.3).
4. 4.1 Die Vorinstanz hat die vom Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) erteilten Bewilligungen unter anderem insoweit aufgehoben, als sie sich auf die Gewährung von Dauernachtarbeit bezogen, insbesondere weil sie gegen das gesetzlich als Regelfall vorgesehene Wechselschichtsystem verstossen würden. Die Micarna SA hält dies für bundesrechtswidrig.
4.2 Nach Art. 10 Abs. 1 ArG gilt die Arbeit von 6 Uhr bis 20 Uhr als Tagesarbeit und die Arbeit von 20 Uhr bis 23 Uhr als Abendarbeit. Beides ist bewilligungsfrei. Untersagt ist hingegen die Beschäftigung von Arbeitnehmern ausserhalb der betrieblichen Tages- und Abendarbeit (Nachtarbeit; Art. 16 ArG). Ausnahmen vom Verbot der Nachtarbeit bedürfen der Bewilligung (Art. 17 Abs. 1 ArG). Insbesondere setzt die Bewilligung dauernder Nachtarbeit deren Unentbehrlichkeit aus technischen oder wirtschaftlichen Gründen voraus (Art. 17 Abs. 2 ArG), wobei Art. 28 Abs. 2 ArGV 1 diesen Kriterien dasjenige der besonderen Konsumbedürfnisse gleichsetzt (JEAN-FRITZ STÖCKLI/DANIEL SOLTERMANN, in: Geiser/von Kaenel/Wyler, a.a.O., N. 4 zu Art. 17 ArG). Gemäss Art. 28 Abs. 4 ArGV 1 braucht die technische oder wirtschaftliche Unentbehrlichkeit nicht besonders nachgewiesen zu werden, sofern ein Bewilligungsgesuch für Nachtarbeit Arbeiten betrifft, die im Anhang zur ArGV 1 aufgeführt sind. Fleischverarbeitende Betriebe sind in diesem Anhang allerdings nicht erwähnt. Hingegen sind solche Betriebe nach Art. 27a in Verbindung mit Art. 4 der Verordnung 2 vom 10. Mai 2000 zum Arbeitsgesetz (ArGV 2; SR 822.112) an zwei Tagen pro Woche ab 2 Uhr und an den übrigen Tagen ab 4 Uhr sowie für den Sonntag ab 17 Uhr von der Bewilligungspflicht befreit; als fleischverarbeitende Betriebe gelten solche Betriebe, die überwiegend Fleisch gewinnen, verarbeiten, veredeln und Fleischerzeugnisse herstellen. Gemäss Art. 25 Abs. 1 ArG ist die Arbeitszeit so einzuteilen, dass der einzelne Arbeitnehmer nicht länger als während sechs aufeinander folgenden Wochen die gleiche Schicht zu leisten hat. Wenn die Arbeitnehmer einverstanden sind und die im Verordnungsrecht festgelegten entsprechenden Bedingungen und Auflagen eingehalten werden, kann die Dauer von sechs Wochen verlängert oder aber es kann auf den Wechsel ganz verzichtet werden (Art. 25 Abs. 3 ArG). Die entsprechenden Voraussetzungen sind in Art. 30 ArGV 1 geregelt.
4.3 Das Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) erteilte der Micarna SA die Bewilligungen für Dauernachtarbeit ohne Wechsel mit Tagesarbeit für mehr als zwölf Wochen in Folge. Damit sind insbesondere die Voraussetzungen von Art. 30 ArGV 1 einzuhalten. Danach muss die entsprechende Nachtarbeit aus betrieblichen Gründen unentbehrlich sein (Art. 30 Abs. 2 lit. b ArGV 1), der Arbeitnehmer muss dazu sein Einverständnis erklären (Art. 30 Abs. 2 lit. c ArGV 1) und es müssen die Voraussetzungen nach Art. 29 Abs. 1 lit. a-d ArGV 1 erfüllt sein (Art. 30 Abs. 2 lit. a ArGV 1). Diese Bestimmung verlangt, dass für den Arbeitnehmer keine erhöhten Risiken bezüglich chemischer, biologischer und physikalischer Einwirkungen bestehen (lit. a), keine ausserordentlichen physischen, psychischen und mentalen Belastungen vorliegen (lit. b), die Arbeitsorganisation die Erhaltung der Leistungsfähigkeit des Arbeitnehmers gewährt und Gefahrensituationen vermeidet (lit. c) und die Eignung des Arbeitnehmers in einer medizinischen Untersuchung festgestellt worden ist (lit. d).
4.4 Das Arbeitsgesetz dient dem Arbeitnehmerschutz (vgl. Art. 110 Abs. 1 lit. a BV), insbesondere in gesundheitlicher und sozialer Hinsicht (vgl. THOMAS GÄCHTER, Arbeitsschutz, Arbeitsgesetz und beigeordnete Erlasse, in: Poledna/Kieser [Hrsg.], Gesundheitsrecht, Basel 2005, Rz. 14 ff.; DANIEL SOLTERMANN, Die Nacht aus arbeitsrechtlicher Sicht, Bern 2004, S. 49 ff.). Die Bestimmungen über die Nachtarbeit und die Dauernachtarbeit bezwecken mithin in erster Linie, Gesundheitsstörungen und übermässige Belastungen des familiären und sozialen Lebens beim Arbeitnehmer zu vermeiden (JEAN-FRITZ STÖCKLI/ DANIEL SOLTERMANN, in: Geiser/von Kaenel/Wyler, a.a.O., N. 3 zu Art. 16 ArG). Die grundsätzliche Schädlichkeit der Nachtarbeit ist im Übrigen wissenschaftlich ausgewiesen (vgl. SOLTERMANN, a.a.O., S. 50 ff.).
4.5 Strittig ist unter den Verfahrensbeteiligten die betriebliche Unentbehrlichkeit der Nachtarbeit ohne Schichtwechsel gemäss Art. 30 Abs. 2 lit. b ArGV 1. Die Micarna SA steht auf dem Standpunkt, es komme vorwiegend auf die freiwillige Bereitschaft der Arbeitnehmer zur Leistung von Nachtarbeit ohne Schichtwechsel an. Dabei verkennt sie, dass das Arbeitsgesetz für Nachtarbeit das Einverständnis der Arbeitnehmer zwar voraussetzt, nicht aber einzig davon abhängig macht. Eine wechselfreie Nachtarbeit wird von den geltenden bundesrechtlichen Bestimmungen als unverträglichste Form der Nachtarbeit behandelt, weshalb sie auch strengen Ausnahmevoraussetzungen unterworfen ist (JEAN-FRITZ STÖCKLI/DANIEL SOLTERMANN, in: Geiser/von Kaenel/Wyler, a.a.O., N. 10 zu Art. 17 ArG). Kürzere Rhythmuswechsel gelten grundsätzlich als verträglicher als längere (SOLTERMANN, a.a.O., S. 61). Zwar wird von neueren Studien in Frage gestellt, ob sich der Zwang zum Rhythmuswechsel auch bei freiwilliger Nachtarbeit ohne Schichtwechsel rechtfertigt. Das ändert aber nichts daran, dass das Gesetz weiterhin den Vorrang des Wechselsystems vorschreibt (vgl. SOLTERMANN, a.a.O., S. 68). Dabei soll insbesondere das Einverständnis des Arbeitnehmers, das unter Umständen entgegen dessen innerer Überzeugung erwirkt werden kann, nicht allein eine Befreiung vom Wechselschichtzwang rechtfertigen können. Im Übrigen handelt es sich bei der Micarna SA um einen fleischverarbeitenden Betrieb gemäss Art. 27a Abs. 2 ArGV 2. Ihren besonderen Bedürfnissen wird grundsätzlich bereits mit der speziellen Regelung dieser Bestimmung, namentlich mit der Befreiung der teilweisen Nachtarbeit vom Bewilligungserfordernis (vgl. Art. 4 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 27a Abs. 1 ArGV 2), Rechnung getragen. Es besteht daher auch aus diesem Grund kein Anlass, die Anforderungen an die Zulässigkeit der Nachtarbeit und insbesondere an die Befreiung vom Schichtwechsel zurückzunehmen. Der Schutz der Arbeitnehmer wäre erheblich eingeschränkt, wenn davon durch individuelle oder allenfalls kollektive Zustimmung jederzeit abgewichen werden könnte, zumal die einzelnen Arbeitnehmer unter Umständen einem erheblichen Druck von Seiten des Arbeitgebers oder allenfalls der Gruppe der übrigen Arbeitnehmer ausgesetzt sein könnten. Sämtliche Voraussetzungen für eine Abweichung von der grundsätzlichen Erforderlichkeit eines Schichtwechselsystems müssen daher vorliegen, was aus objektiver Sicht zu prüfen ist.
4.6 Die insoweit von der Micarna SA angerufenen wirtschaftlichen Gründe überzeugen nicht. Selbst wenn vom Bedarf der dauernden Nachtarbeit an sich ausgegangen werden kann, dispensiert dies nicht von der Voraussetzung der Unentbehrlichkeit des Verzichts auf den Schichtwechsel. Wenn die Vorinstanz dazu festhält, die Beschwerdeführerin habe die erforderliche betriebliche Unentbehrlichkeit nicht belegt, ist dies nicht zu beanstanden. Die dem Bundesgericht vorgetragenen entsprechenden Argumente, so sie nicht bereits als neue Vorbringen unzulässig sind (vgl. E. 2.4), erweisen sich als zu allgemein und sind nicht geeignet, die Beurteilung des konkreten Falles als unzutreffend erscheinen zu lassen. Insbesondere genügt die nicht weiter belegte Behauptung nicht, die Arbeitnehmer seien aus sozialen und familiären Gründen nicht bereit und nicht in der Lage, in einem Wechselschichtsystem zu arbeiten, was seinen Niederschlag im entsprechenden Personalreglement gefunden habe. Dabei handelt es sich nicht um den Nachweis betrieblicher Unentbehrlichkeit, sondern letztlich einzig um den Versuch, angeblich - wenn auch nicht wirklich erstellt - einvernehmlich vom gesetzlichen Grundsatz abzuweichen. Damit würde jedoch der gesetzliche Schutzzweck unterlaufen.
4.7 Der angefochtene Entscheid verletzt somit insoweit Bundesrecht nicht, als er die der Micarna SA erteilten Bewilligungen zur Dauernachtarbeit ohne Schichtwechsel aufhob.
5. 5.1 Das Bundesverwaltungsgericht hat die vom Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) erteilten Bewilligungen sodann insoweit aufgehoben, als sie sich auf die Gewährung von dauernder Sonntagsarbeit bezogen. Die Micarna SA hält auch dies für bundesrechtswidrig.
5.2 Nach Art. 18 Abs. 1 ArG ist die Beschäftigung von Arbeitnehmern in der Zeit zwischen Samstag, 23 Uhr und Sonntag 23 Uhr untersagt. Gemäss Art. 20a ArG sind Feiertage den Sonntagen grundsätzlich rechtlich gleichgestellt; die Vorinstanz hat die beiden Situationen allerdings unterschieden, was nicht strittig ist bzw. von keiner Seite angefochten wurde. Dauernde oder regelmässig wiederkehrende Sonntagsarbeit ist bewilligungspflichtig (Art. 19 Abs. 1 ArG). Deren Bewilligung setzt nebst der Einwilligung des Arbeitnehmers insbesondere voraus, dass sie aus technischen oder wirtschaftlichen Gründen unentbehrlich ist (Art. 19 Abs. 2 ArG). Gleichgestellt sind erneut besondere Konsumbedürfnisse (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 2A.166/2003 vom 7. August 2003 E. 2). Diese Voraussetzungen entsprechen grundsätzlich derjenigen für Nachtarbeit, wobei strengere Anforderungen gelten bei den Erfordernissen der wirtschaftlichen Unentbehrlichkeit und der besonderen Konsumbedürfnisse (JEAN-FRITZ STÖCKLI/DANIEL SOLTERMANN, in: Geiser/von Kaenel/Wyler, a.a.O., N. 2 zu Art. 19 ArG). Nach Art. 19 Abs. 3 ArG wird vorübergehende Sonntagsarbeit bewilligt, sofern ein entsprechendes dringendes Bedürfnis nachgewiesen ist. Gemäss Art. 28 Abs. 2 ArGV 1 liegt wirtschaftliche Unentbehrlichkeit vor, wenn die Unterbrechung eines Arbeitsverfahrens und dessen Wiederingangsetzung hohe Zusatzkosten mit einschneidenden Folgen verursachen (lit. a), das angewandte Arbeitsverfahren mit unvermeidlich hohen Investitionskosten verbunden ist (lit. b) oder die Konkurrenzfähigkeit gegenüber Ländern mit vergleichbarem sozialem Standard erheblich beeinträchtigt ist (lit. c; dazu <ref-ruling> E. 6 S. 208 ff.) und sich diese Nachteile nur durch Sonntagsarbeit abwenden lassen. Nach Art. 27a Abs. 1 in Verbindung mit Art. 4 Abs. 2 ArGV 2 können schliesslich fleischverarbeitende Betriebe den Arbeitsbeginn an Sonntagen bewilligungsfrei auf 17 Uhr vorverlegen.
5.3 Obwohl die Voraussetzungen für dauernde Sonntagsarbeit denjenigen für Nachtarbeit weitgehend entsprechen, hat die Vorinstanz deren Vorliegen besonders geprüft und verneint. Auch insoweit ist zu berücksichtigen, dass für die Micarna SA als fleischverarbeitenden Betrieb eine Sonderregelung gilt, die ihr ohne Bewilligungsvorbehalt die Arbeit an Sonntagen jeweils von 17 Uhr an erlaubt. Das Bundesverwaltungsgericht hielt dazu fest, es sei nicht belegt, dass ein dringendes Bedürfnis insbesondere wirtschaftlicher Natur für darüber hinausgehende dauernde Sonntagsarbeit bestehe. Einzelnen besonderen Bedürfnissen an speziellen Anlässen könne durch die Bewilligung von vorübergehender Sonntagsarbeit Rechnung getragen werden. Auch diese Einschätzung ist nachvollziehbar und nicht zu beanstanden. Was die Micarna SA dagegen vor Bundesgericht vorträgt, vermag die massgebliche Unentbehrlichkeit einer Ausnahme erneut nicht zu belegen. Blosse Zweckmässigkeit genügt für ein Abweichen vom Sonntagsarbeitsverbot nicht (<ref-ruling> E. 6.3 S. 208 f.). Zwar trifft sicherlich zu, dass der Fleischkonsum in den letzten Jahren zugenommen hat, dass die Micarna SA einen Grossteil der erheblichen Fleischprodukte ihrer Muttergesellschaft sicherstellen und rechtzeitig liefern muss und die Anforderungen an die hygienische Verarbeitung hoch sind. Die diesbezüglichen Ausführungen in der Beschwerdeschrift sind aber erneut zu allgemein, um konkret zu begründen, weshalb Sonntagsarbeit über das bereits zulässige Mass hinaus unerlässlich sein soll. Die entsprechenden betrieblichen Vorkehren lassen sich auch im Rahmen der vom Bundesrecht gestatteten ordentlichen Sonntagsarbeit treffen, wobei es der Micarna SA - wie von der Vorinstanz zu Recht festgehalten wurde - unbenommen bleibt, bei speziellem Bedarf um vorübergehende Sonntagsarbeit zu ersuchen.
5.4 Damit erweist sich der angefochtene Entscheid auch insoweit als bundesrechtskonform, als er die Bewilligungen zu dauernder Sonntagsarbeit aufhob.
6. 6.1 Die Beschwerde der Micarna SA ist unbegründet und abzuweisen. Dies führt zugleich dazu, dass der Beschwerde der Gewerkschaft UNIA die Grundlage entzogen wird, weshalb darauf selbst dann, wenn die vorsorgliche Einreichung der Beschwerde als zulässig erachtet würde, nicht eingetreten werden kann (vgl. E. 2.3).
6.2 Bei diesem Verfahrensausgang unterliegen die beiden Beschwerdeführerinnen je mit ihren Beschwerden und haben die Verfahrenskosten von insgesamt Fr. 8'000.-- je zur Hälfte zu tragen (vgl. Art. 65 und 66 BGG). Parteientschädigungen sind den nicht anwaltlich vertretenen Parteien praxisgemäss nicht zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_344/2008 und 2C_345/2008 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde der Micarna SA im Verfahren 2C_344/2008 wird abgewiesen.
3. Auf die Beschwerde der Gewerkschaft UNIA im Verfahren 2C_345/2008 wird nicht eingetreten.
4. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 8'000.-- werden je zur Hälfte, d.h. je zu Fr. 4'000.--, der Micarna SA und der Gewerkschaft UNIA auferlegt.
5. Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Uebersax