Fatti:
A. Sul Bollettino ufficiale delle leggi e degli atti esecutivi del Cantone Ticino n. 28 del 3 luglio 2012 sono state pubblicate alcune modifiche del regolamento della scuola dell'infanzia e sulla scuola elementare del 3 luglio 1996 emanato dal Consiglio di Stato (RL/TI 5.1.5.2). Esse riguardavano anche il Servizio di sostegno pedagogico. È in particolare stato abrogato l'art. 85, il quale, sotto il titolo marginale "Onere di lavoro", stabiliva:
1 L'orario settimanale d'insegnamento dei docenti di sostegno pedagogico, dei logopedisti e degli psicomotricisti corrisponde a quello dei docenti di scuola elementare.
2 Essi sono tenuti ad essere presenti in sede almeno un quarto d'ora prima dell'inizio delle lezioni del mattino e del pomeriggio.
3 I colloqui e i contatti con altre istanze, la redazione di rapporti e le attività amministrative sono da programmare al di fuori dell'orario settimanale d'insegnamento.
4 I logopedisti e gli psicomotricisti continuano l'attività rieducativa con gli allievi nelle due settimane dopo la chiusura dell'anno scolastico e nelle due settimane prima dell'apertura, compatibilmente con la disponibilità delle famiglie.
5 L'onere di lavoro dei capigruppi è quello previsto per gli impiegati dello Stato.
Il vecchio art. 85 è stato sostituito dall'art. 85a, con il nuovo titolo marginale "Onere di lavoro dei capigruppo, dei logopedisti e degli psicomotricisti"; esso prevede quanto segue:
1 L'onere di lavoro dei capigruppo è quello previsto per gli impiegati dello Stato.
2 L'onere di lavoro dei logopedisti e degli psicomotricisti è quello previsto dall'art. 79b della legge sull'ordinamento degli impiegati dello Stato e dei docenti del 15 marzo 1995.
La nuova regolamentazione è entrata in vigore il 1° agosto 2012. Dal medesimo giorno vige anche il nuovo art. 79b della succitata legge sull'ordinamento degli impiegati dello Stato e dei docenti del 15 marzo 1995 (LORD; RL/TI 2.5.4.1), introdotto con modifica legislativa pubblicata sul Bollettino ufficiale delle leggi e degli atti esecutivi n. 29 del 6 luglio 2012. Sotto il titolo marginale "Onere di lavoro degli operatori specializzati" esso prescrive:
1 L'onere di lavoro degli operatori specializzati è stabilito come segue:
a) 42 ore settimanali;
b) vacanze durante l'anno scolastico secondo il calendario emanato dal Dipartimento;
c) vacanze estive dal 1° luglio al 15 agosto;
2 Il Consiglio di Stato può attribuire questo onere di lavoro ad altri operatori che svolgono la loro attività nella scuola nell'ambito della pedagogia speciale e del disadattamento.
B. Con ricorso in materia di diritto pubblico del 3 settembre 2012 trenta logopediste e psicomotriciste alle dipendenze del Cantone insorgono davanti al Tribunale federale contro l'abrogazione dell'art. 85 e l'introduzione del nuovo art. 85a cpv. 2 del regolamento della scuola dell'infanzia e sulla scuola elementare (in seguito: regolamento impugnato o contestato). Le ricorrenti invocano l'<ref-law>; ritengono che il cambiamento crei una disparità di trattamento in merito all'onere di lavoro e alle vacanze all'interno del Servizio di sostegno pedagogico della scuola dell'infanzia e della scuola elementare, favorendo i docenti di sostegno pedagogico a scapito di logopedisti e psicomotricisti. Il Consiglio di Stato propone di respingere il ricorso.
Le parti confermano le loro posizioni con replica e duplica.

Diritto:
1. Il regolamento contestato è un atto normativo cantonale di carattere generale e astratto, che si applica a una cerchia indeterminata di persone. Dal momento che il diritto ticinese non prevede rimedi specifici, contro di esso è ammissibile il ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 lett. b nonché 87 cpv. 1 LTF; sentenza 2C_204/2010 del 24 novembre 2011, consid. 1.2).
La modifica del regolamento è stata pubblicata sul Bollettino ufficiale delle leggi e degli atti esecutivi del Cantone Ticino n. 28 del 3 luglio 2012 in conformità con l'art. 85 della legge sul Gran Consiglio e sui rapporti con il Consiglio di Stato del 17 dicembre 2002 (RL/TI 2.4.1.1). Tenuto conto delle ferie giudiziarie (<ref-law>) il ricorso, depositato il 3 settembre 2012, è tempestivo (<ref-law>).
Le ricorrenti, logopediste (n.1-25) o psicomotriciste (n. 26-30) nominate o incaricate presso il Servizio di sostegno pedagogico, sono toccate dal regolamento contestato e legittimate a ricorrere in forza dell'art. 89 cpv. 1 lett. b/c LTF.
2. Le ricorrenti si prevalgono della violazione del diritto federale, in particolare del principio della parità di trattamento istituito dall'<ref-law> La censura è proponibile (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 447 seg.).
La motivazione sottostà alle esigenze usuali, anche se a essere impugnato è un atto normativo (<ref-ruling> consid. 5.2 pag. 30 seg.). Il Tribunale federale non vaglia tutte le questioni giuridiche che si pongono, come farebbe un'autorità di prima istanza, ma esamina soltanto gli argomenti che gli sono sottoposti correttamente (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 104 seg.). Occorre perciò spiegare perché l'atto impugnato viola il diritto (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF). Le esigenze sono più severe quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali: in questo caso l'<ref-law> esige che il ricorrente indichi quali siano i diritti costituzionali lesi e spieghi in modo chiaro e circostanziato in cosa consista tale violazione, analogamente a quanto imponeva l'art. 90 cpv. 1 lett. b OG per il ricorso di diritto pubblico (<ref-ruling> consid. 2.4 e 2.5 pag. 313 seg.; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246).
3. Un atto normativo lede il principio di uguaglianza sancito dall'<ref-law> se a fronte di situazioni uguali opera distinzioni giuridiche su aspetti rilevanti non giustificate da motivi ragionevoli, oppure se sottopone a regime identico situazioni che presentano differenze tali da rendere necessario un trattamento diverso (<ref-ruling> consid. 9 pag. 43). Le situazioni paragonate, nella prima ipotesi, non devono essere necessariamente identiche sotto ogni aspetto; deve però esservi similitudine nei fatti pertinenti per la decisione da prendere (<ref-ruling> consid. 2b pag. 128).
Entro i limiti dell'arbitrio il legislatore dispone di un ampio potere discrezionale, nel quale il Tribunale federale interferisce con riserbo. Ciò vale in modo particolare nell'ambito dell'organizzazione e della retribuzione dell'impiego pubblico. In questo settore occorre analizzare il sistema nel suo insieme, perché il raffronto e l'intervento limitati ad alcune funzioni rischiano di creare altre disuguaglianze (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 163; <ref-ruling> consid. 6b pag. 8).
Il Tribunale federale esamina, facendo capo alle regole di interpretazione riconosciute, se alla norma interessata possa essere attribuito un senso che la possa fare ritenere compatibile con le garanzie costituzionali invocate. Procede per esame libero e annulla una disposizione cantonale solo se essa non si presta ad alcuna interpretazione conforme al diritto costituzionale o al diritto federale di rango superiore. Occorre considerare la portata dell'ingerenza nel diritto fondamentale, la possibilità di ottenere una sufficiente protezione di questo diritto nel contesto di un successivo controllo puntuale della norma, le circostanze concrete in cui essa va applicata, la possibilità di una correzione come pure gli effetti sulla sicurezza del diritto. La semplice circostanza che in singoli casi la disposizione impugnata possa essere applicata in modo lesivo della Costituzione non conduce di per sé al suo annullamento. Le spiegazioni fornite dalle autorità cantonali riguardo alla sua futura applicazione possono essere prese in considerazione (<ref-ruling> consid. 2 pag. 39; <ref-ruling> consid. 2 pag. 295 e riferimenti).
4. Come detto, per le ricorrenti la nuova regolamentazione dell'onere lavorativo di logopedisti e psicomotricisti è discriminante rispetto a quella dei docenti di sostegno pedagogico. Di conseguenza, in applicazione delle regole giurisprudenziali suesposte, bisogna in primo luogo stabilire se le funzioni siano comparabili. Poche sono tuttavia le allegazioni delle parti a questo proposito. Le ricorrenti danno per scontata la risposta affermativa, asserendo che logopedisti, psicomotricisti e docenti di sostegno svolgono la loro attività negli istituti scolastici e "interagiscono" in collaborazione con gli insegnanti nei gruppi regionali del Servizio di sostegno pedagogico. Il Consiglio di Stato ribatte soltanto che i logopedisti e gli psicomotricisti sono degli "operatori", mentre i docenti di sostegno pedagogico hanno lo "statuto di docenti", ciò che comporta per loro l'obbligo di "conseguire anticipatamente l'abilitazione all'insegnamento".
4.1 Il Servizio di sostegno pedagogico è istituito dall'art. 33 della legge sulla scuola dell'infanzia e sulla scuola elementare del 7 febbraio 1996 (RL/TI 5.1.5.1); il capitolo IV del titolo IX del regolamento qui impugnato (art. 75-90) definisce scopi, funzione, struttura, composizione e competenze. Il Servizio di sostegno pedagogico opera nel campo della prevenzione e della cura del disadattamento scolastico, all'interno della scuola (art. 75), con l'obiettivo di sviluppare le potenzialità e garantire una frequenza scolastica regolare degli allievi con difficoltà di apprendimento (art. 76). Esso è organizzato in gruppi regionali circondariali (art. 78) composti di un capogruppo, di logopedisti, di psicomotricisti e di docenti di sostegno pedagogico (art. 79). Il solo fatto che tutti i componenti di queste unità operative collaborino per il conseguimento del suddetto obiettivo comune, tuttavia, non significa ancora che vi sia similitudine di funzioni ai fini dell'applicazione dell'<ref-law>
4.2 I compiti del logopedista e dello psicomotricista sono definiti all'art. 82 del regolamento impugnato, quelli del docente di sostegno pedagogico all'art. 83. Né le ricorrenti né il Consiglio di Stato fanno riferimento a queste disposizioni. Raffrontandole, sembrerebbe che il docente di sostegno pedagogico collabori in modo più stretto in classe con il docente titolare, sia nell'individuazione del disadattamento e delle sue cause, sia nell'elaborazione di soluzioni e di progetti pedagogici atti a rimediarvi, e assuma quindi un certo ruolo di coordinatore del gruppo. I compiti del logopedista e dello psicomotricista parrebbero invece più mirati, ognuno nell'ambito della propria specializzazione. L'ipotesi sembrerebbe essere avvalorata dal passaggio del messaggio n. 6428 del Consiglio di Stato sulla cantonalizzazione del Servizio di sostegno pedagogico delle scuole comunali, riprodotto nel ricorso, secondo cui i docenti di sostegno operano "all'interno delle sedi scolastiche, durante gli orari di scuola"; i logopedisti e gli psicomotricisti "all'interno dei rispettivi ambulatori, di regola durante gli orari di scuola". Questa diversità nel modo di operare, se sussistesse, potrebbe forse giustificare l'argomentazione del Consiglio di Stato secondo la quale il docente di sostegno, che deve conseguire l'abilitazione all'insegnamento, ha lo statuto dei docenti.
Le scarne allegazioni delle parti sui compiti specifici dei diversi operatori dei gruppi regionali del Servizio di sostegno pedagogico impediscono però al Tribunale federale di effettuare - d'ufficio - un'analisi più approfondita degli art. 82 e 83 del regolamento impugnato (cfr. consid. 2) e di trarne elementi determinanti per valutare la similitudine delle funzioni. La questione può rimanere indecisa, poiché il ricorso si avvera comunque infondato.
5. Per illustrare le disparità delle quali si ritengono vittime le ricorrenti propongono una tabella di raffronto degli oneri settimanali di lavoro e delle vacanze.
5.1 Sul primo aspetto la tabella espone che i logopedisti e gli psicomotricisti hanno un orario settimanale di 42 ore, i docenti di sostegno pedagogico un onere settimanale d'insegnamento di 26 ore e 10 minuti. A mente delle ricorrenti l'impegno di 42 ore a settimana è inadeguato e penalizzante per la loro attività, perché "non permette la necessaria flessibilità e il giusto equilibrio tra l'attività svolta in sede, direttamente con gli allievi e quella svolta fuori sede (preparazione dossier degli allievi, colloqui e contatti con i genitori e con altre istanze, attività amministrative, partecipazione alle iniziative d'istituto, alla formazione continua o alle riunioni del servizio, etc.)". La "spaccatura" che si creerebbe con i docenti di sostegno pedagogico all'interno del gruppo sarebbe inutile, dannosa e pregiudizievole per "l'identità professionale" dei logopedisti e degli psicomotricisti. A mente delle ricorrenti l'assenza di motivi ragionevoli a sostegno della distinzione è attestata anche dai materiali legislativi. Dopo un circostanziato riassunto introduttivo concernente il travaglio legislativo degli ultimi anni teso alla riorganizzazione del Servizio di sostegno pedagogico, in connessione con il progetto più ampio di riforma dell'impiego pubblico, esse spiegano che in un primo tempo si prospettava un cambiamento dell'onere lavorativo di tutti gli operatori, ma per finire si è deciso di rinunciare a modificare lo statuto dei docenti, mantenendo invece senza alcun motivo oggettivo il cambiamento solo per i logopedisti e gli psicomotricisti.
Il Consiglio di Stato risponde che "non paiono esserci differenze rilevanti", poiché per i docenti di sostegno pedagogico vige "un certo onere espresso in ore d'insegnamento nette al di fuori delle quali rimangono dei compiti precisi, mentre gli altri operatori avranno un onere settimanale lordo di 42 ore nel quale sono comprese tutte le mansioni".
5.2 L'argomentazione dello Stato è da ricondurre alla modifica del regolamento concernente l'onere d'insegnamento dei docenti del 20 agosto 1997 (RL/TI 5.1.4.3.3) entrata in vigore, come il regolamento qui impugnato, il 1° agosto 2012 (BU 28/2012 pagg. 292 segg.). Il nuovo art. 1 cpv. 2 lett. b definisce alla cifra 1 l'onere dei docenti titolari delle scuole elementari, che è, come in precedenza, di "26 ore e 10 minuti (compresa la ricreazione) ripartite in 32 lezioni". La cifra 3 stabilisce che "l'onere settimanale d'insegnamento dei docenti di sostegno pedagogico corrisponde a quello dei docenti titolari di scuola elementare", con l'aggiunta che "i colloqui e i contatti con altre istanze, la redazione di rapporti e le attività amministrative sono da programmare al di fuori dell'orario settimanale d'insegnamento".
Le ricorrenti osservano, semplificando, che l'onere lavorativo dei docenti di sostegno pedagogico non ha subito cambiamenti con la "nuova versione entrata in vigore il 1. agosto 2012" della cifra 3 dell'art. 1 cpv. 2 lett. b del regolamento concernente l'onere d'insegnamento dei docenti; non si pronunciano sulla portata della precisazione concernente l'onere di lavoro dei docenti di sostegno al di là dell'orario di scuola nemmeno nella replica, nonostante che il Consiglio di Stato vi faccia espressamente menzione nella risposta proprio per sottolineare il cambiamento rispetto alla regolamentazione previgente. Non considerando il lavoro che i docenti di sostegno pedagogico devono svolgere al di fuori dell'orario settimanale d'insegnamento le ricorrenti trascurano un elemento importante nell'ottica della loro tesi ricorsuale. Potrebbe infatti esservi disparità di trattamento soltanto se l'onere di lavoro di logopedisti e psicomotricisti fosse diverso, senza ragioni valide, da quello complessivo dei docenti di sostegno pedagogico. In assenza di allegazioni delle ricorrenti tale aspetto non può essere approfondito. Questa Corte può soltanto costatare che, opponendo l'onere lavorativo onnicomprensivo di 42 ore settimanali dei logopedisti e degli psicomotricisti alle sole 26 ore e 10 minuti di attività che i docenti di sostegno pedagogico devono svolgere durante l'orario d'insegnamento, senza considerare il lavoro fuori orario scolastico, le ricorrenti propongono un termine di raffronto errato in partenza.
5.3 Ne viene l'infondatezza della censura di disparità di trattamento riferita all'onere settimanale di lavoro prevista per logopedisti e psicomotricisti dall'art. 79b cpv. 1 LORD in relazione con l'art. 85a cpv. 2 del regolamento impugnato.
6. Sul tema delle vacanze le ricorrenti espongono nella loro tabella comparativa che logopedisti e psicomotricisti hanno vacanze secondo il calendario scolastico durante l'anno nonché dal 1° luglio al 15 agosto, mentre le vacanze dei docenti di sostegno corrispondono ai periodi di chiusura degli istituti scolastici, con la possibilità che sia chiesta loro la presenza per riunioni, organizzazione del lavoro, esami o altre necessità, in sede o altrove, due settimane prima dell'inizio e due settimane dopo la fine dell'anno scolastico. Anche in merito alla regolamentazione delle vacanze le ricorrenti lamentano l'assenza di "flessibilità", specialmente per rispetto all'ordinamento precedente, poiché l'attività lavorativa continuerà "fino al 30 giugno e riprenderà il 16 agosto fino all'inizio della scuola e ciò indipendentemente dalla necessità degli allievi e/o delle famiglie".
Nella risposta il Consiglio di Stato obietta che il trattamento è uguale per le due categorie di dipendenti.
6.1 È pacifico che tutti - docenti di sostegno, logopedisti e psicomotricisti - beneficiano durante l'anno delle vacanze stabilite dal calendario scolastico. Controverso è il diritto alle vacanze durante il periodo di chiusura estiva delle scuole, ossia all'incirca da metà giugno a fine agosto (art. 15 cpv. 1 della legge della scuola del 1° febbraio 1990 - RL/TI 5.1.1.1).
Prima della revisione l'art. 85 del regolamento contestato prevedeva che l'attività lavorativa dei logopedisti e degli psicomotricisti continuasse due settimane dopo la chiusura dell'anno scolastico e riprendesse due settimane prima dell'apertura "compatibilmente con la disponibilità delle famiglie". L'art. 85a cpv. 2 rinvia ora i logopedisti e gli psicomotricisti all'art. 79b cpv. 1 lett. c LORD, che fissa le vacanze estive tassativamente dal 1° luglio al 15 agosto. Le ricorrenti ritengono che ciò peggiori la loro posizione rispetto alla regolamentazione precedente. La circostanza non è però di rilievo, perché, essendo in discussione la parità di trattamento, non lo statuto di logopedisti e psicomotricisti in quanto tale, l'eventuale peggioramento potrebbe essere significativo soltanto in contrapposizione al trattamento migliore riservato ai docenti di sostegno.
6.2 La tabella comparativa delle ricorrenti indica che il diritto alle vacanze dei docenti di sostegno pedagogico è retto dall'art. 44 LORD; essi sono perciò parificati ai docenti ordinari. L'art. 44 LORD pone il principio delle vacanze in funzione del calendario scolastico (cpv. 1) e, quanto al periodo estivo, stabilisce che "durante la chiusura degli istituti, ai docenti può essere richiesta la presenza in sede o altrove, due settimane prima dell'inizio dell'anno scolastico e due settimane dopo la fine per riunioni, organizzazione del lavoro, esami, altre necessità dell'istituto, aggiornamento e attività professionali" (cpv. 2).
La disuguaglianza lamentata dalle ricorrenti si situa quindi nelle due settimane tra metà giugno (fine della scuola) e il 1° luglio e nelle altre due tra il 15 agosto e inizio settembre (riapertura dell'anno scolastico). Parrebbe di capire ch'essa consisterebbe - le ricorrenti non lo dicono espressamente - nel fatto che durante queste quattro settimane i logopedisti e gli psicomotricisti devono lavorare mentre ai docenti di sostegno pedagogico "può essere richiesta la presenza" nell'istituto scolastico o fuori per diverse incombenze. Non è però dato di sapere se e in quale misura anche i docenti di sostegno pedagogico siano chiamati a fornire questo onere lavorativo supplementare. Le ricorrenti non si pronunciano affatto sul lavoro estivo a norma dell'art. 44 cpv. 2 LORD né, tanto meno, sostengono che tale attività non sia effettivamente chiesta ai loro colleghi. Le argomentazioni del ricorso sono incentrate piuttosto sugli effetti negativi che la nuova regolamentazione delle vacanze avrebbe sull'organizzazione del lavoro: sulla diminuita "flessibilità" di una presenza obbligatoria che prescinde dai bisogni effettivi della scuola e sulla "spaccatura" che si creerebbe tra gli operatori all'interno dei gruppi di sostegno. E di fronte alla risposta dello Stato, secondo cui "l'estate è trattata in maniera paritaria" perché "anche i docenti sono tenuti ad essere a disposizione due settimane dopo la fine della scuola (fino al 30 giugno) e due prima dell'inizio (dal 15 agosto) (art. 44 Lord)", le ricorrenti replicano ribadendo semplicemente che "vi sono importanti differenze" e rinviando al ricorso.
In queste circostanze, ovvero limitando l'esame alle allegazioni delle ricorrenti, si deve concludere che l'obbligo dei logopedisti e degli psicomotricisti di lavorare durante il periodo di chiusura dell'anno scolastico in forza degli art. 85a cpv. 2 del regolamento impugnato e 79b cpv. 2 LORD non crea una disparità di trattamento lesiva dell'<ref-law> con il corrispondente onere lavorativo estivo dei docenti di sostegno pedagogico secondo l'art. 44 cpv. 2 LORD, sebbene quest'ultimo sia definito in modo diverso.
6.3 Questa conclusione si giustifica anche in ragione della cautela particolare che il Tribunale federale deve imporsi nell'esame della parità di trattamento nell'ambito dell'organizzazione (e della retribuzione) dell'impiego pubblico. S'è detto che in tale contesto, per evitare di creare altre disparità, l'organigramma delle funzioni va analizzato nel suo insieme (cfr. consid. 3). Orbene, secondo gli intendimenti del legislatore, all'ordinamento delle vacanze secondo l'art. 79b LORD sottostanno tutti i dipendenti che operano nel campo della pedagogia speciale e del disadattamento, in particolare gli ergoterapisti, i logopedisti e gli psicomotricisti del Servizio ortopedagogico itinerante (messaggio n. 6463 del 22 febbraio 2011 sulla revisione parziale della LORD, commento al nuovo art. 79b). Pertanto, se si sottraessero a questo regime i logopedisti e gli psicomotricisti del Servizio di sostegno pedagogico, si creerebbero verosimilmente disparità con il trattamento dei colleghi che operano negli altri servizi statali. Contrariamente a quanto sembrano ritenere le ricorrenti, il passaggio citato del messaggio include anche gli operatori che lavorano in ambito scolastico.
6.4 Da ultimo le ricorrenti vedono una disparità di trattamento nel fatto che l'onere lavorativo dei dipendenti del Servizio ortopedagogico itinerante sia regolamentato "in una norma a livello di legge" mentre quello di logopedisti e psicomotricisti "in una norma a livello di ordinanza". La censura, appena accennata, è infondata. La legittimità costituzionale della base legale potrebbe tutt'al più essere oggetto di esame sotto il profilo della competenza normativa del Consiglio di Stato, ma su tale tema le ricorrenti non si esprimono.
7. Il ricorso è pertanto infondato. Le spese giudiziarie vanno caricate alle ricorrenti (<ref-law>), le quali sono però dispensate dal rifondere ripetibili allo Stato (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese di giustizia di fr. 2'000.-- sono poste a carico delle ricorrenti in solido. Non si assegnano ripetibili.
3. Comunicazione alla patrocinatrice delle ricorrenti e al Consiglio di Stato del Cantone Ticino.