Sachverhalt:
A. Mit Verfügungen vom 29. Juni 2007 verpflichtete die Ausgleichskasse des Kantons Bern S._, Geschäftsführer der A._ GmbH, und W._, Erbin der Gesellschafterin E._, in solidarischer Haftung zur Bezahlung von Schadenersatz für entgangene Sozialversicherungsbeiträge in der Höhe von Fr. 22'177.45. In teilweiser Gutheissung der dagegen erhobenen Einsprachen reduzierte sie die Schadenersatzforderung auf Fr. 21'754.80 (Entscheide vom 29. Oktober 2007).
B. Die von S._ und W._ hiegegen angehobenen Beschwerden hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 13. Oktober 2008 gut, und es hob die Einspracheentscheide auf.
C. Die Ausgleichskasse erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, die Einspracheentscheide vom 29. Oktober 2007 seien, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides, zu bestätigen.

Erwägungen:
1. In rechtlicher Hinsicht hat die Vorinstanz die zur subsidiären Haftung der Organe eines Arbeitgebers nach <ref-law> und der dazu ergangenen Rechtsprechung erforderlichen Voraussetzungen (Organstellung, Schaden, Widerrechtlichkeit, Verschulden, Kausalität, Nichtverwirkung) korrekt dargelegt. Richtig ist ebenfalls der Hinweis auf die solidarische Haftung mehrerer Organe einer juristischen Person für einen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 S. 308) und die Voraussetzungen, welche die Nichtbezahlung von Sozialversicherungsbeiträgen allenfalls zu entschuldigen vermögen, was der Fall ist, wenn die Arbeitgeberin, welche zunächst für das Überleben des Unternehmens wesentliche andere Forderungen (insbesondere solche der Arbeitnehmer und Lieferanten) befriedigt, gleichzeitig auf Grund der objektiven Umstände und einer seriösen Beurteilung der Lage annehmen darf, sie werde die geschuldeten Beiträge innert nützlicher Frist nachzahlen können (<ref-ruling> E. 2 S. 188, bestätigt in <ref-ruling>; ZAK 1992 S. 246, 1985 S. 575).
2. Streitig und zu prüfen ist einzig, ob sich die Beschwerdegegner, wie das kantonale Gericht entschied, auf Rechtfertigungsgründe berufen können, welche sie von der Schadenersatzpflicht nach <ref-law> befreien. Die Vorinstanz stellte nicht offensichtlich unrichtig und somit für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>) fest, die Unternehmung habe zunächst die für das Überleben wesentlichen Forderungen wie Löhne und Lieferantenrechnungen beglichen, wobei die Sozialversicherungsbeiträge aber mit Blick auf die getätigten Sanierungsbemühungen innert nützlicher Frist hätten nachbezahlt werden können. Sämtliche Vorbringen in der Beschwerde sind nicht geeignet, diese vorinstanzliche Einschätzung der Unternehmenslage in der kritischen Zeit als einer Entscheidung über eine Tatfrage als qualifiziert fehlerhaft im Sinne von Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG erscheinen zu lassen. Der auf dieser Sachverhaltsgrundlage gezogene Schluss auf das Vorliegen von Rechtfertigungsgründen im Sinne der Rechtsprechung zu <ref-law> (E. 1) verletzt Bundesrecht nicht (<ref-law>).
3. Die im Sinne von <ref-law> offensichtlich unbegründete Beschwerde ist unter Verweis auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid im vereinfachten Verfahren abzuweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. Dezember 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin