Sachverhalt:
A. Das vorliegende Strafverfahren wurde dadurch ausgelöst, dass X._ am 17. August 2006 gegen 15.15 Uhr in einem Internet-Café in Zürich anlässlich einer Polizeikontrolle eine mit acht Patronen geladene Pistole zog, gegen die Polizeibeamten das Feuer eröffnete und in der Folge mit sieben Schüssen bis auf eine Patrone, die nicht zündete, die gesamte geladene Munition abfeuerte. Ein Beamter erlitt einen Streifschuss am Handgelenk, während die an-deren im Raum befindlichen sechs Polizisten und drei Zivilpersonen nicht getroffen wurden. X._ konnte überwältigt und verhaftet werden. Auf sich trug er nebst der Tatwaffe rund 100 Gramm Kokaingemisch, eine Taschenfeinwaage und einen gefälschten US-amerikanischen Pass. Die Anklageschrift vom 6. Februar 2008 lautet unter anderem auf mehrfach versuchten Mord.
B. Das Obergericht des Kantons Zürich befand X._ mit Urteil vom 2. Dezember 2008 schuldig der mehrfach versuchten vorsätzlichen Tötung im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>, des Verbrechens gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 und 5 in Verbindung mit Art. 19 Ziff. 2 lit. a BtmG, des Vergehens gegen das Waffengesetz im Sinne von <ref-law> sowie des mehrfachen Vergehens gegen das Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer im Sinne von Art. 23 Abs. 1 al. 1 und 4 ANAG. Es bestrafte ihn mit 11 Jahren Freiheitsstrafe unter Anrechnung der erstandenen Polizei-, Untersuchungs- und Sicherheitshaft sowie des vorzeitigen Strafvollzugs.
C. Dagegen gelangt die Oberstaatsanwaltschaft Zürich mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Sie beantragt, es sei das angefochtene Urteil des Obergerichts wegen Verletzung von Bundesrecht hinsichtlich der rechtlichen Qualifikation der mehrfach versuchten Tötungsdelikte als vorsätzliche Tötung und nicht als Mord sowie hinsichtlich der Strafzumessung aufzuheben und die Strafsache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Das Obergericht des Kantons Zürich verzichtete am 15. Mai 2009 auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. X._ beantragte mit Eingabe vom 3. Juni 2009 die Beschwerdeabweisung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, die Tat sei als mehrfach versuchten Mord im Sinne von Art. 112 in Verbindung mit <ref-law> zu qualifizieren.
2. Die Vorinstanz führt aus, der Beschwerdegegner, welcher ausreichend Zeit gehabt habe zu erkennen, dass ihm eine Polizeikontrolle bevorstand, habe sich mit seinen Schussabgaben die Flucht sichern wollen, damit die Polizei seinen Kokainbesitz nicht entdecken und er nicht wegen Drogenhandels zur Rechenschaft gezogen würde. Er habe dabei gesehen und erkannt, dass sich zahlreiche Personen im Gefahrenbereich der Schussbahnen befänden. Seine Aktion sei allerdings nicht geplant gewesen. Da er sich nicht im Freien, sondern in einer relativ engen Räumlichkeit befunden habe und gleichzeitig mehrere Polizisten auf ihn zugekommen seien, habe er als einzige Möglichkeit den Einsatz seiner Schusswaffe gesehen, um sich einen Fluchtweg zu bahnen. Nachdem er seine Waffe blitzartig gezogen und geladen, jedoch noch nach unten gehalten habe, habe er von einem Polizisten von hinten in den Würgegriff genommen werden können. Aus dieser Umklammerung habe er sich nicht mehr befreien können, obwohl er sein ganzes Magazin innert kürzester Zeit verschossen habe. Der poli-zeiliche Würgegriff habe zwar verhindert, dass der Beschwerdegegner frei gezielte Schüsse habe abgeben können. Er habe aber auch eine weitgehend auswegslose physische Zwangslage geschaffen, die als solche das ihre zu den repetitiven Schussabgaben beigetragen habe. Gesamthaft gesehen erschienen weder der Beweggrund des Beschwerdegegners zum Waffeneinsatz noch der Zweck oder die Art der Ausführung von solch ausserordentlicher Verwerflichkeit geprägt, dass bereits von Mord zu sprechen wäre. Die drohende Verhaftung und die in Aussicht stehende Bestrafung wegen Drogenhandels stelle aus Sicht des von der Polizei überraschten bzw. überrumpelten Beschwerdegegners, der in einer Stresssituation einen gefährlichen Befreiungsversuch (unkontrolliertes Umsichschiessen) unternommen habe, nicht gerade einen nichtigen oder derart geringfügigen Anlass dar, dass seine Reaktion dadurch bereits in die Nähe des Mordtatbestands rücken würde. Auch die Mehrzahl an Schüssen, ebenso die Vielzahl an potenziellen Opfern vermöchten für sich allein keine besonders verwerfliche Art der Ausübung der Tötungsversuche zu begründen. Die zu beurteilende Schiesserei erreiche insoweit nicht das erforderliche Ausmass an äusseren und inneren Merkmalen, die eine besonders skrupellose Handlungsweise im Sinne des Mordtatbestands begründen würde.
3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass die insgesamt sieben Schussabgaben und der versuchte achte Schuss innerhalb eines geschlossenen Raums in die Richtung von Polizeibeamten und von unbeteiligten Gästen allein zum Zwecke der Fluchtsicherung, um für einen schweren Drogenhandel nicht belangt zu werden, ein besonders skrupelloses Tatvorgehen mit einem besonders verwerflichen Zweck bzw. mit einem krass egoistischen Motiv darstellten, welche die Tatbestandselemente des Mordes erfüllten. Der Folgerung der besonderen Skrupellosigkeit der vom Beschwerdegegner in Kauf genommenen Tötung mehrerer Menschen tue keinen Abbruch, dass er von einem Polizisten von hinten in den Würgegriff genommen worden sei und erst in dieser Situation geschossen habe. Denn sachverhaltlich stehe fest, dass sich der Beschwerdegegner unmittelbar vor seiner Tat mit einem gefälschten Reisepass und im Besitze von 100 Gramm Kokain in einem Internetcafé im Zürcher Drogen- und Rotlichtmilieu aufgehalten habe, wobei er das erwähnte Kokain zum Zwecke des Verkaufs auf sich getragen habe. Ebenso stehe fest, dass er als Drogenhändler mit einer mit acht Patronen geladenen Pistole bewaffnet gewesen sei und die Waffe gezogen habe, bevor einer der Polizeibeamten seine Schusswaffe auf ihn richtete. Es könne deshalb entgegen der Vorinstanz nicht davon ausgegangen werden, dass die drohende Verhaftung und Bestrafung wegen Drogenhandels nicht gerade einen nichtigen oder so geringfügigen Anlass gebildet habe, dass deswegen im Rahmen einer gesamtheitlichen Betrachtung des Tötungsdelikts die Mordqualifikation entfiele. Ebenfalls könne dem Beschwerdegegner unter den geschilderten Umständen keine derartige Überrumpelungs- und Stresssituation sowie ein unkontrolliertes bzw. "kopfloses" Umsichschiessen zu Gute gehalten werden. Im Gegenteil: Wer sich als Drogenhändler im Besitz einer erheblichen Drogenmenge bewaffnet in einem öffentlich zugänglichen Lokal aufhalte und bei einem ersten Überprüfungs- und Festhalteversuch der Polizei wild um sich schiesse und dabei den Tod zahlreicher Personen in Kauf nehme, der handle krass egoistisch und besonders skrupellos und trage ganz eindeutig die Charakterzüge eines Mörders.
4. Eine vorsätzliche Tötung ist als Mord zu qualifizieren, wenn der Täter besonders skrupellos handelt, namentlich wenn sein Beweggrund, der Zweck der Tat oder die Art der Ausführung besonders verwerflich sind (<ref-law>). Mord zeichnet sich nach der Rechtsprechung durch eine aussergewöhnlich krasse Missachtung fremden Lebens bei der Durchsetzung eigener Absichten aus. Für die Qualifikation verweist das Gesetz in nicht abschliessender Aufzählung auf äussere (Ausführung) und innere Merkmale (Beweggrund, Zweck). Diese Merkmale müssen nicht erfüllt sein, um Mord anzunehmen. Sie sollen vermeiden helfen, dass allein auf die Generalklausel abgestellt werden muss. Die für eine Mordqualifikation konstitutiven Elemente sind jene der Tat selber, während Vorleben und Verhalten nach der Tat nur heranzuziehen sind, soweit sie tatbezogen sind und ein Bild der Täterpersönlichkeit ergeben. Entscheidend ist eine Gesamtwürdigung der äusseren und inneren Umstände der Tat. Eine besondere Skrupellosigkeit kann beispielsweise entfallen, wenn das Tatmotiv einfühlbar und nicht krass egoistisch war, so namentlich wenn die Tat durch eine schwere Konfliktsituation ausgelöst wurde. Für Mord typische Fälle sind die Tötung eines Menschen zum Zwecke des Raubes, Tötungen aus religiösem oder politischem Fanatismus oder aus Geringschätzung (<ref-ruling> E. 1a mit zahlreichen Hinweisen).
5. Die Vorinstanz hat dadurch, dass sie die zu beurteilende Tat als mehrfach versuchte vorsätzliche Tötung und nicht als Mord qualifizierte, Bundesrecht verletzt. Wie die Beschwerdeführerin zutreffend ausführt, ergibt sich die besondere Skrupellosigkeit im Sinne von <ref-law> entgegen den Erwägungen im angefochtenen Entscheid aus der Bewertung der Tat als Ganzes. Sachverhaltlich steht dabei fest, dass sich der Beschwerdegegner in einem Internetcafé des Zürcher Drogen- und Rotlichtmilieus aufhielt und er 100 Gramm Kokain zum Zwecke des Verkaufs auf sich trug sowie eine schussbereite Waffe bei sich hatte. Weiter steht fest, dass der Beschwerdegegner, der die bevorstehende Polizeikontrolle realisierte und genügend Zeit hatte, die Situation einzuschätzen, seine Waffe nach dem Eintreffen der Polizei zog und sofort lud. Er wollte um jeden Preis seine Verhaftung und Bestrafung wegen Drogenhandels verhindern und nahm zu diesem Zwecke, um seine Flucht zu sichern, die Tötung der anwesenden Polizeibeamten, welche ihn zu kontrollieren beabsichtigten, sowie die Tötung der sich im Café aufhaltenden Gäste in Kauf. Es ging ihm somit alleine darum, sich die Flucht zu sichern, um einem gerechtfertigten polizeilichen Zugriff zwecks Verhinderung einer auf der Hand liegenden Strafverfolgung und Verurteilung wegen Betäubungsmittelhandels zu entgehen. Eine solche Haltung entspringt nicht nur blankem Egoismus bzw. ist nicht nur von einer hemmungslosen und "ichbezogenen" Rücksichtslosigkeit der Interessenverwirklichung getragen, sondern offenbart auch eine ausserordentliche Geringschätzung fremden Lebens, was bei der Qualifikation der Tat im Sinne der Skrupellosigkeit als besonders verwerflicher Beweggrund bzw. besonders verwerflicher Zweck heranzuziehen ist. Daran ändern die im angefochtenen Entscheid dargestellten Umstände, namentlich die dem Beschwerdegegner im Zusammenhang mit der Polizeikontrolle attestierte Überrumpelungs- und Stresssituation, in welcher er geschossen hat, nach zutreffender Ansicht der Beschwerdeführerin nichts; denn sie lassen das Tatmotiv, welcher der Tat ihr Gepräge verleiht, insbesondere auch unter Berücksichtigung der Verschuldetheit der eigenen Lage weder als einfühlbar noch als Ausdruck einer schweren oder differenzierten Konfliktsituation erscheinen, welche die Skrupellosigkeit noch entfallen liesse. Ebenso wenig hilft dem Beschwerdegegner, dass er die Tat nicht geplant hat. Denn skrupelloses Handeln setzt solches nicht voraus, sondern kann - wie hier - vielmehr auch bei spontanem Tötungsentschluss aufgrund einer unvorhergesehenen Situation gegeben sein. Hinzu kommt, dass der Beschwerdegegner die gesamte Munition in der eng begrenzten Räumlichkeit des Cafés verschoss und den Tod einer Vielzahl von potenziellen Opfern in Kauf nahm. Für sich alleine betrachtet stellen diese Umstände zwar, wie im angefochtenen Entscheid zu Recht festgehalten wird, keine besonders verwerfliche Art der Ausübung der Tötungsversuche dar. Sie sind nach zutreffender Ansicht der Beschwerdeführerin aber geeignet, die bereits aufgrund der Motivationslage des Beschwerdegegners begründete Mordqualifikation zu bestätigen.
6. Zusammenfassend ist demnach festzuhalten, dass die Vorinstanz die vorliegenden Tötungsversuche als Mord hätte einstufen müssen. Die Beschwerde ist gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Verurteilung des Beschwerdegegners wegen mehrfach versuchten Mords im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> an die Vorinstanz zurückzuweisen. Auf die von der Beschwerdeführerin ebenfalls aufgeworfene Frage der Strafzumessung ist vorliegend nicht einzugehen, da die Vorinstanz die Strafe nach Massgabe des neuen Schuldspruchs wegen Mords neu zu beurteilen hat.
7. Der obsiegenden Beschwerdeführerin ist keine Entschädigung auszurichten (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner wären als unterliegenden Partei grundsätzlich die Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Er hat indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, das gutzuheissen ist, da seine Bedürftigkeit ausgewiesen ist und seine Anträge nicht zum vornherein aussichtslos waren (<ref-law>). Damit sind keine Kosten zu erheben und ist der Vertreter des Beschwerdegegners aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 2. Dezember 2008 aufgehoben und die Angelegenheit zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Das Gesuch des Beschwerdegegners um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dem Rechtsvertreter des Beschwerdegegners, Rechtsanwalt Dr. Jean-Marc von Gunten, wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill