Kernzonenplan Ottikon, hat sich ergeben:
A.- Mit Beschluss vom 30. Januar 1997 revidierte der Grosse Gemeinderat der Stadt Illnau-Effretikon die kommunale Richt- und Nutzungsplanung, bestehend unter anderem aus der Bau- und Zonenordnung, dem Zonenplan 1:5000 und den Kernzonenplänen für die einzelnen Ortsteile. Nach dem Beschluss des Grossen Gemeinderats entdeckte das mit der Revision beauftragte Planungsbüro im Rahmen der Bereinigung der Revisionsunterlagen für die öffentliche Auflage und für die Genehmigung durch den Regierungsrat, dass die Zonengrenze im Kernzonenplan Ottikon Massstab 1:1000 im Bereich des Grundstücks Kat.-Nr. 6178, neu 6589, nicht mit dem Zonenplan Massstab 1:5000 übereinstimmte. Während im Zonenplan der entsprechende Grundstücksteil (ca. 12,5 a) in der Kernzone lag, war er im Kernzonenplan in der Landwirtschaftszone eingezeichnet.
Das Planungsbüro korrigierte dies und brachte die Zonengrenze auf dem Kernzonenplan mit dem Zonenplan in Übereinstimmung, so dass der fragliche Grundstücksteil in der Kernzone lag. Die öffentliche Auflage erfolgte ab
7. März 1997 während 20 Tagen. Sie umfasste unter anderem den überarbeiteten Kernzonenplan Ottikon mit den vorgenommenen Korrekturen.
Die revidierte Nutzungsplanung wurde am 4. März 1998 vom Regierungsrat des Kantons Zürich unter Vorbehalt einiger hier nicht interessierender Punkte genehmigt.
B.- Am 22. Juni 1999 reichten Anita und Marco Greter beim Bezirksrat Pfäffikon Beschwerde und Rekurs sowie eine Aufsichtsbeschwerde gegen den Stadtrat Illnau-Effretikon ein. Mit Beschwerde/Rekurs beantragten sie, der Gemeindebehörde Illnau-Effretikon zu untersagen, für das fragliche Grundstück eine Baubewilligung zu erteilen; ferner sei festzustellen, dass der vom Regierungsrat genehmigte Kernzonenplan nicht dem vom Grossen Gemeinderat genehmigten Plan entspreche, und die vom Stadtrat vorgenommene Änderung am Kernzonenplan, eventuell die Zuordnung des Grundstücks zum Übergangsbereich, als nichtig zu erklären oder allenfalls aufzuheben.
Subeventuell sei der Stadtrat anzuweisen, die Änderungen nachträglich in einem korrekten Verfahren festzusetzen.
In der Aufsichtsbeschwerde beantragten sie, es sei festzustellen, dass der vom Stadtrat dem Regierungsrat unterbreitete Kernzonenplan Ottikon nicht dem vom Grossen Gemeinderat genehmigten Plan entspreche; ferner seien die beanstandeten Vorgänge zu untersuchen, die Verantwortlichkeiten festzustellen und die nötigen Massnahmen zu treffen sowie die für die nachträgliche Durchführung eines rechtmässigen Planfestsetzungsverfahrens erforderlichen Anweisungen zu erteilen.
Der Bezirksrat Pfäffikon trat am 15. Dezember 1999 auf den Rekurs/Beschwerde nicht ein und gab der Aufsichtsbeschwerde im Sinne der Erwägungen keine Folge. Er erwog, mit Rekurs/Beschwerde werde eine Rechtsverletzung im Sinne von § 151 Abs. 1 Ziff. 1 des kantonalen Gemeindegesetzes vom 6. Juni 1926 gerügt. Die Beschwerdefrist dafür betrage 30 Tage (§ 128 des kantonalen Wahlgesetzes vom 4. September 1983 [WAG] in der Fassung gemäss Verwaltungsrechtspflegegesetz vom 8. Juni 1997). Die Beschwerde richte sich gegen einen öffentlich aufgelegten Kernzonenplan. Die Beschwerdefrist habe daher mit der amtlichen Veröffentlichung zu laufen begonnen, weshalb die Eingabe verspätet sei. Zur Aufsichtsbeschwerde erwog der Bezirksrat, der Zonenplan, wonach das fragliche Grundstück zur Kernzone gehöre, sei korrekt festgelegt worden. Das Grundstück sei bereits vorher in der Kernzone gelegen; eine Auszonung sei im Rahmen der Planungsarbeiten nie zur Diskussion gestanden. Die Korrektur der Zonengrenze auf dem Kernzonenplan sei als blosse Berichtigung zulässig gewesen. Für die Anordnung aufsichtsrechtlicher Massnahmen bestehe kein Anlass.
C.- Anita und Marco Greter erhoben dagegen am 10. Januar 2000 Rekurs an den Regierungsrat des Kantons Zürich und gleichzeitig Aufsichtsbeschwerde gegen die Behörden der Gemeinde Illnau-Effretikon. Sie beantragten, den Nichteintretensentscheid des Bezirksrats aufzuheben und die angefochtene Sache an den Bezirksrat zur materiellen Behandlung zu überweisen. Zudem sei der regierungsrätliche Genehmigungsbeschluss wiedererwägungsweise aufzuheben. Schliesslich seien die Vorgänge in Ausübung der Oberaufsicht zu untersuchen und die allenfalls erforderlichen Massnahmen zu treffen.
D.- Zudem stellte Marco Greter am 7. Januar 2000 beim Bezirksrat Pfäffikon ein Gesuch um Wiederherstellung der Beschwerdefrist gegen den Beschluss des Grossen Gemeinderats vom 30. Januar 1997. Der Bezirksrat trat mit Präsidialverfügung vom 14. Januar 2000 auf dieses Gesuch nicht ein.
E.- Der Regierungsrat des Kantons Zürich wies am 21. Juni 2000 die Beschwerde von Anita und Marco Greter ab und gab der Aufsichtsbeschwerde keine Folge.
F.- Anita und Marco Greter erhoben am 2. August 2000 staatsrechtliche Beschwerde gegen den Beschluss des Regierungsrats sowie gegen die Präsidialverfügung des Bezirksrats vom 14. Januar 2000. Sie stellen den Antrag, den Beschluss des Regierungsrats vom 21. Juni 2000 aufzuheben, den Genehmigungsbeschluss des Regierungsrats vom 4. März 1998 aufzuheben, soweit er den Zonenplan Gemeindeteil Ottikon und den Kernzonenplan Ottikon betrifft, den Beschluss des Grossen Gemeinderats vom 30. Januar 1997 aufzuheben, insoweit darin der Verlauf der Kernzonengrenze in Ottikon festgelegt wurde, die Präsidialverfügung des Bezirksrats Pfäffikon vom 14. Januar 2000 aufzuheben und die zuständigen Behörden anzuweisen, den Verlauf der Kernzonengrenze Ottikon ordnungsgemäss festzusetzen und den Beschluss in gesetzmässiger Weise zu publizieren. Ferner beantragen sie, als vorsorgliche Massnahme die Baurekurskommission III des Kantons Zürich anzuweisen, die pendenten Rekurse betreffend das Grundstück Nr. 6589 in Ottikon bis zum Entscheid über die Beschwerde zu sistieren.
G.- Die Stadt Illnau-Effretikon und der Bezirksrat Pfäffikon stellen den Antrag die Beschwerde und das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen abzuweisen. Die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich beantragt namens des Regierungsrats, die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen.
H.- Mit Verfügung des Präsidenten der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 14. September 2000 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die staatsrechtliche Beschwerde ist nur zulässig gegen letztinstanzliche kantonale Endentscheide (Art. 86 Abs. 1 und Art. 87 OG). Sie ist zudem nach ständiger Rechtsprechung, von hier nicht in Betracht fallenden Ausnahmen abgesehen, kassatorischer Natur (<ref-ruling> E. 5a S. 96 mit Hinweisen). Daraus folgt, dass mit der staatsrechtlichen Beschwerde nur Anordnungen angefochten werden können, die Gegenstand des letztinstanzlichen Endentscheids bildeten.
Sie ist ferner innert 30 Tagen seit der Eröffnung des Entscheids einzureichen (Art. 89 OG).
b) Die Beschwerdeführer fechten den Beschluss des Regierungsrats vom 21. Juni 2000 an. Mit diesem Beschluss hat der Regierungsrat eine Beschwerde abgewiesen, die sich gegen einen Nichteintretensentscheid des Bezirksrats Pfäffikon richtete. Sodann hat der Regierungsrat geprüft, ob das Begehren der Beschwerdeführer als Wiedererwägungs- bzw. Revisionsgesuch zu behandeln sei, und diese Frage verneint.
Eine Gutheissung der vorliegenden staatsrechtlichen Beschwerde kann deshalb nur zur Folge haben, dass der Regierungsrat auf das Revisionsgesuch eintreten bzw. der Bezirksrat sich materiell mit dem bei ihm erhobenen Rekurs befassen müsste. Erweist sich hingegen der Beschluss des Regierungsrats als verfassungsmässig, so bleibt es beim Nichteintretensentscheid des Bezirksrats bzw. des Regierungsrats und steht fest, dass die Beschwerdeführer keinen Anspruch darauf haben, dass die Rechtmässigkeit des fraglichen Kernzonenplans materiell überprüft wird. So oder so kann diese Frage im Rahmen der vorliegenden Beschwerde nicht materiell geprüft werden, weil diesbezüglich kein kantonaler Endentscheid vorliegt. Auf das Begehren, den Beschluss des Grossen Gemeinderats vom 30. Januar 1997 aufzuheben, kann daher nicht eingetreten werden.
c) Die Begehren, den Genehmigungsbeschluss des Regierungsrats vom 4. März 1998 und die Präsidialverfügung des Bezirksrats vom 14. Januar 2000 aufzuheben, sind offensichtlich verspätet, so dass darauf nicht einzutreten ist. Soweit die Beschwerdeführer vorbringen, eine vorherige Anfechtung der Präsidialverfügung sei nicht möglich gewesen, weil die Rechtsverweigerung erst durch den Entscheid des Regierungsrats endgültig eingetreten sei, sind sie offenbar selber der Meinung, die Präsidialverfügung sei kantonal nicht letztinstanzlich gewesen, so dass dagegen die staatsrechtliche Beschwerde ohnehin nicht zulässig wäre.
d) Gesamthaft kann somit auf die staatsrechtliche Beschwerde nur eingetreten werden, soweit die Beschwerdeführer rügen, der Regierungsrat habe den Nichteintretensentscheid des Bezirksrats zu Unrecht geschützt und ihr Begehren nicht als Wiederherstellungsgesuch behandelt.
e) Die staatsrechtliche Beschwerde ist kein appellatorisches Rechtsmittel. Mit ihr kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden (Art. 84 Abs. 1 lit. a OG). Dazu gehört auch die willkürliche Anwendung kantonalen Rechts (<ref-law>), wobei aber der Beschwerdeführer darlegen muss, dass und inwiefern diese Anwendung willkürlich sei (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG).
2.- a) Der Regierungsrat hat erwogen, gemäss § 128 WAG habe die Frist zur Anfechtung der Revisionsunterlagen einschliesslich des Kernzonenplans am Tag nach der amtlichen Veröffentlichung (7. März 1997) zu laufen begonnen. Die am 22. Juni 1999 eingereichte Beschwerde sei daher verspätet gewesen. Die Beschwerdeführer bringen nicht vor, dass und inwiefern diese Auffassung auf einer willkürlichen Auslegung von § 128 WAG beruhen soll.
b) Ob die Willensbildung im Grossen Gemeinderat mangelhaft war, ist unter diesen Umständen nicht mehr erheblich.
Die korrigierte Version des Kernzonenplans lag öffentlich auf, blieb innert Frist unangefochten und wurde anschliessend vom Regierungsrat genehmigt. Rechtsmittelfristen haben zum Zweck, dass behördliche Anordnungen nicht zeitlich unbegrenzt in Frage gestellt werden können. Ist die Anfechtungsfrist unbenutzt abgelaufen, so werden Entscheide verbindlich, auch wenn sie an einem verfahrensmässigen oder materiellrechtlichen Mangel leiden. Anders verhält es sich nur, wenn sie nichtig sind oder wenn ein Anspruch auf Wiedererwägung bzw. Revision besteht.
c) Nichtigkeit behördlicher Anordnungen wird von Lehre und Rechtsprechung nur zurückhaltend angenommen. Nichtigkeitsgründe sind in der Regel sachliche und funktionelle Unzuständigkeit der verfügenden Behörde; demgegenüber wird bei Verfahrensmängeln nur ausnahmsweise, bei besonders schwerwiegenden Fehlern Nichtigkeit angenommen (Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts,
3. Aufl. , Zürich 1998, S. 197 f.; René A. Rhinow/ Beat Krähenmann, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, Basel/Frankfurt 1990, S. 120). Vorliegend betraf der Mangel bei einer einzelnen Parzelle eine nicht korrekte Grenzziehung im Kernzonenplan, der dem Grossen Gemeinderat bei seiner Beschlussfassung vorgelegen hatte.
Dies kann unter den konkreten Umständen nicht als besonders schwerwiegender Mangel betrachtet werden, zumal die fragliche Parzelle bereits im alten Zonenplan zur Kernzone gehört hatte und in den Vorarbeiten zur Ortsplanungsrevision offensichtlich nie die Rede von einer Auszonung gewesen war. Hinzu kommt, dass die korrigierte Zonengrenze mit dem vom Grossen Gemeinderat genehmigten Zonenplan übereinstimmt, welcher ebenfalls öffentlich auflag. Es kann somit nicht gesagt werden, bezüglich der fraglichen Parzelle liege gar kein Beschluss des Grossen Gemeinderats vor. Vielmehr enthält der Parlamentsbeschluss in sich einen Widerspruch. Die nachträgliche Korrektur der Zonengrenze im Kernzonenplan ist nicht eine Verfälschung des Parlamentsbeschlusses, sondern die Bereinigung eines Widerspruchs innerhalb des Beschlusses des Grossen Gemeinderates. Der Bezirksrat hat in seinem Entscheid vom 15. Dezember 1999 begründet, dass bezüglich der Zonengrenze der Zonenplan dem Kernzonenplan vorgehe, was von den Beschwerdeführern nicht oder jedenfalls nicht substanziiert bestritten wird. Es ist deshalb verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, dass der Kernzonenplan dem Zonenplan angepasst wurde und nicht umgekehrt. Ob die Korrektur als zulässige blosse Berichtigung durch das Planungsbüro hätte vorgenommen werden dürfen, kann unter diesen Umständen offen bleiben. Sie ist jedenfalls trotz ihrer allfälligen Mangelhaftigkeit nicht als nichtig zu betrachten und damit infolge Fristablaufs nicht mehr anfechtbar. Die Berufung auf <ref-law> ändert daran nichts, abgesehen davon, dass diese Bestimmung nur Volksabstimmungen betrifft, nicht aber die Beschlussfassung in Parlamenten.
3.- Die Beschwerdeführer rügen sodann, dass der Regierungsrat seinen Genehmigungsentscheid vom 4. März 1998 nicht wiedererwägungsweise aufgehoben habe. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts besteht ein verfassungsmässiger Anspruch auf Wiedererwägung bzw. Revision, wenn Tatsachen oder Beweismittel angeführt werden, die im früheren Verfahren nicht bekannt waren oder die geltend zu machen rechtlich oder tatsächlich unmöglich war oder keine Veranlassung bestand (<ref-ruling> E. 3a S. 6; <ref-ruling> E. 2b S. 46 f.; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl. , Zürich 1998, S. 158). Diese Voraussetzungen sind vorliegend nicht erfüllt:
Es ist unbestritten, dass in der öffentlich aufgelegten Version des Kernzonenplans die korrigierte, heute von den Beschwerdeführern in Frage gestellte Grenzziehung eingezeichnet war. Die Beschwerdeführer hatten die Möglichkeit, innert der ordentlichen Rechtsmittelfrist die Richtigkeit der vorgenommenen Plankorrektur anzufechten. Wohl muss die Exekutive die vom Parlament erlassenen Beschlüsse korrekt umsetzen, doch können Fehler nie mit hundertprozentiger Sicherheit ausgeschlossen werden. Aus Gründen der Rechtssicherheit kann es nicht angehen, dass Mängel untergeordneter Natur zeitlich unbefristet in Wiedererwägung gezogen werden, obwohl sie innert Frist hätten angefochten werden können.
Der Beschwerdeführer, welcher nicht nur als Mitglied des Grossen Gemeinderats, sondern auch als Nachbar der fraglichen Parzelle an deren planungsrechtlicher Behandlung interessiert ist, hätte Anlass gehabt, die öffentliche Planauflage zu überprüfen, wenn er Wert darauf legte, dass die Parzelle entgegen ihrer bisherigen planungsrechtlichen Behandlung ausgezont würde.
4.- Die staatsrechtliche Beschwerde erweist sich damit als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Beschwerdeführer werden unter solidarischer Haftung kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 und 7 OG). Da sie nicht nur private Interessen, sondern auch öffentliche Interessen an einem korrekten Zustandekommen behördlicher Entscheide verfechten, und da das Vorgehen beim Erlass des Kernzonenplans nicht in jeder Hinsicht zweifelsfrei war, rechtfertigt es sich, ihnen nur eine reduzierte Gerichtsgebühr aufzuerlegen (Art. 154 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Stadt Illnau-Effretikon, dem Bezirksrat Pfäffikon und dem Regierungsrat des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 30. Oktober 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: