Sachverhalt:
A. X._ bewirtschaftet ein landwirtschaftliches Gewerbe mit einer Nutzfläche von rund 26 ha. Das Betriebszentrum befindet sich auf der in der Landwirtschaftszone gelegenen Parzelle Seedorf Gbbl. Nr. 3917 in der Siedlung Frieswil. Rund 500 m vom Betriebszentrum des landwirtschaftlichen Gewerbes von X._ entfernt befindet sich die ebenfalls in der Landwirtschaftszone gelegene Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043 mit dem Ökonomieteil eines ehemaligen Bauernhauses (Stall, Bühne und Jauchegrube) und mit einem Schopf, welcher vom Eigentümer A._ mit einem Ponystall und einem Einstellraum erweitert worden ist, ohne dass damals eine entsprechende Baubewilligung vorlag. Mit rechtskräftigem Urteil vom 6. April 2006 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern ein von A._ eingereichtes nachträgliches Baugesuch für den Ponystall und den Einstellraum ab und ordnete die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands an.
B. A._ verkaufte am 26. November 2006 seine Ponys an X._ und verpachtete diesem am 30. November 2006 die Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043 mit dem Ponystall. X._ stellte A._ als Mitarbeiter an und reichte am 23. Januar 2007 bei der Einwohnergemeinde Wohlen ein Baugesuch für den Neubau eines Freilaufstalls für Jungvieh, den Umbau des Ökonomieteils des ehemaligen Bauernhauses (Abbruch des Schleppdachs und Aufstockung der Strohbühne) und den seinerzeit ohne Bewilligung errichteten Ponystall auf der von ihm gepachteten Parzelle ein. Das Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern (ARG) verneinte mit Verfügung vom 8. April 2008 die Zonenkonformität der Bauvorhaben, woraufhin die Einwohnergemeinde Wohlen das Baugesuch am 4. Juni 2008 abwies.
C. Am 23. Januar 2009 wies die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) eine von X._ gegen die Verfügung der Einwohnergemeinde Wohlen erhobene Beschwerde ab. Dagegen gelangte X._ ans Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Mit Urteil vom 12. November 2009 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde insoweit gut, als es X._ die Hälfte der von der BVE auferlegten Verfahrenskosten erliess und ihm für das Verfahren vor der BVE eine Parteikostenentschädigung von Fr. 2'000.-- zusprach. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
D. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 12. November 2009 hat X._ am 17. Dezember 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und das Bauvorhaben sei zur Publikation sowie zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen - unter Hinweis auf die Zonenkonformität - an die Gemeinde Wohlen zurückzuweisen. Weiter stellt er sinngemäss den Eventualantrag, es sei ihm für die Bauvorhaben eine Ausnahmebewilligung zu erteilen. Die Vorinstanz und die Einwohnergemeinde Wohlen beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die BVE verzichtet auf eine Vernehmlassung.
E. Der Beschwerdeführer und die Vorinstanz halten im weiteren Schriftenwechsel an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist als Adressat des angefochtenen Entscheids und als direkt Betroffener zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, kann - unter dem Vorbehalt von E. 1.2-1.3 hiernach - auf die Beschwerde eingetreten werden.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem oder kommunalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung, vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.3 Die Beschwerde ist nur im Rahmen des Streitgegenstands zulässig. Dieser wird durch den Gegenstand des angefochtenen Entscheids und durch die Parteibegehren bestimmt, wobei der angefochtene Entscheid den möglichen Streitgegenstand begrenzt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 189). Neue Begehren sind vor Bundesgericht unzulässig (<ref-law>).
Anders als im vorinstanzlichen Verfahren stellt der Beschwerdeführer (sinngemäss) den Eventualantrag, es sei ihm für die Bauvorhaben eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 ff. RPG zu erteilen, sofern das Gericht zum Schluss komme, dass die Bauten nicht zonenkonform seien. Weil sich die Vorinstanz mangels eines entsprechenden Antrags des Beschwerdeführers mit der Frage, ob eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 ff. RPG in Frage käme, zu Recht nicht auseinandergesetzt hat (vgl. dazu E. 3), ist vorliegend nur die Frage Streitgegenstand, ob die Bauvorhaben und der bereits errichtete Ponystall zonenkonform sind. Auf den Eventualantrag, es sei dem Beschwerdeführer eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 ff. RPG zu erteilen, ist somit nicht einzutreten.
2. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer mit seinem Antrag, der Verfasser eines Konzepts zur Integration des Betriebs von A._ in den Betrieb von X._ bzw. eines entsprechenden Betriebskonzepts sei schriftlich zum Flächenbedarf für den geplanten Freilaufstall für Jungvieh zu befragen. Soweit damit nicht ohnehin unzulässigerweise neu vorgebrachte Tatsachen belegt werden sollen (vgl. <ref-law> und E. 6.2.2), ergibt sich der rechtserhebliche Sachverhalt mit hinreichender Klarheit aus den Akten.
3. Der Beschwerdeführer rügt, dass die Vorinstanz, nachdem sie zum Schluss gelangt sei, die Bauvorhaben seien nicht zonenkonform, nicht geprüft habe, ob die Voraussetzungen für eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 ff. RPG erfüllt sind. Er macht geltend, er habe bei der Einreichung des Baugesuchs keinen Anlass gehabt, ein Gesuch um Ausnahmebewilligung einzureichen, weil er der festen Überzeugung gewesen sei, dass die Bauvorhaben zonenkonform seien. Das Rechtsbegehren auf Aufhebung eines Bauabschlags und Erteilung einer Baubewilligung beinhalte aber auch das Begehren auf Prüfung der Voraussetzungen für eine Ausnahmebewilligung. Sinngemäss wirft der Beschwerdeführer der Vorinstanz damit eine formelle Rechtsverweigerung (<ref-law>) vor. Aus den nachfolgenden Überlegungen kann offen bleiben, ob die entsprechende Begründung des Beschwerdeführers den Anforderungen von <ref-law> (vgl. dazu E. 1.2) genügt.
Der Beschwerdeführer hat kein Gesuch um Erteilung einer Ausnahmebewilligung nach Art. 24 ff. RPG gestellt und zwar auch nicht, nachdem sein Baugesuch im erstinstanzlichen Baubewilligungsverfahren wegen fehlender Zonenkonformität abgewiesen worden war. Er hätte nach kantonalem Recht die Möglichkeit gehabt, auch noch im Beschwerdeverfahren an die BVE ein nachträgliches Ausnahmegesuch zu stellen (Art. 44 Abs. 1 und 2 des kantonalen Baubewilligungsdekrets vom 22. März 1994 [BewD]). Ein solches Ausnahmegesuch ist nach kantonalem Recht Voraussetzung für eine entsprechende Publikation und Prüfung im Baubewilligungsverfahren (Art. 34 Abs. 2 des kantonalen Baugesetzes vom 9. Juni 1985 [BauG]). Im Rahmen der Veröffentlichung eines Baugesuchs muss auf die für ein Vorhaben beanspruchten Ausnahmen hingewiesen werden (Art. 26 Abs. 3 lit. e BewD). Der Beschwerdeführer hat mit seinem prozessualen Verhalten selbst dazu beigetragen, dass die Prüfung des Vorhabens nach Art. 24 ff. RPG unterblieb (vgl. Urteil 1C_452/2007 vom 22. April 2008 E. 3.3). Der angefochtene Entscheid ist in dieser Hinsicht nicht zu beanstanden.
4. Der Beschwerdeführer ist der Ansicht, dass die von ihm auf der Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043 geplanten Neu- und Umbauten sowie der bereits errichtete, aber nicht bewilligte Ponystall in der Landwirtschaftszone zonenkonform seien, weshalb die Erteilung der Baubewilligung zu Unrecht verweigert worden sei.
4.1 In der Landwirtschaftszone zonenkonform sind Bauten und Anlagen, die zur landwirtschaftlichen Bewirtschaftung nötig sind (Art. 16a Abs. 1 RPG). Diese Anforderungen präzisiert <ref-law>. Danach sind insbesondere Bauten zonenkonform, die der bodenabhängigen Bewirtschaftung dienen, namentlich der Produktion verwertbarer Erzeugnisse aus Pflanzenbau und Nutztierhaltung (lit. a). Voraussetzung für die Erteilung einer Baubewilligung ist gemäss <ref-law> weiter, dass die Baute oder Anlage für die in Frage stehende Bewirtschaftung nötig ist (lit. a), der Baute oder Anlage am vorgesehenen Standort keine überwiegenden Interessen entgegenstehen (lit. b) und der Betrieb voraussichtlich längerfristig bestehen kann (lit. c).
4.2 Bei der Standortwahl für Bauten und Anlagen in der Landwirtschaftszone ist der Bauherr im Hinblick auf Art. 34 Abs. 4 lit. a und b RPV nicht frei, sondern er muss nachweisen, dass die Baute oder Anlage am vorgesehenen Standort objektiv notwendig ist (<ref-ruling> E. 3a S. 281), d.h. ein schutzwürdiges Interesse daran besteht, die streitige Baute am gewählten Ort zu errichten und, nach Abwägung aller Interessen, kein anderer, besser geeigneter Standort in Betracht kommt (Urteile 1C_437/2009 vom 16. Juni 2010 E. 6.1; 1C_565/2008 vom 19. Juni 2009 E. 2; VALÉRIE SCHEUCHZER, La construction agricole en zone agricole, Diss. Lausanne 1992, S. 133 f.).
5. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, dass sie bei der Beurteilung der Zonenkonformität des Freilaufstalls für Jungvieh und des Ponystalls vom Bericht des kantonalen Amts für Landwirtschaft und Natur (LANAT) vom 25. Juni 2007 abgewichen sei.
Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid im Rahmen ihrer Kognition (vgl. Art. 80 des kantonalen Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. Mai 1989 [VRPG]) geprüft und begründet, weshalb der geplante Freilaufstall für Jungvieh sowie der Ponystall am vorgesehenen Standort nicht zonenkonform seien. Sie hat sich dabei nicht nur mit dem Fachbericht des LANAT vom 25. Juni 2007, sondern auch mit der Verfügung des AGR vom 8. April 2008 sowie der Vernehmlassung des AGR an die BVE vom 4. August 2008 auseinandergesetzt, in welchen die Zonenkonformität der umstrittenen Bauten verneint wird.
Mit dem Hinweis, dass die Vorinstanz bezüglich der Frage der Zonenkonformität von der Beurteilung des LANAT abgewichen sei, vermag der Beschwerdeführer nicht aufzuzeigen, inwiefern der vorinstanzliche Entscheid im Sinne von <ref-law> rechtsverletzend sein sollte, weshalb sich daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten lässt.
6. Umstritten ist zunächst die Zonenkonformität des vom Beschwerdeführer geplanten Freilaufstalls für Jungvieh. Unstreitig ist, dass der Freilaufstall der bodenabhängigen Bewirtschaftung dienen würde. Ebenso ist unstreitig, dass das landwirtschaftliche Gewerbe des Beschwerdeführers grundsätzlich Bedarf an zusätzlichen Stallplätzen für Jungvieh hat, zumal die heutigen Platzverhältnisse knapp sind. Umstritten ist jedoch, ob der Freilaufstall am geplanten Standort, nämlich rund 500 m vom Betriebszentrum des landwirtschaftlichen Gewerbes und damit von der Siedlung Frieswil entfernt, errichtet werden kann.
6.1 Die Vorinstanz ist der Ansicht, für den geplanten Freilaufstall komme ein besser geeigneter Standort beim Betriebszentrum des landwirtschaftlichen Gewerbes in Frieswil in Betracht. Zwar lägen beide Standorte in der Landwirtschaftszone, sodass eine eigentliche Aussiedlung vom Baugebiet in die Landwirtschaftszone nicht zur Diskussion stehe. Gegen den vom Beschwerdeführer vorgesehenen Standort spreche aber, dass der Betrieb des Beschwerdeführers auseinandergerissen und auf zwei Standorte verteilt würde. Ökonomiegebäude seien grundsätzlich beim Betriebszentrum zu erstellen. Dies gelte auch im Widerstreit verschiedener in der Landwirtschaftszone gelegener Standorte. Landwirtschaftszonen sollten von Bauten und Anlagen möglichst freigehalten werden. Dieser Grundsatz gebiete es, auch innerhalb der Landwirtschaftszone auf eine Konzentration der Bauten hinzuwirken und die räumliche Trennung landwirtschaftlicher Ökonomiebauten bzw. das Erstellen von Bauten ausserhalb des landwirtschaftlichen Siedlungsgebiets nur restriktiv zuzulassen. Mit einem Neubau beim Betriebszentrum bei der Siedlung Frieswil anstatt bei den rund 500 m entfernten und in keinem Siedlungszusammenhang stehenden Gebäuden werde eine verstärkte Zersiedelung ausserhalb des Baugebiets verhindert. Beim vom Beschwerdeführer geplanten Viehstall handle es sich um einen Neubau, welcher keine bestehende Bausubstanz nutze oder ersetze, zumal er neben einem bisherigen Gebäude errichtet würde. Wie beim Alternativstandort beim Betriebszentrum müsste eine vollständig neue Baute (in der Landwirtschaftszone) erstellt werden. Vor diesem Hintergrund sei davon auszugehen, dass die Baukosten an beiden Standorten ähnlich hoch seien. Grössere Weideflächen für das Vieh bestünden sowohl beim vom Beschwerdeführer vorgesehenen Standort wie auch beim Betriebszentrum. Der durchgeführte Augenschein habe gezeigt, dass die Errichtung eines Viehstalls beim Betriebszentrum nördlich oder nordwestlich der bestehenden Gebäude von der Topographie und vom Platzbedarf her ohne weiteres möglich sei und dass einem Neubau beim Betriebszentrum auch rechtlich nichts entgegenstehe.
Der einzige Vorteil für den vom Beschwerdeführer vorgesehene Standort sei, dass es dort einfacher möglich wäre, dem Jungvieh Silage zu verfüttern. Zwar dürfe laktierenden Tieren keine Silage verfüttert werden, wenn Milch wie auf dem Betrieb des Beschwerdeführers zur Herstellung von Käse produziert werde. Entgegen den vom Beschwerdeführer gemachten Ausführungen bestehe aber für einen solchen Betrieb kein vollständiges, alle Tiere betreffendes Verbot der Verfütterung von Silage. Anderen Tieren als laktierenden dürfe Silage verfüttert werden, sofern die vorgeschriebenen Massnahmen ergriffen würden. Die Einhaltung dieser Vorschriften sei am vom Beschwerdeführer vorgesehenen Standort wohl einfacher zu bewerkstelligen. Es sei aber auch möglich, die für das Verfüttern von Silage notwendigen Massnahmen am Standort beim Betriebszentrum umzusetzen. Dass der Beschwerdeführer den letzten Grasertrag im Herbst möglichst wirtschaftlich konservieren und danach seinem Jungvieh verfüttern wolle, ohne eine Vielzahl von Massnahmen umsetzen zu müssen, sei zwar verständlich. Ein solches Interesse vermöge aber keine Ausnahme vom Grundsatz der Konzentration der Ökonomiebauten zu rechtfertigen. Gegen den vom Beschwerdeführer für den Laufstall vorgesehenen Standort spreche ferner, dass er auf gepachtetem Land gebaut würde.
6.2 Der Beschwerdeführer rügt in verschiedenen Punkten die Sachverhaltsdarstellung durch die Vorinstanz.
6.2.1 Er bringt vor, die Vorinstanz verkenne die faktischen Gegebenheiten, wonach eine Verfütterung von Silage an das Jungvieh beim Betriebszentrum bzw. die Einhaltung der hierfür vorgeschriebenen Auflagen mit vernünftigem, verhältnismässigem Aufwand nicht möglich sei. Demgegenüber sei die Verfütterung von Silogut am geplanten Standort des Jungviehstalls problemlos möglich, weil dort keine laktierenden Tiere untergebracht seien. Diesen wesentlichen Vorteil des geplanten Standorts gegenüber dem Standort beim Betriebszentrum habe die Vorinstanz nicht berücksichtigt. Neben den Auflagen für die Verfütterung von Silage würde die Errichtung eines Freilaufstalls beim Betriebszentrum im Vergleich zum vorgesehenen Standort auch deshalb Mehrkosten verursachen, weil der Neubau beim Betriebszentrum nicht an ein bestehendes Gebäude angebaut werden könne und weil die Topographie beim Betriebszentrum nicht optimal sei. Zudem seien beim Betriebszentrum der Aufwand und die Kosten für die Erschliessung höher und der Landbedarf bei einem Neubau beim Betriebszentrum grösser als am geplanten Standort. Zur Untermauerung dieser Vorbringen reicht der Beschwerdeführer eine Aufstellung "Anforderungen für die Verfütterung von Silomilch", eine "Projektstudie" sowie eine "Kostenzusammenstellung" für einen Neubau eines Jungviehstalls beim Betriebszentrum und eine "Bestätigung der Kostenschätzung" für die geplanten Bauarbeiten auf der Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043 ein.
6.2.2 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Von der beschwerdeführenden Person kann die Feststellung des Sachverhalts wiederum nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich, ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt (vgl. E. 1.2). Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
Im bundesgerichtlichen Verfahren dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt, was in der Beschwerde näher darzulegen ist (<ref-law>). Nicht zu den Tatsachen, zu deren Vorbringen erst der angefochtene Entscheid Anlass gibt, gehören Tatsachenbehauptungen, die der Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren vorzutragen unterlassen hat, und die deshalb von der Vorinstanz auch nicht berücksichtigt werden konnten. Der Beschwerdeführer kann nicht mit neuen tatsächlichen Vorbringen, die er schon vor der Vorinstanz hätte vorbringen können und müssen, nachzuweisen versuchen, dass die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig oder die Beweiswürdigung willkürlich sei.
6.2.3 Die Vorinstanz hat berücksichtigt, dass es am geplanten Standort einfacher möglich wäre, dem Jungvieh Silage zu verfüttern. Das Vorbringen des Beschwerdeführers, die Erstellung des Viehstalls beim Betriebszentrum sei wegen der Anforderungen an die Verfütterung von Silage aufwändiger und teurer als am geplanten Standort, ist somit nicht geeignet, die Sachverhaltsdarstellung der Vorinstanz in Frage zu stellen.
Soweit der Beschwerdeführer im Übrigen einen von der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt behauptet, kann offen bleiben, ob er in genügender Weise begründet, inwiefern die Feststellungen der Vorinstanz willkürlich zu Stande gekommen, somit offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> und deshalb für das Bundesgericht nicht verbindlich sein sollen. Dies weil es sich bei den genannten, den Sachverhalt betreffenden Vorbringen des Beschwerdeführers ohnehin um unzulässige Noven im Sinne von <ref-law> handelt. Das Gleiche gilt auch für die vor Bundesgericht eingereichten Unterlagen, nämlich die Aufstellung "Anforderungen für die Verfütterung von Silomilch", die "Projektstudie" sowie die "Kostenzusammenstellung" für einen Neubau eines Jungviehstalls beim Betriebszentrum und die "Bestätigung der Kostenschätzung" für die geplanten Bauarbeiten auf der Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043. Zu diesen tatsächlichen Vorbringen und zur Einreichung der genannten Aktenstücke hat nämlich nicht erst der Entscheid der Vorinstanz Anlass gegeben. Da die Frage nach dem besser geeigneten, alternativen Standort beim Betriebszentrum schon Gegenstand des Entscheids der BVE vom 23. Januar 2009 war, hätte der Beschwerdeführer bereits vor der Vorinstanz vorbringen können, dass die Erstellung des Viehstalls beim Betriebszentrum aufwändiger und teurer und der Landbedarf in diesem Fall grösser sei. Beweismittel, um diese Vorbringen zu untermauern, hätte er ebenfalls bereits im vorinstanzlichen Verfahren einbringen können. Die Vorbringen, welche die Sachverhaltsdarstellung der Vorinstanz betreffen, sowie die genannten eingereichten Dokumente sind somit für die Frage nach der Zonenkonformität des Laufstalls für Jungvieh nicht zu berücksichtigen. Vielmehr ist vom Sachverhalt auszugehen, wie er von der Vorinstanz festgestellt worden ist.
6.3 Der Beschwerdeführer ist der Ansicht, die Vorinstanz hätte bei korrekter Anwendung der relevanten Gesetzesbestimmungen die Zonenkonformität des geplanten Freilaufstalls für Jungvieh bejahen müssen. Indem die Vorinstanz die Zonenkonformität verneint habe, habe sie die Raumplanungsgesetzgebung nicht richtig angewendet und damit Bundesrecht verletzt. Für den geplanten Standort des Viehstalls spreche, dass bestehende Bausubstanz genutzt werden könne. Das Vordach des geplanten Stalls schliesse über den bestehenden Durchfahrtsweg direkt an ein bestehendes Gebäude an, wodurch ein überdeckter Vorplatz gewonnen werde. So werde auch die Erschliessung des Stalls durch den vorhandenen Weg sichergestellt, ohne dass zusätzliche Wege oder Zäune erstellt werden müssten.
6.4 Landwirtschaftszonen sollen nach dem Gebot der haushälterischen Bodennutzung (<ref-law>; Art. 1 Abs. 1 RPG), der Nachhaltigkeit (<ref-law>) und den Planungsgrundsätzen von Art. 3 Abs. 2 lit. a und d von Bauten und Anlagen möglichst freigehalten werden. Dieser im öffentlichen Interesse liegende Grundsatz ist im Rahmen der Interessenabwägung, welche bei der Standortwahl für Bauten und Anlagen in der Landwirtschaftszone im Hinblick auf Art. 34 Abs. 4 lit. a und b RPV vorzunehmen ist (vgl. E. 4.2), zu berücksichtigen.
6.4.1 Der Vorinstanz ist darin zuzustimmen, dass in Anwendung der genannten Bestimmungen auch innerhalb der Landwirtschaftszone auf eine Konzentration der Bauten hinzuwirken ist. Liegt das Betriebszentrum eines Landwirtschaftsbetriebs wie vorliegend bei einem Siedlungsgebiet, besteht ein öffentliches Interesse daran, neue landwirtschaftliche Ökonomiebauten beim Betriebszentrum und damit ebenfalls im bestehenden Siedlungsbereich zu errichten. Das Erstellen von Bauten, welche räumlich vom landwirtschaftlichen Siedlungsgebiet abgetrennt sind, ist in einem solchen Fall zu vermeiden, wenn nicht gewichtige Gründe für einen Standort ausserhalb dieses Siedlungsgebiets sprechen.
6.4.2 In Frage käme ein solcher Standort ausserhalb des landwirtschaftlichen Siedlungsgebiets unter Umständen, wenn für neue Ökonomiegebäude vorhandene nicht mehr benötigte Bauten in der Landwirtschaftszone genutzt werden könnten. In der Landwirtschaftszone ist nämlich in erster Linie zu prüfen, ob Neubauten als Ersatzbauten an Stelle der bisherigen, nicht mehr benötigten Bauten errichtet werden können (Urteil 1C_565/2008 vom 19. Juni 2009 E. 5.5). Der vom Beschwerdeführer geplante Freilaufstall würde allerdings nicht ein bestehendes, nicht mehr benötigten Gebäude ersetzen. Allein dass das Vordach des geplanten Neubaus an eine bestehende Baute angeschlossen werden soll, bedeutet nicht, dass deren Bausubstanz genutzt würde. Wie die Vorinstanz zu Recht festgestellt hat, bestünde der neben dem bisherigen Gebäude geplante Freilaufstall durchwegs aus neuer Bausubstanz. Daran vermag auch der Umstand nichts zu ändern, dass zwischen dem Stallbau und der Fassade des bisherigen Gebäudes zusätzlich noch eine überdachte Durchfahrt erstellt würde. Aus dem Umstand, dass das Vordach des geplanten Viehstalls direkt an ein bestehendes Gebäude anschliessen würde, kann der Beschwerdeführer deshalb nichts zu Gunsten dieses von ihm gewünschten Standorts ableiten.
6.4.3 Der Beschwerdeführer hat ein (privates) Interesse daran, den Freilaufstall am geplanten Standort, nämlich 500 m entfernt vom Betriebszentrum, zu errichten, weil er damit die rechtlichen Auflagen für die Verfütterung von Silage an das Jungvieh mit geringerem Aufwand erfüllen könnte. Für den Standort beim Betriebszentrum des Beschwerdeführers bei der Siedlung Frieswil anstatt bei den in keinem Siedlungszusammenhang stehenden 500 m entfernten Gebäuden spricht dagegen der im öffentlichen Interesse liegende Grundsatz, wonach innerhalb der Landwirtschaftszone auf eine Konzentration der Bauten hinzuwirken und die räumliche Trennung landwirtschaftlicher Ökonomiebauten bzw. das Erstellen von Bauten ausserhalb des landwirtschaftlichen Siedlungsgebiets nur restriktiv zuzulassen ist. Nach der zutreffenden Einschätzung der Vorinstanz überwiegt vorliegend das öffentliche Interesse, die Errichtung landwirtschaftlicher Ökonomiebauten ausserhalb des landwirtschaftlichen Siedlungsgebiet zu vermeiden, das private Interesse des Beschwerdeführers, am geplanten Standort festzuhalten. Dies zumal ausser dem Umstand, dass die Verfütterung von Silage an die Jungtiere mit weniger Aufwand verbunden wäre, keine weiteren relevanten Vorteile für den vom Beschwerdeführer vorgesehenen Standort ersichtlich sind, die tatsächlichen Verhältnisse nach der für das Bundesgericht verbindlichen Feststellung der Vorinstanz die Errichtung eines Viehstalls beim Betriebszentrum ohne weiteres zulassen und direkt westlich des Betriebszentrums auch grössere Weideflächen bestehen.
Der Beschwerdeführer vermochte im Baubewilligungs- sowie im Beschwerdeverfahren nicht nachzuweisen, dass nach Abwägung aller Interessen, kein anderer, besser geeigneter Standort für den Freilaufstall für Jungvieh als der von ihm vorgesehene in Betracht kommt, weshalb das geplante Bauvorhaben zu Recht nicht bewilligt worden ist.
7. Umstritten ist weiter die Zonenkonformität des Ponystalls, welcher seinerzeit auf der in der Landwirtschaftszone gelegenen Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043 ohne Baubewilligung errichtet worden ist.
7.1 Die Vorinstanz hat dazu ausgeführt, sie habe bereits am 6. April 2006 ein nachträgliches Baubewilligungsgesuch für den Ponystall und einen Einstellraum als letzte kantonale Instanz abgewiesen und die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands angeordnet. Dieser Entscheid sei in Rechtskraft erwachsen. Weil nun aber der Beschwerdeführer als Landwirt und (neuer) Pächter der betroffenen Liegenschaft und nicht mehr der Eigentümer als Nichtlandwirt um eine Baubewilligung ersucht habe, hätten die Vorinstanzen zu Recht erneut über die Bewilligungsfähigkeit der bereits errichteten Bauten befunden.
Die Verweigerung der Baubewilligung für den Ponystall hat die Vorinstanz damit begründet, dass sich der vom Beschwerdeführer vorgesehene, vom Betriebszentrum entfernte Standort für die Ponystallungen wie beim geplanten Freilaufstall für Jungvieh nicht rechtfertigen lasse. Weil der Ponystall nie bewilligt worden sei und der ursprüngliche Zustand längst hätte wiederhergestellt werden müssen, stehe auch keine raumplanungsrechtlich erwünschte Weiterverwendung bestehender Bauteile zur Diskussion. Vielmehr sei die Interessenabwägung vorzunehmen, wie wenn die Erweiterung des ursprünglichen Gebäudes mit den Ponystallungen noch nicht bestehen würde. Zwar schliesse der Ponystall an den bereits vor seiner Errichtung bestehenden Geräteschuppen an. Die Nutzung bestehender Bausubstanz und die damit allenfalls mögliche Kosteneinsparung für den Beschwerdeführer seien aber vernachlässigbar, zumal der Geräteschuppen um ein vielfaches kleiner sei als der Ponystall. Das gewichtige Interesse an einer Konzentration landwirtschaftlicher Betriebsgebäude würde auch bezüglich des Standorts des Ponystalls überwiegen, sodass der Ponystall am vorgesehenen Standort nicht notwendig und daher nach <ref-law> wie der Freilaufstall für Jungvieh nicht zonenkonform sei.
7.2 Der Beschwerdeführer räumt zwar ein, dass der Ponystall auf der Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043 ohne Bewilligung ausgebaut wurde, macht aber geltend, auf dieser Parzelle bestünden seit Jahrzehnten (rechtmässige) Ponystallungen. Da der Beschwerdeführer seinen Einwand nicht näher erläutert, ist unklar, was er damit sagen will. Darauf ist aber ohnehin nicht einzutreten, da es sich um ein unzulässiges Novum handelt (vgl. <ref-law>).
7.3 Wie beim Freilaufstall für Jungvieh ist der Beschwerdeführer auch bei der Standortwahl für den Ponystall in der Landwirtschaftszone im Hinblick auf Art. 34 Abs. 4 lit. a und b RPV nicht frei, sondern er muss nachweisen, dass die Baute oder Anlage am vorgesehenen Standort objektiv notwendig ist, d.h. ein schutzwürdiges Interesse daran besteht, die streitige Baute am gewählten Ort zu errichten und, nach Abwägung aller Interessen, kein anderer, besser geeigneter Standort in Betracht kommt (vgl. E. 4.2). Was mit Bezug auf die Zonenkonformität des Freilaufstalls für Jungvieh gesagt wurde (vgl. E. 6.4), gilt grundsätzlich auch für die Ponystallungen.
7.3.1 Der Beschwerdeführer ist allerdings der Ansicht, eine Interessenabwägung zwischen dem heutigen Standort auf der Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043 und dem Standort beim Betriebszentrum in Frieswil spreche für den ersteren. Zur Begründung führt er an, es bestehe auf der Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043 bereits ein Ponystall mit einer sinnvollen und allen Anforderungen genügenden Infrastruktur. Mit dem Anbau des Ponystalls an den Geräteschuppen sei im Sinne eines haushälterischen Umgangs mit dem Boden zudem bestehende Bausubstanz genutzt worden. Aus diesen Gründen wäre ein Neubau beim Betriebszentrum erheblich teurer als die gewählte Lösung. Schliesslich habe es rund um das Betriebszentrum keine Weideflächen für die Ponys.
7.3.2 Die Vorinstanz hat am 6. April 2006 rechtskräftig entschieden, dass der auf der Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043 ohne Baubewilligung errichtete Ponystall abzubrechen bzw. der rechtmässige Zustand wiederherzustellen ist. Dem Beschwerdeführer musste bei der Übernahme des Ponystalls als Pächter bewusst sein, dass für diesen nie eine Baubewilligung erteilt worden ist und dass ein rechtskräftiger Rückbaubefehl besteht. Dies ist dem Pachtvertrag vom 30. November 2006 zu entnehmen, wo auch geregelt worden ist, dass der Pachtzins anzupassen wäre, wenn die nicht bewilligten Anbauten zurückgebaut werden müssten. Die Vorinstanz hat zu Recht festgestellt, dass unter diesen Umständen nicht eine raumplanungsrechtlich erwünschte Weiterverwendung rechtmässig bestehender Bauten zur Diskussion steht. Der Beschwerdeführer kann sich deshalb nicht darauf berufen, die bestehende Infrastruktur spreche für den Standort des Ponystalls auf der Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043. Zuzustimmen ist auch der Ansicht der Vorinstanz, wonach der Anbau des Ponystalls an einen bestehenden, viel kleineren Geräteschuppen und die damit verbundene minimale Nutzung vorhandener Bausubstanz als Vorteil für den bisherigen Standort des Ponystalls nicht ins Gewicht fällt. Schliesslich vermag auch das Argument des Beschwerdeführers nicht zu überzeugen, dass beim Betriebszentrum nicht genug Weideflächen vorhanden seien, zumal nach der verbindlichen Sachverhaltsdarstellung der Vorinstanz auch direkt westlich des Betriebszentrums grössere Weideflächen bestehen.
7.3.3 Nach der zutreffenden Einschätzung der Vorinstanz überwiegt das öffentliche Interesse, die Errichtung neuer landwirtschaftlicher Ökonomiebauten ausserhalb des landwirtschaftlichen Siedlungsgebiets zu vermeiden, das private Interesse des Beschwerdeführers, am Standort des Ponystalls festzuhalten.
7.4 Die Vorinstanz hat im Zusammenhang mit der Prüfung der Zonenkonformität bzw. Bewilligungsfähigkeit des Ponystalls weiter ausgeführt, es sei davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer selber keine genügenden Fachkenntnisse besitze, um einen Ponyzuchtbetrieb zu führen. Die Frage, ob es in Anwendung von Art. 16a Abs. 1 RPG i.V.m. <ref-law> für die Bewilligungsfähigkeit eines Pferdezuchtbetriebs in der Landwirtschaftszone ausreicht, wenn nicht die Betriebsleiterin oder der Betriebsleiter, sondern ausschliesslich eine bei ihr angestellte Person das nötige Fachwissen für eine landwirtschaftliche Pferdezucht aufweist, liess die Vorinstanz letztlich offen. Die Vorinstanz bezweifelte schliesslich auch, dass die Pferdezucht im vorliegenden Fall - wie im Hinblick auf Art. 16a Abs. 1 RPG i.V.m. <ref-law> verlangt - zu Erlösen führt oder solche zumindest ernsthaft angestrebt werden, liess diese Frage aber letztlich ebenfalls offen.
Da diese Fragen für den Entscheid der Vorinstanz nicht wesentlich waren und sie nach dem Gesagten auch für den Entscheid des Bundesgerichts nicht erheblich sind, ist auf sie sowie entsprechende Ausführungen des Beschwerdeführers nicht weiter einzugehen.
8. Zur Zonenkonformität des Umbaus des Ökonomieteils des ehemaligen Bauernhauses, nämlich des Abbruchs des Schleppdachs und der Aufstockung der Strohbühne, hat die Vorinstanz ausgeführt, dass die geplante ausgebaute Strohbühne zur Futterlagerung dienen würde. Futter und Stroh seien nach vernünftiger bäuerlicher Betriebsführung dort zu lagern, wo sie benötigt würden, nämlich in unmittelbarer Nähe der Tiere. Weil der Ponystall auf der Parzelle Wohlen Gbbl. Nr. 6043 nicht bewilligungsfähig sei und auch der Freilaufstall für Jungvieh an diesem Standort nicht errichtet werden könne, bestehe kein sachlicher Grund, den Lagerraum für das Futter am geplanten Ort zu errichten. Daher sei die Zonenkonformität auch für diesen Teil des Bauvorhabens zu verneinen.
Diesen Ausführungen der Vorinstanz ist nichts hinzuzufügen, zumal der Beschwerdeführer ihnen nicht widerspricht und er sein Interesse an einer Aufstockung der Strohbühne selber von der Erteilung der Bewilligung des Jungviehstalls und/oder des Ponystalls abhängig macht.
9. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit auf sie einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>). Die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegende Einwohnergemeinde Wohlen hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Einwohnergemeinde Wohlen, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. September 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Mattle