Faits:
A. A.a L'association X._ et "Winterthur" Société suisse d'assurances (ci-après : la Winterthur) sont liés par un contrat d'assurance-accidents obligatoire. Celui-ci a pris effet le 1er janvier 2001 pour une période de trois ans, échéant le 31 décembre 2003. Il déclare applicables les conditions d'assurance émises par la Winterthur, édition 08.1997. L'art. 1.1 de ces conditions générales prévoit que les contrats dont la durée est limitée à une ou à plusieurs années sont reconduits d'un an, tant qu'aucune des parties n'a reçu de résiliation au plus tard trois mois avant l'expiration.
Selon la police d'assurance, datée du 15 janvier 2001, la prime annuelle provisoire est fixée à 563'800 fr., les modifications de tarif conformément aux conditions d'assurance ainsi que les modifications des suppléments légaux étant réservées. Les clauses suivantes sont par ailleurs prévues :
«Genre d'entreprise ou de profession assurée : Risque no :
Hôpitaux (non psychiatrique) 8521
Lieu où se trouve l'entreprise :
M._
Entreprise ou partie d'entreprise de même genre incluse dans l'assurance, se trouvant dans un autre lieu :
Divers lieux de risque
Personnes assurées :
Tous les travailleurs assurés à titre obligatoire en vertu des art. 1 et 2 de la LAA et des art. 1 à 6 de l'ordonnance sur l'assurance-accidents.
Classement dans le tarif des primes :
Accidents
professionnels (AP) non professionnels (ANP)
Classe 61 Classe 13
Degré 8 Sous-classe 7
Les taux de prime sont actuellement composés comme suit (en ‰ du salaire LAA) :
Accidents
professionnels (AP) non professionnels (ANP)
Taux de prime net[tte] 1.74 ‰10.29 ‰
Taux pour les frais d'administration 0.12 ‰0.72 ‰
(7.00 % du taux de prime net[te])
Contribution pour la
prévention des accidents 0.11 ‰ 0.08 ‰(5.50 % du taux de prime net[te] pour AP)
(0.75 % du taux de prime net[te] pour ANP)
Taux de prime final[e] 1.97 ‰ 11.09 ‰»
A.b Par lettre du 24 septembre 2003, la Winterthur a exposé à l'association X._ avoir procédé à certaines vérifications. Il en ressortait que l'association figurait désormais en classe 61, degré 8 du tarif des primes, pour les accidents professionnels, et en classe 12, sous-classe 8, pour les accidents non professionnels; elle bénéficiait par ailleurs d'un taux de prime réduit pour les frais administratifs (7 % du taux de la prime nette, au lieu de 22.5 %). La Winterthur ajoutait qu'en raison du nombre élevé de sinistres annoncés par l'association X._, ce taux préférentiel ne pouvait pas être maintenu, de sorte que les conditions suivantes seraient applicables dès le 1er janvier 2004 :
«[...] Accidents professionnels[...]
Taux de prime net[te] 1.74 ‰
Taux de prime finale 2.24 ‰ (avant 1.97 ‰)
(y compris frais d'administration[, soit 22.5 % du taux de prime nette,] et contribution à la prévention des accidents[,] soit 6.50 % du taux de prime net[te]).
[...] Accidents non professionnels [...]
Taux de prime net[te] 9.98 ‰
Taux de prime finale 12.30 ‰ (avant 10.75 ‰)
(y compris frais d'administration[,] soit 22.5 % du taux de prime net[te,] et contribution à la prévention des accidents[,] soit 0.75 % du taux de prime net[te])»
La Winterthur précisait que cette communication avait valeur de décision et pouvait faire l'objet d'une opposition dans un délai de 30 jours dès sa notification.
Le 20 octobre 2003, l'association X._ a contesté l'augmentation du taux de prime pour les frais administratifs, au motif qu'elle ne reposait sur aucune base légale et qu'elle modifiait un contrat tacitement reconduit pour l'année 2004. Par décision sur opposition du 31 octobre 2003, la Winterthur a confirmé l'augmentation litigieuse. Elle s'est cependant déclarée prête a accepter une résiliation du contrat présentée dans un délai prolongé, à titre exceptionnel, jusqu'au 30 novembre 2003.
B. L'association X._ a déféré cette décision sur opposition au Tribunal des assurances du canton de Vaud, qui a rejeté le recours par jugement du 23 décembre 2004.
C. L'association X._ interjette un recours de droit administratif contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à la constatation de la nullité de la décision du 31 octobre 2003, subsidiairement à son annulation; elle conclut également à ce que soit déclaré applicable un taux de 7 % du taux de la prime nette, pour le calcul des frais administratifs qui lui seront facturés par l'intimée en 2004.
La Winterthur a renoncé à se déterminer sur le recours, de même que l'Office fédéral de la santé publique.

Considérant en droit:
1. Est litigieux le taux applicable au calcul du supplément de primes dont doit s'acquitter la recourante pour les frais administratifs en 2004. Le litige n'entre pas dans l'une des éventualités envisagées par l'<ref-law>. Le recours à la Commission fédérale de recours en matière d'assurance-accidents n'était donc pas ouvert contre la décision sur opposition de l'intimée. Cette décision était sujette à recours devant le Tribunal cantonal des assurances (<ref-law>), dont le jugement peut être déféré au Tribunal fédéral des assurances par la voie du recours de droit administratif (cf. RAMA 2000 no U 396 p. 324).
2. L'assurance-accidents est gérée, selon les catégories d'assurés, par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) ou par d'autres assureurs autorisés et par une caisse supplétive gérée par ceux-ci (<ref-law>). Sont ainsi habilitées à gérer l'assurance-accidents obligatoire, notamment, des institutions privées d'assurance soumises à la loi du 23 juin 1978 sur la surveillance des assurances (<ref-law>). Pour de telles institutions, dont l'intimée, le rapport d'assurance repose sur un contrat de droit public passé avec l'employeur ou la personne exerçant une activité lucrative indépendante (cf. <ref-law>). Le contrat est régi par la LAA, mais le juge peut, en cas de lacune, s'inspirer de règles tirées du droit privé, en particulier de la LCA ou du CO (consid. 4.3 non publié de l'<ref-ruling>).
Compte tenu de la relative densité des dispositions de la LAA et de l'OLAA, la liberté contractuelle des parties se trouve fortement réduite. Les assureurs sont du reste tenus d'établir un contrat-type contenant les clauses qui doivent obligatoirement figurer dans tout contrat d'assurance et qui est soumis pour approbation au Département fédéral de l'intérieur (<ref-law>). La détermination du montant des primes constitue cependant un domaine dans lequel la loi ne fixe qu'un cadre légal relativement large, aux <ref-law> et 113 ss OLAA.
3. L'<ref-law>, qui traite de la fixation des primes, a la teneur suivante :
1 Les assureurs fixent les primes en pour mille du gain assuré. Celles-ci se composent de primes nettes correspondant au risque et de suppléments destinés aux frais administratifs, aux frais de prévention des accidents et des maladies professionnelles et aux allocations de renchérissement qui ne sont pas financées par des excédents d'intérêts. Il ne doit pas y avoir de différence importante entre les suppléments de primes de la CNA et ceux des autres assureurs. Les art. 87 et 88, al. 2, sont réservés.
2 En vue de la fixation des primes pour l'assurance des accidents professionnels, les entreprises sont classées dans l'une des classes du tarif des primes et, à l'intérieur de ces classes, dans l'un des degrés prévus; le classement tient compte de la nature des entreprises et de leurs conditions propres, notamment du risque d'accidents et de l'état des mesures de prévention. Les travailleurs d'une entreprise peuvent être classés par groupe, dans des classes et degrés différents.
3 (...)
4 Le changement de genre de l'entreprise et la modification de ses conditions propres doivent être annoncés dans les quatorze jours à l'assureur compétent. Si les changements sont importants, l'assureur peut modifier le classement de l'entreprise dans les classes et degrés du tarif des primes, le cas échéant avec effet rétroactif.
5 Sur la base des expériences acquises en matière de risques, l'assureur peut, de sa propre initiative ou à la demande de chefs d'entreprises, modifier le classement d'entreprises déterminées dans les classes et degrés du tarif des primes, avec effet au début de l'exercice comptable.
6 En vue de la fixation des primes pour l'assurance des accidents non professionnels, les assurés peuvent être répartis en classes de tarif. Les primes ne peuvent toutefois être échelonnées en fonction du sexe des personnes assurées.
7 Le Conseil fédéral peut fixer les taux maxima des suppléments de primes prévus au 1er alinéa. Il détermine le délai pour modifier les tarifs de primes et pour procéder à une nouvelle répartition des entreprises en classes et degrés; il édicte des dispositions sur le calcul des primes dans des cas spéciaux, notamment pour les assurés facultatifs et pour ceux qui sont assurés auprès d'une caisse-maladie reconnue.
Conformément à cette délégation de compétence, le Conseil fédéral a adopté les art. 113 et 114 OLAA, qui sont ainsi libellés :
Art. 113 Classes et degrés
1 Les entreprises ou parties d'entreprises doivent être classées dans les classes et degrés du tarif des primes de telle manière que les primes nettes suffisent selon toute probabilité à couvrir les frais d'accidents et de maladies professionnels d'une communauté de risque.
2 (...)
3 Les changements apportés au tarif des primes ainsi que les modifications opérées en vertu de l'art. 92, al. 5, de la loi et portant sur l'attribution des entreprises aux classes et degrés de celui-ci, doivent être communiquées aux entreprises intéressées au moins deux mois avant la fin de l'exercice comptable en cours. Les demandes des exploitants qui requièrent la modification de l'attribution pour le prochain exercice comptable doivent être déposées dans les mêmes délais.
Art. 114 Suppléments de primes pour frais administratifs
1 Le supplément pour les frais administratifs est destiné à couvrir les dépenses ordinaires occasionnées aux assureurs par la pratique de l'assurance-accidents, y compris les dépenses pour des prestations de tiers qui ne servent pas au traitement médical telles que les frais de justice, de conseils et d'expertise.
2 Les suppléments pour les frais administratifs des assureurs désignés à l'art. 68 de la loi sont destinés à couvrir les dépenses visées à l'al. 1 et ne peuvent dépasser de plus de 15 points ceux de la CNA.
3 L'office fédéral peut demander aux assureurs des renseignements sur le prélèvement des suppléments pour les frais administratifs.
4. La recourante soutient que l'intimée n'était pas en droit de modifier le taux de supplément de primes pour frais administratifs par une décision unilatérale notifiée au moins deux mois avant la fin de l'exercice comptable en cours, conformément à l'<ref-law>. Selon elle, il faut distinguer les primes nettes, sujettes à modification unilatérale en cours de contrat, des suppléments de primes pour frais administratifs, dont la fixation repose - dans les limites fixées par le législateur - sur une base purement contractuelle.
Les premiers juges considèrent pour leur part que la notion de primes forme un tout indissociable qui comprend l'ensemble des montants dus par l'employeur. Partant, l'assureur était en droit, moyennant le respect du préavis de deux mois prévu par l'<ref-law>, d'imposer à l'employeur une augmentation du taux de supplément de primes litigieux.
5. 5.1 L'établissement d'un tarif des primes et le classement des preneurs d'assurance dans ce tarif permet de réunir plusieurs entreprises (ou parties d'entreprises) comparables au sein d'une communauté de risque. Par leurs contributions - les primes nettes au sens de l'<ref-law> - ces entreprises doivent entièrement supporter les coûts des accidents et maladies professionnels qui surviennent au sein de la communauté à laquelle elles appartiennent (<ref-law>). Une prime de référence pour toutes les entreprises concernées est fixée selon des critères actuariels et permet de garantir une certaine solidarité au sein de la communauté. Cette prime est toutefois pondérée par un second facteur de risque, afin de prendre en considération les écarts significatifs - abstraction faite des variations usuelles - entre le nombre et le coût des événements assurés annoncés par une entreprise, d'une part, et la valeur statistique de référence pour la communauté de risque à laquelle elle appartient, d'autre part (cf. <ref-ruling> consid. 3 et 321 consid. 5c).
Les assureurs-accidents peuvent adopter une pratique analogue pour l'assurance des accidents non professionnels et répartir les assurés en classes de tarif. Les primes ne peuvent toutefois pas être échelonnées en fonction du sexe des personnes assurées (<ref-law>).
5.2 Comme cela ressort des <ref-law> et 114 al. 1 OLAA, les suppléments de primes pour frais administratifs sont destinés à couvrir les dépenses ordinaires occasionnées aux assureurs par la pratique de l'assurance-accidents, y compris les dépenses pour des prestations de tiers qui ne servent pas au traitement médical, tels que les frais de justice, de conseils et d'expertises. Il ne doit pas y avoir une différence importante entre les suppléments de primes de la CNA et ceux des autres assureurs. Les suppléments pour les frais administratifs des assureurs visés à l'art. 68 al. 1 de la loi ne peuvent dépasser ceux fixés par la CNA de plus d'un certain nombre de points. Initialement, la limite supérieure du dépassement autorisé était de 10 points (<ref-law>, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 1997; RO 1983 p. 71); elle est ensuite passée à 15 points (Ordonnance du 15 décembre 1997 modifiant l'Ordonnance sur l'assurance-accidents; RO 1998 p. 160). Il s'agissait alors de laisser une plus grande marge de manoeuvre aux assureurs privés lors du calcul des suppléments de primes, vers le haut comme vers le bas, et de renforcer la concurrence en ce domaine (Rapport du 17 juin 2003 de la Commission de la sécurité sociale et de la santé publique du Conseil des Etats sur l'initiative parlementaire «Prime minimum et suppléments de primes pour frais administratifs dans l'assurance-accidents» [ci-après : rapport de la Commission de sécurité sociale du Conseil des Etats], FF 2003 p. 5447 sv.; voir également Peter Schlegel, Frais administratifs de l'assurance-accidents : situation initiale, évolution et problèmes, in : Sécurité sociale 1/2001, p. 13 sv.).
Cette marge de manoeuvre devrait encore être élargie prochainement par une modification de l'<ref-law> adoptée le 8 octobre 2004 (FF 2004 5091; le Conseil fédéral n'a pas encore décidé sa date d'entrée en vigueur). En effet, la nouvelle version de cette disposition ne fera plus référence au supplément de primes fixé par la CNA pour la détermination des frais administratifs prélevés par les autres institutions pratiquant l'assurance-accidents obligatoire. Cela devrait contribuer à renforcer encore la concurrence entre assureurs privés et éviter que celle-ci soit influencée par les décisions du Conseil d'administration de la CNA en matière de suppléments de primes (rapport de la Commission de sécurité sociale du Conseil des Etats, FF 2003 p. 5448; voir également Hans-Rudolf Müller, Suppléments de primes destinés aux frais administratifs des assureurs privés LAA, in : Sécurité sociale 1/2001, p. 17).
5.3 Le supplément de primes pour les frais administratifs ne dépend qu'indirectement de la prime, en ce sens qu'il est calculé en pour cent du taux de primes. Il n'est pas en relation directe avec les risques de l'assurance et, par conséquent, avec l'appartenance du preneur d'assurance à l'une ou l'autre communauté de risque. Il peut en revanche varier en fonction des coûts administratifs qu'entraîne l'assurance conclue par l'entreprise concernée et de la collaboration offerte par l'entreprise. Il est généralement admis, par exemple, que les petites entreprises et les ménages entraînent des frais de gestion plus élevés que les grandes entreprises (Peter Schlegel, loc. cit.; Hans-Rudolf Müller, op. cit., p. 18). Dans la limite fixée par l'<ref-law> (en relation avec l'art. 92 al. 7 1re phrase LAA), les assureurs privés peuvent négocier avec les entreprises des suppléments de primes plus ou moins élevés selon les frais administratifs prévisibles et, partant, selon leur intérêt à conclure le contrat. Toutefois, pour éviter que les grandes entreprises se voient facturer des suppléments particulièrement bas pour les frais administratifs, au détriment des petites et moyennes entreprises, après l'entrée en vigueur du nouvel <ref-law>, la modification du 8 octobre 2004 de la LAA prévoit de laisser au Conseil fédéral la possibilité de fixer le taux maximum du supplément de primes pour frais administratifs (nouvel art. 92 al. 7 2ème phrase LAA; sur ce point : rapport de la Commission de sécurité sociale du Conseil des Etats, FF 2003 p. 5548 sv.).
6. 6.1 Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair et que plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, il convient de rechercher quelle est la véritable portée de la norme, en la dégageant de tous les éléments à considérer, soit notamment des travaux préparatoires (interprétation historique), du but de la règle, de son esprit, ainsi que des valeurs sur lesquelles elle repose, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique) ou encore de sa relation avec d'autres dispositions légales (interprétation systématique). Le sens que prend la disposition dans son contexte est également important (<ref-ruling> consid. 4.2, 129 II 118 consid. 3.1, 129 III 56 sv. consid. 3.1.1).
6.2 Considérée isolément, l'expression «changements apportés au tarif des primes» («Änderungen der Prämientarife»; «cambiamenti delle tariffe») figurant à l'<ref-law> n'indique pas clairement s'il s'agit de changements touchant la part de prime correspondant au risque (prime nette) ou de modifications portant sur la totalité de la prime dont devra finalement s'acquitter le preneur d'assurance (prime nette et suppléments). Par ailleurs, ni l'ordonnance, ni la loi ne définissent la notion de tarif des primes. Dans la loi, cependant, cette notion est utilisée en relation avec les différents niveaux de primes établis en fonction du classement des entreprises dans des communautés de risque (art. 92 al. 2, 4 et 5 LAA). Elle est donc étroitement liée au risque spécifique de l'assurance. Cet élément tend déjà à démontrer que par modification du tarif des primes, il faut entendre un changement des primes nettes, à l'exclusion des suppléments de primes pour frais administratifs.
6.3 Cette interprétation est confirmée par la systématique utilisée dans l'OLAA elle-même. L'<ref-law>, qui permet un changement du tarif des primes moyennant un préavis de deux mois, est intégré dans une disposition intitulée «Classes et degrés», dont l'alinéa 1 précise ce que doit couvrir la prime nette et comment le tarif des primes doit être établi par communautés de risque. Le supplément de primes pour les frais administratifs n'y est pas mentionné. Il fait l'objet d'un article distinct de l'ordonnance (<ref-law>) qui ne règle pas la modification du supplément ni ne contient à ce sujet un renvoi à la norme précédente, ce qui plaide également, d'un point de vue systématique, contre une augmentation unilatérale par l'assureur de ce supplément.
6.4 Si l'on se tourne vers un interprétation téléologique, il y a lieu de constater que l'<ref-law>, en corrélation avec l'<ref-law>, a pour but de permettre aux assureurs-accidents de rectifier rapidement le classement des entreprises dans le tarif des primes, voire la définition même des différentes communautés de risque et le tarif des primes comme tel, en fonction de l'évolution des risques et de l'expérience acquise en la matière. Le système est conçu de manière à ce que les primes perçues tiennent constamment compte des risques (Message du Conseil fédéral du 18 août 1976 à l'appui d'un projet de loi fédérale sur l'assurance-accidents, FF 1976 III 222). Cette exigence justifie d'accorder à l'assureur le droit de modifier unilatéralement le tarif des primes (nettes), en fonction des expériences acquises en matière de risque et selon des données actuarielles. Ce droit n'est pas absolu puisqu'il trouve ses limites, notamment dans le respect des principes généraux posés dans la loi et qu'un contrôle judiciaire est prévu. Comme la décision initiale de classement d'une entreprise dans les classes et degrés du tarif des primes, la modification de ce classement peut en effet faire l'objet d'un recours devant la Commission fédérale de recours en matière d'assurance-accidents (<ref-law>).
La modification du supplément pour les frais administratifs ne répond pas aux mêmes impératifs de flexibilité. Comme on l'a vu, ces frais ne dépendent pas directement du risque, mais correspondent à des frais généraux indépendants des données actuarielles de l'assurance-accidents. Ils ne sont pas répartis entre différentes communautés de risque, mais sont supportés par l'ensemble des preneurs d'assurance liés à un même assureur-accidents. Leur taux ne dépend pas du classement de l'entreprise concernée dans le tarif des primes, mais peut en revanche varier en fonction des coûts administratifs que l'assurance de l'entreprise concernée pourrait entraîner. Afin d'en tenir compte, mais également pour renforcer la concurrence dans ce domaine, le législateur a progressivement accordé plus de liberté aux assureurs-privés, laissant ainsi plus de place à la négociation entre partenaires contractuels. Le supplément présente donc un caractère contractuel marqué qui le soustrait à la procédure de modification unilatérale de l'<ref-law>. Admettre que cet élément contractuel ne puisse intervenir qu'au moment de la conclusion du contrat et reconnaître ensuite le droit de l'assureur de l'augmenter unilatéralement après un exercice comptable, fausserait le jeu de la concurrence, pourtant voulue par le législateur. Compte tenu de la liberté laissée aux parties dans ce domaine, du reste, la Commission fédérale de recours en matière d'assurance-accidents n'a pas la compétence de se prononcer sur le supplément de primes pour les frais administratifs à la suite d'un recours fondé sur l'<ref-law>; saisie d'un tel recours, elle n'entre pas en matière, à juste titre, sur un grief relatif à ce supplément (cf. décision non-publiée du 15 septembre 2003 de la Commission de recours en matière d'assurance-accidents [REKU 517/02], consid. 9).
7. Compte tenu de ce qui précède, il n'y pas lieu de soumettre les suppléments pour frais administratifs à la réglementation de l'<ref-law>. L'intimée ne pouvait fonder sur cette disposition sa décision du 24 septembre 2003 de modifier le supplément pour les frais administratifs. En l'absence d'une réglementation spéciale en la matière dans la LAA ou l'OLAA, elle était en principe liée par le contrat conclu avec la recourante.
8. 8.1 Selon les conditions générales applicables à cet accord, les contrats dont la durée est limitée à une ou à plusieurs années sont reconduits d'un an, tant qu'aucune des parties n'a reçu de résiliation au plus tard trois mois avant l'expiration (art. 1.1 des conditions d'assurance émises par la Winterthur, édition 08.1997). Ces conditions ne prévoient pas que l'assureur serait autorisé à modifier par une déclaration unilatérale le taux de supplément de primes pour les frais administratifs. Une telle modification n'est pas davantage prévue par les clauses particulières du contrat conclu entre les parties. Certes, la police d'assurance réserve «les modifications de tarif conformément aux conditions d'assurance ainsi que les modifications des suppléments légaux». On ne peut toutefois pas en déduire que les parties auraient convenu d'un droit de modification unilatérale du taux de supplément de primes pour les frais administratifs. L'intimée ne l'a d'ailleurs jamais prétendu en procédure. Cette clause relative aux suppléments légaux concerne bien plutôt les adaptations nécessaires du supplément pour les frais de prévention des accidents professionnels et non-professionnels, dont le taux est fixé par décision du Conseil fédéral conformément aux art. 87 et 88 LAA et ne dépend donc pas de la volonté des parties au contrat.
Il s'ensuit que la décision notifiée à l'association X._ constitue tout au plus une proposition de modification du contrat par l'assureur-accidents, soumise à l'acceptation du preneur d'assurance.
8.2 Le contrat liant la Winterthur à l'association X._ était conclu pour une durée de trois ans et arrivait à échéance le 31 décembre 2003. Par lettre du 20 octobre 2003, l'association X._ a expressément manifesté son désaccord avec toute modification du supplément de primes pour frais administratifs, dans un délai raisonnable après avoir reçu la décision du 24 septembre 2003. Une acceptation tacite (<ref-law> par analogie) de la modification exigée par la Winterthur n'entre donc pas en considération, indépendamment du point de savoir si l'assureur aurait été ou non en droit de conclure à une telle acceptation, en l'absence de réponse (cf. Maurer, Schweizerisches Privatversicherungsrecht, 3ème éd., p. 237). Par ailleurs, l'<ref-law>, d'après lequel la proposition de prolonger ou de modifier un contrat ou de remettre en vigueur un contrat suspendu est considérée comme acceptée si l'assureur ne la refuse pas dans les quatorze jours après qu'elle lui est parvenue, ne s'applique qu'aux propositions émanant du preneur d'assurance. Cette disposition ne concerne pas l'acceptation, par le preneur, d'une offre de modification émise par l'assureur (cf. <ref-ruling> consid. 4b; Gerhard Stoessel, in : Honsell/Vogt/Schnyder (éd.), Kommentar zum schweizerischen Privatrecht, Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag [VGG], n. 4 ad art. 2).
8.3 Compte tenu de l'opposition de l'association X._ à la modification du supplément de primes pour frais administratifs, la Winterthur s'est déclarée prête à accepter une résiliation du contrat présentée dans un délai courant jusqu'au 30 novembre 2003. L'association X._ n'a pas donné suite à cette proposition. Par conséquent, aucune des parties n'a résilié le contrat, que ce soit dans le délai de trois mois avant l'échéance du 31 décembre 2003 ou dans le nouveau délai fixé par l'assureur-accidents. A défaut d'une telle résiliation, et en l'absence d'accord des parties sur une modification du contrat, celui-ci a été reconduit tacitement, sans changement, pour une durée d'une année. Le taux du supplément de primes pour les frais administratifs, qui était de 7 % du taux de la prime nette, selon les conditions contractuelles convenues pour la période du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2003, est donc également applicable pour l'année 2004.
9. Vu ce qui précède, la recourante obtient gain de cause et peut prétendre une indemnité de dépens à la charge de l'intimée (art. 159 al. 1 OJ). Cette dernière supportera également les frais de la procédure (art. 134 OJ a contrario et art. 156 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances prononce:
1. Le recours est admis et le jugement du Tribunal des assurances du canton de Vaud du 23 décembre 2004 ainsi que la décision sur opposition de "Winterthur" Société suisse d'assurances, du 31 octobre 2003, sont annulés.
2. Il est constaté que le taux du supplément de prime pour les frais administratifs applicable au contrat liant "Winterthur" Société Suisse d'assurances et l'association X._, pour l'année 2004, est de 7 % du taux de la prime nette.
3. Les frais de justice, d'un montant de 3'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée. L'avance de frais d'un même montant versée par la recourante lui est restituée.
4. L'intimée versera à la recourante la somme de 2'500 fr. (y compris la taxe à la valeur ajoutée) à titre de dépens pour l'instance fédérale.
5. Le Tribunal des assurances du canton de Vaud est invité à statuer sur les dépens de la procédure cantonale, compte tenu de l'issue définitive du litige.
6. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 24 octobre 2005
Au nom du Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la Ire Chambre: p. le Greffier: