Sachverhalt:
A. Mit Einspracheentscheid vom 1. Dezember 2003 sprach die Winterthur Versicherungen (heute: AXA Versicherungen AG; nachfolgend: AXA) dem 1960 geborenen A._ für die Folgen des Unfalls vom 17. Dezember 1994 (Sturz auf das linke Knie) und des am 3. März 1999 gemeldeten Rückfalls eine Integritätsentschädigung aufgrund einer Integritätseinbusse von 20 % für die chronischen Kniebeschwerden links zu; im Übrigen bestätigte sie die Verfügung vom 17. September 2002, mit welcher sie die Pflegeleistungen und Kostenvergütungen auf den 28. Februar 2002 und die Taggeldleistungen ab dem 1. September 2002 eingestellt sowie einen Anspruch auf Invalidenrente verneint hatte. Die hiegegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. November 2005 insoweit gut, dass der Einspracheentscheid vom 1. Dezember 2003 aufgehoben und die Sache an die AXA zurückgewiesen wurde, damit diese, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Leistungsansprüche neu verfüge. Die AXA holte u.a. das Gutachten der Klinik X._, vom 30. Januar 2008 (mit Ergänzungen vom 31. Oktober 2008 und 20. Mai 2009) ein. Mit Verfügung vom 10. August 2009 stellte sie erneut die Pflegeleistungen und Kostenvergütungen auf den 28. Februar 2002 und die Taggeldleistungen ab dem 1. September 2002 ein, sprach dem Versicherten eine Integritätsentschädigung auf Basis einer Integritätseinbusse von 20 % zu und verneinte einen Anspruch auf Invalidenrente mangels leistungsbegründenden Invaliditätsgrades; zudem verneinte sie den natürlichen Kausalzusammenhang der geltend gemachten Handgelenksbeschwerden beidseits mit dem Unfall vom 17. Dezember 1994 bzw. dem Rückfall vom 3. März 1999 und deren Folgen. Eine Einsprache lehnte sie ab (Einspracheentscheid vom 27. April 2010).
B. In teilweiser Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hielt das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 29. Februar 2012 fest, dass A._ ab 1. September 2002 Anspruch auf eine Invalidenrente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 22 % und auf eine Integritätsentschädigung in Höhe von 25 % des Höchstbetrages des versicherten Jahresverdienstes hat.
C. Mit Beschwerde beantragt die AXA, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben.
A._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Verfügung vom 25. Juni 2012 erkennt das Bundesgericht der Beschwerde der AXA die aufschiebende Wirkung zu.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- und Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Einstellung der vorübergehenden Leistungen (Heilbehandlung; Taggeld) im Sinne des Einspracheentscheids vom 27. April 2010 bestätigt. Mangels eigener Anfechtung innerhalb der Beschwerdefrist von <ref-law> ist darauf, wie der Beschwerdegegner vernehmlassungsweise einräumt, nicht zurückzukommen.
3. 3.1 Streitig und zu prüfen ist zunächst, ob die von der Klinik X._ im Gutachten vom 30. Januar 2008 diagnostizierten residuellen Handgelenksbeschwerden rechts bei - unfallfremder - Handgelenkslaxität beidseits und Laxität der Daumengrundgelenke beidseits (bei Status nach dorsaler Handgelenksganglionexzision und Strecksehnenrevision rechts am 28. April 1998 sowie Status nach Strecksehnenrevision bei Strecksehnensynovitis Hand rechts am 2. Juli 2002) mit überwiegender Wahrscheinlichkeit teilweise in natürlich kausalem Zusammenhang mit dem Unfall vom 17. Dezember 1994 bzw. dem Rückfall vom 3. März 1999 und deren Folgen standen.
3.2 Die Vorinstanz hat hiezu erwogen, die ärztlichen Sachverständigen der Klinik X._ hätten den Kausalzusammenhang wegen der nach der Knieoperation vom 2. Mai 2001 notwendig gewordenen Benützung von zwei Gehstöcken bejaht. Sie hätten allerdings die hinsichtlich der Beurteilung des Anspruchs auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung massgebliche Frage, ob und wann der status quo sine erreicht worden sei, widersprüchlich beantwortet. Zum einen hätten sie die Mobilisation an Krücken nur für eine vorübergehende und nicht anhaltende Symptomatik verantwortlich gemacht; anderseits hätten sie festgehalten, die Gehstockbenützung habe sicher zu einer Verschlechterung der Handgelenkssituation beigetragen, weshalb ein Integritätsschaden bezogen auf das rechte Handgelenk zu bejahen sei. Angesichts dieser gutachterlichen Widersprüche sei nicht nachvollziehbar, dass die AXA von der Einholung eines Obergutachtens absah. Diese habe daher für die Handgelenksbeschwerden einzustehen.
3.3 Die vorinstanzliche Schlussfolgerung aus der an sich zutreffenden Beweiswürdigung des Gutachtens der Klinik X._ vom 30. Januar 2008 verletzt <ref-law>. Danach ist das kantonale Versicherungsgericht verpflichtet, unter Mitwirkung der Parteien die für den Entscheid erheblichen Tatsachen festzustellen und die dazu notwendigen Beweise zu erheben. Nachdem sich der vorinstanzlich festgestellte, von der AXA mit Beschwerde eingeräumte Widerspruch im Gutachten der Klinik X._ vom 30. Januar 2008 nicht auflösen lässt, ist die Sache an das kantonale Gericht zurückzuweisen, damit es die zu diesem Punkt notwendigen Abklärungen treffe und hernach über den Anspruch auf Integritätsentschädigung neu entscheide. Der Anspruch auf Invalidenrente ist, wie sich aus den folgenden Erwägungen ergibt, dennoch spruchreif.
4. 4.1 Bei der Bestimmung des Invaliditätsgrades nach <ref-law> hat die Vorinstanz in Bestätigung des Einspracheentscheids vom 27. April 2010 das hypothetische Valideneinkommen bezogen auf den frühestmöglichen Rentenbeginn (1. September 2002) auf Fr. 65'897.- festgelegt. Dies entspricht den an den Nominallohnindex der Jahre von 1996 bis 2002 angepassten Löhnen aus Haupt- und Nebenerwerbsbeschäftigung, die zusammen ein Arbeitspensum von insgesamt 125 % ausmachten.
4. 4.1 Bei der Bestimmung des Invaliditätsgrades nach <ref-law> hat die Vorinstanz in Bestätigung des Einspracheentscheids vom 27. April 2010 das hypothetische Valideneinkommen bezogen auf den frühestmöglichen Rentenbeginn (1. September 2002) auf Fr. 65'897.- festgelegt. Dies entspricht den an den Nominallohnindex der Jahre von 1996 bis 2002 angepassten Löhnen aus Haupt- und Nebenerwerbsbeschäftigung, die zusammen ein Arbeitspensum von insgesamt 125 % ausmachten.
4.2 4.2.1 Das kantonale Gericht ist gestützt auf das Gutachten der Klinik X._ vom 30. Januar 2008 davon ausgegangen, es seien sowohl die Folgen der Knieverletzung links als auch die unfallbedingte Verschlechterung der Handgelenksbeschwerden rechts zu berücksichtigen. Tätigkeiten, die teils sitzend, stehend und gehend ausgeübt werden könnten, seien - unter Vermeidung von Heben und Tragen schwerer Lasten über 5 bis 10 kg, von Gehen auf unebenem Gelände und längerem Knien sowie von anderweitigen kniebelastenden Verrichtungen (Steigen auf Leitern; Hinabspringen aus mittlerer Höhe, etc.) - vollzeitlich und leistungsmässig uneingeschränkt möglich. In Bezug auf die Handgelenksbeschwerden seien mittelschwere bis grob manuelle Tätigkeiten nicht mehr, feinmotorische nur unter Ausschluss von monotonen, stundenlangen, repetitiven Handgelenksbewegungen wie auch von Arbeiten auf und über Brusthöhe möglich.
4.2.2 Die AXA bringt an sich richtig vor, dass die Klinik X._ im Gutachten vom 30. Januar 2008 bezogen auf die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit davon ausging, die Handgelenksbeschwerden rechts seien nicht unfallbedingt, da diese vor allem wegen der Sehnenlaxität auftreten konnten. Die Frage, ob der natürliche Kausalzusammenhang teilweise dennoch gegeben ist, kann jedoch im Zusammenhang mit der Beurteilung des hypothetischen Invalideneinkommens gemäss <ref-law> offen gelassen werden. Denn die medizinischen Sachverständigen legten zum einen schlüssig dar, dass anamnestisch die Handgelenksbeschwerden seit der Knieoperation vom 31. Februar 2000 (recte: 2. Mai 2001) eindeutig im Hintergrund standen und zu keinem Zeitpunkt praktische Relevanz für die Arbeitsfähigkeit hatten. Mit Blick auf die Verwertbarkeit der verbliebenen Arbeitsfähigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage ergaben sich demnach daraus keine wesentlichen Einschränkungen. Die Vorinstanz ist denn auch bei der Festlegung des hypothetischen Invalideneinkommens für die Haupterwerbstätigkeit anhand der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung (LSE) 2002 des Bundesamtes für Statistik (BFS), Tabelle TA1, Anforderungsniveau 4, Total, Männer (Fr. 4'557.-), angepasst an die betriebsübliche wöchentliche Arbeitszeit von 41.8 Stunden, in Bestätigung des Einspracheentscheids der AXA vom 27. April 2010 von einem leidensbedingten Abzug von 10 % gemäss <ref-ruling> ausgegangen (Fr. 51'430.30).
4.2.3 Zu prüfen bleibt, ob dem Beschwerdeführer mit den genannten gesundheitlichen Einschränkungen zumutbar sei, weiterhin einer Nebenerwerbstätigkeit entsprechend dem als Gesunder ausgeübten Teilzeitpensum von 25 % nachzugehen. Entgegen den vorinstanzlichen Erwägungen hat die Klinik X._ diese Frage aus ärztlicher Sicht mit der Ergänzung vom 25. Mai 2009 zum Gutachten vom 30. Januar 2008 bejaht. Allerdings hat das kantonale Gericht auch erwogen, angesichts des erheblich eingeschränkten Leistungsprofils, der fehlenden Berufsausbildung und des Umstands, dass für eine Nebenerwerbstätigkeit in erster Linie Reinigungsarbeiten in Betracht fielen, für die eine um 50 % eingeschränkte Arbeitsfähigkeit bestehe, sei die Annahme, der Versicherte könnte regelmässige nebenberufliche Arbeitsgelegenheiten finden, realitätsfern und daher für die Invaliditätsbemessung nicht massgebend.
4.2.4
4.2.4.1 Die Frage der Verwertbarkeit verbliebener Erwerbsfähigkeit auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt prüft das Bundesgericht mit freier Kognition (Urteil 8C_776/2008 vom 18. Juni 2009 E. 5.2 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung ist bei der Ermittlung des trotz gesundheitlicher Beeinträchtigung zumutbarerweise erzielbaren Einkommens nicht von realitätsfremden Einsatzmöglichkeiten auszugehen. Verlangt werden können nur Vorkehren, die unter Berücksichtigung der gesamten objektiven und subjektiven Gegebenheiten des Einzelfalles zumutbar sind (<ref-ruling> E. 4a S. 28; ZAK 1989 S. 321, I 329/88 E. 4a). Nicht in Betracht fallen durch die Gesundheitsschädigung derart eingeschränkte Tätigkeiten, dass sie der allgemeine (ausgeglichene) Arbeitsmarkt praktisch nicht kennt oder nur unter nicht realistischem Entgegenkommen eines durchschnittlichen Arbeitgebers möglich wären und das Finden einer entsprechenden Stelle deshalb zum Vorneherein als ausgeschlossen erscheint (ZAK 1991 S. 320, I 350/89 E. 3b; ZAK 1989 S. 322, I 329/88 E. 4a in fine; Urteil 8C_1050/2009 vom 28. April 2010 E. 3.3 in fine).
4.2.4.2 Eine Nebenbeschäftigung im Reinigungsdienst könnte der Beschwerdeführer nur ausserhalb der üblichen fünf Werktage mit den gängigen Arbeitszeiten ausüben. Reinigungsdienste werden jedoch erfahrungsgemäss, z.B. im Bereich von Bürogebäuden, in der Regel am Abend und allenfalls auch an Samstagen eingesetzt. Unter diesen Umständen kann entgegen der vorinstanzlichen Auffassung nicht gesagt werden, der erwerblichen Verwertbarkeit der ein Normalarbeitspensum übersteigenden Erwerbsfähigkeit des Beschwerdeführers seien derart enge Grenzen gesetzt, dass das Finden einer entsprechenden Einsatzmöglichkeit unrealistisch erscheint. Ausgehend vom monatlichen Bruttolohn gemäss Rz. 90-93 (Sonstige öffentliche und persönliche Dienstleistungen) der LSE 2002, Anforderungsniveau 4, Männer (Fr. 4'139.-), angepasst an die betriebsübliche wöchentliche Arbeitszeit des Jahres 2002 von 41.8 Stunden (Statistisches Jahrbuch der Schweiz 2004, BFS, Tabelle T3.2.3.5, Rz O, S. 200) und vermindert um den Beschäftigungsgrad von 25 % sowie den Arbeitsunfähigkeitsgrad von 50 %, lässt sich ein jährliches Invalideneinkommen in einer zumutbaren Nebenerwerbsbeschäftigung von Fr. 6'487.90 ermitteln. Addiert zum Invalidenlohn der Haupterwerbstätigkeit (Fr. 51'430.30) ergibt sich ein Gesamtverdienst von Fr. 57'919.20 und dem Valideneinkommen von Fr. 65'897.- gegenübergestellt, ein Invaliditätsgrad von 12 %.
5. 5.1 Die Gerichtskosten sind, nachdem die AXA mit dem Rechtsbegehren nur teilweise obsiegt, den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen (<ref-law>).
5.2 Die AXA hat dem Beschwerdegegner eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Februar 2012 aufgehoben wird, und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, damit sie im Sinne der E. 3 verfahre und über den Anspruch auf Integritätsentschädigung neu entscheide.
1.2 Es wird festgestellt, dass der Beschwerdegegner Anspruch auf eine Invalidenrente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 12 % mit Beginn ab 1. September 2002 hat.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin und dem Beschwerdegegner je mit Fr. 375.- auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'400.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. September 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Grunder