Sachverhalt:
A. S._, geboren 1958, war bei der D._ AG als Aussendienstmitarbeiterin beschäftigt und führte daneben einen landwirtschaftlichen Betrieb. Sie erlitt am 30. Mai 1997 einen Autounfall, bei dem sie aus dem Fahrzeug geschleudert wurde und sich eine obere Plexusparese nach Duchenne C5/C6, eine mediale Seitenbandläsion mit leichter Aufklappbarkeit Grad II linkes Knie sowie eine Commotio cerebri mit HWS-Distorsion und initialem, lageabhängigem Drehschwindel und persistierenden Doppelbildern zuzog. Die Unfallversicherung (Northern Assurance [nunmehr AXA Versicherungen AG; im weiteren: AXA]) erbrachte obligatorische Leistungen. S._ meldete sich am 11. November 2004 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau (IV-Stelle) holte die Akten der AXA mit verschiedenen Gutachten (u.a. Dr. med. F._, Spezialarzt FMH für Orthopädische Chirurgie, Expertise vom 11. Juli 2005 und Dr. med. M. T._, Spezialarzt für Neurologie FMH, Expertise vom 16. November 2005) ein. Mit Verfügung vom 4. Januar 2006 sprach die Unfallversicherung S._ eine Integritätsentschädigung von 10 % zu und übernahm die Heilbehandlung in Form von physiotherapeutischen Massnahmen im Zeitraum vom Oktober 2004 bis Oktober 2006. Weitere Leistungen wurden verweigert. Auf Anfechtung hin wurde S._ letztinstanzlich nebst den bereits von der AXA zugestandenen Leistungen ab 22. Oktober 2004 eine Invalidenrente von 25 % aus obligatorischer Unfallversicherung gewährt (Urteil 8C_506/2008 vom 5. März 2009).
Die Versicherte weilte vom 24. bis 28. März 2006 infolge einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung (FFE) in der psychiatrischen Klinik X._. Gemäss Bericht des Oberarztes Dr. med. D._ vom 17. Mai 2006 konnte keine psychiatrische Diagnose gestellt werden, welche die Arbeitsfähigkeit einschränken würde. Mit Verfügung vom 18. Januar 2007 sprach die IV-Stelle S._ für die Zeit vom 1. November 2003 bis 30. April 2007 eine befristete halbe Rente zu.
B. S._ liess dagegen Beschwerde erheben mit Antrag, es sei ihr eine volle (recte wohl ganze) unbefristete Rente zuzusprechen. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau hob den Anspruch auf
die befristete halbe Rente, nach Androhung einer reformatio in peius, mit Entscheid vom 26. Oktober 2010 auf und wies das Leistungsbegehren im übrigen ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei ihr in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides eine volle (recte wohl ganze) unbefristete Rente, eventuell eine Dreiviertelsrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zur ergänzenden Feststellung des Sachverhalts und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanzen zurückzuweisen. In prozessualer Hinsicht lässt S._ um die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung ersuchen.
Die IV-Stelle des Kantons Aargau beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen. Das Bundesgericht legt seinem Urteil - von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen - den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat und prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen oder auf Rüge hin (<ref-law>) berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Die konkrete Beweiswürdigung stellt ebenfalls eine Tatfrage dar. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 4 mit Hinweisen), die das Bundesgericht im Rahmen der den Parteien obliegenden Begründungs- bzw. Rügepflicht (<ref-law> und <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 und 1.4.2 S. 254) frei überprüfen kann (<ref-law>; Urteil 9C_81/2011 vom 28. März 2011 E. 3.2).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung. Die zu dessen Beurteilung erforderlichen gesetzlichen Grundlagen sowie die einschlägige Rechtsprechung, namentlich zur Bedeutung und zum Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten (134 V 231 E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis) sowie zur Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 4 S. 99 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.; <ref-ruling> E. 1c S. 160 ff.), finden sich im angefochtenen Entscheid zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz stellte in Würdigung der medizinischen Gutachten, insbesondere der orthopädischen Expertise des Dr. med. F._ vom 11. Juli 2005 und des neurologischen Gutachtens des Dr. med. T._ vom 16. November 2005 wie auch des Berichts des Dr. med. D._, Oberarzt der Psychiatrischen Klinik X._, vom 17. Mai 2006 fest, der Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin sei umfassend abgeklärt, weshalb von weiteren Untersuchungen keine neuen entscheidrelevanten Erkenntnisse zu erwarten seien. In wirtschaftlicher Hinsicht traf das kantonale Gericht die Feststellung, das Einkommen aus dem Landwirtschaftsbetrieb habe vor dem Unfall weniger als 5 % zum Gesamteinkommen beigetragen. Im früheren Haupterwerbszweig als unselbstständige Versicherungsmaklerin sei die Beschwerdeführerin zu 25 % eingeschränkt. Zudem sei diese angestammte Tätigkeit als ihrem Leiden ideal angepasst zu qualifizieren. Damit betrage der Invaliditätsgrad ebenfalls 25 %.
4. Diese vorinstanzliche Beweiswürdigung ist weder offensichtlich unrichtig noch beruht sie auf einer Rechtsverletzung (vgl. Erwägung 1).
4.1 Die Beschwerdeführerin beruft sich auf einen Bericht des behandelnden Psychologen Dr. phil. H._ vom 29. Mai 2009. Bei diesem Schriftstück handelt es sich folglich - entgegen der Bezeichnung des Verfassers als "Dr. med." auf Seite 12 der Beschwerdeschrift - nicht um einen Arztbericht. Auch ist er rudimentär abgefasst und es wird insbesondere nicht nachvollziehbar begründet, aus welchen Gründen die Beschwerdeführerin nur als selbstständige Bäuerin arbeitsfähig sein sollte. Wenn Dr. phil. H._ die Beschwerdeführerin als energiegeladene streitbare Frau betrachtet, ist daraus noch nicht schlüssig, warum eine kombinierte Persönlichkeitsstörung vorliegen sollte. Allein der Umstand, dass die Beschwerdeführerin Mitarbeiter der Sozialversicherungsanstalt Aargau bedroht hatte, weil sie der Auffassung war, dass gegen sie eingeleitete Betreibungen gelöscht werden müssten, respektive weil sie finanzielle Probleme habe, berechtigt nicht zu einer entsprechenden Annahme. Nach diesen Vorkommnissen im Februar und März 2006 weilte die Versicherte im Rahmen eines fürsorgerischen Freiheitsentzugs in der Klinik X._. Dort konnte sie während mehreren Tagen beobachtet werden. Dr. med. D._, Oberarzt, verneinte am 17. Mai 2006 explizit eine Arbeitsunfähigkeit aus psychiatrischer Sicht. Es ist daher weder willkürlich noch rechtsverletzend, dass die Vorinstanz basierend auf dieser Beurteilung und unter Verzicht auf eine weitere Begutachtung festgestellt hat, im psychiatrischen Bereich liege keine Einschränkung vor.
4.2 Im Urteil des Bundesgerichts (8C_506/2008 vom 5. März 2009) wurde eine unfallbedingte Arbeitsunfähigkeit der Beschwerdeführerin als Versicherungsmaklerin von 25 % festgestellt (E. 5.1). Es sind in Übereinstimmung mit der Auffassung der Vorinstanz nicht mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit zusätzliche Einschränkungen der Beschwerdeführerin im somatischen Bereich vorhanden, die einen höheren Arbeitsunfähigkeitsgrad zu belegen vermöchten. So stellten Prof. med. L._ und Assistenzärztin W._ von der Neurologisch-Neurochirurgischen Poliklinik des Spitals Y._ am 15. Juni 2006 keine sicheren Hinweise für eine motorische Mitbeteiligung als Ursache der geklagten Hyposensibiliät der Finger III bis IV und des Unterarmes links fest. Ebenso sei die Läsion des Nervus facialis links ohne Krankheitswert. Gleichermassen berichtete Dr. med. R._, leitender Arzt der Rehabilitationsklinik Z._, am 22. September 2006, im Gespräch mit der Beschwerdeführerin fänden sich keine Hinweise für neuropsychologische Defizite; die Sensibilitätsstörungen im Bereiche der linken Hand würden zurzeit nicht mehr im Vordergrund stehen. Der Neurologe Dr. med. T._ hielt in seinem für den obligatorischen Unfallversicherer erstellten Gutachten vom 16. November 2005 leichte kognitive Defizite als Folge der Commotio cerebri nur für möglich, also nicht für überwiegend wahrscheinlich. Ebenfalls als lediglich möglich erachtete dieser Arzt, dass auch nach Abschluss der Behandlung im Jahre 1999 noch Restbeschwerden aufgrund der degenerativen Veränderungen im Bereiche der Halswirbelsäule vorhanden seien. Die Vorinstanz hat für die Beurteilung der Auswirkungen des Schulterimpingements auf Erkenntnisse des orthopädischen Chirurgen Dr. med. F._, gemäss dessen Gutachten vom 11. Juli 2005 abgestellt. Dies ist im Lichte der bundesgerichtlichen Überprüfungsbefugnis (Erwägung 1) nicht zu beanstanden.
4.3 Entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin kann aus dem Urteil des Bundesgerichts vom 19. Februar 2008 (<ref-ruling>) nicht gefolgert werden, es bestehe nach einer Distorsion der Halswirbelsäule ein Anrecht auf eine polydisziplinäre Begutachtung. Einerseits beziehen sich jene Ausführungen auf den obligatorischen Unfallversicherungsbereich und sind somit für den Bereich der Invalidenversicherung nicht direkt heranzuziehen. Andererseits liegen klare Befunde der verschiedenen medizinischen Fachrichtungen vor, die eine Beurteilung der gesundheitlichen Beeinträchtigung der Beschwerdeführerin im massgebenden Zeitpunkt des Verfügungserlasses respektive des mutmasslichen Rentenbeginnes zulassen. Die im erstinstanzlichen Verfahren in antizipierter Beweiswürdigung getroffene Feststellung, der Gesundheitszustand und die medizinisch-theoretische Arbeitsfähigkeit seien aufgrund der vorliegenden Akten hinreichend geklärt, ist weder offensichtlich unrichtig noch willkürlich oder sonstwie bundesrechtswidrig.
5. Indem die Vorinstanz bei der Invaliditätsbemessung auf die Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin als Versicherungsmaklerin abstellte - und sich mit der Tätigkeit im Landwirtschaftsbetrieb nur im Rahmen einer Eventualbegründung auseinandersetzte - ,hielt sie sich an die Erkenntnisse gemäss Urteil 8C_506/2008 vom 5. März 2009. Diese Beurteilung deckt sich im Übrigen auch mit der eigenen Darstellung der beruflichen Laufbahn: "1. Mai 1995 bis 31. Mai 1999 D._, vollamtliche Versicherungsinspektorin". Seit dem Unfallereignis vom 30. Mai 1997 - und somit während ihrer Tätigkeit als Versicherungsinspektorin - ist die Beschwerdeführerin gesundheitlich beeinträchtigt. Da ihr diese Arbeit auch seither möglich ist und die Beschwerdeführerin dabei am wenigsten eingeschränkt ist, ist nicht zu beanstanden, dass das kantonale Gericht in Berücksichtigung der Schadenminderungspflicht auch bei der Bestimmung des Invaliditätsgrades darauf abstellte. Dabei ist für die Beurteilung der ausgeglichene Arbeitsmarkt massgebend (<ref-law>), weshalb die Beschwerdeführerin aus dem Umstand, dass sie bislang keine Anstellung als Versicherungsmaklerin gefunden hat, keine rentenbegründende Invalidität ableiten kann. Da die Versicherte bei Eintritt des Gesundheitsschadens vollumfänglich unselbstständig erwerbstätig war und damals keine Anhaltspunkte für eine berufliche Veränderung vorlagen, sind solche auch bei der Invaliditätsbemessung nicht zu berücksichtigen. Spätere berufliche Veränderungen sind für die Invaliditätsbemessung nicht relevant, soweit sich die der gesundheitlichen Beeinträchtigung am besten adaptierte Tätigkeit im angestammten Beruf realisieren lässt. Die ausserordentliche Bemessungsmethode kommt daher nicht zur Anwendung.
6. Anhaltspunkte für eine offensichtlich unrichtige oder rechtsfehlerhafte Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz liegen nicht vor. Damit resultiert unter Berücksichtigung einer 75 %igen Arbeitsfähigkeit als Versicherungsmaklerin und des zulässigen Prozentvergleiches (vgl. Urteil 8C_506/2008 vom 5. März 2009 E. 5.1 sowie die dort erwähnten Entscheide <ref-ruling> E. 3a und I 1/03 vom 15. April 2003 E. 5.2) ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad.
7. Die Beschwerdeführerin beanstandet, bei der Bemessung des Invalideneinkommens sei ihr kein Leidensabzug zugestanden worden. Vorliegend entspricht die angestammte der adaptierten Tätigkeit. Es rechtfertigt sich kein Leidensabzug, da die Beschwerdeführerin sich nicht in einem neuen Beruf bestätigen muss, sondern im angestammten arbeiten und somit auch auf ihre früheren Erfahrungen zurückgreifen kann. Sie war im Zeitpunkt des Verfügungserlasses am 18. Januar 2007 erst knapp 49-jährig und kann daher auch nicht geltend machen, ein Leidensabzug sei wegen ihres Alters gerechtfertigt. Die Beschwerdeführerin macht zu Recht auch nicht geltend, eine der anderen in <ref-ruling> E. 5 b/bb S. 79 angeführten Abzugsmerkmale wie Anzahl der Dienstjahre, Nationalität oder Beschäftigungsgrad würde einen Abzug rechtfertigen. Die konkrete Schwierigkeit bei der Suche nach einer geeigneten Arbeitsstelle findet im Bereiche der Invalidenversicherung, wo der Invaliditätsgrad unter dem Axiom des ausgeglichenen Arbeitsmarktes bestimmt wird, keine Berücksichtigung (vgl. E. 4.3 hievor). Schliesslich würde auch ein allenfalls maximal möglicher Abzug von 10 % zu keinem rentenbegründenden Invaliditätsgrad führen, sodass diese Frage letztlich offen bleiben kann. Das vorinstanzliche Vorgehen stellt keine Ermessensunterschreitung und damit keine Verletzung von Bundesrecht dar.
8. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz eine Gehörsverletzung vor, da sie sich nicht mit allen von ihr vorgetragenen Argumenten auseinandergesetzt habe. Konkret nennt sie jedoch keine Beispiele, für eine Verletzung der Begründungspflicht. So hat die Vorinstanz dargelegt, dass für die Beurteilung der allfälligen Beeinträchtigung im psychischen Bereich auf die Erkenntnisse der Klinik X._ abgestellt werden könne. Ebenso hat sie im Rahmen der Androhung einer reformatio in peius die Gründe dargelegt, warum sie eine solche als gegeben erachtet. Wenn die Vorinstanz ihre Erkenntnisse in ihren Beschlüssen vom 12. August 2008 und vom 5. Mai 2009 in ihrer Urteilsbegründung wiederholte, ist dies folgerichtig, da die Argumente die gleichen bleiben, ob sie nun bei Androhung einer reformatio in peius oder im Urteil festgehalten werden. Der Vorwurf, die Vorinstanz sei unzureichend auf die von der Beschwerdeführerin vorgetragenen Argumente eingegangen, ist somit unzutreffend.
9. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten; <ref-law>) und Verbeiständung (<ref-law>) kann gewährt werden, weil die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen ist und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt oder eine Rechtsanwältin geboten war. Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist. Bei der Höhe der Entschädigung besteht kein Anlass, vom Pauschalansatz von Fr. 2'800.- abzuweichen, zumal die Versicherte ihren Antrag auf Zusprechung einer Entschädigung von Fr. 7'044.30 nicht weiter begründet (vgl. 9C_807/2010 vom 29. März 2011 E. 5).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Dieter Roth wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. August 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer