Sachverhalt:
A. Der 1944 geborene P._ war seit 5. April 1973 als Mitarbeiter in der Produktion bei der Firma B._ AG tätig und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Er erlitt in der Zeit zwischen 1988 und 2004 vier Stürze, bei welchen er sich verschiedene Verletzungen an beiden Schultern und am rechten Knie zuzog. Nachdem die Arbeitgeberin dem Versicherten mit Schreiben vom 28. September 2005 per 31. Dezember 2005 gekündigt hatte, nahm er keine neue Erwerbstätigkeit mehr auf.
Nach Durchführung von ärztlichen Behandlungen und medizinischen sowie beruflichen Abklärungen sprach die SUVA P._ für die verbliebene Beeinträchtigung aus den Unfällen vom 22. April 1988, 24. April und 2. November 2004 mit Verfügung vom 20. Dezember 2005 ab 1. Januar 2006 eine Invalidenrente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von 23 % sowie eine Integritätsentschädigung aufgrund einer Integritätseinbusse von 25 % zu. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 29. Mai 2006 fest.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 13. November 2007 in dem Sinne teilweise gut, als es die SUVA verpflichtete, dem Versicherten ab 1. Januar 2006 eine Invalidenrente auf der Basis eines Invaliditätsgrades von 50 % auszurichten.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die SUVA die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die Bestätigung ihres Einspracheentscheids.
P._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Im Einspracheentscheid vom 29. Mai 2006 sind die gesetzlichen Bestimmungen und Grundsätze über den Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung (<ref-law> in Verbindung mit Art. 7 und Art. 8 ATSG) und über die Ermittlung des Invaliditätsgrades mittels Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>), namentlich unter Verwendung der Dokumentation von Arbeitsplätzen (DAP; <ref-ruling> E. 4.2 S. 475 ff.), zutreffend dargelegt worden. Richtig sind auch die Ausführungen über die Aufgabe der Ärztinnen und Ärzte bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (<ref-ruling> E. 4 S. 261), über den für die Invaliditätsbemessung ausschlaggebenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt (<ref-ruling> E. 4b S. 276, vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 S. 346 f.) sowie über den im Sozialversicherungsrecht geltenden Grundsatz der Schadenminderungspflicht (<ref-ruling> S. 463 E. 4.2 mit Hinweisen). Darauf kann verwiesen werden.
3. Streitig und zu prüfen ist der Invaliditätsgrad, dabei namentlich die noch zumutbare Arbeitsfähigkeit sowie das hypothetische Invalideneinkommen. Nicht mehr umstritten ist hingegen die Höhe der Integritätsentschädigung.
3.1 Die SUVA ging in Verfügung und Einspracheentscheid gestützt auf die kreisärztliche Abschlussuntersuchung des Dr. med. W._ vom 4. November 2005 davon aus, eine geeignete Tätigkeit, bei welcher die stehenden bzw. gehenden Positionen einen Drittel der Arbeitszeit nicht überschreiten, sei dem Beschwerdegegner ganztägig zumutbar. Gestützt auf fünf DAP-Profile als Hilfsarbeiter ermittelte sie ein jährliches Invalideneinkommen von Fr. 46'835.- und in Gegenüberstellung mit dem Valideneinkommen von Fr. 60'550.- einen Invaliditätsgrad von 23 %.
3.2 Das kantonale Gericht hingegen stützte sich auf die Beurteilung des Kreisarztes vom 17. Juni 2005, in welcher ausgeführt wurde, der Versicherte müsse in seiner angestammten Tätigkeit als Federmacher stets stehen und herumgehen, was ihm höchstens noch ca. vier Stunden pro Tag zugemutet werden könne. Es qualifizierte diese Arbeit als sehr leichte Tätigkeit, welche auch wechselbelastend ausgeübt werden könne und den Gesundheitsschäden des Versicherten optimal angepasst sei. Aufgrund einer 50%igen Arbeitsfähigkeit in dieser bisherigen Tätigkeit ergebe sich - so die Vorinstanz - ein Invaliditätsgrad von 50 %.
3.3 Während die SUVA beschwerdeweise geltend macht, bei der früheren Tätigkeit als Federmacher handle es sich nicht um eine optimal leidensangepasste Tätigkeit, weshalb das Invalideneinkommen für eine ganztägig zumutbare Tätigkeit anhand von DAP-Profilen zu ermitteln sei, erachtet der Beschwerdegegner den vorinstanzlich ermittelten Invaliditätsgrad von 50 % für korrekt, weil einerseits bei der Beurteilung der noch zumutbaren Arbeitsfähigkeit auch die psychische Problematik zu berücksichtigen sei und es sich andrerseits bei der bisherigen Tätigkeit als Federmacher, die er noch zu 50 % ausüben könne, um eine ideal leidensangepasste Tätigkeit handle.
4. 4.1 Was zunächst die gesundheitliche Beeinträchtigung und die daraus resultierende Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit anbelangt, hat Kreisarzt Dr. med. W._ anlässlich der Untersuchung vom 11. Februar 2005 eine 50%ige Arbeitsfähigkeit in der bisherigen Tätigkeit als zumutbar erachtet. Im Nachtrag zu diesem Bericht vom 17. Juni 2005 führte Dr. med. W._ aus, der Versicherte müsse gemäss Arbeitsplatzabklärung bei seiner Tätigkeit stets stehen und herumgehen, was ihm höchstens noch in der Grössenordnung von vier Stunden pro Tag zugemutet werden könne. Geeigneter wäre - so der Kreisarzt - eine wechselhaft sitzende/stehende bzw. gehende Tätigkeit. Anlässlich der kreisärztlichen Abschlussuntersuchung vom 4. November 2005 schliesslich erachtete Dr. med. W._ eine ganztägige Tätigkeit, bei welcher die Dauer der stehenden bzw. gehenden Position einen Drittel der Arbeitszeit nicht überschreite und falls möglich auf den ganzen Tag verteilt sei, als zumutbar. Überkopfarbeiten seien nicht mehr möglich und das Gewicht von zu hebenden Lasten bis Taillenhöhe sei auf max. 10 kg, bis Brusthöhe auf 5 kg beschränkt.
Die kreisärztlichen Berichte sind schlüssig und nachvollziehbar begründet und erfüllen die Anforderungen der Rechtsprechung, weshalb auf sie abgestellt werden kann. Soweit der Hausarzt Dr. med. T._ die noch zumutbare Arbeitsfähigkeit anders einschätzt, ist mit der Vorinstanz darauf hinzuweisen, dass einerseits Hausärzte und Hausärztinnen im Zweifelsfall aufgrund ihrer Vertrauensstellung eher zu Gunsten ihrer Patientinnen und Patienten aussagen (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 353) und dass andrerseits Dr. med. T._ die massive psychosoziale Belastungssituation und beginnende depressive Entwicklung mitberücksichtigt hat. Mit dem kantonalen Gericht kann die psychische Problematik indessen nicht als adäquat kausale Folge der in Frage stehenden Unfallereignisse qualifiziert werden, weshalb eine auf psychische Gründe zurückzuführende Arbeitsunfähigkeit nicht zu berücksichtigen ist. Den diesbezüglichen Erwägungen, auf welche verwiesen werden kann, hat das Bundesgericht nichts beizufügen. Dementsprechend hat die Vorinstanz zu Recht das zuhanden der Invalidenversicherung erstellte Gutachten des Dr. med. L._ vom 15. August 2007 ausser Acht gelassen.
4.2 Die Diskrepanz zwischen SUVA und Vorinstanz liegt in der Frage der leidensangepassten, geeigneten Tätigkeit.
Die angestammte Tätigkeit als Federmacher wurde im Arbeitsplatzbeschrieb vom 8. April 2005 als leicht bezeichnet. Der Vorgesetzte beschrieb die Arbeit jedoch ausdrücklich als gehend stehende Tätigkeit. Dies entspricht nicht dem Zumutbarkeitsprofil des Versicherten gemäss kreisärztlicher Beurteilung. Die angestammte Tätigkeit, in welcher dem Beschwerdegegner eine 50%ige Arbeitsfähigkeit attestiert worden ist, ist daher mit der SUVA als zu wenig wechselbelastend und nicht optimal dem Gesundheitsschaden angepasst zu qualifizieren. Vielmehr ist davon auszugehen, dass der Versicherte einer besser leidensangepassten, leichten, wechselbelastenden Tätigkeit ganztägig nachgehen könnte, wozu er aufgrund der Schadenminderungspflicht auch gehalten ist.
5. 5.1 Bei der Beurteilung der erwerblichen Auswirkungen der gesundheitlichen Beeinträchtigung ist die Höhe des Valideneinkommens von Fr. 60'550.- für das Jahr 2005 unbestritten und nicht zu beanstanden.
5.2 Für die Bestimmung des trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch realisierbaren Invalideneinkommens ist primär von der beruflich-erwerblichen Situation auszugehen, in welcher die versicherte Person konkret steht. Übt sie nach Eintritt der Invalidität eine Erwerbstätigkeit aus, bei der - kumulativ - besonders stabile Arbeitsverhältnisse gegeben sind und anzunehmen ist, dass sie die ihr verbleibende Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise voll ausschöpft, sowie das Einkommen aus der Arbeitsleistung als angemessen und nicht als Soziallohn erscheint, gilt grundsätzlich der von ihr tatsächlich erzielte Verdienst als Invalidenlohn. Ist kein solches tatsächlich erzieltes Erwerbseinkommen gegeben, namentlich weil die versicherte Person nach Eintritt des Gesundheitsschadens keine oder jedenfalls keine ihr an sich zumutbare neue Erwerbstätigkeit aufgenommen hat, so können nach der Rechtsprechung für die Bestimmung des hypothetischen Invalideneinkommens entweder Tabellenlöhne gemäss den vom Bundesamt für Statistik periodisch herausgegebenen Lohnstrukturerhebungen oder die Zahlen DAP herangezogen werden (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 mit Hinweisen).
5.3 Mit der Tätigkeit als Federmacher schöpft der Beschwerdegegner - wie aus Erwägung 4.2 hervorgeht - die ihm verbleibende Restarbeitsfähigkeit nicht in zumutbarer Weise voll aus. Zudem wurde dieses Arbeitsverhältnis seitens der Arbeitgeberin per 31. Dezember 2005 aufgelöst und bestand im massgebenden Zeitpunkt des Einspracheentscheides gar nicht mehr. Entgegen der Auffassung des kantonalen Gerichts kann als Invalideneinkommen somit nicht das auf 50 % reduzierte Valideneinkommen beigezogen werden, vielmehr ist das trotz Gesundheitsschädigung noch erzielbare Einkommen mittels Tabellenlöhnen oder Angaben aus dokumentierten Arbeitsplätzen zu bestimmen. Es ist diesbezüglich davon auszugehen, dass der massgebliche ausgeglichene Arbeitsmarkt hinreichend Stellen anbietet, welche dem Zumutbarkeitsprofil entsprechen.
Die SUVA hat anhand der durchschnittlichen Löhne von fünf DAP-Profilen für eine leidensangepasste ganztägige leichte Tätigkeit im Jahr 2005 ein Invalideneinkommen von Fr. 46'835.- ermittelt, was in Gegenüberstellung mit dem Valideneinkommen einen Invaliditätsgrad von 23 % ergab. Ihr Vorgehen entspricht den Anforderungen der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 4.2 S. 475 ff.) und die zu Grunde gelegten DAP-Profile sowie die vorgenommene Berechnung sind weder bestritten noch zu beanstanden.
5.4 Zusammenfassend hat der Beschwerdegegner somit Anspruch auf eine Invalidenrente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 23 %.
6. Dem Prozessausgang entsprechend werden die Gerichtskosten dem Beschwerdegegner als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 13. November 2007 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. April 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Kopp Käch