Faits:
A. Le 1er octobre 2005, vers 6 heures 40, X._, accompagné d'un compère, a agressé, sans raison, Y._. S'il a toujours déclaré avoir agi seul, en dépit des déclarations des témoins, il a néanmoins reconnu avoir frappé la victime avec les poings et les pieds et lui avoir asséné des coups avec l'une de ses chaussures et une bouteille de bière en verre. Lors de son interpellation, il présentait un taux d'alcoolémie de 2.09 ?.
Y._ a subi d'importantes lésions au visage: fracas facial avec fractures de type Lefort II de l'os propre du nez et du plancher orbitaire gauche, diverses fractures dentaires et contusions thoraciques. Il a été hospitalisé du 11 au 17 octobre 2005. Sa durée d'incapacité de travail a été estimée entre six et huit semaines.
B. Par jugement du 11 octobre 2006, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a condamné X._, pour agression, à une peine de 22 mois d'emprisonnement, sous déduction de la détention préventive et ordonné un traitement ambulatoire.
C. Par arrêt du 29 avril 2008, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a admis partiellement le recours de X._. Elle l'a condamné, pour agression, à une peine privative de liberté de 22 mois, dont 6 mois fermes, le solde étant suspendu par l'octroi d'un sursis assorti à un délai d'épreuve de 4 ans et conditionné à une assistance de probation, à une abstinence contrôlée à l'alcool et aux produits stupéfiants ainsi qu'à la poursuite d'un traitement ambulatoire.
D. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à sa condamnation pour lésions corporelles simples et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle réduise la quotité de la peine et lui accorde un sursis entier. Subsidiairement, il demande l'octroi du sursis entier. Il requiert également l'assistance judiciaire.
Le Tribunal cantonal n'a pas déposé d'observations. Le Ministère public a conclu à l'admission partielle du recours en ce sens que la peine privative de liberté de 22 mois est assortie du sursis avec un délai d'épreuve de 4 ans. Y._ a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Les faits reprochés au recourant ont été commis avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, des nouvelles dispositions de la partie générale du CP. A juste titre, la Cour cantonale a appliqué le nouveau droit, plus favorable (<ref-law>), puisque celui-ci prévoit que les peines de six mois à deux ans peuvent être assorties du sursis et que les peines d'un an à trois ans peuvent être suspendues partiellement, alors que, selon l'ancien droit, seules des peines n'excédant pas dix-huit mois pouvaient être prononcées avec sursis (cf. art. 42 et 43 CP et art. 41 aCP).
2. Se plaignant d'une violation des art. 123 et 134 CP, le recourant soutient qu'il aurait dû être reconnu coupable de lésions corporelles simples et non pas d'agression, une seule personne ayant été blessée.
2. Se plaignant d'une violation des art. 123 et 134 CP, le recourant soutient qu'il aurait dû être reconnu coupable de lésions corporelles simples et non pas d'agression, une seule personne ayant été blessée.
2.1 2.1.1 Aux termes de l'<ref-law>, celui qui aura participé à une agression dirigée contre une ou plusieurs personnes au cours de laquelle l'une d'entre elles ou un tiers aura trouvé la mort ou subi une lésion corporelle sera puni d'une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou d'une peine pécuniaire. Pour que les éléments constitutifs de l'agression, qui est une infraction de mise en danger, soient réunis, il faut qu'une ou plusieurs des personnes agressées soient blessées ou tuées. Il s'agit là d'une condition objective de punissabilité. Cela signifie que l'auteur se rend passible d'une peine du seul fait de sa participation à l'agression. Par conséquent, il suffit de prouver l'intention de l'auteur de participer à l'agression, sans qu'il ne soit nécessaire d'établir qu'il a voulu donner la mort ou provoquer des lésions corporelles (<ref-ruling> consid. 5b).
L'<ref-law> réprime les lésions du corps humain ou de la santé qui ne peuvent être qualifiées de graves au sens de l'<ref-law>. Cette disposition protège l'intégrité corporelle et la santé tant physique que psychique. Les lésions corporelles sont une infraction de résultat qui implique une atteinte importante aux biens juridiques ainsi protégés (<ref-ruling> consid. 1.1).
2.1.2 Il y a concours imparfait de lois lorsque, comme dans le cas de la spécialité, la définition légale d'une disposition spéciale renferme en elle-même tous les éléments constitutifs d'une disposition générale ou lorsque, comme dans le cas de l'absorption, l'une des deux dispositions considérées embrasse l'autre, sinon dans tous ses éléments constitutifs à tout le moins dans ses éléments essentiels que sont la culpabilité et l'illicéité, de telle sorte que cette disposition absorbe l'autre (<ref-ruling> consid. 4). Ce dernier critère dit de l'absorption peut être utilisé pour régler les rapports entre les infractions de mise en danger et celles de résultat (<ref-ruling> consid. 5b; <ref-ruling> consid. 4).
Ainsi, le Tribunal fédéral reconnaît que s'il peut être établi que l'un des agresseurs, intentionnellement ou par négligence, cause la mort ou les lésions corporelles, l'infraction d'homicide au sens des <ref-law> ou de lésions visé par les <ref-law> absorbe, en ce qui le concerne, l'agression au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5b; 6P.41/2006 consid. 7.1.3). En effet, les infractions d'homicide et de lésions corporelles saisissent et répriment déjà la mise en danger effective de la personne tuée ou blessée lors de l'agression. Dès lors, le concours entre l'<ref-law> et les art. 111 ss ou 122 ss CP ne peut être envisagé que si, ensuite d'une agression, une personne déterminée autre que celle qui a été tuée ou blessée a été effectivement mise en danger (<ref-ruling> consid. 5b). Le concours est également envisageable, lorsque la personne, qui a été blessée lors de l'agression, n'a subi que des lésions corporelles simples, mais que la mise en danger a dépassé en intensité le résultat intervenu (STRATENWERTH/JENNY, Schweizerisches Strafrecht, BT I, 6ème éd., § 4 n° 45 p. 85).
2.2 Le Tribunal de première instance a considéré qu'il n'était pas possible, à l'exception des coups donnés avec la chaussure et une bouteille de bière en verre par le recourant et du coup de pied porté derrière la tête par son comparse, de déterminer lequel des deux avait asséné quel coup et quelle en avait été la conséquence parmi les différentes lésions subies par la victime. Il a également retenu que, quand bien même le recourant s'était montré plus violent que son comparse, aucune intention particulière relative aux lésions corporelles causées à la victime ne pouvait lui être imputée, celui-là ayant constamment déclaré qu'il ne poursuivait aucun but lorsqu'il avait frappé Y._ et qu'il ne savait pas ce qu'il voulait lui faire en le tapant.
La Cour d'appel pénal a relevé qu'il n'était pas établi quels coups avaient causé quelles blessures et que le recourant ne démontrait pas que cette constatation aurait été erronée et que les blessures subies par la victime n'auraient pu provenir que des coups donnés par lui. Elle a conclu que l'intéressé devait donc être reconnu coupable d'agression au sens de l'<ref-law> et non pas de lésions corporelles simples visées par l'<ref-law>.
2.3 Il résulte de ces argumentations que les autorités cantonales ont perdu de vue la notion de coactivité (cf. infra consid. 2.3.1). Par ailleurs, elles n'ont pas cherché à établir l'intention du recourant, ni à déterminer si, à tout le moins, une infraction de résultat par dol éventuel pouvait être retenue à son encontre (cf. infra consid. 2.3.2).
2.3.1 Est un coauteur celui qui collabore, intentionnellement et de manière déterminante, avec d'autres personnes à la décision de commettre une infraction, à son organisation ou à son exécution, au point d'apparaître comme l'un des participants principaux; il faut que, d'après les circonstances du cas concret, la contribution du coauteur apparaisse essentielle à l'exécution de l'infraction. La seule volonté quant à l'acte ne suffit pas; il n'est toutefois pas nécessaire que le coauteur ait effectivement participé à l'exécution de l'acte ou qu'il ait pu l'influencer. La coactivité suppose une décision commune, qui ne doit cependant pas obligatoirement être expresse, mais peut aussi résulter d'actes concluants, le dol éventuel quant au résultat étant suffisant. Il n'est pas nécessaire que le coauteur participe à la conception du projet; il peut y adhérer ultérieurement. Il n'est pas non plus nécessaire que l'acte soit prémédité; le coauteur peut s'y associer en cours d'exécution. Ce qui est déterminant c'est que le coauteur se soit associé à la décision dont est issue l'infraction ou à la réalisation de cette dernière, dans des conditions ou dans une mesure qui le font apparaître comme un participant non pas secondaire, mais principal (<ref-ruling> consid. 9.2.1; <ref-ruling> consid. 3a).
Selon les constatations cantonales, le recourant a frappé Y._ au visage avec un soulier tandis que son comparse lui a asséné un coup de pied derrière la tête ce qui l'a fait tomber. Les compères ont ensuite continué à lui porter des coups, avec les pieds et les poings, notamment à la tête, ce qui lui a fait perdre connaissance. Le recourant, qui s'est montré plus violent que son acolyte, a également frappé la victime avec une bouteille de bière en verre. Sur le vu de ces éléments, la contribution des deux auteurs a été essentielle à l'exécution de l'infraction commise, de sorte que les deux hommes peuvent être considérés comme des coauteurs. Partant, il n'est plus nécessaire de déterminer qui a donné quels coups pour causer quelles blessures, le résultat intervenu étant de toute évidence la conséquence d'une action conjointe.
2.3.2 Les infractions de lésions corporelles peuvent être commises par dol éventuel, élément subjectif qui est réalisé lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait (<ref-ruling> consid. 8.2; <ref-ruling> consid. 3c). Déterminer ce qu'une personne a su, envisagé, voulu ou accepté relève des constatations de faits, qui lient la Cour de droit pénal, à moins que ceux-ci n'aient été établis de façon manifestement inexacte. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception du dol éventuel et si elle l'a correctement appliquée au vu des éléments retenus (ATF <ref-ruling> consid. 3c).
En l'occurrence, les autorités précédentes n'ont pas cherché à savoir avec quelle intention le recourant avait agi et si, à tout le moins, le dol éventuel ne pouvait être retenu au regard des éléments révélateurs du contenu de la conscience et de la volonté, comme la probabilité connue par l'auteur de la réalisation du risque, l'importance de la violation du devoir de prudence, les mobiles de l'agresseur et la manière dont ce dernier a agi. En effet, il n'est pas rare que l'intention doit être déterminée, alors que les auteurs n'ont fait aucun aveu à ce propos ou ne se sont pas précisément prononcés sur cette question.
2.3.2.1 En début d'agression, les compères ont tous deux frappé la victime, le recourant la tapant au visage avec un soulier et son acolyte lui assénant un coup de pied derrière la tête. Une fois la victime à terre, les deux hommes ont continué à lui porter des coups de pied et de poing à la tête. Dans ces circonstances et plus particulièrement au regard du fait que les agresseurs ont agi de concert, qu'ils ont porté leurs coups essentiellement à la tête de leur victime et que cette dernière s'est rapidement retrouvée à terre, il est manifeste que le recourant devait se représenter comme possible le résultat intervenu et l'accepter au cas où il se produirait. Dès lors, le recourant aurait bel et bien dû être condamné pour une infraction de résultat, soit à tout le moins pour lésions corporelles simples au sens de l'<ref-law>. La question de savoir si les constatations cantonales auraient été suffisantes pour retenir le délit manqué de lésions corporelles graves par dol éventuel (cf. <ref-law>) peut rester ouverte au regard du principe de l'interdiction de la reformatio in pejus.
2.3.2.2 Reste que si, dans le cas particulier, l'intimé n'a subi que des lésions corporelles simples, la mise en danger créée par les coups qui lui ont été portés a, de manière évidente, dépassé en intensité le résultat intervenu. En effet, le fait d'asséner, en bande, de multiples coups à la tête d'une personne qui ne se défend pas et gît à terre et de frapper plus particulièrement avec les poings, les pieds ou d'autres objets dangereux tels qu'une bouteille en verre est propre à causer des lésions corporelles graves, voire même éventuellement la mort. Dans ces conditions et au regard de la jurisprudence exposée au consid. 2.1.2 in fine, l'infraction d'agression au sens de l'<ref-law> s'applique théoriquement en concours avec celle de lésions corporelles, qui ne peut toutefois être retenue compte tenu du principe de l'interdiction de la reformatio in pejus. Partant, la condamnation du recourant pour agression ne viole pas le droit fédéral et le grief doit être rejeté.
3. Invoquant une violation de l'<ref-law>, le recourant reproche à la Cour d'appel de ne pas lui avoir octroyé un sursis pour l'intégralité de sa peine.
3.1 Selon l'<ref-law>, le juge suspend en règle générale l'exécution d'une peine pécuniaire, d'un travail d'intérêt général ou d'une peine privative de liberté de six mois au moins et de deux ans au plus lorsqu'une peine ferme ne paraît pas nécessaire pour détourner l'auteur d'autres crimes ou délits (al. 1). Si, durant les cinq ans qui précèdent l'infraction, l'auteur a été condamné à une peine privative de liberté ferme ou avec sursis de six mois au moins ou à une peine pécuniaire de 180 jours-amende au moins, il ne peut y avoir de sursis à l'exécution de la peine qu'en cas de circonstances particulièrement favorables (al. 2). L'octroi du sursis peut également être refusé lorsque l'auteur a omis de réparer le dommage comme on pouvait raisonnablement l'attendre de lui (al. 3). Le juge peut prononcer, en plus du sursis, une peine pécuniaire sans sursis ou une amende selon l'<ref-law> (al. 4).
Aux termes de l'<ref-law>, le juge peut suspendre partiellement l'exécution d'une peine pécuniaire, d'un travail d'intérêt général ou d'une peine privative de liberté d'un an au moins et de trois ans au plus afin de tenir compte de façon appropriée de la faute de l'auteur (al. 1). La partie à exécuter ne peut excéder la moitié de la peine (al. 2). En cas de sursis partiel à l'exécution d'une peine privative de liberté, la partie suspendue, de même que la partie à exécuter, doivent être de six mois au moins. Les règles d'octroi de la libération conditionnelle (art. 86) ne lui sont pas applicables (al. 3).
3.1.1 Lorsque la peine privative de liberté est d'une durée telle qu'elle permette le choix entre le sursis complet (<ref-law>) et le sursis partiel (<ref-law>), soit entre un et deux ans au plus, l'octroi du sursis au sens de l'art. 42 est la règle et le sursis partiel l'exception. Cette dernière ne doit être admise que si, sous l'angle de la prévention spéciale, l'octroi du sursis pour une partie de la peine ne peut se concevoir que moyennant exécution de l'autre partie. La situation est comparable à celle où il s'agit d'évaluer les perspectives d'amendement en cas de révocation du sursis (<ref-ruling>). Lorsqu'il existe - notamment en raison de condamnations antérieures - de sérieux doutes sur les perspectives d'amendement de l'auteur, qui ne permettent cependant pas encore, à l'issue de l'appréciation de l'ensemble des circonstances, de motiver un pronostic concrètement défavorable, le tribunal peut accorder un sursis partiel au lieu du sursis total. On évite de la sorte, dans les cas de pronostics très incertains, le dilemme du « tout ou rien ». L'<ref-law> permet alors que l'effet d'avertissement du sursis partiel autorise, compte tenu de l'exécution partielle ordonnée simultanément, un pronostic largement plus favorable pour l'avenir (<ref-ruling> consid. 5.5.2).
3.1.2 Sur le plan subjectif, le juge doit poser, pour l'octroi du sursis, un pronostic quant au comportement futur de l'auteur. La question de savoir si le sursis serait de nature à détourner l'accusé de commettre de nouvelles infractions doit être tranchée sur la base d'une appréciation d'ensemble, tenant compte des circonstances de l'infraction, des antécédents de l'auteur, de sa réputation et de sa situation personnelle au moment du jugement, notamment de l'état d'esprit qu'il manifeste. Le pronostic doit être posé sur la base de tous les éléments propres à éclairer l'ensemble du caractère de l'accusé et ses chances d'amendement. Il n'est pas admissible d'accorder un poids particulier à certains critères et d'en négliger d'autres qui sont pertinents (<ref-ruling> consid. 4.2.1). Le nouveau droit pose des exigences moins élevées quant au pronostic pour l'octroi du sursis. Auparavant, il fallait que le pronostic soit favorable. Désormais, il suffit qu'il n'y ait pas de pronostic défavorable. Le sursis est désormais la règle dont on ne peut s'écarter qu'en présence d'un pronostic défavorable. Il prime en cas d'incertitude (<ref-ruling> consid. 4.2.2).
Toutefois, lorsque l'auteur a été condamné, dans les cinq ans qui précèdent l'infraction, à une peine privative de liberté ferme ou avec sur-sis de six mois au moins ou à une peine pécuniaire de 180 jours-amende au moins, il ne peut y avoir de sursis à l'exécution de la peine qu'en cas de circonstances particulièrement favorables (<ref-law>). Les circonstances sont particulièrement favorables lorsqu'elles empêchent que l'infraction antérieure ne détériore le pronostic. La présomption d'un pronostic favorable, respectivement du défaut d'un pronostic défavorable, ne s'applique plus. La condamnation antérieure constitue un indice faisant craindre que l'auteur pourrait commettre d'autres infractions. L'octroi du sursis n'entrera donc en considération que si, malgré l'infraction commise, on peut raisonnablement supposer, à l'issue de l'appréciation de l'ensemble des facteurs déterminants, que le condamné s'amendera. Le juge doit examiner si la crainte de récidive fondée sur l'infraction commise peut être compensée par les circonstances particulièrement favorables. Tel sera notamment le cas si l'infraction à juger n'a aucun rapport avec l'infraction antérieure ou que les conditions de vie du condamné se sont modifiées de manière particulièrement positive (<ref-ruling> consid. 4.2.3).
3.1.3 Conformément à la jurisprudence exposée ci-dessus, l'exception du sursis partiel ne se pose qu'en cas de pronostic très incertain. En effet, elle ne peut être admise que si l'octroi du sursis à l'exécution d'au moins une partie de la peine nécessite, à des fins de prévention spéciale, que l'autre partie de la peine soit exécutée, à savoir lorsqu'il existe des doutes très importants au sujet du comportement futur de l'auteur, notamment au vu de ses antécédents (cf. supra consid. 3.1.1). En revanche, en cas de récidive dans les conditions posées par l'<ref-law>, il ne peut y avoir de sursis à l'exécution de la peine qu'en cas de circonstances particulièrement favorables (cf. supra consid. 3.1.2). On doit en déduire que la possibilité d'un sursis partiel est nécessairement exclue si, durant les cinq ans qui précèdent l'infraction, l'auteur a été condamné à une peine privative de liberté ferme ou avec sursis de six mois au moins ou à une peine pécuniaire de 180 jours-amende au moins, le sursis ne pouvant être accordé qu'en cas de circonstances particulières favorables (cf. <ref-law>), alors que le sursis partiel n'est envisageable qu'en cas de pronostic incertain ou de doutes très importants au sujet du comportement futur de l'auteur.
Ainsi, en cas de récidive au sens de l'<ref-law>, seules deux hypothèses sont envisageables: soit les circonstances sont particulièrement favorables et le sursis total doit être accordé à l'auteur; soit les circonstances sont mitigées ou défavorables et le sursis, respective-ment partiel ou total, est alors exclu.
3.2 La peine privative de liberté de 22 mois infligée au condamné est compatible avec l'octroi du sursis. Toutefois, dans les cinq ans avant l'agression commise le 1er octobre 2005, le recourant a été condamné à une peine d'emprisonnement de 14 mois, de sorte que le sursis n'est possible qu'en cas de circonstances particulièrement favorables (<ref-law>) telles que définies ci-dessus (cf. supra consid. 3.1.2).
En l'occurrence, les faits commis le 1er octobre 2005 ont un rapport évident avec la première condamnation du recourant, celui-ci ayant été jugé en 2001, pour un coup de couteau dans le dos d'une personne, une rixe et l'agression d'un chauffeur de bus. Reste que, selon les faits établis, le mode de vie de l'intéressé s'est, depuis la dernière infraction, bien amélioré, vu son suivi médical régulier depuis le mois de novembre 2005, ses contrôles d'abstinence à l'alcool, son passage auprès du service « Intégration pour tous », qui lui a permis d'obtenir un permis de cariste, le suivi du Service de probation, la prise d'un emploi à plein temps depuis mai 2007 et une volonté d'éviter les situations de violence. Ces circonstances sont très favorables.
Toutefois, malgré ces éléments, la Cour cantonale a conservé des doutes importants quant au comportement futur de l'accusé. Elle a souligné la violence des actes commis en octobre 2005, alors que l'intéressé était censé avoir gagné en maturité et le fait qu'il n'avait pas commencé à indemniser la victime, alors qu'il gagnait mensuellement un salaire net de l'ordre de 3'200 fr. Elle a également fait état des déclarations, lors de l'audience du 11 octobre 2006, de la doctoresse Z._, qui n'a pas ressenti de changements chez son patient et estimé que ce dernier n'avait pas effectué une prise de conscience approfondie de ses actes et risquait, sans cadre, de rencontrer les mêmes problèmes qu'auparavant. La Cour d'appel a enfin relevé le comportement du recourant après l'échéance de son premier sursis, précisant que celui-ci avait alors recommencé à boire et cessé son traitement auprès de sa thérapeute.
Cette dernière appréciation quant au comportement futur du recourant ne saurait être suivie et viole le système posé par le droit fédéral tel qu'exposé au consid. 3.1.3. Il est vrai que l'intéressé gagne un salaire mensuel net d'environ 3'200 fr., plus un treizième salaire. Cependant, ce montant n'est pas élevé et l'intéressé ne travaille que depuis mai 2007. Par ailleurs, la doctoresse Z._ a rendu un nouveau rapport le 11 mars 2008. Or, il en résulte précisément que la situation sociale, professionnelle et psychique du recourant a évolué très favorablement depuis les déclarations de la thérapeute faites en octobre 2006. Ainsi, cette dernière a constaté que son patient poursuivait son traitement, que ses résultats sanguins se situaient toujours dans les limites de la norme et qu'il avait bien progressé sur le plan social. Elle a également relevé que, sur le plan psychologique, le recourant apparaissait globalement mieux structuré et plus stable, qu'il avait davantage investi sa thérapie durant les deux dernières années, qu'il se montrait concerné par sa situation et motivé à poursuivre son traitement, qu'il manifestait des meilleures capacités d'introspection, qu'il était critique quant à ses actes et manifestait de l'empathie envers sa victime et un profond regret. Enfin, on peut encore relever que l'autorité précédente a conditionné le sursis à diverses règles de conduites, comme l'abstinence à l'alcool et aux stupéfiants ainsi que la poursuite du traitement ambulatoire, règles que le recourant ne conteste pas et qui lui assurent un encadrement favorable à la poursuite de ses efforts.
Au regard de l'ensemble des éléments précités, on peut admettre que l'évolution de l'intéressé est particulièrement évidente et positive et que le sursis peut donc lui être octroyé pour l'entier de sa peine. Pour le reste et compte tenu de cette dernière modification, l'affaire doit être renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle fixe, à nouveau, la durée du délai d'épreuve (cf. <ref-law>), examine les règles de conduite qui s'imposent pour la période en question (cf. <ref-law>) et explique au condamné la portée et les conséquences du sursis qui lui a été octroyé (cf. <ref-law>).
4. En conclusion, le recours doit être partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et l'affaire renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur les questions de la durée du délai d'épreuve et des règles de conduite à impartir au recourant (cf. <ref-law>).
Ce dernier n'obtenant que partiellement gain de cause, sa requête d'assistance judiciaire ne peut être que partiellement admise (<ref-law>). Il y a donc lieu de laisser une partie des frais à sa charge et de lui allouer une indemnité de dépens réduite.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. La requête d'assistance judiciaire est partiellement admise.
3. Les frais judiciaires, d'un montant réduit arrêté à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. La caisse du Tribunal fédéral versera au mandataire du recourant une indemnité de 1500 fr. à titre de dépens partiels.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg, Cour d'appel pénal.
Lausanne, le 19 mai 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Bendani