Faits:
A. A.a X._, né en 1936, et dame X._, née en 1941, s'étaient mariés le 28 avril 1973. Ils ont eu deux enfants communs, aujourd'hui majeurs. X._ était également le père d'une fille, aussi majeure, issue d'une première union.
Par contrat de mariage conclu le 27 avril 1973, les époux avaient soumis leur union au régime de la séparation de biens.
Les époux s'étaient séparés définitivement au mois de mars 2002.
A.b Par jugement du 29 mars 2007, le Tribunal de première instance du canton de Genève a prononcé le divorce des époux et réservé la liquidation de leurs rapports matrimoniaux, ainsi que de leur association professionnelle.
A.c L'époux est décédé le 19 septembre 2009, durant la litispendance de la procédure devant le Tribunal fédéral.
A.d Durant leur mariage, les époux ont exploité un cabinet d'architecture et d'urbanisme en société simple, selon contrat du 20 septembre 1976. Leur association a pris fin le 31 décembre 2002. Le contrat de société prévoyait notamment que les bénéfices et les pertes, charges et frais généraux déduits, devaient être répartis par parts égales entre les deux associés et que, en cas de dissolution, la liquidation des biens de la société, honoraires compris, s'établirait à la date effective de dissolution, en tenant compte des prestations professionnelles exécutées jusqu'alors.
En 1979, ils ont acheté en copropriété un immeuble sis à la rue ... à Genève, où ils ont installé leurs bureaux. En 1986, le mari a vendu sa part à l'épouse. En 1988, l'épouse a acheté un appartement à la même adresse. A la fin de la société, chacun des associés s'est installé dans d'autres locaux, dame X._ le 31 mars 2003 et X._ le 30 avril 2003.
Le 11 août 2003, X._ a adressé à dame X._ un décompte concernant la répartition des frais en suspens entre les deux bureaux d'architectes, dont dame X._ a réglé le solde le surlendemain et inscrit la mention selon laquelle "tout est réglé au 13.8.03".
B. B.a Par jugement du 5 juin 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a condamné l'épouse à payer à l'époux, à titre de liquidation du régime matrimonial, les sommes de 60'000 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 11 novembre 1998, de 554'125 fr. et de 536'976 fr. plus intérêts à 5% l'an dès le 10 mars 2006 et, à titre de liquidation de la société simple, la somme de 424'254 fr. 90, condamné l'époux à payer un émolument complémentaire envers l'Etat de 3'000 fr., et condamné l'épouse à payer un émolument complémentaire de 16'500 fr. et les dépens de l'instance, comprenant une indemnité de procédure de 15'000 fr. valant participation aux honoraires d'avocat de l'époux.
B.b Statuant sur appel de l'épouse, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 16 janvier 2009, très partiellement réformé ce jugement, en ce sens qu'elle a condamné l'épouse à verser à l'époux, à titre de liquidation du régime matrimonial, la somme de 543'400 fr. en lieu et place des 554'125 fr. retenus en première instance et, à titre de liquidation de la société simple, la somme de 409'254 fr. 90 en lieu et place des 424'254 fr. 90 retenus par les premiers juges, les autres montants restant inchangés. Elle a confirmé le jugement pour le surplus et condamné l'épouse à payer un émolument complémentaire de 3'000 fr. à l'Etat, ainsi que les dépens de l'appel, comprenant une indemnité de procédure de 5'000 fr. à titre de participation aux honoraires d'avocat de l'époux.
C. L'épouse interjette le 23 février 2009 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à sa réforme en ce sens que:
1. Dire et constater que dame X._ était l'unique propriétaire de l'appartement sis rue ... à Genève.
2. Donner acte à la recourante de ce qu'elle est prête à restituer à l'intimé, le montant de CHF 100'000.- (cent mille), avec intérêts à 5% dès le 5.VIII.1988, représentant le prêt consenti par l'intimé pour l'acquisition par elle, de ce bien, ainsi que CHF 5'906,50.- (cinq mille neuf cent six et cinquante centimes) représentant la moitié des deux montants réglés par le compte commun des époux.
3. Dire que le montant de CHF 409'254.- (quatre cent neuf mille deux cent cinquante-quatre) en liquidation de la société simple, (soit notamment CHF 380'225.- pour la valeur de la moitié des locaux professionnels et CHF 50'000.- pour la moitié de son versement à la société simple), n'est pas dû par la recourante à l'intimé.
Dire et constater en conséquence, que dame X._ est seule propriétaire des locaux professionnels occupés en leur temps par la société simple, sise rue ... à Genève.
Dire et constater en conséquence encore, que dame X._ ne doit aucun remboursement à l'intimé.
4. Condamner l'intimé à rembourser à dame X._ la moitié des honoraires dus à la société simple par lui-même, en (sic) CHF 70'000.- (septante mille), soit CHF 35'000.- (trente-cinq mille) avec intérêts à 5% dès le 31.XII.02.
5. Condamner l'intimé à rembourser à la recourante CHF 39'045.- (trente-neuf mille quarante-cinq) avec intérêts à 5% dès le 31.XII.02, représentant la moitié du remboursement qu'il a obtenu pour 2002 de l'Administration Fiscale des acomptes versés par la société simple.
6. Condamner l'intimé à verser à dame X._ CHF 20'970,10.- (vingt mille neuf cent septante et dix centimes) représentant les factures de l'atelier de cette dernière, après la séparation, et les remboursements A.V.S.
7. Compenser les dépens de Première Instance et d'appel entre les deux parties et dire que les émoluments complémentaires fixés tant en Première Instance qu'en appel seront répartis entre les parties, en fonction de l'attribution par le Tribunal de céans à chacune d'elles de partie de leurs conclusions".
Elle se plaint d'une violation des art. 8, 937 al. 1 CC, 530 al. 1 CO et 4 [recte: 9] Cst.
L'hoirie formée par les héritiers de X._ conclut au rejet du recours. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 117).
1.1 Interjeté dans le délai légal (<ref-law>) par une partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>) par la dernière juridiction cantonale (<ref-law>), dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>), le présent recours est en principe recevable.
1.2 Le recours en matière civile peut être formé notamment pour violation du droit fédéral, qui comprend les droits constitutionnels (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 447, 462 consid. 2.3 p. 466). Le Tribunal fédéral applique en principe le droit d'office (<ref-law>), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 550). Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), à l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104/105).
1.3 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>); il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
1.4 Un jugement rendu sans que les faits nécessaires à l'application de la loi soient constatés est contraire au droit (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.4.1 p. 294; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62 et les références citées). Lorsque le recourant entend faire compléter les faits, il doit les désigner avec précision en se référant aux pièces du dossier; le complètement suppose en effet que les allégations de fait correspondantes aient été introduites régulièrement et en temps utile dans la procédure cantonale, qu'elles aient été considérées à tort comme dépourvues de pertinence ou aient été simplement ignorées; si ces exigences ne sont pas respectées, les faits invoqués sont réputés nouveaux (<ref-law>), partant irrecevables (arrêt 5A_249/2007 du 12 mars 2008 consid. 4.3; cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c aOJ: <ref-ruling> consid. 2a p. 485/486 et la jurisprudence citée).
2. Les parties sont encore en litige au sujet de la propriété de l'appartement sis rue ... à Genève, de celle des locaux occupés à la même adresse par la société simple qu'ils formaient, ainsi que de trois postes du décompte de la société simple.
3. Appartement sis rue ... à Genève
3.1 La cour cantonale a retenu que, en juillet 1988, la recourante a fait l'acquisition d'un appartement de 7 pièces à la rue ... à Genève, pour un montant de 1'054'000 fr. Cet achat a été financé par un prêt hypothécaire de 800'000 fr. souscrit conjointement par les parties, ainsi que par le débit d'un compte commun des époux pour le solde. La recourante a vendu cet appartement avec l'accord de l'époux en juillet 2002, pour le prix de 1'500'000 fr. Après remboursement du solde de la dette hypothécaire de 264'169 fr. 31, règlement des frais et versement d'une somme de 50'000 fr. à chacun des enfants communs des parties, il restait un montant de 1'073'952 fr. Les juges précédents ont retenu que la recourante bénéficie de la présomption de propriété découlant de son inscription au registre foncier (<ref-law>). Toutefois, ils ont estimé que cette seule inscription ne permettait pas de la considérer comme propriétaire de ce bien; ils ont admis à cet égard que les parties avaient, à l'origine, prévu d'acheter le bien ensemble, que les fonds propres déboursés pour son achat ont été prélevés sur leur compte commun, que les intérêts et charges n'étaient pas entièrement couverts par le produit de la location et que le solde était à tout le moins partiellement payé par leur compte postal commun, que la régie qui s'occupait de sa gestion adressait sa correspondance à leurs deux noms, que la recourante n'a pas contesté que l'acquisition de ce bien avait été faite dans le but de s'y installer un jour avec son époux et que l'explication de la recourante apportée à l'avalisation par son époux de son projet de vente n'était guère plausible s'agissant d'un bien dont elle se prétendait seule propriétaire. "A défaut de certitude", cet appartement devait être traité comme appartenant en copropriété aux parties et l'époux est créancier de la moitié de sa valeur, à savoir 536'976 fr. (1'073'952 fr. / 2).
3.2 La recourante soutient que la cour cantonale a violé les art. 8 et 937 al. 1 CC; elle lui fait grief d'avoir admis que les arguments de son époux renversaient la présomption de propriété tirée de son inscription au registre foncier comme seule propriétaire. Selon elle, le fait que les parties aient envisagé, à l'origine, d'acheter cet appartement ensemble, mais qu'elle l'ait acquis finalement seule démontre que les époux ont décidé qu'elle seule l'achèterait, l'époux lui prêtant un certain montant à cette fin, car il n'entendait pas en devenir propriétaire "alors que rien ne l'en empêchait". Par ailleurs, le fait que leur compte commun ait accusé à l'occasion un manco entre les charges à payer pour cet appartement et les loyers encaissés n'entraînerait nullement la conséquence que l'époux en aurait été "copropriétaire secret". De même, aucune conséquence juridique ne saurait, selon la recourante, être déduite du fait que la régie a adressé ses courriers aux deux noms des parties, ni du fait qu'elle n'a pas contesté que l'acquisition de ce bien a été faite dans le but de s'y installer un jour avec son époux, ni, enfin, de la demande d'avalisation de son projet de vente. Ainsi, la recourante devrait être considérée comme propriétaire de cet appartement, l'époux ne pouvant pas prétendre à la moitié de la plus-value entraînée par sa vente, mais uniquement à récupérer les 100'000 fr. prêtés à son épouse pour l'achat de ce bien.
3.3 L'hoirie soutient que la cour cantonale a admis à juste titre le renversement de la présomption de propriété tirée du registre foncier. Elle fait valoir que l'acquisition au seul nom de la recourante de différents biens immobiliers financés en réalité par les deux conjoints avait uniquement pour but que la fille de feu X._, née d'un précédent mariage, ne puisse avoir de prétentions successorales sur les biens en question, à savoir le chalet à F._, ainsi que l'appartement et les bureaux sis rue ... à Genève.
3.4 Les époux se sont mariés sous le régime de la séparation de biens.
Selon l'<ref-law>, quiconque allègue qu'un bien appartient à l'un ou à l'autre des époux est tenu d'en établir la preuve (al. 1); à défaut de cette preuve, le bien est présumé appartenir en copropriété aux deux époux (al. 2). Cette disposition reprend mot pour mot l'art. 200 al. 1 et 2 CC. Elle est une règle particulière de fardeau de la preuve, dès lors qu'elle détermine les conséquences de l'échec de la preuve de l'appartenance d'un bien à l'un des époux. Ainsi, il incombe à toute personne qui prétend qu'un bien déterminé est la propriété d'un époux et non de l'autre, de l'établir. Cette règle, qui découle de l'<ref-law>, s'applique entre les époux, entre un époux et les héritiers de l'autre, ainsi qu'entre un époux et des tiers, notamment les créanciers du conjoint. La preuve des faits constitutifs du droit et, par suite, leur conséquence juridique (c'est-à-dire la propriété) peut être apportée par tous moyens: production de pièces, témoignages, expertises, inventaires. Pour le reste, la preuve de la propriété est régie par les règles ordinaires, ce qui autorise le recours aux présomptions des art. 930 et 931 CC pour les choses mobilières et à celle de l'<ref-law> pour les immeubles. Les présomptions tirées de la possession et du registre foncier l'emportent ainsi sur la présomption de copropriété de l'<ref-law> (arrêt 5A_28/2009 du 5 février 2010 consid. 4.2.1, in FamPra.ch 2010 p. 420; <ref-ruling>).
S'agissant en particulier des immeubles, les faits dont les inscriptions du registre foncier montrent l'existence bénéficient de la valeur probante accrue découlant de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2b p. 155); il appartient à celui qui les conteste de démontrer leur inexactitude (Paul-Henri Steinauer, Le titre préliminaire du Code civil in: Traité de droit privé suisse, vol. II/1, 2e éd. 2009, nos 747 ss). En revanche, le droit (c'est-à-dire la propriété de la personne inscrite) découle de la présomption de l'<ref-law>, qui est réfragable; il incombe dès lors à celui qui met en cause la propriété de la personne inscrite d'établir l'invalidité du titre d'acquisition (ATF 58 II 333).
3.5 En l'espèce, la recourante est inscrite au registre foncier comme seule propriétaire de l'immeuble litigieux. Il appartenait donc à feu X._ d'alléguer et de prouver le contraire. A cet égard, seule une convention interne entre les conjoints en vertu de laquelle l'épouse n'entendait être propriétaire qu'à l'égard des tiers et renonçait à faire valoir son droit envers son époux était de nature à infirmer la validité de ce titre. En se fondant notamment sur les montants investis par chacun des époux dans l'acquisition du bien, au nom de l'épouse, la cour cantonale est partie d'une fausse conception du droit. L'époux a allégué et offert de prouver que l'acquisition s'est faite au nom de l'épouse pour des raisons successorales. La cour cantonale a d'ailleurs admis son explication s'agissant du chalet de F._, acquis en 1995. Il résulte à cet égard de l'arrêt attaqué que feu X._ "a expliqué - sans être contredit - que les parties voulaient éviter que sa fille B._ ne puisse élever des prétentions successorales sur le patrimoine immobilier qu'elles acquéraient et avaient décidé en conséquence de mettre les biens concernés, dont le chalet de F._, au seul nom de dame X._". L'état de fait étant incomplet en ce qui concerne l'achat de l'appartement rue ..., la cause doit être renvoyée à la cour cantonale pour appréciation des preuves, complément de l'état de fait et nouvelle décision sur ce point (cf. supra, consid. 1.4).
4. Bureaux sis rue ... à Genève
4.1 La cour cantonale a retenu que les parties ont acquis, chacune par moitié, le 28 mars 1979, la propriété de bureaux sis rue ... à Genève, pour y installer leur cabinet. Le prix d'achat, de 330'000 fr., a été financé notamment par un emprunt hypothécaire de 215'000 fr. souscrit conjointement auprès de l'UBS SA, les échéances étant débitées de leur compte commun auprès de cette banque. Elles y ont exercé leur activité jusqu'à leur séparation en 2002. Par acte du 8 octobre 1986, feu X._ a vendu à son épouse sa part de propriété, pour 165'000 fr. Ce montant devait être payé à hauteur de 84'925 fr. par la reprise de la part de l'époux dans la dette hypothécaire grevant l'immeuble, qui s'élevait alors à 169'850 fr., et à hauteur de 80'075 fr. par la compensation de créances entre les époux. Le 4 novembre 1999, l'épouse a contracté sur ce bien un autre emprunt hypothécaire de 302'000 fr. et s'est personnellement acquittée des intérêts à hauteur de 25'431 fr. 75, avant de le rembourser intégralement le 1er novembre 2001. Les juges précédents ont repris les conclusions du Tribunal de première instance du canton de Genève, selon lequel les locaux avaient d'abord constitué un apport commun des parties à la société, puis, après que feu X._ a vendu sa part à la recourante, un apport de celle-ci; dans le cadre de la liquidation de la société, elle pouvait récupérer le prix pour lequel il avait été accepté, à savoir 330'000 fr., le solde de la valeur nette de l'immeuble au jour de la liquidation devant être partagé par moitié entre les associés en tant que bénéfice réalisé par la société, étant constaté que l'amortissement de la dette hypothécaire grevant les bureaux s'était effectué par le biais de celle-ci. La cour cantonale a considéré que la recourante n'avait pas établi que ces locaux ne constituaient pas un apport en propriété, mais étaient uniquement mis à disposition de la société; cette affirmation ne ressort d'aucun document, en particulier pas de l'acte de vente, et elle est contredite par l'inscription des locaux au bilan de la société et le paiement des intérêts et charges hypothécaires par celle-ci. Selon l'autorité cantonale, on ne voit pas pourquoi cette inscription au bilan aurait été nécessaire pour des raisons comptables en lieu et place du loyer dont la société devait s'acquitter pour l'occupation des locaux, dès lors qu'une rubrique idoine pouvait être créée, la recourante n'expliquant pas, par ailleurs, pour quelle autre raison son époux aurait accepté de vendre sa part pour un montant de 165'000 fr. alors même qu'il est établi qu'en 1986, la valeur totale du bien pouvait être estimée à 877'500 fr. Cela étant, les juges précédents ont estimé qu'il importait peu de déterminer si ce bien avait seulement été mis à disposition de la société ou s'il avait été apporté en pleine propriété puisque, dans tous les cas, sa plus-value profitait à tous les associés au moment de la dissolution de la société. L'époux avait ainsi droit à la moitié de sa valeur nette, à savoir 380'225 fr. (760'450 fr. / 2).
4.2 La recourante se plaint d'une violation des <ref-law> et 8 CC. Elle fait valoir qu'il ne lui appartenait pas de prouver que les locaux ne constituaient pas un apport en propriété, mais étaient uniquement mis à disposition de la société, mais à son époux d'établir le contraire. Elle affirme que cette distinction n'est pas sans pertinence, comme l'a admis la cour cantonale, dans la mesure où, selon la doctrine, le propriétaire qui met à disposition la chose participe seul à la plus-value conjoncturelle de celle-ci.
4.3 L'hoirie relève que la vente en 1986 des parts de l'époux à la recourante n'était en réalité qu'un contrat simulé ayant pour but d'éviter que la fille de feu X._ ne puisse avoir des prétentions successorales sur ce bien. Ainsi, malgré la teneur du contrat de vente de 1986, l'époux serait en réalité toujours resté copropriétaire des bureaux avec son épouse.
4.4 La société simple, qui n'a pas la personnalité morale, est un contrat par lequel deux ou plusieurs personnes conviennent de faire des apports en vue d'atteindre un but commun (TERCIER/FAVRE, Les contrats spéciaux, 4ème éd. 2009, n° 7437). Si le but poursuivi est commercial, les associés doivent constituer une société en nom collectif (<ref-ruling> consid. II/2 p. 364), qui doit être inscrite au registre du commerce (TERCIER/FAVRE, op. cit., n° 7469).
Tant dans la société simple (<ref-law>) que dans la société en nom collectif (<ref-law> qui renvoie à l'<ref-law>), chaque associé doit faire un apport, qui peut consister en argent, en créances, en d'autres biens ou en industrie. Lorsque les apports consistent en des prestations matérielles, on distingue notamment entre les apports en propriété, en propriété fiduciaire ou en usage (TERCIER/FAVRE, op. cit., n° 7576). Ce n'est que si l'apport a uniquement consisté dans la jouissance ou la mise à disposition d'une chose que l'associé sortant a, exceptionnellement, le droit de rependre son apport en nature; sinon, il n'a qu'une créance en argent pour la valeur de ses apports (arrêt 4C.18/1995 du 13 juillet 1995 consid. 4b, in SJ 1995 p. 724; <ref-ruling> consid. 2b p. 207; TERCIER/FAVRE, op. cit., n° 7748). En d'autres termes, celui qui a apporté un immeuble en pleine propriété n'a qu'une créance correspondant à la valeur que celui-ci avait au moment où il l'a apporté. En revanche, s'il en a seulement remis la jouissance ou l'a mis à disposition, il le reprend en nature. C'est donc à tort et par une mauvaise compréhension du droit fédéral et de la jurisprudence que l'arrêt attaqué conclut qu'il importe peu de déterminer si le bien litigieux a été seulement mis à disposition de la société ou s'il a été apporté en pleine propriété.
4.5 En l'espèce, les parties ont signé un contrat de société simple le 20 septembre 1976. En 1979, elles ont acquis en copropriété l'immeuble litigieux, qui a été intégré au bilan de la société. En 1986, feu X._ a vendu sa part de copropriété à la recourante, qui a repris sa part de la dette hypothécaire; par la suite, la recourante a contracté un autre emprunt et s'est personnellement acquittée des intérêts avant de rembourser intégralement le prêt.
Savoir si l'immeuble a été apporté en propriété à la société - que l'on qualifie celle-ci de société simple ou de société en nom collectif (<ref-ruling> consid. II/2 p. 364) - ou est demeuré propriété des associés est une question d'interprétation de leur volonté. Le fait que, au moment de son achat en copropriété par moitié entre les parties, l'immeuble ait été inscrit au bilan de la société parle en faveur d'un apport. Toutefois, le fait que l'époux ait ensuite vendu sa part de l'immeuble à la recourante, contre reprise de sa part de la dette hypothécaire, sans liquidation partielle de la société, manifeste clairement que les parties avaient conservé la copropriété de l'immeuble. Par la suite, l'épouse a d'ailleurs contracté un emprunt hypothécaire et s'est personnellement acquittée de la dette, ce qu'elle n'aurait pas pu faire si l'immeuble avait été propriété de la société.
4.6 Il reste à examiner si, comme le soutient l'hoirie, la vente de la part de copropriété de l'époux a été simulée.
Un acte est simulé au sens de l'<ref-law> lorsque les deux parties sont d'accord que les effets juridiques correspondant au sens objectif de leur déclaration ne doivent pas se produire et qu'elles n'ont voulu créer que l'apparence d'un acte juridique à l'égard des tiers (<ref-ruling> consid. 5 p. 207 et les arrêts cités; <ref-ruling> consid. 5c/cc p. 68; <ref-ruling> consid. 4a p. 342). Leur volonté véritable tendra soit à ne produire aucun effet juridique, soit à produire un autre effet que celui de l'acte apparent; dans ce dernier cas, les parties entendent en réalité conclure un second acte dissimulé (ATF <ref-ruling> consid. 5c/cc p. 68; <ref-ruling> consid. 4a p. 342; arrêt non publié du 9 septembre 1987, reproduit in SJ 1988 p. 117, consid. 6b; JÄGGI/GAUCH, Zürcher Kommentar, Band V/1b, 1980, nos 94 s. ad <ref-law>; Kramer/Schmidlin, Berner Kommentar, Band VI/1/1, 1986, no 114 ad <ref-law>). Le contrat simulé est juridiquement inefficace d'après la volonté réelle et commune des parties (ATF <ref-ruling> consid. 5c/cc p. 68; <ref-ruling> consid. 5 p. 207 et les arrêts cités), tandis que le contrat dissimulé que, le cas échéant, les parties ont réellement conclu est valable si les dispositions légales auxquelles il est soumis quant à sa forme et à son contenu ont été observées (<ref-ruling> consid. 3a p. 390; <ref-ruling> consid. 2a p. 384; WINIGER, in Commentaire romand, Code des obligations I, 2003, nos 90 s. ad <ref-law>).
La constatation de la volonté interne des parties au moment de la conclusion du contrat et celle des actes, paroles et attitudes par lesquels elles se sont exprimées relèvent du fait et lient le Tribunal fédéral (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 274). C'est en revanche une question de droit que de donner aux faits constatés par la juridiction cantonale leur qualification juridique (<ref-law>) et de juger notamment si les parties ont suffisamment manifesté leur intention de simuler, selon les principes de l'<ref-law>, et si l'autorité cantonale a défini exactement la notion de simulation (<ref-ruling> consid. 5 p. 207 et les arrêts cités).
4.7 En instance cantonale, l'époux a soutenu que cette vente était un acte simulé et qu'elle était intervenue afin d'éviter que le bien ne fasse le cas échéant partie de son patrimoine successoral, au même titre qu'ont été mis au nom de l'épouse l'appartement dans le même immeuble ou le chalet de F._ Se fondant sur une fausse conception juridique, la cour cantonale n'a pas jugé nécessaire d'examiner ce point de fait. Il y a donc lieu de lui renvoyer la cause pour appréciation des preuves, complément de l'état de fait et nouvelle décision sur ce point (cf. supra, consid. 1.4).
5. Transfert de 100'000 fr.
5.1 La cour cantonale a retenu que, en juillet 2002, l'époux a transféré 100'000 fr. du compte "ménage" des parties sur leur compte postal "professionnel". Le 19 septembre 2002, à la demande de la recourante qui n'avait pas consenti à ce transfert, l'époux a prélevé sur son compte privé 100'762 fr., correspondant selon lui, à la somme de 100'000 fr. et aux intérêts débiteurs qu'il a déposés sur le compte "ménage" des époux. Un prêt de 100'000 fr. de l'époux a alors été inscrit au passif du bilan du cabinet d'architectes des parties. La cour cantonale a confirmé le jugement du Tribunal de première instance, lequel a admis la prétention de l'époux en remboursement de la moitié de ce montant, pour le motif qu'il s'agissait d'une avance initialement consentie à la société par les parties, mais couverte par le compte personnel de l'époux, qui avait été inscrite au passif du bilan au 31 décembre 2002, en sa faveur; dans la liquidation de la société, l'épouse est tenue de s'acquitter du paiement de cette dette à parts égales avec l'époux, en faveur de celui-ci. Les juges précédents ont considéré que la critique de la recourante, qui invoquait que le montant de 100'762 fr. avait été versé par l'époux pour rétablir l'équilibre des comptes, dans la mesure où celui-ci n'avait encaissé que 712'062 fr. 20 alors qu'elle avait encaissé 812'037 fr. 15 durant la même période, n'était pas pertinente, dès lors que, au regard du contrat de société, les parties avaient convenu du partage par moitié du bénéfice et des pertes.
5.2 La recourante soutient que cette opération ne représentait ni un bénéfice, ni une perte de la société, mais la "seule restitution d'un montant dont s'était emparé sans droit l'époux et qu'il n'a fait que le replacer sur le compte duquel il l'avait prélevé". En outre, elle fait valoir que les parties ont signé le 11 août 2003 une quittance, dont il résulte que les associés n'ont plus de créance à faire valoir l'un contre l'autre du chef de la répartition des frais de leurs deux bureaux. Or, selon la recourante, la créance de l'époux est comprise dans cette quittance.
5.3 Par cette critique, la recourante ne s'en prend pas à la motivation de la cour cantonale, si ce n'est pour affirmer qu'elle est "hors de propos". Dès lors que l'intéressée ne conteste pas que le montant litigieux ait été inscrit au passif du bilan en tant que prêt de l'époux, son argumentation est d'emblée privée de toute portée.
Quant à celle liée à la quittance signée le 11 août 2003 par les parties, elle constitue une argumentation juridique nouvelle. En effet, alors qu'il résulte de l'arrêt cantonal que la recourante soutenait, en appel, que le décompte du 11 août 2003 ne se référait qu'aux factures en souffrance et non à la liquidation des relations entre associés, elle invoque désormais qu'il réglerait également le sort de la dette de la société envers l'époux. Cet argument ne trouve toutefois aucun appui dans les constatations des juges précédents, lesquels ont admis que la quittance réglait la question des frais des deux bureaux, seuls les impôts, les taxes diverses privées ainsi que la question du paiement des factures AVS des employés en ayant été exclus. Pour le surplus, la recourante ne soutient pas que les faits auraient été établis de façon manifestement inexacte sur ce point (cf. supra, consid. 1.3), de sorte que son grief est infondé.
6. Honoraires dus à la société simple
6.1 La cour cantonale a écarté une prétention de la recourante en paiement d'honoraires dus à la société simple à hauteur de 70'000 fr., dont elle réclame la moitié, relatifs à une étude directrice générale, un plan localisé de quartier et diverses études d'avant-projet effectués par l'atelier, avant la dissolution de l'association professionnelle, pour le compte personnel de l'époux, alors copropriétaire d'une parcelle en zone de développement dans le secteur de l'avenue ... à Meyrin. L'époux n'a pas contesté l'exécution des travaux, mais nié devoir payer les honoraires que lui réclamait la recourante pour le motif que le projet de construction ne lui a pas été octroyé, de sorte qu'aucuns honoraires d'architecte ne pouvaient être facturés. Les juges précédents ont estimé que, dans la mesure où le principe du paiement était contesté, il appartenait à la recourante d'apporter la preuve qu'il était dû, ce qu'elle n'avait pas fait.
6.2 La recourante soutient que la cour cantonale ne pouvait pas suivre sans arbitraire la thèse de l'époux, alors que celui-ci est personnellement propriétaire et copropriétaire "pour un autre" des terrains de l'avenue ... à Meyrin et que, à ce titre, il est et reste seul bénéficiaire des travaux commandés par lui et effectués par la société simple. Elle invoque qu'il ne s'agissait pas d'un simple devis comme peut le dresser un entrepreneur, qui, sauf accord contraire, est gratuit si les travaux ne lui sont pas confiés, mais du montage d'un dossier immobilier, travaux d'architecture déjà importants confiés par un propriétaire, en l'occurrence l'époux, à un bureau spécialisé. Selon elle, il n'y a "à l'évidence pas à prouver qu'une telle mission confiée à un bureau d'architecte n'est, par définition, pas gratuite!" Ce ne serait pas en qualité d'architecte que l'époux devrait ces honoraires à la société simple constituée par les parties, mais seulement en sa qualité de propriétaire. Enfin, la recourante considère qu'on voit mal comment l'époux pourrait, lorsque le projet démarrera, ne pas se voir confier le mandat d'architecte, dès lors qu'il est propriétaire et copropriétaire des terrains.
6.3 Lorsque la recourante soutient que l'époux pourra utiliser les plans parce qu'il est (co-)propriétaire des terrains, elle se fonde sur des faits que l'arrêt ne constate pas et ne démontre pas une appréciation incomplète, avec référence à ses allégués et aux pièces du dossier, ou arbitraire des preuves par l'autorité cantonale (cf. supra, consid. 1.3). Partant, sa critique est infondée.
7. Acomptes d'impôts 2002
7.1 La cour cantonale a retenu que, au cours de l'année 2002, les parties ont payé des acomptes provisionnels d'impôt cantonal à hauteur de 78'090 fr. par le débit de leur compte professionnel commun; les parties ont été taxées séparément pour l'année 2002. L'époux a établi que 38'237 fr. 25 ont été prélevés par l'administration fiscale sur ces acomptes, pour être affectés au paiement des impôts cantonaux 2001 des parties, les taxations adressées au seul nom de l'époux concernant également l'épouse puisque les parties étaient encore taxées ensemble cette année-là. Selon un courrier de l'administration fiscale cantonale du 10 juillet 2007 répartissant entre les parties l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) et l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD) pour l'année 2001, l'époux était débiteur de 71'750 fr. 35 à titre d'ICC et de 25'618 fr. 15 à titre d'IFD, alors que la recourante était débitrice de 109'931 fr. 40 à titre d'ICC et de 33'868 fr. 30 à titre d'IFD. La cour cantonale a considéré que, dans la mesure où la recourante n'a pas établi avoir versé plus que les montants qu'elle doit encore pour l'année 2001, c'était avec raison que le tribunal de première instance l'avait déboutée de ses prétentions concernant les acomptes provisionnels pour l'année 2002.
7.2 La recourante invoque qu'elle "ne voit pas en quoi le fait qu'elle (et d'ailleurs pourquoi elle seule ?) doive ou non encore des montants au fisc pour 2001 serait relevant pour 2002, le compte professionnel de chèques postaux des parties ayant versé une série d'acomptes pour un total de 78'090 fr. à valoir sur l'imposition 2002, tandis que le montant restitué par l'Administration Fiscale a été porté au seul crédit de l'intimé".
7.3 Par cette seule affirmation, la recourante ne démontre pas que la cour cantonale aurait, à tort, pris en considération le solde d'impôt 2001 des parties pour trancher sa prétention en rapport avec les acomptes provisionnels 2002, ni qu'elle aurait payé plus que ce qu'elle devait pour 2001. Partant, son grief est infondé.
8. Frais et dépens de première instance
8.1 La recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir confirmé les frais et dépens fixés par le tribunal de première instance et de n'avoir pas examiné son argumentation relative à la participation aux honoraires du conseil de l'époux de 15'000 fr. mise à sa charge. Selon elle, il ne saurait être question de fixer une participation aux honoraires du conseil de l'une des parties en cas de compensation des dépens, puisque ce principe implique que chacune d'elles conserve à sa charge ses propres frais, d'autant que la Cour de justice a elle-même considéré que "l'épouse n'a par ailleurs obtenu que partiellement gain de cause sur ses conclusions en liquidation du régime matrimonial", ceci sans qu'aucune participation aux honoraires de son conseil ne lui soit allouée, alors même que cette considération démontrerait que l'époux n'a, dès lors, pas obtenu lui-même totalement gain de cause. La recourante se plaint à cet égard d'un déni de justice et d'arbitraire, constitutifs d'une violation de l'art. 4 [recte: 9] Cst.
8.2 Cette critique procède d'une mauvaise compréhension de l'arrêt attaqué. Contrairement à ce que soutient la recourante, les dépens n'ont pas été compensés en totalité, mais seulement partiellement. Compte tenu des émoluments de procédure mis à la charge des parties, à savoir, pour l'époux, un émolument de mise au rôle de 23'603 fr. auquel s'est ajouté un émolument complémentaire de 3'000 fr., et, pour l'épouse, un émolument de mise au rôle de 6'500 fr. pour sa demande reconventionnelle auquel s'est ajouté un émolument complémentaire de fr.16'500 fr., le montant de 15'000 fr. mis à la charge de la recourante ne constitue que des dépens partiels. Or, par sa critique, la recourante ne démontre pas que la cour cantonale aurait arbitrairement retenu qu'elle aurait obtenu gain de cause dans une moindre mesure que son époux. Quoiqu'il en soit, dès lors que le présent recours est partiellement admis et que la cause est renvoyée aux juges précédents, ceux-ci seront amenés à statuer à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale compte tenu de l'issue du renvoi. Dans cette mesure, l'examen du grief de la recourante apparaît, si ce n'est infondé, à tout le moins prématuré.
9. Vu ce qui précède, le recours doit être partiellement admis et l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il condamne la recourante à verser à feu X._, dans le cadre de la liquidation du régime matrimonial, la somme de 536'976 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 10 mars 2006 en lien avec l'appartement des parties sis rue ... à Genève et, dans le cadre de la liquidation de la société simple des parties, la somme de 380'225 fr. en lien avec les locaux professionnels des parties sis à la même adresse. La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle appréciation des preuves, complément d'instruction et nouveau jugement sur ces deux points. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante obtient gain de cause sur deux points, dont l'issue est cependant incertaine compte tenu du renvoi de la cause à l'autorité précédente, alors que l'ensemble de ses autres griefs est rejeté. Dans ces circonstances, il se justifie de mettre les frais judiciaires à la charge des parties à raison de la moitié chacune et de compenser les dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il condamne dame X._ à verser à feu X._, dans le cadre de la liquidation du régime matrimonial, la somme de 536'976 fr., avec intérêts à 5% l'an dès le 10 mars 2006 et, dans le cadre de la liquidation de la société simple des parties, la somme de 380'225 fr. La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants sur ces deux points.
Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge des parties à raison de la moitié chacune.
3. Les dépens sont compensés.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 8 novembre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet