nach Art. 13ff. LSV - Militärflugplatz Dübendorf, hat sich ergeben:
A.- Seit der Festsetzung der Belastungsgrenzwerte für den Lärm von Militärflugplätzen im Jahre 1995 hat das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) die nötigen Vorkehren zur Ermittlung und Beurteilung der Fluglärm-Immissionen sowie für die allfälligen Sanierungen unternommen. Für den Militärflugplatz Dübendorf wurde zunächst 1997 ein Lärmbelastungskataster erstellt, der die bisherigen provisorischen Lärmbelastungspläne ersetzt und auf den - damals prognostizierten - Flugbewegungszahlen des Jahres 2000 beruht. Gestützt auf diesen Lärmbelastungskataster liess das Bundesamt für Betriebe der Luftwaffe (BABLW) ein Schallschutzkonzept erarbeiten. Dieses sieht für den Militärflugplatz weitgehende Sanierungs-Erleichterungen vor. Im Gegenzug sollen an den Gebäuden, welche von Lärmimmissionen betroffen werden, die den Alarmwert übersteigen, auf Kosten des Inhabers der militärischen Anlage Schallschutzmassnahmen getroffen werden. Am 25. Januar 1999 reichte das BABLW das Schallschutzkonzept mit dem entsprechenden Erleichterungsgesuch dem VBS als Vollzugs- und Entscheidbehörde ein.
B.- Mit Verfügung vom 2. März 2000 gab das VBS dem Gesuch des BABLW um Sanierungs-Erleichterungen statt. Gleichzeitig verpflichtete das Departement die Eigentümer der über den Alarmwert hinaus lärmbelasteten Gebäude zur Vornahme von Schallschutzmassnahmen auf Kosten des BABLW. Zudem wurde festgehalten, dass die dem Lärmbelastungskataster vom 15. September 1997 zugrunde liegenden Flugbewegungszahlen 2000 für den Inhaber der Anlage im Sinne einer Höchstgrenze verbindlich sind.
Das Departement führt in seiner Verfügung unter anderem aus, dass es sich beim Militärflugplatz Dübendorf um eine bestehende ortsfeste Anlage handle, deren Betrieb wesentlich zur Überschreitung der Immissionsgrenzwerte beitrage und die daher grundsätzlich sanierungspflichtig sei.
Zusätzliche lärmreduzierende Massnahmen an den Flugzeugen seien jedoch nach dem heutigen Stand der Technik nicht möglich.
Verschiedene betriebliche Vorkehren zur Lärmverminderung seien bereits ergriffen worden; insbesondere seien die An- und Abflugrouten optimiert und die Flugbewegungszahlen herabgesetzt worden. Trotz dieser Einschränkungen könnten beim Militärflugplatz weder die für die Empfindlichkeitsstufen II und III geltenden Immissionsgrenzwerte noch die Alarmwerte eingehalten werden. Allein um Alarmwert-Überschreitungen zu vermeiden, müssten die Jet-Flugbewegungen um mehr als 60 % reduziert werden. Eine solche Betriebseinschränkung würde jedoch die Ausbildung und Schulung der Piloten stark behindern. Die Luftwaffe könnte daher die Aufgabe, die ihr im Rahmen der Gesamtverteidigung zukomme, nicht mehr hinreichend erfüllen. Die für den zweckmässigen Weiterbetrieb der Anlage erforderlichen Sanierungs-Erleichterungen seien demnach zu gewähren. Das bedeute für die Grundeigentümer, deren Parzellen in Gebieten liegen, in denen der Fluglärm den Immissionsgrenzwert übersteigt, dass sie diese an sich übermässige Lärmbelastung im öffentlichen Interesse erdulden müssten.
C.- Gegen die Verfügung des VBS vom 2. März 2000 haben E.R. und A.R._, P._, B.F. und S.F._, A._, H.Z. und K.Z._, B._, C._, F.D. und E.D._, M._, E._, E.H. und V.H._, G._, alle wohnhaft am X._ in Dübendorf, sowie A.S. und J.S._, wohnhaft an der Y._strasse in Dübendorf, gleich lautende Verwaltungsgerichtsbeschwerden eingereicht.
Die Beschwerdeführer verlangen, dass ihre Grundstücke "aus dem Immissionsgrenzwert im Lärmbelastungskataster" entlassen würden. Falls dies nicht möglich sei, seien die Beschwerdeführer für den Minderwert ihrer Liegenschaften, der durch den Lärmbelastungskataster entstehe, sowie für Schallschutzmassnahmen voll zu entschädigen. Zur Begründung dieser Begehren wird vorgebracht, es sei unverständlich, weshalb die Parzellen der Beschwerdeführer dem Immissionsgrenzwert-Bereich zugeschlagen würden, während die angrenzenden Grundstücke ausserhalb dieser Grenzwerte lägen, obwohl sie subjektiv den genau gleichen Immissionen ausgesetzt seien. Der Einbezug der Liegenschaften in den Perimeter des Lärmbelastungskatasters führe zu einer wirtschaftlichen Abwertung, die vom Verursacher zu entschädigen sei.
Eingeschränkt würden auch die mögliche Nutzung und Bewirtschaftung des Grundeigentums. Im Übrigen sei stossend, dass die vom Eisenbahnlärm Betroffenen schon Anspruch auf Schallschutzfenster hätten, wenn die Immissionsgrenzwerte überschritten würden, und nicht erst, wenn die Alarmwerte nicht eingehalten werden könnten. Das gleiche Privileg genössen die Anwohner des Flughafens Zürich-Kloten. Eine solche Ungleichbehandlung sei nicht akzeptabel. Aus diesem Grunde sei den Beschwerdeführern eine angemessene Entschädigung für Schallschutzmassnahmen und den Minderwert ihrer Liegenschaften in der Grössenordnung von 30 % des Anlagewertes zuzuerkennen.
D.-Das VBS stellt den Antrag, die Verwaltungsgerichtsbeschwerden seien vollumfänglich abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Das zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) hat in seiner Stellungnahme vom 16. August 2000 bestätigt, dass der Lärmbelastungskataster und das Schallschutzkonzept gemäss den gesetzlichen Vorschriften und nach den Regeln der Fachkunde erstellt worden seien. Das BUWAL hält die angefochtene Verfügung für gesetzeskonform.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Beschwerdeführer haben alle gleich lautende Rechtsschriften eingereicht und die selben Begehren gestellt.
Es rechtfertigt sich daher, die dreizehn Beschwerden in einem einzigen Urteil zu behandeln.
2.- Die Liegenschaften der Beschwerdeführer gehören gemäss Lärmbelastungskataster und Schallschutzkonzept zu den Grundstücken, die einer Lärmbelastung von um die 65 dB(A) ausgesetzt sind und für welche Sanierungserleichterungen gewährt worden sind. Die Beschwerdeführer werden insofern durch den Sanierungsentscheid berührt und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung. Sie sind mithin zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde befugt (Art. 103 lit. a des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege; OG, SR 173. 110).
3.- Die Beschwerdeführer ersuchen in erster Linie um Entlassung ihrer Liegenschaften aus dem Perimeter des Lärmbelastungskatasters bzw. dem Perimeter der Erleichterungen.
Diesem Begehren kann jedoch nicht stattgegeben werden.
Mit dem Lärmbelastungskataster im Sinne von Art. 37 der Lärmschutz-Verordnung in der Fassung vom 15. Dezember 1986 und neu auch in der Fassung vom 12. April 2000 (LSV, SR 814. 41) wird lediglich die bestehende oder eine zulässige künftige Lärmbelastung ausgewiesen. Da der Lärmbelastungskataster für den Militärflugplatz Dübendorf auf den Flugbewegungszahlen des Jahres 2000 beruht und diese auch inskünftig nicht überschritten werden dürfen, wird damit nur die bereits gegebene Situation festgestellt. Dass der Kataster auf falschen Daten beruhe, sonstwie unrichtig berechnet oder fehlerhaft gezeichnet worden sei, machen die Beschwerdeführer selbst nicht geltend. Ist aber die Lärmsituation, wie sie seit dem Jahr 2000 besteht, richtig ermittelt und dargestellt worden, ist eine Verkleinerung des durch die Linien gleicher Lärmbelastung (Isophonen) vorgegebenen Perimeters ausgeschlossen. Daran ändert nichts, dass die Liegenschaften in der Nähe der Isophonen nach menschlicher Wahrnehmung vom Lärm (fast) gleich betroffen werden. Die Grenzziehung muss nach den angestellten Messungen oder Berechnungen erfolgen, eine ungerechtfertigte Ungleichbehandlung entsteht dadurch nicht. Es könnte sich hier höchstens fragen, ob nicht die ganze Überbauung am X._, die durch die 65 dB(A)-Isophone durchschnitten wird, in den Erleichterungs-Perimeter hätte einbezogen werden sollen. Selbst wenn dies nach den vom Bundesgericht aufgestellten Grundsätzen zu bejahen wäre (vgl. <ref-ruling> E. 48b S. 593) - was nicht zu prüfen ist -, würden die Beschwerdeführer dadurch nichts gewinnen. Die Begehren um Entlassung aus dem Lärmbelastungskataster bzw. aus dem Erleichterungs-Perimeter sind daher abzuweisen.
4.- Die Beschwerdeführer verlangen im Weiteren, dass auch an ihren Häusern auf Kosten des Inhabers des Militärflugplatzes Schallschutzfenster eingebaut würden. Wie das Departement zu Recht dargelegt hat, sehen indessen Art. 20 des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG, SR 814. 01) und <ref-law> die Pflicht zur Vornahme baulicher Schallschutzmassnahmen bei bestehenden öffentlichen oder konzessionierten Anlagen erst vor, wenn die Alarmwerte überschritten werden. Dagegen wird bei Neuerstellung oder wesentlicher Änderung solcher lärmerzeugender Anlagen die Schallschutzpflicht schon ausgelöst, wenn die Immissionsgrenzwerte nicht eingehalten werden können (<ref-law>, Art. 10 in Verbindung mit Art. 7 Abs. 2 und Art. 8 Abs. 2 LSV). Aus diesem Grund müssen bei der Sanierung des Flughafens Zürich-Kloten, die im Rahmen des - als wesentliche Änderung geltenden - Ausbaus der Anlage durchgeführt wird, die sog. passiven Schallschutzvorkehren schon bei Überschreitung der Immissionsgrenzwerte getroffen werden (vgl. <ref-ruling> E. 16 und 17 S. 327 ff.).
Die dargestellte, im Umweltschutzgesetz und in der Lärmschutz-Verordnung enthaltene Regelung über den passiven Schallschutz ist grundsätzlich auch in das Bundesgesetz über die Lärmsanierung der Eisenbahnen vom 24. März 2000 aufgenommen worden, wobei an Stelle des Anlageninhabers der Bund kostenpflichtig wird (SR 742. 144, vgl. AS 2000 S. 2206).
Allerdings sieht Art. 10 Abs. 2 des neuen Gesetzes zusätzlich vor, dass der Bund schon bei Überschreitung der Immissionsgrenzwerte die Hälfte der Kosten der von den Gebäudeeigentümern freiwillig ergriffenen Schallschutzmassnahmen übernimmt. Ob in dieser weiter gehenden Kostenrückerstattungspflicht eine gegen die Rechtsgleichheit verstossende Besserstellung der Bahnlärmbetroffenen liege, muss offen bleiben, da das Bundesgericht zur Überprüfung der Verfassungsmässigkeit der Bundesgesetze nicht berechtigt ist (<ref-law>). Festzustellen ist hier einzig, dass den Beschwerdeführern aufgrund der eidgenössischen Umweltschutzgesetzgebung kein Anspruch auf Einbau von Schallschutzfenstern auf Kosten des Inhabers des Militärflugplatzes zusteht.
5.- In den Beschwerden werden ebenfalls Entschädigungsbegehren gestellt, und zwar sowohl für die lärmbedingte Entwertung der belasteten Liegenschaften als auch für die Kosten der freiwillig von den Eigentümern ergriffenen Schallschutzmassnahmen.
Es trifft an sich zu, dass den Eigentümern von Grundstücken, die durch übermässige, von einem öffentlichen Werk ausgehende Immissionen belastet werden, aufgrund des eidgenössischen Enteignungsrechts Entschädigungsansprüche erwachsen können. Solche Entschädigungsbegehren sind aber nicht im Lärmsanierungsverfahren zu stellen, sondern im enteignungsrechtlichen Verfahren vor der Eidgenössischen Schätzungskommission (s. etwa <ref-ruling>, 126 II 522 E. 50 S. 597 f.). Die Beschwerdeführer müssten deshalb das VBS ersuchen, beim Präsidenten der zuständigen Eidgenössischen Schätzungskommission ein Enteignungsverfahren zur Abgeltung der unterdrückten nachbarlichen Abwehrrechte zu eröffnen. Auf die Entschädigungsforderungen der Beschwerdeführer kann somit im vorliegenden Verfahren nicht eingetreten werden.
Aus prozessökonomischen Gründen ist ergänzend zu bemerken, dass die Entschädigungsbegehren der Beschwerdeführer aufgrund der bisherigen Rechtsprechung auch im enteignungsrechtlichen Verfahren nur wenig Aussicht auf Erfolg haben. Da die fraglichen Grundstücke offenbar in den achtziger Jahren überbaut worden sind, fehlt es für eine Entschädigungspflicht aus formeller Enteignung wohl an der Voraussetzung der Unvorhersehbarkeit der Immissionen. Entschädigungen aus materieller Enteignung dürften schon deshalb ausser Betracht fallen, weil die bisherige Nutzung der Grundstücke und der Wohnhäuser weiterhin möglich bleibt (vgl. etwa <ref-ruling> E.6 und 7a/b). Hinzu kommt, dass die Zuständigkeit der Eidgenössischen Schätzungskommission zur Beurteilung solcher Begehren einlässlicher Prüfung bedürfte.
6.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden sind nach dem Gesagten abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
Da die eingereichten Beschwerden sinngemäss als Einsprachen gegen übermässige Lärmimmissionen betrachtet werden können, ist die Kosten- und Entschädigungsregelung entsprechend den Spezialbestimmungen des eidgenössischen Enteignungsgesetzes zu treffen. Somit ist die Gerichtsgebühr, die niedrig gehalten werden kann, dem BABLW als Inhaber des Militärflugplatzes Dübendorf zu überbinden.
Parteientschädigungen sind den Beschwerdeführern nicht zuzusprechen, weil sie sich nicht durch einen Anwalt vertreten liessen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Bundesamt für Betriebe der Luftwaffe auferlegt.
3.- Parteientschädigungen werden nicht zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Bundesamt für Betriebe der Luftwaffe (BABLW), der Baudirektion des Kantons Zürich sowie dem Eidgenössischen Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) und dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 1. Mai 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: