Sachverhalt:
A.
Der Y._-Verband schrieb im Amtsblatt des Kantons Nidwalden vom 13. Juli 2011 im offenen Verfahren das Projekt "Erneuerung der Prozesssteuerungen und des Leitsystems" aus. Unter "Liefertermin" war angegeben:
"Beginn 01.11.2011 und Ende 31.12.2012
Bemerkungen: Beginn Phase 1
01.11.2011 bis ca. Ende 2012
Weitere Phasen bis 2018."
In den Ausschreibungsunterlagen war sodann aufgeführt: "Aktuell wird nur der Auftrag über den Umfang der 1. Etappe Phase 1 vergeben. Es wird jedoch der Lieferant für sämtliche Phasen festgelegt."
Die X._ AG, A._, reichte ein Angebot ein zum Preis von Fr. 136'611.77 für die Phase 1 bzw. Fr. 362'632.01 für den Gesamtumfang, jeweils inkl MWSt, die B._ AG, C._, ein Angebot zum Preis von Fr. 205'456.30 für die Phase 1 bzw. Fr. 480'755.15 für den Gesamtumfang, jeweils inkl. MWSt.
Mit Zuschlagsverfügung vom 3. Oktober 2011 vergab der Y._-Verband die Arbeiten an die B._ AG zum (revidierten) Preis von Fr. 151'702.24 exkl. MWSt, und stellte fest, dass später innerhalb des Schwellenwerts im freihändigen Verfahren an die berücksichtigte Firma zu denselben Konditionen Folgeaufträge erteilt werden könnten.
B.
Die X._ AG erhob dagegen Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit dem Antrag, es sei ihr in Aufhebung des angefochtenen Entscheids der Zuschlag für die 1. Etappe zu erteilen. Das Verwaltungsgericht erteilte der Beschwerde vorläufig die aufschiebende Wirkung, gab der B._ AG die Gelegenheit, Parteistellung einzunehmen, wovon diese keinen Gebrauch machte, und wies am 22. November 2011 das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab. In der Folge schloss der Y._-Verband mit der B._ AG den Vertrag.
Mit Urteil vom 16. April 2012, versandt im Dispositiv am 13. Juni 2012 und mit vollständiger Begründung am 12. Dezember 2012, wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C.
Die X._ AG erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei die Rechtswidrigkeit der Zuschlagsverfügung vom 3. Oktober 2011 festzustellen.
Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Der Y._-Verband beantragt Abweisung der Beschwerde.
Die X._ AG repliziert mit Eingabe vom 8. April 2013. Sie revidiert und ergänzt darin ihr Rechtsbegehren dahin, dass die Rechtswidrigkeit der Ausschreibungsunterlagen und der Zuschlagsverfügung, eventualiter die Rechtswidrigkeit der Zuschlagsverfügung und subeventualiter die Rechtswidrigkeit der Ausschreibungsunterlagen festzustellen sei.
Der Y._-Verband dupliziert.

Erwägungen:
1.
1.1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid betreffend öffentliche Beschaffungen ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 86 Abs. 2 BGG sowie <ref-law>) gemäss <ref-law> nur zulässig, wenn der geschätzte Wert des zu vergebenden Auftrages den massgebenden Schwellenwert des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1994 über das öffentliche Beschaffungswesen (BöB; SR 172.056.1) oder des Abkommens vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Europäischen Gemeinschaft über bestimmte Aspekte des öffentlichen Beschaffungswesens (SR 0.172.052.68) erreicht und wenn sich - kumulativ - eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-ruling> E. 1.1 S. 146).
1.1.1. Mit der streitigen Vergabe wurde nicht bloss die 1. Phase (zum Preis von Fr. 151'702.24 exkl. MWSt) vergeben, sondern zugleich festgestellt, dass der Zuschlagsempfängerin auch die Folgeaufträge erteilt werden. Insgesamt beträgt der Auftragswert mindestens ca. Fr. 360'000.--, so dass der massgebende Schwellenwert für Lieferungen (<ref-law>) überschritten ist.
1.1.2. Bei der zweiten Voraussetzung, der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, muss es sich um eine Rechtsfrage aus dem Gebiet des öffentlichen Beschaffungsrechts handeln und der Beschwerdeführer hat die Erfüllung dieser Voraussetzung darzutun (<ref-law>). Die Anwendung rechtsprechungsgemässer Prinzipien auf einen Einzelfall stellt keine Grundsatzfrage dar. Der blosse Umstand, dass eine Rechtsfrage noch nie höchstrichterlich beantwortet wurde, begründet ebenfalls noch nicht deren grundsätzliche Bedeutung; zusätzlich ist vorausgesetzt, dass ein praktisches Interesse an einer höchstrichterlichen Beurteilung besteht (<ref-ruling> E. 1.1.2 S. 147).
Die Beschwerdeführerin unterbreitet dem Bundesgericht mehrere Fragen. Wie sich aus dem Folgenden (E. 2 und 3) ergibt, sind zwei davon von grundsätzlicher Bedeutung, so dass die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig ist.
1.2. Die Beschwerdeführerin, die mit einer Offerte an der Ausschreibung teilgenommen hat und als Zweitklassierte nicht berücksichtigt worden ist, ist - obwohl der Vertrag mit der B._ AG inzwischen abgeschlossen wurde - zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>), da sie bei Feststellung der Rechtswidrigkeit des Zuschlags (Art. 18 Abs. 2 IVöB; <ref-law>) Schadenersatz geltend machen kann (Art. 18 des nidwaldnerischen Gesetzes vom 7. Februar 2001 über das öffentliche Beschaffungswesen [Submissionsgesetz/NW; 612.1]; vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 88 f.).
1.3. Vor Bundesgericht sind neue Rechtsbegehren, die nicht bereits vor der Vorinstanz gestellt wurden, nicht zulässig (<ref-law>). Die Neuheit eines Begehrens bezieht sich auf den Streitgegenstand: Dieser kann vor Bundesgericht nur noch eingeschränkt (minus), aber nicht ausgeweitet (plus) oder geändert (aliud) werden (<ref-ruling> E. 3.4.2 S. 365). Sodann hat nach <ref-law> die innert der gesetzlichen Beschwerdefrist (<ref-law>) einzureichende Beschwerde die Begehren zu enthalten. Nach Ablauf der Beschwerdefrist können Begehren nur noch (ganz oder teilweise) zurückgezogen, aber nicht geändert oder ergänzt werden. Das gilt auch für nachträglich gestellte Eventualanträge (<ref-ruling> E. 1.7 S. 162), sofern sie sich nicht in einem teilweisen Rückzug der anfänglich gestellten Anträge erschöpfen.
Vor der Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin die Aufhebung des Vergabeentscheids, eventualiter die Feststellung von dessen Rechtswidrigkeit beantragt; in der Beschwerde an das Bundesgericht die Feststellung der Rechtswidrigkeit der Zuschlagsverfügung. Der in der Replik gestellte Antrag, es sei (auch oder subeventualiter) die Rechtswidrigkeit der Ausschreibungsunterlagen festzustellen, ist demgegenüber neu und damit unzulässig.
1.4. Das Bundesgericht hat keinen zweiten Schriftenwechsel (<ref-law>) durchgeführt, sondern den Parteien aufgrund der Praxis zum Replikrecht (<ref-ruling> E. 2 S. 485 f.) Gelegenheit gegeben, allfällige Bemerkungen zu äussern. In diesem Rahmen sind nur noch Stellungnahmen zu den Eingaben der anderen Verfahrensbeteiligten zulässig, aber nicht mehr neue Vorbringen, die bereits in der Beschwerde möglich gewesen wären. Soweit die Beschwerdeführerin in ihrer Replik das Urteil des Verwaltungsgerichts kritisiert, ist darauf nicht einzugehen.
1.5. Das Bundesgericht überprüft frei und von Amtes wegen die richtige Anwendung des Bundesrechts, des Völkerrechts und des interkantonalen Rechts (Art. 95 lit. a, b und e sowie <ref-law>), mithin auch der Interkantonalen Vereinbarung vom 15. März 2001 über das öffentliche Beschaffungswesen (IVöB). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, kann aber die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz auf entsprechend begründete Rüge hin oder von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Vorliegend rügt die Beschwerdeführerin in verschiedener Hinsicht, die Vorinstanz sei auf ihre Vorbringen nicht oder nicht hinreichend eingegangen. Soweit darin eine unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts liegt, kann das Bundesgericht diesen aufgrund der Akten vervollständigen.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin stösst sich daran, dass die Vergabestelle die Eignungsmerkmale eines Anbieters bei der Prüfung der Zuschlagskriterien nochmals anhand der exakt gleichen Merkmale geprüft hat. Daraufhin hat sie dem obsiegenden Anbieter ausschliesslich aufgrund seiner Mehreignung eine höhere Punktzahl bei der Beurteilung der Zuschlagskriterien zugesprochen. Ob darin ein Verstoss gegen die Gleichbehandlung der Anbieter liegt, ist - wie sich aus dem Folgenden ergibt - eine wesentliche, aber höchstrichterlich in der Schweiz noch nie entschiedene Grundsatzfrage.
2.2.
2.2.1. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Eignungs- und Zuschlagskriterium auseinanderzuhalten; diese beziehen sich direkt auf die zu erbringende Leistung, jene hingegen auf das anbietende Unternehmen und dessen Eigenschaften; da aber auch diese Kriterien auf die zu erbringende Leistung bezogen sein müssen, ist die Unterscheidung zwischen Eignungs- und Zuschlagskriterien manchmal schwierig (<ref-ruling> E. 8.1 S. 323 f.; Urteil 2P.322/2006 vom 14. August 2007 E. 3.3.1). Nähere Ausführungen zur Abgrenzung finden sich in diesen Urteilen nicht. Auch im Urteil 2P.85/2001 vom 6. Mai 2002 E. 4.1 wurde die Frage einer Vermengung von Eignungs- und Zuschlagskriterien mangels entsprechender Rüge nicht weiter vertieft. Ohne ausdrückliche Diskussion des Verhältnisses zwischen Eignungs- und Zuschlagskriterien wurde es im Urteil 2P.141/2002 vom 7. Januar 2003 E. 2 als zulässig erklärt, den Zuschlag für den Kauf von Fotokopiergeräten einem Anbieter zu erteilen, weil dessen Geräte (zu einem günstigeren Preis) mehr Leistung erbrachten als in der Ausschreibung gefordert worden war. Im Urteil 2P.46/2005 vom 16. September 2005 E. 5.1 fragte sich das Bundesgericht in Bezug auf das Kriterium der Ortskenntnis, ob eine strenge Trennung zwischen anbieter- und angebotsbezogenen Kriterien überhaupt sinnvoll und realisierbar ist, wie allgemein bei der Vergabe von Dienstleistungsaufträgen, wo die Fachkompetenz bzw. die Qualifikation des Anbieters eine grosse Rolle spiele; die Frage konnte aber offenbleiben. Im Urteil 2P.225/2005 vom 27. April 2006 E. 3.2 erwog das Bundesgericht, dass nach der Lehre die Eignungskriterien normalerweise nicht zugleich als Zuschlagskriterien verwendet werden sollten, dass aber die Rechtsprechung eine strikte Trennung eher ablehne; die Frage brauchte auch dort nicht weiter erörtert zu werden, da nicht dargelegt worden war, dass die gleichen Kriterien doppelt verwendet wurden.
2.2.2. Die frühere eidgenössische Rekurskommission für das öffentliche Beschaffungswesen war anfänglich der Ansicht, dass Unternehmensaspekte bzw. Mehreignungen im Rahmen des Zuschlags nicht mehr berücksichtigt werden dürften; sie hat diese Praxis jedoch im Laufe der Zeit gelockert und unternehmensbezogene Aspekte zugelassen, wenn sie Einfluss auf die Qualität des Angebots (als Element der Wirtschaftlichkeit, vgl. <ref-law>) haben (s. Darstellung der Praxis bei MARTIN BEYELER, Ziele und Instrumente des Vergaberechts, 2008, S. 64 ff.; MARC STEINER, Die Berücksichtigung der Mehreignung aus beschaffungsrechtlicher Sicht - ein Beitrag aus der Schweiz, European Law Reporter 2010 S. 189 ff.). Das Bundesverwaltungsgericht schliesst ebenfalls die Berücksichtigung einer Mehreignung im Rahmen der Zuschlagskriterien nicht grundsätzlich aus, sofern die Mehreignungskriterien einen Bezug zum Projekt aufweisen, wie z.B. Qualität, Referenzen, Ausbildung (Urteil B-6082/2011 vom 8. Mai 2012 E. 2.1.3 und 2.1.4; Urteil B-7337/2010 und B-8062/2010 vom 15. April 2011, BVGE 2011/58 E. 12.2). Auch die Rechtsprechung der Kantone lässt mehrheitlich die Berücksichtigung von anbieterbezogenen Zuschlagskriterien zu, jedenfalls wenn es um Aufträge geht, bei denen die Fachkompetenz des Anbieters eine grosse Rolle spielt (vgl. die Hinweise bei GALLI/MOSER/LANG/STEINER, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, 3. A. 2013, S. 270 ff.); HUBERT STÖCKLI, Das Vergaberecht der Schweiz, 7. A. 2008, S. 471 ff.; MARTIN BEYELER/HUBERT STÖCKLI, Rechtsprechung aus den Jahren 2010-2012, in: Zufferey/Stöckli [Hrsg.], Aktuelles Vergaberecht 2012, S. 110 f.; ELISABETH LANG, Der Grundsatz der Transparenz im öffentlichen Beschaffungsrecht, in: Fs. 100 Jahre Aargauischer Anwaltsverband, 2005, S. 124 f.).
2.2.3. Rechtsvergleichend ist das Urteil des EuGH i.S. Lianakis vom 24. Januar 2008 (Rs. C-532/06, Rz. 30-32) zu erwähnen, wonach sich die fachliche Eignung nach den in Art. 31 und 32 der Richtlinie 92/50/EWG vom 18. Juni 1992 über die Koordinierung der Verfahren zur Vergabe öffentlicher Dienstleistungsaufträge genannten Kriterien richte, während sich die Erteilung des Zuschlags auf die in Art. 36 Abs. 1 der Richtlinie aufgezählten Kriterien stütze. Zwar seien dort die Kriterien nicht abschliessend aufgezählt, doch kämen nur Kriterien in Betracht, die der Ermittlung des wirtschaftlich günstigsten Angebots dienten. Daher seien als Zuschlagskriterien Kriterien ausgeschlossen, die nicht der Ermittlung des wirtschaftlich günstigsten Angebots dienten, sondern die im Wesentlichen mit der Beurteilung der fachlichen Eignung der Bieter für die Ausführung des betreffenden Auftrags zusammenhingen. Die im konkreten Fall vom Auftraggeber als "Zuschlagskriterien" berücksichtigten Kriterien (nachgewiesene Erfahrung des Sachverständigen; Personal und Ausstattung des Büros; Fähigkeit, die Studie durchzuführen) bezögen sich in erster Linie auf die Erfahrung, die Qualifikationen und die Mittel, die geeignet sind, eine ordnungsgemässe Ausführung des betreffenden Auftrags zu gewährleisten. Es handle sich dabei um Kriterien, die die fachliche Eignung der Bieter beträfen und die nicht Zuschlagskriterien sein könnten. Diese Praxis wurde bestätigt im Urteil Kommission gegen Hellenische Republik vom 12. November 2009 (Rs. C-199/07; vgl. auch Grünbuch vom 27. Januar 2011 der Europäischen Kommission über die Modernisierung der europäischen Politik im Bereich des öffentlichen Auftragswesens; Wege zu einem effizienteren europäischen Markt für öffentliche Aufträge, S. 18 f.).
2.2.4. Eignungs- und Zuschlagskriterien haben unterschiedliche Funktionen: Die Nichterfüllung der Eignungskriterien führt zum Ausschluss des Anbieters (§ 27 lit. a der Vergaberichtlinien des Interkantonalen Organs für das öffentliche Beschaffungswesen zur IVÖB [VRöB]; § 27 lit. a der nidwaldnerischen Vollzugsverordnung vom 6. Juli 2004 zum Gesetz über das öffentliche Beschaffungswesen; vgl. im Bund <ref-law>; MARTIN BEYELER, Der Geltungsanspruch des Vergaberechts, 2012, S. 1025 ff.); ein fehlendes Eignungskriterium kann somit nicht durch Übererfüllung anderer Eignungskriterien kompensiert werden. Demgegenüber dienen die Zuschlagskriterien der Bewertung der zulässigen Angebote, wobei eine schlechtere Bewertung bei einem Kriterium durch eine bessere bei einem anderen aufgewogen werden kann. Daraus folgt, dass in einem ersten Schritt die Eignung zu prüfen ist und anschliessend in einem zweiten Schritt die zulässigen Offerten zu bewerten sind. Es wäre unzulässig, den ersten Schritt gar nicht durchzuführen und ein Angebot, das die Eignungskriterien nicht erfüllt, trotzdem zuzulassen (Urteil 2P.322/2006 vom 14. August 2007 E. 3.3.1; OLIVIER RODONDI, Les critères d'aptitude et les critères d'adjudication dans les procédures de marchés publics, RDAF 2001 I 387 ff., 412 f.; MARTIN BEYELER, Öffentliche Beschaffung, Vergaberecht und Schadenersatz, 2004, S. 206 f.). Daraus folgt aber nicht, dass es unzulässig wäre, im zweiten Schritt die gleichen Kriterien zu berücksichtigen wie im ersten. Das macht zwar keinen Sinn bei Eignungskriterien, die nur mit Ja oder Nein beantwortet werden können: Angebote, welche das Kriterium nicht erfüllen, sind auszuschliessen, alle anderen würden die gleiche Bewertung erhalten. Bei Kriterien, die graduell bewertet werden können, ist aber nicht ersichtlich, weshalb es unzulässig sein sollte, eine gewisse Mindestanforderung als Eignungskriterium zu verlangen, eine darüber hinausgehende Erfüllung aber als Zuschlagskriterium zu gewichten; es handelt sich bei dieser Vorgehensweise nicht um eine Doppelprüfung, sondern um eine Prüfung unter verschiedenen Aspekten ( BEYELER, a.a.O., [2004], S. 208 f.). Das gilt in besonderem Mass für das Kriterium der Qualität, die anerkanntermassen ein zulässiges Kriterium im Rahmen der Wirtschaftlichkeitsprüfung ist (<ref-law>; § 32 Abs. 1 VRöB). Es liegt auf der Hand, dass - jedenfalls bei Aufträgen, bei denen die Fachkompetenz eine Rolle spielt - die Qualität nicht getrennt vom Unternehmen und den darin tätigen Personen beurteilt werden kann. Eine strikte Trennung zwischen unternehmensbezogenen und Wirtschaftlichkeitsaspekten, wie sie der EuGH vorgenommen hat, kann daher nicht überzeugen. Zumindest dort, wo es auf fachliche Eignung oder Erfahrung ankommt, ist die Berücksichtigung einer Mehreignung im Rahmen des Zuschlags zulässig (ebenso BEYELER, a.a.O [2008], S. 67 ff.; MATTHIAS HAUSER, Zuschlagskriterien im Submissionsrecht, AJP 2001 S. 1405 ff., 1414 f.; HERBERT LANG, Offertenbehandlung und Zuschlag im öffentlichen Beschaffungswesen, ZBl 101/2000 S. 225 ff., 242 f.; MARCO FETZ, Öffentliches Beschaffungsrecht des Bundes, in: SBVR XI, 2. A. 2007, S. 461 ff., 538 f.).
2.3. Die Beschwerdeführerin rügt im Zusammenhang mit der Mehreignung zwei Punkte: Erstens bringt sie vor, unter dem Zuschlagskriterium "Funktionalität/Qualität" sei die Lieferung und Inbetriebnahme der Applikationssoftware "aus einer Hand" verlangt worden, was sie - die Beschwerdeführerin - erfüllt habe; ihre Offerte sei dann aber als weniger gut bewertet worden als diejenige der Konkurrentin, weil sie keine "In-house"-Lösung angeboten habe; diese Schlechterbewertung stelle eine unzulässige faktische Beschränkung auf einen stark eingeschränkten Anbieterkreis dar. Zweitens kritisiert sie, die Ausschreibungsunterlagen hätten als Eignungskriterium eine bestimmte Anzahl von Ingenieuren verlangt, was sie erfüllt habe; unter dem Zuschlagskriterium "Leistungsfähigkeit" sei dann aber berücksichtigt worden, dass sie - die Beschwerdeführerin - über weniger Projekte und Softwareentwickler verfüge als die Zuschlagsempfängerin, was ein wettbewerbsverzerrendes Kriterium sei.
2.4. In Bezug auf den ersten Punkt beanstandet die Beschwerdeführerin nicht, dass ein Eignungsmerkmal bei der Zuschlagserteilung noch einmal berücksichtigt worden wäre, sondern im Gegenteil, dass das Kriterium "In-house-Lösung" bei der Bewertung der Funktionalität/Qualität berücksichtigt wurde, obwohl es nicht als Eignungskriterium verlangt worden war (und ihres Erachtens nicht als solches zulässig wäre). Es geht also gar nicht um eine Doppelberücksichtigung, sondern um die Frage, was im Rahmen des Zuschlagskriteriums "Funktionalität/Qualität" berücksichtigt werden darf. Es ist nicht bestritten, dass die Zuschlagsempfängerin für das Prozessleitsystem eine "In-house-Lösung" anbietet, während die Beschwerdeführerin mit einer Lizenzlösung arbeitet. In den Ausschreibungsunterlagen war unter dem Vergabekriterium "Funktionalität/Qualität" u.a. aufgeführt: "Lieferung und Inbetriebnahme der Applikationssoftware aus einer Hand (Regelung der Sublieferanten für Prozesssteuerung/Leitebene/Lizenzen) ". Auch wenn somit Lizenzlösungen nicht ausgeschlossen sind, ist es nicht unzulässig, bei der qualitativen Beurteilung der Funktionalität die Vor- und Nachteile zu berücksichtigen, die sich aus einer In-house- bzw. einer Lizenzlösung ergeben können. Angesichts des der Vergabebehörde zustehenden Ermessens ist die vom Beschwerdegegner vorgenommene Bewertung der beiden Offerten beim Kriterium "Funktionalität/Qualität" nicht zu beanstanden.
2.5. In Bezug auf den zweiten Punkt ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin die Eignungskriterien gemäss Ausschreibung erfüllt hat (mindestens 6 Projektingenieure in der Abteilung Prozessautomation; mindestens drei Prozessingenieure mit Erfahrungen mit kommunalen Abwasserreinigungsanlagen und je einer diesbezüglichen Referenz innerhalb der letzten drei Jahre; 3 Anlagenreferenzen innert der letzten 5 Jahre), dass ihr aber unter dem Zuschlagskriterium "Leistungsfähigkeit" drei von maximal möglichen 25 Punkten abgezogen wurden mit der hauptsächlichen Begründung (neben dem Aspekt der Referenz, dazu hinten E. 3), sie verfüge über eine geringere Anzahl Projekte und gleichgestellte Softwareentwickler im Bereich Abwassertechnik als die berücksichtigte Firma. Nach dem vorne E. 2.2.4 Ausgeführten ist es aber nicht grundsätzlich unzulässig, die Anzahl Projekte und Ingenieure sowohl als Eignungs- als auch als Zuschlagskriterium zu verwenden.
3.
3.1. Weiter wirft die Beschwerdeführerin die Frage auf, ob es rechtswidrig ist, wenn die Vergabebehörde eigenmächtig (d.h. ohne Zustimmung des Anbieters) Referenzangaben zu Anlagen eines Anbieters einholt und aufgrund dieser Referenzangaben einen Anbieter schlechter bewertet. Auch bei dieser Frage handelt es sich um eine Grundsatzfrage, die sich in der Praxis häufig stellt, aber vom Bundesgericht noch nie beantwortet wurde; im Urteil 2P.111/2003 vom 21. Januar 2004 E. 4.2.2 konnte diese Frage offenbleiben, weil die vertraulich eingeholten Referenzauskünfte nicht entscheidwesentlich waren.
3.2. Das Vergaberecht äussert sich nicht ausdrücklich zur Frage, ob und unter welchen Umständen auch Referenzen eingeholt werden dürfen, die der Anbieter nicht angegeben hat. Die Antwort muss sich aus allgemeinen Grundsätzen ergeben: Wie in jedem Verwaltungsverfahren hat auch im Submissionsverfahren die Behörde grundsätzlich den erheblichen Sachverhalt von Amtes wegen abzuklären, ohne dabei an Vorbringen oder Beweisanträge der Beteiligten gebunden zu sein. Sie wird zwar in der Regel primär auf die von den Anbietern eingereichten Unterlagen abstellen; insbesondere ist die Behörde nicht verpflichtet, von Amtes wegen mangelhaft oder unvollständig eingereichte Unterlagen oder Angaben zu vervollständigen (vgl. Hinweise auf die Praxis bei MANUELA GEBERT, Stolpersteine im Beschaffungsablauf, in: Zufferey/Stöckli [Hrsg.], Aktuelles Vergaberecht 2010, S. 364 ff.). Es ist aber auch nicht unzulässig, auf vorhandene eigene Kenntnisse und Erfahrungswerte zurückzugreifen; insbesondere bei lokalen Projekten mit lokalen Anbietern oder innerhalb einer Fachwelt, wo man sich gegenseitig kennt, ist solches Wissen unvermeidlich vorhanden und es ist nicht per se unzulässig, darauf abzustellen (Urteil 2C_549/2011 vom 27. März 2012 E. 2.4). Ebenso wenig kann es der Behörde verboten sein, sich solches Wissen noch zu verschaffen, um sich ein Bild über die Eignung oder Qualität eines Anbieters zu machen. Nach Treu und Glauben wird zwar die Behörde in erster Linie auf diejenigen Referenzen abstellen, die der Anbieter angegeben hat; aber es muss ihr grundsätzlich erlaubt sein, im Rahmen ihrer Sachverhaltsabklärungen auch zusätzlich zu den Angaben, welche die Anbieter gemacht haben, weitere Informationen einzuholen.
3.3. Allerdings sind dabei verfassungsrechtliche Mindestansprüche zu wahren, namentlich der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>), der grundsätzlich auch im Submissionsrecht gilt (Urteile 2C_710/2012 vom 7. Dezember 2012 E. 5; 2C_890/2008 vom 22. April 2009 E. 5.3; 2P.175/2001 vom 12. Oktober 2001 E. 3, ZBl 103/2002 S. 481; 2P.155/1996 vom 4. Dezember 1996 E. 3, Pra 1997 Nr. 100). Die Parteien eines Verfahrens haben insbesondere das Recht auf Akteneinsicht sowie das Recht, sich zu rechtserheblichen Sachverhaltsvorbringen zu äussern, auf welche zu ihrem Nachteil abgestellt wird (<ref-ruling> E. 9.2 S. 48 f.; <ref-ruling> E. 4.4 S. 355 f.; <ref-ruling> E. 2.3 S. 282). So muss z.B. einem Anbieter Gelegenheit gegeben werden sich zu äussern, bevor sein Angebot wegen ungewöhnlich tiefem Preis ausgeschlossen wird (<ref-ruling> E. 7.3 S. 255; Urteile 2D_34/2010 vom 23. Februar 2011 E. 2.5; 2P.70/2006 vom 23. Februar 2007 E. 4.5; vgl. § 31 VRöB; OLIVIER RODONDI, La gestion de la procédure de soumission, in: Zufferey/Stöckli, Aktuelles Vergaberecht 2008, S. 163 ff., 188). Auch in anderen Konstellationen kann sich eine Pflicht zur Rückfragung beim Anbieter ergeben (vgl. GALLI/MOSER/LANG/STEINER, a.a.O., S. 198 f.).
Zwar können die Gehörsansprüche mit Rücksicht auf die Besonderheiten des Submissionsrechts eingeschränkt werden. So sind die Angebote als solche auch gegenüber den Mitbewerbern vertraulich zu behandeln (Art. XIV Abs. 3 GPA; Art. 11 lit. g IVöB; § 17 VRöB; vgl. im Bund <ref-law>), was grundsätzlich auch im Rechtsmittelverfahren gilt (Urteile 2C_890/2008 vom 22. April 2009 E. 5.3.3; 2P.193/2006 vom 29. November 2006 E. 3.1; 2P.111/2003 vom 21. Januar 2004 E. 4.1.2; 2P.226/2002 vom 20. Februar 2003 E. 2; 2P.274/1999 vom 2. März 2000 E. 2, Pra 2000 Nr. 134; GALLI/MOSER/LANG/STEINER, a.a.O., S. 559 ff.; 688 f.; FETZ, a.a.O., S. 500 f.). Hingegen sind nach der kantonalen Gerichtspraxis die Referenzauskünfte, auf welche die Behörde abstellen will, aktenmässig festzuhalten (Urteile des Verwaltungsgerichts Zürich vom 20. Dezember 2006, VB.2006.00359, E. 6.2.3; vom 1. November 2006, VB.2005.00514, E. 5.3; Urteil des Verwaltungsgerichts Luzern vom 13. August 2002 E. 6, LGVE 2002 II Nr. 9; vgl. auch PETER RECHSTEINER, Referenzkontrolle, Baurecht 2003 S. 56) und es ist den Parteien - vorbehältlich überwiegender entgegenstehender Interessen - darin Einsicht zu gewähren (Urteil des Verwaltungsgerichts Aargau vom 16. Februar 2000 E. 2, AGVE 2000 S. 279; dazu ELISABETH LANG, Die Praxis des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau zum Submissionsrecht, ZBl 103/2002 S. 453 ff., 477; GALLI/MOSER/LANG/STEINER, a.a.O., S. 694 f.). Dem ist zuzustimmen: Wenn Referenzen eingeholt werden, auf die entscheiderheblich abgestellt wird, handelt es sich nicht um behördeninterne Akten, die nicht dem Einsichtsrecht unterliegen (<ref-ruling> E. 4a S. 474; Urteil 1P.324/2005 vom 10. Mai 2006 E. 1.2, nicht publ. in <ref-ruling>), sondern um Auskünfte Dritter. Wird darauf zum Nachteil eines Anbieters abgestellt, muss dieser Gelegenheit haben, sich dazu zu äussern.
3.4. Die Anwendung dieser Grundsätze auf den vorliegenden Fall ergibt folgendes Bild:
3.4.1. In den Ausschreibungsunterlagen war als Eignungskriterium verlangt: 3 Anlagereferenzen einer kommunalen Abwasserreinigungsanlage mit Auftragssumme von mehr als 0,4 Mio. Franken, die innert der letzten fünf Jahre durch die anbietende Firma ausgeführt wurde. Die Beschwerdeführerin hatte in ihrer Offerte vier Referenzanlagen angegeben und damit das Eignungskriterium unbestritten erfüllt. Unter den Vergabekriterien war sodann als Subkriterium der "Leistungsfähigkeit" aufgeführt: "Firmen Referenzen in der Folge". Im Vergabeantrag wurde ausgeführt, die vier von der Beschwerdeführerin angegebenen Projekte hätten eine positive Beurteilung abgegeben. Ein weiterer Kunde habe eine verhaltene Rückmeldung abgegeben; die Zusammenarbeit funktioniere; im Bedarfsfall seien wechselnde Ansprechpartner schwer erreichbar; die Realisierung benötige viel Zeit. Aus dem Vergabeantrag ergibt sich, dass der Abzug von drei Punkten beim Kriterium "Leistungsfähigkeit" bei der Beschwerdeführerin einerseits auf die gegenüber der Konkurrentin geringere Anzahl von Anlagen und Ingenieuren zurückzuführen ist (vgl. vorne E. 2.5), andererseits auf diese "verhaltene" Referenzauskunft. Es ist nicht bestritten, dass im Vergabeverfahren die entsprechende Referenz eingeholt wurde, ohne dass die Beschwerdeführerin dazu Stellung nehmen konnte.
3.4.2. Die Beschwerdeführerin hat bereits vor der Vorinstanz geltend gemacht, in dieser Anlage seien zwei unterschiedliche Systeme installiert, nämlich eines von ihr und eines der Mitbewerberin. Zudem sei die Anlage veraltet und eigne sich nicht mehr als vergleichbare Referenzanlage. Die Beschwerdeführerin ist der Meinung, die Vergabebehörde habe zu Unrecht diese weitere Anlage als Referenz herangezogen; sie wäre verpflichtet gewesen, um Erlaubnis zu bitten für die Einholung einer zusätzlichen Referenz; sie - die Beschwerdeführerin - hätte diese Erlaubnis mit gutem Grund verweigert.
3.4.3. Nach dem vorne in E. 2 Ausgeführten ist es nicht grundsätzlich unzulässig, die Referenzen einerseits als Eignungskriterium, andererseits auch als Zuschlagskriterium zu verwenden. Sodann ist es nicht unzulässig, auch Referenzen einzuholen, welche die Anbieterin nicht angegeben hat, wenn Zweifel an ihrer Qualität bestehen (vorne E. 3.2). Indessen hätte der Beschwerdeführerin Gelegenheit gegeben werden müssen, sich zu dieser Referenz zu äussern, wenn darauf zu ihrem Nachteil abgestellt wurde (E. 3.3), und die Beschwerdeinstanz hätte sich aufgrund ihrer Begründungspflicht (<ref-law>) damit auseinandersetzen müssen.
3.5. Vorliegend ist die Vorinstanz auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin in Bezug auf die eingeholte Referenz nicht materiell eingegangen; sie hat nur ausgeführt, die Einholung von Referenzen sei zulässig; der Beschwerdegegner habe in den Ausschreibungsunterlagen explizit darauf hingewiesen, dass er Referenzen einholen werde. Das kann den verfassungsrechtlichen Mindestanforderungen nicht genügen: Nachdem ausdrücklich von den Anbietern die Nennung von Referenzanlagen verlangt worden war, musste der von der Vorinstanz erwähnte Passus in den Ausschreibungsunterlagen nach Treu und Glauben so verstanden werden, dass die Vergabebehörde bei den angegebenen Anlagen Referenzauskünfte einholen werde. Wenn die Behörde darüber hinaus bei einer weiteren Anlage, welche gerade nicht als Referenzanlage angegeben wurde, Referenzauskünfte einholt und dann zum Nachteil des betreffenden Anbieters entscheidwesentlich auf diese Auskünfte einholt, dann müsste die Stellungnahme des betreffenden Anbieters eingeholt und auch materiell gewürdigt werden. Die Vorinstanz hätte das Vorbringen der Beschwerdeführerin prüfen müssen, die betreffende Referenzanlage sei nicht vergleichbar, weil sie zu alt sei und sich darauf sowohl Anlagen von ihr als auch der Konkurrentin befänden.
Dies führt aber nicht zur Gutheissung der vorliegenden Beschwerde (dazu E. 4.2).
4.
4.1. Die übrigen von der Beschwerdeführerin erhobenen Einwände betreffen keine Rechtsfragen von grundsätzlicher Bedeutung:
Soweit sie geltend macht, die Rüge, es sei unzulässig, den Zuschlag auf die erste Etappe zu limitieren, aber trotzdem die weiteren Etappen auszuschreiben, hätte auch noch im Rahmen der Beschwerde gegen den Zuschlag geprüft werden müssen, ist ihr entgegenzuhalten, dass die Ausschreibung des Auftrags eine selbständig anfechtbare Verfügung darstellt (Art. 15 Abs. 1 bis IVöB). Das hat zur Folge, dass sie nicht mehr im Rahmen der Zuschlagsverfügung angefochten werden kann (Urteile 2P.294/2005 vom 14. März 2006, in <ref-ruling> nicht publ. E. 4.1; 2C_877/2008 vom 5. Mai 2009 E. 6.1; 2P.184/2005 vom 8. Dezember 2005 E. 3.2.1). Der genannte Einwand ist damit von der Rechtsprechung beantwortet.
Gleiches gilt für die von der Beschwerdeführerin aufgeworfenen Frage, ob es zulässig sei, das Ausschreibungsobjekt zu einem Teil im öffentlichen und zum anderen Teil im freihändigen Verfahren zu vergeben, obwohl sämtliche Zuschlagskriterien über das gesamte Projekt im Zeitpunkt der Ausschreibung bekannt gewesen seien, die Anbieter das gesamte Projekt offeriert hätten und der freihändig zu vergebende Teil den Schwellenwert überschreite. Die Aufteilung eines Auftrags mit dem Ziel, die massgebenden Schwellenwerte zu unterschreiten und so das Vergaberecht zu umgehen, ist zwar anerkanntermassen unzulässig (Art. II Abs. 3 des Übereinkommens vom 15. April 1994 über das öffentliche Beschaffungswesen [GPA; SR 0.632.231.422]; § 2 Abs. 2 VRöB; vgl. im Bundesrecht <ref-law>; s. auch die Gerichtspraxis bei HUBERT STÖCKLI, Das Vergaberecht der Schweiz, 7. A. 2008, S. 420 f.; GALLI/MOSER/LANG/STEINER, a.a.O., S. 145 ff.). Indessen ging vorliegend schon aus der offenen Ausschreibung hervor, dass der Lieferant für sämtliche Phasen festgelegt werde. Beide Anbieterinnen haben denn auch den Gesamtumfang offeriert, und die Bewertung der Offerten hat sich nicht nur auf die erste Phase, sondern auch auf den Gesamtumfang bezogen. Ungeachtet der allenfalls irreführenden Terminologie in der Zuschlagsverfügung liegt somit keine unzulässige Vermischung von Verfahren und auch keine freihändige Vergabe oberhalb der Schwellenwerte vor.
Auch die Fragen, ob Regiekostenansätze ohne Angabe der zu erwartenden Anzahl Regiestunden ein taugliches Zuschlagskriterium darstellen und ob die Angabe aller für den Zuschlagsentscheid massgebender Preisgrundlagen ein formelles Kriterium darstelle, dessen Nichtbeachtung zwingend zu einer Aufhebung der Zuschlagsverfügung führen müsse, sind keine offenen Grundsatzfragen, zumal es zulässig ist, dass Stundenansätze für Regiearbeiten als Teil des Preiskriteriums gewählt werden (Urteil 2P.225/2005 vom 27. April 2006 E. 3.2). Dies ergibt sich bereits aus der Natur von Regiearbeiten, die gerade deshalb so offeriert werden, weil die Zahl der zu leistenden Stunden nicht bekannt ist. Sodann müssen nach gefestigter Rechtsprechung Unterkriterien, die bloss die publizierten Kriterien konkretisieren, nicht im voraus bekannt gegeben werden (<ref-ruling> E. 5.1; Urteile 2D_49/2011 vom 25. September 2012 E. 7.4; 2C_549/2011 vom 27. März 2012 E. 2.4 m.w.H.).
4.2. Zusammenfassend ergibt sich, dass sich der angefochtene Entscheid im Wesentlichen auf die geltende Rechtsprechung stützt und bloss zwei Grundsatzfragen aufwirft (E. 2. und 3). Zu beanstanden ist er einzig hinsichtlich des Abzugs von 3 Punkten beim Kriterium "Leistungserbringung", da hierbei das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin verletzt wurde (E. 3.6).
Würde man der Beschwerdeführerin diese 3 Punkte aufrechnen, ergäbe sich bei ihr für die 1. Phase ein Total von 93.39 Punkten gegenüber bloss 93.03 für die Mitbewerberin; hingegen würde sie beim Gesamtvolumen mit 93.39 Punkten weiterhin hinter der Konkurrentin mit 94.32 Punkten bleiben. Da der Zuschlag den Gesamtauftrag umfasste (E. 1.1.1 und 4.1), bleibt also auch so im Ergebnis der Zuschlag rechtmässig.
5.
Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Beschwerdeführerin trägt die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>). Der Beschwerdegegner hat als öffentlich-rechtlicher Gemeindeverband keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Verwaltungsabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Juli 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein