Sachverhalt:
A. A.a H._ war seit 1987 bei der Bank X._ tätig, zuletzt ab Januar 1995 als Bankleiter. Im Rahmen dieses Arbeitsverhältnisses war er einerseits bei der Berna Schweizerische Personalfürsorge- und Hinterbliebenen-Stiftung (Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin 1) und andererseits bei der Berna-Plus Sammelstiftung für Personalvorsorge (Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin 2) berufsvorsorgeversichert. Die Bank X._ löste den Anschlussvertrag mit der Berna Schweizerische Personalfürsorge- und Hinterbliebenen-Stiftung (Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin 1) per 1. Januar 2003 auf.
Im Jahre 2001 wurde H._ seiner Funktion als Bankleiter enthoben und war in der Folge teilweise arbeitsunfähig. Am 18. Oktober 2002 kündigte die Bank X._ das Arbeitsverhältnis auf den 30. April 2003 und reichte im Dezember 2002 gegen H._ eine Strafanzeige ein. Mit Verfügung vom 29. Juni 2004 sprach ihm die IV-Stelle des Kantons Bern mit Wirkung ab 1. Oktober 2003 bei einem Invaliditätsgrad von 50% eine halbe Invalidenrente zu.
A.b Mit Wirkung ab 1. August 1988 hatte die Bank X._ für ihre Mitarbeiter bei der Berna-Plus Sammelstiftung für Personalvorsorge (Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin 2) eine Gruppenversicherung abgeschlossen, mit der u.a. ein Todesfallkapital als Hinterlassenenleistung versichert wurde. Als versicherte Mitarbeiterin wurde der Sammelstiftung auch die Ehefrau von H._, C.H._, gemeldet. Sie verstarb im Sommer 2002. Die Sammelstiftung richtete hierauf H._ am 22. August 2002 das versicherte Todesfallkapital von Fr. 200'000.-- aus. Am 11. April 2005 zedierte die Beschwerdeführerin 2 ihre diesbezügliche Rückerstattungsforderung an die Beschwerdeführerin 1.
A.c Am 11. April 2005 teilte die Allianz Lebensversicherungs-Gesellschaft H._ mit, dass ihm aus den Berufsvorsorgeversicherungen bei den Beschwerdeführerinnen 1 und 2 Invalidenrenten von insgesamt Fr. 27'641.50 pro Jahr zustehen und die vom 20. November 2003 bis 30. Juni 2005 aufgelaufenen Rentenbetreffnisse von Fr. 44'619.30 mit der Rückerstattungsforderung verrechnet werden. Die verbleibende Rückerstattungsforderung belaufe sich noch auf Fr. 155'380.70.
B. Am 22. April 2005 liess H._ Klage erheben mit dem Rechtsbegehren, die beiden Beklagten seien zu verpflichten, ihm die "bis dato" fälligen Invalidenrenten von Fr. 44'619.30 nebst Zins zu 5% "seit wann rechtens" zu bezahlen und es sei festzustellen, dass er Anspruch auf Invalidenrenten von Fr. 27'641.50 pro Jahr habe; ausserdem seien die ihm zustehenden Freizügigkeitsleistungen gerichtlich festzustellen und die Beklagten zu verpflichten, ihm diese auf sein Freizügigkeitskonto zu überweisen.
Die beiden Beklagten liessen beantragen, die gegen die Sammelstiftung Berufliche Zusatzvorsorge der Allianz Lebensversicherungs-Gesellschaft erhobene Klage sei vollumfänglich, diejenige gegen die Sammelstiftung BVG der Allianz Lebensversicherungs-Gesellschaft insoweit abzuweisen, als der Kläger mehr als eine Invalidenrente von Fr. 8'002.-- pro Jahr verlange. Die Sammelstiftung BVG der Allianz Lebensversicherungs-Gesellschaft erhob überdies Widerklage mit dem Rechtsbegehren, der Kläger sei zu verpflichten, ihr unter Verrechnung der Rentenbetreffnisse für die Zeit vom 20. November 2003 bis 30. Juni 2005 in der Höhe von Fr. 12'915.-- noch Fr. 187'083.05 nebst Zins zu 5% ab Einreichung der Widerklage zu bezahlen.
Mit Entscheid vom 20. September 2006 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die gegen die Sammelstiftung Berufliche Zusatzvorsorge der Allianz Lebensversicherungs-Gesellschaft und die Sammelstiftung BVG der Allianz Lebensversicherungs-Gesellschaft erhobenen Klagen gut und verpflichtete erstere, dem Kläger ab 20. November 2003 eine Invalidenrente von Fr. 9'214.-- pro Jahr sowie letztere, eine Invalidenrente von Fr. 18'427.50 pro Jahr, je nebst Zins von 5% ab dem Zeitpunkt der "jeweiligen Fälligkeit" der Rentenbetreffnisse auszurichten. Auf die Widerklage der Sammelstiftung BVG der Allianz Lebensversicherungs-Gesellschaft trat das Verwaltungsgericht des Kantons Bern nicht ein.
C. Die Sammelstiftung BVG der Allianz Lebensversicherungs-Gesellschaft und die Sammelstiftung Berufliche Zusatzvorsorge der Allianz Lebensversicherungs-Gesellschaft führen Verwaltungsgerichtsbeschwerde; erstere mit dem Rechtsbegehren, die ihr gegenüber erhobene Klage sei abzuweisen, soweit dem Kläger mehr als eine Invalidenrente von Fr. 8'002.-- pro Jahr ab 20. November 2003 zugesprochen worden sei. Die Streitsache sei an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese prüfe, inwieweit die dem Kläger ab 20. November 2003 zustehenden Invalidenrenten durch Verrechnung getilgt seien. Die Widerklage sei materiell zu beurteilen.
Die Sammelstiftung Berufliche Zusatzvorsorge der Allianz Lebensversicherungs-Gesellschaft beantragt vollumfängliche Abweisung der gegen sie erhobenen Klage.
H._ lässt in seiner Vernehmlassung beantragen, beide Verwaltungsgerichtsbeschwerden seien, soweit darauf einzutreten sei, vollumfänglich abzuweisen. Falls die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Beschwerdeführerin 2 betreffend ihre Widerklage gutgeheissen werde, sei die Widerklage vollumfänglich abzuweisen, eventuell zur Abweisung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner stellt er das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege.
Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
1.2 Beim Prozess um Invalidenleistungen der beruflichen Vorsorgeversicherung und die Rückforderung/Verrechnung einer von dieser ausgerichteten Kapitalleistung handelt es sich um einen Streit um Versicherungsleistungen, weshalb sich die Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts nach Art. 132 OG richtet. Danach ist die Kognition nicht auf die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens beschränkt, sondern sie erstreckt sich auch auf die Angemessenheit der angefochtenen Verfügung. Das Gericht ist dabei nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden und kann über die Begehren der Parteien zu deren Gunsten oder Ungunsten hinausgehen. Ferner ist das Verfahren regelmässig kostenlos (Art. 134 OG; <ref-ruling> E. 1.2 S. 253, 126 V 163 E. 1 S. 165).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch des Beschwerdegegners auf Invalidenrenten aus der überobligatorischen Berufsvorsorgeversicherung bei den Beschwerdeführerinnen 1 und 2, die Verzinsung der seit dem 20. November 2003 fällig gewordenen Invalidenrenten sowie deren Verrechnung mit der Rückerstattungsforderung der Beschwerdeführerin 1 und die (widerklageweise geltend gemachte) restanzliche Rückerstattungsforderung der Beschwerdeführerin 1. Im letztinstanzlichen Verfahren nicht mehr streitig ist die dem Beschwerdegegner zustehende Freizügigkeitsleistung. Unter dem Vorbehalt der Verrechnung durch Anerkenntnis ausser Streit gesetzt ist sodann der Anspruch des Beschwerdegegners auf eine Invalidenrente ab 20. November 2003 aus der obligatorischen Berufsvorsorgeversicherung durch die Beschwerdeführerin 1 in der Höhe von Fr. 8'002.-- pro Jahr.
3. 3.1 Auszugehen ist davon, dass im Bereich der weitergehenden Vorsorge das Rechtsverhältnis zwischen der Vorsorgeeinrichtung und dem Vorsorgenehmer durch einen privatrechtlichen Vorsorgevertrag begründet wird, der rechtsdogmatisch den Innominatverträgen (eigener Art) zuzuordnen ist (<ref-ruling> E. 3.3 S. 109, 129 III 305 E. 2.2 S. 307). Als solcher untersteht er in erster Linie den allgemeinen Bestimmungen des Obligationenrechts. Das Reglement stellt den vorformulierten Inhalt des Vorsorgevertrages dar, vergleichbar Allgemeinen Vertrags- oder Versicherungsbedingungen, denen sich der Versicherte in der Regel konkludent, durch Antritt des Arbeitsverhältnisses und unwidersprochen gebliebene Entgegennahme von Versicherungsausweis und Vorsorgereglement, unterzieht (<ref-ruling> E. 5 S. 150, 129 V 145 E. 3.1 S. 147, 127 V 301 E. 3a S. 306).
Die Auslegung des Reglementes erfolgt nach dem Vertrauensprinzip. Dabei sind jedoch die den Allgemeinen Bedingungen innewohnenden Besonderheiten zu beachten, namentlich die sogenannten Unklarheits- und Ungewöhnlichkeitsregeln. Nach diesen Auslegungsgrundsätzen gilt es, ausgehend vom Wortlaut und unter Berücksichtigung des Zusammenhanges, in dem eine streitige Bestimmung innerhalb des Reglements als Ganzes steht, den objektiven Vertragswillen zu ermitteln, den die Parteien mutmasslich gehabt haben. Dabei hat das Gericht zu berücksichtigen, was sachgerecht ist, weil nicht angenommen werden kann, dass die Parteien eine unvernünftige Lösung gewollt haben. Sodann sind nach konstanter Rechtsprechung mehrdeutige Wendungen in vorformulierten Vertragsbedingungen im Zweifel zu Lasten ihres Verfassers auszulegen (<ref-ruling> E. 4c S. 146 mit Hinweisen).
3.2 Im Reglement der Beschwerdeführerin 1 (G 31005) ist der Anspruch auf eine Invalidenrente aus der überobligatorischen Berufsvorsorgeversicherung wie folgt geregelt:
"Art. 7 Invalidenleistungen
1. a) Bei Erwerbsunfähigkeit vor dem Rücktrittsalter wird eine Invalidenrente ausgerichtet, die 30% des Jahresgehaltes beträgt.
b) Der Invalidenrentenbezüger hat analog zur Waisenrente Anspruch auf Invalidenkinderrenten. Diese betragen für jedes Kind 20% desjenigen Betrages, der aus dem Altersguthaben ohne Zins und dem Umwandlungssatz errechnet wird.
c) Bei Erwerbsunfähigkeit vor dem Rücktrittsalter wird die Befreiung von der Beitragspflicht gewährt.
2. Die Invalidenleistungen richten sich nach dem Grad der Erwerbsunfähigkeit. Dieser entspricht mindestens dem von der IV festgestellten Invaliditätsgrad.
Ein Erwerbsunfähigkeitsgrad von weniger als 25% gibt keinerlei Anspruch auf Leistungen. Wenn der Grad der Erwerbsunfähigkeit 25% oder mehr beträgt, jedoch höchstens 40%, so wird ein Viertel der vollen Leistungen gewährt; beträgt der Grad der Erwerbsunfähigkeit mehr als 40%, jedoch weniger als 66 2/3%, so wird die Hälfte der vollen Leistungen gewährt. Bei einem Erwerbsunfähigkeitsgrad von 66 2/3% oder mehr werden die vollen Leistungen gewährt.
Beträgt die Invalidenrente weniger als 10% der einfachen minimalen AHV-Altersrente, so wird sie durch eine Kapitalabfindung gemäss Kollektivversicherungs-Tarif ersetzt, womit sämtliche reglementarischen Ansprüche abgegolten sind.
3. Der Anspruch auf Leistung entsteht in der Regel, sobald die effektive Dauer der Erwerbsunfähigkeit die Wartefrist von 24 Monaten für die Renten und von 6 Monaten für die Befreiung von der Beitragspflicht überschritten hat. Perioden der Erwerbsunfähigkeit aus gleicher Ursache können dabei zusammengezählt werden, sofern die Unterbrüche gesamthaft einen Drittel der Wartefrist nicht übersteigen.
Während der Wartefrist wird die Fälligkeit des Anspruches aufgeschoben, solange die versicherte Person entweder den vollen Lohn oder Taggelder erhält, die mindestens 80% des entgangenen Lohnes abdecken, aus einer Kollektivkranken-Versicherung, die zumindest zur Hälfte von der Firma finanziert wurde.
Sollte dies nicht der Fall sein, so werden die Renten gewährt, sobald ein Anspruch auf IV-Rente besteht."
Das Reglement der Beschwerdeführerin 2 (G 5992 in der ab 1. Januar 2002 gültigen Fassung) enthält für die versicherte Invalidenrente folgende Regelung:
"Art. 9 Anspruchsberechtigung
1. Invalidenrente
a) Die versicherte Person hat darauf entsprechend dem Grad ihrer Erwerbsunfähigkeit Anspruch. Dieser entspricht dem von der IV festgestellten Invaliditätsgrad.
Ein Erwerbsunfähigkeitsgrad von weniger als 25% gibt keinerlei Anspruch auf Leistungen. Wenn der Grad der Erwerbsunfähigkeit 25% oder mehr beträgt, jedoch weniger als 50%, so wird ein Viertel der vollen Leistungen gewährt; beträgt der Grad der Erwerbsunfähigkeit 50% oder mehr, jedoch weniger als 66 2/3%, so wird die Hälfte der vollen Leistungen gewährt. Bei einem Erwerbsunfähigkeitsgrad von 66 2/3% oder mehr werden die vollen Leistungen gewährt.
b) Der Anspruch entsteht
entweder sobald die Dauer der Erwerbsunfähigkeit die Wartefrist von 24 Monaten überschritten hat; dabei können Perioden der Erwerbsunfähigkeit aus gleicher Ursache zusammengezählt werden, sofern die Unterbrüche (Perioden der Erwerbsfähigkeit) gesamthaft einen Drittel der Wartefrist nicht übersteigen;
oder sobald nach <ref-law> Anspruch auf IV-Rente besteht; die Fälligkeit des Anspruchs wird jedoch aufgeschoben, solange die versicherte Person den vollen Lohn erhält oder Taggelder bezieht, die zumindest 80% des entgangenen Verdienstes decken und mindestens zur Hälfte von der Firma mitfinanziert worden sind
c) Der Anspruch erlischt, sobald die Erwerbsunfähigkeit unter einen Viertel sinkt, die berechtigte Person stirbt oder wenn sie das Rücktrittsalter erreicht hat."
Beide Reglemente stimmen darin überein, dass sie abweichend von der obligatorischen Berufsvorsorgeversicherung (Art. 23 lit. a BVG) für das versicherte Risiko nicht an den Eintritt der invalidisierenden Arbeitsunfähigkeit, sondern an die Erwerbsunfähigkeit anknüpfen und den "Grad", d.h. das Mass der Erwerbsunfähigkeit "dem von der IV festgestellten Invaliditätsgrad" gleichsetzen (Art. 7 Ziff. 2 Abs. 1 Reglement G 31005; Art. 9 Ziff. 1 lit. a Abs. 1 Reglement 5992). Hingegen weichen die beiden Reglemente in ihrem Wortlaut bezüglich der Regelung der Anspruchsentstehung voneinander ab. Nach Art. 7 Ziff. 3 Abs. 1 des Reglementes G 31005 der Beschwerdeführerin 1 entsteht der Anspruch (auf eine Invalidenrente) "in der Regel", sobald "die effektive Dauer" der Erwerbsunfähigkeit eine Wartefrist von 24 Monaten überschritten hat, währenddem im Reglement 5992 der Beschwerdeführerin 2 die auf einen Grundsatz hinweisenden Worte "in der Regel" und das die Dauer der Wartefrist präzisierende Adjektiv "effektiv" fehlen. Demgegenüber enthält das Reglement G 5992 (Art. 9 Ziff. 1 lit. b Abs. 2) einen alternativen, im Reglement G 31005 nicht angeführten Zeitpunkt der Anspruchsentstehung, indem auf die gesetzliche Regelung des Anspruchsbeginns in <ref-law> verwiesen wird: "..... oder sobald nach <ref-law> Anspruch auf IV-Rente besteht.". Dem Wortsinn nach wiederum übereinstimmend wird aber in beiden Reglementen gesagt, dass "die Fälligkeit des Anspruchs" aufgeschoben wird, solange die versicherte Person entweder den vollen Lohn oder Taggelder "erhält"/"bezieht", die "mindestens"/ "zumindest" 80% "des Lohnes"/"des entgangenen Verdienstes" "abdecken"/"decken" und mindestens zur Hälfte von der "Firma" mitfinanziert worden sind (Art. 7 Ziff. 3 Abs. 2 Reglement G 31005/Art. 9 Ziff. 1 lit. b Abs. 2 Reglement G 5992).
Diese beiden reglementarischen Regelungen der Anspruchsentstehung und der Wartefrist sind in ihrem Zusammenhang systematisch auszulegen und zu verstehen. Dabei wird deutlich, dass mit der Wartefrist von 24 Monaten nicht ein Aufschub der Anspruchsentstehung, sondern lediglich der Anspruchsfälligkeit gemeint sein kann. Denn eine Forderung entsteht, sobald die Leistung dem Gläubiger geschuldet ist, während der Anspruch erst mit der Fälligkeit der Forderung entsteht, d.h. dann, wenn der Gläubiger die Leistung verlangen darf. Nicht anders kann die dargelegte reglementarische Regelung der Anspruchsentstehung und der damit verknüpften Wartefrist verstanden werden. Der Anspruch auf eine Invalidenrente entsteht mit dem Eintritt einer (dem von der Invalidenversicherung festgestellten Invaliditätsgrad entsprechenden) Erwerbsunfähigkeit. Lediglich die Fälligkeit des Anspruchs und damit die Rentenleistungspflicht der Beschwerdeführerinnen wird um höchstens 24 Monate (oder bis zum Beginn des Anspruches auf eine Rente der Invalidenversicherung gemäss Reglement 5992) hinausgeschoben, solange der Versicherte den vollen Lohn oder Taggelder von mindestens 80% des Validenlohnes erhält, sofern letztere von der Arbeitgeberfirma mindestens zur Hälfte mitfinanziert worden sind. Nur wenn die reglementarische Wartefristregelung als Leistungsaufschub und nicht als Anspruchsvoraussetzung verstanden wird, kommt ihr der Rechtssinn einer Koordinationsnorm in zeitlicher Hinsicht zu, wie sie in Art. 26 Abs. 2 BVG ausdrücklich auch für den Bereich der obligatorischen Berufsvorsorgeversicherung vorgesehen ist. Nach dieser gesetzlichen Regel kann der Beginn des Anspruchs auf Invalidenleistungen auch in der obligatorischen Berufsvorsorgeversicherung aufgeschoben werden für Versicherte, die nach der Entstehung des Anspruchs auf eine Rente der Invalidenversicherung weiterhin den vollen Lohn erhalten. Es soll damit vermieden werden, dass dem berufsvorsorgeversicherten Invalidenrentner nach Eintritt der Invalidität zufolge Kumulation von Versicherungsleistungen mit Lohn- oder Lohnersatzansprüchen mehr Geldmittel zur Verfügung stehen, als wenn er weiterhin voll erwerbsfähig geblieben wäre (vgl. <ref-ruling> E. 5c/cc S. 199). Einzig diesem Zweck dient auch die reglementarische Wartefristregelung in Art. 7 Ziff. 3 Abs. 2 des Reglementes der Beschwerdeführerin 1 und in Art. 9 Ziff. 1 lit. b Abs. 2 des Reglementes der Beschwerdeführerin 2. Entgegen der von den Beschwerdeführerinnen vertretenen Rechtsauffassung ist daher der Anspruch des Beschwerdegegners auf eine Invalidenrente aus der überobligatorischen Berufsvorsorgeversicherung nach dem objektiven Rechtssinn der massgebenden Reglementsbestimmungen bereits im Zeitpunkt des Eintritts seiner Erwerbsunfähigkeit und nicht erst nach Beendigung seines Anspruches auf Taggeldleistungen (20. November 2003) entstanden. Bis zu diesem Zeitpunkt ist sein überobligatorischer Invalidenrentenanspruch gegenüber den beiden Beschwerdeführerinnen lediglich aufgeschoben worden.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, das kantonale Gericht sei im vorliegenden Fall von einem falschen Begriff der Erwerbsunfähigkeit ausgegangen, indem es deren Eintritt mit dem Beginn der von der IV-Stelle des Kantons Bern auf den 1. Oktober 2002 festgesetzten invalidisierenden Arbeitsunfähigkeit gleichgesetzt habe. Im Unterschied zur Arbeitsunfähigkeit sei bei der Erwerbsunfähigkeit nicht auf die Einbusse an funktionellem Leistungsvermögen im bisherigen Beruf, sondern auf die dem Versicherten auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt als Ganzes, also auch in anderen als den bisherigen beruflichen Tätigkeiten abzustellen. Die so verstandene (teilweise) Erwerbsunfähigkeit sei beim Beschwerdegegner erst eingetreten, als er zufolge Auflösung des Anschlussvertrages (ab 1. Januar 2003) gar nicht mehr bei der Beschwerdeführerin 1 versichert gewesen und sein Arbeitsverhältnis mit der Bank X._ (am 30. April 2003) beendet sowie nach Ablauf der Nachdeckungsfrist von einem Monat (Art. 10 Abs. 3 BVG) ab 1. Juni 2003 auch nicht mehr bei der Beschwerdeführerin 2 vorsorgeversichert gewesen sei.
4.2 Der Beschwerdegegner weist zutreffend darauf hin, dass das für das Vorsorgeverhältnis mit der Beschwerdeführerin 2 massgebende Reglement G 5992 in Art. 7 Ziff. 1 Abs. 2 eine vertragliche Definition der versicherten Erwerbsunfähigkeit enthält, die wie folgt lautet:
"Erwerbsunfähigkeit liegt vor, wenn die versicherte Person durch ärztlichen Befund objektiv nachweisbar ganz oder teilweise ihren Beruf oder eine andere ihrer Lebensstellung, ihren Kenntnissen und Fähigkeiten angemessene Erwerbstätigkeit nicht mehr ausüben kann oder wenn sie im Sinne der IV mindestens zur Hälfte invalid ist."
Diese Begriffsumschreibung umfasst drei alternative Varianten der Erwerbsunfähigkeit: (1) die durch ärztlichen Befund nachgewiesene vollständige oder teilweise Unfähigkeit, den (bisherigen) Beruf (weiter) auszuüben; (2) die Unfähigkeit, eine angemessene andere Erwerbstätigkeit auszuüben; (3) die mindestens hälftige Invalidität "im Sinne der IV". Es ist nicht streitig, dass die erste Variante in Form einer 50%igen Arbeitsunfähigkeit im bisherigen Beruf beim Beschwerdegegner ab 1. Oktober 2002 gegeben und damit eine teilweise Erwerbsunfähigkeit ab diesem Zeitpunkt mit Bezug auf das Vorsorgeverhältnis mit der Beschwerdeführerin 2 eingetreten war.
Demgemäss stellt sich einzig die Frage, ob dem Vorsorgeverhältnis mit der Beschwerdeführerin 1 ein anderer Erwerbsunfähigkeitsbegriff zugrunde liegt als demjenigen mit der Beschwerdeführerin 2. Das massgebende Reglement G 31005 der Beschwerdeführerin 1 enthält keine diesbezügliche Begriffsumschreibung.
Demgemäss stellt sich einzig die Frage, ob dem Vorsorgeverhältnis mit der Beschwerdeführerin 1 ein anderer Erwerbsunfähigkeitsbegriff zugrunde liegt als demjenigen mit der Beschwerdeführerin 2. Das massgebende Reglement G 31005 der Beschwerdeführerin 1 enthält keine diesbezügliche Begriffsumschreibung.
4.3 4.3.1 Die Lückenfüllung erfolgt bei reglementarisch vorformulierten Vorsorgeverträgen in analoger Anwendung der gesetzlichen Bestimmungen von Art. 1 Abs. 2 und 3 ZGB, welche für die richterliche Schliessung von Gesetzeslücken gelten (<ref-ruling> E. 3.1 S. 148). Damit wird namentlich die analoge Anwendung von gesetzlichen Regelungen ermöglicht, welche eine Normierung der im konkreten Vorsorgevertrag offen gelassenen, aber notwendigerweise zu beantwortenden Fragen enthalten (Hans Michael Riemer, Vorsorge-, Fürsorge- und Sparverträge der beruflichen Vorsorge, in: Forstmoser/ Tercier/Zäch (Hrsg.), Innominatverträge, Festgabe zum 60. Geburtstag von Walter R. Schluep, Zürich 1988, S. 239; Riemer/Riemer-Kafka, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2. Aufl., Bern 2006, § 4 Rz. 19 S. 94). Bei lückenhafter reglementarischer Regelung der Invalidenleistungen im Bereich der überobligatorischen Vorsorge steht dabei wegen deren engen Verbindung mit dem Recht auf eine Invalidenrente der Invalidenversicherung die analoge Anwendung der hiefür massgebenden gesetzlichen Begriffe und Regeln im Vordergrund.
Im vorliegenden Fall ist aber von ausschlaggebender Bedeutung, dass die überobligatorische Vorsorge der Mitarbeiter der Bank X._ in zwei Vorsorgeverträgen mit zwei nicht identischen Reglementen geregelt ist. Es kann nicht dem Parteiwillen loyaler, redlicher Vertragspartner entsprochen haben, dass in den beiden Vorsorgeverträgen für den grundlegenden Begriff der Erwerbsunfähigkeit eine unterschiedliche Begriffsbedeutung vereinbart werden sollte. Denn diesfalls stünden den Versicherten nach dem für die Berufsvorsorgeversicherung bei der Beschwerdeführerin 2 massgebenden Reglement G 5992 Invalidenleistungen zu, die ihnen aus dem Vorsorgevertrag mit der Beschwerdeführerin 1 (Reglement G 31005) gerade nicht zustehen sollten. Dem hypothetischen Parteiwillen kann einzig ein einheitlicher, für beide Vorsorgeverträge gültiger Erwerbsunfähigkeitsbegriff nach Massgabe der reglementarischen Begriffsumschreibung in dem am 1. Januar 2002 in Kraft getretenen Art. 7 Ziff. 1 Abs. 2 des Reglementes G 5992 entsprochen haben, dessen Erwerbsunfähigkeitsbegriff bereits in dem ab 1. Mai 1995 gültigen Reglement G 5992 enthalten war.
4.3.2 Aber selbst wenn man den Erwerbsunfähigkeitsbegriff des Reglementes G 5992 für den Vorsorgevertrag des Beschwerdegegners mit der Beschwerdeführerin 1 nicht als analog anwendbar erachtet, sondern hiefür auf den invalidenversicherungsrechtlichen Erwerbsunfähigkeitsbegriff abstellt, ergibt sich kein anderes Ergebnis.
Zwar wurde bereits vor dem Inkrafttreten der Legaldefinition der Erwerbsunfähigkeit in <ref-law> am 1. Januar 2003 unter der Erwerbsunfähigkeit im Sinne von aArt. 4 Abs. 1 IVG (in der bis 31. Dezember 2002 gültigen Fassung) das Unvermögen der versicherten Person verstanden, auf dem gesamten für sie in Frage kommenden ausgeglichenen Arbeitsmarkt die ihr verbliebene Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise wirtschaftlich zu verwerten (<ref-ruling> E. 3.2 S. 346 mit Hinweis). Massgebend war somit nicht nur - wie bei der Arbeitsunfähigkeit - das funktionelle Leistungsvermögen im bisherigen Beruf, sondern die Beeinträchtigung der wirtschaftlichen Verwertbarkeit der Arbeitskraft auch in anderen zumutbaren Verweisungstätigkeiten.
Geht man im vorliegenden Fall von dieser weitergehenden Berücksichtigung der erwerblichen Möglichkeiten aus, die dem Beschwerdegegner nach seiner Ausbildung, Eignung, beruflichen Erfahrung und Fähigkeit auf dem allgemeinen Arbeitsmarkt offen standen, nachdem er ab 1. Oktober 2002 zu 50% arbeitsunfähig geworden war, kann nicht zweifelhaft sein, dass ihm schon damals eine mit der bisherigen vergleichbare und ungefähr gleichwertige erwerbliche Betätigung verschlossen war. Denn die Bank X._ hatte ihm bereits im Vorjahr die Funktion als Bankleiter entzogen, was schon allein seine Vertrauenswürdigkeit für andere Arbeitgeber erschütterte und eine berufliche Veränderung in eine banknahe, verwandte Branche zumindest stark erschwerte. Es kam hinzu, dass die Bank X._ ihm im Oktober 2002 kündigte und eine umfangreiche Strafanzeige wegen angeblicher Vermögensdelikte einreichte. Damit war eine Wiedereinstellung des Beschwerdegegners in der Bankbranche gestützt auf das Gewährserfordernis von <ref-law> schon rechtlich praktisch ausgeschlossen (vgl. Schreiben der Eidgenössischen Bankenkommission vom 26. Februar 2003). Aber auch in einem der Bankbranche verwandten Wirtschaftszweig, z.B. in der Treuhand- oder Immobilienbranche, war es für den Beschwerdegegner aufgrund des langwierigen, zahlreiche angebliche Vermögensdelikte betreffenden Strafuntersuchungsverfahrens realistischerweise nicht mehr möglich, einen neuen Arbeitgeber zu finden, der ihm das für solche Tätigkeiten berufstypische Vertrauen entgegengebracht und entsprechende Verantwortung übertragen hätte. Die Vorinstanz hat daher damit, dass sie in zeitlicher Hinsicht die 50%ige Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdegegners ab 1. Oktober 2002 dem Eintritt einer gleich grossen Erwerbsunfähigkeit gleichsetzte, selbst dann kein Bundesrecht verletzt, wenn man mit Bezug auf das Vorsorgeverhältnis mit der Beschwerdeführerin 1 auf den invalidenversicherungsrechtlichen Erwerbsunfähigkeitsbegriff abstellt.
5.1 5.1.1 Die Beschwerdeführerin 1 stützt die zur Verrechnung gestellte Rückerstattungsforderung für die am 22. August 2002 dem Beschwerdegegner ausbezahlte Todesfallsumme von Fr. 200'000.-- auf die Ungültigkeit des von der Beschwerdeführerin 2 im Jahre 1988 mit der Ehefrau des Beschwerdegegners abgeschlossenen Berufsvorsorgevertrages. Sie macht geltend, beim Abschluss jenes Vertrages sei Frau C.H._ fälschlicherweise als Arbeitnehmerin der Bank X._ gemeldet und versichert worden, obwohl nie ein solches Arbeitsverhältnis bestanden habe. Von diesem Irrtum über die Versicherteneigenschaft von C.H._ habe die Beschwerdeführerin 2 erst mit dem Schreiben des kantonalen Untersuchungsrichters vom 18. Juni 2004 erfahren.
5.1.2 Das kantonale Gericht ist auf die Widerklage, welche die Rückerstattungsforderung der Beschwerdeführerin 1 zum Streitgegenstand hat, nicht eingetreten, weil es sich beim entsprechenden streitgegenständlichen Versicherungsvertrag um "eine ausserhalb der beruflichen Vorsorge stehende Versicherungsvereinbarung" handle, deren materielle Beurteilung in die sachliche Zuständigkeit des Zivilrichters und nicht des Berufsvorsorgerichters im Sinne von Art. 73 Abs. 1 Satz 1 BVG falle. Aus demselben Grund hat die Vorinstanz auch die Verrechenbarkeit der bereits fällig gewordenen Invalidenrentenansprüche des Beschwerdegegners mit der Rückerstattungsforderung - mangels rechtlicher Durchsetzbarkeit - verneint.
5.1.2 Das kantonale Gericht ist auf die Widerklage, welche die Rückerstattungsforderung der Beschwerdeführerin 1 zum Streitgegenstand hat, nicht eingetreten, weil es sich beim entsprechenden streitgegenständlichen Versicherungsvertrag um "eine ausserhalb der beruflichen Vorsorge stehende Versicherungsvereinbarung" handle, deren materielle Beurteilung in die sachliche Zuständigkeit des Zivilrichters und nicht des Berufsvorsorgerichters im Sinne von Art. 73 Abs. 1 Satz 1 BVG falle. Aus demselben Grund hat die Vorinstanz auch die Verrechenbarkeit der bereits fällig gewordenen Invalidenrentenansprüche des Beschwerdegegners mit der Rückerstattungsforderung - mangels rechtlicher Durchsetzbarkeit - verneint.
5.2 5.2.1 Was zunächst die Qualifikation des von der Beschwerdeführerin 2 im Jahre 1988 mit der Ehefrau des Beschwerdegegners abgeschlossenen Versicherungsvertrages betrifft, kann der vorinstanzlichen Rechtsauffassung nicht beigepflichtet werden.
5.2.2 Der privatrechtliche Vorsorgevertrag ist ein Innominatkontrakt, der funktional mit dem Lebensversicherungsvertrag im Sinne des VVG verwandt ist (<ref-ruling> E. 2.2 S. 307). Seine vertragstypischen Merkmale bestehen darin, dass sich eine Vorsorgeeinrichtung gegenüber ihren Destinatären verpflichtet, diese und ihre Familienangehörigen planmässig durch normierte Leistungen gegen die wirtschaftlichen Folgen eines versicherbaren Risikos - in aller Regel Alter, Tod und Invalidität - zu schützen. Nicht begriffswesentlich sind Beitragsleistungen der versicherten Arbeitnehmer, doch müssen sich diese in der Regel zu solchen verpflichten (Hans Michael Riemer, Vorsorge-, Fürsorge- und Sparverträge der beruflichen Vorsorge, a.a.O., S. 233). Beitragsschuldner der Arbeitnehmerbeiträge ist aber auch in diesem Fall der Arbeitgeber (Riemer/Riemer-Kafka, a.a.O., § 4 Rz. 19 S. 93).
Die Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin 2 (Berna-Plus Sammelstiftung für Personalvorsorge) verpflichtete sich als Personalvorsorgestiftung im Sinne von <ref-law> in dem mit Wirkung ab 1. August 1988 abgeschlossenen Vertrag, den Arbeitnehmern der Bank X._ nach dem reglementarischen Vorsorgeplan (Art. 5 des Reglementes G 5992) die versicherten Hinterlassenenleistungen im Todesfall (Art. 5 Ziff. 2 des Reglementes G 5992) sowie die Befreiung von der Beitragspflicht bei Erwerbsunfähigkeit (Art. 5 Ziff. 1 des Reglementes G 5992) zu erbringen. Dieser Vertrag enthielt damit alle Wesensmerkmale eines überobligatorischen Berufsvorsorgevertrages, und die Beurteilung der daraus entstandenen Streitigkeiten zwischen Sammelstiftung und Destinatären fällt gemäss Art. 73 Abs. 1 BVG in die Zuständigkeit des Berufsvorsorgegerichts. Das kantonale Gericht hat daher seine sachliche Zuständigkeit zu Unrecht verneint. Die von der Beschwerdeführerin 1 dem Beschwerdegegner verrechnungsweise entgegengehaltene Gegenforderung ist im vorliegenden Verfahren materiell zu beurteilen.
Die Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin 2 (Berna-Plus Sammelstiftung für Personalvorsorge) verpflichtete sich als Personalvorsorgestiftung im Sinne von <ref-law> in dem mit Wirkung ab 1. August 1988 abgeschlossenen Vertrag, den Arbeitnehmern der Bank X._ nach dem reglementarischen Vorsorgeplan (Art. 5 des Reglementes G 5992) die versicherten Hinterlassenenleistungen im Todesfall (Art. 5 Ziff. 2 des Reglementes G 5992) sowie die Befreiung von der Beitragspflicht bei Erwerbsunfähigkeit (Art. 5 Ziff. 1 des Reglementes G 5992) zu erbringen. Dieser Vertrag enthielt damit alle Wesensmerkmale eines überobligatorischen Berufsvorsorgevertrages, und die Beurteilung der daraus entstandenen Streitigkeiten zwischen Sammelstiftung und Destinatären fällt gemäss Art. 73 Abs. 1 BVG in die Zuständigkeit des Berufsvorsorgegerichts. Das kantonale Gericht hat daher seine sachliche Zuständigkeit zu Unrecht verneint. Die von der Beschwerdeführerin 1 dem Beschwerdegegner verrechnungsweise entgegengehaltene Gegenforderung ist im vorliegenden Verfahren materiell zu beurteilen.
5.3 5.3.1 Dem Rechtssinne nach macht die Beschwerdeführerin 1 einen wesentlichen Irrtum (Erklärungs- oder Grundlagenirrtum) im Sinne von Art. 23/24 OR geltend, weil ihr sowohl beim Abschluss des Vorsorgevertrages mit der Ehefrau des Beschwerdegegners als auch danach verschwiegen worden sei, dass diese gar nie Arbeitnehmerin der Bank X._ war und ihr deshalb die erforderliche Versicherteneigenschaft von Anfang an fehlte. Die Beschwerdeführerin 1 stützt sich hiefür auf den Umstand, dass der beim Vertragsabschluss für die Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin 2 (Berna-Plus Sammelstiftung für Personalvorsorge) handelnde Y._ Vermittlungs- und nicht Abschlussagent gewesen sei, weshalb sein Wissen nicht zugerechnet werden könne.
5.3.2 Y._, der die Bank X._ beim Abschluss des Berufsvorsorgevertrages im Jahre 1988 als Mitarbeiter der Generalagentur Z._ der Berner Lebensversicherungs-Gesellschaft beraten hat, wurde am 7. Juni 2004 in dem gegen den Beschwerdegegner geführten Strafuntersuchungsverfahren als Auskunftsperson befragt. Er hat dabei zu Protokoll erklärt, er habe gewusst, dass Frau C.H._ nicht "in der Bank arbeitete und auch keine Anstellung vorgesehen war". Es sei daher klar gewesen, dass sie "nicht in den BVG-Vertrag eintreten durfte". Hingegen hätten "für den Beitritt in die zusätzliche und separate Risikogruppenversicherung" keine "Probleme" bestanden. Er selbst habe den "Miteinbezug von Frau C.H._" in diese Versicherung vorgeschlagen (".... von mir ausgehend ...."). Es habe damals zwar kein "Versicherungsmodell unter Einbezug von Ehepartnern der Angestellten" gegeben. Vielmehr sei es "dem jeweiligen Berater resp. der Generalagentur überlassen" gewesen, "für entsprechende Fälle Lösungen zu suchen". Der Vertrag mit der Bank X._ sei "kein Ausnahmevertrag" gewesen. "Die praktische Umsetzung" sei "öfters auch mit Mitarbeitern der Direktion besprochen" worden; so z.B. "mit Herrn lic. iur. M._, Verantwortlicher der Berna-Verträge".
5.3.3 Die Beschwerdeführerinnen haben den Wahrheitsgehalt dieser Depositionen von Y._ in keiner Weise infrage gestellt, und es gibt auch sonst keinerlei Anhaltspunkt, der Zweifel an ihrer Richtigkeit begründen könnte. Es ist damit nachgewiesen, dass der Einbezug von Ehepartnern der Arbeitnehmer eines Arbeitgebers in einen überobligatorischen Berufsvorsorgevertrag von jener Art, wie er im Jahre 1988 von der Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin 2 mit C.H._ abgeschlossen wurde, vom Personalvorsorgeberater der Bank X._ vorgeschlagen wurde und mit Wissen und Willen der Generaldirektion der Berner Lebensversicherungs-Gesellschaft erfolgte.
5.3.4 Gemäss <ref-law> (in der bis 31. Dezember 2006 gültigen Fassung) gilt der Agent dem Versicherungsnehmer gegenüber als ermächtigt, für den Versicherer alle diejenigen Handlungen vorzunehmen, welche die Verrichtungen eines solchen Agenten gewöhnlich mit sich bringen, oder die der Agent mit stillschweigender Genehmigung des Versicherers vorzunehmen pflegt.
Diese Bestimmung enthält eine dem allgemeinen Stellvertretungsrecht (<ref-law>) vorgehende, spezialgesetzliche Regelung der Stellvertretungsvollmacht des Versicherungsagenten. Sie entspricht im Wesentlichen einer Umschreibung der Voraussetzungen, die im Versicherungsgeschäft erfüllt sein müssen, damit eine Anscheins- oder Duldungsvollmacht im Sinne von <ref-law> (vgl. dazu <ref-ruling> f. E. 2b S. 200f.) vorliegt und das Handeln eines Versicherungsagenten auf Seiten des Versicherers Vertretungswirkungen erzeugt.
In Lehre und Rechtsprechung zu <ref-law> hat sich die Unterscheidung zwischen Abschluss- und Vermittlungsagent durchgesetzt, welche dem Grundsatz nach besagt, dass sich der Versicherer das Wissen des Abschlussagenten ohne weiteres als eigenes zurechnen lassen muss, das Wissen des Vermittlungsagenten hingegen unter Vorbehalt unrichtiger Aufklärung und Belehrung nicht (<ref-ruling> E. 6 S. 214 f.; Alfred Maurer, Schweizerisches Privatversicherungsrecht, 3. Aufl., Bern 1995, S. 209/210).
5.3.5 Geht man im vorliegenden Fall ebenfalls von der Unterscheidung zwischen Abschluss- und Vermittlungsagent sowie davon aus, dass Y._ beim Abschluss des Berufsvorsorgevertrages mit der Ehefrau des Beschwerdegegners im Jahre 1988 als Vermittlungsagent tätig war, so liegt ein Ausnahmefall in dem Sinne vor, dass sein Wissen um die tatsächlichen Anstellungsverhältnisse bei der Bank X._ der Rechtsvorgängerin der Beschwerdeführerin 2 zuzurechnen ist. Denn wenn er um das fehlende Arbeitsverhältnis zwischen der Bank X._ und C.H._ wusste, wäre er nach Treu und Glauben zumindest verpflichtet gewesen, ausdrücklich darauf hinzuweisen, dass dieser Umstand dem Einbezug von C.H._ in den Berufsvorsorgevertrag entgegenstand. Stattdessen hat er den Einschluss der Ehefrau des Beschwerdegegners in die Berufsvorsorgeversicherung der Bankmitarbeiter selbst vorgeschlagen. Abgesehen von der Aufklärungs- und Beratungspflicht beim konkreten Vertragsabschluss kann aufgrund der Depositionen von Y._ im Strafuntersuchungsverfahren auch nicht zweifelhaft sein, dass ganz allgemein der Einbezug von nicht bei einer Arbeitgeberfirma angestellten Ehepartnern in die Berufsvorsorgeverträge der Berna-Plus Sammelstiftung für Personalvorsorge damals mit Wissen und Willen der Direktion der Berner Lebensversicherungs-Gesellschaft erfolgte. Die Mitversicherung der Ehepartner von (leitenden) Mitarbeitern entsprach damals einer den geschäftsführenden Organen der Versicherungsgesellschaft bekannten und von ihnen tolerierten Praxis. Somit lag eine stillschweigende Genehmigung solcher Berufsvorsorgeverträge durch den Versicherer vor, was sowohl nach den allgemeinen aus <ref-law> abgeleiteten stellvertretungsrechtlichen Regeln als auch nach dem Wortlaut von <ref-law> (in der bis 31. Dezember 2006 gültigen Fassung) zur Folge hat, dass das Handeln des Versicherungsagenten dem Versicherer zuzurechnen ist und für diesen Vertretungswirkungen auslöst.
5.3.6 Ist es aber der Beschwerdeführerin 1 verwehrt, sich auf die Nichtkenntnis des fehlenden Anstellungsverhältnisses von C.H._ im Zeitpunkt des mit ihr abgeschlossenen Berufsvorsorgevertrages zu berufen, ist auch ein wesentlicher Irrtum auf Seiten ihrer Rechtsvorgängerinnen (Beschwerdeführerin 2 und Berna-Plus Sammelstiftung für Personalvorsorge) ausgeschlossen, der die Ungültigkeit jenes Vertrages zur Folge haben könnte. Das dem Beschwerdegegner gestützt auf diesen Vertrag ausgerichtete Todesfallkapital von Fr. 200'000.-- ist nicht rechtsgrundlos im Sinne von <ref-law>, sondern in Erfüllung des gültigen Vorsorgevertrages ausbezahlt worden. Es fehlt daher am Rechtsgrund für die von der Beschwerdeführerin 1 geltend gemachte Rückerstattungs- und zur Verrechnung gestellte Gegenforderung. Soweit die Beschwerdeführerin 1 ihre Rückerstattungsforderung im vorliegenden Verfahren widerklageweise (aktiv) geltend gemacht hat, ist ihre Widerklage demgemäss abzuweisen. Insoweit ist der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und zu ändern. Hingegen hat das kantonale Gericht die Rückerstattungsforderung zu Recht nicht zur Verrechnung mit den fälligen Invalidenrenten des Beschwerdegegners zugelassen.
6. 6.1 Die Vorinstanz hat die beiden Beschwerdeführerinnen verpflichtet, die von ihnen dem Beschwerdegegner ab 20. November 2003 geschuldeten Invalidenrenten "ab dem Zeit (recte: Zeitpunkt) ihrer jeweiligen Fälligkeit mit 5% zu verzinsen" (Dispositiv Ziff. 5). Die Beschwerdeführerinnen rügen eine Verletzung von <ref-law>.
6.2 Die Verzugszinspflicht für fällige Invalidenrenten richtet sich sowohl im Bereich der obligatorischen als auch der überobligatorischen Berufsvorsorge nach den obligationenrechtlichen Regeln von <ref-law>, sofern eine diesbezügliche reglementarische Regelung - wie hier - fehlt. Die Bestimmung von <ref-law> ist in der Berufsvorsorgeversicherung nicht anwendbar. Massgebend ist namentlich die Bestimmung von <ref-law> (<ref-ruling> E. 4c S. 135). Danach hat ein Schuldner, der u.a. mit der "Entrichtung von Renten" im Verzuge ist, erst vom Tage der Anhebung der Betreibung oder der gerichtlichen Klage an Verzugszinsen zu bezahlen. Der Grund für die in dieser Bestimmung statuierte Abweichung von der allgemeinen Regel von <ref-law>, wonach die Verzugszinspflicht mit der Mahnung des Schuldners ausgelöst wird, liegt darin, dass Renten an sich für den Unterhalt und nicht als zinstragende Geldanlage verwendet werden. Der Zinsenlauf auf Renten soll auch nicht unüberblickbar werden (Rolf H. Weber, Berner Kommentar, N 10 zu <ref-law>).
6.3 Die spezielle Verzugszinsregel von <ref-law> ist auf die von den Beschwerdeführerinnen geschuldeten Invalidenrenten anwendbar. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden der Beschwerdeführerinnen sind daher insoweit begründet. Der vorinstanzliche Entscheid ist in diesem Punkt aufzuheben und dem Beschwerdegegner Verzugszinsen erst ab Klageerhebung am 22. April 2005 zuzusprechen.
7. Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG). Die Beschwerdeführerinnen unterliegen vom Nebenpunkt der Verzugszinspflicht abgesehen vollständig, weshalb sie dem Beschwerdegegner dessen Parteikosten vollumfänglich zu ersetzen haben (Art. 159 Abs. 2 Satz 1 OG). Da der Beschwerdegegner im letztinstanzlichen Verfahren zu zwei Verwaltungsgerichtsbeschwerden eine Vernehmlassung zu erstatten hatte, ist es gerechtfertigt, ihm den doppelten Regelansatz für Parteientschädigungen im letztinstanzlichen Verwaltungsgerichtsbeschwerdeverfahren zuzusprechen. Angesichts der Wichtigkeit und Schwierigkeit der Streitsache ist es überdies angezeigt, die Parteientschädigung insgesamt auf den dreifachen Regelansatz, somit auf Fr. 7'500.-- (Mehrwertsteuer eingeschlossen) festzusetzen. Das Gesuch des Beschwerdegegners um Bewilligung der unentgeltlichen Verbeiständung wird dadurch gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden die Dispositiv-Ziffern 2 und 5 des Entscheides des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 20. September 2006 aufgehoben und es wird die Widerklage abgewiesen sowie festgestellt, dass die fälligen Invalidenrenten ab 22. April 2005 mit 5% zu verzinsen sind.
2. Soweit mit den Verwaltungsgerichtsbeschwerden mehr oder anderes verlangt wird, werden sie abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Die Beschwerdeführerinnen haben in solidarischer Verpflichtung dem Beschwerdegegner für das letztinstanzliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 7'500.-- (Mehrwertsteuer eingeschlossen) zu bezahlen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 9. Juli 2007
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: