Sachverhalt:
A. Der 1972 geborene W._, gelernter Landmaschinenmechaniker, war seit anfangs 1996 als Landwirt bei dem von seinem Bruder geführten Landwirtschaftsbetrieb angestellt und dadurch bei der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Allianz) u.a. gegen die Folgen von Berufsunfällen versichert. Am 29. September 2003 wollte er die äussere Felge des Rades eines Ladewagens wechseln, als diese sich abrupt von der Nabe löste und ihn mit grosser Wucht am Kopf traf, was zu einem schweren offenen Schädelhirntrauma mit erheblichen Frakturen im Gesichts- und Kieferbereich führte. Der operativen Versorgung im Spital X._ schloss sich am 4. November 2003 ein bis Ende Februar 2004 dauernder stationärer Rehabilitationsaufenthalt in der Klinik Z._ an. Zur Ermittlung der beruflich-erwerblichen Verhältnisse zog die Allianz in der Folge eine vom Schweizerischen Bauernverband (SBV) verfasste Expertise vom 12. Juli 2004 und einen Abklärungsbericht Landwirtschaft der IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 15. Dezember 2006 bei. Ferner veranlasste sie ein Gutachten des Zentrums Y._ AG (samt neurologischen, neuropsychologischen sowie psychiatrischen Abklärungen durch das Institut V._), welches am 5. Oktober 2007 erstellt wurde. Gestützt darauf sprach der Unfallversicherer W._ - unter gleichzeitiger Einstellung der bisher erbrachten Versicherungsleistungen (Heilbehandlung, Taggeld) - mit Verfügung vom 5. Mai 2008 rückwirkend ab 1. Januar 2008 eine Invalidenrente auf der Basis einer Erwerbsunfähigkeit von 40 % und eine Integritätsentschädigung entsprechend einer Integritätseinbusse von 75 % zu, woran er auf Einsprache hin festhielt (Einspracheentscheid vom 18. August 2008).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 11. März 2009 gut und wies die Sache an die Allianz zurück, damit diese den Invaliditätsgrad basierend auf einem Einkommen, welches W._ ohne Gesundheitsschädigung hätte erzielen können (Valideneinkommen), von Fr. 65'000.- (und nicht, wie vom Unfallversicherer veranschlagt, Fr. 42'000.-) bestimme.
C. Die Allianz führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids.
Während W._ auf Abweisung der Beschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat das für die Vornahme des Einkommensvergleichs relevante Valideneinkommen auf Fr. 65'000.- festgesetzt und die Sache an die Beschwerdeführerin zurückgewiesen, damit sie den Invaliditätsgrad auf dieser Basis ermittle.
1.1 Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich, da das Verfahren noch nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (vgl. dazu Urteil 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007 E. 1.1 mit Hinweisen, in: SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131), um einen - selbstständig eröffneten - Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f. mit Hinweisen). Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit - alternativ - voraus, dass der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1.1 Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich, da das Verfahren noch nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (vgl. dazu Urteil 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007 E. 1.1 mit Hinweisen, in: SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131), um einen - selbstständig eröffneten - Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f. mit Hinweisen). Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit - alternativ - voraus, dass der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1.2 1.2.1 Rechtsprechungsgemäss bewirkt ein Rückweisungsentscheid in der Regel keinen irreversiblen Nachteil im Sinne von <ref-law>, da der Rechtsuchende ihn später zusammen mit dem neu zu fällenden Endentscheid wird anfechten können (vgl. <ref-law>). Anders verhält es sich allerdings für die Verwaltung bzw. den Versicherungsträger, wenn diese durch den Rückweisungsentscheid gezwungen werden, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu treffen. Diesfalls kann bereits dieser Entscheid angefochten werden, ohne dass der Endentscheid abgewartet werden müsste (<ref-ruling> E. 5.2, 5.2.1-5.2.4 S. 483 ff.; Urteil 8C_682/2007 vom 30. Juli 2008 E. 1.2.1, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2008 UV Nr. 31 S. 115).
1.2.2 Im Umstand, dass der vorinstanzliche Gerichtsentscheid in casu materiell verbindliche Anordnungen hinsichtlich des dem Einkommensvergleich zugrunde zu legenden Valideneinkommens enthält, ist offenkundig ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne des <ref-law> zu erblicken. Indem die Vorinstanz die Höhe des massgeblichen Validenlohnes festlegt, wird der Beurteilungsspielraum der Beschwerdeführerin wesentlich eingeschränkt. Da sie sich zudem ausser Stande sähe, ihre eigene Verfügung anzufechten, und die Gegenpartei in der Regel kein Interesse haben wird, dem - vorliegend klar zu ihren Gunsten lautenden - Endentscheid zu opponieren, könnte der kantonale Vor- oder Zwischenentscheid nicht mehr korrigiert werden (BGE 8C_531/2008 vom 8. April 2009 E. 1.1-1.2.2; Urteil 8C_682/2007 vom 30. Juli 2008 E. 1.2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2008 UV Nr. 31 S. 115). Auf die Beschwerde der Allianz ist daher einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3. Im angefochtenen Gerichtsentscheid wurden die Bestimmungen betreffend die Begriffe der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und der Invalidität (<ref-law>) sowie über den Anspruch auf Invalidenrente der Unfallversicherung (<ref-law>) sowie zur Invaliditätsbemessung nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 Streitig und zu prüfen ist, ob der Beschwerdegegner auf Grund des am 29. September 2003 erlittenen Unfalles Anspruch auf eine höhere als die ihm von der Beschwerdeführerin basierend auf einem Invaliditätsgrad von 40 % zugesprochene Rente hat. Nicht beanstandet wird demgegenüber die gestützt auf eine Integritätseinbusse von 75 % bemessene Integritätsentschädigung.
4.2 Ausser Frage steht dabei vor dem Hintergrund der medizinischen Akten die Arbeitsfähigkeit des Versicherten in seiner gelernten Tätigkeit als Landmaschinenmechaniker von 40 % bzw. eine solche von 60 % als landwirtschaftlicher Mitarbeiter. Ebenfalls Einigkeit herrscht unter den Verfahrensbeteiligten ferner bezüglich des Verdienstes, welcher trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch zu erzielen wäre (Invalideneinkommen: 40 % des bei intakter Gesundheit in der Landwirtschaft im Rahmen eines Vollpensums marktkonformerweise zu erwirtschaftenden Einkommens von Fr. 42'000.-), und des auf den 1. Januar 2008 festgesetzten Rentenbeginns. Umstritten ist einzig, ob der Beschwerdegegner, der seit anfangs 1996 bei seinem Bruder auf dem elterlichen Landwirtschaftsbetrieb tätig ist, ohne Unfallfolgen bis im vorliegend massgeblichen Zeitpunkt (Rentenbeginn [1. Januar 2008] bzw. Erlass des Einspracheentscheids [18. August 2008]; <ref-ruling> E. 4.1 und 4.2 S. 223 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 174 f.; Urteil [des Eidg. Versicherungsgerichts] I 538/05 vom 19. Januar 2006 E. 1.2.3) überwiegend wahrscheinlich wieder in seinen angestammten Beruf als Landmaschinenmechaniker zurückgekehrt wäre (und dabei ein Einkommen von unbestrittenermassen Fr. 65'000.- generiert hätte) oder aber weiterhin - unter Annahme eines üblichen Durchschnittslohnes im Landwirtschaftsbereich von Fr. 42'000.- - auf dem Hof seines Bruders gearbeitet hätte (Valideneinkommen).
5. 5.1 Das Valideneinkommen ist dasjenige Einkommen, das die versicherte Person erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre (<ref-law>). Für die Ermittlung des Valideneinkommens ist rechtsprechungsgemäss entscheidend, was die versicherte Person im Zeitpunkt des frühestmöglichen Rentenbeginns nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdienen würde, und nicht, was sie bestenfalls verdienen könnte (<ref-ruling> E. 5.1.2 S. 53; Urteil 9C_488/2008 vom 5. September 2008 E. 6.4, in: SVR 2009 IV Nr. 7 S. 13). Dabei wird in der Regel am zuletzt erzielten, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Verdienst angeknüpft, da erfahrungsgemäss die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre. Ausnahmen von diesem Erfahrungssatz müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein (<ref-ruling> E. 3.1 S. 59 mit Hinweisen; Urteil I 45/06 vom 5. März 2007 E. 8.1.1 mit Hinweisen). Hat sich eine versicherte Person auch bei noch unbeeinträchtigter Arbeitsfähigkeit über mehrere Jahre hinweg mit einem bescheidenen Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit begnügt, ist dieses für die Festlegung des Valideneinkommens massgebend, selbst wenn besser entlöhnte Erwerbsmöglichkeiten bestanden hätten (<ref-ruling> E. 3.4.6 S. 64 mit Hinweisen).
5. 5.1 Das Valideneinkommen ist dasjenige Einkommen, das die versicherte Person erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre (<ref-law>). Für die Ermittlung des Valideneinkommens ist rechtsprechungsgemäss entscheidend, was die versicherte Person im Zeitpunkt des frühestmöglichen Rentenbeginns nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdienen würde, und nicht, was sie bestenfalls verdienen könnte (<ref-ruling> E. 5.1.2 S. 53; Urteil 9C_488/2008 vom 5. September 2008 E. 6.4, in: SVR 2009 IV Nr. 7 S. 13). Dabei wird in der Regel am zuletzt erzielten, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Verdienst angeknüpft, da erfahrungsgemäss die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre. Ausnahmen von diesem Erfahrungssatz müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein (<ref-ruling> E. 3.1 S. 59 mit Hinweisen; Urteil I 45/06 vom 5. März 2007 E. 8.1.1 mit Hinweisen). Hat sich eine versicherte Person auch bei noch unbeeinträchtigter Arbeitsfähigkeit über mehrere Jahre hinweg mit einem bescheidenen Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit begnügt, ist dieses für die Festlegung des Valideneinkommens massgebend, selbst wenn besser entlöhnte Erwerbsmöglichkeiten bestanden hätten (<ref-ruling> E. 3.4.6 S. 64 mit Hinweisen).
5.2 5.2.1 Der Beschwerdegegner schloss 1992 seine vierjährige Ausbildung zum Landmaschinenmechaniker ab und arbeitete bis Ende 1995 im erlernten Beruf. Anfangs 1996 wurde er als landwirtschaftlicher Mitarbeiter auf dem von seinem Bruder geführten elterlichen Hof angestellt. Während er sich zu Beginn in den Wintermonaten auswärts noch ein geringes Zusatzeinkommen als Mechaniker erwirtschaftet hatte, ist ein solches ab 1999 nicht mehr ausgewiesen (vgl. Auszug aus dem Individuellen Konto [IK] vom 15. Januar 2004; Gutachten des Zentrums Y._ vom 5. Oktober 2007, S. 19 unten). Sowohl er als auch sein Bruder sind alleinstehend. Anlässlich einer Besprechung mit einem Vertreter des Schadenaussendienstes der Beschwerdeführerin am 3. Dezember 2003 wurde als Motivation des Versicherten, wieder landwirtschaftlich tätig zu sein, angegeben, er habe einfach zu Hause als Landwirt arbeiten wollen, denn dies gefalle ihm. Dem zuhanden der IV-Stelle erstellten Abklärungsbericht Landwirtschaft vom 15. Dezember 2006 ist zu entnehmen, dass der Hof die beiden Brüder auf Dauer ertragsmässig nicht ernähren könnte und spätestens wenn der Beschwerdegegner eine eigene Familie hätte gründen wollen, eine berufliche Umorientierung zwingend erforderlich geworden wäre. Vor dem Unfall habe der Versicherte seinen Bruder lediglich unterstützt, weil er die Mutter und den - im Herbst 2006 verstorbenen - pflegebedürftigen Vater habe entlasten wollen und die Anstellung einer externen Hilfskraft finanziell für den Betrieb nicht tragbar gewesen wäre.
5.2.2 Nach Lage der Akten ist ausgewiesen, dass der Beschwerdegegner im Zeitpunkt seines Unfalles vom 29. September 2003 bereits fast acht Jahre bei seinem Bruder auf dem elterlichen Hof tätig war. Auch wenn die Entscheidung, in die Landwirtschaft zurückzukehren, zu Beginn wohl auch familiär motiviert gewesen sein dürfte (Unterstützung des Bruders und der Mutter), kann auf Grund der Dauer des Verbleibens entgegen der vorinstanzlichen Betrachtungsweise nicht von einem eigentlichen Zwang durch äussere Gegebenheiten gesprochen werden, welcher den Versicherten zu einem (vorübergehenden) Verlassen seines angestammten Berufes veranlasst hätte, zu dem er nach Dahinfallen des "Störungsfaktors" wieder zurückgekehrt wäre. Vielmehr scheint die berufliche Umorientierung, in deren Rahmen der Beschwerdegegner seine erlernten Fähigkeiten als Landmaschinenmechaniker ebenfalls einbringen konnte, durchaus, auch wenn mit finanziellen Einbussen verbunden, seinen eigenen Wünschen entsprochen zu haben, wie insbesondere die - noch nicht bewusst oder unbewusst von Überlegungen versicherungsrechtlicher Art beeinflusste - Befragung von Dezember 2003 zeigt. Aus denselben Gründen ist den unterschriftlich bestätigten Aussagen der Mutter des Versicherten vom 19. September 2008, wonach er im Gesundheitsfall nicht auf dem Hof geblieben wäre bzw. sich allein infolge äusserer Umstände zur Mitarbeit gezwungen gesehen habe, die volle Beweiskraft abzusprechen. Es fehlt sodann auch, worauf die Beschwerdeführerin zutreffend hinweist, an Indizien (im Sinne von Stellenbewerbungen, Vorstellungsgesprächen oder Arbeitsverträgen), die konkrete Schritte für eine im Unfallzeitpunkt bevorstehende bzw. in näherer Zukunft beabsichtigte vollzeitige Wiederaufnahme der Tätigkeit als Landmaschinenmechaniker belegen, zumal die Verhältnisse - weder der Versicherte noch sein Bruder befinden oder befanden sich in gefestigten Beziehungen, die in absehbarer Zeit auf die Gründung eines eigenen Hausstandes (und damit auf Grund der geringen betrieblichen Ertragskraft auf einen notwendigen Auszug des Beschwerdegegners) schliessen liessen, auch nach dem Tod des Vaters im Herbst 2006 blieb der Bruder weiterhin existentiell auf die Mithilfe des Versicherten angewiesen etc. - eine solche auch nicht nahe legten bzw. erforderlich machten. Der Umstand, dass sich der Beschwerdegegner zu Beginn seiner Anstellung bei seinem Bruder in der Winterzeit jeweils auch noch aushilfsweise auswärts als Landmaschinenmechaniker betätigte, kann ferner entgegen der Argumentation des kantonalen Gerichts ebenfalls nicht als Anhaltspunkt für eine geplante Rückkehr in den bisherigen Beruf gewertet werden, hat er diese Einsätze gemäss IK-Auszug doch bereits Ende 1998 - und damit fünf Jahre vor dem Unfall - aufgegeben.
Nach dem Gesagten erscheint es zwar möglich, dass der Beschwerdegegner ohne gesundheitliche Beeinträchtigungen längerfristig die Absicht gehegt hätte, wieder in seinem angestammten Beruf Fuss zu fassen. In Anbetracht der dargelegten Sachlage ist jedoch - jedenfalls für den vorliegend massgeblichen Beurteilungszeitraum (vgl. E. 4.2 hievor) - als mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit erstellt anzusehen, dass der Versicherte auch ohne Unfallereignis weiterhin für seinen Bruder landwirtschaftlich tätig gewesen wäre. Es hat demnach, da die übrigen Bemessungsfaktoren unbestritten geblieben sind (vgl. E. 4.2 hievor), beim Einspracheentscheid der Beschwerdeführerin vom 18. August 2008 - und damit u.a. bei einer Invalidenrente auf der Basis eines Erwerbsunfähigkeitsgrades von 40 % - sein Bewenden. Anzumerken bleibt mit der Allianz, dass, sollte der Bruder des Beschwerdegegners dereinst eine Familie gründen und den bäuerlichen Betrieb im Rahmen der bestehenden Verhältnisse weiterführen, was die Notwendigkeit des Auszugs des Versicherten bedeutete, die Rente allenfalls einer materiellen Revision unterzogen werden müsste.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend werden die Gerichtskosten dem Beschwerdegegner auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Als Organisation mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben hat die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegende Beschwerdeführerin keinen Anspruch auf Parteikostenersatz (<ref-law>; Urteil 8C_606/2007 vom 27. August 2008 E. 11 mit Hinweisen).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 11. März 2009 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. August 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Fleischanderl