Sachverhalt:
A. Am 3. Januar 2005, kurz nach 13.00 Uhr, war X._ mit seinen beiden Töchtern im Alter von vier und sechs Jahren auf dem Heimweg vom Skiübungshang bei der Talstation der Celeriner Bergbahnen. Dazu benutzte er den Fussweg "Truoch sur Crasta", um anschliessend beim Bahnübergang "Vietta da L'infiern", der unbewacht und auf jeder Seite mit Andreaskreuzen signalisiert war, die Geleise der Rhätischen Bahn zu überqueren. Die Kinder hatten zu diesem Zeitpunkt ihre Skier angeschnallt, X._ trug seine Skiausrüstung unter dem Arm. Als er mit den Mädchen im Begriff war, den ersten Geleisestrang zu überschreiten und dem kleineren der beiden dabei zu helfen, hörte er einen Zug pfeifen. In der Folge drehte er sich um und sah den Zug aus Richtung St. Moritz herannahen. Er packte das kleinere Kind und stellte es wieder auf den Fussweg. Anschliessend ergriff er das zweite Mädchen und stiess es aus dem Geleisebereich. Während er selbst vom Geleise wegzukommen versuchte, wurde er vom noch ungebremst anfahrenden Zug gestreift. Dabei erlitt er Brüche am rechten Fuss sowie diverse Brüche von Quer- und Dornfortsätzen der Wirbelsäule.
B. B.a Am 5. Januar 2005 stellte X._ Strafantrag gegen die Veranwortlichen des Bahnunfalls. Die Staatsanwaltschaft Graubünden eröffnete daraufhin am 25. Februar 2005 eine Strafuntersuchung, welche sie nach Einholen eines Untersuchungsberichts der Unfalluntersuchungsstelle Bahnen und Schiffe (UUS) mit Verfügung vom 11. April 2007 einstellte. Eine hiegegen von X._ geführte Beschwerde hiess die Beschwerdekammer des Kantonsgerichts von Graubünden mit Entscheid vom 11. Juli 2007 gut, hob die angefochtene Einstellungsverfügung auf und wies die Sache an die Staatsanwaltschaft Graubünden zurück.
B.b Nach Durchführung weiterer Untersuchungshandlungen stellte die Staatsanwaltschaft Graubünden die Strafuntersuchung mit Verfügung vom 23. April 2008 erneut ein. Eine gegen diesen Entscheid von X._ erhobene Beschwerde wies die Beschwerdekammer des Kantonsgerichts von Graubünden mit Entscheid vom 9. Juli 2008 ab.
C. X._ führt Beschwerde beim Bundesgericht, mit der er beantragt, der angefochtene Entscheid und die Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft seien aufzuheben und die Sache sei zur Ergänzung der Untersuchung und Erhebung der Anklage an die Staatsanwaltschaft Graubünden zurückzuweisen.
D. Das Kantonsgericht von Graubünden und die Staatsanwaltschaft Graubünden haben auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Nach <ref-law> ist zur Erhebung der Beschwerde in Strafsachen berechtigt, wer am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides hat (lit. b; <ref-ruling> E. 1.1). Bei Beschwerden gegen den einen Einstellungsbeschluss bestätigenden Gerichtsentscheid ist nach der Rechtsprechung die Legitimation des Opfers unabhängig davon gegeben, ob es bis zu diesem Zeitpunkt im Strafverfahren Zivilforderungen adhäsionsweise geltend gemacht hat (<ref-ruling> E. 4a;<ref-ruling> E. 1). Das Opfer muss aber darlegen, aus welchen Gründen und inwiefern sich der angefochtene Entscheid auf welche Zivilforderung auswirken kann (<ref-ruling> E. 1).
Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG ist das Opfer zur Erhebung der Beschwerde legitimiert, wenn sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung seiner Zivilansprüche auswirken kann. Als Opfer im Sinne des Opferhilfegesetzes gilt jede Person, die durch eine Straftat in ihrer körperlichen, sexuellen oder psychischen Integrität unmittelbar beeinträchtigt worden ist (Art. 2 Abs. 1 aOHG; vgl. nunmehr <ref-law> vom 23. März 2007), unabhängig davon, ob der Täter ermittelt worden ist und ob er sich schuldhaft verhalten hat (<ref-ruling> E. 1.2.2; <ref-ruling> E. 3.1). Wird die Beschwerde gegen einen Einstellungsbeschluss oder ein freisprechendes Urteil geführt, genügt es, dass eine die Opferstellung begründende Straftat in Betracht fällt (<ref-ruling> E. 1.1.2, mit Hinweis).
1.2 Der Beschwerdeführer ist aufgrund der erlittenen Verletzungen in seiner körperlichen Integrität unmittelbar beeinträchtigt. Es kommt ihm daher ohne weiteres Opferstellung zu. Er hat am kantonalen Verfahren teilgenommen und gegen die Einstellung des Verfahrens Beschwerde erhoben. Er ist durch den Entscheid auch zweifellos in seinen zivilen Schadenersatz- und Genugtuungsansprüchen betroffen (Art. 45 und 47 OR). Auf seine Beschwerde kann daher eingetreten werden.
2.1 2.1.1 Die Staatsanwaltschaft Graubünden gelangt in ihrer Einstellungsverfügung vom 23. April 2008 zum Schluss, der Lokomotivführer habe unmittelbar nach dem Erkennen der gefährlichen Situation die möglichen und zumutbaren Massnahmen zur Verhinderung eines Unfalls in die Wege geleitet. Eine frühere Erkennbarkeit sei aufgrund der Streckenführung und Topografie nicht möglich gewesen. Sein Verhalten könne daher nicht als fahrlässig bezeichnet werden. Da Anhaltspunkte für ein strafrechtlich relevantes Verhalten weiterer Personen fehlten, sei die Strafuntersuchung einzustellen (Einstellungsverfügung, Untersuchungsakten, Dossier 1, act. 33 = Beschwerdebeilage S. 16, S. 7; angefochtenes Urteil S. 3 f.).
2.1.2 Nach den Ausführungen der Vorinstanz befand sich rund 104 Meter vor dem fraglichen Bahnübergang an einem Fahrleitungsmast eine Pfeiftafel, welche den Lokomotivführer verpflichtete, ein Achtungssignal abzugeben. Der Lokomotivführer habe die Pfeife indes erst rund 30 Meter oder 1,8 Sekunden nach dieser Tafel betätigt, so dass dieses aufgrund der technischen Verzögerung erst 56 Meter vor dem Bahnübergang ertönt sei. Aufgrund dieser Sachlage nimmt die Vorinstanz an, es bestünden hinreichende Anhaltspunkte dafür, dass sich der Beschwerdeführer einer Sorgfaltspflichtverletzung schuldig gemacht habe (angefochtenes Urteil S. 5 f.; vgl. auch Beschwerde S. 6 f.).
Die Vorinstanz geht im Weiteren davon aus, der Beschwerdeführer sei nicht frontal von der Lokomotive erfasst worden. Da die Lokomotive aufgrund des an der Front montierten Pfluges das breiteste Profil der Zugskomposition aufweise, müsse vielmehr davon ausgegangen werden, dass der Beschwerdeführer den Gefahrenbereich kurzzeitig habe verlassen können, bevor er wenig später mit dem hinteren Teil der Lokomotive oder mit einem Wagen kollidiert sei. Aus welchen Gründen er sich wiederum dem Geleise genähert habe und so in das Lichtprofil des Zuges geraten sei, lasse sich aufgrund der Akten nicht klären. Es bestehe die Möglichkeit, dass dies ohne Fremdeinwirkung aufgrund eines Stolperns oder Ausrutschens geschehen sei. Da sich der Beschwerdeführer somit anfänglich aus dem Gefahrenbereich habe entfernen können und er sich erst danach wieder auf das Geleise zubewegt habe, hätte der Unfall auch durch die rechtzeitige Abgabe eines Warnsignals nicht verhindert werden können. Dies wäre nur dann der Fall gewesen, wenn der Beschwerdeführer nachweislich frontal mit der Lokomotive zusammengestossen wäre. Die Vorinstanz gelangt daher zum Schluss, es lasse sich nicht rechtsgenüglich nachweisen, dass die allfällige Sorgfaltspflichtverletzung des Lokomotivführers auch direkte Ursache für den eingetretenen Erfolg gewesen sei. Damit stehe fest, dass ein zu einem früheren Zeitpunkt abgegebenes Pfeifsignal den Unfall nicht mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit verhindert hätte (angefochtenes Urteil S. 6 f.).
2.2 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law>. Er macht geltend, aufgrund des Unfallhergangs müsse darauf geschlossen werden, dass die Kollision bei einer früheren Reaktion des Lokomotivführers hätte verhindert werden können (Beschwerde S. 8 f.). Die Vorinstanz habe die Beschwerde gegen die Einstellungsverfügung mit unhaltbaren Erwägungen in Bezug auf die Kausalität des sorgfaltswidrigen Verhaltens des Lokomotivführers abgewiesen (Beschwerde S. 14). Die Vorinstanz verkenne, dass sich der Unfall innert weniger Sekunden zugetragen habe. Das ergebe sich daraus, dass der Lokomotivführer ihn erst spät erkannt und erst hernach das Pfeifsignal betätigt habe. Er (der Beschwerdeführer) habe sich mithin von den Geleisen werfen müssen, damit er überhaupt den Körper aus dem Lichtprofil des Lokomotive habe bewegen können. Der Schluss der Vorinstanz, wonach er nachträglich wieder zurück in den Zug gestolpert sei, erscheine unter diesen Umständen geradezu als abwegig, da er sich nur von den Geleisen weg aus der Gefahrenzone habe bewegen können. Wäre er nicht augenblicklich aus dem Gefahrenbereich geflüchtet, hätte ihn aufgrund der kappen Zeitverhältnisse der Zug frontal erfasst. Abgesehen davon bestünden verschiedene Anhaltspunkte für die Annahme, dass er entgegen der Auffassung der Vorinstanz doch von der Lokomotive und nicht von einem hinteren Wagen erfasst worden sei (Beschwerde S. 16 ff.). Bei sorgfaltsgemässem Verhalten des Lokomotivführers hätten ihm mindestens 3,5 Sekunden mehr zur Verfügung gestanden, so dass er sich mit hoher Wahrscheinlichkeit rechtzeitig hätte in Sicherheit bringen können. Bei einer früheren Warnung durch das Pfeifsignal hätte die Streifkollision mithin vermieden werden können. Der Schluss der Vorinstanz, wonach die Sorgfaltspflichtverletzung des Lokomotivführers keinen Einfluss auf den Geschehensablauf gehabt habe, sei daher unhaltbar (Beschwerde S. 15, 18 f.). Im Weiteren macht der Beschwerdeführer geltend, der Lokomotivführer habe auch unabhängig von der Missachtung der Pfeiftafel sorgfaltswidrig gehandelt. Er habe gewusst, dass er sich einem unbewachten Bahnübergang genähert habe, der von Fussgängern und Skifahrern rege benutzt werde. Ausserdem hätte er ihn (den Beschwerdeführer) auf eine Distanz von 132-148 Metern sehen können. Bei entsprechender Aufmerksamkeit und rechtzeitiger Warnung wären ihm (dem Beschwerdeführer) 8-9 Sekunden verblieben, um sich mit seinen Kindern aus der Gefahrenzone wegzubewegen. Der Pfiff sei jedoch erst 3,5 Sekunden vor Erreichen des Bahnübergangs erfolgt. Selbst wenn dem Lokomotivführer für die Wahrnehmung der Situation und die Reaktion bis zum Auslösen des Warnsignals eine Zeitspanne von je 1 Sekunde zugebilligt würde, wären bis zum Erreichen des Bahnübergangs immerhin noch 6,5 Sekunden verblieben. Der Lokomotivführer habe der Bahnstrecke und dem Bahnübergang offensichtlich nicht genügend Beachtung geschenkt und sich überraschen lassen. Damit bestünden keine hinreichenden Gründe für die Einstellung des Strafverfahrens (Beschwerde S. 19 ff.).
3. 3.1 Die Eröffnung eines Strafverfahrens setzt voraus, dass der Beschuldigte eine mit Strafe bedrohte Handlung begangen hat. Fehlt es nach durchgeführter Untersuchung an einem hinreichenden Tatverdacht bzw. ist das Vorliegen eines Straftatbestandes nicht genügend dargetan (<ref-law>/GR), so dass eine Verurteilung in der Hauptverhandlung nicht zu erwarten ist, darf der Untersuchungsrichter davon absehen, der Strafanzeige weitere Folge zu geben, und kann das Verfahrens einstellen. Die Beurteilung der Prozessaussichten steht dabei im pflichtgemässen Ermessen der Untersuchungsbehörde. Dabei gilt der Grundsatz, dass im Zweifel Anklage zu erheben ist. Als Richtschnur kann gelten, dass Anklage erhoben werden muss, wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch. Dies gründet auf der Überlegung, dass bei nicht eindeutiger Beweislage der Entscheid über einen Vorwurf nicht von den Untersuchungs- oder Anklagebehörden, sondern von den für die materielle Beurteilung zuständigen Gerichten getroffen werden soll. Bei der Anklageerhebung gelangt daher der auf die gerichtliche Beweiswürdigung zugeschnittene Grundsatz 'in dubio pro reo' nicht zur Anwendung. Der Grundsatz, dass im Zweifelsfall nicht eingestellt werden darf, ist auch bei der gerichtlichen Überprüfung von Einstellungsverfügungen zu beachten (<ref-ruling>, S. 110 f.; Urteil der Strafrechtlichen Abteilung 6B_588/2007 vom 11.4.2008 E. 3.2.3 mit weiteren Hinweisen).
3.2 Gemäss <ref-law> (in der Fassung des Bundesgesetzes vom 13. Dezember 2002, in Kraft seit 1. Januar 2007) handelt fahrlässig, wer die Folgen seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt (Satz 1). Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist (Satz 2).
Das Mass der im Einzelfall zu beachtenden Sorgfalt richtet sich, wo besondere, der Unfallverhütung und der Sicherheit dienende Normen ein bestimmtes Verhalten gebieten, in erster Linie nach diesen Vorschriften (<ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen). Das Gleiche gilt für entsprechende allgemein anerkannte Verhaltensregeln (in Form von Empfehlungen, Richtlinien, Merkblättern usw.), auch wenn diese keine Rechtsnormen darstellen. Wo eine derartige Regelung fehlt, kann der Vorwurf der Fahrlässigkeit auch auf allgemeine Rechtsgrundsätze wie den allgemeinen Gefahrensatz gestützt werden (<ref-ruling> E. 7 mit Hinweisen).
Eine Sorgfaltspflichtverletzung ist nur anzunehmen, wenn der Täter eine Gefährdung der Rechtsgüter des Opfers hätte voraussehen bzw. erkennen können und müssen. Erkennbar bzw. voraussehbar ist die Gefahr des Erfolgseintritts für den Täter nach dem Massstab der Adäquanz, wenn sein Verhalten geeignet ist, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und den Erfahrungen des Lebens einen Erfolg wie den eingetretenen herbeizuführen oder mindestens zu begünstigen. Die Vorhersehbarkeit der zu beurteilenden Ursache für den Erfolg ist nur zu verneinen, wenn ganz aussergewöhnliche Umstände, wie das Mitverschulden eines Dritten oder Material- oder Konstruktionsfehler, als Mitursache hinzutreten, mit denen schlechthin nicht gerechnet werden musste und die derart schwer wiegen, dass sie als wahrscheinlichste Ursache des Erfolgs erscheinen (<ref-ruling> E. 7.3; <ref-ruling> E. 3.2; je mit Hinweisen).
Für die Zurechenbarkeit des Erfolgs genügt die blosse Vorhersehbarkeit nicht. Erforderlich ist darüberhinaus dessen Vermeidbarkeit. Der Erfolg ist vermeidbar, wenn er nach einem hypothetischen Kausalverlauf bei pflichtgemässem Verhalten des Täters ausgeblieben wäre. Dabei genügt, wenn das Verhalten des Täters mindestens mit einem hohen Grad der Wahrscheinlichkeit oder mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit die Ursache des Erfolges bildete (<ref-ruling> E. 7.3; <ref-ruling> E. 3.2 je mit Hinweisen).
4. 4.1 In tatsächlicher Hinsicht steht fest, dass der Unfallzug mit einer Geschwindigkeit von 59,36 km/h fuhr. Ferner hat sich aus dem mit Video aufgezeichneten Rekonstruktion des Bahnfahrt mit mitlaufender Stoppuhr ergeben, dass der Lokomotivführer eine im Bereich des Bahnübergangs stehende Person bestenfalls 8 Sekunden bzw. 132 Meter, bevor die Lokomotive den Übergang erreicht, erkennen konnte. Die Bremsen des Zuges reagierten mit einer Verzögerung von ca. 45 Metern. Von dem Augenblick an, an welchem die Bremswirkung einsetzte, bewegte sich der Zug bis zu seinem Stillstand noch 175 Meter (vgl. Einstellungsverfügung, Untersuchungsakten, Dossier 1, act. 33 = Beschwerdebeilage S. 16, S. 5 f.; vgl. auch Untersuchungsbericht der UUS, Untersuchungsakten, Dossier 2 act. 9 S. 6 f.).
Die kantonalen Instanzen stellen ferner fest, dass rund 104 Meter vor dem Bahnübergang an einem Fahrleitungsmast eine Pfeiftafel angebracht war, die den Lokomotivführer verpflichtet, ein Achtungssignal abzugeben. Der Lokomotivführer hat im zu beurteilenden Fall das Pfeifsignal indes erst rund 30 Meter bzw. 1,8 Sekunden nach dieser Tafel abgegeben. Aufgrund der technischen Verzögerung ertönte das Pfeifsignal erst ca. 56 Meter vor dem Bahnübergang (angefochtenes Urteil S. 5; Einstellungsverfügung vom 23. April 2008, Untersuchungsakten, Dossier 1, act. 33, S. 5; Untersuchungsbericht der UUS, Untersuchungsakten, Dossier 2, act. 9, S. 6 f.).
4.2 Ein mit einer Geschwindigkeit von 59,36 km/h fahrender Zug bewegt sich pro Sekunde rund 16,5 Meter. Für die Distanz von 56 Metern zwischen dem Ertönen des Pfeifsignals und Erreichen des Bahnübergangs benötigte der Zug im zu beurteilenden Fall somit rund 3,5 Sekunden. Dem Beschwerdeführer stand diese kurze Zeitspanne zur Verfügung, um seine Kinder und sich selbst aus dem Gefahrenbereich zu retten.
Der für die Zurechnung des Erfolgs notwendige Kausalzusammenhang ist gegeben, wenn die in Frage stehende Handlung oder Unterlassung des Täters in irgendeiner Weise für den Erfolg wirksam geworden ist. Nach der Rechtsprechung ist ein (pflichtwidriges) Verhalten im natürlichen Sinne kausal, wenn es nicht hinweggedacht werden kann, ohne dass auch der eingetretene Erfolg entfiele. Das Verhalten braucht nicht die alleinige oder unmittelbare Ursache des Erfolgs zu sein (<ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 5b). Die natürliche Kausalität genügt für sich allein für die Zurechenbarkeit des Erfolgs indes noch nicht. Nach der Rechtsprechung ist darüber hinaus ein adäquater Kausalzusammenhang erforderlich. Ein solcher liegt vor, wenn die Handlung oder Unterlassung geeignet ist, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und den Erfahrungen des Lebens einen Erfolg wie den eingetretenen herbeizuführen oder mindestens zu begünstigen. Die Adäquanz wird nach der Rechtsprechung nur verneint, wenn ganz aussergewöhnliche Umstände, wie das Mitverschulden eines Dritten oder Material- oder Konstruktionsfehler, als Mitursachen hinzutreten, mit welchen schlechthin nicht gerechnet werden musste und die derart schwer wiegen, dass sie als wahrscheinlichste und unmittelbarste Ursache des Erfolges erscheinen und so alle anderen mitverursachenden Faktoren - namentlich das Verhalten des Angeschuldigten - in den Hintergrund drängen (<ref-ruling> E. 4.4.2; <ref-ruling> E. 5.1 und 5.2; <ref-ruling> E. 2.1).
Die Vorinstanz stellt mit ihrer Annahme, wonach sich der Beschwerdeführer zunächst mit seinen Kindern aus der Gefahrenzone habe wegbegeben können und sich hernach wieder den Geleisen genähert habe, im Grunde zunächst den natürlichen Kausalzusammenhang in Frage. Nach den tatsächlichen Feststellungen verblieben dem Beschwerdeführer nach Ertönen des Warnsignals, wie ausgeführt, indes lediglich rund 3,5 Sekunden, um seine beiden Kinder, welche mit angeschnallten Skis unterwegs waren, von den Bahngeleisen zu stossen und sich selber in Sicherheit zu bringen. Die Annahme, dass ihm dies innerhalb dieser kurzen Zeitspanne hätte gelingen können und er hernach, indem er sich wieder in den Gefahrenbereich zurückbewegte, eine neue Kausalreihe eröffnet hätte, erscheint als abwegig. Nach den Schilderungen der Beteiligten wurde der Beschwerdeführer offensichtlich beim Versuch, sich selbst in Sicherheit zu bringen, vom Zug gestreift, wobei lediglich nicht geklärt ist, ob er von der Lokomotive oder einem nachfolgenden Wagen erfasst worden ist. Immerhin ergibt sich aus der Aussage des Beschwerdeführers, wonach der letzte Wagen auf seiner Höhe gehalten hatte, dass er bei einem Anhalteweg von 175 Metern mit dem vordersten Teil des 180 Meter langen Zuges kollidiert sein muss (Untersuchungsakten Dossier 2, act. 6 S. 1 und act. 9, S. 4 und 7).
Entgegen der Auffassung der Vorinstanz liegt auch auf der Hand, dass die verspätete Abgabe des Pfeifsignals im zu beurteilenden Fall nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und den Erfahrungen des Lebens geeignet war, einen Erfolg wie den eingetretenen herbeizuführen oder mindestens zu begünstigen. Aussergewöhnliche, als Mitursache hinzutretende Umstände, welche das Verhalten des Lokomotivführers derart in den Hintergrund drängen würden, dass die Adäquanz verneint werden müsste, sind nicht ersichtlich. Insbesondere reicht hiefür ein aufgrund von Art. 93 Abs. 4 SSV allfällig zu bejahendes Selbstverschulden des Beschwerdeführers nicht aus, zumal es im Strafrecht keine Schuldkompensation gibt (<ref-ruling> E. 1). Soweit die Vorinstanz zum Schluss gelangt, es fehle an der Adäquanz des Kausalzusammenhangs zwischen der Sorgfaltspflichtverletzung des Lokomotivführers und den vom Beschwerdeführer erlittenen Verletzungen, verletzt der angefochtene Entscheid Bundesrecht. Jedenfalls erweist sich die Sachlage nicht als derart klar, dass mit Bestimmtheit angenommen werden könnte, bei einer gerichtlichen Beurteilung sei mit einem Freispruch zu rechnen.
Bundesrecht verletzt der angefochtene Entscheid schliesslich auch, soweit die Vorinstanz annimmt, dass der Erfolg auch bei sorgfaltspflichtgemässem Verhalten der Lokomotivführers eingetreten, wäre, und sie insofern dessen Vermeidbarkeit verneint. Bei der Frage, ob der adäquat kausale Erfolg dem Täter zugerechnet werden kann, folgt die Rechtsprechung der Wahrscheinlichkeitstheorie. Danach hängt die Zurechnung davon ab, ob der Erfolg bei sorgfaltsgemässem Handeln mit an Sicherheit grenzender oder mit einem hohen Grad der Wahrscheinlichkeit nicht eingetreten wäre (<ref-ruling> E. 7.3; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 4a, 306 E. 2a). Entgegen der Auffassung der Vorinstanz lässt sich im zu beurteilenden Fall nicht sagen, der Unfall hätte sich höchstwahrscheinlich auch ereignet, wenn das Pfeifsignal ordnungsgemäss auf der Höhe der Pfeiftafel abgegeben worden wäre. Das ergibt sich zwanglos aus den gegebenen Umständen. Denn wenn es dem Beschwerdeführer bei einer Zeitspanne von lediglich rund 3,5 Sekunden möglich war, seine Töchter von den Geleisen zu stossen und sich selbst so aus dem Gefahrenbereich zu werfen, dass er vom noch ungebremst daherfahrenden Zug lediglich gestreift wurde, liegt der Schluss nahe, dass es ihm bei einer nur um wenige Sekunden verlängerten Rettungszeit höchstwahrscheinlich gelungen wäre, sich gänzlich in Sicherheit zu bringen, bevor der Zug den Bahnübergang erreicht hätte. Jedenfalls erscheinen die Verhältnisse auch in diesem Kontext längst nicht als derart geklärt, dass bei einer gerichtlichen Beurteilung mit Sicherheit mit einem Freispruch gerechnet werden könnte.
Aus diesen Gründen beruht die Bestätigung der von der Staatsanwaltschaft erlassenen Einstellungsverfügung durch die Vorinstanz auf einer Ermessensverletzung. Die Beschwerde erweist sich als somit begründet.
5. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde gutzuheissen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG) und ist dem Beschwerdeführer eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>), die der unterliegende Kanton auszurichten hat (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts von Graubünden vom 9. Juli 2008 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Graubünden hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. April 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Boog