Fatti:
A. Il 18 dicembre 2008 A._ ha chiesto al Municipio di X._ il permesso di costruire, in sostituzione di quella esistente, una casa di abitazione unifamiliare con due piani sporgenti, sulla particella uuu sita in pendio nella zona residenziale. A monte dell'abitazione è prevista la creazione di un accesso veicolare dalla sovrastante strada comunale e di un piazzale di tre posti auto coperti. Alla domanda si è opposto B._, proprietario del fondo vvv, situato a una distanza di circa 50 m lateralmente a quello posto in edificazione, dal quale è diviso da un terreno inedificato (fondo www).
B. L'11 marzo 2009, il Municipio ha rilasciato la licenze edilizia richiesta. Esso ha negato al vicino la legittimazione a opporsi a un progetto che non lo toccherebbe in misura superiore a quella degli altri membri della comunità, la distanza del suo fondo, non direttamente confinante, escludendo un rapporto sufficientemente stretto e intenso con la progettata opera. A titolo abbondanziale, ha nondimeno respinto l'opposizione nel merito. Il 19 maggio 2009, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha dichiarato irricevibile un ricorso del vicino per carenza di legittimazione. Adito dal vicino, con giudizio del 15 dicembre 2009, il Tribunale cantonale amministrativo, ammesso un suo interesse di fatto personale, diretto e attuale, ne ha parzialmente accolto il ricorso, rinviando gli atti al Governo cantonale affinché esamini nel merito il suo gravame.
C. Avverso questa pronunzia A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico e un ricorso sussidiario in materia costituzionale al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di confermare la decisione governativa.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto edilizio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (art. 100 cpv. 1 LTF), è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a e 86 cpv. 1 lett. d LTF (<ref-ruling> consid. 1.1, 353 consid. 2 e 3.3). Il ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 LTF), peraltro non specificatamente motivato, è quindi manifestamente inammissibile. La legittimazione del ricorrente è pacifica.
1.3 Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto (<ref-ruling> consid. 1.4.1, 65 consid. 1.3.1).
2. 2.1 Il ricorso al Tribunale federale è dato contro le decisioni che pongono fine al procedimento (art. 90 LTF). Giusta l'art. 91 LTF, il ricorso è inoltre ammissibile contro le decisioni parziali, ossia che concernono soltanto talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre (lett. a), o che pongono fine al procedimento soltanto per una parte dei litisconsorti (lett. b). Eccettuati i casi disciplinati dall'art. 92 LTF, il ricorso contro le decisioni pregiudiziali e incidentali, notificate separatamente, è per contro ammissibile unicamente se possono causare un pregiudizio irreparabile o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF). L'adempimento di queste condizioni di ammissibilità dev'essere di principio dimostrato dal ricorrente (<ref-ruling> consid. 1.2 in fine), che tuttavia, in concreto, non si esprime del tutto al riguardo. Questi requisiti mirano a sgravare il Tribunale federale, che deve di massima esprimersi solo una volta sull'oggetto del litigio ( <ref-ruling> consid. 1.3.2; <ref-ruling> consid. 4).
2.2 Nella fattispecie la Corte cantonale ha ritornato gli atti al Consiglio di Stato affinchè esamini nel merito il ricorso del vicino. Si tratta quindi di una decisione di rinvio, che non mette fine al procedimento, lasciando aperto il quesito del rilascio definitivo o meno della licenza edilizia. Essa non costituisce una decisione parziale secondo l'art. 91 LTF non evadendo in modo definitivo una questione di merito divisibile, ma una decisione incidentale, impugnabile dinanzi al Tribunale federale soltanto alle condizioni poste dall'art. 93 LTF (<ref-ruling> consid. 1.3.1 pag. 34; <ref-ruling> consid. 1.3.1 e 1.3.2; <ref-ruling> consid. 3.1, 4.1 e 4.2; sulla legittimazione del vicino secondo l'art. 89 cpv. 1 LTF vedi <ref-ruling> consid. 1.3.1-1.3.3; sentenze 1C_133/2008 del 6 giugno 2008 consid. 2.3-2.6; 1C_40/2010 del 9 marzo 2010).
2.3 Il ricorrente, che non si esprime su questa questione, decisiva, non adduce di subire un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF. Certo, il riconoscimento della legittimazione al vicino può comportare un prolungamento della procedura o un aumento dei costi collegati alla causa, nocumenti che tuttavia, secondo la costante giurisprudenza, non costituiscono pregiudizi irreparabili ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. a LTF, né si tratta di un procedimento complesso e dispendioso che potrebbe eccezionalmente giustificare un esame immediato della vertenza (<ref-ruling> consid. 1.2.1 pag. 171; <ref-ruling> consid. 1.3.4 pag. 36; <ref-ruling> consid. 5.2.1 e 5.2.2).
2.4 Certo, nel caso di specie ci si potrebbe chiedere se si sia in presenza della condizione prevista dall'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF, norma da interpretare in maniera restrittiva e le cui condizioni sono esaminate liberamente dal Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 1.3.2). In effetti, nell'ipotesi in cui il Tribunale federale, in accoglimento del ricorso, dovesse confermare la carenza di legittimazione del vicino, ciò comporterebbe una decisione finale. Ora, rilevato che questa conclusione non è manifesta, decisivo è il fatto che il ricorrente, contrariamente all'obbligo impostogli dall'art. 42 LTF, neppure sostiene che l'accoglimento del gravame eviterebbe una procedura defatigante o dispendiosa, né una siffatta conseguenza è ravvisabile in concreto (<ref-ruling> consid. 1.2.3 e 1.2.4; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 412; sentenze 1C_168/2010 del 31 marzo 2010 consid. 2; 1C_251/2008 del 16 dicembre 2008 consid. 2.5). La criticata decisione potrà pertanto essere impugnata, se del caso, mediante ricorso contro la decisione finale (art. 93 cpv. 3 LTF).
3. Ne segue che il ricorso è inammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle patrocinatrici delle parti, al Municipio di X._, al Dipartimento del territorio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.