Faits:
A. A._ est titulaire d'un permis de conduire des motocycles de cylindrée supérieure à 125 cm3. Il n'a pas d'antécédents connus en matière de circulation routière.
Le 3 septembre 2007 à 22h54, il circulait sur la route du Pas-de-l'Echelle, en direction de la frontière franco-suisse, au guidon d'un motocycle. Il roulait à une vitesse de 68 km/h, marge de sécurité déduite, sur un tronçon où la vitesse maximale autorisée est de 50 km/h.
Le 11 décembre 2007 à 18h09, il circulait sur un tronçon rectiligne de la route de Frontenex, à Genève, en direction de la route de Vandoeuvres, au guidon d'un motocycle. Il pleuvait et la chaussée était mouillée. A la hauteur du n° 76 de la route de Frontenex, il n'a pas vu à temps un piéton qui traversait sur un passage de sécurité. Il a alors effectué un freinage d'urgence, qui a entraîné la chute de sa moto. Lors de cette chute, le piéton a été heurté et est également tombé. A._ a eu la clavicule droite fracturée tandis que le piéton a eu des contusions à l'épaule droite. Ce dernier a déclaré à la gendarmerie que le motocycliste roulait à une vitesse "normale". A._ a indiqué pour sa part qu'il roulait doucement et n'avait pas vu "assez vite" le piéton, habillé en noir.
Par décision du 25 février 2008, l'Office cantonal des automobiles et de la navigation du canton de Genève (ci-après: l'Office cantonal) a retiré le permis de conduire de l'intéressé pour une durée de trois mois, en raison tant du dépassement de vitesse du 3 septembre 2007 que de l'accident du 11 décembre 2007. L'autorité a notamment retenu que l'inattention et le refus de priorité à un piéton engagé sur un passage de sécurité étaient constitutifs d'une infraction grave aux règles de la circulation routière, entraînant un retrait d'une durée de trois mois au moins, minimum dont il n'y avait pas lieu de s'écarter au vu de l'ensemble des circonstances et en particulier de l'absence d'antécédents de l'intéressé.
Le 18 février 2008, le Procureur général du canton de Genève (ci-après: le Procureur général) a reconnu A._ coupable de violation simple des règles de la circulation routière pour les faits du 11 décembre 2007 et l'a condamné à une peine pécuniaire de 11 jours-amende avec sursis pendant trois ans.
B. Par arrêt du 13 janvier 2009, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de l'intéressé contre la décision de l'Office cantonal du 25 février 2008. Il a considéré en substance que l'intéressé avait commis une infraction grave aux règles de la circulation routière le 11 décembre 2007, en violant son devoir particulier de prudence. Au demeurant, comme l'ordonnance du Procureur général n'avait pas été rendue au terme d'une enquête approfondie, le Tribunal pouvait s'écarter des conclusions du juge pénal.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 13 janvier 2009, de dire que l'infraction qu'il a commise est moyennement grave et qu'en conséquence la durée du retrait de son permis de conduire est limitée au minimum légal, soit à un mois.
Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Office cantonal a renoncé à déposer des observations.
Par ordonnance du 17 avril 2009, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif du recourant.
L'Office fédéral des routes a proposé le rejet du recours.
Le recourant a répliqué le 9 juin 2009, confirmant les conclusions prises dans son mémoire de recours.

Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des <ref-law>, est ouverte contre une décision de dernière instance cantonale relative à une mesure administrative de retrait du permis de conduire. Déposé en temps utile (<ref-law>) et en la forme prévue (<ref-law>), par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (<ref-law>), le présent recours est recevable.
2. Selon le recourant, le Tribunal administratif est tombé dans l'arbitraire en s'écartant sans raison de la qualification juridique des faits effectuée par l'autorité pénale.
2.1 Le jugement pénal ne lie en principe pas l'autorité administrative. Afin d'éviter dans la mesure du possible des décisions contradictoires, la jurisprudence a admis, s'agissant de se prononcer sur l'existence d'une infraction, que l'autorité administrative ne devait pas s'écarter sans raison sérieuse des faits constatés par le juge pénal ni de ses appréciations juridiques qui dépendent fortement de l'établissement des faits, en particulier lorsque le jugement pénal a été rendu au terme d'une procédure publique ordinaire au cours de laquelle les parties ont été entendues et des témoins interrogés (<ref-ruling> consid. 1c/bb p. 106; <ref-ruling> consid. 3c/aa p. 100; <ref-ruling> consid. 3a p. 217; <ref-ruling> consid. 3c/aa p. 164). L'autorité administrative ne peut dès lors s'écarter du jugement pénal que si elle est en mesure de fonder sa décision sur des constatations de fait que le juge pénal ne connaissait pas ou qu'il n'a pas prises en considération, s'il existe des preuves nouvelles dont l'appréciation conduit à un autre résultat, si l'appréciation à laquelle s'est livré le juge pénal se heurte clairement aux faits constatés ou si ce dernier n'a pas élucidé toutes les questions de droit, en particulier celles qui touchent à la violation des règles de la circulation (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 315 et les arrêts cités). Cette dernière hypothèse recouvre notamment le cas où le juge pénal a rendu sa décision sur la seule base du dossier, sans procéder lui-même à des débats (<ref-ruling> consid. 4b p. 315).
2.2 En l'espèce, l'ordonnance du Procureur général du 18 février 2008, qui a reconnu le recourant coupable de violation simple des règles de la circulation routière, s'appuie uniquement sur le dossier de la gendarmerie; le Procureur général n'a entendu ni les parties, ni des témoins, et n'a pas procédé à de plus amples mesures probatoires. Son appréciation juridique ne dépend donc pas étroitement de faits qu'il connaîtrait de manière plus approfondie que l'autorité administrative. L'Office cantonal, qui disposait du même dossier, ainsi que le Tribunal administratif, étaient dès lors libres de procéder à leur propre appréciation juridique des faits pertinents. Le grief doit ainsi être rejeté.
3. Le recourant soutient que la Cour cantonale a violé les dispositions de la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière (LCR; RS 741.01), en particulier l'<ref-law> (infraction moyennement grave). Il reconnaît avoir heurté un piéton qui se trouvait sur un passage de sécurité. Il fait toutefois valoir que son attitude et son comportement constituent une mise en danger moyennement grave précédée d'une faute légère à moyennement grave. C'est donc à tort que le Tribunal administratif a retenu qu'il avait commis une faute grave (cf. <ref-law>).
3.1 La LCR distingue les infractions légères, moyennement graves et graves (art. 16a - c LCR). Selon l'<ref-law>, commet une infraction légère la personne qui, en violant les règles de la circulation, met légèrement en danger la sécurité d'autrui et à laquelle seule une faute bénigne peut être imputée. En cas d'infraction particulièrement légère, il est renoncé à toute mesure administrative (<ref-law>). Dans les autres cas, il ne peut être renoncé au retrait du permis du conducteur fautif au profit d'un avertissement seulement si, au cours des deux dernières années, le permis ne lui a pas été retiré et qu'aucune autre mesure administrative n'a été prononcée (art. 16a al. 2 et 3 LCR). Commet une infraction moyennement grave selon l'<ref-law> la personne qui, en violant les règles de la circulation, crée un danger pour la sécurité d'autrui ou en prend le risque. Dans cette hypothèse, le permis est retiré pour un mois au minimum (<ref-law>). Commet une infraction grave selon l'<ref-law> la personne qui, en violant gravement les règles de la circulation, met sérieusement en danger la sécurité d'autrui ou en prend le risque. Conformément à l'<ref-law>, le permis de conduire est retiré pour trois mois au minimum après une infraction grave.
Le législateur conçoit l'<ref-law> comme l'élément dit de regroupement. Cette disposition n'est ainsi pas applicable aux infractions qui tombent sous le coup des art. 16a al. 1 let. a et 16c al. 1 let. a LCR. Dès lors, l'infraction est toujours considérée comme moyennement grave lorsque tous les éléments constitutifs qui permettent de la privilégier comme légère ou au contraire de la qualifier de grave ne sont pas réunis. Tel est par exemple le cas lorsque la faute est grave et la mise en danger bénigne ou, inversement, si la faute est légère et la mise en danger grave (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 141; arrêt 6A.16/2006 du 6 avril 2006 consid. 2.1.1, in JdT 2006 I 442).
3.2 L'<ref-law> prévoit que le conducteur doit rester constamment maître de son véhicule de façon à pouvoir se conformer aux devoirs de la prudence. Selon l'<ref-law>, la vitesse doit toujours être adaptée aux circonstances, notamment aux particularités du véhicule et du chargement, ainsi qu'aux conditions de la route, de la circulation et de la visibilité. Par ailleurs, en vertu de l'<ref-law>, le conducteur facilitera aux piétons la traversée de la chaussée (al. 1). Avant les passages pour piétons, le conducteur circulera avec une prudence particulière et, au besoin, s'arrêtera pour laisser la priorité aux piétons qui se trouvent déjà sur le passage ou s'y engagent (al. 2). Le conducteur doit vouer à la route et au trafic toute l'attention possible, le degré de cette attention devant être apprécié au regard de toutes les circonstances, telles que la densité du trafic, la configuration des lieux, l'heure, la visibilité et les sources de danger prévisibles (<ref-ruling> consid. 2b p. 104). La "prudence particulière" avant les passages pour piétons que doit adopter le conducteur selon l'<ref-law> signifie qu'il doit porter une attention accrue à ces passages protégés et à leurs abords par rapport au reste du trafic et être prêt à s'arrêter à temps si un piéton traverse la chaussée ou en manifeste la volonté (arrêt 6S.96/2006 du 3 avril 2006 consid. 2.2, in JdT 2006 I 439; cf. <ref-ruling> consid. 4b p. 291 s.; <ref-ruling> consid. 1a p. 285).
4. 4.1 Dans le cas particulier, la Cour cantonale a relevé qu'il ressortait des faits de la cause - qui lient le Tribunal fédéral (cf. <ref-law>) - que le piéton était déjà engagé sur le passage au moment de l'accident, de telle sorte qu'on ne pouvait lui reprocher de s'y être lancé à l'improviste. Le recourant ne circulait pas à une vitesse excessive. Toutefois, malgré le fait que la route était rectiligne, il n'a pas été en mesure de voir suffisamment tôt le piéton pour ralentir et s'arrêter normalement afin de lui accorder la priorité. Il a dû effectuer un freinage d'urgence qui, la chaussée étant mouillée, a entraîné la chute de la moto et son heurt avec le piéton. Le recourant n'était donc pas suffisamment attentif, compte tenu des mauvaises conditions au moment des faits, pour pouvoir réagir en temps utile et éviter un accident; un piéton vêtu de sombre, en hiver, par temps de pluie et traversant, à la nuit tombée, en milieu urbain, une chaussée mouillée sur un passage protégé, n'était notoirement pas un événement inhabituel. Il avait donc violé son devoir particulier de prudence, ce que le Tribunal administratif a qualifié de faute grave au sens de l'<ref-law>.
4.2 Le recourant admet la réalisation d'une mise en danger objective, dans la mesure où il a effectivement heurté un piéton qui se trouvait sur un passage protégé. Il apparaît en l'occurrence qu'il a mis sérieusement en danger la sécurité d'autrui au sens de l'<ref-law>, le piéton ayant chuté et souffert de contusions à l'épaule droite; il est au demeurant notoire que le fait de renverser un piéton peut avoir des conséquences tragiques.
Le recourant allègue toutefois que son comportement n'est pas constitutif d'une violation crasse des dispositions de la LCR. Il roulait à une vitesse inférieure à 50 km/h, compte tenu du fait qu'il faisait nuit et que la chaussée était mouillée; la lumière des phares des véhicules qui circulaient en sens inverse ainsi que le fait que le piéton était vêtu de sombre contribuaient à augmenter les difficultés de perception. Il a réagi promptement au moment où il a aperçu le piéton mais son freinage d'urgence ne lui a pas permis de l'éviter.
4.3 D'après la jurisprudence, la faute d'un conducteur qui a heurté une personne engagée sur un passage piétons en ne s'arrêtant pas à temps ne peut être qualifiée de légère (arrêt 6A.43/2000 du 22 août 2000 et arrêt 6A.83/2000 du 31 octobre 2000). Le Tribunal fédéral a également retenu qu'un conducteur qui n'avait pas remarqué qu'une colonne de véhicules s'était formée devant lui, à un carrefour à feux, et avait embouti le véhicule qui le précédait, avait commis une faute moyennement grave (arrêt 1C_75/2007 du 13 septembre 2007; cf. également <ref-ruling>). Commet en revanche une faute grave le conducteur qui, ébloui plusieurs fois par le soleil, continue de circuler à 55 km/h à l'intérieur d'une localité, en particulier sur un passage pour piétons, sans visibilité (arrêt 6S.628/2001 du 29 novembre 2001).
En l'espèce, il n'est pas contesté que la vitesse du recourant n'était pas adaptée (nuit, chaussée mouillée, pluie) et que celui-ci a violé son devoir particulier de prudence, puisqu'il n'a pas réussi à éviter le piéton qui était déjà engagé sur le passage sécurisé. Conformément à la jurisprudence précitée, sa faute ne saurait être qualifiée de légère - ce qu'il ne prétend d'ailleurs pas -. Il reste à examiner si c'est à juste titre que la Cour cantonale a considéré qu'il s'était rendu coupable d'une faute grave. Le recourant a commis une double infraction aux règles de la circulation routière, dans la mesure où, n'ayant pas adapté sa vitesse aux circonstances, il a perdu la maîtrise de son véhicule et violé la priorité au piéton. Il reconnaît lui-même que les conditions de circulation n'étaient pas favorables, ce qui aurait dû l'inciter à plus de prudence, ce d'autant qu'il roulait en pleine agglomération, à l'heure de la sortie des bureaux. Si un conducteur a le devoir de se montrer particulièrement prudent devant un passage pour piétons lorsque les conditions de route, de circulation et de visibilité sont bonnes, il l'a à plus forte raison dans un cas comme celui-ci; un degré de prudence supérieur au sens de l'<ref-law> devait donc pouvoir être exigé du recourant. On peut donc considérer que, dans le cas particulier, outre qu'il a mis sérieusement en danger la sécurité d'autrui, le recourant a gravement violé les règles de circulation. Dans ces circonstances, le Tribunal administratif n'a pas violé le droit fédéral en retenant que le recourant avait commis une infraction grave au sens de l'<ref-law>; le recours doit donc être rejeté.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service des automobiles et de la navigation et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 11 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard