A.- Gestützt auf eine Meldung der kantonalen Steuerverwaltung, Abteilung Direkte Bundessteuer, vom 23. September 1992, wonach K._ (geb. 1923) am 31. Dezember 1990 einen Liquidationsgewinn von Fr. 1'000'000. - erzielt habe, erhob die Ausgleichskasse des Kantons Thurgau mit Verfügung vom 13. Oktober 1992 (nach Abzug des Rentner- Freibetrages von Fr. 14'400. -) einen AHV/IV/EO-Sonderbeitrag von Fr. 93'632. 40 (zuzüglich Verwaltungskosten). Mit der Begründung, eine Rückfrage bei der Steuerverwaltung habe ergeben, dass eine rechtskräftige Steuerveranlagung nicht vorliege, teilte die Kasse dem Rechtsvertreter der K._ mit Schreiben vom 30. Oktober 1992 mit, dass die Beitragsverfügung vom 13. Oktober 1992 "einstweilen sistiert" werde. Wiedererwägungsweise kam die Ausgleichskasse am 10. November 1992 auf ihre Verfügung vom 13. Oktober 1992 zurück und ersetzte diese durch eine neue, in welcher sie festhielt, dass das Jahr 1990 beitragsfrei sei.
Nachdem die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau eine von K._ gegen die Veranlagungsverfügung der kantonalen Steuerbehörde vom 30. November 1992 (über einen steuerbaren Kapitalgewinn von Fr. 904'000. -) erhobene Beschwerde gutgeheissen hatte (Entscheid vom 7. September 1993), gelangte die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht, das die Sache mit Urteil vom 15. August 1995 zur Neubeurteilung an die Steuerrekurskommission zurückwies. Am 25. April 1996 wies diese die Beschwerde ab, welchen Entscheid das Bundesgericht auf Verwaltungsgerichtsbeschwerde der K._ hin bestätigte (Urteil vom 15. Juni 1998). In der Folge verpflichtete die Ausgleichskasse K._ mit Verfügung vom 14. April 1999, ausgehend von einem beitragspflichtigen Einkommen von Fr. 1'000'000. - und unter Anrechnung des Rentner-Freibetrages (Fr. 14'400. -), zur Bezahlung eines Sonderbeitrages in der Höhe von Fr. 93'632. 40 (zuzüglich
Verwaltungskosten).
B.- Die von K._ hiegegen mit dem Antrag auf Aufhebung der Verfügung vom 14. April 1999 und eventualiter auf Rückweisung der Sache an die Ausgleichskasse erhobene Beschwerde wies die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 29. Oktober 1999 ab.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt K._ das Rechtsbegehren stellen, der kantonale Entscheid und die Verfügung vom 14. April 1999 seien vollumfänglich aufzuheben, eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Während die Ausgleichskasse unter Hinweis auf ihre im vorinstanzlichen Verfahren eingereichten Rechtsschriften auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, lässt sich das Bundesamt für Sozialversicherung nicht vernehmen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Da keine Versicherungsleistungen streitig sind, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob der vorinstanzliche Entscheid Bundesrecht verletzt, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
Ferner ist Art. 114 Abs. 1 OG zu beachten, wonach das Eidgenössische Versicherungsgericht in Abgabestreitigkeiten an die Parteibegehren nicht gebunden ist, wenn es im Prozess um die Verletzung von Bundesrecht oder um die unrichtige oder unvollständige Feststellung des Sachverhalts geht.
2.- Es steht fest und ist unbestritten, dass auf dem von der Beschwerdeführerin im Jahre 1990 erzielten Liquidationsgewinn grundsätzlich ein Sonderbeitrag im Sinne von Art. 23bis AHVV zu erheben ist. Wie bereits im kantonalen Verfahren macht die Beschwerdeführerin indessen geltend, die Beitragsforderung sei verwirkt, und bestreitet eventualiter deren Höhe.
3.- a) Nach Art. 16 Abs. 1 AHVG können Beiträge, die nicht innert fünf Jahren seit Ablauf des Kalenderjahres, für welches sie geschuldet sind, durch Verfügung geltend gemacht werden, nicht mehr eingefordert oder entrichtet werden (Satz 1). Für Beiträge, die aufgrund einer Nachsteuerveranlagung festgesetzt werden, beginnt die Frist mit dem Ablauf des Kalenderjahres, in welchem die Nachsteuer rechtskräftig veranlagt wurde (Satz 2 in der vorliegend anwendbaren [lit. b Abs. 1 der Übergangsbestimmungen der 10. AHV-Revision], bis 31. Dezember 1996 geltenden Fassung). Wird eine Nachforderung aus einer strafbaren Handlung hergeleitet, für welche das Strafrecht eine längere Verjährungsfrist festsetzt, ist diese Frist massgebend (Satz 3).
Entgegen dem Randtitel "Verjährung" handelt es sich bei der Bestimmung des Art. 16 Abs. 1 AHVG um eine Vorschrift mit Verwirkungsfolge (<ref-ruling> Erw. 2b mit Hinweisen; AHI 1993 S. 243 Erw. 3). Die Frist für die Beitragsfestsetzung kann somit weder unterbrochen werden noch stillstehen (<ref-ruling> Erw. 3b mit Hinweisen; Käser, Unterstellung und Beitragswesen in der obligatorischen AHV, 2. Aufl. , Bern 1996, S. 333 Rz 16.2).
Nach der Rechtsprechung ist bei rechtzeitiger Zustellung der Verfügung die Verwirkung für die Beitragsfestsetzung ein für alle Mal ausgeschlossen. Ihre die Verwirkung ausschliessende Kraft behält die rechtzeitig zugestellte Verfügung selbst dann, wenn sie nach Fristablauf vom Gericht oder wiedererwägungsweise von der Verwaltung aufgehoben wird und durch eine andere ersetzt werden muss; jedoch dürfen mit der berichtigenden Verfügung keine höheren als die fristgemäss verfügten Beiträge einverlangt werden (ZAK 1992 S. 316 Erw. 4a; EVGE 1965 S. 232; Käser, a.a.O., S. 335 Rz 16.6; vgl. auch Rz 4030 f. der Wegleitung des Bundesamtes für Sozialversicherung über den Bezug der Beiträge [WBB]).
b) Nach der bis Ende 1996 geltenden Fassung des Art. 16 Abs. 2 Satz 1 AHVG erlosch die gemäss Abs. 1 geltend gemachte Beitragsforderung drei Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in welchem sie rechtskräftig wurde. Diese Bestimmung wurde im Rahmen der 10. AHV-Revision dahingehend abgeändert, dass die Frist für die Vollstreckungsverwirkung neu fünf Jahre beträgt. In ihrer neuen Fassung gilt die Norm gemäss lit. b Abs. 2 der Übergangsbestimmungen der 10. AHV-Revision für Beitragsforderungen, welche bei Inkrafttreten dieser Gesetzesänderung am 1. Januar 1997 nicht erloschen waren.
4.- Mit der Verfügung vom 13. Oktober 1992, in welcher die Ausgleichskasse für das Jahr 1990 einen Sonderbeitrag von Fr. 93'632. 40 (zuzüglich Verwaltungskosten) erhob, wurde die Verwirkung für die Beitragsfestsetzung im verfügten Umfange ausgeschlossen. Wiedererwägungsweise kam die Ausgleichskasse indessen am 10. November 1992 auf diese Verfügung zurück und ersetzte sie, wie im Text der Verfügung vom 10. November 1992 ausdrücklich erwähnt ist, durch eine neue. In dieser zweiten Verfügung betreffend den für das Jahr 1990 geschuldeten Sonderbeitrag setzte die Ausgleichskasse in der Rubrik "Beitragspflichtiges jährl. Einkommen Fr." die Zahl 0 ein und brachte unter dem Titel "Zu entrichtende Beiträge" die Vermerke "BEITRAGSFREI" und "ENTFÄLLT" an.
5.- a) Die Vorinstanz hat (im Wesentlichen in Übereinstimmung mit der von der Ausgleichskasse im kantonalen Verfahren vorgebrachten Argumentation) erwogen, die mit der zweiten Verfügung erfolgte Wiedererwägung könne gestützt auf die Rechtsprechung gemäss ZAK 1992 S. 316 Erw. 4a die Tatsache, dass bereits zuvor der Beitragsanspruch rechtzeitig im Sinne von Art. 16 Abs. 1 AHVG geltend gemacht worden sei, nicht aus der Welt schaffen. Die vorerst gültige, der Beschwerdeführerin rechtzeitig zugestellte Verfügung habe die Rechtswirkung, dass die Verwirkung ein für alle Mal bis zur Höhe der ursprünglich geforderten Beitragssumme nicht mehr eintreten könne und zwar unbeschieden des rechtlichen Schicksales, dem die Verfügung später unterworfen sei. Da somit die erste Verfügung vom 13. Oktober 1992 als massgebend für die fristgerechte Geltendmachung des Anspruches zu bezeichnen sei, bilde auch die in diesem Rahmen festgesetzte Beitragsforderung Grundlage dafür, dass nach Ablauf der Verwirkungsfrist kein höherer als der rechtzeitig geltend gemachte Beitrag eingefordert werden könne. Nicht von Bedeutung sei daher die - aus welchen Gründen auch immer - mit Verfügung vom 10. November 1992 erfolgte Festsetzung eines Beitrages von Fr. 0. Im Übrigen habe die Beschwerdeführerin, da ihr bekannt gewesen sei, dass die Ausgleichskasse die definitive Erhebung des Sonderbeitrages vom Ausgang des Steuerjustizverfahrens abhängig gemacht und die Sache bis zum Vorliegen einer rechtskräftigen Steuerveranlagung sistiert gehalten habe, nicht davon ausgehen können, die Ausgleichskasse habe mit der Verfügung vom 10. November 1992 zu erkennen geben wollen, es bestünde keine Beitragspflicht. Ebenso wenig sei schliesslich die Beitragsvollstreckungsverwirkung eingetreten, weil der materielle Anspruch durch die Verfügung vom 13. Oktober 1992 nicht bestimmt festgesetzt worden sei, was indessen für den Beginn des Fristenlaufes vorausgesetzt wäre.
b) In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird geltend gemacht, die berichtigende Verfügung vom 10. November 1992 enthalte die in ZAK 1992 S. 314 verlangte Einschränkung, wonach eine materielle Wirkung ausgeschlossen sei, nicht und könne nur so verstanden werden, dass die ursprüngliche Verfügung und damit auch deren die Verwirkung ausschliessende Kraft aufgehoben sei. Es gehe nicht an, zwei Verfügungen, obwohl inhaltlich (mit Ausnahme der Beitragshöhe) gleich lautend, unterschiedliche Wirkungen zuzugestehen. Wenn die Kasse mit der Verfügung vom 13. Oktober 1992 die Beiträge festgesetzt habe und in diesem Umfang die Verwirkung ausgeschlossen sei, so komme dieselbe Rechtsfolge ganz selbstverständlich auch der Verfügung vom 10. November 1992 zu. Dies könne nichts anderes bedeuten, als dass die Beitragsverfügung auch inhaltlich aufgehoben worden sei. Wäre dem Verwaltungsakt vom 10. November 1992 lediglich die Bedeutung einer "Sistierung der Verfügung vom Oktober 1992" zugekommen, hätte dieser anders lauten müssen. Im Übrigen sei auch die Vollstreckungsverwirkung längst eingetreten.
6.- a) Der Beschwerdeführerin ist insofern beizupflichten, als der Wortlaut der Verfügung vom 10. November 1992, wonach das Jahr 1990 beitragsfrei sei und entfalle, annehmen liesse, dass die Ausgleichskasse die Verfügung vom 13. Oktober 1992 ersatz- und vorbehaltlos aufheben wollte. Zwar änderte eine solche vorbehaltlose Aufhebung der Beitragsverfügung nichts an der Tatsache der Geltendmachung, wie im angefochtenen Entscheid in Anlehnung an EVGE 1965 S. 236 insoweit zutreffend ausgeführt wird. Ob aber - wovon die Vorinstanz ausgegangen ist - die an die erste Verfügung geknüpfte Rechtswirkung des Verwirkungsausschlusses trotz vorbehaltloser Aufhebung der Verfügung aufrechterhalten bliebe, erscheint fraglich, kann indessen offen gelassen werden. Denn nach richtigem, sich nicht auf den Wortlaut, sondern auf den allein massgebenden tatsächlichen rechtlichen Gehalt der Verfügung stützendem Verständnis (<ref-ruling> Erw. 1a mit Hinweisen; SVR 1998 ALV Nr. 5 S. 16
Erw. 1c)liegt keine vorbehaltlose Verfügungsaufhebung vor.
Die Kasse hatte der Beschwerdeführerin bereits am 30. Oktober 1992 mitgeteilt, dass sie die Verfügung wegen Fehlens einer rechtskräftigen Steuerveranlagung "einstweilen sistiere". Gestützt hierauf musste die Beschwerdeführerin die 11 Tage später (am 10. November 1992) ergangene Verfügung als Anordnung eines vorläufigen Beitragsvollstreckungsverzichts verstehen. Aufgrund der konkreten Umstände, insbesondere ihres auf dem Schreiben vom 30. Oktober 1992 basierenden Wissens um das von der Ausgleichskasse tatsächlich Gewollte durfte die Beschwerdeführerin nicht annehmen, die Ausgleichskasse habe mit dem Erlass der zweiten Verfügung auf jegliche Beitragserhebung verzichten wollen. Zu keiner anderen Betrachtungsweise vermag zu führen, dass es für die Verwaltung ein Einfaches gewesen wäre, in der Verfügung klar und unmissverständlich zum Ausdruck zu bringen, dass sie nur einen vorläufigen Beitragsvollstreckungsverzicht anordnen wollte, hätte sie sich doch hiefür eines entsprechenden Hinweises daselbst oder eines Begleitschreibens bedienen können.
b) Wurde die Beitragsverwirkungsfrist mit der am 13. Oktober 1992 erlassenen Verfügung nach dem Gesagten gewahrt, ist die Verfügung vom 14. April 1999, in welcher derselbe Betrag wie in der ersten Verfügung erhoben wurde, rechtzeitig erlassen worden. Ebenso wenig ist die vorliegend anwendbare fünfjährige Frist für die Vollstreckungsverwirkung (vgl. Erw. 3b hievor), welche erst mit Eintritt der Rechtskraft der Verfügung zu laufen beginnt, verstrichen.
7.- a) Zu prüfen bleibt die Höhe des Sonderbeitrages. Die Beschwerdeführerin beanstandet, dass diese nicht nach der privilegierten Berechnung gemäss Art. 23ter AHVV (in der bis 31. Dezember 1994 geltenden und vorliegend anwendbaren Fassung) ermittelt wurde. Dabei ist unbestritten und aufgrund der Akten erstellt, dass die Beschwerdeführerin (geb. 1923) die hiefür gemäss Art. 23ter Abs. 1 lit. a AHVV erforderliche Voraussetzung, dass sie im Zeitpunkt der Erzielung des Kapitalgewinnes (1990) das 50. Altersjahr vollendet hatte, erfüllt. Streitig ist einzig, ob diese Berechnungsart vorliegend ausser Betracht fällt, weil es an der von der Rechtsprechung gemäss ZAK 1990 S. 342 Erw. 4a statuierten Voraussetzung, dass dem Kapitalgewinn eine selbstständige Erwerbstätigkeit des Sonderbeitragsschuldners zugrunde liegen muss, gebricht, wovon die Vorinstanz ausgegangen ist.
b) Als der Ehemann von K._ bei seinem Tod im Jahre 1985 ausschied aus der Kollektivgesellschaft, die unter dem Namen Altersheim X._ auf der Liegenschaft Grundbuch Y._, Parzelle Nr. Z._, ein Altersheim führte, übernahm K._ gemäss Erbteilungsvertrag mit ihren Söhnen dessen Miteigentumsanteil am erwähnten Grundstück. Wie das Bundesgericht in seinem Urteil vom 15. Juni 1998 erkannt hat, stellt dieser Anteil bis zur Auflösung der Gesellschaft im Jahre 1990 Geschäftsvermögen dar und war K._ aus steuerrechtlicher Sicht bis zur Liquidation der Kollektivgesellschaft Ende 1990, auch wenn sie zur Erreichung des gemeinsamen Erwerbszwecks nur mit einer Einlage beigetragen hatte, als selbstständig erwerbstätig zu betrachten (Urteil des Bundesgerichtes vom 15. Juni 1998).
Nicht anders verhält es sich unter sozialversicherungsrechtlichen Gesichtspunkten: Gemäss Art. 9 Abs. 1 AHVG gilt als Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit jedes Erwerbseinkommen, das nicht Entgelt für in unselbstständiger Stellung geleistete Arbeit darstellt. Dazu gehören nach Art. 17 lit. c AHVV (in der bis Ende 1994 gültig gewesenen, hier anwendbaren Fassung) in Verbindung mit Art. 20 Abs. 3 AHVV auch die Anteile der Teilhaber von Kollektiv- und Kommanditgesellschaften sowie von andern auf einen Erwerbszweck gerichteten Personengesamtheiten ohne juristische Persönlichkeit, soweit sie den gemäss Art. 18 Abs. 2 AHVV zum Abzug zugelassenen Zins übersteigen.
Nach der geltenden, sich im Rahmen des Gesetzes haltenden Regelung sind sämtliche Teilhaber von Kollektivgesellschaften für ihre Anteile am Einkommen der Personengesamtheit der Beitragspflicht aus selbstständiger Erwerbstätigkeit unterstellt. Wie das Eidgenössische Versicherungsgericht erkannt hat, setzt die Beitragspflicht nicht voraus, dass der Gesellschafter persönliche Arbeitsleistungen erbringt (AHI 1996 S. 91 Erw. 2a mit Hinweisen).
c) Ist demnach auch sozialversicherungsrechtlich davon auszugehen, dass K._ bis Ende 1990 eine selbstständige Erwerbstätigkeit ausübte, ist die für die privilegierte Berechnungsweise gemäss Art. 23ter AHVV rechtsprechungsgemäss (ZAK 1990 S. 342 Erw. 4a; vgl. auch AHI 1993 S. 231) erforderliche Voraussetzung, dass dem Kapitalgewinn oder der Wertvermehrung eine selbstständige Erwerbstätigkeit des Sonderbeitragsschuldners zugrunde liegt, erfüllt. Die Sache ist deshalb an die Ausgleichskasse zurückzuweisen, damit sie den von der Beschwerdeführerin geschuldeten Sonderbeitrag nach Massgabe des Art. 23ter AHVV berechne und hierüber erneut verfüge.
8.- Das Verfahren ist kostenpflichtig, da es nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen geht (Art. 134 OG e contrario). Entsprechend dem Ausgang des Prozesses sind die Kosten zu 4/5 von der Beschwerdeführerin und zu 1/5 von der Ausgleichskasse des Kantons Thurgau zu tragen (Art. 135 in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1 und 3 OG). Im Weitern steht der teilweise obsiegenden Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung zulasten der Kasse zu (Art. 135 in Verbindung mit Art. 159 Abs. 3 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass der Entscheid der AHV/IV- Rekurskommission des Kantons Thurgau vom 29. Oktober 1999 und die Verfügung der Ausgleichskasse des Kantons Thurgau vom 14. April 1999 aufgehoben werden und die Sache an die Kasse zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den von der Beschwerdeführerin für das Jahr 1990 geschuldeten Sonderbeitrag neu verfüge.
II.Die Gerichtskosten betragen Fr. 4500. - und werden zu 4/5 (Fr. 3600. -) der Beschwerdeführerin und zu 1/5 (Fr. 900. -) der Ausgleichskasse des Kantons Thurgau auferlegt. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 4500. - wird der Beschwerdeführerin im Umfange von Fr. 900. - zurückerstattet.
III. Die Ausgleichskasse des Kantons Thurgau hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 500. - (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 5. September 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: