vom 5. Dezember 2000), hat sich ergeben:
A.- X._ ist Eigentümer der Parzelle Nr. ...
in A._, welche ausserhalb der Bauzone liegt. Das darauf erstellte Ferienhaus besteht aus einem Wohnzimmer, einem Schlafzimmer, einem WC, einer Dusche, einer Küche sowie einer geschlossenen und einer offenen Veranda. Das verschmutzte Abwasser versickert zum grössten Teil unbehandelt im Boden.
Mit Verfügung vom 28. September 1989 verpflichtete der Gemeinderat A._ X._, das Ferienhaus bis am 1. Dezember 1989 an die öffentliche Kanalisation anzuschliessen.
Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies der Regierungsrat des Kantons Glarus am 11. August 1998 ab.
Die von X._ gegen den Entscheid des Regierungsrates eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus am 5. Dezember 2000 ab.
B.- X._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, er sei von der Anschlusspflicht an die öffentliche Kanalisation zu befreien; die Abwasser seien in einer abflusslosen Stapelgrube zu sammeln oder in einer naturnahen Kläranlage zu reinigen.
C.- Das Verwaltungsgericht beantragt unter Hinweis auf die Begründung seines Entscheids die Abweisung der Beschwerde.
Der Regierungs- und der Gemeinderat haben sich vernehmen lassen je mit dem Antrag, die Beschwerde abzuweisen.
Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft hat eine Vernehmlassung eingereicht. Es kommt zum Schluss, dass das Urteil des Verwaltungsgerichtes mit dem Gewässerschutzrecht des Bundes in Einklang steht.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Vorinstanz hat als letzte kantonale Instanz entschieden. Sie stützt ihr Urteil auf Art. 11 des Gewässerschutzgesetzes vom 24. Januar 1991 (GSchG; SR 814. 20), also auf öffentliches Recht des Bundes. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist zulässig. Die Eintretensvoraussetzungen geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass.
b) Das neue Gewässerschutzgesetz vom 24. Januar 1991 ist am 1. November 1992 und somit während der Hängigkeit der Sache beim Regierungsrat in Kraft getreten. Entsprechend den erheblichen öffentlichen Interessen, denen das neue Gesetz dient, ist es auch in hängigen Verfahren zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 3a mit Hinweis). Zu Recht haben deshalb - was unstreitig ist - der Regierungsrat und die Vorinstanz das neue Gewässerschutzgesetz angewandt.
2.- a) <ref-law> regelt die Pflicht zum Anschluss an die öffentliche Kanalisation. Gemäss Abs. 1 muss im Bereich öffentlicher Kanalisationen das verschmutzte Abwasser in die Kanalisation eingeleitet werden. Nach Abs. 2 umfasst der Bereich öffentlicher Kanalisationen: (a) Bauzonen; (b) weitere Gebiete, sobald für sie eine Kanalisation erstellt worden ist; (c) weitere Gebiete, in welchen der Anschluss an die Kanalisation zweckmässig und zumutbar ist.
Gemäss Art. 12 Abs. 1 der Gewässerschutzverordnung vom 28. Oktober 1998 (GSchV; SR 814. 201) ist der Anschluss von verschmutztem Abwasser an die öffentliche Kanalisation ausserhalb von Bauzonen im Sinne von <ref-law> zweckmässig, wenn er sich einwandfrei und mit normalem baulichem Aufwand herstellen lässt; zumutbar, wenn die Kosten des Anschlusses diejenigen für vergleichbare Anschlüsse innerhalb der Bauzone nicht wesentlich überschreiten.
Art. 12 Abs. 1 GSchV entspricht der Rechtsprechung des Bundesgerichts zum alten Gewässerschutzrecht (<ref-ruling> E. 2b/aa und bb, je mit Hinweisen). Diese ist bei der Anwendung von Art. 12 Abs. 1 GSchV deshalb weiterhin zu berücksichtigen.
b) Nach der Feststellung der Vorinstanz liegt das Ferienhaus des Beschwerdeführers rund 120 m von der öffentlichen Kanalisationsleitung entfernt. Der Beschwerdeführer macht geltend, die zu erstellende Anschlussleitung hätte eine Länge von 148 m. Wie es sich damit verhält, kann offen bleiben. Selbst wenn die Angabe des Beschwerdeführers zuträfe, wäre die Anschlussleitung nicht unverhältnismässig lang. Anzeichen dafür, dass der Anschluss des Ferienhauses aufgrund der topographischen oder baugrundspezifischen Verhältnisse nur mit besonderem baulichem Aufwand zu verwirklichen wäre, bestehen nicht. Die erforderliche Untergrabung der Kantonsstrasse stellt kein Hindernis dar, welches den Anschluss übermässig erschwert. Der Anschluss des Ferienhauses des Beschwerdeführers an die öffentliche Kanalisation ist zweckmässig.
c) aa) Wie das Bundesgericht im Jahr 1989 entschied, sind Anschlusskosten von Fr. 5'300.-- pro Einwohnergleichwert (EGW) bei einem allein stehenden, nichtlandwirtschaftlichen Gebäude noch zumutbar (<ref-ruling> E. 2b/cc).
Es verwies (E. 2b/bb S. 32) auf das unveröffentlichte Urteil vom 5. November 1985 in Sachen B. und Mitbeteiligte (A.196/84). Dort hatte das Bundesgericht bei nichtlandwirtschaftlichen Einfamilienhäusern Anschlusskosten von "etwas über Fr. 20'000.--" als zumutbar beurteilt und auf einen Entscheid der Berner Regierung verwiesen, welche bei einem 5-Zimmer-Einfamilienhaus Kosten von Fr. 30'000.-- als zwar hoch, aber nicht offensichtlich unverhältnismässig erachtet hatte (BVR 1981 S. 367).
Die Vorinstanz berücksichtigt weitere kantonale Entscheide: In einem Urteil vom 19. Dezember 1994 führte das Verwaltungsgericht des Kantons Bern aus, es gehe mit der allgemeinen Preisentwicklung einher, dass die mit einem Kanalisationsanschluss verbundenen finanziellen Aufwendungen heute generell höher seien, als dies noch vor einigen Jahren der Fall gewesen sei. Habe die Rechtsprechung bereits im Jahr 1981 Anschlusskosten von Fr. 30'000.-- für ein in der Bauzone gelegenes 5-Zimmer-Einfamilienhaus als zumutbar erachtet (BVR 1981 S. 367) und hätten für ein nichtlandwirtschaftliches Gebäude Kosten von Fr. 5'300.-- pro EGW im Jahr 1989 als verhältnismässig gegolten (<ref-ruling>), gelte dies im Dezember 1994 ebenfalls für Anschlusskosten von insgesamt Fr. 30'000.-- bzw. Fr. 7'500.-- pro EGW für ein Bauernhaus mit vier Zimmern (BVR 1996 S. 25 f.). Im Kanton Appenzell-Ausserrhoden werden nach ständiger Praxis vom Eigentümer nach Abzug allfälliger Subventionen zu tragende Anschlusskosten von rund Fr. 30'000.-- als zumutbar erachtet (AR GVP 8/1996 S. 39).
bb) Mit Schreiben vom 30. September 1996 offerierte die Firma M._ AG die Erstellung des Anschlusses des Ferienhauses des Beschwerdeführers an die öffentliche Kanalisation zu pauschal Fr. 16'000.--. Nach Ansicht des Amtes für Umweltschutz des Kantons Glarus ist diese Offerte realistisch; zum erwähnten Betrag hinzuzurechnen seien noch ca. Fr. 1'040.-- für die Mehrwertsteuer und ein kleiner Betrag für die Ausserbetriebsetzung der Klärgrube.
Nach den Darlegungen der Vorinstanz hat der Beschwerdeführer mit Anschlusskosten von rund Fr. 18'000.-- bis Fr. 20'000.-- zu rechnen. Diese Feststellung ist im Lichte der Offerte der Firma M._ AG aus dem Jahr 1996 und den Erläuterungen des Amtes für Umweltschutz dazu nicht offensichtlich unrichtig; das Bundesgericht ist deshalb daran gebunden (Art. 105 Abs. 2 OG).
Die EGW richten sich in objektivierter Betrachtungsweise nach der möglichen Nutzung des Gebäudes bei voller Auslastung. Das Ferienhaus des Beschwerdeführers verfügt nach den Feststellungen im angefochtenen Urteil über ein Wohnzimmer mit Schlafgelegenheit, ein Schlafzimmer und eine geschlossene innere Veranda; ferner über eine äussere Veranda, welche unbeheizt ist. Das Ferienhaus hat also - nebst Küche, Dusche und WC - drei Innenräume. Es ist das ganze Jahr bewohnbar. Zu Recht weist das kantonale Amt für Umweltschutz darauf hin, dass die Wohnfläche bei einem Ferienhaus, wenn es belegt ist, meist intensiver genutzt wird als bei einem Wohnhaus. In Würdigung dieser Umstände ist es nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz drei EGW annimmt.
Der Beschwerdeführer hat somit pro EGW Anschlusskosten von Fr. 6'000.-- bis rund Fr. 6'700.-- zu tragen. Das ist im Lichte der angeführten Rechtsprechung zumutbar. Wenn das Bundesgericht im Jahr 1989 einen Betrag von Fr. 5'300.-- pro EGW als zumutbar beurteilte, muss das heute angesichts der inzwischen eingetretenen Geldentwertung auch für einen Betrag zwischen Fr. 6'000.-- und Fr. 6'700.-- gelten.
Der Anschluss des Ferienhauses an die Kanalisation ist zumutbar.
d) Da das Ferienhaus nach <ref-law> somit im Bereich öffentlicher Kanalisationen liegt, muss es angeschlossen werden.
3.- Was der Beschwerdeführer vorbringt, ist unbehelflich.
a) Er verweist auf die Möglichkeit, das verschmutzte Abwasser in einer abflusslosen Stapelgrube zu sammeln oder in einer naturnahen Kläranlage zu reinigen.
Eine derartige Lösung kommt nicht in Betracht. Wie dargelegt, muss gemäss <ref-law> im Bereich der öffentlichen Kanalisation das verschmutzte Abwasser in die Kanalisation geleitet werden. Vorbehalten bleibt ein Sonderfall nach <ref-law>. Dass ein solcher vorliege, ist nicht ersichtlich und macht der Beschwerdeführer nicht geltend.
Wie das Bundesgericht wiederholt gesagt hat, beruht die in <ref-law> vorgesehene Anschlusspflicht nicht nur auf Überlegungen der technischen Abwasserbeseitigung, sondern soll auch eine ausgewogene, gemeinschaftliche und rechtsgleiche Finanzierung der für den Gewässerschutz erforderlichen Kanalisations- und Reinigungsanlagen sicherstellen (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen).
b) Der Beschwerdeführer beruft sich auf <ref-law>. Danach ist in abgelegenen oder dünn besiedelten Gebieten das verschmutze Abwasser durch andere Systeme als durch zentrale Abwasserreinigungsanlagen zu behandeln, wenn der Schutz der ober- und unterirdischen Gewässer gewährleistet ist. Diese Bestimmung richtet sich an die Kantone.
Der Beschwerdeführer kann daraus nichts für sich herleiten.
c) Auch aus <ref-law>, wonach ausserhalb des Bereichs öffentlicher Kanalisationen das Abwasser entsprechend dem Stand der Technik zu beseitigen ist, ergibt sich nichts zu Gunsten des Beschwerdeführers. Sein Ferienhaus liegt, wie dargelegt, nicht ausserhalb, sondern im Bereich öffentlicher Kanalisationen.
d) Der Beschwerdeführer bringt vor, andere Liegenschaften seien nicht zum Anschluss verpflichtet worden.
Sinngemäss macht er insoweit einen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht geltend.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung wird der Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht ausnahmsweise anerkannt, wenn eine ständige gesetzwidrige Praxis einer rechtsanwendenden Behörde vorliegt und die Behörde zu erkennen gibt, dass sie auch in Zukunft nicht von dieser Praxis abzuweichen gedenke (zur Veröffentlichung bestimmtes Urteil des Kassationshofes vom 5. Dezember 2000 in Sachen Stoll [6P. 105/2000], E. 3a mit Hinweis).
Bereits der Regierungsrat hat sich mit dem Vorbringen des Beschwerdeführers einlässlich befasst. Wie der Regierungsrat ausführt, kann keine Rede davon sein, dass der Gemeinderat eine gesetzwidrige Praxis pflegt, die aufzugeben er ablehnt. Auch nach den Darlegungen der Vorinstanz besteht keine hinreichende Vermutung, dass der Gemeinderat beabsichtigt, die Pflicht zum Anschluss an die Kanalisation nicht überall durchzusetzen. Bei dieser Sachlage sind die Voraussetzungen für den Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht nicht gegeben.
4.- Die Beschwerde wird abgewiesen.
a) Der Regierungsrat hat in seinem Entscheid dem Beschwerdeführer für den Anschluss des Ferienhauses neu Frist bis zum 30. Juni 1999 angesetzt. Die Vorinstanz hat keine neue Frist gesetzt. Es wird Sache der zuständigen kantonalen/kommunalen Behörde sein, dem Beschwerdeführer eine angemessene neue Frist für den Anschluss anzusetzen, gegebenenfalls unter Androhung der kostenpflichtigen Ersatzvornahme.
b) Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeinderat A._, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus sowie dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 7. Mai 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: