Sachverhalt:
A. Am 28. August 2009 veranlagte die Steuerkommission C._ A. und BX._ für die Staats- und Gemeindesteuern 1999/2000 zu einem steuerbaren Einkommen von Fr. ... und zu einem steuerbaren Vermögen von Fr. .... Dabei nahm sie eine Einkommensaufrechnung "Abgrenzung der Provisionen" von Fr. ... im Bemessungsjahr 1997 vor.
Eine Einsprache gegen diese Veranlagung blieb ohne Erfolg. Das von den Steuerpflichtigen daraufhin angerufene Steuerrekursgericht des Kantons Aargau hiess mit Urteil vom 10. November 2010 den Rekurs gut und setzte das Einkommen - wie von den Steuerpflichtigen beantragt - auf Fr. ... fest, nahm die Verfahrenskosten auf die Staatskasse und sprach ihnen eine Parteientschädigung zu.
Gegen dieses Urteil führten die Steuerpflichtigen am 15. Dezember 2010 (Postaufgabe) Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit dem Antrag, das Urteil des Steuerrekursgerichts sowie der Einspracheentscheid und die Veranlagungsverfügung seien aufzuheben. Sie begehrten zudem Einsicht in die Verfahrensakten, um die Frage der relativen Veranlagungsverjährung zu prüfen, und machten vorsorglich Verjährung geltend. Schliesslich beantragten sie eine Steuerausscheidung mit Frankreich in Bezug auf die dort gelegene Liegenschaft und verlangten auch eine Erhöhung der im Rekursverfahren zugesprochenen Parteientschädigung. Das Verwaltungsgericht wies mit Urteil vom 17. Dezember 2010 die Beschwerde ab, soweit darauf einzutreten war.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragen A. und BX._ dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 17. Dezember 2010 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 1999/2000 aufzuheben und die Sache zur Behebung der Verfahrensmängel an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Kantonale Steueramt Aargau und das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die von den Beschwerdeführern beantragte Verfahrenssistierung hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung am 4. Februar 2011 abgelehnt.

Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Steuerurteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen, verfahrensabschliessenden Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, gegen den die Beschwerde an das Bundesgericht zulässig ist (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 90 BGG). Der Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids und Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz ist zulässig. Unzulässig ist hingegen der Antrag, es sei je ein Amtsbericht beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie beim Steuerrekursgericht des Kantons Aargau zur Frage einzuholen, wie das Verwaltungsgericht die Beschwerde innert weniger Stunden erledigen konnte und ob fallbezogene Kontakte bzw. Besprechungen zwischen den Mitgliedern des Verwaltungsgerichts und denjenigen des Steuerrekursgerichts stattgefunden hätten. Das Bundesgericht ist nicht Aufsichtsbehörde der genannten kantonalen Instanzen. Es beurteilt vielmehr den angefochtenen Entscheid anhand der eingereichten Beschwerde und den Stellungnahmen der beteiligten Behörden und Instanzen, denen es zwar frei steht, sich zu äussern, die dann aber auch allenfalls nachteilige Folgen zu tragen haben. Vorliegend hat die Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung vom 15. Februar 2011 den Verfahrensablauf im Einzelnen dargelegt. Die Beschwerdeführer haben Kenntnis von dieser Eingabe. Sie haben sich innert nützlicher Frist nicht vernehmen lassen, so dass Verzicht auf einen weiteren Schriftenwechsel anzunehmen ist (Art. 102 Abs. 3 BGG, <ref-ruling> E. 2.2).
2. Der angefochtene Entscheid betrifft die Staats- und Gemeindesteuern 1999/2000. Es handelt sich um eine Steuerperiode, welche noch in die Übergangsfrist von acht Jahren fällt, die den Kantonen gemäss Art. 72 StHG (SR 642.14) zur Anpassung ihrer Gesetzgebungen an die Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes offen stand und während welcher die harmonisierten bundesrechtlichen Vorschriften noch keine Anwendung fanden (<ref-ruling> E. 2d S. 592 f.). Die angefochtene Veranlagung stützt sich demzufolge auf rein kantonales Recht, dessen Anwendung das Bundesgericht nur unter dem Gesichtswinkel der verfassungsmässigen Rechte und Grundsätze überprüft (Art. 95 lit. a und c BGG). Für die Geltendmachung dieser Rechte gilt das Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG).
3. Anwendbar ist vorliegend noch das Steuergesetz des Kantons Aargau vom 13. Dezember 1983 (aStG). Gemäss dessen § 179 Abs. 4 wäre die absolute Verjährung von zehn Jahren für die Veranlagung der Staats- und Gemeindesteuern 1999/2000 am 1. Januar 2011 eingetreten. Nach Absatz 5 dieser Vorschrift wäre die Verjährung von Amtes wegen zu beachten. Eine Berücksichtigung der Verjährung durch das Bundesgericht fällt vorliegend indessen nicht in Betracht, da dies einer originären Anwendung von kantonalem Recht gleichkäme, wozu das Bundesgericht nicht befugt ist (Urteil 2C_790/2008 vom 18. November 2009 E. 7). Die Beschwerdeführer machen denn auch zu Recht nicht geltend, das Bundesgericht habe über den Eintritt der absoluten Verjährung zu befinden.
4. Die Beschwerdeführer beanstanden vor allem Verfahrensmängel. Sie machen geltend, das Verwaltungsgericht habe ihnen keine Akteneinsicht gewährt. Es sei ihnen daher nicht möglich, abschliessend zu beurteilen, ob im Verfahren der Steuerkommission der Stadt C._ (Veranlagungsbehörde) die relative Verjährung (von fünf Jahren nach Ablauf der Veranlagungsperiode, § 179 Abs. 1 aStG) eingetreten sei, oder ob im Gegenteil diese Verjährungsfrist unterbrochen worden sei (§ 179 Abs. 3 aStG). Die Vorinstanz habe das Verfahren möglichst rasch abschliessen wollen und dabei eine Verletzung des Rechts der Beschwerdeführer auf Akteneinsicht sowie des Anspruchs auf rechtliches Gehör in Kauf genommen. Das angefochtene Urteil müsse daher aufgehoben und das Verfahren zur Behebung des Mangels an die Vorinstanz zurückgewiesen werden.
4.1 Der in Art. 29 Abs. 2 BV enthaltene Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst u.a. den Anspruch, im Verfahren Einsicht in die Akten zu nehmen, bevor der Entscheid gefällt wird (<ref-ruling> E. 3.2 S. 494). Der Rechtsuchende muss von den Akten, über welche die Behörde verfügt, Kenntnis haben, um seine Argumente vorbringen zu können. Das Recht auf Akteneinsicht kann aber nicht zu jedem beliebigen Zeitpunkt im Prozess geltend gemacht werden; es setzt in der Regel ein Gesuch um Akteneinsicht voraus (<ref-ruling> E. 6.2). Dieses Gesuch ist mit Rücksicht auf einen geordneten Verfahrensablauf frühzeitig zu stellen, damit Akteneinsicht rechtzeitig gewährt werden kann.
4.2 Vorliegend vermuteten die Beschwerdeführer eine Ermessensveranlagung bei der Einkommensaufrechnung für Provisionen. Sie machten deshalb bereits im Rekurs vom 29. September 2010 an das kantonale Steuerrekursgericht geltend, sie hätten im Veranlagungsverfahren nie eine Aufforderung erhalten, Unterlagen einzureichen; es liege ihnen insbesondere kein Schreiben der Steuerbehörde vom 1. September 2004 vor.
In der Vernehmlassung vom 19. Oktober 2010 zum Rekurs führte das Gemeindesteueramt der Stadt C._ (Veranlagungsbehörde) demgegenüber aus:
"... Im weiteren wurden die Rekurrenten mit Schreiben vom 1. September 2004 (s. Beilage 10) darüber informiert, dass per 31. Dezember 1998 Abgrenzungen für offene Provisionsansprüche zu bilden seien, und dass dazu sämtliche Abrechnungen über die im 1. Semester 1999 erhaltenen Provisionen einzureichen sind. Die Mahnung auf dieses Schreiben datiert vom 17. Februar 2005 (s. Beilage 11). Zu diesem Schreiben äusserte sich der Rekurrent mit EMail-Nachricht vom 28. April 2005 (s. Beilage 12). Daraus ist ersichtlich, dass die Rekurrenten wohl von diesem Schreiben gewusst haben müssen und darauf reagiert haben ...".
Im Urteil vom 10. November 2010 kam das Steuerrekursgericht zum Schluss, dass aufgrund der Schreiben vom 1. September 2004, 17. Februar 2005 sowie der Einspracheverhandlung vom 21. Oktober 2009 die Verjährungsfrist jeweils unterbrochen worden sei und aufgrund der E-Mail vom 28. April 2005 erwiesen sei, dass der Beschwerdeführer von den genannten Schreiben Kenntnis hatte.
4.3 Sofern die Beschwerdeführer Zweifel an der Richtigkeit oder Echtheit der zitierten Dokumente gehabt haben sollten, hätten sie bereits im Verfahren vor dem Steuerrekursgericht im Anschluss an die Stellungnahme des Gemeindesteueramtes Einsicht in die Akten verlangen können, zumal sie mit Eingabe vom 9. November 2010 den Präsidenten des Steuerrekursgerichts ausdrücklich verpflichteten, die Frage der absoluten und relativen Verjährung von Amtes wegen (§ 179 Abs. 5 StG) zu prüfen. Spätestens bei der Ausarbeitung der Beschwerde an das Verwaltungsgericht hätten aber die Beschwerdeführer Einsicht nehmen können. Weshalb ihnen das nicht möglich gewesen sein soll, legen sie nicht dar. Wenn daher die Vorinstanz auf das erst in der Beschwerde gestellte Akteneinsichtsgesuch nicht mehr eintrat und statt dessen das Verfahren beförderlich erledigte, verletzte sie den Anspruch auf rechtliches Gehör nach Art. 29 BV nicht. Dass aus § 22 Abs. 1 der Kantonsverfassung weitergehende Ansprüche folgen, machen die Beschwerdeführer nicht geltend.
5. Inwiefern die Beschwerdeführer keine gleiche und gerechte Behandlung im Verfahren erfahren haben sollen (Verletzung von Art. 29 Abs. 1 BV), ist nicht zu sehen. Dass die Vorinstanz ungewöhnlich rasch entschied, lässt sich damit erklären, dass die Verjährung drohte und die Gerichtsferien kurz bevorstanden. Es ist Pflicht jeder Behörde, die Verfahren - immer unter Berücksichtigung der rechtsstaatlichen Garantien - beförderlich zu erledigen. Das gilt auch und besonders, wenn die Verjährung bevorsteht. Unter dem Gesichtswinkel des Beschleunigungsgebots kann darin keine Verfassungsverletzung erblickt werden. Dabei wurden die Verfahrensrechte der Beschwerdeführer zu jedem Zeitpunkt gewahrt. Verfassungsrechtlich problematisch ist vorliegend vielmehr die lange Dauer des Veranlagungsverfahrens. Diesbezüglich erheben die Beschwerdeführer jedoch keine Rüge.
6. Weitere Rügen zum Verfahren oder zur Anwendung des kantonalen Rechts sind nicht zu erkennen. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Die Gerichtskosten sind entsprechend dem Verfahrensausgang den Beschwerdeführern aufzuerlegen; sie haften hierfür solidarisch (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Steueramt des Kantons Aargau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. April 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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