A.- Die bei der schweizerischen Invalidenversicherung versicherte Z._ kam am 4. Dezember 1997 in einem Staat in Mittelasien, wo ihr Vater im Rahmen eines Entwicklungsprojektes tätig war, in der 32. Schwangerschaftswoche mit einem Geburtsgewicht von 1610 Gramm zur Welt. Wegen eines postnatal aufgetretenen Atemnotsyndromes erhielt sie im dortigen Spital Sauerstoff über einen vor die Nase gehaltenen Trichter, während gegen die sich entwickelnde Hypoglykämie offenbar nichts vorgekehrt werden konnte. Da neonatologische Behandlungsmöglichkeiten vor Ort fehlten, wurde die Versicherte mit der Schweizerischen Rettungsflugwacht (REGA) in einem Ambulanz-Jet nach Zürich/ Kloten und von dort mit einem Helikopter in die Medizinische Kinderklinik des Spitals X._(CH) geflogen, wo sie 20 Stunden nach der Geburt eintraf. Bereits während des Fluges wurde sie in einer Isolette notfallmässig durch ein Neonatologen-Team des Spitals X._ betreut, wobei ihr ein Nasen-SPAP zur Behandlung des Atemnotsyndromes und eine Infusion zur Behebung der Hypoglykämie gegeben wurden.
Am 9. Februar 1998 meldete der Vater seine Tochter wegen der Geburtsgebrechen Ziff. 494 (Neugeborene mit einem Geburtsgewicht unter 2000 Gramm bis zur Erreichung eines Gewichtes von 3000 Gramm) und Ziff. 497 GgV-Anhang (schwere respiratorische Adaptionsstörungen [wie Asphyxie, Atemnotsyndrom, Apnoen], sofern sie in den ersten 72 Lebensstunden manifest werden und eine Intensivbehandlung begonnen werden muss) bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an, wobei er medizinische Massnahmen und die Übernahme der Kosten für den von der REGA durchgeführten Transport in der Höhe von Fr. 35'791. 35 beantragte.
Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens sprach die IV-Stelle für Versicherte im Ausland mit Verfügung vom 17. September 1998 medizinische Massnahmen zur Behandlung des Geburtsgebrechens Ziff. 494 zu, lehnte aber das Gesuch um Übernahme des REGA-Einsatzes gestützt auf eine beim Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) eingeholte Stellungnahme ab mit der Begründung, die Invalidenversicherung komme nicht für die Kosten einer aus medizinischen Gründen notwendigen Repatriierung von Versicherten aus Drittweltländern auf.
B.- Beschwerdeweise liess Z._, vertreten durch ihre Eltern und diese vertreten durch die REGA, beantragen, die IV-Stelle sei zu verpflichten, die Kosten der medizinisch notwendigen Massnahme zur Behandlung des Geburtsgebrechens im Betrage von Fr. 35'791. 35 gemäss Rechnung der REGA zusätzlich zu den in der angefochtenen Verfügung anerkannten Leistungen zu übernehmen.
Mit Entscheid vom 21. September 1999 hiess die Eidgenössische Rekurskommission der AHV/IV für die im Ausland wohnenden Personen die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut mit der Feststellung, dass die Kosten für den REGA-Einsatz vom 4./5. Dezember 1997 dem Grundsatz nach zulasten der Invalidenversicherung gingen, wobei der zu vergütende Betrag im Sinne der Erwägungen noch zu bestimmen sei; im Umfange der Kürzung des Rechnungsbetrages wurde die Beschwerde abgewiesen (Dispositiv-Ziff. 1). Die Akten wurden zur Festlegung des im Sinne der Erwägungen zu reduzierenden Rechnungsbetrages an die IV-Stelle zurückgewiesen (Dispositiv-Ziff. 2). Die Rekurskommission gelangte zum Schluss, die Repatriierung stelle eine medizinische Massnahme zur Behandlung des Geburtsgebrechens der Versicherten dar; indessen sei infolge Verletzung der Schadenminderungspflicht der Transport von Zürich ins Spital X._ nicht von der Invalidenversicherung zu übernehmen.
C.- Gegen diesen Entscheid führen sowohl das BSV als auch die Versicherte Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das BSV stellt die Anträge, in Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei der Entscheid der Rekurskommission aufzuheben und die IV-Stelle anzuweisen, eine neue Verfügung zu erlassen (Prozess-Nr. I 628/99). Z._ lässt in ihrer Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragen, Dispositiv- Ziff. 1 des angefochtenen Entscheides sei aufzuheben und dahingehend zu ändern, dass die IV-Stelle die vollen Kosten des REGA-Einsatzes zu vergüten habe; Dispositiv-Ziff. 2 sei ersatzlos aufzuheben (Prozess-Nr. I 630/99).
Z._ lässt sich mit dem Antrag auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde des BSV vernehmen. Die IV- Stelle schliesst sich in diesem Verfahren dem Rechtsbegehren und der Auffassung des BSV an. Das BSV stellt das Begehren um Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Versicherten und die IV-Stelle den Antrag, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Versicherten sei in dem Sinne teilweise gutzuheissen, als die Kosten der medizinischen Vorkehren in vollem Umfang der Invalidenversicherung zu überbinden seien.
D.- Am 25. Oktober 2001 hat das Eidgenössische Versicherungsgericht eine parteiöffentliche Beratung durchgeführt.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Da den beiden Verwaltungsgerichtsbeschwerden derselbe Sachverhalt zugrunde liegt, sich die gleichen Rechtsfragen stellen und die Rechtsmittel den nämlichen vorinstanzlichen Entscheid betreffen, rechtfertigt es sich, die beiden Verfahren zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu erledigen (<ref-ruling> Erw. 1, 120 V 466 Erw. 1 mit Hinweisen; Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bd. 1, S. 343 unten f.).
2.- Zunächst stellt sich die - als Prozessvoraussetzung von Amtes wegen zu prüfende (<ref-ruling> Erw. 1, 116 V 50 Erw. 7b) - Eintretensfrage unter dem Gesichtspunkt von Art. 129 Abs. 1 OG, nach dessen lit. c die Verwaltungsgerichtsbeschwerde unzulässig ist gegen Verfügungen über die Bewilligung oder Verweigerung vermögensrechtlicher Zuwendungen, auf die das Bundesrecht keinen Anspruch einräumt, ausser Stundung oder Erlass von Versicherungsbeiträgen.
Die Versicherte beantragt beschwerdeweise die Übernahme der vollen Kosten gestützt auf <ref-law> (vgl. Erw. 3 hienach), weshalb auf ihre Verwaltungsgerichtsbeschwerde ohne weiteres einzutreten ist. Das BSV macht in seiner Eingabe geltend, im angefochtenen Entscheid sei zu Unrecht <ref-law> statt <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> (vgl. Erw. 4 hienach) zur Anwendung gebracht worden. Auch dabei handelt es sich um eine vom Eidgenössischen Versicherung zu prüfende Rechtsfrage, was unabhängig davon gilt, ob die als Kann-Vorschrift formulierte Bestimmung des <ref-law> im Sinne von Art. 129 Abs. 1 lit. c OG einen bundesrechtlichen Anspruch auf Beiträge der Invalidenversicherung einräumt (vgl. <ref-ruling> Erw. 3a, 116 V 319 Erw. 1c mit Hinweisen), welche Frage - wie sich aus dem Folgenden (Erw. 6c/bb und cc hienach) ergibt - vorliegend nicht entschieden zu werden braucht. Aus diesem Grunde sind auch mit Bezug auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des BSV die Eintretensvoraussetzungen erfüllt.
3.- a) Nach <ref-law> haben Versicherte bis zum vollendeten 20. Altersjahr Anspruch auf die zur Behandlung von Geburtsgebrechen notwendigen medizinischen Massnahmen (Abs. 1). Der Bundesrat bezeichnet die Gebrechen, für welche diese Massnahmen gewährt werden; er kann die Leistung ausschliessen, wenn das Gebrechen von geringfügiger Bedeutung ist (Abs. 2).
Als Geburtsgebrechen im Sinne von <ref-law> gelten Gebrechen, die bei vollendeter Geburt bestehen (Art. 1 Abs. 1 GgV). Die Geburtsgebrechen sind in der Liste im Anhang aufgeführt; das Eidgenössische Departement des Innern kann eindeutige Geburtsgebrechen, die nicht in der Liste im Anhang enthalten sind, als Geburtsgebrechen im Sinne von <ref-law> bezeichnen (Art. 1 Abs. 2 GgV).
Als medizinische Massnahmen, die für die Behandlung eines Geburtsgebrechens notwendig sind, gelten sämtliche Vorkehren, die nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt sind und den therapeutischen Erfolg in einfacher und zweckmässiger Weise anstreben (Art. 2 Abs. 3 GgV). Der Anspruch beginnt mit der Einleitung von medizinischen Massnahmen, frühestens jedoch nach vollendeter Geburt (Art. 2 Abs. 1 GgV).
b) In Ziff. 494 des Anhangs zur GgV sind unter dem Titel "XX. Weitere Gebrechen" Neugeborene mit einem Geburtsgewicht unter 2000 Gramm bis zur Erreichung eines Gewichts von 3000 Gramm aufgeführt.
4.- Gemäss <ref-law> können ausnahmsweise
Beiträge an die Reisekosten im Ausland gewährt werden. Dem Bundesrat wird aufgetragen, die näheren Bedingungen zu ordnen, was er in <ref-law> getan hat. Bei einem Vergleich mit <ref-law> (Reisekosten im Inland) fällt auf, dass im Zusammenhang mit den Reisekosten im Ausland in <ref-law> nicht von der Vergütung der notwendigen Reisekosten gesprochen wird, sondern nur von - ausnahmsweisen - Beiträgen an diese. Im Unterschied zur detaillierten Regelung der Reisekosten im Inland gemäss <ref-law>, hat sich der Bundesrat in <ref-law> (Reisekosten im Ausland) seinerseits darauf beschränkt, zu bestimmen, die Beiträge an die Aufwendungen für Fahrten vom Inland nach dem Ausland, vom Ausland nach dem Inland und im Ausland würden durch das Bundesamt im Einzelfall festgesetzt. <ref-law> ist gesetzeskonform, indem der Bundesrat lediglich die ihm in <ref-law> eingeräumte Kompetenz hinsichtlich Festsetzung von ausnahmsweisen Beiträgen an die Reisekosten im Ausland dem Bundesamt für den jeweiligen Einzelfall überträgt. Im Unterschied zu den Reisekosten im Inland, die - soweit notwendig - als solche vergütet werden (<ref-law>; <ref-law>), sind bei Reisekosten im Ausland aufgrund der genannten Bestimmungen im Einzelfall ausnahmsweise lediglich Beiträge an die Kosten zu entrichten. Eine volle Kostendeckung ist dafür weder durch Gesetz noch Verordnung vorgesehen (Urteil A. und B. vom 7. Februar 2001, I 539/99).
5.- Nicht angefochten sind die der Versicherten zugesprochenen medizinischen Massnahmen zur Behandlung des Geburtsgebrechens Ziff. 494 GgV-Anhang ab Geburt bis zum Erreichen eines Gewichts von 3000 Gramm. Streitig und zu prüfen ist einzig, ob und gegebenenfalls in welchem Umfang die Invalidenversicherung den REGA-Einsatz von Mittelasien über Zürich/Kloten ins Spital X._ als medizinische Massnahme gemäss <ref-law> zu übernehmen oder Beiträge an den Transport gemäss <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> zu leisten hat.
6.- a) Der Anspruch auf Behandlung des Geburtsgebrechens begann im vorliegenden Fall mit der Einleitung der Intensivbehandlung im Anschluss an die Geburt (Art. 2 Abs. 1 GgV). Es steht fest, dass die bei der Versicherten nach der Frühgeburt - in Fortsetzung der im Spital in Taschkent begonnenen Behandlung - während des Rücktransportes in die Schweiz durch das Neonatologen-Team des Spitals X._ notwendigerweise vorgenommenen therapeutischen Vorkehren - im Wesentlichen Verbringung in eine Isolette, Behebung des Atemnotsyndromes und der neonatalen Hypoglykämie - als medizinische Massnahmen zur Behandlung des Geburtsgebrechens Ziff. 494 GgV-Anhang zu qualifizieren sind. Wie sich namentlich aus den von den Ärzten des Spitals X._ erstellten medizinischen Unterlagen ergibt, waren diese Massnahmen angesichts der Frühgeburtlichkeit, des mit dem Atemnotsyndrom verbundenen Morbiditätsrisikos und der aus der Hypoglykämie resultierenden Gefahr einer Hirnschädigung nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt und zweckmässig (Berichte des Prof. Dr. med. B._ vom 29. Oktober 1998 und des Dr. med. V._ vom 9. April 1998). Dabei müssen die einzelnen Behandlungsabschnitte - d.h. die ärztlich indizierte Intensivbehandlung in Mittelasien, während des Fluges und schliesslich auf der Intensivstation im Spital X._ - als einheitlicher Massnahmenkomplex betrachtet werden (nicht veröffentlichtes Urteil A. vom 25. Januar 1993,
I 274/92).
b) Das BSV bestreitet nicht, dass es sich bei der während des Fluges vorgenommenen intensivmedizinischen Notfallbetreuung um eine medizinische Massnahme handelt, macht aber geltend, diese Eingliederungsvorkehr sei vom Transport zu unterscheiden. Der Gesetzgeber habe die beiden Leistungsansprüche - medizinische Behandlung von Geburtsgebrechen einerseits und Vergütung von Reisekosten andererseits - gesetzessystematisch klar auseinander gehalten. Gemäss ständiger Praxis des Bundesamtes würden die Kosten für die Repatriierung von versicherten Personen aus Drittweltländern aus medizinischen Gründen nicht vergütet. Das Risiko, einen solchen Flug beanspruchen zu müssen, sei in einem Drittweltland vergleichsweise relativ hoch, weil in diesen Ländern selbst Minimalanforderungen an medizinische Infrastrukturen nicht gewährleistet seien. Insbesondere könnten bei einem Aufenthalt in schwangerem Zustand ziemlich harmlose Geburtskomplikationen oder wenig problematische Frühgeburten, welche in der Schweiz ohne grossen Aufwand beherrscht werden, zu erheblichen Problemen führen. Eine Schwangerschaft in einem Drittweltland stelle einen Risikofaktor dar, auch wenn es sich beim Schwangerschaftsablauf nicht um eine Risikoschwangerschaft im medizinischen Sinne handle. Eine schwangere Frau, die sich in ein Drittweltland begebe, gehe auf eigene Verantwortung ein erhöhtes Risiko ein, wofür nicht die Invalidenversicherung mit der Bezahlung von erheblichen Transportkosten aufzukommen habe.
c) aa) Bei der erwähnten Praxis des BSV handelt es sich um die von der Aufsichtsbehörde für richtig befundene Auslegung von Gesetz und Verordnung. Diese Verwaltungsweisungen sind ihrer Natur nach keine Rechtsnorm, sondern eine im Interesse der gleichmässigen Gesetzesanwendung abgegebene Meinungsäusserung der sachlich zuständigen Aufsichtsbehörde. Sie sind wohl für die Durchführungsorgane, nicht aber für die Gerichtsinstanzen verbindlich. Diese sollen sie bei ihren Entscheidungen mitberücksichtigen, sofern sie eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulassen. Sie weichen anderseits insoweit von den Weisungen ab, als diese mit den anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen nicht vereinbar sind (<ref-ruling> Erw. 3a, 126 V 427 Erw. 5a, 68 Erw. 4b, 125 V 379 Erw. 1c, je mit Hinweisen).
bb) Der Rückflug von Mittelasien in die Schweiz samt der dazugehörigen, unbestrittenermassen notwendigen medizinischen Anlage und Betreuung durch ein Neonatologen-Team des Spitals X._ bildet integrierenden Bestandteil der von der Invalidenversicherung übernommenen Behandlung des Geburtsgebrechens Ziff. 494 GgV-Anhang (vgl. dazu auch ZAK 1985 S. 321 Erw. 2b und nicht veröffentlichtes Urteil A. vom 25. Januar 1993, I 274/92). Denn im vorliegenden Fall stehen diese Vorkehren sachlich und zeitlich in einem derart engen und unmittelbaren Zusammenhang mit den von der Invalidenversicherung übernommenen medizinischen Massnahmen, dass sie sich von ihnen nicht trennen lassen. Im Übrigen wird der Anwendungsbereich von <ref-law> mit dieser Betrachtungsweise nicht derart ausgeweitet, dass der Begriff der medizinischen Massnahme einen Sinn bekäme, den weder Gesetzestext noch Umgangssprache ihm beimessen (vgl. dazu ZAK 1974 S. 297 Erw. 1b). Ein Anspruch auf Übernahme der Kosten des Rückfluges samt der dazugehörigen medizinischen Anlage und Betreuung ist demnach grundsätzlich wegen Massnahmeneinheit gestützt auf <ref-law> zu bejahen.
cc) An diesem Ergebnis vermag der vom BSV zur Stützung seines Standpunktes angeführte Hinweis auf die gesetzessystematische Ordnung der Regelung des Anspruches auf medizinische Massnahmen einerseits (<ref-law>) und desjenigen auf Übernahme der Reisekosten anderseits (<ref-law>) nichts zu ändern. Vorab erscheint zweifelhaft, ob der vorliegende Fall von <ref-law> überhaupt erfasst würde, dies mit Blick darauf, dass nicht Aufwendungen für einen Transport vom Ausland ins Inland, d.h. von einem Behandlungsort zu einem andern mit Behandlung am Abreise- und anschliessend am Ankunftsort im Sinne dieser Bestimmung, in Frage stehen (vgl. auch Rz 1248 des bundesamtlichen Kreisschreibens über die medizinischen Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung [KSME]). Selbst wenn <ref-law> anwendbar wäre, führte sodann die Bejahung des streitigen Anspruches der Versicherten unter dem Titel des <ref-law> unter den besonderen Umständen des vorliegenden Falles nicht dazu, dass die erstgenannte Bestimmung ihres Gehaltes entleert würde.
Ist nach dem Gesagten vorliegend ein Anspruch der Versicherten auf Übernahme der Kosten des Rückfluges aufgrund von <ref-law> zu bejahen, kann schliesslich auch offen gelassen werden, wie es sich mit dem Einwand der Versicherten verhält, wonach die Argumentation des BSV bezüglich der Vergütung von Rückführungsflügen aus Drittweltländern unter dem Aspekt von <ref-law> rechtswidrig sei. Ebenso wenig muss entschieden werden, ob die Weisung des BSV, was äusserst zweifelhaft erscheint, vor anderen übergeordneten rechtlichen Bestimmungen standhält.
7.- a) Gemäss Art. 2 Abs. 3 GgV müssen die medizinischen Massnahmen den therapeutischen Erfolg in einfacher und zweckmässiger Weise anstreben. Die versicherte Person hat in der Regel nur Anspruch auf die dem jeweiligen Eingliederungszweck angemessenen, notwendigen Massnahmen, nicht aber auf die nach den gegebenen Umständen bestmöglichen Vorkehren; Eingliederungsmassnahmen sind nur insoweit zu gewähren, als dies im Einzelfall notwendig, aber auch genügend ist. Ferner muss der voraussichtliche Erfolg einer Eingliederungsmassnahme in einem vernünftigen Verhältnis zu ihren Kosten stehen (<ref-ruling> Erw. 2a, 122 V 214 Erw. 2c, je mit Hinweisen; zum Prinzip der Verhältnismässigkeit siehe auch <ref-ruling> Erw. 10d/aa, 482 Erw. 3, 125 V 242 Erw. 6b, je mit Hinweisen).
b) Wie im angefochtenen Entscheid zutreffend ausgeführt wird, ist auch die Verhältnismässigkeit der Massnahme zu bejahen. Eine betragsmässige Begrenzung der Vergütung für den REGA-Einsatz käme mangels einer ausdrücklichen gegenteiligen gesetzlichen Bestimmung nur in Frage, wenn zwischen der Massnahme und dem Eingliederungszweck ein derart krasses Missverhältnis bestünde, dass sich die Übernahme der Flugkosten schlechthin nicht verantworten liesse (<ref-ruling> Erw. 2). Da dies angesichts der Aktenlage und des Charakters der auf die Behandlung eines Geburtsgebrechens gerichteten medizinischen Massnahme nicht der Fall ist, fällt eine Reduktion der von der Invalidenversicherung zu übernehmenden Kosten unter dem Gesichtspunkt der Verhältnismässigkeit ausser Betracht.
8.- a) Die Vorinstanz verpflichtete die IV-Stelle nur zur Übernahme der Kosten des REGA-Einsatzes Zürich-Mittelasien-Zürich sowie der hypothetischen Kosten im Fall, dass die Versicherte von Zürich/Kloten in die Kinderklinik des Spital Y._ in Zürich transportiert worden wäre, nicht aber der Aufwendungen aus der Überführung ins Spital X._. Zur Begründung stützte sie sich auf den Grundsatz der Schadenminderungspflicht (<ref-ruling> Erw. 3c, 117 V 278 Erw. 2b, 400, je mit Hinweisen), welcher vorliegend insofern verletzt worden sei, als die Versicherte nach Ankunft des Ambulanz-Jets in Zürich/Kloten mit einem Helikopter noch ins Spital X._ geflogen worden war, obwohl die Behandlung im Kinderspital Y._ in Zürich angemessen hätte fortgeführt werden können.
b) Zu Recht wehrt sich die Versicherte in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen die von der Vorinstanz wegen Verletzung der Schadenminderungspflicht vorgenommene Kürzung des zu vergütenden Betrages. Denn die von ihr im letztinstanzlichen Verfahren aufgelegten Einsatzprotokolle der REGA zeigen auf, dass trotz entsprechender Bemühungen kein näherer Behandlungsort zur Verfügung stand und eine andere Transportart als per Helikopter aus ärztlicher Sicht (namentlich wegen der damit einhergehenden Erschütterungen) nicht in Frage kam. Demnach steht fest, dass der Weitertransport der Versicherten samt der damit verbundenen medizinischen Notfallmassnahmen von Zürich/Kloten ins Spital X._ unumgänglich war, wie auch die IV-Stelle in ihrer Vernehmlassung zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Versicherten einräumt. Eine Verletzung der Schadenminderungspflicht mit der Konsequenz der Leistungseinschränkung liegt somit nicht vor, auch nicht unter dem Gesichtspunkt, dass nach der Rechtsprechung die Anforderungen an die Schadenminderungspflicht zulässigerweise dort strenger sind, wo eine erhöhte Inanspruchnahme der Invalidenversicherung in Frage steht (<ref-ruling> unten f.).
9.- Insoweit die Vorinstanz den Einwand der Verwaltung hinsichtlich des Risikos von Schwangerschaften in so genannten Drittweltländern schliesslich unter dem Gesichtspunkt der Leistungskürzung wegen Grobfahrlässigkeit geprüft hat, kann ihr nicht gefolgt werden. Eine Würdigung unter diesem Blickwinkel entfällt nicht nur, weil - welches Problem das kantonale Gericht richtig erkannt hat - ein allfälliges Verschulden nicht der Leistungsansprecherin vorgeworfen werden könnte, sondern bei deren Mutter zu suchen wäre (bei welcher es im Übrigen klar verneint werden müsste, wollte sie doch gerade am 4. Dezember 1997 nach Deutschland und dann in die Schweiz zurückkehren und musste sie, weil der Flug wegen schlechten Wetters abgesagt worden war, mit einem Geländefahrzeug von ihrem Arbeitsort in die Hauptstadt fahren, was vorzeitige Wehen auslöste und schliesslich zur Geburt führte). Vielmehr ist eine Prüfung unter diesem Gesichtspunkt in grundsätzlicher Hinsicht zum einen bereits deshalb nicht angängig, weil <ref-law> nur Geldleistungen und somit nicht die als Sachleistungen konzipierten medizinischen Eingliederungsmassnahmen (<ref-ruling>, 99 V 155) betrifft. Zum andern wäre eine Kürzung wegen Grobfahrlässigkeit aufgrund der völkerrechtlichen Einschränkungen von <ref-law> (Art. 32 Abs. 1 lit. e des Übereinkommens Nr. 128 der Internationalen Arbeitsorganisation [IAO] und Art. 68 lit. f der Europäischen Ordnung der Sozialen Sicherheit [EOSS]) nicht zulässig, wie das Eidgenössische Versicherungsgericht in <ref-ruling> erkannt hat.
10.- Das vorliegende Verfahren ist kostenfrei, da es um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen geht (Art. 134 OG).
Das mit seiner Verwaltungsgerichtsbeschwerde unterliegende BSV hat der Versicherten eine Parteientschädigung (Art. 159 Abs. 2 OG) zu bezahlen (Prozess-Nr. I 628/99), ebenso die IV-Stelle, die im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Versicherten als Gegenpartei unterliegt (Prozess-Nr. I 630/99).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verfahren I 628/99 und I 630/99 werden vereinigt.
II.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des Bundesamtes für Sozialversicherung wird abgewiesen.
III. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Z._ wird gutgeheissen und der Entscheid der Rekurskommission der AHV/IV für die im Ausland wohnenden Personen vom 21. September 1999 in dem Sinne abgeändert, als die IV-Stelle für Versicherte im Ausland verpflichtet wird, die Kosten für den REGA-Einsatz vom 4./5. Dezember 1997 zu übernehmen.
IV.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
V.Das Bundesamt für Sozialversicherung hat der Versicherten für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500. - (einschliesslich Mehrwertsteuer), die IV- Stelle für Versicherte im Ausland eine solche von Fr. 1000. - (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
VI.Dieses Urteil wird den Parteien, der Schweizerischen Ausgleichskasse und der Rekurskommission der AHV/IV für die im Ausland wohnenden Personen zugestellt.
Luzern, 25. Oktober 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: