Sachverhalt:
A.
X._ besitzt gegen Z._ einen Pfändungsverlustschein über Fr. 223'177.--. In der gestützt hierauf eingeleiteten Betreibung erhob die Schuldnerin Rechtsvorschlag. Am 5. Juli 2006 erhielt X._ die provisorische Rechtsöffnung. Die Aberkennungsklage wies das Bezirksgericht Zürich am 8. Oktober 2010 ab. In der Zwischenzeit hatte X._ am 12. Januar 2007 die provisorische Pfändung verlangt. In der Pfändungsurkunde vom 17. April 2007 waren nebst einem Teil des damaligen Lohnes verschiedene Vermögensgegenstände im Betrag von rund Fr. 50'000.-- gepfändet worden. Nachdem die Pfändung definitiv geworden war, verlangte X._ am 15. November 2011 die Verwertung.
Zwischenzeitlich war Z._ am xxxx 2011 verstorben. Sie hinterliess als gesetzliche Erben die Mutter V._ und die Schwester Y._, welche im Sinn von Art. 392 Ziff. 1 und Art. 393 Ziff. 2 aZGB verbeiständet ist.
Am 10. August 2011 wurde das Testament eröffnet. Mit Urteil vom 2. September 2011 stellte das Bezirksgericht Zürich den gesetzlichen Erben eine Kopie des Testaments zu. Mit Urteil vom 20. Dezember 2011 wurde zu Protokoll genommen, dass V._ mit Erklärung vom 1. Oktober 2011 das Erbe ausgeschlagen hatte. Zudem wurde gestützt auf <ref-law> die Aufnahme eines Inventars über den Nachlass angeordnet.
Mit Beschluss vom 2. April 2012 nahm die Vormundschaftsbehörde der Stadt A._ das Inventar im Namen der verbeiständeten Y._ ab und leitete es an den Bezirksrat Zürich weiter. Am 7. Mai 2012 beantragte der Beistand bei der Vormundschaftsbehörde die Genehmigung zur Ausschlagung des Erbes. Am 21. Juni 2012 erklärte er beim Bezirksgericht Zürich, Einzelgericht Erbschaftssachen, für die Verbeiständete die Ausschlagung des Nachlasses, unter Vorbehalt der Genehmigung durch die Aufsichtsbehörde. Am 28. August 2012 beantragte die Vormundschaftsbehörde beim Bezirksrat die Genehmigung der Ausschlagung. Dieser stimmte mit Beschluss vom 20. September 2012 zu.
B.
In der Folge nahm das Bezirksgericht Zürich, Einzelgericht Erbschaftssachen, mit Urteil vom 24. September 2012 im Sinn von <ref-law> die Ausschlagung zu Protokoll. Es erwog, dass mit der Erklärung vom 21. Juni 2012 die ab Abnahme des Nachlassinventars am 2. April 2012 laufende dreimonatige Ausschlagungsfrist von <ref-law> eingehalten sei, und stellte fest, dass somit alle gesetzlichen Erben ausgeschlagen hätten, wovon dem Konkursrichter im Sinn der Erwägungen Kenntnis zu geben sei.
Gegen dieses Urteil erhob X._ am 8. Oktober 2012 Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich mit dem Hauptbegehren, dass die Ausschlagungserklärung von Y._ wegen Verwirkung nicht zu protokollieren sei.
Mit Urteil vom 29. November 2012 trat das Obergericht des Kantons Zürich auf die Berufung nicht ein. Es erwog, dass die Protokollierung keine materiell-rechtliche Wirkung habe und es X._ unbenommen sei, gegen die Erbin vorzugehen, weshalb er als Dritter kein rechtlich geschütztes Interesse an der Erhebung der Berufung gegen die Protokollierung der Ausschlagung habe.
C.
Gegen dieses Urteil hat X._ am 15. Januar 2013 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben, im Wesentlichen mit dem Begehren, dass die Ausschlagungserklärung von Y._ wegen Verwirkung nicht bzw. eventualiter mit dem Vorbehalt der Rechtzeitigkeit bzw. Wirksamkeit zu protokollieren sei. Mit Präsidialverfügung vom 29. Januar 2013 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.
Mit paralleler Beschwerde, die Gegenstand des Verfahrens 5A_43/2012 bildet, hat X._ den weiteren Nichteintretensentscheid des Obergerichtes betreffend sein Rechtsmittel gegen das Urteil des Konkursgerichtes Zürich angefochten, mit welchem am 27. September 2012 die konkursamtliche Liquidation der Erbschaft angeordnet und das Konkursamt Altstetten-Zürich mit dem Vollzug beauftragt wurde.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG) betreffend Protokollierung einer Ausschlagungserklärung als Akt der freiwilligen Gerichtsbarkeit (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 222) und damit eine Zivilsache (<ref-law>; Urteil 5A_578/2009 vom 12. Oktober 2009 E. 1). Mit seinen Begehren verfolgt der Beschwerdeführer letztlich und überwiegend einen wirtschaftlichen Zweck, so dass von einer vermögensrechtlichen Angelegenheit auszugehen ist (<ref-ruling> E. 2c S. 531; Urteil 4A_273/2012 vom 30. Oktober 2012 E. 1.2.1, nicht publ. in <ref-ruling>). Der Mindeststreitwert von <ref-law> ist erreicht. Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Entscheid teilgenommen (<ref-law>) und er hat ein schutzwürdiges Interesse an der Klärung der Frage, ob das Obergericht zu Recht auf sein kantonales Rechtsmittel nicht eingetreten ist oder ob es dieses materiell hätte prüfen müssen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 148; Urteile 5A_503/2010 vom 28. März 2011 E. 1.3; 5A_360/2011 vom 25. Januar 2012 E. 1.2).
2.
Das Obergericht hat in seiner Begründung auf das bereits zitierte Urteil 5A_578/2009 hingewiesen und befunden, dieses verlange ein rechtlich geschütztes Interesse, welches nicht gegeben sei. Jenes Urteil basierte indes auf der ursprünglichen Fassung von <ref-law>, gemäss welcher die Beschwerdelegitimation von einem rechtlich geschützten Interesse abhing. Im Zusammenhang mit dem Inkrafttreten der schweizerischen ZPO wurde die betreffende Norm per 1. Januar 2011 neu gefasst (vgl. AS 2010 1838; BBl 2006 7510); zur Beschwerde in Zivilsachen ist nunmehr legitimiert, wer durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat. Soweit dieses zu bejahen ist, muss die kantonale Instanz auf eine Berufung im Sinn von <ref-law> eintreten (vgl. <ref-law>; <ref-law>; STERCHI, in: Berner Kommentar, N. 24 Vorbemerkungen zu <ref-law>). Vorliegend fragt sich jedoch, ob die ZPO als Bundesrecht oder als kantonales Verfahrensrecht zur Anwendung kam, und zwar geht es um die Frage des Anwendungsbereiches von <ref-law>, genauer um die Frage, ob auch dort von "gerichtlichen Verfahren" im Sinn dieser Bestimmung zu sprechen ist, wo der Bundesgesetzgeber dem Kanton die Bezeichnung der zuständigen Behörde überlassen (<ref-law>) und dieser eine gerichtliche Behörde als zuständig bezeichnet hat.
2.1. Ausführlich geäussert hat sich zum Problem auf der einen Seite DENIS PIOTET in drei Beiträgen (La nouvelle délimitation entre règles fédérales et cantonales de procédure civile, in: Procédure civile suisse: Les grands thèmes pour les praticiens, 2010, S. 17 ff.; Commentaire de l'arrêt 5A_582/2011, in: SZZP 2012, S. 133 f.; Nouveau CPC: questions choisies, Quelle compétence et quelle procédure pour l'ordre judiciaire de réinscription d'une personne morale radiée du registre du commerce?, in: SZZP 2012, S. 279 ff.), in welchen für eine kantonale Verfahrenskompetenz plädiert wird, soweit der Richter nicht durch das Bundesrecht als zuständig bezeichnet wird. Auf der anderen Seite steht SABRINA CARLIN in einem ausführlichen Beitrag (Commentaire de l'arrêt du Tribunal fédéral 5A_270/2012, La controverse relative à la portée de l'art. 1 let. b CPC, à la lumière de l'art. 54 al. 3 Tit. fin. CC, in: SZZP 2013, S. 85 ff.) dafür ein, dass die ZPO aufgrund von Art. 1 lit. b immer Anwendung findet, sobald ein Gericht entscheidet, auch wenn dieses gestützt auf <ref-law> durch den Kanton als zuständig bezeichnet worden ist.
Die gängigen Kommentare scheinen implizit davon auszugehen, dass die ZPO kraft Art. 1 lit. b generell zur Anwendung gelangt, soweit ein (durch wen auch immer als zuständig bezeichnetes) Gericht und nicht eine Verwaltungsbehörde entscheidet (vgl. FRANZ SCHENKER, in: Schweizerische Zivilprozessordnung, Stämplis Handkommentar, N. 9 zu <ref-law>; DOMINIK GASSER, in: Schweizerische Zivilprozessordnung, DIKE-Kommentar, N. 36 und 39 zu <ref-law>; MARKUS SCHOTT, in: Kurzkommentar ZPO, N. 16 zu <ref-law>; ANDREAS KLEY, in: Basler Kommentar, N. 1 zu <ref-law>; JÜRG SCHMID, in: Basler Kommentar, N. 13 zu <ref-law>). Ausdrücklich - aber ebenfalls ohne nähere Begründung - wird dies festgehalten von Dominik Gasser und Brigitte Rickli (Schweizerische Zivilprozessordnung, Kurzkommentar, N. 3 zu <ref-law>) sowie von Frank Emmel (in: Praxiskommentar Erbrecht, N. 10 Vorbem. zu <ref-law>). Umgekehrt weist Isaak Meier (Schweizerisches Zivilprozessrecht, Zürich 2010, S. 365) ausdrücklich auf Einschränkungen des Anwendungsbereiches der ZPO aufgrund von <ref-law> hin, insoweit es den Kantonen überlassen sei, eine Gerichts- oder Verwaltungsbehörde vorzusehen und das Verfahren auszugestalten. Bernhard Berger (in: Berner Kommentar, N. 35 zu <ref-law>) und Bruno Cocchi (in: Commentario al Codice di diritto processuale civile svizzero, Ziff. 3 zu <ref-law>) zählen die Ausschlagung zu den "gerichtlichen Anordnungen" und scheinen damit von einer direkten Anwendbarkeit der ZPO auszugehen. Hingegen subsumiert Fabienne Hohl (Procédure civile, Band II, Bern 2010, Rz. 1072) die Sicherungsmassnahmen des Erbrechts im Sinn von <ref-law>, welche der Bundesgesetzgeber ebenfalls der vom Kanton zu bezeichnenden "zuständigen Behörde" überlässt, nicht unter die gerichtlichen Anordnungen. Jacques Haldy (in: Code de procédure civile commenté, N. 14 zu <ref-law>) weist auf die Problematik hin, ohne selbst Stellung zu nehmen.
2.2. Nach <ref-law> hat der Erbe die Ausschlagung bei der "zuständigen Behörde" mündlich oder schriftlich zu erklären. Diese führt über die Ausschlagungen ein Protokoll (<ref-law>). Wo das ZGB von einer "zuständigen Behörde" spricht, bestimmen gemäss <ref-law> die Kantone, welche bereits vorhandene oder erst zu schaffende Behörde zuständig sein soll (<ref-law>). Soweit das ZGB nicht ausdrücklich entweder vom Gericht oder von einer Verwaltungsbehörde spricht, sind die Kantone frei, welche Behörde sie bezeichnen (vgl. <ref-law>), wobei die Rechtsweggarantie im Sinn von Art. 6 Ziff. 1 EMRK bzw. <ref-law> zu beachten ist ( LEUENBERGER, in: DIKE-Kommentar zur schweizerischen Bundesverfassung, N. 19 zu <ref-law>; KLEY, in: Basler Kommentar, N. 9 ff. zu <ref-law>). Im Kanton Zürich ist nach § 137 lit. e GOG das Einzelgericht die zuständige Behörde für die Entgegennahme von Ausschlagungserklärungen. Dass der Kanton eine gerichtliche Behörde als zuständig erklärt hat, heisst aber nicht, dass das betreffende Verfahren zu einer "gerichtlichen Angelegenheit" wird und von Bundesrechts wegen automatisch in den Anwendungsbereich der ZPO fällt, wie die nachfolgenden Überlegungen zeigen.
Gemäss <ref-law> findet dieses Gesetz Anwendung für gerichtliche Anordnungen der freiwilligen Gerichtsbarkeit. Mit der "gerichtlichen Anordnung" im Sinn dieser Bestimmung sind gemäss der Botschaft des Bundesrates "gerichtliche Angelegenheiten" gemeint, wobei in diesem Zusammenhang auf <ref-law> verwiesen und festgehalten wird, dass die Kantone in den übrigen Bereichen der freiwilligen Gerichtsbarkeit weiterhin kantonales Verfahrensrecht anwenden, aber auch die ZPO als anwendbar erklären können (BBl 2006 7257). So verweist beispielsweise der Kanton Zürich in § 176 GOG für verschiedene Verfahren als ergänzendes Recht auf die allgemeinen Bestimmungen der ZPO. Zwar spricht die Botschaft im erwähnten Zusammenhang nur von "kantonalen Verwaltungsbehörden", was darauf schliessen lassen könnte, dass direkt die ZPO als Bundesrecht zur Anwendung gelangt, soweit der Kanton auch für die nicht gerichtlichen Angelegenheiten ein Gericht als zuständig erklärt. Diese Angelegenheiten werden aber dadurch nicht zu "gerichtlichen" im hier interessierenden Sinn. Es mag einer teleologischen Auslegung entsprechen, die unter dem Zeichen der Verfahrensvereinheitlichung erlassene schweizerische ZPO möglichst umfassend zur Anwendung zu bringen. Der Vorrang muss aber vorliegend der systematischen Auslegung - zwischen den einzelnen Auslegungsmethoden besteht keine eigentliche Hierarchie, sondern ein pragmatisch orientierter Methodenpluralismus, wobei das Gesetz in erster Linie aus sich selbst heraus auszulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2 S. 316; <ref-ruling> E. 6.6.2.1 S. 37; <ref-ruling> E. 3.2 S. 251 f.) - zukommen: <ref-law> macht dort, wo das Gesetz von der "zuständigen Behörde" spricht, mit Bezug auf das Verfahrensrecht einen Vorbehalt zugunsten des kantonalen Rechts. Es kann vor dem Hintergrund der Hierarchie zwischen Bundesrecht und kantonalem Recht nicht den Kantonen überlassen sein zu bestimmen, welche Angelegenheiten zu den "gerichtlichen Verfahren" im Sinn von <ref-law> gehören. Ob die ZPO als Bundesrecht zur Anwendung gelangen soll, kann von der Logik her allein der Bundesgesetzgeber festlegen; dies ergibt sich auch aus dem Wortlaut von <ref-law>. Abgesehen davon würde es zu einem unerwünschten Zustand führen, wenn für die gleiche Verrichtung die ZPO in gewissen Kantonen als Bundesrecht und in anderen als subsidiäres kantonales Recht zur Anwendung gelangen könnte ( DENIS PIOTET warnt in diesem Zusammenhang von einem drohenden mosaïque d'application dissociée du droit fédéral ). Die Maxime der einheitlichen Anwendung des Bundesrechts spricht dafür, <ref-law> nur dort gelten zu lassen, wo das Bundesrecht selbst eine gerichtliche Behörde vorschreibt, und in den übrigen Bereichen gestützt auf <ref-law> das vom Kanton bezeichnete Recht als kantonales Verfahrensrecht anzuwenden.
Weil die Protokollierung der Ausschlagung nicht zwingend einem Gericht obliegt, sondern der Kanton in der Bezeichnung der zuständigen Behörde frei ist (<ref-law> i.V.m. <ref-law>), richtet sich das betreffende Verfahren somit nach kantonalem Recht. Dieses kann nach dem Gesagten eine eigene Regelung aufstellen oder auf eine bestimmte Verfahrensordnung verweisen, nebst Verwaltungsrechtspflegegesetzen insbesondere auf die ZPO, deren Normen diesfalls aber nicht Bundesrecht, sondern kantonales Recht darstellen (vgl. beispielsweise Urteile 5A_804/2011 vom 15. März 2012 E. 3.2.1; 1C_171/2012 vom 13. Juni 2012 E. 2.2; sodann THOMAS SUTTER-SOMM/RAFAEL KLINGLER, in: Schulthess-Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2. Aufl., N. 7 zu Art. 1; FLAVIO COMETTA/URS PETER MÖCKLI, in: Basler Kommentar, N. 39 zu <ref-law>).
2.3. Soweit die ZPO als kantonales Recht zur Anwendung gelangt, können im betreffenden Zusammenhang nur verfassungsmässige Rechte (namentlich das Willkürverbot) als verletzt gerügt werden (<ref-ruling> E. 2.4 S. 249). Solches wird vorliegend nicht geltend gemacht, weshalb auf die Beschwerde in Zivilsachen nicht einzutreten ist. Ohnehin könnte ihr aber auch materiell kein Erfolg beschieden sein, wie nachfolgend kurz dargestellt sei.
3.
Die Protokollierung der Ausschlagung gemäss <ref-law> schafft lediglich den Beweis für die Abgabe und den Zeitpunkt der Ausschlagungserklärung und hat keinerlei Rechtskraftwirkung zwischen den Erben und den Gläubigern des Erblassers; diesen bleibt es unbenommen, gegen den ausschlagenden Erben vorzugehen (zitiertes Urteil 5A_578/2009 E. 2.2), indem sie auf dem ordentlichen Prozessweg die infolge Verwirkung ungültige Ausschlagung beseitigen (Chambre des recours des Kantons Waadt vom 6. Oktober 2003, in: JdT 2004 III S. 128; TUOR/PICENONI, in: Berner Kommentar, N. 8a zu <ref-law>; ESCHER, in: Zürcher Kommentar, N. 19 zu <ref-law>; SCHWANDER, in: Basler Kommentar, N. 8 zu <ref-law>), sei es als selbständige Feststellungsklage, sei es als Vorfrage im Rahmen einer Leistungsklage gegen den Erben ( HÄUPTLI, in: Praxiskommentar Erbrecht, N. 11 zu <ref-law>). Nicht einheitlich sind die Ansichten zur Kognition der protokollierenden Behörde; es wird sowohl der Standpunkt vertreten, dass die Erklärung der Ausschlagung auf jeden Fall entgegen genommen werden muss (Urteil des Bundesgerichts vom 12. Februar 1975, in: SJ 1976 S. 35 ff. mit Kritik des Berichterstatters; ESCHER, a.a.O., N. 16 zu <ref-law>; TUOR/PICENONI, a.a.O., N. 5 zu <ref-law>), als auch derjenige, dass sie bei offensichtlicher Ungültigkeit zurückzuweisen ist, namentlich wenn sich an die Ausschlagungserklärung weitere Massnahmen anschliessen wie die Konkursliquidation des Nachlasses ( WEBER, Gerichtliche Vorkehren bei der Nachlassabwicklung, in: AJP 1997 S. 558; SCHWANDER, a.a.O., N. 14 zu <ref-law>; HÄUPTLI, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>). Vorliegend hat das Bezirksgericht den Sachverhalt in seinem Urteil umfassend festgehalten (Datum der Abnahme des Inventars, Datum der Ausschlagungserklärung, Datum der Zustimmung der Aufsichtsbehörde) und seine Entscheidung damit begründet, dass das Datum der Erklärung massgeblich und mithin die dreimonatige Frist als eingehalten sei. Soweit der protokollierenden Behörde eine eingeschränkte Kognition zugestanden wird, wäre angesichts dieser Begründung nicht nachvollziehbar, inwiefern von einer offensichtlichen Ungültigkeit bzw. einer offensichtlichen Verspätung der Ausschlagungserklärung ausgegangen werden müsste. Der Berufung an das Obergericht hätte deshalb auch in der Sache selbst kein Erfolg beschieden sein können. Der Beschwerdeführer wird seinen materiellen Standpunkt auf dem ordentlichen Prozessweg einbringen müssen.
4.
Zusammengefasst ergibt sich, dass auf die Beschwerde in Zivilsachen nicht eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind folglich dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Den Gegenparteien ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. April 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli