("Feldschlösschen/Schlossgold"), hat sich ergeben:
A.- Die Schweizerische Radio- und Fernsehgesellschaft (SRG) strahlte während der Fussballweltmeisterschaft 1998 auf ihren fünf Sendern insgesamt 486 Mal einen Werbespot des Unternehmens "Feldschlösschen" aus: Dieser zeigte zwei Fussballmannschaften bei der Rückkehr in die Kabine. Ein Spieler der Verlierermannschaft tauscht sein Trikot mit einem der Sieger, um mit diesen feiern und der Kritik des eigenen Trainers entgehen zu können. Die Mannschaft gruppiert sich um einen Behälter mit Flaschen und Eis. Der Inhalt der Flaschen wird in Biergläser gefüllt, worauf in Nahaufnahmen die Gesichter von einzelnen Spielern zu sehen sind, bevor ein mit Bier gefülltes Glas eingeblendet wird, welches das Logo und den Firmennamen "Feldschlösschen" trägt. Zum Schluss werden das Logo mit dem Firmennamen "Feldschlösschen", die Produktemarke des alkoholfreien Biers "Schlossgold" und der Werbespruch "Das Leben macht durstig" eingeblendet. Die letzte Sequenz besteht aus einem Bierglas und einer Flasche mit dem Markennamen "Schlossgold"; in der rechten unteren Ecke des Bildschirms taucht dabei der Vermerk "alkoholfrei" auf.
B.- Am 22. Januar 1999 hiess die Unabhängige Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen (im Weitern auch Beschwerdeinstanz oder UBI) eine von X._ und Mitunterzeichnern hiergegen eingereichte Popularbeschwerde gut, soweit sie darauf eintrat; gleichzeitig stellte sie fest, "dass die Feldschlösschen-Werbung während den Übertragungen der Fussball-Weltmeisterschaft die Programmbestimmungen verletzt" habe. Der beanstandete Werbespot sei mit dem Verbot irreführender Werbung nicht vereinbar (Art. 11 Ziff. 2 des Europäischen Übereinkommens über das grenzüberschreitende Fernsehen vom 5. Mai 1989 [EUGF; SR 0.784. 405] bzw. Art. 15 Abs. 1 lit. d der Radio- und Fernsehverordnung vom 6. Oktober 1997 [RTVV; SR 784. 401]). Weil die Werbung für das Unternehmen "Feldschlösschen" gegenüber jener für die im Vergleich relativ unbekannten Marke "Schlossgold" überwogen hätte, habe beim Publikum der Eindruck entstehen müssen, "die Fussballer würden nach einem anstrengenden Match ein eisgekühltes Bier des Unternehmens 'Feldschlösschen' und damit ein alkoholhaltiges Bier trinken". Die Beschwerdeinstanz nahm die Eingabe von X._ und Mitunterzeichnern nicht an die Hand, soweit darin eine Verletzung des Werbeverbots für alkoholische Getränke gerügt worden war (Art. 18 Abs. 5 des Bundesgesetzes vom 21. Juni 1991 über Radio und Fernsehen [RTVG; SR 784. 40] bzw. <ref-law>); zur Prüfung dieses Einwands sei das Bundesamt für Kommunikation als allgemeine Aufsichtsbehörde zuständig.
C.- Die SRG hat gegen den Entscheid der UBI am 30. April 1999 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit dem Antrag, diesen aufzuheben. Die Beschwerdeinstanz sei zu dessen Erlass unzuständig gewesen; zudem sei der beanstandete Spot nicht irreführend.
Die Unabhängige Beschwerdeinstanz beantragt, die Rechtsbegehren der SRG abzuweisen. X._ und die Mitunterzeichner der Popularbeschwerde haben sich nicht vernehmen lassen. Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation stellt als weiterer Beteiligter (Art. 110 Abs. 1 OG) keinen ausdrücklichen Antrag, hält aber - wie bereits das Bundesamt für Kommunikation im Verfahren vor der Beschwerdeinstanz - ausschliesslich die konzessionsrechtlichen Aufsichtsbehörden zur Beurteilung der umstrittenen Frage zuständig.
D.- Am 15. November 1999 erklärte das Bundesamt für Kommunikation die SRG wegen der Ausstrahlung des "Feldschlösschen"-Spots der schweren Verletzung der Vorschriften über die Werbung schuldig und verurteilte sie zu einer Busse von Fr. 5'000. --. Zudem zog es den aus der umstrittenen Werbung erwirtschafteten Gewinn von Fr. 548'023. -- ein.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Der Entscheid der Unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen über die rundfunkrechtliche Konformität einer Sendung kann mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden (<ref-law>). Die SRG als Konzessionärin des Bundes, deren Programmautonomie durch den beanstandeten Entscheid tangiert wird, ist hierzu legitimiert (Art. 103 lit. a OG; je in <ref-ruling> ff. ["Grell- Pastell"] und in <ref-ruling> ff. [Tod auf dem Schulhof] unveröffentlichte E. 1). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Eingabe ist demnach einzutreten.
2.- a) Die Beschwerdeführerin bestreitet die Zuständigkeit der Unabhängigen Beschwerdeinstanz. Diese sei einzig mit der Überwachung der Einhaltung der Programmbestimmungen betraut, d.h. jener rechtlich verbindlichen Regeln, welche die inhaltliche Gestaltung der Programme beträfen und die Zielrichtung von Art. 55bis aBV verfolgten. Die zu schützende "freie Meinungsbildung" im Sinne des Rundfunkrechts könne sich nur auf die Darstellung von Ereignissen bzw. von Sachverhalten politischer, sozialer oder kultureller Natur beziehen, da einzig bei diesen eine Beurteilung durch die staatlichen Konzessionsbehörden problematisch erscheine. Da es beim "Feldschlösschen"-Spot um eine bezahlte, im Werbeblock ausgestrahlte Reklame ohne politisch-sozialen Gehalt gegangen sei, falle dessen Überprüfung nicht in die Zuständigkeit der Beschwerdeinstanz. <ref-law> bzw. Art. 11 Ziff. 2 EUGF, welche eine irreführende Werbung untersagten, seien zudem keine Programmbestimmungen, sondern ausschliesslich Regelungen des Wettbewerbsrechts, weshalb auch insofern auf die Popularbeschwerde nicht hätte eingetreten werden dürfen.
b) Nach <ref-law> beurteilt die UBI "Beschwerden gegen ausgestrahlte Radio- und Fernsehsendungen schweizerischer Veranstalter"; dabei stellt sie fest, ob "Programmbestimmungen" einschlägiger internationaler Übereinkommen, des Radio- und Fernsehgesetzes, seiner Ausführungsvorschriften oder der Konzession verletzt worden sind (<ref-law>). Dem Bundesamt für Kommunikation obliegt dagegen die allgemeine konzessionsrechtliche Aufsicht über die Veranstalter (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> [SR 784. 401]). In diesem Rahmen hat es darüber zu wachen, dass die Konzessionäre die finanz- und betriebsrechtlichen Vorschriften der internationalen Übereinkommen, des Radio- und Fernsehgesetzes, der Ausführungsvorschriften dazu und der Konzession einhalten (<ref-law>; vgl. auch BBl 1981 III 118). Nach der zwischen der Beschwerdeinstanz und dem Bundesamt bzw. dem Eidgenössischen Verkehrs- und Energiewirtschaftsdepartement (EVED; heute: Eidgenössisches Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation [UVEK]) ausgebildeten Praxis liegen Aspekte mit Programmnatur vor, wenn es um Fragen der Meinungs- und Willensbildung, um die Transparenz einer Sendung oder um Probleme verfälschter Information geht. Nicht ausgeschlossen erscheint, dass sich inhaltliche und betriebliche Fragen überschneiden und im gleichen Fall sowohl das Departement wie die Unabhängige Beschwerdeinstanz zuständig sind (<ref-ruling> E. 3 S. 360 f.; VPB 55/1991 Nr. 35 S. 320 E. 2; vgl. auch Denis Barrelet, Droit de la communication, Bern 1998, Rz. 804 ff.; Martin Dumermuth, Rundfunkrecht, in: Koller/Müller/Rhinow/Zimmerli, Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Rz. 448; kritisch: derselbe, Die Programmaufsicht bei Radio und Fernsehen in der Schweiz, Basel/Frankfurt a.M. 1992, S. 194 ff.; Gabriel Boinay, La contestation des émissions de la radio et de la télévision, Porrentruy 1996, Rz. 19).
c) Das Bundesgericht hat diese Abgrenzung grundsätzlich geschützt (vgl. <ref-ruling> ff.) und wie folgt konkretisiert:
aa) Probleme bezüglich des "Rechts auf Antenne" fallen sowohl im Werbe- (soweit nicht ausschliesslich privatrechtlicher Natur) wie im redaktionellen Bereich nicht unter die Programmaufsicht, da die Unabhängige Beschwerdeinstanz nur "ausgestrahlte" und konkret bezeichnete Radio- und Fernsehsendungen auf ihre Rundfunkrechtskonformität überprüfen kann (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2b/cc und 3b; <ref-ruling> ff., 250 ff.; und zur Publikation bestimmtes Urteil vom 29. Oktober 1999 i.S. SSR c. Franz Weber u. UBI, E. 3). Stehen dagegen Form und Umfang der Beteiligung an einer ausgestrahlten Wahlsendung zur Diskussion, ist zu deren rundfunkrechtlicher Beurteilung die Unabhängige Beschwerdeinstanz zuständig (<ref-ruling> E. 1a/aa).
bb) Die Problematik, ob im Werbefernsehen ausgestrahlte Sendungen die einschlägigen Vorschriften respektieren (Dauer der Werbung, Bestimmungen über die Unterbrechungswerbung, Werbeverbot für alkoholische Getränke oder Tabakwaren usw. ), ist als technische bzw. finanzrechtliche Frage in erster Linie eine solche der konzessionsrechtlichen Aufsicht (<ref-ruling> ff.; <ref-ruling> E. 3c S. 361). Die entsprechenden Bestimmungen finden sich unter dem Titel "Finanzierung" im 4. Abschnitt des Kapitels "Allgemeine Bestimmungen" des Gesetzes; die Programmgrundsätze und -aufträge gelten in diesem Zusammenhang zudem bloss beschränkt (vgl. <ref-ruling> E. 3b u. c). Die Unabhängige Beschwerdeinstanz ist hier nur insoweit zum Entscheid berufen, als vorrangig Aspekte der freien Willensbildung zur Diskussion stehen, deren Beurteilung ihr aus staats- und medienpolitischen Gründen übertragen ist (<ref-ruling> E. 3c S. 361). Betreffen die tangierten Werbebeschränkungen die Transparenz und unverfälschte Meinungsbildung, geht der mit der Schaffung der Unabhängigen Beschwerdeinstanz verfolgte Zweck (verwaltungsunabhängige Sicherung der freien Meinungs- und Willensbildung des Zuschauers und Schutz der Programmautonomie) den formellen Kriterien vor. Dies ist etwa der Fall, soweit zur Diskussion steht, ob ein im Werbefernsehen ausgestrahlter Spot das Verbot politischer Werbung verletzt (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 361). Politische Inhalte gehören ins eigentliche Programm und sollen nicht mit der primär wirtschaftlich orientierten und tendenziell manipulativ wirkenden Werbung (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 410) vermischt werden. Geschieht dies dennoch, wird Programmrecht verletzt, da durch die Verwischung von Werbung und Programm (vgl. <ref-law>) die freie politische Meinungsbildung des Zuschauers berührt ist, deren verwaltungsunabhängige Wahrung aus staatspolitischen Gründen der Beschwerdeinstanz übertragen wurde (Dumermuth, Programmaufsicht, a.a.O., S. 185 f.).
cc) Durch die bezahlte oder unbezahlte Werbung im (redaktionellen) Programmteil wird vorab die Transparenz und die freie Willens- und Meinungsbildung berührt, weshalb auch hier grundsätzlich die Unabhängige Beschwerdeinstanz (allenfalls parallel zum Bundesamt) zuständig ist. Die Frage, ob das Programm als Plattform für Werbung missbraucht und insofern das Gebot der Trennung vom Programmteil verletzt wird, gehört zu der ihr vorbehaltenen Beurteilung (<ref-ruling> E. 5b S. 45 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 361).
d) aa) Mit der "Feldschlösschen"-Reklame stand ein im Rahmen von Werbeblöcken ausgestrahlter Spot zur Diskussion. Die Unabhängige Beschwerdeinstanz verneinte ihre Zuständigkeit, soweit umstritten war, ob dieser das Werbeverbot für alkoholische Getränke verletzte, da es sich dabei "primär um eine Frage der Einhaltung eines klar vorgegebenen Werberahmens handelt, wofür das BAKOM zuständig" sei. Sie erachtete sich aber für befugt, parallel dazu zu prüfen, ob der beanstandete Spot eine verpönte "irreführende Werbung" im Sinne von Art. 11 Ziff. 2 EUGF bzw. <ref-law> darstellte. Zu Unrecht:
bb) Zwar ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass bei der Kompetenzabgrenzung nicht allein entscheidend sein kann, ob es sich um eine Wirtschaftswerbung handelt oder nicht, sondern in erster Linie die sich stellenden rechtlichen Fragen ausschlaggebend sein müssen. Stehen dabei inhaltliche, die Meinungs- und Willensbildung des Publikums tangierende Aspekte im Vordergrund, ist primär die Beschwerdeinstanz zuständig, bei Gesichtspunkten finanzieller oder betrieblicher Art dagegen das Bundesamt. Ob ein Spot als solcher "täuschend" wirkt, beschlägt zwar - wie die Frage, ob eine Sendung im redaktionellen Teil des Programms dem Zuschauer erlaubte, sich ein eigenes Bild zu machen - die Transparenz und die Meinungs- und Willensbildung, weshalb auch insofern eine Zuständigkeit der UBI nicht zum Vornherein auszuschliessen ist. Eine solche muss jedoch entfallen, wenn die Täuschung des Zuschauers - wie hier - gerade und ausschliesslich darin liegen soll, dass ein bestimmtes Produkt trotz Werbeverbots bzw. in Umgehung eines solchen beworben wird.
cc) Die Überwachung der Einhaltung der gesetzlichen Finanzierungsvorschriften obliegt der konzessionsrechtlichen Aufsichtsbehörde, die im vorliegenden Fall von Amtes wegen tätig wurde. Die Beschwerdeinstanz kam ihrerseits zum Schluss, dass mit dem umstrittenen Spot nicht in erster Linie auf das vordergründig beworbene Produkt (alkoholfreies Bier der Marke "Schlossgold") Bezug genommen wurde, sondern primär eine Werbewirkung für "Feldschlösschen"-Bier im Allgemeinen und insbesondere das alkoholhaltige erzielt werden sollte. Wenn sie davon ausging, das Publikum sei deswegen insofern getäuscht worden, als gestützt auf den konkreten Spot der Eindruck habe entstehen müssen, "die Fussballer würden nach einem anstrengenden Match ein eisgekühltes Bier des Unternehmens 'Feldschlösschen' und damit ein alkoholhaltiges Bier trinken", beurteilte sie letztlich nichts anderes, als die - auch nach ihrem Entscheid - gerade dem Bundesamt vorbehaltene Frage, ob das Werbeverbot für alkoholhaltige Getränke verletzt worden ist. Wie im Entscheid "Camel Trophy", wo eine Umgehung des Werbeverbots für Tabakwaren mittels Imagetransfers zu beurteilen war, stand damit vorliegend ausschliesslich die Zulässigkeit einer Wirtschaftswerbung und damit ein finanzrechtlicher Aspekt zur Diskussion, dessen Beurteilung den Konzessionsbehörden vorbehalten ist (<ref-ruling> E. 3). Beschlägt die Täuschung des Zuschauers ein konkretes Werbeverbot, das aus gesundheitspolitischen Gründen der Werbung als Finanzierungsmittel Grenzen setzt, bestehen weder staats- noch medienpolitische Gründe, die entsprechende Kontrolle den konzessionsrechtlichen Aufsichtsbehörden zu entziehen. Die betriebsrechtlichen Aspekte überwiegen in diesem Fall, und der mit der Umgehung des Werbeverbots verbundenen Täuschung kommt keine eigenständige Bedeutung zu. Die allgemeine Aufsicht über das Geschäftsgebaren des Konzessionärs ist nicht Sache der Unabhängigen Beschwerdeinstanz (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 360, mit Hinweisen).
dd) Der Tatbestand der "täuschenden Werbung" darf nicht so weit ausgedehnt werden, dass den übrigen Werbeverboten keine eigenständige Bedeutung mehr zukommt; jeder Werbung wohnt ein gewisses manipulatives Element inne (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 410). Nach den Erläuterungen zu Art. 11 Ziff. 2 EUGF, wonach täuschende bzw. den Interessen der Konsumenten schadende Werbung untersagt ist, bezieht sich diese Regelung vorab auf Fälle, in denen das Vertrauen oder die Unkenntnis des Konsumenten ausgenutzt wird (Rapport explicatif relatif à la Convention européenne sur la télévision transfrontière, Strasbourg 1990, Rz. 161, S. 37). Die Umgehung des Werbeverbots für alkoholische Getränke fällt nicht hierunter, sondern missachtet vorab direkt das entsprechende, Gegenstand der Finanzierungsvorschriften bildende Werbeverbot. Entgegen dem weiteren Einwand der Beschwerdeführerin sind Art. 11 Ziff. 2 EUGF bzw. <ref-law> aber keine wettbewerbsrechtlichen Bestimmungen ohne eigenständige Bedeutung. Das Verbot der irreführenden Werbung in <ref-law> ist rundfunkrechtlicher Natur und kann deshalb bei einer Verletzung auch unabhängig von wettbewerbsrechtlichen Verfahren konzessionsrechtliche Sanktionen seitens der Aufsichtsbehörden nach sich ziehen.
3.- a) Nach dem Gesagten ist die vorliegende Beschwerde begründet und der angefochtene Entscheid deshalb antragsgemäss aufzuheben. Eine Überweisung der Sache an das zuständige Bundesamt erübrigt sich, nachdem das entsprechende Verfahren dort bereits hängig und ein erster Entscheid ergangen ist.
b) Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind keine Kosten zu erheben (vgl. Art. 156 Abs. 2 OG). Der nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin ist keine Parteientschädigung geschuldet (vgl. Art. 159 OG; unveröffentlichte E. 6 von <ref-ruling> ff.).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, und der angefochtene Entscheid der Unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen vom 22. Januar 1999 wird aufgehoben.
2.- Es werden keine Kosten erhoben und keine Entschädigungen zugesprochen.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und der Unabhängigen Beschwerdeinstanz für Radio und Fernsehen sowie X._ und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (diesen zur Information) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 13. Januar 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: