Fatti:
A. Il 18 ottobre 1994 B._ ha subito un infortunio sul cantiere per la costruzione della nuova sede di X._.
Stando a quanto indicato nel rapporto INSAI del 3 aprile 1995, verso le 16.00 di quel giorno B._ è salito sulla soletta in costruzione al primo piano del blocco A, locale 067, e si è spostato all'estremità sud-est per discutere con i suoi collaboratori del tracciamento della zona dove dovevano essere posati i cavi elettrici, quando improvvisamente un pannello della casseratura si è ribaltato sotto i suoi piedi, così ch'egli è caduto sul pavimento sottostante riportando gravi fratture alla gamba sinistra, per le quali gli è stato riconosciuto un grado d'invalidità del 75 % a far tempo dal 1° ottobre 1995.
B. Il 26 aprile 1996 B._ ha sporto denuncia penale nei confronti di A._, G._ e I._ della G._SA, ditta alla quale erano state deliberate le opere da impresario costruttore sul citato cantiere, per titolo di lesioni colpose. In tale contesto egli ha in particolare evidenziato la responsabilità di A._, che nella sua veste di capo cantiere gli aveva ordinato di iniziare il lavoro senza renderlo attento che i lavori di casseratura nel locale 067 non erano ancora stati ultimati.
La procedura si è conclusa il 22 aprile 2002, quando il Procuratore pubblico ha decretato l'abbandono del procedimento a carico di A._ e il non luogo a procedere nei confronti di G._ e I._, constatando l'intervenuta prescrizione dei reati.
C. Parallelamente al procedimento penale, il 31 dicembre 1997 B._ unitamente alla moglie e ai figli, ha avviato una causa civile fondata sugli art. 41 e 55 CO nonché sull'<ref-law> e tendente al pagamento di complessivi fr. 2'026'491.--, oltre interessi, poi ridotti a fr. 1'435'448.-- (di cui 1'056'922.-- per la moglie, fr. 348'526.-- per C._ e fr. 15'000.-- ciascuno per i figli).
Nell'ambito di tale causa egli ha convenuto in giudizio: l'ingegner P._, al cui studio era stata affidata la direzione lavori del cantiere dove si è verificato l'infortunio, sul quale operava tramite J._, anch'egli convenuto in giudizio; l'impresa G._SA, di cui s'è già detto, così come il suo amministratore delegato G._ e i dipendenti I._ e A._; la società K._AG, incaricata dell'esecuzioni dei casseri e per la quale, al momento dell'incidente, erano presenti sul cantiere gli operai L._ e M._, anch'essi convenuti in giudizio. A tutti è stato in sostanza rimproverato di non aver garantito la sicurezza del cassero su cui è salito B._.
Tutti i convenuti si sono opposti alla petizione, eccependo fra l'altro anche la prescrizione dell'azione e la litispendenza. Essi hanno inoltre denunciato la lite alla ditta N._SA - che aveva assunto la progettazione e la direzione dei lavori dell'impianto elettrico del nuovo archivio - e a O._ - che per conto di questa ditta si era occupato del progetto esecutivo e della sorveglianza sul cantiere. Anche i denunciati in lite hanno sollevato l'eccezione di prescrizione.
Statuendo il 27 ottobre 2006, il Pretore del Distretto di Bellinzona ha integralmente disatteso le pretese degli attori. Sulla scorta delle varie risultanze istruttorie il giudice ha infatti stabilito che "l'infortunio non è stato causato da un qualsivoglia atto illecito di terzi, bensì esclusivamente da un'imprudenza dell'attore medesimo, per essere salito su una struttura instabile poiché non ancora terminata, quando avrebbe potuto e dovuto rendersi conto che così facendo avrebbe messo a repentaglio la propria incolumità". Difettando uno dei requisiti necessari alla responsabilità dei convenuti, il Pretore ha respinto la petizione senza vagliare le eccezioni di prescrizione e di litispendenza.
D. Adita dai soccombenti, con sentenza del 29 agosto 2008 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha parzialmente accolto la loro impugnativa.
D.a Al punto I del dispositivo la Corte cantonale ha quindi riformato la pronunzia pretorile del 27 ottobre 2006 come segue:
"1. Le eccezioni di prescrizioni sollevate dai convenuti P._, J._, G._SA, H._, I._, K._AG, L._ e M._ sono accolte. Di conseguenza la petizione nei loro confronti è respinta.
2. Le eccezioni di prescrizione e di litispendenza sollevate dal convenuto A._ sono respinte.
3. La tassa di giustizia di fr. 6'000.-- e le spese di fr. 3'000.--, da anticipare dagli attori, restano a loro carico in solido in ragione di 1⁄2 e per la rimanenza sono a carico del convenuto A._.
Gli attori rifonderanno, con vincolo di solidarietà, fr. 70'000.-- complessivi ai convenuti P._ e J._, fr. 61'000.-- complessivi ai convenuti G._SA, H._ e I._, fr. 70'000.-- complessivi ai convenuti K._AG e L._ e fr. 70'000.-- al convenuto M._.
Agli intervenuti in lite O._ ed N._SA non si assegnano ripetibili.
A._ rifonderà agli attori l'importo complessivo di fr. 9'000.-- per ripetibili parziali."
Al punto II del dispositivo la II Camera civile del Tribunale d'appello ha dipoi pronunciato il rinvio degli atti al Pretore "per l'emanazione di un nuovo giudizio sulle spese (attuali e future), sul danno (attuale e futuro) e sulla riparazione morale, nonché su tasse, spese di giustizia e ripetibili in relazione al convenuto A._".
D.b In breve, a differenza del Pretore, i giudici della massima istanza ticinese hanno esaminato preliminarmente l'eccezione di prescrizione sollevata dai convenuti in causa, accogliendola per tutti salvo A._.
Rammentate le regole che disciplinano la prescrizione delle azioni di risarcimento e riparazione fondate sulla responsabilità per atto illecito, e in particolare l'<ref-law>, giusta il quale se l'"azione deriva da un atto punibile, a riguardo del quale la legislazione penale stabilisca una prescrizione più lunga, questa si applica anche all'azione civile", e rilevato che il Procuratore aveva abbandonato il procedimento penale nei confronti di A._ a causa della prescrizione, senza pronunciarsi sulla punibilità oggettiva del suo comportamento, i giudici del Tribunale d'appello si sono chinati su tale questione, giungendo alla conclusione che A._ si è reso colpevole dei reati penali di violazione colposa delle regole dell'arte edilizia (art. 229 cpv. 2 vCP) e lesioni colpose gravi (art. 125 cpv. 1 e 2 vCP).
Dalle tavole processuali è infatti emerso che, secondo la prassi in atto sul cantiere, A._ - nella sua veste di direttore dei lavori da capomastro - adempiva anche il compito di informare direttamente gli artigiani elettricisti sull'accessibilità al cassero. Egli aveva dunque il dovere di prudenza di accertarsi della sicurezza del cassero e di autorizzare l'accessibilità degli artigiani, direttamente o per il tramite della direzione locale dei lavori solo quando la sicurezza fosse garantita. Venendo ai fatti accaduti il 18 ottobre 1994 i giudici hanno osservato come dagli atti non risulti che quel giorno A._ abbia conferito con i casseratori sulla sicurezza del cassero o fatto accertamenti personali sulla sicurezza dei pannelli; è per contro certo che nel pomeriggio egli ha chiesto a B._ "di iniziare subito i tracciamenti sul cassero soletta blocco A" e una simile richiesta da parte sua poteva senz'altro venir interpretata nel senso che il cassero era agibile dal profilo della sicurezza. Poco importa che fra le parti non vi fosse un rapporto di subordinazione: viste le competenze e le mansioni che aveva sul cantiere, A._ adempiva infatti inequivocabilmente il ruolo di garante della sicurezza del cassero per rapporto a B._. La richiesta di salire sul cassero formulata da A._ a B._, senza essersi accertato per imprevidenza colpevole della sicurezza del cassero - hanno concluso i giudici del Tribunale d'appello - costituisce la causa naturale ed adeguata dell'evento che poi si è realizzato: la caduta di B._ dal cassero, rivelatosi non sicuro, con le conseguenti gravi e invalidanti ferite. Donde l'applicabilità della prescrizione più lunga prevista dalla legislazione penale, di modo che l'azione civile nei confronti di A._ non è prescritta.
Ciò posto, i giudici del Tribunale d'appello hanno escluso la possibilità di imputare a B._ una colpa tale da annullare la responsabilità di A._. Alla vittima dell'infortunio è stata riconosciuta solo una colpa concomitante di grado lieve - per essersi mosso con disinvoltura sul cassero, nonostante i segnali che consigliavano perlomeno di dubitare della sua sicurezza - la cui incidenza è stata valutata nell'ordine di grandezza del 10 % e va considerata nell'ambito del risarcimento del danno. Danno che la II Camera civile ha ritenuto di non poter quantificare, non disponendo di dati sufficientemente chiari e aggiornati; di qui il rinvio degli atti al Pretore in relazione a A._ per l'emanazione di un nuovo giudizio.
E. Il 2 ottobre 2008 A._ è insorto dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto ad ottenere, in via principale, la modifica del dispositivo n. 2 della sentenza impugnata nel senso di accogliere l'eccezione di prescrizione anche per quanto lo riguarda e di annullare quindi il giudizio della II Camera civile del Tribunale d'appello nonché, in via subordinata, di limitare la sua corresponsabilità a un massimo del 20 %.
Con risposta del 4 novembre 2008 B._, C._, D._ e E._ hanno proposto la reiezione del gravame. L'autorità cantonale ha invece rinunciato a presentare osservazioni.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2, 629 consid. 2).
2. Il gravame in rassegna potrebbe venir dichiarato inammissibile già in considerazione del tenore delle domande ivi formulate, che non ossequiano i requisiti legali.
2.1 Giusta l'<ref-law> il ricorso deve infatti "contenere le conclusioni", ovverosia specificare le modifiche auspicate.
Dato che il ricorso in materia civile ha principalmente effetto riformatorio (<ref-law>) la parte ricorrente non può, di principio, limitarsi a postulare genericamente l'annullamento della pronunzia impugnata o il rinvio della causa all'autorità precedente, bensì deve formulare una conclusione chiara sul merito della controversia. Il rinvio all'autorità cantonale rimane inevitabile - e la semplice domanda in tal senso ammissibile - solo qualora il giudizio impugnato non contenga gli accertamenti di fatto necessari per l'applicazione del diritto (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 3.1).
2.2 In concreto, il ricorrente propone che la sentenza impugnata venga riformata nel modo seguente:
"1. Il dispositivo n. 2 della sentenza è annullato e la eccezione di prescrizione di A._ è accolta; di conseguenza il giudizio della Camera civile del Tribunale d'appello è annullato".
Così come formulata, la domanda del ricorrente non soddisfa i requisiti sopra descritti, giacché si limita a postulare l'annullamento della sentenza cantonale - il cui dispositivo è stato parzialmente riprodotto al consid. D.a - senza indicare con la necessaria chiarezza e precisione le modifiche auspicate. Egli avrebbe semmai dovuto postulare la modifica della sentenza impugnata nel senso dell'integrale reiezione dell'appello degli opponenti e, di conseguenza, della reiezione della petizione (anche) nei suoi confronti per intervenuta prescrizione.
Quanto esposto in relazione alla domanda principale vale a maggior ragione per quella subordinata, in cui il ricorrente chiede genericamente che il giudizio impugnato venga mutato nel senso che "la corresponsabilità di A._ è fissata al massimo nel 20 %" e che "le spese giudiziarie e ripetibili concernenti A._", non meglio quantificate, vengano "assegnate tenendo conto delle soccombenze".
3. Sia come sia, il ricorso risulta in ogni caso inammissibile siccome non rivolto contro una decisione finale ai sensi dell'<ref-law>, bensì contro una decisione incidentale, senza che siano adempiute - né tantomeno addotte - le condizioni poste dall'<ref-law> per poter eccezionalmente impugnare una decisione di questo genere.
3.1 Il ricorrente sembra invero essersi avveduto di questo problema. In ingresso al proprio allegato egli assevera infatti che "contestabile è la decisione nella misura in cui impugnati sono la negazione della prescrizione dell'azione nonché la quota di corresponsabilità (10 %) attribuita dal Giudice cantonale al leso (dispositivo n. 2) e 9/10 del danno a carico del ricorrente (sentenza pag. 38). Su questi punti il giudizio cantonale non è più impugnabile davanti al Giudice cantonale ed è quindi rispettata la norma di cui all'<ref-law>."
3.2 Il ricorso al Tribunale federale è di principio proponibile contro le decisioni che mettono fine al procedimento (<ref-law>), contro le decisioni parziali indicate nell'<ref-law> - che sono decisioni parzialmente finali - così come contro le decisioni pregiudiziali e incidentali separate dal merito che riguardano la competenza o la ricusazione (<ref-law>), trattandosi di questioni che necessitano di essere chiarite immediatamente e non possono più essere sollevate ulteriormente (<ref-ruling> consid. 2.1).
Contro altre decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente il ricorso è ammissibile soltanto alle condizioni poste dall'<ref-law>.
3.2.1 Una decisione è finale ai sensi dell'<ref-law> se termina la procedura giudiziaria, sia per una ragione processuale sia per una ragione di diritto materiale (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2.2). È per contro una decisione pregiudiziale o incidentale quella presa in corso di procedura, che rappresenta solamente una tappa verso la decisione finale; essa può vertere su di una questione formale o materiale, giudicata prima della decisione finale (<ref-ruling> consid. 2.2 con rinvii).
Secondo la giurisprudenza, le decisioni di rinvio, con le quali la causa viene rinviata all'autorità inferiore per nuovo giudizio, sono di principio decisioni incidentali e ciò anche qualora in esse vengano giudicate una o più questioni di diritto materiale litigiose (<ref-ruling> consid. 4.2 e 4.3 pag. 481 seg.; <ref-ruling> consid. 3.2 pag. 790).
3.2.2 In concreto, nella decisione impugnata i giudici ticinesi hanno effettivamente statuito su questioni di diritto materiale quali la responsabilità di A._ per atto illecito e la colpa concomitante di B._. La procedura non è però conclusa, giacché non si è deciso sulla pretesa di risarcimento danni e riparazione morale che gli opponenti hanno fatto valere in petizione. Al punto II del dispositivo della loro sentenza i giudici ticinesi hanno esplicitamente pronunciato il rinvio degli atti al Pretore "per l'emanazione di un nuovo giudizio sulle spese (attuali e future), sul danno (attuale e futuro) e sulla riparazione morale, nonché su tasse, spese di giustizia e ripetibili in relazione al convenuto A._". Si tratta quindi di una decisione incidentale ai sensi dell'<ref-law>.
3.3 Contro decisioni pregiudiziali e incidentali notificate separatamente il ricorso è ammissibile soltanto se "esse possono causare un pregiudizio irreparabile" (<ref-law>) oppure "se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa" (<ref-law>); se il ricorso in virtù del capoverso 1 non è ammissibile o non è stato interposto, le decisioni pregiudiziali e incidentali possono essere impugnate mediante ricorso contro la decisione finale in quanto influiscano sul contenuto della stessa (<ref-law>).
3.3.1 Il pregiudizio irreparabile di cui all'<ref-law> dev'essere di natura giuridica e non deve poter essere ulteriormente completamente eliminato, nemmeno mediante l'emanazione di una decisione finale favorevole alla parte ricorrente (<ref-ruling> consid. 2.1 e 2.2). Ciò vale in particolare quando la decisione incidentale contestata non può più essere impugnata con la decisione finale, ciò che rende impossibile il suo controllo da parte del Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 2.3.1 pag. 632).
Questa eventualità non è manifestamente realizzata nel caso in esame, né peraltro il ricorrente lo pretende. Di per sé nulla gli impedisce infatti di criticare le considerazioni dei giudici ticinesi in merito alla prescrizione, alla sua responsabilità e alla colpa concomitante della vittima dell'infortunio contestualmente all'impugnazione della decisione finale di merito sulle pretese di risarcimento avanzate dagli opponenti.
3.3.2 Occorre quindi esaminare se il ricorso risulti ammissibile sotto il profilo dell'<ref-law>. Pacifico che l'accoglimento del ricorso e l'annullamento della sentenza impugnata per intervenuta prescrizione porrebbero fine all'azione promossa dagli opponenti, occorre stabilire se in questo modo verrebbe evitata "una procedura probatoria defatigante o dispendiosa".
Secondo costante giurisprudenza, spetta alla parte che ricorre il compito di allegare e dimostrare che una decisione finale immediata permetterebbe di evitare una procedura probatoria lunga e costosa, a meno che ciò non risulti in maniera manifesta dal giudizio impugnato o dalla natura del litigio; in particolare, la parte ricorrente deve indicare in maniera dettagliata quali questioni di fatto sono ancora litigiose, quali prove devono ancora essere amministrate e per quali ragioni la loro assunzione risulterà lunga e costosa (<ref-ruling> consid. 2.4.2 pag. 633 con rinvii; cfr. anche sentenza 4A_493/2008 del 10 dicembre 2008 consid. 4.2.1).
In concreto, il ricorrente non spende una parola a questo proposito, donde l'inammissibilità del gravame.
Abbondanzialmente si può comunque osservare che nemmeno questo requisito è adempiuto. L'ottenimento dei dati aggiornati in merito alle spese fatte valere dagli opponenti e al danno patito non darà luogo a un'istruttoria lunga e costosa. Per il resto, il rinvio al Pretore avviene affinché egli esamini il grado d'invalidità - "sussistendo apparentemente una divergenza tra il grado d'invalidità del 75 % menzionato nel considerando A della decisione dell'Ufficio AI del 27 settembre 1996 [...] e l'incapacità lucrativa del 50 % concordata da B._ con la SUVA il 14 ottobre 1999" - e valuti, al momento della determinazione delle pretese pecuniarie degli opponenti, se e a quali condizioni debbano essere dedotte anche le rendite d'incapacità di guadagno versate alla parte lesa da assicurazioni private, in conseguenza all'evento invalidante.
4. In conclusione, il ricorso dev'esser dichiarato inammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF). Dato che l'esame del gravame ha causato al Tribunale federale un dispendio limitato le spese giudiziarie possono venir ridotte; lo stesso non può valere per l'indennità per ripetibili della sede federale spettante alle controparti, che hanno introdotto un allegato di risposta.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 6'000.-- sono poste a carico del ricorrente, il quale rifonderà agli opponenti fr. 14'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.