Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich stellte am 26. Juni 1981 die Strafuntersuchung gegen X._ wegen vorsätzlicher Tötung infolge Zurechnungsunfähigkeit ein und ordnete eine stationäre Massnahme im Sinne von Art. 43 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB an.
Das Obergericht des Kantons Zürich entliess X._ am 17. Dezember 1997 aus der stationären Massnahme, stellte ihn unter Schutzaufsicht und erteilte ihm die Weisung, sich in regelmässige ärztliche Behandlung zu begeben.
B. Das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich stellte am 28. September 2007 fest, dass die Fünfjahresfrist der bedingten Entlassung aus dem stationären Massnahmevollzug erreicht worden sei (<ref-law>), und verfügte die Fortsetzung der Probezeit bis zum Entscheid des Obergerichts.
Nachdem das Kassationsgericht des Kantons Zürich einen ersten Entscheid des Obergerichts aufgehoben hatte und X._ von diesem persönlich angehört worden war, beschloss das Obergericht am 19. Dezember 2008, die Probezeit der bedingten Entlassung und die damit verbundene Schutzaufsicht sowie die Weisung, sich regelmässig ärztlich behandeln zu lassen, um drei Jahre zu verlängern.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz hätte vor ihrem Entscheid ein neues Gutachten einholen müssen. Das letzte datiere aus dem Jahre 2005, doch habe sich die Ausgangslage seither gewandelt. Gemäss Therapiebericht vom 19. August 2008 hätten sich die sozialen Fertigkeiten des Beschwerdeführers weiter entwickelt. Zudem scheine er sich in einem gewissen Masse mit dem Delikt auseinander zu setzen. Er habe sich diesbezüglich an theologische Instanzen gewendet. Der letzte besondere Vorfall, als er drei Pfleger verletzt habe, gehe auf September 2000 zurück. Seither habe er sich klaglos verhalten, die Weisungen eingehalten und die Medikamente immer gemäss Vorgabe eingenommen. Er gehe auch regelmässig seiner Arbeit im Drahtzug in Zürich nach. Seit Oktober 2003 habe sich auch seine Wohnsituation entscheidend geändert, indem er in eine betreute Wohngruppe eingetreten sei, wo es keine negativen Vorkommnisse gegeben habe.
2. Gemäss <ref-law> stützt sich das Gericht namentlich beim Entscheid über die Anordnung einer Massnahme nach den Art. 59-61 und 63 StGB auf eine sachverständige Begutachtung ab. Diese äussert sich über die Notwendigkeit und die Erfolgsaussichten einer Behandlung des Täters (lit. a), die Art und Wahrscheinlichkeit weiterer möglicher Straftaten (lit. b) und die Möglichkeiten des Vollzugs der Massnahme (lit. c).
Zunächst stellt sich die Frage, ob die Verlängerung der Probezeit einer stationären Massnahme gemäss <ref-law> gestützt auf ein ärztliches Gutachten zu entscheiden ist. Rechtsprechung und Lehre verlangen dies für Abänderungsentscheide gemäss Art. 63b Abs. 2 und 5 StGB (<ref-ruling> E. 4.3, 128 IV 241 E. 3.3; MARIANNE HEER, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch I, 2. Auflage, Art. 63b N. 4). Danach ist stets aufgrund eines ärztlichen Gutachtens zu entscheiden, ob die ambulante Massnahme aussichtslos oder erfolglos ist, was den Vollzug der Freiheitsstrafe nach sich zieht (Abs. 2), bzw. ob die ambulante Massnahme in eine stationäre umzuwandeln ist (Abs. 5). Die Verlängerung der Probezeit des Beschwerdeführers hat zur Folge, dass er weiterhin unter Schutzaufsicht steht und Medikamente einnehmen muss, die (auch) seine sexuelle Selbstbestimmung beeinträchtigen. Da diese Folgen für den Beschwerdeführer von erheblicher Tragweite sind, muss der Entscheid über die Verlängerung der Probezeit auf ein ärztliches Gutachten abgestützt sein.
Zur Beantwortung der Frage, ob ein früheres Gutachten hinreichend aktuell ist, ist nicht primär auf das formelle Kriterium des Alters des Gutachtens abzustellen. Massgeblich ist vielmehr die materielle Frage, ob Gewähr dafür besteht, dass sich die Ausgangslage seit der Erstellung des Gutachtens nicht gewandelt hat. Soweit ein früheres Gutachten mit Ablauf der Zeit und zufolge veränderter Verhältnisse an Aktualität eingebüsst hat, sind neue Abklärungen unabdingbar (<ref-ruling> E. 4.3; MARIANNE HEER, a.a.O., Art. 56 N. 67 ff. und Art. 63b N. 4).
3. Die Vorinstanz führt zunächst diverse Gutachten und Berichte auf (angefochtener Entscheid S. 6-16) und kommt zum Schluss, aufgrund der jahrelangen Behandlung und den vielen Begutachtungen sei davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer an einer Schizophrenie vom paranoiden Typus mit einem Residuum leide. Ein Indiz für die Aktualität dieser Diagnose bildeten die Stellungnahme der Fachkommission vom 9. Juli 2007 sowie die Therapieberichte vom 14. August 2007 und vom 19. August 2008. Es bestünden damit deutliche Hinweise in den Akten, dass sich diese chronische und schwere Störung nicht verändert habe.
Mit dieser Begründung, dass sich das Krankheitsbild und seine Problematik grundsätzlich nicht geändert haben, setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Seine Ausführungen betreffen ausschliesslich relativ unbedeutende Änderungen in der Lebensführung, die sich zwanglos mit der regelmässigen Medikation des Beschwerdeführers erklären lassen. Aus sämtlichen auch neueren Berichten geht hervor, dass bei ihm eine Krankheitseinsicht fehle, was eine Voraussetzung wäre, um die Rückfallgefahr zu vermindern (angefochtener Entscheid S. 13 ff. Ziff. 3.8-3.10). Vor Schranken zeigte der Beschwerdeführer denn auch keinerlei Krankheitseinsicht und lehnte jede Therapie ab (a.a.O., S. 17 Ziff. 5).
Unter diesen Umständen verletzte die Vorinstanz kein Bundesrecht, wenn sie es ablehnte, vorgängig ein neues Gutachten erstellen zu lassen. Damit erweist sich die Beschwerde als unbegründet.
4. In einer persönlichen Eingabe (act. 5) legt der Beschwerdeführer insbesondere dar, wie er die angeordneten Massnahmen und Auflagen empfindet, und verlangt, dass er endgültig entlassen werde.
Da er sich mit der Begründung im angefochtenen Entscheid nicht auseinandersetzt, kann auf seine Ausführungen nicht eingetreten werden.
5. Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Da seine Begehren von vornherein aussichtslos erschienen, ist das Gesuch abzuweisen (<ref-law>). Folglich wird er kostenpflichtig (<ref-law>). Bei der Bemessung der Kosten ist jedoch seinen finanziellen Verhältnissen Rechnung zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Borner