Faits:
A. En 1995, X._ a été engagé par l'Ecole d'ingénieurs et d'architectes du canton de Fribourg (ci-après: l'EIAF) en qualité de mécanicien dans le département de mécanique. En novembre 2001, le prénommé a sollicité un entretien de qualification en vue d'une augmentation de salaire. L'entretien a eu lieu le 18 décembre 2001 en présence du doyen du département de mécanique, du directeur et de l'administrateur de l'EIAF. Le travail de l'intéressé a été évalué sur la base de cinq critères: le comportement au travail et le respect des prescriptions et directives ont notamment été jugés insuffisants. Il a également été relevé que X._ entretenait un mauvais climat dans son entourage, qu'il manquait de respect vis-à-vis des préposés, qu'il ne respectait pas les heures de travail et qu'il effectuait du travail personnel durant lesdites heures. Il a été prié "d'améliorer immédiatement son comportement au travail, d'afficher un niveau de qualité et de conscience professionnelle, d'assiduité et d'initiative que l'EIAF est en mesure d'attendre d'un professionnel".
Le 8 mai 2002, suite à la demande de réexamen de la qualification, déposée par l'intéressé, un nouvel entretien a été conduit par le directeur et l'administrateur de l'EIAF. Les résultats de la qualification du 18 décembre 2001 ont été confirmés dans une décision du 14 mai 2002. Saisi d'un recours contre cette décision, le Conseil d'Etat du canton de Fribourg (ci-après: le Conseil d'Etat) l'a rejeté par arrêt du 10 octobre 2006.
X._ a démissionné de son poste avec effet au 31 décembre 2007.
B. Par arrêt du 9 octobre 2008, la Ire Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté, dans la mesure où il était recevable, le recours formé par X._ contre la décision du Conseil d'Etat. Elle a considéré en substance que la procédure de réexamen s'était déroulée de manière conforme au règlement sur les voies de droit relatives aux qualifications périodiques du personnel de l'Etat du 26 janvier 1988 (RSF 122.70.22). Elle a ajouté que la qualité pour recourir de X._ pouvait être mise en doute faute d'intérêt actuel, la qualification contestée en 2001 n'ayant pas entraîné l'ouverture d'une procédure administrative et n'étant plus susceptible d'influencer de manière directe le statut de l'intéressé au sein de l'EIAF, sept ans après son prononcé.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal et de renvoyer la cause à celui-ci pour nouvelle décision au sens des considérants.
Le Conseil d'Etat et le Tribunal cantonal concluent à l'irrecevabilité du recours. Par courrier du 24 février 2009, le recourant persiste dans ses conclusions et forme un recours constitutionnel subsidiaire.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours dont il est saisi (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 3).
1.1 Conformément à l'art. 100 LTF, le recours contre une décision doit être déposé devant le Tribunal fédéral dans les 30 jours qui suivent sa notification. Le recours constitutionnel subsidiaire formé lors du dépôt des observations le 24 février 2009 est tardif et doit donc être déclaré irrecevable.
1.2 La voie du recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF est en principe ouverte contre les décisions en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation pécuniaire (art. 83 let. g LTF a contrario).
En l'espèce, le recourant estime que la contestation serait de nature pécuniaire, dans la mesure où son recours tend à une nouvelle évaluation de ses qualifications qui pourrait conduire à une augmentation de salaire. Pour le Conseil d'Etat et le Tribunal cantonal au contraire, l'entretien d'évaluation tel qu'il est prévu à l'art. 22 de la loi sur le personnel de l'Etat du 17 octobre 2001 (RSF 122.70.1) n'a pas de but économique et ne peut être apprécié en argent. Il ressort en effet des directives du Conseil d'Etat relatives à la qualification périodique du personnel, que la procédure de qualification périodique à laquelle tous les collaborateurs de l'Etat de Fribourg sont soumis "a pour but de créer des bases permettant de mettre en valeur les qualités professionnelles individuelles des collaborateurs et collaboratrices et de fournir des éléments fiables pour les décisions susceptibles d'être prises en matière de gestion du personnel" (point 2 desdites directives). L'entretien de qualification se distinguerait ainsi de la promotion laquelle a pour conséquence une progression dans les classes salariales. La question de savoir si une décision de qualification peut être considérée comme une contestation de nature pécuniaire peut toutefois demeurer indécise, compte tenu de ce qui suit.
1.3 Pour que le recours soit recevable, il faut encore en principe que la valeur litigieuse minimale atteigne 15'000 francs (art. 85 al. 1 let. b LTF). Dans son recours, le recourant allègue que la valeur litigieuse avoisinerait les 15'600 francs: son calcul prend en compte une augmentation de 200 francs par mois, payée treize fois l'an durant la période de 2002 à 2007. Le Conseil d'Etat relève, preuves à l'appui, que le recourant a obtenu un congé non payé en 2007, qu'il a démissionné au 31 décembre 2007 et que son taux d'activité est passé de 100% à 60% en février 2004. En admettant qu'une éventuelle promotion aurait valu au recourant une augmentation de salaire respectivement de 200 francs par mois pour un engagement à 100% et de 120 francs par mois pour taux d'activité de 60%, la valeur litigieuse devrait être arrêtée à 9'960 francs. Dans ses observations, le recourant ne conteste ni avoir obtenu un congé non payé, ni avoir diminué son taux d'activité, ni avoir démissionné. Il allègue cependant qu'il n'aurait ni réduit son temps de travail, ni démissionné, si une première augmentation de salaire lui avait été accordée. Ces expectatives ne sont pas susceptibles de mettre en cause le calcul de la valeur litigieuse effectué par le Conseil d'Etat. Il s'ensuit que la valeur litigieuse déterminante de l'art. 85 al. 1 let. b LTF n'est pas atteinte et que, sous cet angle, le recours en matière de droit public doit être déclaré irrecevable.
2. Par conséquent, les recours sont irrecevables. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais de la présente procédure (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours sont irrecevables.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Conseil d'Etat du canton de Fribourg et à la Ire Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg.
Lausanne, le 3 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Tornay