Sachverhalt:
A. X._ trat 1985 als Angestellter der Einwohnergemeinde Interlaken in den Dienst der Ortspolizei und war seit dem 1. März 2001 Leiter der Uniformpolizei. Am 4. März 2002 wurde gegen ihn ein polizeiliches Ermittlungsverfahren wegen Verdachts auf Veruntreuung von Parkuhrengeldern eröffnet. Mit Bericht vom 17. Juni 2002 stellte die Treuhandgesellschaft Y._ AG fest, der Gemeinde Interlaken seien zwischen Juni 2000 und April 2002 Einnahmen aus der Bewirtschaftung ihrer Parkuhren in der Höhe von CHF 295'733.83 entgangen. Mit Verfügung vom 11. September 2002 eröffnete das Untersuchungsrichteramt IV Berner Oberland gegen X._ ein Strafverfolgungsverfahren.
Am 18. März 2002 wurde X._ beurlaubt und am 6. Mai 2002 freigestellt. Mit Verfügung vom 12. Februar 2003 kündigte die Gemeinde das Anstellungsverhältnis per 31. Mai 2003. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die von X._ gegen die Kündigung gerichtete Beschwerde mit Urteil vom 5. November 2003 ab. Dieses Urteil blieb unangefochten.
Das Kreisgericht XI Interlaken-Oberhasli sprach X._ mit Urteil vom 7. Mai 2004 von der Anschuldigung des gewerbsmässigen Diebstahls frei. Dieses Urteil erwuchs ebenfalls in Rechtskraft.
Am 20. April 2006 verfügte die Gemeinde, X._ habe ihr Schadenersatz im Betrag von CHF 60'000.-- zu entrichten. Zur Begründung führte sie an, X._ sei für die Kontrolle der Einnahmen aus Parkgebühren und für die Verwaltung der Schlüssel zur Bewirtschaftung der Parkuhren und der Geldkassetten zuständig gewesen. Er habe diese Pflichten grobfahrlässig verletzt und dadurch die für den Schadenseintritt massgebende Ursache gesetzt.
Der Regierungsstatthalter hiess die Beschwerde von X._ mit Entscheid vom 8. August 2007 gut und hob die angefochtene Verfügung der Gemeinde auf. In der Begründung hielt er fest, X._ habe zwar nicht immer mit genügender Sorgfalt gehandelt, doch sei sein Verhalten nicht als grobfahrlässig einzustufen. Damit entfalle eine Anspruchsvoraussetzung für die Schadenersatzforderung der Gemeinde.
Die Gemeinde beschwerte sich gegen den Entscheid des Regierungsstatthalters beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Mit Urteil vom 26. Mai 2008 hiess dieses die Beschwerde teilweise gut, hob den Entscheid des Regierungsstatthalters auf und verpflichtete X._, der Gemeinde einen reduzierten Schadenersatzbetrag von CHF 44'400.-- zu entrichten. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab. Das Verwaltungsgericht bejahte den Vorwurf der Grobfahrlässigkeit, vertrat aber die Ansicht, die geltend gemachte Schadenersatzforderung von CHF 60'000.-- sei wegen Mitverschulden der Gemeinde zu kürzen.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Gemeinde.
C. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Verweis auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil die Abweisung der Beschwerde. Der Regierungsstatthalter verzichtet unter Verweis auf seinen Entscheid auf Vernehmlassung. Die Gemeinde beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. X._ hat unter Aufrechterhaltung seiner Anträge nochmals Stellung genommen.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene, kantonal letztinstanzliche Urteil betrifft einen aus einem öffentlich-rechtlichen Dienstverhältnis herrührenden Entschädigungsanspruch des Gemeinwesens. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) ist damit gegeben. Die Eintretensvoraussetzungen sind erfüllt, so dass auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten ist.
1.2 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei willkürlich (<ref-ruling> E. 1.2.2.). An die Begründung der Beschwerde werden bei Sachverhaltsrügen strenge Anforderungen gestellt. In der Beschwerdeschrift ist detailliert darzulegen, inwiefern die Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
Die Vorinstanz stellte im angefochtenen Entscheid fest, dass der Beschwerdeführer in seiner Funktion als Uniformpolizist ab Ende Februar 2000 für die Kontrolle der zentralen Parkuhren zuständig gewesen war. Ab März 2001 sei der Beschwerdeführer Leiter der Uniformpolizei geworden. Die Aufgabe der Kontrolle der Parkuhren sei zwar im neuen Stellenbeschrieb nicht aufgeführt worden, doch habe der Beschwerdeführer nicht bestritten, diese Aufgabe weiterhin ausgeführt zu haben.
In seiner Beschwerde ans Bundesgericht bestreitet der Beschwerdeführer, als Uniformpolizist in der Zeit von Februar 2000 bis Februar 2001 für die Kontrolle der Parkuhren verantwortlich gewesen zu sein. Er behauptet, sein Vorgänger sei bis zum 28. Februar 2001 für die Kontrolle der Parkuhrgelder zuständig gewesen. Dieser sei aber nie zur Verantwortung gezogen worden. Er selbst habe die besagte Aufgabe nur als Leiter der Uniformpolizei ab März 2001 und nur im Sinne einer "Vorprüfung" wahrgenommen. Der Beschwerdeführer beschränkt sich auf diese Behauptungen, ohne rechtsgenüglich aufzuzeigen, inwiefern die Vorinstanz die zeitliche Zurechenbarkeit der Verantwortlichkeit für die Kontrolle der Parkuhren offensichtlich unrichtig festgestellt hätte. Auf blosse Behauptungen ist nicht einzutreten.
Nichts anderes gilt für die Bestreitung der Zurechenbarkeit des Gesamtschadens von rund CHF 295'000.--. Das Verwaltungsgericht stützte sich bei dieser Annahme auf den Bericht der Treuhandgesellschaft Y._ AG und die Beweiswürdigung des Kreisgerichts. Mit der blossen Behauptung, ein Teilbetrag (die "unerklärbaren Differenzen") stehe im luftleeren Raum und könne nicht mit seiner Tätigkeit in Verbindung gebracht werden, ist der Beschwerdeführer nicht zu hören.
2. Ausserhalb des Anwendungsbereichs von Art. 95 lit. c-e BGG, welche Bestimmungen hier nicht zum Tragen kommen, bildet die Verletzung kantonaler bzw. kommunaler Bestimmungen nur dann einen zulässigen Beschwerdegrund, wenn eine derartige Rechtsverletzung einen Verstoss gegen Bundesrecht im Sinne von <ref-law> oder gegen Völkerrecht im Sinne von <ref-law> zur Folge hat. Insbesondere kann vorgebracht werden, die Anwendung des kantonalen bzw. kommunalen Rechts verstosse gegen das verfassungsmässige Willkürverbot. Die Kognition des Bundesgerichts bleibt diesbezüglich auf die Willkürprüfung beschränkt (<ref-ruling> E. 1.2.2. S. 252).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, das Überprüfen der Einnahmen aus den Parkuhrautomaten habe nicht zu seinem Pflichtenheft als Leiter der Uniformpolizei gehört. Er habe diese Aufgabe deshalb nur stichprobenweise wahrgenommen. Die Kontrolle der Parkuhrgelder könne höchstens als vom vorgesetzten Polizeiinspektor mündlich erteilter Auftrag betrachtet und lediglich als "Vorprüfung" verstanden werden. Für die Wahrnehmung der Kontrollen sei im Grunde nicht er zuständig gewesen, sondern eine private Unternehmung.
3.2 Das Verwaltungsgericht stützte die Haftung des Beschwerdeführers für den angerichteten Schaden auf das bis zum 30. Juni 2005 geltende Gesetz vom 5. November 1992 über das öffentliche Dienstrecht (aPG; GS 1993 S. 64 ff.). In sinngemässer Anwendung von Art. 49 Abs. 3 aPG hafte das Gemeindepersonal für vorsätzlich oder grobfahrlässig der Gemeinde zugefügten Schaden.
Gemäss den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil enthielt der Stellenbeschrieb des Beschwerdeführers als Uniformpolizist die Zuständigkeit zur selbständigen "Organisation/Kontrolle von Unterhalt, Störungsbehebung und Leeren Parkuhren". Diese Kontrollaufgabe sei im Stellenbeschrieb des Beschwerdeführers als Leiter der Uniformpolizei nicht mehr ausdrücklich aufgeführt worden. Das Verwaltungsgericht leitet die Verantwortlichkeit des Beschwerdeführers als Leiter der Uniformpolizei daraus ab, dass er die Kontrolle der Parkuhrgelder tatsächlich wahrgenommen habe. Daran ändert nach Auffassung des Verwaltungsgerichts nichts, dass die Aufgabe der Parkuhrenbewirtschaftung (Wartung und wöchentliche Auswechslung der Geldkassetten) einer privaten Unternehmung übertragen worden sei.
3.3 Aus verfassungsrechtlicher Sicht ist diese Auffassung des Verwaltungsgerichts im Ergebnis nicht zu beanstanden. Öffentlichrechtliche Anstellungsverhältnisse werden zwar in der Regel schriftlich festgelegt, jedoch macht der Beschwerdeführer nicht geltend, das anwendbare kantonale Recht enthalte eine zwingend zu beachtende Vorschrift, wonach jede einzelne Aufgabe des kantonalen bzw. kommunalen Angestellten schriftlich festgehalten werden muss. Zumindest unter dem Blickwinkel des Willkürverbots ist die stillschweigende Vereinbarung einer einzelnen Aufgabe denkbar. Ausserdem enthält der Stellenbeschrieb des Leiters der Uniformpolizei unter Ziffer 5 die Klausel, wonach dem Stelleninhaber durch Beschluss des Gemeinderates oder der zuständigen Organe jederzeit weitere Spezialaufgaben zur Erledigung zugewiesen werden können, und der direkte Vorgesetzte dem Stelleninhaber mündlich weitere Aufgaben zuteilen oder Aufträge erteilen kann. Die Annahme der Vorinstanz, der Beschwerdeführer habe die Kontrolle der Parkuhreinnahmen wahrgenommen, lässt Raum für die Schlussfolgerung, es habe eine entsprechende Anordnung der vorgesetzten Instanz vorgelegen.
In tatsächlicher Hinsicht beschränkt sich der Beschwerdeführer auf die Behauptung, nicht er, sondern die für die Wartung der Parkuhren beauftragte Unternehmung sei für die Kontrolle der Bankabrechnungen zuständig gewesen. Damit erfüllt er in diesem Punkt die qualifizierte Rügepflicht (vgl. E. 1.2 hiervor) nicht. Mit seinem Vorbringen ist er daher nicht zu hören.
4. 4.1 Des Weitern bestreitet der Beschwerdeführer die ihm zur Last gelegte Grobfahrlässigkeit. Im Wesentlichen bringt er vor, die Kontrolle jeder einzelnen Parkuhr wäre zu zeitaufwändig gewesen, weshalb er sich auf eine Stichprobenkontrolle habe beschränken müssen. Zudem verfüge er über keine buchhalterische Ausbildung, so dass ihm nicht zur Last gelegt werden könne, dass er die Fehlbeträge nicht bemerkt habe. Selbst die Finanzabteilung und die Rechnungsprüfungskommission hätten den Fehler nicht bemerkt. Auch habe es an einem internen Kontrollsystem betreffend Parkuhrengelder gefehlt.
4.2 Das Verwaltungsgericht knüpft unter Heranziehung von Art. 51 Abs. 1 aPG, worin auf die Geltung privatrechtlicher Grundsätze als ergänzendes kantonales Recht verwiesen werde, an den objektivierten Begriff der Fahrlässigkeit des Haftpflichtrechts an. Danach bilde das an einem bestimmten Ort oder in einer bestimmten Gegend oder in einem bestimmten Berufszweig übliche Verhalten Massstab der erforderlichen Sorgfalt. Subjektive Umstände wie das Alter des Schädigers oder der Schädigerin, deren Beruf oder Erfahrung seien ebenfalls zu berücksichtigen. Ferner würden sich die Anforderungen an die Sorgfaltspflicht auch nach der Wichtigkeit oder Gefährlichkeit einer Tätigkeit richten. Das Verhältnis des Gemeinwesens zu seinem Polizeipersonal sei von besonderem Vertrauen geprägt. Dementsprechend hoch dürften die Erwartungen an eine sorgfältige Amtsausübung angesetzt werden. Hinzu komme, dass der jährlich erwirtschaftete Erlös aus der Parkplatzbewirtschaftung (1 Mio CHF) hoch sei und bei diesem Betrag hohe Sorgfalt und Genauigkeit erwartet werden müsse (E. 6.3.2). Diese grundsätzlichen Erwägungen zum Sorgfaltsmassstab werden vom Beschwerdeführer nicht angefochten.
4.3 Nach den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil seien die Wartung der Parkuhren und die wöchentliche Auswechslung der Geldkassetten von einer privaten Unternehmung durchgeführt worden. Der Einnahmebeleg der Bank und die Kontrollstreifen der einzelnen Parkuhren seien dem Polizeiinspektorat der Gemeinde jeweils einige Tage nach der Leerung zwecks Kontrolle und Verbuchung zugestellt worden. Bei jeder Leerung habe die betreffende Parkuhr einen Kontrollstreifen ausgedruckt, welcher folgende Informationen enthalten habe: die total aufgelaufene Parkgeldsumme, Datum und Zeit der aktuellen Leerung, den seit der letzten Leerung eingeworfenen Geldbetrag, Datum und Zeit der vorangegangenen Leerung und die damals entnommene Parkgeldsumme. Die Fehlbeträge hätten durch den Vergleich des auf dem Kontrollstreifen aufgedruckten, seit der letzten Leerung eingeworfenen Geldbetrages und der Bankabrechnung ohne Weiteres festgestellt werden können. Nach Auffassung des Verwaltungsgerichts ist diese Art der Kontrolle der Parkuhreinnahmen als einfach einzustufen. Es sei daher unverständlich, dass der Beschwerdeführer die deliktischen Zwischenleerungen nicht bemerkt habe.
Dies gelte auch für diejenigen Zwischenleerungen, die durch Manipulation der Parkuhren ohne Ausdruck von Kontrollstreifen erfolgt seien. Nach Ansicht der Vorinstanz hätte der Beschwerdeführer die Leerungen bemerken sollen, da der massive Einbruch der Geldeinnahmen in der Höhe von rund CHF 149'000.-- den Beschwerdeführer hätte kritisch stimmen sollen und die Möglichkeit bestanden habe, durch Auf- und Rückrechnung die Fehlbeträge zu ermitteln.
Ebenso schwer verständlich sei die Vernichtung der Kontrollstreifen früherer Jahre im März 2001. Damit habe der Beschwerdeführer nicht nur gegen Weisungen verstossen, sondern es hätte ihm wie jedem verständigen Menschen einleuchten müssen, dass Belege und Einnahmenkontrollen mehrere Jahre aufbewahrt werden müssen. Mit der Vernichtung der Kontrollstreifen habe der Beschwerdeführer Nachkontrollen verhindert und die frühzeitige Entdeckung der Fehlbeträge erschwert.
Weiter führte die Vorinstanz aus, für den Beschwerdeführer sei erkennbar gewesen, dass im Geldverkehr eine umfassende Prüfung geboten gewesen sei. Der Beschwerdeführer wäre daher verpflichtet gewesen, die vorgesetzte Stelle zu informieren, wenn er sich aus zeitlichen Gründen nur mehr in der Lage gesehen hätte, Stichproben durchzuführen.
Das Verwaltungsgericht schloss, der Beschwerdeführer habe elementare Sorgfaltspflichten missachtet, indem er die Parkuhrgelder nicht einer umfassenden Kontrolle unterzogen habe. Die Führungs- und Organisationsmängel im Polizeiinspektorat und innerhalb der politisch verantwortlichen Organe würden den Schweregrad der Verantwortlichkeit nicht beeinflussen. Die genannten Mängel seien aber bei der Beteiligungsquote zu berücksichtigen.
4.4 Diese Erwägungen sind verfassungsrechtlich haltbar. Das Verwaltungsgericht geht davon aus, dass die Kontrolle der Parkuhreinnahmen nicht schwierig gewesen sei und vom Beschwerdeführer habe verlangt werden dürfen. Dessen Einwand, er verfüge über keine buchhalterische Ausbildung, vermag den Standpunkt der Vorinstanz, es sei lediglich ein Vergleich der Bankabrechnungen mit den Kontrollstreifen resp. eine Auf- und Rückrechnung der Beträge erforderlich gewesen, weshalb der Kontrollvorgang als einfach einzustufen sei, jedenfalls nicht als willkürlich erscheinen zu lassen.
Der Beschwerdeführer bringt erneut vor, er habe sich aus Zeitgründen auf Stichproben beschränken müssen. Er setzt sich aber nicht mit der Erwägung auseinander, wonach er zumindest verpflichtet gewesen wäre, die vorgesetzte Stelle über den angeblichen Zeitdruck und die Beschränkung auf Stichproben zu informieren.
Das Argument des Beschwerdeführers, es habe kein internes Kontrollsystem bestanden, und die Finanzabteilung hätte die Fehlbeträge ebenfalls nicht bemerkt, hat das Verwaltungsgericht ohne Verletzung des Willkürverbots beim haftungsreduzierenden Mitverschulden des Staates berücksichtigen dürfen. Dementsprechend hat es die Haftung des Beschwerdeführers von CHF 60'000.-- auf CHF 44'400.-- reduziert. Eine Verletzung des Willkürverbots liegt auch in diesem Punkt nicht vor.
5. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist demzufolge abzuweisen, soweit darauf in Anbetracht der über weite Strecke rechtsungenüglichen Begründung eingetreten werden kann. Ausgangsgemäss werden die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer auferlegt (<ref-law>). Die Ausrichtung einer Parteientschädigung fällt ausser Betracht (<ref-law>; Urteile des Bundesgerichts 1C_383/2007 vom 15. Juli 2008 E. 5; 1C_351/2007 vom 30. Oktober 2008 E. 8).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Einwohnergemeinde und dem Regierungsstatthalteramt Interlaken sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Februar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder