Sachverhalt:
A.
A.a. Am 29. April 2002 wurde über die Y._ AG der Konkurs eröffnet. Die X.Z._ Ltd. als Konkursgläubigerin wurde vom ausseramtlichen (a.a.) Konkursverwalter gemäss rechtskräftiger Kollokationsverfügung vom 30. April 2007 mit einer Forderung im Betrag von Fr. 523'342.55 zugelassen. Am 17. November 2010 hinterlegte der a.a. Konkursverwalter die auf die Konkursgläubigerin entfallende 1. Abschlagszahlung im Betrag von Fr. 209'337.-- mit der Begründung, dass die Forderung (infolge Illiquidität der tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse) streitig sei, und behielt sich die Verrechnung mit allfälligen Schadenersatzforderungen der Konkursmasse vor.
A.b. Am 8. Februar 2012 erklärte der a.a. Konkursverwalter die Verrechnung der hinterlegten Abschlagszahlung mit einer Schadenersatzforderung sowie mit Hinweis auf die unberechtigte Gewinnerzielung durch Nutzung von der Konkursitin zustehenden Rechten ("Indefeasible Rights of Use" bzw. "IRU") am Unterwasser-Glasfasernetzwerk der Konkursgläubigerin.
A.c. Hiergegen gelangte die X.Z._ Ltd. an das Bezirksgericht Bülach als untere kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibung- und Konkurssachen und beantragte die Auszahlung der Abschlagszahlung im (hinterlegten) Umfang von Fr. 209'337.--. Mit Entscheid vom 10. Oktober 2012 wurde die Beschwerde gutgeheissen, die Verfügung vom 8. Februar 2012 betreffend Verrechnung aufgehoben und der a.a. Konkursverwalter angewiesen, die hinterlegte Abschlagszahlung auszuzahlen; auf die gleichzeitig gegen "die Konkursmasse" gerichtete Beschwerde wurde nicht eingetreten.
B.
Das Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als obere kantonale Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs hiess die Beschwerde der Konkursmasse, vertreten durch den a.a. Konkursverwalter, am 24. Januar 2013 gut und ordnete (anstelle der erstinstanzlichen Gutheissung) die Abweisung der Beschwerde der Konkursgläubigerin an. Auf die gleichzeitige, "selbständige" Beschwerde des a.a. Konkursverwalters wurde nicht eingetreten.
C.
Die X._ Limited (vormals X.Z._ Ltd.) hat am 5. Februar 2013 Beschwerde in Zivilsachen gegen die Konkursmasse der Y._ AG in Liquidation erhoben. Die Beschwerdeführerin beantragt, den Entscheid des Obergerichts des Kantons Zürich als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs vom 24. Januar 2013 aufzuheben. In der Sache verlangt sie die Bestätigung des erstinstanzlichen Entscheides, d.h. die Verfügung des a.a. Konkursverwalters vom 8. Februar 2012 betreffend Verrechnung sei aufzuheben und die Konkursmasse anzuweisen, die hinterlegte Abschlagszahlung (im Wert per 31. Dezember 2011: Fr. 209'460.70) auszuzahlen.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist ein Entscheid der oberen kantonalen Aufsichtsbehörde, welche die Beurteilung einer (verweigerten) Abschlagszahlung zum Gegenstand hat. Entscheide kantonaler Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a BGG i.V.m. Art. 19 SchKG).
1.2. Die vorliegende Beschwerde ist unabhängig von einer gesetzlichen Streitwertgrenze gegeben (Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Die Beschwerdeführerin, welcher die Abschlagszahlung zufolge Verrechnung nicht ausbezahlt wird, ist zur Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich legitimiert (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerde gegen den letztinstanzlichen Entscheid ist fristgemäss erhoben worden (Art. 75 Abs. 1, Art. 100 Abs. 2 lit. a BGG) und zulässig.
1.3. Mit vorliegender Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten ist in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG), wobei das Rügeprinzip gilt (<ref-ruling> E. 2 S. 591).
2.
2.1. Nach Auffassung der oberen Aufsichtsbehörde wendet sich die Beschwerdeführerin gegen die Konkursmasse, welche durch den a.a. Konkursverwalter vertreten wird, und kann die Verweigerung der Auszahlung der Abschlagszahlung ein zulässiges Anfechtungsobjekt darstellen. Zur Beurteilung der formellen Zulässigkeit der Verrechnung hat die obere Aufsichtsbehörde festgehalten, es sei entscheidend, ob es sich bei der Verrechnungsforderung um eine Masseforderung oder eine Forderung der Gemeinschuldnerin handle. Im konkreten Fall sei der Zeitpunkt der Entstehung der Forderung umstritten, d.h. ob es um eine Forderung gehe, die während des Konkurses und zugunsten der Masse entstanden sei. Die Prüfung des Entstehungszeitpunktes betreffe die materielle Beurteilung der Forderung, welche dem Zivilgericht vorbehalten sei. Die Beschwerdeführerin habe die Möglichkeit, Klage gegen die Konkursmasse zu erheben, um den Bestand der Verrechnungsforderung zu bestreiten. Die Vorinstanz ist zum Ergebnis gelangt, dass die von der Erstinstanz angeordnete Auszahlung der Abschlagszahlung unbegründet und daher aufzuheben sei.
2.2. Die Beschwerdeführerin hält daran fest, dass die Verrechnungsforderung im Fall, dass sie überhaupt bestehe, ihre Grundlage in einem vor der Konkurseröffnung abgeschlossenen Vertrag habe und daher ebenfalls vor der Konkurseröffnung entstanden sei. Dies ergebe sich, selbst wenn man der Argumentation der Beschwerdegegnerin folge, zumal diese die "Entstehung der Verrechnungsforderung bewusst (...) hinausgezögert" habe, was rechtsmissbräuchlich sei. Es treffe wohl zu, dass die Aufsichtsbehörde nicht zuständig sei, über den materiellen Bestand der Verrechnungsforderung zu entscheiden. Allerdings müsse die Zulässigkeit der konkursrechtlichen Verrechnung von den Aufsichtsbehörden als Vorfrage geprüft werden. Es sei der Beschwerdeführerin nicht zuzumuten, (vor dem zuständigen Schiedsgericht) eine negative Feststellungsklage zu erheben, um den Nichtbestand der Verrechnungsforderung bestätigen zu lassen.
3.
Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt die Verrechnung vom 8. Februar 2012, welche der a.a. Konkursverwalter gegenüber der Beschwerdeführerin als Konkursgläubigerin für die hinterlegte Abschlagszahlung mit Forderungen der Konkursitin vorgenommen hat. Die Beschwerdeführerin rügt als Rechtsverletzung, dass die obere Aufsichtsbehörde das Vorgehen des a.a. Konkursverwalters bzw. die Verweigerung der Abschlagszahlung bestätigt hat.
3.1. Zu Recht hat die Vorinstanz auf betreibungsrechtliche Beschwerde hin das Vorgehen des a.a. Konkursverwalters beurteilt, weil damit die Nichtauszahlung der hinterlegten Abschlagszahlung zufolge Verrechnung in Frage gestellt wird. Nach ständiger Rechtsprechung befinden die Aufsichtsbehörden über die formellen Voraussetzungen der Zulässigkeit der Verrechnung einer kollokationsplanmässigen Konkursdividendenschuld durch die Konkursmasse (BGE 56 III 147 E. 1 S. 149; Urteil 7B.18/2006 vom 24. April 2006 E. 1.2).
3.2. Die Verrechnung von Forderungen des Gemeinschuldners mit Konkursforderungen erfolgt normalerweise im Kollokationsverfahren; die Konkursverwaltung darf die Verrechnung mit Gegenforderungen des Gemeinschuldners grundsätzlich nicht auf ein späteres Stadium des Konkurses, insbesondere in das Verteilungsstadium verschieben. Ausnahmsweise darf die Konkursverwaltung eine im Kollokationsplan anerkannte Forderung auch noch im Verteilungsstadium mit einer Forderung des Gemeinschuldners verrechnen, wenn die Verrechnung im Kollokationsverfahren noch nicht möglich war, weil etwa die Forderung des Gemeinschuldners erst nach Aufstellung des Kollokationsplanes in das Konkursvermögen gelangt war (<ref-ruling> E. 3 und 6 S. 71 ff.; <ref-ruling> E. 4a S. 119; KREN KOSTKIEWICZ/WALDER, Kommentar SchKG, 18. Aufl. 2012, N. 7 und 8 zu Art. 261). Masseforderungen hingegen sind mit Masseschulden, insbesondere mit der Konkursdividende zu verrechnen (<ref-ruling> E. 1 S. 70; vgl. M. STAEHELIN, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 9 zu Art. 261 SchKG). Auf diese in Rechtsprechung und Lehre anerkannten Grundsätze hat die obere Aufsichtsbehörde zu Recht abgestellt.
3.3. Die Vorinstanz hat (unter Hinweis auf die Beschwerdeschrift der Beschwerdegegnerin) festgehalten, dass es sich bei der geltend gemachten Verrechnungsforderung um einen Ersatzanspruch des vormaligen Rechenschaftsanspruches betreffend "Indefeasible Rights of Use" aus von der Schuldnerin abgeschlossenen Verträgen handle, wobei die betreffenden Ansprüche erst nach Konkurseröffnung, nämlich am 9. September 2011 entstanden seien. In der umstrittenen Verfügung vom 8. Februar 2012 begründete der a.a. Konkursverwalter die Verrechnungsforderung mit u.a. Ansprüchen aus Schadenersatz für die unberechtigte Nutzung von der Masse zustehenden Nutzungsrechten ("Indefeasible Rights of Use") am Unterwasser-Glasfasernetzwerk, welches die Konkursgläubigerin gegen Entgelt zur Verfügung stellt, und mit Ansprüchen für unberechtigte Gewinnerzielung.
3.4. Die Beschwerdeführerin macht geltend, bei korrekter Prüfung der Verrechnungsforderung hätte sich ergeben, dass diese nicht bestehe bzw. vor der Konkurseröffnung entstanden sei.
3.4.1. Die Konkursverwaltung hat gemäss Art. 244 SchKG den Bestand einer eingegebenen Forderung summarisch zu prüfen ( GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite,Bd. III, 2001, N. 3 zu Art. 244-251; Urteil 5A_141/2008 vom 6. August 2008 E. 3.1). Die Verletzung der Prüfungspflicht kann - als Verfahrensfehler - mit Beschwerde gerügt werden (<ref-ruling> E. 2 S. 107), jedoch nicht die materiell-rechtliche Schlussfolgerung (Hierholzer, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 2. Aufl. 2010, N. 25a zu Art. 244).
3.4.2. Die Pflicht zur Abklärung erstreckt sich nach überwiegender Auffassung auch auf allfällige Gegenforderungen (u.a. Gilliéron, a.a.O., N. 13 zu Art. 244: " prima facie "; HIERHOLZER, a.a.O., N. 18a zu Art. 244) und folglich auch auf Gegenforderungen nach Aufstellung des Kollokationsplanes, allein schon zur Prüfung, ob nicht eine Forderung des Gemeinschuldners vorliege, die ausnahmsweise noch im Verteilungsstadium verrechnet werden kann (E. 3.2). Ein Teil der Lehre gibt bei einer "Erwahrungspflicht" betreffend Gegenforderungen jedoch zu bedenken, dass ein Konkursgläubiger, der damit beansprucht wird, je nach Sachlage an der Mitwirkung nicht interessiert ist, und dass manche Verrechnungsforderung gar nicht erhoben werden könnte ( FRITZSCHE/WALDER, Schuldbetreibung und Konkurs nach schweizerischem Recht, Bd. II, 1993, § 49 Rz. 13 Fn. 20, S. 299; vgl. BlSchK 1985 S. 93, Anmerkung der Redaktion). Die Problematik ist - wie sich aus dem Folgenden ergibt - nicht weiter zu erörtern.
3.4.3. Die Vorinstanz hat - wie dargelegt (E. 3.3) - gestützt auf die angefochtene Verfügung und die Vorbringen der Beschwerdegegnerin und die von ihr eingereichten Unterlagen festgehalten, dass nach Konkurseröffnung entstandene Ersatzansprüche für unberechtigte Nutzung bzw. Gewinnerzielung geltend gemacht werden. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich in ihren Ausführungen - soweit sie damit auf den angefochtenen Entscheid bzw. Verfahrensgegenstand eingeht - im Wesentlichen darauf, ihre Sichtweise (betreffend Bestand und Entstehungszeitpunkt der Forderung) entgegenzuhalten, wie sie dies bereits vor Erlass der umstrittenen Verfügung gegenüber dem a.a. Konkursverwalter gemacht hat. Sie wendet sich gegen die materiell-rechtliche Beurteilung der Sache durch den a.a. Konkursverwalter, was mit betreibungsrechtlicher Beschwerde nicht möglich ist (E. 3.4.1). Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern die obere Aufsichtsbehörde im Vorgehen des a.a. Konkursverwalters einen oberflächlichen bzw. rechtsmissbräuchlichen Entscheid übergangen habe, der - mit Blick auf den Charakter der Prüfungspflicht - eine Verfahrensverletzung darstellen soll. Wenn die Vorinstanz zum Ergebnis gelangt ist, der a.a. Konkursverwalter habe keine Gegenforderung der Gemeinschuldnerin im Verteilungsstadium übergangen (sondern eine Gegenforderung der Konkursitin angenommen), ist dies mit Bundesrecht vereinbar.
3.5. Der Einwand der Beschwerdeführerin, wonach die Aufsichtsbehörde nicht nur das formelle Vorgehen des a.a. Konkursverwalters, sondern die Begründetheit der Verrechnungsforderung "vorfrageweise" zu überprüfen habe, geht fehl. Mit betreibungsrechtlicher Beschwerde kann funktionsgemäss nur die Verfügung oder Unterlassung der Vollstreckungsorgane überprüft werden (vgl. Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 8. Aufl. 2008, § 6 Rz. 7). Über die Qualifikation einer Forderung als Masseschuld entscheiden - wie die Beschwerdeführerin zu Recht festhält - die Gerichte im Zivilverfahren (<ref-ruling> E. 2). Will ein Konkursgläubiger die Verrechnung mit der Konkursdividende durch eine Forderung der Masse anfechten, hat er die Möglichkeit, eine zivilrechtliche Klage zu erheben, um den Bestand der Verrechnungsforderung zu bestreiten (BGE 40 III 99 E. 4 S. 107; 54 III 20 E. 2 S. 24; 76 III 13 E. 4 S. 17; vgl. Jeandin/Casonato, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 19 zu Art. 262; Gilliéron, a.a.O., N. 40 zu Art. 261; Kryka, Verrechnung im Konkurs [...], 2011, S. 151 ff., 153). Dies hat die Vorinstanz zu Recht festgehalten. Der Einwand der Beschwerdeführerin, die Klageerhebung sei ihr nicht zuzumuten, vermag daran nichts zu ändern.
4.
Der Beschwerde ist kein Erfolg beschieden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Entschädigungspflicht entfällt, da keine Vernehmlassung eingeholt worden ist und der Beschwerdegegnerin im bundesgerichtlichen Verfahren keine ersatzpflichtigen Kosten entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Juni 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Levante