Fatti:
A. A._, nato nel 1963, è titolare di una licenza di condurre svizzera rilasciata nel 1998. Nel registro automatizzato delle misure amministrative non figurano iscrizioni a suo carico. Il 2 maggio 2010 verso le ore 03.50, è stato fermato alla guida della sua autovettura da una pattuglia di polizia nell'abitato di Como (I). Ritenuto ch'egli presentasse sintomi evidenti di ebrietà (alito fortemente vinoso, occhi lucidi, disarmonia psicofisica, eccessiva loquacità, lingua impastata, ecc.) gli agenti gli hanno ripetutamente intimato di sottoporsi agli accertamenti per stabilire il grado di intossicazione alcolica. Di fronte al suo netto rifiuto, gli hanno ritirato la licenza di condurre e sequestrato l'automobile. L'interessato si è rifiutato di firmare i relativi verbali.
B. Il 10 maggio 2010 il Prefetto della Provincia di Como ha decretato la sospensione provvisoria della patente di guida per la durata di 195 giorni. Il 20 settembre seguente, il Giudice per le indagini preliminari di Como lo ha condannato alla pena (sospesa condizionalmente) di euro 10'900.-- di ammenda in sostituzione di 40 giorni di arresto, oltre a quella accessoria di 195 giorni di sospensione della patente, per aver guidato di notte in stato di grave ebbrezza ed essersi rifiutato di sottostare ai citati accertamenti. La sanzione, non impugnata, è cresciuta in giudicato.
C. Informata di questi fatti, dopo averlo udito, il 9 luglio 2010 la Sezione della circolazione del Cantone Ticino ha ritirato a A._ la patente per la durata di tre mesi. Il 10 novembre 2010 il Consiglio di Stato ha confermato il provvedimento. Adito dall'insorgente, con giudizio del 3 marzo 2011, il Tribunale cantonale amministrativo, ritenuto provato soltanto il reato di elusione di provvedimenti per accertare l'incapacità alla guida, poiché quello di circolazione in stato di ebrietà non era provato, ne ha respinto il ricorso.
D. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame effetto sospensivo, di annullare sia la decisione impugnata sia quella della Sezione della circolazione.
Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, come la Corte cantonale, che contesta nondimeno la fondatezza delle censure ricorsuali. L'Ufficio federale delle strade, rilevato di condividere la decisione impugnata, propone di respingere il ricorso. Nella replica il ricorrente si riconferma nelle proprie allegazioni e conclusioni.
Con decreto presidenziale del 18 maggio 2011 al ricorso è stato conferito effetto sospensivo.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 3).
1.2 La via del ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi degli art. 82 segg. LTF è di principio aperta contro le decisioni prese in ultima istanza cantonale riguardo ai provvedimenti amministrativi di revoca della licenza di condurre. La legittimazione del ricorrente è pacifica (<ref-law>). Interposto tempestivamente contro una decisione di ultima istanza cantonale, non suscettibile d'impugnazione dinanzi al Tribunale amministrativo federale, il ricorso è ammissibile sotto il profilo degli art. 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.3 Conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF, il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per la violazione del diritto, in cui rientra l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento, ma non l'adeguatezza della decisione impugnata (cfr. MARKUS SCHOTT, in Basler Kommentar BGG 2011, n. 34 all'art. 95).
1.4 Secondo l'<ref-law>, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio viola il diritto: critiche appellatorie, argomentazioni vaghe e semplici rinvii agli atti cantonali non sono quindi ammissibili (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove il ricorrente lamenta la violazione di diritti fondamentali (<ref-law>), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'<ref-law> e del diritto federale (<ref-ruling> consid. 1.2, 304 consid. 2.4 e 2.5).
2. 2.1 Il giudice delegato, richiamando la prassi del Tribunale federale, ha ritenuto che l'autorità amministrativa competente a ordinare la revoca della licenza di condurre deve di principio attenersi agli accertamenti di fatto contenuti in una decisione penale cresciuta in giudicato. Essa può scostarsene solo se può fondare la sua decisione su accertamenti di fatto sconosciuti al giudice penale o da lui non presi in considerazione, se assume nuove prove il cui apprezzamento conduce a un risultato diverso o se l'apprezzamento delle prove compiuto dal giudice penale è in netto contrasto con i fatti accertati o, infine, se il giudice penale non ha chiarito tutte le questioni di diritto, in particolare quelle che riguardano la violazione delle norme della circolazione (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 315; <ref-ruling> consid. 1c/aa; sentenza 1C_29/2007 del 27 agosto 2007 consid. 3). Come rettamente ricordato dall'istanza precedente, l'autorità amministrativa e la Corte cantonale possono nondimeno procedere autonomamente a una valutazione giuridica diversa dei fatti e valutare diversamente le questioni giuridiche, segnatamente l'apprezzamento del pericolo e la colpa ai sensi degli art. 16 segg. LCStr (<ref-ruling> consid. 4b; sentenze 1C_105/2011 del 26 settembre 2011 consid. 2.3.2, 1C_224/2010 del 6 ottobre 2010 consid. 4.2).
Il giudice delegato ha poi rilevato che questa giurisprudenza è applicabile anche nel caso in cui i reati sono stati commessi all'estero e siano stati giudicati da un magistrato penale straniero. In effetti, le autorità amministrative sono vincolate a una decisione penale pronunciata all'estero, in concreto in Italia, allorché l'imputato sapeva o doveva prevedere che, per aver condotto all'estero in stato di ebrietà, nei suoi confronti sarebbe stata aperta in Svizzera una procedura di revoca della licenza di condurre ed egli omette di far valere nell'ambito del procedimento penale (anche sommario) i diritti garantiti alla difesa (<ref-ruling> consid. 3c/aa pag. 104, 464 consid. 2; cfr. anche <ref-ruling>; <ref-ruling>).
Al riguardo giova aggiungere che l'<ref-law>, relativo alla revoca di una licenza di condurre dopo un'infrazione commessa all'estero, ha rimediato all'assenza della sufficiente base legale rilevata nella <ref-ruling> (sentenza 1C_316/2010 del 7 dicembre 2010 consid. 2).
2.2 L'istanza precedente ha stabilito che il ricorrente non avrebbe dovuto accettare il procedimento speciale di applicazione della pena su richiesta delle parti secondo l'<ref-law> italiano, con la relativa diminuente, postulato dal suo difensore, se avesse ritenuto che la condanna penale inflittagli in Italia poggiasse su presupposti fattuali inesatti. Egli avrebbe dovuto avvalersi della procedura ordinaria, addurre in quella sede tutte le censure e i mezzi di prova che riteneva utili per la sua difesa e impugnare se del caso l'eventuale condanna subita in primo grado.
2.3 Questa conclusione è corretta, ricordato in particolare che il giudice delegato rilevato, con riferimento agli accertamenti fattuali, che agli atti mancano riscontri scientifici oggettivi in grado di comprovare inconfutabilmente nel sangue del ricorrente una concentrazione di alcol superiore allo 0.8 o/oo, necessaria per qualificare la gravità dell'infrazione alla LCStr ai sensi dell'art. 16c cpv. 1 lett. d LCStr, ha ritenuto provata solo l'elusione di provvedimenti per accertare l'incapacità alla guida. Il decreto del Prefetto di Como è stato notificato non solo al ricorrente, ma pure alla Sezione ticinese della circolazione, per cui in effetti il ricorrente sapeva o doveva prevedere che in seguito si sarebbe innestata pure una procedura amministrativa in Svizzera. Anche il Tribunale federale, di massima, risulta quindi vincolato ai fatti accertati nel procedimento penale estero.
2.3.1 Del resto, riguardo alla mancata impugnazione della sentenza di condanna italiana, il ricorrente si limita a rilevare di non averla contestata non perché avrebbe riconosciuto i fatti imputatigli, ma semplicemente in quanto, al suo dire, un ricorso contro una "decisione assunta sulla base di un accertamento empirico, in Italia, sarebbe stato un esercizio improduttivo". Nella replica egli aggiunge che non l'avrebbe impugnata in quanto espressamente consigliato in tal senso dal proprio legale italiano, poiché l'eventuale ricorso sarebbe stato sprovvisto di effetto sospensivo e il procedimento sarebbe durato almeno un anno e quindi oltre la durata della pena accessoria della sospensione della patente di guida limitatamente al territorio italiano.
2.3.2 Ora, non spetta al Tribunale federale esprimersi sulla strategia difensiva adottata dal ricorrente e dal suo legale italiano. Nondimeno, male la si comprende, rilevato che il ricorrente medesimo sostiene che, sulla base di una sentenza della Corte di Cassazione penale italiana, l'asserita violazione del diritto di essere informato sulle conseguenze del rifiuto di sottoporsi agli accertamenti tendenti a verificare l'eventuale stato di ebbrezza e la pretesa mancata possibilità di farsi assistere da un avvocato comporterebbero addirittura la nullità dell'atto di revoca. In tale ambito giova inoltre rilevare, come accertato dal Giudice delegato, senza essere contestato dal ricorrente, e come risulta dai verbali di accertamento della polizia locale di Como, che al momento del controllo egli si è rifiutato di firmare il verbale di elezione di domicilio e di nomina di un difensore. In questi documenti figura espressamente la facoltà dell'interessato di nominare un difensore di fiducia. Egli risulta comunque essere stato assistito da un difensore d'ufficio e, come visto, per lo meno in un secondo tempo, di essersi anche fatto consigliare da questi. Nel verbale si fa inoltre riferimento all'art. 187 comma 7 del Codice della strada italiano, che, per il rifiuto di sottoporsi ai citati accertamenti, prevede la sanzione amministrativa accessoria della sospensione della patente di guida.
2.3.3 Nulla impediva quindi al ricorrente, patrocinato da un legale, di impugnare la decisione di condanna italiana. In tale ambito, egli avrebbe potuto contestare l'asserita mancata informazione della polizia sulle conseguenze del rifiuto di sottoporsi a esami alcolemici e in particolare sulle conseguenze amministrative del ritiro della patente, peraltro notorie, come rettamente rilevato dall'istanza precedente. Per di più, per quanto attiene all'applicazione del diritto svizzero alla fattispecie, il ricorrente non censura, per lo meno con un'argomentazione conforme a quanto imposto dall'<ref-law>, i numerosi argomenti posti a fondamento del giudizio impugnato, in ispecie l'accertamento ch'egli avrebbe potuto far intervenire un difensore di fiducia o d'ufficio e, sempre come rilevato dall'istanza precedente e da lui non contestato, che né sarebbe stato necessario avvisarlo della facoltà di farsi assistere da un avvocato, né, con riferimento alla dottrina (YVAN JEANNERET, Les dispositions pénales de la loi sur la circulation routière, Berna 2007, n. 18 pag. 130), ch'egli avrebbe dovuto essere compiutamente informato sulle conseguenze del suo diniego di sottoporsi alle analisi ordinate dalla polizia italiana. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 6.3).
3. 3.1 Il ricorrente critica poi il fatto che il provvedimento di revoca menziona ancora sempre l'infrazione grave alla LCStr per guida in stato di ebrietà iscritta nel registro automatizzato delle misure amministrative e quindi il suo mancato stralcio. Nelle osservazioni al ricorso, la Corte cantonale rileva, invero in parte in maniera contraddittoria, che la reiezione del ricorso e la conseguente conferma della decisione governativa non hanno permesso la riforma della risoluzione della Sezione della circolazione nel senso auspicato dal ricorrente. Aggiunge che non spetterebbe alle autorità giudiziarie far modificare le iscrizioni menzionate nel citato registro, l'interessato potendo chiederne, "senza alcuna utilità pratica", sulla base dell'art. 13 cpv. 3 dell'ordinanza 18 ottobre 2000 concernente il menzionato registro (RS 741.55), la correzione, segnatamente nel senso che la revoca inflittagli dipende da un'elusione di provvedimenti per accertare l'incapacità alla guida e non per aver guidato in stato di ebrietà.
3.2 Ora, nella replica il ricorrente non contesta del tutto questa tesi, per cui il Tribunale federale non deve esaminare oltre la questione di sapere se questo accertamento doveva o meno figurare nel dispositivo della sentenza impugnata (<ref-law>), che in effetti non rinvia ai considerandi della stessa. Allo stesso rimane comunque la possibilità di chiedere la rettifica del contestato dispositivo nel senso testé esposto giusta l'art. 40 della legge di procedura per le cause amministrative del 19 aprile 1966 (BORGHI/CORTI, Compendio di procedura amministrativa ticinese, 1997, n. 1c ad art. 40).
4. Il ricorso, in quanto ammissibile, deve pertanto essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, alla Sezione della circolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato, al Giudice delegato del Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle strade.