Sachverhalt:
A. Y._, wohnhaft in Z._, ist einziger Aktionär der A._ AG in Liquidation in B._. Über die A._ AG war am 17. Oktober 2005 der Konkurs eröffnet und das Konkursamt B._ mit der Durchführung des Verfahrens betraut worden.
In der gegen Y._ geführten Betreibung Nr. 1 vollzog das Betreibungsamt Z._ am 14. und 17. November 2008 auf Verlangen von X._ die Nachpfändung Nr. 2. Das Betreibungsamt pfändete dabei sämtliche Aktien und Ansprüche resultierend aus den Aktien der A._ AG in Liquidation (Einteilung: 200 Namenaktien zu Fr. 100.-- und 90 Namenaktien zu Fr. 10'000.--) und schätzte ihren Wert nach Rücksprache mit dem Konkursamt B._ auf Fr. 500'000.-- entsprechend dem damals erwarteten Konkursüberschuss. Die entsprechende Pfändungsanzeige an das Konkursamt B._ erfolgte am 14. November 2008 und die Pfändungsurkunde wurde am 17. Dezember 2008 ausgestellt.
B. Gegen die Pfändungsurkunde erhob Y._ am 6. Januar 2009 Beschwerde an das Bezirksgericht Dietikon als untere Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen mit folgendem Antrag:
"Es sei die Anzeige an das Konkursamt B._ abzuweisen, ebentualiter [sic!] sei der Betrag der Überweisung des Erlöses aus dem Konkurs der A._ AG auf maximum Fr. 440'000.00 festzusetzen."
Das Konkursamt B._ führte am 16. März 2009 in einer Stellungnahme an das Bezirksgericht aus, dass seine ursprüngliche Schätzung auf der Annahme basierte, der Erlös der in der Konkursmasse befindlichen Liegenschaft C._ werde nur Fr. 5'000'000.-- betragen. Gestützt auf die neue Annahme, dass die Liegenschaft C._ gemäss einer Offerte einen Erlös von Fr. 6'250'000.-- einbringen werde, die Zinsansprüche der Gläubiger aber höher als erwartet ausfallen würden, sei von einem Konkursüberschuss zugunsten der Aktionäre von Fr. 800'000.-- bis Fr. 1'200'000.-- auszugehen. Am 13. Mai 2009 wurde die Liegenschaft C._ zum Preis von Fr. 6'800'000.-- der D._ GmbH zu Eigentum übertragen.
Mit Zirkulationsbeschluss vom 2. Juli 2009 wies das Bezirksgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Nicht eingetreten wurde auf Vorbringen betreffend Drittansprüche der A._ AG in Liquidation an den Aktien sowie eine erfolgte Teilzahlung, je unter Hinweis auf das Widerspruchsverfahren bzw. die negative Feststellungsklage gemäss Art. 85a SchKG.
C. Am 14. Juli 2009 erhob Y._ Rekurs an das Obergericht des Kantons Zürich als obere kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen und stellte folgenden Antrag:
"Es sei gegen den Vollzug der Pfändung beziehungsweise Versteigerung der Aktien aufschiebende Wirkung zu erteilen, bis der Konkurs vollzogen ist oder ein Widerruf des Konkurses erfolgt ist. Falls meine Berechnung des Erlöses aus dem Konkurs angezweifelt wird, sei eine aktuelle Neubeurteilung durch das Konkursamt B._ anzufordern und diese angemessen zu berücksichtigen."
Mit Beschluss vom 3. November 2009 merkte das Obergericht vor, dass der angefochtene Entscheid im Nichteintretenspunkt rechtskräftig geworden sei. In Gutheissung des Rekurses setzte es die Pfändung herab auf 70 Namenaktien zu Fr. 100.-- und 35 Namenaktien zu Fr. 10'000.-- der A._ AG in Liquidation und sämtliche daraus resultierende Ansprüche. Auf das Begehren um Neuschätzung trat die Vorinstanz nicht ein.
D. Gegen diesen Beschluss hat X._ (fortan: Beschwerdeführer) am 20. November 2009 Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Beschlusses und dass von der Herabsetzung der Pfändung Nr. 2 vom 14. und 17. November 2008 in der Betreibung Nr. 1 des Betreibungsamtes Z._ abzusehen sei. Zudem ersucht er um aufschiebende Wirkung.
Nachdem das Betreibungsamt Z._ die Erteilung der aufschiebenden Wirkung begrüsst, das Obergericht auf eine Vernehmlassung verzichtet und Y._ (fortan: Beschwerdegegner) keine Stellungnahme eingereicht hat, ist mit Präsidialverfügung vom 26. März 2010 die aufschiebende Wirkung gewährt und dem Betreibungsamt Z._ jede Verwertungshandlung untersagt worden.
In der Sache hat das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet. Hingegen beantragt das Betreibungsamt Z._ die Aufhebung des angefochtenen Beschlusses. Der Beschwerdegegner ersucht um Abweisung der Beschwerde. Er weist darauf hin, dass das Bezirksgericht Bülach am 2. Juli 2010 den Widerruf des Konkurses über die A._ AG in Liquidation verfügt habe und ersucht um aufschiebende Wirkung hinsichtlich der Verwertung der Aktien bis zur Rechtskraft der Konkurswiderrufsverfügung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen ist gegen den Entscheid der oberen Aufsichtsbehörde (Art. 75 Abs. 1 BGG) in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unabhängig vom Streitwert zulässig (Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Sie ist binnen Frist erfolgt (Art. 100 Abs. 2 lit. a BGG).
Der Beschwerdegegner macht geltend, sofort nach Rechtskraft des Konkurswiderrufes vom 2. Juli 2010 das Pfändungsbegehren vollständig befriedigen zu wollen. Da allerdings bis dato weder die vollständige Zahlung an das Betreibungsamt, welche die Betreibung gegenstandslos werden lässt (vgl. Art. 12 SchKG), noch diejenige an den Gläubiger und die nachfolgende Aufhebung der Betreibung (Art. 85 SchKG) behauptet oder nachgewiesen sind, besteht weiterhin ein rechtlich geschütztes Interesse an der Beschwerde (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG).
Mit der Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Dabei bedeutet "offensichtlich unrichtig" willkürlich (<ref-ruling> E. 1.5 S. 130 mit Hinweis).
Die Beschwerde ist zu begründen (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Strengere Anforderungen an die Begründung gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten, von kantonalem oder interkantonalem Recht vorgebracht wird. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; je mit Hinweisen). Wird eine Verletzung des Willkürverbots - einschliesslich der Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) - geltend gemacht, muss im Einzelnen aufgezeigt werden, in welcher Hinsicht der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246 mit Hinweis). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399; <ref-ruling> E. 2 S. 591 f.).
2. In seiner Vernehmlassung beantragt der Beschwerdegegner sinngemäss, bis zur Rechtskraft des Konkurswiderrufsentscheids das Verwertungsverfahren zu sistieren. Ein vom Wortlaut her analoges Begehren hatte er bereits vor Obergericht gestellt. Dieses war vom Obergericht allerdings nicht als Sistierungsgesuch interpretiert, sondern in Verbund mit der Rekursbegründung als Beschwerde gegen eine Überpfändung behandelt worden. Diese vom Beschwerdeführer kritisierte Umdeutung ist sogleich zu behandeln (E. 3). Was der Beschwerdegegner mit seinem Antrag in der Vernehmlassung an das Bundesgericht beabsichtigt, kann offen bleiben. In einer Vernehmlassung kann der Beschwerdegegner keine eigenständigen, über den vom Beschwerdeführer definierten Streitgegenstand hinausgehenden Anträge stellen. Sollte der Beschwerdegegner also beabsichtigt haben, tatsächlich ein Sistierungsgesuch zu stellen und in diesem Sinne ebenfalls die vorinstanzliche Auslegung seiner Begehren zu kritisieren, hätte er selbständig Beschwerde an das Bundesgericht erheben müssen.
3. 3.1 Wie bereits erwähnt, hat die Vorinstanz den Rekursantrag gestützt auf die Rekursbegründung ausgelegt und ist zum Schluss gekommen, dass sich der Beschwerdegegner wie vor der ersten Instanz gegen den Pfändungsumfang wehre und eine Überpfändung rüge.
3. 3.1 Wie bereits erwähnt, hat die Vorinstanz den Rekursantrag gestützt auf die Rekursbegründung ausgelegt und ist zum Schluss gekommen, dass sich der Beschwerdegegner wie vor der ersten Instanz gegen den Pfändungsumfang wehre und eine Überpfändung rüge.
3.2 3.2.1 Der Beschwerdeführer beanstandet diesbezüglich eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV), da die Vorinstanz nicht dargelegt habe, wie bzw. gestützt auf welche Elemente der Rekursbegründung sie auf dieses Auslegungsergebnis komme.
3.2.2 Die Begründungspflicht ist Teilgehalt des rechtlichen Gehörs nach Art. 29 Abs. 2 BV. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen).
3.2.3 Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor. Die Vorinstanz hat kurz dargelegt, welche Elemente sie zur Auslegung herangezogen hat und welches die rechtliche Grundlage dieser Auslegung bildete. Angesichts der Kürze der Rekursbegründung war sie nicht gehalten, präzise die Textstellen anzugeben, auf welche sich ihre Auslegung stützte. Der Beschwerdeführer konnte zudem das Auslegungsergebnis sachgerecht anfechten, wie seine nachfolgend zu behandelnde Willkürrüge zeigt.
3.2.3 Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor. Die Vorinstanz hat kurz dargelegt, welche Elemente sie zur Auslegung herangezogen hat und welches die rechtliche Grundlage dieser Auslegung bildete. Angesichts der Kürze der Rekursbegründung war sie nicht gehalten, präzise die Textstellen anzugeben, auf welche sich ihre Auslegung stützte. Der Beschwerdeführer konnte zudem das Auslegungsergebnis sachgerecht anfechten, wie seine nachfolgend zu behandelnde Willkürrüge zeigt.
3.3 3.3.1 Der Beschwerdeführer macht eine willkürliche Anwendung von § 54 der Zürcher Zivilprozessordnung (ZPO; LS 271) geltend. Durch die vorinstanzliche Auslegung sei Abs. 2 dieses Paragraphen verletzt worden, wonach einer Partei weder mehr noch anderes zugesprochen werden dürfe, als sie selber verlangt habe. Die Rekursanträge des Beschwerdegegners seien klar, nämlich auf Erteilung der aufschiebenden Wirkung und Neubeurteilung durch das Konkursamt B._ gerichtet gewesen. Auch unter Heranziehen der Rekursbegründung könne daraus entgegen der Vorinstanz nicht die Rüge einer Überpfändung hergeleitet werden. Insbesondere habe der Beschwerdegegner vor dem Bezirksgericht noch gegen den Pfändungsumfang opponiert, vor Obergericht aber abweichende Anträge gestellt, was gegen die Auslegung der Vorinstanz spreche.
3.3.2 Wie alle Prozesshandlungen sind Rechtsbegehren nach Treu und Glauben auszulegen, insbesondere im Lichte der dazu gegebenen Begründung (<ref-ruling> E. 2a S. 152). Soweit die Auslegung von Prozesshandlungen in kantonalen Prozessen das kantonale Verfahrensrecht beschlägt, kann sie vom Bundesgericht grundsätzlich nur unter dem Blickwinkel der Willkür (Art. 9 BV) überprüft werden (Urteil 4A_551/2008 vom 12. Mai 2009 E. 2.2). Der Beschwerdeführer beruft sich einzig auf eine willkürliche Anwendung von § 54 ZPO. Es muss deshalb offen bleiben, ob das Bundesgericht gestützt auf Art. 20a Abs. 2 Ziff. 3 SchKG die Auslegung der im kantonalen Aufsichtsverfahren gestellten Anträge nicht sogar frei prüfen könnte.
Willkür in der Rechtsanwendung liegt vor, wenn ein Entscheid auf einem offensichtlichen Versehen beruht, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 5.1 S. 17 f., 131 I 467 E. 3.1 S. 473 f.; je mit Hinweisen).
3.3.3 Im Auslegungsergebnis der Vorinstanz kann keine Willkür im soeben definierten Sinne erblickt werden. Insbesondere aus S. 4 der Rekursbegründung durfte das Obergericht willkürfrei ableiten, dass es dem Beschwerdegegner auch vor der oberen kantonalen Aufsichtsbehörde primär um eine Herabsetzung der Pfändung ging, legte er doch dort dar, dass eindeutig von einer Überpfändung auszugehen sei und ein Herabsetzungsanspruch bestehe. Dass ein anderes Auslegungsergebnis allenfalls denkbar wäre, genügt nach dem Gesagten nicht, um Willkür anzunehmen.
4. 4.1 Bei der Beurteilung, ob eine Überpfändung vorliegt, ist das Obergericht gestützt auf die Bewertung des Konkursamtes vom 16. März 2009 und den inzwischen erfolgten Verkauf der Liegenschaft C._ (vgl. oben lit. B) von einem zu erwartenden Konkursüberschuss (und damit einem Aktienwert) von mindestens Fr. 1'350'000.-- ausgegangen. Für die Bewertung der Aktien sei unabhängig davon, ob die Gesellschaft liquidiert werde oder ein Konkurswiderruf erfolge, vom Liquidationswert auszugehen, da die Gesellschaft einzig Barvermögen halte. Weil die Forderung des Beschwerdeführers sich per 14. November 2008 mit Zins und Kosten auf Fr. 415'000.-- belaufen habe bzw. der Beschwerdegegner von einer Forderung von Fr. 430'666.30 ausgehe, liege angesichts des Aktienwerts von mindestens Fr. 1'350'000.-- eine Überpfändung vor. Auf die Kritik des Beschwerdeführers an dieser Bewertungsmethode bzw. ihrem Ergebnis braucht nicht näher eingegangen zu werden, da seine Beschwerde bereits aus einem anderen Grund gutzuheissen ist.
4.2 Gemäss Art. 97 Abs. 2 SchKG wird nicht mehr gepfändet als nötig ist, um die pfändenden Gläubiger für ihre Forderungen samt Zinsen und Kosten zu befriedigen. Die Schätzung der gepfändeten Gegenstände obliegt dem Betreibungsbeamten, welcher nötigenfalls Sachverständige beiziehen kann (Art. 97 Abs. 1 SchKG). Vorliegend haben zwei seit der Pfändung eingetretene Umstände das Obergericht veranlasst, die Pfändung herabzusetzen: Einerseits die neue Schätzung des im Konkurs der A._ AG in Liquidation erwarteten Überschusses, welche durch das Konkursamt B._ im Rahmen der Vernehmlassung zum Beschwerdeverfahren im Schreiben vom 16. März 2009 abgegeben worden ist, andererseits der effektiv vollzogene Verkauf der Liegenschaft C._ zum Preis von Fr. 6'800'000.--. Es geht also nicht darum, ob die Pfändung sämtlicher Aktien der A._ AG in Liquidation gemessen an der ursprünglichen Bewertung übermässig erscheint. Dies wäre angesichts des damaligen Schätzwertes von Fr. 500'000.--, welcher einer Forderung von - je nach Angaben - Fr. 415'000.-- bzw. Fr. 430'666.30 gegenüberstand, und unter Berücksichtigung der bestehenden Bewertungsunsicherheiten nicht anzunehmen. Dass diese erste Schätzung aus damaliger Warte unzutreffend gewesen wäre, hat die Vorinstanz denn auch weder festgestellt noch ergibt sich solches aus dem genannten Schreiben vom 16. März 2009. Hingegen wirft die zu beurteilende Konstellation die Frage auf, ob nach der Pfändung eingetretene Umstände überhaupt Anlass bilden können, die Pfändung herabzusetzen.
4.3 Gegebenenfalls könnte einer Wertänderung mit einer neuen Schätzung durch Sachverständige Rechnung getragen werden, und zwar in analoger Anwendung von Art. 9 Abs. 2 der Verordnung des Bundesgerichts über die Zwangsverwertung von Grundstücken vom 23. April 1920 (VZG; SR 281.42) auch bei Fahrnis, wenn anerkannte Schätzungskriterien bestehen (<ref-ruling> E. 3c S. 30 mit Hinweisen). Solche Kriterien fehlen allerdings bei nicht kotierten Aktien (<ref-ruling> E. 2b und c S. 34 f.), weshalb eine Neuschätzung vorliegend nicht in Betracht kommt. Zudem mangelte es gemäss Feststellung des Obergerichts bereits an einem entsprechenden, rechtzeitig erhobenen Antrag.
4.4 Es bleibt die Frage, ob die ausserhalb einer formellen Neuschätzung festgestellten veränderten Umstände eine Herabsetzung der Pfändung rechtfertigen können.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung vermögen Abzahlungen an die Betreibungsforderung keine verhältnismässige Freigabe eines Teils der gepfändeten Gegenstände herbeizuführen (BGE 68 III 69, S. 71 f.; 25 I 141 E. 3 S. 145). In allgemeiner Weise hat das Bundesgericht in BGE 48 III 198 E. 3 S. 199 f. festgehalten, dass nach der Pfändung bzw. dem Arrestvollzug eingetretene Umstände wie die Schuldminderung, die Verringerung einer hypothekarischen Belastung oder der Wertanstieg der arrestierten oder gepfändeten Vermögenswerte nicht zu berücksichtigen seien. Stellt sich die Pfändung hingegen als übersetzt heraus, weil geltend gemachte Drittansprüche im Widerspruchsverfahren erfolgreich bestritten wurden, so berechtigt dies zu einer Herabsetzung der Pfändung (BGE 68 III 69, S. 71).
An der Rechtsprechung, dass nachträgliche Wertänderungen der gepfändeten Gegenstände keine Entlassung aus der Pfändung zu begründen vermögen, ist aus mehreren Gründen festzuhalten. Die blosse Wertänderung ist zunächst nicht mit dem zulasten des Ansprechers verlaufenen Widerspruchsverfahren vergleichbar. Im Letzteren wird der Umfang des Pfändungsgutes festgelegt. Zu einer Überpfändung kann es dann kommen, wenn mehrere Drittansprüche im Raum stehen und sich der Pfändungsbeamte veranlasst sieht, so viel zu pfänden, dass die Betreibungsforderungen auch bei Erfolg der einen oder andern Drittansprache gedeckt sind. Stellt sich nach Durchlaufen der Widerspruchsverfahren eine Überpfändung heraus, rechtfertigt sich umgekehrt eine entsprechende Reduktion der Pfändung. Allerdings sollte diese Lage gar nicht erst eintreten, hat doch das Bundesgericht im Rahmen des Arrests entschieden, dass das Bestehen von Drittansprachen nicht rechtfertigt, zusätzliche Gegenstände zu verarrestieren, sondern nur, allenfalls andere Objekte zu blockieren (<ref-ruling> E. 2a S. 51). Im Unterschied zu dieser Situation geht es im zu beurteilenden Fall aber nicht um die Festlegung des Pfändungsguts, sondern darum, dass diesem durch veränderte Umstände ein höherer Wert zukommt.
Dafür, dass Wertsteigerungen im Laufe des Verfahrens nicht zu einer Herabsetzung der Pfändung berechtigen, sprechen Rechtssicherheits- und Praktikabilitätserwägungen (zu Letzteren vgl. <ref-ruling> E. 3.3.4 S. 119 mit Hinweisen). Das Pfändungs- und Verwertungsverfahren soll innerhalb bestimmter Fristen abgewickelt werden (Art. 116 Abs. 1 und Art. 122 Abs. 1 SchKG). Gäbe eine Wertsteigerung grundsätzlich Anspruch auf entsprechende Herabsetzung der Pfändung, bestünde die Gefahr, die Verwertung durch solche Nebenverfahren auf Anpassung der Pfändung über Gebühr zu verzögern. Dieser Nachteil würde nicht automatisch durch ein materiell gerechteres Ergebnis der Pfändung aufgewogen. Zum einen ist die Bewertung je nach Objekt von vornherein mit mehr oder weniger grosser Unsicherheit behaftet, so dass die Behauptung einer eingetretenen Werterhöhung diesen allenfalls bereits anlässlich der Pfändung aufgeworfenen Punkt erneut zum Prozessthema machen würde, ohne Gewähr für eine höhere Genauigkeit in der Bewertung zu bieten. Zum andern sind allfällige Schwankungen - selbst wenn sie mit hinreichender Sicherheit festgestellt werden könnten - je nach Marktlage und Objekt mehr oder weniger häufig und fallen mehr oder weniger heftig aus. Insbesondere könnte nach einer vorübergehenden Wertsteigerung auch ein Wertverlust eintreten. Hätte in einer solchen Situation bereits eine Herabsetzung der Pfändung stattgefunden, müsste das Betreibungsamt dies durch eine Nachpfändung wiederum korrigieren. Der Rechtssicherheit und dem schnellen Ablauf des Verfahrens ist somit besser gedient, wenn Wertsteigerungen - und zwar unabhängig vom in Frage stehenden Objekt - unberücksichtigt bleiben und keinen Anlass zur Anpassung der Pfändung bilden. Dabei kann es grundsätzlich keinen Unterschied ausmachen, ob die nachträgliche Wertsteigerung ausserhalb eines Beschwerdeverfahrens bekannt wird, oder - wie hier - zufällig während eines hängigen Verfahrens. Eine Entlassung aus dem Pfändungsbeschlag bei Zustimmung der pfändenden Gläubiger ist dadurch nicht ausgeschlossen (vgl. JAEGER UND ANDERE, Das Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs [SchKG], 5. Aufl. 2006, N. 16 zu Art. 97 SchKG).
4.5 Die Vorinstanz hat zur Begründung der Pfändungsherabsetzung ausgeführt, dass der Beschwerdegegner bei einer übermässigen Pfändung einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil erleiden könnte. Der Beschwerdeführer habe nämlich im April 2009 das Verwertungsbegehren zur Versteigerung der Aktien ohne Aufschub gestellt. Es liege auf der Hand, dass die Versteigerung von Aktien einer nicht kotierten Einpersonengesellschaft in Liquidation wohl kaum auf Publikumsinteresse stossen würde. Die Befürchtung des Beschwerdegegners sei deshalb berechtigt, dass der Beschwerdeführer in der Verwertung die Aktien der A._ AG in Liquidation billig zu erwerben gedenke und damit nach Abschluss des Konkursverfahrens über die A._ AG in Liquidation den ganzen Konkursüberschuss einheimsen könnte.
4.6 Diese Ausführungen vermögen nicht zu überzeugen. Allfällige Pläne des Betreibungsgläubigers hinsichtlich seines Vorgehens während der Versteigerung spielen für die Beurteilung, ob eine Überpfändung vorliegt bzw. ob nachträgliche Wertsteigerungen zu einer Herabsetzung der Pfändung führen können, keine Rolle. Das Mass der Pfändung wird durch den Betreibungsbeamten festgelegt (Art. 97 Abs. 1 SchKG) und ist nicht von allfälligen Absichten des Gläubigers abhängig. Dem Beschwerdeführer kann auch nicht etwa Rechtsmissbrauch vorgeworfen werden, weil er rund sechs Monate nach der Pfändung ein Verwertungsbegehren gestellt hat, ohne dieses unter den Vorbehalt zu stellen, zunächst den Abschluss des Konkursverfahrens über die A._ AG in Liquidation abzuwarten. Dem Gläubiger steht es frei, zu einem beliebigen Zeitpunkt innerhalb der Einjahresfrist von Art. 116 Abs. 1 SchKG das Verwertungsbegehren zu stellen; eine Bedingung anzubringen, ist dabei unzulässig (<ref-ruling> E. 2 S. 79 f.). Ein Verwertungsbegehren, in welchem um Aufschub der Verwertung ersucht wird, gilt deshalb als nicht gestellt (FREY, in: Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 1998, N. 20 zu Art. 116 SchKG; vgl. auch <ref-ruling> E. 1 S. 18). Im Übrigen ist völlig ungewiss, ob die Versteigerung tatsächlich auf kein Interesse stossen wird. Bei der Verwertung von Aktien einer Gesellschaft, deren Liquidation einen erheblichen Überschuss erwarten lässt, kann jedenfalls nicht unbesehen unterstellt werden, dass sich keine anderen Bieter als der Gläubiger selber finden werden. Das Betreibungsamt hat die Verwertung so zu organisieren, dass ein möglichst hoher Erlös erzielt wird und so auch eine allfällige, seit der Pfändung eingetretene Wertsteigerung im Verwertungsergebnis ihren Niederschlag findet. Auf diese Weise sollte der Schuldner durch die Nichtherabsetzung keinen bleibenden Nachteil erleiden. Ein allfälliger Überschuss aus der Verwertung kommt ihm zugute; bei Pfändung mehrerer Objekte kann gegebenenfalls bereits die Verwertung nach Deckung der Betreibungsforderungen eingestellt werden (Art. 119 Abs. 2 SchKG).
4.7 Folglich erweist sich die Beschwerde als begründet. Der angefochtene Beschluss ist aufzuheben und von einer Herabsetzung der Nachpfändung Nr. 2 in der Betreibung Nr. 1 des Betreibungsamtes Z._ ist abzusehen.
5. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdegegner die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 BGG). Da das Bundesgericht von Amtes wegen über die Zusprechung einer Parteientschädigung befindet (Art. 71 BGG i.V.m. Art. 69 Abs. 1 BZP [SR 273]), schadet das Fehlen eines entsprechenden Antrags dem Beschwerdeführer nicht (<ref-ruling> E. 4 und 5 S. 156 ff.; Urteil 8C_629/2007 vom 3. November 2008 E. 5.2.1). Der Beschwerdegegner hat dem Beschwerdeführer somit eine angemessene Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 Abs. 1 BGG). Das kantonale Beschwerdeverfahren ist kostenlos (Art. 20a Abs. 2 Ziff. 5 SchKG), so dass diesbezüglich weder Gerichts- noch Parteikosten zu verteilen sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, obere kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen, vom 3. November 2009 aufgehoben.
2. Die in der Betreibung Nr. 1 des Betreibungsamtes Z._ unter der Pfändungs-Nr. 2 vorgenommene Pfändung sämtlicher Aktien und Ansprüche resultierend aus den Aktien der A._ AG in Liquidation in B._ wird nicht herabgesetzt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
4. Der Beschwerdegegner hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 6'000.-- zu entrichten.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Betreibungsamt Z._ und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, obere kantonale Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. August 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zingg