Faits:
A. Par jugement du 5 avril 2006, le juge I du district de Monthey a condamné A.X._, pour lésions corporelles simples avec un objet dangereux, entrave à la circulation publique, contrainte et violations à la LCR, à vingt-cinq jours d'emprisonnement avec sursis. Il a également condamné A.Y._, pour lésions corporelles simples avec un objet dangereux, à huit jours d'emprisonnement avec sursis. Enfin, il a confisqué, pour être dévolu à l'Etat, le quadricycle Polaris Sportsman, propriété de B.X._.
B. Par jugement du 4 juillet 2008, la Juge de la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan a condamné A.X._, pour lésions corporelles simples avec un objet dangereux, dommages à la propriété, contrainte, entrave à la circulation publique et violations à la LCR, à une peine pécuniaire de 20 jours-amende, à 15 fr./j., et à une amende de 300 fr., respectivement à une peine privative de liberté de substitution de 20 jours. Elle l'a mis au bénéfice du sursis avec un délai d'épreuve de deux ans. Elle a également condamné A.Y._, pour lésions corporelles simples avec un objet dangereux, à un travail d'intérêt général de trente-deux heures avec sursis. Enfin, elle a ordonné la confiscation du quadricycle, précisant toutefois que le produit de réalisation du véhicule devait, sous déduction des frais y relatifs, être alloué à B.X._.
Cette décision repose, en bref, sur les éléments suivants.
B.a A.X._ est propriétaire d'un chalet sis en zone agricole et situé sur la parcelle n° 1265 de la Commune de Champéry. Pour accéder à cet immeuble, il faut suivre la route cantonale de Planachaux et, au croisement « Col de Cou/Planachaux », emprunter un chemin privé qui monte jusqu'au lieu-dit « Planachaux ». En 1957, une servitude de passage à pied, bétail et véhicules a été constituée en faveur du consortage du chemin de « Pont-Léchereuse-Planachaux ». Selon l'acte constitutif, les membres du consortage avaient le droit d'utiliser ledit chemin pour le service de leurs propriétés.
Dans le même secteur, la société J._ SA est, depuis 1981, au bénéfice d'une servitude de passage à ski grevant les parcelles n° 537, 539 et 765 de la Commune de Champéry. En hiver, la piste de ski « Planachaux - Grand-Paradis » suit le parcours du chemin privé puis celui de la route cantonale de Planachaux qui rejoint la station de Champéry. Selon les plans du registre foncier, le tracé de la servitude dont bénéficie la société précitée ne semble toutefois pas se confondre avec le chemin du consortage, mais passer plus au nord. C._, directeur de J._ SA, a cependant admis que le parcours de la piste de ski avait été modifié au fil du temps pour emprunter aujourd'hui le chemin du consortage.
B.b Par décision du 26 février 1996, la Commission cantonale de signalisation routière a autorisé la pose, durant la saison hivernale, d'un signal « interdiction générale de circuler dans les deux sens » sur la route cantonale de Planachaux, à partir du lieu-dit « Le Voland », en direction de la bifurcation de Planachaux, au motif que la circulation sur cette route était incompatible avec la pratique du ski. Le Conseil d'Etat, puis le Tribunal fédéral, ont confirmé cette décision.
B.c A.X._ est le détenteur de deux véhicules à moteur immatriculés en plaques interchangeables, soit un utilitaire tout terrain de marque Unimog et une voiture BMW. Il a reconnu qu'il oubliait parfois de mettre les plaques de contrôle nécessaire sur son Unimog équipé, à l'avant et à l'arrière, d'autocollants reproduisant le numéro d'immatriculation. Son père, B.X._ est propriétaire d'un quadricycle de marque Polaris Sportsman 700.
Depuis plusieurs années, A.X._ procède régulièrement, au moyen de son Unimog, au déneigement de la route de Planachaux afin de pouvoir accéder à son domicile durant la saison hivernale.
B.d Depuis le mois d'octobre 2003 et jusqu'au 14 février 2004 en tout cas, ainsi que du 27 décembre 2004 au 16 février 2005, A.X._ a presque quotidiennement circulé avec son Unimog, le véhicule de son épouse ou le quadricycle de son père, sur la portion de route située entre le lieu-dit « Le Voland » et son habitation, alors que la circulation sur la route cantonale était prohibée par le signal « interdiction générale de circuler dans les deux sens ».
Le 10 janvier 2004, à l'aide de son Unimog équipé d'une lame à neige, A.X._ a dégagé le tronçon de route depuis le lieu-dit « Le Voland » jusqu'à son chalet. Il a ainsi compromis l'usage de la piste de ski qui emprunte cette route et anéanti une partie des travaux d'aménagement effectués par J._ SA.
B.e Le 14 février 2004, A.Y._ et son fils B.Y._ skiaient sur la piste « Planachaux - Grand-Paradis » pour rejoindre la parking du même nom. A.X._ circulait sur cette même piste au guidon de son quadricycle. Arrivé à la hauteur de ce dernier, A.Y._ l'a frappé au visage avec son bâton de ski. L'appareil photographique du premier est tombé au sol et le second a alors demandé à son fils de s'en saisir, ce que ce dernier a fait avant de continuer sa descente. A.Y._ s'est ensuite arrêté quelques mètres plus bas et a pivoté sur lui-même. A.X._ s'est précipité sur lui. Une empoignade s'en est suivie au cours de laquelle A.X._ a frappé son adversaire au niveau de l'arcade sourcilière droite, avant de le maîtriser et de le pousser contre un talus. A.Y._ a par la suite promis à son adversaire de descendre avec lui et de lui restituer son appareil. Il s'est toutefois enfui à ski, poursuivi par A.X._.
Ce dernier est arrivé à quelque 70 km/h avec son quadricycle sur le parking du Grand-Paradis. Il a manqué de renverser D._ et E._, son véhicule passant à 1 ou 1.5 mètres des deux femmes. Une fois descendu de son engin, A.X._ s'est dirigé vers A.Y._ en brandissant son bâton de ski et proclamant vouloir récupérer son appareil photographique. A.Y._ s'est réfugié à l'intérieur du bus. A.X._ est alors reparti avec son véhicule et s'est rendu au Pont des Moulins où il a placé son quad en travers de la chaussée, empêchant ainsi tout passage de véhicules circulant dans les deux sens pendant une dizaine de minutes. A l'instance de F._, A.X._ a déplacé son quad, le premier s'étant engagé à arrêter le bus et à prendre l'identité de son agresseur. F._ n'a toutefois pas stoppé le car, de sorte que A.X._ s'est placé au milieu de la chaussée. Le conducteur du bus a fortement ralenti et, sans s'arrêter, l'a contraint à libérer le passage. A.X._ s'est élancé à la poursuite du car et a essayé de le doubler. Il est finalement parvenu à ses fins en empruntant le trottoir et s'est rabattu devant le bus, le forçant à ralentir.
C. A.X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation du jugement cantonal en ce qui concerne sa condamnation à diverses infractions, la confiscation du quadricycle, et les frais et dépens de la procédure. Il requiert également l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Invoquant une violation du principe « in dubio pro reo » et se prévalant des règles sur la légitime défense, le recourant conteste avoir causé des lésions corporelles à A.Y._. Il explique avoir porté un coup à son adversaire, alors qu'il venait d'être frappé au visage et dans le but de se défendre de nouvelles frappes.
1.1 Selon l'<ref-law>, quiconque, de manière contraire au droit, est attaqué ou menacé d'une attaque imminente a le droit de repousser l'attaque par des moyens proportionnés aux circonstances.
La légitime défense suppose une attaque, c'est-à-dire un comportement visant à porter atteinte à un bien juridiquement protégé, ou la menace d'une attaque, soit le risque que l'atteinte se réalise. Il doit s'agir d'une attaque actuelle ou à tout le moins imminente, ce qui implique que l'atteinte soit effective ou qu'elle menace de se produire incessamment (<ref-ruling> consid. 2a p. 14). Cette condition n'est pas réalisée lorsque l'attaque a cessé ou qu'il n'y a pas encore lieu de s'y attendre. Par ailleurs, l'acte de celui qui est attaqué ou menacé de l'être doit tendre à la défense. Un comportement visant à se venger ou à punir ne relève pas de la légitime défense. Il en va de même du comportement qui tend à prévenir une attaque certes possible mais encore incertaine, c'est-à-dire à neutraliser l'adversaire (<ref-ruling>).
1.2 Selon les constatations cantonales, A.Y._, après avoir frappé A.X._, a poursuivi sa descente à ski, s'est arrêté quelques mètres plus bas et a pivoté sur lui-même. Le second nommé est alors descendu de son véhicule et s'est précipité sur son adversaire. Une empoignade s'en est suivie au cours de laquelle A.X._ a saisi un bâton de ski avec lequel il a frappé A.Y._ au visage. Il résulte de ces faits, qui lient l'autorité de céans, aucun arbitraire n'étant allégué ni démontré à ce sujet, que l'attaque de A.Y._ avait pris fin lorsque le recourant s'est rué sur lui. Sa réaction ne consistait pas à prévenir une nouvelle agression, puisqu'il était lui-même motorisé et que son adversaire se trouvait en contre-bas; elle procédait bien plus d'un sentiment de colère et de revanche envers A.Y._. Dans ces conditions, les conditions de la légitime défense ne sont pas réalisées.
Pour le reste, la violation du principe « in dubio pro reo », telle qu'alléguée, n'a pas de portée propre et se confond avec le grief précité.
2. Se plaignant d'arbitraire, le recourant conteste s'être rendu coupable d'entrave à la circulation publique. Il relève que les déclarations de D._, E._ et G._ sont truffées de contradictions et de contrevérités, ce qui leur ôteraient tout crédit.
2.1 La Juge cantonale a retenu que A.X._, arrivant à 70 km/h sur la place de parking, avait failli renverser D._ et E._ qui étaient occupées à déchausser leurs skis au bas de la piste. Voyant arriver l'engin, la première avait poussé ou tiré la seconde afin d'éviter la collision, le recourant passant à 1 ou 1.5 mètres d'elles.
La magistrate a admis ces faits en se basant sur les déclarations des deux femmes concernées et de G._. Elle a considéré que le fait que le courrier du 17 février 2004, signé par D._ et G._, ait été rédigé dans les locaux de J._ SA n'apparaissait pas en soi de nature à ébranler la crédibilité des déclarations de ses auteurs. Elle a précisé que les actes du dossier ne révélaient du reste aucun élément tangible permettant d'accréditer la thèse selon laquelle les employés de la société précitée auraient influencé ou conditionné les témoins. Elle a ajouté que rien ne permettait non plus de dire que ces trois personnes nourrissaient, avant les faits, une quelconque animosité à l'égard du recourant, de sorte que le fait que l'une d'entre elles aurait immédiatement reconnu celui-ci le jour en question pouvait demeurer indécis. Elle a admis que les dépositions des intéressés à la police comportaient certaines imprécisions s'agissant de la distance à laquelle le recourant avait croisé les deux femmes et de la position dans laquelle celles-ci se trouvaient l'une par rapport à l'autre. Elle a toutefois considéré que ces imprécisions ne constituaient pas des mensonges délibérés de leur part, que ces témoins avaient pu de bonne foi sous-évaluer la distance les séparant compte tenu de la vitesse du quad et que D._ avait confirmé que le recourant avait manqué de la heurter avec son véhicule. Elle a ajouté que la version de ces témoins était confirmée par les déclarations de H._ et I._. Enfin, elle a relevé que les questions relatives aux conditions météorologiques et à la présence d'une ligne continue entre le Grand-Paradis et la station de Champéry étaient secondaires, de sorte que les dépositions des témoins sur ces points étaient sans pertinence.
2.2 Il résulte de cette motivation que l'autorité précédente s'est clairement prononcée sur les griefs soulevés par le recourant. Pour le reste, ce dernier se contente de rappeler certaines imprécisions dans les déclarations des témoins et de contester certains faits par une argumentation purement appellatoire, sans démontrer, conformément aux exigences légales (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4), en quoi l'appréciation cantonale sur ces questions serait arbitraire. La critique du recourant est donc vaine.
3. Invoquant l'état de nécessité, le recourant conteste s'être rendu coupable de contrainte et de violation des règles sur la circulation routière. Il explique avoir poursuivi et arrêté le bus pour obtenir l'identité de son agresseur et la restitution de son appareil photographique.
3.1 Le nouveau droit distingue l'état de nécessité licite (<ref-law>) de l'état de nécessité excusable (<ref-law>). Dans les deux cas, l'auteur doit commettre l'acte punissable pour se préserver d'un danger imminent et impossible à détourner autrement (arrêt 6B_720/2007 du 29 mars 2008). La subsidiarité est absolue et constitue par conséquent une condition à laquelle aucune exception ne peut être faite (arrêt 6S_529/2006 du 8 février 2007). Ainsi, celui qui est en mesure de s'adresser aux autorités pour parer au danger ne saurait se prévaloir de l'état de nécessité (<ref-ruling> consid. 2 c p. 55 s.; K. SEELMANN, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2ème éd., art. 17 n° 7).
3.2 Selon les constatations cantonales, A.X._ a rejoint le parking du Grand-Paradis où il a vainement tenté d'approcher son agresseur qu'il croyait être en possession de son appareil photographique. Il s'est ensuite rendu au Pont des Moulins où il a placé son quadricycle en travers de la chaussée, bloquant ainsi la circulation dans les deux sens. Ensuite, il a composé le 144 sur son téléphone portable. Lorsque le bus est arrivé, le recourant a essayé, en vain, de le stopper. Reprenant le guidon de son véhicule, il s'est alors élancé à la poursuite du car, qu'il a essayé de doubler. Il est finalement parvenu à ses fins en empruntant le trottoir et s'est rabattu devant le bus, le forçant à ralentir. Il résulte de la chronologie de ces événements que le recourant n'a pas immédiatement appelé la police, alors qu'il avait la possibilité de le faire puisqu'il disposait d'un téléphone portable. Il n'a pas non plus attendu les agents après son appel. De plus, rien ne permet d'affirmer que la police n'aurait pas pu intervenir à temps ou que son action aurait été moins efficace que celle du recourant. Dans ces conditions, ce dernier ne peut se prévaloir de l'état de nécessité, puisque le danger auquel il était exposé aurait pu être détourné autrement.
4. Le recourant conteste sa condamnation pour violation répétée des règles sur la circulation routière. Invoquant une application arbitraire des art. 139 ch. 1, 189 ch. 2 et 193 ch. 2 CPP/VS, il soutient que l'état de fait retenu va au-delà de l'arrêt de renvoi du Ministère public, de ce qui avait été retenu dans le jugement de première instance et de ce qui avait été demandé dans l'appel déposé par J._ SA. Il explique également qu'il disposait d'un droit subjectif à accéder à son chalet par le chemin du consortage.
4.1 Selon les constatations cantonales, le recourant a, depuis le mois d'octobre 2003 et jusqu'au 14 février 2004 en tout cas, ainsi que du 27 décembre 2004 au 16 février 2005, quasi quotidiennement circulé avec son Unimog, le véhicule de son épouse ou le quadricycle de son père sur la portion de route située entre le lieu-dit « Le Voland » et son habitation, alors que la circulation sur la route cantonale était prohibée par un signal interdisant la circulation dans les deux sens. De plus, il n'a pas muni à chaque fois son Unimog des plaques de contrôles nécessaires.
L'autorité précédente a jugé que, pour ces faits, le recourant s'était rendu coupable de violations répétées d'une prescription de la circulation routière au sens de l'<ref-law>, en relation avec les <ref-law> et 18 al. 1 OSR, et de contraventions à l'<ref-law>. Elle a également considéré que le recourant ne pouvait invoquer l'exercice de son droit de passage sur le chemin du consortage à titre de fait justificatif. En effet, selon les plans, la servitude de passage dont bénéficient les membres du consortage ne s'exerce nullement sur la portion de la route cantonale qui est empruntée en hiver par la piste de ski « Planachaux-Grand-Paradis » et qui est située entre le lieu-dit « Le Voland » et la parcelle n° 765.
4.2 Contrairement à ce que soutient le recourant, la description des faits retenus ci-dessus figure clairement sous les chiffres VII et VIII de l'arrêt de renvoi du Ministère public (cf. pièces n° 377 et 378) et l'autorité de première instance a également condamné l'intéressé pour les infractions précitées (cf. pièces n° 470 et 471). Pour le reste, le recourant ne prétend pas ni ne démontre, conformément aux exigences légales (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4), que la route cantonale empruntée et interdite à la circulation en hiver se confondrait entièrement avec la servitude de passage dont bénéficie son immeuble. La critique est donc rejetée dans la mesure où elle est recevable.
5. Le recourant conteste sa condamnation pour dommages à la propriété. Il soutient que J._ SA n'était pas légitimée à déposer plainte, cette société n'ayant aucun droit réel sur le chemin du consortage. Il explique également qu'aucune chose n'a été endommagée et que lui-même dispose d'un droit subjectif à utiliser le chemin précité.
5.1 L'<ref-law> dispose que si une infraction n'est punie que sur plainte, toute personne lésée peut porter plainte contre l'auteur. Le lésé au sens de cette disposition est celui dont le bien juridique est directement atteint par l'infraction. L'interprétation de l'infraction en cause permet seule de déterminer quel est le titulaire du bien juridique atteint (<ref-ruling> consid. 2 p. 211). S'agissant des dommages à la propriété, le droit de porter plainte n'est pas réservé au seul propriétaire de la chose; il peut être exercé par le locataire ainsi que par toute personne atteinte dans son droit d'user de la chose (<ref-ruling> consid. 3 p. 212).
Selon l'<ref-law>, celui qui aura endommagé, détruit ou mis hors d'usage une chose appartenant à autrui ou frappée d'un droit d'usage ou d'usufruit au bénéfice d'autrui sera, sur plainte, puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire. L'infraction doit porter sur un objet corporel, mobilier ou immobilier, appartenant à autrui (B. CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, art. 144 n° 1; P. WEISSENBERGER, Basler Kommentar, Strafrecht II, <ref-law> n° 2 ss). L'atteinte peut consister à détruire ou à altérer la chose, mais peut aussi consister dans une modification de la chose qui a pour effet d'en supprimer ou d'en réduire l'usage, les propriétés, les fonctions ou l'agrément. L'auteur se rend coupable de dommages à la propriété dès qu'il cause un changement de l'état de la chose qui n'est pas immédiatement réversible sans frais ni effort et qui porte atteinte à un intérêt légitime (<ref-ruling> consid. 2).
5.2 Certes, selon les plans figurant au registre foncier, le tracé de la servitude de passage dont bénéficie J._ SA ne semble pas épouser celui du chemin du consortage, mais s'exercer plus au nord, à travers champs, sur les parcelles n° 539 et 537, pour venir rejoindre l'immeuble n° 765. De plus, lors des débats, C._, directeur de la société susmentionnée, a reconnu que le parcours de la piste de ski avait été modifié au fil du temps pour emprunter aujourd'hui le chemin du consortage. Reste que la réglementation communale autorise J._ SA à aménager et à utiliser la portion de la route cantonale litigieuse pour la pratique du ski. Dès lors, la société précitée dispose d'un droit juridiquement protégé, octroyé par le droit public, à user des prérogatives qui lui sont accordées sur la portion de route cantonale litigieuse. Partant, elle peut être considérée comme lésée, ses droits ayant été directement touchés par le comportement du recourant. Elle a donc qualité pour porter plainte à l'encontre de ce dernier.
5.3 Selon l'arrêt attaqué, le 10 janvier 2004, à l'aide de son Unimog équipé d'une lame à neige, le recourant a volontairement dégagé le tronçon de la route depuis le lieu-dit « Le Voland » jusqu'à son chalet, sans racler la neige jusqu'au sol. Il a néanmoins compromis l'usage de la piste de ski qui emprunte cette route et anéanti une partie des travaux d'aménagement effectués par J._ SA pour rendre cette piste praticable. Ce faisant, le recourant a causé un dommage à la piste de ski, qui a été aménagée par J._ SA et qui constitue un meuble au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 183 s). Pour le reste, le recourant ne saurait invoquer, en tant que membre du consortage du chemin « Pont-Léchereuse-Planachaux », l'exercice de son droit de passage à titre de fait justificatif. En effet, selon les faits arrêtés, la servitude de passage dont il bénéficie ne s'exerce nullement sur la portion de la route cantonale qui est empruntée en hiver par la piste de ski « Planachaux-Grand Paradis » et qui est située entre le lieu-dit « Le Voland » et la parcelle n° 765. Les griefs invoqués sont donc infondés.
6. En relation avec sa condamnation pour dommages à la propriété, le recourant se plaint encore d'une reformatio in pejus dans la mesure où il avait été acquitté de ce chef de prévention en première instance.
6.1 L'interdiction de la reformatio in pejus relève au premier chef du droit cantonal de procédure, dont le Tribunal fédéral ne contrôle l'application que sous l'angle de sa conformité au droit constitutionnel, notamment à l'art. 9 Cst. Encore faut-il que le grief soit motivé conformément aux exigences de l'<ref-law>.
6.2 Le recourant n'invoque aucune disposition du droit cantonal de procédure, dont, à plus forte raison, il ne démontre pas d'application contraire à ses droits constitutionnels. Plus généralement, il ne se prévaut d'ailleurs d'aucune disposition légale. Au demeurant, le grief est de toute manière infondé. En effet, contrairement aux affirmations du recourant, le ministère public a conclu, lors des débats d'appel, à sa condamnation pour dommages à la propriété.
7. Invoquant l'arbitraire, une violation du droit d'être entendu et de l'<ref-law>, le recourant conteste la confiscation du quadricycle, propriété de son père. Ce grief est sans objet dès lors que le recours de B.X._ portant sur la question de la confiscation a été admis par arrêt du même jour.
8. Se plaignant d'une violation de l'art. 48 let. c CP, le recourant estime qu'il aurait dû être mis au bénéfice de la circonstance atténuante de l'émotion violente pour toutes les infractions commises.
8.1 Conformément à l'art. 48 al. 1 let. c CP, qui a remplacé l'art. 64 al. 3 aCP, le juge atténue la peine si l'auteur a agi en proie à une émotion violente que les circonstances rendaient excusables ou s'il a agi dans un état de profond désarroi. Le nouveau texte légal généralise la prise en considération de l'émotion violente et du profond désarroi, qui étaient jusque-là uniquement pris en considération dans la définition du meurtre passionnel (<ref-law>). La portée de cette circonstance atténuante a donc été étendue. La jurisprudence ancienne relative à la colère et à la douleur violente, produites par une provocation injuste ou une offense imméritée, conserve sa pertinence; cependant il convient également de se référer à la jurisprudence relative à l'<ref-law> pour interpréter les notions d'émotion violente que les circonstances rendaient excusables et de profond désarroi. Pour que la circonstance atténuante invoquée puisse être prise en considération, il faut que la provocation injuste ou l'offense imméritée ait suscité au plus profond de l'auteur une émotion intense et une réaction psychologique personnelle et spontanée. De plus, il faut qu'il existe une certaine proportionnalité entre la provocation, d'une part, et la réaction de l'auteur, d'autre part (arrêt 6B_517/2008 du 27 août 2008).
8.2 Selon les faits arrêtés, A.Y._ a porté un coup brusque et injustifié au visage du recourant. Ce comportement a pu provoquer chez ce dernier un mouvement de colère, qui explique sa réaction subséquente à l'encontre de son adversaire. Reste qu'après cette altercation sur les pistes, le recourant, au guidon de son quadricycle, a poursuivi le skieur, puis le bus dans lequel ce dernier s'était réfugié. Il a de la sorte mis en danger l'intégrité corporelle, voire la vie, de plusieurs personnes, dans le seul but de récupérer son appareil photographique et alors qu'il avait d'autres moyens à sa disposition, comme celui de faire appel aux forces de l'ordre. Ce faisant, il a perdu tout contrôle de lui-même et ces réactions ont été tout-à-fait disproportionnées par rapport à la provocation initiale et les buts poursuivis. Dans ces conditions, l'autorité précédente n'a pas violé le droit fédéral en mettant le recourant au bénéfice de la circonstance atténuante visée par l'art. 48 let. c CP pour la seule infraction de lésions corporelles simples.
9. Le recourant conteste la répartition des frais et dépens des procédures de première instance et d'appel.
Il se plaint tout d'abord d'arbitraire dans la répartition de ces frais et dépens, sans toutefois préciser quelle disposition du droit cantonal de procédure aurait été violée ou appliquée de manière arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Le moyen invoqué est donc manifestement irrecevable. Il en va de même de la critique relative à l'inégalité de traitement, le recourant affirmant simplement que la règle n'a pas été appliquée de manière identique aux deux accusés, sans indiquer précisément de quelle règle il s'agit.
10. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Il est sans objet en tant qu'il porte sur la confiscation du quadricycle. Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>), et le recourant devra supporter les frais (<ref-law>), fixés en fonction de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, fixés à 1'600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, La Juge de la Cour pénale II.
Lausanne, le 13 janvier 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani