ordonne:
1. La cause est rayée du rôle par suite de retrait du recours.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 300 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La présente ordonnance est communiquée aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel, Cour de Cassation civile.
Lausanne, le 3 juillet 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Huguenin