Faits:
A. A.a X._, agriculteur de profession, a requis, le 7 décembre 2004, une autorisation d'acquérir l'immeuble article 1 du registre foncier de la commune de A._. Cette parcelle, composée d'une habitation mixte, d'un jardin potager, d'une porcherie, d'une place, d'un pré et d'un chemin, représentait **** m2. Il l'a acquise pour le prix de 250'000 fr. L'autorisation lui a été accordée le 20 janvier 2005 par l'Autorité foncière cantonale du canton de Fribourg (ci-après: l'Autorité foncière cantonale). Elle a en particulier admis que l'acquéreur était agriculteur, qu'il entendait exploiter lui-même l'immeuble affermé par ses soins depuis 2003 en complément de l'entreprise agricole dont il était déjà propriétaire, située à B._ et C._, et que le prix d'acquisition était conforme à l'estimation du prix licite. En outre, cette autorité administrative a retenu que le centre d'exploitation de l'entreprise de l'acquéreur était situé à B._ et que, compte tenu de la nature particulière des bâtiments à acquérir, il pouvait exceptionnellement être admis que la porcherie entrait dans le rayon d'exploitation usuelle de l'entreprise agricole de l'acquéreur.
A.b Le 29 mars 2006, X._ a soumis à l'Autorité foncière cantonale le projet d'acte d'abandon de biens relatif aux domaines agricoles de B._ et C._ conclu entre lui et son fils Y._, afin d'obtenir, en tant que nécessaire, l'autorisation ad hoc. A cette occasion, il a expliqué que, souhaitant changer d'orientation professionnelle et se concentrer sur l'engraissement de porcs, métier différent de celui d'éleveur de bovins, il entendait demeurer propriétaire individuel des articles 1 et 2 du registre foncier de A._ (ci-après: l'article ou la parcelle 1 et l'article ou la parcelle 2). Il a notamment exposé que la porcherie de A._ et le domaine principal de B._ constituaient deux entités distinctes tant du point de vue géographique qu'au regard du genre d'activités.
Par décision du 3 novembre 2006, l'Autorité foncière cantonale a refusé d'octroyer l'autorisation et donc de soustraire de l'entreprise agricole les immeubles agricoles portant les numéros d'articles 1 et 2. Un tel mode de faire contrevenait en effet à l'interdiction du partage matériel au sens de l'art. 58 al. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (ci-après: LDFR ou loi sur le droit foncier rural; RS 211.412.11), aucune exception au sens de l'<ref-law> ni motif d'autorisation exceptionnelle, tels qu'énoncés de manière exhaustive par l'<ref-law>, ne justifiant l'octroi d'une telle autorisation.
B. Le 16 février 2009, le Tribunal administratif du canton de Fribourg (depuis le 1er janvier 2008 et ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de X._ et a confirmé la décision de l'Autorité foncière cantonale du 3 novembre 2006 en tant qu'elle concernait l'article 1. Le Tribunal cantonal a en substance retenu que l'article 1 faisait partie de l'entreprise agricole du recourant et que c'était à bon droit que l'Autorité foncière cantonale avait refusé de délivrer une autorisation exceptionnelle de déroger à l'interdiction de partage matériel de son entreprise. Il a en outre estimé qu'aucun des motifs avancés par le recourant ne permettait de juger que la structure d'exploitation de la parcelle en cause pouvait être qualifiée de défavorable au sens de l'<ref-law>, et donc de la soustraire aux dispositions légales régissant l'entreprise agricole. S'agissant de l'article 2, sur lequel serait érigé un immeuble locatif et qui aurait été introduit par erreur dans la procédure, le Tribunal cantonal a renvoyé la cause à l'Autorité foncière cantonale afin qu'elle l'instruise et statue sur la question de sa soumission à la loi sur le droit foncier rural.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, que, principalement, l'arrêt du 16 février 2009 du Tribunal cantonal soit partiellement réformé en ce sens que, d'une part, en application de l'<ref-law>, les dispositions sur les immeubles agricoles isolés s'appliquent à son entreprise agricole et que, partant, il soit en droit de partager son entreprise en soustrayant de celle-ci l'immeuble agricole article 1 du registre foncier de la commune de A._ et que, d'autre part, l'affaire soit renvoyée à l'Autorité foncière cantonale pour qu'elle statue sur la question de savoir si l'article 2 du même registre foncier est soumis à la loi sur le droit foncier rural; subsidiairement, il demande que l'affaire soit renvoyée au Tribunal cantonal pour une nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'Autorité foncière cantonale, le Tribunal cantonal et l'Office fédéral de la justice se réfèrent aux dispositif et considérants de l'arrêt attaqué et concluent au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué, fondé sur le droit public, soit sur la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (LDFR; RS 211.412.11) peut être entrepris par la voie du recours en matière de droit public en vertu de l'<ref-law>, les exceptions de l'<ref-law> n'étant par remplies. Depuis le 1er septembre 2008, l'<ref-law> prévoit d'ailleurs expressément cette voie de droit contre les décisions sur recours prises par les autorités cantonales de dernière instance. Tel est le cas en l'espèce.
1.2 Dirigé contre une décision rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d LTF), le recours ne tombe pas sous le coup d'une des exceptions mentionnées à l'<ref-law>. Déposé en temps utile (<ref-law>) et en la forme prévue (<ref-law>) par le destinataire de la décision attaquée qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci en tant qu'elle a trait à l'article 1 (<ref-law>), il est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.3 La conclusion du recourant tendant à ce que la cause soit renvoyée à l'Autorité foncière cantonale pour qu'elle statue sur la question de savoir si l'article 2 est soumis à la loi sur le droit foncier rural est toutefois irrecevable. Cette conclusion correspondant exactement à ce que le Tribunal cantonal a ordonné dans l'arrêt attaqué, le recourant n'a pas d'intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée sur ce point. A cet égard, la question de savoir si l'arrêt attaqué constitue une décision partielle (<ref-law>) peut ainsi rester ouverte.
2. Le recourant s'en prend à l'appréciation des faits telle qu'opérée par le Tribunal cantonal dans le cadre de l'<ref-law>. Il invoque des éléments que ledit Tribunal n'aurait pas pris en compte, destinés à établir qu'"une gestion globale de l'entreprise en cause n'est pas efficace et que celle-ci n'est donc pas digne d'être maintenue en tant qu'entité". L'intéressé estime ainsi que son domaine ne devrait pas être soumis aux dispositions de la loi sur le droit foncier rural sur les entreprises, notamment l'<ref-law> qui interdit le partage matériel des entreprises agricoles.
2.1 L'<ref-law> a la teneur suivante:
"Les dispositions sur les immeubles agricoles isolés s'appliquent à l'entreprise agricole lorsque celle-ci:
a. (...)
b. n'est plus digne d'être maintenue, quelle que soit sa grandeur, en raison d'une structure d'exploitation défavorable."
Ainsi, selon cette disposition, les entreprises agricoles, dont le maintien ne se justifie plus en raison d'une structure d'exploitation défavorable, perdent leur caractère d'entreprise au sens juridique et doivent être considérées comme des immeubles (Message du 26 juin 1996 concernant la réforme de la politique agricole: deuxième étape [Politique agricole 2002], FF 1996 IV 381 ch. 21). Ce Message cite, à titre d'exemple de structure d'exploitation défavorable, les cas, premièrement, de l'entreprise qui est composée de nombreux immeubles de peu d'étendue qui ne sont pas contigus et qui ne feront pas l'objet d'une réunion ou d'un remaniement parcellaire à brève échéance et, deuxièmement, de celle qui comporte des bâtiments qui ne sont pas appropriés à l'usage qu'on veut en faire et dont l'exploitation ne permet pas de supporter les dépenses nécessaires pour les transformer ou les remplacer.
2.2 Le domaine du recourant constitue une entreprise et, lors de l'acquisition de la porcherie de A._, il a été admis que celle-ci entrait dans le rayon d'exploitation de l'entreprise préexistante du recourant sise à B._ et C._. Aujourd'hui, le recourant prétend que la structure d'exploitation de cette entreprise est défavorable. Les motifs, avancés par le recourant, de convenance personnelle et des motivations divergentes des deux exploitants ne sont pas pertinents au regard de l'<ref-law>. D'autre part, le fait que la porcherie n'ait jamais été "économiquement intégrée" à l'entreprise préexistante ne joue pas non plus de rôle pour déterminer si la structure de l'exploitation est défavorable.
Il en va différemment de l'argument relatif à la distance séparant la porcherie de l'exploitation principale. Toutefois, l'Autorité foncière cantonale a autorisé, le 20 janvier 2005, le recourant à acquérir la porcherie, nonobstant les quatorze kilomètres entre celle-ci et le domaine principal, estimant qu'il pouvait être exceptionnellement admis qu'elle entrait dans le rayon d'exploitation de l'entreprise de l'intéressé (cf. art. 63 al. 1 let. d LDFR). On ne peut aujourd'hui prétexter de cette même distance pour soutenir que la structure d'exploitation est défavorable et ainsi soustraire l'entreprise aux dispositions sur les entreprises agricoles. En outre, si effectivement la distance est contraignante dans un travail quotidien, elle ne saurait suffire à elle seule à qualifier la totalité de la structure de l'entreprise de défavorable. Il en va de même du fait que le domaine principal et celui de A._ soient consacrés à des types d'exploitation différents. Choisir de diversifier son activité et de se consacrer simultanément à des types d'exploitation qui nécessitent des machines, bâtiments et un savoir-faire distincts ne permet pas ensuite de qualifier la structure d'exploitation globale de défavorable. Si tel devait être le cas, de nombreuses entreprises agricoles devraient être considérées comme ayant des structures d'exploitation défavorables.
Le recourant invoque finalement le marché du porc actuellement peu porteur et l'emprunt supplémentaire qu'il s'est vu obligé de contracter qui "nuit à l'essor de l'exploitation agricole" de son fils. La viabilité d'une exploitation agricole, mentionnée dans l'arrêt attaqué (p. 9), n'est pas un critère qui a été repris par la loi sur le droit foncier rural. Cette notion, ou plus exactement celle de moyens d'existence suffisants, était toutefois mentionnée à l'<ref-law>, abrogé par l'<ref-law> lors de l'entrée en vigueur de cette loi, comme condition pour l'applicabilité du droit successoral paysan. Dans un arrêt de principe, <ref-ruling>, le Tribunal fédéral s'est prononcé en faveur d'une méthode de calcul objective de la question des moyens d'existence suffisants et en a défini les différents critères (cf. aussi sur la question: WILLY NEUKOMM/ANTON CZETTLER, Le droit successoral paysan, 1983, p. 78 ss). Il mentionne qu'il est nécessaire que l'exploitation agricole offre des moyens d'existence suffisants tirés de l'agriculture et que ces moyens doivent suffire, c'est-à-dire correspondre au minimum vital, à une famille paysanne formée d'un couple et de deux enfants. Cet arrêt retient aussi qu'il faut se fonder sur le rendement moyen de plusieurs années, en tenant compte du résultat que peut obtenir un propriétaire qui exploite son domaine avec diligence et conformément aux usages locaux, en faisant abstraction des éléments fortuits inhérents à la personne du requérant ou aux circonstances atmosphériques. En l'espèce, il s'agirait d'examiner si la notion des moyens d'existence suffisants ou de viabilité, comme mentionnée dans l'arrêt attaqué, est un des éléments à prendre en considération dans le cadre de l'<ref-law>. Toutefois, le recourant se contente d'affirmer que l'emprunt contracté, dû à un marché du porc défavorable, "nuit à l'essor de l'exploitation agricole" et ne prétend en aucune manière que ses moyens d'existence ou la viabilité de l'entreprise serait compromis. Ainsi, le grief doit être rejeté.
2.3 Au vu de ce qui précède et des faits retenus par le jugement attaqué, qui lient le Tribunal fédéral, la structure d'exploitation de l'entreprise du recourant ne peut être qualifiée de défavorable au sens de l'<ref-law>. Partant, elle reste soumise aux dispositions sur les entreprises agricoles et non à celles sur les immeubles agricoles.
3. 3.1 Incidemment, on relèvera encore que, contrairement à ce que pense le recourant, il ne suffit pas qu'un bien-fonds ou qu'un ensemble d'immeubles, bâti ou non, conduise à une charge de travail annuelle supérieure à une unité de main-d'oeuvre standard (ci-après: UMOS) pour qu'il constitue une entreprise agricole. Selon l'art. 3 al. 1 de l'ordonnance du 7 décembre 1998 sur la terminologie agricole et la reconnaissance des formes d'exploitation (OTerm; RS 910.91), l'UMOS sert à saisir les besoins en travail de toute l'exploitation à l'aide de facteurs standardisés. Les porcs d'élevage correspondent ainsi, selon l'art. 3 al. 2 let. b ch. 3 OTerm, à 0,04 UMOS par unité de gros bétail (ci-après: UGB; cf <ref-law>). A titre d'exemple, selon l'Annexe de l'OTerm, un porc de renouvellement ou un porc à l'engrais correspond à 0,17 UGB. Six de ces porcs impliquent la reconnaissance d'environ un UGB qui lui-même nécessite 0,04 UMOS. Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de rappeler (arrêt 2C_787/2008 du 25 mai 2009 consid. 5) que l'existence d'un UMOS n'est qu'une composante de la reconnaissance d'une entreprise agricole au sens de la loi sur le droit foncier rural, comme cela ressort de l'<ref-law>. Le mécanisme de conversion des UGB en UMOS n'est en effet nullement destiné à permettre l'assimilation des porcheries "industrielles" aux entreprises agricoles de l'<ref-law> sans autre analyse que celle consistant à multiplier les têtes de bétail par le facteur de conversion UGB puis en UMOS.
3.2 En outre, le recourant confond les notions "d'exploitation autonome" au sens de l'<ref-law> avec celle "d'entreprise agricole" au sens de l'<ref-law>. Ce faisant, il ignore que les concepts sont totalement indépendants et, en aucun cas, synonymes. Il ne saurait ainsi rien déduire du fait que le Service de l'agriculture du canton de Fribourg a formellement reconnu son exploitation comme "exploitation autonome" au sens de l'<ref-law>.
3.3 Enfin, on ne saurait perdre de vue que, comme l'a justement rappelé le Tribunal cantonal, l'<ref-law> est inséré au titre 1, chapitre 2 "Définitions" et non pas à l'art. 60, au titre 3, chapitre 1 LDFR qui traite du partage matériel des entreprises agricoles et du morcellement des immeubles agricoles. Il est également exact que cette disposition va dans le sens d'un assouplissement de l'interdiction de partage matériel des entreprises agricoles. Ceci ne signifie pourtant pas que les conséquences à déduire de l'<ref-law> doivent l'être dans le cadre d'une procédure d'autorisation exceptionnelle au sens de l'<ref-law>.
En effet, aux termes de l'<ref-law>, celui qui y a un intérêt légitime peut en particulier faire constater par l'autorité compétente en matière d'autorisation si: (a) une entreprise ou un immeuble agricole est soumis à l'interdiction de partage matériel, à l'interdiction de morcellement, à la procédure d'autorisation ou au régime de la charge maximale; (b) l'acquisition d'une entreprise ou d'un immeuble agricole peut être autorisée. L'utilisation des termes "en particulier" ne laisse aucun doute sur le fait que cette énumération n'est pas exhaustive. La doctrine admet que, de manière générale, toutes les causes susceptibles d'être examinées en vertu des dispositions de droit public de la loi sur le droit foncier rural peuvent faire l'objet d'une décision de constatation au sens de l'<ref-law>; s'y ajoutent toutes les questions en rapport avec le champ d'application (art. 2 - 5 LDFR), comme par exemple la question de savoir si un bien-fonds est (ou non) assujetti à la LDFR (Beat Stalder, Le droit foncier rural, Commentaire de la loi fédérale sur le droit foncier rural du 4 octobre 1991, 1998, n. 4 ad <ref-law>; Reinhold Hotz, Verfahrensrechtliche Probleme bei der Konkretisierung allgemeiner Begriffe des bäuerlichen Bodenrechts, in Communications de droit agraire 2001 p. 67 ss, n. 9.2 p. 76). Peuvent également faire l'objet d'une décision de constatation les notions définies aux articles 6 à 10 LDFR: il est ainsi possible de faire constater si un domaine constitue (ou non) un immeuble agricole au sens de l'<ref-law> ou une entreprise agricole au sens de l'<ref-law>, ou si une personne remplit (ou non) les conditions d'une exploitation à titre personnel conformément à l'<ref-law> (Beat Stalder, op. cit., n. 4 ad <ref-law>; Reinhold Hotz, op. cit., n. 9.2 p. 76). Ces principes ont également été mis en évidence par la jurisprudence (arrêt 5A.23/2002 du 13 février 2003 consid. 2.1). Ainsi, celui qui entend se soustraire au mécanisme de l'interdiction de partage matériel des entreprises agricoles, au motif qu'il ne dispose précisément pas d'un ensemble d'immeubles créant une telle entité soumise au régime protecteur de la loi, ne doit pas requérir une autorisation exceptionnelle au sens de l'<ref-law>, norme qui s'applique exclusivement aux objets soumis au régime des entreprises agricoles. Il doit requérir une décision constatatoire au sens de l'<ref-law> (FF 1996 IV 381 ch. 21) établissant que ses immeubles ne sont pas constitutifs d'une entreprise agricole soumise à interdiction de partage. En effet, l'entreprise agricole qui n'est "pas digne d'être maintenue" est soumise de par l'<ref-law> au régime des seuls immeubles agricoles, de sorte que l'aliénation de certains de ses composants n'est par définition pas susceptible de tomber sous le coup de l'<ref-law>.
4. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Autorité foncière cantonale et à la IIIème Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg, ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice.
Lausanne, le 14 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
R. Müller E. Kurtoglu-Jolidon