Faits:
A. Par ordonnance de condamnation du 30 novembre 2009, le Juge d'instruction du canton de Genève a condamné X._, pour pornographie (art. 197 ch. 3bis CP), à une peine pécuniaire de 60 jours-amende à 100 fr. le jour, avec sursis durant 2 ans ainsi qu'à une peine pécuniaire ferme de 30 jours-amende à 100 fr. le jour. Il était reproché à celui-ci d'avoir acquis par voie électronique des représentations pornographiques montrant des scènes de violence.
A la suite de l'opposition de X._ à l'ordonnance de condamnation, le Tribunal de police du canton de Genève l'a condamné, par jugement du 16 juin 2010, pour pornographie (art. 197 ch. 3bis CP), à une peine de 60 jours-amende à 100 fr. le jour, avec sursis durant 2 ans, ainsi qu'à une amende de 1'200 fr., la peine de substitution étant fixée à 12 jours.
B. Par arrêt du 14 novembre 2011, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a rejeté l'appel de X._ et a confirmé le jugement du Tribunal de police.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant, sous suite de frais et dépens, à son annulation et à son acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale.
La Chambre pénale et le Ministère public ne se sont pas déterminés.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recourant invoque une violation du principe de l'accusation et de son droit d'être entendu. Il relève que selon le droit de procédure genevois applicable (art. 218E al. 1 CPP/GE), l'ordonnance de condamnation rendue le 30 novembre 2009 vaut acte d'accusation, dans lequel il lui était reproché l'acquisition de documents par voie électronique. Le Tribunal de police l'a condamné parce qu'il avait procédé à des téléchargements intentionnels et ainsi acquis des documents illicites. En revanche, la Chambre pénale a retenu à sa charge la possession de scènes pornographiques par téléchargement automatique en mémoire cache et s'est référée à l'arrêt publié aux <ref-ruling> (6B_744/2010). Selon le recourant, la Chambre pénale s'est distanciée de l'acte d'accusation en lui imputant une possession à raison de données téléchargées automatiquement. Il se plaint aussi de ce que la Chambre pénale a pris en compte plusieurs éléments - comme la quantité des fichiers illicites, son expérience en informatique, l'utilisation de logiciel de brouillage de traces - pour en déduire qu'il avait connaissance des données téléchargées automatiquement, alors que la pertinence de ces éléments n'est apparue qu'à la suite de l'arrêt publié aux <ref-ruling>, qui a été rendu le 12 mai 2011, soit après les débats d'appel qui se sont tenus le 9 mai 2011. Il soutient ainsi n'avoir pas été mis en état de se déterminer et se défendre sur des aspects pris en compte par la Chambre pénale.
1.2 Le principe d'accusation est une composante du droit d'être entendu consacré par l'art. 29 al. 2 Cst. Il peut aussi être déduit des art. 32 al. 2 Cst. et 6 § 3 CEDH, qui n'ont à cet égard pas de portée distincte. Il implique que le prévenu sache exactement les faits qui lui sont imputés et quelles sont les peines et mesures auxquelles il est exposé, afin qu'il puisse s'expliquer et préparer efficacement sa défense (<ref-ruling> consid. 2 p. 21 ss; également <ref-ruling> consid. 6.2 et 6.3 p. 245).
Le droit d'être entendu doit également être reconnu et respecté lorsqu'une autorité envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué dans la procédure antérieure et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence in casu (<ref-ruling> consid. 5b/bb p. 278).
Le droit d'être entendu doit également être reconnu et respecté lorsqu'une autorité envisage de fonder sa décision sur une norme ou un motif juridique non évoqué dans la procédure antérieure et dont aucune des parties en présence ne s'est prévalue et ne pouvait supputer la pertinence in casu (<ref-ruling> consid. 5b/bb p. 278).
1.3 1.3.1 Selon l'ordonnance de condamnation, qui, conformément à la procédure genevoise alors applicable, valait acte d'accusation en cas d'opposition du prévenu (cf. GRÉGOIRE REY, Procédure pénale genevoise, n. 2.1 ad art. 218 CPP/GE, n. 1.4 ad art. 218E CPP/GE, n. 1.1 ad art. 283 CPP/GE), il a été reproché au recourant d'avoir acquis par voie électronique des représentations pornographiques montrant des scènes de violence en téléchargeant de tels fichiers sur le disque dur de son ordinateur.
1.3.2 Devant le Tribunal de police, le recourant a exposé n'avoir jamais visionné les fichiers représentant des scènes de violence retrouvés dans la mémoire cache de son ordinateur et affirmé que ces fichiers s'étaient automatiquement téléchargés dans la mémoire cache. Le Tribunal de police a nié que ces fichiers aient résulté de téléchargements automatiques impliquant des copies temporaires mais a au contraire considéré que les fichiers provenaient d'opérations intentionnelles. Il a ainsi conclu que le recourant avait téléchargé puis effacé les vidéos et qu'il s'agissait dès lors d'une acquisition de documents par voie électronique tombant sous le coup de l'art. 197 ch. 3bis CP. Autrement dit, le recourant a été condamné en première instance parce qu'il avait procédé à des téléchargements de fichiers à caractère pornographique, que les téléchargements étaient intentionnels et ne résultaient pas de processus automatiques impliquant des copies temporaires. A noter qu'au vu des éléments retenus à charge, en particulier le téléchargement intentionnel, c'est plutôt l'application de l'art. 197 al. 3 CP qui entrait en ligne de compte (cf. <ref-ruling>; arrêt 6B_289/2009 du 16 septembre 2009 consid. 1). Ce point n'a toutefois pas à être examiné ici. Quoi qu'il en soit, les faits retenus dans le jugement du Tribunal de police à charge du recourant s'inscrivent dans le cadre défini par l'ordonnance de condamnation valant acte d'accusation.
1.3.3 Pour ce qui concerne l'arrêt attaqué, la Chambre pénale s'est tout d'abord référée à l'arrêt 6B_744/2010, soit l'arrêt publié aux <ref-ruling>. Sur cette base, elle a relevé que celui qui laissait consciemment dans la mémoire cache de son ordinateur un contenu illégal sans l'effacer pouvait se voir opposer la volonté de posséder; que cependant un utilisateur d'internet non expérimenté qui ne connaissait pas l'existence de la mémoire cache et qui n'était pas au fait de son contenu sortait du champ d'application de l'art. 197 ch. 3bis CP; qu'il s'agissait de définir au cas par cas selon les circonstances concrètes si l'utilisateur avait su, ou dû savoir, l'existence et le contenu de la mémoire cache de son ordinateur, des indices en ce sens pouvant résulter du relevé des sites consultés, des connaissances spécifiques en informatique de l'utilisateur, de la modification des paramètres par défaut du cache, de la présence de logiciels spéciaux pour lire le cache. Dans la suite de sa - succincte - motivation, la Chambre pénale a reproché au recourant la possession de fichiers qui se trouvaient dans la mémoire cache de son ordinateur. Elle a mentionné l'avis d'un expert informatique selon lequel des fichiers pouvaient se télécharger automatiquement dans les répertoires temporaires (cache) sous couvert d'autres téléchargements. Elle a ajouté qu'il n'en demeurait pas moins que compte tenu de la profession du recourant, de la quantité de fichiers, de son expérience en informatique, sa culpabilité ne faisait pas de doute.
1.3.4 La motivation de la Chambre pénale n'est pas claire. Il n'apparaît pas que cette autorité ait imputé au recourant d'avoir téléchargé délibérément des fichiers interdits, soit l'état de fait reproché dans l'acte d'accusation et pour lequel le recourant avait été condamné en première instance par le Tribunal de police. En se référant à l'avis de l'expert informatique, elle a plutôt admis que les fichiers litigieux avaient été téléchargés automatiquement dans la mémoire cache. Elle a en outre déduit des connaissances en informatique du recourant la culpabilité de celui-ci. De la sorte, elle a fondé la condamnation sur des éléments qui n'étaient pas circonscrits par l'acte d'accusation. Elle n'a pas respecté le principe accusatoire et le grief formulé à cet égard par le recourant est bien fondé. De surcroît, elle a fait reposer sa solution sur l'arrêt publié aux <ref-ruling>, soit une jurisprudence rendue postérieurement aux débats d'appel, qui se sont tenus le 9 mai 2011 alors que l'arrêt précité date du 12 mai 2011. Or, cette jurisprudence précise expressément à son consid. 4.2.2 in fine qu'elle se distancie de la jurisprudence non publiée rendue jusqu'alors, qui en principe niait la possibilité d'une condamnation pour possession de données contenues dans la mémoire cache d'un ordinateur. En se basant sur cette nouvelle jurisprudence postérieure aux débats d'appel sans donner la possibilité au recourant de se déterminer à cet égard, la Chambre pénale a violé son droit d'être entendu. Le recours doit aussi être admis pour ce motif.
1.3.5 Il résulte de ce qui précède que le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour reprise de la procédure. Dans ces conditions, il n'est pas nécessaire d'examiner les autres griefs du recourant.
2. Vu l'issue de la procédure, il ne sera pas perçu de frais (art. 66 al. 4 LTF) et le canton de Genève versera au recourant une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 3'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Genève.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 30 mars 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Paquier-Boinay