Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 11. Dezember 2009 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Aargau dem 1938 geborenen X._ den Führerausweis auf unbestimmte Zeit. Die Wiedererteilung des Führerausweises wurde von einem psychiatrischen Gutachten abhängig gemacht, welches die Fahreignung ausdrücklich bestätige.
Dieser Verfügung ging die Mitteilung des damaligen Arztes von X._ voraus, dass eine weitere Abklärung nötig sei. Der Amtsarzt des Bezirks Lenzburg kam in einem Bericht vom 3. März 2009 zum Schluss, X._ sei als Motorfahrzeugführer nicht tauglich, worauf das Strassenverkehrsamt ihm den Führerausweis am 18. März 2009 vorsorglich entzog. Die Psychiatrischen Dienste des Kantons Aargau verneinten mit verkehrspsychiatrischem Gutachten vom 16. Juli 2009 die Fahreignung von X._. Aufgrund der bei der Begutachtung festgestellten Beeinträchtigungen liege mit hoher Wahrscheinlichkeit eine Demenz bei Alzheimerkrankheit mit spätem Beginn vor. Unabhängig einer exakten Diagnose hielten die Psychiatrischen Dienste fest, dass X._ die Eignung fehle, am Strassenverkehr gefahrlos teilzunehmen.
B. Am 30. April 2010 wies das kantonale Departement für Volkswirtschaft und Inneres eine Beschwerde von X._ ab.
Mit Urteil vom 15. Dezember 2011 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau die Beschwerde von X._ ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 14. Februar 2011 beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und ihm sei der Führerausweis zurückzugeben.
Die Vorinstanzen verzichten auf eine Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug gemäss Strassenverkehrsgesetz (SVG, SR 741.01). Dagegen kann Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten geführt werden (Art. 82 ff., Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Die Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Voraussetzungen für einen Sicherungsentzug nach <ref-law> seien nicht erfüllt. Er verfüge entgegen dem Gutachten der psychiatrischen Dienste über die körperliche, geistige und seelische Leistungsfähigkeit um ein Motorfahrzeug sicher zu führen. Das Gutachten enthalte keine exakte Diagnose einer Krankheit, weshalb es nicht vollständig sei. Somit habe es auch nicht als Grundlage für den Führerausweisentzug verwendet werden dürfen. Zudem sei aufgrund des Gutachtens nicht nachvollziehbar, warum erhebliche kognitive Defizite vorliegen sollten, welche die Fahrfähigkeit einschränkten. So sei er in der Lage, andere gefährliche Tätigkeiten wie das Fällen von Bäumen problemlos auszuführen. Diese Aktivität setze wie das Autofahren die Fähigkeit zur vorausschauenden Planung, zur Berücksichtigung von Umwelteinflüssen und zur Beurteilung von möglichen Gefährdungen Dritter oder von sich selbst voraus. Die Vorinstanz habe diese Gesichtspunkte nicht hinreichend beachtet.
2.2 Nach <ref-law>, welcher den Führerausweisentzug wegen fehlender Fahreignung regelt, wird der Lernfahr- oder Führerausweis einer Person auf unbestimmte Zeit entzogen, wenn ihre körperliche und geistige Leistungsfähigkeit nicht oder nicht mehr ausreicht, ein Motorfahrzeug sicher zu führen. Der Entzug des Führerausweises wegen fehlender Fahreignung ist ein Entzug zu Sicherungszwecken (sog. Sicherungsentzug). Dieser wird angeordnet, um die zu befürchtende Gefährdung der Verkehrssicherheit durch einen ungeeigneten Fahrzeugführer in der Zukunft zu verhindern, nicht um den Betroffenen wegen einer begangenen Verkehrsregelverletzung zu bestrafen. Er setzt keine schuldhafte Widerhandlung im Strassenverkehr voraus (<ref-ruling> E. 9.1 S. 351).
2.3 Die Vorinstanz gelangte zum Schluss, dass gestützt auf die vorgenommene psychiatrische Beurteilung der kognitiven Leistungsfähigkeit genügend Hinweise bestünden, um einen Sicherungsentzug anzuordnen und so den Beschwerdeführer in keiner Kategorie mehr zum Verkehr zuzulassen. Der gesundheitliche Zustand lasse es nicht zu, dass er weiterhin am Strassenverkehr teilnehme, ohne die übrigen Verkehrsteilnehmer, aber auch sich selbst, erheblich zu gefährden. Diese Beurteilung ist mit dem Bundesrecht vereinbar. Die vom Gutachter festgestellten erheblichen kognitiven Beeinträchtigungen betreffen visuell-räumliche Fähigkeiten, die Aufmerksamkeit sowie Exekutivfunktionen. Unabdingbar sind für ein sicheres Fahren unter anderem schnelle und sichere visuelle Wahrnehmung, visuelle Zielorientierung im Verkehrsraum, Aufmerksamkeitsverteilung, Fokussierung und Belastbarkeit sowie schnelle und sichere (auch motorische) Reaktionen. Der Gutachter hat festgestellt, dass solche wichtigen kognitiven Voraussetzungen beim Beschwerdeführer nicht mehr oder nur noch eingeschränkt vorhanden sind. Unter diesen Umständen ist nicht zu beanstanden, dass der Gutachter keine exakte Diagnose stellte und die Vorinstanz sich darauf beschränkte, die Fahruntauglichkeit aufgrund des geschilderten Verlusts wichtiger kognitiver Fähigkeiten zu beurteilen. Der Einwand, der Beschwerdeführer sei noch in der Lage, Bäume zu fällen, spricht nicht gegen die von der Vorinstanz vorgenommene Würdigung des Gutachtens, ist die Teilnahme am motorisierten Strassenverkehr doch insbesondere im Hinblick auf rasches Reaktionsvermögen und visuelle Zielorientierung im Verkehrsraum mit dem Fällen von Bäumen nicht vergleichbar.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt, dem Departement Volkswirtschaft und Inneres und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Mai 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Haag