Faits:
A.
A.a. Par jugement du 30 mai 2011, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a notamment acquitté X._ et Y._ de l'infraction de fabrication et mise sur le marché d'équipements servant à décoder frauduleusement des services cryptés (art. 150 bis CP), d'infraction à la loi contre la concurrence déloyale et d'infraction à la loi sur le droit d'auteur (ch. I et II), donné acte à A._, B._ SAS, C._ SAS et D._ SA (ci-après les plaignantes) de leurs réserves civiles (ch. IV), dit que X._ et Y._ devaient verser, solidairement entre eux, la somme de 10'926 francs aux précitées à titre de dépens (ch. V), ordonné la confiscation et la destruction de divers objets, levé le séquestre sur d'autres (ch. VI, VII, et VIII) et mis les frais de justice à la charge de Y._ à hauteur de 1'389 francs 85, et à la charge de X._ et d'un troisième prévenu à hauteur de 694 francs 85 chacun (ch. IX).
Il leur était reproché, en substance, d'avoir modifié des décodeurs de manière à ce qu'ils puissent décrypter des programmes de télévision payante, sans souscrire l'abonnement y relatif auprès de celui qui les diffuse, et de les avoir vendus à des tiers pour en tirer un profit.
A.b. Statuant sur les appels déposés contre ce jugement par X._ et Y._, d'une part, et les plaignantes, d'autre part, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a, par jugement du 9 décembre 2011, rejeté celui des premiers et partiellement admis celui des secondes. Elle a modifié le jugement du 30 mai 2011 en ce sens qu'elle a condamné X._ et Y._ pour infraction à la loi contre la concurrence déloyale à une peine de 120 jours-amende, respectivement, 60 jours-amende, à 30 francs le jour, avec sursis pendant deux ans, dit que Y._ était débiteur des plaignantes, solidairement entre elles, de la somme de 104'000 francs au titre de remise de gain avec intérêts à 5% dès la date du jugement (ch. II), mis les frais d'appel à la charge de X._ et Y._, à raison d'un quart chacun, laissant le solde à la charge de l'Etat (ch. III) et mis à la charge de ces derniers, solidairement entre eux, une indemnité à titre de dépens de 4'631 francs 95 à verser au conseil des plaignantes (ch. IV).
A.c. Par arrêt du 11 octobre 2012, la cour de céans a admis le recours en matière pénale formé par X._ et Y._ au motif que l'infraction à la loi contre la concurrence déloyale n'était pas réalisée, annulé l'arrêt entrepris et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau sur les prétentions civiles et les frais et dépens des instances cantonales (arrêt 6B_156/2012). Par un second arrêt du même jour, la cour de céans a rejeté le recours des plaignantes tendant à ce que X._ et Y._ soient condamnés pour infraction à la loi sur le droit d'auteur (arrêt 6B_167/2012).
B.
Statuant après renvoi, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois, par jugement du 31 janvier 2013, a confirmé le jugement de première instance du Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne du 30 mai 2011 en tant qu'il acquittait X._ et Y._ des infractions qui leur étaient reprochées, donnait acte aux plaignantes de leurs réserves civiles, condamnait X._ et Y._ à verser aux plaignantes une somme de 10'926 francs à titre de dépens pénaux et mis les frais de première instance à la charge de X._ à hauteur de 1'389 francs 85 et de Y._ à hauteur de 694 francs 85 (ch. III), elle a mis les frais de la procédure d'appel par deux tiers, soit 1'246 francs 65, à la charge des plaignantes et par un tiers, soit 623 francs 35, à la charge de X._ et Y._, solidairement entre eux (ch. IV) et a alloué à ces derniers - après compensation avec les dépens dus par eux aux plaignantes -, une indemnité de 2'056 francs pour leurs frais de défense, mise à la charge des plaignantes, solidairement entre elles (ch. V).
C.
X._ et Y._ interjettent un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement. Ils concluent, sous suite de frais et dépens, à la modification du chiffre III du dispositif de la décision attaquée en ce sens qu'il soit dit que les frais de première instance sont laissés à la charge de l'Etat, à ce qu'ils ne soient pas condamnés à payer des dépens de première instance aux plaignantes et à ce qu'il soit ajouté au dispositif du jugement du Tribunal de police qu'une indemnité de 10'000 francs est allouée à X._ et une indemnité de 23'000 francs à Y._, celles-ci étant mises à la charge de l'Etat de Vaud. Subsidiairement, ils concluent à ce que la cause soit renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision.
Invités à se déterminer, le Ministère public et la cour cantonale se sont référés à la décision attaquée.

Considérant en droit:
1.
Les recourants contestent pouvoir être condamnés aux frais de la procédure au terme de laquelle ils ont été acquittés des infractions qui leur étaient reprochées et font valoir que, si tel devait néanmoins être le cas, seule une part maximale de 10% des frais pourrait être mise à leur charge.
1.1. Le sort des frais de procédure à l'issue de celle-ci est régi par les <ref-law>. En principe, ils sont mis à la charge de la Confédération ou du canton qui a conduit la procédure, les dispositions contraires du CPP étant réservées (<ref-law>). Lorsque le prévenu est acquitté, tout ou partie des frais de procédure peuvent être mis à sa charge s'il a, de manière illicite et fautive, provoqué l'ouverture de la procédure ou rendu plus difficile la conduite de celle-ci (<ref-law>).
La condamnation d'un prévenu acquitté à supporter tout ou partie des frais doit respecter la présomption d'innocence, consacrée par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH. Celle-ci interdit de rendre une décision défavorable au prévenu libéré en laissant entendre que ce dernier serait néanmoins coupable des infractions qui lui étaient reprochées. Une condamnation aux frais n'est ainsi admissible que si le prévenu a provoqué l'ouverture de la procédure pénale dirigée contre lui ou s'il en a entravé le cours. A cet égard, seul un comportement fautif et contraire à une règle juridique, qui soit en relation de causalité avec les frais imputés, entre en ligne de compte (<ref-ruling> consid. 1b p. 334; <ref-ruling> consid. 2c p. 168).
Pour déterminer si le comportement en cause est propre à justifier l'imputation des frais ou le refus d'une indemnité, le juge peut prendre en considération toute norme de comportement écrite ou non écrite résultant de l'ordre juridique suisse pris dans son ensemble, dans le sens d'une application par analogie des principes découlant de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1b p. 334; <ref-ruling> consid. 2c p. 169). Le fait reproché doit constituer une violation claire de la norme de comportement (<ref-ruling> consid. 1b p. 334; <ref-ruling> consid. 2d p. 171). L'acte répréhensible n'a pas à être commis intentionnellement. La négligence suffit, sans qu'il soit besoin qu'elle soit grossière (<ref-ruling> consid. 4a p. 163 s.). L'acte répréhensible doit en outre se trouver dans une relation de causalité adéquate avec l'ouverture de l'enquête ou les obstacles mis à celle-ci. Enfin, une condamnation aux frais ne peut se justifier que si, en raison du comportement illicite du prévenu, l'autorité était légitimement en droit d'ouvrir une enquête. Elle est en tout cas exclue lorsque l'autorité est intervenue par excès de zèle, ensuite d'une mauvaise analyse de la situation ou par précipitation (ATF <ref-ruling> consid. 2c p. 171).
1.2. La cour cantonale a relevé que X._ et Y._ avaient modifié et vendu des appareils afin qu'ils puissent décoder les programmes de A._ sans qu'il soit nécessaire de payer l'abonnement officiel y relatif pour les décrypter. Ils savaient qu'ils ne devaient pas vendre ces appareils. En agissant de la sorte, ils avaient violé l'art. 150 bis CP; cette infraction était toutefois prescrite. Ils avaient au surplus adopté un comportement qui était à l'évidence déloyal au sens de l'<ref-law> et objectivement apte à influencer le jeu de la concurrence. Les recourants avaient ainsi, de manière illicite et fautive, provoqué l'ouverture de la procédure au sens de l'<ref-law>. C'était donc à juste titre que le Tribunal de police avait mis à leur charge, aux termes de son jugement du 30 mai 2011, les frais de première instance.
1.3. Il s'agit en premier lieu d'examiner si, sur le principe, des frais pouvaient être mis à la charge des prévenus acquittés.
1.3.1. A cet égard, les recourants font valoir que les infractions relatives à la loi sur le droit d'auteur et à la loi contre la concurrence déloyale qui leur avaient été reprochées n'étaient pas réalisées. La cour cantonale ne pouvait dès lors retenir implicitement que seule la prescription de l'infraction à l'art. 150 bis CP leur avait permis d'échapper à une condamnation. Leur condamnation, ainsi que celle d'un troisième prévenu, à payer deux tiers des frais de justice violait manifestement la présomption d'innocence puisque le jugement entrepris précisait que leur comportement était à l'évidence constitutif d'une infraction pénale.
1.3.2. L'argumentation des recourants doit être rejetée en tant qu'ils reprochent à la cour cantonale d'avoir mis les frais à leur charge au motif qu'ils n'avaient échappé à une condamnation qu'en raison de la prescription de l'infraction à l'art. 150 bis CP. La cour cantonale a également pris en compte qu'ils avaient adopté un comportement déloyal et illicite au sens de l'<ref-law>. Tenir compte de la commission d'un acte illicite, qui ne constitue pas une infraction pénale, pour mettre à la charge des recourants les frais de la procédure ne viole pas le droit fédéral. A cet égard, les recourants ne critiquent pas de manière motivée, comme ils en avaient l'obligation en vertu de l'<ref-law>, que leur comportement serait illicite au sens de l'<ref-law>. Au demeurant, modifier des décodeurs de manière à ce qu'ils permettent de décrypter des programmes de télévision payante sans souscrire d'abonnement auprès de celui qui les diffuse et les vendre à des tiers pour en tirer un profit doit être considéré comme déloyal au sens de la disposition précitée (cf. Dominik P. Rubli, Das Verbot der Umgehung technischer Massnahmen zum Schutz digitaler Datenangebote, 2009, n. 154 p. 96 s.), ou illicite au sens de l'<ref-law> (cf. Barrelet/Egloff, Le nouveau droit d'auteur, 3ème éd., 2008, n° 6 ad <ref-law>; Rehbinder/Viganò, Urheberrechtsgesetz, Kommentar, 3ème éd., 2008, n° 8 ad <ref-law>), cette illiciéité étant indépendante de l'entrée en vigueur de l'<ref-law>, qui est intervenue postérieurement aux faits reprochés aux recourants.
Il ne ressort en outre pas de la décision cantonale que les magistrats cantonaux auraient laissé entendre d'une quelconque manière que les recourants auraient commis une infraction pénale à la loi sur le droit d'auteur ou contre la concurrence déloyale. Seule la commission d'un acte illicite au sens de l'<ref-law> est mentionnée. Le reproche des recourants selon lequel la cour cantonale aurait violé la présomption d'innocence doit également être rejeté.
1.4. Les recourants font valoir que si des frais devaient être mis à leur charge, leur répartition était arbitraire dans la mesure où elle ne reposait sur aucun élément objectif et légitime et n'était pas suffisamment motivée. L'autorité cantonale avait abusé de son pouvoir d'appréciation en la matière et violé l'interdiction de l'arbitraire. Seule une part maximale de 10% des frais pouvait leur être imputée.
Il ressort des considérants du jugement du 30 mai 2011 que Y._ a été condamné au tiers des frais et X._, ainsi que le troisième prévenu, au sixième chacun (cf. consid. 7b p. 19 s.). Les trois prévenus ont ainsi été condamnés, au total, aux deux tiers des frais de la procédure. La prescription de l'infraction à l'art. 150 bis CP est intervenue juste avant que le jugement de première instance soit rendu. Il ne peut ainsi être reproché aux autorités d'avoir ouvert et conduit une procédure en relation avec des faits pour lesquels, dès le début, les recourants ne pouvaient être condamnés. Le fait que la prescription serait intervenue en raison d'une prétendue lenteur de la procédure n'est pas déterminant, étant relevé que les recourants n'ont invoqué aucune violation du principe de célérité en cours de procédure. Il ne peut en outre être reproché aux autorités pénales d'avoir ouvert la procédure pour infractions aux lois sur le droit d'auteur et contre la concurrence déloyale alors qu'il était clair que le comportement des recourants n'était pas pénalement répréhensible. L'ouverture de la procédure résulte, au contraire, exclusivement de ce dernier, et non d'un excès de zèle ou de la précipitation des autorités cantonales. La responsabilité des recourants à cet égard est pleine. La cour cantonale n'a dès lors pas violé le droit fédéral en fixant à un tiers, respectivement un sixième, la part des frais mis à la charge de X._ et Y._. Pour le surplus, Y._ n'invoque aucune inégalité de traitement avec X._ qui doit s'acquitter d'une part inférieure des frais. Le grief doit être rejeté.
2.
Les recourants contestent qu'aucune indemnité à titre de dépens leur soit allouée. Ils soutiennent qu'un tel refus ne serait admissible que s'ils étaient condamnés à supporter l'ensemble des frais, ce qui n'était pas le cas. Pour assurer leur défense, ils avaient dû recourir aux services d'un avocat et d'un Professeur d'Université et la procédure avait été longue, ce qui avait engendré des coûts importants qu'il était injustifié de leur faire supporter alors qu'ils avaient été acquittés. La décision de leur refuser toute indemnité était ainsi non seulement arbitraire, mais encore infondée.
2.1. Si le prévenu est acquitté totalement ou en partie ou s'il bénéficie d'une ordonnance de classement, il a droit à une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure (<ref-law>). L'autorité pénale peut toutefois réduire ou refuser l'indemnité ou la réparation du tort moral lorsque le prévenu a provoqué illicitement et fautivement l'ouverture de la procédure ou a rendu plus difficile la conduite de celle-ci (<ref-law>). Les considérations relatives à la présomption d'innocence (cf. supra consid 1.1) valent mutatis mutandis lorsque le tribunal refuse d'allouer une indemnité au prévenu en cas de procédure se soldant sans condamnation (cf. <ref-ruling> consid. 1a p. 310; arrêt 6B_215/2007 du 2 mai 2008 consid. 6).
Une mise à charge des frais selon l'art. 426 al. 1 et 2 CPP exclut en principe le droit à des dépens. La question des dépens doit être tranchée après la question des frais. Dans cette mesure, la décision sur les frais préjuge de la question des dépens. Il en résulte qu'en cas de condamnation aux frais, il n'y a pas lieu d'octroyer de dépens ou de réparer le tort moral alors que, lorsque les frais sont supportés par le caisse de l'Etat, le prévenu dispose d'un droit à des dépens (<ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 357). Lorsque la condamnation aux frais n'est que partielle, la réduction de l'indemnité devrait s'opérer dans la même mesure (cf. Yvona Griesser, in Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung [StPO], Donatsch/Hansjakob/Lieber [éd.], 2010, n° 4 ad <ref-law>; Mizel/Rétornaz, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, Kuhn/Jeanneret [éd.], 2011, n° 5 ad <ref-law>). Ainsi, lorsque les frais de procédure sont mis pour moitié à la charge de l'Etat en raison de l'acquittement du prévenu, l'octroi d'une demi-indemnité à titre de dépens est appropriée (cf. <ref-ruling> consid. 2.4.2 p. 357).
2.2. En l'espèce, la cour cantonale a expliqué que les motifs qui justifiaient que les frais judiciaires soient mis à la charge des recourants permettaient également de leur refuser une indemnité à titre de dépens. Elle ne précise toutefois pas que selon le jugement du Tribunal de police du 30 mai 2011, seule une partie des frais a été mise à la charge des recourants, soit un tiers pour Y._ et un sixième pour X._, ainsi que cela ressort des considérants dudit jugement. Dans la mesure où la réglementation relative à l'indemnisation suit en principe celle relative aux frais, il appartenait à la cour cantonale d'accorder une indemnité partielle aux recourants, réduite dans la même proportion que celle qui a présidé à la répartition des frais, en l'absence de motif permettant d'exclure l'octroi de toute indemnité. Ne l'ayant pas fait, elle a violé le droit fédéral. Pour le surplus, les recourants n'expliquent pas sur quels éléments ils se basent pour réclamer des montants de, respectivement, 23'000 et 10'000 francs. Le Tribunal fédéral ne peut dès lors vérifier s'ils sont proportionnés, et il appartient, en tout état de cause, à l'autorité cantonale de déterminer le montant de l'indemnité en application du large pouvoir d'appréciation dont elle dispose en cette matière (cf. Wehrenberg/Bernhard, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n° 19 ad <ref-law>).
Le recours doit être admis sur ce point et la cause renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle statue à nouveau sur le montant de l'indemnité due aux recourants.
3.
Les recourants contestent devoir des dépens aux parties plaignantes.
La partie plaignante peut demander au prévenu une juste indemnité pour les dépenses obligatoires occasionnées par la procédure lorsque le prévenu est astreint au paiement des frais conformément à l'<ref-law> (<ref-law>). Tel est le cas en l'espèce. La cour cantonale n'a dès lors pas violé le droit fédéral en condamnant les recourants à verser des dépens aux plaignantes.
Le Tribunal de police avait réduit de moitié les dépens réclamés par celles-ci, compte tenu de l'issue de la procédure, tant en ce qui concernait l'action pénale que l'action civile, condamnant les recourants à verser, à titre de dépens, la somme de 10'926 francs 25 aux intéressées qui réclamaient 21'852 francs 50. Les recourants ont été condamnés à un tiers et un sixième des frais, soit, à eux deux, à la moitié de ceux-ci. Leur condamnation - par la cour cantonale qui dispose en cette matière d'un large pouvoir d'appréciation (cf. arrêt 6B_159/2012 du 22 juin 2012 consid. 2.2) - à la moitié des dépens des plaignantes respecte cette proportion et elle ne viole pas le droit fédéral. Pour le surplus, les recourants ne font pas valoir que les dépens alloués ne couvrent pas des dépenses obligatoires des plaignantes. Le grief doit être rejeté.
4.
Les conclusions prises par les recourants tendent exclusivement à la modification du chiffre III du dispositif du jugement entrepris, qui porte sur la réglementation prévue par le jugement du Tribunal de police du 30 mai 2011. Ils ne prennent en revanche aucune conclusion relative au chiffre IV du jugement entrepris, qui traite des frais de la procédure d'appel cantonale, ou au chiffre V, relative à l'indemnité de dépens pour cette même procédure. Il n'y a dès lors pas lieu d'examiner ces points de la décision attaquée.
5.
Le recours doit être partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il a refusé aux recourants toute indemnité à titre de dépens aux recourants et la cause renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle statue à nouveau au sens des considérants. Les recourants obtiennent partiellement gain de cause. Ils supportent, solidairement, une partie des frais de la cause (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF) et peuvent prétendre des dépens réduits (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il refuse toute indemnité à titre de dépens aux recourants et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle statue à nouveau. Pour le surplus, le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 francs, sont mis à la charge des recourants, qui devront les supporter à parts égales et solidairement entre eux.
3.
Le canton de Vaud versera aux recourants une indemnité de 1'500 francs à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 19 juillet 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Rieben