Fatti:
A. In data 10 gennaio 2005, S._, nata nel 1969, all'epoca dei fatti alle dipendenze della ditta X._ SA in qualità di operaia a tempo pieno e della ditta Y._ SA quale addetta alle pulizie a tempo parziale (15 ore settimanali), e in quanto tale assicurata d'obbligo contro gli infortuni presso l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), è rimasta coinvolta in un incidente della circolazione a seguito del quale ha riportato in particolare una contusione cervicale e toracica. L'INSAI ha assunto il caso e corrisposto le prestazioni di legge.
S._ ha ripreso l'attività secondaria presso la Y._ SA il 5 aprile 2005 e l'attività principale presso la X._ SA al 100% il 15 aprile successivo.
Dopo avere, il 14 marzo 2006, dichiarato voler chiudere il caso, misura cui l'assicurata si è opposta trasmettendo, in data 17 aprile 2007, il rapporto medico di un esperto consultato privatamente e chiedendo il riconoscimento di ulteriori prestazioni, con decisione del 17 settembre 2007, confermata il 9 giugno 2008 anche in seguito all'opposizione dell'interessata, l'INSAI, preso atto delle conclusioni espresse dal proprio medico di circondario e dalla Divisione medica di Lucerna, ha negato ogni ulteriore obbligo contributivo a dipendenza dell'infortunio in oggetto ritenendo non sussistere il necessario nesso di causalità con i disturbi ancora accusati. In ogni caso, anche qualora si avesse voluto, per ipotesi, ammettere l'esistenza di un rapporto causale naturale, avrebbe comunque fatto difetto il nesso di causalità adeguata con l'evento in parola.
B. Patrocinata dall'avv. Marco Cereghetti, S._ si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino chiedendo il riconoscimento del nesso causale tra l'evento del 10 gennaio 2005 e i disturbi accusati, con conseguente assegnazione di ulteriori prestazioni.
Rilevata l'assenza, alla data di chiusura del caso da parte dell'INSAI, di postumi organici oggettivabili e negata per il resto l'esistenza di un nesso di causalità adeguata tra i sintomi lamentati e l'evento in oggetto, classificato, come dall'assicuratore resistente, nella categoria degli infortuni di media gravità al limite di quelli leggeri, la Corte cantonale, statuendo per giudice unico, ha respinto il gravame per pronuncia del 2 aprile 2009.
C. Sempre rappresentata dall'avv. Marco Cereghetti, l'assicurata ha interposto ricorso al Tribunale federale, al quale, protestate spese e ripetibili, ribadisce le proprie richieste di sede cantonale; in via subordinata, domanda il rinvio degli atti all'istanza precedente, rispettivamente all'INSAI, per complemento istruttorio e nuova decisione.
L'INSAI propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. 1.1 Il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, come in concreto, il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione contro gli infortuni, può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (<ref-law>); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (<ref-law>).
1.2 Per il resto, di regola il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>; cfr. tuttavia l'eccezione di cui al cpv. 2) e non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore. Esso esamina in linea di massima solo le censure sollevate, non essendo per contro tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono sollevate in sede federale.
2. Oggetto del contendere è la questione di sapere se esiste una relazione di causalità tra l'incidente della circolazione del 10 gennaio 2005 e i disturbi accusati dalla ricorrente dopo il 17 aprile 2007, data in cui l'interessata si è opposta alla chiusura del caso prospettata dall'INSAI, chiedendo l'erogazione di ulteriori prestazioni assicurative. Pacifica è la circostanza che si tratta di un infortunio del tipo "colpo di frusta".
3. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, cui si rinvia, il giudice di prime cure ha diffusamente esposto i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, evidenziando in particolare la necessità - indispensabile per ammettere l'obbligo contributivo dell'assicuratore infortuni - di stabilire un nesso di causalità naturale e adeguata tra l'evento infortunistico e il conseguente danno alla salute (<ref-ruling> consid. 3.1 e 3.2 pag. 181 con riferimenti). Egli ha pure correttamente riprodotto la giurisprudenza sviluppata dal Tribunale federale nella recente <ref-ruling> in tema di traumi da accelerazione della colonna cervicale (colpi di frusta). A detta esposizione può essere fatto riferimento, non senza tuttavia ribadire che nella citata sentenza il Tribunale federale ha parzialmente modificato i criteri rilevanti per lo specifico esame dell'adeguatezza in caso di un trauma cervicale del tipo "colpo di frusta" o di un trauma equivalente.
4. Alla pronunzia di primo grado può essere prestata adesione pure nella misura in cui, in applicazione della regolamentazione in questione, il giudice cantonale ha in concreto escluso la sussistenza, perlomeno a far tempo dal mese di aprile 2007, di una relazione di causalità tra l'infortunio del 10 gennaio 2005 e le turbe lamentate dall'insorgente.
4.1 La Corte cantonale, dopo avere proceduto ad un'analisi approfondita della documentazione medica agli atti, ha ritenuto dimostrato, quantomeno secondo il criterio della verosimiglianza preponderante, che alla data in cui la ricorrente, opponendosi alla chiusura del caso prospettata dall'INSAI, ha chiesto l'erogazione di ulteriori prestazioni assicurative (metà aprile 2007) non ci fossero più postumi organici oggettivabili in relazione con l'infortunio in esame. Questo Tribunale può condividere la conclusione del primo giudice, senza far procedere al complemento istruttorio richiesto in via subordinata dalla ricorrente. Giova rammentare che per poter parlare di lesioni traumatiche oggettivabili da un punto di vista organico, i risultati ottenuti devono essere confermati da indagini effettuate per mezzo di apparecchi diagnostici o di immagine radiologica e i metodi utilizzati riconosciuti scientificamente (sentenza 8C_421/2009 del 2 ottobre 2009 consid. 3 e sentenze ivi citate; cfr. pure <ref-ruling> consid. 9 pag. 122); il che non si avvera nel caso di specie. La questione di sapere se tra l'incidente in parola e i disturbi soggettivi ancora lamentati dall'insorgente dopo l'aprile 2007 esista un rapporto di causalità adeguata dev'essere pertanto esaminata alla luce dei relativi criteri sviluppati dalla più recente giurisprudenza in materia di traumi cervicali del tipo "colpo di frusta" e di traumi equivalenti (<ref-ruling>).
4.2 Precisando la sua precedente giurisprudenza (<ref-ruling>), nella <ref-ruling> il Tribunale federale ha, come già detto, parzialmente modificato i criteri rilevanti per l'esame dell'adeguatezza nell'ambito della prassi riguardante i "colpi di frusta" e i traumi equivalenti. Tali criteri sono le circostanze concomitanti particolarmente drammatiche o la particolare spettacolarità dell'infortunio, la gravità o particolare caratteristica delle lesioni lamentate, la specifica cura medica protratta e gravosa, i notevoli disturbi, la cura medica errata che aggrava notevolmente gli esiti dell'infortunio, il decorso sfavorevole della cura e le complicazioni rilevanti intervenute, nonché la rilevante incapacità lavorativa malgrado la dimostrazione degli sforzi compiuti (cfr. <ref-ruling> consid. 10.3 pag. 130).
4.3 Non in ogni caso è necessario tener conto di tutti i criteri summenzionati. A seconda delle circostanze ne può bastare un unico per riconoscere l'esistenza di un nesso di causalità adeguata. La presenza di un unico criterio può bastare quando l'infortunio deve essere annoverato tra quelli più gravi nell'ambito della categoria intermedia o quando esso addirittura è al limite della categoria degli eventi gravi. Un criterio solo può inoltre essere sufficiente quando lo stesso riveste un'importanza particolare. Nell'evenienza in cui nessun criterio riveste da solo un'importanza particolare o decisiva, occorrerà invece riferirsi a più criteri. Ciò vale tanto più quanto meno grave sia l'infortunio. Se per esempio l'infortunio di grado medio è al limite della categoria degli eventi insignificanti o leggeri, gli altri criteri oggettivi da ritenere devono essere adempiuti cumulativamente o rivestire un'intensità particolare perché l'adeguatezza possa essere riconosciuta (<ref-ruling> consid. 10.1 pag. 126).
4.4 La Corte cantonale ha classificato l'evento del 10 gennaio 2005 nella categoria degli infortuni di media gravità al limite di quelli leggeri. Il Tribunale federale condivide questa valutazione. Esso non vede inoltre motivo per non aderire alla conclusione dell'autorità giudiziaria cantonale, per la quale l'unico criterio suscettibile di eventualmente entrare in linea di considerazione è in concreto quello dei notevoli disturbi. Ma anche qualora si volesse ritenere adempiuto quest'ultimo criterio, ciò non basterebbe comunque per ammettere l'esistenza del necessario nesso di causalità adeguata poiché in ogni caso, come giustamente rilevato dal primo giudice, in concreto il fattore non rivestirebbe da solo una importanza particolare o decisiva.
4.5 Facendo difetto il necessario rapporto di causalità adeguata tra le affezioni tuttora accusate dall'interessata e l'infortunio oggetto della lite, si può prescindere dall'ulteriore esame relativo all'esistenza o meno di un nesso di causalità naturale. Tale modo di procedere non è di principio censurabile (cfr. DTF 8C_216/2009 del 28 ottobre 2009 consid. 5.1).
5. In sede ricorsuale l'interessata non fa valere motivi suscettivi di infirmare le conclusioni dell'autorità giudiziaria di prime cure, la quale ha ampiamente motivato la sua decisione. Ne segue che la pronuncia impugnata va confermata e il ricorso respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono poste a carico della ricorrente (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.