hat sich ergeben:
A.- Die AG für Bauten (Klägerin) bemühte sich seit 1973 in Absprache mit den ansässigen Landeigentümern um einen Quartierplan im Gebiet "Buhalden" in Esslingen/ZH. Am 29. August 1980 schloss sie einen Gesellschaftsvertrag mit einer einfachen Gesellschaft bestehend aus Carl Hengartner (Beklagter 1) und Edgar Grieger (Beklagter 2). Die Beklagten sollten das Land von den Grundeigentümern erwerben und an einen Endabnehmer weiterveräussern. Der Gesellschaftsvertrag sah eine hälftige Teilung des Gewinns zwischen der Klägerin und der einfachen Gesellschaft der Beklagten vor. Die Beklagten schlossen mit den Grundeigentümern die Kaufverträge ab. Diese enthielten eine Eintrittsklausel, damit der Endabnehmer in die Kaufverträge eintreten könne. Ferner war ein Architektenservitut zu Gunsten der Klägerin vereinbart.
B.- Die Beklagten einigten sich mit der Generalplan AG und Felix Kamber (Käufer) als Endabnehmer auf einen Gesamtpreis von Fr. 3'961'440.-- ohne Architektenservitut. Der Preis lag Fr. 1'345'016.-- über der Entschädigung, welche an die bisherigen Landeigentümer zu entrichten war. Der Eintritt der Käufer in die Kaufverträge wurde öffentlich beurkundet. Das Architektenservitut wurde aus den Verträgen gestrichen, und als Ersatz verpflichteten sich die Beklagten der Klägerin gegenüber solidarisch zur Zahlung von Fr. 123'795.--. Diese Forderung trat die Klägerin an die Zürcher Kantonalbank (ZKB) ab, welche mit den Beklagten einen Prozessvergleich über Fr. 108'000.-- abschloss.
C.- Nach Eintritt in die Verträge waren die Käufer nicht mehr bereit, Fr. 1'345'016.-- zu bezahlen, da die vereinbarte Nutzungsziffer nicht erreicht werden könne und die Vereinbarung mangels Verurkundung formungültig sei. Am 30. April 1982 schlossen sie mit den Beklagten einen Vergleich, in dem sie sich zur Zahlung von insgesamt Fr. 650'000.-- verpflichteten.
D.- Zwischen der Klägerin und den Beklagten kam es zum Streit über den Gewinnanteil der Klägerin. Am 21. Dezember 1989 verlangte die Klägerin beim Bezirksgericht Zürich von den Beklagten eine Abrechnung über die getätigten Geschäfte (Klagebegehren Ziff. 1). Ferner forderte sie Fr. 105'000.-- aus der Ablösung des Architektenservituts (Klagebegehren Ziff. 2a), Fr. 23'477.50 im Zusammenhang mit einer Zession an die Incoba AG (Klagebegehren Ziff. 2b), Fr. 530'931.70 aus dem Landverkauf (Klagebegehren Ziff. 2c) sowie zusätzlich Fr. 20'768.50 (Klagebegehren Ziff. 2d) jeweils zuzüglich Zinsen. Das Bezirksgericht wies die Klage am 10. September 1991 ab. Am 12. Oktober 1993 hob das Obergericht dieses Urteil auf. Es fällte ein Teilurteil, in dem es die Beklagten verpflichtete, die verlangte Abrechnung vorzulegen. Die Klagebegehren 2a, 2b und 2d wies es ab, soweit es darauf eintrat. Das Klagebegehren 2c hiess es teilweise gut und verpflichtete den Beklagten 1 zur Zahlung von Fr. 15'795.--. Im Übrigen wies es die Sache zu neuem Entscheid über das Klagebegehren 2c an die Vorinstanz zurück. Auf die vom Beklagten 1 gegen dieses Teilurteil eingelegte Berufung trat das Bundesgericht am 1. Juli 1994 nicht ein.
E.- Am 5. April 1994 legten die Beklagten eine Abrechnung vor, und das Bezirksgericht stellte am 6. März 1995 in einem Teilurteil fest, dass die Beklagten ihre Abrechnungspflicht erfüllt hätten. Am 25. März 1997 sprach das Bezirksgericht der Klägerin Fr. 85'498.30 nebst Zins zu. Gegen dieses Urteil erhoben beide Parteien Berufung an das Obergericht. Am 25. September 1998 hiess dieses die Berufung der Beklagten gut und wies die Klage ab, soweit sie den Betrag überstieg, den das Obergericht der Klägerin im Teilurteil vom 12. Oktober 1993 zugesprochen hatte.
F.- Sowohl die Klägerin als auch der Beklagte 1 haben eidgenössische Berufung eingelegt. Die Berufung des Beklagten 1 richtet sich gegen das Teilurteil vom 12. Oktober 1993, soweit er zur Zahlung von Fr. 15'795.-- verpflichtet wird, und gegen das Endurteil, soweit es diesen Entscheid bestätigt. Auf eine entsprechende kantonale Nichtigkeitsbeschwerde trat das Kassationsgericht am 18. September 1999 nicht ein. Vor Bundesgericht verlangt der Beklagte 1 die vollständige Abweisung der Klage. Die Klägerin verlangt Fr. 414'868.35 sowie Zinsen auch auf die im Teilurteil vom 12. Oktober 1993 zugesprochene Summe. Sowohl die Klägerin als auch die Beklagten schliessen auf Abweisung der Berufung der Gegenpartei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Teilentscheide sind grundsätzlich für sich allein nicht berufungsfähig (zu den Ausnahmen vgl. <ref-ruling>, E. 1a, 409). Ein Teilurteil kann aber mit Berufung gegen den Endentscheid mitangefochten werden (Art. 48 Abs. 3 OG, <ref-ruling> E. 2, S. 352 f). Die Berufung des Beklagten 1 ist zulässig, und es ist auf beide Berufungen einzutreten.
2.- a) Vor Bundesgericht streitig sind einzelne Posten der im Rahmen des Gesellschaftsvertrages aufgelaufenen Einnahmen und Ausgaben, namentlich die Höhe des erzielten Gewinns aus den Landverkäufen. Das Obergericht erkannte, dass für die Berechnung des Gewinnanteils auf den Vergleich abzustellen sei, den die Beklagten mit den Käufern geschlossen haben. Da der ursprünglich mit den Käufern geschlossene Vertrag formungültig sei, seien die Beklagten zum Abschluss eines Vergleichs gezwungen gewesen.
b) Das Obergericht ging davon aus, dass die Art der Geschäftsabwicklung zwischen der Klägerin und den Beklagten abgesprochen war. Daher seien die Folgen auch von beiden Parteien zu tragen. Mit dieser Annahme verletzt das Obergericht nach Ansicht der Klägerin <ref-law>. Die Art der Geschäftsabwicklung hätten allein die Beklagten zu verantworten. Der Gewinnanteil der Klägerin sei daher nach der ursprünglich zwischen den Beklagten und den Käufern vereinbarten Summe zu berechnen.
c) Eine Verletzung von <ref-law> liegt vor, wenn das Gericht bestrittene Tatsachen ohne Beweisabnahme als erwiesen ansieht, zu hohe oder zu niedrige Anforderungen an den Beweis stellt oder die Beweislast falsch verteilt. <ref-law> schreibt dem Gericht dagegen nicht vor, wie es die Beweise würdigen muss. Die Beweiswürdigung der kantonalen Instanzen überprüft das Bundesgericht im Rahmen der Berufung nicht (<ref-ruling> E. 3c S. 223 mit Hinweisen).
d) Nach Feststellung der kantonalen Gerichte war die Klägerin über das Vorgehen der Beklagten informiert. Das Obergericht würdigte die mit den Grundeigentümern abgeschlossenen Verträge, die bereits eine Eintrittsklausel vorsahen. Zudem stützte es seinen Entscheid auf eine Zeugenaussage. Die Klägerin übt unzulässige Kritik an der Beweiswürdigung des Obergerichts und ist damit nicht zu hören. Sämtliche Vorbringen, die sie darauf stützt, dass sie die Art der Geschäftsabwicklung nicht zu verantworten habe, gehen an der Sache vorbei und sind nicht zu berücksichtigen.
e) Vor den kantonalen Instanzen behauptete die Klägerin, der abgeschlossene Vergleich sei lediglich simuliert, und die Beklagten hätten tatsächlich die ursprünglich vereinbarte Summe erhalten. Vor Bundesgericht behauptet die Klägerin indes keine konkreten Schwarzzahlungen mehr. Auf ihre Ausführungen ist daher nicht einzugehen. Das Obergericht hält fest, die Klägerin habe den Beweis für Zahlungen, die über die im Vergleich vereinbarte Summe hinausgehen, nicht erbracht. Kritik an dieser Beweiswürdigung ist im Rahmen der Berufung unzulässig.
3. a) Nach Ansicht der Klägerin hätten die Beklagten mit den Käufern keinen Vergleich abschliessen dürfen. Sie verweist auf <ref-ruling> f., wonach bei irrtumsfreier Erfüllung eines Grundstückkaufes das Begehren um Rückabwicklung des Vertrages unter Berufung auf dessen Formnichtigkeit rechtsmissbräuchlich sei. Diesen Einwand hätten die Beklagten erheben und die Käufer auf ihrem ursprünglichen Angebot behaften müssen. Der Anspruch sei rechtlich durchsetzbar gewesen. Diesbezüglich sei der Sachverhalt ungenügend ermittelt.
b) Die Partei, die eine Ergänzung des Sachverhalts beantragt, hat aufzuzeigen, dass sie die entsprechende Sachbehauptung bereits im kantonalen Verfahren prozesskonform in das Verfahren eingebracht hat und dass diese Vorbringen im Prozess zu Unrecht übergangen wurden (<ref-ruling> E. 2a S. 285). Die Berufungsschrift der Klägerin enthält keine entsprechenden Angaben, weshalb auf ihr Begehren nicht einzutreten ist.
c) Im von der Klägerin zitierten Entscheid hatten die Parteien den Kaufvertrag bereits vollständig erfüllt. Der zu beurteilende Sachverhalt liegt insofern anders. Ob sich die Käufer nach Treu und Glauben auf die Formnichtigkeit berufen durften, kann indes offen bleiben. Das Obergericht hält fest, dass die Klägerin den Beklagten im zweiten kantonalen Berufungsverfahren im Zusammenhang mit dem Abschluss des Vergleichs keine Pflichtverletzung mehr vorwirft. Diese Feststellung bindet das Bundesgericht. Da die Klägerin vor der letzten kantonalen Instanz keine genügend substanziierte Pflichtverletzung der Beklagten behauptet hat, sind die entsprechenden Vorbringen neu und damit unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
4.- Umstritten ist weiter die Höhe der Ausgaben, die in der Abrechnung zu berücksichtigen sind.
a) Das Obergericht hat erkannt, dass die Zahlung an die ZKB von Fr. 108'000.-- bei der Abrechnung im Rahmen des Gesellschaftsvertrags zu berücksichtigen sei. Die Klägerin ist der Meinung, die von den Beklagten bezahlte Abfindung dürfe nicht zu den Ausgaben gerechnet werden. Sonst würde den Beklagten die Hälfte des Entgelts für das Architektenservitut geschenkt. Die Klägerin übersieht, dass sie von den Beklagten eine Schuldanerkennung über Fr. 123'795.-- erhalten und die Forderung an die ZKB abgetreten hat. Damit erhielt sie als Abgeltung von dem zu erwartenden Gewinn Fr. 123'795.-- vorweg. Da der Verzicht auf das Architektenservitut für den Verkauf notwendig war, sind die von den Beklagten tatsächlich geleisteten Zahlungen bei der Abrechnung unter den Ausgaben zu berücksichtigen.
b) Die Klägerin will bei den Ausgaben im Rahmen des Gesellschaftsvertrags Honorarforderungen von Fr. 11'941.30 und Fr. 12'693.50 als eigenen Aufwand berücksichtigt wissen. Das Obergericht habe zu Unrecht angenommen, dass die entsprechenden Forderungen verjährt seien. Das Obergericht stützt seinen Entscheid nicht nur auf die Verjährung, sondern auch auf die mangelnde Substanziierung der behaupteten Forderung. Diese Begründung vermag die Klägerin nicht zu entkräften, weshalb offen bleiben kann, ob die Forderungen tatsächlich verjährt sind.
5.- a) Zuletzt bemängelt die Klägerin noch die Berechnung der von ihr getätigten Vorbezüge. Sie hat unbestrittenermassen eine Forderung über Fr. 83'000.-- gegen die Beklagten an die Incoba AG abgetreten. Die Beklagten handelten mit der Incoba AG einen Vergleich aus und bezahlten Fr. 50'000.--. Das Obergericht hat erkannt, dass sich die Klägerin die gesamte abgetretene Forderung als Vorbezug anrechnen lassen müsse. Die Klägerin ist der Ansicht, sie müsse sich lediglich Fr. 50'000.-- anrechnen lassen, da die Abtretung nur an Zahlung Statt und nicht zahlungshalber erfolgt sei. Das Obergericht verletze mit seinem Entscheid <ref-law>.
b) Die Rüge der Klägerin ist nicht nachvollziehbar. Mit der Behauptung, die Abtretung sei an Zahlungs Statt erfolgt, setzt sie sich in ausdrücklichen Widerspruch zu den Feststellungen im Teilurteil des Obergerichts vom 12. Oktober 1993. Dabei ist nicht ersichtlich, inwiefern eine vom Obergericht abweichende Interpretation der Abtretung irgendwie geeignet sein könnte, den Standpunkt der Klägerin zu erhärten. Gerade wenn die Abtretung an Zahlungs Statt vorgenommen wurde, ging mit der Abtretung der Forderung an die Incoba AG deren Forderung gegen die Klägerin vollständig unter, unabhängig davon, wieviel die Incoba AG von den Beklagten erhältlich machen konnte. Schleierhaft ist unter dieser Voraussetzung allerdings, weshalb die Klägerin der Incoba AG vergleichsweise Fr. 20'000.-- bezahlt hat. Sollte die Klägerin dagegen die Begriffe "an Zahlungs Statt" und "zahlungshalber" verwechselt haben, vermöchte dies am Ergebnis nichts zu ändern. Der Gläubiger kann seine Forderung ohne Zustimmung des Schuldners abtreten. Daher darf dessen Position durch die Abtretung nicht verschlechtert werden. Die Incoba AG hat den Beklagten einen teilweisen Schulderlass gewährt. Dies ist ihre Angelegenheit und betrifft die Klägerin nicht mehr. Sie ist nicht Gläubigerin der Forderung. Erfolgte der Schulderlass zu Unrecht, hätte sich die Klägerin gegen die Nachforderung der Incoba AG zur Wehr setzen müssen. Die Klägerin hat eine Forderung gegen die Beklagten abgetreten und die Beklagten haben diese getilgt. Daher sind sie auch berechtigt, den vollen Betrag als Vorbezug der Beklagten anzurechnen.
8.- Die Berufung der Klägerin erweist sich insgesamt als unbegründet und ist abzuweisen. Aus der zutreffenden Abrechnung des Obergerichts ergibt sich ein Saldo zu Gunsten der Beklagten. Dieser deckt den Betrag, den das Obergericht der Klägerin im Teilurteil zugesprochen hatte. Da der Beklagte 1 nach den verbindlichen Feststellungen des Obergerichts rechtzeitig die Verrechnung erklärt hat, steht der Klägerin auch unter diesem Titel nichts zu. Die Berufung des Beklagten 1 ist somit begründet. Sowohl das Teil- als auch das Endurteil des Obergerichts sind daher aufzuheben, und die Klage ist abzuweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung der Klägerin wird abgewiesen.
2.- Die Berufung des Erstbeklagten wird gutgeheissen, die Urteile des Obergerichts des Kantons Zürich (II. Zivilkammer) vom 12. Oktober 1993 und vom 25. September 1998 werden aufgehoben, und die Klage wird abgewiesen.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 11'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
4.- Die Klägerin hat den Erstbeklagten für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 12'000.-- zu entschädigen.
5.- Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an das Obergericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
6.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 25. Januar 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: