Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdegegnerin) erhob am 1. November 2010 unter Einreichung der Weisung des Friedensrichteramts der Stadt Zürich, Kreise 4 und 5, vom 28. September 2010 beim Bezirksgericht Zürich eine Forderungsklage gegen 98 Miteigentümer der "Miteigentümergemeinschaft I._", darunter auch A._ (Beschwerdeführerin). Sie beantragte, die Beklagten 1 - 98 seien zu verpflichten, ihr die für jede beklagte Partei individuell zu bestimmende, auf die Anzahl Parkplätze bezogene miteigentumsanteilsmässige Summe der Gesamtforderung von Fr. 240'982.05 nebst Zins zu bezahlen, unter solidarischer Haftung für die Gesamtforderung.
Da die Beschwerdegegnerin geltend gemacht hatte, die Beklagten 1 - 98 würden durch Rechtsanwalt Dr. B._ vertreten, wurde dieser vom Bezirksgericht dazu aufgefordert, entsprechende Vollmachten einzureichen. Dr. B._ berief sich mit Eingabe vom 22. Dezember 2010 auf eine Bevollmächtigung durch Beschlussfassung der Miteigentümerversammlung vom 18. November 2010 mit Wirkung für alle Beklagten. Eventuell ersuchte er um Fristerstreckung zur Einreichung der Vollmachten, die ihm vom Bezirksgericht gewährt wurde.
Die Beschwerdeführerin liess dem Gericht mit Schreiben vom 3. Februar 2011 eine Vollmacht des von ihr beauftragten Rechtsvertreters einreichen. Überdies machte sie in formeller Hinsicht geltend, sie sei weder persönlich zur Sühnverhandlung vorgeladen worden noch habe sie jemals der Verwaltung der Miteigentümergemeinschaft eine entsprechende Vertretungsvollmacht ausgestellt noch sei von der Versammlung der Miteigentümer ein entsprechender Beschluss für eine Prozessvertretung gefasst worden. Die Sühnverhandlung vom 26. Januar 2010 leide daher an einem gravierenden Mangel, weshalb sie zu wiederholen sei. Ferner ersuchte der Rechtsvertreter um Zustellung der Akten zur Einsichtnahme.
Mit Verfügung vom 8. Februar 2011 wurde die Beschwerdegegnerin aufgefordert, sich zum geltend gemachten Mangel des Sühnverfahrens zu äussern. Daraufhin reichte der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin am 11. Februar 2011 unaufgefordert eine weitere Eingabe ein, in der er unter anderem beantragte, es sei mit Bezug auf die Beschwerdeführerin auf die Klage nicht einzutreten. Nachdem die Beschwerdegegnerin am 17. Februar 2011 ihre Stellungnahme eingereicht hatte, wandte sich der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin mit einem weiteren Schreiben vom 22. Februar 2011 an das Gericht und bekräftigte seine Auffassung, wonach die Verwaltung der Miteigentümergemeinschaft nicht zur Vertretung der Beschwerdeführerin vor dem Friedensrichter befugt gewesen sei.
Am 4. März 2011 informierte der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin das Gericht darüber, dass er mit der Beschwerdegegnerin Vergleichsgespräche führen wolle und dass er einen Beschluss der Verwaltung vom 14. November 2010 angefochten habe. Auf entsprechende Nachfrage bestätigte die Vorsitzende, dass allfällige Mängel des Sühnverfahrens auch dann von Amtes wegen abgeklärt würden, wenn die Beschwerdeführerin den diesbezüglichen Einwand zurücknehmen würde.
Mit Verfügung vom 1. April 2011 wurde Dr. B._, nachdem er Vollmachten von diversen Beklagten eingereicht hatte, aufgefordert, noch fehlende Angaben und Vollmachten nachzureichen. Mit dieser Verfügung wurde der Beschwerdeführerin auch eine Stellungnahme der Beschwerdegegnerin vom 29. März 2011 zugestellt. Hierzu reichte der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin am 6. Mai 2011 eine weitere unaufgeforderte Stellungnahme ein, wozu sich die Beschwerdegegnerin mit Eingabe vom 19. Mai 2011 äusserte.
Mit Beschluss vom 13. Juli 2011 wurden der Beschwerdegegnerin diverse Fristen angesetzt, die einen Zusammenhang zu ihren Klagen gegen einzelne Beklagte, nicht jedoch zu derjenigen gegen die Beschwerdeführerin aufwiesen. Dieser Beschluss wurde dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin zur Kenntnisnahme zugestellt. Nach der Stellungnahme der Beschwerdegegnerin und einem Wiedererwägungsgesuch wurde die geforderte Kautionsleistung mit Beschluss vom 24. Oktober 2011 reduziert. Derselbe wurde dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin zur Kenntnis zugestellt.
Mit Beschluss vom 11. Mai 2012 trat das Bezirksgericht u.a. auf die Klage gegen die Beschwerdeführerin nicht ein und verpflichtete die Beschwerdegegnerin, der Beschwerdeführerin eine Prozessentschädigung von Fr. 1'000.-- zu bezahlen.
Die Beschwerdeführerin erhob gegen diesen Kostenentscheid am 14. Juni 2012 Beschwerde an das Obergericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, es sei ihr eine angemessene Prozessentschädigung, mindestens aber Fr. 10'000.-- zuzüglich Fr. 379.80 Spesen und 8 % Mehrwertsteuer zu bezahlen. Das Obergericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 27. September 2012 ab.
B. Gegen diesen Entscheid erhob die Beschwerdeführerin Beschwerde in Zivilsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Sie beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, die vorinstanzliche Beschwerde im Sinne der Erwägungen gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zur Neufestsetzung der Parteientschädigung im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen.
Auf die Einholung von Vernehmlassungen zur Beschwerde wurde verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Bei der vorliegenden Streitsache handelt es sich um eine vermögensrechtliche Angelegenheit. Demnach ist die Beschwerde in Zivilsachen zulässig, sofern der Streitwert mindestens Fr. 30'000.-- beträgt (<ref-law>). Da der angefochtene Entscheid ein Endentscheid (<ref-law>) ist, bestimmt sich der Streitwert nach den Begehren, die vor der Vorinstanz strittig geblieben sind (<ref-law>; <ref-ruling>). Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens war nicht mehr die von der Beschwerdegegnerin erhobene Klage mit einem Streitwert von Fr. 240'982.05, sondern einzig die von der Beschwerdeführerin für das erstinstanzliche Verfahren an Stelle der zugesprochenen Fr. 1'000.-- geforderte Parteientschädigung in der Höhe von mindestens Fr. 10'000.-- nebst Spesen. Der von <ref-law> geforderte Mindeststreitwert ist demnach nicht erreicht, weshalb sich die Beschwerde in Zivilsachen insoweit als unzulässig erweist.
1.2 Erreicht der Streitwert den massgebenden Betrag nicht, ist die Beschwerde in Zivilsachen u.a. dennoch zulässig, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-law>). Der Begriff der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung im Sinne von <ref-law> ist sehr restriktiv auszulegen (<ref-ruling> E. 1.1). Die Voraussetzung von <ref-law> ist erfüllt, wenn ein allgemeines und dringendes Interesse besteht, dass eine umstrittene Frage höchstrichterlich geklärt wird, um eine einheitliche Anwendung und Auslegung des Bundesrechts herbeizuführen und damit eine erhebliche Rechtsunsicherheit auszuräumen (<ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 1.3 S. 4, 397 E. 1.2; <ref-ruling> E. 2.4 S. 648 f.). Es ist erforderlich, dass die Frage von allgemeiner Tragweite ist (<ref-ruling> E. 1.2). Eine neue Rechtsfrage kann vom Bundesgericht sodann beurteilt werden, wenn dessen Entscheid für die Praxis wegleitend sein kann, namentlich, wenn von unteren Instanzen viele gleichartige Fälle zu beurteilen sein werden (BGE <ref-ruling> E. 1.3 S. 4). Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, ist in der Beschwerdeschrift auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist (<ref-law>), ansonsten die Beschwerde in Zivilsachen unzulässig ist (<ref-ruling> E. 2.2.2.1 und 645 E. 2.4).
Die Beschwerdeführerin hält dafür, es stellten sich im vorliegenden Fall Rechtsfragen von grundsätzlicher Bedeutung. Sie tut indessen kaum hinreichend dar, inwiefern hinsichtlich der von ihr angesprochenen Fragen, die sich ihres Erachtens vorliegend stellen, die Voraussetzungen für die Bejahung einer Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung nach der obigen Rechtsprechung erfüllt sein sollen. Entsprechendes ist denn auch nicht ersichtlich:
1.2.1 Das vorinstanzliche Beschwerdeverfahren gegen den Beschluss des Bezirksgerichts vom 11. Mai 2012 unterstand den Vorschriften der neuen Schweizerischen Zivilprozessordnung (<ref-law> [<ref-law>]). Sodann ist unbestritten, dass sich das von der Beschwerdegegnerin mit Klage vom 1. November 2010 eingeleitete erstinstanzliche Verfahren nach den Bestimmungen des bisherigen kantonalen Prozessrechts (aZPO/ZH) zu richten hatte (<ref-law>) und dass die strittige Parteientschädigung für dieses Verfahren nach der inzwischen aufgehobenen Verordnung des Obergerichts des Kantons Zürich über die Anwaltsgebühren vom 21. Juni 2006 (aAnwGebV) zu bemessen ist, die zum kantonalen Zivilprozessrecht gehört, und daher vom Bundesgericht einzig unter dem Blickwinkel des Willkürverbots nach <ref-law> überprüft werden kann (Art. 95 f. BGG; <ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 3 S. 351; <ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 2.1.2.1).
Die Beschwerdeführerin vertritt die Ansicht, im vorinstanzlichen, der neuen ZPO unterstehenden Beschwerdeverfahren wären im Zusammenhang mit der Frage nach der Festsetzung der strittigen Parteikosten im Falle eines Nichteintretensentscheids die Regelungen in der ZPO über die Prozesskosten (insbes. <ref-law>) und über deren Verteilung (<ref-law>) sinngemäss heranzuziehen gewesen, um die kantonalen Prozesskostentarife bundesrechtskonform auszulegen. Denn die Regelungen in der neuen ZPO schrieben im Wesentlichen den Rechtszustand fort, wie er gemäss der aZPO/ZH gelte. Mit Bezug auf die Frage der Festsetzung von Parteikosten bei Nichteintretensentscheiden, für welche die aAnwGebV/ZH keine besondere Regelung enthalte, hätte nicht mehr auf die bisherige kantonale Praxis (ZR 95 Nr. 5) abgestellt werden dürfen; neue Verfahrensvorschriften seien nach <ref-ruling> E. 2c S. 101 sofort und uneingeschränkt anzuwenden. Daraus leitet die Beschwerdeführerin weiter ab, dass das Bundesgericht die Anwendung der Vorschriften der aAnwGebV/ZH frei zu prüfen habe, nämlich im Lichte der Bestimmungen der neuen ZPO, auch um widersprüchliche Entscheide bei der Anwendung alten und neuen Rechts im Sinne von <ref-law> zu vermeiden.
Die Beschwerdeführerin wirft damit primär die Frage auf, ob es sich vorliegend rechtfertigt, von der klaren übergangsrechtlichen Regelung in <ref-law> abzuweichen, die für Verfahren, welche - wie dasjenige vor dem Bezirksgericht Zürich - bei Inkrafttreten der ZPO rechtshängig waren, das bisherige Verfahrensrecht bis zum Abschluss vor der betroffenen Instanz als anwendbar erklärt, und - soweit überhaupt angebracht - von der kantonalen Behörde zu verlangen, dass sie Bestimmungen der neuen ZPO bei der Anwendung der kantonalen Tarife vorgezogen berücksichtigt. Es handelt sich dabei um eine Frage übergangsrechtlicher Natur, die sich von vornherein nur in einer beschränkten Anzahl von Fällen stellen dürfte. Inwiefern es sich dabei um eine Rechtsfrage von allgemeiner Tragweite handeln soll, an deren Beantwortung ein allgemeines und dringliches Interesse besteht, ist nicht ersichtlich.
1.2.2 Die Vorinstanz entschied unter anderem, im streitbetroffenen Verfahren vor dem Bezirksgericht seien Vergleichsbemühungen des Rechtsvertreters der Beschwerdeführerin nicht zu entschädigen. Der Rechtsvertreter sei bis zum erstinstanzlichen Nichteintretensentscheid nicht gehalten gewesen, Vergleichsgespräche zu führen, zumal diese angesichts des eingenommenen Standpunkts, auf die Klage sei nicht einzutreten, nur materielle Fragen hätten beschlagen können.
Die Beschwerdeführerin macht in nur schwer verständlichen Ausführungen geltend, die Beschwerdegegnerin habe unnötige Parteikosten verursacht, indem sie in prozessual nachlässiger Weise eine Solidarhaftung der Beschwerdeführerin im Umfang von Fr. 240'982.05 angenommen und damit gegenüber dem auf den Miteigentumsanteil der Beschwerdeführerin entfallenden Anteil der Sanierungskosten um Fr. 238'632.70 überklagt habe. Insoweit stelle ihr prozessbezogenes Verhalten als solches eine rechtswidrige Handlung dar, mit der Folge, dass der Beschwerdeführerin gestützt auf <ref-law> ein bundesrechtlicher Anspruch auf Ersatz der dadurch entstandenen Parteikosten bzw. Vergleichsbemühungen zustehe, was die Vorinstanz verkannt habe. Sie hält unter Berufung auf verschiedene Lehrmeinungen dafür, die Vergleichsbemühungen seien nach der absoluten Schadenstheorie als mit den bundesrechtlichen Ersatzansprüchen konkurrierende Kostenerstattungsansprüche den Regeln des kantonalen Prozessrechts zu unterwerfen und bei der Bemessung der Parteientschädigung zu entschädigen. Bei der Anwendung der absoluten Schadenstheorie im Zusammenhang mit der Festsetzung von Parteientschädigungen bei Nichteintretensentscheiden handle es sich um eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung.
Damit tut die Beschwerdeführerin in keiner Weise dar, inwiefern in diesem Zusammenhang die Voraussetzungen für die Bejahung einer Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung erfüllt sein sollen. Insoweit ist überdies zu beachten, dass das Bundesgericht im Zusammenhang mit der Anwendung eines kantonalen Tarifs, die es nur auf Willkür prüfen kann, ohnehin keinen Grundsatzentscheid fällen kann (<ref-ruling> E. 2.3).
1.3 Ist somit nicht dargetan, dass sich vorliegend eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung im Sinne von <ref-law> stellt, ist auf die Beschwerde in Zivilsachen nicht einzutreten.
Damit erweist sich zugleich die subsidiäre Verfassungsbeschwerde als grundsätzlich zulässig (<ref-law>).
2. Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), darf sich die beschwerdeführende Partei grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung nicht selbst in der Sache entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 135; <ref-ruling> E. 3). Rechtsbegehren, die auf einen Geldbetrag lauten, müssen nach ständiger Rechtsprechung beziffert werden (<ref-ruling> E. 2 S. 236 f. mit Hinweis). Dies gilt auch, wenn wie vorliegend die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens selbständig angefochten werden (Urteile 4A_225/2011 vom 15. Juli 2011 E. 2.6.2; 5A_34/2009 vom 26. Mai 2009 E. 11.3, nicht publ. in <ref-ruling>; 4A_43/2008 vom 4. März 2008 E. 2, publ. in: Praxis 97/2008 Nr. 121 S. 757 f.).
Die Beschwerdeführerin verlangt im Hauptantrag lediglich die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Anweisung der Vorinstanz, die kantonale Beschwerde im Sinne der Erwägungen gutzuheissen, in der sie die Zusprechung einer angemessenen Prozessentschädigung, mindestens aber einer solchen von Fr. 10'000.-- zuzüglich Fr. 379.80 Spesen und 8 % Mehrwertsteuer beantragt hatte. Dabei begründet sie nicht, weshalb sie keine reformatorische Entscheidung des Bundesgerichts beantragt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1 S. 121). Immerhin ist zu bemerken, dass das Bundesgericht Gerichtskosten und Parteientschädigungen für das kantonale Verfahren im Fall der Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids in der Regel nicht selbst gestützt auf kantonale Gebührenverordnungen, wie sie von der Vorinstanz vorliegend angewendet wurden, festlegt (vgl. Urteil 4A_375/2012 vom 20. November 2012 E. 1.2, nicht publ.: in BGE 139 X XXX). Was die Bezifferung des Begehrens anbelangt, kann dem Beschwerdeantrag lediglich entnommen werden, dass die Beschwerdeführerin die Zusprechung einer Prozessentschädigung in einem Fr. 10'000.-- übersteigenden Betrag zuzüglich Spesen und Mehrwertsteuer anstrebt, was keine exakte Bezifferung darstellt. Indessen genügt, wenn aus der Beschwerdebegründung klar hervorgeht, in welchem Sinne der angefochtene Entscheid abgeändert werden soll (<ref-ruling> E. 2 S. 236 f. mit Hinweis). Aus dieser geht hervor, dass die Beschwerdeführerin - in gewissem Widerspruch zum Begehren auf Anweisung der Vorinstanz, die in der kantonalen Beschwerde gestellten Anträge gutzuheissen - der Ansicht ist, eine willkürfrei zugesprochene Parteientschädigung müsste für das kantonale Verfahren (ohne Parallelverfahren) ohne Spesenersatz mindestens Fr. 7'370.-- betragen.
Nach dem Ausgeführten erscheint es fraglich, ob die Beschwerdeführerin vorliegend ein rechtsgenügliches Rechtsbegehren gestellt hat. Mit Blick auf den Verfahrensausgang kann die Frage allerdings offen gelassen werden.
3. Nicht eingetreten werden kann auf die Beschwerde insbesondere, soweit die Beschwerdeführerin Rügen gegen den erstinstanzlichen Entscheid des Bezirksgerichts erhebt, diesem Gericht namentlich vorwirft, seine Begründungspflicht verletzt und einen willkürlichen Entscheid gefällt zu haben. Denn die Beschwerde ist nach <ref-law> nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig und für Verfassungsrügen muss der Instanzenzug nicht nur prozessual durchlaufen, sondern auch materiell erschöpft worden sein (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 640).
4. Mit der Verfassungsbeschwerde kann nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und präzise begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 und Art. 117 BGG). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (<ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen). Macht die beschwerdeführende Partei eine Verletzung des Willkürverbots von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn sie einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich. Sie hat vielmehr anhand der Erwägungen des angefochtenen Urteils im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieser offensichtlich unhaltbar ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 234; <ref-ruling> E. 3 S. 352). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.1 S. 399). Willkür liegt nicht schon vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen).
5. Nach § 69 aZPO/ZH wird die Prozessentschädigung nach Ermessen festgesetzt und können die Parteien dem Gericht bis zur Fällung des Entscheides ihre Rechnung vorlegen. Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdeführerin habe erst mit ihrer zweitinstanzlichen Beschwerdeschrift eine Rechnung samt Aufstellung der geltend gemachten Aufwendungen und Auslagen eingereicht. Diese könne als unzulässiges Novum (<ref-law>) nicht mehr berücksichtigt werden.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz sei in Willkür verfallen, indem sie angenommen habe, ihr Rechtsvertreter habe es versäumt, dem Bezirksgericht rechtzeitig eine Kostennote vorzulegen und indem sie die eingereichte Kostennote im Beschwerdeverfahren nicht mehr berücksichtigt habe. Die Einreichung einer Kostennote sei nach § 69 aZPO/ZH fakultativ und die Festsetzung des verdienten Honorars setze nicht die Einreichung einer Kostennote voraus, weshalb an die Nichteinreichung keine Säumnisfolgen geknüpft werden dürften. Davon abgesehen habe der Rechtsvertreter unmöglich erahnen können, bis wann er seine Honorarnote einzureichen gehabt habe, seien doch zwischen seiner Beanstandung in der Stellungnahme vom 3. Februar 2011 bis zum Ergehen des Nichteintretensentscheids über fünfzehn Monate verstrichen und sei dem Anwalt vom Gericht in Treu und Glauben widersprechender Weise nicht mitgeteilt worden, dass demnächst ein Entscheid über den Nichteintretensantrag gefällt würde.
Auf diese Rüge kann nicht eingetreten werden. Denn die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern der Umstand, dass über die Parteikosten ohne Vorliegen einer Kostennote entschieden wurde bzw. dass die Vorinstanz die im Beschwerdeverfahren eingereichte Kostennote unberücksichtigt liess, im Ergebnis zur Festsetzung einer willkürlich tief bemessenen Parteientschädigung, also zu einem willkürlichen Entscheid, geführt haben soll (Erwägung 4 vorne). Entsprechendes ist denn auch nicht ersichtlich:
Die Vorinstanz erwog, in Fällen, in denen die Partei durch einen Rechtsanwalt vertreten werde, sei das richterliche Ermessen (§ 69 Abs. 1 aZPO/ZH) in dem Sinne beschränkt, als die Prozessentschädigung im Rahmen der Ansätze der aAnwGebV festzusetzen sei.
Die in der aAnwGebV festgelegten Bemessungskriterien waren nach den vorinstanzlichen Erwägungen unabhängig vom Vorliegen einer Honorarnote anzuwenden. Sodann ist ein kantonales Gericht (d.h. die Erstinstanz, aber auch die Vorinstanz) bei der Bemessung der Parteientschädigung bzw. bei deren Überprüfung im Rechtsmittelverfahren nicht an allenfalls geltend gemachte Honoraransprüche gebunden (vgl. Urteile 9C_580/2010 vom 16. November 2010 E. 4.2.1, SVR 2011 IV Nr. 38 S. 112; 9C_338/2010 vom 26. August 2010 E. 5.2, SVR 2011 AHV Nr. 7 S. 23). Es kann der Beschwerdeführerin daher nicht gefolgt werden, soweit sie geltend machen will, dass die Vorinstanz einzig deshalb eine ermessensweise Festsetzung der Parteientschädigung vorgenommen habe, weil keine Honorarnote vorlag. Ebenso geht die Beschwerdeführerin fehl, wenn sie ohne weitere Begründung vorbringt, das Bezirksgericht hätte eine Honorarnote einverlangen müssen, um den notwendigen Aufwand festzulegen bzw. festlegen zu können. Es ist nicht einzusehen, weshalb ein mit einem Prozess befasstes Gericht die notwendigen Bemühungen eines Rechtsvertreters nicht unabhängig von einer Honorarnote aufgrund der Prozessakten festlegen können soll, wie dies die Erstinstanz und ihr folgend die Vorinstanz getan haben (vgl. Urteil 9C_580/2010 vom 16. November 2010 E. 4.2.1, SVR 2011 IV Nr. 38 S. 112). Dabei ist darauf hinzuweisen, dass nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kein direkt aus <ref-law> fliessender Anspruch besteht, dass ein Gericht eine Kostennote einholt, bevor es über die Kostenfolgen des Verfahrens entscheidet (<ref-ruling> E. 2; Urteile 9C_338/2010 vom 26. August 2010 E. 5.2, SVR 2011 AHV Nr. 7 S. 23; B 15/05 vom 29. März 2006 E. 10.1, SVR 2006 BVG Nr. 26 S. 98). Im Beschwerdeverfahren, in dem eine freie Prüfung der Rechtsfragen stattfand (<ref-law>), hatte die Beschwerdeführerin sodann unabhängig von der Berücksichtigung ihrer Kostennote hinreichend Gelegenheit, ihren Standpunkt hinsichtlich von allen ihr zu entschädigenden Bemühungen ihres Rechtsvertreters einzubringen.
Soweit die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang eine überspitzt formalistische Auslegung von § 69 aZPO/ZH geltend macht, lässt sie eine rechtsgenügende Begründung dieser Rüge vermissen, in der sie darlegen würde, inwiefern die Anwendung der genannten Bestimmung durch die Vorinstanz gegen den Schutzgehalt des Verbots des überspitzten Formalismus verstossen soll (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 9 mit Hinweisen). Auf diese Rüge ist daher ebenfalls nicht einzutreten.
6. Nach § 2 Abs. 1 aAnwGebV setzt sich die Vergütung aus der Gebühr und den notwendigen Auslagen zusammen. Grundlage für die Festsetzung der Gebühr bilden der Streitwert, die Verantwortung, die Schwierigkeit des Falls und der notwendige Zeitaufwand (§ 2 Abs. 2 aAnwGebV). Wenn es die Umstände des Einzelfalls rechtfertigen, kann die Grundgebühr unter Berücksichtigung der Bemessungskriterien von § 2 Abs. 2 aAnwGebV um höchstens einen Drittel über- oder unterschritten werden (§ 3 Abs. 2 AnwGebV). Die Grundgebühr ist allerdings erst verdient, wenn Klagebegründung bzw. Klageantwort erstattet wurde (§ 6 Abs. 1 aAnwGebV). Für den Fall einer Prozesserledigung durch Nichteintreten besteht nach den Ausführungen der Vorinstanz keine besondere Regelung. Die Praxis mache in Fällen des Nichteintretens von der Regelung in § 2 Abs. 3 aAnwGebV Gebrauch, nach der die gemäss Verordnung berechnete Gebühr durch eine entsprechende Erhöhung oder Herabsetzung auszugleichen sei, wenn ein offensichtliches Missverhältnis zwischen dem Streitwert und dem notwendigen Zeitaufwand des Anwalts bestehe.
Vorliegend setzte die Vorinstanz die Grundgebühr ausgehend vom - nicht mehr strittigen - Streitwert von Fr. 240'982.05 auf Fr. 17'334.-- fest. Da es sich um einen einfachen Fall handle, rechtfertige sich gestützt auf § 3 Abs. 2 aAnwGebV die Reduktion um einen Drittel auf Fr. 11'556.--. Wegen der Prozesserledigung durch Nichteintreten in einem sehr frühen Verfahrensstadium sei es sodann nicht zu beanstanden, wenn das Bezirksgericht zusätzlich § 2 Abs. 3 aAnwGebV angewendet habe. Unter Berücksichtigung der als notwendig erscheinenden Bemühungen des Rechtsvertreters der Beschwerdeführerin, für die 41⁄2 Stunden zu veranschlagen seien, sowie den damit verbundenen Auslagen, erscheine die vom Bezirksgericht festgesetzte Prozessentschädigung von Fr. 1'000.-- als angemessen. Unter anderem erwog die Vorinstanz dazu, der Beschwerdeführerin seien die Bemühungen und Auslagen ihres Rechtsvertreters im Zusammenhang mit seiner Eingabe vom 3. Februar 2011, in der er sich auf den Mangel des Sühnverfahrens berief, zu ersetzen. Hingegen habe dem Rechtsvertreter klar sein müssen, dass ein Studium der Akten, um deren Zustellung er ersucht hatte, erst nach der Fristansetzung zur Klagebeantwortung als notwendig erachtet werde, die bis zum Erlass des Nichteintretensentscheides nicht erfolgt sei. Sodann treffe es nicht zu, dass er die Klageschrift in diesem frühen Verfahrensstadium eingehend zu studieren gehabt habe, weshalb er hierfür keine Entschädigung erwarten könne. Bis zum erstinstanzlichen Nichteintretensentscheid sei der Rechtsvertreter auch nicht gehalten gewesen, Vergleichsgespräche zu führen, zumal diese angesichts des eingenommenen Standpunkts, auf die Klage sei nicht einzutreten, nur materielle Fragen hätten beschlagen können und daher im vorliegenden Verfahren nicht zu entschädigen seien. Die diversen unaufgeforderten Eingaben des Rechtsvertreters seien zur Wahrung der Rechte der Beschwerdeführerin nicht notwendig gewesen, zumal die Erstinstanz die Prozessvoraussetzungen von Amtes wegen zu prüfen gehabt habe. Auch der betreffende Aufwand müsse unberücksichtigt bleiben.
6.1 Die Beschwerdeführerin rügt zunächst, es fehle eine gesetzliche Grundlage für eine über den Ausgleich im Rahmen von § 2 Abs. 2 aAnwGebV hinausgehende Reduktion der Gebühr, wie sie die Vorinstanz gestützt auf § 2 Abs. 3 aAnwGebV vorgenommen habe. Diese Bestimmung sei nicht einschlägig.
Die Rüge geht fehl. Parteientschädigungen für die anwaltliche Vertretung in einem Zivilprozess sind nicht dem Gemeinwesen geschuldet und fallen damit nicht unter den Begriff der öffentlichen Abgaben. Deren Bemessung muss sich deshalb im Gegensatz zu jenen nicht auf eine ausdrückliche gesetzliche Grundlage stützen können (Urteil 4A_410/2011 vom 11. Juli 2012 E. 12.6). Es ist damit insoweit nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz § 2 Abs. 3 aAnwGebV bei der Bemessung der strittigen Entschädigung nach Massgabe der in § 2 Abs. 2 aAnwGebV aufgeführten Kriterien anwendete, wie es ihrer Praxis entspricht, auch wenn diese Bestimmung den Fall des Nichteintretensentscheids nicht ausdrücklich regelt.
6.2 Fehl geht die Beschwerdeführerin sodann auch, soweit sie rügt, die Vorinstanz habe mit ihrer gestützt auf § 2 Abs. 3 aAnwGebV gestützten Herabsetzung den verfassungsrechtlichen Grundsatz der Verhältnismässigkeit verletzt, ohne eine substanziierte Willkürrüge zu erheben, in der sie sich rechtsgenüglich mit den vorstehend dargestellten Erwägungen der Vorinstanz auseinandersetzen würde (<ref-law>). Ausserhalb von Grundrechtseingriffen prüft das Bundesgericht die Verhältnismässigkeit kantonalrechtlicher Anordnungen, die sich auf kantonales Recht stützen, nicht frei, sondern nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots (<ref-ruling> E. 4; Urteil 2C_444/2007 vom 4. April 2008 E. 2.2, ZBGR 89/2008 S. 381).
6.3 Was die Beschwerdeführerin gegen die vorinstanzliche Bemessung bzw. Überprüfung der Parteientschädigung vorbringt, entpuppt sich weitgehend als unzulässige appellatorische Kritik, bei der die Beschwerdeführerin der Auffassung der Vorinstanz lediglich ihre eigene Sicht der Dinge gegenüberstellt, ohne rechtsgenügend anhand der Erwägungen der Vorinstanz eine willkürliche Rechtsanwendung aufzuzeigen. Dazu ist insbesondere Folgendes auszuführen:
6.3.1 Die Beschwerdeführerin bestreitet zunächst, dass es sich beim streitbetroffenen Verfahren um einen einfachen Fall gehandelt habe. Es handle sich um einen in formeller und materieller Hinsicht äusserst komplexen Bauabrechnungprozess. Für das Erfassen des Prozessgegenstands und aus prozesstaktischen Überlegungen sei entgegen der vorinstanzlichen Auffassung ein umfassendes Aktenstudium notwendig gewesen, namentlich zur Prüfung, ob es vorteilhafter sei, die Klage vollumfänglich zu bestreiten oder diese allenfalls teilweise für den Teil der Beschwerdeführerin anzuerkennen.
Die Beschwerdeführerin legt damit nicht dar, weshalb die vorinstanzliche Auffassung willkürlich sein soll, wonach sich das Prozessthema im Verfahren vor dem Bezirksgericht bis zur Ansetzung einer Frist zur Klageantwort auf die von Amtes wegen zu prüfende Frage beschränkte, ob die Klage gegen die Beschwerdeführerin beim Friedensrichter mangelhaft eingeleitet worden sei, und sich die Beschwerdeführerin demnach in diesem frühen Verfahrensstadium noch nicht mit materiellen Fragen zu befassen hatte. Sie zeigt nicht auf, weshalb die Vorinstanz in Willkür verfallen sein soll, wenn sie befand, Bemühungen im Zusammenhang mit materiellen Fragen seien bezogen auf das bezirksgerichtliche Verfahren unnötig gewesen und demnach in diesem nicht zu entschädigen.
6.3.2 Analoges gilt, soweit die Beschwerdeführerin eine Entschädigung für ihre Vergleichsbemühungen fordert. Auch insoweit setzt sie sich nicht mit der vorinstanzlichen Begründung auseinander, nach der Vergleichsbemühungen von vornherein nur materielle Fragen beschlagen konnten und Bemühungen im Zusammenhang mit solchen im auf die Frage der mangelhaften Klageeinleitung beschränkten Verfahren nicht zu entschädigen seien.
6.3.3 Die Beschwerdeführerin beanstandet den Entscheid der Vorinstanz, wonach einzig die Eingabe vom 3. Februar 2011, in der sich ihr Rechtsvertreter auf den Mangel des Sühnverfahrens berief, zu entschädigen sei, nicht dagegen die weiteren unaufgefordert eingereichten Eingaben, die zur Wahrung der Rechte der Beschwerdeführerin nicht notwendig gewesen seien. Auch insoweit lässt sie eine rechtsgenügend begründete Willkürrüge vermissen. So ist es unbehelflich, wenn sie bloss geltend macht, sie habe erst mit der Eingabe vom 11. Februar 2011 - nach dem Studium der Akten - einen Nichteintretensantrag stellen können, ohne auf die vorinstanzliche Erwägung einzugehen, nach der die Prozessvoraussetzungen von Amtes wegen zu prüfen seien.
6.4 Die Beschwerdeführerin hält die vorliegend strittige Parteientschädigung im Vergleich zur Mindestentschädigung, die bei einem Zwischenentscheid nach <ref-law> (gemeint die neue Schweizerische Zivilprozessordnung) zu sprechen sei, für willkürlich tief bemessen. Auch diese Rüge ist nicht hinreichend begründet. Denn es ist in keiner Weise dargetan, dass bei der Bemessung der Parteientschädigung im Fall des Ergehens eines Zwischenentscheids nicht ebenfalls eine Reduktion der von der Beschwerdeführerin behaupteten Mindestentschädigung erfolgen kann und muss, wenn Aufwand betrieben wurde, der im Hinblick auf die Fällung des konkreten Zwischenentscheids nicht notwendig ist.
7. Zusammenfassend ist auf die Beschwerde in Zivilsachen nicht einzutreten. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung, da ihr aus dem bundesgerichtlichen Verfahren kein Aufwand entstanden ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Januar 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer