Faits:
A. Dans leur déclaration pour la période fiscale 2005, A.X._ et B.X._ (ci-après: les intéressés) ont indiqué que ce dernier, né en 1939, avait reçu à titre de prévoyance professionnelle pour l'année 2005 une rente de 120'648 fr. de la caisse de pension du Touring club suisse.
Par décision de taxation du 25 octobre 2006, l'Administration fiscale cantonale a taxé les intéressés, pour l'impôt cantonal et communal 2005, sur un revenu de 125'779 fr. imposable au taux applicable à 137'743 fr. et demandé le paiement d'un impôt de 22'371 fr. 60. La rente a été imposée au plein tarif, ce que les intéressés ont contesté par réclamation.
Par décision du 12 mars 2007, l'Administration fiscale cantonale a rejeté la réclamation et, par décision du 28 avril 2008, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt a rejeté un recours interjeté par les intéressés contre la décision sur réclamation.
B. Par arrêt du 28 octobre 2008, le Tribunal administratif du canton de Genève a rejeté le recours que les intéressés ont déposé contre la décision rendue le 28 avril 2008 par la Commission cantonale de recours. L'art. 7 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) exigeait des cantons la pleine imposition du revenu provenant de la prévoyance professionnelle, conformément au système "pleine déduction des cotisations-pleine imposition des prestations" introduit par la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle, (LPP; RS 831.40) à partir du 1er janvier 1987. Contrairement à la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) qui comprenait un art. 204 sur ce point, la loi sur l'harmonisation fiscale ne prévoyait pas de dispositions transitoires régissant le passage à la pleine imposition des revenus provenant de la prévoyance professionnelle. Il fallait par conséquent s'en tenir à celles de l'<ref-law>, qui laissaient une grande marge de manoeuvre aux cantons à cet effet. L'art. 8 al. 1 de la loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques, impôt sur le revenu (revenu imposable [LIPP-IV; RSGE D 3 14]) étant conforme à l'<ref-law> et l'art. 12 al. 2 LIPP-IV étant conforme à l'<ref-law>, la rente de prévoyance reçue en 2005 par les intéressés avait été à bon droit pleinement imposée, sans égard aux dispositions de l'<ref-law>.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ et B.X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 28 octobre 2008 par le Tribunal administratif du canton de Genève ainsi que le bordereau concernant l'impôt 2005 et de dire que la rente de prévoyance professionnelle doit bénéficier d'une déduction de 20%. Ils se plaignent d'une violation du droit fédéral, notamment des <ref-law> et 72 LHID ainsi que du principe d'harmonisation et de l'interdiction de l'arbitraire.
L'Administration fédérale des contributions et l'Administration fiscale cantonale concluent au rejet du recours sous suite de frais. Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu dans une cause de droit public (art. 82 lettre a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 2), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte. Les recourants étant destinataires de l'arrêt attaqué, ils ont qualité pour recourir (<ref-law>).
1.2 La conclusion tendant à l'annulation du bordereau d'impôt 2005 établi par l'Administration fiscale cantonale est irrecevable en raison de l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal administratif (art. 54 al. 1 de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001, LPFisc; RSGE D 3 17).
2. D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale.
D'après l'<ref-law> en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.). Dans ces conditions, l'<ref-law> exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 67; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 143).
3. L'objet du litige porte sur l'art. 12 al. 2 LIPP-IV. D'après cette disposition de droit transitoire cantonal, les prestations périodiques provenant de la prévoyance professionnelle reçues jusqu'au 31 décembre 2001 ne sont imposables qu'à concurrence de: a) 75 pour cent si le contribuable a versé entièrement les cotisations sur lesquelles se fonde sa prétention; b) 90 pour cent si le contribuable n'a versé qu'en partie, mais au moins 20 pour cent des cotisations sur lesquelles se fonde sa prétention.
Le Tribunal administratif a jugé que l'art. 12 al. 2 LIPP-IV était conforme à l'<ref-law>, ce que les recourants contestent.
4. Les recourants invoquent à cet effet les art. 9 et 129 Cst. ainsi que l'<ref-law>.
4.1 L'art. 129 Cst. donne mandat à la Confédération, au titre de compétence législative obligatoire, de fixer les principes de l'harmonisation des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes en prenant en considération les efforts des cantons en matière d'harmonisation. Elle ne constitue donc pas un droit fondamental que le citoyen peut invoquer en justice. Les principes de l'harmonisation fiscale
sont en revanche des auxiliaires d'interprétation des dispositions fiscales (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 72 ainsi que consid. 6.2 p. 77).
4.2 Ils se plaignent aussi d'une violation de l'interdiction de l'arbitraire. A leur avis, la décision de ne plus accorder une réduction de la taxation de leur rente LPP, alors qu'une telle réduction leur avait été accordée jusqu'à fin 2001 consacrerait un cas d'arbitraire devant la loi qui, faute d'argument le justifiant, contredirait d'une manière choquante le sens de la justice et de l'équité. Ce grief se confond avec celui de la violation de l'<ref-law>.
5. Les recourants soutiennent que l'art. 12 al. 1 LIPP-IV viole l'<ref-law>. A leur avis, le canton de Genève ne pourrait pas supprimer le régime d'exonération des anciennes rentes à partir du 1er janvier 2002.
5.1 L'<ref-law> prévoit des dispositions transitoires à l'introduction dès le 1er janvier 1987 de l'imposition complète des revenus provenant de la prévoyance professionnelle telle qu'elle est prévue par les <ref-law> et, conformément à cet article, par l'<ref-law> depuis le 1er janvier 2001 (en matière d'impôt fédéral direct par l'<ref-law>). L'<ref-law> concerne l'imposition des rentes de prévoyance professionnelle versées aux assurés de la génération d'entrée. Il prévoit que l'<ref-law> n'est pas applicable aux rentes et prestations en capital fournies par des institutions de prévoyance ou résultant d'autres formes de prévoyance, au sens des art. 80 et 82, lorsque ces prestations commencent à courir ou deviennent exigibles avant l'entrée en vigueur de l'art. 83 (lettre a) ou commencent à courir ou deviennent exigibles dans un délai de quinze ans à compter de l'entrée en vigueur de l'art. 83 et résultent de mesures de prévoyance prises antérieurement à l'entrée en vigueur (lettre b).
L'autorité précédente a considéré à bon droit que le régime transitoire applicable à la pleine imposition des rentes de la prévoyance professionnelle exigé par l'<ref-law> était régi par l'<ref-law> (Message du Conseil fédéral concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral, FF 1983 III 1, p. 161).
5.2 La loi fédérale sur la prévoyance professionnelle a eu pour effet d'unifier le régime fiscal de la prévoyance professionnelle sur le territoire de la Confédération dès le 1er janvier 1985. Le modèle de la déduction complète des cotisations et de l'imposition complète des revenus provenant de la prévoyance professionnelle tel que le connaissait déjà le canton de Vaud bien avant le 1er janvier 1987 (date d'entrée en vigueur des dispositions fiscales; RO 1983 827) a été ancré dans les <ref-law>. Dans le message du 19 décembre 1975 du Conseil fédéral à l'appui d'un projet de loi sur la prévoyance professionnelle, l'imposition des prestations, qui n'était pas prévue par l'art. 34quater aCst., a été néanmoins considérée comme un corollaire logique de l'exonération des cotisations (FF 1975 I 117 ss, p. 185; cf. art. 34quater al. 5 aCst. ). C'est à la lumière de ce contexte qu'il convient de comprendre l'<ref-law>.
5.3 Afin de tenir compte du fait que les cotisations de certains assurés n'avaient pas été exonérées sur le plan cantonal et fédéral, ou ne l'avaient été que partiellement, l'<ref-law>, comme l'a jugé à bon droit l'instance précédente, n'a imposé ni chiffres ni limites aux déductions admissibles, afin de tenir compte de la diversité des systèmes antérieurs au 1er janvier 1987. Toutefois, la corrélation expressément voulue par le législateur fédéral entre régime de déduction des cotisations et régime d'imposition des revenus provenant de la prévoyance professionnelle postulait que la mise en oeuvre de l'<ref-law> par la Confédération et les cantons tienne compte du régime de déduction des cotisations antérieur au 31 décembre 1986 pour accorder l'exonération partielle aux rentes qui ont commencé à courir ou sont devenues exigibles avant le 1er janvier 1987 ou ont commencé à courir ou sont devenues exigibles avant le 1er janvier 2002 et résultent de mesures de prévoyance prises avant le 1er janvier 1987 (ci-après: les "anciennes rentes"). Le Tribunal fédéral a d'ailleurs confirmé cette nécessaire corrélation dans un obiter dictum à propos de l'<ref-law>, en précisant que les cantons restaient libres d'imposer pleinement les prestations devenues exigibles pour la première fois avant le 1er janvier 2002, si, d'après leur législation fiscale, celles-ci étaient déjà pleinement imposées avant cette date (<ref-ruling> consid. 3c p. 282). Les cantons disposent donc d'une certaine marge de manoeuvre pour décider du montant de l'exonération qu'ils entendent accorder aux anciennes rentes ainsi que le taux d'imposition qu'ils souhaitent leur appliquer (<ref-law>).
5.4 La lettre de l'<ref-law>, qui ne contient que les termes "commencent à courir ou deviennent exigibles", ne précise pas de quelle manière il convient de mettre en oeuvre le délai transitoire de 15 ans.
5.4.1 Sur le plan fédéral, lors du débat sur l'adaptation de l'impôt fédéral direct à la loi sur la prévoyance professionnelle, les rapporteurs aux Chambres ont produit un tableau explicatif du régime transitoire de l'<ref-law>, ("tel qu'il avait été voulu lors de l'adoption de la loi sur la prévoyance professionnelle"). Il en ressort que l'exonération partielle des anciennes rentes se poursuit au delà du 1er janvier 2002, même si l'assuré est entré dans un rapport de prévoyance entre 1985 et 1987 et que sa rente est devenue exigible le 31 décembre 2001, dernier jour du délai transitoire (BO CE 1984 p. 735 s.; BO CN 1985 p. 303, cf le cas 2c cité). C'est d'ailleurs la raison pour laquelle, après l'art. 155 AIFD, l'<ref-law> continue d'exonérer partiellement les anciennes rentes de l'impôt fédéral direct reçues après le 1er janvier 2002, jusqu'à la fin du service de la rente (Gladys Laffely Maillard, Commentaire romand de la LIFD, n° 3 ad <ref-law>; Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zurich 2003, n° 8 ad <ref-law>).
5.4.2 Sur le plan cantonal, une interprétation de l'<ref-law>, qui a pour effet de soumettre à une pleine imposition dès le 1er janvier 2002 les anciennes rentes qui, comme dans le canton de Genève en l'espèce, ne connaissaient pas le système vaudois, reste toutefois, comme l'a jugé à bon droit le Tribunal administratif, dans la marge de manoeuvre que l'<ref-law> confère aux cantons (<ref-ruling> consid. 3c p. 282). Il n'y a pas de raison d'empêcher les cantons, qui ne connaissaient pas le système vaudois, de choisir une solution d'exécution de l'<ref-law> qui ne passerait que par des déductions et non pas également par des solutions limitées dans le temps. Du moment que ces derniers disposent d'une marge de manoeuvre dans la fixation du montant de l'exonération, ils disposent également d'une telle marge pour décider si le montant de l'exonération est octroyé aussi longtemps que dure le service de la rente ou seulement pour une période de quinze ans, qui prend fin le 31 décembre 2001. Par conséquent, la solution du législateur fédéral sur le plan temporel (<ref-law>; art. 155 AIFD; cf. consid. 5.4.1 ci-dessus), considérée comme très schématique et particulièrement favorable aux contribuables (Rapporteur Stucky, BO CN 1985 p. 303, Rapporteur Jagmetti, BO CE 1984 p. 735), bien qu'également conforme à l'<ref-law>, ne saurait être imposée aux cantons.
5.5 En prévoyant que les prestations périodiques provenant de la prévoyance professionnelle reçues jusqu'au 31 décembre 2001 ne sont imposables qu'à concurrence de 75 pour cent si le contribuable a versé entièrement les cotisations sur lesquelles se fonde sa prétention et à concurrence de 90 pour cent si le contribuable n'a versé qu'en partie, mais au moins 20 pour cent des cotisations sur lesquelles se fonde sa prétention, l'art. 12 al. 2 LIPP-IV ne viole pas l'<ref-law>.
6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire, solidairement entre eux (art. 65 et 66 LTF). Ils n'ont pas droit à une indemnité de partie (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 28 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey