Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Thurgau sprach X._ am 12. Mai 2009 der Drohung, der mehrfachen Tierquälerei sowie der mehrfachen Übertretung des Tierschutzgesetzes, des Lebensmittelgesetzes und des Tierseuchengesetzes schuldig. Es verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 300 Tagessätzen à Fr. 30.-- sowie zu einer Busse von Fr. 2'000.-- respektive, bei schuldhafter Nichtbezahlung der Busse, zu einer Ersatzfreiheitsstrafe von 66 Tagen. Die Zivilforderung der Geschädigten A._ wurde im Umfang von Fr. 1'300.-- geschützt und im Übrigen abgewiesen.
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, er sei von Schuld und Strafe freizusprechen und die Zivilforderung der Geschädigten sei abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer bezeichnet seine Eingabe als Beschwerde in Strafsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Er rügt darin eine Verletzung von eidgenössischem Recht sowie unrichtige beziehungsweise willkürliche Feststellung des Sachverhalts. Diese Rügen können mit der Beschwerde in Strafsachen gegen ein Strafurteil erhoben werden. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist daher nicht einzutreten.
2. 2.1 Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer in Bestätigung des erstinstanzlichen Entscheids der Drohung (Art. 180 StGB) schuldig, begangen dadurch, dass er ausser sich vor Zorn die Beschwerdegegnerin 1 und deren beiden Begleiter von seinem landwirtschaftlichen Hof vertrieb, indem er zunächst drohend mit einem Knüppel beziehungsweise abgebrochenen Besenstiel fuchtelte und, als dies nicht den gewünschten Erfolg zeitigte, ankündigte, er werde jetzt eine Schusswaffe holen, und sich zu diesem Zweck in das Haus begab.
2.2 Der Beschwerdeführer beanstandet, dass die Vorinstanz die von ihm im kantonalen Verfahren vorgetragenen Einwände ausser Acht gelassen respektive nicht berücksichtigt habe (Beschwerde S. 7). Damit ist indessen nicht rechtsgenüglich dargetan, weshalb und inwiefern die dem Schuldspruch wegen Drohung zugrunde liegenden tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz willkürlich seien.
2.3 Die Vorinstanz begründet ausführlich, weshalb sie den Antrag des Beschwerdeführers auf Einvernahme von dessen Ehefrau als Zeugin abwies (angefochtenes Urteil S. 10 f.). Der Beschwerdeführer setzt sich mit dieser Begründung der Vorinstanz nicht substantiiert auseinander. Er legt nicht dar, weshalb und inwiefern die Abweisung des Beweisantrags Bundesrecht verletze.
2.4 Bei der Prüfung der Frage, ob eine Drohung schwer und geeignet ist, den Betroffenen in Schrecken oder Angst zu versetzen, ist nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts grundsätzlich ein objektiver Massstab anzulegen. Dabei ist auf das Empfinden eines vernünftigen Menschen mit normaler psychischer Belastbarkeit abzustellen (vgl. <ref-ruling> E. 1a; Urteil 6S.252/2005 vom 1. Oktober 2005 E. 8.2). Der Beschwerdeführer hat durch sein Verhalten, insbesondere jedenfalls durch die Ankündigung, er werde jetzt eine Schusswaffe holen, die Beschwerdegegnerin 1 im Sinne von Art. 180 StGB durch schwere Drohung in Schrecken oder Angst versetzt. Die Drohung war ernst zu nehmen, zumal die Ehefrau des offensichtlich sehr erzürnten Beschwerdeführers die Beschwerdegegnerin 1 und deren beiden Begleiter warnend darauf hinwies, dass sie nichts machen könne. Dass die Beschwerdegegnerin 1 erst kurz vor Ablauf der Frist Strafantrag wegen Drohung einreichte, nachdem der Beschwerdeführer seinerseits gegen sie Strafanzeige wegen Hausfriedensbruchs erstattet hatte, ist in diesem Zusammenhang unerheblich. Daraus lässt sich nicht der Schluss ziehen, dass die Beschwerdegegnerin 1 in Tat und Wahrheit nicht in Angst versetzt worden sei und ihren Strafantrag lediglich im Sinne einer Retorsionsmassnahme eingereicht habe. Die Beschwerdegegnerin 1 konnte zunächst von einem Strafantrag auch absehen, um etwa weitere unliebsame Auseinandersetzungen mit dem Beschwerdeführer zu vermeiden, und sich erst, nachdem dies zufolge der Strafanzeige des Beschwerdeführers ohnehin nicht zu verhindern war, zur Einreichung eines Strafantrags entschliessen.
Die Beschwerde ist daher, soweit sie sich gegen die Verurteilung wegen Drohung richtet abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
3. 3.1 Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer wegen seines Verhaltens im Zusammenhang mit dem erstmaligen Beschlagen (Behufen) eines Jungpferds durch einen Hufschmiedlehrling, bei welchem das Pferd verstarb (Ziff. 2 der Anklageschrift), in Bestätigung des erstinstanzlichen Entscheids der Tierquälerei in Sinne von Art. 27 Abs. 1 lit. a aTSchG schuldig (angefochtenes Urteil S. 22 f.).
3.2 Was der Beschwerdeführer dagegen in tatsächlicher Hinsicht vorbringt (Beschwerde S. 9 f), erschöpft sich in einer appellatorischen Kritik an den Feststellungen der Vorinstanz, die zur Begründung der Willkürrüge nicht genügt. Mit der Behauptung, die Vorinstanz habe dieses und jenes Vorbringen des Beschwerdeführers im Berufungsverfahren nicht berücksichtigt, beziehungsweise ausser Acht gelassen, ist nicht rechtsgenüglich dargetan, weshalb die vorinstanzlichen Feststellungen willkürlich seien. Die Vorinstanz hat sich mit den Vorbringen des Beschwerdeführers befasst und ausgeführt, weshalb sie nicht stichhaltig sind. Damit setzt sich der Beschwerdeführer nicht substantiiert auseinander. Die Vorinstanz durfte allein schon aus den eigenen Aussagen des Beschwerdeführers - zum Beispiel: "So einen muss man metzgen und die Rübe wegschlagen"; "Der Kerli musste drankommen" - den Schluss ziehen, dass es dem Beschwerdeführer darum ging, den Willen des Jungpferdes zu brechen. Das Pferd sollte, obschon es in Panik geraten war, auf Biegen und Brechen beschlagen werden. Der Beschwerdeführer wendete nicht Bandagen an, die zur Fixierung der Vorderläufe eines stehenden Pferdes bestimmt sind, sondern er fesselte die Hinterläufe des liegenden Pferdes mit Kuhfesseln und versuchte, das Pferd "aufzujagen", damit es anschliessend auf die andere Körperseite falle. Die Vorinstanz hat im Übrigen nicht die Fixierung per se als tierquälerisch eingestuft. Sie hat vielmehr den konkreten "gesamten Vorgang des Beschlagens", mithin die "Kumulierung der Grobheiten gegenüber dem Pferd" in der Absicht, die erstmalige Beschlagung des in Panik geratenen Tieres mit allen Mitteln ohne Beizug eines Tierarztes zu Ende zu bringen, als Tierquälerei betrachtet (angefochtenes Urteil S. 14). Sie hat entgegen einer nicht nachvollziehbaren Bemerkung in der Beschwerde (S. 10) den diesbezüglichen Vorsatz des Beschwerdeführers nicht verneint, sondern im Gegenteil ausdrücklich festgehalten, der Beschwerdeführer habe in Kauf genommen, dass durch sein Verhalten das Pferd misshandelt oder überanstrengt werde (angefochtenes Urteil S. 24).
Die Beschwerde ist daher auch in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer wegen Übertretung im Sinne von Art. 48 Abs. 1 lit. k des Bundesgesetzes über Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände (Lebensmittelgesetz LMG; SR 817.0) schuldig, weil er, entsprechend Ziff. 3 lit. d der Anklageschrift, die Gebrechen (Lahmheit) von zwei zur Schlachtung gebrachten Kälbern nicht deklariert, sondern stattdessen auf dem amtlichen Begleitdokument für Klauentiere die Rubrik "nicht krank" angekreuzt hatte (angefochtenes Urteil S. 24 ff.).
Der Beschwerdeführer behauptet, es möge sein, dass die beiden Kälber an Lahmheit litten. Er habe dies aber nicht bemerkt. Die Lahmheit sei offenbar erst gänzlich zum Vorschein gekommen, nachdem die beiden Kälber mehrere Stunden auf dem Schlachthof herumgestanden seien (Beschwerde S. 10 f.).
Die Vorinstanz hat diesen Einwand unter Hinweis auf den erstinstanzlichen Entscheid gestützt auf den Bericht eines Tierarztes verworfen (angefochtenes Urteil S. 24 ff.). Mit den diesbezüglichen Ausführungen setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander, weshalb auf seine Beschwerde in diesem Punkt nicht einzutreten ist.
5. 5.1 Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer in Bestätigung des erstinstanzlichen Entscheids wegen mehrerer Sachverhalte im Zusammenhang mit der Haltung von Kühen, Kälbern und insbesondere Pferden der Tierquälerei sowie der mehrfachen Übertretung des Tierschutzgesetzes schuldig, begangen unter anderem dadurch, dass er zwei Pferde in zu kleinen Boxen (Ziff. 4 lit. a und b der Anklageschrift), 13 nebeneinander stehende Pferde angebunden und ohne seitliche Abschrankungen zwischen den einzelnen Tieren (Ziff. 4 lit. c der Anklageschrift) sowie eine Kuh und ein Kalb in einem zu schwach beleuchteten Raum (Ziff. 4 lit. d der Anklageschrift) hielt (angefochtenes Urteil S. 28 ff.).
5.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe seine Vorbringen, wonach anlässlich der Kontrolle weder die Tiere noch die Boxen beziehungsweise Ställe richtig vermessen noch die Lux-Werte richtig gemessen worden seien, ausser Acht gelassen und ihn aufgrund bloss geschätzter Werte verurteilt (Beschwerde S. 11 f.). Kein Mensch könne nach blossem Empfinden zuverlässig die Lux-Werte eines Lichts feststellen, erst recht nicht, wenn er aus einem hellen Raum oder aus dem Freien in einen relativ dunklen Raum komme (Beschwerde S. 18).
Diese Rügen sind offensichtlich unbegründet. Die Grundflächen der beiden Boxen und die Widerristhöhen der beiden darin gehaltenen Pferde wurden exakt gemessen, und sie werden denn auch in der Anklageschrift (Ziff. 4 lit. a und b) aufgeführt. Auch die Steh- bzw. Liegebreite für die 13 Pferde wurde gemessen; sie betrug 17 Meter (s. Ziff. 4 lit. c der Anklageschrift). Dass insoweit von einer durchschnittlichen Widerristhöhe der 13 Pferde von 150 cm ausgegangen wurde, ist nicht zu beanstanden. Der Beschwerdeführer legt im Übrigen nicht dar, welche Konsequenzen in rechtlicher Hinsicht sich ergeben würden, wenn die Widerristhöhe jedes einzelnen Pferdes gemessen worden wäre. Der Schuldspruch wegen Tierquälerei im Anklagepunkt Ziff. 4 lit. c stützt sich zudem - was entgegen einem Einwand in der Beschwerde (S. 23) nicht zu beanstanden ist - auf die Gesamtheit der Umstände, wozu neben der zu geringen Liegefläche gehört, dass seitliche Abschrankungen von Pferd zu Pferd fehlten und die Tiere ausserdem noch angebunden waren (angefochtenes Urteil S. 33 f.). Die Feststellung der Vorinstanz, die Lichtstärke habe weniger als 15 Lux betragen, stützt sich auf den Bericht des Kantonstierarztes, wonach sich die Kuh und das Kalb "völlig im Dunkeln" befunden hätten und aus der Distanz "nur schwer ersichtlich (gewesen sei), dass es sich um eine Kuh und nicht um ein Pferd" gehandelt habe. Unter diesen Umständen durfte die Vorinstanz ohne Willkür davon ausgehen, dass die Lichtstärke weniger als 15 Lux betrug, weshalb eine Messung nicht notwendig war.
6. Anlässlich einer unangemeldeten Stallkontrolle vom 9. Juli 2007 auf dem Hof des Beschwerdeführers wurden weitere Unregelmässigkeiten unter anderem in Bezug auf die Haltung von Pferden festgestellt. Was der Beschwerdeführer gegen die diesbezüglichen Schuldsprüche (angefochtenes Urteil S. 35 ff.) in tatsächlicher Hinsicht unter anderem betreffend angeblich falsche Messungen vorbringt (Beschwerde S. 12 f.), erschöpft sich in appellatorischer Kritik an den Feststellungen der Vorinstanz, die zur Begründung einer Willkürrüge nicht genügt.
7. Die Vorinstanz verurteilte den Beschwerdeführer, entsprechend Ziff. 5 lit. e der Anklageschrift, wegen Widerhandlung gegen die Tierschutzgesetzgebung, weil er Rindern und Kälbern Gras-Silage verfüttert hatte, die einen stechenden Buttersäuregeruch und einen sehr hohen Rohaschegehalt aufwiesen (angefochtenes Urteil S. 37 f.). Der Beschwerdeführer behauptet wie bereits im kantonalen Verfahren ohne nähere Begründung, er habe die Gras-Silage den Tieren weder verfüttert noch verfüttern wollen, weshalb eine Verurteilung in diesem Punkt ausser Betracht falle (Beschwerde S. 13). Das ist appellatorische Kritik, die zur Begründung der Willkürrüge nicht genügt. Auf die Beschwerde ist daher auch in diesem Punkt nicht einzutreten.
8. 8.1 Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer, entsprechend Ziff. 5 lit. f der Anklageschrift, der Tierquälerei schuldig, weil er einer hochgradig abgemagerten Kuh mit Wundliegeerscheinungen an den Sitzbeinhöckern und Kniegelenken sowie überlangen Klauen nicht die notwendige Pflege hatte angedeihen lassen. Das Tier sei praktisch einen Monat lang tierärztlich nicht behandelt worden (angefochtenes Urteil S. 38 f.). Der Beschwerdeführer bringt gegen seine Verurteilung im Wesentlichen dieselben Einwände wie im Berufungsverfahren vor. Die Vorinstanz hat sich mit diesen Einwänden befasst und sie als unbegründet verworfen. Damit setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander, weshalb auf seine Beschwerde auch in diesem Punkt nicht einzutreten ist.
8.2 Entsprechendes gilt in Bezug auf die Einwände des Beschwerdeführers gegen die Verurteilung wegen Tierquälerei in Bezug auf eine Rotfleck-Kuh, welche ein hochgradiges und akutes Klauenleiden aufwies (Beschwerde S. 14). Die Vorinstanz hat diese vom Beschwerdeführer auch im Berufungsverfahren erhobenen Einwände als Schutzbehauptungen qualifiziert (angefochtenes Urteil S. 40). Damit setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander.
9. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer der mehrfachen Übertretung des Tierseuchengesetzes im Sinne von Art. 48 Abs. 1 TSG schuldig, weil er, entsprechend Ziff. 5 lit. f Abs. 2 und lit h. Abs. 2 der Anklageschrift, die erforderlichen Meldungen bei der Tierverkehrsdatenbank nicht vorgenommen hatte (angefochtenes Urteil S. 42 ff.). Der Beschwerdeführer anerkannte im Berufungsverfahren, dass er diesen Tatbestand in objektiver Hinsicht erfüllte. Er machte aber geltend, er habe nicht vorsätzlich gehandelt, da er wegen grosser Arbeitsüberlastung keine Zeit für den Eintrag gefunden habe. Dies ist nach der willkürfreien Auffassung der Vorinstanz nicht nachvollziehbar. Die weitere Behauptung des Beschwerdeführers, Verzögerungen der Meldungen um einige Tage würden vom Amt toleriert, ist nicht belegt.
10. Die Vorinstanz sprach den Beschwerdeführer, entsprechend Ziff. 5 lit. k der Anklageschrift, der Übertretung gegen das Tierschutzgesetz schuldig, weil er fünf Kühe der Jersey-Rasse an einer Futterkrippe angebunden hielt, wobei sich das Futter auf einer Höhe befand, die das vorgeschriebene Minimalmass unterschritt, und wobei es den Kühen infolge ihrer Anbindung nicht möglich war, den artgerechten Weideschritt für das Absenken des Kopfes bei der Futteraufnahme auszuüben (angefochtenes Urteil S. 44). Der Beschwerdeführer wiederholt in der Beschwerde seine bereits im Berufungsverfahren erhobenen Einwände, dass die Abstände falsch vermessen worden und die Jersey-Kühe ohnehin kleiner als durchschnittliche Kühe seien. Die Vorinstanz hat diese Einwände verworfen und unter Hinweis auf den Bericht des Amtstierarztes festgehalten, dass die bei der Kontrolle angetroffene Situation den Kühen den Zugang zum Futter erschwerte und dass bei Andauern eines solchen Zustandes mit Folgeschäden wie beispielsweise Schleimhautentzündungen am Bug- oder am Vorderfusswurzelgelenk zu rechnen sei. Damit setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander, weshalb auf seine Beschwerde auch in diesem Punkt nicht einzutreten ist.
11.
11.1 Die Vorinstanz vertritt in Bezug auf einzelne Anklagepunkte betreffend die Haltung von Pferden (Ziff. 4 lit. a und b sowie Ziff. 5 lit. a, c und d der Anklageschrift) die Auffassung, dass die festgestellten Flächen, welche den Pferden zur Verfügung standen, nach Massgabe des anwendbaren Rechts zu klein waren (angefochtenes Urteil S. 31, 35 ff.).
Der Beschwerdeführer wendet ein, die Flächen seien gemäss der im Tierschutz-Kontrollhandbuch enthaltenen Übergangsbestimmung nicht zu klein gewesen. Diese Übergangsbestimmung sei entgegen der Auffassung der Vorinstanz als milderes Recht anwendbar (Beschwerde S. 21 f. Ziff. 3.2, S. 24 Ziff. 2.4).
11.2 Die Vorinstanz erwägt in Bezug auf die Anklageziffern 4 lit. a und b, gemäss der im Zeitpunkt der inkriminierten Handlungen massgebenden Richtlinie 800.106.06 (3) des Bundesamtes für Veterinärwesen für die Haltung von Pferden, Ponys, Eseln, Maultieren und Mauleseln vom 23. April 2001 habe die Grundfläche einer Boxe mindestens die doppelte Widerristhöhe im Quadrat betragen müssen (angefochtenes Urteil S. 31). Zwar enthalte diese Richtlinie keine rechtlich verbindlichen Vorschriften. Sie konkretisiere aber, welche Tierhaltung artgerecht sei und welche nicht. Insofern könne die Richtlinie ohne weiteres zur Beantwortung der Frage, ob ein Tierhalter gegen das Tierschutzgesetz verstossen habe, herangezogen werden (angefochtenes Urteil S. 30). Gemäss den weiteren Erwägungen der Vorinstanz bestimmt sich auch nach dem seit November 2008 geltenden Tierschutz-Kontrollhandbuch die Mindestfläche von Boxen grundsätzlich nach der Formel "doppelte Widerristhöhe im Quadrat". Das Tierschutz-Kontrollhandbuch enthalte allerdings eine Übergangsbestimmung, wonach für die am 1. September 2008 bereits bestehenden Ställe die Boxenfläche lediglich 75% der für neu eingerichtete Ställe vorgegebenen Boxenfläche betragen müsse. Nach der Auffassung der Vorinstanz ist diese Übergangsbestimmung aber vorliegend nicht als milderes Recht anwendbar. Der Grundsatz der Anwendung des milderen Rechts gemäss Art. 2 Abs. 2 StGB komme nur zum Zuge, wenn mit dem neuen Recht eine andere Bewertung des geregelten Verhaltens getroffen werden sollte, was mit Bezug auf die Boxenhaltung von Pferden mit Sicherheit nicht zutreffe (angefochtenes Urteil S. 31).
11.3 Vorliegend geht es indessen nicht um die Frage der Anwendung von milderem Recht. Denn das alte Recht sah keine rechtlich verbindlichen Vorschriften betreffend die Mindestfläche von Pferdeboxen vor. Die Richtlinie 800.106.06 (3) des Bundesamtes für Veterinärwesen enthielt, wie auch die Vorinstanz erwägt, keine rechtlich verbindlichen Vorschriften. Die von der Vorinstanz genannte Übergangsbestimmung bringt zum Ausdruck, welche Mindestflächen für die am 1. September 2008 bereits bestehenden Ställe übergangsrechtlich noch als artgerecht akzeptiert wurden. Für die beiden Pferde mit einer Widerristhöhe von 160 cm respektive 155 cm waren daher die festgestellten Grundflächen von 8,25 m2 beziehungsweise 8,66 m2 ausreichend.
Ergänzend ist im Übrigen auf Folgendes hinzuweisen. Der durch Verordnung vom 14. Januar 2009, in Kraft seit 1. März 2009, bereinigte Anhang 1 betreffend "Mindestanforderungen für das Halten von Haustieren" sieht in Tabelle 7 betreffend Pferde für Einzelboxen oder Einraumgruppenboxen bei Pferden mit einer Widerristhöhe von 148-162 cm eine (Mindest-)Fläche von 9 m2 respektive einen Toleranzwert von 8 m2 vor. Am 1. September 2008 bestehende Stallungen, welche die Toleranzwerte erfüllen, müssen nicht angepasst werden.
11.4 Entsprechend kann gemäss einem insoweit zutreffenden Einwand in der Beschwerde (S. 24 Ziff. 2.4) den Erwägungen im angefochtenen Urteil (S. 36) auch insoweit nicht gefolgt werden, als die Vorinstanz den Schuldspruch im Anklagepunkt gemäss Ziff. 5 der Anklageschrift damit begründet, dass die Grundflächen, welche den Pferden zur Verfügung standen, nicht den Anforderungen gemäss der Richtlinie 800.106.06 (3) des Bundesamtes für Veterinärwesen vom 23. April 2001 entsprachen und aus diesem Grunde zu klein waren.
11.5 Dies führt indessen nicht zur Gutheissung der Beschwerde in den vorgenannten Punkten. Das Dahinfallen der diesbezüglichen Verurteilungen hat in Anbetracht der Vielzahl der Straftaten, derentwegen der Beschwerdeführer zu verurteilen ist, weder auf den Schuldspruch der mehrfachen Tierquälerei und der mehrfachen Übertretung des Tierschutzgesetzes noch auf das Strafmass einen Einfluss (siehe dazu Urteil 6B_384/2008 vom 11. September 2008 E. 3).
Die Beschwerde ist daher insoweit im Sinne der Erwägungen abzuweisen.
12. Die Vorinstanz hat die erstinstanzlich ausgefällte Strafe bestätigt, obschon sie den Beschwerdeführer abweichend von der ersten Instanz in einigen Punkten freigesprochen hat. Zur Begründung führt sie aus, dass sich eine Reduktion der Strafe zufolge der Freisprüche überhaupt nicht rechtfertige. Aufgrund der Täterkomponenten und insbesondere der erschreckenden Uneinsichtigkeit des Beschwerdeführers hätte sich ohne weiteres auch eine deutlich höhere Strafe rechtfertigen lassen, doch könne die von der ersten Instanz ausgefällte Strafe mangels Berufung beziehungsweise Anschlussberufung der Staatsanwaltschaft nicht erhöht werden (angefochtenes Urteil S. 45).
Der Beschwerdeführer meint, er sei damit zu einer schärferen Strafe verurteilt worden, obschon gar kein Antrag der Staatsanwaltschaft vorgelegen habe. Dadurch sei die Vorinstanz in Missachtung von § 214 StPO/TG über die Anträge hinausgegangen, an welche sie gebunden sei (Beschwerde S. 24 f.).
Die Staatsanwaltschaft beantragte im Berufungsverfahren die Abweisung der Berufung (angefochtenes Urteil S. 6). Sie beantragte damit auch, dass die ausgesprochene Strafe - in jedem Fall - zu bestätigen sei. Die Bestätigung der erstinstanzlichen Strafe trotz Freispruchs in einigen wenigen Punkten verstösst entgegen den Andeutungen des Beschwerdeführers auch nicht gegen das Verbot der "reformatio in peius".
13. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Der Beschwerdegegnerin 1 ist keine Entschädigung zuzusprechen, da ihr im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau, dem Obergericht des Kantons Thurgau sowie der Geschädigten A._ schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Februar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Näf