Sachverhalt:
A. Mit Publikation im Kantonsamtsblatt vom 19. November 2009 eröffnete die Meliorationskommission Y._ im offenen Verfahren den freien Wettbewerb über die Baumeisterarbeiten A._. Gemäss dem an die Interessierten abgegebenen Offertdevis waren die Arbeiten in zwei Lose aufgeteilt. Innert Frist gingen acht Offerten ein, worunter sich jene der X._ AG bei einem Preis für beide Lose von Fr. 1'062'298.05 (Los 1: Fr. 906'152.75, Los 2: Fr. 156'145.30) als die günstigste erwies. Da die betreffende Offerte in einigen Positionen auffallend tiefe Preise enthielt, ersuchte der mit der Planung beauftragte Ingenieur diese um Auskunft, worauf die X._ AG die betreffenden Kalkulationsgrundlagen einreichte.
Am 16. März 2010 entschied die Meliorationskommission Y._, die Offerte der X._ AG (hinsichtlich beider Lose) aus dem Wettbewerb auszuschliessen, da zwei Positionen (Zyklopenmauer bzw. Kofferung) unmögliche Leistungsvorgaben zugrunde gelegt worden seien, wogegen in den überdurchschnittlich hohen Baustelleninstallationspauschalen vermutungsweise auch Lohnbestandteile und Fremdleistungen enthalten gewesen seien. Damit sei das Angebot in mehreren Hauptpositionen mit den übrigen Offerten nicht vergleichbar, was zum Ausschluss führen müsse. In der Folge wurde der Zuschlag für beide Lose an die Firma Z._ AG zum Betrag von Fr. 1'171'600.25 (Los 1: Fr. 1'003'149.70, Los 2: Fr. 192'360.75, abzügl. des von dieser Offerentin gewährten 2 % Zusatzrabatts bei Vergabe beider Lose) erteilt.
B. Dagegen liess die X._ AG beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden Beschwerde erheben im Wesentlichen mit den Anträgen um Aufhebung des Ausschlusses des Angebotes und Aufnahme desselben in das weitere Vergabeverfahren sowie um Aufhebung des Zuschlagsentscheids und Vergabe des Auftrages für beide Lose an die Beschwerdeführerin.
Mit Urteil vom 25. Mai 2010 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 1. Kammer, die Beschwerde ab.
C. Mit Eingabe vom 7. Juli 2010 erhebt die X._ AG beim Bundesgericht subsidiäre Verfassungsbeschwerde, mit welcher die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts Graubünden vom 25. Mai 2010 beantragt wird.
Die Meliorationskommission Y._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde, die Z._ AG (Beschwerdegegnerin) und das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden auf Abweisung, soweit darauf einzutreten sei.
D. Dem von der Beschwerdeführerin gestellten Gesuch um aufschiebende Wirkung wurde mit Verfügung des Präsidenten der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung vom 10. September 2010 entsprochen.

Erwägungen:
1. 1.1 Das ordentliche Rechtsmittel der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gegen Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Beschaffungen nur zulässig, wenn die in Art. 83 lit. f Ziff. 1 und 2 BGG genannten beiden Bedingungen (Erreichen des Schwellenwerts sowie Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung) kumulativ erfüllt sind (<ref-ruling> E. 2.1 S. 398; <ref-ruling> E. 1.2 S. 194 f.), was vorliegend unstreitig nicht der Fall ist. Zulässig bleibt damit, da es sich um den Entscheid einer kantonalen Instanz handelt, einzig die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gemäss <ref-law>. Die Beschwerdeführerin, welche am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen und als unterlegene Bewerberin mit der günstigsten Offerte im Falle einer Gutheissung ihres Rechtsmittels eine reelle Chance auf den Zuschlag hat, ist durch den angefochtenen Entscheid in rechtlich geschützten Interessen betroffen und insofern im Sinne von <ref-law> zur Verfassungsbeschwerde legitimiert (vgl. Urteil 2D_50/ 2009 vom 25. Februar 2010 E. 1.2 mit weiteren Hinweisen).
1.2 Mit der subsidiären Verfassungsbeschwerde kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Dabei gilt das sog. Rügeprinzip (Art. 117 in Verbindung mit <ref-law>): Der Beschwerdeführer muss in seiner Eingabe dartun, welche verfassungsmässigen Rechte inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399). Wird ein Verstoss gegen das Willkürverbot geltend gemacht, muss der Beschwerdeführer dartun, dass und inwieweit der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 3.2 S. 400 mit Hinweis).
1.3 Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden liess dem Bundesgericht die Vorakten (Rechtsschriften mitsamt Beilagen, Korrespondenz und prozessleitende Verfügungen sowie die Offerten aller Anbieter) zukommen, womit dem entsprechenden Editionsbegehren der Beschwerdeführerin Genüge getan ist.
2. 2.1 Gemäss Art. 22 lit. c des bündnerischen Submissionsgesetzes vom 10. Februar 2004 (SubG/GR; BR 803.300) wird ein Anbieter u.a. dann vom Verfahren ausgeschlossen, wenn er ein Angebot einreicht, das unvollständig ist oder den Anforderungen der Ausschreibung nicht entspricht.
Das Bundesgericht prüft die Anwendung des kantonalen Submissionsrechts durch die kantonale Rechtsmittelinstanz nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür; dasselbe gilt für die Interpretation der Ausschreibungsunterlagen, die von der zuständigen Behörde vorgenommene Beurteilung der offerierten Leistungen auf der Grundlage der Vergabekriterien und für die Feststellung des Sachverhalts im Allgemeinen (vgl. Urteil 2D_87/2008 vom 10. November 2008 E. 2; <ref-ruling> E. 6 S. 98 f. mit Hinweisen).
2.2 Im angefochtenen Entscheid schützte das Verwaltungsgericht den Ausschluss der Beschwerdeführerin aus dem Vergabeverfahren in Anwendung von Art. 22 lit. c SubG/GR, welchen die Meliorationskommission Y._ damit begründet hatte, dass das betreffende Angebot in mehreren Hauptpositionen nicht mit den übrigen Offerten vergleichbar gewesen sei. So seien einerseits in den Hauptpositionen "Oberbau (1)" und "Kunstbauten" unerklärlich tiefe Beträge eingesetzt worden. Im Einzelnen seien den Positionen 224.601.203 (Zyklopenmauer) und 224.421.101/2 (Kofferung) unmögliche Leistungsvorgaben zu Grunde gelegt worden. Bei der erstgenannten Position hätte nach Angaben der Offerentin - bei einem Beton-Bedarf von erfahrungsgemäss rund 0.4 m3 pro m2 Zyklopenmauer - eine Leistung von rund 40 m2 pro Stunde erbracht werden müssen, was unrealistisch sei. Bei der zweiten Position werde davon ausgegangen, dass pro Stunde 100 m3 Kofferung eingebracht würden, was erfahrungsgemäss im Güterwegebau nicht möglich sei. Andererseits erscheine demgegenüber die Hauptposition "Baustelleninstallation" - im Vergleich zu den Konkurrenzofferten - unverhältnismässig hoch. Die Berechnungen liessen den Schluss zu, dass in der Baustelleninstallations-Pauschale auch Lohnbestandteile und Fremdleistungen enthalten sein müssten, was zur fehlenden Vergleichbarkeit mit den übrigen Offerten führe.
2.3 Es entspricht dem Zweck und Charakter des Submissionsverfahrens, dass sowohl seitens der Offerenten wie auch seitens der Vergabeinstanz bestimmte Formvorschriften eingehalten werden müssen, deren Missachtung zum Ausschluss der betreffenden Offerte führen oder die Ungültigkeit des Vergabeverfahrens nach sich ziehen kann. Nicht jede Unregelmässigkeit vermag aber eine solche Sanktion zu rechtfertigen. Aus Gründen der Verhältnismässigkeit darf (und soll) vom Ausschluss einer Offerte oder von der Ungültigerklärung des Verfahrens abgesehen werden, wenn der festgestellte Mangel relativ geringfügig ist und der Zweck, den die in Frage stehende Formvorschrift verfolgt, dadurch nicht ernstlich beeinträchtigt wird (vgl. Urteile 2D_50/2009 vom 25. Februar 2010 E. 2.4; 2P.176/2005 vom 13. Dezember 2005 E. 2.4; 2P.339/2001 vom 12. April 2002; 2P.4/2000 vom 26. Juni 2000, in: ZBl 102/2001 S. 215 ff., E. 3).
2.4 Nach den tatsächlichen Feststellungen des Verwaltungsgerichts belief sich die Installationspauschale für beide Lose bei den übrigen Anbietern auf durchschnittlich Fr. 44'881.60, wogegen sie bei der Beschwerdeführerin Fr. 327'670.--, d.h. rund das Achtfache des Durchschnittswertes, betrug. Umgekehrt offerierte die Beschwerdeführerin bei der Position "Oberbau (1)" zu Fr. 41'096.-- gegenüber einem Durchschnittswert der Gebote der Mitbewerber von Fr. 128'666.60 bzw. bei der Position "Kunstbauten" zu Fr. 152'181.60 gegenüber durchschnittlich Fr. 465'080.30, d.h. mithin zu knapp einem Drittel des Durchschnittswertes dieser Positionen. Die blosse Tatsache eines ungewöhnlich tiefen, gegebenenfalls sogar nicht kostendeckenden Offertpreises vermag für sich allein den Ausschluss eines Angebots im Allgemeinen noch nicht zu rechtfertigen. Ein Ausschluss aus diesem Grund fällt vielmehr erst dann in Betracht, wenn - gegebenenfalls auch nach Einholen zusätzlicher Erkundigungen - Anlass besteht, an der Fähigkeit des Anbieters zur Erfüllung des ausgeschriebenen Auftrags zu den angebotenen Konditionen und damit im Ergebnis an der Seriosität des Angebots zu zweifeln (vgl. etwa Urteil 2P.70/2006 vom 23. Februar 2007 E. 4.3; vgl. auch GALLI/MOSER/LANG/CLERC, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, 2. Aufl., Bd. 1, Zürich 2007, S. 317 ff.). Davon könnte vorliegend beim Angebot der Beschwerdeführerin aber nicht ohne weiteres ausgegangen werden, zumal ihr Angebot bei Betrachtung der Gesamt-Offertsumme (Los 1 und 2) preislich im Streubereich der übrigen Eingaben liegt und die Konkurrenten nicht signifikant unterbietet. Auch vermöchten die Abweichungen in den einzelnen Positionen der Offerte bzw. eine allfällige Querfinanzierung der spezifischen Hauptpositionen "Oberbau (1)" und "Kunstbauten" durch eine überhöhte Installationspauschale die Realisierbarkeit des Projekts zum angebotenen Gesamtpreis nicht zum Vornherein in Frage zu stellen. Der Ausschluss der Beschwerdeführerin wird jedoch von der Vorinstanz nicht allein mit Preisdifferenzen, sondern in erster Linie damit begründet, dass es der Vergabeinstanz angesichts der eklatanten Unterschiede in den drei genannten Hauptpositionen nicht möglich gewesen sei, sich einen aussagekräftigen und umfassenden Überblick über das Preis-Leistungs-Verhältnis des Angebots zu verschaffen und dieses nicht mit den übrigen Angeboten verglichen werden konnte, da es an der gebotenen Transparenz und Kostenwahrheit fehle. Diese Überlegungen halten vor dem Willkürverbot stand: Von einem Anbieter im öffentlichen Vergabeverfahren darf und muss verlangt werden, dass sein Angebot vollständig ist, wozu nebst der Einreichung der erforderlichen Unterlagen und Beilagen auch gehört, dass Offertformulare in allen entscheidwesentlichen Einzelpositionen komplett ausgefüllt werden. Fehlen Angaben, die sich direkt auf die Beurteilung des Preis-Leistungs-Verhältnisses auswirken, sind die betreffenden Angebote grundsätzlich auszuschliessen. Wenn die Mängel der Offerte wesentliche Punkte betrifft (und nicht bloss technische Einzelheiten), ist eine nachträgliche Vervollständigung im Rahmen der Offertbereinigung in aller Regel ausgeschlossen. Im Interesse der Vergleichbarkeit der Angebote und in Nachachtung des Gleichbehandlungsgebots darf diesbezüglich eine strenge Haltung eingenommen werden (vgl. zum Ganzen: HERBERT LANG, Offertenbehandlung und Zuschlag im öffentlichen Beschaffungswesen, in: ZBl 101/2000 S. 235; GALLI/MOSER/LANG/CLERC, a.a.O., S. 119 ff.; DANIELA LUTZ, Die fachgerechte Auswertung von Offerten, in: Zufferey/Stöckli [Hrsg.], Aktuelles Vergaberecht 2008, S. 224 ff.; OLIVIER RODONDI, La gestion de la procédure de soumission, a.a.O., S. 185 ff.). Nicht grundsätzlich anders verhält es sich, wenn ein Angebot zwar formell vollständig ist, jedoch erhebliche inhaltliche Mängel aufweist, indem beispielsweise einzelnen Positionen Leistungsparameter zugrunde gelegt werden, welche offensichtlich nicht realistisch sind. Auch ein solchermassen begründete kantonale Ausschlusspraxis erscheint jedenfalls nicht schlechterdings unhaltbar.
2.5 Die Beschwerdeführerin bringt unter Berufung auf Art. 29 (Abs. 2) BV vor, es fehle an einer rechtsgenüglichen Abklärung des entscheidrelevanten Sachverhalts, und es liege eine willkürliche Beweiswürdigung vor. So hätten es sowohl die Vergabebehörde als auch die Vorinstanz versäumt, durch das Einholen von Erläuterungen (wie dies bei anderen Position getan worden sei) abzuklären, inwieweit in der als zu hoch erachteten Installationspauschale tatsächlich - wie vermutet - artfremde Leistungen einkalkuliert wurden. Allein gestützt auf Preisvergleiche entsprechendes zu vermuten, stelle eine willkürliche Annahme dar. Indem das Verwaltungsgericht den diesbezüglichen Sachverhalt trotz entsprechender Vorbringen der Beschwerdeführerin weder von der Vorinstanz habe überprüfen lassen noch selbst die notwendigen Abklärungen vorgenommen habe und den Verzicht darauf auch nicht begründet habe, habe sie den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
Die Beschwerdeführerin verkennt mit dieser Argumentation, dass ihr Ausschluss vom Vergabeverfahren nicht allein deswegen erfolgte, weil in der Installationspauschale artfremde Leistungen vermutet wurden, was - wäre dies der ausschlaggebende Punkt - richtigerweise mit zusätzlichen Abklärungen in tatsächlicher Hinsicht hätte untermauert werden müssen. Vielmehr beruhte der Entscheid in erster Linie auf dem Ergebnis der nach Offertöffnung effektiv durchgeführten Preisanalysen bezüglich der Positionen "Oberbau (1)" und "Kunstbauten", für welche die Beschwerdeführerin denn auch unstreitig um Erläuterung ersucht worden ist und sich entsprechend ins Verfahren einbringen konnte. Dass die Einschätzung, wonach die von der Beschwerdeführerin ihrer Offerte in den genannten Positionen zugrunde gelegten Leistungsvorgaben (Zyklopenmauer: Leistung von rund 40 m2 pro Stunde; Kofferung: Einbringung von 100 m3 pro Stunde) unrealistisch seien, wird in der Beschwerde nicht substantiiert bestritten. Ebenso wenig geht die Beschwerdeführerin auf die Argumentation im angefochtenen Urteil ein, wonach die äusserst tief offerierten Einzelpreise für die Auftraggeberin unerwünschte Folgen zeitigen könnten, indem sie im Vergleich zu den Mitofferenten im Fall des Verbauens geringerer Mengen von weit kleineren Preisreduktionen profitieren würde. Wenn aber die Vergabeinstanz und mit ihr das Verwaltungsgericht angesichts der bereits in zwei spezifischen, leistungsrelevanten Hauptpositionen zutage getretenen erheblichen Unstimmigkeiten darauf verzichtete, auch der Tatsache einer im Vergleich zu den Konkurrenzofferten signifikant höheren Installationspauschale durch zusätzliche Beweisvorkehren auf den Grund zu gehen und sich stattdessen mit - unter den gegebenen Umständen naheliegenden - Vermutungen zu begnügen, erscheint dieses Vorgehen weder als im Widerspruch zu den als verletzt angerufenen Verfahrensgarantien zu stehen noch geradezu willkürlich zu sein.
2.6 Die Beschwerdeführerin bringt sodann vor, bei der Installationspauschale im Los 2 (mit Fr. 35'020.--) ein weniger teueres Angebot gemacht zu haben als die berücksichtigte Unternehmung (mit Fr. 40'488.20). Es stelle eine im Sinne von <ref-law> rechtsungleiche und den aus <ref-law> abgeleiteten Grundsatz der Gleichbehandlung der Konkurrenten verletzende Vorgehensweise dar, wenn sie wegen in der Pauschale vermuteten artfremden Leistungen aus dem Verfahren ausgeschlossen werde, während bei der berücksichtigten Konkurrentin mit höherer Pauschale diese Vermutung nicht angestellt werde. Im Übrigen sei es willkürlich und sachlich nicht begründbar, in zwei getrennten Vergabeverfahren in die Angebotsvergleiche der Installationspauschalen die Gesamtbeträge einzubeziehen. Vielmehr müsse jedes Vergabeverfahren für sich allein betrachtet werden; dies gebiete auch der Grundsatz der Transparenz.
Wie bereits erwähnt, erfolgte der Ausschluss der Beschwerdeführerin nicht allein und nicht vornehmlich infolge der Höhe der Installationspauschale. Die in ihrem Falle angestellte Vermutung, wonach darin artfremde Leistungen enthalten sein müssten, beruht vielmehr auf einer Würdigung des Gesamtbildes der Offerte, namentlich dem Umstand, dass in den anderen Hauptpositionen "Oberbau (1)" und "Kunstbauten" unrealistisch tiefe Ansätze veranschlagt wurden, welche es allenfalls durch eine überhöhte Pauschale zu kompensieren gegolten haben könnte. Bereits in dieser Hinsicht liegt ein erheblicher sachlicher Unterschied gegenüber der berücksichtigten Konkurrentin (wie auch allen übrigen Submittenten), welche in ihrer Offerte in diesen Positionen in beiden Losen unstreitig erheblich, z.T. gar um ein Mehrfaches höhere Preise veranschlagt hat. Hinzu kommt, dass die Zuschlagsempfängerin nur im Los 2 eine vergleichbar hohe Baustellenpauschale auswies, nicht dagegen im umfangmässig deutlich gewichtigeren (Haupt-)Los 1, wo sie mit Fr. 110'592.50 im Vergleich zur Beschwerdeführerin mit Fr. 292'650.-- in dieser Position zu einem deutlich geringeren Wert offerierte. Von einer sachlich nicht gerechtfertigten rechtsungleichen Behandlung oder einem Verstoss gegen den Grundsatz der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen kann somit nicht gesprochen werden.
Die Auftraggeberin hat die ausgeschriebenen Baumeisterarbeiten in den Ausschreibungsunterlagen in zwei - vergleichbare Arbeiten an unterschiedlichen Wegabschnitten betreffende - Lose unterteilt und sich darin vorbehalten, die Arbeiten losweise zu vergeben ("Eine losweise Vergebung ist möglich."). Inwieweit sie in einer Konstellation, wo sich sämtliche Offerenten um den Erhalt des Gesamtauftrages bemühten, vergaberechtlich verpflichtet war, die Offerten für jedes Los - wie dies die Beschwerdeführerin verlangt - getrennt zu behandeln und differenziert zu vergeben, kann dahingestellt bleiben. Der Ausschluss der Beschwerdeführerin hätte bezüglich Los 2 auch dann vor dem Willkürverbot standgehalten, wenn dieser allein mit den erwähnten Unstimmigkeiten bezüglich der Hauptpositionen "Oberbau (1)" und "Kunstbauten" begründet worden wäre. Dass die erwähnten Mängel auch bei Offerten anderer Anbieter aufgetreten wären, wird von der Beschwerdeführerin nicht behauptet und ist auch nicht ersichtlich. Ist ihr Ausschluss hinsichtlich beider Lose somit verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, fehlt ihr ein rechtlich geschütztes Interesse an der Beantwortung der vergaberechtlichen Frage nach der Erforderlichkeit einer getrennten, losweisen Beurteilung der Offerten.
3. Nach dem Gesagten ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde als unbegründet abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Entsprechend dem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Zudem hat sie die anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin Z._ AG für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Februar 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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