Fatti:
A. A.a Il 27 aprile 2005 la Commissione federale delle banche ha dichiarato il fallimento della A._ SA, designando quale liquidatrice la C._ SA. Il 16 gennaio 2006 B._, amministratore unico della A._ Holding - detentrice di tutte le azioni della società fallita e suo organo - ha trasmesso alla liquidatrice una lista di oggetti d'arte e di arredamento di cui rivendicava la proprietà e che erano stati rinvenuti presso gli uffici della fallita. La liquidatrice ha accolto una parte delle rivendicazioni, mentre per quelle respinte ha assegnato al rivendicante un termine per promuovere l'azione civile.
A.b Il Pretore del distretto di Lugano ha integralmente accolto l'azione di rivendicazione incoata da B._ nei confronti della A._ SA in liquidazione con sentenza 12 dicembre 2008, perché ha ritenuto che l'attore abbia provato che gli oggetti contesi erano di sua proprietà.
B. Con sentenza 18 agosto 2009 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto un rimedio inoltrato dalla A._ SA in liquidazione, rappresentata dall'Autorità federale di vigilanza sui mercati finanziari (Finma). Dopo aver accertato la legittimazione di quest'ultima a rappresentare la convenuta, la Corte cantonale ha ritenuto che questa non ha nemmeno tentato di spiegare per quali motivi sarebbe errata l'argomentazione pretorile, secondo cui la presunzione della proprietà legata al possesso (<ref-law>) non è in concreto applicabile. I Giudici cantonali hanno aggiunto che comunque l'assunto del Pretore è corretto, atteso che l'acquisizione del possesso e la presunzione della proprietà da parte della convenuta appaiono nella fattispecie incerte e dubbie. Essi hanno poi esaminato le argomentazioni ricorsuali concernenti le prove agli atti e hanno innanzi tutto ritenuto che il procedimento penale per falso in bilancio e omissione della contabilità avviato nei confronti dell'attore non permette di far cadere la presunzione di fedefacenza dei libri contabili della società, che non menzionavano gli oggetti contesi. Hanno in seguito considerato irrilevanti i dubbi sollevati dall'appellante con riferimento all'attendibilità della testimonianza di D._. Non hanno nemmeno giudicato determinante l'argomentazione ricorsuale secondo cui l'importo di fr. 120'000.--, indicato dall'attore nelle sue dichiarazioni fiscali per gli oggetti d'arte e di valore, sarebbe addirittura inferiore al valore delle opere d'arte che la liquidatrice aveva già riconosciuto di proprietà del rivendicante. Hanno pure ritenuto infondate le critiche concernenti la valutazione dei verbali di aggiudicazione prodotti dall'attore o delle liste di cui alle lettere 10 maggio rispettivamente 12 aprile 1983 della E._ SA che, secondo la Corte di appello e contrariamente all'opinione della convenuta, avrebbero unicamente valenza di mera attestazione di consegna. L'ultima istanza cantonale ha terminato la sua sentenza, indicando che la censura secondo cui il Pretore avrebbe esaminato le prove agli atti limitandosi ad una valutazione di mera verosimiglianza è priva di riscontro oggettivo.
C. La A._ SA in liquidazione chiede - con ricorso in materia civile del 21 settembre 2009 - al Tribunale federale di annulla-re la sentenza di appello e di riformarla nel senso che è riconosciuta la sua proprietà sulle opere rivendicate. La ricorrente si prevale di una violazione dell'<ref-law> e afferma che la presunzione della proprietà legata al possesso è data nella fattispecie. Nel resto del suo rimedio lamenta poi una serie di violazioni dell'<ref-law>. Ritiene che tale norma sia stata violata perché i verbali di aggiudicazione - che conterrebbero per altro diverse incongruenze con riferimento all'aggiudicatario - non concernono nemmeno la metà delle opere rivendicate. Assevera di aver spiegato dettagliatamente in sede di appello i motivi per cui i bilanci della A._ SA non dispongono della presunzione di veridicità e sostiene che l'autorità cantonale avrebbe - in violazione dell'<ref-law> - invertito l'onere della prova. Sempre secondo la ricorrente la Corte cantonale avrebbe violato l'<ref-law> sia con riferimento alle "lettere della E._ SA", perché esse proverebbero che questa avrebbe restituito le opere contese non all'opponente ma alla A._ SA, sia per quanto attiene alla testimonianza e all'email di D._, atteso che quest'ultimo non sarebbe stato correttamente in-formato sulla proprietà degli oggetti rivendicati, e sia riguardo agli incarti fiscali dell'opponente, poiché quest'ultimo si sarebbe limitato a dichiarare al fisco le opere d'arte che gli sono già state restituite. Ritiene infine che l'<ref-law> sarebbe pure stato violato perché l'opponente non ha apportato la prova (piena) della sua proprietà sugli oggetti rivendicati.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.

Diritto:
1. La sentenza impugnata è una decisione finale (<ref-law>) che è stata emanata dall'ultima istanza cantonale (<ref-law>) in una causa civile (<ref-law>) con un valore di lite manifestamente superiore al limite di fr. 30'000 previsto dall'<ref-law>. Il tempestivo (<ref-law>) ricorso inoltrato dalla parte soccombente (<ref-law>) è quindi in linea di principio ammissibile.
2. Giusta l'<ref-law> il possessore di una cosa ne è presunto proprietario. La presunzione della proprietà legata al possesso non è però assoluta. Essa cessa quando è sospetta o equivoca. È segnatamente equivoca quando l'acquisto del possesso o il potere sulla cosa sono suscettibili di più spiegazioni; ciò è per altro il caso quando il nuovo possessore ha detenuto l'oggetto contemporaneamente al precedente possessore (sentenza 5A_279/2008 del 16 settembre 2008 consid. 6.2, in SJ 2009 I pag. 325; PAUL-HENRI STEINAUER, Les droits réels, vol. I, 4a ed., 2007, n. 394).
2.1 La Corte cantonale ha ritenuto che in concreto era pacifico che le opere rivendicate si trovavano negli uffici della fallita, ma che l'acquisizione del possesso e la presunzione di proprietà dovevano essere considerate dubbie e incerte per il fatto che incontestatamente i beni - perlomeno una parte di essi - erano stati portati ed esposti dal rivendicante negli uffici della E._ SA tra il 1970 e il 1980/81, trasferiti nella nuova sede di tale società e poi nei locali della fallita dove il qui opponente lavorava quale amministratore unico.
2.2 La ricorrente afferma di aver indicato nel proprio appello che la presunzione non viene a cadere quando la proprietà è equivoca, ma unicamente quando il possesso è equivoco. Atteso che essa era inequivocabilmente la posseditrice dei beni rivendicati, la presunzione sarebbe in concreto data.
2.3 Ora, contrariamente a quanto sostiene la ricorrente, per la presunzione in discussione non è sufficiente avere il possesso degli oggetti contesi, ma questo non deve essere equivoco, perché suscettivo di più spiegazioni. Nella fattispecie - come già indicato - anche la Corte cantonale ha ritenuto pacifico il possesso delle opere d'arte da parte della società fallita. I giudici cantonali hanno però considerato che tale possesso è equivoco, per i motivi indicati al precedente consid. 2.1. La ricorrente non spiega perché tale argomentazione violerebbe il diritto federale. La questione non merita tuttavia in concreto maggiore disamina, atteso che la Corte di appello ha fatto propria la sentenza con cui il Pretore ha ritenuto che l'opponente ha provato che gli oggetti rivendicati sono di sua proprietà. Infatti quando un fatto è accertato in base all'apprezzamento delle prove agli atti, un eventuale mancato riconoscimento di una presunzione legale non ha alcuna influenza sull'esito del litigio (cfr. sentenza 5A_584/2007 del 13 febbraio 2008 consid. 3, in Die Praxis 2008 n. 94 pag. 601).
3. Nel resto del gravame la ricorrente si limita in sostanza a lamentarsi di una violazione dell'<ref-law>, e segnatamente di un'inversione dell'onere della prova. Sennonché, come appena osservato, nella sentenza impugnata l'ultima istanza cantonale ha confermato il giudizio di primo grado in cui è stato ritenuto che l'opponente ha saputo provare la sua proprietà sugli oggetti rivendicati. Quando in base all'apprezzamento delle prove il giudice ritiene provato un fatto, la questione dell'onere della prova diviene senza oggetto (<ref-ruling> consid. 3.4). Anche quando la ricorrente sottintende che in concreto non sarebbe stato applicato il giusto grado di prova, perché l'opponente non avrebbe portato la prova piena della sua proprietà sugli oggetti contesi, essa critica in realtà la valutazione delle prove, che non è disciplinata dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5.4 pag. 601).
4. L'apprezzamento delle prove effettuato in sede cantonale può essere censurato per violazione del divieto dell'arbitrio. Infatti, giusta l'<ref-law>, il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti unicamente se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> oppure in maniera manifestamente inesatta; quest'ultima definizione corrisponde a quella di arbitrio (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252) e configura a sua volta una violazione del diritto (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 39). Poiché il divieto d'arbitrio (<ref-law>) rientra fra i diritti fondamentali, la censura relativa ad una sua violazione va espressamente sollevata e motivata in termini qualificati (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2, con rinvii; <ref-ruling> consid. 2.2). Il ricorrente che lamenta una violazione del divieto d'arbitrio non può limitarsi a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 589; <ref-ruling> consid. 1.3 pag. 262), bensì deve dimostrare, attraverso un'argomentazione precisa, che la decisione impugnata sia insostenibile (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 2 pag. 639; <ref-ruling> consid. 1.4). Non basta segnatamente che il ricorrente affermi l'arbitrarietà della decisione impugnata adducendo considerazioni generiche (<ref-ruling> consid. 2 pag. 591 seg.; <ref-ruling> consid. 1b). In materia di apprezzamento delle prove, visto l'ampio potere che esso riconosce in proposito alle autorità cantonali, il Tribunale federale si mostra prudente: ammette una violazione dell'<ref-law> unicamente qualora il giudice non abbia manifestamente compreso il senso e la portata di un mezzo di prova, se ha omesso di considerare un mezzo di prova pertinente senza serio motivo, infine se, sulla base degli elementi fattuali raccolti, il giudice cantonale ha tratto delle deduzioni insostenibili (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 9; <ref-ruling> consid. 2a pag. 41, con rinvii). Spetta al ricorrente dimostrare con precisione, e per ogni accertamento di fatto censurato, in quale modo, a suo avviso, le prove assunte avrebbero dovuto essere valutate, e per quale ragione l'apprezzamento da parte dell'autorità cantonale sia insostenibile (DTF <ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 7a pag. 312; <ref-ruling> consid. 1b pag. 495, con rinvii).
In concreto le argomentazioni ricorsuali, che nemmeno menzionano l'<ref-law>, l'<ref-law> o il divieto dell'arbitrio, non soddisfano le summenzionate esigenze di motivazione. Con le sue censure la ricorrente - che parte erroneamente dal presupposto che l'apprezzamento delle prove sia retto dall'<ref-law> - si limita infatti a formulare una critica appellatoria della valutazione delle prove agli atti, senza nemmeno tentare di far apparire la loro lettura non solo errata, ma addirittura arbitraria (v. per la definizione di arbitrio <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 133).
5. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela, nella ridotta misura in cui è ammissibile, infondato e come tale dev'essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>), mentre non si giustifica assegnare ripetibili all'opponente, che non è stato invitato a determinarsi sul ricorso e non è così incorso in spese per la procedura federale.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 6'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.