Faits:
A. Le 17 mars 2008, A._ a requis le séquestre des avoirs bancaires de B.X._ auprès de D._ et de E._ SA, succursales de Genève, à concurrence d'un montant de 237'554 fr. avec intérêts. A l'appui de ses prétentions, A._ invoque une créance d'honoraires pour son activité de négociateur dans le cadre d'un litige qui a opposé la société Y._ à son assureur-incendie F._ (France). La société anonyme Y._ est détenue par la famille X._, B.X._ y occupant la fonction de Président directeur général et son père, C.X._, celle d'administrateur.
Le 18 mars 2008, le Tribunal de première instance genevois a fait droit à la requête de séquestre déposée par A._ et le séquestre a été exécuté le jour-même (séquestre n° xxx).
B.X._ a formé opposition, contestant tant la vraisemblance de la créance à son égard que le cas de séquestre. Par ordonnance du 13 juin 2008, le Vice-Président du Tribunal de première instance a révoqué l'ordonnance de séquestre du 18 mars 2008 au motif que la créance d'honoraires invoquée par le séquestrant n'était pas assez vraisemblable.
Statuant le 25 septembre 2008 sur appel du créancier séquestrant, la Cour de justice l'a rejeté, jugeant que la qualité de débiteur de la créance invoquée revenait plus vraisemblablement à la société Y._ qu'à son Président, B.X._.
B. A._ dépose un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la cour cantonale, concluant implicitement au rejet de l'opposition et à la confirmation de l'ordonnance de séquestre prononcée le 18 mars 2008. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Par ordonnance présidentielle du 19 novembre 2008, l'effet suspensif a été attribué au recours et la demande de sûretés présentée par l'intimé a été rejetée.

Considérant en droit:
1. La décision sur opposition au séquestre, rendue par l'autorité judiciaire supérieure au sens de l'<ref-law>, est une décision finale au sens de l'<ref-law>, prise en dernière instance cantonale (<ref-law>), qui peut faire l'objet d'un recours en matière civile selon l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1), pour autant que la valeur litigieuse soit supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>), ce qui est manifestement le cas en l'espèce. Créancier séquestrant, le recourant a la qualité pour recourir (<ref-law>). Le recours a par ailleurs été interjeté en temps utile (<ref-law>).
2. 2.1 La décision sur opposition au séquestre constitue une décision de mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1). Seule peut par conséquent être invoquée la violation des droits constitutionnels, grief que le Tribunal fédéral n'examine que s'il a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), conformément au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione). Le recourant doit donc indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 6).
2.2 Le recourant ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre la violation de droits constitutionnels par l'autorité cantonale (<ref-law>), en l'occurrence de l'art. 9 Cst. Les art. 95 et 97, ainsi que l'<ref-law> ne s'appliquent pas directement puisqu'ils ne sont pas des droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 4.1). Mais l'application de l'art. 9 aboutit pratiquement au même résultat: le Tribunal fédéral ne corrige ainsi les constatations de fait que si elles sont arbitraires et ont une influence sur le résultat de la décision.
3. Le recourant prétend avant tout que la cour cantonale aurait appliqué arbitrairement l'<ref-law>, de même que les art. 7 et 347 de la loi de procédure civile genevoise (ci-après LPC [RS GE E 305]).
3.1 Dans son opposition à séquestre déposée devant le Tribunal de première instance, l'intimé avait conclu à "l'annulation et la mise à néant du séquestre" litigieux et à ce que le Tribunal "ordonne en conséquence à l'Office des poursuites de Genève de lever ladite mesure". La Cour de justice a néanmoins jugé que la nature de l'acte déposé par le débiteur séquestré n'était pas équivoque: celui-ci demandait la révocation de l'ordonnance de séquestre. Contrairement à ce que soutenait le créancier séquestrant, l'intimé ne devait pas agir par le biais d'une plainte qui, en conséquence, aurait dû être adressée à l'autorité de surveillance.
3.2 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir fait preuve d'arbitraire en confirmant le jugement du Tribunal de première instance du 28 mars 2008. Le premier juge aurait à l'évidence altéré le contenu des conclusions du séquestré en prononçant l'annulation de l'ordonnance de séquestre alors que l'intimé avait conclu à l'annulation du séquestre. Le recourant maintient que l'annulation du séquestre ne pouvait être obtenue que par la voie de la plainte.
Le recourant joue sur les mots. La rédaction des dispositions légales suivantes démontre que l'on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir statué arbitrairement: ainsi, l'<ref-law> parle d'"autorisation du séquestre"; l'<ref-law>, qui traite de l'ordonnance de séquestre, indique que le juge du séquestre charge le préposé de l'"exécution du séquestre"; l'<ref-law> prévoit que celui dont les droits sont touchés "par un séquestre" peut former opposition; enfin, l'art. 279 règle la "validation du séquestre". Que l'intimé séquestré requière l'annulation du séquestre ou celle de l'ordonnance de séquestre, il vise, comme dans les dispositions légales précitées, la mesure de sûreté ordonnée par le juge suite à l'acte formé par le créancier séquestrant. Au demeurant, contrairement à ce qu'affirme le recourant, l'autorité de surveillance n'est pas compétente pour recevoir une plainte concluant à l'annulation du séquestre; elle ne peut être saisie que d'une plainte contre l'exécution du séquestre, dont les conclusions ne peuvent viser à annuler un séquestre (<ref-ruling> consid. 2.3).
4. Le recourant reproche ensuite à la dernière instance cantonale d'avoir arbitrairement ignoré certains faits, dûment allégués et prouvés par pièces. Contrairement à ce que la Cour de justice a retenu, il prétend que l'intimé aurait voulu s'engager personnellement aux côtés de la société Y._. Celle-ci traversait en effet de graves difficultés financières, de sorte que, par son engagement indépendant, l'intimé souhaitait s'assurer que le recourant poursuive ses activités jusqu'à son terme, lui permettant ainsi de sauver sa société de la faillite.
4.1 La cour cantonale a établi que la société Y._ avait mandaté le recourant en vue de la négociation d'un accord transactionnel d'indemnisation entre elle-même et la société d'assurance F._. La société Y._ était en litige avec son assureur suite à un incendie qui avait ravagé ses locaux en février 1996. Les modalités de rémunération du recourant pour ses différentes interventions ont été convenues par courrier du 22 octobre 2001, adressé sur papier en-tête de la société Y._ et signé de son administrateur, C.X._. La cour cantonale a également relevé que, le 11 décembre 2001, l'intimé avait signé, en indiquant sa qualité de "Président Y._", un document établi sur papier blanc et intitulé "Procuration", aux termes duquel il donnait mandat au recourant "de représenter Y._" dans les négociations avec le groupe F._ et confirmait la rémunération prévue dans le courrier du 22 octobre 2001 "adressé au nom de Y._ par Monsieur C.X._". Le 10 septembre 2003, l'intimé avait signé un second document similaire, établi sur papier blanc, et également intitulé "Procuration", aux termes duquel il donnait mandat au recourant "de représenter Y._" dans les négociations avec le groupe F._, tout arrangement amiable devant être, le cas échéant, entériné par lui-même, en sa qualité de Président de Y._.
C'est sur les courriers du 11 décembre 2001 et du 10 septembre 2003 que le recourant fonde l'engagement personnel de l'intimé.
Se référant à la jurisprudence concernant la délimitation entre le cautionnement et les engagements indépendants, la dernière instance cantonale a souligné que l'engagement personnel et indépendant du garant demeurait une exception. Analysant le terme des courriers susmentionnés, la cour cantonale a jugé qu'un tel engagement était moins vraisemblable qu'une simple procuration émanant de la société: les termes utilisés dans ces courriers étaient typiquement ceux d'un titre conférant au recourant un pouvoir de représentation; dans chacune des lettres, l'intimé faisait référence à sa fonction de Président de la société; il avait enfin confirmé, dans le premier courrier, le mandat onéreux conféré par la société. Il fallait en conclure qu'il était plus vraisemblable que la société fût la seule débitrice et qu'en conséquence, la créance invoquée n'était pas suffisamment vraisemblable pour justifier le séquestre.
4.2 Le recourant ne s'en prend pas à la motivation cantonale. Il se contente d'affirmer que l'intimé s'était engagé personnellement à son égard en raison des difficultés financières que traversait sa société, reprenant ainsi l'argumentation soutenue en instance cantonale. Les courriers sur lesquels se fonde le recourant pour déduire l'engagement indépendant de l'intimé ne font jamais référence à la situation financière de la société et le recourant ne démontre pas que cet élément, que la cour cantonale n'a certes pas retenu, modifierait l'interprétation que celle-ci a donnée à ces courriers en se fondant sur leur libellé. Or, pour démontrer l'arbitraire dans l'établissement des faits, il ne suffit pas de prétendre que les faits qui n'ont pas été retenus ont été allégués et prouvés (consid. 2.2). Faute de motivation suffisante, le grief du recourant est irrecevable.
5. Le recourant invoque enfin l'application arbitraire de l'<ref-law>, reprochant à la Cour de justice de ne pas avoir examiné la vraisemblance de la créance elle-même.
5.1 Ayant jugé que l'existence de la créance d'honoraires à l'égard de l'intimé paraissait moins vraisemblable que son inexistence, la cour cantonale a estimé qu'il n'était pas nécessaire d'examiner si la créance alléguée paraissait également invraisemblable sous l'angle de la réalisation des conditions contractuelles (<ref-law>). La transaction avec l'assureur, qui devait justifier la rémunération du recourant, était finalement intervenue le 27 avril 2006, à savoir bien après la fin des dernières traces écrites de l'activité du recourant, et l'intimé avait allégué une résiliation du contrat. Enfin, il importait peu de savoir si la prétendue créance avait un lien suffisant avec la Suisse.
5.2 Les développements du recourant à cet égard n'ont pas à être examinés, dès lors que le sort du recours est d'ores et déjà scellé par le considérant 4 ci-dessus.
6. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les frais sont mis à la charge du recourant (<ref-law>). Aucun dépens n'est octroyé à l'intimé qui n'a pas été invité à répondre au fond, étant précisé que sa requête de sûretés a été rejetée par ordonnance présidentielle du 19 novembre 2008.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 27 janvier 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret