Sachverhalt:
A. Das Bundesstrafgericht in Bellinzona sprach Z._ und die weiteren Mitangeklagten, R._, S._, X._, Y._, T._ und U._, am 8. Juli 2009 von den Vorwürfen der Beteiligung an bzw. der Unterstützung einer kriminellen Organisation und der (qualifizierten bzw. der Gehilfenschaft zur) Geldwäscherei vollumfänglich frei. Zwei weitere Angeklagte, V._ und W._, verurteilte es wegen Unterstützung einer kriminellen Organisation. Hingegen sprach es beide vom Vorwurf der qualifizierten Geldwäscherei frei.
Es auferlegte Z._ Verfahrenskosten im Umfang von Fr. 8'000.--. Ihrem Rechtsvertreter Marc Wollmann sprach es Fr. 142'000.-- (inkl. MWST) für die amtliche Verteidigung zu. Es verpflichtete Z._, der Kasse des Bundesstrafgerichts für diese Kosten teilweise, d.h. im Umfang von Fr. 25'000.-- Ersatz zu leisten und verweigerte eine Entschädigung.
B. Z._ erhebt gegen dieses Urteil Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, Ziff. VI.2, VI.3 und VI.4 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben. Die Verfahrenskosten seien der Schweizerischen Eidgenossenschaft aufzuerlegen. Die Kosten der amtlichen Verteidigung im Umfang von Fr. 166'034.60 seien ihr vollumfänglich zu vergüten. Es sei ihr eine Entschädigung von Fr. 3'884.-- für die Reisekosten und den Verdienstausfall sowie eine Genugtuung von Fr. 5'000.-- zuzusprechen. Sie ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
C. Das Bundesstrafgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft stellt den Antrag, die Verfahren 6B_609/2009 sowie das vorliegende Verfahren zu vereinigen. Die Beschwerde von Z._ sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
D. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft führte gegen das Urteil des Bundesstrafgerichts ebenfalls Beschwerde in Strafsachen (vgl. Urteil 6B_609/2009), über welche das Bundesgericht am 22. Februar 2011 entschieden hat.

Erwägungen:
1. Eine Vereinigung des vorliegenden Verfahrens mit dem Verfahren 6B_609/2009 drängt sich nicht auf. Zwar besteht ein Zusammenhang zwischen beiden Verfahren. Sie behandeln aber unterschiedliche Themen und Problemstellungen.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz verletze bei der Verlegung der Gerichts- und Parteikosten die Unschuldsvermutung nach <ref-law> bzw. Art. 6 EMRK sowie Art. 122, 172, 173 und 176 des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Bundesgesetzes vom 15. Juni 1934 über die Bundesstrafrechtspflege (BStP; BS 3 303). Sie begründe nur ungenügend, weshalb sie ihr trotz Freispruchs Kosten auferlege bzw. keine volle Entschädigung zuspreche und nehme keinen Bezug zu konkreten Elementen des Falls. Sie stelle den Sachverhalt unvollständig und widersprüchlich fest. Die Vorinstanz verletze zudem die Unschuldsvermutung, indem sie ihr ein quasi-strafrechtliches Verhalten zur Last lege.
2.2 Das angefochtene Urteil, darunter der Freispruch der Beschwerdeführerin, wurde im parallelen Verfahren auf Beschwerde der Schweizerischen Bundesanwaltschaft hin aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen (Urteil 6B_609/2009 vom 22. Februar 2011). Damit wird die Vorinstanz auch die Regelung der Verfahrenskosten, die Parteientschädigung sowie der Genugtuung und persönlichen Auslagen der Beschwerdeführerin neu beurteilen müssen. Die Rügen der Beschwerdeführerin sind deshalb gegenstandslos geworden.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, der ihrem amtlichen Verteidiger zugesprochene Ansatz von Fr. 260.-- pro Stunde verstosse gegen Art. 3 des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Reglements vom 26. September 2006 über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht (AS 2006 4467). Angesichts der Dauer, des Umfangs, der Dokumente in den drei Landessprachen und Englisch bzw. Spanisch, der Schwere der Vorwürfe und der daraus resultierenden Verantwortung des Rechtsvertreters sei ein Stundenansatz von Fr. 300.-- zuzusprechen.
3.2 Die Vorinstanz führt zur Entschädigung der amtlichen Verteidiger aus, der Straffall habe in mehreren Punkten Probleme in tatsächlicher Hinsicht gestellt. Die Anklageschrift umfasse 233 Seiten, die Einvernahmen, Akten und Verhandlungen hätten erhöhte Sprachkompetenzen erfordert. In rechtlicher Hinsicht seien die Schwierigkeiten auf ein Rechtsgebiet begrenzt gewesen, in welchem noch keine umfassende und eindeutige Rechtsprechung bestehe. Es seien jedoch nur ein Sachverhalt und zwei Anklagevorwürfe zu beurteilen gewesen. Der immense Aktenumfang schlage sich weniger im Stundenansatz als in der Anzahl Stunden nieder und sei bei der Festlegung des Stundenansatzes nur am Rande zu beachten. Der Stundenansatz sei unter Berücksichtigung dieser Punkte auf Fr. 260.-- festzusetzen, jener für die Reisezeit auf Fr. 200.--. Für die von Rechtspraktikanten geleistete Arbeit werde 100.-- pro Stunde vergütet. Der Vertreter der Beschwerdeführerin sei am 10. November 2009 zum amtlichen Verteidiger ernannt worden. Er mache einen Zeitaufwand von 494 Stunden zu Fr. 300.-- geltend. Der Aufwand erscheine ausgewiesen. Er sei zum Stundenansatz von Fr. 260.-- zu entschädigen. Das Honorar sei inklusive Auslagen abzüglich eines Pauschalabzugs von Fr. 2'000.-- auf Fr. 142'500.-- (inkl. MWST) festzusetzen.
3.3 Nach Art. 38 Abs. 1 aBStP setzt das Bundesstrafgericht die Entschädigung des amtlichen Verteidigers fest. Diese umfasst das Honorar für den notwendigen und ausgewiesenen Zeitaufwand von Fr. 200.-- bis Fr. 300.-- pro Stunde und die notwendigen Auslagen (Art. 2 Abs. 1 und Art. 3 des zwischenzeitlich aufgehobenen Reglements vom 26. September 2006 über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht; a.a.O.).
Auch wenn die Entschädigung des amtlichen Verteidigers vom Bundesrecht geregelt wird, überprüft das Bundesgericht deren Bemessung nur mit Zurückhaltung. Als erstinstanzliches Sachgericht ist das Bundesstrafgericht am besten in der Lage, die Angemessenheit der anwaltlichen Bemühungen zu beurteilen, weshalb ihm ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (vgl. 133 IV 187 E. 6.1 S. 196 mit Hinweis). In Fällen, in denen es den vom Anwalt in Rechnung gestellten Arbeitsaufwand als übersetzt bezeichnet und entsprechend kürzt, schreitet das Bundesgericht nur ein, wenn es Bemühungen nicht honoriert hat, die zu den Obliegenheiten eines amtlichen Verteidigers gehören und die Entschädigung nicht in einem vernünftigen Verhältnis zu den vom Anwalt geleisteten Diensten steht (vgl. Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 3a S. 2 f. zur Entschädigung des amtlichen Verteidigers im kantonalen Verfahren). Bei der Beurteilung der konkreten Honorarfestsetzung ist auf die Umstände des Einzelfalles abzustellen. Obwohl die Entschädigung des amtlichen Anwalts gesamthaft gesehen angemessen sein muss, darf sie tiefer angesetzt werden als bei einem privaten Rechtsanwalt (<ref-ruling> E. 7.3.4 S. 209 mit Hinweisen). Sie ist allerdings so zu bemessen, dass es den Rechtsanwälten möglich ist, einen bescheidenen - nicht bloss symbolischen - Verdienst zu erzielen (a.a.O. E. 8.5 S. 216 f.).
<ref-law> verpflichtet das Bundesstrafgericht, seinen Entscheid wenigstens summarisch zu begründen. Hat der amtliche Verteidiger eine detaillierte Kostennote eingereicht, so ergibt sich aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs, dass das Bundesstrafgericht, wenn es diese nicht unbesehen übernimmt, wenigstens kurz in nachvollziehbarer Weise zu begründen hat, weshalb es welche der in Rechnung gestellten Aufwandspositionen für übersetzt hält (Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 E. 2.3 mit Hinweisen).
3.4 Wie die Beschwerdeführerin zutreffend ausführt, ist zahlreiches Aktenmaterial vorhanden, es sind mehrere Angeklagte beteiligt und der Fall ist sowohl in tatsächlicher wie auch in rechtlicher Hinsicht nicht ganz einfach zu beurteilen. Die Komplexität des Falls schlägt sich aber in erster Linie nicht in der Höhe des Stundenansatzes, sondern im zu entschädigenden zeitlichen Aufwand nieder. Je schwieriger ein Fall ist, desto mehr Stunden sind dem amtlichen Verteidiger zur Erarbeitung einer sachgemässen Verteidigungsstrategie (z.B. Aktenstudium, Besprechungen mit dem Klienten, Rechtsabklärungen) zuzugestehen. Hingegen ist bei der Bemessung des Stundenansatzes zu berücksichtigen, dass die im Verfahren verwendeten verschiedenen Fremdsprachen die Verteidigung zusätzlich erschwerten. Inwieweit Spanisch für die Verteidigung der Beschwerdeführerin entscheidend gewesen wäre, ist nicht ersichtlich, nachdem lediglich der Mitangeklagte X._ Spanisch spricht und die Einvernahmeprotokolle sowie dessen Äusserungen an der Hauptverhandlung übersetzt wurden. Die interne Büroorganisation (z.B. telefonische Erreichbarkeit des Sekretariats, Terminkoordination, allfällige Stellvertretung) während der Beschäftigung mit dem amtlichen Mandat bildet keinen stichhaltigen Grund für einen höheren Stundenansatz. Ob der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin andere Klienten betreuen kann, ist eine Frage seiner zeitlichen Auslastung, welche mit der Entschädigung für das amtliche Mandat abgegolten wird. Die Vorinstanz hat mit Fr. 260.-- einen über dem Durchschnitt liegenden Stundenansatz gewählt. Auch die Gerichtsgebühr von Fr. 150'000.-- hat sie in vergleichbarem Rahmen festgesetzt. Die ordentliche Gerichtsgebühr beträgt bei Dreierbesetzung zwischen Fr. 3'000.-- und Fr. 60'000.-- (Art. 2 Abs. 1 lit. b des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Reglements über die Gerichtsgebühren vor dem Bundesstrafgericht vom 11. Februar 2004; AS 2004 1585). Sie kann, wenn besondere Gründe es rechtfertigen, insbesondere bei umfangreichen Verfahren und mehreren Angeklagten, bis auf Fr. 200'000.-- erhöht werden (vgl. Art. 4 lit. b des Reglements). Zu beachten ist, dass die von der Vorinstanz festgesetzte Gerichtsgebühr, im Gegensatz zum Stundentarif für die anwaltlichen Leistungen, auch den grossen Zeitaufwand abdeckt. Im vorliegenden Fall liegt die Höhe des Stundenansatzes von Fr. 260.-- für die Leistungen des amtlichen Verteidigers gerade noch innerhalb des vorinstanzlichen Ermessens.
4. 4.1 Die Beschwerde ist hinsichtlich des Stundenansatzes des amtlichen Verteidigers abzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde als gegenstandslos abzuschreiben. Erklärt das Bundesgericht einen Rechtsstreit als erledigt, entscheidet es mit summarischer Begründung über die Prozesskosten aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrunds. Dabei ist in erster Linie auf den mutmasslichen Verfahrensausgang abzustellen, ohne unter Verursachung weiterer Umtriebe die Prozessaussichten im Einzelnen zu prüfen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 115 f. mit Hinweisen). Es muss bei einer knappen Beurteilung der Aktenlage sein Bewenden haben. Auf dem Weg über den Kostenentscheid soll nicht ein materielles Urteil gefällt und unter Umständen der Entscheid in einer heiklen Rechtsfrage präjudiziert werden. Lässt sich der mutmassliche Ausgang des Verfahrens nicht ohne Weiteres feststellen, ist auf allgemeine prozessuale Kriterien zurückzugreifen. Danach wird in erster Linie jene Partei kosten- und entschädigungspflichtig, die das gegenstandslos gewordene Verfahren veranlasst oder bei der die Gründe eingetreten sind, die zur Gegenstandslosigkeit des Verfahrens geführt haben (vgl. Urteil 2C_237/2009 vom 28. September 2009 E. 3.1 mit Hinweis).
Die Prozessaussichten der Beschwerde sind davon abhängig, ob zusammen mit der Vorinstanz ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten zu bejahen ist, welches eine Kostenauflage trotz Freispruchs nach Art. 173 aBStP rechtfertigt.
4.2 Vorliegend lässt sich der mutmassliche Prozessausgang nicht ohne weiteres ermitteln. Das angefochtene Urteil wurde im parallelen Verfahren aufgehoben, weil die Vorinstanz den massgeblichen Sachverhalt nicht korrekt und vollständig für jeden Angeklagten einzeln festgestellt hat. Mangels hinreichender Sachverhaltsfeststellungen kann nicht geprüft werden, ob der Beschwerdeführerin ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten anzulasten ist, welches für die Einleitung und Durchführung des Strafverfahrens ursächlich war. In diesem Punkt ist von einer Kostenauflage an die Beschwerdeführerin abzusehen und ist sie angemessen zu entschädigen. Hingegen hat die Beschwerdeführerin dafür einzustehen, dass ihre Beschwerde teilweise abzuweisen ist. Deshalb rechtfertigt es sich insgesamt, der Beschwerdeführerin eine reduzierte Gerichtsgebühr aufzuerlegen (<ref-law>) und ihr eine angemessene, reduzierte Parteientschädigung zu Lasten der Schweizerischen Eidgenossenschaft zuzusprechen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, da der Beschwerdeführerin die beschlagnahmten Vermögenswerte zurückgegeben wurden (act. 6) und sie nicht mehr bedürftig ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit sie nicht gegenstandslos geworden ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch