Faits:
A. Né en 1945, B._, titulaire d'un certificat fédéral de capacité de monteur en chauffage central, a été mis au bénéfice d'une mesure de réadaptation professionnelle de l'assurance-invalidité, sous la forme d'une formation de sous-ingénieur en agronomie tropicale qu'il a suivie de septembre 1981 à juin 1984. Depuis septembre 1977, le prénommé avait en effet présenté une incapacité totale de travail dans son activité d'installateur en chauffage en raison notamment d'un syndrome du sympathique cervical postérieur.
Après avoir travaillé dans le domaine de la coopération (agronomie tropicale), d'abord à l'étranger (août 1984 - août 1986), puis en Suisse (février 1988 - août 1989), B._ a repris son ancienne activité salariée d'installateur de chauffage à partir du mois de décembre 1990. Près de dix ans plus tard, le 1er mai 2000, il s'est mis à son compte et a exploité une entreprise individuelle de dépannage et d'installation de chauffage. Le 21 septembre 2004, il a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité, invoquant souffrir de problèmes respiratoires.
L'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'office AI) a recueilli différents avis médicaux, dont celui du médecin traitant, le docteur M._ (généraliste), puis chargé le Centre X._ (ci-après: Centre X._) d'une expertise pluridisciplinaire (examens clinique, psychiatrique et pneumologique). Dans ce cadre (rapport du 22 juin 2006), les docteurs A._ et T._, en collaboration notamment avec le docteur G._, spécialiste FMH en médecine interne et pneumologie, ont fait état, au titre de diagnostic avec répercussion sur la capacité de travail, d'une bronchopneumonie chronique obstructive sévère avec hypoxémie; ils ont également diagnostiqué un syndrome douloureux cervical chronique et des séquelles d'une désarticulation traumatique du membre supérieur droit (en 1982), sans que ces affections n'aient cependant des répercussions sur la capacité de travail. A cet égard, l'assuré n'était pas apte à fournir des efforts physiques (ni avec les membres supérieurs, ni inférieurs [manipulation de charges avec les bras, marche, etc.]). Les médecins du Centre X._ ont conclu que l'assuré ne pouvait plus travailler comme chauffagiste depuis janvier 2004, mais était capable d'exercer sans restriction une activité sédentaire avec une sollicitation physique minimale (par exemple, une activité de gestion).
L'office AI a également procédé à une enquête économique (rapport du 26 septembre 2006), dont il ressortait notamment que dès le mois de janvier 2006, B._ s'était associé avec C._ (sous la raison sociale "Y._"). Entre 2002 et 2005, il avait réalisé un revenu moyen de 113'240 fr en tant que chauffagiste indépendant; alors qu'il s'occupait de la direction de la société, il déléguait ou sous-traitait les travaux lourds.
Le 8 février 2007 (reprenant un projet de décision du 27 septembre 2006), l'office AI a rendu une décision par laquelle il a rejeté la demande de prestations de l'intéressé, en considérant en substance que celui-ci était apte à exercer à plein temps l'activité adaptée d'ingénieur en agronomie tropicale (ou toute autre activité sédentaire de gestion).
B. Statuant le 16 janvier 2008 sur le recours formé par B._ contre la décision administrative, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève l'a partiellement admis. Annulant la décision du 8 février 2007, il a renvoyé la cause à l'office AI pour instruction complémentaire "au sens des considérants et nouvelle décision" (ch. 4 du dispositif).
C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, en concluant à la confirmation de sa décision du 8 février 2007.
Tant le Tribunal cantonal genevois des assurances sociales que B._ et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le dispositif du jugement entrepris a pour objet l'annulation de la décision de l'intimé du 8 février 2007 et le renvoi du dossier au recourant pour "instruction complémentaire au sens des considérants et nouvelle décision" (ch. 3 et 4). En tant qu'il renvoie le dossier à l'administration pour une nouvelle décision, le jugement entrepris doit être qualifié de décision incidente qui peut être attaquée aux conditions de l'art. 93 LTF.
Selon les considérants du jugement attaqué (consid. 11b), on ne pouvait exiger de l'intimé qu'il cessât son exploitation de chauffagiste indépendant pour une activité salariée. Pour déterminer le taux d'invalidité de l'assuré dans l'activité indépendante, en tenant compte de son incapacité à exercer les travaux lourds, il se justifiait de faire application de la méthode extraordinaire d'évaluation de l'invalidité (consid. 12 et 15). Comme les éléments nécessaires à cette fin faisaient en l'occurrence défaut, il convenait de renvoyer la cause à l'administration pour complément d'instruction quant à une comparaison des champs d'activités et à la détermination des revenus horaires de chacune des activités.
En ce qu'elle a déterminé notamment l'incapacité de travail et la nature de l'activité encore exigible de l'intimé, ainsi que la méthode d'évaluation de l'invalidité à appliquer, la juridiction cantonale a rendu un arrêt de renvoi qui ne laisse aucune latitude de jugement à l'administration, de sorte que le recourant est tenu de rendre une décision qui, selon lui, est contraire au droit fédéral. En cela, il subit un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur son recours (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 483 ss et les arrêts cités).
1.2 Le recours en matière de droit public (art. 82 ss LTF) peut être formé pour violation du droit selon l'art. 95 sv. LTF. Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. Cette disposition lui donne la faculté de rectifier ou compléter d'office l'état de fait de l'arrêt attaqué dans la mesure où des lacunes ou erreurs dans celui-ci lui apparaîtraient d'emblée comme manifestes. Quant au recourant, il ne peut critiquer la constatation de faits importants pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été constatés en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF).
2. Le jugement entrepris expose correctement les règles légales et la jurisprudence sur la notion d'invalidité et son évaluation selon les différentes méthodes (dites extraordinaire et de la comparaison des revenus), ainsi que les principes jurisprudentiels relatifs au rôle des médecins, en matière de preuve, pour déterminer l'invalidité et à la libre appréciation des preuves par le juge. Il suffit donc d'y renvoyer.
3. Le litige porte sur la méthode d'évaluation de l'invalidité à appliquer dans le cas d'espèce, singulièrement sur la nature de l'activité adaptée que l'intimé serait encore en mesure d'exercer en relation avec la question de l'exigibilité d'un changement professionnel. Se fondant sur le rapport d'expertise du Centre X._, la juridiction cantonale a constaté que l'intimé était encore en mesure d'effectuer des travaux administratifs et de gestion en relation avec son activité de chauffagiste, alors que les travaux lourds y relatifs lui étaient interdits pour des raisons de santé. Retenant qu'un changement de profession ne pouvait pas être exigé de B._ eu égard aux circonstances (âge proche de celui de la retraite, période de travail la plus importante consacrée à l'activité de chauffagiste, période de transition nécessaire pour cesser l'activité indépendante, efforts consentis par l'intimé), elle a ordonné à l'office AI de recueillir les données nécessaires pour évaluer l'invalidité selon la méthode extraordinaire d'évaluation de l'invalidité.
Contestant que la profession de monteur en chauffage puisse être considérée comme une activité adaptée puisqu'une première atteinte à la santé avait contraint l'assuré à la cesser et à se réadapter dans une nouvelle profession, le recourant reproche à la juridiction cantonale d'avoir examiné la question de l'exigibilité d'un changement professionnel en 2004. Selon lui, l'intimé dispose d'une capacité entière de travail dans toute activité de type sédentaire qui lui permet d'obtenir un revenu (à déterminer selon les salaires statistiques ESS) en tout cas équivalent à celui qu'il tirait de son entreprise (revenu moyen de 113'240 fr. entre 2002 et 2006). L'office AI fait encore valoir que si, par impossible, l'invalidité de l'assuré devait être évaluée en fonction de son activité de chauffagiste, il y aurait lieu d'appliquer la méthode ordinaire de la comparaison des revenus.
4. 4.1 L'argumentation du recourant selon laquelle l'activité de chauffagiste serait "absolument inadaptée", ce qui revient à s'en prendre aux constatations de fait des premiers juges sur l'incapacité de travail et le caractère (partiellement) adapté du travail en cause (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 397 ss), n'est pas pertinente. L'évaluation de l'invalidité qu'ont effectuée les organes de l'assurance-invalidité à la fin des années quatre-vingt en retenant que l'activité d'installateur en chauffage n'était pas adaptée aux problèmes de santé présentés à cette époque par l'intimé, ce qui justifiait des mesures de reclassement dans une nouvelle profession, n'a pas fixé une fois pour toute la situation de l'intimé sur le plan de l'invalidité. Dès lors que l'assuré a déposé une seconde demande de prestations en 2004, sa situation devait être examinée à nouveau à cette date, ce qui supposait de prendre en compte tous les changements intervenus depuis la fin des années quatre-vingt, que ce soit sur le plan professionnel, économique, personnel ou médical.
Compte tenu par ailleurs du fait que l'intimé avait repris son activité d'installateur en chauffage en 1990, on ne saurait reprocher aux premiers juges d'avoir examiné si cette activité était (à nouveau) adaptée à son état de santé en 2004. En particulier, il ressort des indications fournies par l'intimé qu'il a exercé son ancienne profession comme salarié pendant près de dix ans sans aucune limitation dues à une atteinte à la santé, avant de se mettre à son compte en 2000. On ne peut dès lors retenir, contrairement à ce que fait valoir le recourant, que l'activité d'installateur en chauffage était "manifestement inadaptée" déjà en 1990, puisque c'est précisément à partir de cette date que l'intimé a repris ce travail sans aucune restriction (et du reste versé des cotisations à l'AVS/AI sur les revenus en découlant). Au demeurant, les experts du Centre X._ ont expliqué que les limitations fonctionnelles présentées par l'intimé en 2004 étaient essentiellement dues à l'affection respiratoire évolutive, diagnostiquée pour la première fois en décembre 2003. En revanche, les atteintes qu'ils avaient diagnostiquées sur le plan rhumatologique (syndrome douloureux cervical chronique, identique à celui posé par le docteur J._ en 1978; séquelles d'une désarticulation traumatique du membre supérieur droit, en 1982; tabagisme) n'avaient pas de répercussion sur la capacité de travail de l'intimé. C'est dire que l'atteinte à la santé initiale qui avait entraîné les mesures de réadaptation au début des années quatre-vingt n'influençait apparemment plus de manière négative l'aptitude au travail de l'intimé dans sa profession initiale.
Eu égard aux conclusions de l'expertise du Centre X._, que le recourant ne remet pas en cause, la constatation des premiers juges selon laquelle l'activité de chauffagiste exercée par le recourant était en partie inadaptée, dans la mesure où il ne pouvait plus s'occuper des travaux lourds, mais seulement des tâches administratives et de gestion, n'apparaît pas manifestement inexacte. Depuis l'an 2000, l'intimé exerçait son activité de manière indépendante, ce qui impliquait des travaux de bureau et de gestion, en plus des activités techniques proprement dites. Seules ces dernières tâches, dans la mesure où elles impliquaient un effort physique, ont été considérées comme n'entrant plus dans le champ d'activités médicalement exigibles de l'intimé (cf. rapport du Centre X._ du 22 juin 2006).
4.2 Compte tenu, d'une part, de la capacité partielle de travail de l'intimé dans son activité d'installateur en chauffage indépendant et, d'autre part, de sa capacité entière de travail dans une activité adaptée sédentaire, la juridiction cantonale a considéré qu'on ne pouvait exiger de l'intimé qu'il changeât de profession, de sorte que l'invalidité devait être appréciée en fonction des empêchements liés aux travaux physiques dans la profession exercée par l'intimé à titre indépendant.
En tant que l'autorité cantonale de recours s'est prononcée sur l'exigibilité de la mise en valeur de la capacité résiduelle de travail de l'intimé, il s'agit d'une constatation de fait (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 398) que le recourant ne conteste pas en tant que telle. Cette constatation n'apparaît du reste pas manifestement inexacte ni contraire au droit, au regard de l'appréciation des différents éléments de fait à laquelle ont procédé les premiers juges en application de la jurisprudence relative à l'évaluation de l'invalidité d'un assuré qui se trouve proche de l'âge donnant droit à la rente de vieillesse (citée au consid. 10 du jugement entrepris auquel on peut renvoyer pour le surplus). Il n'y a dès lors pas lieu de revenir sur la constatation des premiers juges, selon laquelle on ne saurait attendre de l'intimé qu'il change d'activité, celle d'installateur en chauffage indépendant étant en partie adaptée (pour ce qui est des travaux administratifs et de gestion liés à la direction de la société en nom collectif).
5. 5.1 Il reste à examiner si le degré d'invalidité de l'intimé doit être évalué selon la méthode d'évaluation dite extraordinaire, comme l'ont retenu les premiers juges, ou selon la méthode ordinaire dite de la comparaison des revenus, comme le fait valoir le recourant. Il s'agit d'une question de droit sur laquelle le Tribunal fédéral se prononce librement.
5.2 Conformément à la jurisprudence exposée dans le jugement entrepris auquel on peut renvoyer (consid. 13; <ref-ruling> consid. 1. p. 30), la méthode extraordinaire de l'évaluation de l'invalidité doit être appliquée lorsqu'il n'est pas possible d'établir ou d'évaluer de manière fiable les deux revenus hypothétiques provenant d'une activité lucrative.
En l'espèce, il ressort des constatations des premiers juges que le bénéfice d'exploitation de l'entreprise de l'intimé a subi des fluctuations importantes de mai 2000 à 2005. Par ailleurs, après avoir créé une société en nom collectif en 2006, B._ a réalisé un revenu personnel (de 74'851 fr.) bien inférieur à ceux obtenus en 2004 et 2005. Des comptes de l'entreprise il apparaît en outre que l'intimé a engagé du personnel à partir de 2003, afin de se décharger des travaux particulièrement lourds (cf. aussi le procès-verbal de comparution personnelle des parties du 20 juin 2007 et la prise de position de l'enquêtrice de l'office AI du 5 septembre 2007). On ignore toutefois quelles conséquences concrètes a eu le transfert des tâches de l'intimé vers une activité de direction et de bureau, si ce n'est qu'il a obtenu un revenu nettement moins élevé en que les années précédentes. A cet égard, on ne peut suivre le recourant lorsqu'il affirme que l'assuré a réorganisé au mieux son entreprise afin de limiter le dommage et de s'attribuer les travaux les mieux adaptés à ses limitations fonctionnelles, sans avoir subi une "quelconque baisse significative des revenus". Le recourant se limite du reste à nier toute perte économique sans se fonder sur des chiffres ou un calcul concrets.
Au regard de l'ensemble des circonstances qui influencent le revenu de l'entreprise de l'intimé, et dont certaines relèvent de facteurs étrangers à l'invalidité, il se justifie, comme l'ont retenu les premiers juges, d'appliquer la méthode extraordinaire d'évaluation de l'invalidité. Le renvoi de la cause à l'administration pour complément d'instruction et nouvelle décision ordonné par la juridiction cantonale est par conséquent conforme au droit.
6. .
Il résulte de ce qui précède que le recours est mal fondé. Compte tenu de l'issue du litige, les frais de justice doivent être supportés par le recourant qui succombe (art. 66 al. 1 première phrase en relation avec l'art. 65 al. 4 let. a LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 21 octobre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Borella Moser-Szeless