Sachverhalt:
A. X._ ist im Kanton Nidwalden als Rechtsanwalt und Urkundsperson tätig. Wegen wiederholter und schwerwiegender Verletzung kantonaler und bundesrechtlicher Beurkundungsvorschriften (bei 107 Urkunden) wurde er von der Beurkundungskommission Nidwalden erstmals am 12. August 2003 mit der höchstmöglichen Disziplinarbusse von Fr. 1'000.-- belegt.
Wegen weiterer gleichartiger, im Jahre 2004 begangener Widerhandlungen auferlegte die Beurkundungskommission Nidwalden X._ am 9. Juni 2005 erneut eine Disziplinarbusse im zulässigen Höchstbetrag von Fr. 1'000.--. Zugleich wurde er aufgefordert, alle von ihm erstellten öffentlichen Urkunden auf ihre Richtigkeit zu überprüfen und fehlerhafte, anfechtbare, ungültige oder nichtige Urkunden auf eigene Kosten zu korrigieren bzw. die Beurkundungen allenfalls zu wiederholen. Die Beurkundungskommission behielt sich vor, nach dem 1. Januar 2006 sämtliche von X._ je erstellten Urkunden einer externen Kontrolle unterziehen zu lassen.
Auch anlässlich der jährlichen Kontrolle des Jahres 2005 beanstandete die Beurkundungskommission anfangs 2006 diverse von X._ erstellte Urkunden; da sie zudem feststellte, dass die am 9. Juni 2005 verfügten Anordnungen nicht befolgt worden waren, eröffnete sie ein weiteres Disziplinarverfahren. Mit Entscheid vom 14. Juni 2006 entzog sie X._ den Befähigungsausweis als Urkundsperson des Kantons Nidwalden auf unbestimmte Zeit; zudem wurde die Publikation des Entzugs im Amtsblatt des Kantons Nidwalden angeordnet. Eine von X._ dagegen gerichtete Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden am 26. März 2007 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ dem Bundesgericht im Hauptantrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden vom 26. März 2007 sowie den Entscheid der Beurkundungskommission teilweise (Ziff. 1, 2, 4 und 5) aufzuheben.
Die Beurkundungskommission des Kantons Nidwalden beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
C. Mit Verfügung vom 21. Februar 2008 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um Sistierung des Verfahrens abgewiesen; dem Gesuch um aufschiebende Wirkung wurde insofern teilweise entsprochen, als der Entzug des Befähigungsausweises während der Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens nicht publiziert werden durfte.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entzug des kantonalen Befähigungsausweises erfolgte gestützt auf kantonales Recht (§ 57 Abs. 1 Ziff. 3 der Vollziehungsverordnung des Landrates vom 9. November 1974 zum Gesetz über die öffentliche Beurkundung [Beurkundungsverordnung]). Mit Blick auf den öffentlich-rechtlichen Charakter der kantonalen Aufsicht über die Urkundspersonen, deren Verfahren sich nach der Verwaltungsrechtspflegegesetzgebung richtet (§ 4 Abs. 2 Beurkundungsverordnung), handelt es sich um einen Entscheid in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinne von <ref-law>.
1.2 Soweit der Beschwerdeführer auch die Aufhebung des erstinstanzlichen Entscheides der Beurkundungskommission beantragt, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (<ref-law>).
2. 2.1 Gemäss § 57 Abs. 1 Ziff. 3 der kantonalen Beurkundungsverordnung kann Urkundspersonen bei sehr schweren Verfehlungen, nach wiederholter Ausfällung von Ordnungsbussen sowie bei fruchtloser Pfändung oder Konkurs der Befähigungsausweis auf befristete oder unbefristete Zeitdauer entzogen werden.
2.2 Der Beschwerdeführer wurde von der Beurkundungskommission am 12. August 2003 bzw. 9. Juni 2005 für schwerwiegende und wiederholte Verfehlungen (§ 57 Abs. 1 Ziff. 2 Beurkundungsverordnung) in seiner Tätigkeit als Urkundsperson in den Jahren 2002 und 2004 jeweils mit der maximalen Ordnungsbusse von Fr. 1'000.-- belegt. Vorgeworfen wurde ihm die Verletzung nicht nur von kantonalen und bundesrechtlichen Ordnungs-, sondern auch von Gültigkeitsvorschriften, wodurch etliche Urkunden ungültig oder nichtig waren (2004: 20 beanstandete Urkunden; 2002: 107 Urkunden). Im Entscheid vom 9. Juni 2005 betreffend das Jahr 2004 wurde der Beschwerdeführer zusätzlich gestützt auf § 57 Abs. 2 der Beurkundungsverordnung die Weisung erteilt, "alle von ihm erstellten öffentlichen Urkunden auf ihre Richtigkeit zu überprüfen und fehlerhafte, anfechtbare, ungültige oder nichtige Urkunden auf eigene Kosten zu korrigieren bzw. die Beurkundung allenfalls zu wiederholen". Die Beurkundungskommission behielt sich vor, nach dem 1. Januar 2006 sämtliche vom Beschwerdeführer je erstellten Urkunden einer externen Kontrolle unterziehen zu lassen. Zudem wurde der Beschwerdeführer "ausdrücklich und ultimativ" darauf hingewiesen, dass weitere beurkundungsrechtlich relevante Verfehlungen nicht geduldet würden und den Entzug des Befähigungsausweises nach sich ziehen könnten. Die beiden Entscheide sind unangefochten in Rechtskraft erwachsen.
2.3 Anlässlich der jährlichen Kontrolle der Tätigkeit des Beschwerdeführers im März 2006 wurden bei bloss stichprobenweiser Überprüfung der im Jahr 2005 erstellten Urkunden wiederum neun Mängel festgestellt. Da der Beschwerdeführer zudem trotz ausdrücklicher Aufforderung seitens der Beurkundungskommission vom 16. Januar 2006 auch die gemäss Entscheid vom 9. Juni 2005 zu korrigierenden Urkunden nicht einreichte, wurde am 23. März 2006 ein weiteres Disziplinarverfahren eröffnet, welches zum angefochtenen Entscheid führte.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst, die Beurkundungskommission habe ihm - entgegen der Annahme der Vorinstanz - keine Frist für die Überprüfung und Anpassung allfälliger fehlerhafter Urkunden gesetzt.
3.2 Die Vorinstanz hat insoweit erkannt, der Beschwerdeführer habe aufgrund der unmissverständlichen Anordnung der Beurkundungskommission in ihrem Entscheid vom 9. Juni 2005 davon ausgehen dürfen und müssen, die Korrekturen bzw. Neubeurkundungen sämtlicher bisher von ihm erstellten öffentlichen Urkunden seien bis spätestens 31. Dezember 2005 vorzunehmen; er habe nicht ernsthaft davon ausgehen können, dass ihm für die Überprüfung bzw. allfällige Neubeurkundung noch eine weitere Frist angesetzt würde.
3.3 Der Beschwerdeführer beanstandet zwar diese Auslegung des Urteils vom 9. Juni 2005, legt aber nicht dar, inwiefern dadurch kantonales Recht oder Bundesrecht (Art. 95 und 97 Abs. 1 BGG) verletzt worden wäre. Die Folgerungen der Vorinstanz erweisen sich angesichts des insofern schlüssigen Wortlautes des Entscheides vom 9. Juni 2005 jedenfalls nicht als offensichtlich unrichtig oder willkürlich. Die gegenteilige Annahme des Beschwerdeführers, es sei ihm keine Frist für die Behebung der Mängel gesetzt worden, erscheint als unbegründet.
3.4 Der in diesem Zusammenhang erhobene Vorwurf des Beschwerdeführers, es bestünden keine kantonalen Musterurkunden, stösst ins Leere. Die Vorinstanz weist zu Recht darauf hin, dass die Urkundsperson allein für die Richtigkeit der von ihr ausgestellten Urkunden verantwortlich ist; zudem wurden dem Beschwerdeführer die festgestellten Mängel bereits in den Disziplinarverfahren ausdrücklich erläutert.
4. 4.1 Mit den beiden rechtskräftigen Ordnungsbussen vom 12. August 2003 und 9. Juni 2005 wegen wiederholter und schwerwiegender Verletzung kantonaler und bundesrechtlicher Beurkundungsvorschriften - die er nicht in Abrede stellt - sowie der Nichtbefolgung der ihm erteilten Weisung, was die Vorinstanzen zu Recht als sehr schwere Verfehlung bezeichnet haben, erfüllt der Beschwerdeführer in mehrfacher Hinsicht die Voraussetzungen von § 57 Ziff. 3 Beurkundungsverordnung für den Entzug des Befähigungsausweises. Er erachtet einen solchen indessen als unverhältnismässig; zudem liege darin ein Ermessensmissbrauch bzw. eine Ermessensüberschreitung. Im Ergebnis verletze der Entscheid die bundesrechtlich garantierte Handels- und Gewerbefreiheit.
4.2 Die Bestimmung von Art und Mass der zu ergreifenden Disziplinarsanktion ist vorab Sache der zuständigen Aufsichtsbehörde, die aber das ihr zukommende Ermessen pflichtgemäss auszuüben und insbesondere die Gebote der Rechtsgleichheit und der Verhältnismässigkeit einzuhalten hat.
4.3 Der Beschwerdeführer beruft sich auf die Handels- und Gewerbefreiheit. Diese ist nunmehr als Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>) gewährleistet. Als freiberuflich tätige Urkundsperson, dem die Beurkundungsbefugnis vom Kanton verliehen wurde, kann er sich indessen nicht auf dieses Grundrecht berufen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 645).
4.4 Der Beschwerdeführer macht zur Hautsache geltend, der verfügte Entzug seiner Beurkundungsbefugnis sei unverhältnismässig.
Der Einzelne kann sich in Bezug auf die hier in Frage stehende Handhabung von kantonalem Gesetzesrecht zwar direkt auf den Verhältnismässigkeitsgrundsatz als Teil des Bundes(verfassungs)rechts berufen. Das Bundesgericht prüft jedoch die Verhältnismässigkeit kantonalrechtlicher Anordnungen ausserhalb von Grundrechtseingriffen nicht frei, sondern nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots. Es gilt hierfür die in <ref-law> festgelegte Rüge- und Begründungspflicht (Urteil 2C_444/2007 vom 4. April 2008 E. 2.2, mit Hinweisen).
4.5 Die Vorinstanz hat festgestellt, der Beschwerdeführer habe selbst nach Einleitung des letzten Disziplinarverfahrens im März 2006 lediglich die Korrektur der mangelhaften Urkunden in Aussicht gestellt; weder im Laufe des Disziplinarverfahrens noch vor ihr habe er auch nur eine verbesserte Urkunde eingereicht bzw. die in Aussicht gestellten Unterlagen eingereicht. Für seine damit im Widerspruch stehende Behauptung, er habe die von der Beurkundungskommission vorgebrachten Beanstandungen behoben bzw. er sei an deren Behebung, legt der Beschwerdeführer keine Belege vor.
4.6 Der Beschwerdeführer macht sodann eine Verletzung des Grundsatzes "ne bis in idem" geltend. Dieser bezieht sich indessen nur auf die strafrechtliche Verfolgung von Delikten (<ref-ruling> E. 6.2). Der Grundsatz gilt zwar ebenfalls in Disziplinarverfahren bezüglich solcher Sanktionen, die nicht überwiegend und in erster Linie als Administrativmassnahme dem Schutz des Publikums dienen; Voraussetzung für die sich aus dem Grundsatz ergebende Sperrwirkung ist aber in jedem Fall die Identität von Täter und Tat (Urteil 2P.110/1999 vom 8. Oktober 1999 E. 4a/aa).
Diese Voraussetzung ist hier offensichtlich nicht erfüllt. Denn das nunmehr in Frage stehende dritte Disziplinarverfahren wurde wegen neu zu Tage getretener Beurkundungsmängel sowie wegen Missachtung der erwähnten Weisung angehoben. Da § 57 Abs. 1 Ziff. 3 der Beurkundungsverordnung namentlich die wiederholte Ausfällung von Ordnungsbussen als Grund für den Entzug des Befähigungsausweises vorsieht, waren diese bei der Anordnung der angefochtenen Massnahme - als Tatbestandselemente - zu berücksichtigen. Eine Verletzung des Grundsatzes "ne bis in idem" liegt nicht vor.
4.7 Die angefochtene Massnahme ist zwar einschneidend. Angesichts der auch im vorliegenden Verfahren zu Tage getretenen fehlenden Einsicht des Beschwerdeführers in die Tragweite seines Verhaltens erscheint sie jedoch nicht als klar unverhältnismässig und geradezu willkürlich. Der Beschwerdeführer wurde zudem bereits im Entscheid vom 9. Juni 2005 mit aller Deutlichkeit darauf hingewiesen, dass keine weiteren Verfehlungen geduldet würden, ansonsten ein Entzug des Befähigungsausweises drohe. Diese ausdrückliche Warnung hat er unbeachtet gelassen; er geht sogar im vorliegenden Verfahren davon aus, dass ihm kein Entzug der Beurkundungsbefugnis angedroht worden sei. Es fällt zudem auf, dass der Beschwerdeführer während des ganzen Verfahrens einen deutlichen Hang erkennen liess, die fehlerhaften Beurkundungen zu bagatellisieren; insbesondere ist er der erwähnten Weisung immer noch nicht nachgekommen. Diese Haltung lässt ernsthaft daran zweifeln, dass er das Gewicht seiner Verfehlungen richtig erfasst hat. Dass den Urkundsparteien bisher aus den fehlerhaften Urkunden angeblich keine Nachteile entstanden sind, kann allenfalls als glückliche Fügung bezeichnet werden; es mindert die in Frage stehenden Verfehlungen nicht. Dasselbe gilt für das untaugliche Argument, die Registerführer hätten ja die fehlerhaften Urkunden nicht zurückgewiesen.
Insgesamt müssen die gegenüber dem Beschwerdeführer erhobenen Vorwürfe als sehr schwerwiegende Verletzung seiner Pflichten als Urkundsperson bezeichnet werden (vgl. § 57 Abs. 1 Ziff. 3 Beurkundungsgesetz), die - entgegen seiner Auffassung - nicht mehr mit einer blossen Busse oder Verwarnung geahndet werden kann, sondern nach einer wesentlich schärferen Sanktion ruft und einen unbefristeten Entzug des Befähigungsausweises als vertretbar erscheinen lässt.
Der Beschwerdeführer wird durch diese Massnahme zwar hart getroffen. Es wird ihm damit aber lediglich die Betätigung im öffentlichen Beurkundungsbereich untersagt. Er kann daher weiterhin seinem Beruf als frei praktizierender Rechtsanwalt nachgehen. Mit Blick auf diese eingeschränkten Auswirkungen der verhängten Massnahme und auf die gesamten Umstände des konkreten Falles erscheint ein unbefristeter Entzug insbesondere wegen der Vielzahl von Verstössen und der wiederholten Disziplinarverfahren, von denen sich der Beschwerdeführer sichtlich nicht beeindrucken liess, nicht als willkürlich.
4.8 Die Ermessensausübung der Vorinstanz ist nach dem Gesagten nicht bundesrechtswidrig.
5. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. April 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Küng