A.- Am 23. Dezember 1996 erliess das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) eine Verfügung über die Zulassung von Heilbädern als Leistungserbringer der Krankenversicherung.
Art. 1 dieser Verfügung nennt diejenigen Bäder, welche als Heilbäder gemäss Art. 40 KVG anerkannt wurden, darunter das Heilbad "Y._". Das Bad Y._ wird durch das Kurhotel X._, eine Aktiengesellschaft, betrieben.
Mit Art. 2 der Verfügung über die Zulassung von Heilbädern als Leistungserbringer der sozialen Krankenversicherung vom 17. Januar 2001 hob das EDI die Verfügung vom 23. Dezember 1996 auf. Art. 1 der Verfügung vom 17. Januar 2001 zählt wiederum die nach Art. 40 KVG anerkannten Heilbäder auf. In dieser neuen Aufzählung ist das Heilbad "Y._" bzw. das Bad Y._ nicht mehr enthalten.
Das Bundesamt für Sozialversicherung stellte die Verfügung dem Kurhotel X._ mit einem Begleitschreiben vom 23. Januar 2001 zu und teilte ihm in einem weiteren Schreiben desselben Datums mit, dass und mit welcher Begründung dem Bad Y._ die Zulassung als Leistungserbringer der sozialen Krankenversicherung nicht erteilt werde.
B.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt das Kurhotel X._ das Rechtsbegehren stellen, Art. 1 lit. d der Verfügung vom 17. Januar 2001 (Aufzählung der anerkannten Heilbäder im Kanton Graubünden) sei insofern zu ergänzen, als das Kurhotel X._ ebenfalls als Heilbad anzuerkennen und aufzunehmen sei; eventuell sei die Angelegenheit zur Vornahme der erforderlichen Abklärungen an das EDI zurückzuweisen.
Das EDI schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Mit Verfügung vom 3. April 2001 wurde der Verwaltungsgerichtsbeschwerde aufschiebende Wirkung erteilt.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Nach Art. 40 Abs. 1 KVG sind Heilbäder zugelassen, wenn sie vom Departement anerkannt sind. Abs. 2 der Bestimmung erteilt dem Bundesrat den Auftrag, die Anforderungen festzulegen, welche die Heilbäder hinsichtlich ärztlicher Leitung, erforderlichem Fachpersonal, Heilanwendungen und Heilquellen erfüllen müssen. Der Bundesrat ist diesem Auftrag mit dem Erlass von Art. 57 und 58 KVV nachgekommen.
b) Gemäss Art. 57 KVV werden Heilbäder zugelassen, wenn sie unter ärztlicher Aufsicht stehen, zu Heilzwecken vor Ort bestehende Heilquellen nutzen, über das erforderliche Fachpersonal sowie die zweckentsprechenden diagnostischen und therapeutischen Einrichtungen verfügen und nach kantonalem Recht zugelassen sind (Abs. 1). Das Departement kann vom Erfordernis der vor Ort bestehenden Heilquelle Ausnahmen bewilligen. Es berücksichtigt dabei die bisherige Praxis der Krankenversicherer (Abs. 2). Art. 58 KVV bestimmt, dass als Heilquellen Quellen gelten, deren Wasser auf Grund besonderer chemischer oder physikalischer Eigenschaften und ohne jede Veränderung ihrer natürlichen Zusammensetzung eine wissenschaftlich anerkannte Heilwirkung ausüben oder erwarten lassen (Abs. 1). Die chemischen oder physikalischen Eigenschaften sind durch Heilwasseranalysen gutachtlich nachzuweisen und alle drei Jahre durch eine Kontrollanalyse durch die zuständige kantonale Instanz zu überprüfen (Abs. 2).
2.- a) Die erwähnten Bestimmungen nennen die Kriterien, welche für den Entscheid über die Zulassung als Heilbad massgebend sind. Sie enthalten jedoch keine genaue Umschreibung der Anforderungen, welche bezüglich der Kriterien im Einzelnen erfüllt sein müssen. Die Frage der Voraussetzungen einer Anerkennung als Heilbad wird somit durch ziemlich unbestimmt gehaltene Normen geregelt.
b) aa) Um Grundlage einer Verfügung bilden zu können, muss ein Rechtssatz dem Erfordernis der ausreichenden Bestimmtheit genügen. Grundanliegen des Bestimmtheitsgebotes ist die Gewährleistung von Rechtssicherheit und Rechtsgleichheit (Häfelin/Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts,
3. Auflage, Zürich 1998, N 313 f.). Das Gebot nach Bestimmtheit rechtlicher Normen darf jedoch nicht in absoluter Weise verstanden werden. So kann der Gesetz- und Verordnungsgeber nicht völlig darauf verzichten, allgemeine Begriffe zu verwenden, die formal nicht eindeutig generell umschrieben werden können und an die Auslegung durch die Behörde besondere Anforderungen stellen.
Darüber hinaus sprechen die Komplexität der im Einzelfall erforderlichen Entscheidung, die Notwendigkeit einer erst bei der Konkretisierung möglichen Wahl sowie die nicht abstrakt erfassbare Vielfalt der zu ordnenden Sachverhalte im Einzelfall für eine gewisse Unbestimmtheit der Normen (<ref-ruling> Erw. 4d mit Hinweisen). Verlangt ist eine den jeweiligen Verhältnissen angemessene optimale Bestimmtheit bzw. eine unter Berücksichtigung aller massgebenden Gesichtspunkte, namentlich auch der Voraussehbarkeit der Verhältnisse, optimale Determinierung (Martin Wirthlin, Das Legalitätsprinzip im Bereich des Bau- und Planungsrechts, AJP 2001 S. 516 mit Hinweisen).
bb) Die Lehre weist darauf hin, dass Komplexität und Veränderlichkeit der zu regelnden Sachverhalte in jüngerer Zeit zugenommen haben. Im Zusammenhang mit dieser Entwicklung und den entsprechend gewandelten Anforderungen an die öffentliche Verwaltung, von welcher flexibles und zeitgerechtes Reagieren auf sich wandelnde Sachverhalte und Erkenntnisse verlangt wird, sind ein Abbau der Regelungsdichte und eine Tendenz zum vermehrten Erlass unbestimmter, offener Normen zu beobachten (vgl. Pierre Moor, Principes de l'activité étatique et responsabilité de l'Etat, in:
Thürer/Aubert/Müller, Verfassungsrecht der Schweiz, Zürich 2001, S. 265 ff., 270 f.). Anzahl und Bedeutung von Rechtsnormen nehmen zu, welche durch Offenheit oder Unbestimmtheit charakterisiert sind und mit Generalklauseln, unbestimmten Rechtsbegriffen und Ermessensbefugnissen arbeiten, deren "Freiräume" durch die Verwaltung aufzufüllen sind (Michele Albertini, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, Diss. Bern 2000, S. 11 mit Hinweisen).
cc) Als Folge der dargestellten Entwicklung verlieren die Garantien des - nunmehr in Art. 5 Abs. 1 der Bundesverfassung vom 18. April 1999 festgehaltenen - Gesetzmässigkeitsprinzips an Wirksamkeit (Moor, a.a.O., S. 270 f.; Thomas Cottier, Die Verfassung und das Erfordernis der gesetzlichen Grundlage, Diss. Bern, 2. Auflage 1991, S. 206). Insbesondere weist eine im Ermessen der Behörde zu treffende Verfügung bei relativer Offenheit der materiellen Rechtsnormen für die Partei einen verminderten Grad an Voraussehbarkeit bezüglich Inhalt und Begründung auf (Albertini, a.a.O., S. 306). Unbestimmte Normen sind daher geeignet, zu einem Verlust an Rechtssicherheit zu führen. Ihnen müssen materiellrechtliche und verfahrensrechtliche Sicherungen sowie mitunter besondere Anforderungen an die Begründungspflicht entgegen gestellt werden (Cottier, a.a.O., S. 206). Die Unbestimmtheit der anzuwendenden Norm ist durch verfahrensrechtliche Garantien gewissermassen zu kompensieren (<ref-ruling> Erw. 4d mit Hinweisen; Cottier, a.a.O., S. 213; Albertini, a.a.O., S. 74 f. mit Hinweisen; Moor, a.a.O., S. 270 f.; Wirthlin, a.a.O., S. 516 mit Hinweis). Je offener und unbestimmter die gesetzliche Grundlage ist, desto stärker sind die verfahrensrechtlichen Garantien als Schutz vor unrichtiger Anwendung des unbestimmten Rechtssatzes auszubauen (Albertini, a.a.O., S. 75 f.). In diesem Zusammenhang kommt der Konkretisierung der Anforderungen, welche unter dem Gesichtspunkt des rechtlichen Gehörs an die Ausgestaltung des Verwaltungsverfahrens zu stellen sind, besondere Bedeutung zu. Nach der für die Auslegung von Art. 29 Abs. 2 der am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen neuen Bundesverfassung vom 18. April 1999 weiterhin massgebenden (<ref-ruling> Erw. 2a) Rechtsprechung zu Art. 4 Abs. 1 der Bundesverfassung vom 29. Mai 1874 ist der verfassungsrechtlich garantierte Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, wenn die Betroffenen nur in abstrakter, allgemeiner Weise Stellung nehmen können zu einer Massnahme, deren konkrete Begründung ihnen nicht bekannt ist (<ref-ruling>). Die verfassungskonforme Gewährung des rechtlichen Gehörs erfordert unter Umständen, dass die Behörde, bevor sie in Anwendung einer unbestimmt gehaltenen Norm oder in Ausübung eines besonders grossen Ermessensspielraums einen Entscheid fällt, der von erheblicher Tragweite für die Betroffenen ist, diese über ihre Rechtsauffassung orientiert und ihnen Gelegenheit bietet, dazu Stellung zu nehmen (vgl. Albertini, a.a.O., S. 221, 297 f., 303 ff., mit Hinweisen).
c) Nach dem Gesagten ist nicht zu beanstanden, dass die Art. 57 f. KVV die Voraussetzungen einer Anerkennung als Heilbad gemäss Art. 40 KVG in vergleichsweise unbestimmter Weise umschreiben, da die Erkenntnisse hinsichtlich Wirksamkeit, Zweckmässigkeit und Wirtschaftlichkeit (Art. 32 KVG) ändern können. Die Unbestimmtheit der anzuwendenden Rechtssätze ist jedoch durch eine Stärkung der Verfahrensrechte der Betroffenen gleichsam zu kompensieren.
3.- a) Beim Entscheid über die Zulassung oder Nichtzulassung hatte das Departement nach erfolgtem Abklärungsverfahren den durch Art. 29 Abs. 2 BV garantierten und in Art. 29 VwVG für das Verwaltungsverfahren ausdrücklich statuierten Anspruch auf rechtliches Gehör und die damit verbundenen Verfahrensgarantien, insbesondere die Mitwirkungsrechte der Betroffenen, zu beachten. Dazu gehört namentlich das Recht auf Akteneinsicht (Art. 26 VwVG), das Recht, sich vor Erlass einer Verfügung zur Sache zu äussern (Art. 30 VwVG) und zu Vorbringen der Gegenpartei angehört zu werden (Art. 31 VwVG) sowie das Recht, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden (Art. 33 VwVG) (SVR 1998 KV Nr. 14 Erw. 4b mit Hinweisen). Angesichts der Unbestimmtheit der anwendbaren materiellen Rechtsnormen ist das Anhörungsverfahren in der Weise auszugestalten, dass der Gesuchstellerin oder dem Gesuchsteller Gelegenheit geboten wird, sich zu den Ergebnissen des vorangegangenen Abklärungsverfahrens und zur in Aussicht genommenen Auslegung der massgebenden Bestimmungen zu äussern.
b) Dem Entscheid über die Anerkennung der Beschwerdeführerin als Heilbad gemäss Art. 40 KVG gingen die folgenden aktenkundigen Verfahrensschritte voraus:
aa) Das EDI liess zunächst durch eine Arbeitsgruppe, zusammengesetzt aus Vertretern des Verbandes Schweizer Badekurorte (VSB), des Konkordats der Schweizerischen Krankenversicherer (KSK), der Schweizerischen Gesellschaft für Balneologie und Bioklimatologie (SGBB) und des BSV, einen Fragebogen erarbeiten. Mit Schreiben vom 27. November 1998 wurde dieser Fragebogen an alle Einrichtungen, die möglicherweise die Bedingungen einer Zulassung als anerkanntes Heilbad erfüllen würden, sowie an alle Kantone versandt.
Die Beschwerdeführerin retournierte den ihr zugestellten Fragebogen mit einem Begleitschreiben vom 31. Januar 1999.
bb) Anlässlich ihrer Sitzung vom 28. August 1999 hielt die Arbeitsgruppe fest, das Bad X._ weise weder eine Thermalquelle noch einen auffallenden Mineralgehalt auf. Sie beschloss, die Einforderung eines Gutachtens über die Heilwirkung des Wassers zu empfehlen.
cc) Am 13. Oktober 1999 forderte das BSV die Beschwerdeführerin auf, weitere Unterlagen zur Beurteilung der Heilwirkung des vom Heilbad verwendeten Quellwassers zum Zwecke einer Badekur sowie ein allenfalls vorhandenes Gutachten eines spezialisierten Institutes einzureichen. Die Beschwerdeführerin liess dem BSV mit einem Begleitschreiben vom 20. Oktober 1999 einen Bericht vom 18. August 1988 über eine energetische Analyse sowie einen Untersuchungsbericht vom 19. Juni 1985 zukommen.
dd) Mit Schreiben vom 23. Januar 2001 eröffnete das BSV der Beschwerdeführerin den Entscheid des EDI vom 17. Januar 2001. Zwischenzeitlich war die Beschwerdeführerin nicht mehr formell kontaktiert worden.
c) Das beschriebene Vorgehen der Verwaltung wird den obgenannten Anforderungen an das Anhörungsverfahren gemäss Art. 29 und 30 Abs. 1 VwVG nicht gerecht. Insbesondere bilden die Zustellung des Fragebogens und die Aufforderung zur Einreichung weiterer Unterlagen betreffend die Heilwirkung des Quellwassers ohne Bekanntgabe des vorgesehenen Beurteilungsmassstabes keine ausreichende Gewährung des rechtlichen Gehörs. Vielmehr hätte der Beschwerdeführerin nach dem Abschluss der sachverhaltlichen Abklärungen, aber vor dem Erlass des Entscheides des EDI Gelegenheit geboten werden müssen, sich zum Ergebnis der Abklärungen sowie zur Frage nach der Heilwirkung des Quellwassers, den für deren Beantwortung massgebenden Kriterien und dem anzuwendenden Massstab nochmals vernehmen zu lassen. Dass der Verband der Badekurorte die Interessen der Heilbäder in die Arbeitsgruppe, die den Fragebogen erarbeitete, einbringen konnte, vermag die Gehörsgewährung an die Beschwerdeführerin nicht zu ersetzen. Eine solche konnte auch nicht deshalb unterbleiben, weil die Beschwerdeführerin den Fragebogen ohne inhaltliche Kritik eingereicht hatte, denn darin kann kein Verzicht auf eine spätere Anhörung erblickt werden.
d) aa) Das Recht, angehört zu werden, ist formeller Natur. Die Verletzung des rechtlichen Gehörs führt ungeachtet der Erfolgsaussichten der Beschwerde in der Sache selbst zur Aufhebung der angefochtenen Verfügung. Es kommt mit anderen Worten nicht darauf an, ob die Anhörung im konkreten Fall für den Ausgang der materiellen Streitentscheidung von Bedeutung ist, d.h. die Behörde zu einer Änderung ihres Entscheides veranlasst wird oder nicht (<ref-ruling> Erw. 2b mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung kann eine - nicht besonders schwer wiegende - Verletzung des rechtlichen Gehörs als geheilt gelten, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie die Rechtslage frei überprüfen kann. Die Heilung eines - allfälligen - Mangels soll aber die Ausnahme bleiben (<ref-ruling> Erw. 2b mit Hinweisen).
bb) Die im Rahmen der Gewährung des rechtlichen Gehörs zu erwartenden Ausführungen der Beschwerdeführerin werden voraussichtlich eine balneologische Beurteilung erfordern.
Diese ist nicht durch das Eidgenössische Versicherungsgericht, sondern in erster Linie durch die zuständigen Verwaltungsbehörden vorzunehmen. Eine Heilung der Gehörsverletzung im Verwaltungsgerichtsbeschwerdeverfahren kommt daher nicht in Frage.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde
wird der am 23. Januar 2001 vom Bundesamt für
Sozialversicherung eröffnete Entscheid des Eidgenössischen
Departementes des Innern vom 17. Januar 2001
aufgehoben, und es wird die Sache an das Eidgenössische
Departement des Innern zurückgewiesen, damit es
im Sinne der Erwägungen verfahre und über die Zulassung
der Beschwerdeführerin neu entscheide.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 3000.- wird der Beschwerdeführerin zurückerstattet.
IV. Das Eidgenössische Departement des Innern hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
V. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesamt für
Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 21. Dezember 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: