Sachverhalt:
A. X._ war alleiniger Aktionär der M._ Aktiengesellschaft und alleiniger Gesellschafter der C._ St. Gallen GmbH (nachfolgend: C._ GmbH). Am 11. Dezember 1998 verkaufte die M._ AG der C._ GmbH eine Liegenschaft in St. Gallen zum Buchwert von 4,8 Millionen Franken. Der Besitzesantritt erfolgte rückwirkend auf den 1. Juli 1998. Ebenfalls am 11. Dezember 1998 schloss die C._ GmbH mit der S._ AG einen Kaufrechtsvertrag über dieses Grundstück ab. Die S._ AG, die bereits Mieterin der Liegenschaft war, erwarb dadurch im Wesentlichen das Recht, das Grundstück frühestens am 1. Januar 2002 zum Preis von 6,5 Millionen Franken zu erwerben.
Im Vorfeld des Abschlusses des Kaufrechtsvertrags hatte die S._ AG der C._ GmbH am 2. und 3. Dezember 1998 zwei zweckgebundene Darlehen in der Höhe von insgesamt 880'000 Franken gewährt. Ferner bezahlte die S._ AG für die M._ AG eine Vermittlungsprovision eines Dritten.
Am 18. August 1999 wurde über die M._ AG der Konkurs eröffnet. Das summarische Konkursverfahren wurde am 25. April 2000 geschlossen. Die Verlustsumme belief sich auf insgesamt 234'683 Franken. Alle Gläubiger erlitten einen vollständigen Verlust.
Die S._ AG machte von ihrem Kaufrecht Gebrauch. Sie schloss am 17. Dezember 2001 mit der C._ GmbH, einen Kaufvertrag betreffend die Liegenschaft "C._" zum Preis von 6,5 Millionen Franken mit Besitzesantritt per 1. Januar 2002 ab. Am 24. Oktober 2003 verkaufte die S._ AG die Liegenschaft für 6,7 Millionen Franken an die H._ AG, Zürich.
B. Mit Entscheid vom 17. Mai 2006 sprach das Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, X._ der Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung (Art. 164 Ziff. 1 Abs. 1, 3 und 5 StGB) schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Gefängnisstrafe von acht Monaten.
C. X._ führt Nichtigkeitsbeschwerde an das Bundesgericht. Er beantragt, es sei der Entscheid der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen vom 17. Mai 2006 aufzuheben und die Angelegenheit zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Kantonsgericht St. Gallen hat auf Gegenbemerkungen zur Beschwerde verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung von Art. 277 BStP geltend. Er wendet sich gegen tatsächliche Feststellungen im angefochtenen Urteil, die in seinen Augen derart mangelhaft seien, dass die Gesetzesanwendung nicht überprüft werden könne (Beschwerde, S. 4 f.).
Nach Art. 277 BStP hebt der Kassationshof einen Entscheid auf, wenn er an derartigen Mängeln leidet, dass die Gesetzesanwendung nicht überprüft werden kann. Diese Norm umschreibt keinen selbständigen Beschwerdegrund. Vielmehr setzt die Aufhebung eines Entscheids gestützt auf Art. 277 BStP voraus, dass die Verletzung von Bundesrecht in einer Art. 273 Abs. 1 lit. b BStP entsprechenden Form gerügt wurde (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 3b, je mit weiterem Hinweis). Das ist vorliegend nicht der Fall. Überdies wendet sich der Beschwerdeführer in der Sache gegen verbindliche Tatsachenfeststellungen der Vorinstanz, was im Rahmen der Nichtigkeitsbeschwerde nicht zulässig ist. Auf die Beschwerde ist somit insoweit nicht einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen seine Verurteilung wegen Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung (Art. 164 Ziff. 1 Abs. 1, 3 und 5 i.V.m. <ref-law>). Er macht insbesondere geltend, die Vorinstanz habe die Liegenschaft bundesrechtswidrig hoch bewertet und zu Unrecht ein offensichtliches Missverhältnis zwischen dem richtig berechneten Marktwert und dem Verkaufspreis bejaht. Zudem verletze es Bundesrecht, von ihm zu verlangen, er hätte die Liegenschaft zum Preis von 6,5 Millionen Franken auf die C._ AG übertragen oder vertraglich mindestens eine Gewinnbeteiligung der M._ AG für den Fall der Ausübung des Kaufrechts vorsehen müssen.
3. Nach Art. 164 Ziff. 1 ist der Schuldner mit Zuchthaus bis zu fünf Jahren oder Gefängnis strafbar, der zum Schaden seiner Gläubiger sein Vermögen vermindert, namentlich indem er Vermögenswerte unentgeltlich oder gegen eine Leistung mit offensichtlich geringerem Wert veräussert, wenn über ihn der Konkurs eröffnet oder gegen ihn ein Verlustschein ausgestellt worden ist.
Der Beschwerdeführer wendet sich nicht gegen die Anwendung des <ref-law> auf ihn als verantwortliches Organ der M._ AG und der C._ GmbH. Die objektive Strafbarkeitsbedingung der Konkurseröffnung gegen die Schuldnerin, die M._ AG, ist ebenso gegeben wie der kausale Eintritt eines Vermögensschadens der Gläubiger der genannten Gesellschaft.
4. 4.1 Bei Bewertungsfragen bestimmt das Bundesrecht in seinem Anwendungsbereich, nach welchen Rechtsgrundsätzen die Bewertung vorzunehmen ist. Mit Nichtigkeitsbeschwerde kann deshalb geltend gemacht werden, die Vorinstanz habe die Rechtsgrundsätze der Bewertung missachtet. Rechtsfrage ist beispielsweise, ob die Vorinstanz vom richtigen Begriff des Verkehrswertes ausgegangen ist oder eine korrekte Bewertungsmethode angewendet hat. Demgegenüber ist die nach diesen Grundsätzen vorzunehmende Wertermittlung eine im Verfahren der Nichtigkeitsbeschwerde nicht überprüfbare Tatfrage (vgl. zum Berufungsverfahren: <ref-ruling> E. 2a S. 260; <ref-ruling> E. 5a S. 6).
4.2 Strittig ist die Bewertung der Liegenschaft, die das Hauptaktivum der M._ AG gebildet hat. Entgegen der Vorbringen des Beschwerdeführers hat die Vorinstanz bei ihrer Bewertung auf den Verkehrswert abgestellt. Es lag zwar ein Gutachten vor, welches den Verkehrswert der Liegenschaft Ende 1998 auf knapp 5 Millionen Franken errechnet hatte, doch hat die Vorinstanz für die Wertbestimmung auch das Kaufrecht in seine Berechnung miteinbezogen, das die Käuferin (C._ GmbH) unmittelbar nach ihrem Kauf der Liegenschaft der S._ AG gewährte. Es hat erwogen, das (limitierte) Kaufrecht über 6,5 Millionen Franken sei ein gewichtiges Element für die Wertbestimmung der Liegenschaft, da die S._ AG die Liegenschaft aufgrund der von ihr als Mieterin getätigten Investitionen über rund 1,5 Millionen Franken habe kaufen wollen. Es sei bereits im Zeitpunkt des angefochtenen Rechtsgeschäftes (Übertragung Stammanteile) sehr wahrscheinlich gewesen, dass die S._ AG dieses ausüben werde.
4.3 Diese Erwägung des Kantonsgerichts ist nicht zu beanstanden: Einerseits ist die im Rahmen des Kaufrechts vereinbarte Höhe des Kaufpreises ein Indiz für den Verkehrswert der Liegenschaft. Andererseits sind bei Bewertungen auch Umstände als wertverändernd zu berücksichtigen, die sich erst in der Zukunft realisieren. Dies gilt nicht nur für wertvermindernde (<ref-ruling> E. 3 S. 345 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 53 ff.), sondern auch für werterhöhende Faktoren.
Es ist im Übrigen darauf hinzuweisen, dass sich die Gutachter aus dem Grund entschlossen haben, das Kaufrecht in ihre Überlegungen nicht einzubeziehen, weil sie nicht abschliessend beurteilen konnten, ob der Verkauf bereits mit Erstellung des Mietvertrages beabsichtigt worden war.
Wenn es dagegen dem Kantonsgericht nach dem Beweisverfahren möglich gewesen ist, die Wahrscheinlichkeit einer Kaufrechtsausübung im hier relevanten Zeitpunkt der Übertragung der Stammanteile abzuschätzen, stellt dies einen triftigen Grund dar, vom Gutachten abzuweichen. Die Vorinstanz kommt zum Schluss, dass die S._ AG die Liegenschaft auf Ende 1998 für 6,5 Millionen Franken gekauft hätte, wenn der Beschwerdeführer seine Zustimmung dazu erteilt hätte.
Damit ist die Schätzung des Verkehrswerts der Liegenschaft durch die Vorinstanz nicht zu beanstanden.
5. Um welchen Betrag das Kaufrecht den Wert der Liegenschaft erhöht, ist eine Tatfrage, die das Bundesgericht im Verfahren der Nichtigkeitsbeschwerde nicht überprüfen kann (Art. 277bis Abs. 1 BStP). Auf die entsprechenden Rügen des Beschwerdeführers kann nicht eingetreten werden. Ebenfalls nicht zu hören sind die Vorbringen betreffend die Wahrscheinlichkeit der Kaufrechtsausübung. Die entsprechende Annahme des Kantonsgerichts beruht auf Beweiswürdigung, an welche das Bundesgericht gebunden ist.
6. 6.1 Nach den verbindlichen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz war dem Beschwerdeführer bewusst, dass der damalige Verkehrswert der Liegenschaft bei 6,5 Millionen Franken lag. Denn er wusste, dass die S._ AG die Liegenschaft bereits Ende 1998 für diesen Preis gekauft hätte, und dies nur an seiner fehlenden Verkaufsbereitschaft zu diesem Zeitpunkt scheiterte. Dennoch verkaufte er am 11. Dezember 1998 die Liegenschaft als Vertreter der M._ AG lediglich zum Buchwert von 4,8 Millionen Franken an die C._ GmbH. Unmittelbar im Anschluss an die Vertragsunterzeichnung schloss er, dieses Mal als Vertreter der C._ GmbH, mit der S._ AG einen Kaufrechtsvertrag über die Liegenschaft ab, nach dem die S._ AG sie frühestens am 1. Januar 2002 zum Preis von 6,5 Millionen Franken kaufen konnte.
Die Vorinstanz erwägt ferner, der Beschwerdeführer habe mit der Liegenschaft einen möglichst hohen Gewinn erzielen wollen. Er habe diesen aber nicht der notleidenden M._ AG, sondern der von ihm neu gegründeten C._ GmbH zufliessen lassen wollen. Daher sei bei sämtlichen Vereinbarungen mit der S._ AG die C._ GmbH als Vertragspartnerin aufgetreten, obwohl sie im damaligen Zeitpunkt noch nicht Eigentümerin der Liegenschaft gewesen sei. Der Beschwerdeführer habe mit dem Verkauf der Liegenschaft durch die M._ AG zum Buchwert dieser Gesellschaft bewusst den bedeutendsten Aktivposten entzogen und die Befriedigung der Gläubiger dadurch verunmöglicht. Wäre der Verkauf stattdessen für 6,5 Millionen Franken an die S._ AG erfolgt, hätten bei bestehenden Grundpfandrechten von 5'690'000 Franken sämtliche Gläubiger vollständig befriedigt werden können, und zwar selbst wenn man davon ausgehen würde, dass eine (nicht zu erwartende) Gewinnsteuer von bis zu 575'000 Franken angefallen wäre (angefochtenes Urteil, S. 14, 16 f.).
6.2 Ausgehend von dieser Sachlage ist die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Er hat die Liegenschaft für die M._ AG für 4,8 Millionen Franken an die C._ GmbH verkauft, obschon er wusste, dass er mit einem Verkauf an die S._ AG einen um 1,7 Millionen Franken höheren Preis hätte lösen können. Mit diesem Vorgehen wollte er verhindern, dass dieser Mehrbetrag der M._ AG und damit deren Gläubigern zufloss. Der Verkaufspreis von 4,8 Millionen Franken stellt im Verhältnis zum Preis von 6,5 Millionen Franken, den die S._ AG Ende 1998 bezahlt hätte, eine Leistung mit offensichtlich geringerem Wert im Sinne von <ref-law> dar. Die Offensichtlichkeit des Missverhältnisses bestimmt sich selbständig und nicht nach <ref-law>, wie der Beschwerdeführer geltend macht. Der Tatbestand der Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung ist objektiv und subjektiv erfüllt.
6.3 Ob der Beschwerdeführer zumindest vertraglich eine Gewinnbeteiligung für die M._ AG für den Fall der Ausübung des Kaufrechts hätte vorsehen müssen, wie die Vorinstanz meint (angefochtenes Urteil, S. 17) und wogegen sich der Beschwerdeführer wendet, kann offen bleiben. Entscheidend ist allein, dass der Beschwerdeführer die Liegenschaft der M._ AG bereits Ende 1998 für 6,5 Millionen Franken an die S._ AG hätte verkaufen können, es aber zwecks Schädigung der Gläubiger der M._ AG vorzog, die Liegenschaft der C._ GmbH zum mehr als einen Viertel tieferen Buchwert zu veräussern. Mit diesem Verkauf erheblich unter Verkehrswert hat er das Vermögen der M._ AG zum Schaden ihrer Gläubiger vermindert.
7. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer dessen Kosten (Art. 278 Abs. 1 BStP). Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. November 2006
Im Namen des Kassationshofes
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: