Sachverhalt:
A. Die Unigaz SA ist seit 1978 im Besitz einer Konzession für den Bau und Betrieb einer Hochdruckgasleitung von Orbe VD nach Mülchi BE. Die Gasleitung wurde in den Jahren 1979 und 1980 gebaut und durchquert unter anderem die Industriezone von Givisiez FR, in welcher in den letzten Jahren eine starke bauliche Entwicklung und insbesondere eine Zunahme an gewerblichen Tätigkeiten zu verzeichnen war. Nachdem die Unigaz SA auf freiwilliger Basis bei einem Ingenieurbüro eine Risikostudie in Auftrag gegeben hatte, kam dieses mit Bericht vom 5. Februar 2007 zum Schluss, dass das Risiko eines Störfalles unter Berücksichtigung der aktuellen Überbauung sowie der fortgeschrittenen Bauprojekte in einem der insgesamt gewählten drei Sektoren in der Industriezone von Givisiez teilweise in einem nicht akzeptablen Bereich liege. Zum gleichen Ergebnis gelangte es unter zusätzlicher Berücksichtigung der zukünftigen möglichen Entwicklung in der Industriezone, wobei sich die Risiken allgemein in Richtung eines nicht mehr tolerierbaren Bereichs bewegen würden.
B. Mit Verfügung vom 25. Juni 2007 verpflichtete das Bundesamt für Energie (BFE) die Unigaz SA, ihm innert einem Jahr ab Eintritt der Rechtskraft seines Entscheids einen konkreten Vorschlag für Sicherheitsmassnahmen technischer und/oder anderer Natur innerhalb der Industriezone von Givisiez zu unterbreiten (Dispositiv Ziff. 1). Weiter hielt das BFE die Unigaz SA an, innert einer Frist von achtzehn Monaten ab Eintritt der Rechtskraft des Entscheids eine Studie über Varianten der Verlegung der Hochdruckgasleitung zu erstellen, welche die Einreichung eines Plangenehmigungsgesuchs gemäss der Rohrleitungsgesetzgebung innerhalb von höchstens sechs Monaten erlaube, und die sich über die finanziellen Aspekte äussere. Bei der Ausarbeitung dieser Varianten seien der Kanton Freiburg, das Bundesamt für Umwelt (BAFU) und das Eidgenössische Rohrleitungsinspektorat (ERI) einzubeziehen (Dispositiv Ziff. 2). Zur Begründung führte das Bundesamt im Wesentlichen aus, der Risikobericht vom 5. Februar 2007 habe in der Industriezone von Givisiez in einem der Sektoren Werte aufgezeigt, welche sich im unzulässigen Bereich bewegten. Aufgrund seiner Aufsichtspflicht über Rohrleitungsanlagen gemäss Art. 16 Abs. 1 und Art. 17 Abs. 1 des Rohrleitungsgesetzes vom 4. Oktober 1963 (RLG, SR 746.1) müsse es daher intervenieren. Seine Zuständigkeit zum Erlass der besagten Massnahmen im Bereich von Rohrleitungsanlagen ergebe sich direkt aus <ref-law> (SR 814.01) bzw. gestützt auf Art. 1 Abs. 5 der Störfallverordnung vom 27. Februar 1991 (StFV, SR 814.012) i.V.m. <ref-law>.
C. Gegen diese Verfügung gelangte die Unigaz SA mit Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht. Darin beantragte sie die Aufhebung der Verfügung des BFE, eventualiter die Aufhebung von Ziff. 2 des Dispositivs. Subeventualiter seien die Kosten der in Ziff. 2 des Dispositivs genannten Studie von einem namentlich bezeichneten Dritten oder vom Bundesamt zu tragen, oder das Geschäft sei an das Bundesamt mit der verbindlichen Weisung zur Kostenverlegung im vorerwähnten Sinne zurückzuweisen.
Zur Begründung führte sie aus, das Bundesamt sei weder gestützt auf <ref-law> noch auf <ref-law> i.V.m. <ref-law> zum Erlass der angefochtenen Verfügung berechtigt gewesen. Die Störfallverordnung sei auf bestehende Rohrleitungsanlagen nicht anwendbar. Da sämtliche notwendigen Massnahmen für den Katastrophenschutz in der Verordnung vom 4. April 2007 über Sicherheitsvorschriften für Rohrleitungsanlagen (RLSV, SR 746.12) bereits hinreichend konkretisiert worden seien, bleibe für die Anordnung von darüber hinausgehenden Massnahmen unmittelbar gestützt auf <ref-law> kein Raum mehr. Die fehlende gesetzliche Grundlage habe zur Folge, dass die Vorinstanz zum Erlass der angefochtenen Verfügung sachlich gar nicht zuständig gewesen sei und sich letztere daher sogar als nichtig erweise. Sowohl für die Verpflichtung, eine Studie über Varianten der Verlegung der Hochdruckgasleitung zu erstellen, als auch für die Auferlegung der damit verbundenen Kosten auf die Beschwerdeführerin fehle es an einer gesetzlichen Grundlage. Gestützt auf das Prioritätsprinzip gemäss Art. 29 Abs. 1 RLG müsse eine bestehende Rohrleitungsanlage gegenüber neuen Anlagen nicht weichen und die Kosten der Verlegung oder einer damit verbundenen Studie müssten nicht von der Betreiberin der bestehenden Anlage getragen werden.
D. Das Bundesverwaltungsgericht wies die Beschwerde der Unigaz SA mit Urteil vom 18. Juni 2008 ab. Es bezeichnete <ref-law> als gesetzliche Grundlage für die Anordnungen, einen konkreten Vorschlag für Sicherheitsmassnahmen zu unterbreiten und eine Studie über Varianten der Leitungsverlegung zu erstellen. Gestützt auf das Verursacherprinzip nach <ref-law> sei die Unigaz SA verpflichtet, eine Studie über Varianten der Leitungsverlegung zu erstellen und die damit verbundenen Kosten zu tragen. Bei den verlangten Vorabklärungen handle es sich um geeignete Vorkehrungen im Hinblick auf die Einleitung notwendiger Schutzmassnahmen, welche mit dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit vereinbar seien.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 21. August 2008 beantragt die Unigaz SA im Wesentlichen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 18. Juni 2008 und die Verfügung des Bundesamts für Energie vom 25. Juni 2007 seien aufzuheben. Die Beschwerdeführerin rügt in verschiedener Hinsicht die Verletzung des Umweltschutzrechts und des Rohrleitungsrechts des Bundes.
F. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung zur vorliegenden Beschwerde. Das Bundesamt für Energie (BFE) beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) gelangt zum Schluss, der angefochtene Entscheid sei mit dem Bundesrecht vereinbar. Die Beschwerdeführerin hält in einer weiteren Stellungnahme an ihren Rechtsauffassungen und Anträgen fest.
G. Mit Verfügung vom 23. September 2008 legte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der vorliegenden Beschwerde aufschiebende Wirkung bei.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der Beschwerden von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 31).
2. Das angefochtene Urteil des Bundesverwaltungsgerichts stützt sich auf Bundesverwaltungsrecht, insbesondere Bundesumwelt- und Rohrleitungsrecht. Es betrifft eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Die Beschwerdeführerin ist Adressatin des angefochtenen Urteils. Sie ist als Konzessionärin und Betreiberin der Hochdruckgasleitung vom angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids (<ref-law>).
3. Nach nicht beanstandeter Feststellung im angefochtenen Entscheid ist unbestritten, dass von der Hochdruckgasleitung der Beschwerdeführerin in der Industriezone von Givisiez ein teilweise nicht mehr tolerierbares Sicherheitsrisiko ausgeht. Umstritten ist, ob die der Beschwerdeführerin auferlegte Verpflichtung, einen konkreten Vorschlag für Sicherheitsmassnahmen zu unterbreiten und eine Studie über Varianten zur Verlegung der Hochdruckgasleitung zu erstellen, auf einer gesetzlichen Grundlage beruht. Aus dem angefochtenen Entscheid ergibt sich, dass es sich bei den umstrittenen Anordnungen des Bundesamts für Energie um Vorbereitungshandlungen zur Anordnung der erforderlichen Sicherheitsmassnahmen handelt. Eine Verfügung über die zu ergreifenden Massnahmen liegt noch nicht vor. Eine solche kann erst aufgrund der vom Bundesamt für Energie verlangten konkreten Vorschläge für Sicherheitsmassnahmen und der Studie über Varianten für die Leitungsverlegung erlassen werden. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich somit nicht um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law>, da er das Verfahren zur Anordnung der Sicherheitsmassnahmen nicht abschliesst. Auch liegt kein Teilentscheid im Sinne von <ref-law> vor, welcher einen Teil der Sicherheitsmassnahmen abschliessend regeln würde.
3.1 Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde zulässig (<ref-law>). Diese Entscheide können später nicht mehr angefochten werden (<ref-law>).
Das Bundesverwaltungsgericht führt im angefochtenen Entscheid aus, das Bundesamt für Energie dürfe gestützt auf das Rohrleitungsgesetz im Rahmen seiner Betriebsaufsicht nur insoweit Anordnungen im Interesse der Sicherheit treffen, als diese entweder vorläufiger Natur seien oder dadurch die Konzession in ihren zentralen Punkten unberührt bleibe (Urteil des Bundesgerichts 1A.24/1998 vom 28. Oktober 1998 E. 2c in: ZBl 100/1999 S. 632 ff.). Die der Beschwerdeführerin vorerst auferlegte Verpflichtung, einen konkreten Vorschlag für Sicherheitsmassnahmen zu unterbreiten, bzw. eine Studie über Varianten der Verlegung der Hochdruckgasleitung zu erstellen, stelle (noch) keinen schwerwiegenden Eingriff in die ihr erteilte Konzession dar. Das Bundesamt sei somit - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin - kraft ihrer Aufsichtsfunktion zur Anordnung besagter Massnahmen sachlich zuständig.
Die Beschwerdeführerin beanstandet diese Ausführungen der Vorinstanz nicht und stellt auch keinen Antrag, die sachliche Zuständigkeit des Bundesamts für Energie sei zu verneinen. Die Zuständigkeitsfrage gehört somit nicht zum Streitgegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens, weshalb auf die Beschwerde nicht gestützt auf <ref-law> eingetreten werden kann.
3.2 Nach <ref-law> ist die Beschwerde gegen andere selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Ist die Beschwerde aufgrund von <ref-law> nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken (<ref-law>).
Die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> sollen das Bundesgericht entlasten. Dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen und sich überdies nicht bereits in einem frühen Verfahrensstadium ohne genügend umfassende Sachverhaltskenntnis teilweise materiell festlegen müssen. Können allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids behoben werden, so tritt das Bundesgericht auf gegen Vor- und Zwischenentscheide gerichtete Beschwerden nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 34 f.).
3.2.1 Soweit es das materielle Verwaltungsrecht gebietet, können bei Vor- und Zwischenentscheiden auch rein tatsächliche Nachteile nicht wieder gutzumachende Nachteile im Sinne von <ref-law> darstellen. Sofern es dem Beschwerdeführer bei der Anfechtung einer Zwischenverfügung nicht lediglich darum geht, eine Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens zu verhindern, kann ein anderes, auch wirtschaftliche Anliegen beinhaltendes schutzwürdiges Interesse ausreichen (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 36 mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, welche nicht wieder gutzumachenden Nachteile im Sinne der dargelegten Rechtsprechung ihr durch den vom Bundesamt für Energie verlangten konkreten Vorschlag für Sicherheitsmassnahmen und die Pflicht zur Erstellung der Studie über Varianten für die Leitungsverlegung erwachsen könnten. Soweit sie sich auf die mit den Abklärungen verbundenen Kosten beruft, ergibt sich, dass es ihr lediglich darum geht, eine Verteuerung des Verfahrens zu verhindern, was wie erwähnt keinen hinreichenden Nachteil im Sinne von <ref-law> darstellt. Die Kostentragungspflicht, die das Bundesverwaltungsgericht der Unigaz SA auferlegte, kann auch nach Vorliegen des Endentscheids vom Bundesgericht überprüft werden, ohne dass der Beschwerdeführerin dadurch ein nicht wieder gutzumachender Nachteil entsteht (vgl. <ref-law>).
3.2.2 Auch im Hinblick auf die Pflicht, einen konkreten Vorschlag für Sicherheitsmassnahmen und eine Studie über Varianten für die Leitungsverlegung zu erarbeiten, ist kein nicht wieder gutzumachender Nachteil ersichtlich. Die Erwägungen der Vorinstanz, wonach von der Anlage in Givisiez ein erhebliches Störfallrisiko ausgeht und die Unigaz SA als deren Inhaberin und Betreiberin als Zustandsstörerin zu betrachten ist, beanstandet die Beschwerdeführerin nicht. Das Störerprinzip, das aus dem Verhältnismässigkeitsprinzip abgeleitet wird, besagt, dass der unmittelbare Verursacher eines polizeiwidrigen Zustands einen polizeilichen Eingriff zu dulden oder die Massnahmen zu treffen hat, die zur Behebung dieses Zustands erforderlich sind. Als Zustandsstörer gilt dabei, wer die rechtliche oder tatsächliche Herrschaft über eine Sache hat, welche die öffentliche Ordnung und Sicherheit unmittelbar stört oder gefährdet (vgl. <ref-ruling> E. 4c S. 414 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 48, E. 2c/aa S. 50 f. und E. 2c/bb S. 51; Seiler, in: Kommentar USG, Rz. 9 zu <ref-law>; Tschannen/Zimmerli, Allgemeines Verwaltungsrecht, 2. Aufl. 2005, § 54 Rz. 17 ff.; Häfelin/Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl. 2006, Rz. 2488 ff.). Nach dem im Verwaltungsverfahren geltenden Untersuchungsgrundsatz haben grundsätzlich die zuständigen Behörden von sich aus für die richtige und vollständige Abklärung des rechtserheblichen Sachverhalts zu sorgen (vgl. <ref-law> [SR 172.021]; <ref-ruling> E. 3b S. 263; <ref-ruling> E. 4a S. 52 mit Hinweisen). Dieser Grundsatz wird allerdings durch die Mitwirkungspflicht der Parteien relativiert (vgl. <ref-law>). Diese Pflicht trifft die Verfahrensbeteiligten insbesondere dort, wo sie ein Verfahren im eigenen Interesse eingeleitet haben, oder wo es um Tatsachen geht, die eine Partei besser kennt als die Behörden und welche diese ohne deren Mitwirkung gar nicht oder nicht mit vernünftigem Aufwand erheben können (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 485 f.; <ref-ruling> E. 2e S. 101 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 365; <ref-ruling> E. 4c/cc S. 394; <ref-ruling> E. 4a S. 53, 109 E. 3b S. 112, je mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin ist bereits aufgrund dieser allgemeinen Grundsätze gehalten, Hand zu den notwendigen Abklärungen zu bieten. Der Konzessionärin können im Rahmen der Betriebsaufsicht gewisse zusätzliche Pflichten im Interesse der Sicherheit auferlegt werden (Urteil des Bundesgerichts 1A.24/1998 vom 28. Oktober 1998 E. 2c in: ZBl 100/1999 S. 632 ff.). Dem Bundesamt für Energie geht es nach der Verfügung vom 25. Juni 2007 mit den verlangten Vorschlägen und der Studie zur Leitungsverlegung darum, die Gefahrenlage zu entschärfen und die Betriebssicherheit der Anlage der Unigaz SA zu erhöhen. Die verlangten Vorschläge und die Studie liegen somit ganz wesentlich im Interesse der Unigaz SA, die ihre Anlage zweifellos am besten kennt. Der Umstand, dass die Beschwerdeführerin die erforderlichen Vorschläge zur Verbesserung der Situation und die Studie zur Leitungsverlegung nach dem angefochtenen Entscheid selbst erarbeiten muss, bewirkt für sie keinen Nachteil (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1C_43/2007 vom 9. April 2008 E. 5.6, nicht publ. in: <ref-ruling>). Die Eintretensvoraussetzung des nicht wieder gutzumachenden Nachteils im Sinne von <ref-law> ist somit nicht erfüllt.
3.2.3 Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde gegen (andere) selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide auch zulässig, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Diese Bestimmung gibt die früher in Art. 50 Abs. 1 OG verankerte Regelung wieder (vgl. Botschaft zum BGG in BBl 2001 S. 4334; siehe dazu auch <ref-ruling> E. 3.2 S. 292), welche für das zivilrechtliche Verfahren vor Bundesgericht galt. Ob die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, prüft das Bundesgericht frei (<ref-ruling> E. 1.2.3 S. 143 f.; vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 92).
Würde das Bundesgericht vorliegend in Gutheissung der Beschwerde zum Schluss gelangen, es bestehe keine gesetzliche Grundlage, die Beschwerdeführerin zu verpflichten einen konkreten Vorschlag für Sicherheitsmassnahmen und eine Studie über Varianten zur Verlegung der Hochdruckgasleitung vorzulegen, so könnte damit kein Endentscheid über die vorzunehmenden konkreten Sicherheitsmassnahmen, welche zur Verbesserung der erheblichen Gefahrensituation nötig sind, herbeigeführt werden. Dass ein Störfallrisiko in einem nicht mehr akzeptablen Bereich besteht und damit dringender Handlungsbedarf vorliegt, ist wie vorne erwähnt (E. 3) nicht bestritten. Darin unterscheidet sich der vorliegende Fall von der in <ref-ruling> beurteilten Angelegenheit, in welcher sich die Frage stellte, ob überhaupt ein Sanierungsbedarf gegeben sei. In dieser Situation hätte die Gutheissung der Beschwerde zu einem Verzicht auf Sanierungsmassnahmen führen können, was in der vorliegenden Angelegenheit angesichts der bestehenden Gefahrensituation offensichtlich nicht in Frage kommt.
3.3 Zusammenfassend ergibt sich, dass sich die vorliegende Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid richtet, der in Anwendung der Art. 92 f. BGG zurzeit nicht mit Beschwerde beim Bundesgericht angefochten werden kann. Auf die Beschwerde ist somit nicht einzutreten.
4. Dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Bundesamt für Energie, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, vom 11. Mai 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag