Sachverhalt:
A. Der 1954 geborene J._ arbeitete seit August 2000 als Metallbauer bei der Firma Y._ AG und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 3. April 2004 als Beifahrer einen Auffahrunfall erlitt. Er zog sich dabei eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) zu. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Taggeld und Heilbehandlung). Mit Schreiben vom 8. Februar 2005 teilte sie dem Versicherten mit, dass seine Beschwerden ab dem 5. Juli 2004 nicht mehr unfall- sondern ausschliesslich noch krankheitsbedingt seien und stellte die Versicherungsleistungen ein. Am 19. April 2007 liess J._ durch seinen Rechtsvertreter einen Rückfall melden. Mit Verfügung vom 30. Januar 2008 verneinte die SUVA ihre Leistungspflicht, da zwischen dem Unfallereignis vom 3. April 2004 und den geltend gemachten Beschwerden kein wahrscheinlicher Kausalzusammenhang bestehe. Auf Einsprache hin hielt sie, nach Einholung einer neurologischen Beurteilung der Kopfschmerzproblematik durch Dr. med. G._, Fachärztin für Neurologie FMH, SUVA Versicherungsmedizin, vom 11. März 2010, daran fest (Einspracheentscheid vom 26. April 2010).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 9. August 2011 ab, nachdem der Versicherte zuvor ein neurologisches und psychiatrisches Gutachten der Dres. med. M._, FMH Neurologie, und H._, FMH Psychiatrie und Psychotherapie, vom 20. September 2010 eingereicht hatte.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides seien ihm die gesetzlichen Leistungen, insbesondere Heilbehandlung und Rente zuzusprechen. Eventualiter sei festzustellen, dass die natürliche Kausalität gegeben sei.
Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
1.3 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt, was von der Partei näher darzulegen ist (Art. 99 Abs. 1 BGG; <ref-ruling>; SVR 2010 UV Nr. 17 S. 63 E. 4, 8C_239/2008). Der Versicherte legt neu eine im Feststellungsblatt der IV-Stelle vom 21. März 2011 enthaltene Stellungnahme des PD Dr. med. T._, FMH Neurologie, vom regionalen ärztlichen Dienst (RAD), vom 6. Oktober 2010 auf, macht hierfür aber keine nach Art. 99 Abs. 1 BGG relevanten Gründe geltend. Diese Eingabe ist somit unbeachtlich.
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, es sei ein zweiter Schriftenwechsel anzuordnen und ihm die Möglichkeit zur Replik zu gewähren. Gehen in einem Gerichtsverfahren Vernehmlassungen und Stellungnahmen von Parteien und Behörden ein, so werden diese den übrigen Verfahrensbeteiligten im Allgemeinen zur Kenntnisnahme zugestellt. Diese Zustellung kann verbunden werden mit der Anordnung eines zweiten Schriftenwechsels. Ein solcher wird jedoch nur ausnahmsweise durchgeführt (Art. 102 Abs. 3 BGG; <ref-ruling> -E. 2.2 S. 99 f.). Eine Ausnahme ist unter dem Aspekt des Anspruchs auf rechtliches Gehör geboten, wenn die Beschwerdeantwort neue rechtliche oder tatsächliche Begründungselemente enthält, die zulässig sind und mit welchen nicht gerechnet werden musste (Urteil H 152/94 vom 28. Februar 1995 E. 2b, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 1995 AHV Nr. 65 S. 195; Urteile 8C_92/2009 vom 4. August 2009 E. 1.3, 8C_762/2008 vom 7. Mai 2009 E. 1.1). Diese Voraussetzungen sind im vorliegenden Fall nicht gegeben.
3. Streitig und zu prüfen ist ausschliesslich die Unfallkausalität der geklagten Kopfschmerzen. Auf die aktenkundigen psychischen Beschwerden ist nicht einzugehen. Unbestritten ist zudem, dass der Beschwerdeführer bezüglich der Kopfbeschwerden an einem Vorzustand litt.
3.1 Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (Art. 6 Abs. 1 UVG) sowie zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt in Bezug auf die Ausführungen zum Wegfall des ursächlichen Zusammenhangs und damit des Leistungsanspruchs der versicherten Person bei Erreichen des Status quo sine vel ante und zu den sich dabei stellenden Beweisfragen (RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45, U 355/98, 1994 Nr. U 206 S. 328, U 180/93) sowie zum Beweiswert medizinischer Berichte (<ref-ruling> E. 3a S. 352 ff. mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.3 S. 468 ff.; <ref-ruling> E. 1.3.4 S. 227) und zu dem im Sozialversicherungsrecht massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen, vgl. auch 134 V 109 E. 9.5 S. 125). Darauf wird verwiesen.
3.1 Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (Art. 6 Abs. 1 UVG) sowie zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt in Bezug auf die Ausführungen zum Wegfall des ursächlichen Zusammenhangs und damit des Leistungsanspruchs der versicherten Person bei Erreichen des Status quo sine vel ante und zu den sich dabei stellenden Beweisfragen (RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45, U 355/98, 1994 Nr. U 206 S. 328, U 180/93) sowie zum Beweiswert medizinischer Berichte (<ref-ruling> E. 3a S. 352 ff. mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.3 S. 468 ff.; <ref-ruling> E. 1.3.4 S. 227) und zu dem im Sozialversicherungsrecht massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen, vgl. auch 134 V 109 E. 9.5 S. 125). Darauf wird verwiesen.
3.2 3.2.1 Zu ergänzen bleibt, dass nach Art. 11 UVV Versicherungsleistungen auch für Rückfälle und Spätfolgen gewährt werden. Rückfälle und Spätfolgen stellen besondere revisionsrechtliche Tatbestände dar (SVR 2003 UV Nr. 14 S. 43 E. 4.2 mit Hinweisen). Bei einem Rückfall handelt es sich um das Wiederaufflackern einer vermeintlich geheilten Krankheit, so dass es zu ärztlicher Behandlung, möglicherweise sogar zu (weiterer) Arbeitsunfähigkeit kommt; von Spätfolgen spricht man, wenn ein scheinbar geheiltes Leiden im Verlaufe längerer Zeit organische oder psychische Veränderungen bewirkt, die zu einem andersgearteten Krankheitsbild führen können. Rückfälle und Spätfolgen schliessen somit begrifflich an ein bestehendes Unfallereignis an. Entsprechend können sie eine Leistungspflicht des (damaligen) Unfallversicherers nur auslösen, wenn zwischen den erneut geltend gemachten Beschwerden und der seinerzeit beim versicherten Unfall erlittenen Gesundheitsschädigung ein natürlicher und adäquater Kausalzusammenhang besteht (<ref-ruling> f. E. 2c mit Hinweisen).
3.2.2 Es obliegt der versicherten Person, das Vorliegen eines natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem neuen Beschwerdebild und dem Unfall mit dem im Sozialversicherungsrecht geltenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachzuweisen. Je grösser der zeitliche Abstand zwischen dem Unfall und dem Auftreten der gesundheitlichen Beeinträchtigung ist, desto strengere Anforderungen sind an den Wahrscheinlichkeitsbeweis des natürlichen Kausalzusammenhangs zu stellen (RKUV 1997 Nr. U 275 S. 191 E. 1c in fine). Bei Beweislosigkeit fällt der Entscheid zu Lasten der versicherten Person aus (RKUV 1994 Nr. U 206 S. 328 E. 3b). Werden durch einen Unfall Beschwerden verursacht, übernimmt die Unfallversicherung den durch das Unfallereignis verursachten Schaden, spätere Gesundheitsstörungen dagegen nur, wenn eindeutige Brückensymptome gegeben sind (Urteil 8C_506/2008 vom 5. März 2009 E. 3.1 mit Hinweisen).
4. 4.1 Mit Schreiben vom 8. Februar 2005 teilte die SUVA dem Beschwerdeführer mit, dass der Fall, was die Unfallfolgen anbelange, per sofort abgeschlossen werde und die Versicherungsleistungen (Heilkosten) eingestellt würden. Begründet wurde die Einstellung mit der Tatsache, dass die Unfallfolgen mit Aufnahme der beruflichen Tätigkeit vom 14. April 2004 abgeschlossen gewesen und die noch geklagten Beschwerden ausschliesslich krankhafter Natur seien. Die Unfallkausalität der geklagten Beschwerden wurde damit verneint. Entgegen den Erwägungen der Vorinstanz kann die Frage, ob diese formlose Einstellungsmitteilung der Beschwerdegegnerin vom 8. Februar 2005 rechtsbeständig geworden ist, insofern nicht offen gelassen werden, als allfällige weitergehende Leistungen nur bei Vorliegen eines Rückfalls geschuldet sind.
4.2 Gemäss Art. 49 Abs. 1 ATSG hat der Versicherungsträger über Leistungen, Forderungen und Anordnungen, die erheblich sind oder mit denen die betroffene Person nicht einverstanden ist, eine schriftliche Verfügung zu erlassen. Leistungen, Forderungen und Anordnungen, die nicht unter Art. 49 Abs. 1 ATSG fallen, können in Anwendung von Art. 51 Abs. 1 ATSG in einem formlosen Verfahren behandelt werden. Die betroffene Person kann nach Art. 51 Abs. 2 ATSG den Erlass einer Verfügung verlangen. Hat der Versicherer die (ganze oder teilweise) Verweigerung von - vorübergehenden (Heilbehandlung, Taggeld) und/oder dauerhaften (Invalidenrente, Integritätsentschädigung) - Leistungen zu Unrecht nicht in Verfügungsform, sondern formlos mitgeteilt und ist die betroffene Person damit nicht einverstanden, hat sie grundsätzlich innerhalb eines Jahres zu intervenieren. Diesfalls hat der Versicherer eine Verfügung zu erlassen, gegen welche Einsprache erhoben werden kann. Ohne fristgerechte Intervention erlangt der Entscheid rechtliche Wirksamkeit, wie wenn er zulässigerweise im Rahmen von Art. 51 Abs. 1 ATSG ergangen wäre (<ref-ruling>; <ref-ruling>; Urteil 8C_465/2011 vom 7. September 2011 E. 3.1 mit Hinweisen).
4.3 Im konkreten Fall hat der Beschwerdeführer auf die am 8. Februar 2005 mitgeteilte Einstellung der Leistungen während über zweier Jahre nicht reagiert. Erstmals am 19. April 2007 meldete sich der Rechtsvertreter des Versicherten und teilte der SUVA mit, dass die seit dem Unfall verstärkt aufgetretenen Beschwerden mehrfach zu Rückfällen geführt hätten, zuletzt mit Kündigung des Arbeitsverhältnisses per 31. März 2007. Am 31. Dezember 2007 verlangte er eine einsprachefähige Verfügung. Mit Blick auf die gezeigte Rechtslage steht fest, dass vorliegend keine fristgerechte Intervention erfolgte und daher im Folgenden von der Rechtswirksamkeit des Fallabschlusses mit Leistungseinstellung vom 8. Februar 2005 auszugehen ist.
5. Zu prüfen ist somit, ob es sich bei den mit Eingabe vom 19. April 2007 geltend gemachten Kopfschmerzen um einen Rückfall zum Unfall vom 3. April 2004 handelt.
5.1 Das kantonale Gericht hat nach Würdigung der medizinischen Akten erwogen, dass der status quo sine spätestens ein Jahr nach dem Unfall vom 3. April 2004 erreicht war und die vom Beschwerdeführer weiterhin geklagten Kopfschmerzen nicht mehr auf dieses Ereignis zurückgeführt werden können. Es stützte sich dabei auf die anhand der Akten erfolgte neurologische Beurteilung der SUVA-Versicherungsmedizinerin Dr. med. G._ vom 11. März 2010, welcher sie vollen Beweiswert beimass. Diese gelangte zum Schluss, dass sich der beim Beschwerdeführer bestehende Vorzustand zwar unfallbedingt verschlimmert habe, die Verschlimmerung der vorbestehenden Kopfschmerzen jedoch nur vorübergehender Natur gewesen sei. Die Verschlechterung des Gesundheitszustandes, die nach der Kündigung im Jahre 2006 aufgetreten sei, führte sie auf die sich ungünstig entwickelnde psychosoziale Situation und die sich dadurch zuspitzenden Beschwerden vor allem psychischer Art und nicht auf die HWS-Distorsion im Jahre 2004 zurück. Das Vorliegen eines natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen den nach dem rechtskräftigen Fallabschluss (vgl. E. 4.2 hievor) am 19. April 2007 als Rückfall geltend gemachten Kopfschmerzen und dem Unfall vom 3. April 2004 wurde von der Vorinstanz damit implizit verneint. Dies ist nicht zu beanstanden.
5.2 Die Einwendungen des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, zu einem andern Ergebnis zu führen. Insbesondere vermag das vom Versicherten im vorinstanzlichen Verfahren eingereichte, neurologische und psychiatrische Gutachten vom 20. September 2010, mit Blick auf die hier zu beurteilende Frage eines allfälligen Rückfalls, an der versicherungsinternen ärztlichen Einschätzung keine Zweifel aufkommen zu lassen (<ref-ruling> E. 4.4 S. 469 f. mit Hinweisen), weshalb kein Grund besteht diesbezüglich nicht auf diese den rechtsprechungsgemässen Anforderungen genügende medizinische Beurteilung (<ref-ruling> E. 3a S. 352) abzustellen. Dem Parteigutachten ist bezüglich Rückfall nichts Konkretes zu entnehmen. Namentlich ergeben sich keine Anhaltspunkte dafür, dass zwischen den erneut geltend gemachten Beschwerden und der seinerzeit beim Unfall erlittenen Gesundheitsschädigung mit überwiegender Wahrscheinlichkeit ein natürlicher Kausalzusammenhang besteht. Hinweise für eine unfallkausale Verschlimmerung der Kopfschmerzen nach dem rechtskräftigen Fallabschluss, bei dem festgestellt wurde, dass der status quo (ante vel sine) erreicht ist und die noch bestehenden Beschwerden ausschliesslich krankheitsbedingt sind, sind nicht zu erkennen. Der Gutachter hält fest, durch den Unfallmechanismus selber sei es zu einem zusätzlichen Auslösemechanismus der Kopfschmerzen bei eindeutig abgrenzbarem zervikogenem Trigger gekommen, wie dies auch verschiedentlich in den Unterlagen entsprechend erwähnt werde, mit Kopfschmerzen, welche von den vorbestehenden Kopfschmerzen klar abgegrenzt werden könnten. Sämtliche Faktoren berücksichtigend sei mit überwiegender Wahrscheinlichkeit davon auszugehen, dass der Unfall zumindest im Sinne einer Teilursache einer richtungsweisenden Veränderung des Vorzustandes anzusehen sei. Damit äussert der Gutachter nur Zweifel daran, dass ursprünglich lediglich eine vorübergehende Verschlimmerung des Vorzustandes bestanden hat. Der Grundfall steht hier indessen nicht zur Diskussion. Ein Rückfall zum Unfall vom 3. April 2004 ist damit jedenfalls nicht erstellt (vgl. E. 3.2.2 hievor). Die Beschwerde ist mithin abzuweisen.
6. Das Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Mai 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Weber Peter