Sachverhalt:
A. A.a Das Amtsgericht Bucheggberg-Wasseramt erklärte X._ am 20. März 2009 der Urkundenfälschung sowie der Gehilfenschaft zu Steuerbetrug schuldig und auferlegte ihm eine bedingte Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 90.--. Vom Vorhalt der Gehilfenschaft zu Urkundenfälschung sprach es ihn frei. X._ appellierte gegen dieses Urteil.
A.b Das Obergericht des Kantons Solothurn verurteilte X._ am 5. September 2012 wegen Gehilfenschaft zu Steuerbetrug zu einer bedingten Geldstrafe von 30 Tagessätzen zu Fr. 70.--. Der erstinstanzliche Freispruch vom Vorwurf der Gehilfenschaft zu Urkundenfälschung erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
Dem Schuldspruch liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
X._ war Mitglied des Verwaltungsrats mit Einzelunterschrift der A._ AG. Er war zudem Geschäftsführer mit Einzelunterschrift der B._ GmbH.
C.E._ war Verwaltungsrat und Geschäftsführer mit Einzelunterschrift der F._ AG mit Sitz in Egerkingen. Die A._ AG war Revisorin dieser Gesellschaft. Aktionärin der F._ AG war eine Gesellschaft mit Sitz in Hongkong, deren Aktien ihrerseits im Eigentum zweier Gesellschaften standen, welche, teilweise über weitere Gesellschaften, treuhänderisch für C.E._ auftraten. Der Vater von C.E._, D.E._, war einziges Verwaltungsratsmitglied der G._ AG mit Sitz in Zuchwil, über die am 28. Mai 1998 der Konkurs eröffnet wurde.
Die H._ Ltd. mit Sitz in Tortola (BVI) wurde am 25. Juni 1998 gegründet. Die Gründung erfolgte über einen von X._ vermittelten Treuhänder in London. Erste Direktorin war bis am 5. Dezember 1998 die Ehefrau von D.E._. Die H._ Ltd. arbeitete ausschliesslich für die F._ AG. Ausser D.E._ waren keine weiteren Personen für die Gesellschaft tätig. Die H._ Ltd. versuchte im Jahre 1998, in der Schweiz eine Zweigniederlassung zu errichten. X._ unternahm in dieser Sache entsprechende Bemühungen. Die Zweigniederlassung wurde jedoch nie realisiert.
X._ adressierte namens der B._ GmbH bzw. der A._ AG am 1. Oktober 1998 zwei Rechnungen über Fr. 11'821.50 bzw. Fr. 3'803.85 an die F._ AG. Die Rechnung der B._ GmbH (Fr. 11'821.50) betraf seine Bemühungen im Zusammenhang mit der Gründung der H._ Ltd. und der geplanten Zweigniederlassung der H._ Ltd. Die Rechnung der A._ AG (Fr. 3'803.85) erfolgte für Leistungen, welche diese gegenüber der G._ AG erbracht hatte. D.E._ und X._ vereinbarten am 3. September 1998, die damals offene Forderung der A._ AG gegenüber der G._ AG in Konkurs von total Fr. 3'803.85 der F._ AG in Rechnung zu stellen. Ersterer wies Letzteren gleichentags an, die Rechnung für die Gründungskosten von Fr. 11'821.50 auf die F._ AG auszustellen. Die beiden Rechnungen wurden von der F._ AG am 9. November 1998 bezahlt und in deren Buchhaltung als Rechts- und Beratungsaufwand verbucht.
X._ wusste, dass die Rechnungen über Fr. 11'821.50 und Fr. 3'803.85 Aufwendungen für Dritte betrafen und die F._ AG im Umfang dieser Zahlungen keine Gegenleistungen erhielt. Ihm war zudem bekannt, dass vier Rechnungen der H._ Ltd. an die F._ AG für den von D.E._ namens dieser Gesellschaft zugunsten der F._ AG getätigten "Entwicklungsaufwand" in der Höhe von insgesamt Fr. 187'593.-- in erheblichem Ausmass keinen realen Hintergrund hatten. Dennoch erklärte er im Revisionsbericht per 13. März 2000 die Buchführung und Jahresrechnung der F._ AG für gesetzeskonform. Die F._ AG reichte den Revisionsbericht zusammen mit der Jahresrechnung 1998/1999 der Steuerverwaltung ein.
B. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, ihn vom Vorwurf der Gehilfenschaft zu Steuerbetrug freizusprechen, seinen Parteiaufwand für das erst- und zweitinstanzliche Verfahren gemäss den eingereichten Kostennoten zu entschädigen und ihm für die erlittenen Nachteile Schadenersatz und Genugtuung von mindestens Fr. 20'000.-- zu bezahlen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, in der Einstellungsverfügung vom 5. März 2008 seien ausdrücklich alle Vorhalte, die ihm im Laufe des Verfahrens eröffnet wurden und nicht Gegenstand der Eröffnungsverfügung waren, eingestellt worden. Die Anklageschrift vom 5. März 2008 enthalte vier Anschuldigungen bezüglich Buchungen im Konto "3001 Entwicklungsaufwand", welche in der Eröffnungsverfügung vom 21. März 2006 nicht erhoben worden seien (Beschwerde Ziff. 6 S. 8 f.).
1.2 Zwar wurden die vier Rechnungen der H._ Ltd. über insgesamt Fr. 187'593.-- in der Eröffnungsverfügung vom 21. März 2006 noch nicht aufgeführt. Dem Beschwerdeführer wurde jedoch bereits damals vorgeworfen, er habe im Revisionsbericht vom 13. März 2000 wider besseres Wissen bestätigt, die Buchführung und Jahresrechnung der F._ AG für das Geschäftsjahr 1998/1999 entsprächen dem Gesetz (vgl. erstinstanzliches Urteil S. 19 f.; Urteil S. 12). Dass dieser Vorwurf nicht unter die pauschale Einstellung gemäss Ziff. 5 der Einstellungsverfügung vom 5. März 2008 fällt, ergibt sich ohne Weiteres auch aus der Anklageschrift vom gleichen Tag. Der Einwand des Beschwerdeführers ist unbegründet.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Anklagegrundsatzes. In der Anklageschrift werde ihm lediglich vorgeworfen, er habe es unterlassen, die notwendigen Korrekturen in der Buchhaltung und der Jahresrechnung des Geschäftsjahres 1998/1999 der F._ AG zu veranlassen. Damit werde ihm ein Unterlassen zur Last gelegt. Die vorinstanzliche Verurteilung gründe jedoch auf einem aktiven Tun (Beschwerde Ziff. 7 S. 9 f.). Die Anklageschrift sei unvollständig und genüge den gesetzlichen Anforderungen nicht, da sie sich mit verschiedenen Fragen (Tathandlung, Tatherrschaft, konkreter Tatbeitrag, Umschreibung der Garantenstellung und der subjektiven Tatbestandselemente) nicht auseinandersetze (Beschwerde Ziff. 8 S. 10 f.; Ziff. 19 S. 23; Ziff. 21 S. 24).
2.2 Der Anklagegrundsatz ergibt sich aus Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 und 3 lit. a und b EMRK. Damit die Anklageschrift ihre doppelte Funktion der Umgrenzung und Information wahrnehmen kann, hat sie die der beschuldigten Person zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind (vgl. <ref-ruling> E. 6.2 und 6.3; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen).
2.3 Dem Beschwerdeführer wird in der Anklageschrift zusammengefasst vorgeworfen, er habe im Revisionsbericht vom 13. März 2000 die Buchführung und Jahresrechnung der F._ AG für das Geschäftsjahr 1998/1999 wider besseres Wissen als gesetzeskonform bezeichnet. Die Anklageschrift legt dar, welche Buchungen im Einzelnen falsch waren (Anklageschrift S. 6). Die F._ AG habe gegenüber den Steuerbehörden den von der Revisionsstelle abgesegneten zu tiefen Unternehmensgewinn von Fr. 62'603.72 ausgewiesen. In Wahrheit habe der Unternehmensgewinn mindestens Fr. 265'825.07 betragen. Mit dem falschen Revisionsbericht habe der Beschwerdeführer die Täuschung der Steuerbehörde gefördert (Anklageschrift S. 14 f.).
Die Anklageschrift ist zwar kurz gehalten, namentlich was die subjektiven Tatbestandsmerkmale anbelangt. Insgesamt genügt sie den gesetzlichen Anforderungen aber noch. Der Beschwerdeführer wusste, was ihm vorgeworfen wird. Eine Verletzung des Anklagegrundsatzes ist zu verneinen.
2.4 Die Staatsanwaltschaft qualifizierte das in der Anklageschrift umschriebene Verhalten als Urkundenfälschung und Gehilfenschaft zu Steuerbetrug. Eine Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> kann nur durch aktives Tun, nicht jedoch durch Unterlassung begangen werden (Urteil 6B_844/2011 vom 18. Juni 2012 E. 3.1). Dem Beschwerdeführer wurden keine Unterlassungsdelikte zur Last gelegt, was sich auch aus der Umschreibung der tatbestandsmässigen Handlung in der Anklageschrift ergibt.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer kritisiert eine unzulässige Verweigerung des Akteneinsichtsrechts. Ein Teil der bei den Mitbeschuldigten beschlagnahmten Akten sei zurückerstattet worden, bevor er sie habe sichten können. Es sei am zuständigen Verteidiger zu entscheiden, welche Akten für seine Verteidigungsstrategie relevant seien. Sein Antrag auf Edition der genannten Akten sei zu Unrecht abgewiesen worden (Beschwerde Ziff. 9 S. 11-13).
3.2 Die Vorinstanz führt unter Bezugnahme auf das erstinstanzliche Urteil aus, anlässlich verschiedenster Hausdurchsuchungen seien zahlreiche Dokumente sichergestellt worden. Dabei hätten die mit der Durchsuchung betrauten Personen auch Unterlagen mitgenommen, die sich bei genauer Durchsicht als nicht relevant erwiesen hätten. Solche Dokumente seien den Berechtigten zurückzugeben. Unterlagen betreffend die vier Rechnungen der H._ Ltd. an die F._ AG seien mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit nicht restituiert worden. Ohnehin wären entlastende Unterlagen von D.E._ und C.E._ wieder eingereicht worden. Bezüglich eines Grossteils der nicht mehr benötigten Unterlagen sei die Aktenrückgabe den Parteien zudem angekündigt und die Möglichkeit zur vorgängigen Einsichtnahme geboten worden. Der Beschwerdeführer habe in der gerichtlichen Befragung zwar erklärt, D.E._ habe ein Qualitätshandbuch erstellt. Er habe aber auch angegeben, dieses nie gesehen zu haben. Entgegen den Aussagen des Verteidigers habe es ihm bei der Revision demgemäss nicht vorgelegen (erstinstanzliches Urteil S. 21).
3.3 Den Behörden muss es namentlich bei umfangreichen Hausdurchsuchungen möglich sein, Unterlagen provisorisch sicherzustellen und nach einer ersten Sichtung und Triage zu beschlagnahmen oder sie an den Berechtigten zurückzugeben, wenn sie für das Strafverfahren offensichtlich nicht von Nutzen sind (siehe dazu STEFAN HEIMGARTNER, Strafprozessuale Beschlagnahme, 2011, S. 36 und 174 f. mit Hinweisen).
Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Dazu gehört das Recht, in die massgeblichen Akten Einsicht nehmen zu können, bevor der Entscheid gefällt wird (<ref-ruling> E. 3.1). Das Akteneinsichtsrecht bezieht sich auf die Verfahrensakten. Das Akteneinsichtsrecht wird nicht verletzt, wenn nicht relevante Akten, die nie zu den Verfahrensakten erhoben wurden, nach einer ersten Sichtung an den Berechtigten zurückgegeben werden.
3.4 Eine Verletzung des Akteneinsichtsrechts ist nicht ersichtlich. Dem Beschwerdeführer wurde vor der Aktenrückgabe grösstenteils Gelegenheit zur vorgängigen Einsichtnahme gegeben. Im Übrigen weist die Vorinstanz darauf hin, dass es sich auch um Akten handelte, die sich bei der Durchsicht als nicht relevant erwiesen. Der Beschwerdeführer setzt sich in seiner Beschwerde mit den vorinstanzlichen Ausführungen nicht auseinander. Er zeigt nicht auf, welche Erkenntnisse er sich aus den restituierten Akten erhoffte. Seine Rüge ist unbegründet, soweit sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen (vgl. <ref-law>) überhaupt genügt.
3.5 Der Beschwerdeführer beantragte im obergerichtlichen Verfahren, die Akten, die an den Herkunftsort zurückgesandt wurden, ohne ihm bzw. seinem Verteidiger Einsicht zu gewähren, seien von Amtes wegen zu edieren (Beschwerde Beilage 10 S. 7 f.). Die Vorinstanz legt dar, weshalb aus den restituierten Akten keine neuen Erkenntnisse zu erwarten sind. Sie durfte den Antrag des Beschwerdeführers ohne Willkür in antizipierter Beweiswürdigung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 5.3 mit Hinweisen).
4. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz verweise bezüglich seiner formellen Rügen lapidar auf das erstinstanzliche Urteil, womit sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletze (Beschwerde Ziff. 5 S. 8).
Der Einwand geht fehl. Verweise auf frühere Urteile sind mit dem Anspruch auf rechtliches Gehör vereinbar (<ref-ruling> E. 2c). Der Beschwerdeführer legt nicht dar, mit welchen zusätzlichen Argumenten sich die Vorinstanz hätte auseinandersetzen müssen und ein Verweis auf die ihres Erachtens zutreffenden Ausführungen des Amtsgerichts somit nicht zulässig war. Dies ist mit Blick auf die vorstehenden Erwägungen (E. 1-3) auch nicht erkennbar.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung. Die H._ Ltd. sei eine 100 %-ige Tochtergesellschaft der F._ AG gewesen. Letztere sei berechtigt gewesen, die Gründungskosten bzw. die Kosten im Zusammenhang mit der nicht realisierten Errichtung der Zweigniederlassung zu begleichen. Die Beteiligung der F._ AG an der H._ Ltd. habe in keinem Anhang aufgeführt werden müssen, da das Aktienkapital der H._ Ltd. nicht liberiert gewesen sei und es sich somit um keine wesentliche Beteiligung im Sinne von Art. 663b Ziff. 7 aOR gehandelt habe (Beschwerde S. 16 f.).
Die Vorinstanz nehme fälschlicherweise an, bei der Rechnung über Fr. 3'803.85 habe es sich um Leistungen zugunsten der G._ AG gehandelt. Die Rechnung beziehe sich ausdrücklich auf Leistungen "per Ende September 1998", d.h. auf einen Zeitraum, als die G._ AG längst im Liquidationsstadium war (Beschwerde S. 18).
Den vier Rechnungen der H._ Ltd. an die F._ AG über total Fr. 187'593.-- sei offensichtlich eine Gegenleistung gegenübergestanden. Die Vorinstanz vermöge nicht substanziiert nachzuweisen, dass er von der "teilweise fiktiven" Natur der Rechnungen Kenntnis hatte. Als Revisor habe er nicht wissen können, wie viel Arbeit hinter den fakturierten Leistungen stand. Die Höhe der Rechnungen habe ihn nicht misstrauisch stimmen müssen (Beschwerde S. 20 und 22).
5.2 Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 1.4.1).
Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht (<ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 2.4). Die Rüge der Willkür muss präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht (<ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 2.4). Die Rüge der Willkür muss präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
5.3 5.3.1 Die Vorinstanz verneint ein Mutter-Tochter-Verhältnis. Sie erwägt dazu, die H._ Ltd. sei nicht Teil der geplanten internationalen Struktur der F._ AG gewesen. Es lägen keine Hinweise vor, dass die H._ Ltd. als Geschäfts- oder Vertragspartnerin gemeinsam mit der F._ AG im Wirtschaftsleben aufgetreten oder dies beabsichtigt gewesen sei. Die H._ Ltd. habe der F._ AG vielmehr Rechnung für erbrachte Dienstleistungen gestellt. Die beiden Gesellschaften hätten somit zusammen Geschäfte gemacht, seien aber nicht als Einheit aufgetreten (Urteil S. 30). Bereits das Amtsgericht wies mit entsprechender Begründung zudem darauf hin, dass dem Beschwerdeführer sehr wohl bewusst war, dass die F._ AG in keiner Mutter-Tochter-Beziehung zur H._ Ltd. stand (erstinstanzliches Urteil S. 151 f.).
5.3.2 Die Vorinstanz legt weiter dar, dass beim Beschwerdeführer ein Kontoauszug mit drei offenen Rechnungen betreffend die G._ AG vom 5. Juni 1997, 17. Dezember 1997 und 8. Juni 1998 über total Fr. 3'803.85 sichergestellt wurde. Sie begründet ausführlich, weshalb sie zur Überzeugung gelangt, die Rechnung vom 1. Oktober 1998 über Fr. 3'803.85 betreffe die drei offenen Forderungen gegenüber der G._ AG. Ihre Auffassung wird auch durch die E-Mail-Korrespondenz zwischen dem Beschwerdeführer und D.E._ bzw. D.E._ und C.E._ gestützt (Urteil S. 30-32).
5.3.3 Die F._ AG wies für das Geschäftsjahr 1998/1999 einen Entwicklungsaufwand von insgesamt Fr. 896'969.59 auf. Der Unternehmensgewinn betrug Fr. 62'603.72 (Urteil S. 18). D.E._ war namens der H._ Ltd. im Bereich Buchhaltung und Treuhand unbestrittenermassen für die F._ AG tätig. Die von der H._ Ltd. am 29. September/30. Oktober 1998 an die F._ AG adressierte Rechnung über Fr. 228'631.-- bildet nicht Gegenstand der Anklage (Urteil S. 19 und 25). Bezüglich der vier beanstandeten Rechnungen bestehen keinerlei Belege, welche entsprechende Arbeiten ausweisen würden (Urteil S. 24). Erstellt ist zudem, dass die H._ Ltd. bzw. D.E._ vom beglichenen Betrag von Fr. 187'593.-- einen Anteil von Fr. 123'530.-- an C.E._ weiterleitete (Urteil S. 21 und 24). Den vier Rechnungen, welche sich auf eine Zeitspanne von vier Monaten bezogen, standen gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen im Umfang von deutlich mehr als zwei Dritteln keine Gegenleistung gegenüber (Urteil S. 25, 53 und 55). Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer vor, er sei die zentrale Figur für die Gründung der H._ Ltd. gewesen, deren Zweck in der Steuerersparnis und Steueroptimierung bestand. Ihm sei bekannt gewesen, dass einzig D.E._ operativ für die H._ Ltd. arbeitete und die üblichen Tarife auch bei intensivstem Einsatz von D.E._ bei Weitem überschritten wurden. Er habe von den Rechnungen gewusst, der F._ AG Beispiele für die Formulierung solcher Rechnungen geliefert und C.E._ im Zusammenhang mit der Jahresrechnung 1998/1999 in einer E-Mail noch darauf hingewiesen, dass die Rechnungen "zu dokumentieren seien" (Urteil S. 53 ff., insb. S. 56).
5.4 Der angefochtene Entscheid ist sorgfältig begründet. Inwiefern die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung willkürlich sein könnte, ist weder dargetan noch ersichtlich. Der Beschwerdeführer setzt sich mit der Beweiswürdigung der Vorinstanz nicht auseinander. Seine Sachverhaltsrügen genügen den gesetzlichen Anforderungen nicht, weshalb darauf nicht weiter einzugehen ist (<ref-law>). Entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers (Beschwerde Ziff. 17 S. 19) nimmt die Vorinstanz nicht an, er sei Buchhalter der F._ AG und für deren Buchführung verantwortlich gewesen.
6. 6.1 In rechtlicher Hinsicht wendet der Beschwerdeführer ein, es sei nach der damals geltenden Bestimmung von Art. 728 aOR nicht Aufgabe des Revisors gewesen, Ermessensentscheide der Organe zu überprüfen oder sich Werturteile über operative Belange anzumassen. Der Revisor sei nicht befugt, bereits vollzogene Entscheide infrage zu stellen, wenn sich der Verwaltungsrat einer AG entschlossen habe, gewisse Rechnungen zu bezahlen. Keine gesetzliche Bestimmung verlange von einem Revisor, dass er die Richtigkeit von Forderungen Dritter oder Fakturen auf deren Begründetheit überprüfe. Die Revisionstätigkeit beruhe auf Stichproben. Eine umfassende und lückenlose Prüfung sei nicht möglich. Der Revisor schulde keinen Erfolg. Würden nachträglich deliktische Handlungen aufgedeckt, sei dies kein Indiz für eine unzulängliche oder nicht ordnungsgemässe Abschlussprüfung (Beschwerde S. 7 und 20 f.).
6.2 Der Revisionsbericht ist eine Urkunde im Sinne von <ref-law> bzw. Art. 110 Ziff. 5 Abs. 1 aStGB. Ihm wird in Bezug auf die inhaltliche Prüfung der Buchführung und Jahresrechnung erhöhte Glaubwürdigkeit zuerkannt (Urteile 6B_651/2011 vom 20. Februar 2012 E. 4.3.2; 6B_684/2010 vom 15. November 2010 E. 3.1.4; MARKUS BOOG, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 59 zu <ref-law>; NIKLAUS SCHMID, Die strafrechtliche Verantwortlichkeit des Revisors, 1996, S. 49 f.). Ob ein Revisionsbericht wahr ist, entscheidet sich in erster Linie nach den zivilrechtlichen Regeln über die Berichterstattung. Für die Beurteilung der Pflichten des Beschwerdeführers als Revisor sind die im Zeitraum der inkriminierten Handlungen geltenden Bestimmungen massgebend (Urteile 6B_651/2011 vom 20. Februar 2012 E. 4.4.1; 6B_684/2010 vom 15. November 2010 E. 3.3.1), d.h. die Art. 728 ff. aOR sowie die Art. 662a ff. und 958 ff. aOR, je in der Fassung vom 4. Oktober 1991.
6.2 Der Revisionsbericht ist eine Urkunde im Sinne von <ref-law> bzw. Art. 110 Ziff. 5 Abs. 1 aStGB. Ihm wird in Bezug auf die inhaltliche Prüfung der Buchführung und Jahresrechnung erhöhte Glaubwürdigkeit zuerkannt (Urteile 6B_651/2011 vom 20. Februar 2012 E. 4.3.2; 6B_684/2010 vom 15. November 2010 E. 3.1.4; MARKUS BOOG, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 59 zu <ref-law>; NIKLAUS SCHMID, Die strafrechtliche Verantwortlichkeit des Revisors, 1996, S. 49 f.). Ob ein Revisionsbericht wahr ist, entscheidet sich in erster Linie nach den zivilrechtlichen Regeln über die Berichterstattung. Für die Beurteilung der Pflichten des Beschwerdeführers als Revisor sind die im Zeitraum der inkriminierten Handlungen geltenden Bestimmungen massgebend (Urteile 6B_651/2011 vom 20. Februar 2012 E. 4.4.1; 6B_684/2010 vom 15. November 2010 E. 3.3.1), d.h. die Art. 728 ff. aOR sowie die Art. 662a ff. und 958 ff. aOR, je in der Fassung vom 4. Oktober 1991.
6.3 6.3.1 Die Revisionsstelle hat gemäss Art. 728 Abs. 1 aOR u.a. zu prüfen, ob die Buchführung und die Jahresrechnung Gesetz und Statuten entsprechen. Die Revisionsstelle berichtet der Generalversammlung schriftlich über das Ergebnis ihrer Prüfung. Sie empfiehlt Abnahme, mit oder ohne Einschränkung, oder Rückweisung der Jahresrechnung (Art. 729 Abs. 1 aOR). Verdeckte Gewinnausschüttungen gehen oft mit einer nicht ordnungsgemässen Rechnungslegung einher (vgl. Treuhand-Kammer, Schweizer Handbuch der Wirtschaftsprüfung 1998 [HWP 1998], Band 1, S. 398). Ein Verstoss gegen die Ordnungsmässigkeit der Rechnungslegung (Art. 622a aOR) liegt insbesondere bei unverbuchten Erträgen vor oder wenn die Ausrichtung von Gewinnanteilen in der Jahresrechnung offensichtlich falsch dargestellt wird (HWP 1998, Band 1, S. 398; Band 2, S. 60 f.).
6.3.2 Die Revisionsstelle ist nicht verpflichtet, die Geschäftsführung der Gesellschaft allgemein zu kontrollieren und systematisch nach eventuellen Unregelmässigkeiten zu forschen. Stellt sie allerdings bei der Ausführung ihres Auftrags Verstösse gegen gesetzliche oder statutarische Vorschriften fest, muss sie den Verwaltungsrat darüber schriftlich in Kenntnis setzen und in wichtigen Fällen auch der Generalversammlung Mitteilung machen (<ref-law>). Diese Pflicht ist nicht auf den Prüfungsgegenstand der Revisionstätigkeit beschränkt, sondern bezieht sich auf alle festgestellten Unregelmässigkeiten. Eine Meldung an die Generalversammlung ist insbesondere angebracht, wenn nach den Abklärungen der Revisionsstelle und nach Anhörung des Verwaltungsrates eine Verletzung des Gesetzes in einem wichtigen Fall vorliegt und dadurch die Gesellschaft offensichtlich geschädigt ist oder geschädigt zu werden droht. Zu denken ist beispielsweise an Fälle von verdeckten Gewinnausschüttungen oder von schwerwiegenden deliktischen Handlungen (zum Ganzen <ref-ruling> E. 7.3 mit Hinweisen; dazu auch HWP 1998, Band 1, S. 398; Band 2, S. 60 f. und 385; siehe zum Prüfungsvorgehen bei Hinweisen auf deliktische Handlungen zudem Urteil 6B_651/2011 vom 20. Februar 2012 E. 4.4). Die Anzeige nach Art. 729b Abs. 1 aOR hat im Revisionsbericht zu erfolgen (Botschaft vom 23. Februar 1983 über die Revision des Aktienrechts, BBl 1983 II 931; HWP 1998, Band 2, S. 384). Die Meldung im Sinne von Art. 729b Abs. 1 aOR gehört zum sog. bedingt notwendigen Inhalt des Revisionsberichts (SCHMID, a.a.O., S. 70 f.).
6.3.3 Ein unwahrer Revisionsbericht liegt vor, wenn die erforderliche Prüfung unterlassen oder nicht ordnungsgemäss vorgenommen wurde (Urteile 6B_651/2011 vom 20. Februar 2012 E. 4.4.3; 6B_684/2010 vom 15. November 2010 E. 3.4.4). Unwahr sind zudem Gefälligkeitsberichte in Form von positiv unrichtigen Angaben über die Ergebnisse der Prüfung. An sich zutreffende Ausführungen können auch falsch sein, wenn sie wegen Auslassung wesentlicher Tatsachen unvollständig bzw. lückenhaft sind und somit ein falsches Gesamtbild zeichnen (BOOG, a.a.O., N. 60 zu <ref-law>). Dies ist der Fall, wenn der Hinweis auf wesentliche Gesetzesverstösse, welche die Vermögenslage der Gesellschaft tangieren, im Revisionsbericht in Verletzung von Art. 729b Abs. 1 aOR unterbleibt (SCHMID, a.a.O., N. 70 S. 71; siehe auch Urteil 6B_651/2011 vom 20. Februar 2012 E. 4).
6.3.3 Ein unwahrer Revisionsbericht liegt vor, wenn die erforderliche Prüfung unterlassen oder nicht ordnungsgemäss vorgenommen wurde (Urteile 6B_651/2011 vom 20. Februar 2012 E. 4.4.3; 6B_684/2010 vom 15. November 2010 E. 3.4.4). Unwahr sind zudem Gefälligkeitsberichte in Form von positiv unrichtigen Angaben über die Ergebnisse der Prüfung. An sich zutreffende Ausführungen können auch falsch sein, wenn sie wegen Auslassung wesentlicher Tatsachen unvollständig bzw. lückenhaft sind und somit ein falsches Gesamtbild zeichnen (BOOG, a.a.O., N. 60 zu <ref-law>). Dies ist der Fall, wenn der Hinweis auf wesentliche Gesetzesverstösse, welche die Vermögenslage der Gesellschaft tangieren, im Revisionsbericht in Verletzung von Art. 729b Abs. 1 aOR unterbleibt (SCHMID, a.a.O., N. 70 S. 71; siehe auch Urteil 6B_651/2011 vom 20. Februar 2012 E. 4).
6.4 6.4.1 Die Erfolgsrechnung ist inhaltlich unwahr, wenn Einnahmen nicht verbucht werden (<ref-ruling> E. 2c). Gleiches gilt, wenn Auslagen, die offensichtlich privater Natur sind, als geschäftsbedingt ausgewiesen oder wenn Lohnzahlungen auf einem sachfremden Aufwandkonto verbucht werden (<ref-ruling> E. 2c; Urteil 6B_453/2011 vom 20. Dezember 2011 E. 5.6 und 5.7 mit Hinweisen).
6.4.2 Die Erfolgsrechnung der F._ AG für das Geschäftsjahr 1998/1999 war unwahr, weil darin die zu hohe Forderung der H._ Ltd. und die geschäftsfremde Rechnung der B._ GmbH über Fr. 11'821.50 Eingang fanden, wodurch der Gewinn der F._ AG künstlich zugunsten der H._ Ltd. gemindert wurde. Der Forderung der H._ Ltd. stand im Umfang von deutlich mehr als zwei Dritteln keine Gegenleistung gegenüber (oben E. 5.3.3), weshalb von einer eigentlichen (teilweise) fiktiven Rechnung gesprochen werden muss. Die Kosten für die Gründung der H._ Ltd. und der geplanten Zweigniederlassung in der Schweiz betrafen nicht die F._ AG und hätten daher nicht in deren Buchhaltung einfliessen dürfen. Insoweit geht es nicht mehr um eine blosse Ausschöpfung des handelsrechtlichen Ermessens, sondern um eine eigentliche Manipulation der Geschäftsbuchhaltung zwecks Verschiebung von Gewinnen. Die beiden Vorgänge, welche Zuwendungen ohne Gegenleistung an eine Schwestergesellschaft betreffen, sind gleich zu beurteilen wie die Verbuchung von klarerweise privaten Aufwendungen von Aktionären oder diesen nahestehenden Personen in der Geschäftsbuchhaltung. Sie kommen einer verdeckten Gewinnausschüttung gleich (siehe dazu <ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen; Urteil 2C_843/2012 vom 20. Dezember 2012 E. 3.1) und gehen mit einer Verfälschung der Buchhaltung einher.
6.4.3 Der Hinweis im Revisionsbericht, die Buchführung und die Jahresrechnung der F._ AG entsprächen Gesetz und Statuten (vgl. Art. 728 Abs. 1 aOR), war angesichts der verdeckten Gewinnausschüttungen zugunsten der H._ Ltd. falsch. Zumindest hätte im Revisionsbericht ein Hinweis im Sinne von Art. 729b aOR erfolgen müssen. Die Vorinstanz geht zutreffend von einem inhaltlich unwahren Revisionsbericht aus. Die Einwände des Beschwerdeführers sind unbegründet.
6.4.4 Die Vorinstanz stellt verbindlich fest, der Beschwerdeführer habe gewusst, dass die Rechnung über Fr. 11'821.50 Aufwendungen für die H._ Ltd. betraf und die vier Rechnungen in der Höhe von insgesamt Fr. 187'593.-- in erheblichem Ausmass keinen realen Hintergrund hatten. Die hypothetische Frage, ob ein Revisor ohne Vorkenntnisse bei einer blossen Stichprobenkontrolle auf die Unregelmässigkeiten gestossen wäre (Beschwerde S. 20), stellt sich bei dieser Sachlage nicht.
6.5 Eine Jahresrechnung kann nicht alleine deshalb als nicht ordnungsgemäss qualifiziert werden, weil der Aufwand höher ausgewiesen ist, als dies aus betriebswirtschaftlicher Sicht gerechtfertigt wäre. Ein Geschäftsvorgang darf nicht anders verbucht werden, als er sich ereignet (HWP 1998, Band 1, S. 398). Bei der Verbuchung tatsächlicher, wirtschaftlich aber nicht gerechtfertigter Vorgänge im sachangemessenen Konto liegt grundsätzlich keine Falschbeurkundung vor (vgl. BOOG, a.a.O., N. 53 zu <ref-law>; siehe zur Kontroverse bei verdeckten Gewinnausschüttungen ANDREAS DONATSCH, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], Zweifel/Athanas [Hrsg.], 2. Aufl. 2008, N. 30 zu <ref-law>; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4. Aufl. 2012, N. 53 S. 597; je mit Hinweisen). Ob die Jahresrechnung der F._ AG und der dazu ergangene Revisionsbericht auch aufgrund der Verbuchung der Rechnung der A._ AG über Fr. 3'803.85 falsch waren, ist anzuzweifeln. Insofern geht es in erster Linie um einen tatsächlichen Vorgang, der in dieser Form auch in der Buchhaltung seinen Niederschlag finden musste. Eine Manipulation der Buchhaltung ist auf den ersten Blick nicht ersichtlich, da damit keine Gewinne ausgeschüttet oder künstlich verschoben wurden. Die Frage kann jedoch offenbleiben, da die Buchhaltung bereits aus den zuvor genannten Gründen verfälscht wurde und die möglicherweise zusätzliche Falschbuchung angesichts ihrer untergeordneten Bedeutung weder auf den zu beurteilenden Schuldspruch noch das Strafmass einen Einfluss hat.
7. 7.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law>. Er habe weder mit Vorsatz noch in der Absicht gehandelt, Steuern zu hinterziehen und die Steuerbehörden zu täuschen (Beschwerde S. 23). Der Revisionsbericht bilde gemäss <ref-law> keine Grundlage für die Veranlagung. Ein falscher bzw. unwahrer Revisionsbericht könne den Tatbestand des Steuerbetrugs nicht erfüllen. Eine Gehilfenschaft zu Steuerbetrug liege nur vor, wenn er einen kausalen Tatbeitrag zum Steuerbetrug geleistet und sich der Sachverhalt ohne diesen Beitrag anders abgespielt hätte. Dieses Erfordernis werde nirgends dargelegt (Beschwerde S. 23 f.).
7.2 Die Vorinstanz erachtet den objektiven und subjektiven Tatbestand sowohl der Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> als auch der Gehilfenschaft zu Steuerbetrug als erfüllt. Zum Verhältnis zwischen Steuerbetrug und Urkundenfälschung führt sie aus, die Anklageschrift nehme keinen Bezug auf eine Verwendung des Revisionsberichts im nicht-fiskalischen Bereich. Entsprechend seien die Strafbestimmungen des Steuerrechts gegenüber der Urkundenfälschung als lex specialis zu qualifizieren, und es sei von unechter Konkurrenz mit dem Tatbestand der Urkundenfälschung auszugehen. Sie sprach den Beschwerdeführer daher einzig wegen Gehilfenschaft zu Steuerbetrug schuldig (Urteil S. 62 f.).
7.2 Die Vorinstanz erachtet den objektiven und subjektiven Tatbestand sowohl der Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> als auch der Gehilfenschaft zu Steuerbetrug als erfüllt. Zum Verhältnis zwischen Steuerbetrug und Urkundenfälschung führt sie aus, die Anklageschrift nehme keinen Bezug auf eine Verwendung des Revisionsberichts im nicht-fiskalischen Bereich. Entsprechend seien die Strafbestimmungen des Steuerrechts gegenüber der Urkundenfälschung als lex specialis zu qualifizieren, und es sei von unechter Konkurrenz mit dem Tatbestand der Urkundenfälschung auszugehen. Sie sprach den Beschwerdeführer daher einzig wegen Gehilfenschaft zu Steuerbetrug schuldig (Urteil S. 62 f.).
7.3 7.3.1 Die Tatbestände der Urkundenfälschung und des Steuerbetrugs gelangen nach der Rechtsprechung in echter Konkurrenz zur Anwendung, wenn nachgewiesen ist, dass der Täter mit seiner Fälschung oder Falschbeurkundung nicht nur einen steuerlichen Vorteil erstrebte, sondern auch eine - objektiv mögliche - Verwendung des Dokuments im nicht-fiskalischen Bereich beabsichtigte oder zumindest in Kauf nahm (<ref-ruling> E. 4.5 mit Hinweisen). Dies muss auch im Verhältnis zwischen Urkundenfälschung und Gehilfenschaft zu Steuerbetrug gelten. Einzig nach Steuerstrafrecht zu beurteilen ist jedoch, wer mit einem Urkundenfälschungsdelikt ausschliesslich Steuervorschriften umgehen will (<ref-ruling> E. 4.5 mit Hinweisen).
7.3.2 Anders als eine Jahresrechnung ist ein Revisionsbericht zwingend für den Gebrauch im nicht-fiskalischen Bereich bestimmt. Der Revisionsbericht richtet sich gemäss Art. 729 Abs. 1 aOR an die Generalversammlung und damit an Dritte. Er dient dem Schutz der Aktionäre und Gläubiger (vgl. <ref-ruling> E. 9.3.3 mit Hinweisen; PETER BÖCKLI, Revisionsstelle und Abschlussprüfung nach neuem Recht, 2007, S. 7 ff.). Wer als Revisor wissentlich einen unwahren Revisionsbericht erstellt, macht sich in erster Linie der Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> strafbar. Ob die Vorinstanz den Beschwerdeführer vom Vorwurf der Urkundenfälschung mit Hinweis auf das Anklageprinzip zu Recht freisprach, kann offenbleiben. Zu prüfen bleibt, ob der Beschwerdeführer auch den objektiven und subjektiven Tatbestand der Gehilfenschaft zu Steuerbetrug erfüllte.
7.3.2 Anders als eine Jahresrechnung ist ein Revisionsbericht zwingend für den Gebrauch im nicht-fiskalischen Bereich bestimmt. Der Revisionsbericht richtet sich gemäss Art. 729 Abs. 1 aOR an die Generalversammlung und damit an Dritte. Er dient dem Schutz der Aktionäre und Gläubiger (vgl. <ref-ruling> E. 9.3.3 mit Hinweisen; PETER BÖCKLI, Revisionsstelle und Abschlussprüfung nach neuem Recht, 2007, S. 7 ff.). Wer als Revisor wissentlich einen unwahren Revisionsbericht erstellt, macht sich in erster Linie der Urkundenfälschung im Sinne von <ref-law> strafbar. Ob die Vorinstanz den Beschwerdeführer vom Vorwurf der Urkundenfälschung mit Hinweis auf das Anklageprinzip zu Recht freisprach, kann offenbleiben. Zu prüfen bleibt, ob der Beschwerdeführer auch den objektiven und subjektiven Tatbestand der Gehilfenschaft zu Steuerbetrug erfüllte.
7.4 7.4.1 Den Tatbestand des Steuerbetrugs gemäss <ref-law> erfüllt, wer zum Zwecke einer Steuerhinterziehung im Sinne der Art. 175-177 DBG gefälschte, verfälschte oder inhaltlich unwahre Urkunden wie Geschäftsbücher, Bilanzen, Erfolgsrechnungen oder Lohnausweise und andere Bescheinigungen Dritter zur Täuschung gebraucht.
Die Aufzählung der Urkunden in <ref-law> ist nicht abschliessend (RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 25 zu <ref-law>). Urkunden im Sinne dieser Bestimmung können jedoch nur Schriftstücke sein, die im Verkehr zwischen dem Steuerpflichtigen und der Steuerbehörde rechtlich von Bedeutung sind bzw. werden können. Dies ist der Fall, wenn das Schriftstück für die steuerrechtliche Einschätzung relevant sein kann (DONATSCH, a.a.O., N. 12 zu <ref-law>). Ob der Täter die Urkunde selber gefälscht oder verfälscht hat, ist nicht massgeblich (Urteil 6B_101/2009 vom 14. Mai 2009 E. 3.3).
Der Tatbestand des Steuerbetrugs ist bereits mit der Einreichung der unechten oder unwahren Urkunde beim Steueramt in der Absicht der Steuerhinterziehung vollendet. Der Eintritt eines Erfolgs etwa im Sinne einer unvollständigen Veranlagung ist nicht erforderlich (Urteil 6B_453/2011 vom 20. Dezember 2011 E. 5.2 mit Hinweis).
7.4.2 Ausgangspunkt und Grundlage für die steuerrechtliche Gewinnermittlung bildet der Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages aus dem Vorjahr (<ref-law>). Das Steuerrecht knüpft an die Handelsbilanz an. Für das Steuerrecht finden grundsätzlich die handelsrechtlichen Gewinnermittlungsvorschriften Anwendung. Gemäss dem Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz gelten die zwingenden Vorschriften des Buchführungsrechts grundsätzlich auch im Steuerrecht. Aus dem Massgeblichkeitsgrundsatz folgt, dass die Steuerverwaltungen auf die handelsrechtskonform erstellte Bilanz und Erfolgsrechnung abzustellen haben, soweit daneben nicht steuerrechtliche Vorschriften Abweichungen ermöglichen oder verlangen (zum Ganzen <ref-ruling> E. 6.3; <ref-ruling> E. 2.2; Urteil 2C_533/2012 vom 19. Februar 2013 E. 3.2.1 mit Hinweisen).
7.4.3 Die Steuerveranlagung von juristischen Personen basiert auf der handelsrechtlichen Gewinnermittlung. Juristische Personen müssen der Steuererklärung die unterzeichnete Jahresrechnung (Bilanz und Erfolgsrechnung) der Steuerperiode beilegen (<ref-law>). Der dazu ergangene Revisionsbericht muss der Steuererklärung nicht zwingend beigelegt werden. Wird ein solcher dennoch eingereicht, handelt es sich dabei um eine Urkunde im Sinne von <ref-law>. Dass dem Revisionsbericht Urkundenqualität zukommt, wurde bereits erläutert (oben E. 6.2). Der Revisor muss vom Verwaltungsrat und von einem Aktionär, der über die Stimmenmehrheit verfügt, unabhängig sein (Art. 727c Abs. 1 aOR). Er prüft, ob die Jahresrechnung Gesetz und Statuten entspricht, und meldet Gesetzesverstösse (dazu oben E. 6.3). Die Bestätigung des Revisors, die Jahresrechnung entspreche Gesetz und Statuten, verleiht der Erfolgsrechnung zusätzlich erhöhte Glaubwürdigkeit. Damit wird bekräftigt, dass die handelsrechtliche Gewinnermittlung, welche Grundlage der Steuerveranlagung bildet, nach erfolgter Prüfung für korrekt empfunden wurde. Ein inhaltlich unwahrer Revisionsbericht ist geeignet, die Steuerbehörde über relevante Tatsachen für die Steuerveranlagung zu täuschen.
Wer der Steuerverwaltung in der Absicht der Steuerhinterziehung mit der Jahresrechnung einen inhaltlich unwahren Revisionsbericht einreicht, macht sich damit des Steuerbetrugs strafbar. D.E._ und C.E._ wurden im Zusammenhang mit der Einreichung der inhaltlich unwahren Erfolgsrechnung der F._ AG samt Revisionsbericht für das Geschäftsjahr 1998/1999 rechtskräftig des Steuerbetrugs schuldig gesprochen.
Wer der Steuerverwaltung in der Absicht der Steuerhinterziehung mit der Jahresrechnung einen inhaltlich unwahren Revisionsbericht einreicht, macht sich damit des Steuerbetrugs strafbar. D.E._ und C.E._ wurden im Zusammenhang mit der Einreichung der inhaltlich unwahren Erfolgsrechnung der F._ AG samt Revisionsbericht für das Geschäftsjahr 1998/1999 rechtskräftig des Steuerbetrugs schuldig gesprochen.
7.5 7.5.1 Als Gehilfe zu bestrafen ist, wer zu einem Steuerbetrug vorsätzlich Hilfe leistet (Art. 333 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; DONATSCH, a.a.O., N. 8 zu <ref-law>).
Als Hilfeleistung im Sinne von <ref-law> gilt jeder kausale Beitrag, der die Tat fördert, so dass sich diese ohne Mitwirkung des Gehilfen anders abgespielt hätte (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 3.2; je mit Hinweisen). Gehilfe eines Steuerbetrugs kann namentlich der Revisor sein, der im Revisionsbericht unwahre Angaben macht (SCHMID, a.a.O., N. 31 S. 43; UWE BRUGGMANN, Die Verantwortlichkeit der aktienrechtlichen Revisionsstelle im Strafrecht, Diss. Zürich 1996, S. 130 f.).
Der Beschwerdeführer erstellte den inhaltlich unwahren Revisionsbericht, der später in Täuschungs- und Steuerhinterziehungsabsicht bei der Steuerbehörde eingereicht wurde. Damit ermöglichte und förderte er die Haupttat, weshalb er den objektiven Tatbestand der Gehilfenschaft zu Steuerbetrug erfüllte.
7.5.2 Subjektiv ist erforderlich, dass der Gehilfe weiss oder damit rechnet, eine bestimmt geartete Straftat zu unterstützen, und dass er dies will oder in Kauf nimmt. Zum Vorsatz des Gehilfen gehört die Voraussicht des Geschehensablaufs, d.h. er muss die wesentlichen Merkmale des vom Täter zu verwirklichenden strafbaren Tuns erkennen (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 3).
Subjektive Unrechtselemente wie die unrechtmässige Bereicherungsabsicht oder vorliegend die Absicht der Steuerhinterziehung, gelten als sachliche Merkmale, welche beim Gehilfen nicht persönlich verwirklicht sein müssen. Es genügt, wenn er im Rahmen seines Handlungsvorsatzes um die subjektive Absicht des Haupttäters weiss (Urteil 6B_86/2009 vom 29. Oktober 2009 E. 3.3; MARC FORSTER, in: Basler Kommentar, 2. Aufl. 2007, N. 7 zu <ref-law>; N. 20 f. zu <ref-law>). Ein Schuldspruch wegen Gehilfenschaft zu Steuerbetrug setzt nicht voraus, dass der Gehilfe selber in der Absicht der Steuerhinterziehung handelte.
7.5.3 Die Vorinstanz stellt fest, der Beschwerdeführer habe wissentlich einen inhaltlich unwahren Revisionsbericht erstellt. Der Revisionsbericht sei am 24. Mai 2000 bei der Steuerbehörde eingereicht worden. Der Beschwerdeführer habe dies gewusst (Urteil S. 60, 61 f.). Er sei sich bewusst gewesen, dass das von ihm ausgestellte Testat der Jahresrechnung erhöhte Glaubwürdigkeit verlieh und seine falsche Bestätigung die Haupttat förderte, was er zugleich gewollt habe (Urteil S. 61 f.). Damit erfüllte der Beschwerdeführer auch den subjektiven Tatbestand der Gehilfenschaft zu Steuerbetrug. Entgegen seiner Auffassung ist nicht erforderlich, dass er selber eine Steuerhinterziehungsabsicht hatte. Es genügt, dass er die Absicht von D.E._ und C.E._ kannte. Davon geht die Vorinstanz aus (Urteil S. 60 f.). Dies wird vom Beschwerdeführer auch nicht bestritten.
7.6 Der Schuldspruch wegen Gehilfenschaft zu Steuerbetrug ist bundesrechtskonform.
8. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Grundsatzes "ne bis in idem". Er sei erstinstanzlich rechtskräftig vom Vorhalt der Gehilfenschaft zu Urkundenfälschung freigesprochen worden. Der Vorinstanz sei es verwehrt gewesen, im Zusammenhang mit dem Vorwurf des Steuerbetrugs vorfrageweise das Vorliegen einer inhaltlich unwahren Urkunde zu prüfen (Beschwerde S. 14 f. und 19).
Der Einwand ist unbegründet. Dem Beschwerdeführer wurde von der Anklage auch Gehilfenschaft zur Erstellung der inhaltlich unwahren Jahresrechnung der F._ AG für das Geschäftsjahr 1998/1999 zur Last gelegt. Das Amtsgericht sprach ihn von diesem Vorwurf frei. Vorliegend geht es nicht um die Jahresrechnung der F._ AG, sondern um den inhaltlich unwahren Revisionsbericht vom 13. März 2000. Die Vorinstanz weist zutreffend darauf hin, dass der erstinstanzliche Freispruch vom Vorwurf der Gehilfenschaft zu Urkundenfälschung einen anderen Lebenssachverhalt betraf (Urteil S. 11). Der Grundsatz "ne bis in idem" ist nicht verletzt.
9. Der Beschwerdeführer macht geltend, der lange Zeitablauf seit der Tat und die Verletzung des Beschleunigungsgebots hätten zu einer Verfahrenseinstellung oder mindestens einem Verzicht auf eine Bestrafung führen müssen (Beschwerde Ziff. 10 S. 13 f. und S. 24 f.).
Folgen einer Verletzung des Beschleunigungsgebots sind die Strafreduktion, allenfalls der Verzicht auf Strafe. Eine Verfahrenseinstellung kommt nur in Extremfällen in Betracht, wenn die Verfahrensverzögerung dem Betroffenen einen Schaden von aussergewöhnlicher Schwere verursachte (<ref-ruling> E. 8 mit Hinweisen).
Das Verfahren gegen den Beschwerdeführer wurde im November 2003 eröffnet (Urteil S. 67). Die Vorinstanz trägt dem verminderten Strafbedürfnis zufolge des langen Zeitablaufs (<ref-law>) mit einer Strafreduktion von 20 % und der Verletzung des Beschleunigungsgebots im Umfang von 30 % Rechnung (Urteil S. 65 ff.). Sie stellt fest, es sei im Ermittlungsverfahren sowie im erst- und zweitinstanzlichen Gerichtsverfahren zu Verfahrensverzögerungen gekommen, welche von den Behörden zu vertreten seien. Sie weist aber auch darauf hin, dass die lange Zeit zwischen der Eröffnungsverfügung vom 21. März 2006 bis zum Abschluss der Strafuntersuchung am 12. Dezember 2007 in weiten Teilen den Beschuldigten selbst zuzurechnen ist (Urteil S. 67 f.).
Insgesamt kam es zu einer Strafreduktion von 50 %, was bundesrechtlich nicht zu beanstanden ist. Die Vorinstanz hat das ihr zustehende Ermessen nicht überschritten, wenn sie von einem Verzicht auf Bestrafung absah. Für eine Verfahrenseinstellung bestand kein Anlass (vgl. Urteil S. 65 f.).
10. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Solothurn, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Mai 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Schneider
Die Gerichtsschreiberin: Unseld