Sachverhalt:
A. A.a Dr. Jürgen Amann schuf über die Dr. Amann AG mehrere "Sachwert-Beteiligung-Kommanditgesellschaften" (KG), die es Anlegern ermöglichten, als Kommanditäre in Immobilien zu investieren, welche von der jeweiligen Personengesellschaft erworben, erstellt und vermietet wurden. Die KG VIII ist Eigentümerin des Hotels "Schweizerhof" in Zermatt, wobei die Seiler Hotels Zermatt AG das Hotel-Management besorgt. Sie ist einzige Kommanditärin der KG IX, die ihrerseits Eigentümerin einer ebenfalls durch das Hotel "Schweizerhof" genutzten Liegenschaft ist.
A.b Am 20. Mai 2008 stellte die Eidgenössische Bankenkommission (EBK) fest, dass die "Dr. Amann-Gruppe" gegen das Bundesgesetz vom 23. Juni 2006 über die kollektiven Kapitalanlagen (KAG; SR 951.31) verstossen habe, und versetzte die verschiedenen "Sachwert-Beteiligung-Kommanditgesellschaften" in Liquidation. Auf die hiergegen gerichtete Beschwerde der KG IX trat das Bundesverwaltungsgericht am 31. Juli 2009 nicht ein; jene der KG VIII hiess es gut, soweit darauf einzutreten war (Urteil B-4312/2008). Das Bundesverwaltungsgericht ging davon aus, dass die KG VIII kein fremdverwaltetes "Investitionsvehikel", sondern eine operativ tätige Gesellschaft sei, für die das Kollektivanlagengesetz nicht gelte. Auf Beschwerde der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht (FINMA) hin hob das Bundesgericht dieses Urteil am 5. November 2010 auf und wies die Sache zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an die FINMA zurück; die Aktivitäten der KG VIII seien (ursprünglich) unter das Kollektivanlagengesetz gefallen, doch sei die von der EBK/FINMA ihr gegenüber verfügte Liquidation ohne weitere Prüfung der Verhältnismässigkeit dieser Massnahme und der von der KG VIII angebotenen anderen Lösungen zur Bereinigung der Situation unzulässig gewesen (Urteil 2C_571/2009).
B. B.a Mit Verfügung vom 30. Mai 2011 wies die FINMA die Handelsregisterämter des Kantons Nidwalden und Zug an, die Eintragung der Ernst & Young AG als Untersuchungsbeauftragte der KG VIII bzw. KG IX zugunsten von Gabriele Kubatzki zu löschen; diese war mit Gesellschafterbeschluss vom 14. Dezember 2007 als Geschäftsführerin der KG VIII bezeichnet worden, was der Komplementär bestritt, wobei es wegen des aufsichtsrechtlichen Eingreifens der EBK jedoch zu keinem definitiven zivilrechtlichen Entscheid mehr gekommen war. Ebenfalls am 30. Mai 2011 informierte die FINMA den Rechtsvertreter der KG VIII und KG IX darüber, dass sie aufsichtsrechtlich gestützt auf das Urteil des Bundesgerichts zum Schluss komme, dass diese mit ihrer Entflechtung von Dr. Amann und seinen Firmen nicht mehr unter das KAG falle und sie ihr Verfahren deshalb auf den 31. Mai 2011 einstelle.
B.b Gegen die Anordnungen der FINMA an die beiden Handelsregisterämter gelangte Jürgen Amann am 14. Juli 2011 an das Bundesverwaltungsgericht. Mit Zwischenentscheid vom 5. Oktober 2011 bejahte dieses dessen Beschwerdelegitimation; gleichzeitig wies es den Einwand zurück, die Beschwerde sei verspätet eingereicht worden. Am 7. Dezember 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Eingabe in der Sache selber gut, hob die angefochtenen Verfügungen der FINMA vom 30. Mai 2011 auf und hielt die Handelsregisterämter der Kantone Nidwalden und Zug an, die Eintragung von Gabriele Kubatzki als einzelzeichnungsberechtigte Geschäftsführerin der KG VIII und KG IX (wieder) zu löschen. Es wies die Sache an die FINMA zurück, damit sie "auf geeignete und rechtskonforme Weise" sicherstelle, dass die Löschung der von ihr veranlassten Einträge zu keiner unzumutbar langen Phase der Handlungsunfähigkeit der beiden Kommanditgesellschaften führe. Sowohl der Entzug der Geschäftsführereigenschaft von Jürgen Amann als auch die Gültigkeit des Beschlusses der ausserordentlichen Gesellschafterversammlung vom 14. Dezember 2007 bildeten je Gegenstand eines zurzeit immer noch hängigen zivilrechtlichen Verfahrens, dem die FINMA nicht mit den entsprechenden Anordnungen habe vorgreifen dürfen.
C. Die KG VIII und KG IX beantragen vor Bundesgericht, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben. Sie machen geltend, dieses sei zu Unrecht auf die Beschwerde von Jürgen Amann eingetreten, da die Eingabe verspätet eingereicht worden sei.
Jürgen Amann beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten bzw. sie abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht und die FINMA haben darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen.
Der Abteilungspräsident wies am 22. Februar 2012 das mit der Eingabe verbundene Gesuch um aufschiebende Wirkung ab. Die FINMA teilte dem Bundesgericht hierauf am 24. Februar 2012 mit, dass sie die Parteien in Vollstreckung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts dazu angehalten habe, "für die KG VIII beim zuständigen Zivilgericht umgehend um die unverzügliche Ernennung eines Sachwalters zu ersuchen; für die KG IX um die unverzügliche Ernennung eines Sachwalters zu ersuchen", falls das Handelsregisteramt Zug mitteile, "dass die von der FINMA mit heutiger Post angeordnete Wiederherstellung der Unterschriftenregelung entsprechend dem Zustand vor Einschreiten der Eidg. Bankenkommission (jetzt FINMA) am 11. Januar 2008 nicht möglich" sei.
Am 30. März 2012 ging beim Bundesgericht der Kostenvorschuss von Fr. 2'000.-- ein. Mit Schreiben vom 29. und 30. März 2012 ersuchte Gabriele Kubatzki darum, diesen zurückzubezahlen, da er vom Anwalt der KG VIII bzw. der KG IX vorgeschossen worden sei; es seien die Seiler Hotels Zermatt AG oder das Bundesverwaltungsgericht anzuhalten, den Kostenvorschuss zu bezahlen; allenfalls sei ein entsprechender "staatlicher Vorschuss" zu gewähren.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen Urteile des Bundesverwaltungsgerichts im Bereich der Finanzmarktaufsicht kann grundsätzlich mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gelangt werden (<ref-law> i.V.m. Art. 31 VGG). Erscheinen die Vertretungsverhältnisse - wie hier zwischen Komplementär und Kommanditären - gesellschaftsintern umstritten, ohne dass zivilrechtlich bereits definitiv hierüber befunden worden wäre, ist praxisgemäss davon auszugehen, dass im Rahmen von <ref-law> die rechtlichen oder faktischen Organe, die sich dem aufsichtsrechtlichen Entscheid im Namen der Gesellschaft widersetzen wollen, dies tun können (Urteil 2C_571/ 2009 vom 5. November 2010 E. 1.1 mit Hinweisen). Die Frage, ob der für das vorliegende Verfahren durch Gabriele Kubatzki bevollmächtigte Rechtsvertreter der Beschwerdeführerinnen für diese handeln kann, was zumindest für die KG IX fraglich erscheint, da die Vollmachtgeberin - soweit ersichtlich - ihrerseits für diese (abgesehen von der aufgehobenen Anordnung der FINMA an das Handelsregisteramt) nie rechtsgültig als handlungsberechtigt bezeichnet worden ist, kann dahingestellt bleiben, da sich die vorliegende Eingabe als unbegründet erweist.
1.2 Selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die nicht die Zuständigkeit oder ein Ausstandsbegehren betreffen (vgl. <ref-law>), können mit der Beschwerde gegen den Endentscheid angefochten werden, soweit sie sich noch auf dessen Inhalt auswirken (<ref-law>). Die Vorinstanz hat am 5. Oktober 2011 vorweg befunden, dass die bei ihr eingereichte Beschwerde rechtzeitig erfolgt sei; sie hat diese in der Folge am 7. Dezember 2011 gutgeheissen, die angefochtenen Verfügungen aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen an die FINMA zurückgewiesen. Da die Rechtzeitigkeit der Beschwerde hierfür Voraussetzung bildete, kann der Zwischenentscheid vom 5. Oktober 2011 mit der vorliegenden Eingabe gegen den Endentscheid beanstandet werden; eine separate Anfechtung war nicht erforderlich.
1.3 Verfahrensgegenstand bildet ausschliesslich die Frage, ob die Beschwerde von Jürgen Amann im vorinstanzlichen Verfahren rechtzeitig eingereicht worden ist, nachdem die Beschwerdeführerinnen nur geltend machen, es hätte deshalb darauf nicht eingetreten werden dürfen: Zwar wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflichten (Art. 42 Abs. 1 und 2 bzw. <ref-law>), nur die geltend gemachten Rügen, sofern andere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich erscheinen. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn ihm diese - wie hier - nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.5 S. 314; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.4 Die vorliegende Eingabe ist insoweit ungenügend begründet, als die Beschwerdeführerinnen darin auf ihre Ausführungen vor der Vorinstanz und die entsprechenden Akten verweisen. Die vor Bundesgericht erhobenen Rügen müssen in der Beschwerdeschrift selber enthalten sein; der blosse Verweis auf Ausführungen in anderen Rechtsschriften oder auf die Akten genügt nicht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399 f. mit Hinweisen).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, die FINMA habe ihre Verfügungen, mit denen sie anordnete, dass Gabriele Kubatzki als einzelzeichnungsberechtigt in die Handelsregister einzutragen sei, den zuständigen Ämtern am 30. Mai 2011 eröffnet. Der Rechtsvertreter von Jürgen Amann habe gestützt auf ein Schreiben der FINMA im Zusammenhang mit dem Eintragungsgesuch der Investment Trust S.A. als Kommanditärin seit dem 1. Juni 2011 Kenntnis davon gehabt, dass Gabriele Kubatzki hierfür zuständig sei; spätestens zu diesem Zeitpunkt hätte er weitere Abklärungen vornehmen müssen. Die Mutationen seien anschliessend auch im Schweizerischen Handelsamtsblatt (SHAB) veröffentlicht worden, dennoch habe der Beschwerdegegner bis zum 15./16. Juni 2011 zugewartet, um ein Akteneinsichtsgesuch zu stellen, in dessen Rahmen er von den umstrittenen Verfügungen dann Kenntnis erhalten haben wolle. Er wäre - so die Beschwerdeführerinnen - aufgrund der verschiedenen Hinweise auf das Bestehen geänderter Vertretungsverhältnisse jedoch gehalten gewesen, sich früher um deren Grundlage zu bemühen und nicht tatenlos zuzuwarten; es habe vom Rechtsvertreter des Beschwerdegegners nach dem Schreiben der FINMA vom 31. Mai 2011 bezüglich des Eintragungsgesuchs erwartet werden dürfen, dass er sich "täglich per 'Mausklick' kurz über die Mutationen bei den beiden Beschwerdeführerinnen ins Bild" setzte. Die Beschwerdefrist habe spätestens sieben Tage nach Erhalt des Schreibens der FINMA am 9. Juni 2011 zu laufen begonnen; werde auf die Veröffentlichung im SHAB abgestellt, habe sie am 13. Juni 2011 ihren Anfang genommen. In beiden Fällen sei die Beschwerde am 14. Juli 2011 "klar" verspätet erhoben worden.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, die FINMA habe ihre Verfügungen, mit denen sie anordnete, dass Gabriele Kubatzki als einzelzeichnungsberechtigt in die Handelsregister einzutragen sei, den zuständigen Ämtern am 30. Mai 2011 eröffnet. Der Rechtsvertreter von Jürgen Amann habe gestützt auf ein Schreiben der FINMA im Zusammenhang mit dem Eintragungsgesuch der Investment Trust S.A. als Kommanditärin seit dem 1. Juni 2011 Kenntnis davon gehabt, dass Gabriele Kubatzki hierfür zuständig sei; spätestens zu diesem Zeitpunkt hätte er weitere Abklärungen vornehmen müssen. Die Mutationen seien anschliessend auch im Schweizerischen Handelsamtsblatt (SHAB) veröffentlicht worden, dennoch habe der Beschwerdegegner bis zum 15./16. Juni 2011 zugewartet, um ein Akteneinsichtsgesuch zu stellen, in dessen Rahmen er von den umstrittenen Verfügungen dann Kenntnis erhalten haben wolle. Er wäre - so die Beschwerdeführerinnen - aufgrund der verschiedenen Hinweise auf das Bestehen geänderter Vertretungsverhältnisse jedoch gehalten gewesen, sich früher um deren Grundlage zu bemühen und nicht tatenlos zuzuwarten; es habe vom Rechtsvertreter des Beschwerdegegners nach dem Schreiben der FINMA vom 31. Mai 2011 bezüglich des Eintragungsgesuchs erwartet werden dürfen, dass er sich "täglich per 'Mausklick' kurz über die Mutationen bei den beiden Beschwerdeführerinnen ins Bild" setzte. Die Beschwerdefrist habe spätestens sieben Tage nach Erhalt des Schreibens der FINMA am 9. Juni 2011 zu laufen begonnen; werde auf die Veröffentlichung im SHAB abgestellt, habe sie am 13. Juni 2011 ihren Anfang genommen. In beiden Fällen sei die Beschwerde am 14. Juli 2011 "klar" verspätet erhoben worden.
2.2 2.2.1 Nach <ref-law> ist die Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht innert 30 Tagen nach Eröffnung der Verfügung einzureichen. Dem Beschwerdeführer obliegt der Beweis, dass diese Frist eingehalten ist; die Behörde trägt ihrerseits die objektive Beweislast für die Zustellung (einschliesslich des Zeitpunkts) ihres Entscheids (vgl. das Urteil 2C_570/2011 vom 24. Januar 2012 E. 4.1 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2a S. 402). Aus einer mangelhaften bzw. fehlenden Eröffnung darf der betroffenen Partei kein Nachteil erwachsen (<ref-law>). Für zu Unrecht nicht in das Verfahren einbezogene Dritte beginnt die Anfechtungsfrist deshalb grundsätzlich erst mit der tatsächlichen Kenntnisnahme des umstrittenen Akts zu laufen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 312 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 326; <ref-ruling> E. 5c S. 174; vgl. UHLMANN/SCHWANK, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar VwVG, 2009, Art. 38 N. 10). Aus Gründen der Rechtssicherheit und in Anwendung des Grundsatzes von Treu und Glauben (vgl. <ref-law>), welcher Behörden und Privaten gleichermassen rechtsmissbräuchliches bzw. widersprüchliches Verhalten verbietet, darf der Dritte den Beginn des Fristenlaufs jedoch nicht beliebig hinauszögern, sobald er auf irgendeine Weise von der ihn berührenden Entscheidung Kenntnis erhalten hat. Er muss sich nach dieser erkundigen, falls Anzeichen für deren Existenz bestehen, und nötigenfalls rechtzeitig reagieren (<ref-ruling> E. 4.2 S. 312 f. mit Hinweisen; vgl. das Urteil 1A.278/2005 vom 23. Januar 2006 E. 3.3.1). Die mangelhaft eröffnete Verfügung wird unanfechtbar, wenn der übergangene Verfügungsadressat nach den gesamten Umständen übermässig lange mit seiner Beschwerde zugewartet hat (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 76 f.).
2.2.2 Wenn die Vorinstanz aufgrund der Vorgeschichte des Falls vorliegend davon ausgegangen ist, die Eingabe des Beschwerdegegners sei bei ihr rechtzeitig erfolgt, hat sie kein Bundesrecht verletzt: Nach dem Rückweisungsentscheid durch das Bundesgericht bemühte sich Jürgen Amann darum, am weiteren Verfahren vor der FINMA teilnehmen zu können. Zwar teilte diese seinem Rechtsvertreter am 31. Mai/1. Juni 2011 mit, dass "die Zuständigkeit für die Behandlung des Registrierungsgesuchs der Investment Trust S.A. als Gesellschafterin der KG VIII neu bei Frau Gabriele Kubatzki" liege, doch konnte und musste dieser hieraus nicht bereits darauf schliessen, dass die FINMA ihr aufsichtsrechtliches Verfahren abgeschlossen und, ohne ihm das rechtliche Gehör zu gewähren, den betroffenen Handelsregisterämtern vertretungsrechtliche Anweisungen erteilt haben könnte, zumal die FINMA unterstrich, dass Gabriele Kubatzki durch ihren Rechtsanwalt vertreten werde ("rechtlich vertreten durch RA Patrick Hoch ..."). Das entsprechende Schreiben enthielt weder einen Hinweis auf die Geschäftsführungsfunktion von Gabriele Kubatzki noch auf den von der FINMA angeordneten Wechsel der Zeichnungsberechtigung von der finanzmarktrechtlichen Untersuchungsbeauftragten zu dieser. Zwar wurde die entsprechende Änderung am 6. Juni 2011 (KG VIII) bzw. am 30. Juni 2011 (KAG IX) im SHAB veröffentlicht, indessen kann in einem Fall wie dem vorliegenden - entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerinnen - nicht erwartet werden, dass der Betroffene bzw. sein Rechtsvertreter während des noch hängigen finanzmarktrechtlichen Aufsichtsverfahrens täglich prüft, ob die FINMA nicht Änderungen im Handelsregister angeordnet und ihr Verfahren ohne weitere Information abgeschlossen haben könnte.
2.2.3 Entgegen der Kritik der Beschwerdeführerinnen hat die Vorinstanz bei ihren Überlegungen auch die Fragen nicht in unzulässiger Weise vermischt, ob ein Rechtssubjekt in einer bestimmten Situation Anspruch auf Gewährung des rechtlichen Gehörs hat und welche Rechtsfolgen an eine mangelhaft eröffnete Verfügung zu knüpfen sind: Ob der bei der Eröffnung einer Verfügung übergangene Betroffene übermässig lange mit seiner Beschwerde zugewartet hat, beurteilt sich aufgrund der Umstände des Einzelfalls und hängt auch davon ab, wie offensichtlich die Notwendigkeit seiner Beteiligung am Verfahren und die damit verbundene Pflicht, auch ihm den entsprechenden Entscheid zu eröffnen, für die verfügende Behörde war. Es ist deshalb nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz im Rahmen der entsprechenden Interessenabwägung festgestellt hat, dass ein Bürger, der - wie der Beschwerdegegner - sein Interesse an einer Teilnahme am Verfahren kundgetan hat und dessen Betroffenheit offensichtlich ist, darauf vertrauen darf, dass die zuständige Behörde ihm rechtzeitig das ihm zustehende rechtliche Gehör gewähren wird und er deshalb nicht verpflichtet ist, bereits jedes längere Schweigen oder vage behördliche Schreiben zu hinterfragen und "weitere Nachforschungen anzustellen, ob die betreffende Behörde nicht allenfalls bereits in Verletzung der ihm zustehenden verfassungsmässigen Verfahrensgarantien Massnahmen getroffen haben könnte, die ihn belasten".
2.2.4 Da der Beschwerdegegner mit seiner Eingabe an die Vorinstanz nicht unzulässig lange zugewartet und als relevanter Zeitpunkt für die Fristberechnung die Akteneinsichtnahme vom 16. Juni 2011 zu gelten hat, durfte die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht seine Beschwerde als rechtzeitig erhoben erachten.
3. 3.1 Die vorliegende Eingabe ist somit unbegründet und deshalb abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
3.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend haben die unterliegenden Beschwerdeführerinnen die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu tragen (<ref-law>). Sie haben den Beschwerdegegner für dieses angemessen zu entschädigen (<ref-law>). Soweit Gabriele Kubatzki sinngemäss geltend macht, es sei den Beschwerdeführerinnen die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren (<ref-law>), verkennt sie, dass diese vor Bundesgericht durch ihren Anwalt und nicht sie selber vertreten sind, ihr Rechtsvertreter kein entsprechendes Gesuch gestellt hat und der Kostenvorschuss rechtzeitig geleistet worden ist. Ob und wie die Beschwerdeführerinnen sich diesbezüglich mit ihrem Anwalt abgesprochen haben, ändert an ihrer Kostenpflicht für das bundesgerichtliche Verfahren nichts. Es wäre im Übrigen an den 350 Kommanditären gewesen, nötigenfalls die erforderlichen Mittel für dieses vorzuschiessen (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 326 f.).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. 2.1 Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen, soweit es nicht als gegenstandslos zu gelten hat.
2.2 Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
2.3 Die Beschwerdeführerinnen haben den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'200.-- zu entschädigen.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. April 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar