Sachverhalt:
A. P._ arbeitete seit 2001 bei der Steuerverwaltung des Kantons Bern. Als wissenschaftlicher Mitarbeiter II war er in der Gehaltsklasse 22 eingereiht. Am 30. November 2009 beantragte P._ die Neueinreihung seiner Stelle in die Gehaltsklasse 23. Das Personalamt des Kantons Bern wies dieses Gesuch mit Verfügung vom 14. April 2010 ab. Auf Beschwerde hin stellte die Finanzdirektion des Kantons Bern mit Entscheid vom 18. November 2010 eine Verletzung des rechtlichen Gehör fest, wies die Beschwerde indessen materiell ab.
B. Die von P._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 25. November 2011 ab, soweit es auf sie eintrat.
C. Mit Beschwerde beantragt P._, er sei unter Aufhebung der Entscheide der kantonalen Behörden per 1. Oktober 2004, eventuell per 1. Januar 2010, in die Lohnklasse 23 einzureihen. In seinen Eingaben vom 9. und vom 14. Januar 2012 hält P._ an seinen Anträgen fest.
D. Mit Eingabe vom 23. Dezember 2011 an das kantonale Gericht verlangte P._ die Revision des vorinstanzlichen Entscheides. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern trat mit Entscheid vom 28. Dezember 2011 auf dieses Gesuch nicht ein. Das vom Beschwerdeführer angerufene Bundesgericht hob den Entscheid vom 28. Dezember 2011 mit Urteil 8C_45/2012 vom 11. Juli 2012 auf und wies die Sache an das kantonale Gericht zurück, da eine Vorinstanz des Bundesgerichts nicht einzig mit dem Argument auf ein Revisionsbegehren nicht eintreten dürfe, gegen den zu revidierenden Entscheid sei beim Bundesgericht Beschwerde erhoben worden. Gleichzeitig sistierte das Bundesgericht das vorliegende Verfahren bis zum Abschluss des kantonalen Revisionsverfahrens.
Mit Entscheid vom 10. Dezember 2012 trat das kantonale Gericht mit einer geänderten Begründung nicht auf das Revisionsgesuch ein. Eine von P._ gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil 8C_70/2013 vom 12. März 2013 ab.
E. Mit Eingabe vom 22. Januar 2013 hält P._ an den gestellten Anträgen fest und beantragt, das vorliegende Verfahren sei nunmehr weiterzuführen.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG) und betrifft ein öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis, d.h. eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinn von <ref-law>. Es handelt sich um eine vermögensrechtliche Streitigkeit, weshalb der Ausschlussgrund von <ref-law> nicht gegeben ist (vgl. auch Urteil 8C_649/2010 vom 1. März 2011 E. 1.1). Die Streitwertgrenze von Fr. 15'000.- (Art. 51 Abs. 1 lit. a, Art. 85 Abs. 1 lit. b BGG; erwähntes Urteil 8C_649/2010 E. 1.2) ist erreicht (Streitwertangabe in der Rechtsmittelbelehrung des Entscheids vom 25. November 2011).
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Der angefochtene Entscheid stützt sich in der Sache auf kantonales Recht. Als Beschwerdegrund kommt im Wesentlichen die Verletzung von Bundesrecht, insbesondere von verfassungsmässigen Rechten in Frage (<ref-law>). Die Anwendung des kantonalen Rechts als solches bildet nicht Beschwerdegrund. Überprüft werden kann insoweit nur, ob der angefochtene Entscheid auf willkürlicher Gesetzesanwendung beruht oder ob das Gesetz oder seine Anwendung sonstwie gegen übergeordnetes Recht verstossen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 251 f.; Urteile 8C_687/2010 vom 5. Januar 2011 E. 3.1 und 8C_690/2010 vom 1. November 2010 E. 2.1, auch zum Folgenden). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rügepflicht (vgl. <ref-law>). Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53, auch zum Folgenden). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3 S. 262; <ref-ruling> E. 2.1 S. 120; je mit Hinweisen).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Nichteinreihung des Beschwerdeführers in die Gehaltsklasse 23 der kantonal-bernischen Gehaltsordnung gegen Bundesrecht verstösst.
4. <ref-law> verlangt, dass im öffentlichen Dienstrecht gleichwertige Arbeit gleich entlöhnt wird. Das Bundesgericht hat freilich den politischen Behörden einen grossen Spielraum in der Ausgestaltung von Besoldungsordnungen zugestanden. Ob verschiedene Tätigkeiten als gleichwertig zu betrachten sind, hängt von Beurteilungen ab, die unterschiedlich ausfallen können. Innerhalb der Grenzen des Willkürverbots und des Rechtsgleichheitsgebots sind die Behörden befugt, aus der Vielzahl denkbarer Anknüpfungspunkte die Tatbestandsmerkmale auszuwählen, die für die Besoldung von Beamten massgebend sein sollen (<ref-ruling> E. 2c/aa S. 79; <ref-ruling> E. 9b S. 426 f.; <ref-ruling> E. 6b S. 8; <ref-ruling> E. 4a/c S. 104 f.). Nach ständiger Rechtsprechung ist <ref-law> (bzw. Art. 4 aBV) nicht verletzt, wenn Besoldungsunterschiede auf objektive Motive wie Alter, Dienstalter, Erfahrung, Familienlasten, Qualifikation, Art und Dauer der Ausbildung, Arbeitszeit, Leistung, Aufgabenbereich oder übernommene Verantwortlichkeiten zurückzuführen sind (<ref-ruling> E. 3.1 S. 107; <ref-ruling> E. 6c S. 8, je mit Hinweisen; vgl. auch Urteile 1C_295/2008 vom 29. Mai 2009 E. 2.6 und 2P.95/2001 vom 14. November 2001 E. 4). Das Bundesgericht übt eine gewisse Zurückhaltung und greift von Verfassungs wegen bloss ein, wenn der Kanton mit den Unterscheidungen, die er trifft, eine Grenze zieht, die sich nicht vernünftig begründen lässt, die unhaltbar und damit in den meisten Fällen auch geradezu willkürlich ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 165; <ref-ruling> E. 6a S. 7 f., mit Hinweisen). Schliesslich hält auch ein gewisser, aus praktischen Gründen bestehender Schematismus innerhalb der Besoldungsordnung vor dem Rechtsgleichheitsgebot stand, selbst wenn er Grenzfällen nicht immer gerecht zu werden vermag (BGE <ref-ruling> E. 4d/aa S. 107; Urteil 1C_295/2008 vom 29. Mai 2009 E. 2.7).
5. 5.1 Das kantonale Gericht hat erwogen, die vorliegend streitige Einreihung der Stelle des Beschwerdeführers in eine Gehaltsklasse richte sich - anders als die Einreihung des Beschwerdeführers in eine Gehaltsstufe innerhalb der Gehaltsklasse - nach den Anforderungen und Belastungen, welche die Funktion mit sich bringe und nicht nach den persönlichen Fähigkeiten des Angestellten. Da zur Ausübung der Funktion des Beschwerdeführers lediglich ein juristischer Hochschulabschluss vorausgesetzt wird, kann er somit vorliegend nichts aus dem Umstand ableiten, dass er Inhaber eines Fürsprecherpatents ist. Diese vorinstanzlichen Erwägungen verstossen entgegen seinen Vorbringen nicht gegen Bundesrecht.
5.2 Weiter hat die Vorinstanz in sorgfältiger und ausführlicher Würdigung der Akten, insbesondere aber durch Vergleich der Pflichtenhefte des Beschwerdeführers aus den Jahren 2001, 2004 und 2009 für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass es in der Zeit seit 2001 nicht zu einer wesentlichen Zunahme der Anforderungen und Belastungen des Beschwerdeführers gekommen ist. Was er gegen diese Feststellung vorbringt, vermag sie - wie nachstehende Erwägungen zeigen - nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen.
5.3 Entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers durfte die Vorinstanz willkürfrei davon ausgehen, die Verhältnisse an der Arbeitsstelle liessen sich aus den Akten hinreichend erschliessen. Der Beschwerdeführer vermag demgegenüber nicht darzutun, welche neuen Erkenntnisse aus der von ihm beantragten Einvernahme des Z._ als Zeugen zu gewinnen wären. Somit hat das kantonale Gericht nicht gegen Bundesrecht verstossen, als es in antizipierter Beweiswürdigung auf die Zeugenbefragung verzichtete.
5.4 Der Beschwerdeführer macht geltend, ab 2004 neu auch für die Koordination der Einhaltung der strafverfahrensrechtlichen Garantien der EMRK und der Bundesverfassung zuständig gewesen zu sein, und damit eine gewisse fachliche Führungsaufgabe übernommen zu haben. Wie weit dieses Vorbringen zutrifft, kann vorliegend offenbleiben, da selbst eine fachliche Führung in einem zwar zweifellos wichtigen, aber doch eng beschränkten Bereich noch nicht auf eine wesentliche Zunahme der Anforderungen und Belastungen des Beschwerdeführers schliessen lässt.
5.5 Ebenfalls nichts zu Gunsten des Beschwerdeführers ableiten lässt sich aus der Tatsache, dass ein besonders schwieriger Fall gerade ihm zur Bearbeitung zugeteilt wurde. Der normale Gang der Verwaltung bringt es mit sich, dass einmal schwierigere, einmal weniger komplexe Dossier zu bearbeiten sind. Dabei erscheint es als sachgerecht, wenn die besonders komplexen Arbeiten den fähigsten und erfahrensten Mitarbeitern zugeteilt werden. Daraus lässt sich aber nicht ableiten, ein solcher besonders fähiger und erfahrener Mitarbeiter sei von Verfassungs wegen in eine höhere Gehaltsklasse als die gewöhnlichen Mitarbeiter einzureihen. Die Vorinstanz konnte willkürfrei davon ausgehen, den besonderen Fähigkeiten und Erfahrungen des Beschwerdeführers sei bei der individuellen Leistungs- und Verhaltensbeurteilung (und damit allenfalls bei der Bemessung des Gehaltsaufstieges innerhalb der Gehaltsklasse) und nicht bei der Einreihung in die Gehaltsklasse Rechnung zu tragen.
5.6 Im Weiteren ist es üblich, dass sich Mitarbeiter einer Verwaltungseinheit gegenseitig mit fachlichem Rat zur Seite stehen. Dabei ist es auch nicht ungewöhnlich, wenn eine höhergestellte Person bei einem lohnmässig niedriger eingestuften Mitarbeiter um Rat sucht. Somit kann aus dem Umstand, dass der Beschwerdeführer regelmässig von anderen Mitarbeitern, welche ebenfalls in der Gehaltsklasse 22 eingereiht sind, um Rat gefragt wurde, nicht abgeleitet werden, er sei deshalb in eine höhere Gehaltsklasse einzureihen.
5.7 Ebenfalls nicht offensichtlich unrichtig ist die Feststellung des kantonalen Gerichts, die Aufgaben, welche der Beschwerdeführer wahrzunehmen hatte, hätten sich wesentlich von jenen der Verwaltungsjuristinnen und -juristen unterschieden. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass er nach eigenen Angaben in Fällen von Steuerhinterziehung die Steuerverwaltung vor allen Instanzen zu vertreten hatte. Jedenfalls mit Blick auf den Schematismus, welcher aus praktischen Gründen jeder Besoldungsordnung eigen ist (vgl. E. 4 hiervor), verstösst es nicht gegen Bundesrecht, die Redaktion von Beschwerdeentscheiden höher zu bewerten als die Tätigkeit des Beschwerdeführers.
5.8 Vorinstanz und Verwaltung haben demnach nicht gegen Bundesrecht verstossen, als sie eine Einreihung des Beschwerdeführers in eine höhere Gehaltsklasse ablehnten, auch wenn im Rahmen des der Behörde zustehenden grossen Spielraums eine Höhereinreihung allenfalls zulässig gewesen wäre. Da es im Jahre 2004 in Folge des von ihm erwähnten "Vorstosses 2004" nicht zu einer Änderung der Rechte und Pflichten des Beschwerdeführers kam, kann offenbleiben, ob das damalige Verfahren zu Recht nicht durch eine formelle Verfügung abgeschlossen wurde. Die Beschwerde ist somit abzuweisen.
6. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. April 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Nabold