Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) trat am 1. Februar 2006 eine Stelle im Mischwerk der X._ AG (Beschwerdegegnerin) in B._ an. Im Einzelarbeitsvertrag vom 27. Januar 2006 wurde ein Monatslohn von Fr. 3'850.-- zuzüglich 13. Monatslohn vereinbart und die Vereinbarung in der Maschinenindustrie (Gesamtarbeitsvertrag, GAV) für anwendbar erklärt. Gestützt auf diesen GAV unterzeichnete die Beschwerdegegnerin am 23. November 2006 in Zusammenarbeit mit mehreren Vertragspartnern eine Betriebsvereinbarung zur Erhaltung von Arbeitsplätzen und zur Verhinderung eines Arbeitsplatzabbaus. Danach wurde die wöchentliche Arbeitszeit der Angestellten für das Jahr 2007 von 40.5 auf 42.5 und für das Jahr 2008 von 40.5 auf 42.0 Stunden erhöht. Die Erhöhung erfolgte ohne finanzielle Abgeltung. Als Anerkennung für die Mehrarbeit erhielten jedoch alle Mitarbeiter für diese Zeitspanne einen Anspruch auf eine Prämienzahlung von Fr. 900.-- pro Jahr. Bei Austritt hatte die Prämienzahlung pro rata temporis zu erfolgen. Ziffer 11 der Betriebsvereinbarung enthielt zudem eine Sonderbestimmung. Danach wurden den Mitarbeitenden, denen vor dem 31. Dezember 2008 durch den Arbeitgeber gekündigt wurde, die erwähnten Mehrstunden voll abgegolten. Mehrstunden über 42.5 (2007) resp. 42.0 (2008) Stunden pro Woche wurden mit einem Zuschlag von 25 % in Geld abgegolten oder im Einverständnis mit dem Mitarbeiter voll kompensiert. Davon ausgenommen waren Kündigungen aus leistungsbedingten oder disziplinarischen Gründen.
Am 2. Oktober 2007 kam es zwischen dem Beschwerdeführer und seinem Vorgesetzten zu einem Eklat. Nach Absprache mit sämtlichen Beteiligten wurde eine weitere Zusammenarbeit zwischen dem Beschwerdeführer und dem Vorgesetzten als nicht mehr zumutbar erachtet und der Beschwerdeführer daraufhin vom Mischwerk in die Abteilung Extrusion versetzt. Diese Arbeit sagte dem Beschwerdeführer nicht zu und er lehnte deshalb eine Weiterbildung in dieser Abteilung ab. Zudem kam es zu Auseinandersetzungen mit den neuen Mitarbeitenden und die Beschwerdegegnerin konnte dem Beschwerdeführer kurzfristig keine andere Stelle anbieten. Daher kündigte sie ihm am 15. Januar 2008 auf den 31. März 2008. Infolge Krankheit des Beschwerdeführers verlängerte sich das Arbeitsverhältnis bis zum 30. April 2008. Das Arbeitszeugnis vom 30. April 2008 stufte das Verhalten des Beschwerdeführers gegenüber Mitarbeitern und Vorgesetzten als "korrekt" ein.
B. Am 3. Oktober 2008 reichte der Beschwerdeführer beim Landgerichtspräsidium Uri Klage ein und beantragte, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm den Betrag von Fr. 2'690.80 brutto, abzüglich der Sozialversicherungsbeiträge, nebst Zins zu 5 % seit 1. Mai 2008 zu bezahlen. Zudem sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, Absatz 3 des Arbeitszeugnisses vom 30. April 2008 wie folgt zu ändern: "Sein Verhalten zu Vorgesetzten und Mitarbeitenden war immer einwandfrei."
Mit Urteil vom 13. Januar 2009 wies das Landgerichtspräsidium die Klage betreffend Lohnforderung und Berichtigung des Arbeitszeugnisses ab.
C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, eventualiter mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde, das Urteil des Landgerichtspräsidiums aufzuheben und die Klage gutzuheissen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, dem Beschwerdeführer den Betrag von Fr. 2'690.80 brutto, abzüglich der Sozialversicherungsbeiträge, nebst Zins zu 5 % seit 1. Mai 2008 zu bezahlen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde in Zivilsachen und die subsidiäre Verfassungsbeschwerde abzuweisen, sofern darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1.1).
2. Vorinstanz ist vorliegend das Landgerichtspräsidium Uri. Die Kantone setzen als letzte kantonale Instanzen obere Gerichte ein (Art. 75 Abs. 2, Art. 114 BGG). Diese müssen grundsätzlich als Rechtsmittelinstanzen entscheiden (Prinzip des doppelten Instanzenzuges). Zur notwendigen Anpassung steht den Kantonen eine Übergangsfrist zu, die noch nicht abgelaufen ist (<ref-law>). Es bleibt daher für das Eintreten ohne Konsequenz, dass es sich beim Landgerichtspräsidium nicht um ein oberes Gericht im Sinne von <ref-law> handelt.
3. 3.1 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in Zivilsachen in arbeitsrechtlichen Fällen grundsätzlich nur gegeben, wenn der Streitwert mindestens Fr. 15'000.-- beträgt (<ref-law>). Vorliegend beträgt der Streitwert lediglich Fr. 2'690.80, weshalb sich die Beschwerde in Zivilsachen insofern als unzulässig erweist.
3.2 Erreicht der Streitwert den massgebenden Betrag nicht, ist die Beschwerde in Zivilsachen dennoch zulässig, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-law>). Der Begriff der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung ist restriktiv auszulegen. Soweit es bei der aufgeworfenen Frage lediglich um die Anwendung von Grundsätzen der Rechtsprechung auf einen konkreten Fall geht, handelt es sich nicht um eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4; <ref-ruling> E. 1.2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.1 und 1.2 S. 495 f.). Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, ist in der Beschwerdeschrift auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer bringt diesbezüglich vor, es seien die wichtigen Rechtsfragen zu entscheiden, ob es sich bei der in der Betriebsvereinbarung enthaltenen Lohnkürzung aus disziplinarischen Gründen um eine Konventionalstrafe handle, ob eine solche gültig in einer Betriebsvereinbarung angeordnet werden könne und wenn ja, unter welchen Voraussetzungen. Letztlich gehe es auch um die grundsätzliche Respektierung der Sozialpartnerschaft in der heutigen angespannten Arbeitsmarktlage.
Die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen kann nicht dadurch begründet werden, dass der Beschwerdeführer eine Rechtsfrage aufwirft, die im konkreten Fall gar nicht zu entscheiden ist. In Ziffer 11 der Betriebsvereinbarung wird offensichtlich nicht eine Konventionalstrafe zulasten des Arbeitnehmers statuiert. Die vom Beschwerdeführer aufgeworfene Frage, ob eine Konventionalstrafe in einer Betriebsvereinbarung angeordnet werden kann, stellt sich daher gar nicht. Es kann mithin dahingestellt bleiben, ob diese Rechtsfrage als eine solche von grundsätzlicher Bedeutung zu betrachten gewesen wäre. Denn vorliegend geht es um die Auslegung einer Bestimmung der Betriebsvereinbarung, die sich auf eine Delegationsnorm in einem GAV stützt. Nach welchen Grundsätzen dies zu erfolgen hat, hat das Bundesgericht bereits entschieden (vgl. <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 216). Die Anwendung auf den konkreten Fall beinhaltet keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung.
Auch die Wahrung der Sozialpartnerschaft ist offensichtlich nicht berührt, sofern in dieser allgemeinen Thematik überhaupt eine Rechtsfrage erblickt werden könnte. Die Betriebsvereinbarung, die sich auf eine Delegationsnorm des anwendbaren GAV stützt, wurde unter Mitwirkung der Arbeitnehmervertretung und von Gewerkschaften ausgehandelt.
Da sich keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, erweist sich die Beschwerde in Zivilsachen als unzulässig. Auf sie kann nicht eingetreten werden.
4. Nachdem gegen den angefochtenen Entscheid die Beschwerde in Zivilsachen ausgeschlossen ist, erweist sich die eventualiter erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde grundsätzlich als zulässig (<ref-law>).
4.1 Mit Verfassungsbeschwerde kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Dafür gilt eine qualifizierte Rügepflicht. Das Bundesgericht prüft die Verletzung verfassungsmässiger Rechte nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 117 i.V.m. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2).
Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5.4 S. 148; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen).
Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (<ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40; <ref-ruling> E. 1b S. 30).
4.2 Der Beschwerdeführer nimmt in seiner Beschwerdeschrift keine Trennung der Ausführungen zur Beschwerde in Zivilsachen und zur subsidiären Verfassungsbeschwerde vor. Rügen der Verletzung verfassungsmässiger Rechte sind daher schwer zu erkennen. Immerhin bezeichnet er gewisse Erwägungen der Vorinstanz verschiedentlich als willkürlich. Zudem vertritt er die Ansicht, die Vorinstanz sei bei der Feststellung des Sachverhalts und der Würdigung der Beweise in Willkür verfallen.
Was er zur Begründung vorbringt, erschöpft sich jedoch in blosser appellatorischer Kritik. So stellt er der überzeugenden Interpretation der Vorinstanz von Ziffer 11 der Betriebsvereinbarung lediglich seine eigene Deutung gegenüber, ohne aber konkret aufzuzeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid willkürlich im oben umschriebenen Sinn sein soll. Ebenso wenig vermag er hinlänglich darzulegen, inwiefern die Sachverhaltsfeststellung und die Beweiswürdigung der Vorinstanz im Zusammenhang mit den Gründen, die zur Kündigung geführt haben, willkürlich sein sollen.
Da die erhobene Willkürrüge nicht rechtsgenüglich begründet ist und sonst keine Rügen einer Verletzung verfassungsmässiger Rechte erhoben werden, kann auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht eingetreten werden.
5. Aus diesen Gründen kann weder auf die Beschwerde in Zivilsachen noch auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde eingetreten werden. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 400.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Landgerichtspräsidium Uri schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. April 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer