Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zürich erklärte X._ mit Urteil vom 29. Oktober 2009 in zweiter Instanz des rechtswidrigen Verweilens im Lande in der Zeit vom 16. Juni bis zum 3. September 2007 gemäss Art. 23 Abs. 1 al. 4 in Verbindung mit Art. 12 Abs. 3 ANAG schuldig und verurteilte sie zu einer Geldstrafe von 75 Tagessätzen zu Fr. 10.--. Vom Aufschub des Vollzugs der Geldstrafe sah es ab. Ferner verlängerte das Obergericht die Probezeit, welche der Bewährungs- und Vollzugsdienst des Kantons Zürich mit Verfügung vom 4. Juli 2005 bei der bedingten Entlassung aus der Verbüssung einer Freiheitsstrafe von 2 Jahren und 9 Monaten (gemäss Bezirksgericht Bülach vom 1. Juni 2004) angesetzt hatte, um ein Jahr.
B. X._ führt Beschwerde beim Bundesgericht, mit der sie beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache zur Sistierung an die erste Instanz zurückzuweisen. Ferner ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
C. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Dem zu beurteilenden Fall liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
1.1 Die Beschwerdeführerin, Staatsangehörige der Republik Elfenbeinküste, heiratete am 31. Dezember 1999 in ihrem Heimatland den gebürtigen, in der Schweiz eingebürgerten Ivorer A._. Am 22. Mai 2001 reiste sie in die Schweiz ein und erhielt im Rahmen des Familiennachzugs eine Aufenthaltsbewilligung, welche letztmals bis 21. Mai 2004 verlängert wurde. Am 2. Oktober 2003 wurde sie beim Transport von 2'479,7 Gramm Kokaingemisch mit einem Reinheitsgrad von 92 % von Ghana in die Schweiz am Flughafen Zürich-Kloten angehalten und verhaftet. Gestützt hierauf verurteilte das Bezirksgericht Bülach die Beschwerdeführerin am 1. Juni 2003 wegen qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu 33 Monaten Zuchthaus, wovon 244 Tage durch Untersuchungshaft und vorzeitigen Strafvollzug erstanden waren. Nach Verbüssung von zwei Dritteln der Strafe wurde sie am 29. Juli 2005 bedingt aus dem Strafvollzug entlassen.
Das Migrationsamt des Kantons Zürich verweigerte der Beschwerdeführerin mit Verfügung vom 25. Oktober 2004 die Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung. Einen dagegen erhobenen Rekurs wies der Regierungsrat des Kantons Zürich am 1. März 2006 ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich bestätigte diesen Entscheid mit Urteil vom 23. August 2006. Eine hiegegen geführte Verwaltungsgerichtsbeschwerde wies das Bundesgericht mit Urteil 2A.582/2006 vom 26. Februar 2007 ab.
Mit Schreiben vom 21. März 2007 setzte das Migrationsamt des Kantons Zürich der Beschwerdeführerin Frist bis zum 15. Juni 2007, um das zürcherische Kantonsgebiet zu verlassen. Mit Verfügung vom 3. Mai 2007 dehnte das Bundesamt für Migration die kantonale Wegweisungsverfügung vom 25. Oktober 2004 auf die ganze Schweiz sowie das Fürstentum Liechtenstein aus. Nachdem sich die Beschwerdeführerin erfolglos um eine Verlängerung der Ausreisefrist bemüht hatte, wurde sie am 3. September 2007 verhaftet und in Ausschaffungshaft versetzt. Am 29. November 2007 wurde sie in Begleitung ihres am 19. Mai 2006 geborenen Kindes ausgeschafft (angefochtenes Urteil S. 11 ff.).
1.2 Am 4. Oktober 2007 erhob die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat Anklage gegen die Beschwerdeführerin wegen Widerhandlung gegen das Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG) durch rechtswidriges Verweilen in der Schweiz in der Zeit vom 16. Juni 2007 bis zu ihrer Verhaftung am 3. September 2007. Am 18. Oktober 2008 erliess der Einzelrichter für Zivil- und Strafsachen des Bezirks Zürich der Beschwerdeführerin das persönliche Erscheinen an der Hauptverhandlung vor Bezirksgericht (Untersuchungsakten act. 14 und 17; erstinstanzliches Urteil S. 3 f. Ziff. 2.2, 2.4 und 4.2; Protokoll der erstinstanzlichen Verhandlung S. 5). Am 4. November 2008 erfolgte die Vorladung zur Verhandlung, welche dem Verteidiger der Beschwerdeführerin zugestellt wurde. Zusätzlich wurde die Vorladung im Amtsblatt des Kantons Zürich vom 19. Dezember 2008 veröffentlicht. Nachdem ein Verschiebungsgesuch vom 8. Januar 2009 abgewiesen worden war, fand am 12. Januar 2009 die Verhandlung vor dem Einzelrichter in Strafsachen des Bezirks Zürich statt, an welcher die Beschwerdeführerin entschuldigt nicht erschien (erstinstanzliches Urteil S. 2 ff.).
Am 16. März 2009 meldete der Verteidiger der Beschwerdeführerin fristgerecht die Berufung an. Am 21. August 2009 erfolgte die Vorladung zur Berufungsverhandlung, welche wiederum an die Adresse der Kanzlei des Verteidigers zugestellt wurde. Ein am 16. Oktober 2009 vom Verteidiger eingereichtes Verschiebungsgesuch wies der Präsident des Obergerichts mit Verfügung vom 21. Oktober 2009 ab. Am 29. Oktober 2009 fand die zweitinstanzliche Verhandlung statt, an welcher die Beschwerdeführerin unentschuldigt nicht erschien. Die Berufungsverhandlung fand mithin im Gegensatz zur erstinstanzlichen Verhandlung im Abwesenheitsverfahren gemäss § 195 StPO/ZH statt (angefochtenes Urteil S. 4 ff., 9 f.; Protokoll des Obergerichts act. 43 S. 4).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Sie habe nie ausdrücklich auf ihre persönliche Teilnahme an den Verhandlungen vor den kantonalen Instanzen verzichtet. Es sei ihr wegen faktischer und rechtlicher Hindernisse unmöglich gewesen, an der Gerichtsverhandlung zu erscheinen. Der Einzelrichter für Zivil- und Strafsachen des Bezirks Zürich habe sie zu Unrecht vom Erscheinen dispensiert und die erstinstanzliche Verhandlung in ihrer Abwesenheit durchgeführt. Dadurch habe er ihr Recht auf persönliche Teilnahme an der Verhandlung verletzt. Diese Verletzung sei nicht heilbar. Für die Berufungsverhandlung sei die gegen sie ausgesprochene Einreisesperre zwar aufgehoben worden. Doch sei ihr, weil sie über kein Flugticket verfügt habe, kein Transitvisum (Schengen) ausgestellt worden. Mangels genügender finanzieller Mittel sei sie für die Bezahlung des Tickets auf die Unterstützung durch ihren Ehemann angewiesen gewesen, der das Ticket aber erst mit seinem 13. Monatslohn hätte bezahlen können. Bei dieser Sachlage sei auch ihre Teilnahme an der zweitinstanzlichen Verhandlung aus objektiven Gründen unmöglich gewesen. Da die Vorinstanz die Berufungsverhandlung dennoch durchgeführt habe, habe auch sie ihr die Teilnahme an der Gerichtsverhandlung letztlich verwehrt. Ausserdem macht die Beschwerdeführerin geltend, sie sei im kantonalen Verfahren nicht ordnungsgemäss vorgeladen worden. Die Zustellung an die Adresse des Verteidigers genüge nicht, zumal dieser sich nicht als Zustellungsdomizil für Vorladungen erklärt habe (Beschwerde S. 5 ff.).
2.2 Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, der Einzelrichter für Zivil- und Strafsachen des Bezirks Zürich habe der Beschwerdeführerin das Erscheinen an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung zu Unrecht erlassen und damit ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Sie nimmt indes an, dieser Verfahrensmangel könne im zweitinstanzlichen Verfahren geheilt werden. Zum einen erlaube die Berufung die vollständige Überprüfung des erstinstanzlichen Urteils. Ausserdem wiege der Mangel nicht schwer, da das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin in der Untersuchung gewahrt worden und sie erbeten verteidigt gewesen sei. Ihre Anwesenheit sei daher nicht unbedingt erforderlich gewesen. Im Übrigen handle es sich in objektiver Hinsicht eher um einen Bagatellfall, und habe sich die Beschwerdeführerin den Umstand, dass sie nicht an der Verhandlung erscheinen konnte, zumindest teilweise selber zuzuschreiben, zumal ihr Verteidiger das Gesuch um Erteilung einer befristeten Einreisebewilligung für die Verhandlung erst am 30. Dezember 2008 gestellt habe, obwohl er die Vorladung bereits am 10. November 2008 erhalten hatte. Zum andern hätte sich die Beschwerdeführerin vor der Berufungsinstanz äussern können, da die Berufungsverhandlung mündlich durchgeführt worden und ihr die Möglichkeit zur Teilnahme eingeräumt worden sei.
In Bezug auf das zweitinstanzliche Verfahren nimmt die Vorinstanz an, die Beschwerdeführerin sei der Berufungsverhandlung unentschuldigt ferngeblieben. Die Vorladung zur Berufungsverhandlung sei an die Adresse ihres Verteidigers zugestellt worden, dem dieser nicht opponiert, sondern die Vorladung entgegengenommen und den Empfangsschein kommentarlos und unterschrieben zurückgeschickt habe. Ferner habe kein rechtliches Hindernis an der Teilnahme bestanden, zumal die Einreisesperre durch das Bundesamt für Migration suspendiert worden sei. Ausstehend gewesen sei einzig noch das Transitvisum (Schengen). Dass die Beschwerdeführerin aus finanziellen Gründen nicht zur Berufungsverhandlung in die Schweiz habe einreisen können, habe die Justiz nicht zu verantworten. Das Beharren der Beschwerdeführerin auf ihrem Recht auf Teilnahme grenze an Rechtsmissbrauch (angefochtenes Urteil S. 5 ff.).
3. 3.1 Nach der Rechtsprechung kann eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ausnahmsweise geheilt werden, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, und die Beschwerdeinstanz den Sachverhalt sowie die Rechtslage frei überprüfen kann (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2).
3.2 Die Bestimmungen von <ref-law>, Art. 6 EMRK und ausdrücklich Art. 14 Abs. 3 lit. d IPBPR garantieren dem Angeklagten den Anspruch, persönlich an der gegen ihn geführten Hauptverhandlung teilzunehmen (vgl. auch <ref-ruling> E. 8.1). Das Recht auf persönliche Teilnahme an der Verhandlung gilt indessen nicht absolut. Macht der Angeklagte von seinem Teilnahmerecht keinen Gebrauch - etwa indem er der ordnungsgemässen Vorladung keine Folge leistet oder sich schuldhaft in einen Zustand versetzt, in dem er nicht verhandlungsfähig ist - sind Abwesenheitsverfahren zulässig, sofern der in Abwesenheit Verurteilte nachträglich verlangen kann, dass ein Gericht, nachdem es ihn zur Sache angehört hat, nochmals überprüft, ob die gegen ihn erhobenen Beschuldigungen begründet sind. Für die Wahrung der verfassungs- und konventionsrechtlichen Garantien und damit für die Durchführung eines rechtsstaatlichen Verfahrens ist entscheidend, dass der Angeklagte effektiv die Möglichkeit hatte, an der gerichtlichen Hauptverhandlung teilzunehmen (<ref-ruling> E. 6.2; <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 1a je mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 6B_29/2008 vom 10.9.2008 E. 1.2, in: Pra 2009 Nr. 26 S. 145; ferner FROWEIN/PEUKERT, Europäische Menschenrechtskonvention, EMRK-Kommentar, 3. Aufl., Kehl a.Rh. 2009, Art. 6 N 158 f.; Franz Riklin, Die Regelung des Abwesenheitsverfahrens in der Schweiz aus der Sicht der EMRK, in: Beiträge zum europäischen Recht, 1993, S. 338 f.).
Nach dem Strafprozessrecht des Kantons Zürich ist der Angeklagte ungeachtet der Beiziehung eines Verteidigers zum persönlichen Erscheinen verpflichtet (§ 172 StPO/ZH). Daraus ergibt sich die Pflicht des Gerichts, alles Zumutbare zu unternehmen, um die Anwesenheit des Angeklagten sicherzustellen (DONATSCH/SCHMID, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, 1996, § 172 N 2; vgl. auch HAUSER/SCHWERI, Kommentar zum zürcherischen Gerichtsverfassungsgesetz, 2002, § 176 N 4; ZR 103/2004 Nr. 30 S. 114 f.; NIKLAUS SCHMID, Zum zürcherischen Abwesenheitsverfahren nach Abschaffung des ordentlichen Verfahrens gemäss StPO § 197, in: Strafrecht und Öffentlichkeit, Festschrift für Jörg Rehberg, 1996, S. 287). Nach derselben Bestimmung kann dem Angeklagten das Erscheinen auf begründetes Begehren vom Gerichtspräsidenten erlassen werden (§ 172 StPO/ZH). Der Verzicht auf Teilnahme muss aber unmissverständlich erklärt worden sein (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3a, S. 216; EMRK-Urteil Hermi c. Italien vom 18.10.2006 Ziff. 77 ff.). Verzichtet der Angeklagte nicht ausdrücklich auf das Recht der persönlichen Teilnahme, liegt im Erlass des Erscheinens und der Durchführung der Verhandlung in Abwesenheit des Angeklagten eine Verletzung des rechtlichen Gehörs; der Angeklagte darf nicht gegen seinen Willen dispensiert werden (DONATSCH/SCHMID, a.a.O., § 172 N 3).
3.3 Die Beschwerdeführerin hat nicht um Erlass des Erscheinens an der Verhandlung nachgesucht und auf die persönliche Teilnahme mithin nicht verzichtet. Soweit im Umstand, dass der Einzelrichter für Zivil- und Strafsachen des Bezirks Zürich der Beschwerdeführerin dennoch das Erscheinen erlassen und die Verhandlung ohne ihre Anwesenheit durchgeführt hat, eine Verletzung des Anspruchs der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör liegt (vgl. angefochtenes Urteil S. 7), verletzt das angefochtene Urteil Bundesrecht. Denn entgegen der Auffassung der Vorinstanz wäre diese Verletzung des Teilnahmerechts nicht heilbar. Die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör kann in der Beschwerdeinstanz nur geheilt werden, soweit es sich nicht um eine besonders schwerwiegende Verletzung der Parteirechte handelt (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3d/aa S. 438; <ref-ruling> E. 2 S. 72). Das Teilnahmerecht ist ein fundamentales Element des Rechts auf ein faires Verfahren (BGE <ref-ruling> E. 3a; FROWEIN/PEUKERT, a.a.O., Art. 6 N 158). Die Teilnahme ist für die wirksame Ausübung der Verteidigungsrechte grundsätzlich unerlässlich. Dem Angeklagten muss ermöglicht werden, alle Vorgänge in der gegen ihn geführten Verhandlung wahrzunehmen und zu ihnen Stellung zu nehmen (MARK E. VILLIGER, Handbuch der Europäischen Menschenrechtskonvention, 2. Aufl. 1999, N 474; WALTER GOLLWITZER, Menschenrechte im Strafverfahren, MRK und IPBPR, 2005, Art. 6 EMRK/Art. 14 IPBPR N 188). So hat das Bundesgericht in einem Fall, in welchem der Betroffene wegen unzulässiger öffentlicher Vorladung von dem gegen ihn geführten Vaterschaftsprozess keine Kenntnis hatte und an diesem nicht hatte teilnehmen können, die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör als so schwer beurteilt, dass es das Säumnisurteil als nichtig erachtete, so dass dieses nicht als Rechtsöffnungstitel dienen konnte (<ref-ruling> E. 2).
Die Beschwerde erweist sich insofern als begründet. Die Sache ist an die Vorinstanz zur neuen Entscheidung zurückzuweisen. Diese wird in ihrem neuen Entscheid vorerst zu prüfen haben, ob aufgrund des konkreten Verfahrensgangs, namentlich aufgrund des Umstands, dass die Beschwerdeführerin wusste, wann die erstinstanzliche Verhandlung stattfand und sie an sich hätte erscheinen können, überhaupt eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör angenommen werden kann. Soweit sie zum Schluss gelangt, dass es der Beschwerdeführerin verunmöglicht war, an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung teilzunehmen, wird sie die Sache an die erste Instanz zur erneuten Durchführung dieser Verhandlung zurückzuweisen haben.
Bei diesem Ergebnis kann offenbleiben, ob die Beschwerdeführerin im Berufungsverfahren ordnungsgemäss vorgeladen wurde und sie den Umstand, dass sie nicht über genügende finanzielle Mittel zur Bezahlung des Flugtickets verfügte, selbst zu vertreten hatte (vgl. dazu NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 2. Aufl., 2005, N 1426).
4. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde im Sinne der Erwägungen gutzuheissen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos. Es sind keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>). Der Kanton Zürich hat der Beschwerdeführerin eine angemessene Entschädigung auszurichten (<ref-law>). Die Entschädigung ist jedoch dem Vertreter der Beschwerdeführerin zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 29. Oktober 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat dem Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Juni 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Boog