Sachverhalt:
A. X._ fuhr am frühen Morgen des 14. Juni 2011 am Steuer eines Personenwagens von Flims nach Chur. Zwischen Flims und Trin kollidierte er frontal mit einer auf der Mittellinie aufgestellten Leitbake. Mit beschädigter Frontscheibe und Fahrzeugfront setzte er seine Fahrt fort und wurde in Chur um 03.24 Uhr von der Stadtpolizei angehalten. X._ hatte diese Fahrt mit einem Blutalkoholgehalt von mind. 2,45 und max. 2.94 Promillen unternommen. Die Polizei nahm ihm den Führerausweis an Ort und Stelle vorläufig ab.
Am 8. August 2011 entzog das Strassenverkehrsamt des Kantons Graubünden X._ den Führerausweis vorsorglich auf unbestimmte Zeit. Es verpflichtete ihn zudem, seine Fahreignung beim Psychiatrischen Dienst Graubünden (PDGR) spezialärztlich abklären zu lassen.
Am 23. November 2011 entzog das Strassenverkehrsamt X._ den Führerausweis gestützt auf das forensisch-psychiatrische Gutachten des PDGR vom 24. Oktober 2011 auf unbestimmte Zeit. Die Wiedererteilung des Führerausweises machte es von einer kontrollierten Alkoholabstinenz von sechs Monaten, der Teilnahme an mindestens acht therapeutischen Beratungsgesprächen bei einer Fachstelle für Suchtberatung und einem positiv lautenden neurologischen Zeugnis (Verlaufsbericht Epilepsie) abhängig.
Am 3. Februar 2012 wies das Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit des Kantons Graubünden (im Folgenden: Departement) die Beschwerde von X._ gegen diese Entzugsverfügung im Wesentlichen ab; es verzichtete einzig darauf, die Wiedererteilung des Ausweises von einem neurologischen Zeugnis abhängig zu machen.
Am 11. September 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde von X._ gegen diese Departementalverfügung ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben, ihm den Führerausweis im Sinn eines Warnungsentzugs für 6 Monate, eventuell nach Ermessen des Gerichts, zu entziehen, unter Anrechnung der bisherigen Entzugsdauer, oder die Sache zu neuem Entscheid ans Departement zurückzuweisen. Dieses sei zu verpflichten, ihn für das Verfahren vor dem Departement mit Fr. 3'664.20 und für dasjenige vor dem Verwaltungsgericht mit Fr. 3'337.20, eventuell nach Ermessen des Gerichts, zu entschädigen. Zudem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
C. Mit Verfügung vom 16. November 2012 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.
D. Das Departement, das Verwaltungsgericht und das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragen, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Nach <ref-law> sind Ausweise zu entziehen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen für ihre Erteilung nicht mehr gegeben sind. Grundvoraussetzung für die Erteilung des Führerausweises ist die Fahreignung. Ist sie nicht mehr gegeben, weil die körperliche und geistige Leistungsfähigkeit einer Person nicht oder nicht mehr ausreicht, ein Motorfahrzeug sicher zu führen (<ref-law>), weil sie an einer Sucht leidet, die die Fahreignung ausschliesst (lit. b), oder weil sie auf Grund ihres bisherigen Verhaltens nicht Gewähr bietet, dass sie künftig beim Führen eines Motorfahrzeugs die Vorschriften beachten und auf die Mitmenschen Rücksicht nehmen wird (lit. c), ist der Führerausweis auf unbestimmte Zeit zu entziehen. Nach dieser gesetzlichen Regelung muss ein Sicherungsentzug zwingend in jedem Fall angeordnet werden, bei dem die Fahreignung nicht mehr gegeben ist. Da der Sicherungsentzug einen schwerwiegenden Eingriff in den Persönlichkeitsbereich des Betroffenen bewirkt, setzt er eine sorgfältige Abklärung aller wesentlichen Gesichtspunkte voraus (<ref-ruling> E. 3.1). Vorsorglich kann der Führerausweis bereits entzogen werden, wenn ernsthafte Bedenken an der Fahreignung bestehen (<ref-law>).
2.2 Der Beschwerdeführer hat sich am 14. Juni 2011 im Vollrausch (mind. 2,45 Promille) ans Steuer gesetzt, eine Leitbake gerammt und die Fahrt fortgesetzt, obwohl die Frontscheibe durch den Aufprall in erheblichem Umfang zersplittert wurde und dadurch das Sichtfeld des Lenkers nach vorn massiv beeinträchtigt war. Mit diesem unverantwortlichen Verhalten erweckte er klarerweise ernsthafte Zweifel an seiner Fahreignung, auch weil er am 16. April 2001 schon einmal eine Trunkenheitsfahrt unternommen hatte (mit einem Blutalkoholgehalt von mind. 1,25 Promille, wofür ihm der Ausweis für vier Monate entzogen worden war) und seine Fahreignung nach einem epileptischen Anfall vom Oktober 2010 zeitweise beeinträchtigt war. Das Strassenverkehrsamt hat ihm zu Recht den Führerausweis vorsorglich entzogen und eine verkehrsmedizinische Abklärung angeordnet (<ref-ruling> E. 4.2 S. 87; <ref-ruling> E. 3c S. 125).
2.3 Der Gutachter der Psychiatrischen Dienste Graubünden kommt in seinem Gutachten vom 24. Oktober 2011 zum Schluss, beim Beschwerdeführer bestehe weder eine Abhängigkeit von Alkohol (ICD-10: F 10.2) noch ein schädlicher Gebrauch von Alkohol (ICD-10: F 10.1) (Gutachten S. 9). Trotzdem verneint er die Fahreignung des Beschwerdeführers mit dem Argument, er konsumiere weiterhin Alkohol - zumeist in sozial üblichem Rahmen ("1-2 Bier"), einmal im Monat jedoch übermässig -, obwohl er wisse, dass Alkohol bei ihm epileptische Anfälle auslösen könne. Ein Problembewusstsein für sein mitunter hoch ausgeprägtes Selbst- und Fremdgefährdungsverhalten sei nicht erkennbar. Der Beschwerdeführer biete daher derzeit keine ausreichende Gewähr, Alkoholkonsum und Teilnahme am motorisierten Verkehr zuverlässig zu trennen, die Prognose sei "eher ungünstig". Vor einer Wiedererteilung des Führerausweises sei eine halbjährige Abstinenz nachzuweisen und die Teilnahme an 8-10 problemorientierten Gesprächen mit einer verkehrspsychologischen Fachperson.
2.4 Das Gutachten hat ergeben, dass der Beschwerdeführer nicht vom Alkohol abhängig ist und im Alltag nur geringe Mengen davon trinkt. Die Haaranalyse hat für die Monate Mai bis September 2011 eine Ethylglucoronid-Konzentration von 10 pg/mg ergeben. Nach dem vom Gutachter angewandten Massstab liegt die Grenze zwischen sozialem Konsum und Missbrauch bei 30 pg/mg. Der Beschwerdeführer nahm dementsprechend eine Alkoholmenge zu sich, die als sozialverträglich beurteilt wird. Das bedeutet auch, dass er sich in dieser Zeit keine groben Alkoholexzesse zu Schulden kommen liess, da sich dies zwangsläufig in einem erhöhten ETG-Wert niedergeschlagen hätte. Nach seiner unbestrittenen, mit einem Laborbefund vom 26. Juli 2012 belegten Darstellung liegen seine CD-Transferrinwerte im Normbereich und deuten damit nicht auf einen missbräuchlichen Alkoholkonsum hin. Dr. Janggen schliesst in seinem Zeugnis vom 14. Dezember 2011 einen übermässigen Alkoholkonsum des Beschwerdeführers aus.
Auch wenn davon auszugehen ist, dass der Beschwerdeführer ab und zu - der Gutachter geht von einem Mal pro Monat aus - zu bestimmten Gelegenheiten exzessiv trinkt, so ist sein Alkoholkonsum insgesamt mässig und liegt im sozialverträglichen Bereich. Es steht im Übrigen nicht fest und liegt angesichts der Laborbefunde auch nicht nahe, dass er sich bei diesen Gelegenheiten stets so stark betrinkt wie am Pfingstmontag 2011, als er im Vollrausch nach Chur fuhr. Ein Trinkverhalten, wie es der Beschwerdeführer pflegt, würde die Fahreignung eines gesunden Menschen nicht beeinträchtigen.
2.5 Der Beschwerdeführer erlitt am 15. Oktober 2010 einen epileptischen Grand-mal-Anfall, offenbar als Spätfolge eines 1988 bei einem Skiunfall erlittenen Schädelhirntraumas. Der Neurologe Dr. Caderas verordnete ihm eine antiepileptische Behandlung mit dem Medikament Keppra. Zur Fahreignung hielt er fest, dass nach einem erstmaligen, unprovozierten Anfall eine Fahrkarenz von sechs Monaten einzuhalten sei. Der Neurologe Dr. Witztum erklärte in seinem Bericht vom 22. August 2011, dass die antiepileptische Prophylaxe weiterzuführen und die Fahreignung des Beschwerdeführers ohne weitere Massnahmen wieder gegeben sei.
Medizinisch umstritten ist, ob Menschen, die an Epilepsie leiden, alkoholabstinent leben müssen. Der Gutachter der Psychiatrischen Dienste Graubünden geht offenbar davon aus, will er doch die Wiedererteilung des Führerausweises vom Nachweis einer längeren Totalabstinenz abhängig machen. Nach der in den Akten liegenden, von Dr. Krämer, Medizinischer Direktor des Schweizerischen Epilepsie-Zentrums Zürich, verfassten Broschüre "epi-info, Leben mit Epilepsie" ist dagegen ein gelegentlicher, mässiger Alkoholkonsum von 1-2 Gläsern Bier oder Wein bzw. 1 Glas Schnaps unschädlich. Hingegen weist er darauf hin, dass auch kleine Alkoholmengen die Nebenwirkungen von Medikamenten - bei Keppra nach dem Arzneimittelkompendium u.a. Müdigkeit - verstärken können und daher Personen, die Antiepileptika zu sich nehmen, nach dem Genuss von Alkohol generell nicht fahren sollten.
2.6 Zusammenfassend ergibt sich somit Folgendes: Der Beschwerdeführer ist nicht vom Alkohol abhängig und konsumiert diesen auch nicht in einem Übermass, das seine Fahreignung in Frage stellen könnte. Nachdem seine erste und bisher einzige Trunkenheitsfahrt mehr als 10 Jahre zurücklag, kann der hier zu beurteilende Vorfall als zwar nach <ref-law> schwere, aber isolierte Widerhandlung betrachtet werden, der durch einen Warnungsentzug zu ahnden ist. Da der Führerausweis bereits am 14. Juni 2011 vorsorglich eingezogen und seither einbehalten wurde, rechtfertigt sich zur Beschleunigung des Verfahrens, dessen Dauer direkt festzusetzen. Dabei fällt insbesondere in Betracht, dass der Beschwerdeführer in stark betrunkenem Zustand eine grössere Strecke zurücklegte und sich auch von einem Unfall, bei dem u.a. die Frontscheibe zersplittert und sein Sichtfeld nach vorn stark eingeschränkt wurde, nicht von der Weiterfahrt abhalten liess. Er hat bei dieser Trunkenheitsfahrt die Verkehrssicherheit in rücksichtsloser Weise massiv gefährdet. Auch wenn sein automobilistischer Leumund ansonsten ungetrübt ist, erscheint ein Warnungsentzug von 22 Monaten erforderlich, aber auch ausreichend, um ihn von weiteren Trunkenheitsfahrten abzuhalten. Dies umso mehr, als er bei einer weiteren einschlägigen Verfehlung damit rechnen muss, seine Fahrberechtigung auf unbestimmte Zeit oder für immer (vgl. <ref-law>) zu verlieren.
In Betracht fällt weiter, dass der Beschwerdeführer einen epileptischen Anfall erlitten hat, wobei eine erhebliche Rückfallgefahr besteht. Diese lässt sich zwar medikamentös - mit Keppra - bannen, sodass sie die Fahreignung nicht beeinträchtigt. Allerdings kann Alkohol bereits in geringen Mengen die möglichen Nebenwirkungen dieses Medikaments - darunter Müdigkeit - verstärken, was naturgemäss die Fahreignung beeinträchtigen kann. Aus diesem Grund kann das Strassenverkehrsamt die Wiedererteilung des Führerausweises nach Ablauf der Entzugsdauer an Auflagen - in Betracht fällt etwa eine Alkoholfahrabstinenz - knüpfen, wenn es das für notwendig hält.
3. Damit ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und der Führerausweis des Beschwerdeführers für 22 Monate zu entziehen; der bisher erstandene vorsorgliche Entzug ist anzurechnen. Die Sache ist ans Strassenverkehrsamt zurückzuweisen mit der Anweisung, dem Beschwerdeführer den Führerausweis nach Ablauf der 22-monatigen Vollzugsdauer - allenfalls unter Auflagen - wiederzuerteilen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind reduzierte Kosten zu erheben (<ref-law>), und der Kanton Graubünden hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Die Kosten des kantonalen Verfahrens stehen fest und können vom Bundesgericht daher ohne Rückweisung selber neu verlegt werden. Die Kosten des erstinstanzlichen Verfahrens, inkl. der Kosten der verkehrsmedizinischen Abklärungen, trägt der Beschwerdeführer. Die Kosten der kantonalen Rechtsmittelverfahren sind hälftig zu verlegen. Bei der Festsetzung der Entschädigung wird zugunsten des Beschwerdeführers berücksichtigt, dass das Departement und das Verwaltungsgericht die Beschwerden mit den entsprechenden Entschädigungsfolgen hätten teilweise gutheissen müssen. Wird mit Blick darauf im bundesgerichtlichen Verfahren eine höhere Entschädigung zugesprochen, als das sonst der Fall wäre, kann auf die Rückweisung der Akten an die Vorinstanz zur neuen Festsetzung der Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens verzichtet werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 11. September 2012 aufgehoben und der Führerausweis des Beschwerdeführers für 22 Monate entzogen. Die Sache wird ans Strassenverkehrsamt zurückgewiesen mit der Anweisung, dem Beschwerdeführer den Führerausweis nach Ablauf der Entzugsdauer (allenfalls unter Auflagen) wiederzuerteilen.
1.2 Der Beschwerdeführer trägt die Kosten der Verfügung des Strassenverkehrsamts vom 23. November 2011 in Höhe von Fr. 430.--.
1.3 Der Kanton Graubünden und der Beschwerdeführer tragen die Kosten der Verfügung des Departements für Justiz, Sicherheit und Gesundheit Graubünden vom 3. Februar 2012 in Höhe von Fr. 1'892.-- je zur Hälfte, d.h. zu Fr. 946.--.
1.4 Der Kanton Graubünden und der Beschwerdeführer tragen die Kosten des Verwaltungsgerichtsurteils vom 11. September 2012 in Höhe von Fr. 2'371.- je zur Hälfte, d.h. zu Fr. 1'185.50.
2. Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- auferlegt.
3. Der Kanton Graubünden hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt Graubünden, dem Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit Graubünden, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Februar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi