Sachverhalt:
A. Mit Nachtragsverfügung vom 23. September 2005 und bestätigendem Einspracheentscheid vom 14. September 2006 setzte die Ausgleichskasse des Kantons Zürich die persönlichen AHV/IV/EO-Beiträge der nichterwerbstätigen, seit gerichtlicher Ehetrennung im Jahre 1993 unterhaltsberechtigten F._ (geb. 1945) für das Jahr 2003 unter Anrechnung des hälftigen, vom Kantonalen Steueramt, Abteilung direkte Bundessteuer, am 21. September 2005 gemeldeten Reinvermögens (Fr. 291'690.- : 2) und Renteneinkommens (Fr. 181'030.- : 2) des seit Dezember 2001 invaliditätsbedingt nicht mehr erwerbstätigen Ehegatten auf Fr. 4'161.20 (einschliesslich Verwaltungskosten) fest.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde der F._ mit dem Antrag, in Aufhebung des Einspracheentscheids vom 14. September 2006 und der Verfügung vom 23. September 2005 seien ihre Beiträge aufgrund ihrer eigenen sozialen Verhältnisse gemäss Einschätzungsentscheid des Kantonalen Steueramtes für das Jahr 2003 (steuerbares Einkommen: Fr. 47'700.-; Vermögen: Fr. 3'000.-) zu bemessen, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. April 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt F._ ihr vorinstanzlich gestelltes Rechtsbegehren erneuern; eventualiter sei die Sache zwecks Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Ausgleichskasse und das Bundesamt für Sozialversicherungen haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Dabei legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. <ref-law>) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; Ausnahme: Beschwerden gemäss <ref-law> [<ref-law>]).
2. Streitig und zu prüfen ist die Festsetzung der AHV/IV/EO-Beiträge der als Nichterwerbstätige unstrittig beitragspflichtigen, seit 1993 von ihrem Ehegatten gestützt auf Art. 117 f. ZGB (Art. 143-147 aZGB) gerichtlich getrennten (und 2005 geschiedenen) Beschwerdeführerin für das Jahr 2003. Umstritten ist namentlich die Rechtsfrage, ob die Beitragsbemessung nach erfolgter Ehetrennung wie bei ungetrennten Ehegatten nach <ref-law> (in Verbindung mit <ref-law>; E. 4.1 hernach) vorzunehmen ist, oder ob diesfalls die bei unverheirateten/geschiedenen Nichterwerbstätigen geltenden Grundsätze der Beitragsfestsetzung (<ref-law>; E. 4.1 hernach) zur Anwendung gelangen müssen. Die Vorinstanz vertritt den erst-, die Beschwerdeführerin den zweitgenannten Standpunkt.
3. 3.1 Vorab rügt die Beschwerdeführerin eine - ihres Erachtens letztinstanzlich nicht heilbare - Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Die Vorinstanz habe zur Entkräftung des beschwerdeführerischen Einwands, die für das Jahr 2003 unter Mitberücksichtigung der Einkommens- und Vermögenssituation des getrennten Ehegatten festgesetzten AHV/IV/EO-Beiträge stünden in einem Missverhältnis zu dessen (vergleichsweise tiefen) Unterhaltsbeiträgen an die Ehefrau, auf die "einverständliche" Festsetzung der familienrechtlichen Unterhaltsbeiträge im Trennungsurteil aus dem Jahre 1993 verwiesen und im Übrigen beanstandet, die Beschwerdeführerin habe die Gründe und Umstände der angeblich mehrmaligen erfolglosen Klage auf Abänderung des Trennungsurteils weder dargelegt noch belegt. Damit habe sich das kantonale Gericht entscheidwesentlich "auf einen Standpunkt gestützt", den die Parteien bisher nicht Erwägung gezogen respektive mit dem sie sich, soweit überhaupt, nur am Rande auseinandergesetzt hätten; das kantonale Gericht wäre daher gehalten gewesen, ihnen vor seinem Entscheid Gelegenheit zur diesbezüglichen Stellungnahme einzuräumen.
3.2 Der verfassungsrechtliche Gehörsanspruch erstreckt sich zum einen auf rechtserhebliche Beweisfragen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 277; <ref-ruling> E. 3.1 S. 370 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 137, je mit weiteren Hinweisen) und zum andern auf rechtliche Begründungselemente (Rechtsnorm, Rechtsgrund), auf die sich zu stützen die entscheidende Behörde beabsichtigt, die aber im bisherigen Verfahren nicht herangezogen wurden, auf die sich die beteiligten Parteien nicht berufen haben und mit deren Erheblichkeit sie im konkreten Fall nicht rechnen konnten (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 278 mit weiteren Hinweisen). Im hier zu beurteilenden Fall hat die Vorinstanz ausdrücklich - und zu Recht (vgl. E. 5 hernach)- festgehalten, dass die konkrete, auch von zufälligen Umständen des Einzelfalls abhängige Höhe der (zivilrechtlichen) Unterhaltsbeiträge des getrennten Ehegatten für die zu beurteilende Streitfrage gerade nicht massgebend ist (vorinstanzlicher Entscheid, S. 4 unten); der anschliessende Hinweis im kantonalen Entscheid auf die "einverständliche" Festsetzung der Unterhaltsbeiträge ändert an der (tatsächlichen und rechtlichen) Unerheblichkeit der vom Ehegatten geleisteten Unterhaltsbeiträge für die AHV-rechtliche Beitragsbemessung nichts und wäre insoweit verzichtbar gewesen. Vor diesem Hintergrund verletzt das Absehen von einer vorgängigen Anhörung der Parteien <ref-law> nicht und ist die formelle Rüge der Beschwerdeführerin unbegründet. Anders verhielte es sich allenfalls dann, wenn der Erlass oder die angemessene Herabsetzung von (rechtmässig) geschuldeten Beiträgen wegen - konkreter - Unzumutbarkeit nach <ref-law> strittig wäre (vgl. 5.4.3 hernach), was hier nicht der Fall ist.
4. 4.1 Gemäss <ref-law> haben Nichterwerbstätige "je nach ihren sozialen Verhältnissen" einen Beitrag von 324 (heute: Fr. 382.- [Art. 2 Abs. 2 der bundesrätlichen Verordnung 09 vom 26. September 2008 über Anpassungen an die Lohn- und Preisentwicklung bei der AHV/IV/EO; SR 831.108]) bis 8400 Franken pro Jahr zu bezahlen. <ref-law> ermächtigt den Bundesrat, nähere Vorschriften über den Kreis der als Nichterwerbstätige geltenden Personen und über die Bemessung der Beiträge zu erlassen. Gestützt darauf sieht <ref-law> vor, dass sich die Beiträge der Nichterwerbstätigen, für die nicht (von Gesetzes wegen) der jährliche Mindestbeitrag vorgesehen ist (<ref-law>), aufgrund des Vermögens und des mit 20 multiplizierten jährlichen Renteneinkommens bemessen. Bei einer verheirateten, als Nichterwerbstätige beitragspflichtigen Person werden die Beiträge gemäss <ref-law> aufgrund der Hälfte des ehelichen Vermögens und Renteneinkommens bemessen. Dabei ist das im Beitragsjahr tatsächlich erzielte Renteneinkommen und das Vermögen am 31. Dezember massgebend (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2003 gültig gewesenen, hier anwendbaren Fassung).
4.2 Nach vorinstanzlich vertretener Auffassung gilt die Beitragsbemessung gemäss <ref-law> für ungetrennte wie getrennte Ehegatten gleichermassen. Der Standpunkt der Beschwerdeführerin, wonach die getrennten Ehegatten wie Geschiedene zu behandeln seien, sei unbegründet, da bei der gerichtlichen Ehetrennung gemäss Art. 117 f. ZGB (wie beim Getrenntleben nach <ref-law>) das rechtliche Band und die allgemeinen Wirkungen der Ehe weiter bestehen blieben und die Ehetrennung hinsichtlich ihrer rechtlichen Folgen (<ref-law>; vgl. E. 5.3.3 hernach) weit mehr der eheschutzrechtlichen Berechtigung zum Getrenntleben als der Scheidung gleiche. Wie bei den übrigen Verheirateten sei auch bei gerichtlich getrennten Ehegatten davon auszugehen, dass sich deren soziale Verhältnisse im Sinne von <ref-law> erheblich beeinflussen, sodass es weder gesetzeswidrig noch willkürlich (<ref-law>) und/oder rechtsungleich (<ref-law>) sei, sie den ungetrennten Ehegatten gleichzustellen.
4.3 Die Beschwerdeführerin hält letztinstanzlich an ihrem Standpunkt fest, wonach die Anwendung des <ref-law> nach (rechtskräftiger) Ehetrennung gesetzes- und verfassungswidrig sei. Ihrem Sinn und Zweck nach sei die Ehetrennung - anders als die Regelung des Getrenntlebens im Rahmen des Schutzes der ehelichen Gemeinschaft (<ref-law>) - als Ersatz für Personen gedacht, die das Institut der Scheidung (z.B. aus religiösen Gründen) ablehnen. Sie könne dementsprechend nur unter den gleichen Voraussetzungen wie die Scheidung verlangt werden (<ref-law>). Sodann richte sich das Verfahren der Ehetrennung sinngemäss nach den für die Scheidung geltenden Bestimmungen (<ref-law>), und das Trennungsurteil sei - insbesondere bezüglich der Unterhaltsbeiträge - nur noch unter strengen Voraussetzungen abänderbar. Der <ref-law> zu Grunde liegende Gedanke der ehelichen Unterstützungs- und Beistandspflicht greife bei der Ehetrennung nicht, sei hier doch der Wille zum Zusammenleben resp. ein minimalster Zusammenhalt nicht mehr gegeben. Nachdem im vorliegenden Fall die Ehegatten im Jahre 2003 bereits seit zehn Jahren gerichtlich getrennt gelebt hätten und sich die Beistandpflicht des Ehemannes in der Bezahlung der - ihres Erachtens gemessen an den finanziellen Verhältnissen des Ehegatten zu tief und ohne Berücksichtigung der von ihr an die Ausgleichskasse zu leistenden AHV/IV/EO-Beiträge festgesetzten - Unterhaltsbeiträge erschöpft habe, sei es stossend (<ref-law>) und rechtsungleich, die Beschwerdeführerin beitragsrechtlich wie eine ungetrennt lebende Ehegattin und nicht wie eine allein nach ihren eigenen sozialen Verhältnissen beurteilte (<ref-law>) Geschiedene zu behandeln.
5. 5.1 Gemäss konstanter Rechtsprechung (<ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling>; vgl. ferner SVR 2008 AHV Nr. 15 S. 45 E. 4.1, mit Hinweisen [H 114/05]; Urteile des Eidg. Versicherungsgerichts H 147/05 vom 10. November 2006 [E. 5.1], H 163/03 vom 23. Juli 2003 [E. 3.2], H 130/01 vom 24. Februar 2003 [E. 3.3], H 233/01 vom 4. Februar 2002 [E. 2c]) ist die in <ref-law> für verheiratete Nichterwerbstätige vorgesehene Beitragsbemessung gesetzes- und verfassungskonform, dies ungeachtet des Güterstandes der Eheleute, mithin auch bei Gütertrennung (<ref-ruling> [Original frz.; dt. Übersetzung in: Pra 1978 Nr. 42 S. 83]; <ref-ruling>). Das Bundesgericht (ehemals: Eidg. Versicherungsgericht) hat die Verfassungs- und Gesetzeskonformität der Verordnungsbestimmung namentlich unter dem Blickwinkel der beitragsrechtlichen Ungleichbehandlung von Ehe- und Konkubinatspaaren bejaht (<ref-ruling>). Zur hier umstrittenen Frage, ob die Anwendung des <ref-law> (auch) im Falle einer gerichtlichen Ehetrennung vor Gesetz und Verfassung standhält, hat sich das Gericht zwar bisher nicht ausdrücklich geäussert. Es hat aber wiederholt festgestellt, dass sich die Beiträge auf Grund der Hälfte des ehelichen Vermögens und Renteneinkommens bemessen (<ref-law>), solange die Ehegatten verheiratet sind (BGE <ref-ruling>) respektive bis zum Ablauf des Monats, in welchem das Scheidungsurteil in Rechtskraft erwächst (BGE <ref-ruling>). Des Weitern entschied das Bundesgericht im nicht amtlich publizierten Urteil H 147/05 vom 10. November 2006, dass die Festsetzung der Beiträge für eine Zeitspanne während der Dauer der Ehe erst nach der Scheidung nichts an der persönlichen Beitrags(zahlungs)pflicht des früheren nichterwerbstätigen Ehegatten und an der Bemessung der Beiträge nach <ref-law> ändert; dass für die Bemessung der Beiträge u.a. auch auf das Vermögen des Ehegatten während der Dauer der Ehe abgestellt wird, begründet gemäss erwähntem Urteil keine Diskriminierung der Geschiedenen wegen ihrer sozialen Stellung resp. der Lebensform nach <ref-law>. Im Gegenteil wird damit eine mit dem Gleichbehandlungsgebot nach <ref-law> nicht vereinbare Benachteiligung "der bei der Festsetzung der Nichterwerbstätigenbeiträge (noch) Verheirateten" verhindert (Urteil H 147/05 vom 10. November 2006, E. 5.2). In keinem der zitierten Fälle ist die Gesetzes- und Verfassungskonformität der Beitragsbemessung nach <ref-law> während der gesamten Dauer der Ehe unter den Vorbehalt gestellt worden, dass die Beitragspflichtigen in ungetrennter Ehe leben.
5.2 Die in der bisherigen bundesgerichtlichen Rechtsprechung implizit und vorinstanzlich ausdrücklich vertretene Auffassung, wonach <ref-law> auf sämtliche - auch getrennte - Ehegatten während der gesamten Ehedauer anwendbar ist, entspricht dem Wortlaut der Bestimmung: Diese nennt bloss die "verheiratete Person" (frz.: "personne mariée"; ital.: "persona coniugata"); sie knüpft somit an den zivilrechtlichen Personenstand des Verheiratetseins an, ohne zwischen ungetrennten und getrennten Ehegatten zu unterscheiden. Auch in den Sätzen 2 - 4 des <ref-law>, welche die Beitragsbemessung im "Kalenderjahr der Heirat", im "Kalenderjahr der Scheidung" und "für die Zeit nach der Verwitwung" regeln, wird die Ehetrennung (wie auch das Getrenntleben nach Art. 175 f. ZGB) nicht eigens erwähnt. Der alleinige Verweis in <ref-law> auf die "verheiratete Person" mit Verzicht auf eine ausdrücklich abweichende Behandlung gerichtlich getrennter Ehegatten fällt dabei - was die Beschwerdeführerin zu Recht nicht bestreitet - nicht offensichtlich aus dem Rahmen der einen weiten Ermessensspielraum einräumenden Delegationsnorm des <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 570 f. mit Hinweisen); namentlich findet sich weder in <ref-law> noch in der übrigen gesetzlichen Beitragsordnung eine explizite Verpflichtungs- oder Ermächtigungsnorm für eine beitragsrechtlich differenzierte Behandlung getrennter und ungetrennter Ehegatten; im Gegenteil erwähnt das Gesetz bezüglich der AHV/IV/EO-Beitragspflicht und -bemessung (<ref-law>) den Zivilstand "(Ehe-) Trennung" nicht, sondern es spricht generell von "Ehegatten" ungeachtet dessen, ob sie einen gemeinsamen Haushalt führen oder nicht.
5.3 Zu prüfen ist weiter, ob die sich im Rahmen der Delegationsnorm des <ref-law> haltende beitragsrechtliche Gleichbehandlung aller Ehegatten aus andern Gründen den Anordnungen und Wertungen des Gesetzgebers widerspricht, wie die Beschwerdeführerin einwendet; dabei darf das Gericht sein eigenes Ermessen nicht an die Stelle desjenigen des Bundesrates setzen und hat es auch nicht die Zweckmässigkeit der Regelung zu untersuchen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 570 f.; <ref-ruling> E. 5.1 S. 266 [je mit Hinweisen]).
5.3.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die vorinstanzliche Beitragsbemessung verheirateter, aber gerichtlicher getrennter Ehegatten widerspreche dem Sinn und Zweck der Verordnungsbestimmung, welche ihrerseits den in <ref-law> statuierten Grundsatz der Beitragsbemessung nach den "sozialen Verhältnissen" konkretisiert.
5.3.2 Die gegenseitige Anrechnung der Renteneinkommen und Vermögen der Ehegatten ist begründet durch die eherechtliche Beistands- und Unterhaltspflicht (Art. 159 Abs. 3, Art. 163 Abs. 1 ZGB), welche die sozialen Verhältnisse der Verheirateten beeinflusst (<ref-ruling> E. 3d/aa S. 226). Dabei ist aus beitragsrechtlicher Sicht grundsätzlich unerheblich, ob und in welchem Umfang die Ehegatten tatsächlich Geldzahlungen leisten (oder anderweitig für den gebührenden Unterhalt sorgen; vgl. <ref-law>); massgebend ist, dass sie gesetzlich dazu verpflichtet sind, nötigenfalls auch unter Inanspruchnahme ihres Vermögens, zum Unterhalt der Familie beizutragen (vgl. Urteil H 198/90 vom 29. Juli 1991, E. 4b, publ. in: ZAK 1991 S. 419).
5.3.3 Bei der Auslegung sozialversicherungsrechtlicher Regelungen mit Anknüpfung an familienrechtliche Sachverhalte (wie Ehe, Verwandtschaft oder Vormundschaft) ist rechtsprechungsgemäss davon auszugehen, dass der Gesetzgeber vorbehältlich - hier fehlender (vgl. E. 3.3.3 hernach) - gegenteiliger Anordnungen die zivilrechtliche Bedeutung des jeweiligen Instituts im Blickfeld hatte, zumal das Familienrecht für das Sozialversicherungsrecht Voraussetzung ist und diesem grundsätzlich vorgeht (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 67, 121 V 125 E. 2c/aa S. 127 [mit Hinweisen]; SVR 2006 BVG Nr. 12 S. 44 E. 3 [B 14/04]). Nach der zivilrechtlichen Ordnung löst die gerichtliche Ehetrennung die Ehe nach den zutreffenden vorinstanzlichen Erwägungen (E. 4.2 hievor) nicht auf; die Getrennten bleiben rechtsgültig verheiratet. Abgesehen vom Wegfall des (mit der Ehe in der Regel einhergehenden, für diese aber nicht zwingend vorausgesetzten [vgl. Yvo Schwander, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch I, 3. Aufl., Basel 2006, N.4-6 zu <ref-law>, mit weiteren Hinweisen; Tuor/Schnyder/ Schmid/Rumo-Jungo, Das Schweizerische Zivilgesetzbuch, 13. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2009, N. 2 S. 315]) ehelichen Zusammenlebens sowie der Befugnis zur Vertretung der ehelichen Gemeinschaft (<ref-law>) und der von Gesetzes wegen eintretenden Gütertrennung (<ref-law>) bleiben die allgemeinen zivilrechtlichen Wirkungen der Ehe - insbesondere der Personenstand der Eheleute, deren gegenseitiges Erbrecht, die allgemeine Beistandspflicht nach <ref-law> und die eheliche Unterhaltspflicht (<ref-law>) - grundsätzlich bestehen (vgl. Bundesrätliche Botschaft vom 15. November 1995 über die Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches [Personenstand, Eheschliessung, Scheidung, Kindesrecht, Verwandtenunterstützungspflicht, Heimstätten, Vormundschaft und Ehevermittlung] , BBl 1996 I 1 ff., hier: 94 [nachfolgend: Botschaft 1995]; Tuor/Schnyder/Schmid/Rumo-Jungo, a.a.O., N. 7 S. 305; Daniel Steck, in: Basler Kommentar, a.a.O., N. 16 zu Art. 117/118 ZGB; Thomas Sutter/Dieter Freiburghaus, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, Zürich 1999, N. 26 zu Art. 117/118 ZGB; Marcel Leuenberger, in: Schwenzer [Hrsg.], Praxiskommentar Scheidungsrecht, Basel/Genf/München 2000, N. 8 zu Art. 117/118 ZGB; Peter Breitschmid, in: Marc Amstutz et. al. [Hrsg.], Handkommentar zum schweizerischen Privatrecht, Zürich/ Basel/Genf 2008, N.6 zu <ref-law>; Cyril Hegnauer/Peter Breitschmid, Grundriss des Eherechts, 4. Aufl., Bern 2000, N. 10.06, S. 77). Obwohl die Ehetrennung nur unter den gleichen Voraussetzungen wie die Scheidung verlangt werden kann und dieser auch in verfahrensrechtlicher Hinsicht im Wesentlichen gleichgestellt ist (Art. 117 Abs. 1 und 2 ZGB), finden gemäss <ref-law> hinsichtlich der Trennungsfolgen (abgesehen von der Gütertrennung von Gesetzes wegen nach <ref-law>) die Bestimmungen über Massnahmen zum Schutz der ehelichen Gemeinschaft Anwendung (<ref-law>) und stellen die Unterhaltsansprüche des getrennten Ehegatten ehelichen, nicht nachehelichen Unterhalt dar (<ref-ruling> E. 2a: Urteil 5C.43/2002 vom 28. Mai 2002, E. 2.1 [FamPra.ch 2002 S. 817]); daran ändert nichts, dass bei der Beurteilung des Unterhalts, insbesondere bei der Frage der Wiederaufnahme oder Ausdehnung der Erwerbstätigkeit eines Ehegatten unter Umständen auch die für den nachehelichen Unterhalt geltenden Kriterien miteinzubeziehen sind (vgl. <ref-ruling>). Sodann erleichtert (oder erschwert) das Trennungsurteil eine spätere Scheidung nicht (vgl. <ref-law>). Schliesslich wird ungeachtet der Gütertrennung ex lege bei der gerichtlichen Ehetrennung im Unterschied zur Ehescheidung kein Vorsorgeausgleich im Sinne der Art. 122-124 ZGB vorgenommen, da die eheliche Unterstützungspflicht während der gesamten Ehedauer fortbesteht (vgl. Katerina Baumann/Margareta Lauterburg, in: Schwenzer [Hrsg.], Praxiskommentar Scheidungsrecht, a.a.O., N. 5 zu <ref-law>). Wie vom kantonalen Gericht zutreffend festgehalten, gleicht die Ehetrennung daher in ihren rechtlichen Wirkungen weit mehr der Berechtigung zum Getrenntleben nach <ref-law> als der Scheidung (vgl. auch Steck, a.a.O., N. 15 zu Art. 117/118 ZGB; Tuor/Schnyder/Schmid/ Rumo-Jungo, a.a.O., N 7 S. 305; Breitschmid, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>). Von der gesetzlichen Möglichkeit der Ehetrennung wird denn auch dann Gebrauch gemacht, wenn die rechtlichen Folgen einer Scheidung - die Eheauflösung mit Verlust der daran geknüpften Rechte und Pflichten - gerade nicht (allenfalls: noch nicht) eintreten sollen. Als Motiv werden dabei in den Gesetzesmaterialien zu Art. 117/118 ZGB wie auch in der zivilrechtlichen Rechtsprechung und Lehre nebst konfessionellen und erbrechtlichen Interessen ausdrücklich auch sozialversicherungsrechtliche Gründe genannt, da entsprechende Ansprüche im Falle der Ehetrennung erhalten blieben (vgl. Botschaft 1995, a.a.O., BBl 1996 I 1 ff., hier: 94; <ref-ruling> E. 2.3 S. 5; Sutter/Freiburghaus, a.a.O., N. 10 zu Art. 117/118 ZGB; Leuenberger, a.a.O., N. 8 zu Art. 117/118 ZGB; Breitschmid, a.a.O., N. 6 zu Art. 118; Hegnauer/Breitschmid, a.a.O, N. 10.03 S. 77).
5.3.4 Besteht die eheliche Beistands- und Unterhaltspflicht auch nach der gerichtlichen Trennung bis zur Auflösung der Ehe fort, widerspricht es weder dem Sinn und Zweck des <ref-law> (E. 5.3.2 hievor) noch übergeordnetem Gesetzesrecht, die Beitragsbemessung - dem Wortlaut von <ref-law> entsprechend - auch bei gerichtlich getrennten Ehegatten aufgrund einer je hälftigen Anrechnung von Renteneinkommen und Vermögen vorzunehmen. Im Gegenteil ist davon auszugehen, dass diese Lösung einem bewussten gesetzgeberischen Entscheid (qualifiziertes Schweigen) entspricht, der keinen Raum lässt für eine ergänzende Regelung durch die rechtsanwendenden Behörden mittels Analogie und Lückenfüllung (<ref-ruling> E. 4.1 S. 185, 134 V 15 E. 2.3 S. 16. je mit weiteren Hinweisen). Hätte nämlich der Sozialversicherungsgesetzgeber im hier interessierenden Bereich vom zivilrechtlichen Verständnis, wonach die Ehetrennung für die Ehegatten nicht nur erb-, sondern auch sozialversicherungsrechtlich grundsätzlich ohne Folgen bleibt (E. 5.3.3 hievor), abweichen wollen, hätte er dies auf Gesetzes- oder Verordnungsstufe ausdrücklich geregelt, wie dies auch in andern Bereichen der AHV/IV-Gesetzgebung der Fall ist, wenn an die Tatsache der gerichtlichen Ehetrennung respektive die richterlichen Auflösung des gemeinsamen Haushaltes bestimmte, gegenüber ungetrennten Ehen abweichende Rechtsfolgen geknüpft werden sollen (so bezüglich der Rentenberechnung [<ref-law>], der Rentenauszahlung [Art. 22bis Abs. 2 lit. b und Art. 22ter Abs. 2 Satz 3 AHVG, <ref-law>], aber auch des Anspruchs auf Ergänzungsleistungen zur AHV/IV [Art. 4 Abs. 2 ELG in der seit 1. Januar 2008 in Kraft stehenden Fassung] sowie Art. 1, Art. 4 Abs. 1 lit. b, Art. 7 Abs. 1 lit. b ELV und die Schlussbestimmung der Änderung vom 28. September 2007 {AS 2007 6037}, je in der seit 1. Januar 2008 in Kraft stehenden Fassung); entsprechendes gilt in andern Sozialversicherungszweigen (siehe etwa <ref-law>).
5.4 Mit Blick auf die gebotene verfassungskonforme Auslegung des Verordnungsrechts (<ref-ruling> E. 5.1 S. 570 f.; <ref-ruling> E. 5.1 S. 266; in <ref-ruling> nicht publizierte E. 5 des Urteils H 121/06 vom 25. Januar 2007) bleibt zu prüfen, ob die Subsumtion der getrennten Ehegatten unter <ref-law> vor <ref-law> und <ref-law> standhält.
5.4.1 Der von der Beschwerdeführerin vorab angerufene Rechtsgleichheitsgrundsatz (<ref-law>) verlangt, dass Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich oder Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Der Anspruch auf rechtsgleiche Behandlung wird insbesondere verletzt, wenn hinsichtlich einer entscheidwesentlichen Tatsache rechtliche Unterscheidungen getroffen werden, für die ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder wenn Unterscheidungen unterlassen werden, die aufgrund der Verhältnisse hätten getroffen werden müssen (vgl. <ref-ruling> E. 9.1 S. 42 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 5.1 S. 570 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 103).
5.4.2 Nach Auffassung der Beschwerdeführerin besteht zwischen ungetrennten und getrennten Ehegatten insofern ein erheblicher Unterschied, als die eheliche Beistandspflicht mit der Ehetrennung dahinfalle. Dies trifft nach dem unter E. 5.3.3 hievor Gesagten nicht zu: Richtig ist zwar, dass jene Aspekte der Beistands- und Unterhaltspflicht, die einen gemeinsamen Haushalt voraussetzen, mit der Ehetrennung ihres Gehalts entleert werden, wie beispielsweise der Beitrag zum Unterhalt mittels Besorgung des Haushalts (<ref-law>); der in <ref-law> mit Bezug auf die Trennungsfolgen enthaltene Verweis auf die Eheschutzmassnahmen kann sich daher auch nur auf die Art. 172 und Art. 175 - 179 ZGB, nicht aber Art. 173 f. ZGB (Eheschutzmassnahmen während des Zusammenlebens) beziehen (vgl. Steck, a.a.O., N 15 zu Art. 117/118 ZGB, mit Hinweisen). Dies ändert aber nichts am Fortbestand namentlich der finanziellen Beistands- und Unterhaltspflicht und daran, dass die getrennten Ehegatten aus der Rechtstatsache der Ehe einen wirtschaftlichen Vorteil ziehen respektive diese die für die Beitragsbemessung relevanten "sozialen Verhältnisse" beeinflussen kann. Es verhält sich hier nicht wesentlich anders als bei gemeinsam, jedoch - wie die nach Art. 117/118 ZGB gerichtlich getrennten Verheirateten - in Gütertrennung lebenden Ehepartnern ohne Nutzen am Vermögen des andern, bezüglich welcher die Rechtsprechung die Beitragsbemessung nach <ref-law> als gesetzes- und verfassungskonform erachtet hat (<ref-ruling>). Das Vorgehen nach dieser Bestimmung auch bei gerichtlich getrennten Ehegatten kann zwar bei guten finanziellen Verhältnissen des einen und schlechteren finanziellen Verhältnissen des andern Gatten zu einer höheren Beitragsbelastung des letzteren führen, als wenn dieser allein nach seinen eigenen Verhältnissen (<ref-law>) beurteilt würde; dasselbe trifft aber auch auf einen in gemeinsamem Haushalt lebenden, finanziell weniger vermögenden (nichterwerbstätigen) Ehegatten im Vergleich zu einem unverheirateten Beitragspflichtigen in gleicher finanzieller Lage zu, welche Ungleichbehandlung das Bundesgericht als sachlich gerechtfertigt erachtet hat (<ref-ruling> E. 3d S. 226 ff.) und wovon abzuweichen kein Anlass besteht. Die Argumentation der Beschwerdeführerin blendet im Übrigen aus, dass die Beitragspflicht das Äquivalent zu einer staatlichen Leistung darstellt, die ihrerseits bei einer verheirateten Person unter Anrechnung des während der Ehedauer erzielten, rentenbildenden Einkommens des andern Ehegatten berechnet wird (<ref-law>; <ref-law>). Grundsätzlich profitiert mithin der finanziell schwächere Ehegatte - auch der getrennt lebende - leistungsseitig vom höheren (rentenbildenden) Einkommen des andern Ehegatten. Anders als bei einem Geschiedenen in gleich schwacher (eigener) finanzieller Lage, bei welchem es bereits mit der Eheauflösung durch Scheidung zwingend zum sog. Einkommenssplitting kommt (<ref-law>; vgl. <ref-ruling>; Urteil 9C_518/2008 vom 29. August 2008, E. 2.2), wird dem getrennt (wie dem ungetrennt) lebenden Ehegatten beim - erst im im Zeitpunkt der Rentenberechtigung beider Ehegatten vorgenommenen (<ref-law>) - Splitting auch das nach der Ehetrennung bis zum 31. Dezember vor dem Jahr, in welchem der erste Ehegatte das Rentenalter erreicht hat, erzielte Einkommen angerechnet (<ref-law>; <ref-ruling>); dies gilt auch dann, wenn der andere Ehegatte eine Invalidenrente bezieht (vgl. <ref-law>; <ref-ruling>). Der gerichtlich getrennte Ehegatte hat alsdann Anspruch auf eine ungekürzte, d.h. nicht der Plafonierung der Ehepaarrente unterliegende eigene Altersrente (<ref-law>). Kommt somit die Solidarität unter den Ehegatten auf der Leistungsseite grundsätzlich während der gesamten Ehedauer zum Tragen, muss dies gleichermassen auf der Beitragsseite der Fall sein; dies entspricht auch dem Grundsatz, wonach für beide Ehegatten dieselbe Beitragsbemessungsgrundlage gilt (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts H 233/01 vom 4. Februar 2002, E. 3a).
5.4.3 Nach dem Gesagten ist es sachlich gerechtfertigt, die Beitragsbemessung Nichterwerbstätiger auch im Falle gerichtlicher Ehetrennung nach <ref-law> vorzunehmen. <ref-law> ist somit nicht verletzt. Entgegen der Rüge der Beschwerdeführerin führt die Anwendung des <ref-law> auf getrennte Ehegatten auch nicht zu einem willkürlichen Ergebnis (<ref-law>). Die in <ref-law> vorgesehene Möglichkeit, bei Unzumutbarkeit um eine angemessene Herabsetzung oder einen Erlass der Beiträge zu ersuchen, schliesst - aufgrund der hier verlangten konkreten Prüfung der ökonomischen Verhältnisse im Einzelfall (vgl. SVR 2000 AHV Nr. 9 S. 31 [H 46/99]; vgl. auch, bei Gütertrennung, ZAK 1981 S. 545 [H 171/79]) - stossende, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehende (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen) Beitragsbelastungen grundsätzlich aus. Wie vorinstanzlich zutreffend erwogen, steht ein Herabsetzungsgesuch auch der Beschwerdeführerin offen.
5.5 Die ziffernmässige Beitragsfestsetzung für das Jahr 2003 wird letztinstanzlich - wie im kantonalen Verfahren - nicht beanstandet, und es ist darauf mangels ins Auge springender Sachverhalts- oder Rechtsfehler nicht zurückzukommen (vgl. <ref-law>).
6. Ausgangsgemäss hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65, Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG) und wird keine Parteientschädigung ausgerichtet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 600.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. Juli 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Amstutz