Sachverhalt:
A. Die Stiftung Auffangeinrichtung BVG, Zweigstelle Deutschschweiz (nachfolgend: Auffangeinrichtung), schloss S._, mit Verfügung vom 23. August 2005 zur Durchführung der obligatorischen beruflichen Vorsorge rückwirkend ab 1. Januar 1985 zwangsweise an. Diesen Zwangsanschluss bestätigte letztinstanzlich das Bundesgericht mit Urteil vom 16. Februar 2007 (2A.545/2006). Daraufhin forderte die Auffangeinrichtung rückwirkend ab 1. Januar 1985 Beiträge in der Höhe von Fr. 258'970.40, nebst Verzugszinsen und Kosten, welche sie in Betreibung setzen liess (Betreibungsbegehren vom 24. Mai 2007). Den Rechtsvorschlag des S._ beseitigte sie mittels Verfügung vom 30. Juli 2007.
B. Die gegen die Verfügung vom 30. Juli 2007 erhobene Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht ab (Entscheid vom 6. Juni 2008).
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlichrechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides, festzustellen, dass die geforderten Beiträge, Verzugszinsen und Zuschläge nur für die ab Zwangsanschlussverfügung (23. August 2005) fünf zurückliegenden Jahre, somit ab 1. August 2000, eingefordert werden können, wogegen die vor diesem Datum liegenden Forderungen verjährt seien. Zur Neuberechnung und -verfügung der Beiträge sei die Sache an die Auffangeinrichtung zurückzuweisen.
Die Auffangeinrichtung und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) lassen sich in abweisendem Sinne vernehmen.
D. Die II. sozialrechtliche Abteilung des Bundesgerichtes hat am 2. September 2009 die Sache öffentlich beraten.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. 2.1 Streitig und als Frage des Bundesrechts frei zu prüfen ist einzig, ob die in Betreibung gesetzte und dann verfügte Beitragsforderung der Auffangeinrichtung in Höhe von Fr. 258'970.40 (nebst Zinsen) insoweit verjährt ist, als sie sich auf die Periode vom 1. Januar 1985 bis 31. Juli 2000 bezieht; nicht zu prüfen ist deren unbestrittene weitere materielle Begründetheit.
Zum Streitgegenstand zählt nicht die Beitragsforderung ab 1. August 2000.
2.2 Der Beschwerdeführer trägt vor, der Gesetzgeber habe mit Art. 41 Abs. 2 BVG keine von anderen Sozialversicherungszweigen grundlegend abweichende Verjährungsordnung einführen wollen. Namentlich liessen <ref-law> und <ref-law> die Beitragsschuld fünf Jahre nach dem Ende des Kalenderjahres, für welches sie geschuldet seien, verjähren, was auch für die berufliche Vorsorge gelten müsse. Die bundesgerichtliche Rechtsprechung, wonach die Verjährungsfrist einer (rückwirkenden) Beitragsforderung aus beruflicher Vorsorge in Fällen des Zwangsanschlusses an die Auffangeinrichtung erst im Zeitpunkt des Anschlusses zu laufen beginne, weil das Rechtsverhältnis zwischen der Vorsorgeeinrichtung und dem Arbeitgeber erst dann begründet werde, unterhöhle das verfassungsrechtlich geschützte Rechtsinstitut der Verjährung und habe die zeitlich unbeschränkte Haftung für Beiträge zur Folge. Die Beitragspflicht entstehe nicht erst mit dem hoheitlichen Anschluss an die Auffangeinrichtung, sondern mit der Beschäftigung beitragspflichtigen Personals (hier der 1. Januar 1985).
3. 3.1 Die Auffangeinrichtung ist eine Vorsorgeeinrichtung (Art. 60 Abs. 1 BVG). Als solche legt sie die Höhe der Beiträge des Arbeitgebers und der Arbeitnehmer in den reglementarischen Bestimmungen fest (Art. 50 Abs. 1 lit. c in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 erster Satz BVG); der Arbeitgeber schuldet der Vorsorgeeinrichtung die gesamten Beiträge, wobei sie für nicht rechtzeitig bezahlte Beiträge Verzugszinsen verlangen kann (Abs. 2); der Arbeitgeber überweist die Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge bis spätestens zum Ende des ersten Monats nach dem Kalender- oder Versicherungsjahr, für das die Beiträge geschuldet sind, an die Vorsorgeeinrichtung (Abs. 4).
3.2 Mit Blick auf diese gesetzliche Ordnung setzt der Bestand einer Beitragsforderung aus beruflicher Vorsorge ein Schuldverhältnis zwischen dem Arbeitgeber und einer Vorsorgeeinrichtung voraus. Das gilt auch im Falle der Auffangeinrichtung. Erst ihre reglementarischen Bestimmungen legen - im Rahmen des Gesetzes und der Ausführungsbestimmungen (vgl. namentlich die Verordnung über die Ansprüche der Auffangeinrichtung der beruflichen Vorsorge vom 28. August 1985; SR 831.434; nachfolgend: Verordnung) - die konkrete Höhe der Beitragsschuld fest. Und erst nach Begründung des Anschluss- und damit einhergehend des oder der Vorsorgeverhältnisse(s) lassen sich beitragsrechtliche Gläubiger- und Schuldnerstellungen den beteiligten Rechtssubjekten zuordnen. Solange ein Arbeitgeber keiner Pensionskasse angeschlossen ist, kann er daher mangels eines Rechtsverhältnisses zu einer bestimmten Vorsorgeeinrichtung nicht Beitragsschuldner sein (Jürg Brühwiler, Die betriebliche Personalvorsorge in der Schweiz, 1989, S. 458). Vermag somit eine der Fälligkeit zugängliche Beitragsforderung vor dem Anschluss des Arbeitgebers an eine Vorsorgeeinrichtung im Allgemeinen nicht zu entstehen, ist vertieft zu prüfen, wie es sich damit bei einem Zwangsanschluss an die Auffangeinrichtung im Besonderen verhält.
4. 4.1 Unter der Marginalie "Anschluss an eine Vorsorgeeinrichtung" sieht Art. 11 BVG vor, dass derjenige Arbeitgeber, der obligatorisch zu versichernde Arbeitnehmer beschäftigt, eine in das Register für die berufliche Vorsorge eingetragene Vorsorgeeinrichtung errichten oder sich einer solchen anschliessen muss (Abs. 1). Kommt der Arbeitgeber trotz behördlicher Aufforderung nach Ablauf der gesetzlichen Frist dieser Pflicht nicht nach, wird er der Auffangeinrichtung zum Anschluss gemeldet (Art. 11 Abs. 5 BVG in der ursprünglichen Fassung) bzw. meldet ihn die Ausgleichskasse der Auffangeinrichtung rückwirkend zum Anschluss (Art. 11 Abs. 6 BVG, in der Fassung der 1. BVG-Revision, in Kraft seit 1. Januar 2005 [AS 2004 1677 1700]). Selbst wenn der Arbeitgeber keiner Vorsorgeeinrichtung beigetreten ist, obschon er nach BVG obligatorisch zu versichernde Arbeitnehmer beschäftigt, steht es ihm vorerst frei, eine andere Vorsorgeeinrichtung als die Auffangeinrichtung zu wählen (Art. 11 Abs. 5 BVG). Die Auffangeinrichtung ist erst verpflichtet, Arbeitgeber zwangsweise anzuschliessen, wenn diese den Nachweis, einer registrierten Vorsorgeeinrichtung angeschlossen zu sein, nicht innert gesetzter Frist erbringen (Art. 60 Abs. 2 lit. a BVG). Den zwangsweisen Anschluss kann sie hoheitlich mit Verfügung vollziehen (Art. 60 Abs. 2bis BVG; THOMAS LÜTHY, Das Rechtsverhältnis zwischen Arbeitgeber und Personalvorsorgestiftung, 1989, S. 111; JÜRG BRÜHWILER, a.a.O., S. 433). Der Verfügung kommt somit rechtsgestaltender Charakter zu (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 4.3 S. 530), zumal das Zwangsanschlussverfahren voraussetzt, dass noch kein Rechtsverhältnis zu einer Vorsorgeeinrichtung besteht.
4.2 Laut Art. 41 Abs. 2 BVG verjähren Forderungen auf periodische Beiträge und Leistungen nach fünf, andere nach zehn Jahren. Die Art. 129 - 142 des OR sind anwendbar. Gemäss <ref-law> beginnt die Verjährung mit der Fälligkeit der Forderung. Fälligkeit bedeutet, dass der Gläubiger die Leistung fordern kann und der Schuldner leisten muss. Der Zeitpunkt der Fälligkeit wird in erster Linie durch die von den Parteien getroffene Vereinbarung bestimmt. Fehlt eine solche, gilt gemäss <ref-law> die Vermutung der sofortigen Fälligkeit im Zeitpunkt des Vertragsschlusses (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 541; Urteil 9C_618/2007 vom 28. Januar 2008 E. 1.1.2, in: SZS 2008/52, S. 379).
4.3 Nach ständiger Rechtsprechung fängt die Verjährungsfrist für Beiträge zurückliegender Jahre bei zwangsweisen Anschlüssen an die Auffangeinrichtung nach Art. 11 Abs. 5 bzw. (nach Inkrafttreten der 1. BVG-Revision) Abs. 6 BVG mit dem verfügten Anschluss zu laufen. Begründet wird dies mit der konstitutiven Wirkung der Anschlussverfügung, welche erst das Rechtsverhältnis entstehen lässt, auf Grund dessen die Beiträge an die Auffangeinrichtung aus beruflicher Vorsorge geschuldet sind (<ref-ruling> E. 4.3 S. 530; Urteil B 34/93 vom 1. März 1994 E. 3b, in: SZS 1994/38 S. 388). An dieser Rechtsprechung ist festzuhalten, basiert sie doch auf der rechtlichen Konzeption des BVG, ein Vorsorgeverhältnis vom Anschluss an eine Vorsorgeeinrichtung abhängig zu machen (Art. 11 Abs. 1 BVG). Eine Beitragsforderung wird unter diesen Umständen - anders als etwa in der AHV (<ref-law>) - nicht von Gesetzes wegen begründet, sondern sie beruht auf einem Vorsorgereglement, welches auf der Grundlage eines Anschlussvertrages rechtliche Verbindlichkeit erlangt (Art. 66 Abs. 1 und 2 BVG). Namentlich darf der Arbeitgeber bloss den in den reglementarischen Bestimmungen der Vorsorgeeinrichtung festgelegten Beitragsanteil des Arbeitnehmers vom Lohn abziehen (Art. 66 Abs. 3 BVG). Eine Beitragsforderung gegenüber einem bestimmten Arbeitgeber entsteht im Rahmen eines zwangsweisen Anschlusses mit dem Erlass der Verfügung, weil erst infolge der Unterstellung unter das Vorsorgereglement die rechtliche Grundlage zur Beitragserhebung geschaffen ist. Vorher können keine Beiträge fällig sein und keine Verjährungsfristen zu laufen beginnen (Urteil 9C_618/2007 vom 28. Januar 2008 E. 1.2.1, in: SZS 2008/52 S. 379).
4.4 Wird die Streitsache unter dem Blickwinkel von Art. 11 Abs. 5 (bzw. Abs. 6) BVG im Lichte der bisherigen konstanten Rechtsprechung betrachtet, ist die Beitragsforderung der Beschwerdegegnerin klarerweise nicht verjährt, weil sie innert fünf Jahren seit der Anschlussverfügung vom 23. August 2005 in Betreibung gesetzt wurde (Art. 41 Abs. 2 BVG und <ref-law>).
5. 5.1 Das Bundesverwaltungsgericht ist indes von einem Zwangsanschluss gemäss Art. 12 BVG (in Verbindung mit Art. 2 Abs. 1 Verordnung) ausgegangen, weil - gemäss nicht offensichtlich unrichtiger Feststellung (<ref-law>) - durch den Austritt von Arbeitnehmern (X._ am 30. Juni 1990 und Y._ am 31. Dezember 2003) Freizügigkeitsfälle entstanden sind. In diesem Fall komme, so das Bundesverwaltungsgericht unter Berufung auf <ref-ruling> E. 4.3 S. 530, der Anschlussverfügung nur Feststellungscharakter zu. Dies ändere jedoch nichts daran, dass die entsprechenden Beiträge auch vor dem 23. August 2000 geschuldet seien, zumal das Betreibungsbegehren im Mai 2007, also vor Ablauf von fünf Jahren nach dem Erlass des Zwangsanschlusses (23. August 2005), gestellt worden sei.
5.2 Art. 12 BVG steht unter dem Ingress "Leistungsansprüche vor dem Anschluss" und gewährleistet den Arbeitnehmern oder ihren Hinterlassenen den Anspruch auf die gesetzlichen Leistungen, auch wenn sich der Arbeitgeber noch nicht einer Vorsorgeeinrichtung angeschlossen hat; diese Leistungen werden von der Auffangeinrichtung erbracht (Abs. 1); in diesem Fall schuldet der Arbeitgeber der Auffangeinrichtung nicht nur die entsprechenden Beiträge samt Verzugszinsen, sondern auch einen Zuschlag als Schadenersatz (Abs. 2). In näherer Konkretisierung dieser Gesetzesbestimmung regelt die Verordnung die Ansprüche der Auffangeinrichtung gegenüber einem Arbeitgeber, der sich noch keiner Vorsorgeeinrichtung angeschlossen hat, wenn sie seinen Arbeitnehmern oder deren Hinterlassenen zufolge Eintritt eines gesetzlichen Versicherungsfalles, wozu auch der Austritt aus der Vorsorgeeinrichtung zählt, die gesetzlichen Leistungen zu erbringen hat (Art. 12 BVG; Art. 1 lit. a Verordnung). Entsteht der gesetzliche Anspruch eines Arbeitnehmers auf Versicherungs- oder Freizügigkeitsleistung zu einem Zeitpunkt, an dem sein Arbeitgeber noch keiner Vorsorgeeinrichtung angeschlossen ist, wird der Arbeitgeber von Gesetzes wegen für alle dem Obligatorium unterstellten Arbeitnehmer der Auffangeinrichtung angeschlossen (Art. 2 Abs. 1 Verordnung).
5.3 Nach der bisherigen Rechtsprechung, welche in Art. 12 BVG in Verbindung mit Art. 2 Abs. 1 Verordnung einen besonderen Fall von Zwangsanschluss sieht, ist die Beitragsforderung der Auffangeinrichtung ebenfalls nicht verjährt, wie das Bundesverwaltungsgericht zumindest im Ergebnis bundesrechtskonform festgehalten hat. Vorab hat der Arbeitgeber gemäss klarem und eindeutigem Wortlaut von Art. 3 Abs. 1 Verordnung, der auch dem Rechtssinn entspricht (vgl. Art. 12 Abs. 2 BVG; Urteil 2A.83/2005 vom 16. Februar 2005 E. 2.3), der Auffangeinrichtung die Beiträge für alle dem Gesetz unterstellten Arbeitnehmer "von dem Zeitpunkt an zu entrichten, von dem an er bei einer Vorsorgeeinrichtung hätte angeschlossen sein müssen" ("L'employeur doit verser à l'institution supplétive les cotisations dues pour l'ensemble des salariés soumis à la loi, avec effet dès le moment où il aurait dû être affilié à une institution de prévoyance", "Il datore di lavoro deve versare all'istituto collettore i contributi dovuti per l'insieme dei salariati sottoposti alla legge con effetto a decorrere dal momento in cui avrebbe dovuto essere affiliato a un istituto di previdenza"). Dies ist in concreto unbestritten der 1. Januar 1985, das Inkrafttreten des BVG, ab welchem Zeitpunkt der eine Firma mit Angestellten betreibende Beschwerdeführer vorsorgepflichtig wurde. Art. 3 Abs. 1 Verordnung begründet somit in gesetzes- und verfassungskonformer Weise einen materiellen Beitragsanspruch der Auffangeinrichtung für jenen Zeitraum, in dem der Arbeitgeber vorsorgepflichtig war, sich jedoch noch nicht einer Vorsorgeeinrichtung angeschlossen hatte (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 565; <ref-ruling> E. 4 S. 349; Ur- teil 2C_729/2007 vom 25. Juni 2008 E. 4.2). Im Lichte von Art. 41 Abs. 2 BVG, ergibt sich nichts Anderes, weil die Beitragsschuld - im Unterschied zum Anschluss als solchem (Art. 2 Abs. 1 Verordnung) - nicht schon von Gesetzes wegen und ohne Zutun der Auffangeinrichtung dann entsteht, wenn der Arbeitgeber hätte angeschlossen sein müssen. Diesfalls verstünde es sich nämlich von selbst, dass die Beiträge rückwirkend auf diesen Zeitpunkt geschuldet sind und der Regelung von Art. 3 Abs. 1 Verordnung bedürfte es nicht (vgl. auch Art. 12 Abs. 2 BVG). Zudem ist auch im Falle von Art. 2 Abs. 1 Verordnung der Anschluss zu verfügen, weil Art. 60 Abs. 2 lit. a BVG die Auffangeinrichtung in genereller Weise verpflichtet, Arbeitgeber, die keiner Vorsorgeeinrichtung zugehören, jedoch obligatorisch zu versichernde Arbeitnehmer beschäftigen, anzuschliessen, wobei sie eine Verfügung erlassen kann (Art. 60 Abs. 2bis BVG). Daraus erhellt, dass der Anschluss gemäss Art. 2 Abs. 1 Verordnung gleich wie derjenige gestützt auf Art. 11 Abs. 6 BVG einen Rechtsakt erfordert, zumal sich der Tag des rückwirkenden Anschlusses nicht aufgrund des Gesetzes, sondern nach Massgabe der konkreten Verhältnisse erst aus der Verfügung ergibt (hier der 1. Januar 1985). Sodann öffnet allein die Verfügung den Rechtsmittelweg (<ref-law>). Die gesetzeskonforme Auslegung von Art. 2 Abs. 1 Verordnung (vgl. <ref-ruling> E. 3d S. 295) und damit des Begriffs von Gesetzes wegen zeigt auf, dass der Anschluss wohl zu verfügen ist, hingegen die Auffangeinrichtung als aufnehmende Vorsorgeeinrichtung von vornherein feststeht, weshalb das Mahnverfahren und das Wahlrecht des Arbeitgebers gemäss Art. 11 Abs. 5 und 6 BVG entfällt. Das Letzte ändert indes nichts daran, dass die Beitragsforderung auch unter dem Gesichtswinkel von Art. 2 Abs. 1 Verordnung erst mit der Anschlussverfügung (hier am 23. August 2005) entsteht, womit sie fällig wird und die Verjährung gemäss Art. 41 Abs. 2 BVG beginnt (<ref-law>; vgl. E. 4.3 und E. 4.4 hievor und E. 6.2 hienach).
6. 6.1 Bietet sich die verjährungsrechtliche Lage somit zu Ungunsten des Beschwerdeführers dar, ob man nun seine Sache im Lichte der zu Art. 11 Abs. 5 (bzw. Abs. 6) BVG ergangenen Rechtsprechung oder unter dem Gesichtswinkel von Art. 12 Abs. 1 BVG in Verbindung mit Art. 2 Abs. 1 Verordnung würdigt, besteht grundsätzlich kein Anlass zu Weiterungen. Indessen rechtfertigt sich, mit Blick auf die Unterschiedlichkeit der Anschlussverfahren nach Art. 11 BVG und nach Art. 12 BVG (in Verbindung mit Art. 2 Abs. 1 der Verordnung) die Bedeutung der Anschlussverfügung für den Beginn der Verjährung näher zu prüfen.
6.2 Die bisherige Rechtsprechung (zuletzt amtlich publiziert in <ref-ruling>) geht von konstitutiv verfügten Zwangsanschlüssen nach Art. 11 Abs. 5 (bzw. Abs. 6) BVG einerseits, von Gesetzes wegen zu erfolgenden Anschlüssen nach Art. 12 Abs. 1 BVG in Verbindung mit Art. 2 Abs. 1 Verordnung mit bloss deklaratorischer Wirkung der Anschlussverfügung andererseits, aus. Anhand dieser Unterscheidung lässt sich verjährungsrechtlich nichts folgern. Die Rechtsprechung trägt einzig dem Umstand Rechnung, dass es bei Art. 11 und Art. 12 BVG um teilweise verschiedene Regelungssachverhalte geht: Bei Art. 11 BVG um die Anschlusspflicht und ihre notfalls zwangsweise Durchsetzung als solche, bei Art. 12 BVG um die Gewährleistung der gesetzlichen Leistungsansprüche der Versicherten (und ihrer Hinterlassenen) für den Fall, dass ein Versicherungsereignis sich realisiert hat, ohne dass der Arbeitgeber seiner Anschlusspflicht nachgekommen ist. Dieser besondere Tatbestand macht es erforderlich, von Gesetzes wegen die Auffangeinrichtung als leistungspflichtige Vorsorgeeinrichtung zu bestimmen und das Anschlussverhältnis des säumigen Arbeitgebers zu ihr entstehen zu lassen, weil sonst die Ansprüche der Nichtversicherten, aber von einem gesetzlichen Versicherungsfall Betroffenen, rechtlich nicht sichergestellt wären. Der Leistungspflicht entsprechend und mit Blick auf die in Art. 12 Abs. 2 BVG sowie Art. 3 Abs. 1 Verordnung statuierte Pflicht des Arbeitgebers, die Beiträge an die Auffangeinrichtung zu leisten, bedarf es zwingend des Anschlusses an die Auffangeinrichtung (und nur an diese, vorbehältlich des hier irrelevanten Art. 2 Abs. 2 Verordnung), wogegen der Arbeitgeber ohne Eintritt des Versicherungsfalles im Rahmen von Art. 11 BVG bis zum letzten Moment noch den Anschluss an die Auffangeinrichtung vermeiden kann, indem er zu einer anderen Vorsorgeeinrichtung geht, sofern ihn eine solche (rückwirkend) aufzunehmen bereit ist (Art. 11 Abs. 5 BVG). Folgerichtig statuiert Art. 2 Abs. 1 Verordnung, dass der Arbeitgeber von Gesetzes wegen an die Auffangeinrichtung angeschlossen wird, wobei diesfalls gemäss Art. 7 Abs. 1 der Verordnung über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 18. April 1984 (BVV2; SR 831.441.1) sämtliche Arbeitnehmer bei der Auffangeinrichtung versichert sind. Darin liegen die rechtlich wesentlichen Unterschiede zwischen Art. 11 und Art. 12 BVG. Hingegen müssen die Folgen, die sich aus dem Zwangsanschluss ergeben, beitrags- und verjährungsrechtlich die gleichen sein und dürfen nicht von der Zufälligkeit abhängig gemacht werden, ob in der Belegschaft des säumigen Arbeitgebers ein Versicherungsfall eingetreten ist oder nicht, weshalb allein die Anschlussverfügung die Fälligkeit der Beitragsschuld zu begründen vermag und im Falle von Art. 12 Abs. 1 BVG (in Verbindung mit Art. 2 Abs. 1 Verordnung) nicht etwa der frühere Zeitpunkt der erstmaligen Beschäftigung obligatorisch nach BVG zu versichernder Arbeitnehmer, der Eintritt des Versicherungsfalles und auch nicht die Anmeldung an die Auffangeinrichtung.
Auch im Lichte dieser Ausführungen ist die Beschwerde unbegründet und abzuweisen.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Dem Prozessausgang entsprechend gehen die Gerichtskosten zu Lasten des Beschwerdeführers (<ref-law>). Die Auffangeinrichtung hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-ruling> E. 5b S. 133 f.; Urteil 2A.576/2002 vom 4. November 2003 E. 5).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. September 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin