Sachverhalt:
A. A.a Der 1960 geborene C._ meldete sich am 6. Mai 2004 erstmals wegen Rückenschmerzen zum Bezug einer Rente bei der Invalidenversicherung an. Seit seiner Einwanderung aus Italien im Jahre 1974 war er in verschiedenen Berufen tätig, zuletzt betrieb er bis Mitte 2003 als Selbstständigerwerbender einen Spielsalon. Die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich, IV-Stelle, wies das Begehren mit unangefochten gebliebener Verfügung vom 22. Dezember 2004 ab.
A.b Der nunmehr als Betreiber einer Pizzeria tätige Versicherte wurde am 30. Oktober 2005 wegen einer zunehmenden Dekompensation und depressiver Reaktion mit Suizidalität notfallmässig in die Klinik S._ eingewiesen. Während einer zweiten Hospitalisation in derselben Klinik vom 26. Mai bis 31. August 2006 verletzte sich C._ bei einem Sportunfall derart, dass es zu einer Amputation des rechten Ringfingers im Interphalangegelenk kam. Am 18. September 2006 meldete er sich erneut bei der Invalidenversicherung an. Auf Grund der Ergebnisse ihrer Abklärungen erwerblicher und medizinischer Art, insbesondere auch in Form einer von ihr angeordneten Begutachtung beim Servizio Accertamento Medico (nachfolgend: Medas) vom 13. November 2007 sprach die IV-Stelle dem Versicherten mit Verfügung vom 19. Dezember 2008 eine vom Dezember 2006 bis Mai 2007 befristete ganze Invalidenrente zu.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die gegen die Befristung gerichtete Beschwerde mit Entscheid vom 31. Dezember 2010 ab.
C. C._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihm ab März 2007 eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von mindestens 50 % zu gewähren.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Dabei legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. <ref-law>) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder aber auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Im Rahmen der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft das Bundesgericht frei, ob der vorinstanzliche Entscheid von einem richtigen Verständnis der Rechtsbegriffe ausgeht und auf der korrekten Subsumtion des Sachverhalts unter die einschlägigen Rechtsnormen beruht (Urteil 8C_480/2007 vom 20. März 2008 E. 1; ULRICH MEYER, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 4 zu Art. 97). Es prüft indessen, unter Berücksichtigung der bei Beschwerden zu beachtenden allgemeinen Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind, und ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Die am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen materiellen Änderungen des IVG und der IVV im Rahmen der 5. IV-Revision (Bundesgesetz vom 6. Oktober 2006 und Verordnung vom 28. September 2007) sind nach den allgemeinen übergangsrechtlichen Grundsätzen nicht anwendbar (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 446)
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch des Beschwerdeführers auf eine Invalidenrente für den Zeitraum ab Juni 2007. Soweit es sich beim Antrag auf eine Prüfung des Anspruchs ab März 2007 nicht um einen Redaktionsfehler handelt, wird darauf mangels Rechtsschutzinteresse des Beschwerdeführers nicht eingetreten, ist die bis Ende Mai 2007 zugesprochene ganze Rente doch nicht umstritten.
Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und Grundsätze über den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law> in der vom 1. Januar 2004 bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassung), die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law> [ebenfalls in der vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung] und <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.4 S. 348; <ref-ruling> E. 1 S. 30; <ref-ruling> E. 2a und b S. 136) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis), zutreffend dargelegt. Ebenfalls richtig sind die Ausführungen zu den bei einer rückwirkenden Zusprechung einer abgestuften und/oder befristeten Invalidenrente geltenden Grundsätzen (analoge Anwendung von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 6b/dd S. 275, 109 V 125 E. 4a S. 127). Hierauf wird verwiesen.
3. Letztinstanzlich nicht mehr bestritten ist auf Grund der Vorbringen in der Beschwerdeschrift, dass in medizinischer Hinsicht auf die Erkenntnisse gemäss Medas Gutachten vom 13. November 2007 abzustellen ist, dass sich der Gesundheitszustand des Versicherten ab März 2007 gebessert hat und dass ab jenem Zeitpunkt eine 60%ige Arbeitsfähigkeit für eine behinderungsangepasste Tätigkeit, die keine die rechte Hand belastenden respektive repetitiven sowie Präzisionsarbeiten umfasst, bei ganztägiger Präsenz am Arbeitsplatz und reduzierter Leistung, zumutbar ist. Hingegen ist die nach der Einkommensvergleichsmethode(<ref-law> [in der hier anwendbaren, bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung] in Verbindung mit <ref-law>) vorgenommene Bemessung des Invaliditätsgrades ab Juni 2007 streitig.
4. 4.1 Für die Berechnung des hypothetischen Verdienstes ohne Gesundheitsschaden (Valideneinkommen) ging die IV-Stelle im sogenannten Verfügungsteil 2 zur Rentenverfügung vom 19. Dezember 2008 vom Durchschnitt der Einkünften der Jahre 2001 bis 2003 gemäss IK-Auszug aus. Unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung setzte sie das Valideneinkommen für das Jahr 2006 auf den Betrag von Fr. 57'548.- fest. Das kantonale Gericht erachtete diese Summe als grosszügige Bemessung, welche nicht zu beanstanden sei.
Der Beschwerdeführer kritisiert die vorinstanzliche Ermittlung des Valideneinkommens als rechtswidrig. Zum Einen seien auch wegen Uneinbringlichkeit von der Ausgleichskasse abgeschriebene nicht bezahlte Beiträge zu berücksichtigen. Darüber hinaus habe das kantonale Gericht für das Jahr 2003 nur auf die vom Januar bis Mai ausgeübte selbstständige Erwerbstätigkeit und damit auf eine unterjährige Zeitperiode abgestellt. Das Jahr 2004 sei gar nicht berücksichtigt worden, obwohl er damals Krankentaggelder bezogen habe, für welche keine Sozialversicherungsbeiträge zu entrichten seien. Schliesslich sei auch sein Einkommen im Jahre 2005 zu berücksichtigen.
4.2 Für die Ermittlung des Valideneinkommens ist entscheidend, was die versicherte Person im Zeitpunkt des Rentenbeginns nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdient hätte. Dabei wird in der Regel am zuletzt erzielten, der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Verdienst angeknüpft, da es empirischer Erfahrung entspricht, dass die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre. Ausnahmen müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein (<ref-ruling> E. 4.1 S. 325). Ob eine versicherte Person im Validenfall einer bestimmten Tätigkeit nachgehen würde, ist eine Tatfrage, soweit sie im Rahmen einer Würdigung der konkreten Lage beantwortet wird (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399). Diesfalls prüft das Bundesgericht die vorinstanzlichen Feststellungen bloss daraufhin, ob sie offensichtlich unrichtig getroffen worden sind (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>).
Angesichts der in <ref-law> vorgesehenen Gleichstellung der invalidenversicherungsrechtlich massgebenden hypothetischen Vergleichseinkommen mit den AHV-rechtlich beitragspflichtigen Erwerbseinkommen kann das Valideneinkommen von Selbstständigerwerbenden zumeist auf Grund der Einträge im Individuellen Konto bestimmt werden (Urteile 8C_9/2009 vom 10. November 2009 E. 3.3 und 8C_576/2008 vom 10. Februar 2009 E. 6.2 mit Hinweisen). Weist das bis zum Eintritt der Invalidität erzielte Einkommen starke und verhältnismässig kurzfristig in Erscheinung getretene Schwankungen auf, ist dabei auf den während einer längeren Zeitspanne erzielten Durchschnittsverdienst abzustellen (vgl. Urteil 8C_576/2008 vom 10. Februar 2009 E. 6.2 mit Hinweisen).
4.3 Das kantonale Gericht hat keine Feststellung darüber getroffen, welche berufliche Tätigkeit der Beschwerdeführer im Gesundheitsfall ausüben würde, nachdem die Firma P._, bei welcher er als Gesellschafter und Geschäftsführer amtete, im hier relevanten Zeitpunkt bereits in Konkurs gefallen war.
4.3.1 Wie der Beschwerdeführer richtigerweise anführt, beziehen sich die in der Verfügung vom 19. Dezember 2008 und im angefochtenen Entscheid aufgeführten Zahlen für das Jahr 2003 auf der die Monate Januar bis Mai 2003 umfassenden Jahresrechnung der Firma "Spielsalon A._", welche für den genannten Zeitraum einen Reingewinn von Fr. 28'260.- ausweist. Die Verwaltung und das kantonale Gericht haben somit ein während bloss fünf Monaten erwirtschaftetes Einkommen als ein ganzes Jahreseinkommen mitberücksichtigt. Da der Beschwerdeführer in jenem Jahr bereits in erheblichem Ausmass arbeitsunfähig war und er entsprechende Taggeldleistungen der Krankenversicherung bezog, für welche keine Sozialversicherungsbeiträge zu entrichten waren, eignet sich der IK-Auszug nicht als Grundlage für das hypothetische Einkommen als Gesunder. Das gleiche gilt auch für das Jahr 2004, in welchem der Beschwerdeführer auf das ihm ausgerichtete Taggeld der Krankenversicherung abstellen will. Da es indessen darum geht, das Einkommen, welches er als Gesunder erzielt hätte zu ermitteln, eignen sich diese Einkünfte für die Ermittlung des Valideneinkommens nicht. Für das Jahr 2000 ist im IK-Auszug lediglich ein Einkommen von Fr. 16'100.- verzeichnet, obwohl der Beschwerdeführer in der Steuererklärung für jenes Jahr ein Erwerbseinkommen von Fr. 71'424.- deklarierte, was dem in der Jahresrechnung 2000 seiner Firma erzielten Reingewinn entspricht. Woher die Diskrepanz stammt, wurde nicht näher untersucht. Zusammenfassend zeigt sich, dass der IK-Auszug sich wegen mehrerer ungeklärter Ungereimtheiten vorliegend nicht eignet, das Valideneinkommen zu bestimmen.
4.3.2 Auch die Rechnungsabschlüsse und die Steuerunterlagen der Jahre 2000 bis 2002 - als der Beschwerdeführer noch nicht unter gesundheitsbedingten Erwerbseinbussen litt - geben kein klares Bild. Aufgrund der Steuererklärungen der genannten Jahre steht fest, dass der Gewinn im eigenen Betrieb nicht nur vom Versicherten selbst, sondern unter Mithilfe seiner damaligen Ehefrau erwirtschaftet wurde, ohne dass für sie ein eigenes Einkommen angegeben wurde. Damit fallen auch die Jahresabschlüsse zur Ermittlung des Valideneinkommens des Beschwerdeführers ausser Betracht. Der Jahresrechnung 2002 kann zudem entnommen werden, dass damals ein nicht näher bezeichneter ausserordentlicher Ertrag von Fr. 25'000.- anfiel, der in invalidenversicherungsrechtlicher Hinsicht nicht berücksichtigt werden kann.
Damit steht fest, dass die vorhandenen Akten nicht erlauben, das hypothetische Valideneinkommen korrekt zu bestimmen. Die Sache ist daher an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie dieses richtig ermittelt und über den Rentenanspruch des Beschwerdeführers neu verfüge.
5. 5.1 Zur Bestimmung des Invalideneinkommens stellten Vorinstanz und Verwaltung auf die Ergebnisse der Lohnstrukturerhebung (LSE) des Bundesamtes für Statistik ab. Im angefochtenen Entscheid stützte sich das kantonale Gericht auf Tabelle TA 1 der LSE 2006 und ging davon aus, dass der Beschwerdeführer angesichts seines beruflichen Werdegangs über eine weitgefächerte berufliche Erfahrung verfüge, weshalb die IV-Stelle richtigerweise das Anforderungsniveau 3 (Berufs- und Fachkenntnisse vorausgesetzt) zur Anwendung brachte. Umgerechnet auf das Jahr 2007, eine durchschnittliche wöchentliche Arbeitszeit von 41,7 Stunden, einer zumutbaren Arbeitsfähigkeit von 60 % und einem leidensbedingten Abzug von 10% bezifferte die Vorinstanz das Invalideneinkommen mit Fr. 37'974.80, was verglichen mit dem Valideneinkommen von Fr. 57'548.- einer Einbusse von 34 % entspreche.
Der Beschwerdeführer lässt vorbringen, angesichts der bloss fünfjährigen Schulbildung und der Tatsache, dass er keine Ausbildung absolviert und lediglich eine Anlehre als Maler besucht habe, sei sein hypothetisches Invalideneinkommen mit den Zahlen von Anforderungsniveau 4 der LSE zu bestimmen.
5.2 Dieser Argumentation kann nicht gefolgt werden. Es ist zwar nicht von der Hand zu weisen, dass die Schul- und Berufsbildung des im mittleren Alter stehenden Versicherten nicht derjenigen entspricht, die im Regelfall mit Anforderungsniveau 3 assoziiert wird. Indessen ist die Allgemein- und Berufserfahrung in dem hier zur Diskussion stehenden Rahmen mit den Jahren höher zu werten, als die initial erlangte Bildung. Der Beschwerdeführer hat sich in verschiedenen Branchen bewährt und einen grossen Schatz an Erfahrung gewonnen, was auch aus den Einkommenszahlen ersichtlich ist, welche er vor Beginn seiner gesundheitlichen Probleme erzielt hatte. Auch wenn ihm nunmehr keine leitende oder Geschäftsführerposition mehr zumutbar ist, sind ihm Berufs- und Fachkenntnisse in dem von ihm bisher betriebenen Tätigkeiten als Tanzlehrer, Spielsalonbetreiber und Inhaber einer kleinen Pizzeria nicht abzusprechen. Damit bleibt es bei dem von der Vorinstanz ermittelten Invalideneinkommen für den Zeitpunkt der Rentenrevision im Jahre 2007 im Betrage von Fr. 37'975.-.
6. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdegegnerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>). Sie hat dem Beschwerdeführer überdies eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 31. Dezember 2010 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 19. Dezember 2008 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle des Kantons Zürich zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. Juni 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer