Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) betreibt einen Schweinezuchtbetrieb. Er bestellte im Juli 1999 bei der X._ AG (Beschwerdegegnerin) ein Z._-Silo Typ 000 samt Entnahmevorrichtung zur Einlagerung von Feuchtgetreide. Die Beschwerdegegnerin bestätigte mit Auftragsbestätigung vom 24. Juli 1999, das Silo zu liefern und zu montieren. Betreffend Garantie wurde Folgendes festgehalten:
"Garantie
Folgende Garantien können wir Ihnen gewähren:
Es gelten die normalen Garantiebedingungen nach SIA 118 und die Lieferbedingungen für Inlandgeschäfte.
5 Jahre Garantie für die Dichtigkeit und die Standfestigkeit des Silos.
2 Jahre Garantie für die Entnahmevorrichtung."
Das Silo wurde von der Beschwerdegegnerin im Herbst 1999 geliefert und montiert. Im Frühjahr 2000 meldete der Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin einen Schadenfall. Aufgrund eines gebrochenen Holms der Schliessmechanik bei der Entnahmevorrichtung schloss die Klappe für den Futterauswurf nicht mehr korrekt. Dies führte zum Eintritt von Sauerstoff ins Silo und zu einer Fehlgärung des Futters. Die Beschwerdegegnerin ersetzte im Frühjahr 2000 den gebrochenen Holm und ihre Betriebshaftpflichtversicherung übernahm die weitere Schadensregulierung. Am 17. Juli 2001 stellte der Beschwerdeführer fest, dass der Holm der Schliessmechanik erneut gebrochen war. Dies führte wiederum zu einer Fehlgärung im Silo und schliesslich zur Vergiftung der vom Beschwerdeführer gehaltenen Schweine.
B. Der Beschwerdeführer gelangte am 18. November 2002 an das Friedensrichteramt Hünenberg und belangte die Beschwerdegegnerin mit Klage vom 14. Februar 2003 beim Kantonsgericht Zug auf Bezahlung von Fr. 89'000.-- zuzüglich Zins. Das Kantonsgericht wies die Klage am 20. Dezember 2006 mit der Begründung ab, dass die Forderung verjährt sei, weil die Parteien für die Entnahmevorrichtung eine zweijährige Rüge- und Verjährungsfrist vereinbart hätten. Die Klage wäre selbst dann verjährt, wenn die Parteien keine Verjährungsfristen vereinbart hätten, da vorliegend die Gewährleistungsbestimmungen des Kaufrechts und somit die einjährige Verjährungsfrist von <ref-law> zur Anwendung kämen.
Gegen das Urteil des Kantonsgerichts erhob der Beschwerdeführer kantonale Berufung an das Obergericht des Kantons Zug. Er stellte die Rechtsbegehren, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Eventuell sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihm Fr. 89'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Das Obergericht wies die Berufung am 15. April 2008 ab und bestätigte das Urteil des Kantonsgerichts. Es gelangte ebenfalls (aber mit anderer Begründung als das Kantonsgericht) zum Schluss, die Forderung sei verjährt.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer, das Urteil des Obergerichts vom 15. April 2008 sowie das Urteil des Kantonsgerichts vom 20. Dezember 2006 aufzuheben. Die Sache sei zu neuer Entscheidung an das Kantonsgericht, eventuell an das Obergericht, zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin begehrt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Obergericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
D. Der Beschwerde wurde mit Präsidialverfügung vom 11. Juni 2008 die aufschiebende Wirkung gewährt.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer beantragt im Hauptbegehren die Rückweisung. Der Rückweisungsantrag genügt bzw. ist sogar einzig angezeigt, weil das Bundesgericht - sollte es die Rechtsauffassung des Beschwerdeführers, dass sein Anspruch nicht verjährt sei, für begründet erachten - kein Sachurteil fällen könnte, sondern die Streitsache zur weiteren Abklärung des Sachverhalts und zur Prüfung der noch nicht beurteilten Haftungsvoraussetzungen an die Vorinstanz zurückweisen müsste (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1b S. 414). Da auch die anderen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich zulässig.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Der Beschwerdeführer kann sich dabei nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
3. Vorliegend ist streitig, ob die Schadenersatzforderung des Beschwerdeführers, die dieser auf den zwischen den Parteien geschlossenen Vertrag stützt, zu Recht von der Vorinstanz als verjährt erachtet wurde.
Unbestritten ist, dass die Verjährungsfrist im Frühjahr 2000 mit der Ersetzung des gebrochenen Holms durch die Beschwerdegegnerin neu zu laufen begann und am 18. November 2002 die erste verjährungsunterbrechende Handlung durch die Eingabe an das Friedensrichteramt Hünenberg erfolgte. Der Beschwerdeführer anerkennt, dass die Verjährung bei Geltung einer einjährigen Verjährungsfrist und selbst bei Annahme einer zweijährigen Verjährungsfrist mit der Eingabe an das Friedensrichteramt nicht rechtzeitig unterbrochen worden wäre. Er stellt sich aber auf den Standpunkt, dass im Zeitpunkt dieser Eingabe die Verjährung noch nicht eingetreten sei, da die fünfjährige Verjährungsfrist nach Art. 180 SIA-Norm 118 oder die fünfjährige werkvertragliche Verjährungsfrist für unbewegliche Bauten nach <ref-law> zur Anwendung gelange.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz zunächst vor, die Klausel in der Auftragsbestätigung betreffend die Garantiebedingungen nicht richtig ausgelegt zu haben. Fälschlicherweise habe sie als nicht erstellt erachtet, dass die Parteien die fünfjährige Verjährungsfrist gemäss Art. 180 SIA-Norm 118 übereinstimmend als anwendbar betrachtet hätten. Die Vorinstanz sei zur Frage der Qualifikation des Vertragsverhältnisses übergegangen, ohne eine umfassende Vertragsauslegung nach dem Vertrauensprinzip vorzunehmen. Damit habe sie Bundesrecht (<ref-law>) verletzt.
4.2 Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien festzustellen (vgl. <ref-law>). Diese subjektive Vertragsauslegung beruht auf Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 97 und 105 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung entzogen ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 274, 626 E. 3.1 S. 632; <ref-ruling> E. 4.1 S. 611, je mit Hinweisen). Steht eine tatsächliche Willensübereinstimmung fest, bleibt für eine Auslegung nach dem Vertrauensgrundsatz kein Raum (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632; <ref-ruling> E. 1a S. 73). Erst wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67; <ref-ruling> E. 4 S. 27 f., 268 E. 2.3.2 S. 274 f., 626 E. 3.1 S. 632, je mit Hinweisen).
4.3 Die Vorinstanz erwog, die SIA-Norm 118 regle in den Art. 172-177 die Garantiefrist (Rügefrist), in den Art. 178-179 die Rechtslage nach Ablauf der Garantiefrist und in Art. 180 die Verjährung. Die in der Auftragsbestätigung verwendete Formulierung, wonach die "normalen Garantiebedingungen nach SIA 118" gelten würden, deute darauf hin, dass die Parteien auf die Rügefrist nach Art. 172-179 SIA-Norm 118 verweisen wollten. Neben den "normalen Garantiebedingungen nach SIA 118" hätten die Parteien als spezifische Garantiefristen 5 Jahre für die Dichtigkeit und die Standfestigkeit des Silos und 2 Jahre für die Entnahmevorrichtung vereinbart. Unklar sei, ob die Parteien die fünfjährige Verjährungsfrist von Art. 180 SIA-Norm 118 ebenfalls in ihren Vertrag aufnehmen wollten. Zu den im Vertragstext erwähnten spezifischen Garantiefristen habe X._, Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin, zu Protokoll gegeben, die Garantiefrist von fünf Jahren für die Dichtigkeit bedeute, dass die Beschwerdegegnerin während dieser Frist bei Mängeln des Futters eine Überprüfung der Dichtigkeit mittels Pressionstest vornehmen und allfällige Reparaturen übernehmen müsse. Die Garantie von zwei Jahren für die Entnahmevorrichtung umfasse die kostenlose Lieferung von Ersatzteilen, nicht aber den Ersatz von Verschleissteilen innert dieser Frist. Die Vorinstanz führte weiter aus, diese Darstellung sei seitens des Beschwerdeführers unbestritten geblieben. Entgegen den Erwägungen des Kantonsgerichts lasse sich daraus aber nicht zwingend herleiten, die Parteien hätten für die Garantie und für die Verjährung die gleichen Fristen gemeint. Angesprochen auf die vertraglich vereinbarten Garantiebedingungen habe X._ ausgesagt, er verstehe dies so, dass er sich an die SIA-Norm halten müsse. Die Vorinstanz erwog weiter, die Aussage stehe klar im Zusammenhang mit den Garantiebedingungen, weshalb daraus nicht ohne Weiteres auf eine umfassende Geltung der SIA-Norm 118 hinsichtlich Garantie und Verjährung für das vorliegende Vertragsverhältnis geschlossen werden könne. Der Beschwerdeführer habe die Aussagen der Gegenpartei nicht bestritten und lediglich bemerkt, er kenne die SIA-Norm 118, die vertraglich übernommen worden sei, vom Baugeschäft her gut. Es könne somit, so die Vorinstanz weiter, weder dem Vereinbarungstext noch den Aussagen der Parteien eine bestimmte Verjährungsabrede für die Entnahmevorrichtung entnommen werden. Damit sei zu prüfen, welche gesetzliche Verjährungsfrist Anwendung finde resp. wie das vorliegende Vertragsverhältnis zu qualifizieren sei.
4.4 Die Vorinstanz kam demnach in subjektiver Vertragsauslegung zum Ergebnis, dass die Parteien keine bestimmte Verjährungsabrede treffen und daher insbesondere nicht die Geltung der fünfjährigen Verjährungsfrist nach Art. 180 SIA-Norm 118 vereinbaren wollten. Da die Vorinstanz somit den tatsächlichen übereinstimmenden Willen der Parteien, die Verjährungsfrist nicht speziell zu regeln, festgestellt hat, erübrigte sich eine Auslegung nach dem Vertrauensprinzip. Die entsprechenden Ausführungen des Beschwerdeführers zur objektiven Vertragsauslegung stossen daher ins Leere.
Der Beschwerdeführer vermag auch mit seiner Sachverhaltsrüge nicht durchzudringen, die er für den Fall erhebt, dass die Vorinstanz doch den tatsächlichen Willen der Parteien festgestellt haben sollte. Er macht dabei insbesondere geltend, die Vorinstanz habe die Beweise insofern willkürlich gewürdigt, als sie nicht zum Ergebnis gelangt sei, die Parteien hätten die SIA-Norm 118 auch bezüglich der Verjährung für anwendbar erklärt. Dem Beschwerdeführer gelingt es indes nicht, mit seinen Ausführungen Willkür aufzuzeigen und es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz bei ihrer subjektiven Vertragsauslegung ihr Ermessen missbraucht, insbesondere unhaltbare Schlüsse gezogen, erhebliche Beweise übersehen oder solche willkürlich ausser Acht gelassen hätte (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40; <ref-ruling> E. 1b S. 30).
Schliesslich rügt der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang eine Gehörsverletzung (<ref-law>). Die Vorinstanz habe sich mit seinen Vorbringen in der Berufungsschrift zur Vertragsauslegung unter Ziff. 8 ff. überhaupt nicht befasst und ihm dadurch das rechtliche Gehör verweigert. Es ist fraglich, ob er damit überhaupt den Begründungsanforderungen gerecht wird, da er lediglich pauschal auf mehrere Seiten seiner Beschwerdeschrift verweist, ohne detailliert aufzuzeigen, mit welchen Argumenten sich die Vorinstanz nicht auseinander gesetzt hätte (vgl. Erwägung 2). Die Rüge erweist sich aber ohnehin als unbehelflich, denn es ist nicht erforderlich, dass sich die Vorinstanz im Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinander setzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236; <ref-ruling> E. 2b S. 102 f., je mit Hinweisen).
5. Nachdem die Vorinstanz zum Schluss kam, die Parteien hätten keine Abrede über die Verjährung getroffen, prüfte sie, welche gesetzliche Verjährungsfrist zur Anwendung gelangt resp. wie das vorliegende Vertragsverhältnis zu qualifizieren ist.
Der Beschwerdeführer erblickt eine Bundesrechtsverletzung darin, dass die Vorinstanz keinen Werkvertrag, sondern einen Kaufvertrag mit Montagepflicht resp. in ihrer Eventualbegründung ein aus Kauf- und Werkvertrag gemischtes Vertragsverhältnis annahm und in der Folge somit nicht die fünfjährige Verjährungsfrist nach <ref-law>, sondern die einjährige Verjährungsfrist nach <ref-law> für anwendbar erklärte.
5.1 Beim Werkvertrag verjähren die Gewährleistungsansprüche wegen Mängel eines unbeweglichen Bauwerkes mit Ablauf von fünf Jahren seit der Abnahme (<ref-law>), während bei den anderen Werken die Verjährungsfrist bloss ein Jahr beträgt (Art. 371 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Der Werklieferungsvertrag untersteht, was die Haftung des Unternehmers für die durch mangelhaften Stoff bewirkten Werkmängel betrifft, ebenfalls der werkvertraglichen Verjährungsregelung nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 3 S. 428 f.).
Nach den kaufrechtlichen Bestimmungen verjährt beim Grundstückkauf die Pflicht zur Gewährleistung für die Mängel eines Gebäudes mit Ablauf von fünf Jahren, vom Erwerb des Eigentums an gerechnet (<ref-law>). Diese Verjährungsbestimmung bezieht sich auf bebaute und unüberbaute Grundstücke (<ref-ruling> E. 3 S. 270). Bei anderen Sachen verjähren Klagen auf Gewährleistung wegen Mängel der Sache mit Ablauf eines Jahres nach deren Ablieferung an den Käufer (<ref-law>).
5.2 Die Vorinstanz und die Parteien sind implizit von der Annahme ausgegangen, dass das streitige Silo - im Fall der Qualifikation des Vertragsverhältnisses als Werkvertrag - ein unbewegliches Bauwerk darstellen würde, hingegen - im Fall des Vorliegens eines Kaufvertrags - nicht als Grundstück zu betrachten wäre. Die Vorinstanz ging zu Recht davon aus, dass das streitige Silo kein Grundstück im Sinne von <ref-law> darstellt, auf welches bei Vorliegen eines Kaufvertrags die speziellen Bestimmungen des Grundstückkaufs nach <ref-law> und somit die fünfjährige Verjährungsfrist nach <ref-law> zur Anwendung kämen. Demgegenüber ist fraglich, ob das Silo als unbewegliches Bauwerk im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren ist. Dies beurteilt das Bundesgericht als Rechtsfrage, ohne dabei an die Rechtsauffassung der Vorinstanz oder der Parteien gebunden zu sein (vgl. <ref-law>).
5.3 Die Vorinstanz stellte vorliegend in tatsächlicher Hinsicht fest, dass das Silo von der B._ Co. hergestellt worden sei und die Entnahmevorrichtung von der Firma C._ stamme. Es handle sich bei den Montageteilen um Standardartikel, die beim Hersteller in Form eines Serienprodukts bezogen worden seien. Der Beschwerdeführer habe selbst das Fundament für das Silo erstellt und die Montagepunkte gesetzt. Die Einbauteile seien von der Beschwerdegegnerin geliefert und auf die Montagepunkte versetzt worden. Das Silo lasse sich im Übrigen einfacher als ein Heizkessel, eine Steuerungsanlage oder ein Lift wieder abmontieren und an einem neuen Ort aufbauen. Es könne ohne erheblichen Wertverlust wieder demontiert werden. Dem Prospekt der Z._-Systeme lasse sich entnehmen, dass die Z._-Behälter "zerlegt und umgesetzt" werden könnten, und dass der Vertragshändler möglicherweise auch einen gebrauchten Behälter anbieten könne.
5.4 Die Sachverhaltsrügen, die der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang vorbringt, erweisen sich als unbehelflich. Er rügt insbesondere die Feststellungen der Vorinstanz als offensichtlich unhaltbar und willkürlich, wonach sich das Silo einfacher als eine Heizungsanlage oder ein Lifteinbau wieder abmontieren sowie an einem neuen Ort aufbauen liesse und wonach ein Z._-Behälter zerlegt und umgesetzt werden könne. Indem er dazu lediglich seine eigene Sicht der Dinge schildert, es aber unterlässt, substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig wären oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen würden, vermag er den Begründungsanforderungen an eine Sachverhaltsrüge nicht zu genügen (vgl. Erwägung 2).
In seinen Ausführungen, weshalb ein Werklieferungsvertrag vorliege, der die Anwendung der werkvertraglichen Gewährleistungsregeln nach sich ziehen würde, erweitert der Beschwerdeführer zudem den tatsächlich festgestellten Sachverhalt über weite Strecken, ohne rechtsgenüglich begründete Sachverhaltsrügen zu erheben (vgl. Erwägung 2). So insbesondere, wenn er vorbringt, die Montage der Bestandteile habe ein hohes Fachwissen von Spezialisten und einen besonderen Arbeitsaufwand erfordert. Ebenso, wenn er geltend macht, die Siloanlage bestehe nicht nur aus einem Z._-Behälter, sondern aus zahlreichen, teilweise individuell für die Begebenheiten auf seinem Grundstück hergestellten Komponenten und es würde sich um eine individuell angepasste Arbeit mit technischen Bestandteilen handeln, die nicht einfach in irgendeinem Laden zusammengekauft werden könnten.
Der Beschwerdeführer dringt zudem mit seinen in diesem Zusammenhang erhobenen Rügen der Gehörsverletzung (<ref-law>) nicht durch. Er vermag mit seinen Vorbringen, wonach die Vorinstanz es unterlassen habe, einen von ihm beantragten Augenschein durchzuführen, um sich über die Siloanlage als Ganzes ein Bild zu machen, keine Gehörsverletzung aufzuzeigen. Da die Vorinstanz den massgeblichen Sachverhalt als genügend abgeklärt erachtete und der Augenschein ihrer Ansicht nach keine weitere Klärung gebracht hätte, konnte sie auf die Durchführung des Augenscheins verzichten, ohne damit das rechtliche Gehör zu verletzen. Eine Gehörsverletzung liegt nämlich insbesondere dann nicht vor, wenn das Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert werde (<ref-ruling> E. 5.3; <ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1 S. 428 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 211, je mit Hinweisen).
5.5 Es bleibt demnach beim vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt. Gestützt auf diesen ergibt sich aber, dass für den Fall der Qualifikation des vorliegenden Vertragsverhältnisses als Werkvertrag das Silo nicht als unbewegliches Bauwerk im Sinne von <ref-law> zu betrachten wäre. Denn da sich das Silo einfach sowie ohne erheblichen Wertverlust wieder abmontieren und an einem neuen Ort aufbauen lässt, ist dieses trotz seiner Montage auf dem vorgelegten Fundament nicht im Sinne eines unbeweglichen Bauwerks dauerhaft fest mit dem Erdboden verbunden (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 184; <ref-ruling> E. 2c S. 232). Auch verbietet die Ausgestaltung des Silos als vorfabriziertes Serienprodukt, dieses seiner Natur nach als "Bauwerk" anzusprechen (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 246). Schliesslich greift der Zweckgedanke der fünfjährigen Verjährungsfrist von <ref-law> vorliegend nicht. Das Silo bildet nämlich nicht eine Sache, für die typischerweise erst nach längerer Zeit festgestellt werden kann, ob sie den Anforderungen der Festigkeit oder den geologischen und atmosphärischen Verhältnissen standhält oder ob sie diesbezüglich mangelhaft ist (<ref-ruling> E. 3 S. 428; <ref-ruling> E. 2a S. 245).
Ob somit die Parteien einen Kaufvertrag, einen Werkvertrag oder einen gemischten Vertrag abgeschlossen haben, kann offen gelassen werden, da dies auf die Dauer der anwendbaren Verjährungsfrist keinen Einfluss hat. Die einjährige Verjährungsfrist kommt sowohl bei einer Qualifikation als Werkvertrag (Art. 371 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>) als auch bei einer Qualifikation als Kaufvertrag (<ref-law>) zur Anwendung. Demzufolge hat die Vorinstanz im Ergebnis nicht Bundesrecht verletzt, indem sie von einer einjährigen gesetzlichen Verjährungsfrist ausgegangen ist.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Juli 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Sommer