Faits:
A. Le 16 novembre 2007, un bateau à moteur de marque xxx, d'une longueur de coque de 9,20 mètres, a été inscrit au Service des automobiles et de la navigation du canton de Genève au nom de X._, domicilié à ..., sous le numéro matricule W. Ce bateau, précédemment inscrit au nom de A.M._, a été mis en circulation pour la première fois en 1962. Le rapport d'inspection technique établi par le Service des automobiles et de la navigation lors d'un contrôle périodique effectué le 26 janvier 2006 n'indique pas que le bateau serait équipé d'une cuisinière ou d'un réfrigérateur
Ce même 16 novembre 2007, X._ a conclu avec Y._ AG (ci-après: l'assureur), qui était par ailleurs son employeur, une assurance responsabilité civile et casco complète couvrant ce bateau. La somme d'assurance a été fixée à 110'000 fr. avec une couverture augmentée à 10'000 fr. pour les frais encourus lors d'un sauvetage et d'un transport jusqu'au chantier naval le plus proche lors d'un événement assuré en casco complète. Il est mentionné dans la police que le conducteur le plus fréquent du bateau est B.M._. La police d'assurance renvoie par ailleurs aux conditions générales d'assurance (ci-après: CGA) "Bateaux, édition 12.2006" qui en sont considérées comme partie intégrante. Le bateau avait été évalué par un expert à 110'000 fr. (plus ou moins 10%) le 13 janvier 2007.
En l'absence de son compagnon B.M._ qui se trouvait à l'étranger, U._, accompagnée de son frère, s'est rendue le 27 décembre 2007 vers 2h.00 du matin sur le bateau, afin de contrôler qu'il n'était pas occupé par des squatters, ce qui s'était déjà produit plusieurs fois. Sans mettre en marche l'éclairage, elle a ouvert, à l'avant du bateau, la trappe d'accès à la cabine, qu'elle a voulu éclairer à la flamme de son briquet, ce qui a provoqué une explosion entraînant la destruction complète du bateau.
Selon le rapport de police établi le 9 mars 2008, l'explosion a été provoquée par la présence d'une poche de gaz dans la cabine, à laquelle U._ a mis le feu en allumant son briquet. L'origine la plus vraisemblable de cette poche inflammable était une fuite provenant du réfrigérateur et/ou du grill fonctionnant au gaz liquéfié, installés à bord du bateau courant 2007 par B.M._. La police a retenu qu'à la suite d'une défaillance de l'installation, le gaz contenu dans la bouteille de butane s'est propagé dans la cabine principale en passant par l'aération de la porte du roof, distante de seulement quelques centimètres du réfrigérateur, pour s'accumuler au point le plus bas du bateau. Il n'est cependant pas exclu que la fuite ait eu pour origine la bouteille de gaz qui alimentait le grill se trouvant dans la cabine.
Ces installations fonctionnant au gaz liquide n'avaient jamais fait l'objet d'un contrôle. Il a été retenu que leur emplacement était inapproprié.
Par courrier du 19 septembre 2008, Y._ AG a informé X._ qu'elle refusait d'assurer la couverture du sinistre annoncé.
Le 29 octobre 2008, X._ a fait notifier un commandement de payer à l'assureur, auquel celui-ci a fait opposition.
B. Par acte déposé au greffe du Tribunal de première instance du canton de Genève le 6 avril 2009, X._ a formé une demande en paiement contre l'assureur, réclamant à celui-ci la somme de 120'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 27 décembre 2007.
Invoquant une violation des règles les plus élémentaires de la prudence et se référant à l'art. 14 al. 2 de la loi fédérale du 2 avril 1908 sur le contrat d'assurance (LCA; RS 221.229.1) ainsi qu'à l'art. C 4.1 des CGA, l'assureur a conclu au rejet de la demande.
Statuant par jugement du 25 mai 2011, le Tribunal de première instance a débouté X._ de toutes ses conclusions et l'a condamné aux dépens. Il a considéré que l'accident résultait d'un "défaut interne" au sens de l'art. C 4.1 des CGA.
X._ a appelé de ce jugement en reprenant ses conclusions sur le fond, auxquelles l'assureur s'est opposé en totalité.
Par arrêt du 24 février 2012, la Chambre civile de la Cour de justice a confirmé le jugement attaqué.
C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de l'<ref-law>, il conclut à l'annulation de la décision attaquée et à ce que sa partie adverse soit condamnée à lui verser la somme de 120'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 27 décembre 2007.
L'intimée propose le rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en paiement et qui a donc qualité pour recourir (<ref-law>), dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par un tribunal supérieur statuant sur recours en dernière instance cantonale (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. fixé par l'<ref-law>, le recours est recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), soit en l'occurrence de l'<ref-law>.
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit dont il peut contrôler le respect (<ref-law>). Il n'est pas limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été invoqués ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 4 p. 317 s.; <ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 584; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 389; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>; ATF <ref-ruling> consid. 1.4 in fine).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire telle que l'entend l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
Il peut notamment compléter les constatations cantonales lorsqu'un fait pertinent, qui a été omis dans la décision attaquée, résulte à l'évidence des preuves apportées (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 11; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 373).
La partie recourante qui veut s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (ATF <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 187). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
En l'espèce, le recourant présente son propre état de fait, mais sans invoquer avec précision l'une des exceptions prévues par l'<ref-law>. Il n'y a donc pas lieu de tenir compte de sa version des faits.
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
S'il admet le recours, le Tribunal fédéral peut statuer lui-même sur le fond ou renvoyer l'affaire à l'autorité précédente pour qu'elle prenne une nouvelle décision (<ref-law>).
2. 2.1 Il résulte des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>) - que les parties sont convenues que l'intimée fournirait une prestation pécuniaire en cas de survenance d'un événement présentant un aspect aléatoire, moyennant le paiement de primes que le recourant s'est obligé à lui payer. Il n'est donc pas douteux que les parties ont conclu un contrat d'assurance relevant du droit privé, qui est régi par la LCA.
Le contrat conclu prévoit notamment que l'intimée couvrira le dommage subi par le recourant en cas d'incendie du bateau jusqu'à concurrence de la somme assurée. Il s'agit d'une assurance contre les dommages (<ref-law>), qui se caractérise plus précisément comme une assurance des choses, puisqu'elle couvre une chose déterminée (un bateau) contre le risque qu'elle soit, notamment par l'incendie, détruite ou détériorée.
2.2 La police d'assurance produite mentionne parmi les événements assurés le risque de l'incendie et prévoit par ailleurs l'application des conditions générales d'assurance "Bateaux, édition 12.06"; ces conditions générales, également produites, précisent, à leur art. C 1.21 que l'assurance incendie couvre contre les dommages causés par le feu, l'explosion et la foudre (complètement d'office: <ref-law>).
Il ressort des constatations cantonales déterminantes qu'une explosion s'est produite à bord le 27 décembre 2007 et que le bateau a été détruit. En conséquence, le sinistre assuré s'est produit, ce qui entraîne en principe l'obligation pour l'intimée de payer la prestation d'assurance.
Les juridictions cantonales ont cependant débouté le recourant, en considérant que l'on se trouvait dans le cas d'exclusion prévu par l'art. C 4.1 des CGA, dont la teneur est la suivante:
" Ne sont pas assurés:
1. Les dommages sans caractère accidentel (dommages dus à l'utilisation du bateau), en particulier les dommages sans influence extérieure violente ou imputables à un défaut interne (par ex. absence ou gel de liquides, erreur de manipulation, défaut et usure du matériel, usure, contrainte excessive, panne de composants électriques et électroniques), surchauffe du moteur et dommages (gonflement) subis par les bateaux en bois quand ils restent longtemps dans l'eau".
2.3 Le litige porte sur l'interprétation de cette clause incorporée dans le contrat conclu.
Les conditions générales d'assurance qui ont été expressément incorporées au contrat doivent être interprétées selon les mêmes principes juridiques que les autres dispositions contractuelles (<ref-ruling> consid. 2 p. 6; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 681).
En présence d'un litige sur l'interprétation d'une clause contractuelle, le juge doit tout d'abord s'efforcer de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (<ref-law>); s'il y parvient, il s'agit d'une constatation de fait qui lie en principe le Tribunal fédéral conformément à l'<ref-law>. Si la volonté réelle des parties ne peut pas être établie (ce qui est le cas en l'espèce) ou si leurs volontés intimes divergent, le juge doit interpréter les déclarations faites et les comportements selon la théorie de la confiance; il doit donc rechercher comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi en fonction de l'ensemble des circonstances. Le principe de la confiance permet ainsi d'imputer à une partie le sens objectif de sa déclaration ou de son comportement, même s'il ne correspond pas à sa volonté intime. L'application du principe de la confiance est une question de droit que le Tribunal peut examiner librement (<ref-law>); cependant, pour trancher cette question, il doit se fonder sur le contenu de la manifestation de volonté et sur les circonstances, dont la constatation relève du fait (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 412 s.).
Lorsque l'assureur, au moment de conclure, présente des conditions générales, il manifeste la volonté de s'engager selon les termes de ces conditions. Si une volonté réelle concordante n'a pas été constatée, il faut donc se demander comment le destinataire de cette manifestation de volonté pouvait la comprendre de bonne foi; cela conduit à une interprétation objective des termes contenus dans les conditions générales, même si elle ne correspond pas à la volonté intime de l'assureur. Dans le domaine particulier du contrat d'assurance, l'<ref-law> précise d'ailleurs que l'assureur répond de tous les événements qui présentent le caractère du risque contre les conséquences duquel l'assurance a été conclue, à moins que le contrat n'exclut certains événements d'une manière précise, non équivoque; il en résulte que le preneur d'assurance est couvert contre le risque tel qu'il pouvait le comprendre de bonne foi à la lecture du contrat et des conditions générales incorporées à celui-ci. Si l'assureur entendait apporter des restrictions ou des exceptions, il lui incombait de le dire clairement. Conformément au principe de la confiance, c'est à l'assureur qu'il incombe de délimiter la portée de l'engagement qu'il entend prendre et le preneur n'a pas à supposer des restrictions qui ne lui ont pas été clairement présentées (ATF <ref-ruling> consid. 3.3 p. 682; sous une forme résumée: <ref-ruling> consid. 3.2 p. 413). La validité d'une clause contenue dans des conditions générales est de surcroît limitée par la règle de la clause insolite (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 7).
2.4 La clause dont l'interprétation est litigieuse exclut de l'assurance les dommages sans caractère accidentel; la parenthèse précise l'idée en disant que l'on vise ainsi les dommages dus à l'utilisation du bateau; la suite de la disposition ne fait qu'expliciter l'idée, mais non pas la modifier comme le montre l'emploi du terme "en particulier".
La notion d'accident est bien connue en droit des assurances. On en trouve une définition, pour les accidents de nature corporelle, à l'art. 4 de la loi fédérale du 6 octobre 2000 sur la partie générale du droit des assurances sociales (LPGA; RS 830.1). Les caractéristiques de l'accident qui en résultent sont également admises dans la jurisprudence de droit privé (cf. par ex. arrêt 5C.18/2006 du 18 octobre 2006 consid. 2.2, SJ 2007 I p. 238). Ainsi, l'accident se définit comme un événement soudain, involontaire, extérieur et extraordinaire. Selon les constatations cantonales, une personne proche de l'utilisateur du bateau, désirant savoir si celui-ci était occupé par des squatters, s'est rendue à bord en pleine nuit et, pour s'éclairer dans la cabine, a allumé son briquet, ce qui a provoqué instantanément l'explosion d'une poche de gaz dont personne ne connaissait la présence. On ne saurait nier la soudaineté de l'explosion. Il n'est pas douteux - selon l'état de fait retenu - que l'explosion est survenue indépendamment de la volonté de l'assuré. La venue de cette personne qui allumait son briquet est évidemment extérieure à l'existence même du bateau. On ne peut non plus nier le caractère extraordinaire des événements, qui sort manifestement du cadre de l'utilisation normale du bateau; il est tout à fait insolite qu'une personne s'éclaire dans un bateau à l'aide d'un briquet et qu'il y ait simultanément une fuite de gaz dont on ignore d'ailleurs l'origine exacte. Ainsi, il est manifeste que l'on se trouve en présence d'un accident et non pas d'un dommage sans caractère accidentel au sens de l'art. C 4.1 des CGA.
La disposition litigieuse précise ensuite l'idée en présentant deux alternatives, à savoir un dommage sans influence extérieure violente ou un dommage imputable à un défaut interne.
Il est manifeste qu'il y a eu une influence extérieure, à savoir l'irruption de la personne qui a allumé le briquet. Le caractère violent résulte de l'explosion qui s'en est suivie. On ne saurait d'ailleurs interpréter la notion de violence d'une manière plus restrictive, faute de quoi l'assurance incendie perdrait sa substance; en effet, si un pyromane, après avoir pris les dispositions nécessaires, allume tranquillement le feu, on ne peut pas retenir que le cas est exclu de l'assurance au motif que l'allumage n'est pas un acte violent.
Le dommage imputable à un défaut interne (second terme de l'alternative) est une notion beaucoup plus vague, raison pour laquelle la disposition l'explicite par un grand nombre d'exemples. Les exemples cités montrent d'ailleurs que la clause ne vise pas seulement l'hypothèse d'un court-circuit, contrairement à ce que soutient le recourant. Or il apparaît d'emblée qu'aucun des cas énumérés n'entre en ligne de compte. Ces cas visent tous l'utilisation normale d'un bateau, et non pas l'hypothèse où une personne se rend de nuit dans une embarcation, y allume un briquet pour s'éclairer (au lieu d'utiliser l'éclairage) et provoque ainsi une explosion en raison d'une fuite de gaz.
On ne se trouve donc pas dans un cas où l'assurance est exclue en application de l'art. C 4.1 des CGA.
L'idée avancée par la cour cantonale selon laquelle l'explosion serait survenue de toute manière, indépendamment de l'épisode du briquet, ne trouve aucun point d'appui dans les preuves apportées. On ne voit pas pourquoi il serait exclu qu'une personne, arrivant de jour et aérant les locaux, ait pu éviter l'explosion, étant observé que l'ampleur de la poche de gaz n'a pas pu être établie. On ne sait non plus si la présence du gaz aurait pu être détectée et la poche éliminée par des spécialistes.
Certes, la cour cantonale s'est employée à démontrer que l'équipement du bateau était défectueux, sans toutefois que cela puisse expliquer l'origine de la fuite de gaz, ni ne soit en rapport avec l'allumage du briquet. On ne saurait cependant admettre, à la lecture de l'art. C 4.1, que la prestation d'assurance est exclue dès qu'un défaut du bateau a contribué à causer le dommage. Une telle restriction, qui diminuerait considérablement la portée de l'assurance incendie, ne résulte pas du texte de la clause citée et ne peut donc pas être retenue sans violer l'<ref-law>.
2.5 A titre subsidiaire, l'intimée invoque l'art. C 4.2 des CGA, qui exclut les dommages survenus progressivement. Il apparaît cependant d'emblée, comme on l'a vu, que l'explosion qui s'est produite en l'espèce revêtait un caractère soudain, ce qui exclut ipso facto que le dommage soit survenu peu à peu.
Selon les constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>) -, la personne est montée à bord pour s'assurer qu'il n'y avait pas de squatters et elle a allumé son briquet pour s'éclairer, ignorant la présence d'une poche de gaz. Cette description des faits exclut que l'assuré ait causé intentionnellement le sinistre (<ref-law>), étant d'ailleurs observé que la personne a été sérieusement blessée dans l'explosion (<ref-law>).
Ainsi, il n'y a aucune cause d'exclusion de l'assurance et l'arrêt cantonal, qui viole les <ref-law> et 33 LCA, doit être annulé.
Il ressort des constatations cantonales que l'intimée a invoqué dans la procédure l'<ref-law>. Cette disposition prévoit que, si le preneur d'assurance ou l'ayant droit a causé le sinistre par une faute grave, l'assureur est autorisé à réduire sa prestation dans la mesure répondant au degré de la faute. La cour cantonale a retenu que le bateau était dans un état défectueux, mais, en raison de la construction juridique qu'elle a retenue à tort, elle n'a pas examiné sous l'angle des faits la question d'une éventuelle faute individuelle. Les constatations de fait étant insuffisantes sous cet angle, la cause doit être renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle rende une nouvelle décision. Elle devra dire s'il y a lieu à réduction de la prestation d'assurance pour le motif que l'assuré aurait commis une faute grave; il lui incombera ensuite de se prononcer sur la quotité du dommage, tout en tenant compte de la somme assurée.
3. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de l'intimée qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF)

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé.
2. La cause est renvoyée à la cour cantonale pour qu'elle rende une nouvelle décision.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
4. L'intimée versera au recourant une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 31 juillet 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Ramelet