A.- H._, geboren 1963, ursprünglich deutsche Staatsangehörige, erwarb an der Fakultät für Medizin der Technischen Universität München den akademischen Grad eines Doktors der Medizin und vom Bayerischen Staatsministerium des Innern die Approbation als Ärztin. Die Assoziation Schweizer Ärztegesellschaften (ASA) für Akupunktur und Chinesische Medizin verlieh ihr den Fähigkeitsausweis 'Akupunktur - Traditionelle Chinesische Medizin (ASA)'.
H._ beabsichtigte, auf den 1. Oktober 1999 in X._ zusammen mit ihrem (schweizerischen) Ehemann eine Arztpraxis zu eröffnen, und erhielt vom Gesundheits- und Sozialdepartement des Kantons Luzern - ohne Prüfung der Versorgungslage - die Bewilligung zur Berufsausübung als Ärztin (Verfügung vom 5. Mai 1999). Nach Erwerb der schweizerischen Staatsangehörigkeit ersuchte sie das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) um Bestätigung der Gleichwertigkeit ihres bundesdeutschen Befähigungsausweises mit dem eidgenössischen Diplom (Gesuch vom 5. September 1999). Auf die Anfrage des BSV, ob im Kanton eine fachlich und örtlich begrenzte Unterversorgung herrsche, teilte das Gesundheits- und Sozialdepartement des Kantons Luzern mit, dass in Kombination mit der Ausbildungsanerkennung der ASA keine örtliche Überversorgung gegeben sein dürfte (Schreiben vom 4. Oktober 1999).
Mit Verfügung vom 2. Dezember 1999 anerkannte das BSV die Gleichwertigkeit des Arztdiploms in den Bereichen Akupunktur und Chinesische Medizin für die Ausübung im Kanton Luzern. Zwar sei der bundesdeutsche Befähigungsausweis der Gesuchstellerin mit dem eidgenössischen Diplom inhaltlich gleichwertig. Da Deutschland aber nicht Gegenrecht halte, könne die Gleichwertigkeit nur im Rahmen eines Härtefalles, nämlich unter Berücksichtigung der Versorgungslage im Praxiskanton, anerkannt werden. Des Weiteren wurde darauf hingewiesen, dass sich die Verfügung lediglich auf die Anerkennung der Gleichwertigkeit des Arztdiploms bezieht und für sich genommen keine Zulassung zur Tätigkeit zu Lasten der sozialen Krankenversicherung darstelle. Als Rechtsmittel wurde die Beschwerde an das Eidgenössische Versicherungsgericht angegeben.
B.- Beschwerdeweise lässt H._ beantragen, es seien-die Verfügung vom 2. Dezember 1999 insofern aufzuheben,
als sie die Anerkennung auf die ärztliche Tätigkeit in den Bereichen Akupunktur und Chinesische Medizin beschränkt,
- die Gleichwertigkeit der in Deutschland erworbenen Approbation als Ärztin mit einem eidgenössischen Diplom festzustellen und anzuerkennen, - die Anerkennung für das gesamte Gebiet ärztlicher Tätigkeiten auch über die Bereiche Akupunktur und Chinesische Medizin hinaus zu erteilen.
Das BSV schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Zur Untermauerung seiner Begründung reicht es u.a. ein vom Institut de droit de la santé (IDS) der Universität Neuchâtel erstelltes Gutachten mit ergänzender Stellungnahme vom 8. Juli 1999 und eine vom Eidgenössischen Departement des Innern (EDI) am 20. Juli 1999 erlassene Weisung für die Behandlung der Gesuche sowie der Beschwerden betreffend die Anerkennung der Gleichwertigkeit von ausländischen Befähigungsausweisen nach Artikel 39, Artikel 41 und Artikel 43 der Verordnung vom 27. Juni 1995 über die Krankenversicherung (KVV) ein.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Das BSV nennt in der angefochtenen Verfügung vom 2. Dezember 1999 als Rechtsmittel die Beschwerde an das Eidgenössische Versicherungsgericht, weil das Eidgenössische Departement des Innern als nicht endgültig entscheidende Beschwerdeinstanz ihm eine Weisung erteilt habe, dass oder wie es verfügen solle.
Ob diese Beschwerdemöglichkeit gegeben ist, richtet sich nach den massgeblichen bundesrechtlichen Vorschriften und ist von Amtes wegen zu prüfen, auch wenn sich die Parteien dazu nicht geäussert haben (<ref-ruling> Erw. 3 Ingress, mit Hinweisen).
2.- a) Die Verfügung des BSV vom 2. Dezember 1999 unterliegt der Beschwerde (Art. 44 VwVG). Beschwerdeinstanz ist, sofern nicht der Bundesrat nach den Art. 72 ff. VwVG zuständig ist oder das Bundesrecht eine andere Instanz als Beschwerdeinstanz bezeichnet (Art. 47 Abs. 1 lit. a und b VwVG), die Aufsichtsbehörde (Art. 47 Abs. 1 lit. c VwVG). Aufsichtsbehörde über das BSV ist das EDI (Art. 37 f. in Verbindung mit Art. 47 Abs. 4 des Regierungs- und Verwaltungsorganisationsgesetzes [RVOG; SR 172. 010]).
b) Hat eine nicht endgültig entscheidende Beschwerdeinstanz im Einzelfalle eine Weisung erteilt, dass oder wie eine Vorinstanz verfügen soll, so ist die Verfügung unmittelbar an die nächsthöhere Beschwerdeinstanz weiterzuziehen (Sprungrekurs; Art. 47 Abs. 2 VwVG). Als nächsthöhere Beschwerdeinstanzen im Sinne dieser Regelung gelten auch das Bundesgericht und das Eidgenössische Versicherungsgericht (Art. 47 Abs. 3 VwVG). Auf dem Gebiet der Sozialversicherung ist das EDI eine Vorinstanz, deren Verfügungen nach Massgabe der Art. 128 in Verbindung mit Art. 97 ff. und Art. 122 ff. OG mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Eidgenössische Versicherungsgericht weitergezogen werden können (Art. 98 lit. b OG).
c) Vorliegend hat das EDI am 20. Juli 1999 die an das BSV sowie an das Bundesamt für Gesundheit (BAG) gerichtete Weisung für die Behandlung der Gesuche sowie der Beschwerden betreffend die Anerkennung der Gleichwertigkeit von ausländischen Befähigungsausweisen nach Artikel 39, Artikel 41 und Artikel 43 der Verordnung vom 27. Juni 1995 über die Krankenversicherung (KVV) erlassen. Danach sind Diplome aus einem EU-/EWR-Staat als grundsätzlich gleichwertig zu qualifizieren. Vom Gegenrechtserfordernis kann nur in denjenigen Fällen eine Ausnahme gemacht werden, in welchen vom betreffenden Kanton eine Unterversorgung - welche sowohl fachlich wie örtlich begrenzt sein muss - nachgewiesen wird. Das BSV stützt sich in der angefochtenen Verfügung auf diese Weisung.
d) Bei der Weisung des EDI vom 20. Juli 1999 handelt es sich um eine auf alle Anerkennungsverfahren anwendbare Verwaltungsweisung. Das Departement hat dem BSV aber keine Weisung erteilt, ob und wie es im konkreten Fall der Beschwerdeführerin verfügen soll. Es liegt somit keine Weisung im Einzelfall gemäss Art. 47 Abs. 2 VwVG vor, sodass die für einen Sprungrekurs vorausgesetzte Konstellation nicht gegeben ist. Die vorliegende Streitsache fällt demnach in die Zuständigkeit des EDI und ist an dieses zur Behandlung zu überweisen. Dabei wird das EDI seinerseits zu prüfen haben, gestützt auf welche Rechtsnormen welche Stelle des Bundes zur Anerkennung der Gleichwertigkeit im Einzelfall im Sinne von Art. 39 KVV zuständig ist (vgl. dazu Philippe Mastronardi, Grundbegriffe und allgemeine Grundsätze der Verwaltungsorganisation, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Bd. Organisationsrecht, Rz 13 mit Hinweisen).
3.- Gemäss dem Grundsatz, dass den Parteien aus unrichtiger Rechtsmittelbelehrung keine Nachteile erwachsen dürfen (Art. 107 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 132 OG), sind im vorliegenden Fall, obwohl das Verfahren nicht die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen betrifft und daher grundsätzlich kostenpflichtig ist (Umkehrschluss aus Art. 134 OG), keine Gerichtskosten zu erheben.
Über eine allfällige Parteientschädigung wird das EDI zu befinden haben.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird nicht eingetreten.
II.Die Akten werden im Sinne der Erwägungen dem Eidgenössischen Departement des Innern überwiesen.
III. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und es wird im vorliegenden Verfahren keine Parteientschädigung zugesprochen.
IV.Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 3000. - wird der Beschwerdeführerin zurückerstattet.
V.Dieses Urteil wird den Parteien und dem Eidgenössischen
Departement des Innern zugestellt.
Luzern, 28. März 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: