A.- Le 15 décembre 1993, B._ a déposé une plainte pénale contre A._ pour séquestration, menaces, éventuellement contrainte, voies de fait et lésions corporelles simples. Selon la plaignante, celui-ci l'aurait contrainte à deux reprises, en août 1992, à demeurer une nuit dans son appartement, à C._; il l'aurait violemment frappée à son domicile un matin du mois d'octobre 1993, lui causant un hématome important au front et des ecchymoses au niveau du cou; enfin, dans la nuit du 3 au 4 novembre 1993, il aurait menacé de la tuer et de s'en prendre à ses enfants et l'aurait giflée, puis donné des coups, cherchant à lui tordre l'index et lui occasionnant un hématome au dos de la main droite avec une entorse du deuxième doigt et des ecchymoses à la jambe droite. A l'appui de ses dires, B._ a produit trois certificats médicaux établis les 5 octobre, 6 novembre et 6 décembre 1993 par le Docteur D._, à E._ (France).
Lors de son audition en qualité de témoin devant le Juge d'instruction du district de Porrentruy en date du 28 novembre 1994, F._ a affirmé avoir été convoquée quelques jours auparavant dans le bureau de A._ qui lui aurait dicté une lettre à l'attention du juge, aux termes de laquelle elle déclarait ne jamais avoir rencontré B._ et A._ en dehors de ses fonctions, à l'exception du vernissage d'une exposition de photographies survenu le 3 décembre 1993, et qu'elle était de ce fait liée par le secret de fonction.
B.- Par jugement du 18 juin 1998, le Président du Tribunal du district de Porrentruy a libéré A._ de la prévention de menaces. Il l'a en revanche reconnu coupable de séquestration, de lésions corporelles simples et de tentative d'instigation à faux témoignage et l'a condamné à huit jours d'emprisonnement avec sursis pendant deux ans.
Statuant le 13 janvier 2000 sur appel du prévenu, la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura (ci-après, la Cour pénale) a libéré A._ de la prévention de séquestration et l'a condamné à six jours d'emprisonnement avec sursis pendant deux ans pour lésions corporelles simples et tentative d'instigation à faux témoignage. Elle l'a également condamné à verser à B._ une indemnité pour tort moral de 1'000 fr. et une somme de 13'000 fr. à titre de dépens pour les deux instances cantonales, mettant à sa charge les 4/5 des frais de première instance et d'appel, à concurrence de 7'690 fr. Elle lui a enfin alloué une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens pour sa libération partielle.
La Cour pénale s'est déclarée intimement convaincue de la réalité des déclarations de la plaignante au sujet des coups reçus, sur la base des certificats médicaux versés au dossier et du caractère particulièrement violent de A._ attesté par les différents témoignages recueillis durant la procédure. Elle a considéré que la version des faits de F._ à propos de la tentative d'instigation à faux témoignage dont elle aurait été l'objet était crédible et établie à suffisance de droit parce que les déclarations de la jeune femme étaient étayées par celles d'un témoin à décharge. De plus, l'acte judiciaire contenant la citation à comparaître de ce témoin avait été retiré par une collègue de travail qui l'avait remis au prévenu; la jeune femme s'était alors présentée au greffe du Tribunal de district pour retirer un double de la citation.
C.- Agissant le 15 mars 2000 par la voie du recours de droit public pour violation des art. 9, 29 et 32 Cst. , A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour pénale du 13 janvier 2000. Il prétend que les faits et témoignages auraient été appréciés de manière arbitraire, les juges déformant le sens des dépositions et les "amalgamant" pour les utiliser à charge. Il voit une violation de son droit d'être entendu dans le fait que nombre d'arguments avancés dans son mémoire de recours n'auraient pas été examinés.
Il reproche en outre à la Cour pénale d'avoir violé le principe de la présomption d'innocence, lorsqu'elle a considéré qu'il était l'auteur des violences subies par la plaignante, alors qu'elle avait en automne 1993 un autre amant, qui aurait pu porter les coups reprochés. Il se plaint enfin d'une application arbitraire des art. 299, 301 et 302 du Code de procédure pénale jurassien (CPP jur.) quant au calcul et à l'imputation des frais et dépens de première instance et d'appel.
La Cour pénale, le Substitut du Procureur général du canton du Jura ainsi que B._ concluent au rejet du recours, cette dernière avec suite de frais et dépens.

Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 83 et les arrêts cités). Il vérifie notamment la voie de droit ouverte dans chaque cas particulier, sans être lié par la dénomination de l'acte de recours (<ref-ruling> consid. 1 p. 317; <ref-ruling> consid. 3a p. 175 et les arrêts cités).
a) Malgré l'appellation alternative de "recours en cassation auprès du Tribunal fédéral", l'acte du 15 mars 2000 ne concerne pas une fausse application éventuelle des art. 123 al. 1 et 307 al. 1 CP en relation avec l'<ref-law> (lésions corporelles simples et tentative d'instigation à faux témoignage), mais uniquement l'établissement des faits et l'appréciation des preuves. Or, le pourvoi en nullité à la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral n'est pas ouvert pour se plaindre d'une appréciation arbitraire des preuves et des constatations de fait qui en découlent (<ref-ruling> consid. 2a p. 83 et les arrêts cités) ou pour invoquer la violation directe d'un droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 1a p. 114). Au vu des arguments soulevés, seul le recours de droit public est ouvert en l'occurrence.
b) Selon l'art. 90 al. 1 let. b OJ, le recours de droit public doit contenir l'énoncé des faits essentiels et un bref exposé démontrant quels droits constitutionnels ou quels principes juridiques ont été violés par la décision attaquée, et dans quelle mesure. Le Tribunal fédéral n'examine que les motifs soulevés de manière claire et détaillée.
Il n'entre pas en matière sur les griefs développés de manière insuffisante et sur de pures critiques appellatoires du jugement entrepris. Le recourant ne peut en particulier pas se limiter à une critique globale de l'arrêt du Tribunal cantonal, en prétendant que ce dernier est arbitraire. Il doit démontrer en quoi l'appréciation des preuves à laquelle a procédé le Tribunal cantonal est manifestement insoutenable, se trouve en contradiction grossière avec la situation de fait, lèse une règle ou un principe juridique incontestés ou heurte de façon choquante le sentiment de la justice.
Dans la mesure où le recourant invoque la maxime "in dubio pro reo" en sa qualité de règle d'appréciation des preuves, il doit également démontrer que le Tribunal cantonal a versé dans l'arbitraire en le condamnant, bien qu'il subsistât, selon une appréciation objective du résultat de l'administration des preuves, des doutes manifestement sérieux et irréductibles quant à sa culpabilité; il en va de même du grief d'arbitraire dans l'application du Code de procédure pénale jurassien et de la violation alléguée du droit d'être entendu (<ref-ruling> consid. 1b p. 495/496 et les arrêts cités).
c) Le présent recours ne remplit pour l'essentiel pas les exigences de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, même si l'on voulait les interpréter de manière moins sévère au motif qu'il est interjeté par un particulier ne disposant pas d'une formation juridique (cf. <ref-ruling> consid. 2bp. 14). D'une manière assez confuse, et comportant de nombreuses "difficultés de rédaction et de structure" pour lesquelles il s'excuse, le recourant reprend différents témoignages en tentant de démontrer leur imprécision ou en les analysant en rapport avec divers éléments du dossier pour en tirer des conclusions divergentes de celles du Tribunal cantonal.
Il se réfère à cet égard à des extraits d'un mémoire présenté devant la Cour pénale par son ancien avocat, dans le sens d'une discussion sur les faits et l'appréciation des témoignages, mais non pas de la tentative d'en démontrer l'appréciation arbitraire heurtant l'art. 9 Cst. Egalement confus, le grief de violation du droit d'être entendu consiste aussi dans la reprise des arguments développés devant la Cour pénale dans le mémoire d'appel, soit une analyse de diverses dépositions, étant précisé que le recourant reproche au Tribunal cantonal de n'avoir pas examiné les nombreux arguments plaidés dans le mémoire cité ci-dessus.
Concernant la présomption d'innocence, le recourant estime que la Cour pénale a éliminé des éléments en sa faveur pour privilégier les dépositions confortant l'accusation. Il fonde son grief tiré d'une application arbitraire des art. 299, 301 et 302 CPP jur. sur le fait que la moitié des chefs d'accusation retenus par le premier juge a donné lieu à sa libération, ce qui implique que l'intégralité des dépens d'appel ne devait pas être mise à sa charge.
Il résulte de ces observations que le recours de droit public est en très grande partie irrecevable, mais que le Tribunal fédéral examinera néanmoins les griefs qui seraient susceptibles de correspondre à une atteinte aux droits constitutionnels invoqués.
2.- Le recourant voit une violation de son droit d'être entendu dans le fait que la Cour pénale aurait omis sans raison d'examiner de nombreux arguments invoqués au coursde la procédure ou à l'appui de son mémoire de recours. Il ne dénonce pas sur ce point la violation de normes du droit cantonal, de sorte que le mérite de son grief doit être examiné sous l'angle de l'art. 29 al. 2 Cst. et de la jurisprudence rendue sous l'empire de l'art. 4 aCst. (<ref-ruling> consid. 2a p. 16 et les arrêts cités).
a) Selon cette dernière jurisprudence, une autorité cantonale de recours commet un déni de justice formel si elle omet de statuer sur une conclusion du recours dont elle est saisie alors qu'elle est compétente pour le faire (<ref-ruling> consid. 3a p. 117/118 et les arrêts cités; cf.
aussi ZBl 96/1995 p. 174 consid. 2 p. 175). En outre, le droit d'être entendu découlant de l'art. 29 al. 2 Cst. impose à l'autorité de jugement l'obligation de motiver ses décisions afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient (<ref-ruling> consid. 2c p. 372 et les arrêts cités). Pour satisfaire cette exigence, il suffit que celle-ci mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision. Elle n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (<ref-ruling> consid. 1a p. 181; <ref-ruling> consid. 2a p. 149; <ref-ruling> consid. 2c p. 14/15 et les références citées).
b) Dans le cas particulier, le recourant ne prétend pas que la motivation de l'arrêt attaqué serait insuffisante et qu'elle l'aurait empêché de comprendre les raisons ayant amené la Cour pénale à retenir sa culpabilité pour les chefs d'accusation de tentative d'instigation à faux témoignage et de lésions corporelles simples commises en automne 1993. Il discute au contraire abondamment et de manière appellatoire les faits retenus par la cour cantonale en examinant les témoignages et certificats médicaux versés à la procédure.
Puisqu'il motive son grief de violation du droit d'être entendu par une discussion sur les faits tentant de prouver que les infractions visées ne lui étaient pas imputables, le recourant reconnaît implicitement que le fondement de la décision entreprise était suffisant pour qu'il puisse la contester.
Pour le surplus, le moyen tiré de la violation du droit d'être entendu ne remplit pas les exigences de l'art. 90 al. 1 let. b OJ dans la mesure où le recourant se borne à reprendre les arguments auxquels la Cour pénale n'aurait pas répondu et se confond avec le reproche d'une appréciation arbitraire des preuves.
3.- a) L'<ref-law> jur. , applicable par analogie à la Cour pénale en vertu de l'<ref-law> jur. , prévoit que le juge ou le tribunal apprécie librement les preuves administrées au cours des débats. Le droit cantonal de procédure ne fixe donc pas la force probante des preuves, le juge ayant seulement l'obligation de motiver, dans sa décision, en quoi elles ont eu pour effet d'emporter sa conviction (cf. <ref-law> jur. ; Gérard Piquerez, Procédure pénale suisse, Zurich 2000, n. 1941 et 1944, p. 408/409).
Cette liberté d'appréciation, dans l'exercice de laquellele juge dispose d'une grande latitude (<ref-ruling> consid. 1b p. 30; <ref-ruling> consid. 3a p. 450; <ref-ruling> consid. 3 p. 371), trouve sa limite dans l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2a p. 88; <ref-ruling> consid. 2d p. 38; <ref-ruling> consid. 1b p. 30; <ref-ruling> consid. 2b p. 88 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral n'intervient que si le juge a abusé de ce pouvoir, en particulier lorsqu'il admet ou nie un fait pertinent en se mettant en contradiction évidente avec les pièces et éléments du dossier, lorsqu'il méconnaît des preuves pertinentes ou qu'il n'en tient arbitrairement pas compte, lorsque les constatations de fait sont manifestement fausses ou encore lorsque l'appréciation des preuves se révèle insoutenable (<ref-ruling> consid. 4 p. 211; <ref-ruling> consid. 2a p. 88; <ref-ruling> consid.
1b p. 30; <ref-ruling> consid. 2c p. 39, 292 consid. 3a p. 294).
b) La Cour pénale a retenu que les déclarations variables et contradictoires du recourant quant à la prise de son domicile à C._, dès le 1er octobre 1993, alors qu'il avait déménagé dans cette localité à mi-septembre 1993 ne permettaient pas d'écarter la déclaration de la plaignante selon laquelle celle-ci s'était trouvée chez lui et s'y était fait battre au début du mois d'octobre 1993. Les juges cantonaux ont ainsi admis ce fait, même si la concierge l'avait situé entre mi-octobre et fin octobre 1993, car ils ont considéré que les propres déclarations du prévenu permettaient de situer davantage au début du mois d'octobre la première altercation ayant donné lieu à des lésions corporelles simples, soit celles constatées dans le certificat médical du 5 octobre 1993 (hématome important au front et ecchymoses au niveau du cou). La Cour pénale a relevé que le recourant avait indiqué qu'il avait dormi en partie à l'Hôtel G._, à H._, et en partie chez une logeuse, à I._, ce qui n'excluait pas la possibilité d'avoir également dormi dans le studio loué à C._, où il dit avoir déménagé à mi-septembre 1993 et avoir déposé ses papiers dès le 1er octobre 1993.
De même, concernant les coups reçus par la plaignante dans la nuit du 3 au 4 novembre 1993, ayant provoqué un hématome au dos de la main droite, une entorse au deuxième doigt de celle-ci ainsi que des ecchymoses à la jambe droite, selon le certificat médical du 6 novembre 1993, les juges cantonaux se sont expliqués en détail sur la force probante de ce certificat et sur la réalité de la visite médicale effectuée ce jour-là par B._, après avoir vérifié l'emploi du temps de la plaignante et admis qu'elle avait la possibilité matérielle de se rendre chez son médecin, à E._. Les conclusions contraires que le recourant prétend tirer de l'utilisation faite par celle-ci de l'adverbe "directement", plus de deux ans après le déplacement litigieux, ne sont pas de nature à mettre en cause la validité du certificat médical ou les déclarations de la plaignante à ce sujet.
Vu ce qui précède, la Cour pénale n'a pas abusé de son large pouvoir d'appréciation des preuves en retenant pour établies les lésions corporelles simples subies par l'intimée en automne 1993, malgré l'appréciation divergente du recourant et les conclusions différentes qu'il tire des témoignages versés à la procédure. De même, le fait qu'elle ait acquitté le prévenu de l'infraction de séquestration, en raison du comportement incohérent de la plaignante et de la déposition d'un témoin indirect lié à cette dernière, ne signifie pas que les déclarations de celle-ci, étayées par des certificats médicaux, ne soient pas crédibles s'agissant des lésions corporelles simples subies en automne 1993. L'audition de plusieurs témoins, quant à la nature des relations difficiles entre les parties, donnait effectivement "un éclairage neutre à l'affaire", démontrant que dans un tel contexte, et sur la base de certificats médicaux vainement contestés, le recourant était bien l'auteur des coups portés à la plaignante. L'argumentation alternative, selon laquelle un autre amant de celle-ci aurait pu la frapper dans le courant de l'automne 1993, ne repose sur aucun fait établi et reste une pure hypothèse de la part du prévenu.
c) La Cour pénale a admis la tentative d'instigation à faux témoignage essentiellement sur la base de la déposition de la personne citée à comparaître, étayée par divers éléments matériels. Il a ainsi été démontré que l'acte judiciaire contenant la convocation avait été retiré par une collègue de travail des parties, qui l'a remis au recourant, ce dernier ayant affirmé qu'il donnerait lui-même ce document au témoin convoqué. Ce dernier s'est par ailleurs rendu au Tribunal du district de Porrentruy pour chercher un double de la convocation, qu'il n'avait pas reçue. Enfin, le jour de l'audience, le recourant s'est trouvé dans la proximité immédiate du cabinet du Juge d'instruction, alors qu'il n'était ni convoqué ni attendu à l'audience du 28 novembre 1994. Il ressort du témoignage de la personne citée à comparaître que le recourant a voulu orienter ses dépositions dans un sens déterminé contraire à la vérité, déclaration que ne contredit aucun autre élément du dossier et qui est confortée tant par les irrégularités entourant la notification de la convocation au témoin, que par l'attitude du recourant le jour de l'audience en question.
En considérant ces faits comme établis et propres à fonder la tentative d'instigation à faux témoignage, la cour cantonale n'a pas excédé son large pouvoir d'appréciation des preuves, de sorte que le moyen doit également être écarté.
4.- Le recourant se plaint également d'une violation du principe de la présomption d'innocence consacré par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 § 2 CEDH.
a) Ce principe se rapporte tant à l'appréciation des preuves qu'au fardeau de la preuve. Lorsque, comme en l'espèce, seule l'appréciation des preuves est critiquée en référence avec la présomption d'innocence, celle-ci n'a pas une portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire découlant de l'art. 9 Cst. également invoqué. La maxime "in dubio pro reo" est violée lorsque l'appréciation objective de l'ensemble des éléments de preuve laisse subsister un doute sérieux et insurmontable quant à la culpabilité de l'accusé; il ne doit pas s'agir de doutes abstraits ou théoriques, qui sont toujours possibles parce qu'une certitude absolue ne peut être exigée (<ref-ruling> consid. 2a p. 87/88; <ref-ruling> consid. 2e et 4b p. 38 et 40).
b) L'argumentation du recourant se confond à nouveau avec le grief de l'appréciation arbitraire des preuves.
Ainsi que cela a été rappelé ci-dessus, les juges cantonaux ont établi les faits permettant d'asseoir la réalisation des infractions de lésions corporelles simples consommées et de tentative d'instigation à faux témoignage, de manière non arbitraire; dans ces conditions, malgré l'appréciation divergente du recourant, la Cour pénale ne s'est pas trouvée confrontée à un doute insurmontable quant à la culpabilité du prévenu, qu'elle a déduite de l'appréciation des preuves à laquelle elle avait procédé, et qui n'était pas entachée d'arbitraire. Le grief de la violation de la présomption d'innocence doit en conséquence être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
5.- Le recourant dénonce enfin une application insoutenable des art. 299, 301 et 302 CPP jur. , tant en ce qui concerne les dépens que les frais. Il relève que sur les trois infractions faisant l'objet de la plainte de sa partie adverse, une seule a été retenue, et qu'entre la première et la seconde instance, "la moitié des préventions (...) est tombée (les deux séquestrations au demeurant)". Dans ces conditions, il était arbitraire de mettre à sa charge l'intégralité des dépens d'appel de la plaignante, et les 4/5 des frais de première instance et d'appel.
a) La jurisprudence reconnaît à l'autorité cantonale de recours un large pouvoir d'appréciation dans la fixation et la répartition des frais et dépens de la procédure cantonale (<ref-ruling> consid. 4a p. 49). Le Tribunal fédéral n'intervient que si l'autorité a interprété ou appliqué de manière arbitraire le droit cantonal applicable ou si elle a abusé de son pouvoir d'appréciation, étant précisé qu'en présence d'un tarif ou d'une règle légale fixant des minima et maxima, le juge ne doit motiver sa décision que s'il sort de ces limites ou si des éléments extraordinaires sont invoqués par la partie (<ref-ruling> consid. 2a).
b) En cas de poursuite d'office, les frais de l'Etat sont à la charge du prévenu qui succombe. Lorsque le prévenu est acquitté ou qu'il n'est pas donné d'autre suite à l'affaire, ils sont à la charge de l'Etat. La partie plaignante ou le dénonciateur peuvent cependant y être condamnés en tout ou en partie, s'ils ont agi de mauvaise foi ou avec une grande légèreté (art. 299 al. 1 et 2 CPP jur.). Le prévenu acquitté peut être condamné à tout ou partie des frais de l'Etat lorsque, par un comportement fautif, il a provoqué les soupçons qui motivaient l'action pénale; il en est de même lorsqu'il n'est pas donné suite à la procédure (<ref-law> jur.). La partie plaignante qui obtient gain de cause peut réclamer ses dépens au prévenu. La partie plaignante qui succombe supporte, en règle générale, les frais de défense du prévenu lorsque ce dernier en réclame, à moins qu'il ne paraisse inéquitable de les mettre à la charge de la partie plaignante; en l'absence de partie plaignante, l'Etat supporte les dépens du prévenu acquitté (<ref-law> jur.).
c) En première instance, le recourant a été condamné par le Président du Tribunal du district de Porrentruy pour séquestration, lésions corporelles simples et tentative d'instigation à faux témoignage, et libéré de la prévention de menaces, invoquée par la plaignante. En appel, la Cour pénale a encore libéré le prévenu du chef d'accusation de séquestration et l'a condamné pour les lésions corporelles simples, commises à deux reprises, et pour la tentative d'instigation à faux témoignage. En cela, le recourant explique que sur les trois infractions qui avaient fait l'objet de la plainte de sa partie adverse, seules les lésions corporelles simples ont été retenues, à l'issue de la procédure cantonale. Quant à la peine infligée, le premier juge avait sanctionné le recourant de huit jours d'emprisonnement avec sursis pendant deux ans, durée que la Cour pénale a ramenée à six jours d'emprisonnement, avec sursis pendant deux ans.
Dans une motivation sommaire, mais suffisante au regard de la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 2a), la cour cantonale a condamné le prévenu à supporter les 4/5 des frais judiciaires de première et de seconde instances, ainsi qu'une indemnité de dépens à la plaignante pour les deux instances. Elle lui a accordé une indemnité pour ses frais de défense, dans la mesure où il a été partiellement libéré en seconde instance. Au vu des dispositions légales rappelées ci-dessus, le prévenu condamné pouvait être astreint à payer la plus grande partie des frais de l'Etat, vu les infractions qui ont finalement été retenues contre lui et la condamnation à une peine de six jours d'emprisonnement (<ref-law> jur.). De même, il a été tenu compte de l'acquittement partiel en seconde instance, puisque la Cour pénale a alloué au recourant une indemnité de 1'000 fr. pour ses frais de défense.
La Cour pénale dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans la fixation des frais et indemnités, l'<ref-law> jur. permettant de condamner à tout ou partie des frais de l'Etat le prévenu acquitté, qui a provoqué par un comportement fautif les soupçons à la base de l'action pénale.
En considération de l'ensemble des circonstances de la cause, des condamnations confirmées, de l'acquittement partiel et de l'attitude du prévenu dans le contexte qui a entraîné l'ouverture de l'action pénale, sur plainte ou d'office, la décision de lui infliger le paiement des 4/5 des frais de première instance et d'appel échappe en l'espèceau grief d'arbitraire.
d) L'allocation de dépens à la partie plaignante est au surplus conforme au principe de l'<ref-law> jur. , les montants de 10'000 fr. en première instance et 3'000 fr.
en seconde instance pouvant se justifier au regard de la durée et de l'importance de la procédure. Selon le système et le but du Code de procédure pénale jurassien, le juge a la faculté de faire supporter au prévenu acquitté, en tout ou en partie, les conséquences pécuniaires d'un comportement fautif qui aurait provoqué l'action pénale ou en aurait compliqué le cours, qu'il s'agisse des frais, des dépens ou de l'indemnité due pour le tort matériel ou moral (arrêt non publié du 20 avril 1998 H. c. Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura, consid. 2). Dans ce sens, la décision sur les frais, et plus particulièrement sur les dépens, est soutenable, même si le recourant a pu avoir l'impression que les acquittements successifs des préventions de menaces et de séquestration auraient dû entraîner une diminution plus importante des frais et dépens misà sa charge.
6.- Le recours doit en conséquence être rejeté dans la mesure où il est recevable. Vu l'issue de la procédure, la requête d'effet suspensif est devenue sans objet. Le recourant, qui succombe, sera condamné à payer un émolument judiciaire de 3'000 fr. ainsi qu'une indemnité de 800 fr. à l'intimée B._, à titre de dépens (art. 156 al. 1 et 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Rejette le recours dans la mesure où il est recevable.
2. Met un émolument judiciaire de 3'000 fr. à la charge du recourant.
3. Dit que le recourant versera à l'intimée B._ une indemnité de 800 fr. à titre de dépens.
4. Communique le présent arrêt en copie aux parties, au Substitut du Procureur général et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
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Lausanne, le 29 mai 2000 PMN/mnv
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,