Gemeindeautonomie, Nutzungsplanung, hat sich ergeben:
A.- Die Gemeindeversammlung Bubikon beschloss am 25. März 1998 eine Revision der Nutzungsplanung. Dabei wurden unter anderem die Weiler Barenberg, Brach, Dienstbach, Gstein und Hüsli eingezont. Hiergegen erhoben die Pro Natura Schweiz und die Pro Natura Zürich am 4. Mai 1998 Rekurs an die Baurekurskommission III. Während des hängigen Rekursverfahrens erging am 11. Februar 1999 in einer anderen Streitsache ein Grundsatzbeschluss des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, wonach entgegen dem Wortlaut von § 329 Abs. 4 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG; in der Fassung vom 8. Juni 1997) der Genehmigungsentscheid der Baudirektion bzw. des Regierungsrates nicht erst in einem allfälligen Beschwerdeverfahren vor dem Verwaltungsgericht, sondern bereits im Rekursverfahren vor der Baurekurskommission einzuholen sei, weil sonst die bundesrechtliche Koordinationspflicht gemäss Art. 25a des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG, SR 700) verletzt werde (BEZ 1999 Nr. 3 = ZBl 1999, S. 491).
Die Baurekurskommission III forderte gestützt auf diese verwaltungsgerichtliche Rechtsprechung die Baudirektion auf, hinsichtlich der streitbetroffenen Festlegungen den formellen Genehmigungsentscheid einzureichen. Dieser Aufforderung widersetzte sich die Baudirektion mit Schreiben vom 22. September 1999.
Mit Entscheid vom 15. Dezember 1999 hob die Baurekurskommission den Beschluss der Gemeinde Bubikon auf, soweit damit die Weiler Barenberg, Dienstbach, Gstein und Hüsli einer Weilerkernzone zugewiesen wurden. Betreffend den Weiler Brach wurde der Rekurs abgewiesen.
Dagegen erhoben Martin und Susanne von Arx sowie die Gemeinde Bubikon Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, den Beschluss der Rekurskommission, soweit die Rekurse gutheissend, aufzuheben und den Beschluss der Gemeindeversammlung zu bestätigen.
B.- Das Verwaltungsgericht hiess mit Entscheid vom 2. März 2000 die Beschwerde von Martin und Susanne von Arx im Sinne der Erwägungen gut, hob den Entscheid der Baurekurskommission teilweise auf und wies die Sache zur Wiederaufnahme im Sinne der Erwägungen an die Baurekurskommission zurück. In den Erwägungen führte das Gericht aus, die Baurekurskommission habe entsprechend der verwaltungsgerichtlichen Rechtsprechung die Genehmigung der Baudirektion einzuholen.
Dieser Rechtsprechung sei durch Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids Nachachtung zu verschaffen.
Mit Beschluss vom gleichen Tag schrieb sodann das Verwaltungsgericht die Beschwerde der Gemeinde Bubikon im Sinne der Erwägungen als gegenstandslos ab, da der angefochtene Entscheid bereits mit dem Urteil i.S. von Arx aufgehoben worden sei.
C.- Die Politische Gemeinde Bubikon erhebt staatsrechtliche Beschwerde mit dem Antrag, die beiden Entscheide des Verwaltungsgerichts vom 2. März 2000 aufzuheben. Sie rügt eine Verletzung der Gemeindeautonomie (<ref-law> und Art. 48 KV/ZH) sowie von Art. 5, 9, 29 Abs. 1 und 46 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>.
D.- Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen. Pro Natura Schweiz verzichtet ausdrücklich auf eine Stellungnahme. Die übrigen Verfahrensbeteiligten haben sich nicht geäussert.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Politische Gemeinde Bubikon sowie Martin und Susanne von Arx hatten den Entscheid der Baurekurskommission mit gleichlautenden Anträgen beim Verwaltungsgericht angefochten.
Dieses hat die Beschwerde des Ehepaars von Arx gutgeheissen und daraufhin diejenige der Gemeinde als gegenstandslos abgeschrieben. Beiden Entscheiden liegt dieselbe Rechtsauffassung zugrunde, so dass das Verwaltungsgericht im Ergebnis beide Beschwerden gleich entschieden hat: Die Angelegenheit wurde an die Baurekurskommission zurückgewiesen, damit diese die Genehmigung der umstrittenen Planung durch die zuständige kantonale Behörde im Rekursverfahren einhole.
Die Politische Gemeinde Bubikon war in beiden verwaltungsgerichtlichen Verfahren beteiligt, und beide Entscheide haben dieselben Rechtsfolgen. Die von der Gemeinde gegen diese Entscheide erhobenen Rügen sind grundsätzlich im Rahmen einer staatsrechtlichen Beschwerde zu prüfen, soweit die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen dieses Rechtsmittels erfüllt sind (Art. 34 RPG, Art. 84 OG).
b) Nach Art. 87 Abs. 2 OG - in der seit dem 1. März 2000 geltenden Fassung (AS 2000 417) - ist, von den in Art. 87 Abs. 1 OG genannten Fällen abgesehen, die staatsrechtliche Beschwerde gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide zulässig, wenn sie einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken können. Als Zwischenentscheide im Sinne von Art. 87 Abs. 2 OG gelten jene Entscheide, die das Verfahren nicht abschliessen, sondern bloss einen Schritt auf dem Weg zum Endentscheid darstellen. Rückweisungsentscheide oberer kantonaler Instanzen an untere - wie hier die Rückweisung der Angelegenheit durch das Verwaltungsgericht an die Baurekurskommission - sind nach ständiger Rechtsprechung als Zwischenentscheide zu betrachten (<ref-ruling> E. 1a/aa S. 41; <ref-ruling> E. 1a S. 253, 396 E. 1 S. 398). Der neue Art. 87 Abs. 2 OG führt grundsätzlich nicht zu einer Änderung der bisherigen Rechtsprechung.
Mit der Neuformulierung von Art. 87 OG wurde aber insbesondere die Beschränkung auf Beschwerden wegen Verletzung von Art. 4 aBV aufgegeben (s. Botschaft des Bundesrats in BBl 1999 7937 f.).
Die vorliegende Beschwerde gegen den Rückweisungsentscheid des Verwaltungsgerichts ist somit nur zulässig, wenn der angefochtene Entscheid für die Gemeinde Bubikon einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge hat.
Dabei muss es sich um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der auch durch einen für die Beschwerdeführerin günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden könnte.
Eine blosse Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens reicht nach der Rechtsprechung für die Bejahung eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils nicht aus (<ref-ruling> E. 3c S. 328 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 184, je mit Hinweisen).
Aus den Akten des vorliegenden Verfahrens ergibt sich, dass das Nutzungsplanungsverfahren der Gemeinde Bubikon durch die unterschiedlichen Rechtsauffassungen des Verwaltungsgerichts und der Baudirektion blockiert ist. Die Baurekurskommission selbst ist nicht in der Lage, den Genehmigungsentscheid herbeizuführen, und die Baudirektion lehnt es ab, den Genehmigungsentscheid bereits im Baurekursverfahren beizubringen.
Das Verwaltungsgericht seinerseits tritt auf Beschwerden gegen Nutzungspläne, die nicht bereits im Zeitpunkt des Entscheids der Baurekurskommission genehmigt waren, nicht ein.
Diese Situation führt nicht bloss zu einer unerwünschten Verzögerung des ganzen Plangenehmigungsverfahrens, sondern es findet eine eigentliche gegenseitige Blockierung von Beschwerde- und Genehmigungsverfahren statt, welche dazu führt, dass es zu keinem Endentscheid über die Plangenehmigung kommt und die Gemeinde somit den von ihr erlassenen Nutzungsplan in allfälligen baurechtlichen Verfahren nicht anwenden darf (Art. 26 Abs. 3 RPG). Angesichts dieser Umstände ergeben sich für die Gemeinde nicht bloss faktische Nachteile, sondern es muss von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur gesprochen werden. Dass - wie das Verwaltungsgericht vorbringt - die Gemeinde allenfalls mit einer Aufsichtsbeschwerde beim Regierungsrat die Baudirektion dazu veranlassen könnte, die Genehmigung im Verfahren vor der Baurekurskommission zu erteilen, ändert daran nichts. Der nicht wieder gutzumachende Nachteil der Gemeinde entsteht bereits mit dem angefochtenen Entscheid und nicht erst bei einer allfälligen Verweigerung aufsichtsrechtlicher Massnahmen durch den Regierungsrat.
c) Eine Gemeinde ist zur staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert, wenn sie eine Verletzung ihrer verfassungsrechtlich gewährleisteten Autonomie geltend macht.
Im Zusammenhang damit kann sie mit staatsrechtlicher Beschwerde auch eine Verletzung verfassungsrechtlicher Verfahrensgarantien rügen (<ref-ruling> E. 2 S. 54; <ref-ruling> E. 1a S. 338; <ref-ruling> E. 2b S. 200; Markus Dill, Die staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung der Gemeindeautonomie, Diss. Bern 1996, S. 116 f.).
Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid als Trägerin hoheitlicher Gewalt betroffen. Siekann sich daher auf ihre Autonomie berufen. Ob ihr im betreffenden Bereich Autonomie zusteht, ist gemäss bundesgerichtlicher Praxis nicht eine Frage des Eintretens, sondern der materiellrechtlichen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1b S. 226; <ref-ruling> E. 3a, je mit Hinweisen). Auf die staatsrechtliche Beschwerde ist einzutreten.
2.- Im vorliegenden Verfahren ist die Auslegung und Anwendung von § 329 Abs. 4 PBG in Verbindung mit Art. 25a RPG umstritten. Die Gemeinde Bubikon beruft sich auf den geschützten Autonomiebereich der zürcherischen Gemeinden bei der Festlegung von Nutzungsplänen (<ref-ruling> E. 6c S. 248; <ref-ruling> E. 3b S. 282). Sie führt aus, die Baurekurskommission dürfe aufgrund des angefochtenen Entscheids erst nach durchgeführtem Plangenehmigungsverfahren entscheiden, habe aber kein Mittel, die Baudirektion oder den Regierungsrat zu veranlassen, das Genehmigungsverfahren im Rahmen des Rekursverfahrens durchzuführen. Die kommunale Rechtsetzung auf dem Gebiet der Raumplanung sei damit, sobald sie mit Rekurs angefochten werde, vollständig blockiert, was die verfassungsmässig und gesetzlich garantierten Hoheitsbefugnisse der Gemeinde verletze (<ref-law>, Art. 48 KV/ZH, §§ 45 ff. PBG).
Wie bereits vorne (E. 1b) erwähnt, bewirkt der von der Gemeinde kritisierte Entscheid des Verwaltungsgerichts zusammen mit der Weigerung der Baudirektion, das Plangenehmigungsverfahren im Rahmen des Rekursverfahrens durchzuführen, dass das Genehmigungsverfahren über den kommunalen Nutzungsplan nicht abgeschlossen wird und der Nutzungsplan damit keine Rechtsverbindlichkeit erlangen kann (Art. 26 Abs. 3 RPG). Dies trifft die Gemeinde in ihren Entscheidungsbefugnissen, wird ihr doch die Möglichkeit genommen, die von ihr erlassene Nutzungsplanung in den baurechtlichen Verfahren zur Anwendung zu bringen.
3.- a) Es ist unbestritten, dass die kantonale Plangenehmigung nach dem klaren Wortlaut und Sinn von § 329 Abs. 4 PBG erst im Verfahren vor dem Verwaltungsgericht einzuholen ist und nicht bereits im Verfahren vor der Baurekurskommission.
Das Verwaltungsgericht ist jedoch der Ansicht, diese Bestimmung widerspreche der bundesrechtlichen Koordinationspflicht (Art. 25a und Art. 33 Abs. 4 RPG) und sei insoweit nicht anwendbar.
b) Art. 25a RPG enthält Grundsätze der Koordination:
Erfordert die Errichtung oder Änderung einer Baute oder Anlage Verfügungen mehrerer Behörden, so ist eine Behörde zu bezeichnen, welche für ausreichende Koordination sorgt (Abs. 1) und namentlich verschiedene Koordinationsaufgaben hat (Abs. 2). Die Verfügungen dürfen keine Widersprüche enthalten (Abs. 3). Mit diesen Grundsätzen wollte der Gesetzgeber die bundesgerichtliche Rechtsprechung zur Koordinationspflicht ausdrücklich gesetzlich regeln (Botschaft vom 30. Mai 1994 zu einer Revision des RPG, BBl 1994 III 1075 ff., 1080, 1083 f.; Arnold Marti, Kommentar RPG, N. 5 ff. zu Art. 25a; <ref-ruling> E. 5d S. 40).
c) Gesetz und Bundesgerichtspraxis schreiben den Kantonen nicht eine ganz bestimmte Behördenorganisation und Zuständigkeitsordnung vor. Verlangt wird nur, dass die Koordination auf geeignete Weise sichergestellt wird und die bundesrechtlichen Minimalvorschriften eingehalten werden (<ref-ruling> E. 2a S. 93). Auf welche Weise das kantonale Recht dies bewerkstelligt, bleibt den Kantonen überlassen (Art. 25 Abs. 1 RPG). Die Koordination kann auf verschiedene Arten erreicht werden (<ref-ruling> E. 4a S. 399). Eine kantonale Regelung ist nicht schon dann bundesrechtswidrig, wenn eine andere Regelung ebenfalls denkbar wäre oder zweckmässiger erscheinen mag, sondern erst dann, wenn die bundesrechtlichen Minimalvorschriften verletzt werden.
d) Die bundesgerichtliche Koordinationspflicht wurde für Verfügungen (Baubewilligungen) sowie für projektbezogene Pläne, die Verfügungscharakter haben (Sondernutzungspläne), entwickelt (<ref-ruling> E. 2 S. 93 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 79 f.; <ref-ruling> E. 6 S. 213 f.). Art. 25a Abs. 4 RPG erweitert die Koordinationspflicht auf das Nutzungsplanverfahren.
Indessen ist die gleichzeitig eingefügte Pflicht, einheitliche Rechtsmittelinstanzen vorzusehen (Art. 33 Abs. 4 RPG), nach dem klaren Wortlaut des Gesetzes und dem Willen des Gesetzgebers nur auf das Verfügungsverfahren anwendbar, nicht aber auf das Nutzungsplanverfahren (soweit es nicht Verfügungscharakter hat), da sich Verfahren und Gegenstand einer Ortsplanung erheblich vom Erlass einer auf den Einzelfall ausgerichteten Verfügung unterscheiden.
Aus dem gleichen Grund werden in Art. 25a Abs. 4 RPG die Grundsätze der Abs. 1-3 für das Nutzungsplanverfahren nur für sinngemäss anwendbar erklärt (BBl 1994 III 1089; Aemisegger/Haag, Kommentar RPG, N. 79 zu Art. 33). Dem Verwaltungsgericht ist somit zwar beizupflichten, dass das Koordinationsgebot grundsätzlich auch für das Nutzungsplanverfahren gilt; doch sind dabei die Besonderheiten dieses Verfahrens zu berücksichtigen und die Grundsätze, welche für das Verfügungsverfahren gelten, nicht unbesehen auf die Nutzungsplanung zu übertragen.
e) Die Nutzungsplanung selbst ist bereits ein Koordinationsinstrument, welches die verschiedenen raumrelevanten Anliegen und Tätigkeiten aufeinander abstimmt (vgl.
BGE 123 I 175 E. 3f S. 190 f.; Arnold Marti, a.a.O., N. 42 zu Art. 25a). Bundesrechtlich vorgeschrieben ist eine zweifache Überprüfungsmöglichkeit von (kommunalen) Nutzungsplänen:
Einerseits unterliegen diese der Genehmigung durch eine kantonale Behörde (Art. 26 RPG). Andererseits müssen sie mit einem Rechtsmittel angefochten werden können (Art. 33 RPG). Genehmigung und Anfechtung haben unterschiedliche Funktionen: Die Genehmigung muss von Amtes wegen eingeholt werden. Sie ist eine gesamtheitliche Beurteilung der Planung auf ihre Übereinstimmung mit übergeordnetem Recht sowie mit der Richtplanung. Der Genehmigungsentscheid stellt jedoch nur eine vorläufige Kontrolle dar, an welche die Rechtsmittelbehörde nicht gebunden ist (EJPD/BRP, Erläuterungen zum Bundesgesetz über die Raumplanung, Bern 1981, N. 12 zu Art. 26). Ein Anfechtungsverfahren findet hingegen nur statt, wenn jemand ein Rechtsmittel ergreift. Es ist häufig punktuell: Die Beschwerdeführer können sich auf die Anfechtung bestimmter, für sie wesentlicher Punkte beschränken.
Der Verfahrensgegenstand im Rechtsmittelverfahren wird durch die Anträge der Beschwerdeführer bestimmt und ist möglicherweise eingeschränkt. Der Rechtsmittelentscheid beschränkt sich dann ebenfalls auf die angefochtenen Punkte.
Entsprechend diesen unterschiedlichen Funktionen verlangt das Bundesrecht keine Identität von Rechtsmittel- und Genehmigungsbehörde (vgl. Urteil des Bundesgerichts vom 30. September 1997, Pra 1998 Nr. 6 S. 36, E. 3a). Es ist zulässig, Genehmigungs- und Rechtsmittelverfahren zu trennen (Alexander Ruch, Kommentar RPG, Zürich 1999, N. 15 zu Art. 26). Da Art. 33 Abs. 4 RPG für das Nutzungsplanverfahren nicht gilt (E. 3d), verlangt das Bundesrecht auch nicht, dass der Genehmigungsentscheid bei derjenigen Behörde anfechtbar ist, welche die Rechtsmittel gemäss Art. 33 RPG beurteilt. Das kantonale Recht muss jedoch Verfahren zur Verfügung stellen, welche Widersprüche vermeiden (Art. 25a Abs. 3 RPG). Dabei ist freilich zu beachten, dass ein Widerspruch nicht immer schon dann vorliegt, wenn zwei Behörden ein und denselben Sachverhalt aufgrund verschiedener Rechtsnormen oder Kognition unterschiedlich beurteilen, denn es kann sein, dass ein Sachverhalt verschiedene Anforderungen kumulativ erfüllen muss. Ein Widerspruch liegt vielmehr erst dann vor, wenn die gleiche Rechtsfrage unterschiedlich beantwortet wird (BBl 1994 III 1088).
f) Das Verwaltungsgericht begründet seine Auffassung, § 329 Abs. 4 PBG sei bundesrechtswidrig, damit, dass die Koordination dann nicht sichergestellt werden könne, wenn der Entscheid der Baurekurskommission nicht beim Verwaltungsgericht angefochten werde (demgegenüber ist im Falle einer Anfechtung beim Verwaltungsgericht die Koordination gemäss § 329 Abs. 4 PBG im Verfahren vor Verwaltungsgericht sichergestellt). Es entstehe ein Widerspruch, wenn der Regierungsrat dem Planungsentscheid aus den mit dem Rekursentscheid verworfenen Gründen die Genehmigung verweigere. Ein solcher Widerspruch könnte nur mit Beschwerde gegen die Nichtgenehmigung an das Verwaltungsgericht ausgeräumt werden.
Wiese das Verwaltungsgericht diese Beschwerde ab, würde es damit im Ergebnis auch den nicht angefochtenen Zonenplanrekursentscheid aufheben, ohne dass darüber ein ordentliches Beschwerdeverfahren stattgefunden hätte. Zudem könnten sich Widersprüche ergeben, wenn die Baurekurskommission einen Rekurs gutheisse und dabei eine andere Lösung vorzeichne, welche aber dann von der Genehmigungsbehörde nicht genehmigt werde. Solche Widersprüche könnten zu einem mehrfachen Hin und Her zwischen Genehmigungs- und Rekursinstanz führen (ZBl 1999, S. 491, E. 5d).
g) Die Überlegungen des Verwaltungsgerichts mögen in bestimmten Fällen Gründe der Zweckmässigkeit für sich haben, sie lassen die zürcherische Regelung aber nicht als bundesrechtswidrig erscheinen (vorne E. 3c; Walter Haller/ Peter Karlen, Rechtsschutz im Raumplanungs- und Baurecht, Zürich 1998, S. 46 Rz. 1078). Wenn die Baurekurskommission einen Rekurs gutheisst und die kommunale Planung aufhebt, so liegt noch gar kein zu genehmigender Planungsakt vor, weshalb sich die Frage eines Widerspruchs zwischen Rekurs- und Genehmigungsbehörde nicht stellt. Dies trifft gerade für den vorliegenden Fall zu: Die Baurekurskommission hat bezüglich der vier streitigen Weiler den Beschluss der Gemeinde aufgehoben, so dass kein Beschluss vorliegt, der genehmigt werden könnte. In solchen Fällen würde die Auffassung des Verwaltungsgerichts zu einem unnötigen und sinnlosen zusätzlichen Verwaltungsaufwand führen. Aber auch im umgekehrten Fall kann die vom Zürcher Gesetzgeber getroffene Lösung nicht als bundesrechtswidrig betrachtet werden: Weist die Rekurskommission einen Rekurs ab und wird dieser Entscheid rechtskräftig, so ist die Baudirektion bzw. der Regierungsrat als Genehmigungsbehörde an den Entscheid gebunden, soweit dessen Rechtskraft reicht (Art. 56 Abs. 1 KV/ZH). Das schliesst freilich nicht aus, dass der Regierungsrat auch nach einem rekursabweisenden Entscheid der Baurekurskommission die Genehmigung noch verweigern kann: Soweit nämlich der Verfahrensgegenstand des Rekursverfahrens beschränkt war, kann sich die Verweigerung der Genehmigung aus anderen Gründen, welche nicht Gegenstand des Rekursverfahrens waren, rechtfertigen, ohne dass darin ein nach Art. 25a Abs. 3 RPG unzulässiger Widerspruch läge (E. 3e). Sollte sich der Regierungsrat als Genehmigungsbehörde hingegen in Fragen, welche Gegenstand des Rekursverfahrens bildeten, über einen rechtskräftigen Entscheid der Baurekurskommission hinwegsetzen, so wäre das unzulässig, was mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht gegen den Nichtgenehmigungsentscheid gerügt werden könnte. Allfällige Widersprüche bleiben höchstens dann bestehen, wenn Verfahrensbeteiligte auf ihnen offen stehende Rechtsmittel verzichten, was ohnehin nie ausgeschlossen werden kann. Die blosse hypothetische Möglichkeit, dass eine Behörde einen rechtswidrigen Entscheid treffen könnte, kann aber nicht zur Bundesrechtswidrigkeit der entsprechenden Zuständigkeits- oder Verfahrensvorschriften führen.
h) Zutreffend ist, dass ein mehrfaches Hin und Her zwischen verschiedenen Behörden vorkommen kann. Das ist aber auch bei der vom Verwaltungsgericht vorgeschlagenen Lösung nicht ganz vermeidbar. Es ist immer möglich, dass neue Planungen, die aufgrund von Rückweisungsentscheiden im Rekurs- oder Genehmigungsverfahren durch die Gemeinde getroffen werden, von Dritten wiederum angefochten werden, was zu erneuten Rechtsmittelverfahren führen kann. Dabei können Unklarheiten bezüglich der Tragweite von Entscheiden einzelner Instanzen nie ganz ausgeschlossen werden.
Wird beispielsweise ein Zonenplan nicht angefochten, aber vom Regierungsrat nicht genehmigt, dieser Nichtgenehmigungsentscheid von der Gemeinde erfolglos an das Verwaltungsgericht weitergezogen und anschliessend die gestützt auf den regierungsrätlichen Entscheid neu erlassene Zonenplanung von Privaten angefochten, so stellt sich im Verfahren vor der Rekurskommission wiederum die Frage nach der Tragweite des regierungsrätlichen, vom Verwaltungsgericht geschützten Entscheids. Oder es kann umgekehrt sein, dass eine erste Planung angefochten und von der Rekurskommission aufgehoben wird, und gestützt auf den Rekursentscheid (allenfalls nach dessen Weiterzug an das Verwaltungsgericht) eine neue Planung erarbeitet wird, die nicht angefochten, vom Regierungsrat aber trotzdem nicht genehmigt wird, und daraufhin ergehende erneute Planungen wiederum angefochten werden usw. Derartige Konstellationen ergeben sich daraus, dass Nutzungspläne angefochten werden können, was in jedem Fall zu mehrfachen Instanzenzügen und entsprechenden Verzögerungen führen kann. Es gibt keine Verfahrensregelungen, welche dies mit Sicherheit zu verhindern vermögen. Demzufolge ist eine Regelung nicht allein schon deshalb bundesrechtswidrig, weil sie in besonders gelagerten Fällen zu einem mehrfachen Hin und Her zwischen verschiedenen Instanzen führen kann.
i) § 329 Abs. 4 PBG ist somit nicht bundesrechtswidrig.
Indem das Verwaltungsgericht gestützt auf seine unzutreffende Beurteilung der Rechtslage die Beschwerden der Gemeinde und des Ehepaars von Arx nicht materiell beurteilte, hat es eine formelle Rechtsverweigerung begangen. Der angefochtene Entscheid ist deshalb aufzuheben. Das Verwaltungsgericht wird die bei ihm eingereichten Beschwerden der Gemeinde Bubikon und des Ehepaars von Arx materiell zu beurteilen haben und in diesem Verfahren gemäss § 329 Abs. 4 den Genehmigungsentscheid der Baudirektion bzw. des Regierungsrats einholen können.
4.- Die staatsrechtliche Beschwerde erweist sich damit als begründet. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Der Kanton Zürich hat der Beschwerdeführerin, welche als kleine Gemeinde auf den Beizug eines Anwalts angewiesen war, eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).
Den übrigen Beteiligten, welche sich im bundesgerichtlichen Verfahren nicht geäussert haben, sind weder Gerichtskosten aufzuerlegen noch Parteientschädigungen zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen, und die Entscheide VB.2000. 00054 und VB.2000. 00055 des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 2. März 2000 werden aufgehoben.
2.- Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.- Der Kanton Zürich hat die Gemeinde Bubikon für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Verwaltungsgericht,
3. Abteilung, 3. Kammer, und dem Regierungsrat des Kantons Zürich sowie den weiteren Verfahrensbeteiligten schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 22. November 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: