Sachverhalt:
A. Das Strafgericht des Kantons Zug verurteilte X._ am 4. Juli 2008 wegen mehrfachen und versuchten Diebstahls, Raubes, mehrfacher Sachbeschädigung, mehrfachen Hausfriedensbruchs sowie Vergewaltigung zu 39 Monaten Freiheitsstrafe. Es ordnete eine stationäre therapeutische Massnahme an und schob den Vollzug der Freiheitsstrafe auf.
Das Obergericht des Kantons Zug trat am 10. März 2009 auf die Berufung des Verurteilten mangels rechtsgenüglicher Begründung nicht ein. Auf Beschwerde hin hob die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts den Obergerichtsentscheid auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurück (Urteil 6B_302/2009 vom 28. September 2009).
B. Im Rahmen der Ergänzung der Berufungsbegründung vom 30. Oktober 2009 ersuchte X._ um Haftentlassung. Die Vorsitzende der Strafrechtlichen Abteilung des Obergerichts des Kantons Zug wies dieses Haftentlassungsgesuch am 10. November 2009 ab. Sie bejahte den Tatverdacht, die Fluchtgefahr sowie die Verhältnismässigkeit der Haft.
C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 11. November 2009 beim Bundesgericht Beschwerde in Strafsachen erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides und die Rückweisung der Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz. Er macht im Wesentlichen eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör geltend. Überdies ersucht der Beschwerdeführer um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Die Strafrechtliche Abteilung des Obergerichts beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft hat auf Vernehmlassung verzichtet.
Der Beschwerdeführer hält in seiner Replik an Antrag und Begründung fest.

Erwägungen:
1. Die Eintretensvoraussetzungen geben zu keinen Anmerkungen Anlass. Auf die Beschwerde in Strafsachen ist einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend. Diese erblickt er im Umstand, dass er am 30. Oktober 2009 ein Haftentlassungsgesuch gestellt und die Staatsanwaltschaft dazu am 9. November 2009 Stellung genommen hat und dass er die Stellungnahme nicht erhalten hat und damit keine Gelegenheit hatte, sich dazu zu äussern.
In der Vernehmlassung hält das Obergericht fest, dass der angefochtene Entscheid im Verfahren nach § 18ter der Zuger Strafprozessordnung und somit nicht im Verfahren nach <ref-law> ergangen sei und dass eine Frist von fünf Tagen einzuhalten war.
2.2 Der Beschwerdeführer befindet sich seit dem 27. Oktober 2008 in Sicherheitshaft. Sein Ersuchen vom 30. Oktober 2009 stellt somit ein Gesuch um Entlassung aus der strafprozessualen Haft dar.
Der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte räumte im Urteil Sanchez-Reisse gegen die Schweiz vom 21. Oktober 1986 dem Betroffenen im Haftprüfungsverfahren gestützt auf Art. 5 Ziff. 4 EMRK einen unbedingten Anspruch ein, behördliche Stellungnahmen zu erhalten und sich dazu äussern zu können (Serie A Band 107, EuGRZ 1988 S. 523, VPB 1986 Nr. 91). Das Bundesgericht hat in der Folge im Urteil <ref-ruling> festgehalten, dass der Beschuldigte Anspruch darauf hat, sich im Verfahren, in dem über sein Haftentlassungsgesuch entschieden wird, zu einer Vernehmlassung der Strafverfolgungsbehörde zu äussern, und dass dieser Anspruch unbekümmert darum bestehe, ob die Stellungnahme der Behöre neue Argumente enthalte oder nicht (<ref-ruling>). Diese Rechtsprechung ist seither bestätigt worden (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 115; Urteil 1B_6/2009 vom 4. Februar 2009). Darüber hinaus hat das Bundesgericht gestützt auf <ref-law> in allgemeiner Weise erkannt, dass Vernehmlassungen unabhängig von ihrem Inhalt den Verfahrensbeteiligten bekannt zu machen sind und die Parteien dazu müssen Stellung nehmen können (<ref-ruling>, 133 I 98 und 133 I 100).
In Anbetracht dieser Rechtsprechung ist der Beschwerdeführer in seinem Anspruch auf rechtliches Gehörs verletzt worden. Weder hat er die Vernehmlassung im Voraus erhalten, noch hatte er Gelegenheit zu einer Äusserung. Daran ändert nichts, dass die Strafprozessordnung einen Entscheid innert fünf Tagen verlangt (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 87). Diesem Erfordernis ist mit entsprechenden organisatorischen Vorkehren Rechnung zu tragen. Im Übrigen ist die Frist im vorliegenden Fall nicht eingehalten worden. Schliesslich hat der Betroffene Anspruch auf das letzte Wort, sodass eine Duplikmöglichkeit von Seiten der Staatsanwaltschaft entfällt. Unerheblich ist, ob im angefochtenen Entscheid tatsächlich auf die Stellungnahme der Staatsanwaltschaft abgestellt worden ist.
Demnach erweist sich die Beschwerde als begründet.
3. Die Beschwerde ist gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Die Sache ist dem Obergericht zu neuer Entscheidung zurückzuweisen. Eine Entlassung aus der Haft, um die nicht ersucht wird, fällt ausser Betracht.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Kanton Zug den Beschwerdeführer zu entschädigen (<ref-law>). Damit wird das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung gegenstandslos. Es sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, die Verfügung der Vorsitzenden der Strafrechtlichen Abteilung des Obergerichts des Kantons Zug vom 10. November 2009 aufgehoben und die Sache zu neuem Entscheid an das Obergericht des Kantons Zug zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zug hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'200.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Zug, Strafrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Dezember 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann