Sachverhalt:
A. Die Stiftung Y._ GmbH und Z._ (Beschwerdegegnerinnen) führten je eine Ausstellung mit Werken des amerikanischen Künstlers A._ durch. Zu diesem Zwecke schlossen sie im November 2000 bzw. Januar 2001 als "Leihnehmer" mit der X._ AG (Beschwerdeführerin) als "Leihgeber" je einen im Wesentlichen gleich lautenden Leihvertrag für die Dauer vom 8. Dezember 2000 bis zum 27. Mai 2001 über 44 Werke des Künstlers. Die Beschwerdeführerin hatte die Werke ihrerseits von den Eigentümern ausgeliehen.
A.a Im Ingress des Leihvertrages wurde festgehalten, der Leihgeber verleihe die Werke im Einverständnis mit ihren Eigentümern. Die Parteien unterstellten den Vertrag schweizerischem Recht und einigten sich auf das zuständige Gericht im Kanton Schaffhausen als ausschliesslichen Gerichtsstand. Ziff. 8 des Vertrages lautet unter dem Titel "Umfang der Haftung" wie folgt:
"Die Leihnehmer haften für jede Beeinträchtigung der Werke einschliesslich ihrer Bestandteile ab Beginn der ersten für den Versand notwendigen Handlung bis zur letzten zur Rückführung an den Lager- oder Installationsort notwendigen Handlung, von Nagel zu Nagel (nail to nail). Die Leihnehmer stehen für diese Zeit für sämtliche Beeinträchtigungen der Werke ein, selbst solche, die nicht von ihnen verschuldet oder von Dritten verursacht wurden, wie zum Beispiel Vandalismus, Transportschäden oder höhere Gewalt.
Die Leihnehmer haften im gleichen Umfang auch für Beeinträchtigungen der Werke, die während der Leihdauer entstanden sind, aber erst nach der Rückgabe festgestellt werden.
Bei der Bemessung der Werke ist vom in Annex 1 festgestellten Wert auszugehen.
Die Leihnehmer haften solidarisch."
A.b Unter dem Titel "Versicherung (all risk's, von Nagel zu Nagel)" verpflichteten sich sodann die Entlehner, die Werke auf ihre Kosten für die gesamte Leihdauer inklusive aller Transporte "von Nagel zu Nagel", gegebenenfalls "pairs and sets" gegen alle Gefahren und sämtliche Schäden zu versichern (Ziff. 9 des Vertrages). Deren Absatz 4 trägt folgenden Wortlaut:
"Versicherter und Anspruchsberechtigter ist der Leihgeber. Dieser hat das Recht, die diesbezüglichen Ansprüche an die Eigentümer der Werke abzutreten."
B. Nachdem die Friedensrichterin die Weisung ans Kantonsgericht Schaffhausen ausgestellt hatte, verlangte die Beschwerdeführerin in ihrer Klageschrift vom 20. Oktober 2003 von den Beschwerdegegnerinnen im Rahmen einer Teilklage unter solidarischer Haftung Fr. 1'300'000.-- nebst Zins, weil 17 Werke bei der Rückkehr beschädigt gewesen seien. Auf gerichtliche Aufforderung hin reichte die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 10. November 2004 verschiedene Abtretungserklärungen der Eigentümer der in Frage stehenden Kunstwerke ein. Am 17. März 2009 wies das Kantonsgericht die Klage ab, auferlegte die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin und verpflichtete diese, die Beschwerdegegnerinnen mit Fr. 60'000.-- zu entschädigen. Beide Parteien haben dieses Urteil angefochten, die Beschwerdeführerin mit Berufung, die Beschwerdegegnerinnen mit Rekurs gegen die Höhe der Parteientschädigung. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen hat am 16. Dezember 2011 die Berufung und die Klage abgewiesen, den Rekurs jedoch teilweise gutgeheissen und die Beschwerdeführerin verpflichtet, die Beschwerdegegnerinnen für das erstinstanzliche Verfahren mit Fr. 100'000.-- zu entschädigen.
C. Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht gegen das die Klage abweisende Urteil eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht. Sie wiederholt im Wesentlichen ihr erstinstanzliches Klagebegehren und beantragt eventuell die Rückweisung der Sache an das Obergericht zu neuer Beurteilung. Ihr Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wies das Bundesgericht am 5. März 2012 ab. Die Beschwerdegegnerinnen schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und auf Bestätigung des angefochtenen Urteils. Das Obergericht hält in seiner Vernehmlassung am angefochtenen Urteil fest. Obwohl kein zweiter Schriftenwechsel angeordnet wurde, haben die Parteien eine Replik und eine Duplik eingereicht.
Das Bundesgericht hat die Angelegenheit an einer Sitzung beraten.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde ist in der dafür vorgesehenen Frist zu begründen (<ref-law>). Die Vorbringen in der Replik und Duplik sind nur zu beachten, soweit erst die Beschwerdeantwort beziehungsweise die Replik dazu Anlass gegeben haben.
2. Die Beschwerdeführerin beansprucht zum einen Ersatz des beschädigungsbedingten Minderwerts von vier Werken des Künstlers A._ im Gesamtbetrag von USD 850'000.--, entsprechend Fr. 1'520'694.--, zum andern Ersatz der Kosten von Fr. 143'931.30, die ihr im Zusammenhang mit der Behebung von 15 Beschädigungen an den ausgeliehenen Kunstwerken entstanden sein sollen. Von der Summe dieser beiden Positionen im Betrag von Fr. 1'664'625.30 hat die Beschwerdeführerin Fr. 1'300'000.-- als Teilklage hängig gemacht. Vor Bundesgericht halten die Beschwerdegegnerinnen daran fest, die Klage hätte wegen fehlender Bezeichnung und Bezifferung der mit der Teilklage geltend gemachten Positionen mangels hinreichender Substanziierung abgewiesen werden müssen. Wie weit ein Sachverhalt zu substanziieren ist, damit er unter die Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden kann, bestimmt das Bundesrecht (<ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3.3 S. 162 mit Hinweisen). Nach dem materiellen Bundesrecht ist der Gläubiger aber berechtigt, eine Teilzahlung einzufordern. Das materielle Bundesrecht verlangt nicht, dass er dabei angibt, worauf die von ihm geforderte Teilzahlung angerechnet wird. Daher genügt im Prozess, wenn er hinreichend substanziiert behauptet, es bestehe eine die eingeklagte Summe übersteigende Forderung (Urteil des Bundesgerichts 4A_194/2012 vom 20. Juli 2012 E. 1.4).
3. Mit Bezug auf den Minderwert der vier beschädigten Werke kam die Vorinstanz zum Ergebnis, ein allfälliger Schaden sei zwar den Eigentümern, nicht aber der Beschwerdeführerin entstanden. Diese könne ihn grundsätzlich nicht selbst gegenüber den Beschwerdegegnerinnen geltend machen.
3.1 Die Vorinstanz ging davon aus, die Parteien hätten in Ziff. 8 ihrer Vereinbarung eine umfassende, verschuldensunabhängige Haftung der Beschwerdegegnerinnen für jegliche Beeinträchtigung der ausgeliehenen Werke statuiert. Trotz dieser aufgrund der Vertragsfreiheit (<ref-law>) zulässigen Haftungserweiterung handle es sich grundsätzlich um eine Haftung im Sinne von <ref-law> für eine - gegebenenfalls unverschuldete - Vertragsverletzung, nämlich die nicht gehörige Erfüllung der Pflicht, die ausgeliehenen Werke nach Ablauf der Leihdauer unbeschädigt zurückzugeben. Es sei keine eigenständige, ausserhalb der Leistungsstörungen gemäss <ref-law> liegende Ersatzpflicht vereinbart worden, die der Beschwerdeführerin ungeachtet der weiteren Anspruchsvoraussetzungen einen persönlichen Anspruch verleihen würde. Mit der Vereinbarung einer verschuldensunabhängigen Haftung für sämtliche Risiken werde nicht ohne weiteres auch der Kreis der Anspruchsberechtigten erweitert.
3.2 Die Vorinstanz erkannte, Haftung bedeute grundsätzlich Einstehenmüssen für einen Schaden. Anspruchsberechtigt sei nach dem allgemeinem Grundsatz derjenige, bei dem bzw. in dessen Vermögen sich der Schaden niedergeschlagen habe. Der behauptete Minderwert treffe aber nicht das Vermögen der Beschwerdeführerin, sondern allenfalls jenes der Eigentümer der Werke. Die Beschwerdeführerin habe in der massgeblichen Behauptungsphase nie erklärt, sie werde von den Eigentümern für die Beschädigungen der Werke belangt. Ein Schaden im Rechtssinne sei nicht bereits mit der Möglichkeit, belangt zu werden, gegeben, sondern erst, wenn mit hinreichender Gewissheit feststehe, ob und gegebenenfalls in welchem Umfang die Beschwerdeführerin ihrerseits gegenüber den Eigentümern entschädigungspflichtig und damit persönlich geschädigt werde. Über Bestand und Umfang der Ersatzpflicht der Beschwerdeführerin fehle es indessen an substanziierten Behauptungen. Es mangle an Angaben zur konkreten Ausgestaltung des Leihverhältnisses zwischen den Eigentümern und der Beschwerdeführerin und zur dabei geltenden Haftungsregelung. Namentlich habe die Beschwerdeführerin nicht behauptet, geschweige denn dargetan, dass sie selbst wie die Beschwerdegegnerinnen verschuldensunabhängig hafte. Dass die Eigentümer gegenüber der Beschwerdeführerin bisher allenfalls nicht ausdrücklich auf Schadenersatz verzichtet haben, sei nicht erheblich. Entscheidend sei einzig, dass sie bis heute keinen Schadenersatz geltend gemacht hätten.
3.3 Die Vorinstanz kam zum Schluss, die Parteien hätten nicht speziell geregelt, wem gegenüber die Beschwerdegegnerinnen hafteten. Sie hätten namentlich nicht vereinbart, die Beschwerdeführerin könne alle Haftungsansprüche im Zusammenhang mit der Beeinträchtigung der Werke in eigenem Namen geltend machen und sei auch für ausschliesslich den Eigentümern entstandenen Schaden anspruchsberechtigt. Aus dem Umstand, dass die Versicherungsklausel (Ziff. 9 der Leihverträge) ausdrücklich die Beschwerdeführerin als anspruchsberechtigte Versicherte bezeichne, sei zu schliessen, dass in Ziff. 8 für den Direktanspruch bewusst auf eine Spezialregelung verzichtet worden sei. Demnach kämen diesbezüglich die allgemeinen Regeln des Haftpflichtrechts zur Anwendung, wonach die Beschwerdeführerin grundsätzlich nur Ersatz für eigenen, nicht aber für allenfalls bei den Eigentümern eingetretenen Schaden fordern könne.
4. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, die Grundsätze über die Vertragsauslegung verletzt zu haben. Die Vorinstanz habe ohne nähere Erläuterung Art. 8 des Leihvertrages um das darin nicht enthaltene Erfordernis eines Schadens der Beschwerdeführerin erweitert. Die Anspruchsberechtigung der Beschwerdeführerin lasse sich auch nicht mit dem Argument in Frage stellen, Ziff. 8 sage nicht ausdrücklich, dass die Beschwerdegegnerinnen der Beschwerdeführerin gegenüber haften. Dies sei nicht nötig, da Ziff. 8 Teil eines unter den Parteien abgeschlossenen Vertrages bilde und die darin statuierten Rechte und Pflichten vermutungsweise den Vertragsparteien zustünden, nicht irgendwelchen unbekannten Dritten. Im Ingress werde klargestellt, dass der Schutz vor Beschädigungen der Kunstwerke ein wichtiges Anliegen der Beschwerdeführerin (nicht etwa nur der Eigentümer) sei. Diese - nicht die Eigentümer - sei denn auch gemäss Ziff. 9 des Vertrages aus der von den Beschwerdegegnerinnen abzuschliessenden Sachversicherung anspruchsberechtigt. Weil die Beschwerdegegnerinnen gemäss Ziff. 9 die in Ziff. 8 übernommene Haftung versichern mussten, sei klar, dass auch die Haftpflicht gemäss Ziff. 8 des Vertrages gegenüber der Beschwerdeführerin bestanden habe. Indem die Vorinstanz trotz klarem Wortlaut und Systematik und ohne nähere Abklärung von einem bewussten Verzicht der Beschwerdeführerin auf einen Direktanspruch ausgegangen sei, habe sie die bundesrechtlichen Auslegungsgrundsätze bzw. das Recht der Beschwerdeführerin auf Beweis missachtet.
4.1 Entgegen der Annahme der Vorinstanz stelle Ziff. 8 nicht bloss eine "Ausweitung der Haftung von <ref-law>" dar, sondern die Parteien hätten damit eine über die dispositive gesetzliche weit hinaus reichende Regelung getroffen und nicht bloss entsprechend der dispositiven Norm von <ref-law> festgelegt, ob und in welchem Umfang im Falle einer Vertragsverletzung Schadenersatz geleistet werden müsse. Die Beschwerdegegnerinnen hätten in Ziff. 8 das Risiko von Beeinträchtigungen der Werke ungeachtet jeglicher Pflichtverletzung übernommen, nicht lediglich eine Haftung für Vertragsverletzung. Ziff. 8 der Leihverträge knüpfe in keiner Form an eine "nicht gehörige Erfüllung der Pflicht zur unbeschädigten Rückgabe der Werke" an. Der Wortlaut der Klausel mache klar, dass die Beschwerdegegnerinnen das Risiko von Beeinträchtigungen der Werke unabhängig davon übernommen hätten, ob diese auf Pflichtverletzungen zurückzuführen seien oder nicht.
4.2 Im Übrigen hätten die Beschwerdegegnerinnen die Versicherung mit der Beschwerdeführerin als Begünstigte ungeachtet der Frage, ob diese durch die Beeinträchtigung der Werke selbst einen Schaden erlitten hat, gar nicht abschliessen können, wenn sie nicht riskieren würden, der Leihgeberin gegenüber ersatzpflichtig zu werden, denn nach allgemeinen Grundsätzen des Versicherungsrechts könne man nur Risiken versichern, die einen treffen. Ziff. 9 bekräftige demnach, dass es in Ziff. 8 um ein losgelöst von Vertragsverletzungen übernommenes Risiko von Sachschäden gehe. Das Obergericht interpretiere eine Haftungsbedingung, die Entstehung eines eigenen Schadens aus der Beeinträchtigung der Werke, in den Vertrag hinein, die darin keine Stütze finde, und hebe damit den Zweck der genannten Vertragsbestimmungen aus den Angeln. Da die Beschwerdeführerin nicht Eigentümerin der Werke sei, könne der Sachschaden als solcher nicht ihr entstehen.
4.3 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Parteien hätten in Ziff. 8 der Vereinbarung der Beschwerdeführerin einen vom Eigentum völlig unabhängigen Anspruch auf Ersatz des an den Werken entstandenen Sachschadens eingeräumt. Dies mache insofern Sinn, weil die Eigentümer (wie in der Kunstbranche üblich) nicht nur die Verleihung, sondern auch die Schadensabwicklung an die Beschwerdeführerin hätten delegiert haben wollten. Ohne einen von den Eigentümern völlig unabhängigen Anspruch der Beschwerdeführerin hätte die Identität derjenigen Eigentümer, die anonym bleiben wollten, bei der Schadensabwicklung nicht vertraulich gehalten werden können. Die Gefahr einer Bereicherung der Beschwerdeführerin bestehe entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerinnen nicht, da die Beschwerdeführerin den Eigentümern gegenüber für den Schaden einstehen müsse, so dass eine Bereicherung schon im Ansatz nicht bestehe. Und selbst wenn es dazu käme, dass einer der Eigentümer später von der Beschwerdeführerin keinen oder nicht den vollen Schadenersatz beanspruchen würde, sei eine entsprechende Bevorzugung durch die Beschwerdeführerin geschaffen und daher gerechtfertigt.
5. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe keine Beweise zum tatsächlich übereinstimmenden Parteiwillen bezüglich Ziff. 8 der Vereinbarung abgenommen. Sie rügt eine Verletzung ihres Rechtes auf Beweis. Aus dem angefochtenen Entscheid ergibt sich aber nicht (<ref-law>), und die Beschwerdeführerin zeigt auch nicht rechtsgenüglich im Einzelnen auf (Art. 97 Abs. 1 und 105 Abs. 2 BGG), welche prozesskonform angebotenen Beweismittel zu welchen Behauptungen die Vorinstanz diesbezüglich nicht abgenommen hat. Die Rüge der Verletzung des Rechts auf Beweis lässt sich so nicht begründen (vgl. <ref-ruling> E. 7.1 S. 299).
5.1 Vertragsbezogene Willenserklärungen sind - wenn kein übereinstimmender tatsächlicher Parteiwille festgestellt werden kann - nach dem Vertrauensgrundsatz so auszulegen, wie sie vom Empfänger nach Treu und Glauben verstanden werden durften und mussten. Dies beurteilt sich nicht nur nach ihrem Wortlaut und dem gesamten Zusammenhang, in dem sie stehen, sondern auch nach den Umständen, die ihnen vorausgegangen und unter denen sie abgegeben worden sind (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen). Dabei hat das Gericht zu berücksichtigen, was sachgerecht ist, weil nicht anzunehmen ist, dass die Parteien eine unangemessene Lösung gewollt haben (<ref-ruling> E. 3a S. 424; <ref-ruling> E. 6c S. 621). Zu welchem Ergebnis eine solche Auslegung führt, ist eine Frage der Rechtsanwendung, über welche das Bundesgericht frei entscheidet. Grundsätzlich gebunden ist es aber an die Feststellungen des kantonalen Gerichts über die Umstände des Vertragsschlusses und das Wissen der Vertragsparteien (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67 mit Hinweisen).
5.2 Gemäss Vertrag ist das "vordringliche Anliegen des Leihgebers, dass die Kunstwerke aufgrund der Leihe keinen Schaden erleiden". Könnte die Beschwerdeführerin unabhängig davon, ob ihr gegenüber Ansprüche der Eigentümer bestehen, Ersatz des behauptetermassen an den Bildern entstandenen Sachschadens verlangen, würde sich, soweit gegenüber den Eigentümern keine Ersatzpflicht besteht, eine Beschädigung zum Vorteil der Beschwerdeführerin auswirken. Dass diese aus dem Schaden der Eigentümer Profit ziehen kann, erscheint wirtschaftlich nicht sinnvoll, weshalb die Vereinbarung nach Treu und Glauben nicht dahin gehend verstanden werden kann. Die Beschwerdeführerin selbst stellt denn auch die Möglichkeit einer ungerechtfertigten Bereicherung in Abrede und verweist auf ihre eigene Schadenersatzpflicht gegenüber den Eigentümern. Soweit diese aktuell wird, steht der Beschwerdeführerin aber auch nach Auffassung der Vorinstanz eine Forderung gegen die Beschwerdegegnerinnen zu. Entsprechendes hat die Beschwerdeführerin aber nicht substanziiert behauptet, sondern vielmehr angeführt, sie sei bisher von den Eigentümern nicht gerichtlich in Anspruch genommen worden. Die geschäftlichen Verhältnisse zwischen ihr und den Eigentümern hat sie nicht im Einzelnen offen gelegt.
5.3 Auch eine Delegation der Schadensabwicklung zur Wahrung der Anonymität der Eigentümer würde nach Treu und Glauben die Pflicht nach sich ziehen, das Erhaltene an die geschädigten Eigentümer weiterzugeben. In diese Richtung könnte zwar die bezüglich der Versicherung getroffene Regelung mit der Möglichkeit, die der Beschwerdeführerin zustehenden Ansprüche an die Eigentümer abzutreten, gedeutet werden. Die Beschwerdeführerin selbst versteht die Vereinbarung aber offensichtlich nicht in dem Sinne, dass sie verpflichtet wäre, die von den Beschwerdegegnerinnen erhaltenen Beträge an die Eigentümer weiterzuleiten. Denn diesfalls würde sich die Frage, ob der Eigentümer später von der Beschwerdeführerin keinen oder nicht den vollen Schadenersatz beanspruchen wird, nicht stellen. Damit die Beschwerdeführerin aus dem behaupteten Anonymitätsbedürfnis etwas ableiten könnte, müsste sich zudem aus der Vereinbarung hinreichend deutlich ergeben, dass dieses nicht nur gegenüber der Öffentlichkeit, sondern auch gegenüber den Beschwerdegegnerinnen in einem allfälligen Prozess besteht. Dies ist nicht der Fall.
5.4 Gestützt auf die getroffene Vereinbarung kann die Beschwerdeführerin ohne eigenen Schaden keinen Ersatz fordern. Im Ergebnis ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz der Beschwerdeführerin nur eine Forderung gegenüber den Beschwerdegegnerinnen zuerkennt, soweit Ansprüche der Eigentümer gegen die Beschwerdeführerin bestehen. Auf die von der Beschwerdeführerin und der Vorinstanz diskutierte Frage, ob allfällige Ansprüche der Eigentümer bereits mit deren Entstehung oder erst mit deren Geltendmachung oder Konkretisierung einen Schaden im Vermögen der Beschwerdeführerin darstellen, braucht nicht eingegangen zu werden, da die Beschwerdeführerin im Behauptungsverfahren ihr Vertragsverhältnis zu den Eigentümern nicht offen gelegt hat. Die Behauptung, dass die Beschwerdeführerin die Werke von den Eigentümern ausgeliehen und diesen gegenüber nun für den Schaden einzustehen habe, genügt nicht, um die Ansprüche der Eigentümer gegen die Beschwerdeführerin zu beurteilen.
5.5 Aus den Abtretungserklärungen kann die Beschwerdeführerin, nichts zu ihren Gunsten ableiten. Die Eigentümer sind nach dem klaren Wortlaut nicht Vertragspartei des zwischen den Prozessparteien geschlossenen Vertrages. In diesem werden ihnen auch keine Ansprüche zuerkannt, die sie im eigenen Namen gegenüber den Beschwerdegegnerinnen geltend machen und an die Beschwerdeführerin abtreten könnten. Mit der Abtretung können daher nur allfällige ausservertragliche Ansprüche übergegangen sein. Die Beschwerdeführerin hat aber aus der Vereinbarung fliessende Ansprüche geltend gemacht. Für ausservertragliche Ansprüche der Eigentümer gegenüber den Beschwerdegegnerinnen würde die vereinbarte Pauschalierung nicht gelten. Derartige Ansprüche wären überdies nach den Ausführungen der Beschwerdeführerin selbst ohnehin verjährt.
6. Was die Ersatzforderung für die Kosten der Behebung von 15 Beschädigungen im Gesamtbetrag von Fr. 143'931.30 anbelangt, prüfte die Vorinstanz, ob die Beschwerdeführerin nach detaillierter Bestreitung der Rechnungspositionen in der Klageantwort in ihrer Replik die geltend gemachten Positionen hinreichend substanziiert hat. Die Vorinstanz kam in eingehender Würdigung der Vorbringen der Parteien zu jedem Schadensposten zum Ergebnis, hinreichend substanziiert seien insgesamt Kosten von Fr. 29'186.95 (Fr. 19'855.-- für Techniker sowie Fr. 9'331.95 für Restauratorin und Drittgutachten). Der Betrag könnte ihr aber, selbst wenn der Beschwerdeführerin der Beweis dafür gelingen würde, nicht zugesprochen werden, weil die Beschwerdegegnerinnen dem Ersatzanspruch der Beschwerdeführerin einen von ihnen für die Restaurierung und Besichtigung der beschädigten Bilder bereits bezahlten Betrag von Fr. 30'866.15 zur Verrechnung gegenübergestellt hätten und die Beschwerdeführerin diese Verrechnungsposition bzw. den ihr zugrunde liegenden Sachverhalt anerkannt habe. Ein allfälliger Ersatzanspruch wäre somit getilgt.
6.1 Die Beschwerdeführerin kritisiert vor Bundesgericht den Vorwurf der ungenügenden Substanziierung als falsch bzw. bundesrechtswidrig. Sie verweist im Wesentlichen auf einzelne Stellen in ihrer Rechtsschrift und behauptet, dort entgegen der Auffassung der Vorinstanz hinreichend substanziierte Behauptungen aufgestellt zu haben. Damit verkennt sie die Begründungsanforderungen an eine Beschwerde in Zivilsachen.
6.1.1 Nach <ref-law> ist in der Begründung der Anträge in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Blosse Verweise auf die Akten sind unbeachtlich. Inwiefern das angefochtene Urteil Recht verletzt, ist in der Rechtsschrift selbst darzulegen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399 f. mit Hinweisen). In der Beschwerdeschrift selbst ist auf die Argumentation der angefochtenen Urteile einzugehen. Insoweit genügt es nicht, auf im kantonalen Verfahren vorgebrachte Beanstandungen zu verweisen (Urteil des Bundesgerichts 4A_709/2011 vom 31. Mai 2012 E. 1.1).
6.1.2 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Wiedergabe der Vorbringen im kantonalen Verfahren ist daher nur notwendig, soweit sich diese nicht bereits aus dem angefochtenen Entscheid ergeben. Es genügt, in der Beschwerdeschrift mit Aktenhinweis kurz zusammenzufassen, was im kantonalen Verfahren vorgebracht wurde, und aufzuzeigen, dass das Vorbringen prozesskonform erfolgte. Als eigentliche Begründung der Rüge ist sodann anzugeben, weshalb der angefochtene Entscheid angesichts des Vorbringens Recht verletzt (zit. Urteil 4A_709/2011 E. 1.2).
6.1.3 Die Begründungsanforderungen nach <ref-law> sollen zu einer effizienten Justiz beitragen (BBl 2001 4294 Ziff. 4.1.2.4 zu Art. 39 E-BGG). Daher genügt es nicht, in der Beschwerde an das Bundesgericht auf Teile der Klageschrift oder weiterer Eingaben zu verweisen (oder diese in die Beschwerdeschrift zu kopieren) und zu behaupten, darin werde der geltend gemachte Anspruch entgegen der Auffassung der Vorinstanz hinreichend substanziiert. In der Beschwerde ist vielmehr aufzuzeigen, inwiefern Substanziierungsanforderungen gestellt werden, die zur Subsumierung des Sachverhalts unter die Bestimmungen des materiellen Rechts und mit Blick auf die Bestreitung der Prozessgegnerin zur Durchführung des Beweisverfahrens (<ref-ruling> E. 3 S. 341 f.; <ref-ruling> E. 3.3 S. 162 mit Hinweisen) nicht notwendig sind (zit. Urteil 4A_709/2011 E. 1.4).
6.2 Vor diesem Hintergrund erweist sich die Beschwerdebegründung über weite Strecken als ungenügend. Was die Beschwerdeführerin ausführt, läuft weitgehend auf die blosse Behauptung hinreichender Begründung hinaus, etwa soweit sie angibt, sie habe "in den Ziffern 67 und 68 jede dieser Bestreitungen im Detail widerlegt, im ersten Lemma von Ziffer 67, im zweiten Lemma von Ziff. 68 und im zweiten Lemma von Ziffer 69 auch die die Expertenkosten betreffenden Anfeindungen". In gleicher Weise führt sie mit Bezug auf die für Sekretariats- und Assistenzarbeiten geltend gemachten Kosten von Fr. 11'494.50 bzw. jene für technische Arbeiten von Fr. 570.-- unter Hinweis auf ihre Rechtsschrift an, es stimme schlicht nicht, dass kein Beweisverfahren hätte durchgeführt werden können. Auch hinsichtlich der für technische Arbeiten vom Februar bis August 2001 und September bis Dezember 2001 verlangten Kosten für technische Arbeiten verfährt die Beschwerdeführerin gleich, indem sie den Verfahrensablauf schildert und behauptet, was sie vorgetragen habe, genüge für eine hinreichende Substanziierung. Soweit sie dem Vorwurf ungenügender Behauptung mit dem Hinweis begegnet, bei entsprechender Beweisauflage hätte der Techniker "als Zeuge seine damaligen Arbeiten erklären, namentlich klarmachen können, warum die damaligen Reinigungsarbeiten notwendig waren bzw. was am Tag der Besichtigung noch vorbereitet werden musste", verkennt die Beschwerdeführerin, dass die Vorinstanz Bundesrecht nicht verletzt, wenn sie entsprechende Vorbringen bereits im Behauptungsverfahren verlangt, die es im Beweisverfahren zu erhärten gilt (<ref-ruling> E. 3 S. 341 f.). Dass die Beschwerdeführerin die behauptetermassen geleisteten Arbeiten entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht lediglich pauschal geltend gemacht hat, zeigt sie nicht rechtsgenügend auf, ebenso wenig, dass sie den Umfang der über die pauschal abgegoltenen hinaus notwendigen Arbeiten klar dargestellt hätte. Der blosse Verweis auf die Rechtsschriften reicht dazu nicht aus. Dasselbe gilt für die nach Abschluss der Restaurierung notwendigen Arbeiten. Inwiefern die Vorinstanz zu Unrecht angenommen haben soll, die in Rechnung gestellten Arbeiten der Mitarbeitenden der Beschwerdeführerin seien nur im Umfang von 209 Technikerstunden im Gesamtbetrag von Fr. 19'855.-- hinreichend substanziiert, geht aus der Beschwerde nicht hervor.
6.3 Die für eine Reise ihres Verwaltungsratspräsidenten nach New York zur Besichtigung eines dort behandelten Werks eingeklagten Kosten (Fr. 10'742.--, Fr. 2'000.-- und Fr. 4'140.--) erachtete die Vorinstanz aufgrund des eigenen Verhaltens der Beschwerdeführerin für unbegründet, die Notwendigkeit des betreffenden Aufwandes als nicht dargetan. Mit der auf das eigene Verhalten der Beschwerdeführerin abstellenden Argumentation der Vorinstanz setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander. Damit gelingt es ihr nicht, eine Rechtsverletzung aufzuzeigen (<ref-law>).
6.4 Zu den Kosten für die Räumlichkeiten, in denen die Werke restauriert wurden ("Raumkosten"), erwog die Vorinstanz, der geforderte Ersatz für die der Sammlung B._ geschuldeten Kosten beruhe auf einer Art Doppelvertretung, sei doch die Beschwerdeführerin über die Person ihres Verwaltungsratspräsidenten B._ eng mit der Sammlung B._ verflochten. In dieser Situation hätte sie klar dartun müssen, dass es sich tatsächlich um fremde Räumlichkeiten gehandelt habe, für die sie zur Entrichtung einer Entschädigung im geltend gemachten Umfang verpflichtet gewesen sei. Sie habe aber weder konkretisiert, um welche Räumlichkeiten es sich gehandelt habe, noch wie die Sammlung B._ rechtlich organisiert gewesen sei und auf welcher vertraglichen Grundlage die Beschwerdeführerin entschädigungspflichtig geworden sei, weshalb es an einer Grundlage für ein Beweisverfahren fehle. Mit ihrer gegenteiligen Behauptung unter Hinweis auf Aktenstellen verfehlt die Beschwerdeführerin auch in diesem Punkte die Begründungsanforderungen.
6.5 Zur Ersatzforderung für vorprozessuale Anwaltskosten stellte die Vorinstanz fest, die Beschwerdeführerin habe nicht dargelegt, welche anwaltlichen Tätigkeiten wann und wofür erfolgt seien. Dass dies nicht zutrifft, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Mit der Behauptung, sie habe jede der Bestreitungen der Gegenpartei im Detail widerlegt, ist gegen die Feststellung der Vorinstanz nicht aufzukommen.
6.6 Schliesslich stellt die Beschwerdeführerin nicht in Abrede, dass sie es unterlassen hat, die Kosten für Abdeck-, Befestigungs- und Restaurationsmaterialien sowie für Telefon, Porto, Fax etc. konkreten an bestimmten Daten erfolgten Verrichtungen zuzuordnen. Wenn sie ihre diesbezügliche Behauptung hinreichender Substanziierung damit begründet, sie hätte Einkaufsbelege und Auszüge aus der Buchhaltung zum Beweis beibringen können, verkennt sie, dass mit dem Nachweis des betreffenden Aufwandes für die Frage, wofür dieser getätigt wurde, nichts gewonnen ist.
7. Damit ist der angefochtene Entscheid weder mit Blick auf die im Zusammenhang mit der Behebung der Beschädigungen entstandenen Kosten noch in Bezug auf den geltend gemachten Ersatz des beschädigungsbedingten Minderwerts zu beanstanden. Die Beschwerde ist insgesamt abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 13'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 15'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. November 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak