Sachverhalt:
A. Mit Verfügungen vom 27. März 2006 erhob das Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Zürich (AWA) Einspruch gegen die Auszahlung von Kurzarbeitsentschädigung an die Firma V._ AG für die Periode vom 1. April bis 31. Juli 2006. Daran hielt es mit Einspracheentscheid vom 31. Mai 2006 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab (Entscheid vom 20. April 2007).
C. Die Firma V._ AG führt Beschwerde mit dem sinngemässen Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und des Einspracheentscheids sei festzustellen, dass ein Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung bestehe.
Das AWA schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.2 Die Vorinstanz hat die gesetzlichen Bestimmungen und die Grundsätze über den Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung (Art. 31 Abs. 1 AVIG), den anrechenbaren Arbeitsausfall (Art. 31 Abs. 1 lit. b und d, Art. 32 Abs. 1 lit. a, Abs. 2 und Abs. 3 AVIG; Art. 51 AVIV; ARV 1995 Nr. 19 S. 112), die Voraussetzungen, unter denen die Anrechenbarkeit eines Arbeitsausfalls zu verneinen ist (Art. 33 Abs. 1 lit. a und b AVIG; <ref-ruling> E. 2a S. 374), sowie das normale Betriebsrisiko (<ref-ruling> E. 1 S. 500) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2. Streitig und zu prüfen ist, ob der Verlust des Grosskunden X._ als normales Betriebsrisiko zu werten ist und somit kein Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung besteht.
2.1 Seit Fabrikationsbeginn ist die Beschwerdeführerin Lieferantin an Grossverteiler, wobei der Grosskunde X._ ca. 40 % des Umsatzes ausmachte. Per 31. Dezember 2005 kündigte der Grosskunde X._ die Geschäftsbeziehung mit der Beschwerdeführerin, weshalb diese für das Folgejahr Kurzarbeitsentschädigung geltend machte.
2.2 Als Ergebnis einer umfassenden, sorgfältigen Beweiswürdigung und unbestrittenen Sachverhaltsfeststellung hat das kantonale Gericht den Wegfall des Grosskunden X._ als normales Betriebsrisiko erachtet. Dem vorinstanzlichen Entscheid ist zu entnehmen, dass Änderungen auch langjähriger Geschäftsbeziehungen zum wirtschaftlichen Geschehen gehören, weshalb die Auflösung der vertraglichen Bindungen zwischen einem Unternehmen und einem seiner Hauptkunden keinen Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung zu begründen vermag.
2.3 Der Einwand in der Beschwerde, der Wegfall eines Grosskunden wie X._ könne nicht als normales Betriebsrisiko qualifiziert werden, zumal sich die Firma dadurch in einer aussergewöhnlichen Situation befunden habe, ist nicht stichhaltig. Im Lichte des nicht offensichtlich unrichtig oder unvollständig festgestellten Sachverhalts (E. 1.1) durfte die Vorinstanz den Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung ablehnen, zumal, wie die Beschwerdeführerin selber ausführt, eine gewisse Abhängigkeit (Klumpenrisiko) seit Anbeginn des Bestehens der Firma existierte. Die Geschäftsbeziehung mit einem Hauptkunden, auch bei gutem Einvernehmen, beinhaltet das vorhersehbare Risiko, bei veränderten Verhältnissen einen Umsatzeinbruch zu erleiden (Urteil vom 2. November 2006 E. 1 [C 279/05]). Dieses Klumpenrisiko wurde in Kauf genommen, wobei die Frage offen bleiben kann, ob die eingetretene Situation gar vermeidbar gewesen wäre (vgl. auch ARV 1997 Nr. 39 S. 214: Bundesamtliche Weisung zur Produktionseinschränkung gilt als branchenüblich und eröffnet einer betroffenen Käserei keinen Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung). Die Vorinstanz hat in ihrer Beurteilung, es handle sich im vorliegenden Fall um ein normales Betriebsrisiko, demnach kein Bundesrecht verletzt.
3. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 62 BGG). Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin als der unterliegenden Partei aufzuerlegen (Art. 66 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich und dem Staatssekretariat für Wirtschaft schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. Januar 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Heine