Erwägungen:
1. X._ und Y._ erhoben erfolglos Einsprache gegen die Veranlagungen zu den Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer 2003. Mit einer Rechtsschrift vom 7. Februar 2011 reichten sie beim Steuerrekursgericht des Kantons Zürich Rekurs (betreffend Staats- und Gemeindesteuern) bzw. Beschwerde (betreffend direkte Bundessteuer) gegen die Einspracheentscheide vom 6. Januar 2011 ein. Das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich wies mit (einem kantonale und Bundessteuer umfassenden) Entscheid vom 31. Mai 2011 Beschwerde und Rekurs ab. Diesen Entscheid fochten die Pflichtigen mit Beschwerdeschrift vom 11. Juli 2011 beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich an. Dieses trat mit zwei Beschlüssen (betreffend Staats- und Gemeindesteuern bzw. direkte Bundessteuer) auf die Beschwerde nicht ein.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 12. Dezember 2011 beantragen X._ und Y._ dem Bundesgericht, es seien die beiden Beschlüsse des Verwaltungsgerichts aufzuheben und es sei die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich zurückzuweisen.
Die Akten sind beigezogen worden, ein Schriftenwechsel ist nicht angeordnet worden.
2. 2.1 Die Beschwerdeführer fechten mit einer Beschwerdeschrift zwei Beschlüsse an; entsprechend sind zwei Dossiers eröffnet worden. Die angefochtenen Beschlüsse betreffen dieselben Beteiligten, beruhen auf identischem Sachverhalt und haben die gleiche verfahrensrechtliche Problematik zum Gegenstand. Über die Beschwerde ist in einem Urteil zu entscheiden (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f.).
2.2 Für das Bundesgericht bestimmte Rechtsschriften haben die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletze (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Die Begründung hat sachbezogen zu sein. Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren Erwägungen, die jede für sich allein dessen für den Beschwerdeführer negatives Ergebnis zu rechtfertigen vermögen, muss jede dieser Erwägungen angefochten werden; tut der Beschwerdeführer dies nicht, wird auf die Beschwerde mangels formgültiger Begründung nicht eingetreten (<ref-ruling> E. 6.3 S. 120 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 535). Dies gilt namentlich dann, wenn ein Nichteintretensentscheid angefochten wird, der zusätzlich eine Eventualbegründung zur materiellen Streitfrage enthält, zu welcher der Beschwerdeführer sich nicht äussert (ebenda).
Das Verwaltungsgericht hat in beiden angefochtenen Nichteintretens-Beschlüssen mit kurzer Begründung und unter Bezugnahme auf den Entscheid seiner Vorinstanz festgehalten, dass dieser, könnte auf die jeweilige Beschwerde eingetreten werden, zu bestätigen wäre. Zu dieser Eventualerwägung (je E. 2.2) lässt sich der dem Bundesgericht unterbreiteten Rechtsschrift nichts Spezifisches entnehmen; namentlich genügt hierfür die blosse Sachverhaltsdarstellung (Ziff. 5-9 Beschwerdeschrift), die übrigens mit derjenigen der kantonalen Rechtsschriften übereinstimmt, nicht.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten enthält mithin keine hinreichende Begründung, und es ist darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2.3 Die Gerichtskosten (<ref-law>) sind nach Massgabe von Art. 66 Abs. 1 erster Satz und Abs. 5 BGG den Beschwerdeführern aufzuerlegen.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Februar 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller