Erwägungen:
1. X._, guineischer Staatsangehöriger (geb. 10.11.1984), reiste Ende Oktober 2002 illegal in die Schweiz ein. Sein Asylgesuch war erfolglos. Er hielt sich trotz abgelaufener Ausreisefrist weiterhin in der Schweiz auf. Am 24. März 2005 wurde sein Sohn Z._ geboren; am 5. März 2008 heiratete er dessen Mutter, die Schweizerin Y._, weshalb er eine Aufenthaltsbewilligung erhielt. Am 1. Juli 2008 wurde der gemeinsame Haushalt aufgehoben (laut Trennungsvereinbarung vom 20./22.1.2009).
X._ wurde am 25. Februar 2010 wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz vom 3. Oktober 1951 (SR 812.121) zu einer teilbedingten Strafe von 22 Monaten verurteilt; bereits früher verübte er mehrere Straftaten. Mit Verfügung vom 18. Juni 2010 verweigerte die Einwohnergemeinde Bern, Einwohnerdienste, Migration und Fremdenpolizei (EMF), die Verlängerung dessen Aufenthaltsbewilligung und wies ihn aus der Schweiz weg. Dagegen hat X._ erfolglos bei der Polizei- und Militärdirektion und anschliessend beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern Beschwerde erhoben.
Vor Bundesgericht beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 25. August 2011 aufzuheben, diesen anzuweisen, ihm die Aufenthaltsbewilligung zu erneuern, ihm die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren und zu gestatten, den Entscheid in der Schweiz abzuwarten.
2. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, weshalb sie im Verfahren nach <ref-law> mit summarischer Begründung abgewiesen wird.
2.1 Nach Art. 50 AuG (SR 142.20) besteht nach Auflösung der Ehe oder der Familiengemeinschaft der Anspruch des Ehegatten und der Kinder auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung nach Art. 42 weiter, wenn bestimmte Voraussetzungen erfüllt sind. Die Ansprüche nach Art. 50 AuG erlöschen indes, wenn u.a. Widerrufsgründe nach Art. 62 vorliegen (Art. 51 Abs. 2 lit. b AuG). Solche sind insbesondere dann gegeben, wenn der Ausländer zu einer längerfristigen Freiheitsstrafe, d.h. zu einer solchen von mehr als einem Jahr (<ref-ruling> E. 4.2 S. 381; <ref-ruling> E. 2 S. 299 ff.), verurteilt wurde (Art. 62 lit. b AuG). Dabei spielt keine Rolle, ob die Strafe bedingt, teilbedingt oder unbedingt ausgesprochen wurde (Urteil 2C_515/2009 vom 27. Januar 2010 E. 2.1). Der Widerruf muss sich jedoch als verhältnismässig erweisen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.3 u. 4.5 S. 381 ff. m.w.H. auch auf Art. 8 Abs. 2 EMRK). Bei der entsprechenden Beurteilung sind namentlich die Schwere des Delikts und des Verschuldens des Betroffenen, der seit der Tat vergangene Zeitraum, das Verhalten des Ausländers während diesem, der Grad seiner Integration bzw. die Dauer der bisherigen Anwesenheit sowie die ihm und seiner Familie drohenden Nachteile zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 4.3 S. 381 ff.; vgl. auch das Urteil des EGMR i.S. Trabelsi gegen Deutschland vom 13. Oktober 2011 [41548/06], Ziff. 53 ff. betreffend die Ausweisung eines in Deutschland geborenen, wiederholt straffällig gewordenen Tunesiers).
2.2 Der Beschwerdeführer ist zu 22 Monaten verurteilt worden. Insofern liegt eine langfristige Freiheitsstrafe im Sinne von Art. 62 lit. b AuG vor. Strittig ist lediglich, ob die Nichtverlängerung gestützt auf den Widerrufsgrund nach Art. 62 AuG (Art. 51 Abs. 2 lit. AuG) verhältnismässig ist.
Die Vorinstanz hat die zu berücksichtigenden öffentlichen Interessen und diejenigen des Beschwerdeführers sorgsam aufgelistet, gewichtet und gegeneinander abgewogen. In Bezug auf das öffentliche Interesse ging die Vorinstanz zu Recht von einem gewichtigen öffentlichen Interesse aus: Der Beschwerdeführer hatte während rund drei Monaten im Jahre 2009 ca. 300 gr. Kokaingemisch entgegengenommen, aufbewahrt, verarbeitet, abgepackt und verkauft. Bereits zuvor hat er - wie sich aus dem Sachverhalt ergibt (<ref-law>) - beinahe gewohnheitsmässig gegen die geltende Rechtsordnung verstossen; er hat sich von Verurteilungen nicht beeindrucken lassen und schliesslich das schwere Drogendelikt begangen. Insofern ist die Vorinstanz zu Recht von einem schweren Verschulden und angesichts der Verübung von an Schwere zunehmenden Straftaten von einer hohen Rückfallgefahr ausgegangen. Dass er sich seit seiner Entlassung vor rund eineinhalb Jahren - soweit aktenkundig - nichts hat zuschulden kommen lassen, ändert hieran nichts: Strafrecht und Ausländerrecht verfolgen unterschiedliche Ziele; dieses verlangt gegenüber jenem einen strengeren Beurteilungsmassstab (vgl. <ref-ruling> E. 5.2.2 S. 237). Fehl gehen zudem die Argumente des Beschwerdeführers, wenn er behauptet, die Kleinverurteilungen seien im Lichte von BGE <ref-ruling> (2C_415/2010) nicht ausschlaggebend. Dort ging es nur um die Auslegung von "längerfristig" und nicht um die Rückfallgefahr. Unbeachtlich ist ebenfalls der Hinweis auf <ref-ruling> S. 20 ff.: Während die Straftaten des Beschwerdeführers im vorliegenden Fall erst eineinhalb Jahre zurückliegen, lagen die Straftaten im erwähnten Entscheid bereits über mehrere Jahre zurück. Zu Recht hat die Vorinstanz auch die vergangene und zukünftige Sozialhilfeabhängigkeit berücksichtigt, stellt diese doch einen eigenständigen Widerrufsgrund dar (Art. 62 lit. e AuG).
Gemäss der Trennungskonvention sind die Ehegatten in der Kinderbetreuung gleichberechtigt. Dieser Pflicht kommt der Beschwerdeführer - wie sich aus dem Urteil ergibt - unbestrittenermassen nach; die Vorinstanz hat dies anerkannt und auch die Leistungen in Rechnung gestellt, als er den Betreuungsanteil seiner Ehefrau aufgrund ihrer psychischen Probleme übernommen hatte. Dies ist positiv zu bewerten. Allerdings hat ihn die Vaterschaft und seine Betreuungspflicht nicht davon abhalten können, wiederholt und teilweise in erheblichem Ausmass gegen die schweizerische Rechtsordnung zu verstossen. Insofern hat die Vorinstanz zu Recht das Gewicht des privaten Interesses gemindert.
Wie die Vorinstanz zudem korrekt herausgearbeitet hat, besteht zwischen dem Kind und dem Beschwerdeführer unbestrittenermassen eine ausgesprochen gute und tiefe Beziehung. Das Kind würde bei einer Nichtverlängerung der Aufenthaltsbewilligung eine wichtige Bezugsperson verlieren. Insofern besteht mit Blick auf das Kindeswohl ein bedeutendes privates Interesse an der Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung.
Angesichts der massiven Straffälligkeit, der Rückfallgefahr und der Sozialhilfeabhängigkeit vermögen die aufgeführten privaten Interessen, auch wenn dasjenige des Kindes gewichtig ist, nicht die öffentlichen Interessen zu überwiegen. Die Vorinstanz hat die gewichteten Interessen - entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers - korrekt gegeneinander abgewogen. Es kann deshalb für alles Weitere auf ihre zutreffenden Überlegungen verwiesen werden (<ref-law>).
3. Dem Verfahrensausgang entsprechend ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung mit diesem Entscheid gegenstandslos und hat der unterliegende Beschwerdeführer grundsätzlich die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen, da dem Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege vor Bundesgericht infolge offensichtlicher Aussichtslosigkeit nicht zu entsprechen ist (<ref-law>). Angesichts der besonderen Umstände wird auf eine Erhebung der Gerichtskosten verzichtet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Dezember 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass