Faits:
A. Le 20 avril 2010, le Centre hospitalier universitaire vaudois (ci-après: le CHUV ou l'adjudicateur) a publié dans la Feuille des avis officiels du canton de Vaud un appel d'offres, selon la procédure ouverte, pour un marché portant sur une installation de production et de distribution d'eau pour les patients du centre de dialyse du CHUV. Les soumissionnaires étaient invités à fournir et installer une centrale de traitement d'eau avec un nouveau réseau de distribution permettant la technique d'hémodiafiltration.
Complétant l'appel d'offres, le cahier des charges envisageait deux solutions de désinfection du système de production et de distribution de l'eau, à savoir une solution de base sans désinfection chimique à l'ozone et une variante avec désinfection chimique à l'ozone. Ledit cahier consacrait deux critères d'aptitude (ch. 8.4), soit l'organisation de base du soumissionnaire et ses références, ainsi que trois critères d'adjudication (ch. 8.5), soit le prix, l'organisation pour l'exécution du marché et les qualités techniques de l'offre. Pour l'adjudication, l'ensemble de ces critères devait être pris en compte de la manière suivante: le prix pour 55%, l'organisation et la qualification de base pour 5%, l'organisation pour l'exécution du marché pour 5%, les références en relation avec l'objet à réaliser pour 20%, la qualité technique de l'offre pour 15%. S'agissant de la qualité d'eau exigée pour la pratique de l'hémodiafiltration, le cahier des charges fixait les règles suivantes (ch. 9.1.4): du point de vue microbiologique, l'eau devait être hautement purifiée (<10 ufc/ml); le niveau d'endotoxines bactériennes était fixé à <0,03 EU/ml; du point de vue chimique, l'eau devait satisfaire aux exigences de l'eau pour dilution des solutions concentrées pour hémodialyse, selon la Pharmacopée européenne, édition 6.3. Etaient joints au cahier des charges des plans et des listes de prix.
B. Trois candidats ont présenté un dossier dans le délai imparti par l'adjudicateur, parmi lesquels X._ AG et Y._ AG. Cette première a présenté une offre correspondant à la solution de base, pour un montant total de 708'245 fr. 40, et une variante (ozone), pour un montant total de 816'131 fr. Dans l'annexe R14 de sa soumission, portant sur le degré de compréhension du cahier des charges, elle a précisé que "les teneurs en endotoxines ne peuvent être assurées par la variante 1". Y._ AG a présenté une offre correspondant à la solution de base pour un montant total de 739'722 fr., sans variante. Après avoir retenu les seules offres de ces deux sociétés, l'adjudicateur a constaté que la solution de base proposée par X._ AG ne respectait pas les exigences du marché, tandis que Y._ AG n'avait pas présenté de variante. Comparant, malgré leur différence, la variante de X._ AG avec l'offre de base de Y._ AG, le CHUV a adjugé le marché, le 29 octobre 2010, à cette dernière société, lui attribuant 481,65 points contre 457,76 points à sa concurrente X._ AG.
C. Par arrêt du 10 mars 2011, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté, dans la mesure où il était recevable, le recours interjeté par X._ AG contre la décision d'adjudication du 29 octobre 2010, et a confirmé cette dernière.
D. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire, la société X._ AG demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt du 10 mars 2011 et de lui adjuger le marché, subsidiairement, d'annuler l'arrêt entrepris et de renvoyer la cause à l'autorité intimée.
Le Tribunal cantonal s'est référé aux considérants de l'arrêt attaqué. L'Etat de Vaud, soit pour lui le CHUV, ainsi que Y._ AG ont conclu au rejet du recours. La recourante a maintenu ses conclusions dans sa réplique du 29 août 2011.
Par ordonnance présidentielle du 10 mai 2011, le Tribunal fédéral a rejeté la requête d'effet suspensif et de mesures provisionnelles contenue dans le recours de X._ AG.

Considérant en droit:
1. 1.1 Il n'est à juste titre pas contesté que la présente cause relève du droit des marchés publics (art. 82 let. a et 83 let. f LTF) et que s'applique l'accord intercantonal sur les marchés publics du 25 novembre 1994 (AIMP; RS/VD 726.91), complété par la loi vaudoise du 24 juin 1996 sur les marchés publics (LMP/VD; RS/VD 726.01), ainsi que par son règlement d'application du 7 juillet 2004 (RLMP/VD; RS/VD 726.01.1).
1.2 En matière de marchés publics, le recours en matière de droit public au Tribunal fédéral n'est recevable, en vertu de l'art. 83 let. f LTF, qu'à la double condition que la valeur du mandat à attribuer soit supérieure ou égale aux seuils déterminants prévus à cet effet et que la décision entreprise soulève une question juridique de principe (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 194 s.; arrêt 2C_484/2008 du 9 janvier 2009 consid. 1.2, non publié aux <ref-ruling>). Il incombe au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer la réalisation de chacune de ces conditions cumulatives (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 398 s.).
Dès lors que la recourante ne soutient ni n'explique que l'arrêt querellé soulèverait une question juridique de principe, c'est à bon droit qu'elle a interjeté un recours constitutionnel subsidiaire (cf. arrêt 2D_87/2008 du 10 novembre 2008 consid. 1.2).
1.3 Le recours constitutionnel subsidiaire est recevable aux conditions des <ref-law>. En sa qualité de partie à la procédure cantonale et d'entreprise soumissionnaire évincée, positionnée au deuxième rang après l'adjudicataire dans le cadre d'une procédure ouverte d'adjudication, la recourante dispose de la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>, notamment d'un intérêt juridique (cf. <ref-ruling> consid. 3.3.1 s. p. 320 s.). A supposer que le contrat avec l'adjudicataire ait été conclu à la suite du rejet par le Tribunal fédéral de la requête d'effet suspensif présentée par la recourante, ce fait ne rendrait pas le recours sans objet pour défaut d'intérêt actuel: en un tel cas, les conclusions en annulation prises par la recourante se transformeraient automatiquement en conclusions constatatoires sur l'illicéité de la décision attaquée de nature à ouvrir le droit à des dommages et intérêts (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 317; <ref-ruling> consid. 5b p. 97 s.; arrêts 2D_74/2010 du 31 mai 2011 consid. 1.2; 2C_107/2007 du 22 janvier 2008 consid. 1.2).
Pour le surplus, déposé en temps utile (art. 100 al. 1 et 117 LTF) et dans les formes prescrites (<ref-law>) à l'encontre d'une décision finale émanant d'une autorité cantonale judiciaire supérieure (<ref-law>), le recours constitutionnel subsidiaire est recevable.
2. 2.1 Seule la violation de droits constitutionnels peut être invoquée dans le cadre d'un recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'examine par ailleurs ce grief que s'il a été invoqué et suffisamment motivé par le recourant (<ref-law> par renvoi de l'<ref-law>; arrêt 2C_144/2009 du 15 juin 2009 consid. 2.1).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut néanmoins rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), ce que le recourant doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation posées à l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 444 s.; arrêt 2C_144/2009 précité, consid. 2.2). En tant qu'ils s'écartent de ceux constatés dans l'arrêt attaqué, il ne sera pas tenu compte des faits présentés à l'appui du recours faute de motivation suffisante.
2.3 A maints égards, la recourante s'en prend à l'appréciation et à l'évaluation technique de son offre opérées par l'adjudicateur. Or, dans le domaine des marchés publics notamment, le Tribunal fédéral s'impose une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (<ref-ruling> consid. 3d p. 284). En effet, l'adjudicateur dispose d'une grande liberté lors de l'adjudication. L'appréciation du Tribunal fédéral ne saurait donc se substituer à la sienne ni du reste à celle de l'autorité judiciaire cantonale, de sorte que la Cour de céans n'interviendra qu'en cas d'abus ou d'excès du pouvoir d'appréciation. De même, l'évaluation des prestations offertes sur la base des critères d'adjudication n'est revue qu'avec une retenue particulière par le Tribunal fédéral, parce qu'elle suppose souvent des connaissances techniques, qu'elle repose nécessairement sur une comparaison des offres présentées par les soumissionnaires et qu'elle comporte aussi, inévitablement, une composante subjective de la part de l'adjudicateur. Sur ce point, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est pratiquement restreint à l'arbitraire (cf. ATF <ref-ruling> consid. 6 p. 98 s.; arrêts 2D_34/2010 du 23 février 2011 consid. 2.1; 2D_87/2008 du 10 novembre 2008 consid. 2).
3. Le présent litige porte sur l'évincement de la recourante à la suite de l'appel d'offres relatif à l'installation de production et de distribution d'eau pour les patients du centre de dialyse du CHUV. La recourante se plaint à ce titre d'une violation de son droit d'être entendue, de la constatation incomplète et arbitraire des faits, d'une application arbitraire de l'AIMP, de la LMP/VD et du RLMP/VD, ainsi que d'une violation de l'égalité de traitement entre soumissionnaires.
3.1 Le droit d'être entendu garanti à l'art. 29 al. 2 Cst. implique notamment le droit de prendre connaissance du dossier (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 272; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 494; <ref-ruling> consid. 2b p. 10) et le droit de participer à l'administration des preuves essentielles (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 282; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 277). Ces droits ne sont toutefois pas absolus, mais peuvent, dans certaines circonstances, être restreints. En particulier, le droit de consulter le dossier peut être limité pour garantir les intérêts importants de l'Etat ou de tiers; savoir si une telle limitation est justifiée dépend des intérêts en présence qu'il convient de peser (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 253; arrêt 2C_890/2008 du 22 avril 2009 consid. 5.3.3, résumé in: JdT 2010 I 677). En outre, le droit d'être entendu ne s'oppose pas à ce que l'autorité mette un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de forger sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 210; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 428).
3.2 Une décision est arbitraire (art. 9 Cst.) lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou qu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une solution autre que celle de l'autorité cantonale semble concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 211). Pour qu'une décision soit annulée, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17).
3.3 L'inégalité de traitement (art. 8 al. 1 Cst.) apparaît comme une forme particulière d'arbitraire, consistant à traiter de manière inégale ce qui devrait l'être de manière semblable ou inversement (<ref-ruling> consid. 3.5 p. 175; <ref-ruling> consid. 6 p. 357). Le principe de l'égalité de traitement entre personnes appartenant à la même branche économique est spécifiquement garanti à l'art. 27 Cst. En vertu de ce principe, les mesures étatiques qui ne sont pas neutres sur le plan de la concurrence entre les personnes exerçant la même activité économique (concurrents directs) sont prohibées (<ref-ruling> consid. 6.3.3.1 p. 53; arrêt 2C_116/2011 du 29 août 2011 consid. 7.1).
4. 4.1 Tout en admettant le principe de la limitation du droit d'accès au dossier (cf. consid. 3.1), la recourante reproche aux juges cantonaux de ne lui avoir consenti, en dépit de demandes répétées, d'accéder que de façon très limitée à l'offre de l'adjudicataire, en particulier aux caractéristiques techniques de celle-ci. La soumissionnaire évincée aurait de ce fait été privée de la possibilité de vérifier le respect par sa concurrente "du cahier des charges en termes de technique de traitement d'eau, de processus et de débit", par rapport au débit de l'installation de production d'eau bi-osmosée, de la redondance à 100% de l'installation, ainsi que de la présence d'une ultrafiltration. En particulier, le refus par la société adjudicataire de répondre à une question technique de la recourante aurait ravivé ses doutes quant à l'existence d'une ultrafiltration dans l'offre retenue; de plus, elle ne voyait pas en quoi l'accès aux données purement techniques, en caviardant au besoin les prix pour sauvegarder le secret d'affaires de l'adjudicataire, devait rester confidentiel.
4.2 Ce grief doit être rejeté pour plusieurs raisons.
4.2.1 En l'espèce, et au vu de l'opposition de l'adjudicataire d'octroyer un droit d'accès entier à la recourante (cf. procès-verbal d'audience du 18 janvier 2011, p. 3), le Tribunal cantonal a refusé de communiquer à la recourante les données litigieuses pour des motifs liés à la protection des secrets d'affaires et de fabrication de la société adjudicataire. Il s'est référé à l'art. 18 RLMP/VD, aux termes duquel:
"Art. 18 Confidentialité et droits d'auteur
1 Les documents fournis par les soumissionnaires, en particulier les secrets d'affaires et de fabrication, sont traités de façon confidentielle.
2 L'adjudicateur ne peut faire usage ou transmettre ces documents à un tiers qu'avec l'accord du soumissionnaire (...)."
Quant à son principe, cette disposition concrétise la règle générale de procédure de passation de marchés qui exige le traitement confidentiel des informations (art. 11 al. 1 let. g AIMP). Elle respecte par ailleurs les droit et devoir de l'adjudicateur de limiter l'accès au dossier pour garantir l'intérêt de la société adjudicataire de ne pas dévoiler à sa concurrente évincée des secrets d'affaires ou de fabrication (arrêt 2C_890/2008 précité, consid. 5.3.3; cf. consid. 3.1 supra), d'autant si, comme l'affirme l'adjudicateur, non seulement les prix proposés, mais aussi la technologie développée seraient à la source d'un avantage compétitif et de l'attribution du marché public en sa faveur.
Or, devant un refus d'accès ainsi motivé, il appartenait à la recourante de démontrer en quoi la norme cantonale aurait été arbitrairement appliquée et, notamment, d'établir que son intérêt à la communication des pièces litigieuses l'emportait sur celui de sa concurrente à bénéficier de la protection du secret des affaires et de fabrication (arrêt 2C_890/2008 précité, consid. 5.3.3). Elle ne pouvait, comme elle le fait dans son recours, simplement déduire de l'absence de communication de toutes les données (techniques) requises une violation du droit d'être entendu ni se contenter d'articuler de vagues soupçons au sujet du débit après ultrafiltration et du non-respect du cahier des charges. Pour ce motif déjà, le moyen est infondé.
4.2.2 Par ailleurs, le Tribunal cantonal a vérifié que l'offre de l'adjudicataire comprenne une installation d'ultrafiltration (arrêt attaqué, p. 9) et, tel que la recourante le concède, lui a communiqué les informations requises de manière synthétique au cours de l'audience du 18 janvier 2011, notamment en lui lisant, puis en lui remettant la page 15 de l'offre de l'adjudicataire au sujet des ultrafiltres, sans mentionner de chiffres, et en lui transmettant copie - caviardée s'agissant des chiffres - des aspects liés aux débits (procès-verbal d'audience du 18 janvier 2011, p. 3). De même, l'arrêt querellé ne tombe pas dans l'arbitraire lorsqu'il retient que les parties ont pu "trouver dans le dossier de l'adjudicateur, ainsi que dans leurs écritures, tous les éléments nécessaires pour faire valoir leurs droits en connaissance de cause" (arrêt attaqué, p. 4), sans quoi les détails techniques et les nombreux calculs exposés par la recourante notamment durant l'audience du 18 janvier 2011 et dans sa détermination du 4 février 2011 à l'attention du Tribunal cantonal ne sauraient s'expliquer. Partant, la quantité et la qualité des informations transmises à la recourante en cours de procédure cantonale n'apparaissent pas contraires aux garanties (minimales) déduites de l'art. 29 al. 2 Cst. (cf. ATF <ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 2c p. 578 s.; arrêt 2C_890/2008 du 22 avril 2009 consid. 5.3.3).
4.2.3 Par conséquent, l'accès limité au dossier de l'adjudicataire que les juges cantonaux ont octroyé à la recourante n'a pas violé le droit d'être entendue de cette dernière.
5. La recourante estime que le Tribunal cantonal aurait arbitrairement constaté les faits en ne tenant pas compte des pièces - en particulier les résultats fournis par le centre de dialyse de A._ - auxquelles elle s'était référée dans le but de démontrer que l'offre de l'adjudicataire ne pouvait durablement garantir une pureté d'eau conforme au cahier des charges accompagnant l'appel d'offres. L'appréciation de ces pièces aurait dû conduire à l'exclusion de l'offre de l'adjudicataire, au sens de l'art. 32 al. 1 RLMP/VD lequel se trouvait de ce fait arbitrairement violé.
La recourante critique aussi l'arrêt en ce qu'il ferait abstraction de son argumentaire signalant la prétendue insuffisance, au regard de l'appel d'offres, du débit minimal de l'osmose garanti par l'installation de l'adjudicataire. Elle reproche au Tribunal cantonal d'avoir aveuglément donné crédit aux explications des techniciens du CHUV, partie intimée, au lieu d'ordonner une expertise au sujet de l'installation de l'adjudicataire, ce qui a conduit à une application arbitraire de l'art. 29 de la loi vaudoise du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative (LPA/VD; RS/VD 173.36) relatif à l'administration des preuves.
De surcroît, la recourante prétend que le Tribunal cantonal aurait arbitrairement passé sous silence divers autres griefs dont l'examen aurait dû conduire à l'exclusion de l'offre de l'adjudicataire. Elle mentionne à ce titre l'exigence, formulée dans le cahier des charges annexé à l'appel d'offres, que l'installation proposée dispose d'une redondance à 100% de chaque élément de manière à ce qu'en cas de défaillance du système principal de purification, un relais puisse s'y substituer. Or, selon les calculs de la recourante, l'offre retenue par l'adjudicateur ne présenterait qu'une redondance à raison de 50%.
Ces griefs tombent à faux.
5.1 Contrairement à ce que prétend la recourante, les juges cantonaux se sont penchés en détail sur la question de savoir si l'offre retenue par l'adjudicateur répondait aux exigences de pureté d'eau formulées dans le cahier des charges. Dans ce contexte, les résultats d'analyse du centre de A._ ont été pris en compte, à l'instar d'autres séries d'analyses et documents complémentaires provenant notamment, à la demande du CHUV, des Hôpitaux B._, du centre d'hémodialyse de la Clinique C._, de l'Hôpital D._, ou encore du centre de dialyse de E._, lesquels ont tous, sans que la recourante ne le conteste, confirmé que les appareils proposés par l'adjudicataire respectaient le taux de pureté prescrit par le cahier des charges. Que deux échantillons du prélèvement, dont se prévaut la recourante, effectué le 25 juin 2010 auprès du Centre de A._, aient relevé une concentration trop élevée d'endotoxines dans l'eau ne conduit pas à qualifier d'arbitraire l'appréciation des faits à laquelle a procédé le Tribunal cantonal, dès lors que ledit prélèvement s'insérait dans une série de tests, exécutés à A._ et étalés sur une période de plus d'une année, dont les nombreux autres résultats se sont avérés conformes aux exigences du cahier des charges et que l'ensemble des analyses établies par les autres instituts médicaux consultés se sont avérées satisfaisantes.
5.2 Il ressort des pages 9 à 11 de l'arrêt entrepris que le Tribunal cantonal a étudié en détail, y compris en résumant ses calculs, les arguments de la recourante au sujet de l'insuffisance alléguée du "débit de l'osmose type CWP ROROHH 132" garanti par l'installation de l'adjudicataire. Retenant que la recourante substituait "sa propre évaluation des installations fournies par sa concurrente à celle des techniciens spécialisés et indépendants du CHUV", sans pour autant démontrer la non-conformité au cahier des charges de l'offre de l'adjudicataire, les juges cantonaux ne s'en sont pas pour autant remis, tel que le prétend la recourante, à l'appréciation du seul adjudicateur. Ils ont au contraire pris en compte les relevés qui avaient été effectués sur des appareils identiques en fonction dans un hôpital tiers, soit celui de F._, qui démontrent que l'installation offerte par l'adjudicataire respecte en pratique le débit minimal requis par le cahier des charges (arrêt entrepris, p. 11). Dès lors que le Tribunal cantonal avait accès à des sources indépendantes de celles des parties, qui corroboraient le respect des débits prescrits, il était en droit, à la faveur d'une appréciation anticipée des preuves, de ne pas donner suite à la requête d'expertise formée par la recourante. Ainsi, l'appréciation du débit d'osmose effectuée par l'instance précédente ne prête pas le flanc à la critique sous l'angle des griefs de l'interdiction de l'arbitraire ou du droit d'être entendu.
5.3 En dépit des affirmations contraires de la recourante, l'arrêt attaqué a traité de la question de l'observation par l'adjudicataire de l'exigence d'un système de purification redondant dans le contexte de l'examen de la conformité au cahier des charges de l'offre retenue par le CHUV. Au vu des nombreuses analyses et informations recueillies par l'adjudicateur auprès de centres médicaux tiers, les juges cantonaux pouvaient, sans commettre d'arbitraire, juger que l'offre de l'adjudicataire était en tous points conforme à l'appel d'offres. Les extrapolations et conjectures de la recourante quant au prétendu non-respect du cahier des charges sont qui plus est, en ce qu'elles échouent à démontrer le caractère choquant de l'appréciation effectuée par le Tribunal cantonal, en large partie appellatoires et donc irrecevables (<ref-law>; cf. supra consid. 2.2).
5.4 Au vu de ce qui précède, il ne résulte pas que le Tribunal cantonal ait omis de prendre en considération des arguments avancés par la recourante ou qu'il aurait procédé à une appréciation arbitraire des faits en retenant que l'offre de l'adjudicataire est conforme aux exigences posées par l'adjudicateur. En tant qu'ils sont recevables, ces griefs doivent donc être rejetés.
6. La recourante se plaint également d'une discrimination entre les soumissionnaires, au regard des art. 11 al. 1 let. a AIMP et 6 al. 1 let. a LMP/VD et du principe de l'égalité de traitement (art. 8 Cst.). Partant de la double prémisse que l'offre de l'adjudicataire n'était pas conforme au cahier des charges, de sorte à devoir être exclue du concours, et que la solution de base demandée par l'adjudicateur (offre de base sans traitement de l'eau à l'ozone) ne serait techniquement pas exécutable, elle reproche aux juges cantonaux d'avoir confirmé l'éviction de sa propre offre de base, fixée à un prix plus compétitif, et d'avoir comparé sa variante (offre avec ozone) avec l'offre de base de l'adjudicataire.
6.1 En tant que la recourante affirme que les exigences de l'adjudicateur concernant l'offre de base ne seraient techniquement pas réalisables en ce qui a notamment trait au maintien durable d'un degré de pureté sans traitement à l'ozone, de sorte que le CHUV aurait à tort écarté l'offre de base de la recourante au motif qu'elle avait attiré son attention sur cette impossibilité objective, ses arguments sont mal fondés. Les juges cantonaux ont en effet, dans les limites admissibles de leur pouvoir d'appréciation, considéré qu'il aurait incombé à la recourante, à peine de forclusion, de contester la teneur même de l'appel d'offres dans les dix jours dès sa publication officielle ou sa prise de connaissance effective entre le 20 et le 22 avril 2010, en vertu des art. 15 al. 2 AIMP et 10 al. 1 LMP/VD (cf. arrêt 2D_87/2008 du 10 novembre 2008 consid. 5). Bien qu'elle ait affirmé avoir aussitôt décelé le caractère prétendument inexécutable de l'appel d'offres relatif à l'offre de base (cf. procès-verbal d'audience du 18 janvier 2011, p. 2), la recourante n'a pas interjeté un tel recours immédiat; il n'y a ainsi rien de choquant à considérer, à l'instar du Tribunal cantonal, que ce moyen était tardif et, partant, irrecevable devant la juridiction cantonale de dernière instance. S'agissant de l'appréciation non arbitraire des faits effectuée par le Tribunal cantonal quant à la conformité de l'offre de l'adjudicataire avec le cahier des charges, il est renvoyé au consid. 5.
6.2 A l'annexe R14 de sa soumission, la recourante avait précisé que "les teneurs en endotoxines ne peuvent être assurées par la variante 1". Sur la base de cette assertion, il ne paraît pas choquant que le Tribunal cantonal et l'adjudicateur avant lui aient considéré que la recourante avait reconnu que sa solution de base sans ozone ne répondait pas aux attentes de l'appel d'offres, de sorte à devoir être exclue de la procédure au sens de l'art. 32 al. 1 RLMP/VD. Ceci est d'autant plus justifié compte tenu de l'aveu fait par la recourante lors de l'audience du 18 janvier 2011, selon lequel elle "n'a pas beaucoup investi dans la recherche d'une solution de désinfection sans ozone pour des questions liées au risque et à la garantie". Dès lors que les juges cantonaux ont retenu, ce que la recourante ne conteste d'ailleurs pas devant la Cour de céans, que les soumissionnaires étaient libres de présenter, alternativement, soit l'offre de base, soit la variante, soit les deux solutions, auxquelles s'appliquaient des critères d'évaluation identiques, l'arrêt querellé n'a pas grossièrement erré en acceptant que l'adjudicateur puisse, de façon non discriminatoire, comparer l'offre de base de l'adjudicataire (à défaut de variante) avec la variante (à défaut d'offre de base valable) de la recourante et adjuger le marché public à cette première société.
6.3 Partant, les griefs tirés de l'exclusion de l'offre de base de la recourante et de la prétendue inégalité de traitement dans l'évaluation des offres de cette dernière et de l'adjudicataire doivent être écartés.
7. Au vu de ce qui précède, le présent recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (<ref-law>) et n'a pas droit à des dépens (<ref-law>). Il y a en revanche lieu de condamner la recourante à verser des dépens à la société adjudicataire qui a pris des conclusions en rejet du recours, le pouvoir adjudicateur ne pouvant quant à lui, en sa qualité d'organisation chargée d'une tâche de droit public, prétendre à des dépens (art. 68 al. 2 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel subsidiaire est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de dépens de 4'000 fr., à charge de la recourante, est allouée à la société Y._ AG.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et de Y._ AG, au Centre hospitalier universitaire vaudois et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 31 octobre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Chatton