Fatti:
A. A._ cittadino italiano domiciliato in provincia di Como a X._ (IT), ha ottenuto, il 19 agosto 2005, un permesso per frontaliero valido fino al 18 agosto 2010 per svolgere un'attività salariata in Svizzera. L'autorizzazione gli è stata rilasciata nonostante avesse un precedente penale nel nostro Paese risalente al 1998, poiché ritenuto di poca entità dalla competente autorità in materia di polizia degli stranieri.
B. Il 1° luglio 2010 A._ ha chiesto il rinnovo del permesso per frontaliero. Venuta a conoscenza dell'esistenza di precedenti penali in Italia, la Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni l'ha invitato, il 17 agosto 2010, a produrre gli estratti del suo casellario giudiziale svizzero, di quello generale italiano nonché di quello dei carichi pendenti nel paese d'origine. Avendo ricevuto solo due documenti (estratto del casellario giudiziale svizzero e quello dei carichi pendenti), dai quali nulla risultava, la Sezione della popolazione ha sollecitato l'interessato, il 22 settembre 2010 e il 25 febbraio 2011, a fornire il terzo, senza successo.
In difetto dell'atto richiesto la Sezione della popolazione ha rifiutato di rinnovare, il 20 maggio 2011, il permesso per frontalieri e ha invitato A._ a lasciare la Svizzera. Il rifiuto è stato pronunciato in virtù degli artt. 5 Allegato I dell'Accordo del 21 giugno 1999 tra la Confederazione Svizzera, da una parte, e la Comunità europea ed i suoi Stati membri, dall'altra, sulla libera circolazione delle persone (ALC; RS 0.142.112.681), 9 dell'ordinanza del 22 maggio 2002 sull'introduzione della libera circolazione delle persone (OLCP; RS 142.203), nonché 13 della legge federale sugli stranieri del 16 dicembre 2005 (LStr; RS 142.20).
C. La decisione è stata confermata su ricorso dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino il 19 ottobre 2011. Fondandosi sul certificato generale del casellario giudiziale italiano dinanzi ad esso finalmente prodotto, il Governo ticinese ha rilevato che le pene inflitte in Italia tra il 1990 e il 2000 superavano, cumulate, i sei anni di reclusione nonché ha rimproverato all'insorgente di averle sottaciute. Detto giudizio è stato a sua volta condiviso dal Tribunale cantonale amministrativo con sentenza del 28 febbraio 2012. Lasciando indecisa la questione di sapere se l'interessato rappresentava tuttora una minaccia attuale e concreta all'ordine pubblico, la Corte cantonale ha considerato che il rinnovo del permesso poteva in ogni caso essere negato in virtù dei combinati artt. 62 LStr e 24 OLCP; il provvedimento appariva inoltre rispettoso del principio della proporzionalità.
D. Il 30 marzo 2012 A._ ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui chiede l'annullamento della sentenza cantonale e il conseguente rinnovo del permesso per frontalieri. Adduce, in sintesi, la violazione degli artt. 4 ALC e 5 cpv. 1 Allegato I ALC.
Con decreto presidenziale del 3 aprile 2012 è stato concesso l'effetto sospensivo al gravame.
Chiamati ad esprimersi, il Tribunale cantonale amministrativo si è riconfermato nelle conclusioni della propria sentenza. Ad essa fa rinvio anche l'Ufficio federale della migrazione. La Sezione della popolazione propone la reiezione del ricorso mentre il Consiglio di Stato si è rimesso al giudizio di questa Corte.
E. Con replica del 31 agosto 2012 il ricorrente ha ribadito i propri argomenti.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 43).
1.1 Contro le decisioni finali emanate da un'autorità di ultima istanza cantonale con natura di tribunale superiore in cause di diritto pubblico è di principio dato ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale (artt. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF). In virtù dell'art. 83 lett. c n. 2 LTF, in ambito di diritto degli stranieri tale rimedio è tuttavia escluso contro decisioni concernenti permessi o autorizzazioni al cui ottenimento né il diritto federale né il diritto internazionale conferiscono un diritto.
1.2 Dal momento che il ricorrente è cittadino italiano, l'Accordo sulla libera circolazione delle persone gli conferisce, di principio, il diritto di lavorare come frontaliero in una zona di confine del nostro paese (art. 4 e 10 cpv. 7 ALC; art. 2 cpv. 1, 7 e 28 Allegato I ALC; art. 4 cpv. 3 OLCP), senza che l'art. 83 lett. c n. 2 LTF gli sia opponibile (cfr. <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 343; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 496, 388 consid. 1.2 pag. 390). Inoltrato tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF), da una persona legittimata ad agire (art. 89 cpv. 1 LTF) il presente gravame è, quindi, in linea di principio, ricevibile.
1.3 Con tale rimedio può, tra l'altro, essere censurata la violazione del diritto federale (art. 95 lett. a LTF), nozione che comprende i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 447 seg.), nonché quella del diritto internazionale (art. 95 lett. b LTF). Rispettate le condizioni prescritte dall'art. 42 cpv. 2 LTF, il Tribunale federale applica comunque il diritto d'ufficio (art. 106 cpv. 1 LTF) e può accogliere o respingere un ricorso anche per motivi diversi da quelli invocati o su cui si è fondata l'autorità precedente (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254).
2. 2.1 Ai sensi dell'art. 2 cpv. 2 LStr, l'ordinamento interno si applica nei confronti dei cittadini comunitari, dei loro familiari, nonché dei lavoratori distaccati da un datore di lavoro con domicilio o sede in uno di questi Stati solo se l'ALC non contiene disposizioni derogatorie o se la LStr prevede disposizioni più favorevoli.
2.2 Come tutti i diritti conferiti dalle disposizioni dell'ALC, il diritto per i lavoratori frontalieri dipendenti, cittadini di una parte contraente, di esercitare un'attività economica nel territorio dell'altra parte contraente (art. 4 ALC; art. 2 cpv. 1 e art. 7 Allegato I ALC), può essere limitato soltanto da misure giustificate da motivi di ordine pubblico, pubblica sicurezza o pubblica sanità conformemente all'art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC, nell'ambito e secondo le modalità definite in particolare dalla Direttiva 64/221/CEE del 25 febbraio 1964 [GU 1964, n. 56, pag. 850] e dalla prassi della Corte di giustizia delle Comunità Europee, diventata la Corte di Giustizia dell'Unione europea (di seguito: la Corte di Giustizia) ad essa relativa, emanata prima della firma dell'Accordo il 21 giugno 1999 (cfr. art. 5 cpv. 2 Allegato I ALC in relazione con l'art. 16 cpv. 2 ALC; per la presa in considerazione delle sentenze della Corte di giustizia pronunciate dopo tale data, vedasi sentenza 2C_201/2012 del 20 agosto 2012 consid. 2.1 con numerosi rinvii giurisprudenziali).
Secondo la giurisprudenza della Corte di giustizia, le deroghe alla libera circolazione garantita dall'ALC vanno interpretate in modo restrittivo. Al di là della turbativa insita in ogni violazione della legge, il ricorso di un'autorità nazionale alla nozione di ordine pubblico presuppone il sussistere di una minaccia attuale, effettiva e sufficientemente grave di un interesse fondamentale per la società: motivi di prevenzione generale, senza alcun legame con il caso particolare, non sono quindi ammissibili (<ref-ruling> consid. 3.4.1 pag. 183; sentenza della Corte di giustizia del 26 febbraio 1975, causa 67-74 Bonsignore, Racc. 1975 pag. 297 punti 6 e 7). Secondo l'art. 3 cpv. 2 della Direttiva 64/221/CEE, una condanna penale (anteriore) va di conseguenza considerata come motivo per limitare i diritti conferiti dall'Accordo solo se dalle circostanze che l'hanno determinata emerga un comportamento personale costituente una minaccia attuale per l'ordine pubblico (cfr. <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 20; <ref-ruling> consid. 4.3 pag. 24; <ref-ruling> consid. 3.4.1 pag. 183 seg.; <ref-ruling> consid. 7.4 pag. 222 con rinvii alla giurisprudenza della Corte di Giustizia).
A seconda delle circostanze, già la sola condotta tenuta in passato può comunque adempiere i requisiti di una simile messa in pericolo dell'ordine pubblico (<ref-ruling> consid. 3.4.1 pag. 184; sentenza della Corte di Giustizia del 27 ottobre 1997, causa C-30/77 Bouchereau, Racc. 1977 pag. 1999 punto 29). Per valutare l'attualità della minaccia, non occorre prevedere quasi con certezza che lo straniero commetterà altre infrazioni in futuro; d'altro lato, per rinunciare a misure di ordine pubblico, non si deve esigere che il rischio di recidiva sia praticamente nullo. La misura dell'apprezzamento dipende in sostanza dalla gravità della potenziale infrazione: tanto più questa appare importante, quanto minori sono le esigenze in merito al rischio di recidiva (cfr. <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 20; <ref-ruling> consid. 3.3 pag. 299 segg.; sentenza 2C_903/2010 del 6 giugno 2011 consid. 4.3 non pubblicato in <ref-ruling> segg.). Inoltre, l'esame dev'essere effettuato tenendo presenti le garanzie derivanti della CEDU (RS 0.101) così come il principio della proporzionalità (<ref-ruling> consid. 3.3 e numerosi richiami; sentenze CGCE del 28 ottobre 1975 nella causa 36-75, Rutili, Racc. 1975, 1219, n. 32 e dell'11 luglio 2002, nella causa C-60/00, Carpenter, Racc. 2002, I-6279, n. 42 segg.).
3. 3.1 Dopo avere ricordato le norme e i principi giurisprudenziali determinanti dal profilo del diritto convenzionale (segnatamente l'art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC) e del diritto interno (tra l'altro, gli artt. 23 OLCP, 2 cpv. 2 e 62 LStr; v. sentenza cantonale consid. 2, pag. 4 segg.), il Tribunale amministrativo cantonale ha elencato le undici condanne penali inflitte in Italia al ricorrente tra il 1990 e il 2000, osservando al riguardo che, dopo cumulo delle pene, egli doveva scontare complessivamente 6 anni, 1 mese e 18 giorni di reclusione, 4 mesi di arresto e versare una multa di Euro 5'780.51 e un'ammenda di Euro 25.83 (cfr. decreto del 16 marzo 2006 del Procuratore della Repubblica presso il Tribunale di Como) pena la quale, in seguito all'indulto di cui l'interessato ha beneficiato l'8 novembre 2006, era stata ridotta di tre anni per la pena principale, mentre la multa e l'ammenda erano state soppresse (cfr. sentenza cantonale, consid. 3.1 pag. 7 segg.). In base a questi elementi i giudici cantonali hanno osservato che con una tale pena complessiva e dato che era plurirecidivo, il ricorrente avrebbe indubbiamente rappresentato una minaccia concreta per l'ordinamento elvetico nel 2005, quando ha chiesto il rilascio di un permesso per confinanti; in proposito hanno anche precisato che l'indulto ottenuto non avrebbe portato ad una diversa conclusione, siccome si limitava ad estinguere in tutto o in parte la pena principale, non i reati in sé. Essi hanno in seguito lasciato indeciso il quesito di sapere se ciò fosse tuttora il caso, sebbene i precedenti penali non fossero recenti dato che, a loro parere, il rinnovo del permesso poteva essere rifiutato in applicazione dei combinati artt. 62 LStr e 24 OLCP (cfr. sentenza querelata consid. 3.2 e 4 pag. 9 segg.). Nel 2005 il ricorrente aveva infatti scientemente sottaciuto dei fatti determinanti per il rilascio del permesso e, quindi, volontariamente ingannato le autorità. Inoltre all'atto del rinnovo non aveva prodotto tutti i documenti domandati dall'autorità di prime cure, malgrado ripetute sollecitazioni; solo dinanzi al Consiglio di Stato aveva finalmente ottemperato e fornito l'estratto del casellario giudiziale italiano. Il comportamento assunto nonché la sua malafede erano pertanto sufficienti per negare il rinnovo richiesto. Tale argomentazione non può essere tutelata.
3. 3.1 Dopo avere ricordato le norme e i principi giurisprudenziali determinanti dal profilo del diritto convenzionale (segnatamente l'art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC) e del diritto interno (tra l'altro, gli artt. 23 OLCP, 2 cpv. 2 e 62 LStr; v. sentenza cantonale consid. 2, pag. 4 segg.), il Tribunale amministrativo cantonale ha elencato le undici condanne penali inflitte in Italia al ricorrente tra il 1990 e il 2000, osservando al riguardo che, dopo cumulo delle pene, egli doveva scontare complessivamente 6 anni, 1 mese e 18 giorni di reclusione, 4 mesi di arresto e versare una multa di Euro 5'780.51 e un'ammenda di Euro 25.83 (cfr. decreto del 16 marzo 2006 del Procuratore della Repubblica presso il Tribunale di Como) pena la quale, in seguito all'indulto di cui l'interessato ha beneficiato l'8 novembre 2006, era stata ridotta di tre anni per la pena principale, mentre la multa e l'ammenda erano state soppresse (cfr. sentenza cantonale, consid. 3.1 pag. 7 segg.). In base a questi elementi i giudici cantonali hanno osservato che con una tale pena complessiva e dato che era plurirecidivo, il ricorrente avrebbe indubbiamente rappresentato una minaccia concreta per l'ordinamento elvetico nel 2005, quando ha chiesto il rilascio di un permesso per confinanti; in proposito hanno anche precisato che l'indulto ottenuto non avrebbe portato ad una diversa conclusione, siccome si limitava ad estinguere in tutto o in parte la pena principale, non i reati in sé. Essi hanno in seguito lasciato indeciso il quesito di sapere se ciò fosse tuttora il caso, sebbene i precedenti penali non fossero recenti dato che, a loro parere, il rinnovo del permesso poteva essere rifiutato in applicazione dei combinati artt. 62 LStr e 24 OLCP (cfr. sentenza querelata consid. 3.2 e 4 pag. 9 segg.). Nel 2005 il ricorrente aveva infatti scientemente sottaciuto dei fatti determinanti per il rilascio del permesso e, quindi, volontariamente ingannato le autorità. Inoltre all'atto del rinnovo non aveva prodotto tutti i documenti domandati dall'autorità di prime cure, malgrado ripetute sollecitazioni; solo dinanzi al Consiglio di Stato aveva finalmente ottemperato e fornito l'estratto del casellario giudiziale italiano. Il comportamento assunto nonché la sua malafede erano pertanto sufficienti per negare il rinnovo richiesto. Tale argomentazione non può essere tutelata.
3.2 3.2.1 Come già spiegato dal Tribunale federale, in materia di rilascio o di rinnovo di autorizzazioni di soggiorno, l'ALC non esclude (oltre le proprie prescrizioni, cfr. artt. 2 cpv. 3 e 4 nonché 6 Allegato I ALC per quanto riguarda i lavoratori dipendenti) regole di procedura nazionali complementari. Il richiedente deve quindi collaborare all'accertamento dei fatti determinanti ai fini del rilascio o del rinnovo dell'autorizzazione di soggiorno (cfr. art. 90 LStr; sentenza 2C_1008/2011 del 17 marzo 2012, consid. 4) e, di riflesso, sopportare le conseguenze derivanti dalla sua mancata cooperazione. Ciò implica che può vedersi rifiutare il rilascio o il rinnovo del permesso sollecitato se non dimostra di adempiere le condizioni che danno diritto al medesimo (cfr. <ref-ruling> consid. 2.2. pag. 332 seg.).
3.2.2 Premesse queste considerazioni è quindi a ragione - ciò che peraltro nemmeno il ricorrente contesta - che l'autorità di prime cure ha rifiutato di rinnovare il permesso per frontalieri del qui ricorrente. Questi infatti non aveva dato seguito alle sue ripetute sollecitazioni di fornire un estratto del casellario giudiziale italiano il quale, viste le informazioni in possesso della citata autorità riguardo all'esistenza di precedenti penali in Italia, risultava determinante ai fini della decisione da prendere. Dal momento invece che detto documento è stato poi esibito nel corso della procedura cantonale, occorreva allora determinare se il rinnovo sollecitato andava negato perché l'interessato rappresentava una minaccia concreta e attuale per l'ordine pubblico (art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC). È quindi a torto che il Tribunale cantonale amministrativo ha lasciato il quesito indeciso e valutato il caso unicamente dal profilo degli artt. 62 LStr e 24 OLCP. Come già accennato (cfr. consid. 2), solo l'esistenza di motivi di ordine e di sicurezza pubblici permettono di rifiutare il rilascio o il rinnovo di un permesso al cui ottenimento, come in concreto, l'ALC conferisce un diritto. Va poi rammentato che, come spiegato da questa Corte, il fatto di fornire indicazioni false o di tacere fatti essenziali non costituisce, alla luce dell'ALC, una causa di revoca o di rifiuto del rinnovo dell'autorizzazione di soggiorno, contrariamente a quanto previsto dal diritto federale all'art. 62 LStr. Questo modo di fare può invece, tenuto conto del contesto nel quale s'inserisce, essere preso in considerazione per valutare il comportamento del richiedente. L'impatto che possono avere false indicazioni o fatti essenziali omessi dipende infatti da cosa si è voluto nascondere. A seconda delle circostanze, un simile comportamento può quindi costituire un indizio di una minaccia attuale ed effettiva per l'ordine pubblico (sentenza 2C_908/2010 del 7 aprile 2011 consid. 4.3).
3.2.3 Premesse queste considerazioni occorre quindi valutare se il ricorrente, quando ha chiesto il rinnovo del proprio permesso per frontalieri nel 2010 - ciò che egli contesta - rappresentava una minaccia attuale ed effettiva per l'ordine pubblico e se detto documento andava negato in virtù dell'art. 5 cpv. 1 Allegato I ALC.
Come emerge dalla sentenza cantonale, al cui dettagliato esposto si può rinviare (cfr. decisione impugnata consid. 3.1 pag. 7 segg.), il ricorrente ha, a suo carico, 11 condanne penali, accumulate nell'arco di una decina d'anni, ossia dal 1990 al 2000, ed è stato condannato a una pena complessiva (da scontare) di 6 anni, 1 mese e 18 giorni di reclusione, 4 mesi di arresto, una multa di Euro 5'780.51 e un'ammenda di Euro 25.83 (cfr. decreto del 16 marzo 2006 del Procuratore della Repubblica presso il Tribunale di Como). Mediante indulto la pena principale è stata poi ridotta di 3 anni, mentre quelle pecuniarie (multa; ammenda) sono state totalmente rimesse (cfr. ordinanza del Tribunale di Como-Sezione distaccata di Menaggio dell'8 novembre 2006). In sintesi, l'interessato è stato ritenuto colpevole di detenzione illegale di esplosivo e di armi, ricettazione, tentato furto, falsità materiale e ideologica in atti pubblici, resistenza a pubblico ufficiale, rifiuto d'indicazione dell'identità, favoreggiamento (aiuto ad un latitante) nonché possesso di arnesi atti allo scasso.
Quanto addebitato al ricorrente è grave, ciò che è peraltro dimostrato dalla severità della pena complessiva comminatagli, ossia più di 6 anni di reclusione, senza dimenticare i 4 mesi di arresto, la multa e l'ammenda. Il fatto che successivamente abbia beneficiato dell'indulto nulla modifica alla gravità di quanto rimproveratogli, rilevato che in ogni caso rimangono comunque da scontare 3 anni di reclusione (cfr. per analogia <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 379 segg., ove è stato spiegato che, secondo il diritto interno, un'autorizzazione di soggiorno può essere revocata se la pena privativa della libertà è stata pronunciata per più di un anno, a prescindere dal fatto che sia stata sospesa in tutto o in parte oppure che vada o sia stata effettivamente espiata). Allo stesso modo la circostanza che egli non si sia macchiato di delitti particolarmente gravi - di carattere violento, a sfondo sessuale, o in relazione con il commercio di stupefacenti - oppure il fatto che l'entità della pena complessiva è dovuta alla maggiore severità e rigidità del sistema sanzionatorio italiano non permettono in ogni caso di minimizzare quanto addebitatogli (cfr. riguardo alla portata dei reati patrimoniali sentenza 2C_447/2008 del 17 marzo 2009 consid. 5.3). Così come è la dimostrazione di una condotta riprovevole il fatto che sia plurirecidivo e che abbia tentato di nascondere alle autorità l'esistenza del suo casellario giudiziale italiano.
Nell'ambito della valutazione da effettuare dal profilo della norma convenzionale non deve tuttavia essere omesso che, come emerge dalla sentenza impugnata, i reati in questione risalgono a più di 20 anni per i più anziani e almeno a 12 anni per i più "recenti". E da allora, per quanto risulta dall'inserto di causa e nemmeno è stato addotto, il ricorrente non ha più interessato né le autorità penali italiane né quelle svizzere, ha avuto un comportamento inappuntabile nonché ha fruito sul piano professionale di una situazione stabile, al più tardi dall'agosto 2005. Orbene, questi elementi sono propensi a dimostrare che l'evolvere del ricorrente è stato favorevole e permettono di concludere per una prognosi positiva, motivo per cui non si può ritenere che è dato un rischio attuale ed elevato di recidiva. Senza poi dimenticare che egli risiede in Italia e viene in Svizzera solo per lavorare quale frontaliero.
3.2.4 Da quanto precede discende che il qui ricorrente non costituisce una minaccia effettiva, attuale e abbastanza grave per l'ordine pubblico ai sensi dell'art. 5 Allegato I ALC. Egli può, di conseguenza, pretendere al rinnovo dell'autorizzazione di soggiorno di cui fruiva in virtù del citato Accordo. In quanto ammissibile, il ricorso va pertanto accolto, senza che si debba ancora pronunciarsi sulla questione della proporzionalità del provvedimento contestato.
Occorre tuttavia precisare che se il ricorrente dovesse un giorno avere nuovamente un comportamento delittuoso, si esporrebbe allora molto verosimilmente a misure di allontanamento.
4. 4.1 Sulla base delle considerazioni che precedono il ricorso dev'essere accolto e la sentenza impugnata annullata. La causa è rinviata alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni affinché rilasci al ricorrente un'autorizzazione di soggiorno (art. 107 cpv. 2 LTF).
4.2 Soccombente, lo Stato del Cantone Ticino è comunque dispensato dal pagamento delle spese giudiziarie, siccome è intervenuto in causa senza alcun interesse finanziario (art. 66 cpv. 4 LTF). Il ricorrente, assistito da un avvocato, ha diritto ad un'indennità per ripetibili della sede federale (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).
4.3 Il Tribunale federale non farà uso della facoltà concessagli dall'art. 67 LTF di ripartire diversamente le spese del procedimento anteriore e, su questo punto, rinvia la causa all'autorità precedente affinché si pronunci nuovamente sulle spese e le ripetibili della sede cantonale.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la sentenza impugnata è annullata. La causa viene rinviata alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino affinché rilasci un'autorizzazione di soggiorno al ricorrente.
2. La causa è rinviata al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino affinché si pronunci nuovamente sulle spese e le ripetibili della sede cantonale.
3. Non si prelevano spese. Lo Stato del Cantone Ticino verserà al ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Dipartimento delle istituzioni, Sezione della popolazione, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino nonché all'Ufficio federale della migrazione.