Faits:
A. A la suite d'un accident survenu le 27 août 1996, S._ est atteint de tétraplégie. Il est au bénéfice, notamment, d'une rente d'invalidité ainsi que d'une allocation pour impotence grave, versées par la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA).
Le 26 janvier 2011, la CNA a délégué une inspectrice au domicile de l'assuré aux fins de procéder à une enquête sur le déroulement de sa journée. Un rapport détaillé de cette visite donne la description des soins (médicaux et non médicaux) prodigués à l'assuré et évalue le temps qui leur est consacré.
Se fondant sur les observations de son inspectrice, la CNA a retenu que les soins à domicile duraient 105 minutes par jour, dont 66 minutes constituaient des examens et traitements et 20 minutes des soins de base prodigués par une personne autorisée. Le tarif local des organisations de soins à domicile était de 65 fr. 40 pour les examens et traitements et de 54 fr. 60 pour les soins de base. Le reste représentait 9 minutes d'examens et traitements et 10 minutes de soins de base prodigués par une aide à domicile et non par une infirmière. La CNA a rappelé que selon les dispositions légales, l'assureur pouvait à titre exceptionnel participer aux frais résultant des soins à domicile donnés par une personne non autorisée. Pour ces prestations, un salaire horaire de 32 fr. pour les examens et traitements et de 25 fr. pour les soins de base était pris en compte. Par décision du 29 avril 2011, confirmée sur opposition le 20 juillet 2011, la CNA a accepté la prise en charge mensuelle d'un montant de 3'015 fr.
B. L'assuré a recouru contre cette décision devant la Chambre des assurances sociales de la Cour de justice du canton de Genève qui l'a débouté par jugement du 5 mars 2012.
C. S._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Sous suite de dépens, il conclut, principalement, à ce que la CNA soit condamnée à prendre en charge la totalité des frais facturés par la Coopérative des soins infirmiers, de P._ SA ainsi que de l'Assistance à domicile pour la ville et la campagne; à titre subsidiaire, il requiert le renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour instruction complémentaire.

Considérant en droit:
1. Aux termes de l'<ref-law>, l'assuré a droit au traitement médical approprié des lésions résultant de l'accident, à savoir:
a. au traitement ambulatoire dispensé par le médecin, le dentiste ou, sur leur prescription, par le personnel paramédical ainsi que, par la suite, par le chiropraticien;
b. aux médicaments et analyses ordonnés par le médecin ou le dentiste;
c. au traitement, à la nourriture et au logement en salle commune dans un hôpital;
d. aux cures complémentaires et aux cures de bain prescrites par le médecin;
e. aux moyens et appareils servant à la guérison.
Cependant, le droit au traitement médical cesse dès la naissance du droit à la rente (art. 19 al. 1, 2ème phrase, LAA). Lorsque la rente a été fixée, les prestations pour soins et remboursement de frais (art. 10 à 13 LAA) sont accordées à son bénéficiaire aux conditions énumérées à l'<ref-law>, à savoir:
a. lorsqu'il souffre d'une maladie professionnelle;
b. lorsqu'il souffre d'une rechute ou de séquelles tardives et que des mesures médicales amélioreraient notablement sa capacité de gain ou empêcheraient une notable diminution de celle-ci;
c. lorsqu'il a besoin de manière durable d'un traitement et de soins pour conserver sa capacité résiduelle de gain;
d. lorsqu'il présente une incapacité de gain et que des mesures médicales amélioreraient notablement son état de santé ou empêcheraient que celui-ci ne subisse une notable détérioration.
Ainsi, les conditions du droit à la prise en charge des frais de traitement médical diffèrent selon que l'assuré est ou n'est pas au bénéfice d'une rente (<ref-ruling> consid. 3b p. 45). Dans l'éventualité visée à l'<ref-law>, un traitement doit être pris en charge lorsqu'il est propre à entraîner une amélioration de l'état de santé ou à éviter une péjoration de cet état. Il n'est pas nécessaire qu'il soit de nature à rétablir ou à augmenter la capacité de gain (JEAN-MAURICE FRÉSARD/MARGIT MOSER-SZELESS, L'assurance-accidents obligatoire, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, 2ème éd., p. 891 n° 138). En revanche, dans l'éventualité visée à l'<ref-law>, un traitement ne peut être pris en charge qu'aux conditions énumérées à cette disposition.
Ainsi que cela résulte de l'art. 21 al. 1 let. d LAA précité, lorsque la rente a été fixée, les prestations pour soins et remboursement de frais sont accordées à son bénéficiaire lorsqu'il présente une incapacité de gain et que des mesures médicales amélioreraient notablement son état de santé ou empêcheraient que celui-ci subisse une notable détérioration. On vise ici les assurés totalement invalides dont l'état de santé peut être amélioré ou tout au moins stabilisé grâce à des mesures médicales, même si cela reste sans influence sur leur capacité de gain. La prise en charge de telles mesures par l'assureur-accidents ne fait pas obstacle au maintien du droit de l'assuré à une indemnité pour impotence grave (<ref-ruling> consid. 4 p. 57 et l'arrêt cité).
En l'espèce, le recourant remplit les conditions prévues à l'art. 21 al. 1 let. d LAA. Le litige porte dès lors sur l'étendue des prestations dues à ce titre par l'assureur-accidents.
2. 2.1 Selon l'<ref-law>, le Conseil fédéral peut définir les prestations obligatoirement à la charge de l'assurance et limiter la couverture des frais de traitement à l'étranger. Il peut fixer les conditions auxquelles l'assuré a droit aux soins à domicile et la mesure dans laquelle ceux-ci sont couverts.
Faisant usage de cette délégation de compétence, le Conseil fédéral a édicté l'<ref-law> relatif aux soins à domicile. Selon cette disposition, l'assuré a droit aux soins à domicile prescrits par un médecin, à condition qu'ils soient donnés par une personne ou une organisation autorisées, conformément aux art. 49 et 51 de l'ordonnance du 27 juin 1995 sur l'assurance-maladie. L'assureur peut, à titre exceptionnel, participer aux frais qui résultent des soins à domicile donnés par une personne non autorisée.
2.2 Dans un arrêt paru aux <ref-ruling>, notamment 47 consid. 5, l'ancien Tribunal fédéral des assurances a eu l'occasion de préciser ce qu'il y avait lieu d'entendre par soins à domicile au sens de ces dispositions. Cette notion englobe d'abord le traitement médical dispensé à domicile dans un but thérapeutique, appliqué ou ordonné par un médecin. Elle comprend également les soins médicaux au sens de soins infirmiers, sans action thérapeutique mais qui sont toutefois indispensables au maintien de l'état de santé. Il s'agit en particulier des mesures médicales au sens de l'art. 21 al. 1 let. d LAA, qui maintiennent, soutiennent, assurent ou remplacent pour ainsi dire les fonctions organiques vitales. Une troisième forme de soins à domicile est constituée par les soins non médicaux, soit aussi bien l'aide personnelle fournie à l'intéressé pour les actes ordinaires de la vie (soins corporels, nourriture, par exemple) que l'aide dans l'environnement de l'assuré (par exemple, tenue du ménage) (<ref-ruling> consid. 5a p. 47).
Les assureurs sociaux ne doivent pas intervenir pour l'ensemble des soins à domicile mais uniquement pour ceux pour lesquels la loi ou l'ordonnance qu'ils appliquent leur impose le versement d'une prestation. En matière d'assurance-accidents, l'obligation de l'assureur de verser des prestations pour soins à domicile est clairement réglée par l'<ref-law>. Cette disposition oblige au versement de prestations pour les "soins à domicile prescrits par un médecin" (al. 1er). Il en découle que l'obligation de prester doit être limitée au traitement thérapeutique et aux soins médicaux. On ne saurait en effet parler de prescription médicale que lorsqu'il s'agit de mesures ayant un caractère médical; des soins non médicaux ne sont, par nature, pas subordonnés à une indication médicale. Une prescription médicale formelle n'est toutefois pas nécessaire; il suffit que les mesures médicales qui doivent être appliquées à la maison soient médicalement indiquées (<ref-ruling> consid. 5b et c p. 47 s.). Dès lors, l'assureur-accidents n'est tenu à prestations que dans la mesure où il s'agit d'un traitement médical ou de soins médicaux au sens de l'<ref-law>, soit pour les soins à domicile au sens des deux premières catégories précitées.
3. 3.1 Les premiers juges ont retenu qu'en sus des 105 minutes par jour de soins pris en charge par l'intimée, l'enquête du 26 janvier 2011 retenait encore 83 (recte: 85) minutes de soins sans caractère médical (aide à la toilette, habillage), lesquels devaient être considérés comme relevant de l'aide pour les actes ordinaires de la vie au sens de la jurisprudence précitée. Or, si une aide était certes indispensable dans le cas d'espèce pour accomplir ces actes, leur prise en charge ne relevait pas des soins à domicile prescrits par un médecin au sens de l'<ref-law> mais donnaient droit à une allocation pour impotent.
3.2 Sans remettre en cause cette jurisprudence, le recourant soutient pour l'essentiel qu'étant totalement dépendant, tous les soins qui lui sont prodigués à domicile, y compris l'aide pour les actes de la vie ordinaire doivent, dans son cas, être considérés comme soins médicaux au sens de la disposition précitée de l'OLAA.
3.3 En l'espèce, les prétentions à la prise en charge de la totalité des soins à domicile formulées par l'assuré ne sont pas fondées, comme l'ont considéré à juste titre les premiers juges. En effet, contrairement à la situation qui prévaut en matière d'assurance-maladie où les soins de base sont pris en charge (cf. art. 7 al. 2 let. c OPAS; <ref-ruling> au sujet de la coordination avec l'allocation pour impotence grave de l'AVS/AI), seuls les soins proprement médicaux et infirmiers à l'exclusion des autres soins comme l'aide pour les actes ordinaires de la vie et les soins corporels peuvent être pris en charge par l'assureur-accidents, aux conditions des <ref-law> et 18 OLAA. Le recourant, du reste, ne démontre pas en quoi le jugement attaqué serait sur ce point contraire au droit (art. 42 al. 1 et 2 LTF).
4. Le recourant reproche en outre à la juridiction cantonale d'avoir violé son droit d'être entendu en écartant sa requête d'audition de son médecin traitant ainsi que de l'infirmière référente, dont l'avis divergeait de celui de l'enquêtrice de la CNA quant au temps nécessaire pour certains soins. Comme l'ont retenu à juste titre les premiers juges, l'enquête de l'intimée tient compte de tous les soins médicaux recensés par l'infirmière et ni le docteur C._, ni l'infirmière du recourant n'ont fait état d'autres besoins médicaux que l'intimée aurait ignorés. Partant, la juridiction cantonale était fondée à renoncer à l'audition des témoins précités en vertu du principe de l'appréciation anticipée des preuves.
5. Le recourant se prévaut encore du droit à la protection de la bonne foi. Il fait valoir que la CNA a pris en charge tous les frais de soins à domicile pendant onze ans, sans faire la moindre réserve. Pour le recourant, la CNA aurait ainsi créé l'apparence que, sauf changement dans sa situation personnelle, ces prestations continueraient à lui être versées.
S'agissant d'une reconsidération avec effet ex nunc et pro futuro, la jurisprudence a limité la portée du principe de la bonne foi. Elle a considéré qu'en présence d'une telle décision, l'administré ne peut pas, en principe, se prévaloir du droit à la protection de la bonne foi, puisque, justement, l'autorité est revenue sur la décision erronée qui avait fondé la confiance de l'intéressé. Même si l'administré a pris des dispositions qui continuent de produire des effets dans l'avenir et sur lesquelles il ne peut revenir, les principes de la légalité et de l'égalité de traitement l'emportent, dans ce cas, sur le droit à la protection de la bonne foi (SVR 2004 IV n° 23 p. 69, I 453/02 consid. 4.2.2). Ceci vaut a fortiori dans l'hypothèse où, comme en l'espèce, l'intimée n'a pas rendu de décision ni donné par le passé des assurances particulières qui auraient incité le recourant à croire qu'il pourrait toujours bénéficier de prestations ne reposant sur aucune base légale et que l'assureur-accidents ne peut en principe accorder qu'à bien plaire. Pour ces motifs, le moyen tiré de la violation du principe de la bonne foi se révèle mal fondé.
6. Manifestement mal fondé, le recours, dont la motivation se situe à la limite de la recevabilité, doit être rejeté selon la procédure simplifiée prévue à l'<ref-law>.
Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 750 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 18 avril 2013
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Leuzinger
La Greffière: Fretz Perrin