Sachverhalt:
A. W._ und G._ waren Gesellschafter und Geschäftsführer der Firma X._ GmbH. Die Firma war der Kantonalen Ausgleichskasse Glarus angeschlossen. Am ... 1998 wurde über die Gesellschaft der Konkurs eröffnet. Am ... 1999 (Datum der Publikation) wurde das Verfahren mangels Aktiven eingestellt. Mit Verfügungen vom 2. August 1999 forderte die Kantonale Ausgleichskasse Glarus von W._ und G._ unter solidarischer Haftung Schadenersatz in der Höhe von Fr. 83'230.05 für entgangene bundesrechtliche Sozialversicherungsbeiträge sowie Beiträge an die kantonale Familienausgleichskasse für 1997 einschliesslich darauf geschuldeter Nebenkosten. Auf Klage der Ausgleichskasse hin bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus mit Entscheid vom 27. März 2001 die Schadenersatzpflicht in der verfügten Höhe. In Gutheissung der hiegegen erhobenen Verwaltungsgerichtsbeschwerden hob das Eidg. Versicherungsgericht mit Urteil vom 19. November 2002 dieses Erkenntnis auf und wies die Sache an die Ausgleichskasse zurück, damit diese, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Schadenersatz in masslicher Hinsicht neu befinde (Verfahren H 165+166/01).
Am 11. Juni 2007 erliess die Kantonale Ausgleichskasse Glarus zwei Verfügungen, mit welchen sie W._ und G._ unter solidarischer Haftung zur Bezahlung von Fr. 83'230.05 Schadenersatz verpflichtete. Die dagegen erhobenen Einsprachen wies sie mit Entscheiden vom 11. September 2007 ab.
B. In Gutheissung der Beschwerden des W._ und G._ hob das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus die Einspracheentscheide vom 11. September 2008 zufolge Verjährung des Schadenersatzanspruchs auf (Entscheid vom 11. Februar 2009).
C. Das Bundesamt für Sozialversicherungen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 11. Februar 2009 sei aufzuheben und die Sache an das kantonale Verwaltungsgericht zurückzuweisen, damit dieses über die Schadenersatzpflicht von W._ und G._ entscheide.
Die Ausgleichskasse beantragt die Gutheissung der Beschwerde, das kantonale Verwaltungsgericht sowie W._ und G._ deren Abweisung.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid verneint eine Schadenersatzpflicht der Beschwerdegegner nach <ref-law> (in der bis 31. Dezember 2002 gültig gewesenen Fassung) sowie Art. 23 des glarnerischen Gesetzes vom 12. Mai 1974 über Kinderzulagen für Arbeitnehmer (GS VIII B/5/1), wonach die Bestimmungen der Bundesgesetzgebung über die AHV als ergänzendes Recht entsprechende Anwendung finden, soweit das kantonale Recht keine Regelung enthält, zufolge Anspruchsverjährung.
2. 2.1 Nach <ref-law>, in Kraft gestanden bis 31. Dezember 2002, verjährt die Schadenersatzforderung, wenn sie nicht innert Jahresfrist seit Kenntnis des Schadens durch Erlass einer Schadenersatzverfügung - und bei Einspruch nicht innert 30 Tagen durch Klage (<ref-law>) - geltend gemacht wird, auf jeden Fall aber mit Ablauf von fünf Jahren seit Eintritt des Schadens.
Gemäss dem seit 1. Januar 2003 in Kraft stehenden <ref-law> verjährt der Schadenersatzanspruch zwei Jahre, nachdem die zuständige Ausgleichskasse vom Schaden Kenntnis erhalten hat, jedenfalls fünf Jahre nach Eintritt des Schadens (Satz 1). Diese Fristen können unterbrochen werden (Satz 2).
2.2 Es ist unbestritten, dass mit den Verfügungen vom 2. August 1999 die Schadenersatzforderung rechtzeitig geltend gemacht worden war. Diese Verfügungen und den sie bestätigenden Entscheid der Vorinstanz hob das Eidg. Versicherungsgericht mit Urteil vom 19. November 2002 auf. Es bejahte die Schadenersatzpflicht im Grundsatz, erachtete jedoch weitere Abklärungen in masslicher Hinsicht als notwendig. Am 11. Juni 2007 verfügte die Ausgleichskasse erneut.
2.2.1 Nach Auffassung der Vorinstanz war in diesem Zeitpunkt der Schadenersatzanspruch verjährt. Aufgrund des Urteils des Eidg. Versicherungsgerichts sei über die Schadenersatzpflicht neu zu entscheiden gewesen. Dadurch sei das Verfahren wieder im Stand zurückversetzt worden, in welchem es sich befunden habe, bevor die (altrechtliche) Schadenersatzverfügung ergangen sei. Nach der Rechtsprechung seien die Verjährungs- und Verwirkungsbestimmungen des neuen Rechts auch auf im Zeitpunkt seines Inkrafttretens entstandene und fällige, aber noch nicht verwirkte Ansprüche anwendbar. Am 1. Januar 2003 habe somit eine zweijährige Verjährungsfrist zu laufen begonnen. Diese Frist sei nicht unterbrochen worden. Bei Erlass der Verfügungen vom 11. Juni 2007 sei der Schadenersatzanspruch somit verwirkt gewesen.
2.2.2 Das Beschwerde führende Bundesamt bringt vor, der Schadenersatzanspruch gegenüber den ins Recht gefassten ehemaligen Gesellschaftern und Geschäftsführern der konkursiten Firma sei mit der fristgerechten Geltendmachung ein für allemal bis zum rechtskräftigen Abschluss des Verfahrens gewahrt worden. Das Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts vom 19. November 2002 habe das Schadenersatzverfahren nicht abgeschlossen. Die Frage der rechtzeitigen Geltendmachung der Schadenersatzansprüche stelle sich somit gar nicht mehr. Es bestehe kein Raum für die Anwendung von <ref-law>. Diese Bestimmung sei ohnehin nur anwendbar, wenn der Schaden entweder mit oder nach Inkrafttreten am 1. Januar 2003 entstanden oder aber in diesem Zeitpunkt noch nicht nach a<ref-law> verwirkt gewesen sei. Es könne daher der Ausgleichskasse nicht zum Nachteil gereichen, dass sie erst am 11. Juni 2007 erneut verfügt habe.
3. 3.1 Bei den Fristen nach a<ref-law> (und a<ref-law>) handelte es sich um Verwirkungsfristen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 427 mit Hinweisen). Mit dem rechtzeitigen Erlass der Schadenersatzverfügung und der rechtzeitigen Erhebung von Klage bei Einspruch blieben die Rechte der Ausgleichskasse für die ganze Dauer des Verfahrens ein für allemal gewahrt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 356 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.2.2 S. 78). Der Schadenersatzanspruch konnte somit - bis zu der in der Verfügung festgesetzten oder allenfalls in der Klage bezifferten Schadenshöhe (THOMAS NUSSBAUMER, Das Schadenersatzverfahren nach <ref-law>, in: Aktuelle Fragen aus dem Beitragsrecht der AHV, 1998, S. 114) grundsätzlich nicht mehr infolge Zeitablaufs untergehen.
Demgegenüber handelt es sich bei den Fristen nach <ref-law> um Verjährungsfristen. Der Schadenersatzanspruch kann somit auch während des Einspracheverfahrens oder verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahrens verjähren (<ref-ruling> E. 4.2.2 S. 78).
3.2 Das Gesetz regelt das intertemporalrechtliche Verhältnis zwischen a<ref-law> und <ref-law> nicht. Die Übergangsbestimmung des <ref-law> ist nicht anwendbar (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law> e contrario; vgl. auch <ref-ruling> E. 5.4 S. 430). In <ref-ruling> hat das Bundesgericht entschieden, dass <ref-law> auch anwendbar ist, wenn der Schadenersatzanspruch vor dem 1. Januar 2003 entstanden und in diesem Zeitpunkt nach a<ref-law> noch nicht verwirkt ist. Dabei ist die unter altem Recht abgelaufene Zeit an die zweijährige Verjährungsfrist anzurechnen. In jenem Fall hatte die Ausgleichskasse Ende März 2002 fristauslösende Kenntnis vom Schaden. Am 24. August 2004 erliess sie die Schadenersatzverfügung. In diesem Zeitpunkt war der Schadenersatzanspruch mangels verjährungsunterbrechender Handlungen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.2 S. 77 f. und Urteil 9C_903/2008 vom 21. Januar 2009 E. 5.4) jedoch bereits verjährt.
3.3 Im Unterschied zu dem in <ref-ruling> beurteilten Sachverhalt erfolgten vorliegend Schadenersatzverfügung und Klageerhebung (rechtzeitig) vor dem 1. Januar 2003. Damit war der Ersatzanspruch nach altem Recht ein für allemal gewahrt, wie die Aufsichtsbehörde insoweit richtig festhält und was im Übrigen unbestritten ist (E. 3.1). Dies schliesst indessen die (intertemporalrechtliche) Anwendbarkeit des neuen <ref-law> nicht aus. Nach der Rechtsprechung können selbst Ansprüche, für welche das bisherige Recht keine Verjährung oder Verwirkung vorsah, einem neu eingeführten Verjährungs- oder Verwirkungsregime unterworfen werden. Immerhin erfordert der Schutz des bestehenden Rechts, dass die Frist erst mit Inkrafttreten der neuen Regelung zu laufen beginnt (<ref-ruling> E. 3.2 S. 356; <ref-ruling> E. 5.2 S. 430 mit Hinweisen). Es besteht kein Grund, in Bezug auf die intertemporalrechtliche Anwendbarkeit von <ref-law> danach zu unterscheiden, ob die Schadenersatzverfügung vor dem 1. Januar 2003 erlassen werden musste, um die Verwirkungsfrist nach a<ref-law> zu wahren, und in diesem Zeitpunkt noch kein rechtskräftiger Entscheid vorlag, oder später ergehen konnte. Dadurch werden die bestehenden Rechte der Ausgleichskasse auch nicht in einer mit Rechtssicherheit und Treu und Glauben nicht mehr vereinbaren Weise beschnitten. Sie haben die Möglichkeit, die ab 1. Januar 2003 laufende zweijährige Verjährungsfrist zu unterbrechen und einen Rechtsverlust infolge blossen Zeitablaufs zu verhindern (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 357 unten). Das ist ihnen zuzumuten.
Vorliegend hatte die am Recht stehende Ausgleichskasse mehr als zwei Jahre bis Ende 2004 Zeit, um entsprechend den Vorgaben im Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts vom 19. November 2002 zu verfahren und die Höhe des Schadenersatzes neu festzusetzen. Diese Zeitspanne konnte sie bei Bedarf durch verjährungsunterbrechende Handlungen verlängern. Das hat sie jedoch nicht getan und erst am 11. Juni 2007 verfügt, als der Schadenersatzanspruch bereits verjährt war.
Die Beschwerde ist somit unbegründet.
4. Dem unterliegenden Bundesamt sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>; Urteil 9C_1057/2008 vom 4. Mai 2009 E. 5). Die obsiegenden Beschwerdegegner haben Anspruch auf eine u.a. nach dem anwaltlichen Vertretungsaufwand bemessene Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit je Fr. 1000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. Juli 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler