Faits:
A. A.a M._, né en 1973, a été suivi par l'hôpital X._ dès le début de sa scolarité. Dans un rapport du 13 octobre 1987, le docteur L._, médecin à l'hôpital X._, avait constaté chez lui des troubles et avait diagnostiqué des difficultés d'intégration avec réaction d'isolement, de la passivité et une discordance des comportements sociaux. Sur le plan des apprentissages scolaires, le docteur L._ avait fait état d'une grande discontinuité des investissements cognitifs, une lenteur de fonctionnement proche de l'inhibition et un manque d'autonomie constituant des entraves à la progression scolaire malgré un bon potentiel intellectuel. Sur le plan psychique, ce médecin avait constaté une anxiété de fond qui s'extériorisait par des périodes d'excitation psychique, d'instabilité psychomotrice et des passages à l'acte. Compte tenu de ces constatations et évaluations, le docteur L._ avait estimé qu'aucun traitement médical n'était nécessaire mais qu'une formation scolaire spécialisée était indispensable. Celle-ci a été dispensée à M._ par l'école A._ (décision de la Commission AI du canton de Genève du 27 novembre 1987) et a été prolongée jusqu'au 30 juin 1993. Au cours de cette période de formation, l'hôpital X._ a établi un rapport du 23 avril 1991, faisant état d'une amélioration sur le plan scolaire et jugeant M._ plus mûr et capable de s'assumer malgré de gros problèmes personnels qu'il apprend à gérer seul. A la fin de la formation scolaire spécialisée, l'Office cantonal AI de Genève (ci-après: OCAI) a constaté, dans un rapport du 21 juillet 1993, que l'assuré n'était pas motivé, qu'il refusait de se mobiliser et qu'en raison de ses amitiés dans le milieu des toxicomanes et de son comportement, il ne pouvait plus être aidé.
A la demande de l'OCAI, le docteur K._, qui n'avait jamais soigné M._ auparavant, a établi un rapport du 8 avril 1997 sur la base du dossier établi au nom de celui-ci par le Département de psychiatrie de l'hôpital Y._. Il ressortait de ce rapport que M._ a débuté la consommation occasionnelle d'alcool, d'héroïne en fumée, de cocaïne et de LSD à 14 ans et qu'à 18 ans il était dépendant à l'héroïne. Après quatre tentatives infructueuses de sevrage, il était parti en Afrique où il semblait encore résider au moment de l'établissement du rapport.
Par décision du 24 août 1998, l'OCAI a mis M._ au bénéfice d'une rente entière d'invalidité dès le 1er juillet 1993.
A.b Le 17 juin 2004, l'OCAI a initié une révision du droit à la rente. Dans le cadre de cette procédure, des renseignements médicaux ont été demandés au docteur D._, qui a posé le diagnostic de toxicomanie à l'héroïne dès l'âge de 18 ans. Ce médecin a joint à son rapport un avis établi en 2001 duquel il ressort que M._ ne suivait aucun traitement et qu'il ne souffrait d'aucun antécédent psychiatrique ni d'aucune autre pathologie.
Une expertise psychiatrique a été confiée au docteur J._, de l'hôpital Y._. Dans un rapport du 26 septembre 2005, ce praticien a posé le diagnostic de troubles mentaux et du comportement liés à l'utilisation d'opiacés, syndrome de dépendance, utilisation continue (F 11.25), de troubles mentaux et du comportement liés à l'utilisation de cocaïne, syndrome de dépendance actuellement abstinent (F 14.20), de troubles mentaux et du comportement liés à l'utilisation de dérivés du cannabis, syndrome de dépendance, utilisation continue (F 12.24), d'anxiété généralisée et de dysthymie à début précoce. Pour l'expert, les limites de M._ sont essentiellement psychiques et sociales. Elles tiennent à la dépendance aux toxiques surtout à la consommation d'héroïne, associée aux troubles de l'humeur et aux difficultés à gérer le stress. Ces limites auraient une répercussion majeure si l'assuré devait travailler du fait des ruptures de continuité que cela entraînerait et elles le rendraient inapte à maintenir un horaire régulier et par conséquent un engagement professionnel continu et durable. L'expert a estimé qu'à l'avenir si M._ était d'accord d'adhérer à des soins spécialisés dans la dépendance aux drogues et à un suivi psychologique de façon à présenter une abstinence durable avec amélioration de l'état psychique, une insertion professionnelle semblerait possible.
Appelées à se prononcer, les doctoresses U._ et L._ de l'hôpital X._ ont admis que M._ souffrait d'une toxicomanie primaire non invalidante (avis médical du 16 janvier 2005 [recte: 2006]). Pour l'hôpital X._, la consommation de drogues avait empêché l'assuré de suivre une formation et d'avoir une activité professionnelle. En outre, la situation décrite par l'expert ne permettait pas de retenir l'existence d'une anxiété généralisée car les critères de la CIM-10 n'étaient pas réalisés. Enfin, les médecins du X._ ont constaté que la dysthymie était la conséquence de la toxicomanie et non sa cause.
Le 19 mai 2006, l'OCAI a reconsidéré sa décision d'octroi d'une rente entière au motif que M._ souffrait d'une toxicomanie primaire, qui ne résultait pas d'une atteinte à la santé ayant valeur de maladie invalidante et qui n'avait entraîné aucune atteinte à la santé physique ou mentale ayant une influence sur la capacité de gain. Dans la mesure où la décision d'octroi de la rente avait retenu que la toxicomanie était invalidante, elle était manifestement erronée. Il a donc supprimé le droit à une rente dès le 1er jour du 2ème mois suivant la notification de la décision. L'opposition de M._ a été rejetée par décision du 13 novembre 2006.
B. M._ a formé recours contre cette décision devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, en concluant, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de celle-ci.
Sur requête de la juridiction cantonale, le docteur J._, dans un questionnaire du 24 janvier 2007, a complété son expertise du 26 septembre 2005. Il a répondu par l'affirmative à la question de savoir si la dépendance aux diverses substances qu'il avait diagnostiquée résultait elle-même d'une atteinte à la santé physique ou mentale de l'assuré ayant valeur de maladie. Il indiquait qu'il s'agissait d'une dysthymie à début précoce (inclure personnalité dépressive).
Par jugement du 12 mars 2007, le Tribunal cantonal des assurances sociales, admettant le recours, a annulé la décision sur opposition du 13 novembre 2006.
C. L'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation, la décision sur opposition du 13 novembre 2006 étant confirmée.
M._ conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours peut être formé notamment pour violation du droit fédéral (<ref-law>), que le Tribunal fédéral applique d'office (<ref-law>), n'étant ainsi limité ni par les arguments du recourant, ni par la motivation de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law> et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées faute de quoi un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>), condition non remplie en l'espèce.
2. Le litige porte sur la suppression, par voie de la reconsidération, de la rente entière basée sur une incapacité de gain de 100%, allouée à l'intimé par décision du 24 août 1998, en particulier sur le caractère manifestement erroné de cette dernière.
A cet égard, le jugement entrepris expose correctement les règles légales et la jurisprudence sur les conditions de la reconsidération (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 52), sur la notion d'invalidité et son évaluation, la valeur probante des rapports médicaux, ainsi que les exigences posées par la jurisprudence en matière de toxicomanie. Il suffit donc d'y renvoyer.
Il y a lieu de préciser que la détermination du taux d'invalidité ne saurait reposer sur la simple évaluation médico-théorique de la capacité de travail de l'assuré car cela revient à déduire de manière abstraite le degré d'invalidité de l'incapacité de travail, sans tenir compte de l'incidence économique de l'atteinte à la santé, ce qui n'est pas admissible (<ref-ruling> consid. 1c p. 283 et 310 consid. 3c p. 314).
3. 3.1 Les premiers juges ont constaté que les pièces médicales au dossier antérieurement à la décision de rente du 24 août 1998 - soit les avis médicaux des docteurs L._ et K._, ainsi que les conclusions de la division de réadaptation professionnelle - attestaient d'importantes difficultés d'intégration scolaire ainsi que de troubles du comportement, d'une anxiété de fond et d'une fragilité de la personnalité de l'intimé antérieurement à la prise de toxiques. Ils ont retenu que la toxicomanie de l'assuré résultait d'une atteinte à la santé et constituait une maladie invalidante, ainsi que cela résultait de l'expertise du docteur J._ du 26 septembre 2005 et de son rapport complémentaire du 24 janvier 2007. Dans la mesure où l'expertise du docteur J._, faite dans le cadre de la procédure de révision, a admis que la prise de toxiques était utilisée comme automédication pour une maladie préexistante à la dépendance, l'autorité cantonale en a déduit que la décision initiale n'était pas manifestement erronée.
3.2 Cela est contesté par le recourant, qui fait valoir que la décision de rente du 24 août 1998 était manifestement erronée et que les conditions étaient ainsi remplies pour procéder à une reconsidération.
3.3 Contrairement à l'avis des premiers juges, la décision initiale de rente du 24 août 1998 pouvait être reconsidérée, attendu qu'elle était manifestement erronée d'un point de vue formel.
En effet, la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 1c déjà cité p. 283) considère qu'il n'est pas conforme à la loi de déterminer le taux d'invalidité sur une simple évaluation médico-théorique de la capacité de travail car, de ce fait, on ne tiendrait plus compte de l'incidence économique de l'atteinte à la santé.
Au cas présent, le dossier sur lequel s'est fondé l'office AI pour rendre la décision initiale ne contient aucune évaluation de la capacité résiduelle de travail de l'assuré. De plus, les éléments médicaux qui y figurent sont ou bien très anciens (rapport du docteur L._ du 13 octobre 1987), ou bien établis par un médecin (le docteur K._) qui n'a jamais vu l'intimé et qui rédige en avril 1997 un rapport sur la base du dossier médical.
4. Les premiers juges n'ont pas examiné la situation initiale d'un point de vue matériel avec un plein pouvoir d'examen. Ils ont simplement retenu que la décision de rente du 24 août 1998 n'apparaissait pas manifestement erronée au regard des conclusions du docteur J._, qui allaient dans le même sens que les avis médicaux des docteurs L._ et K._.
Cela doit entraîner l'annulation du jugement attaqué et le renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle statue sur le fond avec plein pouvoir d'examen, en examinant tous les éléments matériels ayant conduit à la suppression du droit à la rente. Il lui appartient de porter une appréciation complète sur les avis médicaux figurant au dossier, notamment l'avis de l'hôpital X._ du 16 janvier 2006. En particulier, il convient d'examiner la possibilité d'exiger de l'assuré un traitement contre ses toxico-dépendances et les conséquences de ce traitement sur la réinsertion professionnelle dont parle l'expert J._.
Le Tribunal fédéral ne saurait statuer directement, attendu qu'il n'examine les faits que sous l'angle de l'inexactitude manifeste (<ref-law>).
5. La procédure n'est pas gratuite. L'intimé, qui succombe, supportera les frais de la procédure (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis en ce sens que le jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève du 12 mars 2007 est annulé, la cause étant renvoyée à l'autorité judiciaire de première instance pour décision sur le fond.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et Canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 11 mars 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Wagner