Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Zürich, 4. Abteilung, verurteilte X._ am 8. Mai 2007 wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Art. 19 Ziff. 1 Abs. 3-5 i.V.m. Art. 19 Ziff. 2 lit. a BetmG) zu einer Freiheitsstrafe von 3 1⁄2 Jahren, unter Anrechnung von 337 Tagen Polizei-, Untersuchungs- und Sicherheitshaft und unter Vormerknahme, dass sich der Angeklagte seit 14. September 2006 im vorzeitigen Strafvollzug befinde. Weiter wurde als stationäre therapeutische Massnahme eine Suchtbehandlung angeordnet.
Gegen dieses Urteil erhob die Staatsanwaltschaft II des Kantons Zürich Berufung mit dem Antrag, die Strafe auf 4 1⁄2 Jahre Freiheitsstrafe anzusetzen.
B. Am 17. Januar 2008 beantragte X._ die Entlassung aus der Haft per 11. Februar 2008. Am 7. Februar 2008 wies der Präsident der II. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich das Haftentlassungsgesuch ab.
C. Dagegen hat X._ am 27. Februar 2008 Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht erhoben. Er beantragt, er sei unverzüglich aus dem vorzeitigen Strafvollzug zu entlassen und auf freien Fuss zu setzen.
Der Präsident der Strafkammer hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Auch die Staatsanwaltschaft hat sich - wie schon im kantonalen Verfahren - nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in Strafsachen einzutreten.
2. Der Beschwerdeführer befindet sich im vorzeitigen Strafvollzug. Dieser setzt das Einverständnis der angeschuldigten Person sowie die Erwartung einer unbedingten Freiheitsstrafe oder einer stationären Massnahme voraus und darf den Zweck des Strafverfahrens nicht gefährden (§ 71a StPO/ZH). Für alle strafprozessualen Häftlinge, inklusive Gefangene im vorzeitigen Straf- und Massnahmenvollzug, gilt die Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV). Diese können sich auf die einschlägigen Verfahrensgarantien von Art. 31 BV berufen (<ref-ruling> E. 2 S. 275 mit Hinweisen) und jederzeit ein Begehren um Entlassung aus dem vorzeitigen Strafvollzug stellen (<ref-ruling> E. 1d S. 79 f.). Dieses Gesuch darf nur abgewiesen werden, wenn strafprozessuale Haftgründe fortdauern und die Dauer der Haft bzw. des Strafvollzugs nicht in die Nähe der konkret zu erwartenden Strafe gerückt ist (<ref-ruling> E. 3.4.2 S. 281 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 1d S. 80).
Voraussetzung für die Anordnung und Fortdauer von Untersuchungshaft ist nach zürcherischem Strafprozessrecht, dass gegen den Angeschuldigten der dringende Tatverdacht eines Vergehens oder Verbrechens besteht und zudem ein besonderer Haftgrund vorliegt, namentlich Kollusions-, Flucht- oder Wiederholungsgefahr (§ 58 Abs. 1 StPO/ZH). Die Untersuchungshaft ist durch mildere Massnahmen zu ersetzen, sofern sich der Haftzweck auch auf diese Weise erreichen lässt (§ 58 Abs. 4 i.V.m. § 72 f. StPO/ZH).
3. Der Beschwerdeführer bestreitet zunächst, dass Fluchtgefahr vorliege. Er sei verheiratet und Vater von drei Kindern. Seine Ehefrau habe ihn im Gefängnis regelmässig besucht. Er wünsche sich nichts sehnlicher, als wieder mit seiner Familie ein normales Leben zu führen und eine Arbeit zu finden. Er lebe mit seiner Familie schon seit vielen Jahren in der Schweiz und habe keinen Bezug mehr zu seinem Heimatland.
Der Beschwerdeführer erachtet einen weiteren Verbleib im vorzeitigen Strafvollzug als unverhältnismässig: Die Voraussetzungen für eine bedingte Strafentlassung gemäss Art. 86 Ziff. 1 StGB seien erfüllt. Unter Berücksichtigung dieser Möglichkeit habe er die von der Vorinstanz ausgefällte Strafe bereits vollumfänglich verbüsst. Das Bezirksgericht Zürich habe die Höhe der ausgefällten Freiheitsstrafe ausführlich und sorgfältig begründet, weshalb nicht davon ausgegangen werden könne, dass die Staatsanwaltschaft in zweiter Instanz mit ihrem Strafantrag durchdringen werde. Müsste er bis zum Abschluss des Berufungsverfahrens im vorzeitigen Strafvollzug verbleiben, so könnte dies auch den Ausgang des Rechtsmittelverfahrens präjudizieren: Das Obergericht könnte geneigt sein, dem Antrag der Staatsanwaltschaft zu folgen und die Strafe zu erhöhen, um eine Überhaft des Beschwerdeführers zu verhindern.
Schliesslich sei bei der Verhältnismässigkeitsprüfung auch zu berücksichtigen, dass der Beschwerdeführer während der ganzen Dauer des Freiheitsentzugs nicht in den Genuss der vom Gutachter empfohlenen und von der ersten Instanz angeordneten stationären therapeutischen Massnahme gelangt sei.
4. Gemäss Art. 31 Abs. 3 BV und Art. 5 Ziff. 3 EMRK hat eine in strafprozessualer Haft gehaltene Person Anspruch darauf, innerhalb einer angemessenen Frist richterlich beurteilt oder während des Strafverfahrens aus der Haft entlassen zu werden. Eine übermässige Haftdauer stellt eine unverhältnismässige Beschränkung dieses Grundrechts dar. Sie liegt dann vor, wenn die Haftfrist die mutmassliche Dauer der zu erwartenden freiheitsentziehenden Sanktion übersteigt. Der Richter darf die Haft nur so lange erstrecken, als sie nicht in grosse zeitliche Nähe der (im Falle einer rechtskräftigen Verurteilung) konkret zu erwartenden Dauer der freiheitsentziehenden Sanktion rückt. Dieser Grenze ist auch deshalb grosse Beachtung zu schenken, weil das erkennende Gericht dazu neigen könnte, die Dauer der erstandenen Haft bei der Strafzumessung mitzuberücksichtigen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 170 f., 270 E. 3.4.2 S. 281 f.; je mit Hinweisen).
4.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist die Möglichkeit einer bedingten Entlassung bei der Berechnung der mutmasslichen Dauer der Freiheitsstrafe grundsätzlich ausser Acht zu lassen, es sei denn, die konkreten Umstände des Falles würden eine Berücksichtigung gebieten (vgl. Entscheide 1P.18/2005 vom 31. Januar 2005 E. 1; 1P.216/2000 vom 27. April 2000 E. 5c/bb; 1P.279/1992 vom 19. Mai 1992 E. 4c; je mit Hinweisen).
Dies wird bejaht, wenn der Beschwerdeführer bereits zwei Drittel der erstinstanzlich verhängten Freiheitsstrafe in Untersuchungs- oder Sicherheitshaft bzw. im vorzeitigen Strafvollzug verbracht hat und die Strafe im Rechtsmittelverfahren noch verkürzt, nicht aber erhöht werden kann. In diesen Fällen verlangt das Bundesgericht eine Prognose über die Anwendbarkeit von Art. 86 Abs. 1 StGB (Art. 38 Ziff. 1 aStGB). Fällt diese positiv aus, muss dem Haftentlassungsgesuch stattgegeben werden (Entscheide 1B_100/2007 vom 15. Juni 2007 E. 4.1; 1P.18/2005 vom 31. Januar 2005 E. 2; 1P.611/1998 vom 17. Dezember 1998 E. 4). In zwei Entscheiden, in denen die Prognose unsicher erschien, hielt das Bundesgericht jedenfalls die Aufrechterhaltung der Sicherheitshaft über drei Viertel der Strafe hinaus für unverhältnismässig (1P.219/2000 vom 20. April 2000 E. 2d und 1P.256/2000 vom 12. Mai 2000 E. 2).
4.2 Der vorliegende Fall unterscheidet sich von den zitierten Fällen insofern, als nicht der Angeklagte, sondern die Staatsanwaltschaft Berufung gegen das Urteil des Bezirksgerichts vom 8. Mai 2007 erhoben hat, weshalb die erstinstanzlich ausgesprochene Freiheitsstrafe von 3 1⁄2 Jahren noch erhöht werden kann. Es steht deshalb noch nicht sicher fest, dass der Beschwerdeführer zwei Drittel der Strafe verbüsst hat.
Auch das Gegenteil ist jedoch nicht erstellt. Der Präsident der Strafkammer hat die Berufung der Staatsanwaltschaft zwar als "nicht von vornherein aussichtslos" bezeichnet. Das bedeutet aber nicht zwingend, dass das Obergericht den Berufungsantrag der Staatsanwaltschaft vollumfänglich gutheissen und die Freiheitsstrafe auf 4 1⁄2 Jahre erhöhen wird.
Anders als in den Fällen, in denen ein Tatverdächtiger während des Untersuchungsverfahrens in Haft genommen wird, liegt im vorliegenden Fall bereits ein richterlicher Entscheid zum Strafmass vor. Es wäre deshalb naheliegend, von diesem Entscheid auszugehen, um die mutmassliche Dauer der Strafe zu bestimmen, auch wenn der Entscheid noch zu Ungunsten des Angeklagten abgeändert werden kann (so auch Entscheid 1P.215/2006 vom 5. Mai 2006 E. 4.2).
Hinzu kommt, dass eine weitere Inhaftierung des Beschwerdeführers geeignet ist, den Ausgang des Berufungsverfahrens zu präjudizieren. Genau dies soll jedoch nach der oben zitierten Rechtsprechung des Bundesgerichts und des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte verhindert werden.
4.3 Umstände, die eine bedingte Entlassung gemäss Art. 86 Abs. 1 StGB nach Verbüssung von zwei Dritteln der Strafe ausschliessen würden, werden in der angefochtenen Verfügung nicht erwähnt und sind auch nicht aus den Akten ersichtlich. Dabei ist zu berücksichtigen, dass die bedingte Entlassung die Regel darstellt, von der nur aus guten Gründen abgewichen werden darf (<ref-ruling> E. 2.2 und 2.3 S. 203 f.).
4.4 Unter diesen Umständen erscheint es fraglich, ob die Begründung für die Abweisung des Haftentlassungsgesuchs verfassungsrechtlich haltbar ist. Die Frage kann jedoch offen bleiben, weil der Entscheid aus einem anderen Grund aufzuheben ist.
5. Der Präsident der Strafkammer bejahte Fluchtgefahr, unter Verweis auf die Schwere der drohenden Strafe und auf die bereits in der Präsidialverfügung des Bezirksgerichts Zürich vom 7. Juli 2006 aufgeführten Gründe. Damals wurde angenommen, der wenig in der Schweiz integrierte Beschwerdeführer verfüge über keine gefestigten Beziehungen zur Schweiz, habe keine Arbeitsstelle und unterhalte nach wie vor Kontakte zu seinem Heimatland.
Dabei wird ausser Acht gelassen, dass der Beschwerdeführer bereits einen Grossteil der zu erwartenden Freiheitsstrafe im vorzeitigen Strafvollzug verbüsst hat. Selbst wenn die Strafe, wie von der Staatsanwaltschaft beantragt, um ein Jahr verlängert würde, müsste der Beschwerdeführer vermutlich nur zwei Drittel davon verbüssen (Art. 86 Abs. 1 StGB). Unter Berücksichtigung der bisherigen Haftdauer verblieben dem Beschwerdeführer deshalb nur noch einige Monate Freiheitsentzug. In dieser Situation ist nicht anzunehmen, dass er seine Zukunft durch eine Flucht aufs Spiel setzen würde.
Auch die familiären Verhältnisse des Beschwerdeführers sprechen gegen Fluchtgefahr: Seine Ehefrau und seine drei Kinder leben in der Schweiz. Die Ehefrau des Beschwerdeführers hat diesen regelmässig im Gefängnis besucht, weshalb davon auszugehen ist, dass der Beschwerdeführer im Fall der Haftentlassung zu seiner Familie zurückkehren wird. Schliesslich würde eine Flucht auch den - ohnehin prekären - Aufenthaltsstatus des Beschwerdeführers in der Schweiz weiter gefährden.
Damit lässt sich eine ernsthafte Gefahr bzw. Wahrscheinlichkeit der Flucht im jetzigen Zeitpunkt nicht mehr belegen. Andere Haftgründe wurden von den Zürcher Behörden nicht geltend gemacht und sind auch nicht ersichtlich.
6. Die Beschwerde ist daher gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und der Beschwerdeführer unverzüglich aus der Haft zu entlassen. Der Präsident der Strafkammer hat jedoch die Möglichkeit, Ersatzanordnungen in Form der Pass- und Schriftensperre oder der Verpflichtung zu regelmässiger persönlicher Meldung bei einer Amtsstelle (§ 72 StPO/ZH) anzuordnen, da bei derartigen Ersatzmassnahmen weniger hohe Anforderungen an die Annahme von Fluchtgefahr gelten (Entscheid 1P.704/2004 vom 29. Dezember 2004 E. 4).
Bei diesem Ausgang des Verfahrens obsiegt der Beschwerdeführer und hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 BGG). Es sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und die Präsidialverfügung des Obergerichts des Kantons Zürich, II. Strafkammer, vom 7. Februar 2008 wird aufgehoben. Der Beschwerdeführer ist unverzüglich aus dem vorzeitigen Strafvollzug zu entlassen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft II und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. März 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber