Faits:
A. X._, né en 1943, et dame X._, née en 1949, se sont mariés le 17 octobre 1975 à Vernier (GE), sans conclure de contrat de mariage. Deux enfants, aujourd'hui majeurs, sont issus de leur union.
A la fin de mars 2006, l'épouse a quitté le domicile conjugal pour emménager dans un appartement pris à bail.
Par requête de mesures protectrices de l'union conjugale, l'épouse a notamment sollicité le versement d'une contribution mensuelle de 9'628 fr. dès le 1er avril 2006. Le Vice-Président du Tribunal de première instance du canton de Genève a entériné, sur mesures provisoires, un accord des parties selon lequel le mari s'engageait à payer à l'épouse une contribution mensuelle de 2'000 fr., plus son salaire mensuel de 4'500 fr., sous déduction d'éventuelles prestations de l'assurance-chômage, tout en prenant en charge les impôts du couple.
B. Par jugement du 27 mai 2008, le Tribunal de première instance a, entre autres points, autorisé les parties à vivre séparées (ch. 1), attribué au mari la jouissance exclusive de l'ancienne demeure conjugale (ch. 2), et condamné celui-ci à verser à l'épouse une contribution mensuelle de 3'000 fr. pour son entretien dès le 1er avril 2006 (ch. 3), ainsi qu'une provision ad litem de 5'000 fr. (ch. 6).
La Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 17 octobre 2008, partiellement admis l'appel déposé par l'épouse, et a fixé la contribution d'entretien mensuelle à la charge du mari à 1'800 fr. du 1er avril au 31 décembre 2006, celui-ci étant tenu de s'acquitter en sus de la charge fiscale de l'épouse durant la même période, puis à 3'800 fr. du 1er janvier au 31 mars 2007, et, enfin, à 3'400 fr. dès le 1er avril 2007, sous toutes légitimes imputations.
C. Par mémoire du 24 novembre 2008, l'épouse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, dont elle demande l'annulation. Elle conclut, principalement, à ce que le montant de la contribution d'entretien soit fixé à 6'000 fr. par mois depuis le 1er avril 2006, l'époux étant également condamné à s'acquitter en plus de ses impôts, et subsidiairement, à ce que la contribution soit arrêtée à 8'700 fr. par mois, chaque partie restant responsable du paiement de ses impôts respectifs depuis cette date; plus subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
Des observations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. 1.1 La décision de mesures protectrices de l'union conjugale (<ref-law>) constitue une décision en matière civile au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2 p. 395). Elle est finale selon l'<ref-law>, puisqu'elle tranche de manière définitive, dans une procédure séparée, des questions qui ne pourront plus être revues avec l'éventuelle décision sur le divorce et ses effets accessoires (<ref-ruling> consid. 4 p. 395/396 et les références citées). La décision attaquée a été rendue par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>).
Comme le litige porte uniquement sur la contribution d'entretien allouée à la recourante, la décision attaquée a été prise dans une affaire pécuniaire (<ref-ruling> consid. 2 p. 395), dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, 74 al. 1 let. b LTF). La recourante a qualité pour recourir (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 425/426), car elle a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et a un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée. Enfin, le recours a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi. Il y a donc lieu d'entrer en matière.
1.2 Les mesures protectrices de l'union conjugale sont considérées comme des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5 p. 396, 585 consid. 3.3 p. 587 et la jurisprudence citée), de sorte que seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels. Lorsque le recourant invoque l'interdiction de l'arbitraire prévue par l'art. 9 Cst., le Tribunal fédéral examine si la décision querellée applique le droit civil matériel de manière insoutenable ou repose sur des constatations de fait établies de façon manifestement inexacte (FF 2001 p. 4135). Il ne connaît de la violation de droits fondamentaux - notion qui englobe les droits constitutionnels en général (<ref-ruling> consid. 2 p. 640) - que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), les exigences de motivation de l'acte de recours correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (<ref-ruling> consid. 6 p. 397, 638 consid. 2 p. 639; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254).
Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 589; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 261/262 et les arrêts cités). Il ne suffit pas qu'une solution différente apparaisse concevable, voire préférable; la décision attaquée n'est, de surcroît, annulée que si elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 211 et les arrêts cités).
Quant à l'appréciation des preuves et la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b p. 40; <ref-ruling> consid. 9 p. 399 et les arrêts cités). Sa retenue est d'autant plus grande lorsque le juge n'examine la cause que d'une manière sommaire et provisoire (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 325 et les arrêts cités). Ainsi en va-t-il dans le domaine des mesures protectrices de l'union conjugale, qui sont ordonnées à la suite d'une procédure sommaire, avec administration restreinte des moyens de preuve et limitation du degré de la preuve à la simple vraisemblance (<ref-ruling> consid. 2b/bb p. 478 et les références).
1.3 Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3 p. 395). En tant que la recourante mentionne des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt entrepris, sans se prévaloir valablement de l'une des exceptions susmentionnées, ses allégations sont par conséquent irrecevables. Il sera, dès lors, fait abstraction de l'état de fait présenté par la recourante, dans la mesure où il s'écarte de celui retenu par l'autorité cantonale.
2. Invoquant le grief d'arbitraire (art. 9 Cst.), la recourante fait valoir trois moyens, l'un ayant trait à la réduction de la contribution d'entretien, l'autre relatif à l'établissement du revenu du mari et le dernier concernant l'évaluation du train de vie du couple.
2.1 Dans son premier moyen, la recourante se borne à affirmer qu'il était arbitraire, alors que le jugement du Tribunal de première instance prévoyait une pension mensuelle de 3'000 fr., de réduire la contribution à 1'800 fr. par mois, en ajoutant à la charge de l'intimé les impôts pour la période du 1er avril au 31 décembre 2006. Elle se plaint en outre du fait que la cour cantonale a distingué, concernant la prise en charge des impôts, une première période, soit jusqu'à fin 2006, durant laquelle l'intimé doit assumer la charge fiscale de l'épouse en sus de la contribution d'entretien, et une période ultérieure pour laquelle la pension a été fixée en tenant compte de sa charge fiscale, au seul motif que l'intimé avait demandé que les conjoints fussent taxés séparément.
Autant que l'on puisse inférer que, par sa première critique, la recourante entend se plaindre en réalité de l'interdiction de la reformatio in pejus, elle invoque un principe - selon lequel une autorité de recours ne peut pas modifier l'arrêt attaqué au détriment de la partie qui a recouru, sauf si la partie adverse a interjeté un recours joint (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 158) - relevant au premier chef des règles cantonales de procédure, qui peuvent l'admettre ou le rejeter et qui en déterminent la portée (arrêts 4A_37/2009 du 24 mars 2009 consid. 2; 6B_622/2008 du 13 janvier 2009 consid. 6.1; 4A_73/2008 du 4 juin 2008 consid. 6). Dès lors que la recourante ne fait état d'aucune application arbitraire de ce principe, sa critique est irrecevable (<ref-law>). Au demeurant, elle ne tente même pas la démonstration chiffrée que la contribution fixée par le Tribunal de première instance aurait été effectivement diminuée par la Cour de justice. Est tout aussi irrecevable la seconde critique par laquelle la recourante se plaint de ce que l'autorité cantonale a fixé la contribution pour les deux périodes suivantes en incluant sa propre charge fiscale, au motif que l'intimé avait demandé une taxation séparée dès le 1er janvier 2007. Elle n'explique en effet pas en quoi l'autorité cantonale aurait fait preuve d'arbitraire en retenant qu'une taxation séparée allait être opérée sur la base de la requête du mari, motif pris de la séparation du couple; elle ne prétend du reste pas non plus qu'elle aurait été en mesure de s'opposer à une telle taxation séparée.
2.2 La recourante soutient en outre que le revenu mensuel de l'intimé a été arrêté arbitrairement par l'autorité cantonale à un montant inférieur à celui qu'elle considère comme déterminant et qu'elle chiffre à 19'000 fr.
En substance, la Cour de justice a constaté que les époux - qui travaillaient tous deux dans l'entreprise du mari - étaient convenus dès les années 1980 de ne prélever qu'une partie de leurs salaires respectifs et de laisser le solde sur le compte actionnaire de l'entreprise. Elle a dès lors considéré que seul le salaire réellement perçu était déterminant pour fixer la contribution d'entretien nécessaire au maintien du train de vie effectif, et non le salaire déclaré. Elle a ainsi imputé au mari, pour l'avenir, un revenu de près de 12'000 fr. par mois, égal à celui réalisé pendant la vie commune.
La recourante ne conteste pas que, du temps de la vie commune, les parties aient touché des salaires inférieurs à ceux déclarés. Elle affirme cependant péremptoirement que celles-ci bénéficiaient de revenus plus importants que les salaires prélevés et qu'elles acquittaient leurs dépenses au travers du compte courant de la société, dont les pièces révélaient qu'il avait diminué de 240'509 fr. en 2006. Ce faisant, elle s'en prend à l'appréciation des preuves de manière irrecevable, dans la mesure où elle ne mentionne pas expressément les pièces auxquelles elle fait allusion et se contente d'opposer ses propres allégations aux constatations de l'arrêt attaqué, sans même tenter de démontrer d'arbitraire à ce sujet (<ref-law>).
Sans étayer sa critique, elle reproche ensuite à l'autorité cantonale de ne pas avoir retenu le salaire déclaré de 19'000 fr. comme revenu «hypothétique» (en réalité: réel), et ce sans aucune motivation. Par sa critique, la recourante ne motive nullement en quoi l'autorité cantonale aurait arbitrairement violé le droit fédéral en considérant que le revenu déterminant pour fixer la contribution d'entretien était celui effectivement perçu durant la vie commune, ce revenu suffisant à satisfaire à l'obligation d'entretien au regard du train de vie mené jusqu'alors par les époux.
2.3 La recourante fait aussi grief à l'autorité cantonale d'avoir arbitrairement établi le train de vie antérieur des époux, en particulier le sien, faisant valoir qu'il aurait été plus élevé.
Pour fixer la pension, l'autorité cantonale s'est inspirée des critères valables pour l'entretien après divorce de l'<ref-law>; elle a considéré que la recourante pouvait prétendre à maintenir le train de vie antérieur à la séparation; elle a déterminé celui-ci sur la base des revenus et des charges des parties et a ensuite calculé la contribution due par l'époux en conséquence. La recourante ne conteste pas que le standard de vie qui prévalait durant le mariage constitue également la limite supérieure de l'entretien convenable (<ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 8/9). Elle se contente de formuler des allégations à ce sujet, sans chercher à démontrer qu'elle bénéficiait réellement d'un niveau de vie notablement supérieur à celui établi par la juridiction cantonale. Il en va ainsi quand elle soutient que les parties vivaient non seulement de leurs salaires, mais aussi des prélèvements opérés sur le compte courant de la société, ou quand elle affirme qu'elle bénéficiait de toute une série d'avantages pris en charge par la société. En tant que sa critique se fonde sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt cantonal, et qu'elle ne contient aucune motivation sur le caractère arbitraire des faits constatés (<ref-law>), elle est irrecevable.
3. Vu ce qui précède, le présent recours doit être déclaré irrecevable, aux frais de son auteur (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé, qui n'a pas été invité à répondre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 9 avril 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Mairot