Sich bestechen lassen (Art. 315 aStGB)(Nichtigkeitsbeschwerde gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich [II. Strafkammer] vom 16. September 1998 [S2/U/O/SB960341/jv]), hat sich ergeben:
A.- In der Anklage vom 4. Juli 1994 wird Raphael Engelbert Huber in 20 Anklagepunkten (Ziff. III - XXII) vorgeworfen, als Leiter der Abteilung Wirtschaftswesen bei der Finanzdirektion des Kantons Zürich (Ziff. II) zwischen Mitte 1982 und November 1991 von Gastgewerblern unstatthafte geldwerte Vorteile gefordert respektive entgegengenommen und dabei zu erkennen gegeben haben, dass er diese als Zuwendungen für pflichtwidrige Amtshandlungen verstehe; verschiedene Male habe er seine Amtspflichten tatsächlich verletzt. In der Nachtragsanklage vom 23. Januar 1995 werden ihm der Missbrauch seiner Stellung als Präsident der Prüfungskommission A für die Erteilung von Fähigkeitsausweisen durch Bevorzugung von vier Kandidaten sowie eine Trunkenheitsfahrt vom 16. April 1994 in Zürich vorgeworfen (Urteil Obergericht S. 9 f.).
B.- Das Obergericht des Kantons Zürich (II. Strafkammer) trat am 16. September 1998 im Berufungsverfahren gegen ein Urteil des Bezirksgerichts Zürich (1. Abteilung) vom 21. August 1995 auf mehrere Anklagepunkte zufolge Verjährung nicht ein. Es fand Raphael Engelbert Huber schuldig
- des mehrfachen (qualifizierten) Sichbestechenlassens im Sinne von Art. 315 Abs. 1 und 2 StGB gemäss der Anklage Ziff. IV in Sachen A._ bezüglich des Akzepts des Zinserlasses von Fr. 35'000. -- sowie Ziff. VI, VII und X;
- des mehrfachen Sichbestechenlassens im Sinne von <ref-law> gemäss der Anklage Ziff. IV i.S. B._, Ziff. V, Ziff. VIII i.S. C._, Ziff. XII bezüglich der Aufforderung zur Zahlung und Annahme von Fr. 10'000. --, Ziff. XV bezüglich der Annahme von Fr. 10'000. --, Ziff. XVI, Ziff. XVII in Bezug auf die Forderung von Fr. 50'000. -- sowie Ziff. XVIII, XIX, XX, XXI;
- des Fahrens in angetrunkenem Zustand im Sinne von <ref-law>;
- der versuchten Vereitelung der Blutprobe im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>.
Das Obergericht fand ihn in mehreren Anklagepunkten nicht schuldig des Sichbestechenlassens (<ref-law>) sowie des Amtsmissbrauchs (<ref-law>) und sprach ihn von diesen Vorwürfen frei. Es bestrafte ihn mit 4 1/2 Jahren Zuchthaus (abzüglich 489 Tage angerechneter Hafttage) und Fr. 200'000. -- Busse. Es verpflichtete ihn, dem Staat den unrechtmässig erlangten Vermögensvorteil von Fr. 918'680. -- abzuliefern (Urteilsdispositiv Obergericht S. 167 ff. sowie Urteilsdispositiv des Bezirksgerichts im Urteil Obergericht S. 2 ff.).
Das Kassationsgericht des Kantons Zürich wies am 17. April 2000 eine Nichtigkeitsbeschwerde von Raphael Engelbert Huber ab, soweit es darauf eintrat.
C.- Raphael Engelbert Huber erhebt Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Obergerichts aufzuheben, die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen und ihm die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren.
D.- Das Obergericht des Kantons Zürich verzichtet auf eine Stellungnahme zur Nichtigkeitsbeschwerde.
E.- Das Bundesgericht weist mit Entscheid heutigen Datums eine staatsrechtliche Beschwerde von Raphael Engelbert Huber ab, soweit es darauf eingetreten ist.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 18 Abs. 1 und 2 StGB, Art. 315 Abs. 1 und 2 StGB, Art. 69 und 110 Ziff. 7 StGB i.V.m. <ref-law> sowie Art. 63, 64 und 68 StGB (Beschwerde S. 3). Die Schuldsprüche wegen Widerhandlungen gegen das SVG werden vom Beschwerdeführer anerkannt (Beschwerde S. 4).
Er macht in der Anwendung von <ref-law> bezüglich Pflichtwidrigkeit, Ermessen und Vorsatz eine unzutreffende Rechtsauffassung der Vorinstanz geltend (Beschwerde S. 7 - 31), die zu einer "kalten" Abschaffung des Tatbestands von <ref-law> (Annahme von Geschenken) führe (Beschwerde S. 19). Er ficht die Schuldsprüche gestützt auf seine Rechtsauffassung als bundesrechtswidrig an (Beschwerde S. 32 - 91). Dass die Vorinstanz indessen ausdrücklich der Rechtsprechung des Bundesgerichts, insbesondere auch der herrschenden Lehre in der Auslegung des subjektiven Tatbestands von <ref-law>, folgt (nachfolgend E. 2a - d), ist weder bestritten noch bestreitbar.
Anwendbar sind die Art. 288, 315 und 316 StGB nach der im vorinstanzlichen Urteilszeitpunkt massgeblichen altrechtlichen Fassung des Strafgesetzbuchs.
2.- Gemäss <ref-law> werden Beamte, die für eine künftige, pflichtwidrige Amtshandlung ein Geschenk oder einen andern ihnen nicht gebührenden Vorteil fordern, annehmen oder sich versprechen lassen, mit Zuchthaus bis zu 3 Jahren oder mit Gefängnis bestraft (Abs. 1). Hat der Täter infolge der Bestechung die Amtspflicht verletzt, so ist die Strafe Zuchthaus bis zu 5 Jahren oder Gefängnis nicht unter 1 Monat (Abs. 2).
a) Wie die aktive Bestechung (<ref-law>) nicht voraussetzt, dass auch eine passive Bestechung (<ref-law>) vorliegt, kann sich umgekehrt der Beamte auch der passiven Bestechung schuldig machen, ohne dass ihn jemand aktiv bestochen hat. Schon das blosse "Anbieten" eines Vorteils ist aktive und das blosse "Fordern" eines solchen passive Bestechung; das Angebot braucht seitens des Beamten nicht angenommen zu werden, wie umgekehrt der andere auf die Forderungen des Beamten nicht einzugehen braucht (BGE 77 IV 39 E. 2). Dabei genügt, wenn die Handlung, für die der Beamte einen ihm nicht gebührenden Vorteil fordert, annimmt oder sich versprechen lässt, gegen die Amtspflicht verstösst; sie braucht nicht eine [eigentliche] Amtshandlung zu sein (BGE 72 IV 179 E. 2; bestätigt in BGE 77 IV 39 E. 2).
b) Es kommen nur Handlungen in Betracht, die, wenn sie auch nicht Amtshandlungen sind, doch mit der amtlichen Tätigkeit im Zusammenhang stehen. Es muss sich um ein pflichtwidriges Ausnützen der amtlichen Stellung handeln. Das ist namentlich der Fall bei Handlungen, zu denen der Beamte durch seine amtliche Tätigkeit Gelegenheit erhält. Fehlt dieser Zusammenhang, liegen die verbotenen Handlungen ganz ausserhalb nicht nur des rechtlichen, sondern auch des tatsächlichen Bereichs der amtlichen Funktionen - wie bei einer Nebenbeschäftigung, die mit der Amtstätigkeit nichts zu tun hat -, so findet <ref-law> keine Anwendung (BGE 72 IV 179 E. 2 S. 183 f.). Die Vorinstanz nimmt mit Recht an, es werde jede Handlung erfasst, die im Zusammenhang mit der amtlichen Tätigkeit des Beamten stehe, mithin in Ausnützung der amtlichen Stellung vorgenommen werde und deshalb nicht als Privathandlung völlig ausserhalb des rechtlichen und tatsächlichen Bereichs der dienstlichen Funktionen liege. Es fielen daher alle Tätigkeiten des Beschwerdeführers unter den Begriff, die einen ausreichenden Zusammenhang mit seinen Funktionen aufwiesen, sei es nun um die Bearbeitung und Verfügung mit erteilter oder auch angemasster Kompetenz gegangen, um die Antragstellung an den Finanzdirektor respektive den Regierungsrat oder bloss um eine faktische Einflussnahme auf die Entscheidfindung. Nicht erfasst würden private Tätigkeiten, die als eigentliche Verwaltungshandlungen ausschieden, selbst wenn im Amt erworbene Fachkenntnisse Verwendung gefunden hätten (angefochtenes Urteil S. 44 ff. mit Hinweis auf Erwägungen des Bezirksgerichts, veröffentlicht in SJZ 92/1996 S. 13, 14 ff.; a.A. Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil II, 4. Auflage, Bern 1995, § 57 N 17).
Das in Aussicht gestellte zukünftige pflichtwidrige Verhalten erscheint als Gegenleistung für den nicht gebührenden Vorteil. Zwischen Vorteil und Gegenleistung muss ein genügender Zusammenhang bestehen; die Gegenleistung muss bestimmbar, indes nicht bestimmt sein (vgl. <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a).
c) In Ermessensfragen untersteht ein Beamter genau gleich seiner Amtspflicht wie in Handlungen, die ihm vom Gesetz zwingend vorgeschrieben sind. Die Amtspflicht wird auch dann verletzt, wenn der Beamte innerhalb seines Ermessens Entscheide trifft, die nicht Ausfluss einer unbefangenen und unparteiischen Betrachtungsweise sind; weil er sich im Ermessensbereich am sichersten vor Entdeckungen fühle, sei gerade in diesem Gebiet der strafrechtliche Schutz am notwendigsten (Obergericht des Kantons Bern, ZBJV 82/1946 S. 126). Als pflichtwidrig gelten daher auch Ermessensfehler, insbesondere Missbrauch und Überschreiten des Ermessens, wozu die sachlich nicht begründete Ungleichbehandlung gehört (Pieth, Die Bestechung schweizerischer und ausländischer Beamter, FS Rehberg, Zürich 1996, S. 241). Ermessensentscheidungen sind daher als pflichtwidrige Amtshandlungen anzusehen, wenn ihr Zustandekommen auf sachwidrigen Erwägungen beruht (Maurach/Schröder/Maiwald, Strafrecht, Besonderer Teil, Teilband 2, 8. Auflage, Heidelberg 1999, § 79 N 20).
d) Subjektiv ist Vorsatz bzw. Eventualvorsatz erforderlich (vgl. <ref-ruling> E. 3c), der hier insbesondere das Inaussichtstellen einer künftigen pflichtwidrigen Amtshandlung als Gegenleistung für den nicht gebührenden Vorteil umfassen muss. Wie erwähnt, muss zwischen Vorteil und Gegenleistung ein Zusammenhang bestehen. Doch muss der Beamte nicht den Willen haben, die pflichtwidrige Handlung tatsächlich auszuführen; wird die Handlung nicht nur in Aussicht gestellt, sondern tatsächlich ausgeführt, findet <ref-law> Anwendung (vgl. <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2a; Hafter, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil, Zweite Hälfte, Berlin 1943, S. 760; Rehberg, Strafrecht IV, 2. Auflage, Zürich 1996, S. 407; Stratenwerth, a.a.O., § 57 N 9, 19; Thormann/von Overbeck, Das schweizerische Strafgesetzbuch, Zweiter Band, Zürich 1941, Art. 315 N 9, 10; Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, 2. Auflage, Zürich 1997, Art. 315 N 6). Es genügt, dass der Beamte für eine künftige, pflichtwidrige Amtshandlung einen nicht gebührenden Vorteil fordert, annimmt oder sich versprechen lässt. Dass er sich dann doch nicht an die "Unrechtsvereinbarung" halten und die Gegenleistung schliesslich nicht erbringen will, ändert nichts an der Vollendung des Tatbestands von <ref-law>. Es genügt, dass er sich bereit gezeigt hat, seine Pflichten zu verletzen; er braucht also bei der Entgegennahme des Vorteils nur äusserlich zu erkennen gegeben haben, er werde pflichtwidrig handeln; es verhindert dann seine Absicht oder sein geheimer Vorbehalt, sich in Wahrheit jeder Pflichtwidrigkeit zu enthalten, seine Bestrafung nicht (Maurach/Schröder/ Maiwald, a.a.O., § 79 N 19, 20).
e) Der Beschwerdeführer wendet ein, trotz Spiegelbildlichkeit der Tatbestände von Art. 288 (Bestechen) und 315 StGB könne nicht automatisch auf eine Spiegelbildlichkeit der Willensseite des entsprechenden Vorsatzes geschlossen werden (Beschwerde S. 30).
Es besteht keine völlige Spiegelbildlichkeit der beiden Tatbestände (oben E. 2a; BGE <ref-ruling> E. 2a), insbesondere weil die Tatbestände je eigenständig erfüllt sein können, eine sog. "Unrechtsvereinbarung" also gar nicht zu Stande kommen muss (Maurach/Schröder/ Maiwald, a.a.O., § 79 N 14). Im vorliegenden Verfahren kann nur die Rechtsfrage geprüft werden, ob die Vorinstanz vom richtigen Begriff des Vorsatzes ausgegangen ist. Was jemand weiss, will oder in Kauf nimmt bzw. zu erkennen gibt, ist Tatfrage und als tatsächliche Feststellung für das Bundesgericht verbindlich (Art. 277bis BStP; <ref-ruling> E. 5a, 242 E. 2c). Die Beweiswürdigung kann nicht angefochten werden (<ref-ruling> E. 1, 81 E. 2a). Der Beschwerdeführer scheint aber einzuwenden, es dürfe nicht aus dem Willen des Bestechers auf den "spiegelbildlichen" Willen des Beamten geschlossen werden. Das ist der Vorinstanz indes nicht eingefallen (vgl. angefochtenes Urteil S. 47 sowie in der konkreten Beurteilung z.B. S. 55 f., 122 f., 145).
f) Der Beschwerdeführer macht geltend, der Inhalt der Amtspflicht sei nicht aus dem Bundesstrafrecht, sondern aus dem kantonalen Verwaltungsrecht zu ermitteln. Dabei gehe es aber letztlich ausschliesslich um die Anwendung des "Tatbestandsmerkmals der Amtspflichtverletzung" im Sinne von <ref-law> und nicht um die Anwendung kantonalen Rechts. Das kantonale Verwaltungsrecht und sein Ermessensbegriff müssten auf Nichtigkeitsbeschwerde hin überprüft werden (Beschwerde S. 17 f. mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 2a S. 165).
Diese Frage ist hier unter den Gesichtspunkten der bundesrechtlichen Rechtsmittelordnung zu beurteilen. Die Feststellung der kantonalrechtlichen Amtspflicht ist als Frage des kantonalen Rechts der Prüfung des Bundesgerichts im Verfahren der Nichtigkeitsbeschwerde entzogen (Art. 269 Abs. 1 BStP; <ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 1). Wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte (hier also wegen willkürlicher Anwendung kantonalen Rechts) bleibt die staatsrechtliche Beschwerde vorbehalten (Art. 269 Abs. 2 BStP). Erörterungen über die Verletzung kantonalen Rechts sind im Rahmen der Nichtigkeitsbeschwerde unzulässig (Art. 273 Abs. 1 lit. b BStP). Frage des Bundesrechts bildet, ob die festgestellte kantonalrechtliche Amtspflicht unter den bundesrechtlichen Begriff der "Amtshandlung" oder der "Amtspflicht" im Sinne von Art. 315 Abs. 1 und 2 StGB fällt (vgl. nicht veröffentlichter Entscheid des Kassationshofs vom 7. April 2000 i.S. X. gegen Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich, E. 2b). Ebenso wurde in <ref-ruling> E. 2a hinsichtlich kantonaler Polizeibeamter ausgeführt, ob eine und welche Amtspflicht bestehe, sage das kantonale Recht; ob diese Amtspflicht jedoch einen Rechtfertigungsgrund für eine nach Bundesrecht strafbare Handlung bilde, bestimme sich nach <ref-law>. Die beiden Fragestellungen können sich teilweise überschneiden, weil zu prüfen ist, ob der kantonale Amtspflichtbegriff unter den bundesrechtlichen fällt. Prinzipiell geht es um nichts anderes als die jedesmalige Bewertung, ob überhaupt ein Sachverhalt vorliegt, auf den das Bundesstrafrecht Anwendung findet, ohne dass dabei der Sachverhalt als solcher geprüft würde (vgl. Art. 277 BStP sowie <ref-ruling> E. 5a und 242 E. 2c zur Abgrenzung von Eventualvorsatz und bewusster Fahrlässigkeit).
g) Wie erwähnt, ist das Bundesgericht an die tatsächlichen Feststellungen der kantonalen Behörde gebunden (Art. 277bis Abs. 1 BStP). Die Nichtigkeitsbeschwerde kann nur damit begründet werden, dass die angefochtene Entscheidung eidgenössisches Recht verletze (Art. 269 Abs. 1 BStP). Ausführungen, die sich gegen die tatsächlichen Feststellungen des Entscheids richten, das Vorbringen neuer Tatsachen, neue Einreden, Bestreitungen und Beweismittel sowie Erörterungen über die Verletzung kantonalen Rechts sind unzulässig (Art. 273 Abs. 1 lit. b BStP). Auf unzulässige Vorbringen ist nicht einzutreten.
3.- a) Die Vorinstanz verurteilt den Beschwerdeführer im Fall A._ (angefochtenes Urteil S. 53 - 62) gemäss Art. 315 Abs. 1 und 2 StGB in Bezug auf Forderung und Akzept eines Zinserlasses von Fr. 35'000. -- (angefochtenes Urteil S. 56 [E. 3.2.1.b] - S. 62).
aa) Der Beschwerdeführer macht geltend, das Inaussichtstellen einer parteiischen Behandlung für sich allein genüge nicht, um eine pflichtwidrige Amtshandlung im Sinne von <ref-law> zu begründen; dies könne auch im Zusammenhang mit einer künftigen, nicht pflichtwidrigen Amtshandlung im Sinne von <ref-law> stehen (Beschwerde S. 34, 35).
Das Inaussichtstellen einer parteiischen Behandlung ist ein Inaussichtstellen einer künftigen, pflichtwidrigen Amtshandlung im Sinne von <ref-law>. Wie der Beschwerdeführer indes selber festhält, stellt die Vorinstanz sachverhaltlich darauf ab, "dass er als Gegenleistung [für den Erlass der Zinsschuld] die parteiische Behandlung in Sachen A._ und damit künftige pflichtwidrige Amtshandlungen zusicherte [...] und in der Folge tatsächlich seine Amtspflicht verletzte" (angefochtenes Urteil S. 56, E. 3.2.1.b; Beschwerde S. 33). Sachverhaltlich handelt es sich mithin nicht um den Fall einer künftigen, nicht pflichtwidrigen Amtshandlung im Sinne von <ref-law>. Hingegen zieht der Beschwerdeführer zu Recht nicht in Zweifel, dass eine "parteiische Behandlung" als pflichtwidrig zu gelten hat (BGE <ref-ruling> E. 2c).
bb) Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, bei der Beurteilung des Vorsatzes erwähne die Vorinstanz das Willenselement mit keinem Wort; er verweist dafür auf S. 60, Ziff. 3.3.2.a, des angefochtenen Urteils (Beschwerde S. 35). Die Vorinstanz führt an dieser Stelle aus: "Der Erlass des Dahrlehenszinses geht auf das entsprechende Begehren des Angeklagten zurück, der damit vom Darleiher eine grosse Zuwendung forderte, die nicht zu begründen war und ihm nicht zustand. Es war ihm hierbei bewusst, dass A._ als Unternehmer im Gastronomiebereich stets wieder auf Bewilligungen seiner Abteilung angewiesen war und einzig seine Beamtung die Bereitschaft bei A._ zum Verzicht des während fünf Jahren aufgelaufenen Zinses begründete. " Indem die Vorinstanz feststellt, dass der Beschwerdeführer begehrte und forderte, äussert sie sich auch über die Willensseite. Auf Grund dieses Sachverhalts nimmt sie zu Recht vorsätzliche Begehung an.
cc) Der Beschwerdeführer macht schliesslich unter Berufung auf die kantonalen Akten geltend, die Zulässigkeit der Patenterteilung, weil gerade darin die angebliche Pflichtwidrigkeit bestehen solle, müsse vom Bundesgericht als Rechtsfrage überprüft werden (Beschwerde S. 36 - 40). Die Vorinstanz führt dazu - auf Grund ergänzter Aktenlage und nach ausführlicher Beweiswürdigung (angefochtenes Urteil S. 57 letzter Abs. und ff.) - aus, die Erteilung des Gastwirtschaftspatents für das Restaurant X._ sei ohne zureichende Begründung entgegen dem Antrag der Vorbehörden und in Missachtung der berechtigten Einwände gegen das Vorhaben erfolgt (angefochtenes Urteil S. 59). Der Weisung zur Patenterteilung hätten sachfremde Motive zu Grunde gelegen; sie erweise sich deshalb als rechtsungleich, d.h. den Gesuchsteller sachwidrig bevorzugenden Akt, und stelle mithin eine pflichtwidrige Amtshandlung dar (angefochtenes Urteil S. 60 sowie S. 61, E. 3.2.2.c).
Es ist nicht zweifelhaft, dass diese Patenterteilung eine Amtshandlung auch im Sinne von <ref-law> darstellt und dass eine auf sachfremde Motive gestützte Weisung als rechtsungleiche und damit pflichtwidrige Amtshandlung zu qualifizieren ist; im Übrigen geht es hier um Beweiswürdigung.
dd) Zusammenfassend ficht der Beschwerdeführer die Beurteilung des Obergerichts gestützt auf seine abweichende Rechtsauffassung vor dem Bundesgericht wie vor einem Appellationsgericht in der Form eines Plädoyers an. Er richtet sich dabei mit erwägenden Ausführungen gegen die Beweiswürdigung. Damit verkennt er Sinn und Zweck der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde. Darauf ist nicht weiter einzutreten. Es kann vielmehr auf das angefochtene Urteil verwiesen werden (Art. 275bis BStP i.V.m. Art. 36a OG).
b) Im Fall B._ (angefochtenes Urteil S. 62 - 65; Beschwerde S. 40 - 43) stellt die Vorinstanz fest, der Beschwerdeführer habe eine "ideelle" Verknüpfung des Geschäfts (Gewährung eines zinslosen Darlehens) mit der Vorstellung einer Ausnahmebewilligung ausdrücklich zugestanden (angefochtenes Urteil S. 63).
Der Beschwerdeführer wendet ein, ob der Vorteil nicht gebührend gewesen sei, müsse das Bundesgericht prüfen (Beschwerde S. 40). Dies ist indessen entgegen seiner Ansicht nicht unter dem Titel von <ref-law> zu prüfen. Es ist unbestritten, dass zinslose Darlehen zulässig sind. Nach der Beweiswürdigung nahm der Beschwerdeführer diesen Vorteil nicht als Privatmann, sondern als Chef der Abteilung Wirtschaftswesen an; es sei ihm durchaus bewusst gewesen, was schon seiner eigenen Darstellung der Dinge zu entnehmen sei, dass es B._ vor allem darum gegangen sei, ihn für die bevorzugte Bearbeitung der Gesuche zu gewinnen (angefochtenes Urteil S. 65). Wurde dem Beschwerdeführer der Vorteil aber für eine bevorzugte Bearbeitung von Gesuchen gegeben, handelt es sich um einen ihm "nicht gebührenden Vorteil".
Aus der zitierten Erwägung ergibt sich zudem die Unbegründetheit der Rüge, die Vorinstanz erwähne das Willenselement mit keinem Wort, und es sei nicht festgestellt, ob er die "angesonnene Bevorteilung" auch gewollt oder allenfalls in Kauf genommen habe (Beschwerde S. 43).
c) Im Fall D._/E. _ (angefochtenes Urteil S. 65 - 76; Beschwerde S. 43 - 48) schliesst die Vorinstanz nicht allein aus der Höhe des Vorteils die Anwendung von <ref-law> generell aus und schliesst nicht deswegen auf die Erfüllung des Tatbestands von <ref-law> (Beschwerde S. 46), sondern auf Grund ihrer ausführlichen Beweiswürdigung. Die heutigen Rügen brachte der Beschwerdeführer bereits vor dem Kassationsgericht des Kantons Zürich vor, das einen Nichtigkeitsgrund als nicht erwiesen sah (Urteil Kassationsgericht S. 76 - 84; vgl. Entscheid zur staatsrechtlichen Beschwerde E. 4). Auch die Annahme des Vorsatzes ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden (angefochtenes Urteil S. 75, E. 3.4.2)
d) Dem Fall F._ (angefochtenes Urteil S. 76 - 87; Beschwerde S. 48 - 58) liegt die Übernahme von jeweils einer Serie von Bildern in zwei Malen sowie eine so genannte Provisionszahlung im Zusammenhang eines Liegenschaftskaufs zu Grunde.
aa) Der Beschwerdeführer macht geltend, mit der Annahme, die Provision von Fr. 110'000. -- bilde einen nicht gebührenden Vorteil im Sinne von <ref-law>, verkenne die Vorinstanz das Maklergeschäft im Sinne von <ref-law> (Beschwerde S. 50 f.). Die Vorinstanz stellt fest, selbst die Darlegungen von F._ selber liessen nicht auf einen dem Beschwerdeführer geschuldeten Anspruch schliessen; er habe bezahlt, weil der Beschwerdeführer dies verlangt habe (angefochtenes Urteil S. 80). Es geht hier nicht um die Anwendung des Obligationenrechts. Massgeblich ist das Beweisergebnis: Danach kam dem Beschwerdeführer aus der Sicht des Zuwenders ein Vorteil zu, der nicht mit dem behaupteten Liegenschaftenhandel in Verbindung stand. Damit sei auch der Nachweis erbracht, dass er den Vorteil als ihm nicht gebührend erkannt habe, womit ihm sodann die Intention von F._ einsichtig geworden sei, die er akzeptiert habe. Aus dem Wissen um die Interessenlage von F._ und aus den Erfahrungen mit den Bilderverkäufen lasse sich ohne weiteres auf die Kenntnis der Absicht des Zuwenders, ihn mit der Zahlung zu parteiischen Amtshandlungen zu veranlassen, schliessen (angefochtenes Urteil S. 80 - 82). Der Beschwerdeführer richtet sich somit gegen die Beweiswürdigung.
bb) Hinsichtlich der Bilderverkäufe macht der Beschwerdeführer geltend, der Wunsch nach einer parteiischen Behandlung seitens des Vorteilsgebers könne auch im Zusammenhang mit einer künftigen, nicht pflichtwidrigen Amtshandlung stehen; die Vorinstanz enge den Anwendungsbereich von <ref-law> unzulässig ein und erwähne auch das Willenselement mit keinem Wort (Beschwerde S. 53). Auf Grund des Sachverhalts war <ref-law> anzuwenden (angefochtenes Urteil S. 79 f. und 85 f.). Im Übrigen kann auf die obigen Ausführungen E. 3a/aa verwiesen werden.
cc) Weiter ist der Beschwerdeführer darauf hinzuweisen, dass sein wiederholter Vorwurf, die Vorinstanz erwähne das Willenselement mit keinem Wort, und es sei nicht festgestellt, ob er die "angesonnene Bevorteilung" auch gewollt oder allenfalls in Kauf genommen habe (Beschwerde S. 53) - ausserhalb der Betrachtungsweise unter dem Titel von Art. 277 BStP, wonach die angefochtene Entscheidung nicht an derartigen Mängeln leiden darf, dass die Gesetzesanwendung nicht nachgeprüft werden kann -, die Beweiswürdigung beschlägt, weshalb darauf im vorliegenden Verfahren nicht einzutreten ist (im Übrigen oben E. 2d und e). Die Vorinstanz beurteilt den subjektiven Tatbestand ausführlich (angefochtenes Urteil S. 85 - 87).
Die Freisprüche erfolgten denn auch überwiegend deshalb, weil die Vorinstanz den subjektiven Sachverhalt beweismässig nicht als erstellt sah (vgl. angefochtenes Urteil S. 113, Anklage XII, G._ betr. Kaffeelieferung von H._; S. 119 f., E. 3.11.2, Anklage XIII, I._; S. 122 f., Anklage XIV, J._; S. 129 und 131, Anklage XVII, K._; S. 148, Anklage XXII, L._).
dd) Betreffend seine Vorbringen zur richtigen Anwendung des kantonalen Verwaltungsrechts und einer zu korrigierenden aktenwidrigen Feststellung (Beschwerde S. 53 ff., 57, 60) ist auf die obige E. 2f. zu verweisen. Die Vorinstanz hat die Frage der Amtspflichtverletzungen eingehend geprüft; bundesrechtlich ist die Subsumtion nicht zu beanstanden (angefochtenes Urteil S. 82 - 85).
Die Vorinstanz hat denn auch in mehreren Fällen eine Pflichtwidrigkeit verneint (vgl. etwa angefochtenes Urteil S. 119, Anklage XIII, I._; S. 129, auch S. 131, Anklage XVII, K._; S. 75, Anklage V, E._). Sie hat auch diese Frage jeweils sorgfältig geprüft.
e) Der Beschwerdeführer ficht in derselben Art und Weise den Schuldspruch in Sachen R._ (angefochtenes Urteil S. 87 - 92; Beschwerde S. 58 - 60) und die folgenden Schuldsprüche an [...].
Auf diese Vorbringen, die sich auf eine nicht zutreffende Tatbestandsinterpretation des Beschwerdeführers stützen und sich durchgehend in unzulässiger Weise (Art. 273 Abs. 1 lit. b BStP) gegen die für den Kassationshof verbindlichen (Art. 277bis Abs. 1 BStP) Feststellungen der Vorinstanz richten, ist nicht mehr weiter einzutreten. Eine Verletzung von Bundesrecht ist nicht ersichtlich. Auf das sorgfältig und eingehend begründete angefochtene Urteil kann verwiesen werden (Art. 275bis BStP i.V.m. Art. 36a OG).
4.- Die Strafe ist nach dem Verschulden des Täters zuzumessen; dabei sind Beweggründe, Vorleben und persönliche Verhältnisse des Schuldigen zu berücksichtigen (<ref-law>). Es müssen die wesentlichen Tat- und Täterkomponenten beurteilt, das Ausmass qualifizierender Tatumstände gewichtet und die Strafzumessung nachvollziehbar begründet werden. Dabei besitzt die Vorinstanz ein erhebliches Ermessen. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Gesichtspunkten ausgegangen ist oder wenn sie wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2a).
a) Der Beschwerdeführer zählt die Anklagepunkte auf, auf die die Vorinstanz wegen Verjährung nicht mehr eingetreten ist, sowie die Freisprüche (Beschwerde S. 91 - 93). Damit sei gegenüber dem ersten Urteil eine sehr erhebliche Reduktion des Verschuldens erfolgt, das Strafmass jedoch lediglich von 5 auf 4 1/2 Jahre herabgesetzt worden. Es werde nicht begründet, weshalb die Reduktion so gering ausgefallen sei. Diese "willkürlich" geringe Reduktion verletze Art. 63 und 68 StGB (Beschwerde S. 94 f.).
Zunächst ist darauf hinzuweisen, dass die Vorinstanz - anders als die Erstinstanz - für die Tatbestände von Art. 315 und 312 StGB (Amtsmissbrauch) unechte Konkurrenz annimmt (angefochtenes Urteil S. 50 - 52, E. 2.4). Insoweit der Beschwerdeführer daher im Sinne von <ref-law> schuldig befunden worden war, findet keine Erhöhung der Strafe gemäss <ref-law> statt, doch bleibt das Tatverschulden grundsätzlich unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> zu berücksichtigen, so im Anklagepunkt V (E._) wegen Verurteilung gemäss <ref-law> (angefochtenes Urteil S. 76). In Sachen F._ (Anklage VI) erfolgte eine Verurteilung im Sinne von Art. 315 Abs. 1 und 2 StGB (angefochtenes Urteil S. 87); gleich verhält es sich in Sachen M._ (Anklage X), wo ebenfalls eine Verurteilung gemäss Art. 315 Abs. 1 und 2 StGB erfolgte, jedoch <ref-law> ebenfalls ausser Betracht fiel (angefochtenes Urteil S. 108; vgl. im Übrigen angefochtenes Urteil S. 153 sowie Dispositive).
In der Strafzumessung fielen neben dem nachgewiesenen nicht gebührenden Vermögensvorteil in der Höhe von einer Million Franken für die objektive Tatschwere die Vielzahl der Delikte und die sich beinahe über zehn Jahre erstreckende Delinquenz ins Gewicht. Subjektiv lagen eine beispiellose Illoyalität und Durchtriebenheit vor. Dazu gehörte der stete Ausbau eines Netzes unter Beteiligten und Interessierten, die bewusste Einbindung Dritter in kriminelle Handlungen sowie die Förderung und Erhaltung des Glaubens in der Szene der (potentiellen) Gesuchsteller an seine massgeblichen Kompetenzen. Er nutzte seine Machtstellung als Chef der Abteilung Wirtschaftswesen rücksichtslos zu seinem persönlichen Vorteil aus. Er missbrauchte das ihm entgegengebrachte Vertrauen hemmungslos und systematisch. Das Aufklärungsrisiko reduzierte er durch geschickte Tarnmassnahmen. Sein Tatverschulden sei ausserordentlich schwer (angefochtenes Urteil S. 154ff. ).
Die Vorinstanz verletzt angesichts des zu Recht als ausserordentlich schwer gewichteten Verschuldens mit der Festsetzung des Strafmasses das ihr bundesrechtlich zustehende Strafzumessungsermessen nicht. Sie hat die Freisprüche und Verfahrenseinstellungen berücksichtigt und das mildere Strafmass damit begründet (angefochtenes Urteil S. 160). Eine Verletzung von <ref-law> ist zu verneinen. Eine Strafmilderung könnte <ref-law> nur dann verletzen, wenn das Strafmass gemäss dieser Bestimmung hätte erhöht werden müssen. Das ist nicht der Fall.
b) Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe eine Strafminderung wegen langer Verfahrensdauer abgelehnt. Dies sei nur bei schuldhaftem Verhalten möglich. Die Vorinstanz habe unterlassen zu begründen, inwiefern ihm ein prozessuales Verschulden zur Last falle. Verzögerungen seien nicht zuletzt dadurch begründet worden, dass sein Verteidiger das Mandat niedergelegt habe; dass ihn daran ein Verschulden treffe, sei nicht dargetan worden. Ebenso wenig habe er es zu vertreten, dass nach der Berufungsverhandlung hätten Zeugen einvernommen werden müssen. Die Ausübung der Verteidigungsrechte sei legitim und könne niemals ein Verschulden darstellen (Beschwerde S. 98 f.). Schliesse sodann das erneute einschlägige Delinquieren eine Strafmilderung aus, so müsse doch bei einer Strafminderung berücksichtigt werden, dass die neue Delinquenz ein gänzlich anderes Rechtsgebiet beschlage (Beschwerde S. 99 f.). <ref-law> sei verletzt (Beschwerde S. 100).
Die Vorinstanz nimmt kein prozessuales Verschulden des Beschwerdeführers an und hatte entsprechend ein solches auch nicht zu begründen. Sie prüft vielmehr die Anwendung von <ref-law> (Verstreichen verhältnismässig langer Zeit und Wohlverhalten). Sie hält dabei fest, dass die eingeklagten Handlungen, beginnend im Juni 1982, teilweise bereits verjährt seien, dass er aber praktisch bis zu seiner Verhaftung im Herbst 1991 weiter delinquiert habe. Dass seit der Eröffnung der Strafuntersuchung wiederum gegen sieben Jahre ins Land gegangen seien, könne auch nicht strafmindernd berücksichtigt werden, habe er doch zur langen Verfahrensdauer massgeblich beigetragen. Zudem habe er während des Verfahrens am 16. April 1994 erneut, wenn auch auf einem anderen Gebiet, delinquiert, was strafschärfend zu berücksichtigen sei (angefochtenes Urteil S. 159).
Diese Beurteilung verletzt kein Bundesrecht. Insbesondere schildert die Vorinstanz den Beitrag des Beschwerdeführers zur langen Verfahrensdauer ausführlich (angefochtenes Urteil S. 10 ff.).
c) Der Beschwerdeführer bringt vor, von einer auch nur teilweisen Anrechnung der Zeitspanne, während der er sich täglich bei der Polizei habe melden müssen, habe die Vorinstanz abgesehen. Die Meldepflicht habe während 87 Tagen bestanden. Deren Erfüllung habe eine bestimmte Zeit erfordert, über die er nicht frei habe verfügen können, und er habe sich nur soweit vom Wohnort entfernen können, dass die Meldepflicht am nächsten Tag nicht gefährdet worden sei. Die Vorinstanz habe nicht in Zweifel gezogen, dass dies zu einer Einschränkung der persönlichen Freiheit geführt habe, diese indes als zu gering gewertet, als dass sie anzurechnen gewesen wäre. Der von der Vorinstanz zitierten Rechtsprechung (<ref-ruling>) sei nicht zu entnehmen, dass nur Freiheitsbeschränkungen von einer gewissen Schwere anzurechnen seien. Die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt (Beschwerde S. 95 - 98).
Die Vorinstanz rechnet Untersuchungshaft, Auslieferungshaft, Auslieferungs- und Sicherheitshaft sowie den Hausarrest (diesen zu 2/3) an. Die tägliche Meldepflicht erscheine im Vergleich zur Untersuchungshaft als derart untergeordnete Einschränkung der persönlichen Freiheit, dass diese Zeitspanne nicht angerechnet werden müsse (angefochtenes Urteil S. 160 und 161).
Die prinzipielle Anrechnung der Untersuchungshaft gemäss <ref-law> wurde auf Gründe der Billigkeit zurückgeführt (etwa noch <ref-ruling> E. 2a), während heute die massive Beeinträchtigung der persönlichen Freiheit im Vordergrund steht (<ref-ruling> E. 2b). Bei der Bestimmung der anrechenbaren Dauer von Ersatzmassnahmen ist der Grad der Beschränkung der persönlichen Freiheit im Vergleich zum Freiheitsentzug bei der Untersuchungshaft mitzuberücksichtigen (<ref-ruling> E. 2c). In diesem Entscheid ging es um die Anrechnung des Aufenthalts in einem Männerheim, wobei dem Betroffenen "ausserordentlich einschneidende Auflagen gemacht worden waren, welche die persönliche Freiheit stark beschnitten"; es wurde ihm insbesondere verwehrt, "sich frei zu bewegen, sich aufzuhalten und zu wohnen, wo er wollte". Das Bundesgericht sah bei dieser Sachlage mit einer Anrechnung im Umfang von 2/3 kein Bundesrecht verletzt. Die vorliegend zu beurteilende Meldepflicht lässt sich offensichtlich mit diesen Auflagen in keiner Weise vergleichen. Eine Verletzung von Bundesrecht ist zu verneinen.
Der Beschwerdeführer begründet eine Verletzung von <ref-law> nicht. Das ist denn auch nicht zu sehen, da diese Bestimmung die "Meldepflicht" nicht erwähnt. Eine Verletzung von <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 2a) wird ebenso wenig begründet; es ist darauf nicht einzutreten (Art. 273 Abs. 1 lit. b BStP).
5.- Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist abzuweisen, weil das Rechtsbegehren des Beschwerdeführers als aussichtslos erschien (Art. 152 OG). Der Beschwerdeführer trägt die Kosten vor Bundesgericht (Art. 278 BStP).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500. -- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht (II. Strafkammer) des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 28. September 2000
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: