Sachverhalt:
A. Der 1954 geborene R._ meldete sich im Mai 2002 bei der Invalidenversicherung an und beantragte u.a. eine Rente. Nach Abklärungen verneinte die IV-Stelle des Kantons Zürich mit Verfügung vom 3. September 2004 den Anspruch auf eine Rente, was sie mit Einspracheentscheid vom 29. März 2005 bestätigte. Diesen Verwaltungsakt hob das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 27. Oktober 2005 auf und wies die Sache zu weiterer Abklärung und neuer Verfügung im Sinne der Erwägungen an die IV-Stelle zurück. In der Folge wurde R._ durch Dr. med. S._, Facharzt für Orthopädische Chirurgie FMH/FMS, untersucht und begutachtet. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 22. Dezember 2006 erneut einen Rentenanspruch.
B. Die Beschwerde des R._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich nach zweifachem Schriftenwechsel mit Entscheid vom 15. Dezember 2008 ab.
C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der Entscheid vom 15. Dezember 2008 sei aufzuheben und ihm mit Wirkung ab 31. Mai 2001 eine halbe Rente zuzusprechen, zuzüglich 5 % Zins ab 1. Juni 2003; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die IV-Stelle beantragt die Abweisung der Beschwerde. Kantonales Gericht und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat einen Einkommensvergleich (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) durchgeführt, welcher einen Invaliditätsgrad von 0 % ergab. Das Valideneinkommen (Fr. 22'355.-) hat es dem durchschnittlichen Verdienst der Jahre 1994-2001 gemäss den Eintragungen im Individuellen Konto, angepasst an die Nominallohnentwicklung 1994-2001, gleichgesetzt. Das Invalideneinkommen (mindestens Fr. 42'662.- [Fr. 56'883.- x 0,75; <ref-ruling>]) hat es auf der Grundlage der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung 2000 des Bundesamtes für Statistik (LSE 00) ermittelt (<ref-ruling>). Dabei hat es die Aufgabe des eigenen Geschäfts zugunsten einer leidensangepassten Tätigkeit gemäss Gutachten des Dr. med. S._ vom 8. März 2008 durch den Versicherten als zumutbar erachtet.
2. In der Beschwerde wird die vorinstanzliche Invaliditätsbemessung in verschiedener Hinsicht als bundesrechtswidrig gerügt (<ref-law>).
2.1 Vorab wird geltend gemacht, für die Ermittlung des Valideneinkommens könne nicht auf das durchschnittliche Einkommen der Jahre 1994-2001 gemäss den Eintragungen im Individuellen Konto abgestellt werden. Bei diesen Einkommen handle es sich um den Grundlohn, den sich der Beschwerdeführer als quasi Alleinaktionär resp. Hauptaktionär der M._ AG ausbezahlt habe. Weitere Einkommensteile, namentlich der Unternehmensgewinn, Versicherungsleistungen, Spesen etc., kämen dazu. Zudem sei zu berücksichtigen, dass der Beschwerdeführer seit 1994 krankheitshalber in seiner Arbeitsfähigkeit eingeschränkt gewesen sei und Leistungen der Erwerbsausfallversicherung bezogen habe. Das Valideneinkommen sei daher auf tabellarischer Grundlage zu ermitteln oder allenfalls sei der Invaliditätsgrad nach dem ausserordentlichen Bemessungsverfahren zu ermitteln.
2.1.1 Die Vorinstanz hat für die Bestimmung des ohne gesundheitliche Beeinträchtigung erzielbaren Einkommens auf die Eintragungen im Individuellen Konto für die Jahre 1994-2001 abgestellt. Sie hat erwogen, nach der Rechtsprechung sei der versicherten Person auch ein nicht existenzsicherndes Einkommen als Valideneinkommen anzurechnen, wenn - wie vorliegend - aufgrund der Umstände des Einzelfalles davon auszugehen sei, dass sie sich auch ohne den Gesundheitsschaden voraussichtlich dauernd aus freien Stücken mit einer bescheidenen Erwerbstätigkeit begnügt hätte (<ref-ruling> E. 5c/bb S. 157). Es bestehe jedenfalls kein Grund, statistische Durchschnittslöhne heranzuziehen. Da der Beschwerdeführer aktenkundig seit 1986 Beiträge als Unselbständigerwerbender leiste, bleibe von vornherein kein Raum für eine Berücksichtigung der Geschäftsabschlüsse bei der Ermittlung des Valideneinkommens.
2.1.2 Die im Individuellen Konto eingetragenen Einkommen aus unselbständiger oder selbständiger Erwerbstätigkeit (<ref-law>) können Grundlage für die Bemessung des Valideneinkommens (und auch des Invalideneinkommens; <ref-ruling> E. 2c/aa S. 19) bilden. Der versicherten Person steht aber der Gegenbeweis offen, dass die verabgabten Einkünfte allenfalls erheblich vom tatsächlich erzielten Verdienst abweichen (<ref-law>; SVR 1999 IV Nr. 24, I 499/97 E. 4b; Urteil I 705/05 vom 4. Januar 2007 E. 3.2 und Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts I 305/02 vom 29. Januar 2003 E. 2.2.1). Da der Versicherte als wirtschaftlich Berechtigter an der Firma M._ AG zu betrachten ist, bilden neben seinem in der Erfolgsrechnung verbuchten und der AHV als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit gemeldeten Lohn grundsätzlich auch die Geschäftsgewinne Bestandteil des Valideneinkommens. Das als Gewinnvortrag in die Bilanz des folgenden Geschäftsjahres übernommene Betriebsergebnis stellt nichts anderes als eine Reinvestition in die Firma dar. Allerdings kann der von einer Aktiengesellschaft erwirtschaftete Gewinn nicht einfach dem Erwerbseinkommen des im Betrieb arbeitenden Alleinaktionärs oder des an der Gesellschaft wirtschaftlich Berechtigten (unter Aufrechnung des bezogenen Eigenlohnes) gleichgesetzt werden. Dadurch würde diesem nämlich auch jener Teil des Geschäftsgewinns zugerechnet, welcher nach den zwingenden aktienrechtlichen Vorschriften als Reservekapital in der Gesellschaft verbleiben muss und gar nicht als Dividende ausgeschüttet werden darf (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts I 5/99 vom 18. Januar 2000 E. 3b/bb).
Im Weitern bezog der Beschwerdeführer seit September 1994 wegen gesundheitlich bedingter Arbeitsunfähigkeit Leistungen für Erwerbsausfall (vgl. das mit der vorinstanzlichen Replik eingereichte Schreiben der Basler Versicherungen vom 23. September 2003). Gemäss einer der Einsprache gegen die Verfügung vom 3. September 2004 beigelegten Übersicht über die Einkommen 1995-2003, enthaltend u.a. den von der M._ AG und ab 1999 zusätzlich von der C._ bezogenen Lohn sowie die Geschäftsgewinne und -verluste, betrug die Arbeitsunfähigkeit 40 % (1994) und 30 % (1995-2000). Diese Angaben stimmen im Wesentlichen überein mit denjenigen in der Anmeldung zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung vom 13. Mai 2002.
Unter diesen Umständen kann nicht gesagt werden, der Versicherte habe sich aus freien Stücken lediglich mit dem in der Erfolgsrechnung der M._ AG verbuchten resp. der AHV als Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit gemeldeten Lohn begnügt. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz kann somit zur Bestimmung des Valideneinkommens nicht auf die Eintragungen im Individuellen Konto für 1994-2001 abgestellt werden.
2.2 Im Weitern bestreitet der Beschwerdeführer, dass die Ausübung einer anderen (leidensadaptierten) Tätigkeit als diejenige als Geschäftsführer und Fotograf für die M._ AG zumutbar sei. Zur Begründung führt er an, er sei in seiner jetzigen Tätigkeit optimal eingegliedert. Die Arbeit als Standfotograf, welche heute die hauptsächliche Einnahmequelle darstelle, sei praktisch ideal auf das medizinische Beschwerdebild zugeschnitten. Als Geschäftsführer seiner eigenen AG sei er zudem in der Gestaltung seiner Arbeitszeiten relativ frei und könne auf die schmerzbedingten Einschränkungen der Arbeitsfähigkeit Rücksicht nehmen. Eine noch flexiblere Arbeit mit weniger körperlichen Anforderungen sei utopisch. Kantonales Gericht und IV-Stelle hätten denn auch nie konkret eine Tätigkeit angeben können, welche optimal leidensadaptiert zu 100 % ausführbar wäre. Das Argument der Vorinstanz, dass sich die Zumutbarkeit der Aufgabe des Geschäfts nach der in Frage stehenden erheblichen und lang dauernden Rentenleistungen richte, sei sachfremd und damit willkürlich. Es verstosse auch gegen Treu und Glauben, wenn ihm von der IV-Stelle nie der Vorschlag einer Umschulung oder beruflichen Neuintegration angeboten worden sei und er nun nach siebenjähriger Verfahrensdauer im Alter von 55 Jahren zur Aufgabe seines Geschäfts aufgefordert werde. Die Zusprechung von Renten vom Alter des Gesuchstellers resp. der Summe des Anspruchs abhängig zu machen, verstosse gegen den Gleichbehandlungsgrundsatz und verletze das Diskriminierungsverbot.
2.2.1 Das kantonale Gericht hat die Aufgabe der Tätigkeit als Geschäftsführer und Fotograf der M._ AG und die Ausübung einer anderen leidensangepassten Tätigkeit, allenfalls in unselbständiger Stellung, als zumutbar erachtet. Es hat erwogen, die Aufgabe der Beschäftigung im eigenen Betrieb nach mehr als 20 Jahren stelle eine einschneidende Massnahme dar. Auf der anderen Seite habe der Versicherte mit 52 Jahren noch eine über zehnjährige Aktivitätsdauer vor sich, sodass von ihm eine gewisse Anpassungsfähigkeit in beruflicher Hinsicht erwartet werden müsse. Dies gelte insbesondere auch im Hinblick darauf, dass dem Versicherten gemäss gutachterlicher Beurteilung die Ausübung seines angestammten Berufs als Fotograf und Geschäftsführer insgesamt nur noch zu 50 % möglich und zumutbar sei. Demgegenüber bestehe in einer leidensangepassten Tätigkeit eine Arbeitsfähigkeit von 100 %. Unter Berücksichtigung dieser Gegebenheiten sei die Aufgabe des langjährigen eigenen Geschäftes zugunsten einer unselbständigen Tätigkeit als zumutbar zu betrachten, zumal es um erhebliche und langdauernde Rentenleistungen gehe.
2.2.2 Ob der versicherten Person im Rahmen der Pflicht zur Selbsteingliederung (<ref-ruling> E. 4a S. 28; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 S. 99) die Aufgabe der aktuellen und die Ausübung einer anderen erwerblichen Beschäftigung zuzumuten ist, beurteilt sich aufgrund einer Interessenabwägung. Dabei sind die gesamten objektiven und subjektiven Umstände in Betracht zu ziehen, wie Alter, Ausbildung und berufliche Karriere, Stabilität und Qualität des Arbeitsverhältnisses unter dem Gesichtspunkt der Eingliederung im Betrieb, Aussichten im konkreten Beruf, ferner Art und Schwere der gesundheitlichen Beeinträchtigung sowie die noch zu erwartende Aktivitätsdauer (AHI 2001 S. 277, I 11/00 E. 5a/bb; Urteil I 953/06 vom 5. April 2007 E. 4.1.2 mit Hinweis). Der Beschwerdeführer bestreitet zu Recht nicht, dass Alter und Aktivitätsdauer sowie im Grundsatz jedenfalls eine höhere Arbeitsfähigkeit für die Zumutbarkeit der Aufgabe der Tätigkeit als Geschäftsführer und Fotograf der M._ AG zugunsten einer anderen (unselbständigen) Erwerbstätigkeit sprechen. Entgegen seiner Auffassung verletzt es sodann weder das Gleichbehandlungsgebot noch das Diskriminierungsverbot, dass die Vorinstanz in die Interessenabwägung auch die in Frage stehenden Rentenleistungen einbezogen hat. Die Anforderungen an die Pflicht zur Selbsteingliederung als Ausdruck der allgemeinen Schadenminderungspflicht dürfen zulässigerweise dort höher sein, wo eine verstärkte Inanspruchnahme der Invalidenversicherung in Frage steht (<ref-ruling> E. 4d S. 31 ff.; Urteile des Eidg. Versicherungsgerichts I 750/04 vom 5. April 2006 E. 5 und I 15/05 vom 18. Juli 2005 E. 6). Nicht stichhaltig ist schliesslich, soweit überhaupt zulässig (<ref-law>), das erstmalige Vorbringen, die IV-Stelle habe nie einen Umschulungsvorschlag gemacht, weshalb die Aufforderung zur Aufgabe des Geschäfts Treu und Glauben widerspreche. Es ist nicht ersichtlich und der Beschwerdeführer legt auch nicht dar, inwiefern die Ausübung einer entgegen seiner Auffassung zu 100 % zumutbaren leidensangepassten Tätigkeit (vgl. E. 2.3.2 hiernach) vom vorinstanzlich angenommenen tiefsten Anforderungsniveau 4 gemäss den einschlägigen Tabellen der Schweizerischen Lohnstrukturerhebungen des Bundesamtes für Statistik ohne vorgängige Umschulung nicht möglich sein soll. Abgesehen davon hatte er bisher seit der Anmeldung bei der Invalidenversicherung im Mai 2002 kein solches Begehren gestellt.
Die vom kantonalen Gericht bejahte grundsätzliche Zumutbarkeit der Ausübung einer anderen (leidensangepassten) Tätigkeit als diejenige als Geschäftsführer und Fotograf für die M._ AG verletzt Bundesrecht nicht.
2.3 Schliesslich wird die vorinstanzliche Annahme einer Arbeitsfähigkeit von 100 % in einer leidensangepassten Tätigkeit gemäss Gutachten des Dr. med. S._ vom 8. März 2008 bestritten. Es wird vorgebracht, der Experte rede lediglich davon, dass eine optimal adaptierte leichte Tätigkeit rein theoretisch zumutbar sei. Einen Prozentsatz wie in Bezug auf die Tätigkeit als Fotograf, welche insgesamt zu 50 % eingeschränkt sei, gebe der Gutachter nicht an. Angesichts der massiven körperlichen Einschränkungen (Wechselbelastung, Vermeiden von Tragen und Heben schwerer Lasten, Sitzdauer und Stehdauer von zwei bis drei Stunden, Gehen über mehrere Stunden) müsse interpretiert werden, was unter «theoretisch» zu verstehen sei. Jedenfalls könne damit nicht ein ausgeglichener Arbeitsmarkt gemeint sein. Im Weitern lägen verschiedene Nebendiagnosen vor, welche weder der Gutachter noch die Vorinstanz erwogen und bei der Festlegung der Arbeitsfähigkeit berücksichtigt hätten. Ebenfalls sei die zunehmende Beeinträchtigung des Sehvermögens durch eine einsetzende Netzhautablösung nicht thematisiert worden. Damit habe die Vorinstanz den Gehörsanspruch sowie durch den Verzicht auf diesbezügliche Abklärungen den Untersuchungsgrundsatz verletzt und einen falschen Sachverhalt ermittelt.
2.3.1 Die Nichtbeachtung des Untersuchungsgrundsatzes nach <ref-law> durch das kantonale Versicherungsgericht stellt eine Verletzung von Bundesrecht nach <ref-law> dar (Urteil 9C_802/2008 vom 22. Dezember 2008 E. 1.1 mit Hinweisen). Der Verzicht der Vorinstanz auf weitere Abklärungen oder Rückweisung der Sache an die IV-Stelle zu diesem Zwecke (antizipierte Beweiswürdigung; Urteil 9C_561/2007 vom 11. März 2008 E. 5.2.1) im Besonderen verletzt etwa dann Bundesrecht, wenn der festgestellte Sachverhalt unauflösbare Widersprüche enthält oder wenn eine entscheidwesentliche Tatfrage, wie namentlich Gesundheitszustand und Arbeitsfähigkeit einer versicherten Person, auf unvollständiger Beweisgrundlage beantwortet wird (Urteil 9C_410/2008 vom 8. September 2008 E. 3.3.1 mit Hinweisen). Im Übrigen ist die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich, wenn sie nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Die konkrete Beweiswürdigung ist wie die darauf beruhende Sachverhaltsfeststellung ebenfalls nur unter diesem eingeschränkten Blickwinkel überprüfbar (Urteil 9C_801/2008 vom 6. Januar 2009 E. 2.2). Die Beweiswürdigung durch das kantonale Gericht verletzt Bundesrecht, namentlich wenn es den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich falsch eingeschätzt, ohne sachlichen Grund ein wichtiges und für den Ausgang des Verfahrens entscheidendes Beweismittel nicht beachtet oder aus den abgenommenen Beweisen unhaltbare Schlüsse gezogen hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 9; Urteil 9C_932/2008 vom 9. April 2009 E. 3.1 mit Hinweisen).
2.3.2 Es trifft zu, dass Dr. med. S._ die Arbeitsfähigkeit in einer dem Leiden angepassten Tätigkeit nicht mit einer Prozentzahl bezifferte. Der Gutachter bezeichnete eine leichtere Tätigkeit mit Wechselbelastung, ohne Tragen und Heben schwerer Lasten, bei einer angegebenen Sitzdauer und Stehdauer von zwei bis drei Stunden, rein theoretisch als zumutbar. Die Vorinstanz hat diese Aussage in dem Sinne verstanden, dass in einer Tätigkeit, welche den erwähnten Anforderungen genüge, keine zusätzliche Einschränkung der Leistungsfähigkeit bestehe. Dieser Schluss ist nicht unhaltbar. Dabei kann im Kontext mit «theoretisch» nur «aus medizinischer Sicht» gemeint sein. Im Rahmen der Invaliditätsbemessung bei Erwerbstätigen ist es denn auch nicht Aufgabe des Arztes sich dazu zu äussern, welche konkreten beruflichen Tätigkeiten in Frage kommen (<ref-ruling> E. 2b S. 20). Das vom Gutachter umschriebene Anforderungsprofil schränkt im Übrigen das Spektrum der zumutbaren Einsatzmöglichkeiten auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt (vgl. zu diesem Begriff Urteil 9C_442/2008 vom 28. November 2008 E. 4.2) nicht derart stark ein, dass eine Ermittlung des Invalideneinkommens auf der Grundlage der Schweizerischen Lohnstrukturerhebungen des Bundesamtes für Statistik (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 76; <ref-ruling>) nicht mehr als sachgerecht bezeichnet werden könnte (vgl. auch Urteil 9C_504/2008 vom 29. Juli 2008 E. 2.2).
Am Vorstehenden ändern die im Gutachten vom 8. März 2006 aufgeführten Nebendiagnosen nichts. Dass die Vorinstanz dazu nichts gesagt und diesbezüglich keine Abklärungen vorgenommen hat, verletzt weder das rechtliche Gehör noch den Untersuchungsgrundsatz. Der Beschwerdeführer hatte Dr. med. S._ gegenüber angegeben, im Vordergrund stünden Rückenschmerzen im lumbalen Bereich. Er erwähnte auch weitere Beeinträchtigungen u.a. eine beginnende Netzhautablösung, eine Kiefergelenks-Arthrose beidseits sowie Asthma und Heuschnupfen mit einer um etwa 30 % eingeschränkten Lungenfunktion als Folge von Allergien. Schliesslich seien beide Kniegelenke gelegentlich schmerzhaft, am rechten Arm bestehe ein Bewegungsschmerz. Der Gutachter führte alle angegebenen Einschränkungen unter den Nebendiagnosen auf und er erwähnte diese auch in der Gesamtbeurteilung. Es ist somit davon auszugehen, dass er diese gesundheitlichen Beeinträchtigungen bei der Umschreibung von Art und Umfang der zumutbaren Arbeitsfähigkeit berücksichtigte. Im Übrigen hatte sich der Beschwerdeführer gegenüber dem Gutachter nicht dahingehend geäussert, die Nebendiagnosen schränkten die erwerbliche Tätigkeit in einem ganz bestimmten Sinne erheblich ein. Es fehlen Hinweise in den Akten und es wird auch nicht geltend gemacht, dass sich der Gesundheitszustand seit der Untersuchung vom 6. März 2006 bis zum Erlass der Verfügung vom 22. Dezember 2006 erheblich verschlechterte. Nach diesem Zeitpunkt eingetretene gesundheitliche Veränderungen sind nicht in diesem Verfahren zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 1.2 S.4). Dies betrifft auch die angeblich am 4. Juli 2008 als Opfer eines gewaltsamen Übergriffs durch die Polizei erlittenen körperlichen und psychischen Verletzungen. Somit ist mit der Vorinstanz von einer Arbeitsfähigkeit von 100 % in leidensangepassten Tätigkeiten auszugehen. Auch insoweit verletzt der angefochtene Entscheid kein Bundesrecht.
3. Nach dem in E. 2.1.2 Gesagten bilden die Einkommen aus der vor und nach Eintritt der gesundheitlichen Beeinträchtigung ausgeübten Tätigkeit keine zuverlässige Grundlage für die Ermittlung der hypothetischen ohne und mit Behinderung erzielbaren Einkommen. Dem Beschwerdeführer ist indessen, wie in E. 2.3.2 gezeigt, die Ausübung einer anderen leidensangepassten Tätigkeit zumutbar, und zwar auf der Basis einer Arbeitsfähigkeit von 100 %. Unter diesen Umständen sind für die Bestimmung von Validen- und Invalideneinkommen Tabellenlöhne heranzuziehen.
3.1 Beim Valideneinkommen ist bei der Wahl der Tabelle zu berücksichtigen, dass der Beschwerdeführer jahrelang Geschäftsführer war und er neben der Stand- und Pressefotografie auch im Bereich Bildredaktion sowie Videoproduktion, -verarbeitung und -schnitt tätig war. Es rechtfertigt sich daher, vom Bruttolohn («Total») von Männern, welche selbständige und qualifizierte Arbeiten verrichten (Anforderungsniveau 2), im privaten Sektor von Fr. 7482.- im Monat auszugehen. Bei 41,7 Stunden betriebsüblicher wöchentlicher Arbeitszeit ergibt sich unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung von durchschnittlich +2,5 % (Die Volkswirtschaft 3/2007 S. 90 f. Tabellen B9.2 und B10.2) für 2001 ein Valideneinkommen von Fr. 95'939.80.
3.2 Beim Invalideneinkommen ist die Vorinstanz vom durchschnittlichen monatlichen Bruttolohn («Total») von Männern in einfachen und repetitiven Tätigkeiten (Anforderungsniveau 4) im privaten Sektor von Fr. 4437.- ausgegangen. Dies ist aufgrund der jahrelangen selben Tätigkeit und des fortgeschrittenen Alters - jedenfalls solange keine Umschulung erfolgt ist - nicht zu beanstanden. Anderseits ist damit allfälligen persönlichen und beruflichen Merkmalen, welche Auswirkungen auf die Lohnhöhe haben können (vgl. LSE 94 S. 51 und <ref-ruling> E. 3b/aa S. 323), hinreichend Rechnung getragen, sodass ein zusätzlicher Abzug vom Tabellenlohn nach <ref-ruling> nicht gerechtfertigt ist. Bei einer betriebsüblichen Arbeitszeit von 41,7 Wochenstunden ergibt sich unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung 2000/01 von +2,5 % ein Invalideneinkommen von Fr. 56'894.55.
3.3 Aus der Gegenüberstellung von Valideneinkommen und Invalideneinkommen ergibt sich ein Invaliditätsgrad von 41 % ([[Fr. 95'939.80 - Fr. 56'894.55]/Fr. 95'939.80] x 100 %). Der Beschwerdeführer hat somit Anspruch auf eine Viertelsrente. Leistungsbeginn ist der 1. Mai 2001 (<ref-law>, in Kraft gestanden bis 31. Dezember 2007).
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die IV-Stelle die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich vom 15. Dezember 2008 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 22. Dezember 2006 werden aufgehoben und es wird festgestellt, dass der Beschwerdeführer ab 1. Mai 2001 Anspruch auf eine Viertelsrente der Invalidenversicherung hat.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der IV-Stelle des Kantons Zürich auferlegt.
3. Die IV-Stelle des Kantons Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hat die Gerichtskosten und Parteientschädigung für das vorangegangene Verfahren neu zu verlegen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. Juli 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler