Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen hat am 31. Oktober 2011 gegen X._ Anklage wegen gewerbsmässigen Betrugs, mehrfachen Betrugs, mehrfacher Anstiftung zum Betrug, mehrfacher Urkundenfälschung, mehrfacher Erschleichung einer falschen Beurkundung und mehrfacher Anstiftung zu derselben erhoben. Die Anklage umfasst eine Vielzahl von Taten und stützt sich auf eine ausserordentlich grosse Aktenmenge. Ausser gegen X._ wurde gegen 27 weitere Beteiligte Anklage erhoben.
Die Staatsanwaltschaft reichte dem zuständigen Kreisgericht St. Gallen für alle Beschuldigten separate Anklageschriften ein, die jedoch einheitlich aufgebaut sind und zunächst den Sachverhalt in allgemeiner Weise darstellen und darauf die vorgeworfenen Taten einzeln aufführen. Um die Übersicht zu erleichtern, fügte die Staatsanwaltschaft der Anklage ein als "Zentraldokument Tabellen für AKS" bezeichnetes Dokument bei. X._ verlangte vom Kreisgericht, das genannte Zentraldokument aus den ihm zugänglichen Akten zu entfernen. Der verfahrensleitende Richter lehnte dieses Gesuch am 19. Juni 2012 ab. Die dagegen bei der Anklagekammer des Kantons St. Gallen erhobene Beschwerde blieb ohne Erfolg.
B. X._ beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Strafsachen, den Entscheid der Anklagekammer vom 26. September 2012 aufzuheben und das Kreisgericht St. Gallen zu verpflichten, das Zentraldokument und die Sachverhaltszusammenstellungsentwürfe aus den Akten des bei ihm geführten Strafverfahrens zu entfernen. Zudem sei das Gericht anzuweisen, dafür zu sorgen, dass keine Kopien oder Abschriften des Zentraldokuments und/oder der Sachverhaltszusammenstellungsentwürfe oder von Teilen davon bei ihm - in physischer, elektronischer oder sonst einer Form - verblieben.
Das Kreisgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Anklagekammer hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der Streitsache liegt das Gesuch des Beschwerdeführers zugrunde, bestimmte Dokumente aus den Akten des Kreisgerichts zu entfernen. Die Ablehnung dieses Begehrens durch die Vorinstanzen stellt einen Zwischenentscheid dar, gegen den die Beschwerde an das Bundesgericht nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> ergriffen werden kann. Dies ist nach lit. a der zitierten Norm dann der Fall, wenn dem Beschwerdeführer ein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht. Die Erfordernisse gemäss <ref-law> sind von vornherein nicht erfüllt. Auch die Beschwerde an die Vorinstanz war nur unter der Voraussetzung zulässig, dass die Nichtentfernung der fraglichen Dokumente aus den Akten einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirkt. Denn verfahrensleitende Entscheide gemäss <ref-law> sind nach der Rechtsprechung nur unter dieser Voraussetzung anfechtbar (Urteil 1B_569/2011 vom 23. Dezember 2011, in: Pra 2012 Nr. 68 E. 2 S. 466 f.).
Es ist demnach zu prüfen, ob die Ablehnung des erwähnten Gesuchs um Aktenentfernung für den Beschwerdeführer einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann. Die Vorinstanz hat das verneint, die Beschwerde aber zugleich materiell beurteilt und abgewiesen. Der Beschwerdeführer ist dagegen der Ansicht, es drohe ihm bei Nichtentfernung ein nicht wieder gutzumachender Nachteil.
Zur Beurteilung der genannten prozessualen Frage erscheint der Beizug der vollständigen Vorakten nicht erforderlich. Dem entsprechenden Antrag des Beschwerdeführers ist daher keine Folge zu geben.
2. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil gemäss <ref-law> muss nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung rechtlicher Natur sein. Das setzt voraus, dass er sich auch mit einem späteren günstigen Entscheid nicht oder nicht gänzlich beseitigen lässt. Die blosse Möglichkeit eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils genügt; dagegen reichen rein tatsächliche Nachteile wie die Verfahrensverlängerung oder -verteuerung nicht aus (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 382; <ref-ruling> E. 2.1 S. 173 f.). Auch wenn das Bundesgericht grundsätzlich von Amtes wegen prüft, ob die Eintretensvoraussetzungen erfüllt sind, obliegt es dem Beschwerdeführer darzutun, inwiefern der angefochtene Entscheid für ihn einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge haben kann (<ref-ruling> E. 4 S. 95).
Die Vorinstanz erklärt, es sei Sache des Kreisgerichts und nicht der Beschwerdeinstanz, über den Ausschluss von Aktenstücken oder Beweisen zu befinden. Entsprechende Gesuche um Ausschluss von Akten oder Beweismitteln könnten nach Eröffnung der Hauptverhandlung erneut gestellt werden. Durch die Abweisung des schon zuvor gestellten Gesuchs entstehe dem Beschwerdeführer daher kein nicht wieder gutzumachender Nachteil.
Der Beschwerdeführer macht demgegenüber geltend, die Möglichkeit, die Entfernung des Zentraldokuments und der Sachverhaltszusammenstellungsentwürfe aus den Akten an der Hauptverhandlung zu verlangen, beseitige den ihm drohenden Nachteil nicht. Denn diese Dokumente seien geeignet, die Meinungsbildung der Richter bereits vor der Hauptverhandlung zu beeinflussen, wodurch deren Unparteilichkeit in Frage gestellt und zudem der Grundsatz der Waffengleichheit gemäss <ref-law> verletzt werde. Die allfällige Entfernung der Dokumente in einem späteren Verfahrensstadium vermöge daher den drohenden Nachteil nicht zu beseitigen.
3. Das Zentraldokument bildete für die Strafverfolgungsbehörden ein Hilfsmittel, um das Verfahren zu strukturieren. Auszüge daraus, die sog. Sachverhaltszusammenstellungsentwürfe, dienten als Grundlage für die Einvernahmen und die Korrespondenz. Das Zentraldokument widerspiegelt damit - ähnlich wie das Aktenverzeichnis - den Verfahrensablauf. Es stellt auf mehreren hundert Seiten sämtliche Sachverhalte zusammen, die während des rund sieben Jahre dauernden Verfahrens untersucht wurden. Erfasst sind auch Sachverhalte, bei denen kein Tatvorwurf erhoben wurde oder bei denen die Beurteilung im Strafbefehlsverfahren erfolgte. Soweit es die gegenüber dem Beschwerdeführer zur Anklage gebrachten Taten betrifft, deckt es sich mit der Anklageschrift, enthält aber zusätzlich Fussnoten, die auf die Untersuchungsakten verweisen oder kurze wörtliche Zitate daraus wiedergeben. Weiter finden sich darin auch kurze erläuternde Bemerkungen oder Würdigungen. Die Staatsanwaltschaft reichte das Zentraldokument dem Gericht zusammen mit den Akten ein, um dem Gericht und den Verfahrensbeteiligten in dem aussergewöhnlich umfangreichen Verfahren mit einer Aktenmenge von rund 70 Laufmetern die Orientierung zu erleichtern.
Gemäss <ref-law> setzt die Verfahrensleitung bei Kollegialgerichten die Akten vor der Hauptverhandlung in Zirkulation. Das Zentraldokument wird damit den Richtern vor der Hauptverhandlung zur Kenntnis gebracht. Wie erwähnt soll es ja gerade dem Gericht, aber auch dem Beschwerdeführer die Vorbereitung der Hauptverhandlung erleichtern.
Diese Hilfe erweist sich für den Angeklagten insoweit als Vorteil, als er den Stoff, der an der Hauptverhandlung zur Sprache kommt, besser überblicken und sich entsprechend besser darauf vorbereiten kann. Der Beschwerdeführer befürchtet jedoch, dass die vielen Aktenverweise, gelegentlichen Erläuterungen und kurzen Würdigungen die Meinungsbildung der Richter bereits vor der Hauptverhandlung in einseitiger Weise beeinflussen könnten. Er belegt dies indessen nicht näher, sondern behauptet bloss in allgemeiner Weise, das Zentraldokument komme einem unzulässigen "Vorausplädoyer" der Staatsanwaltschaft gleich. Davon kann jedoch angesichts der durchwegs sehr kurzen und sachlich abgefassten Hinweise keine Rede sein. Die Richter sind durchaus in der Lage, die beschränkte Funktion des Zentraldokuments als Hilfsmittel zu erkennen und dementsprechend die Akten in eigenständiger Weise zu sichten und zu würdigen. Es kommt hinzu, dass die richterliche Meinungsbildung zu wesentlichen Teilen ohnehin erst an der mündlichen Hauptverhandlung erfolgt. Ob das Zentraldokument in diesem Stadium in den Akten bleiben soll, hat - wie bereits die Vorinstanz dargelegt hat - das Kreisgericht zu entscheiden. Für die Phase vor der Hauptverhandlung, bei der es um die Vorbereitung der Hauptverhandlung und nicht um die Meinungsbildung selber geht, ist nicht ersichtlich, dass das Zentraldokument unter den gegebenen Umständen die richterliche Meinungsbildung massgeblich zu beeinflussen vermöchte. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> ist daher zu verneinen.
4. Aus diesen Gründen ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Kreisgericht St. Gallen und der Anklagekammer des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Härri