Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 3. Kammer, sprach X._ am 19. Juni 2009 in Bestätigung des Entscheids des Präsidenten 3 des Bezirksgerichts Baden vom 19. Mai 2008 des Nichtbeherrschens des Fahrzeugs i.S.v. Art. 31 Abs. 1 und 2 SVG, Art. 2 Abs. 1 VRV i.V.m. <ref-law> und des Fahrens in angetrunkenem Zustand i.S.v. <ref-law> schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von 3'000 Franken (bei einer Ersatzfreiheitsstrafe von 30 Tagen).
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, er sei in Aufhebung des Entscheids des Obergerichts des Kantons Aargau vom 19. Juni 2009 von Schuld und Strafe freizusprechen, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Beschwerdegegnerin.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1.1 Nach der Auffassung der Vorinstanz ist bei der festgestellten Blutalkoholkonzentration von höchstens 3,05 Promille in Anbetracht der übrigen massgebenden Umstände nicht von einer völligen Schuldunfähigkeit, aber von einer an der Grenze zur Schuldunfähigkeit liegenden schwer verminderten Schuldfähigkeit auszugehen. Der Beschwerdeführer habe zwar nicht gewusst, weshalb er nach Baden gefahren sei. Es sei ihm nicht gelungen, sein Fahrzeug zu starten. Er habe massiv geschwankt und von einem Polizisten zum Patrouillenfahrzeug geführt werden müssen. Von einer vollständig aufgehobenen Steuerungsfähigkeit könne aber keine Rede sein. Laut Gutachten liege mit grosser Wahrscheinlichkeit kein Alkoholabhängigkeitssyndrom vor beziehungsweise habe kein solches diagnostiziert werden können. Unter diesen Voraussetzungen seien gemäss dem Gutachten die Steuerungsfähigkeit des Beschwerdeführers betreffend das Führen des Personenwagens in alkoholisiertem Zustand und die Fähigkeit zur Einsicht in das Unrecht der Tat als lediglich erheblich vermindert einzuschätzen. Der Beschwerdeführer sei bei seiner Anhaltung ansprechbar und fähig gewesen, gemäss polizeilicher Aufforderung aus dem Fahrzeug auszusteigen. Er habe sich dahingehend geäussert, dass er von Zürich herkommend auf der Autobahn gefahren und vermutlich mit einer Randleitplanke kollidiert sei. Zudem habe er seine Unterschrift auf dem Formular "Vorläufige Abnahme des Führer-/Lernfahr-Ausweises" verweigert. Aus diesem Verhalten sei zu schliessen, dass der Beschwerdeführer kein "vollständiges Blackout" gehabt habe und nicht völlig orientierungslos gewesen sei, sondern ein Mindestmass an Aufmerksamkeit bestanden habe. Die emotional belastende Situation mit einem Mitarbeiter habe sich auf die Steuerungsfähigkeit hinsichtlich der Zufuhr von Alkohol, nicht aber auf jene betreffend das Führen eines Motorfahrzeugs ausgewirkt.
1.2 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Bundesrecht, insbesondere von <ref-law>. Die Vorinstanz habe die Schuldunfähigkeit zu Unrecht verneint, indem sie wesentliche Faktoren nicht berücksichtigt habe.
2. 2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss substanziiert darlegen, inwiefern diese Voraussetzungen gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.; Urteil des Bundesgerichts 4A_65/2008 vom 3. August 2009 E. 3.2).
2.2 Nach <ref-law> ist der Täter nicht strafbar, wenn er zur Zeit der Tat nicht fähig war, das Unrecht seiner Tat einzusehen oder gemäss dieser Einsicht zu handeln. Gemäss <ref-law> mildert das Gericht die Strafe, wenn der Täter zur Zeit der Tat nur teilweise fähig war, das Unrecht seiner Tat einzusehen oder gemäss dieser Einsicht zu handeln.
Nach der Rechtsprechung fallen bei einer Blutalkoholkonzentration von über 2 Gewichtspromille eine Verminderung der Schuldfähigkeit und bei einer Blutalkoholkonzentration von mindestens 3 Gewichtspromille Schuldunfähigkeit in Betracht. Der Blutalkoholkonzentration kommt bei der Beurteilung der Schuldfähigkeit allerdings nicht alleinige Bedeutung zu. Sie ist eine grobe Orientierungshilfe. Im medizinischen Schrifttum wird hervorgehoben, dass es keine feste Korrelation zwischen Blutalkoholkonzentration und darauf beruhender forensisch relevanter Psychopathologie gibt. Gewöhnung, Persönlichkeit und Tatsituation sind stets in die Beurteilung einzubeziehen. Im Sinne einer groben Faustregel kann davon ausgegangen werden, dass bei einer Blutalkoholkonzentration von unter 2 Promille in der Regel keine Beeinträchtigung der Schuldfähigkeit vorliegt, während bei einer solchen von 3 Promille und darüber meist Schuldunfähigkeit gegeben ist (<ref-ruling> E. 1b S. 50 mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 6S.17/2002 vom 7. Mai 2002 E. 1c/aa, in: Pra 2002 Nr. 157 S. 845). Konkrete Feststellungen über die Alkoholisierung oder Nüchternheit haben prinzipiell Vorrang gegenüber Blutalkoholwerten. Ausschlaggebend für die Beeinträchtigung der Schuldfähigkeit ist der psycho-pathologische Zustand (der Rausch) und nicht dessen Ursache, die Alkoholisierung, welche sich in der Blutalkoholkonzentration widerspiegelt. Von einer aufgehobenen Steuerungsfähigkeit kann aus psychiatrischer Sicht erst ausgegangen werden, wenn sich psychotische Störungen des Realitätsbezugs feststellen lassen. Dies ist der Fall bei Störungen der Orientierung mit Situations- und Personenverkennung sowie bei Zuständen, die von Halluzinationen oder Wahnvorstellungen determiniert sind, wie beispielsweise Fehlen der Ansprechbarkeit oder fehlende Reagibilität auf Aussenreize (Urteil des Bundesgerichts 6S.17/2002 vom 7. Mai 2002 E. 1c/aa mit Hinweisen, in: Pra 2002 Nr. 157 S. 845).
Der Zustand, in welchem sich der Beschwerdeführer zur Zeit der Tat befand, ist eine Tatfrage. Rechtsfragen sind hingegen, ob die Vorinstanz von zutreffenden Begriffen der Schuldunfähigkeit und der verminderten Schuldfähigkeit ausging und ob sie diese richtig anwandte (<ref-ruling> E. 1a S. 4; Bommer/Dittmann, Basler Kommentar, Strafrecht, 2. Aufl. 2007, N. 52 zu <ref-law>).
2.3 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe sich nach einem schwierigen Qualifikationsgespräch mit einem Mitarbeiter in einer seelischen Konfliktsituation befunden. Er sei nach dem langen Arbeitstag übermüdet gewesen, er habe kein Abendessen zu sich genommen und sei in keiner guten körperlichen Verfassung gewesen. All dies seien Faktoren, welche die Alkoholisierung ungünstig beeinflussten. Der Beschwerdeführer macht im Weiteren geltend, insbesondere aufgrund des Polizeirapports vom 8. Februar 2006, auf den sich auch die Vorinstanz beziehe, müsse davon ausgegangen werden, dass er sich in einem pathologischen Rauschzustand befunden habe und daher schuldunfähig gewesen sei. Die Vorinstanz lasse ausser Acht, dass er von der Polizei nicht bereits bei seiner Anhaltung am 25. Januar 2006, sondern erst am 8. Februar 2006 befragt worden sei. Ganz offensichtlich sei die Polizei davon ausgegangen, dass er bei seiner Anhaltung am 25. Januar 2006 schlicht vernehmungsunfähig gewesen sei. Mit diesen Ausführungen, soweit sie überhaupt zulässig sind (siehe dazu Art. 97 Abs. 1 und Art. 99 Abs. 1 BGG), vermag der Beschwerdeführer nicht darzulegen, inwiefern die Verneinung seiner Schuldunfähigkeit Bundesrecht verletzt.
2.4 Der Beschwerdeführer macht geltend, das psychiatrische Gutachten vom 8. Januar 2008 gehe von der ganzen Bandbreite des Blutalkoholgehalts von 2,26 bis 3,05 Promille aus und handle aus rechtlicher Sicht den vorliegend relevanten Blutalkoholgehalt von 3,05 Promille nicht ab. Er geht nicht auf die vorinstanzlichen Erwägungen ein, wonach im psychiatrischen Gutachten durchaus berücksichtigt wird, dass hinsichtlich des fraglichen Zeitpunkts eine Blutalkoholkonzentration von maximal 3,05 Promille nachgewiesen ist. Somit verfehlt die Beschwerde diesbezüglich die gesetzlichen Begründungsanforderungen. Im Übrigen ist weder dargetan noch ersichtlich, inwiefern die Berücksichtigung des psychiatrischen Gutachtens bundesrechtlich zu beanstanden sein soll.
2.5 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe aus dem Vermerk, er habe die Unterschrift auf dem Formular "Vorläufige Abnahme des Führerausweises" verweigert, zu Unrecht den Schluss gezogen, er habe kein "vollständiges Blackout" gehabt. Nach der allgemeinen Lebenserfahrung sei es eine typische Reaktion von Volltrunkenen, nichts zu unterschreiben. Einem für die Schuldunfähigkeit relevanten "Blackout" stehe nicht entgegen, dass oberflächliche Handlungen und Beobachtungen für Aussenstehende konsequent erschienen. Wenn der Beschwerdeführer das betreffende Formular unterschrieben hätte, hätte man argumentieren können, er habe kein "vollständiges Blackout" gehabt, da er habe unterschreiben können. Dies sei nicht sachgerecht.
Entgegen der Darstellung des Beschwerdeführers zieht die Vorinstanz nicht aus der Verweigerung der Unterschrift den Schluss, er sei nicht schuldunfähig gewesen. Vielmehr kommt sie aufgrund einer Würdigung der gesamten Umstände zum Ergebnis, der Beschwerdeführer sei nicht völlig orientierungslos gewesen, sondern es habe ein Mindestmass an Aufmerksamkeit bestanden. Dabei berücksichtigt sie zum einen, dass der Beschwerdeführer ansprechbar war und der Aufforderung, aus dem Auto auszusteigen, Folge leisten konnte, und zum anderen seine Äusserung, er sei von Zürich herkommend auf der Autobahn gefahren und vermutlich mit einer Leitplanke kollidiert. Die rechtliche Würdigung der Vorinstanz, wonach eine an der Grenze zur Schuldunfähigkeit liegende schwer verminderte Schuldfähigkeit nach <ref-law> gegeben war, ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
3. Soweit der Beschwerdeführer sinngemäss eine Verletzung der Begründungspflicht rügt, ist auf seine Vorbringen nicht einzutreten. Die Pflicht des Richters, seinen Entscheid zu begründen, ergibt sich aus dem aus <ref-law> abgeleiteten Anspruch auf rechtliches Gehör (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 102). Ob der angefochtene Entscheid den verfassungsrechtlichen Minimalanspruch auf rechtliches Gehör beachtet, beurteilt das Bundesgericht nur auf ausdrücklich erhobene und begründete Rüge hin. Die vorliegende Beschwerde erfüllt diese Anforderungen nicht.
4. Der angefochtene Entscheid verletzt kein Bundesrecht. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. November 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Häne