Sachverhalt:
A. D._, geboren 1964, arbeitete als Fachberater bei der Firma B._ und war bei der Elvia, heute Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend: Allianz), für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert, als er am 20. September 1992 in Italien einen Autounfall erlitt und sich dabei Frakturen an der Halswirbelsäule zuzog, welche operativ mittels einer Hakenplatte versorgt wurden (dorsale Spondylodese C6/7, Entfernung des oberen Gelenkfortsatzes C7 rechts). Mit Verfügung vom 14. Juli 1998 sprach ihm die Elvia auf der Grundlage einer entsprechenden Vereinbarung bei einem Invaliditätsgrad von 70% eine Komplementärrente ausgehend von einem versicherten Verdienst von Fr. 73'865.- sowie eine Integritätsentschädigung von 30% zu.
Im Zuge eines Revisionsverfahrens holte die Allianz ein Gutachten des PD Dr. med. K._, Chirurgie FMH, vom 30. November 2005 ein und setzte, nachdem die IV-Stelle des Kantons Aargau gestützt auf ein Gutachten des Instituts X._ am 30. März 2010 die Invalidenrente eingestellt hatte, die Rente gestützt auf dessen Einschätzung, wonach der Versicherte zu 75% arbeitsfähig sei, mit Verfügung vom 13. April 2010 und Einspracheentscheid vom 21. Oktober 2010 herab unter Annahme eines Invaliditätsgrades von 25% und eines versicherten Verdienstes von Fr. 65'725.-. Den Zeitpunkt der Rentenrevision legte sie auf den 1. Dezember 2005 fest, verzichtete indessen auf eine Rückforderung der bis zum 28. Februar 2010 zu viel ausbezahlten Leistungen.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 7. Juli 2011 teilweise gut und sprach D._ eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 33% zu.
C. D._ und die Allianz führen je Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheides; D._ ersucht um Zusprechung der bis anhin gewährten Invalidenrente auch über den 1. Dezember 2005 hinaus.
Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die beiden Beschwerden betreffen einen kantonalen Gerichtsentscheid vom 7. Juli 2011, es liegt ihnen derselbe Sachverhalt zugrunde und es stellen sich die gleichen Rechtsfragen, weshalb die beiden Verfahren zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu erledigen sind.
2. 2.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung (<ref-law>), zu den Begriffen der Arbeitsunfähigkeit (<ref-law>) und der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>), zur Rentenrevision (<ref-law>), zur Aufgabe des Arztes im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99; <ref-ruling> E. 4 S. 261 f.; vgl. auch AHI 2002 S. 62, I 82/01 E. 4b/cc) sowie zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 4.3 S. 468 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Zu prüfen ist zunächst, ob der Unfallversicherer auf seine ursprüngliche Rentenverfügung vom 14. Juli 1998 zurückkommen durfte. Der Versicherte bestreitet, dass eine Änderung des Gesundheitszustandes nachgewiesen und er zu 75% arbeitsfähig sei.
5. 5.1 Den medizinischen Unterlagen aus der Zeit der Rentenzusprechung ist zu entnehmen, dass die Ärzte damals eine Verbesserung des Gesundheitszustandes erwarteten. So hatte gemäss Gutachten des Dr. med. C._, Chirurgie FMH, vom 18. Dezember 1995 nach der schweren Verletzung der Halswirbelsäule und dem operativen Eingriff innerhalb von etwa neun Monaten eine gänzliche Wiederherstellung erreicht werden können, welche jedoch von einer fortschreitenden Verschlechterung gefolgt wurde, die den Versicherten - im April 1995 - zur Aufgabe der Erwerbstätigkeit gezwungen hatte. Nach Ansicht des Dr. med. C._ war der Ausgang damals noch offen und musste eine weitere Evaluierung - nach mindestens sechs Monaten - abgewartet werden, wobei dem Gutachter eine genauere Prognose nicht möglich war. Nach einer neuropsychologischen Abklärung durch Dr. phil. D._ (Bericht vom 3. April 1997), stellte der Unfallversicherer am 2. Mai 1997 zunächst die Reduktion der gewährten Taggelder basierend auf einer 50%igen Arbeitsfähigkeit in Aussicht, kam darauf indessen gestützt auf die Bescheinigung einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit durch das Spital A._ bereits am 15. Juli 1997 wieder zurück.
5.2 Aus den Akten der Invalidenversicherung, welche insoweit auch dem Unfallversicherer zur Kenntnis zugestellt wurden, ergibt sich, dass die IV-Stelle des Kantons Aargau in der Folge zunächst die beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten prüfte. Am 3. Februar 1998 ging sie jedoch davon aus, dass aus gesundheitlichen Gründen zur Zeit noch keine entsprechenden Massnahmen durchgeführt werden könnten. Dem Dossier der Invalidenversicherung lässt sich weiter entnehmen, dass der angefragte Ärztliche Dienst dazu riet, auf eine medizinische Begutachtung wegen langer Wartezeiten zu verzichten, aufgrund der vorhandenen Berichte der behandelnden Ärzte von einer vollständigen Arbeitsunfähigkeit auszugehen und eine Rentenrevision in einem Jahr vorzusehen. Die Mitteilung des Rentenbeschlusses erging am 18. März 1998, die Rentenverfügung datiert vom 9. Juli 1998.
Der Unfallversicherer sprach dem Versicherten am 14. Juli 1998 eine Komplementärrente zu. Er gewährte in der Folge auch weiterhin Heilbehandlung und stellte eine Rentenrevision im Jahr 2006 in Aussicht. Es wurde eine Abklärung durch PD Dr. med. K._ veranlasst, dessen Gutachten am 30. November 2005 erstattet wurde und dem Versicherten eine Arbeitsfähigkeit von 75% bescheinigte. Anlässlich einer Besprechung vom 15. Dezember 2005 erachtete sich der Versicherte indessen auch weiterhin als arbeitsunfähig und nicht in der Lage, sich beruflichen Massnahmen zu unterziehen. Am 16. März 2006 stellte der Unfallversicherer eine Herabsetzung der Rente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 20% in Aussicht, richtete in der Folge aber dennoch die bis anhin gewährte Komplementärrente aus. Nachdem er Verlaufsberichte der behandelnden Ärzte eingeholt hatte, erkundigte er sich im November 2008 bei der Invalidenversicherung nach dem Stand der beruflichen Eingliederung, welche jedoch wegen eines zwischenzeitlichen Herzinfarkts des Versicherten weiterhin nicht hatte durchgeführt werden können. Die IV-Stelle des Kantons Aargau hob die am 9. Juli 1998 zugesprochene ganze Invalidenrente am 30. März 2010 auf, nachdem sich durch den Herzinfarkt eine lediglich vorübergehende Verschlechterung des Gesundheitszustandes eingestellt hatte und gemäss dem von ihr eingeholten Gutachten des Instituts X._ vom 28. Februar 2007 eine Leistungsfähigkeit von 70% bestand. Am 13. April 2010 verfügte auch der Unfallversicherer eine Revision, wobei er gestützt auf das Gutachten des PD Dr. med. K._ vom 30. November 2005 von einer 75%igen Arbeitsfähigkeit ausging und einen Invaliditätsgrad von 25% ermittelte.
6. Aus dem geschilderten Verlauf ergibt sich, dass einerseits die Ärzte nach dem am 11. April 1995 gemeldeten Rückfall doch die Möglichkeit einer erheblichen Verbesserung in Betracht zogen und anderseits die Invalidenversicherung eine berufliche Eingliederung des Versicherten beabsichtigte.
Rechtsprechungsgemäss bedarf es im Fall einer ärztlicherseits prognostisch in Aussicht gestellten Verbesserung des Leidensbildes zwar weiterer Abklärungen zu deren Bestätigung. Indessen kann von einer wesentlichen Verbesserung des Gesundheitszustandes gegenüber der Situation im Zeitpunkt der Rentenzusprache, welche eine Aufhebung oder Herabsetzung der Rente rechtfertigt, ausgegangen werden, wenn ein beweistaugliches Gutachten mit unmissverständlich attestierter Arbeitsfähigkeit vorliegt (vgl. Urteil 8C_653/2008 vom 12. Januar 2009 E. 3.2 u. 5). Des Weiteren ist es angezeigt, den Rentenanspruch nach Durchführung von Eingliederungsmassnahmen einer Revision zu unterziehen (SVR 1998 IV Nr. 8 S. 31 E. 2d).
Im vorliegend zu beurteilenden Fall durfte der Unfallversicherer somit auf seine ursprüngliche Rentenverfügung zurückkommen, nachdem diese unter dem Vorbehalt einer baldigen Verbesserung des Leidens und der Berücksichtigung der zukünftigen Arbeitsfähigkeit im Beruf stand, sofern er sich dabei auf ein beweistaugliches Gutachten mit entsprechender Bescheinigung der Arbeitsfähigkeit stützen konnte. Der Umstand, dass der Gutachter PD Dr. med. K._ entgegen den früheren ärztlichen Stellungnahmen eine 75%ige Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit attestiert, steht für sich gesehen dessen Beweiskraft nicht entgegen.
7. 7.1 PD Dr. med. K._ hatte ein chronisches Cervicalsyndrom nach Halswirbelsäulentraumatisierung mit strukturellen Verletzungsfolgen, indessen ohne objektive neurogene Ausfälle und ohne medulläre Läsion, diagnostiziert. Als dem Leiden angepasste Tätigkeit erachtete er etwa die einfache Mitarbeit in einem Fabrikationsbetrieb (Bedienen von Knöpfen) oder die Rayonaufsicht in einem Supermarkt.
7.2 Der Versicherte bringt dagegen verschiedene Einwände vor und macht geltend, dass auf das Gutachten nicht abgestellt werden könne. Im Ergebnis ist jedoch der Vorinstanz beizupflichten.
Gemäss den Ausführungen des PD Dr. med. K._ ist bei der Einschätzung der Arbeitsfähigkeit, die er auf 75% festgelegt hat, im Wesentlichen auch weiterhin, aber doch einzig eine massive Einschränkung der Beweglichkeit von Kopf und Halswirbelsäule zu berücksichtigen.
Dies wurde im Wesentlichen auch durch das von der IV-Stelle eingeholte Gutachten des Instituts X._ bestätigt. Der Versicherte wurde dort orthopädisch, neurologisch und psychiatrisch untersucht. Es wurden die Diagnosen eines cervicospondylogenen Syndroms mit dauerhaft verbleibender Bewegungseinschränkung der Halswirbelsäule und Minderbelastbarkeit, eines chronischen cervicocephalen Schmerzsyndroms sowie eines leichten residuellen sensiblen Ausfallsyndroms C7 links, des Weiteren eines lumbovertebralen und lumbo-spondylogenen Syndroms gestellt. Die Gutachter gingen unter Berücksichtigung der unfallfremden Befunde im Bereich der Lendenwirbelsäule von einer Einschränkung der Arbeitsfähigkeit um 30% aus im Sinne einer verminderten Leistungsfähigkeit bei vollem zeitlichen Pensum.
Die Annahme einer lediglich 50%igen Arbeitsfähigkeit, wie sie vom Versicherten geltend gemacht wird, liesse sich jedoch auch anhand der Ergebnisse der von ihm in Auftrag gegebenen interdisziplinären Abklärung (Privatgutachten des Zentrums Y._ vom 22. Juni 2011) nicht rechtfertigen, soweit sie hier mit Blick auf die allein zu berücksichtigenden unfallbedingten Beeinträchtigungen überhaupt beachtlich sind. Es sind gestützt auf das Privatgutachten keine konkreten Indizien auszumachen, die Zweifel an der Einschätzung des - nicht im Verfahren nach <ref-law> beigezogenen - PD Dr. med. K._ und der Ärzte des Instituts X._ sprechen würden (vgl. <ref-ruling> E. 4.4 S. 470). So bestand aus orthopädischer Sicht auch gemäss Gutachten des Zentrums Y._ eine Einschränkung um 25%. Mit überwiegender Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5b S. 360; <ref-ruling> E. 3.2 u. 3.3 S. 324 f.; RKUV 1985 Nr. K 613 S. 19 E. 3a) waren weder neurologische Ausfälle ausgewiesen noch hatte der Unfall neuropsychologische Funktionsstörungen verursacht. Schliesslich attestierte der psychiatrische Gutachter eine mittelgradige depressive Episode (ICD-10 F32.1), welche für sich gesehen zu einer Einschränkung von 30% führe, aber nur teilweise als Unfallfolge qualifiziert werden könne; selbst wenn der Versicherte jedoch - auch entgegen dem Gutachten des Instituts X._ - unter einer psychischen Störung leiden sollte, könnte jedenfalls nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit davon ausgegangen werden, dass diese längerfristig invalidisierend wäre, nachdem sie in der Internationalen Klassifikation psychischer Störungen ICD-10 Kapitel V (F) als einzelne depressive Episode beschrieben wird und sich der Versicherte noch nie in psychotherapeutische Behandlung begeben hat (vgl. Urteil 8C_958/2010 vom 25. Februar 2011 E. 6.2.2.2).
Es ist daher im Ergebnis mit der Vorinstanz auf die ärztliche Einschätzung einer unfallbedingt reduzierten 75%igen Arbeitsfähigkeit (in einer leidensangepassten Tätigkeit) abzustellen.
7.3 Der Zeitpunkt der revisionsweisen Herabsetzung der Rente ist im Bereich der Unfallversicherung nicht gesetzlich geregelt. Sie hat grundsätzlich nicht rückwirkend (siehe aber Urteil 8C_573/2011 vom 3. November 2011 E. 5.1 u. 5.2), sondern für die Zukunft zu erfolgen, zumal die IV-Stelle nach dem langen Unterbruch der Berufstätigkeit und Attestierung einer Arbeitsfähigkeit durch das Institut X._ zunächst die Durchführung beruflicher Massnahmen in Erwägung zog. Es ist hier daher mit Blick auf <ref-law> ("für die Zukunft") und Art. 30 UVV auf den Zeitpunkt der Revisionsverfügung beziehungsweise des Einspracheentscheides vom 21. Oktober 2010 abzustellen (vgl. Urteil 8C_90/2011 vom 8. August 2011 E. 8.5 u. 8.6).
8. Zu prüfen bleibt die erwerbliche Seite.
8.1 Das kantonale Gericht hat das Valideneinkommen anhand des beim letzten Arbeitgeber erzielten Lohnes ermittelt. Nach Auffassung des Unfallversicherers ist auf ein tieferes Einkommen abzustellen, welches der Versicherte zum Zeitpunkt des Unfalls, vor einem Stellenwechsel, verdient hatte. Da eine weitergehende Begründung fehlt, kann dem Einwand des Unfallversicherers nicht gefolgt werden.
Der Versicherte äussert sich dazu nicht, weshalb es mit den diesbezüglichen Feststellungen des kantonalen Gerichts sein Bewenden haben muss.
8.2 Der Unfallversicherer macht weiter geltend, dass das Invalideneinkommen ausgehend vom gleichen Lohn zu ermitteln sei. Wie dargelegt (oben E. 7.1 u. 7.2) ist dem Versicherten jedoch nach gutachtlicher Einschätzung nur noch eine seinem Leiden angepasste Tätigkeit zuzumuten, weshalb beim Invalideneinkommen nicht auf den Verdienst in der vormaligen Tätigkeit abgestellt werden kann.
8.3 Im Übrigen wird der vorinstanzliche Einkommensvergleich nicht beanstandet und gibt keinen Anlass zu Weiterungen. Insbesondere ist das kantonale Gericht nach dem oben (E. 7.3) Gesagten zu Recht von den Verhältnissen zum Zeitpunkt des Einspracheentscheides ausgegangen. Es ist daher mit der Vorinstanz von einem Valideneinkommen von Fr. 70'898.95 und einem Invalideneinkommen von Fr. 47'687.- auszugehen, woraus ein Invaliditätsgrad von 33% resultiert.
8.4 Der Unfallversicherer rügt schliesslich den vom kantonalen Gericht neu festgesetzten versicherten Verdienst von Fr. 71'132.- und beantragt, es sei statt dessen ein Betrag von Fr. 65'725.- zu berücksichtigen.
Der Versicherte verdiente im Jahr 1992, vor dem Unfall, gemäss den Angaben der damaligen Arbeitgeberin Fr. 60'726.-. Da der Rentenbeginn mehr als fünf Jahre nach dem Unfall datiert, hatte gemäss <ref-law> eine Anpassung zu erfolgen. Praxisgemäss erlaubt diese Bestimmung lediglich die Berücksichtigung der normalen Lohnentwicklung im angestammten Tätigkeitsfeld; andere als teuerungsbedingte Änderungen der erwerblichen Verhältnisse fallen nicht in Betracht (SVR 2012 UV Nr. 3 S. 9, 8C_237/2011 E. 3.3; Urteil 8C_316/2010 vom 6. August 2010 E. 4.3.1; in <ref-ruling> nicht publizierte E. 3a des Urteils U 427/99 vom 10. Dezember 2001). Indessen bestand diesbezüglich bei der Rentenzusprechung eine unklare Rechtslage (Urteil U 79/06 vom 19. September 2006 E. 4). Auf den damals vergleichsweise festgelegten versicherten Verdienst durfte der Unfallversicherer deshalb nicht zurückkommen; eine diesbezügliche Wiedererwägung ist mangels zweifelloser Unrichtigkeit des Vergleichs unzulässig (<ref-ruling> E. 2.4 S. 149), weshalb sich die Beschwerde der Allianz als unbegründet erweist.
9. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>).
Die Kosten privat eingeholter Gutachten sind dem Versicherten zu vergüten, soweit die Parteiexpertise für die Entscheidfindung unerlässlich war (<ref-law>; <ref-ruling>; Urteil I 1008/06 vom 24. April 2007 E. 3.1). Dies ist dann der Fall, wenn sich der medizinische Sachverhalt erst aufgrund des Privatgutachtens schlüssig feststellen lässt und dem Unfallversicherer insoweit eine Verletzung der ihm im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes obliegenden Pflicht zur rechtsgenüglichen Sachverhaltsabklärung vorzuwerfen ist. Diese Voraussetzung ist hier nicht erfüllt (vgl. oben E. 7.2).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 8C_580/2011 und 8C_704/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft (8C_580/2011) wird abgewiesen.
3. Die Beschwerde des D._ (8C_704/2011) wird abgewiesen, bezüglich des Zeitpunkts der Rentenherabsetzung im Sinne der Erwägung 7.3 gutgeheissen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.- werden den Parteien je hälftig auferlegt.
5. Die Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft hat D._ für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.- zu entschädigen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Juli 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo