Faits:
A. X._, ressortissant de Guinée né en 1981, est entré en Suisse le 11 avril 1998, où il a déposé sous le nom de Y._, né en 1980, une demande d'asile. Par décision du 2 juillet 1998, l'Office fédéral des réfugiés (intégré, depuis le 1er janvier 2005, au sein de l'Office fédéral des migrations) a rejeté sa requête et prononcé son renvoi de Suisse. Cette décision a été confirmée par la Commission de recours en matière d'asile le 21 octobre 1999. Un délai de départ à mi-décembre 1999 lui a été imparti pour quitter la Suisse.
Par jugement du 25 novembre 1999, le Tribunal correctionnel du district de Neuchâtel a condamné l'intéressé à trois ans d'emprisonnement et à l'expulsion du territoire suisse durant sept ans pour crime contre la loi fédérale du 3 octobre 1951 sur les stupéfiants et les substances psychotropes (Loi sur les stupéfiants, LStup; RS 812.121).
Le 18 octobre 2000, l'intéressé a, durant sa détention, été mis en contact avec un collaborateur de la Représentation de Guinée à Paris dans le cadre d'un entretien destiné à déterminer sa nationalité en prévision de l'exécution de son renvoi de Suisse. Il n'a pas été reconnu comme étant un ressortissant de ce pays.
L'intéressé a été libéré conditionnellement le 6 janvier 2001, avec un délai d'épreuve d'une durée de deux ans. La mesure d'expulsion du territoire suisse ordonnée à son endroit lors du jugement pénal du 25 novembre 1999 a toutefois été maintenue par l'autorité cantonale compétente.
Arrêté le 5 novembre 2001 dans le cadre d'une enquête de police portant sur un trafic de cocaïne, l'intéressé a été derechef condamné, par jugement du Tribunal correctionnel du district de la Chaux-de-Fonds du 13 juin 2002, à une peine de douze mois d'emprisonnement et à l'expulsion du territoire suisse à vie, pour infractions à la loi sur les stupéfiants et rupture de ban. Le pourvoi en cassation interjeté contre ce jugement a été écarté par la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois le 1er octobre 2002. Par décision du 4 novembre 2002, le Département neuchâtelois de la justice, de la santé et de la sécurité a prononcé la révocation de la libération conditionnelle accordée dans le cadre de la précédente affaire pénale et a ordonné la réintégration de l'intéressé en vue de l'exécution d'un solde de peine d'un an d'emprisonnement.
L'intéressé a refusé de collaborer à son renvoi. Au mois d'août 2004, il était sans domicile connu.
B. Par décision du 1er octobre 2004, l'Office fédéral de l'intégration, de la migration et de l'émigration (IMES; Office également intégré, depuis le 1er janvier 2005, au sein de l'Office fédéral des migrations) a prononcé contre l'intéressé une interdiction d'entrée en Suisse de durée indéterminée, en raison de son comportement pénal et pour des raisons d'ordre et de sécurité publics.
Le 14 octobre 2005, le Tribunal de police du district de la Chaux-de-Fonds a condamné l'intéressé à deux mois d'emprisonnement pour violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires, ainsi que pour dénonciation calomnieuse. Les infractions dont l'intéressé a ainsi été reconnu coupable ayant été perpétrées pendant le délai d'épreuve de deux ans qui assortissait la libération conditionnelle dont il avait bénéficié le 4 septembre 2003, ce délai a été prolongé d'un an par décision du Département neuchâtelois compétent du 21 avril 2006 et été assorti d'un avertissement formel.
Le 3 novembre 2005 devait se tenir une audition avec une délégation de la Représentation de Guinée à Paris, à laquelle l'intéressé n'a pas donné suite.
Arrêté le 9 décembre 2005, l'intéressé a été placé en détention administrative en prévision de l'exécution de son renvoi de Suisse. Une nouvelle audition avec une délégation de la Représentation de Guinée s'est soldée par un échec, l'intéressé ayant alors affirmé être un ressortissant ivoirien. La détention administrative dont il faisait l'objet a été levée le 18 juillet 2006.
Après avoir entamé les démarches pour un mariage avec Z._, ressortissante suisse, X._ s'est inscrit, le 31 mai 2007, auprès du Contrôle des habitants de Neuchâtel, en se légitimant au moyen d'un passeport guinéen établi le 8 décembre 2006 par les autorités compétentes de Conakry. Par courrier du 31 août 2007, l'intéressé a fait part à l'Office fédéral des migrations de sa véritable identité et
sollicité de cette autorité la suspension de l'interdiction d'entrée prononcée contre lui au mois d'octobre 2004, compte tenu de son projet de mariage. Le mariage a eu lieu le 21 septembre 2007.
C. Par lettre du 15 octobre 2007, l'Office fédéral des migrations a informé l'intéressé qu'il annulait formellement la mesure d'éloignement prise à son endroit et invitait le Service neuchâtelois des migrations (ci-après: le Service cantonal des migrations) à se prononcer sur l'octroi éventuel d'un titre de séjour.
Le 28 janvier 2008, le Service cantonal des migrations a décidé d'octroyer une autorisation de séjour à l'intéressé. Cette décision a été soumise à l'Office fédéral des migrations pour approbation.
Par décision du 15 mai 2008, après avoir donné l'occasion à l'intéressé d'être entendu, l'Office fédéral des migrations a refusé de donner son approbation et prononcé le renvoi de l'intéressé de Suisse.
D. Par mémoire du 17 juin 2008, X._ a recouru contre la décision rendue le 15 mai 2008 par l'Office fédéral des migrations auprès du Tribunal administratif fédéral, en concluant à la restitution de l'effet suspensif retiré au recours, à l'annulation de ladite décision et à l'octroi de l'autorisation de séjour sollicitée.
Par décision incidente du 25 juillet 2008, le Tribunal administratif fédéral a rejeté les demandes de restitution de l'effet suspensif au recours et d'assistance judiciaire présentées par X._. Saisi d'un recours en matière de droit public de la part de l'intéressé contre cette décision, le Tribunal fédéral l'a écarté par arrêt 2C_597/2008 du 24 septembre 2008.
Produisant un certificat de grossesse établi au sujet de son épouse, X._ a formellement sollicité de l'Office fédéral des migrations, le 15 octobre 2008, la reconsidération de sa décision du 15 mai 2008. Par lettre du 6 novembre 2008, l'Office fédéral des migrations a fait savoir à l'intéressé que cette situation ne pouvait être considérée comme un élément nouveau dont l'importance justifiait, en regard des circonstances sur lesquelles se fondait le prononcé de refus d'approbation, un réexamen de ce dernier.
Par envoi du 3 avril 2009, le recourant a fait parvenir au Tribunal administratif fédéral l'acte de décès à la naissance, le 21 mars 2009, de A._, l'enfant du couple. L'intéressé a relevé que, face à ce nouvel événement, les conjoints avaient besoin d'être encore plus proches l'un de l'autre. Il a en outre souligné qu'il n'avait commis aucun écart depuis le dépôt de son recours.
E. Par arrêt du 19 mai 2009, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours. Le droit à la prolongation de l'autorisation de séjour s'était éteint en raison des condamnations pénales, notamment pour crime et délit contre la loi sur les stupéfiants, infligées à l'intéressé et de son incapacité à s'adapter à l'ordre établi. Malgré les onze ans passés en Suisse, le renvoi dans son pays d'origine dont il connaissait la langue et où il avait encore des liens de parentés ne lui faisait perdre aucun acquis professionnel ni statut social particulier. Son jeune âge lui permettait également de retourner dans son pays d'origine. Son épouse connaissait la situation de l'intéressé avant de se marier, de sorte qu'elle devait accepter le risque d'une telle séparation. Aucun obstacle n'empêchait le renvoi.
F. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 19 mai 2009 par le Tribunal administratif fédéral et de lui accorder une autorisation de séjour, subsidiairement de renvoyer la cause au Tribunal administratif fédéral pour complément d'instruction ou pour qu'il soit statué dans le sens des considérants. Il se plaint de la violation du droit national et international ainsi que de la constatation inexacte des faits pertinents pouvant influer sur le sort de la cause. Il dépose une requête d'assistance judiciaire.
Le Tribunal administratif fédéral renonce à déposer des observations. L'Office fédéral des migrations conclut au rejet du recours.
G. Par ordonnance du 15 juillet 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par l'intéressé.
H. Par courrier du 12 octobre 2009, l'intéressé a donné des précisions sur les récents développements de sa situation en Suisse.

Considérant en droit:
1. 1.1 La loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20) est entrée en vigueur le 1er janvier 2008 (RO 2007 5487). En vertu de l'art. 126 al. 1 LEtr, les demandes déposées avant l'entrée en vigueur de la loi sont régies par l'ancien droit. La demande d'autorisation de séjour en raison du mariage du recourant avec une ressortissante suisse date de septembre 2007. Elle doit donc être examinée à la lumière de l'ancienne loi fédérale du 26 mars 1931 sur le séjour et l'établissement des étrangers (LSEE; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007).
1.2 Le recourant fait en vain référence à la jurisprudence rendue en application de l'Accord du 21 juin 1999 entre la Confédération suisse, d'une part, et la Communauté européenne et ses Etats membres, d'autre part, sur la libre circulation des personnes (ALCP; RS 0.142.112.681), dont il ne peut se prévaloir en tant que guinéen.
2. 2.1 Selon l'art. 83 lettre c ch. 2 LTF, le recours en matière de droit public est irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent droit. En vertu de l'art. 7 al. 1 LSEE, le conjoint étranger d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi et à la prolongation de l'autorisation de séjour. Pour juger de la recevabilité du recours en matière de droit public, seule est déterminante la question de savoir si un mariage au sens formel existe (arrêt 2C_362/2009 du 24 juillet 2009 consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1.1.2 p. 148).
Le recourant est marié à une Suissesse. Son recours est donc recevable sous cet angle.
2.2 Au surplus, interjeté par une partie directement touchée par la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (<ref-law>), dirigé contre un jugement final rendu par le Tribunal administratif fédéral (<ref-law>) et déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, le recours en matière de droit public est recevable.
3. 3.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si ceux-ci ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Enfin, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
3.2 A l'appui de son recours, le recourant produit des pièces qui ont été établies après le 19 mai 2009, date à laquelle le jugement attaqué a été rendu. Il a également exposé sa situation récente. Nouveaux au sens de l'<ref-law>, ces faits et preuves sont par conséquent irrecevables.
3.3 Le recourant fait grief au Tribunal administratif fédéral d'avoir constaté de manière inexacte les faits pertinents pouvant influer sur le sort de la cause. Faute d'être motivé conformément aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF, ce grief est irrecevable. Le recourant ne démontre en effet pas en quoi les constatations de fait du Tribunal administratif fédéral seraient arbitraires ni n'indique en quoi, le cas échéant, elles auraient une influence sur le sort du recours. Il n'est par conséquent pas possible de s'écarter des faits retenus dans l'arrêt attaqué.
4. 4.1 Selon l'art. 7 al. 1 LSEE, le conjoint étranger d'un ressortissant suisse a droit à l'octroi et à la prolongation de l'autorisation de séjour. Après un séjour régulier et ininterrompu de cinq ans, il a droit à une autorisation d'établissement. Ce droit s'éteint lorsqu'il existe un motif d'expulsion.
Selon l'art. 10 al. 1 LSEE, l'étranger peut être expulsé de Suisse notamment s'il a été condamné par une autorité judiciaire pour crime ou délit (lettre a) ou si sa conduite, dans son ensemble, et ses actes permettent de conclure qu'il ne veut pas s'adapter à l'ordre établi dans le pays qui lui offre l'hospitalité ou qu'il n'en est pas capable (lettre b). Le refus d'octroyer une autorisation de séjour en cas de motif d'expulsion suppose toutefois une pesée des intérêts en présence, ainsi que l'examen de la proportionnalité de la mesure (cf. art. 11 al. 3 LSEE; <ref-ruling> consid. 3.3.4 p. 182; <ref-ruling> consid. 4a p. 12 s.).
De même, le droit au respect de la vie privée et familiale garanti par l'art. 8 par. 1 CEDH n'est pas absolu. Une ingérence dans l'exercice de ce droit est possible selon l'art. 8 par. 2 CEDH, pour autant qu'elle soit prévue par la loi et qu'elle constitue une mesure qui, dans une société démocratique, est nécessaire à la sécurité nationale, à la sûreté publique, au bien-être économique du pays, à la défense de l'ordre et à la prévention des infractions pénales, à la protection de la santé ou de la morale, ou à la protection des droits et libertés d'autrui. Il y a donc également lieu de procéder à une pesée des intérêts en présence sous cet angle (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 22 s.; <ref-ruling> consid. 5 p. 529).
4.2 Pour apprécier ce qui est équitable, l'autorité tiendra notamment compte de la gravité de la faute commise par l'étranger, de la durée de son séjour en Suisse et du préjudice qu'il aurait à subir avec sa famille du fait de l'expulsion (cf. art. 16 al. 3 du règlement d'exécution de la loi sur le séjour et l'établissement des étrangers, du 1er mars 1949 [RSEE; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007; RO 1949 p. 243]). Lorsque le motif de l'expulsion est la commission d'un délit ou d'un crime, la peine infligée par le juge pénal est le premier critère servant à évaluer la gravité de la faute et à peser les intérêts. Sous l'empire de la loi sur le séjour et l'établissement des étrangers, une condamnation à deux ans de privation de liberté constitue la limite à partir de laquelle, en général, il y a lieu de refuser une autorisation de séjour du conjoint étranger d'un ressortissant suisse, du moins quand il s'agit d'une demande d'autorisation initiale ou d'une requête de prolongation déposée après un séjour de courte durée (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 23; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 185; <ref-ruling> consid. 4b p. 14). On considère alors que l'intérêt public à l'éloignement de cet étranger est prépondérant, même lorsqu'on ne peut pas - ou difficilement - exiger de son épouse suisse qu'elle quitte sa patrie, ce qui empêche de fait les conjoints de vivre ensemble de manière ininterrompue (<ref-ruling> consid. 3e-f p. 358 ss). La durée de présence en Suisse d'un étranger constitue un autre critère important; plus la durée de ce séjour aura été longue, plus les conditions pour prononcer l'expulsion administrative doivent être appréciées restrictivement. On tiendra en outre particulièrement compte, pour apprécier la proportionnalité de la mesure, de l'intensité des liens de l'étranger avec la Suisse et des difficultés de réintégration dans son pays d'origine (cf. <ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 190; <ref-ruling> consid. 2b p. 523 s.; <ref-ruling> consid. 2c p. 436). Toutefois, il existe un intérêt public prépondérant à expulser des étrangers qui ont, en particulier, commis des infractions graves à la loi fédérale sur les stupéfiants, même lorsque ces étrangers vivent en Suisse depuis de nombreuses années. En pareil cas, seules des circonstances exceptionnelles permettent de faire pencher la balance des intérêts en faveur de l'étranger (ATF <ref-ruling> consid. 2c p. 436).
5. 5.1 En l'espèce, le recourant a fait l'objet, durant son séjour en Suisse, de plusieurs condamnations pénales d'une durée totale de quatre ans et deux mois, notamment pour infractions à la loi fédérale sur les stupéfiants, par jugements du Tribunal correctionnel du district de Neuchâtel du 25 novembre 1999 et du Tribunal correctionnel du district de la Chaux-de-Fonds du 13 juin 2002. Il a été condamné une première fois à une peine privative de liberté pour trafic de drogue, commis sur une longue période de neuf ans, en bande, par métier et dans un dessein de lucre. Il a récidivé après cette première condamnation, en procédant à l'acquisition et à la vente de 31,25 grammes de cocaïne durant les mois d'avril à novembre 2001. Le 14 octobre 2005, il a encore fait l'objet d'une condamnation à deux mois d'emprisonnement pour violence ou menace contre les autorités et les fonctionnaires, ainsi que pour dénonciation calomnieuse durant le délai d'épreuve qui assortissait la libération conditionnelle prononcée en sa faveur le 4 septembre 2003. De surcroît, il a refusé à de multiples reprises, même avant 2007, de collaborer à la procédure d'expulsion de Suisse, en particulier en cachant durant de nombreuses années sa véritable identité et son origine. Ces faits tombent sous le coup des art. 10 al. 1 lettres a et b LSEE.
Dans ces conditions, le Tribunal administratif fédéral pouvait juger à bon droit que le recourant avait gravement nui à l'ordre et la sécurité publics en Suisse et qu'il avait encore montré qu'il ne tirait pas les leçons des condamnations pénales prononcées par les juges suisses.
Eu égard aux sévères condamnations pénales qui lui ont été infligées avant de formuler sa demande initiale d'autorisation, non seulement le recourant ne peut pas se prévaloir de la durée de son séjour en Suisse, mais encore, en pareil cas, seules des circonstances exceptionnelles permettraient de faire pencher la balance des intérêts en sa faveur.
5.2 Le recourant soutient que, lors de son premier procès pénal, il était mineur et que la première condamnation pénale aurait dû être prononcée en application du droit pénal des mineurs, ce qui serait dé- terminant pour décider s'il constitue une menace actuelle pour l'ordre public et pour procéder à la pesée des intérêts. La notion de menace actuelle pour l'ordre public étant une notion issue du droit communautaire et de la jurisprudence de la Cour de justice des communautés européennes (<ref-law>), le recourant ne peut s'en prévaloir (cf. consid. 1.2 ci-dessus). Au demeurant, ayant menti sur son âge, il est malvenu à se plaindre a posteriori des conséquences de ses mensonges. Pour le surplus, les comparaisons qu'il tente de mener avec d'autres arrêts du Tribunal fédéral sont inopérantes. Il perd de vue que l'existence de cas plus graves que le sien n'enlève rien à la gravité de ses propres actes et que les cas dans lesquelles la balance a penché en faveur de l'étranger, notamment dans l'arrêt 2A.49/2002, présentaient des différences notables par rapport à sa situation qui autorisaient un jugement différent.
En estimant que l'éventuelle mauvaise application du droit pénal suisse n'interférait pas sur la gravité intrinsèque des actes commis et en considérant que le recourant présentait un risque de récidive avéré, le Tribunal administratif a correctement appliqué le droit fédéral.
5.3 Le recourant soutient que le décès à la naissance du fils du couple, A._ le 21 mars 2009, constitue une circonstance exceptionnelle qui justifie sa présence auprès de son épouse et partant la délivrance d'une autorisation de séjour, ce que le Tribunal administratif fédéral aurait mal apprécié.
Il est vrai que le décès à la naissance d'un enfant est un drame humain, douloureux et traumatisant. Surmonter l'affliction que provoque un tel drame suppose une nécessaire période de deuil que chacun des parents traverse pour lui-même, à sa façon, en fonction de sa personnalité et de la relation qu'il entretenait avec l'enfant, et dont il serait mal venu de minimiser l'impact sur la santé de chacun des survivants et sur la relation du couple. Il n'en demeure pas moins que le décès de A._ place le recourant dans la situation de ne pouvoir invoquer en sa faveur que la relation matrimoniale qu'il a nouée avec Z._. A cet égard, il suffit de rappeler que lorsqu'elle a épousé le recourant, elle n'ignorait pas que ce dernier était sous le coup d'une décision d'expulsion du territoire suisse, de sorte qu'elle savait qu'elle risquait de devoir faire sa vie à l'étranger ou de vivre séparée de lui.
5.4 Le recourant estime que le Tribunal administratif fédéral n'a pas suffisamment tenu compte de son séjour en Suisse. Arrivé en Suisse en avril 1998, sous une fausse identité, le recourant a été condamné l'année suivante à trois ans d'emprisonnement et à l'expulsion du territoire suisse durant sept ans. Il n'a par conséquent connu un séjour légal en Suisse que pendant une durée très limitée. S'il se trouve aujourd'hui encore sur le territoire suisse, c'est parce qu'il s'est soustrait de 1999 à 2007 à toute procédure destinée à exécuter son renvoi. Il ne saurait tirer avantage d'une telle attitude ni de cette période de huit ans. Au demeurant, le recourant est jeune, il a passé la plus grande partie de sa vie en Guinée où il a encore de la famille. Il ne dispose pas d'une formation et n'a à ce jour occupé que des emplois temporaires en Suisse. Sa réintégration dans son pays d'origine peut donc raisonnablement être exigée de sa part.
5.5 Compte tenu de l'ensemble des circonstances du cas d'espèce, en particulier de la gravité des infractions commises, l'intérêt public à éloigner le recourant de Suisse l'emporte sur l'intérêt privé de celui-ci à rester dans ce pays. Dès lors, le Tribunal administratif fédéral a respecté le droit, en particulier les art. 7, 10 LSEE et 8 CEDH, ainsi que le principe de la proportionnalité et il n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation en refusant l'octroi d'une autorisation de séjour au recourant.
6. Le recourant soutient que l'Office fédéral des migrations aurait adopté à son égard une attitude contradictoire, son épouse ayant, selon lui, toujours indiqué durant les démarches de mariage qu'elle n'envisageait pas de vivre à l'étranger. Ces arguments reposent sur des faits qui ne figurent pas dans ceux qui ont été retenus par le Tribunal administratif fédéral à l'appui de l'arrêt attaqué. Le grief est par conséquent irrecevable. Au demeurant, les déclarations unilatérales du conjoint ne sauraient faire obstacle à l'application de la loi.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Le recours était dénué de chances de succès, de sorte que la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (cf. art. 64 al. 1 et 2 LTF a contrario). Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire réduit (art. 66 al. 1, 1ère phrase LTF) et n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué à la mandataire du recourant, à l'Office fédéral des migrations et au Tribunal administratif fédéral, Cour III.
Lausanne, le 19 octobre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey