Sachverhalt:
A. X._ fuhr am 25. Mai 2010 auf einem von seinem Bruder geliehenen Motorrad auf der Autobahn A1 von der Verzweigung Wankdorf in Richtung Neufeld; die Autobahn hat auf diesem Abschnitt drei Fahrspuren, aber keinen Pannenstreifen. Auf dem Felsenau-Viadukt ging ihm das Benzin aus. Er stiess das Rad am rechten Rand der Normalspur zur Ausfahrt Neufeld. Ein durch eine Drittperson alarmierter Polizeibeamter sicherte den Vorgang, indem er mit seinem Motorrad im Schritt hinter X._ herfuhr.
Mit Strafmandat vom 22. Juli 2010 verurteilte das Untersuchungsrichteramt III Bern-Mittelland X._ wegen Führens eines nicht vorschriftsgemäss ausgerüsteten Motorrads in Anwendung von Art. 57 Abs. 1 VRV, Art. 29 und Art. 93 Ziff. 2 SVG zu einer Busse von Fr. 200.--.
Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern entzog X._ am 11. November 2010 den Führerausweis wegen mittelschwerer Widerhandlung gegen die Verkehrsvorschriften im Sinn von <ref-law> für einen Monat.
Die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführerinnen und Fahrzeugführern wies den Rekurs von X._ gegen diese Verfügung am 25. Mai 2011 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, den Führerausweisentzug ersatzlos aufzuheben oder eventuell in Anwendung von Art. 16a Abs. 4 auf eine Massnahme zu verzichten oder ihm subeventuell eine Verwarnung zu erteilen. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
C. Die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführerinnen und Fahrzeugführern verzichtet auf Vernehmlassung. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
D. Am 25. November 2011 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.
E. Der Beschwerdeführer hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Das Gesetz unterscheidet zwischen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung (Art. 16a-c SVG). Gemäss <ref-law> begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Abs. 1 lit. a). Die fehlbare Person wird verwarnt, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen war und keine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Abs. 3). In besonders leichten Fällen wird auf jegliche Massnahme verzichtet (Abs. 4). Gemäss <ref-law> begeht eine mittelschwere Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer mittelschweren Widerhandlung wird der Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen (Abs. 2 lit. a). Leichte und mittelschwere Widerhandlungen werden von <ref-law> als einfache Verkehrsregelverletzungen erfasst (<ref-ruling> E. 2.4 S. 143). Gemäss <ref-law> begeht eine schwere Widerhandlung, wer durch grobe Verletzung von Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer schweren Widerhandlung, welche einer groben Verkehrsregelverletzung im Sinne von <ref-law> entspricht (<ref-ruling> E. 3 S. 237), wird der Führerausweis für mindestens drei Monate entzogen (Abs. 2 lit. a). Eine Unterschreitung der gesetzlichen Mindestentzugsdauern ist ausgeschlossen (<ref-law>).
2.2 Die Rekurskommission hat erwogen (angefochtener Entscheid S. 7), dem Beschwerdeführer sei bereits auf dem Weg zur Arbeit aufgefallen, dass die Benzinuhr defekt gewesen sei. Er hätte deshalb den Füllstand des Tanks prüfen müssen. Auch wenn der Tank des Motorrads seines Bruders in der Regel voll sei, wenn er es ihm leihe, hätte er nicht blind darauf vertrauen dürfen. Dies müsse ihm als mittelschweres Verschulden angerechnet werden. Durch dieses Fehlverhalten habe er eine erhöhte abstrakte Gefährdung anderer Verkehrsteilnehmer geschaffen, die ebenfalls nicht als gering eingestuft werden könne. Er habe das Motorrad auf einem Streifen von rund 50 cm zwischen dem rechten Fahrbahnrand und der Schutzwand schieben und dabei jedenfalls mit dem linken Fuss die Fahrbahn beanspruchen müssen. Er habe damit für die mit einer Geschwindigkeit von bis zu 60 km/h nachfolgenden Lenker ein nicht zu unterschätzendes Hindernis dargestellt. Es sei ihm damit eine mittelschwere Widerhandlung gegen die Verkehrsregeln vorzuwerfen.
2.3 Diese Beurteilung erscheint unnötig streng.
2.3.1 In objektiver Hinsicht kann der Beurteilung des ASTRA gefolgt werden, wonach der Vorfall nur eine geringe Gefahr für die Sicherheit der übrigen Verkehrsteilnehmer hervorrief. Er ereignete sich auf einer übersichtlichen Strecke, auf der die Höchstgeschwindigkeit auf 60 km/h reduziert war, und es kann davon ausgegangen werden, dass die herannahenden Fahrzeuge den Beschwerdeführer mit oder ohne Spurwechsel problemlos überholen konnten. Auch nach Aussage des involvierten Polizeibeamten ergaben sich keine heiklen Situationen.
2.3.2 Das Verschulden erscheint entgegen der Beurteilung der Rekurskommission und des ASTRA als eher gering. Der Beschwerdeführer hat zwar fahrlässig gehandelt, indem er den Tankinhalt nicht prüfte, sondern darauf vertraute, der Treibstoff werde für die beabsichtigten Fahrten reichen. Der Fehler wiegt aber insbesondere im Hinblick darauf, dass die Verkehrssicherheit - wie gerade der hier zu beurteilende Vorfall zeigt - in der Regel nicht ernsthaft gefährdet wird, wenn ein Motorrad aus Treibstoffmangel zum Stillstand kommt, eher leicht. Das wäre möglicherweise bei einem Personenwagen, der ein erheblich grösseres Hindernis darstellt als ein Motorrad, anders zu beurteilen; insofern kann das Urteil 6B_1099/2009 vom 16. Februar 2010, auf das sich sowohl die Rekurskommission als auch das ASTRA stützen, nicht unbesehen auf den hier zu beurteilenden Vorfall übertragen werden.
2.4 Der Vorfall ist somit als leichte Widerhandlung im Sinn von <ref-law> einzustufen. Das entspricht im Übrigen der strafrechtlichen Beurteilung. Umstände, die den Fall als "besonders leicht" im Sinn von <ref-law> erscheinen lassen, sind nicht ersichtlich. Damit ergibt sich, dass der Beschwerdeführer, dessen automobilistischer Leumund unbefleckt ist, nach <ref-law> zu verwarnen ist.
3. Die Beschwerde ist somit im Sinne des Subeventualantrags teilweise gutzuheissen, der angefochtene Entscheid der Rekurskommission aufzuheben und der Beschwerdeführer zu verwarnen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die reduzierten Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG), und der Kanton Bern hat ihm für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Bei der Festsetzung der Höhe der Gerichtskosten und der Entschädigung wird zugunsten des Beschwerdeführers berücksichtigt, dass die Vorinstanz die Beschwerde teilweise hätte gutheissen müssen mit den entsprechenden Kosten- und Entschädigungsfolgen. Wird mit Blick darauf im bundesgerichtlichen Verfahren eine tiefere Gerichtsgebühr erhoben bzw. eine höhere Entschädigung zugesprochen, als das sonst der Fall wäre, kann auf die Rückweisung der Akten an die Vorinstanz zur neuen Festsetzung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens verzichtet werden. Der Beschwerdeführer hat demnach die Kosten der Verfügung des Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamts von Fr. 290.-- zu bezahlen, nicht aber diejenigen der Rekurskommission.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der Entscheid der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführerinnen und Fahrzeugführern vom 25. Mai 2011 aufgehoben und der Beschwerdeführer in Anwendung von <ref-law> verwarnt.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Kanton Bern hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt und der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführerinnen und Fahrzeugführern sowie dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi