Sachverhalt:
A. X._ (Beschwerdeführer) war ab Oktober 1980 Inhaber der Einzelfirma X._ mit Sitz in A._. Die Armee war die grösste Kundin der Einzelfirma. Im Herbst 1998 musste der Beschwerdeführer Konkurs anmelden.
Auf den 6. April 1999 trat der Beschwerdeführer als Arbeitnehmer in die Z._ AG (Beschwerdegegnerin) ein. Im gleichentags unterzeichneten Arbeitsvertrag wurde einleitend festgestellt, dass der Tätigkeitsbereich auch in weiteren von der Beschwerdegegnerin geführten Betrieben oder Vertretungen irgendwelcher Art liege. Der Arbeitsbereich wurde mit "Betriebsorganisation und technische Strukturen vor allem in den Betrieben in B._ und C._, Arbeitsvorbereitung, Führung im Produktionsbereich, technische Pflege der Kundschaft und Massabnahmen bei Kundschaft" umschrieben. Der Jahreslohn war auf Fr. 90'000.--, die wöchentliche Arbeitszeit auf 45 Stunden und der Ferienanspruch auf fünf Wochen pro Jahr festgelegt. Der Arbeitsvertrag enthielt ein Konkurrenzverbot für die Dauer des Arbeitsverhältnisses und unter dem Titel "Beendigung des Arbeitsverhältnisses" eine Bestimmung betreffend Konventionalstrafe und Schadenersatz.
Die Beschwerdegegnerin kündigte am 27. Dezember 2001 das Arbeitsverhältnis mit dem Beschwerdeführer auf den 28. Februar 2002. Am 7. Januar 2002 gab der Beschwerdeführer die Geschäftsschlüssel an die Beschwerdegegnerin zurück.
Am 30. März 2002 reichte die Beschwerdegegnerin Strafklage gegen den Beschwerdeführer unter anderem wegen Verletzung des Fabrikations- und Geschäftsgeheimnisses ein. Das Strafverfahren endete im Jahr 2004 mit einer Aufhebungsverfügung.
Der Beschwerdeführer ist seit dem 20. November 2002 einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführer der X._ GmbH. Gesellschafter ohne Zeichnungsberechtigung sind sein Sohn R._ und seine Ehefrau S._.
B. B.a Am 12. September 2006 reichte die Beschwerdegegnerin beim Arbeitsgericht St. Gallen gegen den Beschwerdeführer Klage ein mit dem Antrag, den Beschwerdeführer zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 30'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Sie machte geltend, der Beschwerdeführer habe während des Arbeitsverhältnisses mit der Beschwerdegegnerin verschiedene Bestellungen von Polizeianzügen von ostschweizerischen Polizeikorps über die Firma S.X._ abgewickelt. Zudem habe er das Ostschweizer Polizeikonkordat dazu bringen können, ihre Polizeianzüge künftig über die S.X._ zu beziehen. Er habe damit insbesondere gegen seine gesetzliche Treuepflicht, das Verbot der Schwarzarbeit sowie das arbeitsvertragliche Konkurrenzverbot verstossen.
Der Beschwerdeführer beantragte die Abweisung der Klage und erhob Widerklage mit dem Begehren, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihm einen nach Durchführung des Beweisverfahrens zu bestimmenden Betrag zu bezahlen, wenigstens Fr. 20'000.-- netto zuzüglich Zins zu 5% seit 28. Dezember 2001. Damit machte er einen Anspruch aus nicht bezogenen Ferien, einen Provisionsanspruch und einen Betrag betreffend Geschäftsfahrten mit seinem Privatfahrzeug geltend.
Mit Entscheid vom 24. Januar 2008 hiess das Arbeitsgericht die Klage im Umfang von Fr. 30'000.-- nebst Zins zu 5% ab 1. April 2002 gut. Die Widerklage hiess es im Umfang von Fr. 5'700.-- nebst Zins zu 5% ab 28. Dezember 2001 (Entschädigung für Geschäftsfahrten) gut.
B.b Gegen den Entscheid des Arbeitsgerichts erhoben der Beschwerdeführer Berufung und die Beschwerdegegnerin Anschlussberufung an das Kantonsgericht St. Gallen, wobei sie die Gutheissung der Klage bzw. der Widerklage und die Abweisung je des gegnerischen Rechtsmittels beantragten.
Mit Entscheid vom 2. März 2009 wies das Kantonsgericht die Berufung ab. Es hiess die Anschlussberufung gut und wies die Widerklage ab. Das Kantonsgericht hielt es für erwiesen, dass der Beschwerdeführer mit der - von ihm zugegebenen - parallelen Produktion und dem Verkauf von Polizeianzügen (zusammen mit seiner Ehefrau) sowohl gegen das arbeitsvertragliche Konkurrenzverbot als auch gegen die allgemeine Treuepflicht des Arbeitnehmers nach <ref-law> verstossen habe. Er habe sich damit schadenersatzpflichtig gemacht (<ref-law>). Gestützt auf ein gerichtliches Gutachten errechnete es einen Schaden von Fr. 37'013.45. Es sprach demnach der Beschwerdegegnerin den eingeklagten Betrag von Fr. 30'000.-- zu. Ob ihr noch Forderungen wegen Verletzung des Konkurrenzverbotes zustünden, liess es offen. Betreffend die Widerklage hielt das Kantonsgericht den geltend gemachten Anspruch für nicht bezogene Ferien als nicht ausgewiesen. Für einen Provisionsanspruch fehle es an einer entsprechenden Vereinbarung oder an anderen Beweisen, anhand welcher ein Provisionsanspruch zu erkennen wäre. Betreffend Spesenentschädigung für Geschäftsfahrten erachtete das Kantonsgericht die Beweisführung durch den Beschwerdeführer ebenfalls als nicht erbracht. Es verblieb unter diesem Titel einzig der durch die Beschwerdegegnerin anerkannte Betrag von Fr. 5'700.-- (Spesenentschädigung für Geschäftsfahrten im Jahr 2000). Dieser Forderung hielt die Beschwerdegegnerin jedoch ihre restliche Schadenersatzforderung von Fr. 7'013.45 zur Verrechnung entgegen, weshalb das Kantonsgericht die Widerklage vollumfänglich abwies.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Kantonsgerichts vom 2. März 2009 aufzuheben und die Klage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich abzuweisen. Die Beschwerdegegnerin sei widerklageweise zu verpflichten, ihm einen nach Durchführung des Beweisverfahrens zu bestimmenden Betrag, wenigstens Fr. 20'000.-- netto, zuzüglich Zins zu 5% seit 28. Dezember 2001, zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst in ihrer Antwort auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Präsidialverfügung vom 7. Mai 2009 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der Streitwert von Fr. 30'000.-- übersteigt die Grenze nach <ref-law>. Da die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen ebenfalls erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung der erhobenen Rügen (<ref-law>) - einzutreten.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung des Willkürverbots von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieser offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.1. S. 399).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.3).
2.3 Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1).
Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (<ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40).
3. 3.1 Die Vorinstanz stellte fest, es sei nicht mehr bestritten, dass der Beschwerdeführer während seiner Anstellung bei der Beschwerdegegnerin und auch bereits im ungekündigten Zustand zusammen mit seiner Ehefrau (über deren Einzelfirma) entsprechende Polizeianzüge produziert und Polizeikorps damit beliefert hatte. Sie verwarf nach einer eingehenden Beweiswürdigung den Einwand des Beschwerdeführers, er habe diese Zweittätigkeit von Beginn weg im Wissen und Einverständnis der Beschwerdegegnerin ausgeübt. Sie hielt demge-genüber für erwiesen, dass die Beschwerdegegnerin von der konkurrenzierenden Tätigkeit des Beschwerdeführers und dessen Ehefrau (zunächst) keine Kenntnis hatte. Demnach stehe fest, dass der Beschwerdeführer mit der parallelen Produktion und dem Verkauf der Polizeianzüge (zusammen mit seiner Ehefrau) sowohl gegen das arbeitsvertragliche Konkurrenzverbot als auch gegen die allgemeine Treuepflicht des Arbeitnehmers nach <ref-law> verstossen habe.
3.2 Nach Auffassung des Beschwerdeführers verletzt die Beweiswürdigung der Vorinstanz <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> sowie Art. 343 Abs. 4, <ref-law> und <ref-law>.
3.3 Inwiefern Art. 343 Abs. 4 und <ref-law> verletzt sein sollen, begründet der Beschwerdeführer nicht. Darauf ist nicht einzutreten. Auch eine Verletzung von <ref-law> ist nicht dargetan. Indem die Vorinstanz die konkurrenzierende Tätigkeit des Beschwerdeführers für erwiesen, dagegen seine Behauptung, die Beschwerdegegnerin habe davon von Beginn weg gewusst und sei damit einverstanden gewesen, für nicht erstellt hielt, hat sie die Beweislast nicht zu Ungunsten des Beschwerdeführers verteilt, sondern die Beweise gewürdigt.
Was der Beschwerdeführer schliesslich zur Begründung seiner Willkürrüge vorbringt, genügt den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht (vgl. Erwägung 2). Er wiederholt lediglich seine eigenen Standpunkte, zeigt aber nicht auf, dass die Erwägungen der Vorinstanz geradezu unhaltbar wären. Das gilt namentlich für das Vorbringen, die Vorinstanz habe unberücksichtigt gelassen, dass die Beschwerdegegnerin eben gerade kein Konkurrenzverbot für die von ihm eingebrachten Kunden gewollt habe, da sie gar nicht in der Lage dazu gewesen sei, diese Arbeiten selber zu verrichten. Dazu habe die Vorinstanz die Anhörung der Zeugen V._ und W._ verweigert und die klaren schriftlichen Aussagen des Vertreters der Stadtpolizei St. Gallen ignoriert. Die Vorinstanz hat diesen Einwand nicht unberücksichtigt gelassen, sondern mit der nachvollziehbaren Überlegung verworfen, dass die im Arbeitsvertrag ausdrücklich festgehaltene Verpflichtung, wonach der Beschwerdeführer während des Arbeitsverhältnisses keine die Arbeitgeberin konkurrenzierende oder andere geschäftliche Tätigkeiten für einen Dritten oder für sich selbst ausüben darf, keine Ausnahme nenne. Falls die Neben- bzw. Konkurrenztätigkeit des Beschwerdeführers tatsächlich offen gelegt gewesen wäre, wäre eine andere Formulierung bzw. die Nennung dieser für beide Seiten bedeutsamen Ausnahme zu erwarten gewesen. Diese Schlussfolgerung ist überzeugend und machte die Anhörung von Zeugen überflüssig. Die Rüge willkürlicher Beweiswürdigung ist demzufolge unbegründet, soweit überhaupt darauf einzutreten ist.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht sodann geltend, der Beschwerdegegnerin sei kein Schaden entstanden. Sie wäre nach seiner Kündigung nicht in der Lage gewesen, die Polizeianzüge zu produzieren und hätte damit auf jeden Fall die Aufträge des Ostschweizer Polizeikonkordats nicht erhalten, das die Anzüge insbesondere aus Qualitätsgründen sowieso ständig bei ihm habe beziehen wollen. Die Beweiswürdigung, aufgrund derer die Vorinstanz nicht zu diesem Schluss gekommen sei, verletze das Willkürverbot und stelle gleichzeitig eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs nach <ref-law> sowie eine Verletzung von <ref-law> dar. Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche antizipierte Beweiswürdigung, weil es die Vorinstanz ablehnte, die von ihm angerufenen Zeugen W._ und V._ anzuhören. Gleichzeitig erblickt er darin eine willkürliche Anwendung des Untersuchungsgrundsatzes nach <ref-law>.
4.2 Nach <ref-law> hat der Richter in arbeitsrechtlichen Streitigkeiten mit einem Streitwert bis Fr. 30'000.-- den Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen und die Beweise nach freiem Ermessen zu würdigen. Damit soll den Parteien die Durchsetzung und Abwehr streitiger Ansprüche aus sozialpolitischen Erwägungen erleichtert und ihnen die persönliche Prozessführung ohne Beizug von Anwälten mit entsprechendem Kostenrisiko ermöglicht werden. Die Untersuchungsmaxime befreit die Parteien jedoch nicht davon, an der Sammlung des Prozessstoffes aktiv mitzuwirken. Sie haben dem Richter das in Betracht fallende Tatsachenmaterial zu unterbreiten und die Beweismittel zu bezeichnen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 107; <ref-ruling> E. 2c).
Vorliegend vermischt der Beschwerdeführer die aus der Untersuchungsmaxime fliessende Pflicht des Richters, den Sachverhalt von Amtes wegen zu ermitteln, mit der Beweiswürdigung. Die Untersuchungsmaxime verbietet dem Richter nicht, auf die Erhebung eines angebotenen Beweismittels - hier auf die Anhörung der beiden angerufenen Zeugen - zu verzichten, wenn er in antizipierter Beweiswürdigung zum Schluss gelangt, die angebotenen Beweise seien nicht geeignet oder erheblich. Entsprechend ist vorliegend die Vorinstanz vorgegangen. Eine Verletzung von <ref-law> liegt nicht vor.
4.3 Die vom Beschwerdeführer angerufenen <ref-law> und <ref-law> sind auch nicht verletzt. Weder der Beweisführungsanspruch nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299; <ref-ruling> E. 5.4 S. 601) noch der aus dem rechtlichen Gehör fliessende Anspruch auf Abnahme und Würdigung rechtzeitig und formrichtig angebotener Beweismittel (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 2 S. 242 mit Hinweisen) schliesst eine vorweggenommene Beweiswürdigung aus. Dem Gericht ist es demnach nicht versagt, einem beantragten Beweismittel die Erheblichkeit oder Tauglichkeit abzusprechen oder auf die Abnahme von Beweisen zu verzichten, wenn es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und willkürfrei davon ausgehen darf, diese würde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 5.4 S. 602).
4.4 Mit seinen weitgehend bloss appellatorischen Ausführungen zeigt der Beschwerdeführer nicht rechtsgenüglich auf, dass die antizipierte Beweiswürdigung der Vorinstanz willkürlich wäre. Die Vorinstanz verzichtete auf die Anhörung der beiden angerufenen Zeugen, weil sie nicht geeignet erschienen, den Beweis für die Behauptung zu erbringen, dass die Beschwerdegegnerin nach der Kündigung des Beschwerdeführers bis zum 28. Februar 2002 ohnehin keine Aufträge mehr von Ostschweizer Polizeikorps erhalten hätte. Sie erwog, die beiden angerufenen Zeugen hätten höchstens je für ihre eigenen Korps, nicht aber für die übrigen Polizeikorps sprechen können. Wenn der Beschwerdeführer dieser Überlegung mit der Behauptung entgegen tritt, bei W._ und V._ handle es sich um die ehemaligen Vorsitzenden des Konkordats und es liege auf der Hand, dass bei einem Polizeikonkordat nicht jedes Korps für sich alleine bestelle, sondern einen einzigen Partner für den Bezug der Polizeianzüge wolle, erweitert er in unzulässiger Weise den vorinstanzlichen Sachverhalt. Damit vermag er die antizipierte Beweiswürdigung der Vorinstanz nicht als willkürlich auszuweisen.
Willkür liegt auch nicht im Zusammenhang mit der Würdigung des Amtsberichts der Kantonspolizei Thurgau vom 28. August 2002 und des Amtsberichts der Stadtpolizei St. Gallen vom 14. August 2002 vor. Die Vorinstanz hat diese beiden Berichte nicht etwa ignoriert, sondern gewürdigt. Sie erwog, aus diesen beiden Stellungnahmen von Vertretern der Stadtpolizei St. Gallen und der Kantonspolizei Thurgau gehe nicht hervor, dass die Beschwerdegegnerin nach der Kündigung des Beschwerdeführers (auch ohne dessen Verletzung des Konkurrenzverbotes) bis zum 28. Februar 2002 ohnehin keine Aufträge mehr von Ostschweizer Polizeikorps erhalten hätte. Der Beschwerdeführer trägt dem Bundesgericht vor, wie seiner Ansicht nach diese beiden Beweisstücke zu würdigen wären, zeigt aber nicht klar und substantiiert auf, inwiefern die Beweiswürdigung der Vorinstanz geradezu willkürlich sein soll. Wohl enthält der Amtsbericht der Stadtpolizei St. Gallen die von ihm zitierte Aussage, dass sie sich innerhalb der Arbeitsgruppe dafür ausgesprochen hätten, dass er auch nach seinem Weggang von der Beschwerdegegnerin ihr Ansprechpartner und Lieferant bleibe. Sie seien der Auffassung, dass die Beschwerdegegnerin nicht in der Lage gewesen wäre, ihre geforderte Qualität weiterhin zu garantieren. Diese Aussage spricht zwar dafür, dass weitere Aufträge möglicherweise nicht an die Beschwerdegegnerin vergeben worden wären. Konkret ist im erwähnten Amtsbericht nur von der Bestellung der Stadtpolizei St. Gallen vom 17. Januar 2002 die Rede. Die Annahme der Vorinstanz kann daher nicht als geradezu unhaltbar bezeichnet werden, wonach aus dem Bericht nicht hervorgehe, dass die Beschwerdegegnerin von der Schlüsselabgabe durch den Beschwerdeführer bis zum 28. Februar 2002 überhaupt keine Aufträge von Ostschweizer Polizeikorps mehr erhalten hätte. Auch muss wegen der im Amtsbericht der Stadtpolizei St. Gallen geäusserten Ansicht nicht gefolgert werden, dass die Beschwerdegegnerin ohne den Beschwerdeführer effektiv nicht in der Lage gewesen wäre, die verlangte Qualität der Polizeianzüge zu garantieren. Entscheidend ist ohnehin einzig, dass der Beschwerdeführer aufgrund des Arbeitsvertrags verpflichtet war, die von ihm während des Bestands des Arbeitsverhältnisses, also bis zum 28. Februar 2002, akquirierten Bestellungen über seine Arbeitgeberin abzuwickeln.
4.5 Der Beschwerdeführer rügt auch im Zusammenhang mit der Würdigung des gerichtlichen Gutachtens eine Verletzung von <ref-law> und von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>. Auf seine bloss appellatorische Kritik kann nicht eingetreten werden. Unbeachtlich ist zudem der Verweis auf seine Eingaben an die Vorinstanz; inwiefern das angefochtene Urteil Bundesrecht verletzt, ist in der Beschwerdeschrift selber darzulegen (vgl. <ref-ruling> E. 1d; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3 S. 85).
4.6 Aus diesen Gründen bleibt es bei dem von der Vorinstanz angenommenen Schaden von Fr. 37'013.45. Der Beschwerdeführer vermochte mit seinen dagegen erhobenen Rügen nicht durchzudringen.
5. Gegen die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen Vertragsverletzung und Schaden bringt der Beschwerdeführer einzig vor, dass gar kein Schaden entstanden sei und er das Konkurrenzverbot nicht verletzt habe. Nachdem sich beide Behauptungen als unzutreffend herausgestellt haben, entbehrt diese Rüge der Grundlage.
6. Den mit Widerklage geltend gemachten Lohnanspruch für nicht bezogene Ferien erachtete die Vorinstanz für nicht nachgewiesen. Sie gab dafür zwei Begründungen. Zum einen verwies sie auf die eigenen Aussagen des Beschwerdeführers anlässlich der untersuchungsrichterlichen Einvernahme vom 8. April 2002, wonach er Anfang Januar 2002 der Beschwerdegegnerin vorgeschlagen habe, bis zum Ende des Arbeitsverhältnisses am 28. Februar 2002 seine Ferien zu beziehen bzw. - falls die Beschwerdegegnerin mit dem Ferienbezug nicht einverstanden sei - das Ganze zur Berechnung seiner Ansprüche dem Treuhänder zu übergeben. In der Folge habe er am 7. Januar 2002 seine Geschäftsschlüssel abgegeben. Insbesondere auch aufgrund der Saldoerklärung müsse als erstellt gelten, dass der Beschwerdeführer damals selbst der Auffassung gewesen sei, seine Ferienansprüche seien damit abgegolten. Zum anderen berechnete die Vorinstanz anhand der von der Beschwerdegegnerin gelieferten Daten betreffend die Betriebsferien in den Betrieben in B._ und C._, dass der Beschwerdeführer an 43 Tagen, an welchen in beiden Betrieben Betriebsferien waren und für welche keinerlei Hinweise auf eine Arbeitstätigkeit des Beschwerdeführers bestanden, in den Ferien weilte und somit seine Ferien vollständig bezogen hatte.
Gegen die erste Begründung wendet der Beschwerdeführer ein, sie verstosse gegen <ref-law>. Es könne keine Rede davon sein, dass der Beschwerdeführer mit der Saldoerklärung auf etwas verzichtet habe. Dieser Einwand geht fehl. Die Vorinstanz leitete aus der Saldoerklärung nicht ab, der Beschwerdeführer habe auf einen Lohnanspruch für nicht bezogene Ferien verzichtet, der ihm an sich zugestanden wäre. Vielmehr ging sie davon aus, der Beschwerdeführer habe nicht bewiesen, dass er noch offene Ferien habe. Es sei im Gegenteil aus seinen Aussagen zu folgern, dass er selber der Auffassung gewesen sei, seine Ferienansprüche seien mit dem Ferienbezug im Januar und Februar 2002 abgegolten. Mit dieser Beurteilung hat die Vorinstanz <ref-law> nicht verletzt.
Da bereits diese Begründung den angefochtenen Entscheid stützt, besteht kein Rechtsschutzinteresse an der Überprüfung der zweiten alternativen Begründung für die Verneinung eines Lohnanspruchs für angeblich nicht bezogene Ferien. Ohnehin verkennt der Beschwerdeführer mit seinen dagegen vorgebrachten appellatorischen Ausführungen einmal mehr, dass das Bundesgericht keine letzte Appellationsinstanz ist, die von den Parteien mit vollkommenen Rechtsmitteln angerufen werden könnte.
7. Die Vorinstanz erachtete sodann eine über den anerkannten Betrag von Fr. 5'700.-- hinausgehende Entschädigungsforderung für mit dem Privatauto getätigte Geschäftsfahrten als nicht bewiesen. In ihrer eingehenden Beweiswürdigung berücksichtigte sie namentlich die Zeugenaussagen von Rechtsanwalt U._ und das Bestätigungsschreiben der Beschwerdegegnerin vom 7. Juni 2001. Dass sie daraus andere Schlüsse zog, als diejenigen, die der Beschwerdeführer dem Bundesgericht darlegt, bedeutet keine Verletzung von <ref-law> oder <ref-law>. Ebenso wenig ist eine Verletzung von <ref-law> ersichtlich. Zudem gelingt es dem Beschwerdeführer nicht, die Beweiswürdigung der Vorinstanz als willkürlich auszuweisen, indem er einfach weiterhin seine eigene Sicht der Dinge darlegt und behauptet, diejenige der Vorinstanz sei willkürlich.
Der Beschwerdeführer bringt schliesslich vor, er habe die Zeugen W._ und V._ angerufen, die mit eigenen Augen gesehen hätten, dass er ständig mit seinem eigenen, roten Ford Escort für die Beschwerdegegnerin unterwegs gewesen sei. Diese Beweisofferte habe die Vorinstanz in willkürlicher Weise übergangen. Er gibt jedoch die genaue Aktenstelle nicht an, wo er diesen Beweisantrag gestellt hat. Der pauschale Hinweis auf die Vorakten genügt nicht. Von daher kann offen bleiben, ob diese Beweisanträge überhaupt geeignet gewesen wären, Beweis für die behaupteten Geschäftsfahrten in den Jahren 1999 und 2001 zu erbringen.
8. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>) und hat der obsiegenden Beschwerdegegnerin die Parteikosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu ersetzen (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 5c S. 42).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juli 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer