Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 24. August 2010 lehnte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen den Anspruch des M._, geboren 1963, auf eine Invalidenrente gestützt auf das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle X._ vom 17. September 2009 ab mit der Begründung, dass er in einer leidensangepassten Tätigkeit zu 70% arbeitsfähig sei und ein rentenausschliessendes Erwerbseinkommen zu erzielen vermöchte (Invaliditätsgrad: 36%).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 26. Juli 2012 gut und sprach M._ mit Wirkung ab dem 1. Januar 2009 eine Viertelsrente zu.
C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihre rentenablehnende Verfügung vom 24. August 2010 zu bestätigen. Des Weiteren ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung ihrer Beschwerde.
Während M._ auf Abweisung der Beschwerde schliessen lässt, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Es wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 1.3 S. 67 f., 134 V 250 E. 1.2 S. 252, je mit Hinweisen). Unter Berücksichtigung der Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) prüft es indessen nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind, und ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 2 S. 315, 65 E. 1.3 S. 67 f., je mit Hinweisen). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 3 S. 196 ff.). Neue Begehren sind unzulässig (Art. 99 Abs. 2 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum Begriff der Invalidität (Art. 8 ATSG in Verbindung mit Art. 4 Abs. 1 IVG), zur Neuanmeldung, bei welcher in analoger Weise wie bei einem Revisionsfall nach Art. 17 ATSG vorzugehen ist (Art. 87 Abs. 4 in Verbindung mit Abs. 3 IVV; <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 2.2 S. 72), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 IVG), zur Aufgabe des Arztes im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99; <ref-ruling> E. 4 S. 261 f.; vgl. auch AHI 2002 S. 62, I 82/01 E. 4b/cc) sowie zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 4.3 S. 468 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Nach den Feststellungen des kantonalen Gerichts ist gestützt auf das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle X._ eine psychisch bedingte 30%ige Einschränkung der Arbeitsfähigkeit ausgewiesen. Darauf hatte auch die zu beurteilende Verfügung vom 24. August 2010 beruht.
Die Beschwerde führende IV-Stelle beantragt die bundesgerichtliche Überprüfung der Frage, ob das psychische Leiden hinreichend erheblich sei, um eine Arbeitsunfähigkeit zu begründen.
4. 4.1 Die bundesgerichtliche Kognition beschränkt sich im Wesentlichen auf eine Rechtskontrolle. Rechtsfragen überprüft das Bundesgericht frei; ist eine Tatfrage zu beurteilen, kann nur die offensichtliche Unrichtigkeit oder Rechtsfehlerhaftigkeit der kantonalen Feststellungen geltend gemacht werden (oben E. 1).
Die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung und die gestützt darauf gestellte Diagnose betreffen ebenso eine Tatfrage wie die Prognose (fallbezogene medizinische Beurteilung über die voraussichtliche künftige Entwicklung einer Gesundheitsbeeinträchtigung im Einzelfall) und die Pathogenese (Ätiologie) im Sinne der Feststellung der Ursache eines Gesundheitsschadens dort, wo sie invalidenversicherungsrechtlich erforderlich ist (z.B. bei den Geburtsgebrechen; Art. 13 IVG). Zu der - durch die festgestellten Gesundheitsschädigungen kausal verursachten - Arbeitsunfähigkeit nimmt die Arztperson Stellung. Soweit diese ärztliche Stellungnahme sich zu dem in Anbetracht der festgestellten (diagnostizierten) gesundheitlichen Beeinträchtigungen noch vorhandenen funktionellen Leistungsvermögen oder (wichtig vor allem bei psychischen Gesundheitsschäden) zum Vorhandensein und zur Verfügbarkeit von Ressourcen ausspricht, welche eine versicherte Person im Einzelfall noch hat, handelt es sich ebenfalls um eine Tatfrage. In diesem Sinne ist die aufgrund von (medizinischen) Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit Entscheidung über eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398).
Eine bundesgerichtlich frei überprüfbare Rechtsfrage liegt indessen dann vor, wenn der kantonale Entscheid auf allgemeiner Lebenserfahrung beruht. Dazu gehört auch die medizinische Empirie und rechtsprechungsgemäss namentlich die sich darauf abstützende Vermutung, dass eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung oder ein sonstiger vergleichbarer pathogenetisch (ätiologisch) unklarer syndromaler Zustand mit zumutbarer Willensanstrengung überwindbar sei (<ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3.2 S. 398).
4.2 Bei seiner Beurteilung der Arbeitsfähigkeit hat das kantonale Gericht entsprechend der Einschätzung der Gutachter der Medizinischen Abklärungsstelle X._ erkannt, dass der depressive Zustand des Versicherten zu einer zeitlichen Leistungseinbusse führe. Des Weiteren bestünden mit Rücksicht auf das Rückenleiden auch qualitative, im Einzelnen näher beschriebene Einschränkungen.
4.3 Wie die Gutachter der Medizinischen Abklärungsstelle X._ eingehend und ausdrücklich darlegen, ergaben sich nach polydisziplinärer Abklärung aus somatischer Sicht zufolge eines Rückenleidens - im Wesentlichen ein chronisches lumbospondylogenes Syndrom - qualitative Einschränkungen der Arbeitsfähigkeit, sodass nur noch körperlich adaptierte Tätigkeiten, diese jedoch ohne zeitliche Leistungseinbusse zumutbar sind. Der psychiatrische Experte diagnostizierte eine die zumutbare Arbeitsfähigkeit einschränkende chronifizierte atypische depressive Störung gemäss ICD 10 F32.8. Es sei im massgeblichen Vergleichszeitraum seit der ersten Rentenablehnung (Verfügung vom 20. Februar 2004), welche sich in dieser Hinsicht auf das Gutachten des Dr. med. A._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 13. September 2003 gestützt hatte, eine wesentliche und anhaltende Veränderung des Gesundheitszustandes und der Arbeitsfähigkeit eingetreten. Nach den Schilderungen des Gutachters der Medizinischen Abklärungsstelle X._ hat sich zunächst eine reaktive depressive Entwicklung bei chronischen Schmerzen eingestellt, welche grundsätzlich vollständig und erfolgreich hätte behandelt werden können. Gemäss den Angaben des Hausarztes, welcher eine solche Diagnose gestellt hatte, war jedoch kein Antidepressivum verordnet worden. Inzwischen liegt nach Einschätzung der Gutachter, auch weil sich der Versicherte keiner adäquaten und konsequenten psychiatrisch-psychotherapeutischen Behandlung unterzogen hat, eine kaum mehr besserungsfähige atypische depressive Störung vor. Es wurde die Einleitung einer ambulanten psychiatrisch-psychotherapeutischen Behandlung mit adäquater Psychopharmakotherapie empfohlen und der psychiatrische Gutachter erachtete ein kognitiv-verhaltenstherapeutisches Vorgehen mit klaren Zielvereinbarungen, Aufbau von Strategien zur Stressbewältigung, Förderung der Entspannungsfähigkeit und Entwicklung eines für den Versicherten nachvollziehbaren psychosomatischen Krankheitskonzepts als angezeigt. Eine wesentliche Verbesserung der Arbeitsfähigkeit ist seiner Auffassung nach durch die Bemühungen indessen kaum zu erwarten. Eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung lag nach der begründeten Einschätzung des Gutachters nicht vor; er diagnostizierte psychologische Faktoren und Verhaltensfaktoren bei andernorts klassifizierten Krankheiten gemäss ICD 10 F54. Er attestierte eine Arbeitsunfähigkeit von 30% seit Januar 2009, bedingt durch Einschränkungen der emotionalen Belastbarkeit und der Stress- und Frustrationstoleranz. Aufgrund des vom Versicherten geschilderten Tagesverlaufs seien noch Ressourcen vorhanden, und es bestehe auch kein vollständiger sozialer Rückzug.
4.4 Damit hat der psychiatrische Gutachter die krankhafte seelische Verfassung wie auch deren Pathogenese und Auswirkungen eingehend geschildert und sich insbesondere auch zu der (nicht nur, aber gerade auch) bei Beeinträchtigungen der psychischen Gesundheit rechtsprechungsgemäss massgeblichen Frage, ob der Beschwerdeführer bei Aufbietung allen guten Willens in der Lage wäre, Arbeit in ausreichendem Masse zu verrichten, geäussert (Art. 6 ATSG; SVR 2007 UV Nr. 31 S. 105, U 127/06 E. 8.2; SVR 2003 IV Nr. 1 S. 1, I 518/01 E. 3c; Urteile I 2/06 vom 23. Mai 2006 E. 2.2; U 96/88 vom 7. April 1989 E. 2a, publ. in: SUVA-Bericht 1989 Heft Nr. 3 S. 5; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 353; <ref-ruling>; AHI 2001 S. 227, I 138/98 E. 2b; vgl. auch <ref-ruling> E. 4c in fine S. 298).
4.5 Dass auf das Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle X._ namentlich zufolge mangelhafter Zuverlässigkeit (<ref-ruling> E. 4.4 S. 470; <ref-ruling>), welche hinsichtlich der Annahme einer offensichtlichen Unrichtigkeit oder Rechtsfehlerhaftigkeit des angefochtenen Entscheides im Vordergrund stünde, nicht abzustellen sei, wird zu Recht nicht geltend gemacht. Es wird vielmehr der vorinstanzliche Entscheid insoweit beanstandet, als sinngemäss geltend gemacht wird, es handle sich bei der depressiven Störung entgegen der Auffassung des kantonalen Gerichts um eine Begleiterkrankung eines Schmerzsyndroms. Dem kann jedoch mit Blick auf die dargelegten gutachtlichen Ausführungen nicht gefolgt werden. Das kantonale Gericht hat zutreffend erwogen, dass angesichts der (oben E. 4.3 auszugsweise dargelegten) eingehenden Erörterungen der Gutachter der Medizinischen Abklärungsstelle X._ kein pathogenetisch (ätiologisch) unklarer syndromaler Zustand vorliege, bei welchem die Rechtsprechung zu den somatoformen Schmerzstörungen zur Anwendung gelangen müsste, und die Gutachter auch zum Einfluss sozialer Faktoren beziehungsweise zu der rein krankheitsbedingten Einschränkung der Arbeitsfähigkeit (durch die diagnostizierte depressive Störung) Stellung genommen hätten (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 281; SVR 2012 IV Nr. 22 S. 95, 8C_302/2011 E. 2.4). Die vorinstanzliche Feststellung des Gesundheitsschadens wie auch der Arbeitsunfähigkeit, welche sich ebenfalls auf das gutachtliche Attest stützt, betrifft Tatfragen. Der angefochtene Entscheid ist daher für das Bundesgericht verbindlich. Die beantragte Rechtskontrolle, welche sich einzig auf die Frage der Überwindbarkeit eines pathogenetisch (ätiologisch) unklaren syndromalen Leidens beziehen könnte, fällt damit ausser Betracht.
5. Was die erwerblichen Auswirkungen des Gesundheitsschadens betrifft, rügt die Beschwerdeführerin, dass die Vorinstanz einen Abzug vom Tabellenlohn auf Seiten des Invalideneinkommens gewährt hat (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 481; <ref-ruling> E. 5 S. 78 ff.).
Es handelt sich dabei - anders als bei der Frage nach der konkreten Höhe eines Abzugs, welche typischerweise Ermessenscharakter hat - um eine Rechtsfrage (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399).
Die IV-Stelle beruft sich auf die Rechtsprechung, wonach sich bei versicherten Personen, welche grundsätzlich vollzeitlich arbeitsfähig, jedoch krankheitsbedingt lediglich reduziert leistungsfähig sind, ein über die Berücksichtigung der eingeschränkten Leistungsfähigkeit und damit des Rendements hinaus gehender Abzug nicht rechtfertigt (Urteil 8C_20/2012 vom 4. April 2012 E. 3.2 u. 3.3). Nach der dargelegten gutachtlichen Einschätzung ist die zeitliche Einbusse der Leistungsfähigkeit indessen allein psychisch bedingt. Die Vorinstanz hat darüber hinaus zu Recht in Betracht gezogen, dass auch qualitative Einschränkungen zufolge des Rückenleidens bestehen und der Versicherte, welcher als Gesunder körperliche Schwerarbeit verrichtet hatte (auf dem Bau, in einer Verzinkerei und als Schlosser bei der Montage von Safes, Kassenschränken und Nachttresors), dadurch auch bei leichten Hilfsarbeitertätigkeiten beeinträchtigt ist (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 481; <ref-ruling> E. 5 S. 78 ff.). Der angefochtene Entscheid ist daher auch in diesem Punkt nicht zu beanstanden, zumal die Höhe des Abzuges einer letztinstanzlichen Korrektur nur bei rechtsfehlerhafter Ausübung des Ermessens durch das kantonale Gericht zugänglich wäre (Art. 95 lit. a BGG), wozu sich die Beschwerdeführerin jedoch nicht weiter äussert.
6. Gemäss dem psychiatrischen Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle X._ hat bisher keine regelrechte Behandlung der psychischen Störung stattgefunden (vgl. oben E. 4.3). Es ist der Beschwerdeführerin unbenommen, den Versicherten zur entsprechenden schadenmindernden Massnahme aufzufordern. Dies hindert jedoch die Rentenzusprechung nicht (<ref-ruling>), zumal der Beschwerdegegner die Wartezeit bereits bestanden hat; das kantonale Gericht hat sich dazu eingehend und zutreffend geäussert (SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131, 9C_684/2007 E. 2.3).
7. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde wird mit dem heutigen Urteil gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. Januar 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Durizzo