Sachverhalt:
A. X._ erwarb am 25. Oktober 1995 von ihrem Vater sämtliche Aktien der Z._ Holding AG mit Sitz in Biel. Seit dem 27. Oktober 1995 war die Z._ Holding AG Alleinaktionärin der S._ AG, in Seedorf/BE, und der T._ AG, in Seedorf/BE, sowie einzige Inhaberin der Beteiligungsrechte an der U._ Spol. s.r.o., in Bratislava/Slowakei. Ab Februar 1998 war X._ einzige Verwaltungsrätin der Z._ Holding AG. Sie nahm im September 1998 Einsitz in den Verwaltungsrat der S._ AG, den sie nach dem Tode ihres Vaters am 25. November 2001 allein führte.
Am 2. August 2002 verkaufte die Z._ Holding AG die Beteiligungsrechte der U._ Spol. s.r.o. für SKK 100'000.--, umgerechnet Fr. 3'278.40, an X._. Am 30. Mai 2003 verkaufte sie die Aktien der S._ AG zum Preis von Fr. 240'000.-- ebenfalls an X._.
B. Am 19. August 2003 wurde über die Z._ Holding AG der Konkurs eröffnet. Mit Anfechtungsklage vom 14. Oktober 2004 verlangte die Konkursmasse der Z._ Holding AG von X._ die Herausgabe und Übertragung der Aktien der S._ AG, allenfalls die Zahlung eines Fr. 2'000'000.-- übersteigenden Betrages, sowie die Übertragung der Beteiligungsrechte an der U._ Spol. s.r.o. Zudem forderte sie die Zahlung eines Fr. 500'000.-- übersteigenden Betrages. Mit Urteil vom 6. September 2007 verpflichtete der a.o. Gerichtspräsident 2 des Gerichtskreises II Biel-Nidau X._, innert zehn Tagen ab Rechtskraft des Urteils, die Namenaktien Nrn. 1 bis 1000 der S._ AG Zug um Zug gegen Bezahlung von Fr. 240'000.-- der Konkursmasse Z._ Holding AG herauszugeben und deren Verwertung im Rahmen des Konkurses zu dulden. Zudem wurde sie aus dem Kauf der U._ Spol. s.r.o. heraus zur Leistung von Fr. 58'153.60 an die Konkursmasse Z._ Holding AG verurteilt. Im Übrigen wurde die Klage abgewiesen.
C. Gegen dieses Urteil erhob X._ Appellation. Mit Urteil vom 25. Juni 2006 bestätigte das Obergericht (Appellationshof, 2. Zivilammer) des Kantons Bern das erstinstanzliche Urteil.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 22. August 2008 ist X._ an das Bundesgericht gelangt. Die Beschwerdeführerin beantragt die Aufhebung des Urteils des Obergerichts vom 25. Juni 2008 sowie die Abweisung der Klage. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Konkursmasse Z._ Holding AG (Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Mit Verfügung vom 9. September 2008 wies der Präsident der II. zivilrechtlichen Abteilung das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung ab und trat auf das Massnahmebegehren der Beschwerdegegnerin und des Obergerichts nicht ein.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzliches Urteil über eine betreibungsrechtliche Anfechtungsklage, welches der Beschwerde in Zivilsachen unterliegt (<ref-law>). Die gesetzliche Streitwertgrenze ist offensichtlich überschritten (<ref-law>). Die Beschwerde ist grundsätzlich zulässig.
1.2 Mit Beschwerde können alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG vorgebracht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), was heisst, dass es unter Berücksichtigung der Begründungspflicht der Beschwerde (<ref-law>) die geltend gemachten Rechtsverletzungen mit freier Kognition prüft (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Hingegen ist es an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden (<ref-law>). Zulässig ist einzig die Rüge, dass eine Tatsache offensichtlich unrichtig festgestellt worden sei (<ref-law>), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (<ref-ruling> E. 7.1 S. 398 mit Hinweisen). Es gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>), wie es für die frühere staatsrechtliche Beschwerde gegolten hat (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254). Demzufolge wird eine bloss allgemeine Bestreitung des Sachverhaltes nicht berücksichtigt. Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbständigen Begründungen, so sind diese allesamt anzufechten (<ref-ruling> E. 6.3 S. 120).
1.3 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). In der Beschwerde ist darzutun, inwiefern die erwähnten Voraussetzungen gegeben sein sollen, andernfalls die neuen Vorbringen unbeachtlich bleiben (<ref-ruling> E. 3 S. 395). Dies gilt auch für die Beschwerdeantwort, weshalb insbesondere die beiden Belege aus den Akten des Kantonalen Untersuchungsrichteramtes, Abteilung Wirtschaftskriminalität, vom 25./28. September 2008 die Strafuntersuchung gegen die Beschwerdeführerin betreffend, nicht beachtet werden.
2. Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt der Erwerb der Aktien bzw. der Beteiligungsrechte zweier Gesellschaften durch die Beschwerdeführerin. In beiden Fällen handelte es sich um hundertprozentige Töchter der Beschwerdegegnerin, welche - wie diese - von der Beschwerdeführerin beherrscht wurden. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass die Voraussetzungen einer Schenkungs- bzw. Absichtspauliana gegeben seien. Strittig ist im vorliegenden Verfahren im Wesentlichen die Bewertung der beiden Unternehmungen.
3. Mit Ausnahme üblicher Gelegenheitsgeschenke sind alle Schenkungen und unentgeltlichen Verfügungen anfechtbar, die der Schuldner innerhalb des letzten Jahres vor der Pfändung oder Konkurseröffnung vorgenommen hat (<ref-law>). Den Schenkungen gleichgestellt sind unter anderem Rechtsgeschäfte, bei denen der Schuldner eine Gegenleistung angenommen hat, die zu seiner eigenen Leistung in einem Missverhältnis steht (<ref-law>). Massgebend für die Anfechtung sind ausschliesslich die objektiven Umstände der Schenkung oder der ihr gleichgestellten Rechtshandlungen. Auf den guten Glauben und die Absichten der Beteiligten überhaupt kommt es hingegen nicht an (<ref-ruling> E. 2.1.1 S. 237; Pierre-Robert Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, N. 9 zu Art. 286; Henri-Robert Schüpbach, Droit et action révocatoires, N. 161 zu Art. 286). Nicht von Belang ist auch die Erkennbarkeit des Missverhältnisses von Leistung und Gegenleistung (<ref-ruling> E. 2 S. 52; Henry Peter, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, N. 11 zu Art. 286).
3.1 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz betrug der Wert der am 30. Mai 2003 verkauften Aktien der S._ AG mehr als eine Million Franken. Sie stützte sich bei dieser Bewertung auf das gerichtliche Gutachten von R._, welches per anfangs Juni 2003 von tatsächlichen Eigenmitteln der Unternehmung zu Fortführungswerten in der Höhe von Fr. 860'000.-- ausging, d.h. dem Eigenkapital plus den stillen Reserven minus des anteiligen Betriebsverlustes. Diesen fügte sie den Verkehrswert der nicht betrieblich genutzten Grundstücke Seedorf Gbbl. Nr. 1 und Nr. 2 bei, welcher vom Gutachter R._ nicht berücksichtigt wurde, und der sich gemäss der Expertise von M._ auf Fr. 720'000.-- bzw. Fr. 118'000.-- belief. Angesichts der sich unter den Aktiven befindenden Grundstücke Gbbl. Nr. 3 und Nr. 4 mit einen Verkehrswert von insgesamt Fr. 9'700'000.-- rechtfertige es sich mit dem Experten R._, den Wert der Unternehmung aufgrund der tatsächlichen Eigenmittel festzulegen. Obwohl der Unternehmenswert der S._ AG im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses mehr als eine Million Franken betragen habe, habe die Beschwerdeführerin die Aktien für nur Fr. 240'000.-- erworben. Darin liege ein objektives Missverhältnis von Leistung und Gegenleistung. Der Tatbestand der Schenkungsanfechtung sei daher erfüllt. Die Beschwerdeführerin habe die Aktien der S._ AG der Beschwerdegegnerin Zug um Zug gegen Bezahlung des Kaufpreises auszuhändigen.
3.2 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz im Wesentlichen Willkür in der Beweiswürdigung vor, da sie auf theoretische Gutachterwerte statt auf den Marktwert der S._ AG abgestellt habe. Zudem seien wesentliche Beweismittel nicht gewürdigt worden, womit ihr rechtliches Gehör missachtet worden sei. Bei der S._ AG habe es sich um eine konkursreife Unternehmung gehandelt, für die sich trotz intensiver Bemühungen kein Käufer gefunden habe. Durch den nunmehr angefochtenen Erwerb ist nach Ansicht der Beschwerdeführerin die S._ AG - und mit ihr die Beschwerdegegnerin - vor dem Konkurs bewahrt worden.
3.2.1 Bei der Frage nach dem Verhältnis der beiden Leistungen, das im Rahmen von <ref-law> entscheidend ist, handelt es sich um die Feststellung des wirtschaftlichen Wertverhältnisses - des Verkehrswertes - zweier Vermögensgegenstände, also um eine Schätzungsfrage (BGE 45 III 178 E. 2 und 3 S. 183; <ref-ruling> E. 2 S. 52; PETER, in: Commentaire, a.a.O., N. 11 zu Art. 286; DANIEL STAEHELIN, in: Basler Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, N. 15 zu Art. 286).
3.2.2 Bei Bewertungsfragen bestimmt in seinem Anwendungsbereich das Bundesrecht, nach welchen Rechtsgrundsätzen die Bewertung vorzunehmen ist, wogegen die nach diesen Grundsätzen vorzunehmende Wertermittlung eine Tatfrage darstellt (E. 1.2). Frei überprüfbare Rechtsfrage ist beispielsweise, ob die Vorinstanz vom richtigen Begriff des Verkehrswertes ausgegangen ist oder eine korrekte Bewertungsmethode angewendet hat (<ref-ruling> E. 2.3 S. 491; Urteil 5A_141/2007 vom 21. Dezember 2007 E. 4.1.3).
3.2.3 Soweit die Beschwerdeführerin der Vorinstanz hier vorwirft, den Ertragswert der veräusserten Unternehmung nicht berücksichtigt zu haben, wirft sie die Frage nach der (frei prüfbaren) Bewertungsmethode auf. Die Praxis kennt für die Unternehmungen eine ganze Reihe von Bewertungsmethoden (vgl. ETIENNE SCHÖN, Unternehmensbewertung im Gesellschafts- und Vertragsrecht, Diss. Zürich 2000, S. 43 ff.). Die von der Vorinstanz angewandte Substanzwertmethode berücksichtigt sämtliche der Unternehmung zur Verfügung stehenden Mittel, d.h. des Anlage- und Umlaufvermögens, und zwar zum Wiederbeschaffungswert. Nicht berücksichtigt werden bei dieser Methode hingegen nicht betriebsnotwendige Vermögenswerte. Die - vorliegend nicht als zweckmässig erachtete - Ertragswertmethode umschreibt den Wert einer Unternehmung als Differenz von Ertrag und Aufwand bzw. als Barwert der zukünftigen Gewinne. Die in der Praxis am häufigsten angewendete Mittelwertmethode berücksichtigt den Substanzwert und den Ertragswert in gleichem Masse. Nach welcher Methode der Experte eine Bewertung vornimmt, hängt nicht zuletzt von der ihm vorgelegten Fragestellung ab. In der Lehre wird denn auch die Meinung vertreten, dass die meisten Methoden zu einem richtigen Ergebnis führen können (CARL HELBLING, Unternehmensbewertung und Steuern, 9. Aufl. Düsseldorf 1998, S. 85 f., 99 ff., 130, 153). Anerkannt ist in der Unternehmensbewertung, dass der Verkäufer jeden ihm gebotenen Preis am Substanzwert misst (LANZ/BOLFING, Unternehmensbewertung, Muri/Bern 2005, S. 62).
Aus dem angefochtenen Urteil und dem Gutachten R._ geht mit Bezug auf die gewählte Bewertungsmethode hervor, dass am 22. November 2002 die Dachentwässerungssysteme an die N._ verkauft wurden bzw. mit dem Verkauf der Hauptaktivitäten das Kerngeschäft weggefallen sei und der Immobilienbereich substanzmässig bedeutend seien. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern unter diesen Umständen ein Verstoss gegen Regeln über die anwendbaren Methoden zur Unternehmensbewertung und damit rechtswidrig sein soll, wenn die Vorinstanz den wirtschaftlichen Wert der S._ AG nicht nach dem Ertragswert-, sondern nach dem Substanzwertverfahren ermittelt hat. Das (neue) Vorbringen der Beschwerdeführerin, im Zeitpunkt des Verkaufs sei der Ertragswert der S._ AG negativ gewesen, vermag daran nichts zu ändern. Sie setzt nicht auseinander, inwiefern der Geschäftsgang der verbliebenen industriellen Restaktivität das substanzorientierte Bewertungsverfahren als Rechtsverletzung erscheinen lassen soll. Soweit die Beschwerdeführerin die Bewertungsmethode in Frage stellt, um den wirtschaftlichen Wert der veräusserten Vermögensgegenstandes zu ermitteln, genügt sie den Begründungsanforderungen nicht (<ref-law>).
3.2.4 Weiter wendet sich die Beschwerdeführerin gegen den ermittelten Wert der S._ AG als Tatfrage. Das Bundesgericht schreitet auf Beschwerde wegen Verletzung von <ref-law> erst ein, wenn die Auffassung eines kantonalen Gerichts, die von ihm eingeholte gerichtliche Expertise sei schlüssig, nicht nur unrichtig, sondern geradezu unhaltbar ist (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 86). Nach Ansicht der Beschwerdeführerin ist der von der Vorinstanz festgestellte Unternehmenswert von mehr als einer Million Franken im Ergebnis unhaltbar. Insbesondere seien die Risiken des Aktienkaufs aufgrund der mehrjährigen Verluste der S._ AG nicht gewürdigt worden. Soweit sie in diesem Zusammenhang neue Tatsachen vorbringt, wie ihre erbrechtlichen Auseinandersetzungen mit den Geschwistern, ist darauf nicht einzugehen (E. 1.3). Im Weiteren beschränkt sich die Beschwerdeführerin darauf, auf die Verluste der S._ AG gemäss den Jahresrechnungen 2001-2004 sowie auf die gefährdete Fremdfinanzierung durch die Banken hinzuweisen und dafür eine Reihe von Belegen anzuführen. Hingegen äussert sie sich nicht zur Höhe der von der Vorinstanz als massgeblich eingestuften tatsächlichen Eigenmittel und zeigt insbesondere nicht auf, inwiefern der festgestellte Unternehmenswert im Ergebnis willkürlich sein sollte. Stattdessen wirft sie der Vorinstanz in allgemeiner Weise vor, massgebliche Beweise in der Entscheidfindung nicht berücksichtigt zu haben. Sie nennt in diesem Zusammenhang eine Reihe von Belegen, ohne jedoch im Einzelnen aufzuzeigen, inwieweit diese Angaben enthalten, welche den festgestellten Unternehmenswert als willkürlich erscheinen liessen. Die Beschwerdeführerin schildert auf weiten Strecken ihre Sicht der Dinge, statt sich mit dem angefochtenen Urteil auseinander zu setzen. Inwiefern erhebliche frist- und formgerechte Vorbringen übergangen worden und insoweit ein Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) vorliegen soll, legt sie ebenso wenig dar. Damit genügt sie der gesetzlichen Rügepflicht nicht (E. 1.2).
3.3 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, sie habe zu Unrecht ein offensichtliches Missverhältnis zwischen Leistung und Gegenleistung im Kaufvertrag angenommen.
3.3.1 Inwieweit die von der Beschwerdeführerin geschilderten Bemühungen, für die Aktien der S._ AG oder Teile des Unternehmens einen Käufer zu finden, mit Blick auf das für die Anfechtung massgebliche Missverhältnis von Leistung und Gegenleistung entscheidrelevant sind, braucht nicht abschliessend erörtert zu werden. Sie will daraus ableiten, dass für die Unternehmung nicht mit einem höheren als dem von ihr bezahlten Preis hätte gerechnet werden können. Die Vorinstanz stellte nicht nur fest, dass gemäss dem Gutachten O._ beim Verkauf der Aktien der S._ AG keine Verkaufsbemühungen mit Dritten angestellt worden seien. Sie hat auch darauf hingewiesen, dass die Beschwerdegegnerin (als Holding) von der Beschwerdeführerin alleine beherrscht wurde und unter deren Leitung stand, und dass mit dem Verkauf der S._ AG ein Vermögenswert aus der Unternehmensgruppe herausgelöst wurde. In der Lehre wird ausgeführt, dass die Verschiebung von Vermögenswerten einer Aktiengesellschaft an die natürliche Person, welche diese bzw. die Unternehmensgruppe beherrscht, nur schwierig mit dem Interesse einer Unternehmensgruppe gerechtfertigt werden kann (HENRY PETER, L'action révocatoire dans les groupes de sociétés, SAG 1989, S. 2 f.). Inwiefern das Obergericht mit Blick auf die vorliegenden Kontroll- und Eigentumsverhältnisse bei der Beurteilung, ob ein Missverhältnis zwischen Leistung und gegen Leistung bestand, Bundesrecht verletzt habe, legt die Beschwerdeführerin nicht dar.
3.3.2 Die Vorinstanz fügte auch bei, dass allein das nicht betrieblich genutzte Grundstück Seedorf Gbbl. Nr. 1 im Jahre 2003 einen Verkehrswert von Fr. 720'000.-- aufgewiesen habe. Durch dessen Verkauf hätte ein Mehrfaches des für die S._ AG gelösten Preises erzielt werden können. Dem hält die Beschwerdeführerin entgegen, dass ein einzelnes Aktivum einer Unternehmung nicht mit deren Wert vermischt werden dürfe. Dies trifft insoweit zu, als sich der Wert eines Unternehmens nur anhand aller Bilanzpositionen feststellen lässt, mithin auch die Passiven berücksichtigt werden müssen. Indes geht es der Vorinstanz an dieser Stelle nur um einen zusätzlichen Anhaltspunkt für die Festlegung des Unternehmenswertes anhand der tatsächlichen Eigenmittel zu Fortführungswerten. Dass dieses Ergebnis willkürlich festgelegt wurde, kann die Beschwerdeführerin nicht dartun. Ausgehend von tatsächlichen Eigenmitteln in der Höhe von insgesamt Fr. 860'000.--, kann selbst unter Vernachlässigung des genannten Grundstückes von einem offenbaren Missverhältnis im Sinne von <ref-law> gesprochen werden, wenn die Beschwerdeführerin die Aktien der S._ AG für Fr. 240'000.-- erworben hat.
3.3.3 Nicht einzugehen ist auf die Kritik der Beschwerdeführerin am angefochtenen Urteil, soweit es um ihre Kenntnisse über den wirklichen Wert der S._ AG geht. Dass die Vorinstanz sich hierzu geäussert hat, ändert nichts am Grundsatz, dass es bei der Schenkungspauliana nur auf die objektiven Umstände des angefochtenen Rechtsgeschäfts ankommt (E. 3). Aus dem gleichen Grunde gehen auch die Darlegungen der Beschwerdeführerin zur angewendeten Sorgfalt beim Abschluss des Kaufvertrages an der Sache vorbei.
3.4 Damit kann der Vorinstanz bei der Beurteilung des Erwerbs der S._ AG durch die Beschwerdeführerin im Ergebnis keine Verletzung der Bestimmungen über die Schenkungspauliana vorgeworfen werden. Der Beschwerde ist daher in diesem Punkt kein Erfolg beschieden.
4. Alle Rechtshandlungen, welche der Schuldner innerhalb der letzten fünf Jahre vor der Pfändung oder Konkurseröffnung in der dem andern Teile erkennbaren Absicht vorgenommen hat, seine Gläubiger zu benachteiligen oder einzelne Gläubiger zum Nachteil anderer zu begünstigen, sind anfechtbar (<ref-law>). Die Anfechtungsklage setzt eine Gläubigerschädigung sowie die Schädigungsabsicht des Schuldners und deren Erkennbarkeit für den Dritten voraus. Eine Schädigung der Gläubiger tritt in der Regel nicht ein, wenn die angefochtene Rechtshandlung im Austausch gleichwertiger Leistungen besteht, es sei denn, der Schuldner habe mit dem Rechtsgeschäft den Zweck verfolgt, über seine letzten Aktiven zum Schaden der Gläubiger verfügen zu können, und sein Geschäftspartner habe das erkannt oder bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit erkennen müssen (<ref-ruling> E. 2. und 3.1 S. 455).
4.1 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz betrug der Unternehmenswert der am 2. August 2002 verkauften U._ Spol. s.r.o. mindestens Fr. 61'432.--. Sie ging bei dieser Bewertung vom Eigenkapital in der Bilanz 2002 aus. Angesichts des Kaufpreises von Fr. 3'278.40 liege eine derart grosse Differenz von Leistung und Gegenleistung vor, dass sich für die Feststellung des Substanzwertes die Aufrechnung von allfälligen stillen Reserven erübrige. Wie die Erstinstanz verzichtete die Vorinstanz auf die Festlegung des Ertragswertes, zumal die U._ Spol. s.r.o. im Sommer 2004 tatsächlich liquidiert wurde. Nach Ansicht der Vorinstanz musste die Beschwerdeführerin im Zeitpunkt des Erwerbs gewusst haben, dass der vereinbarte Kaufpreis für die Beteiligungsrechte zu tief sei und habe zudem in Kauf genommen, dass die Gläubiger der von Liquiditätsproblemen geplagten Z._ Holding AG durch dieses Rechtsgeschäft geschädigt würden. Dies ergebe sich aus dem wenige Monate später erfolgten Verkauf von Aktiven der U._ Spol. s.r.o. an die N._ s.r.o. Damit sei der Tatbestand der Absichtsanfechtung erfüllt. Da eine Rückgabe der Beteiligungsrechte aufgrund der zwischenzeitlich erfolgten Liquidation der U._ Spol. s.r.o. nicht mehr in Frage komme, habe die Beschwerdeführerin dafür (Netto-)Ersatz zu leisten.
4.2 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz Willkür in der Beweiswürdigung vor, da sie hinsichtlich der Beteiligungsrechte an der U._ Spol. s.r.o. einzig auf den überdies falschen Bilanzwert der Unternehmung per 31. Dezember 2002 abgestellt habe. Zudem bestreitet sie die Schädigungsabsicht sowie die Schädigung der Gläubiger und weist auf ihren guten Glauben hin.
4.2.1 Soweit die Beschwerdeführerin es als zwingend ansieht, bei der Bewertung der verkauften Beteiligungsrechte die Liquidationskosten zu berücksichtigen, spricht sie die Bewertungsmethode an (E. 3.2.2). Sie tut jedoch nicht dar, warum diese zwei Jahre nach der angefochtenen Veräusserung angefallenen Kosten im vorliegenden Zusammenhang massgeblich sein sollten. Das gilt in gleicher Weise für den Ertragswert und die Risiken der Unternehmung. Auf diese Vorbringen ist nicht einzugehen.
4.2.2 Zudem besteht die Beschwerdeführerin darauf, dass der Kaufpreis auf objektiven Grundlagen beruht habe. Sie verweist hierfür auf den Bilanzwert der Unternehmung in der Jahresrechnung 2002, welcher um Fr. 7'000.-- abgeschrieben worden sei und damit dem Kaufpreis von rund Fr. 3'200.-- entspreche. Zwar ist die Vorinstanz in Abweichung vom erstinstanzlichen Urteil fälschlicherweise von einem Bilanzwert von Fr. 10'000.-- per Ende 2002 ausgegangen und hat die erwähnte Abschreibung übersehen. Indes stützt sie ihre Bewertung wesentlich auf den Umstand, dass wenige Monate nach dem angefochtenen Rechtsgeschäft der Verkauf von wesentlichen Aktiven der Unternehmung an einen Dritten zum Preis von Fr. 633'403.-- erfolgt sei. Der effektive Wert sei daher wesentlich höher als der bilanzierte Unternehmenswert gewesen. Sie setzte den Unternehmenswert anhand des Eigenkapitals der Unternehmung fest, welches aufgrund des Verschlechterungsverbotes nicht über den von der Erstinstanz auf Fr. 61'432.-- festgelegten Betrag heraufgesetzt werden könne. Dem hält die Beschwerdeführerin lediglich entgegen, dass mit dem Erlös aus dem Verkauf der Unternehmensbestandteile vorerst die Darlehen an die Beschwerdegegnerin bzw. die S._ AG zurückgezahlt worden sei. Damit sei der Unternehmung noch der Betrag von Fr. 66'438.35 verblieben. Dieser Umstand ist von der ersten Instanz bei der Errechnung des Eigenkapitals bereits berücksichtigt worden. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist im Ergebnis haltbar, wenn die Vorinstanz einen Wert der U._ Spol. s.r.o. von mindestens Fr. 61'432.-- ermittelt hat.
4.3 Die Beschwerdeführerin macht schliesslich geltend, das Obergericht nehme zu Unrecht eine Gläubigerschädigung und eine Schädigungsabsicht an. Dass den Gläubigern der Beschwerdegegnerin durch den Erwerb der Beteiligungsrechte an der U._ Spol. s.r.o. kein Schaden erwachsen sei und sie auch keine derartige Absicht gehegt habe, begründet die Beschwerdeführerin mit dem nachfolgenden Verkauf von Unternehmensbestandteilen und der dadurch ermöglichten Rückzahlung von Darlehen. Dabei übersieht sie, dass nicht diese Transaktion angefochten ist, sondern der Erwerb der Unternehmung als solcher. Dass dies zu einem Preis erfolgt ist, der weit unter dem wirklichen Wert lag, musste die Beschwerdeführerin - als Käuferin und zugleich einziges Organ der Verkäuferin - nach Ansicht der Vorinstanz ohne weiteres gewusst haben. Das Obergericht ist davon ausgegangen, dass vorliegend, wo die Schädigungsabsicht und Erkennbarkeit bei derselben Person (der Beschwerdeführerin) vorliegen müssen, deren Absicht zu prüfen und danach zu fragen ist, ob die Beschwerdeführerin erkennen konnte und musste, dass die Rechtshandlung eine Gläubigerschädigung bewirken konnte (vgl. Peter, in: Commentaire, a.a.O., N. 17 und 20 zu Art. 288). Wenn die Beschwerdeführerin nun ihren guten Glauben mit Hinweis auf ihre fehlende Schädigungsabsicht bestreitet, setzt sich sich mit der diesbezüglichen Begründung der Vorinstanz nicht einmal ansatzweise auseinander. Insoweit kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (<ref-law>).
4.4 Nach dem Dargelegten ist mit <ref-law> vereinbar, wenn die Vorinstanz den Verkauf der U._ Spol. s.r.o. als anfechtbar erkannt hat. Es ist unbestritten, dass eine Rückerstattung der Beteiligungsrechte (zufolge Liquidation) der Gesellschaft nicht mehr möglich ist. Im Ergebnis erweist sich damit die Verpflichtung der Beschwerdeführerin zur Leistung eines Wertersatzes (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 495) für die veräusserte und nachträglich liquidierte U._ Spol. s.r.o. als bundesrechtskonform. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt abzuweisen.
5. Aus diesen Gründen ist der Beschwerde insgesamt kein Erfolg beschieden. Bei diesem Verfahrensausgang trägt die Beschwerdeführerin die Verfahrenskosten, und sie hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 15'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Levante