Sachverhalt:
A. Die 1955 geborene O._ meldete sich am 15. August 2006 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Thurgau nahm medizinische und erwerbliche Abklärungen vor, insbesondere liess sie eine Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit (EFL) an der Klinik K._ durchführen (Bericht vom 12. Oktober 2006), wo die Versicherte bereits am 23. Mai 2006 untersucht worden war (Bericht vom 29. Mai 2006). Mit Verfügungen vom 7. September 2007 verneinte die IV-Stelle - nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens - einen Anspruch der Versicherten auf Umschulung und eine Rente.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 2. April 2008 ab.
C. Die Versicherte lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei ihr eine ganze Invalidenrente mit Wirkung ab November 2006 auszurichten; eventuell seien Umschulungsmassnahmen zuzusprechen, subeventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Vorinstanz oder die IV-Stelle zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Dies ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen. Eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides in tatsächlicher Hinsicht hat ebenso zu unterbleiben wie eine Prüfung der Ermessensbetätigung nach den Grundsätzen zur Angemessenheitskontrolle. Auch besteht Bindung an die Parteianträge (nicht publ. E. 1.2 und 2.2 des Urteils <ref-ruling>).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch der Beschwerdeführerin auf eine Rente der Invalidenversicherung und auf Umschulungsmassnahmen.
2.1 Am 1. Januar 2008 sind die Änderungen des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung (IVG) und anderer Erlasse wie des Bundesgesetzes über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) vom 6. Oktober 2006 (5. IV-Revision, AS 2007 5129 ff.) in Kraft getreten. Auf den vorliegenden Fall sind noch die früheren Gesetzesfassungen anwendbar (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220 mit Hinweisen).
2.2 Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung; vgl. jetzt <ref-law>), den Anspruch auf Umschulung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 489) sowie die Bemessung des Invaliditätsgrades nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.3 Zu ergänzen bleibt, dass das Gericht die medizinischen Unterlagen nach dem für den Sozialversicherungsprozess gültigen Grundsatz der freien Beweiswürdigung (vgl. <ref-law>) - wie alle anderen Beweismittel - frei, d.h. ohne Bindung an förmliche Beweisregeln, sowie umfassend und pflichtgemäss zu würdigen hat. Dies bedeutet, dass das Sozialversicherungsgericht alle Beweismittel, unabhängig, von wem sie stammen, objektiv zu prüfen und danach zu entscheiden hat, ob die verfügbaren Unterlagen eine zuverlässige Beurteilung des streitigen Rechtsanspruches gestatten. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Darlegung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen der Expertin oder des Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweisen).
3. 3.1 Aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde gilt vorab zu prüfen, in welchem Ausmass die Versicherte noch arbeitsfähig ist. In kognitionsrechtlicher Hinsicht handelt es sich dabei um eine Frage tatsächlicher Natur - zumindest soweit auf konkreter Beweiswürdigung beruhend -, deren Beantwortung durch die Vorinstanz das Bundesgericht grundsätzlich bindet (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 in fine ff.).
3.2 Nach Würdigung der medizinischen Aktenlage erwog die Vorinstanz hinsichtlich dieser vorab umstrittenen Tatfrage, dass entsprechend der an der Klinik K._ durchgeführten Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit (EFL) vom 10. und 11. Oktober 2006 die zumutbare Arbeitsfähigkeit der Versicherten in der angestammten Tätigkeit wie auch in einer angepassten Tätigkeit (sehr leichte, hauptsächlich sitzende Tätigkeit mit der Möglichkeit, bei Bedarf aufzustehen) 70 % betrage. Die in der EFL festgestellte Arbeitsfähigkeit von 6 Stunden am Tag beurteilte sie als nachvollziehbar. Beim Leiden der Beschwerdeführerin ging die Vorinstanz von einem chronischen muskuloskelettalen Schmerzsyndrom mit beidseitiger Varusgonarthrose, Femoropatellararthrose, Coxarthrose links, degenerativen Veränderungen der LWS, muskulärer Dysbalance lumbal und der Oberschenkel, Osteopenie, Bouchard-Arthrose beidseits sowie Adipositas aus. Sie stützte sich dabei auf den Austrittsbericht des Spitals M._ vom 25. September 2007. Dieser Bericht erging zwar, wie die Beschwerdeführerin zu Recht anführt, nach Erlass der Verfügung vom 7. September 2007 und mithin beinahe ein Jahr nach der EFL. Dies ist aber insofern ohne Bedeutung, als die Diagnose im Wesentlichen derjenigen im Untersuchungsbericht der Klinik K._ vom 29. Mai 2006 entspricht. Dieser Diagnosestellung, bei welcher kein Hinweis auf eine psychische Beeinträchtigung zu finden ist, schloss sich auch der Hausarzt Dr. med. Z._, Facharzt FMH für Innere Medizin, im Schreiben vom 11. September 2006 an, nachdem er zuvor noch in seinem Bericht vom 8. Mai 2006 von einem reaktiv depressiv schweren Zustandsbild sprach. Wie die Vorinstanz zu Recht erwog, sind aufgrund der Akten keine leistungsrelevanten psychischen Diagnosen ausgewiesen, womit sich entsprechende zusätzliche medizinische Abklärungen erübrigten. Indem die Vorinstanz ihrem Entscheid die angeführte Diagnose zu Grunde legte, kann entgegen der Beschwerdeführerin mithin nicht von einer offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung gesprochen werden. Was die an der Klinik K._ durchgeführte Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit (EFL) vom 10. und 11. Oktober 2006 angeht, sind zwar, wie zu Recht beanstandet wird, die medizinischen Diagnosen im Bericht vom 12. Oktober 2006 nicht im einzelnen angeführt worden, allerdings sind die entsprechenden gesundheitlichen Einschränkungen genannt. Zudem ist in diesem Zusammenhang zu berücksichtigen, dass der den EFL-Bericht (vom 12. Oktober 2006) mitunterzeichnende Arzt Dr. med. B._, leitender Arzt der Klinik K._, an der dem Untersuchungsbericht der gleichen Klinik vom 29. Mai 2006 zugrunde liegenden ambulanten Untersuchung beteiligt war. Mithin kann ohne weiteres davon ausgegangen werden, dass der EFL die erwähnte Diagnosestellung, welche auch die Gonarthrose wie ein lumbovertebrales Syndrom umfasst, zugrunde lag. Inwiefern die im EFL aufgeführten "arbeitsbezogenen relevanten Probleme" von der Diagnose vom 29. Mai 2006 massiv abweichen sollen, ist nicht ersichtlich und wird denn auch nicht näher begründet. Ueberdies wird in der EFL entgegen der Beschwerdeführerin eine allfällige Versorgung mit einer Knieprothese (wie im Bericht der Klinik K._ vom 29. Mai 2006 angeführt) erwähnt. Mit Blick auf diese Ausgangslage ist der Vorinstanz unter Berücksichtigung der gesamten medizinischen Aktenlage darin beizupflichten, dass die EFL zur Beurteilung der Frage der verbliebenen Leistungsfähigkeit vorliegend eine rechtsgenügliche Entscheidgrundlage bildet. Entgegen der Beschwerdeführerin ist weder eine Verletzung der Untersuchungspflicht noch eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung zu erkennen. Die Vorinstanz ist mithin zu Recht von einer 70%igen Arbeitsfähigkeit in der angestammten bzw. in einer angepassten Tätigkeit ausgegangen.
4. Zu prüfen bleibt die Ermittlung des Invaliditätsgrades, welche zutreffend nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs erfolgte.
4.1 Was das Invalideneinkommen betrifft, gewährte das kantonale Gericht vom unbestrittenen Tabellenlohn einen Abzug von 10 %. Die Beschwerdeführerin macht demgegenüber eine Erhöhung des Abzugs auf mindestens 20 % geltend. Die Frage nach der Höhe eines grundsätzlich angezeigten Abzuges vom Tabellenlohn beschlägt eine typische Ermessensfrage und ist im Lichte der Kognitionsbefugnis letztinstanzlicher Korrektur nur dort zugänglich, wo das kantonale Gericht das Rechtsermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also bei Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung (<ref-ruling> E. 2.2 und 3.3 S. 396 und 399). Indem die Vorinstanz trotz zusätzlich zu berücksichtigendem altersbedingtem Abzug in Bestätigung der IV-Stelle insgesamt 10 % in Abzug brachte, hat sie ihr Ermessen entgegen der Beschwerdeführerin nicht missbraucht, zumal die leidensbedingten Einschränkungen bereits in der 70%igen Arbeitsfähigkeitseinschätzung berücksichtigt wurden. Damit ist in Bestätigung der Vorinstanz von einem sonst unbestrittenen Invalideneinkommen von Fr. 31'674.95 auszugehen.
4.1 Was das Invalideneinkommen betrifft, gewährte das kantonale Gericht vom unbestrittenen Tabellenlohn einen Abzug von 10 %. Die Beschwerdeführerin macht demgegenüber eine Erhöhung des Abzugs auf mindestens 20 % geltend. Die Frage nach der Höhe eines grundsätzlich angezeigten Abzuges vom Tabellenlohn beschlägt eine typische Ermessensfrage und ist im Lichte der Kognitionsbefugnis letztinstanzlicher Korrektur nur dort zugänglich, wo das kantonale Gericht das Rechtsermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also bei Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung (<ref-ruling> E. 2.2 und 3.3 S. 396 und 399). Indem die Vorinstanz trotz zusätzlich zu berücksichtigendem altersbedingtem Abzug in Bestätigung der IV-Stelle insgesamt 10 % in Abzug brachte, hat sie ihr Ermessen entgegen der Beschwerdeführerin nicht missbraucht, zumal die leidensbedingten Einschränkungen bereits in der 70%igen Arbeitsfähigkeitseinschätzung berücksichtigt wurden. Damit ist in Bestätigung der Vorinstanz von einem sonst unbestrittenen Invalideneinkommen von Fr. 31'674.95 auszugehen.
4.2 4.2.1 Bei die Berechnung des Invaliditätsgrades ging die Vorinstanz in einer ersten Variante bei der Ermittlung des im Gesundheitsfall erzielbaren Einkommens (Valideneinkommen) vom letzten Lohn der Versicherten vor Eintritt des Gesundheitsschadens aus. Sie legte dabei den Verdienst zu Grunde, den die Beschwerdeführerin gemäss IK-Auszug bei der Firma E._ AG im Jahre 2004 erzielte und rechnete diesen auf das Jahr des Rentenbeginns (2006) hoch, was einen Betrag von Fr. 38'967.95 ergab. In Gegenüberstellung mit dem Invalideneinkommen von Fr. 31'674.95 ermittelte sie einen Invaliditätsgrad von 18,7 %. In einer zweiten Variante berechnete das kantonale Gericht alsdann das Valideneinkommen anhand der Tabellenlöhne und kam dabei ausgehend von den Durchschnittslöhnen in der Industrie mit Anforderungsniveau 4 aufgerechnet auf das Jahr 2006 bei Frauen auf einen Betrag von Fr. 50'020.90 im Jahr, was von der Beschwerdeführerin nicht bestritten wird. Diesem Valideneinkommen stellte sie das Invalideneinkommen von Fr. 31'674,95 gegenüber, woraus ein Invaliditätsgrad von 36,65 % resultierte.
4.2.2 Mit Blick auf diese für das Bundesgericht verbindlichen Zahlen (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>) steht fest, dass das zuletzt von der Beschwerdeführerin als Montagearbeiterin erzielte, an die Nominallohnentwicklung angepasste Einkommen von Fr. 38'967.95 um 11'052.95 und damit deutlich, nämlich rund 22 % unter dem branchenüblichen LSE-Tabellenlohn von Fr. 50'020.90 für entsprechende Arbeiten liegt. Wie die Beschwerdeführerin zu Recht geltend macht, ist dies bei der Invaliditätsbemessung grundsätzlich zu berücksichtigen - was die Verwaltung zu Unrecht unterliess -. Gemäss geltender Rechtsprechung ist nämlich dem Umstand, dass eine versicherte Person aus invaliditätsfremden Gründen (z.B. geringe Schulbildung, fehlende berufliche Ausbildung, mangelnde Deutschkenntnisse) ein deutlich unterdurchschnittliches Einkommen bezog, bei der Invaliditätsbemessung nach <ref-law> Rechnung zu tragen, sofern keine Anhaltspunkte dafür bestehen, dass sie sich aus freien Stücken mit einem bescheideneren Einkommensniveau begnügen wollte (<ref-ruling> E. 5c/bb S. 157 mit Hinweisen). Nur dadurch ist der Grundsatz gewahrt, dass die auf invaliditätsfremde Gesichtspunkte zurückzuführenden Lohneinbussen entweder überhaupt nicht oder aber bei beiden Vergleichseinkommen gleichmässig zu berücksichtigen sind (<ref-ruling> E. 4.4 S. 225). Diese Parallelisierung der Einkommen kann praxisgemäss entweder auf Seiten des Valideneinkommens durch eine entsprechende Heraufsetzung des effektiv erzielten Einkommens oder durch Abstellen auf die statistischen Werte (vgl. Urteil I 697/05 vom 9. März 2007, in: SVR 2008 IV Nr. 2 S. 3 und Urteil I 750/04 vom 5. April 2006 E. 5.5) oder aber auf Seiten des Invalideneinkommens durch eine entsprechende Herabsetzung des statistischen Wertes (vgl. Urteil U 454/05 vom 6. September 2006 E. 6.3.3 mit Hinweisen) erfolgen (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 325 f.). In seiner neuesten Rechtsprechung hat das Bundesgericht den bis dahin nicht konkretisierten Erheblichkeitsgrenzwert der Abweichung des tatsächlich erzielten Verdienstes vom branchenüblichen LSE-Tabellenlohn, ab welchem sich eine Parallelisierung der Vergleichseinkommen im Sinne von <ref-ruling> E. 4.1 S. 325 f. rechtfertigen kann, nunmehr auf 5 % festgesetzt. Zudem hat es in Aenderung der bisherigen Praxis festgehalten, dass nur in dem Umfang zu parallelisieren ist, in welchem die prozentuale Abweichung den Erheblichkeitsgrenzwert um 5 % übersteigt (BGE 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 6.1).
4.2.3 Indem das kantonale Gericht in der zweiten Variante der Invaliditätsbemessung beim Valideneinkommen auf statistische Werte abstellte, hat sie dem Umstand des deutlich unterdurchschnittlichen Einkommens nachträglich Rechnung getragen. Nachdem in Nachachtung der neuesten Rechtsprechung allerdings nur in dem Umfang zu parallelisieren ist, in welchem die prozentuale Abweichung den Erheblichkeitsgrenzwert von 5 % übersteigt, ergibt sich ein etwas geringerer Invaliditätsgrad von 33,34 %. Der Anspruch auf eine Invalidenrente wurde im Ergebnis zu Recht verneint.
5. Was den Eventualantrag auf Umschulung betrifft, vermag die Beschwerde der Begründungspflicht nur knapp zu genügen (<ref-law>). Insgesamt ist nicht ersichtlich, welche Eingliederungsmassnahme geeignet wäre, damit die Beschwerdeführerin ein höheres Einkommen als das ihr angerechnete Invalideneinkommen erzielen könnte (vgl. dazu <ref-ruling> E.2 S. 110; Urteil 9C_47/2007 vom 29. Juli 2007 E.2). Um dieses zu erreichen, benötigt sie keine Eingliederungsmassnahme, wie im angefochtenen Entscheid zutreffend festgestellt wird. Die Beschwerde ist daher auch in diesem Punkt abzuweisen.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, der Ostschweizerischen Ausgleichskasse für Handel und Industrie und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter