Führerausweisentzug (Sicherungsentzug)(Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen den Entscheid der 1. Abteilung [1. Kammer] des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 5. September 2001), hat sich ergeben:
A.- Die Direktion für Soziales und Sicherheit des Kantons Zürich (Strassenverkehrsamt, Bereich Administrativmassnahmen) entzog A._ am 23. August 2000 den Führerausweis auf unbestimmte Zeit, mindestens jedoch für die Dauer von 18 Monaten, und ordnete an, die Wiedererteilung des Ausweises werde vom Ablauf der Mindestentzugsdauer und vom Vorliegen eines günstig lautenden verkehrspsychologischen Gutachtens abhängig gemacht. Einem Rekurs gegen diese Verfügung wurde die aufschiebende Wirkung entzogen.
Einen Rekurs von A._ gegen diesen Entscheid wies der Regierungsrat des Kantons Zürich am 14. März 2001 ab und er beauftragte die erste Instanz, den Führerausweis des Rekurrenten unverzüglich einzuziehen.
B.- Ein Gesuch von A._ um Erteilung der aufschiebenden Wirkung an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies dessen Abteilungspräsident am 14. Mai 2001 ab.
Eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde von A._ gegen diesen Entscheid wies das Bundesgericht am 19. Juni 2001 im Sinne der Erwägungen ab (6A. 53/2001).
C.- Am 5. September 2001 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde von A._ gegen den Entscheid des Regierungsrats vom 14. März 2001 in der Sache ab.
D.- A._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei dem Beschwerdeführer der Führerausweis für angemessene Dauer zu entziehen; eventuell sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde; das Bundesamt für Strassen beantragt deren Gutheissung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz hält dem Beschwerdeführer vor, er habe innerhalb von zwölf Jahren zum dritten Mal ein Motorfahrzeug in angetrunkenem Zustand gelenkt und in den letzten sechs Jahren vor dem Vorfall vom 15. Dezember 1998 durch verschiedene Fahrfehler insgesamt vier Kollisionen verschuldet.
1986 sei ihm der Führerausweis wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand für drei Monate entzogen worden.
Dasselbe Delikt verbunden mit Nichtbeherrschen des Fahrzeugs und Kollisionsfolge habe 1992 zu einem 12-monatigen Ausweisentzug geführt. Äusserst gravierend sei damit die Wiederholung des Tatbestands im Dezember 1998 - dessen sich der Beschwerdeführer durchaus bewusst gewesen sei, ansonsten er sich anlässlich dieses Vorfalls nicht der polizeilichen Kontrolle zu entziehen gesucht hätte. Auffällig seien auch - soweit bekannt - die hohen Blutalkoholkonzentrationen, mindestens 2,1 Promille 1992 beziehungsweise 1,71 Promille 1998.
Angesichts der Häufung von Verkehrsunfällen, die leicht auch einen anderen Ausgang hätten nehmen können, könne nicht mehr von Bagatellen gesprochen werden. Für 1992 sei ein Fall von Fahren in angetrunkenem Zustand sowie von Nichtbeherrschen des Fahrzeugs mit Kollisionsfolge belegt. 1994 sei ein Entzug für zwei Monate wegen Telefonierens während der Fahrt erfolgt, 1996 sei der Beschwerdeführer zufolge ungenügender Aufmerksamkeit auf verkehrsbedingt anhaltende Fahrzeuge aufgefahren, was zu einem Ausweisentzug von einem Monat geführt habe. Kurz danach im Jahre 1997 sei ein Entzug für zwei Monate gefolgt, weil der Beschwerdeführer einem Fahrzeug den Rechtsvortritt verweigert habe. Schon damals sei dem Beschwerdeführer unmissverständlich bedeutet worden, dass bei einem weiteren Verstoss gegen grundlegende Verkehrsvorschriften von einem längerfristigen Ausweisentzug nicht mehr abgesehen werden könne und zudem die Fahreignung aus charakterlicher Sicht überprüft werden müsse. Einem angeordneten eintägigen Verkehrsunterricht in Theorie und Praxis habe der Beschwerdeführer bezeichnenderweise zweimal unentschuldigt keine Folge geleistet.
Der Beschwerdeführer habe durch sein bisheriges und heute zu beurteilendes Verhalten deutlich gemacht, dass nach fünf vorangegangenen Warnungsentzügen ein erneuter Warnungsentzug keine Wirkung mehr zeigen würde; folgerichtige Konsequenz sei einzig der Sicherungsentzug.
Die Anordnung einer verkehrspsychologischen Untersuchung vor Wiedererteilung des Führerausweises sei unter diesen Umständen ebenfalls sachlich geboten beziehungsweise zwingend (angefochtener Entscheid S. 6 ff. Ziff. 3d).
2.- a) Der Führerausweis ist zu entziehen, wenn festgestellt wird, dass die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen (<ref-law>). Sicherungsentzüge dienen der Sicherung des Verkehrs vor ungeeigneten Führern (Art. 30 Abs. 1 der Verordnung vom 27. Oktober 1976 über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr, VZV; SR 741. 51). Der Ausweis wird auf unbestimmte Zeit entzogen, unter anderem wenn der Führer "aus charakterlichen oder anderen Gründen nicht geeignet ist, ein Motorfahrzeug zu führen"; mit dem Entzug ist eine Probezeit von mindestens einem Jahr zu verbinden (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>).
Nach <ref-law> darf der Führerausweis nicht erteilt werden, wenn der Bewerber aufgrund seines bisherigen Verhaltens nicht Gewähr bietet, dass er als Motorfahrzeugführer die Vorschriften beachten und auf die Mitmenschen Rücksicht nehmen wird. Anzeichen hierfür bestehen, wenn Charaktermerkmale des Betroffenen, die für die Eignung im Verkehr erheblich sind, darauf hindeuten, dass er als Lenker eine Gefahr für den Verkehr darstellt.
Für den Sicherungsentzug aus charakterlichen Gründen ist die schlechte Prognose über das Verhalten als Motorfahrzeugführer massgebend. Die Behörden dürfen gestützt hierauf den Ausweis verweigern oder entziehen, wenn hinreichend begründete Anhaltspunkte vorliegen, dass der Führer rücksichtslos fahren wird. Die Frage ist anhand der Vorkommnisse (unter anderem Art und Zahl der begangenen Verkehrsdelikte) und der persönlichen Umstände zu beurteilen; in Zweifelsfällen ist ein verkehrspsychologisches oder psychiatrisches Gutachten gemäss <ref-law> anzuordnen (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen).
b) Stellt man einzig auf die von der Vorinstanz dargestellte Liste der Verfehlungen des Beschwerdeführers ab (E. 1), ergeben sich erhebliche Zweifel, ob der Beschwerdeführer zum Führen von Motorfahrzeugen charakterlich geeignet ist. Eine solche Beurteilung greift jedoch zu kurz, weil sie das zwischenzeitliche Verhalten des Beschwerdeführers ausser Acht lässt. Das Bundesgericht hat heute nicht zu beurteilen, ob im Anschluss an den Vorfall vom Dezember 1998 beziehungsweise unmittelbar nach der strafgerichtlichen Beurteilung des Vorfalls im Oktober 1999 die Anordnung eines Sicherungsentzugs gerechtfertigt gewesen wäre. Ausschlaggebend sind nebst den Verfehlungen des Beschwerdeführers auch dessen persönliche Verhältnisse, und zwar im Zeitpunkt des vorinstanzlichen Entscheids.
Aus dem Urteil des Bundesgerichts vom 19. Juni 2001 geht hervor, der Beschwerdeführer habe bereits im Verfahren vor Vorinstanz geltend gemacht, dass er seit dem Vorfall im Dezember 1998 mit dem Lieferwagen der Fensterbaufirma, wo er seiner Arbeit nachgehe, insgesamt 118'000 Kilometer zurückgelegt habe, ohne dass er irgendwelche Anstände gehabt habe. Hinzu kämen noch etliche Kilometer mit dem Privatwagen, insbesondere die Fahrten nach X._, wo er seine fünfwöchige Gefängnisstrafe in gemeinnütziger Arbeit verbüsst habe. Gleichzeitig habe er sachdienliche Beweise offeriert und darauf hingewiesen, dass er auf Grund seines Wohlverhaltens kein besonderes Risiko (mehr) für die anderen Verkehrsteilnehmer sei. Das Bundesgericht hielt dazu fest, angesichts der grossen Fahrleistung und der relativ langen Dauer des Wohlverhaltens des Beschwerdeführers im Strassenverkehr hätte die Vorinstanz diesen Sachverhalt bei der Prüfung der aufschiebenden Wirkung nicht ausser Acht lassen dürfen (E. 2b Abs. 2). Das gilt aber auch beim Entscheid in der Sache.
Denn die Frage, ob ein Sicherungsentzug anzuordnen sei oder nicht, ist nicht nur anhand der Vorkommnisse, sondern auch anhand der persönlichen Umstände zu beurteilen (<ref-ruling> E. 2a am Ende).
Seit dem Vorfall im Dezember 1998 und insbesondere seit der strafrechtlichen Beurteilung des Vorfalls durch das Thurgauer Obergericht im Oktober 1999 hat sich der Sachverhalt nicht zu Ungunsten des Beschwerdeführers verändert (jedenfalls ergibt sich nichts Derartiges aus dem angefochtenen Entscheid). Vielmehr hat sich der Beschwerdeführer in dieser Zeit offenbar korrekt verhalten.
Unter diesen Umständen erscheint die Anordnung eines Sicherungsentzugs, ohne dass ein verkehrspsychologisches Gutachten dem Beschwerdeführer die Fahreignung absprechen würde, nicht gerechtfertigt. Deshalb ist der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache an die Direktion für Soziales und Sicherheit zurückzuweisen (Art. 114 Abs. 2 zweiter Halbsatz OG).
c) Für die Neubeurteilung ist die Direktion für Soziales und Sicherheit auf Folgendes hinzuweisen: Nach dem bisher Gesagten erscheint im Falle des Beschwerdeführers die Anordnung eines Sicherungsentzugs, ohne dass ein verkehrspsychologisches Gutachten dem Beschwerdeführer die Fahreignung absprechen würde, nicht gerechtfertigt, womit selbstredend auch ein vorsorglicher Sicherungsentzug entfällt.
Wie das Bundesgericht jedoch bereits im Entscheid vom 19. Juni 2001 dargelegt hat (E. 3), muss der Beschwerdeführer, falls schliesslich kein Sicherungsentzug angeordnet werden sollte, einen Warnungsentzug gewärtigen.
Dessen Dauer wird mindestens sechs Monate betragen (<ref-law>), kann aber auf Grund der konkreten Beurteilungsmerkmale auch länger sein. Da es sich dabei um einen Ermessensentscheid handelt, hat das Bundesgericht insoweit den kantonalen Instanzen nicht vorzugreifen.
In einer derartigen Konstellation (wo ein vorsorglicher Sicherungsentzug bis zur Abklärung der Fahreignung nicht geboten und bei allfälliger Bejahung der Fahreignung ein längerer Warnungsentzug auszusprechen ist) erscheint es nicht nur sinnvoll, sondern sachlich geboten, parallel zum Sicherungsentzug auch einen Warnungsentzug als "Auffangmassnahme" auszusprechen. Ein solcher Warnungsentzug hat zwei Vorteile: In Fällen, in welchen die Anordnung eines vorsorglichen Sicherungsentzugs zumindest fragwürdig ist, kann dieser Entscheid bis zum Zeitpunkt des Ablaufs des parallel angeordneten Warnungsentzugs offen bleiben. Zudem wird so die Massnahme des Warnungsentzugs, die sich schliesslich als rechtlich zutreffend erwiesen hat, nicht erst nach Durchführung des Verfahrens betreffend Sicherungsentzug, sondern schon bald im Anschluss an das massnahmebegründende Ereignis vollzogen.
Die Direktion für Soziales und Sicherheit wird somit - selbst wenn sie wiederum einen Sicherungsentzug verfügt - für den Vorfall vom 15. Dezember 1998 einen Warnungsentzug anzuordnen haben.
3.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens entfällt eine Kostenpflicht (Art. 156 Abs. 2 OG); der Beschwerdeführer ist angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 OG).
Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 5. September 2001 aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung an die Direktion für Soziales und Sicherheit des Kantons Zürich zurückgewiesen.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Direktion für Soziales und dem Verwaltungsgericht (1. Abteilung) des Kantons Zürich sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 6. Dezember 2001
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: