Sachverhalt:
A. Der 1968 geborene S._ war bei der Firma C._ angestellt und in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen Unfälle versichert, als er sich am 25. April 2003 bei einem Selbstunfall mit dem Motorrad nebst multiplen Prellungen eine milde traumatische Hirnverletzung (MTBI) und möglicherweise auch eine Halswirbelsäulen(HWS)-Distorsion zuzog. Bereits vorbestehend waren Beschwerden am Sprunggelenk links. In der Folge entwickelte sich zunehmend eine multiple Schmerzsymptomatik, weshalb sich S._ vom 20. August bis 24. September 2003 in die Rehaklinik R._ begab. Chronische Durchschlafstörungen bedingten sodann vom 2. bis 19. August 2004 einen Aufenthalt in der Klinik für Schlafmedizin Z._, ehe in der Rehaklinik B._ vom 2. März bis 27. April 2005 erneut eine stationäre Rehabilitation mit umfassenden Untersuchungen zum Gesundheitszustand und zu der verbliebenen Arbeitsfähigkeit durchgeführt wurden.
Mit Verfügung vom 13. Oktober 2005 stellte die SUVA die bisher erbrachten Leistungen (Taggelder/Heilkosten) auf den 31. Oktober 2005 mit der Begründung ein, es lägen keine behandlungsbedürftigen Folgen des Unfalls vom 25. April 2003 mehr vor. Mit der selben Begründung lehnte sie die Ausrichtung einer Invalidenrente und einer Integritätsentschädigung ab. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 20. Februar 2006 fest.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 5. Dezember 2007 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung des Einsprache- und des vorinstanzlichen Entscheids sei die SUVA zu verpflichten, über den 31. Oktober 2005 hinaus die gesetzlichen Leistungen zu erbringen.
Die SUVA schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Eingaben vom 15. September respektive vom 2. Oktober 2008 ergänzen die Parteien ihre Vorbringen im Hinblick auf das Urteil <ref-ruling>.

Erwägungen:
1. Vorab gilt es die vom Beschwerdeführer vorgetragene formelle Rüge der Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör im Einspracheverfahren zu prüfen.
Wie von der Vorinstanz erwogen, war unter dem Titel der Gewährung des rechtlichen Gehörs sowohl das (angebliche) Vorenthalten von einzelnen medizinischen Akten im Einspracheverfahren (<ref-ruling> E. 5.1 S. 390) wie auch die behauptete Verletzung der gemäss <ref-law> vorgesehenen Mitwirkungsrechte bei der Einholung eines Gutachtens bei einem unabhängigen Sachverständigen (Urteil U 145/06 vom 31. August 2008, E. 4 f.) im kantonalen Gerichtsverfahren heilbar, weil es sich bei der Beschwerde nach <ref-law> um ein vollkommenes Rechtsmittel handelt, welches eine Überprüfung des angefochtenen Entscheides in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht ermöglicht. Dass dem Beschwerdeführer die fraglichen Aktenstücke auch im kantonalen Verfahren vorenthalten worden wären und er keine Gelegenheit gehabt hätte, dazu seine Einwände vorzutragen, wird nicht behauptet. Es kann daher offen bleiben, ob durch die SUVA überhaupt eine Gehörsverletzung begangen worden ist, was diese bestreitet und vom kantonalem Gericht zwar in Frage gestellt, aber nicht abschliessend beantwortet worden ist.
2. Im kantonalen Entscheid sind die nach der Rechtsprechung für den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (<ref-law>) geltenden Voraussetzungen des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden zutreffend dargelegt. Es betrifft dies insbesondere den für einen Leistungsanspruch erforderlichen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden, namentlich auch bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden nach Unfall, mit den sich stellenden Beweisfragen. Hervorzuheben ist, dass die Leistungspflicht des Unfallversicherers nebst anderem einen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden voraussetzt. Liegt eine Gesundheitsschädigung mit einem klaren organischen Substrat vor, kann der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel ohne weiteres zusammen mit dem natürlichen Kausalzusammenhang bejaht werden. Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier lässt sich die Adäquanzfrage nicht ohne eine besondere Prüfung beantworten. Dabei ist vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen. Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft, während nach der sog. Schleudertrauma-Praxis, welche bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der HWS sowie Schädel-Hirntraumen zur Anwendung gelangt, auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.1 S. 112 mit Hinweisen). Anzufügen bleibt, dass das Bundesgericht jüngst die Schleudertrauma-Praxis präzisiert hat (<ref-ruling>). Die bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall geltenden Grundsätze (<ref-ruling>) liess es hingegen unverändert bestehen (vgl. <ref-ruling> E. 6.1 S. 116).
3. Unbestrittenermassen hat der Beschwerdeführer beim Unfall von 25. April 2003 eine milde traumatische Hirnverletzung ohne fassbare strukturelle Läsionen und damit ohne objektivierbaren organischen Befund erlitten.
Soweit der Versicherte die nach dem Unfall beginnende Gewichtszunahme bis zum Grad einer Adipositas als organischen Unfallbefund verstanden haben will, der eine gesonderte Adäquanzprüfung des vorliegenden multiplen Beschwerdebildes zum Ereignis vom 25. April 2003 hinfällig macht, kann ihm nicht beigepflichtet werden. Denn dieser Gesundheitszustand stellt nicht einen unmittelbar, d.h. direkt durch den Unfall verursachten körperlichen Schaden dar, sondern ist allenfalls in einer psychischen Fehlverarbeitung des Unfalls oder anderen Faktoren begründet. Ebenso wenig ist ein Sturz auf den linken (vorbelasteten) Fuss anlässlich des Unfalles vom 25. April 2003 ausgewiesen, wie vom Beschwerdeführer behauptet, weshalb die damit zusammenhängenden gesundheitlichen Probleme ebenso wenig mit dem fraglichen Ereignis in Verbindung zu bringen sind: Es finden sich in den aus der Unfallzeit herrührenden Akten keine entsprechenden Hinweise.
4. Es bedarf somit einer besonderen Adäquanzprüfung. Diese hat gemäss Vorinstanz wegen der schon kurze Zeit nach dem Unfall im Vordergrund stehenden psychischen Problematik nach der Psycho-Praxis zu erfolgen, was von der Beschwerdeführerin zumindest sinngemäss bestritten wird.
5. Wie es sich damit verhält, braucht nicht abschliessend beantwortet zu werden. Denn selbst wenn bei der Adäquanzbeurteilung auf eine Differenzierung von somatischen und psychischen Komponenten verzichtet wird, ist die Adäquanz nach den in <ref-ruling> definierten neuen Kriterien zu verneinen:
5.1 Für die Adäquanzbeurteilung ist gemäss <ref-ruling> nach wie vor an das (objektiv erfassbare) Unfallereignis anzuknüpfen (<ref-ruling> E. 6a S. 366 f.; <ref-ruling> E. 10.1 S. 126). Von der auf Grund des augenfälligen Geschehensablaufes (Wegrutschen des Hinterrads des Motorrads beim Einbiegen in eine Strasse unmittelbar nach dem Anfahren von einem Stoppsignal aus; kein grösserer Sachschaden) vorgenommenen vorinstanzlichen Beurteilung des Ereignisses vom 25. April 2003 als mittelschwerer Unfall abzuweichen besteht kein Anlass. Dabei ist er eher im unteren Bereich der für mittelschwere Unfälle geltenden Bandbreite anzusiedeln, zumal der Versicherte nach bloss möglicherweise kurz erlittener Bewusstlosigkeit selbstständig aufstehen und die Unfallstelle ohne ärztliche Versorgung in Begleitung seines Schwagers zu Fuss nach Hause verlassen konnte.
Deshalb müssen von den weiteren, objektiv fassbaren und unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehenden oder als Folge davon erscheinenden Umständen, welche als massgebende Kriterien in die Gesamtwürdigung einzubeziehen sind (<ref-ruling> E. 6a S. 367), für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhanges entweder ein einzelnes in besonders ausgeprägter Weise oder aber mehrere in gehäufter oder auffallender Weise gegeben sein (<ref-ruling> E. 6b S. 367 f.). Daran hat sich mit <ref-ruling> (dortige E. 10.1 S. 126 f.) ebenfalls nichts geändert.
5.2 Das (durch <ref-ruling> nicht geänderte) Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls (a.a.O. E. 10.2.1 S. 127) hat das kantonale Gericht im Widerspruch zum Beschwerdeführer mit Blick auf den augenfälligen Geschehensablauf zu Recht verneint. Daran ändert der Umstand, dass nicht sogleich der erste vorbeifahrende Fahrzeughalter dem Gestürzten zu Hilfe geeilt ist, nichts.
5.3 Das kantonale Gericht hat ebenfalls zutreffend die unverändert gebliebenen Kriterien der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen (a.a.O. E. 10.2.2 S. 127 f.) und der ärztlichen Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert (a.a.O. E. 10.2.5 S. 129) verneint. Die vom Beschwerdeführer hierzu angeführten "unzähligen" Fussoperationen sind mit dem Unfallereignis nicht mit der geforderten Wahrscheinlichkeit in Verbindung zu bringen, wovon das kantonale Gericht in zutreffender Weise ausgegangen ist.
5.4 Das neu gefasste Kriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung (a.a.O. E. 10.2.3 S. 128, bisher: ungewöhnlich lange Dauer der ärztlichen Behandlung) bedarf einer näheren Erörterung.
Vom 20. August bis 24. September 2003 weilte der Versicherte für ein multimodulares Therapieprogramm in der Rehaklinik R._, wobei die erste Woche in erster Linie dem vorab notwendigen Valiumentzug und der Überwindung eines grippalen Infekts diente und damit der Beginn der eigentlichen Rehabilitationsmassnahmen hinausgezögert wurde. Anschliessend konnte das therapeutische stationäre Prozedere durchgeführt werden. Es wurde allerdings durch rezidivierende Aggressionen erschwert und schliesslich durch eine ambulante physiotherapeutische Betreuung mit Medikamentenabgabe abgelöst. Teils durch die Schmerzsymptomatik bedingte Schlafstörungen indizierten einen auf die Behebung derselben gerichteten 17-tägigen Aufenthalt in die Klinik für Schlafmedizin Z._ vom 2. bis 19. August 2004, wobei sich die Behandlung neben der Beobachtung im Schlaflabor tagsüber auf die Tagesstruktur verbessernde und die Schlafqualität fördernde, aktivierende körperliche Therapien wie auch Einzelpsychotherapiesitzungen beschränkte. In der Folge reduzierte sich die zielgerichtete Behandlung im Wesentlichen auf eine stationäre psychiatrische Begleitung mit Abgabe von Antidepressiva und Schmerzmitteln, ehe sich der Versicherte vom 2. März bis 27. April 2005 in die Rehaklinik B._ zwecks Verbesserung der Arbeitsfähigkeit mit multimodularem Therapieprogramm begab. Dieser Aufenthalt diente ebenso der Abklärung des Gesundheitszustands und der verbleibenden Arbeitsfähigkeit. Im Anschluss dazu reduzierten sich die Behandlungen der Beschwerden erneut auf eine ambulante psychiatrische Nachbetreuung.
Dergestalt ist die zeitliche Inanspruchnahme durch zielgerichtete Behandlungen zwar teilweise als belastend zu bezeichnen. Ob diese aber insgesamt als derart intensiv zu werten sind, dass deswegen von einer erheblichen - im Sinne einer sich allein daraus ergebenden zusätzlichen - Mehrbelastung aussergewöhnlicher Natur gesprochen werden könnte, ist indessen zweifelhaft. Denn zwar befand sich der Versicherte drei Mal in stationärer Obhut. Diese diente indessen jeweils nicht ausschliesslich und zudem in unterschiedlicher Intensität der zielgerichteten Behandlung der Unfallbeschwerden: So waren - wie oben zum ersten Aufenthalt in einer Rehaklinik beschrieben - etwa zunächst Begleitumstände zu beseitigen, ehe mit der zielgerichteten Behandlung begonnen werden konnte, oder es galt - wie vor allem beim zweiten Aufenthalt in einer Rehaklinik - daneben auch den Gesundheitszustand als Ganzes und die verbliebene Arbeitsfähigkeit abzuklären, oder es fanden zwar zielgerichtete Behandlungen statt, welche indessen objektiv betrachtet insgesamt nicht als aussergewöhnlich belastend betrachtet werden können - wie insbesondere jene in der Klinik für Schlafmedizin. Die ausserhalb dieser Aufenthalte durchgeführte, nach weniger als eineinhalb Jahren durch ein psychologisches Begleiten abgelöste medikamentöse Schmerz- und Physiotherapie bewegte sich sodann ohne weiteres im Rahmen des bei einem Schleudertrauma der HWS oder einer äquivalenten Verletzungen Üblichen (vgl. RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, E. 5.2.4 in fine).
5.5 Das Kriterium der erheblichen Beschwerden (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128 f., bisher: Dauerbeschwerden) kann dagegen ohne weiteres bejaht werden. Es ist jedoch nicht in besonders ausgeprägter Weise erfüllt: Wenngleich die Schmerzen das Leben der Versicherten massgeblich beeinflussen, erlauben sie nach wie vor, gewisse häusliche und ausserhäusliche Aktivitäten auszuüben.
5.6 Das (unveränderte) Kriterium des schwierigen Heilungsverlaufs und erheblicher Komplikationen (a.a.O. E. 10.2.6 S. 129) ist dagegen zu verneinen. Denn aus der ärztlichen Behandlung und den Beschwerden - welche (ausschliesslich) im Rahmen der spezifischen Adäquanzkriterien zu berücksichtigen sind - darf nicht bereits auf einen schwierigen Heilungsverlauf oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hierzu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (Urteil U 503/06 vom 7. November 2007, E. 7.6 mit Hinweis). Solche Gründe sind hier nicht gegeben.
5.7 Ob das neu umschriebene Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f.) trotz ausgewiesener Anstrengungen vorliegt, ist wiederum fraglich. Zwar wird dem Versicherten von ärztlicher Seite seit dem Unfall praktisch durchgehend eine vollständige Arbeitsunfähigkeit attestiert. Auf der anderen Seite bemängelte etwa die Klinik für Schlafmedizin fehlende Motivation und ungenügende Aktivität. Die Rehaklinik B._ hob sodann die begrenzte Aufgeschlossenheit des Beschwerdeführers für die empfohlene bzw. vorgesehene psychotherapeutische Behandlung der bestehenden erheblichen Belastungsfaktoren hervor und verwies damit zusammenhängend auf fehlende Tagesstrukturen und die Diskrepanz zwischen der tatsächlich gegebenen und vom Versicherten subjektiv als geringer eingeschätzten Leistungsfähigkeit.
5.8 Zusammengefasst sind somit maximal drei der adäquanzrelevanten Kriterien ausgewiesen. Bei der gegebenen Unfallschwere kann der adäquate Kausalzusammenhang daher nicht bejaht werden. Hierfür müsste vielmehr mindestens ein Kriterium in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sein, was indessen nicht zutrifft. Es kann daher letztlich offen bleiben, ob sämtliche der drei angesprochenen Kriterien überhaupt in der einfachen Form als erfüllt zu betrachten sind, womit sich Weiterungen dazu erübrigen.
6. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem unterliegenden Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. Dezember 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Grünvogel