Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Der Gemeinderat der Einwohnergemeinde Biel reichte dem Amt für Gemeinden und Raumordnung des Kantons Bern (AGR) am 26. Februar 2003 die Überbauungsordnung "Allmendweg-Ost" für die Zone mit Planungspflicht 9.4 "Büsche" zur Vorprüfung ein. Das Vorhaben bezweckt, die rechtlichen Grundlagen für die bauliche Entwicklung im Industriegebiet und die Ansiedlung eines Fachmarktes zu schaffen. Aufgrund des Vorprüfungsberichts ergänzte die Gemeinde ihre Planung und reichte sie dem AGR erneut ein. Im Rahmen der öffentlichen Auflage gingen gegen die bereinigte Überbauungsordnung mehrere Einsprachen ein, darunter diejenige der Commercialis SA. Die Gesellschaft ist Eigentümerin der in der Nachbarschaft des Planungsperimeters gelegenen Parzelle Biel Gbbl. Nr. 10225 (Einkaufszentrum Boujean). Am 26. März 2004 stimmte der Gemeinderat der Überbauungsordnung zu, welche in Art. 16 der Überbauungsvorschriften (ÜV) Folgendes regelt:
"Art. 16 Parkierung, Verkehrsaufkommen, Öffentliche Verkehrsmittel
1 Für die Ermittlung der Abstellplätze gelten die Bestimmungen des kantonalen Baugesetzes und der Bauverordnung.
2 Für jedes Bauvorhaben ist die Fahrtenerzeugung nachzuweisen.
3 Das maximale Fahrtenkontingent für den ganzen Planperimeter beträgt 2900 Fahrten DTV. Bei publikumsintensiven Vorhaben sind die Parkplätze zu bewirtschaften. Ein Fahrten-Controlling muss nachgewiesen werden. Im Baubewilligungsverfahren ist zwischen Bauherrschaft und der Stadt eine Vereinbarung zu treffen, welche die Massnahmen bei einer allfälligen Überschreitung des Kontingentes regelt.
4 Vorhaben, die im ganzen Perimeter ein Verkehrsaufkommen von über 2000 Fahrten DTV verursachen, unterstehen dem "Richtplan verkehrsintensive Vorhaben VIV Agglomeration Biel" (Koordinationsabkommen). Die Zuteilung eines entsprechenden Kontingentes durch den Gemeinderat ist Voraussetzung.
5 Das notwendige VIV-Kontingent kann nur zugeteilt werden, wenn die "lokale Belastbarkeit" nachgewiesen ist und wenn eine hinreichende öffentliche Verkehrserschliessung sichergestellt ist. Für Fachmärkte gilt Art. 26 BauV."
5 Das notwendige VIV-Kontingent kann nur zugeteilt werden, wenn die "lokale Belastbarkeit" nachgewiesen ist und wenn eine hinreichende öffentliche Verkehrserschliessung sichergestellt ist. Für Fachmärkte gilt Art. 26 BauV."
B. Mit Verfügung vom 25. August 2005 genehmigte das AGR die Überbauungsordnung und wies die Einsprachen, soweit sie aufrecht erhalten worden waren, als öffentlichrechtlich unbegründet ab. Daraufhin erhob die Commercialis SA am 24. September 2004 Beschwerde bei der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern (JGK). Sie beantragte, die Genehmigungsverfügung des AGR sei teilweise aufzuheben; Art. 16 Abs. 3 Satz 4 ÜV sei nicht zu genehmigen bzw. zu streichen. Mit Entscheid vom 18. Februar 2005 wies die JGK die Beschwerde ab.
B. Mit Verfügung vom 25. August 2005 genehmigte das AGR die Überbauungsordnung und wies die Einsprachen, soweit sie aufrecht erhalten worden waren, als öffentlichrechtlich unbegründet ab. Daraufhin erhob die Commercialis SA am 24. September 2004 Beschwerde bei der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern (JGK). Sie beantragte, die Genehmigungsverfügung des AGR sei teilweise aufzuheben; Art. 16 Abs. 3 Satz 4 ÜV sei nicht zu genehmigen bzw. zu streichen. Mit Entscheid vom 18. Februar 2005 wies die JGK die Beschwerde ab.
C. Hiergegen gelangte die Commercialis SA ans kantonale Verwaltungsgericht. Sie stellte den Antrag, der Entscheid vom 18. Februar 2005 sei aufzuheben und der beanstandete Satz zu streichen. Die verwaltungsrechtliche Abteilung des kantonalen Verwaltungsgerichts wies die Beschwerde am 12. September 2005 ab, soweit sie darauf eintrat.
C. Hiergegen gelangte die Commercialis SA ans kantonale Verwaltungsgericht. Sie stellte den Antrag, der Entscheid vom 18. Februar 2005 sei aufzuheben und der beanstandete Satz zu streichen. Die verwaltungsrechtliche Abteilung des kantonalen Verwaltungsgerichts wies die Beschwerde am 12. September 2005 ab, soweit sie darauf eintrat.
D. Mit Eingabe vom 7. Oktober 2005 erhebt die Commercialis SA Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, das Urteil vom 12. September 2005 sei aufzuheben. Wiederum verlangt sie die Streichung von Art. 16 Abs. 3 Satz 4 der Überbauungsvorschriften. Gleichzeitig ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Der Rechtsdienst der städtischen Baudirektion schliesst namens der Einwohnergemeinde Biel auf Abweisung der Beschwerde. Die JGK stellt unter Hinweis auf die Vorakten und die kantonalen Entscheide ebenso Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hat sich ebenfalls zur Angelegenheit vernehmen lassen.
Mit Verfügung vom 21. November 2005 hat der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist zulässig gegen Verfügungen, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen oder hätten stützen sollen (Art. 97 OG in Verbindung mit <ref-law>), sofern diese von einer in Art. 98 OG genannten Vorinstanz erlassen worden sind und keiner der in Art. 99 ff. OG oder in der Spezialgesetzgebung vorgesehenen Ausschlussgründe greift. Sodann unterliegen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gemischtrechtliche Verfügungen bzw. (auch) auf unselbständiges kantonales Ausführungsrecht zum Bundesrecht gestützte Anordnungen sowie auf übrigem kantonalem Recht beruhende Anordnungen, die einen hinreichend engen Sachzusammenhang mit der im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu beurteilenden Frage des Bundesverwaltungsrechts aufweisen. Soweit dem angefochtenen Entscheid selbständiges kantonales Recht ohne den genannten Sachzusammenhang zum Bundesrecht zugrunde liegt, steht die staatsrechtliche Beschwerde zur Verfügung (<ref-ruling> E. 1b/aa S. 49; <ref-ruling> E. 1.2 S. 262, je mit Hinweisen).
1.2 Angefochten ist eine kommunale Überbauungsordnung bzw. der kantonal letztinstanzliche Entscheid über eine gegen die Nutzungsplanung erhobene Einsprache. Der Nutzungsplan im Sinne von Art. 14 ff. des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (RPG; SR 700) unterliegt gemäss Art. 34 Abs. 3 RPG der staatsrechtlichen Beschwerde. Indessen ist gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen Nutzungspläne dann zulässig, wenn der Nutzungsplan auf Bundesverwaltungsrecht abgestützte Anordnungen enthält. Insoweit stellt das Bundesgericht die Anordnungen im Nutzungsplanverfahren einer Verfügung im Sinne von <ref-law> gleich. Diese Voraussetzungen sind im vorliegenden Fall erfüllt. Das angefochtene Urteil stützt sich insbesondere auf das Bundesgesetz über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG; SR 814.01) und die Luftreinhalte-Verordnung vom 16. Dezember 1985 (LRV; SR 814.318.142.1), darüber hinaus auf kantonales und kommunales Recht. Die planungsrechtlichen bzw. die das kantonale oder kommunale Recht betreffenden Rügen der Beschwerdeführerin hängen sachlich eng mit den der Verwaltungsgerichtsbeschwerde unterliegenden Fragen des Bundesverwaltungsrechts zusammen und sind deshalb ebenfalls im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu überprüfen. Hinsichtlich der Anwendung des kantonalen Rechts richtet sich die Kognition des Bundesgerichtes allerdings nach den für die staatsrechtliche Beschwerde geltenden Grundsätzen (<ref-ruling> E. 1b S. 237 mit Hinweis).
1.3 Nach Art. 103 lit. a OG ist zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde berechtigt, wer durch die angefochtene Verfügung berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat. Ficht - wie hier - nicht der Verfügungsadressat (die Beschwerdegegnerin), sondern eine Drittperson die Verfügung an, so wird zur Abgrenzung gegenüber der unzulässigen Popularbeschwerde verlangt, dass der Beschwerdeführer durch den angefochtenen Entscheid oder Plan stärker als jedermann betroffen sei und in einer besonderen, beachtenswerten und nahen Beziehung zur Streitsache steht. Das Interesse an der Aufhebung oder Änderung der Verfügung kann rechtlicher oder auch bloss tatsächlicher Natur sein, doch muss es sich um eigene persönliche Interessen des Beschwerdeführers handeln; auf öffentliche Interessen allein oder die Interessen Dritter kann er sich nicht berufen. Das Interesse des Beschwerdeführers gilt als schutzwürdig, wenn seine tatsächliche oder rechtliche Situation durch den Ausgang des Verfahrens unmittelbar beeinflusst werden kann, d.h. wenn er durch das Beschwerdeverfahren einen materiellen oder ideellen Nachteil von sich abwenden oder aus diesem einen praktischen Nutzen ziehen kann (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 2a S. 177 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 378; <ref-ruling> E. 3c S. 9, je mit Hinweisen).
1.4 Die Beschwerdeführerin ist Eigentümerin des Grundstücks Biel Gbbl. Nr. 10225 (Einkaufszentrum Boujean, Carrefour), welches in der Nachbarschaft des umstrittenen Planungssektors liegt. Soweit es sich bei der Beschwerdeführerin um eine mögliche Konkurrentin des geplanten Fachmarktes handelt, ist Folgendes festzuhalten: Konkurrenten eines Bewilligungsempfängers sind nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nicht schon auf Grund der blossen Befürchtung, einer verstärkten Konkurrenz ausgesetzt zu sein, zur Beschwerde legitimiert. Diese Art des Berührtseins liegt vielmehr im Prinzip des freien Wettbewerbs und schafft keine schutzwürdige besondere Beziehungsnähe (<ref-ruling> E. 4d/e S. 202 f.). Erforderlich ist vielmehr eine spezifische Beziehungsnähe, die von der einschlägigen gesetzlichen Ordnung erfasst wird (BGE <ref-ruling> E. 5b/aa S. 382; <ref-ruling> E. 4c/d S. 201; Lucrezia Glanzmann-Tarnutzer, Die Legitimation des Konkurrenten zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht, Diss. St. Gallen 1997, S. 107, 122; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl. Zürich 1998, S. 199 Rz. 554; Rhinow/Schmid/Biaggini, Öffentliches Wirtschaftsrecht, Basel/Frankfurt 1998, S. 351 Rz. 29). Im vorliegenden Fall wird das im Perimeter der Überbauungsordnung liegende Land gemäss unbestrittener Aussage der Beschwerdeführerin teilweise über die gleichen Erschliessungswege erschlossen wie ihr Grundstück (Johann Renfer-Strasse, Zürichstrasse). Sie macht darum geltend, die zusätzliche und insbesondere die übermässige Belastung dieses Strassennetzes durch Fahrten zu Anlagen im Perimeter der Überbauungsordnung belaste sie und auf ihrem Grundstück anwesende Personen mit erhöhten oder übermässigen Schadstoffen. Weiter befürchtet sie zeitweise polizeiwidrige Verkehrsverhältnisse bei Zu- und Wegfahrten von und zu ihrem Grundstück. Sie habe darum ein faktisches und rechtliches Interesse daran, dass das dem Überbauungsperimeter zugeteilte Fahrtenkontingent eingehalten werde und Überschreitungen unter Wahrung ihrer Verfahrensrechte behoben werden könnten. Es ist darum davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin im Sinne der in E. 1.3 zitierten Rechtsprechung zur Erhebung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert ist. Da die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist grundsätzlich auf die Beschwerde einzutreten.
1.5 Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG). Hat - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften festgestellt, ist das Bundesgericht an die Sachverhaltsfeststellung im angefochtenen Entscheid gebunden (Art. 105 Abs. 2 OG).
1.5 Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG). Hat - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften festgestellt, ist das Bundesgericht an die Sachverhaltsfeststellung im angefochtenen Entscheid gebunden (Art. 105 Abs. 2 OG).
2. Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die in Art. 16 Abs. 3 Satz 4 ÜV festgelegte Kontrahierungspflicht zwischen der Bauherrschaft und der Stadt Biel. Ihrer Auffassung nach verletzt diese Bestimmung Bundesrecht. Im Unterschied zum vorinstanzlichen Verfahren gesteht die Beschwerdeführerin den kantonalen Instanzen zu, dass vertragliches Handeln nicht von vornherein ausgeschlossen werden kann, wenn das Gesetz als Handlungsformen nur die Verordnung und die Verfügung erwähnt. Im vorliegenden Fall sieht sie jedoch dafür keinen Spielraum. Die Beschwerdeführerin verweist zudem auf Art. 49 Abs. 1 des kantonalen Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. Mai 1989 (VRPG/BE; BSG 155.21), wonach die zuständige Behörde öffentlichrechtliche Rechtsverhältnisse von Amtes wegen oder auf Gesuch hin mit einer Verfügung regelt, es sei denn, das Gesetz sehe ausdrücklich etwas anderes vor oder verweise zur Streiterledigung auf den Klageweg. Die Meinung des Verwaltungsgerichtes, wonach diese Bestimmung im Bereich des Bundesumweltrechts nicht anwendbar sei, erachtet die Beschwerdeführerin als "grob falsch".
2.1 Die Überbauungsordnung soll die rechtlichen Grundlagen für die bauliche Entwicklung im Industriegebiet und die Ansiedlung eines Fachmarktes schaffen. Somit soll im fraglichen Perimeter später eine neue Anlage im Sinne von <ref-law> errichtet werden, die geeignet ist, Einwirkungen in Form von Luftverunreinigungen und Lärm zu erzeugen. Gemäss <ref-law> und Art. 4 LRV sind die von einer Anlage verursachten Emissionen unabhängig von der bestehenden Umweltbelastung im Rahmen der Vorsorge so weit zu begrenzen, als dies technisch und betrieblich möglich und wirtschaftlich tragbar ist. In einem zweiten Schritt sieht Abs. 3 der zitierten Bestimmung vor, dass die Emissionsbegrenzungen verschärft werden, wenn feststeht oder zu erwarten ist, dass die Einwirkungen unter Berücksichtigung der bestehenden Umweltbelastung schädlich oder lästig werden. Steht fest oder ist zu erwarten, dass schädliche oder lästige Einwirkungen von Luftverunreinigungen durch mehrere Quellen verursacht werden, so erstellt die zuständige Behörde einen Plan der Massnahmen, die zur Verminderung oder Beseitigung dieser Einwirkungen innert angesetzter Frist beitragen (Massnahmeplan; <ref-law>). Emissionen werden u.a. eingeschränkt durch den Erlass von Verkehrs- und Betriebsvorschriften (<ref-law>). Nach Art. 5 Abs. 1 LRV verfügt die Behörde ergänzende oder verschärfte Emissionsbegrenzungen für eine Anlage, wenn zu erwarten ist, dass diese geplante Anlage übermässige Immissionen verursachen wird, obwohl die vorsorglichen Emissionsbegrenzungen eingehalten sind.
2.2 Im vorliegenden Fall lässt Art. 3 Abs. 2 ÜV im Planperimeter der Überbauungsordnung nur Bauvorhaben zu, die betreffend Verkehrsaufkommen und Parkierung die Bestimmungen von Art. 16 einhalten. Gemäss Überbauungsordnung bedürfen verkehrsintensive Vorhaben (VIV), d.h. solche, die im ganzen Perimeter ein Verkehrsaufkommen von durchschnittlich mehr als 2000 Fahrten pro Tag im durchschnittlichen Tagesverkehr (DTV) verursachen, der Zuteilung eines Fahrtenkontingentes durch den Gemeinderat (Art. 16 Abs. 4 ÜV). In Art. 16 Abs. 3 ÜV wird, wie gesehen, das maximale Fahrtenkontingent für den Planperimeter auf 2'900 Fahrten DTV festgelegt. Für publikumsintensive Vorhaben wird zusätzlich eine Parkplatzbewirtschaftung und ein Fahrtencontrolling vorgeschrieben. Bei einer allfälligen Überschreitung des Kontingents sollen zwischen der Bauherrschaft und der Stadt vertraglich noch zu vereinbarende Massnahmen ergriffen werden (siehe lit. A hiervor). Im Rahmen der Nutzungsplanung wird somit gestützt auf das Berner Fahrleistungsmodell, wie es im Massnahmenplan zur Luftreinhaltung 2000/2015 und im kantonalen Richtplan (Regierungsratsbeschluss vom 27. Februar 2002) festgelegt ist, eine Beschränkung der Fahrzeugbewegungen vorgenommen (siehe <ref-ruling> E. 4.2 S. 479 f., publ. in URP 2005 S. 313; eingehend dazu Theo Loretan, Fahrten- und Fahrleistungsmodell, URP 2005 S. 494 ff., insb. 497 ff.; Rudolf Muggli, Berner Fahrleistungsmodell vom Bundesgericht abgesegnet, Jusletter vom 19. September 2005, insb. RZ 5-9; Thomas Spoerri, Fahrtenmodell- Stappellauf ins Ungewisse, PBG aktuell 4/2003 S. 6 ff.; Amt für Gemeinden und Raumordnung und Amt für Industrie und Arbeit des Kantons Bern [Hrsg.], Berner Fahrleistungsmodell - Grundlagen und Anwendung, Bern 2003). Das Bundesgericht hat in Zusammenhang mit einem Zürcher (<ref-ruling> E. 4.1 S. 86) und einem Berner Fall (<ref-ruling> E. 4.4 S. 481) bereits festgehalten, dass Fahrtenlimitierungen grundsätzlich als zulässige Emissionsbegrenzung im Sinn von Art. 11 Abs. 3 und <ref-law> gelten. Somit sind die Emissionsbegrenzungen bereits verbindlich durch die ÜV festgelegt, was die Beschwerdeführerin zu verkennen scheint. Sie sind nicht Bestandteil der umstrittenen Vereinbarung zwischen der Bauherrschaft und der Stadt. Zu prüfen bleibt, ob die Stadt die Massnahmen, welche im Fall einer Kontingentsüberschreitung zu ergreifen sein werden, mit der Bauherrschaft in einer gegenseitigen Vereinbarung regeln kann oder ob die Baupolizeibehörde auf dem Verfügungswege tätig werden muss.
2.3 Gemäss <ref-law> werden Emissionsbegrenzungen durch Verordnungen oder, soweit diese nichts vorsehen, durch unmittelbar auf das USG abgestützte Verfügungen vorgeschrieben. Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht mehr, dass diese Bestimmung grundsätzlich Raum lässt für den Abschluss verwaltungsrechtlicher Verträge (so auch Schrade/Loretan, Kommentar USG, Zürich 1998, N. 43b zu Art. 12; Brunner, Kommentar USG, Zürich 1998, N. 31 ff. zu Art. 41a; Isabelle Häner, Der verwaltungsrechtliche Vertrag als effizienteres Instrument für den Umweltschutzvollzug?, URP 2001/6 S. 591 ff., S. 595 f.). Sie befürchtet jedoch sinngemäss, dass dem Vollzug des Umweltrechts auf dem Weg der vertraglichen Abrede nicht genügend Nachachtung verschafft werden könnte.
2.4 In der Lehre und Rechtsprechung ist die Regelung von verwaltungsrechtlichen Rechten und Pflichten durch einen verwaltungsrechtlichen Vertrag zulässig, wenn ein Rechtssatz entweder diese Handlungsform vorsieht oder dafür Raum lässt (<ref-ruling> E. 1b S. 34) oder sofern sie vom Gesetz nicht ausdrücklich ausgeschlossen wird (<ref-ruling> E. 2a S. 209; <ref-ruling> E. 3a S. 512). Eine ausdrückliche gesetzliche Ermächtigung ist nicht erforderlich. Weiter wird die Möglichkeit, einen verwaltungsrechtlichen Vertrag abzuschliessen, bejaht, wenn dies die zur Erreichung des Gesetzeszwecks geeignetere Handlungsform darstellt als die Verfügung (Ulrich Häfelin/Georg Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 4. Auflage, Zürich 2002, Rz. 1071). Der mit dem Gesetz verfolgte Zweck muss erfordern, dass ein Vertrag abgeschlossen wird. Ob dies der Fall ist, ergibt sich aus den Motiven, die zum Vertragsschluss führen (siehe dazu Häner, a.a.O., S. 598; Häfelin/ Müller, a.a.O., Rz. 1074 ff.). Wo das USG oder die Ausführungsvorschriften eine Bewilligung vorsehen, sind Verträge ausgeschlossen (Brunner, Kommentar USG, N. 31 zu Art. 41a). Die Massnahmen, welche bei Überschreitung des Fahrtenkontingentes - das, wie gesehen (E. 2.2), selber eine Emissionsbegrenzung darstellt - ergriffen werden sollen, scheinen jedoch einer vertraglichen Abrede durchaus zugänglich, wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen werden (so auch Spoerri, a.a.O., S. 25 f.). Der Vollständigkeit halber sei angemerkt, dass die vertragliche Lösung in der Literatur nicht kategorisch abgelehnt wird. Der von der Beschwerdeführerin zitierte Aufsatz von Theo Loretan bezieht sich in dieser Hinsicht speziell auf die Erhebung zweckgebundener Abgaben zur Durchsetzung des Fahrtenmodells (Loretan, a.a.O., S. 514 f.). Der Autor bevorzugt diesbezüglich eine klare gesetzliche Grundlage.
2.5 Art. 16 Abs. 3 Satz 4 ÜO enthält keine konkrete Regelung in Bezug auf den Inhalt des Vertrages, der zwischen der Bauherrschaft und der Stadt geschlossen werden soll. Das Verwaltungsgericht weist zu Recht darauf hin, dass die grundsätzliche Zulässigkeit des Vertragshandelns im Umweltrecht entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht zur Folge habe, dass die Durchsetzung der umweltrechtlichen Vorgaben ganz und ausschliesslich den Parteien überlassen wäre. Vielmehr bleibe die Verfügung zum Vollzug von zwingendem öffentlichen Recht stets vorbehalten. Es nennt sodann als denkbare Massnahmen zur Fahrtenregulierung die Parkraumbewirtschaftung, die Förderung umweltschonender Verkehrsmittel, ein kundengerechtes Angebot an öffentlichem Verkehr, Lenkungsabgaben sowie Nutzungseinschränkungen. Dieses Vorgehen des Verwaltungsgerichts dient der Transparenz. Die Beschwerdeführerin verkennt in diesem Zusammenhang, dass sich gewisse dieser Massnahmen allenfalls nur auf der Basis des gegenseitigen Einverständnisses im Sinne der Vorsorge vertraglich regeln lassen, da es an einer unmittelbaren gesetzlichen Grundlage mangelt, aufgrund derer die Bauherrschaft verpflichtet werden könnte. Der Massnahmenplan hat den Charakter einer behördenverbindlichen Verwaltungsverordnung und bildet damit für sich allein keine gesetzliche Grundlage für behördliche Massnahmen gegenüber Privaten (<ref-law>). Hingegen lassen sich im Massnahmenplan vorgesehene Massnahmen u.a. dann direkt auf das USG abstützen, wenn sie den Charakter von Verkehrs- oder Betriebsvorschriften im Sinne von Art. 12 Abs. 1 Bst. c USG haben (<ref-ruling> E. 7b S. 139; <ref-ruling> E. 4 S. 279 ff. mit Hinweisen; Urteile 1A.125/2005 des Bundesgerichts vom 21. September 2005 E. 9.1.3; 1P.23/2001 vom 5. September 2001 in URP 2001 S. 1061, E. 2b; Heribert Rausch/Arnold Marti/Alain Griffel, Umweltrecht, Zürich 2004, N. 209; Theo Loretan, Kommentar USG, 1998, N. 55 zu Art. 44a). Insbesondere in Bezug auf die Anknüpfung an den öffentlichen Verkehr hat das Bundesgericht verschiedentlich festgestellt, dass Massnahmen zur Förderung des öffentlichen Verkehrs nicht im Einflussbereich der privaten Bauherrschaft liegen und es sich daher nicht um Betriebsvorschriften im Sinne von <ref-law> handelt (<ref-ruling> E. 7a S. 353; Urteil 1A.125/2005 vom 21. September 2005 E. 9.2.1; 1P.23/2001 vom 5. September 2001 in URP 2001 S. 1061 ff., insbesondere E. 1d S. 1064 und E. 4c S. 1070; Urteil 1A.54/2001 vom 14. Februar 2001 in URP 2002 S. 441). Dies schliesst jedoch nicht aus, dass gestützt auf andere bundesrechtliche oder kantonale Rechtsnormen derartige Massnahmen ergriffen oder verlangt werden (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 456), beziehungsweise bei ihrem Fehlen eine Baubewilligung verweigert werden kann (Urteile 1A.125/2005 vom 21. September 2005 E. 9.2.1; 1P.23/2001 vom 5. September 2001 in URP 2001 S. 1061 ff. E. 4c S. 1070). Das Bundesrecht verlangt beispielsweise keine Erschliessung mit öffentlichem Verkehr (<ref-ruling> E. 5b S. 350; Urteil 1A.125/2005 vom 21. September 2005 E. 9.2.2), wohingegen Art. 26 der Bauverordnung vom 6. März 1986 (BauV/BE; BSG 721.1) eine solche bei Einkaufszentren vorsieht. Dennoch legt auch diese kantonale Norm nicht detailliert fest, welchen Standard diese Erschliessung erfüllen muss. Demnach ist bei der Konkretisierung der einzelnen Massnahme jeweils zu prüfen, ob es sich um eine Betriebsvorschrift im Sinne von <ref-law> handelt oder ob sie sich auf eine andere gesetzliche Grundlage stützen lässt, so dass sie direkt angeordnet werden kann. Andernfalls kann sie nur auf der Basis des gegenseitigen Einverständnisses im Sinne des Vorsorgegedankens vereinbart werden. Dies ist denn auch das Motiv für die Wahl der Vertragsform: Die private Bauherrschaft soll sich zu einer Leistung im öffentlichen Interesse verpflichten, zu welcher sie die Verwaltungsbehörde mittels Verfügung nicht zwingen könnte, weil die hiezu erforderliche unmittelbare gesetzliche Grundlage fehlt (Häfelin/ Müller, a.a.O., Rz. 1077; Häner, a.a.O., S. 599). Indes müssen die vertraglich vereinbarten Leistungen das Legalitätsprinzip beachten (Häfelin/Müller, a.a.O., Rz. 1077; Häner, a.a.O., S. 599; Spoerri, a.a.O., S. 26; René Rhinow, Der verwaltungsrechtliche Vertrag, Staats- und verwaltungsrechtliches Kolloquium, Interlaken 1986, S. 7). Als weiteren Beweggrund für eine Vereinbarung hat das JGK in seinem Entscheid vom 18. Februar 2005 treffend in Erwägung gezogen, dass der Bauherrschaft und der Stadt auf diesem Weg ermöglicht wird, dem Regierungsstatthalter, welcher für die Erteilung der Baubewilligung zuständig ist (Art. 33 Abs. 1 BauG/BE i.V.m. Art. 8 Abs. 1 und 2 des Baubewilligungsdekrets vom 22. März 1994 [BewD; BSG 751.1]), gemeinsam Vorschläge zu unterbreiten, wie die Fahrtenzahl bei einer allfälligen Kontingentsüberschreitung auf das zulässige Mass zu reduzieren ist. Der Betreiberschaft kann auf diesem Weg der Bewilligungsbehörde bzw. dem Controllingorgan im Rahmen der Gehörsgewährung eigene Massnahmevorschläge und -anträge unterbreiten.
2.6 Das BAFU zieht in seiner Stellungnahme die Parallele zu Vereinbarungen im Zusammenhang mit Sanierungen (<ref-law>). So erscheint es zulässig, bei einer komplexen Sanierung in einem Rahmenvertrag zwischen Behörde und Anlageninhaber das Vorgehen für die einzelnen Sanierungsschritte und die Sanktionen bei Nichteinhaltung bestimmter Emissionsbegrenzungen festzulegen, weil die Behörde hier über Ermessensspielräume verfügt (Schrade/Loretan, Kommentar USG, N. 43d zu Art. 12; Karin Scherrer, Handlungs- und Kostentragungspflichten bei der Altlastensanierung, Diss. Bern 2005, S. 246). Das BAFU vertritt die Auffassung, analog zur Rechtslage bei Sanierungsfällen sei auch die vertragliche Vereinbarung von Sanktionen für den Fall, dass eine neue Anlage die Emissionsbegrenzungen nicht einhalte, zulässig, zumal die Art der Durchsetzung eine weitgehend im Ermessen der Kantone liegende Vollzugsfrage darstelle. Diese Argumentation überzeugt.
2.7 Unbesehen davon kann von der baupolizeilichen Zuständigkeitsordnung nicht durch Parteiabrede abgewichen werden. Gemäss Art. 45 BauG/BE trifft die Baupolizeibehörde im Rahmen ihrer Zuständigkeit alle Massnahmen, die zur Durchführung dieses Gesetzes und der gestützt darauf erlassenen Vorschriften und Verfügungen erforderlich sind. Insbesondere obliegt ihnen die Aufsicht über die Einhaltung der Bauvorschriften und der Bedingungen und Auflagen der Baubewilligung (Art. 45 Abs. 2 lit. a Satz 1 BauG/BE). Dazu gehört gegebenenfalls auch die Einleitung des Wiederherstellungsverfahrens bei Widerrechtlichkeit (in diesem Sinne Art. 45 Abs. 2 lit. b BauG/BE). Stellt also die Baupolizeibehörde eine Überschreitung des Fahrtenkontingents fest, hat sie auf dem Verfügungswege die notwendigen Massnahmen zur Beseitigung des rechtswidrigen Zustands anzuordnen. Die kantonalen Vorinstanzen haben denn auch festgehalten, dass die Bauherrschaft und die Stadt nicht vertraglich abschliessend und für die zuständige Behörde bindend über die Massnahmen befinden können, die bei einer Überschreitung des Fahrtenkontingents zu treffen sind. Folgerichtig ist mit dem Verwaltungsgericht davon auszugehen, dass die umstrittene Vereinbarung keine wohlerworbenen Rechte der Bauherrschaft oder eines Rechtsnachfolgers begründet, zumal ein verwaltungsrechtlicher Vertrag nicht zwingend solche Ansprüche einräumt (vgl. Häfelin/Müller, a.a.O. Rz. 1079). Insgesamt ist dem Verwaltungsgericht zu folgen, wenn es festhält, dass vertragliche Abmachungen die Behörden weder im Bewilligungs- noch im baupolizeilichen Verfahren davon entbinden oder sie gar hindern, das massgebende Umweltrecht durchzusetzen.
2.8 Im Zwischenergebnis kann somit festgehalten werden, dass das Umweltrecht grundsätzlich Raum lässt für eine vertragliche Regelung über die Massnahmen, welche bei Überschreitung des Fahrtenkontingents getroffen werden sollen. Art. 16 Abs. 3 Satz 4 ÜV hindert die Durchsetzung des Umweltschutzrechtes nicht. Daran ändert der von der Beschwerdeführerin zitierte Art. 49 Abs. 1 VRPG/BE nichts. Danach regelt die Behörde öffentlichrechtliche Rechtsverhältnisse von Amtes wegen oder auf Gesuch hin mit einer Verfügung, es sei denn, das Gesetz sehe ausdrücklich etwas anderes vor oder verweise zur Streiterledigung auf den Klageweg. Vorliegend geht es um die Durchsetzung von Bundesumweltrecht, weshalb bei der Frage, ob Raum für eine vertragliche Regelung besteht, auf dieses abzustellen ist.
2.8 Im Zwischenergebnis kann somit festgehalten werden, dass das Umweltrecht grundsätzlich Raum lässt für eine vertragliche Regelung über die Massnahmen, welche bei Überschreitung des Fahrtenkontingents getroffen werden sollen. Art. 16 Abs. 3 Satz 4 ÜV hindert die Durchsetzung des Umweltschutzrechtes nicht. Daran ändert der von der Beschwerdeführerin zitierte Art. 49 Abs. 1 VRPG/BE nichts. Danach regelt die Behörde öffentlichrechtliche Rechtsverhältnisse von Amtes wegen oder auf Gesuch hin mit einer Verfügung, es sei denn, das Gesetz sehe ausdrücklich etwas anderes vor oder verweise zur Streiterledigung auf den Klageweg. Vorliegend geht es um die Durchsetzung von Bundesumweltrecht, weshalb bei der Frage, ob Raum für eine vertragliche Regelung besteht, auf dieses abzustellen ist.
3. Soweit die Beschwerdeführerin mangelnden Drittrechtsschutz geltend macht, hat das Verwaltungsgericht überzeugend dargelegt, dass diese Befürchtungen nicht gerechtfertigt sind. Die Ausführung eines konkreten Bauvorhabens im Planperimeter bedarf einer Baubewilligung. Im Rahmen des Baubewilligungs- respektive eines allfälligen Baubeschwerdeverfahrens kann die Beschwerdeführerin ihre Parteirechte ausüben (zur Legitimation siehe Art. 35 Abs. 2 sowie Art. 40 Abs. 2 und 4 BauG/BE). Dabei kann sie auch Einwendungen gegen den gemäss Art. 16 Abs. 3 ÜV im Baubewilligungsverfahren abzuschliessenden Vertrag geltend machen und verlangen, dass die darin getroffenen Regelungen als Nebenbestimmungen in die Baubewilligung aufzunehmen seien. Mit den Art. 45 ff. BauG/BE besteht das baupolizeiliche Instrumentarium zur Um- und Durchsetzung des Vertrags. Überdies stellt Art. 46 Abs. 2 lit. a BauG/BE sicher, dass der Anzeigerin, die als Nachbarin betroffen ist, die Teilnahme am Wiederherstellungsverfahren ermöglicht wird. Weitere Erwägungen hierzu erübrigen sich, zumal die Beschwerdeführerin nicht dargetan hat, inwiefern der Drittrechtsschutz nicht gewährleistet sein soll. Art. 16 Abs. 3 Satz 4 ÜV schränkt ihren Rechtsschutz weder im Baubewilligungsverfahren noch nach Ausführung des Projektes ein.
3. Soweit die Beschwerdeführerin mangelnden Drittrechtsschutz geltend macht, hat das Verwaltungsgericht überzeugend dargelegt, dass diese Befürchtungen nicht gerechtfertigt sind. Die Ausführung eines konkreten Bauvorhabens im Planperimeter bedarf einer Baubewilligung. Im Rahmen des Baubewilligungs- respektive eines allfälligen Baubeschwerdeverfahrens kann die Beschwerdeführerin ihre Parteirechte ausüben (zur Legitimation siehe Art. 35 Abs. 2 sowie Art. 40 Abs. 2 und 4 BauG/BE). Dabei kann sie auch Einwendungen gegen den gemäss Art. 16 Abs. 3 ÜV im Baubewilligungsverfahren abzuschliessenden Vertrag geltend machen und verlangen, dass die darin getroffenen Regelungen als Nebenbestimmungen in die Baubewilligung aufzunehmen seien. Mit den Art. 45 ff. BauG/BE besteht das baupolizeiliche Instrumentarium zur Um- und Durchsetzung des Vertrags. Überdies stellt Art. 46 Abs. 2 lit. a BauG/BE sicher, dass der Anzeigerin, die als Nachbarin betroffen ist, die Teilnahme am Wiederherstellungsverfahren ermöglicht wird. Weitere Erwägungen hierzu erübrigen sich, zumal die Beschwerdeführerin nicht dargetan hat, inwiefern der Drittrechtsschutz nicht gewährleistet sein soll. Art. 16 Abs. 3 Satz 4 ÜV schränkt ihren Rechtsschutz weder im Baubewilligungsverfahren noch nach Ausführung des Projektes ein.
4. Der angefochtene Entscheid steht auch nicht im Widerspruch zum Urteil des Verwaltungsgerichts 21996-98U vom 20. Dezember 2004 betreffend das Projekt "WESTside Brünnen". Im damaligen Urteil hat das Verwaltungsgericht ausgeführt, es sei weder sinnvoll noch möglich, bereits im Baubewilligungs- bzw. Beschwerdeverfahren eine exakte und abschliessende Umschreibung der im Fall der Kreditüberschreitung zu ergreifenden Massnahmen vorzunehmen. Das Bundesgericht hat diese Auffassung im Entscheid <ref-ruling> E. 7.3 S. 494 f. geschützt. Es ist zum Schluss gekommen, die für den Fall der Nichteinhaltung des Fahrtenkredits vorgesehenen Massnahmen würden lediglich künftiges Verwaltungshandeln vorgeben, falls eine entsprechende Situation wider Erwarten eintreten sollte. Dieses Vorgehen diene der Transparenz und verhindere, dass die Bauherrschaft einer allenfalls später erforderlichen Anordnung von weiteren Betriebseinschränkungen oder Wiederherstellungsmassnahmen den Grundsatz von Treu und Glauben entgegenhalten könne. Nicht anders ist das Verwaltungsgericht im vorliegenden Fall vorgegangen. In Erwägung 3.2.1 des angefochtenen Urteils hat es beispielhaft denkbare Massnahmen genannt, die Inhalt der vertraglichen Abrede sein könnten. Auch wenn das Verwaltungsgericht sodann festhält, die voraussichtlich erforderlichen Massnahmen zur Einhaltung des Fahrtenkontingents sowie das Vorgehen im Falle einer Überschreitung seien in jedem Fall mit dem Bauentscheid verbindlich anzuordnen und es spreche nichts dagegen, einen dahingehenden Vertrag als Nebenbestimmung in die Baubewilligung aufzunehmen, sofern die Abmachungen den umweltrechtlichen Vorgaben genügten, ist dies nicht widersprüchlich. Damit wird nicht abschliessend über die zu treffenden Massnahmen zur Fahrtenreduktion befunden.
4. Der angefochtene Entscheid steht auch nicht im Widerspruch zum Urteil des Verwaltungsgerichts 21996-98U vom 20. Dezember 2004 betreffend das Projekt "WESTside Brünnen". Im damaligen Urteil hat das Verwaltungsgericht ausgeführt, es sei weder sinnvoll noch möglich, bereits im Baubewilligungs- bzw. Beschwerdeverfahren eine exakte und abschliessende Umschreibung der im Fall der Kreditüberschreitung zu ergreifenden Massnahmen vorzunehmen. Das Bundesgericht hat diese Auffassung im Entscheid <ref-ruling> E. 7.3 S. 494 f. geschützt. Es ist zum Schluss gekommen, die für den Fall der Nichteinhaltung des Fahrtenkredits vorgesehenen Massnahmen würden lediglich künftiges Verwaltungshandeln vorgeben, falls eine entsprechende Situation wider Erwarten eintreten sollte. Dieses Vorgehen diene der Transparenz und verhindere, dass die Bauherrschaft einer allenfalls später erforderlichen Anordnung von weiteren Betriebseinschränkungen oder Wiederherstellungsmassnahmen den Grundsatz von Treu und Glauben entgegenhalten könne. Nicht anders ist das Verwaltungsgericht im vorliegenden Fall vorgegangen. In Erwägung 3.2.1 des angefochtenen Urteils hat es beispielhaft denkbare Massnahmen genannt, die Inhalt der vertraglichen Abrede sein könnten. Auch wenn das Verwaltungsgericht sodann festhält, die voraussichtlich erforderlichen Massnahmen zur Einhaltung des Fahrtenkontingents sowie das Vorgehen im Falle einer Überschreitung seien in jedem Fall mit dem Bauentscheid verbindlich anzuordnen und es spreche nichts dagegen, einen dahingehenden Vertrag als Nebenbestimmung in die Baubewilligung aufzunehmen, sofern die Abmachungen den umweltrechtlichen Vorgaben genügten, ist dies nicht widersprüchlich. Damit wird nicht abschliessend über die zu treffenden Massnahmen zur Fahrtenreduktion befunden.
5. Daraus ergibt sich, dass die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen ist. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt Biel, der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. März 2006
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: