Sachverhalt:
A. Das im Zürcher Stadtkreis 2 gelegene ehemalige Industriegebiet Manegg befindet sich seit längerer Zeit in Entwicklung. Um das Gebiet neuen Nutzungen zugänglich zu machen, sind verschiedene Planungsverfahren eingeleitet worden (Quartierplan- und privates Gestaltungsplanverfahren).
Zur Groberschliessung des künftigen Entwicklungsgebiets sollen an der Allmendstrasse die Verkehrsknotenpunkte ausgebaut werden; zudem sollen beidseitig der Allmendstrasse neue Radstreifen erstellt, die Gehwege ergänzt und Baumreihen gepflanzt werden.
Mit Beschluss vom 23. September 2009 setzte der Stadtrat Zürich das Strassenbauprojekt Allmendstrasse (Abschnitt Butzen- bis Bruchstrasse) fest und wies eine dagegen gerichtete Einsprache der X._ AG ab. Am 14. April 2010 wies der Regierungsrat des Kantons Zürich einen Rekurs der X._ AG gegen dieses Strassenbauprojekt ab.
B. Der Stadtrat Zürich liess auch die Baulinien im Bereich der Allmendstrasse überprüfen, die in den 1930er Jahren festgesetzt worden waren. In seiner Weisung an den Gemeinderat vom 17. September 2008 hielt der Stadtrat fest, dass bei der Geometrierung der neuen Baulinien einerseits auf einen hinreichenden Abstand der geplanten Baumreihen zu den neuen Baufluchten geachtet werden müsse; andererseits sollten aber die eher schmalen Grundstücke entlang der Allmendstrasse nicht übermässig belastet werden, weshalb der Baulinienabstand eng bemessen werde. Aus städtebaulicher Sicht sei zudem eine möglichst gerade Linienführung anzustreben. Der Baulinienabstand sei deshalb durchgehend auf 26,5 m (statt bisher 24 m) festzulegen.
Mit Beschluss vom 17. Dezember 2008 genehmigte der Gemeinderat der Stadt Zürich die vom Stadtrat beantragte Baulinienrevision. Der Beschluss wurde am 9. Januar 2009 im Amtsblatt des Kantons Zürich publiziert und am 5. Februar 2010 von der Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Zürich genehmigt.
C. Die X._ AG ist Eigentümerin des an der Allmendstrasse ... gelegenen Grundstücks Kat.-Nr. WO6467. Gemäss der vom Gemeinderat genehmigten Baulinienrevision soll dieses Grundstück neu um rund 6 m - statt wie bisher um rund 4 m - von den Baulinien angeschnitten werden. Damit wird das Geschäftsgebäude der X._ AG um 2 m angeschnitten.
Am 2. Februar 2009 rekurrierte die X._ AG gegen den Beschluss vom 17. Dezember 2008. Nach Durchführung eines Augenscheins hiess die Baurekurskommission I des Kantons Zürich den Rekurs am 7. August 2009 im Sinne ihrer Erwägungen gut und hob die Baulinie im Bereich des Grundstücks der Rekurrentin auf; die Sache wurde zur erneuten Festsetzung der Baulinie an die Stadt Zürich zurückgewiesen.
D. Dagegen gelangte die Stadt Zürich an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
Am 15. April 2010 hiess die 3. Kammer der 3. Abteilung des Verwaltungsgerichts die von der Stadt Zürich erhobene Beschwerde wegen Verletzung der Gemeindeautonomie gut. Das Verwaltungsgericht hob den Entscheid der Baurekurskommission auf und stellte den gemeinderätlichen Beschluss vom 17. Dezember 2008 wieder her.
E. Mit Eingabe vom 14. Juni 2010 hat die X._ AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der verwaltungsgerichtliche Entscheid sei aufzuheben und der Entscheid der Baurekurskommission vom 7. August 2009 sei zu bestätigen.
Die Stadt Zürich, vertreten durch das Tiefbau- und Entsorgungsdepartement, beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Im weiteren Schriftenwechsel halten die Beteiligten an ihren Anträgen fest.
F. Mit Verfügung vom 13. Juli 2010 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung gewährt.

Erwägungen:
1. Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzutreten.
Das Bundesgericht ist an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2. Die Beschwerdeführerin beschwerte sich im kantonalen Verfahren vor allem über die asymmetrische Belastung der östlichen und der westlichen Seite der Allmendstrasse. Während die Baulinie im Bereich der Parzelle der Beschwerdeführerin (östlich der Allmendstrasse) um 2 m nach Osten verschoben worden sei, sei die Baulinie auf der gegenüberliegenden (westlichen) Seite der Allmendstrasse nur um 0,5 m erweitert worden; dies obwohl die ostseitigen Grundstücke erheblich schmäler seien als die westseitigen und ihre bauliche Nutzung durch die angrenzende S-Bahn-Linie eingeschränkt sei. Dieses Vorgehen widerspreche dem Gebot der Rechtsgleichheit und der Rechtsprechung des Verwaltungsgerichts, wonach bei der Festsetzung von Baulinien grundsätzlich beide Strassenseiten gleichmässig zu belasten seien (Urteil des Verwaltungsgerichts VB.2006.00059 vom 20. September 2006). Nach Auffassung der Beschwerdeführerin hätten die Baulinien beidseits der Allmendstrasse um je 1,25 m in östlicher und westlicher Richtung erweitert werden müssen. Zur Wiederherstellung der Rechtsgleichheit müssten die neuen Baulinien somit um 0,75 m in westliche Richtung verschoben werden.
Das Verwaltungsgericht verneinte eine rechtsungleiche Mehrbelastung der östlichen Strassenanstösser. Zwar werde das Grundstück der Beschwerdeführerin stärker belastet als jenes auf der gegenüberliegenden Strassenseite. Betrachte man jedoch das gesamte vom Revisionsplan erfasste Gebiet, so falle Folgendes auf: Die revidierten Baulinien verliefen auf einer Länge von rund 700 m in einem konstanten Abstand von 26,5 m parallel und weitgehend exakt geradlinig in Nord-Süd-Richtung und schnitten auf beiden Seiten der Allmendstrasse Grundstücke an. Während die Baulinien ganz im Süden der Allmendstrasse (nördlich der Maneggbrücke) zulasten der Grundstücke auf der östlichen Strassenseite um 2,5 m verbreitert worden seien (ohne Ausdehnung in Richtung Westen), erfolge die Baulinienverbreiterung im nördlichen Teil des betroffenen Abschnitts (in der Nähe des Verkehrsdreiecks Zürich Süd) vollständig zulasten der Grundstücke auf der westlichen Strassenseite (ohne Ausdehnung in Richtung Osten). Ungefähr auf mittlerer Höhe des von der Revision betroffenen Abschnitts betrage die Baulinienverbreiterung auf beiden Strassenseiten je 1,25 m. Insgesamt führe die geplante Baulinienrevision zu einer leichten Mehrbelastung der Grundstücke auf der Westseite und der Gebäude auf der Ostseite. Würde man hingegen dem Vorschlag der Beschwerdeführerin folgen und die Baulinien beidseits der Allmendstrasse parallel in Richtung Westen verschieben, so würde dies zu einer leichten Mehrbelastung der Grundstücke und Gebäude auf der westlichen Strassenseite führen und hätte u.a. zur Folge, dass auf der Westseite neu das Gebäude Nr. 92/92a/92b angeschnitten würde. Entgegen der Auffassung der Baurekurskommission könne somit nicht gesagt werden, dass die vom Gemeinderat genehmigte Baulinienführung zu einer unzulässigen Belastung der ostseitigen Strassenanstösser führe. Angesichts des grossen Beurteilungsspielraums der kommunalen Planungsträger habe es im Ermessen des Gemeinderats gelegen, die vom Stadtrat beantragte Variante vorzuziehen.
Dem stehe auch nicht entgegen, dass die Grundstücke westlich der Allmendstrasse durchschnittlich grossflächiger und breiter seien als die an eine S-Bahnlinie angrenzenden Parzellen auf der östlichen Strassenseite. Wolle man eine exakte Gleichbelastung der Grundstücke auf der Ost- und Westseite verlangen, so müssten noch zahlreiche weitere wertbeeinflussende Faktoren - etwa der Zustand der betroffenen Liegenschaften oder die Lage und Überbaubarkeit jedes einzelnen Grundstücks - berücksichtigt werden, was nicht praktikabel sei.
Unter Berücksichtigung der gestalterischen Funktion der Baulinien sei es auch nicht zu beanstanden, dass die Genehmigungsbehörden dem öffentlichen Interesse am parallel-geradlinigen, nicht auskragenden und ununterbrochenen Verlauf der Baulinien grosses Gewicht beigemessen und deshalb im Bereich des Grundstücks der Beschwerdeführerin keine Ausbuchtungen, Knicke und Unterbrüche der Baulinie vorgesehen haben.
3. Vor Bundesgericht rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Gebots der Rechtsgleichheit (<ref-law>) und der Eigentumsgarantie (<ref-law>) und erhebt verschiedene Sachverhaltsrügen.
3.1 Zunächst wendet sie sich gegen die vom Verwaltungsgericht vorgenommene Gesamtschau des Plangebiets. Sie macht geltend, ihre Legitimation sei im Baulinienverfahren auf die Baulinienführung im Bereich ihres Grundstücks beschränkt und erstrecke sich nicht auf die geplante Linienführung ganz im Norden oder ganz im Süden des Plangebiets. Dann aber dürften ihr auch Gründe, die ausserhalb ihres Grundstücks liegen, nicht entgegengehalten werden. Sie verweist hierfür auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 1c S. 62 mit Hinweisen), wonach der betroffene Private nicht allgemeine Kritik an der geplanten Linienführung üben dürfe, sondern konkret aufzeigen müsse, inwiefern das Ausführungsprojekt im Bereich seines Grundstücks das Recht verletze.
3.2 Zwar setzt die Legitimation zur Beschwerdeführung eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache voraus, die bei Bauprojekten insbesondere in räumlicher Hinsicht gegeben sein muss (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 413 mit Hinweisen). Diese Beziehungsnähe ist vorliegend unstreitig gegeben, geht es doch um den Baulinienverlauf auf dem Grundstück der Beschwerdeführerin. Dagegen muss für die materielle Beurteilung der streitigen Planung unter Umständen die Linienführung in einem grösseren Abschnitt oder sogar im gesamten Plangebiet miteinbezogen werden. In diesem Fall darf auch der betroffene Private Kritik an der allgemeinen Linienführung üben. Voraussetzung ist lediglich, dass seine Kritik geeignet ist, ihm einen materiellen Nutzen zu verschaffen, d.h. zu einer Aufhebung oder Änderung der Linienführung im Bereich seines Grundstücks zu führen.
Im vorliegenden Fall strebt die Stadt als Planungsbehörde eine parallele und möglichst geradlinige Baulinienführung an. Dieser Grundsatz wurde vom Verwaltungsgericht geschützt und wird auch von der Beschwerdeführerin nicht beanstandet. Dies hat zur Folge, dass die Linienführung nicht ausschliesslich grundstücksbezogen, sondern in einem grösseren Zusammenhang beurteilt werden muss, weil jede Verschiebung des Baulinienverlaufs Konsequenzen für das gesamte Planungsgebiet hätte.
4. Die Beschwerdeführerin beruft sich ferner auf den rechtskräftigen Rekursentscheid des Regierungsrats vom 14. April 2010. In diesem habe der Regierungsrat verbindlich festgestellt, dass die Strassenachse in der Mitte des Strassenkörpers verlaufe und gemäss dem Strassenprojektplan auf der Höhe der Parzelle der X._ AG um 1,4 m von Osten nach Westen verschoben werde (Ziff. 7b, S. 6). Folge man der Auffassung der Stadt Zürich, wonach die Baulinien symmetrisch zur neuen Strassenachse anzuordnen seien, so müssten die Baulinien sogar um 1,4 m von Osten nach Westen verschoben werden.
4.1 Zunächst ist festzuhalten, dass der Rekursentscheid des Regierungsrats ausschliesslich das Strassenprojekt betraf. Schon aus diesem Grund können ihm keine verbindlichen Aussagen zur vorliegend streitigen Frage des Baulinienverlaufs entnommen werden. Näher zu prüfen ist dagegen, ob die Verschiebung der Strassenachse in westliche Richtung im Bereich des Grundstücks der Beschwerdeführerin eine entsprechende Verschiebung der Baulinie zur Folge haben muss.
4.2 Die Stadt Zürich macht geltend, sie habe im ganzen Abschnitt der Allmendstrasse eine Vorgartentiefe von 3-4 m angestrebt, von dem nur im Bereich weniger Grundstücke aus verkehrstechnischen Gründen (Abbiegespuren, etc.) abgewichen worden sei. Hierfür seien die Baulinien symmetrisch zur Fahrbahnachse verlegt worden. Die Strassenachse sei jedoch nicht grundstücksbezogen, sondern über den gesamten Abschnitt der Allmendstrasse (von der Maneggbrücke bis zum Verkehrsdreieck Zürich Süd) zu definieren.
4.3 Verkehrsbaulinien dienen nicht nur der Sicherung bestehender und geplanter Strassen, sondern haben auch eine städtebaulich-ästhetische Funktion, namentlich zur Schaffung und Erhaltung unüberbaubarer Streifen (sog. Vorgärten) und damit zur Gestaltung einheitlicher Häuserfluchten in städtischen Quartieren (Fritzsche/Bösch, Zürcher Planungs- und Baurecht, 2006, Ziff. 12.6.3.1 S. 12-21). In Gestaltungsfragen steht der Stadt als Planungsbehörde ein erhebliches Planungsermessen zu, das von den Rechtsmittelbehörden respektiert werden muss.
Aus städtebaulicher Sicht erscheint es sinnvoll und jedenfalls nicht willkürlich, Baulinien symmetrisch zur Strassenachse zu führen und beidseits der Strasse einen unüberbaubaren Streifen von (i.d.R.) 3-4 m vorzusehen, um genügend Raum für die geplante Baumallee und für künftige Entwicklungen zu lassen. Nicht zu beanstanden ist auch die Auffassung der Stadt, dass die Baulinienplanung mit der laufenden Strassenplanung materiell koordiniert werden muss, und deshalb nicht auf die aktuelle, sondern auf die künftige Strassenachse, nach dem Ausbau der Allmendstrasse, abzustellen ist.
Sollen die Baulinien geradlinig und parallel verlaufen, kann die Strassenachse nicht grundstücksbezogen (als Mitte des Strassenkörpers im Bereich der jeweiligen Parzelle) definiert werden, sondern muss als gerade Linie über den gesamten von der Baulinienrevision betroffenen Abschnitt verstanden werden. Insofern spielt es keine Rolle, dass der Strassenkörper im Bereich der Parzelle der Beschwerdeführerin in westliche Richtung ausgeweitet werden soll. Entscheidend ist vielmehr der Verlauf der Strassenachse im gesamten Planungsbereich. Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, dass die Baulinien asymmetrisch zu der so verstandenen, parzellenübergreifenden Strassenachse seien; dies ist auch nicht ersichtlich.
4.4 Die Stadt macht als weiteren Grund für die vorgesehene Baulinienführung geltend, dass südlich der Parzelle der Beschwerdeführerin (auf Höhe des Grundstücks WO6473) der neue Verkehrsknoten Allmendstrasse/Spindelstrasse vorgesehen sei, der zu einer Ausweitung der Allmendstrasse in östlicher Richtung führe. Würde die neue Baulinie, wie von der Beschwerdeführerin verlangt, 1,25 m östlich der bestehenden Baulinie verlaufen, so käme sie genau auf die Strassengrenze zu liegen, was völlig unzweckmässig sei.
Auch diese Begründung ist nicht zu beanstanden. Grenzt die Baulinie direkt an die Strasse an, kann weder eine künftige Erweiterung der Verkehrsanlage gesichert noch eine geordnete Überbauung, unter Wahrung eines minimalen Vorgartens, gewährleistet werden. Muss deshalb die Baulinie im Bereich des neuen Verkehrsknotens um mehr als 1,25 m ostwärts verschoben werden, wirkt sich dies (aufgrund der Geradlinigkeit der Baulinien) auch auf die Linienführung im Bereich des angrenzenden Grundstücks der Beschwerdeführerin aus.
5. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Gesamtbetrachtung des Verwaltungsgerichts, wonach über den ganzen Abschnitt betrachtet keine rechtsungleiche Mehrbelastung der östlichen Strassenanstösser vorliege, stütze sich auf einen unvollständigen und zum Teil fehlerhaften Sachverhalt.
Unzutreffend sei die Feststellung des Verwaltungsgerichts hinsichtlich der Bauten Allmendstrasse Nrn. 92/92a/92b: Würde die bestehende Baulinie um 1,25 m in westliche Richtung erweitert, würden diese Bauten nicht stärker angeschnitten, sondern sogar um rund 0,25 m entlastet.
Die vom Verwaltungsgericht festgestellt leichte Mehrbelastung der Grundstücke auf der Westseite der Allmendstrasse sei einzig auf das Grundstück WO6277 zurückzuführen. Dessen Mehrbelastung dürfe jedoch nicht voll angerechnet werden, da in diesem Bereich die alte Baulinie längst nicht mehr den tatsächlichen Verhältnissen entspreche und mitten in der heutigen Allmendstrasse verlaufe.
Die Mehrbelastung der Gebäude auf der Ostseite der Allmendstrasse sei mit ca. 405 m2 nicht "leicht", sondern viermal grösser als diejenige im Westen der Allmendstrasse. Im Übrigen werde das Gebäude Assek.-Nr. 2226 (auf der Westseite) gemäss Quartierplan ohnehin abgebrochen, um Raum für eine Quartierstrasse zu schaffen.
Schliesslich habe das Verwaltungsgericht die massgebenden Interessen der Beschwerdeführerin unvollständig ermittelt bzw. nicht genügend berücksichtigt. Dazu gehörten die Länge des Gebäudes, die Anzahl Stockwerke, die Ausnützungs- und Baumassenreserven nach geltendem Recht und gemäss Gestaltungsplan, die engen Platzverhältnisse auf dem Grundstück und die Einschränkung der Nutzung durch die angrenzende S-Bahnlinie. Zu berücksichtigen sei sodann, dass das Geschäftsgebäude der Beschwerdeführerin im Jahr 2000 erstellt und so konzipiert worden sei, dass es aufgestockt werden könne. Aufgrund der Statik des Gebäudes (die Stützen der Tragkonstruktion verlaufen entlang der äusseren Fassadenhülle) sei ein Rückzug des Gebäudes hinter die neue Baulinie mit unverhältnismässigen Kosten verbunden.
5.1 Das Verwaltungsgericht hat die besonderen Umstände auf Seiten der Beschwerdeführerin (schmale Parzelle, Einschränkung der Überbaubarkeit durch S-Bahnlinie, Statik der Geschäftsbaute) in seinen Erwägungen (E. 3.1 und 3.4) erwähnt und damit durchaus zur Kenntnis genommen. Es hat auch (in E. 4.2 und 4.4) die Konsequenzen der neuen Baulinie im Bereich des Grundstücks der Beschwerdeführerin gewürdigt.
Unzutreffend ist allerdings die Erwägung betreffend die Bauten Allmendstrasse 92/92a/92b: Tatsächlich verläuft die neue Baulinie in diesem Bereich bereits weiter westlich als von der Beschwerdeführerin verlangt, weshalb ihr Vorschlag (1,25 m ab der alten Baulinie) keine Verschlechterung für diese Bauten zur Folge hätte. Neu angeschnitten würden vielmehr die Bauten östlich der Allmendstrasse, insbesondere die Nrn. 91-93 (Assek.-Nrn. 242 und 386), deren Grundstücke noch schmäler sind als dasjenige der Beschwerdeführerin.
Der Sachverhaltsmangel erscheint jedoch für den Ausgang des Verfahrens nicht erheblich, wie im Folgenden darzulegen sein wird.
5.2 Der von der Beschwerdeführerin angerufene Rechtsgleichheitsgrundsatz nach <ref-law> verlangt, dass Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich oder Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Der Anspruch auf rechtsgleiche Behandlung wird insbesondere verletzt, wenn hinsichtlich einer entscheidwesentlichen Tatsache rechtliche Unterscheidungen getroffen werden, für die ein vernünftiger Grund in den zu regelnden Verhältnissen nicht ersichtlich ist, oder wenn Unterscheidungen unterlassen werden, die aufgrund der Verhältnisse hätten getroffen werden müssen (vgl. <ref-ruling> E. 9.1 S. 42 mit Hinweisen).
Das Gebot der Rechtsgleichheit ist daher nicht bereits dann verletzt, wenn einzelne Grundstücke oder beide Strassenseiten nicht exakt gleichmässig belastet werden, sondern erst dann, wenn für diese unterschiedliche Belastung kein vernünftiger Grund besteht. Dabei muss es sich - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin - nicht zwingend um technische oder schwerwiegende finanzielle Gründe handeln, sondern es fallen auch städtebaulich-gestalterische Gründe in Betracht. Nach dem oben (E. 4) Gesagten kann sich die Stadt für die von ihr gewählte Linienführung auf sachliche Gründe stützen. Damit liegt keine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots vor.
6. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin einen unzulässigen Eingriff in ihr Eigentum.
6.1 Das Verwaltungsgericht räumte ein, dass die Baulinienrevision beachtliche bauliche Einschränkungen bewirke (vgl. § 99 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 [PBG]); diesen stünden jedoch gewichtige öffentliche Interessen an der Erweiterung des Baulinienabstands im Bereich der Allmendstrasse entgegen. Der Eigentumseingriff werde ferner dadurch relativiert, dass die Beschwerdeführerin ihre Liegenschaft im Rahmen von § 101 PBG auch künftig unterhalten und modernisieren könne. Die von ihr vorgeschlagene, 0,75 m weiter westlich verlaufende Linienführung hätte keine wesentlich mildere Eigentumseinschränkung zur Folge: Ihr Grundstück würde diesfalls um 3,25 m (statt 4 m) und ihre Baute um 1,25 m (statt 2 m) angeschnitten.
6.2 Die Beschwerdeführerin rügt, das Verwaltungsgericht habe die konkreten Verhältnisse im Bereich ihres Grundstücks unzureichend ermittelt. Zudem müsse die Minderbelastung (bei einer Westverschiebung der Baulinie um 0,75 m) auf die Länge von 50 m und auf 3 Stockwerke hochgerechnet werden, was eine Fläche von 112,5 m2 ergebe. Werde die gemäss Gestaltungsplan zulässige Aufstockung auf fünf Stockwerke berücksichtigt, betrage die Minderbelastung sogar 187,5 m2. Schliesslich sei die Chance, eine Ausnahmebewilligung für eine Aufstockung zu erhalten, umso besser, je weniger das Gebäude von der Baulinie angeschnitten werde. Insofern hätte eine 0,75 m weiter westlich verlaufende Linienführung eine wesentlich mildere Eigentumsbeschränkung zur Folge.
6.3 Wie bereits oben (E. 5.1) dargelegt wurde, kann dem Verwaltungsgericht (von einer, im vorliegenden Zusammenhang nicht relevanten Ausnahme abgesehen) keine offensichtlich unrichtige oder unvollständige Sachverhaltsfeststellung vorgeworfen werden. Es ist eine Wertungsfrage, ob eine 0,75 m weiter westlich verlaufende Linienführung als "wesentlich" mildere Eigentumsbeschränkung beurteilt wird. Für das Verwaltungsgericht stand die Überlegung im Vordergrund, dass die Baulinienbeschränkung keinen Verlust an aktueller Nutzungsfläche bewirkt, weil die Baute dem bisherigen Verwendungszweck entsprechend unterhalten und modernisiert werden darf (§ 101 Abs. 1 PBG), und eine Aufstockung auch durch eine 0,75 m weiter westlich verlaufende Baulinie behindert würde. Diese Überlegung trifft zu; insbesondere legt die Beschwerdeführerin nicht dar, inwiefern sich die von ihr hervorgehobenen Probleme der Statik nicht stellen würden, wenn die Baute nur um 1,25 m (statt um 2 m) angeschnitten würde.
Im Übrigen ergibt sich aus dem oben (E. 4 und 5) Gesagten, dass es sachliche Gründe gibt, die gegen die von der Beschwerdeführerin vorgeschlagene Baulinienführung sprechen; die Stadt war daher nicht verpflichtet, die für die Beschwerdeführerin günstigere, weil weniger eigentumsbeschränkende, Linienführung zu wählen. Der angefochtene Entscheid ist somit auch unter dem Blickwinkel der Eigentumsgarantie und des Verhältnismässigkeitsgebots nicht zu beanstanden.
7. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Die Stadt Zürich obsiegt in ihrem amtlichen Wirkungskreis und hat daher keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Dezember 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber