Sachverhalt:
A. Am 4. Juli 2005 gelangte X._ an den Gemeinderat Gossau und verlangte den Erlass einschränkender Massnahmen bezüglich des nächtlichen Stundenschlags der evangelisch-reformierten Kirche. Insbesondere seien die nächtlichen Stunden- und Viertelstundenschläge von 21.45 Uhr bis 06.00 Uhr einzustellen. Mit Beschluss vom 12. Juli 2006 wies der Gemeinderat Gossau das Begehren ab. Den von X._ gegen diesen Gemeinderatsbeschluss erhobenen Rekurs wies die kantonale Baurekurskommission III am 28. März 2007 ab. Mit Urteil vom 6. Mai 2009 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich die von X._ gegen den Entscheid der Baurekurskommission erhobene Beschwerde ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 1. Juli 2009 beantragt X._ im Wesentlichen die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts und die Gutheissung seines bei der Gemeinde eingereichten Antrags. Eventualiter sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Die evangelisch-reformierte Kirchgemeinde Gossau und der Gemeinderat Gossau beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hält den Entscheid des Verwaltungsgerichts für bundesrechtskonform. Insbesondere seien die Art. 11 Abs. 2 und 17 USG (SR 814.01) sowie Art. 14 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814.41) nicht verletzt. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei und verzichtet im Übrigen auf eine Vernehmlassung. In einer weiteren Stellungnahme äussert sich der Gemeinderat Gossau kritisch zu den Äusserungen des BAFU. Der Beschwerdeführer hält in seiner abschliessenden Eingabe an seiner Auffassung fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid, mit welchem unterinstanzliche Entscheide bestätigt werden, in denen der Gemeinderat Gossau und die Baurekurskommission III das Gesuch des Beschwerdeführers ablehnten, einschränkende Massnahmen betreffend den Stundenschlag der evangelisch-reformierten Kirche Gossau zu erlassen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts stützt sich auf öffentliches Recht (Art. 82 lit. a BGG) und stellt einen kantonalen Endentscheid dar (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 i.V.m. Art. 90 BGG). Es kann deshalb mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden.
1.2 Der Beschwerdeführer hat am Verfahren vor dem Verwaltungsgericht teilgenommen. Er fühlt sich durch das Schlagen der Glocken der evangelisch-reformierten Kirche Gossau gestört. Er ist Eigentümer der Liegenschaft Kirchstrasse 1 in Gossau, die 50 m vom Kirchturm der genannten Kirche entfernt ist. Mit Blick auf diese enge räumliche Beziehung seines Grundstücks zu den Lärm erzeugenden Kirchenglocken ist er zur Erhebung der vorliegenden Beschwerde berechtigt (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.3 Da auch die übrigen formellen Voraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Das Glockenspiel der reformierten Kirche Gossau ist eine mit einer Baute dauerhaft verbundene ortsfeste Einrichtung und damit eine Anlage im Sinne von Art. 7 Abs. 7 USG und Art. 2 Abs. 1 LSV. Da die Kirche samt ihrem Läutwerk bereits vor dem Inkrafttreten des Umweltschutzgesetzes am 1. Januar 1985 bestanden hat und keine Erweiterung der Anlage beabsichtigt ist, untersteht sie nicht den Vorschriften für Neuanlagen (Art. 25 USG, Art. 7 LSV). Indessen ist die Sanierung der ortsfesten Anlage anzuordnen, wenn sie den Vorschriften des Umweltschutzgesetzes nicht genügt (Art. 16 Abs. 1 USG). Zu diesen Vorschriften zählen auch die Art. 11 Abs. 2 und 3 USG. Danach sind Emissionen im Rahmen der Vorsorge unabhängig von der bestehenden Umweltbelastung so weit zu begrenzen, als dies technisch und betrieblich möglich und wirtschaftlich tragbar ist (Abs. 2). Wenn feststeht oder zu erwarten ist, dass die Einwirkungen unter Berücksichtigung der bestehenden Umweltbelastung schädlich oder lästig werden, sind die Emissionsbegrenzungen zu verschärfen (Abs. 3). Solche Begrenzungen werden gemäss Art. 12 Abs. 2 USG durch Verordnungen oder, soweit diese nichts vorsehen, durch unmittelbar auf das Umweltschutzgesetz abgestützte Verfügungen vorgeschrieben. Schutzmassnahmen nach Art. 12 Abs. 2 USG sind nicht erst zu ergreifen, wenn die Umweltbelastung schädlich oder lästig wird, sondern es müssen gestützt auf das Vorsorgeprinzip schon sämtliche unnötigen Emissionen vermieden werden (<ref-ruling> E. 3 S. 400; <ref-ruling> E. 3d S. 453 f.; <ref-ruling> E. 2e S. 190; <ref-ruling> E. 3.1 S. 175, 292 E. 3.5 und 4.3 S. 300 ff.). Dies ist allerdings nicht so zu verstehen, dass jeder im strengen Sinne nicht nötige Lärm völlig untersagt werden müsste. Es gibt keinen absoluten Anspruch auf Ruhe; vielmehr sind geringfügige, nicht erhebliche Störungen hinzunehmen (Art. 15 USG; BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 175 f. 123 II 325 E. 4d/bb S. 334 f.; ZÄCH/WOLF, Kommentar USG, N. 13 zu Art. 15).
Die Lärmimmissionen ortsfester Anlagen sind grundsätzlich anhand der vom Bundesrat festgelegten Belastungsgrenzwerte (Anhänge 3-8 LSV) zu beurteilen (Art. 40 Abs. 1 LSV). Für die Lärmbelastung durch Glockenspiele hat der Bundesrat keine Grenzwerte festgelegt. Fehlen solche Werte, so müssen die Lärmimmissionen im Einzelfall nach den Kriterien der Art. 15, 19 und 23 USG bewertet werden (Art. 40 Abs. 3 LSV; <ref-ruling> E. 3.3 S. 296; <ref-ruling> E. 4c/aa S. 307, 366 E. 2c S. 368 f.; <ref-ruling> E. 4a und b S. 82 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 596). Im Rahmen dieser Einzelfallbeurteilung sind der Charakter des Lärms, Zeitpunkt und Häufigkeit seines Auftretens sowie die Lärmempfindlichkeit bzw. Lärmvorbelastung zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 296; <ref-ruling> E. 5a S. 86, 325 E. 4d/bb S. 335; <ref-ruling> E. 4a S. 598). Dabei ist nicht auf das subjektive Lärmempfinden einzelner Personen abzustellen, sondern eine objektivierte Betrachtung unter Berücksichtigung von Personen mit erhöhter Empfindlichkeit (Art. 13 Abs. 2 USG) vorzunehmen (BGE <ref-ruling> E. 4c/aa S. 307, 366 E. 2c S. 368 f.; <ref-ruling> E. 5a S. 86, 325 E. 4d/bb S. 334).
2.2 Die Lärmschutzvorschriften des Umweltschutzgesetzes sind in erster Linie zugeschnitten auf Geräusche, die als unerwünschte Nebenwirkungen einer bestimmten Tätigkeit auftreten. Diese können grundsätzlich mit geeigneten Massnahmen an der Quelle reduziert werden, ohne dass dadurch die entsprechenden Tätigkeiten als solche in Frage gestellt werden. Daneben gibt es jedoch auch Geräusche, welche den eigentlichen Zweck einer bestimmten Aktivität ausmachen. Dazu gehören beispielsweise das Läuten von Kirchen- oder Kuhglocken, das Musizieren sowie das Halten von Reden mit Lautverstärkern an Anlässen in der Öffentlichkeit. Solche Lärmemissionen können nicht völlig vermieden und in der Regel auch nicht in der Lautstärke wesentlich reduziert werden, ohne dass zugleich der Zweck der sie verursachenden Tätigkeit vereitelt würde. Derartige Lärmemissionen als unnötig und unzulässig zu qualifizieren, würde implizieren, die betreffende Tätigkeit generell als unnötig zu betrachten. Die Rechtsprechung hat im Allgemeinen solche Emissionen zwar aufgrund des Umweltschutzgesetzes beurteilt, aber zugleich unter Berücksichtigung des Interesses an der Lärm verursachenden Tätigkeit diese nicht völlig verboten, sondern bloss einschränkenden Massnahmen unterworfen. Da eine Reduktion der Schallintensität meist den mit der betreffenden Tätigkeit verfolgten Zweck vereiteln würde, bestehen die emissionsbeschränkenden Massnahmen in der Regel nicht in einer Reduktion des Schallpegels, sondern in einer Einschränkung der Betriebszeiten (<ref-ruling> E. 3.5.2 S. 299 f.; <ref-ruling> E. 2d S. 369; <ref-ruling> E. 4-6; <ref-ruling> E. 2b S. 239 f.; SCHRADE/LORETAN, Kommentar USG, N. 29 zu Art. 12). Dabei ist eine Interessenabwägung vorzunehmen zwischen dem Ruhebedürfnis der Bevölkerung und dem Interesse an der lärmverursachenden Tätigkeit. Zu beachten sind insbesondere der Charakter des Lärms, Zeitpunkt, Dauer und Häufigkeit seines Auftretens sowie die Lärmempfindlichkeit bzw. die Lärmvorbelastung der betroffenen Zone (BGE <ref-ruling> E. 4c/cc S. 307 f., 366 E. 2c S. 368 f.; <ref-ruling> E. 5a S. 86, 325 E. 4d/bb S. 334 f.). Den örtlichen Behörden ist ein gewisser Beurteilungsspielraum zuzugestehen, soweit es sich um Anlässe mit lokaler Ausprägung oder Tradition handelt (BGE <ref-ruling> E. 4c/dd S. 309, 366 E. 2d S. 369 f.).
3. 3.1 Das Verwaltungsgericht hält im angefochtenen Urteil fest, gemäss den Berechnungen der EMPA sei beim streitbetroffenen Grundstück bei spaltweise geöffnetem Fenster von einem Maximalpegel von 63 dB(A) auszugehen. Dieser liege über dem Grenzwert für nächtlichen Fluglärm von 60 dB(A). Es sei plausibel, dass damit eine kritische Schwelle überschritten werde, ab welcher mit Aufwachreaktionen zu rechnen sei. Aufgrund der eigenen Wahrnehmungen der Verwaltungsrichter vor Ort bezeichnete die Vorinstanz die Viertelstundenschläge wegen ihrer geringen Zahl als unauffällig. Als problematisch erschienen hingegen die Stundenschläge, bei welchen die Beschallung insbesondere in den Stunden bis Mitternacht über längere Zeit anhalte. Dabei dürfte auch der Impulshaltigkeit der Glockenschläge Bedeutung zukommen. Allerdings weise der Umstand, dass von den Bewohnern der am stärksten betroffenen Liegenschaften keine Klagen vorlägen, darauf hin, dass jedenfalls bei Personen, die dem Glockenschlag nicht von vornherein ablehnend gegenüberstünden, eine Gewöhnung eintrete, welche die Aufwachwahrscheinlichkeit herabsetzten dürfte. Wie der Augenschein zudem ergeben habe, sei der Umgebungslärm bei der Liegenschaft Kirchstrasse 1 nicht unerheblich. Vor dem Hintergrund des Strassenverkehrs auf der am Gebäude vorbeiführenden Bergstrasse fielen die Viertelstundenschläge nicht stark ins Gewicht. Insbesondere seien die bis um 01.01 Uhr verkehrenden Linienbusse gut hörbar. In der interessierenden Zeitspanne von 21.45 Uhr bis 06.00 Uhr führen die Busse insgesamt 14 Mal an der Liegenschaft des Beschwerdeführers vorbei. Gesamthaft müsse jedenfalls bei den Stundenschlägen von Schallereignissen ausgegangen werden, die zu einer mehr als bloss unerheblich erhöhten Aufwachwahrscheinlichkeit führen würden, weshalb die Anlage den geltenden Lärmschutzvorschriften nicht genüge. Da die Kirche samt Läutwerk jedoch bereits vor dem Inkrafttreten des USG am 1. Januar 1985 bestanden habe und keine Erweiterung der Anlage beabsichtigt sei, unterstehe sie nicht den Vorschriften für Neuanlagen im Sinne der Art. 25 USG und 7 LSV, sondern es sei gemäss Art. 16 Abs. 1 USG grundsätzlich eine Sanierung anzuordnen. Bei Unverhältnismässigkeit der Sanierung könnten die Behörden gemäss Art. 17 Abs. 1 USG Erleichterungen gewähren. Nach Art. 14 Abs. 1 LSV sei dies zulässig, wenn die Sanierung unverhältnismässige Betriebsbeschränkungen oder Kosten verursachen würde bzw. überwiegende Interessen, namentlich des Ortsbild-, Natur- und Landschaftsschutzes, der Verkehrs- und Betriebssicherheit sowie der Gesamtverteidigung entgegenstünden.
3.2 Das Verwaltungsgericht holte zu den möglichen technischen Massnahmen zur Reduktion des Glockenschalls und zu den damit verbundenen Kosten ein Gutachten ein. Als effizienteste Lösung erweist sich nach Auffassung des Gutachters die Reduktion der Schallöffnungen. In Frage komme sodann der Einbau von Schwingungsisolationen und schliesslich erwähnt das Gutachten das Auswechseln der Klöppel.
Durch die Verschalung der beiden in Richtung der streitbetroffenen Liegenschaft reichenden Schallöffnungen Nord und Ost, liesse sich eine Schallreduktion von 3 bis 5 dB(A) erreichen. Dies würde in den Bereich von 60 dB(A) führen. Die kritische Schwelle von 60 dB(A) kann damit nach Ansicht des Verwaltungsgerichts nicht bzw. nicht wesentlich unterschritten werden, weshalb diese Massnahme nicht zielführend sei. Dagegen würde die Schliessung aller vier Seiten Dämpfungen von 4 bis 10 dB(A) ergeben. Die allseitige Verschalung der Glockenturmöffnungen stelle deshalb grundsätzlich eine geeignete Massnahme zur spürbaren Reduktion der Schallbelastung dar. Neben diesen baulichen Massnahmen kämen auch betriebliche Massnahmen in Frage. Dazu gehört nach Auffassung der Vorinstanz eine Einschränkung der Läutordnung, d.h. das Abstellen des nächtlichen Stundenschlags.
3.3 Das Verwaltungsgericht geht davon aus, bei der Liegenschaft des Beschwerdeführers sowie beim Pfarrhaus und beim Gebäude Bergstrasse 38/40 bewirke der Stundenschlag der evangelisch-reformierten Kirche Lärmimmissionen mit einer nicht bloss unerheblichen Aufwachwahrscheinlichkeit. Dem verhältnismässig geringen Kreis möglicher Betroffener stünden jedoch Werte gegenüber, welche weite Kreise der Bevölkerung dem Zeitschlagen als Teil der lokalen Überlieferung und Kultur beimessen würden. Das öffentliche Interesse an der Bewahrung dieser Werte werde vom Gemeinderat als politisch verantwortlicher Behörde als hoch eingeschätzt. Die örtlichen Behörden hätten davon ausgehen dürfen, dass in der Gemeinde Gossau der Stundenschlag der evangelisch-reformierten Kirche von der überwiegenden Mehrheit der Bevölkerung grundsätzlich akzeptiert werde und dass an der Aufrechterhaltung dieser Tradition ein öffentliches Interesse bestehe. Vor diesem Hintergrund habe der Gemeinderat berücksichtigen dürfen, dass die zur Schallreduktion grundsätzlich tauglichen Massnahmen zum Teil mit hohen Kosten verbunden seien, namentlich tagsüber über das Ziel hinausschiessen und die erwähnten traditionellen Werte des Glockenschlags sehr stark beschneiden würden. Unter diesen Umständen, insbesondere im Hinblick auf die geringe Zahl von Betroffenen, erwiesen sich die von den örtlichen Behörden gewährten Sanierungserleichterungen als rechtmässig.
4. Das Bundesamt für Umwelt BAFU stimmt als Fachinstanz des Bundes in Lärmfragen der erwähnten Beurteilung des vorliegenden Falles durch das Verwaltungsgericht zu. Es hält fest, dass das massgebende Kriterium zur Beurteilung der Störwirkung von nächtlichem Lärm die Aufwachreaktionen der betroffenen Bevölkerung darstelle. Mit Aufwachreaktionen sei zu rechnen, wenn der Maximalschallpegel am Ohr einer Person die kritische Schwelle von 60 dB(A) erreiche. Dieser Wert leite sich unter anderem aus einer Analogiebetrachtung von Untersuchungen ab, welche zu den Auswirkungen von Fluglärm auf den Schlaf gemacht worden seien. Zu den in Lärmwirkungsstudien am häufigsten verwendeten Indikatoren für die Störwirkung des Schlafs gehörten die im Elektroenzephalogramm objektivierbaren Aufwachreaktionen.
In der dem Bundesgericht zum Geläut der Kirchenglocken von Bubikon (BGE <ref-ruling>) eingereichten Stellungnahme habe man sich auf die Studie von Griefahn abgestützt (GRIEFAHN, Präventivmedizinische Vorschläge für den nächtlichen Schallschutz in: Zeitschrift für Lärmbekämpfung, 1990, 37, S. 7-14). In einer neueren grossen Studie des Deutschen Zentrums für Luft- und Raumfahrt über Nachtfluglärmwirkungen seien Aufwachreaktionen mittels polysomnographischer Ableitungen ermittelt worden (BASNER/BUESS/ELMENHORST/GERLICH/LUKS/MAASS et al., Nachtfluglärmwirkungen Band 1 2004, Zusammenfassung, DLR Forschungsbericht 2004-07/D). Als Aufwachreaktion sei dabei ein Wechsel von den Schlafstadien REM, 4, 3 oder 2 in das Schlafstadium 1 oder ins Wachsein definiert worden. Dieses Kriterium sei wesentlich strenger als das Kriterium "bewusstes Aufwachen".
Das BAFU hält weiter fest, dass die lärmbedingte Aufwachwahrscheinlichkeit nur eines von mehreren denkbaren Wirkungskriterien darstelle. Die Mehrzahl der Lärmeinwirkungsforscher gehe aber von der Hypothese eines kausalen Zusammenhangs zwischen gestörtem Schlaf und langfristigen Gesundheitsstörungen aus. Die Aufwachreaktionen würden dabei als valider Indikator für eine relevante Änderung der Schlafstruktur, bzw. als Kriterium für die Störwirkung des Schlafs gelten.
Zurzeit gibt es nach der Darstellung des BAFU keine wissenschaftlichen Studien, welche die Störungen des Schlafs durch Glockenschläge untersucht hätten. Im Sinne eines Analogieschlusses könne man sich aber auf die Erfahrungen mit Fluglärmereignissen aus der erwähnten DLR-Fachstudie abstützen, indem die Wirkung von Glockengeläut-Ereignissen in stark vereinfachender Weise der Wirkung von Fluglärmereignissen gleichen Pegels gleichgesetzt werde. Damit könne bei Glockengeläut statistisch mit Aufwachreaktionen oberhalb von Maximalpegeln von ca. 35 dB(A) am Ohr des Schläfers gerechnet werden. Dabei werde vorausgesetzt, dass keine anderen Lärmquellen vorhanden seien und der Hintergrundpegel nicht über dem Glocken-Maximalpegel liege. Allerdings sei die Wahrscheinlichkeit für eine Aufwachreaktion, welche durch ein 35 dB(A)-Ereignis hervorgerufen werde, mit 0.0042 sehr klein. Dies führe statistisch betrachtet nur bei jedem 240sten Glockenereignis zu einer zusätzlichen Aufwachreaktion. Rechne man mit 4 Ereignissen pro Stunde an 8 Stunden in der Nacht, so käme es nur einmal in der Woche zu einer zusätzlichen Aufwachreaktion. Da der schlafgesunde Mensch aber in einer normalen Nacht ca. 24 Mal spontan erwache, fielen diese wenigen zusätzlichen Aufwachreaktionen bei einem derart niedrigen Pegel nicht ins Gewicht. Würde hingegen der Maximalpegel am Ohr der schlafenden Person einen Wert von 60 dB(A) erreichen, müsste man mit einer Aufwachwahrscheinlichkeit von 0.059 rechnen. Das ergäbe bei 4x8 Ereignissen pro Nacht knapp zwei zusätzliche Aufwachreaktionen pro Nacht.
In der Anwendung der Ergebnisse der DLR-Feldstudie für die Entwicklung eines Schutzkonzepts für den Flughafen Leipzig sei das präventive Schutzkriterium bei einer zusätzlichen Aufwachreaktion pro Nacht durch Fluglärm angesetzt worden. Dieses Kriterium stimme im Wesentlichen mit dem Schutzgrad überein, welcher in der Schweiz durch die Nachtgrenzwerte bei Fluglärm erreicht werde. Würde man analog zu diesen Schutzüberlegungen für eine 8-stündige Nacht mit durchgehendem alle 15 Minuten erfolgendem Zeitschlag 32 Ereignisse mit gleich bleibendem Maximalpegel ansetzen, so wäre das übernommene Schutzkriterium einer zusätzlichen Aufwachreaktion bei rund 50 dB(A) Maximalpegel am Ohr des Schläfers erreicht.
Im vorliegenden Fall habe das Verwaltungsgericht für die grundsätzlich sanierungsbedürftige ortsfeste Anlage im Rahmen einer Verhältnismässigkeitsprüfung verschiedene Massnahmen erwogen. Es sei dabei zum Schluss gekommen, die zur Schallreduktion tauglichen baulichen Massnahmen wären mit hohen Kosten verbunden. Sie würden zudem über das zur Erreichung des Sanierungsziels Notwendige hinausgehen, da durch eine Verschalung der Schallöffnungen des Kirchturms sowohl das kirchliche Läuten als auch der Glockenschlag am Tag gedämmt würde. Die vollständige Einstellung des Zeitschlagens in den Nachtstunden würde zudem die von breiten Bevölkerungskreisen getragenen kulturellen und traditionellen Werte des Glockenschlags beeinträchtigen. Bezüglich der Unverhältnismässigkeit der Verschalung der Schallöffnungen des Kirchturms stimmt das BAFU dem Verwaltungsgericht ausdrücklich zu. Das geforderte Einstellen des nächtlichen Zeitschlags wäre seines Erachtens zwar aus der Sicht des Lärmschutzes wünschenswert. Das Verwaltungsgericht habe in seiner Interessenabwägung jedoch dem Aufrechterhalten der Tradition des nächtlichen Glockenschlags mehr Gewicht beigemessen als dem Lärmschutz der Betroffenen. Dies sei im Lichte der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht zu beanstanden. Zusammenfassend hält das BAFU fest, dass der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts mit dem Lärmschutzrecht des Bundes vereinbar sei. Insbesondere seien die Art. 11 Abs. 2 und Art. 17 USG sowie Art. 14 LSV nicht verletzt.
5. Der Beschwerdeführer beanstandet, das Verwaltungsgericht habe das Vorsorgeprinzip zu Unrecht nicht angewendet und statt dessen einfach Sanierungserleichterungen gewährt. Die technische Möglichkeit, die Glockenschläge während der Nachtstunden abzustellen, sei ohne Weiteres gegeben. Eine entsprechende Schaltuhr würde Kosten von Fr. 4'400.-- bis Fr. 12'000.-- verursachen, was wirtschaftlich tragbar sei. Dies werde auch von der Evangelisch-reformierten Landeskirche des Kantons Zürich nach deren Schrift "Vertraute Klänge - störende Klänge?" so beurteilt. In Anwendung des Vorsorgeprinzips müsse deshalb auf die nächtlichen Glockenschläge verzichtet werden. Indem das Verwaltungsgericht dies nicht in Betracht ziehe, verletze es Art. 11 Abs. 2 USG.
Aus den in E. 4 wiedergegebenen Ausführungen folgt, dass das Verwaltungsgericht die Einstellung der nächtlichen Stundenschläge als mögliche betriebliche Sanierungsmassnahme durchaus in Erwägung zog. Es hat diese Massnahme aber als unverhältnismässig bezeichnet und statt dessen Sanierungserleichterungen im Sinne der Art. 17 Abs. 1 USG i.V.m. Art. 14 Abs. 1 LSV für rechtlich zulässig erachtet. Wie die folgenden Erwägungen zeigen, hat es dadurch entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers kein Bundesrecht verletzt.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, das Verwaltungsgericht verletze mit der Gewährung von Erleichterungen für ein Ziel, welches kein verfassungsmässiges und ebenso wenig ein gesetzmässiges Staatsziel sei, Art. 17 USG und Art. 14 LSV sowie Art. 74 BV. Dem ist entgegenzuhalten, dass das Verwaltungsgericht entsprechend der vorn wiedergegebenen bundesgerichtlichen Rechtsprechung die Art. 17 Abs. 1 USG i.V.m. Art. 14 Abs. 1 LSV angewendet und dabei die erforderliche Interessenabwägung zwischen den Interessen des Beschwerdeführers und den öffentlichen Interessen am nächtlichen Glockenschlag vorgenommen hat. Dabei hat es die genannten öffentlichen Interessen höher eingestuft als diejenigen des Beschwerdeführers. Das ist vor dem Hintergrund der vorn wiedergegebenen Grundsätze, die sich aus der Rechtsprechung des Bundesgerichts ergeben, nicht zu beanstanden.
6.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, Erleichterungen könnten gemäss Art. 17 USG nur im Einzelfall gewährt werden. Hier liege kein Einzelfall vor, weil davon auszugehen sei, dass bei Tausenden von Kirchen in der Schweiz übermässige Immissionen in der Nacht vorhanden seien. Dies ändert jedoch nichts daran, dass im vorliegenden Fall ausschliesslich der Glockenschlag der evangelisch-reformierten Kirche Gossau und damit ein Einzelfall zu beurteilen ist.
6.3 Der Beschwerdeführer kritisiert, dass die Vorinstanz nur jene Personen zu den Betroffenen zähle, bei welchen die kritische Schwelle von 60 dB(A) überschritten sei. Betroffen seien aber auch jene Bevölkerungsteile, bei denen der Schallpegel tiefer liege. Dem angefochtenen Urteil lässt sich sinngemäss entnehmen, dass die Reduktion des nächtlichen Glockenschlags zugunsten von Liegenschaften, bei welchen der Glockenlärm unter dem kritischen Schallpegel von 60 dB(A) liegt, nach Ansicht des Verwaltungsgerichts unverhältnismässig wäre. Von Lärmimmissionen, die über der Schwelle von 60 dB(A) liegen, sind nach zutreffender Darstellung der Vorinstanz indessen nur wenige Personen betroffen.
Das Verwaltungsgericht hat in Erwägung 4.2 seines Urteils auch die Anliegen der in Art. 13 Abs. 2 USG genannten Personengruppen mit erhöhter Empfindlichkeit berücksichtigt, und diesen im Rahmen der Abwägung der Interessen der vom Glockenschlag Betroffenen und der Öffentlichkeit Rechnung getragen. Auch die Interessen der Betroffenen auf Nachtruhe hat das Verwaltungsgericht in dieser Abwägung berücksichtigt. Von einer Bundesrechtsverletzung kann deshalb auch in dieser Beziehung nicht die Rede sein.
7. Nach Auffassung der Vorinstanz wird der nächtliche Stundenschlag von der überwiegenden Mehrheit der Bevölkerung grundsätzlich akzeptiert. An der Aufrechterhaltung dieser Tradition bestehe ein überwiegendes öffentliches Interesse. Dies entspricht auch der Auffassung des Gemeinderats Gossau. Die vom Beschwerdeführer gegen diese Einschätzung der Sachlage durch das Verwaltungsgericht erhobenen Vorwürfe überzeugen nicht. Insbesondere ist nicht ersichtlich, inwiefern das Verwaltungsgericht in diesem Zusammenhang den rechtserheblichen Sachverhalt im Sinne von Art. 97 BGG offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich festgestellt haben soll. Vor dem Hintergrund der bei den Akten liegenden Unterlagen, namentlich den Äusserungen des Gemeinderats Gossau als mit den örtlichen Verhältnissen bestens vertraute politische Behörde kann den vorinstanzlichen Feststellungen betreffend die Haltung der Bevölkerung zum nächtlichen Stundenschlag gefolgt werden. Was der Beschwerdeführer dagegen einwendet, vermag die Feststellungen des Verwaltungsgerichts nicht zu entkräften. Insbesondere sind die Folgerungen, die der Beschwerdeführer aus einer privaten Umfrage ableitet, nicht geeignet, seinen Standpunkt zu stützen. Der Gemeinderat Gossau schätzt das Interesse an der Beibehaltung des nächtlichen Stundenschlags als hoch ein. Er betont dabei, diese Einschätzung beziehe sich auf eine ländlich geprägte Gemeinde im Zürcher Oberland mit ihren weit verstreuten Aussenwachten. Dass das Verwaltungsgericht diese Ansicht des Gemeinderats Gossau angemessen berücksichtigt hat, ist nicht zu beanstanden. Auch der Vorwurf, der Sachverhalt sei in diesem Punkt ungenügend abgeklärt worden, erscheint vor dem Hintergrund der bei den Akten liegenden Informationen unzutreffend. Allein die Tatsache, dass der Beschwerdeführer den erhobenen Sachverhalt anders einschätzt als die Vorinstanz, lässt die Sachverhaltsabklärungen nicht als offensichtlich unzutreffend und ungenügend erscheinen.
Auch der Hinweis des Beschwerdeführers auf Art. 32 der Polizeiordnung der Gemeinde Gossau, wonach die Nachtruhe von 22.00 Uhr bis 06.00 Uhr daure, vermag an der Rechtmässigkeit der vom Verwaltungsgericht vorgenommenen Interessenabwägung nichts zu ändern.
8. Der Beschwerdeführer kritisiert weiter, das Verwaltungsgericht habe bei seiner Interessenabwägung die Sanierungskosten für eine Schallreduktion falsch gewürdigt. Die Kosten für eine Vermeidung von Lärmimmission beliefen sich lediglich auf Fr. 4'400.-- bis Fr. 12'000.-- und seien somit nicht unverhältnismässig hoch. Dem ist entgegenzuhalten, dass die Sanierungskosten für eine Verschalung oder für die Einstellung des nächtlichen Glockenschlags für das Verwaltungsgericht nur eines von verschiedenen zu bewertenden Abwägungskriterien darstellte. Insbesondere hat die Vorinstanz den Verzicht auf den nächtlichen Stundenschlag nicht wegen den damit verbundenen Kosten ausgeschlossen, sondern namentlich wegen den überwiegenden auf einer in der grossflächigen, ländlichen Gemeinde Gossau von der Bevölkerung getragenen langjährigen Tradition des Glockenschlags der evangelisch-reformierten Kirche. Auch in diesem Punkt kann dem Verwaltungsgericht somit keine Rechtsverletzung vorgeworfen werden.
9. Eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung erblickt der Beschwerdeführer sodann darin, dass die Vorinstanz angenommen habe, in der Zeitspanne zwischen 21.45 Uhr und 06.00 Uhr würden die Busse der Linien 845 und 867 14 Mal an der Liegenschaft Kirchstrasse 1 vorbeifahren. Die Busse würden jedoch nur bis 12.00 Uhr fahren. Von 01.00 Uhr bis 05.30 Uhr herrsche Nachtruhe. Dem ist entgegenzuhalten, dass das Verwaltungsgericht in Erwägung 7.3 des angefochtenen Urteils ausdrücklich folgendes festhält: "Insbesondere waren die bis um 01.01 Uhr verkehrenden Linienbusse der VBZ gut hörbar." Es hat somit die vom Beschwerdeführer ins Feld geführten Fahrplanangaben berücksichtigt. Im Übrigen stellt auch dieser Lärm des öffentlichen Verkehrs nur ein untergeordnetes Element der vom Beschwerdeführer kritisierten Interessenabwägung des Verwaltungsgerichts dar. Gleiches gilt für die Sachverhaltsrüge des Beschwerdeführers, das Verwaltungsgericht habe in Erwägung 7 seines Entscheids den Ausdruck Glockengeläut anstelle von Glockenschlag verwendet. Aus dem Gesamtzusammenhang des angefochtenen Urteils ist ohne Weiteres erkennbar, dass das Verwaltungsgericht den nächtlichen Glockenschlag im Rahmen der von ihm vorgenommenen Interessenabwägung als rechtlich zulässig erachtet hat.
10. Der Beschwerdeführer weist darauf hin, das nächtliche Glockenschlagen führe zu einer viertelstündlichen akustischen Präsenz der Kirche in der Nacht. Der Zwang, diesen Schall wahrzunehmen, verletze die religiösen Rechte gemäss Art. 15 BV und Art. 9 EMRK. Wäre diese Rüge zutreffend, müsste konsequenterweise der Stundenschlag sämtlicher Kirchen in der Schweiz generell und absolut verboten werden, was nicht angeht. Es ist zudem unbestritten, dass das kirchliche Glockengeläut, soweit es Teil der Religionsausübung darstellt, unter dem Schutz der Glaubens- und Gewissensfreiheit steht (BGE <ref-ruling> E. 2a S. 367). Der nächtliche Glockenschlag weist jedoch keinen Zusammenhang zur Religionsausübung auf, weshalb die diesbezügliche Rüge des Beschwerdeführers ins Leere stösst.
11. Schliesslich beanstandet der Beschwerdeführer, dass es das Verwaltungsgericht unterlassen hat, sich zu einem von ihm eingeholten akustischen Privatgutachten zu äussern. Er erblickt darin eine Verletzung der Art. 97 BGG sowie der Art. 9 und 29 Abs. 2 BV und Art. 6 EMRK. Auch dieser Vorwurf des Beschwerdeführers ist unberechtigt. Das Verwaltungsgericht musste sich bei der Beurteilung der vorliegenden Sache unter Berücksichtigung sämtlicher rechtserheblicher Sachverhaltselemente mit allen erheblichen Rechtsfragen materiell auseinandersetzen. Das hat es getan, was auch die vorn in E. 4 wiedergegebenen Ausführungen des BAFU zum bundesgerichtlichen Verfahren deutlich aufzeigen. Das Verwaltungsgericht war nicht verpflichtet, sich mit dem genannten Privatgutachten detailliert auseinander zu setzen.
12. Zusammenfassend ergibt sich, dass das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts nicht zu beanstanden ist. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.
Diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Die evangelisch-reformierte Kirchgemeinde Gossau und die politische Gemeinde Gossau haben gemäss Art. 68 Abs. 3 BGG keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Gossau sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag