Sachverhalt:
A. A.a Die 1950 geborene S._ arbeitete in verschiedenen Positionen bis hin zur Geschäftsstellenleiterin bei einer Filiale der Firma X._. Im Dezember 1993 zog sie sich bei einem Skiunfall ein Schleudertrauma der basalen Halswirbelsäule (HWS) zu. Trotz persistierenden Beschwerden, insbesondere in Form von Kopf- und Nackenschmerzen und einer eingeschränkten Beweglichkeit des HWS nahm sie ihre Tätigkeit kurz nach dem Unfall bis zur vollen Arbeitsfähigkeit wieder auf. Das schwere residuelle Zervikalsyndrom hielt auch nach physiotherapeutischer Behandlung weiter an, als es im Mai 1996 zu einer Exazerbation wegen eines erneuten Schleudertraumas nach Sturz im Badezimmer kam. S._ arbeitete weiter in einem vollen Pensum. Vom 15. Mai bis 12. Juni 2001 wurde sie an der Klinik R._ stationär behandelt. Gemäss Austrittsbericht vom 2. Juli 2001 litt sie an einem chronischen zervikozephalen und zervikospondylogenen Syndrom bei Status nach Distorsionstrauma der HWS im Dezember 1993, an einem Rezidiv bei Stolpersturz 1996 mit direktem Trauma und einer Rissquetschwunde am linken Augenlid sowie einem weiteren Rezidiv im März 2001 bei einem indirekten Trauma durch eine gelöste Arretierung einer Behandlungsliege, an einem lumbospondylogenen Syndrom rechts, einem Hypermobilitätssyndrom, an seit dem ersten Unfall bestehenden Kiefergelenkschmerzen, Hypacusis (Schwerhörigkeit) und einem Tinnitus beidseits. Nach dem Rehabilitationsaufenthalt arbeitete S._ wiederum zu 100 %. An der Klinik für Rheumatologie am Spital Y._, wo S._ im Dezember 2002 begutachtet wurde (Expertise vom 20. Februar 2003), stellten die Ärzte die Diagnosen eines chronischen zervikozephalen und -brachialen Syndroms nach Schädelkontusionen und HWS-Distorsionen, eines myofaszialen Syndroms rechtsbetont im Schulter-/Nackenbereich bei partieller Hypermobilität, einer depressiven Verstimmung im Sinne einer Anpassungsstörung, eines chronischen rezidivierenden lumbospondylogenen Syndroms, einem Verdacht auf degenerative Veränderungen im linken Kiefergelenk, einer Hochtonperceptionsschwerhörigkeit, eines Tinnitus beidseits und Lärmempfindlichkeit. Die Arbeitsfähigkeit betrage aktuell 100 %. S._ arbeitete ab dem 1. Januar 2003 als Cash-Service Beraterin, da bei der Filiale der Firma X._ die Position der Geschäftsstellenleiterin aufgehoben worden war. Ab 16. März 2003 reduzierte sie ihre Tätigkeit auf ein Pensum von 50 %.
A.b Am 2. Dezember 2003 meldete sich S._ bei der Invalidenversicherung zum Bezug einer Rente an. Am 23. Januar 2004 erlitt sie einen weiteren Unfall. Die Versicherte wurde auf der Skipiste von einem Snowboarder angefahren, worauf sie auf den Kopf stürzte. Wiederum wurde die Diagnose einer HWS-Distorsion I - II Grades gestellt. Sie nahm ihre Arbeit in der Folge nicht mehr auf. Die Arbeitgeberin richtet eine volle Rente der Pensionskasse aus. Die IV-Stelle Bern und die für den letzten Unfall zuständige UVG-Versicherung (Winterthur-Versicherungen, nunmehr AXA Versicherungen) liessen S._ bei der MEDAS am Spital Y._ medizinisch begutachten. Gemäss Expertise vom 10. Januar 2006, welche durch eine Ärztin für Orthopädie und durch einen Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie durchgeführt wurde, sei die Arbeitsfähigkeit der Versicherten einzig durch eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung im Umfang von 40 % beeinträchtigt. Anhand der orthopädischen Befunde sei der Beruf einer Bankkauffrau sowohl in leitender Funktion, als auch als Schaltermitarbeiterin mit voller Leistung möglich. Nachdem der die Winterthur beratende Psychiater, Dr. med. U._, das psychiatrische Teilgutachten in verschiedener Hinsicht als "dürftig und nicht schlüssig" erachtete, liess diese Versicherung am Spital E._ ein weiteres interdisziplinäres Gutachten erstellten. S._ wurde dabei vom Chefarzt der Klinik für Rheumatologie und Rehabilitation, von einem Facharzt für Psychiatrie FMH und einem solchen für Neurologie FMH begutachtet. Zusammenfassend kamen die Experten zum Schluss, die Nacken- und Kopfschmerzen, die Schulter- und Armbeschwerden sowie die Lumbalschmerzen und die Epicondylalgie seien organischer Genese, wobei die Kopf- und Nackenschmerzen im Vordergrund stünden. Die Nackenbeschwerden hätten zu einer schmerzbedingten Einschränkung sämtlicher körperlichen Aktivitäten geführt, woraus nunmehr eine deutliche muskuläre Dysbalance resultiere. Als Folge der muskulären Dysbalance habe sich auch ein funktionelles Thoracic Outlet-Syndrom eingestellt, welches angiologisch sowohl apparativ wie klinisch habe erhärtet werden können. Die von der Versicherten aufgeführten psychischen und kognitiven Einschränkungen wie Schlafstörungen, Müdigkeit, erhöhte Reizbarkeit und Gedächtnisprobleme seien im Rahmen einer chronischen Schmerzproblematik durchaus erklärbar. Allerdings bestehe eine Diskrepanz zwischen der Dauer, der Intensität und den subjektiven Belastungslimiten einerseits und den gefundenen strukturellen Veränderungen und funktionellen Einschränkungen andererseits, die sich rein somatisch nicht erklären liessen. Diese Diskrepanz sei ihres Erachtens auf eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung zurückzuführen. Im bisherigen Beruf als Bankangestellte sei die Versicherte zu 50 % arbeitsfähig. Es gäbe keine Verweisungstätigkeit, in der eine höhere Arbeitsfähigkeit zumutbar oder möglich wäre.
Mit Verfügung vom 16. Februar 2006 wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren ab. Sie berief sich dabei auf das MEDAS-Gutachten und hielt fest, es handle sich bei der diagnostizierten somatoformen Schmerzstörung nicht um eine gesundheitliche Beeinträchtigung, welche als Invalidität im Sinne des Gesetzes gelte. Daran hielt sie auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 26. Oktober 2007).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 8. August 2008 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihr die gesetzlichen Rentenleistungen zuzusprechen.
Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>).
2. Streitig ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung. Die massgeblichen Bestimmungen und Grundsätze sind im angefochtenen Entscheid und im Einspracheentscheid zutreffend dargelegt. Es betrifft dies nebst dem Invaliditätsbegriff (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), den Rentenanspruch nach Massgabe des Invaliditätsgrades (<ref-law>), die Bestimmung des Invaliditätsgrades mittels Einkommensvergleich (<ref-law>), die Rechtsprechung zur invalidenversicherungsrechtlichen Relevanz von psychischen Gesundheitsschäden, insbesondere von somatoformen Schmerzstörungen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50; <ref-ruling>) sowie die Anforderungen an beweiswertige ärztliche Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis; vgl. auch <ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Wie das kantonale Gericht ebenfalls zutreffend erwogen hat, sind die mit der 5. IV-Revision am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Rechtsänderungen intertemporalrechtlich nicht anwendbar.
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat seine Beurteilung auf das MEDAS-Gutachten vom 10. Januar 2006 gestützt. Daran ist entgegen den Ausführungen in der Beschwerde nichts auszusetzen. Die Versicherte lässt insbesondere rügen, den Gutachtern am Spital Y._ hätten nicht die vollständigen Akten vorgelegen, weshalb ihre Schlussfolgerungen grundsätzlich nicht beweistauglich seien. Es wird hingegen nicht dargetan, inwiefern die medizinischen Akten über den ersten Unfall im Jahre 1993 für die hier zur Diskussion stehende Leistungspflicht der Invalidenversicherung ab dem Jahre 2004 von Belang sein sollten. Die Situation stellt sich für die Unfallversicherung anders dar, da diese in erster Linie Antworten auf die Kausalitätsfrage benötigt. Die beiden Gutachten unterscheiden sich denn auch insbesondere hinsichtlich der Kausalitätsbeurteilung, wogegen sie bezüglich der zumutbaren Arbeitsfähigkeit kaum differieren. Zudem wurde das MEDAS-Gutachten näher am relevanten Zeitpunkt des möglichen Rentenbeginns (März 2004) erstellt.
3.2 Demnach ist davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin insbesondere an chronisch rezidivierenden Beschwerden der Wirbelsäule bei Fehlstatik, Haltungsinsuffizienz, muskulärem Hartspann und verschmächtigter Rumpfmuskulatur, an einem Tinnitus und einer Verminderung des Gehörs mit Schwerhörigkeit in Lärmsituationen, einem klinischen Anhalt auf Epicondylitis humeri radialis rechts und Funktionsschmerzen am rechten Hüftgelenk bei freien Funktionen in allen Ebenen sowie an einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung leidet (MEDAS-Gutachten vom 10. Januar 2006). Die Gutachter hielten einzig die somatoforme Schmerzstörung hinsichtlich der Arbeitsfähigkeit für relevant. Demnach könne aufgrund der psychiatrischen Diagnose die Tätigkeit einer Bankangestellten nicht mehr verrichtet werden. Für angepasste leichte Arbeiten ergäbe sich eine 60%ige Arbeitsfähigkeit. Aus dem psychiatrischen Fachgutachten des Dr. med. F._ vom 9. November 2005 geht hervor, dass die Beschwerdeführerin an einer eigenständigen psychischen Störung leidet.
3.3 Sowohl die IV-Stelle als auch das kantonale Gericht haben ihre Ablehnung eines Leistungsanspruchs damit begründet, dass die Diagnose einer somatoformen Schmerzstörung vermöge "praxisgemäss keine Invalidität im Rechtssinne zu begründen" und die Kriterien für ein ausnahmsweises Abweichen seien klarerweise nicht erfüllt.
3.3.1 Praxisgemäss (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50) besteht eine Vermutung, dass die somatoforme Schmerzstörung als solche noch keine Invalidität begründet. Vielmehr ist zu vermuten, dass diese oder ihre Folgen mit einer zumutbaren Willensanstrengung überwindbar sei. Bestimmte Umstände, welche die Schmerzbewältigung intensiv und konstant behindern, können den Wiedereinstieg in den Arbeitsprozess indessen auch unzumutbar machen. Dazu gehören unter anderem auch ein chronifizierter Krankheitsverlauf mit unveränderter oder progredienter Symptomatik. Genügt die (rein) psychiatrische Erklärbarkeit der Schmerzsymptomatik allein für eine sozialversicherungsrechtliche Leistungsbegründung nicht, obliegt der begutachtenden Fachperson der Psychiatrie im Rahmen der ärztlichen Stellungnahme zur Arbeitsfähigkeit und der Darlegungen zu den einer versicherten Person aus medizinischer Sicht noch zumutbaren Arbeitsfähigkeit die Aufgabe, durch die zur Verfügung stehenden diagnostischen Möglichkeiten fachkundiger Exploration der Verwaltung aufzuzeigen, ob und inwiefern eine versicherte Person über psychische Ressourcen verfügt, die es ihr erlauben, mit ihren Schmerzen umzugehen (BGE <ref-ruling> E. 2.2.4 S. 355).
3.3.2 Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern ist zur Überzeugung gelangt, eine Unzumutbarkeit der Schmerzüberwindung sei nicht ersichtlich, weshalb es im angefochtenen Entscheid von der Beurteilung im MEDAS-Gutachten, das es im übrigen als überzeugend und für seine Sachverhaltsfeststellungen entscheidend erachtete, abgewichen ist und von einer vollen Arbeitsfähigkeit in jeder Tätigkeit, auch in derjenigen als Bankangestellte, ausgegangen ist.
3.3.3 Weder dem psychiatrischen Gutachter am Spital Y._ noch demjenigen an der Spital E._ wurde die Frage gestellt, ob es der Explorandin ihres Erachens willentlich möglich sei, ihre Schmerzen zu überwinden und eine (volle) Arbeitsleistung zu erbringen. Die Vorinstanz hat diese Frage demnach ohne sachliche Grundlagen beantwortet. Ihre Schlussfolgerung, dass eine volle Arbeitsfähigkeit in jeder Tätigkeit möglich sei, ist nicht einleuchtend und wiederspricht in verschieden Punkten den Angaben in den Akten. In beiden psychiatrischen Teilgutachten imponiert, dass die Beschwerdeführerin ihr Leben auf eine volle Arbeitstätigkeit mit überdurchschnittlichem Einsatz ausgerichtet hat. Gemäss ihrem Persönlichkeitsprofil sei sie gewohnt schwer zu arbeiten, die Zähne zusammenzubeissen und körperliche und psychische "Schmerzen" nach aussen mit einem Bild konstanter Ausgeglichenheit zu präsentieren. Dr. med. F._ objektivierte eine erhebliche Verminderung der Konzentrationsfähigkeit nach einer eineinhalb stündigen Exploration, weshalb er die Versicherte für intensive Kundenberatungsgespräche als nicht mehr arbeitsfähig erachtete. Der psychiatrische Fachgutachter am Spital E._ stellte eine leichte Depression fest, was von der Explorandin aber verneint werde. Auch er betont die leistungsorientierte Persönlichkeit und die Tatsache, dass sie trotz erheblicher Beschwerden während Jahren vollzeitig weitergearbeitet hatte. Gemäss den somatischen Fachärzten seien die Beschwerden in wesentlichen Teilen objektivierbar und organischer Natur. Der Psychater beschreibt einen innerpsychischen Konflikt mit deutlicher Störung des Selbstbildes (beruflicher "Abstieg" von der Filialleiterin zur "Schaltermitarbeiterin"), welcher die Generalisierung des Schmerzsyndroms und die Ausbildung einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung unterstützt habe (primärer Krankheitsgewinn). Die Versicherte habe sich nach dem ersten Unfall auf Grund ihrer Persönlichkeit über Jahre hinweg überfordert. Dieser anhaltende Anspannungszustand habe sehr wahrscheinlich zur weiteren Generalisierung des Beschwerdebildes und einer Zunahme der Schmerzempfindlichkeit geführt.
3.4 Zusammenfassend besteht ein Widerspruch zwischen den in beiden psychiatrischen Teilgutachten gemachten Feststellungen und den von der IV-Stelle und dem kantonalen Gericht gezogenen Schlussfolgerungen. Die Sache ist daher an die Verwaltung zurückzuweisen, damit sie mittels eines psychiatrischen Gutachtens abklärt, ob es der Beschwerdeführerin aus medizinischer Sicht auch mit Blick auf die in BGE <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 354 genannten Kriterien zumutbar und möglich ist, willentlich ihren Schmerz zu überwinden und sich wieder ganz oder teilweise in den Arbeitsprozess zu integrieren. Falls eine zumindest teilweise Wiedereingliederung als zumutbar erscheint, hat der Experte sich auch über die Art und den zeitlichen Umfang einer möglichen Tätigkeit zu äussern.
4. Das kantonale Gericht hat weiter erwogen, auch wenn der Beschwerdeführerin entsprechend dem fachpsychiatrischen Gutachten des Dr. med. F._ eine weitere Tätigkeit als Schalterangestellte einer Bank nicht mehr möglich wäre, resultiere ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad.
Unbestrittenermassen richtet sich die Bemessung des Invaliditätsgrades nach dem System des Einkommensvergleichs (<ref-law>).
4.1 Bei ihrer Beurteilung der Erwerbsunfähigkeit ging die Vorinstanz von einem hypothetischen Invalideneinkommen von Fr. 71'625.- im Jahr 2004 aus. Dies entspricht einem statistischen Durchschnittseinkommen eines vollen Pensums einer im Kredit- und Versicherungsgewerbes tätigen Frau mit Berufs- und Fachkenntnissen (Niveau 3). Dies gibt zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass.
4.2 Als Valideneinkommen berücksichtigte die Vorinstanz den Betrag von Fr. 102'000.- gemäss Angaben im Fragebogen Arbeitgeber, was dem Lohn ohne Bonus entspricht, den die Beschwerdeführerin als "Cash-Service-Beraterin" erhalten hätte.
4.2.1 Das Valideneinkommen ist das Erwerbseinkommen, das eine versicherte Person erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre (<ref-law>). Dazu gehören alle Lohnbestandteile, für die auch AHV-Prämien entrichtet werden. Falls die Beschwerdeführerin mit überwiegender Wahrscheinlichkeit als Gesunde Boni bezogen hätte - was bei der ehemaligen Arbeitgeberin in Erfahrung zu bringen ist - gehören auch diese zum Valideneinkommen.
4.2.2 Die Anmeldung zum Bezug einer Rente der Invalidenversicherung datiert vom 2. Dezember 2003, also vor dem letzten Unfall (23. Januar 2004). Die Beschwerdeführerin gibt an, ab dem 16. März 2003 noch in einem 50%-Pensum gearbeitet zu haben. Aus den Akten geht nicht klar hervor, ob die Reduktion aus gesundheitlichen oder aus betrieblichen Gründen erfolgte. Es gilt dabei zu berücksichtigen, dass die Beschwerdeführerin im Dezember 2002 an der Klinik für Rheumatologie und Klinische Immunologie am Spital Y._ begutachtet wurde. Darin wird in der Arbeitsanamnese aufgeführt, dass für die Explorandin ab 1. Januar 2003 wegen einer bankinternen Umstrukturierung ein stehender Einsatz mit Erledigung von Transaktionen am Computer vorgesehen sei. Hinsichtlich der Arbeitsfähigkeit attestierte der Gutachter eine rein sitzende Tätigkeit mit Kopfprotraktionen z.B. am Computer, ohne Möglichkeit sich zumindest stündlich kurz zu bewegen, als nicht zumutbar. In der (damals, Dezember 2002) aktuellen Situation, mit einer wechselhaften Tätigkeit, bestehe eine 100%ige Arbeitsfähigkeit. Gemäss dem von der Arbeitgeberin ausgefüllten Fragebogen vom 29. April 2004 wurde die Beschwerdeführerin auf den 1. März 2004 zu 50 % teilpensioniert. Erklärend wird angeführt, infolge einer bankinternen Reorganisation sei die Funktion der Geschäftsstellenleiterin auf Ende 2002 am Standort Gstaad aufgehoben worden. Es sei nicht möglich gewesen, der Versicherten dort eine ihrer Ausbildung und Erfahrung entsprechende Tätigkeit anzubieten. Damit bleibt offen, ob die Arbeitsunfähigkeit ab März 2003 - die im Dezember 2003 zur Anmeldung bei der Invalidenversicherung geführt hatte - nicht im wesentlichen durch invaliditätsfremde Ursachen begründet war. Wäre überwiegend wahrscheinlich davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin auch als Gesunde nur noch in Teilzeit gearbeitet hätte, reduzierte sich das Valideneinkommen entsprechend. Die Zusammenstellung der Absenzenmeldungen für das Jahr 2003 belegt allerdings, dass die Beschwerdeführerin während insgesamt 87 Arbeitstagen wegen eines "Nichtbetriebsunfalles" an der Arbeitsausübung verhindert war. Die IV-Stelle wird diesen Sachverhalt durch Beizug der Akten der Pensionskasse und der Unfallversicherung, welche allenfalls im Jahre 2003 Taggeldleistungen erbrachte, zu verifizieren haben. Schliesslich werden auch Auskünfte darüber einzuholen sein, ob der Beschwerdeführerin als Gesunde in einer anderen Filiale der Firma X._ eine ihrer früheren Stellung vergleichbare Aufgabe angeboten worden wäre. Das Valideneinkommen wird aufgrund der Erkenntnisse festzusetzen sein, welche sich aus den erwähnten notwendigen Abklärungen ergeben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 6. August 2008 und die Verfügung der IV-Stelle Bern vom 26. Oktober 2006 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle Bern zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 7. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer