Faits:
A. Par jugement du 10 septembre 2012, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a admis l'appel du Ministère public et l'appel joint de X._ contre le jugement du Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte du 17 avril 2012, a reconnu X._ coupable de conduite en état d'incapacité et de contravention à la LStup et l'a condamné à une peine pécuniaire de 20 jours-amende, le jour amende étant fixé à 50 fr., avec sursis durant deux ans, et à 500 fr. d'amende, la peine privative de liberté de substitution en cas de non-paiement fautif de l'amende étant de 5 jours.
En bref, il en ressort les faits suivants:
Le 21 juin 2011, X._ a été interpellé au volant de la voiture de sa femme lors d'un contrôle de la circulation. Il semblait se trouver sous l'influence de produits stupéfiants. L'habitacle de son véhicule dégageait une forte odeur de marijuana. Interrogé par la police, il a expliqué consommer plusieurs joints par jour depuis l'âge de 19 ans et dépenser entre 1'500 fr. et 1'800 fr. par mois pour sa consommation. Il a précisé avoir fumé un joint peu avant de prendre le volant. Le test de dépistage de produits stupéfiants s'étant révélé positif au cannabis, X._ a été emmené dans les locaux de la police pour être soumis à un contrôle médical et à une prise de sang et d'urine. Le médecin qui a effectué le contrôle a constaté que l'incapacité était indécelable et que les pupilles de l'intéressé étaient dilatées et ses conjonctives injectées. Les analyses sanguines ont révélé une concentration, dans le sang, de THC de 18 ?g/l, soit plus de dix fois supérieure à la valeur limite de 1.5 ?g/l définie à l'art. 34 OOCCR-OFROU (RS 741.013.1). Le Dr Y._, médecin traitant de X._, a confirmé que celui-ci souffrait d'une maladie rhumatismale et qu'il consommait du cannabis, sans prescription médicale, pour diminuer ses douleurs et son anxiété. Il a également expliqué qu'une consommation régulière de cannabis entraîne un habitus qui ne péjore pas les réactions.
B. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement, concluant, sous suite de dépens, principalement à sa réforme en ce sens qu'il est libéré de l'infraction de conduite en état d'incapacité (<ref-law>), subsidiairement à son annulation.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Le recourant conteste la réalisation de l'élément subjectif de l'infraction réprimée par l'<ref-law>.
1.1 Au regard de l'<ref-law>, les conditions de l'intention sont réunies lorsque l'auteur a conscience de son état d'incapacité ou prend en compte la possibilité que tel soit le cas et, ce nonobstant, prend le volant ou le guidon et engage son véhicule sur la voie publique (YVAN JEANNERET, Les dispositions pénales de la Loi sur la circulation routière, 2007, n° 84 ad <ref-law>). Dans les hypothèses où la cause de l'incapacité réside dans la consommation de stupéfiants classiques, l'auteur pourra difficilement prétendre ignorer son état d'incapacité compte tenu des informations largement connues et diffusées à cet égard (cf. JEANNERET, op. cit, n° 85 ad <ref-law>). Il faut ainsi retenir comme réalisé le dol éventuel lorsque l'auteur prend en compte la possibilité de son incapacité mais conduit malgré tout.
Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception de la notion d'intention, notamment de dol éventuel, et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 156).
1.2 Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313; sur la notion d'arbitraire, v. : <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5). L'invocation de ce moyen ainsi que, de manière générale, de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel (<ref-law>), suppose une argumentation claire, détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287) et circonstanciée (<ref-ruling> consid. 3 p. 105). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> c. 5.1 p. 356).
1.3 Le recourant relève qu'il fume quotidiennement du cannabis depuis l'âge de 19 ans pour soulager ses douleurs, que selon le médecin qui a procédé au constat médical le jour des faits, l'incapacité était indécelable, que de l'avis de son médecin traitant, une consommation régulière de cannabis entraîne un habitus qui ne péjore pas les réactions. Il en déduit qu'il ne se savait pas en incapacité de conduire et qu'il se croyait en état de conduire. Il invoque aussi une erreur sur les faits selon l'<ref-law>.
1.4 La cour cantonale a exposé que les policiers avaient déclaré que lors de l'interpellation, le recourant semblait pouvoir être sous l'influence de stupéfiants, que le médecin qui avait procédé au constat le soir de l'interpellation avait certes mentionné que l'incapacité était indécelable mais avait toutefois relevé que le recourant avait les pupilles dilatées et les conjonctives injectées. Elle a considéré qu'en fumant un joint de cannabis une heure avant de prendre le volant alors qu'il avait déjà consommé de l'herbe dans la journée, le recourant avait à tout le moins accepté de conduire son véhicule en sachant qu'il était sous l'influence de produits stupéfiants et en incapacité de conduire.
1.5 Pour l'essentiel, l'argumentation du recourant revient à une libre présentation et discussion des faits dans le cadre d'une argumentation appellatoire, laquelle est irrecevable. La cour cantonale pouvait déduire sans arbitraire, bien au contraire, de la proximité entre la consommation du cannabis et la prise de volant que le recourant avait accepté de conduire en se sachant sous l'influence de stupéfiants et en incapacité de conduire. Les déclarations du médecin traitant du recourant relatives à l'absence de péjoration des réactions en cas de consommation régulière ne sont pas déterminantes. Outre qu'elles relèvent plus d'une affirmation générale sans considération du danger que représente la conduite d'un véhicule sous l'emprise de stupéfiants, le recourant n'a pas établi que son médecin lui aurait garanti de pouvoir conduire après avoir fumé du cannabis. Aucun élément ne permet de conclure que le recourant pouvait se croire apte à conduire indépendamment de sa consommation de stupéfiants. En mettant en avant les propos de son médecin traitant, le recourant ne cherche pas tant à contester l'aspect subjectif de l'infraction que son aspect objectif. Or, l'existence objective d'une incapacité de conduire n'est pas susceptible d'être contestée dès lors qu'elle procède d'une fiction lorsque le taux plasmatique de THC excède le seuil fixé à l'art. 34 OOCCR-OFROU (cf. <ref-law>). La déduction précitée de la cour cantonale, exempte d'arbitraire, permet de retenir que le recourant a agi à tout le moins par dol éventuel. La cour cantonale a correctement appliqué cette notion. Sur la base des faits retenus, aucune erreur sur les faits au sens de l'<ref-law> ne peut être imputée au recourant. Le grief est infondé, dans la mesure où il est recevable.
2. Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 14 février 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet