Sachverhalt:
A. Am 3. April 2007 entschied die Regierungsstatthalterin von Bern, dass X._, geboren 1984, wegen emotional instabiler Persönlichkeitsstörung vom impulsiven Typ sowie Abhängigkeit von verschiedenen Substanzen für unbestimmte Zeit in den Universitären Psychiatrischen Diensten (UPD) Bern, Universitätsklinik, zurückbehalten werde. Diese Verfügung wurde mit Entscheid der Regierungsstatthalterin vom 19. Juli 2007 bestätigt. Am 28. Dezember 2007 stellte X._ ein Entlassungsgesuch, welches die Regierungsstatthalterin mit Entscheid von 15. Januar 2008 abwies.
B. Gegen diesen Entschied erhob X._ Rekurs beim Obergericht des Kantons Bern (Kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen). Mit Urteil vom 31. Januar 2008 wies die Rekurskommission den Rekurs und den Antrag auf externe Begutachtung ab (Dispositiv-Ziff. 1 und 2). Sodann trat sie auf den Antrag, dass das von den UPD angeordnete Stufenprogramm eine Verletzung von Art. 8 EMRK und <ref-law> darstelle, nicht ein (Dispositiv-Ziff. 3).
C. Mit Eingabe vom 29. Februar 2008 führt X._ Beschwerde in Zivilsachen und beantragt dem Bundesgericht, dass das angefochtene Urteil aufzuheben sei und sie aus der fürsorgerischen Freiheitsentziehung zu entlassen sei. Sodann sei festzustellen, dass das angefochtene Urteil Art. 13 i.V.m. Art. 8 EMRK verletze; eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung unter Bestellung eines externen Gutachters an die Vorinstanz zurückzuweisen. Weiter ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege.
Die Rekurskommission hat auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde verzichtet.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid (<ref-law>) betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung, gegen den die Beschwerde in Zivilsachen gegeben ist (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG). Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann eine Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>), zu dem laut der Begriffsbestimmung des BGG auch das Verfassungsrecht gehört. Gerügt werden kann ferner eine Verletzung des Völkerrechts (<ref-law>)
2. Nach den Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid (<ref-law>) leidet die Beschwerdeführerin an einer schweren Persönlichkeitsstörung. Zwar ist die kognitive Intelligenz der Beschwerdeführerin nicht herabgesetzt, jedoch verfügt sie nur über eine äussert geringe Sozialkompetenz und weist eine schwere affektive Störung auf. Sie leidet an einem chronischen Substanzenabusus mit Opiaten und nimmt ärztlich nicht verschriebene oder in Unkenntnis der effektiven Verhältnisse Medikamente (Benzodiazepin) ein. Die Beschwerdeführerin hat zwar gewisse, teilweise unrealistische Wunschvorstellungen bezüglich ihres Lebens nach einem Klinikaustritt, über eine konkrete Tagesstruktur ausser der Klinik (Arbeit, Freizeit, Betreuung) verfügt sie nicht. Sowohl in- als auch ausserhalb der Klinik ist es zu selbstgefährdendem Verhalten gekommen.
Weiter geht aus dem angefochtenen Entscheid hervor, dass die Beschwerdeführerin infolge ihres selbst- und fremdgefährdenden Verhaltens ein sog. Stufenprogramm absolvieren muss. Dabei sind zunächst stationär gezielte verhaltenstherapeutische Massnahmen installiert worden. Am 10. Dezember 2007 erfolgte im Rahmen dieses Programms der Statuswechsel zur Tagespatientin. Nach Zwischenfällen (Versuche zur Beschaffung von Benzodiazepine, Äusserung von Suizidabsichten, Vorstellung in mischintoxikiertem Zustand im Inselspital) erfolgte am 20. Dezember 2007 erneut eine stationäre Behandlung. Am 31. Dezember 2007 wurde die Beschwerdeführerin wieder in den Status einer Tagespatientin versetzt. Dabei sollte es darum gehen, ein nicht selbstgefährdendes, funktional und sozial verträgliches Leben ausserhalb der Klinik zu erlernen, wobei sich die Beschwerdeführerin anscheinend täglich (Montag bis Freitag) für zweieinhalb Stunden in der Klinik einzufinden hatte. Seit dem 22. Januar 2008 ist die Beschwerdeführerin infolge weiterer Zwischenfälle (Suidizdrohungen und eigener Bericht über Heroin- und Kokainkonsum im Januar 2008, Erregungszustand mit Zerstörung eines Spiegels und Eigenverletzung mit Scherben an den Unterarmen und Verletzung einer Pflegeperson) wieder in stationärer Behandlung, wobei wiederum ein teilstationärer Aufenthalt in Aussicht genommen wurde.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss geltend, der Umstand, dass sie sich im Rahmen der Stufenbehandlung in der Stufe als Tagespatientin nur täglich (von Montag bis Freitag) für zweieinhalb Stunden in der Klinik einfinden müsse, zeige, dass es nicht um den Schutz vor Fremd- oder Drittgefährdung gehe, sondern um die Aufrechterhaltung der ihr aufgezwungenen Therapie, für welche aber das ZGB keine Grundlage biete. Der Zurückbehaltungsentscheid sei mit <ref-law> nicht vereinbar.
3.1.1 Eine mündige oder entmündigte Person darf wegen Geisteskrankheit, Geistesschwäche, Trunksucht, anderen Suchterkrankungen oder schwerer Verwahrlosung in einer geeigneten Anstalt untergebracht oder zurückbehalten werden, wenn ihr die nötige persönliche Fürsorge nicht anders erwiesen werden kann; dabei ist auch die Belastung zu berücksichtigen, welche die Person für ihre Umgebung bedeutet (Art. 397a Abs. 1 und 2 ZGB). Die betroffene Person muss entlassen werden, sobald ihr Zustand es erlaubt (<ref-law>).
3.1.2 Aufgrund der verbindlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid (E. 2) hinsichtlich des geistigen Zustandes der Beschwerdeführerin und der weiteren Vorkommnisse, welche die Selbst- und Fremdgefährdung belegen, sind die Voraussetzungen für eine fürsorgerische Freiheitsentziehung grundsätzlich gegeben. Das sinngemäss vorgebrachte Argument, die Voraussetzungen einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung könnten gar nicht mehr gegeben sein, wenn die Beschwerdeführerin lediglich für zweieinhalb Stunden in der Klinik einzufinden habe, geht an der Sache vorbei. Wenn infolge selbst- und fremdgefährdenden Verhaltens die angeordnete Massnahmen zunächst in einer stationären Behandlung besteht, die von einer weiteren Etappe abgelöst wird, während deren die Beschwerdeführerin die Klinik verlassen kann, sich aber täglich dort einfinden muss, so kann daraus nicht geschlossen werden, dass die Voraussetzungen für eine fürsorgerischen Freiheitsentziehung nicht mehr gegeben seien. Für die Aufrechterhaltung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung - sei dies in Form eines vollstationären Aufenthaltes oder eines durch Stufenbehandlung erfolgenden teilstationären Aufenthaltes, der (wie hier) kurz darauf bei Misslingen ohne weiteres die stationäre Behandlung zur Folge hat (vgl. Thomas Geiser, Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch I, 3. Aufl. 2006, N. 30 zu <ref-law>; Eugen Spirig, Zürcher Kommentar, N. 195 zu <ref-law>) - ist die Frage entscheidend, ob nach wie vor die Gefahr der Selbst- bzw. Fremdgefährdung besteht. Dies wird von der Beschwerdeführerin nicht widerlegt. Soweit die Beschwerde auf die Aufhebung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung abzielt, ist diese abzuweisen.
3.2 Nach Auffassung der Beschwerdeführerin ist das ihr auferlegte Stufenprogramm weder mit <ref-law> noch mit Art. 8 EMRK vereinbar. Sie erlebe dieses Programm als ganz schlimm, weshalb sie bereits mehrere Suizidversuche unternommen habe.
3.2.1 Auf dieses Vorbringen ist die Rekurskommission nicht eingetreten mit der Begründung, sie sei für die Beurteilung von Rekursen gegen die Abweisung eines Entlassungsgesuchs zuständig, nicht aber zur Beurteilung der Unrechtmässigkeit des von den UPD angeordneten Stufenprogramms. Zwar äussert sich der angefochtene Entscheid am Rande zur Verhältnismässigkeit des sog. Stufenprogramms, tritt aber auf die Frage von dessen Verfassungs- und EMRK-Konformität nicht ein.
3.2.2 Gemäss Art. 34 des bernischen Gesetzes über die fürsorgerische Freiheitsentziehung und andere Massnahmen der persönlichen Fürsorge vom 22. November 1989 (FFEG/BE; BSG 213.316) kann die betroffene oder eine ihr nahestehende Person gegen die Anordnung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung oder gegen die Abweisung eines Entlassungsgesuchs innert zehn Tagen seit der Mitteilung bei der Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehung schriftlich Rekurs erheben. Daraus schliesst die Rekurskommission e contrario, dass sie nicht zuständig sei, um das umstrittene Stufenprogramm zu beurteilen. Sie gibt im Übrigen nicht an, wer diesbezüglich zuständig sei, oder leitet die Sache nicht an die zuständige Instanz weiter. Nach dem Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. Mai 1989 (VRPG/BE; BSG 155.21) gilt unter Verwaltungs- und Verwaltungsjustizbehörden die Weiterleitungspflicht: Hält sich die angerufene Behörde für unzuständig, so leitet sie die Eingabe an die zuständige Verwaltungs- oder Verwaltungsjustizbehörde weiter und teilt dies dem Absender mit (Art. 4 Abs. 1 VRPG/BE; vgl. Thomas Merkli/Arthur Aeschlimann/Ruth Herzog, Kommentar zum Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. Mai 1989, Bern 1997, N. 1 zu Art. 4). Bei der Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehung (Art. 34 FFEG/BE) handelt es sich um eine Verwaltungsjustizbehörde (vgl. Merkli/Aeschlimann/Herzog, a.a.O., N. 20 zu Art. 2). Vor diesem Hintergrund ist nicht haltbar, wenn die Vorinstanz sich auf den Schluss beschränkt hat, auf das Vorbringen der Beschwerdeführerin sei mangels Zuständigkeit nicht einzutreten. In diesem Punkt ist die Beschwerde begründet und die Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung zurückzuweisen.
3.2.3 Im Übrigen fragt sich, ob sich die Zuständigkeit der Rekurskommission gemäss Art. 34 FFEG/BE nicht aufgrund des Sachzusammenhangs der von der Beschwerdeführerin in Frage gestellten Behandlung und der fürsorgerischen Freiheitsentziehung ergibt. Die Frage braucht hier nicht abschliessend erörtert zu werden. Sie wird nach der Rückweisung der Sache von der Vorinstanz zu prüfen sein, falls nicht eine andere Instanz zuständig sein sollte und deshalb an diese weiterzuleiten wäre.
3.3 Die Beschwerdeführerin rügt sodann eine Verletzung von <ref-law>, weil die Vorinstanz ihren Antrag auf eine externe Begutachtung abgewiesen hat.
3.3.1 Gemäss <ref-law> darf bei psychisch Kranken nur unter Beizug eines Sachverständigen entschieden werden. Beim Gutachter im Sinne dieser Bestimmung muss es sich um eine unabhängige Person handeln. Diesen Anforderungen genügt ein Arzt einer Klinik, welche die Zurückbehaltung verfügt hat, nicht (<ref-ruling> E. 4c S. 17). Im angefochtenen Urteil wird massgeblich auf ein Gutachten vom 27. März 2007 abgestellt, welches vom Forensisch-Psychiatrischen Dienst (FPD) der Universität Bern erstellt wurde. Die Vorinstanz hat festgehalten, dass der FPD von den UPD organisatorisch wie personell unabhängig sei, was von der Beschwerdeführerin nicht in Frage gestellt wird.
3.3.2 Sieht ein Kanton eine einzige gerichtliche Instanz vor, ist diese verpflichtet, ein Gutachten einzuholen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4 S. 14 ff.). Im vorliegenden Verfahren hat die Rekurskommission davon abgesehen, ein Gutachten in Auftrag zu geben, und auf das erwähnte Gutachten des FPD vom 27. März 2007 abgestellt. In <ref-ruling> E. 4c S. 17 wurde erwogen, aus der Formulierung, dass obere Gerichte auf eine Begutachtung verzichten könnten, wenn dies in einem gerichtlichen Verfahren bereits einmal erfolgt sei, ergebe sich, dass von einer Begutachtung nicht abgesehen werden könne, weil eine solche bereits in einem früheren Verfahren eingeholt worden sei. Die Frage, wie ein Gericht zu verfahren hätte, wenn ein Gutachten in einem zeitlich unmittelbar vorangegangenem Verfahren eingereicht worden wäre, konnte damals offen gelassen werden, weil seit der Einreichung des in Frage stehenden Gutachtens zweieinhalb Jahre vergangen waren und deshalb eine neue Begutachtung selbst ohne die Bestimmung von <ref-law> nahegelegen hätte.
Der Beizug einer sachverständigen Person muss an sich bei jedem Einweisungs- oder Zurückbehaltungsentscheid erfolgen (Geiser, a.a.O., N. 19 zu <ref-law>). Folgen allerdings die zu beurteilenden Verfügungen dicht aufeinander, indem innert einer kurzen Zeitspanne wiederholt die fürsorgerische Freiheitsentziehungen angeordnet wird, kann <ref-law> nicht so verstanden werden, dass jedes Mal ein neues Gutachten in Auftrag zu geben ist. Es ist in analoger Weise zu verfahren wie bei in unvernünftigen Abständen gestellten Entlassungsgesuchen. Auf diese ist nicht einzutreten, es sei denn, dass sich die Verhältnisse in einer Weise geändert hätten, die eine Entlassung rechtfertigen (<ref-ruling> E. 1 S. 458). Dabei ist allerdings vor Augen zu halten, dass es beim Sachverständigengutachten nicht nur darum geht, die Störung der geistigen Fähigkeiten der betroffenen Person abzuklären, sondern auch um die Beurteilung, wie sich allfällige Störungen hinsichtlich der Gefahr einer Selbst- oder Drittgefährdung, aber auch der Verwahrlosung auswirken können; ferner ist zu prüfen, ob eine stationäre Behandlung unerlässlich ist und ob - gegebenenfalls - die Anstalt und deren Behandlungskonzept geeignet sind (Spirig, a.a.O., N. 177 zu <ref-law>). Dies kann unter Umständen nahe legen, bereits nach kurzer Zeit eine neue Begutachtung anzuordnen.
3.3.3 Das hier massgebliche Sachverständigengutachten lag im Zeitpunkt des Entscheides (31. Januar 2008) rund zehn Monate zurück. Im Zeitpunkt seiner Erstellung war die Beschwerdeführerin im Regionalgefängnis untergebracht, wohin sie während der fürsorgerischen Freiheitsentziehung offenbar zufolge Tätlichkeiten versetzt worden war. Im kantonalen Rekursverfahren wurde die Verfassungs- und EMRK-Konformität des sog. Stufenprogramms in Frage gestellt. Das Gutachten des FPD vom 27. März 2007 regte eine "ambulante Behandlung in einer Institutsambulanz" an, ohne dass sich klar ergibt, ob damit das hier umstrittene Stufenprogramm gemeint war. Weder äusserte sich das Gutachten - wenn überhaupt - näher zum Stufenprogramm, noch liegt ein unabhängiges Gutachten zur Fragen der Auswirkungen eines solchen vor. Unter diesen Umständen verlangt <ref-law>, dass das zuständige Gericht die Frage der umstrittenen Behandlung unter Beizug eines unabhängigen Sachverständigen prüft. Wenn die Rekurskommission den Antrag auf externe Begutachtung der Beschwerdeführerin abgewiesen hat, ist dies mit Bundesrecht nicht vereinbar.
4. Nach dem Dargelegten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben und die Sache zur Prüfung und neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. Die Gutheissung der vorliegenden Beschwerde hat nicht zur Folge, das die Beschwerdeführerin sogleich entlassen wird. Über die Frage der Entlassung wird im Rahmen der Neubeurteilung zu entscheiden sein.
Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens hat der Kanton Bern der Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>). Insoweit ist ihr Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.
Die Anträge erweisen sich als von vornherein aussichtslos (<ref-law>), soweit damit die Aufhebung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung verlangt wurde. Damit kann dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht stattgegeben werden. Auf die Erhebung von Gerichtskosten wird verzichtet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde wird in Bezug auf die Verweigerung des Beizugs eines Sachverständigen und die Unzuständigkeitserklärung betreffend die Beurteilung des sog. Stufenprogramms gutgeheissen. Insoweit wird das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern, kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen, vom 31. Januar 2008 aufgehoben und die Sache zur Prüfung und neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
1.2 Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen, soweit es nicht als gegenstandslos abzuschreiben ist.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Der Kanton Bern hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. März 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Levante