Sachverhalt:
A. Der Hochbau- und Planungsausschuss der Gemeinde Männedorf erteilte der Y._ AG am 14. Juni 2006 die Baubewilligung für ein neues Wohn- und Geschäftshaus mit Tiefgarage in der Zentrumszone von Männedorf. Im Neubau sind ein Einkaufszentrum mit Gross- und Detailläden sowie Büros und Wohnungen geplant. Das Bauvorhaben ist Teil der Gesamtüberbauung "Zentrum Leue"; letztere umfasst neben dem hier umstrittenen Wohn- und Geschäftshaus auch ein Kirchgemeindehaus und einen Gemeindesaal. Die drei projektierten Bauten sind je Gegenstand eines eigenen Baubewilligungsverfahrens.
Im Rahmen der zeitgleich erteilten Bewilligungen für das Wohn- und Geschäftshaus wie für das Kirchgemeindehaus wurde auch die Parkraumbemessung geregelt. Die kommunale Behörde bewilligte 78 Abstellplätze in der Tiefgarage und 7 Parkplätze im Freien. Von diesen insgesamt 85 Abstellplätzen wies sie 72 dem Wohn- und Geschäftshaus und 13 dem Kirchgemeindehaus zu. Die beiden beteiligten Trägerschaften hatten eine leicht andere Aufteilung vorgesehen; die Gemeindebehörde verpflichtete sie insofern zu einer Korrektur, die grundbuchlich zu sichern war. Darüber hinaus berücksichtigte die Behörde, dass die Trägerschaft des Wohn- und Geschäftshauses den Trägerschaften von Kirchgemeindehaus und Gemeindesaal vertraglich ein Mitbenützungsrecht für 60 Abstellplätze in der Tiefgarage ausserhalb der Ladenöffnungszeiten eingeräumt hat.
Als die Behörde die beiden Entscheide fällte, lag noch kein Baugesuch für den Gemeindesaal vor.
B. Die Eheleute X._ fochten die Baubewilligung für das Wohn- und Geschäftshaus bei der Baurekurskommission II des Kantons Zürich an. Dabei verlangten sie sinngemäss, die Bauherrschaft sei zu verpflichten, weitere 150 Parkplätze zu erstellen. Die Baurekurskommission wies das Rechtsmittel am 26. Juni 2007 ab. Deren Rekursentscheid bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 7. November 2007 auf Beschwerde der Eheleute X._ hin.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ersuchen die Eheleute X._ das Bundesgericht um Aufhebung der Entscheide von Verwaltungsgericht und Baurekurskommission sowie um Gutheissung ihrer kantonalen Rechtsmittelanträge.
Die private Bauherrschaft und die kommunale Behörde, die gemeinsam anwaltlich vertreten sind, sowie das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Baurekurskommission schliesst auf Abweisung der Beschwerde. In der Replik halten die Beschwerdeführer an ihren Begehren fest.

Erwägungen:
1. Auf das Beschwerdeverfahren ist das Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (BGG; SR 173.110) anwendbar (vgl. <ref-law>).
1.1 Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Endentscheid betrifft eine Baubewilligung. Hiergegen steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (<ref-law>). Die Beschwerdeführer wohnen in einer Distanz von rund 85 Metern zum Bauvorhaben an einer Nebenstrasse. Bei der Beurteilung der Beschwerdelegitimation im Sinne von <ref-law> ist eine Würdigung aller rechtlich erheblichen Sachverhaltselemente vorzunehmen (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 252 f.; Urteil 1C_82/2007 vom 19. November 2007, E. 3.3). Beim Neubau handelt es sich teilweise um ein publikumsorientiertes Vorhaben mit entsprechendem Verkehrsaufkommen. Es ist nicht von der Hand zu weisen, dass eine ungenügende Parkplatzzahl die Interessen der Beschwerdeführer stärker als diejenigen eines beliebigen Dritten tangieren kann. Die Beschwerdeführer sind daher durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt (<ref-law>) und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung (<ref-law>).
1.2 Der angefochtene Entscheid stützt sich zur Hauptsache auf kantonales bzw. kommunales Planungs- und Baurecht. Insofern kommt als Beschwerdegrund im Wesentlichen die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht, insbesondere von verfassungsmässigen Rechten der Bundesverfassung, in Frage (<ref-law>). Die Anwendung des kantonalen Rechts als solches bildet nicht Beschwerdegrund. Überprüft werden kann insoweit nur, ob der angefochtene Entscheid auf willkürlicher Gesetzesanwendung beruht oder ob das Gesetz oder seine Anwendung sonst wie gegen übergeordnetes Recht verstossen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 251 f.).
1.3 In <ref-law> ist der Grundsatz verankert, dass das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen anwendet. Dieser Grundsatz gilt nicht hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht; insofern statuiert <ref-law> eine qualifizierte Rügepflicht. In diesem Rahmen wird die Praxis zum Rügeprinzip gemäss Art. 90 Abs. 1 lit. b des früheren Bundesrechtspflegegesetzes vom 16. Dezember 1943 (OG) weitergeführt (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft lediglich klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.1/3.2 S. 399 f. mit Hinweisen).
1.4 Nach <ref-law> kann die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz beim Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 39). Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensvorschrift ermittelt worden ist, gelten ebenfalls strenge Anforderungen an die Begründung der Beschwerde; diese sind mit der Rügepflicht nach <ref-law> vergleichbar (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
1.5 Von vornherein nicht einzutreten ist auf den Antrag der Beschwerdeführer, auch den Entscheid der Baurekurskommission vom 26. Juni 2007 aufzuheben. Dieser ist durch den Entscheid des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt als inhaltlich mitangefochten (vgl. das zur Veröffentlichung bestimmte Urteil 1C_43/2007 vom 9. April 2008, E. 1.4).
2. Ferner ist einleitend der Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens zu präzisieren. Im kantonalen Verfahren verlangten die Beschwerdeführer einzig, die Erteilung der Baubewilligung sei von der Erstellung 150 zusätzlicher Parkplätze abhängig zu machen. Dabei sei die Tiefgarage um ein zweites Untergeschoss mit 75 Plätzen zu erweitern; auf dem Gelände der Gesamtüberbauung "Zentrum Leue" seien weitere 75 Parkplätze im Freien zu schaffen. Die Beschwerdeführer behaupteten zum einen, die von der Gemeinde bewilligte Parkplatzzahl genüge nicht für das Wohn- und Geschäftshaus allein und noch viel weniger unter Einbezug des Bedarfs für den Gemeindesaal. Zum andern beriefen sich die Beschwerdeführer auf die Studie einer von der Gemeinde beauftragten Siedlungsplanerin; diese Studie hat offenbar bereits heute ein Manko von insgesamt 157 privaten Parkplätzen im Ortsteil festgestellt, in dem die Baugrundstücke liegen. Ob aus den genannten Gründen der Antrag der Beschwerdeführer hätte gutgeheissen werden müssen, ist im Rahmen der rechtsgenüglich begründeten Rügen zu untersuchen.
Hingegen kann nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens sein, inwiefern in der Umgebung flankierende Massnahmen zur Unterbindung von Ausweich- und Suchverkehr sowie von wildem Parkieren geboten sind. Derartiges haben die Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren nicht einmal ansatzweise verlangt. Nach <ref-law> sind neue Rechtsbegehren im bundesgerichtlichen Verfahren ausgeschlossen. Die Beschwerde an das Bundesgericht enthält folglich zu Recht keine Anträge, die solche flankierende Massnahmen fordern. Dennoch beklagen sich die Beschwerdeführer vor Bundesgericht über angebliche Versäumnisse der Gemeinde in der Verkehrskonzeption rund um die Neugestaltung des "Zentrums Leue" und die negativen Auswirkungen für die Anwohnerschaft. Insoweit diese Kritik den Streitgegenstand sprengt, kann sie nicht gehört werden.
3. Im Rahmen des Streitgegenstands bringen die Beschwerdeführer Sachverhaltsrügen vor und beanstanden sinngemäss Gehörsverletzungen. Diese Vorwürfen sind als erstes zu behandeln.
3.1 Im angefochtenen Entscheid steht, die Beschwerdeführer hätten die unterinstanzliche Berechnung des Parkplatzbedarfs für das Wohn- und Geschäftshaus wie für das neue Kirchgemeindehaus nicht angefochten. Die Beschwerdeführer entgegnen, sie hätten diese Berechnung sehr wohl angefochten. Bei diesen Vorbringen handelt es sich aber weitgehend um unzulässige appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid (vgl. E. 1.3 und E. 1.4 hiervor). Das Verwaltungsgericht brachte mit seiner Feststellung zum Ausdruck, dass die Beschwerdeführer die detaillierten, rechnerischen Überlegungen der Unterinstanzen zur Umsetzung der Vorgaben über die Parkraumbemessung nicht in einzelnen Punkten infrage gestellt hatten. In der Beschwerdeschrift an das Bundesgericht wird kein einzelner Punkt dieser Berechnung aufgeführt, bei dem die Beschwerdeführer konkret beanspruchen, sie hätten ihn vor dem Verwaltungsgericht bemängelt. Insoweit ist auf die Rüge nicht einzutreten.
3.2 Der Vorwurf ist immerhin insoweit zu prüfen, als die Beschwerdeführer vorbringen, sie hätten diese Berechnungen als unrealistisch bezeichnet. Ihrer Meinung nach hat das Verwaltungsgericht diesen Einwand ungenügend gewürdigt.
Es trifft zu, dass die Beschwerdeführer die angebliche Parkplatznot beim bestehenden Einkaufsladen eines Grossverteilers am Standort des Neubauprojekts schilderten. Daraus folgerten sie, die theoretische Parkplatzberechnung für das geplante Einkaufszentrum mit der gegenüber heute stark erweiterten Verkaufsfläche liege im Vergleich zum realen Bedarf viel zu tief. Dabei beriefen sich die Beschwerdeführer auf § 243 Abs. 2 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes (PBG/ZH; LS 700.1). Nach dieser Bestimmung kann bei bestehenden Bauten und Anlagen ohne Zusammenhang mit Änderungen die Schaffung zusätzlicher Abstellplätze verlangt werden, wenn der bisherige Zustand regelmässig Verkehrsstörungen oder andere Übelstände bewirkt. Zusätzlich erwähnten sie die bei E. 2 hiervor angesprochene Studie zum Parkplatzmanko.
Das Verwaltungsgericht hat nicht verkannt, dass die Beschwerdeführer auf ungenügende Verkehrs- und Parkverhältnisse im Quartier hingewiesen hatten. Es hat sich diesbezüglich mit der Erwägung begnügt, diese Mängel könnten nicht der Bauherrschaft angelastet werden; jedenfalls lasse sich daraus keine Pflicht zur Erstellung zusätzlicher Parkplätze ableiten. Die diesbezügliche Sachverhaltsrüge geht somit fehl. Eine Gehörsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.1 S. 277, je mit Hinweisen) liegt ebenso wenig vor. Mit der knappen Erwägung ist das Verwaltungsgericht hinreichend auf den fraglichen Punkt eingegangen. Ob die Auffassung des Verwaltungsgerichts zutrifft, ist eine Frage der sachlichen Beurteilung (vgl. dazu E. 5.4 hiernach).
Auch bei den übrigen Argumenten, bei denen die Beschwerdeführer eine mangelhafte Berücksichtigung im angefochtenen Entscheid beanstanden, geht es um die rechtliche Beurteilung in der Sache und nicht um Sachverhaltsermittlung oder Wahrung des Gehörsanspruchs. Darauf ist in E. 4 und 5 hiernach einzugehen.
3.3 In der Replik an das Bundesgericht halten die Beschwerdeführer dem Verwaltungsgericht überdies vor, es habe keinen Augenschein zur prekären Verkehrssituation rund um das geplante "Zentrum Leue" durchgeführt; ebenso wenig habe es anderweitige Erhebungen oder Abklärungen zu diesem Punkt getroffen. Es mag dahingestellt bleiben, ob auf die nach Ablauf der Beschwerdefrist erhobene Rüge überhaupt eingetreten werden kann, denn sie vermag ohnehin nicht durchzudringen. Die Beschwerdeführer behaupten nicht, sie hätten im kantonalen Verfahren entsprechende Beweisanträge gestellt; eine Verletzung des rechtlichen Gehörs im Sinne von <ref-law> (vgl. dazu E. 3.2 hiervor) ist insoweit nicht erkennbar. Es wird auch nicht dargetan, welche kantonale Norm und inwiefern diese das Verwaltungsgericht verpflichtet hätte, die fraglichen Beweise von Amtes wegen zu erheben; insoweit erweist sich eine Willkürrüge als ungenügend begründet.
4. 4.1 In der Sache ist umstritten, ob die drei Baukörper Wohn- und Geschäftshaus, Kirchgemeindehaus und Gemeindesaal je für sich als verkehrsverursachende Anlagen oder ob sie zusammen als Gesamtanlage einzustufen sind. Das Verwaltungsgericht hat es geschützt, dass getrennte Bewilligungsverfahren durchgeführt werden. Dessen ungeachtet wurde auf kommunaler und kantonaler Ebene eine Gesamtschau über die Parkplatzzahl für Wohn- und Geschäftshaus sowie Kirchgemeindehaus angestellt. Vor Bundesgericht zeigen die Beschwerdeführer nicht auf, welchen Nachteil sie erleiden, dass die Parkraumbemessung für diese beiden Bauten im Rahmen getrennter Entscheide erfolgt ist. Insoweit besteht kein Anlass, näher auf diesen Punkt einzugehen. Hingegen ist die Frage zu klären, ob das Bauprojekt für den neuen Gemeindesaal einbezogen werden musste. Nach Angaben der Beschwerdeführer wurde das diesbezügliche Baugesuch erst öffentlich ausgeschrieben, als ihre Beschwerde beim Verwaltungsgericht hängig war. Dieses Baugesuch ist jedoch nicht aktenkundig; die Parteien haben ebenso wenig dargelegt ob und wie darüber entschieden wurde.
4.2 Die Rechtsprechung hat sich wiederholt mit der Frage befasst, wann ein im Hinblick auf die Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) relevanter Zusammenhang zwischen verschiedenen Vorhaben besteht, der es rechtfertigt, diese als Einheit zu betrachten; diesfalls muss eine UVP durchgeführt werden, sofern die Anlagen gemeinsam den massgeblichen Schwellenwert überschreiten. Es besteht die Gefahr, dass bei der Aufteilung eines Bauvorhabens in verschiedene Teilschritte und Bewilligungsverfahren die Gesamtauswirkungen möglicherweise zumindest zum Teil ungeprüft bleiben (<ref-ruling> E. 26b S. 347). Das Bundesgericht hat denn auch schon gemischte Überbauungen im Hinblick auf den verursachten Verkehr als Gesamtanlagen eingestuft (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 275 mit Hinweis). Abzustellen ist vor allem auf den funktionellen Zusammenhang der Anlagen, namentlich auf eine gemeinsame Zielsetzung und Organisation der Bauherrschaften, wenn es sich bei letzteren um eine Mehrzahl handelt (vgl. die Urteile des Bundesgerichts 1A.33/2007 vom 22. Oktober 2007, E. 5.2; 1A.110/2006 vom 19. April 2007, E. 2 mit weiteren Hinweisen, in: URP 2007 S. 485).
4.3 Die gleiche Fragestellung kann sich mit Blick auf die Emissionsbegrenzung gemäss Art. 11 des Bundesgesetzes vom 7. Oktober 1983 über den Umweltschutz (USG; SR 814.01) stellen, wenn wie hier die Schwelle der UVP offensichtlich nicht erreicht wird. Gemäss <ref-law> werden Einwirkungen sowohl einzeln als auch gesamthaft und nach ihrem Zusammenwirken beurteilt. Diese Bestimmung bezieht sich auf sämtliche umweltrelevanten Vorhaben, unabhängig davon, ob sie einer UVP unterliegen oder nicht. Ob zwischen verschiedenen Vorhaben der erforderliche Zusammenhang im Sinne von <ref-law> gegeben ist, ist eine Rechtsfrage, die das Bundesgericht frei prüft (Urteil 1A.129/2005 vom 23. August 2005, E. 3.1 in: URP 2005 S. 732; erwähntes Urteil 1A.110/2006, E. 2.2 in: URP 2007 S. 485). Folglich ist die Umweltrechtskonformität eines Projekts unter Einbezug aller Teilvorhaben zu prüfen, die in zeitlicher und sachlicher Hinsicht zusammenhängen. Dagegen darf ein einzelnes Vorhaben dann isoliert beurteilt werden, wenn dessen alleinige Verwirklichung zweckmässig erscheint und gleichzeitig die Ausführung weiterer damit zusammenhängender Projekte ungewiss ist. In diesem Fall sind bei der späteren Beurteilung weiterer Vorhaben die Umweltauswirkungen der bereits realisierten Anlage einzubeziehen (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 80).
4.4 Das Verwaltungsgericht hat festgehalten, die drei Bauten seien eigenständig angeordnet und würden betrieblich voneinander unabhängig funktionieren. Unter zusätzlicher Berücksichtigung der zeitlichen Staffelung des Gesamtvorhabens erweise sich eine Trennung der Baubewilligungsverfahren als zulässig. Dabei hat das Verwaltungsgericht eingeräumt, dass alle drei benachbarten Bauprojekte aufeinander abgestimmt sind. Dennoch weist gerade der geplante Umbau des bisherigen Kirchgemeindehauses zum neuen Gemeindesaal eine hinreichende Eigenständigkeit auf. Dieses Vorhaben bedingt die vorgängige Errichtung des neuen Kirchgemeindehauses; umgekehrt sind die beiden anderen Projekte nicht auf eine Realisierung des Projekts für den neuen Gemeindesaal angewiesen. Die Politische Gemeinde nutzt das bisherige Kirchgemeindehaus bereits seit Jahrzehnten punktuell für Gemeindeversammlungen und andere öffentliche Anlässe; sie könnte dieses Gebäude als neue Eigentümerin ohne bau- bzw. umweltrechtlich relevante Eingriffe weiternutzen.
Die Stimmberechtigten haben am 17. Juni 2007 einen Ausführungskredit für die Realisierung des neuen Gemeindesaals bewilligt. Aufgrund der Abstimmungsunterlagen gestaltet sich das Projekt wie folgt: Der bisherige Baukörper soll bestehen bleiben; er soll indessen erweitert und mit einer neuen Dachhaut über der erhaltenen bisherigen Dachform überspannt werden. Der vergrösserte Saal soll rund 600 Sitzplätze fassen. Weiter ist vorgesehen, das bisherige Kirchgemeindehaus beim Umbau über eine gedeckte, öffentliche Treppenanlage im Erweiterungsteil an die Tiefgarage anzuschliessen. Diese Treppenanlage ist jedoch eigentlich Bestandteil der Bewilligung für das Wohn- und Geschäftshaus. In den diesbezüglichen Bauplänen ist dazu vermerkt: "Notausgang ins Freie oder Treppenhaus neuer Saalbau". Die Politische Gemeinde will ihr Bauprojekt in eigener Gesamtverantwortung nach submissionsrechtlichen Vorgaben realisieren lassen. Auch über den Betrieb des neuen Gemeindesaals wird sie selbst bestimmen. Zu diesem Zweck soll ein Nutzungsreglement erlassen werden; dabei ist geplant, den Dorfvereinen eine bevorzugte Stellung einzuräumen.
4.5 Unter diesen Umständen gehen die Beschwerdeführer fehl, wenn sie von einer Gesamtanlage im umweltschutzrechtlichen Sinne ausgehen und einen Einschluss der Parkraumbemessung für das Projekt Gemeindesaal im vorliegenden Rahmen verlangen. Auch in verkehrsmässiger Hinsicht kann die Nutzung des Gemeindesaals nicht einfach den beiden neuen Nachbargebäuden hinzugeschlagen werden. Wenn die Politische Gemeinde die Tiefgarage (bloss) ausserhalb der Ladenöffnungszeiten für ihre Veranstaltungen nutzen darf, zeigt dies ja gerade, dass es sich dabei nicht um dasselbe Publikum handeln kann, das mit dem Auto Einkäufe besorgt. Der allfällige Zugang vom Gemeindesaal zur Tiefgarage und die Absprachen unter den Trägerschaften für den äusseren Betrieb führen somit zu keiner anderen Beurteilung. Ebenso wenig ist der von den Beschwerdeführern hervorgehobene Aspekt entscheidend, dass das Zusammenspiel aller drei Projekte eine wichtige Rolle in der lokalen politischen Diskussion gespielt hat.
4.6 Im vorliegenden Verfahren ist daher nicht zu prüfen, ob der Gemeindesaal nach der geplanten Neugestaltung über hinreichende Abstellplätze verfügt. Es hilft den Beschwerdeführern auch nicht, wenn sie in diesem Zusammenhang das in <ref-law> verankerte Nachhaltigkeitsprinzip (vgl. dazu das Urteil des Bundesgerichts 1A.115/2003 vom 23. Februar 2004, E. 3.2 in: URP 2004 S. 299) anrufen. Im angefochtenen Entscheid steht im Sinne einer Eventualargumentation, eine Erfüllung der Parkplatzpflicht für den neuen Gemeindesaal erscheine als möglich, wenn die Mitbenützung der Tiefgarage ausserhalb der Ladenöffnungszeiten berücksichtigt werde. Selbst wenn diese Eventualargumentation diskutabel sein mag und es platzsparend wäre, allenfalls zusätzlich nötige Parkplätze für den Gemeindesaal in der hier zur Diskussion stehenden Tiefgarage zu schaffen, so ist dem Verwaltungsgericht beizupflichten, dass die private Beschwerdegegnerin nicht gegen ihren Willen dazu verpflichtet werden kann. Immerhin hat die Politische Gemeinde es als spätere Baugesuchstellerin hinzunehmen, dass sie die Plätze in der Tiefgarage nur insoweit beanspruchen kann, als die Kirchgemeinde diese nicht benötigt; denn letztere hat dieselben Plätze bereits ihrem bewilligtem Gesuch zugrunde gelegt. Weitere Ausführungen und Abklärungen zu diesem Punkt erübrigen sich aber hier.
5. Wird das umstrittene Bauvorhaben zulässigerweise ohne Einbezug des Gemeindesaals auf den Parkplatzbedarf hin untersucht, so gilt Folgendes:
5.1 Die Parkraumbemessung stützt sich auf § 242 Abs. 1, § 243 Abs. 1 lit. a und § 244 Abs. 1 PBG/ZH, ferner auf die kommunale Bau- und Zonenordnung (BZO) und die Wegleitung der kantonalen Baudirektion zur Regelung des Parkplatzbedarfs vom Oktober 1997. In Umsetzung dieser Vorgaben legte die kommunale Behörde einen Rahmen von 46 bis 71 Abstellplätzen für das neue Wohn- und Geschäftshaus fest. Dieser Berechnung lag unter anderem zugrunde, dass ein Einkaufszentrum mit einer Geschossfläche von insgesamt 3'618 m2 geplant ist. In der Bewilligung für das Kirchgemeindehaus ging die Behörde von einem Spielraum zwischen 13 und 19 Abstellplätzen aus. Die schliesslich bewilligte Zahl von 72 Parkplätzen beim Wohn- und Geschäftshaus bewegt sich - unter Berücksichtigung von Annahmenunschärfen - am oberen Rand, während die 13 Plätze für das Kirchgemeindehaus im Gegensatz dazu am unteren Rand liegen. Die Baurekurskommission ortete beim Wohn- und Geschäftshaus eine Bandbreite von 45 bis 71 Abstellplätzen, schützte allerdings letztlich die bewilligte Zahl von 72 Plätzen; beim Kirchgemeindehaus folgte die Rekursinstanz den kommunalen Überlegungen ohne Einschränkungen.
5.2 Das Verwaltungsgericht ging auf diese Festlegungen nicht mehr im Einzelnen ein; seiner Ansicht fehlten insofern Beanstandungen (vgl. dazu E. 3.1 hiervor). Im Verfahren vor Bundesgericht legen die Beschwerdeführer ebenfalls nicht dar, in welchem konkreten Einzelpunkt die Berechnung anhand der bei E. 5.1 hiervor genannten Vorgaben bezüglich des Wohn- und Geschäftshauses oder des Kirchgemeindehauses fehlerhaft sein soll. Dem Bundesgericht ist deshalb in dieser Richtung eine nähere Prüfung verwehrt (vgl. E. 1.3 und 1.4 hiervor).
5.3 Hingegen halten sich die Beschwerdeführer darüber auf, dass die Obergrenzen derart tief gehalten seien; sie verlangen eine grosszügige Aufstockung. Zwar hält Ziff. 11.6.3 BZO ausdrücklich fest, dass kein Höchstwert der Anzahl Abstellplätze festgelegt wird. Es ist aber weder im Lichte des massgeblichen kantonalen Rechts noch des eidgenössischen Umweltschutzrechts zu beanstanden, wenn die Gemeinde sich im Einzelfall, d.h. bezüglich der hier umstrittenen Baubewilligung, dennoch an den Spielraum hält, den die kantonale Wegleitung umschreibt. Unter diesen Umständen stimmt die Parkplatzbeschränkung für einen Neubau mit dem kantonalen Massnahmenplan Lufthygiene überein, der seinerseits <ref-law> ausführt (vgl. dazu das Urteil 1A.189/2004 vom 3. Dezember 2004, E. 3.2, nicht publ. in <ref-ruling>). Mit dieser Massnahme soll eine Reduktion der Fahrzeugbewegungen und damit eine Begrenzung - langfristig eine Verminderung - der Emissionen an der Quelle erzielt werden (<ref-law>). In <ref-ruling> E. 5d S. 286 hat das Bundesgericht erwogen, dass es sich bei der Bewilligung einer reduzierten Anzahl von Parkplätzen um eine der wenigen Massnahmen handelt, die den Gemeinden zur Verringerung der Luftbelastung auf ihrem Gebiet zur Verfügung stehen; dabei hat das Bundesgericht nicht verkannt, dass eine derartige Massnahme nur einen Teil der Autofahrer zum Umsteigen auf öffentliche Verkehrsmittel zu bewegen vermag.
5.4 Hier kommt das umstrittene Neubauprojekt an einen zentralen Standort in der Gemeinde zu liegen und es verfügt unbestreitbar über eine gute Anbindung an den öffentlichen Verkehr (Güteklasse C). Den Beschwerdeführern kann nicht gefolgt werden, wenn sie beanspruchen, diese Erschliessung durch den öffentlichen Verkehr müsse unbeachtlich bleiben. Die von ihnen geschilderten Erfahrungen, dass nur ein geringer Teil der Bevölkerung den öffentlichen Verkehr (namentlich für Einkäufe) benutze, vermag hier nicht zu bewirken, dass die Parkplatzzahl deswegen anzuheben wäre. Es ist mithin auch nicht willkürlich, wenn das Verwaltungsgericht vorliegend § 243 Abs. 2 PBG/ZH (vgl. dazu bereits E. 3.2 hiervor) nicht beigezogen hat. Im Übrigen wird von den Beschwerdeführern nicht behauptet, eine bauliche Erweiterung der umstrittenen Tiefgarage in ihrem Sinne sei die einzige Möglichkeit, die der Gemeinde vernünftigerweise noch verbleibe, um zusätzlichen Parkraum im fraglichen Gebiet zu schaffen. Die Bewilligung des Bauprojekts präjudiziert ein übergeordnetes Verkehrskonzept bzw. die anderweitige Schaffung von Parkplätzen nicht.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend haben die Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen; sie haften hierfür solidarisch (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Sie haben die private Beschwerdegegnerin angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG). Der Gemeindebehörde kann von vornherein keine zusätzliche Entschädigung zustehen, denn sie hat sich im bundesgerichtlichen Verfahren durch dieselbe Anwältin wie die Beschwerdegegnerin vertreten lassen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren, unter solidarischer Haftbarkeit, mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Hochbau- und Planungsausschuss Männedorf, der Baurekurskommission II und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Juni 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kessler Coendet