Faits:
A. A.a Z._, de nationalité slovaque et suisse, a exercé la profession d'enseignant en Suisse jusqu'en 1989. Par prononcé du 10 février 1993, l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'OAI) lui a octroyé une rente entière d'invalidité à compter du 1er novembre 1990 en raison de divers troubles neurologiques et psychiques.
A la suite d'une dénonciation de l'ex-épouse de l'assuré, l'OAI a entrepris successivement trois procédures de révision, en juin 1994, en mars 1996 et en octobre 2002. Dans le cadre de l'instruction de la deuxième, il a été établi que Z._ avait été employé par la bibliothèque X._ depuis le mois de juillet 1993 jusqu'en juin 1996. Au cours de cette période, il avait perçu un salaire mensuel moyen de 7'288.60 couronnes slovaques (SK), soit un montant de 241.94 euros selon le taux de conversion fixé au 1er janvier 2009 (date à partir de laquelle l'euro a eu cours légal en Slovaquie). Nonobstant les faits mis en lumière au cours de ces trois procédures de révision, le droit à la rente entière d'invalidité a été confirmé par l'OAI.
A.b Le 17 juin 2006, Z._ a été élu en qualité de député du Conseil national de la République slovaque. Il a également été nommé vice-président de la Commission du Conseil national de la République slovaque pour les affaires étrangères. Pour la première de ces charges, l'assuré percevait en 2006 un montant de 51'900 SK (soit 1'722.76 euros), auquel il y a lieu d'ajouter 2'500 SK (soit 82.98 euros) pour la vice-présidence d'une commission et 80 % du salaire de base au titre d'indemnités pour frais, ce qui représente un revenu total mensuel de 95'920 SK (soit 3'183.96 euros).
Le 19 septembre 2007, l'OAI a suspendu, au titre de mesures provisionnelles, le versement de la rente entière d'invalidité dont bénéficiait l'assuré et l'a informé de l'ouverture d'une procédure de révision de son droit à la rente.
Considérant l'assuré comme étant domicilié en République slovaque au plus tard depuis son élection au parlement en juin 2006, l'OAI a transmis le dossier à l'Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger (ci-après: l'OAIE) pour compétence.
A.c Par projet de décision du 17 décembre 2007, confirmé par décision du 3 avril 2008, l'OAIE a supprimé la rente d'invalidité dont bénéficiait Z._ avec effet rétroactif au 1er juillet 2006.
B. Saisi d'un recours de Z._ contre cette décision, le Tribunal administratif fédéral l'a rejeté par arrêt du 17 février 2009.
C. Z._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation en concluant, sous suite de frais et dépens, à sa réforme en ce sens que la rente entière d'invalidité est maintenue et que la reprise du versement soit ordonné dès le mois de septembre 2007.
L'OAIE conclut au rejet du recours. Au terme d'un préavis circonstancié, l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) propose de rejeter le recours.

Considérant en droit:
1. Le litige porte sur la suppression rétroactive, par la voie de la révision, du droit du recourant à une rente entière d'invalidité à partir du 1er juillet 2006. Singulièrement, il y a lieu d'examiner si la capacité de gain du recourant a augmenté dans une mesure justifiant la suppression de cette prestation.
2. Les premiers juges ont considéré que les indemnités parlementaires perçues par le recourant devaient être traitées comme un revenu d'une activité lucrative et les a comparées au gain, largement inférieur, qu'il aurait pu réaliser en tant qu'enseignant en République slovaque. Le recourant ne subissant plus aucune perte de gain, le droit à la rente entière d'invalidité devait par conséquent être supprimé. Par ailleurs, les premiers juges ont estimé que le recourant avait violé son obligation de renseigner, raison pour laquelle la rente a été supprimée avec effet rétroactif au 1er juillet 2006.
Le recourant conteste l'existence d'un motif de révision. Il estime que les indemnités parlementaires dont il bénéficie ne sauraient être prises en considération comme revenu d'invalide puisque l'activité dont elles découlent n'est pas raisonnablement exigible ni suffisamment stable. Il fait ensuite valoir que si les indemnités perçues en sa qualité de député devaient être assimilées au revenu d'invalide, celui-ci devrait être comparé avec le gain qu'il serait susceptible de réaliser comme enseignant sur le marché suisse et non sur le marché slovaque. A défaut, il y aurait lieu de comparer le salaire qu'il pourrait réaliser comme enseignant en Suisse avec celui d'un parlementaire fédéral. Enfin, le recourant conteste la suppression rétroactive de sa rente d'invalidité, arguant de sa bonne foi lorsqu'il a indiqué à l'intimé qu'il était sans activité lucrative quand bien même il exerçait un mandat politique.
3. 3.1 Chez les assurés actifs, le degré d'invalidité doit être évalué sur la base d'une comparaison des revenus. Pour cela, le revenu que l'assuré aurait pu réaliser s'il n'était pas invalide est comparé avec celui qu'il pourrait obtenir en exerçant l'activité qui peut raisonnablement être exigée de lui après les traitements et les mesures de réadaptation, sur un marché du travail équilibré (art. 8 al. 1 et art. 16 LPGA). Dans ce contexte, on évaluera le revenu que l'assuré pourrait encore réaliser dans une activité adaptée avant tout en fonction de la situation concrète dans laquelle il se trouve. Lorsqu'il a repris l'exercice d'une activité lucrative après la survenance de l'atteinte à la santé, il faut d'abord examiner si cette activité est stable, met pleinement en valeur sa capacité de travail résiduelle et lui procure un gain correspondant au travail effectivement fourni, sans contenir d'élément de salaire social. Si ces conditions sont réunies, on prendra en compte le revenu effectivement réalisé pour fixer le revenu d'invalide (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 475; <ref-ruling> consid. 3b/aa p. 76).
3. 3.1 Chez les assurés actifs, le degré d'invalidité doit être évalué sur la base d'une comparaison des revenus. Pour cela, le revenu que l'assuré aurait pu réaliser s'il n'était pas invalide est comparé avec celui qu'il pourrait obtenir en exerçant l'activité qui peut raisonnablement être exigée de lui après les traitements et les mesures de réadaptation, sur un marché du travail équilibré (art. 8 al. 1 et art. 16 LPGA). Dans ce contexte, on évaluera le revenu que l'assuré pourrait encore réaliser dans une activité adaptée avant tout en fonction de la situation concrète dans laquelle il se trouve. Lorsqu'il a repris l'exercice d'une activité lucrative après la survenance de l'atteinte à la santé, il faut d'abord examiner si cette activité est stable, met pleinement en valeur sa capacité de travail résiduelle et lui procure un gain correspondant au travail effectivement fourni, sans contenir d'élément de salaire social. Si ces conditions sont réunies, on prendra en compte le revenu effectivement réalisé pour fixer le revenu d'invalide (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 475; <ref-ruling> consid. 3b/aa p. 76).
3.2 3.2.1 Le recourant a été élu en juin 2006 pour une durée minimale de quatre ans, de sorte que son argumentation tirée du caractère provisoire de son statut de député tombe à faux. Au demeurant, comme l'a retenu à juste titre la juridiction précédente, son mandat présente de solides garanties sur le plan financier puisque le salaire d'un député du Conseil national de la République slovaque représente le triple du salaire mensuel nominal d'un salarié dans l'économie nationale du pays en question, soit à l'époque actuelle, 2009 EUR (cf. www.nrsr.sk). De ces constatations, il y a lieu de déduire que l'activité de député exercée encore aujourd'hui par le recourant est stable et qu'elle ne contient pas d'élément de salaire social. Dans la mesure où le recourant peut exercer son mandat sans restriction du point de vue de son état de santé, du moins n'allègue-t-il pas le contraire, il y a lieu d'en conclure que cette activité met pleinement en valeur sa capacité de travail résiduelle. Vu ce qui précède, il convient de prendre en compte le revenu effectivement réalisé par le recourant en sa qualité de député au Parlement slovaque pour fixer son revenu d'invalide. Selon les constatations de la juridiction cantonale, qui lient le Tribunal fédéral (art. 105 al. 1 LTF), le salaire du recourant s'élevait à 54'400 SK.
3.2.2 On relèvera, à titre superfétatoire, que selon l'art. 25 al. 1 RAI, est réputé revenu au sens de l'art. 16 LPGA le revenu annuel présumable sur lequel les cotisations seraient perçues en vertu de la LAVS. Conformément à l'art. 5 al. 2 LAVS, le salaire déterminant (sur lequel il est perçu une cotisation [al. 1]) provenant d'une activité dépendante comprend toute rémunération pour un travail dépendant, fourni pour un temps déterminé ou indéterminé. L'art. 7 let. i RAVS précise que le salaire déterminant (provenant d'une activité dépendante) pour le calcul des cotisations comprend notamment, dans la mesure où il ne s'agit pas d'un dédommagement pour frais encourus, le revenu des membres d'autorités de la Confédération, des cantons et des communes. Sont ainsi considérés comme des membres d'autorités selon cette disposition, les membres du pouvoir exécutif, judiciaire et législatif des autorités mentionnées. Il découle de ce qui précède (voir aussi l'arrêt du Tribunal fédéral 9C_699/2008 du 26 janvier 2009) que la rémunération touchée par un parlementaire fédéral correspond à un revenu au sens de l'art. 16 LPGA. Or, si tel est le cas alors que l'activité de parlementaire fédéral est une activité de milice, modestement rémunérée, les indemnités perçues par le recourant pour son mandat de député en République slovaque, - lequel ne correspond pas à une activité de milice (preuve en est la rémunération trois fois plus élevée que le salaire moyen dans l'économie nationale) - doivent par analogie et à plus forte raison être considérées comme du revenu au sens de l'art. 16 LPGA.
3.3 Les premiers juges ont ensuite constaté que le recourant aurait réalisé un revenu sans invalidité de 19'200 SK par mois, montant correspondant au salaire moyen d'un enseignant en République slovaque. Constatant que ce montant était largement inférieur au traitement d'un parlementaire slovaque, la juridiction de première instance a conclu que le recourant ne subissait plus de perte de gain à compter de son élection au Conseil national slovaque. La comparaison du revenu sans invalidité et du revenu d'invalide sur le même marché du travail est correcte, quoi qu'en dise le recourant. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral (<ref-ruling>), la comparaison des revenus déterminants pour évaluer le degré d'invalidité d'un assuré domicilié à l'étranger doit s'effectuer sur le même marché du travail, car la disparité des niveaux de rémunération et des coûts de la vie d'un pays à l'autre ne permet pas de procéder à une comparaison objective des revenus entrant en considération. Quant à la question de savoir s'il y avait lieu de comparer les revenus sans invalidité et d'invalide sur le marché suisse plutôt que sur le marché slovaque, comme le demande le recourant, il faut lui donner une réponse négative car c'est en République slovaque, où il est domicilié, que le recourant a repris une activité lucrative après son atteinte à la santé.
3.3 Les premiers juges ont ensuite constaté que le recourant aurait réalisé un revenu sans invalidité de 19'200 SK par mois, montant correspondant au salaire moyen d'un enseignant en République slovaque. Constatant que ce montant était largement inférieur au traitement d'un parlementaire slovaque, la juridiction de première instance a conclu que le recourant ne subissait plus de perte de gain à compter de son élection au Conseil national slovaque. La comparaison du revenu sans invalidité et du revenu d'invalide sur le même marché du travail est correcte, quoi qu'en dise le recourant. Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral (<ref-ruling>), la comparaison des revenus déterminants pour évaluer le degré d'invalidité d'un assuré domicilié à l'étranger doit s'effectuer sur le même marché du travail, car la disparité des niveaux de rémunération et des coûts de la vie d'un pays à l'autre ne permet pas de procéder à une comparaison objective des revenus entrant en considération. Quant à la question de savoir s'il y avait lieu de comparer les revenus sans invalidité et d'invalide sur le marché suisse plutôt que sur le marché slovaque, comme le demande le recourant, il faut lui donner une réponse négative car c'est en République slovaque, où il est domicilié, que le recourant a repris une activité lucrative après son atteinte à la santé.
3.4 3.4.1 Le recourant conteste enfin l'application de l'art. 88bis al. 2 let. b RAI, selon lequel la suppression de la rente prend effet rétroactivement à la date où elle a cessé de correspondre aux droits de l'assuré, s'il a manqué, à un moment donné, à l'obligation de renseigner qui lui incombe raisonnablement selon l'art. 77. En particulier, il fait valoir qu'il n'a jamais eu l'intention de cacher son élection comme député et de tromper ainsi l'office intimé puisque son mandat politique ne constitue pas, selon lui, une activité au sens commun du terme.
3.4.2 D'après l'art. 77 RAI, l'ayant droit ou son représentant légal, ainsi que toute personne ou autorité à qui la prestation est payée, doit communiquer immédiatement à l'office AI tout changement important qui peut avoir des répercussions sur le droit aux prestations, en particulier les changements qui concernent l'état de santé, la capacité de gain ou de travail, l'impotence ou le besoin de soins découlant de l'invalidité, le lieu de séjour déterminant pour fixer le montant de l'allocation pour impotent, la situation personnelle et éventuellement économique de l'assuré.
L'argument du recourant n'est pas pertinent car il ne lui appartenait justement pas de décider lui-même que son mandat de député ne constituait pas une activité lucrative en tant que telle. Selon le texte clair de l'art. 77 RAI, le recourant devait annoncer tout changement dans sa situation personnelle ou économique. Or, le fait de percevoir ensuite d'une élection des indemnités équivalant au triple du salaire moyen ayant cours dans son pays de domicile constitue à n'en point douter un changement dans la situation économique de l'assuré et ce, indépendamment de la qualification comme activité lucrative ou non de son mandat politique. Par conséquent, en n'avisant pas l'intimé de ce changement de situation, le recourant a contrevenu à son obligation de renseigner prescrit à l'art. 77 RAI, ce qui justifie l'application de l'art. 88bis al. 2 let. b RAI. Le droit à la rente entière d'invalidité dont bénéficiait le recourant doit par conséquent être supprimé avec effet rétroactif à la date de son élection au Conseil national de la République slovaque, soit à partir du 1er juillet 2006.
Mal fondé, le recours doit être rejeté.
4. Compte tenu de l'issue du litige, les frais de justice doivent être supportés par le recourant qui succombe (art. 66 al. 1 première phrase LTF en relation avec l'art. 65 al. 4 let. a LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 2 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz