Sachverhalt:
A. X._ wird vorgeworfen, von November 1997 bis April 2000 zusammen mit mehreren Mittätern in Griechenland ein hochtechnologisiertes Labor zur Herstellung von Amphetamintabletten in grossen Mengen betrieben zu haben. Dieses Labor befand sich auf dem Firmenareal der von ihm präsidierten B._ AG und der von ihm mitbeherrschten A._ GmbH in Kazarma/Korinth.
B. Weil X._ als griechisch-schweizerischer Doppelbürger nicht an Griechenland ausgeliefert werden konnte, ersuchte das griechische Justizministerium die Schweiz um Übernahme des dort gegen diesen geführten Strafverfahrens. Am 13. Juli 2005 erhob die Schweizerische Bundesanwaltschaft beim Bundesstrafgericht Anklage gegen X._ wegen qualifizierter Widerhandlungen gegen die Betäubungsmittelgesetzgebung sowie wegen Anstiftung zu falschem Zeugnis. Mit Entscheid vom 22. September/25. Oktober 2005 trat das Bundesstrafgericht auf die Anklage wegen fehlender Bundesgerichtsbarkeit nicht ein. Dieser Entscheid wurde vom Bundesgericht kassiert (<ref-ruling>).
C. Am 5. Juli 2006 wurde X._ vom Bundesstrafgericht der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 2 und 6 in Verbindung mit <ref-law> schuldig befunden, indes freigesprochen vom Vorwurf des Verkaufs von Betäubungsmitteln (<ref-law>). Auf die Anklage betreffend Anstiftung zu falschem Zeugnis (<ref-law>), respektive Versuchs dazu, wurde nicht eingetreten. X._ wurde mit 6 1/2 Jahren Zuchthaus und einer Busse von Fr. 600'000.-- bestraft.
D. Gegen diesen Entscheid erheben sowohl die Schweizerische Bundesanwaltschaft (6S.479/2006) als auch X._ (6S.482/2006) eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde. Beide verlangen die teilweise Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Die Bundesanwaltschaft beantragt die Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung, X._ die Rückweisung zur Freisprechung und die Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
E. In seinen Gegenbemerkungen beantragt das Bundesstrafgericht die Abweisung der beiden Nichtigkeitsbeschwerden, soweit darauf einzutreten sei. Diese Gegenbemerkungen wurden der Bundesanwaltschaft zur Stellungnahme unterbreitet, welche am 12. März 2007 eingegangen ist. X._ hat seine Vernehmlassung am 14. März 2007 eingereicht, mit der er die Abweisung der Nichtigkeitsbeschwerde der Bundesanwaltschaft beantragt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten. Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach altem Verfahrensrecht (<ref-law>), vorliegend nach der übergangsrechtlichen Bestimmung von Art. 33 Abs. 3 lit. b des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 2002 über das Bundesstrafgericht (Strafgerichtsgesetz, SGG, SR.173.71).
I. Nichtigkeitsbeschwerde der Bundesanwaltschaft (6S.479/2006)
2. Das Bundesstrafgericht bestreitet in seinen Gegenbemerkungen, dass der Staatsanwalt des Bundes beschwerdelegitimiert ist. Die Nichtigkeitsbeschwerde sei weder vom Bundesanwalt noch von einem seiner beiden Stellvertreter, sondern von einem Staatsanwalt des Bundes eingereicht worden.
2.1 Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit einer Nichtigkeitsbeschwerde von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1). Gemäss Art. 33 Abs. 3 lit. b SGG ist "der Bundesanwalt" zur Beschwerde berechtigt. Er kann sich nach Art. 16 Abs. 1 BStP durch seine Stellvertreter vertreten lassen. Im Rahmen der sog. Effizienzvorlage (Botschaft des Bundesrates vom 28. Juni 1998 zu den Massnahmen zur Verbesserung der Effizienz und der Rechtsstaatlichkeit in der Strafverfolgung; BBl 1998 II 1529) wurde zur Entlastung des Bundesanwaltes seine Stellvertretung erweitert und namentlich die Möglichkeit geschaffen, für jedes Sprachgebiet einen oder mehrere Vertreter zu bezeichnen (Art. 16 Abs. 2 BStP; BBl 1998 II 1553). In der Zusatzbotschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. September 2001 (BBl 2001 6049) werden sodann die Staatsanwälte des Bundes ausdrücklich als Prozesspartei und Vertreter des Bundesanwaltes im Bundesstrafverfahren genannt (BBl 2001 6054, 6057). Grundsätzlich muss jener Staatsanwalt, der das Ermittlungsverfahren geführt hat, auch die Anklage vor Bundesstrafgericht im Namen des Bundesanwaltes im Sinne von Art. 125 ff. BStP erheben und vertreten (BBl 2001 6059). Kommt den Staatsanwälten aber die Funktion des öffentlichen Anklägers des Bundes zu, sind sie befugt, für den Bundesanwalt nach Art. 33 Abs. 3 lit. b SGG Nichtigkeitsbeschwerde an den Kassationshof des Bundesgerichts zu erheben (<ref-ruling>, E. 2.1). Die vorliegende Nichtigkeitsbeschwerde wurde vom Staatsanwalt des Bundes, Thomas Wyser, erhoben. Da dieser die Schweizerische Bundesanwaltschaft bereits im bundesstrafgerichtlichen Verfahren vertreten hat, ist er auch zur Beschwerdeführung vor Bundesgericht legitimiert.
3. Das Bundesstrafgericht ist auf den Anklagevorwurf der Anstiftung zu falschem Zeugnis nicht eingetreten, weil er in der Anklageschrift nicht hinreichend substantiiert sei. Die Bundesanwaltschaft bestreitet dies und verlangt, dass darüber materiell zu entscheiden sei.
3.1 Das Bundesgericht hat in einem kürzlich ergangenen Urteil festgehalten, das Bundesstrafgericht könne sich nicht damit begnügen, auf eine in einzelnen Punkten für ungenügend erachtete Anklage nicht einzutreten, sondern habe der Bundesanwaltschaft Gelegenheit zur Verbesserung zu geben (<ref-ruling>). Das gilt auch hier.
3.2 Allerdings wird im angefochtenen Urteil in einer Eventualbegründung die Auffassung vertreten, die Einvernahme von Zeugen durch ausländische Richter falle nicht unter den Schutz von <ref-law>. Dem kann jedenfalls mit Bezug auf die rechtshilfeweise auf schweizerisches Begehren durchgeführte Befragung durch einen griechischen Richter nicht beigepflichtet werden (a.A. Ursula Cassani, Commentaire du droit pénal suisse, Vol 9: Crimes ou délits contre l'administration de la justice? Art. 303-311 CP, Bern 1996, N. 4 zu Art. 307). Der Tatbestand von <ref-law> schützt die wahrheitsgemässe Tatsachenfeststellung in gerichtlichen Verfahren und damit die Rechtspflege in ihrer Funktionsfähigkeit. Es geht darum sicherzustellen, dass der Richter bei der Beweisaufnahme nicht durch falsche Aussagen in die Irre geführt und die Wahrheitsfindung im Prozess dadurch gefährdet wird (Bernard Corboz, Les infractions en droit suisse, Band II, Bern 2002, N. 1-4 zu Art. 307; Paul Logoz, Commentaire du Code pénal suisse, Partie spéciale II, Neuenburg/Paris 1956, N. 1 zu Art. 307). Auch wenn, was hier nicht zu entscheiden ist, der Schutzbereich auf schweizerische gerichtliche Verfahren beschränkt sein sollte, so bleibt festzustellen, dass die Lauterkeit des schweizerischen Verfahrens tangiert ist, wenn bei der rechtshilfeweisen Einvernahme für dieses Verfahren vor dem ausländischen Richter falsche Aussagen getätigt werden.
Auch die Eventualbegründung hält damit vor Bundesrecht nicht stand, weshalb der angefochtene Entscheid in diesem Punkt aufzuheben ist.
4. Die Bundesanwaltschaft rügt eine Verletzung von <ref-law>. Zu Unrecht habe das Bundesstrafgericht von der Ausfällung einer Ersatzforderung abgesehen. Das Bundesstrafgericht stellt sich demgegenüber auf den Standpunkt, eine Ersatzforderung könnte nur damit begründet werden, dass der illegale Vermögenswert dem Betroffenen zugekommen, im Urteilszeitpunkt aber nicht mehr vorhanden gewesen sei. In der Beschwerde werde nicht dargetan, inwiefern ein Erlös dem Beschwerdegegner zugekommen sein soll. Gemäss dem Beschwerdegegner sei mangels eines realisierten Vermögensvorteils zu Recht von einer Ersatzforderung abgesehen worden (Vernehmlassung S. 8).
4.1 Der Richter verfügt die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine strafbare Handlung erlangt worden sind (<ref-law>). Sind die der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte nicht mehr vorhanden, so erkennt der Richter auf eine Ersatzforderung des Staates in gleicher Höhe (<ref-law>).
4.2 Das Bundesstrafgericht stellt verbindlich fest (Art. 33 Abs. 3 lit. b Satz 2 SGG i.V.m. Art. 277bis Abs. 1 Satz 2 BStP), dass der Verkauf der Amphetamintabletten und damit ein Verkaufserlös nicht erwiesen sind. Aus diesem Freispruch vom Vorwurf des Betäubungsmittelverkaufs folgt nur, dass die Einziehung von angeblich aus dem Verkauf stammenden Vermögenswerten ausser Betracht fällt. Die Vorinstanz kommt indes zum Schluss, dass durch die unbewilligte Produktion von 306 kg Amphetaminsulfat der Tatbestand von <ref-law> in der Form des Herstellens erfüllt und dass zur Herstellung weiterer 225 kg reinen Amphetaminsulfats Anstalten getroffen worden sind (i.S.v. Abs. 6 a.a.O.; vgl. angefochtener Entscheid S. 22). Ferner wirft sie dem Beschwerdegegner im Rahmen der Strafzumessung Profitsucht vor mit der Begründung, dass die produzierte Tablettenmenge für den Produzenten einen geschätzten Bruttoerlös von 2-4 Mio. CHF eingebracht hätte. Dieser Wert entspreche in etwa dem Betrag (ca. 2,3 Mio CHF), der dem Beschwerdegegner im fraglichen Zeitraum zugeflossen sei (vgl. angefochtener Entscheid S. 29 f.). Entgegen der vorinstanzlichen Stellungnahme (Ziff. 4) und der Vernehmlassung des Beschwerdegegners (S. 8) macht die Bundesanwaltschaft deshalb zu Recht geltend, dass auch das Bundesstrafgericht davon ausgehe, der vom Beschwerdegegner realisierte Vermögensvorteil sei unmittelbare Folge der illegalen Betäubungsmittelproduktion. Vor diesem Hintergrund haben die Vermögenswerte als durch eine Straftat erlangt zu gelten, und das Bundesstrafgericht hätte auf deren Einziehung oder auf eine Ersatzforderung erkennen müssen. Die Beschwerde ist insoweit gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben.
5. Das Bundesstrafgericht hat die im Ermittlungs- und Untersuchungsverfahren angefallenen Kosten für die Übersetzung der aus Griechenland übermittelten Unterlagen in Höhe von Fr. 193'000.-- unter Hinweis auf Art. 6 Ziff. 3 lit. e EMRK auf die Staatskasse genommen. Die Bundesanwaltschaft macht demgegenüber geltend, diese Kosten seien in Anwendung von Art. 172 Abs. 1 BStP dem Verurteilten aufzuerlegen.
5.1 Nach Art. 6 Ziff. 3 lit. e EMRK hat jede angeklagte Person das Recht, unentgeltliche Unterstützung durch einen Dolmetscher zu erhalten, wenn sie die Verhandlungssprache des Gerichts nicht versteht oder spricht. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts, die mit derjenigen des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte übereinstimmt, besteht grundsätzlich ein Anspruch auf Übersetzung aller Schriftstücke und mündlichen Äusserungen, auf deren Verständnis der Angeklagte angewiesen ist, um in den Genuss eines fairen Verfahrens zu kommen (<ref-ruling> E. 2a; Urteile des EGMR i.S. Luedicke, Belkacem und Koç gegen Deutschland vom 28. November 1978, Serie A, Band 62, Ziff. 48, sowie i.S. Kamasinski gegen Österreich vom 19. Dezember 1989, Serie A, Band 168, Ziff. 74). Dadurch wird dem der Gerichtssprache nicht mächtigen Angeklagten ermöglicht, die ihn betreffenden Verfahrensvorgänge zu verstehen und sich im Verfahren verständlich zu machen: Er soll nicht aufgrund seiner Fremdsprachigkeit zum blossen Objekt des Verfahrens herabgesetzt werden. Die Kostenlosigkeit der Unterstützung durch einen Dolmetscher ist zudem geeignet, einer Ungleichbehandlung des sprachunkundigen Angeklagten durch Kostenfolgen entgegenzuwirken, die auf einen Angeklagten, der die Gerichtssprache versteht, nicht zukommen können.
Der Entscheid des Bundesstrafgerichts, die Übersetzungskosten nicht dem Verurteilten zu überbinden, kann sich nicht auf Art. 6 Ziff. 3 lit. e EMRK stützen. Der Verurteilte war als griechisch-schweizerischer Doppelbürger mit der - deutschen - Gerichtssprache vertraut. Er verstand aber auch die aus Griechenland übermittelten Unterlagen. Diese mussten nicht wegen ihm übersetzt werden, sondern weil Strafverfolgungsbehörde und Gericht sie sonst nicht verstanden hätten. Damit aber ist nicht die menschenrechtliche Garantie eines der Gerichtssprache nicht kundigen Angeklagten betroffen.
5.2 Gemäss Art. 172 Abs. 1 Satz 1 BStP werden in der Regel die Kosten des Strafverfahrens einschliesslich derjenigen des Ermittlungsverfahrens, der Voruntersuchung sowie der Anklageerhebung und -vertretung dem Verurteilten auferlegt. Die Übersetzungskosten, soweit Art. 6 Ziff. 3 lit. e EMRK nicht anwendbar ist, gehören zu den Verfahrenskosten, die grundsätzlich vom Verurteilten zu tragen sind. Jedoch sieht Art. 172 Abs. 1 Satz 2 BStP vor, dass das Gericht den Verurteilten aus besonderen Gründen ganz oder teilweise von der Kostenpflicht befreien kann. Dies kann namentlich geboten sein, wenn die soziale Wiedereingliederung aufgrund der Kostentragungspflicht gefährdet wäre, was allerdings nicht generell, sondern nur aufgrund der konkreten Umstände des Einzelfalls angenommen werden darf (<ref-ruling>, E. 6).
Besondere Gründe für eine Kostenbefreiung sind aber auch anderweitig denkbar. Die Kosten für die Übersetzung der griechischen Untersuchungsakten und Dokumente sind hier deshalb entstanden, weil der Beschwerdegegner als schweizerisch-griechischer Doppelbürger nicht an Griechenland ausgeliefert werden konnte und die Schweiz deshalb auf Ersuchen des griechischen Justizministeriums die strafrechtliche Verfolgung übernommen hat. In der besonderen Situation, dass ein angeschuldigter Schweizer von seinem verfassungsrechtlich verbürgten Anspruch Gebrauch machte, nicht ausgeliefert zu werden (<ref-law>), mag ein hinreichender Grund gesehen werden, ihn von den gerade deshalb angefallenen Übersetzungskosten zu befreien. Das Urteil des Bundesstrafgerichts kann daher in diesem Punkt bestätigt werden.
6. Die Bundesanwaltschaft macht in verschiedener Hinsicht Willkür in der Beweiswürdigung geltend. Wie das Bundesgericht kürzlich entschieden hat, ist die Bundesanwaltschaft nach der übergangsrechtlichen Bestimmung von Art. 33 Abs. 3 lit. b SGG nicht befugt, Verfassungsrügen gegen Bundesstrafgerichtsentscheide zu erheben (Entscheid 6S.150/2006 vom 21. Dezember 2006 [= <ref-ruling>] n.p. E 3.2). Auf die Beschwerde ist insoweit nicht einzutreten.
7. Zusammenfassend ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen. Im Übrigen wird sie abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Bundesanwaltschaft werden weder Kosten auferlegt noch Entschädigungen zugesprochen (Art. 278 Abs. 2 und 3 BStP). Dem Beschwerdegegner, welcher mit seiner Vernehmlassung zur Nichtigkeitsbeschwerde der Bundesanwaltschaft teilweise obsiegt, wird eine reduzierte Entschädigung von Fr. 1'000.-- bezahlt (Art. 278 Abs. 3 BStP).
II. Nichtigkeitsbeschwerde von X._ (6S.482/2006)
8. Das Bundesstrafgericht beurteilt erstinstanzlich Straffälle, die das Gesetz der Gerichtsbarkeit des Bundes zuweist (<ref-law>; Art. 1 Abs. 1 SGG). Gegen Entscheide von dessen Strafkammer kann beim Kassationshof des Bundesgerichts Nichtigkeitsbeschwerde geführt werden. Das Verfahren richtet sich nach Art. 268-278bis BStP (Art. 33 Abs. 3 lit. b SGG). Art. 269 Abs. 2 BStP, welcher bei Nichtigkeitsbeschwerden gegen kantonale Urteile die staatsrechtliche Beschwerde vorbehält, findet keine Anwendung, weil sich die staatsrechtliche Beschwerde nicht gegen Entscheide von Bundesinstanzen richten kann (Art. 84 ff. OG). Im Übrigen bestehen jedoch gegen Entscheide des Bundesstrafgerichts die gleichen Beschwerdemöglichkeiten wie gegen kantonale Strafurteile. Nach der Rechtsprechung kann der Beschuldigte deshalb in der Nichtigkeitsbeschwerde gegen Bundesstrafgerichtsentscheide sowohl die Verletzung von Bundesrecht als auch von verfassungsmässigen Rechten geltend machen (Entscheid 6S.293/2005 vom 24. Februar 2006, E. 2.1).
9. Die Tatsache, dass Verfassungsrügen in der Nichtigkeitsbeschwerde erhoben werden können, entbindet den Beschwerdeführer nicht von seiner diesbezüglich strengen Begründungspflicht. Die Beschwerdeschrift hat die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber zu enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind (vgl. Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1b).
9. Die Tatsache, dass Verfassungsrügen in der Nichtigkeitsbeschwerde erhoben werden können, entbindet den Beschwerdeführer nicht von seiner diesbezüglich strengen Begründungspflicht. Die Beschwerdeschrift hat die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber zu enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind (vgl. Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 1.3; <ref-ruling> E. 1b).
10. Der Beschwerdeführer rügt die Annahme seiner Mittäterschaft in tatsächlicher Hinsicht als willkürlich.
10.1 Die Vorinstanz begründet die Mittäterschaft des Beschwerdeführers im Wesentlichen mit seiner führenden Stellung innerhalb der beteiligten Gesellschaften. Als Produktionsverantwortlicher und Hauptgeldgeber der kleinen und übersichtlichen Familienbetriebe müsse er über die laufenden Geschäfte informiert gewesen sein. In abgehörten Telefonaten habe er sein Interesse am Geschäftsgang und der Finanzsituation der Unternehmungen klar zum Ausdruck gebracht. Die Einrichtung eines zur Amphetaminproduktion geeigneten Labors, der Ankauf erheblicher Mengen von Chemikalien, welche der Arzneimittelherstellung nicht dienen konnten, und die Beschäftigung eines ausländischen Chemikers als Leiter dieses Produktionsprozesses hatten eine so grosse organisatorische und finanzielle Bedeutung, dass sie einem an der Geschäftsführung Beteiligten nicht entgangen sein konnten. Den für die Produktion verwendeten Reaktor habe er aus seinem Privatkonto angezahlt, dessen Installation persönlich überwacht und Anweisungen dazu erteilt. Ferner seien anlässlich der Razzia Amphetamintabletten im Büro der Gebrüder X._ gefunden worden. Kurze Zeit nach Ende des zweiten Produktionszyklus habe er einen Vertrag über den Verkauf von 1,5 Mio. Amphetamintabletten angeblich für die Abgabe an Kamele abgeschlossen. Schliesslich sei seine Anwesenheit in Griechenland während des dritten Produktionszyklus belegt. Aufgrund all dessen sei die Mittäterschaft des Beschwerdeführers erstellt.
10.2 Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, erweist sich als rein appellatorische Kritik. Zur Begründung von Willkür genügt es nicht, lediglich aufzulisten, welche Indizien oder Zeugenaussagen gegen seine Mittäterschaft sprechen (S. 9-12), vielmehr ist darzulegen, inwiefern die von der Vorinstanz getroffenen Annahmen schlechthin unhaltbar sein sollen. Dies verkennt der Beschwerdeführer, soweit er beanstandet, dass aus dem Amphetamintablettenfund nicht ohne Willkür auf seine Mittäterschaft hätte geschlossen werden dürfen (S. 23). Hinsichtlich der Finanzierung (S. 13 f.), der Telefonabhörungen (S. 14 f.), seiner Stellung innerhalb der Gesellschaft (S. 17 f.), des Verwendungszwecks des Reaktors (S. 19 ff.), des Kontakts zum bulgarischen Chemiker (S. 22 f.), des Vertrags (S. 23 f.), seiner Anwesenheit in Griechenland (S. 24 ff.) und der Handnotizen (S. 28) führt er lediglich aus, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Mangels ausreichender Begründung ist auf seine Beschwerde mithin nicht einzutreten.
10.2 Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, erweist sich als rein appellatorische Kritik. Zur Begründung von Willkür genügt es nicht, lediglich aufzulisten, welche Indizien oder Zeugenaussagen gegen seine Mittäterschaft sprechen (S. 9-12), vielmehr ist darzulegen, inwiefern die von der Vorinstanz getroffenen Annahmen schlechthin unhaltbar sein sollen. Dies verkennt der Beschwerdeführer, soweit er beanstandet, dass aus dem Amphetamintablettenfund nicht ohne Willkür auf seine Mittäterschaft hätte geschlossen werden dürfen (S. 23). Hinsichtlich der Finanzierung (S. 13 f.), der Telefonabhörungen (S. 14 f.), seiner Stellung innerhalb der Gesellschaft (S. 17 f.), des Verwendungszwecks des Reaktors (S. 19 ff.), des Kontakts zum bulgarischen Chemiker (S. 22 f.), des Vertrags (S. 23 f.), seiner Anwesenheit in Griechenland (S. 24 ff.) und der Handnotizen (S. 28) führt er lediglich aus, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Mangels ausreichender Begründung ist auf seine Beschwerde mithin nicht einzutreten.
11. Die erneute Bestreitung der Zuständigkeit des Bundesstrafgerichts ist nicht statthaft. Über diese Frage hat das Bundesgericht mit Entscheid 6S.455/2005 vom 28 März 2006 (<ref-ruling>) definitiv entschieden. Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, die Kognition des Bundesgerichts sei derart stark eingeschränkt, dass damit die Rechtsmittelgarantie von <ref-law> verletzt werde, wendet er sich nicht gegen den angefochtenen Entscheid, sondern gegen die Rechtsmittelordnung nach BStP und SGG. Diese bundesrechtliche Verfahrensordnung bindet das Bundesgericht. Es könnte auch nicht davon abweichen, wenn es sie als verfassungswidrig erachtete (<ref-law>, vgl. <ref-ruling> E. 1.2 ff.; <ref-ruling> E. 2f.). Dass die Rechtsmittelordnung in Widerspruch zu völkerrechtlichen Verpflichtungen der Schweiz stehen sollte, wird vom Beschwerdeführer nicht substanziiert dargelegt. Ebenso ist nicht nachvollziehbar, inwiefern die Strafverfahrensrechte nach <ref-law> dadurch verletzt sein sollen, dass der Ankläger vor Bundesstrafgericht ein vorbereitetes Plädoyer vortrug. Auf die in der Beschwerde vorgebrachten Verfassungsverletzungen kann nicht eingetreten werden.
11. Die erneute Bestreitung der Zuständigkeit des Bundesstrafgerichts ist nicht statthaft. Über diese Frage hat das Bundesgericht mit Entscheid 6S.455/2005 vom 28 März 2006 (<ref-ruling>) definitiv entschieden. Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, die Kognition des Bundesgerichts sei derart stark eingeschränkt, dass damit die Rechtsmittelgarantie von <ref-law> verletzt werde, wendet er sich nicht gegen den angefochtenen Entscheid, sondern gegen die Rechtsmittelordnung nach BStP und SGG. Diese bundesrechtliche Verfahrensordnung bindet das Bundesgericht. Es könnte auch nicht davon abweichen, wenn es sie als verfassungswidrig erachtete (<ref-law>, vgl. <ref-ruling> E. 1.2 ff.; <ref-ruling> E. 2f.). Dass die Rechtsmittelordnung in Widerspruch zu völkerrechtlichen Verpflichtungen der Schweiz stehen sollte, wird vom Beschwerdeführer nicht substanziiert dargelegt. Ebenso ist nicht nachvollziehbar, inwiefern die Strafverfahrensrechte nach <ref-law> dadurch verletzt sein sollen, dass der Ankläger vor Bundesstrafgericht ein vorbereitetes Plädoyer vortrug. Auf die in der Beschwerde vorgebrachten Verfassungsverletzungen kann nicht eingetreten werden.
12. Der Beschwerdeführer kritisiert die Strafzumessung. Die diesbezüglichen Vorbringen gehen offensichtlich fehl, weshalb weitgehend auf das angefochtene Urteil verwiesen werden kann. Es lag innerhalb des vorinstanzlichen Ermessens, das Verschulden als erheblich einzustufen. Aus dem Umstand, dass ihm bloss die Produktion von Amphetamin und nicht von amphetaminhaltigen Tabletten vorgeworfen wird, kann der Beschwerdeführer nichts zu seinen Gunsten ableiten, zumal bereits das Anstaltentreffen zur Produktion strafbar ist. In diesem Zusammenhang sind auch die Ertragsberechnungen nicht zu beanstanden. Der Umstand, dass er keine Drogen konsumiert, wird ihm entgegen seinen Vorbringen nicht straferhöhend angerechnet. An der Sache vorbei geht auch seine Kritik, wonach es der Strafzumessung an Detailliertheit fehle. Mit dem Bestreiten seiner Profitsucht und seiner Verantwortung für die Produktion sowie mit der Behauptung gesundheitlicher Probleme, wendet er sich unzulässigerweise gegen verbindliche Feststellungen der Vorinstanz (Art. 273 Abs. 1 lit. b BStP). Die festgelegte Strafe mag zwar hoch erscheinen, angesichts des ordentlichen Strafrahmens von einem bis zu 20 Jahren Zuchthaus liegt die Strafhöhe jedoch im Bereich des weiten vorinstanzlichen Ermessens (Art. 19 Ziff. 1 BetMG i.V.m. <ref-law>).
12. Der Beschwerdeführer kritisiert die Strafzumessung. Die diesbezüglichen Vorbringen gehen offensichtlich fehl, weshalb weitgehend auf das angefochtene Urteil verwiesen werden kann. Es lag innerhalb des vorinstanzlichen Ermessens, das Verschulden als erheblich einzustufen. Aus dem Umstand, dass ihm bloss die Produktion von Amphetamin und nicht von amphetaminhaltigen Tabletten vorgeworfen wird, kann der Beschwerdeführer nichts zu seinen Gunsten ableiten, zumal bereits das Anstaltentreffen zur Produktion strafbar ist. In diesem Zusammenhang sind auch die Ertragsberechnungen nicht zu beanstanden. Der Umstand, dass er keine Drogen konsumiert, wird ihm entgegen seinen Vorbringen nicht straferhöhend angerechnet. An der Sache vorbei geht auch seine Kritik, wonach es der Strafzumessung an Detailliertheit fehle. Mit dem Bestreiten seiner Profitsucht und seiner Verantwortung für die Produktion sowie mit der Behauptung gesundheitlicher Probleme, wendet er sich unzulässigerweise gegen verbindliche Feststellungen der Vorinstanz (Art. 273 Abs. 1 lit. b BStP). Die festgelegte Strafe mag zwar hoch erscheinen, angesichts des ordentlichen Strafrahmens von einem bis zu 20 Jahren Zuchthaus liegt die Strafhöhe jedoch im Bereich des weiten vorinstanzlichen Ermessens (Art. 19 Ziff. 1 BetMG i.V.m. <ref-law>).
13. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 278 Abs. 1 BStP). Die ihm auferlegten Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden mit der ihm zugesprochenen Entschädigung von Fr. 1'000.-- für die Vernehmlassung im Beschwerdeverfahren der Bundesanwaltschaft verrechnet. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Nichtigkeitsbeschwerde der Bundesanwaltschaft (6S.479/2006) wird teilweise gutgeheissen, der Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 5. Juli 2006 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an das Bundesstrafgericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird sie abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Die Nichtigkeitsbeschwerde von X._ (6S.482/2006) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Im Beschwerdeverfahren der Bundesanwaltschaft (6S.479/2006) werden keine Gebühren erhoben.
4. X._ wird eine Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Juli 2007
Im Namen des Kassationshofs
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: