Werkvertrag; Aberkennung einer Forderung, hat sich ergeben:
A.- Mit Vertrag vom 6. Juni 1990 betraute die Meili AG, Garten- und Sportplatzbau, die Leu + Mion AG, Bauunternehmung, mit Baumeisterarbeiten im Zusammenhang mit dem Projekt "Gewerbehaus Spisen" in Flurlingen. Die Bauherrin liess sich dabei von der Streich AG, Brüttisellen, vertreten.
Mit schriftlicher Erklärung vom 12. Juli 1990 trat die Leu + Mion AG "ihre sämtlichen, sich aus dem Geschäftsbetrieb ergebenden, gegenwärtigen und zukünftigen Forderungen mit allen Nebenrechten" an die Schaffhauser Kantonalbank ab. Mit Schreiben vom 2. Mai 1991 zeigte die Schaffhauser Kantonalbank der Meili AG und der Streich AG an, dass das Restguthaben der Leu + Mion AG aus dem Werkvertrag an sie abgetreten worden sei. Am 17. September 1991 liess die Streich AG der Schaffhauser Kantonalbank eine Schlussabrechnung zukommen. Danach betrug das Restguthaben Fr. 110'418. 15, wovon Fr. 5'000.-- in WIR bezahlt werden sollten. Mit Datum vom 24. Mai 1991 bestätigten Hans Oertly von der Meili AG und ein Vertreter der Streich AG der Schaffhauser Kantonalbank auf deren Wunsch, die Notifikation erhalten zu haben und die Rechtsbeständigkeit der zedierten Forderung und die Verpflichtung, diese an die Schaffhauser Kantonalbank zu begleichen, anzuerkennen.
Am 26. September 1991 teilte die Leu + Mion AG der Streich AG mit, die Geschäftsbeziehungen mit der Schaffhauser Kantonalbank seien abgebrochen und die Forderungsabtretung rückgängig gemacht worden, und die Leu + Mion AG sei wieder Gläubigerin der Forderung.
Mit Vergütungsauftrag vom 27. September 1991 liess die Meili AG Fr. 105'418. 15 an die Leu + Mion AG überweisen.
Mit Zahlungsbefehl des Betreibungsamtes Schaffhausen vom 17. Dezember 1991 betrieb die Schaffhauser Kantonalbank die Meili AG für Fr. 110'418. 15 nebst Zins zu 10 % seit
16. Dezember 1991 und Kosten. Nachdem die Meili AG Rechtsvorschlag erhoben hatte, erteilte der Bezirksrichter Schaffhausen der Schaffhauser Kantonalbank am 14. August 1992 die provisorische Rechtsöffnung für die Forderung samt Zins zu 5 % seit 16. Dezember 1991 und Kosten.
B.- Mit Klage vom 11. Januar 1993 beantragte die Meili AG dem Kantonsgericht Schaffhausen, die Forderung der Schaffhauser Kantonalbank vollumfänglich abzuerkennen. Die Beklagte beantragte nebst der Abweisung der Klage widerklageweise die Verpflichtung der Klägerin zur Entrichtung eines Zinses von 10 %, eventuell 9,3 % auf der betriebenen Forderung.
Am 24. November 1993 wurde die Meili AG mit Aktiven und Passiven von der Göldi AG, Garten- und Sportplatzbau, übernommen.
Das Kantonsgericht wies mit Urteil vom 12. Januar 1998 sowohl die Aberkennungs- als auch die Widerklage ab und stellte fest, dass die Forderung der Beklagten gegenüber der Klägerin über Fr. 110'418. 15 nebst Zins zu 5 % seit 16. Dezember 1991 bestehe. Auf Berufung der Klägerin und Anschlussberufung der Beklagten hin bestätigte das Obergericht des Kantons Schaffhausen den erstinstanzlichen Entscheid mit Ausnahme der Kostenregelung.
C.- Gegen das Urteil des Obergerichts führt die Klägerin Berufung mit dem Antrag, dieses aufzuheben und die Aberkennungsklage gutzuheissen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz erwog, der von der Klägerin zu den Akten gereichte Original-Werkvertrag vom 6. Juni 1990 umfasse verschiedene Teile; namentlich seien auch "Allgemeine Bedingungen des Generalunternehmers" (nachfolgend: Allgemeine Bedingungen), auf die in Art. 2 des Werkvertrages verwiesen werde und die von den Parteien gültig als Vertragsbestandteil übernommen worden seien, darin eingeheftet. In Ziff. 11.5 der Allgemeinen Bedingungen werde die Unzulässigkeit der Forderungsabtretung durch den Unternehmer statuiert. Die Beklagte habe von der Leu + Mion AG im Rahmen der Zession lediglich eine Vertragskopie ohne die Allgemeinen Bedingungen ausgehändigt bekommen. Da diese Urkunde dem Originalvertragswerk nicht entsprochen habe, könne sich die Beklagte bezüglich des ihr nicht bekannten Abtretungsverbots nicht auf den Schutz des Vertrauens in ein schriftliches Schuldbekenntnis gemäss <ref-law> berufen. Dies würde auch die Gutgläubigkeit der Zessionarin voraussetzen. Der Beklagten, die mit Abtretungen im Zusammenhang mit Kreditgeschäften vertraut sein müsse, hätte bei Anwendung der gebotenen Aufmerksamkeit ins Auge springen müssen, dass die ihr ausgehändigte Kopie das Originaldokument nur teilweise wiedergebe, zumal die Streich AG sie darauf hingewiesen habe, es handle sich um einen blossen Auszug aus dem Vertrag. Die Beklagte hätte also Anlass gehabt, den fehlenden Vertragsteil nachzufordern und die Zedierbarkeit der Forderung abzuklären; damit sei ihre diesbezügliche Gutgläubigkeit zu verneinen.
Daran vermöge die Reaktion der Klägerin auf ihre Notifikationserklärung nichts zu ändern, da in jenem Zeitpunkt die Abtretung bereits erfolgt sei und der fehlende gute Glaube der Beklagten nicht mehr habe geheilt werden können.
Die Beklagte macht in ihrer Berufungsantwort geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht verneint, dass sie gemäss <ref-law> auf das Nichtvorhandensein eines privaten Zessionsverbotes habe vertrauen dürfen. Namentlich habe die Tatsache, dass sie nur über eine unvollständige Vertragsversion verfügte, ihren guten Glauben nicht zerstört.
Damit wiederholt die Beklagte im Wesentlichen ihre im kantonalen Verfahren erhobenen Argumente; es kann diesbezüglich auf die zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz verwiesen werden.
2.- Die Vorinstanz erwog weiter, ein rechtsgeschäftlich vereinbartes Abtretungsverbot sei unwirksam, wenn der Schuldner die Abtretung im Nachhinein genehmige. Die Notifikation der Zession vom 2. Mai 1991 sei mit Datum vom 24. Mai 1991 durch Hans Oertly für die Meili AG und einen Vertreter der Streich AG mit der schriftlichen Anerkennung, zur Zahlung an die Beklagte verpflichtet zu sein, unterzeichnet und an Letztere retourniert worden. Zuvor habe der Buchhalter der Streich AG mit der Beklagten Gespräche über die Höhe des geschuldeten Betrages geführt, und Hans Oertly habe den Chefprokuristen der Beklagten darauf hingewiesen, dass er nur unter den von jenem genannten Bedingungen mit der Zession einverstanden sei. Das mit der Notifikation vermittelte Wissen um die Abtretung sei der Meili AG - und nicht bloss Hans Oertly - anzurechnen. Auf das Abtretungsverbot hätten sich bis zum Rechtsöffnungsverfahren weder die Meili AG noch die Streich AG berufen; auch sei die Schlussabrechnung der Beklagten ohne diesbezügliche Klarstellung zugestellt worden.
Die Beklagte habe aus dem Verhalten der Meili AG und der Streich AG schliessen dürfen, dass sie ihre Forderung anerkennten, zumal die Streich AG nach der Notifizierung Akontozahlungen an die Beklagte geleistet habe. In der Tatsache, dass die Streich AG den Restbetrag mit Valuta vom 30. September 1991 an die Leu + Mion AG zahlte, sei keine Klarstellung gegenüber der Beklagten zu erblicken; diese habe davon erst nach dem Vollzug erfahren. In diesem Zeitpunkt habe aber die Beklagte bereits von einer stillschweigenden Genehmigung der Abtretung ausgehen dürfen. Da die Meili AG, wie sich aus ihrem späteren Verhalten ergebe, selbst von der Rechtmässigkeit der Abtretung ausgegangen und die Zahlung an die Leu + Mion AG erst erfolgt sei, nachdem ihr diese von der angeblichen Rückzession berichtet hatte, habe die Genehmigung der Zession durch die Meili AG auf einem natürlichen Konsens mit der Beklagten beruht. Die Klägerin mache zwar geltend, die Beklagte habe aus den Handlungen des nur kollektiv zeichnungsberechtigten Verwaltungsratsmitglieds Hans Oertly nicht auf eine Genehmigung der Zession durch die Meili AG schliessen dürfen. Hans Oertly habe aber erwiesenermassen seine Vertretungsbefugnisse ziemlich regelmässig überschritten, indem er allein, statt kollektiv, unterschrieb. Bei der Beklagten sei damit der Anschein der Einzelzeichnungsberechtigung erweckt worden; die Klägerin als Rechtsnachfolgerin der Meili AG müsse daher die Genehmigung der Abtretung durch Hans Oertly vom 24. Mai 1991 gegen sich gelten lassen.
Die Klägerin bestreitet, dass die Meili AG bindend die Genehmigung der Zession erklärt habe.
a) aa) In Bezug auf die Genehmigung einer Zession durch den Schuldner können die für eine Genehmigung gemäss <ref-law> geltenden Regeln analog herangezogen werden.
Demnach ist die Genehmigung eine einseitige, empfangsbedürftige, rechtsgestaltende Willenserklärung, die grundsätzlich an keine Form gebunden ist und insbesondere auch konkludent erfolgen kann (Watter, Basler Kommentar,
2. Aufl. , Basel 1996, N. 6 zu <ref-law>). Wird aber die Genehmigung wie hier nicht vorbehaltlos, sondern nur mit inhaltlichen Modifikationen erteilt, ist darin in der Regel die Offerte für eine andere Einigung zu erblicken (<ref-ruling> E. 4 S. 307; Zäch, Berner Kommentar, N. 52 zu <ref-law>; Watter, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>).
Ob und mit welchem Inhalt sich die Parteien über die Genehmigung der Zession einigten, bestimmt sich in erster Linie nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>). Nur wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Während das Bundesgericht die objektivierte Vertragsauslegung als Rechtsfrage prüfen kann, beruht die subjektive Vertragsauslegung auf Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG der bundesgerichtlichen Überprüfung im Berufungsverfahren entzogen ist (<ref-ruling> E. 4b/aa S. 123 mit Hinweisen).
bb) Vorliegend hat die Vorinstanz gestützt auf das Verhalten Hans Oertlys und der Vertreter der Streich AG nach Eintreffen der Notifikationserklärung der Beklagten auf deren tatsächlichen Willen geschlossen, die Abtretung als gültig anzuerkennen. Diese Feststellung ist für das Bundesgericht verbindlich; soweit die Klägerin sich ihr widersetzen will, ist auf die Berufung nicht einzutreten, da sie keine der Ausnahmen gemäss Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG geltend macht. Eine vom Bundesgericht überprüfte Rechtsfrage ist allerdings, inwiefern den Gesellschaften das Verhalten ihrer Organe anzurechnen ist (E. b/bb hiernach).
cc) Auf die Berufung ist sodann nicht einzutreten, soweit sich die Klägerin auf einen Grundlagenirrtum der Meili AG berufen will, denn sie legt weder dar noch ist ersichtlich, dass dies binnen der einjährigen Verwirkungsfrist gemäss <ref-law> geltend gemacht wurde.
dd) Haltlos ist schliesslich die Behauptung der Klägerin, die Beklagte habe ihrerseits keinen auf den Verzicht der Meili AG auf das Abtretungsverbot gerichteten Willen haben bzw. kundtun können, da sie vom Abtretungsverbot keine Kenntnis gehabt habe. Dass die Beklagte sich aufgrund der Abtretung als Gläubigerin der Meili AG betrachtete und von dieser eine entsprechende Bestätigung wünschte, ergibt sich aus den vorinstanzlichen Feststellungen, die sich namentlich auf die Notifikation vom 2. Mai 1991 stützen, und entspricht im Übrigen der bei einer Zession zu erwartenden Situation, weshalb auch die Genehmigung - ausser im Falle von Modifikationen - einseitig erklärt werden kann. Da die Höhe der zedierten Forderung vorliegend nicht umstritten ist, braucht die Annahme der entsprechenden Modifikation durch die Beklagte nicht geprüft zu werden. Unerheblich ist, ob die Beklagte davon Kenntnis hatte, dass die Meili AG mit der gewünschten Bestätigung auf die Einrede des Abtretungsverbots verzichtete.
b) Mit der Erklärung vom 24. Mai 1991 und dem sonstigen Verhalten Hans Oertlys und der Vertreter der Streich AG hat die Meili AG der Beklagten - direkt oder durch ihre Vertreterin - zu erkennen gegeben, sie akzeptiere, den zedierten Betrag nunmehr der Beklagten zu schulden. Die erwähnten Personen handelten dabei zwar im Namen der beiden Gesellschaften, aber ohne bzw. in Überschreitung ihrer Vertretungsmacht, so dass sie gemäss <ref-law> grundsätzlich nicht rechtswirksam für die Gesellschaften handeln konnten.
aa) Entgegen der Ansicht der Vorinstanz ist der Meili AG nicht vorzuhalten, dass sie trotz Kenntnis der Notifikationserklärung vom 2. Mai 1991 gegenüber der Beklagten nicht klargestellt habe, dass sie die Rechtsgültigkeit der Zession bestreiten wolle. Stillschweigen darf nur dann als Genehmigung ausgelegt werden, wenn ein Widerspruch möglich und zumutbar war. Voraussetzung ist, dass der Geschäftspartner in guten Treuen davon ausgehen konnte, der Vertretene werde bei fehlendem Einverständnis widersprechen, und dessen Stillschweigen daher nach Treu und Glauben als Zustimmung auffassen durfte (vgl. <ref-ruling> E. 5a S. 361; <ref-ruling> E. 4 und 5 S. 307 ff.). Vorliegend erlaubten aber die Umstände und die Natur des Rechtsgeschäftes nicht den Schluss, ein blosses Schweigen dürfe als konkludente Genehmigung der Zession gedeutet werden, umso mehr als die Beklagte ausdrücklich um eine schriftliche Rückbestätigung gebeten hatte. Dass die Beklagte sich der Notwendigkeit einer Genehmigung gar nicht bewusst war, ändert daran nichts, da sie die entsprechende Unkenntnis der eigenen Unaufmerksamkeit zuzuschreiben hatte (vgl. E. 1). Eine Basis für ein Vertrauen der Beklagten in die Genehmigung der Zession durch die Meili AG kann also nur im Verhalten Hans Oertlys oder der Vertreter der Streich AG gesucht werden.
Da nach den Feststellungen der Vorinstanz zwischen Hans Oertly und der Beklagten eine tatsächliche Willenseinigung darüber bestand, dass die Meili AG auf die Einrede des Abtretungsverbots verzichte, und nur noch zu prüfen ist, ob dieser Wille der Klägerin als ihr eigener anzurechnen ist, kann eine Auslegung der fraglichen Handlungen Hans Oertlys nach dem Vertrauensprinzip unterbleiben. Steht fest, dass sich die Parteien tatsächlich richtig verstanden, ist unerheblich, ob die Beklagte das Verhalten Hans Oertlys nach Treu und Glauben so verstehen "durfte", wie es tatsächlich gemeint war (vgl. E. 2a/aa). Da die Möglichkeit einer Berufung auf Grundlagenirrtum verwirkt ist, braucht nicht geklärt zu werden, ob die Meili AG mit der Erklärung, die Beklagte als Gläubigerin zu akzeptieren, bloss eine bestehende Rechtslage zu bestätigen meinte und übersah, dass sie sich damit einer Einrede begab. Weil feststeht, dass die Beklagte den fehlenden Vertragsteil und damit das Abtretungsverbot im fraglichen Zeitpunkt nicht kannte, kann ihr nicht der Vorwurf rechtsmissbräuchlichen Verhaltens gemacht werden, gleichviel ob sie Anlass und Möglichkeit gehabt hätte, sich solche Kenntnis zu verschaffen.
bb) Die Klägerin rügt, aufgrund der positiven Publizitätswirkung des Handelsregisters könne sich die Beklagte nicht darauf berufen, auf die Einzelvertretungsmacht der nicht bzw. nicht einzeln zeichnungsberechtigten Organe der Meili AG und der Streich AG vertraut zu haben. Auch in Anbetracht des Verhaltens der Meili AG und der Streich AG wäre der Beklagten zuzumuten gewesen, das Handelsregister zu konsultieren, zumal die Meili AG nicht versucht habe, sie in Bezug auf die Vertretungsmacht Hans Oertlys zu täuschen, und der Werkvertrag, auf den sich die Zessionsforderung stütze, kollektiv unterzeichnet worden sei. Das Vertrauen der Beklagten in die alleinige Vertretungsmacht Hans Oertlys sei daher nicht zu schützen.
aaa) Nach Art. 718a Abs. 2 i.V.m. <ref-law> kann sich grundsätzlich auch ein gutgläubiger Dritter nicht darauf berufen, eine im Handelsregister eingetragene Beschränkung der Vertretungsmacht nicht gekannt zu haben.
Nach Praxis (<ref-ruling> E. 3a S. 223; <ref-ruling> E. 4a S. 351) und Lehre (Watter, Basler Kommentar, N. 22 zu <ref-law>; Eckert, Basler Kommentar, N. 7 zu <ref-law>; Heinz Schärer, Die Vertretung der Aktiengesellschaft durch ihre Organe, Diss. Freiburg 1981, S. 129 f.) kann von dieser Regel ausnahmsweise abgewichen und der gute Glaube des Dritten an die Einzelvertretungsmacht des Organs geschützt werden, wenn er aufgrund einer entsprechenden (fahrlässigen) Kundgabe der Gesellschaft annehmen durfte, die Vertretungsbefugnis sei erweitert worden, namentlich wenn die Gesellschaft mehrfach Einzelhandlungen eines Kollektivvertreters akzeptierte.
Mit der Eintragung der Einschränkung einer Vertretungsbefugnis auf die Kollektivunterschrift im Handelsregister kann sich die Gesellschaft gegen die Gefahr der Bindung an in Kompetenzüberschreitungen seiner Organe zustandegekommene Geschäfte besser schützen. Die Vertragspartner der Gesellschaft können sich durch Einsicht in das Handelsregister ohne weiteres Kenntnis von den Vertretungsverhältnissen verschaffen. Eine Auslegung von Art. 718a Abs. 2 und <ref-law>, welche das Vertrauen der Vertragspartner in die Vertretungsmacht des für die Gesellschaft handelnden Organs unter den gleichen Voraussetzungen schützt, unter denen im bürgerlichen Verkehr eine Anscheins- oder Duldungsvollmacht angenommen wird, wäre mit der Zwecksetzung dieser Bestimmungen nicht zu vereinbaren (vgl. <ref-ruling> E. 2b/bb S. 201; Urteil des Bundesgerichts vom 21. Oktober 1999, publiziert in SJ 2000 I S. 198 ff., E. 3c S. 199). Der Gesellschaft ist daher eine Berufung auf die im Handelsregister eingetragene Beschränkung der Vertretungsmacht nur dann zu versagen, wenn ihr Verhalten auch unter Berücksichtigung der Möglichkeit des Dritten, in das Handelsregister Einsicht zu nehmen, als rechtsmissbräuchlich erscheint (<ref-law>). Dies setzt voraus, dass die Berufung der Gesellschaft auf den Handelsregistereintrag das Vertrauen der Rechtsgenossen auf ein redliches und sachangemessenes Verhalten enttäuscht, namentlich indem sie durch früheres Verhalten ein schützenswertes Vertrauen auf die Verbindlichkeit mit Einzelunterschrift des Organs abgeschlossener Geschäfte begründete, aufgrunddessen den betroffenen Dritten nicht zuzumuten war, die Vertretungsverhältnisse durch Einsicht in das Handelsregister abzuklären (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 259 mit weiteren Hinweisen).
bbb) Die Vorinstanz zog in Betracht, Hans Oertly habe seine Vertretungsmacht ziemlich regelmässig überschritten.
Erwin Wanner, der Chefprokurist der Beklagten, habe ausgesagt, Hans Oertly habe im Verkehr mit der Beklagten ausser bei einem bestimmten Grundstücksgeschäft immer allein unterschrieben. Die anderen Organe der Meili AG hätten davon Kenntnis gehabt und Hans Oertly an Sitzungen manchmal "zurückstutzen" müssen.
Der Beklagten ist zuzugestehen, dass die wiederholte Einzelunterzeichnung auch bedeutsamer Geschäfte durch Hans Oertly die Vermutung aufkommen lassen mochte, die Einzelunterschrift sei rechtsgültig. Dabei ist aber zu beachten, dass das eigene Verhalten Hans Oertlys der Meili AG trotz dessen Organeigenschaft nicht anzurechnen ist. Es widerspräche den Gesetzen der Logik, wenn ein nicht einzelzeichnungsberechtigtes Organ allein die Erweiterung seiner eigenen Vertretungsmacht herbeiführen könnte. Die Annahme eines Rechtsmissbrauchs auf Seiten der Meili AG würde also voraussetzen, dass andere Gesellschaftsorgane bei der Beklagten das Vertrauen in die Einzelvertretungsmacht Hans Oertlys erweckten. Dies ist den Feststellungen der Vorinstanz nur insoweit zu entnehmen, als die Tendenz Hans Oertlys, seine Kompetenzen zu überschreiten, anderen Organen bekannt war, jedoch nicht unterbunden wurde, der Meili AG also in gewissem Umfang ein Dulden von Kompetenzüberschreitungen durch Hans Oertly vorzuwerfen ist.
Dass Hans Oertly bereits ein früheres, wichtiges Geschäft und dann auch den Werkvertrag, welchem die Zessionsforderung entfloss, nicht allein, sondern kollektiv unterzeichnet hatte, gab aber der Beklagten trotz der eher largen Haltung der Meili AG gegenüber der Unterschriftspraxis Hans Oertlys Anlass, bezüglich der Vertretungsverhältnisse das Handelsregister zu konsultieren. Verzichtete sie darauf, so setzte sie sich wissentlich der Gefahr aus, dass eine Einschränkung der Vertretungsmacht eingetragen war und ihr die entsprechende Kenntnis gemäss <ref-law> angerechnet würde. Ein schützenswertes Vertrauen in die Einzelvertretungsmacht Hans Oertlys kann unter diesen Umständen nicht angenommen werden. Dabei kann der Beklagten auch nicht zugute gehalten werden, dass sie sich mangels Kenntnis des im Werkvertrag statuierten Abtretungsverbots nicht über die Bedeutung der Erklärung vom 24. Mai 1991 bewusst war, hatte sie doch diesen Irrtum der eigenen Unaufmerksamkeit zuzuschreiben.
Damit erscheint die Berufung der Klägerin auf die positive Publizitätswirkung des Handelsregistereintrags nicht als rechtsmissbräuchlich.
3.- Nach dem Gesagten ist die in der Erklärung vom 24. Mai 1991 und allenfalls im sonstigen Verhalten Hans Oertlys zu erblickende Genehmigung der Zession für die Meili AG bzw. für die Klägerin als deren Rechtsnachfolgerin nicht bindend. Dass die Streich AG durch die für sie handelnden Personen gültig vertreten wurde und die Meili AG als Vertreterin verpflichtete, nahm weder die Vorinstanz an, noch wird es behauptet. Die Klägerin kann sich daher entgegen der Ansicht der Vorinstanz auf das im Werkvertrag vom 6. Juni 1990 statuierte Abtretungsverbot berufen. Zumal die Geltendmachung eines Anspruchs oder einer Einrede in zeitlicher Hinsicht grundsätzlich nur an Verwirkungs- und Verjährungsfristen gebunden ist und daher im blossen Zuwarten ohne besondere Umstände, die hier nicht vorliegen, kein Rechtsmissbrauch zu erblicken ist (<ref-ruling> S. 2 S. 431), kann der Klägerin nicht entgegengehalten werden, dass das Abtretungsverbot erstmals mit Eingabe im Rechtsöffnungsverfahren vom 10. April 1992 vorgebracht wurde. Nach <ref-law> ist damit die Klägerin nicht verpflichtet, an die Beklagte zu bezahlen. Die Berufung ist demnach gutzuheissen. Entsprechend dem Verfahrensausgang wird die Beklagte kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Schaffhausen vom 24. März 2000 wird aufgehoben, soweit es die Aberkennungsklage abweist.
2.- Es wird festgestellt, dass die von der Beklagten in der Betreibung Nr. 91/508. 526 des Betreibungsamtes Schaffhausen gegenüber der Klägerin geltend gemachte Forderung von Fr. 110'418. 15 zuzüglich Zins zu 5 % seit 16. Dezember 1991 nicht besteht.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
4.- Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
5.- Die Sache wird zur neuen Verlegung der Kosten und Entschädigungen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
6.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 23. August 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: