Sachverhalt:
A. X._ ist seit 2006 Eigentümer der im abgelegenen Gebiet Valdarsch der Gemeinde Flums gelegenen Parzelle Nr. 988. Diese befindet sich gemäss kommunalem Zonenplan in der Landwirtschaftszone, nach dem kantonalen Richtplan im ausgeschiedenen Bereich "Lebensraum bedrohter Arten - Schongebiet". Das Grundstück ist mit einem Wohnhaus, einem Nebengebäude, einer Remise und einem Stall überbaut. Knapp ein Drittel der Fläche von rund 5,5 ha ist bewaldet.
Der Eigentümer ersuchte 2007 um Bewilligung für die Abparzellierung des Wohnhauses. Anfangs 2008 bewilligte das Landwirtschaftsamt die Abparzellierung des 966 m2 grossen Grundstücks Nr. 3603, mit der Begründung, das Wohnhaus und das Nebengebäude gehörten zu keinem landwirtschaftlichen Gewerbe.
2007 reichte der Grundeigentümer ein Gesuch für die Sanierung des Wohnhauses und für den Abbruch der ehemals ohne Baubewilligung erstellten Remise ein. Die Sanierung sollte die Isolation des Gebäudes mit einer neuen Schalung, neue Fenster, eine neue Schleppgaube, die Neueindeckung des Daches und einen gewichtigen Ausbau des Hauses umfassen.
Das St. Gallische Amt für Raumentwicklung (heute Amt für Raumentwicklung und Geoinformation, AREG) erteilte mit raumplanungsrechtlicher Teilverfügung vom 27. September 2007 seine Zustimmung, unter Hinweis darauf, dass der Pächter des Grundstücks Nr. 988 den entsprechenden Landwirtschaftsbetrieb von seinem eigenen Hof aus bewirtschaften müsse und dass das Wohnhaus nicht mehr für die Landwirtschaft gebraucht werde, es sich diesbezüglich um ein zonenfremdes Vorhaben gemäss Art. 24d Abs. 1 RPG handle und insbesondere eine Auskernung der Gebäudehülle ausgeschlossen sei. Das St. Gallische Amt für Umweltschutz (heute Amt für Umweltschutz und Energie, AFU) verweigerte die landwirtschaftliche Entsorgung der häuslichen Abwässer, worauf der Grundeigentümer ein Baugesuch für eine Abwassereinzelreinigungsanlage einreichte. Diesem stimmte das Amt zu.
Der Gemeinderat Flums erteilte hierauf am 10. Januar 2008 die Baubewilligung und ordnete den Grundbucheintrag "Beschränkung der baulichen Nutzungserweiterung nach Raumplanungsverordnung" an.
B. Der Gemeinderat stellte in der Folge fest, dass der Grundeigentümer am Stall ohne Bewilligung bewilligungspflichtige Änderungen vorgenommen hatte, und verfügte am 4. Juli 2008 einen Baustopp. Am 19. Januar 2009 erliess er einen weitern Baustopp wegen nicht bewilligter Arbeiten am Wohnhaus.
X._ reichte sowohl für den Stall als auch für das Wohnhaus nachträgliche Baugesuche ein. Dagegen gingen Einsprachen ein: teils von privater Seite, teils von Seiten Pro Natura St. Gallen-Appenzell. Das AREG verweigerte seine Zustimmung mit zwei separaten raumplanungsrechtlichen Teilverfügungen vom 11. Juni 2009 und lud die Baubehörde ein, die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands anzuordnen.
Der Gemeinderat hiess die Einsprachen am 29. Juni 2009 in zwei separaten Entscheiden (betreffend das Wohnhaus und betreffend den Stall) gut. Unter Hinweis auf die raumplanungsrechtlichen Teilverfügungen des AREG wies er die nachträglichen Baugesuche für die Sanierung des Stalls und für den Ersatzbau des Wohnhauses ab. Mangels anderer Möglichkeiten ordnete er den ersatzlosen Abbruch des ausgehöhlten Wohnhauses und des veränderten Stalls an.
C. Gegen den Bauabschlag und die Abbruchverfügung rekurrierte X._ erfolglos beim Baudepartement des Kantons St. Gallen. Auf Beschwerde hin erliess das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen anstelle des Stallabbruchs eine öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkung nach RPV in dem Sinne, dass der Stall nicht zonenwidrig, insbesondere nicht für die hobbymässige Tierhaltung genutzt werden dürfe. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab und bestätigte den Rekursentscheid des Baudepartements.
Das Bundesgericht hiess die bei ihm erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten am 15. März 2012 gut. Es hielt fest, dass der Abbruchbefehl unter Einbezug der Revision der Bestimmung von Art. 24c RPG zu beurteilen sei, und wies die Sache dem Verwaltungsgericht zu neuer Prüfung unter dem Gesichtswinkel der genannten, inzwischen auf den 1. November 2012 in Kraft getretenen Bestimmung (AS 2012 5535) zurück (Verfahren 1C_187/2011, teilweise publiziert in ZBl 113/2012 S. 610). Das Verwaltungsgericht seinerseits wies die Sache am 12. April 2012 an die Baubehörde bzw. die Politische Gemeinde Flums zurück.
D. Zwischenzeitlich verfügte der Gemeinderat am 7. Oktober 2011, dass die Pferdehaltung umgehend einzustellen und die nachträglich eingezogenen provisorische Wände zu entfernen seien. Zudem untersagte er jegliche Nutzung des Wohnhauses und des Stalls während des laufenden Baubewilligungs- und Wiederherstellungsverfahrens.
Das Baudepartement hiess den dagegen erhobenen Rekurs am 8. August 2012 in Bezug auf die Entfernung der baulichen Veränderungen gut und wies ihn im Übrigen ab. Sodann untersagte es seinerseits die Nutzung der Liegenschaften zur Pferdehaltung und Wohnung im Sinne der Erwägungen bis zur rechtskräftigen Erledigung des Baubewilligungsverfahrens. Die Frist für die Wegführung der Pferde setzte es auf den 30. September 2012 an. Schliesslich beauftragte es die Gemeinde mit der Überwachung.
Dagegen liess X._ beim Verwaltungsgericht Beschwerde führen. Mit Entscheid vom 10. Oktober 2012 wies der Präsident des Verwaltungsgerichts die Beschwerde ab. Er setzte die Frist für die Wegführung der Pferde neu auf den 9. November 2012 fest.
E. X._ hat dagegen am 9. November 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids hinsichtlich der Dispositiv-Ziffern 1, 3 und 4 und die Rückweisung der Sache an die zuständige Behörde, eventualiter an das Verwaltungsgericht.
Der Gemeinderat Flums, das Baudepartement und das Verwaltungsgericht haben auf eine Stellungnahme verzichtet.
F. Mit Verfügung vom 20. Dezember 2012 ist das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen worden.

Erwägungen:
Streitgegenstand des angefochtenen Entscheids des Verwaltungsgerichtspräsidenten bildet die Anordnung, dass dem Beschwerdeführer die Nutzung der Liegenschaften Nr. 988 und 3603 zur Pferdehaltung und zu Wohnzwecken bis zur rechtskräftigen Erledigung des Baubewilligungsverfahrens untersagt ist (vgl. Dispositiv des Entscheids des Baudepartements vom 8. August 2012 bzw. Verfügung des Gemeinderats Flums vom 7. Oktober 2011). Es handelt sich dabei um vorsorgliche Massnahmen. Diese bilden keinen Endentscheid, sondern stellen Zwischenverfügungen dar. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist somit ein selbstständig eröffneter Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>- Es ist demnach vor diesem Hintergrund zu prüfen, ob die vorliegende Beschwerde zulässig ist.
Zwischenentscheide sind - abgesehen von den hier nicht zur Diskussion stehenden Fällen von Art. 92 oder Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG - beim Bundesgericht nur anfechtbar ist, wenn sie einen nicht wieder gut zu machenden Nachteil bewirken können (<ref-law>). Nach ständiger Rechtsprechung muss es sich dabei um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln; die blosse Möglichkeit eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils rechtlicher Natur reicht aus (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 382; <ref-ruling> E. 2.1 S. 191 mit Hinweis). Der Nachteil ist nicht irreparabel, wenn er mit einem günstigen Endurteil in der Sache behoben werden kann. Ist der nicht wieder gut zu machende Nachteil nicht offensichtlich, ist es Sache der beschwerdeführenden Partei, in der Beschwerdeschrift darzulegen, worin dieser Nachteil bestehen soll (<ref-ruling> E. 1.3 S. 525 mit Hinweisen). Die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> sollen das Bundesgericht entlasten. Dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen und sich überdies nicht bereits in einem frühen Verfahrensstadium ohne genügend umfassende Sachverhaltskenntnis teilweise materiell festlegen müssen. Können allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids behoben werden, so tritt das Bundesgericht auf gegen Vor- und Zwischenentscheide gerichtete Beschwerden nicht ein (<ref-ruling> E. 1.1 S. 239 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer setzt sich mit dieser Problematik in keiner Weise auseinander und begründet nicht, inwiefern ihm mit dem angefochtenen Entscheid ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im genannten Sinne zukomme. Es ist auch nicht ersichtlich, dass das Nutzungsverbot für den Beschwerdeführer einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur zur Folge haben könnte. Daran vermag auch der Umstand nichts zu ändern, dass der Beschwerdeführer der Vorinstanz im Zusammenhang mit dem Entzug der aufschiebenden Wirkung eines Rekurses durch den Gemeinderat formelle Rechtsverweigerung und überspitzten Formalismus entgegenhält. Der Beschwerdeführer ist durch die vorinstanzliche Erkenntnis in diesem Punkt nicht beschwert und hat auch insoweit keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zu befürchten. Damit fehlt es an den Eintretensvoraussetzungen von <ref-law>.
Die Beschwerde erweist sich demnach klarerweise als unzulässig. Es ist im Verfahren nach <ref-law> auf sie nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Politischen Gemeinde Flums sowie dem Baudepartement und dem Präsidenten des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. März 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Merkli
Der Gerichtsschreiber: Steinmann