Faits:
A. Le 7 mai 2003, la banque X._ a acquis aux enchères publiques, pour le prix de 9'600'000 fr., les parcelles 445, 446, 447, 448, 449, 450, 451, 453, 456, 460, 477, 481, 483 et 545 de la commune de Montana, toutes propriétés de SI B._.
Le 23 juin 2008, A._, SI B._, SI C._ et SI D._ (ci-après: A._ et consorts) ont déposé une dénonciation pénale, avec constitution de partie civile, contre E._, F._ et G._, voire la banque X._, pour violation du secret bancaire (art. 47 de la loi fédérale du 8 novembre 1934 sur les banques et les caisses d'épargne [LB, RS 952.0]), au motif que ces derniers auraient distribué à des tiers, en vue de la vente des quinze parcelles de SI B._, des plaquettes d'information contenant des renseignements confidentiels. Les intéressés ont également formulé une demande de séquestre des documents relatifs aux faits dénoncés, ainsi que des parcelles précitées.
Le 19 août 2008, le Juge d'instruction cantonal du canton du Valais (ci-après: le Juge d'instruction) a refusé le séquestre desdites parcelles. L'autorité de plainte du Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: l'autorité de plainte) a rejeté la plainte de A._ et consorts contre cette décision le 1er septembre 2008.
Par courriers des 2 septembre et 26 novembre 2008, A._ et consorts ont demandé au magistrat l'annotation d'une restriction du droit d'aliéner sur les parcelles 445, 446, 447, 448, 449, 450, 451, 453, 456, 460, 477, 481, 483 et 545 de la commune de Montana. Le Juge d'instruction a refusé l'annotation requise le 28 novembre 2008. Le 28 janvier 2009, l'autorité de plainte a rejeté la plainte de A._ et consorts contre cette décision, dans la mesure où elle était recevable.
B. Par courrier du 4 mars 2009, A._ et consorts ont à nouveau demandé au Juge d'instruction l'annotation d'une restriction du droit d'aliéner sur les parcelles précitées, faisant notamment valoir la rapide péjoration de la situation financière de la banque X._. Le magistrat a encore refusé l'annotation requise le 10 mars 2009.
Le 11 mars 2009, le Juge d'instruction a ouvert une enquête d'office à l'encontre de E._ pour violation du secret bancaire.
Par décision du 29 avril 2009, l'autorité de plainte a rejeté, dans la mesure où elle était recevable, la plainte de A._ et consorts contre la décision du Juge d'instruction du 10 mars 2009. Elle a considéré en substance que l'acte attaqué était un refus du Juge d'instruction de reconsidérer sa décision du 28 novembre 2008, par laquelle il avait refusé l'annotation d'une restriction du droit d'aliéner sur les parcelles en cause. La motivation insuffisante de la plainte des intéressés sous l'angle de l'arbitraire la rendait irrecevable; ceux-ci n'avaient en effet pas démontré, par une argumentation précise, que des circonstances de fait ou de droit avaient subi une modification essentielle depuis la précédente décision. De toute façon, la plainte devait être rejetée car la situation en fait n'avait pas changé notablement depuis la précédente décision et, en outre, aucun séquestre ni aucune annotation d'une restriction du droit d'aliéner ne pouvait être prononcée lorsque seule une violation du secret bancaire était dénoncée.
C. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ et consorts demandent au Tribunal fédéral d'annuler la décision de l'autorité de plainte du 29 avril 2009 et d'ordonner au registre foncier de Sierre de procéder à l'annotation d'une restriction du droit d'aliéner sur les parcelles 445, 446, 447, 448, 449, 450, 451, 453, 456, 460, 477, 481, 483 et 545 de la commune de Montana.
L'autorité de plainte et le Juge d'instruction renoncent à formuler des observations et se réfèrent aux considérants de la décision attaquée. Le Ministère public du canton du Valais renonce également à se déterminer et sollicite le rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité. La banque X._ conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.

Considérant en droit:
1. La décision attaquée, qui confirme un refus d'ordonner une restriction au droit d'aliéner des parcelles à titre de mesure conservatoire (cf. art. 97 al. 2 du code de procédure pénale du canton du Valais du 22 février 1962 [CPP/VS; RSV 312.0]), est une décision en matière pénale au sens de l'<ref-law>. Formé en temps utile (<ref-law>) contre une décision prise en dernière instance cantonale (<ref-law>) et qui touche les recourants dans leurs intérêts juridiquement protégés (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 1 LTF), le recours en matière pénale est en principe recevable, sous réserve des conditions de recevabilité posées notamment aux <ref-law>.
2. 2.1 Le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (<ref-law>) ou contre les décisions partielles (<ref-law>). En revanche, en vertu de l'<ref-law>, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
2.2 En l'espèce, le refus du Juge d'instruction d'ordonner l'annotation requise, qui peut être assimilée à un refus d'ordonner un séquestre, constitue une décision incidente au sens de l'<ref-law>, puisqu'il ne met pas un terme à la procédure pénale (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 131; <ref-ruling> consid. 1b p. 100) et qu'il n'a pas été prononcé dans le cadre d'une procédure spécifique dont il pourrait constituer l'aboutissement. L'<ref-law> est manifestement inapplicable, car le sort de la mesure provisoire est sans effet sur la procédure au fond. Il y a donc lieu d'examiner si le recours est recevable en application de l'<ref-law>.
2.3 Selon l'<ref-law>, le recours est recevable lorsque la décision attaquée est susceptible de causer un préjudice irréparable. La notion de préjudice irréparable étant calquée sur celle que posait l'ancien art. 87 al. 2 OJ pour le recours de droit public, la jurisprudence rendue à propos de cette norme garde toute sa portée. En matière pénale, conformément à la pratique développée sous l'empire de l'art. 87 al. 2 OJ, il doit s'agir d'un dommage de nature juridique, qui ne puisse pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant. (<ref-ruling> consid. 4 p. 338; 139 consid. 4 p. 141). Il appartient au recourant d'alléguer et d'établir la possibilité que la décision incidente lui cause un dommage irréparable, à moins que celui-ci ne fasse d'emblée aucun doute (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 632).
D'après la jurisprudence constante relative à l'art. 87 OJ, le séquestre probatoire ou conservatoire de valeurs patrimoniales est de nature à causer un dommage irréparable, dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (<ref-ruling> consid. 1 p. 131; et les arrêts cités). Quant au refus d'ordonner le séquestre, il peut avoir pour conséquence un tel préjudice (ATF <ref-ruling> consid. 1b p. 101), ce qu'il appartient toutefois au recourant de rendre vraisemblable.
Dans le cas particulier, les recourants n'ont pas démontré que le refus du Juge d'instruction d'ordonner l'annotation de la restriction au droit d'aliéner était de nature à leur causer un dommage qui ne pouvait être réparé à l'issue du procès. Ils se contentent d'affirmer que, selon qu'une restriction du droit d'aliéner est annotée au registre foncier ou non, leur situation ne serait pas la même au terme de la procédure pénale dirigée actuellement contre E._, si dans l'intervalle la banque X._ a été déclarée en faillite ou a vendu les parcelles litigieuses; ils soutiennent que leurs prétentions civiles s'élèvent à plusieurs millions de francs suisses. Les recourants n'ont toutefois pas explicité ni documenté ces prétentions et encore moins rendu vraisemblable qu'en cas d'issue favorable du procès ils ne pourraient recouvrer les montants dus. Quoi qu'il en soit, l'hypothèse de la faillite de la banque X._ et son incapacité, le cas échéant, de s'acquitter de ses dettes est un simple allégué qui ne permet pas de conclure à un préjudice irréparable en l'espèce, ce d'autant que celui-ci n'apparaît pas être de nature juridique.
3. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être déclaré irrecevable. Conformément aux art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge des recourants, de même qu'une indemnité de dépens en faveur de l'intimée.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Les recourants verseront à l'intimée une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Juge d'instruction cantonal, au Ministère public et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Juge de l'autorité de plainte.
Lausanne, le 24 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard