Sachverhalt:
A. Z._ (Ehefrau) (geb. 1970) und X._ (Ehemann) (geb. 1976) heirateten im Jahre 2001. Die Ehe blieb kinderlos. Am 30. Mai 2008 deponierte Z._ beim Kreisgerichtspräsidium Rorschach mündlich ein Gesuch auf Regelung des Getrenntlebens. Der das Protokoll führende Gerichtsschreiber erfasste folgendes Rechtsbegehren: "Der Ehemann sei zu verpflichten, angemessene Beiträge, mindestens Fr. 2'700.-- an den Unterhalt der Ehefrau zu bezahlen." X._ stimmte diesem in einer wiederum vom Gerichtsschreiber protokollierten Stellungnahme grundsätzlich zu; er erklärte sich bereit, "angemessene Beiträge an den Unterhalt der Ehefrau zu bezahlen." Der Kreisgerichtspräsident wies mit Entscheid vom 18. Juni 2008 die eheliche Wohnung dem Ehemann zur Benützung zu und setzte der Ehefrau eine Auszugsfrist. Er ordnete die Gütertrennung an und verpflichtete den Ehemann, der Ehefrau ab Trennungsbeginn monatlichen Unterhalt von Fr. 2'700.-- zu bezahlen. Die Verfahrenskosten auferlegte er den Parteien je zur Hälfte.
B. Gegen diesen Entscheid erhob Z._ am 15. Juli 2008 Rekurs. Aus der Rekursschrift geht hervor, dass sie zusätzlich zum zugesprochenen Unterhaltsbeitrag von Fr. 2'700.-- auch noch ihre Gesundheitskosten im Betrag von monatlich Fr. 600.--, die sich durch den Tagesklinikaufenthalt und Selbstbehalte ergäben, abgegolten haben wolle. Der Einzelrichter im Familienrecht des Kantonsgerichts St. Gallen hiess diesen Rekurs mit Entscheid vom 6. Januar 2009 teilweise gut und verurteilte den Ehemann, der Ehefrau monatlich im Voraus ab September 2008 Fr. 2'700.-- und ab Januar 2009 Fr. 3'100.-- zu bezahlen; soweit weitergehend blieb der erstinstanzliche Eheschutzentscheid unverändert. Die Gerichtskosten wurden den Parteien je zur Hälfte auferlegt und die Parteikosten wettgeschlagen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 9. Februar 2009 beantragt X._ (nachfolgend Beschwerdeführer), der Entscheid vom 6. Januar 2009 sei aufzuheben, soweit er den Unterhalt ab Januar 2009 und die Regelung der Gerichtskosten betreffe, und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventuell sei der Ehegattenunterhalt mit Wirkung ab dem 1. Januar 2009 auf Fr. 2'700.--, subeventuell auf Fr. 2'900.-- festzulegen, alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen.
Es wurden die Akten, nicht aber Vernehmlassungen eingeholt.
D. Mit Entscheid vom 25. Februar 2009 wies die Präsidentin der II. Zivilabteilung das vom Beschwerdeführer gestellte Begehren um Erteilung der aufschiebenden Wirkung ab.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in Zivilsachen, welcher einen Endentscheid darstellt und einen Streitwert von mehr als Fr. 30'000.-- aufweist, sodass die Voraussetzungen einer Beschwerde in Zivilsachen insoweit gegeben sind (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
1.2 Eheschutzentscheide gelten als vorsorgliche Massnahmen i.S.v. <ref-law> (<ref-ruling> E. 5.2 S. 397, 585 E. 3.3 S. 587), sodass nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung i.S.v. <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
1.4 Mit Bezug auf verfassungsmässige Rechte gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Das heisst, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene Rügen prüft, die soweit möglich zu belegen sind, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 589; <ref-ruling> E. 1.3 S. 62).
2. 2.1 Vorab rügt der Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe die in Art. 219 Abs. 2 lit. a und Art. 65 ZPO/SG statuierte Dispositionsmaxime willkürlich angewendet, in dem sie der Beschwerdegegnerin mehr zugesprochen als diese verlangt habe. Im erstinstanzlichen Verfahren habe die Beschwerdegegnerin wiederholt ausgeführt, sie wolle nur die Bezahlung der lebensnotwendigen Kosten von Fr. 2'700.--. Im Rekurs habe sie erklärt, Fr. 2'700.-- seien der Grundbedarf ohne die zusätzlichen Krankheitskosten, welche Fr. 600.-- betragen würden. Allerdings sei der Bedarf der Beschwerdegegnerin geringer als diese selber geltend mache; gemäss S. 5 des angefochtenen Entscheids (E. II in fine) betrage er mit den Gesundheitskosten lediglich Fr. 2'886.--. Das Rechtsbegehren sei somit als Verzicht auf einen Anteil am Überschuss zu verstehen. Indem die Vorinstanz der Beschwerdegegnerin gleichwohl einen Überschussanteil zugesprochen habe, habe diese willkürlich gehandelt; diese hätte maximal Fr. 2'886.-- zusprechen dürfen.
2.2 Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdegegnerin habe vor dem Eheschutzrichter Unterhalt von "mindestens" Fr. 2'700.-- im Monat verlangt und im Rekursverfahren ihren Mehrbedarf beziffert. Der Betrag von Fr. 3'100.-- könne ihr zugesprochen werden, ohne dass die Dispositionsmaxime verletzt würde.
2.2 Die Vorinstanz erwog, die Beschwerdegegnerin habe vor dem Eheschutzrichter Unterhalt von "mindestens" Fr. 2'700.-- im Monat verlangt und im Rekursverfahren ihren Mehrbedarf beziffert. Der Betrag von Fr. 3'100.-- könne ihr zugesprochen werden, ohne dass die Dispositionsmaxime verletzt würde.
2.3 2.3.1 Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 5.4 S. 148; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133, je mit Hinweisen).
2.3.2 Vorab ist zu erwähnen, dass die Dispositionsmaxime bzw. der Grundsatz "ne eat judex ultra petita partium" nicht in den vom Beschwerdeführer angeführten Bestimmungen, die sich mit der Formulierung von Rechtsbegehren befassen, festgehalten ist, sondern in <ref-law>/SG.
Sodann liegt nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung eine Verletzung dieses Grundsatzes nicht vor, wenn ein Gericht den eingeklagten Anspruch in rechtlicher Hinsicht ganz oder teilweise abweichend von den Begründungen der Parteien würdigt, sofern er vom Rechtsbegehren gedeckt ist (<ref-ruling> E. 3a S. 175 mit Hinweisen).
Vor der Vorinstanz begehrte die Beschwerdegegnerin einen Betrag von Fr. 2'700.-- an den eigentlichen Unterhalt sowie Fr. 600.-- für die Deckung ihrer Gesundheitskosten. Insgesamt verlangte sie demnach Fr. 3'300.--. Der von der Vorinstanz gewährte Unterhaltsanspruch beträgt Fr. 3'100.--. Damit sprach sie der Beschwerdegegnerin nicht mehr oder anderes zu, als diese verlangt hatte. Nach dem Grundsatz "iura novit curia" ist ein Gericht zudem nicht nur berechtigt, sondern auch verpflichtet, sämtliche Anspruchsgrundlagen zu prüfen (vgl. KUMMER, Das Klagerecht und die materielle Rechtskraft im schweizerischen Recht, S. 105). Deshalb entscheidet ein Gericht nicht "ultra petita", wenn es den Anspruch einer Partei auch unter anderen rechtlichen Gesichtspunkten prüft, als von dieser vorgetragen werden. In diesem Sinne ist nicht zu beanstanden, dass sich der im vorliegenden Fall zugesprochene Betrag aus dem errechneten Grundbedarf und einem Anteil am Überschuss zusammensetzt (s. dazu <ref-ruling> E. 4 S. 146).
3. Weiter erhebt der Beschwerdeführer unter verschiedenen Titeln Willkürrügen.
3.1 Der Behauptung, die Vorinstanz sei bei der Berechnung des Notbedarfs in Willkür verfallen, weil diese die in einem Kreisschreiben der kantonalen Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs bereits im Dezember 2008 angekündigte Erhöhung des Grundbedarfs für alleinstehende Schuldner von bisher Fr. 1'100.-- auf Fr. 1'230.-- unberücksichtigt gelassen habe, entzieht der Beschwerdeführer gleich selbst die Grundlage, indem er ausführt, diese Änderung habe im Ergebnis alleine keine Folge, weshalb von vornherein nicht von Willkür gesprochen werden kann.
3.2 Dasselbe gilt sinngemäss für die Behauptung, es sei willkürlich, indem die Vorinstanz die Unterhaltsbeiträge auf den Zeitpunkt des Austrittes der Beschwerdegegnerin aus der Tagesklinik nicht angepasst habe. Die diesbezüglichen Ausführungen sind weitgehend appellatorisch; insbesondere zeigt der Beschwerdeführer nicht auf, inwiefern der angefochtene Entscheid in diesem Punkt offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Insofern kann nicht auf diese Rüge eingetreten werden.
4. 4.1 Sodann erblickt der Beschwerdeführer eine willkürliche Anwendung der Bestimmungen über das Instruktionsverfahren (Art. 236 i.V.m. <ref-law>/SG), indem die Vorinstanz unberücksichtigt gelassen habe, dass der Bonus für 2008, den er im Mai 2009 erhalte, geringer ausfallen werde als im Jahr 2008. Ferner müsse er im Rahmen des Leasingvertrages eine Vollkaskoversicherung abschliessen. Nachdem dies allgemein bekannt sei, hätte die Vorinstanz diesbezügliche Abklärungen treffen müssen.
4.2 Im Kanton St. Gallen gilt in Ehesachen, worunter auch Eheschutzmassnahmen fallen, für die Ermittlung des Sachverhalts grundsätzlich der Untersuchungsgrundsatz (LEUENBERGER/UFFER, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, Bern 1999, N. 2 zu <ref-law>). Indessen sind die Parteien von ihrer Mitwirkungspflicht bei der Sachverhaltsabklärung nicht entbunden. Es bleibt in erster Linie ihre Sache, die rechtserheblichen Tatsachen und Beweismittel zu benennen (<ref-ruling> E. 3.2.1). Mithin oblag dem Beschwerdeführer, die Frage der Vollkaskoversicherung vorzubringen, was er unterlassen hat. Damit ist der Willkürrüge die Grundlage entzogen.
Dass der Beschwerdeführer für das Jahr 2008 einen tieferen Bonus ausbezahlt erhält, ist durch nichts belegt und daher einstweilen eine Vermutung, weshalb die Ausserachtlassung dieser Behauptung von vornherein keine Willkür zu begründen vermag. Zudem handelt es sich um ein neues und damit unzulässiges Vorbringen (<ref-law>).
5. 5.1 Im Umstand, dass die Vorinstanz von ihm beantragte Abklärungen bei der IV und damit die Abnahme von erheblichen Beweisen unterlassen habe, sieht der Beschwerdeführer eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>).
5.2 Dass sich die Beschwerdegegnerin ein Ersatzeinkommen anrechnen lassen müsste, wenn sie eine IV-Rente ausgerichtet erhielte, ist eine Rechtsfrage und zu bejahen (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 295 ff.; Urteil 5C.278/2002 vom 28. Januar 2003, E. 3.1, zusammengefasst in FamPra.ch 2003 S. 433; Urteil 5A_288/2008 vom 27. August 2008, E. 4.2). Die Beantwortung der Rechtsfrage, ob die Beschwerdegegnerin eine IV-Rente auch wirklich zugesprochen erhielte, setzt hingegen entsprechende Tatsachenfeststellungen voraus (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 12; <ref-ruling> E. 4c/bb S. 7). Dazu fehlen konkrete Anhaltspunkte. Aus der Feststellung, sie leide seit 2006 an chronischen Angstzuständen, halte sich seit Juni 2008 an fünf Tagen pro Woche in der Tagesklinik auf, werde frühestens im April 2009 entlassen und sich voraussichtlich nicht vor Ende 2009 gesundheitlich ganz erholen können, lässt sich weder ein Invaliditätsgrad bestimmter Höhe noch ein Anspruch auf eine Invalidenrente als solche, geschweige denn die Höhe derselben ableiten (vgl. zum Begrifflichen: <ref-ruling> E. 3 S. 345 ff.). Der Beschwerdeführer zeigt auch nicht auf, inwiefern die von ihm monierten Unterlassungen geeignet gewesen wären, einen Anspruch auf eine Invalidenrente sowie die Höhe derselben nachzuweisen. Mithin kommt er seiner Begründungspflicht nicht nach, sodass diesbezüglich ebenfalls nicht auf die Beschwerde einzutreten ist.
6. Weiter wirft der Beschwerdeführer der Vorinstanz die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehörs vor (<ref-law>), indem sie die Rechtsfrage, ob es der Beschwerdegegnerin zumutbar wäre, sich in eine stationäre Behandlung zu begeben, damit sie von ihrer Versicherung Krankentaggelder beanspruchen könne, nicht beantwortet habe. Er behauptet, bei einem Spitalaufenthalt erhielte die Beschwerdegegnerin ein Taggeld von Fr. 150.--, was monatlich zwischen Fr. 3'000.-- und Fr. 4'500.-- einbringe, während die Versicherung im Rahmen eines halbstationären Aufenthaltes kein solches Einkommen ausrichte. Damit macht der Beschwerdeführer zumindest sinngemäss geltend, die Beschwerdegegnerin verzichte unzulässigerweise auf ein Ersatzeinkommen bzw. generiere zu hohe Gesundheitskosten. Indessen zeigt er nicht auf, inwiefern sich seine Annahmen auf die Unterhaltsansprüche der Beschwerdegegnerin auswirken würden, bzw. weshalb der von der Vorinstanz zugesprochene Unterhaltsbeitrag unter Berücksichtigung seiner Einwendungen willkürlich hoch sei. Namentlich unterlässt er jegliche Ausführungen, anhand welcher nachzuvollziehen wäre, wie sich die vorgeschlagene Lösung auf die Bedarfsrechnung der Beschwerdegegnerin auswirken würde. In seiner an die Vorinstanz gerichteten Eingabe vom 13. Oktober 2008 schrieb der Beschwerdeführer noch von Kosten von Fr. 218.60 pro Tag für eine stationäre Behandlung. Zieht man davon das Taggeld von Fr. 150.-- ab, ergibt sich ein tägliches "Defizit" von Fr. 68.60, oder durchschnittlich Fr. 2'058 pro Monat. Inwiefern bei dieser Ausgangslage Kosten eingespart bzw. Einkommen generiert werden könnten, bleibt unerfindlich. Mithin erfüllt der Beschwerdeführer die Begründungsanforderungen nicht, weshalb nicht auf diese Rüge eingetreten werden kann.
7. Schliesslich beantragt der Beschwerdeführer in seinem Rechtsbegehren die Aufhebung der vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsregelung. In diesem Zusammenhang erhebt und begründet er keine Verfassungsrügen. Soweit er damit verlangt, die Kosten und Entschädigungen seien ausgangsgemäss anders zu verlegen, genügt er den Begründungsanforderungen nicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2 S. 88). Da der angefochtene Entscheid nicht geändert wird, fällt eine andere Verteilung der Kosten und Entschädigungen des vorangegangenen Verfahrens nicht in Betracht (vgl. Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG).
8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Damit wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist der anwaltlich nicht vertretenen Beschwerdegegnerin nicht zuzusprechen, da ihr im bundesgerichtlichen Verfahren keine Kosten entstanden sind (vgl. <ref-law>).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Einzelrichter im Familienrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. März 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Escher Schett