Erwägungen:
Vor dem Bundesverwaltungsgericht ist eine Beschwerde von X._ gegen eine Vollstreckungsverfügung von Swissmedic vom 6. August 2008 betreffend den Rückzug des Arzneimittels Less Salbe hängig. Das Endurteil steht noch aus; X._ ist in dieser Angelegenheit bereits mehrmals - erfolglos - ans Bundesgericht gelangt (dreimal focht er Zwischenverfügungen des Bundesverwaltungsgerichts an [Verfahren 2C_719/2008, 2C_126/2009 und 2C_204/2009], einmal stellte er ein Revisionsgesuch gegen das Urteil 2C_719/2008 [Verfahren 2F_12/2008]). Namentlich ist das Bundesgericht mit Urteil 2C_126/2009 vom 27. Februar 2009 auf eine Beschwerde von X._ vom 16. Februar 2009 nicht eingetreten, die sich gegen eine Zwischenverfügung des Bundesverwaltungsgerichts vom 14. Januar 2009 betreffend Ablehnung eines Ausstandsbegehrens richtete. Gegen dieses bundesgerichtliche Urteil hat X._ am 27. März 2009 beim Bundesgericht ein Revisionsgesuch eingereicht.
Der Gesuchsteller begründet das Gesuch mit "schwerer Verletzung von Gesetzes- und Verfahrensvorschriften gemäss Art. 121 lit. a. b. c. und d. BGG". Das Nichteintretensurteil 2C_126/2009 vom 27. Februar 2009 erging in Anwendung von <ref-law>. Danach entscheidet der Präsident der Abteilung im vereinfachten Verfahren über Nichteintreten auf querulatorische oder rechtsmissbräuchliche Beschwerden. Der Abteilungspräsident schloss angesichts des Inhalts der Rechtsschrift vom 16. Februar 2009 und zudem in Berücksichtigung der bereits zuvor in gleicher Angelegenheit erhobenen Rechtsmittel und der diesbezüglichen Urteile auf rechtsmissbräuchliche Prozessführung. Es handelt sich dabei um eine rechtliche Würdigung einer Rechtsschrift bzw. von Prozesshandlungen, welche als solche im Revisionsverfahren grundsätzlich nicht überprüft werden kann. Jedenfalls sind die Vorbringen des Gesuchstellers in keiner Weise geeignet, auch nur im Ansatz das Vorliegen eines Revisionsgrundes darzutun.
Auf das seinerseits rechtsmissbräuchliche Revisionsgesuch ist nicht einzutreten.
Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (<ref-law>) dem Gesuchsteller aufzuerlegen (<ref-law>).
Das Bundesgericht behält sich vor, weitere Eingaben ähnlicher Art in dieser Angelegenheit unbeantwortet abzulegen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf das Revisionsgesuch wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'200.-- werden dem Gesuchsteller auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Gesuchsteller, Swissmedic und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung III, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. März 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller