Faits:
A. A.a Par acte notarié du 24 juillet 2008, instrumenté dans le cadre de la liquidation du concordat par abandon d'actif de X._ homologué le 9 février 2007, le liquidateur A._ a vendu de gré à gré le domaine agricole du débiteur à B._, pour le prix de 1'430'000 fr. Ce contrat contient la clause résolutoire suivante:
"Dans la mesure où M. X._ devait s'acquitter d'ici au 20 août 2008 de toutes les dettes et autres frais notamment le dédommagement prévu ci-dessous, devant permettre la révocation de son sursis concordataire par abandon d'actifs, la présente vente immobilière serait caduque et sans effet. Toutefois, dans pareil cas, le liquidateur du sursis concordataire s'engage à verser à M. B._ à titre de dédommagement de tous les frais engendrés par la caducité de la présente vente une somme de Fr. 50'000.-. (...)"
Par lettre du 25 juillet 2008, le liquidateur a informé le débiteur que la vente avait été signée le 24 juillet précédent; il précisait que l'acte contenait une clause particulière permettant l'annulation du contrat de vente jusqu'au 20 août 2008, à la condition qu'il ait jusque-là trouvé le financement permettant de garantir le paiement de toutes les dettes et frais du concordat, ainsi que les frais d'annulation de la vente fixés globalement à 50'000 fr. Le liquidateur le rendait expressément attentif au fait qu'il devait être en possession jusqu'au 19 août 2008 à 12 heures au plus tard de la somme de 1'050'000 fr. au minimum ou d'une garantie bancaire irrévocable du même montant; si tel ne devait pas être le cas, la vente deviendrait définitive et toute alternative était exclue.
A.b Le 20 août 2008, le débiteur s'est présenté devant le liquidateur en compagine de C._ et D.Y._, ainsi que de E._. Les deux premiers se sont déclarés prêts à acquérir une surface du domaine du débiteur pour le prix de 1'000'000 fr. et la troisième à payer immédiatement les 50'000 fr. manquants pour l'annulation de la vente.
Par décision du même jour, le liquidateur a constaté que le débiteur n'avait pas rempli les conditions de la clause résolutoire, aucune garantie de financement n'ayant été fournie dans le délai prévu; partant, il a refusé la proposition de vendre à C._ et D.Y._ et d'annuler la vente à B._.
B. Par décision du 16 octobre 2008, la Commission des créanciers a rejeté la plainte du débiteur.
La Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton du Jura, en qualité d'autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite, a confirmé cette décision par arrêt du 19 novembre 2008.
C. Le débiteur interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à ce que la décision confirmant le bien-fondé de la vente immobilière du 24 juillet 2008 soit annulée et à ce qu'autorisation soit donnée au liquidateur d'aliéner "22 ha 63 a 62 ca" à C._ et D.Y._ pour le prix de 1'050'000 fr. afin de permettre le paiement de la totalité des créances colloquées; subsidiairement, il conclut à l'annulation et au renvoi de la cause à l'autorité de surveillance pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint d'une violation des art. 17, 31 et 56 ch. 2, 319 ss LP, ainsi que des principes de proportionnalité, d'interdiction du formalisme excessif et de garantie de la propriété.
Par ordonnance du 16 décembre 2008, l'effet suspensif a été accordé au recours.
Des observations n'ont pas été sollicitées.

Considérant en droit:
1. 1.1 La décision, rendue par une autorité cantonale de surveillance dans le cadre d'un recours contre un prononcé de la commission des créanciers (art. 320 al. 2 LP), est une décision en matière de poursuite pour dettes et de faillite, sujette au recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF), indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF). Elle est finale au sens de l'art. 90 LTF, car elle met fin en l'espèce à la procédure de réalisation des biens dans le cadre du concordat par abandon d'actif (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 351). Elle a été prise par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF). Le recourant, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, a un intérêt juridique à sa modification (art. 76 al. 1 LTF). Interjeté en temps utile (art. 100 al. 2 let. a LTF), le présent recours est en principe recevable.
1.2 L'autorité cantonale a retenu que le recourant contestait la décision du liquidateur du 20 août 2008, par laquelle il refusait d'annuler la vente de son domaine agricole à B._, parce que le paiement de la somme de 1'050'000 fr. n'était pas intervenu dans le délai stipulé. Les conclusions en réforme de l'intéressé devraient par conséquent tendre à ce qu'ordre soit donné au liquidateur d'annuler le contrat de vente signé le 24 juillet 2008 avec B._; bien que les conclusions du recourant ne soient pas libellées ainsi, elles sont néanmoins recevables, dès lors qu'on comprend qu'elles tendent à cela.
1.3 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 550). Compte tenu des exigences de motivation posées, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), à l'art. 42 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une juridiction de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser lorsqu'elles ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 152). Il ne connaît de la violation de droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), les exigences de motivation correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (<ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254; <ref-ruling> consid. 6 p. 397).
1.4 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et si la correction du vice est susceptible d'influencer le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), à savoir que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (principe d'allégation; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
2. Le recourant estime que les critères applicables à la réalisation des actifs et aux modalités y relatives n'ont pas été respectés; il soutient que la décision de la Commission des créanciers du 16 octobre 2008 violerait les art. 319 ss LP, notamment l'art. 322 LP, respectivement serait contraire au principe de la proportionnalité. Pour respecter celui-ci, l'autorité de liquidation du concordat par abandon d'actif aurait dû prendre la mesure la moins pénible et la moins dure pour le débiteur et ne pouvait aliéner plus de biens qu'il n'était nécessaire pour désintéresser les créanciers; or, la décision de la Commission le prive de la disposition du solde de son domaine, notamment de l'habitation et des ruraux, ainsi que de la possibilité de poursuivre son activité professionnelle, alors que la vente à C._ et D.Y._ aurait suffi à couvrir les créanciers.
2.1 Le recours doit être dirigé contre la décision de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF). En l'espèce, le recourant ne s'en prend pas à l'arrêt cantonal, mais à la décision de la Commission des créanciers (art. 320 al. 2 LP). On comprend toutefois qu'il critique l'arrêt cantonal en tant qu'il confirme cette décision; dans cette mesure, son grief apparaît recevable.
Lorsqu'il soutient que le liquidateur ne pouvait, sans violer le principe de la proportionnalité, aliéner plus de biens que nécessaire pour désintéresser les créanciers, le recourant ne remet pas en cause l'arrêt rendu par l'autorité cantonale - qui a confirmé la décision du liquidateur du 20 août 2008 de refuser la proposition de vendre à C._ et D.Y._ -, mais la vente signée le 24 juillet 2008, par laquelle le liquidateur a vendu l'ensemble de son domaine agricole à B._. Or, l'autorité cantonale a constaté à cet égard que le recourant n'avait pas contesté cet acte de vente dans le délai de dix jours à partir duquel il en a eu connaissance, sa plainte du 1er septembre 2008 étant dirigée uniquement contre la décision du 20 août 2008.
Le recourant conteste ne pas s'être opposé à la vente dans le délai de dix jours dès qu'il en a eu connaissance, à savoir le 25 juillet 2008. Il soutient que, à cette date, de même qu'au jour de l'échéance du délai de plainte, il n'était pas assisté d'un mandataire professionnel et que la décision ne mentionnait pas les voies de droit, de sorte qu'il n'était pas en mesure de savoir qu'il pouvait ou devait s'opposer à cet acte. L'arrêt cantonal retiendrait par ailleurs à tort que le délai de plainte serait arrivé à échéance le 18 août 2008, les féries ayant reporté celui-ci au 11 août 2008, conformément aux art. 17 al. 2, 31 et 56 ch. 2 LP. Or, en proposant la "solution Y._" le 20 août 2008 au liquidateur, il aurait implicitement contesté en temps utile l'acte de vente, de même que dans sa plainte du 1er septembre 2008, puis explicitement dans son recours du 31 octobre suivant.
Il convient d'examiner d'abord les griefs du recourant en relation avec le respect du délai de plainte. A défaut d'avoir agi en temps utile contre l'acte de vente du 24 juillet 2008, les critiques dirigées contre cette vente seraient, en effet, sans objet.
2.2 Hormis le cas mentionné à l'art. 20a al. 2 ch. 4 LP, la loi sur la poursuite pour dettes et la faillite ne prévoit pas d'obligation d'indiquer les voies de droit contre une décision (arrêt 7B.75/2008 du 6 juillet 2006 consid. 2.2.2). Cela étant, le recourant ne fait pas valoir que le droit de procédure jurassien imposerait une telle obligation (cf. art. 20a al. 3 LP). Ce grief est mal fondé dans cette mesure.
Pour le surplus, lorsque le recourant allègue qu'il n'était pas assisté d'un mandataire professionnel le 25 juillet 2008, respectivement le 11 août suivant, il se fonde sur des faits que l'arrêt entrepris ne constate pas; or, il ne soutient pas que l'état de fait aurait été établi de façon manifestement inexacte ou en violation du droit (cf supra, consid. 1.4). Partant, son grief est irrecevable. Au demeurant, il y a lieu de constater qu'il résulte de l'arrêt entrepris que l'intéressé avait déjà porté plainte devant l'autorité de surveillance contre une précédente décision du liquidateur de vendre son domaine agricole à F._ et G._, plainte qui avait été rejetée le 14 mars 2008; dans ces circonstances, le recourant ne saurait prétendre qu'il n'avait pas connaissance de la possibilité, respectivement du délai à respecter, pour former plainte contre la vente du 24 juillet 2008. Enfin, en considérant, comme il le fait valoir, que le délai de plainte serait arrivé à échéance le 11 août 2008, on ne saurait assimiler à une plainte au sens de la loi la proposition faite au liquidateur le 20 août 2008 de vendre à C._ et D.Y._; quant à la plainte formée le 1er septembre, à supposer qu'elle porte également sur la vente du 24 juillet 2008, elle est tardive.
Le délai pour contester la vente du 24 juillet 2008 n'ayant pas été respecté, les griefs du recourant à son égard, en particulier la violation du principe de la proportionnalité, sont sans objet.
3. Le recourant fait valoir que le liquidateur a fait preuve de formalisme excessif en refusant d'entrer en matière sur la "proposition Y._", alors qu'elle lui permettait de conserver une partie de ses terres et de poursuivre son activité professionnelle.
3.1 Le formalisme excessif est un aspect particulier du déni de justice prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. Il est réalisé lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi, complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (<ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 183; <ref-ruling> consid. 2a p. 142; <ref-ruling> consid. 2a/bb p. 34). L'interdiction du formalisme excessif appartient ainsi aux garanties constitutionnelles d'ordre procédural; en revanche, ce principe est inapplicable aux questions de droit matériel. En l'espèce, on comprend néanmoins que le recourant critique l'interprétation de la clause résolutoire figurant dans l'acte de vente du 24 juillet 2008.
3.2 Il résulte de l'arrêt attaqué que le recourant s'est présenté le 20 août 2008 à l'office des poursuites, accompagné de C._ et D.Y._, lesquels se sont déclarés prêts à acquérir une surface de 21,6 hectares du domaine du recourant pour le prix de 1'000'000 fr. Quant à E._, elle a proposé de payer immédiatement les 50'000 fr. manquants pour annuler la vente signée le 24 juillet 2008, avant de se rétracter le 22 août suivant. La cour cantonale a estimé que ces faits ne permettaient pas d'admettre que la condition résolutoire figurant dans l'acte de vente était remplie. Comme l'avait mentionné le liquidateur dans son courrier du 25 juillet 2008, il devait être en possession de la somme de 1'050'000 fr. le 19 août 2008 à 12 heures pour que la vente du domaine à B._ devienne caduque et sans effet; or, le 20 août 2008, aucune garantie ne lui a été remise par C._ et D.Y._, ni par E._. Dans ces circonstances, c'est à juste titre que l'autorité cantonale a constaté que la condition résolutoire n'était pas remplie et, partant, a confirmé le refus du liquidateur d'entrer en matière sur la "proposition Y._". Le recourant admet au demeurant que la condition résolutoire "n'était pas formellement remplie". Partant, son grief est infondé et confine à la témérité.
4. Vu ce qui précède, on ne voit pas en quoi la garantie de la propriété consacrée à l'art. 26 Cst. aurait été violée par l'autorité précédente, comme le soutient le recourant dans un ultime grief.
5. Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton du Jura, Autorité cantonale de surveillance en matière de poursuite pour dettes et de faillite.
Lausanne, le 9 février 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet