Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Der Beschwerdeführer erstattete mit Schreiben vom 16. Mai 2008 bei der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Zürich Strafanzeige gegen drei Oberrichter und zwei Gerichtssekretäre wegen Amtsmissbrauchs. Die Anzeige betreffend die beiden Gerichtssekretäre überwies die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich am 11. September 2008 der Anklagekammer zum Entscheid über die Eröffnung einer Strafuntersuchung mit dem Antrag, auf die Anzeige sei nicht einzutreten. Mit Beschluss vom 26. September 2008 trat die Anklagekammer mangels eines hinreichenden Verdachts auf die Anzeige nicht ein und eröffnete demgemäss keine Strafuntersuchung. Den dagegen erhobenen Rekurs des Beschwerdeführers wies die II. Zivilkammer des Obergerichts des Kantons Zürich am 28. November 2008 ab. Gegen diesen Beschluss richtet sich die vorliegende Beschwerde. Darin wird eine Verletzung von Art. 29 Abs. 2 und Art. 30 Abs. 1 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 und Art. 13 EMRK gerügt (Beschwerde Ziff. 3.1). Dass und inwieweit das Vorgehen der Anklagekammer, der Staatsanwaltschaft und der Vorinstanz gegen die erwähnten Bestimmungen der BV und der EMRK verstossen könnte, ergibt sich indessen aus der Beschwerde nicht. Soweit der Beschwerdeführer zusätzlich Strafanzeige wegen Begünstigung einreichen will, hat er dies bei den zuständigen zürcherischen Behörden, nicht aber beim hierfür unzuständigen Bundesgericht zu tun. Im Übrigen ist die Beschwerde infolge fortgesetzt mutwilliger Prozessführung des Beschwerdeführers ohnehin unzulässig im Sinne von <ref-law> (so schon <ref-ruling>). Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill