Sachverhalt:
A. Die 1967 geborene B._ meldete sich am 1. Oktober 2003 wegen Rücken- und Fussbeschwerden zum Bezug von Leistungen bei der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle Bern anerkannte zunächst einen Anspruch auf Berufsberatung und auf Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten (Verfügung vom 16. Juli 2004). Hienach sprach sie der Gesuchstellerin mit Verfügung vom 19. Juni 2007 ab 1. April 2004 bis 31. Januar 2007 eine ganze und ab 1. Februar 2007 unbefristet eine halbe Rente der Invalidenversicherung zu. Sie stützte sich dabei unter anderem auf das polydisziplinäre Gutachten der Medizinischen Begutachtungsstelle X._ vom 5. Februar 2007.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 24. März 2009 in der Weise ab, als es nach Androhung einer refomatio in peius die Rentenverfügung vom 19. Juni 2007 zu Ungunsten der Versicherten abänderte und einen Anspruch auf eine ganze Rente verneinte sowie denjenigen auf eine halbe Invalidenrente erst ab 1. Juni 2005 bejahte.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihr, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids, ab 1. April 2004 eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, allenfalls sei die Sache zu weiterer Prüfung an die Verwaltung zurückzuweisen. Eventuell sei die IV-Stelle zu verhalten, vor Erlass eines Rentenbescheids berufliche Eingliederungsmassnahmen zu prüfen, subeventualiter sei ihr ab 1. April 2004 eine ganze und ab 1. Februar 2007 eine halbe Invalidenrente auszuzahlen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) enthält sich der Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die gesetzlichen Bestimmungen über den Begriff der Invalidität (<ref-law>) sowie den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law> in der bis zum 31. Dezember 2007 gültigen Fassung) und die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) richtig wiedergegeben. Darauf wird verwiesen. Zu ergänzen ist, dass einem ärztlichen Bericht (voller) Beweiswert zuzuerkennen ist, wenn er für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt und in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, wenn die Beschreibung der medizinischen Situation und Zusammenhänge einleuchtet und die Schlussfolgerungen des Arztes begründet sind (<ref-ruling> E. 3a S. 352; Urteil 9C_178/2007 vom 25. Oktober 2007 E. 3.1).
3. Streitig und zu prüfen sind Beginn und Höhe der Invalidenrente.
3.1 Nach den weder offensichtlich unrichtigen noch rechtsfehlerhaft getroffenen und daher für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen des kantonalen Gerichts (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG) ist die Beschwerdeführerin gestützt auf die Expertise der Medizinischen Begutachtungsstelle X._ vom 5. Februar 2007 in der Lage, eine leidensangepasste Tätigkeit im Umfang von 50 % auszuüben, sofern sie die Arbeit auf den ganzen Tag verteilt und genügend Pausen einlegt. Im Weiteren erwog die Vorinstanz, der ausgeglichene Arbeitsmarkt weise diesem Leistungsprofil entsprechende Betätigungsmöglichkeiten auf, wogegen die Beschwerdeführerin letztinstanzlich erneut vorträgt, es bedürfe der Feststellung des Arbeitsmarktes, welcher der versicherten Person im konkreten Fall offen stehe, was Verwaltung und Vorinstanz nicht getan hätten. Mit diesem Zumutbarkeitsprofil lasse sich keine konkrete Arbeitsmöglichkeit und folglich auch nicht die Verwertung des Leistungsvermögens auf dem Arbeitsmarkt vorstellen, so die Beschwerdeführerin. Dem ist nicht beizupflichten. Es ist eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage, ob der ausgeglichene Arbeitsmarkt dem Zumutbarkeitsprofil entsprechende Stellen kennt, falls die Vorinstanz auf die allgemeine Lebenserfahrung abgestellt hat (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399; Urteil 8C_776/2008 vom 18. Juni 2009 E. 5.2; Urteil 9C_854/2008 vom 17. Dezember 2008 E. 3.2 mit Hinweisen), was hier der Fall ist. Vorinstanz und Verwaltung durften ohne weiteres schliessen, der ausgeglichene Arbeitsmarkt kenne dem Anforderungsprofil der Beschwerdeführerin entsprechende Stellen, zumal dieser einen Fächer verschiedenster Tätigkeiten aufweist (<ref-ruling> E. 4b S. 276 und seitherige Entscheide) und die freie Einteilung der Arbeitszeit - zum Beispiel im Rahmen von Blockzeiten - sowie die Teilzeitbeschäftigung in wenig qualifizierten Berufen weit verbreitet sind (vgl. Urteil 8C_489/2007 vom 28. Dezember 2007 E. 4.1). Die uneingeschränkte Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit steht damit fest.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt im Weiteren eine offensichtlich unrichtige Tatsachenfeststellung, weil im angefochtenen Entscheid zwar eine volle Arbeitsunfähigkeit für den angestammten Beruf der Serviceangestellten erwähnt, hingegen die gemäss Gutachten der Medizinischen Begutachtungsstelle X._ vom 5. Februar 2007 als Druckereimitarbeiterin (einer von ihr früher ausgeübten Beschäftigung) zu 100 % eingebüsste Leistungsfähigkeit nicht genannt werde. Inwiefern es sich bei Letztem um einen entscheidwesentlichen Umstand handeln soll, wird nicht dargetan. Namentlich übersieht die Versicherte, dass die Bemessung des Invaliditätsgrades nach den Verdienstmöglichkeiten in einer zumutbaren Verweistätigkeit vorgenommen wird (<ref-law>); dies ist im vorinstanzlichen Entscheid rechtsfehlerfrei festgehalten.
4. Das eventualiter gestellte Begehren auf Rückweisung der Sache an die Verwaltung zur Prüfung von Eingliederungsmassnahmen dringt nicht durch. Die IV-Stelle hat mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 16. Juli 2004 "Berufsberatung und Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten" zugesprochen. Zwar sind gemäss Schlussbericht vom 7. April 2005 die beruflichen Massnahmen vorderhand abgebrochen worden; indes hielt die Verwaltung die Beschwerdeführerin an, sich zu melden, sobald aus gesundheitlicher Sicht berufliche Massnahmen wieder möglich seien. Der Bericht kann nur so verstanden werden, dass die IV-Stelle den Vollzug der mit Verfügung vom 16. Juli 2004 zugesprochenen Massnahmen auf einen späteren Zeitpunkt verschoben hat, hingegen der Anspruch weiterhin besteht. Sodann verkennt die Beschwerdeführerin die Bedeutung von Massnahmen zur beruflichen Eingliederung, wenn sie dafür hält, diese dienten der Festlegung, "auf welchem Arbeitsmarkt" noch Tätigkeiten in Frage kämen. Gemäss <ref-law> (in der bis zum 31. Dezember 2007 gültigen Fassung) bezweckt die Eingliederung die Herstellung, Erhaltung oder Verbesserung der Erwerbsfähigkeit oder der Fähigkeit, sich im Aufgabenbereich zu betätigen. Hingegen erfolgt die Leistungseinschätzung nicht im Rahmen von Eingliederungsmassnahmen, sondern geht diesen vor (Urteil 8C_547/2008 vom 16. Januar 2009 E. 4.2.1, in: SVR 2009 IV Nr. 26 S. 73; Urteil 9C_833/2007 vom 4. Juli 2008 E. 3.3.2, in: Plädoyer 2009/1, S. 70). Es besteht keine Konnexität in dem Sinne, dass die Bestimmung des Zumutbarkeitsprofils die Prüfung der Eingliederungsfähigkeit und -bedürftigkeit zur Voraussetzung hat. Die Verfügung vom 16. Juli 2004, welche den Anspruch auf Eingliederungsmassnahmen im verfügten Rahmen bejaht, ist rechtskräftig, und der vorinstanzliche Entscheid hatte nur die Rentenverfügung vom 19. Juni 2007 zum Prozessgegenstand, so dass die Vorinstanz mit Recht auf das Begehren mangels Anfechtungsgegenstand nicht eingetreten ist.
5. 5.1 Die Vorinstanz stellte für das Bundesgericht verbindlich einen frühestmöglichen Rentenbeginn ab 1. April 2004 fest (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG), weil Frau Dr. med. S._, Fachärztin für Innere Medizin spez. Rheumaerkrankungen, im Bericht vom 8. Januar 2004 für den angestammten Beruf (Serviceangestellte) ab 2. April 2003 eine volle Arbeitsunfähigkeit attestiert habe. Laut genannter Ärztin und der Berichterstattung des Dr. med. R._, Facharzt für Neurochirurgie, vom 16. Februar 2004 - bestätigt durch Frau Dr. med. K._, RAD - hätte die Versicherte jedoch in einer angepassten Tätigkeit - namentlich in dem von ihr erlernten Beruf als Schuhverkäuferin - uneingeschränkt arbeiten können. Der ab 1. April 2004 von der Verwaltung verfügte Invaliditätsgrad von 100 % sei bei dieser Sachlage nicht ausgewiesen und ab 1. April 2004 habe kein leistungsbegründender Invaliditätsgrad bestanden, so das Gericht. Erst vom 1. Juni 2005 an sei zufolge einer von Dr. med. H._, Rheumatologische Poliklinik, Spital Y._, erhobenen fortgeschrittenen beidseitigen Coxarthrose eine Verschlechterung des gesundheitlichen Zustandes nachgewiesen, welche in einer angepassten Beschäftigung ein Arbeiten noch zu 50 % erlaubt habe. Hiegegen wendet die Beschwerdeführerin ein, das kantonale Gericht habe den abschliessenden Bericht der IV-Stelle vom 7. April 2005 übersehen, gemäss welchem aktuell und bis auf weiteres eine Arbeitsunfähigkeit von 100 % bestehe. Die Kritik ist nicht stichhaltig, da der Schlussbericht vom 7. April 2005 nur auf eine telefonische Unterredung mit dem behandelnden Arzt med. pract. E._, Facharzt für Allgemeine Medizin, Bezug nimmt und allein die Arbeitsfähigkeit, nicht jedoch die Zumutbarkeit in einer Verweistätigkeit beschlägt. Bundesrechtlich ist sodann das vorinstanzliche Abstellen auf den Abklärungsbefund des Facharztes Dr. med. H._ vom 23. Juni 2005 und die darauf gestützte Feststellung einer Zustandsverschlechterung und Arbeitsfähigkeit von 40 % bis 50 % nicht zu beanstanden, zumal der behandelnde Arzt med. pract. E._ die Beschwerdeführerin durch Dr. med. H._ untersuchen liess. Die Vorinstanz durfte daher dessen Einschätzung folgen, hingegen jene des med. pract. E._ ausser Acht lassen. Schliesslich zieht die Beschwerdeführerin das Ergebnis der Expertise der Medizinischen Begutachtungsstelle X._ vom 5. Februar 2007 zu Recht nicht in Zweifel, welche für eine adaptierte Beschäftigung gleichermassen eine Arbeitsfähigkeit von 50 % ausweist (vgl. E. 3.1 hievor).
5.2 Keine Einwände trägt die Versicherte mit Bezug auf Vergleichseinkommen und Leidensabzug (15 %) vor, weshalb eine Auseinandersetzung damit entfällt; denn das Bundesgericht prüft, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254), was hier nicht der Fall ist. Letztinstanzlich ist demzufolge vom Beginn des Rentenanspruchs am 1. Juni 2005 und einem Invaliditätsgrad von 58 % auszugehen. Nachdem der entscheiderhebliche Sachverhalt rechtsgenüglich abgeklärt worden ist, durfte die Vorinstanz ohne Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes auf die Anordnung weiterer Beweismassnahmen in antizipierter Beweiswürdigung verzichten (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 94; <ref-ruling> E. 1d S. 162). Dem Antrag, es sei die Sache zur Vornahme ergänzender Abklärungen zurückzuweisen, ist daher nicht stattzugeben.
5.3 Einen Leistungsanspruch ab 1. April 2004 verneinte das vorinstanzliche Gericht zu Recht und der Invaliditätsgrad von 58 % berechtigt lediglich zu einer halben Rente (<ref-law> in der bis zum 31. Dezember 2007 gültigen Fassung). Die im kantonalen Verwaltungsgerichtsverfahren vorgenommene Schlechterstellung (reformatio in peius) ist so gesehen begründet. Die Versicherte rügt hingegen, eine reformatio in peius könne in analoger Anwendung von <ref-law> frühestens auf den Zeitpunkt der Fällung des angefochtenen Entscheids vom 24. März 2009 erfolgen, weshalb die von der Vorinstanz ab 1. Juni 2005 zugesprochene halbe Invalidenrente verbunden mit der Aufhebung der ganzen Rente ab 1. April 2004 unzulässig sei. Sie beruft sich dabei auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung (Urteil 9C_58/2008 vom 29. Oktober 2008 E. 7.1, in: SZS 2009/53, S. 133).
6. 6.1 Nach der Rechtsprechung ist bei einer revisionsweisen Herabsetzung einer Rente im Falle einer reformatio in peius durch die Beschwerdeinstanz <ref-law> analog anwendbar (<ref-ruling> E. 3b S. 23, AHI 2000 S. 303 E. 3, Urteil I 27/07 vom 24. Januar 2008 E. 8). Demzufolge darf die Herabsetzung oder Aufhebung einer Rente bei Versicherten, welche die Leistung weder unrechtmässig erwirkt noch die Meldepflicht verletzt haben, nur für die Zukunft erfolgen (<ref-law>). Bei gerichtlicher Rentenherabsetzung oder -aufhebung wird die Änderung auf den ersten Tag des zweiten Monats wirksam, der der Zustellung des Urteils folgt (BGE, a.a.O.; erwähntes Urteil 9C_58/2008 vom 29. Oktober 2008).
6.2 Zwar ist die rechtskräftig zugesprochene Invalidenrente einer revisionsweisen Abänderung zugänglich (<ref-law>), hingegen sieht <ref-law> verfahrensrechtlich die Herabsetzung oder Aufhebung der Rente nur pro futuro vor. Die ratio legis der Bestimmung liegt darin, dass die versicherte Person nicht wegen einer rückwirkenden Reduktion oder Einstellung einer Invalidenrente Geldleistungen zurückzahlen soll, welche sie aufgrund eines rechtskräftigen Rentenentscheids gutgläubig bezogen hat. Zudem will ihr die Bestimmung Zeit zur Anpassung an die neuen finanziellen Verhältnisse geben (Urteil 8C_763/2008 vom 19. Juni 2009 E. 5, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4.3.5 S. 70; ZAK 1982 S. 336). Eine rückwirkende Herabsetzung oder Aufhebung der Rente mittels Revision lässt hingegen <ref-law> ausnahmsweise zu, wenn die unrichtige Ausrichtung einer Leistung darauf zurückzuführen ist, dass der Bezüger sie unrechtmässig erwirkt hat oder der ihm gemäss <ref-law> zumutbaren Meldepflicht nicht nachgekommen ist. <ref-law> gilt im Zusammenhang mit der Revision einer Rente. Anders ist die Rechtslage bei der ursprünglichen Rentenfestsetzung: Erst mit in Rechtskraft erwachsenem Entscheid entsteht ein rechtlich durchsetzbarer Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung. Sofern die versicherte Person den Rechtsweg gegen eine Rentenverfügung beschreitet, muss sie mit Blick auf <ref-law>, wonach im kantonalen Verfahren eine reformatio in peius zulässig ist, mit einer Schlechterstellung rechnen, welche den Streitgegenstand auch in zeitlicher Hinsicht umfasst (<ref-ruling> E. 2d S. 417; statt vieler Urteile 9C_371/2009 vom 21. August 2009; 9C_29/2007 vom 4. Februar 2008 E. 2.2; I 350/05 vom 29. September 2005). Wegen einer in peius abgeänderten Verfügung nachträglich zu Unrecht bezogene Rentenleistungen unterliegen der Rückerstattungspflicht, welcher namentlich die Gutgläubigkeit des Rentenbezügers nicht entgegensteht (<ref-law> und <ref-law>; Urteil 9C_805/2008 vom 13. März 2009 E. 2.4). Zudem ist im Verfahren der erstmaligen Rentenfestsetzung ein bestehender Rentenanspruch definitionsgemäss nicht berührt, sodass für eine Bestimmung wie <ref-law> - und sei dies nur in analoger Anwendung - kein Raum besteht. Die Versicherte befindet sich vertrauensschutzrechtlich nicht in der gleichen Position wie im Revisionsverfahren, wo eine bereits rechtskräftig zugesprochene Invalidenrente überprüft wird. Gemäss der ratio legis ist die analoge Anwendung von <ref-law> auf die reformatio in peius im erstinstanzlichen Beschwerdeverfahren betreffend die Revision der Invalidenrente nach <ref-law> zu beschränken.
6.3 Die hier im Rahmen der erstmaligen Rentenfestsetzung rückwirkend erfolgte Schlechterstellung der Beschwerdeführerin ist daher rechtens.
7. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Januar 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin