Faits:
A. Arrivé le 23 février 2009 à l'aéroport de Genève en provenance de Lagos via Istanbul, X._, né en 1986, alias Y._, ressortissant nigérian, y a déposé une demande d'asile. Par décision du 23 février 2009, l'Office fédéral des migrations (ci-après: l'Office fédéral) lui a refusé provisoirement l'entrée en Suisse et lui a attribué la zone de transit de l'aéroport comme lieu de résidence pendant 60 jours.
Par décision du 12 mars 2009, l'Office fédéral a rejeté la demande d'asile de l'intéressé et a ordonné son renvoi dès l'entrée en force de sa décision. Cette décision est entrée en force.
Le 27 mars 2009, l'intéressé a déclaré qu'il n'envisageait pas de quitter la Suisse. Par décision du même jour, il a été mis en détention administrative en vue de renvoi pour trois mois. Par décision du 30 mars 2009, la Commission cantonale de recours en matière administrative a confirmé la mise en détention. L'intéressé a recouru contre cette dernière décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève. Par arrêt du 16 avril 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Par arrêt du 4 juin 2009 (2C_316/2009), le Tribunal fédéral a confirmé l'arrêt du Tribunal administratif du 16 avril 2009.
Lors de son audition par les autorités nigérianes, l'intéressé a été reconnu comme ressortissant du Nigéria. Un laissez-passer, valable du 22 au 28 juin 2009, lui a été délivré par l'ambassade du Nigéria en Suisse. Le 24 juin 2009, une première tentative de renvoi a échoué en raison de la résistance physique de l'intéressé. Le 25 juin 2009, l'Office cantonal de la population a inscrit ce dernier sur un vol spécial pour le Nigéria et a demandé à la Commission cantonale de recours la prolongation de la détention pour une durée de trois mois.
L'audience de la Commission cantonale de recours s'est tenue le 25 juin 2009. L'intéressé, assisté d'un mandataire, s'est derechef opposé à son renvoi. L'Office cantonal de la population a précisé qu'un vol aurait vraisemblablement lieu en juillet ou en août. Les parties ont plaidé les questions liées au bref délai dans lequel la prolongation de la détention a été requise, notamment le changement de mandataire d'office à très bref délai, ainsi que la présence du personnel de sécurité durant l'entretien entre le mandataire et l'intéressé, en raison du défaut de local idoine à proximité de la salle d'audience. Par décision du même jour, communiquée le 26 juin par télécopie et notifiée le 30 juin 2009, la Commission cantonale de recours a prolongé la détention jusqu'au 31 août 2009.
L'intéressé a interjeté recours auprès du Tribunal administratif du canton de Genève contre la décision le 6 juillet 2009.
B. Par arrêt du 14 juillet 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Il a jugé en substance que le délai prévu par l'art. 8 al. 4 de la loi genevoise d'application de la loi fédérale sur les étrangers du 16 juin 1988 (LaLEtr; RSGE F 2 10) dans lequel l'office cantonal de la population doit saisir la commission d'une requête écrite et motivée, au plus tard 96 heures avant l'expiration de la détention ne constituait pas un délai impératif. Le mandat d'office de la précédente mandataire était arrivé à son terme avec la fin de la première procédure d'examen de la mise en détention en vue de refoulement, de sorte qu'elle n'avait pas à être avisée de la demande de prolongation de la détention. Les conditions dans lesquelles le nouveau mandataire avait pu se concerter avec l'intéressé violaient l'art. 12 al. 1 LaLEtr, mais n'avaient pas empêché ce dernier de faire valoir tous ses moyens de défense. Le vice avait en outre été réparé devant le Tribunal administratif. Sur le fond, la prolongation était justifiée et proportionnée aux circonstances.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public le 3 août 2009, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 14 juillet 2009 par le Tribunal administratif et d'ordonner sa libération immédiate. Il sollicite l'octroi de l'assistance judiciaire et la dispense du paiement des frais judiciaires. Il se plaint de l'interprétation arbitraire de l'art. 8 al. 4 LaLEtr.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Interjeté par une partie directement touchée par la décision et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre un jugement final (cf. art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82 lettre a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 lettre d LTF). Il est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai, la forme et le respect des exigences de motivation prévus par la loi (cf. art. 42, 100 al. 1 et 106 al. 2 LTF) et que l'on ne se trouve pas dans l'un des cas d'exceptions mentionnés par l'art. 83 LTF.
2. 2.1 Aux termes de l'art. 80 al. 2 de la loi fédérale du 16 décembre 2005 sur les étrangers (LEtr; RS 142.20), la légalité et l'adéquation de la détention doivent être examinées dans un délai de 96 heures par une autorité judiciaire au terme d'une procédure orale.
L'art. 8 al. 4 LaLEtr prévoit que s'il entend demander la prolongation de la détention en vue de renvoi ou d'expulsion, pour insoumission ou pour non collaboration à l'obtention des documents de voyage, l'office cantonal de la population doit saisir la commission d'une requête écrite et motivée, au plus tard 96 heures avant l'expiration de la détention.
2.2 Interprétant l'art. 8 al. 4 LaLEtr à la lumière de l'art. 80 al. 2 LEtr et des travaux du Grand Conseil du canton de Genève, le Tribunal administratif a jugé que l'exigence de l'art. 8 al. 4 LaLEtr ne figurait pas dans la loi fédérale sur les étrangers. Elle résultait plutôt de la volonté du législateur cantonal d'introduire pour des raisons pratiques et éthiques un délai préventif destiné à permettre à la Commission de recours de statuer en toute connaissance de cause et d'éviter une éventuelle prolongation abusive de quelques heures ou quelques jours seulement dans des situations qui, de l'avis de l'autorité judiciaire, ne le justifieraient pas. Le Tribunal administratif en a conclu que le délai de l'art. 8 al. 4 LaLEtr n'était pas un délai impératif dont la violation entraînait l'impossibilité pour la Commission de recours de statuer valablement sur une demande de prolongation. Dans le cas du recourant, il a constaté que l'Office cantonal avait saisi la Commission de recours tardivement, mais que celle-ci avait pu statuer après audition du recourant, en connaissance de cause et en temps utile avant l'échéance de la détention le 27 juin à minuit.
3. Le recourant soutient que l'interprétation par le Tribunal administratif de l'art. 8 al. 4 LaLEtr viole l'interdiction de l'arbitraire.
3.1 Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement préférable - paraît possible (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 177).
3.2 L'interprétation de l'art 8 al. 4 LALEtr n'est pas contraire à la loi fédérale sur les étrangers. Le recourant ne le soutient d'ailleurs pas. Elle ne s'écarte pas non plus de la volonté du législateur cantonal qui désirait que la Commission de recours soit saisie suffisamment tôt d'une demande de prolongation de la détention, pour éviter les abus en la matière, et qui résume la situation en ces termes: "Une telle garantie n'est pas spécifiquement prévue par la loi fédérale, mais elle paraît nécessaire pour des raisons pratiques et éthiques" (Mémorial du Grand Conseil 1996, p. 7526). Il s'agit en effet de mettre la Commission dans la position de statuer en toute connaissance de cause avant l'expiration du délai de trois mois. Le Tribunal administratif aurait pu ajouter qu'il convenait également d'éviter qu'un délai trop court ne porte préjudice aux droits de la défense. Quoi qu'il en soit, l'interprétation du Tribunal administratif, qui consiste à qualifier l'art. 8 al. 4 LaLEtr de disposition d'ordre, n'est pas manifestement contraire au but assigné par le droit fédéral à la procédure de contrôle de la détention en vue de renvoi. Elle n'est de ce fait ni insoutenable ni arbitraire.
Le recourant fait référence à l'arrêt 2A.541/2000 du 5 mars 2001 (consid. 4e), qui donne la priorité au délai de droit cantonal de 72 heures dans lequel la légalité et l'adéquation de la détention doit être examinée sur le délai de droit fédéral de 96 heures. Il soutient que cette jurisprudence doit conduire à considérer le délai de l'art. 8 al. 4 LaLEtr comme impératif. Son objection n'est pas convaincante. Il confond en effet le délai dans lequel l'examen de la légalité et l'adéquation de la détention doivent être examinées, dont la durée est prévue par le droit fédéral, avec celui de l'art. 8 al. 4 LaLEtr de droit purement cantonal, qui ne concerne que la demande de prolongation de la détention. Il ne peut par conséquent rien en déduire à son avantage. A l'instar du droit fédéral, il n'est pas nécessaire de décider de manière abstraite dans quelle limite une demande de prolongation peut encore être déposée avant l'expiration de la détention sans porter préjudice à la procédure d'examen de celle-ci. Les garanties constitutionnelles de procédure, dont le recourant n'invoque ni ne motive la violation dans son cas, constituent à cet égard des cautèles suffisantes.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, le recourant doit en principe supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1, 1ère phrase LTF). Le recours était dénué de chances de succès, de sorte que la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (cf. art. 64 al. 1 et 2 LTF a contrario). Compte tenu des circonstances, il se justifie cependant de statuer sans frais (art. 66 al. 1, 2e phrase LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
4. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Office cantonal de la population, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et au Tribunal administratif du canton de Genève, en section, ainsi qu'à l'Office fédéral des migrations.
Lausanne, le 20 août 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Le Greffier:
Merkli Dubey