Faits:
A. A._, né le 25 septembre 1971, est titulaire d'un permis de conduire depuis le 4 janvier 1990. Le 10 octobre 2007, vers 18h55, alors qu'il circulait sur la route de Châtel-Saint-Denis, entre Corsier-sur-Vevey et Chardonne, il a perdu la maîtrise de son véhicule, franchi la ligne de sécurité centrale et heurté une voiture venant normalement en sens inverse. Il présentait au moment des faits une alcoolémie comprise entre 2,50 et 2,76 g o/oo. Il s'est vu notifier une interdiction provisoire de conduire un véhicule automobile.
Le 29 novembre 2007, la Commission des mesures administratives en matière de circulation routière du canton de Fribourg (ci-après: la Commission des mesures administratives) a prononcé le retrait préventif du permis de conduire de A._ pour une durée indéterminée vu le doute subsistant sur son aptitude à conduire un véhicule automobile au regard du rapport médical établi le 14 novembre 2007 par le docteur B._. La reconsidération de cette mesure était subordonnée à la production d'un rapport d'expertise établi par un médecin spécialiste en alcoologie. Cette décision n'a pas été contestée.
Le 7 juillet 2008, A._ s'est rendu auprès de l'Unité de médecine du trafic de l'Institut de Médecine légale de l'Université de Lausanne. Au regard des résultats des analyses sanguines et autres examens pratiqués à cette occasion, l'expert a demandé d'effectuer un mois d'abstinence d'alcool. A._ s'est présenté le 30 septembre 2008 pour une nouvelle prise de sang. Au vu des résultats encore plus perturbés, un entretien a eu lieu le 13 novembre 2008 avec l'expert. Une stéatose ou une cause virale restant possible, celui-ci a demandé d'effectuer un ultrason hépatique, une sérologie de dépistage des hépatites B et C et la poursuite de l'abstinence sur une période de trois mois avec prises de sang tous les mois. A._ a refusé de se soumettre à de nouveaux examens. Le 1er décembre 2008, l'Unité de médecine du trafic de l'Institut universitaire de médecine légale a rendu son rapport définitif et conclut à la persistance d'un doute très important de problématique éthylique et à l'impossibilité de conclure l'expertise vu le refus de l'expertisé d'effectuer les examens complémentaires et l'abstinence demandée.
Le 5 février 2009, la Commission des mesures administratives a pris une nouvelle décision de retrait du permis de conduire de A._ à titre préventif jusqu'à ce que les motifs d'exclusion aient été élucidés, estimant qu'il subsistait de sérieux doutes sur l'aptitude à conduire au vu des résultats du rapport d'expertise du 1er décembre 2008. Elle a chargé l'Unité de Médecine et de Psychologie du Trafic du Centre Universitaire Romand de Médecine Légale d'évaluer dans le cadre d'une expertise l'aptitude de l'intéressé à la conduite de véhicules du troisième groupe et à indiquer les moyens thérapeutiques et/ou autres à mettre en oeuvre pour qu'il puisse recouvrer son aptitude.
Statuant par arrêt du 27 mars 2009, la IIIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal ou la cour cantonale) a rejeté le recours formé par A._ contre cette décision.
B. Par acte du 27 avril 2009, A._ a recouru contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à la restitution immédiate de son permis de conduire faute d'éléments prouvant la moindre incapacité à conduire malgré les examens effectués et l'absence d'antécédents.
La Commission des mesures administratives et le Tribunal cantonal concluent au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des art. 82 LTF est ouverte contre les décisions prises en dernière instance cantonale au sujet de mesures administratives de retrait du permis de conduire dans la mesure où aucun motif d'exclusion au sens de l'art. 83 LTF n'entre en considération. La contestation porte sur le retrait à titre préventif du permis de conduire du recourant en application de l'art. 30 de l'ordonnance réglant l'admission des personnes et des véhicules à la circulation routière (OAC; RS 741.51). Cette mesure provisoire a été rendue dans une procédure destinée à déterminer l'aptitude à conduire de l'intéressé et la nécessité éventuelle d'un retrait de sécurité. La décision attaquée n'a donc pas mis fin à la procédure cantonale; formellement, elle constitue une décision incidente (cf. <ref-ruling> consid. 1a p. 361/362). Le recours est néanmoins ouvert, la condition du préjudice irréparable posée à l'art. 93 al. 1 let. a LTF étant réalisée (arrêt 1C_233/2007 du 14 février 2008 consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1b p. 362). Le recourant a pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. Il a par ailleurs un intérêt digne de protection à ce que l'arrêt attaqué soit annulé en tant qu'il confirme en dernière instance cantonale une décision qui le prive de son permis de conduire jusqu'à ce que son aptitude à conduire soit démontrée. Pour le surplus, formé en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral, le recours satisfait aux exigences des art. 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
2. Lorsque le recours est dirigé, comme en l'espèce, contre une décision portant sur une mesure provisionnelle au sens de l'art. 98 LTF, seule peut être invoquée la violation des droits constitutionnels (arrêt 1C_233/2007 du 14 février 2008 consid. 1.2). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, les griefs soulevés doivent être suffisamment motivés, sous peine d'être déclarés irrecevables (<ref-ruling> consid. 2 p. 591). Il est douteux que le recours tel qu'il est motivé réponde à ces conditions. Le recourant ne cite en effet aucune norme du droit fédéral matériel ou du droit constitutionnel fédéral qui aurait été violée ou mal appliquée. La recevabilité du recours au regard des exigences de motivation précitées importe en définitive peu car il est de toute manière infondé.
3. Le recourant conclut à la restitution immédiate de son permis de conduire au motif que la preuve de son inaptitude à conduire en raison d'une dépendance à l'alcool n'aurait pas été rapportée en dépit des analyses effectuées.
3.1 L'art. 16d al. 1 let. b LCR prévoit que le permis d'élève conducteur ou le permis de conduire est retiré pour une durée indéterminée à la personne qui souffre d'une forme de dépendance la rendant inapte à la conduite. Aux termes de l'art. 30 OAC, le permis de conduire peut être retiré à titre préventif lorsqu'il existe des doutes sérieux quant à l'aptitude à conduire de l'intéressé. Cette disposition institue une mesure provisoire destinée à protéger les intérêts menacés jusqu'à l'issue de la procédure principale portant sur un retrait de sécurité. En effet, vu l'importance du risque inhérent à la conduite des véhicules automobiles, il s'impose qu'un conducteur puisse se voir retirer son permis, à titre préventif, dès que des indices autorisent à penser qu'il représente un risque particulier pour les autres usagers de la route et font douter sérieusement de sa capacité à conduire. Une preuve stricte n'est pas nécessaire. En effet, si une telle preuve était apportée, c'est un retrait de sécurité qu'il y aurait lieu d'ordonner sans plus attendre. Au contraire, le retrait préventif intervient, par définition, avant que tous les éclaircissements nécessaires pour juger de la nécessité d'un retrait de sécurité aient été obtenus. Pour décider d'un retrait préventif, l'autorité doit donc se fonder sur les éléments dont elle dispose en l'état. La prise en considération de tous les éléments plaidant pour ou contre l'aptitude de l'intéressé à la conduite de véhicules automobiles aura lieu à l'issue de la procédure au fond (<ref-ruling> consid. 2b p. 496; <ref-ruling> consid. 3a p. 364; arrêt 1C_420/2007 du 18 mars 2008 consid. 3.2 in JdT 2008 I 467). Selon la jurisprudence, un examen de l'aptitude à conduire doit être ordonné lorsqu'un conducteur circulant en étant pris de boisson présente une alcoolémie supérieure ou égale à 2,5 g o/oo, indépendamment des autres circonstances, soit même s'il n'a pas commis d'infraction de cette nature dans les cinq ans qui précèdent. En effet, les personnes avec un taux aussi élevé disposent d'une tolérance à l'alcool très importante qui indique en général une dépendance à cette substance (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 87; <ref-ruling> consid. 3c p. 125; <ref-ruling> consid. 2e p. 191). Cet examen comprend une analyse sanguine où sont mesurés divers marqueurs d'abus d'alcool, à laquelle viennent s'ajouter une analyse approfondie des données personnelles du conducteur concerné, un examen détaillé des courses effectuées en état d'ébriété, une anamnèse de l'alcoolisme, soit une analyse du comportement de consommation (consommateur d'habitude ou occasionnel) de l'intéressé et de son impression subjective à ce propos, de même qu'un examen médical complet, où l'on prêtera une attention particulière aux changements de peau dus à l'alcool (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 89; arrêt 6A.23/2006 du 12 mai 2006 consid. 2.1 in JdT 2006 I 421).
3.2 En l'occurrence, le recourant, qui a concrètement et gravement mis en danger la santé voire la vie d'autrui par son comportement, présentait une alcoolémie minimale de 2,5 g o/oo au moment des faits ayant conduit à son interdiction provisoire de conduire, rendant indispensable un examen de l'aptitude à la conduite selon la jurisprudence précitée sans égard au fait qu'il n'a aucun antécédent en près de vingt ans de conduite d'un véhicule automobile. L'examen médical auquel il s'est soumis auprès du docteur Barras a mis en évidence une anomalie hépatique et trois marqueurs au-dessus de la norme propres à éveiller un doute fondé sur une éventuelle dépendance à l'alcool et à justifier une expertise médicale complémentaire par un spécialiste en alcoologie de manière à écarter une telle éventualité. Les différents examens et analyses que le recourant a subis le 7 juillet 2008 auprès de l'Institut universitaire de médecine légale n'ont pas permis de lever ce doute. Les réponses données par le recourant à certaines questions ont conduit l'expert à retenir une tolérance augmentée à l'alcool et des pertes de contrôle occasionnelles de la consommation d'alcool. L'examen clinique a mis en évidence une atteinte hépatique et des stigmates physiques compatibles avec une dépendance à l'alcool, tels que l'érythrose faciale et du décolleté et de la tachycardie. L'analyse sanguine a révélé des normes au-dessus de la moyenne pour deux marqueurs d'abus d'alcool sans toutefois être pathognomoniques. La seconde analyse de sang effectuée le 30 septembre 2008 au terme d'une période d'abstinence d'un mois a également mis en exergue des marqueurs au-dessus de la moyenne. L'expert a dès lors requis différentes mesures complémentaires de manière à exclure une cause physique à ces résultats, soit un ultrason hépatique, une sérologie de dépistage pour les hépatites et la poursuite d'une abstinence sur trois mois avec des prises de sang tous les mois. Des résultats positifs erronés peuvent en effet parfois être obtenus, notamment en cas de lourdes insuffisances hépatiques (cf. <ref-ruling> consid. 6.2.1 p. 90). Le recourant a refusé de se soumettre à ces mesures qui auraient permis de lever les doutes sur une éventuelle dépendance alcoolique résultant des résultats négatifs des analyses. Il prétend certes avoir entrepris à titre personnel en novembre 2008 un contrôle complet de son état de santé avec une échographie du foie dont le résultat exclurait une éventuelle atteinte hépatique et lèverait tout doute sur son aptitude à conduire. On cherche toutefois en vain dans le dossier cantonal des pièces attestant ces dires. Le recourant ne prétend pas les avoir communiquées à l'expert avant que celui-ci ne rende son rapport final ou aux autorités cantonales avant qu'elles ne statuent de sorte que l'on ne saurait leur reprocher de ne pas en avoir tenu compte dans leur appréciation.
Cela étant, la cour cantonale pouvait à juste titre voir dans les éléments à sa disposition des indices concrets suffisants d'une inaptitude du recourant à conduire sans danger un véhicule à moteur en raison d'une éventuelle dépendance à l'alcool, alors même qu'il ne s'est jusqu'alors pas fait remarquer négativement par son comportement sur la route pour des problèmes de cette nature. Enfin, dès l'instant où elle pouvait conclure à l'existence d'un doute fondé sur la capacité de l'intéressé à circuler au volant d'un véhicule automobile, elle n'avait d'autre choix que de prononcer le retrait immédiat à titre préventif du permis de conduire, jusqu'à droit connu sur le résultat de l'expertise destinée à dissiper ce doute. Le recourant conteste il est vrai les frais importants inhérents aux mesures complémentaires requises par l'expert et les contraintes qu'elles représentent. L'arrêt attaqué ne définit pas les mesures auxquelles devra se soumettre le recourant, mais laisse à l'expert le soin de les déterminer. Le Tribunal fédéral a par ailleurs déjà jugé qu'il n'était manifestement pas contraire au droit fédéral de prévoir en principe la prise en charge des frais d'expertise par le conducteur visé (cf. arrêt 1C_163/2007 du 4 juillet 2007 consid. 4). Aussi le recourant ne saurait s'opposer pour ce motif à une expertise destinée à définir son aptitude à conduire un véhicule automobile en toute sécurité. Cette question excède au demeurant l'objet du litige qui porte exclusivement sur la nécessité de procéder à une nouvelle expertise et non sur la question de la prise en charge des frais inhérents à une telle mesure.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais du recourant qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à la Commission des mesures administratives en matière de circulation routière et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 27 mai 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Parmelin