Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Nachdem der Beschwerdeführer mit Verfügung vom 27. Februar 2012 aufgefordert wurde, dem Bundesgericht spätestens am 19. März 2012 einen Kostenvorschuss von Fr. 1'000.-- einzuzahlen, teilte er mit, dass er den Vorschuss nach der Entlassung aus dem Gefängnis einzahlen werde (act. 14). Wie es sich damit verhält, kann offen bleiben, weil die Beschwerde aus einem anderen Grund unzulässig ist.
2. Die Beschwerde richtet sich gegen eine Verfügung des Departements Volkswirtschaft und Inneres, Amt für Justizvollzug, des Kantons Aargau betreffend Vollzugsbefehl nach Verhaftung vom 17. Februar 2012. Da es um einen Entscheid über den Vollzug von Strafen und Massnahmen geht, kommt grundsätzlich nur die Beschwerde in Strafsachen in Betracht (<ref-law>). Gemäss Rechtsmittelbelehrung kann gegen die angefochtene Verfügung indessen beim Regierungsrat des Kantons Aargau eine Beschwerde im Sinne von § 50 ff. des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Aargau (VRPG) eingereicht werden. Dies wird vom Beschwerdeführer in Abrede gestellt (vgl. act. 6 S. 5). Mit der kantonalen Beschwerde können jedoch alle Mängel des Verfahrens und des angefochtenen Entscheids geltend gemacht werden (§ 52 VRPG), also auch die Verletzung von Grundrechten. Da der angefochtene Entscheid nicht von der letzten kantonalen Instanz gefällt wurde, ist in Anwendung von <ref-law> auf die Beschwerde im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
3. Ausnahmsweise kann auf eine Kostenauflage verzichtet werden.

Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Schneider
Der Gerichtsschreiber: Monn