Sachverhalt:
A.
Die X._ AG mit Sitz in U._ ist eine Aktiengesellschaft mit einem Aktienkapital von Fr. 300'000.--, eingeteilt in 300 Namenaktien zu Fr. 1'000.--. Sie bezweckt u.a. den Erwerb, die Verwaltung und die Veräusserung von Beteiligungen an Unternehmen. Alleiniger Aktionär und Präsident des Verwaltungsrats ist A._. Er hält die Aktien in seinem Privatvermögen.
Unter der Firma Y._ AG mit Sitz in V._ besteht eine weitere Aktiengesellschaft mit einem Aktienkapital von Fr. 100'000.--, eingeteilt in 100 Namenaktien zu Fr. 1'000.--. Sie bezweckt das Halten von Beteiligungen. Sie ging im Jahre 2007 aus der Fusion der Z._ AG mit Sitz in V._ mit der alten Y._ AG mit Aktiven und Passiven hervor, die dadurch erlosch; gleichzeitig wurde die Z._ AG in Y._ AG umfirmiert (Fusion durch Absorption; Fusionsvertrag vom 16. März 2007; Handelsregistereintrag vom 13. Juni 2007). Nach der Fusion bestand somit nur noch die neue Y._ AG (ex Z._ AG). Auf diese Weise konnte die Holdingstruktur vereinfacht werden.
Aktionäre der neuen Y._ AG sind A._ mit 50 % sowie B._ und C._ mit je 25 % der Namenaktien der neuen Gesellschaft.
Kurz nach Vollzug der Fusion verkaufte A._ mit Vertrag vom 15. Juni 2007 seine bisher im Privatvermögen gehaltene 50%ige Beteiligung an der Y._ AG zum Preis von Fr. 50'000.-- (Nominalwert) an die X._ AG. Das Aktienkapital der X._ AG belief sich nach dem Beteiligungskauf unverändert auf Fr. 300'000.--.
B.
Die ESTV erblickte im Verkauf der 50%igen Beteiligung an der Y._ AG an die X._ AG zum Nennwert einen Zuschuss des Aktionärs in der Höhe der Differenz zwischen dem Kaufpreis und dem höheren Verkehrswert der Beteiligung und erhob darauf die Emissionsabgabe im Betrag von Fr. 3'687'000.-- (1 % von Fr. 368'700'000.--) zuzüglich Zins.
Mit Einsprache machte die Gesellschaft geltend, sie schulde keine Emissionsabgabe, da es sich um eine von der Abgabe ausgenommene Umstrukturierung im Sinne von Art. 6 Abs. 1 lit. a bis des Bundesgesetzes über die Stempelabgaben vom 27. Juni 1973 (StG; SR 641.10, in der Fassung vom 3. Oktober 2003, AS 2004 2617) handle. Mit Einspracheentscheid vom 23. Oktober 2013 hiess die ESTV die Einsprache der X._ AG teilweise gut und reduzierte die Emissionsabgabe aufgrund einer Korrektur beim Verkehrswert der eingebrachten Beteiligung um Fr. 87'000.-- auf Fr. 3'600'000.--. Im Übrigen wies sie die Einsprache ab.
C.
Eine Beschwerde der steuerpflichtigen Gesellschaft wies das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 18. September 2014 ab.
D.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die X._ AG, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und die ESTV zu verpflichten, der Beschwerdeführerin die bereits bezahlte Emissionsabgabe von Fr. 3'687'000.-- zuzüglich Zins von 5 % seit 27. Juli 2011 zurückzuerstatten.
Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die ESTV schliesst in ihrer Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (Art. 100 Abs. 1 BGG) und Form (Art. 42 BGG) eingereicht und richtet sich gegen den Endentscheid (Art. 90 BGG) des Bundesverwaltungsgerichts (Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin ist durch das angefochtene Urteil besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG).
1.2. Mit der Beschwerde können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), sofern die diesbezüglichen Feststellungen nicht offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.4. Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung von Bundesrecht, nämlich von Art. 61 Abs. 1 lit. c DBG (SR 642.11) in Verbindung mit Art. 6 Abs. 1 lit. a bis StG. Sie beruft sich ferner auf die verfassungsmässigen Gebote der rechtsgleichen Behandlung und des Handelns nach Treu und Glauben (Art. 8 Abs. 1 und Art. 9 BV). Diese sieht sie dadurch verletzt, dass die ESTV ihre eigenen Praxisanweisungen (Kreisschreiben Nr. 5 Umstrukturierungen vom 1. Juni 2004, nachfolgend: Kreisschreiben Nr. 5) übergangen habe.
2.
2.1. Gemäss Art. 5 Abs. 1 lit. a StG erhebt der Bund eine Emissionsabgabe auf der entgeltlichen oder unentgeltlichen Begründung und Erhöhung des Nennwertes u.a. von Beteiligungsrechten in Form von Aktien inländischer Gesellschaften. Diesem Tatbestand gleichgestellt sind die Zuschüsse (versements supplémentaires, versamenti suppletivi), welche die Gesellschafter ohne entsprechende Gegenleistung an die Gesellschaft erbringen, ohne dass das im Handelsregister eingetragene Gesellschaftskapital erhöht wird (vgl. Art. 5 Abs. 2 lit. a StG). Unter den Begriff Zuschüsse fallen nicht nur Geldzahlungen, sondern sämtliche Formen der Vorteilsgewährung, sofern diese "sich nur aus dem mitgliedschaftlichen Beteiligungsverhältnis erklären lassen" (Botschaft des Bundesrates vom 25. Oktober 1972 zum Stempelabgabegesetz, BBl 1972 II 1290 ad Art. 5 Abs. 2). Der Begriff Zuschüsse ist mithin wirtschaftlich zu verstehen (Eckert/Piquet, in: StG Kommentar Stempelabgaben, 2006, N. 28 ff. zu Art. 5 StG).
Steuersubjekt und damit abgabepflichtig für die Beteiligungsrechte ist die inländische Gesellschaft (Art. 10 Abs. 1 StG). Die Abgabe beträgt 1 % (Art. 8 Abs. 1 StG in der Fassung vom 10. Oktober 1997, AS 1998 669) und wird vom Betrag berechnet, welcher der Gesellschaft als Gegenleistung für die Beteiligungsrechte zufliesst, mindestens aber vom Nennwert (Art. 8 Abs. 1 lit. a StG). Bei Zuschüssen ist für die Berechnung der Abgabe die Höhe des Zuschusses massgebend (Art. 8 Abs. 1 lit. b StG). Sachen und Rechte sind dabei zum Verkehrswert im Zeitpunkt ihrer Einbringung zu bewerten (Art. 8 Abs. 3 StG).
2.2. Es ist vorliegend unbestritten, dass der Verkauf der 50%igen Beteiligung an der Y._ AG durch den Alleinaktionär und Verwaltungsratspräsidenten der Beschwerdeführerin, A._, an die Beschwerdeführerin einen Zuschuss im Sinne von Art. 5 Abs. 2 lit. a StG bedeutet. Der Kaufpreis (Fr. 50'000.--) entspricht dem Nennwert der Aktien. Der effektive Wert der Beteiligung wird weit höher eingeschätzt. Im Einspracheverfahren berechnete die ESTV den Unternehmenswert der Y._ AG auf Fr. 720'100'000.-- (abgerundet) und den Wert der 50%igen Beteiligung - nach Abzug des Kaufpreises von Fr. 50'000.-- - auf Fr. 360'000'000.-- (Einspracheentscheid S. 43). Diese Unternehmensbewertung ist vorliegend nicht mehr bestritten.
2.3. Einzig streitig ist, ob der abgabepflichtige Zuschuss im Zuge einer Umstrukturierung im Sinne von Art. 6 Abs. 1 lit. a bis StG erfolgte und gemäss dieser Vorschrift von der Emissionsabgabe ausgenommen ist. Diese Frage ist im Folgenden zu prüfen.
3.
3.1. Gemäss Art. 6 Abs. 1 lit. a bis StG in der Fassung gemäss Fusionsgesetz vom 3. Oktober 2003 (AS 2004 2617) sind von der Abgabe ausgenommen:
"Beteiligungsrechte, die in Durchführung von Beschlüssen über Fusionen oder diesen wirtschaftlich gleichkommende Zusammenschlüsse, Umwandlungen und Spaltungen von Aktiengesellschaften, Kommanditaktiengesellschaften, Gesellschaften mit beschränkter Haftung oder Genossenschaften begründet oder erhöht werden".
Art. 6 Abs. 1 lit. a bis StG wurde bereits mit der Revision des Bundesgesetzes über die Stempelabgaben vom 4. Oktober 1991 (AS 1993 222) in das Gesetz aufgenommen und mit Änderung vom 3. Oktober 2003 der Terminologie des Fusionsgesetzes angepasst. Die Vorschrift bezweckt, Kapitalbeschaffungen im Zusammenhang mit Umstrukturierungen, die oftmals unter dem Druck wirtschaftlicher Notwendigkeit erfolgen, steuerlich zu entlasten (Bericht der Kommission des Nationalrates vom 16. September 1991, BBl 1991 IV 516 Ziff. 42). Bereits das Stempelgesetz in der Fassung vom 27. Juni 1973 (AS 1974 11) kannte für "Beteiligungsrechte, die in Durchführung von Beschlüssen über Fusionen oder diesen wirtschaftlich gleichkommende Zusammenschlüsse, Umwandlungen und Spaltungen" begründet werden, einen privilegierten Satz (aufgehobener Art. 9 Abs. 1 lit. a StG).
3.2. Der Begriff des wirtschaftlich einer Fusion gleichkommenden Zusammenschlusses von Gesellschaften ist im StG nicht näher umschrieben (so bereits <ref-ruling> E. 3 S. 143 ff.). Im DBG und StHG wurde der Begriff der "fusionsähnlichen Zusammenschlüsse" erst im Zusammenhang mit dem Fusionsgesetz eingeführt (Art. 19 Abs. 1 lit. c, Art. 61 Abs.1 lit. c DBG; Art. 8 Abs. 3 lit. c, Art. 24 Abs. 3 lit. c StHG). In der Praxis war der Begriff allerdings schon länger geläufig und waren Umstrukturierungen bzw. Zusammenschlüsse, die durch Beteiligungsaustausch und nicht durch direkte Fusion zustandekamen, steuerlich privilegiert ( UEBELHART/WENGER, Fusionsähnlicher Zusammenschluss, ST 2004 S. 982; vgl. ERNST KÄNZIG, Die direkte Bundessteuer, II. Teil, 2. Aufl. 1992, N. 291 ff. zu Art. 49 Abs. lit. b BdBSt).
Der Begriff fusionsähnlicher Zusammenschluss (gleichbedeutend Quasifusion ) ist auch im Privatrecht und namentlich im Fusionsgesetz vom 3. Oktober 2003 (FusG; SR 221.301) nicht normiert (Uebelhart/ Wenger, a.a.O., S. 981). Dessen Bedeutung ist daher durch Auslegung zu ermitteln. Es handelt sich bei den fusionsähnlichen Zusammenschlüssen um wirtschaftliche Vorgänge, weshalb eine wirtschaftliche Betrachtungsweise Platz greifen muss (Urteil 2A.84/2001 vom 5. März 2002 E. 2.2, 4.4, in: ASA 72 S. 170, StR 57/2002 S. 577, RDAF 2002 II 361). Bei den Beratungen zum Fusionsgesetz empfahl der Ständerat dem Bundesrat zudem, in den Vollzugsbestimmungen zum Verrechnungs- und Stempelsteuerrecht die Begriffe gleich wie im Gewinnsteuerrecht zu definieren und anzuwenden (Beschluss des Ständerates vom 21. März 2001, zit. in: Kreisschreiben Nr. 5 Ziff. 2.4.1; SIMONEK/NORDIN, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. II/3, 2006, N. 31 zu Art. 6 StG). Nach einer Formel des Bundesgerichts zur Stempelabgabe werden als der Fusion wirtschaftlich gleichkommende Zusammenschlüsse Transaktionen bezeichnet, die aus irgendwelchen Gründen nicht als Fusionen abgewickelt werden, aber wirtschaftlich die gleiche Wirkung haben wie eine Fusion und ausserdem die Gründe, die zur steuerlichen Privilegierung der Fusion führen, auch auf einen solchen Zusammenschluss zutreffen (<ref-ruling> E. 3a S. 143; Urteil 2A.17/1994 vom 5. Februar 1996 E. 3b, in ASA 65 S. 666).
3.3. Auszugehen ist für die Begriffsbestimmung von der (echten) Fusion. Eine Fusion erfolgt durch Zusammenschluss von zwei oder mehreren Gesellschaften zu einer neuen Gesellschaft (Kombinationsfusion) oder durch Übernahme einer oder mehrerer Gesellschaften durch eine andere Gesellschaft (Absorptionfusion). Mit der Fusion wird die übertragende Gesellschaft aufgelöst und im Handelsregister gelöscht (Art. 3 Abs. 1 und 2 des Fusionsgesetze vom 3. Oktober 2003 [FusG; SR 221.301]). Die Fusion wird daher definiert als rechtliche Vereinigung (Verschmelzung) von zwei oder mehreren Gesellschaften durch Vermögensübernahme ohne Liquidation. Wesensmerkmale der Fusion sind die Universalsukzession und die mitgliedschaftliche Kontinuität (Tschäni/Gaberthüel, in: Basler Kommentar, Fusionsgesetz, 2. Aufl. 2015, N. 1 und 6 zu Art. 3 FusG). Soweit es zur Wahrung der Rechte der Gesellschafter der übertragenden Gesellschaft erforderlich ist, muss die übernehmende Gesellschaft das Gesellschaftskapital erhöhen (Art. 33 Abs.1 FusG).
3.4. Demgegenüber erscheint die Quasifusion als Zusammenführung von Unternehmen zu einer engen wirtschaftlichen Einheit unter Wahrung der rechtlichen Identität der einzelnen Unternehmen. Im Gegensatz zur echten Fusion kommt es bei diesem Vorgang nicht zu einer rechtlichen Verschmelzung der zusammengeführten Unternehmen, sondern bleiben diese bestehen (Markus Reich, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, 2. Aufl. 2008, N. 63 zu Art. 61 DBG). Der Zusammenschluss erfolgt vielmehr durch Austausch der Beteiligungsrechte dergestalt, dass die übernehmende Gesellschaft eine Kapitalerhöhung unter Verzicht auf das Bezugsrecht ihrer Anteilsinhaber vornimmt. Die neu ausgegebenen Beteiligungsrechte werden sodann den Anteilsinhabern der zu übernehmenden Gesellschaft gegen Sacheinlage ihrer Beteiligungsrechte in die übernehmende Gesellschaft angeboten. Daneben kann zur Abgeltung auch ein Teil in bar geleistet werden. Die Anteilsinhaber der übernommenen Gesellschaft werden somit dank den neu ausgegebenen Beteiligungsrechten zu Anteilsinhabern der übernehmenden Gesellschaft (Urs R. Behnisch, Die Umstrukturierung von Kapitalgesellschaften, 1996, S. 14 f.; Reich, a.a.O., N. 63 zu Art. 61 DBG; s. auch Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 3 N. 3 S. 338; Urteil 2A.135/2000 vom 9. November 2001 E. 5b, in: ASA 72 S. 413, StE 2002 B 24.4 Nr. 66, RDAF 2002 II 334 mit weiteren Hinweisen). Durch die Übernahme der Beteiligung nimmt aktivseitig das Beteiligungskonto der übernehmenden Gesellschaft im Wert zu. Passivseitig erhöht sich durch die Ausgabe neuer Beteiligungsrechte das Eigenkapital. Die Bücher der zu übernehmenden Gesellschaft bleiben von diesen Vorgängen unberührt (Behnisch, a.a.O., S. 14 f.).
Eine Quasifusion bedingt somit immer eine Kapitalerhöhung bei der übernehmenden Gesellschaft unter Ausschluss der Bezugsrechte der bisherigen Gesellschafter und einen Aktientausch bei den Gesellschaftern der übernommenen Gesellschaft (vgl. Kreisschreiben Nr. 5, Ziff. 4.1.7.1; Ludwig/Tarolli Schmidt, in: Zürcher Kommentar zum Fusionsgesetz, 2. Aufl. 2012, Anhang Steuern [Fusion] N. 79 S. 1240). Wirtschaftlich unterscheidet sich die Quasifusion vom reinen Kauf einer Beteiligung dadurch, dass die bisherigen Aktionäre der übernommenen Gesellschaft weiterhin indirekt an dieser beteiligt bleiben (Uebelhart/Wenger, a.a.O., S. 981).
3.5. Obschon sowohl bei der Fusion wie auch bei der Absorption den aufgelösten Gesellschaften Aktiven und Verbindlichkeiten ohne Gewährung einer aktivierbaren Gegenleistung entnommen werden, wird bei den direkten Steuern die steuerneutrale Reservenübertragung gestattet. Voraussetzung ist, dass die neue oder übernehmende Gesellschaft die bisherigen Gewinnsteuerwerte übernimmt und die schweizerische Steuerpflicht bestehen bleibt (ausführlich Reich, a.a.O., N. 29 ff., 40 ff. zu Art. 61 DBG).
Bei der Quasifusion erfolgt keine rechtliche Verschmelzung zweier oder mehrerer Gesellschaften. Es findet lediglich eine enge wirtschaftliche und beteiligungsrechtliche Verflechtung der zusammengeschlossenen Gesellschaften statt. Dennoch wird auch hier die Steuerneutralität des Vorganges in der Praxis bejaht, wenn sich keine Aufwertungen ergeben (vgl. Kreisschreiben Nr. 5, Ziff. 4.1.7.1 und 4.1.7.2.1). Das gilt nicht nur für die direkten Steuern und die Verrechnungssteuern (Art. 61 Abs. 1 lit. c DBG), sondern auch für die Emissionsabgabe (Art. 6 Abs. 1 lit. a bis StG). Daher sind nach der Praxis der ESTV auch Beteiligungsrechte, die in Durchführung von Beschlüssen über Fusionen oder diesen wirtschaftlich gleichkommenden Zusammenschlüssen (Quasifusionen) begründet oder erhöht werden, von der Emissionsabgabe ausgenommen (Kreisschreiben Nr. 5, Ziff. 4.1.7.5).
3.6. Voraussetzung ist nach der zitierten Verwaltungspraxis aber, dass die übernehmende Gesellschaft gegenüber der übernommenen Gesellschaft eine beherrschende Stellung einnimmt. Das setzt voraus, dass sie "mindestens 50 Prozent der Stimmrechte" an der übernommenen Gesellschaft hält und "höchstens 50 Prozent des effektiven Werts der übernommenen Beteiligungsrechte" bar ausbezahlt wird (Kreisschreiben Nr. 5, Ziff. 4.1.7.1). Damit hat die ESTV auf Verwaltungsstufe den offenen Begriff des fusionsähnlichen Zusammenschlusses für die Einkommens-, Gewinn- und Verrechnungssteuer einschliesslich der Stempelabgabe konkretisiert (s. auch Reich, a.a.O., N. 140 zu Art. 61 DBG).
Auch die vom Bundesrat in der Botschaft vom 13. Januar 2000 zum Fusionsgesetz zitierte Richtlinie 90/434/EWG des Rates vom 23. Juli 1990 über das gemeinsame Steuersystem für Fusionen, Spaltungen, die Einbringung von Unternehmensteilen und den Austausch von Anteilen, die Gesellschaften verschiedener Mitgliedstaaten betreffen (Abl. der EG L 225 vom 20. August 1990, 90/434/EWG), verlangt in Art. 2 lit. d ausdrücklich die "Mehrheit der Stimmrechte" und erlaubt eine Zuzahlung von höchstens 10 % des Nennwerts der gewährten Anteile (s. jetzt auch die Richtlinie 2005/19/EG des Rates vom 17. Februar 2005 zur Änderung der Richtlinie 90/434/EWG, Abl. der EU Nr. L 58 vom 4. März 2005; Behnisch, a.a.O., S. 14 f.). Im Vergleich dazu kann nicht gesagt werden, dass die ESTV für die Anerkennung der Steuerneutralität bei Quasifusionen zu strenge Anforderungen stellt.
3.7. Diese Praxis ist auch im Falle der Beschwerdeführerin massgebend.
4.
4.1. Vorliegend brachte der Verwaltungsratspräsident und Alleinaktionär der Beschwerdeführerin, A._, seine 50%ige Beteiligung an der Y._ AG aus dem Privatvermögen zum Nennwert in die Beschwerdeführerin ein. Damit kam es aber lediglich zu einem Kontrollwechsel auf der Aktionärsebene: Statt dass A._ an der Y._ AG direkt beteiligt ist (zu 50 %), kontrolliert er seine 50%ige Beteiligung an der Y._ AG indirekt über die von ihm zu 100 % beherrschte Beschwerdeführerin. Eine Veränderung im Aktionariat fand somit einzig bei der Y._ AG, nicht aber bei der Beschwerdeführerin statt. Ein Austausch von Beteiligungen mit gleichzeitiger Kapitalerhöhung bei der übernehmenden Gesellschaft (Kreisschreiben Nr. 5, Ziff. 4.1.7.1) ist nicht erfolgt. Vielmehr sind B._ und C._ weiterhin Aktionäre der Y._ AG zu je 25 %.
Eine enge und wirtschaftliche Verflechtung der Beschwerdeführerin mit der Y._ AG liegt damit nicht vor. Die für die Annahme eines fusionsähnlichen Tatbestandes notwendige Bedingung einer wirtschaftlichen, vertraglichen oder beteiligungsmässigen Verflechtung der involvierten Gesellschaften ist nicht erfüllt. Es handelt sich bei der Einbringung der 50%igen Beteiligung von A._ an der Y._ AG in die Beschwerdeführerin nicht um eine Quasifusion, sondern um ein reines Aktienkaufgeschäft.
4.2. Die Beschwerdeführerin wendet ein, dass die "Bedingung" der Kapitalerhöhung im Kreisschreiben Nr. 5 der ESTV als Folgerung aus den allgemeinen Voraussetzungen formuliert sei und ihr keine eigenständige Bedeutung zugemessen werden könne. Zudem macht sie geltend, dass am Erfordernis des Aktientausches nicht festgehalten werden könne, da es sich dabei nur um ein formales Kriterium handle. Das trifft nach dem Gesagten nicht zu. Soll eine Quasifusion trotz Selbständigkeit der involvierten Gesellschaften wirtschaftlich einen Unternehmenszusammenschluss bewirken, ist erforderlich, dass auch die Beteiligungsrechte ausgetauscht werden. Die Kapitalerhöhung und Ausgabe neuer Beteiligungsrechte ist daher kein bloss formales Kriterium, sondern die Voraussetzung dafür, dass auf der Beteiligungsebene eine wirtschaftliche Verflechtung der beteiligten Unternehmen stattfinden kann.
4.3. Die Beschwerdeführerin beruft sich auf die echte und unechte Fusion bei reinen Schwestergesellschaften wie auch die Absorption von Tochtergesellschaften, für welche gemäss dem Kreisschreiben der ESTV ein Aktientausch (Art. 7 FusG) oder eine Abfindung (Art. 8 FusG) nicht erforderlich ist (vgl. Kreisschreiben Nr. 5, Ziff. 4.1.4.1 und 4.1.5.1). Der Einwand ist unbehelflich: Sowohl bei der Schwester- wie auch Tochterabsorption gehen alle Aktiven und Verbindlichkeiten der übernommenen Gesellschaft zu den bisherigen Buchwerten auf die übernehmende Gesellschaft über und wird die Schwester- oder Tochtergesellschaft ohne Liquidation aufgelöst (echte Fusion). Das ist auch der Grund für die steuerlich neutrale Behandlung sowohl bei der direkten Bundessteuer wie auch der Emissionsabgabe. Eine solche Übertragung einer Gesellschaft mit Aktiven und Verbindlichkeiten und Auflösung ohne Liquidation liegt hier nicht vor.
4.4. Die Beschwerdeführerin macht geltend, durch die Einbringung der 50%igen Beteiligung in die Beschwerdeführerin sei das Erfordernis der engen beteiligungsmässigen Verknüpfung erfüllt. Sei in der früheren Praxis eine Beteiligung von 662 /3% als ausreichend angesehen worden, reichten seit dem Fusionsgesetz nach heutiger Praxis 50 %. Es sei daher nicht ersichtlich, weshalb eine 50%ige Beteiligung nicht ausreichen soll. Erneut setzt sich die Beschwerdeführerin mit den Voraussetzungen für die Anerkennung eines fusionsähnlichen Zusammenschlusses nicht auseinander. Die Übertragung der Beteiligung an einer Gesellschaft auf eine andere Gesellschaft bewirkt keine enge rechtliche und wirtschaftliche Verknüpfung, wenn nicht auch auf der Ebene der Beteiligten ein Austausch der Beteiligungsrecht stattfindet. Die Tatsache, dass der Alleinaktionär der Beschwerdeführerin eine im Privatvermögen gehaltene Beteiligung von 50 % an einer Gesellschaft an die von ihm beherrschte Gesellschaft veräussert, stellt ein reines Kaufgeschäft dar. Weder findet eine Übernahme einer Gesellschaft durch eine andere Gesellschaft mit anschliessender Liquidation der übernommenen Gesellschaft statt (wie bei der Fusion durch Absorption), noch führt dies zu einer engen rechtlichen und wirtschaftlichen Verknüpfung von zwei Gesellschaften unter einheitlicher Leitung (wie bei der Quasifusion), wenn lediglich auf Aktionärsebene ein Wechsel, nicht aber ein Austausch von Beteiligungen stattfindet.
Die weiteren Einwendungen erweisen sich ebenfalls als unbegründet.
4.5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die ESTV ihre Praxis gemäss dem Kreisschreiben Nr. 5 im vorliegenden Fall adäquat und rechtlich einwandfrei angewendet und keine "Praxisänderung" vorgenommen hat (vorstehende E. 3.7). Die Rügen wegen Verletzung der verfassungsmässigen Gebote der rechtsgleichen Behandlung und des Handelns nach Treu und Glauben (vgl. vorstehende E. 1.4) erweisen sich als unbegründet.
5.
Das führt zur Abweisung der Beschwerde. Da die Beschwerdeführerin unterliegt, hat sie die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen. Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juni 2015
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Wyssmann