Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht VIII Bern-Laupen verurteilte X._ am 11. November 2008 wegen Steuerbetrugs zu einer Geldstrafe von 15 Tagessätzen zu Fr. 20.-- bedingt, Probezeit 2 Jahre. Vom Vorwurf der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sprach es ihn frei. Das Verfahren wegen Geldwäscherei und Widerhandlung gegen das ANAG (AS 49 279) stellte es zufolge Verjährung ein.
B. Die vom Generalprokurator des Kantons Bern gegen den Freispruch und die Strafzumessung erhobene Appellation wies das Obergericht des Kantons Bern mit Urteil vom 11. Juni 2009 ab.
C. Dagegen erhebt der Generalprokurator Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Die Kosten seien X._ aufzuerlegen.
D. Das Gesuch von X._ um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das bundesgerichtliche Verfahren wurde mit Verfügung vom 2. Februar 2010 gutgeheissen.
E. X._ beantragt in der Vernehmlassung vom 1. März 2010, die Beschwerde sei kostenfällig abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Er verlangt zudem eine Parteientschädigung. Das Obergericht des Kantons Bern verzichtete am 11. Februar 2010 auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen den Freispruch vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt beanstandet er nicht. Er macht geltend, die Vorinstanz habe die Handlungen des Beschwerdegegners angesichts der Anzahl der Fahrten sowie seines Wissens über das Transportgut (harte Drogen) unter Verletzung von Bundesrecht als straflose Alltagshandlungen gewertet. Ob solche vorliegen würden, entscheide sich anhand der gesamten Umstände. Dafür sei nicht alleine der finanzielle Profit heranzuziehen. Massgebend sei, dass der Beschwerdegegner eine grosse Anzahl Taxifahrten mit Wissen und Willen über deren Zweck (Beförderung von Drogenhändlern und deren Drogen) vorgenommen habe.
1.2 Der Beschwerdegegner beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, soweit der Beschwerdeführer unter Hinweis auf einen von der Vorinstanz nicht festgestellten Sachverhalt versuche, ein besonderes Vertrauensverhältnis zu den Fahrgästen darzulegen. Er macht geltend, abgesehen von der letzten Fahrt sei nicht erstellt, dass in seinem Taxi Drogen transportiert worden seien.
1.3 Nach den vorinstanzlichen Erwägungen transportierte der Beschwerdegegner, als angestellter Taxichauffeur, Drogenhändler und die sich in deren Besitz befindlichen harten Drogen. Die Taxifahrten fanden fünf bis sechsmal täglich an sechs Wochentagen über einen Zeitraum von 4 Monaten bis zum 29. November 1999 (polizeiliche Anhaltung) statt. Anlässlich der Anhaltung fand die Polizei 95.4 Gramm Heroingemisch (Reinheitsgrad 11%) im Taxi. Der Beschwerdegegner wusste nach den vorinstanzlichen Feststellungen, dass sich die Drogenmenge, welche seine Taxigäste auf sich trugen, im qualifizierten Bereich befand (angefochtenes Urteil S. 24 f.), auch wenn sich die genaue Menge der beförderten Drogen nicht bestimmen lasse. Für seine Dienste erhielt er weder lukrativere Fahrpreise oder höhere Trinkgelder noch Risikozuschläge. Die Drogenhändler hätten ihm zwar als Stammkundschaft Umsatz und Verdienst, nicht aber einen überdurchschnittlichen Profit garantiert. Zu seinen Gunsten sei davon auszugehen, dass sich sein Einkommen ohne diese Kunden nicht reduziert hätte (angefochtenes Urteil S. 26 f.).
1.3 Nach den vorinstanzlichen Erwägungen transportierte der Beschwerdegegner, als angestellter Taxichauffeur, Drogenhändler und die sich in deren Besitz befindlichen harten Drogen. Die Taxifahrten fanden fünf bis sechsmal täglich an sechs Wochentagen über einen Zeitraum von 4 Monaten bis zum 29. November 1999 (polizeiliche Anhaltung) statt. Anlässlich der Anhaltung fand die Polizei 95.4 Gramm Heroingemisch (Reinheitsgrad 11%) im Taxi. Der Beschwerdegegner wusste nach den vorinstanzlichen Feststellungen, dass sich die Drogenmenge, welche seine Taxigäste auf sich trugen, im qualifizierten Bereich befand (angefochtenes Urteil S. 24 f.), auch wenn sich die genaue Menge der beförderten Drogen nicht bestimmen lasse. Für seine Dienste erhielt er weder lukrativere Fahrpreise oder höhere Trinkgelder noch Risikozuschläge. Die Drogenhändler hätten ihm zwar als Stammkundschaft Umsatz und Verdienst, nicht aber einen überdurchschnittlichen Profit garantiert. Zu seinen Gunsten sei davon auszugehen, dass sich sein Einkommen ohne diese Kunden nicht reduziert hätte (angefochtenes Urteil S. 26 f.).
1.4 1.4.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Vorbringen, welche vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt abweichen oder diesen ergänzen, können nicht berücksichtigt werden, sofern die Sachverhaltsfeststellung weder beanstandet wird, noch die Beschwerde den erhöhten Begründungsanforderungen genügt (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 mit Hinweis). Auf die ergänzenden Vorbringen des Beschwerdeführers zum Sachverhalt (z.B. keine Zufälligkeit der Fahrdienste, Bemühungen um Kundschaft, Attraktivität der Fahrpreise, Erreichbarkeit rund um die Uhr, Bestehen eines Vertrauensverhältnisses, ausserordentliche Auslastung des Taxis und dadurch geregelte hohe Entlöhnung, Anstellung auf Umsatzbeteiligung) ist deshalb nicht einzutreten.
1.4.2 Entgegen der Auffassung des Beschwerdegegners geht die Vorinstanz davon aus, dass er eine Betäubungsmittelmenge im qualifizierten Bereich transportierte und davon wusste (angefochtenes Urteil S. 25 oben).
2. 2.1 Nach Auffassung der Vorinstanz hat sich der Beschwerdegegner nicht als Mittäter durch das Transportieren von Drogen nach Art. 19 Ziff. 1 Abs. 3 i.V.m. Ziff. 2 lit. a BetmG strafbar gemacht. Das Chauffieren von Drogendealern sei trotz der regelmässigen Fahrten und des dadurch garantierten Umsatzes bzw. Verdienstes als normale Alltagshandlung zu werten, da er keinen besonderen finanziellen Vorteil aus den Taxidiensten gezogen habe. Für den Beschwerdegegner sei es nicht erkennbar gewesen, dass die Betäubungsmitteltransporte in seinem Interesse durchgeführt worden seien.
2.2 Der Beschwerdegegner macht geltend, eine Mittäterschaft zum Transport von Betäubungsmitteln liege nicht vor. Für die Bejahung eines Eventualvorsatzes müsse neben dem Wissen auch ein Willenselement hinzutreten. Die alltägliche Taxifahrt sei nicht strafbar, weil die Transporte auch ohne deliktischen Bezug sinnvoll gewesen seien. Bei der Taxifahrt anlässlich der Anhaltung sei das Drogengeschäft nicht in seinem Interesse und auch nicht das ausschliessliche Motiv der Fahrt gewesen. Er hätte seinen Umsatz auch ohne den Transport der Drogenhändler erzielt.
2.2 Der Beschwerdegegner macht geltend, eine Mittäterschaft zum Transport von Betäubungsmitteln liege nicht vor. Für die Bejahung eines Eventualvorsatzes müsse neben dem Wissen auch ein Willenselement hinzutreten. Die alltägliche Taxifahrt sei nicht strafbar, weil die Transporte auch ohne deliktischen Bezug sinnvoll gewesen seien. Bei der Taxifahrt anlässlich der Anhaltung sei das Drogengeschäft nicht in seinem Interesse und auch nicht das ausschliessliche Motiv der Fahrt gewesen. Er hätte seinen Umsatz auch ohne den Transport der Drogenhändler erzielt.
2.3 2.3.1 Wer unbefugt Betäubungsmittel befördert, macht sich gemäss <ref-law> strafbar. Einer qualifizierten Strafdrohung untersteht, wer weiss oder annehmen muss, dass sich die Widerhandlung auf eine Menge von Betäubungsmitteln bezieht, welche die Gesundheit vieler Menschen gefährdet (<ref-law>). Im Fall von Heroin liegt die Grenze zum schweren Fall bei 12 Gramm, im Fall von Kokain bei 18 Gramm (<ref-ruling> E. 3a S. 145).
<ref-law> umschreibt nahezu alle Unterstützungshandlungen zu den Betäubungsmitteldelikten als selbständige Straftatbestände. Die Regelungsdichte hat eine starke Einschränkung des Anwendungsbereiches von <ref-law> (Gehilfenschaft) zur Folge. Gehilfenschaft liegt nur vor, wenn die objektive Mitwirkung an der Tat eines anderen sich auf einen untergeordneten, vom Gesetz nicht als selbständiges Delikt erfassten Beitrag beschränkt (<ref-ruling> E. 3.2 S. 192 f. mit Hinweisen).
2.3.2 Vorsätzlich begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt (<ref-law>). Eventualvorsatz liegt vor, wenn der Täter den Eintritt des Erfolgs beziehungsweise die Verwirklichung des Tatbestandes für möglich hält, aber dennoch handelt, weil er den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt, sich mit ihm abfindet, mag er ihm auch unerwünscht sein (vgl. <ref-law>). Ob der Täter die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen hat, muss der Richter bei Fehlen eines Geständnisses des Beschuldigten aufgrund der Umstände entscheiden. Dazu gehören die Grösse des dem Täter bekannten Risikos der Tatbestandsverwirklichung, die Schwere der Sorgfaltspflichtverletzung, die Beweggründe des Täters und die Art der Tathandlung. Je grösser die Wahrscheinlichkeit der Tatbestandsverwirklichung ist und je schwerer die Sorgfaltspflichtverletzung wiegt, desto näher liegt die Schlussfolgerung, der Täter habe die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen. Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft sog. innere Tatsachen, ist damit Tatfrage. Rechtsfrage ist hingegen, ob im Lichte der festgestellten Tatsachen der Schluss auf Eventualvorsatz begründet ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 16 f. mit Hinweisen).
2.3.3 Nach der Rechtsprechung ist Mittäter, wer bei der Entschliessung, Planung oder Ausführung eines Delikts vorsätzlich und in massgebender Weise mit anderen Tätern so zusammenwirkt, dass er als Hauptbeteiligter dasteht. Dabei kommt es darauf an, ob der Tatbeitrag nach den Umständen des konkreten Falles und dem Tatplan für die Ausführung des Deliktes so wesentlich ist, dass sie mit ihm steht oder fällt. Mittäterschaft setzt unter anderem einen gemeinsamen Tatentschluss voraus. Dieser muss indes nicht ausdrücklich bekundet werden; es genügt, wenn er konkludent zum Ausdruck kommt. Dabei ist nicht erforderlich, dass der Mittäter bei der Entschlussfassung mitwirkte; es genügt, dass er sich später den Vorsatz seines Mittäters zu eigen macht (<ref-ruling> E. 2b S. 399 f. mit Hinweisen).
2.3.4 Des Beförderns von Drogen macht sich strafbar, wer eine Autofahrt unternimmt, bei der die Mitfahrer für ihn ersichtlich und auch in seinem eigenen Interesse das ausschliessliche Ziel haben, Betäubungsmittel zu erwerben und zu sich nach Hause zu bringen, auch wenn die Mitfahrer die Betäubungsmittel auf sich tragen (<ref-ruling> E. 1a S. 163). Im zitierten Entscheid setzte sich das Bundesgericht mit der Frage, ob der Tatbestand des unbefugten Transportierens von Drogen zwingend ein eigenes Interesse des Täters am Drogentransport erfordert oder ob auch ein Transportieren bei ausschliesslich fremdnützigen Motiven strafbar ist, nicht auseinander. Hinsichtlich dieser Frage lässt sich aus dem genannten Entscheid nichts ableiten. Demgegenüber bestätigte das Bundesgericht in einem neueren Entscheid die Verurteilung eines Taxichauffeurs, der eine Fahrt von Zürich nach Basel und zurück zum üblichen Preis unternahm mit einem Fahrgast, der rund 15 kg Heroin mit sich führte (Urteil 6B_297/2007 vom 4. September 2007 E. 2, 3.5 und 4.3). Ebenso sprach es einen privaten Fahrzeuglenker in einem ähnlichen Fall schuldig (Urteil 6S.252/2003 vom 2. September 2003 E. 8 und 9). Ein eigenes Interesse des Transportierenden am Betäubungsmittelhandel verlangte es in beiden Fällen nicht. Auch in <ref-ruling> setzte es für die Strafbarkeit eines Täters, welcher für einen anderen in seiner Wohnung unbefugt Betäubungsmittel lagerte, kein weitergehendes Motiv für die Tat (etwa in finanzieller Hinsicht) voraus. Zudem erklärte es in <ref-ruling> die Handlung eines Täters als tatbestandsmässig, welcher Betäubungsmittel in der alleinigen Absicht transportiert, diese zu vernichten (E. 2 und 2a S. 60 f. mit Hinweisen). In seiner bisherigen Rechtsprechung bringt das Bundesgericht, wenn auch nicht explizit, so doch sinngemäss, zum Ausdruck, dass ein eigenes Interesse am Drogentransport nicht Tatbestandsvoraussetzung von <ref-law> bildet.
2.4 Der Beschwerdegegner transportierte im Rahmen seiner Berufsausübung als Taxichauffeur über einen längeren Zeitraum regelmässig Drogenhändler sowie die in deren Besitz befindlichen harten Betäubungsmittel in grosser Menge. Er wusste um diese Drogen (angefochtenes Urteil S. 22 f. und S. 25 oben). Aus den Erwägungen der Vorinstanz ergibt sich, dass er zwar nicht an der Entschlussfassung seiner Taxikundschaft, ob bzw. wieviel Drogen transportiert werden, beteiligt war, sich aber dennoch der Tat, d.h. dem Transport von Drogen, durch konkludentes Verhalten als Mittäter anschloss, indem er die Kunden mehrmals täglich während vier Monaten, trotz seines Wissens über den Hintergrund der Fahrten, beförderte (vgl. E. 1.3). Damit lag die Tatbestandsverwirklichung auf der Hand und er nahm eine solche in Kauf. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz und des Beschwerdegegners ist ein finanzielles Interesse nicht Voraussetzung des objektiven oder subjektiven Tatbestandes von <ref-law>. Auch das Kriterium der fehlenden "Alltagshandlung" ist nicht Tatbestandselement und somit nicht entscheidend.
Eine Alltagshandlung liegt im Übrigen nicht vor, denn der Beschwerdegegner wusste, dass die regelmässigen, über einen längeren Zeitraum stattfindenden Taxifahrten deliktischen Zwecken dienten, wodurch sie den Alltagscharakter verloren. Dieser Fall ist nicht vergleichbar mit dem ohne Bezug auf die konkreten Umstände genannten Beispiel zur einmaligen Gehilfenschaftshandlung eines Taxichauffeurs (Urteil 6S.235/2003 vom 1. Oktober 2003 E. 3.1). Gestützt auf die tatsächlichen Feststellungen verletzt es Bundesrecht, wenn die Vorinstanz den objektiven und subjektiven Tatbestand der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz durch Transportieren von Betäubungsmitteln nach Art. 19 Ziff. 1 Abs. 3 i.V.m. Ziff. 2 lit. a BetmG verneint. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Damit erübrigen sich Ausführungen zur Frage einer allfälligen Gehilfenschaft.
3. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Der beschwerdeführenden Staatsanwaltschaft ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>). Der Rechtsvertreter des Beschwerdegegners ist zufolge gewährter unentgeltlicher Rechtspflege und Verbeiständung aus der Bundesgerichtskasse in der von ihm beantragten Höhe zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, das Urteil des Obergerichtes des Kantons Bern vom 11. Juni 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dem Rechtsvertreter des Beschwerdegegners, Fürsprecher Stephan Schmidli, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'244.-- ausgerichtet.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. März 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch