Faits:
A. Depuis le 1er novembre 2007, A._ (ci-après: l'employée) a été engagée, en qualité d'assistante en pharmacie diplômée, par X._ Sàrl (ci-après: l'employeuse), société avec siège à Genève et ayant pour but d'exploiter une pharmacie et une parfumerie.
En dernier lieu, l'employée a perçu un salaire de 4'500 fr. brut par mois.
Le 16 novembre 2009, l'employeuse a résilié le contrat de travail de son employée pour le 30 novembre 2009.
Le 19 novembre 2009, l'employée - par l'intermédiaire de son syndicat - a signalé à son employeuse que le délai de congé de deux mois prévu par son contrat et la loi n'avait pas été respecté. Elle a réclamé le versement de son salaire jusqu'à l'échéance du délai de congé le 31 janvier 2010.
Le 30 novembre 2009, l'employeuse a résilié le contrat de travail qui la liait à l'employée avec effet immédiat. Le licenciement immédiat était motivé par le fait que l'employée se serait accordée sans droit et à plusieurs reprises un rabais de 40% pour l'achat de produits de parfumerie.
L'employée a formellement contesté son licenciement immédiat et réclamé le versement de son salaire jusqu'au 31 janvier 2010.
L'employeuse a déposé une plainte pénale à l'encontre de son employée pour abus de confiance, subsidiairement pour vol. Par ordonnance du Ministère public du 15 mars 2011, la plainte a été classée, les éléments constitutifs d'une infraction pénale faisant défaut.
B. L'employée a actionné en paiement son employeuse devant le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève, concluant à ce qu'elle lui verse au total 22'500 fr., intérêts en sus, soit 9'000 fr. à titre de salaire pendant le délai de congé (deux mois) et 13'500 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif (trois mois de salaire). Elle a ensuite formé une demande additionnelle tendant au paiement de 256 fr. pour des heures supplémentaires et de 117 fr. 90 au titre de prélèvements indus effectués sur son salaire.
L'employeuse s'est opposée à la demande.
La Caisse de chômage B._ (ci-après: la Caisse de chômage) est intervenue dans la procédure en vertu de son droit de subrogation légale à l'encontre de l'employeuse, à concurrence de 1'516 fr. 80, montant correspondant aux indemnités journalières versées en faveur de l'employée pour la période du 1er décembre 2009 au 31 janvier 2010.
Plusieurs témoins ont été entendus.
Par jugement du 15 mars 2012, le Tribunal des prud'hommes a condamné l'employeuse à payer à la demanderesse la somme brute de 9'000 fr., intérêts en sus (sous déduction de la somme nette de 1'516 fr. 80 qui devait être versée à la Caisse de chômage), le montant net de 13'500 fr., intérêts en sus, et les sommes de 256 fr. et 117 fr. 90.
Sur appel de l'employeuse, la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes, par arrêt du 29 août 2012, a confirmé le jugement entrepris.
C. L'employeuse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 29 août 2012. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à son annulation et, principalement, à ce qu'il soit constaté qu'elle a valablement résilié le contrat de travail pour justes motifs, qu'elle ne doit aucune indemnité ni aucun salaire, à l'exception de la somme brute de 256 fr. (pour les heures de travail supplémentaires) et qu'elle ne doit aucun montant à la Caisse de chômage; subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale. Elle invoque une violation des art. 152 al. 1 et 317 al. 1 CPC, de l'<ref-law>, de l'art. 29 al. 2 Cst. et de l'art. 9 Cst.
L'employée (ci-après: l'intimée) n'a déposé aucune observation.
La Caisse de chômage a conclu au rejet du recours, à la confirmation de l'arrêt attaqué, plus spécifiquement à la condamnation de la recourante à lui verser la somme nette de 1'516 fr. 80.
L'effet suspensif sollicité par la recourante lui a été accordé par ordonnance présidentielle du 26 octobre 2012.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions et qui a donc qualité pour recourir (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire en matière de droit du travail dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (<ref-law>), le recours est en principe recevable puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 48 al. 1 et 100 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Il peut donc également être formé pour violation d'un droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 247; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (ATF <ref-ruling> consid. 2.4 p. 314; <ref-ruling> consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Il incombe à la partie recourante, qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente, d'expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287 s. et consid. 6.2 p. 288). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Dans la partie "En fait" de son mémoire, la recourante présente un résumé de l'état de fait dressé par l'autorité cantonale. Elle y ajoute des éléments puisés dans diverses pièces du dossier, sans toutefois démontrer, sous l'angle de l'arbitraire, pourquoi la cour cantonale aurait dû ajouter ces points de fait. Il n'y a dès lors pas lieu de s'écarter des constatations contenues dans l'arrêt cantonal.
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. 2.1 La recourante soutient qu'en procédure cantonale elle n'a jamais pu être entendue personnellement (par l'intermédiaire de son associée gérante) en audience, de sorte que la cour précédente aurait violé son droit d'être entendue.
Il faut d'emblée observer que l'art. 29 al. 2 Cst. ne confère pas le droit d'être entendu oralement (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 428 et les références citées). Il n'est en l'occurrence pas contesté que la recourante a pu faire valoir ses arguments par écrit et le moyen soulevé se révèle ainsi mal fondé.
2.2 La société recourante explique également que la cour cantonale a omis de tenir compte que le Tribunal des prud'hommes a maintenu une audience (visant l'audition de témoins) alors même que son associée gérante n'était pas disponible pour s'y rendre et qu'au demeurant, vu sa grossesse avancée puis son accouchement, celle-ci n'avait pas pu préparer l'audience avec son mandataire. Elle fait grief à l'autorité précédente d'avoir transgressé son droit d'être entendue (sous l'angle de son droit à se déterminer sur les preuves) et d'avoir appliqué arbitrairement une norme de l'ancienne loi genevoise sur la juridiction des prud'hommes, alors applicable. La recourante base toute son argumentation sur des faits non établis par la cour cantonale; elle n'indique pas, sous l'angle de l'arbitraire (art. 9 Cst.), quelles pièces pourraient étayer son argumentation (sur l'exigence, cf. supra consid. 1.3). Le Tribunal fédéral ne saurait donc entrer en matière sur les moyens invoqués.
3. 3.1 La recourante explique que l'employée a bénéficié, pour l'achat de deux produits au moins, de rabais de 25% qui causaient une perte pour l'employeuse, le prix net acquitté par l'employée étant alors inférieur au prix d'achat. Elle soutient qu'il s'agit là d'un motif de licenciement qui existait déjà au moment de la résiliation immédiate, mais qui n'était pas connu, de sorte qu'il doit être pris en compte, même s'il a été invoqué après la déclaration de résiliation (cf. <ref-ruling> consid. 5a p. 472).
Elle considère que les juges précédents ont violé son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst., sous l'angle du droit à obtenir une décision motivée) en n'indiquant pas pour quelle raison ils n'ont pas retenu le juste motif pourtant invoqué devant eux. On ne saurait la suivre. La recourante affirme elle-même que la réalité de ce juste motif peut être démontrée par deux pièces fournies en appel. Or, la cour cantonale, en appliquant l'<ref-law>, a précisément considéré que les diverses pièces fournies en appel n'étaient pas recevables (arrêt entrepris consid. 2 p. 8). Aucune preuve ne pouvant être retenue à l'appui de l'allégation faite en appel, la cour cantonale ne s'est pas étendue sur la question et le raisonnement qu'elle a entrepris dans l'arrêt attaqué est parfaitement compréhensible. Le moyen soulevé est infondé.
3.2 Il reste à examiner si c'est à bon droit que l'autorité précédente a appliqué l'<ref-law>.
La recourante soutient que les deux pièces fournies en appel, qui étaient déjà contenues dans le dossier de la procédure pénale communiqué au Tribunal des prud'hommes, n'étaient pas nouvelles et qu'elles étaient donc recevables sous l'angle de l'<ref-law>. Elle reproche à l'autorité précédente d'avoir transgressé l'<ref-law>, estimant que les deux pièces représentaient des moyens de preuve "adéquats" au sens de cette disposition, pouvant avoir une incidence sur l'issue du litige.
Les pièces en question avaient pour but de prouver que l'intimée, en achetant certains produits avec un rabais de 25%, les avait acquis à un prix inférieur au prix d'achat. Il faut toutefois observer que la recourante ne prétend pas avoir présenté cette allégation devant la première instance et il ne ressort d'ailleurs ni de l'arrêt attaqué ni du jugement du Tribunal des prud'hommes qu'elle l'aurait fait. La recourante présentait ainsi des faits nouveaux devant la cour cantonale. Il lui incombait donc, en vertu de l'<ref-law>, de démontrer que, bien qu'elle ait fait preuve de la diligence requise, elle ne pouvait pas invoquer ces faits devant la première instance (arrêt 4A_429/2012 du 2 novembre 2012 consid. 3.2 et les auteurs cités). Or, si la recourante soutient qu'elle n'a découvert ces faits qu'après la déclaration de résiliation du contrat (des vérifications étant selon elle nécessaires), elle n'explique pas la raison pour laquelle elle ne les a pas allégués devant la première instance; elle ne prétend d'ailleurs même pas qu'elle n'aurait pas pu le faire déjà à ce stade. La condition posée à l'<ref-law> n'est pas remplie et l'on ne saurait donc reprocher à la cour cantonale de ne pas avoir examiné si, sur la base des faits nouveaux ainsi allégués, un (nouveau) motif de résiliation devait être retenu. Il n'est donc pas nécessaire de déterminer si les deux pièces litigieuses étaient ou non nouvelles.
Le moyen tiré de la violation de l'art. 152 al. 1 et 317 al. 1 CPC se révèle mal fondé. Les magistrats précédents n'avaient donc pas à apprécier le contenu de ces pièces et, contrairement à ce que soutient la recourante, ils ne pouvaient à cet égard faire preuve d'arbitraire (art. 9 Cst.).
4. 4.1 La recourante relève également que l'employée s'est octroyée de manière indue des rabais de 40%, ce motif ayant été invoqué par l'employeuse lors du licenciement immédiat.
Sur ce point, la cour cantonale retient que si les rabais octroyés au personnel de la recourante s'élevaient en général à 25%, les employés pouvaient également bénéficier de rabais supérieurs lors de liquidations ou lorsque de tels rabais étaient proposés aux clients; des produits de marque ont ainsi été proposés à la vente avec un rabais de 40%. En l'espèce, l'autorité précédente considère que la recourante n'a pas démontré concrètement que les produits achetés par l'employée avec un rabais de 40% ne faisaient pas l'objet d'une liquidation ou d'un rabais équivalent pour les clients. La cour cantonale observe par ailleurs que l'achat de produits par le personnel n'était pas soumis à une limite mensuelle et qu'il pouvait être effectué en faveur de proches.
La recourante estime que la cour cantonale a apprécié les preuves de manière arbitraire (art. 9 Cst.) en retenant que le personnel pouvait bénéficier de rabais de 40%. Dans une longue explication, elle tente alors de démontrer que les produits acquis par l'employée avec un rabais de 40% l'ont été à des dates non couvertes par une période de liquidation.
4.2 S'agissant de l'appréciation des preuves et de l'établissement des faits, la décision attaquée n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait une déduction insoutenable (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 560; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9). Un recourant qui invoque l'arbitraire doit non seulement mentionner ce principe constitutionnel, mais encore expliquer de manière précise, en partant de la décision attaquée, en quoi l'opinion de la cour cantonale serait insoutenable (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 246).
La recourante axe sa démonstration sur les périodes de liquidation, soutenant que les achats de l'employée n'ont pas été faits durant ces périodes et qu'elle ne pouvait donc pas bénéficier de rabais. Elle oublie toutefois que la cour cantonale a retenu que les rabais de 40% pouvaient être octroyés dans deux situations, soit non seulement en période de liquidations, mais également, indépendamment de ce cas de figure, lorsque des rabais sont (ponctuellement) accordés aux clients. La recourante ne revient pas sur cette dernière constatation qui suggère pourtant que l'intimée a précisément pu bénéficier, en toute bonne foi, des mêmes rabais que les clients ayant acquis des produits identiques; elle ne démontre pas l'arbitraire et le Tribunal fédéral ne saurait entrer en matière sur ce point (cf. également supra consid. 1.3).
Le caractère indu des rabais évoqués par la recourante n'ayant pas été établi, aucune violation de l'<ref-law> ne peut être retenue, et il est inutile d'examiner les divers arguments (portant notamment sur l'immédiateté de la résiliation et la notion de juste motif) présentés sous cet angle par la recourante.
5. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF). En revanche, il n'y a pas lieu d'allouer des dépens aux intimées, l'employée ayant renoncé à présenter des observations et la Caisse de chômage n'ayant pas été représentée par un avocat (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4 p. 446), et n'ayant pas établi avoir assumé des frais particuliers pour la défense de ses intérêts (cf. <ref-ruling> consid. 5b p. 519 s.).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre des prud'hommes.
Lausanne, le 19 décembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget