Sachverhalt:
A. Der 1961 geborene S._ meldete sich am 6. Dezember 2007 zum Bezug von Ergänzungsleistungen zu seiner Invalidenrente an. Mit Verfügungen vom 8. und 9. April 2008 setzte die Gemeinde X._, Verwaltungsstelle für Zusatzleistungen zur AHV und IV für Y._ (nachfolgend: Verwaltungsstelle), die Ergänzungsleistungen für Januar bis März 2008 und ab April 2008 auf Fr. 633.- monatlich fest. Die hiegegen von S._ erhobene Einsprache wies die Verwaltungsstelle mit Entscheid vom 20. Juni 2008 teilweise gut; gleichzeitig wurde in Umsetzung dieses Entscheides mit Verfügung vom gleichen Tag der Anspruch neu auf Fr. 639.- monatlich festgesetzt.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 28. Februar 2009 teilweise gut und wies die Sache an die Verwaltungsstelle zurück, damit sie über den Anspruch auf Ergänzungsleistungen neu verfüge.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt S._ beantragen, der vorinstanzliche Entscheid sei betreffend den als Erwerbseinkommen der Mutter anzurechnenden Betrag aus der Haushaltführung für den erwachsenen Sohn I._ teilweise aufzuheben. Es sei der von der Vorinstanz als Erwerbseinkommen der Mutter festgesetzte Betrag aus der Haushaltführung von Fr. 2'910.- auf Fr. 1'815.- zu reduzieren und festzustellen, dass dieses Erwerbseinkommen in der EL-Berechnung qualifiziert, d.h. lediglich zu 2/3 anzurechnen sei.
Während das BSV auf eine Vernehmlassung verzichtet, beantragt die Verwaltungsstelle, die Beschwerde abzuweisen und "den Betrag für die Haushaltführung auf Fr. 8'400.- zu belassen".

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid ist formell ein Rückweisungsentscheid, belässt jedoch der Verwaltung keinen Beurteilungsspielraum mehr und ist somit als Endentscheid zu qualifizieren, gegen den die Beschwerde zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3).
1.2 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Dies ist auf Grund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen (in SVR 2008 AlV Nr. 12 S. 35 publ. E. 1.2 und 2.2 des Urteils <ref-ruling>). Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (<ref-law>).
1.3 Auf den Antrag der Beschwerdegegnerin, den Betrag für die Haushaltführung bei Fr. 8'400.- zu belassen, kann nicht eingetreten werden, da das Bundesgerichtsgesetz das Institut der Anschlussbeschwerde nicht kennt und die Beschwerdegegnerin nicht selbstständig Beschwerde erhoben hat (Ulrich Meyer, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 4 zu <ref-law>; vgl. Urteil 9C_782/2008 vom 4. März 2009, E. 1.2).
2. Die Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung haben durch das am 1. Januar 2008 in Kraft getretene Bundesgesetz vom 6. Oktober 2006 über die Schaffung von Erlassen zur Neugestaltung des Finanzausgleichs und der Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen (AS 2007 5779) eine umfassende Neuregelung erfahren. Die Vorinstanz hat diese ab 1. Januar 2008 geltenden Bestimmungen (ELG; SR 831.30; AS 2007 6055) und Grundsätze über Berechnung und Höhe der jährlichen Ergänzungsleistungen (Art. 9 Abs. 1 ELG), insbesondere die Regeln betreffend anerkannte Ausgaben (Art. 9 Abs. 2 Satz 1 und Art. 10 Abs. 1 lit. b ELG) und anrechenbare Einnahmen (Art. 11 Abs. 1 ELG) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Zu prüfen ist die Höhe des Anspruchs des Beschwerdeführers auf Ergänzungsleistungen. Dabei ist nurmehr die Höhe des in der EL-Berechnung anzurechnenden Erwerbseinkommens der Ehefrau im Zusammenhang mit dem von Sohn I._ entrichteten Kostgeld von Fr. 1'000.- monatlich streitig.
Während die Verwaltungsstelle in Kenntnis des durch den Sohn effektiv geleisteten Haushaltsbeitrages von Fr. 1'000.- monatlich einen solchen von Fr. 700.- als Einkommensanteil der Ehefrau anrechnete (entsprechend Fr. 8'400.- jährlich), dies unter Verweis auf eine Anfrage bei den Jugendsekretariaten, wonach Eltern bei einem Lohn von Fr. 4'845.-, wie ihn der Sohn erziele, einen Haushaltbeitrag zwischen Fr. 650.- und Fr. 1'100.- verlangen könnten, setzte die Vorinstanz diesen Betrag auf Fr. 2'910.- herab, indem sie vom geleisteten Haushaltbeitrag von Fr. 1'000.- effektive Pensionskosten von Fr. 757.50 (jeweils Fr. 105.- [30 x Fr. 3.50] für Morgenessen und Fr. 240.- [30 x Fr. 8.-] für Abendessen zuzüglich Mietzinsanteil von Fr. 412.50) abzog, ergebend einen Beitrag von Fr. 242.50 x 12.
Dagegen bringt der Beschwerdeführer vor, das kantonale Gericht habe beim berücksichtigten Pensionskostenanteil die für das Mittagessen am Wochenende anfallenden Kosten sowie den Anteil des Sohnes am Energieverbrauch unberücksichtigt gelassen. Zudem sei das Einkommen der Ehefrau nur zu zwei Dritteln anzurechnen.
3.2 Das von den Kindern entrichtete Kostgeld ist insofern als Einkommen der Mutter anzurechnen, als es die effektiven Pensionskosten übersteigt (ZAK 1975 S. 396 E. 3; 1967 S. 182; Urs Müller, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Sozialversicherungsrecht, Bundesgesetz über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung, 2. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2006, S. 99, Rz. 308). Es ist deshalb grundsätzlich nicht zu beanstanden, dass das kantonale Gericht gegenüber der Vorinstanz den effektiv bezahlten Kostgeldbeitrag des Sohnes berücksichtigt und davon die tatsächlichen Pensionskosten abgezogen hat. Für die Festlegung der tatsächlichen Pensionskosten hat es auf die Ansätze von <ref-law> (Fr. 3.50 für Frühstück, Fr. 10.- für Mittagessen, Fr. 8.- für Abendessen) abgestellt, welche gemäss Art. 11 ELV auch für die Bewertung des Naturaleinkommens massgebend sind (vgl. dazu Rz. 2067 der Wegleitung des BSV über die Ergänzungsleistungen zur AHV und IV, WEL). Allerdings enthält auch dieser Ansatz nebst dem Sachaufwand einen bestimmten Lohnanteil (vgl. ZAK 1972 S. 504, E. 2 Urteil P 39/71 vom 14. April 1972). Wie es sich damit genau verhält und ob - wie der Beschwerdeführer geltend macht - auch das Mittagessen des Sohnes am Wochenende noch als Sachaufwand anzurechnen sei, kann offen bleiben, weil es am Ergebnis nichts ändert. Dasselbe gilt für die geltend gemachte anteilsmässige Anrechnung am Energieverbrauch. Denn selbst wenn man von dem von der Vorinstanz festgelegten Haushaltsbeitrag von Fr. 2'910.- ausgeht, ist die Beschwerde begründet, wie im Folgenden zu zeigen ist.
3.3 Zu prüfen bleibt, ob die so ermittelten Einkünfte von Fr. 2'910.- voll oder nur zu zwei Dritteln, also privilegiert, anzurechnen sind, wie das der Beschwerdeführer nunmehr geltend macht. Diese neue rechtliche Argumentation fällt nicht unter das Novenverbot von <ref-law> und ist daher zulässig, soweit sie sich im Rahmen des Streitgegenstands bewegt (Ulrich Meyer, Basler Kommentar zum BGG, Basel 2008, N 23, 25 und 27 zu Art. 99; vgl. 9C_301/2008 vom 2. Juli 2008), was hier zutrifft.
Gemäss Art. 11 Abs. 1 lit. a ELG werden zwei Drittel der Erwerbseinkünfte in Geld oder Naturalien als Einnahmen angerechnet, soweit sie bei alleinstehenden Personen jährlich 1000 Franken und bei Ehepaaren und Personen mit rentenberechtigten Waisen oder mit Kindern, die einen Anspruch auf eine Kinderrente der AHV oder IV begründen, 1500 Franken übersteigen; bei invaliden Personen mit einem Anspruch auf ein Taggeld der IV wird das Erwerbseinkommen voll angerechnet. Der ahv-rechtliche Begriff des Erwerbseinkommens kann sinngemäss auf das Ergänzungsleistungsrecht übertragen werden. Massgebend ist, dass die Einkünfte sich aus wirtschaftlicher Betätigung ergeben und damit die Ausübung einer Tätigkeit geldwerte Leistungen nach sich zieht (URS MÜLLER, a.a.O. Rz. 302 f.; RALPH JÖHL, Ergänzungsleistungen zur AHV/IV, in: Ulrich Meyer [Hrsg] Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Band XIIII, Soziale Sicherheit, 2. Aufl., Basel 2007 S. 1748 f.). So verhält es sich beim in Frage stehenden Haushaltsbeitrag: Soweit der Kostgeldbeitrag des Sohnes den Sachaufwand für Verpflegung und Miete übersteigt, stellt er letztlich ein Entgelt für die Haushaltführung durch die Mutter dar und ist deshalb nur zu zwei Dritteln anzurechnen. Dies entspricht auch dem Vorgehen, wenn tatsächlich kein Kostgeld bezahlt wird, jedoch von einem nicht in der EL-Berechnung miteinbezogenen Kind im Hinblick auf seine wirtschaftliche Lage eine Kostenbeteiligung verlangt werden kann, wovon die Verwaltung im Einspracheentscheid ausgegangen zu sein scheint: Diesfalls ist der haushaltführenden Person ein hypothetisches Erwerbseinkommen aufzurechnen, das wiederum privilegiert Berücksichtigung findet (<ref-ruling> E. 3), da hypothetische Einkünfte in gleicher Weise zu privilegieren sind wie tatsächlich erzielte (AHI 2001 S. 134 E. 1c, <ref-ruling> E. 3b S. 274; <ref-ruling> E. 3c S. 292).
Zusätzlich wäre der Freibetrag von Fr. 1'500.- zu berücksichtigen, wie die Verwaltungsstelle an sich zutreffend ausführt. Dies ergäbe einen anrechenbaren Betrag von Fr. 940.- (2'910.- - 1'500.- = 1'410.- , davon zwei Drittel). Da der Beschwerdeführer diesbezüglich aber keinen Einwand vorgebracht hat und in seinen Begehren lediglich die Reduktion von Fr. 2'910.- auf Fr. 1'815.- sowie die Anrechnung dieses Einkommens zu zwei Dritteln (= Fr. 1'210.-) verlangt, ist das Bundesgericht daran gebunden (<ref-law>; vgl. E. 1.1 hievor). Dem Begehren ist deshalb wie beantragt zu entsprechen und bei der EL-Berechnung ein Einkommen der Ehefrau von Fr. 1'210.- zu berücksichtigen. Die Sache ist an die Verwaltungsstelle zurückzuweisen, damit sie gestützt darauf den Anspruch auf Ergänzungsleistungen des Beschwerdeführers neu festsetze.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 65 Abs. 4 lit. a, Art. 66 Abs. 1 BGG). Ferner hat der Beschwerdeführer Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 28. Februar 2009 wird dahin geändert, dass das in der EL-Berechnung zu berücksichtigende Erwerbseinkommen der Ehefrau aus der Haushaltführung auf Fr. 1'210.- festgesetzt wird. Die Sache wird an die Gemeinde X._, Verwaltungsstelle für Zusatzleistungen zur AHV und IV für das Y._, zurückgewiesen, damit sie in diesem Sinne über den Anspruch des Beschwerdeführers auf Ergänzungsleistungen ab Januar 2008 neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Dezember 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke