Fatti:
A. Con decisione dell'8 maggio 2009, la Sezione della circolazione ha inflitto a A._ una multa di fr. 200.-- per infrazione alle norme della circolazione stradale.
B. Adito dal contravventore, il Presidente della Pretura penale del Cantone Ticino ha respinto il ricorso avverso la risoluzione dell'autorità di prima istanza con sentenza del 21 novembre 2011.
C. A._ impugna questo giudizio con ricorso in materia penale al Tribunale federale, postulandone l'annullamento e, subordinatamente, il rinvio della causa all'autorità inquirente per un'eventuale nuova disamina.
Non è stato chiesto uno scambio di scritti.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere d'esame la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-ruling> consid. 1).
1.1 Presentato tempestivamente dal contravventore, le cui conclusioni sono state disattese e diretto contro una decisione finale resa in materia penale, il ricorso è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 78, 81, 90 e 100 per effetto dell'<ref-law>.
1.2 Resta da esaminare se il ricorso in materia penale sia ammissibile alla luce dell'<ref-law>. La decisione oggetto di ricorso è stata resa il 21 novembre 2011: alla fattispecie trova pertanto applicazione l'<ref-law> nella versione giusta l'allegato II/5 della legge federale del 19 marzo 2010 sull'organizzazione delle autorità penali della Confederazione (RU 2010 3267), in vigore dal 1° gennaio 2011 (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2.1).
1.2.1 Secondo l'<ref-law>, il ricorso è ammissibile segnatamente contro le decisioni delle autorità cantonali di ultima istanza. I Cantoni istituiscono tribunali superiori quali autorità cantonali di ultima istanza, che giudicano su ricorso. Sono fatti salvi i casi in cui, secondo il nuovo CPP, un giudice dei provvedimenti coercitivi o un altro giudice si pronuncia quale istanza cantonale unica (<ref-law>). Il termine transitorio accordato ai Cantoni per adeguare la loro legislazione alle esigenze dell'<ref-law> è scaduto con l'entrata in vigore il 1° gennaio 2011 del CPP unificato (<ref-law>; RU 2010 1881).
1.2.2 Il Tribunale federale ha avuto modo di definire la nozione di "tribunale superiore" nella <ref-ruling> consid. 4.1, che seppure riferita all'<ref-law> non differisce però da quella dell'<ref-law>. Il riconoscimento del carattere "superiore" di un tribunale è subordinato al fatto che esso abbia giurisdizione su tutto il territorio cantonale e non sia sottoposto a nessun'altra autorità giudiziaria. In questo contesto, non è solo determinante che l'istanza giudiziaria in questione decida quale ultima istanza cantonale nell'ambito considerato, bensì che un ricorso a un'istanza cantonale superiore contro una sua decisione sia escluso in tutti gli ambiti che le competono (v. pure sentenze 2C_557/2009 del 26 aprile 2010 consid. 3, in RtiD II-2010 pag. 90; 1C_346/2009 del 6 novembre 2009 consid. 4.3).
1.2.3 Nella fattispecie, la sentenza è stata pronunciata dal Presidente della Pretura penale, che ha statuito su ricorso contro una decisione della Sezione della circolazione emanata prima dell'entrata in vigore del CPP. Il giudizio impugnato è stato reso in applicazione della previgente legge ticinese del 19 dicembre 1994 di procedura per le contravvenzioni (vLPContr/TI) nella versione in vigore sino al 31 dicembre 2010, secondo quanto disposto dall'<ref-law>.
Sebbene la sua giurisdizione si estenda sull'intero territorio del Cantone Ticino (v. art. 39 cpv. 1 della legge ticinese del 10 maggio 2006 sull'organizzazione giudiziaria, LOG/TI; RL 3.1.1.1) e, secondo il pertinente diritto previgente, in materia contravvenzionale le sue decisioni siano definitive (v. art. 14 cpv. 2 vLPContr/TI e vecchio art. 41 cpv. 3 LOG/TI), la Pretura penale non può essere considerata un "tribunale superiore". Infatti, giusta l'art. 63 cpv. 2 LOG/TI, in vigore fino al 31 dicembre 2010, le relative decisioni rese in base all'art. 41 cpv. 1 e 2 LOG/TI, pure in vigore fino al 31 dicembre 2010, potevano essere impugnate dinanzi alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello. Un ricorso a un'istanza cantonale superiore contro i giudizi della Pretura penale non era pertanto escluso in tutti gli ambiti di sua competenza. D'altra parte, neppure nell'ipotesi in cui un caso analogo a quello in esame fosse soggetto al nuovo CPP, la Pretura penale si pronuncerebbe quale istanza cantonale unica ai sensi dell'art. 80 cpv. 2 terza frase LTF: una sua decisione in materia di contravvenzioni sarebbe infatti impugnabile mediante appello alla Corte di appello e di revisione penale del Tribunale d'appello (v. <ref-law> e nuovo art. 63 cpv. 2 LOG/TI).
In tali circostanze, il ricorso in materia penale non può essere esaminato nel merito.
1.3 L'avversato giudizio indica quale rimedio giuridico esperibile il ricorso in materia penale al Tribunale federale. Seppure in effetti le decisioni emanate su ricorso dalla Pretura penale durante il periodo transitorio accordato dall'<ref-law> potevano essere contestate direttamente davanti al Tribunale federale, per quelle posteriori ciò non è più il caso (v. supra consid. 1.2.1 e sentenza 6B_746/2011 del 28 novembre 2011; v. anche per il ricorso in materia civile, <ref-law>, <ref-ruling>).
L'indicazione errata dei rimedi di diritto contenuta nella sentenza impugnata non può avere per effetto di creare una via diretta di ricorso al Tribunale federale, altrimenti non immediatamente aperta.
1.4 Benché il ricorrente non l'abbia formulato, si giustifica esaminare se l'impugnativa sia ammissibile quale ricorso sussidiario in materia costituzionale. Giusta l'<ref-law>, il Tribunale federale giudica i ricorsi in materia costituzionale interposti contro le decisioni cantonali di ultima istanza, laddove non sia ammissibile il ricorso ordinario secondo gli art. 72-89 LTF. L'<ref-law> dichiara applicabili per analogia le disposizioni del capitolo 3 concernenti le autorità cantonali inferiori, richiamando unicamente gli art. 75 e 86 LTF, senza menzionare l'<ref-law>. Se per alcuni autori si tratta di una svista del legislatore (KARL SPÜHLER, Kurzkommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2006, n. 1 ad <ref-law>; YVES DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral: commentaire, 2008, n. 4557 pag. 1638; BJP 2007 n. 240), per altri l'omissione sarebbe volontaria, atteso che in ambito penale il ricorso sussidiario non avrebbe alcuna portata, non sussistendo eccezioni alla ricevibilità di un ricorso in materia penale (JEAN-MAURICE FRÉSARD, in Commentaire de la LTF, 2009, n. 2 ad <ref-law> e n. 26 ad <ref-law>; HANSJÖRG SEILER, Bundesgerichtsgesetz (BGG), 2007, n. 2 ad <ref-law> e n. 14 ad <ref-law>; GIOVANNI BIAGGINI, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2a ed. 2011, n. 2 ad <ref-law> e n. 29 ad <ref-law>). Nonostante questa divergenza di opinioni, è comunque possibile dedurre dalla dottrina che il mancato richiamo dell'<ref-law> in relazione alle autorità inferiori non implica la rinuncia all'esigenza di un tribunale superiore quale condizione di ammissibilità di un ricorso sussidiario in materia costituzionale e nemmeno sono ravvisabili motivi plausibili per farlo. Sicché il gravame in esame si appalesa inammissibile anche volendolo convertire in un ricorso ai sensi degli art. 113 segg. LTF.
2. In virtù del diritto federale (art. 80 cpv. 2 e 130 cpv. 1 LTF), il caso dell'insorgente andava previamente sottoposto al giudizio di un tribunale superiore. Tenuto conto delle competenze cantonali in materia di organizzazione dei tribunali (<ref-law>), non appartiene al Tribunale federale ovviare a questa situazione. Spetta piuttosto al Cantone adeguare il sistema dei mezzi d'impugnazione alle esigenze della LTF. A titolo abbondanziale, va nondimeno rilevato che, in assenza dei necessari adattamenti legislativi, l'<ref-law> può fondare direttamente la competenza di un tribunale superiore (v. <ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 7).
3. Ne segue che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile.
Considerata la particolarità della causa, si rinuncia a prelevare spese giudiziarie (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione alle parti e al Presidente della Pretura penale del Cantone Ticino.