Sachverhalt:
A. U._, geboren 1955, arbeitete als Gipser, als er am 14. Juni 2000 von einem Gerüst auf die Füsse stürzte und sich dabei eine Calcaneuskontusion sowie eine Distorsion der oberen Sprunggelenke beidseits zuzog. Wegen anhaltender Beschwerden konnte er seine angestammte Tätigkeit in der Folge nicht mehr aufnehmen. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) sprach ihm mit Wirkung ab 1. August 2002 eine Invalidenrente basierend auf einer Erwerbsunfähigkeit von 14 % (Verfügung vom 28. November 2002 und Einspracheentscheid vom 19. März 2003, bestätigt mit Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 13. Mai 2004) sowie eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 10 % zu (Verfügung vom 28. Juni 2006).
Am 18. Oktober 2001 meldete sich U._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau zog die SUVA-Akten bei, klärte die erwerbliche Situation ab und liess den Versicherten im Institut X._ untersuchen (Gutachten vom 14. Juni 2007). Gestützt darauf sprach sie U._ am 16. Juli 2008 mit Wirkung ab 1. Oktober 2001 eine ganze, bis zum 31. Juli 2002 befristete Invalidenrente zu.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 16. Februar 2010 ab.
C. U._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei ihm auch über den 31. Juli 2002 hinaus eine ganze Invalidenrente zuzusprechen, eventualiter sei die Sache zu weiteren Abklärungen zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft Leistungen der Invalidenversicherung. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann daher gemäss Art. 95 und 96 BGG nur wegen Rechtsverletzung erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zu den Begriffen der Arbeitsunfähigkeit (<ref-law>), der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), insbesondere auch bei Beeinträchtigungen der psychischen Gesundheit (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 353; <ref-ruling> E. 4c in fine S. 298), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 bzw. Abs. 2 IVG), zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law> bzw. <ref-law>) sowie zur Aufgabe des Arztes im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99; <ref-ruling> E. 4 S. 261 f.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, indem ihm von der IV-Stelle anlässlich der Akteneinsichtnahme nach Erlass der Verfügung vom 16. Juli 2008 nur die IV-, nicht aber die SUVA-Akten zugestellt wurden. Zudem seien die Akten nachträglich umnummeriert worden.
Das Recht auf Akteneinsicht, welches einen wesentlichen Teilgehalt des in <ref-law> verankerten Anspruchs auf rechtliches Gehör bildet, setzt voraus, dass sämtliche im Rahmen des Verfahrens vorgenommenen Erhebungen aktenkundig gemacht werden. Aus dem Akteneinsichtsrecht ergibt sich deshalb umgekehrt auch ein Anspruch auf Aktenvollständigkeit (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 477; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 2e S. 302; SVR 2010 IV Nr. 14 S. 44, 8C_576/2009 E. 2.2).
Der Beschwerdeführer macht nicht geltend, inwiefern ihn die gerügten Verfahrensmängel an einer wirksamen Rechtsverfolgung gehindert hätten (Urteil U 161/98 vom 19. Mai 2000 E. 3). Zudem war er von der gleichen Anwältin auch im SUVA-Verfahren vertreten. Es ist daher von einer nicht besonders schwerwiegenden Verletzung des rechtlichen Gehörs auszugehen, die ausnahmsweise als geheilt gelten kann, da die Vorinstanz sowohl den Sachverhalt als auch die Rechtslage frei überprüfen konnte (<ref-ruling> E. 2.2 S. 204; <ref-ruling> E. 5.1 S. 390; <ref-ruling> E. 3d/aa S. 437 f.).
4. Beanstandet wird weiter, dass die Rechtsvertreterin nicht darüber informiert worden sei, welche Ärzte die Begutachtung durchführen werden, sondern lediglich der Beschwerdeführer ein Aufgebotsschreiben erhalten habe, in welchem auch die Namen und Fachrichtung der Ärzte genannt gewesen seien.
4.1 Gemäss <ref-law> sind Mitteilungen von Behörden an die Vertretung einer Partei zu richten, solange die Partei ihre Vollmacht nicht widerrufen hat (SVR 2009 IV Nr. 16 S. 62, 8C_210/2008 E. 3.2). Nach konstanter Rechtsprechung führt eine fehlerhafte Eröffnung nicht zur Nichtigkeit der Verfügung; dem Verfügungsadressat darf daraus indessen kein Nachteil erwachsen (<ref-law>; <ref-ruling>; Urteil C 168/00 vom 13. Februar 2001 E. 3b).
Nach <ref-law> hat der Versicherungsträger der versicherten Person die Namen bekannt zu geben, wenn ein Gutachten eingeholt wird; diese kann den Gutachter aus triftigen Gründen ablehnen. Sinn und Zweck dieser Bestimmung ist, dass vorgängig die gesetzlichen Ausstands- und Ablehnungsgründe vorgebracht werden können (<ref-ruling> E. 7.3 S. 383).
4.2 Auch letztinstanzlich wird nicht behauptet, dass gegenüber den begutachtenden Ärzten ein Ausstands- oder Ablehnungsgrund im Sinne von <ref-law> bestanden hätte. Ein nicht weiter substantiierter Hinweis auf "in Insiderkreisen" bestehende Vorbehalte und "publik gewordene Kritik" vermag ein entsprechendes Begehren jedenfalls nicht zu begründen. Dem Versicherten ist unter diesen Umständen aus der fehlenden Mitteilung an die Rechtsvertreterin kein Nachteil entstanden (Urteil 8C_213/2010 vom 3. August 2010 E. 2.3), zumal eine Verletzung der in <ref-law> gewährten Mitwirkungsrechte angesichts der vollen Kognition der Vorinstanz heilbar ist (Urteil U 145/06 vom 31. August 2007 E. 4 und 5; <ref-ruling> E. 2.2 S. 204; <ref-ruling> E. 5.1 S. 390; <ref-ruling> E. 3d/aa S. 437 f.).
5. Bemängelt wird schliesslich das Gutachten des Instituts X._.
5.1 Die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung, die gestützt darauf gestellte Diagnose, die ärztliche Stellungnahme zu dem noch vorhandenen Leistungsvermögen oder (bei psychischen Gesundheitsschäden) zur Verfügbarkeit von Ressourcen der versicherten Person sowie die aufgrund der medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit betreffen Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398), welche sich nach der dargelegten Regelung der Kognition (E. 1) einer Überprüfung durch das Bundesgericht weitgehend entziehen.
Bei der Beurteilung der Arbeits(un)fähigkeit der versicherten Person hat sich das Gericht auf schlüssige medizinische Berichte zu stützen. Sofern solche nicht vorliegen oder widersprüchlich sind, sind weitere Abklärungen unabdingbar, ansonsten der Untersuchungsgrundsatz verletzt wird (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG; <ref-ruling> E. 2 S. 195, 122 V 157 E. 1a S. 158, 130 I 180 E. 3.2 S. 183). Dieser zählt zu den in <ref-law> erwähnten bundesrechtlichen Vorschriften (oben E. 1). Hat das kantonale Gericht die rechtserheblichen tatsächlichen Feststellungen in Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes getroffen, sind sie für das Bundesgericht nicht verbindlich (Urteile I 828/06 vom 5. September 2007 E. 3.2.3, 8C_364/2007 vom 19. November 2007 E. 3.3).
5.2 Nach einlässlicher und sorgfältiger Würdigung der medizinischen Akten ist die Vorinstanz zum Schluss gelangt, dass das Gutachten des Instituts X._ schlüssig sei und den für den Beweiswert von Arztberichten massgebenden Anforderungen (<ref-ruling> E. 3a S. 352) in jeder Hinsicht genüge. Was dagegen beschwerdeweise vorgebracht wird, vermag eine diesbezügliche offensichtliche Unrichtigkeit beziehungsweise eine Rechtsfehlerhaftigkeit nicht zu begründen.
So hat sich das kantonale Gericht insbesondere zu den Einwänden, dass die Zusprechung einer Integritätsentschädigung durch die SUVA nicht berücksichtigt worden sei und dass Widersprüche bestünden bezüglich der Einschätzung des Risikos einer weiteren Zunahme der Arthrose durch den SUVA-Kreisarzt und die Gutachter des Instituts X._, bereits einlässlich und zutreffend geäussert.
Des Weiteren macht der Beschwerdeführer geltend, dass er wegen einer 100%igen Arbeitsunfähigkeit vom 1. September 2003 bis zum 6. September 2005 Krankentaggelder bezogen habe. Dazu ist anzumerken, dass im Gutachten bezüglich dieses Zeitraums Berichte über kreisärztliche Untersuchungen der SUVA sowie der behandelnden Ärzte ausdrücklich angeführt und berücksichtigt wurden und die Experten auftragsgemäss auch retrospektiv zur Entwicklung des Gesundheitszustandes Stellung genommen haben. Dem Umstand, dass Taggelder ausgerichtet worden seien, ist jedoch auch deshalb nicht weiter nachzugehen, weil sich der Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang namentlich auf seine psychischen Probleme beruft und eine invalidisierende, vom behandelnden Arzt diagnostizierte Anpassungsstörung geltend macht. Rechtsprechungsgemäss ist bei psychischen Beeinträchtigungen zu prüfen, ob eine seelische Abwegigkeit mit Krankheitswert besteht, welche den Versicherten auch bei Aufbietung allen guten Willens daran hindert, ein rentenausschliessendes Erwerbseinkommen zu erzielen, beziehungsweise ob ein pathogenetisch (ätiologisch) unklarer syndromaler Zustand mit zumutbarer Willensanstrengung überwindbar ist (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 70 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 50; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 353; <ref-ruling> E. 5.3.2 S. 398 f.). Einer Anpassungsstörung kommt wohl Krankheitswert zu, es handelt sich jedoch um ein vorübergehendes und damit nicht invalidisierendes psychisches Leiden (Urteile I 196/98 vom 16. März 1999 E. 2b; 9C_65/2007 vom 30. November 2007 E. 2.3). Nach den Feststellungen des kantonalen Gerichts liegt und lag gestützt auf das Gutachten des Instituts X._ weder eine Anpassungsstörung noch eine somatoforme Schmerzstörung vor, wobei die Ärzte auch die massgebenden Fragen, ob eine psychische Komorbidität oder weitere Umstände gegeben sind, welche die Schmerzbewältigung behindern (BGE <ref-ruling>; <ref-ruling>), verneint haben. Diese Sachverhaltsfeststellung ist vom Bundesgericht nur eingeschränkt überprüfbar (<ref-ruling> E. 3.2 S. 399; SVR 2008 IV Nr. 23 S. 71, I 683/06 E. 2.2). Da sich die Beschwerde dazu nicht äussert, ist darauf nicht weiter einzugehen.
Damit ist das Bundesgericht an die vorinstanzliche Beurteilung des Gesundheitsschadens und der Arbeitsfähigkeit gebunden.
6. Der von der Vorinstanz vorgenommene Einkommensvergleich wird nicht beanstandet und gibt daher keinen Anlass zu Weiterungen.
Es bleibt somit bei der Verneinung des Rentenanspruchs ab dem 1. August 2002 zufolge rentenausschliessender Invalidität.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend dem Beschwerdeführer auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. August 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo