Sachverhalt:
A. Die X._ SA produziert in der Schweiz Goldbarren, welche (auch) zum Export vorgesehen sind. Da sie von der schweizerischen Oberzolldirektion (OZD) als "ermächtigte Ausführerin" anerkannt wurde, darf die Gesellschaft die Ursprungszeugnisse für die von ihr produzierten Goldbarren selbst ausstellen.
Von November 2006 bis April 2007 exportierte die X._ SA Goldbarren mit einem Gesamtgewicht von rund 1.58 Tonnen nach Südkorea. Auf den entsprechenden Rechnungen stellte sie Ursprungszeugnisse aus und bestätigte, dass die Goldbarren tatsächlich schweizerischen Ursprungs seien.
Auf Ersuchen der koreanischen Behörden überprüfte die Zollkreisdirektion Lugano die von der X._ SA ausgestellten Ursprungszeugnisse auf ihre Richtigkeit. Die Zollkreisdirektion gelangte dabei zum Ergebnis, dass die X._ SA den schweizerischen Ursprung der Goldbarren nicht nachzuweisen vermöge. In ihrer Verfügung vom 25. März 2008 stellte die Zollkreisdirektion daher die Ungültigkeit der ausgestellten Ursprungszeugnisse fest.
B. Gegen die Verfügung der Zollkreisdirektion rekurrierte die X._ SA ohne Erfolg bei der OZD. Gegen den abschlägigen Rekursentscheid beschwerte sie sich sodann beim Bundesverwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 8. September 2009 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Eingabe vom 14. Oktober 2009 führte die X._ SA Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht und beantragte die Aufhebung des vorinstanzlichen Urteils.
Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde. Demgegenüber beantragte die OZD die Sistierung des bundesgerichtlichen Verfahrens, unter Hinweis auf ein in der Zwischenzeit eingeleitetes Nachprüfungsverfahren.
Mit Verfügung vom 11. Dezember 2009 sistierte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Beschwerdeverfahren bis zum 1. Juni 2010. Er forderte die Eidgenössische Zollverwaltung auf, bis spätestens zu diesem Zeitpunkt über den aktuellen Stand der Dinge zu informieren.
D. Mit Eingabe vom 31. Mai 2010 beantragte die OZD, es sei die Sistierung des Verfahrens aufzuheben und die Beschwerde der X._ SA abzuweisen.
Am 4. Juni 2010 verfügte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts die Wiederaufnahme des Verfahrens und ordnete einen zweiten Schriftenwechsel an.
Mit Replik vom 1. Juli 2010 teilte die X._ SA mit, dass sie an ihren Rechtsbegehren festhalte. Die OZD nahm in ihrer Duplik vom 13. September 2010 erneut zu den Ausführungen der X._ SA Stellung und wiederholte den Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht bestätigte, dass es auf eine Vernehmlassung verzichte.
Am 23. September 2010 äusserte sich die X._ SA unaufgefordert ein weiteres Mal zur Sache.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit dem ordentlichen Rechtsmittel der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Aus dem Blickwinkel der schweizerischen Behörden sind mit der Frage der Gültigkeit der von der Beschwerdeführerin ausgestellten Ursprungszeugnisse keine unmittelbaren, in der Schweiz eintretenden Rechtsfolgen verbunden. Aus diesem Grund schliesst der vorinstanzliche Entscheid das Verfahren ab, und stellt dieser einen anfechtbaren Endentscheid dar (<ref-law>). Da die Gültigkeit der Ursprungszeugnisse indessen Auswirkungen auf die Gewährung von Zollpräferenzen durch Südkorea hat, ist die Beschwerdeführerin als Adressatin des angefochtenen Entscheids ohne Weiteres zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert (<ref-law>). Auf die im Übrigen form- und fristgerecht (Art. 42 und Art. 100 Abs. 1 BGG) eingereichte Beschwerde ist daher einzutreten.
2. Streitig und nachfolgend zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin die schweizerische Provenienz der von ihr in der Schweiz produzierten und nach Südkorea exportierten Goldbarren zu Recht bestätigt hat, oder ob die in Frage stehenden Ursprungszeugnisse von der Zollkreisdirektion für ungültig erklärt werden durften.
2.1 Gemäss Art. 2 lit. a und lit. b von Anhang I des Freihandelsabkommen vom 15. Dezember 2005 zwischen den EFTA-Staaten und der Republik Korea (FH EFTA-Korea; SR 0.632.312.811) ist für die Ursprungsdeklaration einer Ware massgeblich, ob diese in ihrer Gesamtheit einem Vertragsstaat entstammt. Werden für die Herstellung der Ware (teilweise) Materialien aus einem Drittstaat verwendet, wird eine "hinreichende Verarbeitung" im Vertragsstaat vorausgesetzt.
Art. 5 Ziff. 1 von Anhang I des FH EFTA-Korea präzisiert, dass eine hinreichende Verarbeitung nur bezüglich drittländischen Materialien erforderlich ist; hat eine verwendete Materialie dagegen bereits zuvor den Status eines Ursprungsproduktes erlangt, fällt dieses Erfordernis weg. Sodann legt Art. 5 Ziff. 1 von Anhang I des FH EFTA-Korea fest, dass eine hinreichende Verarbeitung im obigen Sinne dann vorliegt, wenn die in der Beilage 2 zum Anhang I genannten Voraussetzungen erfüllt sind.
Die Beilage 2 zum Anhang I gliedert sich nach dem sog. harmonisierten System (HS; "Harmonized Commodity Description and Coding System"). Dies ist eine aus Codenummern bestehende Klassifikation der Weltzollorganisation (World Customs Organization; WCO) zur Einteilung von Waren für zolltarifliche Zwecke und zur Klassifizierung von Aussenhandelsdaten. Die von der Beschwerdeführerin hergestellten Endprodukte, d.h. die ausgelieferten Goldbarren, sind unbestrittenerweise in die HS Tarifnummer 7108.12 eingereiht. Werden zur Herstellung von Endprodukten der Tarifnummer 7108 drittländische Materialien verwendet, liegt gemäss der Beilage 2 zum Anhang I eine hinreichende Verarbeitung dann vor, wenn die zur Herstellung verwendeten drittländischen Materialien einer anderen Unternummer zugeordnet sind als das fertige Endprodukt.
Zur Herstellung der in Frage stehenden Goldbarren verwendete die Beschwerdeführerin verschiedene Materialien: Aus schweizerischer Produktion stammende Edelmetallabfälle (HS Tarifnummer 7112), Altgold (HS Tarifnummer 7112), aus Drittländern importierte Edelmetallabfälle (HS Tarifnummer 7112), Doré Barren (Barren aus Rohgold mit tieferem Reinheitsgehalt; HS Tarifnummer 7108.12) sowie Goldbarren mit hohem Reinheitsgehalt (HS Tarifnummer 7108.12).
Gemäss den obenstehenden Erwägungen steht die Verwendung von Materialien der HS Tarifnummer 7112 der schweizerischen Provenienz des Endprodukts nicht entgegen, selbst wenn sie drittländischer Herkunft sind: Da die fertigen Goldbarren einer anderen Tarifnummer zugeordnet sind, findet während der Herstellung eine hinreichende Verarbeitung der fraglichen Materialien statt.
Gegenteiliges gilt indes für die zur Produktion verwendeten Doré Barren und Goldbarren drittländischen Ursprungs: Diese Materialien sind in der gleichen HS Tarifnummer eingereiht wie das Endprodukt. Diesbezüglich wird das Kriterium der hinreichenden Verarbeitung somit nicht erfüllt.
Da die nicht hinreichend verarbeiteten Materialien drittländischen Ursprungs während des Produktionsprozesses mit den Vormaterialien schweizerischen Ursprungs und mit hinreichend verarbeitetem drittländischem Material vermischt wurden, gelangte die Vorinstanz zum Schluss, dass das Endprodukt als Ganzes die Ursprungskriterien nicht erfüllt: Die von der Beschwerdeführerin exportierten Goldbarren seien solche unbestimmten Ursprungs und die von ihr ausgestellten Ursprungszeugnisse mithin unzutreffend.
2.2 Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, dass auch eine rein buchhalterische Trennung der schweizerischen von den drittländischen Materialien dazu berechtige, die schweizerische Provenienz des Endprodukts zu bestätigen. Sie verweist in diesem Zusammenhang auf Art. 11 von Anhang I des FH EFTA-Korea.
Die Einwendung der Beschwerdeführerin überzeugt nicht: Art. 11 Ziff. 1 von Anhang I des FH EFTA-Korea stellt - im Gegenteil - den Grundsatz auf, dass Materialien mit Ursprungscharakter getrennt von gleichartigen drittländischen Materialien gelagert werden müssen. Zwar sieht Art. 11 Ziff. 2 von Anhang I des FH EFTA-Korea vor, dass eine buchmässige Trennung zulässig ist, falls eine separate Lagerung für den Produzenten mit erheblichen Kosten oder Schwierigkeiten verbunden wäre. Im vorliegenden Fall sind diese Voraussetzungen jedoch nicht erfüllt, zumal die Beschwerdeführerin selbst erklärt, sie lagere alle Vormaterialien physisch getrennt; erst kurz vor der Verarbeitung finde eine Vermischung statt.
Soweit die Beschwerdeführerin eine analoge Anwendung von Art. 11 Ziff. 2 des FH EFTA-Korea auf jene Fälle verlangt, in denen zwar die getrennte Lagerung der Materialien nicht aber deren getrennte Verarbeitung möglich ist, kann ihren Ausführungen ebenfalls nicht gefolgt werden: Da sie die Materialien mit Ursprungscharakter offensichtlich problemlos getrennt von gleichartigen drittländischen Materialien lagern kann, ist nicht einzusehen, weshalb eine separate Verarbeitung nicht oder nur unter Inkaufnahme von unverhältnismässigen Kosten möglich ist. Der Hinweis, dass eine separate Verarbeitung der teilweise sehr kleinen Einzelpositionen aufgrund der Grösse der Produktionslose für den Schmelzprozess nicht möglich sei, überzeugt jedenfalls nicht: Diesfalls muss die Beschwerdeführerin gegebenenfalls mit der Produktion zuwarten, bis sie in genügendem Masse Materialien mit Ursprungscharakter bzw. drittländische Materialien vorrätig hat. Liegt der Grund für eine Vermischung dagegen in der unterschiedlichen Zusammensetzung von Ursprungs- und drittländischem Material, so ist auf die nachvollziehbaren Erwägungen des Bundesverwaltungsgerichts zu verweisen, wonach diesfalls keine "gleichartigen" Materialien im Sinne von Art. 11 des FH EFTA-Korea vorliegen und es an den Voraussetzungen für die Zulässigkeit einer buchmässigen Trennung von vornherein gebricht.
2.3 Weiter bringt die Beschwerdeführerin vor, dass ihr der Anhang I zum FH EFTA-Korea nicht entgegengehalten werden könne: Dieser sei nicht ordnungsgemäss in der Amtlichen Sammlung des Bundesrechts (AS) publiziert worden. Sie habe deswegen keine Kenntnis der darin statuierten Regelungen erlangen können. Auch der Verband der edelmetallverarbeitenden Unternehmen (ASFCMP) sei sich über den Inhalt des Anhangs I zum FH EFTA-Korea nicht im Klaren gewesen. Im Zusammenhang mit diesen Vorbringen rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Bundesgesetzes über die Sammlungen des Bundesrechts und das Bundesblatt (Publikationsgesetz, PublG; SR 170.512). Ebenfalls macht sie eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör geltend, zumal es das Bundesverwaltungsgericht abgelehnt habe, zur Frage der Bekanntheit des Inhalts des betreffenden Anhangs eine Parteibefragung bzw. eine Befragung des Verbandssekretärs des ASFCMP durchzuführen.
Die Rügen gehen fehl: Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist ausschliesslich die Richtigkeit bzw. die Unrichtigkeit der von der Beschwerdeführerin ausgestellten Ursprungszeugnisse für die nach Südkorea exportierten Goldbarren. Wie obenstehend aufgezeigt, erfüllen die Letzteren die Anforderungen nicht, welche das FH EFTA-Korea für Waren schweizerischer Provenienz statuiert. Die Ursprungszeugnisse, welche die Schweizer Herkunft der Goldbarren bescheinigen, sind somit inhaltlich nicht zutreffend. An diesem Umstand würde sich selbst dann nichts ändern, wenn der Anhang I des Abkommens tatsächlich nicht ordnungsgemäss publiziert worden wäre; es könnten diesfalls nicht einfach die für die Edelmetallproduzenten günstigeren Kriterien aus anderen Staatsverträgen angewendet werden, wie dies die Beschwerdeführerin zu Unrecht behauptet.
Im vorliegenden Zusammenhang kann von einer Verletzung des Publikationsgesetzes aber ohnehin keine Rede sein: Zwar ist richtig, dass der Anhang I zum Abkommen, welcher eine detaillierte Liste der von Südkorea gewährten Zollvergünstigungen enthält, nicht vollständig in der AS veröffentlicht worden ist. Indessen wurde in der AS ein Verweis auf diesen Anhang unter Angabe der Bezugsstelle abgedruckt (AS 2006 S. 3762 Rz. 21). Dieses Vorgehen ist gemäss Art. 5 Abs. 1 lit. a und lit. b PublG zulässig, wenn sich ein Text für die Veröffentlichung in der AS nicht eignet, weil er entweder nur einen kleinen Kreis von Personen betrifft oder von technischer Natur ist und sich nur an Fachleute wendet. Wie der Bundesrat in seiner Botschaft vom 9. Dezember 2005 zum FH EFTA-Korea (BBl 2006 S. 923 ff. insb. S. 946) zutreffend ausgeführt hat, enthalten die mehrere hundert Seiten umfassenden Anhänge zum Abkommen hauptsächlich Bestimmungen technischer Natur. Die Veröffentlichung durch Verweis war somit zulässig. Jedenfalls wäre eine vollständige Publikation der Anhänge zum Abkommen - entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin - nicht bereits deswegen notwendig gewesen, weil sie offenbar eine anders ausgestaltete Regelung beinhalten, als gewisse Freihandelsabkommen der EFTA mit anderen Ländern. Ebenso wenig bestand im vorliegenden Fall eine Verpflichtung, die auf Englisch abgefassten Anlagen zum Anhang I des Abkommens in die schweizerischen Amtssprachen zu übersetzen: Wohl besagt Art. 10 lit. a der Verordnung vom 17. November 2004 über die Sammlungen des Bundesrechts und das Bundesblatt (Publikationsverordnung, PublV; SR 170.512.1), dass die sachlich zuständige Stelle bei der Veröffentlichung durch Verweis dafür besorgt sein muss, die Verfügbarkeit der Texte, auf die verwiesen wird, in den erforderlichen Amtssprachen zu gewährleisten. Der Bundesrat kann jedoch gemäss Art. 14 Abs. 2 PublG bestimmen, dass auf eine Übersetzung in die Amtssprachen verzichtet wird, wenn ein Text - wie im vorliegenden Fall - in der Praxis ausschliesslich in der (englischen) Originalsprache verwendet wird.
Bei dieser Sachlage ist auch nicht von Relevanz, wer vom Inhalt des betreffenden Anhangs tatsächlich Kenntnis erlangt hat. Die Vorinstanz durfte daher ohne weiteres auf die beantragten Befragungen verzichten. Eine Gehörsverletzung liegt nicht vor.
2.4 Abschliessend behauptet die Beschwerdeführerin, die von den Vorinstanzen vorgenommene Auslegung des FH EFTA-Korea würde dazu führen, dass das Abkommen in Bezug auf die Produkte der Schweizer Edelmetallhersteller gar keine Anwendung finden könne; es bestehe für Goldbarren kein ökonomisch vertretbares Herstellungsverfahren, welches die Erfüllung der auf diese Weise ausgelegten Voraussetzungen für die Ausstellung eines schweizerischen Ursprungsnachweises ermöglichen würde. In diesem Zusammenhang rügt die Beschwerdeführerin abermals eine Verletzung des rechtlichen Gehörs: Sie, die Beschwerdeführerin, habe erfolglos den Beweisantrag gestellt, es sei zu erheben, welche Verfahren international zur Verarbeitung von Goldabfällen vorherrschend seien und ob es ein zuverlässiges, ausgereiftes und wirtschaftlich vertretbares Verfahren gebe, welches mit der von der OZD vorgenommen Auslegung des FH EFTA-Korea vereinbar sei.
Erneut erweisen sich die Ausführungen der Beschwerdeführerin als nicht zielführend: Wie das Bundesverwaltungsgericht richtig erkannt hat, ist es Aufgabe der Beschwerdeführerin und nicht der Justiz, abzuklären, ob und mit welchem Verfahren die Anforderungen zur Ausstellung von Ursprungszeugnissen ökonomisch vertretbar erfüllt werden können. Eine Gehörsverletzung ist jedenfalls auch hier nicht zu erkennen.
3. Nach dem Ausgeführten erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unbegründet. Sie ist daher abzuweisen.
Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens werden die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Zollverwaltung, Oberzolldirektion, sowie dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. November 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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