Faits:
A. A.X._ et B.X._ se sont établis en 1979 à C._, dans le canton de Berne, où ils ont acquis une villa familiale jumelée dont ils sont restés propriétaires jusqu'au 30 novembre 2009. Leurs trois filles, désormais adultes, ont été élevées dans cette commune, où elles ont effectué leur scolarité. A.X._ a pris sa retraite le 1er juin 2007; son épouse a poursuivi son activité professionnelle à Berne, à raison de 50 %, jusqu'à fin juin 2009.
Le 26 mai 2007, les époux ont déposé leurs actes d'origine à D._, dans le canton du Valais, où ils sont propriétaires d'un chalet depuis 1991. Le 30 mai 2007, ils se sont inscrits au registre de la Commune de C._ en qualité de résidents à la semaine.
Sollicitée par la Commune de C._ en vue de la constatation du domicile fiscal des époux X._, l'Intendance des impôts du canton de Berne (ci-après : l'Intendance cantonale des impôts) a, par décision du 14 mai 2008, fixé leur domicile fiscal à C._ pour l'année 2007. La réclamation formée par les intéressés le 26 mai 2008 à l'encontre de cette décision a été rejetée le 12 mars 2009.
B. Le 9 avril 2009, les époux X._ ont recouru contre la décision précitée du 12 mars 2009 auprès de la Commission des recours en matière fiscale du canton de Berne (ci-après : la Commission cantonale des recours). Celle-ci a admis le recours, par décision du 9 décembre 2009. Elle a considéré que le centre des intérêts vitaux du couple et, partant, leur domicile fiscal, se trouvait à D._ en 2007.
Le 11 janvier 2010, l'Intendance cantonale des impôts a déposé un recours contre la décision de la Commission cantonale des recours du 9 décembre 2009 auprès du Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française (ci-après: le Tribunal administratif).
C. Par décision de taxation entrée en force rendue le 16 juin 2010, le canton du Valais a taxé les époux X._ pour la période fiscale 2007.
D. Par arrêt du 12 novembre 2010, le Tribunal administratif a admis le recours, annulé la décision de la Commission cantonale des recours du 9 décembre 2009 et confirmé la décision sur réclamation de l'Intendance cantonale des impôts du 12 mars 2009. Il a retenu, en substance, que la situation des époux X._ n'avait pas fondamentalement changé durant la période fiscale 2007, en dépit du déplacement progressif du centre de vie du couple vers le Valais depuis la retraite professionnelle de l'époux. Le domicile fiscal des contribuables mariés coïncidait avec le lieu de travail et de séjour durant la semaine, ou à tout le moins durant une partie de celle-ci. Or, B.X._ avait poursuivi son activité professionnelle à Berne jusqu'à fin juin 2009. Le rapprochement des époux de D._, amorcé dès l'année 2007, ne s'était véritablement concrétisé que postérieurement à l'année 2007, en particulier depuis la retraite professionnelle de l'épouse.
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ et B.X._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, principalement, d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 12 novembre 2010 et de fixer leur domicile fiscal à D._ pour l'année fiscale 2007, subsidiairement, d'ordonner un partage de l'impôt entre les cantons du Valais et de Berne, soit le partage de la souveraineté fiscale entre les deux cantons. Ils font valoir que le Tribunal administratif a procédé à une appréciation erronée de leur situation au regard de la notion de domicile fiscal des personnes mariées et invoquent une violation de l'interdiction de la double imposition au sens de l'art. 127 al. 3 Cst. dès lors qu'ils ont été taxés définitivement par le canton du Valais pour la période fiscale 2007.
Le Tribunal administratif renonce à se déterminer sur le recours et se réfère à l'arrêt attaqué. L'Intendance cantonale des impôts conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions renonce à formuler des conclusions. Le Service cantonal des contributions du canton du Valais n'a pas déposé d'observations.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public est en principe recevable contre un arrêt de dernière instance judiciaire d'un canton fixant le domicile fiscal d'un contribuable (cf. art. 82 let. a, en relation avec l'art. 86 al. 1 let. d LTF). Les recourants disposant de la qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>, il y a lieu d'entrer en matière sur le recours, qui a été déposé dans le délai et dans les formes prévues par la loi (cf. art. 100 et 42 LTF).
1.2 En matière de double imposition intercantonale, le recours en matière de droit public peut être déposé contre les décisions de taxation déjà entrées en force d'un autre canton (<ref-law>), même s'il ne s'agit pas de décisions au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 307 ss). La conclusion subsidiaire des recourants tendant au partage de la souveraineté fiscale des cantons de Berne et du Valais, en tant qu'elle implique l'annulation de la décision de taxation rendue le 16 juin 2010 par le canton du Valais est par conséquent recevable.
1.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Compte tenu des particularités de la procédure de recours en matière de double imposition intercantonale, le Tribunal fédéral, même en présence d'un jugement de dernière instance cantonale, dispose dans certains cas d'un plein pouvoir d'examen des faits, en particulier lorsque l'un des cantons les conteste et produit ses propres moyens de preuves à propos desquels le recourant doit pouvoir se prononcer. L'exigence de l'épuisement des instances cantonales au sens de l'<ref-law> prescrit, même en cas de conflit de compétences fiscales au sens de l'art. 127 al. 3 Cst., que l'un des cantons concernés se soit prononcé en dernière instance. Dans cette mesure, le recourant doit avoir exposé ses griefs ainsi que ses moyens de preuves en procédure cantonale déjà et les constatations de fait qui ont été retenues lient le Tribunal fédéral, conformément à l'<ref-law>. Dans ces conditions, le recourant ne saurait se contenter de contester simplement les constatations de l'instance précédente; il est bien plutôt tenu d'apporter la preuve que l'établissement des faits de la dernière instance cantonale souffre de défauts majeurs (cf., à ce sujet, <ref-ruling> consid. 2.3 p. 306; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 149; arrêt 2C_397/2010 du 6 décembre 2010, consid. 1.3, paru in RDAF 2011, II, p. 129).
2. Le principe de l'interdiction de la double imposition au sens de l'art. 127 al. 3 Cst. s'oppose à ce qu'un contribuable soit concrètement soumis, par deux ou plusieurs cantons, sur le même objet et pendant la même période à des impôts analogues (double imposition effective) ou à ce qu'un canton excède les limites de sa souveraineté fiscale et, violant des règles de conflit jurisprudentielles, prétende prélever un impôt dont la perception est de la seule compétence d'un autre canton (double imposition virtuelle) (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 306 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 311; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 31 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 286).
En l'espèce, le domicile fiscal des recourants, pour l'année 2007, a été fixé dans le canton de Berne à teneur de l'arrêt du Tribunal administratif du 12 novembre 2010, bien que les recourants aient déjà été assujettis à l'impôt par le canton du Valais, pour la même période. On se trouve donc en présence d'une double imposition effective.
3. 3.1 Selon la jurisprudence rendue en application de l'art. 127 al. 3 Cst. (respectivement à l'art. 46 al. 2 aCst.), l'imposition du revenu et de la fortune mobilière d'une personne revient au canton où cette personne a son domicile fiscal. Par domicile fiscal, on entend en principe le domicile civil, c'est-à-dire le lieu où l'intéressé réside avec l'intention de s'y établir durablement ou le lieu où se situe le centre de ses intérêts (cf. art. 3 al. 2 de la loi fédérale du 4 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). Le domicile politique ne joue, dans ce contexte, aucun rôle décisif : le dépôt des papiers et l'exercice des droits politiques ne constituent, au même titre que les autres relations de la personne assujettie à l'impôt, que des indices propres à déterminer le domicile fiscal. Le lieu où la personne assujettie a le centre de ses intérêts personnels se détermine en fonction de l'ensemble des circonstances objectives et non pas en fonction des déclarations de cette personne; dans cette mesure, il n'est pas possible de choisir librement un domicile fiscal (ATF <ref-ruling> consid. 4.1 p. 35 s.). Si une personne séjourne alternativement à deux endroits, ce qui est notamment le cas lorsque le lieu de travail ne coïncide pas avec le lieu de résidence habituelle, son domicile fiscal se trouve au lieu avec lequel elle a les relations les plus étroites.
Pour le contribuable exerçant une activité lucrative dépendante, le domicile fiscal se trouve en principe à son lieu de travail, soit au lieu à partir duquel il exerce quotidiennement son activité lucrative, pour une longue durée ou pour un temps indéterminé en vue de subvenir à ses besoins (ATF <ref-ruling> consid. 4.2 p. 36 s. et les références citées).
Pour le contribuable marié, les liens créés par les rapports personnels et familiaux sont tenus pour plus forts que ceux tissés au lieu du travail; pour cette raison, ces personnes sont imposables au lieu de résidence de la famille (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 56/57; <ref-ruling> consid. 2d p. 467 s.; <ref-ruling> consid. 4 a p. 16). Lorsque le contribuable marié exerce une activité dépendante, sans assumer de fonction dirigeante, et revient chaque jour dans sa famille, son domicile fiscal est au lieu de résidence de la famille. Il en va de même lorsque le contribuable ne rentre dans sa famille que pour les fins de semaine et son temps libre (ATF <ref-ruling> consid. 4.2 et 4.3 p. 36 ss et les références citées). Les liens rattachant les couples mariés sans enfants au lieu où ils habitent et travaillent pendant la semaine l'emportent généralement sur ceux qu'ils entretiennent en fin de semaine avec une résidence secondaire, même s'ils y possèdent un logement, s'y rendent régulièrement et y ont un cercle d'amis et de connaissances (ERNST HÖHN/PETER MÄUSLI, Interkantonales Steuerrecht, 4ème éd. Berne/Stuttgart/Vienne 2000 N. 80 et 81 p. 109 ss). Dans certaines circonstances exceptionnelles, le domicile fiscal principal pourra toutefois se trouver au lieu de séjour régulièrement fréquenté pendant les fins de semaine et le temps libre (Archives 71 p. 662).
Pour les contribuables mariés retraités, séjournant alternativement à deux endroits différents, le centre de leurs intérêts personnels se détermine principalement en fonction de la durée des séjours respectifs, de l'intensité des contacts familiaux et des relations sociales, ainsi que des conditions d'habitation (ATF <ref-ruling> consid. 5 p. 105 s.).
Exceptionnellement, la jurisprudence a admis l'existence d'un domicile alternant, c'est-à-dire de deux domiciles fiscaux d'importance égale, lorsqu'un contribuable a des liens d'égale intensité avec les deux lieux où il séjourne. Tel est le cas lorsque le contribuable transfère à intervalles réguliers son domicile d'un lieu à un autre puis à nouveau au premier endroit, de telle manière qu'en additionnant ces périodes, la durée de la résidence à chacun des deux endroits soit à peu près équivalente sur une année. L'existence d'un domicile alternant entraîne en principe le partage de la souveraineté fiscale entre les deux cantons concernés, les facteurs fiscaux étant répartis par moitié (ATF <ref-ruling> consid. 4.2 p. 150).
L'existence de liens d'égale intensité avec les deux lieux où séjourne le contribuable résulte de l'examen de l'ensemble des circonstances (cf. ZWEIFEL/HUNZIKER, Interkantonales Steuerrecht, Zweifel/Beusch/ Mäusli-Allenspach Ed., Bâle 2011, n° 59 ad § 6 p. 71).
3.2 En l'espèce, il n'est pas contesté que les recourants ne se sont pas constitués des domiciles distincts, mais qu'ils partagent le même domicile, et que la date déterminante pour l'appréciation de leur situation, s'agissant de la période fiscale 2007, est celle du 31 décembre 2007 (art. 9 al. 3 de la loi cantonale bernoise sur les impôts du 21 mai 2000 [LI; RSB 661.11] en relation avec l'art. 68 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]).
La détermination du domicile fiscal implique d'apprécier des éléments de fait relevant du for interne des contribuables, soit de leur volonté d'établir en un lieu le centre de leurs intérêts personnels, en se fondant sur des circonstances extérieures et objectives. Cette appréciation ne peut guère se fonder sur des preuves strictes, mais résulte généralement d'un faisceau d'indices; elle nécessite une prise en considération détaillée de l'ensemble des relations professionnelles, familiales et sociales (cf. arrêt 2C_397/2010 du 6 décembre 2010 consid. 2.4.2, paru in RDAF 2011 II p. 133).
3.2.1 S'agissant de la situation professionnelle des recourants, le Tribunal administratif a considéré que la poursuite pendant toute l'année 2007 de l'activité lucrative de l'épouse à Berne, où elle avait continué de se rendre régulièrement à son travail, constituait un indice important du maintien du domicile fiscal des époux à C._.
A cet égard, il perd de vue que, pour le contribuable marié, les liens créés par les rapports personnels et familiaux sont tenus pour plus forts que ceux tissés au lieu du travail, de sorte que celui-ci est imposable au lieu de résidence de la famille. Il s'ensuit que le lieu de l'activité lucrative de l'épouse ne constitue pas un indice important, d'autant moins en l'espèce que celle-ci a poursuivi à Berne une activité lucrative à raison de 50 %, dont la rémunération n'a toujours constitué qu'un gain accessoire des époux; même après la retraite du mari, le salaire de la recourante n'a représenté que le 30 % environ des ressources du couple. Les besoins matériels des époux étaient donc essentiellement couverts par les prestations de retraite du mari, qui ne présentaient pas de rattachement économique avec la Commune de C._. Un tel indice doit simplement être mis en relation avec les autres circonstances déterminantes. Or, sous cet angle, selon l'organisation du mode de vie des recourants depuis la retraite de l'époux, c'est à partir de D._ que les intéressés se rendaient ensemble à C._ pour permettre à l'épouse de remplir ses obligations professionnelles. Leurs séjours à C._, à raison d'une fin de semaine par mois, n'étaient pas dictés par des raisons professionnelles, mais devaient faciliter les contacts avec leurs filles, qui résidaient dans la région de Berne.
Le seul exercice de l'activité lucrative partielle de l'épouse à Berne n'a donc pas pour effet de fixer le domicile fiscal principal des époux à C._.
3.2.2 S'agissant des relations familiales entretenues par les recourants à D._ et à C._, il ressort du dossier qu'elles se limitaient principalement au cercle proche de leurs filles, à défaut de liens étroits avec d'autres membres de leur parenté, à l'exception d'un cousin de l'épouse résidant à D._. Or, les trois filles des recourants avaient déjà quitté le domicile parental en 2007 et vivaient de manière indépendante dans la région de Berne. Les rencontres entre parents et enfants avaient donc lieu pendant les vacances ou les jours de congé, à intervalles irréguliers. Les recourants ont expliqué, sans être contredits, que leurs filles passaient souvent leurs vacances ou une partie de celles-ci au chalet de D._. C'est également en Valais que la famille se réunissait pour les fêtes annuelles et les jours fériés usuels. Parallèlement, les recourants rencontraient leurs filles, généralement séparément, à l'occasion de la fin de semaine qu'ils passaient une fois par mois à C._. A ces occasions, les filles retournaient toutefois à leur domicile sis à proximité, de sorte qu'il est justifié de considérer que les relations entretenues par les recourants avec leurs filles étaient plus longues et plus intenses à D._, où elles passaient la nuit à l'occasion de leurs séjours. D'un autre côté, il était assurément plus pratique pour les filles des recourants de voir leurs parents à C._, lorsqu'ils s'y trouvaient, pour les côtoyer et échanger plus brièvement, par exemple à l'occasion d'un repas.
En 2007, les recourants ont donc vécu leur vie de famille avec leurs filles alternativement à D._ et à C._, les contacts les plus étroits ayant cependant été noués en Valais.
3.2.3 S'agissant de leurs relations sociales, les recourants soutiennent qu'elles se sont déplacées en Valais, essentiellement pour des raisons linguistiques. Il est certes établi que les recourants, bien qu'ayant leurs racines en Suisse romande, maîtrisent tous deux la langue allemande. ll n'en va toutefois pas de même du dialecte bernois. Or, c'est généralement cet idiome qui a cours dans les relations sociales tissées par les habitants de la région de Berne. Si la connaissance écrite et parlée de la langue allemande permet une bonne intégration dans le milieu professionnel, elle peut s'avérer insuffisante pour créer des liens véritablement étroits dans la vie courante. C'est donc à tort que le Tribunal administratif a minimisé l'argument des recourants selon lequel le fait de pouvoir s'exprimer dans leur langue maternelle avait favorisé une meilleure intégration socio-culturelle en Valais que dans le canton de Berne; en réalité, il a facilité la création d'un cercle d'amis et de connaissances plus étendu à D._ ainsi que la participation des recourants à certaines activités locales, telles que le parrainage d'un chemin de randonnée pédestre.
L'année 2007 a également été marquée par certains changements au plan des activités sportives des recourants. La pratique commune des époux du golf et de la marche s'est intensifiée en Valais et le recourant, inscrit dans le club de tennis de C._, a cessé de participer aux compétitions interclubs depuis sa retraite. Les recourants n'ont toutefois pas rompu tous contacts avec la région de Berne; le recourant était encore inscrit en 2007 au Tennis-club de C._ et faisait partie du Club E._, section de Berne. En leur qualité de golfeurs indépendants, il est vraisemblable que les recourants ont occasionnellement pratiqué cette discipline sportive dans la région bernoise. En outre, au plan culturel, les recourants étaient encore abonnés à la F._, à Berne, qui organisait des spectacles en langue française.
Les recourants ont donc concrétisé en 2007 leur intention de déplacer le centre de leur vie sociale en Valais, sans pour autant rompre tous les liens qu'ils avaient tissés dans la région de Berne avant la retraite professionnelle du mari.
3.2.4 Pour ce qui concerne les critères spécifiques de détermination du domicile fiscal pour les couples de retraités - applicables en bonne partie à la situation d'un couple dont l'époux a atteint l'âge de la retraite et dont l'épouse exercice encore à raison de 50 % une activité professionnelle devant prendre fin dans un délai de dix-huit mois -, il convient de constater en l'espèce que ni la durée des séjours respectifs à C._ et à D._, ni les conditions de logement et de confort dans ces deux communes ne permettent de départager les deux localités.
Les nombreuses explications détaillées des parties au sujet du nombre exact de nuits ou de jours passés dès le mois de juin 2007 alternativement à D._ et à C._ ne peuvent qu'amener au constat pratique que les recourants ont partagé leur temps à raison de 50 % environ entre ces deux lieux de séjour. Les différents calculs opérés, soit selon une approche théorique, soit en prenant en considération les jours fériés et les vacances, soit en tenant compte du fait que la recourante retournait occasionnellement seule à C._ pour les besoins de son travail, ne font que nuancer la réalité d'un partage approximativement égal.
En outre, le descriptif des conditions de logement dans la villa jumelée de C._ et dans le chalet de D._, tant au plan de la surface et du volume de l'habitation, du nombre et de la distribution des chambres ou de l'équipement, démontre clairement que les recourants bénéficiaient du même confort dans les deux résidences et que le chalet de D._ ne pouvait pas être considéré comme un simple domicile secondaire ou de vacances.
3.3 L'examen détaillé de l'ensemble des circonstances concrètes du cas d'espèce conduit au constat que les relations professionnelles, familiales et sociales des recourants ont subi un changement notable à partir de la cessation de l'activité professionnelle du recourant, à fin juin 2007. Le centre des intérêts des recourants s'est en effet déplacé de C._ à D._ dès cette date. Ce déplacement s'est toutefois opéré progressivement, à raison de deux étapes distinctes dont la première a couvert la période du 1er juin 2007, correspondant à la retraite professionnelle du mari, à fin juin 2009, correspondant à celle de l'épouse.
Dans leurs écritures auprès des différentes instances cantonales, les recourants ont fait part à plusieurs reprises de leur intention d'alterner leurs séjours entre les cantons du Valais et de Berne. Cette intention, relevant de leur for interne, s'est concrétisée dans les faits au cours de la seconde moitié de l'année 2007, de sorte qu'à la date déterminante du 31 décembre 2007, le centre de leurs intérêts se situait objectivement tant à D._ qu'à C._, sans qu'il soit possible d'affirmer que les liens entretenus étaient plus intenses avec une commune qu'avec l'autre. Ces circonstances exceptionnelles permettent de retenir l'existence d'un domicile alternant, soit de deux domiciles fiscaux d'égale importance, et d'ordonner le partage de la souveraineté fiscale entre les communes de C._ et de D._, respectivement entre les cantons de Berne et du Valais pour la période fiscale 2007. Il y a donc lieu d'accueillir la conclusion subsidiaire des recourants.
4. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours dans le sens de la conclusion subsidiaire des recourants. Par conséquent, l'arrêt attaqué et la décision de taxation du canton du Valais du 16 juin 2010 sont annulés. La cause est renvoyée au Service cantonal des contributions du canton du Valais pour qu'il rende une nouvelle décision de taxation pour la période fiscale 2007 au sens des considérants ainsi qu'au Tribunal administratif du canton de Berne pour qu'il rende une nouvelle décision relative à la période fiscale 2007 au sens des considérants et pour qu'il statue sur les frais et dépens de la procédure suivie devant lui.
Aucune des parties n'obtenant entièrement gain de cause, il se justifie de mettre les frais de justice à la charge du canton de Berne et du canton du Valais, dont les intérêts pécuniaires sont en jeu (art. 66 al. 1 et 4 LTF), à raison de trois quarts et à la charge des recourants, solidairement entre eux, à raison d'un quart. Les recourants, qui n'ont pas été assistés par un mandataire professionnel, n'ont pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis.
2. L'arrêt rendu le 12 novembre 2010 par le Tribunal administratif du canton de Berne et la décision de taxation pour l'impôt cantonal de la période fiscale 2007 rendue le 16 juin 2010 par le Service cantonal des contributions du canton du Valais sont annulés.
3. La cause est renvoyée au Service cantonal des contributions du canton du Valais pour qu'il rende une nouvelle décision de taxation pour l'impôt cantonal de la période fiscale 2007 au sens des considérants ainsi qu'au Tribunal administratif du canton de Berne pour qu'il rende une nouvelle décision relative à la période fiscale 2007 au sens des considérants et statue nouvellement sur les frais et dépens de la procédure suivie devant lui.
4. Les frais de justice, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du canton de Berne, à raison de 750 fr., à la charge du canton du Valais à raison de 750 fr. et à la charge des recourants, solidairement entre eux, à concurrence de 500 fr.
5. Le présent arrêt est communiqué aux recourants, au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, à l'Intendance des impôts du canton de Berne, Droit et législation, au Service cantonal des contributions du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 3 août 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey