Sachverhalt:
A. Y._, geb. 19. November 1972, und X._, geb. 3. Januar 1968, heirateten am 17. Juni 2000 in A._. Sie haben die gemeinsamen Töchter B._, geb. 15. August 2003, und C._, geb. 6. Dezember 2007.
B. Auf Gesuch der Ehefrau hin erliess der Gerichtspräsident Brugg am 30. September 2010 einen Eheschutzentscheid. Er stellte fest, dass die Parteien seit 1. Juni 2010 getrennt leben, wies der Ehefrau die Liegenschaft in D._ für die Dauer der Trennung zur Benützung zu, stellte die beiden Kinder unter ihre Obhut, verpflichtete sie zur umgehenden Rückkehr nach D._, sobald der Ehemann die Liegenschaft verlassen habe, und zur dortigen Einschulung der Kinder, erteilte dem Ehemann ein Besuchsrecht an den geraden Wochenenden von Samstag, 09.00 Uhr, bis Sonntag, 18.00 Uhr, sowie ein Ferienrecht von drei Wochen, verpflichtete ihn zu Unterhaltsbeiträgen von Fr. 1'200.-- pro Kind (zzgl. Kinderzulage) und für die Ehefrau von Fr. 2'806.-- bis zu seinem Auszug aus der ehelichen Liegenschaft und sodann von Fr. 3'602.-- pro Monat.
Dagegen erhoben beide Parteien Beschwerde. Mit Entscheid vom 26. April 2011 modifizierte das Obergericht des Kantons Aargau den Unterhalt für die Ehefrau dahingehend, dass es den Ehemann zu Beiträgen von Fr. 2'250.-- ab Juni 2010 bis zu seinem Auszug aus der ehelichen Liegenschaft, von Fr. 3'050.-- ab diesem Zeitpunkt bis September 2011 und von Fr. 7'780.-- ab Oktober 2011 verpflichtete. Im Übrigen wies es beide Beschwerden ab.
C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 31. Mai 2011 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um Zuweisung der ehelichen Liegenschaft in D._, welche die Ehefrau innert 10 Tagen zu verlassen habe, um Zuteilung der Obhut über die beiden Töchter, unter Gewährung eines Besuchsrechts an den geraden Wochenenden und eines Ferienrechts von drei Wochen für die Mutter, und um Verpflichtung der Mutter zu Beiträgen von Fr. 1'200.-- pro Kind, ohne gegenseitige Unterhaltspflicht zwischen den Parteien. Für den Eventualfall, dass die Obhut bei der Mutter verbleibe, solle auch die Wohnungszuweisung an sie unverändert belassen werden; diesfalls sei einzig die Erhöhung des Unterhaltsbeitrages ab Oktober 2011 im obergerichtlichen Entscheid aufzuheben oder allenfalls neu zu berechnen.
Es wurden die Akten, aber keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Eheschutzentscheid, der u.a. die Obhutszuteilung beschlägt; die Berufung in Zivilsachen steht mithin unabhängig von einem Mindeststreitwert offen (Art. 72 Abs. 1, Art. 75 Abs. 2 und Art. 90 BGG).
Weil Eheschutzentscheide vorsorgliche Massnahmen im Sinn von <ref-law> darstellen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 397), kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Rechtslage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
2. Umstritten ist zunächst die Obhut über die beiden Töchter. Beide kantonalen Instanzen teilten sie der Mutter zu; der Vater verlangt eine Zuteilung an ihn.
2.1 Das Obergericht hat beiden Parteien die Erziehungsfähigkeit attestiert. Es hat die Zuteilung an die Mutter mit der bisherigen Rollenverteilung (klassische Hausgattenehe) und damit begründet, dass sie die Kinder auch weiterhin vollumfänglich persönlich betreuen kann, was einer Fremdbetreuung vorzuziehen sei. Sodann hat es erwogen, dass mangels konkreter Anhaltspunkte für eine eingeschränkte Erziehungsfähigkeit der Mutter - der Vater hatte behauptet, sie müsse ein blutdrucksenkendes Medikament mit müdigkeitsfördernden Nebenwirkungen einnehmen, und überdies habe sie vor Jahren die damals vier Monate alte B._ "heftig geschüttelt" - in antizipierter Beweiswürdigung kein Kinderzuteilungsgutachten einzuholen sei.
2.2 Der Vater macht geltend, entgegen ihren Äusserungen habe die Mutter nicht nur für eine bestimmte Zeit, sondern in Wahrheit dauerhaft in Deutschland bleiben wollen, denn sie habe die ältere Tochter beim Kindergarten ab- und in Deutschland zur Schule angemeldet und dort eine Wohnung gemietet. Es handle sich um eine internationale Kindesentführung und die Mutter sei nur deshalb in die Schweiz zurückgekehrt, weil der Gerichtspräsident Brugg dies so festgehalten habe. Aufgrund ihres Verhaltens habe sie ihr Recht auf Obhutszuteilung verwirkt und der angefochtene Entscheid erweise sich als willkürlich, weil die Mutter für ihr gesetzwidriges Verhalten belohnt werde.
Das Obergericht hat festgestellt, dass die Mutter seit November 2010 mit den Kindern wieder die eheliche Liegenschaft in D._ bewohne und nunmehr stabile Verhältnisse vorlägen. Aus was für Gründen sie seinerzeit nach Deutschland gezogen - gemäss erstinstanzlichem Urteil fühlte sie sich in D._ vom Ehemann belästigt und kontrolliert - und schliesslich wieder zurückgekehrt ist, kann dahingestellt bleiben: Ausschlaggebend für die Zuteilung ist allein das Kindeswohl, welches in der Schweiz die oberste Maxime im gesamten Kindesrecht ist (vgl. <ref-ruling> E. 3.4.2 S. 255; <ref-ruling> E. 4.4.2 S. 373); zentral für die Entscheidung über die Obhut ist mithin nicht das Interesse der Eltern oder die gesellschaftspolitische Forderung nach einer gleichmässigen Verteilung von Elternrechten, sondern das Wohl der betroffenen Kinder im konkreten Einzelfall. Das Obergericht hat sachliche Gründe (Kontinuität der Verhältnisse; Möglichkeit der persönlichen Betreuung) angeführt, weshalb eine Zuteilung an die Mutter im Interesse der Kinder liege, und befunden, der seinerzeitige Wegzug nach Deutschland vermöge daran nichts zu ändern. Mit dem Vorbringen, die Mutter habe deswegen das Obhutsrecht "verwirkt", und eine Zuteilung an sie sei völlig unverständlich, ist nicht dargetan, inwiefern die obergerichtliche Auffassung, mit einer Zuteilung an die Mutter sei dem Kindeswohl am besten gedient, willkürlich sein soll.
Willkür ergibt sich auch nicht aus der Behauptung, anders als vom Obergericht angenommen verweigere die Mutter die wöchentlichen Telefonate mit den Mädchen und im Übrigen setze sie das Besuchsrecht immer wieder als Druckmittel ein, was nicht gewürdigt worden sei: Das Obergericht hat festgestellt, dass der Vater sein Besuchsrecht seit Ende Oktober 2010 regelmässig hat ausüben können, was in der Beschwerde nicht in Frage gestellt wird. Insofern liegt insgesamt keine unhaltbare Situation vor, welche die Obhutszuteilung an die Mutter als willkürlich erscheinen lassen würde.
Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht ferner vor, in Verletzung des Willkürverbotes und des rechtlichen Gehörs ausser Acht gelassen zu haben, dass er sein Arbeitspensum reduzieren würde und im Übrigen auch ein Betreuungskonzept hätte. Entgegen seiner Behauptung hat das Obergericht die Vorbringen ausführlich erwähnt (E. 4.1 S. 11), aber festgehalten, grundsätzlich seien kleinere Kinder demjenigen Elternteil anzuvertrauen, der sich persönlich um sie kümmern könne (E. 4.2 S. 12), und im Übrigen befunden, dass der Vater seinen eigenen Angaben zufolge lediglich im Umfang von 20 % von Zuhause aus arbeiten könnte und sich sein "Betreuungskonzept" darauf beschränke, im Alltag der Kinder anwesend zu sein (E. 4.3.2 S. 13). Was daran willkürlich sein soll, ist nicht dargetan; insbesondere müsste der Vater selbst bei einer Reduktion der Arbeitstätigkeit die Kinder für den grössten Teil des verbleibenden Pensums fremdbetreuen lassen. Inwiefern dies für die Kinder von Vorteil sein soll, ist ebenso wenig dargetan wie die konkrete Organisation. Vor diesem Hintergrund kann sich die Obhutszuteilung an die Mutter, welche die Kinder umfassend persönlich betreuen kann, nicht als willkürlich erweisen.
Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit dem Obergericht unter Hinweis auf die Offizialmaxime in allgemeiner Hinsicht vorgeworfen wird, für die Kinderbelange zu wenig Abklärungen getroffen und "trotz der gravierenden Vorkommnisse, die bei den Kindern traumatische Erlebnisse gewesen" seien, nicht einmal einen Bericht der Vormundschaftsbehörde eingeholt zu haben. Damit meint der Vater den seinerzeitigen Wegzug nach Deutschland. Was für verfassungsmässige Rechte und inwiefern sie verletzt wären, ist aber ebenso wenig ausgeführt wie die Frage, welche entscheidrelevanten zusätzlichen Erkenntnisse über diese bekannte Episode sich aus einem Bericht der Vormundschaftsbehörde ergeben sollen.
2.3 Das weitere Begehren des Ehemannes um Zuweisung der ehelichen Liegenschaft ist an die Konstellation geknüpft, dass ihm die Obhut über die Kinder zugeteilt würde. Für den Fall, dass diese unter die Obhut der Mutter gestellt werden, erklärt er sich auch mit der entsprechenden Zuweisung der Wohnung einverstanden. Diesbezügliche Erwägungen erübrigen sich mithin.
Ohnehin an die Obhutszuteilung geknüpft ist sodann, wer Inhaber des Besuchsrechts ist. Mit Bezug auf dessen Umfang werden keine Einwände erhoben.
3. In finanzieller Hinsicht ficht der Ehemann den Entscheid des Obergerichts insofern an, als ihn dieses ab Oktober 2011 zu erhöhten Unterhaltsbeiträgen an die Ehefrau von Fr. 7'780.-- verpflichtet hat. Er ist der Meinung, dass er nur noch in einer zurückgestuften Funktion arbeiten könne, während das Obergericht der Ansicht der Ehefrau gefolgt ist, dass die ehebedingte Belastungssituation nach einer gewissen Zeit ein Ende finde und ihm wieder Arbeiten zu den ursprünglichen Konditionen zumutbar seien.
3.1 Das Obergericht hat in tatsächlicher Hinsicht festgestellt, dass der Ehemann aufgrund eines "Rahmenvertrages für Beratungsaufträge" für die E._ SA Aufträge im Informatikbereich für "diverse Endkunden" ausführe. Im Aussenverhältnis trete er als selbständig erwerbender "Berater" auf. Aktuell arbeite er in einem Projekt für F._. Mit Schreiben vom 14. Januar 2011 habe die E._ SA bestätigt, dass der Beschwerdeführer während der Arbeit einen Zusammenbruch erlitten habe. Er sei nicht mehr in der Lage gewesen, die von ihm erwartete Leistung zu erbringen; durch seine "Unkonzentriertheit" und seine "Niedergeschlagenheit" habe er nicht mehr mit der Führung seines Teams betraut werden können. Nach Beratung der Lage habe eine Entlassung vermieden werden können, indem dem Beschwerdeführer eine weniger anspruchsvolle Arbeit zugewiesen worden sei, was allerdings auch die Anpassung des "Vertragswerkes" bzw. der Bezahlung an die neuen Umstände bedingt habe.
Ausgehend von diesem Schreiben hat das Obergericht die Herabstufung des Ehemannes als glaubhaft betrachtet. Es hat aber befunden, selbst wenn seine ursprüngliche Funktion als Teamleiter im aktuellen Projekt zwischenzeitlich durch eine andere Person besetzt wäre, habe er nicht behauptet und noch viel weniger belegt, dass bei Erbringen der geforderten Leistung für ihn selbst keine Aussicht bestünde, im bisherigen oder im Rahmen eines anderen Projekts wieder als Teamführer eingesetzt zu werden. Deshalb sei vorderhand auch nicht von Belang, was er bei einem anderen Arbeitgeber in seinem "erlernten Beruf" aufgrund seines "Ausbildungsniveaus" verdienen könnte. Nach Einräumung einer angemessenen Übergangsfrist von sechs Monaten - rund eineinhalb Jahre nach der Trennung dürfte er seine "Unkonzentriertheit" und "Niedergeschlagenheit" überwunden haben - sei ihm ab Oktober 2011 im Sinn eines hypothetischen Einkommens wiederum ein Betrag von Fr. 16'500.-- anzurechnen, zumal er nicht bestreite, dass dieses Einkommen in leitender Stellung als "Berater" der E._ SA erzielbar sei.
3.2 Der Ehemann macht geltend, die Ehefrau habe in ihren kantonalen Rechtsschriften nirgends behauptet, er könne wieder eine leitende Stellung innehaben, weshalb das Obergericht ein ganz neues Element eingeführt und in diesem Zusammenhang sein rechtliches Gehör verletzt habe. Sodann sei es auch in Willkür verfallen, denn man erhalte leitende Stellungen ja meist nicht direkt angeboten, sondern müsse besondere Leistungen erbringen; er könne aber nicht seine volle Aufmerksamkeit bei der Arbeit haben, wenn er sich Sorgen um das Wohl seiner Kinder machen müsse. Anhand des Einzelauftrages Nr. 5 sehe man, dass die Arbeitgeberin immer noch der Auffassung sei, dass ihm keine leitende Anstellung angeboten werden könne. Indem das Obergericht einfach vom Gegenteil ausgehe, greife es das hypothetische Einkommen aus der Luft. Ohnehin fusse ein Eheschutzverfahren immer auf der Situation bei dessen Einleitung; Veränderungen während oder nach dem Verfahren dürften nicht berücksichtigt werden, sondern gehörten in ein Abänderungsverfahren. Im Übrigen seien in seinem angestammten Beruf als Techniker nur Einkünfte im Bereich von Fr. 8'000.-- möglich, mehr nicht; alles andere sei gehörsverletzend und willkürlich.
3.3 Diese Ausführungen sind appellatorischer Natur und vermögen nicht aufzuzeigen, inwiefern das Obergericht im Zusammenhang mit dem (hypothetischen) Einkommen des Beschwerdeführers dessen rechtliches Gehör verletzt haben oder in Willkür verfallen sein soll:
Zunächst ist offensichtlich, dass die Ehefrau mit ihrem kantonalen Vorbringen, der Ehemann habe vorher viel mehr verdient und sei hierzu bei genügender Anstrengung auch wieder in der Lage, auf die Anrechnung eines entsprechenden Einkommens zielte, weshalb im Zusammenhang mit den betreffenden obergerichtlichen Erwägungen keine Gehörsverletzung ersichtlich ist.
In der Sache selbst ist sodann vom Grundsatz auszugehen, dass auf das Einkommen abgestellt werden kann, das ein Ehegatte bei gutem Willen verdienen könnte, wenn er aus Nachlässigkeit weniger verdient oder freiwillig darauf verzichtet (vgl. Urteile 5A_681/2007 vom 11. März 2008 E. 3.1; 5A_838/2009 vom 06. Mai 2010 E. 4.2.4). Die Hinzurechnung eines hypothetischen Einkommens setzt freilich voraus, dass dieses tatsächlich möglich und zumutbar ist (<ref-ruling> E. 2a S. 139; <ref-ruling> E. 4a S. 5).
Diesbezüglich hat sich das Obergericht bei seiner Erwägung, ab Oktober 2011 sei wiederum ein Einkommen in früherer Höhe anzurechnen, auf sachliche Kriterien gestützt (Tätigkeit als Berater/Projektleiter beim gleichen Arbeitgeber; Abschluss des Eheschutzverfahrens und damit einhergehende Normalisierung der Situation). Mit dem blossen Verweis auf einen von Dezember 2010 datierenden Einzelauftrag ist keine Willkür darzutun, zumal der Beschwerdeführer im Zusammenhang mit der Obhutsfrage betonte, flexible Arbeitsmöglichkeiten zu haben (was zweifellos zutrifft, da er als gegen aussen hin selbständig auftretender Berater Aufträge für verschiedene Endkunden ausführt). Willkür ist insofern nicht ersichtlich.
Falsch ist schliesslich die Behauptung, dass im Eheschutzverfahren kein hypothetisches Einkommen angerechnet werden dürfe (vgl. statt vieler: Urteil 5A_203/2009 vom 27. August 2009; Zulässigkeit eines hypothetischen Einkommens auch bei vorsorglichen Massnahmen während des Scheidungsverfahrens, vgl. statt vieler: Urteil 5A_588/2010 vom 12. Januar 2011), weshalb unter diesem Aspekt ebenfalls keine Verletzung des Willkürverbotes ersichtlich ist.
4. Mit Bezug auf die Steuern hielt das Obergericht in E. 6.4 fest: Seine "massiven Steuern", die er vorab vom Überschuss in Abzug bringen will, quantifiziert der Beklagte nicht ansatzweise. Mit der Vorinstanz sind deshalb bei beiden Parteien keine Steuern zu berücksichtigen.
Diesbezüglich macht der Beschwerdeführer keine Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts geltend; vielmehr verweist er einzig auf <ref-law>/AG. Selbst wenn eine sinngemässe Willkürrüge anzunehmen wäre, könnte auf sie nicht eingetreten werden: Der Beschwerdeführer bringt vor, er habe seine höheren Steuern gar nicht belegen können, weil er noch keine neue Steuerrechnung nach Tarif A erhalten haben könne; die Steuertarife wären dem Obergericht zugänglich gewesen und es hätte die entsprechende Zahl von Amtes wegen ermitteln können und müssen. Indes hätte das Obergericht, wenn es im Existenzminimum des Ehemannes einen Steuerbetrag berücksichtigt hätte, dies auch auf der Seite der Ehefrau tun müssen, womit die Existenzminima beidseits höher gewesen wären; inwiefern das obergerichtliche Vorgehen (beidseits keine Steuern zu berücksichtigen) unhaltbare Auswirkungen auf das Ergebnis hätte, wird in der Beschwerde nicht im Ansatz dargetan, obwohl dies für die Begründung von Willkürrügen nötig wäre (vgl. <ref-ruling> E. 5.4 S. 148).
5. Was schliesslich die angebliche Vermögensbildung anbelangt, wird ebenfalls kein verfassungsmässiges Recht gerügt und würde es einer sinngemässen Willkürrüge an Substanziierung fehlen: Weder zeigt der Beschwerdeführer auf, inwiefern er bereits vor Obergericht entsprechende Rügen erhoben hätte, was angesichts von <ref-law> unabdingbar ist, noch führt er aus, um welchen Betrag es ginge und weshalb eine Nichtberücksichtigung offensichtlich unhaltbar wäre.
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind damit dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Der Gegenseite ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. September 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli