Sachverhalt:
A. W._ war Eigentümer der Wohnliegenschaft KTN 3432. Das Grundstück befindet sich in der Landhauszone der Gemeinde Freienbach. Es grenzt im Norden an das Wallenseeli (KTN 7), das im Eigentum von X._ steht. Am 6. Juli 2000 erteilte der Gemeinderat Freienbach mit Zustimmung des kantonalen Amtes für Raumplanung (ARP) W._ die Ausnahmebewilligung für ein innerhalb des Seeuferabstandes geplantes Schwimmbassin.
Bei der Schlusskontrolle wurden wesentliche Abweichungen vom bewilligten Projekt festgestellt: Das Schwimmbad war in Ortsbeton anstatt mit vorfabrizierten Elementen ausgeführt und mit unterirdischen Technikräumen versehen worden. Zudem war die Anlegestelle im Seeuferbereich saniert bzw. erweitert und die bestehende Bootshütte umgebaut worden. Entlang der Grenze zu KTN 1311 war eine 2.50 m hohe Mauer gebaut worden.
Mit Verfügung vom 14. April 2004 verweigerte das ARP die Erteilung einer Ausnahmebewilligung für die Unterschreitung des Seeuferabstandes durch den Steg seewärts der bestehenden Ufermauer. Im Übrigen stimmte es der Ausnahmebewilligung zur Unterschreitung der gesetzlichen Abstände im Sinne der Erwägungen zu.
Am 19. Mai 2004 verpflichtete der Gemeinderat Freienbach W._, die gesamte Pfahlreihe zu eliminieren und den Verbindungssteg bis zur bestehenden Ufermauer zurückzubauen. Im Übrigen wies der Gemeinderat die Einsprachen ab und bewilligte die Sanierung des Bootshauses, die Erweiterung und Änderung der Schwimmbadanlage, den Neubau der Steganlage im nicht in die Wasserzone hineinragenden Bereich sowie die Mauer entlang der Grenze zu KTN 1311.
B. Dagegen erhoben sowohl W._ als auch X._ Beschwerde an den Regierungsrat des Kantons Schwyz. Am 31. Juli 2005 traten Y._ und Z._ als Rechtsnachfolger von W._ in das Verfahren ein. Der Regierungsrat wies am 16. November 2005 beide Beschwerden ab, soweit er darauf eintrat. Er stellte fest, dass die Vorinstanzen zu Unrecht auf die Baueinsprache von X._ eingetreten seien.
Gegen diesen Entscheid erhoben sowohl Y._ und Z._ als auch X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz. Dieses wies die Beschwerden am 30. März 2006 im Sinne der Erwägungen ab.
In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde von X._ hob das Bundesgericht am 10. November 2006 den verwaltungsgerichtlichen Entscheid auf und wies die Sache zu materieller Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurück (1A.118/2006). Das Bundesgericht nahm an, dass X._ sowohl ein rechtliches als auch ein tatsächliches Interesse an der Aufhebung oder Änderung der nachträglichen Baubewilligung habe, weshalb sie zur Einsprache und zur Beschwerde legitimiert sei.
Daraufhin hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde von X._ gegen den regierungsrätlichen Entscheid gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an den Regierungsrat zurück.
C. Am 17. April 2007 hiess der Regierungsrat die Beschwerde von X._ teilweise gut und hob den Beschluss des Gemeinderates Freienbach vom 19. Mai 2004 und die Verfügung des Amtes für Raumplanung vom 14. April 2004 insofern auf, als die Erweiterung und Änderung der Schwimmbadanlage sowie der Neubau der Steganlage im nicht in die Wasserzone hineinragenden Bereich nachträglich unverändert bewilligt wurden. Im Übrigen wies er die Beschwerde ab. Der Regierungsrat verpflichtete die Beschwerdegegner, auf der östlichen Seite des Schwimmbeckens eine Gartenanlage herzurichten; vorgängig sei ein Renaturierungsgesuch einzureichen. Nach Gutheissung des Projekts sei innert 2 Monaten mit der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands zu beginnen.
D. Gegen diesen Entscheid erhoben sowohl Y._ und Z._ als auch X._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde der Eheleute Knecht am 25. September 2007 ab; die Beschwerde von X._ hiess es insoweit gut, als die Vorinstanzen auch die Mauer entlang der Grenze zu KTN 1311 im Bereich des Seeuferabstandes von 20 m nachträglich unverändert bewilligt hatten. Disp.-Ziff. 2.1 des regierungsrätlichen Entscheids wurde in dem Sinne angepasst, dass sich das Renaturierungsprojekt auch zur Frage des Abbruchs der Mauer entlang der Grenze zu KTN 1311 sowie des allfälligen Ersatzes durch eine Grünhecke zu äussern habe. Im Übrigen wurde die Beschwerde abgewiesen.
E. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat X._ am 8. November 2007 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und subsidiäre Verfassungsbeschwerde ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei insoweit aufzuheben, als das Verwaltungsgericht ihre Beschwerde abgewiesen habe, und es sei zu Lasten der Beschwerdegegner der Abbruch sämtlicher formell und materiell rechtswidriger Bauten und Anlagen zu verfügen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
F. Y._ und Z._ beantragen, die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, und auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde sei nicht einzutreten. Der Regierungsrat beantragt die Beschwerde abzuweisen. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Amt für Raumplanung hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Der Gemeinderat Freienbach hat sich ebenfalls nicht vernehmen lassen.
Das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) äussert sich in seiner Vernehmlassung zur Anwendbarkeit von Art. 24 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (RPG; SR 700).

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den angefochtenen, kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss <ref-law> offen; eine Ausnahme i.S.d. <ref-law> liegt nicht vor. Insofern ist kein Raum für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde (<ref-law>); auf diese ist nicht einzutreten.
1.2 Die Verletzung von Grundrechten - einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) - wird vom Bundesgericht nicht von Amtes wegen geprüft, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
Soweit die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen genügt (vgl. dazu unten, bei den einzelnen Rügen), ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzutreten.
1.3 Die tatsächlichen Umstände gehen aus den in den Akten liegenden Plänen und Fotografien genügend hervor, weshalb auf den von der Beschwerdeführerin beantragten Augenschein verzichtet werden kann. Dies gilt umso mehr, als das Bundesgericht grundsätzlich an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden ist (<ref-law>) und diesen nur berichtigen kann, wenn er offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (<ref-law>).
2. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, das gesamte Schwimmbad (samt Technikräumen) müsse abgebrochen oder zumindest auf die Höhe des gewachsenen Terrains zurückgebaut werden.
2.1 Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass die vom ARP erteilte Ausnahmebewilligung vom 13. Juni 2000 und die kommunale Baubewilligung vom 6. Juli 2000 für den Bau eines Schwimmbads im Seeabstand (vgl. § 66 des Schwyzer Planungs- und Baugesetzes vom 14. Mai 1987 [PBG] und Art. 30 Abs. 2 des Baureglements der Gemeinde Freienbach) in Rechtskraft erwachsen seien. Die Baubewilligung sei auch nicht verfallen (§ 86 Abs. 2 PBG), sondern sei rechtzeitig konsumiert worden, weil mit der Ausführung der Bauarbeiten im Jahre 2001 begonnen worden sei.
Dagegen erachtete das Verwaltungsgericht die unbewilligten nachträglichen Projektänderungen als nicht bewilligungsfähig: Die bis zum Seeuferbereich nahezu durchgehend überbaute Fläche hebe sich von den grosszügigen Grünflächen der anstossenden Liegenschaften ab; das erhöhte Schwimmbad mit der ost- und teilweise seeseitigen balustradenartigen Umrandung wirke klotzig und neben den Grünflächen offenkundig als Störfaktor. Die Grossflächigkeit von Beton und Steinplatten sei optisch nicht mit der Uferlandschaft des Wallenseelis zu vereinbaren.
Das Verwaltungsgericht nahm an, der Abbruch der gesamten Schwimmbadanlage würde vor dem Verhältnismässigkeitsgrundsatz nicht standhalten, zumal ein Schwimmbad rechtskräftig bewilligt worden sei. Die vom Regierungsrat angeordnete Massnahme der Beseitigung der gesamten künstlich geschaffenen Fläche östlich des Schwimmbeckens (bis auf eine Plattenbreite entlang der Längsseite des Schwimmbeckens) samt Umrandung und der Treppenanlage vorne am Ufer sowie die Renaturierung dieser Fläche bzw. deren Umgestaltung in eine Gartenanlage sei hingegen erforderlich und geeignet, um die Schwimmbadanlage in einen Zustand zurückzuversetzen, der den gesetzliche Anforderungen an die naturnahe Gestaltung bzw. Wahrung der Seeuferlandschaft auch im Bereich einer Bauzone entspreche. Wie weit auch eine vertikale Reduktion der unterirdischen Technikräume nötig sei, werde im Rahmen der Renaturierungsplanung zu beurteilen sein.
2.2 Die Beschwerdegegnerin macht dagegen geltend, die Baubewilligung vom 6. Juli 2000 sei verfallen, weil eine gänzlich andere Schwimmbadanlage erstellt worden sei. Sie setzt sich jedoch weder mit den einschlägigen Bestimmungen des PBG auseinander, noch legt sie dar, inwiefern die gegenteilige Auffassung von Regierungsrat und Verwaltungsgericht willkürlich sind. Auf die diesbezügliche Rüge kann daher, mangels hinreichender Begründung, nicht eingetreten werden.
2.3 Die Beschwerdeführerin ist sodann der Auffassung, die Vorinstanzen seien zu Unrecht zum Ergebnis gelangt, dass ein Abbruch oder ein Rückbau des Schwimmbads mit dem Verhältnismässigkeitsprinzip nicht vereinbar sei. Die Beschwerdegegner (bzw. deren Rechtsvorgänger) seien bösgläubig gewesen; sie hätten auch nie substantiiert dargetan, dass ein vollständiger Abbruch mit unverhältnismässigen Kosten verbunden sei. Die Auffassung der Vorinstanzen sei deshalb willkürlich.
Die Auffassung von Regierungsrat und Verwaltungsgericht, wonach ein Abbruch der gesamten Schwimmbadanlage unverhältnismässig wäre, stützt sich jedoch nicht auf die damit verbundenen Kosten, sondern auf die Tatsache, dass die Errichtung eines Schwimmbads im Seeabstand rechtskräftig bewilligt worden ist. Wären die Beschwerdegegner berechtigt, ein Schwimmbad mit den ursprünglich bewilligten grösseren Dimensionen (128 m2) und einem Abstand von nur 2.53 m zum See neu zu errichten, wäre es in der Tat unverhältnismässig, den Abbruch des gesamten bestehenden Schwimmbads zu verlangen. Zwar trifft es zu, dass das Schwimmbad gegenüber dem bewilligten Projekt erhöht angelegt und in Ortsbeton errichtet worden ist. Die Vorinstanzen haben aber angenommen, diese Änderung werde durch die Rückversetzung des Schwimmbades (Seeabstand von 5.33 m) sowie die geringere Fläche (102 m2) kompensiert. Diese Auffassung ist von Verfassungs wegen nicht zu beanstanden.
2.4 Die Beschwerdeführerin macht in diesem Zusammenhang geltend, die aus Granitquadern gefertigte Schwimmbadanlage, welche das gewachsene Terrain um 0.42 m überrage, wirke als Störfaktor und verstosse gegen das Einordnungsgebot (Art. 11 Baureglement). Dies habe die Vorinstanz selbst festgestellt. Es sei deshalb willkürlich, auf den Abbruch des Schwimmbads zu verzichten.
Die oben (E. 2.1) zitierten Ausführungen des Verwaltungsgerichts zur störenden Wirkung des Schwimmbads beziehen sich jedoch auf die bestehende Situation mit der balustradenartigen Umrandung und der Treppenanlage vorne am Ufer. Wie auch die Fotos belegen, wirkt vor allem die östlich des Schwimmbads angelegte, bis unmittelbar an den See reichende, erhöhte Plattform mit Treppen und Balustrade störend. Die 42 cm über das Terrain hinausragende Umrandung des Schwimmbads wird dagegen optisch weit weniger ins Gewicht fallen. Zudem besteht die Möglichkeit, die Schwimmbadumrandung durch die Garten- bzw. Uferbepflanzung zu kaschieren.
2.5 Soweit die Beschwerdeführerin schliesslich geltend macht, es gehe nicht an, über den Fortbestand der Technikräumlichkeiten erst im Rahmen des Gesuchs betreffend Renaturierung des Terrains zu entscheiden, legt sie nicht dar, inwiefern dieses Vorgehen gegen Verfassungsrecht verstösst. Insoweit ist mangels genügender Begründung auf die Beschwerde nicht einzutreten.
3. Die Beschwerdeführerin erhebt ferner Rügen in Zusammenhang mit der Ufermauer, die - anders als die Steganlage - bestehen bleiben dürfe. Dies sei willkürlich, zumal die Ufermauer nicht Bestandteil der Baubewilligung vom 6. Juli 2000 gewesen und nie ausgeschrieben worden sei. Wenn das Ufer schon renaturiert werde, so sei nicht nachvollziehbar, weshalb die Ufermauer bestehen bleiben solle.
3.1 Das Verwaltungsgericht bestätigte den vollständigen Rückbau der Steganlage (inklusive Holzplattform beidseits des Bootshauses). Dagegen ging es davon aus, dass die Ufermauer aus Blocksteinwurf schon zuvor bestanden habe. Die Bauherrschaft sei überdies mit Verfügung vom 6. Juli 2000 verpflichtet worden, die Festigkeit des Seeufers gegen Rutsch- und Abbruchgefahr durch geeignete bauliche Massnahmen zu sichern; die Ufermauer aus Blocksteinwurf erfülle diese Verpflichtung.
3.2 Die Annahme der Vorinstanzen, die Blocksteinwurf-Ufermauer habe schon früher (d.h. vor dem Bau des Stegs und der Sanierung des Bootshauses) existiert, kann sich auf das in den Akten befindliche Foto des Bootshauses (alt) stützen, auf dem die Ufermauer deutlich zu erkennen ist. Die Ufermauer war auch nicht Gegenstand des nachträglichen Baubewilligungsverfahrens, weshalb sich die Vorinstanzen nicht zu deren Rechtmässigkeit aussprechen mussten.
Im Rahmen der Uferrenaturierungs-Planung wird allerdings die Ufergestaltung gesamthaft zu überprüfen sein, insbesondere im Hinblick auf die Verpflichtung, Ufervegetation wieder anzulegen oder zumindest die Voraussetzungen für deren Gedeihen zu schaffen (vgl. Art. 21 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz [NHG; SR 451]).
4. Schliesslich erhebt die Beschwerdeführerin verschiedene formelle und materielle Rügen im Zusammenhang mit dem Bootshaus.
4.1 1981 bewilligte der Gemeinderat den Abbruch und den Wiederaufbau des Bootshauses unter der Auflage, dass ein Grenzabstand von mindestens 2.50 m gegenüber KTN 7 (Wallenseeli) eingehalten werde. Gemäss dem Katasterplan vom 13. September 1990 weist das Bootshaus einen Abstand von nur ca. 0.8 m zur Parzellengrenze der Beschwerdeführerin auf. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass das Bootshaus schon 1981 in diesem Unterabstand errichtet worden sei.
Im Rahmen des unbewilligten Umbaus 2001 wurden eine neue Fassadenverschalung angebracht, die Seitenwände seeseitig um 90 cm verlängert und das leicht geneigte Giebeldach durch ein Flachdach ersetzt. Das Dach des Bootshauses ragt nunmehr ca. 4 cm in die Seeparzelle KTN 7 hinein, die nicht zur Bauzone gehört.
4.2 Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass das Bootshaus von seiner Funktion her auf einen Standort im Seeabstand angewiesen sei. Allerdings lägen keine Umstände vor, die dessen Vergrösserung rechtfertigen würden. Insofern sei ein Ausnahmetatbestand für eine zusätzliche Unterschreitung des Seeuferabstands über das rechtskräftig bewilligte Ausmass hinaus nicht gegeben.
Als Nebenbaute müsse das Bootshaus einen Grenzabstand von 2.50 m zu den Nachbarparzellen einhalten. Keiner der Nachbarn habe jedoch gegen die Grenzabstandsunterschreitung remonstriert, weder unverzüglich nach der Errichtung des Bootshauses im Jahre 1981 noch nach der Nachmessung im Jahre 1990. Damit sei von einem stillschweigenden Einverständnis zum Näherbau des Bootshauses im bisherigen Rahmen auszugehen. Jedenfalls aber sei ein Abbruch des Bootshauses u.a. in Berücksichtigung des seit 25 Jahren dauernden rechtswidrigen Zustandes als nicht mehr verhältnismässig zu qualifizieren.
Für die zusätzliche Grenzabstandsunterschreitung durch die Neugestaltung des Bootshauses im Jahre 2001 könne allerdings nicht mehr von der Zustimmung der Beschwerdeführerin ausgegangen werden. Die Abstandsverletzung könne auch nicht durch die Erteilung einer Ausnahmebewilligung behoben werden. Das Verwaltungsgericht erachtete jedoch die Wiederherstellung des vorbestehenden Zustands als unverhältnismässig: Die Verlängerung des Bootshauses sei nicht erheblich und verletze weder öffentliche Interessen noch erhebliche Nachbarinteressen. Der Zweck des Grenzabstands werde nicht tangiert, nachdem es sich beim Wallenseeli um eine nichtüberbaubare Seeliegenschaft handle. Das marginale Überragen des Seegrundstücks um 4 cm liege überdies noch im Toleranzbereich von 3-6 cm.
Das Verwaltungsgericht erachtete es als übertrieben formalistisch, für den minimalen, ausserhalb der Bauzone liegenden Teil des Bootshauses eine Bewilligung nach Art. 24 RPG zu verlangen bzw. zu erteilen, zumal diese Überschreitung im Dachbereich und nicht bei der Fundamentierung erfolge.
Schliesslich nahm das Verwaltungsgericht, wie schon der Regierungsrat, an, das Bootshaus füge sich optisch in die bauliche und landschaftliche Umgebung ein und stelle weder stilistisch noch farblich einen Störfaktor dar.
4.3 Die Beschwerdeführerin rügt zunächst eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung, weil das Verwaltungsgericht einen von ihr benannten Zeugen nicht angehört habe. Dieser hätte bestätigen können, dass das Bootshaus nicht schon 1981 im Unterabstand errichtet, sondern erst 1990 unter Verletzung des Grenzabstands vergrössert worden sei.
Die Beschwerdeführerin legt jedoch nicht dar, inwiefern dieses Beweismittel für die rechtliche Beurteilung relevant und damit erheblich gewesen wäre. Insbesondere weist sie selbst darauf hin, dass die Verwirkungsfrist von 30 Jahren für die Wiederherstellung des früheren Zustandes im Zeitpunkt der Einleitung des Verfahrens (2002) noch nicht abgelaufen war, selbst wenn das Bootshaus schon 1981 unzulässig erweitert worden sei.
Soweit die Beschwerdeführerin rügt, das Verwaltungsgericht habe ihr rechtliches Gehör verletzt, weil es keinen Augenschein durchgeführt habe, ist auf diese Rüge nicht einzutreten, weil die Beschwerdeführerin nicht darlegt, weshalb das Verwaltungsgericht, trotz der in den Akten enthaltenen Pläne, Fotos und Augenscheinsprotokollen, zur Entscheidfindung auf einen Augenschein angewiesen war.
4.4 Die Beschwerdeführerin rügt weiter, es sei kein Verfahren gemäss Art. 24 RPG durchgeführt worden, obwohl das Bootshaus 4 cm in den Seebereich hineinrage und insofern ausserhalb der Bauzone liege.
Auch das ARE hält die Auffassung des Verwaltungsgerichts für bedenklich, wonach es übertrieben formalistisch sei, eine Bewilligung nach Art. 24 RPG zu verlangen bzw. zu erteilen. Das Verbot des überspitzten Formalismus sei ein Grundsatz des Verfahrensrechts und nicht des materiellen Rechts. Im Rahmen der Nutzungsplanung würden schematische Grenzen gezogen, die massgebend seien, unabhängig davon, in welchem Ausmass sie überschritten werden. Sei ein Bauvorhaben noch nicht errichtet, so könne ohne Weiteres die Korrektur der Pläne verlangt werden, die zu einer geringfügigen Überschreitung der Zonengrenze führen. Sei die Baute bereits erstellt, so genüge es, wenn die Verhältnismässigkeit der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes geprüft und die rechtswidrige Baute geduldet werde, wenn sich die Wiederherstellung als unverhältnismässig erweisen sollte. Für die Erteilung einer Bewilligung einer in diesem Sinne rechtswidrigen Bauten bestehe dagegen weder Anlass noch Spielraum.
Im vorliegenden Fall hat das Verwaltungsgericht die Ausnahmebewilligungsfähigkeit der Vergrösserung des Bootshauses verneint (vgl. E. 5.2 und E. 5.3.4 des angefochtenen Entscheids), hielt jedoch die Wiederherstellung des vorbestehenden Zustands für unverhältnismässig (E. 5.4). Insofern ging es - wie das ARE - von einer formell und materiell rechtswidrigen Baute aus, die jedoch aus Gründen der Verhältnismässigkeit geduldet werden müsse.
Allerdings ist einzuräumen, dass das Dispositiv des verwaltungsgerichtlichen Entscheids diese Rechtsauffassung nicht klar zum Ausdruck bringt, wird darin doch der Entscheid des Gemeinderates Freienbach vom 19. Mai 2004 und die Verfügung des Amts für Raumplanung vom 14. April 2004 nur insofern aufgehoben, als die Erweiterung und Änderung der Schwimmbadanlage, der Neubau der Steganlage und die Mauer entlang der Grenze zu KTN 1311 nachträglich unverändert bewilligt werde. Die Bau- und Ausnahmebewilligung für die Sanierung des Bootshauses wurde vom Verwaltungsgericht nicht aufgehoben und durch eine Duldung bzw. den Verzicht auf Wiederherstellungsmassnahmen ersetzt.
Der Widerspruch zwischen Dispositiv und Erwägungen wird jedoch von der Beschwerdeführerin nicht gerügt. Es ist auch nicht ersichtlich, welchen praktischen Vorteil sie (oder die Öffentlichkeit) aus einer Abänderung des Dispositivs im beschriebenen Sinne ziehen könnte. Insofern ist von einer entsprechenden Korrektur abzusehen.
4.5 Die Beschwerdeführerin ist schliesslich der Auffassung, es sei willkürlich und verletze ihr Eigentumsrecht, auf die Wiederherstellung des rechtmässigen, 1981 bewilligten Zustands zu verzichten. Der Wiederherstellungsanspruch sei nicht verwirkt, weil noch keine 30 Jahre vergangen seien; mangels Zugänglichkeit des Grundstücks der Beschwerdegegner habe sie den unrechtmässigen Zustand auch nicht früher feststellen können. Die finanziellen Aufwendungen für den Rückbau des Bootshauses schätzt die Beschwerdeführerin auf maximal Fr. 12'000.--; dieser Betrag sei zumutbar, zumal die Beschwerdegegner sich die Bösgläubigkeit ihres Rechtsvorgängers anrechnen lassen müssten. Insofern sei der Rückbau des Bootshauses auf den 1981 bewilligten Zustand nicht unverhältnismässig.
4.5.1 Mit den kantonalen Instanzen ist davon auszugehen, dass die Erweiterung des Bootshauses über das 1981 bewilligte Mass hinaus weder den Bootsverkehr noch die Uferlandschaft entscheidend beeinflusst. Zwar rügt die Beschwerdeführerin die mangelnde Einordnung des Bootshauses; sie legt aber nicht dar, weshalb die Auslegung und Anwendung der kommunalen Ästhetiknorm durch die Vorinstanzen willkürlich sei. Auf diese Rüge kann daher mangels genügender Begründung nicht eingetreten werden.
4.5.2 Die Annahme des Verwaltungsgerichts, die Beschwerdeführerin habe die Verletzung des Grenzabstands durch das alte Bootshaus (0.8 m statt 2.5 m) gekannt und stillschweigend genehmigt, lässt keine Willkür erkennen. Dabei kann offen bleiben, ob das Bootshaus schon im Unterabstand errichtet oder erst 1990 erweitert worden ist, und wann diese Abweichung von der Baubewilligung der Beschwerdeführerin erstmals bekannt wurde. Jedenfalls war der geringere Grenzabstand des Bootshauses auf den Bauplänen für das im Jahr 2000 bewilligte Schwimmbad erkennbar. Dennoch richtete sich die Einsprache der Beschwerdeführerin vom 16. Februar 2000 nur gegen das Schwimmbadprojekt und nicht gegen das Bootshaus. In ihrer Einsprache im nachträglichen Bewilligungsverfahren vom 11. April 2002 (S. 3 unten) machte die Beschwerdeführerin geltend, das alte Bootshaus sei offenbar abgebrochen und neu erstellt worden; in diesem Zusammenhang rügte sie, das neue Bootshaus stehe unmittelbar an der gemeinsamen Grenze, während das ursprüngliche Bootshaus in einem Abstand von ca. 0.5 m (und nicht: 2.50 m) zur Grenze ihres Grundstücks gestanden habe. Die Beschwerdeführerin beanstandete daher lediglich die neue, zusätzliche Grenzabstandsverletzung durch die Sanierung des Bootshauses.
4.5.3 Diese zusätzliche Grenzabstandsverletzung erachteten die kantonalen Instanzen als nicht erheblich, weil keine wesentlichen Nachbarinteressen tangiert seien. Zu Recht: Wie der Regierungsrat dargelegt hat, soll der Grenzabstand die Einflüsse von Bauten auf Nachbargrundstücke mindern, wie Entzug von Licht und Sonne, Beeinträchtigung der Aussicht, usw. und im öffentlichen Interesse die Ästhetik sowie gesundheits- und feuerpolizeiliche Anliegen fördern. Diese Zweckbestimmung wird durch das Bootshaus nicht berührt, weil das Wallenseeli als Seegrundstück nicht überbaubar ist. Die Beschwerdeführerin legt auch nicht dar, welche nachteiligen Konsequenzen die Grenzabstandsverletzung für sie hat, bzw. welches konkretes Interesse ihrerseits am Rückbau des Bootshauses besteht.
4.5.4 Allerdings müssen sich die Beschwerdegegner die Bösgläubigkeit ihrer Rechtsvorgänger anrechnen lassen. Diese missachteten nicht nur die 1981 (auf Einsprache der Beschwerdeführerin) erteilte Auflage, einen Abstand von mindestens 2.50 einzuhalten, sondern verlängerten das Bootshaus im Jahr 2001 noch, so dass es jetzt (im Dachbereich) um ca. 4 cm in die Parzelle der Beschwerdeführerin hineinragt. Unter diesen Umständen ist es verständlich, wenn die Beschwerdeführerin verlangt, dass eine solche bewusste Verletzung des öffentlichen Baurechts und ihrer Eigentumsrechte nicht folgenlos bleiben dürfe.
Grundsätzlich kann sich zwar auch der Bauherr, der nicht gutgläubig gehandelt hat, gegenüber einem Abbruch- oder Wiederherstellungsbefehl auf den Grundsatz der Verhältnismässigkeit berufen. Er muss indessen in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, nämlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baurechtlichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustandes erhöhtes Gewicht beimessen und die dem Bauherrn erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Mass berücksichtigen (<ref-ruling> E. 4a S. 255; <ref-ruling> E. 6b S. 224).
Im vorliegenden Fall sind die Beschwerdegegner jedoch zu erheblichen Wiederherstellungsmassnahmen verpflichtet worden: Sie müssen die Steganlage, die Grenzmauer (im Seeabstandsbereich), sowie die Plattform östlich des Schwimmbads und die Treppe am Ufer beseitigen und das Ufer renaturieren bzw. zu eine Gartenanlage umbauen. Insofern kann nicht gesagt werden, das rechtswidrige Vorgehen ihrer Rechtsvorgänger sei "belohnt" worden. Die mit erheblichen Kosten verbundene und auch für die Öffentlichkeit sichtbare Wiederherstellung des Ufers belegt vielmehr, dass die Behörden dem öffentlichen und dem privaten Interesse der Beschwerdeführerin an der Erhaltung des Ufers des Wallenseelis Vorrang vor den privaten Interessen der Beschwerdegegner einräumen, und dass durch rechtswidriges Bauen kein "fait accompli" geschaffen werden kann. In diesem Zusammenhang betrachtet, ist der Verzicht auf den Rückbau des Bootshauses von untergeordneter Bedeutung und erscheint verfassungsrechtlich haltbar.
Der Verzicht auf öffentlich-rechtliche Wiederherstellungsmassnahmen hat im Übrigen keinen Einfluss auf die zivilrechtlichen Möglichkeiten der Beschwerdeführerin, gegen den Überbau vorzugehen oder hierfür eine angemessene Entschädigung zu verlangen (<ref-law>).
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Auf die Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Die Beschwerdeführerin hat die privaten Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Freienbach, dem Amt für Raumplanung, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer III, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber