Sachverhalt:
A. Der 1968 geborene M._ leidet seit ungefähr 1986 an einer bipolaren affektiven Psychose. Er musste sich deswegen in den Jahren 1992 und 1993 stationären psychiatrischen Behandlungen unterziehen. Im November 1998 trat ein Krankheitsschub auf, zu dessen Behandlung sich M._ vom 19. November bis 16. Dezember 1998 in der Psychiatrischen Klinik X._, aufhielt. Seit dem 1. Februar 1998 bezog er Taggelder der Arbeitslosenversicherung. Bereits während des Klinikaufenthaltes unternahm M._ Arbeitsversuche bei der Firma Y._, mit welcher Firma er am 1. Dezember 1998 einen Arbeitsvertrag abschloss, wobei das Arbeitspensum im Rahmen des Zumutbaren stetig ausgedehnt worden ist. Am 23. September 1999 verschlechterte sich der Gesundheitszustand erneut, sodass abermals eine Klinikeinweisung nötig wurde. Die IV-Stelle des Kantons Zürich sprach mit Verfügungen vom 6. Dezember 2002 ab 1. September 2000 bis 28. Februar 2001 eine ganze und ab dem 1. März 2001 bis 30. September 2001 eine halbe Invalidenrente zu. Seit dem 1. Oktober 2001 bezieht M._ eine ganze Rente der Invalidenversicherung.
Das Gesuch um Gewährung reglementarischer Leistungen aus beruflicher Vorsorge vom 29. November 2002 beschied die Sammelstiftung BVG der Allianz Suisse Lebensversicherungs-Gesellschaft (Sammelstiftung) - welcher Vorsorgeeinrichtung die Firma Y._ angeschlossen ist - abschlägig, weil die gesundheitliche Beeinträchtigung auf eine Ursache zurückgehe, welche nicht während der Versicherungszeit des Gesuchstellers eingetreten sei (Schreiben vom 29. Juli 2005).
B. Am 29. Mai 2006 liess M._ gegen die Sammelstiftung Klage erheben und die Zusprechung einer Invalidenrente zuzüglich Verzugszinsen ab Klageeinleitung beantragen. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die Klage mit Entscheid vom 20. Februar 2008 gut und verpflichtete die Sammelstiftung ab dem 23. September 2000 zur Zahlung von Rentenleistungen aus obligatorischer beruflicher Vorsorge bei einem Invaliditätsgrad von 100 bzw. 50% und Verzugszinsen.
C. Die Sammelstiftung führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, der Entscheid der Vorinstanz sei aufzuheben und die Klage sei abzuweisen.
M._ und die beigeladene Stiftung Auffangeinrichtung, Zweigstelle Deutschschweiz, schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. 2.1 Nach Art. 23 BVG, in Kraft gestanden bis 31. Dezember 2004, haben Anspruch auf Invalidenleistungen Personen, die im Sinne der IV zu mindestens 50 Prozent invalid sind und bei Eintritt der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, versichert waren. Laut dem am 1. Januar 2005 in Kraft getretenen Art. 23 lit. a BVG besteht bereits bei einer Invalidität von mindestens 40 Prozent Anspruch auf Invalidenleistungen. Gemäss Art. 26 Abs. 1 BVG gelten für den Beginn des Anspruchs auf Invalidenleistungen sinngemäss die entsprechenden Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 19. Juli 1959 über die Invalidenversicherung (Art. 29 IVG).
2.2 Der Anspruch auf Invalidenleistungen der (obligatorischen) beruflichen Vorsorge setzt weiter einen engen sachlichen und zeitlichen Zusammenhang zwischen der während der Dauer des Vorsorgeverhältnisses (einschliesslich der Nachdeckungsfrist nach Art. 10 Abs. 3 BVG) bestandenen Arbeitsunfähigkeit und der allenfalls erst später eingetretenen Invalidität voraus (<ref-ruling> E. 4.1 in fine S. 275). Der Gesundheitsschaden, der zur Arbeitsunfähigkeit geführt hat, muss von der Art her im Wesentlichen derselbe sein, der der Erwerbsunfähigkeit zugrunde liegt (sachliche Konnexität).
2.2.1 Die Annahme eines engen zeitlichen Zusammenhangs setzt voraus, dass die versicherte Person nach Eintritt der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, nicht während längerer Zeit wieder arbeitsfähig war. Bei der Prüfung dieser Frage sind die gesamten Umstände des konkreten Einzelfalles zu berücksichtigen, namentlich die Art des Gesundheitsschadens, dessen prognostische Beurteilung durch den Arzt sowie die Beweggründe, welche die versicherte Person zur Wiederaufnahme oder Nichtwiederaufnahme der Arbeit veranlasst haben. Zu den für die Beurteilung des zeitlichen Konnexes relevanten Umständen zählen auch die in der Arbeitswelt nach Aussen in Erscheinung tretenden Verhältnisse, wie etwa die Tatsache, dass ein Versicherter über längere Zeit hinweg als voll vermittlungsfähiger Stellensuchender Taggelder der Arbeitslosenversicherung bezieht (Urteile B 100/02 vom 26. Mai 2003 E. 4.1 und B 18/06 vom 18. Oktober 2006 E. 4.2.1 in fine mit Hinweisen). Mit Bezug auf die Dauer der den zeitlichen Konnex unterbrechenden Arbeitsfähigkeit kann die Regel von Art. 88a Abs. 1 IVV als Richtschnur gelten. Nach dieser Bestimmung ist eine anspruchsbeeinflussende Verbesserung der Erwerbsfähigkeit in jedem Fall zu berücksichtigen, wenn sie ohne wesentliche Unterbrechung drei Monate gedauert hat und voraussichtlich weiterhin andauern wird. Bestand während mindestens drei Monaten wieder volle Arbeitsfähigkeit und erschien gestützt darauf eine dauerhafte Wiedererlangung der Erwerbsfähigkeit als objektiv wahrscheinlich, stellt dies ein gewichtiges Indiz für eine Unterbrechung des zeitlichen Zusammenhangs dar. Anders verhält es sich, wenn die fragliche, allenfalls mehr als dreimonatige Tätigkeit als Eingliederungsversuch zu werten ist oder massgeblich auf sozialen Erwägungen des Arbeitgebers beruhte und eine dauerhafte Wiedereingliederung aber unwahrscheinlich war (<ref-ruling> E. 1c S. 264, 120 V 112 E. 2c/aa und bb S. 117 f. mit Hinweisen; Urteil B 23/01 vom 21. November 2002 E. 3.3; Jürg Brühwiler, Obligatorische berufliche Vorsorge, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR]/Soziale Sicherheit, 2. Aufl., Rz. 109 S. 2043; Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Zürich 2005, S. 279 f.; Isabelle Vetter-Schreiber, Berufliche Vorsorge [Kommentar zum BVG und zu weiteren Erlassen], Zürich 2005, S. 91 f.).
2.2.2 Das Bundesgericht hat mit <ref-ruling> in Präzisierung der Rechtsprechung entschieden, dass für den Eintritt der Arbeitsunfähigkeit im Sinne von Art. 23 lit. a BVG die Einbusse an funktionellem Leistungsvermögen im bisherigen Beruf massgeblich ist. Der zeitliche Zusammenhang zur später eingetretenen Invalidität als weitere Voraussetzung für den Anspruch auf Invalidenleistungen der damaligen Vorsorgeeinrichtung beurteilt sich hingegen nach der Arbeitsunfähigkeit oder Arbeitsfähigkeit in einer der gesundheitlichen Beeinträchtigung angepassten zumutbaren Tätigkeit. Diese Beschäftigungen müssen jedoch bezogen auf die angestammte Arbeit die Erzielung eines rentenausschliessenden Einkommens erlauben (<ref-ruling> E. 5.3 S. 27).
3. 3.1 Wie das kantonale Gericht zutreffend dargelegt hat, ist im hier zu beurteilenden Fall frei und ohne Bindung an die Feststellungen der Invalidenversicherung zu prüfen, ob nach Massgabe der berufsvorsorgerechtlichen Bestimmungen ein Anspruch auf eine Rente besteht (<ref-ruling>).
3.2 Feststellungen der Vorinstanz zur gesundheitlich bedingten Arbeitsunfähigkeit (Eintreten, Grad, Dauer, Prognose etc.) betreffen Tatfragen, soweit sie auf der Würdigung konkreter Umstände beruhen, und sind daher lediglich unter eingeschränktem Blickwinkel überprüfbar (Art. 97 Abs. 1 BGG sowie Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 397 f.). Dies gilt auch für den Zeitpunkt des Eintritts des berufsvorsorgerechtlichen Versicherungsfalles, d.h. der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat. Der aus den tatsächlichen Feststellungen gezogene Schluss auf die zeitliche Konnexität ist eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage.
4. 4.1 Das kantonale Gericht stellte gestützt auf den Austrittsbericht der Psychiatrischen Klinik Y._, vom 9. Januar 1999 und den Arztbericht vom 7. Februar 2000 des Dr. med. A._, Spezialarzt für Innere Medizin, eine vom 19. November 1998 bis 28. Februar 1999 dauernde Arbeitsunfähigkeit fest, was als Entscheid über eine Tatfrage nicht offensichtlich unrichtig ist und daher das Bundesgericht bindet (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 1 BGG). Das Gleiche gilt für die auf der Basis der Berichterstattung der Klinik Y._ vom 13. Dezember 1999 getroffene Feststellung, der Kläger sei ab 23. September 1999 vollständig arbeitsunfähig gewesen. Die Sammelstiftung rügt den angefochtenen Entscheid hingegen insoweit, als darin ab 1. März bis 22. September 1999 eine uneingeschränkte Arbeitsfähigkeit angenommen wird. Sie bringt vor, es seien keine Arztberichte aktenkundig, die für das Jahr 1999 eine volle Arbeitsfähigkeit auswiesen. Zudem beruft sie sich auf die von Dr. med. A._ am 11. Januar 2001 abgegebene Prognose, wonach die Entwicklung der Krankheit als eher schlecht zu beurteilen sei. Sie stellt sich insgesamt auf den Standpunkt, die zeitliche Konnexität der im November 1998 eingetretenen Arbeitsunfähigkeit und der Invalidität sei durch die Tätigkeit bei der Firma Y._ nicht unterbrochen worden.
4.2 Aus den Vorbringen der Beschwerdeführerin lässt sich indes nichts für eine qualifiziert unrichtige Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz gewinnen. Aus dem angefochtenen Entscheid erhellt, dass die relevante Zeitspanne von November 1998 bis Ende September 1999 mit ärztlichen Arbeitsunfähigkeitsbescheinigungen abgedeckt ist. Nicht offensichtlich falsch stellte das kantonale Gericht unter diesen Umständen die Zeiten der Arbeitsfähigkeit fest, indem es für jene Phasen auf eine durch die Erkrankung nicht eingeschränkte Leistungsfähigkeit erkannt hat, während welchen gemäss den aktenkundigen Arztberichten keine Arbeitsunfähigkeit attestiert worden ist. Weiter führte das Gericht an, es lasse sich den Akten nicht entnehmen, dass trotz vollem Arbeitspensum die Arbeitsleistung nicht zufriedenstellend erbracht worden sei. Auch unter diesem Gesichtswinkel ist die Feststellung einer ab 1. März bis 22. September 1999 bestehenden uneingeschränkten Leistungsfähigkeit nicht zu beanstanden (Art. 97 Abs. 1 BGG). In diesem Zusammenhang ist auf die Rechtsprechung hinzuweisen, wonach nur mit äusserster Zurückhaltung auf eine reduzierte Arbeitsfähigkeit geschlossen werden kann, falls eine solche, etwa mit Blick auf einen ungekürzt ausbezahlten Lohn, arbeitsrechtlich nicht in Erscheinung getreten ist (Urteil B 95/06 vom 4. Februar 2008 E. 3.3). Sodann kann aus der von Dr. med. A._ im Bericht vom 11. Januar 2001 festgehaltenen schlechten Prognose nicht eine Einschränkung in der Leistungsfähigkeit für die Vergangenheit hergeleitet werden. Das Bundesgericht ist daher an die mit angefochtenem Entscheid nicht qualifiziert unrichtig festgestellten Zeiten der Arbeitsfähigkeit gebunden.
4.2 Aus den Vorbringen der Beschwerdeführerin lässt sich indes nichts für eine qualifiziert unrichtige Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz gewinnen. Aus dem angefochtenen Entscheid erhellt, dass die relevante Zeitspanne von November 1998 bis Ende September 1999 mit ärztlichen Arbeitsunfähigkeitsbescheinigungen abgedeckt ist. Nicht offensichtlich falsch stellte das kantonale Gericht unter diesen Umständen die Zeiten der Arbeitsfähigkeit fest, indem es für jene Phasen auf eine durch die Erkrankung nicht eingeschränkte Leistungsfähigkeit erkannt hat, während welchen gemäss den aktenkundigen Arztberichten keine Arbeitsunfähigkeit attestiert worden ist. Weiter führte das Gericht an, es lasse sich den Akten nicht entnehmen, dass trotz vollem Arbeitspensum die Arbeitsleistung nicht zufriedenstellend erbracht worden sei. Auch unter diesem Gesichtswinkel ist die Feststellung einer ab 1. März bis 22. September 1999 bestehenden uneingeschränkten Leistungsfähigkeit nicht zu beanstanden (Art. 97 Abs. 1 BGG). In diesem Zusammenhang ist auf die Rechtsprechung hinzuweisen, wonach nur mit äusserster Zurückhaltung auf eine reduzierte Arbeitsfähigkeit geschlossen werden kann, falls eine solche, etwa mit Blick auf einen ungekürzt ausbezahlten Lohn, arbeitsrechtlich nicht in Erscheinung getreten ist (Urteil B 95/06 vom 4. Februar 2008 E. 3.3). Sodann kann aus der von Dr. med. A._ im Bericht vom 11. Januar 2001 festgehaltenen schlechten Prognose nicht eine Einschränkung in der Leistungsfähigkeit für die Vergangenheit hergeleitet werden. Das Bundesgericht ist daher an die mit angefochtenem Entscheid nicht qualifiziert unrichtig festgestellten Zeiten der Arbeitsfähigkeit gebunden.
4.3 4.3.1 Das kantonale Gericht verneinte die zeitliche Konnexität namentlich wegen der vom 1. März bis 22. September 1999 gegebenen vollen Arbeitsfähigkeit. Der Versicherte war gemäss den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz während rund sieben Monaten uneingeschränkt arbeitsfähig (vgl. E. 4.2 hievor). Zudem ergibt sich im Rahmen einer ergänzenden Sachverhaltsfeststellung (Art. 105 Abs. 2 BGG), dass er dabei eine der Ausbildung entsprechende Arbeit verrichtet hat. Auch wenn er zu Beginn der Anstellung - vom Dezember 1998 bis Ende Februar 1999 - noch nicht eine volle Leistung erbringen konnte und zunächst ein fliessender Übergang von der stationären Behandlung mit teilweiser Arbeitsfähigkeit zu einer ab März 1999 bestehenden vollen Arbeitsfähigkeit stattgefunden hat, war jedenfalls spätestens ab 1. März 1999 ein ordentliches Beschäftigungsverhältnis mit einem vollen Pensum gegeben. Von diesem Zeitpunkt an kann nicht mehr von einem blossen Eingliederungsversuch gesprochen werden und für die Annahme eines aus sozialen Gründen aufrecht erhaltenen Arbeitsverhältnisses besteht kein Anlass (vgl. E. 2.2.1 hievor).
4.3.2 Keine Feststellungen hat die Vorinstanz zur prognostischen Beurteilung der Krankheit im Zeitpunkt der uneingeschränkten Aufnahme der Arbeit im März 1999 getroffen. Damit stellte sie indes den rechtserheblichen Sachverhalt nicht unvollständig fest (Art. 95 lit. a BGG). Es gilt zu beachten, dass gerade bei Schubkrankheiten - wie der hier in Frage stehenden - kein allzu strenger Massstab an die Beurteilung der zeitlichen Konnexität zu legen ist. Ansonsten hätte regelmässig jene Vorsorgeeinrichtung, die bei Ausbruch der Krankheit leistungspflichtig war, bei späteren invalidisierenden Schüben Rentenleistungen zu erbringen, selbst wenn unter Umständen längere Zeitabschnitte mit wiederhergestellter und in neuen Arbeitsverhältnissen verwerteter Arbeitsfähigkeit dazwischen liegen (Urteil B 95/06 vom 4. Februar 2008 E. 3.4). Der Versicherte hat gemäss den im angefochtenen Entscheid enthaltenen verbindlichen Feststellungen nach Jahren relativer Symptomfreiheit im November 1998 den ersten erheblichen Beschwerdeschub erlitten, welcher eine Arbeitsunfähigkeit zur Folge hatte. Wie weiter oben ausgeführt, war er ab März 1999 bis Ende September desselben Jahres wieder uneingeschränkt arbeitsfähig. Zu diesem Zeitpunkt trat die nächste Verschlechterung des Gesundheitszustandes auf. In Anbetracht der siebenmonatigen Dauer voller Leistungsfähigkeit ist der vorinstanzliche Schluss auf einen Unterbruch der zeitlichen Konnexität auch unter dem Gesichtswinkel der Natur der Erkrankung als Schubkrankheit nicht bundesrechtswidrig, ohne dass der Frage der Prognosestellung zum Verlauf der Krankheit ab 1999 weiter nachzugehen gewesen wäre.
5. Die Frage des sachlichen Zusammenhanges der im September 1999 eingetretenen Arbeitsunfähigkeit zur späteren Invalidität liegt nicht im Streit (vgl. E. 2.2 hievor). Ausserdem ist unbestritten, dass der Beschwerdegegner zu dieser Zeit bei der Sammelstiftung gegen die Folgen von Invalidität versichert war. Die Bejahung eines berufsvorsorgerechtlichen Anspruches auf eine Invalidenrente gegenüber der Beschwerdeführerin hält nach dem Gesagten der Überprüfung stand.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Dem Prozessausgang entsprechend gehen die Gerichtskosten zu Lasten der Beschwerdeführerin (Art. 66 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 13 S. 472, 127 V 107 E. 6b S. 111 f.). Ferner hat der Beschwerdegegner Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 BGG), nicht aber die Stiftung Auffangeinrichtung (<ref-ruling> E. 5b S. 133 f.; Urteil 2A.576/2002 vom 4. November 2003 E. 5).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. August 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin