Sachverhalt:
A.
A.a. Mit Vertrag vom 1. April 2011 verkaufte die A._ AG (Klägerin, Beschwerdeführerin) der C._ SA 1'000 Tonnen Mahlweizen. Die A._ AG sollte den Mahlweizen in der Zeit vom 1. bis 30. April 2011 der C._ SA in U._ liefern. Die Einfuhr in die Schweiz sollte im Rahmen des zu dieser Zeit verfügbaren Zollkontingentes für Mahlweizen erfolgen. Für den Fall, dass dieses Kontingent zwischenzeitlich aufgebraucht sein sollte, vereinbarten die Parteien, dass der Mahlweizen bis zur Freigabe des nächsten Zollkontingentes durch die Schweizerische Eidgenossenschaft per 1. Juli 2011 in die Silos des offenen Zolllagers xxx der C._ SA in U._ zu bringen sei.
A.b. Zur Erfüllung ihrer Verpflichtung beauftragte die A._ AG einerseits die Spedition D._ mit dem Transport des Mahlweizens von V._ (F) zum offenen Zolllager und andererseits die B._ SA (Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit der Verzollung.
A.c. Der Mahlweizen wurde auf 38 Lastwagen verteilt und zeitlich gestaffelt in die Schweiz eingeführt. Der mit den ersten 32 Lastwagen transportierte Mahlweizen konnte im Rahmen des Zollkontingentes eingeführt werden. Den mit den sechs verbleibenden Lastwagen transportierten Mahlweizen meldete die B._ SA aufgrund der Ausschöpfung des Zollkontingentes für Mahlweizen beim Grenzübertritt in W._ zum Transitverfahren an. Sie stellte hierfür sechs Transitscheine aus: einen mit Ausstelldatum vom 19. April 2011 und Verfalldatum vom 27. April 2011 sowie fünf mit jeweils Ausstelldatum vom 20. April 2011 und Verfalldatum vom 28. April 2011. Die Transitscheine übergab sie den jeweiligen Chauffeuren. Daraufhin wurden die sechs Lastwagen in das offene Zolllager xxx gefahren, wo der Mahlweizen in den Silos des offenen Zolllagers abgeladen wurde.
A.d. Die Zollverwaltung wurde über die Ankunft der Fahrzeuge im Zolllager nicht informiert. Da das Transitverfahren nicht innert der festgesetzten Frist ordnungsgemäss abgeschlossen worden war, wurde der Mahlweizen wie eine Ware behandelt, die in den zollrechtlich freien Verkehr übergeführt wurde, was die Erhebung von Einfuhrzollabgaben nach sich zog. Da das Zollkontingent für Mahlweizen bereits aufgebraucht war, erhob die Zollverwaltung auf dem Mahlweizen den Zoll nicht zum Kontingentszollansatz von Fr. 10.30 pro 100 kg brutto, sondern zum Ausserkontingentszollansatz von Fr. 76.-- pro 100 kg brutto. Dem Konto der A._ AG wurden Zollabgaben von Fr. 122'278.70 (160'893 kg brutto Mahlweizen zu Fr. 76.-- pro 100 kg brutto), Verzugszinsen von Fr. 142.35 und ein Mehrwertsteuerbetrag von Fr. 4'250.35 belastet, ausmachend insgesamt Fr. 126'671.40.
B.
B.a. Am 19. Juni 2012 reichte die A._ AG beim Bezirksgericht Liestal Klage ein und beantragte, die B._ SA sei zur Zahlung von Fr. 126'671.40 nebst Zins zu verurteilen. An der bezirksgerichtlichen Instruktionsverhandlung vom 18. Dezember 2012 reduzierte die A._ AG ihre Forderung auf Fr. 93'539.95 nebst Zins.
Mit Urteil vom 11. April 2013 verpflichtete das Bezirksgericht Liestal die B._ SA zur Zahlung von Fr. 93'539.95 nebst Zins. Es kam zum Schluss, die B._ SA habe ihre vertragliche Aufsichts- und Sorgfaltspflicht verletzt, da sie nicht innert Frist das Transitverfahren korrekt beendet und so die Verzollung des Mahlweizens zum Ausserkontingentszollansatz verursacht habe.
B.b. Dagegen erhob die B._ SA Berufung beim Kantonsgericht Basel-Landschaft und beantragte, das Urteil des Bezirksgerichts sei aufzuheben und die Klage sei abzuweisen.
Mit Entscheid vom 14. Januar 2014 hiess das Kantonsgericht Basel-Landschaft die Berufung gut, hob das Urteil des Bezirksgerichts Liestal auf und wies die Klage ab.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 12. März 2014 beantragt die A._ AG dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Kantonsgerichts Basel-Landschaft aufzuheben und die Beschwerdegegnerin sei zur Zahlung von Fr. 93'539.95 nebst Zins zu verurteilen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Die Vorinstanz beantragt in ihrer Vernehmlassung sinngemäss die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein verfahrensabschliessender Entscheid (<ref-law>) einer oberen kantonalen Instanz, die auf ein Rechtsmittel hin kantonal letztinstanzlich in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist somit unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; dazu sogleich E. 2) einzutreten.
2.
2.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401).
Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18; <ref-ruling> E. 1.2 S. 511; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Soweit sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits im vorinstanzlichen Verfahren prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90). Überdies hat sie darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>), was in der Beschwerde näher darzulegen ist (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 395). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
2.2. Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin in mehrfacher Hinsicht.
2.2.1. So bringt sie in ihrer Beschwerdeschrift neu vor, die T2 Transitzollanmeldung, mit welcher die Beschwerdegegnerin beauftragt worden sei, habe nicht das Ausstellen eines Geleitscheins als Transitdokument erfordert, sondern das Ausstellen des Dokumentes "T2". Dieses hätte durch das System "e-dec" jederzeit elektronisch überwacht werden können. Die Beschwerdeführerin tut indessen nicht dar, inwiefern erst der Entscheid der Vorinstanz Anlass zum Vorbringen dieser neuen Tatsachen gibt. Diese müssen daher im bundesgerichtlichen Verfahren unberücksichtigt bleiben.
2.2.2. Weiter genügt es nicht zum Nachweis von Willkür, wenn die Beschwerdeführerin geltend macht, eine Aussage im vorinstanzlichen Entscheid sei "unwahrscheinlich". Dasselbe gilt für die blosse Be-hauptung, der Mahlweizen sei entgegen der Ansicht der Vorinstanz ohne Vermischung mit gleichen Waren in separaten Silokammern eingelagert worden. Damit unterbreitet die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht lediglich ihre eigene Sicht als die zutreffendere, weist aber nicht nach, inwiefern der Entscheid offensichtlich unhaltbar wäre. Darauf ist nicht einzutreten.
2.2.3. Die Beschwerdeführerin erhebt zudem Sachverhaltsrügen, ohne darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein könnte. Dies gilt etwa für die Rüge, das offene Zolllager befinde sich entgegen den vorinstanzlichen Feststellungen nicht in U._, sondern in X._. Auch auf diese Rügen ist nicht einzutreten.
2.2.4. Schliesslich vermischt die Beschwerdeführerin Sachverhalts- und Rechtsfragen. So macht sie geltend, nicht die unterlassene Information der Zollstelle über die Ankunft der Lastwagen habe zur Anwendung des Ausserkontingentszollansatzes geführt, sondern nach Art. 49 Abs. 3 des Zollgesetzes vom 18. März 2005 (ZG; SR 631.0) der unterlassene Abschluss des Transitverfahrens durch die Nichtlöschung des Geleitscheins, wofür die Beschwerdegegnerin zuständig gewesen wäre. Denn diese hätte nicht nur die Verzollung abwickeln sollen, sondern das gesamte Zollverfahren. Ob diese Ausführungen zutreffen, ist nachfolgend (E. 3) als Rechtsfrage zu prüfen.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe eine Verletzung der Sorgfaltspflicht durch die Beschwerdegegnerin zu Unrecht verneint und damit <ref-law> sowie diverse Bestimmungen des ZG, der Zollverordnung vom 1. November 2006 (ZV; SR 631.01) und der Zollverordnung der EZV vom 4. April 2007 (ZV-EZV; SR 631.013) verletzt.
3.1. Die Vorinstanz hat ausgeführt, zwischen den Parteien sei unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin mit der Transitabfertigung des Mahlweizens beauftragt worden sei. Streitig sei jedoch, ob der Auftrag auch den Abschluss des Transitverfahrens, mithin die Löschung der Transitscheine bzw. die Kontrolle der korrekten Löschung umfasst habe. Ein übereinstimmender wirklicher Wille der Parteien zu dieser Frage sei nicht festzustellen. In Bezug auf die sechs Lastwagen habe die Beschwerdeführerin der Beschwerdegegnerin drei Verzollungsaufträge erteilt. In den Untertiteln von zwei Aufträgen stehe der Vermerk "Exportation française + T2 transit". Dem könne nur die Bedeutung zukommen, dass die Beschwerdegegnerin mit der Abwicklung der Exportzollformalitäten in Frankreich und mit einer Transitzollanmeldung beauftragt worden sei. Dem Vermerk lasse sich keine Verpflichtung zur Löschung der Transitscheine bzw. zur Kontrolle der Löschung entnehmen. Die Beschwerdeführerin habe der Beschwerdegegnerin zudem mit E-Mail vom 18. April 2011 Folgendes geschrieben: "On vous prie à partir de demain de bien vouloir contrôler le contingent de blé panifable. Si le contingent est disparu, il faut faire le reste de camions transit (avec acquit-à-caution)." Aus dieser Mitteilung gehe bloss der Auftrag hervor, nach der Erschöpfung des Kontingentes für Mahlweizen die Lastwagen zum Transitverfahren anzumelden und auch einen Geleitschein (acquit-à-caution) bzw. Transitschein auszustellen. Zudem sei nach einem Merkblatt der Eidg. Zollverwaltung für Lastwagenführer bei einem Transport zu einem Zolllager dieser dafür verantwortlich, dass die Transitfrist eingehalten und der Transitschein dem Betreiber des offenen Zolllagers übergeben werde. Nach dem Eintreffen des Transportes im offenen Zolllager seien die einzulagernden Waren vom Lagerhalter oder von einer beauftragten Person bei der Kontrollzollstelle anzumelden (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin habe somit keine Möglichkeit gehabt, die Transitscheine selbst zu löschen. Auch daraus müsse geschlossen werden, dass sie nicht zur Löschung verpflichtet gewesen sei. Schliesslich deute auch das Entgelt von Fr. 40.-- pro Auftrag darauf hin, dass die behauptete Kontrollpflicht nicht vereinbart worden sei. Es sei davon auszugehen, dass die Beschwerdegegnerin andernfalls einen höheren Betrag verlangt hätte, da eine Kontrolle sehr aufwändig gewesen und sie damit auch ein Risiko eingegangen wäre. Das Entgelt von Fr. 40.-- erscheine als angemessene Entschädigung für die Verpflichtung, die Waren rudimentär zu prüfen, handschriftlich einen Transitschein auszustellen und diesen dem Chauffeur zu übergeben.
3.2. Der Bestand eines Vertrages ist wie dessen Inhalt durch Auslegung der Willensäusserungen der Parteien zu bestimmen. Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen festzustellen (<ref-law>). Bleibt eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzipes so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666 mit Hinweisen). Dabei ist vom Wortlaut der Erklärungen auszugehen, welche jedoch nicht isoliert, sondern aus ihrem konkreten Sinngefüge heraus zu beurteilen sind (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666; <ref-ruling> E. 3a S. 168). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an die Feststellungen der kantonalen Vorinstanz über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 632, 24 E. 4 S. 28; je mit Hinweisen).
3.3. Nachdem die Vorinstanz eine tatsächliche Willensübereinstimmung nicht festgestellt hat, ist als Rechtsfrage zu prüfen, wie die Erklärungen der Parteien nach dem Vertrauensprinzip auszulegen sind.
3.3.1. Vorab ist auf die rechtlichen Rahmenbedingungen einzugehen. Das Transitverfahren ermöglicht der zollpflichtigen Person die Verlagerung der Abfertigung in das Inland (Reginald Derks, in: Zollgesetz (ZG), 2009, N. 5 zu <ref-law>). Wird das Transitverfahren - wie vorliegend - nicht ordnungsgemäss abgeschlossen, so werden Waren, die im Zollgebiet verbleiben, wie Waren behandelt, die in den zollrechtlich freien Verkehr übergeführt werden (<ref-law>). Sie sind daher zu verzollen (vgl. <ref-law>). Aufgrund der Ausschöpfung des Zollkontingentes für Mahlweizen wurde der Zoll dabei nicht zum Kontingentszollansatz, sondern zum massiv höheren Ausserkontingentszollansatz erhoben. Es stellt sich somit die Frage, wie das Transitverfahren ordnungsgemäss abzuschliessen gewesen wäre, um die Überführung in den zollrechtlich freien Verkehr und die damit verbundene Verzollung zu vermeiden bzw. bis zur Freigabe des nächsten Zollkontingentes per 1. Juli 2011 aufzuschieben.
Nach Art. 155 Abs. 1 ZV muss der Abschluss des Transitverfahrens innerhalb der Gültigkeitsfrist des Transitdokuments bei der Bestimmungszollstelle beantragt werden. Als abgeschlossen gilt das Transitverfahren nach Art. 44 ZV-EZV, wenn die Waren ordnungsgemäss ins Zollausland oder in ein Zollfreilager verbracht oder in ein anderes Zollverfahren übergeführt worden sind. Vorliegend wurden die Waren weder ins Zollausland noch in ein Zollfreilager, sondern in ein offenes Zolllager gebracht. Offene Zolllager sind Zolllager, in denen der Lagerhalter eigene oder fremde Waren des zollrechtlich nicht freien Verkehrs lagern kann (<ref-law>). Waren des zollrechtlich nicht freien Verkehrs, die in einem Zolllager gelagert werden sollen, sind nach <ref-law> zum Zolllagerverfahren anzumelden (vgl. den Numerus clausus in <ref-law>). Im Zolllagerverfahren wird bei offenen Zolllagern auf die Veranlagung der Einfuhrzollabgaben verzichtet (<ref-law>). Das Transitverfahren wäre vorliegend somit nach Art. 44 ZV-EZV durch Überführung der Waren in ein Zolllagerverfahren abzuschliessen gewesen.
3.3.2. Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die "Löschung" des Transitscheins nicht ein eigenständiger Akt ist, wovon die Beschwerdeführerin auszugehen scheint. Vielmehr ist der Abschluss des Transitverfahrens die zwingende Folge der Überführung der Waren in ein anderes Zollverfahren. Er kann vorliegend mithin nicht von der Anmeldung zum Zolllagerverfahren getrennt werden. Zur Anmeldung von Waren, die in einem offenen Zolllager eingelagert werden sollen, ist nach dem ZG der Lagerhalter oder eine beauftragte Person zuständig (Art. 53 Abs. 4 i.V.m. <ref-law>). Selbst wenn die Beschwerdegegnerin zur Anmeldung befugt gewesen wäre, so geht eine Pflicht zur Anmeldung der Ware aus dem Auftrag nicht hervor. Denn aufgrund der Anweisungen der Beschwerdeführerin ("il faut faire le reste de camions transit [avec acquit-à-caution]") musste die Beschwerdegegnerin nicht davon ausgehen, dass sie auch für die Überführung der Waren in das Zolllagerverfahren zuständig sei. Daran ändern auch die Ausführungen der Beschwerdeführerin zur Zuführungspflicht nach <ref-law> nichts, wonach die Beschwerdegegnerin nach dieser Bestimmung für die Einhaltung der zollrechtlichen Formalitäten bei der Überführung der Waren und für die Richtigkeit und rechtzeitige Abgabe der Zollanmeldung verantwortlich gewesen sei. Erstens geht <ref-law> dieser generellen Bestimmung als lex specialis vor. Zweitens gehen die Vorbringen der Beschwerdeführerin an der Sache vorbei, denn die öffentlichrechtliche Zuführungspflicht trifft viele unterschiedliche Akteure wie etwa den Warenführer, die mit der Zuführung beauftragte Person, den Empfänger und den Versender kumulativ (vgl. Art. 75 ZV) und vermag noch nichts darüber auszusagen, wer privatrechtlich mit der Überführung der Waren in das Zolllagerverfahren beauftragt worden ist.
3.3.3. Damit bleibt zu prüfen, ob die Beschwerdegegnerin die Überführung der Waren in ein neues Zollverfahren und damit den ordnungsgemässen Abschluss des Transitverfahrens immerhin hätte kontrollieren müssen. Dies lässt sich jedenfalls aus dem Wortlaut der Erklärungen der Beschwerdeführerin nicht schliessen. Wenn sie (in zwei von drei Aufträgen ausdrücklich) "Exportation française + T2 transit" verlangt, so ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass die Beschwerdegegnerin dies lediglich als Auftrag zur Anmeldung der Waren zum Transitverfahren und zur Ausstellung von Transitscheinen verstehen musste. Zu bedenken ist auch, dass die Beschwerdegegnerin diesen Auftrag nur für den Fall hatte, dass das Zollkontingent aufgebraucht sein sollte ("Si le contingent est disparu"). Die ersten 32 Lastwagen, die noch im Rahmen des Zollkontingentes eingeführt wurden, konnten direkt zur Überführung in den zollrechtlich freien Verkehr angemeldet werden (vgl. <ref-law>). Damit war die Einfuhr erledigt, es wurden die Einfuhrzollabgaben veranlagt und es folgte kein weiteres Zollverfahren. Um das weitere Schicksal der Waren musste sich die Beschwerdegegnerin mithin nicht kümmern. Aus den Erklärungen der Beschwerdeführerin musste die Beschwerdegegnerin nicht ableiten, dass dies bei der Anmeldung von Waren zum Transitverfahren anders sei, dass sie also die Waren bis zur Überführung in das Zolllagerverfahren hätte weiterverfolgen müssen. Dagegen spricht nach Ansicht der Vorinstanz auch das vereinbarte Entgelt von Fr. 40.-- pro Auftrag. Die Rüge der Beschwerdeführerin, wonach es widerrechtlich sei, als Massstab der anzuwendenden Sorgfaltspflicht auf die Höhe des Entgeltes abzustellen, geht fehl. Es stellt sich nicht die Frage, ob die Beschwerdegegnerin ihren Auftrag sorgfältig ausgeführt hat, sondern die Frage, ob sie überhaupt mit der Kontrolle des Verfahrensabschlusses beauftragt worden war. Nach dem Gesagten und basierend auf dem festgestellten Sachverhalt ist diese Frage zu verneinen. Die Vorinstanz hat somit kein Bundesrecht verletzt, wenn sie eine Vertragsverletzung durch die Beschwerdegegnerin verneinte.
4.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivilrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. August 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier