Faits:
A. En 1986, la société Alpiq Réseau SA Lausanne/Laufenburg SA, a annoncé son intention d'entreprendre la réalisation d'une artère de 380 kV reliant Romanel à Chippis et composée des trois tronçons Romanel-St-Triphon, St-Triphon-Chamoson et Chamoson-Chippis. Un dossier d'enquête préliminaire qui présentait et analysait trois variantes de tracé a été déposé auprès de l'Inspection fédérale des installations à courant fort (ci-après: l'ESTI) le 28 février 1992. Après consultation des instances concernées, l'ESTI a donné son approbation le 29 juin 1995. Cette approbation fixait, dans les grandes lignes, la variante de tracé à retenir pour l'élaboration du projet.
Le 30 janvier 1997, un premier projet fut mis à l'enquête publique, sur la base d'un rapport d'impact de 1996. Ce projet a suscité des oppositions et également des préavis négatifs de différentes autorités, notamment de l'Office fédéral de l'environnement (ci-après: l'OFEV, alors dénommé l'OFEFP) et des autorités cantonales. Au vu de ces réactions négatives, Alpiq a demandé à l'ESTI de suspendre la procédure afin de modifier son projet de manière à en réduire l'impact environnemental par l'ajout d'un terne 220 kV à forte capacité permettant le démontage intégral de la ligne 2 x 220 kV Chamoson-Chippis existante. Par courrier du 6 juillet 1999, l'ESTI a pris note de cette demande et confirmé que le projet pourrait être repris au stade du projet détaillé sans devoir faire à nouveau l'objet d'une enquête préliminaire.
B. Le 10 juin 2002, Alpiq a déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'ESTI. Ce projet prévoyait la construction d'une ligne à 380 kV entre Chamoson et Chippis, la mise sur support commun de la ligne actuelle 220 kV entre Chamoson et Chippis, la mise sur support commun d'une ligne 65 kV entre Chamoson et Chandoline, la mise sur support commun d'une ligne CFF 132 kV entre Chamoson et Saint-Léonard, le raccordement 220 kV du poste de couplage de Chandoline à St-Léonard, le raccordement à la ligne 132 kV CFF à Saint-Léonard et, enfin, le démontage de la ligne existante 220 kV entre le poste de couplage de Chamoson et le Creux de Chippis.
A la suite de la mise à l'enquête publique du projet et aux préavis des autorités fédérales, cantonales et communales concernées, Alpiq a procédé à certaines modifications du tracé de la ligne. Alpiq a ensuite soumis, le 6 février 2006, une demande d'approbation des plans à l'ESTI pour les modifications concernées après les avoir mises à l'enquête publique. Après avoir tenté sans succès de procéder à une conciliation, l'ESTI a transmis le dossier à l'OFEN le 11 juin 2007. D'autres modifications de peu d'importance et ne nécessitant pas de nouvelle mise à l'enquête publique ont encore été apportées au projet par Alpiq les 6 novembre 2007 et 14 février 2008. Au cours de la procédure d'autorisation, la nouvelle ligne à haute tension a soulevé de nombreuses oppositions demandant notamment l'enfouissement de la ligne dans le sol - sur toute sa longueur ou sur certains tronçons - ou d'autres tracés pour la ligne aérienne.
Par décision du 30 juin 2010, l'OFEN a approuvé, avec charges, les plans déposés le 10 juin 2002 par Alpiq auprès de l'ESTI ainsi que les modifications de projet ultérieures. La décision de l'OFEN autorisait Alpiq à réaliser l'intégralité du tronçon entre Chamoson et Chippis, soit environ 27,5 km, sous forme de ligne aérienne.
C. La commune de Salins et consorts, la Bourgeoisie de Sion et la Fondation S._ ainsi que la Fondation R._ ont attaqué la décision de l'OFEN du 30 juin 2010 auprès du Tribunal administratif fédéral. Ces causes ont été jointes.
Après avoir procédé à une inspection locale en présence des parties, le Tribunal administratif fédéral a partiellement admis les recours par arrêt du 15 août 2012. Il a annulé la décision d'approbation des plans du 30 juin 2010 et renvoyé l'affaire à l'OFEN pour nouvelle décision dans le sens des considérants. En substance, le Tribunal a considéré que la ligne projetée respectait les normes de protection de l'environnement et de protection de la nature et du paysage et qu'une mise en câble n'entrait pas en ligne de compte. L'OFEN devait toutefois inviter Alpiq à lui soumettre un nouveau projet intégrant, pour les ternes 380 kV, des faisceaux à quatre conducteurs (4 x 650 mm2) au lieu des faisceaux à trois conducteurs (3 x 490 mm2 ou 3 x 550 mm2).
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la commune de Salins et consorts (cause 1C_487/2012) demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 15 août 2012 ainsi que la décision d'approbation des plans du 30 juin 2010 et de renvoyer l'affaire à l'OFEN pour qu'une procédure de plan sectoriel soit engagée, avec mise en oeuvre d'un câblage de la ligne sur le tronçon Chamoson-Chippis.
La Fondation R._ (cause 1C_489/2012) a également porté sa cause devant le Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 15 août 2012 et de la décision d'approbation des plans du 30 juin 2010. Elle demande en outre au Tribunal fédéral de renvoyer l'affaire à l'OFEN pour qu'il réalise un plan sectoriel, soumis ensuite au Conseil fédéral pour décision, et par la suite la planification d'un projet avec câblage partiel ou total. Elle requiert un câblage total entre Chamoson et Chippis dans la plaine du Rhône ou un câblage partiel entre le village d'Aproz et la sortie est du village de Bramois.
La Bourgeoisie de Sion et la Fondation S._ (cause 1C_493/2012) concluent à leur tour à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi du dossier à l'OFEN et à Alpiq pour une nouvelle mise à l'enquête publique avec établissement d'un plan sectoriel préalable et mise en oeuvre d'une étude de faisabilité d'un câblage total ou partiel de la nouvelle ligne. Subsidiairement, elles requièrent la mise en câble à l'endroit du tracé bordant les parcelles propriétés de la Bourgeoisie de Sion et, plus subsidiairement, le déplacement du pylône 117 à l'emplacement prévu dans la première mise à l'enquête (rive gauche du Rhône).
Le Tribunal administratif fédéral renonce à formuler des observations sur les recours. L'OFEN conclut au rejet des recours dans la mesure de leur recevabilité; il renvoie au contenu de la décision d'approbation du 30 juin 2010 et à ses prises de position devant le Tribunal administratif fédéral. Alpiq conclut au rejet des recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué. L'OFEV ne constate pas de violation de la législation fédérale en matière de protection de l'environnement et de protection de la nature et du paysage. Les parties ont pu déposer des écritures complémentaires.
Par courrier du 22 février 2013, Alpiq a indiqué que, lors de sa reprise par Swissgrid au 1er janvier 2013, la raison sociale Alpiq Réseau SA Lausanne a été adaptée et le siège de la société a été transféré. Swissgrid est devenue la propriétaire économique d'Alpiq (Réseau SA), mais n'est pas partie à la présente procédure.
E. Par trois ordonnances du 14 décembre 2012, le Président de la Ire Cour de droit public a admis les requêtes d'effet suspensif contenues dans les recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Compte tenu de leur connexité, il se justifie de joindre les trois recours, dirigés contre une même décision, afin de statuer en un seul arrêt.
1.2 Le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (art. 90 LTF) ou contre les décisions partielles (art. 91 LTF). En revanche, en vertu de l'art. 93 al. 1 LTF, les décisions incidentes notifiées séparément qui ne portent pas sur la compétence ou sur une demande de récusation ne peuvent faire l'objet d'un recours en matière de droit public que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (let. a), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (let. b).
1.3 L'arrêt attaqué annule la décision d'approbation des plans du 30 juin 2010 et renvoie l'affaire à l'OFEN pour nouvelle décision dans le sens des considérants. L'OFEN est ainsi tenu d'inviter Alpiq à lui soumettre un nouveau projet intégrant, pour les ternes 380 kV, des faisceaux à quatre conducteurs (4 x 650 mm2) au lieu des faisceaux à trois conducteurs (3 x 490 mm2 ou 3 x 550 mm2). Les recours ont été rejetés pour le surplus, en particulier en tant qu'ils concluaient à la mise en câble totale ou partielle de la nouvelle ligne (consid. 14 de l'arrêt attaqué).
La décision entreprise, qui ne met pas fin à la procédure, n'est pas une décision finale (art. 90 LTF). Il ne s'agit pas non plus d'une décision partielle qui statuerait définitivement sur un objet dont le sort serait indépendant de celui qui reste en cause (art. 91 LTF). Il convient donc d'examiner si les conditions de l'art. 93 LTF sont réalisées.
1.4 Les recourants concluent tous au renvoi de la cause à l'OFEN pour qu'une procédure de plan sectoriel soit engagée. Une éventuelle admission des recours sur ce point conduirait à l'annulation de la décision d'approbation des plans et, avant l'ouverture d'une nouvelle procédure d'approbation des plans, à l'élaboration d'un projet de plan sectoriel. Dans ce cas, les mesures d'instruction supplémentaires ordonnées par le Tribunal administratif fédéral, qui apparaissent de toute évidence longues et coûteuses au sens de l'art. 93 al. 1 let. b LTF, pourraient s'avérer (totalement ou partiellement) superflues (cf. arrêt 1C_129/2012 du 12 novembre 2012 consid. 1.4). Il en irait de même si le Tribunal fédéral devait admettre la conclusion des recourants tendant à la mise en câble totale ou partielle de la nouvelle ligne, ceci rendant inutile l'examen d'un éventuel remplacement, pour les ternes de 380 kV de la ligne aérienne, des faisceaux à trois conducteurs par des faisceaux à quatre conducteurs. Un allongement supplémentaire de la procédure pourrait par ailleurs, dans les circonstances très particulières du cas d'espèce, constituer un déni de justice et occasionner un préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF. Il convient par conséquent d'entrer en matière sur les recours.
2. Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la commune de Salins et consorts ainsi que la Fondation R._ se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendus. Les recourants allèguent en substance que le dossier transmis à l'OFEN pour la décision d'approbation du 30 juin 2010 ne comprenait pas les dossiers d'enquête préliminaire de 1992 et de mise à l'enquête publique de 1997 et que le projet mis à l'enquête en 2002 n'avait pas fait l'objet d'une nouvelle enquête préliminaire; la procédure d'approbation des plans était dès lors nulle. Par ailleurs, le Tribunal administratif fédéral avait refusé à tort de procéder à une nouvelle inspection locale et d'ordonner l'édition du dossier relatif à l'enfouissement de la ligne 380 kV dans le secteur du Bois de Finges.
2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de prendre connaissance du dossier, de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.; <ref-ruling> consid. 2b p. 56; <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 16 et les arrêts cités).
L'autorité de décision peut se livrer à une appréciation anticipée de la pertinence du fait à prouver et de l'utilité du moyen de preuve offert et, sur cette base, refuser de l'administrer. Ce refus ne viole le droit d'être entendu que si l'appréciation à laquelle elle a ainsi procédé est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3 p. 157 et les arrêts cités).
Par exception au principe de la nature formelle du droit d'être entendu, une violation de ce dernier est considérée comme réparée lorsque l'intéressé jouit de la possibilité de s'exprimer librement devant une autorité de recours disposant du même pouvoir d'examen que l'autorité inférieure, et qui peut ainsi contrôler librement l'état de fait et les considérations juridiques de la décision attaquée, à condition toutefois que l'atteinte aux droits procéduraux de la partie lésée ne soit pas particulièrement grave (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 197 s.; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 204; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 390; <ref-ruling> consid. 2.2.3 p. 135; <ref-ruling> consid. 3d/aa p. 437 et les références citées).
2.2 En l'espèce, les dossiers d'enquête préliminaire de 1992 et de mise à l'enquête publique de 1997 ne figuraient pas dans le dossier constitué par l'OFEN pour rendre la décision du 30 juin 2010. Sur demande des recourants, le Tribunal administratif fédéral a dès lors invité l'ESTI à produire le dossier complet de l'enquête préliminaire du 28 février 1992, le dossier d'approbation du projet du 29 juin 1995 ainsi que le dossier du projet mis à l'enquête le 30 janvier 1997 et les a ouverts à la consultation des parties. Comme l'ont relevé à juste titre les juges précédents, les recourants ont ainsi eu accès à l'ensemble des dossiers de la procédure préalable et ont pu s'exprimer sur leur contenu. Une éventuelle violation de leur droit d'être entendus commise par l'OFEN, qui n'aurait pas tenu tous ces dossiers à leur disposition, doit par conséquent être considérée comme réparée devant le Tribunal administratif fédéral. Celui-ci bénéficie en effet d'un pouvoir d'examen identique à celui de l'OFEN (cf. art. 49 PA).
2.3 Les recourants se plaignent que le projet mis à l'enquête en 2002 n'a pas fait l'objet d'une enquête préliminaire. Ils allèguent que l'enquête préliminaire de 1992, effectuée avant la nouvelle demande d'approbation des plans de 2002, n'était plus d'actualité, la situation ayant entre-temps évolué de manière conséquente. En outre, seul l'OFEN aurait été compétent (en lieu et place de l'ESTI) pour autoriser Alpiq à reprendre son projet au stade du projet détaillé sans devoir refaire l'enquête préliminaire. La procédure d'approbation des plans était dès lors viciée.
Avec les juges précédents, on ne voit pas en quoi l'ESTI aurait outrepassé ses compétences en annonçant, le 6 juillet 1999, que le projet pourrait être repris au stade du projet détaillé sans devoir refaire l'objet d'une enquête préliminaire. C'est précisément parce que le dossier d'enquête préliminaire présentait et analysait trois variantes de tracé, soumises à la consultation des instances concernées, qu'il a permis de fixer, dans les grandes lignes, la variante à retenir pour l'élaboration du projet de détail. Dans ces conditions, il est logique que le projet de détail puisse s'appuyer sur les études faites et sur les réflexions menées lors de l'enquête préliminaire. Ensuite, c'est conformément aux exigences de l'art. 16 al. 2 let. b de la loi fédérale du 24 juin 1902 concernant les installations électriques à faible et à fort courant (LIE; RS 734.0) que l'ESTI, faute d'avoir pu régler les oppositions au projet, a finalement transmis le dossier à l'OFEN le 11 juin 2007 pour décision sur la demande d'approbation des plans déposée par l'intimée. Aucune disposition de la LIE ne l'autorisait ou ne l'obligeait à transmettre le dossier à l'OFEN en 1999 déjà, soit au moment où Alpiq avait demandé de suspendre la procédure pour retravailler son projet et en réduire l'impact environnemental. De plus, les recourants ne peuvent rien tirer du fait que l'ESTI n'avait pas transmis les dossiers de l'enquête préliminaire de 1992 à l'OFEN. Ces pièces ne font pas parties des documents qui doivent obligatoirement être soumis à l'autorité chargée de l'approbation des plans (cf. art. 2 de l'ordonnance du 2 février 2000 sur la procédure d'approbation des plans des installations électriques [OPIE; RS 734.25]; cf. également les directives de l'ESTI d'avril 2000 relatives à la procédure d'approbation des plans d'installations électriques [STI 235.0400]) et, cas échéant, si l'OFEN estimait le dossier lacunaire, il lui appartenait de le compléter en requérant la production de ces documents (cf. art. 16b LIE et art. 2 al. 4 OPIE). Au vu de ce qui précède, c'est en vain que les recourants font valoir qu'un vice grave dans la procédure d'approbation des plans entraînerait sa nullité. Leur grief doit dès lors être rejeté sous cet angle.
2.4 Les recourants avaient requis une nouvelle inspection locale au motif que, lors de l'audience du 2 novembre 2011, Alpiq avait posé des ballons à une hauteur réduite de 25 m, alors que la hauteur prévue des futurs pylônes était de 96 m, et que le tracé sur le coteau de Salins avait été présenté à contrejour, avec une vue très réduite du site de l'installation. Ils avaient également sollicité l'édition du dossier relatif à l'enfouissement de la ligne 380 kV dans le secteur du Bois de Finges. Le refus du Tribunal administratif fédéral de donner suite à leurs requêtes constituait à leur avis une violation de leur droit d'être entendus.
L'arrêt attaqué expose qu'une nouvelle inspection locale n'aurait rien apporté de plus car la délégation du tribunal avait largement pu se faire une idée de l'implantation des pylônes 136-137 et, plus généralement, de l'ampleur de la nouvelle ligne électrique projetée grâce à ses différents transports sur place et aux discussions qui s'en étaient suivies et qui avaient fait l'objet d'un procès-verbal détaillé. Quant au câblage du Bois de Finges, cette question n'était alors examinée qu'au stade de la procédure de consultation du plan sectoriel Chippis-Mörel et son édition n'était pas de nature à permettre d'éclaircir les faits pertinents de la présente procédure. Les recourants n'expliquent pas en quoi les motifs avancés à l'appui du rejet de leurs requêtes seraient arbitraires (cf. consid. 2.1 ci-dessus). En tout état de cause, le raisonnement précité échappe à la critique et le Tribunal administratif fédéral pouvait, sans violer le droit d'être entendu des intéressés, renoncer à administrer les offres de preuve requises.
2.5 La Fondation R._ objecte enfin qu'il n'y a jamais eu de rapport de synthèse clair et qu'il n'était pas possible de s'exprimer sur un projet composé d'un "patchwork" d'approbations partielles; elle ne pouvait pas savoir quelle était la version finalement retenue puisque les classeurs qu'elle a pu consulter devaient représenter "environ une longueur de 5 mètres". Par ailleurs, elle allègue à plusieurs reprises qu'aucun plan ne figurerait dans la décision de l'OFEN, ce qui ne permettait pas de savoir quel était le tracé réel de la ligne litigieuse.
Ces critiques, d'ordre général, sont mal fondées: la décision de l'OFEN du 30 juin 2010 synthétise l'historique de la procédure, mentionne les modifications apportées, résume les allégués des parties ainsi que les prises de positions des autorités et examine minutieusement tous les aspects du projet. Les parties ont pu ainsi prendre connaissance de l'objet de l'approbation et attaquer le projet en toute connaissance de cause devant le Tribunal administratif fédéral. La taille du dossier, qui reflète la complexité de l'affaire, ne constitue pas en soi un obstacle au droit d'être entendu des recourants. Enfin, les plans approuvés, ainsi que les modifications ultérieures, font intégralement partie de la décision d'approbation du 30 juin 2010 puisqu'ils figurent sous le ch. 1 du dispositif, qui donne la liste détaillée de tous les documents compris dans la décision (p. 91 ss).
3. Dans un grief intitulé "récusation", la Fondation R._ considère que l'OFEN, n'ayant fait que reprendre les positions d'Alpiq, serait à la fois juge et partie, ce qui rendrait sa décision annulable.
3.1 L'art. 29 al. 1 Cst. dispose que toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement. Selon la jurisprudence, ce droit permet notamment d'exiger la récusation des membres d'une autorité administrative dont la situation ou le comportement sont de nature à faire naître un doute sur leur indépendance ou leur impartialité; il tend à éviter que des circonstances extérieures à l'affaire ne puissent influencer une décision en faveur ou au détriment de la personne concernée. La récusation peut s'imposer même si une prévention effective du membre de l'autorité visée n'est pas établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée; il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale. Cependant, seules des circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération; les impressions purement individuelles d'une des personnes impliquées ne sont pas décisives (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 6; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 25 et les arrêts cités).
3.2 En l'espèce, le Tribunal administratif fédéral a constaté que rien au dossier n'indiquait que des collaborateurs de l'OFEN aient pu avoir une idée préconçue sur l'affaire. La recourante, pas plus que devant l'instance précédente, n'apporte d'élément objectif sérieux allant dans ce sens. Le simple fait que cette autorité ait approuvé les plans qui lui étaient soumis, contre l'avis des opposants, ne suffit manifestement pas à établir une éventuelle prévention de ses membres. Mal fondé, le grief doit être écarté.
4. La Fondation R._ se plaint d'une constatation inexacte et incomplète des faits.
4.1 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus par l'art. 105 al. 2 LTF. Il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 314) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). S'il entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF sont réalisées.
4.2 En l'occurrence, la recourante fait valoir que le Tribunal administratif fédéral n'a pas précisé dans son arrêt que le dossier de 1992 n'avait pas été transmis à l'OFEN et que celui-ci n'a donc pas pu le prendre en compte pour rendre sa décision. Or, il ressort de l'arrêt attaqué que le Tribunal administratif fédéral n'a pas ignoré cet élément, puisqu'il le mentionne en particulier à l'appui de son considérant relatif au droit d'être entendu (cf. consid. 5.1) et que le juge instructeur, en cours de procédure, a justement invité l'ESTI à produire son dossier complet (cf. let. F de l'arrêt attaqué).
Selon la recourante, l'arrêt attaqué aurait également omis de préciser qu'en 1997, le Conseil d'Etat du canton du Valais avait demandé qu'une étude de faisabilité d'un enfouissement de la ligne soit réalisée, demande renouvelée en 2007, et que l'Assemblée fédérale avait accepté une motion déposée par le Conseiller aux Etats valaisan, Jean-René Fournier, visant à accélérer la procédure pour décider des possibilités d'un câblage de la ligne à haute tension. La recourante ne démontre toutefois pas en quoi un éventuel complément de l'état de fait sur ces points aurait pu avoir une influence sur l'issue de la procédure. Il n'y a par conséquent pas lieu de corriger l'état de fait.
Mal fondé, le grief tiré d'une constatation inexacte des faits doit être écarté et le Tribunal fédéral est lié par les faits retenus dans l'arrêt attaqué, conformément à l'art. 105 al. 1 LTF.
5. Au fond, les recourants estiment qu'un plan sectoriel aurait dû être établi avant l'élaboration des plans litigieux, en application des 16 al. 5 LIE et 1a OPIE.
5.1 Le Tribunal administratif fédéral a considéré que la nécessité de mener une procédure de plan sectoriel était en principe donnée dans le cas du projet Chamoson-Chippis. Des exceptions permettaient toutefois de s'écarter de cette exigence dans certaines circonstances. En l'occurrence, l'examen des trois variantes dans le cadre de l'enquête préliminaire et l'étude approfondie des effets du projet dans les rapports d'impact équivalaient matériellement à une procédure de plan sectoriel. De plus, la nécessité d'une éventuelle mise en câble ayant fait l'objet de mesures d'instruction de la part de l'autorité inférieure et d'un examen détaillé dans l'arrêt attaqué, une procédure de plan sectoriel n'apporterait aucun élément nouveau à ce stade. A cela s'ajoutait que l'exploitation de toutes les possibilités de regroupement d'autres lignes, qui constituait une des raisons importantes de mener une procédure de plan sectoriel, avait déjà fait l'objet d'une optimisation et que le projet ne nécessitait pas de recourir à des dérogations pour remplir les exigences de l'ordonnance du 23 décembre 1999 sur la protection contre le rayonnement non ionisant (ORNI; RS 814.710).
5.2 Les recourants estiment que l'interprétation et l'application des art. 16 al. 5 LIE et 1a OPIE par le Tribunal administratif fédéral est contraire au droit fédéral et que les autorités ne pouvaient renoncer à l'exigence d'un plan sectoriel. Ils font valoir que l'état de fait de la présente cause diffère de celui de l'arrêt 1C_172/2011 du 15 novembre 2011, où le Tribunal fédéral avait jugé qu'il n'était pas nécessaire d'exiger un plan sectoriel au motif que certains tronçons de la ligne avaient déjà été autorisés; il n'y avait en l'espèce aucune autorisation entrée en force. Les recourants contestent par ailleurs que le rapport d'enquête préliminaire de 1992 puisse servir de procédure de plan sectoriel, ce d'autant qu'il n'avait pas été transmis à l'OFEN et ne figurait pas dans le dossier de 2002. Quoi qu'il en soit, le plan sectoriel, par sa portée, sa nature et sa teneur, ne pouvait être le résultat d'accumulations de divers projets mis à l'enquête. Il n'était pas envisageable d'autoriser la construction d'un projet d'une telle ampleur, prévu pour une durée de 80 ans, en réglant les questions au hasard des griefs développés par les opposants; l'instruction du recours devant le Tribunal administratif fédéral ne pouvait dès lors tenir lieu de procédure de plan sectoriel. Au surplus, la mise en câble n'avait pas fait l'objet d'une véritable étude devant l'ESTI, alors qu'une telle étude avait été préconisée par l'OFEV et exigée par le Conseil d'Etat valaisan dans son préavis favorable au projet de 1992. Enfin, un plan sectoriel avait été requis pour le tronçon Chippis/Mörel, ce qui conduisait à deux applications du droit différentes pour un seul et même dossier, et une même situation de fait.
5.3 L'intimée soutient que le Conseil fédéral avait inscrit en mars 2009 la ligne Chamoson/Chippis dans le Plan sectoriel des lignes de transport d'électricité (PSE), tout en précisant que, pour cette ligne, il n'était pas nécessaire de procéder à un plan sectoriel spécifique, dès lors que la procédure d'approbation des plans était en cours. En considérant qu'une procédure de plan sectoriel n'était pas nécessaire dans le cas d'espèce, le Tribunal administratif fédéral n'avait pas violé l'art. 16 al. 5 LIE. La coordination à opérer par un plan sectoriel avait en effet pu avoir lieu de manière qualitativement équivalente dans le contexte de la procédure d'approbation des plans. En particulier, le Tribunal administratif fédéral avait procédé à un examen le plus complet possible de variantes câblées, en se référant notamment à des experts de niveau international et indépendants.
5.4 Selon l'art. 13 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (RS 700; LAT), pour exercer celles de ses compétences qui ont des effets sur l'organisation du territoire, la Confédération procède à des études de base; elle établit les conceptions et plans sectoriels nécessaires et les fait concorder. Conformément aux art. 14 ss de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (RS 700.1; OAT), les plans sectoriels doivent contenir des indications sur la manière dont la Confédération entend faire usage de sa liberté d'appréciation en matière d'aménagement; ils définissent en particulier les objectifs visés dans les domaines en question et comment ces objectifs seront conciliés avec l'aménagement du territoire, ainsi que les priorités, les modalités et les moyens envisagés pour l'exercice de l'activité concernée. L'art. 15 OAT règle les exigences de forme et de contenu des plans sectoriels.
L'art. 16 al. 5 LIE prévoit que, en règle générale, l'approbation des plans des installations électriques ayant des effets considérables sur l'aménagement du territoire et sur l'environnement présuppose un plan sectoriel. Selon le Message du Conseil fédéral du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans (FF 1998 2221), on peut exceptionnellement renoncer à l'exigence du plan sectoriel lorsqu'il apparaît visiblement peu raisonnable d'envisager un tel plan pour un seul projet. En pareil cas, l'adéquation du projet avec les exigences de l'aménagement du territoire doit être examinée dans le cadre de la procédure d'approbation des plans, comme le prévoit la LAT (FF 1998 2250 et 2260).
L'art. 1a OPIE, entré en vigueur le 1er septembre 2009, concrétise l'art. 16 al. 5 LIE dans les termes suivants :
1 Les lignes dont la tension nominale est de 220 kV (50 Hz) et plus ne peuvent être approuvées qu'après avoir été fixées au terme d'une procédure de plan sectoriel.
2 Une nouvelle ligne peut être approuvée sans procédure préalable de plan sectoriel si:
a. elle ne dépasse pas 2 kilomètres;
b. elle ne touche aucune zone à protéger en vertu du droit fédéral ou du droit cantonal, et si
c. elle répond aux exigences de l'ordonnance du 23 décembre 1999 sur la protection contre le rayonnement non ionisant (ORNI) sans qu'il soit besoin d'une dérogation.
3 Des lignes existantes peuvent être remplacées, modifiées ou développées sans procédure préalable de plan sectoriel si:
a. toutes les possibilités d'adjonction à d'autres lignes ont été exploitées;
b. les pylônes existants sont déplacés de 50 mètres au plus latéralement par rapport à l'axe de la ligne existante et qu'ils sont rehaussés de 10 mètres au plus;
c. les conflits d'utilisation peuvent être résolus dans le corridor existant;
d. les conflits dans des zones à protéger en vertu du droit fédéral ou du droit cantonal peuvent être aplanis par des mesures de substitution; et
e. les exigences de l'ORNI peuvent être remplies sans qu'il soit nécessaire de recourir à une dérogation.
4 L'Office fédéral de l'énergie décide, après avoir consulté les services compétents de la Confédération et des cantons concernés, de la nécessité de mener une procédure de plan sectoriel.
5.4.1 Selon le rapport explicatif du 22 octobre 2008 relatif à la révision de l'OPIE, le nouvel art. 1a OPIE introduit les critères contraignants permettant de soustraire les projets de lignes à haute tension à l'obligation du plan sectoriel (rapport ch. 2 p. 2). D'après ce texte, la nouvelle réglementation ne laisserait aucune marge d'appréciation quant à l'exigibilité et la proportionnalité d'une procédure de plan sectoriel. Quoi qu'il en soit, il n'est pas exclu que, malgré la non réalisation d'une des conditions de l'al. 2 ou 3, la mise en oeuvre de la procédure de plan sectoriel apparaisse disproportionnée dans un cas particulier où le conflit est de peu d'importance (arrêt 1C_129/2012 du 12 novembre 2012 consid. 5.5.1).
5.4.2 Dans le cas présent, la question du caractère contraignant de l'art. 1a OPIE peut toutefois rester indécise. Il ressort en effet de la genèse et la finalité de cette disposition que l'ordonnance ne contient de toute façon pas de réglementation définitive pour des projets qui, comme en l'espèce, étaient déjà au stade de la procédure d'approbation des plans lors de l'entrée en vigueur de l'art. 1a OPIE le 1er septembre 2009:
L'art. 1a OPIE reprend pour l'essentiel les critères qui avaient été retenus par le groupe de travail Lignes et sécurité d'approvisionnement (GT LVS) dans son rapport final du 28 février 2007 pour pouvoir déterminer de manière simple et rapide la nécessité d'entamer une procédure de plan sectoriel (contrôle PSE). L'initiateur du projet peut ainsi examiner sommairement et sur la base d'une liste de contrôle, si les conflits potentiels pourront se résoudre à l'intérieur du corridor de transport existant. Si tel est le cas, il est possible d'entamer directement la procédure d'approbation des plans. En revanche, si les conflits décelés ne peuvent se résoudre à l'intérieur du corridor de transport existant, il conviendra d'évaluer, dans le cadre de la procédure de plan sectoriel, d'autres corridors de projet pour toute la ligne ou seulement pour certains tronçons (rapport explicatif selon l'art. 16 OAT du 13 février 2009, ch. 2.2).
Le but de la réglementation est dès lors de déterminer, au moment de l'introduction de la procédure, si le projet doit passer par la procédure de plan sectoriel ou si la procédure d'approbation des plans peut être ouverte directement. L'OFEN est compétent pour décider, dans chaque cas, de la nécessité de mener une procédure de plan sectoriel (art. 1a al. 4 OPIE).
Ni l'art. 1a OPIE ni les dispositions finales de l'ordonnance ne prévoient de réglementation transitoire pour les procédures d'approbation des plans déjà entamées. Si les critères de l'ordonnance devaient s'appliquer à toutes les procédures pendantes en première instance, en partie déjà bien avancées, cela conduirait à la suspension de la procédure, voire à l'annulation de décisions d'approbation déjà prises, et à l'introduction d'une procédure ultérieure de plan sectoriel, du moment qu'une seule condition de l'art. 1a al. 2 et 3 OPIE ferait défaut. Ceci apparaît contraire au principe de la proportionnalité et contredirait la finalité de la révision de l'ordonnance, qui visait à simplifier et accélérer les procédures d'approbation des projets (rapport explicatif du 22 octobre 2008 relatif à la révision de l'OPIE, ch. 2.2).
Il résulte de ce qui précède qu'un assujettissement systématique à une procédure de plan sectoriel ne s'applique pas aux procédures d'approbation des plans qui étaient déjà pendantes lors de l'entrée en vigueur de l'art. 1a OPIE le 1er septembre 2009. Bien plus, il est possible de renoncer exceptionnellement à une procédure de plan sectoriel pour d'autres motifs que ceux mentionnés dans l'ordonnance, en particulier pour des motifs d'économie de procédure et de célérité. Le Conseil fédéral partage également cette appréciation dans son rapport du 6 mars 2009 relatif au PSE: dans la liste des projets à prendre en compte dans le réseau stratégique des lignes 220/380 kV figure à chaque fois la mention "PSE prévu ou en cours", "PSE réalisé ou non requis" ou "contrôle PSE à faire". Pour plusieurs projets, dont la ligne Chamoson-Chippis, la deuxième mention est cochée ("PSE réalisé ou non requis"), avec la remarque que la procédure d'approbation des plans est en cours (FF 2009 2678 ch. 5, mais avec une faute de mise en page; pour un texte clair, cf. les versions allemandes [BBl 2009 3071] et italiennes [FF 2009 2598]).
5.5 Il convient dès lors d'examiner si, dans le cas d'espèce, des motifs objectifs permettent de renoncer à l'exigence du plan sectoriel.
5.5.1 En premier lieu, il apparaît que la procédure pour l'établissement de la nouvelle ligne Chamoson-Chippis dure depuis fort longtemps. Comme le souligne l'arrêt attaqué, même si la demande d'approbation des plans n'a été déposée formellement auprès de l'ESTI que le 10 juin 2002, la planification a en réalité commencé au moins en 1992, soit il y a une vingtaine d'années. Dans le cadre de l'enquête préliminaire de 1992, trois variantes de tracé ont été présentées et analysées et les effets du projet ont été abondamment étudiés dans les rapports d'impact et leurs modifications successives pour tenir compte des modifications apportées. Avec le Tribunal administratif fédéral, on peut considérer que cela équivaut matériellement à une procédure de PSE. En outre, la question conflictuelle principale consiste dans la mise en câble de la ligne. Or, ce point a fait l'objet de mesures d'instruction de la part de l'OFEN et a été traité dans la décision d'approbation des plans du 30 juin 2010. Dans le cadre de l'instruction du recours devant le Tribunal administratif fédéral, cette problématique a également fait l'objet d'échanges d'écritures abondants et de prises de positions détaillées de la part des autorités spécialisées, à la lumière des évolutions jurisprudentielles les plus récentes et de rapports d'experts portant sur le projet de ligne Chamoson-Chippis; ces questions font l'objet d'un examen approfondi dans l'arrêt attaqué. Il apparaît dès lors que la coordination du projet peut être considérée comme "réglée" au sens de l'art. 15 al. 3 OAT, les autres lieux d'implantation, les incidences majeures du projet sur le territoire et l'environnement ainsi que sa conformité à la législation pertinente ayant été largement examinés par les autorités spécialisées. Une procédure de PSE n'amènerait par conséquent aucun élément véritablement nouveau à ce stade mais serait en revanche de nature à prolonger inutilement une procédure déjà très longue.
5.5.2 Le principe d'économie de procédure permet de renoncer à l'exigence du plan sectoriel sous un autre angle également. Dans le cadre de la procédure de PSE, les recourants pourraient certes s'exprimer mais n'auraient pas la qualité de partie; ils ne peuvent en effet intervenir et faire valoir leurs droits qu'au stade de la procédure d'approbation des plans. Il existe dès lors le risque qu'un éventuel plan sectoriel, qui se prononcerait en défaveur de la mise sous câble totale ou partielle de la ligne, soit ensuite attaqué par les recourants dans le cadre de la procédure d'approbation des plans, avec de nouvelles expertises à l'appui et/ou des requêtes de mesures d'instruction supplémentaires. Un tel procédé aurait pour conséquences de rallonger inutilement la réalisation des réseaux stratégiques de transport d'électricité de la Confédération et irait à l'encontre de la finalité du PSE (rapport explicatif du 22 octobre 2008 relatif à la révision de l'OPIE, ch. 1). Dans ces conditions, il convient, pour des motifs évidents d'économie de procédure, d'élucider les questions de la mise en câble de la ligne litigieuse au stade de la procédure d'approbation des plans (cf. arrêt 1C_129/2012 du 12 novembre 2012 consid. 5.6.2 et 5.7).
5.5.3 A cela s'ajoute que l'élaboration d'un plan sectoriel est nécessaire notamment pour contrôler si les exigences de l'ORNI peuvent être respectées dans le corridor de transport actuel sans devoir prévoir une mesure d'exception et si le potentiel de regroupement des lignes est exploité (rapport du Conseil fédéral du 6 mars 2009 relatif au PSE, FF 2009 2678, p. 2686).
En l'espèce, l'exploitation de toutes les possibilités d'adjonction (ou de regroupement) à d'autres lignes a déjà fait l'objet d'une optimisation durant la procédure d'approbation des plans de la ligne Chamoson-Chippis. La décision d'approbation querellée permettra en effet la mise sur support commun de lignes existantes de 220 kV, 132 kV, 125 kV et 65 kV, en sorte que ce sont au total près de 58 km de lignes à haute tension et 190 pylônes qui seront supprimés. Une procédure de plan sectoriel au stade actuel n'amènerait dès lors pas de possibilité d'amélioration à ce niveau. Quant aux exigences de l'ORNI, seules deux dérogations ont dû être octroyées pour des lieux à usage sensible (LUS) dans la décision d'approbation attaquée pour les 27,5 km de la ligne, ce qui apparaît minime.
5.5.4 Comme le relèvent les recourants, le projet de la nouvelle ligne à haute tension Chippis-Mörel fait l'objet d'une procédure de plan sectoriel actuellement en cours. Ce projet figure dans le rapport PSE du Conseil fédéral sous la rubrique "PSE prévu ou en cours" (FF 2009 2688), alors que, pour la ligne Chamoson-Chippis, la mention "PSE réalisé ou non requis" a été sélectionnée. Il s'agit dès lors de deux situations différentes et les recourants ne peuvent pas se prévaloir de ce qu'un plan sectoriel est prévu dans le cadre d'un autre projet pour l'imposer dans le cas d'espèce. Au demeurant, le tronçon Chippis-Mörel traverse le Bois de Finges et constitue une situation particulière par rapport au présent projet. Les considérations qui valent dans un cas ne peuvent dès lors pas être transposées telles quelles dans l'autre cas.
5.6 Il résulte de ce qui précède que le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé le droit fédéral en considérant qu'il était disproportionné d'exiger une procédure de PSE et qu'il convenait dès lors, à titre exceptionnel, de renoncer à exiger qu'un plan sectoriel soit élaboré préalablement à toute décision d'approbation des plans. Mal fondés, les recours doivent être rejetés sur ce point.
6. Selon la Fondation R._, la nécessité de la ligne litigieuse n'est pas du tout démontrée. Le projet de ligne Chamoson-Chippis, puis Chippis-Ulrichen en direction du Tessin et de l'Italie était planifié depuis 1986; or, aucune variante, projet ou mise à l'enquête n'avait abouti, ce qui n'avait toutefois créé aucun manque d'approvisionnement en électricité ni blackout. Les considérations de la recourante sont dénuées de pertinence: l'intégration de la ligne litigieuse dans le réseau stratégique approuvé par le Conseil fédéral le 6 mars 2009 présuppose en effet toujours la nécessité d'une connexion électrique à haute tension entre deux points, ce qui signifie que les critères d'utilité sont considérés comme remplis (FF 2009 2678 ss, p. 2684). L'inscription d'un projet dans le réseau stratégique de la Confédération rend dès lors superflu un examen supplémentaire de l'intérêt du constructeur à la réalisation de la ligne.
7. La commune de Salins et consorts allèguent que la construction de la ligne litigieuse provoquera le défrichement de 19'000 m2 de forêts. Aucune autorisation de défrichement ne figurait cependant au dossier. Ceci serait contraire à la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les forêts (LFo; RS 921.0), qui prévoit que les défrichements sont en principe interdits (art. 5 al. 1 LFo), une autorisation étant exceptionnellement accordée si l'ouvrage ne peut être réalisé qu'à l'endroit prévu (art. 5 al. 2 let. a LFo). De même, l'OFEV n'avait pas été consulté à ce sujet, alors que la surface à défricher excède 5'000 m2 (art. 6 al. 2 let. a LFo).
Contrairement aux allégations des recourants, l'OFEN, autorité compétente en l'espèce (cf. art. 6 al. 1 let. a LFo), a délivré l'autorisation de défrichement requise. Celle-ci se trouve dans la décision d'approbation des plans du 30 juin 2010, sous le ch. 2 du dispositif, et est assortie de charges (ch. 8.8 et 8.9). La motivation de l'OFEN est développée aux pages 28 à 33 de la décision. Il en ressort notamment que l'OFEV a été consulté à plusieurs reprises et a donné un préavis positif avec charges (cf. en particulier l'avis de l'OFEV du 8 juillet 2008 à l'intention de l'OFEN). Le présent grief doit par conséquent être écarté.
8. La Bourgeoisie de Sion et la Fondation S._ se plaignent d'une violation de l'ORNI. Les recourantes font valoir que tous les emplacements situés dans le camping des îles doivent être considérés comme des lieux à usage sensible (LUS) au sens de l'art. 3 al. 3 ORNI, puisque des personnes y séjournent régulièrement durant une période prolongée. La valeur limite de l'installation doit dès lors être respectée non seulement pour les bâtiments en dur qui abritent l'appartement du gardien et le restaurant mais pour tout le camping, y compris les emplacements occupés par les caravanes ou autres installations mobiles.
8.1 Parmi les buts de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement (LPE; RS 814.01) figure la protection de l'homme contre le rayonnement non ionisant nuisible ou incommodant. L'ORNI, adoptée sur la base de la LPE, prévoit des valeurs limites pour les champs électriques et magnétiques. Sous le titre "limitation préventive des émissions", l'art. 4 al. 1 ORNI dispose que les installations doivent être construites et exploitées de telle façon que les limitations préventives des émissions définies à l'annexe 1 ne soient pas dépassées. Pour les nouvelles installations, l'annexe 1 ch. 15 ORNI prévoit que les nouvelles installations ne doivent pas dépasser la valeur limite de l'installation dans les LUS dans le mode d'exploitation déterminant. En vertu de l'art. 3 al. 3 ORNI, on entend par "lieu à utilisation sensible" (LUS) les locaux situés à l'intérieur d'un bâtiment dans lesquels des personnes séjournent régulièrement durant une période prolongée (let. a), les places de jeux publiques ou privées, définies dans un plan d'aménagement (let. b) et les parties de terrains non bâtis sur lesquelles des activités au sens des let. a et b sont permises (let. c).
8.2 En l'espèce, le Tribunal administratif fédéral, qui s'est déplacé sur les lieux, a relevé que dans un secteur situé au nord du périmètre d'examen ORNI - soit un corridor situé de part et d'autre de la ligne projetée - et à l'extérieur de celui-ci, certaines installations de camping fixes étaient apparemment louées et occupées à l'année. D'autres emplacements, plus rares, se trouvaient plus au sud, soit dans le périmètre d'examen. Ces places étaient en principe destinées aux emplacements temporaires, mais les résidents pouvaient les occuper à l'année. Sur la base de ces constatations de fait non contestées, il apparaît parfaitement envisageable de déplacer ces installations "mobiles" un peu plus au nord du camping, soit au nord du périmètre d'examen ORNI, là où aucun dépassement de valeurs n'est à craindre. L'exploitant pourrait ainsi parfaitement cantonner les quelques emplacements occupés plus régulièrement durant l'année hors de ce périmètre, étant entendu que les emplacements à l'intérieur du périmètre pourraient continuer à être occupés de façon saisonnière comme des lieux de séjour momentanés (LSM). Contrairement à l'avis des recourantes, un camping ne peut, en tant que tel, être considéré comme un LUS, de la même manière que les jardins et les piscines (cf. Aide à l'exécution de l'ORNI, éditée par l'OFEV en juin 2007, ch. 2.8 p. 26). En effet, conformément à l'avis de l'OFEV, rappelé dans ses déterminations du 11 février 2013, ne sont pas considérés comme des bâtiments les tentes, les "bungalows-tentes en toile", les mobile homes ou les caravanes sur une place de camping, qui sont posés pour une courte période ou pour une période illimitée sans autorisation et qui sont habités, mais qui peuvent à tout moment et sans autre être déplacés ou enlevés.
Dans ces conditions, le Tribunal administratif fédéral n'a pas violé l'ORNI en confirmant l'appréciation de l'OFEN selon laquelle le projet litigieux respectera intégralement les exigences de l'ORNI dans le camping des îles.
8.3 Les recourantes arguent encore que les parcelles du camping des îles ne se trouvent pas en zone camping, mais dans une zone d'intérêt général A où, selon le règlement de la commune de Sion, des LUS peuvent être construits (logements, bureaux, écoles, hôpitaux, etc.); il n'est donc pas exclu que de tels lieux à utilisation sensible puissent apparaître dans un proche avenir.
Concrètement, au vu de la configuration des lieux, il est fort peu probable que des constructions telles qu'évoquées par les recourantes soient un jour bâties dans la zone du camping. En effet, cet endroit, situé entre le Rhône et l'autoroute, est actuellement peu construit et apparaît plutôt orienté comme une zone de détente, agrémentée de lacs et de collines. La simple éventualité, très hypothétique, que de futurs LUS soient construits dans cette zone ne permet dès lors pas de considérer que le projet serait, en l'état, contraire au droit fédéral.
9. La Bourgeoisie de Sion et la Fondation S._ concluent au déplacement du pylône 117 à l'emplacement prévu dans la première mise à l'enquête. Ils font valoir que l'implantation de ce pylône sur leur parcelle est due à une erreur de l'intimée, qui aurait dû se rendre compte, lors du choix du tracé, que la ligne survolait le poste de détente de Gaznat SA. Ils allèguent qu'il serait possible de déplacer le poste de Gaznat SA (et ainsi maintenir le tracé initialement prévu), les seuls arguments avancés par l'intimée, relatifs à la durée de la procédure d'autorisation et au coût de déplacement du poste de détente de gaz, n'étant pas acceptables.
Le Tribunal administratif fédéral a retenu que les impacts de la modification de l'emplacement des pylônes 116-117 avaient fait l'objet d'une évaluation détaillée. Il avait ainsi été clairement établi que l'emplacement initial du pylône 117, sur la rive gauche du Rhône, présentait des difficultés particulières puisqu'il se trouvait dans la zone à bâtir et que la ligne survolait un poste de détente de Gaznat SA. Les autorités spécialisées avaient d'ailleurs approuvé ce déplacement moyennant quelques charges. Bien qu'il soit regrettable que le projet initialement mis à l'enquête en 2002 n'ait pas immédiatement cherché à éviter le poste de détente de gaz, plusieurs raisons objectives militaient en faveur de son déplacement rive droite: outre des motifs de sécurité des installations, ceci permettait de sortir les bâtiments situés dans la zone à bâtir de la rive gauche du périmètre d'examen selon l'ORNI. Dans ces conditions, après avoir procédé à une pesée des intérêts qui ne prête pas le flanc à la critique, le Tribunal administratif fédéral n'a pas excédé son pouvoir d'appréciation en considérant que le projet, tel que modifié, présentait plus d'avantages que le retour à l'ancien emplacement du pylône 117. Le coût de déplacement du poste n'étant pas déterminant à lui seul, le Tribunal administratif fédéral pouvait renoncer à demander à l'intimée de lui présenter des chiffres détaillés. Au vu de ce qui précède, la conclusion subsidiaire de la Bourgeoisie et la Fondation S._ doit être rejetée.
10. Tous les recourants contestent le choix du tracé de la ligne et concluent à sa mise en câble. Ils font valoir pour l'essentiel que le tracé choisi, correspondant à la variante "bleue" dans le projet de 1992, avait été préavisé défavorablement par l'OFEV en 1997, en raison notamment de son impact paysager et environnemental. Une mise en câble, techniquement possible, permettait de respecter la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage (LPN; RS 451) et de concilier tous les intérêts en présence. Le dossier était par ailleurs lacunaire, puisque l'OFEN n'avait pas examiné des alternatives plus respectueuses de l'environnement ni exigé une étude concrète de variante câblée.
10.1 La mise en place ou la modification d'installations électriques à courant fort doivent faire l'objet d'une procédure d'approbation des plans (art. 16 al. 1 LIE). L'approbation des plans couvre toutes les autorisations requises par le droit fédéral; aucune autorisation ni aucun plan relevant du droit cantonal ne sont requis (art. 16 al. 3 et 4 LIE). Une telle autorisation implique non seulement la réalisation de conditions de nature technique et le respect des exigences en matière d'aménagement du territoire, mais doit également tenir compte des prescriptions sur la protection de la nature, des sites, du paysage, de l'environnement et des eaux (art. 7 al. 1 de l'ordonnance du 30 mars 1994 sur les installations électriques à courant fort [RS 734.2]). En vertu de l'art. 11 al. 2 de l'ordonnance du 30 mars 1994 sur les lignes électriques (OLEI; RS 734.31), l'établissement des lignes électriques doit affecter le moins possible le paysage, la nature et l'environnement, compte tenu de la nécessité de garantir l'approvisionnement en énergie rentable et de trouver une solution technique acceptable.
Dès lors que l'octroi de telles autorisations relève de la compétence de la Confédération (cf. art. 2 let. b LPN), il y a lieu de prendre soin de ménager l'aspect caractéristique du paysage et des localités, les sites évocateurs du passé, les curiosités naturelles et les monuments historiques et, lorsque l'intérêt général prévaut, d'en préserver l'intégrité (art. 3 al. 1 LPN). Ce devoir existe quelle que soit l'importance de l'objet, qu'il s'agisse d'un objet d'importance nationale, régionale ou locale (art. 3 al. 3 en relation avec l'art. 4 LPN). L'art. 3 LPN ne prévoit pas une protection absolue du paysage; une atteinte ne peut cependant se justifier qu'en présence d'intérêts publics prépondérants. Il y a dès lors lieu de procéder à une mise en balance de l'ensemble des intérêts publics et privés touchés par le projet litigieux, qui tienne compte du but assigné à la mesure de protection et de l'atteinte qui lui est portée (<ref-ruling> consid. 4 et les références; <ref-ruling> consid. 5a p. 157).
En vertu de l'art. 6 al. 1 LPN, l'inscription d'un objet d'importance nationale dans un inventaire fédéral indique que l'objet mérite spécialement d'être conservé intact ou en tout cas d'être ménagé le plus possible, y compris au moyen de mesures de reconstitution ou de remplacement adéquates. L'art. 6 al. 2 LPN ajoute que lorsqu'il s'agit de l'accomplissement d'une tâche de la Confédération, la règle suivant laquelle un objet doit être conservé intact dans les conditions fixées par l'inventaire ne souffre d'exception que si des intérêts équivalents ou supérieurs, d'importance nationale également, s'opposent à cette conservation. Une expertise par une commission consultative fédérale (Commission fédérale pour la protection de la nature et du paysage [CFNP] ou Commission fédérale des monuments historiques [CFMH] - cf. art. 25 LPN et 23 al. 2 de l'ordonnance du 16 janvier 1991 sur la protection de la nature et du paysage [OPN; RS 451.1]) peut être ordonnée en pareil cas, afin d'indiquer si l'objet doit être conservé intact ou de quelle manière il doit être ménagé (art. 7 LPN).
10.2 En l'occurrence, un seul objet figurant à l'inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels d'importance nationale (IFP) est touché par le tracé du projet litigieux. Il s'agit de l'objet IFP n° 1716 "Pfynnwald Illgraben", caractérisé notamment par un paysage exceptionnel au relief varié et vigoureux. Seul le pylône 171 se trouve à l'intérieur du périmètre protégé, les pylônes 169-170 et 172-173 se situant à l'extérieur, mais en bordure du site. La forêt de Finges figure quant à elle à l'inventaire des sites de protection d'importance cantonale et les pylônes 171-174 se situent à l'intérieur de cet objet. L'OFEV et la CFNP ont retenu que l'atteinte au paysage était minime et que l'exigence de ménager le plus possible l'objet était remplie au vu des mesures de compensations décidées par l'OFEN. Sur la base des préavis positifs de ces autorités spécialisées et en l'absence de griefs concrets des recourants, le Tribunal administratif fédéral a considéré que le projet respectait les exigences en matière de protection de la nature et du paysage sur ce tronçon. Devant le Tribunal fédéral, les recourants se contentent de relever que l'arrêt attaqué ne précise pas quels sont les intérêts équivalents ou supérieurs d'importance nationale qui s'opposeraient à la conservation du site (cf. art. 6 al. 2 LPN). Or, il est manifeste que le projet répond à un intérêt public national à tout le moins équivalent à celui de la protection du paysage, en tant que la réalisation de la nouvelle ligne contribue à l'approvisionnement énergétique suffisant du pays, objectif consacré à l'art. 89 al. 1 Cst. (cf. également la loi fédérale du 26 juin 1998 sur l'énergie électrique [LEne; RS 730.0]).
10.3 Le choix du tracé est également critiqué en ce qu'il survole la vallée de la Borgne (pylônes 136-139). La commune de Salins et consorts font valoir que la nouvelle ligne aura un impact visuel inacceptable et que l'argumentation soutenue par le Tribunal administratif fédéral à ce sujet serait contraire à la situation réelle. Il n'y aurait par ailleurs pas de mesures de compensation pour la protection du site.
Il ressort de l'arrêt attaqué que le projet ne touche pas le périmètre de protection de la vallée de la Borgne tel que défini par la décision du Conseil d'Etat valaisan du 25 avril 1984 (RS/VS 451.118), ce qui n'est pas contesté par les recourants. Le Tribunal administratif fédéral n'a pas exclu que les pylônes 136-137 provoqueraient un impact visuel sur l'entrée de la vallée de la Borgne pour un observateur situé dans la vallée du Rhône, comme cela ressortait du photomontage et ainsi qu'il avait été constaté lors de l'inspection locale du 2 novembre 2011. Cependant, cette variante, dite de Bramois, même si elle s'approchait un peu plus du périmètre de protection de la vallée de la Borgne, présentait en revanche le grand avantage d'éviter le bas du coteau de Bramois occupé par le vignoble et d'éloigner la ligne du village. Le canton du Valais n'a pas émis d'objection concernant une éventuelle atteinte paysagère à la vallée de la Borgne. Par ailleurs, l'OFEN a assorti la décision d'approbation de charges relatives à l'impact visuel (ch. 8.27 de la décision du 30 juin 2010). La nouvelle ligne impliquera au demeurant la disparition de la ligne 65 kV existante à cet endroit, ce qui réduira l'impact paysager. Dans la pesée des intérêts, le Tribunal administratif fédéral a également tenu compte du fait que le projet litigieux comprendra aussi la mise sur support commun de deux lignes 220 kV et au total la suppression de près de 58 km de ligne à haute tension et de 190 pylônes, y compris dans ce secteur. Les recourants ne discutent pas cette pesée des intérêts, qui échappe à la critique.
10.4 Il résulte de ce qui précède que l'arrêt entrepris a correctement appliqué les dispositions relevant de la protection de la nature et du paysage en considérant que l'atteinte au paysage occasionnée par la ligne projetée aux sites du Bois de Finges et de la vallée de la Borgne répondait aux exigences de la LPN. Les considérations des recourants relatives à l'étude des variantes et à la mise en câble de la ligne pour ces tronçons seront examinées aux consid. 11 et 12 ci-après.
11. Concernant le tracé général de la ligne, les recourants rappellent que la variante "bleue" avait été préavisée défavorablement par l'OFEV, qui la considérait comme la plus mauvaise du point de vue de la protection de l'environnement. Ils contestent l'assertion du Tribunal administratif fédéral, selon laquelle le tracé aurait été profondément remanié. Le tracé n'aurait en effet pratiquement pas été modifié mais maintenu dans sa presque intégralité, seules des améliorations ponctuelles ayant été apportées. En réalité, le démontage de la ligne à 220 kV avait occulté la question du tracé, qui n'avait plus été discutée.
Le Tribunal administratif fédéral a relevé que le projet de 2002 se distinguait essentiellement de celui de 1996 sur deux points. D'abord, il tenait compte, par une série d'améliorations ponctuelles, des remarques et des réactions enregistrées lors de la mise à l'enquête de 1997. Ensuite et surtout, il permettait le démontage de la ligne actuelle 220 kV Chamoson-Chippis, ce qui impliquait de placer sur la ligne 380 kV un terne supplémentaire de capacité au moins équivalente à la somme des deux ternes de la ligne supprimée. La nouvelle ligne projetée devenait donc une ligne à trois ternes en remplacement d'une ligne à deux ternes. Il s'agissait là, incontestablement, d'une compensation environnementale beaucoup plus significative que la seule restructuration du réseau 65 kV initialement prévue entre Bramois et Sierre. Le choix de la variante retenue faisait par ailleurs l'objet d'une analyse dans le RIE 2002, qui rappelait les conclusions du premier RIE, puis expliquait quelles modifications du tracé avaient résulté de l'enquête préliminaire de 1992 et, enfin, quelles modifications du tracé avaient été rendues nécessaires au vu du RIE 1996. Il ressort au demeurant de la décision d'approbation que l'OFEV avait préavisé favorablement le projet devant l'ESTI, estimant en particulier que, depuis la dernière mise à l'enquête, Alpiq avait considérablement amélioré le projet (décision d'approbation p. 72). Dans ses déterminations du 11 février 2013 devant le Tribunal fédéral, l'OFEV n'a formulé aucune objection quant au tracé choisi, précisant qu'il s'était attaché à faire améliorer le plus possible le projet du point de vue environnemental. Enfin, le canton du Valais a délivré un préavis favorable à la construction de la nouvelle ligne, sans remettre en cause le choix du tracé (décision d'approbation p. 74 s.; arrêt attaqué consid. 13.1.6).
Par conséquent, comme devant le Tribunal administratif fédéral, le grief des recourants selon lequel le tracé de la ligne est critiquable en tant qu'il reprendrait celui qui avait mis à l'enquête publique le 30 janvier 1997, sans tenir compte les objections alors élevées par l'OFEV, est mal fondé et doit être rejeté.
12. Il convient enfin d'examiner la conclusion des recourants tendant à la mise en câble totale ou partielle de la ligne.
La commune du Salins et consorts estiment que la ligne à haute tension peut être enfouie le long du Rhône, de Chamoson à Chippis, en suivant le tracé qui avait été retenu pour le gazoduc. Seule une variante câblée permettrait de respecter la législation sur la protection de la nature et de la forêt. Un enfouissement éviterait aussi les dégâts occasionnés à la ligne par les incendies de forêt et les ouragans.
Selon la Fondation R._, il a été démontré dans la réalisation du tronçon Mendrisio-Santa Margherita au Tessin, sur une distance de 9 km, que la variante câblée avait énormément d'avantages, parce qu'elle évitait les procédures de recours, était plus rapide et permettait des économies d'énergie de l'ordre de 30 %, sans parler des avantages sous l'angle de la santé publique et de la protection du paysage. Au vu de l'évolution de la technique, il serait tout à fait envisageable, pour le projet Chamoson-Chippis, d'enfouir la ligne dans la plaine du Rhône. Le câblage devrait en particulier intervenir là où la densité de la population est la plus forte, c'est-à-dire entre les villages d'Aproz et de Bramois, pour la traversée de la ville de Sion
Quant à la Bourgeoisie de Sion et la Fondation S._, elles allèguent que la décision du Tribunal administratif fédéral laisse apparaître les lacunes du dossier, lacunes qui ont été relevées par toutes les instances administratives. Le Tribunal administratif fédéral n'était dès lors pas en mesure de procéder à une pesée des intérêts, comme il s'y est néanmoins risqué; il ne pouvait en particulier faire l'économie d'une étude concrète et complète de variante câblée.
12.1 Comme mentionné au consid. 10.1 ci-dessus, l'approbation des plans pour une ligne à haute tension présuppose une pesée de tous les intérêts privés et publics en présence. Dans ce cadre, il y a aussi lieu d'examiner s'il existe des alternatives qui permettent une meilleure préservation du paysage. La conformité à la loi de la demande d'approbation ne peut donc pas être examinée de façon isolée, mais uniquement au vu des alternatives existantes. Comptent au nombre de celles-ci non seulement les variantes du tracé de la ligne, mais également sa mise en terre dans des installations de câblage spécifiques (<ref-ruling> consid. 4 p. 274 ss).
Le Tribunal fédéral a longtemps posé des exigences élevées pour admettre une mise en câble en raison de la présence d'un site digne de protection. Dans ce domaine, la jurisprudence a cependant évolué récemment puisqu'il a été retenu que les installations mises en câble étaient devenues, grâce aux progrès techniques, plus performantes, plus fiables et moins coûteuses. Dès lors, la mise en câble ne devrait plus être limitée à des cas strictement exceptionnels, mais devrait aussi pouvoir entrer en ligne de compte dans le cas de paysages d'importance simplement régionale ou locale. La question de savoir si une mise en câble est requise pour protéger un objet paysager selon l'art. 3 LPN doit faire l'objet d'un examen dans chaque cas d'espèce, sur la base d'une pesée globale des intérêts en jeu (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 276 s.; arrêt 1C_560/2010 du 14 juillet 2011 consid. 8.1). Dans le cas Riniken, le Tribunal fédéral a ainsi estimé, dans une pesée globale des intérêts comprenant les coûts d'investissement, les coûts d'exploitation et les coûts des pertes de courant, qu'une mise en câble d'un tronçon de 1 km était proportionnée pour conserver un paysage d'importance non pas nationale, mais de moyenne importance, dans un territoire facilement accessible, sans difficulté topographique et géologique particulière (<ref-ruling>).
12.2 Dans le cas particulier, le Tribunal administratif fédéral s'est tout d'abord interrogé sur la faisabilité et l'opportunité d'une mise en câble intégrale de la ligne Chamoson-Chippis au vu des moyens de preuve à disposition et des déterminations des parties en cours de procédure, pour arriver à la conclusion que cette solution n'était pas opportune.
Il ressort en effet du dossier qu'une mise en câble intégrale, qui concernerait les 27,5 km du projet de nouvelle ligne, est clairement rejetée par le rapport "Infrastructures de transport d'énergie électrique à haute tension dans le canton du Valais - Ligne à haute tension Chamoson - Chippis" publiée le 14 avril 2011 et réalisée par le collège d'experts Brakelman, Fröhlich et Püttgen sur mandat du Conseil d'Etat du canton du Valais (ci-après: le rapport Brakelman/Fröhlich/Püttgen 2011). Cette étude relève certes que certains progrès ont eu lieu quant aux technologies des systèmes de câbles enfouis depuis une vingtaine d'années. Ainsi, il est aujourd'hui possible de livrer des câbles à 380 kV par sections de 1000 m au lieu de 700 à 800 m précédemment, ce qui diminue le nombre de jointures requises entre segments de câbles. De plus, les jointures entre sections de câble sont actuellement préfabriquées en usine, ce qui en diminue les coûts et en augmente la fiabilité. Cependant, les procédures de refermeture automatique des relais à la suite d'un défaut sur une ligne, telles que pratiquées sur des lignes aériennes, ne sont pas possibles pour des systèmes de câbles enfouis, ce qui en complique sensiblement la mise en oeuvre au niveau du fonctionnement du réseau. En outre, des problèmes de résonance entre le réseau des CFF et les locomotives peuvent être causés par les câbles enfouis à cause de leur fort effet capacitif puisque les lignes CFF sont alimentées à 16 2/3 Hz en Suisse. Or, ce phénomène est particulièrement sensible en ajoutant de grandes longueurs de câbles enfouis, dépassant quelques kilomètres. Par conséquent, le rapport Brakelman/Fröhlich/Püttgen 2011 conclut qu'il subsiste des difficultés opérationnelles liées au fait qu'une mise en câble intégrale impliquerait la construction spécifique d'une ligne aérienne pour les seuls besoins des CFF, de sorte que cette solution n'est finalement pas recommandée. Par ailleurs, en tant qu'autorité spécialisée dans les installations électriques, l'ESTI a, dans sa prise de position du 10 juin 2011, expressément validé le raisonnement des experts dans le rapport Brakelman/Fröhlich/Püttgen 2011 et déclaré partager leur avis selon lequel un câblage intégral n'était pas opportun malgré sa faisabilité technique. De son côté, l'OFEV a salué les recommandations générales du rapport, dans ses déterminations du 20 juin 2011, et n'a pas remis en cause l'appréciation des experts selon laquelle une mise en câble sur une distance supérieure à 10 km était déconseillée en raison de ces problèmes d'ordre opérationnel.
Au vu de ces éléments, la pesée des intérêts du Tribunal administratif fédéral échappe à la critique en tant qu'elle retient qu'une mise en câble intégrale de la ligne n'est pas judicieuse. Selon les experts Brakelman, Fröhlich et Püttgen - les deux premiers sont à l'origine des constatations de fait ayant provoqué l'évolution précitée de la jurisprudence - une variante câblée intégrale doit en effet être écartée en raison des difficultés techniques et opérationnelles qu'elle entraînerait avec la ligne CFF 132 kV qu'il est prévu de mettre sur support commun entre Chamoson et Saint-Léonard. Comme le souligne pertinemment l'arrêt entrepris, la nécessité et l'urgence de la construction de cette nouvelle ligne, qui pèsent dans la balance des intérêts en faveur de sa réalisation rapide et donc contre l'établissement d'un projet de variante câblée intégrale, vont dans le même sens mais n'apparaissent dès lors pas déterminants à eux seuls.
12.3 Le Tribunal administratif fédéral a également examiné si une mise en câble partielle pouvait être envisagée. Sur la base des conclusions des recourants, il a étudié l'opportunité d'une mise en terre d'environ 10 km dans la vallée du Rhône (pylônes 120-143) ainsi que de mises en câble partielles sur de plus courts tronçons.
12.3.1 Une mise en terre partielle d'environ 10 km dans le fond de la vallée au sud du Rhône, soit d'Aproz à un peu plus loin que St-Léonard, permettrait d'éviter le passage de la ligne en hauteur, c'est-à-dire sur les coteaux et les forêts de Salins, des Agettes et de Vex. Dans sa prise de position du 20 juin 2011, l'OFEV a estimé le surcoût d'une telle variante câblée entre fr. 60 et 195 mio et l'a considéré comme disproportionné sous l'angle de l'ORNI vu le faible nombre de LUS concernés. Par ailleurs, l'OFEV ayant rappelé que le projet de ligne tel qu'approuvé ne traversait pas de paysage protégé ni au niveau cantonal ni au niveau fédéral (excepté le pylône 171), le Tribunal administratif fédéral ne voyait pas quel motif prépondérant relevant de la protection de la nature et du paysage ou de l'environnement pourrait permettre de faire prévaloir la variante câblée sur le tracé aérien entre les pylônes 120 et 143. Les coteaux n'étaient en effet pas protégés en tant que tels et ils étaient d'ailleurs déjà survolés en bonne partie par la ligne 220 kV existante. La nouvelle ligne 380 kV sera certes perceptible, voire très perceptible pour certaines portées situées entre les pylônes 120 et 143, mais il ne fallait pas oublier que la ligne 220 kV actuelle sera supprimée en contrepartie, ce qui limitera d'autant l'impact paysager du projet. Le Tribunal administratif fédéral rappelle qu'au total le projet permettra la suppression de 53 km de lignes électriques existantes, ce qui représente un avantage notable dans la pesée des intérêts. Il estime par conséquent qu'une variante de mise en câble partielle d'environ 10 km entre les pylônes 120 et 143 peut d'emblée être écartée sans qu'il soit besoin d'ordonner la préparation d'un projet concret destiné à en évaluer très précisément les effets sur les autres domaines environnementaux tels que la protection des forêts et des eaux souterraines. Cela ne serait en effet pas susceptible de conduire à un résultat différent dans la pesée globale des intérêts.
12.3.2 Le Tribunal administratif fédéral est également arrivé à la conclusion qu'une mise en câble sur de courts tronçons, par exemple d'environ 1 km, devait être écartée au vu d'un examen des intérêts en présence. De telles mises en terre courtes apparaissaient certes techniquement possibles, mais l'OFEV relevait qu'elles nécessitaient des investissements plus importants pour les installations aéro-souterraines et présentaient un avantage économique plus faible lié aux pertes de courant moindres. L'OFEV a néanmoins grossièrement évalué le surcoût d'une variante prévoyant deux courts enterrements de ligne à un montant situé entre fr. 17 et 42 mio au vu du rapport Brakelman/Fröhlich/Püttgen 2011 et compte tenu des principes développés dans l'arrêt Riniken. Quand bien même il ne s'agit que de calculs grossiers, le Tribunal administratif fédéral a considéré que cette somme apparaissait clairement disproportionnée tant sous l'angle de la protection de l'environnement que sous celui de la protection de la nature et du paysage. Il n'était donc pas nécessaire d'ordonner la préparation d'un projet concret de variante avec des mises en terre courtes, ni d'en évaluer les effets sur les autres domaines environnementaux. A cet égard, l'arrêt attaqué remarque avec pertinence qu'il est d'ailleurs probable que la construction de stations aéro-souterraines nécessiterait des défrichements importants et générerait des complications au niveau de la protection des eaux. La préparation d'un tel projet, outre qu'elle prendrait du temps et rendrait donc plus difficile la mise en service rapide de la nouvelle ligne qui est importante pour l'approvisionnement énergétique du pays, ne permettrait de toute manière pas d'aboutir à une appréciation différente. Ainsi, il ne se justifiait pas d'examiner plus en détail la question de l'empreinte dans le sol des stations aéro-souterraines qui seraient nécessaires en cas de mises en terre courtes.
12.3.3 Les recourants ne contestent aucun élément susmentionné, ni d'ailleurs ne critiquent concrètement leur appréciation par le Tribunal administratif fédéral. Quoi qu'il en soit, la pesée des intérêts effectuée, qui tient correctement compte des domaines environnementaux spécifiques - en particulier de la préservation du paysage invoquée à plusieurs reprises par les recourants -, de la faisabilité technique et des coûts, laisse apparaître une mise en câble partielle comme manifestement disproportionnée dans le cas d'espèce.
12.4 Il résulte de ce qui précède que la pondération des intérêts fait pencher, dans le cas particulier, en faveur d'une ligne aérienne. Comme le relèvent à juste titre les recourants, aucun projet concret de câblage, total ou partiel, ne figure au dossier. Or, de telles variantes auraient dû effectivement être étudiées au stade de la procédure d'approbation des plans, parallèlement aux autres variantes de tracé envisageables (cf. arrêt 1C_172/2011 du 15 novembre 2011 consid. 2.4). En l'espèce, il peut toutefois exceptionnellement être admis que le Tribunal administratif fédéral soit entré en matière sur le fond, sans renvoyer le dossier à l'OFEN pour instruire la question de la mise en terre, au vu de la nécessité et de l'urgence de la construction de la nouvelle ligne et du fait que les juges administratifs ont procédé à un examen approfondi des possibilités de variantes câblées en s'appuyant sur des expertises émanant de spécialistes reconnus ainsi que sur les avis des autorités compétentes, desquels il ressort sans équivoque qu'un câblage - total ou partiel - de la ligne contestée n'est pas opportun.
13. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet des recours.
Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Conformément à l'art. 66 al. 4 LTF, la commune de Salins n'est pas assujettie aux frais judiciaires. Des frais réduits sont mis à la charge de la Fondation R._, compte tenu de sa situation financière.
En vertu de l'art. 68 al. 2 LTF, les recourants verseront à l'intimée une indemnité à titre de dépens, solidairement entre eux (cf. art. 68 al. 4 en relation avec l'art. 66 al. 5 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 1C_487/2012, 1C_489/2012 et 1C_493/2012 sont jointes.
2. Les recours sont rejetés.
3. 3.1 Des frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants A._ et consorts, solidairement entre eux (1C_487/2012).
3.2 Des frais judiciaires réduits, fixés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la Fondation R._ (1C_489/2012).
3.3 Des frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la Bourgeoisie de Sion et de la Fondation S._, solidairement entre elles (1C_493/2012).
4. 4.1 La commune de Salins et consorts verseront à l'intimée, à titre de dépens, une indemnité de 3'000 fr., solidairement entre eux (1C_487/2012).
4.2 La Fondation R._ versera à l'intimée, à titre de dépens, une indemnité de 3'000 fr. (1C_489/2012).
4.3 La Bourgeoisie de Sion et de la Fondation S._ verseront à l'intimée, à titre de dépens, une indemnité de 3'000 fr., solidairement entre elles (1C_493/2012).
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour I, et à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.
Lausanne, le 13 mai 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Mabillard