Faits:
A. La Division affaires pénales et enquêtes de l'Administration fédérale des contributions (AFC) mène, depuis le 20 avril 2009, une enquête fiscale contre E._, A._ et la société F._. Ceux-ci sont soupçonnés d'avoir mis en place des mécanismes destinés à échapper à l'imposition des bénéfices de diverses sociétés ainsi que des revenus y relatifs. Des perquisitions ont été effectuées le 7 mai 2009 au domicile de A._, à Gland, dans les bureaux de B._ et de G._, à Nyon, ainsi qu'auprès de C._ à Grimentz. De nombreux documents ont été saisis et mis sous scellés. Le 8 mai 2009, des documents relatifs à l'année en cours ont été restitués à leurs détenteurs. Ceux-ci ont autorisé la levée des scellés pour certains documents, le 15 juin 2009.
Le 2 juillet 2009, l'AFC a adressé à la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral une demande de levée des scellés. L'enquête visait un groupe comprenant plus de quarante sociétés actives dans le secteur immobilier, détenues directement ou non par E._. De 2004 à 2007, ce dernier n'avait pas déclaré les bénéfices des opérations réalisées par ses sociétés (des ventes de parcelles et de lotissements), des commissions de courtage et divers autres avantages, soit plusieurs dizaines de millions de francs. Les documents saisis, limités aux années 2003 à 2008, se rapportaient aux sociétés rattachées aux inculpés, selon un organigramme confirmé en grande partie par les intéressés.
Par arrêt du 9 novembre 2009, la Cour des plaintes a partiellement admis la demande, après avoir limité la qualité de partie aux seuls opposants. Les soupçons de l'AFC étaient exposés avec suffisamment de détails, l'enquête en étant à ses débuts. Les perquisitions apparaissaient proportionnées quant aux locaux et aux documents visés. L'AFC était autorisée à lever les scellés sur les documents relatifs aux sociétés dans lesquelles les inculpés étaient impliqués en tant qu'administrateurs, actionnaires et/ou ayant droit, voire réviseurs, ou aux sociétés présentant d'autres liens avec les opérations suspectes, soit une trentaine de sociétés mentionnées au consid. 4.2.2. de l'arrêt. Aucun secret professionnel n'ayant été invoqué, l'autorité requérante pouvait procéder elle-même à l'ouverture et au tri des documents. Les autres documents, concernant des sociétés sans lien démontré avec l'enquête, devaient être restitués aux opposants.
B. L'AFC forme un recours en matière pénale contre cet arrêt (cause 1B_354/2009). Elle demande l'effet suspensif, afin de n'avoir pas à restituer les documents jusqu'à droit jugé, et conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour des plaintes et au renvoi de la cause à cette autorité afin qu'elle autorise la levée des scellés sur tous les documents saisis.
A._, B._ et C._, ainsi que D._ forment eux aussi un recours en matière pénale (cause 1B_366/2009) assorti d'une demande d'effet suspensif tendant à surseoir jusqu'à droit jugé à l'ouverture des documents. Elles demandent la réforme de l'arrêt de la Cour des plaintes en ce sens que la demande de levée des scellés est rejetée en tant qu'elle porte sur les documents concernant sept sociétés déterminées, ainsi que trois séries de documents. Subsidiairement, elles demandent le renvoi de la cause à la Cour des plaintes pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. Chaque partie conclut au rejet du recours formé par sa partie adverse.
Les demandes d'effet suspensif ont été admises par ordonnances du 18 janvier 2010.

Considérant en droit:
1. Les deux recours sont dirigés contre une même décision. Ils peuvent être joints afin qu'il soit statué par un seul arrêt.
2. Les recours sont interjetés en temps utile contre un arrêt de la Cour des plaintes portant sur des mesures de contraintes au sens de l'<ref-law>.
2.1 L'AFC a participé à la procédure devant l'autorité précédente (<ref-law>); en tant qu'autorité chargée de la répression d'infractions de droit pénal administratif, elle dispose d'un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de l'arrêt attaqué, de la même manière que le ministère public dans le cadre d'une enquête pénale (<ref-law>; cf. arrêt 1B_288/2007 du 30 septembre 2008.
En tant que possesseurs des documents saisis, les autres recourants ont eux aussi un intérêt évident à la restitution de ces documents.
2.2 L'arrêt attaqué est de caractère incident, puisqu'il ne met pas fin à la procédure. Il est susceptible de causer un préjudice irréparable, au sens de l'<ref-law>, à l'administration qui pourrait se voir définitivement privée de certains moyens de preuve.
En revanche, les décisions relatives à l'administration des preuves, en particulier les saisies de documents, ne causent en principe pas de préjudice irréparable à la personne poursuivie, car celle-ci peut toujours remettre en cause la légalité ou la pertinence d'un moyen de preuve dans le cours ultérieur de la procédure (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 4 p. 141 et les références). Il est certes fait exception à cette règle lorsqu'est en jeu la sauvegarde de secrets professionnels. En l'occurrence, les recourants ne se prévalent d'aucun secret juridiquement protégé à l'<ref-law>, applicable au cas d'espèce. La question de l'existence d'un préjudice irréparable peut toutefois demeurer indécise, car, pour autant qu'il est recevable, le recours de A._ et consorts apparaît manifestement mal fondé (cf. consid. 4 ci-dessous).
2.3 La procédure judiciaire de levée des scellés ne saurait être assimilée à une procédure sur mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law>. Les recourants ne sont donc pas limités dans leurs griefs, qui peuvent se rapporter au droit fédéral ou constitutionnel (<ref-law>). Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), et ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
3. Dans son recours, l'AFC estime que la Cour des plaintes se serait méprise sur le sens et la portée de la procédure d'opposition selon l'<ref-law>. En cas de soupçons fondés, l'autorité investigatrice n'aurait pas à démontrer l'utilité, pour l'enquête, de chaque document saisi: une utilité potentielle serait suffisante. Au stade de la perquisition et de la mise sous scellés, un tel examen de détail serait pratiquement impossible; il devrait avoir lieu par la suite de la procédure d'opposition, lors du triage des documents. Dès lors que la Cour des plaintes a admis "l'importance présumée" de certains documents, elle devait le faire pour l'ensemble de la documentation qui se trouvait dans les locaux perquisitionnés, puisque ces derniers doivent être considérés comme ceux des inculpés. L'AFC relève que les contours du "groupe E._" sont encore flous, ce qui justifierait un examen détaillé de l'ensemble des sociétés.
3.1 Les enquêtes menées par l'AFC à propos d'infractions fiscales graves, au sens de l'art. 190 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct (LIFD, RS 642.11), sont soumises aux dispositions générales de procédure des art. 19 à 50 de la loi fédérale sur le droit pénal administratif (DPA, RS 313.0). Selon l'<ref-law>, une perquisition peut être opérée dans des logements et autres locaux s'il est probable notamment qu'il s'y trouve des objets ou valeurs soumis au séquestre ou des traces de l'infraction. L'<ref-law>, relatif à la perquisition visant des documents, précise que celle-ci doit être opérée avec les plus grands égards pour les secrets privés; les papiers ne seront examinés que "s'ils contiennent apparemment des écrits importants pour l'enquête" (al. 1). Les secrets de fonction et secrets professionnels des ecclésiastiques, avocats, notaires, médecins, pharmaciens, sages-femmes et de leurs auxiliaires doivent être sauvegardés (al. 2). En cas d'opposition du détenteur, les papiers sont mis sous scellés et mis en lieu sûr, avant que la Cour des plaintes ne statue sur l'admissibilité de la perquisition (al. 3).
3.2 Saisie d'une demande de levée de scellés, la Cour des plaintes doit donc examiner d'une part s'il existe des soupçons suffisants de l'existence d'une infraction et d'autre part si les documents présentent "apparemment" une pertinence pour l'instruction en cours. Cette question ne peut être résolue dans le détail, puisque le contenu même des documents mis sous scellés n'est pas encore connu. L'autorité de levée des scellés doit s'en tenir, à ce stade, au principe de l'"utilité potentielle". Ce n'est qu'en présence d'un secret professionnel avéré, au sens de l'<ref-law>, que l'autorité de levée des scellés procède elle-même à un premier tri des documents, afin d'écarter ceux qui sont sans utilité pour l'enquête; elle élimine ensuite les pièces couvertes par le secret professionnel et prend ensuite les mesures nécessaires pour préserver, sur les documents remis aux enquêteurs, la confidentialité des tiers (<ref-ruling> concernant la saisie de données chez un avocat).
3.3 En l'occurrence, la demande de levée des scellés présentée à la Cour des plaintes expose que l'enquête est dirigée contre E._, sa collaboratrice A._ ainsi que la société F._. E._ serait à la tête d'un groupe comprenant plus de quarante sociétés actives dans le domaine immobilier, détenues par quatre sociétés holding manifestement contrôlées par E._. L'AFC produisait un "organigramme supposé", au 31 décembre 2007. Durant les années 2004 à 2007, E._ avait été taxé d'office sur la base de revenus allant de 34'000 fr. à 100'000 fr. Or, il était apparu que les sociétés de son groupe avaient dégagé des résultats qui n'avait été taxés à aucun titre. L'AFC mentionne notamment plusieurs transactions: une rétrocession d'une promesse de vente d'une parcelle à Morges, l'achat et la revente avec plus-value d'une parcelle en Valais et la vente par F._ d'un complexe de lotissements, entre 2004 et 2008, qui aurait pu rapporter entre 20 et 30 millions de francs. Une des sociétés du groupe aurait omis de comptabiliser une commission de courtage de 130'000 fr. L'AFC relevait en outre que les bénéfices réalisés avaient certainement été distribués, et que divers avantages avaient été accordés, sans que cela n'ait fait l'objet d'une déclaration de revenus. A._ et F._ (pour l'année 2007) s'étaient également fait taxer d'office, sur une base manifestement erronée. L'AFC considérait qu'à défaut de collaboration des contribuables et en l'absence de toute déclaration fiscale de la part des principales entités du groupe, la perquisition, limitée aux sociétés en relation avec les inculpés et à une période allant de 2003 à 2008, apparaissait proportionnée. La grande majorité des documents avait été saisie dans les locaux de Nyon, soit là où les sociétés du groupe étaient administrées. Il était enfin possible que des liens puissent être trouvés avec des sociétés qui ne figuraient pas sur l'organigramme mais qui avaient pu intervenir dans certaines transactions déterminantes.
3.4 Sur le vu de cet exposé, la Cour des plaintes a retenu, à juste titre, que les soupçons allégués par l'AFC étaient suffisants. Compte tenu des personnes visées, le lieu des perquisitions, soit les locaux de la fiduciaire chargée de l'administration de l'ensemble des sociétés du groupe ainsi que le domicile personnel d'une inculpée, paraissait approprié, de même que la limitation dans le temps des documents recherchés. Cela a également été constaté par la Cour des plaintes, dans son examen en relation avec le principe de la proportionnalité.
Ces considérations suffisent pour admettre, à ce stade de la procédure, que la perquisition était en soi admissible au sens de l'<ref-law>. Ayant reconnu l'utilité à tout le moins potentielle des documents se trouvant dans les locaux concernés, la Cour des plaintes n'avait pas à se livrer à un examen de détail de l'ensemble des pièces saisies. Dans sa requête, l'AFC relevait déjà que certains documents concernant des sociétés ne figurant pas dans l'organigramme pouvaient néanmoins se révéler utiles à l'enquête, certaines entités pouvant être intervenues en tant qu'écrans. Par ailleurs, les opérations mentionnées par l'AFC comme ayant échappé à toute imposition, ne constituent que des exemples, et on comprend aisément que l'autorité s'intéresse à l'ensemble des affaires menées par E._ et ses comparses. Dans un contexte de soustractions d'impôt systématiques et généralisées, l'autorité d'enquête pouvait légitimement vouloir vérifier que l'ensemble des documents saisis dans les locaux des inculpés ne font pas état d'opérations suspectes qu'elle ne connaît pas encore. Le fait que certaines sociétés n'ont pas de lien apparent avec les inculpés et ne figurent pas dans l'organigramme provisoire dressé par les enquêteurs, ne saurait donc justifier un refus de lever les scellés.
3.5 Au moment de la mise sous scellé d'une grande quantité de documents, il n'est évidemment pas possible pour l'autorité d'instruction d'examiner chacun d'entre eux sur les lieux de la perquisition, et de se déterminer immédiatement dans le détail sur leur pertinence. Dans la mesure où aucun secret professionnel n'a été invoqué au sens de l'<ref-law>, la Cour des plaintes n'avait pas non plus à se livrer à un tel tri; celui-ci doit avoir lieu dans une phase ultérieure, après que l'autorité d'enquête aura pris connaissance du contenu de l'ensemble des documents.
3.6 Le recours de l'AFC doit par conséquent être admis et la levée des scellés devra être intégralement accordée.
4. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours formé par A._ et consorts.
4.1 Comme cela est relevé ci-dessus, la demande de levée des scellés faisait état de soupçons suffisants, et explique en quoi il est nécessaire d'étendre les recherches à d'autres entités que celles qui figurent dans l'organigramme du groupe.
4.2 Les recourants reprochent également en vain à l'AFC de s'être livrée à une "fishing expedition". Compte tenu des spécificités de la cause, l'absence de tri au moment de la perquisition et la saisie de documents sans rapport apparent avec le groupe E._ apparaissent admissibles. L'argumentation de détail des recourants apparaît ainsi prématurée, et pourra être soulevée ultérieurement, au moment du tri.
5. Le recours de l'AFC est par conséquent admis et la cause est renvoyée à la Cour des plaintes afin qu'elle ordonne la levée des scellés sur l'ensemble de la documentation saisie lors des perquisitions. La Cour des plaintes devra également statuer à nouveau sur les frais et dépens de l'instance précédente. Le recours de A._ et consorts est rejeté. Conformément à l'<ref-law>, les frais judiciaires, fixés de manière globale pour les deux procédures, sont mis à la charge de A._ et consorts. Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours 1B_354/2009 est admis; l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la Cour des plaintes pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Le recours 1B_366/2009 est rejeté, en tant qu'il est recevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de A._ et consorts. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Ire Cour des plaintes.
Lausanne, le 2 mars 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz