Faits:
A. X._ SA est une société principalement active dans le courtage des produits textiles et inscrite au Registre du commerce de A._ depuis le 17 mars 1999. Y._ en est l'actionnaire unique.
B. B.a Le 31 mars 2010, X._ SA a requis le séquestre des avoirs bancaires de Y._ auprès de la banque B._ à Genève, à concurrence d'un montant de 170'946 fr. 93 en capital. À l'appui de ses prétentions, elle invoque des dettes ordinaires de la société à hauteur de 9'030 fr. 80, à couvrir par l'actionnaire unique, ainsi qu'une dette d'impôt anticipé - calculée sur les fonds propres de la société après déduction du capital-actions - s'élevant à 161'916 fr. 13. S'agissant de ce dernier montant, X._ SA précise que, au fil des exercices, Y._ a emprunté tous les bénéfices réalisés, sous forme de compte courant, de sorte que ces prélèvements allaient être considérés par les autorités fiscales comme des paiements de dividendes soumis à l'impôt anticipé.
B.b Par ordonnance du 1er avril 2010, notifiée le 7 avril 2010, la Présidente du Tribunal de première instance du canton de Genève a rejeté le séquestre pour le montant qui excède la somme de 105'946 fr. 93.
C. Par acte du 4 mai 2010, X._ SA a saisi le Tribunal fédéral d'un recours en matière civile, concluant à la réforme de cette ordonnance en ce sens que le séquestre est ordonné à concurrence de 170'946 fr. 93. Il invoque la violation de l'art. 9 Cst. dans la détermination des faits pertinents.
Le dépôt d'une réponse n'a pas été requis.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1).
1.1 La décision rejetant partiellement une requête de séquestre est une décision finale au sens de l'art. 90 LTF, dans la mesure où elle met fin à l'instance d'un point de vue procédural. Le recours en matière civile est donc ouvert, en vertu de l'art. 72 al. 2 let. a LTF (<ref-ruling> consid. 1; arrêt 5A_317/2009 du 20 août 2009 consid. 1.1).
1.2 Le droit de procédure genevois ne prévoyant aucune voie de recours contre la décision de la Présidente du Tribunal de première instance, le présent recours est recevable au regard de l'art. 75 al. 1 LTF, même si l'ordonnance entreprise n'a pas été rendue par un tribunal supérieur (art. 130 al. 2 LTF; art. 22 al. 1 et 23 de la loi d'application dans le canton de Genève de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite du 16 mars 1912 [LaLP, RSG E 3 60]; arrêt 5P.334/2006 du 4 septembre 2006 consid. 1).
1.3 Créancière séquestrante, la recourante a la qualité pour recourir dès lors qu'elle a succombé dans ses conclusions devant l'instance inférieure (art. 76 al. 1 LTF). La valeur litigieuse atteint en outre le seuil de 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). Déposé dans le délai (art. 100 al. 1) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, le recours est donc recevable.
2. La décision rejetant partiellement le séquestre constitue une décision de mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF (<ref-ruling> consid. 1). Seule peut par conséquent être invoquée la violation des droits constitutionnels, grief que le Tribunal fédéral n'examine que s'il a été invoqué et motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), conformément au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione). Le recourant doit donc indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 6).
3. La recourante invoque une violation de l'art. 9 Cst. consistant en une inadvertance manifeste de l'autorité inférieure dans le calcul du montant de la créance dont elle réclame le paiement à son unique actionnaire ainsi qu'en une méconnaissance évidente de la législation en matière d'impôt anticipé.
3.1 En l'espèce, la Présidente du Tribunal de première instance du canton de Genève a estimé que la recourante avait rendu vraisemblable l'existence des créances invoquées à l'appui de sa requête de séquestre. Elle a toutefois retenu que le montant de la créance énoncé était erroné, vu le calcul posé par la recourante. Procédant à un nouveau calcul, elle a appliqué le taux de 35 % à l'ensemble des fonds propres - capital social inclus - pour obtenir un montant de 196'916 fr. 14, auquel elle a ajouté les dettes de la société à hauteur de 9'030 fr. 80 et, enfin, a retranché à la somme ainsi obtenue le montant du capital-actions de 100'000 fr. pour arriver à une créance de 105'946 fr. 93.
3.2 La recourante estime que cette manière de calculer l'impôt anticipé est manifestement erronée dès lors que, selon la législation applicable en la matière, aucun impôt n'est prélevé sur le capital social. L'autorité cantonale aurait donc manifestement méconnu la teneur claire des dispositions de la loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA, RS 642.21), en particulier son art. 4. Dans sa requête de séquestre, la recourante proposait en effet de calculer le montant de l'impôt anticipé en se basant sur les fonds propres de la société après déduction du capital-actions.
3.3 À teneur de l'art. 4 al. 1 let. b LIA, l'impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers a pour objet les intérêts, rentes, participations aux bénéfices et tous autres rendements des actions, parts sociales sur des sociétés à responsabilité limitée, des sociétés coopératives, des bons de participation ou des bons de jouissance, émis par une personne domiciliée en Suisse. L'art. 20 al. 1 de l'ordonnance du 19 décembre 1966 sur l'impôt anticipé (OIA, RS 642.211) précise que toute prestation appréciable en argent faite par la société aux possesseurs de droits de participation, ou à des tiers les touchant de près, qui ne se présente pas comme remboursement des parts au capital social versé existant au moment où la prestation est effectuée, constitue un rendement imposable d'actions au sens de l'art. 4 al. 1 let. b LIA.
Sur la base d'un examen sommaire, on peut donc admettre que l'autorité cantonale a commis l'arbitraire au vu de ces dispositions légales lorsqu'elle a appliqué le taux d'imposition aux fonds propres de la société sans y avoir préalablement retranché le capital-actions ainsi que le réclamait la recourante.
4. Sur le vu de ce qui précède, il convient d'accueillir le recours, de réformer l'ordonnance attaquée et, dans la mesure où l'examen des conditions du séquestre auquel a procédé la Présidente du Tribunal de première instance du canton de Genève n'a pas été remis en cause, d'ordonner le séquestre à concurrence de 170'946 fr. 93.
5. Pour assurer pleinement son efficacité, le séquestre doit être exécuté à l'improviste; partant, il n'y a pas lieu d'inviter l'intimé à présenter ses observations, ce qui ne constitue pas une violation de son droit d'être entendu (<ref-ruling> consid. 2 et 3; arrêt 5P.334/2006 du 4 septembre 2006 consid. 3). En revanche, il ne saurait être assimilé à une partie qui «succombe» au sens des art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF. Cela étant, les dépens doivent être supportés par le canton de Genève (<ref-ruling> consid. 5; arrêt 5P.516/2006 du 25 juin 2007 consid. 4), à l'exception des frais de justice (art. 66 al. 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. 1.1 Le recours est admis et l'ordonnance attaquée est réformée en ce sens que le séquestre est ordonné au profit de la recourante à concurrence de 170'946 fr. 93 avec intérêts à 5 % l'an dès le 24 mars 2010.
1.2 L'ordonnance de séquestre adressée le 1er avril 2010 aux offices des poursuites de Genève est modifiée en ce sens que le montant de la créance est porté à 170'946 fr. 93.
1.3 Les offices des poursuites de Genève sont invités à exécuter le séquestre pour le nouveau montant de la créance.
2. Il n'est pas perçu de frais de justice.
3. Le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de 1'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, à la Présidente du Tribunal de première instance du canton de Genève et aux offices des poursuites de Genève.
Lausanne, le 8 juin 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Richard