Sachverhalt:
A. Der 1949 geborene D._ war als Bildhauer der B._ AG, bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Berufskrankheiten versichert, als er am 6. September 2001 seine Atemprobleme der SUVA melden liess. Nach medizinischen Abklärungen erklärte die Anstalt den Versicherten mit Verfügung vom 21. September 2004 rückwirkend per 1. Januar 2002 für nicht geeignet für alle Arbeiten mit Exposition zu Quarz- und Halbmetallstaub. Die SUVA erbrachte zudem für die Zeit vom 1. Mai 2002 bis 30. April 2006 eine Übergangsentschädigung. Für die verbliebenen Restfolgen der Berufskrankheit sprach sie mit unangefochten gebliebener Verfügung vom 16. Juni 2009 dem Versicherten ab 1. Mai 2006 eine Invalidenrente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 14 % und eine Entschädigung für eine Integritätseinbusse von 5 % zu. Nachdem die IV-Stelle des Kantons Thurgau am 10. August 2009 einen Invaliditätsgrad des Versicherten von 47 % ab 1. Juli 2002 erkannt hatte, berechnete die SUVA mit Verfügung vom 11. Dezember 2009 und Einspracheentscheid vom 14. Juni 2010 den Übergangsentschädigungsanspruch für die Zeit vom 1. Mai 2002 bis 30. April 2006 neu: Diese Neuberechnung ergab einen Saldo zugunsten der Anstalt von Fr. 75'743.-. Die SUVA kündete gleichzeitig an, diesen Betrag mit der Nachzahlung der Invalidenversicherung und der laufenden Rente zu verrechnen.
B. Die von D._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 19. Januar 2011 gut und wies die Sache zur Prüfung einer Überentschädigung an die SUVA zurück.
C. Mit Beschwerde beantragt die SUVA, es sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides ihr Einspracheentscheid vom 14. Juni 2010 zu bestätigen.
Während D._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Das BGG unterscheidet in Art. 90 bis 93 zwischen End-, Teil- sowie Vor- und Zwischenentscheiden und schafft damit eine für alle Verfahren einheitliche Terminologie. Ein Endentscheid ist ein Entscheid, der das Verfahren prozessual abschliesst (<ref-law>), sei dies mit einem materiellen Entscheid oder Nichteintreten, z.B. mangels Zuständigkeit. Der Teilentscheid ist eine Variante des Endentscheids. Mit ihm wird über eines oder einige von mehreren Rechtsbegehren (objektive und subjektive Klagehäufung) abschliessend befunden. Es handelt sich dabei nicht um verschiedene materiellrechtliche Teilfragen eines Rechtsbegehrens, sondern um verschiedene Rechtsbegehren. Vor- und Zwischenentscheide sind alle Entscheide, die das Verfahren nicht abschliessen und daher weder End- noch Teilentscheid sind; sie können formell- und materiellrechtlicher Natur sein. Voraussetzung für die selbstständige Anfechtbarkeit materiellrechtlicher Zwischenentscheide ist gemäss <ref-law> zunächst, dass sie selbstständig eröffnet worden sind. Erforderlich ist sodann alternativ, dass der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gut zu machenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
1.2 Die SUVA fordert vom Versicherten die in der Zeit zwischen 1. Mai 2002 und 30. April 2006 bezogene Übergangsentschädigung teilweise zurück. Das kantonale Gericht hat erwogen, die SUVA habe zu Unrecht eine Neuberechnung des Anspruches vorgenommen, wies die Sache jedoch zur Prüfung einer Überentschädigung nach <ref-law> an die Anstalt zurück. Damit hat die Vorinstanz einen Zwischenentscheid im Sinne des BGG gefällt. Hat dieser vorinstanzliche Entscheid Bestand, so ist die Versicherung gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen. Diese könnte sie in der Folge nicht selber anfechten; da die Gegenpartei in der Regel kein Interesse haben wird, den allenfalls zu ihren Gunsten rechtswidrigen Endentscheid anzufechten, könnte der kantonale Vorentscheid nicht mehr korrigiert werden und würde zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil für die Verwaltung führen (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 483 ff.). Auf ihre Beschwerde ist demnach einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG). Bei den Übergangstaggeldern und der Übergangsentschädigung gemäss der Verordnung über die Verhütung von Unfällen und Berufskrankheiten vom 19. Dezember 1983 (VUV, SR 832.20) handelt es sich rechtsprechungsgemäss nicht um Versicherungsleistungen im engeren Sinn (<ref-ruling> E. 2c S. 204; RKUV 2006 Nr. U 589 S. 401, U 41/05 E. 5.1.5). Die Übergangstaggelder und die Übergangsentschädigung sind zwar den individuellen Unfall- bzw. Berufskrankheitsverhütungsmassnahmen zuzuordnen, gelten jedoch als Geldleistungen der Unfallversicherung im Sinne des BGG (vgl. RUDOLF URSPRUNG/PETRA FLEISCHANDERL, Die Kognition des Eidgenössischen Versicherungsgerichts nach dem Bundesgesetz über das Bundesgericht (BGG), in: Festschrift 100 Jahre Aargauischer Anwaltsverband, Zürich 2005, S. 415 ff., S. 424; UELI KIESER, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2009, N. 38 zu <ref-law>, S. 195).
3. Streitig ist, ob der Versicherte die für die Zeit zwischen 1. Mai 2002 und 30. April 2006 bezogene Übergangsentschädigung teilweise zurückzuerstatten hat. Zu prüfen ist, ob aufgrund des von der IV-Stelle anerkannten Invaliditätsgrades von 47 % eine Neuberechnung des Anspruches zu erfolgen hat, oder ob bloss der Betrag der IV-Rente in die Überentschädigungsrechnung nach <ref-law> aufzunehmen ist.
4. 4.1 Die SUVA kann gemäss Art. 78 der Verordnung über die Verhütung von Unfällen und Berufskrankheiten vom 19. Dezember 1983 (VUV; SR 832.30) durch Verfügung einen Arbeitnehmer, der den Vorschriften über die arbeitsmedizinische Vorsorge untersteht, von der gefährdenden Arbeit ausschliessen (Nichteignung) oder seine Beschäftigung bei dieser Arbeit unter bestimmten Bedingungen zulassen (bedingte Eignung). Der Arbeitgeber erhält eine Kopie der Verfügung. Ist der Arbeitnehmer imstande, die Arbeit ohne Bedingungen zu verrichten (Eignung), so teilt es die SUVA dem Arbeitnehmer und dem Arbeitgeber mit.
4.2 Der von einer Arbeit befristet oder dauernd ausgeschlossene Arbeitnehmer erhält nach <ref-law> vom Versicherer ein Übergangstaggeld, wenn er wegen des Ausschlusses für kurze Zeit in erhebliche erwerbliche Schwierigkeiten gerät, insbesondere wenn er seinen Arbeitsplatz unverzüglich verlassen muss und keinen Lohn mehr beanspruchen kann. Das Übergangstaggeld wird während höchstens vier Monaten entrichtet (<ref-law>).
4.3 Der Arbeitnehmer, der von einer Arbeit befristet oder dauernd ausgeschlossen oder nur als bedingt geeignet erklärt worden ist, erhält vom Versicherer eine Übergangsentschädigung, wenn er: durch die Verfügung trotz persönlicher Beratung, trotz Bezuges von Übergangstaggeld und trotz des ihm zumutbaren Einsatzes, den ökonomischen Nachteil auf dem Arbeitsmarkt wettzumachen, in seinem wirtschaftlichen Fortkommen erheblich beeinträchtigt bleibt (<ref-law>); in einem Zeitraum von zwei Jahren unmittelbar vor Erlass der Verfügung oder vor einem medizinisch notwendigen und tatsächlich vollzogenen Wechsel der Beschäftigung bei einem der Versicherung unterstellten Arbeitgeber mindestens 300 Tage lang die gefährdende Arbeit ausgeübt hat (<ref-law>); innert zweier Jahre, nachdem die Verfügung in Rechtskraft erwachsen oder ein Anspruch auf Übergangstaggeld erloschen ist, beim Versicherer jenes Arbeitgebers, bei dem er zur Zeit des Erlasses der Verfügung gearbeitet hat, ein entsprechendes Gesuch stellt (<ref-law>).
4.4 Die Übergangsentschädigung beträgt gemäss <ref-law> 80 Prozent der Lohneinbusse, die der Arbeitnehmer wegen des befristeten oder dauernden Ausschlusses von der ihn gefährdenden Arbeit oder infolge der Verfügung auf bedingte Eignung auf dem Arbeitsmarkt erleidet. Als Lohn gilt der versicherte Verdienst nach <ref-law>. Erhält ein Arbeitnehmer, dem eine Übergangsentschädigung zugesprochen wurde, später Taggelder oder eine Rente für die Folgen eines Berufsunfalls oder einer Berufskrankheit, die mit der in der Verfügung bezeichneten Arbeit zusammenhängt, so kann die Übergangsentschädigung in Anwendung von <ref-law> an diese Leistungen ganz oder teilweise angerechnet werden.
5. 5.1 Die SUVA richtete dem Beschwerdegegner für die Zeit zwischen 1. Mai 2002 und 30. April 2006 ein Übergangsentschädigung aus. Zu deren Bemessung legte sie den vom Versicherten zuletzt bezogenen Lohn zugrunde. Nachdem die IV-Stelle des Kantons Thurgau nachträglich für die Zeit ab 1. Juli 2002 einen Invaliditätsgrad von 47 % anerkannt hat, berechnete die Beschwerdeführerin den Anspruch des Versicherten neu. Dabei argumentiert sie nunmehr, es sei der Bemessung lediglich 53 % des zuletzt bezogenen Einkommens zu Grunde zu legen; der Beschwerdegegner sei zu 47 % invalid gewesen, weshalb er in diesem Umfang durch die Nichteignungsverfügung keine Lohneinbusse im Sinne von <ref-law> erlitten habe.
5.2 Gemäss dem Gutachten der MEDAS X._ vom 2. Februar 2009 wurde und wird die Arbeitsfähigkeit des Versicherten einzig durch die seit dem Jahre 2001 bekannte Silikose eingeschränkt; die übrigen Diagnosen haben keinen Einfluss auf die Erwerbsfähigkeit. Die Silikose wurde von der SUVA als berufsbedingt anerkannt; mit unangefochten gebliebener Verfügung vom 16. Juni 2009 sprach sie dem Beschwerdegegner ab 1. Mai 2006 unter anderem eine Invalidenrente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 14 % zu. Insofern die SUVA nunmehr argumentiert, der Beschwerdegegner hätte bereits ab 2002 eine invaliditätsbedingte Erwerbseinbusse von 47 % erlitten, weshalb lediglich eine Lohneinbusse von 53 % durch die Nichteignungsverfügung verursacht sei, begibt sie sich in einen unauflösbaren Widerspruch zu ihrer eigenen Verfügung. Da das Bundesgericht die SUVA nicht zu einer Wiedererwägung dieser Verfügung verhalten kann (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 54), braucht vorliegend nicht geprüft zu werden, ob diese allenfalls als offensichtlich unrichtig betrachtet werden müsste.
5.3 Bei dieser Ausgangslage könnte höchstens diskutiert werden, ob nicht schon ab dem Jahre 2002 eine invaliditätsbedingte Erwerbseinbusse von 14 % bestanden hat, weshalb die durch die Nichteignungsverfügung verursachte Lohneinbusse lediglich 86 % des versicherten Verdienstes betragen hat. Da diesfalls die Übergangsentschädigung zwar gekürzt, gleichzeitig aber bereits ab dem Jahre 2002 eine Invalidenrente von 14 % geschuldet wäre, kann auf diesbezügliche Weiterungen verzichtet werden: Sowohl die Invalidenrente (<ref-law>) als auch die Übergangsentschädigung (<ref-law>) werden nach dem versicherten Verdienst bemessen, so dass die beiden Betrachtungsweisen im Ergebnis auf das Gleiche herauslaufen.
5.4 Somit hat das kantonale Gericht im Ergebnis zu Recht keine Neuberechnung des Übergangsentschädigungsanspruches vorgenommen, sondern die Sache zur Prüfung einer Überentschädigung im Sinne von <ref-law> an die SUVA zurückgewiesen. Deren Beschwerde ist demgemäss abzuweisen. Anzumerken bleibt, dass eine Verrechnung einer Rückerstattungsforderung mit laufenden Renten oder Rentennachzahlungen den nach betreibungsrechtlichen Regeln zu ermittelnden Notbedarf des Versicherten nicht beeinträchtigen darf (vgl. <ref-ruling> E. 6 S. 291 mit weiteren Hinweisen).
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die SUVA hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und dem Beschwerdegegner eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'200.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. August 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Holzer