Faits:
A. D._ a travaillé plusieurs années dans le domaine de la sécurité, avant d'exercer, de 2001 à 2002, le métier de polisseur (dans le domaine de l'horlogerie). Depuis 2002, il a alterné des périodes d'incapacité de travail, de chômage et d'occupations temporaires. Il était assuré auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA) pour les accidents professionnels et non professionnels.
Le 11 janvier 2004, l'assuré a subi une agression à l'arme blanche avec une coupure profonde au niveau de l'articulation inter-phalangienne de l'index gauche. Son traitement a pris fin le 25 avril 2005. Le 12 octobre 2005, l'intéressé a été agressé et blessé au visage ainsi qu'au thorax; il a subi également une fracture de la 9ème côte gauche.
Le 9 novembre 2005, au cours d'une altercation policière, D._ a été blessé au genou droit.
L'assuré a déclaré à la CNA avoir été agressé, le 17 mars 2007, par plusieurs individus qui l'ont frappé à la nuque, au dos et au visage.
Dans un rapport du 26 juillet 2007, le docteur O._, spécialiste en chirurgie orthopédique et médecin d'arrondissement de la CNA, a exposé qu'en ce qui concerne les suites de l'accident du 9 novembre 2005, il y avait une dissociation objective/subjective avec d'importantes plaintes et un status au niveau du genou droit relativement pauvre. Ce médecin a précisé qu'aucun des accidents annoncés n'était à l'origine de l'incapacité de travail de l'assuré. Les affections principales présentées par l'intéressé consistaient en ses dépendances à l'alcool, au tabac et aux benzodiazépines. Le docteur O._ a conclu que l'incapacité de travail de l'assuré était conditionnée par son état psychique, d'une part, et les conséquences de maladies de l'appareil disco-ligamentaire vertébral, d'autre part.
Au vu de ce rapport, par décision du 31 juillet 2007, confirmée sur opposition le 29 novembre 2007, la CNA a mis fin à toutes ses prestations au 31 août 2007.
B. D._ a déféré la décision sur opposition de la CNA au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève.
Statuant le 26 novembre 2008, la juridiction cantonale a renvoyé la cause à la CNA pour instruction complémentaire dans le sens des considérants et nouvelle décision. En bref, elle a considéré que la lésion au genou droit devait faire l'objet d'investigations complémentaires et que les troubles lombaires ne pouvaient donner lieu à des prestations au-delà du 31 août 2007. Par ailleurs, elle a retenu qu'une expertise psychiatrique était nécessaire pour déterminer si des troubles psychiques présentés par l'assuré à la suite des événements accidentels jouaient ou non un rôle dans l'apparition ou l'aggravation des troubles actuels.
C. La CNA interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions qui mettent fin à la procédure (<ref-law>) et contre toute décision qui statue sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste en cause ou qui met fin à la procédure à l'égard d'une partie des consorts (décision partielle; <ref-law>). Il est également recevable contre les décisions préjudicielles et incidentes qui sont notifiées séparément et qui portent sur la compétence ou sur une demande de récusation (<ref-law>). Les autres décisions préjudicielles et incidentes notifiées séparément ne peuvent faire l'objet d'un recours que si elles peuvent causer un préjudice irréparable (<ref-law>), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>).
2. Un jugement cantonal qui renvoie la cause à l'autorité administrative pour instruction complémentaire et nouvelle décision ne constitue en principe ni une décision finale ni une décision partielle selon la réglementation de la LTF, mais doit être qualifié de décision incidente, dès lors qu'il ne met pas fin à la procédure ou qu'il ne statue pas sur un objet dont le sort est indépendant de celui qui reste litigieux (<ref-ruling>; voir cependant arrêt 9C_684/2007 du 27 décembre 2007 [SVR 2008 IV no 39 p. 131] consid. 1.1 et les références; HANSJÖRG SEILER, Rückweisungsentscheide in der neueren Sozialversicherungspraxis des Bundesgerichts, in: Schaffhauser/Schlauri [édit.], Sozialversicherungsrechtstagung 2008, 2009, p. 9 ss, notamment p. 23). En l'occurrence, il n'y a pas de motif de s'écarter de ce principe, de sorte que le jugement entrepris constitue une décision incidente. Dans la mesure où il ne porte pas sur une question de compétence ni de récusation, il ne peut faire l'objet d'un recours qu'aux conditions alternatives de l'art. 93 al. 1 let. a et b LTF.
3. 3.1 Un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law> est un dommage de nature juridique qui ne peut pas être réparé ultérieurement par un jugement final ou une autre décision favorable au recourant (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 190, 133 V 645 consid. 2.1 p. 647). En revanche, un dommage de pur fait, comme la prolongation de la procédure ou un accroissement des frais de celle-ci, n'est pas considéré comme irréparable (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 632 ). Aussi un jugement de renvoi pour instruction complémentaire et nouvelle décision ne cause-t-il en principe pas de dommage irréparable à l'administration. Il n'en va différemment que s'il comporte des instructions sur la manière dont cette dernière devra trancher certains aspects du rapport juridique litigieux, restreignant ainsi de manière importante sa latitude de jugement. Dans une telle situation, en effet, l'administration devrait rendre une nouvelle décision en respectant les instructions figurant dans le jugement de renvoi, sans pouvoir ensuite recourir contre sa propre décision. Elle se trouverait ainsi dépourvue de tout moyen de soumettre au Tribunal fédéral la question tranchée incidemment dans le jugement de renvoi (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 483).
3.2 La recourante s'en remet à justice sur la nécessité d'une instruction complémentaire pour l'atteinte au genou et conteste l'admission du lien de causalité naturelle pour les troubles psychiques ainsi que l'ordonnancement d'une expertise psychiatrique. Elle n'allègue pas que les conditions d'entrée en matière de l'<ref-law> sont remplies. En particulier, elle ne prétend pas que la décision de renvoi lui cause un préjudice irréparable ou que l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse. Or, il appartient au recourant de démontrer ou du moins d'alléguer que l'une des conditions (alternatives) d'entrée en matière prévues à l'<ref-law> dans le cas des décisions incidentes est remplie, faute de quoi le recours est déclaré irrecevable (cf. SEILER, op. cit., p. 20 en haut). Pour ce motif, déjà, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière en l'occurrence.
3.3 Quoi qu'il en soit, il y aurait lieu de nier l'existence d'un préjudice irréparable. En effet, en ce qui concerne les troubles psychiques, les premiers juges considèrent qu'il n'est pas exclu que les agressions dont le recourant a été victime aient joué un rôle dans l'apparition et l'aggravation des troubles actuels. C'est dire que la recourante dispose encore de toute latitude pour statuer après avoir complété l'instruction en cause, ce qui exclut un risque de préjudice irréparable. Quant à la causalité adéquate, la juridiction cantonale ne l'a d'aucune manière préjugée. La même latitude est également réservée en ce qui concerne le complément d'instruction pour l'atteinte au genou, au demeurant non contesté par la recourante.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais de justice, d'un montant de 750 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 20 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Ursprung Berset