Sachverhalt:
A. A.a K._, geboren 1957, meldete sich am 29. April 2005 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Berufsberatung, Hilfsmittel, Rente) an. Als Behinderung nannte sie ein Geburtsgebrechen am linken Auge ("Sehkraft nur Schatten") und eine Arthrose am ganzen Bewegungsapparat (Rücken, Hüften, Knie etc.). Die IV-Stelle des Kantons Bern führte erwerbliche und medizinische Abklärungen durch. Im Juni 2005 unterzog sich K._ einer Stabilisation an den Lendenwirbelkörpern (LWK) 4 und 5 (mit Revision [Replatzierung der Schrauben] im Juli 2005). Nachdem bei K._ neue gesundheitliche Probleme aufgetreten waren (rezidivierende Pankreatitis, Plattenepithelkarzinom, schwere Dyslipidämie, Diabetes mellitus), veranlasste die IV-Stelle eine Begutachtung bei Dr. med. R._, Neurochirurgie FMH, vom 5. Dezember 2006 und holte einen Untersuchungsbericht ein des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD; Dr. med. M._) vom 17. April 2007. In der Folge veranlasste sie eine berufliche Abklärung bei der Stiftung X._ vom 15. August 2007. Am 10./17. Januar 2008 (letztmals bestätigt mit Verfügung der zufolge Wohnsitzverlegung der K._ zuständig gewordenen IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 25. Mai 2009) verfügte die IV-Stelle des Kantons Bern gestützt auf einen weiteren Bericht der RAD-Ärztin Dr. med. M._ vom 26. September 2007 die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente rückwirkend ab 1. März 2006.
A.b Im Juli 2009 führte die IV-Stelle des Kantons Thurgau ein Revisionsverfahren durch. Sie liess K._ einen Fragebogen ausfüllen, holte Berichte ein der Dr. med. O._, Eidg. Fachärztin für ORL, vom 20. August 2009, sowie des Hausarztes Dr. med. L._, Allgemeinmedizin FMH, vom 3. September 2009, und veranlasste eine interdisziplinäre Abklärung bei der MEDAS (Gutachten des Dr. med. A._, Allgemeine Medizin FMH, Facharzt für Neurologie und FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, sowie des Dr. med. F._, Innere Medizin FMH, vom 12. April 2010; basierend auf einem psychiatrischen Konsiliargutachten des Dr. med. Q._, Eidg. Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 27. Januar 2010, einem orthopädischen Konsiliargutachten des Dr. med. U._, Orthopädische Chirurgie FMH, vom 27. Januar 2010 und einem neurologischen Konsiliargutachten des Dr. med. S._, Neurologie FMH, vom 10. Februar 2010). Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren, in dessen Rahmen K._ verschiedene Einwände hatte erheben lassen, verfügte die IV-Stelle am 21. Januar 2011 die wiedererwägungsweise Aufhebung der rentenzusprechenden Verfügungen vom 10./17. Januar 2008 und die Herabsetzung der bisherigen ganzen auf eine Viertelsrente (bei einem Invaliditätsgrad von 45 %). Am 12. April 2011 erliess die IV-Stelle eine weitere Verfügung betreffend den Rentenanspruch vom 1. März 2006 bis 28. Februar 2011 (Invaliditätsgrad: 95 %), welcher als "Verfügungsteil 2" die bereits am 21. Januar 2011 versandte Begründung der wiedererwägungsweisen Rentenaufhebung beigefügt war.
B. Die sowohl gegen die Verfügung vom 21. Januar 2011 als auch gegen den Verfügungsteil 2 der Verfügung vom 12. April 2011 erhobenen Beschwerden der K._ wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit einem Entscheid vom 26. Oktober 2011 ab.
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides insbesondere die weitere Ausrichtung einer ganzen Invalidenrente, eventualiter die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz bzw. die IV-Stelle zur Neubeurteilung, subeventualiter die ersatzlose Streichung des Wortes "wiedererwägungsweise" in Ziff. 1 der Verfügungen vom 12. Januar und 12. April 2011 beantragen. In verfahrensrechtlicher Hinsicht ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung.
Vorinstanz und IV-Stelle schliessen auf Abweisung der Beschwerde (soweit darauf einzutreten sei), das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. 2.1 Ändert sich der Invaliditätsgrad einer Rentenbezügerin oder eines Rentenbezügers erheblich, so wird die Rente nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben (Art. 17 Abs. 1 ATSG [SR 830.1]). Anlass zur Rentenrevision gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen seit Zusprechung der Rente, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Anspruch zu beeinflussen. Insbesondere ist die Rente bei einer wesentlichen Änderung des Gesundheitszustandes oder der erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitszustandes revidierbar (<ref-ruling> E. 3.5 S. 349 mit Hinweisen). Dagegen stellt die unterschiedliche Beurteilung der Auswirkungen eines im Wesentlichen unverändert gebliebenen Gesundheitszustandes auf die Arbeitsfähigkeit keinen Revisionsgrund im Sinne von Art. 17 Abs. 1 ATSG dar (Urteile 9C_932/2011 vom 3. Februar 2012 E. 2.4; 9C_552/2007 vom 17. Januar 2008 E. 3.1.2 mit Hinweisen). Ob eine tatsächliche Änderung oder aber eine revisionsrechtlich unbeachtliche abweichende ärztliche Einschätzung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Gesundheitszustands vorliegt, bedarf einer sorgfältigen Prüfung. Dabei gilt der Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (Urteil 8C_818/2009 vom 23. März 2010 E. 4.1.1).
2.2 Ob sich eine Arbeits(un)fähigkeit in einem bestimmten Zeitraum in einem rentenrevisionsrechtlich relevanten Sinne (Art. 17 ATSG; Art. 87 Abs. 3 und 4 IVV) verändert hat, ist Tatfrage und somit einer letztinstanzlichen Berichtigung oder Ergänzung nur im gesetzlichen Rahmen von Art. 105 Abs. 2 BGG zugänglich (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.; E. 1 hievor). Frei überprüfbare Rechtsfrage ist, ob die Vorinstanz bei der Sachverhaltsermittlung vom zutreffenden Beweismass der überwiegenden Wahrscheinlichkeit ausging (z.B. Urteil 9C_857/2011 vom 4. Januar 2012 E. 2.2 mit Hinweisen).
3.1 Das kantonale Gericht stellte fest, während bei der erstmaligen Rentenverfügung die Beschwerden vollständig somatisch erklärbar gewesen seien, treffe dies nach der Beurteilung des Dr. med. Q._ in Anbetracht der Somatisierungsstörung und der differenzialdiagnostisch in Betracht zu ziehenden anhaltenden somatoformen Schmerzstörung nun nicht mehr zu. Es erwog, die MEDAS-Gutachter seien in Unkenntnis eines Berichtes der RAD-Ärztin Dr. med. W._ vom 17. April 2007, wonach keinerlei psychische Einschränkung bestanden habe, zum Schluss gekommen, die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit der Beschwerdeführerin sei bereits früher aus psychiatrischen Gründen eingeschränkt gewesen, und befänden sich in diesem Punkt in einem Irrtum. Ihre Beurteilung, die psychiatrische Diagnose sei gleich geblieben, müsse daher ohne Relevanz bleiben. Indem die MEDAS-Gutachter aber eine psychiatrische Diagnose gestellt hätten, liege darin eine Veränderung des Gesundheitszustandes, die es erlaube, eine gesamthafte Neubeurteilung des Invaliditätsgrades vorzunehmen.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt namentlich, im angefochtenen Entscheid werde sowohl der Sachverhalt offensichtlich unrichtig und in Verletzung von Bundesrecht festgestellt als auch (sonst) Bundesrecht verletzt. Unrichtig bzw. willkürlich sei namentlich die Feststellung, ihr Gesundheitszustand und die erwerblichen Auswirkungen der Beeinträchtigungen hätten sich geändert, zumal dies aus keinem ärztlichen Bericht hervorgehe und die MEDAS-Gutachter sogar das Gegenteil festgehalten hätten. Das MEDAS-Gutachten werde unzulässig und willkürlich interpretiert bzw. gar umgedeutet, wenn die kantonalen Richter aus der fehlenden Kenntnis der Gutachter vom Bericht der Dr. med. W._ einen Irrtum ableiteten, das Gutachten in diesem Punkt als nicht beweiskräftig erachteten und ohne Nachfrage bei der MEDAS in Überschreitung ihrer Kompetenzen eine gesundheitliche Veränderung unterstellten. Die Diskrepanzen zwischen den Beurteilungen der Dr. med. W._ und des Dr. med. Q._ erklärten sich schon aus den unterschiedlichen Diagnoseverfahren und seien nicht als tatsächliche gesundheitliche Veränderung zu interpretieren. Die Vorinstanz hätte zu den Divergenzen zumindest Dr. med. W._ nochmals konsultieren müssen. Sodann sei auf die Beurteilung der Dres. med. A._ und F._ abzustellen, wonach die psychischen Faktoren keinen erheblichen Einfluss auf das Krankheitsgeschehen hätten. Indem die Vorinstanz allein auf die mangelhafte Diagnose des Dr. med. Q._ abstelle, setze sie sich willkürlich über die polydisziplinäre Würdigung der Gutachter hinweg. Dass aber die MEDAS-Gutachter bei einem nicht wesentlich veränderten Gesundheitszustand plötzlich von einer 50 %igen Arbeitsunfähigkeit ausgingen, sei nicht nachvollziehbar. Das Gutachten müsse daher als willkürlich zurückgewiesen werden. Jedenfalls aber fehle es an der Erheblichkeit der Veränderung, eine solche sei auch im angefochtenen Entscheid nicht festgestellt worden. Klar nicht erfüllt seien die Voraussetzungen für eine Wiedererwägung.
4. 4.1 Die ursprüngliche Rentenzusprechung beruhte massgeblich auf den Beurteilungen der RAD-Ärztin Dr. med. M._. Am 17. April 2007 führte Dr. med. M._ aus, es liege eine komplexe, nicht in allen Belangen geklärte medizinische Situation vor. Die im Juni 2005 erfolgte Rückenoperation habe zu einer weitgehenden Besserung der linksseitigen Beschwerden geführt, indes bestehe als Operationskomplikation ein radikuläres Schmerzsyndrom rechts, wobei noch offen sei, ob ein ärztlicher Behandlungsfehler vorliege. Unklar sei auch die Ursache der - für eine leichte körperliche Arbeit irrelevanten - rezidivierenden Pankreatitis, denkbar sei ein Zusammenhang mit den eingenommenen Schmerzmitteln. Der als Folge der Pankreatitis aufgetretene Diabetes mellitus sei derzeit noch ungenügend eingestellt. Seit einer durch Medikamenteneinnahme ausgelösten akuten Rhabdomyolyse leide die Versicherte an diffusen Muskelschmerzen und einer belastungsabhängigen Muskelschwäche, die Prognose sei offen. Von Seiten der Krebserkrankung fehlten Anhaltspunkte auf ein Rezidiv. Etwas einschränkend sei der postoperative Zustand nach Neck-Dissection (muskuläre Dysbalance im Nackenbereich). Zusammenfassend bestehe klar eine Einschränkung der Leistungsfähigkeit (mindestens 50 %), die Resterwerbsfähigkeit sei anhand der zur Verfügung stehenden Daten nicht beurteilbar; hilfreich wäre eine dreimonatige berufliche Grundabklärung (mit einem Pensum von 50 %). Die berufliche Abklärung in der Stiftung X._ erfolgte vom 23. Juli 2007 bis zum (schmerzbedingten) Abbruch am 3. August 2007, wobei die Versicherte an den ersten drei Abklärungstagen, wie vorgesehen, je vier Stunden vormittags arbeitete, vom 26. bis 31. Juli 2007 schmerzbedingt nurmehr je zwei Stunden vormittags tätig war und sich am 2. August 2007 wegen eines Zahnarzttermins entschuldigen liess. Die Abklärungspersonen führten aus, die deutlich reduzierte körperliche Belastbarkeit lasse eine Tätigkeit im Bürobereich als unrealistisch erscheinen. Nachdem RAD-Ärztin Dr. med. M._ hierauf am 16. September 2007 eine verwertbare Erwerbsfähigkeit - bei völlig offener Prognose - verneinte, erfolgte die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente ab 1. März 2006 (Verfügungen vom 10./17. Januar 2008).
4.2 Im Rahmen des im Revisionsverfahren eingeholten MEDAS-Gutachtens führte Dr. med. Q._ am 19. Januar 2010 einen Persönlichkeitstest durch (Minnesota Multiphasic Personality Inventory; MMPI-2-Test) und schloss aus den dabei erzielten Ergebnissen auf eine Konversionsstörung, welche die Somatisierung der psychischen Probleme verdeutliche. Daneben seien Persönlichkeit und Lebensgeschichte "auffallend", eine Persönlichkeitsproblematik könne nicht ausgeschlossen werden. Wegen der komplexen Situation gehe er aufgrund der aktuellen psychiatrischen Exploration davon aus, dass eine Somatisierungsstörung vorliege im Sinne von psychischen Faktoren, welche körperliche Störungen bewirkten und die Schmerzen überlagerten. Differenzialdiagnostisch müsse auch an eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung gedacht werden bei derzeit nicht erfüllten Förster-Kriterien. Aufgrund der Konversionsstörung sei die Arbeitsfähigkeit in der bisherigen wie auch einer adaptierten Tätigkeit um 20 % eingeschränkt, wahrscheinlich schon seit 2005. Die Gutachter Dres. med. A._ und F._ nannten in der polydisziplinären Beurteilung als Hauptdiagnosen (mit Einschränkung der Arbeitsfähigkeit) ein chronisches lumbospondylogenes und residuelles sensibles lumboradikuläres Syndrom L 4/5 rechts und Lumboischialgie links bei Spinalarthrose mit Hypertrophie des Ligamentum flavum, ein Zervikalsyndrom und intermittierende Schluckbeschwerden, eine chronische rezidivierende Pankreatitis unklarer Ätiologie mit Pseudozystenbildung, Verschluss der Vena lienalis und Vena portale mit Umgehungskreisläufen, einen connatalen Strabismus und Amblyopie links sowie psychologische Faktoren und Verhaltensfaktoren bei andernorts diagnostizierten Krankheiten (generalisiertes Schmerzsyndrom), differenzialdiagnostisch: anhaltende somatoforme Schmerzstörung. Polydisziplinär sei die Arbeitsfähigkeit um 50 % eingeschränkt, entsprechend der (ersten) Beurteilung des RAD vom 17. April 2007 (welche dieser nach gescheitertem beruflichem Eingliederungsversuch ohne wesentliche Änderung der medizinischen Situation am 26. September 2007 widerrufen habe). Die Gutachter hielten wörtlich fest: "Wir können gegenüber den Verfügungen von 2007 bzw. 2009 bei subjektiver Verschlechterung des Gesundheitszustandes bis auf vorübergehende Verschlechterungen insbesondere durch rezidivierende Pankreatitiden keine wesentliche Änderung des Gesundheitszustandes (wie auch gegenüber der RAD-Untersuchung 04/07) feststellen. Eine psychiatrische Untersuchung hatte damals nicht stattgefunden. Der Einfluss der psychischen Faktoren auf die Arbeitsfähigkeit im IV-rechtlichen Sinn ist einerseits gering, dürfte zum andern zumindest zum grossen Teil bereits 2007 bestanden haben."
4.3 Nach den korrekten Feststellungen im angefochtenen Entscheid gingen die Dres. med. A._ und F._ unzutreffenderweise davon aus, die Versicherte sei bis zur MEDAS-Begutachtung noch nie psychiatrisch untersucht worden. Tatsächlich hatte bereits am 11. April 2007 eine psychiatrische Exploration durch die RAD-Ärztin Dr. med. W._ (Bericht vom 17. April 2007) stattgefunden (ohne dass eine Diagnose gestellt worden wäre; vgl. E. 3.1 hievor). Dem Gutachter Dr. med. Q._ war zumindest aus den Schilderungen der Versicherten bekannt, dass schon früher eine psychiatrische Untersuchung stattgefunden hatte, der entsprechende Bericht lag ihm aber nicht vor. Entgegen den vorinstanzlichen Erwägungen ist der Beurteilung des Dr. med. Q._ indes keine (erhebliche) gesundheitliche Veränderung seit Erlass der rentenzusprechenden Verfügung vom 10./17. Januar 2008 zu entnehmen. Der Gutachter hielt im Gegenteil fest, die von ihm festgestellte Arbeitsunfähigkeit aus psychiatrischer Sicht dürfte bereits im Jahre 2005 bestanden haben. Seine Beurteilung weicht demzufolge zwar ab von der Einschätzung der Dr. med. W._ vom 17. April 2007. Sie lässt jedoch gerade nicht auf eine Veränderung des psychischen Gesundheitszustandes zwischen April 2007 und Januar 2010 schliessen, schon gar nicht auf eine anspruchserhebliche Änderung, zumal die erhobenen Diagnosen - wie im Übrigen auch die Vorinstanz zu Recht feststellte - iv-rechtlich keine relevante Beeinträchtigung der Erwerbsfähigkeit zu bewirken vermögen (z.B. Urteil 9C_881/2011 vom 8. Februar 2012 E. 4.1; <ref-ruling> E. 5a S. 299 f.). In der auf dem psychiatrischen Konsiliargutachten des Dr. med. Q._ beruhenden polydisziplinären Beurteilung der Dres. med. A._ und F._ finden sich - folgerichtig - ebenfalls keine Hinweise auf eine wesentliche psychische Veränderung. Als psychischen Befund hielten die Dres. med. A._ und F._ fest, es bestünden "psychologische Faktoren und Verhaltensfaktoren bei andernorts diagnostizierten Krankheiten (generalisiertes Schmerzsyndrom), DD: anhaltende somatoforme Schmerzstörung"; den Einfluss der psychischen Faktoren auf die Arbeitsfähigkeit erachteten sie als "gering" und bekräftigten, aus polydisziplinärer Sicht sei keine wesentliche gesundheitliche Veränderung feststellbar gewesen. Hievon abzuweichen besteht mit Blick auf die nachvollziehbare Begründung im MEDAS-Gutachten und nicht zuletzt auch auf den hausärztlichen Bericht vom 3. September 2009, wonach Status und Arbeitsfähigkeit unverändert geblieben seien, kein Grund. In der Einschätzung der Gutachter, wonach die Arbeitsfähigkeit auf 50 % zu veranschlagen sei, ist nach dem Gesagten (lediglich) eine andere Beurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Gesundheitszustandes zu sehen, die nicht geeignet ist, eine revisionsweise Änderung des Leistungsanspruches zu begründen (<ref-ruling> E. 2b S. 372; Urteil 8C_972/2009 vom 27. Mai 2010 E. 3.2, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2011 IV Nr. 1 S. 1; Urteil 9C_896/2011 vom 31. Januar 2012 E. 3.1). Die vorinstanzliche Beweiswürdigung ist bundesrechtswidrig.
Dass sich die erwerblichen Auswirkungen des im Wesentlichen gleich gebliebenen Gesundheitszustandes erheblich verändert hätten und aus diesem Grund eine Revision zulässig gewesen wäre (<ref-ruling> E. 6.1 S. 546; Urteil 8C_624/2011 vom 2. November 2011 E. 2), wird weder geltend gemacht noch ergeben sich entsprechende Anhaltpunkte aus den Akten. Ob die Festsetzung der Arbeitsfähigkeit durch die Dres. med. A._ und F._ überzeugend und nachvollziehbar ist, braucht nach dem Gesagten nicht weiter geprüft zu werden.
5. Soweit mit der Beschwerde die Höhe des anwaltlichen Honorars im Rahmen der unentgeltlichen Verbeiständung im vorinstanzlichen Verfahren gerügt wird, ist sie von vornherein unzulässig, weil eine von einem kantonalen Gericht festgesetzte Entschädigung im Rahmen der unentgeltlichen Verbeiständung nur vom Rechtsvertreter beim Bundesgericht angefochten werden kann (vgl. Urteil 8C_802/2010 vom 3. November 2010 E. 4 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 2 S. 363 f. e contrario; ARV 1996/97 Nr. 27 S. 151). Die beschwerdeführende Person selber ist dazu nicht legitimiert, ebenso wenig der Rechtsvertreter, wenn er, wie hier, im Namen seiner Mandantin Beschwerde führt (SVR 2007 UV Nr. 16 S. 54 E. 2.1, U 63/04; Urteil 9C_163/2009 vom 10. September 2010 E. 6). Auf das entsprechende Rechtsbegehren ist daher nicht einzutreten. Dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend sind indes die Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Verfahren neu zu regeln.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG) und der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 2 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 26. Oktober 2011 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 21. Januar 2011 werden aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten in Höhe von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'800.- zu bezahlen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Gerichtskosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. Juni 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Bollinger Hammerle