Sachverhalt:
A. Der 1967 geborene S._ war seit 1. November 2000 arbeitslos. Am 5. Februar 2002 erlitt er einen Verkehrsunfall, für dessen Folgen die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) Leistungen erbrachte, welche sie mit Verfügung vom 23. September 2002 wieder einstellte. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 9. Januar 2003 fest. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen (Entscheid vom 17. September 2003) und letztinstanzlich das damals zuständige Eidgenössische Versicherungsgericht (Urteil vom 2. März 2005, U 309/03) bestätigten die Leistungseinstellung.
S._ hatte sich bereits am 28. Juni 1995 und am 22. Dezember 1998 bei der Invalidenversicherung zum Bezug von Leistungen angemeldet. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen hatte das erste Begehren abgewiesen (Verfügung vom 22. Januar 1996) und war auf das zweite Gesuch nicht eingetreten (Verfügung vom 31. Mai 1999). Am 30. März 2005 meldete sich S._ unter Hinweis auf das Unfallereignis vom 5. Februar 2002 erneut zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Nach Abklärung der gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse, namentlich Einholung eines polydisziplinären Gutachtens der MEDAS vom 12. Juli 2006, und nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens lehnte die IV-Stelle das Leistungsbegehren unter Hinweis auf einen Invaliditätsgrad von 15 % ab (Verfügung vom 7. Juni 2007).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen ab (Entscheid vom 2. Dezember 2008).
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei ihm mit Wirkung ab 24. März 2005 eine ganze Rente der Invalidenversicherung, basierend auf einem Invaliditätsgrad von mindestens 70 %, zuzusprechen; eventualiter sei die Angelegenheit zur weiteren Abklärung im Sinne der Einholung "eines neuen rheumatologisch-orthopädischen Gutachtens und eines psychiatrischen Obergutachtens" an die IV-Stelle zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
1.2 Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene kantonale Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen Bundesrecht, Völkerrecht oder kantonale verfassungsmässige Rechte verletzt (Art. 95 lit. a-c BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>). Hingegen hat unter der Herrschaft des BGG eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides in tatsächlicher Hinsicht zu unterbleiben. Ebenso entfällt eine Prüfung der Ermessensbetätigung nach den Grundsätzen zur Angemessenheitskontrolle (<ref-ruling> E. 6 S. 81 zu Art. 132 lit. a OG [in der bis 30. Juni 2006 gültig gewesenen Fassung]).
1.3 Die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung und die gestützt darauf gestellte Diagnose betreffen ebenso eine Tatfrage wie die aufgrund von medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeitsunfähigkeit (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398). Tatfrage ist weiter, in welchem Umfang eine versicherte Person vom funktionellen Leistungsvermögen und vom Vorhandensein bzw. von der Verfügbarkeit psychischer Ressourcen her eine (Rest-) Arbeitsfähigkeit aufweist und ihr die Ausübung entsprechend profilierter Tätigkeiten zumutbar ist, es sei denn, andere als medizinische Gründe stünden der Bejahung der Zumutbarkeit im Einzelfall in invalidenversicherungsrechtlich erheblicher Weise entgegen. Soweit hingegen die Beurteilung der Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird, geht es um eine Rechtsfrage; dazu gehören auch Folgerungen, die sich auf die medizinische Empirie stützen, wie zum Beispiel die Vermutung, dass eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung mit zumutbarer Willensanstrengung überwindbar ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398). Die konkrete Beweiswürdigung stellt eine Tatfrage dar (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399; Urteil [des Bundesgerichts] 9C_270/2008 vom 12. August 2008 E. 2.2).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch des Beschwerdeführers auf eine Invalidenrente.
3. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze zu den Begriffen der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law> in der bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassung), zur Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten (Einkommensvergleichsmethode [<ref-law> in der bis Ende 2007 in Kraft gestandenen Fassung in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 2a und b S. 136 f.]) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 Nach Würdigung der medizinischen Aktenlage gelangte das kantonale Gericht, im Wesentlichen gestützt auf das MEDAS-Gutachten vom 12. Juli 2006, zum nachvollziehbar begründeten Ergebnis, dass dem Beschwerdeführer, welcher an einem chronischen zervikovertebralen bis zervikozephalen Schmerzsyndrom, an Knieschmerzen rechts, an einem chronischen kostalen bis thorakospondylogenen Schmerzsyndrom rechts, an einer leichten depressiven Episode und an einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung leide, mit Blick auf die genannten Gesundheitseinschränkungen - soweit ihnen Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit zukommen - eine körperlich leichte bis mittelschwere Beschäftigung im Umfang von 85 % zumutbar sei. Da der Einkommensvergleich unter Berücksichtigung einer 15%igen Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit einen unter 40 % liegenden Invaliditätsgrad ergebe, bestehe kein Anspruch auf eine Rente.
4.2 Diese Tatsachenfeststellungen (E. 1.3 hiervor) sind für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers ist es im Rahmen der eingeschränkten Sachverhaltskontrolle (<ref-law>) nicht Aufgabe des Bundesgerichts, die schon im vorinstanzlichen Verfahren im Recht gelegenen medizinischen Berichte neu zu würdigen und die rechtsfehlerfreie Sachverhaltsfeststellung des kantonalen Gerichts hinsichtlich der medizinisch begründeten Einschränkung des funktionellen Leistungsvermögens und des Ausmasses der trotz gesundheitlicher Einschränkungen verbleibenden (Rest-)Arbeitsfähigkeit zu korrigieren (E. 1.1 hiervor). Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen geltend, angesichts der von den Schlussfolgerungen im MEDAS-Gutachten vom 12. Juli 2006 (80 bis 90%ige Arbeitsfähigkeit für körperlich leichte bis mittelschwere Arbeiten) abweichenden Einschätzungen des Hausarztes Dr. med. W._, Allgemeine Medizin FMH, vom 15. Januar 2007 (100%ige Arbeitsunfähigkeit) und des Dr. med. A._, Orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates FMH, Wirbelsäulenzentrum X._, im Gutachten vom 15. Februar 2007 (50%ige Arbeitsunfähigkeit) sowie mit Blick auf die Angaben des behandelnden Therapeuten Z._, Dipl. RM Masseur/MFR, zur Auswertung des Meridian-diagnostischen Behandlungssystems "i-health" vom 8. Juli 2007 ("Störherd im Bereich C2/Axis") sei die Ermittlung der Invalidität auf der Basis des MEDAS-Gutachtens willkürlich. Zur Begründung wiederholt er die bereits im vorinstanzlichen Verfahren erhobenen Einwände. Dazu ist vorerst auf den beweisrechtlich massgebenden Unterschied zwischen ärztlichem Behandlungs- und Begutachtungsauftrag zu verweisen (statt vieler Urteil [des Bundesgerichts] 9C_24/2008 vom 27. Mai 2008 E. 2.3.2), weshalb die Rüge nicht durchdringt, die Festlegung der Arbeitsfähigkeit im MEDAS-Gutachten vermöge vor der Beurteilung des Hausarztes nicht zu bestehen. Zudem wird aus den Vorbringen des Versicherten nicht ersichtlich, weshalb es nach seiner Behauptung willkürlich sein soll, nicht auf das Gutachten des Dr. med. A._ abzustellen, nachdem dieser keine vom MEDAS-Gutachten abweichenden Diagnosen stellt und lediglich die Arbeitsfähigkeit anders einschätzt, diese Abweichung aber nicht umfassend begründet. Dazu kommt, dass sich die singuläre fachärztliche Begutachtung durch Dr. med. A._ nicht eignet, um eine abschliessende medizinische Auskunft über die verbleibende Leistungsfähigkeit zu erhalten, wenn das Beschwerdebild neben somatischen Befunden auch eine leichte depressive Episode und eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung umfasst. Das kantonale Gericht hat im Rahmen einer inhaltsbezogenen und umfassenden Beweiswürdigung (vgl. <ref-law>; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.1 S. 400) nachvollziehbar begründet, weshalb es das MEDAS-Gutachten vom 12. Juli 2006 als massgebliche Entscheidgrundlage eingestuft und namentlich die im Rahmen der Gesamtbeurteilung festgelegte Leistungsfähigkeit als den rechtlichen Anforderungen genügend betrachtet hat. In der Beschwerde wird nichts vorgebracht, was auf eine offensichtlich unrichtige oder auf einer Bundesrechtsverletzung beruhende Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts im Sinne von Art. 97 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law> schliessen liesse, welche einer Berichtigung nach <ref-law> zugänglich wäre.
5. Der implizite Verzicht auf weitere medizinische Abklärungen in antizipierter Beweiswürdigung durch die Vorinstanz beschlägt Fragen tatsächlicher Natur und ist daher für das Bundesgericht verbindlich (E. 1 hiervor), da von einer Rechtsfehlerhaftigkeit im Sinne von <ref-law> nicht die Rede sein kann. Demgemäss bleibt auch für die vom Beschwerdeführer mit Eventualbegehren verlangte Rückweisung an die IV-Stelle zur ergänzenden Abklärung kein Raum.
6. Die Gerichtskosten sind vom Beschwerdeführer als unterliegender Partei zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Berger Götz