Fatti:
A. Nell'ottobre del 2003 L._, A._, C._ e B._ pianificavano la trafugazione di una grande quantità di canapa essiccata (almeno 1'500 kg, pari a circa 40 m3), che si trovava in un vecchio deposito militare situato ad Arbedo (noto come "La polveriera") in cui la polizia cantonale custodiva reperti della cosiddetta operazione "Indoor", scattata nel marzo del 2003 per contrastare la produzione e lo smercio illegali di stupefacenti in Ticino. Il piano prevedeva che la canapa sarebbe stata poi nascosta in un cunicolo sotterraneo lungo circa 75 m nel Comune di Gordola, presso la diga della valle Verzasca, che I._ aveva messo a disposizione di C._ per un mese (il tempo di smerciare lo stupefacente) dietro compenso di circa € 100'000.--, pur senza sapere che la canapa sarebbe stata trafugata da un deposito della polizia. Il ricavo dell'operazione (tra i 4 e i 5 milioni di franchi complessivi, dato un prezzo di vendita attorno ai fr. 3'000.-- / 3'500.-- al kg) sarebbe spettato per il 50% alla fonte che aveva rivelato a L._ l'esistenza del deposito, per il 25% allo stesso L._ e per il restante 25% a C._ e A._, che avrebbero diviso in parti uguali, previo versamento di € 100'000.-- ad B._. I._ sarebbe stato rimunerato con i primi incassi della vendita.
Dal profilo esecutivo, mentre B._ si sarebbe occupato di noleggiare i tre furgoni necessari per il trasporto della canapa, A._ si sarebbe incaricato di procurare gli uomini. Egli assoldava così M._, rimasto poi latitante, e G._, che accettavano di collaborare, il primo dietro consegna di 50 kg di canapa e il secondo dietro versamento di € 50'000.--. M._ assoldava poi D._ (cui offriva € 20'000.-- affinché selezionasse, nel deposito, la canapa migliore), E._ (cui offriva € 4'000.-- o 5'000.-- per condurre uno dei furgoni) e F._ (cui offriva €500.-- per prestare aiuto alle operazioni di carico e scarico). G._ assoldava, fra altri, H._, prospettandogli un compenso da fr. 20'000.-- a 50'000.-- per "un furto di sigarette". Il colpo era previsto per domenica 19 ottobre 2003.
Quel giorno B._ si allontanava deliberatamente a X._, per crearsi un alibi. A._, C._, G._, L._, F._, E._, D._, H._ e M._ passavano all'azione in serata, unitamente a O._ e a N._, il quale al calar delle tenebre cercava materialmente di forzare il deposito unitamente a L._, mentre gli altri rimanevano appostati nella zona. Sennonché la trancia, il piede di porco e i cacciavite in loro dotazione non bastavano per aprire il deposito e il tentativo falliva. C._, L._ e A._ decidevano cosí di ritentare il giorno dopo. Il 20 ottobre 2003, tutti quanti si ritrovavano in serata. Muniti di fiamme ossidriche, di una motosega con disco da taglio e di una sega circolare, L._, N._ e D._, sul far della notte, cercavano nuovamente di far breccia nel deposito, mentre gli altri attendevano nei pressi. Non riuscendo a far funzionare correttamente le fiamme ossidriche, né a forzare in altro modo le entrate, finivano però per abbandonare i luoghi.
Risultato infruttuoso anche questo secondo tentativo, A._, C._ e L._ decidevano di riprovare. B._ noleggiava altri furgoni e si procurava in Italia altre bombole per le fiamme ossidriche. La sera del 26 ottobre 2003, A._, C._, L._, E._, F._, D._, M._ e un non meglio identificato fabbro (ma non più G._ né H._) tornavano in azione. Il fabbro, L._, D._ e F._ riuscivano allora a scassinare il deposito. D._ sceglieva la canapa da caricare sui furgoni, i quali raggiungevano poi la valle Verzasca. L'intera refurtiva veniva nascosta nel cunicolo presso la diga, salvo alcuni sacchi (26,5 kg) destinati alla rimunerazione di M._.
Complessivamente sono stati portati via da Arbedo oltre 1'500 kg di canapa. Il tutto veniva poi recuperato dalla polizia lunedì 28 ottobre 2003 in seguito all'arresto di B._, salvo quanto era destinato a M._, di cui si sono ritrovati poco più di 1,7 kg.
B. Il 2 settembre 2004 la Corte delle assise criminali in Bellinzona riconosceva:
- A._, B._, C._, E._ e F._ autori colpevoli di furto (tentato e consumato), infrazione alla legge federale sugli stupefacenti e danneggiamento;
- D._ autore colpevole di ripetuto furto (tentato e consumato), infrazione alla legge federale sugli stupefacenti, contravvenzione alla legge medesima e danneggiamento;
- H._ e G._ autori colpevoli di tentato furto e di infrazione alla legge federale sugli stupefacenti;
- I._ autore colpevole di complicità in infrazione alla legge federale sugli stupefacenti.
La Corte proscioglieva invece:
- A._, B._, C._, D._, E._, F._, G._ e H._ dall'accusa di sottrazione (tentata e consumata) di cose requisite o sequestrate;
- F._ e H._, parzialmente, dall'accusa di infrazione alla legge federale sugli stupefacenti.
In applicazione della pena la Corte condannava:
- A._ a due anni e nove mesi di reclusione, all'espulsione dalla Svizzera per sette anni e alla revoca della sospensione condizionale a una pena di diciotto mesi di detenzione e tre anni di espulsione inflittagli il 9 settembre 2002 dalla Corte delle assise correzionali di Lugano, l'esecuzione di quest'ultimo provvedimento rimanendo subordinata all'autorizzazione da parte dello Stato estero della Slovenia da cui l'imputato era stato estradato;
- B._ a diciotto mesi di reclusione sospesi condizionalmente per cinque anni;
- C._ a due anni e sei mesi di reclusione, aggiuntivi a una pena (dieci mesi di detenzione) inflittagli il 31 ottobre 2003 dalla Corte delle assise correzionali di Mendrisio;
- D._, E._ e G._ (in contumacia) a diciotto mesi di reclusione sospesi condizionalmente per cinque anni e all'espulsione dalla Svizzera per tre anni, pure sospesi condizionalmente per cinque anni;
- F._ a quindici mesi di reclusione sospesi condizionalmente per cinque anni e all'espulsione dalla Svizzera per tre anni, pure sospesi condizionalmente per cinque anni;
- H._ a dieci mesi di detenzione sospesi condizionalmente per due anni;
- I._ a nove mesi di detenzione sospesi condizionalmente per due anni.
A tutti la Corte computava il carcere preventivo sofferto.
A._, B._, C._, D._, E._, F._ e G._ venivano inoltre condannati a rifondere solidalmente allo Stato del Cantone Ticino fr. 38'493.90 in risarcimento del danno. La Corte ordinava infine la confisca di gran parte del materiale sequestrato.
C. Contro la sentenza di prima istanza A._ introduceva tempestivo ricorso alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CCRP), lamentando arbitrio nell'accertamento dei fatti ed un'errata applicazione del diritto. Chiedeva pertanto la riforma del giudizio impugnato nel senso di un proprio completo proscioglimento. In subordine egli domandava una riduzione della pena a 22 mesi di reclusione (compreso il carcere preventivo sofferto) e una riduzione dell'espulsione a cinque anni, senza revoca della sospensione condizionale alla pena inflittagli il 9 settembre 2002 dalla Corte delle assise correzionali di Lugano. Subeventualiter postulava l'annullamento puro e semplice della sentenza impugnata.
D. Il 4 maggio 2005 l'autorità di ricorso pronunciava:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è parzialmente accolto, nel senso che:
a) per quanto riguarda le accuse di furto (tentato e consumato), il ricorrente è prosciolto dai relativi capi d'imputazione e la sentenza impugnata è riformata di conseguenza;
b) per quanto riguarda le accuse di infrazione alla legge federale sugli stupefacenti, la condanna del ricorrente è annullata e gli atti sono rinviati a un'altra Corte delle assise criminali per nuovo giudizio e ricommisurazione della pena (principale e accessoria) nel senso dei considerandi.
Per il resto il ricorso è respinto.
2. In applicazione dell'art. 297 CPP/TI la sentenza impugnata è così modificata:
a) per quanto riguarda le accuse di furto (tentato e consumato), B._, C._, E._, F._, D._, H._ e G._ sono prosciolti dai relativi capi d'imputazione;
b) per quanto riguarda le accuse di infrazione alla legge federale sugli stupefacenti riguardo alla canapa trafugata la notte fra il 26 e il 27 ottobre 2003, la condanna di tutti gli imputati è annullata e gli atti sono rinviati a un'altra Corte delle assise criminali per nuovo giudizio e ricommisurazione della pena (principale e accessoria) nel senso dei considerandi.
Per il resto la sentenza rimane invariata.
E. Contro la sentenza dell'ultima istanza cantonale il Ministero pubblico del Cantone Ticino insorge mediante ricorso per cassazione al Tribunale federale, domandando l'annullamento dei dispositivi numero 1 lettera a) e numero 2 lettera a) della sentenza impugnata ed il rinvio del procedimento all'autorità cantonale per un nuovo giudizio.
F. A conclusione delle proprie osservazioni al ricorso A._ postula che esso venga respinto nella misura in cui è ammissibile. B._ domanda la reiezione del ricorso e la conferma della sentenza cantonale. Chiede inoltre che gli sia concesso il beneficio dell'assistenza giudiziaria e del gratuito patrocinio. E._, D._, C._, F._ e I._ si rimettono al giudizio del Tribunale federale. G._ e H._ sono rimasti silenti.

Diritto:
1. 1.1 Contestato nel gravame è il proscioglimento degli accusati dai capi di imputazione di furto, tentato e consumato. Su questa problematica l'ultima Corte cantonale si è espressa in maniera definitiva. Dato che si tratta di una questione di diritto federale determinante per l'esito finale della causa, pur rinviata ad un'altra Corte delle assise criminali per nuovo giudizio sulle restanti accuse, il ricorso per cassazione è in linea di massima ammissibile (art. 268 n. 1 PP; <ref-ruling> consid. 1a; <ref-ruling> consid. 1 e rispettivi richiami).
1.2 Nella sua impugnativa il ricorrente deve esporre in modo conciso quali sono le norme di diritto federale violate dalla decisione impugnata e in cosa consiste la violazione, mentre non deve criticare accertamenti di fatto né addurre fatti nuovi né proporre eccezioni, impugnazioni e mezzi di prova nuovi, come neppure prevalersi della violazione del diritto cantonale (art. 273 cpv. 1 lett. b PP). Nella misura in cui vengono implicitamente messi in discussione gli accertamenti di fatto relativi alla validità del sequestro, in casu oltretutto retto dal diritto cantonale, il ricorso risulta di conseguenza inammissibile.
2. A mente del Ministero pubblico, lo Stato nell'attuazione dei suoi compiti di protezione della salute pubblica era obbligato a porre sotto sequestro la canapa in questione per cui se ne è impossessato con l'intenzione di divenirne proprietario e ciò anche ai soli effetti della sua distruzione. Ne consegue che lo stupefacente è entrato a far parte di fatto del patrimonio dello Stato, giustificando quindi il riconoscimento della fattispecie primaria del furto. Questa posizione è essenzialmente anche quella espressa dalla Corte di primo grado.
La CCRP è invece di altro avviso. Secondo gli ultimi giudici cantonali, oggetto di furto possono essere solo cose appartenenti a terzi. In concreto la canapa trafugata non poteva appartenere ai coltivatori oggetto dell'operazione "Indoor", perché il diritto civile osta alla proprietà di cose fuori commercio. Sarebbe potuta divenire proprietà dello Stato se questo ne avesse ottenuto, in tutto o in parte, la confisca per uno scopo lecito, fosse solo per distruggerla. Il semplice sequestro non comporta invece alcuna acquisizione di proprietà, essendo un mero provvedimento conservativo, per tacere del fatto che nella fattispecie non risulta documentato sequestro alcuno. Quanto alla confisca, essa andava ordinata da un giudice, fatto questo che non figura agli atti, senza dimenticare ch'essa poco gioverebbe, dato che si ignora completamente quali reperti sono stati portati via dagli imputati. La CCRP conclude dunque che in nessun modo gli accusati possono essere condannati per furto in danno dello Stato.
3. 3.1 Si rende colpevole di furto ai sensi dell'<ref-law> chiunque, per procacciare a sé o ad altri un indebito profitto, sottrae al fine di appropriarsene una cosa mobile altrui.
3.2 L'unica problematica che occorre qui esaminare riguarda l'esistenza o meno di una cosa altrui (fremde Sache, chose appartenant à autrui) ai sensi di tale disposizione. Che nel caso specifico vi sia stata sottrazione di una cosa mobile e che questo atto sia stato compiuto con finalità di indebito profitto è invece pacifico, per cui questi elementi della fattispecie non necessitano di ulteriore approfondimento.
3.3 Già in <ref-ruling> il Tribunale federale ha sottolineato come la nozione di altruità della cosa del diritto penale sia da ricollegare al concetto giusprivatistico di proprietà ai sensi degli art. 641 e segg. CC. Ciò è stato ribadito anche in <ref-ruling> consid. 3 c/aa con espliciti rinvii dottrinali. Il postulato dell'unitarietà dell'intero ordinamento giuridico impone infatti di adottare soluzioni interpretative che garantiscano la maggiore coerenza possibile fra i vari sottosistemi che lo compongono (Ursula Cassani, La protection pénale du patrimoine, Autonomie et détermination par le droit civil, tesi ginevrina, Losanna 1988, pag. 17-27 e rinvii). Viene per tanto considerata altrui una cosa su cui almeno una persona diversa dall'agente vanta diritto di proprietà (perlomeno a titolo di comproprietà giusta gli art. 646 e segg. CC o di proprietà comune giusta gli art. 652 e segg. CC). Di converso se l'agente è titolare della proprietà esclusiva sulla cosa oppure se la cosa non è di nessuno (res nullius), rispettivamente se è già di per sé estranea al regime della proprietà (eigentumsunfähig), non è ravvisabile altruità giusta gli art. 137 e segg. CP (Marcel Alexander Niggli, Commentario basilese, n. 34 preliminarmente all'<ref-law>; Günter Stratenwerth/Guido Jenny, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil I: Straftaten gegen Individualinteressen, 6a ed., Berna 2003, § 13 n. 7; Ursula Cassani, Le droit pénal: esclave ou maître du droit civil?, in SJ 122/2000, pag. 298 e seg.; Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2a ed., Zurigo 1997, n. 4 preliminarmente all'art. 137; Jörg Rehberg/Niklaus Schmid, Strafrecht III: Delikte gegen den Einzelnen, 7a ed., Zurigo 1997, pag. 74 e seg.).
In virtù di questi principi non sono in particolare considerate appartenenti ad altrui le cose la cui commerciabilità è vietata o limitata per motivi d'interesse generale e che costituiscono pertanto cosiddette res extra commercium (Heinz Rey, Die Grundlage des Sachenrechts und das Eigentum, vol. 1, 2a ed., Berna 2000, n. 194 e seg. pag. 50; Paul-Henri Steinauer, Les droits réels, vol. I, 3a ed., Berna 1997, n. 76 e seg. pag. 30; Arthur Meier-Hayoz, Commentario bernese, Das Eigentum, Systematischer Teil n. 212-216; sul concetto v. pure Grégoire Loiseau, Typologie des choses hors du commerce, in Revue trimestrielle de droit civil, 2000, pag. 47-63). Il Tribunale federale ha di conseguenza escluso la punibilità per furto di chi sottrae stupefacenti a qualcuno che li possiede illecitamente (<ref-ruling>; <ref-ruling>).
Diversa è invece la situazione nel circuito legale. Agli art. 4 e segg. della legge federale sugli stupefacenti e sulle sostanze psicotrope (LStup; RS 812.121) vengono infatti definite differenti costellazioni in cui la fabbricazione, la fornitura, l'acquisto e l'uso di stupefacenti sono autorizzati da parte dello Stato. In questo ambito nulla osta all'insorgenza di diritti di proprietà su tali sostanze. Così i medici, i dentisti, i veterinari, i farmacisti che detengono stupefacenti in virtù di quanto previsto agli art. 9 e segg. LStup sono protetti sia civilmente che penalmente nel loro diritto di proprietà (<ref-ruling> consid. 3c/aa pag. 183). Analogo discorso può essere fatto per le istituzioni attive nel programma di trattamento di tossicomani giusta l'<ref-law>, introdotto giusta il n. I del decreto federale del 9 ottobre 1998 concernente la prescrizione medica di eroina (RU 1998 pag. 2293, 2004 pag. 4387; FF 1998 pag. 1161, 2002 pag. 5223). Determinante in tutti questi casi non è comunque l'appartenenza di fatto al circuito legale, quanto invece l'esistenza o meno di diritti di proprietà formalmente riconosciuti.
3.4 Nel caso concreto va dunque esaminato se la canapa sottratta al deposito della polizia fosse, al momento stesso della sua sottrazione, in proprietà di qualcuno.
3.4.1 Preliminarmente va ribadito come la LStup disciplini qualsiasi tipo di rapporto con gli stupefacenti, già a partire dalla coltivazione di piante per estrarne tali sostanze. Nel caso concreto è indubbio che i coltivatori delle piante da canapa non erano autorizzati a produrre stupefacenti, per cui è escluso che potessero divenirne proprietari, e questo nemmeno mediante atto reale come invece sostiene una parte della dottrina con richiamo all'acquisto originario della proprietà sui frutti naturali giusta gli art. 643 cpv. 1 e 756 cpv. 1 CC (v. Kurt Seelmann, Kein Diebstahl an Betäubungsmitteln möglich?, in recht 1997, pag. 37; Stratenwerth/Jenny, op. cit., § 13 n. 7). Infatti, come giustamente replica un'altra parte della dottrina, né le norme sull'acquisto originario dei frutti naturali né quelle sulla specificazione (<ref-law>) possono venire applicate in questi casi, poiché il divieto penalmente sancito all'<ref-law> inibisce già in origine la nascita di diritto di proprietà su sostanze stupefacenti (v. Niggli, op. cit., n. 46).
3.4.2 Ne consegue che prima di entrare in possesso dello Stato la canapa non era proprietà di nessuno, ciò che esclude a priori l'eventualità di un acquisto derivativo della proprietà da parte dello stesso ente pubblico. Merita invece approfondimento l'ipotesi di un acquisto originario dello Stato mediante occupazione.
3.4.3 In base all'<ref-law> le cose senza padrone diventano proprietà di colui che se ne impossessa con l'intenzione di divenirne proprietario. Necessarie sono dunque la materiale presa di possesso sulla cosa nonché la volontà del soggetto di acquistarne la proprietà.
3.4.4 L'autorità cantonale ha accertato, in maniera qui non più sindacabile (art. 277bis cpv. 1 PP), che nella fattispecie non risulta documentato sequestro alcuno, ignorandosi altresì completamente quali reperti siano stati portati via dagli accusati (sentenza impugnata pag. 15). Presa di possesso ai sensi dell'<ref-law> c'è comunque stata visto che la canapa, al di là di queste lacune probatorie, era certamente entrata nella sfera di controllo dello Stato. Il diritto/dovere dello Stato di impossessarsi di tale canapa trova fondamento legale sia nella LStup che nelle relative norme procedurali e di polizia (v. in particolare per il Cantone Ticino art. 157 e segg. CPP/TI così come art. 9 della legge sulla polizia del 12 dicembre 1989, RL 1.4.2.1). Lo Stato aveva preso in consegna questo materiale in ossequio agli obiettivi di tutela della salute pubblica, che sono inerenti alla stessa LStup e che strumenti processuali come il sequestro e la confisca servono a garantire. Una volta esperite le relative fasi del procedimento penale (v. <ref-ruling>), lo Stato è infine chiamato ad una utilizzazione degli stupefacenti conforme alla legge oppure alla loro eliminazione (art. 73 OStup; RS 812.121.1).
3.4.5 Se il requisito oggettivo della presa di possesso è senz'altro dato, altrettanto non si può affermare per quello soggettivo, visto che anche dopo una confisca giudiziale ai sensi degli art. 58 e 59 CP lo Stato può certo disporre degli oggetti o dei valori confiscati (<ref-ruling> consid. 3a), ma non per questo acquisire diritto di proprietà su di essi. Nella più recente dottrina predomina anzi l'opinione secondo cui la confisca non comporta trasferimento allo Stato della formale proprietà su quanto è stato confiscato, già per l'inconciliabilità di una simile conclusione con la persistenza di pretese della persona lesa o di terzi, che in base all'<ref-law> si estinguono soltanto cinque anni dopo la pubblicazione ufficiale della confisca (Niklaus Schmid, Einziehung, in N. Schmid [curatore], Kommentar Einziehung, organisiertes Verbrechen und Geldwäscherei, vol. 1, Zurigo 1998, pag. 43 e seg.; Denis Piotet, Les effets civils de la confiscation pénale, Berna 1995, pag. 17 e segg.; Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil II: Strafen und Massnahmen, Berna 1989, § 14 n. 34). Ammettere trapasso di proprietà sarebbe altresì in contrasto con il principio della proporzionalità, visto che per realizzare gli scopi d'interesse pubblico della confisca è sufficiente l'esercizio da parte dello Stato di un potere di disposizione sulla cosa di natura pubblica (hoheitliche Verfügungsmacht, maîtrise de droit public), senza necessità di adottare più massicce ingerenze nella garanzia stessa della proprietà (v. Schmid, op. cit., pag. 44 e segg.; Piotet, op. cit., pag. 23, come pure pag. 5 e seg.). Questo vale a maggior ragione nel caso concreto, visto che la posizione possessoria dello Stato era semplicemente fondata su di una situazione fattuale di sequestro, come tale inadatta a istituire diritti di proprietà a titolo originario.
3.4.6 La fattispecie di furto non è dunque adempiuta, perché la canapa sottratta non era in proprietà né dello Stato né di altri soggetti, per cui non poteva rappresentare cosa altrui ai sensi del diritto penale patrimoniale. Tutt'al più avrebbe potuto entrare in considerazione il reato di sottrazione di cose requisite o sequestrate (<ref-law>), ipotesi peraltro scartata già dalla Corte di merito per assenza dagli atti delle decisioni di sequestro (sentenza di prima istanza, pag. 84). In questo senso la non punibilità per furto non è di per sé frutto di una lacuna dell'ordinamento penale, ferma restando altresì l'applicabilità delle norme penali della LStup, tema tuttavia non posto in questa sede perché oggetto di rinvio ad un'altra Corte delle assise criminali.
3.5 Da quanto sopra discende che la decisione impugnata non viola il diritto federale. Il ricorso va dunque respinto nella misura della sua ammissibilità.
4. L'accusatore pubblico, soccombente, è dispensato dal pagamento delle spese (art. 278 cpv. 2 PP). I resistenti A._ e B._, nelle loro osservazioni, hanno domandato la reiezione del ricorso, il primo nella misura in cui è ammissibile. Visto l'esito della causa essi risultano vincenti, per cui viene loro assegnata un'indennità a carico della cassa del Tribunale federale (art. 278 cpv. 3 PP). La domanda di assistenza giudiziaria e gratuito patrocinio di B._ diviene pertanto priva di oggetto.
E._, D._, C._, F._ e I._ si sono rimessi al giudizio del Tribunale federale, senza formulare osservazioni di sorta, per cui non sopportano spese e non vengono loro assegnate indennità per ripetibili. Lo stesso vale per G._ e H._, i quali sono rimasti silenti.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Non si prelevano spese.
3. La cassa del Tribunale federale verserà al patrocinatore di A._ fr. 2000.-- e al patrocinatore di B._ fr. 2000.--, a titolo di ripetibili per la sede federale.
4. Comunicazione al Ministero pubblico del Cantone Ticino, ai patrocinatori degli opponenti e alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.