Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Gemäss <ref-law> können die Durchführungsorgane nach Anhören des Arbeitgebers und der unmittelbar betroffenen Versicherten bestimmte Massnahmen zur Verhütung von Berufsunfällen und Berufskrankheiten anordnen (Satz 1). In diesem Rahmen können die Durchführungsorgane Versicherte, die hinsichtlich Berufsunfällen oder Berufskrankheiten durch bestimmte Arbeiten besonders gefährdet sind, von diesen Arbeiten ausschliessen (<ref-law>). Gemäss Satz 2 dieser Bestimmung ordnet der Bundesrat die Entschädigung für Versicherte, die durch den Ausschluss von ihrer bisherigen Arbeit im Fortkommen erheblich beeinträchtigt sind und keinen Anspruch auf andere Versicherungsleistungen haben.
Gestützt auf diese Bestimmungen hat der Bundesrat in den Art. 82 ff. der Verordnung über die Verhütung von Unfällen und Berufskrankheiten (VUV) vom 19. Dezember 1983 die Ansprüche des Arbeitnehmers geordnet, welcher von einer befristeten oder dauernden (definitiven) Nichteignungsverfügung betroffen ist. Zu dessen Ansprüchen gehören die persönliche Beratung (<ref-law>), das Übergangstaggeld (Art. 83-85 VUV), welches, betraglich dem vollen gewöhnlichen Taggeld des <ref-law> entsprechend, während höchstens vier Monaten entrichtet wird (<ref-law>) und schliesslich die Übergangsentschädigung gemäss den Art. 86-88 VUV. Diese kann, unter den in <ref-law> normierten Voraussetzungen während höchstens vier Jahren ausgerichtet werden (<ref-law>). Dabei beträgt die Übergangsentschädigung 80 % der Lohneinbusse, die der Arbeitnehmer wegen des befristeten oder dauernden Ausschlusses von der ihn gefährdenden Arbeit oder infolge der Verfügung auf bedingte Eignung auf dem Arbeitsmarkt erleidet; als Lohn gilt der versicherte Verdienst nach <ref-law> (<ref-law>). Erhält ein Arbeitnehmer, dem eine Übergangsentschädigung zugesprochen wurde, später Taggelder oder eine Rente für die Folgen eines Berufsunfalls oder einer Berufskrankheit, die mit der in der Verfügung bezeichneten Arbeit zusammenhängt, so kann die Übergangsentschädigung laut <ref-law> an diese Leistungen ganz oder teilweise angerechnet werden.
Trifft das Übergangstaggeld oder die Übergangsentschädigung mit anderen (d.h. nicht vom zuständigen Unfallversicherer erbrachten) Sozialversicherungsleistungen zusammen, so kommt die Kürzungsregelung gemäss <ref-law> zum Zuge (<ref-law>), ferner, bei Erfüllung der in Art. 89 Abs. 2 lit. a-c VUV normierten Voraussetzungen die Kürzungsregelung gemäss Art. 37 Abs. 1 und 2 UVG.
2.- Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid erwogen, obwohl die Grundlage für die Entschädigung von Versicherten, die durch den Ausschluss von ihrer bisherigen gesundheitsgefährdenden Arbeit eine Lohneinbusse erleiden, systematisch im sechsten Titel des Gesetzes, welcher die Unfallverhütung zum Gegenstand hat, eingeordnet sei, handle es sich dabei unzweifelhaft um eine Versicherungsleistung im Sinne der im dritten Titel ("Versicherungsleistungen"; Art. 10 bis <ref-law>) normierten Leistungen, was sich ohne weiteres aus <ref-law> ergebe. Da der Unfallversicherer nur für Schäden einstehen müsse, die in einem natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang mit dem schädigenden Ereignis stehen, setze die Ausrichtung der Übergangsentschädigung im Sinne von <ref-law> eine Beeinträchtigung des wirtschaftlichen Fortkommens voraus, welche sich auf Umstände beziehe, die sowohl eine natürliche wie auch eine adäquate kausale Folge des Ausschlusses von der bisherigen Arbeit darstelle. Sei demnach nicht die Berufskrankheit, sondern eine dazu in keinem kausalen Zusammenhang stehende psychische Störung für die Nichtaufnahme einer alternativen Tätigkeit verantwortlich, bestehe kein Anspruch auf Übergangsentschädigung.
3.- a) Wenn das kantonale Gericht ausführt, die Feststellung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts im Urteil vom 10. November 1999, wonach die Berufskrankheit und die durchgemachten anaphylaktischen Reaktionen nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und nach der allgemeinen Lebenserfahrung nicht geeignet sind, eine psychische Störung zu verursachen, wie sie sich bei der vom Beschwerdeführer an den Tag gelegten Vermeidungshaltung manifestierte, sei auch mit Bezug auf die Überentschädigung verbindlich, kann ihm nicht gefolgt werden. Diese Adäquanzbeurteilung bezog sich einzig auf den Leistungsanspruch im Zusammenhang mit der Berufskrankheit.
Wie das Eidgenössische Versicherungsgericht bereits früher festgehalten hat, ergibt sich aus der Systematik des Unfallversicherungsgesetzes, dass es sich bei den Übergangsentschädigungen nicht um Versicherungsleistungen im engeren Sinne handelt, sondern um Leistungen, welche im Zusammenhang mit der Verhütung von Berufsunfällen und Berufskrankheiten erbracht werden. Der unfallversicherungsrechtlichen Übergangsentschädigung und der Unfallinvalidenrente liegen unterschiedliche leistungsbegründende Tatbestände, d.h. verschiedenartige Risiken zugrunde. Beide Institute unterscheiden sich sowohl von den Voraussetzungen wie auch vom Inhalt her (<ref-ruling> Erw. 2c, 120 V 139 Erw. 4c/bb; RKUV 1995 Nr. U 225 S. 164 Erw. 2b).
b) Die SUVA kann einen Arbeitnehmer als nichtgeeignet oder nur bedingt geeignet erklären und ihn von Arbeiten ausschliessen, die seine Gesundheit erheblich gefährden. Die befristete oder dauernde Nichteignungsverfügung stellt eine Einschränkung der Freiheit dar, sich in einer gewissen Hinsicht erwerblich zu betätigen. Es haften ihr versicherungsrechtliche, aber auch polizeirechtliche Züge im Sinne des Gesundheitsschutzes an (Maurer, Schweizerisches Unfallversicherungsrecht, Bern 1985, S. 591 FN 1512a). Sie ergeht von der Verwaltung gestützt auf die gesicherten medizinischen Erkenntnisse einer besonderen Gefährdung des Arbeitnehmers auf Berufsunfälle oder Berufskrankheiten durch bestimmte Arbeiten (<ref-law>). Mit der Übergangsentschädigung soll dem Versicherten sodann der Wechsel von der ihn gefährdenden Arbeit auf eine neue geeignete Erwerbstätigkeit und die Erlangung der erforderlichen Fertigkeiten erleichtert werden (<ref-ruling> Erw. 4b; EVGE 1967 S. 206 Erw. 4). Die dafür notwendigen Voraussetzungen, welche kumulativ erfüllt sein müssen (RKUV 1995 Nr. U 225 S. 165 Erw. 2b), sind in Art. 86 Abs. 1 lit. a-c VUV geregelt.
c) Die Übergangsentschädigung setzt weder Arbeitsunfähigkeit noch Invalidität voraus. Wenn der Versicherte wegen einer bereits bestehenden Invalidität als nicht geeignet erklärt wird und eine Invalidenrente erhält, ist die Überentschädigung zwar ausgeschlossen; der Grund liegt indessen darin, dass in diesem Fall die Invalidenrente die Funktion der Übergangsentschädigung übernimmt (<ref-law>; Maurer, a.a.O., S. 594 FN 1517a). Verfügt der Versicherte dagegen über eine ganze oder teilweise Erwerbsfähigkeit, steht ihm keine Invalidenrente zu Lasten des Unfallversicherers zu, und er bezieht in diesem Umfange keine anderen Versicherungsleistungen im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> Erw. 4c/bb). Ebenso entfällt eine Leistung des Unfallversicherers, wenn der adäquate Kausalzusammenhang zwischen Berufskrankheit oder Unfall und Gesundheitsschaden verneint wurde. Vorbehalten bleibt in diesem Fall eine allfällige Kürzung der Übergangsentschädigung gemäss <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>, wenn eine andere Sozialversicherung Leistungen erbringt.
4.- a) Der Anspruch auf Übergangsentschädigung entsteht indessen nur dann, wenn der Versicherte trotz persönlicher Beratung, trotz Bezugs von Übergangstaggeld und trotz des ihm zumutbaren Einsatzes, den ökonomischen Nachteil auf dem Arbeitsmarkt wettzumachen, in seinem wirtschaftlichen Fortkommen erheblich beeinträchtigt bleibt (<ref-law>). Das Vorliegen ernsthafter Arbeitsbemühungen durch den Versicherten bildet eine der Anspruchsvoraussetzungen für den Bezug einer Übergangsentschädigung (RKUV 1995 Nr. U 225 S. 165 Erw. 2b).
Ferner muss er in einem Zeitraum von zwei Jahren unmittelbar vor Erlass der Verfügung oder vor einem medizinisch notwendigen und tatsächlich vollzogenen Wechsel der Beschäftigung bei einem der Versicherung unterstellten Arbeitgeber mindestens 300 Tage lang die gefährdende Arbeit ausgeübt haben (<ref-law>). Damit kann angenommen werden, dass sich die Berufskrankheit bei diesem Arbeitgeber entwickelt hat (zur Gesetzmässigkeit dieser Verordnungsbestimmung vgl. <ref-ruling>).
Schliesslich hat er innert zweier Jahre, nachdem die Verfügung in Rechtskraft erwachsen oder ein Anspruch auf Übergangstaggeld erloschen ist, beim Versicherer jenes Arbeitgebers, bei dem er zur Zeit des Erlasses der Verfügung gearbeitet hat, ein entsprechendes Gesuch zu stellen (<ref-law>).
b) Nach dem Dafürhalten des Beschwerdeführers war er trotz zumutbaren Einsatzes und persönlicher Beratung auch nach dem Bezug der Übergangstaggelder in seinem wirtschaftlichen Fortkommen erheblich beeinträchtigt. Die Akten zeigen indessen ein anderes Bild. Wie dem Bericht des Berufsberaters der IV-Stelle über die Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten vom 29. April 1996 zu entnehmen ist, hatte sich der Versicherte bis dahin nicht um Stellen bemüht, da er sich grundsätzlich zum Arbeiten nicht fähig fühlte. Gegenüber dem Inspektor der SUVA hatte er am 18. April 1995 erklärt, er könne keine Erwerbstätigkeit aufnehmen, selbst wenn er dabei nicht mit Mehlstaub in Kontakt komme. Wenn der Beschwerdeführer somit - weit über die verfügte Beschränkung hinausgehend - meint, nirgendwo mehr arbeiten zu können, ist dies auf sein subjektives Empfinden und nicht auf die Nichteignungsverfügung vom 15. September 1994 zurückzuführen. Da die Voraussetzung von <ref-law> nicht erfüllt ist, besteht kein Anspruch auf Übergangsentschädigung.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht
des Kantons Zürich und dem Bundesamt für
Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 22. April 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: