Sachverhalt:
A. A._ erstattete am 18. März 2008 Anzeige. Er sei um ca 8.40 Uhr mit dem Fahrrad von der Kirchenfeldbrücke her die Thunstrasse hinaufgefahren und habe über den Thunplatz-Kreisel in die Seminarstrasse fahren wollen. Die Fahrzeugführerin des Personenwagens Kennzeichen XY 123456 habe vom Burgernziel herkommend die Thunstrasse Richtung Thunplatz befahren. Dabei habe sie ihr Mobiltelefon mit der linken Hand am Ohr gehalten und telefoniert. Vor der Einmündung in den Thunplatz sei sie auf der rechten Spur in den Thunplatz-Kreisel hineingefahren, ohne ihm den Vortritt zu gewähren.
B. In der Folge wurde gegen X._ die Strafverfolgung eröffnet. Sie wurde erstinstanzlich der mehrfach begangenen einfachen Verkehrsregelverletzung durch Missachten des Vortritts als PW-Lenkerin gegenüber einem Fahrrad sowie Benützen eines Mobiltelefons ohne Freisprecheinrichtung während der Fahrt schuldig gesprochen und zu einer Busse von Fr. 350.-- verurteilt. Gegen dieses Urteil erklärte X._ die Appellation. Das Obergericht des Kantons Bern bestätigte mit Urteil vom 1. April 2009 den Schuld- und Strafpunkt.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, und sie sei vom Vorwurf der einfachen Verkehrsregelverletzung freizusprechen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die Vorinstanz verzichtet auf Vernehmlassung, während sich die Generalprokuratur innert Frist nicht hat vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin rügt eine willkürliche Beweiswürdigung sowie die Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo".
1.1 Die Vorinstanz führt aus, die Aussagen des Zeugen seien gleich bleibend und Ausdruck eines selber erlebten Geschehnisses. Er habe sich namentlich an die Kontrollschildnummer, die Farbe des Fahrzeuges sowie an die Tatsache, dass es sich um eine Frau handelte, erinnert. In der Hauptverhandlung habe er seine Aussagen betreffend das Mobiltelefon leicht abgeschwächt und ausgesagt, dass "die linke Hand beim Ohr war und der Mund sich bewegt hat". Diese Abschwächung spreche eher für die Glaubhaftigkeit seiner Aussagen. Ein Motiv für eine Falschanschuldigung sei nicht ersichtlich. Die Beschwerdeführerin habe am 18. März 2008 um 08.51 Uhr an ihrem Arbeitsort eingestempelt. Gemäss ihren eigenen Angaben benötige sie für den Weg von der Tiefgarage bis zur Stempeluhr fünf Minuten. Der Weg vom Thunplatz bis zur Tiefgarage daure bloss wenige Minuten. Dabei erscheine die Route über den Thunplatz als die wahrscheinlichste, zumal der Bahnhofplatz damals wegen Bauarbeiten für den Durchgangsverkehr gesperrt gewesen sei. Die von der Beschwerdeführerin genannte Route durch das Mattequartier stelle einen Umweg dar, welcher höchstens bei grossem Verkehrsaufkommen auf den Hauptachsen sinnvoll sei. Die Beschwerdeführerin habe am genannten Tag erst um 08.51 Uhr statt wie üblicherweise um 06.00 Uhr mit der Arbeit begonnen. Es spreche vieles dafür, dass sie an diesem Tag auch in der Routenwahl eine Ausnahme gemacht habe. Da die Beschwerdeführerin kongruent ausgesagt habe und kooperativ gewesen sei, sei sie als glaubwürdig einzustufen. Hingegen seien ihre Aussagen im Wesentlichen durch fehlendes Erinnerungsvermögen geprägt. Sie könne sich nicht mehr erinnern, ob und gegebenenfalls wo sie am genannten Tag um ca. 08.40 Uhr unterwegs gewesen sei. Es sei zu berücksichtigen, dass sie erst ca. einen Monat nach dem Vorfall befragt wurde. Da der späte Arbeitsbeginn aber die Ausnahme darstelle, wäre es für sie umso einfacher gewesen darzulegen, weshalb sie am besagten Tag später zu arbeiten begonnen habe. Die erste Instanz sei beweiswürdigend mit guten Gründen von den Aussagen des Zeugen ausgegangen (angefochtenes Urteil E. IV A S. 7 ff.).
1.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, der Zeuge sei voreingenommen. Durch seine ablehnende Haltung gegenüber motorisierten Verkehrsteilnehmern liege die Vermutung nahe, dass er zu Mutmassungen oder Übertreibungen neige, was sehr wohl den Inhalt einer Anzeige zu beeinflussen vermöge. Der Zeuge habe sich abgesehen von der Kennziffer der Kontrollschildnummer an keine individualisierenden Merkmale, welche sich klar von der Masse abheben, erinnern können. "In dubio pro reo" sei davon auszugehen, dass sie sich zur fraglichen Zeit nicht am besagten Ort befunden habe. Weiter spreche der Zeuge in der Anzeige von der Benützung eines Mobiltelefons, anlässlich der Hauptverhandlung von der Hand am linken Ohr. Diese Aussagen würden im relevanten Kerngeschehen stark voneinander abweichen. Die vorinstanzliche Schlussfolgerung, die angebliche Fahrdauer zwischen Thunplatz und Ankunftszeit sei ein Indiz für ihre Anwesenheit zur fraglichen Zeit am Thunplatz, sei willkürlich. Die Dauer dieses Weges habe nicht genau verifiziert werden können. Es sei nicht ersichtlich, weshalb ihrer Aussage, dass sie den Thunplatz normalerweise nicht befahre, kein Glaube geschenkt werden sollte. Dass sie eine andere Routenwahl getroffen habe, weil sie am besagten Tag später zur Arbeit erschienen sei, sei reine Spekulation. Der Vorwurf, dass sie einige Monate nach dem angeblichen Überfall nicht mehr darlegen könne, weshalb sie nicht wie üblich um 06.00 Uhr mit der Arbeit begonnen habe, widerspreche dem Grundsatz der Unschuldsvermutung. Insgesamt könnten die angeblich belastenden Argumente die Tat nicht beweisen. Vielmehr bestünden zahlreiche und nicht zu unterdrückende Zweifel an ihrer Täterschaft. Deshalb sei sie von den entsprechenden Vorwürfen freizusprechen.
1.3 Aus der in Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK verankerten Unschuldsvermutung wird die Rechtsregel "in dubio pro reo" abgeleitet. Als Beweiswürdigungsregel besagt sie, dass sich der Strafrichter nicht von einem für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalt überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Bei der Frage, ob angesichts des willkürfreien Beweisergebnisses erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel hätten bejaht werden müssen und sich der Sachrichter von dem für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalt nicht hätte überzeugt erklären dürfen, steht der Vorinstanz ein weiter Ermessensspielraum zu. Willkür liegt einzig vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Dabei genügt es nicht, wenn sich der angefochtene Entscheid lediglich in der Begründung als unhaltbar erweist; eine Aufhebung rechtfertigt sich erst, wenn er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 178 mit Hinweisen).
Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde zu begründen. Die Begründung hat in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG, BGE 133 Il 249 E. 1.4.2 S. 254).
1.4 Die Beschwerdeführerin setzt sich einerseits in weiten Teilen nicht mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinander, sondern wiederholt ihre Ausführungen, welche sie in der Appellation vorgebracht hat. Andererseits gibt sie mit ihren Ausführungen ihre eigene Sicht der Dinge wieder bzw. legt dar, wie die vorhandenen Beweise ihrer Auffassung nach richtigerweise zu würdigen gewesen wären. So bringt sie beispielsweise vor, dass der Zeuge eine Ziffer der Kontrollschildnummer vertauscht, und dass sie mit ihrer Hand andere Bewegungen als das Halten eines Mobiltelefons ausgeführt haben könnte. Aus dieser rein appellatorischen Kritik ergibt sich nicht, dass und inwiefern die Vorinstanz den Sachverhalt willkürlich im Sinne von Art. 9 BV festgestellt haben könnte. Soweit ihre Rügen deshalb den Begründungsanforderungen nicht genügen, ist darauf von vornherein nicht einzutreten.
Auch die rechtsgenügend begründeten Vorbringen gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung sind nicht geeignet, Willkür darzulegen. Die Vorinstanz ist von den Aussagen des Zeugen ausgegangen und hat diese mit Indizien untermauert. Da ein Indiz immer nur mit einer gewissen Wahrscheinlichkeit auf die Täterschaft oder die Tat hinweist, lässt es, einzeln betrachtet, die Möglichkeit des Andersseins offen, enthält daher auch den Zweifel. Es ist jedoch zulässig, aus der Gesamtheit der verschiedenen Indizien, welche je für sich allein betrachtet nur mit einer gewissen Wahrscheinlichkeit auf eine bestimmte Tatsache oder Täterschaft hindeuten und insofern Zweifel offen lassen, auf den vollen rechtsgenügenden Beweis von Tat oder Täter zu schliessen (Urteil 6B_332/2009 vom 4. August 2009 E. 2.3 mit Hinwei-sen). Die Vorinstanz hat dementsprechend die Aussagen beider Beteiligten gewürdigt und diese mit den örtlichen und zeitlichen Gegebenheiten verglichen. Bei den Aussagen des Zeugen hat sie beachtet, dass es sich um einen passionierten Velofahrer handelt. Aufgrund seines glaubhaften Aussageverhaltens ist sie davon ausgegangen, dass diese Tatsache den Inhalt seiner Anzeige nicht beeinflusst hat. In diesem Sinne hat sie namentlich festgehalten, das vom Zeugen genannte Kontrollschild stimme mit einem weissen Fahrzeug überein, dessen Halterin die Beschwerdeführerin sei, welche das Fahrzeug alleine fahre. Weiter hat die Vorinstanz die Tatzeit mit der Dauer des Weges vom Thunplatz zum Arbeitsort der Beschwerdeführerin sowie des Zeitpunkts ihres Arbeitsbeginns verglichen. Die Tatsache, dass sich die Beschwerdeführerin nicht an den Grund des späteren Arbeitsbeginns erinnern kann, hat sie nicht als fehlenden Entlastungsbeweis, sondern im Gesamtzusammenhang des Aussageverhaltens der Beschwerdeführerin gewürdigt.
Bei objektiver Würdigung des gesamten Beweisergebnisses bleiben keine offensichtlich erheblichen und schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel, dass sich der Sachverhalt gemäss Anklage verwirklicht hat. Gestützt auf den willkürfrei festgestellten Sachverhalt liegt keine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" vor.
2. Die Beschwerdeführerin bestreitet das Vortrittsrecht des Zeugen. Die Vorinstanz habe den diesbezüglichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt und den Vertrauensgrundsatz nicht korrekt angewendet.
2.1 Vorab ist festzuhalten, dass die Beschwerdeführerin keine Einwände gegen die rechtliche Würdigung des Benützens eines Mobiltelefons ohne Freisprecheinrichtung erhebt. Die diesbezügliche Verurteilung zur einfachen Verkehrsregelverletzung verstösst nicht gegen Bundesrecht.
2.2 Gemäss Art. 26 Abs. 1 SVG muss sich jedermann im Verkehr so verhalten, dass er andere in der ordnungsgemässen Benützung der Strasse weder behindert noch gefährdet. Aus dieser Bestimmung haben Rechtsprechung und Lehre den so genannten Vertrauensgrundsatz abgeleitet. Danach darf jeder Strassenbenützer darauf vertrauen, dass sich die anderen Verkehrsteilnehmer ordnungsgemäss verhalten (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 285 mit Hinweisen). Auf den Vertrauensgrundsatz kann sich indes nur berufen, wer sich selbst verkehrsregelkonform verhalten hat. Wer gegen die Verkehrsregeln verstösst und dadurch eine unklare oder gefährliche Verkehrslage schafft, kann nicht erwarten, dass andere diese Gefahr durch erhöhte Vorsicht ausgleichen (<ref-ruling> E. 2b S. 88 mit Hinweisen).
2.3 Die Vorinstanz verneint eine Verletzung des Vertrauensgrundsatzes. Der Zeuge sei aus Richtung Helvetiaplatz, daher aus der Thunstrasse gekommen und sei in den Kreisverkehr eingefahren. Nach der Einfahrt in den Kreisverkehr habe er im Einmündungsbereich der Kirchenfeldstrasse von der rechten in die linke Fahrspur gewechselt, in einem Moment also, als die Beschwerdeführerin noch weit vom Kreisverkehr entfernt gewesen sei. Anschliessend sei der Zeuge auf der linken Spur um den Kreisverkehr gefahren und sei im Bereich Zufahrt ab Burgernziel auf den haltenden, ihm den Vortritt gewährenden Personenwagen gestossen. Er habe Vortritt gehabt, da er den Kreisverkehr vor der Beschwerdeführerin befahren habe. Aus seiner Sicht hätten ihm drei Möglichkeiten offen gestanden: Fahrt aus seiner Sicht links wieder um den Kreisverkehr Richtung Kirchenfeldstrasse, Fahrt aus seiner Sicht halblinks Richtung Marienstrasse (recte: Jungfraustrasse), oder Fahrt - wie von ihm ausgesagt - in die Seminarstrasse. Für die letzte Möglichkeit sei eine Zeichengebung erforderlich, jedoch erst kurz vor Verlassen des Kreisverkehrs, in einem Bereich, in dem der Zeuge bereits an der Beschwerdeführerin vorbeigefahren wäre, wenn diese ihm den Vortritt belassen hätte (angefochtenes Urteil E. IV B S. 15 f.).
2.4 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz habe die tatsächlichen Gegebenheiten am Thunplatz offensichtlich verkannt. Nachdem der Zeuge nach der Einfahrt in den Kreiselverkehr im Einmündungsverkehr von der rechten auf die linke Fahrspur gefahren sei, habe er vor dem Einbiegen in die Seminarstrasse noch innerhalb des Kreisels - kurz nach dem Überqueren der Tramgleise - einen Spurwechsel vornehmen müssen. So habe er in dem Moment von der inneren in die äussere Fahrspur des Kreisels wechseln müssen, in dem die Zufahrt zum Kreisel ab Burgernziel erfolgte. Bei einem Spurwechsel innerhalb des Kreisverkehrs sei ebenfalls eine Zeichengebung erforderlich. Es sei davon auszugehen, dass der Zeuge die Zeichengebung unterlassen habe. Nach dem Vertrauensgrundsatz dürfe der Verkehrsteilnehmer darauf vertrauen, dass ein anderer Fahrzeugführer, der keine Zeichen gebe, seine Fahrtrichtung nicht ändere. Deshalb habe sie darauf vertrauen dürfen, dass der Zeuge seinen Spurwechsel innerhalb des Kreisels anzeige. Da er dies jedoch unterlassen habe, habe sie darauf vertrauen dürfen, dass der Zeuge auf der linken Spur des Kreisels in Richtung Thunstrasse bzw. Kirchenfeldstrasse fahren würde. Deshalb könne ihr keine Missachtung des Vortritts zur Last gelegt werden.
2.5 Im Kreisverkehrsplatz hat der Führer die Richtung anzuzeigen, sofern ein Fahrstreifenwechsel erfolgt (Art. 41b Abs. 2 der Verkehrsregelnverordnung vom 13. November 1962; VRV; SR 741.11). Der Zeuge hat gemäss der vorinstanzlichen Feststellung nach der Einfahrt in den Kreisverkehr im Einmündungsbereich der Kirchenfeldstrasse von der rechten in die linke Fahrspur gewechselt. Hingegen ist dem angefochtenen Urteil nicht zu entnehmen, ob er den Richtungswechsel auf die rechte Spur vor der Ausfahrt in die Seminarstrasse angezeigt und sich demgemäss ordnungsgemäss verhalten hat. Der Zeuge befand sich bei der Einfahrt der Beschwerdeführerin auf der rechten Spur der Thunstrasse bereits in der Nähe der Ausfahrt in die Seminarstrasse. Entgegen der vorinstanzlichen Erwägung ist in diesem Bereich bereits eine Zeichengebung erforderlich, um rechtzeitig vor der Ausfahrt vom linken auf den rechten Fahrstreifen wechseln zu können. Weiter weist die Vorinstanz ergänzend darauf hin, dass sich die Beschwerdeführerin sowieso nicht auf den Vertrauensgrundsatz stützen könnte, weil sie sich selbst nicht regelkonform verhalten habe (s. angefochtenes Urteil E. IV B S. 16). Das pflichtwidrige Verhalten besteht im vorliegenden Fall im Benützen eines Mobiltelefons ohne Freisprecheinrichtung, was zwar eine unklare oder gefährliche Verkehrslage im Allgemeinen, jedoch nicht im Zusammenhang mit dem Vortrittsrecht des Zeugen. Die Berufung auf den Vertrauensgrundsatz ist deshalb grundsätzlich möglich (<ref-ruling> E. 2b a.a.O.; RENÉ SCHAFFHAUSER, Grundriss des schweizerischen Strassenverkehrsrechts, Band I: Grundlagen, Verkehrszulassung und Verkehrsregeln, 2. Aufl. 2002, N. 425 S. 187 f.). Ohne Feststellung, ob der Zeuge den Richtungswechsel angegeben hat, kann aber nicht beurteilt werden, ob die Beschwerdeführerin darauf vertrauen durfte, dass er auf der linken Spur bleiben und nicht in die Seminarstrasse einbiegen würde.
Insoweit ist der Sachverhalt lückenhaft, weshalb das angefochtene Urteil an einem Mangel leidet und materielles Bundesrecht verletzt. Das Urteil ist aufzuheben und die Sache zur ergänzenden Tatsachenfeststellung und neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (Art. 107 Abs. 2 BGG; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.4.2 S. 295 f. mit Hinweisen).
3. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Im Übrigen ist sie abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Beschwerdeführerin wird im Umfang ihres Unterliegens kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Kanton Bern hat ihr eine reduzierte Entschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 1. April 2009 aufgehoben und die Sache zur ergänzenden Sachverhaltsfeststellung und neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Der Kanton Bern hat der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. November 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Binz