Grundstückkaufvertrag; Mängel, hat sich ergeben:
A.- Am 23 Mai 1991 kauften A._ und B._ von der C._ AG die Liegenschaft Parzelle X._ mit einem von der Verkäuferin darauf vor einem Jahr erstellten Einfamilienhaus. Wenige Monate nach dem Kauf beanstandeten die Käufer verschiedene Mängel.
B.- Am 27. April 1993 klagten die Käufer beim Bezirksgericht Oberrheintal auf Minderung des Kaufpreises wegen mangelhafter Kellertreppenabdeckung. Die Klage wurde im Umfang von Fr. 14'000.-- gutgeheissen. Nach der Einleitung dieses Verfahrens stellten die Käufer am 7. Juni 1993 wegen Rissbildung im Mauerwerk und Mängeln am Aussenverputz ein Gesuch um vorsorgliche Beweiserhebung. Das dazu eingeholte Gutachten der D._ AG kam zum Ergebnis, dass die festzustellenden Schäden am Gebäude mit grosser Wahrscheinlichkeit nicht auf Setzungen zurückzuführen seien; jedoch bestehe beim gegebenen Baugrund das Risiko, dass durch Setzungen ein Schaden entstehe. Dieses Risiko könne nur mit einer Pfahlfundation zuverlässig ausgeschlossen werden. Die für das Wohnhaus gewählte Flachfundation sei zumindest nicht adäquat. Das Setzungsrisiko werde durch die eingebaute Grundwasserpumpe und das damit verbundene Absinken des Grundwasserspiegels noch erhöht, weshalb deren Ersatz durch eine Grundwasserisolation in Betracht zu ziehen sei. Gestützt auf die Ergebnisse dieses Gutachtens reichten die Käufer am 14. Juni 1995 beim Bezirksgericht Oberrheintal eine Klage mit folgenden Rechtsbegehren ein:
"1. Die Beklagte sei zu verpflichten, den Klägern 1 +
2 den Minderwert des Grundstücks X._ infolge
fehlender Pfahlfundation und notwendiger
Grundwasser-Aussenisolation in der Höhe der effektiv
nachgewiesenen Kosten für die nachträgliche
Gebäudeunterfangung mit Presspfählen und
Grundwasser-Aussenisolation zu bezahlen, nebst
Zins zu 5 % seit 8. November 1994.
2. Die Beklagte sei zur Sicherstellung der voraussichtlichen
Kosten für diese Mängelbehebungsarbeiten
zu verpflichten. Die voraussichtliche Höhe
dieser Kosten sei mittels einer Expertise zu ermitteln,
ebenso die voraussichtliche Dauer der
Sanierungsarbeiten und die damit verbundenen Immissionen.
3. a) Die Beklagte sei zu verpflichten, den Klägern
1 + 2 Ersatz zu leisten für die nach Abschluss
des Beweisverfahrens zu beziffernden
Mängelfolgeschäden.
b) Die Beklagte sei zu verpflichten, den Klägern
1 + 2 eine Entschädigung für Inkonvenienzen zu
bezahlen; deren Höhe sei nach richterlichem Ermessen
festzusetzen. "
Das Bezirksgericht holte bezüglich der geltend gemachten Mängel bei der E._ AG ein Gutachten ein. An der Verhandlung vom 25. Februar 1997 stellten die Kläger folgende Anträge:
"1.Die Beklagte sei zu verpflichten, den Klägern 1 +
2 den Minderwert des Grundstücks X._
infolge fehlender Pfahlfundation und notwendiger
Grundwasser-Aussenisolation in der Höhe der effektiv
nachgewiesenen Kosten für die nachträgliche
Gebäudeunterfangung mit Presspfählen und
Grundwasser-Aussenisolation zu bezahlen, und zur
Sicherstellung derselben den Klägern einstweilen
Fr. 108'000.-- akonto zu bezahlen.
2. Den Klägern sei gegenüber den Beklagten das Nachklagerecht
einzuräumen für den Fall, dass die effektiv
nachgewiesenen Kosten für die Mängelbehebung
(Pfahlfundation, Grundwasser-Aussenisolation,
Wiederinstandstellungskosten) den Betrag
von Fr. 108'000.-- übersteigen.
3.a) Die Beklagte sei zu verpflichten, den Klägern
Fr. 56'520. 55 für die Mängelfolgeschäden zu bezahlen.
b) Die Beklagten sei zu verpflichten, den Klägern
Fr. 2'500.-- für Inkonvenienzen zu bezahlen, ev.
nach richterlichem Ermessen.. "
Mit Zwischenurteil vom 26. Februar 1997 stellte das Bezirksgericht die Mangelhaftigkeit des Kaufobjekts fest und gab zur Ermittlung des Minderungsbetrages ein weiteres Gutachten bei der F._ AG in Auftrag. Mit Urteil vom 15. Dezember 1998 sprach das Bezirksgericht den Klägern Fr. 30'000.-- als Minderwert zu und wies die Klage bezüglich der Mängelfolgeschäden und der Inkonvenienzen ab.
Beide Parteien fochten den bezirksgerichtlichen Entscheid beim Kantonsgericht St. Gallen an. Dieses verpflichtete am 6. März 2000 die Beklagte unter dem Titel Kaufpreisminderung den Klägern Fr. 50'000.-- zuzüglich 5 % Zins seit dem 8. November 1994 zu bezahlen. Es erachtete den Einwand der Beklagten, die Kläger hätten eine unzulässige Feststellungsklage erhoben, als unbegründet, da es annahm, das Rechtsbegehren (Ziffer 1) sei nach dem Willen der Kläger als unbezifferte Leistungsklage zu betrachten, deren genauer Umfang sich erst nach Abschluss der Sanierungsarbeiten ergeben sollte. Daran ändere die Tatsache nichts, dass in Ziffer 2 auch ein Begehren um Sicherstellung der voraussichtlichen Kosten gestellt worden sei, da diesem neben Ziffer 1 keine selbständige Bedeutung zukomme.
Auf kantonale Nichtigkeitsbeschwerde der Beklagten hin hob das Kassationsgericht des Kantons St. Gallen am 26. Oktober 2000 den Entscheid des Kantonsgerichts auf und wies die Sache zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurück.
Zur Begründung gab das Kassationsgericht dem Sinne nach an, das Kantonsgericht habe den Dispositionsgrundsatz gemäss <ref-law> verletzt, da sich aus den klägerischen Ausführungen an Schranken und der Berufungsschrift ergebe, dass sich die Kläger nicht mit geschätzten Kosten begnügen wollten. Daraus folge, dass sie im Hauptantrag die Feststellung der grundsätzlichen Ersatzleistungspflicht für einen Minderwert entsprechend den effektiven Sanierungskosten verlangt hätten. Die Kläger hätten mit anderen Worten die Feststellung verlangt, dass sie berechtigt seien, die Sanierung auf Kosten der Beklagten und unter vorläufiger Sicherstellung dieser Kosten durchzuführen. Diese Auslegung mache entbehrlich, dem Sicherstellungsbegehren nach Ziff. 2 der Rechtsbegehren jede selbständige Bedeutung zu versagen.
Das Kantonsgericht führte in seinem neuen Urteil vom 31. Mai 2001 aus, es bleibe unklar, ob nach der Annahme des Kassationsgerichts die Feststellung eines Anspruchs auf Kaufpreisminderung oder auf Nachbesserung bzw. Vergütung der Kosten der Ersatzvornahme der Nachbesserung eingeklagt worden sei. Es würden daher beide Varianten geprüft. Alsdann hat es erkannt, dass das Rechtsbegehren gemäss Ziff. 1 der Klage, soweit es auf Feststellung des Nachbesserungsanspruchs bzw. auf Ersatzvornahme der Nachbesserung lautet, abzuweisen sei und soweit es auf Feststellung des Minderungsanspruchs lautet, darauf nicht einzutreten sei. Im Übrigen hat es die Klage abgewiesen.
Die Kläger haben das Urteil des Kantonsgerichts vom 31. Mai 2001 sowohl mit Berufung als auch mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde angefochten. Letztere hat das Kassationsgericht am 18. Dezember 2001 abgewiesen, soweit es darauf eintrat.
Mit der Berufung beantragen die Kläger, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Beklagte sei zu verpflichten, den Klägern Fr. 50'000.-- zuzüglich Zins zu 5 % seit 8. November 1994 zu bezahlen.
Die Kläger schliessen auf Abweisung der Berufung, soweit darauf eingetreten werde könne.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-a) Die Kläger führen sinngemäss aus, sie hätten ursprünglich eine unbezifferte Leistungsklage auf Bezahlung des Minderwerts erhoben. Im Berufungsverfahren hätten die Kläger ihre Rechtsbegehren weiterhin als Leistungsklage formuliert und den Minderwert mit Fr. 105'000.-- beziffert. Mit der vorliegenden Berufung reduzierten die Kläger die Leistungsklage auf Fr. 50'000.--. Sie würden sich damit der Methodenwahl und der Minderwertbemessung des Kantonsgerichts in seinem Urteil vom 6. März 2001 [richtig: 2000] anschliessen.
Indem das Kassationsgericht für das Kantonsgericht verbindlich von einer Feststellungsklage ausgegangen sei, habe es das Vertrauensprinzip verletzt. Diese Rüge könne vom Bundesgericht geprüft werde, weil es im Gegensatz zum Kantonsgericht nicht an die Auffassung des Kassationsgerichts gebunden sei und die Auslegung eines Rechtsbegehrens für aus dem Bundesprivatrecht fliessende Ansprüche nach Bundesrecht zu beurteilen sei.
b) Die Kläger lassen ausser Acht, dass das Kassationsgericht unter Berücksichtigung des nachträglichen Parteiverhaltens in der Form der Erläuterungen vor den Schranken und der Berufungsschrift den tatsächlichen Willen der Kläger bezüglich ihrer ursprünglichen Rechtsbegehren ermittelte, wie es dies in seinem zweiten Urteil vom 18. September 2001 in E. 2 ausdrücklich klarstellte. Damit liegt eine sogenannte empirische und nicht eine vertrauenstheoretische Auslegung vor, weshalb auf die Rüge, das Vertrauensprinzip sei verletzt worden, nicht einzutreten ist. Die Feststellungen über den von den Klägern mit ihren Begehren verfolgten tatsächlichen Willen sind für das Bundesgericht im Berufungsverfahren verbindlich, da die Kläger insoweit weder ein offensichtliches Versehen gemäss Art. 64 Abs. 2 OG noch die Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften geltend machen (Art. 43 Abs. 3 OG). Die davon abweichende Darstellung der Kläger ist daher unbeachtlich.
c) Damit ist von einem ursprünglichen Feststellungsbegehren auszugehen, weshalb das von den Klägern mit ihrer Berufung gestellte Leistungsbegehren auf Zahlung des Minderwerts von Fr. 50'000.-- neu und damit unzulässig ist (Art. 55 Abs. 1 lit. b OG).
d) Auf das Feststellungsbegehren bezüglich des Minderungsanspruchs ist das Kantonsgericht nicht eingetreten.
Zur Begründung führte es sinngemäss an, insoweit würde ein genügendes Feststellungsinteresse fehlen, da eine Leistungsklage möglich und zumutbar gewesen wäre.
Diese Erwägung wird von den Klägern nicht angefochten, weshalb sich dazu weitere Ausführungen erübrigen. Hingegen machen die Kläger geltend, das angefochtene Urteil verletze Bundesrecht, weil ein Wechsel von der ursprünglich angeblich getroffenen Wahl der Nachbesserung auf Minderungsleistung zulässig sei. Auf diese Rüge ist nicht einzutreten, weil das Kantonsgericht den Feststellungsanspruch bezüglich der Minderung nicht wegen einer zuvor geforderten Nachbesserung verneinte, sondern weil es darauf mangels Rechtsschutzinteresses nicht eintrat.
e) Bezüglich des Anspruchs auf Ersatzvornahme der Nachbesserung auf Kosten der Beklagten bejahte das Kantonsgericht ein hinreichendes Feststellungsinteresse der Kläger.
Hingegen verneinte das Kantonsgericht den Bestand eines Nachbesserungsanspruchs, da die Kläger im Prozess nicht Nachbesserung, sondern durchgehend und ausdrücklich Minderung verlangt hätten. Die Bezugnahme auf die effektiven Sanierungskosten habe lediglich die Methode der Minderwertbemessung betroffen. Diese Annahme wird von den Klägern in ihrer Berufung ausdrücklich als richtig bezeichnet. Damit gehen die Kläger mit dem Kantonsgericht davon aus, ihre Rechtsbegehren hätten sich auf die Minderung und nicht auf Ersatzvornahme der Nachbesserung bezogen. Ein die Nachbesserung betreffendes Begehren stellen sie auch vor Bundesgericht nicht. Durch die Abweisung des Begehrens auf Feststellung des Anspruchs auf Nachbesserung bzw. auf Ersatzvornahme der Nachbesserung werden die Kläger nicht beschwert. Auf die dagegen gerichteten Rügen der Kläger ist daher mangels Rechtsschutzinteresses nicht einzutreten. Im Übrigen hätte gemäss der zutreffenden Erwägung 5a des Bezirksgerichtsurteils ein Anspruch auf die von den Klägern verlangte Nachbesserung verneint werden müssen, weil diese mit etwa Fr. 100'000.-- offensichtlich übermässige Kosten verursacht hätte (<ref-law>; Art. 169 Abs. 1 SIA-Norm 118).
Dies anerkennen die Kläger implizit, indem sie bloss noch einen Minderwert von Fr. 50'000.-- geltend machen.
2.- Nach dem Gesagten ist auf die Berufung insgesamt nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Kläger kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Auf die Berufung wird nicht eingetreten.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500.-- wird den Klägern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.- Die Kläger haben die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und der III. Zivil- kammer des Kantonsgerichts St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 2. Mai 2002
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: