Sachverhalt:
A. Die 1970 geborene G._ war als Haushaltshilfe bei der Familie X._ angestellt und damit bei der Zürich Versicherungsgesellschaft (nachfolgend: Zürich) gegen Berufs- und Nichtberufsunfälle versichert. Am 12. Dezember 1998 erlitt G._ als Lenkerin eines Fahrzeuges einen Verkehrsunfall (Unfallmeldung UVG vom 21. Januar 1999). Ein entgegenkommendes Fahrzeug geriet auf ihre Fahrbahnseite, sodass es zu einer heftigen Streifkollision kam. Im Kantonsspital Y._, in welches die Versicherte eingeliefert wurde und wo sie sich bis zum 19. Dezember 1998 aufhielt, wurde eine Commotio cerebri und ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert; im Weiteren wurde eine Amnesie für das Ereignis sowie mit einiger Latenz plötzlich auftretende heftige Nacken- und Kopfschmerzen festgehalten. Der weiterbehandelnde Dr. med. A._, Arzt für Allgemeine Medizin, stellte im ärztlichen Zwischenbericht UVG vom 15. April 1999 einen sehr wechselhaften Verlauf mit rezidivierenden Schmerzen im Bereich der HWS sowie Schwindel- und Konzentrationsstörungen fest; er attestierte eine Arbeitsunfähigkeit von 50 % vom 5. Januar bis 14. Februar 1999, von 25 % zwischen dem 15. Februar und dem 11. April 1999 sowie wiederum von 50 % ab 12. April 1999. Wegen persistierender Beschwerden im Bereich des Kopfes und der HWS meldete der behandelnde Arzt die Versicherte zuerst in der Rehaklinik B._ und später in der Klinik C._ zu einem stationären Aufenthalt an. In der Klinik C._ verbrachte sie vom 22. Juli 1999 bis zum 19. August 1999 einen Rehabilitationsaufenthalt, bei welchem nach vor allem physiotherapeutischer Behandlung eine Besserung festgestellt und die Steigerung der Arbeitsfähigkeit auf 100% in wenigen Wochen erwartet wurde (Austrittsbericht Klinik C._ vom 23. Juli 1999). Weil nach einem Arbeitsversuch jedoch eine Schmerzverstärkung auftrat, wurde die Versicherte vom 15. Dezember 1999 bis zum 8. Januar 2000 für eine stationäre Rehabilitation in der Klinik D._ erneut hospitalisiert (Austrittsbericht vom 11. Februar 2000). Gleichenorts wurden eine Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit (EFL) vorgenommen und ein Gutachten erstellt. Die Gutachter stellten die Diagnosen eines chronischen zervikozephalen und rechtsseitigen zervikobrachialen Syndroms sowie eines sekundären Lumbovertebralsyndroms mit pseudoradikulärer Ausstrahlung ins rechte Bein; die Unfallkausalität der Beschwerden wurde bejaht, das Vorliegen von unfallfremden Faktoren verneint und die Fortführung einer medizinischen Trainingstherapie und Physiotherapie empfohlen; hinsichtlich der angestammten Tätigkeit als Haushaltshilfe wurde eine auf sechs Monate terminierte Arbeitsunfähigkeit von 10 % ab Klinikentlassung angenommen (Gutachten der Klinik D._ vom 14. April 2000; im Folgenden: "Gutachten D._"). In der Folge wurden weitere neurologische, allgemein medizinische oder internistische und rheumatologische Abklärungen durchgeführt sowie ein Bericht der Klinik E._ vom 2. März 2001, wo die Versicherte ab dem 12. September 2000 ambulant betreut wurde, eingeholt. Am 8. Juni 2001 erstellte die MEDAS Zentralschweiz im Auftrag der IV-Stelle Thurgau ein Gutachten vom 8. Juni 2001 (im Folgenden: MEDAS-Gutachten), welches der Zürich im Rahmen des Beizuges der IV-Akten zur Kenntnis gelangte.
Nachdem die Zürich für die Heilbehandlung aufgekommen war und anfänglich Taggeldleistungen erbrachte hatte, stellte sie mit Schreiben vom 10. April 2000 ihre Leistungen vorläufig auf Ende Januar 2000 ein. Mit Schreiben vom 4. Februar 2004 teilte die Zürich der Versicherten mit, ab dem 1. Juli 2000 könne sie keine weiteren Versicherungsleistungen mehr erbringen, weil insbesondere die Adäquanz der Unfallkausalität zu verneinen sei. Am 27. September 2004 erliess die Zürich eine Verfügung, mit welcher an der in Aussicht gestellten Leistungseinstellung per 1. Juli 2000 festgehalten wurde. Nachdem die Versicherte dagegen Einsprache erhoben hatte, holte die Zürich bei Prof. Dr. med. F._, Chefarzt, Psychiatrische Klinik H._, Abteilung für Psychiatrische Forschung, ein psychiatrisches (Akten-)Gutachten vom 3. August 2005 ein. Mit Entscheid vom 2. Februar 2006 wies die Zürich die Einsprache ab.
B. Hiegegen reichte die Versicherte beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau Beschwerde ein. Replikweise legte sie ein Gutachten des PD Dr. med. I._, Spezialarzt FMH Psychiatrie Psychotherapie, Zürich, vom 30. August 2006 auf. Mit Entscheid vom 30. Mai 2007 hiess das kantonale Gericht die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut und wies die Sache zur Einholung eines Gutachtens und zum Neuentscheid an die Zürich zurück.
C. Mit Beschwerde lässt G._ beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides seien ihr rückwirkend über den 9. Januar 2000 hinaus Taggelder auf der Basis eines Arbeitsunfähigkeitsgrades von mindestens 61 %, im Anschluss an die Taggeldleistungen eine Invalidenrente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 63 % auszurichten und eine Integritätsentschädigung zu gewähren. Die Angelegenheit sei zur Festlegung von Taggelddauer und Rentenbeginn sowie der Höhe der Integritätsentschädigung an die Zürich zurückzuweisen.
Das kantonale Gericht und die Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde, die Zürich soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die letztinstanzlich als "Verwaltungsgerichtsbeschwerde" bezeichnete, gegen den Entscheid des Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau vom 30. Mai 2007 gerichtete Beschwerde erfüllt die seit dem 1. Januar 2007 (Datum des Inkrafttretens des Bundesgesetzes über das Bundesgericht [BGG; SR 173.110]) geltenden Anforderungen an eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (vgl. <ref-law>).
2. 2.1 Das BGG unterscheidet in Art. 90 bis 93 zwischen End-, Teil- sowie Vor- und Zwischenentscheiden und schafft damit eine für alle Verfahren einheitliche Terminologie.
Ein Endentscheid ist ein Entscheid, der das Verfahren prozessual abschliesst (<ref-law>), sei dies mit einem materiellen Entscheid oder Nichteintreten, z.B. mangels Zuständigkeit. Der Teilentscheid ist eine Variante des Endentscheids. Mit ihm wird über eines oder einige von mehreren Rechtsbegehren (objektive und subjektive Klagehäufung) abschliessend befunden. Es handelt sich dabei nicht um verschiedene materiellrechtliche Teilfragen eines Rechtsbegehrens, sondern um verschiedene Rechtsbegehren. Vor- und Zwischenentscheide sind alle Entscheide, die das Verfahren nicht abschliessen und daher weder End- noch Teilentscheid sind; sie können formell- und materiellrechtlicher Natur sein. Materiellrechtliche Zwischenentscheide sind unter den alternativen Voraussetzungen von Art. 93 lit. a oder b BGG anfechtbar. Namentlich mit der Voraussetzung gemäss lit. b ("wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde") kann dem prozessökonomischen Anliegen Rechnung getragen werden, welches bisher mit der Qualifikation von Entscheiden über materielle Teilfragen als Teilendentscheide verfolgt wurde. Ein Rückweisungsentscheid schliesst das Verfahren nicht ab und ist somit nach der Regelung des BGG kein Endentscheid. Auch Rückweisungsentscheide, mit denen eine materielle Grundsatzfrage entschieden wird, sind keine Teilentscheide im Sinne von <ref-law>, da es sich dabei nicht um Entscheide über Begehren handelt, die unabhängig von den anderen Fragen beurteilt werden können. Es handelt sich dabei um Zwischenentscheide, die (nur, aber immerhin) unter den Voraussetzungen von <ref-law> selbstständig angefochten werden können (<ref-ruling> E. 4.1 und 4.2 S. 480 mit Hinweisen).
2.2 Voraussetzung für die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden ist gemäss <ref-law> zunächst, dass sie selbstständig eröffnet worden sind. Erforderlich ist sodann alternativ, dass der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b; <ref-ruling> E. 5.1 S. 482).
2.3 Die Vorinstanz hat mit ihrem Entscheid unter Aufhebung des Einspracheentscheids die Sache zur ergänzenden Abklärung an die Zürich zurückgewiesen. Damit ist ein Rückweisungsentscheid gemäss E. 2.1 gegeben, welcher als Zwischenentscheid nur gestützt auf die Voraussetzungen von <ref-law> anfechtbar ist. Das Vorliegen dieser Voraussetzungen wurde von der Beschwerdeführerin weder dargetan, noch sind diese offensichtlich erfüllt. Im Sozialversicherungsverfahren bestand nun allerdings eine langjährige Praxis, dass ein (kantonaler) Rückweisungsentscheid einen Endentscheid darstellt (<ref-ruling>, E. 3.1, S. 479 mit Hinweisen). Diese Praxis wird nach Inkrafttreten des BGG nicht weitergeführt. Der die Rechtslage klärende <ref-ruling> erging am 25. Juli 2007, ist seit dem 6. September 2007 im Internet abrufbar und wurde in dem am 8. November 2007 erschienenen 10. Heft der Amtlichen Sammlung publiziert. Unter diesen Umständen kann nicht gesagt werden, die Beschwerdeführerin hätte bei Einreichung der Beschwerde am 14. September 2007 Kenntnis haben müssen von der neuen, sich durch das Inkrafttreten des BGG ergebenden Rechtslage, insbesondere hinsichtlich des Erfordernisses der Darlegung weiterer Eintretenserfordernisse. Falls sie darum gewusst hätte, hätte sie diese allenfalls überzeugend darlegen können, wovon im Sinne einer rechtsschonenden Einführung des neuen Bundesrechtspflegegesetzes auszugehen ist (vgl. Urteil 8C_37/2007 vom 8. Januar 2008, E. 2.3). Es ist somit auf die Beschwerde einzutreten.
3.1 3.1.1 Die Vorinstanz hat die Bestimmung über den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung im Allgemeinen (<ref-law>) sowie die Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen), zur vorausgesetzten Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweis), bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 183, 123 V 98, 115 V 133 ff.) sowie Folgen eines Unfalls mit Schleudertrauma der HWS bzw. einer diesem äquivalenten Verletzung (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103, 122 V 415, 117 V 359 ff.; SVR 2007 UV Nr. 8 S. 27 E. 2 [U 277/04], 1995 UV Nr. 23 S. 67 E. 2) ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle zutreffend dargelegt. Gleiches gilt zu dem im Sozialversicherungsrecht geltenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3.1.2 Im jüngst ergangenen, noch nicht in der Amtlichen Sammlung veröffentlichten Urteil U 394/06 vom 19. Februar 2008 hat das Bundesgericht die Praxis zur Kausalitätsprüfung bei Unfall mit Schleudertrauma, äquivalenter Verletzung der HWS oder Schädel-Hirntrauma ohne organisch objektiv ausgewiesene Beschwerden (sog. Schleudertrauma-Praxis) in mehrfacher Hinsicht präzisiert. Gemäss diesem Urteil ist am Erfordernis einer besonderen Adäquanzprüfung bei Unfällen mit solchen Verletzungen festzuhalten (E. 7-9 des erwähnten Urteils). Auch besteht keine Veranlassung, die bewährten Grundsätze über die bei dieser Prüfung vorzunehmende Einteilung der Unfälle nach deren Schweregrad und den abhängig von der Unfallschwere gegebenenfalls erforderlichen Einbezug weiterer Kriterien in die Adäquanzbeurteilung zu ändern (E. 10.1). Das Bundesgericht hat aber die Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung der Schleudertrauma-Praxis rechtfertigt, erhöht (E. 9) und die adäquanzrelevanten Kriterien teilweise modifiziert (E. 10).
3.2 Im Weiteren hat die Vorinstanz die Grundsätze über die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis; SVR 2007 UV Nr. 33 S. 111 E. 4.2, U 571/06) sowie hinsichtlich des Beweiswertes eines Parteigutachtens (<ref-ruling> E. 3b S. 353) zutreffend dargelegt. Zu ergänzen ist in diesem Zusammenhang, dass dem reinen Aktengutachten voller Beweiswert zukommen kann, sofern ein lückenloser Befund vorliegt und es im Wesentlichen nur um die ärztliche Beurteilung eines an sich feststehenden medizinischen Sachverhalts geht (RKUV 1993 Nr. U 167 S. 95; nicht publ. E. 5b des Urteils <ref-ruling>, veröffentlicht in RKUV 1988 Nr. U 56 S. 366; vgl. auch Urteile U 181/06 vom 21. Juni 2007, E. 2.3, und U 223/06 vom 8. Februar 2007, E. 5.1.2). Aktengutachten sind insbesondere dann von Belang, wenn die relevanten Befunde mehrfach und ohne wesentlichen Widerspruch bereits erhoben worden sind, aber die Zuordnung zu einer Diagnose oder der Kausalzusammenhang und das Ausmass der Behinderung verschieden bewertet werden. In diesen Fällen kann sehr wohl in einem Aktengutachten das Für und Wider der verschiedenen Meinungen erwogen und die überwiegende Wahrscheinlichkeit für eine bestimmte Beurteilung deutlich gemacht werden (Hans Kind, So entsteht ein medizinisches Gutachten, in: René Schaffhauser/Franz Schlauri [Hrsg.], Rechtsfragen der medizinischen Begutachtung in der Sozialversicherung, Veröffentlichungen des Schweizerischen Instituts für Verwaltungskurse an der Universität St. Gallen/Band 42, St. Gallen 1997, S. 52).
4. Strittig ist, ob die Vorinstanz zu Recht die Sache zur ergänzenden Sachverhaltsabklärung an die Verwaltung zurückgewiesen hat.
4.1 Die Vorinstanz geht davon aus, dass die Beschwerdeführerin initial am typischen bunten Beschwerdebild nach einem Schleudertrauma der HWS gelitten habe und teilweise heute noch leide. Nach Auffassung der Vorinstanz wäre die Adäquanzfrage zu bejahen, wenn sie im heutigen Zeitpunkt nach der Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> ff. beurteilt würde. Voraussetzung für eine Leistungspflicht sei allerdings, dass der invalidisierende Gesundheitsschaden in einem natürlichen Kausalzusammenhang zum Unfall stehe. Aufgrund der (älteren) Gutachten lasse sich aber nicht feststellen, ob im massgeblichen Zeitpunkt des Einspracheentscheides die vorhandenen Beschwerden (noch) auf das Schleudertrauma zurückzuführen seien. Im Weiteren vertritt die Vorinstanz der Auffassung, aufgrund der widersprüchlichen psychiatrischen Beurteilungen sei es nicht möglich zu entscheiden, ob die notwendige Adäquanzprüfung nach der Rechtsprechung gemäss <ref-ruling> ff. oder gemäss <ref-ruling> ff. vorzunehmen sei. Angesichts der veralteten und unvollständigen medizinischen Abklärungen im somatischen Bereich und der widersprüchlichen psychiatrischen Beurteilungen sei die Einholung eines interdisziplinären Gutachtens zur Frage, ob nach dem 1. Juli 2000 (Zeitpunkt der Leistungseinstellung) noch relevante Folgen des Schleudertraumas vom 12. Dezember 1998 und wenn ja, in welchem Ausmass und bis wann vorliegen, unumgänglich.
4.2 Die Beschwerdeführerin ist demgegenüber der Auffassung, der natürliche Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und den andauernden Beschwerden sei aufgrund der ärztlichen Berichte zweifellos gegeben; streitig sei lediglich der Umfang der Arbeitsfähigkeit. Weil die Unfallkausalität ursprünglich mehrfach gutachterlich bestätigt worden sei, müsse es für den massgeblichen Zeitpunkt des Einspracheentscheides genügen, wenn in Arztberichten die andauernden Beschwerden bestätigt würden. Die vom Unfallversicherer zu verantwortende Verfahrensverzögerung dürfe nicht damit belohnt werden, dass die natürliche Kausalität erneut in Frage gestellt werde. Eine versicherte Person sei zwar verpflichtet, sich einer medizinischen Untersuchung zu unterziehen, soweit diese notwendig und zumutbar sei; eine solche Notwendigkeit bestehe im vorliegenden Fall aber nicht. Für die Einholung einer second opinion durch eine erneute polydisziplinäre Begutachtung biete <ref-law> keine Grundlage. Eine Rückweisung zwecks Klärung des natürlichen Kausalzusammenhangs von Unfallfolgen erscheine demnach nicht gerechtfertigt.
4.2 Die Beschwerdeführerin ist demgegenüber der Auffassung, der natürliche Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und den andauernden Beschwerden sei aufgrund der ärztlichen Berichte zweifellos gegeben; streitig sei lediglich der Umfang der Arbeitsfähigkeit. Weil die Unfallkausalität ursprünglich mehrfach gutachterlich bestätigt worden sei, müsse es für den massgeblichen Zeitpunkt des Einspracheentscheides genügen, wenn in Arztberichten die andauernden Beschwerden bestätigt würden. Die vom Unfallversicherer zu verantwortende Verfahrensverzögerung dürfe nicht damit belohnt werden, dass die natürliche Kausalität erneut in Frage gestellt werde. Eine versicherte Person sei zwar verpflichtet, sich einer medizinischen Untersuchung zu unterziehen, soweit diese notwendig und zumutbar sei; eine solche Notwendigkeit bestehe im vorliegenden Fall aber nicht. Für die Einholung einer second opinion durch eine erneute polydisziplinäre Begutachtung biete <ref-law> keine Grundlage. Eine Rückweisung zwecks Klärung des natürlichen Kausalzusammenhangs von Unfallfolgen erscheine demnach nicht gerechtfertigt.
4.3 4.3.1 Vorab ist auf den Einwand der Beschwerdeführerin einzugehen, das Vorliegen des natürlichen Kausalzusammenhangs sei seitens der Beschwerdegegnerin anerkannt. Sie rügt in diesem Zusammenhang, die Vorinstanz habe den Streitgegenstand in unzulässiger Weise erweitert. Dieser Auffassung kann nicht beigepflichtet werden. Das kantonale Versicherungsgericht hat den Sachverhalt von Amtes wegen abzuklären (<ref-law>). Das Vorliegen des natürlichen Kausalzusammenhangs ist eine Leistungsvoraussetzung. Die Vorinstanz ist nicht nur berechtigt, sondern sogar verpflichtet zu klären, ob diese Voraussetzung gegeben ist.
4.3.2 Die Anerkennung der Leistungspflicht durch den Unfallversicherer ist allerdings in rechtlicher Hinsicht durchaus von Belang. Ist nämlich die Unfallkausalität einmal mit der erforderlichen Wahrscheinlichkeit nachgewiesen, entfällt die deswegen anerkannte Leistungspflicht erst, wenn der Unfall nach einiger Zeit überhaupt keine natürliche Ursache des Gesundheitsschadens mehr darstellt, wenn also letzterer nur noch und ausschliesslich von unfallfremden Faktoren beherrscht wird. Ebenso wie der leistungsbegründende natürliche Kausalzusammenhang muss das Dahinfallen jeder kausalen Bedeutung von unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens mit dem im Sozialversicherungsrecht allgemein üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sein. Die blosse Möglichkeit nunmehr gänzlich fehlender ursächlicher Auswirkungen des Unfalls genügt nicht (<ref-ruling> E. 4a S. 360, 369 E. 3a S. 376, 115 V 133 E. 8b S. 142 mit Hinweis). Da es sich hierbei um eine anspruchsaufhebende Tatfrage handelt, liegt die entsprechende Beweislast - anders als bei der Frage, ob ein leistungsbegründender natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist - nicht bei der versicherten Person, sondern beim Unfallversicherer (RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45). Aus dieser Rechtsprechung lässt sich nun aber keinesfalls ableiten, bei einer einmal anerkannten Leistungspflicht sei es dem Unfallversicherer verwehrt, in einem späteren Zeitpunkt neue Abklärungen hinsichtlich des natürlichen Kausalzusammenhangs zu tätigen. Vielmehr trägt diese Rechtsprechung gerade der Tatsache Rechnung, dass ein unfallbedingter Gesundheitsschaden im Regelfall abheilt. Dauert eine gesundheitliche Beeinträchtigung an, ist der Unfallversicherer berechtigt und letztlich sogar verpflichtet, die allenfalls andauernde ursächliche Bedeutung des Unfalls zu klären. Die vorgenannte Rechtsprechung beschlägt dabei einzig die rechtlichen Folgen dieser Abklärung, insofern als dem Unfallversicherer die Beweislast zugewiesen wird für den Fall, dass ungeklärt bleibt, ob dem Unfall (noch) eine kausale Bedeutung für den andauernden Gesundheitsschaden zukommt. Bevor sich aber überhaupt die Frage der Beweislast stellt, ist der Sachverhalt im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes richtig und vollständig zu klären. Dazu hat die Vorinstanz die Beschwerdegegnerin verpflichtet; dieses Vorgehen ist keineswegs zu beanstanden, die verlangte ergänzende Sachverhaltsabklärung erscheint vielmehr gerade auch mit Blick auf die dargestellte Rechtsprechung als geboten.
4.3.2 Die Anerkennung der Leistungspflicht durch den Unfallversicherer ist allerdings in rechtlicher Hinsicht durchaus von Belang. Ist nämlich die Unfallkausalität einmal mit der erforderlichen Wahrscheinlichkeit nachgewiesen, entfällt die deswegen anerkannte Leistungspflicht erst, wenn der Unfall nach einiger Zeit überhaupt keine natürliche Ursache des Gesundheitsschadens mehr darstellt, wenn also letzterer nur noch und ausschliesslich von unfallfremden Faktoren beherrscht wird. Ebenso wie der leistungsbegründende natürliche Kausalzusammenhang muss das Dahinfallen jeder kausalen Bedeutung von unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens mit dem im Sozialversicherungsrecht allgemein üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sein. Die blosse Möglichkeit nunmehr gänzlich fehlender ursächlicher Auswirkungen des Unfalls genügt nicht (<ref-ruling> E. 4a S. 360, 369 E. 3a S. 376, 115 V 133 E. 8b S. 142 mit Hinweis). Da es sich hierbei um eine anspruchsaufhebende Tatfrage handelt, liegt die entsprechende Beweislast - anders als bei der Frage, ob ein leistungsbegründender natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist - nicht bei der versicherten Person, sondern beim Unfallversicherer (RKUV 2000 Nr. U 363 S. 45). Aus dieser Rechtsprechung lässt sich nun aber keinesfalls ableiten, bei einer einmal anerkannten Leistungspflicht sei es dem Unfallversicherer verwehrt, in einem späteren Zeitpunkt neue Abklärungen hinsichtlich des natürlichen Kausalzusammenhangs zu tätigen. Vielmehr trägt diese Rechtsprechung gerade der Tatsache Rechnung, dass ein unfallbedingter Gesundheitsschaden im Regelfall abheilt. Dauert eine gesundheitliche Beeinträchtigung an, ist der Unfallversicherer berechtigt und letztlich sogar verpflichtet, die allenfalls andauernde ursächliche Bedeutung des Unfalls zu klären. Die vorgenannte Rechtsprechung beschlägt dabei einzig die rechtlichen Folgen dieser Abklärung, insofern als dem Unfallversicherer die Beweislast zugewiesen wird für den Fall, dass ungeklärt bleibt, ob dem Unfall (noch) eine kausale Bedeutung für den andauernden Gesundheitsschaden zukommt. Bevor sich aber überhaupt die Frage der Beweislast stellt, ist der Sachverhalt im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes richtig und vollständig zu klären. Dazu hat die Vorinstanz die Beschwerdegegnerin verpflichtet; dieses Vorgehen ist keineswegs zu beanstanden, die verlangte ergänzende Sachverhaltsabklärung erscheint vielmehr gerade auch mit Blick auf die dargestellte Rechtsprechung als geboten.
4.4 4.4.1 Es ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin eine Schleudertraumaverletzung erlitten hat. Was den Nachweis des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen solchen Beschwerden und einem ursächlich in Frage kommenden Unfall anbelangt, gilt es festzuhalten, das auch bei Schleudermechanismen der HWS in erster Linie die medizinischen Fakten, insbesondere die fachärztlichen Erhebungen über Anamnese, Verletzungsfolgen, unfallfremde Faktoren und Vorzustand sowie die medizinischen Erkenntnisse hinsichtlich des objektivierbaren Befundes und die Diagnose die massgeblichen Grundlagen für die Kausalitätsbeurteilung bilden. Das Vorliegen eines Schleudertraumas wie seine Folgen müssen durch zuverlässige ärztliche Angaben gesichert sein (E. 4.6 hienach). Trifft dies zu und ist die natürliche Kausalität - aufgrund fachärztlicher Feststellungen in einem konkreten Fall - unbestritten, so kann der natürliche Kausalzusammenhang in aller Regel auch aus rechtlicher Sicht als erstellt gelten (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 340, 117 V 359 E. 4b S. 360). So verhält es sich hier jedoch nicht. Nach der zutreffenden Ansicht der Vorinstanz lassen die medizinischen Unterlagen keine abschliessende Beurteilung der Frage zu, ob zwischen dem Unfallereignis und den fortbestehenden Gesundheitsschädigungen ein natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist.
4.4.2 Im Gutachten D._ vom 14. April 2000 wird zwar die Unfallkausalität der damals bestehenden Beschwerden bejaht, diese waren jedoch in Besserung begriffen und begründeten lediglich eine Arbeitsunfähigkeit von 10 % für eine begrenzte Dauer von sechs Monaten. Es ist deshalb unklar, ob beim heutigen Beschwerdebild, welches sich in einem sehr viel stärkeren Masse auf die Arbeitsfähigkeit auswirkt, dem im Jahre 1998 erlittenen Unfall überhaupt noch eine kausale Bedeutung zukommt, sei dies auch nur im Sinne einer Teilursache. Im MEDAS Gutachten vom 8. Juni 2001 fällt auf, dass nicht die Hals- und Nackenbeschwerden, sondern die Kreuzschmerzen als Hauptleiden bezeichnet werden - Beschwerden, welche nicht zum typischen Beschwerdebild nach einem Schleudertrauma zu zählen sind. Zur Unfallkausalität dieser Beschwerden äussert sich das im Auftrag der IV erstellte MEDAS-Gutachten nicht. Die darin an erster Stelle gestellte Diagnose einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung weist auf eine psychische Komponente dieser Beschwerden hin, deren Unfallbedingtheit nicht geklärt und fraglich erscheint. Soweit beim im Weiteren diagnostizierten chronifizierten, zervikozephalen, zervikothorakalen und zervikobrachialen Schmerzsyndrom rechts ein Status nach Autounfall 1998 mit HWS-Distorsionstrauma angeführt ist, wird damit keine Kausalitätsbeurteilung vorgenommen. Zudem ist die Auswirkung dieser Diagnose auf die insgesamt auf 50 % geschätzte Arbeitsunfähigkeit unklar. Zu bedenken ist schliesslich, dass bezüglich der anscheinend seit dem Unfall bestehenden Nackenbeschwerden keine neueren rheumatologischen oder neurologischen Untersuchungen vorliegen. Im Regelfall bilden sich die wegen eines HWS-Schleudertraumas aufgetretenen Beschwerden im Laufe der Zeit zurück; die im vorliegenden Fall festzustellende Beschwerdeverstärkung ist zumindest erklärungsbedürftig. Wie die Vorinstanz deshalb richtig festgehalten hat, muss die Unfallkausalität der nach wie vor bestehenden Beschwerden vorab auch in somatischer Hinsicht geklärt werden. Ein psychiatrisches Gutachten allein kann die Frage nach der Unfallkausalität des im Falle einer Schleudertraumaverletzung eben auch somatische Komponenten aufweisenden Beschwerdebildes nicht genügend beantworten (E. 4.6 hienach).
4.5 Abklärungsbedarf besteht im Weiteren auch in psychiatrischer Hinsicht. Wie die Vorinstanz zu Recht darlegt, spielt es für die Wahl der Art der Adäquanzprüfung eine Rolle, ob, seit wann und wie stark das Beschwerdebild der Beschwerdeführerin psychisch geprägt ist. Bezüglich dieser für die Entscheidfindung zentralen Frage liegen unterschiedliche ärztliche Beurteilungen vor. Die Vorinstanz hat zutreffend und ausführlich dargelegt, wieso sie weder auf das Aktengutachten von Prof. Dr. med. F._ vom 3. August 2005 noch auf das Gutachten von PD Dr. med. I._ vom 30. August 2006 abstellen kann. Wenn die Beschwerdeführerin dagegen nun vorbringt, das Gutachten des Dr. med. I._ erfülle alle an ein Gutachten zu stellenden Anforderungen, weshalb darauf abzustellen sei, ist ihr entgegenzuhalten, dass dieses Parteigutachten nicht nur im Widerspruch zu dem Aktengutachten von Prof. Dr. med. F._ steht, sondern auch zu gänzlich anderen Schlussfolgerungen kommt als andere (frühere) psychiatrische Abklärungen. PD Dr. med. I._ kommt im Gutachten vom 30. August 2006 zum Ergebnis, dass im Untersuchungszeitpunkt bei der Versicherten keine relevante Symptomatik im Sinne einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung und auch sonst keine psychiatrische Störung bestand. Auf eine psychische Problematik und eine Chronifizierungstendenz wies allerdings bereits der (damals) behandelnde Arzt Dr. med. L._, FMH Allg. Medizin, im Bericht vom 11. Juli 2000 hin. Im Bericht der Klinik E._ vom 2. März 2001 ist von einer vorbestehenden wesentlichen Psychopathologie die Rede, die aber bis zum Unfall vom 12. Dezember 1998 kompensiert werden konnte. Im MEDAS Gutachten vom 8. Juni 2001 wird die bereits erwähnte (Haupt-)Diagnose einer somatoformen Schmerzstörung gestellt und die (Teil-)Arbeitsunfähigkeit vorwiegend auf die psychiatrischen Gegebenheiten zurückgeführt. Im Aktengutachten vom 3. August 2005 weist Prof. Dr. med. F._ darauf hin, dass keine objektivierbaren, die Symptomatik erklärenden strukturellen Schäden vorliegen würden; bei der Versicherten liege eine starke psychogene Fixierung auf ein Lebenskonzept vor, das den Unfall als Hauptursache ihrer Situation in den Mittelpunkt stelle. Auch wenn es zutrifft, dass auf das Aktengutachten des Prof. Dr. med. F._ nicht abschliessend abgestellt werden darf, ist dieses doch immerhin geeignet, die völlig anderen Schlussfolgerungen des Gutachters PD Dr. med. I._ vom 30. August 2006 in Frage zu stellen, zumal Letzterer sich zwar mit der abweichenden Auffassung des Gutachters Prof. Dr. med. F._ auseinandersetzt, aber keine Erklärung dafür liefert, weshalb sich die früher mehrfach festgestellte psychische Problematik zurückgebildet haben könnte. Unter den gegebenen Umständen ist es keineswegs zu beanstanden, wenn die Vorinstanz den Sachverhalt auch in psychiatrischer Hinsicht als ungenügend abgeklärt und deshalb eine ergänzende - polydisziplinäre - Begutachtung als notwendig erachtet.
4.6 Im Vordergrund stehen dabei Untersuchungen neurologisch/orthopädischer (soweit indiziert mit apparativen Mitteln) und psychiatrischer sowie gegebenenfalls auch neuropsychologischer Fachrichtung. Bei spezifischer Fragestellung und zum Ausschluss von Differentialdiagnosen sind auch otoneurologische, ophthalmologische oder andere Untersuchungen angezeigt. Die Gutachter müssen hiebei über zuverlässige Vorakten verfügen. Dies unterstreicht nochmals die Wichtigkeit einer sorgfältigen Dokumentierung des Unfallereignisses und der medizinischen Erstabklärung, aber auch des weiteren Verlaufes bis zur Begutachtung. Inhaltlich sind überzeugende Aussagen dazu erforderlich, ob die geklagten Beschwerden überhaupt glaubhaft sind, und bejahendenfalls, ob für diese Beschwerden trotz Fehlens objektiv ausgewiesener organischer Unfallfolgen ein beim Unfall erlittenes Schleudertrauma (Distorsion) der HWS, eine äquivalente Verletzung oder ein Schädel-Hirntrauma überwiegend wahrscheinlich zumindest eine Teilursache darstellt. Aufgrund der Besonderheiten der Schleudertrauma-Praxis soll das Gutachten bei gefestigter Diagnose auch darüber Auskunft geben, ob eine bestehende psychische Problematik als Teil des für solche Verletzungen typischen, einer Differenzierung kaum zugänglichen somatisch-psychischen Beschwerdebildes zu betrachten ist, oder aber ein von diesem zu trennendes, eigenständiges psychisches Leiden darstellt. Nur wenn in der Expertise überzeugend dargetan wird, dass die psychische Störung nicht Symptom der Verletzung ist, kann dafür eine andere Ursache gesehen werden. Der Hinweis auf ungünstige soziale und soziokulturelle Verhältnisse der versicherten Person und dergleichen genügt nicht. Weiter ist zu beantworten, inwieweit die Arbeitsfähigkeit in der bisherigen und (mit Blick auf eine allfällige Berentung) in alternativen Tätigkeiten durch die festgestellten natürlich unfallkausalen Leiden eingeschränkt ist (erwähntes Urteil U 394/06, E. 9.4 f. mit Hinweisen). Die Parteien können im Verwaltungsverfahren ihre diesbezüglichen Standpunkte ergänzend erläutern, sofern sie sich dazu aufgrund der mit erwähntem Urteil U 394/06 präzisierten bundesgerichtlichen Praxis veranlasst sehen. Die Beschwerde ist deshalb abzuweisen.
5. Das bundesgerichtliche Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. März 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar