Sachverhalt:
A. X._ wird des gewerbs- und bandenmässigen Diebstahls, des Betrugs und der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz verdächtigt. Er befindet sich seit dem 11. Dezember 2009 in Untersuchungshaft. Am 21. Dezember 2009 beantragte die Untersuchungsrichterin des Bezirksamts Rheinfelden dem Präsidenten der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau die Verlängerung der Untersuchungshaft bis zum Eingang der Anklage beim Gericht. Der Vizepräsident der Beschwerdekammer gab dem Antrag mit Verfügung vom 22. Dezember 2009 statt.
B. X._ führt mit Eingabe vom 22. Januar 2010 Beschwerde in Strafsachen und beantragt, die Haftverfügung der Beschwerdekammer sei aufzuheben und er sei umgehend aus der Haft zu entlassen; evtl. unter Anordnung geeigneter Ersatzmassnahmen oder in eine geeignete therapeutische Institution einzuweisen.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 112 Abs. 1 BGG müssen Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, unter anderem die massgebenden Gründe tatsächlicher und rechtlicher Art enthalten, insbesondere die Angabe der angewendeten Gesetzesbestimmungen (lit. b). Das Bundesgericht kann nach Art. 112 Abs. 3 BGG einen Entscheid, der den Anforderungen von Absatz 1 nicht genügt, an die kantonale Behörde zur Verbesserung zurückweisen oder aufheben. Aus Art. 112 Abs. 1 lit. b BGG folgt, dass Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, klar den massgeblichen Sachverhalt und die rechtlichen Schlüsse, die daraus gezogen werden, angeben müssen. Dies ist von Bedeutung im Hinblick auf die unterschiedliche Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts bei Sachverhalts- und Rechtsfragen (Art. 95 und 97 BGG). Genügt der angefochtene Entscheid diesen Anforderungen nicht und ist deshalb das Bundesgericht nicht in der Lage, über die Sache zu befinden, ist er nach Art. 112 Abs. 3 BGG aufzuheben und die Angelegenheit an die kantonale Behörde zurückzuweisen, damit diese einen Entscheid treffe, der Art. 112 Abs. 1 BGG entspricht (Urteil 1B_61/2008 vom 3. April 2008 mit weiteren Hinweisen).
1.2 Die hier angefochtene Verfügung enthält keine eigene Begründung. Das Präsidium der Beschwerdekammer verweist darin auf den "beiliegenden Haftverlängerungsantrag des Bezirksamts Rheinfelden mit schlüssiger Begründung des allgemeinen Haftgrundes des dringenden Tatverdachts und des besonderen Haftgrundes der Kollusions- und Fortsetzungsgefahr". Zwar kann es grundsätzlich zulässig sein, dass der Haftrichter zur Begründung seines Entscheides auf den Haftverlängerungsantrag der Untersuchungsbehörde verweist (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 33 ff.). Die angefochtene Verfügung enthält jedoch nicht einmal eine summarische Begründung, welche auf eine Haftprüfung im Sinne von Art. 31 Abs. 4 BV schliessen liesse. Es lassen sich dem Entscheid keinerlei Anhaltspunkte zur Frage entnehmen, inwiefern der Haftrichter sich mit den Vorbringen des Bezirksamts (in dessen Haftverlängerungsantrag vom 21. Dezember 2009) auseinander setzte bzw. allfällig erhobene Einwände des Inhaftierten (Einweisung in eine geeignete therapeutische Institution) prüfte. Nach dem unter Ziffer 1.2 Ausgeführten ist der angefochtene Entscheid bereits deshalb in Anwendung von Art. 112 Abs. 3 BGG aufzuheben und die Sache an das Präsidium der Beschwerdekammer zurückzuweisen, damit es einen Entscheid treffe, der den Anforderungen von Art. 112 Abs. 1 lit. b BGG genügt.
1.3 Vorliegend kommt hinzu, dass der Haftverlängerungsantrag des Bezirksamts bezüglich des dringenden Tatverdachts und der Kollusionsgefahr keine hinreichende Begründung enthält. Aus den Ausführungen des Bezirksamts ergibt sich nicht, aufgrund welcher Tatsachen der Beschwerdeführer des gewerbs- und bandenmässigen Diebstahls verdächtigt wird. Hinsichtlich des geltend gemachten besonderen Haftgrundes der Kollusionsgefahr enthält der Antrag überhaupt keine Ausführungen.
1.4 Nach dem unter Ziffer 1.1 Ausgeführten ist die angefochtene Verfügung in Anwendung von Art. 112 Abs. 3 BGG aufzuheben und die Sache an das Präsidium der Beschwerdekammer des Obergerichts zurückzuweisen, damit dieses einen Entscheid treffe, der den Anforderungen von Art. 112 Abs. 1 lit. b BGG genügt.
2. Das Präsidium der Beschwerdekammer wird unter Beachtung des besonderen Beschleunigungsgebots in Haftsachen (Art. 31 Abs. 4 BV, Art. 5 Ziff. 4 EMRK) neu zu verfügen haben. Da Haftgründe nicht offensichtlich fehlen, kommt die Haftentlassung durch das Bundesgericht nicht in Betracht. Der entsprechende Antrag wird abgewiesen.
3. Beim vorliegenden Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens obsiegt oder unterliegt keine Partei (Urteil 1B_61/2008 vom 3. April 2008 mit Hinweisen). Dem Kanton werden keine Gerichtskosten auferlegt (Art. 66 Abs. 4 BGG). Dagegen rechtfertigt es sich, gemäss Art. 68 Abs. 4 in Verbindung mit Art. 66 Abs. 3 BGG den Kanton Aargau zur Zahlung einer Entschädigung an den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu verpflichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfügung des Präsidiums der Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Aargau vom 22. Dezember 2009 wird aufgehoben und die Sache zum neuen Entscheid an dieses zurückgewiesen.
2. Das Gesuch um Haftentlassung wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Der Kantons Aargau hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksamt Rheinfelden sowie der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Aargau, Präsidium der Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli