Sachverhalt:
A. Am 16. Januar 2012 erhob die Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm Anklage gegen Y._ wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinn von dessen Art. 19a.
Am 26. April 2012 sprach die Präsidentin des Bezirksgerichts Zofingen Y._ von Schuld und Strafe frei.
Am 18. Mai 2012 meldete die Staatsanwaltschaft Berufung an und verlangte ein begründetes Urteil.
Am 25. Mai 2012 ersuchte Y._ den Leitenden Staatsanwalt um amtliche Verteidigung. Dieser leitete das Gesuch zuständigkeitshalber an das Gerichtspräsidium Zofingen weiter mit der Bemerkung, "aufgrund des Präzedenzcharakters des Falles" sei aus seiner Sicht die amtliche Verteidigung des Gesuchstellers wünschenswert.
Am 20. Juli 2012 setzte die Präsidentin des Bezirksgerichts Zofingen Rechtsanwalt X._, als amtlichen Verteidiger von Y._ ein.
Am 31. August 2012 stellte die Gerichtspräsidentin den Parteien das begründete Urteil zu.
Am 14. September 2012 erklärte die Staatsanwaltschaft beim Obergericht des Kantons Aargau Berufung gegen das bezirksgerichtliche Urteil vom 26. April 2012.
Am 19. September 2012 widerrief der obergerichtliche Verfahrensleiter die von der Präsidentin des Bezirksgerichts Zofingen am 20. Juli 2012 gewährte amtliche Verteidigung mit Wirkung ex tunc.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen obergerichtlichen Entscheid aufzuheben und die amtliche Verteidigung ex nunc zu widerrufen.
C. Staatsanwaltschaft und Obergericht verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über den rückwirkenden Widerruf einer amtlichen Verteidigung. Mit der Beendigung des amtlichen Mandats ist das Verfahren für den Beschwerdeführer abgeschlossen; insofern liegt ein Endentscheid (<ref-law>) vor. Das Hauptverfahren ist eine Strafsache im Sinn von <ref-law>, womit die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist. Der Beschwerdeführer, der daran als amtlicher Verteidiger des Beschuldigten beteiligt war, hat ein rechtlich geschütztes Interesse, sich gegen den rückwirkenden Widerruf seines Mandats zur Wehr zu setzen und ist damit befugt, sie zu erheben (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Der Verfahrensleiter des Obergerichts erwog im angefochtenen Entscheid (E. 2 S. 1 f.), die Staatsanwaltschaft verlange im Strafverfahren gegen Y._ dessen Verurteilung zu einer Busse von 1'000 Franken wegen mehrfacher Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes. Es handle sich damit nach Art. 132 Abs. 2 und 3 StPO klarerweise um einen Bagatellfall, in welchem kein Anspruch auf amtliche Verteidigung bestehe. Der blosse Umstand, dass sich im Verfahren die Frage der Verwertbarkeit von Beweismitteln stelle, könne daran nichts ändern. Demzufolge sei die Bestellung des Beschwerdeführers als amtlicher Verteidiger ex tunc zu widerrufen.
2.2 Der Widerruf einer in formelle Rechtskraft erwachsenen Verfügung ist nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts nur zulässig, wenn das Interesse an der richtigen Durchführung des objektiven Rechts den Anspruch des Betroffenen auf Schutz des berechtigten Vertrauens überwiegt (<ref-ruling> E. 2.5). Der Schutz des Vertrauens geht in der Regel unter anderem dann vor, wenn der Betroffene von der ihm durch die Verfügung eingeräumten Befugnis bereits Gebrauch gemacht hat. Die Abwägung des öffentlichen Interesses an der richtigen Durchführung des objektiven Rechts und dem durch Treu und Glauben gebotenen Schutz des berechtigten Vertrauens des Verfügungsadressaten in den Fortbestand der fehlerhaften Verfügung ist unter Würdigung aller Aspekte des Einzelfalls vorzunehmen (BGE a.a.O. E. 2.3, mit Hinweisen).
2.3 Der angefochtene Entscheid ist bereits aus formellen Gründen fehlerhaft, weil der Verfahrensleiter des Obergerichts die Verfügung vom 20. Juli 2012 ohne jede Interessenabwägung ex tunc widerrufen hat. Er ist aber auch materiell bundesrechtswidrig, weil die Interessenabwägung die rückwirkende Aufhebung der amtlichen Verteidigung ausschliesst:
Der Beschwerdeführer wurde am 20. Juli 2012 als amtlicher Verteidiger eingesetzt. Es trifft zu, dass es im Verfahren gegen Y._ um Übertretungen des Betäubungsmittelgesetzes geht, für die ihm eine Busse von Fr. 1000.- droht. Es handelt sich damit um einen Bagatellfall im Sinn von Art. 132 Abs. 2 und 3 StPO, in welchem jedenfalls in der Regel keine amtliche Verteidigung gewährt wird. Allerdings stand der zuständigen Bezirksrichterin für ihren Entscheid vom 20. Juli 2012 ein gewisser Ermessensspielraum zu, und die Einsetzung eines amtlichen Verteidigers war von der Staatsanwaltschaft befürwortet worden, weil sie von diesem Verfahren eine präjudizielle Entscheidung über die Verwertbarkeit eines auf umstrittene Weise beschafften Beweismittels erwartete. Auch wenn somit die Bezirksrichterin ihren Ermessensspielraum bei der Auslegung von Art. 132 Abs. 2 und 3 StPO ausgeschöpft oder möglicherweise sogar überdehnt hat, so lässt sich die Gewährung der amtlichen Verteidigung mit sachlichen Gründen rechtfertigen und ist jedenfalls nicht von vornherein unvertretbar. Das Interesse, sie unter dem Gesichtspunkt der richtigen Durchführung des objektiven Rechts rückwirkend zu korrigieren, ist unter diesen Umständen gering.
Die Verfügung vom 20. Juli 2012 wurde von der zuständigen Stelle rechtmässig erlassen. Sie ist nach dem Gesagten keineswegs derart unhaltbar, dass der rechtskundige Beschwerdeführer ihre Fehlerhaftigkeit hätte erkennen müssen und sich nicht hätte darauf verlassen dürfen. Er hat gestützt darauf die Verteidigung seines Mandanten an die Hand genommen und war dazu als amtlicher Anwalt im Übrigen auch verpflichtet. Sein Vertrauen in den Bestand der Verfügung vom 20. Juli 2012 ist damit offensichtlich schutzwürdig. Deren rückwirkende Aufhebung ist mit Treu und Glauben nicht vereinbar, die Rüge ist begründet.
3. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Verfügung der Bezirksrichterin vom 20. Juli 2012 mit Wirkung ab dem 24. September 2012, als dem Beschwerdeführer die obergerichtliche Verfügung vom 19. September 2012 zugestellt wurde, ist aufzuheben. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Hingegen hat der Kanton Aargau dem obsiegenden Beschwerdeführer eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und die angefochtene Verfügung des Obergerichts des Kantons Aargau vom 19. September 2012 sowie die Verfügung der Präsidentin des Bezirksgerichts Zofingen vom 20. Juli 2012 mit Wirkung ab dem 24. September 2012 aufgehoben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Aargau hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Zofingen-Kulm und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Dezember 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi