Grundstückkauf; Werkmängel, hat sich ergeben:
A.- Die X._ AG und die Y._ AG (nachstehend:
Beklagte) planten in den Achtzigerjahren eine Überbauung mit vier Einfamilienhäusern in Bettwiesen/TG. Im Verlaufe des Bewilligungsverfahrens verlangten die Gemeindebehörden eine Tieferlegung der Gebäude, weshalb ein natürlicher Abfluss der Abwässer nicht möglich war. Es wurde daher ein spezielles Kanalisationskonzept mit einem Sickersystem vorgesehen, welches die Gemeinde Bettwiesen am 14. März 1989 mit folgender Auflage bewilligte:
"Gemäss Prüfungsbericht des Kant. Amtes für Umweltschutz
u. Wasserwirtschaft ist es nicht gestattet,
befahrbare Plätze über Leitungen und Schächte via
Versickerungsanlagen zu entwässern. Wenn auf eine
spezielle Platzentwässerung (z.B. bei Chaussierung,
Rasengittersteinen) verzichtet wird, dürfen keine
Nassreinigungen (insbesondere Autowäschen) ausgeführt
werden. Punkt 3 des beiliegenden Merkblattes
ist zu beachten. "
In einem Grunddienstbarkeitsvertrag wurden vor Verkauf der Parzellen mit den vier Einfamilienhäusern bereits gegenseitige Durchleitungsrechte für Abwasser begründet und der Unterhalt der damals geplanten Leitungen, Pumpschächte und Pumpen geregelt. Während der Bauarbeiten kam es infolge von Grund- und Hangwasserproblemen zu Schwierigkeiten mit dem vorgesehenen Sickersystem. An der Ostseite drang immer wieder Wasser in die Baugrube ein, so dass diese zumindest nach grösseren Regenfällen jeweils unter Wasser stand. Da dieses wegen des lehmigen Bodens nicht versickern konnte, wurde während der Bauzeit auf der Ostseite provisorisch ein Geröllschlitz und ein Pumpschacht mit der Pumpe "5" erstellt, um das eindringende Hangwasser abzufangen. Nach einem Augenschein am 22. Dezember 1998, an dem C._ und Vertreter der Gemeindebehörden Bettwiesen teilnahmen, wurde vereinbart, die Pumpe 5 definitiv beizubehalten, um das Hangwasser aufzunehmen und direkt in den Bach zu pumpen. Damit sollte sichergestellt werden, dass kein Hangwasser in die Gemeindekanalisation gelangen kann.
Die Bauherrschaft wurde aufgefordert, der Bewilligungsbehörde einen entsprechend geänderten Ausführungsplan einzureichen.
Mit Vertrag vom 9. März 1990 verkauften die Beklagten die Parzelle a zum Preis von insgesamt Fr. 773'950.-- an A._ und B._ (nachstehend:
Kläger), wobei sich die Beklagten verpflichteten, das auf dieser Parzelle noch im Bau befindliche Einfamilienhaus bis zum 1. Mai 1990 schlüsselfertig zu erstellen (Ziff. 6) und dafür die Gewährleistung für das Werk und die einzelnen Werkteile nach SIA-Norm 199 zu übernehmen (Ziff. 3). Das Einfamilienhaus wurde in Ziff. 5 des Vertrages wie folgt umschrieben:
"a) Einfamilienhaus Assek. Nr. 275 gemäss den Projektplänen
und dem Baubeschrieb des Architekturbüros
C._; Projektpläne gemäss Baubewilligung vom 14.03.1989 und Baubeschrieb vom 27.02.1990 werden
von den Parteien ausseramtlich unterzeichnet und
danach als verbindlich erklärt. "
Am 31. Mai 1990 reichten die Beklagten der Gemeinde den Kanalisationsplan Nr. 287-5A ein, auf dem der Geröllschlitz und der Schacht für die Pumpe 5 eingezeichnet war.
In der Folge entstanden zwischen den Parteien unter anderem wegen des Kanalisationskonzeptes, welches von den zuständigen Behörden noch nicht bewilligt war, Meinungsverschiedenheiten.
In einem ersten Verfahren vor Bezirksgericht Münchwilen schlossen die Parteien am 21. Januar 1992 einen Vergleich über verschiedene strittige Punkte. Darin wurde vereinbart, dass die Kläger per 1. Februar 1992 Fr. 4'000.-- auf ein Sperrkonto bei der Thurgauer Kantonalbank bezahlen und die Beklagten einzelne Mängel beheben. Zudem wurde vorgesehen, dass der Heizkessel von den Parteien innert Jahresfrist auf Korrosionsmängel hin untersucht werde; im Streitfall durch einen vom Gerichtspräsidenten des Bezirksgerichts Münchwilen ernannten Experten. Weiter verpflichteten sich die Beklagten, allfällige Korrosionsmängel auf ihre Kosten zu beheben. Gemäss Ziff. 4 des Vergleichs wurde der auf dem Sperrkonto liegende Betrag von Fr. 4'000.-- inkl. Zins zur Zahlung fällig, sobald die unter Ziff. 2 und 3 genannten Mängel behoben waren, bzw. wenn feststand, dass der Heizkessel keine Korrosionsmängel aufweist. Ziff. 5 des Vergleichs wies folgende Saldoklausel auf:
"Mit Erfüllung dieses Vergleichs erklären sich die
Parteien per Saldo aller gegenseitigen Ansprüche
auseinandergesetzt, unter Vorbehalt von Mängeln, die
ab heutigem Datum festgestellt werden sowie der Angelegenheit
Pumpe 5."
Nach der Durchführung eines Rekursverfahrens wurde der Kanalisationsplan Nr. 287-5A von den Baubehörden genehmigt. Die Kläger weigerten sich jedoch, einen von den Beklagten vorgelegten Grunddienstbarkeitsvertrag zu unterzeichnen, welcher die Durchleitungs- und Baurechte für den zusätzlichen Pumpschacht mit der Pumpe 5 sowie des Unterhalts der Leitungen, Schächte und der Pumpe geregelt hätte.
B.- Mit Leitschein vom 18. August 1995 verlangten die Kläger beim Bezirksgericht Wil, die Beklagten seien solidarisch zu verpflichten, ihnen Fr. 65'000.-- zuzüglich 6 % Zins ab 9. März 1990 zu bezahlen. Die Kläger machten damit Minderungs- und Schadenersatzansprüche geltend, welche sie daraus ableiteten, dass das errichtete Kanalisationssystem nicht mit dem vertraglich vorgesehenen System übereinstimme.
So seien die Kläger nicht über die Grund- und Hangwasserprobleme und über die definitive Installation der Pumpe 5 orientiert worden, weshalb die Beklagten die daraus entstehenden zusätzlichen Unterhalts-, Betriebs- und Ersatzkosten zu tragen hätten. Die Beklagten bestritten das Vorliegen eines Mangels und stellten unter Berufung auf den Vergleich vom 21. Januar 1992 eventualiter Fr. 4'000.-- zur Verrechnung.
Das Bezirksgericht verpflichtete die Beklagten mit Urteil vom 9. Dezember 1997, den Klägern unter solidarischer Haftbarkeit Fr. 25'050.-- nebst Zins zu 5 % seit 9. März 1990 zu bezahlen, abzüglich Fr. 4'000.-- nebst aufgelaufenen Zinsen seit 1. Februar 1992. Im Mehrbetrag wurde die Klage abgewiesen.
Auf Berufung der Beklagten und Anschlussberufung der Kläger hin verpflichtete das Kantonsgericht St. Gallen die Beklagten, den Klägern Fr. 25'050.-- nebst 5 % Zins seit
1. Mai 1990 zu bezahlen.
C.- Das Urteil des Kantonsgerichts haben die Beklagten gemäss der darin angeführten Rechtsmittelbelehrung zunächst mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde und eidgenössischer Berufung angefochten.
Das Kassationsgericht des Kantons St. Gallen ist am 28. November 2000 auf die Nichtigkeitsbeschwerde nicht eingetreten.
Nach Erhalt des Nichteintretensentscheides haben die Beklagten gegen das Urteil des Kantonsgerichts nachträglich noch eine staatsrechtliche Beschwerde eingereicht, welche das Bundesgericht - nachdem es die Frist wiederhergestellt hatte - mit Urteil vom 15. Mai 2001 abwies, soweit darauf einzutreten war.
Mit der vorliegenden Berufung stellen die Beklagten den Antrag, das angefochtene Urteil aufzuheben, die Klage abzuweisen oder eventualiter die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Kläger schliessen auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Nach Art. 55 Abs. 1 lit. c OG ist in der Berufungsschrift kurz darzulegen, welche Bundesrechtssätze der angefochtene Entscheid verletzt und inwiefern er gegen sie verstösst. Unzulässig sind dagegen Rügen, die sich gegen die Anwendung kantonalen Prozessrechts (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG) und insbesondere gegen die Beweiswürdigung der Vorinstanz richten (<ref-ruling> E. 2b S. 99, 119 II 84 E. 3, 116 II 93 E. 2), es sei denn, es werde dieser zugleich ein offensichtliches Versehen, eine Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften (Art. 63 Abs. 2 OG) oder unvollständige Ermittlung des Sachverhaltes vorgeworfen (Art. 64 OG).
b) Die Beklagten machen geltend, das Kantonsgericht habe bundesrechtliche Beweisvorschriften und insbesondere <ref-law> verletzt, indem es auf Grund der unbestrittenen Tatsache, dass die Kläger von ihnen "Projektpläne" zugestellt erhalten hätten, unterstelle, dass sie damit auch in den Besitz des Kanalisationsplanes Nr. 287-5 gekommen seien.
Dies sei unzutreffend und von keiner Partei im Prozess je behauptet worden. Mit diesen Ausführungen üben die Beklagten unzulässige Kritik an der Beweiswürdigung des Kantonsgerichts und lassen ausser Acht, dass nach ständiger Praxis des Bundesgerichts die Frage der Beweislastverteilung gemäss <ref-law> gegenstandslos wird, wenn die Vorinstanz aufgrund eines Beweisverfahrens zum Ergebnis gelangt ist, bestimmte Tatsachenbehauptungen seien bewiesen oder widerlegt (<ref-ruling> E. 3a S. 147, 114 II 289 E 2a S. 291, 109 II 245 E. 5 S. 251 mit Hinweisen). Weiter gilt es zu beachten, dass das kantonale Prozessrecht bestimmt, inwieweit einem Urteil nur behauptete Tatsachen zu Grunde gelegt werden können (<ref-ruling> E. 2d S. 340; vgl. auch Messmer/Imboden, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, S. 142 Rz. 103 mit weiteren Hinweisen), weshalb insoweit eine Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften ausgeschlossen ist.
2.- Das Kantonsgericht führte dem Sinne nach aus, indem im Vertrag vom 9. März 1990 auf die Projektpläne gemäss Baubewilligung vom 14. März 1998 verwiesen werde, sei klar, dass diesem Vertrag noch der erste Kanalisationsplan Nr. 258-5 und nicht das schliesslich ausgeführte Kanalisationsprojekt zu Grunde liege. Denn im Zeitpunkt der Baubewilligung habe der korrigierte Kanalisationsplan Nr. 287-5A mit der Pumpe 5 noch nicht vorgelegen. Zudem habe es bei Vertragsabschluss auch an einem Grunddienstbarkeitsvertrag zur Regelung der entsprechenden Durchleitungsrechte und des Baurechts für den Pumpschacht sowie der damit zusammenhängenden Unterhaltsverpflichtungen gefehlt. Es werde von den Beklagten auch nicht behauptet, dass die Pumpe 5 bzw. der Geröllschlitz und die Überlaufleitung im Kaufvertrag erwähnt worden oder in den diesem zu Grunde liegenden Plänen bereits vorhanden gewesen seien. Daraus, dass die Pumpe für die Kläger bei der Besichtigung der Baustelle ersichtlich gewesen sei, könne nicht auf deren Genehmigung geschlossen werden, weil sie sich als Provisorium präsentiert habe und die Kläger auf Grund der Situation auf der Baustelle nicht auf eine entsprechende definitive Installation hätten schliessen müssen.
Die Kläger hätten daher ihr Recht, sich auf die vertragliche Vereinbarung und die ihnen ausgehändigten Pläne zu stützen, wegen der geänderten tatsächlichen Ausführung nicht verwirkt.
Die Beklagten rügen, das Kantonsgericht sei von einer unzutreffenden Vertragsauslegung ausgegangen.
a) Kann bezüglich einer Vereinbarung kein tatsächlich übereinstimmender Wille der Parteien festgestellt werden, so sind ihre Erklärungen nach dem Vertrauensprinzip so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 4b/aa). Wie die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip vorzunehmen ist, stellt eine Rechtsfrage dar, welche das Bundesgericht im Berufungsverfahren überprüfen kann, wobei es an die Feststellungen der Vorinstanz über die äusseren Umstände, unter denen die Erklärungen abgegeben wurden, gebunden ist (<ref-ruling> E. 3a S. 168).
b) Im Einzelnen führen die Beklagten an, das Kantonsgericht habe verkannt, dass aus dem Verweis auf die Projektpläne gemäss Baubewilligung nicht der Schluss gezogen werden könne, die Beklagten hätten den Klägern ein Entwässerungskonzept zugesichert, wie es dem ersten Kanalisationsplan Nr. 287-5 zu Grunde gelegen habe, weil dieser Plan nicht bzw. nur mit wesentlichen Änderungsauflagen bewilligt worden sei. So sei in der Baubewilligung ausdrücklich gesagt worden, dass das Platzwasser wegen der Gefahr von Gewässerverschmutzungen durch Nassreinigungen nicht versickern dürfe, sondern mittels einer speziellen Platzentwässerung der Kanalisation zuzuleiten sei. Diese Anordnung habe eine Änderung des Entwässerungskonzepts der Liegenschaft und damit zwangsläufig auch des Kanalisationsplanes notwendig gemacht, was die Kläger hätten erkennen müssen. Diese Argumentation dringt nicht durch. Es mag zwar zutreffen, dass die Auflage in der Baubewilligung bezüglich der Platzentwässerung eine teilweise Änderung des Entwässerungs- bzw. Kanalisationsplanes erforderlich machte. Entgegen der Darstellung der Beklagten konnten die Kläger nach dem Vertrauensprinzip davon ausgehen, dass die im Vertrag ausdrücklich genannten Projektpläne gemäss der Baubewilligung massgebend sind. Entgegen der Annahme der Beklagten ist es unerheblich, dass im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses das geänderte Entwässerungssystem noch nicht genehmigt war, weil die Beklagten die Kläger damals darüber und über die Erforderlichkeit der dauerhaften Installation der Pumpe 5 nicht informiert haben und die Kläger daher nach Treu und Glauben von der Massgeblichkeit der ursprünglichen im Vertrag bezeichneten Pläne ausgehen konnten. Das Kantonsgericht hat somit das Vertrauensprinzip nicht verletzt, wenn es davon ausging, dass diese Pläne die Vertragsgrundlage gebildet hätten. Der Mangel besteht damit im Abweichen des tatsächlich ausgeführten Entwässerungsystems vom ersten Kanalisationsplan Nr. 258-5.
Damit braucht die Frage nach der Normalbeschaffenheit des Werkes nicht geprüft zu werden.
3.- a) Das Kantonsgericht ging davon aus, die im Vergleich der Parteien vom 21. Januar 1992 vereinbarte Saldoklausel und der Vorbehalt der Angelegenheit Pumpe 5 müsse auf Grund der Tatsache, dass damals noch offen gewesen sei, ob das ausgeführte Entwässerungskonzept bewilligt würde (Rekursverfahren zwischen der Gemeinde und der Beklagten 1, kläg. act 7-10, 16 und 18) und auch gestützt auf das Abnahmeprotokoll vom 31. (recte: 3) Januar 1991 sowie der Korrespondenz vom Sommer 1991 (kläg. act 11-14) so verstanden werden, dass das ganze Entwässerungssystem von der Saldoklausel ausgenommen werden sollte und allfällige Mängel im Zusammenhang mit diesem System insgesamt nicht als erledigt betrachtet worden seien.
b) Die Beklagten machen dem Sinne nach geltend, der Vorbehalt der Angelegenheit Pumpe 5 sei nach dem Vertrauensprinzip dahingehend auszulegen, dass die Kläger das Entwässerungssystem, abgesehen von der Pumpe 5 genehmigt hätten.
Dies ergebe sich daraus, dass die Kläger im Zeitpunkt der Unterzeichnung des Vergleichs das bei ihrer Liegenschaft ausgeführte Entwässerungskonzept, insbesondere das zur Fassung des Platzwassers erstellte Abwassersammelbecken und die Sickerleitungen entlang des Hauses, längst gekannt hätten, so dass sich allfällige Mängelansprüche wenn überhaupt höchstens noch auf die Pumpe 5, nicht aber auf das übrige Entwässerungssystem haben erstrecken können. Dies werde dadurch bestätigt, dass im Abnahmeprotokoll vom 3. Januar 1991 von den Klägern beim ausgeführten Entwässerungskonzept einzig die Pumpe 5 nicht abgenommen worden sei, die übrigen Teile des geänderten Konzeptes indessen nicht weiter bemängelt worden seien.
c) Entgegen der Ansicht der Beklagten kann aus dem Umstand, dass die Kläger im Zeitpunkt der Unterzeichnung des Vergleichs das erstellte Entwässerungskonzept kannten, nicht darauf geschlossen werden, sie hätten es auch genehmigt. Des Weiteren trifft es zwar zu, dass im Abnahmeprotokoll vom 3. Januar 1991 festgehalten wurde, die Pumpe 5 im Schacht auf dem Grundstück der Familie Schönenberger könne nicht abgenommen werden. Daraus ergibt sich jedoch nicht, dass die Kläger mit dem im Vergleich verwendeten Begriff der Angelegenheit Pumpe 5 ebenfalls bloss alleine diese Pumpe meinten, zumal der Erstkläger sich im Schreiben vom 21. August 1991 bei den Beklagten danach erkundigte, ob die Gemeinde die Kanalisation mit den Sickerleitungen usw. und die Lösung mit der Pumpe 5, wie sie heute ausgeführt sei, nun endgültig bewilligt habe. Dies zeigt vielmehr, dass die Kläger mit der Angelegenheit Pumpe 5 das gesamte noch nicht bewilligte Entwässerungssystem gemeint haben müssen, da nach Treu und Glauben nicht davon ausgegangen werden kann, sie hätten eine Anlage genehmigt, nach deren Bewilligung sie sich ausdrücklich erkundigt hatten. Diese Auslegung wird dadurch bestätigt, dass bereits das Bezirksgericht gestützt auf die eingeholte Expertise dafür hielt, der Betrieb der Pumpe 5 könne nicht losgelöst vom übrigen Entwässerungssystem betrachtet werden, weshalb anzunehmen ist, die Parteien hätten mit der Angelegenheit Pumpe 5 das gesamte Entwässerungssystem gemeint, welches eine funktionale Einheit bildet. Das Kantonsgericht hat daher mit der entsprechenden Vertragsauslegung das Vertrauensprinzip nicht verletzt.
4.- Die Beklagten rügen, das Kantonsgericht habe verkannt, dass die mit der Pumpe 5 zusammenhängenden Betriebs-, Unterhalts- und Ersatzkosten nicht im Mangel selbst begründet seien und daher nicht als Minderwert, sondern höchstens als Mangelfolgeschaden qualifiziert werden könnten, der nur verschuldensabhängig zu ersetzen sei. Diese Rüge ist unbegründet, weil die Abweichung des Entwässerungssystems vom ursprünglichen Plan entgegen der Annahme der Beklagten einen Mangel darstellt und die entsprechenden Mehrosten daher im Mangel selbst begründet und deshalb nicht als Mangelfolgeschaden zu qualifizieren sind (vgl. Gauch, Der Werkvertrag,
4. Auf. , S. 497 Rz. 1864).
5.- a) Das Kantonsgericht hat bezüglich der Minderung dem Sinne nach ausgeführt, in dem Mass, in dem den Klägern durch die zusätzlichen Installationen Kosten anfallen, die mit der vertraglich vorgesehenen Versickerungslösung nach Kanalisationsprojekt 287-5 nicht angefallen wären, sei der Wert des gesamten Bauwerkes herabgesetzt. Der Minderwert entspreche damit den kapitalisierten Kosten, die die zusätzlichen Installationen verursachten. Die Ermittlung des Minderwertes beruhe somit auf einer Schätzung von in Zukunft zu erwartendem Aufwand, der nicht exakt zu beziffern und daher in analoger Anwendung von <ref-law> nach richterlichem Ermessen zu bestimmen sei. Diesbezüglich sei die vom Experten erstellte Tabelle der Unterhaltsarbeiten und betrieblichen Aufwendungen - abgesehen vom ersten Ersatz des Geröllschlitzes - nachvollziehbar und könne als taugliche Grundlage für die Festlegung des Minderwertes benutzt werden.
Den daran vom Bezirksgericht vorgenommenen Korrekturen oder der von den Beklagten vertretenen Auffassung, den Klägern könne bezüglich aller in Frage kommenden Positionen lediglich ein Viertel der zukünftigen Kosten angerechnet werden, könne nicht zugestimmt werden. Der Experte habe festgestellt, dass die Pumpe 5 nahezu nur der Entwässerung der klägerischen Liegenschaft diene. Dies werde auch durch den dem Entwurf eines Grunddienstbarkeitsvertrages angefügte Situationsplan in Verbindung mit dem Kanalisationsplan 287-5A erhärtet. Weder aus diesem Plan noch aus den Feststellungen des Experten gehe hervor, dass der Pumpschacht 5 andere Abwässer aufnehme als das Wasser aus dem Geröllschlitz.
Es sei damit nicht nachvollziehbar, dass unter diesen Umständen bei Abschluss eines Grunddienstbarkeitsvertrages die Eigentümer aller vier Liegenschaften die Unterhaltspflicht übernehmen müssten, selbst wenn der den Klägern vorgelegte Entwurf eines Vertrages dies so vorgesehen habe und die Aufteilung der Betriebskosten bisher so erfolgte. Dies würde nicht der von den Beklagten angerufenen Interessenlage entsprechen (<ref-law>). Unklar bleibe auch, weshalb das Bezirksgericht die mit dem Abwassersammelbecken der Häuser Winkelstrasse 2 und 4 zusammenhängenden Unterhalts- und Betriebskosten auf die vier Hauseigentümer aufteilen will. Der Experte habe vielmehr in seinen Berechnungen versucht, den Anteil, den die Sickerleitung der klägerische Liegenschaft ausmache, auszuscheiden. Darauf könne abgestellt werden.
Zusammenfassend ergebe sich daher, dass die Schätzung der jährlich wiederkehrenden Kosten von Fr. 1'285.-- durch den Experten übernommen werden könnten. Bei einem nicht bestrittenen Kapitalisierungssatz von 4 1/4 % würden sich Fr. 30'235.-- ergeben. Damit sei die im Berufungsverfahren noch strittige Miderwertforderung der Kläger von Fr. 25'050.-- ausgewiesen, ohne dass näher zu prüfen sei, ob auch die Fr. 6'000.-- für das vom Experten für notwendig erachtete kurzfristige Auswechseln des Geröllschlitzes ebenfalls zu berücksichtigen sei.
b) Die Beklagten rügen, diese Berechnung der Preisminderung sei in verschiedener Hinsicht bundesrechtswidrig.
Voraussetzung für eine Preisminderung sei, dass das Werk infolge seiner Mangelhaftigkeit einen Minderwert aufweise.
Nachdem das bestehende Entwässerungskonzept aber in jeder Hinsicht in Ordnung sei, könne das Werk auch nicht einen objektiven Minderwert aufweisen. Dies zeige der Umstand, dass die Vorinstanz zur Ermittlung dieses angeblichen Minderwertes nicht - wie dies auf Grund der relativen Berechnungsmethode geboten gewesen wäre - einen Wertvergleich zwischen mangelhaften und mängelfreiem Werk vorgenommen, sondern statt dessen eine eigentliche Schadenersatzberechung angestellt habe. Diese Rüge ist unbegründet, da die tatsächliche Vermutung, der objektive Minderwert entspreche im vorliegenden Fall den kapitalisierten Mehrkosten, welche das tatsächlich realisierte Entwässerungssystem gegenüber ursprünglich geplanten System verursache, bundesrechtlich nicht zu beanstanden ist.
Weiter machen die Beklagten sinngemäss geltend, auch bei der vom Kantonsgericht gewählten Art der Berechnung des Minderwertes könnten lediglich solche Kostenpositionen berücksichtigt werden, die in einem adäquaten Kausalzusammenhang zur Pumpe 5 stünden. Dies sei bei den Positionen, welche das übrige Entwässerungssystem betreffe würden, nicht der Fall. Dieser Einwand ist unberechtigt, weil er von der unzutreffenden Annahme ausgeht, dass nicht alle Abweichungen des Entwässerungssystems von den ursprünglichen Projektplänen einen Werkmangel darstellten.
Alsdann bringen die Beklagten vor, die Pumpe 5 stelle eine bauliche Vorrichtung im Sinne von <ref-law> dar, die von allen beteiligten Grundeigentümern nach Massgabe des Interesses, also gleichmässig, zu finanzieren sei. In diesem Sinne äussere sich auch der Entwurf des Dienstbarkeitsvertrages.
Bei dieser Sachlage gehe es nicht an, den gesamten Betrag als Minderwert der Kläger zu bezeichnen.
Diese Ausführungen können nicht gehört werden, weil sie den tatsächlichen Feststellungen des Kantonsgerichts bezüglich der Interessenlage der betroffenen Grundstückeigentümer und der auf Grund der Würdigung von Beweisen und konkreten Umständen erfolgten Schätzung des künftigen Schadens gemäss <ref-law> widersprechen, welche im Berufungsverfahren - abgesehen von der richtigen Anwendung der Rechtsgrundssätze der Schadensberechnung - nicht überprüft werden kann (<ref-ruling> E. 3b S. 222 f. mit weiteren Hinweisen).
Da gemäss den bundesrechtskonformen Erwägungen des Kantonsgerichts nicht entscheiderheblich ist, ob ein kurzfristiges Auswechseln des Geröllschachtes erforderlich ist, hat das Kantonsgericht entgegen der Annahme der Beklagten <ref-law> nicht verletzt, indem es auf die Einholung einer entsprechenden Oberexpertise verzichtete.
6.- a) Die Beklagten wollen die klägerischen Ansprüche mit einer aus dem Vergleich vom 21. Januar 1992 abgeleiteten Gegenforderung von Fr. 4'000.-- verrechnen. Das Kantonsgericht führte in diesem Zusammenhang aus, die Parteien hätten im Vergleich die Fälligkeit dieses Betrages an die Bedingung geknüpft, dass feststehen müsse, dass der Heizkessel keine Korrosionsmängel (mehr) aufweise und gleichzeitig geregelt, wie diese Feststellung - auch im Streitfall - getroffen werden müsse. Die Beklagten würden nicht einmal behaupten, diese Bedingung sei erfüllt. Die Fälligkeit der Verrechnungsforderung sei daher nicht gegeben.
b) Die Beklagten rügen, es treffe in keiner Weise zu, dass sie im Prozess nicht behauptet hätten, die im Vergleich an die Fälligkeit dieser Restforderung gestellten Bedingungen seien erfüllt. Diese Rüge betrifft die Anwendung kantonalen Prozessrechts und ist daher im Berufungsverfahren unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
c) Im Weiteren machen die Beklagten geltend, das Kantonsgericht habe gemäss den von ihnen vorgetragenen Umständen die Berufung der Kläger auf die fehlende Untersuchung bezüglich der Korrosionsmängel als rechtsmissbräuchlich, bzw. als ein Verstoss gegen <ref-law> qualifizieren müssen. Dies ergebe sich daraus, dass die Beklagten nach der Untersuchung durch den Heizkessellieferanten keinerlei negative Reaktionen von Seiten der Kläger erhalten und diese auch weder vor Ablauf der erwähnten Jahresfrist noch später die Durchführung einer förmlichen gemeinsamen Untersuchung verlangt hätten, weshalb die Beklagten davon hätten ausgehen können, dass mit dem Heizkessel alles in Ordnung sei.
Die Beklagten lassen dabei ausser Acht, dass sie aus dem blossen Stillschweigen der Kläger nichts zu ihren Gunsten ableiten können, weil die Freigabe der Kaution eine Untersuchung voraussetzte, welche feststellt, dass der Heizkessel keine Korrosionsmängel aufweist. Entgegen der Darstellung der Beklagten konnten sie aus dem Schreiben des Heizkessellieferanten vom 27. Februar 1992 nicht auf eine solche Untersuchung schliessen, weil sich dieses Schreiben alleine auf die von den Klägern bemängelte zu grosse Kesselleistung bezog und zum Ergebnis kam, dass durch die erfolgte Reduktion der Brennleistung auf das minimal Mögliche ein wirtschaftlich einwandfreier Betrieb gewährleistet sein soll. Dies lässt keine Rückschlüsse auf eine Untersuchung im Hinblick auf Korrosionsmängel zu. Zudem wird von den Beklagten nicht dargetan, inwiefern die Kläger eine solche Untersuchung wider Treu und Glauben verhindert hätten, weshalb eine (analoge) Anwendung von <ref-law> nicht in Frage kommt. Die Rechtsmissbräuchlichkeit der Berufung auf das Fehlen der Feststellung der Korrosionsfreiheit des Heizkörpers ist demnach auch dann zu verneinen, wenn von der Sachdarstellung der Beklagten ausgegangen wird. Das Kantonsgericht konnte daher insoweit auf weitere Beweiserhebungen verzichten, ohne <ref-law> zu verletzen.
7.- Schliesslich machen die Beklagten geltend, die Zusprechung eines Zinses von 5 % ab 1. Mai 1990 verstosse gegen Bundesrecht. Das Kantonsgericht habe übersehen, dass es bei den kapitalisierten Betriebs-, Unterhalts- und Ersatzkosten um sogenannten Mangelfolgeschaden gehe, für den höchstens ein Schadenszins ab Eintritt des Schadens geschuldet sein könne. Diese Rüge ist unbegründet. Wie bereits dargelegt (vgl. E. 4 hievor), betreffen die von den Klägern genannten Kosten keinen Mangelfolgeschaden. Auf dem Minderungsbetrag, den die Kläger zurückfordern können, ist nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts unter analoger Anwendung von <ref-law> ab dem Zeitpunkt des Empfangs der rückzuerstattenden Vergütung Zins geschuldet (<ref-ruling> E. 7 S. 315).
8.- Nach dem Gesagten ist die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beklagten kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen (III. Zivilkammer) vom 27. April 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Beklagten unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.- Die Beklagten haben die Kläger für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit insgesamt Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen (III. Zivilkammer) schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 12. Juni 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: