Faits:
A. Par acte du 14 novembre 2012, A._ a recouru auprès de la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (TPF) contre le séquestre de son compte auprès de la Banque X._, ordonné le 15 avril 2011 par le Ministère public de la Confédération (MPC). Elle demandait également la récusation des trois juges compétents "für diesen Komplex".
B. Par décision du 20 décembre 2012, la Cour des plaintes a déclaré irrecevable la demande de récusation: celle-ci n'indiquait pas les juges concernés, alors que les différentes causes relatives à cette procédure n'étaient pas systématiquement traitées par les mêmes juges. Le recours a par ailleurs été déclaré irrecevable: l'avocat mandaté par A._ avait requis, le 27 mai 2011, la levée du séquestre en produisant une procuration du 10 mai 2011, de sorte que la recourante avait connaissance de la mesure contestée au plus tard à cette date. Le délai de recours, de dix jours, était largement échu.
C. Par acte du 21 décembre 2012, A._ forme un recours ordinaire (subsidiairement un recours constitutionnel) avec une demande d'effet suspensif. Elle demande l'annulation de la décision de la Cour des plaintes, tant en ce qui concerne la récusation que le blocage de son compte, et le renvoi de la cause à l'autorité précédente. Subsidiairement, elle demande l'annulation de la décision attaquée en tant qu'elle concerne la mesure de séquestre, et le renvoi de la cause au TPF.
Le MPC conclut au rejet du recours en tant qu'il est recevable. La recourante a répliqué.

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, le recours en matière pénale est recevable contre les arrêts de la Cour des plaintes qui portent sur des mesures de contrainte. Les décisions relatives au séquestre d'avoirs bancaires constituent de telles mesures (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 94). Le recours constitutionnel subsidiaire n'est dès lors pas ouvert.
La décision relative à un séquestre pénal constitue une décision incidente (<ref-ruling> consid. 1 p. 131; <ref-ruling> consid. 1b p. 100 et les références), susceptible de causer un dommage irréparable au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4 p. 141 et les références).
La société recourante, titulaire du compte séquestré, a qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
2. La recourante persiste à considérer que les juges de la Cour des plaintes manqueraient d'objectivité et d'impartialité dans le traitement de ses différents recours.
2.1 S'agissant de la demande de récusation, la Cour des plaintes l'a déclarée irrecevable pour défaut de motivation. Cette considération ne prête pas le flanc à la critique: la recourante s'en prenait indistinctement aux juges chargés de la cause, alors que les recours interjetés par la recourante ne sont pas systématiquement jugés par les mêmes magistrats. La recourante se contentait au demeurant d'affirmations générales dépourvues de toute démonstration, de sorte que la requête de récusation pouvait donc être tenue pour irrecevable.
2.2 Devant le Tribunal fédéral, la recourante reprend ses soupçons de collusion avec le MPC. Elle ne fait toutefois valoir aucune circonstance précise qui permettrait d'étayer ses accusations. Le seul fait que la Cour des plaintes n'entrerait pas en matière ou rejetterait systématiquement ses recours ne suffit pas pour admettre que les juges ayant participé à ces décisions seraient prévenus à son endroit ou qu'ils agiraient de connivence avec le MPC (cf. arrêt 1B_692/2012 du 21 décembre 2012).
3. La recourante conteste ensuite l'irrecevabilité de son recours dirigé contre la mesure de séquestre. Elle relève que l'avocat qui avait agi contre l'ordonnance de séquestre, le 10 mai 2011, n'était pas au bénéfice de pouvoirs de représentation, le MPC lui ayant précédemment fait interdiction d'agir pour la recourante. Dès le début 2011, elle était représentée par un autre avocat. Le MPC aurait délibérément renoncé à renseigner la recourante sur la mesure de séquestre.
3.1 Dans sa réponse au recours, le MPC indique que si le premier avocat de la recourante s'est vu empêcher de la représenter par décision du 7 octobre 2010, il a recouru contre ce prononcé auprès du TPF puis du Tribunal fédéral (cause 2C_103/2011, devenue 1B_434/2010); le 11 mars 2011, ce dernier a accordé dans un premier temps l'effet suspensif à titre superprovisoire avant de le refuser par ordonnance du 11 juillet 2011. Le recours a finalement été rejeté par arrêt du 14 novembre 2011.
3.2 Compte tenu de ce qui précède, le premier avocat de la recourante était toujours habilité à agir pour celle-ci lorsqu'il a requis, le 27 mai 2011, la levée partielle du séquestre. A l'appui de sa démarche, il a d'ailleurs produit une procuration établie le 10 mai 2011, l'autorisant à agir dans ce sens et signée par le représentant de la recourante. Il en ressort que cette dernière connaissait à cette date l'existence du séquestre litigieux. Le MPC a d'ailleurs confirmé, le 8 juin 2011, que la constitution de l'avocat était autorisée temporairement en raison de l'effet suspensif alors lié au recours auprès du Tribunal fédéral.
3.3 On ne saurait ainsi reprocher à la Cour des plaintes d'avoir établi les faits de manière erronée ou violé le droit en considérant que la recourante avait connaissance de la décision attaquée le 10 mai 2011, de sorte que son recours était irrecevable.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté, aux frais de la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué à la recourante, au Ministère public de la Confédération et au Tribunal pénal fédéral, Cour des plaintes.
Lausanne, le 1er février 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz