Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) mit Wohnsitz in Rio de Janeiro, Brasilien, ist ein professioneller Fussballspieler und gehört dem Brasilianischen Fussballverband (Confederaçào Brasileira de Futebol; CBF) an. Er spielte im Jahr 2007 für den Club B._ und im Jahr 2008 für den Club C._. Er nahm mehrmals am internationalen Club-Wettbewerb "Copa Libertadores de América" teil. Fünfmal spielte er international für das brasilianische Nationalteam.
Die Fédération Internationale de Football Association (FIFA; Beschwerdegegnerin 1) ist die Weltorganisation im Fussball mit Sitz in Zürich. Sie bezweckt, mittels der ihr angeschlossenen nationalen Fussballverbände den Fussball weltweit zu kontrollieren. Sie legt zu diesem Zweck Regeln und Bestimmungen fest und stellt ihre Durchsetzung sicher.
Die World Anti-Doping Agency (WADA; Beschwerdegegnerin 2) ist eine Stiftung nach schweizerischem Recht. Die Hauptgeschäftsräumlichkeiten befinden sich in Montreal, Kanada. Zweck der Beschwerdegegnerin 2 ist der weltweite Kampf gegen Doping im Sport in allen seinen Formen.
Der Beschwerdeführer wurde am 14. Juni 2007 anlässlich eines Spiels zwischen B._ und D._ einer Dopingkontrolle unterzogen. Diese ergab einen positiven Dopingbefund.
Das Superior Tribunal de Justiça Desportiva do Futebol (STJD) suspendierte den Beschwerdeführer am 9. Juli 2007 provisorisch für 30 Tage.
Am 24. Juli 2007 verhängte die Disziplinarkommission des CBF gegen den Beschwerdeführer eine Sperre von 120 Tagen.
Dagegen appellierte der Beschwerdeführer an das STJD, welches am 2. August 2007 den Entscheid der Disziplinarkommission aufhob. Es folgte dem Argument des Beschwerdeführers, er sei unschuldiges Opfer einer Kontamination und habe sich nicht fahrlässig verhalten. Demnach beendete es die provisorische Sperre des Beschwerdeführers.
B. Beide Beschwerdegegnerinnen erklärten am 6. bzw. 11. September 2007 beim Tribunal Arbitral du Sport (TAS) Berufung gegen den Entscheid des STJD und verlangten eine zweijährige Sperrung des Beschwerdeführers.
Das TAS setzte sich aus den parteibenannten Schiedsrichtern Peter Leaver und José Juan Pintò sowie aus Prof. Massimo Coccia als Obmann zusammen.
Mit Schreiben vom 6. Dezember 2007 wurde den Parteien mitgeteilt, dass sich das TAS zur Beurteilung der Berufungsverfahren für zuständig erachtete, wobei die diesbezügliche Begründung im Endentscheid geliefert werde.
Mit Schiedsentscheid vom 11. September 2008 bejahte das TAS seine Zuständigkeit zur Beurteilung der Berufungen der Beschwerdegegnerinnen, soweit sie sich gegen den CBF und den Beschwerdeführer richteten. In Gutheissung der Berufungen hob es den Entscheid des STJD vom 2. August 2007 auf und verhängte gegen den Beschwerdeführer eine Sperre vom 6. Dezember 2007 bis zum 7. November 2009.
C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Schiedsentscheid des TAS vom 11. September 2008 vollumfänglich aufzuheben und das TAS in dieser Sache für unzuständig zu erklären.
Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, die Beschwerde abzuweisen. Das TAS verweist auf seinen Schiedsentscheid vom 11. September 2008.

Erwägungen:
1. Der Beschwerde wurde superprovisorisch aufschiebende Wirkung erteilt. Mit dem heutigen Entscheid in der Sache fällt diese Verfügung dahin und wird der Antrag des Beschwerdeführers, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen, gegenstandslos.
2. Das angefochtene Schiedsurteil ist in englischer Sprache verfasst. Der Beschwerdeführer bedient sich im bundesgerichtlichen Verfahren der deutschen, die Beschwerdegegnerinnen bedienen sich der deutschen bzw. der französischen Sprache. Da die Sprache des angefochtenen Entscheids keine Amtssprache ist, ergeht das Bundesgerichtsurteil praxisgemäss in der Sprache der Beschwerde (vgl. <ref-law>).
3. Die Beschwerde in Zivilsachen ist gegen Entscheide von Schiedsgerichten unter den Voraussetzungen der Art. 190-192 IPRG zulässig (<ref-law>).
Nach <ref-law> prüft das Bundesgericht nur die Rügen, die in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden sind. Dabei gelten nach wie vor die strengen Begründungsanforderungen, die das Bundesgericht unter der Herrschaft von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG stellte (vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 53), da das BGG insofern keine Änderungen vornehmen wollte (<ref-ruling> E. 5).
Der Sitz des Schiedsgerichts befindet sich vorliegend in Lausanne. Der Beschwerdeführer und die Beschwerdegegnerin 2 haben ihren Wohnsitz bzw. Sitz nicht in der Schweiz. Da die Parteien die Bestimmungen des 12. Kapitels des IPRG nicht schriftlich ausgeschlossen haben, gelangen diese zur Anwendung (Art. 176 Abs. 1 und 2 IPRG).
4. Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit ist die Beschwerde zulässig. Solche Entscheide können später nicht mehr angefochten werden (<ref-law>).
Das Schreiben des Sekretärs des TAS vom 6. Dezember 2007, mit dem den Parteien mitgeteilt wurde, dass sich das TAS zur Beurteilung des Falles für zuständig betrachte und die diesbezügliche Begründung im Endentscheid geliefert werde, kann nicht als förmlicher Entscheid über die Zuständigkeit betrachtet werden. Darin ist vielmehr eine Orientierung der Parteien zu erblicken, dass das TAS den Fall an die Hand nehmen wolle. Dem Beschwerdeführer kann daher nicht entgegen gehalten werden, er hätte im Nachgang zum Schreiben vom 6. Dezember 2007 die Begründung verlangen müssen und in Ermangelung eines solchen Vorgehens sei er mit der Beschwerde gegen die Bejahung der Zuständigkeit ausgeschlossen. Für die Zulässigkeit der Beschwerde ist einzig entscheidend, dass das TAS vorliegend über seine Zuständigkeit nicht durch einen separat eröffneten Vorentscheid im Sinne von <ref-law> entschieden hat, sondern die Zuständigkeitsfrage im Endentscheid behandelte. Demnach ist auf die Beschwerde einzutreten.
5. Der Beschwerdeführer bestreitet gestützt auf <ref-law> die Zuständigkeit des TAS.
5.1 Das Bundesgericht prüft die Zuständigkeitsrüge nach <ref-law> in rechtlicher Hinsicht frei, einschliesslich materiellrechtliche Vorfragen, von deren Beantwortung die Zuständigkeit abhängt. Allerdings überprüft das Bundesgericht die tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Schiedsentscheids auch im Rahmen der Zuständigkeitsrüge nur, wenn gegenüber diesen Sachverhaltsfeststellungen zulässige Rügen im Sinne von <ref-law> vorgebracht oder ausnahmsweise Noven berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 5 S. 141; <ref-ruling> E. 5.2.2 mit Hinweisen).
5.2 Das TAS bejahte seine Zuständigkeit mit der Begründung, der CBF sei Mitglied der FIFA und demzufolge durch deren Statuten gebunden. Entsprechend erklärten Art. 1 Abs. 2 und Art. 5 der CBF-Statuten, dass die Statuten, Regeln, Richtlinien, Entscheide und das Ethik-Reglement der FIFA zu respektieren seien. Der Beschwerdeführer gehöre als professioneller Fussballspieler dem brasilianischen Fussballverband an. Er unterstehe demnach dessen Regeln, was er zudem in seinem Arbeitsvertrag vom 16. Januar 2007 anerkannt habe, und damit auch denjenigen der FIFA. Nach Art. 61 der FIFA-Statuten besitze die FIFA und die WADA gegen letztinstanzliche Dopingentscheide der Mitglieder ein Berufungsrecht an das TAS. Dabei kam das TAS zum Schluss, dass es sich beim STJD, wenn auch in seiner rechtsprechenden Tätigkeit unabhängig, um ein Organ des CBF handle, weshalb gegen seine Entscheide das Berufungsrecht der FIFA und der WADA gegeben sei.
5.3 Der Beschwerdeführer vertritt demgegenüber die Auffassung, das vorliegende Verfahren beschlage einen rein nationalen, brasilianischen Sachverhalt, ohne jegliche internationale Anknüpfung. Das STJD sei ein unabhängiges brasilianisches Sportgericht, das in dieser Sache letztinstanzlich entschieden habe. Dessen Entscheid stelle keinen Entscheid des CBF dar, weshalb weder die FIFA noch die WADA befugt seien, den Entscheid an das TAS weiterzuziehen. Das TAS habe gestützt auf R47 des Code de l'arbitrage en matière de sport (TAS-Code) keine Zuständigkeit zur Beurteilung einer Berufung gegen denselben. Es fehle hierzu an der erforderlichen statutarischen Grundlage in den Statuten des CBF.
6. 6.1 R47 TAS-Code lautet:
"Un appel contre une décision d'une fédération, association ou autre organisme sportif peut être déposé au TAS si les statuts ou règlements dudit organisme sportif le prévoient ou si les parties ont conclu une convention d'arbitrage particulière et dans la mesure aussi où l'appelant a épuisé les voies de droit préalables à l'appel dont il dispose en vertu des statuts ou règlements dudit organisme sportif."
Art. 61 Abs. 1 der FIFA-Statuten (Ausgabe 2007) sieht vor:
"Berufungen gegen letztinstanzliche Entscheidungen der FIFA, insbesondere der Rechtsorgane, sowie auch gegen Entscheidungen der Konföderationen, der Mitglieder oder der Ligen, müssen innerhalb von 21 Tagen nach Bekanntgabe der anzufechtenden Entscheidung beim TAS eingereicht werden."
Nach Art. 61 Abs. 5 bzw. 6 der FIFA-Statuten steht der FIFA bzw. der WADA gegen verbandsintern endgültige Entscheide in Dopingangelegenheiten ein Berufungsrecht an das TAS zu.
6.2 Diese FIFA-Regeln sind für den Beschwerdeführer verbindlich. Er ist als professioneller Fussballspieler mit internationalen Einsätzen Mitglied des brasilianischen Fussballverbandes CBF, der seinerseits Mitglied der FIFA ist. Demzufolge gelten die Regeln der FIFA, namentlich die Gerichtsbarkeit des TAS nach Art. 61 der FIFA-Statuten, auch für den Beschwerdeführer. Dies hat das TAS zutreffend erkannt.
Der Beschwerdeführer ist der Meinung, die Voraussetzung von R47 des TAS-Code, wonach eine Berufung gegen eine Entscheidung eines Verbandes vor das TAS getragen werden kann, "si les statuts ou règlements dudit organisme sportif le prévoient", sei nicht gegeben, weil die brasilianischen Verbandsvorschriften keinen derartigen Weiterzug an das TAS vorsehen würden.
Dem kann nicht gefolgt werden. Art. 1 Abs. 2 der Statuten des CBF sieht unter anderem vor, dass die dem CBF angehörenden Sportler die Regeln der FIFA beachten müssen. Dieser globale Verweis auf die FIFA-Regeln und damit auf das in den FIFA-Statuten vorgesehene Berufungsrecht der FIFA und der WADA an das TAS genügt, um die Zuständigkeit des TAS im Lichte von R47 des TAS-Code zu begründen, dies in Anlehnung an die Rechtsprechung, die einen globalen Verweis auf eine in Verbandsstatuten enthaltene Schiedsklausel als gültig erachtet (Urteile 4P.253/2003 vom 25. März 2004 E. 5.4, ASA-Bull. 2005 S. 128 ff., 136, und 4P.230/2000 vom 7. Februar 2001 E. 2a, ASA-Bull. 2001 S. 523 ff., 528 f., je mit Hinweisen; vgl. dazu auch <ref-ruling> E. 4.3.2.3 S. 245 und <ref-ruling> E. 5.3.1 S. 735, je mit Hinweisen).
6.3 Der Beschwerdeführer behauptet weiter, das STJD sei ein unabhängiges Sportgericht. Seine Entscheide seien daher nicht als anfechtbare Entscheidungen eines der FIFA angeschlossenen Verbandes im Sinne von Art. 61 der FIFA-Statuten zu betrachten.
Diese Argumentation scheitert bereits an der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>; Erwägung 5.1 vorne). Das TAS kam in Würdigung eines Briefes des Präsidenten des STJD vom 13. September 2007, worin dieser unter anderem ausführte: "It (das STJD) is just one of the bodies of the CBF ..", in tatsächlicher Hinsicht zum Schluss, dass das STJD ein Organ des CBF sei. Der Beschwerdeführer erhebt gegenüber dieser Sachverhaltsfeststellung keine Rügen im Sinne von <ref-law>. Das Bundesgericht hat somit davon auszugehen, dass das STJD ein Organ des CBF ist, weshalb das TAS die Entscheidung des STJD zu Recht als eine solche eines der FIFA angeschlossenen Verbandes im Sinne von Art. 61 der FIFA-Statuten betrachtete. Daran ändert nichts, dass das STJD seine rechtsprechende Tätigkeit unabhängig ausübt und organisatorische Eigenständigkeit geniesst. Ausschlaggebend bleibt, dass das STJD ein Organ des CBF ist und durch dessen Statuten institutionalisiert wird.
6.4 Die Rüge des Beschwerdeführers, das TAS hätte seine Zuständigkeit zur Beurteilung der Berufungen der FIFA und der WADA nicht bejahen dürfen, erweist sich als unbegründet. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs.1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit je Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Tribunal Arbitral du Sport (TAS) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer