Sachverhalt:
A. B._ (geboren 1946) ist gelernter Landschaftsgärtner. Er war seit der Gründung im Jahr 1988 als Leiter der Firma G._ AG tätig und in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Mobiliar Versicherungsgesellschaft (nachfolgend: Mobiliar) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 9. Juni 2000 vertrat er sich den rechten Fuss. Die Mobiliar erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Infolge andauernder Beschwerden musste B._ sich verschiedenen Eingriffen unterziehen. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen sprach ihm am 27. November 2003 ab 1. Dezember 2001 eine halbe und ab 1. März 2002 eine ganze Invalidenrente zu. Nach verschiedenen medizinischen Abklärungen verfügte die Mobiliar am 30. Oktober 2007 eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 15 % und verneinte mangels einer Erwerbseinbusse den Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung. Mit Einspracheentscheid vom 7. März 2008 bestätigte die Mobiliar ihre Verfügung vom 30. Oktober 2007.
B. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen hiess die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 21. April 2009 gut und wies die Sache unter Aufhebung des Einspracheentscheids zur Abklärung im Sinne der Erwägungen sowie neuer Verfügung über den Anspruch auf eine Invalidenrente an die Mobiliar zurück.
C. Die Mobiliar führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 7. März 2008 zu bestätigen.
B._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Ein Nachteil ist im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG nicht wieder gutzumachend, wenn er rechtlicher Natur und auch mit einem für die beschwerdeführende Partei günstigen Endentscheid nicht oder nicht vollständig behebbar ist. Die Rückweisung der Sache an die Verwaltung zur ergänzenden Abklärung und neuen Entscheidung bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, es sei denn, die Verwaltung werde durch einen kantonalen Rückweisungsentscheid gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu erlassen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 647; <ref-ruling> E. 5.2 S. 483).
1.2 Der angefochtene Entscheid weist die Sache an den Versicherer zurück, damit dieser die notwendigen Abklärungen vornehme und danach im Rahmen der ausserordentlichen Bemessungsmethode sowie unter Ausserachtlassung von Art. 28 Abs. 4 UVV den Invaliditätsgrad des Versicherten neu bestimme. Dabei handelt es sich um materiellrechtliche Anordnungen, welche für die Mobiliar verbindlich sind, ihren Beurteilungsspielraum wesentlich einschränken und sie zum Erlass einer Verfügung entgegen ihrer Auffassung zwingen. Damit ist ein nicht wieder gutzumachender Nachteil ausgewiesen und es ist auf die Beschwerde der Mobiliar einzutreten.
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 18 Abs. 1 UVG), den Begriff der Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG) und der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7 Abs. 1 ATSG), und die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG) sowie nach der ausserordentlichen Bemessungsmethode (<ref-ruling> E. 1 S. 30 mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die ausschliesslich im Rahmen der freiwilligen Versicherung zulässigen Vereinbarung des versicherten Verdienstes (Art. 5 Abs. 2 UVG; Art. 138 UVV) und die Ermittlung der Erwerbseinbusse bei Versicherten im vorgerückten Alter (Art. 28 Abs. 4 UVV; <ref-ruling> und 426; RKUV 1996 Nr. U 244 S. 144). Darauf wird verwiesen.
3. Die Mobiliar rügt, die Vorinstanz habe zu Unrecht auf die Anwendung der ausserordentlichen Methode geschlossen. Ebenfalls unrichtig sei die angeordnete Nichtanwendung von Art. 28 Abs. 4 UVV.
4. 4.1 Nach Art. 28 Abs. 4 UVV sind für die Bestimmung des Invaliditätsgrades die Erwerbseinkommen massgebend, die eine versicherte Person im mittleren Alter bei entsprechender Gesundheitsschädigung erzielen könnte, wenn sie nach dem Unfall die Erwerbstätigkeit altershalber nicht mehr aufnimmt (Variante I) oder sich das vorgerückte Alter erheblich als Ursache der Beeinträchtigung der Erwerbsfähigkeit auswirkt (Variante II; <ref-ruling> E. 1b S. 419 mit Hinweisen). Mit dieser Regelung wird dem Umstand Rechnung getragen, dass nebst der - grundsätzlich allein versicherten - unfallbedingten Invalidität auch das vorgerückte Alter eine Ursache der Erwerbslosigkeit oder -unfähigkeit bildet; denn sehr oft ist ein und derselbe Gesundheitsschaden im Alter aus verschiedenen Gründen wie etwa schlechtere Umschulungs-, Wiedereingliederungs-, Anpassungs- und Angewöhnungsfähigkeit mit wesentlich erheblicheren Auswirkungen auf die Erwerbsfähigkeit verbunden als bei jüngeren Versicherten. Andererseits muss berücksichtigt werden, dass die Invalidenrenten der Unfallversicherung bis zum Tod der versicherten Person ausgerichtet werden, wobei sie nach Erreichung des Alters für die AHV-Rente nicht mehr revidiert werden können (<ref-ruling> E. 3a S. 421 mit Hinweisen). Art. 28 Abs. 4 UVV gelangt nicht in jedem Fall zu Anwendung, in welchem die versicherte Person bei Rentenbeginn über 60 Jahre alt war, sondern nur, wenn Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der physiologischen Altersgebrechlichkeit verglichen mit den anderen Ursachen der Beeinträchtigung der Erwerbsunfähigkeit eine wesentliche Bedeutung zukommt (<ref-ruling> E. 4c mit Hinweis). So ist Art. 28 Abs. 4 UVV nicht anzuwenden, wenn vorwiegend ein unfallfremder Vorzustand für die Beeinträchtigung der Erwerbsfähigkeit verantwortlich ist (RKUV 1996 Nr. U 244 S. 147 E. 4c). Ist die unfallbedingte Verletzung schwer, lässt dies die Bedeutung des Altersfaktors naturgemäss schwinden (<ref-ruling> E. 4d/aa S. 425 mit Hinweis).
4.2 Die Mobiliar begründet die Anwendung von Art. 28 Abs. 4 UVV damit, dass der Versicherte bei Rentenbeginn über 60 Jahre alt war und der unfallbedingte Gesundheitsschaden (versteiftes Fussgelenk) für eine versicherte Person im mittleren Alter als leichter Gesundheitsschaden zu betrachten sei, so dass hier dem Alter und damit der Altersgebrechlichkeit eine wesentliche Ursache bei der Beeinträchtigung der Erwerbsfähigkeit zukomme.
4.3 Der Versicherte war bei möglichem Rentenbeginn (bis Ende Februar 2007 hatte die Mobiliar Unfalltaggelder geleistet) 60 Jahre und zwei Monate, bei Erlass des Einspracheentscheids vom 7. März 2008 61 Jahre und zwei Monate alt. Damit sind die altersmässigen Voraussetzungen von Art. 28 Abs. 4 UVV erfüllt. Daran ändert auch die Ansicht der Vorinstanz nichts, die Mobiliar hätte bereits nach Eingang des Gutachtens des Dr. med. M._, Facharzt für Chirurgie, vom 27. Oktober 2003 die Invalidenrente festsetzen können. Die Mobiliar hat dannzumal den Fallabschluss an die Hand genommen (vgl. etwa die Aktennotiz vom 12. November 2003 und das Schreiben vom 14. November 2003). Angesichts der aus unfallfremden Gründen seit 1. September 2002 ausbezahlten Krankentaggelder sowie der am 8. April 2004 zugezogenen Distorsion des rechten Knies (vgl. Bericht des Dr. med. S._, Facharzt für Orthopädie, vom 29. März 2005) ist nicht zu beanstanden, dass die Mobiliar mit der Rentenfestsetzung zuwartete resp. sich der Fallabschluss verzögerte.
Der Versicherte erlitt mehrere Distorsionen des rechten OSG, welche infolge anhaltender Beschwerden zu einer Arthrodese führten. Das versteifte Fussgelenk ist kein Gesundheitsschaden, welcher sich beim Versicherten wesentlich schwerer auswirkt als bei einer jüngeren Person. Insbesondere aber beruht die Einschränkung der Erwerbsfähigkeit nicht allein auf dem unfallkausalen Gesundheitsschaden, sondern ist vor allem durch die rezidivierenden Arthritiden in den Handgelenken und die beidseitige Gonarthrose bedingt. Diese unfallfremden Beschwerden sind jedoch im Rahmen von Art. 28 Abs. 4 UVV ausser Acht zu lassen (vgl. RKUV 1996 Nr. U 244 S. 144 E. 4c). Die Vorinstanz hat somit zu Recht die Anwendbarkeit von Art. 28 Abs. 4 UVV verneint.
5. 5.1 Die Parteien sind sich einig, dass der Versicherte nicht selbstständigerwerbend ist, sondern als Arbeitnehmer gilt. Dementsprechend ist der vereinbarte versicherte Verdienst von Fr. 97'200.- - wie die Mobiliar in ihrer Beschwerde unter Verweis auf E. 3.2 des Urteils 8C_49/2008 vom 3. September 2008 und die Vorinstanz in E. 4.1 zutreffend festhalten - im Rahmen der obligatorischen Versicherung des Beschwerdegegners nicht massgeblich für die Ermittlung des Invaliditätsgrades; er kann höchstens als Grundlage zur Bemessung der Invalidenrente dienen, indem damit der berufs- und ortsübliche Lohn im Sinne von Art. 22 Abs. 2 lit. c UVV festgehalten wird. Zwischen den Parteien ist jedoch streitig, ob der Invaliditätsgrad nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs oder nach der ausserordentlichen Bemessungsmethode zu ermitteln ist.
5.2 Bei erwerbstätigen Versicherten ist der Invaliditätsgrad auf Grund eines Einkommensvergleichs zu bestimmen. Dieser hat in der Regel in der Weise zu erfolgen, dass die beiden hypothetischen Erwerbseinkommen ziffernmässig möglichst genau ermittelt und einander gegenübergestellt werden, worauf sich aus der Einkommensdifferenz der Invaliditätsgrad bestimmen lässt. Können die fraglichen Erwerbseinkommen ziffernmässig nicht genau ermittelt werden, sind sie nach Massgabe der im Einzelfall bekannten Umstände zu schätzen und die so gewonnenen Annäherungswerte miteinander zu vergleichen. Lassen sich die beiden hypothetischen Einkommen nicht zuverlässig ermitteln oder schätzen, ist die ausserordentliche Bemessungsmethode anzuwenden (<ref-ruling> E. 1 S. 30).
Die allgemeine Methode des Einkommensvergleichs gilt somit grundsätzlich für alle Erwerbstätigen. Die ausserordentliche Bemessungsmethode gelangt nicht bereits dann zur Anwendung, wenn die versicherte Person selbstständig erwerbstätig ist (vgl. Urteil 8C_308/2008 vom 24. September 2008, E. 2.2 und Urteil I 761/04 vom 14. Juni 2005, E. 2.1). Für die Wahl der ausserordentlichen Methode genügt es weiter nicht, dass bei der Ermittlung der Vergleichseinkommen mit Annahmen gearbeitet werden muss, sondern es muss sich als unmöglich erweisen, die Vergleichseinkommen annähernd zu bestimmen oder zu schätzen. Denn im Rahmen des allgemeinen Einkommensvergleichs ist ebenfalls die Verwendung von hypothetischen Werten die Regel.
Die allgemeine Methode des Einkommensvergleichs gilt somit grundsätzlich für alle Erwerbstätigen. Die ausserordentliche Bemessungsmethode gelangt nicht bereits dann zur Anwendung, wenn die versicherte Person selbstständig erwerbstätig ist (vgl. Urteil 8C_308/2008 vom 24. September 2008, E. 2.2 und Urteil I 761/04 vom 14. Juni 2005, E. 2.1). Für die Wahl der ausserordentlichen Methode genügt es weiter nicht, dass bei der Ermittlung der Vergleichseinkommen mit Annahmen gearbeitet werden muss, sondern es muss sich als unmöglich erweisen, die Vergleichseinkommen annähernd zu bestimmen oder zu schätzen. Denn im Rahmen des allgemeinen Einkommensvergleichs ist ebenfalls die Verwendung von hypothetischen Werten die Regel.
5.3 5.3.1 Im Fall des Beschwerdegegners begründet die Vorinstanz die Anwendung der ausserordentlichen Methode damit, dass die Gegenüberstellung der vor und nach dem Unfall vom 9. Juni 2000 realisierten Betriebsergebnisse keine zuverlässigen Schlüsse auf die Erwerbseinbusse zulasse, da diese neben anderen Faktoren, die nicht mit den gesundheitlichen Einschränkungen des Versicherten zusammenhängen würden (wie Konjunktur, konkrete Konkurrenzsituation etc.), auch durch den nur zum Teil unfallbedingten Eintritt des Sohnes ins Geschäft beeinflusst sei.
5.3.2 Diese Ausführungen der Vorinstanz vermögen nicht die ausnahmsweise Anwendung der ausserordentlichen Methode zu rechtfertigen. Insbesondere gibt die Vorinstanz keine konkreten Angaben zu ihrer Begründung, sondern verweist ganz allgemein auf die Konjunktur und den Wettbewerb. Aus den Akten ergeben sich keine Hinweise, wonach eine Invaliditätsbemessung im Rahmen der üblichen Verwendung von Annahmen nicht möglich wäre. Es ist nicht nachvollziehbar, weshalb bei diesem - grundsätzlich als Arbeitnehmer geltenden - Versicherten nicht auf das tatsächlich realisierte Einkommen abgestellt werden sollte. Der Versicherte bezog nach eigenen Angaben (vgl. IV-Anmeldung vom 7. Juni 2002 und Fragebogen für den Arbeitgeber vom Juli 2002) ab 1. Januar 1995 - gemäss Auszug aus dem individuellen Konto bereits ab 1. Januar 1994 - einen AHV-pflichtigen Jahreslohn von Fr. 72'000.-. Das geltend gemachte Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit im Jahr 1999 ist nicht ausgewiesen. Im Übrigen bestehen keine Anhaltspunkte und es wird auch nicht geltend gemacht, dass sich am Einkommen von Fr. 72'000.- ohne den Unfall etwas geändert hätte, so dass dieser (indexierte) Jahreslohn dem Valideneinkommen gleichzusetzen ist (vgl. dazu die Berechnung der Mobiliar in ihrer Verfügung vom 30. Oktober 2007).
5.3.3 Bezüglich des Invalideneinkommens stellt sich die Frage, ob der Versicherte, welcher auch nach dem Unfall im familieneigenen Betrieb im Rahmen seiner unfall- und krankheitsbedingten Möglichkeiten tätig blieb, damit seine - aus rein unfallversicherungsrechtlicher Sicht - verbleibende Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise ausschöpfte und der von ihm noch bezogene Lohn nicht als Soziallohn zu gelten hat. Dies ist zu verneinen, da ein erheblicher Anteil der Einschränkung der Arbeitsfähigkeit nicht unfallbedingt ist. Demnach ist zu prüfen, ob dem Versicherten ein Berufswechsel zugemutet werden kann. Dabei sind die konkreten Umstände wie Alter, Ausbildung und Möglichkeiten der betrieblichen Reorganisation zur besseren Verwertung der Restarbeitsfähigkeit, aber auch die Schadenminderungspflicht und die Natur der in Frage stehenden Leistung (Rente) zu berücksichtigen. Bei Zumutbarkeit eines Berufswechsels ist das Invalideneinkommen nach den Tabellenwerten der Lohnstrukturerhebung des Bundes (LSE) und unter Berücksichtigung der (rein unfallbedingten) gesundheitlichen Einschränkungen im Sinne der Berichte des Dr. med. S._ vom 22. Februar 2006 und vom 29. März 2005 sowie des Gutachtens des Dr. med. M._ vom 19./25. August 2005 zu ermitteln. Dabei wäre aber - entgegen der Ansicht der Mobiliar - nicht das Anforderungsniveau 3, sondern das Anforderungsniveau 4 massgebend, da der Versicherte bereits auf Grund des unfallbedingten Gesundheitsschadens seinen erlernten Beruf als Landschaftsgärtner nicht mehr ausüben kann, sondern in einer anderen Tätigkeit arbeiten müsste, welche keinen Zusammenhang mit seinem Beruf hat und er daher in dieser neuen Arbeit nicht auf berufliche Kenntnisse oder Erfahrungen zurückgreifen könnte. Ist ein Berufswechsel nicht zumutbar, ist das Invalideneinkommen anhand statistischer Werte im angestammten Beruf (etwa LSE 2006, Tabelle TA1, Anforderungsniveau 1+2, Gartenbau) und unter Berücksichtigung der rein unfallbedingten Arbeitsunfähigkeit zu bestimmen.
5.4 Die Sache ist nach dem Gesagten an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über die Beschwerde vom 25. April 2008 neu entscheide.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Beschwerdegegner hat die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Mobiliar hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 21. April 2009 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Beschwerde neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. November 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Leuzinger Riedi Hunold