Sachverhalt:
A. Am 10. März 2011 stellte die X._ AG bei der Gemeinde Untervaz ein Gesuch um Erstellung eines Mehrfamilienhauses auf der Parzelle Nr. 178 (Fläche: 2'148 m2) in der Dorfkernzone. Gemäss dem Baugesuch sollen 24 Wohnungen (acht 2-Zimmerwohnungen, dreizehn 3-Zimmerwohnungen und drei 4-Zimmerwohnungen) entstehen. Das geplante würfelförmige Gebäude weist Seitenlängen von 23 m und fünf Geschosse sowie ein Untergeschoss auf; vorgesehen sind 38 Autoabstellplätze.
Gegen dieses Projekt erhoben verschiedene Anstösser Einsprache bei der Baukommission der Gemeinde Untervaz. Sie rügten insbesondere die fehlende Einpassung des Baukörpers ins Orts- und Landschaftsbild. Mit Beschluss vom 26. April 2011 wies die Baukommission die Einsprachen ab und erteilte der X._ AG die Baubewilligung.
Gegen diesen Bau- und Einspracheentscheid führten mehrere Einsprecher mit Eingabe vom 23. Mai 2011 Beschwerde beim Gemeindevorstand Untervaz. Der Gemeindevorstand ersuchte die Bauberaterin der Gemeinde, die Stauffer & Studach AG, um eine Beurteilung des Projekts aus ortsbaulicher Sicht. In ihrem Bericht vom 5. September 2011 hielt die Stauffer & Studach AG fest, das Projekt erfülle die allgemeingültigen Anforderungen an die Gestaltung gemäss Art. 73 Abs. 1 des Raumplanungsgesetzes für den Kanton Graubünden (KRG/GR; BR 801.100) nicht. Sie empfahl verschiedene Projektanpassungen, insbesondere die Reduktion der Gebäudehöhe auf maximal drei Vollgeschosse, ein ins Hauptgebäude integriertes Sockelgeschoss auf der Talseite und die Anpassung der Dachform an die Umgebung. Die Parteien konnten sich zu diesem Bericht äussern. Die Bauherrschaft reichte ihrerseits eine Stellungnahme der STW AG für Raumplanung vom 14. Oktober 2011 ein. Diese betonte, die Anwendung der ästhetischen Generalklausel von Art. 73 Abs. 1 KRG/GR dürfe nur ausnahmsweise dazu führen, dass eine zulässige Ausnützung nicht bewilligt werde. Im Ergebnis genüge das Bauprojekt in gestalterischen Belangen den Vorgaben von Art. 73 Abs. 1 KRG/GR. Ferner empfahl auch die STW AG gewisse Projektanpassungen, namentlich die Anschüttung des Sockelgeschosses und den Verzicht auf die Erstellung der Parkplätze entlang der Strasse.
Mit Bau- und Beschwerdeentscheid vom 15. Dezember 2011 hiess der Gemeindevorstand die Beschwerde vom 23. Mai 2011 gut und hob die von der Baukommission erteilte Baubewilligung auf. Der Gemeindevorstand erwog zusammenfassend, der projektierte Neubau erdrücke mit seiner Massigkeit und Unstrukturiertheit die bestehende feingliedrige Siedlungsstruktur des Dorfkerns von Untervaz, weshalb keine gute Gesamtwirkung im Sinne von Art. 73 Abs. 1 KRG/GR erreicht werde.
Gegen diesen Entscheid erhob die X._ AG am 31. Januar 2012 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses führte am 29. Juni 2012 einen Augenschein durch. Mit Urteil vom 3. Juli 2012 wies es die Beschwerde ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 10. September 2012 beantragt die X._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 3. Juli 2012 sei aufzuheben, und der Bau- und Einspracheentscheid der Baukommission der Gemeinde Untervaz vom 26. April 2011 sei zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht und die Gemeinde Untervaz beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik an ihrem Standpunkt und an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Dem angefochtenen Entscheid liegt ein Beschwerdeverfahren über eine baurechtliche Bewilligung zugrunde. Nach Art. 34 Abs. 1 RPG (SR 700) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 lit. a BGG steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält keinen Ausschlussgrund (Art. 83 BGG). Angefochten ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, ist als Baugesuchstellerin durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (Art. 89 Abs. 1 BGG). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Die Verletzung von Grundrechten - einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
Willkür liegt nach der bundesgerichtlichen Praxis vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (vgl. <ref-ruling> E. 5.4 S. 148).
2. 2.1 Die Vorinstanz hat festgehalten, das geplante Mehrfamilienhaus weise Seitenlängen von je 23 m auf, die Geschossfläche betrage 529 m2 und das gesamte Volumen belaufe sich auf 7'000 m3. Talseitig seien eine massige Sockelpartie und fünf Vollgeschosse vorgesehen; geplant seien auskragende Balkone (2,6 m), grossformatige Fensteröffnungen mit Raffstoren und ein Kreuzgiebeldach. In der Umgebung hingegen fänden sich ausgesprochen feingliederige und kleinteilige Häuser mit stark verwinkelten Grund- und Aufrissen, mit Frontbreiten von meist lediglich 14 m, mit Talfassaden mit in der Regel drei Vollgeschossen, mit kleinformatigen Lochfenstern mit Klappläden, mit einer Mischbauweise mit Mauerwerk und Holzteilen sowie mit einfachen Giebel- und Satteldächern. Kreuzgiebeldächer seien in Untervaz nicht üblich.
2.2 Diese Sachverhaltsfeststellungen werden von der Beschwerdeführerin nicht substanziiert bestritten. Mit ihrem pauschalen Vorbringen, die Dachgestaltung in der Umgebung des Bauprojekts sei äusserst heterogen, vermag die Beschwerdeführerin die Feststellung der Vorinstanz, in Untervaz seien ausser in einem Einzelfall keine Kreuzgiebeldächer erstellt worden, nicht als willkürlich erscheinen zu lassen. Gegenteiliges ergibt sich auch nicht aus der anlässlich des Augenscheins vom 29. Juni 2012 von der Vorinstanz erstellten Fotodokumentation.
Im Übrigen bezieht sich die Beschwerdeführerin mit ihrer Kritik an der Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz auf deren rechtliche Würdigung vor dem Hintergrund von Art. 73 Abs. 1 KRG/GR, Art. 20 Abs. 2 und Art. 50 Abs. 1 und 2 des Baugesetzes der Gemeinde Untervaz vom 15. Dezember 2010 (Baugesetz/Untervaz). Darauf ist nachfolgend einzugehen.
3. Gemäss Art. 73 Abs. 1 KRG/GR sind Siedlungen, Bauten und Anlagen nach den Regeln der Baukunst so zu gestalten und einzuordnen, dass mit der Umgebung und der Landschaft eine gute Gesamtwirkung entsteht.
Art. 20 Abs. 2 Baugesetz/Untervaz bestimmt insbesondere, dass in der Dorfkernzone die Siedlungsstruktur und die Bauweise erhalten und ergänzt werden sollen.
Nach Art. 50 Baugesetz/Untervaz, welcher die Gestaltung der Dächer regelt, sind Dächer als gestalterische Einheit mit Bezug zur umgebenden Bausubstanz (Dachformen, Materialien) und Siedlungsstruktur zu gestalten (Abs. 1). In der Dorfkernzone sind ausschliesslich Giebeldächer mit einer Dachneigung nicht kleiner als 3° (~5,2 %) zulässig; Pult- und Flachdächer sind nur für Anbauten und Kleinbauten erlaubt (Abs. 2).
3.1 Die Vorinstanz hat erwogen, aus der Verankerung einer positiven Ästhetikklausel in Art. 73 Abs. 1 KRG/GR folge, dass es nicht genüge, wenn ein Bauvorhaben als solches nicht störend wirke. Allerdings dürften die Anforderungen nicht derart hoch angesetzt werden, wie dies etwa der Fall wäre, wenn statt einer guten eine optimale Gesamtwirkung verlangt würde. Ergänzend zur kantonalen Ästhetikvorschrift nach Art. 73 Abs. 1 KRG/GR seien vorliegend auch die kommunalen Gestaltungsvorschriften gemäss Art. 20 Abs. 2 und Art. 50 Abs. 1 und 2 Baugesetz/Untervaz zu beachten. Letztere Bestimmung schliesse Kreuzgiebeldächer zwar nicht von vornherein aus; solche seien aber in Untervaz, wie dargelegt, nicht üblich.
Die Vorinstanz hat gefolgert, mit dem geplanten Mehrfamilienhaus würde sowohl ortsbaulich als auch raumgestalterisch ein markanter Gegenpol zu der bisher üblichen Bauweise gesetzt. Insbesondere aufgrund der ausserordentlichen Massigkeit und der untypischen Dachkonstruktion, welche eine viel intensivere und höhere Nutzung des Dachgeschosses als üblich erlauben würde, passe das Neubauprojekt nicht gut in die bestehende Siedlungsstruktur der Gemeinde. Der Schluss des Gemeindevorstands, das Projekt sei mit den Gestaltungsvorschriften nicht vereinbar, sei nicht zu beanstanden. Einen Anspruch auf vollständige Ausnützung der Bauparzelle habe die Beschwerdeführerin nicht. Der Vollständigkeit halber sei zu erwähnen, dass bereits im Bericht der Stauffer & Studach AG vom 5. September 2011 auf konstruktive Art und Weise aufgezeigt worden sei, inwiefern und unter welchen Prämissen die nachgesuchte Baubewilligung erteilt werden könnte.
3.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Gemeindevorstand habe seinen Ermessensspielraum missbraucht respektive überschritten. Mit dem in Art. 73 Abs. 1 KRG/GR umschriebenen positiven Gestaltungsziel solle die Basis für die Erhaltung und Förderung einer guten Architektur geschaffen werden, was auch neue Formen in alten Strukturen möglich mache. Die Beurteilungen der Gemeinde und der Vorinstanz beschränkten sich auf die Würdigung des Bauprojekts als solches. Hingegen fehle eine differenzierte Auseinandersetzung mit der baulichen und landschaftlichen Umgebung. Im Ergebnis könne dem geplanten Bauprojekt die gute Gesamtwirkung im Sinne von Art. 73 Abs. 1 KRG/GR nicht abgesprochen werden. Art. 20 Abs. 2 und Art. 50 Abs. 1 und 2 Baugesetz/Untervaz gingen in ihrem Gehalt nicht über Art. 73 Abs. 1 KRG/GR hinaus.
Die Beschwerdeführerin führt weiter aus, die Stauffer & Studach AG habe in ihrem Bericht vom 5. September 2011 namentlich empfohlen, die Gebäudehöhe auf maximal drei Vollgeschosse zu reduzieren. Damit werde in Anwendung der Ästhetikvorschriften eine Beschränkung der nach dem kommunalen Baugesetz in der Dorfkernzone zulässigen Nutzung angestrebt, was nicht Sinn und Zweck von Art. 73 Abs. 1 KRG/GR sein könne. Zugleich bedeute eine solche massive Nutzungsbeschränkung einen schweren Eingriff in die Eigentumsgarantie. Dieser Eingriff stütze sich nicht auf eine hinreichende gesetzliche Grundlage, liege nicht im öffentlichen Interesse und sei unverhältnismässig.
3.3 Die angefochtene Verweigerung der Baubewilligung stellt eine Einschränkung der Eigentumsgarantie (Art. 26 BV) dar, die nur zulässig ist, wenn die Voraussetzungen von Art. 36 BV erfüllt sind. Die Pflicht zur Einhaltung von Ästhetikvorschriften belastet den Eigentümer in der Regel nicht besonders schwer, weil dadurch seine baulichen Möglichkeiten lediglich in einzelnen Punkten, aber nicht grundsätzlich in Frage gestellt werden (<ref-ruling> E. 2a S. 365). So verhält es sich bei der vorliegend zu beurteilenden Angelegenheit (vgl. auch E. 3.4 i.f.). Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist daher die Auslegung und Anwendung des kantonalen Rechts nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür zu prüfen.
Art. 73 Abs. 1 KRG/GR stellt eine positive ästhetische Generalklausel dar. Im Unterschied zu den entsprechenden negativen Klauseln, welche eine Verunstaltung eines Stadt- oder Quartierbilds verbieten, verlangt Art. 73 Abs. 1 KRG/GR positiv, dass die Baute nach den Regeln der Baukunst so zu gestalten und einzuordnen ist, dass mit der Umgebung und der Landschaft eine gute Gesamtwirkung entsteht.
Widerspricht eine geplante Baute den Bau- und Zonenvorschriften, indem sie beispielsweise Vorschriften über die Ausnützungsziffer, die Gebäudehöhe oder -länge oder die Geschosszahl missachtet, so stellt sich die Frage der Einordnung bzw. der Ästhetik nicht, da die Bewilligung ohnehin zu verweigern ist. Bauten haben indes nicht nur die geltende Bau- und Zonenordnung einzuhalten, sondern auch allfällige strengere ästhetische Schutzbestimmungen - wie vorliegend Art. 73 Abs. 1 KRG/GR - zu erfüllen. Ästhetikvorschriften haben eine eigenständige Bedeutung. Sie sind nicht von vornherein eingehalten, wenn die Bauvorschriften respektiert werden, denn die Schutzbereiche der Normen decken sich nicht zwingend (Urteil 1P.709/2004 vom 15. April 2005 E. 2.3, in: ZBl 107/2006 S. 422). Indes darf die Anwendung einer positiven Ästhetikklausel nicht dazu führen, dass generell - etwa für die ganze Dorfkernzone - die Zonenordnung ausser Kraft gesetzt würde. Hat der Gesetzgeber z.B. eine bestimmte Geschosszahl zugelassen, ginge es nicht an, generell nur ein Geschoss weniger zu bewilligen mit der Begründung, nur dadurch würde eine gute Gesamtwirkung erreicht (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 345 f.; <ref-ruling> E. 5 S. 376 f.). Die Ästhetikklausel darf auch nicht die Funktion einer Planungszone übernehmen und dazu verwendet werden, die bestehenden Bauvorschriften ausser Kraft zu setzen und eine künftige Nutzungsordnung zu sichern (PETER HÄNNI, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 5. Aufl. 2008, S. 318 f.).
Die Frage, ob eine gute Gesamtwirkung im Sinne von Art. 73 Abs. 1 KRG/GR erzielt wird, ist im Einzelfall anhand der konkreten Verhältnisse zu prüfen (vgl. Urteile 1C_115/2011 vom 17. Mai 2011 E. 3.3 und 1P.23/2007 vom 16. Mai 2007 E. 4.5). Den kommunalen Behörden steht bei der Anwendung der Bestimmung ein Ermessensspielraum zu, der im Rechtsmittelverfahren zu beachten ist. Ist der Einordnungsentscheid einer kommunalen Behörde nachvollziehbar, beruht er mithin auf einer vertretbaren Würdigung der massgebenden Sachumstände, so haben die Rechtsmittelinstanzen diesen zu respektieren und dürfen das Ermessen der kommunalen Behörde nicht durch ihr eigenes ersetzen (Urteile 1C_39/2012 vom 2. Mai 2012 E. 2.3.2 und 1C_414/2010 vom 23. Dezember 2010 E. 2.3.2).
3.4 Die geplante Baute hält die in der Dorfkernzone geltenden Bestimmungen zur Gesamt- und Fassadenhöhe, zur Gebäudelänge und zum Grenzabstand ein; eine bestimmte Ausnützungsziffer wird nicht verlangt (vgl. Art. 13 Baugesetz/Untervaz). Auch ein zonenkonformes Bauprojekt kann jedoch nach dem Gesagten gestützt auf Art. 73 Abs. 1 KRG/GR abgelehnt werden, wenn es zufolge der baulich vorgegebenen Verhältnisse zu keiner guten Gesamtwirkung zu führen vermag.
Die Vorbringen der Beschwerdeführerin sind nicht geeignet, die den Einordnungsentscheid des Gemeindevorstands bestätigende Würdigung der Vorinstanz als willkürlich erscheinen zu lassen. Aus den in den Akten befindlichen Plänen, der Fotodokumentation und der Modellfotografie ergibt sich, dass die Einschätzung der Vorinstanz, das geplante Gebäude hebe sich ästhetisch stark von seiner Umgebung ab, nicht zu beanstanden ist. So finden sich in Untervaz vor allem 3-geschossige, kleinteilige Häuser mit Frontbreiten von rund 14 m, kleinformatigen Fenstern und kleinen Balkonen sowie einfachen Giebel- und Satteldächern. Von diesen Häusern unterscheidet sich das geplante Gebäude durch eine höhere Geschosszahl, längere Seiten (23 m verglichen mit rund 14 m) und ein deutlich höheres Gebäudevolumen sowie in Bezug auf die Fenster-, Balkon- und Dachgestaltung.
Der Verweis der Vorinstanz auf die (unverbindlichen) Empfehlungen der Stauffer & Studach AG in deren Bericht vom 5. September 2011 kann nicht dahingehend verstanden werden, dass die Erstellung von mehr als 3-geschossigen Gebäuden und die Errichtung von Kreuzgiebeldächern generell als unzulässig angesehen werden, stünde dies doch in Widerspruch zu den geltenden Bau- und Zonenvorschriften. Aus der Urteilsbegründung geht hervor, dass nicht einzelne Komponenten der Baute wie die Geschosszahl und die Dachform als solche für die Beurteilung entscheidend gewesen sind. Vielmehr hat die Vorinstanz eine Gesamtwürdigung vorgenommen und dargelegt, dass die geplante Baute in derart vielen Punkten von den bestehenden Gebäuden abweicht, dass bei einer Gesamtbetrachtung nicht mehr von einer guten Gesamtwirkung mit der Umgebung gesprochen werden kann.
Es bleibt der Beschwerdeführerin überlassen, auf welche Weise sie die vom Gesetz verlangte gute Einordnung ihres Projekts erzielen will. Sie wird dabei wohl gewisse Abstriche bei der Ausnützung ihres Grundstücks vornehmen müssen. Doch muss dies nicht zwingend durch Reduktion der Geschosszahl geschehen, weshalb auch nicht von einer schweren Eigentumsbeschränkung gesprochen werden kann, wie die Beschwerdeführerin behauptet.
3.5 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die Beurteilung der Vorinstanz, die geplante Baute sei nicht so gestaltet und ordne sich nicht so ein, dass mit der Umgebung eine gute Gesamtwirkung entstehe, ohne Weiteres vertretbar ist. Eine willkürliche Anwendung von Art. 73 Abs. 1 KRG/GR ist zu verneinen. Dass Art. 20 Abs. 2 und Art. 50 Abs. 1 und 2 Baugesetz/Untervaz willkürlich angewendet worden wären, wird von der Beschwerdeführerin nicht gerügt und ist auch nicht ersichtlich.
Die geltend gemachte Eigentumsbeschränkung lässt sich damit auf eine genügende gesetzliche Grundlage stützen.
3.6 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts liegen Massnahmen zum Schutz von Baudenkmälern, des Ortsbilds und von ästhetischen Anliegen im öffentlichen Interesse. Dabei verdienen nicht nur einzelne Objekte Schutz , sondern auch ganze Ensembles von Bauten und deren nähere Umgebung (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 373).
Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Frage, dass ein öffentliches Interesse an der Erhaltung eines einheitlichen Ortsbilds von Untervaz besteht. Die Anforderungen, welche die kantonalen Instanzen bei der Anwendung von Art. 73 Abs. 1 KRG/GR sowie von Art. 20 und 50 des kommunalen Baugesetzes stellen, dienen diesem Zweck. Der Überbaubarkeit der Parzelle der Beschwerdeführerin werden dadurch zwar gewisse Grenzen gesetzt. Doch kann aus der Ablehnung des eingereichten Baugesuchs nicht geschlossen werden, dass die Überbauung des fraglichen Landstücks übermässig erschwert würde. Eine Verletzung der Eigentumsgarantie ist daher zu verneinen.
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Gemeinde Untervaz und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. März 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Stohner