Sachverhalt:
A. M._ stellte im Dezember 1999 bei der Ausgleichskasse des Kantons Bern ein Gesuch um Übernahme der Kosten einer zahnärztlichen Amalgamsanierung im Rahmen der Ergänzungsleistungen. Er machte geltend, dieses Vorgehen sei zur Behandlung gesundheitlicher Probleme notwendig, welche wegen der übermässig hohen Schwermetallbelastung im Körper entstanden seien. In der Folge wurden der Verwaltung entsprechende Kostenvoranschläge eingereicht. Die Ausgleichskasse lehnte das Gesuch nach Rückfrage beim Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) ab mit der Begründung, es handle sich nicht um eine zweckmässige Behandlung (Verfügung vom 21. September 2000).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 14. November 2003 ab.
C. M._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, es sei die Ausgleichskasse zu verpflichten, die Kosten der Amalgamsanierung zu übernehmen; eventuell sei die Angelegenheit an die Verwaltung zurückzuweisen. Ferner wird um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung ersucht.
Die Ausgleichskasse und das BSV schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen über die Voraussetzungen des Anspruchs auf Ergänzungsleistungen (Art. 2 Abs. 1 ELG) und deren Bestandteile (Art. 3 Abs. 1 ELG) zutreffend wiedergegeben. Darauf wird verwiesen. Richtig sind auch die vorinstanzlichen Erwägungen über die Vergütung von Krankheits- und Behinderungskosten im Allgemeinen (Art. 3d ELG; Art. 19 ELV), deren Umfang (Art. 3 ELKV) sowie die Übernahme der Beteiligung nach Art. 64 Abs. 1 KVG (Selbstbehalt und Franchise; Art. 3d Abs. 1 lit. f ELG; <ref-ruling> Erw. 4c) und der Kosten von Zahnbehandlungen (Art. 3d Abs. 1 lit. a ELG; Art. 19 Abs. 1 lit. a ELV; Art. 8 ELKV).
2. Streitig und zu prüfen ist der Anspruch des Beschwerdeführers auf Vergütung der Kosten einer Amalgamsanierung gemäss dem eingereichten Voranschlag.
3. Die Vorinstanz hat richtig erkannt, dass eine Vergütung im Rahmen von Art. 3d Abs. 1 lit. f ELG - Übernahme der Kostenbeteiligung nach Art. 64 KVG - nicht in Frage kommt. Die Anwendbarkeit dieser Bestimmung setzt voraus, dass die obligatorische Krankenpflegeversicherung für die Kosten der Behandlung leistungspflichtig ist. Dies ist nicht der Fall, da die Anforderungen gemäss den vom EDI gestützt auf Art. 33 Abs. 2 KVG und Art. 33 Abs. 5 KVG in Verbindung mit Art. 33 lit. b KVV erlassenen, die Regelung von Art. 31 KVG konkretisierenden Art. 17-19 KLV nicht erfüllt sind (<ref-ruling>). Es kann diesbezüglich auf die zutreffenden Erwägungen des kantonalen Gerichts verwiesen werden.
4. 4.1 Die Vorinstanz hat es auch abgelehnt, die umstrittenen Aufwendungen als Zahnarztkosten gemäss Art. 3d Abs. 1 lit. a ELG anzuerkennen. Sie führte diesbezüglich aus, darunter fielen die nicht in den Leistungsbereich der obligatorischen Krankenpflegeversicherung fallenden, eigentlichen zahnärztlichen Behandlungen mit Einschluss der Zahnbehandlungskosten (Zahnarztkosten, Kosten der zahntechnischen Arbeiten, Material und Medikamente) sowie der Kosten für Zahnersatz (Kronen, Brücken, Prothesen). Diese Vorkehren dienten der Erhaltung des Gebisses und damit der Kaufähigkeit sowie der Behandlung von Zahn- und Mundhöhlenkrankheiten. Die beantragte Sanierung der Amalgamfüllungen stelle jedoch nicht eine Zahnbehandlung zum Zwecke der Erhaltung des Gebisses oder der Kaufunktion dar. Vielmehr werde eine Reduktion der Quecksilberbelastung sowie der behaupteten, damit in Zusammenhang stehenden Beschwerden des Versicherten angestrebt. Letzterer verlange somit die Übernahme von Kosten für die Behandlung einer Allgemeinerkrankung durch Amalgamsanierung. Dies widerspreche jedoch der mit der 3. ELG-Revision eingeführten neuen Konzeption der Krankheitskosten. Vor der Einführung des Obligatoriums durch das am 1. Januar 1996 in Kraft getretene Bundesgesetz über die Krankenversicherung, KVG, sei ein Teil der Bezüger und Bezügerinnen von Ergänzungsleistungen nicht krankenversichert gewesen, weshalb die entsprechenden Krankheitskosten im Rahmen einer verfügbaren Quote ersetzt worden seien. Mit der Einführung des Krankenversicherungsobligatoriums habe die Übernahme dieser Kosten im Rahmen der EL auf die Kostenbeteiligungen nach Art. 64 KVG sowie weitere, davon nicht gedeckte Kosten gemäss der abschliessenden Liste nach Art. 3d Abs. 1 ELG beschränkt werden können. Damit sei eine Einschränkung der durch die EL zu ersetzenden Krankheitskosten einhergegangen. Aus dieser Entwicklung erhelle, dass die Behandlung einer Allgemeinerkrankung, welche nicht in die Leistungspflicht der obligatorischen Krankenpflegeversicherung falle, auch nicht über den Ersatz von Zahnarztkosten durch die Ergänzungsleistungen zu übernehmen sei, zumal es vorliegend nicht um die Erhaltung der Zahnfunktion gehe. Anders zu entscheiden würde eine Erweiterung des abschliessend zu verstehenden Kataloges gemäss Art. 17-19a der Krankenpflegeleistungsverordnung (KLV) darstellen, was nicht zulässig sei. Unter diesen Umständen könne offen bleiben, ob die angeführten gesundheitlichen Beeinträchtigungen durch die Amalgamfüllungen - zumindest teilweise - verursacht worden seien und sich eine Sanierung derselben als zweckmässig erweisen würde.
4.2 Demgegenüber macht der Beschwerdeführer geltend, die vorinstanzliche Auslegung finde im Wortlaut der relevanten Bestimmungen keine Stütze und sei vor allem mit Sinn und Zweck der Ergänzungsleistungen nicht vereinbar. Danach solle namentlich das Absinken des Einkommens unter die Grenze eines angemessenen Existenzbedarfs wegen versicherungsmässig ungedeckter Krankheitskosten verhindert werden. Deshalb hätten Gesetz- und Verordnungsgeber die nicht unter die Pflichtleistungen der Krankenkassen fallenden Zahnarztkosten ausdrücklich miteinbezogen. In dieser Situation sei es unzulässig, auf eine allgemeine Wegleitung des Bundesamtes für Sozialversicherung (BSV) abzustellen.
4.3 Das Gesetz ist in erster Linie nach seinem Wortlaut auszulegen. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Auslegungen möglich, so muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente, namentlich des Zwecks, des Sinnes und der dem Text zu Grunde liegenden Wertung. Wichtig ist ebenfalls der Sinn, der einer Norm im Kontext zukommt. Vom klaren, d.h. eindeutigen und unmissverständlichen Wortlaut darf nur ausnahmsweise abgewichen werden, u.a. dann nämlich, wenn triftige Gründe dafür vorliegen, dass der Wortlaut nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung, aus ihrem Grund und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit andern Vorschriften ergeben (<ref-ruling> f. Erw. 3b mit Hinweisen).
4.3.1 Nach dem Wortlaut von Art. 3d Abs. 1 lit. a ELG ist den Bezügern einer jährlichen Ergänzungsleistung ein Anspruch einzuräumen auf die Vergütung von ausgewiesenen, im laufenden Jahr entstandenen Kosten für den Zahnarzt. Art. 8 Abs. 1 ELKV (erlassen gestützt auf Art. 3d Abs. 4 ELG in Verbindung mit Art. 19 Abs. 1 ELV) schränkt diesen Anspruch dahin gehend ein, dass die Kosten für einfache, wirtschaftliche und zweckmässige Zahnbehandlungen vergütet werden. Die durch einen Zahnarzt vorzunehmende Amalgamsanierung stellt nach dem üblichen Sprachgebrauch sowohl eine Behandlung durch den Zahnarzt als auch eine Zahnbehandlung dar. Der Wortlaut der erwähnten Normen legt somit eine Beschränkung des Vergütungsanspruchs nach Massgabe von Art oder Zweck der zahnärztlichen Behandlung nicht nahe. Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat denn auch mit Bezug auf die ähnlich lautenden Art. 3 Abs. 4 lit. e ELG und Art. 6 ELKV in der bis 31. Dezember 1995 gültig gewesenen Fassung die Möglichkeit einer Übernahme der Kosten der zur Behandlung eines gesundheitlichen Leidens medizinisch indizierten, durch einen Zahnarzt auszuführenden Amalgamsanierung grundsätzlich bejaht (<ref-ruling> Erw. 5 mit Hinweis auf das nicht veröffentlichte Urteil S. vom 25. August 1992, P 63/91). Das grammatikalische Auslegungselement spricht somit für das Bestehen eines Vergütungsanspruchs; vorausgesetzt wird lediglich, dass es sich um eine einfache, wirtschaftliche und zweckmässige Vorkehr handelt.
4.3.2 Die durch die Vorinstanz postulierte Einschränkung ergibt sich auch nicht aus der Entstehungsgeschichte von Art. 3d ELG. Es trifft zwar zu, dass die Botschaft zur am 1. Januar 1998 in Kraft getretenen 3. ELG-Revision (BBl 1997 I 1197 ff.) die Vergütung von Krankheits- und Behinderungskosten in einen Zusammenhang mit der Einführung des Krankenversicherungsobligatoriums durch das seit 1. Januar 1996 geltende KVG stellt. Konkret wird ausgeführt, mit der Einführung des Obligatoriums entfielen die bisherigen Vergütungen der EL für Krankheitskosten von Personen, welche nicht krankenversichert seien. Die Ergänzungsleistung könne sich inskünftig auf die Übernahme der Krankenkassenselbstbehalte, von Zahnarztkosten, von durch die Krankenversicherung nicht gedeckten SPITEX-Kosten und von Hilfsmittelkosten beschränken (BBl 1997 I 1208). Daraus lässt sich aber nicht schliessen, dass die Pflicht zur Vergütung von krankenversicherungsrechtlich nicht gedeckten Kosten zahnärztlicher Behandlungen hätte eingeschränkt werden sollen. Auch die Erläuterungen zu Art. 3d ELG (BBl 1997 I 1214) enthalten keine derartige Aussage; vielmehr wird erklärt, die Arzt- und Arzneikosten müssten nicht mehr gesondert erwähnt werden, da sie nunmehr durch die obligatorische Krankenpflegeversicherung getragen würden, sodass sich die Ergänzungsleistungen auf die Übernahme von Selbstbehalt und Franchise beschränken könnten. Im Rahmen der parlamentarischen Beratungen wurde die fragliche Einschränkung ebenfalls nicht diskutiert.
4.3.3 Ergänzungsleistungen werden ausgerichtet, um Bezügerinnen und Bezügern von Renten der Alters- und Hinterlassenen- oder der Invalidenversicherung das Existenzminimum zu gewährleisten, ohne dass die Versicherten Sozialhilfe beziehen müssen (vgl. Art. 112 Abs. 2 lit. b in Verbindung mit Art. 196 Ziff. 10 BV). Mit den Leistungen gemäss ELG soll somit der gegenwärtige Grundbedarf, sollen die laufenden Lebensbedürfnisse gedeckt werden (<ref-ruling> Erw. 5a; vgl. auch <ref-ruling> Erw. 5a mit Hinweisen). Aus dieser der EL-rechtlichen Regelung zu Grunde liegenden Ziel- und Zwecksetzung lässt sich ebenfalls nicht ableiten, der Begriff der "Kosten für Zahnarzt" gemäss Art. 3d Abs. 1 lit. a ELG und Art. 19 Abs. 1 lit. a ELV bzw. der Zahnbehandlungskosten gemäss Art. 8 Abs. 1 ELKV sei in der durch die Vorinstanz befürworteten, einschränkenden Weise auszulegen. Vielmehr können die zur Behandlung einer Allgemeinerkrankung notwendigen zahnärztlichen Massnahmen ohne weiteres dem gegenwärtigen Grundbedarf zugeordnet werden, wobei Art und Umfang der vergütungsfähigen Leistungen durch das Erfordernis der einfachen, wirtschaftlichen und zweckmässigen Vorkehr bestimmt und begrenzt werden.
4.3.4 Was den systematischen Gesichtspunkt anbelangt, unterscheidet das Gesetz in Art. 3 ELG zwischen der jährlichen Ergänzungsleistung einerseits und der Vergütung von Krankheits- und Behinderungskosten andererseits. Die Letzteren werden in Art. 3d Abs. 1 ELG aufgezählt. Der dortige abschliessende (AHI 2002 S. 74 f. Erw. 4) Katalog sieht unter anderem vor, dass die Kostenbeteiligungen nach Art. 64 KVG zu vergüten sind (Art. 3d Abs. 1 lit. f ELG). Darunter fallen auch die Kostenbeteiligungen für zahnärztliche Leistungen, die ausnahmsweise - gemäss Art. 31 Abs. 1 lit. a bis c KVG - von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung getragen werden. Wenn nun Art. 3d Abs. 1 lit. a ELG ausserdem die Kosten für den Zahnarzt nennt, so handelt es sich dabei offensichtlich um jene anteilmässig weit überwiegenden Aufwendungen, welche die Krankenversicherung nicht zu ersetzen hat. Durch die beiden Normen werden grundsätzlich alle notwendigen ärztlichen und zahnärztlichen Behandlungen erfasst. Ein genereller Ausschluss bestimmter Massnahmen ist weder darin noch im gestützt auf entsprechende Delegationsbestimmungen erlassenen Art. 8 ELKV vorgesehen. Wäre beabsichtigt gewesen, zahnärztliche Eingriffe, welche der Behandlung einer Allgemeinerkrankung dienen, aus dem Leistungskatalog auszuschliessen, hätte dies im Gesetz (oder allenfalls in der Verordnung) ausdrückliche Erwähnung finden müssen.
4.3.5 In AHI 2002 S. 74 f. Erw. 4 hat das Eidgenössische Versicherungsgericht die Aufzählung der vergütungsfähigen Krankheits- und Behinderungskosten in Art. 3d ELG als abschliessend bezeichnet. Aus diesem Grund verneinte es einen Anspruch auf Vergütung von Aufwendungen für nicht obligatorisch krankenversicherte psychotherapeutische Behandlungen. In Bezug auf die vorliegende Konstellation lässt sich daraus jedoch nichts ableiten, haben doch die Kosten für den Zahnarzt im Gegensatz zu jenen der Psychotherapie in den Katalog von Art. 3d ELG Aufnahme gefunden.
4.3.6 Zusammenfassend ergibt sich, dass unter Art. 3d Abs. 1 lit. a ELG grundsätzlich alle Zahnarztkosten fallen, einschliesslich der Aufwendungen für Vorkehren zur Behandlung von Allgemeinerkrankungen. Diese sind zu vergüten, sofern und soweit die Voraussetzungen der Einfachheit, Wirtschaftlichkeit und Zweckmässigkeit erfüllt sind (Art. 8 Abs. 1 Satz 1 ELKV), wobei ausserdem ein Kostenvoranschlag einzureichen und dessen Genehmigung einzuholen ist, wenn die Kosten der Massnahme, wie hier, voraussichtlich die Summe von Fr. 3000.- übersteigen werden (Art. 8 Abs. 3 ELKV). Dieses Auslegungsergebnis ist auch mit der vom BSV herausgegebenen Wegleitung über die Ergänzungsleistungen zur AHV und IV (WEL), Randziffer 5037 ff., vereinbar, werden doch darin die Leistungen von Zahnärzten für die Behandlung einer Allgemeinerkrankung nicht ausgeschlossen. Das BSV hat sich denn auch in seiner Vernehmlassung nicht auf diesen Standpunkt gestellt, sondern die Zweckmässigkeit der Massnahme verneint.
5. Nach dem Gesagten kann der vorinstanzlichen Beurteilung, die streitige Behandlung sei im Rahmen der Ergänzungsleistungen von vornherein nicht vergütungsfähig, nicht gefolgt werden. Vielmehr ist ein entsprechender Anspruch gegeben, falls es sich um eine einfache, wirtschaftliche und zweckmässige Vorkehr im Sinne von Art. 8 Abs. 1 Satz 1 ELKV handelt. Die Sache ist an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie prüfe, ob diese Kriterien erfüllt sind.
6. Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG). Entsprechend dem Ausgang des Prozesses hat der Beschwerdeführer Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 159 Abs. 1 und 2 in Verbindung mit Art. 135 OG). Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 14. November 2003 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie über die Beschwerde neu entscheide.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Ausgleichskasse des Kantons Bern hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 6. Mai 2004
Im Namen des Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer: Der Gerichtsschreiber: