Faits:
A. Dans le cadre de l'agrandissement et de la réhabilitation d'une école, la Commune du Grand-Saconnex (ci-après: la Commune) a mis en soumission, par publication dans la Feuille d'avis officielle du canton de Genève du 20 avril 2009, un marché public portant sur un mandat complet d'architecte, d'ingénieur civil et d'ingénieurs spécialisés, en pool de mandataires, pour un montant estimé à 7'050'000 fr., hors taxes et honoraires. Selon les conditions générales de participation, ne seraient retenues que les offres complètes, arrivées dans les délais, signées par tous les membres et émanant de soumissionnaires qui respectent les usages locaux et payent les charges sociales conventionnelles (ch. 3.1). En outre, les soumissionnaires devaient fournir les justificatifs requis par l'art. 32 du règlement cantonal sur la passation des marchés publics du 17 décembre 2007 (RMP; RS/GE, L6 05.01) pour observer les conditions générales de participation (ch. 3.2 des conditions précitées).
Un "Règlement et cahier des charges" (ci-après: le cahier des charges) remis aux soumissionnaires par la Commune précisait les points suivants: seuls seraient pris en considération les dossiers de candidature respectant les conditions de participation soit, en particulier, ceux accompagnés des attestations requises (ch. 1.7); sous peine d'exclusion du marché, le soumissionnaire devait, entre autres conditions, présenter une offre remplie complètement selon les indications de l'adjudicateur et signée et datée par la ou les personnes responsables de l'offre (ch. 1.10); une offre déposée ne pouvait pas être modifiée ou complétée après le délai de dépôt fixé par l'adjudicateur; à l'échéance dudit délai, un candidat ne pouvait donc plus corriger ou faire corriger son offre ainsi que les documents ou les informations déjà transmis à l'adjudicateur (ch. 1.26).
Un dossier d'appel d'offres a également été mis à la disposition des soumissionnaires par la Commune. Ce document indiquait, en page 20, que ceux-ci devaient en particulier fournir les pièces justificatives suivantes: "Attestations justifiant que la couverture du personnel en matière d'assurances sociales, y compris l'assurance accident, est garantie conformément à la législation en vigueur au siège social de l'entreprise et que celle-ci est à jour avec le paiement de ses cotisations (1 par bureau). Soit pour les entreprises suisses: AVS-AI-APG-AC, allocations familiales, prévoyance professionnelle (LPP), ass. accident (CNA ou autre)". Il était précisé que la non-présentation de ces attestations serait "éliminatoire".
B. B.a Le 19 juin 2009, X._ SA et consorts ont déposé une offre conjointe. Etaient notamment associées à cette offre les entreprises A._ SA et B._ SA, toutes deux à Lausanne.
A cette offre étaient notamment annexées deux attestations.
Premièrement, une attestation destinée à établir que l'entreprise A._ SA était à jour dans le paiement des cotisations LPP. Ce document consistait en un courrier à l'en-tête d'une société d'assurance adressé à A._ AG, à Berne, du 12 juin 2009, dont l'intitulé était le suivant :
"confirmation d'affiliation et de paiement - A._ A.G.
_
D._ AG Fondation collective
Bern
_"
Sous ce titre, le texte de l'attestation était le suivant:
"Madame,
Nous vous confirmons que l'entreprise D._ A.G. à Berne est assurée auprès de la Fondation collective.
D._ A.G. verse dans le cadre de la prévoyance professionnelle des contributions à la fondation collective. Ces contributions ont toujours été payées dans les délais usuels."
Etait également produit un extrait du registre du commerce du canton de Vaud indiquant que A._ SA était une succursale de la société A._ AG à Berne.
La deuxième attestation annexée à l'offre avait trait à l'entreprise B._ AG. Il s'agissait là aussi d'une attestation LPP rédigée sous la forme d'un courrier à l'en-tête d'une société d'assurance adressé à A._ AG, daté du 15 juin 2009, de même présentation et libellé que celui annexé pour A._ SA, si ce n'est qu'il était intitulé "confirmation d'affiliation et de paiement - B._ AG".
B.b Le 22 juin 2009, le jury s'est réuni pour une première séance consacrée aux décisions d'acceptation ou d'exclusion des offres. Le procès-verbal de cette séance précise que deux attestations d'assurance ont été établies au nom de D._ AG au lieu de l'être au nom des deux sociétés membres du pool soumissionnaire. Le 23 juin 2009, la Commune a envoyé un courrier recommandé à A._ SA et consorts lui faisant savoir que le pool d'entreprises qu'elle représentait était exclu du marché pour lequel elle avait soumissionné le 19 juin 2009.
Par décision du 3 juillet 2009, la Commune a adjugé le mandat à un consortium de sociétés tierces, à savoir Y._ SA et consorts.
B.c Le 6 juillet 2009, X._ SA et consorts ont conjointement interjeté un recours auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre la décision d'exclusion de la Commune du 23 juin 2009, en concluant principalement à l'annulation de cette décision.
Le 18 juillet 2009, les sociétés exclues ont également recouru auprès du Tribunal administratif contre la décision d'adjudication de la Commune du 3 juillet 2009.
Par arrêt du 16 février 2010, le Tribunal administratif a rejeté le premier recours formé le 6 juillet 2009. A la même date, il a déclaré irrecevable, pour défaut d'intérêt actuel, le deuxième recours du 18 juillet 2009.
C. X._ SA et consorts forment un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal administratif du 16 février 2010 relatif à leur exclusion de la procédure d'adjudication (cause 2C_197/2010). Ils demandent l'annulation de cet arrêt et concluent, sous suite de frais et dépens, à ce que leur offre soit déclarée recevable et conforme aux exigences de l'appel d'offre et soit évaluée en vue de l'adjudication du marché litigieux et, subsidiairement, à ce que l'illicéité de la décision attaquée soit constatée.
Par écriture parallèle du même jour, X._ SA et consorts forment également un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire contre le second arrêt du Tribunal administratif du 16 février 2010 déclarant irrecevable leur recours contre la décision d'adjudication (cause 2C_198/2010). Ils demandent l'annulation de cet arrêt et concluent, sous suite de frais et dépens, à leur réintégration dans la procédure d'adjudication et, subsidiairement, à la constatation de l'illicéité de la décision attaquée.
A l'appui de leurs deux écritures de recours, X._ SA et consorts ont déposé des requêtes d'effet suspensif et de mesures provisionnelles/superprovisionnelles.
La Commune et Y._ SA et consorts concluent, dans les deux causes, au rejet des requêtes d'effet suspensif et de mesures provisionnelles ainsi qu'à l'irrecevabilité et/ou au rejet des recours sur le fond.

Considérant en droit:
1. Les recours 2C_197/2010 et 2C_198/2010 se fondent sur le même complexe de faits et visent tous deux, dans leur finalité, à obtenir l'adjudication du marché litigieux à X._ SA et consorts. Au contraire de la Commune, qui est partie aux deux causes, Y._ SA et consorts ne sont pas formellement parties à la première procédure; ils ont toutefois été invités à se déterminer sur celle-ci. Il convient dès lors de joindre les deux procédures de recours et de statuer dans un seul et même arrêt conformément à l'<ref-law>, applicable en vertu du renvoi de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 194 et les arrêts cités).
2. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle donc librement la recevabilité des recours qui sont déposés devant lui (<ref-ruling> consid. 1 p. 331, 135 II 22 consid. 1 p. 24, 30 consid. 1 p. 31).
Cause 2C_197/2010 (exclusion de la procédure d'adjudication)
3. 3.1 La cause relève du droit des marchés publics (art. 82 lettre a et 83 let. f LTF) et l'arrêt attaqué émane d'un tribunal cantonal supérieur statuant en dernière instance, sans qu'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral ne soit ouvert (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il peut donc, en principe, faire l'objet d'un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral, à condition qu'il ne tombe pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'<ref-law>.
3.2 Selon l'art. 83 lettre f LTF, le recours en matière de droit public n'est recevable contre les décisions en matière de marchés publics qu'à la double condition que la valeur du mandat à attribuer soit supérieure ou égale aux seuils déterminants prévus à cet effet et que la décision attaquée soulève une question juridique de principe (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 194 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 398). Il incombe au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer la réalisation de ces deux conditions cumulatives (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 398 s.).
3.3 L'existence d'une question juridique de principe s'apprécie en fonction du contenu de l'objet litigieux soumis au Tribunal fédéral et doit n'être admise que de manière restrictive. Ainsi, lorsque le point soulevé ne concerne que l'application de principes jurisprudentiels à un cas particulier, il ne peut être qualifié de question juridique de principe. La seule circonstance que la question n'ait encore jamais été tranchée ne suffit pas non plus à réaliser cette condition. Il faut encore qu'il s'agisse d'une question juridique dont l'importance pratique est telle qu'elle nécessite d'être éclaircie par la plus haute instance judiciaire. A l'inverse, il peut arriver qu'une question déjà résolue par le Tribunal fédéral revête néanmoins la qualité d'une question juridique de principe. Tel est notamment le cas si la jurisprudence rendue sur le sujet n'est pas claire, n'est pas constante ou qu'elle suscite d'importantes critiques dans la doctrine (cf. <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 357 et les nombreuses références citées).
En l'espèce, les recourantes invoquent la violation des art. 5, 9, 29 Cst., ainsi que de certaines dispositions du droit cantonal et intercantonal en matière de marchés publics. Pour l'essentiel, elles soutiennent que la décision prononçant leur exclusion de la procédure constitue un excès de formalisme. La question de savoir si un vice est suffisamment grave pour justifier l'exclusion d'une procédure de soumission dépend très largement, sinon exclusivement, des conditions d'espèce; elle n'a donc pas le caractère d'une question juridique de principe. Il s'agit d'appliquer au cas particulier et de mettre en balance, comme cela est souvent le cas en matière de marchés publics, les principes de légalité, de proportionnalité, d'interdiction du formalisme excessif, d'égalité ou encore d'intangibilité des offres. Une abondante jurisprudence traite de ces questions (cf., parmi d'autres, les arrêts cités infra consid. 6.4, 2ème paragraphe).
3.4 Faute de question juridique de principe, la voie du recours en matière de droit public n'est donc pas ouverte.
4. 4.1 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance qui ne peuvent, comme en l'espèce, faire l'objet d'aucun recours selon les art. 72 à 89 LTF (<ref-law>).
Les recourantes ont pris part à la procédure cantonale et ont un intérêt juridique à faire annuler la décision attaquée afin d'être réintégrées dans la procédure d'adjudication (art. 115 let. a et b LTF). En outre, elles agissent conjointement et prennent des conclusions communes, conformément aux exigences posées par la jurisprudence pour les entreprises ayant soumissionné ensemble (<ref-ruling>; ATF 2P.111/2003 du 21.1.2004). Elles ont donc qualité pour recourir.
Pour le surplus, déposé en temps utile (<ref-law>) et dans la forme prévue (<ref-law>), le recours constitutionnel subsidiaire est recevable, sous réserve de l'<ref-law> (applicable par le renvoi de l'<ref-law>).
4.2 Aux termes de l'<ref-law>, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. Cette disposition reprend le principe d'allégation (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254).
A teneur de ce principe, le recourant ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit au contraire indiquer quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en particulier les critiques relevant de l'arbitraire que si elles ont été expressément soulevées et exposées de façon claire et détaillée (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 5 p. 187).
En page 16 de leur écriture, les recourantes invoquent pèle-mêle "une violation de l'interdiction de l'abus de droit, de l'arbitraire dans l'application du droit international, intercantonal et cantonal des marchés publics ainsi que la violation de l'obligation d'agir de bonne foi à l'égard des justiciables (art. 5 et 9 Cst.)". Tels qu'allégués, ces griefs sont irrecevables, faute de motivation spécifique à leur appui. Il en va également ainsi de la prétendue violation de l'art. 40 al. 1 RMP, dans la mesure où les recourantes se bornent à affirmer, sans étayer leur point de vue, que l'application de cette disposition serait contraire à l'Accord intercantonal sur les marchés publics du 25 novembre 1994 (AIMP; RS/GE L 6 05). Elles ne développent à suffisance de droit que le moyen tiré de l'interdiction du formalisme excessif (recours, p. /17), sur lequel il sera seul entré en matière (cf. infra consid. 6).
5. 5.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut néanmoins rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis en violation d'un droit constitutionnel (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>), ce que le recourant doit démontrer d'une manière circonstanciée et précise, conformément aux exigences de motivation posées à l'<ref-law> (par renvoi de l'<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444 s.). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques appellatoires portant sur l'appréciation des preuves ou l'établissement des faits par l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 254 s.).
5.2 Les recourantes allèguent que les autorités cantonales ont établi les faits de manière arbitraire (art. 9 Cst.), car l'intitulé des attestations déposées suffirait, selon elles, à apporter la preuve du paiement des cotisations LPP par les entreprises A._ SA et B._ SA.
Le Tribunal administratif a toutefois constaté que, même si ces attestations visaient bien, dans leur intitulé, chacune des deux sociétés soumissionnaires prénommées, leur libellé confirmait en revanche l'affiliation d'une société tierce auprès de la fondation de prévoyance, à savoir D._ AG. Face à une telle explication, les recourantes ne pouvaient se borner à affirmer, comme elles le font, qu'elles "ne s'expliquent toujours pas pourquoi le fait qu'[elles] n'auraient pas expliqué leur rapport avec l'entreprise mentionnée en dessous aurait une quelconque influence sur les conditions requises ni surtout pourquoi cela justifiait d'écarter leur offre". Une telle motivation, indigente au regard des exigences de l'<ref-law>, ne démontre nullement en quoi la constatation des faits par le Tribunal administratif serait arbitraire.
5.3 Les recourantes soutiennent également, pour contester les faits retenus, que le Tribunal administratif serait tombé dans l'arbitraire en s'écartant sans raison valable de l'appréciation prétendument contraire à laquelle était parvenue la Présidente du Tribunal administratif, statuant en juge unique, dans une décision rendue sur mesures provisionnelles le 23 juillet 2009.
Cette critique ne concerne pas la constatation des faits, mais leurs appréciation et qualification juridiques. Elle est quoi qu'il en soit infondée, car les recourantes ne rapportent que de manière partielle les motifs de la décision précitée admettant leur requête de mesures provisionnelles. Elles retirent en effet opportunément toutes les cautèles expressément formulées par la Présidente pour tenir compte des spécificités d'une telle décision incidente. Ainsi, cette magistrate avait-elle pris soin de clairement souligner qu'elle statuait prima facie (consid. 6) et que, dans ce cadre seulement, il n'était "pas insoutenable d'admettre que l'autorité aurait dû, avant de décider d'exclure, interpeller la responsable du pool" pour obtenir des éclaircissements (consid. 6 in fine), si bien que la décision était, "prima facie, susceptible de relever d'un formalisme excessif prohibé" (consid. 7). Dès lors que les juges du fond, au terme de leur analyse circonstanciée - et non plus d'une simple approche "prima facie" du problème - ont abouti à une autre conclusion, ils n'avaient pas à justifier la différence de leur point de vue avec celui retenu dans la décision provisionnelle. Seul compte que leur appréciation ne tombe pas sous le coup de l'interdiction du formalisme excessif.
6. 6.1 Le formalisme excessif est un aspect particulier du déni de justice prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. Il est réalisé lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi, complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (<ref-ruling> consid. 5 p. 253; <ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 183; <ref-ruling> consid. 2a p. 142 et les arrêts cités).
Il est conforme au but et à la nature de la procédure de marchés publics que la violation de certaines exigences de formes par un soumissionnaire puisse entraîner son exclusion du marché. Selon la jurisprudence, une telle conséquence ne se justifie toutefois pas en présence de n'importe quel vice. Il faut en particulier y renoncer lorsque celui-ci est de peu de gravité ou ne compromet pas sérieusement l'objectif visé par la prescription formelle violée (cf. arrêt 2D_50/2009 du 25 février 2010, consid. 2.4 et les arrêts cités). Cela est conforme à l'interdiction du formalisme excessif.
Dans cette ligne, le droit cantonal genevois prévoit que l'autorité adjudicatrice doit rectifier d'office les erreurs évidentes de calcul et d'écriture (art. 39 al. 2 RMP) et qu'elle peut demander aux soumissionnaires des explications relatives à leur aptitude et à leur offre (art. 40 RMP). Cette interdiction du formalisme excessif ne saurait toutefois porter atteinte aux principes d'intangibilité des offres et d'égalité de traitement entre soumissionnaires qui limitent le droit de procéder à de telles corrections ou requêtes de précisions après le dépôt des offres.
6.2 Le Tribunal administratif a rappelé que la procédure litigieuse était spécialement fondée sur les art. 27 ss RMP. Ainsi, l'appel d'offres émis par l'autorité adjudicatrice doit donner un certain nombre de renseignements et notamment contenir toutes les informations nécessaires à l'établissement de l'offre (art. 27 RMP). Parmi celles-ci, il doit énumérer la liste des pièces et documents à joindre à l'offre (art. 27 lit. e RMP). De son côté, pour être admis à soumissionner, un soumissionnaire, outre les autres critères de compatibilité et d'aptitude qui peuvent être demandés, doit fournir un certain nombre de documents obligatoires énoncés à l'art. 32 RMP. Parmi eux figurent des attestations justifiant que la couverture du personnel en matière d'assurances sociales est assurée conformément à la législation en vigueur au siège du soumissionnaire et que ce dernier est à jour avec le paiement de ses cotisations (art. 32 al. 1 lit. a RMP). L'art. 42 al. 1 lit. a RMP prévoit que l'offre du soumissionnaire est écartée d'office par une décision d'exclusion, lorsque celui-ci a rendu une offre tardive, incomplète ou non-conforme aux exigences du cahier des charges.
En l'espèce, le cahier des charges imposait clairement à chaque soumissionnaire d'établir par pièces la couverture en matière de prévoyance professionnelle et l'absence de retard dans le paiement des cotisations. Les recourantes ont certes fourni des attestations d'assurance concernant les sociétés X._ SA et B._ SA. Comme on l'a vu, ces documents n'établissaient toutefois pas l'affiliation des prénommées à la fondation de prévoyance collective, puisque leur libellé attestait une telle affiliation pour une société tierce (D._ AG à Berne), sans expliquer aucunement le rapport que cette dernière société entretenait avec les deux soumissionnaires.
6.3 On ne saurait ici perdre de vue que le principe d'intangibilité des offres impose d'apprécier celles-ci sur la seule base du dossier remis. Or, les manquements qui font qu'une offre peut être qualifiée d'incomplète varient dans leur importance. Selon Olivier Rodondi (La gestion de la procédure de soumission, in Droit des marchés publics 2008, ch. 64 p. 186), ce constat impliquerait que l'exclusion ne saurait raisonnablement être la seule sanction envisageable à des erreurs qui peuvent être d'importance fort diverse. L'autorité adjudicatrice devrait ainsi, dans son pouvoir d'appréciation, prendre en compte le principe de la proportionnalité et les exigences découlant de la prohibition du formalisme excessif. Une exclusion ne devrait donc intervenir, selon l'auteur précité, que si le vice apparaît intrinsèquement grave ou si sa gravité découle du non-respect de conditions essentielles fixées dans l'avis d'appel d'offres ou dans la documentation y relative (eod. loc.) Cette opinion correspond largement à la pratique suivie par le Tribunal fédéral lorsqu'il examine les solutions cantonales (cf. arrêt précité 2D_50/2009 du 25 février 2010, consid. 2.4 et les arrêts cités). Celles-ci ne sont pas uniformes. Toutefois, hormis le canton de Genève, qui a sur ce point développé une jurisprudence sévère - rappelée dans l'arrêt entrepris - en excluant d'emblée les offres incomplètes ou contenant des attestations périmées, la tendance semble aujourd'hui plutôt, dans les autres cantons, de fixer aux soumissionnaires un délai supplémentaire pour produire ou corriger les attestations défaillantes (cf. Rodondi, op. cit., ch. 66, p. 187; sur la pratique, notamment zurichoise, cf. Galli/Moser/Lang/Clerc, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, 2ème éd., vol 1, ch. 273 ss, spéc. ch. 275 ss, p. 117 ss).
6.4 En matière de marchés publics, le Tribunal fédéral laisse à l'adjudicateur une grande latitude de jugement pour apprécier et comparer les offres en lice lors de l'attribution d'un marché, et ne sanctionne que l'abus ou l'excès du pouvoir d'appréciation (cf. <ref-ruling>, consid. 6, p. 98 s). Pareille retenue ne se justifie toutefois pas pour contrôler l'application des règles régissant la procédure sur les marchés publics, car celles-ci se prêtent mieux à un examen judiciaire que la phase d'adjudication du marché proprement dite, qui nécessite une évaluation globale des offres et la prise en compte de critères souvent techniques et conditionnés aux circonstances locales et aux besoins particuliers de l'adjudicateur. Il suffit dès lors, s'agissant de l'examen des règles de procédure en matière de marchés publics, que le Tribunal fédéral fasse preuve de la même retenue qu'il s'impose généralement, dans d'autres domaines du droit, lorsqu'il s'agit de tenir compte des circonstances locales ou trancher de pures questions d'appréciation (<ref-ruling> consid. 3.2 in fine, 176 consid. 6.1 p. 181; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 344).
Dans sa jurisprudence, le Tribunal fédéral a annulé dans quelques rares cas des arrêts cantonaux consacrant des solutions trop rigides ou formalistes (cf. arrêt 2P.339/2001 du 12 avril 2002, consid. 3 à 5). Le plus souvent, il a rejeté les recours formés contre des décisions jugées trop ou pas assez formalistes par les recourants, conformément à la certaine retenue qu'il s'impose dans l'examen des solutions cantonales (arrêt 2D_50/2009 du 25 février 2010; 2C_634/2008 du 11 mars 2009; 2P.148/2006 du 2 octobre 2006; 2P.176/2005 du 13 décembre 2005; 2P.114/2004 du 17 décembre 2004; 2P.161/2003 du 29 octobre 2003; 2P.5/2003 du 21 mars 2003; 2P.88/2002 du 12 août 2002). Dans quelques cas, enfin, il a annulé des décisions cantonales ayant fait abstraction des conditions énoncées dans l'appel d'offres au mépris des principes de l'intangibilité des offres, de la transparence ou de l'égalité entre concurrents (arrêts 2P.322/2006 du 14 août 2007; 2C_144/2009 du 15 juin 2009; 2P.164/2002 du 27 novembre 2003). Ainsi, récemment, dans une affaire valaisanne, il a estimé que l'absence d'une attestation dûment exigée et propre à garantir pendant la durée du contrat l'aptitude du candidat à fournir des prestations conformes au cahier des charges constituait un manquement grave et devait conduire à l'exclusion de l'offre incomplète, conformément aux conditions du marché qui avaient été précisées par l'adjudicateur (arrêt 2P.322/2006 du 14 août 2007; voir aussi, pour le non respect du délai de dépôt, arrêt 2D_50/2009 du 25 février 2010, consid. 2.4). Ailleurs, il a jugé que violait tant l'art. 11 lit. a AIMP que le principe de l'égalité de traitement le fait de se contenter d'une liste de références pour les cinq dernières années et de renoncer au dépôt de photocopies de diplômes avec années d'expérience attestant de l'aptitude professionnelle du responsable de l'exécution des travaux et de ses collaborateurs (arrêt 2C_144/2009 du 15 juin 2009, consid. 5).
6.5 Des considérants qui précèdent, il ressort qu'en ne donnant pas l'occasion aux recourantes de corriger des erreurs matérielles frappant les attestations versées en cause, le Tribunal administratif a certes interprété strictement le droit cantonal (art. 42 al. 1 let. a RMP). Les conditions du marché indiquaient toutefois clairement que les offres incomplètes seraient écartées de la procédure sans autre avis et, en particulier, sans la possibilité d'être complétées (ch. 1.7, 1.10 et 1.26 du cahier des charges). Par ailleurs, les défaillances constatées avaient pour conséquence que le pouvoir adjudicateur ne pouvait pas se prononcer sur une condition d'aptitude essentielle prévue dans la loi cantonale (32 al. 1 let. a RMP) et expressément rappelée dans l'appel d'offres (ch. 3.1 et 3.2 des conditions générales de participation), à savoir l'affiliation des recourantes à une fondation de prévoyance pour leur personnel et le paiement régulier des cotisations sociales afférentes. Bien que sévère, la solution des premiers juges reste donc dans les limites de la latitude de jugement qui leur est reconnue et n'est pas constitutive d'un formalisme excessif prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst., cette garantie constitutionnelle n'obligeant pas le pouvoir adjudicateur d'interpeller un soumissionnaire en présence d'une offre défaillante.
7. Au regard du rejet de la conclusion principale tendant à obtenir la réintégration des recourantes dans le marché litigieux, la conclusion subsidiaire en constat de l'illicéité de la décision attaquée - qui ne fait au demeurant l'objet d'aucune motivation spécifique - ne peut logiquement qu'être rejetée.
Il s'ensuit que le recours constitutionnel subsidiaire dans la cause 2C_197/2010 doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Cause 2C_198/2010 (décision d'adjudication)
8. Compte tenu du sort du recours dans la cause 2C_197/2010, les recourantes ne peuvent plus prétendre être réintégrées dans le marché public litigieux. Elles n'ont donc pas d'intérêt actuel, au sens de l'<ref-law>, à obtenir l'annulation de la décision adjugeant ce marché à d'autres soumissionnaires.
Partant, les recours formés dans la cause 2C_198/2010 sont irrecevables.
Mesures provisoires; frais et dépens.
9. Au vu de ce qui précède, les requêtes d'effet suspensif et de mesures provisionnelles formulées dans les deux causes 2C_197/2010 et 2C_198/2010 sont sans objet.
10. Succombant, les recourantes s'acquitteront, solidairement entre elles, d'un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF), ainsi que d'une indemnité de dépens en faveur de Y._ SA et consorts (art. 68 al. 1 et 2 LTF). En sa qualité d'organisation chargée d'une tâche de droit public, la Commune n'a pas droit à des dépens (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_197/2010 et 2C_198/2010 sont jointes.
2. Le recours en matière de droit public dans la cause 2C_197/2010 est irrecevable.
3. Le recours constitutionnel subsidiaire dans la cause 2C_197/2010 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. Les recours dans la cause 2C_198/2010 sont irrecevables.
5. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
6. Les recourantes verseront, solidairement entre elles, 8'000 fr. à titre de dépens à Y._ SA et consorts.
7. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourantes, de la Commune du Grand-Saconnex et des intimées, ainsi qu'au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 30 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
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