Faits:
A. C._, né en 1948, a travaillé à titre indépendant en qualité de chauffeur de taxis. Ayant été victime de plusieurs accidents de la circulation survenus entre 2000 et 2001, à la suite desquels il a présenté des périodes d'incapacité de travail totale, il a déposé, le 5 août 2002, une demande de rente auprès de l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'OCAI).
Dans un rapport du 23 septembre 2002, le docteur K._, spécialiste FMH en médecine interne et rhumatologie, a indiqué que son patient souffrait d'un status après plusieurs traumatismes crâniaux-cervicaux indirects de type whiplash avec cervicalgies, céphalées et vertiges résiduels associés à une asthénie générale entrant dans le cadre d'un syndrome subjectif post-traumatique avec une composante dépressive marquée. Il a estimé que l'assuré avait présenté une incapacité de travail de 100 % du 10 juillet au 31 août 2000 et de 0 % depuis lors, précisant en outre qu'il n'avait plus revu l'intéressé depuis le 14 décembre 2000.
Le docteur N._ a posé le diagnostic de traumatisme cervico-occipital à répétition, de dépression nerveuse et de discopathie débutante en C2-C3 et C5-C6 depuis le 11 mai 2001. Il a attesté une incapacité de travail de 100 % du 27 juillet au 31 août 2000, de 80 % du 1er octobre au 5 novembre 2000, de 100 % du 5 novembre 2000 au 31 janvier 2001, de 50 % du 1er février au 7 avril 2001, de 100 % du 7 avril 2001 au 20 mars 2002 et de 80 % du 21 mars au 30 avril 2002. Selon le médecin, le patient présentait une inconstance dans le pourcentage de l'arrêt de travail et le traitement. Par ailleurs, il existait une discordance entre les plaintes subjectives et les constatations objectives (rapport du 5 mars 2002).
L'OCAI a confié une expertise au docteur E._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie. Dans un rapport du 20 août 2004, ce dernier a posé le diagnostic d'état dépressif majeur de gravité légère à moyenne, de trouble somatoforme indifférencié et de personnalité paranoïaque "sensitive" actuellement décompensée. Il a constaté que l'assuré avait développé une symptomatologie dépressive relativement importante entre mai 2000 et août 2002, période pendant laquelle il avait subi quatre accidents de voiture à priori bénins dont les conséquences subjectives en tous les cas avaient été majeures. Selon l'expert, ces accidents avaient vraisemblablement fait office "d'éléments de fixation", de révélateur d'une structure de personnalité pathologique qui s'était "décompensée" en raison d'une situation conjugale et familiale conflictuelle et mal acceptée par l'assuré. Depuis sa séparation en août 2002, ce dernier semblait avoir retrouvé une certaine sérénité et son état dépressif majeur pouvait tout au plus être de gravité légère à moyenne. En ce qui concerne la capacité de travail, l'expert s'est dit frappé par la discordance manifeste entre l'importance des plaintes et les constatations objectives durant l'expertise. Objectivement, C._ paraissait pouvoir travailler le matin de 7h30 jusqu'à midi, ce qui représentait grosso modo un 50-60 % d'activité professionnelle. Dans ce sens, une diminution de sa capacité de travail de 40 % pouvait représenter un compromis "équitable". Le médecin a considéré que jusqu'en août 2002, il fallait se référer aux attestations du docteur N._.
L'OCAI a procédé à une enquête pour activité professionnelle indépendante auprès de l'assuré. Il ressort du rapport d'enquête établi le 3 août 2005 qu'avant les accidents, l'assuré travaillait 6 jours par semaine pendant toute la journée. Depuis lors, il travaillait toujours 6 jours par semaine mais débutait son activité professionnelle à 7h30 pour la terminer vers 12h30 ou 13 heures.
Par décision du 4 octobre 2005, l'OCAI a octroyé à l'assuré une rente entière d'invalidité du 1er août 2001 au 31 octobre 2002 sur la base d'un degré d'invalidité de 80 %, une demi-rente pour cas pénible du 1er novembre 2002 au 31 décembre 2003 et un quart de rente à partir du 1er janvier 2004, sur la base d'un degré d'invalidité de 40 %.
L'assuré a formé opposition contre cette décision en date du 10 octobre 2005. Il a produit une attestation de son médecin traitant, le docteur D._, spécialiste FMH en médecine générale, du 9 novembre 2005. Ce dernier a constaté que son patient souffrait, en sus de ses douleurs, d'un trouble somatoforme persistant. Une prise en charge psychiatrique était indiquée et avait débuté le 4 novembre 2005. L'assuré était décrit comme collaborant et acceptant la prise en charge psychiatrique. Une invalidité supérieure à 60 % était à craindre en raison de l'évolution défavorable de son état de santé psychique et de l'état stationnaire sur le plan physique.
L'OCAI a demandé au docteur D._ des renseignements complémentaires, lequel a rendu son rapport le 15 décembre 2005. Il a posé le diagnostic de syndrome douloureux somatoforme persistant et d'état anxio-dépressif réactionnel. Selon lui, le degré d'invalidité se situait entre 65 et 70 %. Il a en outre joint à son rapport les courriers de trois confrères consultés par l'assuré. Dans un rapport du 4 octobre 2005, le docteur B._, spécialiste FMH en rhumatologie, a indiqué que l'assuré souffrait de cervicobrachialgies gauches chroniques à la suite de plusieurs coups du lapin; son examen révélait des contractures musculaires para-cervicales et du trapèze avec toutefois des douleurs qui semblaient dépasser le cadre habituel après de tels traumatismes. Pour le docteur J._, spécialiste FMH en neurologie, l'examen clinique neurologique devait être considéré comme normal; dans son rapport du 12 octobre 2005, il signalait que l'examen de la force était difficile et comportait quelques aberrations neurologiques à mettre sur le compte d'une mauvaise collaboration de l'assuré et non des séquelles des accidents. Enfin, la doctoresse A._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie, relevait, dans son rapport du 1er novembre 2005, que les bilans radiologiques effectués et les examens cliniques demandés par le médecin traitant avaient conclu à une absence de lésion pouvant expliquer les douleurs de l'assuré. Aucun d'entre eux ne se prononçait sur la capacité résiduelle de travail de l'assuré.
L'OCAI a ensuite demandé au docteur E._ un complément d'expertise, au vu de l'aggravation alléguée par le docteur D._. Dans un rapport du 18 mai 2006, l'expert a relevé que depuis son précédent examen en juin 2004, l'évolution était marquée par une aggravation subjective des douleurs et du handicap allégué. La décision de l'OCAI allouant un quart de rente à l'assuré avait été perçue par celui-ci comme un désaveu de ses problèmes physiques et des conséquences des accidents dont il estimait être victime. Il notait en outre que la doctoresse A._ évoquait des symptômes thymiques légers et fluctuants, ce qui correspondait aussi à l'hypothèse d'un épisode dépressif majeur de gravité légère à moyenne qu'il avait retenu auparavant. En conclusion, ce dernier confirmait l'incapacité de travail de 40 %.
Le divorce de l'assuré étant devenu définitif le 31 mai 2005, l'OCAI a rendu une nouvelle décision concernant le calcul de la rente d'invalidité à partir du 1er juin 2005 (décision du 3 mai 2006).
Par décision sur opposition du 26 juin 2006, l'OCAI a confirmé sa décision du 3 mai 2006. Par une autre décision du même jour, il a confirmé sa décision du 4 octobre 2005.
B. Le 25 juillet 2006, C._ a recouru contre les décisions sur opposition du 26 juin 2006. Le 24 août 2006, il a complété son recours et a conclu à l'annulation de la décision du 26 juin 2006 et au renvoi du dossier à l'OCAI afin de compléter l'instruction sur le plan médical. En outre, il a requis le bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite.
Dans sa réponse du 25 août 2006, l'OCAI a confirmé le degré d'invalidité de 40 % à partir du 1er novembre 2002 ainsi que le montant de la rente après divorce. Il a ainsi conclu au rejet du recours.
Par jugement du 6 mars 2007, le Tribunal des assurances sociales du canton de Genève a rejeté le recours de l'assuré contre les décisions de l'OCAI du 26 juin 2006.
C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation en concluant, sous suite de frais et dépens, au renvoi de la cause à l'OCAI pour nouvelle instruction. Il requiert le bénéfice de l'assistance judiciaire gratuite.
L'OCAI conclut au rejet du recours tandis que l'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui de la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 1.3). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
A l'appui de son recours en matière de droit public, le recourant produit un rapport du Service de neurochirurgie de l'Hôpital X._ du 28 mars 2007. Il s'agit d'une preuve nouvelle au sens de l'<ref-law> qui n'est pas recevable: établie postérieurement au jugement entrepris, elle ne peut par définition "résulter" du jugement entrepris (Meyer, in: M. A. Niggli/P.Uebersax/H. Wiprächtiger [édit.], Bundesgerichtsgesetz, Bâle 2008, ad <ref-law>, no 43 p. 979).
1.2 En ce qui concerne l'évaluation de l'invalidité, les principes relatifs au pouvoir d'examen développés dans l'<ref-ruling> consid. 3 p. 397 ss (en relation avec l'art. 132 OJ dans sa version en vigueur du 1er juillet au 31 décembre 2006) continuent à s'appliquer pour distinguer les constatations de fait de l'autorité précédente (qui lient en principe le Tribunal fédéral) de l'application qu'elle fait du droit (question qui peut être examinée librement en instance fédérale). Conformément à ces principes, les constatations de l'autorité cantonale de recours sur l'atteinte à la santé, la capacité de travail de l'assuré et l'exigibilité relèvent d'une question de fait et ne peuvent être contrôlées que sous un angle restreint (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 398).
2. Se fondant sur l'ensemble des pièces médicales se trouvant au dossier, les premiers juges ont retenu que le recourant souffrait d'un trouble somatoforme douloureux. Sur le plan somatique, les docteurs N._ et J._ avaient relevé une discordance manifeste entre l'importance des plaintes et les constatations objectives. La doctoresse A._ avait quant à elle précisé qu'aucun substrat organique n'avait été mis en évidence dans les derniers bilans effectués. Enfin, le docteur B._ avait indiqué que les douleurs semblaient dépasser le cadre habituel auquel on pouvait s'attendre après les traumatismes subis et qu'il n'y avait pas de logique dans la distribution des troubles sensitifs. Sur le plan psychiatrique, la juridiction cantonale s'est fondée sur l'avis du docteur E._. Ce dernier estimait que le diagnostic de trouble somatoforme indifférencié restait ouvert car selon lui, tant la pathologie anxio-dépressive que la structure de personnalité du sujet expliquaient ses plaintes physiques. Pour l'expert, le recourant présentait une état dépressif de gravité légère à moyenne avec une forte tendance aux somatisations prenant la forme d'une sorte d'hypocondrie délirante ou sinistrose chez une personnalité paranoïaque probablement "sensitive décompensée".
La juridiction cantonale a ainsi confirmé le degré d'invalidité du recourant de 40 % retenu par l'office AI compte tenu d'une incapacité de travail du même ordre attestée par l'expert E._.
3. Pour sa part, le recourant affirme que l'instruction médicale à laquelle a procédé l'intimé est lacunaire, puisqu'il n'a été soumis qu'à une simple expertise psychiatrique, alors qu'il aurait dû faire l'objet d'un examen neurologique, neuropsychologique, rhumatologique et orthopédique.
Bien que le recourant ne se prévale pas formellement de l'un des motifs de recours consacrés aux <ref-law> et qu'il n'énonce pas les dispositions topiques applicables, on peut déduire de son mémoire de recours qu'il se plaint d'une violation de son droit d'être entendu dans la mesure où la juridiction cantonale a refusé d'ordonner une nouvelle expertise pluridisciplinaire.
4. Le refus de donner suite à une requête de mesures d'instruction, en l'espèce une expertise pluridisciplinaire, au motif que les éléments de preuve au dossier étaient suffisants pour trancher le litige ou que les mesures requises n'étaient pas pertinentes, représente une appréciation anticipée des preuves par l'autorité (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 428 sv., 125 I 127 consid. 6c/cc p. 134 sv., 124 V 90 consid. 5b p. 94, 122 II 464 consid. 4a p. 469, 122 III 219 consid. 3c p. 223 sv.). Cet acte ne représente pas une violation du droit d'être entendu. Dans la mesure où les premiers juges ont clairement motivé leur décision en démontrant que les preuves offertes ne pouvaient pas les amener à modifier leur opinion et que les faits retenus n'apparaissent pas manifestement inexacts ou incomplets - ce que le recourant n'a pas même tenté de démontrer -, il ne peut faire grief aux premiers juges d'avoir procédé à une telle appréciation ou violé son droit d'être entendu.
Vu ce qui précède, le recours est mal fondé.
5. Compte tenu de l'issue du litige, les frais de justice doivent être supportés par le recourant qui succombe (art. 66 al. 1 première phrase LTF en relation avec l'<ref-law>). Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut lui être accordée (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et Canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 3 avril 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz