Sachverhalt:
A. In den Jahren 1997 und 1998 realisierte Architekt B._ die Überbauung "C._" in X._(BE), bestehend aus zwei Mehrfamilienhäusern mit je fünf Wohnungen im Stockwerkeigentum. Ein Teil der Arbeiten im Zusammenhang mit dieser Überbauung wurde von der ebenfalls in der Immobilienbranche tätigen A.F._ ausgeführt, die damals bei der D._ AG Zug, angestellt war. Mit Vertrag vom 20. Januar 1999 räumte B._ A.F._ ein Kaufsrecht an seiner zur erwähnten Überbauung gehörenden Stockwerkeinheit Z._ Gbbl. Nr. ****-* ein. Der Kaufpreis wurde auf Fr. 980'000.-- festgesetzt, wobei A.F._ innert fünf Tagen ab Verurkundung des Vertrags eine Anzahlung von Fr. 380'000.-- zu leisten hatte. Am gleichen Tag schlossen B._, A.F._ und die D._ AG eine Vereinbarung, worin festgehalten wurde, dass der D._ AG und A.F._ gegenüber B._ aus dem Projekt "C._" eine Restforderung von Fr. 380'000.-- zustehe; zudem wurde A.F._ für berechtigt erklärt, die Kaufpreisanzahlung gemäss dem erwähnten Vertrag durch Verrechnung mit der Forderung von Fr. 380'000.-- zu tilgen. Am 25. August 2000 verkaufte B._ die Eigentumswohnung Nr. ****-* zum Preise von Fr. 980'000.-- an die von A.F._ beherrschte E._ AG, wobei Fr. 600'000.-- bar zu bezahlen waren, während der Restbetrag von Fr. 380'000.-- "mit Forderungen von Frau F._ gegenüber der Verkäuferschaft verrechnet" wurde.
B. Mit Veranlagungsverfügungen vom 21. November 2000 wurde A.F._ von der Steuerverwaltung des Kantons Bern, Kreis Oberland, pro 1999/2000 bei der Staats- und Gemeindesteuer auf ein Einkommen von Fr. 231'416.-- und bei der direkten Bundessteuer auf ein solches von Fr. 237'416.-- veranlagt. Dabei wurde der Betrag von Fr. 380'000.-- (bzw. Fr. 190'000.-- im Durchschnitt der zwei Jahre) in Abweichung von der Selbstschatzung der Pflichtigen als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit erfasst. Ferner wurde der Pflichtigen bei der Kantons- und Gemeindesteuer eine Busse wegen Steuergefährdung in der Höhe von Fr. 15'000.-- auferlegt. Die dagegen erhobene Einsprache wurde mit Entscheid vom 22. Januar 2001 abgewiesen. A.F._ focht den Einspracheentscheid bei der Steuerrekurskommission des Kantons Bern an. Diese gewährte der Beschwerdeführerin von Amtes wegen den AHV-Abzug auf dem Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit und setzte mit Entscheid vom 12. Juni 2007 das steuerbare Einkommen für die Staats- und Gemeindesteuer neu auf Fr. 213'300.--, dasjenige für die direkte Bundessteuer auf Fr. 219'300.-- fest; die Busse wegen Steuergefährdung im Betrag von Fr. 15'000.-- bestätigte sie, auferlegte der Beschwerdeführerin bei der direkten Bundessteuer aber zusätzlich eine Busse von Fr. 36'247.-- wegen versuchter Steuerhinterziehung.
C. Gegen diesen Entscheid erhob A.F._ entsprechend der darin enthaltenen Rechtsmittelbelehrung mit getrennten Eingaben vom 10. Juli 2007 Beschwerden beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Mit Verfügung vom 12. Juli 2007 überwies der zuständige Abteilungspräsident dieses Gerichts die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer an das Bundesgericht; das Verfahren betreffend die Staats- und Gemeindesteuern sistierte er bis zum Entscheid des Bundesgerichts über diese Beschwerde.
Mit ihrer Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer beantragt A.F._, die entsprechenden Entscheide der Vorinstanzen seien aufzuheben und sie sei pro 1999/2000 bei dieser Steuer nach ihrer Selbstschatzung zu veranlagen.
Die Steuerrekurskommission sowie die Steuerverwaltung des Kantons Bern beantragen die Abweisung der Beschwerde. Den gleichen Antrag stellt die Eidgenössische Steuerverwaltung.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Bern betrifft sowohl die Staatssteuer als auch die direkte Bundessteuer der Periode 1999/2000. In Bezug auf die direkte Bundessteuer - und nur diese - handelt es sich um ein letztinstanzliches, auf öffentliches Recht gestütztes Urteil, das mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden kann (Art. 82 lit. a und 86 Abs. 1 lit. d des Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005, BGG, SR 173.110, sowie Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer, DBG, SR 642.11). Die sich nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung aus der Steuerharmonisierung ergebende Verpflichtung der Kantone, für Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer eine zweite kantonale Gerichtsinstanz vorzusehen, wenn - wie dies im Kanton Bern der Fall ist - für die direkten kantonalen Steuern ein zweifacher kantonaler Instanzenzug besteht (vgl. <ref-ruling> ff.), kommt im vorliegenden Fall noch nicht zur Anwendung; die Frist von acht Jahren, die den Kantonen gemäss Art. 72 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG, SR 642.14) zur Anpassung ihrer Gesetzgebungen offen stand, war in der hier in Frage stehenden Steuerperiode 1999/2000 noch nicht abgelaufen. Art. 9 Abs. 3 der bernischen Verordnung über den Vollzug der direkten Bundessteuer vom 18. Oktober 2000, die im Anschluss an den erwähnten Bundesgerichtsentscheid erlassen worden ist, sieht denn auch den Weiterzug von Entscheiden der Steuerrekurskommission an das Verwaltungsgericht erst ab dem Steuerjahr 2001 vor. Die Eingabe der Beschwerdeführerin ist daher als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmen.
1.2 Mit der rechtzeitigen Einreichung der Beschwerde beim an sich unzuständigen Verwaltungsgericht wurde die Beschwerdefrist gewahrt (<ref-law>).
1.3 Auf die Beschwerde kann insofern nicht eingetreten werden, als auch die Aufhebung der Veranlagungsverfügung und des Einspracheentscheides verlangt wird. Beim Bundesgericht anfechtbar ist einzig der kantonal letztinstanzliche Entscheid der Steuerrekurskommission (vgl. oben E. 1.1).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur so weit vorgebracht werden, als erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, dass der Sachverhalt in diesem Sinne qualifiziert unrichtig ermittelt worden sei. Sie legt aber neue Beweismittel vor und stellt gestützt darauf neue Behauptungen auf, ohne darzutun, dass diese durch den angefochtenen Entscheid veranlasst worden wären. Insoweit können ihre Vorbringen nicht berücksichtigt werden.
2. Es wird von keiner Seite bestritten, dass gegenüber B._ Ende 1999 eine Honorarforderung von Fr. 380'000.-- bestand. Streitig ist nur, ob diese Forderung der D._ AG oder der Beschwerdeführerin persönlich zustand. Stand sie der Beschwerdeführerin zu, war sie bei dieser als Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit zu besteuern.
2.1 Die Vorinstanz ist zum Ergebnis gelangt, die Beschwerdeführerin habe die Arbeiten für B._ nicht als Angestellte der D._ AG, sondern als Selbständigerwerbende ausgeführt, weshalb die Honorarforderung ihr zustehe.
2.1.1 Die Steuerrekurskommission hat sich zu Recht auf den Wortlaut der in den Akten liegenden schriftlichen Verträge gestützt. Zwar werden in der Vereinbarung vom 20. Januar 1999 sowohl die D._ AG als auch die Beschwerdeführerin als Gläubigerinnen der Honorarforderung von Fr. 380'000.-- genannt, ohne dass deren gegenseitiges Verhältnis näher umschrieben wird. Die Beschwerdeführerin wurde aber ausdrücklich für berechtigt erklärt, die im Kaufsrechtsvertrag vom gleichen Tag vereinbarte Kaufpreisanzahlung, die sich ebenfalls auf diesen Betrag belief, durch Verrechnung mit der Honorarforderung zu tilgen. Auch im Kaufvertrag zwischen B._ und der E._ AG vom 25. August 2000 sollte der Kaufpreis im Betrag von Fr. 80'000.-- mit der Honorarforderung der Beschwerdeführerin verrechnet werden. Diesen Klauseln kann nur dann ein vernünftiger Sinn beigemessen werden, wenn angenommen wird, dass die Beschwerdeführerin auch tatsächlich Gläubigerin der Honorarforderung war. Es handelt sich bei diesen Abmachungen um öffentlich beurkundete Verträge. Selbst wenn sich die erhöhte Beweiskraft solcher Urkunden (<ref-law>) entgegen der Auffassung der Vorinstanz wohl kaum auf den Bestand und die Trägerschaft der Honorarforderung beziehen dürfte (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3a S. 2 ff.), kann davon ausgegangen werden, dass die Beschwerdeführerin die wirkliche Gläubigerin der Forderung war.
2.1.2 Die Vorinstanz hat weiter mehrere Indizien festgehalten, die dagegen sprechen, dass die Honorarleistung der D._ AG zustand: So umfasste deren im Handelsregister eingetragener Gesellschaftszweck nicht die Tätigkeiten der Bauleitung und der Grundstücksvermittlung, auf denen die Forderung beruhte (vgl. E. 3 des angefochtenen Entscheids). Auch verfügte die Zuger Gesellschaft im Kanton Bern, wo die genannten Arbeiten für B._ ausgeführt wurden, weder über eine Zweigniederlassung bzw. eine Betriebsstätte noch über die sonst notwendigen Infrastrukturen (E. 3). Ebenso wenig bestand zwischen B._ und der D._ AG ein in solchen Fällen von Überbauungsaufträgen üblicher schriftlicher Vertrag (E. 5). Die massgeblichen Arbeiten wurden in den Jahren 1997 und 1998 ausgeführt und abgeschlossen; ordnungsgemäss (vgl. insb. das Massgeblichkeits- und das Periodizitätsprinzip von Art. 58 u. 79 DBG) hätte der Betrag von Fr. 380'000.-- bei der D._ AG schon damals verbucht werden müssen, was aber nicht geschah; vielmehr erfolgte die Verbuchung erst im Jahr 2000; zudem wurden für dieses Jahr zwei verschiedene und in wesentlichen Positionen voneinander abweichende Jahresabschlüsse bei der Vorinstanz eingereicht (E. 5 u. 7). Die Vereinbarung vom 20. Januar 1999 wurde seitens der D._ AG von der Beschwerdeführerin unterzeichnet, wozu diese nicht berechtigt war (E. 5). Und wenn der Betrag von Fr. 380'000.-- der D._ AG zugeflossen wäre, hätte er an die Beschwerdeführerin nur aufgrund einer gültigen schriftlichen Abtretung übergehen können; eine solche ist indessen nicht vorgelegt worden (E. 4). Weiter werden zwar im Jahresabschluss 1998 der D._ AG Akontozahlungen von B._ an die Gesellschaft aufgeführt, doch ist die Ordnungsmässigkeit dieses Abschlusses aufgrund verschiedener Ungereimtheiten ebenfalls zweifelhaft (E. 7). Aus all den genannten Indizien schliesst die Vorinstanz zu Recht, dass die im Zusammenhang mit der D._ AG vorgelegten Dokumente nicht in Frage stellen können, was in den beiden Vereinbarungen vom 20. Januar 1999 und vom 25. August 2000 festgehalten ist, nämlich eine persönliche Honorarforderung aus selbständiger Erwerbstätigkeit.
2.2 Was die Beschwerdeführerin dagegen einwendet, vermag ein anderes Ergebnis nicht zu rechtfertigen:
2.2.1 Vorab legt sie dar, sie beherrsche die E._ AG und die D._ AG. Sie arbeite seit 1997 für die D._ AG (genauso wie ihr Ehemann). Im Jahr 1998 habe sie faktisch deren Kontrolle übernommen, auch wenn sie erst Ende 2000 bzw. anfangs 2001 Aktionärin und zeichnungsberechtigt geworden sei. Ihre beruflichen Einkünfte der hier massgeblichen Steuerperiode seien "systematisch" bzw. ausnahmslos der D._ AG zugeflossen, die ihr nur einen Angestelltenlohn ausbezahlt habe. Dasselbe habe für ihren Gatten gegolten (vgl. u.a. Ziff. 3 S. 3 sowie Ziff. 9.8 u. 10 S. 11 der Beschwerdeschrift).
Diese Ausführungen bestätigen die Feststellung der Steuerrekurskommission, dass das gewählte Vereinnahmungssystem sich auf juristische Konstrukte stützte, die von den tatsächlichen wirtschaftlichen Verhältnissen abwichen. Auch umfasste es Vorgehensweisen, die (u.a. im gesellschafts- und buchhaltungsrechtlichen Bereich) den gesetzlichen Vorschriften zuwiderliefen. Dem kommt umso mehr Bedeutung zu, als das Ehepaar bei allen hier massgeblichen Operationen rechtskundig vertreten bzw. beraten war (vgl. u.a. Ziff. 3 S. 4 u. 9.1/9.2 S. 8 der Beschwerdeschrift). Die Beschwerdeführerin räumt diese Abweichungen und Verstösse zum Teil ein, erachtet sie aber allesamt als unerheblich. So legt sie in Bezug auf den Eintrag im Handelsregister dar, seit dem Jahr 1997 sei die D._ AG tatsächlich ausschliesslich im Immobiliensektor tätig, ohne dass aber der zuvor gültige Gesellschaftszweck (Warengeschäfte) abgeändert worden wäre; diese vorschriftswidrige Situation bestehe sogar heute - beinahe zehn Jahre danach - noch; das beweise aber lediglich, dass sich aus dem Handelsregistereintrag "kaum etwas ableiten" lasse (Ziff. 4 S. 5-6 der Beschwerdeschrift). Richtig ist vielmehr das Gegenteil: Die Vorinstanz hat die genannten Konstrukte und Handlungen zu Recht als unbeachtlich eingestuft und ihnen die tatsächlichen wirtschaftlichen Verhältnisse sowie die gültigen Vorschriften entgegen gehalten.
2.2.2 In Bezug auf die hier massgebliche Honorarforderung bringt die Beschwerdeführerin vor, es sei überhaupt nicht nachvollziehbar, warum für ein einziges Einkommen, zudem noch für einen Grossbetrag, vom sonst ausnahmslos befolgten Vereinnahmungssystem über die D._ AG abgewichen worden wäre. In der Vereinbarung vom 20. Januar 1999 und im Kaufvertrag vom 25. August 2000 seien lediglich aus Versehen "missverständliche und zum Teil falsche Formulierungen" gewählt worden, auf die - trotz der erhöhten Beweiskraft der öffentlichen Verurkundung - ebenfalls nicht abgestellt werden könne (Ziff. 10 S. 11-12 der Beschwerdeschrift).
Was den hier interessierenden Rechtsgeschäften wirklich zugrunde lag, hat die Vorinstanz zutreffend festgehalten: Die Beschwerdeführerin (bzw. ihr Ehemann) führte die Arbeiten für B._ in Tat und Wahrheit persönlich und als selbständige Erwerbstätigkeit aus; die D._ AG trat nur zum Schein als Arbeitgeberin auf (vgl. E. 5 des angefochtenen Entscheids). In die gleiche Richtung gehen zwei Eingeständnisse in der Beschwerdeschrift. Einerseits wird hervorgehoben (Ziff. 6 S. 6), dass B._ während der Realisierung der Überbauung schwer krank war. Die Arbeiten wurden deshalb "zu einem grossen Teil" von den Eheleuten F._ durchgeführt. B._ versprach den beiden, sich dafür zu gegebener Zeit erkenntlich zu zeigen und dass sie "nicht zu kurz kommen" würden. Andererseits erfolgte diese über eine übliche Auftragsbezahlung hinausgehende, auch in einem langjährigen Vertrauensverhältnis begründete persönliche Honorarleistung in der Form, dass die Eheleute F._ eine bestimmte Eigentumswohnung der Überbauung zu einem um Fr. 380'000.-- ermässigten Preis (soweit ersichtlich für sich privat) kaufen konnten. Weiter gestattete B._ ihnen, die Wohnung zu mieten, bis geklärt war, wie sie den Restkaufpreis von Fr. 600'000.-- finanzieren konnten (vgl. Ziff. 3 S. 4 der Beschwerdeschrift). Daran ändert nichts, dass die Wohnung schliesslich - "systemgemäss" - durch die E._ AG gekauft wurde.
Die wirklichen Umstände unterscheiden sich somit entscheidend von dem an anderen Stellen der Beschwerdeschrift behaupteten (rein) geschäftlichen Auftrag eines Architekten an eine ihm nicht nahe stehende Aktiengesellschaft. Geradezu abwegig erscheinen vor diesem Hintergrund Einwendungen wie die folgenden: Die Beschwerdeführerin sei zu 100% bei der D._ AG angestellt gewesen und wäre "weder in der Lage noch berechtigt" gewesen, die hier massgeblichen Arbeitsleistungen daneben, "sozusagen in ihrer Freizeit" zu erbringen (Ziff. 9.7 S. 11 der Beschwerdeschrift). Ebenso wenig nachvollziehbar ist das Argument, B._ hätte der Beschwerdeführerin gar keinen Auftrag zur Bauleitung erteilen können, da dafür bekanntlich deren Ehemann zuständig gewesen sei (Ziff. 9.3 S. 9-10). Solche Vorbringen widersprechen dem Eingeständnis einer persönlichen Honorarleistung gegenüber beiden Eheleuten, sowie der selbst dargelegten Tatsache, dass die Beschwerdeführerin die D._ AG seit 1998 faktisch beherrschte und somit weit mehr als nur eine gewöhnliche Angestellte war.
Es mag wohl zutreffen, dass das Ehepaar und ihr Rechtsanwalt versuchten, das aussergewöhnliche Einkommen von Fr. 380'000.-- rechtlich so zu realisieren, dass es nicht der Beschwerdeführerin (und/oder ihrem Gatten) direkt zufloss, sondern steuergünstig und "systemgemäss" an die D._ AG ausbezahlt wurde (s. u.a. Ziff. 9.2 S. 8-9 der Beschwerdeschrift). Das scheiterte jedoch erwiesener- und eingestandenermassen (vgl. Ziff. 3 S. 4 der Beschwerdeschrift) am Widerstand von B._. Für diese Haltung des Architekten nennt die Steuerrekurskommission (vgl. E. 5 des angefochtenen Entscheids) Gründe, die zu überzeugen vermögen und auch mit den verschiedenen Eingeständnissen in der Beschwerdeschrift übereinstimmen: B._ befürchtete wohl angesichts der zumindest wenig gesicherten Verhältnisse innerhalb der D._ AG (namentlich aufgrund der Nichtübereinstimmung von rechtlicher und faktischer Beherrschung), im Falle einer Leistung an die Gesellschaft seine Schuld zweimal begleichen zu müssen. Wenn er in einem Schreiben vom 8. Februar 2001 andere Gründe für seine Haltung angibt, vermag das nicht zu überzeugen. Es verstösst nicht gegen Bundesrecht, dass die Vorinstanz dieses Schreiben als blosses Gefälligkeitsschreiben eingestuft hat. Nicht notwendig ist in diesem Zusammenhang, dass es gegen finanzielle Vorteile zustande gekommen ist. Genauso wenig kann den sonstigen Einwendungen der Beschwerdeführerin gefolgt werden. Die meisten davon beschränken sich darauf, den tatsächlichen Feststellungen der Steuerrekurskommission abweichende Behauptungen entgegenzuhalten, was die Sachverhaltsermittlung der Vorinstanz nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen lässt. Soweit unzulässige Noven eingebracht worden sind, bleiben sie ohnehin unbeachtlich. Das gilt namentlich für das erst vor Bundesgericht eingereichte Dokument "Errichten eines Kaufrechts" (vgl. oben E. 1.4).
3. Die Rekurskommission ist somit zu Recht davon ausgegangen, dass die Honorarforderung der Beschwerdeführerin persönlich zustand und nicht der D._ AG. Unbestrittenermassen hat die Pflichtige diese Forderung nicht deklariert. Es fragt sich nur noch, ob darin der Versuch einer Steuerhinterziehung liegt, wie die Vorinstanz erwogen hat.
3.1 Nach <ref-law> wird mit Busse bestraft, wer eine Steuer zu hinterziehen versucht. Die versuchte Steuerhinterziehung ist nur bei vorsätzlicher Tatbegehung strafbar, was sich nicht direkt aus dem Gesetz, jedoch aus dem Begriff des Versuchs ergibt. Die versuchte unterscheidet sich von der vollendeten Steuerhinterziehung dadurch, dass es bei der versuchten Tatbegehung noch nicht zu einer rechtskräftigen Veranlagung gekommen ist oder diese zu Unrecht unterblieben ist (vgl. <ref-law>). Ein blosser Versuch liegt demnach vor, solange die betreffende Veranlagung noch im ordentlichen Verfahren durchgeführt oder abgeändert werden kann bzw. solange die Veranlagung noch nicht in Rechtskraft erwachsen ist. Eventualvorsatz ist dem Vorsatz gleich gestellt. Nach der Rechtsprechung gilt der Nachweis des Vorsatzes als erbracht, wenn mit hinreichender Sicherheit fest steht, dass der Steuerpflichtige sich der Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit der gemachten Angaben bewusst war, so dass angenommen werden muss, er habe eine Täuschung der Steuerbehörde beabsichtigt und eine zu niedrige Veranlagung bezweckt (direkter Vorsatz) oder zumindest in Kauf genommen (Eventualvorsatz). Eventualvorsatz ist zu bejahen, wenn sich dem Täter der Erfolg seines Verhaltens als so wahrscheinlich aufgedrängt hat, dass sein Verhalten vernünftigerweise nur als Inkaufnahme, als Billigung des Erfolgs ausgelegt werden kann. Das trifft namentlich dann zu, wenn sich die steuerpflichtige Person überhaupt nicht darum kümmert, ob die von ihr gemachten Angaben richtig sind (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 8.2 S. 61; <ref-ruling> E. 3a S. 29; StE 2007 B 101.21 Nr. 17 E. 3; ASA 73 S. 215 E. 3.3 und 72 S. 213 E. 2a; StR 59/2004 S. 58 E. 2.3; mit weiteren Hinweisen).
3.2 Vor diesem Hintergrund hat die Steuerrekurskommission hier eine versuchte Steuerhinterziehung zu Recht angenommen und sich dabei auf die verschiedenen schon genannten Indizien stützen können (vgl. oben E. 2.1 u. 2.2). Zwar behauptet die Beschwerdeführerin, es könne ihr je nachdem höchstens der Vorwurf gemacht werden, bei der Unterzeichnung der Vereinbarung vom 20. Januar 1999 und des Kaufvertrags vom 25. August 2000 nicht darauf geachtet zu haben, dass bezüglich der Verrechnungssituation missverständliche und zum Teil falsche Formulierungen gewählt worden seien (vgl. oben E. 2.2.2); da die Beschwerdeführerin aber nicht Juristin sei, habe sie deren Auswirkungen nicht erfassen können. Aus den zutreffenden Feststellungen der Vorinstanz und mehreren Eingeständnissen in der Beschwerdeschrift ergibt sich indessen ein ganz anderes Bild:
3.2.1 Das von der Beschwerdeführerin gewählte Vereinnahmungssystem wich - wie hervorgehoben (vgl. oben E. 2.1. u. 2.2) - in mehreren Punkten von den tatsächlichen wirtschaftlichen Verhältnissen ab und lief gesetzlichen Vorschriften zuwider, obwohl das Ehepaar bei allen hier massgeblichen Operationen rechtskundig vertreten bzw. beraten war. Ausserdem stellte das, was die Beschwerdeführerin als die "juristischen Feinheiten der Dreiecksbeziehung" zwischen ihr und den beiden von ihr beherrschten Gesellschaften bezeichnet (Ziff. 3 S. 4 der Beschwerdeschrift), in Wirklichkeit ein ziemlich undifferenziertes Konstrukt zur Steuerminimierung dar, wie die Vorinstanz zu Recht festgehalten hat, namentlich insoweit, als beide Eheleute ihre Einkünfte aus (selbständiger) Erwerbstätigkeit im Kanton Bern (u.a. auch für eine andere Überbauung in Y._, vgl. Ziff. 8 S. 7 u. 9.8 S. 11 der Beschwerdeschrift) der von der Gattin beherrschten Zuger Gesellschaft zufliessen liessen und von ihr nur einen (bescheidenen) Angestelltenlohn bezogen. Dieses System scheint - über die hier massgebliche Honorarforderung und die Steuerperiode 1999/2000 hinaus - eine genauere steuerliche Überprüfung zu rechtfertigen, zumal es anscheinend bis heute weitergeführt wird (vgl. Ziff. 10 S. 11 der Beschwerdeschrift).
3.2.2 In Bezug auf die vorliegend zu beurteilende Forderung von Fr. 380'000.-- versuchte das Ehepaar ebenfalls, diese persönliche Honorarleistung als ein Geschäftseinkommen der Gesellschaft aussehen zu lassen. Dabei ging es der Beschwerdeführerin keineswegs bloss um eine "rein buchhalterische Frage", die "vom wirtschaftlichen Ergebnis her zweitrangig" gewesen wäre (Ziff. 3 S. 3 der Beschwerdeschrift), sondern um gegebenenfalls beträchtliche Steuerersparnisse, die mit dem gesamten Vereinnahmungssystem bezweckt waren. Der Versuch scheiterte aber am Widerstand des Leistungserbringers (vgl. oben E. 2.2.2), so dass in den zwischen ihnen abgeschlossenen Vereinbarungen die Beschwerdeführerin als Empfängerin des Honorars aufgeführt wurde. Das war weder falsch noch versehentlich, sondern stimmte sowohl mit den wirtschaftlichen Tatsachen als auch mit den gesetzlichen Anforderungen überein. Anstatt diese Vertragsgestaltung als unerheblich zu erachten (vgl. oben E. 2.2.2), hätte es der rechtskundig vertretenen Beschwerdeführerin klar sein müssen, dass sie die Honorarforderung unter diesen Umständen auf jeden Fall als persönliches und ihr direkt zugeflossenes Einkommen zu deklarieren hatte. Dass sie das nicht getan hat, ist weder zu rechtfertigen noch als blosse Nachlässigkeit einzustufen, sondern als zumindest eventualvorsätzlicher Versuch der Steuerhinterziehung. Das steht im Einklang mit sämtlichen schon genannten Indizien sowie einer mehrfach festgestellten Tendenz des Ehepaars, gewissen rechtlichen Vorschriften und Gestaltungen nur bedingte Verbindlichkeit beizumessen. Auch in diesem Punkt erweist sich der angefochtene Entscheid somit als bundesrechtskonform, nicht zuletzt in Bezug auf die Bemessung der ausgesprochenen Busse (vgl. E. 12 des angefochtenen Entscheids).
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde unbegründet und abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Steuerrekurskommission des Kantons Bern, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. März 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Matter