Faits:
A. Au mois de juillet 2005, l'avocat X._ a été consulté par Y._ dans le cadre d'une procédure pénale, laquelle a abouti à un jugement rendu par le Tribunal pénal fédéral le 18 septembre 2008.
Le 21 août 2008, X._ a établi une note d'honoraires, couvrant la période du 1er juillet au 20 août 2008, faisant apparaître un montant d'honoraires hors frais et taxes de 192'000 fr., étant précisé qu'il avait consenti à son client une réduction provisoire de 20'000 fr. sur le montant desdits honoraires, avec l'indication qu'en cas de succès d'un recours dirigé contre une décision défavorable, cette réduction serait annulée. Ainsi, ladite note de frais et honoraires totalisait une somme de 184'008 fr. 15 en faveur de l'avocat. Y._ s'est acquitté partiellement de ce montant et doit encore, selon X._, 24'000 fr. (somme arrondie) sur cette note à la suite de quatre versements de 40'000 fr. effectués de juillet à novembre 2008.
Le 1er décembre 2008, X._ a fait parvenir à Y._ une dernière note de frais et honoraires, pour la période du 21 août au 30 novembre 2008, d'un montant de 33'367 fr. 35. Cette facture couvrait les honoraires de X._ ainsi que les notes d'honoraires de l'avocat A._, avocat étranger qui avait rendu un avis de droit dans le dossier de Y._. Le montant dû à A._ était de 15'943 fr. 35, dont le paiement (avancé) a été effectué par X._ personnellement.
Fin novembre 2008, Y._ a changé de conseil; il a depuis lors refusé de régler les notes d'honoraires en souffrance.
B. Le 24 février 2009, X._ a saisi la Commission de taxation des honoraires d'avocat du canton de Genève (ci-après: la Commission), sollicitant qu'elle taxe ses notes de frais et d'honoraires des 21 août et 1er décembre 2008, soit fixe le solde dû par Y._ à 57'367 fr. 35; en cours d'instance, il a réduit ses prétentions à 38'914 fr. 10, compte tenu d'un paiement de 18'453 fr. 25 effectué en février 2009, à valoir sur la seconde note d'honoraires et frais. Le 24 mars 2009, Y._ a requis la Commission de fixer le solde des frais et honoraires dus à 0 francs.
Par décision du 4 mai 2009, la Commission a arrêté le solde dû par Y._ à X._ à 14'914 fr. 10. Pour l'essentiel, elle a constaté que seule demeurait litigieuse la question des réductions d'honoraires de 24'000 fr. (somme arrondie) et 14'914 fr. 10 (contre-valeur de 12'493 USD 88) consenties initialement par celui-ci à celui-là; concernant la réduction de 24'000 fr., elle a considéré que par lettre du 22 septembre 2008, X._, en relation avec sa facture du 21 août 2008, avait rappelé sa première réduction consentie de 20'000 fr. et ajouté accepter de réduire de 24'008 fr. 15 sa note de frais et honoraires, arrêtant le solde de cette dernière à 120'000 fr. payable à raison de trois fois 40'000 fr. les 25 septembre, 25 octobre et 25 novembre 2008 au plus tard; X._ confirmait également l'accord intervenu entre son client et lui-même relatif à une somme d'honoraires forfaitaire de 60'000 fr. dévolue à la procédure de recours au Tribunal fédéral, montant qui devait être payé intégralement dès réception du jugement du Tribunal pénal fédéral; cela, a priori, pouvait raisonnablement permettre de conclure qu'à la date du 22 septembre 2008, Y._ avait d'ores et déjà convenu avec X._ qu'un recours serait déposé auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal pénal fédéral; en revanche, ce courrier ne conditionnait nullement la réduction complémentaire de 24'008 fr. 15 à l'octroi du mandat de recourir au Tribunal fédéral, voire a fortiori au succès d'une telle procédure de recours; force était de constater, en particulier au vu du libellé parfaitement clair de ce courrier, que X._ n'apportait pas la preuve de ses allégués, bien au contraire, tant il apparaissait évident que la seconde réduction qu'il consentait à son client était franche de toute condition; la somme de 24'008 fr. 15, arrondie à 24'000 fr., n'était donc pas due et la note du 21 août 2008 devait être considérée comme intégralement soldée. Le cas de la facture de 12'493 USD 88 de l'avocat A._ était différent; un courriel du 23 septembre 2008, indépendamment des deux premières réductions d'honoraires consenties par X._, confirmait au client qu'il bénéficierait d'une troisième réduction (additionnelle) de 12'493 USD 88, réduction révoquée en cas de succès du recours à déposer au Tribunal fédéral; ainsi, au terme d'une lecture claire de ce message informatique du 23 septembre 2008, la Commission a acquis la conviction que seule la troisième réduction, portant sur une note de frais et honoraires de l'avocat A._, était conditionnée à un succès par-devant le Tribunal fédéral, succès qu'à l'évidence X._ ne pouvait pas en toute hypothèse emporter si le mandat consistant à recourir devant cette autorité était précisément révoqué; la Commission a ajouté que rien dans le courriel du 23 septembre 2008 ne venait infirmer l'engagement clair pris par X._ la veille de réduire en tout état, et sans condition, les honoraires facturés à son client de 44'008 fr. 15; dès lors, seul restait dû un solde d'honoraires sur sa note du 1er décembre 2008 correspondant à la facture de l'avocat A._ de 12'493 USD 88, contre-valeur de 14'914 fr. 10 selon X._ lui-même.
C. X._ (le recourant) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut à ce que celui-ci annule la décision du 4 mai 2009 en tant qu'elle réduit ses prétentions de 24'008 fr. 15, arrête le solde dû par son adverse partie sur ses notes d'honoraires et de frais des 21 août et 1er décembre 2008 à 38'914 fr. 10 et confirme ladite décision pour le surplus, avec suite de dépens. Y._ (l'intimé) propose le déboutement du recourant de toutes ses conclusions et la confirmation de la décision du 4 mai 2009, sous suite de dépens.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral, interjeté par le recourant qui a partiellement succombé dans ses conclusions condamnatoires (<ref-law>), est dirigé contre une décision finale (<ref-law>; art. 38 al. 2 de la loi genevoise sur la profession d'avocat du 26 avril 2002 [LPAv/GE; RSG E 6 10]) rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>; art. 38 al. 2 LPAv/GE). La valeur litigieuse, déterminée par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (<ref-law>), est en l'occurrence de 38'914 fr. 10, et dépasse donc quoi qu'en dise l'intimé le seuil de 30'000 fr. ouvrant la voie du recours en matière civile (<ref-law>). Par ailleurs déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, le recours est en principe recevable.
Il faut observer ici que la Commission, selon l'organisation judiciaire cantonale, statue en instance unique et avec autorité de chose jugée sur le montant des honoraires que l'avocat peut demander en fonction des prestations fournies; toute autre question sur la relation juridique entre l'avocat et son client, en particulier la question d'une éventuelle mauvaise exécution du mandat, relève du juge civil ordinaire (cf. art. 39 LPAv/GE). Que cette commission statue en instance cantonale unique n'est pas conforme aux exigences de l'<ref-law>, mais cette disposition fédérale n'est actuellement pas en vigueur (<ref-law>).
1.2 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). La partie recourante qui entend contester les constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'exception prévue par l'<ref-law> sont réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 466 s.). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. 2.1 Invoquant l'art. 29 Cst., le recourant - qui ne s'attache, devant le Tribunal fédéral, plus qu'à la problématique de la réduction de 24'000 fr. - reproche à la Commission d'avoir violé son droit d'être entendu; d'une part, les précédents juges n'auraient pas pris en considération l'approbation par l'intimé, dans son courriel du 23 septembre 2008, des termes de la convention contenus dans sa lettre du 22 septembre 2008 afférents à son mode de rémunération pour le travail accompli; de plus, l'approbation de l'intimé n'aurait même pas été évoquée dans les considérants; d'autre part, la décision entreprise ne contiendrait pas les motifs qui avaient poussé la Commission à écarter le courriel en question.
2.2 Vu la nature formelle du droit d'être entendu, dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 3d/aa p. 437), il convient d'examiner en priorité le moyen relatif à ce droit (<ref-ruling> consid. 1).
Le droit d'être entendu est garanti en premier lieu par le droit cantonal; comme le recourant n'invoque pas la violation de telles normes, c'est à la lumière des garanties offertes directement par l'art. 29 al. 2 Cst. qu'il y a lieu d'examiner le grief (<ref-ruling> consid. 2a).
Le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuve pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.).
Par ailleurs, le droit d'être entendu implique l'obligation pour le juge de motiver ses décisions. Il suffit cependant qu'il mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, lui paraissent pertinents (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88). Savoir si la motivation présentée est convaincante est une question distincte de celle du droit à une décision motivée. Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision des juges, le droit à une décision motivée est respecté, même si la motivation présentée est erronée.
2.3 En l'occurrence, la Commission n'a pas méconnu l'existence du courriel de l'intimé du 23 septembre 2008, dont elle n'a certes pas à proprement parler reproduit la teneur, mais auquel elle a néanmoins fait allusion dans la partie "en fait" de sa décision, à l'occasion de l'énoncé des positions respectives des parties. Pour le surplus, la lecture de ladite décision permet de comprendre le raisonnement tenu par les précédents juges, que le recourant a précisément été en mesure de critiquer. Dans ces circonstances, il ne saurait être question de violation du droit d'être entendu, et le grief du recourant apparaît d'ailleurs plutôt comme ayant trait à un prétendu arbitraire dans l'appréciation des preuves, plus précisément à l'interprétation que la Commission a faite de la pièce invoquée, et des conclusions qu'elle en a tirées, question qui sera examinée ci-après.
3. 3.1 Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'application de l'<ref-law>. En bref, il soutient que sa lettre du 22 septembre 2008 ne se prêtait pas à l'interprétation dès lors que cette deuxième réduction consentie était impérativement subordonnée à la possibilité de s'occuper de la procédure de recours par-devant le Tribunal fédéral et qu'à réception des considérants du jugement du Tribunal pénal fédéral, l'intimé s'engageait à verser une somme forfaitaire de 60'000 fr. dévolue à la procédure de recours au Tribunal fédéral. Toute interprétation extensive de sa lettre du 22 septembre 2008 et des engagements pris de part et d'autre ne serait que le résultat d'une lecture lacunaire de ladite lettre et de l'approbation de l'intimé à réception de celle-ci le lendemain 23 septembre 2008. En éludant totalement la volonté des parties à la convention du 22 septembre 2008 et en appliquant un raisonnement différent pour ce qui concernait les frais d'intervention de l'avocat A._ et ses honoraires, la Commission aurait violé l'<ref-law>.
3.2 Le grief d'application arbitraire du droit fédéral, recevable dans un recours constitutionnel subsidiaire où seuls les griefs d'ordre constitutionnel sont recevables (<ref-law>), ne l'est par contre pas dans un recours en matière civile. Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral examine librement l'application du droit fédéral; cette cognition ne peut pas être restreinte en limitant le contrôle de l'application des lois fédérales à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 383). Cela étant, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Dès le moment où l'application d'une disposition d'une loi fédérale est critiquée, il n'est pas limité par les arguments soulevés et peut admettre le recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués (<ref-ruling> consid. 2.2).
Cela étant, le grief soulevé par le recourant apparaît en l'occurrence comme une critique portant sur une appréciation soi-disant arbitraire de sa lettre du 22 septembre 2008 et du courriel de l'intimé du lendemain.
3.3 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat, ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 265 s.).
Dans la mesure où l'arbitraire est invoqué en relation avec l'établissement des faits, il convient de rappeler que le juge dispose d'un large pouvoir lorsqu'il apprécie les preuves (<ref-ruling> consid. 4b). La partie recourante doit ainsi expliquer dans quelle mesure le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation et, plus particulièrement, montrer qu'il a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, qu'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore que, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1)
3.4 La lettre du recourant du 22 septembre 2008 est libellée comme il suit :
"(...)
Je me permets de revenir sur notre discussion d'aujourd'hui au sujet de la facture de notre Etude du 21 août 2008.
(...)
Le montant qui reste dû selon la facture du 21 août 2008 pour ladite période - réd.: du 1er juillet au 20 août 2008 - (après une première réduction déjà consentie de 10% correspondant à CHF 20'000 !) s'élève à CHF 144'008.15 que j'accepte de réduire à CHF 120'000 fr. Je te prie de bien vouloir verser ladite somme le plus rapidement possible sur mon compte N° (...).
Si cela te pose un problème, tu peux effectuer ce paiement en 3 fois CHF 40'000 aux dates des 25 septembre, 25 octobre et 25 novembre 2008, au plus tard.
Quant à la procédure de recours en matière pénale au Tribunal fédéral, nous avons décidé ce jour forfaitairement de fixer le montant des honoraires à CHF 60'000. Ce montant devra être payé intégralement dès réception du jugement du Tribunal pénal fédéral.
(...)".
Par ailleurs, le courriel de l'intimé du 23 septembre 2008 invoqué par le recourant - dont on relève expressément qu'il ne doit pas être confondu avec un autre courriel du même jour portant en substance sur la question de la rémunération de l'avocat A._ -, dispose ce qui suit:
"(...)
Thank you for your confirmation of our agreement last night.
I confirm that we will make a payement of CHF 40'000 this week, the other two payments within the next two months.
I will also let you know when I will be going through that papers at your office as soon as I have firmed up a few pending travel plans.
(...)."
Cela étant, l'on ne voit pas en quoi la Commission aurait commis arbitraire en considérant qu'il ne ressortait pas de cet échange d'écrits que les parties avaient convenu de soumettre la réduction de 24'000 fr. à quelque condition que ce soit, spécifiquement à celle que l'intimé donne au recourant mandat de recourir au Tribunal fédéral. Dans la lettre de ce dernier du 22 septembre 2008, la question de ladite réduction et celle de la fixation d'un montant forfaitaire d'honoraires pour l'éventuelle procédure de recours au Tribunal fédéral sont évoquées dans des paragraphes distincts, de surcroît séparés par un autre alinéa; l'examen littéral de ce courrier ne permet ainsi pas d'en inférer l'existence d'un accord liant la réduction en cause au dépôt d'un recours au Tribunal fédéral. Pour le surplus, la réalité d'un accord oral, susceptible le cas échéant de remettre en cause la lettre claire de l'écrit du 22 septembre 2008, n'a pas été établie en fait. Cela étant, lorsque l'intimé a remercié le recourant, dans son courriel du 23 septembre 2008, pour la confirmation de leur accord de la nuit précédente, il ne pouvait faire allusion qu'à la fixation d'un montant d'honoraires forfaitaires de 60'000 fr. pour l'éventuelle procédure de recours au Tribunal fédéral. Dès lors qu'il apparaît ainsi que la réduction de 24'000 fr. n'était soumise à aucune condition, les précédents juges n'ont quoi que plaide le recourant pas commis arbitraire en traitant différemment ce cas et celui de la réduction concédée en rapport avec la note d'honoraires de l'avocat A._ - qui n'est en l'espèce plus litigieuse -, dont ils ont au contraire précisément considéré, à l'issue de l'appréciation des preuves y relatives, soit en particulier d'un autre échange de courriels du 23 septembre 2008, qu'elle était conditionnée au succès d'un recours au Tribunal fédéral. En définitive, le recourant se limite ainsi à tenter de faire prévaloir sa propre vision de la situation sur celle retenue par la Commission, sans démontrer en quoi consisterait l'arbitraire, de sorte que son grief doit être écarté.
4. Les considérants qui précèdent commandent le rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
5. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimé sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi que 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Commission de taxation des honoraires d'avocat du canton de Genève.
Lausanne, le 24 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz