Faits :
A.
Domicilié à B._, A._ est actif notamment dans le domaine de l'immobilier.
Pour la période de taxation 2001/2002 (années de calcul 1999 et 2000), il n'a pas déposé de déclaration d'impôt, malgré une amende; le 20 mars 2002, il a fait l'objet d'une taxation d'office retenant un revenu net imposable de 76'277 fr. pour les impôts cantonaux et communaux (ci-après ICC) et de 72'877 fr. pour l'impôt fédéral direct (ci-après IFD). Cette taxation n'a pas fait l'objet de réclamation et est entrée en force.
B.
Le 8 mai 2003, la Commission d'impôt de district de B._ (ci-après la Commission d'impôt) a ouvert une procédure de rappel d'impôt à l'encontre de A._.
Par décisions des 2 et 17 décembre 2003, la Commission d'impôt a procédé à un rappel d'impôt de 70'000 fr. pour l'année de calcul 1999 et de 200'000 fr. pour l'année de calcul 2000 à titre de commissions reçues par A._ de la société C._ SA. Les cotisations AVS pour indépendants relatives à ces montants ont été admises en déduction. Le 11 décembre 2007, la Commission d'impôt a rejeté la réclamation formée par le contribuable à l'encontre des rappels d'impôts.
Le 14 janvier 2008, A._ a recouru contre cette décision sur réclamation auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après la Commission de recours).
Après avoir entendu, le 19 décembre 2012, à la demande de A._, D._, un taxateur, la Commission de recours a rendu le 20 février 2013 une décision, notifiée le 20 septembre 2013; elle a admis partiellement le recours en lien avec le montant de 70'000 fr., au motif que celui-ci avait été versé au contribuable en 1998 et non en 1999. Elle a en revanche rejeté le recours s'agissant de l'imposition du montant de 200'000 fr., sous déduction des cotisations sociales à titre de salarié. Le revenu net imposable de A._ pour la période 2001/2002 a ainsi été fixé à 169'727 fr. en matière d'ICC et à 166'327 fr. en matière d'IFD.
C.
Agissant en personne, A._ déclare former un " recours " au Tribunal fédéral contre la décision du 20 février 2013. Il conclut à l'annulation de cette décision, à ce qu'il soit dit que les prestations versées par C._ SA relèvent du chiffre d'affaires de la société E._ SA et appartiennent à ladite société, et à ce que le dossier soit renvoyé au Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après le Service cantonal) pour nouvelle décision dans le sens des considérants, sous suite de frais et dépens à la charge de ce dernier.
La Commission de recours a renoncé à déposer des observations, concluant au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité et renvoyant à sa décision. L'Administration fédérale des contributions se rallie aux considérants de la décision du 20 février 2013 et conclut aussi au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Le Service cantonal ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit :
I. Recevabilité
1.
La décision attaquée porte sur le revenu imposable tant en matière d'ICC que d'IFD. Le fait que la Commission de recours ait rendu un seul arrêt pour les deux catégories d'impôts (ICC et IFD) est admissible, dès lors que la question juridique à trancher, en lien avec la détermination du revenu imposable, est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal (cf. infra consid. 10). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher au recourant d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans un seul recours devant le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C_1014/2013), l'autre l'ICC (2C_1015/2013). Comme l'état de fait et les griefs soulevés sont identiques, les causes seront jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF [RS 273]).
2.
2.1. Le recourant n'a pas qualifié son recours, ce qui ne saurait lui nuire si son écriture remplit les conditions de la voie de droit en principe ouverte (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 491).
2.2. La décision attaquée concerne le revenu imposable de la période fiscale 2001/2002. Comme ce domaine relève du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'<ref-law>. L'<ref-law> confirme du reste l'existence de cette voie de droit pour l'IFD. S'agissant de l'ICC, l'imposition du revenu étant une matière harmonisée aux art. 7 ss de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14), la voie du recours en matière de droit public est aussi réservée par l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> ss).
2.3. Déposé en temps utile (cf. <ref-law>), le recours est dirigé contre une décision finale (cf. <ref-law>) rendue par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF; RS/VS 642.1]). Par ailleurs, il a été interjeté par le contribuable destinataire de la décision attaquée et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. <ref-law>). Il convient donc d'entrer en matière.
3.
3.1. Le recours en matière de droit public peut être interjeté pour violation du droit, au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Toutefois, il n'examine que les griefs soulevés, sauf en présence de violations de droit évidentes (<ref-ruling> consid. 1.6 p. 280). En outre, le Tribunal fédéral ne se prononce sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief motivé de façon détaillée conformément aux exigences accrues de l'<ref-law>. Le recourant doit énoncer le droit ou principe constitutionnel violé et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste la violation (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 176).
3.2. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. <ref-law>). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée, conformément aux exigences de motivation (cf. <ref-ruling> consid. 2.5 p. 314; <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.). Aux termes de l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente.
3.3. Le recourant, qui comparaît en personne, méconnaît à l'évidence ces principes procéduraux. D'une part, il évoque, à plusieurs reprises, le non-respect des procédures administratives par les autorités de taxation. Dans la mesure où il n'explique pas quel principe de rang constitutionnel aurait été violé ou, s'agissant de la procédure administrative cantonale, quelle disposition de droit cantonal aurait été appliquée arbitrairement, ses critiques sont irrecevables. D'autre part, s'agissant des faits, le recourant présente sa propre version des événements et complète librement les faits figurant dans l'arrêt attaqué. Comme il n'indique pas ni a fortiori ne démontre que les constatations cantonales seraient manifestement inexactes ou violeraient d'une quelconque manière le droit, il ne pourra être tenu compte des faits allégués qui s'écartent des faits ressortant de la décision entreprise.
II. Griefs formels
4.
Le recourant invoque plusieurs griefs de nature formelle qu'il convient d'examiner en premier lieu, car ils peuvent entraîner l'annulation de l'arrêt attaqué indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 197).
5.
Le contribuable se plaint d'une violation de son droit d'être entendu, soutenant ne pas avoir été auditionné par la Commission d'impôt.
On peut se demander si une telle motivation remplit les exigences de l'<ref-law>. La question peut demeurer indécise, dès lors que la critique est manifestement dépourvue de tout fondement. En effet, l'art. 29 al. 2 Cst. ne garantit pas de façon générale, dans les procédures fiscales qui, comme la présente procédure, n'ont pas un caractère pénal, le droit d'être entendu oralement (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 148; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 428 s.; arrêt 2C_180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 6.5.1, in RF 69/2014 p. 237). Or, le recourant n'indique pas qu'il aurait expressément demandé une audition qui lui aurait été refusée, ni que le droit cantonal lui accorderait une protection supérieure à l'art. 29 al. 2 Cst. Au demeurant, le recourant admet avoir pu s'entretenir, en mars 2004, avec F._ qui, d'après ce que l'on comprend de la motivation, était alors le Président de la Commission d'impôt.
6.
Le recourant critique aussi le fait que la Commission de recours a procédé à l'audition du dénommé F._, alors qu'il était entretemps devenu membre de cette même commission. Le grief n'est pas recevable, dès lors qu'aucune disposition ou principe juridique n'est mentionné à son appui (cf. supra consid. 3.1). De plus, il confine à la témérité, car le contribuable semble perdre de vue que c'est lui-même qui avait sollicité cette audition.
7.
Toujours sur le plan formel, le recourant critique la lenteur de la procédure qu'il qualifie d'inexplicable et inadmissible, celle-ci entraînant pour lui l'obligation de payer des intérêts de retard considérables.
7.1. En vertu de l'art. 29 al. 1 Cst., toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable. Cette disposition consacre le principe de la célérité, ou, en d'autres termes, prohibe le retard injustifié à statuer. Viole la garantie ainsi accordée, l'autorité qui ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable. Le caractère raisonnable du délai s'apprécie selon les circonstances particulières de la cause, eu égard en particulier à la complexité de l'affaire, au comportement du requérant et à celui des autorités compétentes, ainsi qu'à l'enjeu du litige pour l'intéressé (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 277; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 331).
Il appartient au justiciable d'entreprendre ce qui est en son pouvoir pour que l'autorité fasse diligence, que ce soit en l'invitant à accélérer la procédure ou en recourant, le cas échéant, pour retard injustifié (ATF <ref-ruling> consid. 5.2 p. 332). Cette règle découle du principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.), qui doit présider aux relations entre organes de l'Etat et particuliers. Il serait en effet contraire à ce principe qu'un justiciable puisse valablement soulever ce grief devant l'autorité de recours, alors qu'il n'a entrepris aucune démarche auprès de l'autorité précédente, afin de remédier à cette situation (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 375 s.; arrêt 6B_675/2013 du 9 janvier 2014 consid. 8.1). En outre, dès que l'autorité a statué, le justiciable perd en principe tout intérêt juridique à faire constater un éventuel retard à statuer (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 500; arrêt 8C_244/2013 du 30 septembre 2013 consid. 2).
7.2. En l'occurrence, il est vrai que l'on peut s'étonner, s'agissant d'une affaire qui ne révèle aucune complexité particulière, que les autorités fiscales aient mis près de quatre ans avant de rejeter la réclamation formée par le contribuable et que, pour sa part, la Commission de recours ait statué plus de cinq ans après le dépôt du recours, alors que, pour tout acte d'instruction, elle a entendu F._ et demandé la transmission de décisions judiciaires concernant la société C._ SA et le recourant, qui ont été fournies rapidement.
Toutefois, le recourant ne peut, sous l'angle de la bonne foi, se plaindre de la lenteur de la Commission d'impôt, alors qu'il n'apparaît pas qu'il s'en serait plaint devant la Commission de recours. Quant à la durée de la procédure devant cette dernière, le recourant était fondé à déposer, devant la Cour de céans, un recours en faisant valoir le retard à statuer (cf. <ref-law>), ce qu'il n'a pas fait, pas plus qu'il ne s'est adressé directement à la Commission de recours pour la prier de remédier à la situation. Au demeurant, le seul inconvénient de fait lié au paiement d'intérêts de retard dont se prévaut le recourant ne suffit pas à lui conférer un intérêt à faire constater un manque de diligence à statuer des autorités, ce d'autant qu'il lui était loisible de s'acquitter en tout temps de la somme litigieuse, tout en continuant la procédure.
8.
Dans sa dernière critique formelle, le recourant remet en cause l'indépendance de la Commission de recours, qui est censée, en vertu de l'art. 219bis al. 1 LF, être un tribunal administratif indépendant de l'administration et du Conseil d'Etat. Il fait valoir en substance les liens existant entre le personnel de la chancellerie, le Secrétaire et le Conseil d'Etat qui les nomme, ainsi que le fait que ceux-ci soient tous employés par l'administration, à savoir le Département cantonal des finances.
8.1. La Commission de recours est, selon l'art. 219bis al. 1 LF, une autorité judiciaire indépendante de l'administration précédant immédiatement le Tribunal fédéral (en lien avec l'art. 150 al. 2 LF). Ses membres sont nommés par le Grand Conseil (cf. art. 219bis al. 3 LF). Elle est assistée d'un secrétaire et du personnel de chancellerie nommés par le Conseil d'Etat (art. 219bis al. 4 LF). De jurisprudence constante depuis l'entrée en vigueur de la LTF, le Tribunal fédéral la considère comme une autorité cantonale supérieure de dernière instance au sens des articles 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF (notamment arrêts 2A.128/2007 du 14 mars 2008 consid. 2.1, in RF 63/2008 p. 630; 2C_879/2008 du 20 avril 2009 consid. 1.1, récemment : arrêt 2C_499/2013 du 18 décembre 2013 consid. 2.2). Celle-ci doit donc offrir les garanties d'indépendance découlant de l'art. 30 al. 1 Cst.
8.2. Selon la jurisprudence, il n'est pas contraire à l'art. 30 al. 1 Cst. d'avoir des tribunaux spécialisés dont l'activité se limite à un domaine déterminé, pour autant que leur compétence et leur organisation soient établies dans des normes de caractère général et abstrait et qu'il existe des justifications (comme par exemple l'exigence de connaissances techniques particulières) à leur mise en place. Il y a violation de l'art. 30 al. 1 Cst. lorsqu'il existe des circonstances qui sont propres à susciter des doutes dans l'impartialité du tribunal (<ref-ruling> consid. 4a p. 261). Ces circonstances peuvent résulter non seulement du comportement d'un membre de l'autorité, mais aussi du contexte fonctionnel et organisationnel dudit tribunal (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 125).
8.3. En l'occurrence, le fait que le Secrétaire et le personnel administratif de la Commission de recours soient nommés par le Conseil d'Etat n'est pas déterminant. En effet, un tribunal ne perd pas son indépendance pour le seul motif que ses membres sont désignés par le pouvoir législatif, le pouvoir judiciaire ou le pouvoir exécutif (<ref-ruling> consid. 5c p. 518; arrêt 4P.272/2001 du 10 janvier 2002 consid. 2b).
8.4. Plus délicate est la question de savoir si le fait que le Secrétaire de la Commission de recours et le personnel de la Chancellerie travaillent au sein de l'administration cantonale est de nature à mettre en cause l'indépendance de cette autorité judiciaire.
8.4.1. La pratique considère que les garanties découlant de l'art. 30 al. 1 Cst. (qui a, de ce point de vue, la même portée que l'art. 6 par. 1 CEDH : <ref-ruling> consid. 2 p. 15) s'appliquent non seulement aux juges, mais également aux greffiers d'une autorité judiciaire, dans la mesure où ils participent à la formation de la décision (<ref-ruling> consid. 4c p. 262; arrêt 1C_409/2010 du 20 janvier 2011 consid. 2.2), ce qui est le cas lorsqu'en relation avec leur activité de rédaction, ils assistent à la délibération et peuvent exprimer leur position, même s'ils n'ont pas le droit de voter (arrêt 9C_836/2008 du 30 octobre 2008 consid. 4.1 et les références citées).
En l'espèce, il ressort des articles 5 et 6 du Règlement d'organisation et de fonctionnement de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du 22 mars 2000 (ci-après le Règlement; RS/VS 642.101) que le secrétaire peut lui-même fonctionner comme rapporteur, avec voix consultative, et qu'il est également chargé d'assister la commission et les rapporteurs pour l'instruction et leur procurer un appui juridique. Partant, à l'instar des membres de la Commission de recours, les garanties d'indépendance découlant de l'art. 30 al. 1 Cst. sont applicables à son secrétaire.
S'agissant du personnel de la Chancellerie de la Commission de recours qui ne dispose pas du pouvoir d'influencer les décisions, les exigences sont moindres. Partant, le fait que l'ensemble du personnel administratif de la Commission de recours puisse également travailler dans l'administration cantonale, comme l'affirme sans l'étayer du reste le recourant, ne suffit pas, en l'absence d'autres éléments concrets, à remettre en cause l'indépendance et l'impartialité de la Commission de recours. En revanche, il convient d'analyser plus avant la situation du Secrétaire.
8.4.2. Une des fonctions importantes du droit à être jugé par un tribunal indépendant et impartial est de concrétiser et de développer le principe de la séparation des pouvoirs qui, à cet égard, n'a pas de portée propre (<ref-ruling> consid. 9.2 p. 241). Celui-ci doit prévenir en particulier une emprise du pouvoir exécutif sur le pouvoir judiciaire (<ref-ruling> consid. 5b/aa p. 263). Il y a notamment atteinte à l'indépendance du tribunal lorsqu'un fonctionnaire de l'administration cantonale, qui a un devoir de loyauté vis-à-vis de son département et peut être tenu à des directives est, parallèlement, membre d'une autorité judiciaire qui statue sur les décisions émanant du même département. Une telle constellation rend les conflits de loyauté inévitables et peut porter atteinte à la confiance indispensable des justiciables dans l'indépendance du tribunal (<ref-ruling> consid. 4a p. 261 et 5d p. 266). Dans l'arrêt précité, il a été jugé que le fait que le secrétaire d'une commission cantonale des améliorations foncières, qui participait à la formation de la volonté de cette autorité judiciaire composée essentiellement de laïcs, soit simultanément fonctionnaire de l'administration cantonale concernée violait le principe de l'indépendance judiciaire et justifiait la récusation dudit secrétaire. Dans une autre cause concernant un tribunal des prud'hommes, le Tribunal fédéral a considéré que le fait que le greffier soit un fonctionnaire du Service social de protection des travailleurs et des relations de travail ne portait pas atteinte à l'indépendance du tribunal qui statuait dans le cadre de litiges du travail à caractère strictement privé, ne mettant pas en jeu les intérêts du gouvernement cantonal ou plus spécialement du service occupant le greffier (arrêt 4P.272/2001 du 10 janvier 2002 consid. 2d).
8.4.3. Si un justiciable entend faire valoir une situation d'incompatibilité, respectivement un motif de récusation en relation avec la composition irrégulière d'une autorité judiciaire, il doit, conformément à la jurisprudence rendue en matière de récusation, invoquer ce motif dès qu'il en a connaissance sous peine d'être déchu du droit de s'en prévaloir ultérieurement (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 124; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 4; <ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 21 et les arrêts cités; arrêt 2C_1216/2013 du 27 mai 2014 consid. 6.4). Cela ne signifie toutefois pas que la composition concrète de la Cour amenée à statuer doive nécessairement être communiquée de manière expresse au justiciable; il suffit que l'information ressorte d'une publication générale facilement accessible, en particulier sur internet, par exemple l'annuaire officiel. La partie assistée d'un avocat est en tout cas présumée connaître la composition régulière du tribunal (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 124; arrêt 2C_1216/2013 du 27 mai 2014 consid. 6.4). L'on ne peut en revanche pas exiger d'un justiciable qu'il examine l'ensemble des organigrammes cantonaux pour vérifier s'il n'existerait pas une situation d'incompatibilité, respectivement un motif de récusation, en raison d'une fonction exercée au sein de l'administration par un membre de la Cour amenée à statuer, d'autant moins qu'il incombe en premier lieu à l'Etat d'éviter la création de telles situations qui sont structurellement inadmissibles et, le cas échéant, d'y mettre fin, de manière à ce que le principe de séparation des pouvoirs soit respecté.
Néanmoins, il incombe au justiciable d'alléguer qu'il n'a eu que tardivement connaissance de la situation d'incompatibilité, respectivement du motif de récusation dont il entend se prévaloir.
8.4.4. Le recourant soutient que G._, secrétaire de la Commission de recours, est également Chef du Service juridique du Département cantonal des finances dont dépend le Service cantonal des contributions. Cette allégation n'est pas contestée par les autorités et est confirmée par deux organigrammes officiels de l'Administration cantonale valaisanne, disponibles sur internet ( www.vs.ch/Press/DS_3/CO-2013-05-01.../ORG_1er_mai_2013_fr.pdf ; www.apeval.ch/fs/documents/divers/organigramme_ac.pdf; consultés le 22 août 2014), l'un pour la période législative 2009/2013, l'autre pour la période législative 2013/2017. Il en découle que G._ était effectivement, au moment déterminant du prononcé de l'arrêt attaqué du 20 février 2013, Chef du Service juridique des finances et du personnel du Département Finances et Institutions de l'Etat du Valais, qui comprend également le Service cantonal des contributions. On se trouve donc dans une situation comparable à celle évoquée dans l'<ref-ruling>, qui n'est pas conforme aux garanties de l'art. 30 al. 1 Cst. D'une part, une telle fonction est inévitablement de nature à entraîner des conflits de loyauté, le Secrétaire de la Commission de recours étant soumis à un devoir de fidélité vis-à-vis du Département des finances dont il dirige le Service juridique, alors que le Service cantonal des contributions est rattaché à ce même Département. Par ailleurs, ce dernier est entre autres chargé d'exercer la surveillance sur l'application de la loi fiscale cantonale (cf. art. 216 al. 1 LF). D'autre part, de tels liens sont de nature à ébranler la confiance légitime que les justiciables doivent avoir dans l'indépendance de la Commission de recours, en sa qualité d'autorité judiciaire.
8.4.5. La violation de l'art. 30 al. 1 Cst. permettait donc au recourant, indépendamment du droit de procédure cantonal (arrêt 1C_94/2014 du 30 avril 2014 consid. 3.1), de demander la récusation du secrétaire de la Commission de recours (cf. arrêt 1B_67/2014 du 31 mars 2014), pour autant que son droit ne soit pas périmé (cf. supra consid. 8.4.3), ce qu'il convient de vérifier.
En l'espèce, le recourant a déposé son recours auprès de la Commission de recours en janvier 2008. L'accusé de réception de son recours était déjà signé par G._, en sa qualité de secrétaire. Les correspondances ultérieures comportaient également sa signature. Le recourant ne prétend nullement qu'il n'aurait eu connaissance qu'au moment du prononcé de l'arrêt attaqué, de la fonction exercée parallèlement par le secrétaire auprès du Département des finances. Il aurait donc eu plusieurs années pour s'en plaindre et demander la récusation de G._. N'ayant rien fait, il voit son droit périmé.
III. Impôt fédéral direct
9.
Sur le fond, le litige porte sur le point de savoir si c'est à juste titre que la Commission de recours a inclus, au titre de revenu imposable du recourant provenant d'une activité dépendante, le montant de 200'000 fr., moins les cotisations sociales y relatives, reçu par celui-ci à titre de commissions de la société C._ SA.
9.1. Le contribuable prétendait avoir reçu ce montant à titre purement fiduciaire pour le compte de E._ SA. L'autorité cantonale n'a pas suivi cette position, considérant en substance que le contribuable n'était pas parvenu à démontrer qu'il aurait agi à titre fiduciaire pour le compte de cette société.
9.2. Conformément à la pratique, les autorités fiscales sont en droit d'attribuer les rapports juridiques et les opérations juridiques, sous réserve de la preuve contraire, à celui au nom duquel ils sont conclus (<ref-ruling> consid. 2 p. 193). En effet, selon le cours ordinaire des choses, celui qui procède à une opération juridique en son propre nom, le fait pour son propre compte. S'il existe exceptionnellement un rapport fiduciaire, sa preuve incombe au contribuable en tant que fait réduisant l'imposition, conformément aux règles générales sur la preuve (arrêt 2C_387/2007 du 4 mars 2008 consid. 4.2 et l'arrêt cité, in StE 2008 B 24.1.5; cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 194).
La pratique est plutôt restrictive; la preuve du rapport fiduciaire est soumise à des exigences sévères, afin d'éviter d'ouvrir la porte à des abus (Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 4e éd. 2012, p. 567). A défaut d'une telle preuve, on ne peut reprocher à l'autorité de conclure que toute somme d'argent reçue par une personne en son nom propre l'a enrichie (cf. arrêts 2C_180/2013 du 5 novembre 2013 consid. 10.2.1; 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 4.2, in RDAF 2012 II 450). Le Tribunal fédéral ne peut revoir l'appréciation des preuves que sous l'angle restreint de l'arbitraire, grief qu'il incombe au recourant de motiver d'une manière répondant aux exigences de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62).
9.3. En l'occurrence, la Commission de recours a relevé qu'aucun document écrit n'avait été fourni permettant d'attester l'existence et le contenu d'un rapport fiduciaire. Quant à la note établie par D._ datée du 29 mars 2004 et produite par le recourant, elle ne démontrait pas l'existence d'une relation de fiducie. Du reste, le Tribunal fédéral avait lui aussi considéré, dans un arrêt du 19 mai 2006 (cause H6/05 et H23/05) dont des extraits sont reproduits dans le jugement entrepris, qu'un tel rapport fiduciaire entre le recourant et E._ SA n'était pas établi.
9.4. Le recourant ne fait état d'aucun autre élément de preuve que la Commission de recours aurait omis de prendre en considération. Il se contente de présenter sa propre appréciation des faits, mais sans invoquer, ni a fortiori démontrer l'arbitraire de l'appréciation de la Commission de recours, de sorte que l'on peut douter de la recevabilité de son grief sous l'angle de l'<ref-law>. Au demeurant, on ne voit manifestement pas que la position de la Commission de recours refusant d'admettre la preuve d'un rapport fiduciaire serait contraire au droit. D'une part, le recourant indique qu'il était également administrateur de E._ SA et mentionne ainsi l'existence d'un supposé contrat de fiducie qui aurait été conclu avec lui-même, soit d'un acte dont la validité est déjà douteuse (cf. arrêt 2C_927/2013 du 21 mai 2014 consid. 5.7.1). D'autre part, le Tribunal fédéral, dans l'arrêt précité du 19 mai 2006 consid. 3, a lui aussi refusé d'admettre la preuve d'un rapport de fiducie entre le recourant et E._ SA.
En l'absence de rapport de fiducie démontré, c'est à juste titre que la Commission de recours a imposé, en vertu des articles 16 al. 1 et 17 LIFD, le montant de 200'000 fr. perçu par le recourant en 2000 en tant que revenu provenant de l'activité exercée, à titre dépendant, pour la société C._ SA, sous déduction des charges sociales.
Le recours doit donc être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
IV. ICC
10.
Les principes juridiques précités qui concernent la détermination de l'état de fait pertinent et la fixation du revenu imposable trouvent leur parallèle en matière d'ICC (cf. <ref-law>; art. 13 al. 1 LF). Il peut donc être renvoyé à ce qui précède s'agissant du caractère imposable de la commission de 200'000 fr. versée au recourant.
Partant, le recours doit également être rejeté, dans la mesure où il est recevable s'agissant des impôts cantonaux et communaux.
V. Frais et dépens
11.
Compte tenu de l'issue du litige, les frais seront mis à la charge du recourant (cf. <ref-law>). Ceux-ci seront toutefois réduits en lien avec les griefs se rapportant au retard à statuer et à l'indépendance de la Commission de recours qui ne sont pas sans fondement, mais que le recourant aurait dû faire valoir plus tôt.
Il ne sera pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Les causes 2C_1014/2013 et 2C_1015/2013 sont jointes.
2.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en ce qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
3.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable concernant l'impôt cantonal et communal.
4.
Des frais judiciaires réduits, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
5.
Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Service cantonal des contributions du canton du Valais, section des personnes physiques, au Président de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 22 août 2014
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président : Zünd
La Greffière: Vuadens