Fatti:
A. Dopo averle riconosciuto, per le conseguenze invalidanti di un incidente stradale avvenuto in data 11 maggio 1992, prestazioni per un trattamento riabilitativo, sussidi per l'istruzione scolastica speciale e una formazione empirica quale ausiliaria d'ufficio presso l'Ospedale Z._, mediante decisione del 13 settembre 2001 l'Ufficio AI del Cantone Ticino (UAI) ha assegnato a P._, nata il 14 giugno 1981, una rendita intera d'invalidità con effetto dal 1° luglio 2001, stante un reddito senza invalidità di fr. 46'550.-, un reddito da invalida di fr. 15'613.-, e un grado d'invalidità del 67%.
Nell'ambito di una prima revisione avviata d'ufficio nel febbraio 2003, con comunicazione del 4 luglio 2003 l'amministrazione, non avendo constatato alcuna modifica atta ad influenzare la rendita, ha informato che avrebbe continuato a versare la rendita intera sulla base di un grado d'invalidità del 67%.
Una seconda procedura di revisione è stata avviata nel febbraio 2004. L'assicurata faceva valere un peggioramento dello stato di salute intervenuto in corso di gravidanza. Preso atto che, dopo la nascita del figlio e senza il danno alla salute, l'assicurata avrebbe verosimilmente continuato a svolgere la propria attività lucrativa in misura del 50% (almeno), l'UAI ha ordinato l'esecuzione di un'inchiesta economica per le persone che si occupano dell'economia domestica. Esperiti gli accertamenti del caso, l'amministrazione ha ridotto, con effetto dal 1° novembre 2005, la prestazione a un quarto di rendita (decisione del 13 settembre 2005). Posta una ripartizione a metà del tempo giornaliero per l'attività lucrativa e per l'attività domestica, l'amministrazione ha accertato un grado d'invalidità del 43% applicando il metodo misto di valutazione (limitazione del 63% per la parte salariata, ponderata al 50% [grado d'invalidità parziale: 31.5%] e del 22.5% per l'ambito domestico ugualmente ponderato al 50% [grado d'invalidità parziale: 11.25%]). Nel contempo ha tolto l'effetto sospensivo ad un'eventuale opposizione.
Statuendo il 21 marzo 2006 sull'opposizione dell'assicurata, l'UAI, dopo avere tolto nuovamente a un eventuale ricorso l'effetto sospensivo, ha sostanzialmente confermato il proprio provvedimento, stabilendo tuttavia un grado d'invalidità complessivo del 40.75% (limitazione del 35% per la parte salariata, ponderata al 50% [grado d'invalidità parziale: 17.5%], e del 46.50% per l'ambito domestico ugualmente ponderato al 50% [grado d'invalidità parziale: 23.25%]).
B. Patrocinata dall'avv. Sergio Sciuchetti, l'assicurata si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale ha riformato la decisione su opposizione nel senso che ha riconosciuto all'interessata il diritto a una mezza rendita d'invalidità dal 1° novembre 2005 (pronuncia del 16 aprile 2007). La Corte cantonale, statuendo per giudice unico, ha accertato un grado d'invalidità oscillante tra il 56.90% e il 54.75% (limitazione del 67.30% [al massimo], rispettivamente del 63% [al minimo] in ambito lucrativo ponderato al 50% [grado d'invalidità parziale: 33.65%, al massimo, rispettivamente 31.50% al minimo] e del 46.50% in ambito domestico ugualmente ponderato al 50% [grado d'invalidità parziale: 23.25%]).
C. L'UAI ha interposto un ricorso in materia di diritto pubblico con il quale chiede al Tribunale federale di annullare il giudizio cantonale e di confermare la propria decisione su opposizione.
Sempre rappresentata dall'avv. Sciuchetti, l'assicurata propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali non si è determinato.

Diritto:
1. 1.1 Interposto da un'autorità legittimata al ricorso in virtù di un'altra legge federale (art. 89 cpv. 2 lett. d LTF in relazione con gli <ref-law> e 89 OAI), il ricorso, diretto contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata in una causa di diritto pubblico (<ref-law>) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF), è di principio ricevibile essendo stato depositato entro il termine (<ref-law>) e nella forma (<ref-law>) di legge senza che si realizzi un'eccezione ai sensi dall'<ref-law>.
1.2 Il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>) e vi si può scostare solo qualora questo accertamento sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>).
2. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, l'istanza precedente ha già esposto le norme e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti e l'estensione del diritto alla rendita (<ref-law>), il sistema di valutazione dell'invalidità - metodo ordinario del confronto dei redditi per gli assicurati esercitanti attività lucrativa (<ref-law>, <ref-law>), metodo specifico per quelli non esercitanti una tale attività (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>) e metodo misto per gli assicurati parzialmente esercitanti una siffatta attività (<ref-law> in relazione con l'<ref-law> nella versione in vigore dal 1° gennaio 2004; <ref-law>, nella versione in vigore dal 1° gennaio al 31 dicembre 2003; <ref-ruling>, 393; <ref-ruling>) - nonché i presupposti e gli effetti della revisione di una rendita in seguito a una modifica del diritto (<ref-law>; art. 88a e 88bis OAI; sui termini temporali di confronto cfr. pure <ref-ruling>). A tale esposizione può sostanzialmente essere fatto riferimento e prestata adesione non senza tuttavia soggiungere che una revisione può segnatamente giustificarsi se, come si avvera in concreto, un altro metodo di valutazione d'invalidità si impone (<ref-ruling> consid. 1b/aa con riferimenti; cfr. pure sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 276/05 del 24 aprile 2006, pubblicata in Plädoyer 2006/5 pag. 54, consid. 2.2).
3. Nella fattispecie non sono controverse né l'applicazione del metodo misto di valutazione dell'invalidità, né la suddivisione (in ragione del 50%) dell'impegno lavorativo totale dell'opponente tra l'ipotetica attività lucrativa a tempo parziale e l'attività di casalinga, né tantomeno gli effetti temporali della (eventuale) riduzione del diritto alla rendita. Queste circostanze risultano peraltro chiaramente dagli atti all'inserto. Incontestata è, infine, anche la valutazione degli impedimenti incontrati dall'assicurata nell'espletamento delle consuete mansioni domestiche (v. a tal proposito <ref-ruling>; VSI 2001 pag. 155 consid. 3c pag. 158 [I 99/00]; cfr. pure <ref-ruling>).
4. Controverso è per contro il grado d'invalidità in ambito lucrativo.
4.1 Per giurisprudenza, gli accertamenti dell'autorità cantonale di ricorso in merito al danno alla salute, alla capacità lavorativa dell'assicurato e all'esigibilità di un'attività professionale - nella misura in cui quest'ultimo giudizio non si fonda sull'esperienza generale della vita - costituiscono questioni di fatto che possono essere riesaminate da questa Corte solo in maniera molto limitata (v. consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 3.2 pag. 398).
4.2 La circostanza che la Corte cantonale abbia ritenuto esigibile per l'assicurata lo svolgimento di un'attività adeguata, quale potrebbe essere la professione di ausiliaria d'ufficio appresa o quella di operaia per quattro ore al giorno, e abbia di conseguenza attestato un'incapacità lavorativa del 50% trova conferma negli atti medici all'inserto e non è contestata. Tale accertamento, non manifestamente inesatto, vincola il Tribunale federale.
4.3 Quanto alla determinazione dei redditi di riferimento, l'istanza precedente ha tenuto conto di un reddito senza invalidità di fr. 55'600.- (anno di riferimento: 2004; sul momento determinante per l'accertamento del grado d'invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa: <ref-ruling>; <ref-ruling>), ottenuto in applicazione dell'<ref-law>. Questo disposto prevede che se l'assicurato non ha potuto - come in concreto -, a cagione dell'invalidità, acquisire sufficienti conoscenze professionali, il reddito lavorativo che potrebbe ottenere se non fosse invalido corrisponde al tasso percentuale, graduato secondo l'età, del valore medio attualizzato ogni anno secondo il rilevamento dell'Ufficio federale di statistica sulla struttura dei salari. Orbene, partendo da un valore - già stabilito dall'AI in sede amministrativa e rimasto incontestato - di fr. 69'500.-, moltiplicato per il tasso percentuale dell'80% di cui all'<ref-law> (l'assicurata trovandosi, al momento determinante, nella fascia di età compresa tra i 21 e i 25 anni), il primo giudice è pervenuto a questo reddito da persona valida (fr. 55'600.-).
Quale reddito da invalida, il giudice cantonale, partendo dall'importo di fr. 40'360.-, rilevato dalla consulente in integrazione professionale dell'AI in procedura di opposizione facendo capo ai dati statistici salariali di cui all'inchiesta svizzera sulla struttura dei salari (ISS), ha praticato una doppia deduzione del 50% (per tenere conto dell'inesigibilità attestata dal profilo medico) e del 10% (riconosciuto anche dall'UAI per tenere conto delle particolarità personali e professionali del caso [<ref-ruling>]), e ha ottenuto un importo di fr. 18'162.-. Dal confronto dei due redditi di riferimento, ha dedotto una limitazione del 67.3%. Limitazione che è per contro stata quantificata al 63% prendendo in considerazione una capacità lavorativa del 50% in attività di ufficio e contrapponendo a un reddito senza invalidità di fr. 27'800.- (50% di fr. 55'600.-) un reddito da invalida di fr. 10'335.- (reddito conseguito nel 2004 dall'assicurata).
Con il ricorso, l'UAI osserva che la valutazione della Corte cantonale appoggerebbe su un procedimento logico manifestamente inesatto e che al reddito da invalida di fr. 18'162.- calcolato dal primo giudice andrebbe contrapposto un reddito senza invalidità a metà tempo.
4.4 Le regole legali e giurisprudenziali relative al modo di effettuare il confronto dei redditi, comprese quelle riguardanti l'applicazione dei dati statistici dell'ISS, sono questioni di diritto. In questa ottica, la determinazione dei due redditi di confronto costituisce una questione di diritto se si fonda sull'esperienza generale della vita; rappresenta per contro un accertamento di fatto nella misura in cui si fonda su un apprezzamento concreto delle prove. Stabilire se si applicano i salari statistici dell'ISS, quale tabella utilizzare all'interno dell'ISS, rispettivamente se si impongono delle deduzioni in ragione di circostanze particolari (legate all'handicap della persona o ad altri fattori) sono questioni di diritto. Per contro, l'applicazione delle cifre riportate nelle tabelle determinanti dell'ISS è un accertamento di fatto. Infine, la questione relativa al grado di deduzione indicato nel caso concreto per tenere conto delle particolarità personali e professionali è una tipica questione di apprezzamento che può essere corretta solo se il Tribunale cantonale ha esercitato questo apprezzamento in maniera giuridicamente errata, vale a dire solo in caso di eccesso o abuso del potere di apprezzamento (<ref-ruling> consid. 3.2 e 3.3 pag. 398 seg.).
4.5 A ragione l'Ufficio ricorrente rimprovera al primo giudice di avere contrapposto al reddito da invalida (incontestato) di fr. 18'162.- (ottenuto tenendo conto di una ridotta capacità [v. consid. 4.3] di svolgere attività semplici, leggere e poco qualificate come ad esempio quella di ausiliaria delle pulizie, stiratrice, ausiliaria di lavanderia, custode ecc.) un reddito senza invalidità a tempo pieno. Tale valutazione è giuridicamente errata e contraria alla giurisprudenza sviluppata in applicazione del metodo misto, secondo la quale per la valutazione dell'invalidità in ambito lucrativo fanno stato i redditi da valido e da invalido determinati sulla base temporale di un'attività lucrativa parziale (ipoteticamente) esercitata senza danno alla salute (DTF <ref-ruling> consid. 2b pag. 150; cfr. pure <ref-ruling> consid. 5.1.2 pag. 53 nonché le sentenze del Tribunale federale delle assicurazioni I 708/06 del 23 novembre 2006, consid. 4.5, e I 599/05 del 6 febbraio 2006, consid. 4.1). Determinante per l'accertamento del reddito senza invalidità non è infatti quanto l'assicurato potrebbe ragionevolmente guadagnare in qualità di persona esercitante un'attività lucrativa a tempo pieno, bensì quanto egli ipoteticamente, secondo il grado della verosimiglianza preponderante, guadagnerebbe senza danno alla salute (cfr. <ref-ruling> consid. 3.3 e Pra 1992 no. 224 pag. 877 consid. 4a).
4.6 Dovendo, in esito a quanto precede, correggere di conseguenza il reddito da valida in fr. 27'800.- (50% di fr. 55'600.-), la limitazione (34.67%) e l'invalidità parziale (17.33% [50% di 34.67]) in ambito lucrativo risultano effettivamente essere quelle indicate dall'UAI. Il tasso d'invalidità complessivo si attesta pertanto, per arrotondamento (<ref-ruling>), al 41% (17.33% + 23.25%) e giustifica la riduzione, per via di revisione, a un quarto del diritto alla rendita dell'assicurata. In tali circostanze non occorre per contro verificare ulteriormente l'eventuale limitazione residua e l'invalidità parziale con riferimento alla specifica attività di ufficio (sull'obbligo per l'assicurato di ridurre il danno e sull'applicabilità, per la determinazione del reddito da invalido, dei dati forniti dalle statistiche salariali dell'ISS se la persona interessata non sfrutta in maniera completa e ragionevolmente esigibile la capacità lavorativa residua cfr. <ref-ruling> consid. 3b pag. 76 seg. con riferimenti; <ref-ruling> consid. 3c pag. 233).
5. Dovendo riconfermare la decisione su opposizione, il ricorso va accolto. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico dell'opponente (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la pronuncia impugnata è annullata.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico dell'opponente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.