Sachverhalt:
A. A.a Der 1961 geborene B._ arbeitete seit 13. März 1991 bis 31. März 2001 als Gipser/Handlanger bei der Firma Y._. Am 19. Dezember 1998 erlitt er bei einem Autounfall eine Commotio cerebri, Schnittwunden sowie Kontusionen des Thorax beidseits und der linken Hand. Am 8. Dezember 2000 und 31. März 2001 erlitt der Versicherte mit seinem Auto Auffahrkollisionen. Seit 3. April 2001 war er zu 100 % als Gipser bei der Firma X._ angestellt. Am 1. November 2001 stürzte er von einer Leiter, wobei er sich Kontusionen der Lendenwirbelsäule (LWS) sowie des rechten Knies mit Bursitis präpatellaris rechts zuzog. Im Kreisspital F._ wurde am 10. Dezember 2001 eine Bursektomie präpatellaris am rechten Knie und am 15. Dezember 2001 eine Hämatomausräumung im Bursektomie-Bereich am rechten Knie vorgenommen. Vom 26. Juni bis 7. August 2002 war der Versicherte in der Rehaklinik A._ hospitalisiert. Am 20. September 2002 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Zur Abklärung der Verhältnisse zog die IV-Stelle des Kantons Zürich die Akten der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) und diverse Arztberichte bei. Mit Verfügung vom 16. Juni 2005 sprach sie dem Versicherten ab 1. November 2002 eine halbe Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 53 % zu. Dagegen erhob der Versicherte Einsprache, womit er ein Zeugnis des Hausarztes Dr. med. J._, Innere Medizin FMH, vom 16. Februar 2005 und einen Bericht des Dr. med. R._, Facharzt FMH für Neurologie, vom 29. Juni 2005 einreichte. Mit Entscheid vom 21. November 2005 wies die IV-Stelle die Einsprache ab, soweit sie darauf eintrat.
A.b Die SUVA sprach dem Versicherten mit Verfügung vom 10. September 2004 ab 1. August 2004 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 53 % und eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 45 % zu. Die hiegegen erhobene Einsprache wies sie mit Entscheid vom 21. Februar 2005 ab. Die dagegen eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Mai 2007 ab. Diese Sache ist Gegenstand des beim Bundesgericht hängigen Verfahrens 8C_457/2007.
B. Die gegen den Einspracheentscheid der IV-Stelle vom 21. November 2005 eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Mai 2007 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen; eventuell sei die Sache zur weiteren Abklärung zurückzuweisen und eine korrekte medizinische Gesamtbeurteilung durchzuführen und ein psychiatrisches Obergutachten einzuholen. Ferner verlangt er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.
Die IV-Stelle schliesst auf Beschwerdeabweisung, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Dies ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen (nicht publ. E. 1.2 und 2.2 des Urteils <ref-ruling>). Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (<ref-law>).
2. 2.1 Der streitige Einspracheentscheid datiert vom 21. November 2005, weshalb die am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Änderungen des IVG vom 6. Oktober 2006 und der IVV vom 28. September 2007 (5. IV-Revision) nicht anwendbar sind (<ref-ruling> E. 1 S. 169).
Umstritten und zu prüfen ist der Rentenanspruch ab 1. November 2002. Damit ist teilweise ein Sachverhalt zu beurteilen, der sich vor dem Inkrafttreten des ATSG und der ATSV am 1. Januar 2003 (Art. 29 Abs. 1 lit. b, Art. 48 Abs. 2 IVG) sowie der Änderungen des IVG vom 21. März 2003 und der IVV vom 21. Mai 2003 (4. IV-Revision) am 1. Januar 2004 verwirklicht hat. Daher und auf Grund dessen, dass der Rechtsstreit eine Dauerleistung betrifft, über welche noch nicht rechtskräftig verfügt wurde, ist entsprechend den allgemeinen intertemporalrechtlichen Regeln für die Zeit bis 31. Dezember 2002 sowie bis 31. Dezember 2003 auf die damals geltenden Bestimmungen und ab diesen Zeitpunkten auf die neuen Normen des ATSG bzw. der 4. IV-Revision und deren Ausführungsverordnungen abzustellen (<ref-ruling> ff.).
2.2 Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), die Invalidität (<ref-law>, <ref-law>), die Invaliditätsbemessung bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>; <ref-law>), die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law> in der seit 1. Januar 2004 geltenden Fassung; vgl. auch <ref-law> in der bis Ende 2003 gültig gewesenen Fassung), die Ermittlung des ohne Invalidität erzielbaren Einkommens (Valideneinkommen; <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 224 mit Hinweis) sowie die Bestimmung des trotz Gesundheitsschädigung zumutbarerweise noch erzielbaren Einkommens (Invalideneinkommen) nach den vom Bundesamt für Statistik in der Lohnstrukturerhebung (LSE) ermittelten Tabellenlöhnen und die von diesen zulässigen Abzüge (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 und E. 4.2.3 S. 481) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt zur Einheitlichkeit des Invaliditätsbegriffs (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 366, 120 E. 3.3.3 S. 123, je mit Hinweisen) und zur antizipierten Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 3 S. 157, 124 V 90 E. 4b S. 94; SVR 2007 IV Nr. 45 S. 149 E. 4, I 9/07). Darauf wird verwiesen.
2.3 Zu ergänzen ist, dass die im ATSG enthaltenen Formulierungen der Arbeitsunfähigkeit (Art. 6), der Erwerbsunfähigkeit (Art. 7), der Invalidität (Art. 8) sowie der Einkommensvergleichsmethode (Art. 16) den bisherigen von der Rechtsprechung dazu entwickelten Begriffen in der Invalidenversicherung entsprechen, weshalb diesbezüglich keine Änderung eingetreten ist (<ref-ruling>; Urteil 8C_533/2007 vom 9. Januar 2008, E. 3.2 mit Hinweis).
Hinsichtlich des Beweiswerts eines Arztberichts ist entscheidend, ob dieser für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232, 125 V 351 E. 3 S. 352 ff.; SVR 2007 UV Nr. 33 S. 111 E. 4.2, U 571/06).
3. Die aufgrund medizinischer Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit ist Entscheidung über eine Tatfrage. Tatfrage ist weiter, in welchem Umfang eine versicherte Person vom funktionellen Leistungsvermögen und vom Vorhandensein bzw. von der Verfügbarkeit psychischer Ressourcen her eine (Rest-)Arbeitsfähigkeit aufweist und ihr die Ausübung entsprechend profilierter Tätigkeiten zumutbar ist, es sei denn, andere als medizinische Gründe stünden der Bejahung der Zumutbarkeit im Einzelfall in invalidenversicherungsrechtlich erheblicher Weise entgegen. Soweit die Beurteilung der Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird, geht es um eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.).
Die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes sowie der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 43 Abs. 1 und Art. 61 lit. c ATSG ist Rechtsfrage. Die konkrete Beweiswürdigung wie auch die antizipierte Beweiswürdigung (als Teil derselben) betreffen Tatfragen. Demnach hält ein Verzicht der Vorinstanz auf weitere Beweisvorkehren aufgrund antizipierter Beweiswürdigung etwa dann nicht stand, wenn die Sachverhaltsfeststellung unauflösbare Widersprüche enthält (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 105; in <ref-ruling> nicht publ. E. 4c/bb des Urteils 5P.119/2000 vom 24. Juli 2000) oder wenn eine entscheidwesentliche Tatsache auf unvollständiger Beweisgrundlage - beispielsweise ohne Beizug des notwendigen Fachwissens unabhängiger Experten/Expertinnen, obwohl im Einzelfall unabdingbar - beantwortet wird (<ref-ruling> E. 3.5 S. 88; SVR 2007 IV Nr. 39 S. 132 E. 3.3 f., I 1051/06). Dagegen ändern blosse Zweifel an der Richtigkeit der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung an deren Verbindlichkeitswirkung gemäss <ref-law> nichts (Urteil 8C_168/2008 vom 11. August 2008, E. 4).
4. Umstritten und zu prüfen ist die Arbeits(un)fähigkeit des Versicherten.
4.1 Vom 26. Juni bis 7. August 2002 weilte der Versicherte in der Rehaklinik A._, wo er neurologisch, neuropsychologisch, logopädisch, neurootologisch und orthopädisch abgeklärt wurde. Im Austrittsbericht vom 28. August 2002 wurden folgende Diagnosen gestellt: 1. Chronisches lumbovertebrales Schmerzsyndrom mit bewegungs- und belastungsabhängigen lumbosakralen Beschwerden seit 1998 bestehend, seit dem Unfall vom 1. November 2001 zunehmend, mässiggradig schmerzhaft eingeschränkter LWS-Beweglichkeit, vorwiegend Aufrichtschmerz, ohne Anhaltspunkte für radikuläre Reiz- oder Ausfallsymptomatik bei Status nach Leitersturz am 1. November 2001 mit unter anderem LWS-Kontusion, 2. Mittelschwere Störung mit kognitiven Defiziten und Verdacht auf eine Persönlichkeitsveränderung nach traumatischer Hirnverletzung, 3. Verdacht auf peripher-vestibuläre Funktionsstörung rechts, 4. Vorbestehende, laut Angaben des Versicherten seit dem Unfall vom 19. Dezember 1998 verstärkte Stotterstörung und 5. Belastungs- und bewegungsabhängige Restschmerzsymptomatik peripatellär sowie leichtgradig schmerzhaft eingeschränkte Knieflexion rechts bei Status nach Kniekontusion rechts mit Bursitis präpatellaris am 1. November 2001, Bursektomie sowie Hämatomausräumung im Bursektomiebereich im Dezember 2001. Die Tätigkeit als Gipser sei dem Versicherten in Folge des Unfalls vom 19. Dezember 1998 in Anbetracht der aktuell noch bestehenden Behinderungen und Fähigkeitsstörungen nicht mehr in vollem Ausmass zumutbar. Von Seiten des Unfalls vom 1. November 2001 sei keine richtunggebende Verschlimmerung des Vorzustandes im LWS-Bereich eingetreten. Medizinisch-theoretisch seien dem Versicherten auch in Zukunft nur noch leichte bis höchstens mittelschwere wechselbelastende Tätigkeiten ohne erhöhte Absturzgefährdung und ohne erhöhte konzentrative Anforderungen zeitlich zweimal drei Stunden täglich zumutbar.
4.2 Dr. med. G._, Facharzt FMH für Ohren-, Nasen- und Halskrankheiten, Hals- und Gesichtschirurgie, Allergologie, klinische Immunologie und Arbeitsmedizin, SUVA Abteilung Arbeitsmedizin, führte im Bericht vom 19. Mai 2003 aufgrund der Untersuchung des Versicherten vom 13. Mai 2003 aus, es bestehe eine leichte objektivierbare zentral-vestibuläre Funktionsstörung, die gestützt auf Tabelle 14 einem Integritätsschaden von 10 % entspreche; diese Störung sei wahrscheinlich durch den Unfall vom 19. Dezember 1998 verursacht worden. Durch eine weitere medizinische Behandlung sei keine erhebliche Besserung dieser Funktionsstörung zu erwarten. Im Gegensatz zur Voruntersuchung vom 30. Juli 2002 hätten sich die neurootologischen Untersuchungsresultate anlässlich der aktuellen Untersuchung weitgehend normalisiert. Das tendenzielle Richtungsüberwiegen nach rechts bei den Reaktionsantworten sowohl bei der kategorischen Spülung als auch im Drehpendelstuhl sei mit Wahrscheinlichkeit vereinbar mit Status nach traumatischer Hirnverletzung am 19. Dezember 1998. Aufgrund der anamnestischen Angaben dürften die gegenwärtigen Schwindelbeschwerden am ehesten in kausalem Zusammenhang mit einer otostatischen Blutdruckregulationsstörung stehen. Die unfallbedingten Schwindelbeschwerden seien gegenwärtig von untergeordneter Bedeutung und bedürften keiner weiteren therapeutischen Massnahmen. Der Verdacht auf eine peripher-vestibuläre Funktionsstörung rechts habe aufgrund der heutigen neurootologischen Kontrolluntersuchung nicht bestätigt werden können. Was die Arbeitsfähigkeit betreffe, sei der Versicherte rein aus ORL-ärztlicher Sicht ganztags voll arbeitsfähig, ausser für Arbeiten mit erhöhter Absturzgefahr bzw. auf ungesicherten Gerüsten oder an schnell rotierenden Maschinen.
4.3 Dr. med. P._, Facharzt FMH für Chirurgie, SUVA Versicherungsmedizin, verwies im Akten-Bericht vom 22. Mai 2003 bezüglich Befunde, Diagnosen und Zumutbarkeit auf den Bericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002. Dem habe er nichts hinzuzufügen. Invalidisierend seien einzig die Folgen des Unfalls vom 19. Dezember 1998. Von weiteren Behandlungen könne keine wesentliche Besserung mehr erwartet werden. Am Bewegungsapparat sei kein dauernder und erheblicher Integritätsschaden objektivierbar. Zur neuropsychologischen Problematik könne er sich mangels Fachkompetenz nicht äussern.
4.4 Dr. med. C._, Facharzt FMH für Neurologie, SUVA Versicherungsmedizin, legte im Akten-Bericht vom 18. Juli 2003 dar, inwieweit die massgebenden Sprachkenntnisse sowie das niedrige Schulbildungsniveau des Versicherten sich auf die festgestellten unspezifischen neuropsychologischen Defizite auswirkten, lasse sich nicht abschätzen. Ob es in der Zwischenzeit zu einer Besserung der festgestellten neuropsychologischen Defizite gekommen sei, sei ebenfalls nicht bekannt. Deswegen schlage er die Durchführung einer SUVA-unabhängigen neuropsychologischen Verlaufskontrolle vor. Nach Vorliegen dieser Evaluation seien ihm die Akten vorzulegen.
4.5 Der Neuropsychologe Dr. phil. O._, der den Versicherten im Auftrag der SUVA am 2. März 2004 untersucht hatte, diagnostizierte im Bericht vom 8. März 2004 eine wahrscheinlich leichte bis mittelschwere neuropsychologische Funktionsstörung mit Belastbarkeitsminderung bei Status nach Schädelhirntrauma am 19. Dezember 1998. Im Vergleich zum Vorbefund (Juli 2002) zeige sich heute ein verbessertes Leistungsvermögen, insbesondere im Bereich der Aufmerksamkeit und der Gedächtnisfunktionen sowie der kognitiven Belastbarkeit (heute seien mehr Aufgaben durchführbar). Unverändert seien die Einschränkungen bezüglich intellektueller Umstellfähigkeit, konzeptuellen Denkens und des Stotterns. In der verkehrspsychologischen Abklärung vom August 2003 sei die Fahreignung des Versicherten aufgrund kognitiver Defizite verneint worden. Es bestünden Hinweise auf eine leichte Persönlichkeitsveränderung. In prognostischer Hinsicht ergäben sich betreffend die neuropsychologische Seite wahrscheinlich keine wesentlichen Veränderungen mehr (ausser allenfalls leichte Stabilisierung des Konzentrationsvermögens bei verbesserter Schmerzsymptomatik). Eine neuropsychologische Therapie sei nicht indiziert bzw. würde bei gegebenen Voraussetzungen kaum eine wesentliche Veränderung bewirken können. Aus therapeutischer Sicht wäre eine regelmässige Tagesstruktur mit einer leichten beruflichen Beschäftigung sinnvoll und nützlich (Abklärung/Tätigkeit in einer geschützten Werkstätte, vorerst mit stunden- oder halbtageweiser Belastung; Möglichkeiten wären durch die IV [Invalidenversicherung] abzuklären).
4.6 In der Akten-Stellungnahme vom 10. Mai 2004 legte Dr. med. W._, Facharzt FMH für Neurochirurgie, Executive MBA HSG, SUVA Versicherungsmedizin, dar, gemäss dem Bericht des Dr. phil. O._ vom 8. März 2004 liege eine leichte bis mittelschwere neuropsychologische Funktionsstörung mit Belastbarkeitsminderung vor. Nach Tabelle 8 Abs. 4 betrage der Integritätsschaden der psychischen Folgen durch Hirnverletzungen bei leichten bis mittelschweren Störungen 35 %. Hinsichtlich der Zumutbarkeit von Arbeiten habe er den Berichten der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 und des Dr. phil. O._ vom 8. März 2004 nichts mehr hinzuzufügen. Die Fahrtauglichkeit sei dem Versicherten vorläufig abgesprochen worden.
4.7 Der Hausarzt Dr. med. J._ diagnostizierte im Bericht vom 24. August 2004 eine Commotio cerebri/Contusio cerebri nach Autounfall am 19. Dezember 1998; eine wahrscheinlich leichte bis mittelschwere neuropsychologische Funktionsstörung mit Belastbarkeitsminderung bei Status nach Schädelhirntrauma. Die Behandlung werde weiter medikamentös fortgeführt. Die Arbeit sei vom Versicherten vorerst nicht aufgenommen worden. Im Zeugnis vom 16. Februar 2005 gab Dr. med. J._ an, der Versicherte sei seit 24. Januar 2005 bis auf Weiteres zu 100 % arbeitsunfähig.
4.8 Der Neurologe Dr. med. R._, der den Versicherten am 23. Juni 2005 untersucht hatte, diagnostizierte im Bericht vom 29. Juni 2005 ein posttraumatisches cervico-cephales Schmerzsyndrom mit Begleitschwindel, leichten bis mittelschweren neuropsychologischen Defiziten und Wesensveränderung, bei Status nach Schädelhirntrauma am 19. Dezember 1998 mit Contusio cerebri und Status nach Sturz von der Leiter am 1. November 2001 mit Prellungen an LWS und beiden Knien. Das am 19. Dezember 1998 erlittene Schädelhirntrauma mit Contusio cerebri hinterlasse im heutigen Beschwerdebild den grössten Schaden, bestehend aus leichten bis mittelschweren neuropsychologischen Defiziten, einer Wesenveränderung und einem chronischen cervico-cephalen Schmerzsyndrom. Der Sturz vom 1. November 2001 habe zu einer weiteren und bis heute bestehenden Verschlechterung dieses Beschwerdebildes mit seither zusätzlichen LWS-Beschwerden geführt. Der Sturz in der Badewanne im Jahre 1999, die Auffahrkollision vom 8. Dezember 2000 und die Kollision mit dem Tram vom 31. März 2001 schienen bezüglich des heutigen Beschwerdebildes und somit im Hinblick auf die noch vorhandene Arbeitsfähigkeit und den Integritätsschaden keine Bedeutung zu haben. Relevante Befunde in der neurologischen Untersuchung seien das auffällige Stottern und die erwähnten neuropsychologischen Defizite. Im EEG fänden sich auffällige herdförmige Funktionsstörungen, die mit einer durchgemachten Schädigung des Hirns im Sinne einer Contusio cerebri gut vereinbar seien. Dafür spreche auch die Latenzverzögerung bei monokularer Stimulation rechts bei den visuell evozierten Potentialen. Unter Würdigung aller dieser Befunde sei eine Arbeitsfähigkeit des Versicherten nicht mehr gegeben, d.h. es sei von 100%iger Arbeitsunfähigkeit auszugehen. Der Integritätsschaden betrage gemäss seiner Berechnung 75 %, 10 % betrage der neurootologische Schaden mit klinischem Bild von ständigem Schwindel. Der neuropsychologische Schaden betrage 50 %, wobei dieser zu unterteilen sei in 35 % leichte bis mittelschwere neuropsychologische Defizite und 15 % Wesensveränderung. Dann bestünden Schäden an der Halswirbelsäule (HWS) und LWS in Form eines chronischen cervico-cephalen bzw. lumbo-vertebralen Schmerzsyndroms, da der Versicherte beim Unfall vom Dezember 1998 auch eine Überdehnung an der HWS und beim Sturz von der Leiter am 1. November 2001 eine LWS-Prellung erlitten habe. Diese Schäden ergäben 15 %, entsprechend ++ = geringe Dauerschmerzen, bei Belastung verstärkt, auch in Ruhe. Dies ergebe einen Gesamtschaden von 75 %.
5. 5.1 Die Vorinstanz führte aus, der Versicherte leide infolge des Autounfalls vom 19. Dezember 1998 mit dem erlittenen Schädelhirntrauma und infolge des Leitersturzes vom 1. Dezember (recte: November) 2001 an einer mittelschweren Störung mit kognitiven Defiziten bei Verdacht auf eine Persönlichkeitsveränderung nach einer traumatischen Hirnverletzung, an restlichen Knieschmerzen rechts sowie an Schwindel, für den der Verdacht auf eine peripher-vestibuläre Funktionsstörung geäussert worden sei. Weiter leide er an chronischen lumbalen bewegungs- und belastungsabhängigen Beschwerden und an einer Stotterstörung. Hinsichtlich der Arbeitsfähigkeit des Versicherten stellte die Vorinstanz auf den Bericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 ab, wonach ihm leichte bis höchstens mittelschwere wechselbelastende Tätigkeiten ohne erhöhte Absturzgefährdung und ohne erhöhte konzentrative Anforderungen zeitlich zweimal drei Stunden täglich zumutbar seien (E. 4.1 hievor).
5. 5.1 Die Vorinstanz führte aus, der Versicherte leide infolge des Autounfalls vom 19. Dezember 1998 mit dem erlittenen Schädelhirntrauma und infolge des Leitersturzes vom 1. Dezember (recte: November) 2001 an einer mittelschweren Störung mit kognitiven Defiziten bei Verdacht auf eine Persönlichkeitsveränderung nach einer traumatischen Hirnverletzung, an restlichen Knieschmerzen rechts sowie an Schwindel, für den der Verdacht auf eine peripher-vestibuläre Funktionsstörung geäussert worden sei. Weiter leide er an chronischen lumbalen bewegungs- und belastungsabhängigen Beschwerden und an einer Stotterstörung. Hinsichtlich der Arbeitsfähigkeit des Versicherten stellte die Vorinstanz auf den Bericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 ab, wonach ihm leichte bis höchstens mittelschwere wechselbelastende Tätigkeiten ohne erhöhte Absturzgefährdung und ohne erhöhte konzentrative Anforderungen zeitlich zweimal drei Stunden täglich zumutbar seien (E. 4.1 hievor).
5.2 5.2.1 Vorab ist festzuhalten, dass Dr. med. G._ im Bericht vom 19. Mai 2005 den im Bericht der Rehaklinik A._ am 28. August 2002 diagnostizierten und von der Vorintanz angeführten Verdacht auf eine peripher-verstibuläre Funktionsstörung nicht bestätigen konnte. Vielmehr ging er von einer leichten zentral-vestibulären Funktionsstörung aus.
5.2.2 Dr. phil. O._ ging im Bericht vom 8. März 2004 davon aus, aus therapeutischer Sicht wäre eine regelmässige Tagesstruktur mit einer leichten beruflichen Beschäftigung sinnvoll und nützlich. Erforderlich sei eine Abklärung/Tätigkeit in einer geschützten Werkstätte, vorerst mit stunden- oder halbtageweiser Belastung; die Möglichkeiten wären durch die IV abzuklären (E. 4.5 hievor). Aufgrund dieses Berichts kann mithin nicht angenommen werden, der Versicherte sei in den von der Rehaklinik A._ am 28. August 2002 umschriebenen Tätigkeiten während zweimal drei Stunden täglich arbeitsfähig. Aufgrund der Akten haben zudem weder die IV noch die SUVA die von Dr. phil. O._ verlangte Abklärung in einer geschützten Werkstätte vorgenommen.
Soweit die Vorinstanz ausführte, Dr. phil. O._ sei kein Arzt, ist dies nicht stichhaltig, da der SUVA-Arzt Dr. med. P._ am 22. Mai 2003 angab, zur neuropsychologischen Problematik könne er sich mangels Fachkompetenz nicht äussern, und der SUVA-Arzt Dr. med. C._ am 18. Juli 2003 eine neuropsychologische Abklärung des Versicherten verlangte (E. 4.3 f. hievor).
5.2.3 Weiter ist zu beachten, dass der Neurologe Dr. med. R._ im Bericht vom 29. Juni 2005 festhielt, unter Würdigung aller Befunde sei eine Arbeitsfähigkeit des Versicherten nicht mehr gegeben, d.h. es sei von 100%iger Arbeitsunfähigkeit auszugehen (E. 4.8 hievor). Der Vorinstanz ist zwar beizupflichten, dass aus diesem Bericht nicht eindeutig hervorgeht, ob die postulierte 100%ige Arbeitsunfähigkeit die bisherige oder eine leidensangepasste Tätigkeit betraf. Indessen spricht der Bericht des Dr. med. R._ vom 29. Juni 2005 und seine Formulierung betreffend die Arbeitsunfähigkeit insgesamt eher dafür, dass er von vollständiger Arbeitsunfähigkeit des Versicherten ausging. Diese Frage hätte mithin geklärt werden müssen, zumal der Hausarzt Dr. med. J._ im Bericht vom 24. August 2004 festhielt, der Versicherte stehe weiter in Behandlung und habe die Arbeit vorerst nicht wieder aufgenommen, und im Zeugnis vom 16. Februar 2005 von dessen 100%iger Arbeitsunfähigkeit bis auf Weiteres ausging (E. 4.7 hievor). Auf diese Berichte der Dres. med. R._ und J._ kann indessen unter den gegeben Umständen für sich allein nicht abgestellt werden. Hinsichtlich der Angaben des Letzteren ist insbesondere zu beachten, dass Hausärzte wegen ihrer auftragsrechtlichen Vertrauensstellung in Zweifelsfällen mitunter eher zu Gunsten ihrer Patienten aussagen (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 353).
5.2.4 Zudem ist festzuhalten, dass sich die Entscheide der Vorinstanz widersprechen. Während sie im invalidenversicherungsrechtlichen Entscheid - entsprechend der Auffassung des Dr. med. R._ (E. 4.8 und 5.2.3 hievor) - davon ausging, der Versicherte leide noch an Folgen der beiden Unfälle vom 19. Dezember 1998 und 1. November 2001 (E. 5.1 hievor), führte sie im unfallversicherungsrechtlichen Entscheid unter Berufung auf den Bericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 aus, die Folgen des Unfalls vom 1. November 2001 seien ohne weitere objektivierbare Folgen und ohne weitere Behandlungsbedürftigkeit abgeheilt (vgl. das heute ergangene Urteil im Verfahren 8C_457/2007, E. 4.1 und 4.2.3). Diese Frage bedarf ebenfalls der Klärung. Denn die Rehaklinik A._ gab im Bericht vom 28. August 2002 zwar an, bezüglich der LWS-Beschwerden sei seitens des Unfalls vom 1. November 2001 keine richtunggebende Verschlimmerung des Vorzustandes eingetreten. Gleichzeitig führte sie aber im Rahmen der Diagnose aus, die lumbalen Beschwerden bestünden seit 1998 und seien seit dem Unfall vom 1. November 2001 zunehmend. Weiter diagnostizierte sie eine Schmerzsymptomatik am rechten Knie seit dem Unfall vom 1. November 2001 (E. 4.1 hievor).
5.2.5 Im Weiteren ist zu beachten, dass bereits die Rehaklinik A._ im Bericht vom 28. August 2002 den Verdacht auf eine Persönlichkeitsveränderung nach traumatischer Hirnverletzung diagnostizierte (E. 4.1 hievor). Dr. phil. O._ stellte im Bericht vom 8. März 2004 Hinweise auf eine leichte Persönlichkeitsveränderung fest (E. 4.5 hievor). Dr. med. W._ wies in der Akten-Stellungnahme vom 10. Mai 2004 darauf hin, der Integritätsschaden der psychischen Folgen durch Hirnverletzungen betrage bei leichten bis mittelschweren Störungen 35 % (E. 4.6 hievor). Dr. med. E._, Psychiatrie und Psychotherapie, Regionalärztlicher Dienst der IV-Stelle, führte in der Akten-Stellungnahme vom 19. Oktober 2004 aus, es bestehe noch einiger Klärungsbedarf, und er verwies unter anderem auf die psychische Problematik. Dr. med. R._ diagnostizierte im Bericht vom 29. Juni 2005 eine Wesensveränderung, die zu einem Integritätsschaden von 15 % führe (E. 4.8 hievor).
Unter diesen Umständen drängt sich auch eine psychiatrische Begutachtung des Versicherten auf, welche bis anhin nicht stattgefunden hat.
5.2.6 Bei dieser Aktenlage bildet der Bericht der Rehaklinik A._ vom 28. August 2002 (E. 4.1 hievor) - entgegen der vorinstanzlichen Auffassung - keine rechtsgenügliche Beurteilungsgrundlage, zumal in zeitlicher Hinsicht die Verhältnisse bis zum Erlass des Einspracheentscheides am 21. November 2005 massgebend sind (<ref-ruling> E. 1 S. 169 mit Hinweisen; vgl. auch erwähntes Urteil 8C_168/2008, E. 6.1). Auf den ORL-Bericht des Dr. med. G._ vom 19. Mai 2003 und die Akten-Stellungnahmen der Dres. med. P._ vom 22. Mai 2003, C._ vom 18. Juli 2003 sowie W._ vom 10. Mai 2004 (E. 4.2 bis 4.4 und 4.6 hievor) kann ebenfalls nicht abgestellt werden.
5.3 Nach dem Gesagten fehlt es im vorinstanzlichen Entscheid an rechtsgenüglichen Feststellungen zur Arbeits(un)fähigkeit des Versicherten, denen mit Blick auf <ref-law> Verbindlichkeit beigemessen werden kann. Der Sachverhalt enthält Widersprüche und wurde unter Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG; E. 3 hievor) festgestellt. Es kann vorliegend nicht im Sinne einer antizipierten Beweiswürdigung (vgl. E. 2.2 in fine hievor) gesagt werden, dass von einer zusätzlichen, nachvollziehbar und schlüssig begründeten interdisziplinären medizinischen/neuropsychologischen Beurteilung keine verwertbaren entscheidrelevanten Erkenntnisse zur Arbeits(un)fähigkeit des Versicherten zu erwarten sind. Die Sache ist daher zwecks Einholung eines interdisziplinären Gutachtens an die IV-Stelle zurückzuweisen (vgl. auch erwähntes Urteil 8C_168/2008, E. 6.3 mit Hinweisen). Hernach hat sie über den Rentenanspruch neu zu verfügen. Damit bleiben den Parteien alle Rechte, insbesondere der doppelte Instanzenzug, gewahrt (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 417; Urteil 8C_321/2007 vom 6. Mai 2008, E. 6.3).
6. 6.1 In erwerblicher Hinsicht (zur entsprechenden bundesgerichtlichen Kognition vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399) hat die Vorinstanz die Validen- und Invalideneinkommen für das Jahr 2002 (Rentenbeginn) ermittelt und gestützt darauf einen Invaliditätsgrad von gerundet 53 % errechnet, wobei sie aufgrund der leidensbedingten Einschränkung des Versicherten den maximalen 25%igen Abzug vom gemäss der LSE-Tabelle eruierten Invalideneinkommen vornahm (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.1 und 4.2.3 S. 475 und 481).
6.2 Das vorinstanzlich für das Jahr 2002 ermittelte Valideneinkommen von Fr. 65'000.- ist unbestritten und nicht zu beanstanden, weshalb es diesbezüglich sein Bewenden hat. Indessen ist festzuhalten, dass für den Einkommensvergleich die Verhältnisse im Zeitpunkt des Beginns des Rentenanspruchs massgebend sind, wobei Validen- und Invalideneinkommen auf zeitidentischer Grundlage zu erheben und unter Berücksichtigung der Nominallohnentwicklung allfällige rentenwirksame Änderungen der Vergleichseinkommen bis zum Erlass des Einspracheentscheides im Jahre 2005 zu bestimmen sind (<ref-ruling>, 484; erwähntes Urteil 8C_168/2008, E. 7.1).
6.3 Über das zu veranschlagende Invalideneinkommen und die Frage, ob und bejahendenfalls in welchem Umfang vom heranzuziehenden Tabellenlohn ein Abzug gerechtfertigt ist, kann erst nach rechtsgenüglicher Ermittlung der Arbeits(un)fähigkeit befunden werden (vgl. erwähntes Urteil 8C_168/2008, E. 7.1; Urteil 8C_780/2007 vom 27. August 2008, E. 6.3). Gleiches gilt zur Frage der Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit des Versicherten auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4a S. 28, 110 V 273 E. 4b S. 276; AHI 1998 S. 287 ff. E. 3b; ZAK 1991 S. 318 E. 3b, 1989 S. 319 E. 4a; Urteile I 45/06 vom 5. März 2007, E. 4.2.3, und I 654/05 vom 22. November 2006, E. 7.2.2).
7. Die unterliegende IV-Stelle hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und dem Versicherten eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 6.1 S. 235). Sein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. Mai 2007 und der Einspracheentscheid der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 21. November 2005 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle des Kantons Zürich zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Schweizerischen Gewerbes und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. September 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar