Sachverhalt:
A. Am 19. Januar 2012 eröffnete die Staatsanwaltschaft Frauenfeld gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen Verstosses gegen Art. 19 Abs. 1 des Betäubungsmittelgesetzes (BetmG; SR 812.121). X._ wird vorgeworfen, zehn Aren Hanf einer nicht zugelassenen Sorte mit einem mittleren THC-Wert von 2.4 % angebaut zu haben. Ebenfalls am 19. Januar 2012 beschlagnahmte die Staatsanwaltschaft rund 200 kg Hanfwürfel aus der Ernte der zehn Aren Hanf, eingelagert auf dem Hof von X._.
B. Eine von X._ gegen die Beschlagnahme erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Thurgau am 22. März 2012 ab. Gegen den Entscheid des Obergerichts hat X._ am 18. Mai 2012 Beschwerde ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid und die Beschlagnahme seien aufzuheben.
C. Die Vorinstanz beantragt unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft eine Beschlagnahme nach <ref-law> (SR 312.0) und damit eine Strafsache im Sinne von <ref-law>. Er wurde von einer letzten kantonalen Instanz gefällt (Art. 80 Abs. 1 und 2 BGG). Es handelt sich um einen das Strafverfahren nicht abschliessenden Zwischenentscheid, der geeignet ist, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> zu bewirken (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 131 mit Hinweis). Der Beschwerdeführer ist nach <ref-law> beschwerdebefugt. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen von <ref-law> geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Strafprozessuale Zwangsmassnahmen nach <ref-law> stellen keine vorsorglichen Massnahmen im Sinne von <ref-law> dar. Die nach dieser Bestimmung vorgeschriebene Beschränkung der Rügegründe und das über die Begründungspflicht nach <ref-law> hinausgehende Rügeprinzip im Sinne von <ref-law> sind demnach nicht anwendbar. Das gilt auch bei der Beschlagnahme von Gegenständen und Vermögenswerten (Urteil 1B_277/2011 vom 28. Juni 2011 E. 1.2).
3. Das urteilende Strafgericht verfügt ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer Person die Einziehung von Gegenständen, die zur Begehung einer Straftat gedient haben oder bestimmt waren oder die durch eine Straftat hervorgebracht worden sind, wenn diese Gegenstände die Sicherheit von Menschen gefährden (<ref-law>). Sind Gegenstände in Anwendung von <ref-law> voraussichtlich einzuziehen, können sie von der Staatsanwaltschaft im Strafuntersuchungsverfahren gestützt auf Art. 263 Abs. 1 lit. d i.V.m. <ref-law> beschlagnahmt werden. Die Beschlagnahme als strafprozessuale Zwangsmassnahme ist nur zulässig, wenn ein hinreichender Tatverdacht besteht (<ref-law>) und wenn sie den Grundsatz der Verhältnismässigkeit wahrt (Art. 197 Abs. 1 lit. c-d und Abs. 2 StPO i.V.m. <ref-law>).
4. Der Beschwerdeführer macht sinngemäss geltend, es bestehe kein hinreichender Tatverdacht, womit nicht angenommen werden dürfe, die beschlagnahmten Hanfwürfel seien voraussichtlich einzuziehen.
4.1 Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des hinreichenden Tatverdachtes keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Bestreitet der von strafprozessualen Zwangsmassnahmen Betroffene das Vorliegen eines ausreichenden Tatverdachts, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat vorliegen, die Justizbehörden somit das Bestehen eines hinreichenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Es genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 126 mit Hinweis; <ref-ruling> E. 4 S. 316).
4.1 Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des hinreichenden Tatverdachtes keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Bestreitet der von strafprozessualen Zwangsmassnahmen Betroffene das Vorliegen eines ausreichenden Tatverdachts, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat vorliegen, die Justizbehörden somit das Bestehen eines hinreichenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Es genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 126 mit Hinweis; <ref-ruling> E. 4 S. 316).
4.2 4.2.1 Nach <ref-law> in der bis zum 30. Juni 2011 geltenden Fassung (a<ref-law>) war strafbar, wer unbefugt alkaloidhaltige Pflanzen oder Hanfkraut zur Gewinnung von Betäubungsmitteln anbaute. Diente das Hanfkraut der Gewinnung von Betäubungsmitteln, so verbot <ref-law> in der bis zum 30. Juni 2011 geltenden Fassung (a<ref-law>) ausnahmslos Anbau und Inverkehrbringen. Wann Hanfprodukte als Betäubungsmittel zu gelten hatten, liess sich aus der Gesetzgebung zu den Lebensmitteln und der Landwirtschaft herleiten. Beim sogenannten Industriehanf, dessen Anbau das Landwirtschaftsrecht erlaubte, lag der Grenzwert bei einem THC-Gehalt von 0.3 %. Dieser Grenzwert konnte als Massstab dafür dienen, ab welchem THC-Gehalt ein Hanfprodukt als Betäubungsmittel gelten musste (<ref-ruling> E. 1 S. 199 f.). Allerdings liess sich aus dem THC-Gehalt für sich genommen noch nicht auf die Strafbarkeit des Produzenten gemäss a<ref-law> schliessen. Vielmehr musste die Gewinnung von Betäubungsmitteln Handlungsziel sein, wobei der illegale Gebrauch des Hanfs durch die Behörden nachzuweisen war (<ref-ruling> E. 2.4.1 S. 356; <ref-ruling> E. 1.1 S. 86).
4.2.2 Nach <ref-law> ist strafbar, wer Betäubungsmittel unbefugt anbaut, herstellt oder auf andere Weise erzeugt. Als Betäubungsmittel gelten abhängigkeitserzeugende Stoffe und Präparate der Wirkungstypen Morphin, Kokain oder Cannabis, sowie Stoffe und Präparate, die auf deren Grundlage hergestellt werden oder eine ähnliche Wirkung wie diese haben (<ref-law>). Zu den Betäubungsmitteln, welche weder angebaut, eingeführt, hergestellt noch in Verkehr gebracht werden dürfen, gehören diejenigen des Wirkungstyps Cannabis (<ref-law>). Gestützt auf <ref-law> führt das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) ein Verzeichnis der Betäubungsmittel, der psychotropen Stoffe sowie der Vorläuferstoffe und der Hilfschemikalien. Gemäss Anhang 1 der Betäubungsmittelverzeichnisverordnung vom 30. Mai 2011 (BetmVV-EDI, SR 812.121.11) umfasst der Wirkungstyp Cannabis Hanfpflanzen (oder Teile davon), welche einen durchschnittlichen Gesamt-THC-Gehalt von mindestens 1.0 % aufweisen, sowie sämtliche Gegenstände und Präparate, welche einen Gesamt-THC-Gehalt von mindestens 1.0 % aufweisen oder aus Hanf mit einem Gesamt-THC-Gehalt von mindestens 1.0 % hergestellt werden.
4.3 Die Vorinstanz führte im angefochtenen Entscheid aus, das geltende Recht setze für die Strafbarkeit nicht mehr voraus, dass Hanf zum Zweck der Gewinnung von Betäubungsmitteln angebaut werde. Der Gesetzgeber habe dieses finale Element gestrichen, weil der Zwecknachweis für die Strafverfolgungsbehörden zu Beweisproblemen geführt habe. In dieser Hinsicht sei vorliegend im Hinblick auf <ref-law> allerdings noch das bis zum 30. Juni 2011 geltende Recht anwendbar, weil es für den Beschwerdeführer milder und der Hanf gemäss Aussage des Beschwerdeführers am 1. Juli 2011 bereits angebaut gewesen sei. Ein THC-Gehalt von 2.4 % sei zwar kein Beweis für den Zweck der Betäubungsmittelgewinnung. Zumindest ein hinreichender Anfangsverdacht sei aber gegeben. Die Staatsanwaltschaft habe diesem Punkt umgehend nachzugehen und dem Beschwerdeführer den Zweck der Betäubungsmittelgewinnung nachzuweisen oder allfällige illegale Verwendungszwecke des Hanfs zu prüfen, zumal der Beschwerdeführer von Hanfabsud und Umschlägen für Tiere spreche. Nach Ansicht der Vorinstanz ist das neue Recht dagegen insoweit anwendbar, als es Hanfpflanzen erst ab einem durchschnittlichen Gesamt-THC-Gehalt von mindestens 1.0 % als Betäubungsmittel im Sinne des Betäubungsmittelgesetzes einstuft (vgl. E. 4.2.2 hiervor).
4.4 Den Ausführungen der Vorinstanz, wonach der Beschwerdeführer nur bestraft werden kann, sofern ihm nachzuweisen ist, dass er den Hanf zum Zweck der Betäubungsmittelgewinnung angebaut hat, könnte man allenfalls entgegenhalten, der Tatbestand des Anbaus von Betäubungsmitteln im Sinne von <ref-law> beschränke sich nicht auf die Aussaat von Samen, sondern erfasse auch die Aufzucht und Pflege der Hanfpflanzen bis zur Ernte (vgl. Vorbringen der Staatsanwaltschaft des Kantons Solothurn im Urteil 6B_733/2011 vom 5. Juni 2012 E. 2.2). Geerntet hat der Beschwerdeführer die Hanfpflanzen gemäss eigener Aussage (polizeiliche Einvernahme vom 15. November 2011) erst Mitte September 2011 und damit nach Inkrafttreten des revidierten BetmG.
Aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse und insbesondere des THC-Werts der kontrollierten Hanfpflanzen von 2.4 % durfte die Vorinstanz das Bestehen eines hinreichenden Tatverdachts im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids selbst unter der Prämisse, es sei dem Beschwerdeführer für eine Verurteilung nachzuweisen, dass er den Hanf zum Zweck der Betäubungsmittelgewinnung angebaut hat, mit vertretbaren Gründen bejahen. Während für eine Verurteilung eines Täters nach a<ref-law> und die damit verbundene Einziehung des Hanfs nach <ref-law> erwiesen sein muss, dass Hanf zum Zwecke der Betäubungsmittelgewinnung angebaut worden ist, genügt für eine strafprozessuale Beschlagnahme schon der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach die Pflanzen zu diesem Zweck angebaut worden sind (vgl. E. 4.1 hiervor). Unter diesen Umständen und weil es nicht Sache des Bundesgerichts ist, sich damit im Rahmen der vorliegend zu beurteilenden Beschwerde gegen eine strafprozessuale Beschlagnahme auseinanderzusetzen, ist nicht weiter darauf einzugehen, ob der Beschwerdeführer im Gegensatz zur Ansicht der Vorinstanz allenfalls (nach <ref-law>) verurteilt werden könnte, selbst wenn nicht nachzuweisen wäre, dass der Hanf zum Zweck der Betäubungsmittelgewinnung angebaut worden ist.
4.5 Am Vorliegen eines hinreichenden Tatverdachts ändert auch der Einwand des Beschwerdeführers nichts, für eine Bestrafung des Anbaus von heimischem Industriehanf mit einem THC-Gehalt von 1-3 % und die damit verbundene Einschränkung der Wirtschaftsfreiheit und der Eigentumsgarantie fehle eine genügende gesetzliche Grundlage, weil es sich bei der BetmVV-EDI nicht um ein Gesetz im formellen Sinne handle. Ab welchem THC-Gehalt Hanfprodukte als Betäubungsmittel zu gelten hatten, liess sich nämlich bereits dem BetmG in der bis zum 30. Juni 2011 geltenden Fassung nicht entnehmen, konnte aber nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung aus der Gesetzgebung zu den Lebensmitteln und der Landwirtschaft hergeleitet werden (vgl. E. 4.2.1 hiervor). Ohne dem Sachrichter vorzugreifen, ist unter diesen Umständen nicht anzunehmen, eine allfällige Verurteilung des Beschwerdeführers werde daran scheitern, dass der Grenzwert von 1.0 % THC-Gehalt nicht vom (revidierten) BetmG, sondern gestützt auf <ref-law> von Anhang 1 der BetmVV-EDI festgelegt wird.
5. Weiter bringt der Beschwerdeführer vor, ein THC-Gehalt von 2.4 % sei (nur) bei den harzreichen, heute nicht mehr existierenden Hanfblüten festgestellt worden. Der THC-Gehalt der beschlagnahmten Hanfwürfel, bestehend aus der ganzen Pflanze (Stengel, Rinde, Äste, Fasern, Blätter und Blüten), würde lediglich einen THC-Gehalt von 0.1 % aufweisen. Bei diesen Vorbringen handelt es sich um unzulässige Noven im Sinne von <ref-law>. Auszugehen ist vom von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt (vgl. <ref-law>), nämlich davon, dass die vom Beschwerdeführer angebauten Hanfpflanzen vor der Ernte einen mittleren THC-Gehalt von 2.4 % aufgewiesen haben. Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer, wenn er in diesem Zusammenhang rügt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt willkürlich (<ref-law>) festgestellt.
Soweit der Beschwerdeführer mit den genannten Vorbringen überdies geltend machen wollte, die beschlagnahmten Hanfwürfel würden die Sicherheit von Menschen nicht gefährden, weshalb sie vom urteilenden Strafgericht voraussichtlich nicht nach <ref-law> einzuziehen seien, vermag er damit nicht durchzudringen. Ausgehend von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz ist nämlich anzunehmen, dass die aus den Hanfpflanzen hergestellten Hanfwürfel ebenfalls einen THC-Gehalt von gegen 2.4 %, jedenfalls von über 1.0 % aufweisen. Hanfprodukte, die gemäss geltendem Recht als illegale Betäubungsmittel einzustufen sind, gefährden nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts die Sicherheit von Menschen. Bei der Beurteilung der Gefährdung der Sicherheit von Menschen durch Hanfprodukte kann auf das geltende Recht Bezug genommen werden, selbst wenn die Anlasstat noch nach bisherigem Recht zu beurteilen ist (Urteil 1B_666/2011 vom 8. Juni 2012 E. 2.4.2). Nach dem Gesagten handelt es sich bei den beschlagnahmten Hanfwürfeln um illegale Betäubungsmittel im Sinne von Art. 2 lit. a und <ref-law> i.V.m. Anhang 1 BetmVV-EDI, welche im Sinne von <ref-law> die Sicherheit von Menschen gefährden.
6. Der Beschwerdeführer ist der Ansicht, der angefochtene Entscheid verletzte den Grundsatz der Rechtsgleichheit, weil bestimmte importierte Hanfsorten von den Bestimmungen des Betäubungsmittelrechts für kontrollierte Substanzen ausgenommen würden, was beim heimischen Industriehanf nicht der Fall sei, obwohl alle diese Sorten einen potenziellen THC-Gehalt von 1-3 % aufweisen würden.
Der gemeinsame Sortenkatalog der EU (gemeinsamer Sortenkatalog für landwirtschaftliche Pflanzenarten, 29. Gesamtausgabe, in der Fassung gemäss ABl. C 337 A vom 14. Dezember 2010, S. 1) enthält die in den Mitgliedstaaten amtlich zugelassenen Sorten, deren Saatgut grundsätzlich keinen Verkehrsbeschränkungen unterliegt. Gemäss dem Abkommen zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Europäischen Gemeinschaft über den Handel mit landwirtschaftlichen Erzeugnissen vom 21. Juni 1999 (SR 0.916.026.81) enthält der Katalog auch die schweizerischen Sorten, die die Anforderungen erfüllen. Im gemeinsamen Sortenkatalog der EU ist auch die nach Art. 4 i.V.m. Anhang 4 der Sortenkatalog-Verordnung vom 7. Dezember 1998 (Sortenkatalog-Verordnung; SR 916.151.6) in der Schweiz amtlich zugelassene Hanfsorte "Fédora 17" mit einem THC-Gehalt von unter 0.3 % aufgeführt. Cannabissamen nach Anhang 4 der Sortenkatalog-Verordnung und dem gemeinsamen Sortenkatalog der EU sind von den Bestimmungen des Betäubungsmittelrechts für kontrollierte Substanzen ausgenommen (<ref-law>).
Beim Einwand des Beschwerdeführers, bestimmte in anderen Staaten zugelassene Hanfsorten würden einen potenziellen THC-Gehalt von über 1.0 % aufweisen, handelt es sich um ein unzulässiges Novum im Sinne von <ref-law>. Aber selbst wenn feststünde, dass das in anderen Staaten amtlich zugelassene Saatgut Hanfsorten umfasst, die einen THC-Gehalt von über 1.0 % aufweisen können, würde dies nichts daran ändern, dass die beim Beschwerdeführer beschlagnahmten Hanfwürfel aus einer nach geltendem Recht nicht zugelassenen Hanfsorte, deren Anbau unter Strafe steht, hergestellt worden sind. Ob im Hinblick auf <ref-law> Cannabissamen von weiteren Sorten von den Bestimmungen des Betäubungsmittelrechts für kontrollierte Substanzen ausgenommen werden müssten, ist nicht im Rahmen der vorliegend zu beurteilenden Beschwerde gegen eine strafprozessuale Beschlagnahme zu klären.
7. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Vorinstanz im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheids davon ausgehen durfte, die beschlagnahmten Hanfwürfel würden vom erkennenden Sachrichter in Anwendung von <ref-law> voraussichtlich einzuziehen sein. Der Beschwerdeführer bringt nicht vor und es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Beschlagnahme der Hanfwürfel nach <ref-law> unverhältnismässig sein sollte. Soweit mit der Beschlagnahme die Grundrechte des Beschwerdeführers eingeschränkt werden, sind die dafür notwendigen Voraussetzungen (vgl. <ref-law>) erfüllt. Damit ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Frauenfeld und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. August 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle