Sachverhalt:
A. Der am 11. April 1985 geborene S._ musste unmittelbar nach seiner Geburt wegen ungenügender Spontanatmung während der Dauer von fünf Minuten intubiert werden, es traten eine Bradykardie und eine Hypoglykämie ein. Aufgrund dieser neonatalen Warnzeichen wurde er für sechs Tage auf die Neugeborenen-Intensivstation verlegt. Es erfolgte in diesem Zusammenhang am 30. April 1985 eine Anmeldung zum Bezug von Leistungen für Minderjährige (medizinische Massnahmen bei Geburtsgebrechen) bei der Invalidenversicherung.
Nach Absolvierung der obligatorischen Schulzeit in einer Kleinklasse und dem Beginn einer Anlehre als Baupraktiker ab 29. Juli 2002 in der R._ AG meldete sich S._ am 16. März 2005 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung für Erwachsene (Berufsberatung, Arbeitsvermittlung) an. Mit Verfügung vom 9. Juni 2005 gewährte die IV-Stelle Bern Berufsberatung und Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten. Da S._ die Anlehre am 28. Juli 2005 erfolgreich abschliessen konnte und in der Folge eine Anstellung als Maler bei der E._ AG fand, verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 27. September 2005 eine Kostengutsprache für berufliche Massnahmen. Am 25. Oktober 2005 wurde das Gesuch der Arbeitgeberin um Fortsetzung der Unterschreitung des Mindestlohnes bezüglich S._ von der Paritätischen Berufskommission für das Maler- und Gipsergewerbe gutgeheissen. Die IV-Stelle teilte S._ am 20. Dezember 2006 mit, dass sie Beratung und Unterstützung bei der Stellensuche gewähre. Im Rahmen einer Arbeitsmarktlich-Medizinischen Abklärung beantragte die berufliche Eingliederungsstelle der IV-Stelle im Schlussbericht vom 18. April 2007 die Prüfung weiterer Leistungen. In der Folge sprach die IV-Stelle S._ mit Wirkung ab 1. Juli 2005 eine Viertelsrente, basierend auf einem Invaliditätsgrad von 45 %, zu (Verfügung vom 18. September 2007). In Gutheissung der dagegen erhobenen Beschwerde hob das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die angefochtene Verfügung auf und wies die Sache zur Einholung einer neurologisch-neuropsychologischen Expertise an die Verwaltung zurück (Entscheid vom 25. Februar 2008). Nach Vorliegen des daraufhin bei der medizinischen Begutachtungsstelle X._ in Auftrag gegebenen Gutachtens vom 30. Juli 2008 und nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens lehnte die IV-Stelle das Leistungsbegehren unter Hinweis auf das Fehlen einer Invalidität ab (Verfügung vom 11. Juni 2009).
B. In Gutheissung der dagegen geführten Beschwerde hob das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Verfügung vom 11. Juni 2009 auf und wies die IV-Stelle an, S._ ab August 2004 eine halbe Invalidenrente auszurichten (Entscheid vom 15. Dezember 2009).
C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid des kantonalen Gerichts vom 15. Dezember 2009 sei aufzuheben.
S._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Gemäss <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>; Ausnahme: Beschwerden gemäss <ref-law> [<ref-law>]). Es darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (<ref-law>).
1.2 Die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung und die gestützt darauf gestellte Diagnose betreffen ebenso eine Tatfrage wie die aufgrund von medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeitsunfähigkeit (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398). Tatfrage ist weiter, in welchem Umfang eine versicherte Person vom funktionellen Leistungsvermögen und vom Vorhandensein bzw. von der Verfügbarkeit psychischer Ressourcen her eine (Rest-) Arbeitsfähigkeit aufweist und ihr die Ausübung entsprechend profilierter Tätigkeiten zumutbar ist, es sei denn, andere als medizinische Gründe stünden der Bejahung der Zumutbarkeit im Einzelfall in invalidenversicherungsrechtlich erheblicher Weise entgegen. Soweit hingegen die Beurteilung der Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird, geht es um eine Rechtsfrage; dazu gehören auch Folgerungen, die sich auf die medizinische Empirie stützen, wie zum Beispiel die Vermutung, dass eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung mit zumutbarer Willensanstrengung überwindbar ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398). Die konkrete Beweiswürdigung stellt eine Tatfrage dar (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399; Urteil 9C_270/2008 vom 12. August 2008 E. 2.2).
2. Das kantonale Gericht hat die massgeblichen Rechtsgrundlagen, unter Berücksichtigung der intertemporalrechtlichen Fragen, die sich aufgrund der am 1. Januar 2008 im Rahmen der 5. IV-Revision erfolgten Rechtsänderungen stellen (vgl. Urteil 8C_829/2008 vom 23. Dezember 2008 E. 2.1 mit Hinweisen), zutreffend dargelegt. Es betrifft dies insbesondere die gesetzlichen Bestimmungen und von der Rechtsprechung entwickelten Grundsätze zum Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), zu den Voraussetzungen und zum Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law> [in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung] und <ref-law> [in der seit 1. Januar 2008 in Kraft stehenden Fassung]), zur Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99 f.) sowie zum Beweiswert und zur Würdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352). Darauf wird verwiesen. Zu ergänzen ist, dass die Invalidität Folge von Geburtsgebrechen, Krankheit oder Unfall sein kann (<ref-law>). Krankheit ist jede Beeinträchtigung der körperlichen, geistigen oder psychischen Gesundheit, die nicht Folge eines Unfalles ist und die eine medizinische Untersuchung oder Behandlung erfordert oder eine Arbeitsunfähigkeit zur Folge hat (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>).
3. 3.1 Nach Würdigung der medizinischen Akten gelangte die Vorinstanz zum nachvollziehbar begründeten Ergebnis, der Versicherte leide - mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit - unter einer Grenzbegabung oberhalb der Grenze zur leichten Intelligenzminderung mit neurasthener Stressintoleranz nach/bei perinataler Asphyxie. Auf die schlüssigen Erörterungen zu diesem Befund im Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle X._ vom 30. Juli 2008, wonach aus neurologischer Sicht Folgen einer perinatalen Asphyxie bzw. einer perinatalen Hirnschädigung, welche sich insbesondere durch neuropsychologische Defizite und eine im psychopathologischen Befund erkennbare Stressintoleranz bemerkbar machen, und auf die von den Experten aus der Gesundheitsbeeinträchtigung abgeleitete Leistungseinschränkung von 50 % bei einem vollzeitlichen Einsatz in der bisherigen sowie in einer angepassten Verweistätigkeit (Voraussetzungen: geringe geistig-emotionale Belastung, keine Spitzenbelastungen, Vermeidung von Termindruck und ausgeprägter Monotonie, erhöhter Kontrollaufwand [für Vorgesetzte]) könne abgestellt werden. Unter Hinweis darauf, dass die hypothetischen Vergleichseinkommen nicht zuverlässig ermittelbar seien, führte das kantonale Gericht einen Prozentvergleich durch, welcher einen Invaliditätsgrad von 50 % ergab. Ob darüber hinaus noch ein leidensbedingter Abzug von höchstens 10 % zu berücksichtigen sei, könne offenbleiben, weil so oder anders ein Anspruch auf eine halbe Rente der Invalidenversicherung resultiere. Der Rentenanspruch bestehe seit August 2004, da der Versicherte die Anlehre ohne gesundheitliche Beeinträchtigung bereits Ende Juli 2004 abgeschlossen hätte.
3.2 Die IV-Stelle wendet ein, das Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle X._ vom 30. Juli 2008 weise zwar keine Merkmale auf, welche dessen Beweiswert ernsthaft in Frage stellen könnten; dennoch stimme die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit mit dem für die Belange der Invalidenversicherung massgeblichen Beweisgegenstand nicht überein. Einerseits sei nämlich der im Jahr 2004 festgestellte Intelligenzquotient von 76 keine Krankheit in Form einer Intelligenzminderung, welche die Arbeitsfähigkeit in der freien Wirtschaft herabsetzen könne. Anderseits komme auch der diagnostizierten Neurasthenie, welche rechtlich gleich zu behandeln sei wie eine somatoforme Schmerzstörung, unter den vorliegenden Umständen keine invalidisierende Wirkung zu. Der Versicherte verfüge über hinreichende Ressourcen, um seine "Bewegungsstörungen" zu überwinden. Die Asphyxie sei zwar als Geburtsgebrechen anerkannt. Dies bedeute aber nicht, dass damit auch eine Invalidität gegeben sei. Ein Gesundheitsschaden, welcher für eine bestimmte Leistung - in casu für medizinische Massnahmen bei Geburtsgebrechen - invalidisierend sei, könne für andere Leistungen irrelevant sein. Vorliegend seien die Voraussetzungen für eine Invalidität im Rentenbereich nicht erfüllt.
3.3 Der Versicherte lässt in seiner letztinstanzlichen Vernehmlassung auf die Ausführungen in seiner Beschwerdeschrift vom 13. Juli 2009 im Verfahren vor dem kantonalen Gericht und die Erwägungen der Vorinstanz im angefochtenen Entscheid vom 15. Dezember 2009 verweisen.
4. 4.1 Es ist der IV-Stelle im Grundsatz beizupflichten, dass bei der Würdigung des invalidisierenden Charakters einer Neurasthenie die rechtsprechungsgemässen Grundsätze über die nur ausnahmsweise invalidisierende Wirkung somatoformer Schmerzstörungen (im Einzelnen: <ref-ruling> E. 4.2.2 S. 71; <ref-ruling> E. 1.2 S. 50 f.; <ref-ruling> ff. und 396 ff.; vgl. auch <ref-ruling> E. 7.1.2 und 7.1.3 S. 212 f.; ferner: SVR 2008 IV Nr. 1 S. 1, I 176/06 E. 5.2) analog anzuwenden sind (Urteil I 70/07 vom 14. April 2008 E. 5). Das Bundesgericht kann die Rechtsfrage, ob eine festgestellte psychische Komorbidität hinreichend erheblich ist und ob einzelne oder mehrere der festgestellten weiteren Kriterien in genügender Intensität und Konstanz vorliegen, um gesamthaft den Schluss auf eine im Hinblick auf eine erwerbliche Tätigkeit nicht mit zumutbarer Willensanstrengung überwindbare Neurasthenie und somit auf deren invalidisierenden Charakter zu gestatten, frei prüfen (SVR 2008 IV Nr. 23, I 683/06 E. 2.2; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 in fine S. 399; Urteil 9C_45/2009 vom 3. April 2009 E. 3). Ob hingegen eine Neurasthenie vorliegt und bejahendenfalls, ob eine psychische Komorbidität oder weitere Umstände gegeben sind, welche die Schmerzbewältigung behindern, betrifft den rechtserheblichen Sachverhalt. Diesbezügliche Feststellungen der Vorinstanz sind demgemäss lediglich unter eingeschränktem Blickwinkel überprüfbar (E. 1 hiervor).
4.2 Die Beschwerdeführerin übersieht bei ihrer Argumentation, dass das kantonale Gericht - in Übereinstimmung mit der Verwaltung - die Grenzbegabung bei im unteren Normbereich liegendem IQ nicht als Gesundheitsschaden qualifiziert. Soweit die IV-Stelle vom Vorliegen einer Neurasthenie ausgeht (offenbar weil der Psychiater der medizinischen Begutachtungsstelle X._ eine neurasthene Stressintoleranz mit Klammerverweis auf ICD-10 F48.0 angibt), muss ihr Folgendes entgegengehalten werden. Der Expertise ist zu entnehmen, dass die Arbeitsfähigkeit durch die Folgen einer perinatalen Hirnschädigung beeinträchtigt ist, welche sich durch in wechselseitiger Beziehung zueinander stehende, sich gegenseitig verstärkende neuropsychologische und psychopathologische Auffälligkeiten manifestieren. Die Bewältigung von überfordernd erlebten Arbeiten unter Zeitdruck erhöhe das emotionale Anspannungsniveau des Versicherten, welcher darauf mit neurasthenen und psychovegetativen Symptomen reagiere. Es lässt sich allerdings im Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle X._ nirgends ein Hinweis darauf finden, dass die diagnostischen Leitlinien der Neurasthenie (DILLING/MOMBOUR/ SCHMIDT [Hrsg.], Internationale Klassifikation psychischer Störungen, ICD-10 Kapitel V [F], Klinisch-diagnostische Leitlinien, 7. Aufl. 2010, S. 209) erfüllt wären. Vielmehr drängt sich der Schluss auf, dass der psychiatrische Experte gewisse, auch bei einer Neurasthenie auftretende Symptome feststellen konnte, welche aber, wie in der Synthese deutlich wird, in casu auf eine körperliche Ursache zurückzuführen sind. Mit Blick auf die erwähnten fachärztlichen Angaben liegt in der Annahme des kantonalen Gerichts, es bestehe ein somatischer Gesundheitsschaden in Form einer perinatalen Hirnschädigung, welche die im Gutachten der medizinischen Begutachtungsstelle X._ attestierte 50%ige Reduktion der Leistungsfähigkeit nach sich ziehe, keine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung. Basiert somit die vorinstanzlich angenommene Einschränkung in der Leistungsfähigkeit nicht auf der Diagnose einer Neurasthenie, so kann die von der IV-Stelle erwähnte Rechtsprechung zur somatoformen Schmerzstörung und zu den dem gleichen Syndromenkomplex zugehörigen Zustandsbildern keine Anwendung finden. Die Beschwerdeführerin weist abschliessend zu Recht darauf hin, dass die als Geburtsgebrechen anerkannte Asphyxie (Ziff. 497 GgV) nicht notwendigerweise einen Rentenanspruch nach sich zieht. Vorliegend führte allerdings die schwere respiratorische Adaptationsstörung zu einer perinatalen Hirnschädigung mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit. Die im Verfahren vor Bundesgericht nicht beanstandete Invaliditätsbemessung durch das kantonale Gericht ergibt einen Invaliditätsgrad von 50 %, weshalb gemäss vorinstanzlicher Feststellung ab August 2004 (vgl. E. 1.1 in fine) Anspruch auf eine halbe Invalidenrente besteht.
4.3 Zusammenfassend ergibt sich, dass die Ausführungen in der Beschwerdeschrift nicht geeignet sind, die Sachverhaltsfeststellungen des kantonalen Gerichts als offensichtlich unrichtig oder unvollständig erscheinen zu lassen. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.
5.
Mit Blick auf diesen Ausgang des Prozesses sind die Gerichtskosten der unterliegenden IV-Stelle aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat dem Beschwerdegegner überdies eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Schweizerischen Gewerbes und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Juni 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Berger Götz