Sachverhalt:
A.
Am 30. September 2009, um 06.30 Uhr, ereignete sich auf der Othmarsingerstrasse in Dottikon ein Verkehrsunfall. Als X._ mit ihrem Personenwagen den Motorfahrradlenker Y._ überholte, bog dieser nach links in die Abzweigung Griggelacher ein. Es kam zu einer Kollision, bei der Y._ auf die Windschutzscheibe des Personenwagens und von dort auf die Strasse geschleudert wurde, wobei er sich schwer verletzte.
B.
Der Präsident des Bezirksgerichts Bremgarten sprach X._ frei. Auf Berufung von Y._ hin verurteilte das Obergericht des Kantons Aargau X._ wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung zu einer Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu Fr. 100.--, bedingt aufgeschoben bei einer Probezeit von 2 Jahren, und zu einer Busse von Fr. 500.--. Die Zivilklage verwies es auf den Zivilweg.
C.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und sie sei freizusprechen.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Anklageprinzips. In der Anklageschrift seien die schlechten Sichtverhältnisse, welche einen der Gründe für die unklare und gefahrenträchtige Verkehrssituation bildeten, nicht genannt. Erwähnt werde ausschliesslich die Fahrweise des Beschwerdegegners 2 gegen die Mitte der Fahrbahn als Anzeichen eines Fehlverhaltens. Weitere Gründe, weshalb sie nicht hätte überholen dürfen, würden nicht erwähnt. Die Vorinstanz habe den Sachverhalt in Verletzung von <ref-law> erweitert, ohne ihr das rechtliche Gehör zu gewähren. Dies wäre umso mehr geboten gewesen, als die schlechten Sichtverhältnisse auch in der Berufungsbegründung des Beschwerdegegners 2 nicht erwähnt worden seien (Beschwerde S. 12).
1.2. Nach dem Anklageprinzip (<ref-law>) bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion). Die Anklage hat die der beschuldigten Person zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe in objektiver und subjektiver Hinsicht genügend konkretisiert sind. Das Gericht ist an den in der Anklage umschriebenen Sachverhalt gebunden, nicht aber an die darin vorgenommene rechtliche Würdigung (<ref-law>). Das Anklageprinzip bezweckt zugleich den Schutz der Verteidigungsrechte der beschuldigten Person und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion; <ref-ruling> E. 6.2 f. mit Hinweisen).
1.3. Die Staatsanwaltschaft Muri-Bremgarten legt der Beschwerdeführerin in der Anklageschrift vom 31. Oktober 2011 zur Last, sie habe am 30. September 2009, um 06.30 Uhr, auf der Othmarsingerstrasse in Dottikon bei der Abzweigung Rosenbühlstrasse [recte: Griggelacher] den Beschwerdegegner 2 überholt. Nachdem dieser mit der Hand angezeigt habe, dass er links abbiegen werde, sei ihr untersagt gewesen, ihn zu überholen. Infolge des Vertrauensprinzips sei ihr das Überholmanöver auch ohne das Handzeichen des Beschwerdegegners 2 verboten gewesen, da aufgrund seiner Fahrweise gegen die Mitte der Fahrbahn zumindest Anzeichen eines Fehlverhaltens bestanden hätten (vorinstanzliche Akten, act. 234 ff.).
1.4. Die Vorinstanz geht nicht über den in der Anklageschrift formulierten Anklagevorwurf hinaus. Eine Änderung oder Erweiterung im Sinne von <ref-law> liegt nicht vor. Die Zeitangabe in der Anklageschrift darf die Vorinstanz dahingehend konkretisieren, dass die Beschwerdeführerin bei Dunkelheit unterwegs war, weshalb die Sichtverhältnisse schlecht waren. Die Vorinstanz nimmt zur Konkretisierung der in der Anklageschrift umschriebenen Umstände direkt Bezug auf die Aussagen, welche die Beschwerdeführerin vor der Anklageerhebung machte. Sie erwähnte anlässlich der polizeilichen Einvernahme, es sei dunkel gewesen und habe keine Strassenbeleuchtung gehabt (vorinstanzliche Akten, act. 22). Mit Blick auf ihre eigenen Aussagen wusste die Beschwerdeführerin von Anfang an, was ihr vorgeworfen wird, und konnte sich folglich gegen das ihr zur Last Gelegte wirksam verteidigen. Die Vorinstanz verlässt den angeklagten Sachverhalt auch nicht, wenn sie aufgrund der wahrnehmbaren Fahrweise des Beschwerdegegners 2 und der Abzweigung auf unklare Verhältnisse und eine gefahrenträchtige Situation schliesst (Urteil S. 16). Welche normativen Schlussfolgerungen sie daraus zieht und ob Straftatbestände erfüllt sind, ist eine Rechtsfrage, die losgelöst von der jeweiligen Darstellung in der Anklageschrift zu beantworten ist. Das Anklageprinzip ist nicht verletzt.
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine willkürliche sowie einseitige Beweiswürdigung und eine Verletzung des Grundsatzes in dubio pro reo. Die unklare und gefährliche Verkehrssituation sowie deren Erkennbarkeit für die Beschwerdeführerin seien nicht zweifelsfrei nachgewiesen (Beschwerde S. 7-10).
2.2. Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen). Dem Grundsatz in dubio pro reo kommt in seiner Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor dem Bundesgericht keine über das Willkürverbot von <ref-law> hinausgehende Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen). Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht (<ref-ruling> E. 4.3 mit Hinweis). Die Rüge der Willkür muss präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-law>). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
2.3.
2.3.1. Die Vorinstanz würdigt die Aussagen des Beschwerdegegners 2 (Urteil S. 9-10) und der Beschwerdeführerin (Urteil S. 10-11). Diese gab anfänglich an, der Beschwerdegegner 2 sei eher gegen die Mittellinie hin gefahren. Als sie ihn habe überholen wollen, sei er plötzlich nach links abgebogen. Ob er die Richtungsänderung angezeigt habe, habe sie nicht erkennen können. Es sei dunkel gewesen und habe keine Strassenbeleuchtung gehabt. Davon abweichende spätere Aussagen der Beschwerdeführerin wertet die Vorinstanz als unglaubhaft.
Die Vorinstanz stellt in dubio pro reo fest, der Beschwerdegegner 2 habe kein Handzeichen gegeben (Urteil S. 12). Er sei nicht am rechten Strassenrand sondern in der Mitte der Fahrbahn gefahren und habe nicht korrekt nach links eingespurt (Urteil S. 14-15). Die Beschwerdeführerin habe wegen der morgendlichen Dunkelheit davon ausgehen müssen, ein allfälliges Handzeichen vor dem Überholmanöver nicht erkannt zu haben. Sie habe bloss das Rücklicht des Motorfahrrads des Beschwerdegegners 2 erkannt. Ob das Motorfahrrad vorne Licht gehabt oder ob der Beschwerdegegner 2 einen Helm getragen habe, habe sie nicht sagen können (Urteil S. 15-16).
Die Erwägungen der Vorinstanz sind ohne Weiteres nachvollziehbar. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, lässt die vorinstanzliche Würdigung nicht als willkürlich erscheinen.
2.3.2. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz stelle fest, der Beschwerdegegner 2 sei dunkel gekleidet gewesen, obwohl in den Akten von einer hellen Jacke und blauen Stoffhosen die Rede sei (Beschwerde S. 9, 13).
Die Vorinstanz erwähnt, der Beschwerdegegner 2 habe ausgesagt, er habe eine helle Jacke und blaue Stoffhosen getragen (Urteil S. 9). Die Auskunftsperson A._ habe ausgeführt, der Beschwerdegegner 2 sei dunkel gekleidet gewesen (Urteil S. 11). Unter Hinweis auf eine Broschüre der Beratungsstelle für Unfallverhütung erwägt die Vorinstanz, gerade dunkel gekleidete Personen würden bei Dunkelheit von Autolenkern erst aus einer Distanz von 25 Metern wahrgenommen (Urteil S. 15-16). Diese Erwägung vermag keine Willkür in der Sachverhaltsfeststellung zu begründen, zumal der Kleidung des Beschwerdegegners 2 bei der Beweiswürdigung keine entscheidende Bedeutung zukommt.
2.3.3. Die Beschwerdeführerin wendet ein, die Vorinstanz habe nicht berücksichtigt, dass unmittelbar vor dem Unfall ein Personenwagen auf die Gegenfahrbahn eingespurt sei, weshalb sie beim Überholmanöver überhaupt nicht weit auf die Gegenfahrbahn habe kommen können. Dies schliesse aus, dass sich der Beschwerdegegner 2 im Zeitpunkt der Kollision bereits in der Strassenmitte befunden habe (Beschwerde S. 9). Die Vorinstanz würdigt die Aussagen der Beschwerdeführerin und qualifiziert diese als widersprüchlich. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern die vorinstanzliche Feststellung, wonach der Beschwerdegegner 2 sich gegen die Mitte der Fahrbahn bewegte, willkürlich sein soll (Urteil S. 14).
2.3.4. Die Beschwerdeführerin bringt vor, soweit sich die unklare und gefahrenträchtige Situation daraus ergeben habe, dass der Beschwerdegegner 2 über keinen Führerausweis für Motorfahrräder verfügt und noch Restalkohol vom Vorabend im Blut gehabt habe, seien diese Umstände für sie nicht erkennbar gewesen (Beschwerde S. 10). Die Vorinstanz schliesst nicht aus diesen Umständen auf eine gefahrenträchtige Situation.
2.4. Die Vorinstanz geht willkürfrei davon aus, es habe eine unklare und gefährliche Verkehrssituation bestanden, die für die Beschwerdeführerin erkennbar war. Unbegründet sind die Vorbringen der Beschwerdeführerin, wonach die Verkehrssituation auch anders hätte sein können (Beschwerde S. 7-8). Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 4.3 mit Hinweis).
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz hätte die Aussagen von A._ nicht berücksichtigen dürfen. Sie habe ihm keine Ergänzungsfragen stellen können. Die Vorinstanz hätte ihn als Zeuge oder Auskunftsperson nach den einschlägigen Vorschriften zu Protokoll einvernehmen müssen (Beschwerde S. 13).
3.2. Die Vorinstanz würdigt "sinngemäss protokollierte Aussagen" von A._ und B._ (Urteil S. 11). Sie berücksichtigt die "Aussage der Auskunftsperson A._", wonach es zu dunkel gewesen sei, um zu erkennen, ob der Beschwerdegegner 2 die Richtungsänderung angezeigt habe (Urteil S. 15) sowie die Angabe, er sei dunkel gekleidet gewesen (Urteil S. 11, 15 unten). Ferner würdigt sie, in welchem Zeitpunkt der hinter der Beschwerdeführerin fahrende A._ die Rücklichter des Motorfahrrads gesehen habe (Urteil S. 14).
3.3. Ob die Vorinstanz die Aussagen von A._ hätte berücksichtigen dürfen, kann offenbleiben. Die Vorinstanz durfte auch ohne seine Aussage willkürfrei davon ausgehen, es sei dunkel gewesen, nachdem sowohl die Beschwerdeführerin als auch der Beschwerdegegner 2 übereinstimmend ausgesagt hatten, es sei dunkel gewesen. Ohnehin geht die Vorinstanz in dubio pro reo davon aus, der Beschwerdegegner 2 habe kein Handzeichen gegeben (E. 2.3.1). Der Kleidung des Beschwerdegegners 2 kommt bei der Beweiswürdigung keine entscheidende Bedeutung zu (E. 2.3.2). Die Vorinstanz durfte auch ohne die Aussage von A._ davon ausgehen, der Beschwerdegegner 2 habe sich gegen die Mitte der Fahrbahn bewegt (E. 2.3.3).
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe Art. 35 und Art. 26 i.V.m. <ref-law> falsch angewendet. Die Vorinstanz stelle fest, der Beschwerdegegner 2 habe sein beabsichtigtes Abbiegemanöver nicht angezeigt, habe nicht korrekt gegen die Strassenmitte eingespurt und es hätten keine klaren Anzeichen für ein fehlerhaftes Verhalten des Beschwerdegegners 2 bestanden. Er sei damit seinen Pflichten gegenüber den nachfolgenden Verkehrsteilnehmern im Sinne von <ref-law> nicht nachgekommen. Sie habe wegen des Fehlens einer Richtungsanzeige darauf vertrauen dürfen, dass der Motorfahrradlenker weiterhin geradeaus fährt (Beschwerde S. 10-12).
4.2. Nach dem von der Rechtsprechung aus <ref-law> abgeleiteten Vertrauensgrundsatz darf jeder Strassenbenützer darauf vertrauen, dass sich die anderen Verkehrsteilnehmer ebenfalls ordnungsgemäss verhalten. Auf den Vertrauensgrundsatz kann sich indes nur berufen, wer sich selbst verkehrsregelkonform verhält. Wer gegen die Verkehrsregeln verstösst und dadurch eine unklare oder gefährliche Verkehrslage schafft, kann nicht erwarten, dass andere diese Gefahr durch erhöhte Vorsicht ausgleichen (<ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen). Der Vertrauensgrundsatz wird eingeschränkt durch <ref-law>. Danach ist besondere Vorsicht u.a. geboten, wenn bereits Anzeichen dafür bestehen, dass sich ein Strassenbenützer nicht richtig verhalten wird oder wenn ein Fehlverhalten eines anderen Verkehrsteilnehmers auf Grund einer unklaren Verkehrssituation nach der allgemeinen Erfahrung unmittelbar in die Nähe rückt (<ref-ruling> E. 2.2.1 mit Hinweisen).
4.3. Die Vorinstanz erwägt, der Beschwerdeführerin könne keine Verletzung von <ref-law> vorgeworfen werden, weil der Beschwerdegegner 2 kein Handzeichen gegeben habe. Allerdings sei die wahrnehmbare Fahrweise des Beschwerdegegners 2 sowohl mit einer Weiterfahrt geradeaus als auch mit einem allenfalls verkehrsregelwidrigen Linksabbiegen vereinbar gewesen. Die Beschwerdeführerin habe den Beschwerdegegner 2 auf der Höhe einer Abzweigung überholt. Es habe Anzeichen eines Einspurens gegeben. Wegen der Dunkelheit habe sie davon ausgehen müssen, ein allfälliges Handzeichen vor dem Überholmanöver nicht erkannt zu haben (Urteil S. 12-16).
4.4. Aufgrund der insgesamt unklaren und gefahrenträchtigen Situation durfte die Beschwerdeführerin nicht annehmen, der Beschwerdegegner 2 werde weiter geradeaus fahren. Vielmehr hätte sie besondere Vorsicht walten lassen und auf das Überholen verzichten müssen. Sie hatte keine Gewissheit, dass die Überholstrecke bis zum Abschluss des Manövers frei bleiben würde. Die Beschwerdeführerin leitete das Überholmanöver trotz der unübersichtlichen, unsicheren und gefahrenträchtigen Situation ein. Damit verstiess sie gegen Art. 26 Abs. 2 und 35 Abs. 2 SVG. Die vorinstanzliche Beurteilung verletzt kein Bundesrecht.
5.
5.1. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law> und macht geltend, sie sei nach <ref-law> verurteilt worden, obwohl der Beschwerdegegner 2 in seiner Berufungserklärung eine Verurteilung nach <ref-law> verlangt habe (Beschwerde S. 14-15). Die Vorinstanz hätte ihr keine Kosten auferlegen dürfen, da der Beschwerdegegner 2 das erstinstanzliche Urteil im Kostenpunkt nicht angefochten habe (Beschwerde S. 15-16).
5.2. Der Beschwerdegegner 2 beantragte mit Berufungserklärung vom 15. März 2012, das erstinstanzliche Urteil sei aufzuheben, die Beschwerdeführerin sei "wegen Verletzung von <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law> sowie SVG Art. 125 Abs. 2 schuldig zu sprechen", die Haftung der Beschwerdeführerin sei im Grundsatz festzustellen, ihm sei die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und allfällige weitere Kosten seien dem Staat aufzuerlegen. Am 13. April 2012 stellte die Beschwerdeführerin unter anderem den Antrag, auf die Berufung sei nicht einzutreten, insoweit der Beschwerdegegner 2 beantrage, sie sei "gemäss <ref-law> schuldig zu sprechen". Nachdem die Verfahrensleitung das schriftliche Verfahren angeordnet hatte, erneuerte der Beschwerdegegner 2 mit Berufungsbegründung vom 14. September 2012 seine Anträge und präzisierte, die Beschwerdeführerin sei "wegen Verletzung von Verkehrsregeln gemäss SVG und gemäss StGB Art. 125 schuldig zu sprechen".
5.3. Gemäss <ref-law> ist in der schriftlichen Berufungserklärung anzugeben, welche Abänderungen des erstinstanzlichen Urteils verlangt werden. Wer nur Teile des Urteils anficht, hat in der Berufungserklärung verbindlich anzugeben, auf welche Teile sich die Berufung beschränkt (<ref-law>). <ref-law> verpflichtet die Parteien nicht, in ihrer Berufungserklärung neben allfälligen Beweisanträgen (Abs. 3 lit. c) weitere Begehren zu stellen. Dass der Beschwerdegegner 2 dies trotzdem getan hat, schadet nicht. Er ist ebenso wenig wie die Vorinstanz an die in der Berufungserklärung gestellten Anträge gebunden. Diese sind erst nach Abschluss des Beweisverfahrens zu stellen und zu begründen (<ref-law> i.V.m. <ref-law>) und können vorher geändert werden.
5.4. Es ist offensichtlich, dass der Beschwerdegegner 2 mit der Berufungserklärung vom 15. März 2012 nur versehentlich eine Verurteilung wegen <ref-law> beantragte, zumal das SVG bloss 108 Artikel umfasst und bereits die Staatsanwaltschaft in ihrer Anklageschrift eine Verurteilung wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung gemäss Art. 125 Abs. 1 und 2 StGB verlangt hatte (vorinstanzliche Akten, act. 234 ff.). Ohnehin hat er den Fehler in der Berufungsbegründung vom 14. September 2012 rechtzeitig korrigiert. Indem er die Aufhebung des erstinstanzlichen Urteils beantragte, hat er auch die Kosten- und Entschädigungsregelung angefochten. An seine weitergehenden Anträge war die Vorinstanz bei der ausgangsgemässen Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen nicht gebunden (<ref-law>). Die Vorinstanz hat das erstinstanzliche Urteil nur in den angefochtenen Punkten überprüft. <ref-law> wurde nicht verletzt. Die Rüge ist unbegründet.
6.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang trägt die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Januar 2014
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Moses