Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Y._ SA (Beschwerdegegnerin) klagte gegen die X._ AG (Beschwerdeführerin) beim Handelsgericht des Kantons Zürich auf Bezahlung von Fr. 2'816'904.-- nebst Zins. Mit Urteil vom 15. März 2007 verpflichtete das Handelsgericht die Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin Fr. 1,5 Mio. zuzüglich Zins zu 5 % seit 29. März 2005 zu bezahlen. Im Mehrbetrag wies es die Klage ab.
Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen:
1. Das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 15. März 2007 sei aufzuheben;
2. eventualiter sei das Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen;
.. ..."
Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen.
2. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid am 15. März 2007 ergangen ist, richtet sich das Verfahren nach dem BGG (<ref-law>).
3. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 292).
3.1 Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), darf sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Gleich wie nach der Praxis zur Berufung gemäss OG, muss der Beschwerdeführer demnach angeben, welche Punkte des Entscheides angefochten und welche Abänderungen beantragt werden. Grundsätzlich ist ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 188; <ref-ruling> E. 1.2 S. 139; <ref-ruling> E. 1b S. 414 mit Hinweisen; Urteil 4C.407/2006 vom 22. Januar 2007 E. 3.1; 4C.267/2006 vom 13. November 2006 E. 2.1; 4C.284/2005 vom 20. November 2006 E. 1.1).
3.2 Vorliegend verlangt die Beschwerdeführerin lediglich, das Urteil des Handelsgerichts vom 15. März 2007 sei aufzuheben. Eventualiter sei das Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen. Einen materiellen Antrag stellt sie nicht. Der Rückweisungsantrag wird bloss eventualiter erhoben. Dass das Bundesgericht im Falle der Gutheissung der Beschwerde nicht selbst in der Lage wäre, ein Urteil zu fällen, und die Streitsache an die Vorinstanz zurückweisen müsste, geht aus dem angefochtenen Entscheid nicht ohne weiteres hervor und wird auch in der Beschwerde in keiner Weise dargetan, wird doch nicht begründet, weshalb eventualiter das Verfahren an die Vorinstanz zurückzuweisen sei.
3.3 Demnach ergibt sich, dass die Beschwerdeführerin keinen rechtsgenüglichen Antrag gestellt hat und demzufolge auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
4. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 18'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juli 2007
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: