Erwägungen:
1. 1.1 X._ (geb. 1967) stammt aus Pakistan. Nach einem erfolglosen Asylverfahren und einem illegalen Aufenthalt heiratete er am 25. November 1993 eine Schweizer Bürgerin philippinischer Abstammung. Diese hielt sich von Anfang 1994 bis Ende 1995 bei ihrer Familie auf den Philippinen auf; die Ehe wurde am 15. Juni 1999 geschieden. Seit dem 27. Februar 1997 unterhielt X._ in seiner Heimat eine Parallelbeziehung zu einer Landsfrau, mit der er heute drei Kinder hat. Gestützt hierauf erklärte das Bundesamt für Migration am 3. März 2003 die am 4. März 1998 erfolgte Einbürgerung von X._ für nichtig.
1.2 Am 18. März 2004 wies das Migrationsamt des Kantons Zürich ein Gesuch von X._ ab, ihm eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen bzw. zu verlängern. Diese Verfügung focht er erfolglos im Kanton (Entscheid des Regierungsrats vom 2. April 2008; Urteil des Verwaltungsgerichts vom 20. August 2008) und vor Bundesgericht an (Urteil 2C_726/2008 vom 14. Januar 2009). Am 19. März 2009 ersuchte X._ darum, ihm eine Aufenthaltsbewilligung aus humanitären Gründen zu erteilen, was das Migrationsamt am 17. April 2009 ablehnte. Der Regierungsrat und das Verwaltungsgericht wiesen die hiergegen gerichteten Rechtsmittel am 3. Oktober 2012 bzw. 13. März 2013 ab. X._ beantragt vor Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und ihm gestützt auf Art. 30 lit. b AuG (SR 142.20) eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen bzw. die Sache zu weiteren Abklärungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
2. 2.1 Auf dem Gebiet des Ausländerrechts ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen Entscheide ausgeschlossen, welche Bewilligungen betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumen (<ref-law>). Zwar prüft das Bundesgericht die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1.1); dies befreit den Betroffenen indessen nicht davon, kurz darzulegen, dass und inwiefern die Eintretensvoraussetzungen gegeben sind (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 251, 353 E. 1 S. 356). Der Betroffene muss den geltend gemachten Anspruch in vertretbarer Weise darlegen und
rechtsgenügend begründen, andernfalls auf seine Eingabe nicht eingetreten wird.
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, wie die Vorinstanz ihn festgestellt hat (<ref-law>). Es kann diesen bloss berichtigen oder ergänzen, wenn er in einem entscheidwesentlichen Punkt offensichtlich unrichtig oder in Verletzung wesentlicher Verfahrensrechte ermittelt worden ist (<ref-law>). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der Sachverhalt bzw. die beanstandete Beweiswürdigung klar und eindeutig mangelhaft - mit anderen Worten willkürlich - erscheint (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3). Willkür liegt nicht bereits dann vor, wenn eine andere Sicht ebenfalls vertretbar oder sogar zutreffender erschiene, sondern nur, wenn sich die vorinstanzliche Beurteilung als offensichtlich unhaltbar erweist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt bzw. in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 5.4 S. 148 mit Hinweisen). <ref-law> steht seinerseits einer vorweggenommenen Beweiswürdigung nicht entgegen. Auf die Abnahme von Beweisen kann verzichtet werden, wenn die Vorinstanz aufgrund der bereits vorliegenden Unterlagen ihre Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür annehmen darf, ihre Beurteilung werde auch durch weitere Beweiserhebungen nicht mehr geändert (<ref-ruling> E. 3 S. 157).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe Art. 30 Abs. 1 lit. b AuG, wonach die kantonale Bewilligungsbehörde unter Zustimmung des Bundesamts von den Zulassungsvoraussetzungen (Art. 18 - 29 AuG) abweichen kann, um "schwerwiegenden persönlichen Härtefällen" Rechnung zu tragen, falsch angewendet bzw. diesbezüglich den Sachverhalt unvollständig bzw. in Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör ermittelt. Auf die Erteilung der sog. allgemeinen Härtefallbewilligung besteht indessen kein Rechtsanspruch. Es handelt sich dabei um eine Ermessensbewilligung (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 348), gegen deren Verweigerung die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ausgeschlossen ist (<ref-ruling> E. 2 S. 129 f.; vgl. auch <ref-law>).
3.2 Die Beschwerdeberechtigung für die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist - bei Fehlen eines Rechtsanspruchs - nicht gegeben, wenn ein ausländerrechtlicher Entscheid in materieller Hinsicht angefochten wird (vgl. <ref-ruling> ff.). Trotz fehlender Legitimation in der Sache selbst ist der Ausländer jedoch zur Rüge berechtigt, ihm zustehende Verfahrensgarantien, namentlich sein Anspruch auf rechtliches Gehör, seien verletzt worden. Nicht zu hören sind dabei jedoch wiederum Vorbringen, die im Ergebnis auf die Überprüfung des Sachentscheids abzielen, wie die Behauptung, dass die Begründung des angefochtenen Entscheids unvollständig oder zu wenig differenziert ausgefallen sei, sich nicht mit sämtlichen Argumenten auseinandersetze oder dass die Parteivorbringen willkürlich gewürdigt worden seien; ebenso wenig ist der Vorwurf zu hören, der Sachverhalt sei unvollständig oder sonst wie willkürlich festgestellt oder Beweisanträge seien wegen willkürlicher antizipierter Beweiswürdigung abgelehnt worden (vgl. zur Weiterführung dieser so genannten "Star-Praxis" unter der Herrschaft des Bundesgerichtsgesetzes s. <ref-ruling> E. 3.2 S. 436 f.).
3.3 Auf die vorliegende Eingabe ist im Zusammenhang mit Art. 30 Abs. 1 lit. b AuG mangels eines Rechtsanspruchs bzw. einer zulässigen Gehörsverweigerungsrüge weder als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten noch als subsidiäre Verfassungsbeschwerde einzutreten.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer beruft sich für den Bewilligungsanspruch auch auf Art. 50 AuG. Da er diesbezüglich in vertretbarer Weise einen potenziellen Bewilligungsanspruch geltend macht, ist in diesem Punkt auf seine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzugehen. Seine Ausführungen überzeugen indessen nicht: Nach Art. 50 AuG gilt der Anspruch auf Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung fort, wenn die Ehegemeinschaft, welche den Anspruch begründen soll, mindestens drei Jahre gedauert und die ausländische Person sich in der Schweiz erfolgreich integriert hat (Abs. 1 lit. a AuG) bzw. wichtige persönliche Gründe einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich machen (Abs. 1 lit. b i.V.m. Abs. 2 AuG). Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, hat das Bundesgericht es übergangsrechtlich abgelehnt, Art. 50 AuG auf altrechtliche Fälle anzuwenden, in denen sich sämtliche entscheidwesentlichen Fakten noch unter dem alten Recht verwirklicht haben und diese rechtskräftig beurteilt worden sind (Urteil 2C_376/2010 vom 18. August 2010 E. 2.2.2 und 6.2). Eine neue Gesetzgebung kann keinen nach altem Recht verfallenen Anspruch wieder aufleben lassen; hierin läge eine unzulässige rückwirkende Anwendung des neuen Rechts (Urteile 2C_492/2008 vom 26. Januar 2009 E. 3.4 und 2C_371/2008 vom 9. Februar 2009 E. 2.2). Dasselbe gilt nach der bundesgerichtlichen Praxis, wenn altrechtlich - wie hier - noch nicht rechtskräftig, sondern bloss erstinstanzlich entschieden worden ist und die betroffene Person im Zeitpunkt des Inkrafttretens des neuen Rechts über keinen Aufenthaltstitel mehr verfügte, der von der entsprechenden Ehegemeinschaft (abgeleitet) erteilt worden ist (Urteil 2C_869/2010 vom 19. April 2011 E. 2.3).
4.2 Der Beschwerdeführer war vom 25. November 1993 bis zum 15. Juni 1999 mit einer schweizerischen Staatsbürgerin verheiratet. Bei Inkrafttreten des neuen Rechts am 1. Januar 2008 basierte seine Anwesenheit nicht mehr auf dieser Beziehung, nachdem seine Einbürgerung am 3. März 2003 aufgehoben und er hernach am 18. März 2004 (neu) um die Erteilung einer (originären) Anwesenheitsbewilligung ersucht hatte. Als das neue Recht in Kraft trat, konnte sein bereits zuvor untergegangener Anspruch aus der längst aufgelösten Ehe mit der Schweizer Gattin nicht wieder aufleben (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.3; Urteil 2C_174/2013 vom 1. März 2013 E. 2.3.1 mit Hinweisen).
4.3 Selbst wenn von einer grundsätzlichen Anwendbarkeit von Art. 50 AuG ausgegangen würde, hätte der Anspruch im Übrigen - weil rechtsmissbräuchlich geltend gemacht (Art. 51 Abs. 2 lit.a AuG) bzw. mangels Erfüllens des Erfordernisses, die Ehegemeinschaft während dreier Jahre in der Schweiz gelebt zu haben - als erloschen bzw. nicht erfüllt zu gelten: Die Gattin des Beschwerdeführers hielt sich von Anfang 1994 bis Ende 1995 in ihrer früheren Heimat auf; am 27. Februar 1997 heiratete der Beschwerdeführer in Pakistan seine heutige Gemahlin, womit die eheliche Gemeinschaft in der Schweiz etwas mehr als 1 Jahr gedauert hat. Dass er heute allenfalls integriert im Sinne von Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG erscheint, spielt keine Rolle, da die beiden Voraussetzungen (drei Jahre und erfolgreiche Integration) kumulativ erfüllt sein müssen.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer beruft sich schliesslich auf den Schutz seines Privatlebens. Die Vorinstanz habe verkannt, dass er über einen Anspruch auf die Härtefallbewilligung gestützt auf Art. 8 Ziff. 1 EMRK verfüge; er fühle sich als Schweizer und nicht mehr als Pakistani. Das Verwaltungsgericht habe festgestellt, dass er als gut integriert gelten könne, es habe aber zu Unrecht davon abgesehen, zu klären, ob er nicht im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung als besonders intensiv und über das übliche Mass hinaus integriert gelten müsse.
5.2 Aus dem Schutz des Privatlebens kann ein Recht auf Verbleib in der Schweiz nur unter besonderen Umständen abgeleitet werden. Eine lange Anwesenheit und die damit verbundene normale Integration genügen für sich allein nicht; es bedarf hierfür vielmehr besonders intensiver, über eine normale Integration hinausgehender privater Bindungen gesellschaftlicher oder beruflicher Natur bzw. entsprechender vertiefter sozialer Beziehungen zum ausserfamiliären Bereich (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 286; <ref-ruling> E. 2c S. 384 ff.). Das Bundesgericht hat es abgelehnt, schematisch von einer bestimmten Aufenthaltsdauer an eine solche besondere, einen Anspruch auf die Einräumung eines Anwesenheitsrechts begründende Verwurzelung in den hiesigen Verhältnissen anzunehmen; die Aufenthaltsdauer bildet nur ein Element unter anderen (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 287). Der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte (EGMR) stellt im Zusammenhang mit einer allfälligen Verletzung von Art. 8 EMRK ebenfalls nicht allein auf die Dauer der bisherigen Anwesenheit ab, sondern nimmt seinerseits eine Gesamtwürdigung vor (vgl. das Urteil Gezginci gegen Schweiz vom 9. Dezember 2010 [Nr. 16327/05] Ziff. 60 ff. [keine Verletzung von Art. 8 EMRK durch die Verweigerung einer Aufenthaltsbewilligung bei einer Anwesenheit von rund 30 Jahren]).
5.3 Der Beschwerdeführer hält sich zwar schon seit langer Zeit in der Schweiz auf, doch ist nicht ersichtlich, inwiefern seine Integration über das in einem solchen Zeitraum Übliche hinausgehen würde, auch wenn er geltend macht, bei seinem Arbeitgeber praktisch Familienanschluss gefunden zu haben. Seit 2004 hielt er sich lediglich gestützt auf die aufschiebende Wirkung der verschiedenen Rechtsmittel im Land auf; er musste gestützt auf sein Verhalten (Erschleichen des Aufenthalts durch Täuschung der Behörden) mit grosser Wahrscheinlichkeit davon ausgehen, dass er die Schweiz zu verlassen haben würde. Die jeweilige Verfahrensdauer vor dem Regierungsrat war jeweils zu lang und kann ihm - wie die Vorinstanz festgestellt hat - nicht zur Last gelegt werden, doch hätte er die Möglichkeit gehabt, mit einer Rechtsverzögerungs- bzw. Rechtsverweigerungsbeschwerde die ungerechtfertigten Verzögerungen zu beanstanden und zu einer rascheren Klärung der Situation beizutragen. Die Vorinstanz durfte deshalb die Dauer seines Aufenthalts und deren integrierende Wirkung relativieren. Musste der Beschwerdeführer damit rechnen, dass er die Schweiz zu verlassen haben würde, wäre es an ihm gewesen, klar und unzweideutig hinreichende Grundlagen dazu zu liefern, warum und inwiefern er sich dennoch überdurchschnittlich integriert haben sollte und dies - durch eine konkrete Vertrauenssituation begründet - auch tun durfte. Das hat er nicht dargelegt, weshalb das Verwaltungsgericht nicht gehalten war, noch die von ihm beantragten Zeugen einzuvernehmen. Es durfte willkürfrei auf die eingereichten schriftlichen Erklärungen abstellen und die Integration gestützt hierauf als durchschnittlich bzw. gut, aber nicht überdurchschnittlich bewerten (zu einem Fall überdurchschnittlicher Integration: Urteil 2C_266/2009 vom 2. Februar 2010).
5.4 Wesentlich gegen den vom Beschwerdeführer geltend gemachten Bewilligungsanspruch aus Art. 8 EMRK sprechen einerseits das missbräuchliche Verhalten, welches seinen Aufenthalt in der Schweiz erst ermöglicht hat, und andererseits die weiterhin gelebten Beziehungen zu seinem Heimatland und der sich dort aufhaltenden Kernfamilie (vgl. das EGMR-Urteil Shala gegen Schweiz vom 15. November 2012 [Nr. 52873/09] Ziff. 55 [inzwischen rechtskräftig]): Der Beschwerdeführer, der sich ab und zu nach Pakistan begab, ehelichte am 27. Februar 1997 eine Landsfrau, mit der er offenbar heute noch verheiratet ist und mit welcher er drei Kinder gezeugt hat. Die schweizerische Ehefrau nahm ihrerseits im Frühjahr 1998 eine Beziehung zu einem anderen Mann auf, von dem sie schwanger wurde. Die zweite Ehefrau wurde seine Lebenspartnerin; mit ihr gründete er seine Familie. Während Jahren hat er diesen Umstand verschwiegen und sich die schweizerische Staatsbürgerschaft mit einer Urkundenfälschung erschlichen. Seine Frau und seine Kinder leben in Pakistan, wo er sich bis zu seinem 22. Altersjahr ebenfalls aufgehalten hat. Während seiner Anwesenheit in der Schweiz hielt er die Kontakte dorthin aufrecht. Auch während der hängigen Beschwerdeverfahren ist er regelmässig in sein Heimatland zurückgekehrt. Weshalb er sein Privat- und Familienleben nicht mehr dort, wo sich auch seine Eltern, Brüder und Schwestern aufhalten, leben könnte, ist nicht ersichtlich («else-where-approach»). Es überwiegt vorliegend - auch aus generalpräventiven Gründen - das öffentliche Interesse am Schutz und an der Durchsetzung der Einwanderungs- und Bürgerrechtsgesetzgebung das private, in der Schweiz leben, arbeiten und die Familie zu Hause unterstützen und (regelmässig) besuchen zu können, selbst wenn der Beschwerdeführer sich inzwischen ökonomisch, beruflich und sozial integriert hat (vgl. etwa das EGMR-Urteil Omoregie gegen Norwegen vom 31. Juli 2008 [Nr. 265/07] Ziff. 64; ZÜND/HUGI YAR, Aufenthaltsbeendende Massnahmen im schweizerischen Ausländerrecht, insbesondere unter dem Aspekt des Privat- und Familienlebens, in: EuGRZ 40/2013 S. 1 ff., dort N. 16 mit weiteren Hinweisen). Aus der rein faktischen, unbewilligten Anwesenheit kann auch nach Praxis des EGMR kein Aufenthaltsrecht abgeleitet werden (Urteil 2C_730/2011 vom 24. Februar 2012 E. 4.2 mit weiteren Hinweisen).
6. 6.1 Der angefochtene Entscheid verletzt kein Bundes- oder Konventionsrecht. Die Eingabe kann ohne Weiterungen im Verfahren nach <ref-law> erledigt werden. Ergänzend wird auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen (<ref-law>).
6.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Es sind keine Entschädigungen geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
1.2 Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Mai 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Hugi Yar