Fatti:
A. Il 26 luglio 2007 C._ e D._ hanno presentato al Municipio di W._ una domanda di costruzione per edificare una casa d'abitazione sul fondo xxx, situato nella zona del nucleo della frazione di Y._. La domanda è stata pubblicata dal 10 agosto al 4 settembre 2007, dandone avviso ai proprietari confinanti, tra i quali A._, proprietario del fondo retrostante zzz, che non hanno presentato opposizioni.
A seguito del preavviso negativo dell'autorità cantonale, gli istanti hanno ritirato la domanda, ripresentandola il 6 dicembre 2007 con le modifiche intese a tenere conto delle indicazioni formulate da detta autorità sotto il profilo dell'inserimento nel paesaggio. La domanda, pubblicata dal 13 al 28 dicembre 2007, e con avviso della pubblicazione ai proprietari confinanti, non ha suscitato opposizioni. Il 22 gennaio 2008 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, notificando la decisione solo agli istanti, siccome non erano state presentate opposizioni.
B. Il 21 gennaio 2009 B._, subentrato ai genitori, ha chiesto il permesso in via di notifica di eseguire delle modifiche interne e di realizzare un'autorimessa parzialmente interrata, nonché un corpo lift. Contro la domanda, pubblicata dal 23 febbraio al 9 marzo 2009, con avviso ai proprietari confinanti, non sono state presentate opposizioni. L'11 agosto 2009 l'Esecutivo comunale ha rilasciato l'autorizzazione richiesta, notificandola solo al richiedente, siccome anche in questo caso non erano state interposte opposizioni. Il medesimo giorno il Municipio ha risposto a uno scritto dell'8 agosto 2009 di A._ che lamentava un'incongruenza tra la modinatura e la costruzione realizzata, dichiarando tardiva ed irricevibile la contestazione.
C. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, il 17 maggio 2010 A._ ha presentato all'Ufficio delle domande di costruzione del Dipartimento del territorio un'istanza di accertamento, tendente a stabilire se la procedura di rilascio delle licenze edilizie sia stata corretta e conforme alle normative edilizie comunali e cantonali. Con decisione del 15 novembre 2010 il Municipio di W._, cui l'autorità cantonale adita ha trasmesso per competenza la domanda di accertamento, ha rilevato che le autorizzazioni erano state rilasciate in conformità con le leggi vigenti in materia edilizia ed ha negato un'eventuale nullità delle sue decisioni. Con risoluzione del 14 giugno 2011 il Consiglio di Stato ha respinto un ricorso del vicino contro la decisione municipale.
D. Contro la risoluzione governativa, A._ ha adito il Tribunale cantonale amministrativo, che con sentenza del 26 settembre 2012 ha respinto il ricorso. La Corte cantonale ha negato l'esistenza di motivi per accertare la nullità delle autorizzazioni edilizie rilasciate.
E. A._ impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di rinviare la causa all'istanza inferiore, affinché sia imposto al Municipio di accertare se la procedura di rilascio delle licenze edilizie è stata corretta e conforme alle normative edilizie comunali e cantonali. Il ricorrente fa sostanzialmente valere la violazione del divieto dell'arbitrio.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1. Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha definitivamente respinto una domanda di accertamento, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF. Il ricorrente, che è proprietario di un fondo confinante ed ha partecipato alla procedura dinanzi all'autorità inferiore, è legittimato a ricorrere giusta l'art. 89 cpv. 1 LTF.
2. 2.1 Secondo l'art. 42 cpv. 2 LTF, nel ricorso occorre spiegare per quali ragioni l'atto impugnato viola il diritto. Il ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali motivi tale giudizio viola il diritto (<ref-ruling> consid. 1.4.1). Le esigenze di motivazione sono inoltre accresciute laddove il ricorrente lamenta la violazione di diritti fondamentali e di norme del diritto cantonale (art. 106 cpv. 2 LTF), nonché l'arbitrio nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove, dato che ciò equivale a sostenere che i fatti sono stati accertati in violazione dell'art. 9 Cost. e del diritto federale (<ref-ruling> consid. 2.4 e 2.5, 49 consid. 1.4.1).
2.2 Il gravame non adempie le citate esigenze di motivazione e deve essere dichiarato inammissibile.
Il giudizio impugnato è fondato sull'art. 41 della legge ticinese di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966 (LPamm). Questa norma disciplina la domanda di accertamento e prevede che la domanda intesa ad accertare l'esistenza o l'estensione di un diritto o di un obbligo può essere proposta all'autorità competente per materia a decidere in prima istanza, da chi giustifichi un interesse legittimo all'accertamento immediato. In particolare l'istanza può concernere l'accertamento della nullità di un atto amministrativo.
Al riguardo, la Corte cantonale ha innanzitutto messo in dubbio l'esistenza di un "interesse legittimo" del ricorrente alla constatazione della nullità delle licenze edilizie. Ha infatti rilevato che, anche dopo avere consultato gli atti della procedura edilizia, il ricorrente si è limitato a censurare aspetti procedurali, senza pretendere che la costruzione violava il diritto e non poteva quindi essere autorizzata. La precedente istanza è comunque entrata nel merito del gravame, negando l'esistenza di motivi di nullità ai sensi dell'art. 41 LPamm. Il ricorrente non fa valere l'applicazione arbitraria di questa disposizione, né si confronta con i considerandi esposti nel giudizio impugnato spiegando per quali ragioni essi sarebbero manifestamente insostenibili. Egli ribadisce sostanzialmente la sua richiesta volta a chiarire se la procedura edilizia è stata eseguita in modo regolare, disattendendo che il tema del litigio è circoscritto alla questione dell'accertamento della nullità delle licenze edilizie, in applicazione dell'art. 41 LPamm. Al proposito, nemmeno in questa sede il ricorrente dimostra un interesse attuale e degno di protezione a tale accertamento, giacché prospetta unicamente irregolarità procedurali, lamentando in particolare il fatto che la modinatura non corrispondeva al progetto. Non sostiene tuttavia che la costruzione realizzata non sarebbe conforme al diritto edilizio e nemmeno sostanzia gravi errori di procedura o vizi particolarmente importanti e manifesti, tali da provocare le nullità delle licenze edilizie rilasciate dal Municipio.
2.3 Il ricorrente sostiene di non avere ricevuto l'avviso di pubblicazione della domanda di costruzione per la quale è stata rilasciata la licenza e rimprovera genericamente alla Corte cantonale la mancata assunzione di ulteriori prove. I giudici cantonali hanno tuttavia rettamente rilevato che agli atti figurano sia le copie degli avvisi di pubblicazione del 7 dicembre 2007 inviati ai proprietari confinanti, tra cui il ricorrente, sia la distinta d'impostazione delle relative lettere raccomandate che prova come tale invio è effettivamente avvenuto. Il ricorrente non si confronta con questa constatazione e non sostanzia arbitrio alcuno. Non v'è quindi motivo per rimettere in discussione l'accertamento, vincolante per il Tribunale federale (art. 105 cpv. 1 LTF), secondo cui il ricorrente è stato avvertito del deposito della domanda di costruzione del 6 dicembre 2007. Egli ha quindi avuto la possibilità di esaminare il progetto e di eventualmente verificare la discordanza tra questo e la modinatura in sede di opposizione alla domanda di costruzione (cfr. <ref-ruling> consid. 3b). Sollevando per il resto critiche generiche all'indirizzo della Corte cantonale, che non avrebbe eseguito una più approfondita istruttoria, il ricorrente non spiega, con una motivazione conforme alle citate esigenze, per quali ragioni, a meno di incorrere nell'arbitrio, essa non poteva fondare il proprio giudizio già sulla base degli atti, completati dalla Corte cantonale medesima.
3. Ne segue che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di W._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.