Faits:
A. A.a Y._ SA, de siège à ..., a pour but social le commerce d'articles d'horlogerie, de bijouterie, de joaillerie, d'articles de luxe et autres marchandises s'y rattachant.
La société a engagé X._ le 9 février 2004, avec effet dès le 1er mars 2004. Dans la lettre d'engagement, l'employeur insistait sur l'engagement total de la collaboratrice et la mise en valeur de ses connaissances acquises dans le domaine de la vente, dans la gestion de magasins, de la petite comptabilité, des contrats avec les clients, de l'entretien de stock, et du magasin.
Le salaire mensuel de base s'élevait à 4'200 fr. et prévoyait le versement d'étrennes de fin d'année correspondant à 1/1 du salaire dès la deuxième année. Le dernier salaire mensuel brut s'est élevé à 4'700 francs.
A.b Dans la matinée du 14 septembre 2006, le commerce exploité par Y._ SA a été la cible d'une attaque à main armée, alors que X._ et A._, stagiaire en formation, y travaillaient. Le voleur est parvenu à s'enfuir en emportant trois montres.
Du 19 septembre 2006 au 31 janvier 2007, X._ s'est trouvée en incapacité totale de travailler.
A.c Le 21 septembre 2006, le contrat de X._ a été résilié avec effet immédiat.
Le lendemain, l'administrateur de la société anonyme, B._, a porté plainte pour le vol d'une montre de marque «...» contre son employée X._. Le 4 novembre 2006, il retirait la plainte.
L'employée s'est opposée à son licenciement immédiat.
B. Le 31 janvier 2007, X._ a ouvert action contre Y._ SA devant la juridiction des prud'hommes du canton de Genève, en concluant au paiement de 44'143 fr.20, plus intérêts à 5% dès le 31 janvier 2007, dont 15'040 fr. bruts à titre de paiement de 80% du salaire des mois d'octobre 2006 à janvier 2007, 9'400 fr. bruts à titre de salaire durant le délai de congé, 1'082 fr.95 bruts d'indemnité afférente aux vacances pour l'année 2005, 2'170 fr.25 bruts d'indemnité afférente aux vacances pour la période d'octobre 2006 à mars 2007, 4'700 fr. bruts de treizième salaire pour l'année 2006, 1'175 fr. bruts de paiement des heures supplémentaires et 9'400 fr. nets d'indemnité pour atteinte à la personnalité et résiliation injustifiée. La Caisse Z._ est intervenue à la procédure en réclamant le paiement de 7'794 fr.50, correspondant aux indemnités de chômage versées du 3 janvier au 30 mars 2007.
B.a Par jugement du 26 octobre 2007, la juridiction des prud'hommes a condamné la défenderesse à verser à la demanderesse les sommes brute de 11'489 fr.15 et nette de 12'109 fr.75, le tout avec intérêts au taux de 5% l'an dès le 31 janvier 2007; la défenderesse a par ailleurs été condamnée à verser à l'intervenante la somme nette de 5'010 fr.75 et à délivrer le certificat de travail reproduit dans le dispositif du jugement. Le Tribunal a encore invité la partie qui en a la charge à opérer les déductions sociales, légales et usuelles.
B.b Le 12 juin 2008, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a, sur appel de la défenderesse, annulé le jugement entrepris. Statuant à nouveau, la cour cantonale a condamné la défenderesse à payer à la demanderesse la somme nette de 2'479 fr.55, avec intérêts moratoires à 5% l'an à compter du 22 septembre 2006, et à délivrer le certificat de travail reproduit dans le dispositif du jugement. La partie qui en a la charge a été invitée à procéder aux déductions sociales, légales et usuelles.
Contrairement à la première instance, la cour cantonale a estimé que la résiliation immédiate était justifiée, motif pris que l'employée s'est appropriée de façon illégitime une montre de marque «...» et qu'elle n'a pas saisi l'occasion qui lui était offerte de restituer cette pièce. La juridiction cantonale a annulé le jugement sur ce point, relevant que « l'article 336 let. c CO » ne s'applique pas en cas de congé pour justes motifs. Elle s'est ensuite prononcée sur le trop-perçu de salaire pour le mois de septembre 2006 et a relevé que l'employeur était en droit de réclamer la restitution d'un indu de 1'445 fr., le salaire ayant été payé pour le mois entier alors que l'employée a travaillé jusqu'au 21. Les juges genevois ont ensuite statué sur les vacances non prises en nature en 2005 et sur le treizième salaire 2006 prorata temporis. Ils ont enfin rejeté les conclusions de l'intervenante, en tant qu'elles ont trait à des indemnités qui ne sont pas dues par l'employeur.
C. La demanderesse exerce un recours en matière civile. Elle invite le Tribunal fédéral à annuler l'arrêt attaqué et à condamner la défenderesse à verser les sommes arrêtées par la juridiction des prud'hommes.
La défenderesse conclut principalement à l'irrecevabilité du recours et subsidiairement à son rejet. L'intervenante a renoncé à déposer une réponse; quant à l'autorité cantonale, elle a formulé des observations, au terme desquelles elle a estimé ne pas avoir agi arbitrairement en ayant retenu le témoignage sous serment de A._ comme fondant son intime conviction.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a partiellement succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 francs (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
2. L'autorité cantonale a examiné les deux motifs invoqués par l'employeur à l'appui du licenciement immédiat. Elle a nié le premier motif se rapportant à l'attitude de l'employée au moment du brigandage, mais a admis le second concernant la disparition de la montre «...».
2.1 La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir admis le vol de la montre «...» sur la base du seul témoignage de A._ et d'avoir ainsi reconnu l'existence d'un juste motif de licenciement immédiat.
Elle dénonce une appréciation arbitraire des preuves, en se référant aux art. 9 Cst. et 196 LPC gen. Cette dernière disposition pose le principe de la libre appréciation des preuves en procédure civile cantonale et s'applique à la juridiction des prud'hommes (cf. art. 11 de la loi genevoise du 25 février 1999 sur la juridiction des prud'hommes). Comme la recourante ne soutient pas que l'<ref-law> gen. offrirait une protection supérieure à celle garantie par la Constitution fédérale, le grief sera examiné exclusivement à la lumière de la disposition constitutionnelle.
Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17).
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, l'autorité verse dans l'arbitraire lorsqu'elle ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsqu'elle tire des conclusions insoutenables à partir des éléments recueillis (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 1b p. 30 et les arrêts cités).
2.2 La Cour d'appel a retenu que l'employée a emporté la montre de marque «...» chez elle et ne l'a pas restituée alors qu'elle était confondue. Pour parvenir à cette constatation, l'autorité cantonale a donné crédit au témoignage de A._. Le témoin a relaté avoir été contacté téléphoniquement, un des soirs suivant le brigandage, par la recourante, qui lui aurait indiqué s'être trompée suite au brigandage en ayant mis la montre dans son sac; la recourante lui aurait alors demandé de reprendre la montre et de la cacher dans le magasin pour que le bijou soit ensuite retrouvé par hasard. L'autorité cantonale a déclaré être convaincue par les dépositions répétées, très claires et concordantes, du témoin, qui ont emporté son intime conviction.
Le témoignage de A._ n'est infirmé par aucun moyen de preuve. En outre, quoi qu'en dise la recourante, son contenu - tel que relaté ci-dessus - a été constant tout au long de la procédure et est dénué d'ambiguïté. Cela étant, il n'est pas insoutenable, pour la cour cantonale, de s'être fondée sur le témoignage en question, ce en dépit du fait qu'il émane d'une employée de l'intimé, qui était, tout comme la recourante, accusée de vol.
La recourante relate les motifs allégués par l'employeur à l'appui du retrait de la plainte pénale déposée pour vol. Or, cet élément ne constitue pas une preuve contraire pertinente, puisque le point de vue de l'employeur s'agissant de la possibilité d'identifier l'auteur du vol ne saurait en aucun cas suppléer celui du juge pénal et, encore moins, du juge civil chargé de déterminer l'existence ou non d'un motif justifié de licenciement immédiat. Par conséquent, les raisons invoquées à l'appui du retrait de plainte sont sans pertinence.
A._ a clairement désigné la recourante comme étant l'auteur du vol de la montre de marque «...». En l'absence d'éléments décisifs allant en sens contraire, il n'est pas arbitraire, pour la cour cantonale, de s'être déclarée convaincue par le témoignage en question, ce en dépit des dénégations de la recourante.
Le recours ne peut donc qu'être rejeté.
3. Compte tenu de l'issue du recours, il convient de mettre les frais judiciaires à la charge de la recourante et de la condamner à verser à l'intimée une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
L'intervenante, qui a renoncé à déposer une réponse et, qui plus est, n'a pas agi par l'intermédiaire d'un avocat, n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Caisse Z._ et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 29 octobre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Crittin