Faits:
A. X._ exerce une activité indépendante dans l'appartement où il est domicilié, à Y._. Depuis février 1996, il exploite une entreprise individuelle à l'enseigne « Z._ », dont l'activité consiste en l'achat, la vente, la location, la promotion et le courtage dans le domaine immobilier et financier.
Dans sa déclaration fiscale 2002, envoyée le 29 août 2003, X._ a fait état d'un bénéfice net de 57'383 fr. 10, duquel il avait déduit les sommes de 10'425 fr. 15 pour frais de téléphone, internet, port et CCP et de 20'700 fr. à titre de loyer et frais de chauffage.
Le 14 octobre 2003, l'Administration fiscale cantonale lui a notifié un bordereau de taxation relatif à l'impôt fédéral direct 2002 d'un montant de 1'655 fr. 70, calculé sur la base d'un revenu imposable de 74'800 fr. Dans le procès-verbal de taxation remis au contribuable le 3 septembre 2004, elle explique qu'elle a opéré une reprise de 19'695 fr. sur les comptes commerciaux, soit 4'170 fr. sur le poste téléphone, internet, frais de port et CCP, représentant les 2/5èmes du total de 10'425 fr. pour la part privée, et 15'525 fr. sur le poste loyer et chauffage.
Statuant sur réclamation le 1er avril 2005, l'Administration fiscale cantonale a admis une déduction supplémentaire pour le loyer, tout en maintenant sa position concernant les frais de téléphone, internet, port et CCP.
B. X._ a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt fédéral direct, en concluant à la déduction intégrale des frais de téléphone, internet, port et CCP, à hauteur de 10'425 fr., car il s'agissait de frais entièrement liés à son activité professionnelle. Ce recours a été rejeté, par décision de la commission du 8 novembre 2006.
Saisi d'un recours contre cette décision, le Tribunal administratif du canton de Genève l'a rejeté par arrêt du 9 octobre 2007. Il a retenu en bref que le contribuable n'avait pas établi que ses frais étaient justifiés en totalité par l'exercice de sa profession et que l'administration les avait déjà admis à hauteur des 3/5èmes, soit 6'255 fr. sur les 10'425 fr. revendiqués par l'intéressé.
C. Invoquant l'arbitraire, le principe de la bonne foi et le droit à un procès équitable, X._ forme un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. Il conclut, avec suite de dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 9 octobre 2007.
Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours, avec suite de frais, de même que l'Administration fédérale des contributions, qui a renoncé à présenter des observations.

Considérant en droit:
1. 1.1 Déposé en temps utile (<ref-law>), contre un jugement final (<ref-law>) rendu dans une cause de droit public (<ref-law>), par l'autorité cantonale de dernière instance dont la décision peut faire l'objet d'un recours auprès du Tribunal fédéral (art. 82 al. 1 lettre d LTF et 146 de la loi fédérale de l'impôt fédéral direct : LIFD; RS 642.11), le présent recours est en principe recevable. Le recourant a en outre un intérêt digne de protection à l'annulation de la décision attaquée (<ref-law>),
1.2 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Toutefois, selon l'<ref-law>, il n'examine la violation de droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. Cette disposition reprend le principe du grief (Rügeprinzip) que la pratique relative au recours de droit public avait établi en relation avec l'art. 90 OJ (<ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254; <ref-ruling> consid. 6 p. 397). Selon cette pratique, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261/262, 26 consid. 2.1 p. 31 et les références). En outre, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., l'intéressé ne peut se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (<ref-ruling> consid. 7a p. 312; <ref-ruling> consid. 1b p. 495 et la jurisprudence citée).
Sous cette réserve, il y a donc lieu d'entrer en matière sur le recours.
2. 2.1 D'après l'<ref-law>, les contribuables exerçant une activité lucrative indépendante peuvent déduire les frais qui sont justifiés par l'usage commercial ou professionnel. Leur déductibilité est conditionnée par la preuve de leur nécessité au regard de l'activité en cause (Yves Noël, in Commentaire romand de la loi sur l'impôt fédéral direct, Bâle 2008, édité par Danielle Yersin et Yves Noël, n. 2 ad art. 27, p. 455). La jurisprudence considère ainsi qu'en matière fiscale, il incombe à celui qui fait valoir l'existence d'un fait de nature à éteindre ou à diminuer sa dette fiscale d'en apporter la preuve et de supporter les conséquences de l'échec de cette preuve (<ref-ruling> consid. 4c/aa p. 266; arrêts 2A.262/2006 du 6 novembre 2006 in RDAF 2006 II p. 430; 2A.295/2006 du 16 octobre 2006 in RDAF 2006 II 540; 2A.461/2001 du 2 février 2002 in Revue fiscale 57/2002, p. 816, consid. 2). A cet égard, le renvoi du législateur à l'usage, commercial ou professionnel, donne à l'autorité de taxation un pouvoir d'appréciation important, renforcé par le fait qu'elle ne supporte pas le fardeau de la preuve du refus de déduction (Noël, op. cit, n. 4 ad art. 27, p. 456). La distinction entre frais professionnels, déductibles, et frais privés, non déductibles, peut être délicate chez l'indépendant. L'autorité de taxation doit notamment apprécier le caractère professionnellement usuel de la dépense; pour ce faire, elle dispose notamment de l'information recueillie lors de la taxation des autres indépendants de la même branche (Noël, op. cit, n. 21 ad art. 27 p. 459).
2.2 En l'espèce, le Tribunal administratif s'est référé à l'information 7/2002 envoyée par l'Administration fiscale cantonale aux associations professionnelles. Ce document codifie la pratique de l'administration. Il prévoit que les frais engagés ne sont admis en déduction que s'ils sont nécessairement liés à l'acquisition du revenu réalisé, seuls les frais effectifs pouvant entrer en considération. Le Tribunal administratif a ainsi constaté que l'autorité de taxation avait certes reconnu que les frais de téléphone, internet, port et CCP étaient nécessaires à l'activité de courtier indépendant exercée par le recourant, mais pour 3/5èmes seulement. En effet, le recourant n'était pas parvenu à prouver que la totalité des 10'425 fr. affectés à ce poste était justifiée par son activité professionnelle, dans la mesure où l'intéressé utilisait son logement privé comme lieu de travail. A ce propos, la juridiction cantonale a estimé que les pièces complémentaires produites par le recourant n'excluaient pas que celui-ci effectue aussi des appels privés depuis ses raccordements à usage professionnel ou qu'il consulte à titre privé des sites internet. Au demeurant, le recourant n'avait pas voulu produire la liste de ses appels sortants, au motif qu'il devait préserver la confidentialité de ses clients, et Swisscom n'était pas non plus en mesure de produire le détail desdits appels au-delà des six derniers mois.
3. 3.1 Le recourant invoque l'interdiction de l'arbitraire, la protection de la bonne foi et la garantie d'un procès équitable (art. 29 al. 1 Cst. et 6 § 1 CEDH). Il se plaint en fait uniquement de l'appréciation arbitraire des preuves par la juridiction cantonale. Ce faisant, il lui reproche de ne pas avoir tenu compte du fait qu'il était dans l'impossibilité d'obtenir les documents établissant ses appels sortants pour 2002. Sur ce point, le recourant se prévaut d'une lettre de Swisscom du 12 avril 2007, l'informant que selon l'art. 17 (recte: 15 al. 3) de la loi fédérale sur la surveillance de la correspondance par poste et télécommunication du 6 octobre 2000 (LSCPT; RS 780.1), les fournisseurs de services sont tenus de conserver durant six mois les données permettant l'identification des usagers ainsi que les données relatives au trafic et à la facturation. Il en déduit que le fait qu'il a invoqué le secret professionnel dans son recours au Tribunal administratif est sans pertinence au vu de l'impossibilité de produire les factures en cause.
3. 3.1 Le recourant invoque l'interdiction de l'arbitraire, la protection de la bonne foi et la garantie d'un procès équitable (art. 29 al. 1 Cst. et 6 § 1 CEDH). Il se plaint en fait uniquement de l'appréciation arbitraire des preuves par la juridiction cantonale. Ce faisant, il lui reproche de ne pas avoir tenu compte du fait qu'il était dans l'impossibilité d'obtenir les documents établissant ses appels sortants pour 2002. Sur ce point, le recourant se prévaut d'une lettre de Swisscom du 12 avril 2007, l'informant que selon l'art. 17 (recte: 15 al. 3) de la loi fédérale sur la surveillance de la correspondance par poste et télécommunication du 6 octobre 2000 (LSCPT; RS 780.1), les fournisseurs de services sont tenus de conserver durant six mois les données permettant l'identification des usagers ainsi que les données relatives au trafic et à la facturation. Il en déduit que le fait qu'il a invoqué le secret professionnel dans son recours au Tribunal administratif est sans pertinence au vu de l'impossibilité de produire les factures en cause.
3.2 En l'espèce, les explications données par le recourant sur l'usage de ses différentes lignes téléphoniques ne permettent pas d'admettre le caractère exclusivement professionnel de ses communications, les frais de port et de CCP ayant été considérés comme marginaux et non litigieux par le Tribunal administratif. Quant à la pratique de Swisscom fondée sur l'<ref-law>, même si l'on considère qu'elle puisse s'appliquer par analogie au cas du recourant qui n'entre pas dans le champ d'application de la loi (<ref-law>), elle ne permet pas à l'intéressé de se soustraire à son obligation de produire les justificatifs liés à l'ensemble de ses frais téléphoniques et d'internet. Compte tenu de l'activité d'indépendant qu'il exerce depuis plusieurs années, le recourant devait connaître les règles d'imposition, en particulier son devoir de conserver, voire de réclamer tout de suite à Swisscom, les relevés détaillés de ses factures de téléphone et d'internet en relation avec son activité (<ref-law>). A cet égard, les factures mensuelles globales qu'il a produites sont manifestement insuffisantes pour établir l'origine de ces frais. On ne saurait en effet considérer qu'il se trouvait dans un cas où le contribuable est libéré de son obligation de collaboration, parce qu'il ne lui est objectivement pas possible de satisfaire à la réquisition de l'autorité, mais bien dans celui où il a causé lui-même cette impossibilité en ne conservant pas les justificatifs nécessaires (Isabelle Althaus-Houriet, in Commentaire de la LIFD précité, n. 11 ad art. 126 p. 1232). Dans son recours au Tribunal administratif, le recourant a d'ailleurs clairement indiqué qu'il n'entendait pas présenter la liste des appels téléphoniques professionnels entrants pour des motifs liés au secret professionnel.
Il s'ensuit que le Tribunal administratif pouvait retenir sans arbitraire que le recourant n'était pas parvenu à apporter la preuve que la totalité des frais de téléphone et d'internet était justifiée par son activité professionnelle. En l'absence de preuve, les premiers juges n'ont donc pas violé la LIFD en confirmant la position de l'Administration fiscale cantonale et en ne prenant en compte, à titre de déduction, que les 3/5èmes des 10'425 fr. invoqués.
3.3 Pour le reste, le recourant ne dit pas en quoi la reprise forfaitaire de 2/5èmes de ses frais de téléphone et d'internet pour son usage privé, correspondant à une somme de 4'170 fr., serait contraire au principe de la bonne foi ou à la violation d'un procès équitable, de sorte qu'il n'y pas lieu d'examiner le recours sous cet angle (<ref-law>; cf. supra consid. 1.2).
4. Le recours doit dès lors être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais seront mis à la charge du recourant, qui succombe (<ref-law>). Celui-ci n'a donc pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration fiscale cantonale, au Tribunal administratif du canton de Genève et à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 13 février 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffière:
Merkli Rochat