Sachverhalt:
A. X._ und Y._ erwarben am 27. September 2007 eine 1930 erbaute Liegenschaft in Herrliberg ZH zum Preis von 2,3 Mio. Franken. Es handelt sich um ein angebautes Einfamilienhaus mit Garten, das in den Jahren 1960/70 sanft renoviert worden war. 2007 und 2008 sanierten die Eheleute X._ und Y._ das Haus total für Fr. 1'273'081.--. Insbesondere die Dachkonstruktion musste ersetzt und der Dachstock vollständig ausgebaut werden; ferner wurde das Treppenhaus in die Mitte des Hauses verlegt sowie ein Balkon angebaut, und es mussten sämtliche Leitungen neu verlegt werden. Von den Totalkosten entfielen Fr. 462'005.-- auf das Jahr 2007.
B. In ihrer Steuererklärung für 2007 machten X._ und Y._ u.a. Liegenschaftsunterhaltskosten von Fr. 327'147.-- geltend. Davon anerkannte der zuständige Steuerkommissär des Kantonalen Steueramtes Zürich bei der Staats- und der direkten Bundessteuer nur einen ermessensweise bestimmten Betrag von Fr. 115'501.---. Die hiergegen erhobenen kantonalen Rechtsmittel wurden allesamt abgewiesen, zuletzt vom Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteilen vom 27. Juni 2012. Sämtliche Instanzen gingen davon aus, dass es sich bei der Liegenschaft um ein vernachlässigtes Objekt handelte, weshalb die - damals noch geltende - Dumont-Praxis anwendbar sei.
C. Am 11. September 2012 haben X._ und Y._ beim Bundesgericht Beschwerden gegen die verwaltungsgerichtlichen Urteile eingereicht. In Bezug auf die Staatssteuer (Verfahren 2C_851/2012) und die direkte Bundessteuer (2C_852/2012) beantragen sie sinngemäss, die angefochtenen Urteile aufzuheben und die Sache an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen; eventualiter seien zusätzliche Fr. 172'200.-- als Liegenschaftskosten zum Abzug vom steuerbaren Einkommen zuzulassen.
D. Das Kantonale Steueramt Zürich, das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde(n), soweit darauf einzutreten ist.

Erwägungen:
I. Prozessuales
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen dieselben Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Urteile und werfen identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; siehe u.a. <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Angefochten sind Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fallen und daher mit Beschwerde an das Bundesgericht weitergezogen werden können (<ref-law> in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]; Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR. 642.14]). Die Beschwerdeführer sind gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert; auf ihre frist- und formgerecht eingereichten Rechtsmittel ist einzutreten.
1.3 Mit der Beschwerde kann namentlich eine Rechtsverletzung nach <ref-law> geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Das Bundesgericht legt sodann seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>).
II. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Bei Liegenschaften im Privatvermögen können die Unterhaltskosten, die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte von den steuerbaren Einkünften abgezogen werden (Art. 32 Abs. 2 erster Satz DBG in der bis Ende 2009 gültigen Fassung, AS 2009 1515). Nicht abziehbar sind die übrigen Kosten und Aufwendungen, insbesondere die Aufwendungen für die Anschaffung, Herstellung oder Wertvermehrung von Vermögensgegenständen (<ref-law>).
2.1.1 Nach Art. 1 Abs. 1 zweiter Satz der Verordnung des Bundesrats vom 24. August 1992 über den Abzug der Kosten von Liegenschaften des Privatvermögens bei der direkten Bundessteuer (Liegenschaftskostenverordnung; SR 642.116, in der bis Ende 2009 gültigen Fassung, AS 2009 1517) bzw. nach Art. 1 Abs. 2 lit. a der Verordnung der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 24. August 1992 über die abziehbaren Kosten von Liegenschaften des Privatvermögens bei der direkten Bundessteuer (SR 642.116.2, in der bis Ende 2009 gültigen Fassung, AS 2009 1519) waren nicht abziehbar die Kosten, die ein Steuerpflichtiger zur Instandstellung einer neuerworbenen, vom bisherigen Eigentümer vernachlässigten Liegenschaft kurz nach der Anschaffung aufwenden musste. Diese Regelungen entsprachen der mit BGE 99 lb 362 eingeleiteten, in <ref-ruling> präzisierten und seit dem 1. Januar 2010 abgeschafften (AS 2009 1515 ff.) so genannten Dumont-Praxis.
2.1.2 Damit sollte eine steuerpflichtige Person, die eine im Unterhalt vernachlässigte Liegenschaft kaufte, um sie instandzustellen, steuerlich nicht besser gestellt werden als derjenige Steuerpflichtige, der ein bereits renoviertes Grundstück erwarb (Urteil 2A.480/2004 vom 2. Februar 2005 E. 2.1 ASA 75, 488 S. 491 f. mit Hinweis). Die Frage, wann eine Liegenschaft in diesem Sinne als vernachlässigt galt, war nach der bundesgerichtlichen Praxis anhand der konkreten Umstände zu beantworten. Massgebliche Indizien waren namentlich das Alter des erworbenen Gebäudes, die Art und der Umfang der vorgenommenen Arbeiten, das Verhältnis zwischen Renovationsaufwand und Erwerbspreis sowie die Höhe des Kaufpreises (Urteil 2C_348/2010 vom 10. Oktober 2010 E. 2.1; Urteil 2G_595/2009 vom 14. Dezember 2009 E. 2.2; Urteil 2G_525/2008 vom 23. Juli 2008 E. 4; Urteil 2A.71/2006 vom 21. Juni 2006 E. 3.1.1; Urteil 2A.480/2004 vom 2. Februar 2005 E. 2.2 ASA 75, 488 S. 492; Urteil 2A.389/2003 vom 10. März 2004 E. 2). Auf diese Indizien stützten sich auch die meisten Kantone (vgl. den Anhang zum Bericht der Kommission für Wirtschaft und Abgaben des Nationalrates vom 3. September 2007 betreffend die parlamentarische Initiative 04.457 zur Einschränkung der Dumont-Praxis, BBI 2007 7993 ff. insbesondere S. 8006: "Auswertung der Umfrage der SSK in den Kantonen betr. Anwendung der "Dumont-Praxis") sowie die herrschende Lehre (vgl. DONATUS HÜRZELER, Unterhalt oder wertvermehrende Aufwendungen? Änderung der «Dumont-Praxis», Berner Notar 1998, S. 256 ff., insbesondere S. 257 f.; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG; 1. Teil, Therwil/Basel 2001, N 49 zu <ref-law>; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. Zürich 2009, N 65 zu <ref-law>).
2.1.3 Lag eine in diesem Sinne vernachlässigte Liegenschaft vor, so konnten nur die Instandhaltungskosten, d.h. die Auslagen zur Beseitigung von Schäden, die seit dem Erwerb eingetreten waren, sowie 50 Prozent für Massnahmen zur rationellen Energieverwendung (vgl. Art. 8 der Liegenschaftskostenverordnung) abgezogen werden, im Gegensatz zu den kurz nach der Anschaffung angefallenen Instandstellungskosten (vgl. BBI 2007 7997).
2.2 Vorliegend handelt es sich um eine 77-jährige Liegenschaft, die zwar nach rund der Hälfte ihres Bestehens "sanft renoviert" wurde, aber - obwohl immer bewohnt - offensichtlich einen aufgestauten Unterhaltsbedarf hatte. Art und Umfang der vorgenommenen Arbeiten gingen ebenfalls klar über das hinaus, was bei einer sich in gutem Zustand befindenden Liegenschaft zum normalen periodischen Unterhalt gehört. Dazu fielen Auslagen für Arbeiten an, die rund die Hälfte des Erwerbspreises ausmachten.
2.2.1 Diverse Kantone gingen schon von einer "vernachlässigten" Liegenschaft aus, wenn sie älter als 15 bis 30 Jahre war, und (kumulativ) die Instandstellungskosten 20% bis 25% des Erwerbspreises ausmachten (BBI 2007, 7998 bzw. 8006). Im Übrigen räumen selbst die Beschwerdeführer ein, dass ein Grossteil der Arbeiten selbst bei einer objektiv-technischen Betrachtungsweise wertvermehrend waren. Damit handelte es sich hier eindeutig um eine im Sinne der erwähnten Rechtsprechung "vernachlässigte" Liegenschaft.
2.2.2 Damit wären hier - abgesehen von 50 Prozent der Kosten für Massnahmen der rationellen Energieverwendung (vgl. oben E. 2.1.3) oder vom Pauschalabzug - an sich überhaupt keine Kosten als werterhaltend absetzbar gewesen (und zwar selbst im Fall, dass bei der Dachkonstruktion der Liegenschaft verborgene Mängel aufgetaucht sein sollten, vgl. BGE 103 lb 197 E. 3 S. 199 ff.). "Ermessensweise" liess der zuständige Steuerkommissär dann aber einen pauschalen Abzug von 25% der im Jahre 2007 angefallenen Auslagen, ausmachend Fr. 115'501.--, zum Abzug zu. Ein solches "Entgegenkommen ex aequo et bono" entspricht an sich nicht der bundesrechtlichen Regelung bzw. der bundesgerichtlichen Praxis (vgl. oben E. 2.1.2). Es erübrigt sich jedoch, weiter auf diesen Punkt einzugehen, da das angefochtene Urteil aufgrund des Verbots einer reformatio in peius nach <ref-law> ohnehin nicht zu Ungunsten der Beschwerdeführer korrigiert werden kann.
2.2.3 Unter den gegebenen Umständen hat die Vorinstanz kein Bundesrecht verletzt, wenn sie den beantragten zusätzlichen Kostenabzug verweigert hat. Auch ein teilweiser Abzug wäre mit Blick auf die gesetzliche Regelung und die bundesgerichtliche Praxis nicht gerechtfertigt gewesen. Ebenso wenig beruht die Beurteilung des Verwaltungsgerichts auf einem offensichtlich unrichtigen Sachverhalt (vgl. oben E. 1.3).
2.2.4 Unbegründet ist im Übrigen die Rüge der Beschwerdeführer, das Verwaltungsgericht habe ihr rechtliches Gehör dadurch verletzt, dass es ihrem Antrag, den im Vorfeld des Kaufs beigezogenen Fachmann als Zeugen anzuhören, nicht stattgegeben habe. Dieser Zeuge hätte zur Frage der periodischen Überprüfung des Dachstocks aussagen können.
Indessen braucht die Frage, ob eine vernachlässigte Liegenschaft im Sinne der Dumont-Praxis vorlag, nicht für jeden Bauteil im Besonderen nachgewiesen zu werden. Insgesamt handelte es sich - wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat - um eine solche Liegenschaft, weshalb sich die Anhörung des beantragten Zeugen zur genannten Einzelfrage erübrigte. Ohnehin steht nicht fest, ob dieser Fachmann, der den problematischen Zustand des Dachstocks vorher nicht erkannt hatte, überhaupt in der Lage gewesen wäre, über die Kontrolltätigkeit in den Vorjahren etwas Relevantes auszusagen.
2.3 Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer als unbegründet und ist abzuweisen.
III. Kantons- und Gemeindesteuern
3. Die Rechtslage ist bei den Kantons- und Gemeindesteuern die gleiche wie bei der direkten Bundessteuer (Art. 9 Abs. 1 StHG). § 30 Abs. 2 des Zürcher Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG; LS 631.1, in der bis Ende 2010 gültigen Fassung, Abl 2009, 716) und § 33 lit. d StG entsprechen Art. 32 Abs. 2 bzw. <ref-law>. Das bereits Ausgeführte ist damit für die Staatssteuer ebenfalls massgebend (Urteil 2C_63/2010 vom 6. Juli 2010 E. 3, in StR 65 [2010], S. 864 ff. nicht publiziert; vgl. auch Urteil 2A.480/2004 vom 2. Februar 2005 E. 3 ASA 488 S. 493 f.), weshalb auch die diesbezügliche Beschwerde abzuweisen ist.
IV. Kosten
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_851/2012 und 2C_852/2012 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 2007 (2C_852/2012) wird abgewiesen.
3. Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuer 2007 (2C_851/2012) wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter