Faits:
A. Par arrêt du 22 janvier 2009, la Cour correctionnelle avec jury du canton de Genève a condamné X._, pour complicité d'abus de confiance aggravé et défaut de vigilance en matière d'opérations financières et droit de communication, à une peine privative de liberté de quinze mois avec sursis.
Cette condamnation repose, en bref, sur les faits suivants.
A.a X._ a occupé le poste de fondé de pouvoir dès 1995, puis de membre de la direction de la Banque R._ depuis 2002.
A.b X._ connaissait personnellement les frères A.Z._ et B.Z._ avec lesquels il entretenait des relations professionnelles et amicales soutenues.
B.Z._ a démarché, en Italie, divers investisseurs intéressés par des rendements importants issus de placements discrets en US dollars. Il leur a promis un rendement élevé allant de 12 à 20 %, voir même 30 %, par semestre. Ces rendements étaient censés résulter d'opérations financières privilégiées. Les investisseurs étaient dirigés vers la Banque R._, où ils étaient reçus par X._ en présence de B.Z._. Le compte Y._ SA à la Banque R._ était présenté comme le véhicule collectif de l'investissement. Il était indiqué aux investisseurs que les fonds déposés n'étaient pas censés sortir de la banque et que leur placement était sûr.
A.c X._ a ouvert des comptes au nom de ces investisseurs italiens qui ont déposé leurs avoirs à la Banque R._. Il a, comme convenu, débité ces comptes et transféré les sommes sur le compte Y._ SA. Il a ensuite exécuté ou fait exécuter des transferts consistant à débiter le compte précité de sommes importantes sans rapport aucun avec les investissements promis. Les fonds remis par les investisseurs italiens ont été dilapidés au profit personnel des frères Z._ et de tiers.
B. Par arrêt du 24 juillet 2009, la Cour de cassation genevoise a rejeté le pourvoi formé par X._.
C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et une violation des art. 25, 138 et 305ter CP, il conclut, principalement, à l'annulation du jugement cantonal et à son acquittement des chefs de complicité d'abus de confiance et de défaut de vigilance en matière d'opérations financières.

Considérant en droit:
1. Le recourant se plaint d'arbitraire et d'une violation de la présomption d'innocence.
1.1 Tel qu'il est soulevé, le grief revient à invoquer une violation du principe in dubio pro reo comme règle de l'appréciation des preuves, donc, en définitive, à se plaindre de ce que cette appréciation serait arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 40 ss).
Cette dernière notion, de jurisprudence constante, n'est pas synonyme de discutable, ni même de critiquable. Pour être qualifiée d'arbitraire, une appréciation doit se révéler manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153). Le Tribunal fédéral, qui n'administre pas lui-même les preuves, ne saurait en effet en revoir librement l'appréciation et substituer la sienne, supposée différente, à celle du juge du fait. Il ne peut s'écarter de la solution retenue que s'il est amené à constater qu'elle s'avère absolument inadmissible. Il ne peut au demeurant entrer en matière sur l'arbitraire allégué que si ce dernier est démontré dans le recours conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
1.2 Le recourant conteste avoir connu le passé d'escroc de A.Z._.
Selon les constatations cantonales, le recourant a déclaré, tant au juge d'instruction qu'à l'attention du jury, qu'il connaissait personnellement A.Z._ et savait qu'il avait eu des problèmes pénaux en Italie. Il a précisé qu'il savait déjà, avant 2002, pour l'avoir lu dans la presse, que A.Z._ avait été condamné. Sur la base des ces éléments, la Cour de cassation a admis que l'intéressé connaissait le passé judiciaire de A.Z._.
Dans son argumentation, le recourant se contente d'expliquer que les parties civiles ne connaissaient pas le passé de A.Z._, ce qui ne permet évidemment pas pour démonter en quoi l'appréciation précitée serait arbitraire. Par ailleurs, la Cour de cassation, contrairement à ce que semble penser l'intéressé, a uniquement parlé du « passé judiciaire » de A.Z._, sans préciser que celui-ci était un « escroc ». La critique est donc vaine.
1.3 Le recourant conteste que les bénéficiaires des transferts effectués depuis le compte Y._ SA étaient quasi-exclusivement des membres de la famille Z._.
Selon les faits retenus, les prélèvements effectués, aux fins de couvrir des dépenses par cartes de crédit de la famille Z._, sur le compte sur lequel étaient déposés les fonds des investisseurs italiens auraient dû attirer l'attention du recourant. La Cour de cassation a précisé que l'importance relative de ces prélèvements par rapport aux autres débits ne modifiait en rien le caractère insolite de ces opérations. De plus, le compte Y._ SA n'avait pas la fonction usuelle d'un compte de gestion de fortune, puisqu'il était exclusivement utilisé pour le trafic de paiements.
Le recourant relève qu'une bonne partie des fonds du compte précité a été versée à des clients de la banque, dont les plaignants, qu'une autre partie a été remise à des entreprises et enfin que des montants d'environ 4.2 millions d'USD et 1.3 millions d'euros ont été transférés au total aux frères Z._. Ce faisant, il ne conteste pas que ces derniers ont bel et bien touché une partie des fonds transférés sur le compte Y._ SA, ni que celui-ci ne servait qu'à un trafic de paiements, éléments qui auraient dû éveiller son attention. On ne discerne donc pas de démonstration d'arbitraire dans l'argumentation du recourant, de sorte que son grief doit être écarté.
1.4 Par ailleurs, le recourant se contente de critiquer, de manière isolée, deux éléments du verdict sans tenir compte du fait que les juges genevois ont fondé leur conviction en se basant sur un faisceau d'indices convergents exposés aux pages 4 à 6 du jugement entrepris, puis résumés au consid. 2.4. Or, lorsque l'autorité cantonale a forgé sa conviction quant aux faits sur la base d'un ensemble d'éléments, il ne suffit pas que l'un ou l'autre de ceux-ci ou même chacun d'eux pris isolément soit à lui seul insuffisant; l'appréciation des preuves doit être examinée dans son ensemble; il n'y a pas arbitraire si l'état de fait retenu pouvait être déduit de manière soutenable du rapprochement de divers éléments; de même, il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'un ou plusieurs arguments corroboratifs soient fragiles, si la solution adoptée peut être justifiée de façon soutenable par un ou plusieurs arguments de nature à emporter la conviction.
2. Invoquant une violation des art. 25 et 138 CP, le recourant conteste sa condamnation pour complicité d'abus de confiance.
2. Invoquant une violation des art. 25 et 138 CP, le recourant conteste sa condamnation pour complicité d'abus de confiance.
2.1 2.1.1 Agit comme complice, celui qui prête intentionnellement assistance à l'auteur pour commettre un crime ou un délit (cf. <ref-law>).
Objectivement, la complicité, qui est une forme de participation accessoire à l'infraction, suppose que le complice ait apporté à l'auteur principal une contribution causale à la réalisation de l'infraction, de telle sorte que les événements ne se seraient pas déroulés de la même manière sans cette contribution. Il n'est pas nécessaire que l'assistance du complice ait été une condition sine qua non de la réalisation de l'infraction; il suffit qu'elle l'ait favorisée. L'assistance prêtée par le complice peut être matérielle, intellectuelle ou consister en une simple abstention (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 51 s.; <ref-ruling> consid. 3a p. 119 s.).
Subjectivement, le complice doit avoir agi intentionnellement, mais le dol éventuel suffit. Il faut qu'il sache ou se rende compte qu'il apporte son concours à un acte délictueux déterminé et qu'il le veuille ou l'accepte. A cet égard, il suffit qu'il connaisse les principaux traits de l'activité délictueuse qu'aura l'auteur, lequel doit donc avoir pris la décision de l'acte (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 52).
2.1.2 Commet un abus de confiance au sens de l'<ref-law> celui qui, sans droit, emploie, à son profit ou au profit d'un tiers, les valeurs patrimoniales qui lui ont été confiées.
Sur le plan objectif, il y a emploi illicite d'une valeur patrimoniale confiée lorsque l'auteur l'utilise contrairement aux instructions reçues, en s'écartant de la destination fixée. Par son comportement, l'auteur doit démontrer clairement sa volonté de ne pas respecter les droits de celui qui lui fait confiance (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 259).
Sur le plan subjectif, il doit agir intentionnellement, avec le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, qui peut être réalisé par dol éventuel (<ref-ruling> consid. 2a p. 34). Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat illicite, mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait. Il s'agit d'une forme d'intention, qui se distingue de la négligence consciente sur le plan volitif, non pas cognitif. Dans les deux cas, l'auteur est conscient que le résultat illicite pourrait se produire, mais, alors que celui qui agit par négligence consciente escompte qu'il ne se produira pas, celui qui agit par dol éventuel l'accepte pour le cas où il se produirait (<ref-ruling> consid. 3c p. 251). Parmi les éléments extérieurs permettant de conclure que l'auteur s'est accommodé du résultat dommageable pour le cas où il se produirait figurent notamment la probabilité (connue par l'auteur) de la réalisation du risque et l'importance de la violation du devoir de prudence. Plus celles-ci sont grandes, plus sera fondée la conclusion que l'auteur, malgré d'éventuelles dénégations, avait accepté l'éventualité de la réalisation du résultat dommageable. Peuvent également constituer des éléments extérieurs révélateurs les mobiles de l'auteur et la manière dont il a agi (<ref-ruling> consid. 3c in fine p. 252).
2.2 Le recourant nie que les éléments constitutifs objectifs et subjectifs de la notion de complicité soient réalisés et conteste la réalisation du dessein d'enrichissement illégitime.
2.2.1 Pour l'essentiel, l'argumentation de l'intéressé consiste à nier les faits contestés en opposant sa propre appréciation des preuves à celle des autorités cantonales. En effet, celui-ci soutient tout d'abord qu'aucun élément du dossier ne permet de conforter l'idée que B.Z._ aurait manifesté une inclinaison reconnaissable à la commission d'un abus de confiance. Il relève ensuite qu'on ne saurait déduire de son comportement une volonté, sous forme de dol éventuel, de commettre une infraction, puisque lui-même n'avait aucun doute à avoir sur l'intégrité de B.Z._ et qu'il avait simplement agi comme tout banquier dans un tel cas en exécutant les ordres de ses clients. Il conteste enfin la réalisation du dessein d'enrichissement, au motif qu'il n'aurait pas connu cette volonté particulière chez B.Z._. Ce faisant, le recourant n'invoque, ni ne démontre aucun arbitraire quant aux constatations cantonales. Purement appellatoire, son argumentation est, dans une large mesure, irrecevable.
2.2.2 Pour le reste, il résulte des constatations cantonales que le recourant n'a jamais expliqué à ses clients que leurs fonds seraient affectés à d'autres fins que celles convenues et permettraient de financer les dépenses des frères Z._ ainsi que celles de tiers. La part de risque encourue ne leur a pas été précisée, sinon que leur capital était garanti. A tous les stades de l'opération, l'intéressé a paru être en osmose avec B.Z._, celui-là ne contredisant en sa présence aucun des propos que ce dernier tenait, fussent-ils contraires à l'orthodoxie bancaire. Il n'a pas mis d'obstacle à la volonté exprimée par B.Z._ de disposer d'ordres de transfert signés en blanc par les clients, ni freiné les projets des investisseurs, allant même jusqu'à les rassurer au point d'inciter les clients réticents à investir. En tant que gestionnaire de la banque, il constituait un rouage nécessaire à la réussite de la fraude, un maillon indispensable aux activités des frères Z._. Le recourant a fermé les yeux sur ce qu'il voyait ou pouvait observer dans la gestion du compte Y._ SA. Il a laissé faire B.Z._ tout en se rendant compte des malversations commises. Il a sciemment laissé les fonds être virés sur le compte précité, en sachant l'usage que B.Z._ en faisait.
Sur la base des faits exposés au consid. A et des éléments précités, il ne fait pas de doute que le recourant, de par son activité à la Banque R._ et son rôle actif dans la gestion des comptes des plaignants, a contribué à la réalisation des malversations commises par les frères Z._. De plus, il savait ou à tout le moins se rendait compte qu'il apportait son concours aux détournements de fonds opérés par B.Z._ et acceptait manifestement cet état de fait. Dans ces conditions, la Cour de cassation n'a pas violé le droit fédéral en considérant que le recourant s'était rendu complice d'abus de confiance au sens de l'<ref-law>. Le grief doit donc être écarté.
3. Invoquant une violation de l'<ref-law>, le recourant conteste sa condamnation pour défaut de vigilance en matière d'opérations financières.
3.1 Aux termes de cette disposition, celui qui, dans l'exercice de sa profession, aura accepté, gardé en dépôt ou aidé à placer ou à transférer des valeurs patrimoniales appartenant à un tiers et qui aura omis de vérifier l'identité de l'ayant droit économique avec la vigilance que requièrent les circonstances, sera puni d'une peine privative de liberté d'un an au plus.
3.1.1 Cette norme sanctionne un délit de mise en danger abstraite. Le comportement incriminé consiste à effectuer des opérations financières sans identifier l'ayant droit économique. La violation du devoir d'identification est à elle seule suffisante. La question de savoir si les valeurs patrimoniales ont été acquises par l'ayant droit économique de manière répréhensible est sans pertinence (<ref-ruling> consid. 3b p. 142). L'objet du devoir de diligence visé par l'<ref-law> est la constatation ou l'identification de l'ayant droit économique, qui est la personne physique ou morale qui a la possibilité de fait de disposer des valeurs patrimoniales et donc celui à qui ces valeurs appartiennent sous l'angle économique (<ref-ruling> consid. 3c p. 143).
Cette disposition définit un délit continu. Le financier doit procéder à de nouvelles vérifications si, au cours des relations d'affaires, il se rend compte - par la découverte ou la survenance de faits nouveaux - que l'identification est incorrecte, soit par exemple parce que le client l'a trompé ou que l'ayant droit économique a changé (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 311).
3.1.2 Cette norme pénale tend à assurer la transparence dans le secteur financier afin d'éviter que les blanchisseurs de capitaux ne tirent profit de l'anonymat des relations pour se livrer à leurs activités criminelles. La connaissance du réel propriétaire économique des valeurs doit faciliter les enquêtes pénales. Le but ultime de la norme réside dans la protection de l'administration de la justice pénale. On peut ainsi en déduire que l'objectif visé par la norme pénale est atteint lorsque l'ayant droit économique est identifié. Cette identification implique certes de procéder à des mesures de vérification avec toute la vigilance requise. Reste que si en fin de compte une identification correcte a lieu, il ne paraît guère approprié, dès lors que le but recherché est atteint, d'appliquer l'<ref-law> à celui qui a accompli des vérifications insuffisantes. En ce sens, le résultat importe plus que la manière. En conséquence, cette norme ne saurait être appliquée en cas d'identification correcte de l'ayant droit économique, même si l'intermédiaire financier est parvenu à cette identification sans procéder avec toute la vigilance requise par les circonstances concrètes (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 335 s.).
3.1.3 La notion de « vigilance requise par les circonstances » impose au financier un devoir d'identification dont les limites résident dans le principe de la proportionnalité. Le degré de diligence requis n'est pas défini par la loi pénale. Le message du Conseil fédéral de 1989 renvoie à cet égard aux règles internes gouvernant les professions concernées, à savoir, en matière bancaire, à la Convention relative à l'obligation de diligence des banques (cf. Message concernant la modification du code pénal suisse, Législation sur le blanchissage d'argent et le défaut de vigilance en matière d'opérations financières, du 12 juin 1989 in FF 1989 II p. 989). Aujourd'hui, les devoirs de diligence des intermédiaires financiers sont ancrés dans la Loi fédérale concernant la lutte contre le blanchiment d'argent et le financement du terrorisme dans le secteur financier du 10 octobre 1997 (LBA; RS 955.0), loi qui est entrée en vigueur le 1er avril 1998.
3.1.3.1 Selon le message du Conseil fédéral, le processus d'identification exige un minimum de règles écrites (FF 1989 II p. 989).
Selon l'<ref-law>, l'intermédiaire financier doit établir des documents relatifs aux transactions effectuées ainsi qu'aux clarifications requises en vertu de la présente loi de manière à ce que des tiers experts en la matière puissent se faire une idée objective sur les transactions et les relations d'affaires ainsi que sur le respect des dispositions de la présente loi (al. 1). Il conserve les documents de manière à pouvoir satisfaire, dans un délai raisonnable, aux éventuelles demandes d'informations ou de séquestre présentées par les autorités de poursuite pénale (al. 2). Il conserve les documents dix ans après la cessation de la relation d'affaires ou après la fin de la transaction (al. 3).
L'art. 23 de l'Ordonnance de l'Autorité fédérale de surveillance des marchés financiers sur la prévention du blanchiment d'argent et du financement du terrorisme dans le domaine des banques, des négociants en valeurs mobilières et des placements collectifs du 18 décembre 2002 (OBA-FINMA 1; RS 955.022), entrée en vigueur le 1er juillet 2003, prévoit que l'intermédiaire financier organise sa documentation de façon à être en mesure d'indiquer dans un délai raisonnable, documents à l'appui, aux autorités de poursuite pénale ou à d'autres autorités habilitées qui est le donneur d'ordre d'un virement sortant et si une entreprise ou une personne: est un cocontractant ou un ayant droit économique (let. a); a effectué une opération de caisse exigeant la vérification de l'identité des personnes concernées (let. b); dispose d'une procuration durable sur un compte ou un dépôt, dans la mesure où celle-ci ne ressort pas déjà d'un registre officiel (let. c).
D'après le ch. 22 de la Convention relative à l'obligation de diligence des banques du 7 avril 2008 (CDG 08), qui concerne l'obligation de documentation, et qui reprend le ch. 22 de la Convention relative à l'obligation de diligence des banques du 2 décembre 2002 (CDB 03), il y a lieu de conserver de manière appropriée le nom, le prénom, la date de naissance, la nationalité et l'adresse du domicile (la raison sociale et le siège, s'il s'agit d'une personne morale ou d'une société) du cocontractant, ainsi que les moyens utilisés pour vérifier son identité. Lorsque le cocontractant provient d'un pays dans lequel les dates de naissance ou les adresses de siège ou de domicile ne sont pas utilisées, l'exigence relative à ces données ne s'applique pas. La photocopie de la pièce de légitimation officielle et les autres documents ayant servi à vérifier l'identité doivent être conservés. Le ch. 23 de la CDG 08 précise que la banque doit prendre des dispositions pour s'assurer que la procédure de vérification de l'identité du cocontractant a été correctement et suffisamment documentée (al. 1). Ces dispositions impliquent notamment que l'arrivée des documents relatifs à la vérification de l'identité du contractant auprès de la banque, ou leur disponibilité dans le système de la banque, puisse être retracée (al. 2).
Dans le domaine bancaire, la déclaration du client sur l'identité de l'ayant droit économique est effectuée moyennant le formulaire A de l'Association suisse des banquiers, qui est annexé à la CDB (cf. art. 3 et ch. 30 CDB 08 et CDB 03). Les banques sont toutefois libres d'utiliser un autre formulaire dont le contenu doit toutefois être équivalent à celui du formulaire modèle (cf. ch. 31 CDB 08 et CDB 03).
3.1.3.2 L'<ref-law> a pour objet la réunion d'informations susceptibles de faciliter les enquêtes pénales sur l'origine des valeurs. Il doit permettre aux autorités, notamment de poursuite pénale, de reconstituer le puzzle des transactions financières et de remonter plus facilement jusqu'aux cerveaux des organisations financières (cf. FF 1989 II 1989; M. KISTLER, La vigilance requise en matière d'opérations financières, thèse 1994 p. 208). Pour ce faire, l'intermédiaire financier doit conserver une trace écrite de l'identité de ses clients et des ayants droit économiques des comptes, de manière à pouvoir communiquer ces renseignements aux autorités compétentes en cas de demande. En effet, même un homme diligent ne saurait se souvenir du nom, du prénom, de l'adresse, de la date de naissance et de la nationalité de tous ses clients et encore moins de ceux des ayants droit économiques, de sorte qu'une trace écrite de ces données doit être conservée. Cette obligation de documentation constitue la concrétisation du devoir de vérification et son manquement constitue par conséquent une violation de l'<ref-law> (cf. N. SCHMID, in Kommentar, Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, Band II, 2002, p. 72 s.; M. KISTLER, op cit, p. 206; contra notamment: P. GRÜNINGER, Die Strafbarkeit der Verletzung von Sorgfaltspflichten bei Finanzgeschäften, Dissertation 2005 p. 149 s; M. PIETH, Basler Kommentar, Strafrecht II, 2ème éd., ad art. 305ter n° 22 et les auteurs cités). Cette interprétation est conforme au but de la loi tel que décrit ci-dessus de même qu'aux textes légaux et à la CDB-08 mentionnés au considérant précédent.
Reste que la loi pénale et la LBA ne précisent pas la manière dont les actes doivent être documentés, ni n'obligent les banques à tenir un fichier précis ou informatisé. Selon la CDB, les banques restent d'ailleurs libres d'utiliser leurs propres formulaires, même si le contenu de ceux-ci doit être équivalent au formulaire A (cf. ch. 31 CDB 08 et CDB 03). Les modalités de la documentation restent donc de la compétence des établissements bancaires et ne sauraient par conséquent constituer une violation de l'<ref-law>. De plus, conformément à la jurisprudence exposée à l'<ref-ruling>, l'objectif visé par l'<ref-law> est atteint lorsque l'ayant droit économique est identifié, le résultat important plus que la manière.
3.2 Le recourant soutient que B.Z._ était bien l'ayant droit économique du compte Y._ SA, puisqu'il avait le contrôle des valeurs en cause, de sorte qu'aucune omission d'identification ne saurait lui être reprochée.
Ce faisant, l'intéressé se contente de nier le fait contesté, à savoir qu'il savait que B.Z._ n'était pas l'ayant droit économique du compte Y._ SA, ce qui ne suffit manifestement pas à faire admettre l'arbitraire, qui n'est d'ailleurs même pas allégué. Le recours sur ce point ne satisfait pas aux exigences de motivation de l'<ref-law>, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'entrer en matière.
3.3 Le recourant conteste avoir violé son devoir de diligence, dès lors qu'il connaissait l'identité de tous les investisseurs italiens, soit des ayants droit du compte Y._ SA.
Certes, selon les faits retenus, le recourant a laissé subsister, en relation avec le compte Y._ SA, un formulaire A qui ne correspondait plus à la réalité. Reste que, d'après l'arrêt entrepris, le recourant connaissait l'identité des ayants droit de ce compte. Il avait en effet reçu personnellement ces investisseurs à la Banque R._, où il leur avait ouvert des comptes sur lesquels ils avaient déposé leurs avoirs, qui avaient ensuite été transférés sur le compte Y._ SA (cf. supra consid. A). Ces constatations cantonales sont toutefois insuffisantes pour savoir si le recourant, agissant comme intermédiaire financier au sens de l'<ref-law>, a organisé une documentation en relation avec ces investisseurs italiens et s'il lui était par conséquent possible de les identifier, dans un délai raisonnable et pièces à l'appui, comme étant les véritables ayants droit économiques du compte susmentionné en cas de demande effectuée par une autorité de poursuite pénale ou une autre autorité habilitée. Dans ces conditions, les éléments sont insuffisants pour conclure que le recourant a violé son devoir de diligence en matière d'identification. En conséquence, le recours doit être admis sur ce point et la cause doit être retournée en instance cantonale pour compléter l'état de fait.
4. En conclusion, le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Pour le surplus, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant obtenant partiellement gain de cause, il peut prétendre à une indemnité de dépens réduite (<ref-law>) et supportera une partie des frais judiciaires (<ref-law>).
Enfin, il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité aux intimés qui ne sont pas intervenus dans la procédure devant le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 3.4.2 p. 295 s.).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouveau jugement. Pour le surplus, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de dépens de 1'000 fr.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 28 mai 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani