Sachverhalt:
A.
Die X._ AG (Beschwerdeführerin) ist Inhaberin der Wortmarke Nr. 537423 "Gotthard" und der Wort/Bildmarke Nr. 539910 gemäss nachfolgender Abbildung, die im schweizerischen Markenregister u.a. für Waren der Klasse 4, insbesondere "Brennstoffe (einschliesslich Motorentreibstoffe) " eingetragen sind:
Am 25. Februar 2008 erhob die Beschwerdeführerin beim Obergericht des Kantons Uri Klage gegen die Y._ AG Gotthard, Attinghausen (Beschwerdegegnerin). Sie beantragte im Wesentlichen, es sei der Beschwerdegegnerin zu verbieten, das Wort "Gotthard" als Firmenbestandteil zu benutzen, und es sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, den Bestandteil "Gotthard" in ihrer Firma innert 30 Tagen im Handelsregister zu löschen. Zur Begründung führte sie im Wesentlichen an, es bestehe eine Verwechslungsgefahr zwischen ihrer im Markenregister eingetragenen Wortmarke "Gotthard" und der Firma der Beschwerdegegnerin.
Am 8. April 2008 erstattete die Beschwerdegegnerin ihre Klageantwort und erhob Widerklage, wobei sie folgende Anträge stellte:
"1. Die Klage sei abzuweisen und die Widerklage sei gutzuheissen.
2. Die Schweizer Wort/Bildmarken Registrierung 539 910 "GOTTHARD" und die Schweizer Wortmarke 537 423 "GOTTHARD" seien für "Brennstoffe (einschliesslich Motorentreibstoffe) " als nichtig zu erklären.
3. Das Institut für Geistiges Eigentum, Stauffacherstrasse 65/59g, 3003 Bern, sei gemäss Artikel 54 des Markenschutzgesetzes anzuweisen, die Schweizer Wort-/Bildmarke 539 910 "GOTTHARD" und die Schweizer Wortmarke 537 423 "GOTTHARD" für "Brennstoffe (einschliesslich Motorentreibstoffe) " zu löschen.
4. (...) ".
Mit Urteil vom 23. Januar 2009 wies das Obergericht die Klage ab. Die Widerklage hiess es gut, soweit es darauf eintrat, und erklärte die Schweizer Wortmarke-Registrierung Nr. 537 423 "GOTTHARD" und die Schweizer Wort-/Bildmarke-Registrierung Nr. 539 910 "GOTTHARD" je für "Brennstoffe (einschliesslich Motorentreibstoffe) " gemäss Nizza Klassifikation Nr. 4 als nichtig. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, das Wort "Gotthard", das auch die streitbetroffene Wort-/Bildmarke dominiere, stelle für die in Frage stehenden Waren eine zum Gemeingut gehörende Herkunftsbezeichnung dar, die nach <ref-law> vom Schutz ausgeschlossen sei.
B.
Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil vom 23. Januar 2009 aufzuheben und die Klage vom 25. Februar 2008 gutzuheissen. Auf die Widerklage sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung von Klage und Widerklage an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde und Bestätigung des angefochtenen Urteils. Das Obergericht verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Endentscheid (<ref-law>), der in Anwendung des MSchG (SR 232.11) erging. <ref-law> schreibt für Zivilklagen im Markenrecht eine einzige kantonale Instanz vor. Die Beschwerde in Zivilsachen ist demnach unabhängig vom Streitwert zulässig (<ref-law>).
Auch im Übrigen sind die Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin bestreitet die Zulässigkeit der Widerklage betreffend die Wort-/Bildmarke "Gotthard" mangels Feststellungs- und Rechtsschutzinteresse und macht sinngemäss geltend, die Vorinstanz hätte deshalb nicht auf die Widerklage eintreten dürfen. Die Wort-/ Bildmarke Nr. 539910 sei der Beschwerdegegnerin in der Klage bewusst nicht als Rechtsgrundlage entgegengehalten worden. Denn zwischen der Wort-/Bildmarke und der Firma der Beschwerdegegnerin bestehe wegen des Bildelements keine Verwechslungsgefahr, was umso mehr gelten müsste, wenn schon zwischen der Wortmarke "Gotthard" und der Firma der Beschwerdegegnerin eine Verwechslungsgefahr zu verneinen wäre. Im Fall, dass die Klage durchdringen würde, bräuchte es von vornherein keine Unterlassungsklage mehr gestützt auf die Wort-/Bildmarke. Ein Widerklageprozessinteresse bestehe daher nicht.
Wer ein rechtliches Interesse nachweist, kann nach <ref-law> vom Richter feststellen lassen, dass ein Recht oder ein Rechtsverhältnis nach diesem Gesetz besteht. Diese markenrechtliche Feststellungsklage erlaubt in der Form der Löschungs- oder Nichtigkeitsklage die Nichtigerklärung und Löschung einer Marke aus dem Markenregister. Sie setzt ein hinreichendes Rechtsschutzinteresse voraus (<ref-ruling> E. 2a; Urteil 4C.369/2004 vom 25. Januar 2005 E. 2.3, in: sic! 9/2005 S. 682; LUCAS DAVID, Basler Kommentar, N. 9 zu <ref-law>; CHRISTOPHWILLI, Kommentar zum MSchG, 2002, N. 2 und 6 zu <ref-law>). Wann ein solches Interesse gegeben ist, bestimmt das Bundesrecht (<ref-ruling> E. 2.2 S. 379 f. mit Hinweisen). Ein Feststellungsinteresse liegt vor, wenn die Rechtsbeziehungen der Parteien ungewiss sind, die Ungewissheit durch die Feststellung über Bestand und Inhalt des Rechtsverhältnisses beseitigt werden kann und ihre Fortdauer der Klagepartei nicht zugemutet werden kann, weil sie sie in ihrer Bewegungsfreiheit behindert (<ref-ruling> E. 2.2 S. 380; <ref-ruling> E. 7b S. 429 mit Hinweisen).
Die Vorinstanz hat im vorliegenden Fall zu Recht ein Feststellungsinteresse der Beschwerdegegnerin bejaht. Diese führt das Wort "Gotthard" in ihrer Firma, das auch Bestandteil der Wort-/Bildmarke der Beschwerdeführerin bildet. Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin den Gebrauch des entsprechenden Firmenbestandteils gestützt auf ihre Wortmarke streitig gemacht. Die Beschwerdegegnerin hat unter diesen Umständen ein schützenswertes Interesse, dass die Rechtsunsicherheit über den Gebrauch des entsprechenden Bestandteils ihrer Firma ein für allemal, und damit unter Berücksichtigung sämtlicher diesen Bestandteil enthaltenden Zeichen der Beschwerdeführerin, für die jene Schutz beansprucht, beseitigt wird, indem die Frage von deren Rechtsbeständigkeit geklärt wird. Der Umstand, dass es die Beschwerdeführerin aufgrund ihrer momentanen Beurteilung der rechtlichen Situation nicht als notwendig und erfolgsversprechend betrachtet haben will, ihre Klage auf die Wort-/Bildmarke "Gotthard" zu stützen, ist unerheblich. Die Rechtskraft eines Urteils über eine bloss mit einer Verwechslungsgefahr mit der Wortmarke begründete Klage und eine bloss die Wortmarke betreffende Widerklage wäre auf die Frage der Verwechslungsgefahr mit dieser Marke und auf die Rechtsbeständigkeit derselben beschränkt. Deshalb müsste die Beschwerdegegnerin bei Nichtzulassung einer Widerklage betreffend die Rechtsbeständigkeit der Wort-/Bildmarke jederzeit damit rechnen, die Beschwerdeführerin könnte künftig aufgrund einer Neueinschätzung der Rechtslage versuchen, ihr die Verwendung des Firmenbestandteils "Gotthard" gestützt auf diese Marke mit einer neuen Unterlassungsklage zu verbieten.
3.
Als freihaltebedürftiges Gemeingut im Sinne von <ref-law> vom Markenschutz ausgeschlossen sind Zeichen, die sich beispielsweise in einfachen Zahlen- oder Buchstabenkombinationen oder gebräuchlichen geometrischen Figuren oder in Angaben über die Beschaffenheit der gekennzeichneten Ware erschöpfen und daher die zur Identifikation von Waren oder Dienstleistungen erforderliche Kennzeichnungs- oder Unterscheidungskraft nicht aufweisen und vom Publikum nicht als Hinweis auf eine bestimmte Betriebsherkunft verstanden werden. Der beschreibende Charakter solcher Hinweise muss vom angesprochenen Publikum ohne besondere Denkarbeit und ohne Fantasieaufwand unmittelbar erkennbar sein (<ref-ruling> E. 5 S. 503; <ref-ruling> E. 2.1 S. 457 f. mit Hinweisen).
Als Gemeingut nach <ref-law> vom Markenschutz ausgeschlossen sind auch geografische Herkunftsangaben. Darunter fallen nach <ref-law> direkte oder indirekte Hinweise auf die geografische Herkunft von Waren oder Dienstleistungen, einschliesslich Hinweise auf die Beschaffenheit oder auf Eigenschaften, die mit der Herkunft zusammenhängen. Jedem Produzenten muss es möglich sein, auf die Herkunft seiner Waren oder Dienstleistungen hinzuweisen. Herkunftsangaben gelten daher solange als freihaltebedürftig, als nicht ausgeschlossen werden kann, dass sich weitere Produzenten oder sonstige Anbieter im entsprechenden Gebiet niederlassen. Unmittelbare Herkunftsangaben, also die Namen von Städten, Ortschaften, Talschaften, Regionen, Ländern und Erdteilen bilden daher Gemeingut und sind nicht eintragungsfähig. Dies gilt nicht bloss soweit solche geografische Bezeichnungen von den massgebenden Verkehrskreisen aktuell mit der betreffenden Warengruppe in Verbindung gebracht werden können, sondern auch soweit sie künftig von den betroffenen Unternehmen als Herkunftsangabe für diese verwendet werden könnten (BGE <ref-ruling> E. 2.1 S. 458 mit Hinweisen).
Nicht als Herkunftsangabe gelten nach <ref-law> geografische Namen und Zeichen, die von den massgebenden Verkehrskreisen nach den gesamten konkreten Umständen nicht als Hinweis auf eine bestimmte Herkunft der Waren oder Dienstleistungen verstanden werden (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.6; <ref-ruling> E. 2.1 S. 458 ff.). Eine Marke, die einen geografischen Namen als Bestandteil enthält oder ausschliesslich aus einem geografischen Namen besteht, verleitet den Adressaten allerdings regelmässig zur Annahme, die Ware stamme aus dem Land oder dem Ort, auf den die Angabe hinweist (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.1 S. 771).
Das Bundesgericht prüft als Rechtsfrage grundsätzlich frei, wie der massgebende Adressatenkreis für die beanspruchten Waren oder Dienstleistungen abzugrenzen ist und wie die Adressaten aufgrund der erwarteten Aufmerksamkeit das Zeichen wahrnehmen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 551; <ref-ruling> E. 4 S. 347; je mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 4b S. 317). Es beurteilt demnach als Rechtsfrage, welchen Sinngehalt der durchschnittlich aufmerksame schweizerische Konsument dem Zeichen "Gotthard" im Zusammenhang mit den Waren, für die es beansprucht wird, beimisst. Tatfrage ist dagegen, welchen Sinngehalt die Bezeichnung "Gotthard" allgemein aufweist.
4.
Dabei ist zunächst ohne weiteres davon auszugehen, dass das Wort "Gotthard" in der Schweiz im Sinne einer geografischen Angabe bekannt ist. Dies ist denn auch unbestritten. Die Beschwerdeführerin macht indessen geltend, die Vorinstanz setze die geografische Angabe "Gotthard" zu Unrecht mit "Gotthard-Region" gleich. Sie komme in der Folge zu Unrecht zum Schluss, für "Brennstoffe (einschliesslich Motorentreibstoffe) " sei "Gotthard" eine freihaltebedürftige Herkunftsangabe.
Es trifft zunächst nicht zu, dass die Vorinstanz festgestellt hätte, dem Begriff "Gotthard" komme nach allgemeinem Verständnis nur die eine Bedeutung als "Gotthard-Region" zu. Vielmehr führte sie aus, der Name "Gotthard" sei praktisch jedem Schweizer seit seiner Schulzeit als Name eines der berühmtesten Berge bzw. Bergmassive in der Schweiz und eines der wichtigsten Alpenübergänge bekannt. Auch nach Auffassung der Beschwerdeführerin, die sie auf ihrer Internetseite "www.gotthard.ch" bekunde, bezeichne der Name "Gotthard" nicht nur den eigentlichen Passübergang, sondern eine Alpenregion im Herzen Europas, die die Zentralschweiz, das Tessin sowie angrenzende Gebiete des Wallis, des Berner Oberlandes, des Oberrheintales und Teile von Glarus mitumfasse.
Es ist notorisch, dass das Wort "Gotthard" in der Schweiz nicht bloss als Name des gleichnamigen Passübergangs (oder eines Berges), sondern auch als jener des umliegenden, das Gotthardmassiv umfassenden Gebietes mit einer mehr oder weniger weiten Ausdehnung aufgefasst wird. Dies wird durch einen Blick in das Schweizer Lexikon bestätigt, in dem zum Stichwort "Gotthard" neben dem Hinweis auf die weitere Bedeutung des Wortes "Gotthard" als männlicher Vorname folgendes ausgeführt wird: "Kurz-Bez. für Sankt Gotthard [nach dem Hospiz-Hl.] (ital. San Gottardo), Gebirgsmassiv in der Zentralschweiz (s. Gotthardmassiv) und Passübergang (s. Gotthardpass) " (Schweizer Lexikon in sechs Bänden, Verlag Schweizer Lexikon, Luzern 1992). Die Vorinstanz hielt überdies zutreffend fest, dass sich die Beschwerdeführerin mit ihrer Behauptung, das Wort "Gotthard" habe nur die Bedeutung eines Passes oder eines Berges, selber widerspricht, indem sie auf ihrer Internetseite das Wort "Gotthard" mit Gotthardregion gleichsetzt. So führt sie darin aus: "Der Gotthard ist eine Alpenregion im Herzen Europas", "Die Bewohner der Gotthardregion haben bislang die Stärke und die Ausstrahlung des Begriffes Gotthard wenig genutzt und das Potential der Marke Gotthard® nicht erkannt" oder "Die mit der Marke Gotthard® gekennzeichneten Produkte und Dienstleistungen stammen aus der geographischen Gotthardregion".
Es ist mithin davon auszugehen, dass das Wort "Gotthard" geografisch (zumindest auch) die Gotthardregion bezeichnet.
5.
Die Vorinstanz entschied, der Name "Gotthard" könne beispielsweise im Zusammenhang mit dem Brennstoff Holz ohne Weiteres als Produktions-, Fabrikations- und Handelsort verstanden werden. Sodann könne zum heutigen Zeitpunkt nicht ausgeschlossen werden, dass in der Gotthardregion z.B. auch der Brennstoff Erdgas gefunden werde. Hier würde der Name "Gotthard" (wie bei Holz) auf die geografische Herkunft der Brennstoffe hinweisen, weshalb er zum freihaltebedürftigen Gemeingut gehöre.
5.1. Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass das Wort "Gotthard" von den massgebenden Verkehrskreisen, obwohl diesen als geografische Bezeichnung bekannt, als Hinweis auf die Herkunft der in Frage stehenden Waren verstanden wird, wenn jene damit bezeichnet werden (vgl. die Fallgruppe in BGE <ref-ruling> E. 2.1.2 und <ref-ruling> E. 2.6.2). Kein Mensch erwarte "Brennstoffe (einschliesslich Motorentreibstoffe) " vom "Gotthard", genauso wenig wie etwa Fernsehgeräte von Galapagos oder Kühlschränke vom Südpol. Das Wort "Gotthard" werde daher von den massgebenden Verkehrskreisen in diesem Zusammenhang als reines Fantasiezeichen und nicht als Herkunftshinweis verstanden. Dabei scheint die Beschwerdeführerin allerdings von der unzutreffenden Prämisse auszugehen, das Wort "Gotthard" werde lediglich als Bezeichnung für den Gotthardpass oder einen (nicht existierenden) Berg "Gotthard" verstanden (vgl. Erwägung 4 vorne). Weshalb "Gotthard" bei zutreffendem Verständnis als geografischer Begriff für die Gotthardregion von den massgebenden Verkehrskreisen als symbolhaftes Fantasiezeichen für Brennstoffe interpretiert werden soll, begründet sie nicht näher und ist auch nicht ersichtlich. Denn das Wort "Gotthard" symbolisiert zum einen keine speziellen Eigenschaften von Brennstoffen wie etwa "Südpol" für kältespendende Geräte oder "Äthna" für Erhitzungsgeräte (Bunsenbrenner; vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1.2). Zum anderen liegt es offensichtlich im Bereich des Vorstellbaren, dass Brennstoffe in für das Freihaltebedürfnis relevanten Mengen aus dem Naturraum der Gotthardregion stammen könnten, da dieser eine erhebliche Fläche aufweist. Damit ist davon auszugehen, dass die Adressaten der Marke "Gotthard" eine Gedankenverbindung zur gleichnamigen Gegend herstellen und von einer Herkunftsbezeichnung ausgehen, wenn mit dieser Brennstoffe bezeichnet werden, nicht bloss von einer symbolhaften Fantasiebezeichnung. Der vorinstanzlichen Beurteilung ist insoweit beizupflichten.
5.2. Weiter rügt die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe ein Freihaltebedürfnis der Bezeichnung "Gotthard" zu Unrecht unter der falschen Behauptung bejaht, es könnte in Zukunft Brennholz und/oder Gas "vom Gotthard" geben. Eine Nutzung von Gas oder von Brennholz vom Gotthard erscheine indessen nicht ernsthaft und in absehbarer Zeit (beispielsweise in einem Zeitraum von fünf Jahren) als wahrscheinlich, so dass in absehbarer Zeit kein Bedarf bestehe, die Bezeichnung "Gotthard" für Drittunternehmen freizuhalten.
Entgegen der Beschwerdeführerin setzt die Freihaltebedürftigkeit des geografischen Namens eines Gebiets zur Bezeichnung bestimmter Waren nicht die Wahrscheinlichkeit voraus, dass das Gebiet in absehbarer Zeit als Standort für weitere Produzenten oder Anbieter dieser Waren in Betracht fällt. Etwas Entsprechendes lässt sich der bundesgerichtlichen Rechtsprechung, welche die Beschwerdeführerin - ohne Nennung eines konkreten Entscheids - anruft, nicht entnehmen. Nach dieser genügt es für ein Freihaltebedürfnis vielmehr, dass in Zukunft - auch in fernerer Zukunft - nicht ausgeschlossen werden kann, dass sich Anbieter oder Produzenten in der entsprechenden Region niederlassen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1 S. 458; <ref-ruling> E. 2 S. 81; Urteil 4A.5/1994 vom 2. August 1994 E. 4, in: PMMBl 1994 I S. 76). Angesichts des zeitlich unbegrenzten Schutzes von Markenrechten ist dies denn auch sachgerecht. Dass die Gotthardregion auch in fernerer Zukunft als Standort von Produzenten oder Anbietern von Brennstoffen ausser Betracht fällt, macht die Beschwerdeführerin nicht - jedenfalls nicht substanziiert - geltend, und kann auch nicht angenommen werden.
Die Vorinstanz hat mithin die Freihaltebedürftigkeit des Wortes "Gotthard" zur Bezeichnung von Brennstoffen bundesrechtskonform bejaht und die entsprechende Wortmarke der Beschwerdeführerin zu Recht als nichtig erklärt.
6.
Hinsichtlich der Wort-/Bildmarke hält die Beschwerdeführerin dafür, der Bildbestandteil mache diese schutzfähig, auch wenn der (isolierte) Bestandteil "Gotthard" als Gemeingut vom Markenschutz ausgeschlossen wäre. Das Bildelement, das einen stilisierten Berg mit einem Wolkenring darstelle, verstärke und präzisiere die Bedeutung des Wortes "Gotthard" im Sinne eines Berges oder Bergnamens, so dass der Betrachter nur noch an einen Berg denke, nicht mehr an eine Region; Bergnamen seien nach ständiger Rechtsprechung mittelbare Herkunftsangaben und gehörten nicht zum Gemeingut. Unabhängig davon werde eine kombinierte Marke nicht automatisch schutzunfähig, wenn sie ein zum Gemeingut gehörendes Wort enthalte. Sei nämlich der übrige Bestandteil unterscheidungskräftig und - wie der vorliegende Bestandteil aufgrund seiner Grösse - kein unwesentlicher Teil der kombinierten Marke, sei diese als Ganzes schutzfähig.
Nach dem vorstehend (Erwägung 4) Ausgeführten ist davon auszugehen, dass der Begriff "Gotthard" von den massgebenden Schweizer Verkehrskreisen zumindest auch als Bezeichnung für die Gotthardregion verstanden wird. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist nicht anzunehmen, das Bildelement der streitbetroffenen Wort-/ Bildmarke vermöge insoweit etwas an diesem Verständnis zu ändern, dass der Begriff "Gotthard" nur noch als Name eines Berges aufgefasst würde. So kann der abgebildete, stilisierte Berg ohne weiteres auch als symbolhaftes Zeichen für eine ganze Gegend, die Gotthardregion, aufgefasst werden, da diese als Bergregion bekannt ist. Entsprechend hat das Bundesgericht auch in einem neueren Urteil entschieden, indem es erwog, eine Wort-/Bildmarke mit dem Wortbestandteil COLORADO und der stilisierten Abbildung einer Bergkette, die von einem Kreissegment überdeckt wird, werde als Hinweis auf den ganzen Bundesstaat Colorado im mittleren Westen der USA verstanden (BGE <ref-ruling> E. 2.2). Dass das als Gotthardregion verstandene Wort "Gotthard" für Brennstoffe eine freihaltebedürftige Herkunftsbezeichnung darstellt, wurde vorstehend (Erwägung 5) bereits ausgeführt.
Sodann trifft es nicht zu, dass eine Wort-/Bildmarke schutzfähig ist, wenn sie neben einer freihaltebedürftigen Herkunftsbezeichnung einen unterscheidungskräftigen Bildbestandteil enthält, der nicht bloss ein unwesentlicher Bestandteil der kombinierten Marke ist. Entscheidend ist vielmehr, ob der Gesamteindruck der Marke durch den gemeinfreien Bestandteil geprägt wird, d.h. ob jener in diesem Sinn der wesentliche Bestandteil der Marke ist, der in der Erinnerung der Adressaten haften bleibt, oder ob im Gegenteil unterscheidungskräftige Elemente den Gesamteindruck prägen (vgl. <ref-ruling> E. 3b/aa; <ref-ruling> E. 1 S. 66; vgl. auch Urteil 4A.1/2005 vom 8. April 2005 E. 2, in: sic! 9/2005 S. 649; WILLI, a.a.O., N. 19 f. zu <ref-law>; DAVID, a.a.O., N. 8 zu <ref-law>; VON BÜREN/MARBACH/DUCREY, Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, 3. Aufl., 2008, Rz. 655). Eine Marke, die eine Herkunftsbezeichnung enthält, ist - für Waren entsprechender Herkunft - nur dann schutzfähig, wenn dieser gemeinfreie Bestandteil ein blosses Nebenelement der ansonsten unterscheidungskräftigen Marke darstellt ( EUGEN MARBACH, Markenrecht, SIWR Bd. III/1, 2. Aufl., 2009, Rz. 406). Davon kann im vorliegenden Fall keine Rede sein. Das Wort "Gotthard" erscheint vorliegend nicht bloss als Nebenelement einer ansonsten unterscheidungskräftigen Marke, sondern als prägender Bestandteil der streitbetroffenen Wort-/Bildmarke. Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, würde das Bildelement für sich allein kaum Sinn machen und in der Erinnerung haften bleiben. Es ist auch nicht geeignet, den Gesamteindruck der Marke als blossen Herkunftshinweis zu verdrängen. Im Gegenteil verstärkt die Abbildung des stilisierten Berges mit einem Wolkenring in Verbindung mit dem eine Bergregion bezeichnenden Wortelement "Gotthard" den Eindruck einer geografischen Herkunftsbezeichnung (ähnlich: BGE <ref-ruling> E. 2.2). Überdies erscheint das Bildelement mit einem stilisierten Berg zur Bezeichnung von Brennstoffen, die als Rohstoffe oder in verwendbarer Form aus der Natur gewonnen werden, als beschreibender Natur, so dass es auch insoweit keinen besonderen Fantasiegehalt aufweist und damit nicht in der Erinnerung der Adressaten haften bleibt (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 5a S. 388 unten).
Die Vorinstanz hat somit zutreffend entschieden, die Wort-/Bildmarke der Beschwerdeführerin werde vom freihaltebedürftigen Begriff "Gotthard" geprägt und sei damit als Ganzes schutzunfähig.
7.
Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz die Widerklage zu Recht als begründet erachtet, soweit sie darauf eintrat, und die streitgegenständlichen Marken der Beschwerdeführerin bundesrechtskonform für nichtig erklärt. Der Klage der Beschwerdeführerin, die mit der Verwechslungsgefahr zwischen der Firma der Beschwerdegegnerin und den streitgegenständlichen Marken begründet wurde, ist damit die Grundlage entzogen, weshalb die Vorinstanz sie zu Recht abgewiesen hat, ohne dass auf die ergänzenden Ausführungen im angefochtenen Urteil zur Verwechslungsgefahr und die dagegen erhobenen Rügen eingegangen werden müsste.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen.
8.
Dem Verfahrensausgang entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Uri, Zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Oktober 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer