Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Zürich sprach X._ mit Urteil vom 6. November 2007 der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz nach Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4, 5, und 6 BetmG (SR 812.121) in Verbindung mit <ref-law> und der mehrfachen Geldwäscherei gemäss <ref-law> schuldig. Es bestrafte sie mit einer Freiheitsstrafe von 5 1⁄2 Jahren, unter Anrechnung der Untersuchungshaft von 280 Tagen.
B. Auf Berufung der Verurteilten und Anschlussberufung der Staatsanwaltschaft erhöhte das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 11. September 2008 das einzig angefochtene Strafmass auf 6 1⁄2 Jahre Freiheitsstrafe.
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Sie beantragt, den Entscheid des Obergerichts aufzuheben und die Sache zur Einholung eines psychiatrischen Gutachtens und zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Sie stellt überdies ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1.1 Die Beschwerdeführerin (geboren im Jahr 1960) reichte im Berufungsverfahren ein Arztzeugnis ein und beantragte unter Hinweis darauf die Einholung eines psychiatrischen Gutachtens zur Frage ihrer Zurechnungsfähigkeit. Die Vorinstanz wies den Antrag ab, weil Anhaltspunkte für eine verminderte Schuldfähigkeit gänzlich fehlten. Zur Begründung hielt sie im Wesentlichen fest, bei der Beschwerdeführerin hätten in der gesamten Untersuchung nie Hinweise auf eine verminderte Schuldfähigkeit bzw. Einschränkung der Steuerungs- oder Einsichtsfähigkeit im Tatzeitpunkt bestanden. Sie habe zu Beginn der Untersuchung auf die Frage nach ihrem Gesundheitszustand keine psychischen Probleme geltend gemacht und angegeben, sie befinde sich nicht in ärztlicher Behandlung. Erst nach der Haftentlassung am 27. Februar 2007 würden Hinweise darauf bestehen, dass psychologische Probleme angefangen hätten, als der Beschwerdeführerin nach Erhalt der Anklageschrift vom 2. März 2007 bewusst geworden sei, dass ihr eine lange Freiheitsstrafe drohe. Sie habe sich erst in dieser Zeit in Behandlung begeben. Auch ihr Verteidiger gehe davon aus, dass sie sich wegen der Delikte, aber auch wegen ihrer Zukunftsängste und ihrer familiären Probleme im Zusammenhang mit der Trennung von ihrem Ehemann psychologisch betreuen liess.
1.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe Zweifel an ihrer Schuldfähigkeit zu Unrecht verneint und dadurch <ref-law> bzw. Art. 13 aStGB verletzt. Sie bringt vor, das Arztzeugnis halte fest, es bestehe der nahe Verdacht, dass die bei ihr festgestellten psychischen Beschwerden schon in der Vergangenheit massgeblich wirksam ihre Entscheidungsfreiheit beeinträchtigt hätten. Die Feststellungen der Vorinstanz zur Frage der Entscheidungsfreiheit der Beschwerdeführerin im Tatzeitpunkt seien nicht fachkundig. Die Beschwerdeführerin habe sich bereits vor der Behandlung bei Dr. med. A._ in psychologischer Behandlung bei B._ befunden. Die von der Vorinstanz festgestellten äusseren Indizien seien nicht geeignet, die Feststellungen einer Fachperson über innere Indizien, welche für die Verminderung der Schuldfähigkeit sprächen, zu negieren.
2. 2.1 Nach <ref-law> ordnet das Gericht eine sachverständige Begutachtung an, wenn ein ernsthafter Anlass besteht, an der Schuldfähigkeit des Täters zu zweifeln. Diese Bestimmung entspricht weitgehend Art. 13 aStGB, sodass die bisherige Rechtsprechung zu Art. 13 aStGB auf die Begutachtung nach <ref-law> anwendbar ist (Urteil 6B_250/2008 vom 12. Juni 2008 E. 2).
2.2 Für die Prüfung der Notwendigkeit einer Begutachtung soll der Richter seine Zweifel an der Schuldfähigkeit nicht selber beseitigen, etwa indem er psychiatrische Fachliteratur beizieht. Vielmehr ergibt sich aus <ref-law> bzw. Art. 13 Abs. 2 aStGB, dass er bei Zweifeln einen Sachverständigen beiziehen muss. <ref-law> gilt nicht nur, wenn der Richter tatsächlich Zweifel an der Zurechnungsfähigkeit hat, sondern auch, wenn er nach den Umständen des Falls ernsthafte Zweifel haben sollte (<ref-ruling> E. 3.3 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 1a mit Hinweisen). Ob der Richter Zweifel an der Schuldfähigkeit haben sollte, ist eine Ermessensfrage (Marcel Bertschi, Probleme der strafrechtlichen Begutachtung aus juristischer und forensisch-psychiatrischer Sicht, welche Fragen stellen sich den Untersuchungsbehörden, ZStR 97/1980, S. 353 ff., 354; Theodor Keller, Probleme der strafrechtlichen Begutachtung aus juristischer und forensisch-psychiatrischer Sicht, der Standpunkt des Richters, ZStR 97/1980, S. 369 ff, 370).
2.3 Bei der Prüfung dieser Zweifel ist zu berücksichtigen, dass nicht jede geringfügige Herabsetzung der Fähigkeit, sich zu beherrschen, genügt, um verminderte Zurechnungsfähigkeit anzunehmen. Die Geistesverfassung des Betroffenen muss in hohem Masse in den Bereich des Abnormen fallen und von jener der durchschnittlichen Verbrechensgenossen abweichen, weil der Begriff des "normalen Menschen" nicht eng zu fassen ist (BGE <ref-ruling> E. 4a und b). Es muss somit ernsthafter Anlass zu Zweifeln an der Schuldfähigkeit in diesem Rechtssinne bestehen. Umstände, welche beim Richter ernsthafte Zweifel hervorrufen müssen, sind nach der bundesgerichtlichen Praxis beispielsweise gegeben bei Drogenabhängigkeit (<ref-ruling> und <ref-ruling> E. 2), bei einer Frau, die mit einer schizophrenen Tochter zusammenlebte (<ref-ruling>), bei einem Sexualdelinquenten mit möglicherweise abnorm starkem Geschlechtstrieb (BGE 71 IV 190), bei einem Ersttäter, bei dem der Beginn der Straffälligkeit mit dem Ausbruch einer schweren allergischen oder psychosomatischen Hautkrankheit zusammenfiel (<ref-ruling>), sowie bei einem Widerspruch zwischen Tat und Täterpersönlichkeit oder völlig unüblichem Verhalten. Das Bundesgericht hat eine Begutachtungspflicht verneint bei Arbeitsscheu verbunden mit sicherem Auftreten (BGE 69 IV 51 E. 3), bei Geldgier zur Kompensation von Minderwertigkeitskomplexen (BGE 73 IV 211 E. 3e), bei leichter Angetrunkenheit (<ref-ruling> E. 2), bei ärztlicher Behandlung wegen einer posttraumatischen Belastungsstörung (BGE <ref-ruling> E. 5.2 S. 38) bzw. der Aussprechung einer vollen IV-Rente aufgrund einer solchen Störung (<ref-ruling>). Im letzten Entscheid hat das Bundesgericht festgehalten, dass keine Begutachtungspflicht für einen Täter bestehe, der sich an wechselnde Erfordernisse der Situation anpassen und auf eine Gelegenheit zur Tat warten oder diese im Einzelnen ausgestalten könne, bzw. dessen Verhalten vor, während und nach der Tat zeige, dass ein Realitätsbezug erhalten sei (<ref-ruling> E. 3.3 mit Hinweisen).
3. 3.1 Dr. A._, Arzt für Psychiatrie und Psychotherapie, welcher die Beschwerdeführerin seit dem 7. Dezember 2007 behandelt, hat bei ihr gewisse Beeinträchtigungen festgestellt, die sich in der Gegenwart häufen. Das eingereichte Arztzeugnis ist indessen nicht geeignet, Zweifel an der Schuldfähigkeit der Beschwerdeführerin aufkommen zu lassen. Es beschreibt den heutigen Ist-Zustand und nimmt keinen Bezug zur Tatausführung oder zum Tatzeitraum. Es hält im Gegenteil ausdrücklich fest, dass es nicht verlässlich zum Tatgeschehen Stellung nehmen könne. Das Zeugnis setzt die festgestellten Störungen auch nicht in eine Verbindung zu den konkreten Straftaten der Beschwerdeführerin, sondern stellt lediglich generalisierend und ohne Nennung konkreter Ereignisse fest, dass das labile emotionale Gleichgewicht möglicherweise "schon in der Vergangenheit" einen Einfluss auf die Handlungen und Entscheidungsfreiheit der Beschwerdeführerin gehabt habe. Das Zeugnis nimmt weder konkret Bezug zum Tatzeitraum (Sommer 2002 bis 23. Mai 2006) noch zu den Taten. Es ist damit nicht geeignet, Zweifel an der Schuldfähigkeit der Beschwerdeführerin in Bezug auf ihre deliktische Tätigkeit zu erwecken (vgl. nachfolgend E. 3.2 und 3.3).
3.2 Objektive Anhaltspunkte, welche Zweifel begründen, so dass eine gutachterliche Abklärung der Beschwerdeführerin erforderlich wäre, bestehen keine. Im Gegenteil geht aus den Akten hervor, dass die Beschwerdeführerin nicht drogensüchtig und seit ihrer Einreise in die Schweiz im Jahr 1988 beruflich integriert ist, zahlreiche Taten als Einzeltäterin über einen langen Zeitraum begangen hat und sich sowohl bei der Tatbegehung (z.B. beim Verstecken der Drogen) als auch nach der Verhaftung bezüglich des Aussageverhaltens (kontinuierliches Zugeben von Delikten) an die Begleitumstände anpassen konnte.
Die Vorinstanz hat durch die Abweisung des Eventualantrages auf Einholung eines psychiatrischen Gutachtens kein Bundesrecht verletzt. Die Beschwerde ist demzufolge abzuweisen.
4. Die Beschwerdeführerin beantragt die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Gemäss <ref-law> befreit das Bundesgericht eine Partei, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, auf ihren Antrag hin von der Bezahlung der Gerichtskosten, sofern ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Wenn es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, bestellt das Bundesgericht der Partei eine anwaltliche Vertretung (<ref-law>).
Nach der Rechtsprechung ist eine Prozesspartei bedürftig, welche die Leistung der erforderlichen Prozess- und Parteikosten nur erbringen kann, wenn sie die Mittel angreift, die sie zur Deckung des Grundbedarfs für sich und ihre Familie benötigt. Es obliegt der gesuchstellenden Partei, ihre aktuellen Einkommens- und Vermögensverhältnisse umfassend aufzuzeigen und soweit wie möglich zu belegen. Kommt die gesuchstellende Partei diesen Obliegenheiten nicht nach, ist das Gesuch abzuweisen (<ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen). Die unentgeltliche Rechtspflege wird indessen nur gewährt, soweit die gestellten Begehren nicht aussichtslos sind. Nach der Rechtsprechung sind Prozessbegehren aussichtslos, deren Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Verlustgefahren und die deshalb kaum als ernsthaft bezeichnet werden können. Massgeblich ist, ob sich eine vernünftige, nicht mittellose Partei ebenfalls zur Beschwerde entschlossen hätte. Eine Partei soll einen Prozess, den sie auf eigene Rechnung und Gefahr nicht führen würde, nicht deshalb anstrengen können, weil er sie nichts kostet (<ref-ruling> E. 2.3.1; <ref-ruling> E. 2.5.3).
Die Bedürftigkeit der Gesuchstellerin ist ausgewiesen, sie bezieht gemäss dem von ihr eingereichten Beschluss der Sozialbehörde C._ vom 18. November 2008 Sozialhilfe. Ihre Begehren können nicht zum Vornherein als aussichtslos bezeichnet werden, zumal der von ihr vorgebrachte Beschwerdegrund eine Ermessensfrage ist und sie aufgrund des Arztzeugnisses einen hinreichenden Anlass hatte, die Frage der Notwendigkeit einer Begutachtung letztinstanzlich prüfen zu lassen. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist daher gutzuheissen. Somit sind keine Gerichtskosten zu erheben und es ist dem Anwalt der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- aus der Bundesgerichtskasse auszurichten (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dem Vertreter der Beschwerdeführerin, Thomas Fingerhut, Rechtsanwalt, Zürich, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch