Sachverhalt:
A. Die X._ AG, nunmehr in Liquidation (Beschwerdeführerin) und die Y._ AG waren beide in einem Industriegebäude in Z._ eingemietet, welches am 1. August 2002 durch einen Brand weitgehend zerstört wurde. Die Beschwerdeführerin macht die Beschwerdegegnerin für den Brand und den daraus entstandenen Schaden verantwortlich. Sie behauptet, trotz ihrer Sach- und Betriebsunterbruchsversicherung habe sie sich von den Folgen des Brandes wirtschaftlich nicht erholen können und befinde sich heute in Liquidation. Mit einer Teilklage vom 6. Dezember 2006 verlangte sie vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich von der Beschwerdegegnerin Fr. 1'000'000.-- nebst Zins. Sie berief sich auf entgangenen Gewinn aus dem Geschäftsbereich Microcomponents (MC), wobei sie einstweilen nur den Schaden vom 1. August 2002 bis zum 31. Dezember 2006 einklagte, sowie auf nutzlos gewordene Aufwendungen im Bereich High Density Interconnects (HDI), diesbezüglich unter Vorbehalt späterer Einforderung des entgangenen Gewinns. Von der Gesamtforderung für die geltend gemachten Positionen von Fr. 22'607'694.97 verlangte sie mit der Teilklage die erste Million. Zur Begründung des Schadens berief sie sich auf einen am 29. Juli 2002 unterzeichneten Businessplan und machte geltend, sie sei durch den Brand daran gehindert worden, die darin festgelegten Ziele zu erreichen. Die Investoren hätten das Interesse verloren, so dass die Beschwerdeführerin zunächst den Bereich HDI und schliesslich das gesamte Unternehmen habe schliessen müssen. Sie verlangte neben dem Ersatz der nutzlos gewordenen Aufwendungen im HDI-Bereich als Schaden im MC-Bereich im Wesentlichen die Differenz zwischen dem Ergebnis gemäss Businessplan 2002 - 2006 und dem im Betrachtungszeitraum tatsächlich erzielten. Insbesondere mit Bezug auf den MC-Bereich sei der Schaden in Anwendung von <ref-law> zu schätzen.
B. Mit Urteil vom 26. Januar 2010 wies das Handelsgericht die Klage ab. Die gegen dieses Urteil erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht das Kantons Zürich am 11. Oktober 2011 ab, soweit es darauf eintrat. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, beide kantonalen Entscheide aufzuheben, und sie wiederholt ihr Begehren aus dem Verfahren vor Handelsgericht. Eventuell beantragt sie die Rückweisung der Sache an das Handelsgericht, wobei sie einzelne Anweisungen an das Handelsgericht nennt, die das Bundesgericht mit einer Rückweisung verbinden soll. Ihrem Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gab das Bundesgericht am 14. Dezember 2011 statt. Die Beschwerdegegnerin beantragt, auf die Beschwerde mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten und eventuell die Beschwerde abzuweisen. Dem durch die Beschwerdeschrift verursachten unnötigen Aufwand sei bei der Festsetzung der Parteientschädigung Rechnung zu tragen. Beide kantonalen Instanzen haben auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin hat wesentliche Teile ihrer kantonalen Rechtsschriften und der angefochtenen Entscheide in ihre Beschwerdeschrift an das Bundesgericht kopiert, da blosse Verweise auf die Akten unbeachtlich seien. Mit diesem von der Beschwerdegegnerin beanstandeten Vorgehen verkennt sie die Anforderungen an die Beschwerdebegründung:
1.1 Nach <ref-law> ist in der Begründung der Anträge in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Blosse Verweise auf die Akten sind unbeachtlich. Inwiefern das angefochtene Urteil Recht verletzt, ist in der Rechtsschrift selbst darzulegen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399 f. mit Hinweisen). Die Unzulänglichkeit blosser Verweise bezieht sich auf die Begründung der Rügen. In der Beschwerdeschrift selbst ist auf die Argumentation der angefochtenen Urteile einzugehen. Insoweit genügt es nicht, auf im kantonalen Verfahren vorgebrachte Beanstandungen zu verweisen.
1.2 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Wiedergabe der angefochtenen Entscheide in der Beschwerdeschrift ist damit überflüssig. Dies gilt auch für die Vorbringen der Parteien im kantonalen Verfahren, soweit sich diese bereits aus dem für das Bundesgericht in tatsächlicher Hinsicht massgebenden (<ref-law>) kantonalen Entscheid ergeben. Nur soweit dies nicht der Fall ist, muss die Beschwerdeführerin mit Aktenhinweis aufzeigen, was sie im kantonalen Verfahren vorgebracht hat, wenn sie daraus eine Rechtsverletzung ableiten will. Die integrale Übernahme in die Rechtsschrift ist in der Regel aber nicht notwendig. Es genügt, in der Beschwerdeschrift mit Aktenhinweis kurz zusammenzufassen, was im kantonalen Verfahren vorgebracht wurde, und aufzuzeigen, dass das Vorbringen prozesskonform erfolgte. Als eigentliche Begründung der Rüge ist sodann anzugeben, weshalb der angefochtene Entscheid angesichts des Vorbringens Recht verletzt. Durch die Wiederholung von Textpassagen, die in den für das Bundesgericht in tatsächlicher Hinsicht massgebenden angefochtenen Entscheiden bereits enthalten sind, wird die Beschwerdeschrift aufgebläht, ohne dass dadurch die Begründungsanforderungen (<ref-law>) erfüllt würden.
1.3 Das Bundesgericht ist keine letzte Appellationsinstanz, die von den Parteien mit vollkommenen Rechtsmitteln angerufen werden könnte (vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4342 Ziff. 4.1.4.5 zu Art. 97 E-BGG). Es prüft, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400; <ref-ruling> E. 1.1 S. 105). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht, sowie für die Sachverhaltsrügen (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 f. S. 254 f. mit Hinweisen). Es ist nicht Sache des Bundesgerichts, ohne Hinweise der Parteien nach allfälligen Unvollständigkeiten in den Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz zu forschen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 187; <ref-ruling> E. 6.2 S. 288).
1.4 Die Begründungsanforderungen nach <ref-law> sollen zu einer effizienten Justiz beitragen (BBl 2001 4294 Ziff. 4.1.2.4 zu Art. 39 E-BGG). Daher genügt es beispielsweise nicht, Teile der Klageschrift oder weiterer Eingaben in die Beschwerde an das Bundesgericht zu kopieren und zu behaupten, damit sei der geltend gemachte Anspruch entgegen der Auffassung der kantonalen Instanzen hinreichend substanziiert. Eine derartige Begründung trägt zu einer effizienten Justiz nichts bei, denn das Bundesgericht müsste die Substanziierung umfassend überprüfen. In der Beschwerde wäre vielmehr aufzuzeigen, inwiefern Substanziierungsanforderungen gestellt werden, die zur Subsumierung des Sachverhalts unter die Bestimmungen des materiellen Rechts und mit Blick auf die Bestreitung der Prozessgegnerin zur Durchführung des Beweisverfahrens nicht notwendig sind (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 341 f.; <ref-ruling> E. 3.3 S. 162 mit Hinweisen). Vor diesem Hintergrund erweist sich die Beschwerdebegründung über weite Strecken als ungenügend.
1.5 Soweit das Handelsgericht der Beschwerdeführerin eine ungenügende Substanziierung vorwirft, hat diese vor Kassationsgericht und nunmehr auch vor Bundesgericht mehrfach gerügt, es seien ihre Vorbringen in Verletzung ihres Gehörsanspruchs nicht berücksichtigt worden, das Handelsgericht (und im kantonalen Beschwerdeverfahren auch das Kassationsgericht) habe implizit eine ohne Beweisverfahren unzulässige antizipierte Beweiswürdigung durchgeführt und die kantonalrechtliche richterliche Fragepflicht verletzt, indem ohne vorangehenden Substanziierungshinweis auf mangelnde Substanziierung geschlossen worden sei.
1.5.1 Ob die Vorbringen in den Rechtsschriften eine hinreichende Substanziierung darstellen, ist eine Frage des Bundesrechts, die nicht Gegenstand der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde bilden konnte. Wenn das Handelsgericht Vorbringen als nicht hinreichend substanziiert zurückweist, kann daraus nicht geschlossen werden, es hätte sie nicht zur Kenntnis genommen. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist insoweit nicht dargetan. Es ist nicht erforderlich, dass sich ein Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinander setzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; je mit Hinweisen).
1.5.2 Prozesserklärungen sind nach dem Vertrauensprinzip auszulegen (<ref-ruling> E. 2a S. 152). Soweit die kantonalen Instanzen die prozessualen Vorbringen der Beschwerdeführerin wiedergeben und interpretieren, liegt darin von vornherein keine Beweiswürdigung, die ein Beweisverfahren erforderlich machen würde.
1.5.3 Soweit die Beschwerdeführerin eine Verletzung der richterlichen Fragepflicht rügt, beruft sie sich im Wesentlichen auf einen publizierten Beschluss des Kassationsgerichts vom 5. Juli 2004 (ZR 104 [2005] S. 25 ff.), von dem die kantonalen Instanzen abgewichen sein sollen. Danach hätten nach Ansicht der Beschwerdeführerin vor der Annahme einer ungenügenden Substanziierung zwingend konkrete Substanziierungshinweise zu erfolgen. Die Beschwerdeführerin übergeht, dass gemäss dem von ihr angeführten Entscheid ein Substanziierungshinweis unterbleiben kann, wenn davon auszugehen ist, eine Partei habe in einem Punkt bewusst keine detaillierten Behauptungen vorgetragen, und dass der Umfang der Fragepflicht gemildert ist, wenn sich eine Partei aufgrund des bisherigen Prozessverlaufs hinreichend über ihre Obliegenheit im Klaren sein muss. Im von der Beschwerdeführerin zitierten Entscheid ging es um eine Behauptung, die erst in der Replik erhoben wurde. Er kann auf bereits in der Klage erhobene Behauptungen nicht ohne Weiteres übertragen werden, da sich das Mass der notwendigen Substanziierung namentlich nach den Bestreitungen der Gegenpartei richtet. Insoweit ist Willkür in der Anwendung des kantonalen Prozessrechts nicht hinreichend (<ref-law>) dargetan.
2. Das Handelsgericht erkannte, die Beweiserleichterung nach <ref-law> sei nur dem Geschädigten zu gewähren, der seiner Substanziierungsobliegenheit nachkomme. Die Akten müssten genügend Anhaltspunkte enthalten, die geeignet seien, auf den Schadenseintritt schliessen zu lassen. Nur wenn sich dieser Schluss mit einer gewissen Überzeugungskraft aufdränge, dürfe der Richter sein Ermessen überhaupt spielen lassen. Der Schaden dürfe nicht bloss "möglich" sein. Es müssten vielmehr Anzeichen vorliegen, welche die annähernd sichere Annahme zuliessen, dass ein Schaden entstanden sei.
2.1 Mit Bezug auf den MC-Bereich bemängelte das Handelsgericht, aus den Aufstellungen der Beschwerdeführerin lasse sich nicht ersehen, welches genau die von der Versicherung erbrachten Leistungen seien (Sachschaden, Ertragsausfall, Mehrkosten). Die Beschwerdeführerin behaupte zwar, die Versicherungsleistungen seien bereits vollumfänglich berücksichtigt. Eine für das Gericht nachvollziehbare Berechnung fehle jedoch in den Rechtsschriften. Auch bleibe die Beschwerdeführerin die Antwort schuldig, weshalb die Versicherung den Ertragsausfall für die Zeit bis zur Liquidation nicht vollumfänglich gedeckt habe, sei doch die Versicherungssumme gemäss den unbestritten gebliebenen Behauptungen der Beschwerdegegnerin nicht bis zur maximal möglichen Höhe ausgeschöpft worden. Der Einwand der Beschwerdeführerin, der Anspruch aus der Betriebsunterbruchversicherung sei mit Eintritt in das Liquidationsstadium erloschen, betreffe nur den nach dem 30. April 2004 entstandenen Schaden. Das Handelsgericht verweist auf einen im Zusammenhang mit den Versicherungsleistungen erstellten Bericht des Sachverständigen A._, wonach die Versicherung Q._ der Klägerin volle Deckung gewähre. Insgesamt sei somit nicht nachvollziehbar, worin der bis zum 30. April 2004 entstandene und von der Versicherung nicht gedeckte Schaden bestehe. Eine Schadensschätzung durch das Gericht sei unter diesen Umständen nicht möglich.
2.2 Betreffend den Ertragsausfall nach dem 30. April 2004 hielt das Handelsgericht fest, es verwundere, dass die Beschwerdeführerin die Einstellung des Betriebes bereits per 30. April 2004 beschlossen habe, statt die ihr zustehenden Versicherungsleistungen bis zum 31. Juli 2004 auszuschöpfen. Dieses Verhalten lasse sich eher mit der Bemerkung im Bericht des Sachverständigen A._ in Einklang bringen, wonach die Entscheidung der Beschwerdeführerin, die betriebliche Tätigkeit am 30. April 2004 einzustellen, nicht auf den Brand zurückzuführen sei. Um das Gericht davon zu überzeugen, dass der entgangene Gewinn in der geltend gemachten Höhe trotz der freiwilligen Liquidation Folge des Brandes gewesen sei, hätte die Beschwerdeführerin mit genügender Klarheit und hinreichend substanziiert darlegen müssen, inwieweit der Brand Ursache dafür gewesen sei, dass der Betrieb nach Einstellung der Zahlung durch die Versicherung nicht habe gewinnbringend weitergeführt werden können. Die Beschwerdeführerin mache keine substanziierten Angaben dazu, weshalb sie sich auch nach Erhalt der Versicherungsleistungen in einem Liquiditätsengpass befunden habe. In keinem der Dokumente finde sich ein Hinweis darauf, dass der Entschluss der Beschwerdeführerin, ihren Betrieb einzustellen, mit dem Brand zusammenhänge. Jedenfalls dränge sich der Schadenseintritt nicht mit der hinlänglichen Überzeugungskraft auf.
2.3 Mit Bezug auf den HDI-Bereich hielt das Handelsgericht fest, <ref-law> komme nicht zur Anwendung. Die Beschwerdeführerin genüge ihrer Substanziierungspflicht nicht. Eine nachvollziehbare Aufstellung der notwendigen Aufwendungen fehle. Insbesondere hätte die Beschwerdeführerin darlegen müssen, worauf die von ihr aufgeführten Zahlen gründeten und wie sie sich zusammensetzten. Aus einer zusammengefassten Aufwandsrechnung in Tabellenform lasse sich nicht nachvollziehen, inwieweit der Aufwand für die Erzielung eines Gewinns überhaupt notwendig war, welche Detailposten er umfasse und vor allem, inwiefern er sich auf die angeblich in Z._ zerstörte HDI-Imprintinganlage beziehe. Selbst wenn die Aussage im Bericht A._, wonach nur der Bereich MC vom Brand betroffen gewesen sei, nicht zutreffen sollte, hätte die Beschwerdeführerin ihren Schaden im Bereich HDI umso detaillierter ausführen müssen, zumal offenbar schon zur Zeit des Brandes zumindest der Grossteil der Produktion im Bereich HDI in R._ stattgefunden hatte. Zwar lege die Beschwerdeführerin dar, aufgrund des Brandes habe die für die Entwicklung neuer Prozesse im Bereich der HDI vorgesehene Anlage notgedrungenermassen für andere Zwecke eingesetzt werden müssen. Die ursprünglich auf der Anlage geplanten Entwicklungsprojekte hätten nur beiläufig bearbeitet werden können. Demzufolge sei aber zumindest ein Teil der Produktion im Bereich HDI fortgeführt worden. Es sei deshalb nicht von Vornherein einzusehen, wieso alle Aufwendungen im Bereich HDI nutzlos geworden sein sollten. Zur Erklärung, weshalb sie gegenüber der Versicherung keine Ansprüche betreffend den Bereich HDI gestellt habe, führe sie an, der Geschäftsbereich HDI habe sich noch im Aufbau befunden und keine regelmässigen Umsätze generiert. Auch diese Aussagen implizierten, dass, wenn auch nicht regelmässig, doch Umsatz mit den HDI-Produkten erzielt worden sei, was ebenfalls Zweifel an der Nutzlosigkeit aller Aufwendungen im HDI-Bereich aufkommen lasse. Somit fehle es im Bereich HDI bereits an einem substanziiert vorgebrachten Schaden.
3. Die Beschwerdeführerin rügt im Wesentlichen, das Handelsgericht überspanne die Substanziierungsanforderungen und verletze <ref-law>. Zudem verkenne es den Unterschied zwischen der vollen Deckung des versicherten Ertragsausfalls und dem geltend gemachten Schaden. Das Handelsgericht verletze Bundesrecht, indem es den Schaden nicht gesamthaft betrachte, sondern zeitlich in Teilabschnitte zerlege. Gegen den Beschluss des Kassationsgerichts erhebt die Beschwerdeführerin zudem diverse Willkürrügen, sowie Rügen der Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör und der kantonalrechtlichen Fragepflicht des Richters, gemäss welcher sie auf eine allenfalls mangelnde Substanziierung hätte hingewiesen werden müssen. Die gegen den Entscheid des Kassationsgerichts erhobenen Rügen sind allerdings, wie dargelegt, weitgehend nicht hinreichend begründet und gehen an der Sache vorbei, soweit sich nach Bundesrecht bestimmt, wie weit ein Sachverhalt zu substanziieren ist, damit er unter die Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden kann (<ref-ruling> E. 3 S. 341 f.; <ref-ruling> E. 3.3 S. 162 mit Hinweisen). In dieser Hinsicht konnte der Entscheid des Handelsgerichts mit der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde nicht überprüft werden.
3.1 Die Kantone dürfen von Bundesrechts wegen die Behauptungslast nur derjenigen Partei überbinden, welche gemäss <ref-law> die Beweislast für eine Tatsache trägt (<ref-ruling> E. 4 S. 191 mit Hinweis). Eine Tatsachenbehauptung braucht nicht alle Einzelheiten zu enthalten; es genügt, wenn die Tatsache in einer den Gewohnheiten des Lebens entsprechenden Weise in ihren wesentlichen Zügen oder Umrissen behauptet worden ist (GULDENER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3. Aufl., Zürich 1979, S. 163). Immerhin muss die Tatsachenbehauptung so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 2; GULDENER, a.a.O., S. 164).
3.2 Bestreitet der Prozessgegner das schlüssige Vorbringen der behauptungsbelasteten Partei, kann diese gezwungen sein, die rechtserhebliche Tatsache nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen werden kann (C. JÜRGEN BRÖNNIMANN, Die Behauptungs- und Substanzierungslast im schweizerischen Zivilprozessrecht, 1989, S. 149). Die Anforderungen an die Substanziierung einer Bestreitung sind wiederum Gegenstand des kantonalen Prozessrechts, solange dieses damit nicht in Widerspruch zu <ref-law> gerät. Insbesondere darf die Bestreitungslast nicht zu einer Umkehr der Beweislast führen (<ref-ruling> E. 2). Für das Ausmass der im Einzelfall erforderlichen Substanziierung des Bestreitens ist dabei auf die Einlässlichkeit der Sachdarstellung der behauptungsbelasteten Partei abzustellen und überdies zu prüfen, inwieweit der bestreitenden Partei eine substanziierte Bestreitung überhaupt zuzumuten ist (BRÖNNIMANN, a.a.O., S. 179 f.). Bilden die fraglichen Geschehnisse Gegenstand eigener Handlungen oder Wahrnehmungen der bestreitenden Partei, so dürfen schlichtes Bestreiten oder Bestreiten mit Nichtwissen als nicht ausreichend erachtet werden (BRÖNNIMANN, a.a.O., S. 180 und 190 f.).
3.3 Gemäss <ref-law> hat, wo es das Gesetz nicht anders bestimmt, derjenige das Vorhandensein einer behaupteten Tatsache zu beweisen, der aus ihr Rechte ableitet. Demgemäss hat die Partei, die einen Anspruch geltend macht, die rechtsbegründenden Tatsachen zu beweisen, während die Beweislast für die rechtsaufhebenden bzw. rechtsvernichtenden oder rechtshindernden Tatsachen bei der Partei liegt, die den Untergang des Anspruchs behauptet oder dessen Entstehung oder Durchsetzbarkeit bestreitet. Diese Grundregel kann durch abweichende gesetzliche Beweislastvorschriften verdrängt werden und ist im Einzelfall zu konkretisieren (<ref-ruling> E. 3.1 S. 323; <ref-ruling> E. 2a/aa S. 273 mit Hinweisen).
3.3.1 Der Eintritt des Schadens ist vom Geschädigten zu beweisen, ebenso wie der natürliche Kausalzusammenhang zwischen dem schädigenden Ereignis und dem geltend gemachten Schaden (<ref-ruling> E. 1b S. 272 f. mit Hinweisen). Eine Wertungsgesichtspunkten unterliegende Rechtsfrage ist demgegenüber, ob zwischen der Ursache und dem Schadenseintritt ein adäquater Kausalzusammenhang besteht (<ref-ruling> E. 2.2 S. 718 mit Hinweisen).
3.3.2 Der Schaden ist vom Geschädigten grundsätzlich ziffernmässig nachzuweisen (<ref-law>). Ist das nicht möglich, ist der Schaden vom Richter "mit Rücksicht auf den gewöhnlichen Lauf der Dinge" abzuschätzen (<ref-law>). Diese Bestimmung bezieht sich sowohl auf das Vorhandensein wie auf die Höhe des Schadens. Dieser gilt als erwiesen, wenn sich genügend Anhaltspunkte ergeben, die geeignet sind, auf seinen Eintritt zu schliessen. Der Schluss muss sich mit einer gewissen Überzeugungskraft aufdrängen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 381; <ref-ruling> E. 3a 221 f.). Eine Anwendung von <ref-law> setzt voraus, dass ein strikter Beweis nach der Natur der Sache nicht möglich oder nicht zumutbar ist. Die Herabsetzung des Beweismasses darf im Ergebnis nicht zu einer Umkehr der Beweislast führen. Die beweispflichtige Partei hat alle Umstände, die für die Verwirklichung des behaupteten Sachverhalts sprechen, soweit möglich und zumutbar zu behaupten und zu beweisen (BGE <ref-ruling> E. 2b/aa S. 276 f. mit Hinweisen).
4. Für den Schaden im MC-Bereich beansprucht die Beschwerdeführerin die Beweislasterleichterung von <ref-law>. Sie beruft sich für die Schadenshöhe im Wesentlichen auf die Zahlen des Businessplans und behauptet, ohne Brand hätte sie die darin aufgeführten Ziele erreicht. In der Klageantwort hielt die Beschwerdegegnerin den Ausführungen der Beschwerdeführerin entgegen, der im MC-Bereich entstandene Schaden sei durch die Versicherungsleistungen aus der Ertragsausfall- und Mehrkostenversicherung gedeckt. Den von der Beschwerdeführerin zur Schadenabschätzung herangezogenen Businessplan erachtete die Beschwerdegegnerin für untauglich. Das Handelsgericht erkannte, es sei nicht nachvollziehbar, worin der bis zum 30. April 2004 entstandene und von der Versicherung nicht gedeckte Schaden bestehe. Eine Schadensschätzung sei daher nicht möglich.
4.1 Die Beschwerdegegnerin macht geltend, ein allfälliger Schaden im MC-Bereich sei durch die Versicherungsleistungen gedeckt, wogegen die Beschwerdeführerin gestützt auf den Businessplan, der von der Beschwerdegegnerin für unrealistisch ausgegeben wird, einen weit darüber hinausgehenden Schaden behauptet. Das Handelsgericht hat entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht übersehen, dass der von der Versicherung gedeckte Ertragsausfall nicht zwingend dem haftpflichtrechtlich massgebenden Schaden entsprechen muss. Um vor dem Hintergrund der Bestreitungen in der Beschwerdeantwort die Zahlen des Businessplans als verlässlich und für eine Schadensschätzung geeignet auszuweisen, hätte die Beschwerdeführerin aber aufzeigen müssen, worin der über die Versicherungsdeckung hinausgehende Schaden besteht und weshalb dieser von der Versicherung nicht erfasst wird. Die Beschwerdeführerin erklärt, weshalb keine Deckungsansprüche für den HDI-Bereich bestehen und diejenigen für den MC-Bereich mit Aufgabe der Geschäftstätigkeit entfallen. Dass sie substanziiert dargestellt hätte, weshalb die Deckungsansprüche nur einen Bruchteil des im MC-Bereich gestützt auf den Businessplan geltend gemachten Schadens ausmachen, zeigt sie dagegen nicht auf. Aus der Beschwerdeschrift wird nicht ersichtlich, dass sie dargelegt hätte, worin im MC-Bereich der durch die Versicherung nicht gedeckte Schaden besteht und wie sich die Diskrepanz zwischen dem für die Versicherungsleistungen massgeblichen Ertragsausfall und dem vor ihr geltend gemachten Schadenersatzanspruch im MC-Bereich erklärt. Dazu wäre sie aber angesichts der ausdrücklichen Bestreitung der Beschwerdegegnerin auch ohne besonderen Substanziierungshinweis gehalten gewesen, sofern sie die Beweiserleichterung von <ref-law> für sich in Anspruch nehmen wollte.
4.2 Da entsprechende Ausführungen notwendig sind, um den Businessplan als plausibel erscheinen zu lassen, wirken sich diese Lücken in der Schadenssubstanziierung, entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin und des Kassationsgerichts, nicht nur auf den Zeitabschnitt aus, in dem Versicherungsleistungen geflossen sind, sondern auf den gesamten Schaden, der auf der Basis des Businessplanes geschätzt werden sollte. Im Ergebnis ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz den gestützt auf den Businessplan geltend gemachten Schaden nicht für hinreichend wahrscheinlich erachtete, um ihn nach <ref-law> abzuschätzen. Damit kommt der Frage, ob die Schadensberechnung hinreichend nachvollziehbar war und inwieweit es zulässig ist, in den Rechtsschriften auf Tabellen zu verweisen, keine Bedeutung zu. Dasselbe gilt für die zeitliche Einteilung der Schadensberechnung. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
5. Im HDI-Bereich bezog sich die Beschwerdeführerin für den Schaden nicht auf den Businessplan, sondern sie machte den nutzlos gewordenen Aufwand geltend und behielt sich die Nachforderung des entgangenen Gewinns ausdrücklich vor. Dieser bildete somit nicht Gegenstand des kantonalen Verfahrens.
5.1 Die Beschwerdeführerin rügt, das Handelsgericht habe ihre Ausführungen zum HDI-Bereich zu Unrecht im Licht von <ref-law> betrachtet. Sie habe bezüglich des HDI-Bereichs keine Schadensschätzung nach <ref-law> beantragt, sondern nur, aber immerhin, die sog. Rentabilitätsvermutung beansprucht, d.h. eine Beweiserleichterung in dem Sinne, dass vermutet werden könne, der Gewinn hätte zumindest die getätigten Aufwendungen gedeckt.
5.2 Die Beschwerdeführerin verkennt, dass sie mit dieser Argumentation nicht Ersatz nutzloser Aufwendungen verlangt, sondern entgangenen Gewinn im Umfang des getätigten Aufwands. Der entgangene Gewinn war aber nicht Gegenstand des Prozesses vor dem Handelsgericht, sondern wurde ausdrücklich vorbehalten. Damit ist nicht zu beanstanden, wenn das Handelsgericht der Beschwerdeführerin unter diesem Titel nichts zugesprochen hat. Dass sie Schadenersatz für Aufwendungen beansprucht hätte, die nicht mit Blick auf die Erzielung dieses Gewinns getätigt worden wären, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Demnach hat das Handelsgericht auch im HDI-Bereich die eingeklagten Ansprüche zu Recht abgewiesen.
6. Damit ist das Urteil des Handelsgerichts zumindest im Ergebnis nicht zu beanstanden und die gegen den Entscheid des Kassationsgerichts erhobenen Rügen betreffen entweder nicht prozessrelevante Punkte oder erweisen sich als unbegründet. Die Beschwerde ist daher insgesamt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 17'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Handelsgericht des Kantons Zürich und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Mai 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak