Fatti:
A. Il 7 novembre 1983, il Consiglio comunale di X._ ha adottato il piano generale delle canalizzazioni (PGC), autorizzando il Municipio a prelevare dei contributi di costruzione nell'ordine del 60 % dei costi dell'opera. Il PGC è stato approvato dall'allora Dipartimento dell'ambiente del Cantone Ticino con risoluzione del 6 maggio 1985. Negli anni successivi, ha quindi avuto luogo il prelievo di una prima quota di contributi giusta la legge ticinese del 2 aprile 1975 d'applicazione alla legge federale contro l'inquinamento delle acque dell'8 ottobre 1971 (LALIA; RL/TI 9.1.1.2).
Con pubblicazione del prospetto dal 30 novembre al 29 dicembre 2007 ed invio ad ogni singolo proprietario di un estratto dello stesso, il Municipio di X._ ha dato avvio alla procedura per il prelievo di una seconda quota di contributi provvisori. In questo contesto, in relazione alle particelle xxx e yyy di X._, di proprietà di A._, ha fissato l'ammontare dei contributi di costruzione a fr. 3'242.20 rispettivamente a fr. 3'019.90.
Il 22 marzo 2010 l'esecutivo comunale ha respinto il reclamo interposto da A._ contro il provvedimento d'imposizione adottato nei suoi confronti. Tale atto è stato confermato dapprima dal Tribunale di espropriazione del Canton Ticino e, successivamente, anche dal Tribunale cantonale amministrativo, che si è espresso in merito con sentenza del 23 agosto 2012.
B. Il 28 settembre 2012, A._ ha impugnato questo ultimo giudizio con un ricorso in materia di diritto pubblico davanti al Tribunale federale, chiedendone l'annullamento.
Nel merito, fa valere una violazione delle garanzie procedurali generali riconosciute dallo Stato (art. 29 Cost.), della legge federale del 24 gennaio 1991 sulla protezione delle acque (LPAc; RS 814.20), del principio della buona fede e del divieto d'arbitrio (art. 9 Cost.).
Il Tribunale cantonale amministrativo ha rinunciato ad esprimersi sulla vertenza. Il Comune di X._ ha invece richiesto che il ricorso venga respinto. Le parti hanno poi depositato ulteriori osservazioni, di cui verrà detto, per quanto necessario, più oltre.

Diritto:
1. Di carattere finale (art. 90 LTF), la decisione contestata è stata emanata da un'autorità di ultima istanza cantonale con natura di tribunale superiore (art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF) e riguarda una causa di diritto pubblico che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'art. 83 LTF. Presentato in tempo utile dal destinatario dell'atto impugnato (art. 100 cpv. 1 LTF), con un interesse degno di protezione all'annullamento del medesimo (art. 89 cpv. 1 LTF), il gravame è quindi di massima ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 segg. LTF).
2. 2.1 Con il ricorso in materia di diritto pubblico può in particolare venir censurata la violazione del diritto federale (art. 95 lett. a LTF), nozione che comprende i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 447 seg.). Salvo che per i casi citati espressamente dall'art. 95 LTF, con questo rimedio non può invece essere criticata la violazione del diritto cantonale in quanto tale, di cui può semmai esser denunciata un'applicazione lesiva del diritto federale e, segnatamente, del divieto d'arbitrio o di altri diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 2.3 pag. 466).
2.2 Il Tribunale federale è tenuto ad applicare d'ufficio il diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF); non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso, né dai motivi addotti dall'autorità inferiore (<ref-ruling> consid. 4.3.4 pag. 241). Esigenze più severe si applicano tuttavia in relazione alla violazione di diritti fondamentali. Il Tribunale federale esamina infatti simili censure soltanto se l'insorgente le ha sollevate e motivate in modo preciso (art. 106 cpv. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246; <ref-ruling> consid. 1.4.2 pag. 254).
Anche in caso di asserita violazione del divieto d'arbitrio, è necessario che egli esponga le sue critiche in maniera chiara e circostanziata, accompagnandole da un'argomentazione esaustiva (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246; <ref-ruling> consid. 6 pag. 397). Secondo costante giurisprudenza, l'arbitrio non si realizza infatti già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire plausibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata. Il Tribunale federale annulla la sentenza impugnata per violazione dell'art. 9 Cost. unicamente se l'istanza precedente ha emanato un giudizio che appare - sia a livello di motivazione che di risultato - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia e d'equità (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 51 e 132 III 209 consid. 2.1 pag. 211 con rinvii).
2.3 Nella fattispecie specifica, il ricorrente fa valere una violazione dell'art. 29 Cost. unicamente in modo generico. In questa misura, il suo ricorso risulta pertanto a priori inammissibile per difetto di una motivazione conforme all'art. 106 cpv. 2 LTF. Sull'ammissibilità delle ulteriori censure formulate nell'impugnativa verrà invece detto più oltre, contestualmente al loro esame.
3. La procedura concerne la riscossione di una seconda quota di contributi provvisori di costruzione per opere di canalizzazione e depurazione delle acque da parte del Comune di X._.
3.1 Il giudizio contestato si basa sul diritto cantonale, ovvero sugli art. 96 segg. della legge ticinese d'applicazione della legge federale contro l'inquinamento delle acque dell'8 ottobre 1971: normativa rimasta finora in vigore, nonostante la legge federale contro l'inquinamento delle acque sia stata sostituita dalla legge federale del 24 gennaio 1991 sulla protezione delle acque (sentenza 2P.133/2004 del 7 marzo 2005 consid. 4; ADELIO SCOLARI, Tasse e contributi di miglioria, 2005, n. 317).
3.2 Come già osservato da questa Corte nella sentenza 2P.285/2006 del 21 marzo 2007 (consid. 2.1), gli art. 96 segg. LALIA disciplinano in modo autonomo, per rispetto al diritto federale, la procedura di fissazione e di riscossione dei contributi litigiosi. Per questa ragione, la censura sollevata dal ricorrente per denunciare l'incompatibilità del diritto cantonale applicato con la legge federale sulla protezione delle acque dev'essere considerata d'acchito infondata.
4. Con un'ulteriore critica, il ricorrente sostiene che il giudizio impugnato sia lesivo della buona fede e, in particolare, del principio dell'affidamento, poiché non riconoscerebbe le concrete assicurazioni ricevute dalle autorità comunali con risposta scritta del 16 maggio 2007 alla sua lettera del 30 aprile precedente.
4.1 In materia di diritto amministrativo, il principio richiamato nella fattispecie tutela la fiducia riposta in un'informazione ricevuta dall'autorità oppure in un suo determinato comportamento suscettibile di destare un'aspettativa legittima quando l'autorità sia intervenuta in una situazione concreta riguardo a determinate persone, quand'essa era competente a rilasciare l'informazione o il cittadino poteva ritenerla competente sulla base di fondati motivi, quando affidandosi all'esattezza dell'informazione egli abbia preso delle disposizioni non reversibili senza subire un pregiudizio e quando non siano intervenuti mutamenti legislativi posteriori al rilascio dell'informazione stessa (<ref-ruling> consid. 2.5.1 pag. 72 seg.; <ref-ruling> consid. 6.1 pag. 636 seg.; <ref-ruling> consid. 8.1 pag. 60 con ulteriori rinvii). Anche nel caso le condizioni poste per beneficiare della protezione della buona fede siano realizzate, occorre inoltre ancora che al richiamo a tale protezione non si oppongano interessi pubblici preponderanti (DTF <ref-ruling> consid. 6 pag. 636 segg.; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 170).
4.2 Nemmeno le condizioni per una tutela della buona fede sono però in concreto date.
4.2.1 A differenza di quanto sostenuto nell'impugnativa, il ricorrente non si è rivolto al Comune di X._ "domandando se vi erano dei sospesi di natura fiscale e/o contributiva". Come risulta dallo scritto prodotto davanti alle istanze precedenti, redatto dal notaio incaricato di rogare l'atto di compravendita dei mappali in discussione, egli si è in realtà indirizzato all'Ufficio delle contribuzioni del Comune medesimo per ottenere "un'attestazione per crediti garantiti da ipoteca legale" per imposte cantonali o altri sospesi, così come previsto dall'art. 252 della legge tributaria del Cantone Ticino del 21 giugno 1994 [LT; RL/TI 10.2.1.1].
4.2.2 Interpellato in tal senso, l'Ufficio delle contribuzioni comunale si è dal canto suo limitato a rispondere alla precisa domanda postagli: facendo esplicita menzione dell'art. 252 LT e quindi dichiarando che le particelle xxx e yyy di X._ erano gravate ciascuna da un'unica ipoteca legale, relativa all'imposta comunale 2006.
4.3 Preso atto del fatto che il ricorrente attribuisce a torto all'informazione ricevuta una portata che invece non ha, pure la critica con cui egli denuncia una violazione del principio della buona fede dev'essere pertanto dichiarata infondata.
4.4 Benché anche per contributi come quelli oggetto della procedura la legge preveda di principio una garanzia nella forma dell'ipoteca legale (art. 107 LALIA), può essere qui in via abbondanziale aggiunto che al momento in cui il ricorrente ha formulato all'Ufficio delle contribuzioni la richiesta di attestazione ex art. 252 LT, il 30 aprile 2007, nemmeno ancora aveva avuto luogo la pubblicazione del prospetto che ha dato avvio alla presente procedura, la quale si è tenuta solo tra il 30 novembre e il 29 dicembre successivi. Logico è quindi pure che tale attestazione non ne facesse a quel momento menzione.
5. L'insorgente è infine dell'avviso che il mancato riconoscimento della prescrizione rispettivamente della perenzione da parte della Corte cantonale del diritto di prelevare i contributi in discussione debba essere giudicato arbitrario.
Riferendosi al fatto che la LALIA non contiene nessuna norma che regoli la prescrizione rispettivamente la perenzione del diritto d'imposizione, ritiene segnatamente che la Corte cantonale avrebbe dovuto riconoscere l'esistenza di una lacuna che andava colmata: alla luce di quanto previsto dall'art. 16 della legge ticinese sui contributi di miglioria del 24 aprile 1990 (LCM; RL/TI 7.3.3.1), oppure con riferimento ai termini validi nel diritto privato. A suo avviso, qualsiasi diversa soluzione porterebbe in effetti a risultati insostenibili, creando una situazione d'incertezza, la cui durata dipende esclusivamente dal Comune.
5.1 L'art. 96 LALIA impone ai Comuni ticinese l'obbligo di prelevare contributi di costruzione per l'esecuzione degli impianti comunali e per la partecipazione a quella degli impianti consortili (cpv. 1); la misura complessiva dei contributi non può essere inferiore al 60 %, né essere superiore all'80 % del costo effettivo per il Comune (cpv. 2). Il Municipio deve delimitare il comprensorio d'imposizione (art. 98 LALIA) e prelevare i contributi, i quali possono essere provvisori (art. 99 LALIA; calcolati sulla base del costo preventivo, fino ad un massimo del 3 % del valore di stima dei fondi), oppure definitivi (art. 99a LALIA; percepibili solo ad opera conclusa e calcolati sulla base del costo consuntivo, sempre fino ad un massimo del 3 % del valore di stima dei fondi).
Per quanto concerne il pagamento, il contributo richiesto è dovuto in dieci rate annuali, che sono esigibili dalla data di inizio dei lavori (art. 106 LALIA). Così come osservato nell'impugnativa, sebbene la legge cantonale in discussione disciplini la prescrizione delle singole rate di contributo (art. 108 LALIA ), essa non prevede invece nessun termine di prescrizione rispettivamente di perenzione del diritto d'imposizione (sentenza 2P.71/2004 del 10 gennaio 2005 consid. 4.4).
5.2 Ciò nonostante, le conclusioni tratte nel giudizio impugnato, che portano a non riconoscere una lacuna legislativa in materia, non possono affatto essere considerate insostenibili e lesive dell'art. 9 Cost.
5.2.1 Innanzitutto, l'arbitrio non è dato dalla mancata applicazione in via analogica dell'art. 16 LCM alla fattispecie.
Secondo quanto già osservato dal Tribunale federale nella menzionata sentenza 2P.71/2004 del 10 gennaio 2005 - le cui motivazioni sono state fatte proprie dalla Corte cantonale, che le ha riprese testualmente rispettivamente vi ha più volte rinviato nel giudizio impugnato - la LALIA medesima esclude l'applicazione della legge ticinese sui contributi di miglioria al prelievo di contributi di costruzione (art. 96 cpv. 6 LALIA).
Sempre in base a quanto osservato in quella sede, il diniego dell'applicazione analogica dell'art. 16 LCM alla fattispecie appare inoltre giustificato dal fatto che, a differenza di quanto vale per singole opere pubbliche finanziate tramite il prelievo di contributi di miglioria, che vengono portate a termine entro scadenze prevedibili, la realizzazione della rete comunale di canalizzazione e di depurazione delle acque è un'opera che si estende su di un arco di tempo molto più lungo (sentenza 2P.71/2004 del 10 gennaio 2005 consid. 4.4 con rinvii ai materiali legislativi).
5.2.2 Arbitrarie non possono però nemmeno essere giudicate l'ammissione a procedere ad un secondo prelievo di contributi e la rinuncia a porre un altro preciso termine di prescrizione rispettivamente perenzione al diritto d'imposizione da parte dei Comuni.
Il prelievo di più contributi provvisori è infatti espressamente previsto dall'art. 99 cpv. 2 LALIA, che pone quale limite solo che la somma dei singoli contributi percepiti non superi il 3 % del valore di stima in vigore al momento dell'ultima pubblicazione del prospetto. Dalla consultazione dei materiali legislativi che hanno portato all'introduzione di questa norma, cui il Municipio di X._ fa espresso riferimento, risulta inoltre che la stessa è stata tra l'altro voluta per permettere ai Comuni di adeguare un precedente prelievo all'evoluzione della pianificazione e dei costi d'investimento (al riguardo, cfr. messaggio del Consiglio di Stato n. 5090 del 20 febbraio 2001 e relativo rapporto del 23 maggio 2001).
Distinguendo tra tasse di allacciamento e contributi di costruzione, il Tribunale federale ha d'altra parte anch'esso già rilevato che nella misura in cui questi ultimi hanno quale caratteristica di essere percepiti globalmente, per tutte le infrastrutture indicate nel piano generale di smaltimento delle acque - considerate quale opera unica, che poggia su un finanziamento globale e avvantaggia il contribuente nel suo complesso -, questa caratteristica costituisce di principio un motivo oggettivo e sostenibile per non applicare al loro prelievo un termine di prescrizione, che inizi a decorrere dal compimento di singoli tratti di canalizzazione (sentenza 2P.71/2004 del 10 gennaio 2005 consid. 4.4).
5.2.3 A differente esito non può infine condurre l'appunto in base al quale la fattispecie in oggetto sarebbe ben diversa da quella esaminata nella sentenza 2P.71/2004, su cui si è basata la Corte cantonale.
Il ricorrente rileva certo che, in quel caso, il piano generale di smaltimento delle acque era stato adottato molto più tardi (1998) di quanto avvenuto a X._ (1983), lasciando intendere che il contribuente era pertanto chiamato a corrispondere contributi per opere ben più recenti.
Così argomentando, perde però di vista il fatto che, come nell'impugnativa che ci occupa, l'insorgente si opponeva in realtà al prelievo di contributi, poiché riteneva che gli stessi riguardassero almeno in parte lavori eseguiti da decenni (sentenza 2P.71/2004 del 10 gennaio 2005 consid. 4.2).
Anche quest'argomento non è quindi adatto a dimostrare l'arbitrio del giudizio reso.
5.2.4 Proprio in quel contesto, il Tribunale federale aveva per altro pure attirato l'attenzione su due ulteriori e non trascurabili aspetti, ovvero:
da un lato, sul fatto che la norma transitoria di cui all'art. 133 cpv. 4 LALIA pone comunque un limite al prelievo retroattivo di contributi di costruzione, autorizzando i Comuni, sempre che non vi avessero già provveduto, a procedere in tal senso solo per opere o parte di opere eseguite dopo il 31 dicembre 1968;
dall'altro, sul fatto che - dall'entrata in vigore della LALIA - i proprietari devono sapere che i Comuni sono obbligati per legge a prelevare contributi per finanziare i loro impianti di evacuazione e di depurazione delle acque, ragione per cui essi non possono nemmeno pretendere di ignorare gli obblighi che la stessa a sua volta prevede nei loro confronti.
Ma per l'appunto, quello di corrispondere un ulteriore contributo provvisorio - che il Comune stabilisce tenendo comunque conto dell'importo già versato in precedenza, eventualmente da un altro proprietario - costituisce precisamente uno di questi obblighi (art. 99 cpv. 2 LALIA).
5.3 Per quanto non formulata in maniera meramente appellatoria e quindi inammissibile, anche la censura d'arbitrio sollevata nel ricorso risulta pertanto infondata. Le critiche mosse al giudizio impugnato non dimostrano infatti la sua insostenibilità.
6. Per quel che precede, nella misura in cui è ammissibile, il ricorso dev'essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vengono poste a carico del ricorrente (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Comune di X._ e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.