Sachverhalt:
A. F._, geboren 1956, arbeitete seit August 2001 zu einem 70 % Pensum bei der Firma X._ als Sachbearbeiterin in der Buchhaltung. Daneben war sie zu 30 % als Buchhalterin selbstständig erwerbstätig. Am 8. Februar 2003 stürzte sie von einem Velogemmel (veloähnlicher Holzschlitten). Am 15. Dezember 2004 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Mit Verfügung vom 15. Dezember 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 27. März 2006, lehnte die IV-Stelle Nidwalden den Anspruch auf eine Invalidenrente ab.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden wies die hiegegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 30. April 2007 (versandt am 30. April 2008) ab.
C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der kantonale Entscheid aufzuheben und ihr mindestens eine Viertelsrente zuzusprechen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>; vgl. zur Invaliditätsbemessung auch <ref-ruling>).
2. Die Vorinstanz hat die Grundsätze und Bestimmungen über den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law> in der ab 1. Januar 2004 resp. <ref-law> in der ab 1. Januar 2008 geltenden Fassung), den Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung), die Aufgabe des Arztes (<ref-ruling> E. 4 S. 99 mit Hinweisen) und des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung; vgl. auch Urteil I 143/07 vom 14. September 2007, E. 3.3) sowie den allgemeinen Grundsatz der Schadenminderungspflicht (<ref-ruling> E. 4.2 S. 463 mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Ablehnungsgründe im Rahmen medizinischer Gutachten (<ref-law>; <ref-ruling> E. 7 S. 109 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. Vorweg ist der formelle Einwand, die Vorinstanz habe ihren Entscheid ungenügend begründet und damit das rechtliche Gehör der Versicherten verletzt, zu prüfen.
3.1 Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen).
3.2 Der kantonale Entscheid ist hinreichend begründet. Dass sich die Vorinstanz einlässlich oder gar seitenlang zu jeder einzelnen Diagnose und jedem Befund in jedem Arztbericht äussert, ist - entgegen der Ansicht der Versicherten - nicht nötig. Es reicht nach der Rechtsprechung, dass sich dem Entscheid insgesamt entnehmen lässt, aus welchen Gründen sie dem einen und nicht dem andern Gutachten gefolgt ist. Die Versicherte war denn auch in der Lage, diesen Entscheid sachgerecht anzufechten. Ihr rechtliches Gehör wurde nicht verletzt.
4. Die Vorinstanz hat in ihrem Entscheid im Wesentlichen auf das polydisziplinäre Gutachten des Zentrums Y._ vom 15. September 2005 abgestellt und eine relevante Einschränkung der Arbeitsfähigkeit verneint; abschliessend hielt sie fest, auch aus dem Gutachten des Schweizerischen Instituts für Versicherungsmedizin (nachfolgend: SIVM) vom 21. Dezember 2006 gehe ohne Weiteres hervor, dass aus neurologischer, neuropsychologischer und psychiatrischer Sicht keine objektiven Befunde mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit bestünden und die Beschwerden vielmehr auf einer somatoformen Störung beruhen würden, woraus jedoch keine Arbeitsunfähigkeit resultiere. Diese Feststellung ist offensichtlich unrichtig. Denn im psychiatrischen Konsilium wie auch im Gutachten des SIVM wird ausführlich dargelegt, weshalb die Gutachter zu einem vom Zentrum Y._ abweichenden Ergebnis gelangen und das Vorliegen einer somatoformen Schmerzstörung verneinen. Folglich ist das Bundesgericht an die vorinstanzlichen tatsächlichen Feststellungen nicht gebunden (vgl. E. 1).
5. 5.1 Dr. med. A._, Facharzt für Innere Medizin, diagnostizierte am 14. Februar 2003 eine Rückenkontusion und attestierte volle Arbeitsunfähigkeit bis Ende der Woche. Der Behandlungsabschluss erfolge voraussichtlich in zwei Wochen. Am 3. Juli 2003 hielt er eine Rückenkontusion mit Distorsion der HWS fest. Es sei eine Verschlechterung der Beschwerden (Konzentrationsstörungen, Kopfschmerzen, Schwindel, Müdigkeit) nach Intensivierung der Arbeit eingetreten. Wegen deutlicher Verbesserung nach kurzer Erholungsphase werde auf eine neurologische Abklärung verzichtet. Die Arbeitsaufnahme sei am 23. Juni 2003 zu 50 % erfolgt.
5.2 Dr. med. B._, Facharzt für Neurologie, hielt am 26. September 2003 Restbeschwerden/Cervikalsyndrom nach Contusio capitis/HWS-Abknickverletzung am 8. Februar 2003 fest. Es bestehe eine untertrainierte Halsmuskulatur, zum Teil leicht myogelotisch verhärtet, aber keine relevante Beweglichkeitseinschränkung; der Restneurostatus sei detailliert durchgeführt worden und unauffällig. Ein Teil der Beschwerden sei auf Dekonditionierung der Schulter- und Nackenmuskulatur zurückzuführen. Zudem habe eine psychische Traumatisierung stattgefunden, die noch nicht aufgearbeitet sei.
5.3 Dr. med. C._, Facharzt für Neurologie, diagnostizierte am 12. Januar 2004 den Status nach Sturz beim Schlittenfahren mit Hinterkopf- und Nackenkontusion und möglicherweise Distorsionstrauma der HWS mit chronischen Nacken- und Spannungskopfschmerzen, posttraumatischer Belastungsstörung und Verdacht auf neuropsychologische Funktionsstörung. Es gebe keine signifikanten degenerativen Veränderungen, keine erkennbare posttraumatische Veränderung, eine leichtgradig eingeschränkte Rotation der HWS beidseits und eine Fehlhaltung mit Überhang der HWS nach rechts, eventuell im Rahmen einer linkskonvexen Skoliose der BWS. Die bildgebenden Untersuchungen zeigten keine wesentliche Einschränkung der Beweglichkeit der HWS.
5.4 Dr. med. D._, Facharzt für orthopädische Chirurgie, hielt am 2. Juni 2004 fest, er könne sich zu den Befunden der "psychischen Traumatisierung", "neurologischen Funktionsstörung" resp. "posttraumatischen Belastungsstörung" nicht äussern. Das chronifizierte Schmerzsyndrom mit Nacken- und Spannungskopfschmerzen sei einer schulmedizinischen Behandlung nicht mehr zugänglich und als eigenes Krankheitsbild, nicht aber als Unfallfolge zu sehen. Die angegebenen Schmerzen beruhten auf subjektiven, nicht messbaren und somit nicht nachweisbaren Symptomen. Es habe eine deutliche Symptomausweitung stattgefunden, was am ehesten auf eine Fehlverarbeitung der Schmerzen und eine inadäquate psychische Reaktion auf ein banales Ereignis zurückzuführen sei. Weitere somatisch orientierte Abklärungen und Behandlungen seien bei einer Chronifizierung grundsätzlich kontraindiziert. Die Versicherte sei durch einen Psychiater zu begutachten. Sie habe mehrere Ärzte konsultiert, die nur subjektive Symptome feststellten und Medikamente verschrieben. Bisher habe aus unerklärlichen Gründen keine Therapie angeschlagen.
5.5 Die Klinik E._, wo die Versicherte vom 27. Juli bis 24. August 2004 stationär behandelt worden war, hielt am 30. September 2004 den Status nach Schlittelunfall mit Contusio capitis und HWS-Distorsion bei persistierendem zervikozephalem Symptomenkomplex, vegetativer Dysregulation und Anpassungsstörung mit depressiven Anteilen fest. Aktuell gebe die Versicherte persistierende Kopf-, Nacken- und Kieferschmerzen, ein Schmerzdreieck im Bereich der Schultern bis zum Übergang der BWS/LWS, Ameisenlaufen in den Händen, phasenweise Sehstörungen, Lärmempfindlichkeit, rezidiv Schwindel und Gleichgewichtsstörungen, trockenen Mund, vermehrtes Schwitzen nachts, vermehrte Müdigkeit mit Durchschlafstörungen und Konzentrationsstörungen an. Sie erhalte Craniosacral- und Physiotherapie sowie Fango. Im Rahmen des Aufenthaltes wurde eine multimodale Therapie durchgeführt. Der neuropsychologische Test ergab keine Minderfunktionen. Der betreuende Psychologe hielt eine Anpassungsstörung (ICD-10: F43.22) fest und empfahl die Weiterführung der Psychotherapie. Die Medikation war um ein Antidepressivum ergänzt worden, was sich positiv auf Schmerz- und Schlafmodalität auswirkte. Beruflich sei von einer Tätigkeit von 50 % auszugehen, die schrittweise um 10 % erhöht werden sollte. Die Schmerzen hätten sich im Rahmen des Aufenthaltes halbiert.
5.6 Am 3. November 2004 diagnostizierte Dr. med. G._, Facharzt für Ophtalmologie, Sehstörungen bei Status nach Distorsionstrauma der HWS, eine Myopia parva mit Astigmatismus inversus und eine Presbyopie. Biomikroskopisch fänden sich keine Hinweise, die die geklagten Beschwerden (Sehschwäche von bis zu einer Stunde, ohne Flimmern, Blitze oder Doppelbilder) erklären könnten.
5.7 Am 11. November 2004 meldete Dr. med. H._, Facharzt für Allgemeine Medizin, die Versicherte bei Dr. med. dent. I._, Kieferorthopäde, wegen einer posttraumatischen rechtsbetonten temporomandibulären Dysfunktion mit Bruxismus an. Am 16. November 2004 berichtete er, die Versicherte habe sich nach dem stationären Aufenthalt überfordert und dies mit vermehrten Beschwerden gebüsst. Sie habe ihr Arbeitspensum wiederum auf 50 % reduzieren müssen. Er diagnostizierte am 22. Dezember 2004 den Status nach Schlittelunfall mit Contusio capitis und HWS-Distorsion mit/bei persistierendem cervicocephalem Symptomenkomplex, vegetativer Dysregulation und Anpassungsstörung mit depressiven Anteilen. Im Rahmen ihres 70 % Pensums habe sie in der Woche nach dem Unfall nicht gearbeitet, danach zu 50 %, vom 27. Juli bis 24. August 2004 war sie zu 100 % arbeitsunfähig, danach wieder zu 50 %; daneben arbeite sie zu 15 % eines vollen Pensums im Geschäft ihres Lebenspartners. Die Trauma-, Craniosacral- und medikamentöse Therapie würden unverändert durchgeführt.
5.8 Das Zentrum Y._ hielt im Gutachten vom 15. September 2005 gestützt auf ein rheumatologisches und ein psychiatrisches Konsilium eine reversible Funktionsstörung C0 bis C3 rechts, eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4), vegetative Dystonie, temporomandibuläre Dysfunktion rechts sowie den Status nach Contusio von Kopf- und Halswirbelsäule am 8. Februar 2003 fest. Diese seien ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit. Aus rheumatologischer Sicht sei eine Kräftigung der Halsmuskulatur nötig; passive Massnahmen seien nicht nützlich. Aus psychiatrischer Sicht sei eine psychotherapeutische Behandlung sinnvoll. Die noch vorhandenen Befunde stünden nur noch möglicherweise in einem Zusammenhang mit dem Unfall vom 8. Februar 2003. Anfänglich seien die Beschwerden zweifellos auf den Unfall zurückzuführen gewesen. Mit grösserer zeitlicher Distanz seien andere, für die Persistenz der Beschwerden verantwortliche Faktoren in den Vordergrund getreten, etwa die Bereitschaft der Versicherten zur Chronifizierung, wobei diese einerseits in der Persönlichkeit und andererseits in der Biographie zu suchen sei. Es liege eine psychische Fehlverarbeitung des Unfalles vor. Die Faktoren dafür seien unfallfremd. Mangels bleibender Beeinträchtigung sei keine Invalidität und kein Integritätsschaden erkennbar. Der Endzustand sei nicht erreicht, da eine Psychotherapie sinnvoll sei.
5.9 Gemäss Stellungnahme des RAD vom 11. November 2005 sei gestützt auf das umfassende Gutachten des Zentrums Y._ von einer vollen Arbeitsfähigkeit für Bürotätigkeiten auszugehen.
5.10 Prof. Dr. med. K._ diagnostizierte am 30. Januar 2006 im Wesentlichen einen cervicogen rechtsbetonten Dauerkopfschmerz, einen ligamentär betonten Irritationszustand der Weichteilgewebe des Occiputs, des Nackens und des Schultergürtels, eine Engpasssymptomatik der oberen Thoraxapertur rechts mit Betonung C7 (TOS; thoracic outlet Syndrom), mässiggradige, von Ermüdungs- und Schmerzzuständen abhängige neuropsychologische Störungen allgemeiner Art sowie einen ausgesprochenen nächtlichen Bruxismus. Seine Therapievorschläge haben gemeinsam, dass die Versicherte sich unter psychologischer Begleitung einen Tagesablauf mit entspannenden und die Muskulatur aufbauenden, in Eigenverantwortung durchzuführenden Massnahmen schafft. Zudem empfahl er eine weitere medikamentöse und physiotherapeutische Behandlung. Die Kopfschmerzen, der Schmerz im rechten Arm und die weichteilrheumatischen Beschwerden seien organischen Ursprungs und könnten durch spezifische Strukturbelastungen ausgelöst werden. Deshalb müsse die somatoforme Schmerzstörung hinterfragt werden. Es gebe keine Hinweise für eine leichte Hirnläsion oder eine psychosoziale Überlastung. Die Biographie der Versicherten könne die Therapieresistenz nicht erklären. Die psychischen Störungen würden das Krankheitsbild nicht dominieren. Aktuell bestehe eine Arbeitsfähigkeit von maximal 40 %. Der Integritätsschaden betrage 10 bis 20 %.
5.11 Am 14. Februar 2006 nahm der RAD Stellung zum Gutachten des Prof. Dr. med. K._ sowie zum undatierten Bericht der Praxis L._. Bei letzterem handle es sich um medizinische Laien. Bei Prof. Dr. med. K._ würden leichte Fehlhaltungen beschrieben, die bei fast jeder gesunden Person auch festgestellt werden könnten. Die Beweglichkeit sei gleichmässig und neurologische Ausfälle bestünden nicht. Bei den Diagnosen würden subjektive Befunde und Weichteilveränderungen sowie vegetative Symptome erwähnt. Auch die neuropsychologischen Störungen würden auf subjektiven Angaben beruhen. Ein Vergleich mit dem Gutachten des Zentrums Y._ ergebe keine neuen Aspekte.
5.12 Am 18. April 2006 nahm das Zentrum Y._ Stellung zum Gutachten des Prof. Dr. med. K._. Es stellte die Kopfschmerzen nicht in Abrede, war aber der Ansicht, diese seien nicht mehr unfallbedingt. In der Folge setzte sich das Zentrum Y._ mit den Feststellungen des Prof. Dr. med. K._ auseinander, die nach Ansicht des Zentrums Y._ nicht nachvollziehbar seien und stellte die Diagnose eines TOS in Frage. Insgesamt zähle Prof. Dr. med. K._ zahllose, eigentlich harmlose Befunde auf, die in jeder ärztlichen Sprechstunde häufig auftreten und hier zu übertriebenen Schlussfolgerungen führen würden. Im Wesentlichen handle es sich um eine andere Beurteilung desselben Sachverhaltes.
5.13 Das SIVM diagnostizierte in seinem interdisziplinären Gutachten vom 21. Dezember 2006 chronische posttraumatische Kopfschmerzen, ein chronifiziertes cervicocephales Schmerzsyndrom, ein sekundäres myofasciales Schmerzsyndrom des rechten Schultergürtels, ein thoracovertebrales Schmerzsyndrom, diskrete bis leichte neuropsychologische Störungen und keine psychiatrischen Störungen von Krankheitswert. Es bestehe eine deutliche Schmerzmodulation mit schwankender Schmerzintensität und kein starker, bei somatoformen Schmerzstörungen typischer Dauerschmerz. Für die Chronifizierung sei ungünstig gewesen, dass in den ersten Monaten eine Therapie praktisch gefehlt habe. In der Folge seien die Therapien in ungenügender Intensität und mit zu wenig aktiven Anteilen durchgeführt worden. Es habe ein ungenügendes ärztliches Coaching vorgelegen und die Nachbehandlung nach der stationären Therapie sei nicht optimal verlaufen. Die depressiven Symptome seien behandlungsbedürftig, rechtfertigten aber nicht die Diagnose einer Depression. Hinweise auf eine somatoforme Schmerzstörung hätten sich nicht gefunden. Die geklagten Schmerzen seien überwiegend wahrscheinlich unfallkausal. Im Rahmen der festgestellten Differenzen zum Gutachten des Zentrums Y._ schloss sich das SIVM in weiten Teilen den Befunden des Prof. Dr. med. K._ an. Auf Grund des guten Ansprechens im Jahr 2004 empfahl das SIVM erneut eine stationäre Rehabilitation mit nachfolgender ambulanter Therapie. Es bestehe eine Arbeitsfähigkeit von 50 % bei einem vollen Pensum im angestammten Beruf und in einer adaptierten wechselbelastenden Tätigkeit eine solche von 75 %.
5.14 Zum Gutachten des SIVM bemerkte der RAD am 6. Februar 2007, in der Regel seien Kopfschmerzen ohne dauerhaften Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit, insbesondere wenn keine strukturellen oder anhaltende neuropsychologische Defizite bestünden. Die unterschiedlichen rheumatologischen Befunde zwischen Zentrum Y._ und SIVM erklärten sich dadurch, dass diese Funktionsstörungen in der Lokalisation wechseln könnten und nicht dauerhaften strukturellen Veränderungen, sondern einem gestörten Zusammenspiel von Muskulatur, Bändern und Wirbelgelenken entsprächen. Die unterschiedliche Lokalisation liege im Wesen der Funktionsstörung. Bei der zumutbaren Arbeitsfähigkeit bestehe ein Ermessensspielraum. Nach heutiger Meinung solle sich die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit bei leichten HWS-Traumen nicht einzig auf die Beschwerden und lokale Funktionsstörungen abstützen, sondern auch die psychiatrische Komponente durch das Prüfen einer eigentlichen psychiatrischen Erkrankung sowie der Überwindbarkeit der Beschwerden mittels Willensanstrengung mitberücksichtigen. Abschliessend hält der RAD fest, aus neurologischer, neuropsychologischer und psychiatrischer Sicht bestünden keine Befunde mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit. Die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit durch das SIVM stütze sich auf die Befunde an der HWS und sei medizinisch nicht nachvollziehbar. Der Schluss des Zentrums Y._, die objektiven Befunde an der HWS würden keine Arbeitsunfähigkeit bedingen und die Beschwerden auf einer somatoformen, keine Arbeitsunfähigkeit verursachenden Komponente beruhen, sei nachvollziehbar.
6. 6.1 Für die Feststellung des massgebenden Gesundheitszustandes liegen in erster Linie die polydisziplinären Gutachten des Zentrums Y._ vom 15. September 2005 und des SIVM vom 21. Dezember 2006 vor. Beide Expertisen erfüllen die formellen Anforderungen an ein Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352), gelangen aber insofern zu gegensätzlichen Ergebnissen, als das Zentrum Y._ die Beschwerden der Versicherten einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung zuordnet, das SIVM hingegen ein psychisches Krankheitsbild verneint und die Ursache im Unfall vom 8. Februar 2003 und den dabei erlittenen Verletzungen an Kopf und HWS sieht. Daher wird die der Versicherten verbleibende Arbeitsfähigkeit unterschiedlich beurteilt.
6.2 Das zeitlich später erstellte Gutachten des SIVM stützt sich auf spezialärztliche Untersuchungen in neurologischer, rheumatologischer und psychiatrischer Hinsicht sowie auf die Vorakten. Die Gutachter setzen sich mit den früheren medizinischen Stellungnahmen, einschliesslich derjenigen des Zentrums Y._, auseinander und begründen abweichende Einschätzungen. Laut dem SIVM-Gutachten liegen bei der Versicherten typische Beschwerden nach einem HWS-Distorsionstrauma oder einer äquivalenten Verletzung vor. Die Versicherte weise Kopf- und Nackenschmerzen, Schmerzen im Schultergürtel, Schwindel, Konzentrations- und Visusstörungen sowie eine verminderte Belastbarkeit auf. Die Nacken-, Kopf-, Schultergürtel-, rechtsseitigen Arm- und BWS-Schmerzen sowie die bei der Untersuchung provozierbaren Schmerzen, welche mit den spontanen Schmerzen übereinstimmten, bildeten Folgen des Unfalls. Konzentrationsstörungen, Schwindel und vermehrte Ermüdbarkeit seien wahrscheinlich sekundäre Folgen der Muskelverspannungen und der Schmerzen. Auf Grund der unfallbedingten Beschwerden bestehe im angestammten Beruf eine Arbeitsunfähigkeit von 50 %. In einer adaptierten, wechselbelastenden Tätigkeit, welche gewissen Anforderungen gerecht werde, belaufe sich die Arbeitsfähigkeit auf 75 %. Unfallfremde Faktoren mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit bestünden nicht.
6.3 Im Gutachten des Zentrums Y._ wird demgegenüber keine Diagnose mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit gestellt. Was die dem Beschwerdebild einer spezifischen HWS-Verletzung zuzurechnenden Beeinträchtigungen anbelangt, halten die Gutachter fest, nach dem beschriebenen Unfallmechanismus mit Anschlagen des Kopfes und allenfalls der HWS sei nach wenigen Wochen eine Abheilung zu erwarten. Wenn zweieinhalb Jahre nach dem Unfall immer noch über erhebliche Beschwerden geklagt werde, müssten dafür andere Gründe verantwortlich sein.
Diese Beurteilung, auf welcher die anschliessenden Aussagen zur Arbeitsfähigkeit basieren, lässt sich jedoch - ebenso wie die ähnlich lautenden Ausführungen des RAD vom 6. Februar 2007 - mit der Rechtsprechung nicht ohne weiteres vereinbaren. Danach kann eine bei einem Unfall erlittene Verletzung im Bereich von HWS und Kopf auch ohne organisch nachweisbare (d.h. objektivierbare) Funktionsausfälle zu länger dauernden, die Arbeits-und Erwerbsfähigkeit beeinträchtigenden Beschwerden führen. Derartige Verletzungen sind durch ein komplexes und vielschichtiges Beschwerdebild mit eng in einander verwobenen, einer Differenzierung kaum zugänglichen Beschwerden physischer und psychischer Natur gekennzeichnet (<ref-ruling> E. 7.1 S. 118). Diese mit Bezug auf die obligatorische Unfallversicherung entwickelten Grundsätze sind auch für die Invalidenversicherung massgebend. Auch hier kann eine spezifische HWS-Verletzung ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle mit dem für derartige Verletzungen typischen, komplexen und vielschichtigen Beschwerdebild die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit beeinträchtigen. Soweit das Gutachten aus dem Fehlen organisch nachweisbarer Befunde direkt auf - überwindbare - psychische Beschwerden schliesst, kann ihm nicht gefolgt werden.
6.4 Nach dem Gesagten liegen zwei formell gleichwertige Gutachten vor, die sich jedoch inhaltlich, d.h. bei der Einschätzung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit, widersprechen. Die Sache ist deshalb an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie zur massgeblichen Frage der zumutbaren Arbeitsfähigkeit ein Obergutachten, z.B. bei einer MEDAS, einhole und danach über den Anspruch auf eine Invalidenrente neu verfüge. Damit bleiben den Parteien alle Rechte, insbesondere der doppelte Instanzenzug, gewahrt (vgl. Urteil 8C_456/2007 vom 9. September 2008 E. 5.3 mit Hinweisen).
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend der IV-Stelle aufzuerlegen (<ref-law>). Die Versicherte hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, vom 30. April 2007 und der Einspracheentscheid der IV-Stelle Nidwalden vom 27. März 2006 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle Nidwalden zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf eine Invalidenrente neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, der Ausgleichskasse des Kantons Nidwalden und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold