Sachverhalt:
A. B. A. und B. X._ (Kläger, Beschwerdeführer) reichten am 21. Juni 2011 beim Regionalgericht Emmental-Oberaargau Klage ein gegen die Pensionskasse Y._ (Beschwerdegegnerin) mit dem Begehren, der zwischen den Parteien am 13. Juni 2007 abgeschlossene Immobilienkauf sei wegen Willensmangels unverbindlich zu erklären und rückabzuwickeln, eventuell sei Schadenersatz für Mietzinsausfall zu sprechen.
Mit Verfügung vom 6. Juli 2011 setzte der Gerichtspräsident den Beschwerdeführern Frist an zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 160'000.--.
C. Die Kläger erhoben gegen diese Verfügung Beschwerde beim Obergericht des Kantons Bern mit dem Antrag, es sei diese Verfügung aufzuheben und ein neuer Kostenvorschuss in der Höhe von Fr. 55'000.-- oder eines anderen angemessenen Betrags zu verfügen. Mit Verfügung vom 16. September 2011 verlängerte der erstinstanzliche Gerichtspräsident auf Antrag der Beschwerdeführer die Frist zur Leistung des Gerichtskostenvorschusses bis 20 Tage nach Eintritt der Rechtskraft des Entscheids des Obergerichts des Kantons Bern.
Mit Entscheid vom 5. Oktober 2011 wies das Obergericht des Kantons Bern die Beschwerde ab. Das Gericht stellte fest, dass die Beschwerde gemäss Art. 103 in Verbindung mit <ref-law> zulässig und binnen der 10-tägigen Frist nach <ref-law> eingereicht worden sei. Zur Begründung des Entscheids ging das Obergericht davon aus, dass die Tarife für die Prozesskosten, bis zu deren mutmasslichen Höhe gemäss <ref-law> ein Vorschuss von der klagenden Partei erhoben werden kann, nach <ref-law> von den Kantonen festgesetzt werden. Nach dem massgebenden kantonalen Recht wird danach im ordentlichen Verfahren bei einem Fr. 2 Mio. übersteigenden Streitwert eine Gebühr zwischen 0.5 % und 7 % des Streitwerts erhoben, wobei in Richtlinien des Verbandes bernischer Richterinnen und Richter konkretisiert wird, dass die durchschnittliche Gebühr 3.75 % des Streitwerts betragen soll. Das Gericht verwarf die Rüge der Beschwerdeführer, dass der beim vorliegenden Streitwert von Fr. 4'476'484.80 verfügte Vorschuss das Kostendeckungsprinzip oder das Äquivalenzprinzip verletze im Wesentlichen aus der Erwägung, dass die Gesamtkosten der Justiz mit den Gerichtsgebühren nicht gedeckt sind und nach der Rechtsprechung das Äquivalenzprinzip erlaubt, in gewissem Rahmen mit den Gebühren für bedeutende Geschäfte den Ausfall in weniger bedeutenden etwas auszugleichen. Das Obergericht erwog sodann, dass der Vorschuss, der hier unbestritten im Rahmen des gesetzlichen Tarifs liegt, die Höhe des Entscheids über die Gerichtskosten nicht präjudiziert und allein aufgrund der Klageschrift in der Regel keine gesicherten Angaben über den Aufwand gemacht werden können.
D. Die Beschwerdeführer gelangen mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht und stellen das Rechtsbegehren, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 5. Oktober 2011 sei aufzuheben und es sei ein neuer Kostenvorschuss in der Höhe von Fr. 55'000.-- oder eines anderen angemessenen Betrags zu verfügen, eventualiter sei das Obergericht anzuweisen, einen entsprechenden Kostenvorschuss zu verfügen. Sie rügen, die Vorinstanz habe die Höhe des Vorschusses willkürlich festgesetzt, weil sie auf die konkreten Umstände nicht eingegangen sei und nur den Streitwert herangezogen habe.
Die Akten wurden beigezogen. Vernehmlassungen wurden nicht eingeholt.

Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Entscheid über die Auferlegung eines Kostenvorschusses, der das Verfahren nicht abschliesst, handelt es sich um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>. Gegen einen solchen Zwischenentscheid ist die Beschwerde in Zivilsachen - abgesehen vom hier nicht gegebenen Ausnahmefall gemäss <ref-law> - nur zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Dabei muss es sich um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln, der auch durch einen für die Beschwerde führende Partei günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1.1 S. 328, 380 E. 1.2.1 S. 382; <ref-ruling> E. 3.1 S. 86 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 190).
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts können Zwischenentscheide, mit denen zwecks Sicherstellung der mutmasslichen Gerichtskosten ein Kostenvorschuss verlangt wird, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken, weshalb die Beschwerde ans Bundesgericht offensteht, wenn die Zahlungsaufforderung mit der Androhung verbunden wird, dass im Säumnisfall auf die Klage oder das Rechtsmittel nicht eingetreten werde (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 403; <ref-ruling> E. 2b und 2c S. 202 ff.; Urteil 4A_100/2009 vom 15. September 2009 E. 1.3, nicht publ. in <ref-ruling> ff.). Ob dies ohne Weiteres für Kostenvorschussverfügungen gilt, wenn nicht die Kostenpflichtigkeit des Verfahrens an sich, sondern lediglich die Höhe des konkret festgesetzten Vorschusses umstritten ist, und sich der Beschwerdeführer nicht gleichzeitig auf Mittellosigkeit beruft, erscheint fraglich, braucht jedoch mit Blick auf den Ausgang des Verfahrens nicht vertieft zu werden.
2. Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Praxis nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 2.2.2. S. 318 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f.). Dabei greift das Bundesgericht in Ermessensentscheide, zu denen Entscheide über die Höhe der Gerichtsgebühr gehören, nur mit grösster Zurückhaltung ein.
2.1 Die Beschwerdeführer bestreiten nicht, dass sich der verfügte Vorschuss für die Gerichtskosten im Rahmen der gesetzlichen Tarife hält und daher der angefochtene Entscheid auf einer hinreichenden gesetzlichen Grundlage beruht.
2.2 Soweit die Beschwerdeführer sinngemäss behaupten, die mutmasslichen Gerichtskosten in Höhe des Kostenvorschusses würden zum vornherein das Kostendeckungs- und das Äquivalenzprinzip verletzen, kann auf die zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz verwiesen werden. Das Kostendeckungsprinzip betrifft die Gesamtkosten für die Justiz und die Vorbringen der Beschwerdeführer zu ihrer konkreten Streitsache gehen insofern an der Sache vorbei. Im Rahmen des Äquivalenzprinzips kann ohne Verletzung der Verfassung der wirtschaftlichen Situation der Pflichtigen und deren Interesse am abzugeltenden Akt Rechnung getragen werden (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen). Die Vorinstanz hat die Praxis zutreffend dargestellt. Es ergibt sich daraus entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer nicht, dass die Gerichtsgebühr nicht aufgrund des Streitwertes bemessen werden dürfte. Dies ist im Gegenteil allgemein üblich und anerkannt. Es ist zudem nicht ersichtlich, dass eine Gerichtsgebühr von Fr. 160'000.-- für eine Zivilstreitigkeit mit einem Streitwert von mehr als vier Millionen Franken dem Äquivalenzprinzip widersprechen könnte.
2.3 Die Vorinstanz hat dem erstinstanzlichen Gerichtspräsidenten beigestimmt, dass aufgrund einer Klageschrift allein der voraussichtliche Aufwand nicht abschliessend beurteilt werden kann. Die Vorbringen der Beschwerdeführer vermögen nicht auszuweisen, dass im heutigen Zeitpunkt der voraussichtliche Aufwand als so unbedeutend anzusehen wäre, dass der verfügte Vorschuss als schlechterdings nicht mehr vertretbar und willkürlich hoch erscheinen könnte. Die Beschwerdeführer bemerken im Gegenteil selbst, dass sie die Einvernahme von Zeugen beantragt haben. <ref-law> betrifft entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer nicht den Aufwand, den das Gericht selbst für die Abnahme der Beweise leisten muss, sondern die Auslagen des Gerichts.
2.4 Die Vorinstanz ist nicht in Willkür verfallen, wenn sie die mutmasslichen Gerichtskosten aufgrund des Streitwerts festgesetzt hat, ohne den von den Beschwerdeführern als Klagpartei vorgebrachten Mutmassungen zum voraussichtlichen Aufwand des Gerichts Rechnung zu tragen. Die Vorinstanz hat dabei zutreffend und jedenfalls ohne Willkür berücksichtigt, dass der Aufwand des Gerichts auch von den Vorbringen der Beklagten abhängen wird und letztlich erst im Zeitpunkt der Beendigung des Verfahrens wirklich feststehen wird.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang ist die Gerichtsgebühr den Beschwerdeführern zu auferlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Da keine Vernehmlassung eingeholt wurde, sind der Beschwerdegegnerin keine Parteikosten entstanden, die zu ersetzen wären.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführern (in solidarischer Haftbarkeit, intern zu gleichen Teilen) auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Dezember 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Leemann