Faits:
Faits:
A. La société A._ SA (ci-après: le holding), détient plusieurs participations, notamment l'entier du capital-actions de la société B._ SA, devenue dès le 1er janvier 2004 C._ SA.
A. La société A._ SA (ci-après: le holding), détient plusieurs participations, notamment l'entier du capital-actions de la société B._ SA, devenue dès le 1er janvier 2004 C._ SA.
B. Le 30 juin 1991, C._ SA a acquis pour le prix de 6'200'000 fr. la société D._ SA. Le contrat de vente d'actions stipulait que la valeur substantielle nette de la société était de 800'000 francs; le solde de 5'400'000 fr. était considéré par C._ SA comme "goodwill".
C._ SA et D._ ont fusionné le 1er janvier 1992. Pour les impôts cantonaux de la période fiscale 1993 (période de calcul 1992), l'Administration fiscale du canton de Genève, dans une décision finalement confirmée par le Tribunal administratif genevois, puis le Tribunal fédéral (arrêt 2P.55/1999 du 3 septembre 1999, publié in RDAF 2000 II p. 221) a refusé l'amortissement de 20 % du poste "goodwill", soit 1'080'000 fr., alors que cet amortissement avait été admis pour les six derniers mois de la période précédente. Pour les périodes fiscales 1994 à 1996, C._ SA a de nouveau procédé à un amortissement annuel du poste "goodwill", qui a été refusé. Statuant en dernière instance par arrêt de ce jour (2P.177/2004), le Tribunal fédéral a confirmé l'arrêt du Tribunal administratif refusant les amortissements litigieux.
C._ SA et D._ ont fusionné le 1er janvier 1992. Pour les impôts cantonaux de la période fiscale 1993 (période de calcul 1992), l'Administration fiscale du canton de Genève, dans une décision finalement confirmée par le Tribunal administratif genevois, puis le Tribunal fédéral (arrêt 2P.55/1999 du 3 septembre 1999, publié in RDAF 2000 II p. 221) a refusé l'amortissement de 20 % du poste "goodwill", soit 1'080'000 fr., alors que cet amortissement avait été admis pour les six derniers mois de la période précédente. Pour les périodes fiscales 1994 à 1996, C._ SA a de nouveau procédé à un amortissement annuel du poste "goodwill", qui a été refusé. Statuant en dernière instance par arrêt de ce jour (2P.177/2004), le Tribunal fédéral a confirmé l'arrêt du Tribunal administratif refusant les amortissements litigieux.
C. Le holding a adressé sa déclaration pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal 1995, dûment remplie, signée et datée du 4 août 1995, à l'Administration fiscale. Le bilan et le compte de profits et pertes au 31 décembre 1994, signés, un état des dettes et un état des titres étaient joints à cette déclaration. Le bénéfice net imposable arrondi de 713'800 fr. était calculé comme il suit:
Bénéfice 1993 Fr. 536'815.--
Bénéfice 1994 (selon déclaration du 4.8.95) Fr. 1'777'196.--
Total Fr. 2'314'011.--
Moyenne 1993 et 1994 Fr. 1'157'005.50
Report de perte (à déduire) Fr. 443'118.--
Résultat imposable Fr. 713'887.50
Puis le holding a adressé une nouvelle déclaration pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal 1995, datée du 30 août 1995, à l'Administration fiscale. Un autre bilan et un autre compte de profits et pertes, établis au 31 décembre 1994 et datés du 25 août 1995, accompagnaient ses nouveaux documents. Le holding a indiqué que cette nouvelle déclaration annulait et remplaçait la précédente.
Par rapport à la déclaration et aux comptes précédents, le holding introduisait un amortissement d'un million de francs sur sa participation à C._ SA. Selon le holding, cet amortissement avait dû être comptabilisé sur sa participation à C._ SA dont les fonds propres avaient baissé au 31 décembre 1994 à 625'562 fr. et dont le revenu était devenu inexistant au bouclement intermédiaire au 30 juin 1995.
Le bénéfice 1994 du holding en était ainsi diminué d'autant et s'élevait à 777'196 francs. La moyenne des deux exercices 1993-1994 en était aussi affectée. Le résultat imposable arrondi s'élevait à 213'800 fr., calculé comme il suit:
Bénéfice 1993 Fr. 536'815.--
Bénéfice 1994 (selon déclaration du 4.8.95) Fr. 777'196.--
Total Fr. 1'314'011.--
Moyenne 1993 et 1994 Fr. 657'005.50
Report de perte (à déduire) Fr. 443'118.--
Résultat imposable Fr. 213'887.50
Le 29 décembre 1997, l'Administration fiscale a notifié au holding un bordereau 1995 pour l'impôt fédéral direct, fondé sur les éléments portés dans la première déclaration. Le bénéfice net imposable était maintenu à un montant de 713'800 fr., le capital propre imposable à un montant de 4'136'000 fr. et le capital déterminant pour le taux d'imposition à un montant de 2'091'100 francs. L'impôt fédéral direct total 1995 était arrêté à un montant de 34'199 fr. 10.
L'Administration fiscale, par décision du 18 août 2000, rendue sur réclamation, a maintenu la taxation.
L'Administration fiscale, par décision du 18 août 2000, rendue sur réclamation, a maintenu la taxation.
D. Statuant le 5 mars 2003, respectivement le 25 mai 2004, la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, puis le Tribunal administratif du canton de Genève, ont successivement rejeté les recours déposés par l'intéressé.
Le Tribunal administratif a estimé que le holding ne pouvait pas procéder à une correction de son bilan et de son compte de profits et pertes (valeur au 31 décembre 1994). Contrairement à ce que soutenait le holding, il n'y avait aucune violation des règles impératives du droit des obligations qui justifiait l'établissement d'une nouvelle comptabilité; une perte de fusion proprement dite, déductible du bénéfice de C._ SA et par répercussion de celui du holding, devait être niée.
Le Tribunal administratif a estimé que le holding ne pouvait pas procéder à une correction de son bilan et de son compte de profits et pertes (valeur au 31 décembre 1994). Contrairement à ce que soutenait le holding, il n'y avait aucune violation des règles impératives du droit des obligations qui justifiait l'établissement d'une nouvelle comptabilité; une perte de fusion proprement dite, déductible du bénéfice de C._ SA et par répercussion de celui du holding, devait être niée.
E. Agissant par la voie du recours de droit administratif, le holding conclut à ce que la taxation 1995 soit fondée sur la déclaration fiscale du 30 août 1995 laissant apparaître un bénéfice commercial pour 1994 de 777'196 francs. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision.
Le Tribunal administratif s'en remet à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Conformément à l'art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11, ci-après: la loi sur l'impôt fédéral direct), entrée en vigueur le 1er janvier 1995 (RO 1991 1254), l'arrêt du Tribunal administratif genevois, qui est rendu en dernière instance cantonale (art 98 lettre g OJ) et repose sur le droit fédéral, peut faire l'objet d'un recours de droit administratif au Tribunal fédéral. Le recourant est atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée (art. 103 lettre a OJ).
1.2 Conformément à l'art. 104 lettre a OJ, le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 150). Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 709; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 188; <ref-ruling> consid. 2b p. 60; <ref-ruling> consid. 1a p. 254). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer l'arrêt attaqué pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 709; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 188; <ref-ruling> consid. 1b p. 12 , 264 consid. 1b p. 268; <ref-ruling> consid. 1b/aa p. 500 et les arrêts cités).
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 154; <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 150; <ref-ruling> consid. 1 p. 198). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ).
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 154; <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 150; <ref-ruling> consid. 1 p. 198). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ).
2. 2.1 La loi sur l'impôt fédéral direct prévoit que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net (art. 57 LIFD). Le bénéfice net imposable comprend le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (art. 58 al. 1 lettre a LIFD). Le compte de profits et pertes fait ressortir le bénéfice ou le déficit de l'exercice (art. 663 al. 4 CO).
Il s'agit d'abord de déterminer si, du point de vue commercial, le recourant pouvait modifier les comptes de l'exercice 1994 après les avoir remis au fisc en vue de la taxation de l'impôt fédéral direct 1995.
L'art. 957 CO, dans sa teneur antérieure au 22 décembre 1999 (entré en vigueur le 1er juin 2002; RO 2002 949; FF 1999 4753), stipulait: "Quiconque a l'obligation de faire inscrire sa raison de commerce sur le registre du commerce doit posséder les livres exigés par la nature et l'étendue de ses affaires; il les tiendra exactement et de manière qu'ils révèlent à la foi la situation financière de l'entreprise, l'état des dettes et créances se rattachant à l'exploitation, de même que le résultat des exercices annuels." En tant que système d'information, la comptabilité commerciale doit être tenue avec exactitude et correspondre aux faits (Gérald Bourquin, Comptabilité commerciale, Obligations légales relatives à la tenue de la comptabilité, in: L'expert-comptable suisse, 1997, p. 893; Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, 2ème éd., p. 346/347). Les comptes annuels d'une société anonyme sont dressés conformément aux principes régissant l'établissement régulier des comptes, de manière à donner un aperçu aussi sûr que possible du patrimoine et des résultats de la société (art. 662a al. 1 première phrase CO). Conformément à ces dispositions, une société n'a pas le droit de comptabiliser des actifs au-dessus de leur valeur réelle (principe de prudence, art. 960 al. 2 CO).
L'art. 663g CO précise que les comptes de groupe sont soumis aux principes régissant l'établissement régulier des comptes annuels et que l'annexe doit mentionner les règles de consolidation et d'évaluation.
2.2 Les documents annuels de la société anonyme, une fois signés par les directeurs ou les administrateurs, sont soumis à la vérification par l'organe de contrôle (art. 727 ss CO). Ce dernier établit à l'attention de l'assemblée générale un rapport dans lequel il propose l'acceptation des comptes annuels avec ou sans réserve, ou leur renvoi aux administrateurs (art. 729 al. 1 CO).
Quelle que soit la proposition de l'organe de contrôle, l'assemblée générale des actionnaires, en tant que pouvoir suprême de la société, décide l'approbation des comptes annuels, leur modification ou leur renvoi à l'administration. Dès leur approbation par l'assemblée générale, les comptes acquièrent leur forme définitive et ne sont plus susceptibles d'être modifiés (v. art. 698 al. 1 et 698 al. 2 ch. 3 CO; Christine Lochner, La prise en considération dans les comptes annuels des événements postclôture, Zurich 1988, p. 41).
L'assemblée générale des actionnaires au cours de laquelle les comptes annuels sont approuvés et l'emploi du bénéfice décidé, doit se tenir dans les six mois qui suivent la clôture de l'exercice (art. 699 al. 2 CO). Par conséquent, les comptes annuels et, le cas échéant, les comptes de groupe doivent être établis durant cette période de six mois, en prenant en considération le temps nécessaire à l'audit des comptes et le délai de vingt jours pour la convocation de l'assemblée générale (art. 700 al. 1 CO; Manuel suisse d'audit 1998, vol. I, p. 97; Christine Lochner, op. cit., p. 42-43).
2.3 En l'espèce, s'agissant des comptes annexés à la déclaration d'impôt datée du 4 août 1995, le recourant n'indique pas qu'ils ont été approuvés par l'assemblée générale des actionnaires; on ne peut donc que présumer qu'ils remplissent les conditions formelles requises par le droit commercial. Au demeurant, il s'agit d'un titre auquel l'autorité fiscale doit pouvoir se fier. Cette question peut toutefois rester ouverte en l'espèce: ce qui est déterminant c'est de savoir si les comptes modifiés, annexés à la déclaration d'impôt datée du 30 août 1995, remplissent les critères formels énoncés ci-dessus (consid. 2.2). Le recourant ne le soutient pas et aucun élément versé au dossier ne montre que l'assemblée générale des actionnaires les aurait approuvés.
La première déclaration d'impôt est datée du 4 août 1995 et la seconde du 30 août suivant, soit peu de temps après. Il est douteux que dans ce bref laps de temps, le recourant ait pu soumettre les comptes modifiés au contrôle d'une société d'audit et convoquer l'assemblée générale pour obtenir son approbation. Force est donc de constater que le recourant ne démontre pas que les comptes modifiés et annexés à la déclaration d'impôt datée du 30 août 1995 remplissent les conditions de forme requises par le droit commercial. Dès lors, même s'ils sont des titres susceptibles de servir de preuve sur le plan pénal, de tels comptes ne jouissent pas de force probante au plan commercial et ne sauraient lier le fisc à cet égard (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2a p. 33; <ref-ruling> consid. 1b p. 25; Circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 27 juillet 1995, Effets de la révision du droit de la société anonyme du 4 octobre 1991 sur l'impôt fédéral direct, Archives 64 p. 608/609).
La première déclaration d'impôt est datée du 4 août 1995 et la seconde du 30 août suivant, soit peu de temps après. Il est douteux que dans ce bref laps de temps, le recourant ait pu soumettre les comptes modifiés au contrôle d'une société d'audit et convoquer l'assemblée générale pour obtenir son approbation. Force est donc de constater que le recourant ne démontre pas que les comptes modifiés et annexés à la déclaration d'impôt datée du 30 août 1995 remplissent les conditions de forme requises par le droit commercial. Dès lors, même s'ils sont des titres susceptibles de servir de preuve sur le plan pénal, de tels comptes ne jouissent pas de force probante au plan commercial et ne sauraient lier le fisc à cet égard (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2a p. 33; <ref-ruling> consid. 1b p. 25; Circulaire de l'Administration fédérale des contributions du 27 juillet 1995, Effets de la révision du droit de la société anonyme du 4 octobre 1991 sur l'impôt fédéral direct, Archives 64 p. 608/609).
3. La comptabilité commerciale sert de base à la taxation (Massgeblichkeitsprinzip; Walter Ryser, La neutralité fiscale de l'acte correctif rétrospectif in Festschrift für Prof. Dr. Francis Cagianut zum 65. Geburtstag, Berne 1990, p. 163 et les références citées), même si la législation fiscale impose certaines modifications en particulier en matière de périodicité.
Toutefois, si des règles impératives du Code des obligations ont été violées et que la comptabilité du contribuable ne satisfait pas aux usages en vigueur dans la branche (notamment au sujet des valeurs maximales d'évaluation), le fisc doit, de lui-même, entreprendre le changement exigé par le droit privé et en tenir compte pour les besoins de l'appréciation fiscale du résultat (Walter Ryser, op. cit., p. 164; voir arrêt 2A.55/2002 du 30 octobre 2002, Revue fiscale 59/2004 p. 193, consid. 3). La question de savoir si, en l'espèce, le fisc aurait dû corriger lui-même la comptabilité du recourant pour la rendre conforme aux exigences du droit commercial peut rester ouverte dès lors que, comme on va le voir, le recours doit de toute façon être rejeté.
Toutefois, si des règles impératives du Code des obligations ont été violées et que la comptabilité du contribuable ne satisfait pas aux usages en vigueur dans la branche (notamment au sujet des valeurs maximales d'évaluation), le fisc doit, de lui-même, entreprendre le changement exigé par le droit privé et en tenir compte pour les besoins de l'appréciation fiscale du résultat (Walter Ryser, op. cit., p. 164; voir arrêt 2A.55/2002 du 30 octobre 2002, Revue fiscale 59/2004 p. 193, consid. 3). La question de savoir si, en l'espèce, le fisc aurait dû corriger lui-même la comptabilité du recourant pour la rendre conforme aux exigences du droit commercial peut rester ouverte dès lors que, comme on va le voir, le recours doit de toute façon être rejeté.
4. 4.1 Le recourant est d'avis que la correction de ses comptes - qui porte sur l'amortissement de sa participation dans la société C._ SA - s'est avérée indispensable au regard des dispositions du Code des obligations en matière d'évaluation d'actifs, C._ SA étant surendettée. La participation du recourant à C._ SA, telle qu'indiquée dans sa comptabilité, était par conséquent largement surévaluée, selon lui.
4.2 La participation du recourant à C._ SA est un actif immobilisé tel que définit par l'art. 665a CO: "Les participations et autres immobilisations financières font également partie de l'actif immobilisé (al. 1). Les participations sont des parts du capital d'autres sociétés, qui sont détenues à titre de placement durable et qui permettent d'exercer une influence déterminante (al. 2). Les parts donnant droit à 20 % des droits de vote au moins sont considérées comme participation (al. 3)". Selon l'art. 665 CO: "L'actif immobilisé peut être évalué au plus à son prix d'acquisition ou à son coût de revient, déduction faite des amortissements nécessaires". Enfin, "des amortissements, corrections de valeur et provisions pour risques et charges sont effectués dans la mesure où ils sont nécessaires selon les principes généralement admis dans le commerce. Des provisions pour risques et charges sont notamment constituées pour couvrir les engagements incertains et les risques de pertes sur les affaires en cours (art. 669 al. 1 CO)".
4.3 En l'espèce, pour la taxation 1995 - qui a marqué le passage du système praenumerando annuel à celui du postnumerando - la période de calcul 1993-1994 entrait en ligne de compte pour l'imposition du recourant.
Le recourant tente de justifier la nécessité de l'amortissement de sa participation de 100% à C._ SA (capital-actions de 1'250'000 fr.) en se fondant sur le bilan commercial de C._ SA. Il est vrai qu'en 1995, les fonds propres de celle-ci - si l'on suit les chiffres présentés par le recourant - présentaient un solde négatif de 1'092'385 francs. Cette dernière année n'entrait toutefois pas en considération pour l'impôt 1995 (art. 206 LIFD).
L'examen des comptes de C._ SA montre qu'en 1994 les fonds propres s'élevaient à 625'562 fr. et en 1993 à 830'477 francs. Cependant, ces chiffres tiennent compte d'un amortissement de 1'080'000 fr. enregistré dans la comptabilité de C._ SA. Or cet amortissement n'a pas été admis, comme l'a confirmé le tribunal de céans dans un arrêt de ce jour (arrêt 2P.177/2004).
Par ailleurs, le poste "participations" du bilan 1994 du recourant était de 2'812'032 fr. 90 (avant l'amortissement litigieux). Selon l'annexe, il comprend, outre la participation à C._ SA, deux autres participations (E._ SA 100%, capital-actions de 100'000 fr. et F._ SA 89,96%, capital-actions de 38'100'000 francs français). Dès lors, même si C._ SA a présenté des résultats déficitaires, on ne voit pas pour quel motif l'autorité de taxation aurait dû évaluer les participations à un montant inférieur à la valeur comptabilisée pendant les exercices en cause. En tout cas le recourant ne démontre pas quelle en serait la surévaluation. En particulier, il n'a lui-même procédé à aucune estimation globale de sa participation à C._ SA fondée sur des principes comptables clairs. Il s'est borné à faire valoir directement la soi-disant perte de fusion de 5'400'000 fr., invoquée par C._ SA, ce qui n'établit pas encore que sa participation aurait été surévaluée.
Par conséquent, il n'est nullement démontré que les comptes 1994 produits à l'appui de la déclaration du 4 août 1995 aient violé des règles impératives du droit commercial. Ceux-ci pouvaient dès lors servir de base à la taxation litigieuse.
Par conséquent, il n'est nullement démontré que les comptes 1994 produits à l'appui de la déclaration du 4 août 1995 aient violé des règles impératives du droit commercial. Ceux-ci pouvaient dès lors servir de base à la taxation litigieuse.
5. Le recourant fait encore valoir que les administrations cantonales de Bâle-Ville et de Zurich auraient admis l'amortissement présenté par C._ SA et reconnu qu'il s'agissait d'une perte de fusion proprement dite, déductible fiscalement. Le recourant revendique une déduction proportionnelle à celles qui auraient été admises dans les autres cantons.
En l'espèce, le recours porte sur l'impôt fédéral direct et le recourant est taxé pour l'ensemble de cet impôt à son siège, dans le canton de Genève et non pas dans les autres cantons (art. 105 al. 3 LIFD). Par conséquent, ce qui aurait été admis par les autres cantons ne joue aucun rôle en l'espèce. Ce moyen doit donc également être rejeté.
En l'espèce, le recours porte sur l'impôt fédéral direct et le recourant est taxé pour l'ensemble de cet impôt à son siège, dans le canton de Genève et non pas dans les autres cantons (art. 105 al. 3 LIFD). Par conséquent, ce qui aurait été admis par les autres cantons ne joue aucun rôle en l'espèce. Ce moyen doit donc également être rejeté.
6. En confirmant la décision de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts, le Tribunal administratif, dans son arrêt du 25 mai 2004, a appliqué correctement le droit fédéral.
Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté.
Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ) et n'a pas droit à des dépens (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire de 4'000 fr. est mis à la charge du recourant.
2. Un émolument judiciaire de 4'000 fr. est mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire du recourant, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 17 octobre 2005
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: