Fatti:
A. D._, nato nel 1955, di professione piastrellista, a seguito di un infortunio occorsogli nel 1999, ha beneficiato di una rendita intera di invalidità dal 1° novembre 2000 al 31 maggio 2001 e di una mezza rendita dal 1° giugno 2001 al 31 marzo 2002 (decisioni del 12 settembre 2002, cresciute incontestate in giudicato).
Dopo avere presentato una nuova domanda il 30 agosto 2004, l'Ufficio AI del Cantone Ticino (UAI) gli ha assegnato un quarto di rendita dal 1° novembre 2003 al 31 gennaio 2004, una rendita intera dal 1° febbraio 2004 al 31 marzo 2005 e tre quarti di rendita a partire dal 1° aprile 2005 (decisione del 14 novembre 2005, anch'essa cresciuta incontestata in giudicato). Preso atto dei dolori al ginocchio destro in presenza di condropatia rotulea e degenerazione meniscale, di una sindrome lombovertebrale cronica recidivante su turbe statiche e degenerative nonché di una periartropatia della spalla destra su turbe degenerative e rottura parziale del tendine del muscolo sottoscapolare, l'amministrazione ha infatti ritenuto l'assicurato totalmente inabile al lavoro dal mese di ottobre 2003 nella sua professione abituale di piastrellista e in altre attività pesanti, ma abile nella misura del 50% da inizio gennaio 2005 in attività che non richiedessero il sollevamento di pesi oltre i 10 kg, il mantenimento di una posizione fissa eretta e/o seduta, l'esecuzione di lavori in posizione inginocchiata, lo spostamento su lunghi tragitti o su terreni accidentati, la salita e la discesa frequenti di scale, il lavoro su scale a pioli e il lavoro frequente con le braccia sopra l'orizzontale. Tale valutazione si fondava essenzialmente sul parere reso il 15 febbraio 2005 dal dott. A._, specialista in medicina interna, del servizio medico regionale dell'AI (SMR) dopo lettura degli atti e dei rapporti dei medici curanti. Per il resto, l'assegnazione dei tre quarti di rendita, per un grado d'invalidità del 60%, era stato calcolato sulla base di un reddito da valido di fr. 53'950.- e un reddito base da invalido di fr. 52'919.-, ridotto del 19%, rispettivamente del 50%, per tenere conto delle particolarità personali del caso e della ridotta capacità lavorativa residua.
In seguito alla procedura di revisione avviata nel maggio 2006, l'UAI ha soppresso la rendita spettante all'assicurato, ritenendo intervenuto, a partire dal mese di giugno 2006, un miglioramento dello stato di salute e della capacità lavorativa dell'interessato che veniva quantificata al 75% in attività confacenti al suo stato di salute e che portava a ritenere un tasso d'invalidità del 36% calcolato sulla base di un reddito da valido di fr. 54'490.- e un reddito da invalido di fr. 35'132.- (decisione del 5 luglio 2007). Tale valutazione si fondava essenzialmente sul parere del dott. B._, specialista in medicina interna e reumatologia, poi condiviso dal dott. A._ del SMR. Già in data 17 giugno 2005 il dott. B._, rivolgendosi al curante dell'assicurato, dott. S._, medico generalista, dopo avere posto la diagnosi di probabile disturbo di percezione ed elaborazione del dolore, periartropatia omeroscapolare tendinotica ddp, dolori aspecifici alle mani, sindrome cervico- e lombospondilogena cronica nonché di sindrome femoropatellare cronica, era giunto a tale conclusione. Tale valutazione era quindi stata confermata nel suo rapporto del 12 giugno 2006 all'indirizzo dell'UAI, in cui, dopo avere giudicato stazionario lo stato di salute e avere rinviato al suo precedente referto del 17 giugno 2005, lo specialista aveva precisato che l'assicurato doveva essere ritenuto in grado di svolgere, a tempo pieno e con un rendimento ridotto al massimo del 25%, un'attività leggera o mediamente pesante, che permettesse di variare le posizioni, nella quale non si dovesse rimanere a lungo in ginocchio, che evitasse movimenti ripetitivi di flessione/estensione delle ginocchia e movimenti ripetitivi di flessione/estensione o rotazione del tronco come pure movimenti ripetitivi con le spalle particolarmente sopra l'orizzontale e che permettesse il rispetto delle regole di ergonomia della schiena.
B. Patrocinato dall'avv. Sergio Sciuchetti, D._ si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, statuendo per giudice unico, ha parzialmente accolto il ricorso, annullato la decisione del 5 luglio 2007 e riconosciuto il diritto a un quarto di rendita a partire dal 1° settembre 2007 (pronuncia del 10 novembre 2008). Così, dopo avere rilevato un miglioramento dello stato di salute rispetto alla decisione amministrativa del 14 novembre 2005 e avere ritenuto l'assicurato abile al lavoro nella misura del 75% in attività adeguata, la Corte cantonale, constatato un reddito da valido di fr. 54'490.- (anno di riferimento: 2005) e un reddito da invalido di fr. 31'407.- (ottenuto dopo riduzione del 10.48% dal reddito base [fr. 57'751.08] per tenere conto della differenza salariale esistente tra il guadagno da valido e la media nazionale conseguibile nel settore delle costruzioni, del 19% per tenere conto delle particolarità personali e professionali del caso e del 25% in ragione della ridotta capacità lavorativa), ha accertato un grado di invalidità del 42%.
C. Sia l'assicurato, sempre patrocinato dall'avv. Sciuchetti, sia l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) hanno presentato ricorso al Tribunale federale. Contestando la deduzione del 10.48% dal reddito base da invalido operata dal primo giudice, che l'autorità di vigilanza ritiene ammissibile solo per la parte (0.48%) eccedente la soglia del 10%, l'UFAS chiede l'annullamento del giudizio cantonale e la conferma della decisione del 5 luglio 2007 poiché l'assicurato presenterebbe un grado di invalidità del 36%. Per parte sua, quest'ultimo contesta la sussistenza dei presupposti per una revisione e domanda l'annullamento del giudizio cantonale.
Chiamati ad esprimersi sul ricorso dell'UFAS, l'UAI ne ha postulato l'accoglimento, mentre l'assicurato ne chiede la reiezione. In relazione al ricorso dell'assicurato, l'UAI ne propone la reiezione, mentre l'UFAS ha rinunciato a determinarsi.
D. Con decreto del 17 febbraio 2009 è stata accolta la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo formulata dall'UFAS.

Diritto:
1. I ricorsi di D._ e dell'UFAS concernono fatti di ugual natura e pongono gli stessi temi di diritto materiale, per cui si giustifica la congiunzione delle cause e la pronuncia di una sola sentenza (<ref-ruling> consid. 1 pag. 126 e riferimenti).
2. Oggetto del contendere è la pronuncia che ha assegnato, in via di revisione, un quarto di rendita d'invalidità a partire dal 1° settembre 2007, vale a dire a partire dal primo giorno del secondo mese che è seguito alla notifica del provvedimento del 5 luglio 2007 (<ref-law>). In sostanza, mentre l'UFAS chiede la conferma della decisione amministrativa in lite, che ha soppresso, in via di revisione, la prestazione (tre quarti di rendita) riconosciuta con la decisione del 14 novembre 2005, l'assicurato domanda che la stessa continui ad essergli erogata poiché la situazione materiale non avrebbe subito modifiche.
3. 3.1 Interposti da un'autorità legittimata al ricorso in virtù di un'altra legge federale (art. 89 cpv. 2 lett. d LTF in relazione con gli <ref-law> e 89 OAI), rispettivamente da una persona che ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore, che è particolarmente toccata dalla decisione impugnata e che ha un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica (<ref-law>), i ricorsi, diretti contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata in una causa di diritto pubblico (<ref-law>) da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF), sono di massima ricevibili essendo stati depositati entro il termine (<ref-law>) e nella forma (<ref-law>) di legge senza che si realizzi un'eccezione ai sensi dall'<ref-law>.
3.2 Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per il resto, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>).
4. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, cui si rinvia, l'autorità giudiziaria cantonale ha già esposto le norme e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti e l'estensione del diritto alla rendita (<ref-law>, nella versione applicabile in concreto, in vigore fino al 31 dicembre 2007), il metodo ordinario di confronto dei redditi per la determinazione del grado d'invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa (<ref-law>), i compiti del medico ai fini di tale valutazione e il valore probatorio generalmente riconosciuto ai referti medici fatti allestire da un tribunale o dall'amministrazione conformemente alle regole di procedura applicabili (<ref-ruling> consid. 4 pag. 261, 351 consid. 3b/ee pag. 353; <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 3c pag. 314; <ref-ruling> consid. 1 pag. 158), nonché i presupposti e gli effetti della revisione di una rendita in seguito a una modifica del diritto (<ref-law>; art. 88a e 88bis OAI).
A tale esposizione può sostanzialmente essere fatto riferimento e prestata adesione, non senza tuttavia ribadire che una revisione può essere adottata quando le circostanze di fatto (di natura valetudinaria e/o economica) rilevanti per il diritto alla rendita si sono modificate in maniera considerevole, non per contro già in caso di diverso apprezzamento di una fattispecie sostanzialmente rimasta invariata (<ref-ruling> consid. 3.5 pag. 349 con riferimenti). In tale contesto non si può neppure dimenticare che, conformemente al suo senso e al suo scopo, l'istituto della revisione è stato concepito per tenere conto di modifiche nella situazione personale della persona assicurata. Sono riconducibili alla situazione personale dell'assicurato, oltre agli aspetti valetudinari, anche i fattori economici se subiscono modifiche concrete. Per contro, modifiche nei soli fattori statistici non sono riconducibili a un cambiamento nel contesto concreto della persona assicurata, bensì configurano unicamente dei cambiamenti esterni che non riflettono la situazione personale di quest'ultima (<ref-ruling> consid. 7.1 pag. 548; cfr. pure sentenza 9C_696/2007 del 9 novembre 2009 consid. 5.2).
Va infine ricordato che per verificare l'esistenza di una modifica di rilievo occorre confrontare la situazione di fatto al momento della decisione iniziale di assegnazione della rendita, rispettivamente dell'ultima decisione cresciuta in giudicato che è stata oggetto di un esame materiale del diritto alla rendita, con quella vigente all'epoca del provvedimento litigioso (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 3.5.2 pag. 351; <ref-ruling> consid. 2 pag. 369 con riferimento; vedi pure <ref-ruling> consid. 2b pag. 372, 390 consid. 1b).
5. Decisivo, nel presente contesto, è sapere se la decisione di revisione del 5 luglio 2007 fosse riconducibile, come invoca sostanzialmente l'assicurato, a un nuovo apprezzamento di una fattispecie praticamente rimasta invariata, in quanto tale irrilevante ai fini di una revisione, oppure, come ritenuto dal giudizio impugnato, a una modifica delle circostanze di fatto, in quanto tale suscettibile di giustificare una revisione (cfr. a tal proposito pure Urs Müller, Die materiellen Voraussetzungen der Rentenrevision in der Invalidenversicherung, 2003, pag. 135).
5.1 Da quanto accertato in maniera vincolante dal giudice cantonale, la decisione dell'amministrazione di rivedere il diritto alla prestazione (tre quarti di rendita) riconosciuta con la decisione del 14 novembre 2005 è stata fondata sul parere del dott. B._, condiviso dal SMR. Orbene, come risulta inequivocabilmente dagli atti, già in data 17 giugno 2005 lo specialista in reumatologia si era espresso per una capacità lavorativa del 75% in attività confacenti e rispettose dei limiti funzionali da lui descritti (cfr. sub Fatti A). Riprendendo la sua valutazione precedente sia per l'aspetto diagnostico sia per l'incidenza del danno alla salute sulla capacità lavorativa, il dott. B._ aveva poi confermato nel giugno 2006 le sue conclusioni di fronte all'UAI, che in seguito aveva proceduto a rivedere il diritto alla rendita.
5.2 Contrariamente a quanto ritenuto dalla Corte cantonale, non si può sostenibilmente affermare che lo stato di salute dell'assicurato abbia subito un miglioramento nel periodo che va dalla decisione del 14 novembre 2005 alla decisione di revisione del 5 luglio 2007. Al contrario, dal semplice confronto dei due rapporti del dott. B._, sui quali si è fondato il giudizio dell'amministrazione per rivedere il diritto alla prestazione, risulta chiaramente che lo stato di salute è rimasto sostanzialmente invariato e stazionario. In tali condizioni, la valutazione alla base della decisione di revisione dell'UAI costituiva chiaramente un nuovo apprezzamento di una fattispecie sostanzialmente rimasta invariata, che in quanto tale non poteva rappresentare un motivo di revisione. L'amministrazione non poteva di conseguenza validamente prevalersi dell'istituto della revisione per tornare su una decisione (quella del 14 novembre 2005) che peraltro, vale la pena ricordare, per quanto accertato dalla Corte cantonale, anziché fondarsi su una valutazione specialistica, era stata rilasciata sulla base del parere espresso dal dott. A._ in virtù di quanto indicato nel mese di gennaio 2005 dal medico curante, dott. S._. Né sarebbero del resto realizzate le condizioni per procedere a una riconsiderazione del provvedimento ai sensi dell'<ref-law> (Müller, op. cit., pag. 135).
5.3 Un'altra questione potrebbe invero essere quella di sapere se - come pretende l'assicurato - l'amministrazione fosse a conoscenza, al momento della decisione del 14 novembre 2005, del rapporto 17 giugno 2005 del dott. B._ e soprattutto se l'assicurato o comunque i suoi medici curanti non avrebbero, nell'ipotesi contraria, dovuto informare l'UAI. Tuttavia, la risposta al quesito, non approfondito dalle precedenti istanze, non modificherebbe l'esito del presente giudizio, ma riguarderebbe eventualmente un altro tema, esulante dall'oggetto della lite, e più precisamente quello dell'osservanza dell'obbligo di informare (cfr. <ref-law> e <ref-law>) e, se del caso, di un obbligo di restituzione delle prestazioni percepite (<ref-law>). Né può del resto essere esaminata in questa sede, in mancanza dei necessari accertamenti, l'ipotesi di una revisione processuale, peraltro nemmeno invocata dall'amministrazione.
5.4 Avendo per contro confermato la decisione amministrativa, il giudizio cantonale poggia su un accertamento manifestamente errato dei fatti - poiché contraddetto dagli atti - ed è contrario all'<ref-law>. In quanto tale esso non può essere tutelato e il ricorso dell'assicurato dev'essere accolto.
5.5 Infine si osserva che, in mancanza di un motivo di revisione, la rendita non avrebbe nemmeno potuto essere soppressa o ridotta per il solo fatto che il reddito ipotetico da invalido, che in occasione della decisione del 14 novembre 2005 era stato stabilito in applicazione dei dati statistici relativi alle "grandi regioni" (tabella TA13) di cui all'inchiesta svizzera sulla struttura dei salari, avrebbe nuovamente, in seguito alla modifica di prassi intervenuta nel frattempo (SVR 2007 UV n. 17 pag. 56 [U 75/03]), dovuto essere determinato sulla base dei dati statistici salariali conseguibili a livello nazionale nel settore privato (tabella TA1). Il Tribunale federale ha infatti recentemente rilevato come tale modifica di prassi, da sola, non permetta all'amministrazione di sopprimere, in via di revisione o di adattamento, il diritto alla rendita (sentenza citata 9C_696/2007 consid. 5.4 e 6.4).
Anche per questo motivo, dunque, il ricorso dell'UFAS, che contesta parte delle deduzioni operate dal primo giudice sul reddito base da invalido calcolato sui dati statistici salariali nazionali, non può trovare accoglimento. Ad ogni modo, per rispondere alla domanda dell'UFAS circa la possibilità e la portata di una deduzione, dal reddito base da invalido, quando il reddito da valido differisce considerevolmente dal salario statistico riconosciuto nello specifico settore economico, si osserva che il Tribunale federale ha nel frattempo stabilito, anche in casi ticinesi (cfr. ad esempio sentenza 8C_44/2009 del 3 giugno 2009 consid. 4), che se il guadagno effettivamente conseguito diverge di almeno il 5 % dal salario statistico usuale nel settore, esso è considerevolmente inferiore alla media ai sensi della <ref-ruling> consid. 4 pag. 325 e può giustificare - soddisfatte le ulteriori condizioni - un parallelismo dei redditi di paragone, fermo restando però che questo parallelismo si effettua soltanto per la parte percentuale eccedente la soglia del 5% (<ref-ruling>).
6. Le spese giudiziarie seguono di principio la soccombenza (<ref-law>). Tuttavia, all'UFAS non possono essere caricate simili spese, avendo agito nell'esercizio delle sue attribuzioni ufficiali (<ref-law>; cfr. ad esempio sentenza 9C_825/2008 del 6 novembre 2008 consid. 5). Per contro l'UFAS e l'UAI rifonderanno all'assicurato, vincente in lite e patrocinato da un legale, un'indennità per ripetibili della sede federale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Le cause 9C_1033/2008 e 9C_1038/2008 sono congiunte.
2. Il ricorso di D._ è accolto. Di conseguenza, il giudizio del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 10 novembre 2008 e la decisione dell'Ufficio dell'assicurazione invalidità del Cantone Ticino del 5 luglio 2007 sono annullati.
3. Il ricorso dell'Ufficio federale delle assicurazioni sociali è respinto.
4. Per il ricorso 9C_1033/2008 le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico dell'Ufficio AI del Cantone Ticino, mentre per il ricorso 9C_1038/2008 non si prelevano spese giudiziarie.
5. L'Ufficio AI del Cantone Ticino e l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali verseranno, ciascuno, fr. 2'000.- a D._ a titolo di ripetibili della sede federale.
6. Il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino statuirà nuovamente sulla questione delle spese ripetibili di prima istanza, tenuto conto dell'esito del procedimento in sede federale.
7. Comunicazione alle parti e al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino.