Sachverhalt:
A. In der Nacht vom 26. auf den 27. Dezember 2004 alarmierte X._ die Notrufzentrale des Kantons Thurgau. Ihr Ehemann sei mit einem grossen Messer in der Hand ins Schlafzimmer gekommen, in welchem sie sich mit ihrer Tochter aufgehalten habe. Er habe gedroht, dass sie die Nacht nicht überleben werde. Der Ehemann wurde festgenommen und bis am 27. Dezember 2004 um 12 Uhr inhaftiert. Am selben Tag wurden X._ und ihr Ehemann polizeilich befragt.
Mit Schreiben vom 21. Dezember 2007 an das Bezirksamt Münchwilen bemängelte die Rechtsvertreterin von X._, dass immer noch keine Strafuntersuchung eröffnet worden sei und ihr durch den zuständigen Untersuchungsrichter keine Auskunft erteilt werde. Gleichzeitig ersuchte sie im Namen von X._ um Ernennung zu deren Offizialvertreterin.
Mit Verfügung vom 11. März 2008 wies der Präsident des Bezirksgerichts Münchwilen das Gesuch um amtliche Vertretung mangels Bedürftigkeit der Gesuchstellerin und mangels Notwendigkeit der Rechtsverbeiständung ab. X._ erhob gegen diese Verfügung Beschwerde ans Obergericht des Kantons Thurgau. Dieses bejahte in seinem Entscheid vom 28. April 2008 zwar die Bedürftigkeit, wies die Beschwerde im Resultat jedoch ab, da keine Zivilforderung geltend gemacht worden sei und weil es an der Notwendigkeit der Rechtsverbeiständung fehle.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 10. Juni 2008 beantragt X._ im Wesentlichen, der Entscheid des Obergerichts sei aufzuheben und es sei ihr in der Strafuntersuchung gegen ihren Ehemann Karin Hochl als unentgeltliche Rechtsbeiständin zu bestellen.
Das Obergericht beantragt in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Stellungnahme dazu an ihren Rechtsauffassungen und Anträgen fest. In einem zweiten Schriftenwechsel verzichtet der Präsident des Bezirksgerichts Münchwilen auf eine Vernehmlassung, das Obergericht und die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Obergerichts, mit dem das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltlichen Rechtsbeistand im Strafverfahren gegen ihren Ehemann abgewiesen wurde, ist ein letztinstanzlicher kantonaler Zwischenentscheid. Dagegen ist die Beschwerde gemäss <ref-law> nur zulässig, wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann. Es muss sich dabei im Rahmen der Beschwerde in Strafsachen um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln (<ref-ruling> E. 4 S. 338 mit Hinweisen). Zwischenentscheide, mit denen ein unentgeltlicher Rechtsbeistand verweigert wird, haben in der Regel einen solchen Nachteil zur Folge (<ref-ruling> E. 1.1 S. 131 mit Hinweis). Dies trifft auch im vorliegenden Fall zu. Muss die Beschwerdeführerin ihre Interessen als Opfer bzw. Geschädigte im Strafverfahren ohne den Beistand eines Anwalts wahrnehmen, kann dies einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> bewirken.
Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg jenem der Hauptsache (Urteil 5A_112/2008 vom 14. April 2008 E. 1.2; vgl. auch <ref-ruling> E. 2a S. 414 mit Hinweisen). Gegen einen Entscheid betreffend die Abweisung eines Gesuchs um unentgeltliche Rechtsverbeiständung in einem Strafverfahren ist die Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> gegeben. Das Bundesgericht kann nach <ref-law> bei Gutheissung der Beschwerde in der Sache selbst entscheiden. Deshalb ist der Antrag auf Einsetzung eines unentgeltlichen Rechtsbeistands zulässig. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin wirft dem Obergericht sowohl eine willkürliche Anwendung von § 55 Abs. 2 der Strafprozessordnung des Kantons Thurgau vom 30. Juni 1970/5. November 1991 (StPO/TG; RB 312.1) als auch einen Verstoss gegen <ref-law> vor. Gemäss <ref-law>/TG kann einem Opfer oder anderen Geschädigten bei Bedürftigkeit die amtliche Vertretung gewährt werden, sofern die Wahrung seiner Interessen dies rechtfertigt und seine Zivilansprüche glaubhaft gemacht sind. Die Beschwerdeführerin geht nicht davon aus, dass die unentgeltliche Rechtsverbeiständung nach dem kantonalen Recht unter tieferen Voraussetzungen gewährt werden könne, als es auf Grund der Verfassungsbestimmung der Fall ist. Die Beschwerde ist daher primär unter dem Gesichtswinkel von <ref-law> zu beurteilen, zumal in diesem Fall das Bundesgericht in rechtlicher Hinsicht frei prüft, ob der Anspruch auf Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege missachtet worden ist. Auf Willkür beschränkt ist die Prüfungsbefugnis indessen, soweit tatsächliche Feststellungen der kantonalen Instanz beanstandet werden (<ref-ruling> E. 2.3 S. 14 mit Hinweis).
2.2 Gemäss <ref-law> hat jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
Die Bedürftigkeit der Beschwerdeführerin erachtete das Obergericht als gegeben. Umstritten ist, ob die Begehren der Beschwerdeführerin aussichtslos erscheinen und ein Rechtsbeistand notwendig ist.
3. 3.1 Als aussichtslos sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Begehren anzusehen, bei denen aufgrund einer summarischen Prüfung nach den Verhältnissen zur Zeit, zu der das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt wird, die Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Verlustgefahren und die deshalb kaum als ernsthaft bezeichnet werden können. Dagegen gilt ein Begehren nicht als aussichtslos, wenn sich Gewinnaussichten und Verlustgefahren ungefähr die Waage halten oder jene nur wenig geringer sind als diese. Massgebend ist, ob eine Partei, die über die nötigen finanziellen Mittel verfügt, sich bei vernünftiger Überlegung zu einem Prozess entschliessen würde. Eine Partei soll einen Prozess, den sie auf eigene Rechnung und Gefahr nicht führen würde, nicht deshalb anstrengen können, weil er sie nichts kostet (<ref-ruling> E. 5 S. 616 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 135 f. mit Hinweis).
3.2 Das Obergericht stellte fest, dass die Beschwerdeführerin keine Zivilforderung geltend gemacht habe. Der blosse Vorbehalt von Zivilansprüchen lasse eine Beurteilung der Erfolgsaussichten nicht zu. Zudem könne nicht nachvollzogen werden, weshalb es der Beschwerdeführerin in den über drei Jahren seit der Tat nicht möglich gewesen sei, ihre Ansprüche zu beziffern. Es komme keine Offizialvertretung in Betracht, wenn es offensichtlich nur um die Bestrafung des Beschuldigten gehe und Zivilansprüche nicht einmal ansatzweise substanziiert würden.
Die Beschwerdeführerin bringt dagegen vor, dass ihr der Untersuchungsrichter das Formular zur Geltendmachung von Zivilansprüchen erst mit Brief vom 10. März 2008 zugestellt habe. Am 11. März 2008 habe sie ihm mitgeteilt, dass sie sich noch immer in psychiatrischer Behandlung befinde und deshalb die Schadenersatzforderung noch nicht beziffern könne. Daraufhin habe ihr der Untersuchungsrichter empfohlen, die Zivilansprüche erst dem Grundsatz nach anzumelden, was sie mit Schreiben gleichen Datums gemacht habe.
3.3 Die Vorinstanz bezeichnet diese Vorbringen als teils neu und nicht erwiesen. Soweit damit die Unzulässigkeit der Vorbringen geltend gemacht werden soll, kann der Vorinstanz nicht gefolgt werden. Der Präsident des Bezirksgerichts Münchwilen begründete seinen ablehnenden Entscheid vom 11. März 2008 mit mangelnder Bedürftigkeit und mit mangelnder Notwendigkeit der Rechtsverbeiständung. Erst das Obergericht bezeichnete die Substanziierung der Zivilforderung als unzureichend und wies unter anderem deshalb die Beschwerde ab. Mithin hat erst der Entscheid der Vorinstanz zu den erwähnten Vorbringen Anlass gegeben. Gemäss <ref-law> sind sie deshalb zulässig.
3.4 Verfahrensziel der Beteiligung eines Opfers bzw. Geschädigten ist einerseits die Geltendmachung von Zivilansprüchen. Andererseits geht es aber auch darum, prozessuale Mitwirkungsrechte wahrzunehmen. Gemäss <ref-law>/TG stehen die Parteirechte des Angeschuldigten im Untersuchungsverfahren auch Opfern und anderen Geschädigten sowie deren Vertretern zu, soweit dies zur Abklärung ihrer Ansprüche als notwendig erscheint. <ref-law> (SR 312.5) gewährleistet insbesondere auch das Recht des Opfers, den Entscheid eines Gerichts zu verlangen, wenn das Verfahren nicht eingeleitet wird oder wenn es eingestellt wird. Für den Anspruch auf unentgeltliche Rechtsverbeiständung kann zudem nicht ein exakter Nachweis der Zivilforderungen verlangt werden, da über deren Bestand erst im Sachurteil entschieden wird. Der Bestand von Zivilforderungen ist lediglich glaubhaft zu machen (Urteil 6B_588/2007 vom 11. April 2008 E. 1.2.3 mit Hinweisen; STEPHAN MEICHSSNER, Das Grundrecht auf unentgeltliche Rechtspflege [<ref-law>], 2008, S. 106 mit Hinweis). Insofern das Obergericht vorauszusetzen scheint, dass die Zivilansprüche substanziiert vorgetragen, d.h. beziffert werden, kann ihm nicht gefolgt werden.
3.5 Der Ehemann der Beschwerdeführerin wird verdächtigt, diese in der ehelichen Wohnung mit dem Tod bedroht zu haben. Die Beschwerdeführerin legt dar, sie habe durch das Ereignis eine immaterielle Unbill erlitten und es seien ihr Kosten wegen der noch andauernden psychotherapeutischen Behandlung entstanden. Die Beschwerdeführerin stützt ihre Aussagen insbesondere auf Befragungsprotokolle, Korrespondenz mit ihrem Rechtsvertreter im Eheschutzverfahren und Fotos, welche Einstiche an der Schlafzimmertür festhalten. Die einzelnen Voraussetzungen eines Schadenersatzanspruches bzw. eines Anspruches auf Genugtuung (Schaden bzw. immaterielle Unbill, Rechtswidrigkeit, natürlicher und adäquater Kausalzusammenhang, Verschulden) erscheinen aufgrund des Tatvorwurfes und den plausiblen Sachverhaltsdarstellungen der Beschwerdeführerin als glaubhaft. Die Begehren der Beschwerdeführerin im Strafverfahren können somit nicht als aussichtslos bezeichnet werden.
4. 4.1 Damit stellt sich weiter die Frage, ob die Rechtsverbeiständung im Hinblick auf die beschriebenen Verfahrensziele (Geltendmachung von Zivilansprüchen und Wahrnehmung der Mitwirkungsrechte) notwendig ist.
Die Geltendmachung von Zivilansprüchen und die Wahrnehmung der Mitwirkungsrechte in der Strafuntersuchung stellen meist keine besonderen tatsächlichen und rechtlichen Anforderungen an das Opfer bzw. den Geschädigten. Der Durchschnittsbürger sollte daher im Regelfall in der Lage sein, seine Interessen als Opfer bzw. Geschädigter in einer Strafuntersuchung selber wahrzunehmen. Eine Rechtsverbeiständung kann jedoch erforderlich sein, wenn Umstände vorliegen, welche eine wirksame Interessenverfolgung erschweren. Dabei sind nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts namentlich die Schwere und Komplexität des Falles, die gesundheitliche und geistig-psychische Verfassung des Geschädigten sowie dessen Sprachkenntnisse zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 2b S. 147 f. mit Hinweisen). Die Offizial- und die Untersuchungsmaxime schliessen die Notwendigkeit einer Rechtsverbeiständung nicht zum vornherein aus, insbesondere da sie allfällige Fehlleistungen der Behörde nicht zu verhindern vermögen, wie der vorliegende Fall zeigt (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 183 mit Hinweisen).
4.2 Das hier in Frage stehende Strafverfahren ist nicht besonders komplex. Es hat indessen ein Beziehungsdelikt zum Gegenstand, welches die Beschwerdeführerin in ihrer psychischen Verfassung beeinträchtigt hat. Die Beschwerdeführerin weist darauf hin, dass sie nach der Haftentlassung ihres Ehemannes für zwei Monate Zuflucht im Frauenhaus gesucht habe, bis ihr Ehemann durch eheschutzrichterlichen Entscheid verpflichtet worden sei, die eheliche Wohnung zu verlassen. Über viele Monate hinweg habe sie psychologische Hilfe in Anspruch genommen. Diese Umstände sind bei der Beurteilung zu berücksichtigen, auch wenn die Beschwerdeführerin seit dem Vorfall von ihrem Ehemann getrennt lebt und ein Ehescheidungsverfahren hängig ist. Gegen die Notwendigkeit der Rechtsverbeiständung spricht, dass die Beschwerdeführerin gemäss den Feststellungen der Vorinstanz intelligent und beruflich gut integriert sei und zudem ihre Situation als alleinerziehende Mutter offenbar gut meistere. Entscheidend ist vorliegend jedoch, dass die Schwierigkeiten im Zusammenhang mit den Unregelmässigkeiten im bisherigen Verfahrensverlauf, welchen die Beschwerdeführerin allein kaum gewachsen gewesen wäre, eine Rechtsverbeiständung als notwendig erscheinen lassen.
Die Beschwerdeführerin weist darauf hin, dass man ihr anlässlich der polizeilichen Befragung vom 27. Dezember 2004 versicherte, häusliche Gewalt werde von Amtes wegen verfolgt. Da Monate vergangen seien, ohne dass sie über den Stand des Verfahrens unterrichtet worden wäre, habe sie sich wiederholt bei der Polizei und beim Bezirksamt Münchwilen danach erkundigt. Stets sei ihr versichert worden, das Verfahren sei im Gang. Am 17. August 2007 habe ihr das Bezirksamt indessen auf erneutes Nachfragen hin mitgeteilt, das Strafverfahren sei eingestellt worden, weil sie keinen Strafantrag gestellt habe. Daraufhin mandatierte sie eine Rechtsanwältin, die mit Brief vom 24. Oktober 2007 das Bezirksamt um Auskunft über den Verfahrensstand und Akteneinsicht ersuchte. Zunächst seien die Akten eines anderen Verfahrens zugestellt worden und erst auf Beanstandung hin die richtigen. Mit Schreiben vom 21. Dezember 2007 an das Bezirksamt Münchwilen habe ihre Rechtsvertreterin gerügt, dass die Strafverfolgung nicht weitergeführt worden sei. Im gleichen Schreiben habe sie erneut Strafanzeige erstattet und ein Gesuch um unentgeltliche Rechtsverbeiständung gestellt.
Die Vorinstanz führte in ihrem Entscheid aus, dass die Situation der Beschwerdeführerin durch das teilweise bedenkliche Verhalten des für die Sache früher zuständigen Untersuchungsrichters massgeblich erschwert worden sei. Zwischenzeitlich sei für das Strafverfahren aber ein anderer Untersuchungsrichter zuständig, dem es offensichtlich gelungen sei, das Verfahren in geordnete Bahnen zu lenken und mit dem eine korrekte Kommunikation möglich sei.
Die mutmassliche Tat ereignete sich in der Nacht vom 26. auf den 27. Dezember 2004. Am 27. Dezember 2004 wurden die Beschwerdeführerin und ihr Ehemann polizeilich befragt. Bis zur Konfrontationseinvernahme durch den Untersuchungsrichter am 26. Februar 2008 fanden keine aktenkundigen Untersuchungshandlungen statt. Diese zweite Einvernahme erfolgte ungefähr zwei Monate nachdem die Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin mit dem erwähnten Schreiben vom 21. Dezember 2007 an das Bezirksamt Münchwilen moniert hatte, dass noch immer keine Strafuntersuchung eingeleitet worden sei. Mit Schreiben vom 10. März 2008 teilte der Untersuchungsrichter der Beschwerdeführerin mit, er erachte die Strafuntersuchung als abgeschlossen und beabsichtige, die Akten der Staatsanwaltschaft zur Anklageerhebung zu überweisen.
Die Vorinstanz stellt in ihrer Vernehmlassung vom 29. September 2008 in Abrede, dass es der Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin zu verdanken sei, dass das Verfahren nun in geordneten Bahnen verlaufe. Auch nach ihren eigenen Angaben sei es ihr nicht gelungen, den ursprünglich mit dem Fall befassten Untersuchungsrichter zu einem korrekten Vorgehen zu bewegen. Erst als der neu zuständige Untersuchungsrichter die Angelegenheit übernahm, sei Schwung in die Sache gekommen, und deshalb sei auch die Strafanzeige vom Dezember 2007 erfolgreich gewesen.
4.3 Die Ausführungen der Vorinstanz überzeugen nicht. Vielmehr ist aufgrund des dargelegten Verlaufs der Untersuchung davon auszugehen, dass es der Beschwerdeführerin ohne Rechtsbeistand kaum gelungen wäre, erfolgreich auf eine korrekte Strafuntersuchung hinzuwirken, in der sie ihre Mitwirkungsrechte wahrnehmen und ihre Zivilforderungen geltend machen konnte. Die amtliche Vertretung erweist sich somit als notwendig.
5. Insgesamt sind die Voraussetzungen für den Anspruch auf einen unentgeltlichen Rechtsbeistand erfüllt. Die Beschwerde ist deshalb gutzuheissen und der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau aufzuheben. Die Angelegenheit wird zur Einsetzung eines unentgeltlichen Rechtsbeistands an den Präsidenten des Bezirksgerichts Münchwilen zurückgewiesen (<ref-law>).
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind im bundesgerichtlichen Verfahren keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Es ist gerechtfertigt, in Anwendung von Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG der Beschwerdeführerin zu Lasten des Kantons Thurgau für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen. Bei dieser Kosten- und Entschädigungsregelung wird das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 28. April 2008 aufgehoben. Die Sache wird zur Bestellung eines Rechtsvertreters für die Beschwerdeführerin im Strafuntersuchungsverfahren an den Präsidenten des Bezirksgerichts Münchwilen zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Thurgau hat die Beschwerdeführerin mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Präsidium des Bezirksgerichts Münchwilen und der Staatsanwaltschaft sowie dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold