Sachverhalt:
A. Im Grundpfandverwertungsverfahren der Betreibungen Nrn. 1._ und 2._ des Betreibungs- und Konkursamtes Berner Oberland, Dienststelle Thun (BAKA), lagen die Steigerungsbedingungen und die Lastenverzeichnisse vom 3. bis 13. November 2008 auf und erwuchsen danach in Rechtskraft.
Am 22. Januar 2009 versteigerte das BAKA im betreffenden Verfahren die Grundstücke Sigriswil-GBB-Nrn. A._ bis M._.
X._ ersteigerte für Fr. 2'594'000.-- verschiedene Grundstücke, darunter u.a. die Stockwerkeinheit Nr. F._. Am 23. Januar 2009 forderte ihn das BAKA auf, den verbleibenden Betrag von Fr. 2'509'500.-- zu bezahlen.
B. Mit Beschwerde vom 30. Januar 2009 machte X._ geltend, infolge fehlender Bewohnbarkeit der Stockwerkeinheit Nr. F._ sei er einem Grundlagenirrtum erlegen, weshalb der Zuschlag für alle von ihm ersteigerten Grundstücke aufzuheben und diesbezüglich eine neue Steigerung durchzuführen sei.
Mit Entscheid vom 16. März 2009 wies die kantonale Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen die Beschwerde ab.
C. Gegen diesen Entscheid hat X._ am 1. April 2009 beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und um Anweisung des BAKA, die Steigerung der ihm zugeschlagenen Grundstücke erneut durchzuführen. Mit Präsidialverfügung vom 5. Mai 2009 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Entscheide der kantonalen Aufsichtsbehörden in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen unabhängig vom Streitwert der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 und Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG).
2. Die kantonale Aufsichtsbehörde hat festgehalten, der Beschwerdeführer sei zusammen mit Y._ als einfacher Gesellschafter am Stockwerkeigentum der meisten der zur Verwertung gelangten Grundstücke beteiligt gewesen, namentlich auch am Grundstück Nr. F._. Aus der Urschrift Nr. N._ vom 26. März 1997 gehe hervor, dass als Grundstück Nr. F._ von Anfang an eine 11⁄2-Zimmer-Wohnung mit Mehrzweckraum, Reduit und Autoabstellraum vorgesehen gewesen sei. Auf der gleichen Seite der Urschrift sei präzisierend festgehalten worden, dass die betreffende Stockwerkeinheit "als Abstell-, Mehrzweck- oder Wohnraum bestimmt" sei.
Gestützt auf diese Feststellungen hat die Aufsichtsbehörde erwogen, dem Beschwerdeführer hätte aufgrund seiner früheren (Mit)eigentümerschaft namentlich auch bezüglich der fraglichen Einheit Nr. F._ klar sein müssen, dass deren Zweckbestimmung noch nicht definitiv festgelegt gewesen, sondern vorerst ungewiss geblieben sei. Mit diesem Wissensstand und der sich daraus ergebenden Unsicherheit betreffend der Nutzungsart habe der Beschwerdeführer nicht darauf vertrauen dürfen, dass die Einheit als Wohnraum genutzt werden könne; vielmehr hätte er sich vor der Steigerung informieren müssen, was ihm auch ohne weiteres möglich gewesen wäre. Dass er dies unterlassen habe, zeige, dass es sich bei diesem Umstand nicht um eine notwendige Geschäftsgrundlage habe handeln können.
Die Aufsichtsbehörde hat erwogen, dass im Übrigen die subjektive und objektive Wesentlichkeit eines allfälligen Irrtums für die Gegenseite nicht erkennbar gewesen wäre, weil sich der Beschwerdeführer im Zuge der Steigerung um eine sich offensichtlich stellende Frage (nämlich die Möglichkeit der Nutzung als Wohnraum) nicht gekümmert habe und deshalb die Gegenseite daraus habe schliessen dürfen, dass es sich für die irrende Partei nicht um eine notwendige Geschäftsgrundlage handle; die Voraussetzungen für einen Grundlagenirrtum seien mithin nicht gegeben.
3. Wie bereits vor der kantonalen Aufsichtsbehörde bringt der Beschwerdeführer auch vor Bundesgericht wiederum vor, aufgrund interner Unstimmigkeiten mit seinem ehemaligen Miteigentümer Y._ habe dieser ihn über die weiteren Vorgänge nicht mehr informiert und die Unterlagen bewusst an sich zurückgenommen, um die alleinige Kontrolle über das Projekt zu erhalten. Er habe deshalb nicht wissen können, dass Y._ die Stockwerkeinheit Nr. F._ unberechtigterweise im Grundbuch habe eintragen lassen, obwohl es hierfür nie eine Baubewilligung gegeben habe und die Einheit deshalb nicht bewohnt werden dürfe. Er sei deshalb einem Grundlagenirrtum unterlegen, weil die Stockwerkeinheit infolge mangelnder Bewohnbarkeit einen tieferen als den von ihm gebotenen Wert aufweise.
Mit diesen Ausführungen ist keine Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> darzutun: Zwar kann der Zuschlag nicht nur wegen Verfahrensfehlern bei der Versteigerung oder wegen unzulässiger Einwirkung auf den Steigerungserfolg, sondern auch wegen Willensmängeln im Sinn von <ref-law> bei der Steigerung angefochten werden (BGE 79 III 114 E. 1 S. 116; <ref-ruling> E. 1 S. 22); <ref-law> will nämlich deren Geltendmachung nicht ausschliessen, sondern zusätzliche Anfechtungsgründe schaffen (Urteil 5A_219/2007 vom 16. Juli 2007, E. 2.1). Eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage (<ref-law>) ist im Zusammenhang mit dem Grundlagenirrtum aber einzig, ob der irrig angenommene Sachverhalt nach Treu und Glauben im Geschäftsverkehr als eine notwendige Grundlage des Vertrages betrachtet werden durfte und ob dies für die Gegenpartei erkennbar war (vgl. etwa <ref-ruling> E. 1a S. 412; <ref-ruling> E. 3b S. 62; <ref-ruling> E. 1.3 S. 741). Eine Sachverhalts- bzw. Beweisfrage ist hingegen, was für einen Wissensstand der Beschwerdeführer aufgrund der konkreten Umstände hatte oder jedenfalls hätte haben müssen (<ref-ruling> E. 1b S. 412; <ref-ruling> E. 1a S. 27). Diesbezüglich hat die kantonale Aufsichtsbehörde festgehalten, dass der Beschwerdeführer als früherer (Mit)eigentümer aufgrund der Urschrift von der damals noch unklaren Zweckbestimmung der fraglichen Stockwerkeinheit Kenntnis hatte und dass es ihm ein Leichtes gewesen wäre, die tatsächliche Nutzungsart und -möglichkeit festzustellen.
An diese kantonalen Sachverhaltsfeststellungen ist das Bundesgericht grundsätzlich gebunden (<ref-law>). Diesbezüglich kann einzig vorgebracht werden, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden (<ref-law>), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (Botschaft, BBl 2001 IV 4338; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Hierfür gilt im Übrigen das strikte Rügeprinzip (<ref-law>), wie es für die frühere staatsrechtliche Beschwerde gegolten hat (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Diesen Rügeanforderungen vermag die blosse Aussage des Beschwerdeführers, angesichts der in der Urschrift erwähnten Formulierung "oder Wohnraum" habe er gedacht, die Nutzung als Wohnraum sei möglich, offensichtlich nicht zu genügen: Abgesehen davon, dass der Beschwerdeführer nicht einmal die Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts anruft, wäre selbst bei sinngemässer Annahme einer Willkürrüge eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung bzw. Beweiswürdigung erst dann genügend nachgewiesen, wenn mit substanziierten Ausführungen dargelegt würde, dass und inwiefern die Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unhaltbar wäre, indem sie mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stünde, auf einem offenkundigen Versehen beruhte oder sich sachlich in keiner Weise rechtfertigen liesse (BGE <ref-ruling> E. 7.1 S. 398).
Hat die kantonale Aufsichtsbehörde mangels entsprechender (und rechtsgenüglich begründeter) Rügen willkürfrei und damit für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass der Beschwerdeführer um die Unsicherheit der Bewohnbarkeit wusste und dass es ihm ohne weiteres möglich gewesen wäre, sich Gewissheit zu verschaffen, so fehlt es bereits am Element des Irrtums als primäres Tatbestandselement des Grundlagenirrtums. Die Prüfung der - von der kantonalen Aufsichtsbehörde ebenfalls verneinten - rechtlichen Voraussetzungen des Grundlagenirrtums (objektive und subjektive Wesentlichkeit des Irrtums; Erkennbarkeit der Wesentlichkeit für die Gegenpartei) erübrigt sich deshalb im Prinzip. Nur der Vollständigkeit halber sei erwähnt, dass die Erkennbarkeit für die Gegenpartei verneint werden muss, wo sich - wie vorliegend - eine Partei im Zuge der Steigerung nicht um eine sich offensichtlich stellende Frage kümmert, weil diesfalls die Gegenpartei daraus schliessen darf, dass es sich für die irrende Partei nicht um eine notwendige Geschäftsgrundlage handelt (<ref-ruling> E. 5.3 S. 365 mit Verweis auf <ref-ruling> E. 3b S. 224).
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli