Sachverhalt:
K._ (geboren 1971) meldete sich im November 2007 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Mit Verfügung vom 15. Januar 2009 lehnte die IV-Stelle des Kantons Freiburg Leistungen ab, weil der Versicherte seiner Mitwirkungspflicht nicht nachgekommen sei.
Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Kantonsgericht Freiburg, Sozialversicherungsgerichtshof, mit Entscheid vom 18. August 2011 ab unter Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt K._ beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei festzustellen, dass ihm keine Verletzung der Mitwirkungspflicht vorgeworfen werden könne und es habe die IV-Stelle weitere Abklärungen vorzunehmen. Ferner beantragt er die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 39). Die entsprechende Rüge prüft das Bundesgericht nur insoweit, als sie in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet worden ist.
2. 2.1 Die medizinische und/oder erwerbliche Abklärung ist eine unabdingbare gesetzlich verankerte Voraussetzung für die Zusprache einer Leistung der Invalidenversicherung (Art. 7 Abs. 2, Art. 16, Art. 43 Abs. 1 ATSG). Der Versicherer, der darüber befindet, mit welchen Mitteln er den rechtserheblichen Sachverhalt abklärt, hat im Rahmen der Verfahrensleitung einen grossen Ermessensspielraum hinsichtlich Notwendigkeit, Umfang und Zweckmässigkeit von Erhebungen. Was zu beweisen ist, ergibt sich aus der Sach- und Rechtslage. Gestützt auf den Untersuchungsgrundsatz hat der Versicherer den Sachverhalt soweit zu ermitteln, dass er über den Leistungsanspruch zumindest mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit entscheiden kann (vgl. dazu <ref-ruling> E. 5b S. 360).
2.2 Der Untersuchungsgrundsatz wird ergänzt durch die Mitwirkungspflichten der Versicherten (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 195). Danach haben sie sich den ärztlichen oder fachlichen Untersuchungen zu unterziehen, wenn diese für die Beurteilung notwendig und zumutbar sind (<ref-law>). Die rechtsanwendenden Stellen haben sich dabei von rechtsstaatlichen Grundsätzen leiten zu lassen, wozu die Verpflichtung zur Objektivität und Unvoreingenommenheit (vgl. ULRICH MEYER-BLASER, Das medizinische Gutachten aus sozialrechtlicher Sicht, in: Adrian M. Siegel/Daniel Fischer [Hrsg.], Die neurologische Begutachtung, Schweizerisches medico-legales Handbuch, Bd. 1, Zürich 2004, S. 105) ebenso gehört, wie der Grundsatz der rationellen Verwaltung (vgl. MARKUS FUCHS, Rechtsfragen im Rahmen des Abklärungsverfahrens bei Unfällen, in: SZS 2006 S. 288) (U 571/06 vom 29. Mai 2007, E. 4.1 und 9C_748/2011 vom 1. Dezember 2011, E. 2.2).
2.3 Kommen Personen, die Leistungen beanspruchen, den Auskunfts- oder Mitwirkungspflichten in unentschuldbarer Weise nicht nach, so kann der Versicherer aufgrund der Akten verfügen oder die Erhebungen einstellen und Nichteintreten beschliessen. Er muss diese Personen vorher schriftlich mahnen und auf die Rechtsfolgen hinweisen. Es ist ihnen eine angemessene Bedenkzeit einzuräumen (Mahn- und Bedenkzeitverfahren; <ref-law>).
3. 3.1 Das kantonale Gericht hat verbindlich festgestellt (vgl. E. 1.2 hievor), dass der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers am 19. Mai 2008 darüber informiert worden sei, dass eine Begutachtung notwendig sei. Dabei sei auf die Möglichkeit der Ablehnung der ausgewählten Experten hingewiesen worden. Ablehnungsgründe seien innerhalb der angesetzten 10-tägigen Frist nicht erhoben worden. Am 20. Mai 2008 sei der Versicherte auf drei Termine für die orthopädische, internistische und psychiatrische Untersuchung einge-laden worden. Am 4. Juli 2008 sei dem Rechtsvertreter des Versicherten mitgeteilt worden, dass sein Mandant zur Mitwirkung verpflichtet sei und er sei unter Hinweis auf die Säumnisfolgen aufgefordert worden, die Untersuchungstermine einzuhalten. Zu den Terminen vom 8. Juli, 14. Juli und vom 28. Juli 2008 sei der Versicherte nicht erschienen. Am 7. August 2008 habe der Rechtsvertreter bekannt gegeben, dass sein Klient sich der Untersuchung nicht widersetze, dass er keinen Fragenkatalog an den Experten erhalten habe und er sich gegen das ausgewählte Begutachtungsinstitut wende, weil dieses versicherungsfreundlich sei. Ferner beanstandete er die mangelnde Koordination mit der Unfallversicherung. Nachdem die IV-Stelle dem Rechtsvertreter am 11. August 2008 das Dossier zugestellt und nochmals Gelegenheit zur Stellungnahme eingeräumt hatte, habe die IV-Stelle am 17. September 2008 die Zwischenverfügung betreffend das am 8. August 2008 gestellte Ausstandsgesuch gegen das Begutachtungszentrum erlassen und es abgewiesen. Auch in dieser Verfügung sei explizit nochmals auf die Mitwirkungspflicht sowie die Folgen von deren Verletzung hingewiesen worden. Die Verfügung sei unangefochten geblieben. Am 26. November 2008 habe sich die IV-Stelle beim Rechtsvertreter nach der Adresse des Versicherten erkundigt. Dabei habe sie erfahren, dass der Versicherte die Schweiz verlassen habe. Die Anfrage nach der Adresse sei am 16. Dezember 2008 wiederholt und der Rechtsvertreter explizit auf seine Mitwirkungspflicht hingewiesen worden. Es sei Frist bis zum 5. Januar 2009 zur Adressbekanntgabe angesetzt worden, ansonsten nicht eingetreten oder das Gesuch abgewiesen werde. Es sei keine Adressbekanntgabe erfolgt. Darauf hin habe die IV-Stelle die Verfügung vom 15. Januar 2009 erlassen.
3.2 Diese tatsächlichen Feststellungen sind entgegen der Vorbringen in der Beschwerde nicht mangelhaft im Sinne von <ref-law>. Zum einen handelt es sich um neue Vorbringen, die im letztinstanzlichen Verfahren nicht zulässig sind (<ref-law>). Dies trifft auf den Einwand zu, der Beschwerdeführer habe sich zur Wahl der MEDAS nicht vernehmen lassen, da er im Mai 2008 gewusst habe, dass die Abklärung wegen der drohenden Ausschaffung überhaupt nicht habe statt finden können. Sodann gilt dies auch für den Einwand, der Beschwerdeführer habe zum Abklärungstermin vom 14. Juli 2008 gar nicht erscheinen können, da er zu diesem Zeitpunkt in Administrativhaft für die Ausschaffung gesessen sei. In der vorinstanzlichen Beschwerde hat der Beschwerdeführer selbst geltend gemacht, er sei erst am 15. Juli 2008 in Ausschaffungshaft genommen und am 17. Juli 2008 ausgewiesen worden. Aufgrund der verbindlichen Feststellung des kantonalen Gerichts und der übrigen Akten ergibt sich, dass der Beschwerdeführer trotz Hinweis auf die Säumnisfolgen die ersten beiden Untersuchungstermine vom 8. Juli und 14. Juli 2008 unentschuldigt nicht wahrgenommen hat. Wenn das kantonale Gericht daraus den Schluss gezogen hat, der Beschwerdeführer sei der Abklärungspflicht nicht nachgekommen und die in <ref-law> vorgesehenen Rechtsfolgen gezogen hat, so ist darin keine Verletzung von Bundesrecht zu erblicken. Ebenso wenig liegt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor, da der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers verschiedentlich Gelegenheit hatte, sich zur Wahl der Experten, zu allfälligen Ausstandsgründen und zu den Folgen der Verletzung der Mitwirkungspflicht Stellung zu nehmen. Da die Sachlage bis zum Zeitpunkt der Verwaltungsverfügung vom 15. Januar 2009 massgebend ist, und es sich um die Frage der Verletzung der Meldepflicht handelt, war das kantonale Gericht nicht gehalten, zur Frage der Arbeitsunfähigkeit und der Unfallkausalität einen weiteren Schriftenwechsel durchzuführen.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Sie sind vorläufig auf die Gerichtskasse zu nehmen, da die Voraussetzungen für die Gewährung der beantragten unentgeltlichen Rechtspflege (fehlende Aussichtslosigkeit des Rechtsmittels, Bedürftigkeit des Gesuchstellers, Notwendigkeit der anwaltlichen Vertretung [Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372]) erfüllt sind. Ferner wird seinem Rechtsvertreter eine Entschädigung aus der Gerichtskasse ausgerichtet (<ref-law>). Der Beschwerdeführer wird indessen auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach er als Begünstigter der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn er später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, zufolge Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Bruno Kaufmann, Freiburg, wird als unentgeltlicher Rechtsbeistand des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'000.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Freiburg, Sozialversicherungsgerichtshof, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Februar 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Nussbaumer