Sachverhalt:
A. A.a Am 6. März 2009 erliess die Eidgenössische Elektrizitätskommission (ElCom) eine Verfügung betreffend "Kosten und Tarife für die Netznutzung Netzebene 1 und Systemdienstleistungen". Darin verfügte sie u.a., gestützt auf Art. 31b der Stromversorgungsverordnung vom 14. März 2008 (StromVV; SR 734.71):
"2. Der Tarif 2009 für allgemeine Systemdienstleistungen wird ab 1. Januar 2009 auf 0.77 Rappen/kWh festgelegt. Davon werden 0.40 Rappen/kWh den Endverbrauchern entsprechend der bezogenen elektrischen Energie angelastet.
3. Der Tarif 2009 für Systemdienstleistungen für Kraftwerke mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW gemäss Anhang 2 dieser Verfügung beträgt ab 1. Januar 2009 0.45 Rappen/kWh. Die swissgrid ag hat bei diesen Kraftwerken eine Erhebung der effektiv erzeugten Bruttoenergie durchzuführen. Sie hat nach Vorliegen der tatsächlichen SDL-Kosten der ElCom einen Bericht zur Genehmigung vorzulegen. Die swissgrid ag hat die von der ElCom genehmigten anrechenbaren SDL-Kosten den Betreibern von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW individuell nachzubelasten oder gutzuschreiben. Diese Abrechnung kann unterjährig erfolgen."
Im Rubrum der Verfügung wurden die swissgrid ag als "Verfügungsadressatin" sowie u.a. die "Betreiber von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW" als "beteiligte Parteien" aufgeführt. Die Verfügung wurde an die swissgrid ag und an "Verfahrensbeteiligte gemäss Liste in Anhang 1" eröffnet. In der Liste in Anhang 1 waren u.a. auch die Gemeinde Lausanne, die Services Industriels de Genève, die Nordostschweizerische Kraftwerke AG (heute: Axpo AG), die Kernkraftwerk Leibstadt AG, die Kraftwerke Linth-Limmern AG, die Kraftwerke Sarganserland AG, die Kraftwerke Vorderrhein AG, die Albula-Landwasser Kraftwerke AG, die Forces Motrices de Mauvoisin S.A., die Kraftwerke Mattmark AG, die Officine idroelettriche di Mesolcina SA, die Kraftwerk Göschenen AG, die Kernkraftwerk Gösgen-Däniken AG, die AG Kraftwerk Wägital, die Lizerne et Morge SA, die Officine Idroelettriche della Maggia SA, die Officine Idroelettriche di Blenio SA, die Kraftwerke Hinterrhein AG und die Kraftwerke Zervreila AG aufgeführt. Im Anhang 2 wurden unter den Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW u.a. auch Kraftwerke der genannten Kraftwerkgesellschaften aufgeführt.
A.b Gegen die Verfügung vom 6. März 2009 hatten verschiedene Kraftwerkgesellschaften, aber nicht die oben genannten, Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht erhoben. In einem Grundsatzurteil vom 8. Juli 2010 (A-2607/2009; BVGE 2010/49) betreffend die Gommerkraftwerke AG erkannte das Bundesverwaltungsgericht, dass <ref-law> gesetzes- und verfassungswidrig sei; demgemäss hob es in teilweiser Gutheissung der Beschwerde Ziff. 2 Satz 2 sowie Ziff. 3 des Dispositivs der angefochtenen Verfügung vom 6. März 2009 mit Bezug auf die Beschwerdeführerin auf. Das Urteil wurde rechtskräftig. Analoge rechtskräftige Urteile ergingen in der Folge auch in Bezug auf die anderen Beschwerde führenden Kraftwerkgesellschaften.
Ebenso erhob die swissgrid ag gegen die Verfügung vom 6. März 2009 Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht und beantragte u.a. die Aufhebung von Ziff. 3 des Dispositivs, zog diesen Antrag jedoch später zurück.
A.c Am 18. März 2010 übermittelte die swissgrid ag der ElCom den Bericht über SDL-Kosten und -Anlastungen 2009. Mit Verfügung vom 14. April 2011 genehmigte die ElCom die SDL-Kosten der swissgrid ag für das Jahr 2009 im Umfang von Fr. 574,227 Mio. (Ziff. 1) und auferlegte der swissgrid ag die Gebühr für die Verfügung von Fr. 31'005.-- (Ziff. 2). Die Verfügung wurde der swissgrid ag als Verfügungsadressatin und 43 Kraftwerkgesellschaften als beteiligten Parteien eröffnet.
B. Gegen diese Verfügung führte am 31. Mai 2011 die swissgrid ag Beschwerde ans Bundesverwaltungsgericht (Verfahren A-3103/2011). Ebenso erhoben die Gemeinde Lausanne, die Services Industriels de Genève (Verfahren A-3106/2011), die Axpo AG, die Kernkraftwerk Leibstadt AG, die Kraftwerke Linth-Limmern AG, die Kraftwerke Sarganserland AG, die Kraftwerke Vorderrhein AG, die Albula-Landwasser Kraftwerke AG, die Forces Motrices de Mauvoisin S.A., die Kraftwerke Mattmark AG, die Officine idroelettriche di Mesolcina SA, die Kraftwerk Göschenen AG, die Kernkraftwerk Gösgen-Däniken AG, die AG Kraftwerk Wägital, die Lizerne et Morge SA, die Officine Idroelettriche della Maggia SA, die Officine Idroelettriche di Blenio SA, die Kraftwerke Hinterrhein AG (Verfahren A-3120/2011) und die Kraftwerke Zervreila AG (Verfahren A-3163/2011) mit Eingaben vom 31. Mai 2011 Beschwerden ans Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragten in der Hauptsache die Aufhebung der angefochtenen Verfügung, soweit diese sie überhaupt betreffe. Weiter sei festzustellen, dass sie als Betreiberinnen von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW für das Jahr 2009 nicht mit SDL-Kosten belastet werden dürften bzw. <ref-law> seit Eintritt der Rechtskraft des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts A-2607/2009 vom 8. Juli 2010 i.S. Gommerkraftwerke AG in Bezug auf sie nicht mehr angewendet werden dürfe. Einige Beschwerdeführende beantragten eventualiter, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben bzw. diese sei subeventualiter insoweit aufzuheben, als mit ihr eine Pflicht der Beschwerdeführenden als Betreiberinnen von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW zur Tragung von SDL-Kosten für das Jahr 2009 angeordnet werde. Im Juli 2011 vereinigte das Bundesverwaltungsgericht die Verfahren A-3106/2011, A-3120/2011 und A-3163/2011 und führte sie unter der Nummer A-3106/2011 weiter.
Mit Urteil vom 9. Mai 2012 vereinigte das Bundesverwaltungsgericht das Verfahren A-3106/2011 mit dem Verfahren A-3103/2011 (Ziff. 1). Ziff. 2 des Dispositivs lautete sodann:
"Die Beschwerde der Beschwerdeführenden 1 - 19 [d.h. der Kraftwerkgesellschaften] wird im Sinne der Erwägungen gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Diejenige der Beschwerdeführerin/Beschwerdegegnerin [d.h. der swissgrid ag] wird im Sinne der Erwägungen gutgeheissen. Die Angelegenheit wird zur Fortsetzung des Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen."
Es auferlegte den Beschwerdeführerinnen einen Teil der Verfahrenskosten und sprach ihnen zu Lasten der ElCom eine Parteientschädigung von Fr. 15'000.-- zu.
C. C.a Die Gemeinde Lausanne, die Services Industriels de Genève, die Axpo AG, die Kernkraftwerk Leibstadt AG, die Kraftwerke Linth-Limmern AG, die Kraftwerke Sarganserland AG, die Kraftwerke Vorderrhein AG, die Albula-Landwasser Kraftwerke AG, die Forces Motrices de Mauvoisin S.A., die Kraftwerke Mattmark AG, die Officine idroelettriche di Mesolcina SA, die Kraftwerk Göschenen AG, die Kernkraftwerk Gösgen-Däniken AG, die AG Kraftwerk Wägital, die Lizerne et Morge SA, die Officine Idroelettriche della Maggia SA, die Officine Idroelettriche di Blenio SA und die Kraftwerke Hinterrhein AG erheben gemeinsam Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Verfahren 2C_572/2012). Sie beantragen, Ziff. 2 des angefochtenen Urteils sei aufzuheben, soweit das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde nur im Sinne der Erwägungen gutgeheissen hat und soweit auf die Beschwerde nicht eingetreten wurde, und es sei festzustellen, dass die Beschwerdeführerinnen für das Jahr 2009 nicht mit Systemdienstleistungskosten belastet werden dürfen. Zudem beantragen sie eine Rückweisung zur Neuregelung der vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen. Eventualiter sei Ziff. 2 des angefochtenen Urteils aufzuheben, soweit das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde nur im Sinne der Erwägungen gutgeheissen hat; Ziff. 3 der Verfügung der ElCom vom 6. März 2009 sowie Ziff. 1 der Verfügung der ElCom vom 14. April 2011 seien in Bezug auf die Beschwerdeführerinnen aufzuheben. Subeventualiter sei die ElCom anzuweisen, ihre Verfügung vom 6. März 2009 bezüglich der Belastung der Beschwerdeführerinnen für das Tarifjahr 2009 mit allgemeinen Systemdienstleistungskosten in Wiedererwägung zu ziehen und Ziff. 3 der Verfügung der ElCom vom 6. März 2009 vollumfänglich zu streichen.
C.b Die Kraftwerke Zervreila AG erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Verfahren 2C_573/2012) mit dem Antrag, Ziff. 2 des angefochtenen Urteils sei aufzuheben und mit folgendem Wortlaut neu zu fassen: "Die Beschwerde der Beschwerdeführerin wird gutgeheissen. Ziff. 2 Satz 2 sowie Ziff. 3 des Dispositivs der Verfügung der ElCom (Kosten und Tarife für die Netznutzung der Netzebene 1 und Systemdienstleistungen) vom 6. März 2009 werden mit Bezug auf die Beschwerdeführerin aufgehoben. Ziff. 1 des Dispositivs der Verfügung der Vorinstanz (Genehmigung SDL-Kosten 2009) vom 14. April 2011 wird mit Bezug auf die Beschwerdeführerin aufgehoben". Zudem beantragt sie Rückweisung zur Neuregelung der vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsfolgen. Eventualiter sei Ziff. 2 des angefochtenen Urteils aufzuheben und mit folgendem Wortlaut neu zu fassen: "Die Beschwerde der Beschwerdeführerin wird gutgeheissen. Ziff. 1 des Dispositivs der Verfügung der ElCom (Genehmigung SDL-Kosten 2009) vom 14. April 2011 wird mit Bezug auf die Beschwerdeführerin aufgehoben". Subeventualiter sei die Beschwerde gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben; es sei festzustellen, dass <ref-law> seit Eintritt der formellen Rechtskraft von BVGE 2010/49 gegenüber der Beschwerdeführerin nicht mehr angewendet werden darf.
C.c Das Bundesverwaltungsgericht und das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) verzichten auf eine Vernehmlassung. Die ElCom beantragt, die Beschwerden seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die swissgrid ag beantragt, auf die Beschwerden sei einzutreten; auf einen Antrag zu den materiellen Beschwerdeanträgen verzichtet sie ausdrücklich.

Erwägungen:
1. Die vorliegenden Beschwerden richten sich gegen das gleiche Urteil und werfen identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob und inwiefern auf eine Beschwerde einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 3; <ref-ruling> E. 1 S. 292).
2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts betreffend Verfügungen der ElCom ist grundsätzlich zulässig (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG) und die Beschwerdeführerinnen sind als formelle und materielle Adressatinnen dazu legitimiert (<ref-law>).
2.2 Die Vorinstanz hat im Dispositiv des angefochtenen Entscheids die Beschwerde der heutigen Beschwerdeführerinnen "im Sinne der Erwägungen" gutgeheissen, soweit sie darauf eintrat. Die Erwägungen werden damit Bestandteil des Dispositivs und können zusammen mit diesem angefochten werden (<ref-ruling> E. 1a S. 237; Urteil 9C_58/2012 vom 8. Juni 2012 E. 4.2, nicht publ. in: <ref-ruling>).
2.3 Beim Bundesgericht anfechtbar sind Endentscheide, d.h. Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>), ebenso Teilentscheide, d.h. Entscheide, die einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder die das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliessen (<ref-law>). Ferner ist die Beschwerde zulässig gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren. Diese Entscheide können später nicht mehr angefochten werden (<ref-law>). Gegen andere selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist nach <ref-law> die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Ist die Beschwerde nicht zulässig oder wurde von ihr kein Gebrauch gemacht, so sind die betreffenden Vor- und Zwischenentscheide durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, soweit sie sich auf dessen Inhalt auswirken (<ref-law>).
2.4 Rückweisungsentscheide, mit denen eine Rechtsmittelinstanz eine Sache zur neuen Entscheidung an die untere Instanz zurückweist, sind Zwischenentscheide, auch wenn sie dabei als Anweisung an die untere Behörde materiellrechtliche Teilaspekte beantworten (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 34; <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 140; <ref-ruling> E. 4.1.3 S. 481). Als Endentscheid gelten sie nur dann, wenn der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (<ref-ruling> E. 1.3 S. 127; Urteil 2C_638/2010 vom 19. März 2012 E. 1.1, nicht publ. in: <ref-ruling>).
2.5 Vorliegend hat die Vorinstanz die Beschwerde der heutigen Beschwerdeführerinnen gutgeheissen, soweit sie darauf eintrat, und die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens an die ElCom zurückgewiesen. Nicht eingetreten ist die Vorinstanz auf das Feststellungsbegehren der Beschwerdeführerinnen, und zwar mit der Begründung, dieses sei subsidiär zum Hauptantrag auf Aufhebung der angefochtenen Verfügung (vgl. E. 1.2 des angefochtenen Entscheids i.V.m. Ziff. 2 des Dispositivs). Diesen Hauptantrag auf Aufhebung hatten die Beschwerdeführerinnen mit der gleichen Argumentation begründet wie das Feststellungsbegehren, nämlich damit, dass sie infolge der Gesetz- und Verfassungswidrigkeit von <ref-law> nicht mit allgemeinen Systemleistungskosten belastet werden dürften. Unter diesen Umständen stellt das teilweise Nichteintreten keinen Teilentscheid dar, auf den nach <ref-law> einzutreten wäre.
2.6 Die Vorinstanz hat die Gutheissung der Beschwerde wie folgt begründet: Mit der Verfügung vom 6. März 2009 sei angeordnet worden, dass die Beschwerdeführerinnen SDL-Kosten zu tragen haben. Dabei handle es sich um eine Endverfügung, die mangels Anfechtung durch die Beschwerdeführerinnen für diese rechtskräftig sei. Zwar sei <ref-law>, auf welchen sich die Verfügung stütze, gesetzwidrig; diese sei damit ursprünglich fehlerhaft, doch sei der Mangel nicht derart schwerwiegend, dass die Verfügungen deswegen nichtig seien. Es bestehe auch kein Grund für eine Wiedererwägung. Die Beschwerde führenden Kraftwerksgesellschaften seien verpflichtet, die anteilmässigen SDL-Kosten zu bezahlen und hätten daher ein schutzwürdiges Interesse, sich zur Höhe der SDL-Kosten äussern zu können. Die ElCom habe in der angefochtenen Verfügung die meisten Zahlen geschwärzt, ohne hinreichend zu prüfen und zu begründen, dass und inwiefern es sich dabei um Geschäftsgeheimnisse handle. Den Beschwerdeführenden sei es daher nicht möglich gewesen, den Entscheid sachgerecht anzufechten, obwohl sie verpflichtet seien, anteilmässige SDL-Kosten in erheblicher Höhe zu bezahlen. Dadurch sei der Gehörsanspruch der Beschwerdeführenden verletzt worden. Die Sache sei an die ElCom zurückzuweisen, damit sie näher prüfe, ob die betreffenden Zahlen wirklich Geschäftsgeheimnisse darstellen, darüber mit Zwischenverfügung entscheide und anschliessend erneut in der Sache verfüge. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerinnen dient damit die Rückweisung nicht bloss der rechnerischen Umsetzung des gerichtlichen Entscheids. Der neue Entscheid soll vielmehr erst eine Begründung enthalten, die den Betroffenen ermöglicht, den Entscheid sachgerecht anzufechten. Der angefochtene Entscheid ist daher ein Zwischenentscheid.
2.7 Die Beschwerdeführerinnen berufen sich mit Recht auf den Eintretensgrund von <ref-law>: Die Gutheissung der Beschwerde könnte in Bezug auf die Beschwerdeführerinnen sofort einen Endentscheid herbeiführen: Wenn sie keine SDL-Kosten zu tragen haben, können sie mangels eines schutzwürdigen Interesses im Verfahren zur Festsetzung der massgeblichen SDL-Kosten keine Parteistellung haben (vgl. <ref-law>) und würden damit aus dem weiteren Verfahren ausscheiden. Ebenso liesse sich bei Gutheissung der Beschwerden ein bedeutender Aufwand vermeiden: Aufgrund des Rückweisungsentscheids müsste die ElCom nun abklären, welche der massgebenden Zahlen Geschäftsgeheimnisse darstellen, die dafür notwendigen Instruktionsmassnahmen treffen, eine Interessenabwägung vornehmen, ob das Interesse an der Geheimhaltung oder der Offenlegung überwiegt und anschliessend eine neue korrekt begründete Verfügung erlassen. Dieser erhebliche Aufwand liesse sich bei Gutheissung der Beschwerden vermeiden. Bei den Zahlen, welche von der ElCom abgedeckt wurden, handelt es sich nach den Feststellungen der Vorinstanz um Unternehmensdaten der swissgrid ag (vgl. angefochtener Entscheid E. 7.2). Scheiden aber infolge Gutheissung der Beschwerden die Kraftwerkgesellschaften aus dem Verfahren aus, verbliebe als einzige Verfahrenspartei die swissgrid ag, der ihre eigenen Unternehmensdaten ohnehin bekannt sind. Die von der Vorinstanz getroffenen Anordnungen und die gestützt darauf vorzunehmenden Abklärungen würden damit hinfällig.
2.8 Daraus ergibt sich, dass auf die Beschwerden einzutreten ist.
3. In der Sache sind die Beschwerdeführerinnen der Auffassung, sie seien nicht verpflichtet, SDL-Kosten zu tragen.
3.1 Gemäss <ref-law> stellt die nationale Netzgesellschaft in den Jahren 2009-2013 den Netzbetreibern und den am Übertragungsnetz direkt angeschlossenen Endverbrauchern die Kosten für allgemeine Systemdienstleistungen zu höchstens 0,4 Rappen pro kWh in Rechnung. Die darüber hinaus gehenden Kosten stellt sie den Betreibern von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW in Rechnung. Wie das Bundesverwaltungsgericht im Grundsatzurteil vom 8. Juli 2010 (A-2607/2009; BVGE 2010/49) betreffend die Gommerkraftwerke AG und in einer Anzahl weiterer Urteile mit Recht erkannt hat (vgl. Sachverhalt lit. A.b), ist <ref-law> gesetzwidrig, soweit darin den Betreibern von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW Kosten für Systemdienstleistungen auferlegt werden: Nach Art. 14 Abs. 2 StromVG ist das Netznutzungsentgelt von den Endverbrauchern je Ausspeisepunkt zu entrichten. Zum Netznutzungsentgelt gehören auch die Kosten für Systemdienstleistungen (Art. 15 Abs. 2 StromVG). Auch diese sind somit nach dem klaren Wortlaut des Gesetzes von den Endverbrauchern zu tragen. Damit ist vereinbar, die Kosten einer übergeordneten Netzebene auf die Betreiber der unteren Netze zu überwälzen, welche sie ihrerseits auf ihre Abnehmer und letztlich auf die Endverbraucher überwälzen können. Hingegen sind die Betreiber von Kraftwerken nicht Endverbraucher, sondern im Gegenteil Produzenten von Elektrizität. Es verstösst daher offensichtlich gegen das Gesetz, wenn <ref-law> ihnen die Kosten für allgemeine Systemdienstleistungen auferlegt.
3.2 Dass <ref-law> gesetzwidrig ist, wird von den Verfahrensbeteiligten nicht bestritten. Hingegen sind die Vorinstanzen der Auffassung, mit der Verfügung vom 6. März 2009, die von den Beschwerdeführerinnen nicht angefochten wurde, sei über deren Kostenpflicht verbindlich entschieden worden. Es handle sich dabei um eine Endverfügung, welche im Rahmen der Genehmigung der SDL-Kosten nicht mehr in Frage gestellt werden könne. Die Beschwerdeführerinnen sind demgegenüber der Meinung, es handle sich um eine Zwischenverfügung, welche im Rahmen eines späteren Endentscheids noch angefochten werden könne (<ref-law>; <ref-law>).
3.3 Zu prüfen ist somit, ob es sich bei der ursprünglichen Verfügung vom 6. März 2009 um einen End- oder einen Zwischenentscheid handelt.
3.3.1 Eine Endverfügung liegt vor, wenn das Verfahren prozessual abgeschlossen wird. Zwischenverfügungen schliessen demgegenüber das Verfahren vor einer Behörde nicht ab, sondern stellen lediglich einen Zwischenschritt auf dem Weg zur Verfahrenserledigung dar (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 34; <ref-ruling> E. 1.4.4 S. 146; BBl 2001 4331 f.). Für die verfahrensrechtliche Qualifizierung eines angefochtenen Erkenntnisses unter dem Gesichtspunkt der <ref-law> ist nicht dessen formelle Bezeichnung entscheidend, sondern sein materieller Inhalt (<ref-ruling> E. 1.1.2 S. 134; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 33).
3.3.2 Zwischenentscheide können formell- oder materiellrechtlicher Natur sein (BBl 2001 4333). Im Unterschied zur früheren Praxis im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gelten materiellrechtliche Grundsatzentscheide, die einen Teilaspekt einer Streitsache beantworten (z.B. eine von mehreren materiellrechtlichen Anspruchsvoraussetzungen, die Grundsatzfrage der Haftung oder Entschädigungspflicht oder das Vorliegen einer Invalidität) nach der Systematik des BGG als materiellrechtliche Zwischenentscheide (<ref-ruling> E. 1.1 S. 170; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 34; <ref-ruling> E. 4.1.3 S. 481).
3.3.3 Entscheide über vorsorgliche Massnahmen, die ein Rechtsverhältnis vorläufig, vorübergehend oder befristet regeln, sind Endentscheide im Sinne von <ref-law>, wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen. Selbständig eröffnete Massnahmeentscheide, die vor oder während eines Hauptverfahrens erlassen werden und nur für die Dauer des Hauptverfahrens Bestand haben bzw. unter der Bedingung, dass ein Hauptverfahren eingeleitet wird, sind hingegen Zwischenentscheide im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.1 S. 327 f.; <ref-ruling> E. 1.1.2 S. 135; <ref-ruling> E. 3.1 S. 86 f.; vgl. UHLMANN, Basler Kommentar zum BGG, 2. Aufl. 2011, Rz. 12 zu Art. 90). So ist z.B. die vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts (<ref-law>) ein Zwischenentscheid, da sie zwangsläufig von einem Klageverfahren gefolgt werden muss, um dauerhafte Rechtswirkungen zu erzielen (<ref-ruling> E. 1.2.3 S. 591). Dagegen sind Eheschutzmassnahmen Endentscheide (<ref-ruling> E. 4 S. 396), da sie nicht zwingend von einem Scheidungsverfahren gefolgt werden müssen.
3.3.4 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts gelten als Zwischenentscheide beispielsweise: Die Verfügung über Akontozahlungen an einen amtlichen Verteidiger in einem Strafverfahren (Urteil 1P.302/2006 vom 20. Juli 2006 E. 3); der Entscheid, der einige Steuerveranlagungsfaktoren endgültig festlegt und die Sache zur Prüfung anderer Punkte zurückweist (Urteil 2C_677/2007 vom 31. Oktober 2008 E. 3.3 und 3.4, in: RtiD 2009 I S. 473); ein Beitragsplan, welcher bei der Erstellung von Erschliessungsanlagen vor der Bauausführung gestützt auf einen Kostenvoranschlag die Beitragspflicht und die Höhe der Beiträge der einzelnen Grundeigentümer festlegt, wenn erst nach der Erstellung der Anlage die definitiv zu leistenden Beiträge verfügt werden (Urteil 2D_81/2007 vom 4. Dezember 2007 E. 1.2.3, m.H. auf <ref-ruling> E. 1a/aa S. 319); ein baurechtlicher "Vorentscheid", mit welchem als Zwischenschritt zur Erteilung der Baubewilligung die Unterschreitung eines Waldabstandes bewilligt wird (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 33); ein Entscheid, mit dem eine baurechtliche Auflage aufgenommen wird, wonach das Bauprojekt in einem bestimmten Sinn zu überarbeiten ist, weil so die Baubewilligung vor der noch vorzunehmenden Überarbeitung keine praktische Wirkung entfalten kann (Urteil 1C_407/2008 vom 25. Mai 2009 E. 1.2); ein Entscheid über eine Beschwerde gegen einen Nutzungsplan, solange die Genehmigung des Planes gemäss Art. 26 RPG (SR 700) noch nicht vorliegt (<ref-ruling> E. 1; Urteil 1C_357/2008 vom 5. Dezember 2008 E. 1 und 2); ein Entscheid, der einen Punkt (die Notwendigkeit einer Bauzone) definitiv bejaht und zugleich zur Prüfung einer anderen Frage (Parkplatzbedarf) an die Gemeinde zurückweist (Urteil 1C_251/2008 vom 16. Dezember 2008 E. 2, in: RtiD 2009 II S. 138); eine Verfügung, mit welcher einer Sozialhilfe beziehenden Person bestimmte Verhaltenspflichten auferlegt werden, deren Verletzung zu einer Kürzung der Leistungen führt (Urteil 8C_871/2011 vom 13. Juni 2012 E. 4.3); die Gutheissung eines Gesuchs um vorsorgliche Beweisführung (<ref-ruling> E. 1.1) oder die Nichtgenehmigung der Schlussrechnung eines Vormunds unter Beauftragung eines Dritten, diese zu erstellen (<ref-ruling> E. 1.2).
3.3.5 Endentscheide sind praxisgemäss demgegenüber z.B. Steuersicherungsentscheide, die in einem vom Veranlagungsverfahren getrennten Verfahren ergehen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 351); der sog. Vorentscheid, mit welchem über die Steuerpflicht in einem Kanton zu befinden ist, wenn der Steuerpflichtige die Steuerhoheit bestreitet (<ref-ruling> E. 1.1 S. 305); die Festlegung des Katasterwerts eines Grundstücks, wenn dies unabhängig von einem konkreten Steuerveranlagungsverfahren und durch eine andere Behörde als die Veranlagungsbehörde erfolgt (Urteile 2C_742/2010 vom 16. Februar 2011 E. 1.1; 2C_101/2010 vom 24. Juni 2010 E. 1.4; 2C_83/2009 vom 8. Mai 2009 E. 1.2); der Entscheid, wonach der Staat ein gesetzliches Vorkaufsrecht ausübt, auch wenn in einem zweiten Schritt noch ein Schätzungsverfahren zu erfolgen hat (Urteil 1C_250/2007 vom 2. Juni 2008 E. 3) oder der Entscheid über die Vorleistungspflicht eines Versicherers im Sinne von Art. 26 Abs. 4 BVG (SR 831.40), da diese unter Umständen zu einer endgültigen Leistungspflicht führen kann (<ref-ruling> E. 1.1.3 S. 115).
3.3.6 Ein Teilentscheid liegt für den jeweils abgeschlossenen Teil vor, wenn über einen Teil einer Steuerforderung definitiv entschieden wird und für einen anderen Teil zur weiteren Abklärung an die Verwaltung zurückgewiesen wird (Urteil 2C_561/2009 vom 25. März 2011 E. 2, in: StR 66/2011 S. 643) oder wenn eine (Dauer-)Leistung für einen bestimmten, abgeschlossenen Zeitraum zugesprochen wird und für einen nachfolgenden Zeitraum die Sache zur neuen Entscheidung zurückgewiesen wird (BGE <ref-ruling> E. 1.4 S. 144 ff.).
3.4 Die ursprüngliche Verfügung vom 6. März 2009 enthält unterschiedliche Teile: In Ziff. 1 werden die Arbeits-, Leistungs- und Grundtarife für die Netznutzung der Netzebene 1 auf bestimmte Beträge abgesenkt; das Bundesgericht hat diese Absenkung (stillschweigend) als Endentscheid qualifiziert, ebenso die Ablehnung des Gesuchs um Verwendung des nicht reduzierten Zinssatzes gemäss <ref-law> in Ziff. 4 der Verfügung vom 6. März 2009 (Urteil 2C_25/2011 und 2C_58/2011 vom 3. Juli 2012 E. 1.1 und 1.5, nicht publ. in: <ref-ruling>). In Ziff. 2 und 3 regelt die Verfügung die Kosten für allgemeine Systemdienstleistungen. Diese bildeten im erwähnten Verfahren <ref-ruling> nicht Streitgegenstand (Urteil 2C_25/2011 und 2C_58/2011 vom 3. Juli 2012 E. 1.4, nicht publ. in: <ref-ruling>), wohl aber im Urteil 2C_367/2012 vom 20. November 2012: Dort hatte die swissgrid ag die Reduktion der SDL-Kosten auf 0,77 Rp/kWh gemäss Ziff. 2 der Verfügung vom 6. März 2009 angefochten. Das Bundesgericht ging ohne nähere Prüfung davon aus, es handle sich dabei um einen Endentscheid (Urteil 2C_367/2012 vom 20. November 2012 E. 1.1). Bei vertiefter Betrachtung kann an dieser Sichtweise nicht festgehalten werden:
3.4.1 Nach dem Konzept des Stromversorgungsgesetzes ist es grundsätzlich Sache des Netzbetreibers, die Tarife für die Benützung seines Netzes festzulegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.5 S. 526; <ref-ruling> E. 8.6.4 S. 496 f.). Das gilt auch für die Tarife für das von der nationalen Netzgesellschaft betriebene Netz mit Einschluss der darin enthaltenen Preise für Systemdienstleistungen (<ref-law>; vgl. erwähntes Urteil 2C_367/2012 E. 2.2). Die ElCom ist aber zuständig für die Überprüfung der Netznutzungstarife und -entgelte und kann Absenkungen verfügen oder Erhöhungen untersagen (Art. 22 Abs. 2 lit. b StromVG). Gestützt darauf hat die ElCom in der hier zur Diskussion stehenden Verfügung den Tarif für allgemeine Systemdienstleistungen auf 0.77 Rp./kWh abgesenkt und diese gemäss <ref-law> im Umfang von 0.40 Rp./kWh den Endverbrauchern, im Übrigen - ausmachend 0.45 Rp./kWh - den im Anhang zur Verfügung namentlich genannten Betreibern von Kraftwerken mit mindestens 50 MW elektrischer Leistung auferlegt.
3.4.2 Verfügungen, mit denen Tarife (soweit es sich nicht um Erlasse im Sinne von <ref-law> handelt) festgelegt bzw. genehmigt (oder allenfalls abgeändert) werden, gelten grundsätzlich als Endverfügungen (vgl. <ref-ruling> E. 2.2 S. 269; Urteil 2C_658/2008 vom 18. März 2009 E. 1.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; Urteil 2C_146/2012 vom 20. August 2012 E. 1). Zwar werden damit nicht die Kosten, welche die einzelnen Zahlungspflichtigen zu tragen haben, individuell festgelegt; das liegt aber im Wesen jedes Tarifs und ändert am Charakter als Endentscheid nichts.
3.4.3 Hier verhält es sich aber anders: Die ElCom hat nämlich die Absenkung verfügt, bevor die effektiv anfallenden SDL-Kosten für das betreffende Tarifjahr bekannt waren; sie hat gleichzeitig verfügt, dass die swissgrid ag nach Vorliegen der tatsächlichen SDL-Kosten der ElCom einen Bericht zur Genehmigung vorzulegen und die von der ElCom genehmigten anrechenbaren SDL-Kosten den betroffenen Kraftwerkbetreibern individuell nachzubelasten oder gutzuschreiben habe (Ziff. 3 Satz 3 und 4 der Verfügung vom 6. März 2009); das ergibt sich daraus, dass ungerechtfertigte Gewinne, die sich aus überhöhten Netznutzungstarifen ergeben, nachträglich in den Folgejahren zu kompensieren sind (<ref-law>); desgleichen sind Unterdeckungen in den Folgejahren auszugleichen (vgl. Weisung 4/2010 der ElCom "Deckungsdifferenzen aus den Vorjahren" vom 10. Juni 2010; heute abgelöst durch die gleichnamige Weisung 1/2012 vom 19. Januar 2012; <ref-ruling> E. 1.5 S. 527; erwähntes Urteil 2C_367/2012 E. 3.6). Der Tarif von 0.77 Rp./kWh bzw. von 0.45 Rp./kWh gemäss der ursprünglichen Verfügung hat somit nur provisorisch Geltung, bis die effektiven Kosten bekannt sind; es ist ein Akonto-Tarif und die gestützt darauf in Rechnung gestellten Zahlungen sind blosse Akonto-Zahlungen, die an die später festzulegenden definitiven Zahlungen anzurechnen sind. Zugleich mit der Festlegung des provisorischen Tarifs hat die ElCom verfügt, sie werde später die tatsächlichen SDL-Kosten genehmigen, worauf die swissgrid ag die Differenz zwischen den Akonto- und den definitiven Zahlungen auszugleichen habe. Damit ist nicht nur inhaltlich, sondern auch prozessual ein Konnex zwischen der provisorischen und der definitiven Tariffestlegung hergestellt: Der Festlegung des provisorischen Tarifs folgt zwangsläufig ein Hauptverfahren (vgl. E. 3.3.3 hiervor), in welchem die definitiven Kosten und der definitive Tarif festzulegen sein werden. Demnach sind die Ziff. 2 und 3 der Verfügung vom 6. März 2009 als Zwischenverfügung zu qualifizieren, die einen Schritt auf dem Weg zum Endentscheid - nämlich die definitive Festlegung der massgebenden SDL-Preise - darstellt (vgl. E. 3.3.4 hiervor). Damit ist über die zu bezahlenden Preise noch nicht mit einer Endverfügung entschieden, namentlich nicht über diejenigen Zahlungen, welche die Betreiber von Kraftwerken mit mindestens 50 MW Leistung zu erbringen haben (vgl. <ref-ruling> E. 1a/aa S. 319). Folglich ist auch der in diesen Verfügungen enthaltene Entscheid über die grundsätzliche Kostenpflicht der betroffenen Kraftwerkbetreiber kein Endentscheid; vielmehr handelt es sich um einen materiellrechtlichen Grundsatzentscheid, der einen Teilaspekt einer Streitsache beantwortet und nach den dargelegten Kriterien ebenfalls als Zwischenentscheid zu qualifizieren ist (vgl. E. 3.3.2 hiervor).
3.5 Daraus folgt, dass der Entscheid, die Beschwerdeführerinnen müssten SDL-Kosten bezahlen, im Rahmen eines späteren Endentscheids noch angefochten werden kann (<ref-law> bzw. <ref-law>).
3.6 Der vorliegend angefochtene Entscheid kann als derartiger Endentscheid betrachtet werden. Zwar hat die von der Vorinstanz bestätigte Verfügung der ElCom vom 14. April 2011 nicht einen definitiven Tarif (in Rp./kWh) festgelegt, der an die Stelle der in der Verfügung vom 6. März 2009 provisorisch festgelegten 0.45 Rp. tritt, sondern nur den Gesamtbetrag der anrechenbaren SDL-Kosten festgelegt. Die ElCom hat in ihrer Verfügung vom 14. April 2011 (Rz. 43) festgehalten, sobald der Totalbetrag der SDL-Kosten bekannt sei, könne die swissgrid ag die definitive Abrechnung erstellen. Die Zuordnung (auf die einzelnen Kraftwerkbetreiber) sei nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens, sondern ergebe sich aus der Verfügung vom 6. März 2009 respektive im Beschwerdefall aus einem rechtskräftigen Entscheid einer höheren Instanz (Rz. 44). Die ElCom geht somit offenbar davon aus, dass sie nur noch über die anrechenbare Gesamtsumme eine (End-)Verfügung erlässt, nicht aber über den Betrag in Rp./kWh bzw. über die von den einzelnen Kraftwerkgesellschaften zu bezahlenden Beträge. Das erscheint auch nicht nötig, denn diese Zahlen ergeben sich aus der genehmigten Gesamtsumme und aus der von der swissgrid ag zu erhebenden effektiv erzeugten Bruttoenergie aufgrund einer rein arithmetischen Umrechnung. Die Verfügung vom 14. April 2011 stellt damit die mit der (Zwischen-)Verfügung vom 6. März 2009 in Aussicht gestellte Endverfügung dar.
3.7 Die Vorinstanzen haben die Beschwerdeführerinnen als Parteien des Verfahrens behandelt mit der expliziten Begründung, da sie die Verfügung vom 6. März 2009 nicht angefochten hätten, sei für sie die Zahlungspflicht verbindlich festgelegt (vgl. Verfügung der ElCom vom 14. April 2011 Rz. 33 f. und 40; Urteil der Vorinstanz E. 1.1 und 4.5). Diese Erwägung ist als Teil des angefochtenen Entscheids anfechtbar (vgl. E. 2.2 hiervor). Sie ist nach dem Gesagten gesetzwidrig, weil die Kostenpflicht in der Verfügung vom 6. März 2009 nicht verbindlich festgelegt worden ist (vgl. E. 3.4.3 und 3.5 hiervor) und <ref-law>, auf den sich diese Kostenpflicht stützt, seinerseits gesetzwidrig ist (vgl. E. 3.1 hiervor). Das Begehren der Beschwerdeführerinnen ist damit begründet. Antragsgemäss ist Ziff. 3 der Verfügung der ElCom vom 6. März 2009 in Bezug auf die Beschwerdeführerinnen aufzuheben. Die beantragte Aufhebung von Ziff. 1 der Verfügung vom 14. April 2011 ist hingegen nicht nötig, da die Beschwerdeführerinnen infolge der Aufhebung ihrer Kostenpflicht von dem in dieser Ziffer festgelegten Betrag ohnehin nicht betroffen sind.
4. Damit obsiegen die Beschwerdeführerinnen im vorliegenden Verfahren. Die swissgrid ag war im vorinstanzlichen Verfahren ebenfalls Partei. Sie hat sich zwar weder vor den Vorinstanzen noch vor Bundesgericht gegen die Anträge der Beschwerdeführerinnen gewehrt, sondern sich auf den Standpunkt gestellt, sie erachte sich an die massgeblichen Verfügungen und Urteile gebunden und werde diese ausführen. Der Ausgang des vorliegenden Verfahrens hat aber dennoch zur Folge, dass die swissgrid ag von den Beschwerdeführerinnen keine SDL-Kosten vergütet erhält; sie ist daher materiell notwendige Gegenpartei und unterliegt als solche. Daran ändert nichts, dass sie die ausfallenden Kosten letztlich nicht selber trägt, sondern den anderen Netzbetreibern bzw. Endverbrauchern überwälzen wird. Sie trägt daher die Gerichtskosten (<ref-law>) und hat den Beschwerdeführerinnen eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_572/2012 und 2C_573/2012 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden gutgeheissen. Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. Mai 2012 wird aufgehoben, soweit damit die Beschwerdeführerinnen verpflichtet werden, als Betreiberinnen von Kraftwerken für das Tarifjahr 2009 allgemeine Systemdienstleistungskosten zu bezahlen. Ziff. 3 der Verfügung der ElCom vom 6. März 2009 wird in Bezug auf die Beschwerdeführerinnen aufgehoben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 50'000.-- werden der swissgrid ag auferlegt.
4. Die swissgrid ag hat für das bundesgerichtliche Verfahren den Beschwerdeführerinnen im Verfahren 2C_572/2012 gesamthaft eine Parteientschädigung von Fr. 30'000.-- und der Beschwerdeführerin im Verfahren 2C_573/2012 eine solche von Fr. 20'000.-- zu bezahlen.
5. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen.
6. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, der swissgrid ag, der Eidgenössischen Elektrizitätskommission ElCom, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger