Faits:
A. X._, fondé le 13 octobre 1993, est une association constituée de caisses-maladie et autres organisations qui exercent une activité dans le domaine de l'assurance-maladie. D'après ses statuts dans leur première rédaction, son but était de servir de lien entre les membres dont le rayon d'activité couvre une partie ou tout le territoire suisse, de défendre les intérêts communs des caisses-maladie membres et de leurs assurés ainsi que de sauvegarder un système de santé d'essence libérale, économique et performant.
X._ est lié aux différentes sociétés affiliées par des " conventions administratives ", conclues pour de longues périodes. Le but de ces conventions est de régler la répartition des frais et investissements communs, lesquels sont gérés par X._ pour le compte des institutions membres.
Le 30 janvier 1996, X._ a été inscrit dans le registre des contribuables à la taxe sur la valeur ajoutée (TVA) avec effet au 1er janvier 1995, sous le numéro 395'702.
B. Le 7 août 2000, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale) a accepté la demande d'imposition de groupe de l'association X._et de quatorze de ses sociétés affiliées (groupe TVA no 494'695), avec effet au 1er janvier 2000. De ce fait, X._ a été radié en tant que seul assujetti au 31 décembre 1999. Il a remis ses décomptes pour les périodes fiscales du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999 en y déclarant un montant total d'impôt de 78'483 fr., qu'il a entièrement acquitté.
Après plusieurs contrôles sur place effectués en juin et août 2000, l'Administration fédérale a établi le décompte complémentaire no 121'469 du 5 septembre 2000, selon lequel X._devait 11'823'534 fr. d'impôt, plus intérêts moratoires, pour les périodes fiscales du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999. La TVA due portait sur une partie des chiffres d'affaires réalisés par l'intéressé, à savoir le produit des travaux informatiques effectués en faveur de tiers, les commissions pour l'apport d'affaires versées par des tiers et la répartition des frais communs relatifs à la gestion administrative des membres. Les cotisations versées à l'association X._ par ses sociétés membres n'étaient pas litigieuses, puisque l'Administration fédérale les avait reconnues comme étant exclues du champ de l'impôt.
X._ a contesté le décompte précité, faisant valoir qu'il servait d'intermédiaire entre ses membres et les assurés de ceux-ci, en administrant notamment les contrats d'assurance, à savoir la facturation des primes, leur encaissement, la gestion des débiteurs et des contrats d'assurances ainsi que le règlement des sinistres aux assurés. Or, dans la mesure où il agissait en qualité d'intermédiaire en assurances, ses prestations vis-à-vis de ses membres étaient exclues du champ de l'impôt, en vertu de l'art. 14 ch. 14 de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RO 1994 1464 et les modifications ultérieures).
L'Administration fédérale a rendu une décision formelle le 15 mai 2001, confirmant le décompte litigieux ainsi que la créance d'impôt en découlant. Elle a considéré pour l'essentiel que l'activité de l'intéressé allait " bien au-delà des prestations caractéristiques fournies par un simple intermédiaire d'assurances ".
X._ a formé une réclamation contre la décision précitée, concluant en substance à la reconnaissance de sa qualité d'intermédiaire en matière d'assurances pour les activités déployées en faveur de ses membres et à l'exclusion du champ de l'impôt de la rémunération découlant de cette activité. Le 15 août 2005, l'Administration fédérale a rejeté la réclamation.
C. Par arrêt du 21 septembre 2007, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de X._ contre la décision de l'Administration fédérale du 15 août 2005, dans la mesure où il était recevable. Il a considéré en bref que l'exonération de l'art. 14 ch. 14 OTVA requérait la réalisation de deux conditions distinctes: le contribuable devait être un intermédiaire en assurances (notion technique tant pour l'intermédiarité que pour le concept d'assurance lui-même) et l'on devait être en présence d'opérations relevant de l'activité d'intermédiaire en assurances. Le produit des travaux informatiques effectués en faveur de tiers était un chiffre d'affaires imposable, car ces tâches ne constituaient pas des prestations caractéristiques de la profession d'intermédiaire en assurances. Il en était de même des commissions versées par des tiers pour l'apport d'affaires, cette opération n'étant pas non plus liée à des opérations d'assurance ou typique de celles-ci. Quant à la répartition des frais communs relatifs à la gestion administrative des membres, elle était également imposable. Ces frais étaient d'abord supportés par X._, qui mettait à disposition de ses membres du personnel et des infrastructures et qui les refacturait ensuite à chacun des membres du groupe. L'ensemble de ces frais appartenait donc au prix de revient des opérations accomplies par l'intéressé pour ses membres. Or, une refacturation constituait en principe une opération soumise à la TVA et les frais en cause étaient manifestement des dépenses qui n'étaient pas liées en soi aux opérations d'assurances au sens de l'art. 14 ch. 14 OTVA.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande principalement au Tribunal fédéral de lui reconnaître la qualité d'intermédiaire en matière d'assurances au sens de l'art. 14 ch. 14 OTVA pour les activités déployées en faveur de ses membres et d'admettre en conséquence que la rémunération découlant de cette activité est exclue du champ de l'impôt, d'annuler la décision de l'Administration fédérale du 15 août 2005, sous réserve du montant de 78'744 fr. correspondant aux travaux informatiques en faveur de tiers, d'annuler les intérêts moratoires de 5 % ainsi que l'arrêt du Tribunal administratif fédéral du 21 septembre 2007. Subsidiairement, il conclut à ce que le Tribunal fédéral dise que X._ et ses membres constituent un groupe au sens de l'art. 17 al. 3 OTVA depuis le 1erjanvier 1995, soit avant même le dépôt de la demande formelle, et, plus subsidiairement, que le principe de la neutralité concurrentielle a été violé. Il sollicite en outre le droit de répliquer. Le recourant se plaint pour l'essentiel d'une mauvaise application du droit fédéral, en particulier de l'art. 14 ch. 14 OTVA. Il fait valoir qu'il remplit les conditions de la représentation directe prévue à l'art. 10 al. 1 OTVA, à tout le moins au regard de la modification de la pratique introduite par le nouvel art. 45a de l'ordonnance du 29 mars 2000 relative à la loi sur la TVA (OLTVA; RS 641.201). Il aurait ainsi démontré à satisfaction de droit qu'il agissait en tant qu'intermédiaire en assurances au sens de l'art. 14 ch. 14 OTVA et que les prestations effectuées pour le compte de ses membres, à l'exception des travaux informatiques pour des tiers, étaient par conséquent exclues du champ de l'impôt.
Le Tribunal administratif fédéral a renoncé à déposer des observations. L'Administration fédérale conclut au rejet du recours, avec suite de frais.

Considérant en droit:
1. 1.1 Déposé en temps utile contre une décision rendue dans une cause de droit public par le Tribunal administratif fédéral, sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée, le présent recours, interjeté par une association qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, est en principe recevable comme recours en matière de droit public en vertu des art. 82 ss LTF et de la règle particulière de l'art. 54 al. 1 OTVA.
Toutefois, la conclusion tendant à l'annulation de la décision de l'Administration fédérale du 15 août 2005 est irrecevable, en raison de l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal administratif fédéral (cf. art. 37 LTAF en relation avec l'art. 61 PA; cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 302 s.).
Par ailleurs, le recourant conclut notamment à ce que le Tribunal fédéral lui reconnaisse la qualité d'intermédiaire en matière d'assurances et dise, subsidiairement, qu'il constitue un groupe au sens de l'art. 17 al. 3 OTVA depuis le 1er janvier 1995 et, plus subsidiairement, que le principe de la neutralité concurrentielle a été violé. En réalité, il ne s'agit pas de conclusions constatatoires, mais de griefs qui pourraient constituer des motifs d'annulation de l'arrêt attaqué (cf. consid. 4 ss ci-après). Au demeurant, considérées comme des conclusions en constatation, ces requêtes seraient irrecevables, du moment que l'autorité intimée pouvait rendre une décision formatrice et qu'elle l'a fait.
1.2 Dans son mémoire de recours, le recourant a sollicité le droit de répliquer. En vertu de l'art. 102 al. 3 LTF, il n'y a, en règle générale, pas d'échange ultérieur d'écritures. En l'espèce, il n'y a pas lieu de s'écarter de cette règle, dans la mesure où la réponse de l'Administration fédérale du 21 décembre 2007 ne contient aucun élément nouveau et que l'intéressé a eu la possibilité de s'exprimer sur l'ensemble des circonstances de fait et de droit de la cause. Au surplus, celui-ci n'a pas réagi à la réception de ladite réponse, qui lui a été communiquée à titre de renseignement le 28 décembre 2007. On peut ainsi considérer qu'il a implicitement renoncé à une réplique (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 99 s.; <ref-ruling> consid. 3.3.3 et 3.3.4 p. 46 s. et les références).
2. 2.1 Aux termes de l'art. 42 al. 1 LTF, le mémoire de recours doit contenir les conclusions et les motifs à l'appui de celles-ci. Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 LTF). Pour satisfaire à cette obligation de motiver, le recourant doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit; il n'est pas indispensable qu'il indique expressément les dispositions légales - le numéro des articles de loi - ou les principes de droit qui auraient été violés; il suffit qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité intimée (cf. <ref-ruling> consid. 6.3 p. 120 s., 286 consid. 1.4 p. 287; arrêt 5A_129/2007 du 28 juin 2007, consid. 1.4 et les références citées dans ces arrêts). Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral applique en effet le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF).
2.2 Le recourant demande à l'autorité de céans d'annuler les intérêts moratoires de 5 % dus à partir du 25 juillet 2008 sur le montant de l'impôt litigieux. Cette conclusion n'est cependant étayée par aucune motivation. Sur ce point, le recours est donc irrecevable.
2.3 En ce qui concerne les " finder's fees ", l'intéressé se borne à indiquer qu'il a " considéré ces recettes comme du chiffre d'affaires obtenu dans le cadre de son activité d'intermédiation en assurances au sens de l'art. 14 ch. 14 OTVA et ne les a donc pas imposées ". Il ne fait cependant pas valoir que les autorités précédentes auraient mal appliqué la législation topique ni ne discute les motifs de l'arrêt entrepris. Il est ainsi fort douteux que la motivation de ce grief satisfasse aux exigences de l'art. 42 al. 2 LTF. Quoi qu'il en soit, celui-ci est de toute façon mal fondé et doit être écarté (cf. consid. 8 ci-dessous).
3. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, a été remplacée par la loi fédérale du même nom, du 2 septembre 1999, entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (LTVA; RS 641.20). Selon l'art. 93 al. 1 LTVA, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, qui concerne les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 1999.
4. Le recourant reproche à l'autorité intimée d'avoir déclaré irrecevable sa nouvelle conclusion tendant à reconnaître qu'il constituait avec ses membres un groupe d'imposition TVA à compter du 1er janvier 1995.
4.1 En procédure contentieuse, l'objet du litige (" Streitgegenstand ") est défini par trois éléments: l'objet du recours (" Anfechtungsobjekt "), les conclusions du recours et, accessoirement, les motifs de celui-ci. La décision attaquée délimite l'objet du litige. En vertu du principe de l'unité de la procédure, l'autorité de recours ne peut statuer que sur les prétentions ou les rapports juridiques sur lesquels l'autorité inférieure s'est déjà prononcée ou aurait dû le faire. Par conséquent, le recourant qui attaque une décision ne peut en principe pas présenter de conclusions nouvelles ou plus amples devant l'instance de recours, c'est-à-dire des conclusions qu'il n'a pas formulées dans les phases antérieures de la procédure et qui excèdent l'objet du litige (cf. arrêt 1A.202/1991 du 3 juin 1998, RDAF 1999 I 254, consid. 4b/cc; voir aussi Benoît Bovay, Procédure administrative, Berne 2000, p. 390 s.; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd., Zurich 1998, n. 403 ss, p. 149 s.).
4.2 En l'espèce, le recourant a présenté à l'Administration fédérale, le 17 mars 2000, une requête tendant à l'imposition de X._. Celle-ci a été acceptée le 7 août 2000, avec effet au 1er janvier 2000. Cette décision n'a pas été attaquée.
L'Administration fédérale a établi le décompte complémentaire litigieux le 5 septembre 2000. Dans sa contestation du 6 avril 2001 à l'encontre de ce décompte, puis sa réclamation du 15 juin 2001, le recourant l'a remis en cause, sans évoquer la question de l'imposition de groupe. Ce n'est que dans son mémoire de recours adressé le 15 septembre 2005 à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (à laquelle a succédé le Tribunal administratif fédéral) qu'il a pour la première fois demandé à être considéré comme un groupe TVA depuis le 1er janvier 1995, soit avant même le dépôt de la demande formelle. Dès lors, c'est à juste titre que l'autorité intimée a jugé cette conclusion irrecevable, car elle sortait du cadre de l'objet du litige, qui, délimité par la décision attaquée, consistait à examiner le bien-fondé du décompte complémentaire.
4.3 Au demeurant, même recevable, le grief aurait dû être rejeté. En effet, le recourant ne peut tirer aucun argument en sa faveur de la pratique relative à l'art. 45a OLTVA concernant le traitement des vices de forme. Cet article, entré en vigueur le 1er juillet 2006, est applicable dès cette date à tous les cas pendants (cf. communiqué de presse du Département fédéral des finances du 24 mai 2006). Selon les termes de cette disposition, un vice de forme n'entraîne pas à lui seul une reprise d'impôt s'il apparaît ou si l'assujetti prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier du fait du non-respect d'une prescription de forme prévue par la loi ou par l'ordonnance sur l'établissement de justificatifs.
Le contribuable qui souhaite bénéficier d'une imposition de groupe doit en faire la demande à l'Administration fédérale (cf. art. 17 al. 3 OTVA et art. 22 LTVA). Il s'agit d'une condition matérielle et, par conséquent, l'absence de requête ne peut pas être assimilée à une irrégularité purement formelle. Or, dans son écriture du 17 mars 2000, le recourant a demandé à faire l'objet d'une imposition de groupe dès le 1er janvier 2000 (cf. questionnaire relatif à l'imposition de groupe du 16 février 2000, ch. 7). L'Administration fédérale n'était donc aucunement tenue de faire abstraction des termes de la demande précitée et d'admettre l'existence d'un groupe d'imposition dès le 1er janvier 1995, alors qu'une telle requête n'avait jamais été présentée. Au surplus, le recourant n'a pas établi, ni même allégué, que la Confédération n'aurait subi aucun préjudice financier si l'imposition de groupe avait été admise rétroactivement au 1er janvier 1995.
5. En vertu de l'art. 4 lettre b OTVA, les prestations de services fournies à titre onéreux sur territoire suisse par des assujettis sont soumises à l'impôt, pour autant qu'elles ne soient pas expressément exclues du champ de l'impôt, au sens de l'art. 14 OTVA.
L'art. 14 OTVA range parmi les opérations exclues du champ de l'impôt notamment " les opérations d'assurances et de réassurances, y compris les opérations relatives à l'activité des courtiers ou des intermédiaires d'assurances " (ch. 14). Cette norme a été reprise telle quelle dans la liste des opérations exclues du champ de l'impôt de l'art. 18 LTVA (ch. 18).
Les exonérations des art. 14 OTVA et 18 LTVA sont des exonérations improprement dites, car la déduction de l'impôt préalable est exclue (art. 13 OTVA, 17 LTVA). De telles exonérations sont généralement considérées comme contraires au système. Elles interviennent en principe au stade de la consommation finale, afin d'éviter qu'elles ne génèrent une taxe occulte pouvant se révéler en fin de compte plus coûteuse qu'une imposition. Les dispositions relatives aux exonérations improprement dites doivent donc être interprétées restrictivement (<ref-ruling> consid. 5e p. 202, 372 consid. 6a p. 377; 2A.599/2004, Archives 76 p. 231, consid. 3.2).
6. La notion d'" opérations relatives à l'activité des courtiers ou des intermédiaires d'assurances " n'est pas définie dans l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée, ni dans la loi fédérale du même nom.
6.1 La version allemande de l'art. 14 ch. 14 OTVA (art. 18 ch. 18 LTVA) utilise les termes de " Versicherungsvertreter oder Versicherungsmakler ". " Versicherungsmakler " a été traduit en français par " courtier d'assurances " et en italien par " agente d'assicurazione ". Tandis que le texte français fait allusion au contrat de courtage (cf. art. 412 CO), la version italienne renvoie plutôt au contrat d'agence (cf. art. 418a CO). " Versicherungsvertreter " a été rendu par " intermédiaire d'assurances ", respectivement " intermediario d'assicurazione ". Cette notion, assez large et indéfinie, tout comme les traductions divergentes du terme de " Versicherungsmakler ", marque la volonté du législateur d'englober d'une façon générale les différents cas de figure des représentants en assurances, quelles que soient les formes juridiques choisies. Alors que l'agent d'assurances (" Versicherungsvertreter, bzw. -agent ") agit en principe sur mandat de la compagnie d'assurance, le courtier en assurances (" Versicherungsmakler, bzw. -broker ") intervient sur mandat du client (preneur d'assurance; cf. Alfred Maurer, Schweizerisches Privatversicherungsrecht, 3ème éd., Berne 1995, § 15 I p. 205 s.).
En droit privé des contrats, le point commun entre le courtier (art. 412 ss CO) et l'agent (art. 418a ss CO) est leur engagement à rendre des services en vue de la conclusion d'un contrat. L'agent peut en outre conclure des affaires au nom et pour le compte du mandant. En matière d'assurances, l'agent et le courtier se présentent ainsi comme des intermédiaires entre une assurance et un futur assuré en vue de la conclusion d'un contrat d'assurance (cf. Pierre Tercier, Les contrats spéciaux, 3ème éd., Zurich 2003, n. 5046, 5133 et 5139; François Rayroux, Commentaire romand, Code des obligations I, 2003, n. 3 et 25 ad art. 412 CO). Par ailleurs, au sujet du pouvoir de représentation de l'agent, l'art. 418e al. 3 CO réserve les art. 34 et 44 al. 3 de la loi fédérale du 2 avril 1908 sur le contrat d'assurance (LCA; RS 221.229.1). Cette loi ne donne pas de définition de l'agent d'assurance mais règle néanmoins certaines modalités de son activité: alors que l'art. 34 LCA prévoit que l'assureur répond, à l'égard du preneur d'assurance, des actes de son intermédiaire comme de ses propres actes, l'art. 44 al. 3 LCA indique que le preneur d'assurance peut faire les communications qui lui incombent à tout agent de l'assureur.
6.2 Le Commentaire du Département fédéral des finances du 22 juin 1994 relatif à l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: le Commentaire OTVA; FF 1994 III 534 ss, ad art. 14 ch. 14, p. 549) explique que les opérations d'assurances sont exclues du champ de l'impôt en raison de considérations d'ordre social, soit le souci de ne pas renchérir les prestations d'assurances en les grevant de la taxe sur la valeur ajoutée, et par le fait que certaines de ces opérations sont déjà soumises aux droits de timbre, en vue d'éviter un cumul d'impôts. Le Commentaire ajoute que les prestations de services des courtiers et des intermédiaires en assurances ne sont pas non plus soumises à l'impôt, sans cependant évoquer plus précisément le but recherché par cette exonération. Le rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national relatif à la loi fédérale sur la taxe sur la valeur ajoutée (initiative parlementaire Dettling) du 28 août 1996 (FF 1996 V 701, p. 741) reprend les termes du Commentaire relatifs à l'exonération en question, laquelle n'a ensuite donné lieu à aucune discussion lors des débats aux Chambres fédérales (cf. BO CN 1997 p. 175 ss; BO CE 1998 p. 954 ss; BO CN 1999 p. 313 ss; BO CE 1999 p. 355 ss; BO CN 1999 p. 814 ss).
6.3 Selon le Commentaire et le rapport précités, l'exonération s'étend aux prestations qui sont fournies dans l'exercice de l'activité visée; autrement dit, il est déterminant que la prestation soit caractéristique de la profession de courtier ou d'intermédiaire d'assurances. La brochure no 15 " Assurances " éditée par l'Administration fédérale en septembre 2000 précise à ce propos (ch. 2.2.4 p. 11 s.) que l'activité d'un intermédiaire d'assurances ou d'un agent d'assurances indépendant est exclue du champ de l'impôt, pour autant qu'elle consiste à négocier la conclusion de contrats d'assurances pour un ou pour plusieurs assureurs, moyennant le versement d'une commission (cf. également ch. 623 des Instructions 1997 à l'usage des assujettis TVA [ci-après: les Instructions 1997] et ch. 628 des Instructions 2001 sur la TVA [ci-après: les Instructions 2001]). Entrent également dans cette activité les tâches qui sont en relation avec le contrat d'assurance à conclure, le précèdent ou le suivent immédiatement, en particulier la gestion des contrats d'assurance, le règlement des cas d'assurances (règlement du sinistre) et l'assistance au client qui, cas échéant, débouchent sur la conclusion de nouveaux contrats d'assurances ou, tenant compte d'un changement de situation, sur la modification de contrats d'assurances existants. L'activité d'un intermédiaire d'assurances.
Les chiffres d'affaires réalisés par les intermédiaires d'assurances n'agissant pas en cette qualité sont en principe soumis à la TVA (cf. Instructions 1997 ch. 624; Instructions 2001 ch. 629; brochure no 15 p. 12). La brochure d'information concernant la branche des assurances, c.-à-d. les compagnies d'assurances, les intermédiaires en assurances et les courtiers en assurances (brochure no 23 éditée par l'Administration fédérale des contributions en décembre 1994) donne, sous le chiffre 2 de son annexe, des exemples de prestations de services spéciales imposables. Il s'agit notamment des activités suivantes: tenue de la comptabilité et services d'administration pour des tiers (2.2), prestations de services pour des " pools " et autres regroupements (administration, coordination, tenue de la comptabilité; 2.3), dépannage des compagnies tierces (2.5), développement des produits pour des tiers (2.6), encaissement pour des tiers (2.7), conseils en tous genre (2.10), location de personnel (2.11), gérance de fortune pour des tiers (2.18).
Dans ce sens, n'est pas réputé intermédiaire d'assurances au sens de l'art. 18 ch. 18 LTVA celui qui ne fait que trouver des clients potentiels; l'apport de clients (communication de noms de clients intéressés, par exemple) représente en effet une prestation de services dans le domaine de la publicité ou de la fourniture d'informations. Indépendamment de la façon dont les dédommagements sont déterminés par les parties, ces opérations sont imposables du point de vue de la TVA (" finder's fees"; brochure no 15 p. 12; Instructions 2001 ch. 201, 632 et 647).
6.4 Quant à la doctrine, Robinson/Oberheid relèvent que les activités qui sont étroitement liées aux opérations d'assurances et de réassurances (règlement du dommage, recouvrement, administration, conseils en matière d'assurances) sont exonérées tant qu'elles sont effectuées par l'assureur ou par l'intermédiaire ou le courtier en assurances pour l'assuré, alors qu'elles constituent des prestations de services soumises à l'impôt lorsqu'elles sont exécutées - à titre de prestations indépendantes - pour des sociétés tierces (Robinson/Oberheid, in Mwst.com: Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 12 ad art. 18 ch. 18). Camenzind/Honauer/Vallender partagent cet avis et ajoutent que pour qu'une opération d'assurances soit exclue du champ de l'impôt, il faut que la rémunération versée par le preneur d'assurances, tout comme les éventuelles prestations ultérieures de l'assurance, se fondent sur un contrat d'assurance conclu entre les parties (Camenzind/Honauer/Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz [MWSTG], 2ème éd., Berne 2003, n. 789).
6.5 Par ailleurs, il ne faut pas perdre de vue que l'exonération ne dépend pas seulement de la notion ou du statut de courtier ou d'intermédiaire en assurances, mais aussi de la nature de l'opération (cf. consid. 6.3 et 6.4 ci-dessus). En effet, la TVA frappe en principe des opérations et non des personnes et elle exonère des opérations, avant d'exempter, exceptionnellement, des entités (cf. Pascal Mollard, in Mwst.com: Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle 2000, n. 5 ad art. 17). Dans le cas de l'art. 14 ch. 14 OTVA, ce n'est pas l'intermédiaire qui est exonéré pour ses chiffres d'affaires, mais seules les opérations relatives à son activité d'intermédiaire en assurances. Il ne suffit dès lors pas que les conditions nécessaires à la reconnaissance de la qualité d'intermédiaire soient réalisées, il faut encore que l'opération relève du domaine des assurances.
En outre, les opérations préalables aux opérations exclues du champ de l'impôt sont en principe imposables; il s'agit des prestations de tiers aux fournisseurs de prestations de services exclues du champ de l'impôt (Commentaire OTVA, ad art. 14, p. 545; Instructions 2001, ch. 580). Ces prestations sont en effet des opérations distinctes et indépendantes qui ne sont en réalité qu'indirectement liées aux opérations finales exonérées (théorie des stades; cf. Pascal Mollard, op. cit., n. 26 ad art. 17).
6.6 En résumé, pour être exonérées au sens de l'art. 14 ch. 14 OTVA (et de l'art. 18 ch. 18 LTVA), les opérations relatives à l'activité des courtiers ou des intermédiaires en assurances doivent être caractéristiques de l'activité visée, qui consiste à négocier la conclusion de contrats d'assurance moyennant le versement d'une rémunération. Sont également englobées les prestations qui suivent ou précèdent immédiatement la conclusion ou la modification des contrats d'assurances (et qui sont donc directement liées aux opérations d'assurances), ce qui n'est pas le cas des tâches générales de gestion et d'administration. De plus, même si elles sont caractéristiques de l'activité d'intermédiaire, les prestations de services effectuées au profit de sociétés tierces, à titre de prestations indépendantes, sont soumises à l'impôt.
7. 7.1 Le recourant s'efforce de démontrer qu'il remplirait les conditions de l'art. 10 OTVA sur la représentation. En vertu de chaque convention administrative qui le lie à ses sociétés membres, il aurait pour mandat d'agir comme intermédiaire d'assurances et d'assumer à ce titre toutes les tâches en relation avec les activités exécutées précédemment par les sociétés membres. Par ailleurs, il soutient que les prestations litigieuses ont été fournies dans le cadre de son activité d'intermédiaire en assurances: il s'est en effet limité à fournir des prestations qu'une compagnie d'assurances doit effectuer en faveur de ses assurés dans le cadre ordinaire de sa gestion courante. Les prestations fournies ne sont pas des services de support, tels que la mise à disposition de personnel en faveur des compagnies d'assurances ou des services informatiques, mais des prestations directes aux assurés au nom et pour le compte des compagnies d'assurances. Les tâches ainsi effectuées sont des opérations propres aux compagnies d'assurances que tout intermédiaire en assurances peut rendre.
Pour l'autorité intimée, les frais relatifs à la gestion administrative des membres sont les frais " communs aux caisses-maladie et autres institutions affiliées à X._ qui ne disposent pas de personnel ni d'infrastructure propre ". Ils appartiennent au prix de revient des opérations accomplies par le recourant pour ses membres (mise à disposition de personnel et de bureautique), respectivement au prix auquel il leur a vendu les opérations en question. Les frais en cause appartiennent manifestement à des dépenses qui ne sont pas en soi liées aux opérations d'assurances au sens de l'art. 14 ch. 14 OTVA. A défaut de preuves suffisantes, l'autorité intimée arrive à la conclusion qu'il s'agit de la refacturation de frais appartenant à des opérations organisationnelles, d'administration, de coordination ou de gestion, par X._ à ses membres, opérations qui ne sont pas exonérées.
7.2 En l'occurrence, il est incontesté que la fonction principale de X._ est d'assurer la gestion de l'ensemble des caisses-maladie affiliées (cf. également son courrier du 20 décembre 1994 à l'Administration fédérale). Le préambule des conventions administratives qui le lient à ses membres énonce que ces derniers ont décidé de mettre en commun leur gestion, leurs moyens financiers et leurs infrastructures tout en conservant leur parfaite indépendance; cette volonté commune leur a permis de regrouper les infrastructures administratives et techniques et de les développer, ainsi que de construire un centre administratif à Y._. Le but des conventions est de fixer les règles de répartition des frais communs de gestion et des investissements (art. 1). Les institutions adhérentes continuent de gérer sous leur seule responsabilité leurs produits d'assurances tels que cotisations, subsides, tous leurs propres produits ainsi que leurs charges propres telles que prestations, compensation des risques, réassurance, commissions d'acquisition et frais de leurs organes (art. 2). X._ effectue, pour le compte de ses institutions membres, les tâches communes énumérées à l'art. 3 des conventions: traitement informatique des données, élaboration des documents d'exploitation, trafic postal et téléphonique, envois et affranchissements, entretien des lignes, des installations et programmes informatiques, tenue de la comptabilité et des statistiques, achat du matériel de bureau et autres investissements communs, organisation et gestion du travail, gestion de locaux et des places de travail, gestion du personnel, trafic des paiements, organisation de la publicité et de la communication, élaboration de produits d'assurance, analyse de marchés et des coûts, représentation dans les associations professionnelles et les groupes d'intérêts ainsi que toutes autres tâches ayant trait à la gestion et à l'exploitation. Les frais communs découlant des activités susmentionnées sont répartis, en fin d'exercice, " à chaque institution au prorata, selon la clef de répartition déterminée " (art. 4).
A titre d'exemples, les charges à répartir pour l'exercice 1999 étaient les suivantes (cf. rapport de gestion 1999, publié en mai 2000): salaires, charges sociales, frais de personnel, frais de locaux, frais informatiques, assurances (des locaux, véhicules, etc.), cotisations et abonnements, frais de bureau, véhicules, frais d'administration, imprimés (prospectus, campagnes publicitaires, cartes d'assurés, etc.) et commissions.
7.3 Tout d'abord, le recourant allègue qu'il a agi comme intermédiaire entre les compagnies d'assurances affiliées et leurs assurés au sens de l'art. 10 OTVA (art. 11 LTVA). L'al. 1 de cette disposition règle l'imposition des prestations de services en cas de représentation directe: si le représentant agit expressément au nom et pour le compte du représenté, on considère que l'opération se réalise directement entre le représenté et le tiers. Ainsi, l'intermédiaire est imposé uniquement sur la commission prélevée pour sa prestation d'intermédiaire, et non sur l'opération de base. Ceci est en principe également valable si l'opération pour laquelle le représentant s'est entremis se trouve hors champ de la TVA au sens de l'art. 14 OTVA (art. 18 LTVA; cf. Instructions 1997 ch. 584 et Instructions 2001 ch. 580); l'art. 14 ch. 14 constitue toutefois une exception à ce principe dans la mesure où les activités d'intermédiaire dans le secteur des assurances sont expressément exclues du champ de l'impôt.
Certes, les assurés sont les destinataires de fait de certaines prestations de X._, en tant que celui-ci gère leurs dossiers pour le compte de ses membres; c'est effectivement le personnel mis à disposition par le recourant qui conclut les contrats d'assurances et encaisse les primes pour les sociétés d'assurances. Toutefois, dans la mesure où l'intéressé fait valoir qu'il a agi comme représentant de ses membres, il ne prétend pas avoir été imposé en violation de l'art. 10 al. 1 OTVA, soit sur la valeur des opérations de base, en particulier sur les cotisations des assurés ou toutes autres contre-prestations de ceux-ci. Au contraire, les montants imposés ont le caractère de contre-prestations reçues pour les services rendus aux sociétés représentées; ils ne peuvent être exonérés que s'ils tombent sous le coup de l'art. 14 ch. 14 OTVA. Il sied ainsi d'examiner si le recourant remplit les conditions nécessaires à la reconnaissance de la qualité d'intermédiaire en assurances et si les opérations en cause sont directement liées aux opérations d'assurances.
7.4 Il ressort sans équivoque du considérant précédant (cf. consid. 7.2 ci-dessus) que les montants contestés proviennent de prestations de services fournies par le recourant à ses membres, et non directement aux assurés. En vertu des conventions administratives, celui-ci a notamment mis à la disposition des sociétés affiliées du personnel et des infrastructures et a assumé les tâches de gestion et d'administration; les frais ainsi occasionnés ont ensuite été répartis entre les sociétés selon une échelle de répartition prédéfinie. Il s'agit donc d'un échange de prestations de services " ordinaires " fournies sur la base de rapports juridiques qui lient X._ à ses membres. Du reste, les montants en cause sont textuellement qualifiés, dans lesdites conventions, de frais de gestion (cf. art. 1). Au demeurant, l'énumération des frais de gestion et des charges à répartir ne mentionne pas de tâches assumées par le recourant qui seraient directement liées aux opérations d'assurances et donc caractéristiques de l'activité d'intermédiaire en assurances au sens de législation relative à la taxe sur la valeur ajoutée; la délégation de telles tâches n'est d'ailleurs pas prévue (cf. art. 2 et 3 des conventions administratives). A cela s'ajoute que l'intéressé n'a produit aucune pièce qui montrerait qu'il a agi comme intermédiaire d'assurances pour les membres de son groupe.
A la lecture du mémoire de recours, il semble que le recourant ait confondu les services rendus à ses membres, en particulier la mise à disposition du personnel et des infrastructures, et les tâches administratives effectuées par ce personnel. X._ ne peut tirer aucun argument du fait que le personnel qu'il a fourni à ses membres ait conclu des contrats d'assurances ou effectué d'autres opérations d'assurances. En effet, ces prestations sont des opérations préalables (mise à disposition de personnel) liées à des opérations exclues du champ de l'impôt (conclusion de contrats d'assurances), mais indépendantes de celles-ci. Elles sont donc imposables. Par ailleurs, le recourant ne prétend pas que des opérations d'assurances conclues entre ses membres et leurs assurés auraient été imposées auprès de lui en tant que représentant (cf. consid. 7.3 ci-dessus).
7.5 Au vu de ce qui précède, c'est à bon droit que l'autorité intimée a retenu que les frais litigieux appartenaient à des opérations organisationnelles, d'administration, de coordination ou de gestion entre le recourant et ses membres, opérations qui ne peuvent bénéficier de l'exonération de l'art. 14 ch. 14 OTVA.
8. S'agissant des " finder's fees ", c'est à juste titre que le Tribunal administratif fédéral a retenu que les commissions versées en 1998 et 1999 par la société de courtage en assurances Z._ SA à X._ pour l'apport de clientèle étaient soumises à la TVA. En effet, l'activité qui consiste à communiquer un nom de client potentiel ne constitue manifestement pas une prestation caractéristique de la profession d'intermédiaire d'assurances, mais représente au contraire une prestation de services dans le domaine de la publicité ou de la fourniture d'informations (cf. brochure n° 15 p. 12, citée au consid. 6.3 ci-dessus; cf. également décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions du 22 mai 2001, JAAC 65.108 consid. 8f).
9. Le recourant invoque ensuite les principes de l'égalité de traitement et de la neutralité concurrentielle.
9.1 Dans la mesure du possible, la TVA doit être neutre quant à ses effets, soit ne pas influencer la concurrence entre les entreprises. Elle doit ainsi être conçue de manière large et englober de la même façon tous les biens et les prestations de services fournis sur le territoire national. Par ailleurs, un cumul d'impôt provenant de l'imposition des biens et des prestations de services à plusieurs stades de la production et de la distribution, ainsi que lors de l'importation, doit être évité. La déduction de l'impôt préalable sert ce but. La neutralité concurrentielle de la TVA est réalisée lorsque la charge d'impôt finale auprès du consommateur est constante, quel que soit le chemin par lequel le bien ou la prestation de services lui est parvenu.
Ce principe s'adresse en premier lieu au législateur, puis à l'administration; il peut également être pris en compte pour l'interprétation du droit régissant la TVA. Le contribuable ne peut toutefois s'en prévaloir que dans la mesure où les art. 8 et 27 Cst. lui confèrent un droit à l'égalité de traitement (<ref-ruling> consid. 10a p. 345; <ref-ruling> consid. 8a p. 210 s.).
9.2 Une décision viole le principe de l'égalité de traitement lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances; le traitement différent ou semblable injustifié doit se rapporter à une situation de fait importante (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 31; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 268 s. et la jurisprudence citée).
Selon le principe de l'égalité de traitement entre personnes appartenant à la même branche économique, découlant des art. 27 et 94 Cst., sont interdites les mesures qui causent une distorsion de la compétition entre concurrents directs, c'est-à-dire celles qui ne sont pas neutres sur le plan de la concurrence. On entend par concurrents directs les membres de la même branche qui s'adressent avec les mêmes offres au même public pour satisfaire les mêmes besoins. A cet égard, les art. 27 et 94 Cst. offrent une protection plus étendue que celle de l'art. 8 Cst. (<ref-ruling> consid. 4b/aa p. 435 s. et la jurisprudence citée).
9.3 En l'occurrence, le recourant estime qu'il est victime d'une inégalité de traitement. A l'appui de son grief, il produit la copie d'un courrier du 8 février 1995 où l'Administration fédérale informe un agent d'assurances que ce dernier, en tant que représentant officiel d'une caisse-maladie, effectue des prestations exclues du champ de l'impôt lorsqu'il agit au nom et pour le compte de cette assurance. Cet élément ne permet cependant pas d'établir que l'agent en question et le recourant se trouveraient dans la même situation juridique et effectueraient des prestations de services identiques, ce d'autant moins que X._ n'intervient pas, dans le cas particulier, comme représentant des caisses-maladie de son groupe dans leurs opérations à titre onéreux avec leurs assurés (cf. consid. 7.3 et 7.4 ci-dessus). Par ailleurs, le recourant fait valoir que si la qualité d'intermédiaire d'assurances ne lui était pas reconnue, il existerait une distortion de concurrence entre les petites caisses-maladie membres de X._ et les grands établissements d'assurances. Il sied toutefois de relever ici que la contestation porte sur les prestations de X._ et non celles des caisses-maladie membres. Or, le recourant, qui n'est pas une assurance, ne peut être considéré comme un concurrent direct des grands établissements d'assurances et la question (abstraite) de l'égalité entre petites et grandes sociétés d'assurances ne se pose pas. Le grief d'inégalité de traitement et de violation du principe de la neutralité concurrentielle est dès lors mal fondé et doit être rejeté.
Quoi qu'il en soit, on ne peut ignorer que le " outsourcing " peut s'avérer défavorable lorsque la prestation finale est exclue du champ de l'impôt. En effet, l'assujetti qui utilise des biens ou des services pour produire des biens ou des services imposables peut en règle générale déduire le montant de l'impôt préalable dont il s'est acquitté (cf. art. 29 OTVA; art. 1 al. 1 et art. 38 LTVA). Toutefois, en cas d'exclusion de ses prestations du champ de l'impôt, - même s'il s'agit de la dernière opération - , les prestations préalables restent soumises à l'impôt; or celles-ci peuvent être plus importantes en cas de " outsourcing " que dans une activité intégrée. Cette taxe occulte est inhérente au système (cf. art. 13 OTVA et 17 LTVA). Il appartient donc à l'entreprise, ou au groupe d'entreprises dont les prestations sont exclues du champ de l'impôt, de s'organiser en conséquence, en demandant l'imposition de groupe par exemple, comme l'a justement fait le recourant à partir de 2000.
9.4 Le recourant préconise qu'il soit tenu compte de l'art. 18 al. 2 de l'avant-projet de février 2007 relatif à la simplification de la loi régissant la taxe sur la valeur ajoutée. Aux termes de cette disposition, " le contenu de la prestation définit à lui seul si une prestation est exclue du champ de l'impôt; la position du destinataire de la prestation n'est pas déterminante ". De l'avis du recourant, cette norme permettrait d'assurer à l'avenir " que les tâches qui pourraient être sous-traitées, par exemple, par une assurance, ne soient pas imposables". L'intéressé ne peut toutefois tirer aucun argument d'une disposition qui non seulement n'est pas entrée en vigueur, mais qui ne constitue pas encore un projet proposé par le Conseil fédéral au parlement (principe de l'interdiction de la rétroactivité des lois, cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 108 ss; <ref-ruling> consid. 3b p. 408 s. et les références citées dans ces arrêts), et dont on ignore quelle serait l'application, en particulier lorsque l'assujetti ne fournit pas des prestations d'assurances, mais de gestion.
9.4 Le recourant préconise qu'il soit tenu compte de l'art. 18 al. 2 de l'avant-projet de février 2007 relatif à la simplification de la loi régissant la taxe sur la valeur ajoutée. Aux termes de cette disposition, " le contenu de la prestation définit à lui seul si une prestation est exclue du champ de l'impôt; la position du destinataire de la prestation n'est pas déterminante ". De l'avis du recourant, cette norme permettrait d'assurer à l'avenir " que les tâches qui pourraient être sous-traitées, par exemple, par une assurance, ne soient pas imposables". L'intéressé ne peut toutefois tirer aucun argument d'une disposition qui non seulement n'est pas entrée en vigueur, mais qui ne constitue pas encore un projet proposé par le Conseil fédéral au parlement (principe de l'interdiction de la rétroactivité des lois, cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 108 ss; <ref-ruling> consid. 3b p. 408 s. et les références citées dans ces arrêts), et dont on ignore quelle serait l'application, en particulier lorsque l'assujetti ne fournit pas des prestations d'assurances, mais de gestion.
10. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 50'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires du recourant, à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, ainsi qu'au Tribunal administratif fédéral, Cour I.
Lausanne, le 7 avril 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Merkli Mabillard