Faits:
A. Y._ SA a une activité principalement axée sur l'exploitation d'une invention en relation avec les lasers, faite par son président dans le cadre de sa thèse de doctorat au sein de l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (ci-après: EPFL). Celle-ci, un établissement autonome de droit public de la Confédération bénéficiant de la personnalité juridique (art. 5 al. 1 de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur les écoles polytechniques fédérales [Loi sur les EPF; RS 414.110]), a cédé ses droits de propriété intellectuelle à l'inventeur. En contrepartie, elle reçoit des royalties pour chaque machine vendue. Y._ SA loue des locaux de la Confédération, sis dans les bâtiments de l'EPFL, ainsi que de la Fondation du parc scientifique sur le site de l'EPFL.
Le 6 janvier 2000, Y._ SA a adressé à une société taïwanaise une offre portant sur une machine laser-microjet et différentes options. Le 25 janvier 2000, celle-ci a confirmé la commande de la machine, valant 661'862 fr., et de différents accessoires. La livraison devait intervenir fin janvier 2002.
Dès début janvier 2002, Y._ SA a préparé la livraison de trois machines, dont celle destinée au client taïwanais, qui ont été emballées et positionnées sur des palettes. Le 31 janvier 2002, un employé de Y._ SA a fait appel à A._, ébéniste de formation et employé auprès de l'EPFL en tant que concierge, pour le chargement des trois machines. Celui-ci avait déjà effectué sans aucun incident de tels chargements en présence de représentants de Y._ SA. Le camion devant chercher les palettes est arrivé en retard. Afin d'activer le travail, A._ a entrepris le chargement avec son élévateur à fourche, sans solliciter l'assistance des employés de Y._ SA qui se trouvaient dans le bâtiment attenant.
A._ a commencé par soulever chaque palette, mesurant à peu près 120 cm x 100 cm x 190 cm et pesant environ 1'000 kg, de quelques centimètres pour contrôler si le matériel restait à l'horizontale. Puis il a pris en charge les palettes sans écarter les fourches de l'élévateur, au motif qu'il craignait que les palettes ne se brisent en leur milieu à cause du poids de la machine. Au moment où il a amorcé un virage en direction du camion avec la deuxième palette sur laquelle était la machine destinée au client taïwanais, la force centrifuge a déséquilibré le chargement, qui a basculé et est tombé au sol d'une hauteur de plus de 50 cm. La machine n'était plus utilisable et à sa place, Y._ SA a dû fournir à son client sa machine de démonstration.
Y._ SA a demandé réparation à l'EPFL. Le 15 février 2002, celle-ci a versé 200'000 fr. à celle-là, qui était confrontée à des difficultés financières suite à l'accident, "à bien plaire, sans reconnaissance de responsabilité de l'EPFL et en attendant que la discussion ait lieu sur le fond". Les discussions ultérieures n'ont pas abouti et l'EPFL a mis Y._ SA en demeure de lui rembourser les 200'000 fr. Les parties se sont alors fait notifier des commandements de payer, frappés d'opposition, portant sur les sommes de 200'000 fr., respectivement 542'250 fr. 05.
B. Le 28 avril 2004, l'EPFL (la demanderesse) a saisi la Cour civile du Tribunal cantonal de canton de Vaud d'une demande tendant au paiement par Y._ SA (la défenderesse) de la somme de 200'000 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 20 mars 2002 et à la mainlevée définitive de l'opposition y relative. La défenderesse a conclut au rejet et, reconventionnellement, au paiement par son adverse partie d'une somme finalement ramenée à 304'089 fr. 45 avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er février 2002 et à la mainlevée définitive de l'opposition à concurrence de ce montant.
Par jugement du 28 janvier 2008, la Cour civile a rejeté les conclusions des deux parties. En substance, elle a considéré que A._ était intervenu à bien plaire pour rendre service et qu'il n'existait aucun lien contractuel entre la demanderesse et la défenderesse, que celle-là répondait toutefois du dommage causé par son employé en vertu de l'<ref-law>, mais que la créance de celle-ci en dommages-intérêts, de 474'241 fr., était devenue inexigible pour cause de prescription.
Le 12 juin 2008, la demanderesse a interjeté un recours en nullité cantonal, qu'elle a retiré le 2 juillet 2008. Par arrêt du 4 juillet 2008, le Président de la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud en a pris acte et a rayé la cause du rôle.
C. La défenderesse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant, avec suite de frais et dépens, principalement à la réforme du jugement du 28 janvier 2008 en ce sens que: "La demanderesse Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne est la débitrice de Y._ SA et lui doit immédiat paiement de la somme de FR. 304'089 fr. 45, avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er février 2002; l'opposition totale (...) est levée à titre définitif, libre cours étant laissé à dite poursuite; les conclusions de la demanderesse Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne sont rejetées". En bref, elle soutenait que les règles de la responsabilité contractuelle ou quasi-contractuelle s'appliquaient et que ses prétentions en réparation du dommage n'étaient donc pas prescrites. La demanderesse a proposé le rejet du recours.
La demanderesse a également déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant, sous suite de frais et dépens, principalement à la réforme du jugement attaqué en ce sens que: "Y._ SA doit à l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL) la somme de CHF 200'000.- (deux cent mille francs), avec intérêt à 5 % l'an dès le 20 mars 2002; l'opposition formée par Y._ SA au commandement de payer (...) est définitivement levée à concurrence de CHF 200'000.- (deux cent mille francs), avec intérêt à 5 % l'an dès le 20 mars 2002". En résumé, elle contestait toute responsabilité et soutenait en outre que son adverse partie n'avait pas subi de dommage dès lors que l'accident était survenu à un moment où le risque avait déjà passé à l'acheteur. La défenderesse a proposé le rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Les deux recours sont dirigés contre le même jugement, concernent le même complexe de faits et comportent des liens étroits, de sorte qu'il se justifie de les joindre pour des motifs d'économie de procédure et de statuer à leur sujet par un seul arrêt (cf. <ref-law> et <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 p. 60 s.).
2. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1).
2.1 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente. Toutefois, compte tenu de l'exigence de motivation (art. 42 al. 1 et 2 LTF), sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104 s.). En outre, il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>). Pour ces griefs, les exigences en matière de motivation correspondent à celles prévues à l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour l'ancien recours de droit public; la partie recourante doit discuter les attendus de la décision attaquée et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste la violation du droit constitutionnel (cf. <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.1).
2.2 Le recours en matière civile est recevable contre les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance (<ref-law>). Si, pour certains griefs, la décision d'un tribunal cantonal supérieur peut être déférée à une autre autorité judiciaire cantonale, cette décision n'est pas de dernière instance pour ce qui concerne les questions susceptibles de ce recours cantonal; faute d'épuisement des voies de recours cantonales, elles ne peuvent pas être soulevées dans le cadre du recours en matière civile interjeté contre la décision du tribunal cantonal supérieur. Elles doivent d'abord faire l'objet du recours cantonal avant de pouvoir être soumises, le cas échéant, au Tribunal fédéral (cf. <ref-law>).
En procédure civile vaudoise, le jugement rendu par la Cour civile du Tribunal cantonal peut faire l'objet d'un recours en nullité auprès de la Chambre des recours du Tribunal cantonal, en particulier pour violation des règles essentielles de la procédure (art. 444 al. 1 ch. 3 du code de procédure civile [du canton de Vaud] du 14 décembre 1966 [CPC/VD; RSV 270.11]). A teneur de l'<ref-law>/VD, le recours est toutefois irrecevable pour les griefs qui peuvent faire l'objet d'un recours en réforme au Tribunal fédéral. La loi fédérale sur le Tribunal fédéral, entrée en vigueur le 1er janvier 2007, a remplacé le recours en réforme par le recours en matière civile (cf. <ref-law>); dans le cadre de ce nouveau recours, les grief d'ordre constitutionnel sont recevables (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). L'<ref-law>/VD n'a toutefois pas été adapté à la modification des voies de recours fédérales (cf. d'ailleurs <ref-ruling> consid. 3 et 4). Il s'ensuit que le recours en nullité cantonal était en l'espèce ouvert pour les griefs constitutionnels, notamment pour le grief d'arbitraire en matière de constatations de fait (cf. JT 2001 III 128).
En l'occurrence, la défenderesse n'a pas déposé de recours en nullité cantonal, et la demanderesse a retiré le sien. Il s'ensuit que l'état de fait ressortant du jugement attaqué est définitif et ne saurait être rectifié ou complété dans la présente procédure (cf. <ref-law>). Dans la mesure où les parties s'en écartent, il n'en sera pas tenu compte.
2.3 La partie recourante doit prendre des conclusions au fond (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3). Des conclusions en constatation d'un rapport de droit sont recevables en cas d'intérêt juridique à une constatation immédiate (cf. <ref-law> et 25 PCF [RS 273]); un tel intérêt fait en principe défaut lorsque des conclusions en exécution sont possibles (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 169).
En l'espèce, ni la demanderesse, ni la défenderesse ne concluent explicitement à ce que son adverse partie soit condamnée ou astreinte à lui verser une somme d'argent; prises à la lettre, les conclusions tendent à ce qu'il soit simplement constaté ou dit que la partie adverse est débitrice d'un certain montant. Dès lors que les deux parties demandent la mainlevée définitive pour ces montants, on peut toutefois admettre qu'elles entendaient conclure à l'exécution et non seulement à la constatation des créances alléguées.
3. La défenderesse conteste que sa créance soit prescrite. Elle soutient que l'opération de chargement ne serait pas un acte de pure complaisance et entraînerait forcément une responsabilité autre que délictuelle de la demanderesse, motif pour lequel la prescription annale (<ref-law>) ne s'appliquerait pas; elle évoque diverses possibilités, en particulier que A._ serait intervenu en vertu des contrats de bail ou de la cession des droits de propriété intellectuelle entre les parties, d'une gestion d'affaires sans mandat ou d'autres contrats gratuits; elle en déduit que le délai de prescription serait de dix ans.
3.1 Selon la défenderesse, A._, employé de la demanderesse, aurait procédé au chargement en exécution d'une obligation contractuelle découlant d'un contrat liant les parties. La défenderesse supporte le fardeau de la preuve d'une telle obligation contractuelle (<ref-law>) et n'y satisfait pas avec l'énumération de diverses hypothèses envisageables.
La défenderesse veut d'abord déduire une telle obligation des contrats de bail par lesquels elle loue des locaux sur le site de la demanderesse et dont l'un a été signé par celle-ci en qualité de représentante du bailleur, la Confédération. Comme le relève la demanderesse, elle n'est pas partie à ces contrats. Quoi qu'il en soit, il n'a pas été établi, ni même allégué, qu'une clause de ces contrats prévoyait une obligation de la demanderesse de fournir une aide à la défenderesse pour le chargement de machines vendues. Or, une telle obligation du bailleur envers le locataire ne découle pas de la loi, serait-ce à titre d'obligation accessoire. En particulier, contrairement à ce que soutient la défenderesse, l'obligation de maintenir les locaux loués en bon état et de veiller à la sécurité, ainsi que le fait d'assurer une conciergerie, n'impliquent nullement l'obligation de fournir une aide lors du chargement de machines fabriquées par le locataire dans les locaux loués. Enfin, on ne discerne pas le lien que la défenderesse entend faire avec la responsabilité du bailleur en cas de défaut de la chose louée.
La défenderesse entreprend ensuite de déduire cette obligation du contrat de cession des droits de propriété intellectuelle. Il n'a toutefois derechef été ni retenu, ni allégué, que ce contrat contenait une clause en ce sens. L'obligation ne découle pas de la nature d'un tel contrat. Le fait que la demanderesse encaisse des redevances et ait donc un intérêt à ce que la défenderesse puisse livrer de nombreuses machines n'y change rien; il n'en découle aucune obligation d'épargner à la défenderesse les frais qu'engendrerait le chargement des machines par ses propres moyens ou par un tiers intervenant à titre onéreux. A cet égard, on ne voit pas la pertinence de l'argument de la défenderesse selon lequel la préservation d'une machine protégée par des droits de propriété intellectuelle cédés, en particulier lorsque la vente de cette machine donne lieu au paiement de royalties, constitue à l'évidence un devoir accessoire du cédant.
La défenderesse allègue encore que l'on peut envisager que le chargement de la machine par A._ entrait dans le cadre d'un nouveau contrat limité au chargement. Il ne suffit cependant pas d'évoquer une possibilité et la défenderesse doit démontrer la conclusion d'un tel contrat avec la demanderesse. Or, aucun élément de fait en ce sens n'a été retenu. En particulier, que A._ ait accepté de procéder au chargement ne signifie pas qu'il ait engagé contractuellement la demanderesse. Il n'a pas été retenu qu'il avait, en tant que concierge, le pouvoir de conclure des contrats de ce genre au nom de celle-ci, ni qu'il avait, explicitement ou implicitement, déclaré l'engager. En outre, il n'a pas été retenu que la demanderesse aurait, explicitement ou tacitement, ratifié un tel contrat; au demeurant, même si celle-ci savait que son concierge rendait parfois de tels services à des entreprises présentes sur le site, on ne saurait de ce seul fait retenir une ratification tacite d'un contrat qui engageait sa responsabilité sans aucune contrepartie et qui était donc dans le seul intérêt de la partie adverse.
3.2 Il y a gestion d'affaires lorsque le gérant, le cas échéant avec l'aide d'auxiliaires, gère l'affaire d'autrui (le maître) sans mandat (cf. <ref-law>), c'est-à-dire exerce une activité pour le maître en s'immisçant dans sa sphère d'intérêt, sans qu'il n'existe d'obligation contractuelle dans ce sens entre lui-même et le maître ni d'obligation découlant de la loi ou d'une décision de l'autorité (cf. Héritier Lachat, in Commentaire romand, Code des obligations I, 2003, nos 11 ss ad <ref-law>; Schmid, Zürcher Kommentar, 3e éd. 1993, nos 63 ss ad <ref-law>). La gestion d'affaires doit être distinguée des actes de pure complaisance, qui n'entraînent pas de responsabilité contractuelle en cas de mauvaise exécution ou de non-exécution. La distinction dépend des circonstances du cas particulier, notamment du genre de prestation fournie, de son fondement et de son but, de son importance économique et juridique, des circonstances dans lesquelles elle a été fournie, ainsi que des intérêts de chaque partie (<ref-ruling> consid. 2b/bb p. 697 s.). Il faut en particulier examiner si l'acte était objectivement commandé par l'intérêt du maître, notamment parce que celui-ci ne pouvait pas y pourvoir lui-même, ou s'il s'agissait d'un acte simplement utile, que le maître pouvait exécuter ou faire exécuter lui-même et auquel le gérant a procédé par pure obligeance (cf. <ref-ruling> consid. II/2; Weber, in Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 4e éd. 2007, n° 10 ad <ref-law>).
En l'espèce, il était question de charger des machines sur un camion en vue de la livraison aux clients. Cette opération, indissociable de la vente des machines, pouvait sans autre être planifiée et organisée à l'avance par la défenderesse. La demanderesse, qui agissait à titre gratuit, n'y avait aucun intérêt propre, les redevances qui lui étaient dues par la défenderesse ensuite de la cession des droits de propriété intellectuelle n'étant manifestement pas réduites au cas où celle-ci devait supporter les quelques frais du chargement, par ses propres moyens ou par un tiers mandaté. Par contre, au vu de la valeur des machines, la demanderesse encourait un risque financier non négligeable en cas de négligence ou d'imprudence de ses auxiliaires conduisant à un dommage. Au courant de ce que son concierge A._ donnait de temps en temps de tels coups de main à diverses entreprises sur le site, la demanderesse ne s'y est pas opposée, mais ne lui a pas non plus ordonné de fournir ce service. Dans ces circonstances, c'est sans violer le droit fédéral que la cour cantonale a jugé qu'il n'y avait eu aucun acte de complaisance de la part de la demanderesse.
3.3 Les conclusions reconventionnelles de la défenderesse ont été rejetées pour cause de prescription. Contrairement à la thèse défendue dans son recours, le délai de prescription n'est pas de dix ans. La défenderesse ne soutient pas que la prescription ne serait pas acquise pour un autre motif. Par conséquent, son recours est infondé et doit être rejeté.
4. La demanderesse conteste le dommage de la défenderesse. Elle soutient qu'au moment de l'accident, le risque de la chose avait, en vertu de l'<ref-law>, déjà passé à l'acheteur taïwanais.
Selon l'<ref-law>, les profits et les risques de la chose passent à l'acquéreur dès la conclusion du contrat de vente ("periculum est emptoris"), sauf les exceptions résultant de circonstances ou de stipulations particulières. Si la chose périt sans faute du vendeur entre la conclusion du contrat et son exécution, l'acheteur reste donc en principe tenu de payer le prix. Cette solution se concilie mal, sur plus d'un point, avec les principes généraux du droit des obligations suisse. Tant la jurisprudence que la doctrine préconisent en conséquence une application restrictive de la règle et une interprétation extensive des exceptions qui y sont faites (<ref-ruling> consid. 4a p. 372).
Le contenu du contrat passé entre la défenderesse et le client taïwanais ne ressort pas du jugement querellé. Selon la demanderesse, les parties n'ont pas fait d'élection de droit, ni prévu de clause particulière relative au transfert du risque.
Les parties au contrat ont leur établissement dans des Etats différents. A défaut d'élection de droit, le droit suisse s'applique du moment que la prestation caractéristique est celle de l'aliénateur, la défenderesse, dont l'établissement est en Suisse (cf. <ref-law>). La Convention des Nations Unies du 11 avril 1980 sur les contrats de vente internationale de marchandises conclue à Vienne (CVIM; RS 0.221.211.1) fait partie du droit suisse. Elle est applicable en l'espèce, dès lors que le contrat portait sur une machine qui n'était pas acquise pour un usage personnel, familial ou domestique et que l'acquéreur ne fournissait pas le matériel nécessaire à la fabrication (cf. art. 1 al. 1 let. b, art. 2 let. a et art. 3 al. 1 CVIM). La convention règle le transfert des risques (cf. art. 66 ss CVIM); lorsque le contrat implique un transport, les risques sont transférés à l'acquéreur au plus tôt à partir de la remise de la marchandise au premier transporteur pour transmission à l'acquéreur (cf. art. 67 CVIM). Ce stade n'était pas atteint en l'espèce.
Il n'en irait pas différemment si la CVIM ne s'appliquait pas. La machine accidentée a été commandée, sur la base d'une offre avec des options, en janvier 2000 et devait être livrée en janvier 2002, deux ans plus tard. Il ne s'agissait donc pas d'une machine que la défenderesse avait en stock ou produisait en série, mais qu'elle devait manifestement fabriquer spécifiquement pour honorer la commande. Sur cette base, le contrat ne doit pas être qualifié de contrat de vente sur une chose future, mais de contrat de livraison d'ouvrage auquel s'appliquent les règles du contrat d'entreprise (cf. ATF 72 II 347; Gauch, Le contrat d'entreprise, adaptation française par Carron, 1999, p. 39 s. n° 126 ss). Si l'ouvrage périt avant la livraison, l'entrepreneur, contrairement au vendeur, ne peut pas réclamer le prix (cf. <ref-law>).
Selon les dispositions légales susmentionnées, la défenderesse supportait donc le risque au moment de l'accident. Dès lors que la demanderesse admet elle-même que le contrat ne contient ni élection d'un autre droit, ni clause divergente, il n'y a pas lieu de faire compléter l'instruction sur ce point. La défenderesse a bien subi un dommage.
5. La demanderesse conteste que sa responsabilité en tant qu'employeur, au sens de l'<ref-law>, soit engagée. Elle soutient que son concierge A._ n'aurait pas agi dans l'accomplissement de son travail, qu'il ne serait pas établi que son comportement soit à l'origine de la chute de la machine et enfin qu'elle aurait apporté la preuve libératoire.
5.1 Aux termes de l'<ref-law>, l'employeur est responsable du dommage causé par ses travailleurs ou ses autres auxiliaires dans l'accomplissement de leur travail. A ce dernier égard, une simple relation de temps et de lieu ne suffit pas. Il faut une relation directe et fonctionnelle entre l'activité pour laquelle l'employeur a eu recours à l'auxiliaire et l'acte dommageable. Ce lien manque en particulier quand l'acte illicite a eu lieu non pas dans l'accomplissement du travail, mais à l'occasion de celui-ci seulement (Werro, in Commentaire romand, Code des obligations I, 2003, n° 14 ad <ref-law>). La responsabilité de l'employeur n'est pas d'emblée exclue si l'auxiliaire prend l'initiative d'une mesure ou élargit de son propre chef son activité, aussi longtemps qu'il existe une correlation avec son travail; cela vaut en particulier si l'employeur n'intervient pas alors qu'il a conscience de cette activité de son auxiliaire (cf. Werro, op. cit., n° 16 ad <ref-law>; Brehm, Berner Kommentar, 2e éd. 1998, n° 24 ad <ref-law>; Oftinger/ Stark, Schweizerisches Haftpflichtrecht, vol. II/1, 4e éd. 1987, p. 319 n° 93).
En l'occurrence, le cahier des charges de A._ inclut au nombre de ses activités le déchargement des camions à l'aide d'un gerbeur. Cette clause ne se rapporte certes qu'à une activité en faveur de la demanderesse, mais le concierge l'a comprise de manière plus large. A son avis, l'aide fournie gratuitement à des entreprises présentes sur le site pour charger ou décharger du matériel entrait dans le cadre de ses tâches, et la demanderesse, en connaissance de cause, l'a laissé fournir cette aide dans le souci de soigner ses relations avec ces entreprises. La défenderesse avait ses locaux dans le secteur pour lequel le concierge A._ était responsable; celui-ci a agi pendant ses heures de service, au moyen d'un élévateur de la demanderesse mis à sa disposition pour l'exercice de ses tâches. Dans ces circonstances, c'est sans violer le droit fédéral que la cour cantonale a admis que le concierge avait agi dans l'accomplissement de son travail.
5.2 La responsabilité de l'employeur pour le dommage causé par son auxiliaire est causale; l'employeur répond du dommage même s'il n'y a pas eu faute de sa part ou de celle de l'auxiliaire (<ref-ruling> consid. 2 p. 460). Il peut toutefois se libérer de sa responsabilité notamment s'il prouve que sa diligence n'eût pas empêché le dommage de se produire (cf. <ref-law>); selon la règle générale de la causalité, il ne répond pas du dommage lorsqu'une autre cause a joué un rôle primaire et seul décisif dans la survenance de celui-ci (cf. <ref-ruling> consid. 3.1). Il appartient, comme la loi le précise d'ailleurs, à l'employeur d'apporter cette preuve libératoire; la jurisprudence exige une preuve stricte (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 120).
En l'espèce, la demanderesse allègue que la cause de la chute de la machine n'a pas été établie et qu'une mauvaise répartition des charges sur la palette sur laquelle se trouvait la machine est la cause la plus vraisemblable. Même s'il en était ainsi, cela ne suffirait pas. La demanderesse devait démontrer que la machine avait été mal placée sur la palette et qu'il s'agissait de la cause primaire et décisive de la chute. Or, elle ne prétend elle-même pas avoir apporté cette preuve.
5.3 L'employeur peut être libéré s'il prouve avoir pris tous les soins commandés par les circonstances pour détourner un dommage du genre de celui qui s'est produit (<ref-law>), notamment avoir donné les instructions nécessaires à son auxiliaire. La nécessité et l'ampleur des instructions à donner dépendent en particulier de la formation de l'employé et des difficultés que présente le travail (Werro, op. cit., n° 22 ad <ref-law>; cf. également <ref-ruling> consid. 2b). D'un côté, des instructions particulières à un auxiliaire expérimenté ne sont pas nécessaires pour des tâches simples ou pour des tâches dont le danger est patent (cf. ATF 77 II 308 consid. 3 p. 313); d'un autre côté, même des personnes expérimentés, qui sont au bénéfice d'une formation spéciale, doivent recevoir des instructions particulières pour des travaux spécialement difficiles et dangereux (cf. Werro, op. cit., n° 22 ad <ref-law>; cf. également <ref-ruling> consid. 4). Les exigences envers l'employeur sont élevées; elles doivent néanmoins rester dans le cadre de ce qui est raisonnablement exigible dans la marche quotidienne d'une entreprise (cf. Oftinger/Stark, op. cit., p. 339 n° 138).
En l'occurrence, la cour cantonale a retenu que A._ était un concierge compétent, régulièrement surveillé par ses supérieurs hiérarchiques, et qu'il n'y avait donc pas eu défaut de diligence dans le choix et la surveillance. Cela étant, elle a jugé que la demanderesse n'avait pas démontré avoir communiqué à son auxiliaire les prescriptions et avis nécessaires à l'exécution de son travail, ni les précautions à prendre; elle savait qu'il donnait de temps à autres des coups de main pour le chargement de lourdes charges, qui plus est des machines de précision; il appartenait donc à la demanderesse de donner à son employé des instructions particulières sur la manière de procéder, car le fait qu'il ait suivi une formation spécifique pour manoeuvrer un élévateur mobile n'était en soi pas suffisant; dès lors, faute d'avoir donné des explications tant sur la manière d'enfourcher des palettes lourdement chargées de matériel particulièrement délicat que sur le moment auquel il convient d'élever les fourches et d'aborder un virage pour tenir compte de la force centrifuge, la demanderesse ne pouvait être libérée de sa responsabilité.
La Cour de céans considère que le concierge était un employé irréprochable, depuis plus de dix ans au service de la demanderesse et au bénéfice d'une formation spécifique pour manoeuvrer un élévateur mobile; la demanderesse n'avait dès lors pas à lui donner d'instructions particulières pour une utilisation habituelle de son élévateur. Toutefois, lors de son intervention litigieuse en faveur de la défenderesse, le concierge devait soulever et déplacer une palette sur laquelle il y avait une machine volumineuse et fragile d'un poids d'une tonne environ; l'opération présentait des difficultés, le concierge craignant que la palette ne se brise sous le poids de la machine. La demanderesse n'a pas démontré que manoeuvrer de telles charges avec l'élévateur faisait partie des tâches habituelles de son concierge ou que ce dernier avait été formé pour cela; il faut donc retenir que ce n'était pas le cas. Du moment qu'elle savait qu'il procédait à de tels chargements en faveur de la défenderesse, elle devait veiller à une instruction adéquate; le fait qu'il n'y avait pas eu d'incidents lors de quelques opérations de chargement antérieures ne l'en dispensait pas. Dans ces circonstances, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en retenant que la demanderesse n'avait pas apporté la preuve libératoire. En définitive, le recours de la demanderesse doit donc également être rejeté.
6. Compte tenu des sommes en jeu de 200'000 fr., respectivement 304'089 fr. 45, il se justifie de mettre les frais judiciaires, arrêtés à 12'500 fr., pour deux cinquièmes à la charge de la demanderesse et pour trois cinquièmes à celle de la défenderesse (<ref-law>). La même clé de répartition est appliquée aux dépens, fixés à 14'500 fr., de sorte qu'après compensation, la défenderesse reste devoir à la demanderesse une indemnité de 2'900 fr. (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les deux recours sont rejetés.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 12'500 fr., sont répartis à raison de 5'000 fr. à la charge de l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne et de 7'500 fr. à la charge de Y._ SA.
3. Une indemnité de 2'900 fr., à payer à l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne à titre de dépens, est mise à la charge de Y._ SA.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 16 décembre 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Cornaz