Faits:
A. Le 8 mars 2011, l'Ambassade de la République de Serbie a remis aux autorités suisses une demande d'extradition formée le 11 février 2011 par le Ministère de la justice de la République de Serbie à l'encontre de A._, ressortissant serbe (kosovar, selon l'intéressé) né en 1975. Celui-ci fait l'objet d'une procédure pénale devant un tribunal de Belgrade, pour crimes de guerre. A la demande était joint un acte d'accusation dressé le 11 août 2009 par le Procureur général pour les crimes de guerre, à l'encontre de 17 prévenus, membres de l'Armée de libération du Kosovo (UCK). De juin à fin décembre 1999, A._ aurait participé à des actes d'incendies, de tortures, de meurtres et de viols contre des civils serbes et non albanais, ainsi que contre quelques Albanais. Les faits auraient été commis dans la province de Gnjilane (Kosovo), où les prévenus et une centaine de soldats avaient pris leurs quartiers.
A._ a été arrêté le 14 avril 2011 et placé en détention extraditionnelle. Il s'est opposé à son extradition, en contestant s'être trouvé au Kosovo au moment des faits.
Le 28 avril 2011, le Ministère de la justice de la République du Kosovo est intervenu auprès du Département fédéral de justice et police (DFJP) en relevant que d'autres citoyens kosovars avaient fait l'objet de demandes d'extradition de la part de la République de Serbie, lesquelles avaient été rejetées par divers Etats. La compétence des autorités serbes pour connaître de tels délits était contestée.
Dans ses observations du 4 mai 2011, A._ estimait que les autorités serbes n'étaient pas compétentes pour poursuivre des infractions commises sur le territoire du Kosovo. La demande d'extradition avait un caractère politique; elle s'inscrivait dans le cadre des démarches entreprises par la Serbie après la déclaration d'indépendance du Kosovo. Plusieurs demandes d'extradition avaient été rejetées par des pays européens. Les risques de violation des droits de procédure et d'atteinte à l'intégrité physique étaient élevés en cas d'extradition. L'intéressé invoquait par ailleurs un alibi, en prétendant qu'il n'avait jamais fait partie de l'UCK et qu'il se trouvait en Macédoine auprès de son frère malade durant la période déterminante. Des mesures d'instruction étaient requises (production du dossier de la procédure pénale étrangère et de la lettre du Ministre de la justice du Kosovo), et l'intéressé demandait sa mise en liberté.
A la demande de l'Office fédéral de la justice (OFJ), l'Ambassade de Serbie a fait parvenir divers compléments, les 10 et 14 juin 2011. Le Ministère serbe de la justice a notamment fourni les garanties suivantes:
- la République serbe s'engage à assurer à l'extradé un traitement conforme au Pacte ONU II, notamment à ses art. 2 par. 3, 9, 14, 15 et 26;
- aucun Tribunal d'exception ne sera saisi;
- la personne extradée ne serait pas soumise à un traitement portant atteinte à son intégrité physique et psychique (art. 7, 10 et 17 Pacte ONU II); la situation de la personne poursuivie ne pourra pas être aggravée durant la détention en raison de considérations fondées sur ses activités politiques, son appartenance à un groupe social déterminé, sa race ou sa nationalité (art. 2 let. c EIMP);
- les conditions de détention préventive ne seront pas inhumaines ou dégradantes au sens de l'art. 3 CEDH; la santé du prévenu sera assurée de manière adéquate, notamment par l'accès à des soins médicaux suffisants;
- toute personne représentant la Suisse en République serbe pourra rendre visite à la personne réclamée, sans que les rencontres ne fassent l'objet de mesures de contrôle. La personne réclamée pourra en tout temps s'adresser à ce représentant. En outre, ledit représentant pourra s'enquérir de l'état de la procédure et assister aux débats judiciaires. Un exemplaire de la décision mettant fin à la procédure pénale lui sera remis.
Le même Ministère précisait en outre que le Tribunal de Belgrade, Section pour les crimes de guerre, ne constituait pas un tribunal d'exception. Dans un avis du 6 juin 2011, ce tribunal déclarait que les accusés en fuite avaient fait l'objet d'une décision de disjonction, de sorte qu'aucun jugement n'avait encore été rendu à leur encontre.
L'OFJ a demandé au Département fédéral des affaires étrangères (DFAE) une prise de position concernant la compétence des autorités répressives serbes et les éventuels motifs politiques des poursuites pénales. Le 5 juillet 2011, le DFAE a fait parvenir sa réponse, demandant que celle-ci soit traitée de manière confidentielle. Elle n'a pas été soumise à A._. Il en ressort qu'il n'y aurait pas d'indice que la Serbie agirait pour des motifs politiques, même si la procédure pouvait contenir des composantes de cet ordre. Le système judiciaire de l'Etat requérant fonctionnerait plutôt bien, et il n'y aurait pas lieu de craindre que les garanties données ne soient pas respectées.
Le 18 juillet 2011, l'autorité requérante a encore apporté certaines précisions sur différents lieux mentionnés dans la demande d'extradition.
B. Par décision du 22 juillet 2011, l'OFJ a accordé l'extradition de A._ à la Serbie pour les faits mentionnés dans la demande. Celle-ci était conforme aux exigences des art. 28 et 41 EIMP. Les faits décrits pouvaient être qualifiés en droit suisse de génocide au sens de l'<ref-law>. Dans sa prise de position, le DFAE avait considéré que la résolution n° 1244 du 10 juin 1999 du Conseil de sécurité des Nations Unies ne réglait pas la compétence des autorités répressives s'agissant de crimes de guerre commis sur le territoire de l'actuel Kosovo. Les tribunaux serbes ordinaires étaient donc compétents pour en connaître. Ni le Tribunal pénal international pour l'ex-Yougoslavie (TPIY), ni la mission EULEX ne s'étaient saisis des exactions commises par le groupe de Gnjilane. Les témoignages et pièces produits par l'intéressé ne prouvaient pas que celui-ci aurait été absent des lieux de commission des infractions. L'OFJ a par ailleurs transmis le dossier au Tribunal pénal fédéral en lui proposant de rejeter l'objection tirée du délit politique (<ref-law>). L'existence de crimes de guerre commis au Kosovo par des Kosovars était désormais admise. L'extradition à la Serbie avait certes été refusée par plusieurs Etats européens, pour des motifs non connus, mais avait aussi été accordée par d'autres. Comme cela ressortait de la prise de position du DFAE, les poursuites dirigées contre le groupe de Gnjilane ne reposaient pas sur des motifs liés à la déclaration d'indépendance du Kosovo.
C. Par arrêt du 29 novembre 2011, la IIe Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a, d'une part, rejeté l'exception de délit politique et, d'autre part, rejeté le recours formé par A._ contre la décision d'extradition. Préalablement, le TPF a rejeté diverses requêtes d'instruction complémentaire: la note du DFAE était déclarée confidentielle et la teneur essentielle en avait été décrite dans la décision de l'OFJ; l'autorité requérante n'avait pas à produire l'entier de son dossier; la requête tendant à la production d'un rapport du CICR sur les conditions de détention de personnes condamnées en Serbie pour des faits analogues n'était pas pertinente, de même que la production d'une attestation d'obtention temporaire du statut de réfugié en Macédoine. Les sévices subis par les Serbes restés au Kosovo après juin 1999, en particulier à Gnjilane, étaient attestés dans des rapports d'Amnesty International et correspondaient aux faits décrits dans la demande d'extradition. Le procès du groupe de Gnjilane en Serbie avait déjà été relaté, sans que ne soient mentionnés des motifs politiques ou d'autres irrégularités. Les garanties obtenues de la part des autorités serbes apparaissaient suffisantes pour prévenir tout traitement discriminatoire. La demande d'extradition était suffisamment motivée au regard de l'art. 12 CEExtr, et ne renfermait pas de contradiction, même si les agissements décrits n'étaient pas précisément datés. La Serbie faisait partie des Etats susceptibles d'obtenir une extradition moyennant l'octroi de garanties diplomatiques; ces dernières étaient suffisamment complètes et crédibles. Ni la résolution 1244, ni les règlements MINUK n'empêchaient la Serbie de réprimer, selon son propre droit, les comportements commis à l'étranger. La compétence concurrente du TPIY n'y faisait pas non plus obstacle. Les éléments produits à l'appui de l'alibi ne constituaient pas des preuves évidentes, puisque les témoignages invoqués pouvaient être de complaisance.
D. Par acte du 12 décembre 2011, A._ forme un recours en matière de droit public par lequel il demande, préalablement l'octroi d'un délai complémentaire pour fournir une traduction des pièces produites, et principalement la réforme de l'arrêt du TPF en ce sens que son extradition est refusée. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de cet arrêt et au renvoi de la cause à l'autorité de première instance pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Le recourant a demandé à pouvoir produire un mémoire complémentaire.
La IIe Cour des plaintes persiste dans les termes de son arrêt, sans présenter d'observations. L'OFJ conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Le recourant a produit de nouvelles déterminations le 13 janvier 2012 dans lesquelles il fait état d'un jugement rendu le 21 janvier 2011 par le Tribunal de Belgrade, abandonnant l'essentiel des charges à l'encontre des accusés, et d'un arrêt de la Cour d'appel de ce même tribunal annulant le jugement de première instance et renvoyant la cause à la juridiction inférieure pour nouveau procès, en raison de divers vices de procédure. Il propose d'en fournir une traduction et requiert que l'OFJ soit invité à se déterminer sur le maintien de sa décision d'extradition.
L'OFJ s'est déterminé le 6 février 2012. Il expose que l'autorité requérante a été interpelée, a confirmé l'existence des deux jugements précités et a maintenu sa demande d'extradition, afin que le recourant puisse être jugé avec l'ensemble des autres accusés. L'OFJ estime que la justice serbe semble fonctionner de manière correcte.
Le recourant a déposé de nouvelles déterminations le 22 février 2012, par lesquelles il maintient ses conclusions et demande, plus subsidiairement, la suspension de la procédure d'extradition jusqu'à l'issue du procès actuellement pendant devant le Tribunal de Belgrade. Il produit notamment une traduction en français du jugement de première instance.

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, le recours en matière de droit public est recevable à l'encontre d'un arrêt du Tribunal pénal fédéral en matière d'entraide judiciaire internationale lorsque celui-ci a pour objet une extradition. Il doit toutefois s'agir d'un cas particulièrement important (al. 1). Un cas est particulièrement important notamment lorsqu'il y a des raisons de supposer que la procédure à l'étranger viole des principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves (al. 2). Ces motifs d'entrée en matière ne sont toutefois pas exhaustifs et le Tribunal fédéral peut aussi être appelé à intervenir lorsqu'il s'agit de trancher une question juridique de principe ou lorsque l'instance précédente s'est écartée de la jurisprudence suivie jusque-là (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 218). En vertu de l'<ref-law>, il incombe au recourant de démontrer que les conditions d'entrée en matière posées à l'<ref-law> sont réunies (<ref-ruling> consid. 3 p. 132).
1.1 Le recourant relève que les infractions qui lui sont reprochées, soit des crimes de guerre, sont graves et passibles d'une très lourde peine. L'affaire aurait par ailleurs une dimension politique, et l'indépendance et l'impartialité des juges appelés à trancher ne seraient pas garanties. Compte tenu des défauts affectant l'acte d'accusation, la procédure à l'étranger pourrait comporter des vices graves. Le recourant craint aussi pour son intégrité physique s'il était remis aux autorités serbes. Il estime enfin que l'objection tirée des motifs politiques aurait été examinée en première instance par le TPF, de sorte que l'intervention du Tribunal fédéral s'imposerait pour garantir un double degré de juridiction.
Comme cela est relevé ci-dessous, les risques de traitement prohibé et d'atteinte au droit à un procès équitable ne sauraient être ignorés. Toutefois, l'autorité suisse a requis et obtenu sur ces points, conformément à la pratique, une série de garanties de la part de l'Etat requérant. La question de savoir si ces garanties sont suffisantes pour écarter tout risque peut demeurer indécise au stade de la recevabilité. L'ensemble des motifs invoqués par le recourant justifie en effet d'entrer en matière.
1.2 Pour le surplus, le recours est déposé en temps utile contre un arrêt final rendu par le Tribunal pénal fédéral. Le recourant a qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
1.3 L'extradition entre la République de Serbie et la Suisse est régie par la CEExtr et ses deux protocoles additionnels (RS 0.353.11 et 12). Le droit interne, soit en l'occurrence l'EIMP et son ordonnance d'exécution, s'applique aux questions qui ne sont réglées ni explicitement ni implicitement par le traité, y compris lorsqu'il permet la coopération internationale à des conditions plus favorables (<ref-ruling> consid. 2, 373 consid. 1a p. 375; <ref-ruling> consid. 1a p. 122/123, 189 consid. 2b p. 191/192 et les arrêts cités).
1.4 Dans ses conclusions subsidiaires présentées le 22 février 2012, le recourant demande la suspension de la procédure jusqu'à droit connu dans le procès actuellement pendant devant le Tribunal de Belgrade. Une telle suspension serait contraire au principe de célérité consacré à l'<ref-law>, l'autorité requérante ayant manifesté sa volonté que le recourant puisse être jugé avec l'ensemble des autres accusés. Au demeurant, le Tribunal fédéral est en mesure de statuer en l'état du dossier.
1.5 Le recourant a produit, à l'appui de ses observations du 13 janvier 2012, le jugement rendu le 21 janvier 2011 par la Chambre spéciale pour crimes de guerre du Tribunal de Belgrade, ainsi que le jugement rendu le 30 décembre 2011 par le Tribunal d'appel. Il en requiert - respectivement en propose - la traduction et demande que l'OFJ soit interpellé afin de savoir s'il entend rapporter sa décision.
Les pièces produites sont indubitablement nouvelles au sens de l'<ref-law>, puisqu'elles ne figuraient pas au dossier de l'instance précédente et que l'une d'entre elles est postérieure au prononcé de la Cour des plaintes. A ce titre, elles sont en principe irrecevables et leur traduction ne se justifie donc pas. A supposer toutefois qu'il faille en tenir compte à ce stade de la procédure, il apparaît que ces décisions ne changeraient rien à l'issue de la procédure d'extradition et sont, au contraire, de nature à dissiper les doutes du recourant quant à la régularité de la procédure pénale étrangère, et à son fondement prétendument politique (cf. consid. 3.7 ci-dessous).
1.6 Le recourant a également demandé la production d'une note du DFAE du début février 2012, concernant le caractère politisé de l'affaire et l'impossibilité pour les autorités du Kosovo d'assurer une protection consulaire en Serbie. Il s'agit là aussi d'une pièce nouvelle, au demeurant sans incidence sur l'appréciation de l'admissibilité de la demande d'extradition. Il en va de même des indications relatives à l'état de santé du recourant, dont l'OFJ devra tenir compte, le cas échéant lors de l'exécution de la décision d'extradition, et qui a fait l'objet d'assurances spécifiques de la part de l'autorité requérante.
2. Invoquant son droit d'être entendu, le recourant reproche à l'OFJ, puis au TPF, de ne pas avoir donné suite à ses demandes de mesures d'instruction. La note du DFAE du 5 juillet 2011 ne lui a pas été remise intégralement; les demandes d'arrestation provisoire d'Interpol ("red notices") produites par l'OFJ n'ont pas non plus été portées à la connaissance du recourant. Celui-ci a également demandé en vain la production du dossier du Tribunal de Belgrade, d'un rapport du CICR concernant les conditions de détention des personnes albanophones condamnées par ce tribunal, d'une attestation du HCR quant à son statut de réfugié en Macédoine, ainsi que l'interpellation de l'Ambassade du Kosovo et des pays européens confrontés à des demandes d'extradition de la Serbie.
2.1 Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. et, en matière d'extradition, à l'<ref-law>, comporte notamment le droit d'obtenir l'administration de preuves de nature à influer sur le sort de la décision à rendre. Il a pour corollaire que l'autorité doit en principe donner suite aux offres de preuve présentées en temps utile et dans les formes prescrites. Il n'y a toutefois pas violation du droit à l'administration de preuves lorsque la mesure probatoire refusée est impropre à établir le fait à prouver, lorsque ce fait est sans pertinence ou lorsque, sur la base d'une appréciation non arbitraire des preuves dont elle dispose déjà, l'autorité parvient à la conclusion que les faits pertinents sont établis et que le résultat, même favorable au requérant, de la mesure probatoire sollicitée ne pourrait pas modifier sa conviction (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148).
Le droit de consulter le dossier est un autre aspect du droit d'être entendu (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88/89; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504/505; <ref-ruling> consid. 2b p. 56, et les arrêts cités). En matière d'extradition, les art. 26 et 27 PA sont applicables (cf. <ref-law>). Ce droit d'accès peut être supprimé ou restreint dans la mesure où l'intérêt public ou l'intérêt prépondérant de tiers, voire du requérant lui-même, exigent que tout ou partie de certains documents soient tenus secrets (<ref-ruling> consid. 2b p. 10; <ref-ruling> consid. 6a et les arrêts cités). En particulier, le justiciable ne peut exiger la consultation de documents internes à l'administration, à moins que la loi ne le prévoie (<ref-ruling> consid. 4a p. 474/475; <ref-ruling> consid. 6a p. 161; <ref-ruling> consid. 5 p. 105/106, et les arrêts cités). En outre, le droit de consulter le dossier peut être restreint lorsque l'exige l'intérêt de la procédure conduite à l'étranger (let. a), la protection d'un intérêt juridique important, à la demande de l'Etat requérant (let. b), la nature ou l'urgence des mesures à prendre (let. c), la protection d'intérêts privés importants (let. d) ou l'intérêt de la procédure conduite en Suisse (let. e; cf. <ref-law>). A contrario, conformément au principe de la proportionnalité, l'autorité doit autoriser l'accès aux pièces dont la consultation ne compromet pas les intérêts en cause (<ref-ruling> consid. 2b p. 10/11; <ref-ruling> consid. 6a et les arrêts cités); elle doit aussi communiquer à l'intéressé la teneur essentielle des documents secrets sur lesquels se fonde son prononcé (<ref-law>).
2.2 La note confidentielle du 5 juillet 2011 du DFAE porte sur l'application de la résolution 1244, les éventuels motifs politiques à la poursuite des ressortissants kosovars, ainsi que sur l'existence du groupe de Gnjilane. On comprend aisément que, pour des motifs diplomatiques, le DFAE ne désire pas que les termes exacts de cette note soient divulgués. Cela étant, l'OFJ a résumé dans sa décision les différents points de cette prise de position: il n'existait pas d'indication que la Serbie poursuivrait des ressortissants kosovars pour des motifs politiques, mais on ne pouvait exclure que le procès puisse aussi avoir des composantes politiques. Le DFAE estimait que le système judiciaire fonctionnait "plutôt bien" et qu'il n'y avait pas de raison de douter des garanties données. En cas d'extradition, de telles garanties devraient être exigées. Il indiquait également que les exactions du "groupe de Gnjilane" étaient connues de l'administration. La décision de l'OFJ reprend aussi fidèlement les considérations du DFAE sur la portée de la résolution 1244 et son incidence sur la compétence des tribunaux serbes. La teneur essentielle de la note confidentielle a ainsi été communiquée au recourant, conformément à l'<ref-law>.
2.3 Le recourant se plaint aussi de n'avoir pas pu prendre connaissance des "red notices" (demandes d'arrestations) d'Interpol produites avec la prise de position de l'OFJ devant le TPF. Le recourant soutenait, sur la base des informations d'Interpol accessibles au public, que certaines notices auraient été annulées ou modifiées à l'égard des personnes mises en cause par le Parquet de Belgrade. L'OFJ a procédé à des vérifications et, sur la base de renseignements accessibles aux seules autorités, a produit certaines notices relatives notamment au recourant et à d'autres membres du groupe de Gnjilane, dont il ressort clairement que ces personnes sont toujours recherchées. Cette seule confirmation suffisait à satisfaire au droit d'être entendu, les notices en question étant clairement désignées comme accessibles aux seules autorités judiciaires et de police. Au demeurant, l'existence d'un jugement rendu par le Tribunal de Belgrade à l'encontre d'autres prévenus vient confirmer la réalité des poursuites entreprises par l'Etat requérant.
2.4 Le recourant demandait la production du dossier en main du Tribunal de Belgrade, afin de démontrer les lacunes qu'il contient et le caractère infondé de l'accusation. Ce moyen de preuve n'est toutefois pas pertinent: l'admissibilité d'une demande d'extradition doit en effet s'examiner au seul vu des documents exigés par les art. 12 al. 2 CEExtr, 28 et 41 EIMP. Dans la mesure où l'autorité d'extradition ne doit pas se prononcer sur la culpabilité de la personne poursuivie, l'autorité requérante n'a pas à produire les preuves à l'appui de ses accusations (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 79 et les références citées). On ne voit d'ailleurs pas en quoi les pièces du dossier de la procédure pénale pourraient, en tant que telles, servir à démontrer le caractère politique de poursuites engagées contre le requérant.
2.5 Le rapport du CICR concernant les conditions de détention d'individus albanophones condamnés par le Tribunal de Belgrade, apparaît lui aussi sans pertinence puisque, comme on le verra ci-dessous, le recourant bénéficiera de conditions particulières à ce sujet, en raison des assurances reçues de la part de l'Etat requérant. Le recourant requiert aussi la production d'une attestation du HCR concernant sa propre qualité de réfugié en Macédoine, accordée en juin 1999. Comme on le verra également, l'octroi de ce statut, s'il devait être confirmé, ne prouve pas définitivement que le recourant se serait trouvé en permanence loin des lieux de commission des infractions qui lui sont reprochées. La pertinence du moyen de preuve proposé fait là aussi défaut. Le recourant voudrait aussi voir interpeller l'Ambassade du Kosovo, ainsi que plusieurs Etats qui auraient rejeté des demandes d'extraditions, afin d'en connaître les motifs. En tant qu'Etat requis, la Suisse examine souverainement si, et le cas échéant à quelles conditions elle entend accorder l'extradition. Les diverses décisions rendues à l'étranger sont dès lors elles aussi sans pertinence.
Les divers griefs d'ordre formel doivent par conséquent être écartés.
3. Sur le fond, le recourant reprend son objection tirée du délit politique (<ref-law> et 3 par. 1 CEExtr, respectivement 2 EIMP et 3 par. 2 CEExtr). Il rappelle que les faits qui lui sont reprochés s'inscrivent dans le contexte de la fin de la guerre en Yougoslavie. Il s'agirait de crimes de guerre commis sur le territoire du Kosovo, et non - contrairement à l'<ref-ruling> auquel le TPF se réfère - d'actes de terrorisme commis en Serbie. L'arrêt attaqué ne tiendrait pas compte des diverses objections relatives aux motivations politiques des poursuites intentées en Serbie. Le recourant produit un avis de droit selon lequel, s'agissant de crimes de guerre commis par un adversaire lors d'un conflit armé, le risque d'une instrumentalisation serait élevé, ce qui aurait d'ailleurs conduit à la mise en place de tribunaux internationaux (tel que celui pour l'ex-Yougoslavie) ou à une poursuite par des Etats tiers, afin de garantir que l'exercice de la justice pénale ne serve pas à prolonger les luttes ethniques. Le recourant relève encore que les autorités serbes n'auraient entrepris les poursuites pénales qu'après la déclaration d'indépendance du Kosovo, alors que les faits lui seraient connus depuis 2001 en tout cas.
A l'appui du même grief, le recourant fait encore valoir que la requête serbe comporterait des imprécisions et des lacunes, alors que l'autorité d'extradition devrait se montrer d'autant plus stricte à cet égard. Le recourant relève que toute l'accusation reposerait sur les déclarations d'un témoin anonyme ("Bozur 50") peu crédible, que les corps des victimes n'auraient pas été retrouvés dans le lac où ils auraient été jetés et que certaines victimes auraient encore été vues vivantes après la date de leur prétendu assassinat. L'acte d'accusation n'identifie que 8 personnes sur les 79 victimes prétendument torturées et assassinées. Pour le surplus, l'acte d'accusation se référerait à des personnes inconnues.
3.1 Selon la jurisprudence, constitue un délit politique absolu celui qui est dirigé exclusivement contre l'organisation sociale et politique de l'Etat; il s'agit typiquement des actes tendant au renversement de l'Etat (sédition, coup d'Etat, haute trahison). Constitue un délit politique relatif l'infraction de droit commun qui revêt néanmoins un caractère politique prépondérant: il doit avoir été commis dans le cadre d'une lutte pour ou contre le pouvoir. Enfin, par fait connexe à une infraction politique, on entend l'acte punissable selon le droit commun, mais qui bénéficie aussi d'une certaine immunité parce qu'il a été accompli parallèlement à un délit politique, généralement pour préparer, faciliter, assurer ou masquer la commission de celui-ci, voire en procurer ultérieurement l'immunité (<ref-ruling> consid. 3.2 et les arrêts cités).
3.2 Les infractions violentes, tels les homicides, ne sauraient en principe être considérées comme des délits politiques (<ref-ruling> consid. 3.8 p. 84). Il en va de même des actes "particulièrement répréhensibles" au sens de l'<ref-law>, tels les actes terroristes ou les violations du droit international humanitaire. Il est fait exception à ce principe dans des contextes de guerre civile ou lorsque le délit en question (par exemple l'assassinat d'un tyran; cf. toutefois l'art. 3 par. 3 CEExtr) constitue l'unique moyen pour atteindre des objectifs humanitaires importants (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 244; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 365). En l'occurrence, les actes reprochés au recourant sont des crimes de guerre visant la population civile; il s'agit notamment d'incendies, d'actes de torture, de meurtres et de viols. De tels actes, pour autant qu'ils sont commis dans le cadre d'une lutte pour ou contre le pouvoir, ne sauraient en aucun cas se justifier par l'objectif politique poursuivi (<ref-ruling> consid. 3.8 p. 84; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 344; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 342). C'est dès lors à juste titre que le TPF n'a pas considéré les infractions poursuivies comme des délits politiques, et a examiné l'argumentation du recourant sous l'angle des art. 2 let. b et c EIMP et 3 par. 2 CEExtr.
3.3 Selon ces dispositions, la demande d'extradition est irrecevable s'il y a lieu d'admettre que la procédure dans l'Etat requérant, apparemment motivée par des délits de droit commun, tend en réalité à poursuivre une personne en raison de ses opinions politiques, de son appartenance à un groupe social déterminé, de sa race, de sa confession ou de sa nationalité, ou lorsque la procédure risque d'aggraver la situation de la personne poursuivie pour l'une de ces raisons. La personne visée par une demande d'extradition et qui soulève le grief de violation de l'<ref-law> ne peut se borner à dénoncer une situation politico-juridique particulière; il lui appartient de rendre vraisemblable l'existence d'un risque sérieux et objectif d'un traitement discriminatoire prohibé, respectivement d'un fondement politique aux poursuites pénales (<ref-ruling> consid. 6b p. 167, 511 consid. 5b p. 517; <ref-ruling> consid. 2a p. 377, et les arrêts cités). Il ne suffit pas non plus de prétendre que la procédure pénale ouverte à l'étranger s'inscrirait dans le cadre d'un règlement de comptes, tendant à l'éliminer de la scène politique (<ref-ruling> consid. 5a p. 85; <ref-ruling> consid. 16c p. 338/339). La personne recherchée doit au contraire apporter des éléments concrets permettant de supposer qu'elle serait poursuivie pour des motifs cachés, ayant trait notamment à ses opinions politiques (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 272).
3.4 La convention ne définissant pas précisément la notion de délit politique, les Etats parties à la CEExtr disposent d'un large pouvoir d'appréciation dans l'application de cette notion (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 344). Compte tenu de l'évolution de la situation en Europe depuis la première partie du XXe siècle et de l'adoption d'instruments internationaux tendant, sinon à exclure, du moins à réduire la portée du délit politique (cf. par exemple art. VII de la Convention pour la prévention et la répression du crime de génocide, RS 0.311.11; art. 2 de la Convention européenne pour la répression du terrorisme, RS 0.353.3), l'admission d'une telle objection ne saurait avoir lieu que dans des cas exceptionnels (ZIMMERMANN, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, 2ème éd., Berne 2004, n° 393).
3.5 Il ne fait pas de doute qu'il existe, entre l'Etat requérant et le Kosovo, de vives tensions exacerbées durant la guerre civile dès le début des années nonante. Durant les années 1998-1999, les parties au conflit serbo-kosovar se sont livrées à des exactions sur les populations civiles, non seulement à l'égard de la population albano-kosovare, mais aussi contre les forces serbes et la minorité serbe du Kosovo (<ref-ruling> consid. 2.4.1 non publié). Dès le retrait des forces serbes et yougoslaves en juin 1999, et malgré l'installation de la Mission d'administration intérimaire des Nations Unies au Kosovo (MINUK) et de la KFOR, de nombreuses exactions ont été commises par des individus armés, se réclamant ou non de l'Armée de libération du Kosovo (UCK), sur les membres de la minorité serbe qui n'avaient pas décidé de quitter la région. Un rapport d'Amnesty International (octobre 1999, "Kosovo, Le cercle brisé, "Disparitions" et enlèvements") atteste de ces pratiques. Il fait aussi référence aux organisations locales de la ville de Gnjilane - ville où la population serbe était encore relativement importante - qui se seraient livrées à des enlèvements de plus d'une cinquantaine de serbes.
Les faits décrits dans l'acte d'accusation du 11 juillet 2009 correspondent quant aux dates, aux agissements et aux protagonistes, aux faits décrits ci-dessus. Ils auraient été commis dans la région de Gnjilane et se seraient déroulés dès le mois de juin 1999, jusqu'au mois de décembre de la même année. Les rapports 2010 et 2011 d'Amnesty International au sujet de la Serbie mentionnent d'ailleurs, au chapitre "justice nationale", les activités de la Chambre spéciale chargée des crimes de guerre au sein du Tribunal de district de Belgrade. Ils évoquent plus précisément le procès du groupe de Gnjilane, ainsi d'ailleurs que plusieurs autres procès pour crimes de guerre mettant en cause des ressortissants serbes. Ces rapports ne contiennent aucune réserve quant au caractère politique de ces procédures. Le recourant relève que les poursuites pénales à son encontre auraient été entreprises après la déclaration d'indépendance du Kosovo, et parallèlement aux poursuites en cours devant le Tribunal international à l'encontre de responsables Serbes. Cela ne suffit pas non plus pour établir l'existence d'une motivation purement politique à la poursuite pénale.
Il est certes possible, comme le relève le DFAE, qu'un procès en Serbie puisse aussi "contenir des composantes politiques", et que les autorités tentent ainsi notamment de démontrer que les crimes de guerre ne sont pas à mettre à la seule charge de la partie serbe. Toutefois, rien ne permet de penser que ces composantes l'emporteraient sur la volonté légitime de lutter contre l'impunité de crimes de guerre, quels qu'en soient les auteurs. Le refus de l'Etat requérant de reconnaître l'indépendance du Kosovo apparaît également sans rapport avec sa volonté de poursuivre pénalement des ressortissants kosovars. Quant aux diverses objections élevées notamment par le Ministre de la justice du Kovoso, elles sont à prendre avec précaution puisqu'on ne saurait évidemment exclure qu'elles soient dictées par des motifs politiques.
3.6 Le recourant estime aussi que les lacunes et imprécisions dont serait entaché l'acte d'accusation présenté au Tribunal de Belgrade, renforceraient les soupçons quant au caractère politique de la procédure. Il relève que la jurisprudence pose des exigences accrues lorsqu'est invoquée l'existence d'un délit politique (<ref-ruling> consid. 7.4 p. 348). Le recourant compare l'acte d'accusation du Procureur de Belgrade avec ceux qui sont soumis au TPIY, considérablement plus détaillés s'agissant notamment des dates, de la description des faits et de l'identité des victimes.
En l'occurrence, l'acte d'accusation du Procureur de Belgrade énumère l'identité des 17 prévenus (dont le recourant) et expose le contexte général ainsi que la période durant laquelle les faits se seraient déroulés, soit du mois de juin 1999 - date à laquelle une unité de l'UCK comprenant une centaine de soldats, aurait pris ses quartiers dans un bâtiment scolaire de Gnjilane - à la fin du mois de décembre 1999. Sont ensuite mentionnées les quelque 267 personnes (Serbes, Albanais et non Albanais) qui auraient été torturées et tuées (79 personnes) qui auraient disparu (35 personnes) et qui auraient été maltraitées, puis relâchées (153 personnes). Le recourant se voit en particulier reprocher plusieurs de ces agissements: au mois de juin 1999, écartèlement de deux personnes âgées avec des véhicules (chef d'accusation II); le 13 juin 1999, des actes de torture et d'assassinats dans les sous-sols de l'internat de Gnjilane, sur plusieurs femmes (chef d'accusation III/1); des actes similaires sur des ressortissants serbes et albanais, entre juin et fin septembre 1999 (chefs d'accusation III/4 et III/5); le meurtre de plusieurs personnes dans un immeuble de Gnjilane, ainsi que le viol de deux femmes (chef d'accusation III/7); la participation au meurtre d'une femme et d'un jeune homme (chef d'accusation III/8); le meurtre d'au moins une personne dans le village de Vlastica (chef d'accusation III/17).
Cette description des faits satisfait en tant que telle aux exigences découlant des art. 12 par. 2 let. b CEExtr. et 28 EIMP. Les imprécisions que l'on peut trouver dans l'acte d'accusation tiennent manifestement aux difficultés liées à l'établissement des faits et à l'ancienneté de ceux-ci. Les arguments du recourant (crédibilité du témoin anonyme et contradiction entre certains faits) s'apparentent à une argumentation à décharge dont il n'y a pas lieu de tenir compte dans une procédure d'extradition (ATF <ref-ruling> consid. 1c p. 375; <ref-ruling> consid. 5b p. 220; <ref-ruling> consid. 5a p. 63, et les arrêts cités).
3.7 En réplique, le recourant a produit le jugement rendu le 21 janvier 2011 par la Chambre spéciale pour crimes de guerre du Tribunal de Belgrade, rendu au sujet de ses coaccusés, ainsi que le jugement rendu le 30 décembre 2011 par le Tribunal d'appel de Belgrade. Le premier jugement aurait abandonné la plupart des charges, en raison notamment du manque de crédibilité du témoin essentiel. Quant au jugement d'appel, il aurait constaté des vices de procédure (violations du droit d'être entendu et de la présomption d'innocence, contradictions dans les faits retenus, fiabilité du témoignage). Interpellées à ce sujet par l'OFJ, les autorités serbes ont fait savoir, par note verbale du 1er février 2012, que la cause avait bien été renvoyée au Tribunal de première instance, et que le recourant - contre lequel une procédure par défaut avait été ouverte - pourrait alors être jugé avec l'ensemble des inculpés.
Il ressort de ce qui précède que si des irrégularités ont été commises dans la procédure de première instance, il n'en demeure pas moins que certaines charges ont été abandonnées pour des raisons semblant tenir à l'application du principe de la présomption d'innocence. Par ailleurs, les irrégularités dénoncées ont été dûment constatées et réparées par l'autorité d'appel qui a renvoyé la cause en première instance. On peut en déduire que les autorités judiciaires de l'Etat requérant apparaissent capables de garantir une procédure satisfaisant globalement aux standards de la CEDH, et que la situation des inculpés ne s'est pas trouvée aggravée en raison de considérations politiques au sens des art. 3 par. 2 CEExtr et 2 let. b et c EIMP.
3.8 Compte tenu de ce qui précède, les griefs ayant trait aux motifs politiques de la poursuite pénale doivent être écartés.
4. Le recourant se prévaut ensuite de l'art. 7 par. 2 CEExtr et conteste la compétence répressive du Tribunal de Belgrade. Se fondant sur l'avis de droit précité, il estime qu'il n'existerait pas de compétence universelle pour connaître des crimes perpétrés sur sol kosovar, sauf lorsque le prévenu se trouve dans l'Etat poursuivant et lorsqu'il s'agit de crime de guerres graves commis dans le cadre d'un conflit armé international, ce qui ne serait pas le cas en l'occurrence. La Cour des plaintes ne pouvait dès lors se contenter d'affirmer que la compétence de la Serbie ne serait pas a priori exclue. Compte tenu des doutes sur les motifs de la poursuite pénale et de l'absence d'indications de l'autorité requérante quant à sa propre compétence, cette question devait être examinée sérieusement.
4.1 Saisie d'une demande d'extradition émanant d'un Etat partie à la CEExtr, l'autorité suisse doit présumer la compétence répressive des autorités de poursuite étrangères et ne saurait refuser sa coopération que si cette compétence fait clairement défaut, au point de rendre abusive la demande d'extradition (<ref-ruling> consid. 7b p. 137). L'autorité requérante n'a pas, pour sa part, à apporter de justifications à propos de sa compétence répressive. Contrairement à ce que soutient le recourant, on ne saurait donc reprocher à la Cour des plaintes d'avoir indûment restreint son examen sur ce point.
4.2 Le droit conventionnel ne permet un refus de la collaboration, pour des motifs tenant à la compétence répressive de l'autorité étrangère, que dans les cas prévus à l'art. 7 CEExtr. Le premier paragraphe de cette disposition vise le cas - non réalisé en l'espèce - où l'acte poursuivi aurait été commis sur le territoire de la partie requise. Le second paragraphe s'applique aux infractions commises en dehors du territoire de la partie requérante. Même dans ce cas, le refus de l'extradition ne constitue, selon le texte même de cette disposition, qu'une possibilité laissée à l'appréciation de l'Etat requis.
4.3 Le recourant ne conteste pas que ni la résolution 1244 (qui ne se prononce pas sur la question), ni les règlements de la MINUK n'empêchent les tribunaux ordinaires de la République de Serbie de se saisir des crimes de guerre commis au Kosovo au préjudice de ressortissants serbes. Le Statut du TPIY permet lui aussi aux juridictions nationales d'exercer une compétence parallèle dans ce contexte. De ce point de vue, la compétence de l'Etat requérant apparaît suffisamment vraisemblable dans l'optique d'une extradition.
4.4 L'art. 7 par. 2 CEExtr permet de refuser l'extradition lorsque les faits ont été commis hors du territoire de la partie requérante, si la législation de l'Etat requis n'autorise pas la poursuite d'une infraction du même genre commise hors de son territoire ou n'autorise pas l'extradition pour l'infraction faisant l'objet de la demande. Cette dernière hypothèse n'est manifestement pas réalisée dans la mesure où les crimes de guerre donnent lieu à extradition et où, comme on l'a vu, l'exception du délit politique doit être rejetée. Par ailleurs, dans la mesure où la qualification de crimes de guerre doit être retenue, conformément à l'acte d'accusation du procureur de Belgrade, les <ref-law> répriment de tels crimes, soit les agissements commis dans le contexte d'un conflit armé international, mais également non international. Ces actes sont aussi punissables, en vertu de l'<ref-law>, s'ils ont été commis à l'étranger. L'OFJ et la Cour des plaintes n'ont donc ni violé le droit, ni abusé de leur pouvoir d'appréciation en refusant d'appliquer l'art. 7 CEExtr.
5. Le recourant invoque ensuite les <ref-law>, 3 CEDH et 9 Cst. Il estime que les garanties fournies par la Serbie ne seraient pas suffisantes pour éviter tout risque de mauvais traitement à son égard. Il mentionne le rapport 2011 d'Amnesty International concernant la Serbie, qui fait état d'actes de torture commis sur des détenus, et relève que la disposition prévoyant les contrôles internes dans les prisons n'aurait toujours pas été adoptée. Le risque serait d'autant plus grand que le recourant est ressortissant kosovar et qu'il se voit reprocher des infractions commises sur des Serbes. Les coaccusés du recourant auraient déjà subi des mauvais traitements.
5.1 L'OFJ et TPF n'ont pas méconnu qu'il existe, dans l'Etat requérant, des risques de violation des principes fondamentaux concernant notamment la condition des détenus. Ils ont toutefois considéré que les garanties obtenues de la part de l'Etat requérant étaient propres à prévenir un traitement contraire aux droits de l'homme, en se référant au dernier arrêt rendu par le Tribunal fédéral sur cette question (<ref-ruling>). En dépit des critiques de la doctrine, le Tribunal fédéral a considéré que les garanties diplomatiques constituaient en général un moyen efficace d'assurer aux personnes extradées un traitement conforme à la CEDH.
5.2 En tant que partie à la CEExtr et à la CEDH notamment, la Serbie figure au rang des Etats auxquels une extradition peut être accordée moyennant l'octroi de garanties spécifiques. Le Tribunal fédéral l'a déjà reconnu dans son arrêt 131 II 235 précité (consid. 4, non publié) concernant également l'extradition à la Serbie d'un ressortissant kosovar (cf. également les arrêts 1A.201/2004 du 4 novembre 2004 et 1A.93/2002 du 15 mai 2002), et la Suisse, après avoir accordé à cette occasion l'extradition à la Serbie, n'a eu à constater aucun manquement de la part de l'Etat requérant. Les conditions posées à l'extradition par l'OFJ, et confirmées par le TPF, correspondent donc strictement à la jurisprudence actuelle et il n'y a pas lieu de s'en écarter, ni de douter de leur respect par l'Etat requérant.
6. Le recourant fait enfin valoir qu'il disposerait d'un alibi. Il prétend démontrer, documents à l'appui, qu'il se trouvait en Macédoine entre le mois de mars et décembre 1999, et dans un camp de réfugiés durant le mois de juin de la même année. Il accompagnait son frère malade à diverses dates de la même période et ne pouvait par conséquent se trouver à Gnjilane au moment des faits. Le recourant conteste que les attestations produites soient des documents de complaisance.
6.1 Lorsque la personne poursuivie affirme qu'elle est en mesure de fournir un alibi, l'OFJ procède aux vérifications nécessaires et refuse l'extradition si le fait invoqué est évident. A défaut, il communique les preuves à décharge à l'Etat requérant en l'invitant à se prononcer à bref délai sur le maintien de la demande (<ref-law>). En tant qu'elle permet à l'Etat requis de refuser l'extradition d'une personne manifestement innocente, la possibilité d'invoquer un alibi est en soi compatible avec le droit conventionnel, même si ce dernier ne le prévoit pas expressément (<ref-ruling> consid. 3c). La notion d'alibi doit être toutefois comprise dans son sens littéral, c'est-à-dire comme la preuve que la personne poursuivie ne se trouvait pas sur les lieux de l'infraction au moment de sa commission (<ref-ruling> consid. 3b). De simples arguments à décharge sont irrecevables de ce point de vue.
6.2 A supposer qu'on puisse leur attribuer une force probante suffisante, les documents produits par le recourant ne peuvent qu'attester sa présence en Macédoine à différents moments. Le recourant admet lui-même qu'il n'est pas en mesure de démontrer son absence de Gnjilane durant l'ensemble de la période concernée, soit du mois de juin à décembre 1999. Son alibi n'est par conséquent que partiel, et ne pouvait dès lors être pris en considération (<ref-ruling> consid. 2b p. 282).
7. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté. Conformément à l'<ref-law>, les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant qui succombe.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires du recourant, à l'Office fédéral de la justice, Unité Extraditions, et au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes.
Lausanne, le 7 mars 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz