Faits:
A. B._, né en 1985, est atteint de phocomélie, infirmité congénitale prise en charge par l'assurance-invalidité, en raison de laquelle il a bénéficié de nombreuses prestations pour mineurs. Il a obtenu son certificat de maturité le 25 juin 2004 puis s'est inscrit à l'Université en vue de l'obtention d'un diplôme d'enseignement secondaire.
Le 24 février 2006, B._ a déposé une demande tendant à la prise en charge par l'AI des frais d'adaptation d'un véhicule automobile (Renault Kangoo) lui permettant de conduire lui-même afin de faciliter ses déplacements quotidiens pour se rendre aux cours ou faire des stages. A sa demande, l'assuré a joint deux devis de transformation, l'un de 58'329 fr. 95 (devis X._ AG) et l'autre de 57'135 fr. 60 (devis Carrosserie Y._). Après avoir obtenu des renseignements de la Fédération Suisse de Consultations en Moyens Auxiliaires pour personnes handicapées et âgées (FSCMA) et de l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS), l'Office cantonal AI du Valais (ci-après : OAI) a, par décision du 11 décembre 2006, accepté de prendre en charge un montant de 21'842 fr. 80, représentant les frais de transformation du véhicule pour permettre à B._ de l'utiliser en qualité de passager uniquement, la conduite devant être assurée par un tiers.
B. B._ a déféré cette décision au Tribunal des assurances du canton du Valais en concluant principalement à ce que le coût des transformations du véhicule fût pris en charge par l'AI, à concurrence de 57'135 fr. 60.
La juridiction cantonale l'a débouté par jugement du 20 juillet 2007.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation, avec suite de frais et dépens. A titre principal, il conclut à la prise en charge des coûts de transformation du véhicule par 57'135 fr. 60. Subsidiairement, il conclut au renvoi de la cause à l'OAI. En cours de procédure, PROCAP, Service juridique de l'Association suisse des handicapés, en sa qualité de mandataire du recourant, a produit une note d'honoraires de 2'776 fr. 10 (TVA comprise) en vue de taxer les dépens.
L'intimé conclut au rejet du recours, tandis que l'OFAS a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'<ref-law>, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
2. Le litige porte sur la prise en charge, par l'AI, de l'intégralité des coûts de transformation du véhicule (57'135 fr. 60).
3. Le jugement entrepris expose correctement les dispositions légales et réglementaires applicables à la solution du litige (<ref-law>, 14 RAI et 2 OMAI, ainsi que le ch. 10.05 de l'annexe à l'OMAI et le ch. 10.05.4 CMAI), de même que la jurisprudence pertinente sur la notion de moyens auxiliaires et sur les conditions d'obtention de ceux-ci. Il suffit d'y renvoyer (consid. 2 du jugement attaqué).
4. 4.1 Les juges cantonaux ont refusé d'octroyer un moyen auxiliaire d'un prix supérieur à 25'000 fr. considérant qu'il y avait une disproportion évidente entre les frais de transformation du véhicule et le prix de celui-ci. De plus, ils ont admis qu'il n'existait pas de rapport raisonnable entre le coût du moyen auxiliaire et l'utilité de la mesure demandée, car cette dernière allait au-delà de ce qui était nécessaire à l'assuré pour lui permettre de se déplacer, si bien que la prestation litigieuse ne répondait pas aux critères de simplicité et d'adéquation.
4.2 Le recourant reproche aux juges cantonaux de ne pas avoir admis l'existence d'une « motivation spéciale » permettant de dépasser le seuil des 25'000 fr. prévu par le chiffre 10.05.4 CMAI. Pour le recourant, la transformation prévue doit être considérée comme un moyen simple et adéquat si l'on tient compte de la nécessité dans laquelle il se trouve de conduire lui-même son véhicule aussi bien pour ses études que pour sa future activité professionnelle. Il allègue que si ce moyen auxiliaire lui est refusé, il ne pourra pas achever sa formation ni exercer sa profession d'enseignant dans des conditions normales et équitables. De plus, cela aura pour lui des conséquences fâcheuses sur son autonomie, sur ses possibilités de tisser des contacts avec l'entourage et sur son intégration professionnelle. Le recourant en conclut qu'aucune autre solution n'est propre à atteindre les buts recherchés.
4.2 Le recourant reproche aux juges cantonaux de ne pas avoir admis l'existence d'une « motivation spéciale » permettant de dépasser le seuil des 25'000 fr. prévu par le chiffre 10.05.4 CMAI. Pour le recourant, la transformation prévue doit être considérée comme un moyen simple et adéquat si l'on tient compte de la nécessité dans laquelle il se trouve de conduire lui-même son véhicule aussi bien pour ses études que pour sa future activité professionnelle. Il allègue que si ce moyen auxiliaire lui est refusé, il ne pourra pas achever sa formation ni exercer sa profession d'enseignant dans des conditions normales et équitables. De plus, cela aura pour lui des conséquences fâcheuses sur son autonomie, sur ses possibilités de tisser des contacts avec l'entourage et sur son intégration professionnelle. Le recourant en conclut qu'aucune autre solution n'est propre à atteindre les buts recherchés.
4.3 4.3.1 Dans un arrêt P. du 13 juillet 2005 (<ref-ruling> consid. 3 p. 170), le Tribunal fédéral des assurances a rappelé qu'à l'instar de tout moyen auxiliaire, la prise en charge de frais de transformation d'un véhicule à moteur doit répondre aux critères de simplicité et d'adéquation (art. 8 al. 1 et 21 al. 3 LAI ; <ref-ruling> consid. 4 p. 264). Ces critères, qui sont l'expression du principe de la proportionnalité, supposent, d'une part, que les transformations requises soient propres à atteindre le but fixé par la loi et apparaissent nécessaires et suffisantes à cette fin (<ref-ruling> consid. 2a p. 109 et les références) et, d'autre part, qu'il existe un rapport raisonnable entre le coût et l'utilité du moyen auxiliaire (<ref-ruling> consid. 2 p. 88; voir aussi Meyer-Blaser, Zum Verhältnismässigkeitsgrundsatz im staatlichen Leistungsrecht, thèse Berne 1985, p. 86). Les prix limites fixés par l'OFAS dans ses directives concrétisent l'exigence légale du caractère simple du moyen auxiliaire et aussi, dans une certaine mesure, de son caractère adéquat, si bien qu'une application correcte de la loi suppose que l'on s'en tienne, en principe tout au moins, à ces limites de coûts (<ref-ruling> consid. 4.3.1 in fine p. 172 et les références). Pourtant il peut arriver que le prix d'un moyen auxiliaire dépasse cette limite et que celui-ci soit néanmoins un modèle simple et adéquat, parce que conçu pour un handicap particulier (par ex. <ref-ruling>). Toutefois, lorsqu'il existe une disproportion manifeste entre le coût et l'utilité du moyen auxiliaire, l'assurance n'a pas à en assumer les frais, on doit en effet admettre, dans ce cas, que l'on se trouve en présence de modifications fondamentales du véhicule sur le plan structurel, technique ou mécanique qui ne répondent plus à la notion de transformation ou d'adaptation d'un véhicule au sens de l'OMAI.
4.3.2 Si l'on admet que les frais de transformation d'un véhicule ne sauraient être notablement plus élevés que le prix d'achat d'une voiture de catégorie moyenne inférieure, on se trouve dans le cas présent face à un montant qui représente presque le triple.
4.3.3 En ce qui concerne le rapport raisonnable entre le coût et l'utilité de la mesure, il faut relever que les frais dont le recourant demande le remboursement vont au-delà de ce qui lui est nécessaire pour se déplacer, se rendre à ses cours et à ses stages, compte tenu de son handicap. En effet, l'aménagement d'une voiture lui permettant de prendre place comme passager permet d'atteindre ces buts et coûte 21'842 fr. 80, soit nettement moins que ce que le recourant réclame.
Cette situation a l'inconvénient que le recourant a besoin d'un tiers pour conduire la voiture. Toutefois, il n'appartient à l'assurance-invalidité d'assurer que les mesures nécessaires et propres à atteindre le but visé et non pas celles qui seraient les meilleures dans le cas particulier. Il y a donc lieu d'admettre qu'il existe des mesures notablement moins coûteuses que celles dont le recourant demande la prise en charge et qui sont susceptibles de lui garantir l'autonomie prévue par la législation.
4.4 Au vu de ce qui précède, la Cour de céans admettra, avec les juges cantonaux, qu'il n'existe aucune raison justifiant de dépasser de façon aussi conséquente les prix limites fixés par l'OFAS.
5. Le recourant se prévaut également de la théorie du droit à la substitution de la prestation.
5.1 Le droit à la substitution permet à l'assuré qui, par exemple, a opté pour un moyen auxiliaire dont le coût n'incombe normalement pas à l'assurance-invalidité - alors qu'il aurait pu prétendre le remboursement des frais d'autres mesures - de se faire rembourser, dans certaines circonstances, le moyen auxiliaire choisi. Cela suppose notamment que la substitution ait pour objet deux prestations différentes qui soient interchangeables quant à leurs fonctions. Il est en outre nécessaire que l'on soit en présence d'un droit légal à la prestation sujette à substitution (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 173 et la référence).
5.2 En l'espèce, l'intimé a admis la prise en charge des frais de transformation du véhicule du recourant afin de permettre à ce dernier de l'utiliser comme passager. Il n'a toutefois pas examiné le droit à la substitution en rapport avec la prise en charge des frais de déplacement en vue d'une formation professionnelle initiale (<ref-law>), dont le recourant semble remplir les conditions, ou encore avec le droit à des prestations de tiers (<ref-law>) pour le chauffeur appelé à conduire la voiture dans laquelle le recourant est censé prendre place comme passager du fait que seule une transformation dans ce but a été admise.
La cause doit en conséquence être renvoyée la cause à l'office intimé afin qu'il se prononce sur le droit éventuel du recourant à la substitution de la prestation. Dans cette mesure, le recours doit être admis.
6. Vu l'issue du litige, les frais de justice doivent être supportés par l'intimé qui succombe (art. 66 al. 1 première phrase LTF en relation avec l'<ref-law>).
Représenté par PROCAP, le recourant qui obtient gain de cause a droit à des dépens (<ref-law>).

Le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, en ce sens que le jugement du Tribunal des assurances du canton du Valais du 20 juillet 2007 et la décision de l'Office cantonal AI du Valais du 11 décembre 2006 sont annulés, la cause étant renvoyée à cet office afin qu'il procède conformément aux considérants. Le recours est rejeté pour le surplus.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera au recourant la somme de 2'500 fr. (y compris la taxe à la valeur ajoutée) à titre de dépens pour la procédure fédérale.
4. Le Tribunal des assurances du canton du Valais statuera sur les dépens pour la procédure de première instance, au regard de l'issue du procès de dernière instance.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton du Valais, à la Caisse de compensation du canton du Valais et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 22 août 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Berthoud