Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz hat die gesetzlichen Bestimmungen zur Kostenübernahme für medizinische Massnahmen im Ausland (<ref-law>, Art. 23bis Abs. 1 und 2 IVV) sowie die hiezu ergangene Rechtsprechung (<ref-ruling>; AHI 1997 S. 115 ff.) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen. Zu ergänzen ist, dass beachtliche Gründe im Sinne von <ref-law> gegeben sein können, wenn eine besonders seltene Krankheit vorliegt, mit welcher die in der Schweiz tätigen Spezialisten noch kaum konfrontiert worden sind, und deren Behandlung eine genaue Diagnose erfordert (nicht veröffentlichte Urteile S. vom 20. September 1999, I 106/99 und S. vom 15. Januar 1999, I 303/98).
2.- a) Die Vorinstanz hat die medizinische Aktenlage zutreffend gewürdigt und gestützt auf die verschiedenen Berichte von Dr. med. S._, Oberarzt der Neuropädiatrie am Spital X._ und der Epilepsie-Klinik Y._ festgestellt, dass der Knabe an einer seltenen Form einer extrem früh manifesten Temporallappenepilepsie mit einer grossen neuroradiologisch nachweisbaren Läsion leide und zu den jüngsten Patienten zähle, bei denen diese Epilepsieform jemals diagnostiziert und Möglichkeiten eines operativen Eingriffs erwogen worden seien. Bereits im dritten Lebensjahr sei er pharmakoresistent gewesen und weise überdies umfangreiche Veränderungen im linken Schläfenlappenbereich auf. Es liege somit eine seltene und besonders komplexe Form von Epilepsie bei einem Kleinkind vor. Deshalb solle der Knabe in Übereinstimmung mit der Ansicht der behandelnden Ärzte an das Zentrum Z._ (Deutschland) zur Abklärung und gegebenenfalls zu einem operativen Eingriff überwiesen werden, da in der Schweiz kein Spital mit ausreichender Erfahrung bei solch komplexen pädiatrischen Fällen existiere. Dem widerspricht die IV- Stelle, die eine Behandlung bei Prof. V._ für ausreichend hält.
b) Bereits im nicht veröffentlichten Urteil S. vom 20. September 1999 (I 106/99) hatte sich das Eidgenössische Versicherungsgericht mit einem Kleinkind zu befassen, das an einer aussergewöhnlich komplexen Epilepsie litt und im Zentrum Z._ behandelt wurde. In jenem Fall hatten weder die IV-Stelle noch das BSV zu belegen vermocht, dass eine Schweizer Klinik über ausreichende Erfahrung mit komplexen Fällen bei Kleinkindern verfügt. Eine entsprechende Abteilung am Spital C._ war damals erst im Aufbau begriffen. In Bielefeld werden dagegen häufig Operationen an Kleinkindern durchgeführt, weshalb dieses Zentrum weit mehr Erfahrung hat. Auch damals beriefen sich BSV und IV-Stelle auf das vorliegend ins Recht gelegte Schreiben von Prof. W._ vom Spital C._ vom 3. Juli 1998. Das Gericht bezeichnete dieses Dokument als wenig aussagekräftig, da es lediglich die Frage beantworte, ob die vorgesehene Operation überhaupt nur im Ausland durchführbar sei. Dies betreffe Abs. 1 von <ref-law>, ergebe jedoch nichts über den konkret zu beurteilenden Einzelfall, welcher unter Abs. 2 der genannten Bestimmung zu prüfen war. Abschliessend hielt das Gericht fest, dass in jenem Fall eine besonders seltene Krankheit vorliege, mit welcher die in der Schweiz tätigen Spezialisten noch kaum konfrontiert worden seien, und bejahte beachtliche Gründe im Sinne von Abs. 2 von <ref-law>.
c) Der vorliegende Sachverhalt unterscheidet sich nicht wesentlich von demjenigen im erwähnten Urteil S. Auch hier geht es um eine besonders komplexe Form von Epilepsie bei einem Kleinkind. Die im Bericht von Prof. B._, Spital D._, vom 24. Februar 1999 genannten Patientenzahlen bestätigen, dass die Schweizer Kliniken erst wenig Erfahrungen mit Kindern im Vorschulalter haben. Dies gilt namentlich auch für das vorliegend von der IV-Stelle vorgeschlagene Zentrum. Überdies relativiert Prof. B._ das erwähnte Schreiben von Prof. W._ vom 3. Juli 1998 als persönliche Meinung des Verfassers, die nicht der Ansicht der Kommission Prächirurgische Epilepsieabklärung und Epilepsiechirurgie der Schweizerischen Neurologischen Gesellschaft entspreche. Demnach handelt es sich um einen Fall, mit dessen Komplexität Schweizer Spezialisten noch kaum konfrontiert worden sind. Damit sind auch hier beachtliche Gründe im Sinne von <ref-law> für die Durchführung der medizinischen Massnahmen im Ausland gegeben.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 21. Juli 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer: Der Gerichtsschreiber: