Faits:
A.
X._ S.à.r.l (ci-après: X._), société ayant son siège à Genève, rue ****, a pour but social l'exploitation de commerces de détails, plus particulièrement de stations-service avec magasins, conseils et assistance en matière d'exploitation de commerces de détails, activités dans le domaine du graphisme, y compris conseil. Selon le registre du commerce, A._ est associé président de la société avec signature individuelle. A ses côtés figurent quatre associés gérants avec signature collective à deux, soit B._, C._, D._ et E._.
Le 17 septembre 2009, X._ a conclu avec Y._ S.à.r.l un contrat de sous-gérance concernant deux stations-service, sises l'une à **** à Genève, et l'autre à **** à Chêne-Bougeries. Aux termes de ce contrat, X._ reprenait à son compte, les dimanches et jours fériés, les obligations contractées par Y._ S.à.r.l vis-à-vis de Z._ Switzerland dans le contrat de partenariat que celle-ci avait signé, sous réserve de certaines modalités particulières énoncées dans la convention du 17 septembre 2009. Ainsi, au début de chaque journée d'exploitation, X._ reprenait les stocks à disposition, tant en essence qu'en marchandises se trouvant dans la station-service. En fin de journée ou de période de gérance, X._ remettait à l'exploitant les mêmes stocks moins les ventes effectuées pendant la période de gestion. Ces dernières étaient faites en consignation. X._ s'engageait à ne conclure que des contrats de travail avec ses gérants associés et leurs familles ou concubins. X._ était rémunérée par une participation au chiffre d'affaires réalisé, et devait participer aux charges d'exploitation, conformément aux décomptes que Y._ S.à.r.l. lui transmettait.
Le 17 mai 2011, l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail (ci-après: l'Office cantonal) a adressé à X._ deux courriers recommandés, par lesquels il rappelait qu'à l'occasion d'une précédente procédure (ATA/28/2008), le Tribunal administratif du canton de Genève (depuis le 1er janvier 2011, Chambre administrative de la Cour de justice) avait confirmé que les deux stations-service susmentionnées ne se trouvaient pas sur un axe de circulation important. Dès lors, elles n'étaient pas autorisées à employer du personnel le dimanche et les jours fériés, sauf pour la distribution et la vente de carburant, de petits accessoires pour l'entretien courant et l'équipement des automobiles, ainsi que d'accessoires saisonniers pour automobiles, à l'exclusion de tout autre article. Un inspecteur de l'Office cantonal avait constaté, lors d'une visite effectuée le 27 mars 2011, la vente de marchandises ne faisant pas partie des exceptions en question. Par conséquent, l'emploi du personnel le dimanche pour la vente de l'assortiment proposé était constitutif d'une infraction à la loi fédérale sur le travail dans l'industrie, l'artisanat et le commerce du 13 mars 1964 (LTr; RS 822.11), ainsi qu'à l'ordonnance 2 du 10 mai 2000 relative à la loi sur le travail (Dispositions spéciales pour certaines catégories d'entreprises ou de travailleurs, OLT 2; RS 822.112). L'art. 4 LTr prévoyait certes que la loi ne s'appliquait pas aux entreprises familiales, mais l'Office cantonal attirait l'attention de la société sur le fait qu'une personne morale ne pouvait revêtir la qualité d'entreprise familiale, si bien que la LTr lui était pleinement applicable. Lors du contrôle opéré, l'inspecteur avait constaté que travaillaient à la station-service de **** F._, fille d'un associé gérant, et à la station-service sise à ****, G._, et H._, respectivement l'époux et le fils de l'une des associés. Le lien de parenté entre les employés et les associés était dénué de pertinence, X._ n'étant pas une entreprise familiale. L'art. 59 LTr était violé. Cette société était invitée à se conformer immédiatement à la loi et à la jurisprudence précitée.
Le 9 juin 2011, X._ a contesté cette interprétation de la LTr.
B.
Le 6 juillet 2011, l'Office cantonal a adressé un courrier recommandé à X._ valant décision d'interdiction d'employer du personnel le dimanche et les jours fériés dans les deux stations-service et constat d'une infraction à la LTr, ainsi qu'à l'OLT 2. La société était également enjointe, sous la menace des peines prévues à l'art. 292 du Code pénal suisse du 21 décembre 1937 (CP; RS 311.0), de cesser d'employer du personnel les dimanches et jours fériés pour la vente de marchandises non autorisées.
Le recours interjeté contre cette décision auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice a été rejeté par arrêt du 18 septembre 2012.
C.
X._ forme un "recours de droit public" contre l'arrêt de la Cour de justice du 18 septembre 2012. Elle conclut à l'annulation de cet arrêt et de la décision de l'Office cantonal du 6 juillet 2001, ainsi qu'à la constatation de l'autorisation d'employer du personnel le dimanche et les jours fériés "dans tous les secteurs de leur activité, y compris dans les magasins ("shops") qu'ils exploitent, sans restriction quant à la nature des produits proposés à la vente".
L'Office cantonal conclut au rejet du recours et la Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
Par ordonnance du 20 novembre 2012, le Président de la IIème Cour de droit public a refusé d'octroyer l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1.
Formé contre une décision prise en dernière instance cantonale sur la base du droit public fédéral et cantonal, le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public (et non recours de droit public, comme faussement mentionné dans le recours) au sens des <ref-law> (cf., en particulier, les art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d LTF), aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. L'arrêt attaqué est final au sens de l'<ref-law>. Par ailleurs, en tant que gérante d'une station-service et destinataire de l'interdiction d'employer du personnel le dimanche, la recourante est directement touchée par l'arrêt attaqué et a un intérêt digne de protection à en obtenir l'annulation ou la modification. Elle a dès lors qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. Elle ne peut cependant remettre en cause l'arrêt attaqué qu'en ce qui a fait l'objet de l'arrêt entrepris, à l'exception des points qui touchent les autres stations-service qu'elle exploite, contrairement à ce que demandent les conclusions trop larges formulées devant le Tribunal fédéral. Par ailleurs, elle ne peut pas demander, en raison de l'effet dévolutif complet attaché au recours qu'elle avait formé à la Cour de justice (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 302 s.), l'annulation de la décision du Service cantonal. C'est sous ces réserves que sont recevables ses conclusions. Pour le surplus, le recours a été déposé en temps utile (cf. <ref-law> en relation avec les art. 44 et 45 LTF) et dans les formes prescrites par la loi (<ref-law>). II convient donc d'entrer en matière.
2.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ceux-ci n'aient été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (cf. <ref-law>). Le recourant ne peut critiquer les constatations de l'autorité précédente qu'à ces mêmes conditions et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. <ref-law>). Le grief portant sur la constatation manifestement inexacte d'un fait au sens de l'<ref-law> revient à soutenir que celui-ci a été établi arbitrairement au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 252). Il appartient au recourant d'expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 466 s.; <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.); cela vaut en particulier pour le grief tiré de l'arbitraire dans la constatation des faits ou l'appréciation des preuves qui doit être articulé conformément aux exigences de motivation accrues de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287 s.). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). Pour le reste, le Tribunal fédéral applique en principe le droit d'office (<ref-law>). Toutefois, il n'examine la violation des droits fondamentaux, notamment en relation avec le droit cantonal, que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant conformément à l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2).
3.
3.1. Le principe de l'interdiction de travailler le dimanche est ancré à l'art. 18 LTr. Les dérogations à cette interdiction sont en principe soumises à autorisation (cf. art. 19 al. 1 LTr). Les conditions mises à l'obtention de ces dérogations sont précisées aux art. 27 et 28 de l'ordonnance 1 du 10 mai 2000 relative à la loi sur le travail (OLT 1; RS 822.111). A côté de ce régime dérogatoire soumis à autorisation, l'art. 27 al. 1 LTr prévoit que certaines catégories d'entreprises ou de travailleurs peuvent, dans la mesure où leur situation particulière le rend nécessaire, être soumises par voie d'ordonnance à des dispositions spéciales remplaçant en tout ou en partie certaines prescriptions légales, comme l'interdiction de travailler le dimanche prévue à l'art. 18 LTr. De telles dispositions peuvent être édictées pour les différentes entreprises énumérées de manière exemplative à l'art. 27 al. 2 LTr. Cette disposition mentionne entre autres les entreprises qui satisfont aux besoins du tourisme (let. c) ou qui approvisionnent des véhicules en carburant ou bien les entretiennent et les réparent (let. h). Le Conseil fédéral a fait usage de la délégation de compétence prévue à l'art. 27 al. 1 LTr en promulguant l'OLT 2. Il n'est pas contesté, en la cause, que la recourante ne bénéficie pas de tels régimes spéciaux (cf. <ref-ruling>).
3.2. La question principale à trancher est celle de savoir si la recourante peut bénéficier de l'exception à l'application de la loi, prévue par l'art. 4 LTr dont la note marginale est "Entreprises familiales". Les deux premiers alinéas de cette disposition ont la teneur suivante:
"1 La loi ne s'applique pas aux entreprises dans lesquelles sont seuls occupés le conjoint ou le partenaire enregistré du chef de l'entreprise, ses parents en ligne ascendante et descendante et leurs conjoints ou leurs partenaires enregistrés, ainsi que les enfants du conjoint ou du partenaire enregistré du chef de l'entreprise.
2 Lorsque d'autres personnes que celles qui sont mentionnées à l'al. 1 travaillent aussi dans l'entreprise, la loi s'applique uniquement à elles."
L'art. 1er de la loi, auquel l'art. 4 fait exception, fixe le champ d'application quant aux entreprises et aux personnes. Pour ce qui nous intéresse ici, il a la teneur suivante:
"Art. 1
1 La loi s'applique, sous réserve des art. 2 à 4, à toutes les entreprises publiques et privées.
2 Il y a entreprise selon la loi lorsqu'un employeur occupe un ou plusieurs travailleurs de façon durable ou temporaire, même sans faire usage d'installations ou de locaux particuliers. Lorsque les conditions d'application de la loi ne sont remplies que pour certaines parties d'une entreprise, celles-ci sont seules soumises à la loi.
(...)."
Les autorités cantonales excluent l'application de l'art. 4 LTr aux personnes morales, ce que conteste la recourante.
3.3. Historiquement, la disposition d'exception que constitue l'art. 4 LTr s'explique par le désir du législateur de droit public de ne pas s'immiscer dans les relations de famille, relations qui influencent nécessairement la gestion et les conditions de travail des entreprises où des proches parents travaillent ensemble, dans un esprit d'entraide et selon d'autres modalités que s'ils étaient étrangers les uns aux autres (Henri Zwahlen, in Walther Hug, Commentaire de la loi fédérale sur le travail, 1971, n° 1 ad art. 4 LTr). Dans la mesure où les modifications ultérieures de la loi sont purement rédactionnelles - p. ex. la mise sur pied d'égalité du partenaire enregistré avec le conjoint marié du 18 juin 2004, entrée en vigueur le 1er juillet 2007 -, il est possible de se référer aux avis de doctrine énoncés en relation avec la mouture originelle de la loi.
L'alinéa 1 concerne les entreprises purement familiales, c'est-à-dire où ne travaillent que des proches parents, tels que ce texte les énumère exhaustivement ( Roland A. Müller, Kommentar Arbeitsgesetz, 7ème éd. 2009, n° 1 ad art. 4 LTr). Ces entreprises sont complètement soustraites à la loi (Zwahlen, op. cit., n° 2 ad art. 4).
L'alinéa 2 règle le cas des entreprises familiales mixtes, où travaillent, à côté des proches parents, selon l'alinéa 1, des parents plus éloignés ou des personnes étrangères à la famille. La loi s'applique entièrement à ces tiers, mais à eux seuls, les membres de la famille selon l'alinéa 1 y étant soustraits, sous réserve d'exceptions prévues par l'alinéa 3 qui demeure sans pertinence en la cause. L'exclusion totale n'est ainsi prévue que pour les entreprises "purement" familiales ( Edouard Eichholzer, "Travail: Loi du 13 mars 1964. Généralités - Champ d'application - Modification de prescriptions fédérales", in FJS 152 du 1er avril 1964, p. 6). Dans la seconde hypothèse, prévue par l'alinéa 2, le législateur a entendu éviter que la présence de tiers non liés au chef d'entreprise par les liens familiaux énoncés à l'alinéa 1er aboutisse à soumettre à la loi lesdits autres membres de la famille (cf. ég. Karl Wegmann, "Der Geltungsbereich des Arbeitsgesetzes", in Eduard Naegeli (éd.), Einführung in das Arbeitsgesetz, Berne 1966, p. 82).
La loi ne définit pas le concept de "chef d'entreprise". La notion n'apparaît que dans l'art. 4 LTr. En partant de la définition de l'entreprise, comme l'entreprise qui organise le pouvoir de direction sur le travailleur, le chef d'entreprise est la personne qui est propriétaire de l'entreprise et qui la dirige ( Thomas Geiser/Jean-Jacques Lüthi, in Thomas Geiser/Adrian von Kaenel/Rémy Wyler (éd.), Commentaire de la loi sur le travail, 2005, n° 7 ad art. 4 LTr).
3.4. L'exception du champ d'application de la loi n'est ainsi prévue qu'en fonction des relations de familles exhaustivement énoncées par l'art. 4 al. 1 LTr, telles qu'elles lient l'employeur et d'autres personnes. Comme la loi a pour objectif la protection des travailleurs, cette exception doit être interprétée de façon restrictive, ce d'autant que les liens familiaux comportent en eux-mêmes un risque important d'exploitation (Müller, op. cit. n° 1 ad art. 4; Geiser/Lüthi, op. cit., n° 3 ad art. 4).
La recourante se réfère très largement à l'avis récemment exprimé par Roland Müller et André Bomatter ("Die juristische Person als Familienbetrieb im Sinne von Art. 4 ArG", in AJP 2012, p. 975 ss). Certains cas de figure imaginés par ces auteurs ne concernent manifestement pas l'état de fait de la présente cause et il n'y a pas à se prononcer à leur égard. Il suffit de constater que le législateur a voulu limiter l'exclusion au champ d'application de la loi de manière stricte, à certains membres de la famille du chef d'entreprise. Seules des personnes physiques sont susceptibles d'avoir des liens familiaux. En outre, le cas d'espèce démontre qu'accepter l'extension de l'exclusion aux personnes morales est susceptible de déboucher sur tous les abus et, en définitive, de vider la loi de son sens. En effet, si l'existence d'un lien entre un des associés gérants et sa famille permettait de soustraire tous les membres de chaque famille à la protection des travailleurs, il suffirait de multiplier le nombre d'associés gérants - comme c'est d'ailleurs le cas en l'espèce - pour à chaque fois soustraire à la loi une nouvelle famille. Tel ne peut être le sens à donner à la loi. Le grief de violation de l'art. 4 LTr est donc rejeté.
4.
La recourante considère qu'une interprétation restrictive de l'art. 4 LTr limiterait le choix des entreprises quant à leur forme juridique, violant le droit à la liberté économique. La distinction entre personnes physiques et morales entrainerait de plus une violation de l'égalité de traitement entre concurrents.
4.1. Selon l'art. 27 Cst., la liberté économique est garantie. L'art. 36 Cst. exige que toute restriction à une liberté fondamentale soit fondée sur une base légale, justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui, et proportionnée au but visé. Le Tribunal fédéral est tenu d'appliquer les lois fédérales et le droit international (art. 190 Cst.), mais cela ne lui interdit pas d'examiner la constitutionnalité des dispositions attaquées (cf. <ref-ruling> consid. 3.5.1 p. 130). Pour le surplus, le Tribunal fédéral vérifie librement si les exigences de l'intérêt public et de la proportionnalité sont respectées (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 339 s.).
La loi sur le travail repose sur plusieurs dispositions constitutionnelles, parmi lesquelles l'art. 110 al. 1 let. a et b Cst. relatif à la compétence législative en matière de protection des travailleurs. Les limitations de la liberté économique prévues par la loi sur le travail en relation avec l'interdiction de travailler le dimanche et les jours fériés, reposent ainsi non seulement sur une base légale valable, mais ont également un fondement constitutionnel. L'interdiction de travailler les jours fériés répond à un but de politique sociale et accorde aux travailleurs un temps libre supplémentaire (arrêt 2C_892/2011 du 17 mars 2012 consid. 4).
L'imposition de l'interdiction de travailler le dimanche à tous les travailleurs à l'exception des entreprises familiales vise à offrir à ces employés une protection dont ils ne bénéficient pas en l'absence de liens familiaux. Elle se justifie pleinement pour les personnes morales. Cette interdiction respecte la proportionnalité entre l'atteinte à la liberté économique et l'intérêt public poursuivi. Enfin, même s'il en résulte un traitement différent de concurrents directs créant individuellement une restriction de la liberté économique, celui-ci répond à des critères objectifs et est nécessaire pour atteindre le but d'intérêt public poursuivi (arrêt 2A.704/2005 du 4 avril 2006, consid. 5.1; cf. aussi <ref-ruling> consid. 4b/aa p. 435/436 appliquant l'art. 31 aCst.). Il s'ensuit que le grief de la violation de la liberté économique doit être rejeté.
5.
Il découle de ce qui précède que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (cf. art. 65 al. 1 à 3 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service cantonal de l'inspection et des relation du travail et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, ainsi qu'au Département fédéral de l'économie.
Lausanne, le 29 juin 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Cavaleri Rudaz