Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1980) stammt aus Ägypten. Er reiste am 6. März 2007 in die Schweiz ein und heiratete am 28. April 2007 die Schweizer Bürgerin Y._. Am 11. Mai 2007 bewilligte die Migrationsbehörde des Kantons Solothurn das von der Ehefrau eingereichte Gesuch um Familiennachzug und erteilte dem Beschwerdeführer eine Aufenthaltsbewilligung.
B. Am 1. September 2009 zog die Gattin von X._ von der gemeinsamen Wohnung in Zuchwil nach Murgenthal, die Ehegatten wurden ab diesem Zeitpunkt getrennt besteuert. Am 26. April 2010 teilte die Ehefrau auf Anfrage der Migrationsbehörde mit, ihr Gatte und sie hätten sich freiwillig getrennt; eine Scheidung sei vorgesehen. X._ hielt hingegen in seiner Stellungnahme fest, dass eine Scheidung nicht geplant sei; die Ehegatten pflegten nach wie vor regelmässigen Kontakt.
C. Das Amt für öffentliche Sicherheit (Migration und Schweizer Ausweise) des Kantons Solothurn lehnte es am 26. Januar 2011 ab, die Aufenthaltsbewilligung von X._ zu verlängern; er habe die Schweiz auf den 30. April 2011 zu verlassen; die Ehegatten hätten sich im August 2009 getrennt und es bestünden keine ernsthaften Aussichten auf ein weiteres eheliches Zusammenleben. Die Verfügung des Amtes für öffentliche Sicherheit wurde vom Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn mit Urteil vom 4. Oktober 2011 bestätigt.
D. X._ beantragt vor Bundesgericht, die Entscheide der Vorinstanzen aufzuheben und seine Aufenthaltsbewilligung angemessen zu verlängern; zudem sei die Wegweisungsverfügung aufzuheben.
Das Amt für öffentliche Sicherheit des Kantons Solothurn, das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn und das Bundesamt für Migration beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
E. Mit Verfügung vom 9. November 2011 hat der Abteilungspräsident der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Auf dem Gebiet des Ausländerrechts ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen Entscheide ausgeschlossen, welche Bewilligungen betreffen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumen (<ref-law>). Für das Eintreten genügt, wenn der Betroffene in vertretbarer Weise dartut, dass potenziell ein Anspruch auf die Bewilligung besteht; ob die jeweiligen Voraussetzungen tatsächlich gegeben sind, bildet Gegenstand der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.1 S. 179 f.). Der Beschwerdeführer ist nach wie vor mit einer Schweizer Bürgerin verheiratet. Er macht in vertretbarer Weise einen Anspruch nach Art. 50 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20) geltend (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 4 ff.); auf die Beschwerde ist dementsprechend einzutreten.
1.2 Nicht einzutreten ist auf die Eingabe hingegen, soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 30 Abs. 1 lit. b AuG geltend macht (<ref-law>). Bei der angerufenen Bestimmung geht es um eine Ermessensbewilligung, welche von den Kantonen im Rahmen von Art. 96 AuG erteilt werden kann und in diesem Fall der Zustimmung des Bundesamts für Migration (BFM) bedarf, wobei deren Verweigerung beim Bundesverwaltungsgericht anzufechten wäre. Das Bundesgericht könnte die Anwendung von Art. 30 Abs. 1 lit. b AuG durch die kantonalen Behörden nur im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde (<ref-law>) und der dort zulässigen Rüge der Verletzung verfassungsmässiger Rechte (<ref-law>) prüfen. Entsprechende Rügen werden vom Beschwerdeführer im Zusammenhang mit dem kantonalen Ermessensentscheid nicht rechtsgenügend begründet erhoben (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 348; Urteil 2C_803/2010 vom 14. Juni 2011 E. 3), zudem fehlte ihm die Legitimation hierzu, da er gestützt auf Art. 30 Abs. 1 lit. b AuG resp. für die Überprüfung eines Ermessensentscheids nur das Willkürverbot anrufen könnte (vgl. <ref-ruling> E. 6 S. 198 ff.).
1.3 Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde auch insoweit, als der Beschwerdeführer unabhängig vom Ergebnis des Entscheides über den Aufenthaltsanspruch die Wegweisung anficht. In dieser Hinsicht ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ebenfalls ausgeschlossen (vgl. <ref-law>). Die Eingabe kann auch nicht als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegengenommen werden, da der Beschwerdeführer keine genügend substanziierten zulässigen Verfassungsrügen mit Bezug auf die Wegweisung erhebt (vgl. Art. 116 und 117 i.V.m. <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254, 396 E. 3.1 S. 399; Urteil 2C_236/2011 vom 2. September 2011 E. 1.4).
1.4 Nicht eingetreten werden kann auf die Beschwerde schliesslich hinsichtlich der beantragten Aufhebung der unterinstanzlichen Entscheide, sind diese doch durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt). Die Entscheide der unteren Instanzen gelten als inhaltlich mitangefochten; einzig das Urteil des Verwaltungsgerichts bildet jedoch das Anfechtungsobjekt für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4 S. 144; Urteil 2C_578/2011 vom 1. Dezember 2011 E. 1.2).
1.5 Das Bundesgericht ist grundsätzlich an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden (<ref-law>), es sei denn, dieser ist u.a. offensichtlich unrichtig (<ref-law>), was nicht schon dann der Fall ist, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn die Sachverhaltsfeststellung eindeutig und augenfällig unzutreffend ist (<ref-ruling> E. 1.2.2 und E. 1.4.3 i.f. S. 252 bzw. 255). Zudem muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein. Für die Sachverhaltsrügen gelten strenge Anforderungen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255): Es genügt nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten, vielmehr ist darzulegen, inwiefern die Feststellungen willkürlich sind (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255; Urteil 2C_35/2011 vom 24. Mai 2011 E. 2.1).
1.6 Der Beschwerdeführer macht geltend, sich erst im Mai 2010 von seiner Gattin getrennt zu haben; er belegt dies mit SMS-Nachrichten aus der betreffenden Zeitspanne und möchte damit aufzeigen, dass die Annahme der Vorinstanz, die Ehegatten hätten sich bereits im Vorjahr und dann im Februar 2010 endgültig getrennt, offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich sei. Diese vom Beschwerdeführer in seiner Eingabe vom 4. November 2011 neu angerufenen Umstände können jedoch nicht berücksichtigt werden: Es handelt sich um im bundesgerichtlichen Verfahren unzulässige echte Noven (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 343 f.; vgl. auch Urteil 2C_886/2011 vom 28. Februar 2012 E. 2.2).
2. 2.1 Ausländische Ehegatten von Schweizer Bürgern haben unter Vorbehalt von Art. 51 Abs. 1 AuG Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit ihrem Partner zusammenwohnen (Art. 42 Abs. 1 AuG). Der Bewilligungsanspruch besteht trotz Auflösens bzw. definitiven Scheiterns der Ehegemeinschaft fort, wenn diese mindestens drei Jahre gedauert und die betroffene ausländische Person sich hier erfolgreich integriert hat (Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG; <ref-ruling> E. 3.3.3; Urteil 2C_886/2011 vom 28. Februar 2012 E. 4.1).
2.2 Eine (relevante) Ehegemeinschaft liegt vor, solange die eheliche Beziehung tatsächlich gelebt wird und ein gegenseitiger Ehewille besteht. Mit Blick auf Art. 49 AuG, der den Ehegatten bei weiterdauernder Familiengemeinschaft gestattet, aus "wichtigen Gründen" getrennt zu leben, ist jeweils aufgrund sämtlicher Umstände im Einzelfall zu bestimmen, ab welchem Zeitpunkt die eheliche Gemeinschaft als definitiv aufgelöst zu gelten hat. Dabei ist auf objektivierbare Kriterien - im Wesentlichen auf die Dauer der nach aussen wahrnehmbaren ehelichen Wohngemeinschaft - abzustellen (<ref-ruling> E. 3.1.2 f. S. 347; Urteil 2C_544/2010 vom 23. Dezember 2010 E. 2.2).
2.3 Für die Berechnung der Frist von drei Jahren ist ausschliesslich die in der Schweiz gemeinsam verbrachte Zeit massgebend (<ref-ruling> E. 3.1.3 S. 347 f.; <ref-ruling> E. 3.3 S. 117 ff.; Urteil 2C_430/2011 vom 11. Oktober 2011 E. 4.1.1; vgl. auch 2C_366/2012 vom 1. Mai 2012). Die Grenze von drei Jahren gilt absolut (<ref-ruling> E. 3.1.3 S. 347; Urteil 2C_430/2011 vom 11. Oktober 2011 E. 4.1). Selbst wenn sie nur um wenige Wochen oder Tage verpasst wird, besteht kein Anspruch mehr darauf, dass die Bewilligung gestützt auf Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG verlängert wird (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 348; Urteil 2C_366/2012 vom 1. Mai 2012 E. 2.1).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer reiste am 6. März 2007 in die Schweiz ein und heiratete seine Gattin am 28. April 2007. Es ist unbestritten, dass er seit dem 1. September 2009 von seiner Gattin getrennt lebt. Mit Blick auf die Fortdauer des Aufenthaltsrechts war von den Vorinstanzen demnach zu prüfen, ob "wichtige Gründe" für getrennte Wohnorte geltend gemacht werden konnten, d.h., ob die Ehegemeinschaft rückblickend trotz einer kurzfristigen Trennung die erforderlichen drei Jahre angedauert hatte (Art. 49 i.V.m. Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG). Als wichtige Gründe können die vorübergehende Trennung wegen erheblicher familiärer Probleme und ebenso berufliche Gründe (Art. 76 der Verordnung vom 24. Oktober 2007 über Zulassung, Aufenthalt und Erwerbstätigkeit [VZAE; SR 142.201]) gelten; hingegen muss die Ehegemeinschaft auch über die räumliche Trennung hinaus bestehen (Art. 49 AuG).
3.2 Als die Ehegatten mit Blick auf die Wegweisung des Beschwerdeführers im April 2010 angehört wurden, machte der Beschwerdeführer berufliche Gründe für den Wohnortwechsel geltend; er sei nicht im Besitze eines Führerausweises und hätte seinen Arbeitsort vom neuen Wohnsitz der Gattin nicht erreichen können. Dieser Umstand unterscheidet sich deutlich von der durch die Gattin dargelegten Motivation: Sie zog in eine Wohnung im selben Kanton, wodurch sich ihre Reisezeit zur Arbeit um nur gerade 10 Minuten verkürzte und machte als Gründe hierfür unterschiedliche Ansichten "was die Zukunft anbelange" geltend. Indem sie - dies übrigens auch im Rahmen einer zweiten Anhörung im November 2010 - angab, eine Scheidung sei geplant, war sie offenbar nicht davon ausgegangen, dass die Ehegatten erneut zusammenziehen und das Eheleben wieder aufnehmen würden; dies war tatsächlich auch zu keinem späteren Zeitpunkt mehr der Fall.
Die vom Beschwerdeführer dargelegten versuchten Kontaktaufnahmen und vereinzelten Treffen sind in diesem Zusammenhang irrelevant: Die Vorinstanz hat zu Recht auf das primäre und objektivierbare Kriterium der nach aussen wahrnehmbaren Wohngemeinschaft abgestellt (E. 2.2) und ist zulässigerweise davon ausgegangen, dass objektiv keine ernsthafte Aussicht mehr bestand auf eine Wiedervereinigung der Ehegatten. Indem sie die Ehegatten zweimal angehört hat, sind die notwendigen Beweisabnahmen für die Abklärung des Sachverhalts vorgenommen, und <ref-law> ist nicht verletzt worden.
3.3 Für die Berechnung der dreijährigen Frist nach Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG stellt der Beschwerdeführer richtigerweise darauf ab, dass nur die Zeit bis zur Aufgabe der Haushaltsgemeinschaft massgebend ist und nicht die Dauer des formellen Bestands der Ehe. Die dreijährige Beziehung zwischen den Gatten vor der Einreise und Heirat in der Schweiz kann nach der Rechtsprechung für die relevante Frist keine Bedeutung erlangen (E. 2.3). Da es an der Dauer der dreijährigen Ehegemeinschaft fehlt, kann sich der Beschwerdeführer nicht erfolgreich auf eine Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung berufen (Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG); es erübrigt sich daher, die behaupteten Hinweise auf eine erfolgreiche Integration zu prüfen.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht wichtige persönliche Gründe für einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz geltend (Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG). Ziel der angerufenen Bestimmung ist es, Härtefälle bei fraglicher Bewilligungsverlängerung nach der Auflösung der ehelichen Gemeinschaft zu vermeiden (vgl. <ref-ruling> E. 5.3 S. 4). Der nacheheliche Härtefall knüpft an den abgeleiteten Anwesenheitsanspruch nach Art. 42 Abs. 1 AuG an (vgl. <ref-ruling> E. 4.1); bei der Beurteilung der "wichtigen persönlichen Gründe" sind in der Folge jedoch sämtliche Umstände des Einzelfalles mitzuberücksichtigen. Dabei ist massgeblich, wie sich die Pflicht des Ausländers, die Schweiz verlassen zu müssen, nach der gescheiterten Ehe auf seine persönliche Situation auswirkt, wobei sich die jeweils zu berücksichtigenden Interessen oder wichtigen Gründe mit den anderen Härtefallregeln überschneiden können. Die wichtigen persönlichen Gründe müssen den weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich machen (Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG).
4.2 Nach Art. 50 Abs. 2 AuG liegen wichtige persönliche Gründe im Sinne von Absatz 1 lit. b AuG namentlich vor, wenn "die soziale Wiedereingliederung im Herkunftsland stark gefährdet erscheint". Ein persönlicher, nachehelicher Härtefall setzt aufgrund der konkreten Umstände des Einzelfalls eine erhebliche Intensität der Konsequenzen für das Privat- und Familienleben der ausländischen Person voraus, die mit ihrer Lebenssituation nach dem Dahinfallen der aus der ehelichen Gemeinschaft abgeleiteten Anwesenheitsberechtigung verbunden sind. Bezüglich der Wiedereingliederung kann hingegen nicht entscheidend sein, ob es für den Ausländer einfacher ist, in der Schweiz zu leben (<ref-ruling> E. 3.2.3 S. 350; Urteil 2C_578/2011 vom 1. Dezember 2011 E. 3.2; 2C_216/2009 vom 20. August 2009 E. 3).
4.3 Der Beschwerdeführer ist in Ägypten geboren, hat dort eine Lehrerausbildung absolviert und ist im Erwachsenenalter, mit 26 Jahren, in die Schweiz eingereist. Mit Blick auf die Dauer und die Ausbildung können sprachliche und kulturelle Barrieren bei einer Rückkehr nach Ägypten ausgeschlossen werden. Es liegen zwar Anhaltspunkte vor, dass der Beschwerdeführer sich in der Schweiz gut integriert haben könnte, doch hat er den Grossteil seines Lebens und auch die prägenden Jugendjahre in Ägypten verbracht. Die Vorinstanz durfte somit davon ausgehen, dass die soziale Wiedereingliederung des erst 30-jährigen Beschwerdeführers nach einem relativ kurzen, 4-jährigen Aufenthalt in der Schweiz, nicht stark gefährdet erscheint; dies unabhängig davon, ob der Beschwerdeführer den Kontakt zu seinem gesellschaftlichen und familiären Umfeld in Ägypten für die Dauer seines Aufenthalts aufgegeben hat, und ohne seine Gattin zurückkehren muss. Der Beschwerdeführer verfügt über eine gute Ausbildung und mehrjährige Berufserfahrung, weshalb anzunehmen ist, dass eine Integration in seiner Heimat auch in wirtschaftlicher Hinsicht grundsätzlich möglich ist.
4.4 Gerade gegenwärtig gestalten sich die Lebensverhältnisse in Ägypten zweifelsohne schwieriger als in der Schweiz und seit dem Arabischen Frühling, der Revolution in Ägypten und dem Obsiegen islamistischer Parteien bei der Parlamentswahl in Ägypten ab November 2011 haben sich auch wiederholt Diskriminierungen gegenüber koptischen Christen ereignet. Gemäss den Informationen des Bundesamtes für Migration vom August und Dezember 2011, welches die Vorinstanz zweimal kontaktiert hat und auf dessen Einschätzungen sie sich als Fachbehörde berufen durfte, sind entsprechende Diskriminierungen und Übergriffe jedoch bisher nicht derart schwer, dass jeder zurückkehrende koptische Christ konkret als an Leib und Leben bedroht gelten könnte. Da der Beschwerdeführer als Lehrer ausgebildet worden ist, sind die Berichte über Diskriminierungen im öffentlichen Sektor zu beachten; ein Wiedereinstieg in den erlernten Beruf kann ihm allenfalls schwerfallen. Der Beschwerdeführer hat allerdings in den letzten vier Jahren in der Schweiz auch nicht als Lehrer gearbeitet, sondern sich anderweitig aus- und weitergebildet, darunter fallen auch die von ihm erfolgreich absolvierten Sprachkurse. Es ist denkbar, dass er - ebenso wie in der Schweiz - auch in seinem Heimatland einen anderen Beruf wird ausüben können als den ursprünglich erlernten.
5. 5.1 Die Beschwerde ist unbegründet und deshalb abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
5.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juni 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Hänni