Sachverhalt:
A. A.a Die X._ AG (Arbeitgeberin, Beklagte, Beschwerdeführerin) gehört zum XY._-Konzern. Sie tätigt und verwaltet für den Konzern sowie weitere Investoren Anlagen im Bereich Private Equity. Mit Arbeitsvertrag vom 10. Juli 2000 stellte sie K._ (Arbeitnehmer, Kläger, Beschwerdegegner) per 1. September 2000 in der Funktion eines Partners an. Neben dem Lohn, einem Bonus und einer pauschalen Aufwandentschädigung wurde im Arbeitsvertrag unter Ziffer 12 folgendes festgehalten:
"Carried Interest Pool
Im Bereich X._ AG wird ein 'Carried Interest Pool' errichtet (siehe Beiblatt 'Carried Interest Pool'). Die prozentuelle Beteiligung des Arbeitnehmers beläuft sich auf 10%."
Das Beiblatt "Carried Interest Pool" enthielt folgende Regelung:
"Carried Interest Pool
The carried interest pool ('pool') is part of the compensation structure for the partners of X._ and for selected members of the staff ('principals').
The pool is made of the performance realised on investments managed by X._. The performance fees for the pool are as follows:
Fund of Fund product Direct Investment Product
XY._ investments 5.0% 10.0%
Third Party Investments1 7.5% 15.0%
Performance fees are paid only if a performance of 8% p.a. is realised (catch-up, high-water mark).
1Corresponding to 75% of performance fees applied, based on the assumption that fees applied are 10% for Fund of Fund product and 20% for Direct investment product."
A.b Am 27. März 2002 kündigte der Arbeitnehmer sein Arbeitsverhältnis auf den 30. September 2002. Gleichentags unterzeichneten die Parteien eine Austrittsvereinbarung, welche die Folgen der Beendigung des Arbeitsverhältnis regelte, mit Ausnahme von allfälligen Forderungen aus dem "Carried Interest Pool" gemäss Arbeitsvertrag (nachfolgend: Carried Interest bzw. Carried Interest Pool).
B. B.a In der Folge erhob der Arbeitnehmer beim Arbeitsgericht Zürich Klage gegen die Arbeitgeberin auf Bezahlung "seines Anspruchs am Carried Interest Pool an zwei Anlagen" in der Höhe von Fr. 29'069.--. Er machte geltend, am Erfolg des Carried Interest Pool trotz seines Austritts partizipiert zu haben, weil diese Investitionen während der Dauer seines Arbeitsverhältnisses abgeschlossen worden seien. Bei den beiden Anlagen handelte es sich einerseits um die indirekte Investition in den Fond "Z._" und andererseits um die direkte Investition in die Gesellschaft "Q._". Mit Urteil vom 12. Januar 2010 hiess das Arbeitsgericht die Klage gut.
B.b Gegen dieses Urteil erklärte die Beklagte Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich. Das Obergericht reduzierte mit Beschluss vom 12. Mai 2011 den aus dem Carried Interest Pool geschuldeten Betrag auf Fr. 5'631.30. Es erachtete den Anspruch des Klägers aus dem Carried Interest Pool für grundsätzlich gegeben, berechnete den geschuldeten Betrag jedoch nur auf Grund der direkten Investition in die Gesellschaft "Q._" und wies einen Anspruch bezüglich der indirekten Investition in den Fond "Z._" mangels Fälligkeit ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, den Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich vom 12. Mai 2011 aufzuheben und die Klage abzuweisen, eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz, subeventualiter an das Arbeitsgericht zurückzuweisen.
Der Kläger beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht verzichtete auf eine Vernehmlassung. Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht eine Replik, der Beschwerdegegner eine Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (Art. 29 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Das angefochtene Urteil des Obergerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 BGG) über eine Forderung aus Arbeitsvertrag. Die Beschwerde in Zivilsachen ist bei arbeitsrechtlichen Fällen nur zulässig, wenn die Streitwertgrenze von Fr. 15'000.-- erreicht ist (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG). Der Streitwert bestimmt sich bei Beschwerden gegen Endurteile nach den Begehren, die vor der Vorinstanz streitig geblieben waren (Art. 51 Abs. 1 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin bestritt vor der Vorinstanz die gesamte dem Beschwerdegegner von der ersten Instanz zugesprochene Forderung in der Höhe von Fr. 29'069.--. Der für die Beschwerde in arbeitsrechtlichen Streitigkeiten erforderliche Streitwert ist somit erreicht. Dass vor Bundesgericht nur noch ein Betrag von Fr. 5'631.30 strittig ist, ändert nichts am erfüllten Streitwerterfordernis. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
2. 2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen).
Für alle Vorbringen betreffend die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gilt schliesslich das strenge Rügeprinzip (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG).
Neu und damit unbeachtlich ist der von der Beschwerdeführerin erst im Beschwerdeverfahren eingereichte Handelsregisterauszug der Gesellschaft R._ AG. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern sie das Beweismittel nicht bereits im kantonalen Verfahren hätte einreichen und eine konkurrenzierende Tätigkeit des Beschwerdegegners nach seinem Ausscheiden aus der Beschwerdeführerin behaupten können.
3. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz in erster Linie vor, sie habe ihr rechtliches Gehör verletzt (Art. 29 Abs. 2 BV).
3.1 Sie macht geltend, die Vorinstanz habe sich mit der Aussage des Zeugen L._ nicht auseinandergesetzt, aus der sich ergebe, dass sich der Zeuge erst im Frühjahr 2001 mit der Konkretisierung der "Carried Interest-Verträge" befasst habe. Demnach sei die Regelung im Arbeitsvertrag des Beschwerdegegners zu rudimentär gewesen, um einen Anspruch auf Carried Interest zu begründen.
3.2 Der Anspruch auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) verlangt insbesondere, dass die Gerichte die rechtserheblichen Vorbringen der Parteien anhören und bei der Entscheidfindung berücksichtigen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 2 S. 242). Damit sich die Parteien ein Bild über die Erwägungen des Gerichts machen können, ist sein Entscheid zu begründen. Die Begründung muss kurz die Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 2.4 S. 72). Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236; je mit Hinweisen).
3.3 Diesen Anforderungen wird der angefochtene Entscheid gerecht, indem er nachvollziehbar darlegt, aus welchen Überlegungen die Vorinstanz zu ihrem Entscheid gelangte. Aus den umfangreichen Stellungnahmen zu den einzelnen Zeugenaussagen und Beweispunkten im angefochtenen Entscheid kann ohne weiteres geschlossen werden, dass die Vorinstanz sehr wohl erkannt hat, dass während der ganzen Dauer des Arbeitsverhältnisses des Beschwerdegegners bei der Beschwerdeführerin diese weiter an ihrem Entlöhnungssystem gearbeitet hat. Daraus kann jedoch nicht geschlossen werden, dass der Beschwerdegegner keinen Anspruch auf einen Carried Interest hätte. Entsprechend brauchte die Vorinstanz auch nicht näher auf die Aussage des Zeugen L._ einzugehen.
Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) ist nicht dargetan.
4. Die Beschwerdeführerin rügt weiter eine Verletzung von Art. 1 und Art. 18 OR.
4.1 Aus dem Wortlaut des Arbeitsvertrages sei klar ersichtlich, dass die Parteien keine Beteiligung an einem Carried Interest beschlossen hätten. Es sei ausdrücklich festgehalten worden, dass ein Carried Interest Pool erst errichtet werde und dementsprechend im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses noch gar nicht bestanden habe. Indem die Vorinstanz dennoch angenommen habe, dass eine Beteiligung vereinbart worden sei, habe sie den Arbeitsvertrag falsch ausgelegt.
4.2 Die Vorinstanz hat erwogen, dass der Beschwerdegegner aus der im Arbeitsvertrag gewählten Formulierung, wonach ein Carried Interest Pool "errichtet werde" aufgrund der im Beiblatt vorgenommenen Konkretisierung nicht habe ableiten müssen, dass seine Beteiligung noch in der Schwebe hinge. Es müsse davon ausgegangen werden, dass die Regelung so wie geschrieben - ohne irgend einen Vorbehalt - festgelegt worden sei.
4.3 Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (Art. 18 Abs. 1 OR). Wenn dieser unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen, die ihnen vorausgegangen und unter denen sie abgegeben worden sind, verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 611; <ref-ruling> E. 3.2; je mit Hinweisen). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (Art. 105 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67 mit Hinweisen). Ergibt die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip, dass die Parteien über eine zu regelnde Frage keine inhaltliche Einigung erzielt haben, so liegt eine Vertragslücke vor, die richterlich nach dem hypothetischen Parteiwillen zu ergänzen ist (<ref-ruling> E. 4 S. 487 f.).
4.4 Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Ansicht ist nicht ersichtlich, inwiefern der angefochtene Entscheid diese Grundsätze missachtet. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass die Vorinstanz nicht erwogen hat, dass im Zeitpunkt des Vertragsschlusses bereits ein Carried Interest Pool bestanden habe. Ein Arbeitsvertrag stellt ein Verpflichtungsgeschäft und nicht die Erfüllung eines solchen dar. In einem Arbeitsvertrag verpflichtet sich einerseits der Arbeitnehmer in Zukunft Arbeit zu leisten und andererseits die Arbeitgeberin in Zukunft diese Arbeit zu entlohnen. Entsprechend ist die Formulierung auch korrekt, wenn im schriftlichen Vertrag festgehalten wird, dass ein Carried Interst Pool errichtet wird.
Inwiefern es mit dem Wortlaut des Vertrages nicht vereinbar sein soll, darin die Vereinbarung einer Beteiligung und die Verpflichtung der Arbeitgeberin zur Einrichtung eines Carried Interest Pool zu sehen, ist nicht nachvollziehbar und es liegt keine Verletzung von Bundesrecht vor.
5. Die Vorinstanz hat erwogen, dass sich aus dem Arbeitsvertrag nicht entnehmen lasse, wie vorzugehen sei, wenn der Arbeitnehmer einen Anlageentscheid trifft, er aber vor der Realisierung der Erträge aus dieser Anlage aus dem Arbeitsverhältnis ausscheide. Es sei klar, dass der Beschwerdegegner an den während seiner Anstellungsdauer getätigten Investitionen in die Gesellschaft "Q._" zu beteiligen sei, aus dem Vertrag sei jedoch nicht ersichtlich, wie es sich mit der Beteiligung des Beschwerdegegners verhalte, wenn die erfolgsabhängige Vergütung (nachfolgend: Performance Fee) für eine Investition erst nach seinem Ausscheiden anfalle. Diesbezüglich bestehe im Arbeitsvertrag eine Lücke, welche durch das Gericht zu ergänzen sei. Das Gesetz regle diese Art von Entlöhnung (Beteiligung an einem Carried Interest Pool) weder im zwingenden noch im dispositiven Recht, weshalb die Ergänzung nach dem hypothetischen Parteiwillen zu erfolgen habe.
5. Die Vorinstanz hat erwogen, dass sich aus dem Arbeitsvertrag nicht entnehmen lasse, wie vorzugehen sei, wenn der Arbeitnehmer einen Anlageentscheid trifft, er aber vor der Realisierung der Erträge aus dieser Anlage aus dem Arbeitsverhältnis ausscheide. Es sei klar, dass der Beschwerdegegner an den während seiner Anstellungsdauer getätigten Investitionen in die Gesellschaft "Q._" zu beteiligen sei, aus dem Vertrag sei jedoch nicht ersichtlich, wie es sich mit der Beteiligung des Beschwerdegegners verhalte, wenn die erfolgsabhängige Vergütung (nachfolgend: Performance Fee) für eine Investition erst nach seinem Ausscheiden anfalle. Diesbezüglich bestehe im Arbeitsvertrag eine Lücke, welche durch das Gericht zu ergänzen sei. Das Gesetz regle diese Art von Entlöhnung (Beteiligung an einem Carried Interest Pool) weder im zwingenden noch im dispositiven Recht, weshalb die Ergänzung nach dem hypothetischen Parteiwillen zu erfolgen habe.
5.1 5.1.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, eine solche richterliche Vertragsergänzung sei bundesrechtswidrig, da ein Vertrag bezüglich der wesentlichen Vertragspunkte ("essentialia negotii") nicht ergänzt werden könne. Die Beteiligung an einem Carried Interest sei eine Entlöhnungskomponente und somit ein wesentlicher Vertragspunkt. Liege kein tatsächlich übereinstimmender Wille bezüglich der wesentlichen Vertragspunkte vor, fehle es an einer vertraglichen Vereinbarung; über eine "Beteiligung am Carried Interest Pool" sei im konkreten Fall keine Einigung erzielt worden. Überdies wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz im Eventualstandpunkt vor, die Vertragsergänzung fälschlicherweise nach dem hypothetischen Parteiwillen vorgenommen zu haben statt nach dispositivem Gesetzesrecht. Das Vorgehen der Vorinstanz sei bundesrechtswidrig, denn sie hätte zur Lückenfüllung Art. 322a OR beiziehen sollen.
5.1.2 Der Lohn ist ein wesentliches Element eines Arbeitsvertrages. Grundsätzlich gilt ein Vertrag nur dann als geschlossen, wenn sich die Parteien über die objektiv wesentlichen Vertragspunkte geeinigt haben. Allerdings sieht Art. 322 Abs. 1 OR ausdrücklich vor, dass der Lohn geschuldet ist, der "verabredet oder üblich" ist. Ein Dissens über den Lohn oder dessen Höhe schadet somit der vertraglichen Verpflichtung nicht, wenn die Arbeit aufgenommen wurde (MANFRED REHBINDER/ JEAN-FRITZ STÖCKLI, Berner Kommentar, 3. Aufl. 2010, N. 2 zu Art. 322 OR; RÉMY WYLER, Droit du travail, 2. Aufl. 2008, S. 58 f.).
Gemäss der bundesrechtskonformen Vertragsauslegung durch die Vorinstanz haben sich die Parteien über eine Beteiligung des Beschwerdegegners an einem Carried Interest als Teil der Entlöhnung geeinigt. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass der Arbeitsvertrag und das Beiblatt einen hinreichend bestimmten Mindestinhalt aufweisen, wobei die prozentuale Beteiligung des Beschwerdegegners von 10 % und die Gewinnanteile des Pools für die verschiedenen Investitionsarten (5 % - 15 %) sowie die Hurdle Rate (8 %) bestimmt worden sind. Die Vorinstanz ist ausgehend vom Wortlaut ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgegangen, dass die Regelung ohne Vorbehalt bzw. ohne eine Vestingklausel vereinbart wurde.
Die Ergänzung des Vertrages erfolgte nur im Hinblick auf die Frage, wie es sich mit dem Anteil am Carried Interest bei Austritt des Arbeitnehmers während der Investitionsdauer und vor der Realisierung der Anlage verhält. Eine Vertragsergänzung war somit ohne weiteres zulässig und im entsprechenden Vorgehen der Vorinstanz kann keine Bundesrechtsverletzung erblickt werden. Nach den Sachverhaltsfeststellungen im angefochtenen Entscheid hat die Beschwerdeführerin überdies selber ausgesagt, dass der Arbeitsvertrag nichts über die Folgen eines Austritts eines Mitarbeiters aussage und in diesem Punkt ergänzt werden müsste.
5.1.3 Ist ein lückenhafter Vertrag zu ergänzen, so hat der Richter - falls dispositive Gesetzesbestimmungen fehlen - zu ermitteln, was die Parteien nach dem Grundsatz von Treu und Glauben vereinbart hätten, wenn sie den nicht geregelten Punkt in Betracht gezogen hätten. Bei der Feststellung dieses hypothetischen Parteiwillens hat er sich am Denken und Handeln vernünftiger und redlicher Vertragspartner sowie an Wesen und Zweck des Vertrages zu orientieren (<ref-ruling> E. 4.1 S. 427; <ref-ruling> E. 6a S. 307; <ref-ruling> E. 4b S. 488; je mit Hinweisen). Das Ergebnis dieser normativen Tätigkeit überprüft das Bundesgericht zwar frei, aber mit einer gewissen Zurückhaltung (BGE <ref-ruling> E. 6b S. 307 f.), da die Vertragsergänzung regelmässig mit richterlichem Ermessen verbunden ist (<ref-ruling> E. 2 S. 382). Verbindlich sind dagegen Feststellungen der Vorinstanz über Tatsachen, die bei der Ermittlung des hypothetischen Willens in Betracht kommen (<ref-ruling> E. 4b S. 488 mit Hinweisen).
Die Vorinstanz hat erwogen, dass weder Art. 322a noch Art. 322b OR für den zu beurteilenden Fall eine passende Regelung bereithalte, weshalb wegen fehlendem dispositiven Gesetzesrecht für die Vertragsergänzung der hypothetische Parteiwille ermittelt werden müsse. Es würde nichts näher liegen, als den Arbeitsvertrag mit Blick auf das Ausscheiden des Beschwerdegegners mittels des durch die Beschwerdeführerin genehmigten und unterschriebenen Arbeitsvertrags-Zusatzes "Carried Interest Pool für XY._ Assets" (AVZ) zu ergänzen. Dabei handle es sich um eine praxisnahe und branchenübliche Regelung.
5.1.4 Das Arbeitsvertragsrecht regelt verschiedene Lohnformen (Art. 322a ff. OR). Die gesetzliche Regelung ist nicht abschliessend; insofern besteht weitgehend, wenn auch nicht vollständig, Vertragsfreiheit.
Beim Carried Interest handelt es sich um ein sehr komplexes Entschädigungsprogramm, das eine besondere Gewinnbeteiligung der Managementgesellschaft und der Fondsmanager von Private Equity-Fonds bezweckt. Wird eine gewisse Mindestrendite erreicht (Hurdle Rate), werden die Fondsmanager bzw. die Managementgesellschaft am Ende der Laufzeit des Fonds (typischerweise 10 Jahre) mit einem Prozentsatz der realisierten Gewinne des Fonds mittels eines Carried Interest entschädigt (STEFAN OESTERHELT, in: Basler Kommentar, Kollektivanlagengesetz, 2009, N. 243a zu Art. 1 KAG S. 73).
Art. 322a OR regelt den einfachen Anteil des Arbeitnehmers am Geschäftsergebnis, welcher sich nach dem Gesamterfolg des Unternehmens oder eines Unternehmensteils bestimmt. Für die Berechnung des Anteils ist das Ergebnis des Geschäftsjahres massgebend, wie es nach den gesetzlichen Vorschriften und allgemein anerkannten kaufmännischen Grundsätzen festzustellen ist. Die Parteien haben im Arbeitsvertrag vom 20. Juli 2000 jedoch ausdrücklich nicht eine Beteiligung des Beschwerdegegners an einem jährlich messbaren Geschäftsergebnis vereinbart, sondern eine spezielle Regelung vorgesehen mit einer Beteiligung an Kapitalerträgen bestimmter Anlagen auf Grundlage eines Carried Interest. Es scheint augenfällig, dass Art. 322a OR auf solche Fälle nicht anwendbar ist und sich der Gesetzesbestimmung keine Regelung für das komplexe Entschädigungssystem des Carried Interest entnehmen lässt.
Die Vertragsergänzung durch die Vorinstanz auf Grundlage des hypothetischen Parteiwillens ist demnach nicht zu beanstanden.
Die Vertragsergänzung durch die Vorinstanz auf Grundlage des hypothetischen Parteiwillens ist demnach nicht zu beanstanden.
5.2 5.2.1 Die Beschwerdeführerin macht sodann geltend, dass die Vorinstanz den hypothetischen Parteiwillen bundesrechtswidrig bestimmt habe. Die Ermittlung des hypothetischen Parteiwillens anhand des AVZ und des Dokuments "Blatt Carried Interest Pool" privilegiere den Beschwerdegegner einseitig und entspreche somit nicht dem hypothetischen Parteiwillen. Es entspreche nicht dem gerechten Interessenausgleich, wenn die Vorinstanz dem Beschwerdegegner das jeweils Vorteilhaftere zuspreche, einerseits die Quote von 10 % aus dem Arbeitsvertrag/Beiblatt und andererseits den zeitlichen Anspruch auf Carried Interest für nach dem Ausscheiden des Arbeitnehmers bezahlte Performance Fees aus dem AVZ/"Blatt Carried Interest Pool". Entweder sei die Beteiligungsquote zu reduzieren oder der zeitliche Anwendungsbereich der Berechtigung zu kürzen.
5.2.2 Die Vorinstanz hat erwogen, dass der AVZ für die Ermittlung des hypothetischen Parteiwillens am nächsten liegen. Dabei sei auf die sogenannte Leaver-Regelung ("Leave of an Employee") abzustellen, um den Anspruch auf Carried Interest in zeitlicher Hinsicht zu bestimmen. Obwohl die Beschwerdeführerin im Oktober 2001 den AVZ überarbeitet habe (üAVZ), sei für die Ergänzung des Arbeitsvertrages nach wie vor der AVZ beizuziehen, da nur dieser genehmigt und unterzeichnet worden sei.
Die Frage könne offen gelassen werden, ob die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner begründeten Anlass zur Kündigung gegeben habe und ob der Beschwerdegegner als "good leaver" im Sinne von Ziff. 4.1 oder aber als "bad leaver" im Sinne von Ziff. 4.2 lit. c AVZ zu betrachten sei, was zu einer Reduktion seines Anteils pro rata temporis für das laufende "Vintage-Jahr" (zwölfmonatige Periode, während welcher Investitionen getätigt werden) führen würde. Es sei von der Beschwerdeführerin zudem nie geltend gemacht worden, dass der Beschwerdegegner nach Beendigung seines Arbeitsverhältnisses im Sinne von Art. 4.2 lit. a (i) AVZ konkurrenzierend tätig geworden sei. Die Investitionen in die Gesellschaft "Q._" würden das Jahr 2001 betreffen, weshalb eine allfällige Kürzung des Anspruchs des Beschwerdegegners für das Jahr 2002 diese Investition nicht beschlagen. Das "Blatt Carried Interest Pool" stelle ein starkes Indiz dar, dass der Beschwerdegegner aus Sicht der Beschwerdeführerin auch an den vor Arbeitsbeginn getätigten Anlagen zu beteiligen sei. Somit habe der Beschwerdegegner Anspruch auf 100 % seiner Quote an den Pools der früheren Vintage-Jahre, da dieser nicht davon abhängig gemacht werde, ob der Arbeitnehmer im Zeitpunkt des tatsächlichen Anfalls noch bei der Beschwerdeführerin beschäftigt sei. Deshalb sei der Arbeitsvertrag dahin gehend zu ergänzen, dass der Beschwerdegegner an den Pool-Erträgen der im Jahre 2001 getätigten Investitionen partizipiere, unabhängig davon, dass sein Arbeitsvertrag per 30. September 2002 aufgelöst wurde.
5.2.3 Die sogenannten "Leaver-Regelungen" bestimmen, ob und in welchem Umfang ein Gründer, Geschäftsführer oder sonstiger Mitarbeiter, der aus einem Unternehmen ausscheidet, seine Beteiligungsrechte behalten darf. Dabei handelt es sich um eine gängige Regelung in Beteiligungsverträgen im Private Equity-Bereich.
Die Beschwerdeführerin hat in ihren AVZ eine solche Leaver-Regelung vorgesehen, wobei sie festgehalten hat, wie es sich mit dem Carried Interest-Anspruch des Arbeitnehmers verhält, wenn dieser sein Arbeitsverhältnis auflöst. Die Beschwerdeführerin hat den AVZ und damit auch die Leaver-Regelung genehmigt und unterzeichnet, weshalb mit der Vorinstanz davon ausgegangen werden kann, dass sie diese Regelung ausdrücklich gewollt hat. Zwar trifft es zu, dass die Beschwerdeführerin in einem späteren Zeitpunkt ihren AVZ überarbeitet (üAVZ) und darin die Leaver-Regelung in Ziff. 4.2 betreffend der Definition des "bad leavers" etwas abgeändert hat. Die Vorinstanz hat aber verbindlich festgestellt, dass sich die beiden Fassungen hinsichtlich der Frage, ob die Zugehörigkeit zur Beschwerdeführerin im Zeitpunkt des Anfalls überhaupt eine Voraussetzung für den Anspruch des Beschwerdegegners darstellt, nicht unterscheiden.
Es ist demnach nicht ersichtlich, inwiefern der Beschwerdegegner durch diese Vertragsergänzung privilegiert behandelt wurde. Bei einer Vertragsergänzung müssen die Vorstellungen und Erwartungen beider Vertragsparteien beachtet werden. Dass die Ergänzung nicht vollständig zur Zufriedenheit der Beschwerdeführerin ausgefallen ist, hat sie sich selber zuzuschreiben, indem sie sich zur Einrichtung eines derart komplexen Vergütungssystems im Arbeitsvertrag verpflichtete, ohne die entsprechenden Einzelheiten in diesem Zeitpunkt genau auszuhandeln.
Die Beteiligungsquote von 10 % des Anspruchs auf Carried Interest ergibt sich aus dem Arbeitsvertrag. Es ist nicht ersichtlich, weshalb von diesem Prozentsatz abgewichen werden sollte. Die vorinstanzliche Vertragsergänzung gestützt auf den AVZ hinsichtlich des zeitlichen Anspruchs auf Carried Interest ist nicht zu beanstanden und verletzt kein Bundesrecht.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, der Beschwerdegegner habe kein Anspruch auf Carried Interest, mangels Äufnung des Pools und wegen unzulässiger Einzelbetrachtung anstelle einer Gruppenbetrachtung.
6.1.1 Die Beschwerdeführerin hält der Vorinstanz vor, sie habe nicht geprüft, ob die Investoren der Beschwerdeführerin überhaupt zur Zahlung von Performance Fees verpflichtet gewesen seien und ob sie diese bezahlt hätten. Die Beteiligung an einem Carried Interest stehe unter der Bedingung, dass "etwas im Pool sei". Sie bringt unter Verweis auf die kantonalen Rechtsschriften und die zu diesem Zeitpunkt eingereichten Akten vor, dass sich die Investoren nicht zur Bezahlung von Performance Fees verpflichtet hätten. Da der fragliche Sachverhaltsaspekt entscheidrelevant sei, seien die Voraussetzungen für eine Ergänzung des von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalts erfüllt (Art. 95 lit. a i.V.m. Art. 105 Abs. 2 BGG), eventualiter sei der angefochtene Entscheid zufolge unvollständiger Sachverhaltsfeststellung aufzuheben (Art. 95 lit. a i.V.m Art. 97 Abs. 1 BGG).
6.1.2 Im Arbeitsvertrag und dem dazugehörenden Beiblatt wurde die Beteiligung des Beschwerdegegners am Carried Interest sowie die Höhe der zugrunde liegenden Performance Fee vertraglich festgesetzt.
Die Beschwerdeführerin verkennt, dass sich eine Arbeitgeberin, welche sich zu einer bestimmten erfolgsabhängigen Vergütung im Arbeitsvertrag verpflichtet hat, dieser Verpflichtung nicht dadurch entschlagen kann, dass sie mit den Investoren keine dieser Verpflichtung konforme Vereinbarung trifft. Die Vorinstanz hat sich demnach zu Recht nicht mit dieser Frage befasst. Die Rüge ist unbegründet.
6.2 Im Zusammenhang mit der Berechnung des Anspruchs des Beschwerdegegners auf Carried Interest hält die Beschwerdeführerin der Vorinstanz schliesslich vor, es sei nicht auf den Erfolg der einzelnen Investitionen, sondern auf den Erfolg einer Kategorie von Investitionen abzustellen. Indem die Vorinstanz auf eine "Einzelbetrachtung" abgestellt habe anstelle einer "Gruppenbetrachtung", habe sie mit ihrer Vertragsauslegung gegen das Vertrauensprinzip verstossen und Art. 1 und Art. 18 OR verletzt.
6.2.1 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass die Parteien über die Frage, wie der Erfolg einer Private Equity Investment-Gesellschaft gemessen werde, keinen übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen bekundet haben. Aus diesem Grund sei der Arbeitsvertrag nach dem Vertrauensprinzip auszulegen.
Es werde im Beiblatt nicht erwähnt, dass innerhalb der vier möglichen Gruppen ("XY._ investment", "Fund of Fund product", "Third party Investments" und "Direct Investment Product") eine Gesamtbetrachtung stattfinden solle, indem Performance Fees mit ungenügenden Renditen mit anderen Investitionen "verrechnet" werden sollen. Der Beschwerdegegner habe somit davon ausgehen können, dass die Berechnung für jeden Fonds bzw. für jede Investition gesondert vorgenommen werde. Demzufolge sei jedes Produkt geeignet, eine Performance Fee abzuwerfen, weshalb für die Berechnung der Performance Fee von einer Individualbetrachtung der einzelnen Investitionen auszugehen sei.
6.2.2 Die Vorinstanz hat den Arbeitsvertrag und das Beiblatt zutreffend nach dem Vertrauensprinzip ausgelegt, nachdem kein übereinstimmender wirklicher Wille festgestellt werden konnte, und dabei in Anwendung der allgemeinen Grundsätze der Vertragsauslegung erwogen, dass nicht vom Wortlaut abzuweichen sei, solange keine ernsthaften Gründe dafür sprechen (<ref-ruling> E. 2.5 S. 122; <ref-ruling> E. 3a S. 267).
Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass bei der Beschwerdeführerin überproportionale Gewinnbeteiligungen gewöhnlich für jeden Fonds bzw. für jede Investition gesondert erfolgen. Nachdem im Beiblatt eine Gruppenbetrachtung nicht erwähnt wird, konnte demnach auch der Beschwerdegegner nach Treu und Glauben davon ausgehen, dass die angewendete Einzelbetrachtung auch auf das mit der Beschwerdeführerin vereinbarte Entlöhnungsmodell anwendbar ist. Das Vorbringen der Beschwerdeführerin, eine Einzelbetrachtung sei dem Private Equity fremd und überdies auch allzu risikobehaftet, lässt die Vertragsauslegung der Vorinstanz nach dem Vertrauensprinzip nicht bundesrechtswidrig erscheinen, weshalb sich die Beschwerde auch in diesem Punkt als unbegründet erweist.
7. Die Beschwerde erweist sich als insgesamt unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. März 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze