wird festgestellt und in Erwägung gezogen:
1.- a) K._ ist Eigentümer der Parzelle Appenzell Nr. 000 "O._", H._, im Halt von ca. 3,4 ha.
Das Grundstück gehört zur Landwirtschaftszone und umfasst ca. 249 a Wiesland, 47 a Wald, 44 a Streue und ein Wohnhaus mit angebautem Stall. K._ übernahm die Liegenschaft im Jahre 1990 aus der Verwandtschaft und bewirtschaftete sie bis 1996 von G._ aus. Danach gab er die landwirtschaftliche Tätigkeit auf und verpachtete das Land und den Stallteil an einen ortsansässigen Landwirt. Am 17. Mai 1999 erhielt er die Bauerlaubnis zum Abbruch und Neubau des Wohnhauses.
In der Folge führte er das Bauvorhaben aus.
Am 30. August 1999 ersuchte K._ um eine Ausnahmebewilligung zur Abparzellierung des Wohnhauses mit ca.
1'000 m2 Umschwung. Am 6. September 1999 wies der Präsident der Bodenrechtskommission Appenzell I.Rh. das Gesuch ab.
Während der Rechtshängigkeit der von K._ beim Kantonsgericht Appenzell I.Rh. dagegen erhobenen und in der Folge sistierten Beschwerde erteilte das kantonale Bau- und Umweltdepartement (Raumplanungsamt) am 17. März 2000 die Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 des Raumplanungsgesetzes zur Umnutzung des Wohnhauses zu zonenfremden Wohnzwecken.
Mit Urteil vom 30. Mai 2000 wies das Kantonsgericht Appenzell I.Rh. (Abteilung Verwaltungsgericht) die Beschwerde ab. Eine von K._ dagegen erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde wurde vom Bundesgericht mit Entscheid vom 9. November 2000 (5A. 25/2000) gutgeheissen, der Entscheid des Kantonsgerichts Appenzell I.Rh. vom 30. Mai 2000 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen. Dabei stellte das Bundesgericht fest, dass die Voraussetzungen zur Erteilung der anbegehrten Ausnahme nach BGBB erfüllt seien. Da das Kantonsgericht die Überprüfung des Begehrens unter dem Gesichtspunkt einer Umgehung der Vorschriften über die Belastungsgrenze ausdrücklich vorbehalten hatte, ohne sich weiter dazu zu äussern, wies das Bundesgericht die Sache zur Vervollständigung der Prüfung zurück, wobei es allerdings beifügte, dass nicht recht einzusehen sei, inwiefern die mit der Abparzellierung der nichtlandwirtschaftlichen Wohnbaute von Gesetzes wegen verbundene Entlassung aus dem Geltungsbereich des BGBB und damit auch aus dem Anwendungsbereich der Massnahmen zur Verhütung der Überschuldung eine Umgehung dieser Vorschriften darstellen sollte.
b) Mit Urteil vom 26. Juni 2001 wies das Kantonsgericht Appenzell I.Rh. die Beschwerde von K._ erneut ab. Unter Hinweis darauf, dass der Beschwerdeführer die Liegenschaft erst vor ungefähr zehn Jahren übernommen habe, schon nach sechs Jahren die Selbstbewirtschaftung aufgegeben und das Land verpachtet und 1999 ein Gesuch um Abbruch und Neubau des Wohnhauses gestellt habe und schon während der Bauzeit - bei sonst unverändert gebliebenen rechtlichen und tatsächlichen Gegebenheiten - ein Gesuch um Abparzellierung eingereicht habe, könne der Grund dafür aufgrund des zeitlichen Ablaufs und der weiteren Umstände nur in Problemen der Fremdfinanzierung, d.h. eben in der Belehnungsgrenze gemäss <ref-law> gesucht werden. Eine weitere Begründung des Gesuchs, insbesondere mit veränderten Verhältnissen, fehle.
Mit der Abparzellierung werde offensichtlich nur versucht, die Belehnungsgrenze für landwirtschaftliche Liegenschaften auszuschalten, was nichts anderes als eine Umgehung der Massnahmen zur Verhinderung der Überschuldung im Sinne von <ref-law> darstelle, was dem Sinn und Zweck des bäuerlichen Bodenrechts zuwiderlaufe.
c) Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 19. September 2001 verlangt K._, das Urteil des Kantonsgerichts Appenzell I.Rh. vom 26. Juni 2001 aufzuheben und das Gesuch um Ausnahme vom Zerstückelungsverbot für landwirtschaftliche Grundstücke, die nicht zu einem Gewerbe gehören, sowie die Entlassung des Wohnhauses Assek. Nr. 000 mit rund 1'000 m2 Umschwung ab der Liegenschaft Kat. Nr. 000/000 "O._", Appenzell, Parz. Nr. 000 Appenzell, aus dem Geltungsbereich des Bundesgesetzes über das bäuerliche Bodenrecht zu bewilligen. Eventuell sei die Angelegenheit zur Beweisergänzung und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
In seiner Vernehmlassung vom 19. Oktober 2001 beantragt das Bundesamt für Justiz die Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
2.- Gemäss <ref-law> (SR 211. 412.11) bewilligt die kantonale Bewilligungsbehörde Ausnahmen vom Realteilungs- und Zerstückelungsverbot, wenn das landwirtschaftliche Gewerbe oder Grundstück in einen Teil innerhalb und in einen Teil ausserhalb des Geltungsbereiches dieses Gesetzes aufgeteilt wird. In seinem Entscheid vom 9. November 2000 (5A. 25/2000) hat das Bundesgericht in Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde von K._ festgehalten, dass die Voraussetzungen zur Erteilung der anbegehrten Ausnahme erfüllt sind. Es hat die Sache nur darum zur Überprüfung zurückgewiesen, weil das Kantonsgericht die Überprüfung unter dem Gesichtspunkt einer Umgehung der Vorschriften über die Belastungsgrenze vorbehalten hatte, ohne sich dabei näher dazu zu äussern.
3.- Gemäss <ref-law> dürfen landwirtschaftliche Grundstücke nur bis zur Belastungsgrenze mit Grundpfandrechten belastet werden. Die Anwendung der Vorschriften über die Belastungsgrenze setzen selbstverständlich voraus, dass ein Grundstück unter dem Geltungsbereich des BGBB steht. Wird das Grundstück aus dem Geltungsbereich des BGBB entlassen, ist die Nichtanwendbarkeit von Art. 73 ff.
BGBB direkte rechtliche Folge der Freistellung. Sind die Voraussetzungen zur Ausnahme vom Realteilungs- und Zerstückelungsverbot gegeben, wie das Bundesgericht bereits im früheren Entscheid festgestellt hat, und wird das Grundstück in einen Teil innerhalb und in einen Teil ausserhalb des Geltungsbereiches dieses Gesetzes aufgeteilt, so fällt dieser Teil nicht mehr unter die Massnahmen zur Verhütung der Überschuldung bzw. unter <ref-law>. Gesetzliche Folgen dieser Ausnahmebewilligung können keine Gesetzumgehung sein. Nicht zu sehen ist, was der "zeitliche Ablauf" daran ändern soll. Was sodann das Kantonsgericht mit den "weiteren Umständen" meint, bleibt im Dunkeln.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist gutzuheissen, das Urteil des Kantonsgerichts Appenzell I.Rh. vom 26. Juni 2001 aufzuheben und K._ die nachgesuchte Bewilligung zu erteilen.
Demnach erkannt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Kantonsgerichts Appenzell I.Rh., Abteilung Verwaltungsgericht, vom 26. Juni 2001 aufgehoben.
2.- Die Ausnahmebewilligung vom Zerstückelungsverbot gemäss <ref-law> wird erteilt und das Wohnhaus Assek. Nr. 000 mit rund 1'000 m2 Umschwung ab der Liegenschaft Kat. Nr. 000/000 "O._", Appenzell, Parz. Nr. 000 Appenzell, aus dem Geltungsbereich des BGBB entlassen.
3.- Es wird keine Gerichtsgebühr erhoben.
4.- Der Kanton Appenzell I.Rh. hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5.- Das Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Kantonsgericht Appenzell I.Rh. (Abteilung Verwaltungsgericht) sowie dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 11. Dezember 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: