Sachverhalt:
A. Am 10. Februar 1994 reichte Y._ gegen X._ beim Bezirksgericht Meilen die Scheidungsklage wegen tiefer Zerrüttung der Ehe (aArt. 142 ZGB) ein. Gestützt auf <ref-law> sprach das Bezirksgericht am 18. August 2000 die Scheidung der Parteien aus und regelte die Nebenfolgen. Im Rahmen der güterrechtlichen Auseinandersetzung verpflichtete es die Ehefrau zu einer Ausgleichszahlung, zur Übereignung von Gesellschaftsrechten und zur Herausgabe von Steuererklärungen im Hinblick auf die Beteiligung an der Rückerstattung von Verrechnungssteuern an den Ehemann. Dagegen wandte sich dieser an das Obergericht des Kantons Zürich, welches seine Berufung am 20. Januar 2003 guthiess und die Sache zur Durchführung eines ergänzenden Beweisverfahrens und zur Neubeurteilung an die Erstinstanz zurückwies. Am 24. Dezember 2004 sprach das Bezirksgericht die Scheidung der Parteien aus und am 8. Dezember 2006 befand es erneut über deren güterrechtlichen Ansprüche.
B. Das Obergericht bestätigte am 15. Juli 2008 das Urteil des Bezirksgerichts, soweit es auf die erneute Berufung von X._ eintrat. Dagegen gelangte X._ sowohl an das Kassationsgericht des Kantons Zürich als auch an das Bundesgericht. Mit Zirkulationsbeschluss vom 22. Juli 2009 wurde die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten war.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 15. September 2008 beantragt X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) dem Bundesgericht, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt eine güterrechtliche Auseinandersetzung, mithin eine Zivilsache mit Vermögenswert. Die gesetzliche Streitwertgrenze ist überschritten. Angefochten wird einzig das Urteil des Obergerichts. Soweit der Beschwerdeführer der Vorinstanz die Verletzung von Bundesrecht vorwirft, erweist sich das angefochtene Urteil als letztinstanzlich. Die Beschwerde in Zivilsachen ist damit grundsätzlich gegeben (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 BGG in Verbindung mit <ref-law>/ZH).
1.2 Der Antrag des Beschwerdeführers lautet auf Aufhebung des angefochtenen Urteils und Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz. Damit wird er der reformatorischen Natur der Beschwerde nicht gerecht (<ref-law>). Aus der am Ende der Rechtsschrift verlangten Anweisung an die Vorinstanz, seine Ansprüche zu beurteilen, kann bei grosszügiger Auslegung immerhin geschlossen werden, dass er die im kantonalen Verfahren unter dem Titel Güterrecht verlangten Begehren erneuert.
1.3 Wegen fehlender Letztinstanzlichkeit kann indes nicht auf die Kritik des Beschwerdeführers eingetreten werden, wonach die Vorinstanzen sein Begehren um Aufteilung der Antiquitäten nicht behandelt und seine Darlegungen zur Festlegung der güterrechtlichen Ausgleichszahlung nicht berücksichtigt hätten. Die fast wortgleichen Vorbringen finden sich auch in der Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht und wurden von diesem beurteilt, soweit sie prozessual zulässig und als Nichtigkeitsgrund im Sinne von <ref-law>/ZH zu verstehen waren.
1.4 Nicht eingetreten werden kann schliesslich auf den Vorwurf des Beschwerdeführers, die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens seien vom Obergericht in Verletzung von Bundesrecht festgelegt worden. Diese richten sich nach kantonalem Recht und können wegen Verletzung klaren materiellen Rechts mit Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht angefochten werden (<ref-law>/ZH; FRANK/STRÄULI/MESSMER, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, 3. Auflage 1997, N. 47a zu <ref-law>). Insoweit erweist sich das angefochtene Urteil nicht als letztinstanzlich.
1.5 Im Übrigen genügt der Beschwerdeführer seiner Begründungspflicht gemäss <ref-law> nicht, wenn er einfach zwei bundesrechtliche Vorschriften anführt (Art. 205 Abs. 2 und Art. 201 Abs. 2 ZGB), um daraus einen Zuweisungsanspruch auf die zwischen den Parteien strittigen Antiquitäten abzuleiten, zumal das Obergericht einen entsprechenden Antrag als verspätet betrachtet und das Kassationsgericht dies nicht beanstandet hat. Auch aus seinem Vorwurf, die Beschwerdegegnerin hätte vom Obergericht für die schlechte Vermögensverwaltung mitverantwortlich erklärt und zu einer Entschädigung an ihn verpflichtet werden müssen, lässt sich nicht in nachvollziehbarer Weise entnehmen, inwieweit die Vorinstanz hier Bundesrecht verletzt haben sollte, zumal diese darauf mangels substantiierter Vorbringen gar nicht eintrat, welches Vorgehen vom Kassationsgericht im Ergebnis ebenfalls nicht beanstandet wurde. Der Beschwerdeführer hätte sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinander setzen und anführen müssen, inwiefern diese Bundesrecht verletzen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Dies ist weder hinsichtlich des geltend gemachten Zuweisungsanspruches noch des Schadenersatzes der Fall.
2. In der Sache ist einzig der massgebliche Zeitpunkt für die güterrechtliche Auseinandersetzung strittig. Der Beschwerdeführer besteht darauf, dass dies der 1. Januar 2000 sei, an welchem Datum das neue Scheidungsrecht in Kraft getreten ist. Demgegenüber stellte die Vorinstanz auf die Einreichung der Scheidungsklage am 10. Februar 1994 ab.
2.1 Am 1. Januar 2000 ist das Bundesgesetz vom 26. Juni 1998 über die Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (sog. neues Scheidungsrecht) in Kraft getreten. Dadurch wurden die Eheschliessung, die Ehescheidung und Ehetrennung samt den Nebenfolgen und dem Verfahren neu geregelt (Art. 90 bis 149 ZGB). Auf bereits hängige Scheidungsverfahren kommt das neue Recht zur Anwendung (Art. 7b Abs. 1 SchlTZGB). Diese Übergangsregelung beschränkt sich auf die von der Revision erfassten Bereiche. Damit findet das bereits am 1. Januar 1988 in Kraft getretene Bundesgesetz vom 5. Oktober 1984 über die Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches (sog. neues Eherecht) nach wie vor unverändert Anwendung. Dies gilt insbesondere für das in <ref-law> geregelte eheliche Güterrecht (BRUNO SUTER, Übergangsrecht, in: Das neue Scheidungsrecht, 1999, S. 164; THOMAS GEISER, Übersicht zum Übergangsrecht des neuen Scheidungsrechts, in: Vom alten zum neuen Scheidungsrecht, 1999, S. 256 N. 6.24). Konkret bedeutet dies, dass die güterrechtliche Auseinandersetzung der sich am 1. Januar 2000 in Scheidung befindenden Ehegatten nach dem bereits und weiterhin geltenden Eherecht vorzunehmen ist.
2.2 Die güterrechtliche Auseinandersetzung ist im vorliegenden Fall nach den Regeln der Errungenschaftsbeteiligung vorzunehmen (<ref-law>). Errungenschaft und Eigengut jedes Ehegatten werden nach ihrem Bestand bei Auflösung des Güterstandes ausgeschieden. Was sich in diesem Moment im Vermögen eines Ehegatten befindet, wird der einen oder andern Masse zugeordnet (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 2). Als Zeitpunkt der Auflösung des Güterstandes gilt bei Scheidung der Ehe der Tag, an dem das Begehren eingereicht worden ist (<ref-law>). Hernach beeinflussen Veränderungen im Bestand des Vermögens eines Ehegatten die güterrechtliche Auseinandersetzung nicht mehr, womit insbesondere keine neue Errungenschaft entstehen kann. Massgebend für die Bewertung ist hingegen der Zeitpunkt der Auseinandersetzung (<ref-law>). Die für den Bestand und die Bewertung massgebenden Zeitpunkte fallen mithin auseinander und führen dazu, dass nach Klageeinreichung eingetretene Wertveränderungen berücksichtigt werden müssen (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 243).
2.3 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz wurde die Scheidungsklage am 10. Februar 1994 eingereicht, welches Datum als massgeblicher Stichtag für die Auflösung des Güterstandes gelte. Der Umstand, dass von der Klägerin auf den Zeitpunkt des Inkrafttretens des neuen Scheidungsrechts am 1. Januar 2000 der neue Klagegrund von <ref-law> geltend gemacht wurde, sei in diesem Zusammenhang nicht von Belang. Dieser beruhe ausschliesslich auf einer Gesetzesänderung und bestehe unabhängig von einem parteiseits neu eingebrachten oder neu bewirkten Scheidungsgrund. Die Revision des Scheidungsrechts betreffe das Güterrecht nicht.
2.4 Der Beschwerdeführer erachtet für die güterrechtliche Auseinandersetzung nicht den Zeitpunkt der Einreichung der Scheidungsklage, sondern des Inkrafttretens des neuen Scheidungsrechts als massgebend. Offenbar steht der Bestand des Vermögens für ihn im Vordergrund, da er allfällige Bewertungsfragen nicht aufwirft. Dabei nimmt er zum übergangsrechtlichen Aspekt des vorliegenden Falles mit keinem Wort Stellung (vgl. E. 2.1). Er begründet seinen Standpunkt im Wesentlichen mit dem Hinweis, dass er in gesetzeswidriger Weise nach neuem Recht geschieden worden sei, wobei jedoch dieses Urteil nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet. Daher sei die güterrechtliche Auseinandersetzung pragmatisch und ergebnisbezogen auch auf dessen Inkrafttreten vorzunehmen, ansonsten er weitere Schädigungen erleide. Mit diesen nur teilweise verständlichen Vorbringen genügt der (anwaltliche vertretene) Beschwerdeführer den gesetzlichen Begründungsanforderungen in keiner Weise (E. 1.5).
3. Nach dem Gesagten ist der Beschwerde insgesamt kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. November 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Hohl Gut