Sachverhalt:
A. Die Firma A._ AG erhielt von der Arbeitslosenkasse Basel-Land für die Monate Januar bis Oktober 2010 Kurzarbeitsentschädigungen. Im Nachgang zur Betriebskontrolle vom 17. März 2011 verfügte das Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) am 21. März 2011, die Firma A._ AG habe der Arbeitslosenkasse die in dieser Zeit bezogenen Entschädigungen in der Höhe von Fr. 109'415.15 zurückzuerstatten, weil die Versicherungsleistungen unrechtmässig bezogen worden seien. Daran hielt das SECO mit Einspracheentscheid vom 16. Mai 2011 fest.
B. Das Bundesverwaltungsgericht wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 14. Juni 2012 ab.
C. Die Firma A._ AG lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und dabei die Aufhebung des Entscheids des Bundesverwaltungsgerichts und des Einspracheentscheids des SECO beantragen.
Das SECO schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Der Instruktionsrichter gewährt der Beschwerde mit Verfügung vom 22. Oktober 2012 antragsgemäss die aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>; Ausnahme: Beschwerden gemäss <ref-law> [<ref-law>]). Wie die Sachverhaltsfeststellung ist auch die vorinstanzliche Ermessensbetätigung im Verfahren vor Bundesgericht nur beschränkt überprüfbar. Eine Angemessenheitskontrolle (vgl. <ref-ruling> E. 6 S. 81 [zu Art. 132 lit. a OG]) ist dem Gericht verwehrt; es hat nur zu prüfen, ob die Vorinstanz ihr Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt, mithin überschritten, unterschritten oder missbraucht hat (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Ausschluss von Arbeitnehmern vom Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung, deren Arbeitszeit nicht ausreichend kontrollierbar ist, zutreffend wiedergegeben. Danach schreibt insbesondere <ref-law> vor, dass die genügende Kontrollierbarkeit des Arbeitsausfalls eine betriebliche Arbeitszeitkontrolle voraussetzt. Von dieser formellen Beweisvorschrift darf nur abgewichen werden, wenn deren Anwendung im Einzelfall überspitzt formalistisch erscheint, d.h. die prozessuale Formenstrenge exzessiv ist, durch kein schutzwürdiges Interesse gerechtfertigt ist, zum blossen Selbstzweck wird und die Verwirklichung des materiellen Rechts in unhaltbarer Weise erschwert oder gar verhindert (<ref-ruling> E. 5.4.1 S. 183 f. mit Hinweisen). Darüber hinaus bleiben Gesetzesanwender und Gericht an die vom Bundesrat im Rahmen des ihm durch den Gesetzgeber zugestandenen Ermessens erlassene Verfahrensvorschrift von <ref-law> gebunden. Insbesondere ist es nicht statthaft, das eigene Ermessen an Stelle desjenigen des Bundesrats zu setzen: So genügt etwa nicht, einen anderen Lösungsansatz als dem Einzelfall besser Rechnung tragend zu betrachten (Urteil C 115/06 vom 4. September 2006 E. 1.1).
3. Das Bundesverwaltungsgericht hat in Würdigung der Aktenlage und Parteivorbringen festgestellt, die von der Beschwerdeführerin angerufenen Formulare "Rapporte über die wirtschaftlich bedingten Ausfallstunden" stellten selbst dann keine rechtsgenügliche Zeiterfassung dar, wenn diese - wie von der Beschwerdeführerin behauptet und auf Grund der 50%igen Reduktion des Arbeitspensums von täglich acht auf vier Stunden auch denkbar - tatsächlich (zugleich) als betriebliche Arbeitszeitkontrolle verwendet worden seien; denn abgesehen vom Februar 2009 seien die Arbeitsstunden, soweit von Hand erfasst, offensichtlich immer von derselben Person eingetragen worden, wobei die jeweils als Zahl 4 angegebene Anzahl von Arbeitsstunden immer exakt gleich, insbesondere in derselben Ausrichtung, geschrieben wurde, weshalb zusätzlich fraglich sei, ob die Formulare denn auch tatsächlich jeweils fortlaufend ausgefüllt werden seien; auch seien bei ausnahmslos immer gleich langer Arbeitsdauer Zweifel angebracht, ob die angegebene Arbeitszeit der tatsächlich geleisteten Arbeitszeit entspräche; zudem räume selbst die Beschwerdeführerin ein Abweichen im Minutenbereich ein; es fehle mit anderen Worten an der rechtsprechungsgemäss geforderten echtzeitlichen detaillierten Erfassung der effektiv geleisteten Arbeitszeit, als dass von einer betrieblichen Arbeitszeitkontrolle im Sinne von <ref-law> gesprochen werden könne.
3.1 Die Beweiswürdigung im Allgemeinen, einschliesslich die Würdigung von Indizien und fallbezogenen Wahrscheinlichkeitsüberlegungen, betreffen Tatfragen, die das Bundesgericht lediglich auf offensichtliche Unrichtigkeit und Rechtsfehlerhaftigkeit hin zu überprüfen befugt ist (<ref-law>). Blosse Zweifel an der Richtigkeit der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung ändern an deren Verbindlichkeitswirkung gemäss <ref-law> nichts. In eine antizipierte Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236; <ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 4b S. 94) greift das Bundesgericht nur ein, wenn sie willkürlich und damit offensichtlich unhaltbar ist, namentlich wenn sie eine prozessuale Vorschrift oder einen unumstrittenen Grundsatz des Beweisrechts krass verletzt oder sonst wie in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 7.1 S. 51 und 132 III 209 E. 2.1 S. 211, je mit Hinweisen).
3.2 Die Beschwerdeführerin erachtet die aus dem Schriftbild und der fortwährend identisch eingetragenen Arbeitsdauer gezogene Schlussfolgerung der fehlenden detaillierten echtzeitlichen Erfassung der effektiv geleisteten Arbeitsstunden als "reichlich" willkürlich. Zur Begründung verweist sie auf die geringe Auswahl von möglichen Aufzeichnenden bei lediglich zwei Mitarbeitern im Betrieb und dem geringen "Gestaltungsspielraum" beim Notieren der Zahl vier.
3.3 Die Beschwerdeführerin übersieht bei ihren Vorbringen, dass die Aussagekraft einer Arbeitszeiterfassung sehr wohl insbesondere dann herabgesetzt sein kann, wenn diese auf manuellen Notizen von Personen beruhen, die während der geltend gemachten Arbeitszeit gar nicht anwesend waren. Dies war zumindest für eine der beiden von der Kurzarbeit betroffenen, von der Beschwerdeführerin als mögliche Aufzeichner angerufenen Personen unstreitig der Fall, arbeiteten diese doch jeweils zu unterschiedlichen Zeiten ohne jegliche Überschneidungen (Vor- oder Nachmittag). Ein echtzeitliches Aufzeichnen der tatsächlich geleisteten Arbeitszeit des anderen aus eigener Wahrnehmung ist dergestalt ausgeschlossen. Mit Blick auf das einheitliche Schriftbild erscheint sodann die vorinstanzliche Tatsachenannahme einer nicht fortlaufend echtzeitlich erfolgten Aufzeichnung der effektiv geleisteten Arbeitszeiten im Formular "Rapporte über die wirtschaftlich bedingten Ausfallstunden" keineswegs als willkürlich; auch wenn eine Person erfahrungsgemäss eine bestimmte Zahl stets ähnlich schreibt, finden sich beim auf verschiedene Tage verteilten manuellen Erfassen einer Zahl in einer Tabellenzeile ordentlicherweise erkennbare Unterschiede, die sich etwa aus dem exakten Standort der aufgeführten Zahlen, der Schrifthöhe, dem Schriftfluss allgemein, dem Schriftdruck, dem verwendeten Schreibgerät oder anderem ergeben; derartiges ist vorliegend indessen nicht ansatzweise auszumachen.
3.4 Insgesamt lässt sich die von der Vorinstanz vorgenommene Würdigung des als Nachweis für den Arbeitszeitausfall ins Recht gelegten Formulars "Rapporte über die wirtschaftlich bedingten Ausfallstunden" als untaugliches Beweismittel letztinstanzlich nicht beanstanden. Daran ändert der an sich zu Recht angebrachte Hinweis nichts, wonach im Formular zusätzlich auch Ferien- und andere Abwesenheiten eingetragen seien: Dies vermag das Fehlen einer detaillierten echtzeitlichen Arbeitszeiterfassung nicht zu ersetzen.
4. In einem nächsten Schritt prüfte das kantonale Gericht, ob die Voraussetzungen für einen Verzicht auf das Erfordernis einer Arbeitszeitkontrolle gemäss E. 2 hiervor gegeben sein könnten. Dabei kam es zum Schluss, trotz der von der Beschwerdeführerin praktizierten Vorgabe an die Mitarbeiter von fixen Blockzeiten (ein Mitarbeiter von 08.00 bis 12.00 Uhr; der andere von 13.30 bis 17.30 Uhr) könne nicht von einer überspitzt formalistischen Vorgehensweise des SECO gesprochen werden, wenn es in Nachachtung von <ref-law> mangels betrieblicher Arbeitszeitkontrolle den Arbeitszeitausfall als nicht hinreichend kontrollierbar bezeichnete.
Diese Einschätzung der Vorinstanz lässt sich nicht beanstanden. Das Festhalten an der formellen Beweisvorschrift kann nicht als überspitzt formalistisch bezeichnet werden. Denn wie von der Vorinstanz unter Hinweis auf das Urteil C 115/06 vom 4. September 2006 E. 2.2 dargelegt, soll mit der Vorgabe einer echtzeitlichen, detaillierten Aufzeichnung der geleisteten Arbeitszeiten auch für Firmen mit fix vorgegebenen Arbeitsstunden den besonderen Umständen Rechnung getragen werden, in welchen sich solche Firmen bei eingeführter Kurzarbeitzeit befinden. Denn auch bei geringem Arbeitsanfall ist es denkbar, dass gewisse Restarbeiten an einzelnen Tagen über die ordentliche Tagesarbeitszeit hinaus erledigt werden. Dies kann etwa in einem Betrieb wie der Beschwerdeführerin, in welchem der grösste Teil der Arbeitszeit aus dem Telefonhüten besteht, dadurch bedingt sein, dass erst gegen Ende der vorgegebenen Blockzeit ein Anruf Arbeiten auslöst, die direkt erledigt werden oder zumindest so aufzubereiten sind, als damit ein spätere Arbeitsfortführung sinnvoll ermöglicht wird. Deshalb ist auch nicht entscheidend, wie umfangreich die tatsächlich durchschnittlich anfallenden Büroarbeiten pro Tag waren. Zwar mag in concreto ein solches Risiko im Vergleich zu anderen Betrieben als geringer eingestuft werden, indessen ausgeschlossen werden können solche Situationen nicht, weshalb es aus rechtlicher Sicht auch nicht zu beanstanden ist, wenn die Vorinstanz das Führen einer Arbeitszeitkontrolle auch bei der Beschwerdeführerin als anspruchsvoraussetzend betrachtet. Das Festhalten an einer echtzeitlichen, detaillierten Arbeitszeitkontrolle dient dergestalt nicht dem blossen Selbstzweck.
5. Anschliessend prüfte die Vorinstanz in Nachachtung der Vorbringen der Beschwerdeführerin, ob bei dieser durch das Verhalten des KIGA oder der Kasse eine Vertauenssituation geschaffen worden ist, die eine vom materiellen Recht abweichende Behandlung gebietet.
5.1 Abgeleitet aus dem Grundsatz von Treu und Glauben, welcher den Bürger in seinem berechtigten Vertrauen auf behördliches Verhalten schützt, können nämlich falsche Auskünfte von Verwaltungsbehörden dies unter bestimmten Voraussetzungen gebieten. Unterbleibt eine Auskunft entgegen gesetzlicher Vorschrift oder obwohl sie nach den im Einzelfall gegebenen Umständen geboten war, hat die Rechtsprechung dies der Erteilung einer unrichtigen Auskunft gleichgestellt (zum Ganzen: <ref-ruling> E. 5 S. 480 mit zahlreichen Hinweisen).
5.2 Die Vorinstanz verneinte das Vorliegen eine besonderen Vertrauenssituation. Die Beschwerdeführerin erachtete diese indessen als gegeben und erneuert letztinstanzlich ihre Vorbringen.
5.2.1 Soweit die Beschwerdeführerin einen Vertauensschutz in einer ungenügenden Information über die Anspruchsvoraussetzung der betrieblichen Arbeitszeitkontrolle begründet sehen will, ist zunächst auf das von der Vorinstanz dazu Ausgeführte zu verweisen.
Wie die Beschwerdeführerin selbst einräumt, wurde sie im Vorverfahren vom KIGA auf das Erfordernis einer betrieblichen Arbeitszeitkontrolle hingewiesen, indem in den Verfügungen betreffend Kurzarbeit unter "Wichtige Hinweise betreffend Kurzarbeitsentschädigung" folgendes aufgeführt wurde: "Gemäss <ref-law> besteht nur dann eine Anspruchsberechtigung, wenn der Ausfall bzw. die Arbeitszeit ausreichend kontrollierbar ist. Für von Kurzarbeit betroffene Arbeitnehmende muss eine betriebliche Arbeitszeitkontrolle (z.B. Stempelkarten, Stundenrapporte) geführt werden, welche täglich über die geleisteten Arbeitsstunden inkl. allfälliger Mehrstunden, die wirtschaftlich bedingten Ausfallstunden sowie über die übrigen Absenzen wie z.B. Ferien, Krankheit, Unfall oder Militärdienst Auskunft gibt". Eine diesbezüglich weitergehende Informationspflicht lässt sich aus <ref-law> nicht ableiten (in diesem Sinne bereits Urteil C 115/06 vom 4. September 2006 E. 3.2). Ob der Beschwerdeführerin die vom SECO herausgegebene, unter www.treffpunkt-arbeit.ch abrufbare Informationsbroschüre für Arbeitgeber und Arbeitgeberinnen "Info-Service Kurzarbeitsentschädigung" ausgehändigt worden ist, wie von der Vorinstanz festgestellt, aber letztinstanzlich bestritten wird, braucht in diesem Zusammenhang nicht näher erörtert zu werden, gehen die darin zur Frage "Welche Anforderungen muss eine betriebliche Arbeitszeitkontrolle erfüllen?" in Rz. 7 der Ausgabe 2009 getätigten Ausführungen nicht weiter.
5.2.2 Ebenfalls nichts zu ihren Gunsten kann die Beschwerdeführerin aus dem Argument ableiten, die betreffenden Kurzarbeitsentschädigungen seien jeweils ohne Beanstandungen zur Auszahlungen gelangt, weshalb sie (für die Zukunft) in guten Treuen davon ausgegangen sei, sämtliche Anspruchsvoraussetzungen zu erfüllen. Zwar hat die Kasse - ähnlich wie bei der Schlechtwetterentschädigung (Art. 48 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>) - nach der gesetzlichen Konzeption vor der Auszahlung u.a. auch die persönlichen Anspruchsvoraussetzungen nach <ref-law> zu prüfen, worunter auch die ausreichende Kontrollierbarkeit der Arbeitszeit zählt (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 79 f; zum Spannungsverhältnis Prüfungsdichte und zeitige Auszahlung siehe <ref-ruling> E. 2c S. 386 f.). Indessen wird mit der (allenfalls zu Unrecht erfolgten) Auszahlung allein keine Zusicherung für die kommenden Abrechnungsperioden gemacht; anders zu beurteilen wäre die Angelegenheit allenfalls, wenn die Kasse auf konkrete Anfrage hin der Beschwerdeführerin ausdrücklich bestätigt hätte, dass das verwendete bzw. zur Verwendung vorgesehene Kontrollsystem den Anforderungen an eine betrieblichen Arbeitszeitkontrolle gemäss <ref-law> genügen würde.
6. Letztlich stehen sämtliche Leistungen unter dem Vorbehalt der Rückerstattung, sofern die Leistungszusprechung zweifellos unrichtig und ihre Berichtigung von erheblichen Bedeutung ist. Dies gilt selbst dann, wenn - wie hier sinngemäss geltend gemacht - die Versicherungseinrichtung die Unrichtigkeit bereits ursprünglich hätte erkennen können. Dem Rückforderungsanspruch mit dem Ziel, die gesetzliche Ordnung wiederherzustellen, sind allerdings zeitliche Grenzen gesetzt: Er muss innert Jahresfrist seit zumutbarer Kenntnis des rückforderungsbegründenden Sachverhalts verfügt sein und die Leistungszahlungen nicht mehr als fünf Jahre zurückliegen; vorbehalten sind längere strafrechtliche Verjährungsfristen (für die Arbeitslosenversicherung: <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Selbst wenn die Leistungsausrichtung (auch) auf einen Fehler des Versicherungsträgers zurück gehen sollte - wie vorliegend von der Beschwerdeführerin behauptet - beginnt die einjährige Frist nicht mit der Leistungsausrichtung zu laufen; massgebend ist vielmehr der spätere Zeitpunkt, in welchem der Versicherungsträger anlässlich einer Kontrolle zumutbarerweise den Fehler hätte entdecken können (<ref-ruling> E. 2a S. 383 mit Hinweisen; vgl. auch Urteil 9C_493/2012 vom 25. September 2012 E. 4). Soweit sich die Unrechtmässigkeit des Leistungsbezugs aus dem Handelsregistereintrag ergibt, hat sich der Versicherungsträger allerdings die Publizitätswirkung des Registers entgegenhalten zu lassen (<ref-ruling> E. 5b S. 275; ARV 2010 S.289 [Urteil 8C_719/2009 vom 10. Februar 2010]). Dies ist vorliegend indessen nicht der Fall. Die Rückforderung wurde dergestalt offenkundig fristgerecht geltend gemacht.
7. Insgesamt lässt sich der angefochtene Entscheid nicht beanstanden.
8. Die Gerichtskosten werden ausgangsgemäss der Beschwerdeführerin auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonalen Amt für Industrie, Gewerbe und Arbeit Baselland und dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Dezember 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Grünvogel