Sachverhalt:
A.
Mit Klage vom 10. Juli 2012 vor dem Handelsgericht des Kantons Aargau stellte die B._ AG (Klägerin) gegen die A._ AG (Beklagte) das Rechtsbegehren, die Beklagte sei kostenfällig zu verurteilen, der Klägerin den Betrag von Fr. 131'480.55 (Restwerklohnforderung) zuzüglich Verzugszins zu bezahlen, und der in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes Zürich 5 erhobene Rechtsvorschlag sei in diesem Umfang aufzuheben.
Mit Urteil vom 15. Mai 2014 hiess das Handelsgericht die Klage teilweise gut. Es verurteilte die Beklagte, der Klägerin Fr. 128'900.95 zu bezahlen (Dispositiv Ziff. 1), beseitigte den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes Zürich 5 für den Betrag von Fr. 128'900.95 "unter der Voraussetzung, dass die Klägerin die Bedingung im zweitletzten Absatz der Gewährleistungsgarantie der Bank C._ AG Nr. yyy vom 13. Mai 2014 auf den Betrag von Fr. 128'900.95 anpassen lasse" (Dispositiv Ziff. 2), auferlegte der Beklagten die Gerichtskosten (Dispositiv Ziff. 3.1) und sprach der Klägerin eine Parteientschädigung zu (Dispositiv Ziff. 3.2).
Eine von der Beklagten dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil 4A_439/2014 vom 16. Februar 2015 teilweise gut, da die Verurteilung der Beklagten zur Zahlung der Restlohnforderung nur bedingt auszusprechen sei und eine Beseitigung des Rechtsvorschlages auf Anerkennungsklage hin das Vorliegen einer unbedingten Schuldpflicht voraussetze. Es hob entsprechend das Urteil vom 15. Mai 2014 auf und verurteilte die Beklagte in teilweiser Gutheissung der Klage, der Klägerin Fr. 128'900.95 zu bezahlen unter der Voraussetzung, dass die Klägerin entweder die Bedingung im zweitletzten Absatz der Gewährleistungsgarantie Nr. yyy der Bank C._ AG vom 13. Mai 2014 auf den Betrag von Fr. 128'900.95 anpassen lässt oder eine auf den Betrag von Fr. 128'900.95 lautende Garantie einer schweizerischen Grossbank oder einer Kantonalbank mit gleichem Wortlaut zugunsten der Beklagten beibringt. Im Übrigen wies das Bundesgericht Beschwerde und Klage ab. Ferner wies es die Sache zu neuer Entscheidung über die Kosten des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurück. Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren auferlegte es der Beklagten und verpflichtete diese zur Zahlung einer Parteientschädigung an die Klägerin.
B.
Das Handelsgericht entschied mit Urteil vom 6. März 2015 neu über die Verlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens. Es auferlegte die Gerichtskosten von Fr. 12'100.-- wiederum der Beklagten und verpflichtete diese erneut, der Klägerin eine Parteientschädigung von Fr. 22'300.-- zu bezahlen.
C.
Die Beklagte beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen vom 13. April 2015, das Urteil des Handelsgerichts vom 6. März 2015 sei aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Eventualiter sei das Urteil vom 6. März 2015 aufzuheben und wie folgt neu zu fassen:
"1. Die Gerichtskosten für das Verfahren vor Handelsgericht von Fr. 12'100.00 werden der Beklagten zu 2/3, d.h. im Umfang von Fr. 8'066.65, und der Klägerin zu 1/3, d.h. im Umfang von Fr. 4'033.35, auferlegt. Die Gerichtskosten werden mit den von der Klägerin geleisteten Kostenvorschüssen von Fr. 9'172.00 verrechnet. Der Fehlbetrag von Fr. 2'928.00 hat die Beklagte zu bezahlen. Die Beklagte hat der Klägerin Fr. 5'138.65 direkt zu überweisen.
2. Die Beklagte hat der Klägerin eine Parteientschädigung in gerichtlich festgesetzter Höhe von Fr. 7'440.00 zu bezahlen."
Die Klägerin (Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hält an der im angefochtenen Urteil vertretenen Rechtsauffassung fest.

Erwägungen:
1.
Der angefochtene Entscheid des Handelsgerichts ist ein Endentscheid (Art. 90 BGG) in einer Zivilsache (Art. 72 Abs. 1 BGG). Gegen Entscheide der als einzige kantonale Instanzen im Sinne von Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG urteilenden Handelsgerichte (Art. 6 ZPO) ist die Beschwerde an das Bundesgericht streitwertunabhängig gegeben (<ref-ruling> E. 1.2). Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung - auf die Beschwerde einzutreten ist.
2.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör fliessenden Pflicht zur Begründung ihres Entscheides nicht genügt, indem sie die Kosten des Verfahrens vor dem Handelsgericht ohne Begründung gleich verlegt habe wie bereits in ihrem ersten Entscheid vom 15. Mai 2014, obwohl die Beschwerdegegnerin (nach dem Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts) im handelsgerichtlichen Verfahren nur mit einem von zwei Rechtsbegehren teilweise durchgedrungen sei. Dass die Beschwerdegegnerin hinsichtlich ihrem zweiten Rechtsbegehren - der Beseitigung des Rechtsvorschlages - vollständig unterlegen sei, werde mit keinem Wort erwähnt. Die Vorinstanz begründe nicht, weshalb und inwieweit die bloss bedingte Zusprechung des Rechtsbegehrens gemäss Ziffer 1 und das vollständige Unterliegen im betreibungsrechtlichen Punkt keine Auswirkungen auf die Kostenverteilung haben solle, obwohl sich diese nach Obsiegen und Unterliegen richte.
2.1. Die im Gehörsanspruch (Art. 29 Abs. 2 BV) enthaltene Begründungspflicht verlangt von der Behörde, ihren Entscheid so zu begründen, dass der Betroffene den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Die Begründung muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die es seinen Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 3.2.4 S. 41; <ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188).
2.2. Die Vorinstanz hielt im angefochtenen Entscheid fest, die handelsgerichtlichen Prozesskosten seien bei teilweiser Gutheissung der Klage ausgangsgemäss der Beschwerdeführerin aufzuerlegen. Es könne bezüglich des Obsiegens- bzw. Unterliegensausmasses (...) auf die zutreffende Erwägung 12 des Urteils des Handelsgerichts vom 15. Mai 2014 verwiesen werden.
In Erwägung 12.2 jenes Urteils wird bezüglich der Kostenverlegung folgendes ausgeführt:
"Die Prozesskosten werden in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt (Art. 106 Abs. 1 ZPO). Hat keine Partei vollständig obsiegt, so werden sie nach dem Ausgang des Verfahrens verteilt (Art. 106 Abs. 2 ZPO). Vorliegend obsiegt die Klägerin bezogen auf ihren eingeklagten Anspruch mit rund 98 % und damit beinahe vollständig. Ein derart überwiegendes Obsiegen wird bei der Verteilung der Prozesskosten praxisgemäss nicht berücksichtigt (BSK ZPO-Rüegg, 2. Aufl., 2013 Art. 106 N. 3 m.w.N.) Folglich sind die Prozesskosten vollumfänglich von der Beklagten zu tragen."
Aus dem Verweis auf diese Erwägung ergibt sich ohne weiteres, dass das Handelsgericht der Ansicht ist, die bloss bedingte Zusprechung der Forderung von Fr. 128'900.95 (statt der unbedingten Zusprechung) und die Abweisung des Rechtsbegehrens auf Rechtsöffnung in diesem Umfang (statt der Gewährung einer bedingten Rechtsöffnung) ändere nichts daran, dass die Beschwerdegegnerin im Verfahren insgesamt beinahe vollständig obsiegt habe. Dem Entscheid lassen sich damit die wesentlichen Erwägungen entnehmen, auf welche die Vorinstanz ihren Entscheid gestützt hat, und der Beschwerdeführerin ist es danach möglich, den Entscheid sachgerecht anzufechten. Damit wird er den vorstehend genannten Begründungsanforderungen ohne weiteres gerecht und die Gehörsrüge erweist sich als unbegründet.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt weiter, der angefochtene Entscheid verletze Art. 106 ZPO, indem darin das Unterliegen der Beschwerdegegnerin bei der Kostenverteilung überhaupt nicht berücksichtigt werde und der nur teilweise unterliegenden Beschwerdeführerin sämtliche Kosten auferlegt würden.
3.1. Art. 106 Abs. 1 ZPO stellt den Grundsatz auf, dass die Prozesskosten der unterliegenden Partei auferlegt werden. Hat keine Partei vollständig obsiegt, so werden die Prozesskosten nach dem Ausgang des Verfahrens verteilt (Art. 106 Abs. 2 ZPO). Diese Regelung räumt dem Richter bei der Kostenverteilung ein weites Ermessen ein (Urteile 4A_80/2013 vom 30. Juli 2013 E. 6.4; 4A_364/2013 vom 5. März 2014 E. 18; Denis Tappy, in: CPC, Code de procédure civile commenté, Bohnet und andere [Hrsg.], 2011, N. 3 und 24 zu Art. 106 ZPO; vgl. auch zur ähnlichen Regelung im BGG: Bernard Corboz, in: Commentaire de la LTF, Corboz und andere [Hrsg.], 2. Aufl. 2014, N. 34 ff. zu Art. 66 BGG). Art. 106 Abs. 2 ZPO spricht generell vom "Ausgang des Verfahrens". Danach kann der Richter bei der Kostenverteilung insbesondere auch das Gewicht der einzelnen Rechtsbegehren innerhalb eines Rechtsstreits berücksichtigten (Alexander Fischer, in: Schweizerische Zivilprozessordnung, Baker & McKenzie [Hrsg.], 2010, N. 7 zu Art. 106 ZPO; Tappy, a.a.O., N. 34 zu Art. 106 ZPO; Adrian Urwyler, in: Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO], Kommentar, Brunner und andere [Hrsg.], 2011, N. 5 zu Art. 106 ZPO; Thomas Geiser, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 13 zu Art. 66 BGG) wie auch den Umstand, dass eine Partei in einer grundsätzlichen Frage (vorliegend: grundsätzliche Berechtigung der Werklohnforderung) obsiegt hat, was für die ähnliche Situation, dass die Klage zwar grundsätzlich, nicht aber in der Höhe der Forderung gutgeheissen wurde, überdies in Art. 107 Abs. 1 lit. a ZPO ausdrücklich vorgesehen ist (Urteile 4A_523/2013 vom 31. März 2014 E. 8.2; 4A_80/2013 vom 30. Juli 2013 E. 6.4; Tappy, a.a.O., N. 34 zu Art. 106 ZPO; Viktor Rüegg, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2013, N. 3 zu Art. 106 ZPO; Urwyler, a.a.O., N. 5 zu Art. 106 ZPO). In der Praxis wird in der Regel ein geringfügiges Unterliegen im Umfang von einigen Prozenten nicht berücksichtigt (Urteil 4A_364/2013 vom 5. März 2014 E. 18; Rüegg, a.a.O., N. 3 zu Art. 106 ZPO; David Jenny, in Sutter-Somm und andere [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], 2. Aufl. 2013, N. 10 zu Art. 106 ZPO, der diese Praxis allerdings bei hohen Streitwerten für gesetzeswidrig hält; s. auch Tappy, a.a.O., N. 34 zu Art. 106 ZPO).
Ermessensentscheide, zu denen der Entscheid über die Kostenverlegung nach Art. 106 Abs. 1 und 2 ZPO nach dem vorstehend Ausgeführten zählt, prüft das Bundesgericht mit Zurückhaltung. Es schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn Tatsachen berücksichtigt wurden, die keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn umgekehrt Umstände ausser Betracht geblieben sind, die zwingend hätten beachtet werden müssen. In derartige Ermessensentscheide wird ferner eingegriffen, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 11.2; <ref-ruling> E. 2.1.3., 669 E. 3.1 S. 671, je mit Hinweisen).
3.2. Die Beschwerdeführerin begründet nicht, inwiefern die Vorinstanz ihr Ermessen in diesem Sinn fehlerhaft ausgeübt haben soll, weshalb ihre Beschwerde in diesem Punkt von vornherein nicht von Erfolg gekrönt sein kann (Art. 42 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116; <ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 1.4).
Wenn sie geltend macht, es bestehe gestützt auf Art. 106 ZPO kein Raum, der nur teilweise unterliegenden Partei sämtliche Kosten aufzuerlegen, so will sie damit zu Unrecht der Vorinstanz jegliches Ermessen im vorstehend aufgezeigten Sinn absprechen.
Ferner macht die Beschwerdeführerin geltend, es sei "Fakt", dass die Beschwerdegegnerin nicht nur betreffend der Höhe der Forderung nicht vollständig durchgedrungen sei, sondern die Forderung zusätzlich nur bedingt zugesprochen worden sei. Hinsichtlich des zweiten Rechtsbegehrens, der Beseitigung des Rechtsvorschlages, sei die Beschwerdegegnerin sodann vollumfänglich unterlegen. Die Interessen, die hinter der Beseitigung des Rechtsvorschlages stünden, seien gewichtig, weil eine solche erlaubt hätte, die Fortsetzung der Betreibung zu verlangen. Nach den gesamten Umständen hätte die Vorinstanz die Prozesskosten der Beschwerdegegnerin mindestens zu einem Drittel auferlegen müssen. Mit diesen Vorbringen präsentiert die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht indessen bloss ihre eigene Sicht der Dinge und übt frei gehaltene Kritik an der Ermessensausübung der Vorinstanz, ohne indessen einen Ermessensfehler seitens derselben aufzuzeigen. Darauf kann nicht eingetreten werden.
Lediglich ergänzend ist festzuhalten, dass ein Ermessensfehler auch nicht erkennbar ist. Die strittige Werklohnforderung wurde der Beschwerdegegnerin im Prozess im Grundsatz fast vollumfänglich zugesprochen. Die Nichtberücksichtigung ihres Unterliegens im Umfang von bloss rund 2 % kritisiert die Beschwerdeführerin nicht. Sodann durfte die Vorinstanz im Rahmen ihres Ermessens das Unterliegen insoweit als geringfügig gewichten, als die Forderung nur unter der Bedingung zugesprochen wurde, dass die Gewährleistungsgarantie auf den zugesprochenen Betrag angepasst wird, zumal der Eintritt dieser Bedingung von der Beschwerdegegnerin ohne weiteres bewirkt werden können dürfte und sich die weiteren Einwendungen der Beschwerdeführerin gegen die Vertragskonformität der bereits gestellten Garantie als unbegründet erwiesen hatten (Urteil des Bundesgerichts vom 16. Februar 2015 E. 6.2 in fine). Ebenso ist das Interesse der Beschwerdegegnerin an der sofortigen Rechtsöffnung als gering einzustufen, da die Beschwerdeführerin aufgrund des Bundesgerichtsurteils vom 16. Februar 2015 den zugesprochenen Betrag nach Anpassung der Bankgarantie vernünftigerweise bezahlen wird, ohne die Einleitung eines Verfahrens auf definitive Rechtsöffnung im Sinne von Art. 80 Abs. 1 SchKG durch die Beschwerdegegnerin abzuwarten. Auch das Bundesgericht bewertete in seinem Urteil vom 16. Februar 2015 die bloss bedingte Zusprechung der Forderung und die Nichtbeseitigung des Rechtsvorschlags als im Verhältnis zu der von der Beschwerdeführerin beantragten Klageabweisung als untergeordnete Punkte und auferlegte der Beschwerdeführerin entsprechend die gesamten Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (Erwägung 9).
4.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. September 2015
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Der Gerichtsschreiber: Widmer