A.- Mit Verfügung vom 11. Juni 2001 sprach die IV- Stelle des Kantons Thurgau dem 1984 geborenen, an einem psychoorganischen Syndrom (POS) leidenden O._ berufliche Eingliederungsmassnahmen in Form der Übernahme der behinderungsbedingten Mehrkosten einer erstmaligen beruflichen Ausbildung zu. Inhalt der Ausbildung sollte eine vom 6. August 2001 bis 31. Juli 2003 dauernde BBT-Anlehre zum Lagermitarbeiter in der Institution X._ bilden.
Die Leistungen der Invalidenversicherung umfassen gemäss der Verfügung die Ausbildungskosten in der Institution X._, ein Taggeld ab 1. Oktober 2002 sowie Reisekosten von A._ nach B._. Abgelehnt wurde die Übernahme sämtlicher Kosten für Schulbücher, Lehrmaterial, Exkursionen und Berufskleidung, der Reisekosten vom Wohnort Z._ zur Berufsschule in R._ und vom Wohnort bis A._ (Teilstück des Arbeitswegs nach B._) sowie die Ausrichtung eines Zehrgeldes für auswärtige Verpflegung.
B.- Die dagegen erhobene Beschwerde hiess die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau in dem Sinne gut, dass sie die Verwaltungsverfügung aufhob und feststellte, dass berufliche Massnahmen für die Zeit vom 6. August 2001 bis
31. Juli 2004 (erstmalige berufliche Ausbildung in Form einer dreijährigen, ebenfalls in der Institution X._ zu absolvierenden Lehre als Logistikassistent an Stelle der zweijährigen Anlehre als Lagermitarbeiter) zuzusprechen seien, wobei die IV-Stelle zusätzlich zu den bereits in der Verfügung aufgezählten behinderungsbedingten Mehrkosten auch die Kosten der Fahrt zur Berufsschule in R._ (Teilstück ab A._) sowie ein Zehrgeld zu übernehmen habe (Entscheid vom 9. November 2001).
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt die IV-Stelle die Aufhebung des kantonalen Entscheids und die Wiederherstellung der Verwaltungsverfügung.
Der Versicherte und die Vorinstanz schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Nach Art. 16 Abs. 1 IVG haben Versicherte, die noch nicht erwerbstätig waren und denen infolge Invalidität bei der erstmaligen beruflichen Ausbildung in wesentlichem Umfange zusätzliche Kosten entstehen, Anspruch auf Ersatz dieser Kosten, sofern die Ausbildung den Fähigkeiten des Versicherten entspricht. Als erstmalige berufliche Ausbildung gilt gemäss Art. 5 Abs. 1 IVV jede Berufslehre oder Anlehre sowie, nach Abschluss der Volks- oder Sonderschule, der Besuch einer Mittel-, Fach- oder Hochschule und die berufliche Vorbereitung auf eine Hilfsarbeit oder auf die Tätigkeit in einer geschützten Werkstätte.
b) Laut Art. 5 Abs. 3 IVV werden die aus der erstmaligen beruflichen Ausbildung entstehenden zusätzlichen Kosten ermittelt, indem die Kosten der Ausbildung des Invaliden den mutmasslichen Aufwendungen gegenübergestellt werden, die bei der Ausbildung eines Gesunden zur Erreichung des gleichen beruflichen Zieles notwendig wären. Hatte der Versicherte vor Eintritt der Invalidität schon eine Ausbildung begonnen oder hätte er ohne Invalidität offensichtlich eine weniger kostspielige Ausbildung erhalten, so bilden die Kosten dieser Ausbildung die Vergleichsgrundlage für die Berechnung der invaliditätsbedingten zusätzlichen Aufwendungen.
Anrechenbar im Rahmen von Art. 5 Abs. 3 IVV sind unter anderem die Transportkosten (Art. 5 Abs. 4 IVV). Diese sind somit als Bestandteil der Ausbildungskosten anzusehen und in die nach Art. 5 Abs. 3 IVV vorzunehmende Vergleichsrechnung einzubeziehen (AHI 1998 S. 113 Erw. 3a).
c) Bei auswärtiger Verpflegung vergütet die Versicherung vorbehältlich tariflicher Vereinbarungen die Beträge nach Art. 90 Abs. 4 lit. a und b IVV (Art. 5 Abs. 6 lit. a IVV in der seit 1. Januar 1998 geltenden Fassung). Eine Leistungspflicht der Invalidenversicherung setzt voraus, dass die auswärtige Verpflegung wegen der konkret in Frage stehenden erstmaligen beruflichen Ausbildung erforderlich ist und die entsprechenden Kosten ohne Behinderung nicht anfallen würden (vgl. ZAK 1990 S. 102 Erw. 2b mit Hinweisen und Erw. 3b).
2.- a) Umstritten ist zunächst, ob die Vorinstanz dem Beschwerdegegner zu Recht an Stelle der zweijährigen Anlehre eine dreijährige Lehre zugesprochen hat. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz hätte darüber nicht entscheiden dürfen, da die dreijährige Lehre nicht Gegenstand der Verwaltungsverfügung vom 11. Juni 2001 gewesen sei.
b) Im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren sind grundsätzlich nur Rechtsverhältnisse zu überprüfen bzw. zu beurteilen, zu denen die zuständige Verwaltungsbehörde vorgängig verbindlich - in Form einer Verfügung - Stellung genommen hat. Insoweit bestimmt die Verfügung den beschwerdeweise weiterziehbaren Anfechtungsgegenstand. Umgekehrt fehlt es an einem Anfechtungsgegenstand und somit an einer Sachurteilsvoraussetzung, wenn und insoweit keine Verfügung ergangen ist (<ref-ruling> Erw. 1a, 119 Ib 36 Erw. 1b, je mit Hinweisen).
c) Verwaltungsverfügungen sind nicht ausschliesslich auf Grund ihres Wortlauts, sondern nach ihrem tatsächlichen rechtlichen Bedeutungsgehalt zu verstehen (<ref-ruling> Erw. 1a mit Hinweisen). Die IV-Stelle sprach dem Beschwerdeführer die Übernahme der Mehrkosten der vom 6. August 2001 bis 31. Juli 2003 dauernden Anlehre als Lagermitarbeiter im Sinne einer beruflichen Eingliederungsmassnahme zu.
Diese Anlehre schliesst notwendigerweise die gleichzeitige Absolvierung einer Lehre als Logistikassistent aus. Gegenstand der Verfügung vom 11. Juni 2001 war demzufolge nicht nur die Zusprechung der Anlehre, sondern gleichzeitig auch die Ablehnung jeder anderen damit nicht vereinbaren beruflichen Eingliederungsmassnahme. Mit der Verfügung vom 11. Juni 2001 wurde demzufolge eine erstmalige berufliche Ausbildung in Form der dreijährigen Lehre als Logistikassistent verweigert, woran der Umstand nichts ändert, dass diese damals gar nicht zur Diskussion stand. Die Lehre als Logistikassistent bzw. deren Übernahme als erstmalige berufliche Ausbildung bildet deshalb Teil des Anfechtungs- und Streitgegenstandes. Die Vorinstanz konnte demnach darüber befinden.
d) Materiell ist zu Recht unbestritten, dass die Voraussetzungen der Übernahme der behinderungsbedingten Mehrkosten der dreijährigen Lehre als Logistikassistent durch die Invalidenversicherung im Sinne einer erstmaligen beruflichen Ausbildung nach Art. 16 IVG erfüllt sind. Die Vorinstanz hat dem Beschwerdegegner daher zu Recht diese berufliche Eingliederungsmassnahme zugesprochen. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist insoweit unbegründet.
3.- Streitig ist ausserdem, ob die IV-Stelle im Rahmen der durch sie als berufliche Eingliederungsmassnahme zu übernehmenden Lehre auch die Kosten des Transports zur Berufsschule zu tragen sowie ein Zehrgeld auszurichten hat.
a) Die Vorinstanz hat eine Verpflichtung der Invalidenversicherung zur Übernahme der Kosten des Transports vom Wohnort Z._ nach R._ (ab A._) bejaht mit der Begründung, nicht behinderte Lehrlinge aus dem Kanton Thurgau absolvierten in der Regel Berufsschulen in Frauenfeld, Weinfelden oder Kreuzlingen, während der Beschwerdeführer behinderungsbedingt auf den Besuch der Berufsschule in R._ angewiesen sei. Diese Argumentation übersieht, dass im Rahmen der Vergleichsrechnung gemäss Art. 5 Abs. 3 IVV, in welche die Transportkosten einzubeziehen sind (Erw. 1b hievor), die Kosten der Ausbildung der behinderten Person denjenigen Kosten gegenüberzustellen sind, welche einer nicht behinderten Person entstehen, die dasselbe Berufsziel erreichen will. Eine Ausnahme gilt laut der zitierten Bestimmung nur dann, wenn die versicherte Person ohne Invalidität offensichtlich eine andere, weniger kostspielige Ausbildung erhalten hätte, wofür vorliegend keine Anhaltspunkte bestehen. Falls, wie die IV-Stelle geltend macht, die Kosten des Transports nach R._ auch einer nicht behinderten Person in der gleichen ausbildungs- und wohnmässigen Situation entstehen würden, weil für die Ausbildung als Logistikassistent keine günstiger gelegene Berufsschule zur Verfügung steht, handelt es sich nicht um behinderungsbedingte Mehrkosten (vgl. AHI 1998 S. 113 f.
Erw. 3c). Die Sache ist insoweit an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie die entsprechende Feststellung der IVStelle überprüfe.
b) Die mit der erstmaligen beruflichen Ausbildung verbundenen Kosten auswärtiger Verpflegung werden nicht in die Vergleichsrechnung gemäss Art. 5 Abs. 3 IVV einbezogen (Umkehrschluss aus Art. 5 Abs. 4 IVV). Auch diesbezüglich ist jedoch erforderlich, dass die zusätzlichen Kosten wegen der Invalidität entstehen (Erw. 1c hievor). Die Vorinstanz erachtete diese Voraussetzung als erfüllt, indem sie erwog, der Beschwerdeführer sei auf eine Ausbildung in einem geschützten Rahmen in B._ angewiesen. Dadurch entstehe ihm ein Weg, welcher eine auswärtige Verpflegung notwendig mache, während ohne Behinderung eine Ausbildung an einem näher gelegenen Ort und damit die Einnahme des Mittagessens zu Hause möglich wäre. Die IV-Stelle macht demgegenüber geltend, auch eine gesunde, am gleichen Ort wohnhafte Person, welche dieselbe Ausbildung absolviere, habe nicht die Möglichkeit, das Mittagessen zu Hause einzunehmen. Auswärtige Verpflegung sei daher bei Absolvierung einer Lehre als Logistikassistent vom Wohnort des Beschwerdeführers aus unvermeidlich, und die entsprechenden Kosten seien nicht behinderungsbedingt.
Die Vorinstanz, die sich dazu nicht geäussert hat, wird auch die dieser Beurteilung zu Grunde liegenden Feststellungen der IV-Stelle zur Lage in Frage kommender Lehrstellen als Logistikassistent und zur Dauer der Mittagspause überprüfen und über den entsprechenden Vergütungsanspruch des Beschwerdeführers neu befinden.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne
teilweise gutgeheissen, dass der Entscheid der AHV/IVRekurskommission
des Kantons Thurgau vom 9. November
2001, soweit er die Übernahme der Kosten des Transports
von A._ nach R._ und eines Zehrgeldes
durch die Invalidenversicherung betrifft, aufgehoben
wird, und es wird die Sache an die Vorinstanz
zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre.
Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde
abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau, der Ausgleichskasse des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 24. Juni 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: