Faits:
A. A._, née en 1988, a obtenu le permis de conduire catégorie B à l'essai en février 2007. Le 30 avril 2008, un retrait de permis d'un mois avec une prolongation d'un an de la période probatoire a été prononcé à son encontre, en raison d'un accident survenu le 16 février 2008 à la suite d'une perte de maîtrise due à une vitesse inadaptée. La faute a été qualifiée de moyennement grave.
Le 7 mai 2008 à Neuchâtel, alors qu'elle débouchait d'une bretelle d'autoroute marquée par un "cédez le passage", A._ s'est engagée sans accorder la priorité à un véhicule qui circulait normalement. Un heurt violent s'en est suivi. Par ordonnance pénale du 10 juin 2008, le Ministère public du canton de Neuchâtel a condamné A._ à 350 fr. d'amende, en application de l'<ref-law>. Ce prononcé n'a pas été contesté.
Invitée à se déterminer à propos d'une éventuelle sanction administrative, A._ fit valoir, par son avocat, que l'endroit de l'accident était particulièrement dangereux en raison de la visibilité réduite. L'annulation du permis à l'essai, avec l'obligation de repasser l'examen de conduite, serait disproportionnée par rapport à la faute commise; elle entraverait l'intéressée - alors en formation - dans sa mobilité et l'empêcherait d'acquérir l'expérience nécessaire pour éviter ce genre d'accident.
B. Par décision du 24 juillet 2008, la Commission des mesures administratives en matière de circulation routière du canton de Fribourg (CMA) a annulé le permis de conduire à l'essai, dès lors que sa titulaire avait commis une seconde infraction, moyennement grave, entraînant un retrait. Il y avait lieu par conséquent de reprendre à zéro toutes les formations nécessaires (sensibilisation au trafic, formation pratique de base) et de repasser entièrement tous les examens (examens théoriques et pratique).
C. Par arrêt du 5 novembre 2008, la IIIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg a confirmé cette dernière décision. L'état de fait retenu au pénal liait l'autorité administrative et les offres de preuve (inspection locale et production de statistiques sur les accidents survenus au même endroit) devaient être écartées. L'infraction commise, soit la violation d'une règle de priorité, était de gravité moyenne impliquant un retrait obligatoire du permis de conduire pour un mois au minimum. Les nouvelles dispositions sur le permis à l'essai étaient d'une sévérité accrue, voulue par le législateur. La caducité du permis à l'essai impliquait la répétition de l'ensemble de la formation et des examens prévus, après délivrance d'une expertise attestant l'aptitude à la conduite.
D. A._ forme un recours en matière de droit public. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et à la constatation qu'un nouveau permis d'élève conducteur pourra lui être délivré un an après la commission de l'infraction. Subsidiairement, elle demande le renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision après complément d'instruction. Elle demande l'effet suspensif.
Le Tribunal cantonal, la CAM et l'Office fédéral des routes (OFROU) concluent au rejet du recours.
La demande d'effet suspensif a été rejetée par ordonnance du 8 janvier 2009.
La recourante a répliqué.

Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des <ref-law>, est ouverte contre une décision de dernière instance cantonale au sujet d'une mesure administrative de retrait ou d'annulation du permis de conduire. La recourante a qualité pour agir au sens de l'art. 89 al. 1 let. a et b LTF. Le recours est formé en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale non susceptible de recours devant le Tribunal administratif fédéral; il est recevable au regard des art. 42, 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
2. La recourante invoque son droit d'être entendue, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. et 59 du code de procédure et de juridiction administrative du canton de Fribourg (CPJA). Elle reproche à la CMA d'avoir refusé d'administrer les preuves requises (inspection locale et production de statistiques sur le nombre d'accidents survenus à la jonction de Serrières), sans motiver cette décision; le vice ne pouvait être réparé en seconde instance puisqu'il portait sur des questions d'appréciation pour lesquelles l'autorité de recours n'avait pas de libre pouvoir d'examen. Le Tribunal cantonal aurait par ailleurs omis de procéder à une appréciation anticipée des preuves en considérant que l'état de fait retenu au pénal ne pouvait pas être contesté, alors que la recourante demandait un simple complément en vue du prononcé d'une mesure administrative.
2.1 La nature formelle du droit d'être entendu n'empêche pas une autorité de recours de remédier à un défaut de motivation qui entacherait la décision d'une autorité inférieure. S'agissant de l'obligation de motiver, imposée notamment par la disposition constitutionnelle de l'art. 29 al. 2 Cst. ainsi que par une disposition spécifique du droit cantonal de procédure, la recourante ne saurait arguer que l'autorité cantonale de recours ne disposerait pas d'un pouvoir d'examen suffisant. L'art. 77 CPJA précise d'ailleurs que le recours cantonal peut être formé pour violation du droit, y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation, ainsi que pour constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents.
2.2 Selon les principes rappelés par la cour cantonale, les autorités administratives appelées à prononcer un retrait du permis de conduire ne peuvent en principe pas s'écarter des constatations de fait d'un jugement pénal entré en force (<ref-ruling> consid. 3c/aa p. 104; <ref-ruling> consid. 3c/aa p. 164; <ref-ruling> consid. 1 p. 204; <ref-ruling> consid. 4 p. 774; <ref-ruling> consid. 1a p. 19; <ref-ruling> consid. 1b p. 273 s.; <ref-ruling> consid. 5 p. 774 s.). Cela vaut également lorsque la décision pénale a été rendue, comme en l'espèce, à l'issue d'une procédure sommaire, en se fondant uniquement sur le rapport de police, notamment lorsque la personne impliquée savait ou aurait dû prévoir, en raison de la gravité des faits qui lui sont reprochés, qu'il y aurait également une procédure de retrait de permis. Dans cette situation, la personne impliquée est tenue, en vertu des règles de la bonne foi, de faire valoir ses moyens dans le cadre de la procédure pénale, le cas échéant en épuisant les voies de recours à sa disposition. Elle ne peut pas attendre la procédure administrative pour exposer ses arguments (<ref-ruling> consid. 3c/aa p. 104; <ref-ruling> consid. 3a p. 217 s.).
2.3 En requérant des compléments d'instruction sur le caractère dangereux du lieu de l'accident, la recourante entendait remettre en cause la gravité de sa faute, sur la base de faits qui n'ont pas été retenus dans le prononcé pénal. Compte tenu des principes rappelés ci-dessus, une telle démarche n'était pas admissible, ce que la cour cantonale a dûment rappelé. Son refus d'instruire ne viole dès lors pas le droit d'être entendu.
2.4 Pour les mêmes motifs, les griefs relatifs à l'établissement des faits (<ref-law>) doivent être écartés: le prononcé pénal n'ayant pas été contesté - alors que la recourante, était à même de se rendre compte des conséquences d'un défaut d'opposition -, il n'était plus possible de revenir sur les faits constatés dans le rapport de police. Au demeurant, la cour cantonale a estimé que si l'intersection en cause était dangereuse en raison des problèmes de visibilité, il appartenait à la recourante de s'engager de telle manière qu'elle ne mette pas en danger la circulation. Cette appréciation, qui n'est pas contestée par la recourante, rendait sans pertinence les éléments de fait invoqués par la recourante.
3. Sur le fond, la recourante soutient que l'obligation de reprendre à zéro toute la formation et de repasser l'ensemble des examens porterait atteinte à sa liberté personnelle, à sa liberté de mouvement et à sa liberté économique puisque cela l'empêcherait d'exercer des emplois temporaires nécessaires au financement d'une partie de ses études, et l'entraverait dans une recherche d'emploi. Il s'agirait d'une atteinte grave nécessitant une base légale claire et nette. Or, l'art. 15a al. 5 et 6 LCR se contente d'exiger un nouveau permis d'élève conducteur ainsi qu'un nouvel examen de conduite. L'interprétation de la cour cantonale, fondée sur différents commentaires du droit de la circulation routière, ne découlerait pas du texte légal. Sous l'angle de la proportionnalité, la recourante estime que son comportement n'était pas téméraire et que la suppression de son permis de conduire la priverait de l'expérience nécessaire à éviter tout risque de récidive. En fin d'apprentissage, elle n'aurait pas les ressources suffisantes pour recommencer l'intégralité des cours et examens, et se trouverait entravée pour une durée indéterminée dans ses déplacements et sa vie professionnelle. Une interdiction de conduire durant une année aurait un effet dissuasif suffisant. La recourante devrait ainsi être autorisée à requérir un permis d'élève conducteur et à se présenter à l'examen à l'échéance du délai d'un an, sur présentation de l'expertise psychologique.
3.1 Selon l'<ref-law>, le permis de conduire est tout d'abord délivré à l'essai pour trois ans (al. 1). Le permis de conduire définitif est délivré après cette période probatoire si le titulaire a suivi les cours de formation complémentaire (al. 2). En cas de retrait du permis en raison d'une infraction, la période probatoire est prolongée d'un an (al. 3). Le permis de conduire à l'essai est caduc si son titulaire commet une seconde infraction entraînant un retrait (al. 4). Un nouveau permis peut être délivré au plus tôt un an après l'infraction, sur la base d'une expertise psychologique attestant l'aptitude à conduire (al. 5). Après avoir passé avec succès l'examen de conduite, la personne concernée obtient un nouveau permis de conduire à l'essai (al. 6).
La révision législative portant notamment sur l'adjonction de cette disposition avait pour but d'améliorer la formation à la conduite automobile en vue d'aider les groupes les plus "accidentogènes" à s'intégrer plus sûrement dans la circulation. Il était prévu d'inviter les conducteurs à un comportement plus respectueux des règles de la circulation et de diminuer les risques d'accident en sanctionnant par des mesures plus sévères - pouvant aller jusqu'à l'annulation du permis de conduire - ceux et celles qui compromettent la sécurité de la route par des infractions (Message concernant la modification de la LCR, FF 1999 4106, 4108).
3.2 La loi prévoit que la personne dont le permis de conduire à l'essai devient caduc doit repasser l'examen de conduite, sans préciser si l'ensemble de la formation doit être repris ab initio. La disposition d'application de l'<ref-law>, intitulée "annulation", ne le précise pas non plus; l'autorité doit informer le conducteur concerné "des conditions auxquelles il peut de nouveau obtenir un permis d'élève conducteur" (al. 4; cf. également l'<ref-law>). L'obligation de reprendre l'ensemble de la formation apparaît toutefois comme la conséquence logique de la caducité du permis à l'essai: le conducteur concerné se retrouve dans la même situation que s'il n'avait pas reçu un tel permis, ni même, comme cela ressort des dispositions précitées, de permis d'élève conducteur. Cela ressort également de l'intention du législateur, qui était d'améliorer la formation à la conduite automobile et d'aggraver sensiblement les sanctions. L'annulation du permis à l'essai, en cas de seconde infraction entraînant un retrait, se fonde sur la prémisse que le conducteur concerné n'a pas intégré la première phase de la formation. Il se justifie donc de lui imposer, dans ce cas, de reprendre l'ensemble de la formation suivie jusque-là (cours de sensibilisation, formation pratique de base) et de repasser tous les examens requis (cf. OFROU, commentaire concernant le permis de conduire à l'essai; DEMIERRE/MIZEL/MOURON, Les mesures administratives liées au nouveau permis de conduire à l'essai, AJP/PJA 2007 p. 729 ss, 738).
3.3 La solution retenue dans l'arrêt attaqué repose sur une base légale suffisante. La recourante ne saurait se prévaloir du principe de la proportionnalité puisque la loi n'autorise pas de solution moins contraignante en cas d'annulation du permis de conduire à l'essai. Autoriser l'intéressée à repasser directement l'examen de conduite après le délai d'un an apparenterait la mesure à un simple retrait de permis, et n'aurait manifestement pas l'effet préventif et éducatif voulu par le législateur.
4. Le recours doit par conséquent être rejeté. Conformément à l'<ref-law>, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la Commission des mesures administratives en matière de circulation routière et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, IIIe Cour administrative, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes (OFROU).
Lausanne, le 15 mai 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz