Sachverhalt:
A. H._, geboren 1972, leidet seit Geburt an verschiedenen gesundheitlichen Beeinträchtigungen (unter anderem psychoorganisches Syndrom nach schwerer Gelbsucht als Neugeborener). Seit 1. August 1993 bezieht er Rentenleistungen der Invalidenversicherung in unterschiedlichem Umfang. Mit Wirkung ab 1. Januar 2002 richtet ihm die Invalidenversicherung eine ganze Rente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 80 % aus. Am 1. April 2001 trat H._ eine neue Erwerbstätigkeit als landwirtschaftlicher Angestellter in der Jungpflanzenbaumschule des M._ (nachfolgend: Arbeitgeber) an, wo er als Allrounder mit einer angepassten Beschäftigung einen Jahreslohn von Fr. 22'067.- erzielte. In dieser Eigenschaft war er bei der "Winterthur" Schweizerische Versicherungs-Gesellschaft (heute: AXA Versicherungen AG; nachfolgend: AXA oder Beschwerdeführerin) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen und Berufskrankheiten versichert. Als er am 3. Februar 2004 bei Häcksler-Arbeiten Äste nachschieben wollte, geriet er mit dem rechten Fuss in den Häcksler. In der Folge musste ihm am 11. Februar 2004 der rechte Unterschenkel amputiert werden. Die AXA übernahm die Heilbehandlung und richtete ein Taggeld aus. Mit Verfügung vom 29. Mai 2006, bestätigt durch Einspracheentscheid vom 13. September 2007, sprach die AXA dem Versicherten für die ihm dauerhaft verbleibende Beeinträchtigung der gesundheitlichen Unversehrtheit eine Integritätsentschädigung auf Grund einer Integritätseinbusse von 35 % sowie mit Wirkung ab 1. Juni 2006 - basierend auf einem versicherten Verdienst von Fr. 22'087.- - eine Invalidenrente auf Grund einer unfallbedingten Erwerbsunfähigkeit von 25 % zu.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des H._ hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 23. Juni 2009 gut und änderte den angefochtenen Einspracheentscheid der AXA vom 13. September 2007 insoweit ab, als es feststellte, dass der Versicherte ab 1. Juni 2006 Anspruch auf eine Invalidenrente hat, welche auf einem Invaliditätsgrad von 100 % und einem versicherten Verdienst von Fr. 22'087.- basiert.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die AXA die Aufhebung des angefochtenen Gerichtsentscheides; gleichzeitig ersucht sie darum, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Während H._ auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit (BAG) auf eine Vernehmlassung.
D. Mit Verfügung vom 2. Dezember 2009 hat der Präsident der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Der Einspracheentscheid der AXA vom 13. September 2007 ist unangefochten in Rechtskraft erwachsen, soweit die Beschwerdeführerin damit die am 29. Mai 2006 auf Grund einer Integritätseinbusse von 35 % verfügte Integritätsentschädigung bestätigt hat. Fest steht sodann, dass der Versicherte im Zeitpunkt des Unfalles vom 3. Februar 2004 auf Grund eines vorbestehenden unfallfremden Gesundheitsschadens bereits seit 1. August 1993 Anspruch auf Rentenleistungen der Invalidenversicherung hatte; mit Wirkung ab 1. Januar 2002 bezog er basierend auf einem Invaliditätsgrad von 80 % eine ganze Invalidenrente. Schliesslich sind auch der Zeitpunkt des Rentenbeginns vom 1. Juni 2006 sowie der für die Rentenbemessung nach <ref-law> massgebende versicherte Verdienst von Fr. 22'087.- grundsätzlich unbestritten. Letzterer basiert unter anderem auf dem AHV-pflichtigen Einkommen von 2003 laut Auszug aus dem individuellen Konto (IK-Auszug) sowie auf den Angaben des letzten Arbeitgebers.
3. Strittig ist die Bemessung des Invaliditätsgrades. Während die AXA in Anwendung von <ref-law> einen Invaliditätsgrad von 25 % ermittelte und dem Beschwerdegegner eine entsprechende Invalidenrente zusprach, ging auch das kantonale Gericht übereinstimmend von der grundsätzlichen Anwendbarkeit der genannten Verordnungsbestimmung sowie von einer unfallbedingten zusätzlichen Einschränkung der bereits vor dem Unfall krankheitsbedingt dauernd herabgesetzten Leistungsfähigkeit aus. Die Vorinstanz schloss jedoch aus der neu mitzuberücksichtigenden weiteren Beeinträchtigung der Leistungsfähigkeit infolge der unfallbedingten Unterschenkelamputation angesichts des vorbestehenden unfallfremden Invaliditätsgrades von bereits 80 % auf die fehlende wirtschaftliche Verwertbarkeit der verbleibenden Restarbeitsfähigkeit und stellte daher fest, dass der Versicherte bei einem Invaliditätsgrad von 100 % Anspruch auf eine entsprechende Invalidenrente nach UVG habe.
3.1 War die Leistungsfähigkeit der versicherten Person aufgrund einer nicht versicherten Gesundheitsschädigung vor dem Unfall dauernd herabgesetzt, so ist gemäss <ref-law> für die Bestimmung des Invaliditätsgrades der Lohn, den sie aufgrund der vorbestehenden verminderten Leistungsfähigkeit zu erzielen im Stande gewesen wäre, dem Einkommen gegenüber zu stellen, das sie trotz der Unfallfolgen und der vorbestehenden Beeinträchtigung erzielen könnte. Dieser Sonderfall der Bestimmung des Invaliditätsgrades kommt dort zur Anwendung, wo eine vorbestehende unfallfremde verminderte Leistungsfähigkeit vorliegt, die in keinem Zusammenhang mit dem versicherten Ereignis steht (RKUV 1999 Nr. U 322 S. 91, U 178/96 E. 3b; vgl. auch PETER OMLIN, Die Invalidität in der obligatorischen Unfallversicherung, Freiburg 1995, S. 131). PETER OMLIN (a.a.O., S. 131) erachtet <ref-law> als deckungsgleich mit <ref-law> (in der bis 31. Dezember 2002 gültig gewesenen Fassung; vgl. nunmehr <ref-law>). Auch dieser Artikel bestimme, dass das mögliche Einkommen ohne Unfall jenem mit Unfall gegenüberzustellen sei (SVR 2006 UV Nr. 6 S. 20, U 357/04 E. 2.4). Dabei sind die Erwerbsmöglichkeiten bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage massgebend (vgl. <ref-law>).
3.2 Bei der Prüfung der wirtschaftlichen Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit darf nicht von realitätsfremden Einsatzmöglichkeiten ausgegangen werden. Insbesondere kann von einer Arbeitsgelegenheit dort nicht gesprochen werden, wo die zumutbare Tätigkeit nur in so eingeschränkter Form möglich ist, dass sie der ausgeglichene Arbeitsmarkt (<ref-law>) praktisch nicht kennt oder dass sie nur unter nicht realistischem Entgegenkommen eines durchschnittlichen Arbeitgebers möglich wäre und das Finden einer entsprechenden Stelle deshalb zum Vornherein als ausgeschlossen erscheint (ZAK 1991 S. 318 E. 3b, 1989 S. 319 E. 4a). Ferner beinhaltet der Begriff des ausgeglichenen Arbeitsmarktes nicht nur ein gewisses Gleichgewicht zwischen dem Angebot und der Nachfrage nach Stellen, sondern bezeichnet auch einen Arbeitsmarkt, der von seiner Struktur her einen Fächer verschiedenartiger Stellen offen hält, und zwar sowohl bezüglich der dafür verlangten beruflichen und intellektuellen Voraussetzungen wie auch hinsichtlich des körperlichen Einsatzes (<ref-ruling> E. 4b S. 276 mit Hinweisen; ZAK 1991 S. 318 E. 3b). Nach diesen Gesichtspunkten bestimmt sich im Einzelfall, ob eine invalide Person die Möglichkeit hat, ihre restliche Erwerbsfähigkeit zu verwerten und ob sie ein rentenausschliessendes Einkommen zu erzielen vermag oder nicht (<ref-ruling> E. 4b S. 276; ZAK 1991 S. 318 E. 3b). Weder gestützt auf die Pflicht zur Selbsteingliederung noch im Rahmen der der versicherten Person auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt offen stehenden Möglichkeiten zur Verwertung ihrer Resterwerbsfähigkeit dürfen von ihr Vorkehren verlangt werden, die unter Berücksichtigung der gesamten objektiven und subjektiven Gegebenheiten des Einzelfalles nicht zumutbar sind (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 28 mit Hinweisen). Für die Invaliditätsbemessung ist nicht darauf abzustellen, ob ein Invalider unter den konkreten Arbeitsmarktverhältnissen vermittelt werden kann, sondern einzig darauf, ob er die ihm verbliebene Arbeitskraft noch wirtschaftlich nutzen könnte, wenn die verfügbaren Arbeitsplätze dem Angebot an Arbeitskräften entsprechen würden (AHI 1998 S. 287 E. 3b, I 198/97; Urteil 8C_319/2007 vom 6. Mai 2008 E. 7.2 mit Hinweisen).
4. 4.1 Nach dem Besuch der Sonderschule von 1980 bis 1989 absolvierte der Versicherte von 1990 bis 1992 eine Anlehre als Forstwart. Eine Weiterbeschäftigung in diesem Beruf kam mangels Selbstständigkeit beim Arbeiten und infolge eines zu hohen Unfallrisikos nicht in Frage. Statt dessen arbeitete er anschliessend stets als Hilfskraft in verschiedenen landwirtschaftlichen Betrieben. Gemäss Bericht vom 5. Oktober 1994 der IV-Stelle St. Gallen zur Abklärung der beruflichen Eingliederung litt der Versicherte an psychisch-geistigen Beeinträchtigungen, welche zur Folge hatten, dass er bei der Arbeit nicht selbstständig war, sondern immer wieder angeleitet und nachkontrolliert werden musste. Mit Wirkung ab 1. Juli 1994 bezog er bei einem Invaliditätsgrad von 55 % eine halbe Invalidenrente. Vom 24. Juli 1999 bis 31. März 2001 erzielte er als landwirtschaftlicher Hilfsarbeiter der Firma X._ mit einem zeitlichen Vollpensum bei ca. 50%-iger Leistungsfähigkeit einen Jahreslohn von Fr. 17'690.-. Ab 1. April 2001 verdiente er als landwirtschaftlicher Angestellter der Jungpflanzenbaumschule des M._ einen Jahreslohn von Fr. 28'600.- (= Fr. 2'200.- mal 13).
4.2 Im Rahmen eines Rentenrevisionsverfahrens taxierte Dr. med. O._ die dem Versicherten nach einer Verschlechterung seines Gesundheitszustandes verbleibende Restarbeitsfähigkeit mit Bericht vom 18. Februar 2002 auf ca. 30 %. Auf Grund der rezidivierenden paranoid-psychotischen Episoden bei leichter Minderbegabung sowie ängstlich-unsicherer Persönlichkeit mit hoher Empfindsamkeit und Kraftbeeinträchtigung sei es für ihn schwierig, stabil zu bleiben und seine Leistungsbeeinträchtigung anzunehmen. Auch Dr. med. F._ berichtete am 20. Februar 2002 von einer bereits 2001 eingetretenen Verschlechterung des Gesundheitszustandes durch die zusätzliche neue Diagnose einer tomakulösen Neuropathie mit beidseitig betroffenen Handgelenken. Bei einem Invaliditätsgrad von neu 80 % sprach ihm daraufhin die Invalidenversicherung am 22. August 2002 mit Wirkung ab 1. Januar 2002 eine ganze Invalidenrente zu. Der Arbeitgeber beschäftigte den Versicherten weiterhin, bestätigte jedoch gegenüber der Invalidenversicherung, dass der reine Leistungslohn nach Eintritt der Verschlechterung des Gesundheitszustandes im November 2001 nur noch Fr. 800.- bis Fr. 1'000.- pro Monat betrage.
4.3 Der die AXA beratende orthopädische Chirurg Dr. med. R._ führte in seinem Bericht vom 30. März 2006 aus, seit der Unterschenkelamputation vom 11. Februar 2004 sei der gesamte Verlauf geprägt durch ständige Probleme bei der prothetischen Versorgung (Druckschmerzen, Druckläsionen, Blasenbildungen und Spontanschmerzen). Die bisher ausgeübte Tätigkeit als landwirtschaftlicher Angestellter werde für den Beschwerdegegner "nie mehr in Frage kommen". Ohne konkrete Verweisungstätigkeiten zu bezeichnen, vertrat Dr. med. R._ gestützt auf eine Aktenbeurteilung die Auffassung, "im Rahmen des schon vor dem Unfall bestehenden psychoorganischen Syndroms" sei dem Versicherten trotz der zusätzlich zu berücksichtigenden unfallbedingten Einschränkungen "ein 20%-iges Pensum in einer sitzenden Tätigkeit" zumutbar.
5. 5.1 Die Vorinstanz erkannte mit angefochtenem Entscheid, dass der Beschwerdegegner nach Eintritt der unfallfremden Verschlechterung des Gesundheitszustandes mit der angestammten, bis zum Unfall vom 3. Februar 2004 ausgeübten Tätigkeit ohne Soziallohnkomponente nur noch einen Jahreslohn von Fr. 12'000.- erzielt hätte. Die schon vor dem Unfall aus vorwiegend psychisch-geistigen Gründen erheblich verminderte Leistungsfähigkeit sei durch die unfallbedingte Unterschenkelamputation vom 11. Februar 2004 nunmehr zusätzlich in körperlicher Hinsicht weiter massiv eingeschränkt worden. Die verbleibende, seit dem Unfall nicht mehr nur psychisch, sondern auch körperlich stark limitierte Restarbeitsfähigkeit sei auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt mit vorhandenen Nischenarbeitsplätzen nicht mehr verwertbar. Deshalb habe der Beschwerdegegner Anspruch auf eine Invalidenrente nach UVG basierend auf einem Invaliditätsgrad von 100 %.
5.2 Was die Beschwerdeführerin hiegegen vorbringt, ist unbegründet. In Abweichung der von der AXA angerufenen Rechtsprechung (Urteile U 294/06 vom 25. Juli 2007 E. 4.3 und U 357/04 vom 22. September 2005 E. 2.4) war der Versicherte hier vor dem fraglichen Unfall vom 3. Februar 2004 nicht zu 100 % invalid, sondern vielmehr in der Lage, durch körperlichen Einsatz seiner Restarbeitsfähigkeit einen Leistungslohn von Fr. 1'000.- pro Monat zu erzielen. Die Argumentation der Beschwerdeführerin ist zudem widersprüchlich. Zum einen behauptet sie, der Beschwerdegegner hätte in Anwendung von <ref-law> trotz der Unfallfolgen und der vorbestehenden Beeinträchtigungen im Jahre 2005 ein Invalideneinkommen von Fr. 9'100.- erzielen können, ohne jedoch darzulegen, welche Verweisungstätigkeiten dem Versicherten bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage unter Berücksichtigung der gesamthaften, krankheits- und unfallbedingten Einschränkungen grundsätzlich noch zumutbar seien. Die sonst bei erheblichen Einschränkungen der Leistungsfähigkeit regelmässig angeführten Nischenarbeitsplätze für Beschäftigungen ohne übermässige Anforderungen wie etwa einfache Überwachungs-, Prüf- und Kontrolltätigkeiten sowie das Bedienen und Überwachen von (halb-)automatischen Maschinen oder Produktionseinheiten (vgl. z.B. Urteile U 453/06 vom 14. August 2007 E. 3.2 und U 303/06 vom 22. November 2006 E. 7.2.2 mit Hinweisen) kommen jedenfalls für den Beschwerdegegner nicht in Frage. Er war vor dem Unfall stets als landwirtschaftlicher Hilfsarbeiter tätig und konnte infolge seiner psychisch-geistigen Limitierungen nicht selbstständig arbeiten. Nur unter ständiger Anleitung und Nachkontrolle war er körperlich beschränkt leistungsfähig (E. 4.1 hievor). Der zusätzliche unfallbedingte Verlust seines rechten Unterschenkels schliesst unter den gegebenen Umständen nicht nur eine Weiterbeschäftigung in der angestammten Tätigkeit (E. 4.3 hievor), sondern auch einen alternativen Einsatz in Verweisungstätigkeiten mit geringen Anforderungen aus. Zum anderen macht die AXA geltend, der Versicherte sei schon vor dem Unfall derart gravierend in seiner Leistungsfähigkeit eingeschränkt gewesen, dass diese nur noch eine Beschäftigung im geschützten Rahmen erlaubt habe, welche jedoch auch bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage nicht mehr wirtschaftlich verwertbar gewesen sei. Dies beweise der vom angestammten Arbeitgeber ausbezahlte Soziallohn. Demgegenüber bestätigte der Arbeitgeber vielmehr, dass der Beschwerdegegner vor dem Unfall seine 30%-ige Restarbeitsfähigkeit bei ganztätigem körperlichem Einsatz trotz seiner psychisch-geistigen Beeinträchtigungen wirtschaftlich zu verwerten und damit einen Leistungslohn von Fr. 1'000.- pro Monat zu erzielen vermocht habe. Gerade diese geringe körperliche Restleistungsfähigkeit wurde jedoch durch die unfallbedingte Unterschenkelamputation weiter derart eingeschränkt, dass der Versicherte die ihm nach dem Unfall verbleibenden Betätigungsmöglichkeiten - wie vom kantonalen Gericht zutreffend erkannt - auch auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt nicht mehr wirtschaftlich nutzen kann.
5.3 Nach dem Gesagten steht fest, dass das kantonale Gericht zu Recht auf das Fehlen der wirtschaftlichen Verwertbarkeit der dem Versicherten nach dem Unfall verbleibenden Restarbeitsfähigkeit geschlossen hat. Der angefochtene Entscheid, mit welchem die Vorinstanz den Anspruch des Beschwerdegegners auf eine Invalidenrente nach UVG ab 1. Juni 2006 basierend auf einem versicherten Verdienst von Fr. 22'087.- sowie einem Invaliditätsgrad von 100 % festgestellt hat, ist nicht zu beanstanden.
6. Dem Prozessausgang entsprechend hat die AXA die Gerichtskosten (<ref-law>) zu tragen und dem Beschwerdegegner eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6.1 S. 235 mit Hinweisen).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. März 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Hochuli