Sachverhalt:
A. Der 1963 geborene H._, gelernter Velo- und Motorradmechaniker, ist seit einem Unfall am 26. Oktober 1985 Paraplegiker. Nach einer von der Invalidenversicherung finanzierten Umschulung zum Maschinenzeichner trat er im Mai 1991 eine Stelle als Lehrlingsausbildner im Schulungs- und Arbeitszentrum B._ mit einem Pensum von 60 % an, welche er noch heute versieht. Seit Mai 1991 bezieht er auf Grund eines Invaliditätsgrades von 40 % eine Viertelsrente der Invalidenversicherung. Zwei in den Jahren 1994 und 1998 vorgenommene Überprüfungen des Rentenanspruchs ergaben keine rentenbeeinflussende Änderung des Invaliditätsgrades. Im Rahmen eines weiteren Revisionsverfahrens hob die IV-Stelle Bern die bisher ausgerichtete Viertelsrente mit Verfügung vom 7. Dezember 2001 auf Ende Januar 2002 auf, bestätigt mit Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 5. April 2002. Auf Verwaltungsgerichtsbeschwerde hin hob das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 14. April 2003 (I 345/02) den kantonalen Entscheid und die Verwaltungsverfügung mit der Feststellung auf, dass der Versicherte weiterhin Anspruch auf eine Viertelsrente habe.
Im Rahmen eines im Mai 2006 eingeleiteten Revisionsverfahrens holte die IV-Stelle einen Bericht des Paraplegiker-Zentrums X._ vom 26. Juni 2006 sowie einen Bericht des Arbeitgebers vom 29. Mai 2006 ein. Mit Verfügung vom 25. September 2006 hob die IV-Stelle die bisher ausgerichtete Viertelsrente per Ende Oktober 2006 auf. Zur Begründung führte sie an, bei einem Valideneinkommen von Fr. 74'569.- und einem Invalideneinkommen von Fr. 49'166.- resultiere ein rentenausschliessender Invaliditätsgrad von 34 %.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 28. November 2008 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag auf Aufhebung der Verwaltungsverfügung und des vorinstanzlichen Entscheides.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Kantonales Gericht und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Ändert sich der Invaliditätsgrad einer Rentenbezügerin oder eines Rentenbezügers erheblich, so wird die Rente von Amtes wegen oder auf Gesuch hin für die Zukunft entsprechend erhöht, herabgesetzt oder aufgehoben (<ref-law>). Anlass zur Rentenrevision gibt jede wesentliche Änderung in den tatsächlichen Verhältnissen, die geeignet ist, den Invaliditätsgrad und damit den Rentenanspruch zu beeinflussen. Insbesondere ist die Rente nicht nur bei einer wesentlichen Änderung des Gesundheitszustandes, sondern auch dann revidierbar, wenn die erwerblichen Auswirkungen des an sich gleich gebliebenen Gesundheitszustandes sich erheblich verändert haben (<ref-ruling> E. 3.5 S. 349 mit Hinweisen).
2.2 Zeitliche Vergleichsbasis für die Beurteilung einer anspruchserheblichen Änderung des Invaliditätsgrades bilden die letzte rechtskräftige Verfügung oder der letzte rechtskräftige Einspracheentscheid, welche oder welcher auf einer materiellen Prüfung des Rentenanspruchs mit rechtskonformer Sachverhaltsabklärung, Beweiswürdigung und Invaliditätsbemessung beruht (<ref-ruling>; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 75 ff.). Im vorliegenden Fall erstreckt sich daher der Prüfungszeitraum vom 7. Dezember 2001 bis 25. September 2006, wie dies das kantonale Gericht zu Recht erwogen hat.
3. 3.1 Nach den unbestrittenen Feststellungen des kantonalen Gerichts hat sich der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers im fraglichen Zeitraum nicht wesentlich verändert. Hingegen erblickt die Vorinstanz bei den erwerblichen Verhältnissen eine wesentliche Veränderung der tatsächlichen Grundlagen. Der Beschwerdeführer habe unmittelbar nach Abschluss der im Rahmen der beruflichen Umschulung absolvierten Lehre als Maschinenzeichner an der heutigen Arbeitsstelle im Jahre 1991 Fr. 34'830.- verdient. Im Jahr 2006 habe er ein Einkommen von Fr. 50'219.- erzielt. Werde das der ursprünglichen Rentenverfügung zugrunde gelegte Invalideneinkommen nach den Grundsätzen von <ref-ruling> E. 3.1.2 der per 2006 aufgelaufenen Teuerung angepasst, resultiere daraus ein Jahreseinkommen von Fr. 42'576.95. Die nicht teuerungsbedingt begründbare und damit auf den beruflichen Erfahrungsaufstieg zurückführbare Lohndifferenz zum tatsächlich erzielten Einkommen betrage damit Fr. 7642.05, was rund 10 % des hypothetischen Valideneinkommens entspreche. Dabei handle es sich insoweit um eine wesentliche Veränderung der tatsächlichen Verhältnisse, als der Beschwerdeführer die beim hypothetischen Valideneinkommen bereits berücksichtigte Berufskarriere zwischenzeitlich auch beim Invalideneinkommen realisieren konnte. Diese Erhöhung des Invalideneinkommens gelte somit als erhebliche Änderung der anspruchsbegründenden Tatsachen im Sinne der revisionsrechtlichen Bestimmungen und stelle damit einen Revisionsgrund dar.
3.2 Die vorinstanzliche Betrachtungsweise verletzt Bundesrecht. Das kantonale Gericht hat zwar zu Recht ausgeführt, als zeitliche Vergleichsbasis sei auf den Zeitpunkt des Erlasses der durch den gutheissenden Entscheid des Eidgenössischen Versicherungsgerichts aufgehobenen Verfügung vom 7. Dezember 2001 abzustellen. Dieser Sachverhalt sei mit den tatsächlichen Verhältnissen zu vergleichen, wie sie sich im Zeitpunkt der angefochtenen Verfügung vom 25. September 2006 dargestellt haben. Nichtsdestotrotz ist es für die teuerungsbedingte Aufrechnung des Validen- wie auch des Invalideneinkommens von den Einkünften im Jahre 1991 ausgegangen. Damit stellt es für die zeitliche Vergleichsbasis zu Unrecht auf die Verhältnisse im Zeitpunkt der erstmaligen Rentenzusprechung im Jahre 1991 ab. Vielmehr ist zu prüfen, ob seit der Revisionsverfügung vom 7. Dezember 2001 eine wesentliche Veränderung des Invalideneinkommens stattgefunden hat.
3.3 In der Verfügung vom 7. Dezember 2001 ermittelte die IV-Stelle ein Valideneinkommen von Fr. 71'500.- und gestützt auf den Bericht der Arbeitgeberin vom 2. Mai 2001 ein Invalideneinkommen von Fr. 45'951.75 als Lehrlingsausbildner. In der angefochtenen Verfügung lauten die entsprechenden Zahlen Fr. 74'569.- und Fr. 49'166.- im Jahr 2005. Für 2006 ermittelte das kantonale Gericht die Werte Fr. 76'983.15 und Fr. 50'219.-. Diese Zahlen zeigen, dass die Erwägung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts im Urteil vom 14. April 2003 nach wie vor Gültigkeit hat, wonach sich die Löhne als Fahr- und Motorradmechaniker nahezu gleich entwickeln wie im heute ausgeübten Beruf als Lehrlingsausbildner für Maschinenzeichner. Auch ist für den hier zu prüfenden Zeitraum keine namhafte Änderung in der beruflichen Laufbahn geltend gemacht oder erkennbar. Entgegen der Auffassung von IV-Stelle und kantonalem Gericht sind daher auch bei den erwerblichen Auswirkungen keine entscheidwesentlichen Änderungen in den tatsächlichen Verhältnissen seit 7. Dezember 2001 eingetreten. Die Voraussetzungen für eine Revision der Viertelsrente sind daher nicht erfüllt.
4. Dem Prozessausgang entsprechend hat die IV-Stelle die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>) und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde werden der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 28. November 2008 und die Verfügung der IV-Stelle Bern vom 25. September 2006 mit der Feststellung aufgehoben, dass der Beschwerdeführer nach wie vor Anspruch auf eine Viertelsrente hat.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der IV-Stelle Bern auferlegt.
3. Die IV-Stelle Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hat die Gerichtskosten und die Parteientschädigung für das vorangegangene Verfahren neu zu verlegen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 21. Juli 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer