Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zürich stellte am 7. April 2008 fest, in Rechtskraft erwachsen seien die folgenden vom Bezirksgericht Zürich am 28. März 2007 gegen X._ ausgesprochenen Schuldsprüche wegen:
- mehrfachen Verbrechens gegen Art. 19 Ziff. 1 Abs. 4 und 5 i.V.m. Ziff. 2 lit. a und b BetmG,
- mehrfacher Pornographie im Sinne von Art. 197 Ziff. 3 und Ziff. 3bis i.V.m. Ziff. 3 StGB,
- grober Verkehrsregelverletzung im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> und Art. 4 a Abs. 1 und 5 VRV,
- mehrfacher Übertretungen von <ref-law> sowie
- mehrfacher Veruntreuung von Quellensteuern im Sinne von Art. 187 des Bundesgesetzes über die Direkte Bundessteuer und von § 262 des Steuergesetzes des Kantons Zürich.
Es sprach ihn vom Vorwurf des Inverkehrbringens von pornographischen Bildaufnahmen (<ref-law>) frei und bestrafte ihn - wie bereits das Bezirksgericht - mit 3 1⁄2 Jahren Freiheitsstrafe (unter Anrechnung von 66 Tagen Polizeiverhaft und Untersuchungshaft).
B. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das obergerichtliche Urteil aufzuheben, eine deutlich mildere Strafe von maximal 22 Monaten Freiheitsstrafe festzusetzen und diese bedingt auszusprechen, im Falle der Verurteilung zu einer Freiheitsstrafe zwischen 24 und 26 Monaten die Strafe teilbedingt auszusprechen und den unbedingten Teil auf 6 Monate festzusetzen.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer richtet sich gegen die Strafzumessung.
1.1 Die Vorinstanz habe für sämtliche Schuldsprüche eine Gesamtstrafe ausgefällt, obwohl mit Ausnahme der Übertretungen des BetmG die Strafandrohungen auf Freiheitsstrafe oder Geldstrafe lauteten. Sie habe <ref-law> und damit zusammenhängend Art. 47 und 50 sowie <ref-law> verletzt. Die Ausfällung von Freiheitsstrafen statt Geldstrafen sei auch unter dem Aspekt von <ref-law> unzulässig.
<ref-law> sei verletzt worden, weil das Asperationsprinzip nur bei gleichartigen Strafen anzuwenden sei. Die Vorinstanz hätte für die qualifizierte Widerhandlung gegen das BetmG eine Freiheitsstrafe, für Pornographie, grobe Verkehrsregelverletzung und Steuerdelikte eine nach dem Asperationsprinzip berechnete Geldstrafe und für die Übertretung des BetmG eine Busse aussprechen müssen, und zwar so, dass diese Strafen insgesamt schuldangemessen gewesen wären (<ref-law>). Bei richtigem Vorgehen hätte die Freiheitsstrafe selbst bei der angenommenen Gewichtung der Strafzumessungsgründe weit unter drei Jahren liegen und die Möglichkeit des bedingten oder teilbedingten Vollzugs geprüft werden müssen. Somit hätte sich das neue Recht als das mildere erwiesen, so dass auch eine Verletzung von <ref-law> vorliege.
Hinzu komme eine Verletzung von <ref-law>. Die Vorinstanz habe die verschiedenen Straftaten untereinander nicht aus der Sicht des Gesamtverschuldens gewichtet. Vielmehr sei das Strafmass in einer pauschalen Gesamtbeurteilung festgesetzt worden.
1.2 Die Vorinstanz hat die Frage der lex mitior geprüft (angefochtenes Urteil S. 10 -12) und darauf hingewiesen, dass die Freiheitsstrafe bei mehr als drei Jahren liege, weshalb das neue Recht nicht das mildere sei und die Strafzumessung nach altem Recht zu erfolgen habe.
1.2.1 Der revidierte Allgemeine Teil des StGB ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten. Der Beschwerdeführer hat die Taten vor diesem Zeitpunkt verübt. Das angefochtene Urteil ist nach diesem Zeitpunkt ergangen. Damit stellt sich die Frage des anwendbaren Rechts. Ein Straftäter wird nach dem Gesetz beurteilt, das im Zeitpunkt der Tat gegolten hat. Ist jedoch das im Zeitpunkt der Beurteilung geltende neue Recht für ihn das mildere, so ist dieses anzuwenden (<ref-law>). Ob das neue Recht im Vergleich zum alten milder ist, entscheidet sich nicht aufgrund eines abstrakten Vergleichs. Massgebend ist die konkrete Betrachtungsweise. Es kommt darauf an, nach welchem Recht der Täter für die zu beurteilenden Taten besser wegkommt (vgl. <ref-ruling> E. 2c). Das Gericht hat die Sache nach altem und neuem Recht zu beurteilen und die Ergebnisse miteinander zu vergleichen (vgl. <ref-ruling> E. 6.2.1).
Wird eine Freiheitsstrafe von mehr als 18 Monaten bis zu drei Jahren ausgefällt, ist das neue Recht milder, weil allein nach diesem ein bedingter bzw. teilbedingter Strafvollzug überhaupt möglich und daher zu prüfen ist. Das neue Recht bleibt anwendbar, wenn eine Instanz zum Ergebnis gelangt, nach neuem Recht falle ein teilbedingter Vollzug für eine Freiheitsstrafe von drei Jahren ausser Betracht, weil die Prognose ungünstig ist (<ref-ruling>, nicht publizierte E. 2.4).
Das gleiche gilt, wenn mehrere selbständige Taten begangen wurden. Hier ist in Bezug auf jede einzelne Tat gesondert zu prüfen, ob das alte oder das neue Recht milder ist (<ref-ruling> E. 6.2.3). Erst dann wird sich erweisen, ob eine Gesamtstrafe oder kumulierte Strafen nach altem oder neuem Recht auszufällen sind.
1.3 <ref-law> lautet:
Hat der Täter durch eine oder mehrere Handlungen die Voraussetzungen für mehrere gleichartige Strafen erfüllt, so verurteilt ihn das Gericht zu der Strafe der schwersten Straftat und erhöht sie angemessen. Es darf jedoch das Höchstmass der angedrohten Strafe nicht um mehr als die Hälfte erhöhen. Dabei ist es an das gesetzliche Höchstmass der Strafart gebunden.
1.3.1 Bei der Bildung der Gesamtstrafe nach <ref-law> ist vorab der Strafrahmen für die schwerste Straftat zu bestimmen und alsdann die Einsatzstrafe für die schwerste Tat innerhalb dieses Strafrahmens festzusetzen. Schliesslich ist die Einsatzstafe unter Einbezug der anderen Straftaten in Anwendung des Asperationsprinzips angemessen zu erhöhen (vgl. JÖRG BEAT ACKERMANN, Strafrecht I, Basler Kommentar, 2. Auflage 2007, Art. 49 N 46).
Die Vorinstanz sieht die Einsatzstrafe für die schwerste Straftat, den Handel im Umfang von mindestens 1.9 kg reinen Kokains, grundsätzlich in der Grössenordung von 48 Monaten Freiheitsstrafe (angefochtenes Urteil S. 35). Im Ergebnis bestätigt sie aber die vom Bezirksgericht festgesetzte Strafe. Diese Beurteilung verletzt kein Bundesrecht (vgl. nachfolgend E. 1.4). <ref-law> spielt im vorliegenden Zusammenhang keine Rolle.
1.3.2 Der Beschwerdeführer wendet allerdings ein, beim Übertretungstatbestand von <ref-law> sei nicht berücksichtigt worden, dass nach dem revidierten Allgemeinen Teil des StGB und der zusammenhängenden Änderung des BetmG nur noch eine Busse auszufällen sei (<ref-law> i.V.m. <ref-law>), während die frühere Strafandrohung auf Haft oder Busse gelautet habe. Eine Umrechnung in Freiheitsstrafe würde <ref-law> verletzen.
Es ist dem Bezirksgericht nicht entgangen, dass keine Gesamtstrafe gebildet werden kann, weil Busse und Freiheitsstrafe nicht gleichartig sind. Es hat erwogen, die kumulativ auszufällende Busse sei zu bezahlen (bezirksgerichtliches Urteil S. 14). Es hat diesen Schuldspruch somit nicht in die Gesamtstrafe einbezogen. Jedoch hat es die Busse versehentlich weder betragsmässig festgesetzt noch sie in das Urteilsdispositiv aufgenommen. Die Vorinstanz hätte die Busse wegen des Verschlechterungsverbots nicht mehr festsetzen können. Sie setzt sich indessen mit dieser Frage nicht auseinander. Sie bezeichnet lediglich den Beschwerdeführer an einer Stelle als "Gelegenheitskonsumenten" und hält an anderer Stelle fest, die "Konsumhandlungen fallen demgegenüber [gegenüber den qualifizierten Widerhandlungen gegen das BetmG] kaum ins Gewicht" (angefochtenes Urteil S. 26). Dieses nun der Vorinstanz unterlaufene Versehen ist angesichts der Tatsache, dass sie die bezirksgerichtliche Freiheitsstrafe bestätigt, bei deren Festsetzung diese Übertretung nicht berücksichtigt wurde, von einer derart untergeordneten Bedeutung, dass sich eine Rückweisung nicht rechtfertigen liesse, während einer Rückweisung zur Anordnung der versehentlich nicht ausgesprochenen Busse das bundesrechtliche Verschlechterungsverbot (vgl. nachfolgend E. 1.4) entgegen stünde.
1.4 Der Beschwerdeführer rügt gestützt auf <ref-law>, <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK eine Verletzung des Verbots der reformatio in peius. Die Vorinstanz habe ihn anders als das Bezirksgericht vom Vorwurf des Inverkehrbringens von pornographischen Bildaufnahmen freigesprochen, aber dennoch dieselbe Freiheitsstrafe ausgesprochen. Sie stütze sich überdies vor allem auf das schematisierte Berechnungsmodell von THOMAS Fingerhuth/Christoph Tschurr (Betäubungsmittelgesetz, Zürich 2007, S. 385 ff.).
Das Verbot der reformatio in peius, welches sich weder aus der BV noch aus der EMRK unmittelbar ergibt, wird für das bundesgerichtliche Verfahren aus <ref-law> hergeleitet, wonach das Bundesgericht nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen darf (Urteil 6B_422/2007 vom 22. Januar 2008, E. 5.4.2 mit Hinweis auf Urteil 6B_411/2007 vom 2. November 2007, E. 1.3). Dieses bundesrechtliche Verschlechterungsverbot bindet die kantonalen Behörden nur im Fall der Rückweisung (Urteil 6S.234/2005 vom 29. Juli 2006, E. 2.1.2).
Im zu beurteilenden Fall handelt es sich indessen um eine kantonale Appellation. Entsprechend beurteilt sich diese Frage nach kantonalen Recht. Eine Verletzung des kantonalen Rechts wird vom Beschwerdeführer nicht gerügt, so dass darauf nicht einzutreten ist (<ref-law>). Ob <ref-law> dafür eine Grundlage abgeben könnte, kann offen bleiben, weil ein Verstoss gegen das Verschlechterungsverbot ohnehin nicht ersichtlich ist.
Ein Verstoss könnte nach der Rechtsprechung vorliegen, wenn die Vorinstanz trotz Freispruchs in einem oder mehreren Punkten gegenüber dem Schuldspruch der Erstinstanz ohne genügende Begründung keine Strafreduktion vorgenommen hätte. Der Freispruch der Vorinstanz betraf einen Nebenpunkt (das Inverkehrbringen von pornographischen Bildaufnahmen). Demgegenüber kommt die Vorinstanz aufgrund ihrer Strafzumessungserwägungen zum Ergebnis, dass die vom Bezirksgericht ausgefällte Freiheitsstrafe von 3 1⁄2 Monaten "als sehr mild" erscheine (angefochtenes Urteil S. 32). In einer späteren Erwägung nimmt sie an, dass alleine für die (qualifizierten) Widerhandlungen gegen das BetmG eine Freiheitsstrafe in der Grössenordung von 48 Monaten auszufällen wäre und auch deshalb die vom Bezirksgericht ausgefällte Strafe als "sehr milde" zu bezeichnen sei (angefochtenes Urteil S. 35). Einer strengeren Bestrafung stand indessen das Verbot der reformatio in peius entgegen, weil auch die Staatsanwaltschaft zu Gunsten des Beschwerdeführers Beschwerde erhoben hatte (angefochtenes Urteil S. 4, 6, 32). Dabei bezieht sich die Vorinstanz an dieser Stelle (S. 35) vergleichsweise auf das Berechnungsmodell von FINGERHUTH/TSCHURR (a.a.O.), nach welchem von einer Einsatzstrafe von rund 57 Monaten auszugehen wäre, und führt aus, mithin käme man mit diesem Berechnungsmodell auf 48 Monate Freiheitsstrafe. Mit dieser Annahme weist die Vorinstanz lediglich abschliessend auf die "Angemessenheit" der Strafe hin. Diese Erwägung war nicht entscheidwesentlich, denn eine strengere Bestrafung war prozessual ausgeschlossen. Da sich die Vorinstanz in ihrem umfangreichen Urteil weit überwiegend mit der Strafzumessung für den qualifizierten Drogenhandel befasst, kann offenkundig keine Rede davon sein, sie stütze sich vor allem auf dieses Berechnungsmodell (Beschwerde S. 12). Lediglich schematisch auf die Quantität abzustellen ("tarification"), wäre mit dem sich nach dem Verschulden richtenden Strafzumessungsrecht nicht vereinbar (Urteil 6P.48/2004 und 6S.146/2004 vom 17. Mai 2004, E.8.3). Die Vorinstanz geht jedoch von den zutreffenden Kriterien aus (angefochtenes Urteil S. 13 f.). Angesichts der eingehenden Begründung ist im Verzicht auf Herabsetzung der Strafe wegen des hier verschuldensmässig untergeordneten Freispruchs kein Verstoss gegen das Verschlechterungsverbot ersichtlich.
1.5 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, weil sie sich nicht geäussert habe, wie stark und in welchem Umfang sein Geständnis berücksichtigt worden sei. Auch habe sie seine erhebliche Strafempfindlichkeit bloss als "leicht strafreduzierend" gewichtet. Ebenso sei seine freiwillige Tätigkeit als Fahrer für Behinderte bloss als strafreduzierend bewertet worden. Abgesehen davon, dass nicht begründet worden sei, wie stark die Strafe wegen dieser persönlichen Gründe reduziert worden sei, verletze diese Gewichtung <ref-law>.
Die Vorinstanz setzt sich mit dem Nachtatverhalten und den persönlichen Verhältnissen des Beschwerdeführers sorgfältig auseinander (angefochtenes Urteil S. 28 - 32). Sie war nicht verpflichtet, im Urteil mit absoluten Zahlen oder in Prozenten anzugeben, inwieweit sie bestimmte strafzumessungsrelevante Tatsachen strafmindernd berücksichtigt. Sie gewichtet das Nachtatverhalten sehr stark zu seinen Gunsten (angefochtenes Urteil S. 32). Diese Gewichtung liegt in ihrem Ermessen.
1.6 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Vorinstanz prüfe nicht, ob er durch den Strafvollzug aus einem günstigen Umfeld oder aus einer günstigen Entwicklung herausgerissen würde. Diesem Umstand wäre strafmindernd Rechnung zu tragen gewesen. Er habe sich wieder aufgefangen und arbeite zur vollen Zufriedenheit seines Arbeitgebers. Ausserdem engagiere er sich sozial, transportiere in seiner Freizeit Behinderte und pflege seine Mutter. Er werde aus einer vorteilhaften Entwicklung herausgerissen.
Die Vorinstanz hat diese Tatsachen berücksichtigt (angefochtenes Urteil S. 32). Hingegen kann entgegen der Beschwerde die frühere Praxis zur 18-Monate-Grenze für den bedingten Strafvollzug unter neuem Recht nicht weitergeführt werden (<ref-ruling> E. 3.3). Das Bundesgericht wies aber in <ref-ruling> E. 3.4 darauf hin, dass Art. 47 Abs. 1 verlange, dass bei der Festlegung der Strafe deren Wirkung auf das Leben des Täters zu berücksichtigen ist. Das Gericht muss angesichts der einschneidenden Konsequenzen des unbedingten Vollzugs den Umstand mitberücksichtigen, dass die subjektiven Voraussetzungen des Strafaufschubs im Sinne einer günstigen bzw. nicht ungünstigen Prognose im konkreten Einzelfall an sich erfüllt sind. Diese folgenorientierten Überlegungen können durchaus in die Strafzumessung einfliessen, bei welcher dem Gericht ein weites Ermessen zusteht. Liegt die ins Auge gefasste Sanktion in einem Bereich, der die Grenze für den teilbedingten Vollzug (36 Monate) mitumfasst, hat sich das Gericht daher mit dieser Frage auseinander zu setzen. Solche Überlegungen waren bei einer Freiheitsstrafe von 42 Monaten nicht anzustellen. Eben so wenig ist bei diesem Ergebnis auf die Rechtsbegehren hinsichtlich einer bedingten bzw. teilbedingten Freiheitsstrafe einzutreten.
2. Die angefochtene Entscheidung verletzt kein Bundesrecht. Das in E. 1.3.2 festgestellte Versehen ist offenkundig unerheblich. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Der Beschwerdeführer trägt die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Dezember 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Briw