Faits:
A. Pour la période fiscale 2006, AX._ et BX._ (ci-après: les intéressés) ont déclaré un revenu imposable de 417'700 fr. (au taux de 173'400 fr.; quotient 3.3). AX._ exerce la profession de médecin à titre dépendant. Les intéressés ont demandé une déduction au titre des "assurances maladie et accidents, assurances sur la vie" pour le couple et leurs trois enfants à charge de 7'700 fr. (code 300) et, au titre des "autres cotisations contractuelles des salariés", un montant de 10'913 fr. 80 (code 340) représentant les primes d'assurance maladie obligatoire (LAMal).
Par décision de taxation du 29 août 2007, l'Office d'impôt du district de Y._ (ci-après: l'Office d'impôt) a arrêté le revenu imposable des contribuables à 417'500 fr. (au taux de 178'300 fr.; quotient 3.3) pour l'impôt cantonal et communal et à 419'300 fr. (au taux de 419'300 fr.; barème marié) pour l'impôt fédéral, refusant la déduction de 10'913 fr. 80, au motif qu'elle était déjà comprise dans le forfait du code 300. Par décision du 13 novembre 2008, l'Administration cantonale des impôts a rejeté la réclamation déposée par les intéressés contre la décision du 29 août 2007. Le 15 décembre 2008, les intéressés ont déposé un recours auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
B. Par arrêt du 19 janvier 2010, le Tribunal cantonal a rejeté le recours, au motif que les primes d'assurance maladie, tant sur le plan fédéral que cantonal, n'étaient déduites qu'à concurrence d'un certain montant et non en totalité.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, les intéressés demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 19 janvier 2010 par le Tribunal cantonal ainsi que le bordereau d'impôt du 29 août 2007, de constater que les primes d'assurance LAMal doivent être traitées de la même manière que les cotisations aux 1er et 2e piliers et de dire que les primes en cause sont entièrement déductibles. Ils se plaignent de la violation des art. 8, 9, 49 al. 1 et 127 Cst. ainsi que du droit fédéral.
Le Tribunal cantonal renonce à répondre au recours. Les Administrations fédérale et cantonale des contributions proposent le rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué constitue une décision finale rendue dans une cause de droit public par une autorité supérieure de dernière instance cantonale qui concerne à la fois l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal harmonisé, ce qui est admissible du moment que, sous réserve des montants maximaux déductibles, la notion de "primes d'assurance maladie" est identique (arrêt 2C_429/2008 du 10 décembre 2008, consid. 7) pour les deux catégories d'impôts (<ref-ruling> ss). Par conséquent, déposé en temps utile par les destinataires de l'arrêt attaqué, qui ont un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, le présent recours en matière de droit public est en principe recevable en vertu des <ref-law>, 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 de la loi du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts cantonaux et communaux (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). Il est aussi conforme à la jurisprudence qui autorise le dépôt d'un seul acte de recours, lorsqu'il ressort clairement du mémoire (cf. mémoire de recours, p. 6) que la partie recourante s'en prend aux deux catégories d'impôts (cf. <ref-ruling>).
1.2 La conclusion tendant à l'annulation de la décision du 29 août 2007 est irrecevable en raison de l'effet dévolutif du recours au Tribunal cantonal du canton de Vaud (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 302 s.). La conclusion tendant à ce que le Tribunal fédéral constate que les primes d'assurance LAMal doivent être traitées de la même manière que les cotisations aux 1er et 2e piliers n'est pas une conclusion constatatoire, mais plutôt une conclusion "préparatoire" ou "préjudicielle", autrement dit un grief qui pourrait constituer un motif d'annulation de l'arrêt entrepris. En tant que telle, elle est irrecevable. Considérée comme une conclusion en constatation, elle serait également irrecevable, du moment que l'autorité intimée a rendu une décision formatrice (arrêt 2C_176/2008 du 26 août 2008 in RDAF 2008 II 247, consid. 1.3; cf. aussi Yves Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, 2008, n° 2249, p. 867).
2. Les recourants soutiennent que les primes de l'assurance maladie obligatoire doivent être intégralement déductibles du revenu imposable, à l'instar des autres primes d'assurance des 1er et 2e piliers ou encore de l'assurance-accidents obligatoire, sous peine de violer les art. 8, 111, 117 et 127 al. 2 Cst.
2.1 L'art. 111 al. 4 Cst. donne mandat à la Confédération, en collaboration avec les cantons, d'encourager la prévoyance individuelle, notamment par des mesures fiscales (cf. Message du Conseil fédéral à l'appui d'un projet portant révision de la Constitution dans le domaine de la prévoyance vieillesse, survivants et invalidité et rapport sur l'initiative populaire pour une véritable retraite populaire du 10 novembre 1971, FF 1971 II 1638; BO 1972 CE 292). Cette disposition ne constitue donc pas un droit fondamental que le citoyen peut invoquer en justice.
Il convient cependant de relever que le législateur fédéral a réalisé le mandat constitutionnel en édictant les <ref-law> (Archives 53 p. 492 ss), 7 OPP 3, qui définit précisément les déductions admises pour le 3e pilier A et 1er OPP 3, dont les dispositions s'imposent tant pour les impôts directs des cantons et des communes que pour ceux de la Confédération. En revanche, le législateur demeure libre d'encourager d'autres formes de prévoyance individuelle, relevant en particulier du 3e pilier B, sous réserve des droits constitutionnels et des exigences résultant de la loi sur l'harmonisation fiscale.
2.2 L'art. 117 Cst. donne mandat à la Confédération de légiférer sur l'assurance maladie et sur l'assurance accidents. Cette disposition ne constitue donc pas un droit fondamental que le citoyen peut invoquer en justice.
2.3 En matière fiscale, l'art. 8 al. 1 Cst. est concrétisé par les principes de la généralité et de l'égalité de l'imposition ainsi que par celui de l'imposition selon la capacité économique. Le principe de la généralité de l'impôt exige que toute personne ou groupe de personnes soit imposé selon la même réglementation juridique: les exceptions qui ne reposent sur aucun motif objectif sont inadmissibles. D'après le principe d'imposition selon la capacité économique de l'art. 127 al. 2 Cst., toute personne doit contribuer à la couverture des dépenses publiques, compte tenu de sa situation personnelle et en proportion de ses moyens; la charge fiscale doit être adaptée à la substance économique à la disposition du contribuable (<ref-ruling> consid. 6 et 7 p. 215 ss; <ref-ruling> consid. 9 p. 652 s.; Kathrin Klett, Der Gleichheitssatz im Steuerrecht, RDS III/1992 II p. 92 s.). Les principes de l'art. 127 Cst., qui constituent une reprise des développements de la doctrine et de la jurisprudence concernant le droit à l'égalité tiré de l'art. 4 aCst., sont des droits fondamentaux au même titre que le droit général à l'égalité (art. 8 Cst.). Le législateur cantonal est par conséquent aussi tenu de respecter les principes de l'art. 127 Cst. dans l'aménagement de son système fiscal, en particulier dans celui des impôts directs.
2.4 A teneur de l'art. 190 Cst., le Tribunal fédéral est tenu d'appliquer les lois fédérales. Même s'il doit appliquer les lois fédérales, il est habilité à en contrôler la constitutionnalité (arrêt 2C_62/2008 du 25 septembre 2009, consid. 3; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 236; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 566 et les références). Il peut procéder à une interprétation conforme à la Constitution d'une loi fédérale, si les méthodes ordinaires d'interprétation laissent subsister un doute sur son sens (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 721; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 263 et les références). L'interprétation conforme à la Constitution trouve toutefois ses limites lorsque le texte et le sens de la disposition légale sont absolument clairs, quand bien même ils seraient contraires à la Constitution (<ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 716). Lorsqu'une violation de la Constitution est constatée, la loi doit néanmoins être appliquée et le Tribunal fédéral ne peut qu'inviter le législateur à modifier la disposition en cause.
L'obligation d'application de l'art. 190 Cst. ne vaut en principe pas pour les lois cantonales, sauf lorsque le droit cantonal constitue un acte d'exécution de la législation fédérale. Tel est le cas lorsque la loi fiscale cantonale reprend sans le modifier le droit harmonisé de la Confédération tel qu'il est prévu par la loi sur l'harmonisation fiscale (cf. arrêt <ref-ruling> consid. 3.3 p. 71; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 55; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 721).
I. Impôt fédéral direct
3. Depuis le 1er janvier 2003, le canton de Vaud est soumis au système postnumerando annuel en matière d'impôts directs. En matière de déduction pour primes d'assurance maladie, ce sont les dispositions de l'<ref-law> qui trouvent application.
3.1 En vertu de l'<ref-law>, sont notamment déduites du revenu les primes et cotisations versées en vertu de la réglementation sur les allocations pour perte de gain, des dispositions sur l'assurance-chômage et l'assurance-accidents obligatoire (let. f) tandis qu'en vertu de l'<ref-law>, sont déduits les versements, cotisations et primes d'assurances-vie, d'assurances maladie et d'assurances accidents ne tombant pas sous le coup de l'art. 33 al. 1, let. f LIFD, ainsi que les intérêts des capitaux d'épargne du contribuable et des personnes à l'entretien desquelles il pourvoit, jusqu'à concurrence d'un montant global de 3'300 fr. pour les personnes mariées vivant en ménage commun et de 1'700 fr. pour les autres contribuables; ces montants sont augmentés de moitié pour les contribuables qui ne versent pas de cotisations selon l'art. 33 al. 1 let. d et e LIFD. Ils sont augmentés de 700 fr. pour chaque enfant ou personne nécessiteuse pour lesquels le contribuable peut faire valoir la déduction prévue à l'art. 213 al. 1 let. a ou b LIFD. Le montant des déductions prévues par l'<ref-law> pour la période fiscale 2006 résulte de la modification du 27 avril 2005 de l'art. 6 al. 1 et 3 (RO 2008 p. 1937 ss) de l'Ordonnance sur la compensation des effets de la progression à froid pour les personnes physiques en matière d'impôt fédéral direct (OPFr; RS 642.119.2).
3.2 Il résulte du texte clair de l'<ref-law> qu'il s'applique à plusieurs sortes de primes, à celles d'assurance vie, d'assurance maladie et d'assurance accidents facultative. Dans ces conditions, comme l'a déjà constaté le Tribunal fédéral ainsi que la Commission d'experts "Lacunes fiscales", mise sur pied par le Département des finances, il ne reste, une fois la prime pour l'assurance maladie de base prise en compte, généralement (presque) aucun montant déductible pour tenir compte d'autres assurances et, par conséquent aucun encouragement de la prévoyance individuelle au sens de l'art. 111 al. 4 Cst. (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 415 s.; <ref-ruling> consid. 7.6.1 p. 216; arrêt 2A.366/2000 du 15 novembre 2001 in StE 2002, B.26.12 n° 6 et RDAF 2002 II 323, consid. 2a et les références citées; cf. Bericht der Expertenkommission zur Prüfung des Systems der direkten Steuern auf Lücken, Berne 1998, p. 107; voir aussi parmi d'autres auteurs: Gladys Laffely Maillard, Commentaire romand de la LIFD, Bâle 2008, n° 82 ad <ref-law>; Christine Jacques, Commentaire romand de la LIFD, Bâle 2008, nos 1 et 6 ad <ref-law>).
3.3 Du moment que le texte clair de l'<ref-law> ne nécessite pas d'interprétation, cette situation ne peut pas être corrigée par la voie d'une interprétation conforme à la Constitution. L'<ref-law> est une norme de droit fédéral immunisée par l'art. 190 Cst. Mal fondés sous cet angle, les griefs de violation des art. 8 et 127 al. 2 Cst. doivent être rejetés.
II. Impôts cantonal et communal
4. 4.1 D'après l'<ref-law>, sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables les déductions générales parmi lesquelles figurent les primes et cotisations versées en vertu de la réglementation sur les allocations pour perte de gain et des dispositions sur l'assurance-chômage et l'assurance-accidents obligatoire (let. f) ainsi que les versements, cotisations et primes d'assurances-vie, d'assurances maladie et d'assurances accidents qui ne tombent pas sous le coup de la let. f, ainsi que les intérêts des capitaux d'épargne du contribuable et des personnes à l'entretien desquelles il pourvoit, jusqu'à concurrence d'un montant déterminé par le droit cantonal; ce montant peut revêtir la forme d'un forfait (let. g). Selon l'<ref-law>, on n'admettra pas d'autres déductions. Les déductions pour enfants et autres déductions sociales de droit cantonal sont réservées. Ces dernières restent l'affaire des cantons et permettent avant tout de réduire de manière appropriée la charge fiscale des familles (Message sur l'harmonisation fiscale, op. cit., p. 101), dont elles doivent être distinguées (M. Reich, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, 2e éd. , nos 58 ss et 63 ad <ref-law>).
Selon le Message du Conseil fédéral, la déduction prévue par l'art. 9 al. 2 let. g "vise à soutenir, dans la mesure du possible, la prévoyance individuelle", conformément au mandat de l'art. 111 al. 4 Cst. (Message du Conseil fédéral du 25 mai 1983 concernant les lois fédérales sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes ainsi que sur l'impôt fédéral [message sur l'harmonisation fiscale], FF 1983 III 100).
4.2 Afin de concrétiser l'art. 9 al. 2 let. f et g LHID, le canton de Vaud a édicté les art. 37 al. 1 let. f et g ainsi que 37 al. 2 et 3 de la loi cantonale du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI/VD; RSVD 642.11):
"1 Sont déduits du revenu:
[...]
f. les primes et cotisations versées en vertu de la réglementation sur les allocations pour perte de gain, des dispositions sur l'assurance-chômage et l'assurance-accidents obligatoire;
g. les versements, cotisations et primes d'assurances-vie, d'assurances-maladie et d'assurances-accidents qui ne tombent pas sous le coup de la let. f, ainsi que les intérêts des capitaux d'épargne du contribuable et des personnes à l'entretien desquelles il pourvoit, jusqu'à concurrence d'un montant total maximal de:
- 3'200 fr. par année pour le contribuable célibataire, veuf, divorcé ou imposé séparément selon l'article 10;
- 6'400 fr. par année pour les époux vivant en ménage commun.
2 Les versements, cotisations et primes d'assurances-vie, d'assurances-maladie et d'assurances-accidents ne sont déductibles à l'intérieur de la limite maximale que jusqu'à concurrence de:
- 1'800 fr. par année [montant porté à 1'900 fr. en 2006] pour le contribuable célibataire, veuf, divorcé ou imposé séparément selon l'article 10;
- 3'600 fr. par année [3'800 fr. en 2006] pour les époux vivant en ménage commun.
3 La déduction est augmentée de 1'200 fr. [1'300 fr. en 2006] pour chaque enfant ou personne nécessiteuse pour lesquels le contribuable a droit à une part de 0,5 (art. 43, al. 2, let. d) ou à une déduction pour personne à charge (art. 40). L'article 45 est réservé.
[...]"
5. Invoquant les art. 8 et 127 al. 2 Cst, les recourants soutiennent que les déductions d'assurances-maladie devraient être mises sur le même pied que les déductions relatives aux assurances des 1er et 2e piliers. Ils sont également d'avis que le droit à l'égalité est violé du moment que les contribuables dépendants peuvent déduire intégralement leurs primes d'assurances-accidents obligatoires (art. 37 al. 1 let. f LI/VD), ce qu'un indépendant ne peut obtenir par le biais de l'art. 37 al. 1 let. g LI/VD.
5.1 En prévoyant à l'art. 37 al. 1 let. g LI/VD "la déduction des versements, cotisations et primes d'assurances-vie, d'assurances-maladie et d'assurances-accidents qui ne tombent pas sous le coup de la let. f, ainsi que les intérêts des capitaux d'épargne du contribuable et des personnes à l'entretien desquelles il pourvoit", le législateur vaudois a respecté les dispositions de l'art. 9 al. 2 let. g LHID, qui ne laissent aucune marge de manoeuvre aux cantons (M. REICH, op. cit., n° 24 ss ad <ref-law>). Ces deux dispositions bénéficient de l'immunité de l'art. 190 Cst. (cf. consid. 2.4 ci-dessus).
5.2 Par conséquent, dans la mesure où ils sont recevables, les griefs des recourants dirigés contre les termes de cette énumération et leur traitement fiscal commun ainsi que ceux tirés de l'inégalité de traitement entre contribuables dépendants et indépendants s'agissant de la déduction des primes d'assurances-accidents doivent être rejetés.
6. Les recourants critiquent le plafonnement de la déduction cantonale qu'ils estiment contraire à la Constitution fédérale, notamment aux art. 8 et 127 al. 2 Cst. Les griefs tirés des art. 111 et 117 Cst, qui ne constituent pas des droits constitutionnels dont la violation peut être invoquée en justice, sont irrecevables (cf. consid. 2.1 et 2.2 ci-dessus).
6.1 Il résulte du texte de la loi sur l'harmonisation fiscale que les cantons sont tenus de limiter eux-mêmes les déductions générales prévues par les art. 9 al. 2 let. g LHID (primes d'assurances et intérêts des capitaux d'épargne), 9 al. 2 let. i LHID (dons d'utilité publique) et 9 al. 2 let. k LHID (double activité lucrative des époux). A cet égard, la doctrine (M. Reich, op. cit., n° 28 ss ad <ref-law>) relève à bon droit que la loi sur l'harmonisation fiscale non seulement autorise mais bien plus oblige les cantons à limiter le montant de ces déductions. Le texte légal prévoit en effet la déduction "jusqu'à concurrence d'un montant déterminé par le droit cantonal". Cette exigence résulte a contrario du fait qu'une telle restriction ne figure pas dans les dispositions de l'art. 9 al. 2 let. c (pension alimentaire), let. d (contributions AVS, AI et prévoyance professionnelle), let. e (déduction prévoyance individuelle liée) LHID. La loi sur l'harmonisation fiscale ne donne aucune précision sur le montant que les cantons doivent fixer dans leur législation.
6.2 En matière d'impôts directs sur le revenu et la fortune, la loi sur l'harmonisation fiscale a unifié le prélèvement d'impôts dans les cantons. L'harmonisation porte notamment sur l'assujettissement personnel, l'objet et le calcul dans le temps des impôts directs. En revanche, "restent en particulier de la compétence des cantons la fixation des barèmes, celle des taux et celle des montants exonérés d'impôt" (art. 129 al. 2 Cst., <ref-law>). Les cantons disposent par conséquent d'une certaine autonomie lorsqu'ils fixent les sources de leurs revenus. Selon la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 5 p. 214 s.), les cantons ne sont toutefois pas complètement libres dans l'exercice de la liberté d'organisation que leur confère la loi sur l'harmonisation fiscale. Ils doivent observer les droits fondamentaux, en particulier le droit à l'égalité de traitement (art. 8 al. 1 Cst.) et ses corollaires en matière fiscale, parmi lesquels figure le principe d'imposition selon la capacité économique (art. 127 al. 2 Cst.). Il en va de même lorsque les cantons sont appelés à limiter la déduction prévue par l'art. 9 al. 2 let. g LHID: Ils doivent faire usage de leur liberté dans les limites des droits fondamentaux (M. Reich, op. cit., n° 29 ad <ref-law>).
6.3 La doctrine distingue classiquement les déductions organiques de celles dites "anorganiques".
Les premières sont liées à l'acquisition du revenu imposable et recouvrent notamment les frais d'acquisition du revenu, les amortissements, les pertes commerciales et les contributions aux institutions de prévoyance. De telles déductions ne sauraient en principe être écartées par un législateur soucieux de fixer le revenu imposable de manière conforme au principe de l'imposition selon la capacité économique garantie par l'art. 127 al. 2 Cst., qui exige que la capacité contributive soit établie de manière objective (Blumenstein/Locher, System des Steuerrechts, Zurich 2002, 6e éd. p. 248 s.).
Les secondes en revanche ne sont pas liées directement à l'acquisition du revenu, mais à la détermination de la capacité contributive subjective, qui est encore en droit suisse largement laissée à l'appréciation du législateur. Elles sont accordées en général pour des motifs extra-fiscaux et, comme le précise la doctrine, jusqu'à un montant déterminé. Les dépenses pour lesquelles elles sont accordées constituent d'ailleurs une utilisation du revenu (Blumenstein/Locher, System des Steuerrechts, Zurich 2002, 6e éd. p. 249 et p. 262 ss). Le fait qu'elles ne doivent pas nécessairement être prises en considération pour la détermination du revenu net (Rapport du groupe d'experts Cagianut sur l'harmonisation fiscale [cité: Rapport Cagianut], publication de la Chambre fiduciaire, vol. 128, 1994, p. 72 s.) ne viole par conséquent pas l'art. 127 al. 2 Cst.
La déduction pour primes d'assurances et intérêts de capitaux d'épargne constitue une déduction anorganique (Blumenstein/Locher, System des Steuerrechts, Zurich 2002, 6e éd. p. 262 s.). Comme les déductions sociales, les déductions anorganiques ont pour but d'adap-ter - de manière schématique - la charge d'impôt à la situation personnelle et économique particulière de chaque catégorie de contribuables conformément au principe de l'imposition selon la capacité contributive de l'art. 127 al. 2 Cst. S'agissant du droit cantonal, le Tribunal fédéral a reconnu à plusieurs reprises qu'il n'est pas réalisable, pour des raisons pratiques, de traiter chaque contribuable de façon exactement identique d'un point de vue mathématique et que, de ce fait, le législateur est autorisé à choisir des solutions schématiques. S'il n'est pas possible de réaliser une égalité absolue, il suffit que la réglementation n'aboutisse pas de façon générale à une charge sensiblement plus lourde ou à une inégalité systématique à l'égard de certaines catégories de contribuables (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 309 et les nombreuses références citées).
En résumé, contrairement aux déductions organiques, les déductions anorganiques telles que celles de l'art. 37 al. 1 LI/VD doivent être limitées dans leur montant en raison de l'art. 9 al. 2 let. g LHID et ne violent pas le principe de la capacité économique de l'art. 127 al. 2 Cst. même si, comme en l'espèce, au vu du montant fixé par le droit fiscal vaudois, il ne reste, une fois la prime pour l'assurance maladie de base prise en compte, généralement (presque) aucun montant déductible pour tenir compte d'autres assurances et, par conséquent, aucun encouragement de la prévoyance individuelle au sens de l'art. 111 al. 4 Cst. Pour le surplus, en adaptant le montant forfaitaire à la situation personnelle du contribuable (marié avec ou sans enfant à charge), le législateur vaudois a choisi une solution schématique conforme aux art. 8 al. 1 et 127 al. 2 Cst.
6.4 Il s'ensuit que le grief des recourants selon lequel l'obligation faite au citoyen de souscrire une assurance maladie devrait conduire à une déduction complète des primes relatives à l'assurance obligatoire, à l'instar de la pleine déduction des primes des 1er et 2e piliers obligatoires, sous peine de violer l'art. 127 al. 2 Cst., doit être rejeté. Pour les mêmes motifs, le constat que le montant des primes augmente plus rapidement que le montant des déductions accordées par les dispositions de l'art. 37 LI/VD ne conduit pas à sanctionner le droit cantonal pour violation de l'art. 127 al. 2 Cst.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en matière d'impôts directs fédéral, cantonal et communal, dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire, solidairement entre eux (art. 65 et 66 LTF). Ils n'ont pas droit à une indemnité de partie (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public dirigé contre l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2006 est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours en matière de droit public dirigé contre l'impôt direct cantonal et communal de la période fiscale 2006 est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à l'administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 21 juillet 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey