Sachverhalt:
A. Der 1961 geborene M._ arbeitete seit 1. Oktober 1983 als Automechaniker bei der Garage K._ AG und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch gegen Unfälle versichert. Am 9. Juli 1999 wurde er als Lenker eines Personenwagens in einen Auffahrunfall verwickelt, als er an der Einmündung zu einer Hauptstrasse wartend, von einem nachfolgenden Fahrzeug von hinten gerammt wurde. Er begab sich am 12. Juli 1999 in Behandlung zu seinem Hausarzt Dr. med. G._, Allgemeine Medizin FMH, der eine HWS-Distorsion diagnostizierte und ein Hartspann der Nackenmuskulatur und des Trapezius rechts bei Druckdolenz C5 rechts feststellte (Arztzeugnis vom 17. August 1999). Anlässlich der kreisärztlichen Untersuchung vom 16. September 1999 wurde eine fortdauernde Arbeitsunfähigkeit in der angestammten Tätigkeit attestiert und eine stationäre Therapie in der Klinik X._ empfohlen, welche vom 17. November bis zum 1. Dezember 1999 stattfand (Austrittsbericht vom 23. Dezember 1999). In der Folge wurde der Versicherte weiterhin hausärztlich betreut und verschiedentlich medizinisch abgeklärt (so insbesondere in neuropsychologischer, augenärztlicher bzw. neuroophtalmologischer und psychiatrischer Hinsicht). Einen zweiten stationären Aufenthalt verbrachte der Versicherte vom 31. Mai bis zum 28. Juni 2000 in der Rehaklinik Y._. Am 9. August 2001 wurde im Spital Z._, bei diagnostizierter paramedianer Diskushernie C5/6 links und kleiner medianer/paramedianer Diskushernie C6/7 links mit Osteophyten in beiden Höhen eine Diskektomie C5/C6 und C6/C7 und eine Stabilisation mit Cage C5/C6 und C6/C7 durchgeführt (Operationsbericht und Bericht Spital Z._ vom 27. August 2001). Vom 2. bis zum 30. Januar 2002 erfolgte ein weiterer stationären Rehabilitationsaufenthalt in der Rehaklinik Y._. Im Auftrag der Sozialversicherungsanstalt Zürich wurde am 12. August 2004 über den Versicherten durch die MEDAS ein polydisziplinäres Gutachten erstellt, in dessen Rahmen auch ein zusätzlicher Fragenkatalog der SUVA beantwortet wurde. Die IV-Stelle des Kantons Zürich sprach dem Versicherten am 10. Februar 2005 für die Zeit vom 1. Juli 2000 bis zum 31. März 2002 bei einem Invaliditätsgrad von 100 % eine ganze Rente und mit Wirkung ab dem 1. April 2002 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 47 % eine Viertelsrente zu; wiedererwägungsweise wurde die Viertelsrente am 13. Oktober 2005 bei einem Invaliditätsgrad von nun 55 % auf eine halbe Rente erhöht.
Mit Verfügung vom 18. November 2005 sprach die SUVA dem Versicherten in Anlehnung an die Invaliditätsbemessung der IV-Stelle eine Rente von 55 % zu, wobei sie gleichzeitig verfügte, dass die Rentenleistungen gemäss <ref-law> um 50 % gekürzt würden; im Weitern wurde eine Integritätsentschädigung von Fr. 9'720.- basierend auf einer Integritätseinbusse von 10 % zuerkannt. Gegen diese Verfügung erhob der Versicherte Einsprache. Während des laufenden Einspracheverfahrens schlossen der Versicherte und die IV-Stelle am 14./20. März 2006 vor dem Sozialversicherungsgericht einen Vergleich ab, gemäss welchem dem Versicherten mit Wirkung ab 1. April 2002 eine Dreiviertel-Rente zusteht. In der Folge wurde die Einsprache durch die SUVA mit Entscheid vom 5. Februar 2007 insofern teilweise gutgeheissen, als der Grad der Erwerbsunfähigkeit von 55 auf 60 % erhöht wurde; die Kürzung der Rentenleistungen von 50 % wurde in Abweisung der Einsprache dagegen bestätigt.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 22. Dezember 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, der vorinstanzliche Entscheid sei hinsichtlich der Leistungskürzung von 50 % aufzuheben und es sei die SUVA zu verpflichten, ihm auf der Basis einer Invalidität von 60 % eine Komplementärrente von Fr. 3'068.- zu bezahlen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die gesetzliche Bestimmung über die verschiedenen Leistungen der Unfallversicherung (Art. 10, 16, 18 und 20 UVG) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt hinsichtlich der Erwägungen zu dem im Sozialversicherungsrecht massgebenden Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5b S. 360 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.1 S. 181) und zu den bei der beweismässigen Auswertung medizinischer Berichte zu beachtenden Grundsätzen (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff. mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. Aufgrund der medizinischen Unterlagen ist erstellt, dass der Unfall vom 9. Juli 1999 zumindest eine Teilursache für die Beschwerden des Versicherten und die darauf zurückzuführende Einschränkung in der Arbeits- und Erwerbsfähigkeit bildet, was für die Bejahung des für die Leistungspflicht des Unfallversicherers nach UVG zunächst vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhangs praxisgemäss genügt (<ref-ruling> E. 1 S. 337, 117 V 359 E. 4b S. 360). Ferner wurde zu Recht auch die Adäquanz des Kausalzusammenhangs zwischen dem versicherten Unfall und der eingetretenen Erwerbsunfähigkeit bejaht. Der Anspruch des Beschwerdeführers gegenüber der SUVA auf eine Invalidenrente ist im Grundsatz denn auch unbestritten. Streitig und zu prüfen ist hingegen, ob und inwieweit ein allfälliger krankhafter Vorzustand bei der Rentenfestsetzung zu berücksichtigen ist.
4. 4.1 Gemäss <ref-law> werden die Invalidenrenten, die Integritätsentschädigungen und die Hinterlassenenrenten angemessen gekürzt, wenn die Gesundheitsschädigung oder der Tod nur teilweise die Folge eines Unfalls ist. Gesundheitsschädigungen vor dem Unfall, die zu keiner Verminderung der Erwerbsfähigkeit geführt haben, werden dabei nicht berücksichtigt. Diese Bestimmung setzt voraus, dass der Unfall und das nicht versicherte Ereignis eine bestimmte Gesundheitsschädigung gemeinsam verursacht haben. Dagegen ist die Bestimmung nicht anwendbar, wenn die beiden Einwirkungen einander nicht beeinflussende Schäden verursacht haben, so etwa wenn der Unfall und das nicht versicherte Ereignis verschiedene Körperteile betreffen und sich damit die Krankheitsbilder nicht überschneiden. Diesfalls sind die Folgen des versicherten Unfalls für sich allein zu bewerten (<ref-ruling> E. 3a S. 117, 121 V 326 E. 3c S. 333 mit Hinweisen).
4.2 Die Regelung von <ref-law> nimmt den Grundsatz auf, dass die Unfallversicherung nur für die Folgen von Unfällen aufzukommen hat. Dieses Kausalitätsprinzip wird indessen in <ref-law> abgeschwächt (<ref-ruling> E. 5a S. 137). Die Abschwächung des Kausalitätsprinzips erfolgte aus dem Bestreben heraus, die Schadensabwicklung bei unfallfremden Vorzuständen zu erleichtern und zu vermeiden, dass der Versicherte sich an mehrere Versicherungsträger wenden muss (<ref-ruling> oben E. 5b S. 138 u.a. mit Hinweis auf die Botschaft des Bundesrates zum Bundesgesetz über die Unfallversicherung vom 18. August 1976, BBl 1976 III 175 und 197). Aufgrund des bei der Gesetzesauslegung in erster Linie massgebenden Wortlauts ist eine Rentenkürzung nach <ref-law> nur zulässig, wenn der krankhafte Vorzustand, der zusammen mit dem Unfall die invalidisierende Gesundheitsschädigung verursacht, bereits vor dem Unfall zu einer (teilweisen) Erwerbsunfähigkeit geführt hat (<ref-ruling> E. 3a S. 330 mit Hinweisen).
5. 5.1 Es ist unbestritten und von den Parteien anerkannt, dass der Beschwerdeführer an Beschwerden leidet, die zum einen vom Unfall und zum andern von einem krankhaften Vorzustand, nämlich einer degenerativen Veränderung der Halswirbelsäule, herrühren. Strittig ist hingegen, ob die beiden Ursachen der Gesundheitsschädigung derart zusammenwirken, dass von einer gemeinsamen Verursachung des Gesundheitsschadens zu sprechen ist, welche unter bestimmten Voraussetzungen (vgl. oben E. 4) einer Kürzung der Leistungen entgegenstehen würde. Die Beschwerdegegnerin und das kantonale Gericht sind der Auffassung, die degenerativen Veränderungen der HWS seien ein selbständiges Leiden, welches sich unabhängig vom Unfall entwickelt habe, weshalb eine Rentenkürzung vorzunehmen sei. Zur Begründung dieses Standpunktes weist die Beschwerdegegnerin darauf hin, dass die unfallfremden Ursachen erst beträchtliche Zeit nach dem Unfall zu Tage getreten seien, während das kantonale Gericht von einer Kürzung bei einem krankhaften Vorzustand anscheinend nur dann absehen will, wenn dieser ohne Unfallereignis voraussichtlich keinen Einfluss auf die Erwerbsfähigkeit gehabt hätte. Der Beschwerdeführer ist demgegenüber der Auffassung, die Rente dürfe nicht gekürzt werden, weil einerseits die krankhafte Gesundheitsschädigung vor dem Unfall keine Verminderung der Erwerbsfähigkeit bewirkt und anderseits der Unfall zu einer richtunggebenden Verschlimmerung der vorbestehenden degenerativen Erkrankung geführt habe.
5.2 Vorab steht fest und ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer vor dem Unfall vom 9. Juli 1999 vollständig arbeitsfähig war. Die degenerativen Veränderungen der Halswirbelsäule wurden zwar bereits vier Monate nach dem Unfall festgestellt und mussten demnach schon im Unfallzeitpunkt vorhanden gewesen sein; laut MEDAS-Gutachten waren sie aber asymptomatisch.
5.3 Klar erscheint im Weitern, dass die vom Beschwerdeführer (ebenfalls) geklagten Lumbalgien keine Leistungspflicht des Unfallversicherers zu begründen vermögen. Nach dem von der Vorinstanz zu Recht als schlüssig und massgeblich erachteten MEDAS-Gutachten sind die Rückenbeschwerden als unfallfremd zu qualifizieren und beschlagen einen Körperteil, der vom Unfall nicht betroffen war. Die Lumbalgien haben allerdings auch keine Auswirkung auf die Arbeits- bzw. Erwerbsfähigkeit des Beschwerdeführers.
5.4 Demgegenüber ist bei dem im MEDAS-Gutachten an erster Stelle mit Auswirkungen auf die Arbeits- bzw. Erwerbsfähigkeit diagnostizierten Leiden - dem chronischen deutlichen zervikozephalen und leichten zervikobrachialen Schmerzsyndrom links mit myofaszialer Irritation der Nacken-/Schulterpartie links - davon auszugehen, dass dieses durch den Unfall vom 9. Juli 1999 und die vorbestehenden degenerativen Veränderungen gemeinsam verursacht worden ist und deshalb dafür eine volle Leistungspflicht des Unfallversicherers besteht. Die gemeinsame Verursachung zeigt sich darin, dass gemäss dem MEDAS-Gutachten ein Teil dieses in einer einzigen Diagnose zusammengefassten Beschwerdebildes - nämlich die im Vordergrund stehenden Kopf- und Nackenbeschwerden wie auch die neuropsychologischen Defizite - mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auf den Unfall zurückzuführen sind, während der (andere) Teil seine Ursache in den prätraumatischen degenerativen Veränderungen der HWS hat. Es handelt sich bei dem die Arbeits- bzw. Erwerbsfähigkeit beeinträchtigenden Schmerzsyndrom somit um einen zusammenhängenden Gesundheitsschaden, der durch das Zusammenwirken konkurrierender, teils unfall- teils krankheitsbedingter Ursachen herbeigeführt und unterhalten wird. Davon geht an sich auch die Beschwerdegegnerin aus, wenn sie im Einspracheentscheid darlegt, der krankhafte Vorzustand habe die gesundheitlichen Folgen des Unfalls erschwert. Deshalb und auch weil der Unfall und die degenerative Vorschädigung den gleichen Körperteil - nämlich den Hals-/Nacken- und Kopfbereich - betreffen, ist von einer Überschneidung der Krankheitsbilder auszugehen. Das Zusammenwirken von unfallbedingten und krankheitsbedingten Faktoren wird zudem daraus ersichtlich, dass die Gutachter mehrfach auf die erhöhte Vulnerabilität der krankhaft vorgeschädigten Halswirbelsäule hinweisen, bei welcher sich eben eine unfallbedingte Einwirkung besonders auswirkt. Unter solchen Umständen kommt <ref-law> zur Anwendung und die Folgen des Unfalls können nicht für sich allein bewertet werden (vgl. oben E. 4.1).
5.5 Nach Auffassung der MEDAS-Gutachter könnte der Beschwerdeführer auch ohne Unfall den angestammten Beruf als Automechaniker "aktuell wohl nicht mehr ausüben". Diese Beurteilung zeigt zwar, dass sich das krankhafte Leiden auch ohne Unfall entwickelt hätte. Daraus kann aber nicht geschlossen werden, das aktuelle Beschwerdebild sei allein durch die krankhafte degenerative Veränderung der HWS sowie deren Behandlung erklärbar und die Unfallfolgen hätten ihre Wirkung verloren. Wenn dem nämlich so wäre, würde überhaupt keine Leistungspflicht des Unfallversicherers mehr bestehen. Tatsache ist vielmehr, dass die Gutachter den unfallkausalen Anteil an der festgestellten Arbeitsunfähigkeit mit 50 % beziffern und damit zum Ausdruck bringen, dass der Unfall vom 9. Juli 1999 für den gesamten, die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigenden Gesundheitsschaden nach wie vor einen massgeblichen (Mit)Faktor darstellt, womit gleichzeitig die gemeinsame Verursachung der Gesundheitsschädigung bestätigt wird.
5.6 Auch die von der Beschwerdegegnerin und dem kantonalen Gericht angestellten Erwägungen vermögen diesen Schluss nicht in Frage zu stellen. Wenn die Beschwerdegegnerin darauf hinweist, dass sich die degenerativen Veränderungen der HWS erst neun Monate - mithin eine beträchtliche Zeit nach dem Unfall - auf die Erwerbsfähigkeit ausgewirkt hätten, weshalb eine Kürzung zulässig sei, so findet diese Auffassung keine Stütze im Wortlaut der gesetzlichen Bestimmung, stellt diese doch einzig darauf ab, ob sich die unfallfremde Gesundheitsschädigung vor dem Unfall auf die Erwerbsfähigkeit ausgewirkt hat oder nicht. Wann sie sich nach dem Unfall auswirkt, ist demgegenüber nicht von Belang; entscheidend ist allein, ob bei der zu beurteilenden Gesundheitsschädigung Unfall und Krankheit zusammengewirkt haben.
Die vom kantonalen Gericht als massgeblich erachtete Unterscheidung zwischen krankhaften Vorzuständen, die ohne Unfall voraussichtlich keinen Einfluss auf die Erwerbsfähigkeit gehabt hätten - also stumm geblieben wären - und solchen, die sich auch ohne Unfall auf die Erwerbsfähigkeit ausgewirkt hätten, orientiert sich zwar am Kausalitätsprinzip, findet aber ebenfalls keine Stütze im Gesetz. <ref-law> macht die Nichtberücksichtigung des Vorzustandes nicht davon abhängig, dass sich dieser nie auf die Erwerbsfähigkeit auswirken würde, verlangt ist einzig, dass er sich im Zeitpunkt des Unfalls (noch) nicht ausgewirkt hat. Diese Regelung ist im Übrigen insofern sachlich begründet, als es bei einer auf unfallkausale und unfallfremde Ursachen zurückzuführenden Gesundheitsschädigung regelmässig schwer zu eruieren ist, ob sich die unfallfremden Ursachen auch ohne Unfall auf die Erwerbsfähigkeit ausgewirkt hätten. In diesem Zusammenhang ist darauf hinzuweisen, dass die Regelung von <ref-law> nach Lehre und Rechtsprechung (vgl. oben E. 4.2) eine Durchbrechung bzw. Abschwächung des Kausalitätsprinzips bedeutet. Die Annahme einer gemeinsamen Verursachung einer Gesundheitsschädigung, welche Voraussetzung für die Anwendung der vorgenannten Gesetzesbestimmung ist, setzt eben gerade voraus, dass der unfallfremde Vorzustand (auch) zur Gesundheitsstörung beiträgt. Es ist damit in dieser Regelung angelegt, dass der Unfallversicherer für einen Gesundheitsschaden leistungspflichtig werden kann, der nur teilweise unfallbedingt ist. Die Berufung auf das Kausalitätsprinzip kann die Frage also nicht beantworten, welche Gesundheitsschädigungen bei der Anwendung von <ref-law> auszuklammern sind.
5.7 Zusammenfassend ergibt sich, dass der Beschwerdeführer im Zeitpunkt des Unfalls uneingeschränkt erwerbsfähig war, dass nach Abschluss der Heilbehandlung eine Gesundheitsschädigung bestand, welche gemeinsam und zu gleichen Teilen durch den Unfall und eine vorbestehende degenerative Erkrankung verursacht wurde, und dass das im Vordergrund stehende Leiden im Nacken-/Kopf- und Schulterbereich durch den Unfall und den krankhaften Vorzustand gegenseitig beeinflusst und verstärkt wurde. Unter diesen Umständen dürfen die Rentenleistungen wegen des vorbestehenden Leidens nicht gekürzt werden. In Gutheissung der Beschwerde ist die verfügte Kürzung von 50 % aufzuheben und die Beschwerdegegnerin anzuweisen, dem Beschwerdeführer ungekürzte Rentenleistungen zu erbringen.
6. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdegegnerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>). Sie hat dem obsiegenden Beschwerdeführer ausserdem eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 22. Dezember 2008 vollumfänglich sowie der Einspracheentscheid der SUVA vom 5. Februar 2007 insoweit aufgehoben, als darin die in der Verfügung vom 18. November 2005 verfügte Leistungskürzung um 50 % bestätigt wird. Die SUVA wird verpflichtet, dem Beschwerdeführer die Rentenleistungen (Invaliden- bzw. Komplementärrente) ungekürzt auszurichten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. September 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter