Sachverhalt:
A. D._ und E._ (Beschwerdegegner) einerseits sowie A._ und der inzwischen verstorbene F._ (Verkäuferschaft) andererseits schlossen im August 1999 eine Vereinbarung, gemäss welcher die Verkäuferschaft sämtliche sich in ihrem Besitz befindlichen Aktien der X._ AG (Aktiengesellschaft) zum Kaufpreis von insgesamt Fr. 600'000.-- den Beschwerdegegnern zu übertragen hatte, welche mit Bezug auf Fr. 400'000.-- vorleistungspflichtig waren. In der Vereinbarung ist festgehalten, die Beschwerdegegner seien nach Übertragung der Aktienzertifikate einzige Aktionäre der Aktiengesellschaft. Bei Abwicklung des Vertrages gerieten die Beteiligten in Streit. Die Beschwerdegegner bemängelten die Vertragserfüllung durch die Verkäuferschaft. Sie gelangten an das Bezirksgericht Brugg und verlangten die Aufhebung des Vertrages zunächst zufolge Wandelung, im Rechtsmittelverfahren dann gestützt auf Art. 97 ff. OR. Subsidiär beriefen sie sich zur Auflösung des Vertrages auf Täuschung beziehungsweise Irrtum und verlangten die bereits geleisteten Fr. 400'000.-- zurück. Die Verkäuferschaft forderte widerklageweise im Wesentlichen die Zahlung des Restkaufpreises von Fr. 200'000.--. Gegenseitig wurden zusätzlich je Fr. 50'000.-- Konventionalstrafe geltend gemacht.
B. Im Verlauf des Verfahrens vor Bezirksgericht verstarb F._, worauf das Verfahren gegen A._, B._ und C._ (Beschwerdeführer) weitergeführt wurde. Das Bezirksgericht wies die Klage mit Urteil vom 6. März 2007 ab und hiess die Widerklage bis auf eine Zinskorrektur gut. Bezüglich der Klage kam das Obergericht des Kantons Aargau zum selben Ergebnis. Es war allerdings der Auffassung, die Verkäuferschaft habe ihre Leistung nicht vollständig erbracht, da die Beschwerdegegner wegen fehlender Abtretungserklärungen auf bestimmten Aktienzertifikaten nicht wie im Vertrag vorgesehen zu alleinigen Aktionären der Aktiengesellschaft geworden seien. Daher verpflichtete es die Beschwerdegegner zur Leistung der Kaufpreisrestanz von Fr. 200'000.-- Zug um Zug gegen Beibringung der Abtretungserklärungen oder Indossamente bezüglich der Aktienzertifikate Nr. 2, 12 und 13.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Beschwerdeführer dem Bundesgericht im Wesentlichen, die Beschwerdegegner unter solidarischer Haftung zur Bezahlung von Fr. 200'000.-- nebst Zins zu verpflichten. Die Beschwerdegegner schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführer machen im Wesentlichen geltend, mit Bezug auf die angeblich mangelhaft indossierten Aktienzertifikate wende die Vorinstanz zu Unrecht die gesetzlichen Voraussetzungen an die Übertragung von Ordrepapieren bzw. Namenaktien an. Dies, weil die Vorinstanz - wie auch schon das Bezirksgericht - die aktenkundige von den Beschwerdeführern vorgetragene und bewiesene Tatsache übersehen habe, dass die Aktiengesellschaft bereits am 29. Februar 2000 von Amtes wegen aufgelöst und als Folge der am 15. November 2004 erfolgten Konkurseröffnung am 20. Juni 2005 von Amtes wegen gelöscht worden sei. Sie verweisen dazu auf die Klageantwortbeilage Nr. 57 (recte wohl Nr. 53), einen Handelsregisterauszug der Aktiengesellschaft vom 5. November 2000, sowie auf die Duplikbeilagen 1 und 2 (Konkurseröffnungsurteil vom 16. November 2004 und Handelsregisterauszug vom 3. November 2000). Zusätzlich berufen sie sich auf Ziff. 3.10 des erstinstanzlichen Urteils, die wie folgt lautet: "Mit Gerichtsbeschluss vom 5. September 2006 wurde die Einholung des Protokolls der Generalversammlung vom 20. August 1999 der (gelöschten) X._ AG (mit Sitz in Welschenrohr) beim Handelsregisteramt des Kantons Solothurn angeordnet."
1.1 Die Beschwerdeführer halten die Nichtberücksichtigung dieser Beweismittel für willkürlich. Spätestens mit der Löschung der Aktiengesellschaft im Handelsregister hätten die Namenaktien ihren Charakter als eigentliche Wertpapiere verloren. Bestehe die Aktiengesellschaft nicht mehr, würden die Aktien effektiv wertlos und verlören ihren typischen Wertpapiercharakter, weil es kein Recht, d.h. bei Namenaktien keine Vermögens- und Mitgliedschaftsrechte gegenüber der Aktiengesellschaft, mehr gebe, das aus dem Papier geltend gemacht werden könne. Bei Namenaktien nicht mehr existierender Gesellschaften genüge die einfache Übertragung des Papiers als Vollzug des Grundgeschäfts. Dies sei allgemein bekannt und werde namentlich bei antiken Aktientiteln so gehandhabt. Daher sei die von der Vorinstanz an die Bezahlung des Restkaufpreises geknüpfte Bedingung aufzuheben. Der Restkaufpreis nebst Zins sei bedingungslos geschuldet.
1.2 Die Beschwerdeführer rügen, wenn der Auffassung der Vorinstanz gefolgt würde, könnten sie den Restkaufpreis von Fr. 200'000.-- nicht einverlangen, sofern auch nur eine Abtretungserklärung nicht beigebracht werden könne. Der Minderwert, der durch die nicht korrekt übertragenen Aktien entstanden sei, belaufe sich aber höchstens auf Fr. 27'615.-- beziehungsweise Fr. 12'550.--, da heute nur noch die Abtretungserklärung betreffend ein Zertifikat über 5 Aktien fehle. Werde wegen Fehlens eines einzigen Aktienzertifikats die gesamte Restkaufpreisforderung nicht bezahlt, liefe das auf eine unzulässige Teilwandelung beziehungsweise unverhältnismässige Kaufpreisminderung hinaus.
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252).
2.1 Wer sich auf eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz beruft und den Sachverhalt gestützt darauf berichtigt oder ergänzt wissen will, hat mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen genannt hat (Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4339 Ziff. 4.1.4.3; vgl. auch <ref-ruling> E. 2a S. 485 f.). Neue Vorbringen sind nur zulässig, soweit erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG), was wiederum näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 226; <ref-ruling> E. 3 S. 395).
2.2 Aus den von den Beschwerdeführern bezeichneten Aktenstellen und einer Klammerbemerkung an der angeführten Stelle des erstinstanzlichen Entscheides geht in der Tat hervor, dass die Aktiengesellschaft von Amtes wegen als aufgelöst erklärt und schliesslich gelöscht wurde. Soweit die Beschwerdeführer jedoch behaupten, es handle sich um eine vorgetragene und bewiesene Tatsache, welche sowohl das Obergericht wie auch schon das Bezirksgericht übersehen hätten, unterlassen sie es, aktenmässig zu belegen, dass sie sich prozesskonform darauf berufen haben, zufolge der Löschung der Aktiengesellschaft erübrige sich eine wertpapierrechtliche Übertragung der Aktien. Entsprechende Hinweise wären aber notwendig, da die Vorinstanz keine diesbezüglichen Vorbringen erwähnt und im Appellationsverfahren, wie die Vorinstanz ausdrücklich festhält, nur die von den Parteien vorgebrachten rechtlichen oder tatsächlichen Beanstandungen geprüft werden. Nach Darstellung der Beschwerdeführer selbst hat schon die erste Instanz die angebliche Relevanz der Löschung der Gesellschaft übersehen. Die Beschwerdeführer hätten daher allen Anlass gehabt, den erstinstanzlichen Entscheid in der Appellationsantwort diesbezüglich zu beanstanden und mit Blick auf die Löschung der Gesellschaft die Abweisung der Appellation zu beantragen. Dass sie dies getan hätten, zeigen sie nicht auf. Es ist aber nicht Sache des Bundesgerichts, ohne Hinweise der Parteien nach allfälligen Unvollständigkeiten in der Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz zu forschen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 288), so dass es dabei sein Bewenden hat. Haben die Beschwerdeführer die Löschung der Aktiengesellschaft vor der Vorinstanz nicht prozesskonform zum Prozessthema gemacht, fehlt es diesbezüglich an der Erschöpfung des Instanzenzuges (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen) und sind die Beschwerdeführer mit ihren Vorbringen nicht zu hören.
2.3 Auch abgesehen von der Ausschöpfung des Instanzenzuges, erweisen sich die Vorbringen der Beschwerdeführer als unzulässig. Im Rahmen der Rechtsanwendung von Amtes wegen ist es zwar zulässig, seinen Anspruch erstmals vor Bundesgericht rechtlich anders zu begründen, jedoch nur, soweit die dafür erforderlichen Tatsachen im angefochtenen Urteil festgestellt sind (<ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.4 S. 34 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführer behaupten, die Löschung der Aktiengesellschaft habe einen Einfluss auf den Wertpapiercharakter der Aktienzertifikate, so dass sich eine Abtretungserklärung erübrige. Wie es sich damit verhält, kann offen bleiben (vgl. zu den Folgen der Löschung Urteil 4C.336/2000 vom 12. März 2002 E. 5, nicht publ. in <ref-ruling>; WOLFGANG ERNST, Haftung und Gefahrtragung beim Aktienkauf, in: Tradition mit Weitsicht, Festschrift für Eugen Bucher zum 80. Geburtstag, 2009, S. 89 ff., S. 122), denn die Löschung zeitigt Auswirkungen auf das gesamte Vertragsverhältnis. Gemäss Vertrag hätten die Beschwerdegegner Alleinaktionäre der Aktiengesellschaft werden sollen, womit offensichtlich die bestehende aktive Gesellschaft gemeint war. Daher stellt sich die Frage, ob der Zweck der Vereinbarung nach der Löschung der Gesellschaft in diesem Punkt überhaupt noch erreicht werden kann (vgl. ERNST, a.a.O., S. 117; zit. Urteil 4C.336/2000 E. 5), und falls nicht, wer dafür die Verantwortung trägt (vgl. ERNST, a.a.O., S. 126). Auch wäre abzuklären, ob die Beschwerdegegner an einer Abtretungserklärung überhaupt noch ein schützenswertes Interesse haben. Da vor der Vorinstanz die Löschung der Gesellschaft nicht thematisiert wurde, fehlen hinreichende Sachverhaltsfeststellungen, und bestand für die Beschwerdegegner kein Anlass, diesbezüglich weitere Behauptungen aufzustellen. Diese Möglichkeit würde ihnen abgeschnitten, wenn das Bundesgericht über die Folgen der Löschung für die Vertragserfüllung zu befinden hätte. Daher ist es den Beschwerdeführern verwehrt, sich erstmals vor Bundesgericht auf die Löschung der Gesellschaft zu berufen, um die Gutheissung der Widerklage im beantragten Umfang zu erwirken.
2.4 Soweit die Beschwerdeführer rügen, die Verpflichtung zur Leistung Zug um Zug führe faktisch zu einer ungerechtfertigten Minderung des Kaufpreises, verkennen sie, dass die Vorinstanz davon ausging, die Abtretungserklärungen könnten noch beigebracht und der Vertrag erfüllt werden. Die Beschwerdeführer zeigen nicht auf, dass sie sich im kantonalen Verfahren zur Frage, welche Ansprüche zwischen den Parteien bestehen, falls eine korrekte Vertragserfüllung ausser Betracht fällt, prozesskonform geäussert haben. Daher ist auch vor Bundesgericht nicht darauf einzugehen.
3. Auf die Beschwerde ist nach dem Gesagten insgesamt nicht einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden unter solidarischer Haftbarkeit den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit insgesamt Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. August 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak