Sachverhalt:
A. Der 1966 geborene P._, gelernter Automechaniker, war seit September 1991 bei der Firma X._ als Mechaniker/Handwerkmeister/Teamleiter tätig. Am 12. Februar 2002 meldete er sich unter Hinweis auf einen Bandscheibenvorfall mit Lähmungen im rechten Bein bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach getätigten medizinischen und beruflichen Abklärungen gewährte ihm die IV-Stelle Nidwalden mit Verfügung vom 20. Juni 2003 berufliche Massnahmen (Deutschstützkurs und berufsbegleitende Umschulung zum kaufmännischen Angestellten). Diese Umschulung brach P._ nach einem Schuljahr im Frühsommer 2004 vorzeitig ab, ohne einen Abschluss erlangt zu haben. Am 11. August 2005 erstattete med. pract. B._, Regionaler ärztlicher Dienst (RAD), einen psychiatrischen Untersuchungsbericht. In medizinischer Hinsicht hauptsächlich gestützt darauf lehnte die IV-Stelle mit Verfügung vom 14. September 2005 einen Rentenanspruch mangels invaliditätsbedingter Erwerbseinbusse ab. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 5. Dezember 2005 fest.
B. Die von P._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 6. November 2006 ab.
C. P._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei ihm ab 1. August 2005 eine ganze Invalidenrente zu gewähren. Eventuell sei die Sache zur ergänzenden Abklärung für ein psychiatrisches Gutachten an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
1.2 Der angefochtene Entscheid betrifft Leistungen der Invalidenversicherung. Das Bundesgericht prüft daher nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzte, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde (Art. 132 Abs. 2 OG [in der Fassung gemäss Ziff. III des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG, in Kraft seit 1. Juli 2006] in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2. Streitig ist, ob der Beschwerdeführer Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung hat. Das kantonale Versicherungsgericht hat die zur Beurteilung dieses Anspruchs einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Als erstes ist die Frage zu prüfen, in welchem Ausmass der Beschwerdeführer noch arbeitsfähig ist.
3.1 Das kantonale Gericht hat in Würdigung der medizinischen Akten festgestellt, dass als Hauptursache für die vom Versicherten geklagten Beschwerden eine somatoforme autonome Schmerzstörung ohne psychiatrische Komorbidität vorliege, diese indessen nicht invalidisierend im Sinne der Rechtsprechung sei und daher von einer vollen Arbeitsfähigkeit bei rückenadaptierten Tätigkeiten auszugehen sei. Diese Sachverhaltsfeststellungen stützen sich im Wesentlichen auf den Untersuchungsbericht des RAD-Arztes B._ vom 11. August 2005. Während das kantonale Gericht diesen Bericht als schlüssig erachtet, übt der Beschwerdeführer daran teils letztinstanzlich unbeachtliche appellatorische (vgl. E. 1.2), teils aber auch grundsätzlich berechtigte Kritik.
3.2 Die Rechtsprechung hat sich schon wiederholt mit dem Beweiswert von medizinischen Berichten und Gutachten befasst, die von bei der Verwaltung oder bei der Versicherung angestellten Ärzten abgefasst wurden:
3.2.1 Den von versicherungsinternen Ärzten erstellten Berichten und Gutachten kann voller Beweiswert zukommen, wenn sie die dazu erforderlichen Voraussetzungen erfüllen. Sie müssen als schlüssig erscheinen, nachvollziehbar begründet sowie in sich widerspruchsfrei sein und es dürfen keine Indizien gegen ihre Zuverlässigkeit bestehen. Im Hinblick auf die erhebliche Bedeutung, welche den Arztberichten im Sozialversicherungsrecht zukommt, ist an die Unparteilichkeit des Gutachters allerdings ein strenger Massstab anzulegen (<ref-ruling> E. 3b/ee S. 353). Einem Gutachten kommt schon dann kein voller Beweiswert zu, wenn Indizien gegen seine Zuverlässigkeit sprechen; es muss nicht feststehen, dass das Gutachten effektiv nicht den Tatsachen entspricht, was nicht mit medizinischen Fachpersonen besetzte Behörden oft nicht beurteilen könnten (Urteil B. vom 3. August 2000, I 178/00, E. 4a).
3.2.2 Nach <ref-law> müssen die IV-Stellen über die notwendigen Dienste verfügen, damit sie ihre Aufgabe gemäss <ref-law> fachgerecht und beförderlich durchführen können (Abs. 1). Zur Beurteilung der medizinischen Anspruchsvoraussetzungen stehen den IV-Stellen interdisziplinär zusammengesetzte regionale ärztliche Dienste zur Verfügung. Diese unterstehen der direkten fachlichen Aufsicht des Bundesamtes (BSV), sind aber in ihrem medizinischen Sachentscheid im Einzelfall unabhängig. Die IV-Stellen richten die regionalen ärztlichen Dienste ein. Der Bundesrat legt die Regionen nach Anhören der Kantone fest (Abs. 2).
3.2.3 Die fachliche Qualifikation des Experten spielt für die richterliche Würdigung einer Expertise eine erhebliche Rolle. Bezüglich der medizinischen Stichhaltigkeit eines Gutachtens müssen sich Verwaltung und Gerichte auf die Fachkenntnisse des Experten verlassen können. Deshalb ist für die Eignung eines Arztes als Gutachter in einer bestimmten medizinischen Disziplin ein entsprechender, dem Nachweis der erforderlichen Fachkenntnisse dienender, spezialärztlicher Titel des berichtenden oder zumindest des den Bericht visierenden Arztes vorausgesetzt (Urteil B. vom 3. August 2000, I 178/00, E. 4a). Dies gilt auch für (SUVA-) versicherungsinterne Entscheidgrundlagen, sind doch an die Unparteilichkeit und Zuverlässigkeit solcher Grundlagen strenge Anforderungen zu stellen (<ref-ruling> E. 3 S. 165). Nichts anderes kann für RAD-ärztliche Untersuchungen im Sinne von <ref-law> gelten, hat doch der Gesetzgeber mit diesen interdisziplinär zusammengesetzten ärztlichen Diensten im Rahmen der 4. IVG-Revision (vgl. die Botschaft vom 21. Februar 2001 über die 4. Revision des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung [BBl 2001 3205]) ein Durchführungsinstrument geschaffen für eine gesamtschweizerisch möglichst einheitliche Beurteilung von Leistungsgesuchen, um u.a. so die Ausgabenentwicklung in der IV besser in den Griff zu bekommen (S. 3207 der bundesrätlichen Botschaft). Gestützt auf die in E. 3.2.2 dargestellte gesetzliche Grundlage (<ref-law>) hat der Bundesrat in <ref-law> die regionalen ärztlichen Dienste geordnet, in <ref-law> ausdrücklich Fachdisziplinen (u.a. Psychiatrie) vorgeschrieben und in <ref-law> die Aufgaben im Einzelnen normiert. Wenn die RAD die ihnen nach Abs. 2 der letztgenannten Bestimmung zugedachte wichtige Rolle und Weichenstellung (ärztliche Untersuchungen) spielen sollen, müssen die für sie tätigen Ärzte über das dazu erforderliche Ausbildungsprofil verfügen.
3.2.4 Als Anforderungsprofil für die Fachdisziplin Psychiatrie können die Leitlinien der Schweizerischen Gesellschaft für Versicherungspsychiatrie für die Begutachtung psychischer Störungen (in: Schweizerische Ärztezeitung 2004 S. 1049 f.; nachfolgend: SGVP-Richtlinien) als Standard herangezogen werden. Diese haben zwar nicht verbindlich-behördlichen Charakter, formulieren aber doch den fachlich anerkannten Standard, welcher in der Schweiz für eine sachgerechte, rechtsgleiche psychiatrische Begutachtungspraxis in der Sozialversicherung gelten soll. Deshalb nimmt denn auch die Rechtsprechung darauf immer wieder Bezug (zuletzt: Urteile A vom 3. September 2007, I 722/06, und vom 19. Juni 2006, I 51/06). Nach Ziff. II/6 der genannten Richtlinien bildet "eine Facharztausbildung in Psychiatrie und Psychotherapie" eine der Voraussetzungen auf Seiten des Gutachters.
3.3 Im hier zu beurteilenden Fall sprechen sich sämtliche medizinischen Unterlagen (der behandelnden Ärzte) für ein komplexes, seit Jahren bestehendes chronifiziertes psychosomatisches Krankheitsgeschehen aus, das behaupteterweise und eventuell tatsächlich die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigt. Nach ständiger Rechtsprechung ist in aller Regel zur Abklärung der invalidisierenden Wirkung, insbesondere hinsichtlich der hier im Raum stehenden psychischen Komorbidität (medikamentös behandelte Depressivität), eine fachärztliche psychiatrische Expertisierung angezeigt (siehe dazu <ref-ruling> E. 2.2 S. 353 f.). Wenn die IV-Stelle in dieser Situation, wie es ihre Pflicht ist, zu Abklärungen schreitet, so hat sie diese nach dem bisher Gesagten durch einen internen (RAD) oder externen (Administrativgutachter) psychiatrischen Facharzt vornehmen zu lassen.
3.4 Der die psychiatrische Exploration vorgenommene Arzt des RAD verfügt zwar über eine langjährige Praxis im Bereich der Psychiatrie, ist aber unbestrittenermassen nicht Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie. Er hatte im entscheidenden Zeitpunkt der Untersuchung (4. Juli 2005) zwar den ersten Teil der Psychiatriefacharztprüfung abgelegt, den zweiten Teil (Psychotherapie) indessen noch nicht. Der Bericht beruht daher nicht auf spezialärztlichen Feststellungen. Das Fehlen eines Facharzttitels für Psychiatrie stellt ein Indiz gegen die Zuverlässigkeit des Berichts von med. pract. B._ in psychiatrischer Hinsicht dar, sodass diesem insoweit kein voller Beweiswert zukommt.
4. Der Beweiswert des fraglichen Berichtes ist aber auch aus einem weiteren Grund vermindert:
4.1 Mit Urteil vom 31. August 2007, I 65/2007, hat das Bundesgericht entschieden, dass der Beweiswert eines RAD-Berichtes, den eine Ärztin mit "Psychiaterin FMH" unterzeichnete, ohne über die entsprechende Berechtigung zur Führung des Facharzttitels nach dem Bundesgesetz vom 19. Dezember 1877 betreffend die Freizügigkeit des Medizinalpersonals in der Schweizerischen Eidgenossenschaft (aufgehoben mit dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes über die universitären Medizinalberufe [Medizinalberufegesetz; SR 811.11] am 1. September 2007) zu verfügen, entscheidend geschwächt ist und daher nicht als einzige medizinische Basis der gerichtlichen Beurteilung dienen kann.
4.2 Hier liegt eine durchaus vergleichbare Ausgangslage vor, ist doch erstellt, dass der untersuchende Arzt den Bericht vom 11. August 2005 als "Dr. med." unterzeichnete, obwohl er zwar über ein (deutsches) Staatsexamen in Medizin, nicht aber über die Berechtigung zur Führung eines Doktortitels, verfügte. Wie in jenem Urteil wird der Beweiswert des Berichtes damit durch eine Titelanmassung erheblich in Frage gestellt. Der Sachverhaltswürdigung des kantonalen Gerichts, die Erklärung der IV-Stelle bzw. des RAD, dabei habe es sich um ein administratives Versehen gehandelt, sei glaubwürdig, kann nicht gefolgt werden. Denn abgesehen davon, dass es auf die Ursache dieses Fehlers nicht ankommen kann, widerspricht eine solche Einschätzung der Lebenserfahrung und ist offensichtlich unrichtig. Mit "einer innerbetrieblich verbindlich festgelegten Form der Unterzeichnung", wie die IV-Stelle geltend macht, lässt sich der - im Übrigen wiederholt und über einen langen Zeitraum begangene - Fehler nicht erklären, ist doch einem Arzt die Bedeutung eines akademischen Titels durchaus bekannt. Aus dem Verlaufsprotokoll der Vorinstanz vom 6. November 2006 geht schliesslich hervor, dass sich der untersuchende Arzt am 4. Juli 2005 als "Dr. B._" vorgestellt hat. Diese Aussage des Beschwerdeführers blieb jedenfalls unwidersprochen, sodass ein administratives Versehen ausgeschlossen werden muss.
5. Nach dem Gesagten steht fest, dass der Beweiswert des Untersuchungsberichtes des med. pract. B._ vom 11. August 2005 derart entscheidend herabgesetzt ist, dass das kantonale Gericht seine Beurteilung nicht hauptsächlich darauf stützen durfte. Da sich in den Akten ansonsten keine unabhängige fachärztliche Beurteilung findet, lässt sich über die Arbeitsfähigkeit aus psychiatrischer Sicht kein schlüssiges Bild machen. Es kann daher insbesondere über den Rentenanspruch - entgegen dem Antrag des Beschwerdeführers - nicht materiell entschieden werden. Die Sache ist daher an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie eine den Anforderungen genügende psychiatrische Abklärung vornehmen lasse und anschliessend über den Rentenanspruch neu verfüge.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 134 Satz 2 OG in der seit 1. Juli 2006 geltenden Fassung). Die Gerichtskosten sind der Beschwerdegegnerin als unterliegender Partei aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 135 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden vom 6. November 2006 und der Einspracheentscheid der IV-Stelle Nidwalden vom 5. Dezember 2005 werden aufgehoben. Die Sache wird an die IV-Stelle Nidwalden zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über den Rentenanspruch neu verfüge. Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden wird über eine Neuverlegung der Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, der Eidgenössischen Ausgleichskasse und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. November 2007
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Maillard