Faits:
A. Par jugement du 27 mars 2008, le Tribunal de police de Genève a condamné X._ pour abus de confiance à une peine pécuniaire de vingt jours-amende. Il a fixé le montant du jour-amende à 20 francs et assorti cette peine du sursis durant trois ans.
B. Par arrêt du 24 novembre 2008, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a rejeté l'appel formé par X._ et confirmé le jugement de première instance. Cet arrêt retient en bref les faits suivants:
X._ a été fonctionnaire de l'Organisation A._, en vertu d'engagements temporaires, en catégorie Services généraux, de 1982 à 1986, puis de 1989 à 2004.
Au cours de ces périodes, il a créé une boutique dénommée « Gift Shop » pour commercialiser des souvenirs auprès des membres du personnel et des visiteurs de l'Organisation A._ en faveur de la Commission B._ du personnel de l'Organisation A._. Celle-ci disposait d'un compte auprès de l'UBS sur lequel étaient virés les produits de cette activité. X._ bénéficiait depuis 2003 d'un droit de signature individuelle sur ce compte.
Ayant découvert qu'il avait falsifié certains de ses documents personnels, l'Organisation A._ a décidé, le 16 juillet 2004, de ne pas renouveler son contrat. X._ a dû quitter immédiatement son emploi. Il a porté le litige devant le Tribunal administratif de l'Organisation internationale du Travail, mais sans succès. Pour éviter de se retrouver sans argent, il a retiré la somme de 60'000 francs sur le compte de la boutique auprès de la banque. L'intégralité de l'argent a été utilisé pour faire vivre sa famille, car il n'avait droit ni au chômage, ni à une quelconque assistance.
C. Contre l'arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à sa libération des fins de la poursuite pénale; à titre subsidiaire, il conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente. Il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140).
Saisi d'un recours en matière pénale, le Tribunal fédéral ne réexamine l'établissement des faits - sous réserve de l'allégation d'une violation du droit au sens de l'<ref-law> - que lorsqu'il est entaché d'inexactitude manifeste (<ref-law>), à savoir d'arbitraire (<ref-ruling>, consid. 1.4.1). Il ne suffit pas que le recourant discute de nombreux éléments de preuve, en opposant sa propre appréciation à celle de la cour cantonale. Il doit indiquer, sous peine d'irrecevabilité, quel aspect de la décision attaquée lui paraît insoutenable et en quoi consiste l'arbitraire (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 6 p. 397).
2. Le recourant conteste sa condamnation pour abus de confiance. Il soutient que, sur le plan objectif, les fonds ne lui étaient pas confiés au sens de l'<ref-law>, dès lors qu'il avait développé la boutique « Gift Shop » de sa propre initiative et sans aucune aide de l'Organisation A._. Il fait valoir, sur le plan subjectif, qu'il n'a jamais eu le dessein de s'enrichir illégitimement, car il se pensait en droit de retirer cette somme pour compenser son activité au sein de la boutique.
2. Le recourant conteste sa condamnation pour abus de confiance. Il soutient que, sur le plan objectif, les fonds ne lui étaient pas confiés au sens de l'<ref-law>, dès lors qu'il avait développé la boutique « Gift Shop » de sa propre initiative et sans aucune aide de l'Organisation A._. Il fait valoir, sur le plan subjectif, qu'il n'a jamais eu le dessein de s'enrichir illégitimement, car il se pensait en droit de retirer cette somme pour compenser son activité au sein de la boutique.
2.1 2.1.1 Sur le plan objectif, l'<ref-law> suppose que l'auteur ait utilisé, sans droit, à son profit ou au profit d'un tiers, les valeurs patrimoniales qui lui avaient été confiées. Il y a emploi illicite d'une valeur patrimoniale confiée lorsque l'auteur l'utilise contrairement aux instructions reçues, en s'écartant de la destination fixée. L'alinéa 2 de l'<ref-law> ne protège pas la propriété, mais le droit de celui qui a confié la valeur patrimoniale à ce que celle-ci soit utilisée dans le but qu'il a assigné et conformément aux instructions qu'il a données; est ainsi caractéristique de l'abus de confiance au sens de cette disposition le comportement par lequel l'auteur démontre clairement sa volonté de ne pas respecter les droits de celui qui lui fait confiance (<ref-ruling> consid. 2.2.1, p. 259 et les références citées).
S'agissant du transfert d'une somme d'argent, on peut concevoir deux hypothèses: soit les fonds sont confiés à l'auteur par celui qui les lui remet, soit les fonds sont confiés par celui en faveur duquel l'auteur les encaisse. Pour que l'on puisse parler d'une somme confiée, il faut cependant que l'auteur agisse comme auxiliaire du paiement ou de l'encaissement, en tant que représentant direct ou indirect, notamment comme employé d'une entreprise, organe d'une personne morale ou fiduciaire. Cette condition n'est pas remplie lorsque l'auteur reçoit l'argent pour lui-même, en contrepartie d'une prestation qu'il a fournie pour son propre compte, même s'il doit ensuite verser une somme équivalente sur la base d'un rapport juridique distinct. L'inexécution de l'obligation de reverser une somme ne suffit pas à elle seule pour constituer un abus de confiance (<ref-ruling> consid. 2b, spéc. p. 241 s. et les références citées).
2.1.2 En l'espèce, le recourant a développé le « Gift Shop » de sa propre initiative, sans aucune aide de l'Organisation A._. De l'ensemble des faits retenus, il ressort cependant qu'il n'a pas agi à titre privé, mais en tant qu'employé de l'Organisation A._, dans le cadre de son activité pour l'association du personnel. Comme le recourant l'a du reste admis, les bénéfices de la boutique revenaient à la Commission B._,
C'est ainsi que le produit des ventes était versé sur un sous-compte bancaire de la Commission B._, sous la rubrique « Gift Shop ». Au début, le recourant avait une signature collective avec le trésorier de la Commission B._. Ce n'est que pour des raisons pratiques qu'il a obtenu, avec l'approbation de la Commission B._, la signature individuelle. Les factures, libellées au nom du « Gift Shop - Organisation A._ », étaient acquittées par le débit du compte « Gift Shop ». Enfin, la comptabilité de la boutique était apparue à partir d'une certaine période dans le rapport d'activité annuel de la Commission B._, respectivement de l'association des membres du personnel.
Dans la mesure où les bénéfices de la boutique revenaient à la Commission B._, le recourant ne pouvait en disposer à des fins personnelles. Il ne pouvait utiliser les fonds déposés sur le compte « Gift Shop » qu'aux fins de s'acquitter des factures et de procéder à l'encaissement des produits des ventes. En prélevant de ce compte le montant de 60'000 francs pour ses propres besoins, il s'est écarté de la destination fixée et a employé les fonds qui lui étaient confiés de manière illicite. Les conditions objectives de l'abus de confiance sont donc réalisées. Les griefs soulevés doivent être rejetés.
Dans la mesure où les bénéfices de la boutique revenaient à la Commission B._, le recourant ne pouvait en disposer à des fins personnelles. Il ne pouvait utiliser les fonds déposés sur le compte « Gift Shop » qu'aux fins de s'acquitter des factures et de procéder à l'encaissement des produits des ventes. En prélevant de ce compte le montant de 60'000 francs pour ses propres besoins, il s'est écarté de la destination fixée et a employé les fonds qui lui étaient confiés de manière illicite. Les conditions objectives de l'abus de confiance sont donc réalisées. Les griefs soulevés doivent être rejetés.
2.2 2.2.1 Du point de vue subjectif, l'auteur doit avoir agi intentionnellement et, même si la loi ne le dit pas expressément, dans un dessein d'enrichissement illégitime. L'enrichissement réside ordinairement dans la valeur du bien obtenu, ou encore dans la valeur d'aliénation ou d'usage. Il ne sera pas illégitime si l'auteur y a droit (ou croit qu'il y a droit en raison d'une erreur sur les faits). Le dessein d'enrichissement illégitime fait notamment défaut si, au moment de l'emploi illicite de la valeur patrimoniale confiée, l'auteur en paie la contre-valeur (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 167), s'il avait, à tout moment ou, le cas échéant, à la date convenue à cet effet, la volonté et la possibilité de le faire (<ref-ruling> consid. 2a p. 34) ou encore s'il était en droit de compenser (<ref-ruling> consid. 3 p. 34 ss). Le dessein d'enrichissement peut être réalisé par dol éventuel (<ref-ruling> consid. 2a p. 34).
Déterminer le dessein relève du contenu de la pensée, donc de l'établissement des faits, lesquels lient la cour de céans, à moins que leur arbitraire n'ait été établi (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3 p. 63; <ref-ruling> consid. 3c p. 252; <ref-ruling> consid. 5a p. 3).
2.2.2 Selon la cour cantonale, le recourant n'était pas persuadé d'avoir droit à cette somme, mais ne voulait pas se retrouver sans argent. Elle relève à cet égard que, dans son courrier de septembre 2004 adressé au président de l'association du personnel, le recourant a expliqué que le solde du compte serait réparti entre l'association et lui, sans aucune référence à une éventuelle rétribution pour le travail accompli au sein de la boutique. En outre, elle souligne que, dans le litige qui l'a opposé à son ancien employeur, il n'a déposé aucune conclusion relative à sa prétendue créance, notamment aucune demande de remboursement pour les factures liées à l'achat d'objets estampillés au symbole de l'organisation. Elle conclut qu'il aurait agi davantage en guise de représailles à la suite du non-renouvellement de son contrat de travail.
La constatation de fait, selon laquelle le recourant n'a pas agi pour compenser une créance, mais parce qu'il ne voulait pas se retrouver sans argent, lie la cour de céans, dans la mesure où le recourant ne démontre pas - et ne le soutient du reste même pas - que la cour cantonale serait tombée dans l'arbitraire. Or, au vu de cette constatation de fait, le dessein d'enrichissement illégitime est manifeste. Le grief soulevé doit ainsi être rejeté dès lors que l'élément subjectif de l'infraction d'abus de confiance est également réalisé.
3. Comme ses conclusions étaient d'emblée vouées à l'échec, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 et 2 LTF) et supporter, vu le rejet de son recours, les frais de justice (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Ceux-ci seront réduits à 800 fr. compte tenu de sa situation financière actuelle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 16 mars 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin