Faits :
A.
X._ SA, qui deviendra, par suite de modifications de sa raison sociale, B._ SA (ci-après: B._, la locataire ou la défenderesse), a pris à bail de la société en nom collectif C._, qui deviendra, après plusieurs modifications, A._ SA (ci-après: la bailleresse ou la demanderesse), l'hôtel des bains à xxx, par contrat de bail du 18 juin 1990. Le bail était d'une durée ferme de 20 ans, à compter de la fin des travaux de construction intervenue le 1er mai 1992, durée qui a été réduite par la suite au 31 décembre 2011. Le loyer initial était de 900'000 fr. par an et a été progressivement indexé pour atteindre 983'341 fr. 45 du 1er octobre 2003 au 31 décembre 2007 et 1'031'550 fr. en 2008.
B.
B.a. Le 31 mai 2005, la bailleresse a ouvert action en paiement contre B._ devant le juge de district de Martigny et St-Maurice, concluant à ce que sa locataire soit condamnée à lui payer le montant de 13'266 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 23 janvier 2005.
B._ a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, notamment à la réduction du loyer et au remboursement des loyers payés en trop, en raison des défauts affectant la chose louée.
Sont encore litigieuses les réductions de loyer pour la période du 17 avril 2007 au 31 décembre 2008.
B.b. La bailleresse fait valoir qu'elle était prête à entreprendre des travaux de rénovation dès le mois de mars 2007, mais qu'elle n'a pas pu y procéder en raison de l'opposition de la locataire, qui a demandé que des experts déterminent l'état actuel de l'hôtel avant qu'il ne soit procédé aux travaux.
L'expert judiciaire D._ désigné par le juge de district a constaté différents défauts le 13 juin 2008.
L'expert judiciaire E._ SA, qui s'est adjoint F._ SA, a constaté de son côté que l'hôtel n'ayant pas été rénové depuis sa construction, d'importants travaux étaient nécessaires. Selon ces experts, avec un coût de construction arrêté à 12'300'000 fr., la bailleresse aurait dû consacrer 246'000 fr. par an pour maintenir la chose louée dans l'état approprié à l'usage commercial convenu, voire la moitié de ce montant du fait que l'entretien était à la charge de la locataire, ce qui n'avait pas été le cas.
B.c. Le 16 mars 2011, B._ a remis l'exploitation de l'hôtel à un tiers, la société G._ SA, mais il a été convenu que la procédure - qui concernait une période antérieure - continuerait entre les parties au procès.
B.d. Par jugement du 31 janvier 2013, le juge de district a admis la demande et condamné la locataire à payer à la bailleresse le montant de 13'266 fr. 95 avec intérêts à 5% l'an dès le 23 janvier 2005 (ch. 1). Il a admis partiellement la reconvention, condamné la bailleresse à payer à la locataire le montant de 429'402 fr. 86 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006 (ch. 2), ce qui après compensation donne un montant (arrondi) de 415'240 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006 en faveur de la locataire (ch. 3) et rejeté toutes autres ou plus amples prétentions (ch. 4).
Statuant sur appel de la locataire le 24 septembre 2014, la Cour civile I du Tribunal cantonal valaisan a constaté l'entrée en force des ch. 1, 2 et 3 du premier jugement et réformé le ch. 4 en condamnant la bailleresse à payer à la locataire deux montants supplémentaires de 457'253 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006 et 480'681 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 22 août 2012, lesquels correspondent à des réductions de loyer, le premier pour la période du 1er octobre 2003 au 26 avril 2006 et le second à raison de 295'002 fr. pour la période du 27 avril 2006 au 31 décembre 2007 et à raison de 185'679 fr. pour l'année 2008.
C.
Contre cet arrêt, la bailleresse a interjeté un recours en matière civile au Tribunal fédéral le 28 octobre 2014. Elle ne remet pas en cause le premier montant de 457'253 fr. avec intérêts, mais partiellement le second de 480'681 fr. avec intérêts, concluant en réalité à ce qu'elle ne soit condamnée à ce titre que pour le montant de 170'611 fr. avec intérêts, montant correspondant à une réduction de loyer pour la période du 27 avril 2006 au 16 avril 2007. A titre subsidiaire, elle prend les mêmes conclusions, la cause étant renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale. A titre plus subsidiaire encore, elle demande l'annulation de l'arrêt attaqué et le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
La recourante conteste devoir des réductions de loyer pour la période postérieure au 16 avril 2007, soit le montant de 124'391 fr. avec intérêts pour la période du 17 avril 2007 au 31 décembre 2007 et celui de 185'679 fr. avec intérêts pour l'année 2008. Elle invoque la violation des <ref-law> et de l'<ref-law>, ainsi que l'arbitraire (art. 9 Cst.).
Les parties ont encore chacune déposé des observations.
La requête d'effet suspensif de la recourante a été rejetée par ordonnance présidentielle du 23 janvier 2015

Considérant en droit :
1.
Interjeté en temps utile (<ref-law>) par la bailleresse qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue sur appel par un tribunal cantonal supérieur (<ref-law>) dans une affaire de bail (<ref-law>) dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile est recevable au regard de ces dispositions.
Bien que la recourante formule des conclusions en libération de deux montants alors qu'on ne se trouve pas en présence d'une action en libération de dette, il résulte de la motivation de son recours qu'elle ne remet pas en cause le premier montant auquel le ch. 4 la condamne (457'253 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006) et conclut à l'annulation du second et à l'admission partielle de la demande sur ce point à concurrence de 170'611 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 22 août 2012. L'état de fait du présent arrêt a été modifié dans ce sens.
2.
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 5.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Lorsque le recourant soutient que les faits ont été constatés de manière arbitraire, que les preuves ont été appréciées de manière insoutenable, le Tribunal fédéral se montre réservé dans son contrôle, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 9 et les références). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte des preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2).
Le recourant qui soutient que les faits ont été constatés d'une manière arbitraire doit satisfaire au principe d'allégation (<ref-law>), c'est-à-dire soulever expressément ce grief et exposer celui-ci de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Il ne peut pas se contenter de critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où la juridiction supérieure jouit d'une libre cognition; en particulier, il ne saurait se limiter à opposer son opinion à celle de l'autorité cantonale, mais il doit démontrer par une argumentation précise que cette décision se fonde sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 120). Pour chaque constatation de fait incriminée, il doit ainsi démontrer comment les preuves administrées auraient dû, selon lui, être correctement appréciées et en quoi leur appréciation par l'autorité cantonale est insoutenable (arrêt 5A_621/2013 du 20 novembre 2014 consid. 2.1; 5A_129/2007 du 28 juin 2007 consid. 1.4). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 261/262; <ref-ruling> consid. 1b p. 495).
Le Tribunal fédéral applique d'office le droit (<ref-law>) à l'état de fait constaté dans l'arrêt cantonal (ou à l'état de fait qu'il aura rectifié ou complété après examen des griefs du recours). Il n'est pas limité par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été articulés ou, à l'inverse, rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 et l'arrêt cité).
3.
3.1. Le locataire doit signaler au bailleur les défauts auxquels il n'est pas tenu de remédier lui-même (<ref-law>). Si le défaut entrave ou restreint l'usage pour lequel la chose a été louée, le locataire peut exiger du bailleur une réduction proportionnelle du loyer à partir du moment où le bailleur a eu connaissance du défaut et jusqu'à l'élimination de ce dernier (<ref-law>). La réduction du loyer à laquelle le locataire peut prétendre doit être proportionnelle au défaut et se détermine par rapport à la valeur de l'objet sans défaut; elle vise à rétablir l'équilibre entre les prestations des parties (<ref-ruling> consid. 4.1).
On peut exiger du locataire qui exerce les droits découlant de la garantie pour les défauts qu'il se comporte conformément aux règles de la bonne foi. En particulier, il doit signaler les défauts sans retard pour permettre au bailleur de prendre les mesures nécessaires afin de réduire son dommage. Le locataire qui adopte un comportement passif peut être considéré comme ayant renoncé tacitement à ses droits; dans ce cas, il contrevient à l'<ref-law> s'il intente l'action découlant de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 509 s.; arrêt 4A_565/2009 du 21 janvier 2010 consid. 2.2.2)
3.2. Se fondant sur les nombreux défauts constatés par expertise judiciaire, découlant essentiellement de l'absence de rénovation durant dix-sept ans (en particulier les revêtements muraux en papier peint des corridors intérieurs de l'hôtel et des chambres et les revêtements de sol en moquette velours, de même que les façades de l'hôtel qui ont subi des dégradations dues à l'usure et au temps) au point que des frais de 669'272 fr. (pour les revêtements) et 157'096 fr. (pour les façades) devaient être engagés, le premier juge a admis une réduction de loyer de 429'402 fr. 86 avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juin 2006, correspondant à 18% du loyer convenu pour la période du 26 avril 2001 au 30 septembre 2003.
Ce point n'a pas été contesté par la bailleresse (qui n'a pas interjeté appel).
3.3. Procédant à une substitution de motifs (en lieu et place de la clausula rebus sic stantibus invoquée par la locataire), la cour cantonale a considéré que ces mêmes défauts justifient également une réduction du loyer de 18% pour la période du 1er octobre 2003 au 31 décembre 2008. Elle a relevé que les parties n'ont pas remis en cause la réduction de loyer en raison des défauts constatés par les experts pour la période du 26 avril 2001 au 30 septembre 2003. Elle a considéré que, par exploit du 23 avril 2009, la locataire a également fait valoir les défauts affectant l'hôtel pour la période postérieure et que la bailleresse ne s'est pas déterminée sur cet exploit. La cour cantonale a donc estimé que ces défauts existaient encore lors du dépôt du rapport de l'expert D._ le 13 juin 2008. Elle a retenu que ces défauts n'avaient pas été supprimés avant le début de l'année 2009, de sorte qu'ils ont subsisté jusqu'à la fin de l'année 2008. Pour la période ultérieure, elle a toutefois estimé ignorer quels défauts ont subsisté et jusqu'à quelle date, de sorte qu'elle ne pouvait estimer une réduction de loyer, éventuellement échelonnée.
Examinant le grief de la bailleresse qui affirmait qu'elle était prête à entreprendre des travaux de rénovation dès le mois de mars 2007 et qu'elle n'a pas pu y procéder en raison de l'opposition de la locataire, la cour l'a écarté pour deux motifs:
Premièrement, sur la base des différents actes judiciaires et autres courriers des parties, elle a retenu qu'il était pleinement justifié que les experts déterminent l'état actuel de l'hôtel avant de procéder aux travaux de rénovation, de sorte que le report des travaux demandé à cette fin par la locataire, auquel la bailleresse ne s'est d'ailleurs pas opposée, était justifié.
Deuxièmement, elle a déduit de ces mêmes actes et courriers que la locataire a toujours manifesté la volonté de faire accélérer les expertises dans le but précisément de permettre l'exécution au plus vite des travaux de rénovation, de sorte qu'on ne peut lui reprocher d'avoir retardé l'exécution pour se prévaloir abusivement d'une réduction de loyer.
4.
La bailleresse recourante s'en prend uniquement à ces deux derniers motifs, faisant valoir une violation des <ref-law> et 2 al. 2 CC et l'arbitraire dans les faits (art. 9 Cst.).
Pour pouvoir examiner un grief de violation du droit, il faut que l'état de fait soit définitivement établi. Il s'impose donc d'examiner en premier lieu le grief d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits soulevé par la bailleresse.
4.1. La bailleresse reproche à la cour cantonale d'avoir commis l'arbitraire en estimant que la locataire n'avait pas retardé les travaux et n'avait donc pas eu d'attitude abusive. Elle lui reproche de n'avoir pas tenu compte de ce qu'elle-même ne s'est pas opposée à la mise en oeuvre des expertises, relevant que le premier juge a mis quatre mois pour se déterminer sur la proposition de mise en oeuvre faite par la locataire le 27 mars 2007 et qu'ensuite en septembre 2007, il aurait encore voulu trancher préalablement un incident de procédure et qu'enfin en janvier 2008, il aurait relevé un comportement contradictoire de la locataire quant à la personne de l'expert à désigner. Elle en conclut que la cour cantonale ne pouvait pas retenir que la locataire avait démontré sa volonté de faire accélérer les expertises, qu'au contraire, ce qui est déterminant c'est qu'elle-même entendait débuter les travaux destinés à réparer les peintures et les sols le 17 avril 2007 déjà, que la locataire y avait donné son accord avant de s'y opposer et de demander la mise en oeuvre d'une expertise. Elle estime que si les travaux avait pu débuter le 17 avril, la réduction de loyer pour la période comprise entre le 17 avril 2007 et le 31 décembre 2008 aurait été exclue.
La cour cantonale a admis qu'il était pleinement justifié que des experts déterminent l'état actuel de l'hôtel avant de procéder aux travaux de rénovation, ce qui, au vu de l'action reconventionnelle en réduction du loyer pour une longue période, à compter du 26 avril 2001 et compte tenu du fait que la réduction du loyer doit être proportionnelle à la gravité des défauts, ne saurait être contesté. La bailleresse ne remet pas en cause cette appréciation puisqu'elle fait seulement valoir que la locataire aurait tout d'abord accepté de faire procéder aux travaux, puis s'y serait opposée pour demander la mise en oeuvre d'une expertise. Sa critique est donc irrecevable.
Lorsque la bailleresse fait valoir qu'elle-même était prête à faire débuter les travaux le 17 avril 2007 déjà, qu'elle ne s'est pas opposée à la mise en oeuvre des expertises et que, en définitive c'est en raison de la longueur de la procédure d'expertise, qui serait imputable au juge et à la locataire qui aurait discuté la personne de l'expert à désigner, que le début des travaux aurait été retardé, sa critique est purement appellatoire et, partant, irrecevable. Elle ne démontre nullement une attitude dilatoire et abusive de la part de la locataire. La bailleresse ne s'en prend d'ailleurs pas à la constatation de fait selon laquelle, depuis que l'expert a fait savoir aux parties le 27 juin 2008 que les travaux de réfection pouvaient être entrepris sans conséquence pour l'expertise, la locataire a mis la bailleresse en demeure le 8 juillet 2008 d'exécuter ceux-ci.
4.2. Par son grief de violation des <ref-law> et 2 al. 2 CC, la bailleresse reproche à la cour cantonale de n'avoir pas retenu que les travaux qu'elle a proposés le 14 mars 2007 ont, dans un premier temps, été acceptés par la locataire, qu'elle a proposé de les effectuer dès le 17 avril 2007, avant que la locataire ne s'y oppose. Elle estime que la locataire a adopté " un comportement actif tendant à exiger, puis accepter et finalement interdire les travaux destinés à réparer les peintures et les sols de l'hôtel ", de sorte qu'il lui est interdit de se prévaloir de l'<ref-law> au risque de commettre un abus de droit réprimé par l'<ref-law> (recours p. 7).
Par ce grief, la bailleresse reprend en réalité sa critique de l'appréciation des preuves, dont le sort a été scellé au consid. 4.1. Fondée sur des faits non retenus, sa critique de violation du droit est donc infondée.
4.3. Il n'y a pas lieu d'examiner le grief concernant les frais et dépens des instances cantonales dès lors qu'il est formé pour le cas où le recours sur le fond serait admis.
5. Vu le sort du recours, les frais de la procédure et les dépens doivent être mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 6'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
La recourante versera à l'intimée une indemnité de 8'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Ière Cour civile du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 24 mars 2015
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente : Kiss
Le Greffier : Piaget