Sachverhalt:
A.
Die Y._ Stiftung (Beschwerdegegnerin 1) liess in M._ eine Wohnüberbauung erstellen. Die X._ GmbH (Beschwerdeführerin) hatte Arbeiten am Bau ausgeführt, ebenso wie die Z._ AG (Beschwerdegegnerin 2), während die Planung dem Architekturbüro A._ AG oblag. Nach Abschluss der Bauarbeiten traten in den Nasszellen verschiedener Wohnungen Schäden auf. Um zu klären, welche der in Frage kommenden Personen dafür die Verantwortung trägt, ersuchte die Beschwerdegegnerin 1 im summarischen Verfahren betreffend vorsorgliche Beweisführung das Handelsgericht des Kantons Aargau um Anordnung eines gerichtlichen Gutachtens gestützt auf <ref-law>, und sie listete die dem Gutachter zu stellenden Fragen auf. Die Beschwerdeführerin erklärte sich mit der Anordnung eines Gutachtens einverstanden, beantragte die Edition weiterer Unterlagen und reichte dem Gericht drei, die Beschwerdegegnerin 2 vier dem Gutachter zu stellende Zusatzfragen ein.
B.
Der Vizepräsident des Handelsgerichts gab dem Gesuch am 2. November 2011 teilweise statt, ernannte den vorgeschlagenen Fachmann zum gerichtlichen Sachverständigen und erstellte die Fragenliste, wobei er die beantragten Fragen umformulierte, soweit darin Rechtsfragen enthalten waren, und die Liste neu gliederte. Das Editionsbegehren der Beschwerdeführerin wies er ab, da es für die Beantwortung der Gutachterfragen nicht von Bedeutung sei. Das Gutachten wurde am 25. Mai 2012 erstattet.
C.
Mit Entscheid vom 6. Juni 2012 stellte der Vizepräsident des Handelsgerichts das Gutachten des Sachverständigen den Parteien zu und erklärte das summarische Verfahren für beendet (Dispositiv-Ziffern 1 und 2). Er auferlegte die Entscheidgebühr in der Höhe von Fr. 6'000.-- der Beschwerdegegnerin 1 (Dispositiv-Ziffer 3) und die Kosten der Beweisführung in der Höhe von Fr. 21'372.10 den drei Parteien zu je einem Drittel, d.h. mit je Fr. 7'124.05. Diese Kosten wurden mit den geleisteten Vorschüssen von Fr. 8'500.-- verrechnet. Der jeweilige Überschuss von Fr. 1'375.95 sollte nach Eintritt der Rechtskraft des angefochtenen Entscheides ausbezahlt werden (Dispositiv-Ziffer 4). Die Beschwerdegegnerin 1 hatte der Beschwerdeführerin und der Beschwerdegegnerin 2 je eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen (Dispositiv-Ziffern 5 und 6). In Dispositiv-Ziffer 8 wies der Handelsgerichtspräsident darauf hin, dass dem Hauptprozess eine abweichende Verteilung der Gerichts- und Parteikosten vorbehalten sei.
D.
Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde, Dispositiv-Ziffer 4 des Entscheides vom 6. Juni 2012 des Handelsgerichts aufzuheben und die Kosten der Beweisführung den Beschwerdegegnerinnen 1 und 2 je zur Hälfte aufzuerlegen, unter Auszahlung des von der Beschwerdeführerin geleisteten Kostenvorschusses von Fr. 8'500.--. Eventuell sei Dispositiv-Ziffer 4 des genannten Entscheides des Handelsgerichts aufzuheben "und der Entscheid über den Kostenpunkt in Dispositiv-Ziffer 4 an die Vorinstanz zurückzuweisen", unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Gerichtskasse des Kantons Aargau bzw. der Beschwerdegegnerinnen 1 und 2. Die Beschwerdegegnerin 1 schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während sich die Beschwerdegegnerin 2 nicht hat vernehmen lassen. Die Vorinstanz beantragt in ihrer Vernehmlassung ebenfalls vollumfängliche Abweisung der Beschwerde, unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Beschwerdeführerin.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit bei ihm eingereichter Beschwerden vom Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
1.1. Der angefochtene Entscheid betrifft ein Gesuch um vorsorgliche Beweisführung, auf das die Bestimmungen über die vorsorglichen Massnahmen Anwendung finden (<ref-law>). Massnahmeentscheide gelten nur dann als Endentscheide im Sinne von <ref-law>, wenn sie in einem eigenständigen Verfahren ergehen und dieses abschliessen (<ref-ruling> E. 1.1 mit Hinweisen). Der angefochtene Entscheid ist in einem Gesuchsverfahren betreffend vorsorgliche Beweisführung ergangen, das von der Einleitung eines Hauptverfahrens unabhängig und damit eigenständig ist. Das Verfahren wurde in Dispositiv Ziff. 2 für beendet erklärt und damit jeder Zweifel am Vorliegen eines Endentscheides (<ref-law>) beseitigt. Die Beschwerde ist daher zulässig.
1.2. Die Frage, ob die Beschwerde als Beschwerde in Zivilsachen oder als subsidiäre Verfassungsbeschwerde zu behandeln ist, kann offen bleiben. Da es sich beim Entscheid über die vorsorgliche Beweisführung um einen Entscheid über vorsorgliche Massnahmen im Sinne von <ref-law> handelt (<ref-ruling> E. 1.1), kann mit der Beschwerde in Zivilsachen, wie generell mit der Verfassungsbeschwerde (<ref-law>), nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 und 117 BGG; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 68; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen zu zeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweis).
2.
Zur einzig angefochtenen Verlegung der Kosten der vorsorglichen Beweisführung erwog die Vorinstanz, diese seien gestützt auf <ref-law> den Parteien zu je einem Drittel, das heisst zu je Fr. 7'124.05 aufzuerlegen, da sowohl die Gesuchstellerin als auch die Gesuchsgegnerinnen 1 und 2 im Rahmen der vorsorglichen Beweisführung Gutachterfragen gestellt hatten. Das Handelsgericht hielt klärend fest, falls ein Hauptprozess stattfinde, könne das Gericht, welches die Hauptsache entscheide, die Prozesskosten der vorliegenden Beweisführung abweichend verteilen.
3.
Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, <ref-law> willkürlich angewandt zu haben, indem sie ihr einen Drittel der Expertisekosten auferlegte, bloss weil sich die Beschwerdeführerin mit dem Gutachten einverstanden erklärt und Zusatzfragen gestellt hat. Der Gutachter halte ausdrücklich fest, dass die Beschwerdeführerin keine Regeln der Baukunde verletzt habe und dass sie nicht für die Mängel in den Nasszellen verantwortlich gemacht werden könne. Aufgrund dieser klaren Ausgangslage sei nicht anzunehmen, dass die Beschwerdegegnerin 1 gegen die Beschwerdeführerin eine Klage einleiten werde, zumal die Vorinstanz dem Gesuch um Anordnung der vorsorglichen Beweisführung mit der Begründung, es sei für die Beschwerdegegnerin 1 darum gegangen, die Chancen eines Prozesses über die Forderung bezüglich der schadhaften Stellen in den Nasszellen abzuschätzen, entsprochen habe. Unter diesen Umständen werde der Kostenentscheid, soweit er die Beschwerdeführerin belaste, nicht mehr in einem Hauptprozess in der Sache korrigiert werden können, sei doch nicht anzunehmen, dass ein solcher gegen die Beschwerdeführerin eingeleitet werde. Der Kostenentscheid laufe daher darauf hinaus, dass die Beschwerdeführerin für ein Gutachten mitbezahlen müsse, welches lediglich das bestätige, was sie von Anfang an geltend gemacht habe, nämlich dass sie für die aufgetretenen Schäden nicht verantwortlich sei. Die Vorinstanz erkläre denn auch nicht, wie die Beschwerdeführerin die ihr auferlegten Kosten je wieder erhältlich machen könne.
4.
Prozesskosten werden grundsätzlich entsprechend dem Erfolg der Parteien im Prozess verlegt, d.h. die unterliegende Partei wird kostenpflichtig (<ref-law>). Bei der vorsorglichen Beweisführung gibt es indessen im Normalfall keine unterliegende Seite ( JOHANN ZÜRCHER, in: Schweizerische Zivilprozessordnung [ZPO]: Kommentar, Brunner und andere [Hrsg.], 2011, N. 20 zu <ref-law>). Nach Lehre und Rechtsprechung zu den bisherigen kantonalen Regelungen hat bei vorsorglicher Beweisführung vor Einleitung des Hauptprozesses der Gesuchsteller - unter Vorbehalt einer anderen Verteilung im Hauptprozess - die Gerichts- und Beweiskosten der vorsorglichen Beweisführung zu tragen, was auch der Regel von <ref-law> entspricht. Nur wenn die vorsorgliche Beweisführung auf Antrag des Gesuchsgegners auf weitere Tatsachen und/oder Beweismittel ausgedehnt wird, hat er für die daraus entstandenen Prozesskosten aufzukommen ( WALTER FELLMANN, in: Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung [ZPO], Sutter-Somm und andere [Hrsg.], 2010, N. 37 f. zu <ref-law> mit Hinweisen). Blosse Zusatz- oder Erläuterungsfragen, die Bestandteil der vom Gesuchsteller verlangten Beweisführung bilden, lösen keine Kostenpflicht des Gesuchsgegners aus (vgl. Leuch/Marbach/Kellerhals/Sterchi, Die Zivilprozessordnung für den Kanton Bern, 5. Aufl., 2000, N. 2b zu <ref-law>/BE).
4.1. Dem Gesuch um vorsorgliche Beweisführung wurde entsprochen. Keine Partei hat dessen Abweisung verlangt. Die Vorinstanz hat denn auch bei der Verteilung der Gerichtskosten nicht auf Obsiegen und Unterliegen abgestellt, sondern die Beschwerdegegnerin 1 mit der Begründung, sie habe das Verfahren eingeleitet, dafür kostenpflichtig erklärt. In Bezug auf die Kosten der Beweisführung, d.h. die Kosten des Gutachtens (<ref-law>), entschied die Vorinstanz jedoch nicht analog, sondern erklärte die Gesuchsgegnerinnen gestützt auf <ref-law> für kostenpflichtig, weil sie Zusatzfragen gestellt hatten.
4.2. Nach <ref-law> kann das Gericht von den Verteilungsgrundsätzen gemäss <ref-law> - entsprechend dem Erfolg der Parteien im Prozess - abweichen und die Prozesskosten nach Ermessen verteilen, um besonderen Umständen Rechnung zu tragen. Das Gesetz räumt dem Gericht den Spielraum ein, auf Billigkeitserwägungen zurückzugreifen, wenn im Einzelfall die Belastung der unterlegenen Partei mit Prozesskosten als ungerecht erscheint ( RÜEGG, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2010, N. 1 zu <ref-law>). Dazu wurden in Art. 107 Abs. 1 lit. a-f ZPO typisierte Fallgruppen geschaffen. So nennt <ref-law> andere besondere Umstände und bildet damit einen Auffangtatbestand. Als Beispiele werden sodann in der Botschaft vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO), BBl 2006 7298 Ziff. 5.8.2 zu Art 105 E-ZPO ein sehr ungleiches finanzielles Kräfteverhältnis zwischen den Parteien (vgl. die Anfechtung eines Generalversammlungsbeschlusses einer AG durch einen Aktionär, wie sie in aArt. 706a Abs. 3 OR geregelt war) aufgeführt sowie das Verhalten der obsiegenden Partei, das entweder zur Klageerhebung Anlass bot (aArt. 756 Abs. 2 OR für die Verantwortlichkeitsklage eines Aktionärs) oder zusätzlichen ungerechtfertigten Verfahrensaufwand verursachte (Beispiel: Obsiegen mit einer Verrechnungseinrede, wenn das Gericht zahlreiche unbegründete Verrechnungsforderungen beurteilen muss, bevor die Klage abgewiesen werden kann). In all diesen Fällen rechtfertigen besondere Umstände eine Abweichung von der üblichen Kostenverteilung nach Obsiegen und Unterliegen mit den gestellten Rechtsbegehren. Daraus lässt sich der Grundsatz ableiten, dass die Anwendung des Auffangtatbestandes einerseits bei erheblicher wirtschaftlicher Disparität der Parteien greifen kann und andererseits gestützt auf die angeführte Bestimmung eine Kostenauflage gegenüber der nicht unterlegenen Partei begründet ist, wenn und soweit diese durch ihr Verhalten ungerechtfertigten Aufwand zu verantworten hat.
4.3. Die Vorinstanz erblickt besondere Umstände im Sinne von Art. 107 Abs. 2 (recte: Abs. 1) lit. f ZPO darin, dass die Beschwerdeführerin und die Beschwerdegegnerin 2 dem Gutachter Ergänzungsfragen stellen liessen. Selbst wenn diese Fragen einen Mehraufwand des Gutachters zur Folge gehabt haben sollten, würde dies indessen für sich genommen nicht rechtfertigen, die Partei, die diese Fragen eingereicht hat, mit den für deren Beantwortung anfallenden Kosten zu belasten. Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin 1 darf die Ergänzungsfragen stellende Partei, auch wenn sie mit der Anordnung der vorsorglichen Beweisabnahmen einverstanden war, nicht so behandelt werden, wie wenn sie selbst ein Gesuch um vorsorgliche Beweisführung gestellt hätte. Es ist nämlich Sache des Gerichts, dafür zu sorgen, dass der durch das Gesuch definierte Prozessgegenstand gewahrt bleibt und nicht durch Ergänzungsfragen erweitert wird. Die (mutmassliche) Gegenpartei des (künftigen) Prozesses ist zwar im Verfahren der vorsorglichen Beweisführung anzuhören (Art. 158 Abs. 2 i.V.m. Art. 248 lit. d und Art. 253 ZPO; BBl 2006 7315 Ziff. 5.10.1 zu Art. 155 E-ZPO). Stellt sie bei der Wahrnehmung ihres Gehörsanspruchs jedoch Fragen, die den durch die das Gesuch stellende Partei abgesteckten Rahmen sprengen, hat das Gericht diese als unzulässig zu erklären und dem Gutachter nicht zu unterbreiten ( ZÜRCHER, a.a.O., N. 19 zu <ref-law>; HANS SCHMID, in: ZPO: Schweizerische Zivilprozessordnung, Oberhammer [Hrsg.], 2010, N. 5 zu <ref-law> in Verbindung mit N. 5 zu Art. 172 - 174 ZPO und N. 5 f. zu <ref-law>). Der endgültige Entscheid über die Formulierung der Fragen obliegt stets dem Gericht ( SCHMID, a.a.O., N. 4 zu <ref-law>).
4.4. An diese Regel hat sich die Vorinstanz denn auch gehalten und die von den Parteien gestellten Fragen überprüft, teilweise umformuliert und über deren Zulassung entschieden, bevor sie sie dem Experten unterbreitete, dies in der Erkenntnis, dass der Umfang der vorsorglichen Beweisführung durch den Gesuchsteller bestimmt wird (vgl. den Entscheid der Vorinstanz vom 2. November 2011 E. 7.2 und 8). Daraus ist zu schliessen, dass die Ergänzungsfragen das von der Beschwerdegegnerin 1 bestimmte Beweisthema betrafen, dazu beitrugen, die Aussagekraft des Gutachtens zu erhöhen und damit dem erklärten Interesse der Beschwerdegegnerin 1 dienten, im Hinblick auf eine Klage die Verantwortlichkeit für die Schäden zu klären. Dass die Beschwerdeführerin den Sachverständigen zu Tatsachen hätte befragen lassen wollen, deren Beantwortung lediglich in ihrem eigenen Interesse lag, geht aus dem angefochtenen Entscheid nicht hervor, und die zusätzlich angebotenen Beweismittel (Edition) wurden nicht abgenommen, so dass hiefür auch keine Kosten anfielen. Welche <ref-law> zugrunde liegenden Billigkeitserwägungen geboten hätten, die Beschwerdeführerin zu einem Drittel an den Kosten des von der Beschwerdegegnerin 1 veranlassten Gutachtens zu beteiligen, legt die Vorinstanz nicht dar und ist nicht ersichtlich.
4.5. Eine tragbare Begründung lässt sich auch aus der im angefochtenen Entscheid erwähnten Möglichkeit nicht ableiten, wonach für den Fall, dass ein Hauptprozess stattfinde, "das Gericht, welches die Hauptsache entscheidet, die Prozesskosten der vorliegenden Beweisführung abweichend verteilen" kann. Wie die Beschwerdeführerin zutreffend anführt, liegt es im Belieben der Beschwerdegegnerin 1, ob und gegen wen sie einen ordentlichen Prozess anstrengen will. Entschliesst sie sich dazu und obsiegt sie im Hauptprozess, kann sie die Kosten der vorsorglichen Beweisführung auf die dort unterliegende Partei abwälzen. Die Möglichkeit, den vorsorglichen Kostenentscheid umzustossen, bleibt demgegenüber verschlossen, wenn es gegenüber einer für das Beweisverfahren ins Recht gefassten Partei aufgrund des Beweisergebnisses nicht zu einem Hauptprozess kommt. Diese bliebe ungeachtet der Frage ihrer Verantwortlichkeit für die behaupteten Mängel mit den ihr auferlegten Kosten der vorsorglichen Beweisführung belastet, obwohl sie diese nicht verlangt hat. Von ihr zu verlangen, im Rahmen einer negativen Feststellungsklage selbst einen Hauptprozess anzustrengen, liefe, soweit dies überhaupt denkbar wäre, dem Zweck der zu beurteilenden vorsorglichen Beweisführung, unnötige Prozesse zu verhindern, diametral zuwider.
4.6. Damit erweist sich der Entscheid der Vorinstanz, wegen des blossen Stellens von Ergänzungsfragen, die den von der Beschwerdegegnerin 1 bestimmten Themenkreis nicht überschritten, der Beschwerdeführerin einen Teil der Kosten des Gutachtens aufzuerlegen, sowohl in der Begründung als auch im Ergebnis als stossend. Er läuft dem Regelungsgedanken von <ref-law>, der Billigkeit zum Durchbruch zu verhelfen, stracks zuwider. Willkür ist mithin rechtsgenüglich dargetan.
5.
Aus den dargelegten Gründen ist die Beschwerde gutzuheissen und Dispositiv Ziff. 4 des angefochtenen Entscheides aufzuheben, soweit damit die Beschwerdeführerin mit Kosten der Beweisführung belastet wurde. Da die Beschwerdegegnerin 2 kein Rechtsmittel ergriffen hat, bleibt es für sie bei der Kostenverlegung gemäss dem angefochtenen Entscheid. Dispositiv Ziff. 4 ist wie folgt neu zu fassen:
"Die Kosten der Beweisführung in Höhe von Fr. 21'372.10 werden der Gesuchstellerin zu zwei Dritteln und der Gesuchsgegnerin 2 zu einem Drittel auferlegt, unter Verrechnung mit den geleisteten Vorschüssen und Rückzahlung allfälliger Überschüsse."
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdegegnerin 1, die sich mit dem angefochtenen Entscheid identifiziert hat, als unterliegende Partei für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 68 Abs. 2 BGG). Die Beschwerdegegnerin 2 dagegen hat sich am Verfahren vor Bundesgericht nicht beteiligt, weshalb sie weder Kosten zu tragen noch eine Entschädigung zugute hat.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
In Gutheissung der Beschwerde wird Ziff. 4 des Entscheids des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 6. Juni 2012 aufgehoben und wie folgt neu gefasst:
"Die Kosten der Beweisführung in Höhe von Fr. 21'372.10 werden der Gesuchstellerin zu zwei Dritteln und der Gesuchsgegnerin 2 zu einem Drittel auferlegt, unter Verrechnung mit den geleisteten Vorschüssen und Rückzahlung allfälliger Überschüsse."
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdegegnerin 1 auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin 1 hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Dezember 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak