Sachverhalt:
A. X._ wohnt im Kanton Luzern, wo er ein selbstbewohntes Einfamilienhaus und ein Bauernhaus besitzt. Im Kanton Zürich ist er Eigentümer von zwei Mehrfamilienhäusern, die er vermietet hat (Bruttomietzinsertrag im Jahr 2002: Fr. 288'022.-- bzw. Fr. 230'418.-- netto). Die Unterhaltskosten für das Einfamilienhaus in Luzern beliefen sich im Jahr 2002 auf Fr. 32'976.--, so dass bei einem Eigenmietwert von Fr. 14'282.-- ein negativer Ertrag von Fr. 18'694.-- verblieb.
B. Das Kantonale Steueramt Zürich erliess am 5. Mai 2004 den Einschätzungsentscheid für die Staats- und Gemeindesteuern 2002 mit der entsprechenden Steuerausscheidung. Nach Verrechnung mit dem Einkommen vom Wohnsitzkanton Luzern (negativer Ertrag von Fr. 18'694.--, Wertschriftenertrag von Fr. 455.-- und Vermögensverwaltungskosten von Fr. 133.--) entstand ein Verlust von Fr. 18'372.--, den der Kanton Zürich nicht berücksichtigte, sondern dem Hauptsteuerdomizil (Luzern) zuwies. Das gerundete steuerbare Einkommen von X._ belief sich in Zürich im Jahr 2002 auf Fr. 124'800.--, satzbestimmend: Fr. 106'400.-- (Nettomietzinsertrag: Fr. 230'418.-- abzüglich Schuldzinsen: Fr. 101'719.-- sowie weitere Abzüge: Versicherungsprämien: Fr. 3'450.--, Parteibeiträge: Fr. 120.-- und gemeinnützige Zuwendungen: Fr. 284.--).
Die zuständige Behörde des Kantons Luzern erstellte am 20. Mai 2004 die definitive Veranlagung mit Steuerausscheidung für die Steuerperiode 2002. In Luzern ergab sich für den Steuerpflichtigen im Jahr 2002 ein negatives steuerbares Einkommen von Fr. 19'113.-- (Eigenmietwert: Fr. 19'876.--, Liegenschaftsunterhalt: Fr. 32'976.--, Wertschriftenertrag: Fr. 455.-- und Berufsauslagen: Fr. 6'468.--). Dem Kanton Zürich wurde ein steuerbares Einkommen von Fr. 87'000.-- (gerundet) zugewiesen. In Luzern resultierte damit ein steuerbares Einkommen von Fr. 0.-- (satzbestimmend: Fr. 68'000.--).
C. Gegen den Einschätzungsentscheid des Kantons Zürich für die kantonalen Steuern 2002 hat X._ am 28. Mai 2004 beim Bundesgericht staatsrechtliche Beschwerde geführt. Er beantragt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und das steuerbare Einkommen auf Fr. 106'400.-- festzusetzen, soweit die Sache nicht an die Veranlagungsbehörde zurückzuweisen sei. Er rügt eine Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots, da der Kanton Zürich den bei der Steuerausscheidung resultierenden Verlust (von Fr. 18'372.--) aus dem Kanton Luzern nicht übernommen habe.
Das Kantonale Steueramt Zürich hat sich vernehmen lassen, ohne einen Antrag zu stellen. Die Steuerverwaltung des Kantons Luzern hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Bei staatsrechtlichen Beschwerden wegen Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots (<ref-law>) muss der kantonale Instanzenzug nicht ausgeschöpft sein (Art. 86 Abs. 2 OG). Angefochten ist vorliegend ausschliesslich die zürcherische Veranlagung. Die fristgerechte Beschwerde ist daher zulässig (vgl. ASA 73 S. 247 E. 1.1).
1.2 Eine Ausnahme vom Grundsatz der kassatorischen Natur der staatsrechtlichen Beschwerde besteht bei diesem Rechtsmittel, wenn das Doppelbesteuerungsverbot verletzt ist. Demnach kann das Bundesgericht den kantonalen Entscheid aufheben und, wie hier sinngemäss beantragt, eine verbindliche Weisung für die verfassungskonforme Steuerausscheidung erteilen. Im Übrigen prüft das Bundesgericht bei Beschwerden wie der vorliegenden Rechts- und Tatfragen frei (ASA 73 S. 247 E. 1.2 und 1.3).
2. 2.1 Eine Doppelbesteuerung, die gegen <ref-law> verstösst, liegt vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung); sie ist auch gegeben, wenn ein Kanton die geltenden Kollisionsnormen verletzt, dadurch seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem andern Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung). Ausserdem darf ein Kanton eine steuerpflichtige Person grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil sie nicht in vollem Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern wegen ihrer territorialen Beziehungen auch noch in einem andern Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot; vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 3.1 S.253; ASA 73 S. 247 E. 2.1, je mit Hinweisen).
2.2 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Schlechterstellungsverbots, weil der Kanton Zürich als Liegenschaftskanton den so genannten Gewinnungskostenüberschuss bzw. den Ausscheidungsverlust aus dem Grundeigentum am Hauptsteuerdomizil im Kanton Luzern nicht übernommen habe. Unternehmen könnten mittels Verlustvortrag eine Doppelbesteuerung vermeiden, während er als Privatperson insofern überbesteuert werde, als der Kanton Zürich den Verlust, der bei der interkantonalen Steuerausscheidung entstehe, nicht berücksichtige.
3. 3.1 Gewinnungskosten von Liegenschaften im Privatvermögen sind namentlich Unterhaltskosten, Versicherungsprämien und Verwaltungskosten. Diese Kosten beziehen sich auf einzelne Liegenschaften. Als Belastung des Ertrags dieser Liegenschaften sind sie daher in der interkantonalen Steuerausscheidung grundsätzlich objektmässig auszuscheiden, das heisst vom Liegenschaftskanton zu tragen (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 225 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 261; ASA 55 S. 652 E. 3b mit Hinweisen).
Die auf ein Steuerdomizil entfallenden Gewinnungskosten können höher sein als das diesem Steuerdomizil zuzurechnende Einkommen, so dass dieses im einen Kanton negativ wird, während im andern ein Überschuss der Einkünfte über die Abzüge entsteht. Aufwandüberschüsse aus dem Nebensteuerdomizil sind auf den Hauptsteuerdomizilkanton mit positiven Ergebnissen zu verlegen. Ist dies nicht möglich oder ergibt sich ein Gewinnungskostenüberschuss im Hauptsteuerdomizil, liegt ein Ausscheidungsverlust vor (vgl. ASA 60 S. 269 E. 3b mit Hinweisen; 55 S. 652 E. 3b; Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 2. Aufl., Bern 2003, S. 102; Ernst Höhn/Peter Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4. Aufl., Zürich 2000, Rz. 24 zu § 19).
3.2 Im System der Reineinkommens- bzw. Reinertragsbesteuerung folgt aus dem Schlechterstellungsverbot, dass ein Steuerpflichtiger in mehreren Kantonen mit diesem Steuersystem zusammen nicht mehr als sein gesamtes Reineinkommen versteuern muss. Diese Regel tritt jedoch nach bisheriger Rechtsprechung zurück gegenüber dem Grundsatz, wonach das Grundeigentum dem Kanton, in dem es gelegen ist, zur ausschliesslichen Besteuerung vorbehalten bleibt. Der Liegenschaftskanton könne daher in der Regel nicht verpflichtet werden, Verluste aus einem andern Kanton zum Abzug zuzulassen. Der Steuerpflichtige habe solche Ausscheidungsverluste hinzunehmen (vgl. StR 55/2000 S. 182, 2P.439/1997, E. 3a und 4; ASA 59 S. 568 E. 3c und 4a; 56 S. 569 E. 4a, je mit Hinweisen; Urteil 2P.442/1994 vom 9. Juli 1996, E. 3b/aa; Kurt Locher/Peter Locher, Die Praxis der Bundessteuern, III. Teil, Das interkantonale Doppelbesteuerungsrecht, § 7 I B, Nr. 11, 13, 17, 21, 39 und 44 bzw. dort zitierte Urteile des Bundesgerichts; vgl. zu den Schuldzinsen, dieselben, § 9 II, Nr. 5, 7, 16, 27).
Diese Rechtsprechung bezüglich Ausscheidungsverluste betrifft hauptsächlich juristische Personen bzw. Liegenschaften im Geschäftsvermögen, aber auch natürliche Personen. In Bezug auf Liegenschaften im Privatvermögen hat das Bundesgericht indessen noch nicht entschieden, ob der Liegenschaftskanton verpflichtet werden könnte, einen Gewinnungskostenüberschuss, der am Hauptsteuerdomizil entstanden ist, in Abzug zu bringen, um einen Ausscheidungsverlust zu vermeiden.
3.3 In der Literatur ist kritisiert worden, dass solche Ausscheidungsverluste zu Lasten des Steuerpflichtigen zugelassen sind: Wenn dieser unter Umständen mehr als sein Reineinkommen versteuern müsse, liege ein Verstoss gegen die Grundsätze der Reineinkommensbesteuerung und des Schlechterstellungsverbots vor. Deshalb sollten - mithin bei natürlichen Personen - auch die Nebensteuerdomizile einen Anteil am Gewinnungskostenüberschuss übernehmen, wenn zu dessen Deckung die Einkünfte im Wohnsitzkanton nicht ausreichten, damit eine Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit resultiere (vgl. Ernst Höhn/Peter Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4. Aufl., Bern 2000, Rz. 10 zu § 21 mit Hinweisen; Ferdinand Zuppinger, Probleme der Steuerausscheidung für Liegenschaften des Privatvermögens im interkantonalen Verhältnis bei den direkten Steuern vom Einkommen und Vermögen, in Festschrift für Ulrich Häfelin, Zürich 1989, S. 424 f.; Jean-Blaise Paschoud, Excédents de charges et report de pertes dans les relations intercantonales, in Festschrift Ferdinand Zuppinger, Bern 1989, S. 619 f.; siehe auch Locher, a.a.O., S. 103; Klaus A. Vallender, Zur These von der Schlechterstellung als systembedingter Folge des Vorrangs des Besteuerungsrechts des Liegenschaftskantons, in ASA 59 S. 217 ff., insbesondere S. 223 f.).
3.4 Eine Praxisänderung für juristische Personen im Allgemeinen hat sich wegen der Möglichkeit einer Verlustverrechnung in der Zeit im selben Kanton bisher nicht aufgedrängt (vgl. ASA 59 S. 564 E. 3d; 60 S. 269 E. 7a; siehe auch ASA 59 S. 568 E. 4c und d; Urteil 2P.442/1994 vom 9. Juli 1996, E. 3b/bb): Unternehmen können Aufwandüberschüsse oder Betriebsverluste, die in der betreffenden Bemessungsperiode angefallen sind, innerhalb der Verlustverrechnungsperiode mit künftigen Erträgen bzw. Gewinnen verrechnen, wodurch Ausscheidungsverluste oft verhindert werden können (Verlustvortrag; vgl. Art. 25 Abs. 2 bzw. 67 und 10 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14]; siehe auch ASA 73 S. 247 E. 4.2 mit Hinweis; <ref-ruling> E. 2b S. 319). Indessen betrifft diese Möglichkeit des Verlustvortrags vorab das innerkantonale, nicht das interkantonale Verhältnis. Zudem können Ausscheidungsverluste nicht ausgeschlossen werden.
3.5 Auch in Bezug auf Liegenschaftenhändler im Besonderen hat das Bundesgericht seine Rechtsprechung bis anhin nicht geändert: Danach werden Aufwandüberschüsse, die zufolge Gewinnungskostenüberschüssen und Schuldzinsen über den Ertrag entstehen, weder auf den Sitzkanton noch auf andere Liegenschaftskantone verlegt; sie sind vielmehr zu "aktivieren" und bei einer späteren Veräusserung der Liegenschaft den Anlagekosten zuzurechnen. Bei der Abgrenzung der Steuerhoheiten wird der Verrechnung von Aufwandüberschüssen in der Zeit der Vorrang vor der Verrechnung als Verluste im Sitzkanton oder in andern Liegenschaftskantonen eingeräumt. Dadurch kann unter Umständen ein Ausscheidungsverlust nicht vermieden werden (vgl. ASA 56 S. 569 E. 6b und c; siehe auch <ref-ruling> E. 4.2 S. 255; StR 53/1998 S. 83, 2P.360/1995, E. 2b, je mit Hinweisen).
3.6 In Bezug auf Betriebsliegenschaften hat das Bundesgericht jedoch seine Rechtsprechung neulich geändert: Danach muss der Liegenschaftskanton einen allfälligen Geschäftsverlust, den eine Unternehmung im Sitzkanton und in weiteren Kantonen mit Betriebsstätten erleidet, auf den Wertzuwachsgewinn aus der Veräusserung betrieblich genutzter Liegenschaften anrechnen; der verbleibende Grundstückgewinn ist dem Liegenschaftskanton zur ausschliesslichen Besteuerung zuzuweisen. Dadurch soll erreicht werden, dass sich nicht vermehrt Ausscheidungsverluste ergeben (vgl. <ref-ruling> vom 19. November 2004, insbesondere E. 6 S. 260).
3.7 Im Privatvermögensbereich ist es nicht möglich, Verluste vorzutragen bzw. Aufwandüberschüsse zu aktivieren (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 132 f.; ASA 60 S. 269 E. 7e; RDAF 2002 II S. 528, 2P.173/2001, E. 2c): Für private Gewinnungskostenüberschüsse, insbesondere Aufwandüberschüsse aus Privatliegenschaften, sieht das Steuerharmonisierungsgesetz keinen zeitlichen Verlustvortrag vor; eine Verrechnung mit späteren Erträgen oder Kapitalgewinnen ist in diesem Bereich ausgeschlossen (Höhn/Mäusli, a.a.O., Rz. 27f zu § 28, Rz. 11c zu § 23). Eine ähnliche Lösung kann für natürliche Personen deshalb nicht übernommen werden.
4. 4.1 Im vorliegenden Fall geht es zwar nicht um die Besteuerung eines Veräusserungsgewinns; doch ist im Sinne der mit <ref-ruling> eingeleiteten Rechtsprechung dafür zu sorgen, dass weitere Ausscheidungsverluste möglichst vermieden werden (vgl. E. 6.3 S. 261 des genannten Urteils). Insofern ist die Kritik der Literatur an der Zulassung solcher Verluste in Bezug auf natürliche Personen berechtigt.
Damit setzt das Schlechterstellungsverbot der unbegrenzten Steuerhoheit der Liegenschaftskantone eine Schranke, ohne dass es den Vorrang vor deren Steuerhoheit beanspruchen könnte oder ein Widerspruch der beiden Grundsätze vorliegen würde; es geht vielmehr um den Umfang der Besteuerung (vgl. Höhn/Mäusli, a.a.O., Rz. 28 zu § 4; Vallender, a.a.O., S. 224). Dies bedeutet, dass der Nebensteuerdomizilkanton der Liegenschaft den Gewinnungskostenüberschuss einer Privatliegenschaft im Hauptsteuerdomizil zu übernehmen hat. Die Doppelbesteuerungspraxis ist demgemäss in Bezug auf Privatliegenschaften zu präzisieren bzw. bezüglich der Besteuerung durch die Liegenschaftskantone einzuschränken. Dabei kann hier offen bleiben, wie es sich verhält, wenn mehrere Liegenschaften in verschiedenen Nebensteuerdomizilkantonen vorhanden sind.
4.2 Vorliegend resultiert nach der zürcherischen Steuerausscheidung für den Beschwerdeführer im Wohnsitzkanton Luzern ein Gewinnungskostenüberschuss von Fr. 18'372.--, der dort durch kein Einkommen gedeckt werden kann. Demgegenüber verbleibt im Kanton Zürich, wo der Beschwerdeführer zwei Liegenschaften hält, ein steuerbares Einkommen von Fr. 124'800.--. Würde der Gewinnungskostenüberschuss in Zürich nicht berücksichtigt, ergäbe sich ein Ausscheidungsverlust und eine unzulässige Doppelbesteuerung. Der Kanton Zürich hat demnach den Gewinnungskostenüberschuss aus dem Kanton Luzern bzw. den Ausscheidungsverlust von Fr. 18'372.-- zu übernehmen, das kantonal steuerbare Einkommen des Beschwerdeführers für die Steuerperiode 2002 auf Fr. 106'400.-- festzusetzen und diesen neu einzuschätzen. Allenfalls zu viel erhobene Steuern sind zurückzuerstatten.
5. 5.1 Die staatsrechtliche Beschwerde ist somit gutzuheissen und der Einschätzungsentscheid des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 5. Mai 2004 aufzuheben. Der neue Entscheid hat vom entsprechenden steuerbaren Einkommen im Kanton Zürich auszugehen.
5.2 Bei diesem Verfahrensausgang wird der Kanton Zürich kostenpflichtig, der trotz Praxispräzisierung bzw. -änderung und auch ohne einen ausdrücklichen Antrag gestellt zu haben, unterliegende Partei ist und im Übrigen Vermögensinteressen wahrnimmt (vgl. Art. 156 OG; siehe auch <ref-ruling> E. 2b S. 94 f.). Eine Parteientschädigung ist dem obsiegenden, jedoch nicht vertretenen Beschwerdeführer nicht zuzusprechen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen und der Einschätzungsentscheid des Kantonalen Steueramtes Zürich vom 5. Mai 2004 aufgehoben. Der neue Einschätzungsentscheid für die Staats- und Gemeindesteuern 2002 hat von einem steuerbaren Einkommen des Beschwerdeführers im Kanton Zürich von Fr. 106'400.-- auszugehen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Kanton Zürich auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Kantonalen Steueramt Zürich und der Steuerverwaltung des Kantons Luzern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. April 2005
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: