Faits:
A. La loi du 7 juin 2011 sur l'enseignement obligatoire du canton de Vaud (LEO; RSV 400.02) a été publiée dans la Feuille des avis officiels (ci-après: FAO) du 24 juin 2011. Son article 150 prévoit qu'en cas d'acceptation par le peuple de l'initiative "Ecole 2010: sauver l'école", elle est considérée comme caduque (al. 1). En cas de refus de cette initiative et d'acceptation de la loi par le peuple, le Conseil d'État est chargé de l'exécution de ladite loi (al. 2).
L'initiative dite "Ecole 2010: sauver l'école" et la loi précitée ont été soumises à votation populaire le 4 septembre 2011. Par arrêté du 14 septembre 2011, publié dans la FAO du 16 septembre 2011, le Conseil d'État a constaté le rejet de l'initiative populaire et l'acceptation du contre-projet du Grand Conseil, soit la loi du 7 juin 2011 sur l'enseignement obligatoire.
B. Par requête du 26 septembre 2011, X._ a contesté la compatibilité de la LEO, notamment de ses art. 83 à 90, avec les buts de l'art. 64 al. 2 de la Constitution fédérale du 18 avril 1999 (Cst.; RS 101). Par avis du 28 septembre 2011, le Président de la Cour constitutionnelle a indiqué au requérant que sa requête apparaissait tardive, un délai au 10 octobre 2011 lui étant accordé pour la retirer, auquel cas l'affaire serait rayée du rôle sans frais. Par courrier du 6 octobre 2011, le requérant a informé la Cour qu'il maintenait sa requête. Le 2 novembre 2011, la Cour constitutionnelle a déclaré la requête irrecevable.
Parallèlement à la procédure ouverte devant la Cour constitutionnelle, X._ a saisi le Tribunal fédéral d'un premier recours contre la LEO, déclaré irrecevable par arrêt 2C_830/2011 du 17 décembre 2011.
C. X._ a saisi le Tribunal fédéral d'un recours contre l'arrêt de la Cour constitutionnelle du 2 novembre 2011. Il requiert de trancher la question de la recevabilité de son recours par la Cour constitutionnelle et le cas échéant de renvoyer la cause à dite instance pour prononcé au fond. Dans l'hypothèse où la Cour constitutionnelle ne pouvait pas être saisie, il demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de trancher la cause au fond. La Cour constitutionnelle a renoncé à répondre au recours alors que le Grand conseil conclut à son rejet dans la limite de sa recevabilité. X._ s'est encore déterminé sur ces écritures.

Considérant en droit:
1. 1.1 D'après l'art. 87 al. 1 LTF, le recours en matière de droit public est directement recevable contre les actes normatifs cantonaux qui ne peuvent faire l'objet d'un recours cantonal. En revanche, lorsque le droit cantonal prévoit un recours contre les actes normatifs, l'art. 86 LTF, qui dispose que le recours est recevable contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance (al. 1 let. d), est applicable (art. 87 al. 2 LTF). L'arrêt attaqué a été rendu par la Cour constitutionnelle du Tribunal cantonal statuant en dernière instance cantonale. Par conséquent, le présent recours est en principe recevable pour violation du droit fédéral et de droits constitutionnels cantonaux (art. 95 let. a et c LTF).
1.2 L'art. 89 al. 1 LTF confère la qualité pour former un recours en matière de droit public à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) est particulièrement atteint par la décision ou l'acte normatif attaqué (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). Le recourant, qui a participé à la procédure cantonale, a un intérêt digne de protection à l'annulation de cette irrecevabilité.
1.3 Comme l'arrêt attaqué ne porte que sur la recevabilité de la requête du 26 septembre 2011 niée en application des normes cantonales de procédure de la loi cantonale du 5 octobre 2004 sur la juridiction constitutionnelle (LJC; RSV 173.3), la conclusion subsidiaire tendant à ce que le Tribunal fédéral tranche le litige au fond est irrecevable.
1.4 Sauf dans les cas cités expressément par l'art. 95 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110), le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit constitutionnel fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 521s.) ou encore une violation du droit constitutionnel cantonal (art. 95 let. c LTF). Il appartient toutefois au recourant d'invoquer ce grief et de le motiver d'une manière suffisante (cf. art. 106 al. 2 LTF, <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 68). L'acte de recours doit donc, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 234). En particulier, il doit préciser en quoi l'acte attaqué serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 400).
2. 2.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 211). A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. De plus, il ne suffit pas que les motifs de l'arrêt attaqué soient insoutenables, encore faut-il que ce dernier soit arbitraire dans son résultat. Il n'y a en outre pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle de l'autorité intimée paraît concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 5).
2.2 En l'espèce, le recourant débat du respect des délais de manière libre, très largement appellatoire, substituant pour l'essentiel son approche à celle de la Cour constitutionnelle, ce qui ne répond pas aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Sous cet angle, son recours est largement irrecevable. Il en va ainsi du grief d'interdiction de l'arbitraire et des multiples critiques relatives au calendrier relatif à la soumission de l'initiative au peuple. Est également formulé en termes appellatoires l'examen de la relation entre la procédure de contrôle et l'art. 82 de la Constitution du canton de Vaud du 14 avril 2003 (Cst./VD; RSV 101.01), qui fixe un délai de deux ans dès son dépôt pour soumettre toute initiative populaire au vote des citoyens, sous réserve de prolongation d'un an par le Grand Conseil lorsqu'il a approuvé une initiative conçue en termes généraux ou décidé d'opposer un contre-projet à l'initiative. Le fait que d'autres solutions que celles retenues par le législateur cantonal soient possibles, voire préférables, ne permet en aucun cas de motiver le caractère arbitraire de l'arrêt attaqué, d'autant moins en l'espèce que, de l'avis des autorités et du recourant, le délai de l'art. 82 Cst./VD est un délai d'ordre. Ces griefs sont par conséquent irrecevables.
3. Le recourant se plaint de la violation de l'art. 136 al. 2 let a Cst./VD.
3.1 La Cour Constitutionnelle a rappelé les normes cantonales régissant la matière.
Selon l'art. 136 al. 2 let. a Cst./VD, la Cour constitutionnelle contrôle, sur requête déposée dans les vingt jours dès leur publication, la conformité des normes cantonales au droit supérieur.
L'art. 5 al. 1 LJC précise que, pour les actes cantonaux, la requête est déposée dans un délai de vingt jours à compter de la publication officielle de l'acte attaqué. Cette publication officielle est effectuée par le biais de la Feuille des avis officiels (art. 1er du décret du 17 mai 1920 réglant les questions relatives à la publication de la Feuille des avis officiels du canton de Vaud; DFAO, RSV 170.551). Selon l'art. 6 LJC, si l'acte attaqué est soumis au référendum obligatoire ou fait l'objet d'une demande de référendum, le vote populaire ne peut avoir lieu avant que la Cour ait rendu son arrêt. Dans son exposé des motifs et projet de loi sur la juridiction constitutionnelle, le Conseil d'État a expressément indiqué qu'en matière cantonale, le dies a quo pour déposer une requête auprès de la Cour constitutionnelle et pour faire partir le délai référendaire est identique, à savoir le jour de la publication officielle de l'acte attaqué (BGC septembre 2004, p. 3652).
Selon la Cour constitutionnelle, le délai de vingt jours pour la saisir commence en conséquence à courir au jour de la publication de la loi elle-même dans la FAO et non au jour de la publication du résultat de la votation relative à cette loi, le législateur vaudois ayant institué une procédure préventive à mettre en oeuvre avant que la loi ne déploie ses effets. Dans de telles conditions, il est dénué de pertinence, selon la Cour constitutionnelle, qu'une loi soit conçue comme un contre-projet opposé à une initiative. Il n'est donc pas possible, sauf à être forclos, que le justiciable attende le résultat de la votation populaire sur l'initiative pour contester la loi dans une procédure de contrôle abstrait.
3.2 Le recourant soutient en vain que le contre-projet opposé à une initiative ne peut pas être traité comme un texte législatif ordinaire. Un contre-projet constitue une loi au sens formel. De ce fait, un contre-projet ne peut faire l'objet d'aucun traitement particulier lorsqu'il s'agit d'en contester la constitutionnalité devant la Cour ad hoc du Tribunal cantonal. A cet égard, ainsi que le Tribunal fédéral l'a déjà mentionné dans son arrêt 2C_830/2011 du 17 décembre 2011, le législateur cantonal est libre d'instituer une voie de recours contre les actes normatifs (art. 87 al. 2 LTF a contrario). Lorsque le droit cantonal prévoit un tel recours, il est libre de fixer dans quel délai le recours doit être déposé et à partir de quelle date ce délai commence à courir. A supposer que le choix du législateur cantonal ait pour effet que l'arrêt de la dernière instance cantonale, en l'espèce la Cour constitutionnelle vaudoise, doive être rendu avant qu'un éventuel vote populaire sur l'arrêté en cause ne puisse avoir lieu (cf. art. 6 LJC), il serait possible que le Tribunal fédéral soit saisi d'un recours en matière de droit public contre l'arrêt de dernière instance cantonale avant que le vote populaire n'ait eu lieu. En pareille hypothèse, le recours en matière de droit public doit néanmoins être déposé dans le délai de l'art. 100 al. 1 LTF, sans égard à la date de la publication officielle des résultats de la consultation populaire.
Le système voulu par le législateur vaudois est qualifié de préventif en ceci que la procédure de contrôle doit avoir lieu avant que la norme contestée ne déploie ses effets. Il a pour conséquence d'empêcher - sauf levée de l'effet suspensif possible selon l'art. 7 LJC - l'entrée en vigueur de l'acte attaqué et, d'autre part, d'interdire que ce dernier soit soumis à un vote populaire avant que la cour ait statué sur la requête. Ce système n'est pour le reste pas original puisqu'on le trouve par exemple en droit jurassien (cf. JEAN MORITZ, "Contrôle des normes: la juridiction constitutionnelle vaudoise à l'épreuve de l'expérience jurassienne", in: RDAF 2005 I 26; voir aussi PIERRE-YVES BOSSHARD, "La Cour constitutionnelle vaudoise. Premier bilan d'une nouvelle institution", in: RDAF 2008 I 14 s.). L'arrêt attaqué ne viole par conséquent pas le droit constitutionnel cantonal.
4. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Succombant, le recourant doit supporter les frais de la procédure fédérale (art. 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (art. 68 al.1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, au Grand Conseil, au Conseil d'Etat et à la Cour constitutionnelle du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 13 avril 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey