der freien Mittel der Pensionskasse), hat sich ergeben:
A.- Die Versicherungskasse der Stadt Zürich, welche - neben einer Unfallversicherungskasse - eine Pensionskasse führt, ist eine Dienstabteilung des Finanzamtes der Stadt Zürich ohne eigene Rechtspersönlichkeit (Art. 67 Abs. 1 der Statuten). Organe der Versicherungskasse sind der Stadtrat, der Vorsteher des Finanzamtes und die Direktion der Versicherungskasse (Art. 68 Abs. 1 der Statuten); paritätisch besetzte Organe (vgl. Art. 51 des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge [BVG; SR 831. 40]) sind die Kassenkommission, der Kassenausschuss und die Anlagekommission (vgl. Art. 68 f. der Statuten). Die geltenden Statuten der Versicherungskasse datieren vom 22. Dezember 1993 und stützen sich auf Art. 118 der Gemeindeordnung der Stadt Zürich vom 26. April 1970 (Art. 1 der Statuten); die zu den Statuten gehörige Vollziehungsverordnung hat der Stadtrat am 16. November 1994 erlassen (vgl. Art. 70 Abs. 1 der Statuten).
B.-Gemäss Art. 23 Abs. 1 der Statuten der Versicherungskasse der Stadt Zürich sind die Überschüsse der Jahresrechnung in erster Linie zur Deckung eines allfälligen Fehlbetrags in der Bilanz einzusetzen. In zweiter Linie sind die Reserven zu äufnen, wobei vorab Bewertungsreserven zu bilden sind, welche dem Ausgleich von Schwankungen der Wertschriftenkurse dienen; über deren Äufnung und Verwendung entscheidet die Kassenkommission (Art. 23 Abs. 2 lit. a und Abs. 3).
Anschliessend werden die technischen Reserven geäufnet, welche unterschiedliche Zwecke erfüllen sollen: Einerseits sind sie zur Finanzierung von Leistungen bestimmt, die in den versicherungstechnischen Grundlagen nicht berücksichtigt werden können, und andererseits dienen sie der Gewährung von Leistungsverbesserungen an Versicherte und von Teuerungszulagen an Pensionsberechtigte; über ihre Bildung und Verwendung entscheidet der Stadtrat auf Antrag der Kassenkommission (Art. 23 Abs. 2 lit. b und Abs. 4).
Auf Antrag des Stadtrats ergänzte der Gemeinderat (Legislative) der Stadt Zürich diese Regelung mit Beschluss vom 4. Februar 1998: Gemäss der neu in Art. 23 Abs. 2 eingefügten lit. c ist aus dem Überschuss, der nach Äufnung der Bewertungsreserven und technischen Reserven verbleibt, eine freie Reserve zu bilden. Diese dient vorab dazu, inskünftig Bewertungsreserven und technische Reserven zu äufnen, sofern diese nicht ausreichend dotiert sind; sie kann alsdann "fallweise für jeweils ein Jahr zur teilweisen oder ganzen Finanzierung von Beiträgen von Versicherten und der Arbeitgeber herangezogen werden", wobei über ihre Äufnung und Verwendung der Stadtrat auf Antrag der Kassenkommission entscheidet (neuer Abs. 5 von Art. 23). Dementsprechend wurde die bestehende Regelung der Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge insofern ergänzt, als die Finanzierung der Beiträge aus dem Vermögen der Pensionskasse vorbehalten bleibt (Art. 25 Abs. 5 und Art. 26 Abs. 4 der Statuten).
C.- Gegen diese Statutenänderung erhob die Konferenz der Personalverbände (KPV) am 4. März 1998 Aufsichtsbeschwerde beim Amt für berufliche Vorsorge des Kantons Zürich. Zur Begründung machte sie geltend, dass die Finanzierung von Arbeitgeber- und Arbeitnehmerbeiträgen aus dem Vermögen der Pensionskasse im Widerspruch zur Zweckgebundenheit der Mittel der Personalvorsorgeeinrichtung und dem Grundsatz der Gleichbehandlung der Versicherten stehe.
Das Amt wies die Aufsichtsbeschwerde mit Verfügung vom 20. August 1998 ab, was die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge mit Urteil vom 26. Januar 2000 schützte.
D.- Am 2. März 2000 hat die Konferenz der Personalverbände (KPV) Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht eingereicht mit dem Antrag, das Urteil der Eidgenössischen Beschwerdekommission sowie die mit dem Gemeinderatsbeschluss vom 4. Februar 1998 neu erlassenen Bestimmungen der Statuten der Versicherungskasse der Stadt Zürich (Art. 23 Abs. 2 lit. c und Abs. 5, Art. 25 Abs. 5 sowie Art. 26 Abs. 4) aufzuheben.
Der Stadtrat von Zürich und das Amt für berufliche Vorsorge des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung verzichtet in der Vernehmlassung vom 14. August 2000 darauf, einen Antrag zu stellen. Die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge hat nicht Stellung genommen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die vom Kanton bezeichnete Aufsichtsbehörde wacht darüber, dass die Vorsorgeeinrichtungen die gesetzlichen Vorschriften einhalten (Art. 62 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 61 Abs. 1 BVG); sie prüft insbesondere die Übereinstimmung der reglementarischen Bestimmungen mit den gesetzlichen Vorschriften (Art. 62 Abs. 1 lit. a BVG). Die Aufsichtsbehörde ist befugt, Massnahmen zur Behebung von Mängeln zu treffen (Art. 62 Abs. 1 lit. d BVG). So kann sie gesetzwidrige Reglemente oder Teile davon aufheben und den Vorsorgeeinrichtungen verbindliche Weisungen über die Ausgestaltung entsprechender Bestimmungen erteilen (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 186 f.). Die Verfügungen der Aufsichtsbehörde können an die Eidgenössische Beschwerdekommission weitergezogen werden (Art. 74 Abs. 2 lit. a BVG), deren Entscheide ihrerseits der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht unterliegen (Art. 74 Abs. 4 BVG).
b) Neben den einzelnen Versicherten ist hierzu auch ein Verband legitimiert, wenn er über eigene Rechtspersönlichkeit verfügt, statutengemäss die Interessen seiner Mitglieder wahrnimmt und diese selbst beschwerdebefugt wären (<ref-ruling> E. 1b S. 182 und E. 5 S. 192). Nachdem diese Voraussetzungen bei der als Verein konstituierten Beschwerdeführerin erfüllt sind, hat die Aufsichtsbehörde die beanstandete Statutenänderung zu Recht überprüft und die Beschwerdekommission ist richtigerweise auf das ergriffene Rechtsmittel eingetreten. Die Konferenz der Personalverbände ist nach dem Gesagten auch zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht legitimiert (vgl. <ref-ruling> E. 2a/aa S. 376 f.).
2.- a) Die Vorsorgeeinrichtungen sind im Rahmen des Gesetzes frei sowohl in ihrer Organisation als auch in der Gestaltung ihrer Leistungen und deren Finanzierung (Art. 49 Abs. 1 BVG). Gewährt eine Vorsorgeeinrichtung mehr als die Mindestleistungen, so haben gemäss Art. 49 Abs. 2 BVG für die weitergehende Vorsorge nur einzelne Vorschriften des Gesetzes Geltung: Es sind dies insbesondere jene über die paritätische Verwaltung (Art. 51), die Verantwortlichkeit (Art. 52), die Kontrolle (Art. 53), die Aufsicht (Art. 61, 62 und 64) und die finanzielle Sicherheit (Art. 65 Abs. 1, 67, 69 und 71 BVG). Nicht im Gesetz geregelt ist die Höhe der Beiträge; diesbezüglich ergeben sich aus Art. 65 BVG lediglich indirekte Anforderungen, indem die Vorsorgeeinrichtungen jederzeit Sicherheit dafür bieten müssen, dass sie die übernommenen Verpflichtungen erfüllen und die (gesetzlichen) Leistungen bei Fälligkeit erbringen können.
Das Erfüllen dieser Voraussetzungen ist periodisch durch einen anerkannten Experten zu überprüfen (Art. 53 Abs. 2 BVG).
b) Die Leistungen der Pensionskasse der Stadt Zürich beruhen gleich wie die zu bezahlenden Beiträge auf den Statuten vom 22. Dezember 1993. Mit diesem Erlass wurde das vormalige Leistungsprimat versicherungstechnisch in ein Beitragsprimat überführt, wobei Letzteres allerdings so ausgestaltet ist, dass die Versicherten im normalen Rücktrittsalter eine Altersrente von 60 Prozent ihres letzten Verdienstes erhalten, wenn sie eine volle Versicherungsdauer und eine durchschnittliche Lohnkarriere aufweisen (Leistungsziel). Den Versicherten steht ein individuelles Altersguthaben zu, das Basis für die Berechnung der Leistungsansprüche bildet. Es wird aus den Einlagen bei Eintritt und den "Altersnachzahlungen" sowie aus Altersgutschriften geäufnet und verzinst (Art. 19 Abs. 1 und 4 der Statuten).
Die Höhe Letzterer ist nach dem Alter der Versicherten gestaffelt (Art. 19 Abs. 2 der Statuten). Die jährlichen Gutschriften setzen sich aus den Sparbeiträgen des Arbeitgebers und jenen der Versicherten zusammen; sie werden in Art. 25 und Art. 26 der Statuten bestimmt und bewegen sich für die Versicherten zwischen 6 und 9 Prozent und für den Arbeitgeber zwischen 4 und 39 Prozent des beitragspflichtigen Einkommens.
Mit einer Statutenänderung wurde am 2. April 1997 neu eingeführt, dass die Sparbeiträge des Arbeitgebers - und mit diesen die Altersgutschriften - bei anhaltend geringer Teuerung reduziert werden; das Leistungsziel darf dabei weder systematisch unter- noch überschritten werden (Art. 19 Abs. 6). Grund für diese Revision ist, dass die Ansätze für die Altersgutschriften von einer allgemeinen Lohnteuerung von 4 Prozent ausgehen, während die effektive Teuerung in den vorangegangenen Jahren weit unter diesem Wert lag. Der neue Mechanismus kommt zur Anwendung, wenn die massgebende Teuerung im vorangegangenen Jahr nicht mehr als 2,5 Prozent betrug (Art. 11bis Abs. 2 der Vollziehungsverordnung). Die Altersgutschriften der Versicherten und die Sparbeiträge des Arbeitgebers werden dann so festgesetzt, dass das Leistungsziel bei einer jährlichen Lohnteuerung von 2,5 Prozent erreicht wird. Steigt die massgebende Teuerung auf mindestens 3,25 Prozent, so kommen ab dem Folgejahr wieder die ordentlichen Beitragssätze gemäss Art. 19 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 26 Abs. 2 der Statuten zur Anwendung (Art. 11bis Abs. 3 der Vollziehungsverordnung).
c) Die Finanzierung der Einrichtungen der beruflichen Vorsorge erfolgt grundsätzlich im Kapitaldeckungsverfahren (Art. 65 ff. BVG). Dies bedeutet, dass die laufenden und die künftigen (anwartschaftlichen) Renten jederzeit durch ein angespartes Vorsorgekapital gedeckt sein müssen; von dieser Regel kann allerdings bei Vorsorgeeinrichtungen öffentlich-rechtlicher Körperschaften unter Umständen abgewichen werden (vgl. Art. 69 Abs. 2 BVG). Die Einnahmen der Vorsorgeeinrichtungen setzen sich namentlich aus den Beiträgen der Arbeitgeber und der Arbeitnehmer sowie aus den Vermögenserträgen auf dem angesparten Kapital zusammen; das Kapitaldeckungsverfahren führt zu erheblicher Vermögensbildung mit entsprechenden Erträgen. Die Vorsorgeeinrichtungen sind deshalb gesetzlich unter anderem verpflichtet, ihr Vermögen so zu verwalten, dass ein genügender Ertrag der Anlagen erwirtschaftet wird (Art. 71 Abs. 1 BVG; zu den Anlagevorschriften vgl. Art. 49 ff. der Verordnung vom 18. April 1984 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge [BVV 2; SR 831. 441.1]). Die versicherungstechnischen Berechnungen berücksichtigen die Vermögenserträge als wichtige Finanzierungsgrösse (Carl Helbling, Personalvorsorge und BVG, 7. Auflage, Bern 2000, S. 160), wobei deren Umfang allerdings schwer prognostizierbar ist, da sie von den Marktkräften abhängig sind.
d) In den 90er Jahren erhöhte sich der Deckungsgrad der Pensionskasse der Stadt Zürich sukzessive bis auf rund 150 Prozent. Mit der streitigen Statutenänderung wurde bezweckt, eine befristete Reduktion der Beiträge zu ermöglichen, wenn anhaltend derart hohe Vermögenserträge anfallen, dass keine weiteren Mittel für Vorsorgezwecke benötigt werden.
Wie sich aus den revidierten Bestimmungen ergibt (vgl.
lit. B), ist sowohl die Bildung der freien Reserve, welche allenfalls für eine Beitragsreduktion eingesetzt werden kann, wie auch deren tatsächliche entsprechende Verwendung subsidiär zur Äufnung aller anderen Arten von Reserven; dies soll Gewähr dafür bieten, dass effektiv nur überschüssige Mittel für eine Beitragsreduktion dienen: Freie Reserven entstehen erst dann, wenn die dem Vorsorgekapital zuzurechnenden Bewertungsreserven und technischen Reserven geäufnet sind. Zudem muss die freie Reserve zunächst zur Wiederäufnung der genannten Reserven verwendet werden, bevor eine Beitragsreduktion überhaupt (fallweise für ein Jahr) in Betracht fällt.
3.- a) Die Beschwerdeführerin erachtet ein solches Finanzierungssystem für rechtswidrig; es verstosse gegen die elementaren Grundsätze der Zweckgebundenheit der Vorsorgemittel und die Gleichbehandlung der Versicherten. Zwar sei nichts dagegen einzuwenden, dass zusätzlich zur Bewertungsreserve und der technischen Reserve eine freie Reserve geschaffen werde. Diese Mittel dürften jedoch nur den Versicherten zukommen, und zwar in rechtsgleicher Weise den Pensionierten und den aktiven Versicherten. Nichts einzuwenden wäre an sich gegen eine Herabsetzung der Arbeitgeber- und Arbeitnehmerbeiträge auf dem Weg einer Statutenänderung.
Vorliegend seien indessen die Statutenbestimmungen, welche die Höhe der Beiträge der Versicherten und des Arbeitgebers festlegten, unverändert geblieben (Art. 25 Abs. 1 und 2, Art. 26 Abs. 1 und 2). In der Finanzierung von Arbeitgeber- und Arbeitnehmerbeiträgen aus dem Vermögen der Pensionskasse liege eine unzulässige Zweckentfremdung von Vorsorgemitteln.
b) Es ist zunächst davon auszugehen, dass - in Übereinstimmung mit dem Standpunkt der Beschwerdeführerin - eine Herabsetzung der Beiträge nur mittels einer Statutenänderung erfolgen kann. Vorliegend machte dies, weil es sich bei der Pensionskasse der Stadt Zürich um eine öffentlichrechtliche Vorsorgeeinrichtung handelt, einen Beschluss des Gemeinderats erforderlich. Gerade diese Statutenänderung ist hier auf ihre Rechtmässigkeit zu überprüfen. Die Beschwerdeführerin geht allerdings fehl, wenn sie meint, die Höhe der statutengemässen Beiträge sei unverändert beibehalten worden.
In Art. 23 Abs. 5 wurde vielmehr die Grundlage dafür geschaffen, die Beiträge nach Massgabe der finanziellen Lage der Pensionskasse jeweils für ein Jahr herabzusetzen. Dies, ohne dass sich zugleich auch die Altersgutschriften vermindern würden, was die Folge einer Reduktion der Beitragssätze von Art. 25 und 26 der Statuten wäre, wie sie die Beschwerdeführerin vorschlägt: Weil die Altersgutschriften der Summe der persönlichen Sparbeiträge des Versicherten und der Sparbeiträge des Arbeitgebers entsprechen (Art. 19 Abs. 2 der Statuten), würden sie gleichsam mit diesen zusammen reduziert, was nicht im Interesse der Versicherten liegen kann.
Denkbar wäre es allenfalls, Sparbeiträge und Altersgutschriften zu entkoppeln und nur Erstere zu senken, während die Altersgutschriften auf der bisherigen Höhe belassen würden. Ein solches System würde aber offensichtlich weit weniger Gewähr dafür bieten, dass die Vorsorgezwecke eingehalten werden können. Diesfalls würden nämlich der Beitragsberechnung dauerhaft höhere Vermögenserträge zugrundegelegt, während nach der streitigen Statutenänderung erst und nur für so lange eine Beitragsentlastung erfolgen darf, als einerseits höhere Vermögenserträge nachhaltig realisiert wurden und andererseits gewährleistet bleibt, dass der resultierende Einnahmenausfall die finanzielle Sicherheit der Pensionskasse nicht gefährden kann (vgl. E. 2d).
c) Die Beschwerdeführerin bezieht sich auf <ref-law>. Danach muss der Arbeitgeber, wenn der Arbeitnehmer Beiträge an eine Personalvorsorgeeinrichtung zu leisten hat, zur gleichen Zeit mindestens gleich hohe Beiträge wie die gesamten Beiträge aller Arbeitnehmer entrichten; er erbringt seine Beiträge aus eigenen Mitteln oder aus Beitragsreserven der Vorsorgeeinrichtung, die von ihm vorgängig hiefür geäufnet worden und gesondert ausgewiesen sind. Die Beschwerdeführerin räumt allerdings selber ein, dass diese Bestimmung auf öffentlichrechtliche Vorsorgeeinrichtungen nicht anwendbar ist (vgl. <ref-law>). Was die Parität der Beiträge betrifft, ergibt sich derselbe Grundsatz aus Art. 66 Abs. 1 BVG, der seinerseits auch für öffentlichrechtliche Vorsorgeeinrichtungen Geltung hat (jedenfalls, was die obligatorische Vorsorge betrifft; vgl. Art. 49 Abs. 2 BVG). Hier ist aber die Parität ohnehin unproblematisch, da die Beiträge des Arbeitgebers weit höher sind als jene der Arbeitnehmer.
Der zweite Halbsatz von <ref-law> ermöglicht dem privaten Arbeitgeber, seine Beiträge nicht nur aus eigenen Mitteln, sondern auch aus von ihm vorgängig geäufneten (und gesondert ausgewiesenen) Beitragsreserven der Vorsorgeeinrichtung zu erbringen. Damit besteht für ihn die Möglichkeit, mit Rücksicht auf Schwankungen des Geschäftsgangs Beiträge auf Vorrat zu leisten, welche zu gegebener Zeit zur Erfüllung der reglementarischen Verpflichtungen eingesetzt werden können. Zugleich unterbindet <ref-law> (in der Fassung vom 25. Juni 1982) die nach dem früheren Recht zulässige Entrichtung der Arbeitgeberbeiträge aus Stiftungsmitteln (<ref-ruling> E. 4 - 7 S. 240 ff.; <ref-ruling> E. 5 S. 172 ff.); diese vor Erlass des Bundesgesetzes über die berufliche Vorsorge gängige Praxis wurde unterbunden, weil die eingesetzten Mittel häufig nicht ausschliesslich aus freiwilligen Arbeitgeberbeiträgen stammten, sondern durch Beiträge der Arbeitnehmer mitfinanziert waren (Jürg Brühwiler, Die betriebliche Personalvorsorge in der Schweiz, Bern 1989, S. 308 u. S. 123; Hans Michael Riemer, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, Bern 1985, § 5 N 32).
Vom in <ref-law> enthaltenen Gebot, die Beiträge des Arbeitgebers aus dessen eigenen Mitteln zu finanzieren, darf nicht zuungunsten des Arbeitnehmers abgewichen werden (<ref-law>). Bei Kassen, die auf dem Leistungsprimat basieren, wird eine temporäre Beitragsreduktion zu Lasten der freien Mittel unter gewissen Voraussetzungen als zulässig erachtet, weil Beitragsänderungen keinen Einfluss auf die Höhe der Ansprüche haben.
Wenn die Vorsorgeleistungen garantiert und alle erforderlichen Reserven - auch jene für die Indexierung der Renten - gebildet sind, kann eine (paritätische) Beitragsreduktion zu Lasten der freien Mittel durchaus auch im Interesse der Arbeitnehmer liegen; Art. 331 Abs. 3 bzw.
<ref-law> werden deshalb nicht verletzt (Jacques-André Schneider, A-propos des normes comptables IAS 19 et FER/RPC 16 et de la professionnelle suisse, Rz 95 ff., www. bsv.admin. ch/blind/bv/projekte/f/Schneider_def. pdf).
Anders verhält es sich grundsätzlich bei Vorsorgeeinrichtungen mit Beitragsprimat: Dies, weil die Vorsorgeleistungen nicht im Voraus (in Funktion des letzten Gehalts) garantiert sind, sondern die Versicherten das Risiko tragen, dass ihr Anspruch im Zeitpunkt des Rentenbezugs dem Vorsorgeziel entspricht. Daraus wird gefolgert, dass die freien Mittel der Pensionskasse in jedem Fall für Leistungsverbesserungen einzusetzen sind und es kaum im Interesse der Arbeitnehmer liegen kann, sie für die Reduktion von Beiträgen zu verwenden (Schneider, a.a.O., Rz 99 f.). Da es sich vorliegend aber um eine öffentlichrechtliche Vorsorgeeinrichtung handelt, sind die Schranken von <ref-law> nicht massgebend (Schneider, a.a.O., Rz 101), weshalb nicht weiter darauf einzugehen ist.
d) Nicht stichhaltig ist auch der Einwand der Beschwerdeführerin, der Grundsatz der Zweckgebundenheit der Vorsorgemittel werde verletzt, wenn Beitragsreduktionen zu Lasten der freien Mittel vorgenommen würden: Vorliegend wird lediglich auf den Zufluss weiterer Mittel verzichtet, weil und so lange solche zu Vorsorgezwecken nicht benötigt werden.
Nachdem zunächst alle erdenklichen Reserven geäufnet sein müssen, bevor - für einzelne Jahre - auf Beitragszahlungen verzichtet wird, ist zudem ausreichend sichergestellt, dass das formulierte Leistungsziel durch den Verzicht auf Beiträge nicht gefährdet wird. Es trifft nach dem Gesagten nicht zu, dass Vorsorgemittel ihrem Zwecke entfremdet würden.
e) Schliesslich sieht die Beschwerdeführerin den Grundsatz der Gleichbehandlung der Versicherten als verletzt an, weil vom Verzicht auf Beitragszahlungen lediglich die effektiv beitragspflichtigen aktiven Versicherten profitieren könnten. Sie übersieht dabei, dass nur dann auf Beiträge verzichtet werden kann, wenn - wie bereits mehrfach erwähnt wurde - sämtliche Reserven geäufnet sind (vgl. Helbling, a.a.O., S. 183). Bevor die Beitragserhebung ausgesetzt werden kann, muss also auch die technische Reserve ausreichend dotiert sein, welche insbesondere den Pensionsberechtigten zu Gute kommt (Art. 23 Abs. 4 der Statuten); sie wird unter anderem eingesetzt, um die Teuerungszulagen auf den Pensionen zu finanzieren, und dient damit der Erreichung des Leistungsziels bei teuerungsbedingter Entwertung der nominellen Altersleistung. Ein Verzicht auf Beitragszahlungen kommt mithin erst in Frage, wenn sowohl das Vorsorgeziel der aktiven Versicherten wie auch jenes der Pensionierten gesichert ist und an der Akkumulation von weiteren Mitteln kein Interesse besteht. Es ist deshalb auch unter dem Blickwinkel der Gleichbehandlung nicht zu beanstanden, wenn von den aktiven Versicherten vorübergehend keine (überflüssigen) Beiträge mehr einverlangt werden, welche einzig zu einer (weiteren) Überkapitalisierung der Pensionskasse führen würden. Dies jedenfalls solange, als die Pensionsberechtigten auch über die blosse Werterhaltung ihrer Altersleistung hinaus von der guten Finanzlage der Vorsorgeeinrichtung profitieren können, wie es gemäss den schlüssigen Ausführungen des Stadtrats von Zürich zur Zeit der Fall ist. Schliesslich weist der Stadtrat zu Recht darauf hin, dass eine Überkapitalisierung der Vorsorgeeinrichtung unter dem Gesichtswinkel der Gleichbehandlung darum problematisch erscheint, weil die Interessen jener Versicherten beeinträchtigt werden, welche vor Eintritt des Versicherungsfalls ausscheiden: Sie erhalten lediglich die Freizügigkeitsleistung ausbezahlt, ohne am Überschuss zu partizipieren, der auch mit ihren Beiträgen erwirtschaftet worden ist.
4.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich demnach als unbegründet und ist abzuweisen.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 7'500.- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt Zürich (Pensionskasse der Stadt Zürich), dem Amt für berufliche Vorsorge des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge sowie dem Eidgenössischen Departement des Innern (Bundesamt für Sozialversicherung) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 26. November 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: