Sachverhalt:
A. Am 3. März 2008 verurteilte das Bundesstrafgericht den von Rechtsanwalt X._ amtlich verteidigten Y._ wegen Drogenhandels zu einer Freiheitsstrafe von 2 Jahren und 5 Monaten. In Dispositiv-Ziffer II. 7 sprach es Rechtsanwalt X._ für die amtliche Verteidigung eine Entschädigung von 52'377.90 Franken zu.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt Rechtsanwalt X._, Dispositiv-Ziffer II. 7 dieses Entscheids aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, ihn für die amtliche Verteidigung von Y._ mit 63'123.85 Franken zu entschädigen oder die Sache eventuell an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Anweisung, sein Honorar unter Beachtung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör neu festzusetzen.
C. Das Bundesstrafgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde sei wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs teilweise gutzuheissen, die Anwaltsentschädigung sei vom Bundesgericht nach eigenem Ermessen festzusetzen oder die Sache sei eventualiter zu diesem Zweck ans Bundsstrafgericht zurückzuweisen. In der Sache sei die Beschwerde unbegründet, die Anwaltsentschädigung sei nach sachlichen Kriterien festgesetzt worden.
In seiner unaufgefordert eingereichten Vernehmlassungsantwort hält Rechtsanwalt X._ an seiner Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Das Hauptverfahren - das Strafverfahren gegen den Mandanten des Beschwerdeführers - ist eine Strafsache im Sinn von <ref-law>. Die Kosten für die amtliche Vertretung sind untrennbar mit dem Strafverfahren verbunden und wurden mit der Hauptsache beurteilt. Die Rügen gegen ihre Festsetzung durch das Bundesstrafgericht sind dementsprechend mit Beschwerde in Strafsachen zu erheben (Entscheid des Bundesgerichts 6B_300/2007 vom 30. November 2007, E. 1.1).
2. 2.1 Der amtliche Anwalt erfüllt eine staatliche Aufgabe, welche vom einschlägigen Verfahrensrecht - hier dem Bundesgesetz über die Bundesstrafrechtspflege (BStP; SR 312.0) - geregelt wird. Mit seiner Einsetzung entsteht zwischen ihm und dem Staat ein besonderes Rechtsverhältnis. Gestützt darauf hat der Anwalt eine öffentlich-rechtliche Forderung gegen den Staat auf Entschädigung im Rahmen der anwendbaren Bestimmungen (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 3a betreffend kantonale Strafverfahren).
2.2 Auch wenn die Entschädigung des Beschwerdeführers vom Bundesrecht geregelt wird und damit grundsätzlich frei zu prüfen ist, überprüft das Bundesgericht deren Bemessung nur mit Zurückhaltung. Als erstinstanzliches Sachgericht ist das Bundesstrafgericht am besten in der Lage, die Angemessenheit der anwaltlichen Bemühungen zu beurteilen, weshalb ihm ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht. In Fällen, in denen es den vom Anwalt in Rechnung gestellten Arbeitsaufwand als übersetzt bezeichnet und entsprechend kürzt, schreitet das Bundesgericht nur ein, wenn es Bemühungen nicht honoriert hat, die zu den Obliegenheiten eines amtlichen Verteidigers gehören und die Entschädigung nicht in einem vernünftigen Verhältnis zu den vom Anwalt geleisteten Diensten steht (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 2b, d betreffend die Entschädigung des amtlichen Verteidigers im kantonalen Verfahren). Bei der Beurteilung der konkreten Honorarfestsetzung ist auf die Umstände des Einzelfalles abzustellen. Obwohl die Entschädigung des amtlichen Anwalts gesamthaft gesehen angemessen sein muss, darf sie tiefer angesetzt werden als bei einem privaten Rechtsanwalt (<ref-ruling> E. 7.3.4 S. 209; <ref-ruling> E. 3a). Sie ist allerdings so zu bemessen, dass es den Rechtsanwälten möglich ist, einen bescheidenen - nicht bloss symbolischen - Verdienst zu erzielen (<ref-ruling> E. 8.5 ff.).
2.3 <ref-law> verpflichtet das Bundesstrafgericht, seinen Entscheid wenigstens summarisch zu begründen. Hat der amtliche Verteidiger eine detaillierte Kostennote eingereicht, so ergibt sich aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs, dass das Bundesstrafgericht, wenn es diese nicht tel quel übernimmt, wenigstens kurz in nachvollziehbarer Weise zu begründen hat, weshalb es welche der in Rechnung gestellten Aufwandspositionen für übersetzt hält (Entscheide des Bundesgerichts 1P.594/1998 vom 6. Januar 1999, E. 3a und b; 1P.38/1998 vom 24. März 1998, E. 2b, auszugsweise in: Plädoyer 3/98 S. 60 f.; vgl. auch Entscheid 1P. 597/2000 vom 14. November 2000, E. 4 in: Pra 2001 Nr. 5 S. 31).
3. 3.1 Nach Art. 38 Abs. 1 BStP setzt das Bundesstrafgericht die Entschädigung des amtlichen Verteidigers fest. Diese umfasst das Honorar für den notwendigen und ausgewiesenen Zeitaufwand von 200 - 300 Franken pro Stunde und die notwendigen Auslagen. Reicht der Verteidiger keine Honorarrechnung ein, wird seine Entschädigung vom Gericht ermessensweise festgesetzt (Art. 2 Abs. 1 und Art. 3 des Reglements über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht, SR 173.711.31).
3.2 Der Beschwerdeführer hat mit seiner Honorarrechnung einen Zeitaufwand von 243,75 Stunden à 230 Franken, Spesen in Höhe von 2'236.85 Franken, Kopien für 107.50 Franken und Barauslagen von 258 Franken ausgewiesen, was zuzüglich der Mehrwertsteuer von 4'458.50 Franken einen Gesamtbetrag von 63'123.85 Franken ergibt.
Das Bundesstrafgericht hat dazu im angefochtenen Entscheid (E. 10.2.2 S. 43) ausgeführt, der Beschwerdeführer stelle mit 243 Stunden wesentlich mehr Arbeitszeit in Rechnung als die Verteidiger der beiden Mitangeklagten mit 130 bzw. 135 Stunden. "In Anbetracht der Tatsache, dass der Verteidiger von Y._ für denselben Zeitraum einen wesentlich höheren Arbeitsaufwand verbucht als seine beiden Kollegen und dass das Verfahren in rechtlicher und tatsächlicher Hinsicht betreffend seinen Mandanten und im Vergleich zu den beiden anderen keine aussergewöhnlichen Schwierigkeiten aufwies, ist sein Stundenaufwand angemessen zu kürzen". Gestützt auf diese Begründung kürzte es die Entschädigung für den Beschwerdeführer auf 52'377.90 Franken.
3.3 Das Bundesstrafgericht hat den Vorwurf des Beschwerdeführers, den angefochtenen Entscheid ungenügend begründet und dadurch seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt zu haben, zu Recht anerkannt. Es hat sich mit der Honorarrechnung des Beschwerdeführers nicht auseinandergesetzt, sondern pauschal festgehalten, der Aufwand sei im Verhältnis zum Aufwand seiner beiden am gleichen Prozess beteiligten Verteidigerkollegen zu hoch. Ein solcher Quervergleich kann zwar für die Beurteilung einer Honorarrechnung durchaus nützlich sein und wäre wohl auch der Ausgangspunkt für eine ermessensweise Festsetzung des Verteidigerhonorars nach Art. 3 Abs. 2 des Reglements über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht. Der Beschwerdeführer hat indessen seinen Aufwand für die Mandatsführung im Detail ausgewiesen, weshalb das Bundesstrafgericht unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> verpflichtet gewesen wäre, sich damit auseinanderzusetzen und nachvollziehbar darzulegen, welche Positionen es - beispielsweise als sachfremden oder übertriebenen Aufwand - nicht entschädigt.
3.4 Die Gutheissung einer Gehörsverweigerungsrüge führt in der Regel ohne weiteres zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids, der Verfahrensmangel kann im Rechtsmittelverfahren nur ausnahmsweise geheilt werden (zu den Voraussetzungen: <ref-ruling> E. 2.2.3; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 9; <ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 1). Ob eine Heilung vorliegend möglich wäre, kann offen bleiben, da eine reformatorische Beurteilung der Beschwerde vorliegend ohnehin ausser Betracht fällt (unten E. 5).
4. 4.1 Das Bundesstrafgericht ergänzt die mangelhafte Begründung des angefochtenen Entscheids in der Vernehmlassung wie folgt:
Dem Beschwerdeführer sei anstatt dem von ihm in der Honorarnote ausgewiesenen Aufwand von 243.75 Stunden ein solcher von 188 Stunden zugestanden worden. Damit sei berücksichtigt, dass er an mehr Einvernahmen habe teilnehmen müssen als seine Mitverteidiger, welche 130 bis 135 Stunden in Rechnung gestellt hätten. Der Beschwerdeführer habe 11 reine Gefangenenbesuche à 4 bis 5 Stunden sowie 16 Einvernahmen à 5.5 bis 13.5 Stunden, an welche sich in der Regel ein Gefangenenbesuch angeschlossen habe, zu einem Stundenansatz von 230 Franken in Rechnung gestellt. Der grosse Zeitaufwand sei teilweise durch Reisen zwischen Zürich und Bern begründet. Da die Reisezeit im Zug durchaus als produktive Arbeitszeit genützt werden könne, rechtfertige sich eine Kürzung um 55 Stunden. Weiter seien ihm, obwohl in der Honorarrechnung nicht ausgewiesen, 7 Stunden à 230 Franken für die Hauptverhandlung und 5 Stunden à 200 Franken für die Anreise nach Bellinzona vergütet worden. Sämtliche vom Beschwerdeführer geltend gemachten Spesen und Auslagen seien anerkannt worden, zusätzlich dazu 2 Mahlzeiten für die Hauptverhandlung à 25 Franken und ein Zugbillet à 176 Franken, was mit der Mehrwertsteuer von 3'699.55 Franken den Betrag von 52'377.90 Franken ergeben habe.
4.2 Der Beschwerdeführer macht in seiner unaufgefordert eingereichten Vernehmlassungsantwort geltend, das Anwaltsgeheimnis verbiete, in den stets übervollen Zügen zwischen Bern und Zürich Klientendossiers zu bearbeiten. Gegen einen reduzierten Ansatz für Zugfahrten habe er nicht grundsätzlich etwas einzuwenden, nur sei er der Auffassung, dass dies im Stundenansatz von 230 Franken bereits berücksichtigt sei. Zu beachten sei zudem, dass er sich mit seinem spanisch sprechenden Klienten ohne Dolmetscher habe verständigen können, was erhebliche Einsparungen an Zeit und Dolmetscherkosten bewirkt habe. Es sei zudem nicht korrekt, seinen beiden Mitverteidigern die Reisezeit zum Stundenansatz von 230 Franken voll zu entschädigen, bei ihm dagegen einen Einschlag vorzunehmen. Es bleibe der Eindruck, dass das Bundesstrafgericht seine im Vergleich zu denjenigen seiner Mitverteidiger fast doppelt so hohe Honorarrechnung habe kürzen wollen, obwohl dieser Unterschied sachlich gerechtfertigt sei.
4.3 Aus seiner in der Vernehmlassung nachgeschobenen Begründung ergibt sich zwar nunmehr, wie sich die dem Beschwerdeführer vom Bundesstrafgericht zugestandene Entschädigung zusammensetzt, nämlich dem von 243.75 Stunden auf 188 gekürzte Aufwand für die Untersuchung und die Vorbereitung der Hauptverhandlung (188 x 230 Franken = 43'240 Franken) sowie die Kosten und die Auslagen gemäss Honorarrechnung (2'602.35 Franken). Dazu kommt ein vom Beschwerdeführer nicht in Rechnung gestellter Zeitaufwand für die Hauptverhandlung (7 Stunden Hauptverhandlung à 230 Franken plus 5 Stunden Reise von Zürich nach Bellinzona und zurück à 200 Franken = 2'610 Franken) sowie Auslagen für Billet und Mahlzeiten (226 Franken), was mit der Mehrwertsteuer von 3'699.55 Franken die Entschädigung von 52'377.90 Franken ergibt.
4.4 Das Bundesstrafgericht rechtfertigt in der Vernehmlassung die Kürzung des anrechenbaren Aufwandes um 55 Stunden mit dem Hinweis auf die vielen, als produktive Arbeitszeit nutzbaren Zugreisen des Beschwerdeführers zwischen Zürich und Bern.
Der Beschwerdeführer machte 11 reine Gefangenenbesuche und wohnte 16 Einvernahmen bei, an die sich teilweise Gefangenenbesuche anschlossen. Das heisst, dass er 27-mal von Zürich nach Bern und zurück reiste. Da eine Fahrt im Zug zwischen diesen beiden Städten rund eine Stunde dauert, verbrachte der Beschwerdeführer in Ausübung seines Mandates somit 54 Stunden im Zug. Damit wäre die vom Bundesstrafgericht vorgenommene Kürzung ausreichend erklärt. Es ist indessen unhaltbar und widersprüchlich, die im Zug verbrachte Reisezeit gar nicht zu entschädigen.
Unhaltbar ist es, weil die Arbeitsmöglichkeiten für einen Anwalt im Zug schon wegen der fehlenden Büroinfrastruktur beschränkt sind und die erforderliche Diskretion ein effizientes Arbeiten weiter behindert, gerade auch auf der zu den Hauptverkehrszeiten notorisch stark frequentierten Strecke zwischen Bern und Zürich. Es erscheint daher wohl zulässig, die Reisezeit im Zug zu einem reduzierten Ansatz zu entschädigen. Sie vollständig vom verrechenbaren Aufwand auszuschliessen, lässt sich indessen sachlich nicht vertreten. Dies wäre zudem widersprüchlich, vergütet das Bundesstrafgericht doch dem Beschwerdeführer für die Reise zur Hauptverhandlung in Bellinzona 5 Stunden à 200 Franken, und es hat, jedenfalls nach den Ausführungen des Beschwerdeführers in seiner Vernehmlassungsantwort, bei seinen Mitverteidigern die ganze Reisezeit zum vollen Tarif von 230 Franken entschädigt.
Zusammenfassend ergibt sich, dass ein angemessener Einschlag bei der Entschädigung der Reisezeit die vom Bundesstrafgericht vorgenommene Kürzung des geltend gemachten Aufwands um 55 Stunden nicht schlüssig erklären kann, womit auch die in der Vernehmlassung nachgeschobene Begründung den verfassungsrechtlichen Anforderungen nicht genügt.
5. Die Beschwerde ist somit wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs gutzuheissen und der angefochtene Entscheid in diesem Punkt aufzuheben. Eine direkte Festsetzung der Parteientschädigung für das erstinstanzliche Verfahren, wie sie das Bundesstrafgericht zulässigerweise (<ref-law>) beantragt, fällt ausser Betracht, da das Bundesgericht nicht in der Lage ist, die Angemessenheit der Forderung des Beschwerdeführers zu überprüfen. Die Sache ist an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird dem Beschwerdeführer eine angemessene Entschädigung zuzusprechen und deren Festsetzung in einer den Anforderungen von <ref-law> entsprechenden Weise zu begründen haben.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Das Bundesstrafgericht hat dem in eigener Sache um sein Honorar als amtlicher Anwalt streitenden Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zudem eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5b).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, Dispositiv Ziffer II. 7 des angefochtenen Entscheids des Bundesstrafgerichts vom 3. März 2008 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Das Bundesstrafgericht hat Rechtsanwalt X._ für das bundesgerichtliche Verfahren mit 2'000 Franken zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi