Sachverhalt:
A. Der 2002 geborene Z._ leidet an einem Geburtsgebrechen (Strabismus concomitans monolateralis rechts, Ziffer 427 GgV-Anhang). Die Invalidenversicherung übernahm in diesem Zusammenhang verschiedene Massnahmen. Im November 2006 stellten die Eltern von Z._ das Gesuch um Übernahme der Behandlung des Geburtsgebrechens im optologischen Zentrum X._. Nach Erlass des ablehnenden Vorbescheids vom 2. Februar 2007 nahm die IV-Stelle Luzern die Einwände von Z._ vom 5. März 2007 anlässlich einer Anhörung entgegen und lehnte den Anspruch auf Übernahme dieser Therapie mit Verfügung vom 15. März 2007 ab.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 2. April 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlichen-rechtlichen Angelegenheiten lässt Z._ beantragen, der vorinstanzliche Entscheid sei im Kostenpunkt aufzuheben und die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, ihm zufolge Gehörsverletzung eine Parteikostenentschädigung von mindestens Fr. 6'449.05 zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen und diese sei zu verpflichten, die Parteikostenentschädigung festzusetzen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsver
letzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>; ohne Beschwerden gemäss <ref-law> und <ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist auf Grund der Vorbringen in der Beschwerde an das Bundesgericht (<ref-law>) nur zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (unter anderem) Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>). Hiezu gehört insbesondere auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen und die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (Urteile 9C_534/2007 vom 27. Mai 2008, E. 1 mit Hinweis auf Ulrich Meyer, N 58-61 zu Art. 105, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008; Seiler/von Werdt/ Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N 24 zu Art. 97).
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann unter Berücksichtigung der den Parteien obliegenden Begründungs- resp. Rügepflicht eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4.1 und 1.4.2 S. 254; Urteile 9C_867/2008 vom 6. April 2009 E. 3 und 9C_562/2008 vom 3. November 2008 E. 1).
2. Nicht mehr streitig ist, dass der Versicherte keinen Anspruch auf Übernahme der optologischen Therapie durch die IV hat. In Frage steht nurmehr, ob der Beschwerdeführer trotz Unterliegens im vorinstanzlichen Verfahren Anspruch auf eine Parteientschädigung hat, weil wie der Beschwerdeführer rügt, die IV-Stelle seinen Gehörsanspruch im Rahmen ihrer Begründungspflicht verletzt hat.
Der Beschwerdeführer macht eine Gehörsverletzung geltend, weil die IV-Stelle weder im Vorbescheid noch in der Verfügung und auch nicht anlässlich der Anhörung vom 5. März 2007 dargelegt habe, weshalb die optologische Therapie nicht wissenschaftlich anerkannt sei. Die entsprechenden Abklärungen seien erst im Beschwerdeverfahren vorgenommen worden, was nicht zulässig sei. Zwar mache es aus prozessökonomischen Gründen keinen Sinn, die angefochtene Verfügung in materieller Hinsicht nochmals zu überprüfen, weshalb von einer Heilung der Gehörsverletzung auszugehen sei. Da er aber gezwungen worden sei, den Beschwerdeweg einzuschlagen (Durchführung eines dreifachen Schriftenwechsels), habe er trotz Unterliegens Anspruch auf eine Parteientschädigung.
Die Vorinstanz hat eine Gehörsverletzung ebenso wie eine solche des Untersuchungsgrundsatzes durch die IV-Stelle verneint, gleichzeitig aber auch für den Fall, dass eine Gehörsverletzung anzunehmen wäre, einen allfälligen Mangel angesichts der Rechtsschriften sowie der nachfolgenden Eingabe der IV-Stelle als geheilt betrachtet. Einen Anspruch auf Parteientschädigung wies das kantonale Gericht unter Verweis auf den Ausgang des Verfahrens ab, ohne jedoch zu begründen, weshalb auch ausnahmsweise keine Kostenüberbindung an die obsiegende Beschwerdegegnerin vorzunehmen sei, obwohl der Beschwerdeführer einen entsprechenden Antrag gestellt hatte.
3. 3.1 Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Das rechtliche Gehör dient einerseits der Sachaufklärung, andererseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung einer Person eingreift. Dazu gehört insbesondere deren Recht, sich vor Erlass des in ihre Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 370 mit Hinweisen).
Nach <ref-law> sind Verfügungen zu begründen, wenn sie den Begehren der Parteien nicht voll entsprechen. Die Begründungspflicht soll verhindern, dass sich die Behörde von unsachlichen Motiven leiten lässt, und die betroffene Person in die Lage versetzen, die Verfügung gegebenenfalls sachgerecht anzufechten. Dies ist jedoch nur möglich, wenn sowohl sie wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheides ein Bild machen können. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf welche sie ihre Verfügung stützt (<ref-ruling> E. 1a mit Hinweisen). Das Recht, angehört zu werden, ist formeller Natur. Die Verletzung des rechtlichen Gehörs führt ungeachtet der Erfolgsaussichten der Beschwerde in der Sache selbst zur Aufhebung der angefochtenen Verfügung. Es kommt mit anderen Worten nicht darauf an, ob die Anhörung im konkreten Fall für den Ausgang der materiellen Streitentscheidung von Bedeutung ist, d.h. die Behörde zu einer Änderung ihres Entscheids veranlasst wird oder nicht (<ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung kann eine - nicht besonders schwerwiegende - Verletzung des rechtlichen Gehörs als geheilt gelten, wenn der Betroffene die Möglichkeit erhält, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie die Rechtslage frei überprüfen kann. Die Heilung eines - allfälligen - Mangels soll aber die Ausnahme bleiben (<ref-ruling> E. 4a mit Hinweisen).
Nach <ref-law> prüft der Versicherungsträger die Begehren, nimmt die notwendigen Abklärungen von Amtes wegen vor und holt die erforderlichen Auskünfte ein. Die Verwaltung darf die für die Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts notwendigen Abklärungen nicht in das Einspracheverfahren verschieben (vgl. ZAK 1987 S. 298). Dieses verlöre sonst weitgehend seinen Sinn und Zweck, letztlich die Gerichte zu entlasten (<ref-ruling>; <ref-ruling> Erw. 1c und SVR 2005 AHV Nr. 9 S. 31 Erw. 1.3.1).
3.2 Im Vorbescheid vom 2. Februar 2007 gab die IV-Stelle zur Begründung der Abweisung des Leistungsbegehrens an, die optologische Therapie sei keine wissenschaftlich anerkannte Therapie, ohne dabei auf Abklärungsergebnisse oder Fundstellen in der Literatur zu verweisen. Im Protokoll des Anhörungsverfahrens wurden lediglich die mündlichen Einwände des Beschwerdeführers protokolliert und unter "Verschiedenes" angegeben: "Namen von Kindern, die von der IV unterstützt werden, werden von S._ angegeben bis 9.3.06". Eine Begründung des Vorbescheids fehlt, wobei eine solche Begründung im Rahmen des Anhörungsprotokolls auch nicht dem Zweck des Anhörungsverfahrens nach <ref-law> entspricht. Wie aus den Feststellungsblättern der IV-Stelle hervorgeht, gab die Mutter des Versicherten am 6. März 2007 der IV-Stelle eine Internetseite mit Studien zur optologischen Therapie an, wobei sie festhielt, die Namen der Kinder, für welche seitens anderer IV-Stellen Kostengutsprachen bestünden, könnten aus Datenschutzgründen nicht bekannt gegeben werden. Daraufhin erfolgte am 8. März 2007 eine Stellungnahme des RAD, wonach beim RAD B._ eine Kostengutsprache für eine optologische Therapie nicht bekannt sei; auch für diese sei die Therapie nicht wissenschaftlich anerkannt. Am 15. März 2007 erliess die IV-Stelle die abweisende Verfügung und wiederholte dabei, dass die optologische Therapie keine wissenschaftlich anerkannte Therapie sei, ohne dies weiter zu begründen. Am 10. und 30. April 2007 gab der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers der IV-Stelle verschiedene massgebende Internetseiten an und sandte ihr zwei verschiedene Berichte. Ebenfalls am 30. April 2007 erfolgte eine weitere Stellungnahme des RAD, in welcher sich dieser mit den eingereichten Internet-Artikeln unter anderem über verschiedene Studien auseinandersetzte. Mit der Beschwerde vom 2. Mai 2007 liess der Beschwerdeführer ebenfalls diverse Artikel aus dem Internet zur optologischen Therapie und zur Behandlung von Strabismus ins Recht legen. Eine weitere Stellungnahme des RAD unter Bezugnahme auf die vom Beschwerdeführer eingereichten medizinischen Unterlagen erfolgte am 5. Juli 2007 mit der Schlussfolgerung, es gebe weder eine Studie noch einen einzigen Fallbericht von Kindern mit einem Strabismus concomitans monolateralis. Schliesslich ist den Feststellungsblättern der IV-Stelle eine letzte Stellungnahme des RAD vom 4. September 2007 zu entnehmen, worin unter anderem das Vorgehen des RAD bei medizinischen Nachfragen erläutert wird.
Aus dieser Chronologie erhellt, dass eine Begründung dafür, weshalb die IV-Stelle die optologische Therapie als nicht wissenschaftlich anerkannt erachtete, bis zur Einreichung der Beschwerde fehlte. Wie der Beschwerdeführer zu Recht einwendet, führte der RAD jedenfalls bis zu diesem Zeitpunkt auch keine eigenen Abklärungen durch, sondern lehnte einen Anspruch nur mit der Begründung ab, die vom Versicherten eingereichten Dokumente und Studien seien nicht massgeblich. Zwar lassen sich Inhalt und Dichte einer rechtsgenüglichen Begründung nicht allgemein bestimmen, sondern nur in Relation zur konkreten materiell-, beweis- und verfahrensrechtlichen Lage (SVR 2006 IV Nr. 27 S. 92, I 3/05, E. 2 und 3). Zweck der Begründungspflicht ist jedoch, sicherzustellen, dass der Betroffene die Verfügung sachgerecht anfechten kann. Er soll wissen, in welche Richtung er überhaupt zielen muss. Zwar wusste der Beschwerdeführer, dass die IV-Stelle die Therapie als nicht wissenschaftlich anerkannt erachtete, die Gründe dafür mit Hinweisen über getätigte Abklärungen oder Fundstellen in der Literatur waren ihm jedoch nicht bekannt. Dies erlaubte dem Beschwerdeführer nicht, das Argument der fehlenden Wissenschaftlichkeit substantiert zu widerlegen. Vielmehr war er gezwungen, selbst Dokumente zu liefern, die eine Wissenschaftlichkeit der fraglichen Therapie belegen. Eine solche Begründung, welche - erst im Rahmen des Beschwerdeverfahrens - nur die vom Beschwerdeführer eingereichten Unterlagen widerlegt, ist mit Blick auf die im Verwaltungsverfahren der Invalidenversicherung geltende Offizialmaxime bzw. den Untersuchungsgrundsatz, wonach die Behörde gehalten ist, an der Ermittlung des rechtserheblichen Sachverhaltes mitzuwirken (<ref-ruling> E. 3.2 und E. 3.3 S. 183 f. mit Hinweisen), nicht statthaft. Dass die eigenen Abklärungen der IV-Stelle ungenügend waren, erhellt schliesslich auch aus der Tatsache, dass die Vorinstanz zur Frage der Wissenschaftlichkeit und Wirksamkeit der optologischen Therapie eine detaillierte Stellungnahme des Bundesamtes für Sozialversicherungen anforderte.
3.3 Damit liegt eine Verletzung der Begründungspflicht vor, die jedoch nicht als derart schwerwiegender Mangel bezeichnet werden kann, dass eine Heilung angesichts der vollen Kognition des kantonalen Gerichts im nachfolgenden Beschwerdeverfahren (<ref-law>) nicht angenommen werden könnte, zumal der Versicherte selbst keine Rückweisung an die IV-Stelle, sondern lediglich die Entschädigung der Parteikosten fordert.
Trotz Unterliegens der versicherten Person in der Sache kann ihr eine Parteientschädigung zugesprochen werden, soweit die Beschwerdegegnerin die Kosten verursacht hat. Dieser allgemeine Rechtsgrundsatz, wonach jene Partei für die Kosten des Verfahrens aufzukommen hat, welche es verursacht hat, gelangt auch bei der Verletzung des rechtlichen Gehörs zur Anwendung (<ref-ruling>; SVR 2003 AlV Nr. 2 S. 5 E. 1d). Massgebend für die Kostenfolgen ist, dass der Partei nicht Kosten entstehen, die ihr ohne die Gehörsverletzung nicht entstanden wären (<ref-ruling>, Urteil I 329/2005). Dadurch, dass der Beschwerdeführer gezwungen war, Beschwerde zu erheben, um zu einer (nachträglichen) rechtsgenüglichen Begründung der Verfügung zu gelangen, sind ihm somit durch die Gehörsverletzung Mehrkosten entstanden. Die IV-Stelle hat das Verfahren verursacht, da davon ausgegangen werden kann, dass der Versicherte die Verfügung mit einer rechtsgenüglichen Begründung nicht angefochten hätte. Er hat denn auch den vorinstanzlichen Entscheid vor Bundesgericht nur noch in formeller Hinsicht angefochten. Es ist ihm deshalb für das vorinstanzliche Verfahren zu Lasten der IV-Stelle eine Parteientschädigung zuzusprechen.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 2. April 2009 wird aufgehoben, soweit dem Beschwerdeführer damit Kosten auferlegt und eine Parteientschädigung verweigert wurde.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 18. März 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Helfenstein Franke