Faits:
A. A.a Le 22 juillet 1991, la Banque Hypothécaire du canton de Genève a accordé à Y._ et A._ une ligne de crédit de 1'000'000 fr. avec un taux d'intérêts de 8,5% l'an variable en fonction du marché. Ce prêt était garanti notamment par le nantissement d'une cédule hypothécaire au porteur au nominal de 1'000'000 fr. grevant en premier rang, avec un taux maximum inscrit au registre foncier de 12%, les immeubles n° xxx, xxxx et xxxx, plan 8, de la commune de B._, propriété de Y._.
C._, ancienne propriétaire des immeubles précités, avait obtenu une hypothèque légale de vendeur, inscrite en 2e rang.
A.b Le 13 avril 1993, la Banque cantonale de Genève (ci-après: la BCG), successeur de la banque hypothécaire précitée, a introduit contre Y._ une poursuite en réalisation de gage immobilier pour le montant de 1'000'000 fr. avec intérêts à 10%, assortie d'une requête de gérance légale (art. 91 ss ORFI). Cette poursuite a été frappée d'opposition.
Le 15 octobre 1993, C._ a également formé contre Y._ une poursuite en réalisation de gage immobilier pour le montant de 105'000 fr., sous déduction de 22'000 fr. Le poursuivi a retiré son opposition faite à cette poursuite.
Le 21 avril 1994, l'Office des poursuites de Genève a informé la BCG qu'il avait révoqué la mesure d'encaissement des loyers en ce qui la concernait, puisqu'elle n'avait pas répondu à un avis la sommant de requérir la mainlevée de l'opposition au commandement de payer.
A.c Le 17 mars 1994, Y._ a obtenu un sursis concordataire. La BCG a produit une créance de 1'291'951 fr. 25 (valeur au 1er avril 1994; taux d'intérêt de 6,25%). C._ a produit une créance de 83'000 fr.
Le 13 octobre 1994, le Tribunal de première instance du canton de Genève a homologué le concordat par abandon d'actif proposé par Y._ à ses créanciers, par lequel il leur faisait abandon de ses actifs immobiliers et de l'intégralité de ses honoraires d'architecte portant sur de nouveaux mandats pour solde de tout compte. La liquidation a été confiée à Me D._ et à M. E._, régisseur, sous la surveillance d'une commission des créanciers (ci-après: les liquidateurs).
Le dépôt de l'état de collocation et du tableau de distribution provisoire du concordat par abandon d'actif a été publié le 7 décembre 1994, puis, avec des compléments, le 3 avril 1995, avec mention du délai de 10 jours pour intenter l'action en contestation de l'état de collocation. La créance de la BCG y a été admise comme créance garantie par gage mobilier et colloquée à hauteur de 1'288'811 fr. 20 (état au 17 mars 1994), le taux d'intérêts retenu étant de 6,25%. Après contestation, la créance de C._ y a été admise comme créance garantie par gage immobilier à concurrence de 58'727 fr. 75.
A.d Pendant la procédure concordataire, F._ SA, créancière gagiste de 3e rang, a requis la réalisation des immeubles. Un état des charges et des conditions de vente de ceux-ci ont été déposés le 16 août 1995. La créance de la BCG y était admise au titre de créance garantie par gage immobilier à concurrence de 1'433'242 fr. 10 (capital de 1'000'000 fr. et intérêts au 5 septembre 1995 de 433'077 fr. 30) et celle de C._ à concurrence de 9'907 fr. 15 (capital de 105'000 fr. sous imputation des acomptes de l'office des poursuites et du débiteur à hauteur de 95'175 fr. 65). Faute d'offre suffisante, il n'y a pas eu d'adjudication lors de la vente aux enchères du 5 septembre 1995.
A.e Le 29 août 1997, la BCG a demandé à l'office des poursuites des renseignements sur le montant et la destination des loyers encaissés du 13 avril 1993 au 5 septembre 1995. L'office lui a répondu que la gérance légale en sa faveur avait été révoquée le 21 avril 1994, faute pour elle d'avoir requis la mainlevée de l'opposition dans les 10 jours.
Par courrier du 15 mai 2000 adressé aux liquidateurs, la BCG a dénoncé la cédule hypothécaire au remboursement pour le 30 novembre 2000, avec des intérêts arriérés au taux de 12%.
Le 20 juillet 2001, la Fondation X._ (ci-après: la Fondation) a, en qualité de cessionnaire de la BCG, revendiqué en sa faveur le revenu locatif des immeubles et requis la mise aux enchères publiques de ceux-ci, demandes qui ont été refusées par les liquidateurs. Elle a réitéré sa demande de mise aux enchères les 24 avril et 13 juin 2002.
A.f La vente aux enchères a été fixée au 22 janvier 2004. Les conditions de vente et trois états des charges, déposés le 8 janvier 2004, mentionnaient une créance de la Fondation de 1'288'811 fr. 20 en capital et de 644'047 fr. 60 en intérêts pour la période du 17 mars 1994 au 22 janvier 2004, garantie par une cédule hypothécaire au porteur en 1er rang, ainsi qu'une créance de C._, garantie par une hypothèque légale de 2e rang de 59'151 fr. 40 en capital et intérêts, réduite à 1'111 fr. 05 "au vu des produits de la gérance légale versés à Mme C._". Le 22 janvier 2004, les parcelles ont été adjugées à la Fondation qui, le 2 février 2004, a déclaré compenser jusqu'à due concurrence le prix d'adjudication de 993'946 fr. avec ses créances.
B. Le 19 janvier 2004, la Fondation a ouvert une "action en contestation de l'état de collocation et en constatation de droit de gage", concluant à la modification des états de collocation déposés le 8 janvier 2004 en ce sens que les intérêts qui lui étaient dus pour la période du 17 mars 1994 au 22 janvier 2004 se montaient à 805'059 fr. 50. Elle a demandé en outre que l'intégralité du produit de la gérance légale lui soit attribuée et qu'il soit constaté qu'aucune distribution de ce produit n'était valablement intervenue jusqu'alors.
Par jugement du 28 octobre 2004, le Tribunal de première instance a rejeté la demande. Statuant le 24 juin 2005 sur appel de la Fondation, la Cour de Justice du canton de Genève a confirmé ce jugement.
C. Contre l'arrêt de la Cour cantonale, la Fondation a interjeté, le 27 juillet 2005, un recours en réforme au Tribunal fédéral tendant principalement à l'allocation des conclusions de sa demande. A titre subsidiaire, elle restreint ses prétentions concernant le produit de la gérance légale à la période allant du 5 septembre 1995, date de la première vente aux enchères publiques qui a échoué (au lieu du 13 octobre 1994, date de l'homologation du concordat), au 22 janvier 2004.
Invités à répondre, les liquidateurs ont conclu au rejet du recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 59).
L'action en contestation de l'état de collocation selon l'art. 250 LP a pour but de déterminer si et dans quelle mesure une créance litigieuse doit participer à la liquidation de la faillite (<ref-ruling> consid. 2 b) ou, en vertu du renvoi de l'art. 321 al. 2 LP, à la liquidation du concordat.
Bien que la recourante ait ouvert une "action en contestation de l'état de collocation et en constatation de droit de gage", ses conclusions ressortissent en réalité toutes à la procédure de contestation de l'état de collocation. En effet, en tant qu'elle conteste le montant de sa créance d'intérêts pris en considération dans les états de collocation et conclut à ce qu'il soit porté de 644'047 fr. 60 à 805'059 fr. 50, son chef de conclusions relève de l'action en contestation de l'état de collocation à intenter à la masse en vertu de l'art. 250 al. 1 LP. De même, dans la mesure où elle conclut à ce qu'il soit dit et constaté que l'intégralité du produit de la gérance légale à compter de l'homologation du concordat lui revient, elle soulève la question de l'étendue des droits du créancier gagiste sur l'objet du gage (assiette du gage) au sens de l'art. 806 CC, question qui relève du droit matériel et ressortit au juge (<ref-ruling> consid. 2, 63 consid. 1 et les arrêts cités); un tel chef de conclusions tend également à la modification de l'état de collocation (ATF 41 III 224 consid. 1).
Le juge saisi d'une action en contestation de l'état de collocation tranche ainsi, selon le droit matériel, des contestations n'ayant d'effets que dans la procédure d'exécution forcée en cours. Le recours en réforme est recevable contre son jugement si les prétentions contestées relèvent du droit civil fédéral (<ref-ruling> consid. 2.2 et les références).
Le présent recours répond à cette exigence. Il a en outre été interjeté en temps utile (art. 54 al. 1 OJ) et il est dirigé contre une décision finale rendue par le tribunal suprême d'un canton (art. 48 OJ) dans une contestation dont la valeur litigieuse est supérieure à 8'000 fr. (art. 46 OJ). Il y a lieu par conséquent d'entrer en matière.
2. Saisi d'un recours en réforme, le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement sur la base des faits contenus dans la décision attaquée, à moins que des dispositions fédérales en matière de preuve n'aient été violées, qu'il n'y ait lieu de rectifier d'office des constatations reposant sur une inadvertance manifeste (art. 63 al. 2 OJ) ou de compléter les constatations de l'autorité cantonale parce que celle-ci n'a pas tenu compte de faits pertinents et régulièrement allégués (art. 64 OJ; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 2a).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il ne peut pas aller au-delà des conclusions des parties, mais il n'est lié ni par les motifs invoqués par celles-ci (art. 63 al. 1 OJ), ni par l'argumentation juridique retenue par la cour cantonale (art. 63 al. 3 OJ; <ref-ruling> consid. 2e/cc p. 29; <ref-ruling> consid. 2c p. 252 s.; <ref-ruling> consid. 2a p. 65). Il peut donc admettre un recours pour d'autres motifs que ceux invoqués par le recourant; il peut aussi rejeter un recours en opérant une substitution de motifs, c'est-à-dire en adoptant une autre argumentation juridique que celle retenue par la cour cantonale (ATF <ref-ruling> consid. 2c p. 252 s.).
I. Les loyers
3. Le litige porte tout d'abord sur la question - de droit matériel (cf. consid. 1) - de savoir si le produit des loyers accumulé à compter de l'homologation du concordat le 13 octobre 1994 - subsidiairement à partir du 5 septembre 1995 - jusqu'à la réalisation de l'immeuble le 22 janvier 2004 doit revenir à la recourante, créancière gagiste nantie d'une cédule hypothécaire au porteur grevant l'immeuble en 1er rang ou s'il doit être attribué à la créancière gagiste immobilière de 2e rang conformément à ce que prévoient les états des charges du 8 janvier 2004.
3.1 Selon l'arrêt attaqué, la Fondation, nantie d'un titre de gage du sursitaire devait être considérée comme une créancière en vertu d'un gage immobilier et donc bénéficier du privilège de l'art. 806 CC à compter de l'homologation du concordat par abandon d'actif le 13 octobre 1994. Le fait qu'elle n'avait pas donné suite à la poursuite en réalisation de gage immobilier initiée précédemment n'y changeait rien.
Toutefois, toujours selon l'arrêt attaqué, l'état de collocation du 1er décembre 1994, complété en janvier 1995 et l'état des charges du 16 août 1995 établi en vue de la première vente aux enchères publiques faisaient tous deux mention de la créance garantie par gage immobilier de la venderesse et du fait que le montant de sa créance était diminué à la suite des versements effectués par l'office des poursuites et par le débiteur. Or, aucune action en contestation de l'état de collocation n'avait été déposée par la BCG contre ces états, qui avaient par conséquent acquis force exécutoire. En outre, aucune des exceptions au principe de l'immutabilité de l'état de collocation passé en force n'était réalisée en l'espèce (violation d'une règle de procédure édictée dans l'intérêt public ou dans l'intérêt d'un nombre indéterminé de tiers; omission fautive commise par les liquidateurs); de plus, un intéressé attentif aurait pu aisément contester la décision des liquidateurs de l'époque, et ce au moins à deux reprises. Les états de collocation et les états des charges déposés le 8 janvier 2004 ne pouvaient donc pas être modifiés.
3.2 La recourante invoque la violation de l'art. 806 CC et du principe de la relativité des procédures d'exécution forcée. Bien qu'il approuve l'arrêt cantonal dans son résultat, l'intimé reproche néanmoins à la cour cantonale d'avoir violé l'art. 806 al. 1 CC sur deux points.
Il convient d'examiner en premier lieu les critiques de l'intimé.
4. Il soutient tout d'abord que la recourante, qui est nantie d'une cédule hypothécaire au porteur et est donc un créancier gagiste mobilier, ne peut invoquer l'art. 806 al. 1 CC.
4.1 Selon la jurisprudence, l'étendue du droit de gage du créancier nanti d'une cédule hypothécaire au porteur du propriétaire se détermine d'après les art. 904 et 892 CC. Dans la faillite du propriétaire de l'immeuble, ce créancier gagiste mobilier a le droit de s'en prendre directement à l'immeuble pour être désintéressé. Il a donc également le droit de prétendre aux loyers et fermages qui sont compris dans l'assiette du gage en vertu de l'art. 806 al. 1 CC (<ref-ruling> consid. 2; 41 III 224 consid. 4 p. 234). Vu les art. 76 OAOF et 126 al. 1 ORFI, il participe en effet directement à la distribution des deniers à la place du créancier gagiste immobilier (qui n'existe pas): son droit de se payer sur la réalisation des titres est converti en un droit de participer au produit de la vente de l'immeuble lui-même et il participe ainsi directement, à la place du créancier gagiste immobilier, aux loyers et fermages selon l'art 806 al. 1 CC (<ref-ruling> consid. 2 à 4).
Il doit en aller de même en cas d'homologation du concordat par abandon d'actif du propriétaire, qui, à l'instar de la faillite, est un mode d'exécution générale: dans la faillite comme dans le concordat par abandon d'actif, les loyers et fermages - à compter de la déclaration de faillite, respectivement de l'homologation du concordat, jusqu'à la réalisation - servent à couvrir toutes les créances garanties par gage immobilier (<ref-ruling> consid. 3). Ce n'est que dans la poursuite en réalisation de gage immobilier que le créancier gagiste immobilier poursuivant a un droit préférable sur les loyers et fermages (art. 114 ORFI) et, partant, un droit préférable par rapport au créancier gagiste mobilier (ATF 57 III 115; <ref-ruling> consid. 3).
Formellement, les liquidateurs doivent dresser un état de collocation conformément aux art. 244 à 251 LP applicables par analogie (art. 321 LP) et, pour chaque immeuble, un état des charges, qui fait partie intégrante de l'état de collocation (art. 247 al. 2 LP). Les créances garanties par le nantissement de titres de gage créés au nom du propriétaire lui-même seront colloquées comme garanties par gage mobilier - dans l'état de collocation -, tandis que les titres de gage donnés en nantissement seront inscrits au nombre des créances garanties par gage immobilier - dans l'état des charges - pour le montant pour lequel la créance garantie par nantissement a été colloquée, mention étant faite d'ailleurs de la collocation du gage mobilier (art. 126 al. 1 ORFI; <ref-ruling> consid. 4); si la créance garantie par gage mobilier est inférieure au montant du titre de gage immobilier qui a été donné en nantissement, la différence ne sera pas colloquée comme gage immobilier (art. 126 al. 2 ORFI). Le créancier nanti est ainsi traité comme s'il était déjà titulaire du droit de gage immobilier, mais il ne doit pas recevoir plus que sa créance garantie par nantissement (Hans Huber, Die Ansprüche der Faustpfandgläubiger von Eigentümerschuldbriefen im Konkurs des Pfandeigentümers, RNRF 60/1979 p. 329 ss, 333; P.-R. Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, n. 34 ad art. 219 LP).
4.2 C'est donc à juste titre que la cour cantonale a considéré que la recourante, nantie d'un titre de gage du sursitaire, devait être considérée comme un créancier en vertu d'un gage immobilier et qu'elle bénéficiait donc en principe de l'extension aux loyers selon l'art. 806 al. 1 CC à compter de l'homologation du concordat par abandon d'actif le 13 octobre 1994. L'intimé se méprend sur le sens des <ref-ruling> et 57 III 115, qu'il ne critique pas par ailleurs.
5. L'intimé soutient ensuite que, même si elle pouvait être considérée comme un créancier gagiste immobilier, la recourante ne pourrait bénéficier d'un privilège sur les loyers, faute de l'avoir requis par une poursuite en réalisation de gage immobilier comme l'exige, selon lui, l'art. 806 al. 1 CC.
5.1 En cas de faillite, tous les biens du failli, y compris ses immeubles grevés de droits de gage, rentrent dans la masse active dès l'ouverture de la faillite (art. 197 et 198 LP). Les fruits civils - loyers et fermages - produits par les immeubles tombent donc aussi dans la masse; ils sont perçus par l'administration de la faillite (art. 124 ORFI) et sont portés successivement dans l'inventaire sous un chapitre spécial (art. 33 OAOF; Form. 3b F). Les droits de préférence des créanciers gagistes sur l'immeuble sont toutefois réservés (art. 198 LP); leurs créances seront donc colloquées par préférence sur le produit des gages (art. 219 al. 1 LP). Le droit de préférence des créanciers gagistes doit toutefois être revendiqué ou, lorsque le droit de gage est inscrit au registre foncier, sa revendication est présumée. L'administration statue sur les droits qui ont été revendiqués ou qui sont inscrits au registre foncier et en constate l'existence, l'étendue et le rang (art. 58 OAOF; Gilliéron, op. cit., n. 10 ad art. 245 LP).
Les mêmes règles sont en principe applicables dans le concordat par abandon d'actif puisque, à l'instar de la faillite, il s'agit d'un mode d'exécution générale qui comprend, en principe, le patrimoine entier du débiteur et dans lequel les droits de gage immobiliers sont aussi liquidés (<ref-ruling> consid. 3).
5.2 Les loyers et fermages font partie de l'assiette du gage, en vertu de l'art. 806 al. 1 CC, depuis la déclaration de faillite du propriétaire de l'immeuble jusqu'au moment de la réalisation. En cas de concordat par abandon d'actif, ils en font partie à compter de l'homologation du concordat jusqu'au moment de la réalisation. Selon la jurisprudence, dans ces deux modes d'exécution générale, l'extension aux loyers et fermages intervient de par la loi et au profit de tous les créanciers gagistes - à l'exclusion des créanciers de la masse - (<ref-ruling> consid. 3 et 5). Ces fruits civils sont de fait compris dans la revendication du droit de gage lui-même. Le créancier gagiste n'a pas à requérir expressément que le gage s'étende au produit des loyers et fermages; il peut en effet partir de l'idée que le gage s'étend par le seul effet de la loi à leur produit (art. 806 al. 1 CC), sans qu'il soit besoin d'une revendication expresse (<ref-ruling> consid. 4). Ce n'est que dans la poursuite en réalisation de gage immobilier que le créancier gagiste doit expressément exiger que le gage s'étende aux loyers et fermages (art. 91 al. 1 ORFI).
Selon l'art. 96 ORFI, lorsqu'une procédure de réalisation de gage immobilier a précédé l'ouverture de la faillite du propriétaire, les loyers et fermages échus avant l'ouverture de la faillite, immobilisés par l'office des poursuites et non encore distribués aux créanciers gagistes poursuivants, rentrent certes dans la masse, mais les droits de préférence attribués à ces derniers par l'art. 806 al. 1 CC sont réservés. Il en résulte a contrario que les loyers et fermages échus après la déclaration de faillite, qui rentrent également dans la masse, profitent de par la loi à tous les créanciers gagistes immobiliers et non aux seuls créanciers gagistes poursuivants. Les mêmes règles doivent s'appliquer lorsqu'un concordat par abandon d'actif comprenant l'abandon des immeubles est homologué (Stephan Herren, Die Erstreckung der Pfandhaft auf die Miet- und Pachtzinsen nach Art. 806 ZGB, PJA 1997 p. 1211 ss, 1216-1217; cf. aussi Gilliéron, op. cit., n. 16 ad art. 323 LP; Jaeger/Walder/Kull/Kottmann, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4e éd., n.15 ad art. 323 LP).
5.3 Lorsqu'il soutient que l'art. 806 al. 1 CC impose au créancier qui veut bénéficier de la garantie des loyers d'entamer une procédure de réalisation de gage immobilier et que seul le créancier gagiste qui a déposé une réquisition de poursuite en réalisation de gage immobilier et qui s'acquitte par la suite des actes nécessaires au maintien de ce statut profite du produit des loyers, l'intimé se méprend sur le sens de cette disposition. L'art. 806 al. 1 CC envisage en effet deux hypothèses: premièrement, l'extension dans la procédure en réalisation de gage immobilier, qui présuppose qu'un créancier ait commencé cette poursuite et exige, comme le précise l'art. 91 al. 1 ORFI, que la garantie s'étende aux loyers ou fermages; deuxièmement, l'extension dans la faillite, l'ouverture de la faillite ayant pour effet de faire tomber les loyers ou fermages dans la masse (art. 197 et 198 LP, art. 33 OAOF et art. 124 ORFI). L'art. 806 al. 1 CC n'envisage expressément ni l'hypothèse du concordat (cf. Bernhard Trauffer, Commentaire bâlois, n. 18 ad art. 806 CC), que la jurisprudence a réglée en fixant le point de départ de l'extension à l'homologation du concordat (<ref-ruling>), ni celle d'une poursuite en réalisation de gage immobilier en cours au moment de l'ouverture de la faillite - ou de l'homologation du concordat -, dont le sort a été précisé par l'art. 96 ORFI en conformité du principe énoncé par l'art. 806 al. 1 CC.
En l'espèce, par le concordat homologué, le débiteur a fait notamment abandon à ses créanciers de tous ses actifs immobiliers. Partant, dès l'homologation du concordat, les immeubles sont tombés dans la masse, les droits de préférence des créanciers gagistes étant réservés (art. 198 LP). Sur les loyers échus antérieurement à cette date et perçus par l'office des poursuites dans le cadre de la poursuite en réalisation de gage immobilier, les créanciers gagistes poursuivants disposent d'un droit de préférence (art. 96 ORFI). En revanche, les loyers échus postérieurement à l'homologation du concordat sont tombés de plein droit dans la masse, puisqu'ils font partie de l'assiette du gage et doivent servir au désintéressement de tous les créanciers gagistes immobiliers (art. 96 ORFI a contrario; art. 198 LP), selon leur rang (art. 817 al. 1 CC). Il s'ensuit que la cour cantonale n'a pas violé l'art. 806 al. 1 CC en considérant que la recourante devait bénéficier du privilège de l'art. 806 CC dès l'homologation du concordat le 13 octobre 1994.
6. La cour cantonale a toutefois rejeté l'action de la recourante, estimant que le droit de celle-ci de contester les trois états des charges des immeubles du 8 janvier 2004 était périmé, faute pour elle d'avoir contesté à l'époque et dans le délai légal l'état de collocation de décembre 1994, complété en janvier 1995, et l'état des charges d'août 1995, états qui faisaient tous mention de la créance garantie par gage immobilier de la venderesse et du fait que le montant de sa créance était diminué à la suite des versements effectués par l'office des poursuites et par le débiteur. La recourante lui reproche d'avoir violé l'art. 806 al. 1 CC et le "principe de la relativité des procédures d'exécution forcées".
6.1 En vertu de l'art. 60 al. 3 OAOF, l'état de collocation doit indiquer d'une manière précise pour chaque créance garantie par gage, les biens de la masse sur lesquels porte ce droit et, pour les immeubles, il doit mentionner clairement les fruits et produits frappés par le gage, avec renvoi aux inscriptions dans l'inventaire. Cela signifie que les liquidateurs doivent indiquer de manière précise dans l'état spécial des charges de l'immeuble (art. 247 al. 2 et 321 al. 2 LP), dressé conformément à l'art. 125 ORFI (Form. ORFI 9 F), les créances garanties par gage immobilier avec indication du créancier, du titre de la créance et de l'objet du gage, y compris les fruits et produits avec renvoi à l'inventaire (Form. ORFI 9a F en liaison avec Form. 3b F). Selon la jurisprudence, lorsque l'état des charges ne contient pas ces indications ou qu'il ne contient pas de décision sans équivoque sur l'assiette du droit de gage, il est impropre pour la distribution du produit de la faillite - ou du concordat - et peut encore être attaqué lors du dépôt du tableau de distribution par la voie de la plainte (<ref-ruling> consid. 3).
Par ailleurs, les décisions qui, comme l'état de collocation ou l'état des charges, s'adressent à tous les créanciers et intéressés doivent être interprétées de manière objective, soit dans le sens où les créanciers et les tiers doivent et peuvent de bonne foi les comprendre. Les conceptions subjectives des participants peuvent certes aider à déterminer le sens objectif de ces décisions; mais la volonté subjective des participants directs n'est pas déterminante. Le sens de ces décisions doit se déduire d'elles seules, car elles sont destinées à produire des effets à l'égard de tiers qui n'ont pas participé à leur création (arrêt 5C.148/2004 du 5 janvier 2005, consid. 2.1).
6.2 Il ressort des constatations de fait de l'arrêt attaqué - qui lient le Tribunal fédéral (art. 63 al. 2 OJ) - qu'après l'homologation du concordat, les liquidateurs ont établi un état de collocation et un tableau de distribution provisoire en décembre 1994, qu'ils ont complétés en avril 1995, puis un état des charges en août 1995 en vue de la première vente aux enchères publiques (cf. supra, Faits, let. Ac et Ad). Contrairement à ce qu'a estimé la cour cantonale, il n'est pas possible de déduire de ces constatations de fait que les états en question faisaient "tous les deux mention de la créance garantie par un gage immobilier de [la venderesse] et du fait que le montant de sa créance admise était diminué à la suite des versements effectués par l'office des poursuites et le débiteur" dans ce sens que les loyers lui auraient été attribués par préférence. Admettre un montant en déduction d'une créance, sans même mentionner le terme de "loyers" et le montant de ceux-ci, ne constitue pas une décision non équivoque quant à la garantie des loyers. Un créancier ou tiers ne devait pas et ne pouvait pas objectivement en déduire que les liquidateurs avaient décidé que tous les loyers échus à compter de l'homologation du concordat ne garantissaient pas les créanciers gagistes de l'immeuble, selon leur rang, mais garantissaient exclusivement la venderesse. L'intimé ne prétend pas avoir allégué et prouvé (<ref-ruling> consid. 2a) qu'après l'homologation du concordat, les liquidateurs auraient déposé un état des charges pour chacun des immeubles (art. 247 al. 2 et 321 al. 2 LP), dressé conformément à l'art. 125 ORFI (Form. ORFI 9 F) et respectant les exigences formelles de l'art. 60 al. 3 OAOF, c'est-à-dire indiquant de manière précise les créances garanties par gage immobilier avec pour chacune l'indication du créancier, du titre de la créance et de l'objet du gage, y compris les fruits et produits (Form. ORFI 9a F) avec renvoi à l'inventaire (Form. 3b F). D'ailleurs, une période de dix ans s'est écoulée entre l'homologation du concordat et la vente aux enchères, période durant laquelle le produit des loyers a certainement augmenté; seul un état des charges contenant une décision non équivoque en ce qui concerne les loyers pour toute cette période aurait donc pu lier la recourante. Le droit de cette dernière de contester les états des charges du 8 janvier 2004 ne saurait donc être considéré comme périmé pour ce motif.
6.3 Il ne ressort pas des constatations de fait de l'arrêt attaqué que les liquidateurs auraient encaissé les loyers à partir de l'homologation du concordat, ni quel montant figurerait à ce titre à l'inventaire (art. 33 OAOF; Form. 3b F), ni quel montant aurait été réparti et sur la base de quel tableau de distribution ils auraient procédé à cette répartition. Il est uniquement question de "versements effectués par l'office des poursuites et le débiteur" à la venderesse. La Cour de céans n'est donc pas en mesure de statuer sur le sort des loyers litigieux, soit ceux échus entre l'homologation du concordat le 13 octobre 1994 et la réalisation des immeubles le 22 janvier 2004. La cause doit être renvoyée à la cour cantonale pour compléter l'état de fait et statuer à nouveau (art. 64 al. 1 OJ).
Il appartiendra à la cour cantonale de déterminer quelles mensualités de loyers postérieures à l'homologation du concordat le 13 octobre 1994 ont été encaissées par l'office des poursuites, sur la base de quel tableau de distribution il en aurait attribué le bénéfice à la créancière gagiste de 2e rang (Form. ORFI 17), si celui-ci est en force ou non et, partant, si la recourante est encore fondée ou non à le contester dans le cadre de la présente procédure.
Il lui incombera ensuite de rechercher quelles mensualités ont effectivement été encaissées par les liquidateurs et de modifier les états des charges des immeubles du 8 janvier 2004 en ce sens que la créance de la recourante est garantie ("Objet du gage" de la Form. ORFI 9a F) par l'immeuble et par les loyers mentionnés à l'inventaire figurant sous Form. 3b F.
II. Le taux d'intérêt
7. Le litige porte encore sur le montant des intérêts dus à la recourante sur la créance en capital pour la période du 17 mars 1994 au 22 janvier 2004, plus précisément sur le taux d'intérêt applicable. Les états des charges retiennent un montant de 644'047 fr. 60, soit un taux de 5%. La cour de justice a confirmé ce montant et le taux de 5%. La recourante fait valoir un montant de 805'059 fr. 50, soit un taux de 6,25%.
7.1 Selon la cour cantonale, l'art. 818 al. 1 ch. 2 CC couvre les intérêts moratoires légaux visés par les art. 104 et 105 CO, les intérêts supérieurs prévus conventionnellement n'étant pas couverts. Dès lors, même si les parties ont fixé un taux conventionnel supérieur au taux légal de 5%, seul ce taux légal de 5% est couvert par le droit de gage en vertu de l'art. 818 CC. Au surplus, même si le taux conventionnel fixé par les parties - en l'occurrence variable - était applicable, la recourante n'a pas apporté la preuve que le taux a été de 6,5 % (recte: 6,25%) durant la période litigieuse.
7.2 La recourante se plaint de violation de l'art. 8 CC en relation avec l'art. 104 CO, reprochant à la cour cantonale d'avoir retenu à tort que le contrat prévoyait un taux d'intérêt conventionnel variable, alors que selon une clause qu'elle cite, le taux d'intérêt moratoire serait un taux fixe; partant, elle n'avait pas à le prouver et il incombait à l'intimé de prouver une dérogation à l'art. 104 al. 2 CO.
Sous couvert de violation de l'art. 8 CC (en relation avec l'art. 104 CO), la recourante s'en prend en réalité à l'appréciation des preuves de la cour cantonale, laquelle a conclu qu'un taux de 6,25% n'était pas établi. Lorsqu'elle lui oppose qu'une clause du contrat établirait un taux fixe, qu'elle n'avait donc pas à prouver, la recourante propose sa propre appréciation des preuves, ce qui est inadmissible dans le recours en réforme. Faute de constatation de fait ressortant de l'arrêt attaqué et portant sur un taux de 6,25%, il est donc superflu d'examiner le grief tiré de la violation de l'art. 818 CC. Il s'ensuit que sur ce point le recours est irrecevable.
8. Vu le sort du recours, il se justifie de répartir par moitié entre les parties les frais de la procédure fédérale (art. 156 al. 1 OJ) et de compenser les dépens (art. 159 al. 3 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable, l'arrêt attaqué est annulé en ce qui concerne la garantie du produit des loyers échus du 13 octobre 1994 au 22 janvier 2004 et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour complément de l'état de fait et nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Un émolument judiciaire de 4'000 fr. est mis par moitié à la charge des parties.
3. Les dépens sont compensés.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 31 janvier 2006
Au nom de la IIe Cour civile
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: