Sachverhalt:
A.
Auf Gesuch von B._ hin eröffnete das Kantonsgericht Schaffhausen am 17. September 2015, 11.00 Uhr, ohne vorgängige Betreibung den Konkurs über die A._ GmbH und untersagte ihr jede Verfügung über ihr Vermögen.
B.
Gegen diese Verfügung des Kantonsgerichts erhob die A._ GmbH am 21. September 2015 Beschwerde an das Obergericht des Kantons Schaffhausen. Sie verlangte die Aufhebung der angefochtenen Verfügung. Zudem ersuchte sie um aufschiebende Wirkung. Bereits am 17. September 2015 hatte sie den Forderungsbetrag von Fr. 24'065.20 beim Obergericht sichergestellt.
Am 22. September 2015 gewährte das Obergericht superprovisorisch die aufschiebende Wirkung. Das Konkursamt wurde angewiesen, die im Grundbuch vom Konkursamt veranlassten Anmerkungen auf den Grundstücken der A._ GmbH in Grundbuchsperren abändern zu lassen. Die weiteren vom Konkursamt veranlassten Sicherungsmassmassnahmen wurden aufgehoben.
Am 23. September 2015 bezahlte die A._ GmbH auf Aufforderung hin den Gerichtskostenvorschuss und hinterlegte die Beträge für die Gebühr des kantonsgerichtlichen Verfahrens, für die B._ vom Kantonsgericht zugesprochene Parteientschädigung und für die aufgelaufenen mutmasslichen Kosten des Konkursamts.
Das Kantonsgericht und B._ ersuchten um Abweisung der Beschwerde.
Am 7. Oktober 2015 verlangte die A._ GmbH, die verfügten Grundbuchsperren seien aufzuheben.
Mit Entscheid vom 9. Oktober 2015 wies das Obergericht die Beschwerde ab und eröffnete den Konkurs über die A._ GmbH neu mit Wirkung ab 9. Oktober 2015, 8.00 Uhr. Es untersagte der A._ GmbH jede Verfügung über ihr Vermögen und wies das Konkursamt an, die im Grundbuch eingetragenen Grundbuchsperren in Anmerkungen der Konkurseröffnung abändern zu lassen.
C.
Am 12. Oktober 2015 hat die A._ GmbH (Beschwerdeführerin) Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht erhoben. Sie verlangt die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheids vom 9. Oktober 2015 und des Konkurses über sie. Allenfalls sei die Sache an das Obergericht zurückzuweisen. Zudem ersucht sie um unverzügliche Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Von Sicherungsmassnahmen (namentlich Grundbuch- und Kontensperren) während des bundesgerichtlichen Verfahrens sei abzusehen.
B._ (Beschwerdegegner) hat am 15. Oktober 2015 um Abweisung des Gesuchs um aufschiebende Wirkung ersucht. Allenfalls seien unter Aufrechterhaltung des eröffneten Konkurses bloss weitere Vollstreckungsmassnahmen zu untersagen. Auch das Obergericht hat am 15. Oktober 2015 um Abweisung des Gesuchs ersucht. Mit Präsidialverfügung vom 27. Oktober 2015 hat das Bundesgericht der Beschwerde in dem Sinne aufschiebende Wirkung zuerkannt, als der Konkurs eröffnet bleibt, jedoch bis zum Entscheid des Bundesgerichts Vollstreckungsmassnahmen zu unterbleiben haben, d.h. das Konkursverfahren nicht gefördert werden darf, aber bereits getroffene Sicherungsmassnahmen aufrecht erhalten bleiben.
Am 28. Oktober 2015 teilte der Beschwerdegegner mit, auf weitere Stellungnahmen zu verzichten. Da der Geschäftsführer der Beschwerdeführerin seine Forderungen beglichen habe, habe er kein Interesse an der Fortführung des Beschwerdeverfahrens.
Das Bundesgericht hat die Akten beigezogen, in der Sache aber keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1.
1.1. Angefochten ist binnen Frist (<ref-law>) ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid des als Rechtsmittelinstanz urteilenden Obergerichts (Art. 75 und Art. 90 BGG) in einer Konkurssache (<ref-law>). Die Beschwerde in Zivilsachen steht ohne Rücksicht auf den Streitwert zur Verfügung (<ref-law>).
Die Desinteresse-Erklärung des Beschwerdegegners vom 28. Oktober 2015 hat keinen Einfluss auf den Fortgang des Verfahrens. Wie sich aus <ref-law> ergibt, ist die Konkurseröffnung nicht bereits deshalb aufzuheben, weil der Gläubiger am Konkursverfahren kein Interesse mehr hat, sondern es bedarf darüber hinaus der Glaubhaftmachung der Zahlungsfähigkeit des Schuldners (vgl. Urteil 5P.256/2002 vom 4. September 2002 E. 3, in: Pra 2003 Nr. 8 S. 42). Insoweit gilt auch für das bundesgerichtliche Verfahren, dass der Beschwerdegegner die Beschwerde nicht anerkennen kann.
1.2. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG geltend gemacht werden. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>; vgl. für Ausnahmen Abs. 2 dieser Norm) und prüft mit freier Kognition, ob der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Es befasst sich aber nur mit formell ausreichend begründeten Rügen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104 f.). In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Allgemein gehaltene Einwände, die ohne aufgezeigten oder erkennbaren Zusammenhang mit bestimmten Entscheidungsgründen vorgebracht werden, genügen nicht (<ref-ruling> E. 1.3 S. 584 mit Hinweisen). Strengere Anforderungen gelten bei der Rüge der Verletzung von Grundrechten. Entsprechende Rügen müssen in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4 S. 400 f.; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
1.3. Der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt ist für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn die Feststellung offensichtlich unrichtig - d.h. willkürlich (<ref-ruling> E. 1.5 S. 130 mit Hinweis) - ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (<ref-law>). Will der Beschwerdeführer die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten, muss er darlegen, inwiefern die genannten Voraussetzungen erfüllt sein sollen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 234; <ref-ruling> E. 5.1 S. 356). Bei der Rüge der offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 5.1 S. 356).
2.
Die Beschwerdeführerin hält die Konkurseröffnung für nichtig, da sie nicht gehörig zur Konkursverhandlung vom 17. September 2015 vorgeladen worden sei. Die Vorladung sei an Rechtsanwalt Thomas Burkhalter zugestellt worden, der aber zum damaligen Zeitpunkt in dieser Angelegenheit gar nicht Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin gewesen sei.
2.1. Das Obergericht hat diesen Einwand verworfen. Zwar sei im Verfahren vor Kantonsgericht keine Prozessvollmacht eingereicht worden. Die Tatsache, dass Rechtsanwalt Burkhalter die Beschwerdeführerin in anderen Fällen vor Kantonsgericht vertrete, führe sodann nicht automatisch dazu, dass auch im vorliegenden Fall auf eine Vertretung geschlossen werden könne. Ebenso wenig habe das Gericht ein Vertretungsverhältnis daraus ableiten können, dass der Beschwerdegegner im Gesuch um Konkurseröffnung vom 20. August 2015 Rechtsanwalt Burkhalter als Vertreter der Beschwerdeführerin bezeichnet habe. Gestützt auf diese Eingabe des Beschwerdegegners habe das Kantonsgericht zwar zu Recht die Anzeige zur Konkursverhandlung an Rechtsanwalt Burkhalter versandt. Es hätte ihm jedoch aus damaliger Sicht Frist setzen müssen, um eine Vollmacht einzureichen und im Säumnisfall die Anzeige an die Beschwerdeführerin selbst zustellen müssen.
Allerdings habe Rechtsanwalt Burkhalter dem Beschwerdegegner mit Brief vom 30. Juli 2015 mitgeteilt, dass die Beschwerdeführerin ihn mit der Interessenwahrung beauftragt habe. Nebst anderem habe er sich in diesem Schreiben auf die vom Beschwerdegegner geltend gemachte Lohnforderung bezogen. Daraus sei abzuleiten, dass Rechtsanwalt Burkhalter spätestens am 30. Juli 2015 und somit vor Einreichung des Gesuchs um Konkurseröffnung beim Kantonsgericht von der Beschwerdeführerin beauftragt worden sei, ihre Interessen im Streit mit dem Beschwerdegegner wahrzunehmen. Im Ergebnis sei deshalb unerheblich, dass das Kantonsgericht keine Prozessvollmacht verlangt habe. Rechtsanwalt Thomas Burkhalter sei damit zur Entgegennahme gerichtlicher Sendungen ermächtigt gewesen, die Verfügung sei der Beschwerdeführerin rechtsgültig zugestellt worden und das rechtliche Gehör sei nicht verletzt worden.
Schliesslich sei die Berufung auf die fehlende Prozessvollmacht rechtsmissbräuchlich. Rechtsanwalt Burkhalter sei seit Mai 2015 in fünf Verfahren vor Kantonsgericht als Vertreter der Beschwerdeführerin aufgetreten. Da der Beschwerdegegner im Gesuch um Konkurseröffnung auf das Vertretungsverhältnis hingewiesen habe, habe das Kantonsgericht aufgrund der weiteren Fälle, in denen Rechtsanwalt Burkhalter die Beschwerdeführerin vertreten habe bzw. vertrete, keinen Anlass gehabt, das Gesuch um Konkurseröffnung der Beschwerdeführerin selber und nicht Rechtsanwalt Burkhalter zuzustellen. Rechtsanwalt Burkhalter habe es aufgrund dieser Umstände nicht darauf beruhen lassen können, die entsprechenden Verfügungen entgegenzunehmen und sich später auf die Nichtigkeit der Zustellung zu berufen. Vielmehr hätte er nach Zustellung des Gesuchs um Konkurseröffnung dem Kantonsgericht mitteilen müssen, dass er die Beschwerdeführerin im konkreten Verfahren prozessual nicht vertrete.
2.2. Wie es sich mit der von der Beschwerdeführerin kritisierten obergerichtlichen Auslegung des Schreibens vom 30. Juli 2015 verhält, braucht an dieser Stelle nicht beurteilt zu werden. Wie die Vorinstanz zu Recht angenommen hat, wäre Rechtsanwalt Burkhalter nämlich nach Treu und Glauben gehalten gewesen, auf das fehlende Vertretungsverhältnis hinzuweisen. Er hat vor der Konkursverhandlung zwei Verfügungen des Kantonsgerichts entgegengenommen, die das Konkursverfahren der Beschwerdeführerin betreffen (Verfügung vom 27. August 2015 betreffend Vorladung zur Konkursverhandlung mit einer Kopie des Konkursbegehrens als Beilage; Verfügung mit Terminkorrektur vom 1. September 2015). Vor Bundesgericht macht der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin nicht geltend, dass er diese Verfügungen nicht erhalten hätte oder dass er sich nach Erhalt an das Kantonsgericht gewandt hätte, um auf das - angeblich - fehlende Vertretungsverhältnis hinzuweisen. Rechtsanwalt Burkhalter war sodann unbestrittenermassen in fünf anderen Fällen Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin vor Kantonsgericht. Dass die Beschwerdeführerin zuweilen auch ohne Rechtsvertreter oder mit anderen Rechtsvertretern vor Kantonsgericht auftrat, macht sie nicht geltend. Unter der Hypothese, dass Rechtsanwalt Burkhalter damals tatsächlich nicht Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin in ihrer Konkurssache war, hätte ihm aufgrund der genannten Umstände auffallen müssen, dass das Kantonsgericht ihn irrtümlich als Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin im Konkursverfahren betrachtete, sei es, weil er die Beschwerdeführerin schon öfters vor Kantonsgericht vertreten hatte, sei es, weil der Beschwerdegegner ihn im Gesuch um Konkurseröffnung als Rechtsvertreter bezeichnet hatte. Wenn er diesen - aus seiner Sicht - offensichtlichen Irrtum dem Gericht nicht umgehend mitteilt, sondern er bzw. die Beschwerdeführerin damit bis nach dem ungünstigen Konkursentscheid zuwartet und den angeblichen Mangel erst im Rechtsmittelstadium geltend macht, so verstösst dies gegen Treu und Glauben und das Verbot des Rechtsmissbrauchs (<ref-ruling> E. 2.2 S. 336; <ref-ruling> E. 4.3 S. 496 f.). Indem die Beschwerdeführerin Rechtsanwalt Burkhalter mit der Interessenwahrung im Konkursverfahren betraut hat, muss sie sich auch sein Verhalten vor der Mandatierung zurechnen lassen, da sie sich im Beschwerdeverfahren genau darauf beruft.
Somit ist davon auszugehen, dass die Einladung zur Konkursverhandlung ordnungsgemäss zugestellt worden ist. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin liegt weder eine Verletzung des rechtlichen Gehörs noch von Art. 68 Abs. 3 und Art. 137 ZPO vor.
3.
Vor Obergericht war der Konkursaufhebungsgrund von <ref-law> (Hinterlegung des geschuldeten Betrags) erfüllt. Umstritten ist noch, ob die Beschwerdeführerin ihre Zahlungsfähigkeit glaubhaft machen konnte (<ref-law>).
3.1. Das Obergericht hat die Glaubhaftigkeit der Zahlungsfähigkeit der Beschwerdeführerin verneint. Nachdem die Beschwerdeführerin selber keinen Betreibungsregisterauszug eingereicht hatte, hat das Obergericht entscheidend auf den vom Beschwerdegegner eingereichten Betreibungsregisterauszug der Beschwerdeführerin vom 15. September 2015 abgestellt. Demnach seien gegen die Beschwerdeführerin zwischen dem 18. November 2014 und dem 8. September 2015 insgesamt 32 Betreibungen im Gesamtbetrag von Fr. 2'103'978.35 eingeleitet worden. Von den aufgelisteten Forderungen sei einzig eine als bezahlt ausgewiesen (Fr. 19'944.15; SUVA U._). In der letzten Betreibung vom 8. September 2015 sei erst der Zahlungsbefehl ausgestellt worden. In allen anderen Betreibungen habe die Beschwerdeführerin Rechtsvorschlag erhoben, was den Eindruck eines systematischen Vorgehens erwecke. Die Beschwerdeführerin sei vom Sozialversicherungsamt Schaffhausen, AHV-Ausgleichskasse, vierzehnmal im Gesamtbetrag von Fr. 332'397.80 und von der C._ Stiftung Berufliche Vorsorge bzw. der C._ Stiftung Zusatzvorsorge vier Mal für den Gesamtbetrag von Fr. 800'916.15 betrieben worden. Neben der Forderung des Beschwerdegegners über Fr. 29'000.-- seien für drei weitere Lohnforderungen im Betrag von insgesamt Fr. 70'848.10 im August 2015 Betreibungen eingeleitet worden. Die Beschwerdeführerin habe damit die Zahlungen gegenüber den Sozialversicherungen und zumindest zu einem guten Teil gegenüber den Arbeitnehmern eingestellt.
Sodann lege die Beschwerdeführerin nicht substanziiert dar, über welche Kontenguthaben sie verfüge und welche Erträge sie erziele. Sie habe weder Belege zu ihren Kontenguthaben noch einen aktuellen Jahres- oder Zwischenabschluss eingereicht. Sie führe zwar aus, eine weitere Belastung der ihr gehörenden Liegenschaft "D._" bis Fr. 2 Mio. oder ihr Verkauf seien möglich, um so sämtliche Betreibungsforderungen zu begleichen. Zudem sei eine erste Auszahlung aus einer Finanzierung über den Kapitalmarkt zu erwarten. Aus diesen Ausführungen werde jedoch vor allem ersichtlich, dass die Beschwerdeführerin auf Fremdkapital angewiesen sei, um fällige Forderungen, insbesondere Löhne, zu begleichen und den laufenden Verpflichtungen nachzukommen. Damit erfolge keine Schuldentilgung, sonderneine Schuldenverlagerung. Verspätet, aber ohnehin unbehelflich, seien ihre Ausführungen, wonach sie von der Bank E._ einen weiteren, letztmaligen Kredit von Fr. 2,8 Mio. erhalte und sich die erwähnte Finanzierung über den Kapitalmarkt in der Abschlussphase befinde.
Die Beschwerdeführerin habe ausserdem behauptet, verschiedene Forderungen getilgt zu haben. Bezüglich eines Teils der Forderungen sei dies glaubhaft (Forderung der Sozialversicherungsanstalt Schaffhausen über Fr. 447'757.65, der F._ AG über Fr. 19'654.85, der SUVA über Fr. 19'505.25 bzw. 19'944.15 und zwei Forderungen der G._ AG über insgesamt Fr. 197'940.45). Nicht glaubhaft gemacht sei die Tilgung der Forderung der H._ AG in der Höhe von Fr. 35'544.45. Die Beschwerdeführerin habe diesbezüglich einzig eine E-Mail ins Recht gelegt, wonach sich I._ am Telefon für die Zahlungen bedankt habe und auf Zinsen und Betreibungskosten verzichte. Eine Erklärung der Gläubigerin selber liege nicht vor. Nicht glaubhaft gemacht sei die Tilgung der Forderung der J._, da die in der Beschwerde angegebene Zahlungsbestätigung der Gläubigerin nicht eingereicht worden sei. Die Beschwerdeführerin müsse jedoch den Nachweis der Zahlungsfähigkeit binnen Rechtsmittelfrist erbringen und es sei nicht Sache des Gerichts, vor Ablauf der Rechtsmittelfrist die Eingabe der Parteien auf ihre Vollständigkeit hin zu überprüfen. Weder für noch gegen die Zahlungsfähigkeit der Beschwerdeführerin spreche die Abweisung des Rechtsöffnungsbegehrens der K._ AG, da sich daraus nicht die Unbegründetheit der Forderung ergebe. Die Beschwerdeführerin habe sich sodann nicht zu allen im Betreibungsregisterauszug genannten Betreibungen geäussert. Sie habe nicht Stellung genommen zu den drei Betreibungen der L._ AG über insgesamt Fr. 28'219.--, den Betreibungen der M._ AG über Fr. 8'948.35, der Gemeinde W._ über Fr. 10'450.-- und der N._ über Fr. 2'654.80. Insgesamt habe sie somit zwar einen gewichtigen Teil der Forderungen beglichen. Allerdings sei nicht ersichtlich, aus welchen Mitteln (Erträge oder Fremdkapital) die Forderungen bezahlt wurden, so dass einzig aus der Tilgung eines Teils der Forderungen nicht auf die Wirtschaftlichkeit des Unternehmens geschlossen werden könne.
Schliesslich ergebe sich auch aus den angeführten Bauprojekten nicht, wie die Beschwerdeführerin ausreichend liquide Mittel für die Bezahlung ihrer fälligen Verbindlichkeiten erlangen soll. Beim Bauprojekt in W._ datiere die Baubewilligung bereits vom 19. August 2014, doch behaupte die Beschwerdeführerin nicht, dass mit dem Bau begonnen worden wäre. Zudem ergebe sich aus der Baubewilligung, dass dem Bauprojekt offenbar privatrechtliche Hindernisse entgegenstünden. Für die weiteren von ihr vorgebrachten Projekte fehlten weitgehend substanziierte Behauptungen. Sie beschränke sich darauf, von offenbar mehreren laufenden Projekten einzig die Sanierung der Liegenschaft O._strasse xxx in X._, die Fertigstellung der Überbauung Y._ und die Fertigstellung eines Projektes "P._ " zu nennen, welche Erträge von Fr. 150'000.--, Fr. 600'000.-- und Fr. 800'000.-- für die A._ Gruppe generieren würden. Unterlagen oder Belege, die die Ausführung der genannten Projekte und die erwarteten Erträge glaubhaft machen könnten, habe sie nicht eingereicht. Aufgrund der fehlenden Unterlagen wie Bilanz und Erfolgsrechnung könne nicht abgeschätzt werden, inwieweit diese Erträge ihre finanzielle Lage verbessern könnten. Mangels dieser Unterlagen sei auch nicht ersichtlich, inwiefern die Parteiaussage des Geschäftsführers der Beschwerdeführerin (Q.A._), die bezüglich der laufenden Projekte beantragt worden sei, dazu beitragen könnte, die Zahlungsfähigkeit glaubhaft zu machen. Trotz laufender Projekte seien zudem gegen die Beschwerdeführerin seit 13. März 2015 18 Betreibungen eingeleitet worden und bekunde sie offensichtlich Schwierigkeiten, die Löhne ihrer Mitarbeiter und kleinere Beträge bei Fälligkeit zu begleichen. Insgesamt zeuge die finanzielle Situation nicht von bloss vorübergehenden Zahlungsschwierigkeiten, sondern der Betrieb erscheine nicht auf Dauer lebensfähig. Die Zahlungsfähigkeit der Beschwerdeführerin sei unwahrscheinlich.
3.2. Die Beschwerdeführerin macht vor Bundesgericht geltend, ihre Zahlungsfähigkeit sei glaubhaft.
3.2.1. Glaubhaft gemacht ist eine Tatsache dann, wenn für deren Vorhandensein gewisse Elemente sprechen, selbst wenn das Gericht noch mit der Möglichkeit rechnet, dass sie sich nicht verwirklicht haben könnte (<ref-ruling> E. 3.1 S. 720 mit Hinweis). Im Hinblick auf die Aufhebung der Konkurseröffnung heisst dies, dass die Zahlungsfähigkeit des Konkursiten wahrscheinlicher sein muss als seine Zahlungsunfähigkeit. In diesem Bereich dürfen keine zu strengen Anforderungen gestellt werden, insbesondere wenn die wirtschaftliche Lebensfähigkeit des schuldnerischen Unternehmens nicht von vornherein ausgeschlossen werden kann. Es liegt am Schuldner, Beweismittel vorzulegen, die geeignet sind, seine Zahlungsfähigkeit als glaubhaft erscheinen zu lassen. Der Schuldner muss namentlich nachweisen, dass gegen ihn kein Konkursbegehren in einer ordentlichen Konkurs- oder in einer Wechselbetreibung hängig ist und dass keine weiteren vollstreckbaren Betreibungen vorliegen. Zahlungsfähigkeit bedeutet, dass ausreichend liquide Mittel zur Begleichung der fälligen Schulden vorhanden sind. Grundsätzlich als zahlungsunfähig erweist sich ein Schuldner, der beispielsweise Konkursandrohungen anhäufen lässt, systematisch Rechtsvorschlag erhebt und selbst kleinere Beträge nicht bezahlt. Bloss vorübergehende Zahlungsschwierigkeiten lassen den Schuldner noch nicht als zahlungsunfähig erscheinen, ausser wenn keine wesentlichen Anhaltspunkte für eine Verbesserung seiner finanziellen Situation zu erkennen sind und er auf unabsehbare Zeit als illiquid erscheint. Die Beurteilung der Zahlungsfähigkeit beruht auf einem aufgrund der Zahlungsgewohnheiten eines Konkursiten gewonnenen Gesamteindruck (zum Ganzen: Urteile 5A_115/2012 vom 20. April 2012 E. 3 mit zahlreichen Hinweisen; 5A_921/2014 vom 11. März 2015 E. 3.1).
Ob das kantonale Gericht das richtige Beweismass (Glaubhaftmachung) angewandt hat, ist dabei eine vom Bundesgericht frei zu prüfende Rechtsfrage. Demgegenüber beschlägt die Bewertung der dem Gericht vorgelegten Beweismittel die Beweiswürdigung, die vom Bundesgericht nur unter dem eingeschränkten Gesichtspunkt von <ref-law> geprüft wird (vgl. oben E. 1.3; Urteile 5A_115/2012 vom 20. April 2012 E. 3 mit Hinweis; 5A_921/2014 vom 11. März 2015 E. 3.1).
3.2.2. Die Beschwerdeführerin stellt in ihrer Beschwerde zahlreiche neue Tatsachenbehauptungen auf; sie stützt sich auf neue Beweismittel oder stellt in Aussicht, solche noch nachzureichen. Dies betrifft etwa ihre angeblichen Verhandlungen mit der C._ Stiftung über eine Schuldentilgung, die von ihr selber erstellte Liste mit erledigten und offenen Forderungen per 12. Oktober 2015 und den Betreibungsregisterauszug vom selben Datum, ihre Behauptung, um ihre Eigenkapitalbasis zu stärken stehe sie in Verhandlungen über den Abschluss eines Wandeldarlehensvertrags, wodurch ihr rund Fr. 1,7 Mio. zufliessen sollen, ihre in Ausarbeitung befindliche Zwischenbilanz, die beizuziehen sei, sowie diverse Kontoauszüge.
Inwieweit im bundesgerichtlichen Verfahren neue Tatsachen geltend gemacht und belegt werden können, richtet sich nicht nach <ref-law>, sondern ausschliesslich nach <ref-law> (Urteile 5A_826/2010 vom 1. März 2011 E. 3.6; 5A_115/2012 vom 20. April 2012 E. 4.2.2; 5A_921/2014 vom 11. März 2015 E. 3.2). Demgemäss dürfen neue Tatsachen und Beweismittel vor Bundesgericht nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. <ref-law> zielt auf Tatsachen ab, die erst durch das angefochtene Urteil rechtserheblich werden. Unzulässig sind hingegen neue Tatsachen, die bereits der Vorinstanz hätten vorgelegt werden können (<ref-ruling> E. 4.4.3 S. 129) oder die erst nach dem angefochtenen Urteil eingetreten sind (<ref-ruling> E. 2.1 S. 343 f.). Vor diesem Hintergrund sind die von der Beschwerdeführerin vorgebrachten Noven unzulässig. Belege über ihre finanzielle Situation und getätigte Zahlungen hätte sie bereits vor der Vorinstanz vorlegen können und müssen. Ebenso wenig kann sie sich auf angebliche Verhandlungen berufen, die nach dem Erlass des angefochtenen Urteils stattgefunden haben sollen, auch wenn dieses Urteil allenfalls Anlass gewesen sein mag, um solche Verhandlungen aufzunehmen. Auf die neuen Tatsachenbehauptungen ist somit nicht einzutreten und die neuen Beweismittel sind nicht zu berücksichtigen.
3.3. Die Beschwerdeführerin ist zusammengefasst der Ansicht, das Obergericht habe den Begriff der Zahlungsfähigkeit verkannt, den Sachverhalt falsch festgestellt und den Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt.
3.3.1. So macht die Beschwerdeführerin zunächst geltend, die Feststellung des Obergerichts sei falsch, dass sie Mühe habe, kleinere Beträge bei Fälligkeit zu begleichen und während längerer Zeit solche nicht bezahlt habe. Unter "kleineren Beträgen" seien Telefonkosten, Porti etc. zu verstehen und aus dem Betreibungsregisterauszug seien keine solchen Forderungen ersichtlich, vielmehr seien die betriebenen Forderungen vier- bis sechsstellig.
Tatsächlich hat das Obergericht nicht festgestellt, aus dem Betreibungsregisterauszug vom 15. September 2015 ergäbe sich, dass die Beschwerdeführerin Telefongebühren oder andere Forderungen im drei- oder noch tieferstelligen Bereich nicht bezahlt habe. Wenn das Obergericht von kleineren Beträgen spricht, die die Beschwerdeführerin nicht bezahlt habe, so meint es offensichtlich die vier- und allenfalls fünfstelligen Forderungen, die im Vergleich zu den sechsstelligen Beträgen tatsächlich klein erscheinen. Eine Rechtsverletzung ist insoweit nicht ersichtlich.
3.3.2. Die Beschwerdeführerin macht sodann geltend, den betriebenen Forderungen lägen strittige Rechtsverhältnisse zugrunde, die teilweise Gegenstand von Gerichtsverfahren oder Vergleichsgesprächen seien. Wenn hohe oder sehr hohe Forderungen betrieben würden, die strittig seien, so könne aus dem Umstand, dass der Schuldner Rechtsvorschlag erhebe, nicht einfach seine Zahlungsunfähigkeit gefolgert werden. Es könne auch nicht - im Sinne einer Vermutung - von der Begründetheit der Forderungen ausgegangen werden. Dass die Beschwerdeführerin Rechtsvorschlag erhoben habe, könne ihr deshalb auch nicht im Sinne eines Gesamteindrucks zum Nachteil gereichen. Sie habe zudem nicht systematisch Rechtsvorschlag erhoben, sondern im Einzelfall begründete Verteidigungsmassnahmen ergriffen. Das Obergericht habe insoweit den Begriff der Zahlungsfähigkeit verkannt.
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin dürfen bestrittene Forderungen bzw. durch Rechtsvorschlag eingestellte Betreibungen bei der Beurteilung der Zahlungsfähigkeit berücksichtigt werden. Sie sind im Rahmen der Gesamtbetrachtung der Zahlungsgewohnheiten zu würdigen (Urteil 5A_115/2012 vom 20. April 2012 E. 4.3.2). Angesichts der Anzahl angehobener Betreibungen, gegen die die Beschwerdeführerin Rechtsvorschlag erhoben hat, durfte die Vorinstanz annehmen, dass die Beschwerdeführerin systematisch Rechtsvorschlag erhebe. Auf die Systematik des Vorgehens bzw. darauf, dass die Beschwerdeführerin auch berechtigte Forderungen erst bezahlt, wenn sie deretwegen betrieben wurde, deutet denn auch hin, dass sie zahlreiche Forderungen schliesslich doch beglichen hat. Dass gewisse betriebene Forderungen Gegenstand von Gerichtsverfahren sein sollen, ergibt sich nicht aus dem angefochtenen Urteil und stellt eine unzulässige Sachverhaltsbehauptung dar. Dass sie bis vor anderthalb Jahren keine einzige Betreibung hatte - wie sie nunmehr geltend macht -, mag zutreffen, lässt aber keine Aussage über ihre derzeitige finanzielle Situation zu. Dass sie zudem keine Konkursandrohungen habe anhäufen lassen, mag ebenfalls zutreffen. Angesichts der übrigen Feststellungen über ihr Zahlungsverhalten war es jedoch nicht willkürlich, darauf nicht ausschlaggebend abzustellen.
3.3.3. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin hat das Obergericht ausserdem nicht verkannt, dass sie Forderungen in beträchtlichem Umfang getilgt hat. Allerdings hat es diesem Umstand keine entscheidende Bedeutung zugemessen. Mit den Gründen hiefür setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander. Insbesondere geht sie nicht darauf ein, dass nicht ersichtlich sei, woher die Mittel zur Schuldentilgung stammten. Stattdessen erhebt die Beschwerdeführerin im Wesentlichen appellatorische und zum Teil auf unzulässige Noven gestützte Kritik an der vorinstanzlichen Sachverhaltswürdigung. Unbeachtlich ist deshalb ihre Behauptung, der Betreibungsregisterauszug vom 12. Oktober 2015 belege, dass weit mehr Forderungen getilgt worden seien, als das Obergericht angenommen habe.
Appellatorisch und unbelegt ist die weitere Behauptung, der Betreibungsregisterauszug vom 15. September 2015 gebe nicht die wirkliche Sachlage wieder, da in ihm zahlreiche Forderungen enthalten seien, die direkt an die Gläubiger bezahlt worden seien oder deshalb nicht mehr bestehen, weil sie doppelt betrieben worden seien oder durch neue Betreibungen ersetzt worden seien. Daran ändert auch die beispielhafte Aufzählung verschiedener Betreibungen nichts, die zu Unrecht im Betreibungsregisterauszug verzeichnet seien.
Die Beschwerdeführerin bestreitet sodann nicht, dass sie vor Obergericht gar nicht zu allen Forderungen Stellung genommen hat. Vor Bundesgericht macht sie dazu geltend, die Forderungen der L._ AG seien teilweise bestritten und die anderen Forderungen (d.h. der M._ AG, der Gemeinde W._ und der N._) würden unmittelbar nach Aufhebung der Kontensperre getilgt. Diese Vorbringen sind verspätet.
Schliesslich äussert sich die Beschwerdeführerin zu zwei Forderungen, deren Tilgung das Obergericht nicht als glaubhaft erachtet hat: Das Obergericht habe beim Nachweis der Tilgung der Forderung der H._ AG eine übermässig strenge Beweishürde angelegt und es hätte im Rahmen der richterlichen Fragepflicht eine Zahlungsbestätigung in Form eines Kontoauszugs verlangen können. Hinsichtlich der Zahlung an die J._ habe die Zahlungsbest ätigung aus Versehen gefehlt. Das Obergericht hätte die Beschwerdeführerin auffordern müssen, die Bestätigung nachzureichen. Diese Rügen sind unbegründet: Was die Forderung der H._ AG betrifft, so ist nicht zu beanstanden, wenn das Obergericht die E-Mail einer Drittperson, in der über ein angebliches Telefonat mit I._ berichtet wird, nicht genügen liess, um die Tilgung der Forderung glaubhaft zu machen. Hinsichtlich der Forderung der J._ begründet die Beschwerdeführerin nicht, gestützt auf welche Rechtsgrundlage das Obergericht sie zur Nachreichung der Zahlungsbestätigung hätte auffordern müssen. Eine Verletzung der Fragepflicht (<ref-law>), die nur im Zusammenhang mit der Forderung der H._ AG ausdrücklich gerügt wird, liegt schliesslich nicht vor. Die gerichtliche Fragepflicht nimmt den Parteien die Verantwortung für die zeitgerechte Prozessführung nicht ab. Dies bedeutet insbesondere, dass Tatsachen innerhalb der gesetzlich vorgegebenen zeitlichen Schranken behauptet und belegt werden müssen. Gemäss <ref-law> muss der Schuldner seine Zahlungsfähigkeit mit der Beschwerde glaubhaft machen (<ref-ruling>). Diese Regelung kann nicht dadurch umgangen werden, dass das Gericht Fragen gemäss <ref-law> nach Ablauf der Beschwerdefrist stellt. Soweit die Rüge sinngemäss auch die Beurteilung der Forderung der J._ betreffen sollte, so setzt sich die Beschwerdeführerin nicht mit der vorinstanzlichen Erwägung auseinander, dass es nicht Aufgabe des Gerichts sei, die Eingabe vor Ablauf der Frist auf ihre Vollständigkeit hin zu überprüfen. Ohnehin dient die Fragepflicht jedoch nicht dazu, prozessuale Nachlässigkeiten einer Partei auszugleichen oder ihr bei der Beweisführung behilflich zu sein. Es liegt vielmehr in der Verantwortung der Partei, binnen der Beschwerdefrist von <ref-law> möglichst aussagekräftige, vollständige und aktuelle Angaben zu ihrer Finanzlage zu machen (zum Ganzen Urteil 5A_921/2014 vom 11. März 2015 E. 3.4.2 mit Hinweisen).
3.3.4. Die Beschwerdeführerin kritisiert ausserdem den Umgang des Obergerichts mit ihrem Antrag auf Parteibefragung des Firmeninhabers Q.A._. Das Obergericht habe das rechtliche Gehör verletzt, indem es auf diesen Antrag nicht eingegangen sei. Zugleich habe es ihr dadurch verunmöglicht, ihre Zahlungsfähigkeit zu beweisen. Dadurch habe es <ref-law> und <ref-law> verletzt. Das Obergericht habe keinerlei Untersuchungshandlungen vorgenommen, um die Zahlungsfähigkeit der Beschwerdeführerin abzuklären. Indem es die anerbotenen Beweismittel nicht abgenommen und die tatsächlichen Umstände ignoriert habe, habe es auch den Untersuchungsgrundsatz (<ref-law>) verletzt.
Das Obergericht hat den Beweisantrag auf Parteibefragung von Q.A._ nicht übergangen. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist insoweit nicht ersichtlich. Stattdessen hat es den Antrag in antizipierter Beweiswürdigung verworfen. Es liegt keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es auf Grund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236 mit Hinweisen). Im Einzelnen hat das Obergericht erwogen, die Beschwerdeführerin habe keine Unterlagen wie Bilanz oder Erfolgsrechnung eingereicht. Es sei deshalb nicht ersichtlich, inwiefern Q.A._s Aussage, die in Bezug auf die laufenden Projekte beantragt worden sei, dazu beitragen könnte, die Zahlungsfähigkeit der Beschwerdeführerin glaubhaft zu machen. Mit dieser Erwägung setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander und sie legt nicht detailliert dar, dass das Obergericht bei dieser antizipierten Beweiswürdigung in Willkür verfallen sei. Dazu genügt insbesondere der pauschale Vorwurf nicht, das Obergericht verunmögliche ihr damit, ihre Zahlungsfähigkeit glaubhaft zu machen. Sie übergeht, dass sie wichtige Dokumente nicht eingereicht hat und sie die Befragung von Q.A._ offenbar nur in Bezug auf die laufenden Projekte, nicht aber allgemein hinsichtlich der finanziellen Situation der Beschwerdeführerin beantragt hatte. Daran ändert auch der Vorwurf der Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes nichts. Zunächst steht die Tatsache, dass ein Verfahren dem Untersuchungsgrundsatz unterliegt, einer antizipierten Beweiswürdigung nicht entgegen (<ref-ruling> E. 2.2.3 S. 735). Welche anderen anerbotenen Beweismittel das Obergericht nicht abgenommen haben soll (d.h. abgesehen von der Befragung von Q.A._), legt die Beschwerdeführerin sodann nicht dar. Schliesslich übergeht sie, dass es nach <ref-law> in erster Linie ihr obliegt, ihre Zahlungsfähigkeit glaubhaft zu machen, und das Gericht nicht gehalten ist, nach Umständen zu forschen, die für ihre Zahlungsfähigkeit sprechen könnten.
3.3.5. Schliesslich geht die Beschwerdeführerin auf ihre Ertragslage und ihre laufenden Projekte ein. Nicht einzutreten ist dabei auf pauschale und unbelegte Behauptungen, wonach sie eine im Raum Schaffhausen sehr bekannte und seit ihrer Gründung erfolgreiche Unternehmung mit durchschnittlichen Jahresinvestitionen von Fr. 40 bis 50 Mio. sei und in den Monaten August und September neue Erträge aus laufenden Projekten habe generieren können. Im Einzelnen hält sie die Ausführungen des Obergerichts zu den Neubauprojekten für unhaltbar. Das Projekt in W._ sei für sie typisch. Das Obergericht habe aber die eingereichten Projektunterlagen (Überbauungsstudie und Kostenvoranschlag) nicht gewürdigt. Sowohl der Stand der Planungsarbeiten wie auch Fragen zu den vom Obergericht erwähnten privatrechtlichen Hindernissen hätten anhand dieser Unterlagen, aber auch durch die Parteibefragung des Geschäftsführers, geklärt werden können. Was die angeblich übergangenen Unterlagen betrifft, so legt die Beschwerdeführerin nicht dar, weshalb die obergerichtliche Würdigung des Projektes in W._ willkürlich sein soll und inwiefern aus diesen Unterlagen ersichtlich sein soll, dass sie aus diesem Projekt bereits Erträge erwirtschaftet hat oder mit welcher Wahrscheinlichkeit welche Erträge in welchem Zeitraum zu erwarten sind. Da sie selber vom "Stand der Planungsarbeiten" spricht, bestätigt sie, dass mit dem Bau noch gar nicht begonnen worden ist. Ebenso wenig geht sie darauf ein, dass sie zu anderen Bauprojekten vor Obergericht keine substanziierten Behauptungen vorgetragen hat und sie äussert sich dazu auch vor Bundesgericht nicht detailliert. Stattdessen verweist sie im Wesentlichen wieder auf die beantragte Parteibefragung, doch setzt sie sich - wie bereits gesagt (oben E. 3.3.4) - nicht mit den Gründen auseinander, die das Obergericht zum Verzicht auf die Abnahme dieses Beweismittels bewogen haben.
4.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
5.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen, dem Konkursamt Schaffhausen, dem Betreibungsamt Schaffhausen, dem Handelsregisteramt des Kantons Schaffhausen und dem Grundbuchamt des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Dezember 2015
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Zingg