Sachverhalt:
A.
Mit Vertrag vom 18. Dezember 2008 kaufte die A._ AG (Käuferin, Beklagte, Beschwerdeführerin) von der B._ AG (Verkäuferin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) die Stockwerkeinheit U._-Grundbuchblatt Nr. xxx (Wohnung im Attikageschoss) sowie zwei Einstellplätze (U._-Grundbuchblatt Nrn. yyy und zzz). Bei Vertragsabschluss befand sich die Wohnung im Rohbau, welcher durch die Firma C._ AG erstellt worden war. Im Kaufpreis von Fr. 1,62 Mio. waren der Umbau für den Fahrstuhl sowie der Ausbau der Attikawohnung inbegriffen. Für den Innenausbau war die Verkäuferin verantwortlich.
Die Abnahme der Wohnung erfolgte am 10. August 2009. In der Folge wurden seitens der Käuferin verschiedene Mängel geltend gemacht, weshalb die Parteien, unter Beteiligung der C._ AG, ein Schiedsgutachten im Sinne von <ref-law> erstellen liessen.
B.
B.a. Mit Klage vom 4. Juni 2012 beim Handelsgericht des Kantons Bern beantragte die Verkäuferin, die Käuferin sei zu verpflichten, ihr Fr. 80'000.-- (im Laufe des Verfahrens reduziert auf Fr. 70'000.-- und dann auf Fr. 68'000.--) nebst Zins zu 5 % seit 1. März 2012 zu bezahlen, und der Rechtsvorschlag in der Betreibung des Betreibungsamtes Bern-Mittelland sei zu beseitigen. Die Beklagte trug auf Abweisung der Klage an. Die Klägerin begründete ihre Forderung mit einer Kaufpreisrestanz aus dem Kaufvertrag vom 18. Dezember 2008 und die Beklagte machte verrechnungsweise Mängel in einem höheren Umfang als die Forderung der Klägerin geltend.
B.b. Mit Zwischenentscheid vom 26. September 2013 stellte das Handelsgericht fest, dass der Klägerin gegenüber der Beklagten eine Forderung von Fr. 68'000.-- nebst Verzugszins von 5 % seit 1. März 2012 zusteht (Dispositiv-Ziffer 1), dass die Gewährleistungsrechte der Beklagten betreffend Mängel, über welche die Parteien ein Schiedsgutachten vereinbart haben, weder ausgeschlossen, verjährt, noch verwirkt sind (Dispositiv-Ziffer 2), dass die Mängelrechte der Beklagten in Bezug auf die lediglich mit Doppelverglasung versehenen Fenster verwirkt sind (Dispositiv-Ziffer 3), dass der Beklagten in Bezug auf die weiteren geltend gemachten Mängel gegenüber der Klägerin in diesem Verfahren keine Gewährleistungsansprüche zustehen (Dispositiv-Ziffer 4) und dass die Prozesskosten zur Hauptsache geschlagen und im Endurteil verlegt werden (Dispositiv-Ziffer 5).
B.c. Mit Entscheid vom 29. Oktober 2014 verurteilte das Handelsgericht des Kantons Bern die Beklagte, der Klägerin Fr. 31'023.85 nebst Zins von 5 % seit 1. März 2012 zu bezahlen und beseitigte in diesem Umfang den Rechtsvorschlag. Soweit weitergehend wurde die Klage abgewiesen; alles unter entsprechender Kosten- und Entschädigungsfolge.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, der Entscheid vom 29. Oktober 2014 sowie Ziffern 1 und 3 des Zwischenentscheids vom 26. September 2013 des Handelsgerichts des Kantons Bern seien kostenfällig aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen, eventualiter sei die Sache zur Sachverhaltsergänzung und neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin trägt auf Abweisung der Beschwerde an, soweit darauf einzutreten ist, während die Vorinstanz auf eine Stellungnahme verzichtete.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
Die Beschwerde richtet sich sowohl gegen den Endentscheid vom 29. Oktober 2014 als auch gegen Dispositiv-Ziffern 1 und 3 des Zwischenentscheids vom 26. September 2013. Bei Letzterem handelt es sich um einen selbstständig eröffneten Vor- und Zwischenentscheid gemäss <ref-law>, mit welchem die Frage der Verjährung der von der Beschwerdegegnerin geltend gemachten Forderung insgesamt sowie über die Vorfragen, ob die von der Beschwerdeführerin zur Verrechnung gestellten Mängelansprüche verjährt oder verwirkt sind, entschieden wurde. Dieser Entscheid war nicht direkt angefochten worden, weshalb er gemäss <ref-law> durch Beschwerde gegen den Endentscheid angefochten werden kann, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt. Die Beschwerde in Zivilsachen steht mithin gegen beide vorinstanzlichen Entscheide offen, womit auf diese - unter Vorbehalt einer genügenden Begründung - eingetreten werden kann.
2.
2.1. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Mit Blick auf die Begründungspflicht der Beschwerdeführerin (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104 f.). Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 sowie Art. 106 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Rechtsverletzung liegt (<ref-ruling> E. 2 S. 116).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den streitgegenständlichen Lebenssachverhalt als auch jene über den Ablauf des vorinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Die Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 18 mit Hinweisen) und erheblich sind (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Soweit sie den Sachverhalt ergänzen will, hat sie zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90 mit Hinweisen). Auf eine Kritik am angefochtenen Urteil, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten.
3.
3.1. Die Vorinstanz stellte fest, bezüglich der Kaufpreistilgung seien die Parteien übereingekommen, dass die Beschwerdeführerin berechtigt sei, "im Umfang von CHF 104'650.00 der Anzahlung lit. a, einen Bautreuhänder beizuziehen, über welchen die Zahlungen an die Handwerker abgewickelt werden". Diese Summe entspreche dem Betrag, der im Kaufvertrag für den geschuldeten Standardausbau der Wohnung vorgesehen gewesen sei. Zu Lasten der ersten Anzahlung sei der Betrag von Fr. 104'650.-- auf das Bautreuhandkonto überwiesen worden. Damit habe die Beschwerdeführerin den Kaufpreis in diesem Umfang getilgt. Da auch der restliche Kaufpreis von der Beschwerdeführerin bezahlt worden sei, sei der Anspruch der Beschwerdegegnerin auf Kaufpreiszahlung erloschen. Die Beschwerdegegnerin habe aber zwei Zahlungen an Handwerker in der Höhe von insgesamt Fr. 68'000.-- (Küche und Cheminée) selber vorgenommen, obwohl diese - zumindest im Rahmen des dafür vorgesehenen Budgets von Fr. 35'000.-- bzw. Fr. 8'000.-- - gemäss Vertrag vom Treuhandkonto hätten bezahlt werden müssen. Nachdem nicht alle Handwerkerrechnungen über das Bautreuhandkonto bezahlt worden waren, sei dieses aufgelöst und der Restsaldo an die Beschwerdeführerin zurückerstattet worden. Diese Rückerstattung komme einer teilweisen Rückerstattung des Kaufpreises gleich, ohne dass hierfür ein Rechtsgrund bestanden habe. Im Umfang dieser Überweisung vom Bautreuhandkonto sei die Beschwerdeführerin ungerechtfertigt bereichert. Damit bestehe ein Bereicherungsanspruch der Beschwerdegegnerin "im Umfang der von der Beklagten anerkannten CHF 68'000.--" (Hervorhebung beigefügt).
Der Bereicherungsanspruch sei sodann nicht verjährt. Fristauslösende Kenntnis von ihrem Anspruch habe die Beschwerdegegnerin erst zum Zeitpunkt gehabt, in welchem sie von der Überweisung des Saldos des Treuhandkontos an die Beschwerdeführerin erfahren habe. Das sei am 25. September 2013 anlässlich der vorinstanzlichen Fortsetzungsverhandlung gewesen. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin habe die Verjährungsfrist nicht bereits am 26. November 2009 mit der Bestreitung der Schlussrechnung zu laufen begonnen, da die Beschwerdegegnerin damit noch nicht von ihrem Anspruch aus ungerechtfertigter Bereicherung wissen konnte. Damit sei die einjährige Frist gemäss <ref-law> eingehalten.
3.2. Die Beschwerdeführerin bestreitet die Höhe des Anspruchs.
3.2.1. Es sei nie festgestellt worden, welcher Restsaldo bei Auflösung des Treuhandkontos an die Beschwerdeführerin überwiesen worden sei. Theoretisch bewege sich dieser Betrag zwischen Fr. 1.-- und Fr. 104'650.--. Die Vorinstanz sei von Fr. 68'000.-- ausgegangen, was dem Betrag (abgerundet) der beiden Rechnungen für Küche und Cheminée entspreche. Der Bereicherungsanspruch könne aber maximal die Gesamtsumme der beiden Budget positionen für Küche (Fr. 35'000.--) und Cheminée (Fr. 8'000.--), somit Fr. 43'000.-- betragen. Entgegen der Feststellung im angefochtenen Zwischenentscheid habe sie den Betrag von Fr. 68'000.-- nicht anerkannt. Sie habe in der Klageantwort lediglich darauf hingewiesen, dass dieser Betrag als maximale Ausgangsbasis zu gelten habe.
3.2.2. Zum für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlichen Sachverhalt gehört wie erwähnt auch der Prozesssachverhalt. Die Beschwerdeführerin müsste somit rechtsgenüglich darlegen, dass die Feststellung der Vorinstanz willkürlich ist (vgl. E. 2.2). Das gelingt ihr mit ihrem (einzigen) Hinweis auf die Ausführungen in der Klageantwort nicht. Zwar erwähnt sie an der von ihr angegebenen Stelle, dass sie "von einem abzurechnenden Ausgangsbetrag von maximal CHF 68'000.00" ausgehe. Sie diskutiert dann von der Beschwerdegegnerin geltend gemachte Mehrkosten, die sie bestreitet, um dann zu schliessen: "Dies hat zur Folge, dass die Klägerin allein einen Betrag von CHF 68'000.00 inkl. MWST abrechnen kann. Darüber hinausgehende Positionen werden von der Beklagten nicht anerkannt und gelten als bestritten". Wenn die Vorinstanz daraus im Umkehrschluss ableitete, der Betrag von Fr. 68'000.-- sei anerkannt und gelte als nicht bestritten, ist dies nicht willkürlich. Im Übrigen ist auch nicht nachvollziehbar, weshalb die Beschwerdeführerin, an welche die Rückzahlung aus dem Treuhandkonto nach ihrer eigenen Darstellung erfolgte, den genauen Betrag nicht nennt.
3.3. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin verletzt der angefochtene Zwischenentscheid sodann <ref-law>, denn der Bereicherungsanspruch sei verjährt.
3.3.1. Die Beschwerdegegnerin habe für ihre freiwillig und ohne ersichtlichen Rechtsgrund geleisteten Zahlungen der beiden erwähnten Rechnungen (Küche und Cheminée) am 26. November 2009 gegenüber der Beschwerdeführerin eine Rechnung ausgestellt und damit ihre Forderung erstmals geltend gemacht. Die Beschwerdeführerin habe diese Rechnung weder anerkannt noch bezahlt und dies der Beschwerdegegnerin entsprechend kommuniziert. Die einjährige Frist gemäss <ref-law> habe daher mit der Rechnungsstellung am 26. November 2009 zu laufen begonnen, spätestens aber am 12. Januar 2010 bzw. 22. März 2010, als sie die Rechnungen bestritten habe. Spätestens am 22. März 2011 sei daher die einjährige Frist abgelaufen.
3.3.2. Fristauslösende Kenntnisnahme liegt vor, wenn der Gläubiger einen solchen Grad von Gewissheit über den Bereicherungsanspruch hat, dass nach Treu und Glauben gesagt werden kann, der Gläubiger habe nunmehr keinen Anlass oder keine Möglichkeit mehr zu weiterer Abklärung und anderseits genügend Unterlagen zur Klageerhebung, so dass ihm eine solche vernünftigerweise zugemutet werden dürfe. Gewissheit über den Bereicherungsanspruch setzt Kenntnisse über das ungefähre Ausmass der Vermögenseinbusse, die Grundlosigkeit der Vermögensverschiebung und die Person des Bereicherten voraus (<ref-ruling> E. 3.4 S. 505 f. mit Hinweisen).
Keine der Parteien macht (mehr) geltend, dass es sich nicht um einen Bereicherungsanspruch handelt. Die Beschwerdeführerin äussert sich auch nicht - jedenfalls nicht in rechtsgenüglicher Form (vgl. E. 2.1) - zur Begründung des Bereicherungsanspruchs durch die Vorinstanz, wonach die Bereicherung durch die Rückzahlung aus dem Treuhandkonto entstand; davon ist somit auszugehen. Handelt es sich aber um einen Bereicherungsanspruch aufgrund der Rückzahlung, ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz den Beginn der Verjährungsfrist auf den 25. September 2013 festlegte, als die Beschwerdegegnerin von der Überweisung des Saldos des Treuhandkontos an die Beschwerdeführerin erfuhr. Selbst wenn man aber davon ausginge, zu beurteilen sei nicht ein Bereicherungsanspruch zufolge der Rückzahlung aus dem Treuhandkonto, sondern ein solcher gestützt auf die freiwillige und nicht geschuldete Zahlung der Rechnungen durch die Beschwerdegegnerin, wovon die Beschwerdeführerin allenfalls implizit - jedoch ohne weitere Begründung - ausgeht, wäre keine Verjährung anzunehmen. Die blosse Abrechnung der geleisteten Zahlungen kann für sich allein zweifellos nicht genügen. Zu den Bestreitungen der Abrechnung durch die Beschwerdeführerin gemäss deren Schreiben vom 12. Januar 2010 bzw. 22. März 2010 hat die Vorinstanz keine Feststellungen getroffen und die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsergänzung (vgl. E. 2.2) werden von der Beschwerdeführerin nicht dargelegt. Darauf kann somit in tatsächlicher Hinsicht nicht abgestellt werden. Im Übrigen ergibt sich aus den von ihr erwähnten Schreiben, dass sie den Anspruch der Beschwerdegegnerin zwar bestritt, jedoch weil sie ihm Mängelansprüche entgegenhielt. Im Schreiben vom 12. Januar 2010 machte sie zur Rechnung betreffend die Küche gar keine Bemerkungen und zur Rechnung betreffend das Cheminée bezeichnete sie einzig den Betrag von Fr. 176.15 als "nicht anerkannt ".
4.
Im Hinblick auf ihr Eventualbegehren rügt die Beschwerdeführerin sodann eine falsche Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz und macht geltend, bei ihrer verrechnungsweise geltend gemachten Forderung betreffend die in der Attikawohnung eingebauten Fenster, handle es sich entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht um offene, sondern um verdeckte Mängel gemäss Art. 179 Abs. 1 SIA-Norm 118, womit ihre Mängelrüge nicht verwirkt sei.
In tatsächlicher Hinsicht ist erstellt, dass ein Teil der eingebauten Fenster lediglich eine zweifache Isolierverglasung aufweisen, anstelle der im Baubeschrieb vorgesehenen Dreifachverglasung. Die Vorinstanz gelangte jedoch in Würdigung der Beweise - insbesondere des am 25. September 2013 durchgeführten Augenscheins sowie der Aussage des Zeugen D._ - zum Schluss, dass es sich bei der bloss zweifachen Verglasung um einen offenen bzw. zumindest erkennbaren Mangel handeln würde, welchen die Bauherrin bzw. die Beschwerdeführerin auch ohne besondere Fachkenntnisse bei der gemeinsamen Prüfung mit der gebotenen Sorgfalt hätte erkennen können. Dagegen wendet die Beschwerdeführerin - ohne dies weiter zu begründen - ein, dies habe von ihr als Laie im Baubereich anlässlich der Wohnungsabnahme vom 10. August 2009 nicht gesehen bzw. erkannt werden können. Allein die Tatsache, dass für einen Spezialisten wie den Zeugen D._, eine Doppelverglasung erkennbar sei, bedeute noch nicht, dass auch ein Laie diesen hätte erkennen sollen. Die Vorinstanz setze damit einen "äusserst hohen Massstab" an, denn es habe der Beschwerdeführerin unmöglich zugemutet werden können, bei jedem einzelnen Fenster zu prüfen, ob diese gemäss Baubeschrieb geschuldete Dreifachverglasung tatsächlich eingebaut worden sei. Vielmehr wäre es an der Beschwerdegegnerin bzw. an der Vorinstanz gelegen, genügend zu substanziieren und zu begründen, weshalb die mangelhafte Verglasung von der Beschwerdeführerin hätte erkannt werden müssen. Damit vermag die Beschwerdeführerin den Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge (vgl. E. 2.2 hiervor) nicht zu genügen und die vorinstanzliche Feststellung entsprechend nicht als willkürlich auszuweisen. Ihre Rüge erweist sich als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
5.
Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Juni 2015
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Kiss
Die Gerichtsschreiberin: Reitze-Page