Fatti:
A.
Il 23 settembre 2014 l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI) ha spiccato una "decisione preventiva ponteggio" nei confronti di A._ SA, società anonima avente per scopo fra l'altro la gestione di una ditta di carpenteria, copertura tetti, e lattoneria. Con questo provvedimento l'assicuratore ha vietato alla società l'uso di alcune impalcature di cantiere fino all'eliminazione delle carenze riscontrate.
B.
B.a. A._ SA ha presentato ricorso al Tribunale amministrativo federale contro la decisione dell'INSAI, chiedendone l'annullamento. A._ SA ha precisato che "per motivi cautelativi la ricorrente ha ritenuto di nondimeno introdurre il presente ricorso. Sarà tuttavia ben disposta a ritirarlo, qualora la SUVA dovesse confermare che la querelata decisione non può essere considerata per eventuali aumenti di premio ai sensi dell'<ref-law>".
B.b. Il 4 febbraio 2015 l'INSAI, nel quadro della risposta al ricorso dinanzi al Tribunale amministrativo federale, ha confermato che la decisione impugnata non sarebbe stata considerata per eventuali aumenti di premio a norma dell'<ref-law>. L'assicuratore, rinviando a precedente corrispondenza con A._ SA, ha tuttavia sottolineato che quest'ultima sapeva come fosse bastato mettere in atto i provvedimenti richiesti al fine di scongiurare aumenti di premio. A._ SA ha ritirato il ricorso, ma ha ribadito per contro che essa è stata obbligata a presentarlo, perché l'INSAI non aveva chiarito l'aspetto dell'aumento dei premi.
B.c. Il Tribunale amministrativo federale con decisione del 17 febbraio 2015 ha preso atto del ritiro del ricorso e ha stralciato dai ruoli la causa. Non ha riscosso spese processuali, ma ha condannato l'INSAI a rifondere fr. 1'000.- ad A._ SA a titolo di spese ripetibili.
C.
L'INSAI contro la sua condanna alla rifusione ad A._ SA di fr. 1'000.- a titolo di spese ripetibili presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo che il giudizio precedente sia annullato su tale aspetto. Pretende inoltre che A._ SA si faccia carico delle spese e delle ripetibili per la procedura dinanzi al Tribunale federale.
L'opponente chiede di respingere il ricorso, mentre il Tribunale amministrativo federale rinuncia a presentare osservazioni.

Diritto:
1.
ll ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, così come stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>; cfr. tuttavia l'eccezione del cpv. 2), non essendo vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità precedente. Benché la controversia riguarda l'assicurazione contro gli infortuni, ma non l'assegnazione o il rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione contro gli infortuni (<ref-law> e contrario; cfr. sentenza 8C_256/2009 dell'8 giugno 2009 consid. 2.2.2), il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62), oppure in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>). Salvo i casi in cui tale inesattezza sia lampante, la parte ricorrente che intende contestare i fatti accertati dall'autorità inferiore deve spiegare, in maniera circostanziata, per quale motivo ritiene che le condizioni di una delle eccezioni previste dall'<ref-law> sarebbero realizzate (cfr. <ref-ruling> consid. 1.4.3 pag. 254 con riferimento).
2.
2.1. Il Tribunale amministrativo federale, dopo aver esposto le norme applicabili, ha precisato che per determinare la parte che ha reso il procedimento privo di oggetto occorre fondarsi su criteri materiali, essendo irrilevante chi esegue l'azione processuale formale di desistenza. La Corte di prime cure ha concluso che il ricorso è divenuto senza interesse per il comportamentodell'INSAI, il quale solo in sede ricorsuale ha confermato che con la decisione preventiva non ci sarebbero state conseguenze sui premi. L'INSAI ha peraltro confermato in una lettera successiva all'opponente che non vi è stata alcuna violazione delle disposizioni in materia di sicurezza. Le comunicazioni risalenti al 2010 e 2011 poiché "datate" sono state oltretutto ritenute irrelevanti ai fini del giudizio.
2.2. Il ricorrente censura una violazione dell'art. 5 del regolamento sulle tasse e sulle spese ripetibili nelle cause dinanzi al Tribunale amministrativo federale (TS-TAF; RS 173.320.2). Il ricorrente sostiene che la decisione preventiva impugnata dinanzi al Tribunale amministrativo federale non potesse avere influenza sui premi perché emessa ad uno stadio anticipato rispetto al loro possibile aumento, perché la stessa decisione non menziona alcunché relativamente ai premi e perché già in passato l'INSAI ha confermato all'opponente che la messa in atto delle misure richieste non comporta aumenti di premio. Il ricorrente conclude quindi che è la parte opponente ad aver provocato del tutto inutilmente la procedura dinanzi al Tribunale amministrativo federale. Non compete quindi all'INSAI risarcire tali spese di parte.
3.
3.1. A norma dell'<ref-law> se una causa diviene priva d'oggetto, di regola le spese processuali sono addossate alla parte il cui comportamento rende priva d'oggetto la causa. Se una causa diviene priva d'oggetto senza che ciò sia imputabile ad una parte, le spese sono fissate tenuto conto dello stato delle cose prima del verificarsi del motivo che termina la lite. Tale normativa tende innanzitutto a ricercare materialmente se possa essere imputata a una parte la circostanza che la controversia sia divenuta priva d'oggetto, solamente se non possa essere imputata a nessuno diventano decisive le probabilità di successo del ricorso (André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2008, n. 4.72). Giova oltretutto ricordare che il giudice valuta sommariamente tali circostanze (Moser/ Beusch/Kneubühler, n. 4.73). La norma è aperta e il giudice dispone infatti di un ampio margine di apprezzamento, che il Tribunale federale riesamina soltanto sotto il profilo dell'eccesso o dell'abuso di apprezzamento (cfr. sentenza 8C_329/2011 del 29 luglio 2011 consid. 6.1 con riferimenti).
3.2. L'<ref-law> riprende in buona sostanza la normativa applicabile dinanzi al Tribunale federale, il quale quando una lite diventa senz'oggetto o priva d'interesse giuridico per le parti, udite le parti, ma senz'ulteriore dibattimento, dichiara il processo terminato e statuisce, con motivazione sommaria, sulle spese, tenendo conto dello stato delle cose prima del verificarsi del motivo che termina la lite (<ref-law> combinato con l'<ref-law>). Il giudice dell'istruzione (<ref-law>) nel giudizio sulle spese prende innanzitutto in considerazione l'esito prevedibile del processo (<ref-ruling> consid. 2a pag. 374). Non si tratta di esaminare puntualmente le probabilità di successo, quanto piuttosto di porre termine alla procedura alla luce di un giudizio celere e sommario degli atti. Dal giudizio sulle spese non ne deve derivare una sentenza con considerazioni materiali né tantomeno dev'essere pregiudicata una questione giuridica magari complessa. Se non dovesse essere possibile sincerarsi del prevedibile esito del procedimento, conviene rifarsi ai concetti generali della procedura civile. È soccombente quindi in linea di principio la parte che ha indotto il procedimento poi divenuto privo d'oggetto o che ha provocato i motivi per cui la procedura è divenuta senza interesse (decreto 2C_201/2008 del 14 luglio 2008 consid. 2.3 con riferimento).
3.3. I controlli relativi alle prescrizioni concernenti la sicurezza sul lavoro, in esecuzione degli art. 81-88 LAINF, sono retti dagli art. 60 segg. dell'ordinanza del 19 dicembre 1983 sulla prevenzione degli infortuni e delle malattie professionali (OPI; RS 832.30). A norma dell'<ref-law> l'organo d'esecuzione competente, se, durante un'ispezione, accerta un'infrazione alle prescrizioni concernenti la sicurezza sul lavoro, ne avverte il datore di lavoro e gli fissa un congruo termine per ovviarvi. L'avvertimento deve essere confermato per scritto al datore di lavoro (cpv. 1). In caso d'urgenza, l'organo d'esecuzione rinuncia all'avvertimento e prende una decisione secondo l'<ref-law>. Se sono necessari provvedimenti provvisionali, dev'essere informata l'autorità cantonale incaricata dell'assistenza giudiziaria (cpv. 2). Giusta l'<ref-law> se non è dato seguito a un avvertimento, l'organo d'esecuzione competente, dopo aver consultato il datore di lavoro e i lavoratori direttamente interessati, ordina i provvedimenti necessari mediante decisione e fissa al datore di lavoro un congruo termine per eseguirli (cpv. 1). Il datore di lavoro deve informare i lavoratori o i loro rappresentanti nell'azienda sulle disposizioni degli organi d'esecuzione (cpv. 2). Secondo l'<ref-law> il datore di lavoro deve dare pronta conferma dell'esecuzione dei provvedimenti. In virtù dell'<ref-law> se il datore di lavoro non dà seguito a una decisione esecutiva o se viola in altro modo le prescrizioni concernenti la sicurezza sul lavoro, la sua azienda può venir attribuita a un grado superiore della tariffa dei premi (aumento di premio). L'aumento di premio, la cui applicazione può essere anche retroattiva (<ref-law>), in tale contesto ha una valenza sostanzialmente sanzionatoria verso l'azienda che non rispetta le prescrizioni di sicurezza e di prevenzione degli infortuni (<ref-ruling> consid. 2c pag. 260). L'aumento di premio non è subordinato alla gravità dell'inosservanza di tali normative. In altre parole è sufficiente che l'azienda violi le prescrizioni perché di principio si faccia luogo a un aumento di premio di regola di almeno il 20% (<ref-law> e 66 cpv. 2 OPI; <ref-ruling> consid. 4b pag. 263 seg.).
3.4. Nella propria decisione del 23 settembre 2014 il ricorrente ha accertato che in un cantiere dell'azienda opponente, pur riconoscendo che al momento del controllo il personale non lavorava nelle zone esposte a pericolo, non sono state attuate alcune misure di sicurezza a tutela dei lavoratori. In modo particolare nell'impalcatura sono stati riscontrati sei aspetti non conformi alle prescrizioni. Il provvedimento ha indicato esplicitamente il proprio carattere decisionale a norma degli art. 62 cpv. 2 e 64 cpv. 1 OPI. L'azienda opponente nel suo ricorso al Tribunale amministrativo federale non ha contestato le carenze all'impalcatura, apparentemente già riscontrate dalla stessa azienda e poi sanate, ma ha messo in luce che la decisione potesse essere relativa all'attribuzione alle classi o ai gradi di premi o comunque suscettibile di influire sui premi. Nel merito ha sottolineato che non potesse essere rinfacciato alcun rimprovero all'azienda poiché nessun operaio ha fatto uso dell'impalcatura finché non è stata messa a norma. Nel quadro della procedura dinanzi al Tribunale amministrativo federale, dopo che l'assicuratore ha confermato per iscritto come non vi sarebbero stati aumenti di premio, l'azienda interessata ha ritirato il ricorso.
3.5. Il giudice di primo grado, nel quadro dell'esame sommario a cui si procede nell'evenienza di un ricorso ritirato o privo d'oggetto (consid. 3.2), avrebbe dovuto rendersi conto che le irregolarità tecniche riscontrate nell'impalcatura non erano in sé contestate, tanto che la stessa azienda ha dato seguito immediatamente all'invito rivolto dall'assicuratore. A ragione quindi, a tutela della sicurezza dei lavoratori sul cantiere, la ricorrente ha emanato una decisione preventiva, richiamando dettagliatamente tutti gli aspetti e le norme violate. Certo, la decisione amministrativa emessa a norma degli art. 62 cpv. 2 e 64 cpv. 1 OPI non ha tematizzato la questione dell'aumento dei premi, ma tale aspetto si sarebbe semmai dovuto trattare in una successiva decisione fondata sull'<ref-law>. A tutela del proprio agire il ricorrente richiama una precedente corrispondenza da cui l'azienda avrebbe potuto percepire che i premi non sarebbero stati oggetto di aumento. Ci si potrebbe chiedere se l'assicuratore, alla luce della sua prassi, fosse tenuto (<ref-law> e 27 LPGA) ad informare per lo meno sommariamente l'azienda sulla sorte dei premi, in caso di ottemperanza o no delle relative ingiunzioni, già in occasione della decisione del 23 settembre 2014. Tuttavia l'assenza di tale questione, che esula dall'oggetto del contendere della cosiddetta decisione preventiva, non poteva chiaramente far ritenere che l'assicuratore avesse in un qualche modo e senza motivo indotto l'azienda opponente a ricorrere dinanzi al Tribunale amministrativo federale. In tali condizioni, la condanna del ricorrente al pagamento di un'indennità per ripetibili, seppur ridotta, lede il diritto federale.
4.
Ne segue che il ricorso dev'essere accolto e il dispositivo n. 3 della decisione impugnata va annullato. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono poste a carico dell'opponente (<ref-law>). Non si attribuiscono ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto e il dispositivo n. 3 della decisione del Tribunale amministrativo federale, Corte III, del 17 febbraio 2015 è annullato.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico dell'opponente.
3.
Comunicazione alle parti, al Tribunale amministrativo federale, Corte III, e all'Ufficio federale della sanità pubblica.