A.- Le 16 mai 1989, les époux A._ ont pris à bail un appartement de cinq pièces au quatrième étage de l'immeuble M._, à Genève, dont la société Y._ est propriétaire. Le 20 novembre 1989, les parties ont signé un contrat de bail, avec effet rétroactif au 1er juin 1989, qui fixait des loyers mensuels échelonnés de 1'900 fr. à 2'050 fr. de juin 1989 au 31 mai 1992. Le même jour, les parties ont signé deux contrats de bail portant chacun sur une place de parc extérieure devant l'immeuble C._, à Genève, pour la même période, et prévoyant un loyer mensuel échelonné de 350 fr. à 400 fr. pour chaque place. La propriétaire était représentée par l'agence immobilière X._.
Par décision du 30 mars 1990, la Commission cantonale de recours instituée par la loi sur les constructions et les installations diverses (ci-après: la Commission de recours) a autorisé la société Y._ à transformer l'appartement remis à bail aux époux A._ et fixé le loyer à 18'000 fr. par an, charges non comprises, soit 1'500 fr. par mois, pour une durée de cinq ans. Les travaux, déjà réalisés, consistaient dans la réfection complète de l'appartement.
Le 3 décembre 1990, les époux A._ ont conclu un contrat de bail portant sur une place de parc double au sous-sol de l'immeuble C._, pour un loyer mensuel de 250 fr.
Le 10 février 1992, la société Y._ a fait notifier aux époux A._ un avis de majoration de loyer portant ce dernier à 29'082 fr. par an, soit 2'423. 50 fr. par mois, dès le 1er juin 1992, l'échéance étant reportée au 1er juin 1993 d'entente avec la propriétaire.
D'après les époux A._, les parkings extérieurs étaient fictifs et ils avaient résilié les baux les concernant le 29 novembre 1993. Selon la propriétaire, ils avaient été mis à disposition des locataires le 1er juin 1989; ceux-ci avaient résilié une première fois les baux en 1993, avant de retirer leur résiliation pour la renouveler en 1997 à l'échéance du 31 octobre, la "sortie" effective datant du 6 novembre 1997.
B.- Par avis des 2 et 5 février 1999, X._ a avisé les époux A._ qu'elle résiliait le bail de l'appartement et du parking double en sous-sol en raison du non-paiement des loyers.
Le 18 février 1999, les locataires ont saisi la Commission cantonale de conciliation en matière de baux et loyers d'une requête visant à la constatation de la nullité des baux portant sur les deux parkings extérieurs, d'une part, et de l'inefficacité du congé concernant l'appartement, d'autre part, ainsi qu'à la restitution des loyers payés en trop, pour un montant total de 137'515 fr.80. Le même jour, ils ont informé le Département cantonal de l'aménagement, de l'équipement et du logement (ci-après: le Département) des loyers qu'ils avaient payés, en partant de l'idée que les importantes rénovations avaient dû donner lieu à la fixation du loyer conformément à la loi genevoise sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation, du 22 juin 1989 (aLDTR).
C.- Par décision du 17 mai 1999, notifiée le 19 mai 1999, le Département a ordonné à la société Y._ et à X._, prises solidairement, de restituer aux époux A._ le trop-perçu de loyer pour la période allant du 1er juin 1989 au 31 mai 1994, soit un montant de 53'900 fr.
avec intérêts à 5% dès la prise d'effet des différents loyers, composé de 30'800 fr. pour l'appartement de 5 pièces et de 23'100 fr. pour les "parkings extérieurs fictifs". Il leur a également infligé une amende administrative de 20'000 fr., solidairement entre elles.
Le 16 juin 1999, X._ a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève en invoquant la prescription de l'amende, l'illégalité de l'ordonnance de restitution du trop-perçu de loyer et l'incompétence matérielle de cette autorité au profit du Tribunal des baux et loyers. La société Y._ en a fait de même le 18 juin 1999.
Par arrêt du 21 décembre 1999, le Tribunal administratif a partiellement admis les recours, après les avoir joints, et a annulé les décisions du Département en tant qu'elles infligeaient aux sociétés une amende de 20'000 fr.
qu'il tenait pour prescrite. Il les a confirmées pour le surplus, après avoir considéré qu'un délai de prescription de dix ans était applicable à la restitution du trop-perçu de loyer ordonnée en vertu de l'art. 129 let. e de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses, du 14 avril 1988 (LCI), par analogie avec l'<ref-law> et la jurisprudence rendue dans des domaines parallèles.
D.- Agissant par la voie du recours de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause à l'autorité compétente pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants. Elle voit une application arbitraire des art. 129 let. e et 137 LCI, en relation avec le principe de la légalité, dans sa condamnation solidaire au remboursement des loyers perçus en trop et reproche au Tribunal administratif de s'être arrogé une compétence à son avis exclusivement reconnue au Tribunal des baux et loyers. Elle lui fait en outre grief d'avoir apprécié arbitrairement la situation de fait et les moyens de preuve en la condamnant à supporter conjointement avec la société Y._ la totalité des loyers perçus en trop alors que certains ont été encaissés par l'Office des poursuites directement, lorsque l'immeuble de la société Y._ avait été placé en gérance légale.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Le Département conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable et la société Y._ s'en rapporte à justice.
E.- Par ordonnance du 15 mars 2000, le Président de la Ie Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif présentée par la recourante.

Considérant en droit :
1.- La recourante est personnellement touchée par l'arrêt attaqué qui confirme l'obligation mise conjointement à sa charge de restituer une somme de 53'900 fr. aux époux A._ à titre de trop-perçu de loyers; elle a un intérêt personnel, actuel et juridiquement protégé à ce que cet arrêt soit annulé et a, partant, qualité pour recourir selon l'art. 88 OJ. Sous réserve des conclusions qui vont au-delà de la simple annulation de l'arrêt attaqué et qui sont de ce fait irrecevables (<ref-ruling> consid. 1b p. 107; <ref-ruling> consid. 5a p. 96; <ref-ruling> consid. 4a p. 332 et les références citées), le présent recours répond au surplus aux exigences des art. 84 ss OJ.
2.- La recourante se plaint en premier lieu de l'incompétence matérielle du Tribunal administratif au profit du Tribunal des baux et loyers.
Ce grief aurait en principe dû être soumis au Tribunal des conflits en vertu des art. 12 al. 1 et 14 al. 1 de la loi genevoise du 29 mai 1970 sur le Tribunal administratif et le Tribunal des conflits, encore en vigueur lorsque l'arrêt attaqué a été rendu. Or, si elle a effectivement contesté la compétence du Département, puis du Tribunal administratif pour ordonner la restitution de loyers perçus en sus du montant fixé par la Commission de recours en application de la loi sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation, la recourante ne s'est pas pourvue devant l'autorité compétente pour trancher ce conflit; on doit ainsi admettre qu'elle a renoncé, par acte concluant, à saisir l'instance cantonale habilitée à statuer sur le conflit de compétences entre les deux types de juridictions, respectivement administrative et civile. Ce faisant, elle n'a pas satisfait à la règle de l'épuisement des moyens de droit cantonal (<ref-ruling> consid. 2 p. 648/649; cf. Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, Berne 1994, p. 330), de sorte que le grief tiré de l'incompétence du Tribunal administratif est irrecevable dans le cadre de la procédure de recours de droit public.
3.- Pour le surplus, la recourante admet qu'elle pouvait faire l'objet d'une sanction administrative prise sous la forme d'une amende au sens de l'art. 137 LCI, pour n'avoir pas respecté la décision de la Commission de recours du 30 mars 1990 fixant le loyer de l'appartement litigieux, après transformations, à 18'000 fr. par année, pour une durée de cinq ans; elle s'oppose en revanche à la restitution des loyers perçus en trop, qu'elle considère comme une sanction cumulative illégale et dénuée d'objet, puisque, en sa qualité de mandataire de la société propriétaire, elle ne se serait pas enrichie aux dépens des locataires concernés.
a) Tel qu'il découle de l'art. 4 aCst. , applicable au présent recours interjeté contre un arrêt rendu avant le 1er janvier 2000, date d'entrée en vigueur de la Constitution fédérale du 18 avril 1999, le principe de la légalité couvre l'ensemble de l'activité étatique. Bien qu'étant de rang constitutionnel, il n'est pas un droit fondamental ayant une portée propre, dont la violation peut être invoquée de façon indépendante dans le cadre d'un recours de droit public.
Lorsque, comme en l'espèce, la violation de ce principe n'est pas alléguée en relation avec un droit constitutionnel spécifique, le Tribunal fédéral examine ce grief sous l'angle restreint de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2b et c p. 4 et les arrêts cités).
Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, si elle a été adoptée sans motif objectif et en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 2a p. 168; <ref-ruling> consid. 5b p. 134 et les arrêts cités).
b) Les faits à l'origine de l'ordre de restitution attaqué ayant eu lieu antérieurement au 23 mars 1996, date à laquelle est entrée en vigueur la loi sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation, du 25 janvier 1996, l'ancienne loi du 22 juin 1989 est applicable.
Selon l'art. 44 al. 1 aLDTR, celui qui contrevient aux dispositions de cette loi est passible des mesures et des sanctions administratives fixées par les art. 129 à 139 LCI, sans préjudice des peines plus élevées prévues par le Code pénal.
L'art. 137 LCI institue des amendes administratives alors que l'art. 129 énonce un catalogue de mesures, la lettre e visant la remise en état, la réparation, la modification, la suppression ou la démolition, soit toute mesure destinée à rétablir une situation conforme au droit.
En l'occurrence, le Département et le Tribunal administratif ont successivement ordonné, puis confirmé la mesure litigieuse sur la base de l'art. 129 let. e LCI qui incluait, selon la jurisprudence cantonale, la restitution du loyer versé en trop dans les mesures de remise en état ou de suppression de l'état de chose créé en violation de l'ordre juridique.
Contrairement à ce qu'estime la recourante, une telle extension jurisprudentielle ne heurte pas le principe de la légalité, dès lors qu'il suffit, pour respecter les exigences qui en découlent, que l'obligation inexécutée ait elle-même une base légale, sans que l'intervention pour le rétablissement de la situation antérieure, qui aurait dû être maintenue si l'administré avait respecté ses devoirs, ne doive elle-même être expressément mentionnée dans la loi (<ref-ruling> consid. 6c p. 226; <ref-ruling> consid. 1c p. 276 et les arrêts cités; Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, Zurich 1998, p. 237 n° 918; Pierre Moor, Droit administratif, vol. II, Berne 1991, n. 1.4.1.2, p. 65 et la jurisprudence citée).
Ainsi, le Département était fondé à adresser aux perturbateurs, par comportement ou par situation, l'ordre de remise en état de la chose, soit la restitution des loyers perçus en sus du montant fixé par la Commission de recours dans sa décision du 30 mars 1990 (sur la notion de perturbateur, cf. <ref-ruling> consid. 6a; <ref-ruling> consid. 4c p. 415; <ref-ruling> consid. 2a/bb p. 51; <ref-ruling> consid. 2a p. 23 et les références citées; ZBl 88/1987 p. 301 consid. 1a p. 302). A cet égard, aussi bien la société propriétaire que la régie chargée d'établir les contrats de bail au nom de cette dernière, de percevoir les loyers avant de les lui créditer et, de façon plus générale, de traiter de diverses relations avec le locataire pour le compte de sa mandante, pouvaient en principe être recherchées, sans qu'il y ait lieu de déterminer si la violation du droit résultait en l'espèce d'une perturbation par situation ou par comportement.
Aussi longtemps que la recourante percevait des loyers excessifs et contraires aux dispositions pertinentes de la loi sur les démolitions, transformations et rénovations de maisons d'habitation, au profit de la propriétaire, ou conservait de tels avoirs, elle entrait en considération comme perturbatrice et destinataire possible de l'ordre de restituer les loyers excédant le montant fixé par la Commission de recours dans sa décision du 30 mars 1990. Ni le Département, ni le Tribunal administratif n'ont donc fait preuve d'arbitraire en considérant que la propriétaire et la mandataire devaient en principe répondre solidairement de l'obligation de remettre en état la chose, soit dans le cas particulier de restituer aux locataires les loyers perçus en trop (ATF <ref-ruling> consid. 2 in fine p. 23).
c) Cela ne conduit pas encore au rejet du recours.
L'ordre de restitution des loyers excessifs porte sur la période du 1er juin 1989 au 31 mai 1994 et a été notifié à la propriétaire et à sa mandataire le 19 mai 1999. Concernant cette dernière, qui affirme, sans être contredite, avoir remis à la propriétaire les loyers encaissés pour le compte de celle-ci et n'être plus en possession de ces sommes, la situation doit être examinée de façon plus nuancée.
En recevant des loyers dont le montant excédait celui fixé par la Commission de recours, pour le compte de la propriétaire, la recourante est intervenue comme perturbatrice par comportement; dans la mesure où elle a conservé les montants payés, avant d'en rendre compte à sa cocontractante, elle peut également être décrite comme une perturbatrice par situation. Dans ces deux hypothèses, elle a pu faire l'objet de l'amende non contestée - aujourd'hui prescrite - dont la finalité est d'assurer la répression de ses agissements illicites.
De même, elle pouvait être la destinataire de mesures administratives ayant pour but le rétablissement d'une situation conforme au droit, au sens de l'art. 129 let. e LCI, et notamment de la notification d'un ordre de restituer les loyers perçus en trop, solidairement avec la propriétaire.
Toutefois, un tel ordre de restitution est justifié et ne peut déployer ses effets que si le destinataire exerce une maîtrise de droit ou de fait sur la chose, au moment où il est mis en demeure de rétablir la situation envisagée dans la conformité à l'ordre juridique, qui n'aurait pas dû être troublé.
Tel n'était plus le cas de la recourante le 17 mai 1999, soit près de cinq ans après l'encaissement du dernier loyer litigieux pour le compte de la propriétaire et le transfert de ce montant à celle-ci. Si la recourante engageait sa responsabilité sous l'angle du droit pénal administratif, jusqu'à la survenance de la prescription de l'art. 137 al. 6 LCI, elle ne pouvait plus faire l'objet d'un ordre de restitution des loyers perçus en trop, à partir du moment où elle en avait remis les montants à la propriétaire, en exécution des obligations qui lui incombaient d'après les rapports de droit privé la liant à celle-ci et fondant ses pouvoirs de représentation. Pour cette raison, le recours de droit public doit être admis et l'arrêt attaqué annulé en ce qui concerne X._, sans qu'il soit nécessaire d'examiner le second moyen soulevé en relation avec l'encaissement de certains loyers par l'Office des poursuites, dont le caractère infondé résulte de la pièce produite par la recourante elle-même.
4.- Vu l'issue de la procédure, il n'y a pas lieu de percevoir d'émolument judiciaire (art. 156 al. 2 OJ); l'Etat de Genève versera en revanche une indemnité à titre de dépens à la recourante qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un mandataire professionnel (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Admet le recours dans la mesure où il est recevable et annule l'arrêt attaqué en tant qu'il concerne la société X._;
2. Dit qu'il n'est pas prélevé d'émolument judiciaire;
3. Alloue une indemnité de dépens de 500 fr. à la recourante, à la charge de l'Etat de Genève;
4. Communique le présent arrêt en copie aux mandataires des parties, au Département de l'aménagement, de l'équipement et du logement ainsi qu'au Tribunal administratif du canton de Genève.
_
Lausanne, le 13 avril 2000 PMN/col
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président, Le Greffier,