Eintragung eines Inhaberschuldbriefs im Grundbuch, hat sich ergeben:
A.- Mit Urkunde vom 24. Oktober 2000 errichtete Notar B._ einen Inhaberschuldbrief über Fr. 50'000.-- im 9. Rang bei einem Vorgang von Fr. 496'000.-- auf verschiedenen landwirtschaftlichen Grundstücken in C._ (Kanton Luzern), die im Eigentum von A._ stehen (Gesamtpfand). Gläubigerin und Pfandnehmerin ist die D._-Stiftung. Am 17. November 2000 bewilligte das Volkswirtschaftsdepartement des Kantons Luzern die sich mit dem neuen Pfandrecht ergebende Überschreitung der Belastungsgrenze gemäss Art. 73 ff. des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über das bäuerliche Bodenrecht (BGBB; SR 211. 412.11), worauf Notar B._ die öffentliche Urkunde über die Errichtung des Grundpfandes zur Eintragung beim Grundbuchamt E._ anmeldete.
B.- Mit Verfügung vom 20. Dezember 2000 wies der Grundbuchverwalter von E._ die Anmeldung ab mit der Begründung, für die Errichtung von Schuldbriefen gelte die Katasterschatzung als Belastungsgrenze. Diese betrage hier Fr. 251'400.-- und werde mit dem neu errichteten Schuldbrief überschritten. Möglich sei die Errichtung einer Grundpfandverschreibung.
Hiergegen beschwerten sich A._ und Notar B._ erfolglos beim Obergericht (Justizkommission) des Kantons Luzern. Dieses erwog in seinem Entscheid vom 5. Februar 2001, <ref-law> ermächtige die Kantone, für die Errichtung von Schuldbriefen eine amtliche Schätzung des Grundstücks vorzuschreiben und zu bestimmen, dass Schuldbriefe nur bis zum Betrag der Schätzung oder eines Bruchteils des Schätzungswertes errichtet werden dürften.
Von dieser Möglichkeit habe der Kanton Luzern durch Erlass des Gesetzes vom 7. März 1939 betreffend die Belastungsgrenze für Schuldbriefe Gebrauch gemacht. Als Belastungsgrenze gelte die Katasterschatzung, die klar überschritten werde. Das kantonale Gesetz sei durch das BGBB nicht abgelöst worden. Zwar werde es mit dem Inkrafttreten des neuen kantonalen EG zum ZGB auf den 1. Januar 2002 aufgehoben.
Bis dann sei es aber massgebend.
C.- Mit Eingabe vom 5. März 2001 führen A._ und Notar B._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht.
Sie beantragen, der Entscheid des Obergerichts und die Abweisungsverfügung des Grundbuchamtes E._ seien aufzuheben und letzteres sei anzuweisen, die Grundbuchanmeldung zu vollziehen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Zur Begründung machen die Beschwerdeführer geltend, seit dem Inkrafttreten des BGBB sei das kantonale Gesetz betreffend die Belastungsgrenze für landwirtschaftliche Grundstücke nicht mehr anwendbar.
Obergericht und Grundbuchamt schliessen auf Abweisung der Beschwerde (soweit darauf einzutreten sei). Auch das Bundesamt für Justiz beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf überhaupt einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Letztinstanzliche kantonale Entscheide aus dem Gebiet der grundbuchrechtlichen Aufsicht unterliegen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht (Art. 97 ff.
OG; Art. 102 Abs. 2 und Art. 103 Abs. 4 GBV [SR 211. 432.1]).
A._ ist als Pfandbesteller durch den angefochtenen Entscheid im Sinne von Art. 103 lit. a OG unmittelbar betroffen und deshalb zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde ohne weiteres berechtigt. Zur Beschwerde legitimiert ist nach der Rechtsprechung auch der verurkundende Notar (<ref-ruling> E. 5 S. 139). Auf das form- und fristgerecht eingereichte Rechtsmittel ist demnach einzutreten.
2.- Die Beschwerdeführer bringen vor, seit dem Inkrafttreten des BGBB am 1. Januar 1994 gelte gemäss Art. 73 Abs. 1 dieses Gesetzes für alle landwirtschaftlichen Grundstücke in der Schweiz zwingend eine Belastungsgrenze, die dem um 35% erhöhten Ertragswert entspreche. Wie der Ertragswert zu berechnen sei, schreibe ebenfalls das Bundesrecht vor. Endlich regle dieses in <ref-law> verbindlich, unter welchen Voraussetzungen landwirtschaftliche Grundstücke unter Überschreitung der Belastungsgrenze mit Schuldbriefen belastet werden dürften; für kantonale Belastungsgrenzen gestützt auf <ref-law> belasse das Bundesrecht keinen Raum. Dies ergebe sich vorab aus den beiden kollisionsrechtlichen Grundsätzen des Vorrangs der spezielleren vor der allgemeineren und der jüngeren vor der älteren Regelung. Aber auch der Wortlaut von <ref-law> sowie Sinn und Zweck von <ref-law> führten zu diesem Resultat.
Es hätte einen sachlich nicht begründbaren Widerspruch mit der bundesrechtlich vereinheitlichten Regelung zur Folge, wenn die Kantone eigene, abweichende Vorschriften zur Vermeidung einer Überschuldung erlassen und eine eigene kantonale Schätzung vorsehen könnten. Dies um so mehr, als das Bundesrecht für die Überschreitung der Belastungsgrenze eine detaillierte Regelung und ausserdem die Mitwirkung einer kantonalen Behörde festlege. Diese habe der beabsichtigten Überschreitung hier denn auch zugestimmt. Es mache aus landwirtschafts- und kreditpolitischer Sicht keinen Sinn, wenn der Kanton gestützt auf eine alte, wertpapierrechtlich begründete Norm die Schuldbrieferrichtung verhindere. Die kantonale Belastungsgrenze führe zur Nichtanwendung des gesamten bundesrechtlichen Regelungsteils über die Errichtung von Grundpfandrechten in Überschreitung der Belastungsgrenze, was der Gesetzgeber mit Sicherheit nicht bezweckt habe und mit stossenden föderalistischen Ungleichheiten verbunden sei.
3.- a) Die allgemeinen Bestimmungen über das Grundpfand (Voraussetzungen, Errichtung und Untergang, Wirkungen) sind in den <ref-law> niedergelegt. <ref-law> bestimmt, dass für die Verpfändung von landwirtschaftlichen Grundstücken "zudem" (im französischen Text: "en outre", im italienischen: "inoltre") das BGBB gilt. Nach dem klaren Wortlaut der Vorschrift gelten die Bestimmungen des ZGB über das Grundpfand und diejenigen des BGBB betreffend Grundpfandrechte (namentlich die Art. 73 ff.) grundsätzlich nebeneinander, d.h. kumulativ. Aus der Gesetzessystematik ergibt sich nichts anderes, zumal <ref-law> mit dem Inkrafttreten des BGBB eingefügt und somit auf diesen Erlass abgestimmt worden ist (<ref-law>) und das BGBB (Spezial-)Vorschriften für Grundpfandrechte an landwirtschaftlichen Grundstücken enthält, die längst nicht alle grundpfandrechtlichen Modalitäten und Wirkungen regeln. Von einer abschliessenden Regelung für Grundpfandrechte an landwirtschaftlichen Grundstücken im BGBB kann daher keine Rede sein. Materialien, denen Gegenteiliges zu entnehmen wäre, sind nicht bekannt (vgl. Botschaft zum BGBB, in BBl 1988 III 953 ff., insbes. 1069 ff.).
Unter Umständen, wie sie nach dem Ausgeführten hier gegeben sind, darf vom eindeutigen Wortlaut nur dann abgewichen und auf allgemeine kollisionsrechtliche Regeln zurückgegriffen werden, wenn triftige Gründe dafür vorliegen, dass der Wortlaut nicht den wahren Sinn der in Frage stehenden Bestimmung wiedergibt bzw. - bezogen auf das BGBB - dem Sinn und Zweck dieser Spezialregelung überhaupt oder zumindest im interessierenden Bereich widerspricht (vgl.
BGE 124 V 185 E. 3a S. 189; <ref-ruling> E. 3a S. 91, und 442 E. 2d S. 444). Dies machen die Beschwerdeführer denn auch geltend, wenn sie ausführen, neben der Regelung des BGBB über die Belastungsgrenze seien kantonale Normen über eine Belastungsgrenze bei landwirtschaftlichen Grundstücken sinn- und zweckwidrig.
b) Kantonale Besonderheiten mögen neben der Regelung des BGBB als wenig sinnvoll erscheinen, und der Kanton Luzern setzt denn auch auf den 1. Januar 2002 seine Sonderregelung ausser Kraft (§ 99 lit. b des kantonalen EG zum ZGB vom 20. November 2000). Indessen stellt sich die Frage des Sinns eines Nebeneinanders von kantonalen und eidgenössischen Vorschriften über Belastungsgrenzen zur Verhütung der Überschuldung nach dem Erlass des BGBB nicht grundsätzlich anders als zuvor. Mit dem Vorbehalt von <ref-law> für die Errichtung von Schuldbriefen wollte der historische Gesetzgeber alten Überlieferungen und besonderen Bedürfnissen in einzelnen Kantonen Rechnung tragen (vgl. Leemann, Berner Kommentar, N. 1 zu <ref-law>). Er hat mit Rücksicht auf föderalistische Interessen unterschiedliche Regelungen für die Errichtung von Schuldbriefen in der Schweiz als gerechtfertigt erachtet und in Kauf genommen. Der Bundesgesetzgeber und der Bundesrat haben den Vorbehalt auch später nicht aufgegeben oder eingeschränkt, als mit dem Bundesgesetz vom 12. Dezember 1940 über die Entschuldung landwirtschaftlicher Heimwesen und der zugehörigen Verordnung vom 16. November 1945 - letztere in Ablösung eines während der Kriegsjahre erlassenen Bundesratsbeschlusses - für alle landwirtschaftlichen Liegenschaften in der Schweiz eine Belastungsgrenze mit Ausnahmeregelung ähnlich der heutigen eingeführt wurde.
Bereits damals wurde auch eine einheitliche bundesrechtliche Regelung über die Ertragswertberechnung und den Schätzungswert (Belastungsgrenze) beschlossen (vgl. dazu Otto K. Kaufmann, Das neue ländliche Bodenrecht in der Schweiz, St. Gallen 1946, S. 129 ff. und 324; ferner: Verordnung vom 28. Dezember 1951 über die Schätzung landwirtschaftlicher Heimwesen und Liegenschaften [Eidg. Schätzungsreglement], ab 1. August 1986 Verordnung über die Schätzung des landwirtschaftlichen Ertragswerts samt Anhang [AS 1986 I 975 f.]).
Das Nebeneinander von kantonalen Vorschriften über die Möglichkeit der Errichtung von Schuldbriefen bzw. über eine kantonale Belastungsgrenze und von eidgenössischen Bestimmungen über die Belastung landwirtschaftlicher Grundstücke mit Grundpfandrechten hat nach dem Gesagten eine jahrzehntelange Tradition. Aus dem Verhalten des Bundesgesetzgebers ist zu schliessen, dass er diese Regelung als sinnvoll erachtet hat. Mehrere Kantone haben im Übrigen von der in <ref-law> eingeräumten Kompetenz Gebrauch gemacht und eine Belastungsgrenze festgelegt (vgl. die Zusammenstellung bei Daniel Staehelin, Basler Kommentar, N. 1 zu <ref-law>). Vor diesem Hintergrund vermag das Bundesgericht unter dem Gesichtswinkel des Sinns der gesetzlichen Regelung keinen triftigen Grund zu erkennen, der es erlauben würde, vom Wortlaut von <ref-law> abzuweichen.
c) Wohl werden bei der dargelegten Betrachtungsweise die Bestrebungen, mit dem BGBB für eine übersichtliche und abgestimmte Ordnung im ländlichen Raum zu sorgen (vgl.
Botschaft, a.a.O., S. 955, 961 f. und 967), zum Teil abgeschwächt.
Die vorrangigen Ziele des BGBB (vgl. <ref-law> und Botschaft, a.a.O., S. 968 ff.) sind jedoch nicht betroffen. Zudem enthält das BGBB seinerseits ausdrückliche Vorbehalte zu Gunsten des kantonalen Rechts (<ref-law>).
Der Gesetzgeber hat auch damit zu erkennen gegeben, dass er unterschiedlichen kantonalen Bedürfnissen weiterhin Rechnung tragen und diese dem Vereinheitlichungsziel überordnen will.
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer lässt sich nicht sagen, es werde die Anwendung des gesamten bundesrechtlichen Regelungsteils betreffend Errichtung von Grundpfandrechten, welche die Belastungsgrenze überschritten (Art. 76-79 BGBB), verhindert. Die Auffassung der Beschwerdeführer geht schon deshalb fehl, weil der Errichtung einer Grundpfandverschreibung nach den eben erwähnten Vorschriften des BGBB nichts entgegensteht; der Vorbehalt von <ref-law> bezieht sich nur auf Schuldbriefe.
Schliesslich kann auch nicht gesagt werden, kantonale Beschränkungen für die Errichtung von Schuldbriefen stünden im Widerspruch zum Zweck des BGBB. Da sie bei landwirtschaftlichen Grundstücken wegen der vom Bundesrecht vorgegebenen Regelung über die Belastungsgrenze nur noch zum Tragen kommen, wenn sie strenger sind als diese (vgl.
Staehelin, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>), dienen sie in ihrem Anwendungsbereich dem Zweck, Schutz vor Überschuldung zu bieten, mindestens so gut wie die bundesrechtlichen Vorschriften.
Ein triftiger Grund für eine Abweichung vom Wortlaut des <ref-law> ergibt sich auch unter diesem Aspekt nicht.
4.- Der angefochtene Entscheid verstösst nach dem Ausgeführten nicht gegen Bundesrecht, so dass die Beschwerde abzuweisen ist. Bei diesem Ausgang sind die Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG). Sie haben die Gerichtsgebühr zu gleichen Teilen unter Solidarhaft zu tragen (Art. 156 Abs. 7 OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Beschwerdeführern auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Grundbuchamt E._, dem Obergericht (Justizkommission) des Kantons Luzern und dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement (Bundesamt für Justiz) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 6. September 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: