Sachverhalt:
A. Die 1966 geborene L._ war als Leiterin Physiotherapie des Spitals X._ bei der "Zürich" Versicherungs-Gesellschaft (nachstehend: Zürich) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 6. März 1999 mit ihrem Snowboard stürzte. Die Zürich anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen, stellte diese indessen mit Verfügung vom 1. Februar 2008 und Einspracheentscheid vom 22. April 2008 rückwirkend per 2002 ein, da die anhaltend geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch das Unfallereignis verursacht worden seien. Gleichzeitig verzichtete die Zürich auf die Rückforderung der zwischen dem Jahre 2002 und dem 31. Januar 2008 erbrachten Leistungen.
B. Die von L._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz mit Entscheid vom 16. Oktober 2008 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt L._, die Zürich sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, die gesetzlichen Leistungen auch über den 31. Januar 2008 hinaus zu erbringen, eventuell sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Versicherung zurückzuweisen.
Während die Zürich auf Abweisung der Beschwerde, soweit auf sie einzutreten ist, schliesst, beantragt das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (<ref-law>). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Objektivierbar sind Untersuchungsergebnisse, die reproduzierbar sind und von der Person des Untersuchenden und den Angaben des Patienten unabhängig sind. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann somit erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber in diesem Sinne objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), anzuwenden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.; vgl. auch Urteil 8C_583/2007 vom 10. Juni 2008, E. 2.2).
2.2 Mit Urteil vom 19. Februar 2008 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht die sog. Schleudertrauma-Praxis bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden präzisiert. Im genannten Urteil wurde zunächst der Grundsatz bestätigt, dass der Fallabschluss und damit verbunden die Adäquanzprüfung im Hinblick auf die Rentenleistungen in dem Zeitpunkt zu erfolgen hat, in dem von der Weiterführung der medizinischen Massnahmen keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten ist (zitiertes Urteil, E. 4). Hinsichtlich der Beurteilung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und den geklagten organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden wurde festgehalten, dass diese aufgrund einer eingehenden medizinischen Abklärung zu erfolgen hat (zitiertes Urteil, E. 9.4 und 9.5). Schliesslich wurden in E. 10 des zitierten Urteils die Kriterien, welche zur Beurteilung der Adäquanz bei mittelschweren Unfällen (vgl. dazu insbesondere SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, E. 5.3.1 [U 2/07]) dienen, neu gefasst. Der Katalog der adäquanzrelevanten Kriterien lautet nunmehr:
- besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrück- lichkeit des Unfalls;
- die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen;
- fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung;
- erhebliche Beschwerden;
- ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich ver- schlimmert;
- schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen;
- erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen.
Weiterhin gilt, dass nicht in jedem Fall der Einbezug sämtlicher Kriterien in die Gesamtwürdigung erforderlich ist. Je nach den konkreten Umständen kann für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schweren Unfall zu qualifizieren ist. Anderseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes bzw. ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht wird. Diese Würdigung des Unfalles zusammen mit den objektiven Kriterien führt zur Bejahung oder Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 6b S. 367).
3. Da die Beschwerdegegnerin auf eine Rückforderung bereits erbrachter Leistungen verzichtet hat, ist einzig streitig und zu prüfen, ob sie es zu Recht ablehnt, nach dem 31. Januar 2008 noch Leistungen zu erbringen.
4. 4.1 Es steht fest und ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin am 6. März 1999 einen Snowboard-Sturz erlitten hat. Aufgrund des Berichts des Radiologie-Instituts Y._ vom 9. Juni 1999 liegt im Weiteren zu Recht ausser Streit, dass dieser Sturz zu keinen organisch nachweisbaren Verletzungen geführt hat. Dem Schreiben des behandelnden Arztes, Dr. med. S._, vom 17. Mai 2005 ist zu entnehmen, dass jedenfalls ab dem Jahre 2005 von einer Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes im Sinne einer absehbaren Steigerung der Arbeitsfähigkeit mehr zu erwarten war. Offenbleiben kann bei vorliegender prozessualer Ausgangslage, ob der medizinische Endzustand tatsächlich bereits im Jahre 2002 erreicht wurde.
4.2 Vorinstanz und Verwaltung verzichteten auf weitere Abklärungen zur Frage, ob die über den 31. Januar 2008 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden natürlich kausal durch das Unfallereignis vom 6. März 1999 verursacht werden, da ein allfälliger natürlicher Kausalzusammenhang jedenfalls nicht adäquat und daher nicht rechtsgenüglich wäre. Diese Vorgehensweise ist grundsätzlich zulässig (vgl. Urteile 8C_468/2008 vom 25. September 2008 E. 5.3 und 8C_438/2008 vom 20. November 2008 E. 6).
4.3 Die Beschwerdeführerin rügt, Vorinstanz und Verwaltung hätten die Adäquanz zu Unrecht nach den Kriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), geprüft; da sie am 6. März 1999 eine schleudertraumaähnliche Verletzung erlitten habe, sei die Adäquanz nach den in <ref-ruling> E. 10.3 S. 130 niedergelegten Kriterien zu prüfen. Wie es sich damit verhält, kann offenbleiben, da - wie nachstehende Prüfung ergibt - die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges selbst in Anwendung der sog. "Schleudertrauma-Praxis" zu verneinen ist.
5. 5.1 Die Schwere des Unfalles ist aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu bestimmen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, E. 5.3.1 [U 2/07]). Das Bundesgericht qualifizierte unlängst einen im Vergleich zum Ereignis vom 6. März 1999 schwereren Snowboard-Sturz als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen (Urteil 8C_817/2007 vom 11. Dezember 2008 E. 6.1). Geht man zu Gunsten der Beschwerdeführerin auch im vorliegenden Fall von einer entsprechenden Qualifikation des Ereignisses aus, so wäre die Adäquanz des Kausalzusammenhanges dann zu bejahen, wenn eines der in E. 2.2 hievor aufgezählten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt wäre, oder wenn mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt wären.
5.2 Die Versicherte macht zu Recht nicht geltend, das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder der besonderen Eindrücklichkeit des Unfalls sei erfüllt.
5.3 Die Diagnose einer HWS-Distorsion oder einer anderen, adäquanzrechtlich gleich zu behandelnden Verletzung genügt für sich allein nicht zur Bejahung des Kriteriums der Schwere und besonderen Art der erlittenen Verletzung (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f.). Selbst wenn es zutreffend sollte, dass die Versicherte beim Sturz eine milde traumatische Hirnverletzung (MTBI) erlitten hat, führte dies somit noch nicht zu einer Bejahung dieses Kriteriums. Andere Umstände, die für eine Verletzung besonderer Art oder Schwere sprechen würden, sind keine ersichtlich, so dass das Kriterium zu verneinen ist.
5.4 Neu gefasst wurde in <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128 das Kriterium der ärztlichen Behandlung. Nunmehr ist zu seiner Bejahung erforderlich, dass nach dem Unfall fortgesetzt eine spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war. Das Kriterium ist objektiv zu beurteilen und nicht aufgrund des subjektiven Empfindens der versicherten Person. Bei den von der Beschwerdeführerin geltend gemachten, seit Unfallereignis wiederholt angewendeten Therapieformen handelt es sich vornehmlich um manualtherapeutische Behandlungen (Physiotherapie, Kraniosakraltherapie, Atlaslogie). Diese stellen keine spezifische und die Versicherte speziell belastende ärztliche Behandlung im Sinne des Kriteriums dar (Urteil 8C_724/2008 vom 18. Dezember 2008 E. 4.2.2). Das Kriterium liegt demnach nicht vor.
5.5 Für die Adäquanzfrage von Bedeutung können im Weiteren in der Zeit zwischen Unfall und dem Fallabschluss ohne wesentlichen Unterbruch bestehende erhebliche Beschwerden sein. Die Erheblichkeit beurteilt sich nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Die Glaubwürdigkeit der geltend gemachten, erheblichen Beschwerden wurde von keiner medizinischen Fachperson bezweifelt; das Kriterium ist somit als erfüllt zu betrachten.
5.6 Nach dem heutigen Kenntnisstand kann einzig aufgrund des Umstandes, dass die Beschwerdeführerin nach dem Unfall auf ärztliche Anordnung hin einen Halskragen getragen hat, noch nicht auf eine Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert hat, geschlossen werden (Urteil 8C_1020/2008 vom 8. April 2009 E. 5.6 mit weiteren Hinweisen). Das Kriterium ist vorliegend nicht erfüllt.
5.7 Unverändert beibehalten wurde das Kriterium des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen (<ref-ruling> E. 10.2.6 S. 129). Diese beiden Teilaspekte müssen nicht kumulativ erfüllt sein (<ref-ruling> E. 7b S. 369). Aus der ärztlichen Behandlung und den erheblichen Beschwerden darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf und/oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben. Die Durchführung verschiedener Therapien genügt nicht zur Bejahung dieses Kriteriums. Gleiches gilt für den Umstand, dass trotz regelmässiger Therapien weder eine Beschwerdefreiheit noch eine (vollständige) Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit erreicht werden konnte (Urteile 8C_252/2007 vom 16. Mai 2008 E. 7.6, und 8C_57/2008 vom 16. Mai 2008 E. 9.6.1, je mit Hinweisen). Das Kriterium ist vorliegend somit ebenfalls zu verneinen.
5.8 Was schliesslich das durch <ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f. präzisierte Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen betrifft, gilt festzustellen, dass selbst wenn dies bejaht werden könnte, es jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise gegeben ist.
5.9 Da mithin keines der massgeblichen Kriterien besonders ausgeprägt vorliegt und selbst dann, wenn man zu Gunsten der Versicherten das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als erfüllt erachten würde, die Kriterien nicht in gehäufter Weise gegeben sind, ist die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfallereignis vom 6. März 1999 und den über den 31. Januar 2008 hinaus anhaltend geklagten Beschwerden zu verneinen. Somit ist nicht zu beanstanden, dass die Beschwerdegegnerin die Ausrichtung weiterer Leistungen über dieses Datum hinaus ablehnte.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer