Sachverhalt:
A. A.a Am 15. Mai 2000 eröffnete das Sekretariat der Wettbewerbskommission (nachfolgend: Sekretariat) eine erste Untersuchung gemäss dem Bundesgesetz vom 6. Oktober 1995 über Kartelle und andere Wettbewerbsbeschränkungen (Kartellgesetz, KG; SR 251) über die Verhältnisse auf dem Mobilfunkmarkt in der Schweiz wegen Anhaltspunkten für eine kollektiv marktbeherrschende Stellung der drei in diesem Markt tätigen Unternehmen Swisscom Mobile AG (inzwischen mit Swisscom Fixnet AG fusioniert zur Swisscom [Schweiz] AG), Orange Communications AG (Orange) und TDC Switzerland AG (Sunrise). Sowohl die Preise abgehender Verbindungen (Originierung) als auch diejenigen ankommender Verbindungen (Terminierung) wiesen ähnliche Strukturen und eine vergleichbare Höhe auf. Mit Verfügung vom 3. Dezember 2001 stellte die Wettbewerbskommission diese Untersuchung ein. Im Retailmarkt (Endkundenbeziehungen) sei keine marktbeherrschende Stellung festzustellen, wohingegen im Wholesalemarkt (Geschäftsbeziehungen zwischen den Anbieterinnen von Fernmeldediensten unter sich) des Mobilfunknetzes (MF-Netz) für eingehende Dienste (Terminierung) Anhaltspunkte dafür weiterbestünden, weshalb insoweit die Eröffnung eines neuen Verfahrens vorbehalten bleibe (RPW 2002 S. 97 ff.).
A.b Vom 1. Oktober 2002 bis zum 31. Mai 2005 berechnete die damalige Swisscom Mobile AG den anderen beiden Mobilfunkanbieterinnen sowie dem Swisscom-Festnetz (damals Swisscom Fixnet AG) einen Terminierungspreis von 33.5 Rappen pro Minute. Orange verlangte im gleichen Zeitraum in denselben Geschäftsbeziehungen einen solchen von 36.95 Rappen pro Minute und Sunrise einen solchen von 36.85 Rappen pro Minute. Per 1. Juni 2005 senkte die Swisscom Mobile AG ihren Terminierungspreis auf 20 Rappen pro Minute. Sunrise reduzierte den eigenen Terminierungspreis per 1. August 2005 auf 29.95 Rappen pro Minute und Orange per 1. Januar 2006 auf 32.95 Rappen pro Minute und per 1. Juli 2006 auf ebenfalls 29.95 Rappen pro Minute.
Mit im Januar 2007 unterzeichneter Vereinbarung einigten sich die Swisscom Mobile AG, Sunrise, Orange und die Swisscom Fixnet AG unter gleichzeitigem Rückzug der damals vor der Kommunikationskommission (ComCom) hängigen Interkonnektionsgesuche gegenseitig auf eine schrittweise Senkung der Mobilterminierungspreise bis 2009 von 20 auf 15 Rappen pro Minute für die Swisscom Mobile AG sowie von 29.95 auf 18 Rappen pro Minute für Orange und Sunrise.
A.c Am 15. Oktober 2002 eröffnete das Sekretariat eine erneute Untersuchung gemäss dem Kartellgesetz gegen die drei Mobilfunkanbieterinnen Swisscom Mobile AG (nachfolgend: Swisscom), Orange und Sunrise. Es bestünden Anhaltspunkte dafür, dass die Mobilfunkanbieterinnen (MFA) der Schweiz eine marktbeherrschende Stellung auf dem Wholesalemarkt für in ein Mobilnetz eingehende Fernmeldedienste innehätten und die Terminierungsgebühren in der Höhe und Art untereinander absprächen (BBl 2002 6827).
A.d Auf Beschwerden der Swisscom und von Orange hin bestätigte die damalige Rekurskommission für Wettbewerbsfragen am 6. Februar 2004 die Zuständigkeit der Wettbewerbsbehörde zur Durchführung der Untersuchung betreffend die Terminierungspreise im Mobilfunkmarkt (vgl. für die Swisscom RPW 2004 S. 204).
A.e Mit Schreiben vom 25. März 2004 orientierte das Sekretariat die Swisscom, Orange und Sunrise über die Änderung des Kartellgesetzes mit Inkrafttreten am 1. April 2004 und die damit verbundene Einführung der Möglichkeit direkter Sanktionen. Am 1. April 2004 reichte die Swisscom ein als "Meldung gemäss Übergangsbestimmung" bezeichnetes Schreiben ein, das eine allfällige Sanktionierung für die Terminierungspreise im Mobilfunkmarkt verhindern sollte, worüber in der Folge ein Rechtsstreit entstand. Mit Urteil vom 8. Juni 2006 entschied das Bundesgericht letztinstanzlich, dass die fragliche Meldung eine eventuelle Sanktion nicht ausschliesse; über Sachverhalte, zu denen bereits ein Verfahren eingeleitet und die Eröffnung der betroffenen Unternehmung mitgeteilt worden sei, könne nicht sanktionsbefreiend Meldung erstattet werden (Urteil 2A.289/2005; vgl. auch das Urteil 2A.287/2005 vom 19. August 2005).
A.f Am 22. April 2005 verfasste das Sekretariat seinen ersten Antrag an die Wettbewerbskommission und unterbreitete diesen den betroffenen Fernmeldediensteanbieterinnen (FDA). Im Anschluss an die entsprechenden Meinungsaustausche teilte das Sekretariat der Swisscom, Orange und Sunrise am 7. April 2006 mit, dass sich die Wettbewerbskommission in einer ersten Verfügung nur zu Sachverhalten betreffend die Terminierung in Mobilfunknetze äussern werde, die sich bis zum 31. Mai 2005 zugetragen hätten. In einem ergänzenden Antrag vom 7. April 2006 schlug das Sekretariat vor, die Swisscom für den Zeitraum vom 1. April 2004 bis zum 31. Mai 2005 mit einem Betrag von Fr. 488'936'331.-- zuzüglich Zins zu sanktionieren, die Untersuchung gegenüber Orange und Swisscom für Sachverhalte bis zum 31. Mai 2005 hingegen einzustellen und die Untersuchung für die Zeit danach gegenüber allen drei Mobilfunkanbieterinnen fortzusetzen. Diese konnten sich in der Folge dazu äussern, wobei über den Umfang der ihnen zuzustellenden Unterlagen eine Auseinandersetzung mit der Wettbewerbskommission entstand. Am 11. Oktober 2006 erhielt die Swisscom Gelegenheit, sich zu einem weiteren, überarbeiteten "Entwurf für eine Teilverfügung" zu äussern.
B. Am 5. Februar 2007 traf die Wettbewerbskommission die folgende Verfügung (veröffentlicht in RPW 2007 S. 241 ff.):
"1. Es wird festgestellt, dass Swisscom Mobile AG im Wholesale-Markt für die in ihr MF-Netz eingehenden Fernmeldedienste im Bereich der Sprachtelefonie bis am 31. Mai 2005 über eine marktbeherrschende Stellung im Sinne von Art. 4 Abs. 2 KG verfügte.
2. Es wird festgestellt, dass Swisscom Mobile AG ihre marktbeherrschende Stellung gemäss Ziffer 1 dieses Dispositivs bis am 31. Mai 2005 im Sinne von Art. 7 KG missbrauchte, indem sie nach Art. 7 Abs. 2 lit. c KG unangemessene Terminierungsgebühren von anderen FDA erzwang.
3. Swisscom Mobile AG wird für das unter Ziffer 2 dieses Dispositivs genannte Verhalten für den Zeitraum vom 1. April 2004 bis 31. Mai 2005 gestützt auf Art. 49a Abs. 1 KG mit einem Betrag von CHF 333'365'685 belastet.
4. Für Sachverhalte bis zum 31. Mai 2005 wird betreffend Orange Communications AG und TDC Switzerland AG die Untersuchung eingestellt.
5. Für Sachverhalte nach dem 31. Mai 2005 wird die Untersuchung fortgeführt.
6. Die Verfahrenskosten von CHF 598'053.-, bestehend aus einer Gebühr von Fr. 597'487.- und Auslagen von CHF 566.-, werden wie folgt aufgeteilt:
(a) Zwei Drittel, ausmachend CHF 398'702.-, werden Swisscom Mobile AG auferlegt,
(b) je ein Sechstel, ausmachend insgesamt CHF 199'351.-, entfällt auf Orange Communications AG und TDC Switzerland AG, wird jedoch der Staatskasse auferlegt.
..."
Zur Begründung führte die Wettbewerbskommission im Wesentlichen aus, die Swisscom habe den Wholesalemarkt für die in ihr Mobilfunknetz eingehenden Fernmeldedienste im Bereich der Sprachtelefonie bis zum 31. Mai 2005 im Sinne des Kartellrechts beherrscht. Dagegen hätten sich die ursprünglichen Anhaltspunkte für eine marktbeherrschende Stellung von Orange und Sunrise für denselben Zeitraum nicht erhärtet. Zwar hätten sich keine Hinweise für eine Behinderung von Orange und Sunrise ergeben; die von der Swisscom verlangten Terminierungsgebühren seien jedoch überhöht gewesen, seien in keinem Verhältnis zur wirtschaftlichen Gegenleistung gestanden und könnten nicht als Ausdruck von Leistungswettbewerb, sondern müssten als solcher einer Dominanz auf dem wesentlichen Markt gelten. Die Swisscom habe sich somit bis zum 31. Mai 2005 unzulässig verhalten. Dafür sei sie in Anwendung des Kartellgesetzes zu sanktionieren. Ein entsprechendes massgebliches Fehlverhalten lasse sich hingegen Orange und Sunrise für den gleichen Zeitraum nicht nachweisen.
C. Dagegen führte die Swisscom beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde. Zur Begründung machte sie zunächst Verfahrensfehler geltend. Insbesondere sei ihr Anspruch auf ein unabhängiges Gericht verletzt durch die organisatorisch-funktionelle Verflechtung von Untersuchungsbehörde (Sekretariat) und Entscheidbehörde (Wettbewerbskommission). In der Sache beruhe die Verfügung der Wettbewerbskommission sodann auf einer ungenügend bestimmten gesetzlichen Grundlage. Weiter verstosse die Feststellung, die Swisscom habe den Markt für Terminierungsgebühren vom 1. April 2004 bis zum 31. Mai 2005 beherrscht, auch inhaltlich gegen Bundesrecht. Die Wettbewerbskommission sei insoweit von einer falschen Marktabgrenzung ausgegangen. Bundesrechtswidrig sei ebenfalls die Schlussfolgerung, die Swisscom habe ihre marktbeherrschende Stellung missbraucht. Sie könne aufgrund der regulatorischen Rahmenbedingungen weder von den anderen Mobilfunkanbieterinnen noch von sonstigen Fernmeldediensteanbieterinnen überhöhte Terminierungsgebühren erzwingen. Schliesslich verstosse die ausgesprochene Sanktion gegen das Verschuldensprinzip.
D. Am 24. Februar 2010 fällte das Bundesverwaltungsgericht das folgende Urteil:
D. Am 24. Februar 2010 fällte das Bundesverwaltungsgericht das folgende Urteil:
"1.
1.1 Die Beschwerde wird, soweit darauf einzutreten ist, teilweise gutgeheissen. Die Dispositiv-Ziff. 2, 3 und 6a der Verfügung vom 5. Februar 2007 werden aufgehoben.
Die Sache wird zur Neuausscheidung der vorinstanzlichen Verfahrenskosten im Sinne der Erwägungen an die Wettbewerbskommission zurückgewiesen.
1.2 Soweit die Dispositiv-Ziff. 1 der Verfügung vom 5. Februar 2007 angefochten ist, wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin werden ermässigte Verfahrenskosten von Fr. 10'000.- auferlegt. Sie werden mit dem geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 50'000.- verrechnet. Der Restbetrag von Fr. 40'000.- wird der Beschwerdeführerin nach Eintritt der Rechtskraft des vorliegenden Urteils zurückerstattet.
3. Der Beschwerdeführerin wird zulasten der Vorinstanz eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 80'000.- (inkl. MWST) zugesprochen.
..."
Zur Begründung führte das Bundesverwaltungsgericht im Wesentlichen aus, auch bei grundsätzlicher Anwendbarkeit strenger strafprozessualer Regeln erwiesen sich die verfahrensrechtlichen Anforderungen als eingehalten. Insbesondere nehme das Bundesverwaltungsgericht die Aufgaben der erforderlichen richterlichen Behörde in rechtsgenüglicher Weise wahr. In der Sache habe die Wettbewerbskommission den fraglichen Markt korrekt abgegrenzt und die Swisscom zu Recht als marktbeherrschend beurteilt. Hingegen fehle es an einem Missbrauch der marktbeherrschenden Stellung. Massgeblich sei insofern gemäss einer von der Wettbewerbskommission eingeräumten präzisierenden Berichtigung einzig das Verhältnis der Swisscom zu den konkurrierenden Unternehmungen auf dem Wholesalemarkt und nicht zu den Endkunden auf dem Retailmarkt. Die Swisscom habe jedoch die entsprechenden Terminierungsbedingungen, insbesondere ihre Preise, angesichts der fernmelderechtlichen Rahmenordnung wegen des anwendbaren Interkonnektionsregimes gegenüber den anderen Mobilfunkanbieterinnen nicht erzwingen können. Damit seien die Voraussetzungen einer kartellrechtlichen Sanktion für den fraglichen Zeitraum vom 1. April 2004 bis zum 31. Mai 2005 insgesamt nicht erfüllt.
E. E.a Gegen das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts reichte das Eidgenössische Volkswirtschaftsdepartement (EVD) am 22. April 2010 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Verfahren 2C_343/2010) mit folgenden Anträgen ein:
"1. Die Dispositiv-Ziffern 1.1, 2. und 3. des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 seien aufzuheben und es sei der Missbrauch einer marktbeherrschenden Stellung der Beschwerdegegnerin im Sinne der Dispositiv-Ziffer 2 der Verfügung der Wettbewerbskommission vom 5. Februar 2007 zu bestätigen. Darüber hinaus sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
2. Eventualiter: Die Dispositiv-Ziffern 1.1, 2. und 3. des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 seien aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
..."
Zur Begründung wird im Wesentlichen ausgeführt, es sei nicht erforderlich, dass die Swisscom unangemessene Terminierungspreise oder Geschäftsbedingungen erzwungen habe, da bereits ein Kausalzusammenhang zwischen der marktbeherrschenden Stellung und unangemessenen Bedingungen für eine Sanktionierung genüge. So oder so habe die Swisscom ein gewisses Mass an Druck ausgeübt, weshalb sie ihre marktbeherrschende Stellung missbraucht habe.
E.b In ihrer Stellungnahme vom 7. Juli 2010 schliesst die Swisscom auf vollumfängliche Abweisung der Beschwerde. Überdies beantragt sie die Vereinigung des Verfahrens mit demjenigen des inzwischen von ihr selbst anhängig gemachten Beschwerdeverfahrens 2C_344/2010 (dazu nachfolgend Bst. F.). Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
F. F.a Am 23. April 2010 erhob auch die Swisscom Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht (Verfahren 2C_344/2010) mit folgenden Rechtsbegehren:
"1. a) Dispositiv-Ziff. 1.2 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 ... sei aufzuheben, und Dispositiv-Ziff. 1.1 Absatz 1 des Urteils sei aufzuheben und wie folgt neu zu fassen: "Die Beschwerde wird, soweit darauf einzutreten ist, gutgeheissen. Die Dispositiv-Ziff. 1, 2, 3 und 6a der Verfügung vom 5. Februar 2007 werden aufgehoben."
b) Eventualiter sei Dispositiv-Ziff. 1.2 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 ... aufzuheben, und das Bundesverwaltungsgericht sei anzuweisen, Dispositiv-Ziff. 1 der Verfügung der Wettbewerbskommission vom 5. Februar 2007 ... aufzuheben.
2. a) Dispositiv-Ziff. 1.1 Absatz 2 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 ... sei aufzuheben und wie folgt neu zu fassen: "Die vorinstanzlichen Verfahrenskosten werden vollumfänglich der Staatskasse auferlegt."
b) Eventualiter sei Dispositiv-Ziff. 1.1 Absatz 2 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 ... aufzuheben, und das Bundesverwaltungsgericht sei anzuweisen, Dispositiv-Ziff. 6a der Verfügung der Wettbewerbskommission vom 5. Februar 2007 ... aufzuheben und die Verfahrenskosten der Wettbewerbskommission vollumfänglich der Staatskasse aufzuerlegen.
3. a) Dispositiv-Ziff. 2 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 ... sei aufzuheben und wie folgt neu zu fassen: "Die Verfahrenskosten werden vollumfänglich der Staatskasse auferlegt. Der geleistete Kostenvorschuss von CHF 50'000 wird der Beschwerdeführerin zurückerstattet."
b) Eventualiter sei Dispositiv-Ziff. 2 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 ... aufzuheben, und das Bundesverwaltungsgericht sei anzuweisen, seine Verfahrenskosten vollumfänglich der Staatskasse aufzuerlegen und der Beschwerdeführerin den gesamten Kostenvorschuss von CHF 50'000 zurückzuerstatten.
4. a) Dispositiv-Ziff. 3 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 ... sei aufzuheben und durch eine Fassung zu ersetzen, gemäss welcher der Beschwerdeführerin für das Beschwerdeverfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht eine angemessene Parteientschädigung, mindestens aber eine solche von CHF 500'000, zugesprochen wird.
b) Eventualiter sei Dispositiv-Ziff. 3 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 ... aufzuheben, und das Bundesverwaltungsgericht sei anzuweisen, der Beschwerdeführerin für das Beschwerdeverfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht eine angemessene Parteientschädigung, mindestens aber eine solche von CHF 500'000, zuzusprechen.
5. Es sei der vorliegenden Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen.
..."
Zur Begründung wird im Wesentlichen geltend gemacht, die Feststellung, die Swisscom sei vom 1. April 2004 bis zum 31. Mai 2005 für die Terminierungsgebühren marktbeherrschend gewesen, verletze Bundesrecht. Dazu wiederholt die Swisscom die bereits vor dem Bundesverwaltungsgericht vorgebrachten Verfahrensrügen und stellt insbesondere in Frage, dass das strafprozessuale Erfordernis einer gerichtlichen Beurteilung der kartellrechtlichen Sanktion durch den Einsatz des Bundesverwaltungsgerichts als Kontrollinstanz erfüllt werde. Sodann macht die Swisscom wiederum die bundesrechtswidrige Abgrenzung des massgeblichen Marktes geltend und bestreitet überhaupt, im fraglichen Zeitraum marktbeherrschend gewesen zu sein. Überdies erachtet sie die isolierte Feststellung der Marktbeherrschung als unzulässig. Schliesslich widersprächen die ihr vom Bundesverwaltungsgericht auferlegten Verfahrenskosten genauso dem Bundesrecht wie der ungenügende Betrag der ihr zugesprochenen Parteientschädigung.
F.b In ihrer Vernehmlassung vom 31. Mai 2010 schliesst die Wettbewerbskommission auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Mit Replik vom 6. September 2010 hält die Swisscom im Wesentlichen an ihrem Standpunkt fest. Neu stellt sie den prozessualen Antrag, die bundesgerichtlichen Verfahren 2C_343/2010 und 2C_344/2010 zu vereinigen. Die Wettbewerbskommission äussert in ihrer Duplik vom 6. Oktober 2010 keine Einwände zur Verfahrensvereinigung, hält jedoch in der Sache ebenfalls an ihrem Standpunkt fest. Am 18. Oktober 2010 reichte die Swisscom Bemerkungen zur Duplik der Wettbewerbskommission ein. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung auch zu dieser Beschwerde verzichtet.
F.c Mit Verfügung vom 25. Mai 2010 erteilte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde 2C_344/2010 die aufschiebende Wirkung in Bezug auf Ziff. 1.1 zweiter Absatz des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010.

Erwägungen:
1. Mit den beiden Beschwerden wird der gleiche Entscheid angefochten, es geht um dieselbe Streitsache und es stehen sich weitgehend dieselben Verfahrensbeteiligten gegenüber. Es rechtfertigt sich daher, gemäss dem Antrag der Swisscom die Verfahren 2C_343/2010 und 2C_344/2010 zu vereinigen und über die strittigen Rechtsfragen in einem einzigen Urteil zu entscheiden (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 194 mit Hinweisen).
2. 2.1 Verwaltungsrechtliche Entscheide der Wettbewerbskommission können beim Bundesverwaltungsgericht und hernach mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 31, Art. 32 i.V.m. Art. 33 lit. f VGG bzw. Art. 82, Art. 83 i.V.m. 86 Abs. 1 lit. a BGG; vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 62). Insbesondere gelangt der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. p Ziff. 2 BGG nicht zur Anwendung. Zwar steht der angefochtene Entscheid inhaltlich in gewisser Nähe zum Fernmelderecht; Streitgegenstand bildet aber nicht ein fernmelderechtlicher Interkonnektionsentscheid, sondern eine kartellrechtliche Sanktion in Anwendung des Kartellgesetzes, deren Überprüfung durch das Bundesgericht nicht ausgeschlossen ist.
2.2 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law>, wie dies bereits das Bundesverwaltungsgericht für die bei ihr strittige Sanktionsverfügung der Wettbewerbskommission in Anwendung von <ref-law> zu Recht festgehalten hat. Damit wird ein einzelner, konkret umrissener Sachverhalt, nämlich das Geschäftsverhalten der Swisscom bei der Terminierung in der Mobiltelefonie vom 1. April 2004 bis zum 31. Mai 2005, abschliessend kartellrechtlich beurteilt. Mangels anfechtbarer Verfügung ist das Bundesverwaltungsgericht insoweit auf die bei ihm erhobene Beschwerde nicht eingetreten, als damit derjenige Teil der Verfügung der Wettbewerbskommission angefochten wurde, mit dem diese angeordnet hatte, die Untersuchung für das Geschäftsgebaren der drei Mobilfunkanbieterinnen für den Zeitraum nach dem 31. Mai 2005 sei fortzuführen. Da das hier nicht mehr strittig ist, braucht darauf nicht näher eingegangen zu werden.
2.3 Die Swisscom ist als sanktionierte Unternehmung und direkte Adressatin vom angefochtenen Entscheid besonders berührt, hat bereits vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen und hat ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder Änderung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts. Sie ist damit zur Beschwerde (im Verfahren 2C_344/2010) legitimiert (vgl. <ref-law>).
2.4 Gemäss <ref-law> sind die Bundeskanzlei, die Departemente des Bundes oder, soweit das Bundesrecht es vorsieht, die ihnen unterstellten Dienststellen zur Beschwerde an das Bundesgericht berechtigt, wenn der angefochtene Akt die Bundesgesetzgebung in ihrem Aufgabenbereich verletzen kann. Die Bundesgesetzgebung im Kartellrecht zählt zum Aufgabenbereich des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements. Dieses ist daher zur Beschwerdeerhebung an das Bundesgericht gemäss <ref-law> (im Verfahren 2C_343/2010) befugt. Für die Behördenbeschwerde ist ein spezifisches schutzwürdiges Interesse nicht erforderlich, sondern es genügt das Interesse an der richtigen Durchsetzung des Bundesrechts (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 341 f.), hier des Kartellrechts (vgl. zu Art. 103 OG <ref-ruling> E. 1b S. 35).
2.5 Im Verfahren der nachträglichen Verwaltungsrechtspflege gilt als Streitgegenstand das Rechtsverhältnis, das Gegenstand der angefochtenen Verfügung bildet, in dem Umfang, in dem es im Streit liegt. Beschwerdebegehren, die neue, in der angefochtenen Verfügung nicht geregelte Fragen aufwerfen, überschreiten den Streitgegenstand und sind deshalb unzulässig. Denn in einem Rechtsmittelverfahren kann der Streitgegenstand grundsätzlich nur eingeschränkt, aber nicht ausgeweitet werden. Was Streitgegenstand ist, bestimmt sich nach dem angefochtenen Entscheid und den Parteibegehren. Auch wenn zum Verständnis der Anträge auf die Begründung zurückgegriffen werden muss, ergibt sich der Streitgegenstand stets aus der beantragten Rechtsfolge und nicht aus deren Begründung (<ref-ruling> E. 2 S. 38; <ref-ruling> E. 3.2 und 3.3 S. 203 f.; <ref-ruling> E. 2.2 S. 536).
3. 3.1 Nach Art. 2 KG gilt das Kartellgesetz für Unternehmen des privaten und des öffentlichen Rechts, die Kartell- oder andere Wettbewerbsabreden treffen, Marktmacht ausüben oder sich an Unternehmenszusammenschlüssen beteiligen (Abs. 1). Als Unternehmen gelten sämtliche Nachfrager oder Anbieter von Gütern und Dienstleistungen im Wirtschaftsprozess, unabhängig von ihrer Rechts- oder Organisationsform (Abs. 1bis). Das Kartellgesetz ist damit grundsätzlich auf die Swisscom als spezialgesetzliche Aktiengesellschaft des öffentlichen Rechts anwendbar, und zwar unabhängig davon, dass diese mehrheitlich dem Bund gehört (vgl. Art. 2 und 6 des Bundesgesetzes vom 30. April 1997 über die Organisation der Telekommunikationsunternehmung des Bundes, Telekommunikationsunternehmensgesetz, TUG; SR 784.11). Nach Art. 3 Abs. 1 KG sind bei der Anwendung des Kartellgesetzes Vorschriften vorbehalten, die Wettbewerb nicht zulassen, insbesondere solche, die eine staatliche Markt- und Preisordnung begründen oder einzelne Unternehmen zur Erfüllung öffentlicher Aufgaben mit besonderen Rechten ausstatten. In diesem Zusammenhang wird hier auf das Verhältnis der kartell- zu den fernmelderechtlichen Bestimmungen näher einzugehen sein (vgl. E. 3.4 und 5).
3.2 Nach Art. 49a Abs. 1 KG kann ein an einer unzulässigen Abrede gemäss Art. 5 Abs. 3 KG (Preis-, Mengen- und Gebietsabreden zwischen direkten Konkurrenten [harte Horizontalkartelle]) oder Abs. 4 KG (Preisbindungen und absoluter Gebietsschutz in Vertikalverträgen) beteiligtes Unternehmen oder ein Unternehmen, das sich nach Art. 7 KG (Missbrauch einer marktbeherrschenden Stellung [Marktmissbrauch]) unzulässig verhält, mit einem Betrag von bis zu zehn Prozent des in den letzten drei Geschäftsjahren in der Schweiz erzielten Umsatzes belastet werden. Der Betrag bemisst sich nach der Dauer und der Schwere des Verhaltens; zudem ist der mutmassliche Gewinn "angemessen zu berücksichtigen", den das Unternehmen dadurch erzielt hat (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 63).
3.3 Gemäss Art. 7 Abs. 1 KG verhalten sich marktbeherrschende Unternehmen unzulässig, wenn sie durch den Missbrauch ihrer Stellung auf dem Markt andere Unternehmen in der Aufnahme oder Ausübung des Wettbewerbs behindern oder die Marktgegenseite benachteiligen. Zu solchen unzulässigen Verhaltensweisen zählt nach Art. 7 Abs. 2 lit. c KG insbesondere die Erzwingung unangemessener Preise oder sonstiger unangemessener Geschäftsbedingungen. Als marktbeherrschend gelten einzelne oder mehrere Unternehmen, die auf dem Markt als Anbieter oder Nachfrager in der Lage sind, sich von andern Marktteilnehmern (Mitbewerbern, Anbietern oder Nachfragern) in wesentlichem Umfang unabhängig zu verhalten (Art. 4 Abs. 2 KG).
3.4 Für den Telekommunikationsmarkt gilt daneben die besondere Regelung des Fernmelderechts. Es ist zwischen den Verfahrensbeteiligten grundsätzlich nicht strittig, dass die kartell- und die fernmelderechtlichen Bestimmungen und Verfahren nebeneinander zur Anwendung gelangen. Insbesondere bildet das Interkonnektionsregime in diesem Sinne lediglich eine besondere sektorielle Regelung, die zur übrigen preis- und wettbewerbsrechtlichen Ordnung hinzutritt und diese nicht ausschliesst (Urteile des Bundesgerichts 2A.503/2000 vom 3. Oktober 2001 i.S. Commcare AG in ZBl 103/2002 S. 244, E. 6c, 2A.142/2003 vom 5. September 2003, E. 4.1.3, und 4C.404/2006 vom 16. Februar 2007 in sic! 7-8/2007 S. 552, E. 3; vgl. auch EVELYNE CLERC, in: Tercier/Bovet [Hrsg.], Droit de la concurrence, Commentaire romand, 2002, Art. 7 N. 35). Umstritten ist hier hingegen, wieweit sich Kartell- und Fernmelderecht gegenseitig beeinflussen. Zu beachten ist freilich, dass im vorliegenden Fall noch die frühere Fassung des Fernmeldegesetzes vom 30. April 1997 (aFMG; AS 1997 2187) anwendbar ist, was von allen Verfahrensbeteiligten anerkannt wird. Die mit der Gesetzesnovelle vom 24. März 2006 angepassten Bestimmungen des Fernmeldegesetzes wurden erst auf den 1. April 2007 und damit nach dem hier massgeblichen Zeitraum in Kraft gesetzt (Fernmeldegesetz in der Fassung vom 24. März 2006, FMG; SR 784.10; AS 2007 921, 939).
3.5 Nach Art. 3 lit. e aFMG bedeutet Interkonnektion die Verbindung von Fernmeldeanlagen und Fernmeldediensten, die ein fernmeldetechnisches und logisches Zusammenwirken der verbundenen Teile und Dienste sowie den Zugang zu Diensten Dritter ermöglicht. Art. 11 aFMG enthält die wesentlichen Regeln des Interkonnektionsregimes. Danach unterliegen marktbeherrschende Anbieterinnen von Fernmeldediensten unter anderem der Pflicht einer kostenorientierten Preisgestaltung (Art. 11 Abs. 1 aFMG). Im Bereich der Grundversorgung besteht ein Regulierungstatbestand auch ohne marktbeherrschende Stellung (Art. 11 Abs. 2 aFMG). Können sich die beteiligten Konkurrentinnen nicht einigen, verfügt die Kommunikationskommission den Preis nach markt- und branchenüblichen Grundsätzen (Art. 11 Abs. 3 aFMG; vgl. etwa <ref-ruling>, 257, 284; <ref-ruling>; Urteil des Bundesgerichts 2A.503/2000 vom 3. Oktober 2001 i.S. Commcare AG, in: ZBl 103/2002 S. 244).
4. 4.1 Die hier strittige kartellrechtliche Sanktion in Anwendung von Art. 49a KG setzt in der fraglichen Tatbestandsvariante eine marktbeherrschende Stellung (nach Art. 4 Abs. 2 KG) sowie einen Missbrauch derselben (gemäss Art. 7 KG) voraus. Während die Wettbewerbskommission beide Tatbestandselemente als erfüllt erachtete, bejahte das Bundesverwaltungsgericht zwar die marktbeherrschende Stellung der Swisscom bei ihren eigenen Terminierungsgebühren in der Periode vom 1. April 2004 bis zum 31. Mai 2005, verneinte aber einen Missbrauch dieser Stellung. Sollte sich die Auffassung der Vorinstanz als korrekt erweisen, müssten nicht alle von den Verfahrensbeteiligten erhobenen Rügen geprüft werden. Es rechtfertigt sich daher, zunächst den Streitpunkt des Marktmissbrauchs zu behandeln und sich erst danach den übrigen Fragen zuzuwenden, soweit diese je nach dem Ergebnis noch massgeblich erscheinen.
4.2 Die Vorinstanz stellte bei der Beantwortung der Frage, ob die Swisscom ihre Marktstellung missbraucht habe, im Wesentlichen darauf ab, dass diese aufgrund der regulatorischen Rahmenordnung des Fernmelderechts gar nicht in der Lage gewesen sei, ihre Preis- und sonstigen Geschäftsbedingungen durchzusetzen und damit zu "erzwingen", wie dies als Tatbestandselement von Art. 7 Abs. 2 lit. c KG vorausgesetzt sei. Das Volkswirtschaftsdepartement wendet dagegen ein, die Erzwingung der eigenen Bedingungen sei nicht erforderlich. Dieses Merkmal stelle kein eigenes Tatbestandselement dar, sondern verlangt sei einzig, dass zwischen der marktbeherrschenden Stellung und der Unangemessenheit der Preise und Geschäftsbedingungen ein Kausalzusammenhang bestehe. Die Swisscom habe denn auch die Höhe der Terminierungspreise nur schon deshalb bestimmen können, weil sie marktbeherrschend gewesen sei.
4.3 Der Sinn von Art. 7 Abs. 2 lit. c KG ist durch Auslegung zu ermitteln. Eine abschliessende höchstrichterliche Rechtsprechung zur Tragweite von Art. 7 Abs. 2 lit. c KG gibt es bisher nicht (vgl. immerhin <ref-ruling> E. 3.4.3 S. 159; <ref-ruling> E. 6.5 S. 538 ff.). Im Schrifttum werden dazu unterschiedliche Auffassungen vertreten, wobei regelmässig auf die Unklarheit der Regelung verwiesen wird (vgl. dazu etwa MARC AMSTUTZ/BLAISE CARRON, in: Amstutz/Reinert [Hrsg.], Basler Kommentar zum Kartellgesetz, 2010, Art. 7 N. 295 ff.; CLERC, a.a.O., Art. 7 N. 185 ff.; PETER REINERT, in: Baker & McKenzie, Kartellgesetz, 2007, Art. 7 N. 23 ff.).
4.3.1 Das Volkswirtschaftsdepartement hält dafür, das Kartellgesetz sei im Sinne des EU-Wettbewerbsrechts auszulegen, was zu einem restriktiveren Verständnis des Ausbeutungsmissbrauchs als dasjenige der Vorinstanz führe. Es gibt jedoch kein gemeinsames Wettbewerbsrecht der Schweiz und der Europäischen Union im Rahmen eines bilateralen Abkommens, das gegebenenfalls eine parallele Rechtsordnung nahelegen würde (vgl. etwa <ref-ruling> E. 3.4 S. 12 f., 65 E. 3.1 S. 70 f.). Vom Recht der Europäischen Union unabhängiges schweizerisches Recht ist grundsätzlich autonom auszulegen. Eine Koordination bzw. der Beizug des europäischen Rechts als Auslegungshilfe drängt sich immerhin soweit auf, als dies vom schweizerischen Gesetzgeber bezweckt war und sich die Regelungen auch inhaltlich entsprechen (vgl. etwa das Urteil des Bundesgerichts 2A.503/2000 vom 3. Oktober 2001 i.S. Commcare AG, in: ZBl 103/2002 S. 244, E. 9b). Nach der Rechtsprechung ist insbesondere autonom nachvollzogenes EU-Recht europarechtskonform auszulegen, weil es dem Gesetzgeber diesfalls darum ging, eine parallele Regelung zu schaffen (vgl. <ref-ruling> E. 5.5.1 S. 190; <ref-ruling> E. 5.1 und 6 S. 350).
4.3.2 Die Kartellgesetznovelle von 1995 hatte keinen besonderen europapolitischen Hintergrund (BBl 1995 I 484). In den grundsätzlichen Bemerkungen zum Gesetzesentwurf (vgl. BBl 1995 I 497 ff.) wird das Ziel einer EU-Kompatibilität nicht genannt, ebenso wenig in den Ausführungen zum Missbrauch einer marktbeherrschenden Stellung (vgl. BBl 1995 I 518 ff.). Der schweizerische Gesetzgeber wollte bei der damaligen Revision des Kartellgesetzes somit nicht in erster Linie zwecks Herstellung einer Europarechtskonformität autonom das EU-Recht nachvollziehen. Immerhin lehnte er sich bei der Formulierung der Missbrauchstatbestände an das EU-Recht an (vgl. BBl 1995 I 531 und 632 f.; AMSTUTZ/CARRON, a.a.O., Art. 7 N. 25). Insbesondere verwendete er sogar denselben Begriff des "Erzwingens", wie er heute auch in Art. 102 Abs. 2 lit. a der Konsolidierten Fassung des Vertrags über die Arbeitsweise der Europäischen Union vom 13. Dezember 2007 (AEUV; ABl. C 115 vom 9. Mai 2008, S. 47 ff.; ehemaliger Artikel 82 EGV) enthalten ist. Nach der bundesrätlichen Botschaft zum Kartellgesetz von 1995 unter Einschluss von Art. 7 KG in der heutigen Fassung wurden die Regelungsmuster des Wettbewerbsrechts der Europäischen Union aber lediglich insoweit berücksichtigt, als nicht aus sachlichen Gründen unterschiedliche Lösungen angezeigt erschienen (vgl. BBl 1995 I 471). Auch aus der gleichen Terminologie lässt sich mithin nicht ableiten, dass zwingend eine identische Regelung angestrebt war. Zur Gesetzesnovelle von 2003, welche die Sanktionsregelung von Art. 49a KG mit sich brachte, schrieb der Bundesrat (BBl 2002 2051):
"Die Europakompatibilität des schweizerischen Wettbewerbsrechts wird durch die Vorlage nicht unmittelbar berührt. Immerhin sind in der Rechtsordnung der EU für Wettbewerbsverstösse ebenfalls unmittelbare Sanktionen vorgesehen. Insofern nähert sich durch die Revision das "Schutzniveau" der schweizerischen Wettbewerbsgesetzgebung demjenigen der EU an. Vor dem Hintergrund bestehender Unterschiede in der konzeptionellen Ausrichtung (Verbots- statt Missbrauchsprinzip in der EU) lassen sich die einzelnen Elemente der Vorlage aber nur schlecht mit entsprechenden Instituten im europäischen Kontext vergleichen."
Auch diese Relativierung indiziert, dass das schweizerische Recht nicht vollständig demjenigen der Europäischen Union entspricht. Im Übrigen führt selbst nach der Rechtsprechung des Gerichtshofes der Europäischen Union die wirtschaftliche Macht des Marktbeherrschers noch nicht für sich allein dazu, dass dessen Preise missbräuchlich sind, sondern es ist eine Gesamtwürdigung vorzunehmen (vgl. zuletzt das Urteil des EuGH vom 17. Februar 2011 Rs. C-52/09 Konkurrensverket c. TeliaSonera Sverige AB). Damit ergibt sich entgegen der Auffassung des Volkswirtschaftsdepartements auch nicht mit Blick auf das EU-Recht die zwangsläufige Folgerung, dass bereits bei Vorliegen einer marktbeherrschenden Stellung von einem Missbrauch auszugehen ist, ohne dass dem Tatbestandselement des "Erzwingens" eine davon unabhängige selbständige Bedeutung zukäme.
4.3.3 Der deutsche Wortlaut von Art. 7 Abs. 2 lit. c KG spricht deutlich von Erzwingung unangemessener Preise oder sonstiger unangemessener Geschäftsbedingungen. Die französisch- und italienischsprachigen Gesetzestexte unterscheiden sich insofern nicht wesentlich von der deutschen Fassung, werden dort doch die Begriffe "le fait d'imposer" und "l'imposizione" verwendet. Schon der Wortlaut verlangt daher mehr als eine blosse Ursächlichkeit zwischen marktbeherrschender Stellung und unangemessenem Geschäftsverhalten. In die gleiche Richtung deutet die bundesrätliche Botschaft vom 23. November 1994 zu Art. 7 Abs. 2 lit. c KG, worin wörtlich steht (BBl 1995 I 573):
"Nach dem Gesetzesentwurf müssen die unangemessenen Preise oder Geschäftsbedingungen "erzwungen" werden. Dies bedeutet, dass zum Beispiel ein nachfragemächtiges Unternehmen Mittel anwendet oder anzuwenden droht, mit denen es seiner Forderung nach einem bestimmten Vorzugspreis oder anderen besonders vorteilhaften Geschäftsbedingungen Nachdruck verleiht."
4.3.4 Aus systematischer Sicht trifft es zu, wie das Volkswirtschaftsdepartement vorträgt, dass es sich bei den in Art. 7 Abs. 2 KG aufgezählten Tatbeständen lediglich um eine nicht abschliessende Liste von Beispielen handelt, welche die Generalklausel von Art. 7 Abs. 1 KG illustrieren sollen. Dabei ist aber zu beachten, dass das Kartellrecht eine marktbeherrschende Stellung nicht verbietet (BBl 1995 I 547). Eine solche ist für sich allein nicht missbräuchlich (CLERC, a.a.O., Art. 7 N. 1); vielmehr muss zur Marktbeherrschung als qualifizierendes Element eine unzulässige Verhaltensweise hinzutreten (vgl. BGE <ref-ruling> E. 6.5.1 S. 538), was sich im Übrigen bereits aus dem Wortlaut von Art. 7 Abs. 1 KG ergibt. Dieses Erfordernis wäre weitgehend obsolet, würde reine Ursächlichkeit für unangemessene Geschäftsbedingungen genügen, wobei immerhin zutrifft, dass zwischen der Marktbeherrschung und der Unangemessenheit überhaupt eine Kausalität vorliegen muss (dazu AMSTUTZ/CARRON, a.a.O., Art. 7 N. 21; REINERT, a.a.O., Art. 7 N. 3). Allerdings dürfte wohl regelmässig von einem Kausalzusammenhang auszugehen sein, sobald Marktbeherrschung einerseits und unangemessene Geschäftsbedingungen andererseits erstellt sind, was dazu führt, dass das Kriterium der Ursächlichkeit für sich allein als nicht sehr aussagekräftig erscheint. Das spricht ebenfalls dafür, dem zusätzlichen Verhaltenselement, dass die fraglichen Bedingungen der Marktgegenseite aufgezwungen werden müssen, eine eigenständige Bedeutung zuzumessen.
4.3.5 Indessen ist angesichts des Gesetzeszwecks der Verhinderung volkswirtschaftlich oder sozial schädlicher Auswirkungen von Kartellen und anderen Wettbewerbsbeschränkungen (Art. 1 KG) nicht eine vollständige wirtschaftliche Unterjochung erforderlich. Art. 7 KG schützt Konkurrenten oder Handelspartner insbesondere davor, dass sie von marktbeherrschenden Unternehmen in ihren Handlungsmöglichkeiten in missbräuchlicher Weise behindert oder dass sie oder die Konsumenten in wettbewerbswidriger Weise benachteiligt werden (Verdrängungs- oder Behinderungs- sowie Ausbeutungsmissbrauch; vgl. BBl 1995 I 569; AMSTUTZ/CARRON, a.a.O., Art. 7 N. 41 ff.). Überhöhte Preise oder nachteilige Geschäftsbedingungen können aber aus wirtschaftlichen Gründen auch freiwillig und durchaus im Eigeninteresse akzeptiert werden. Es kann hier offenbleiben, ob für die Annahme eines Marktmissbrauchs das Einverständnis zu den unangemessenen Vertragsinhalten, wie die Vorinstanz annimmt, geradezu gegen den Willen der Marktgegenseite erfolgen muss oder ob sich diese letztlich einfach aufgrund der Marktsituation gegen ihre eigenen Interessen fügt. Zu verlangen ist für einen Marktmissbrauch zumindest, dass die Marktgegenseite dem ökonomischen Druck, der sich auf die Marktbeherrschung stützt, nichts entgegenzusetzen hat bzw. diesem nicht ausweichen kann.
4.4 Dass die Swisscom auf die anderen Mobilfunkanbieterinnen Druck ausgeübt hätte, dem diese nichts entgegenzuhalten gehabt hätten, ist fraglich und letztlich in erster Linie eine Tatfrage. Diese braucht aufgrund der regulatorischen Rahmenordnung indessen nicht näher abgeklärt zu werden.
5. 5.1 Bei der Anwendung des Kartellrechts kann die besondere sektorielle Regelung des Fernmeldegesetzes nicht unbeachtet bleiben. Die beiden Rechtsordnungen stehen insoweit in einem engen Konnex und beeinflussen sich gegenseitig. Sinn macht daher nur eine Auslegung, die auch zu einem einheitlichen, in sich geschlossenen Gesamtsystem führt. Aus dem gleichen Grund, um eine Koordination von Wettbewerbs- und Telekommunikationsrecht sicherzustellen, sieht Art. 11 Abs. 3 aFMG die Konsultation der Wettbewerbskommission für die Beurteilung der Marktbeherrschung vor (vgl. BBl 1996 III 1427).
5.2 Geht es um Dienste der Grundversorgung nach Art. 16 aFMG, gilt die Pflicht zur Interoperabilität und ist eine Fernmeldediensteanbieterin selbst dann zur Interkonnektion verpflichtet, wenn sie keine marktbeherrschende Stellung innehat (Art. 11 Abs. 2 aFMG). Da eine Sanktionierung nach Art. 49a KG in Verbindung mit Art. 7 KG aber jedenfalls Marktbeherrschung voraussetzt, gilt eine Interkonnektionspflicht selbst bei Telekommunikationsdiensten, die nicht zur Grundversorgung zählen (Art. 11 Abs. 1 aFMG), wenn Art. 49a KG im fernmelderechtlichen Bereich der Zusammenschaltung Anwendung finden soll. Fällt mithin eine Sanktion gemäss Art. 49a KG in Verbindung mit Art. 7 KG im Telekommunikationsbereich in Betracht, gilt zugleich auch die regulatorische Rahmenordnung des Fernmeldegesetzes, soweit es um einen Sachverhalt geht, der den Bestimmungen über die Interkonnektion untersteht.
5.3 Noch im Jahre 2003 zählte die Versorgung mit Mobilfunk nur ausnahmsweise zur Grundversorgung, nämlich dann, wenn ein Anschluss ans Festnetz nicht oder nur mit grossem Aufwand möglich gewesen wäre (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 1A.124/2003 vom 23. September 2003, E. 3.3, in URP 2003 S. 731; vgl. auch Art. 16 aFMG sowie <ref-law>). Es kann offenbleiben, wie es sich bei den hier strittigen Terminierungsleistungen im Mobilfunkbereich der Swisscom verhielte. Bei Marktbeherrschung, wie dies die Anwendung von Art. 49a KG in Verbindung mit Art. 7 KG voraussetzt, gälte für die betroffenen Terminierungsdienste unabhängig davon, ob es sich um Grundversorgung handeln würde oder nicht, ohnehin eine Pflicht zur Interkonnektion gemäss Art. 11 Abs. 1 aFMG.
5.4 Stünden somit, damit eine kartellrechtliche Sanktion überhaupt in Frage käme, so oder so die Möglichkeiten der Interkonnektion offen, kann dies bei der Beurteilung, ob ein Missbrauch einer allfälligen marktbeherrschenden Stellung vorliegt, nicht unberücksichtigt bleiben. Falls eine Nachfragerin der Swisscom mit deren Geschäftsbedingungen bzw. deren Preisangebot für die Terminierung nicht einverstanden gewesen wäre, hätte sie sich in Anwendung von Art. 11 Abs. 3 aFMG an die Kommunikationskommission wenden und die behördliche Festsetzung der Terminierungsbedingungen verlangen können. Diese Rahmenordnung schliesst die einseitige Erzwingung der Geschäftsbedingungen der Marktgegenseite aus, weil dadurch eine Ausweichmöglichkeit geschaffen wird. Zwar hätte das Interkonnektionsverfahren für das betroffene Unternehmen zweifellos einen gewissen Aufwand mit sich gebracht. Sowohl bei Orange als auch bei Sunrise handelt es sich aber um Unternehmungen, die einen solchen Aufwand ohne weiteres hätten leisten können. Das zeigt nicht zuletzt das spätere Interkonnektionsverfahren für die Mobilterminierungspreise zwischen denselben Konkurrentinnen, das im Januar 2007 mit einer Vereinbarung endete. Im Übrigen bietet das Interkonnektionsverfahren selbst in komplexeren Fällen die Möglichkeit entsprechender prozessualer Massnahmen wie insbesondere einstweiligen Rechtsschutz (vgl. Art. 11 Abs. 3 aFMG) oder rückwirkende Anordnung der korrigierten Preise inklusive Verzinsung derselben. Dass ein Interkonnektionsverfahren im vorliegenden Zusammenhang wirkungslos gewesen wäre, wie das Volkswirtschaftsdepartement behauptet, ist weder erhärtet noch ersichtlich und würde im Übrigen die fernmelderechtliche Gesetzesordnung mehr als in Frage stellen, wofür es keine zwingenden Anhaltspunkte gibt.
5.5 Unter diesen Voraussetzungen kann nicht davon ausgegangen werden, die Swisscom habe die Geschäftsbedingungen für ihre Terminierungsleistungen gegenüber der Marktgegenseite im Sinne von Art. 7 Abs. 2 lit. c KG erzwungen. Dieser stand es vielmehr frei, auf das Interkonnektionsverfahren auszuweichen und die angebotenen Vertragsinhalte behördlich überprüfen und regulieren zu lassen. Wenn die anderen Mobilfunkanbieterinnen auf die Einleitung eines Interkonnektionsverfahrens verzichteten, so kann dies jedenfalls nicht allein der Swisscom angelastet werden.
5.6 Das Volkswirtschaftsdepartement wendet dagegen ein, nicht nur die anderen Mobiltelefonieanbieterinnen seien ausgebeutet worden, sondern auch die Festnetztelefonieanbieterinnen, die Gespräche ins Mobilfunknetz der Swisscom eingespiesen hätten. Dasselbe gelte für die Endkunden, indem diese überhöhte Retailpreise hätten zahlen müssen.
5.6.1 Das Bundesverwaltungsgericht setzte sich ausführlich damit auseinander, welches Verhalten der Swisscom genau vorgeworfen werde. Dabei verwies es einerseits auf die Verfügung der Wettbewerbskommission vom 5. Februar 2007, worin mit einlässlicher Argumentation ein Behinderungsmissbrauch der Konkurrenz auf Dienstleistungsebene ausgeschlossen wurde. Andererseits bezog sich die Vorinstanz im Zusammenhang mit der Frage des Ausbeutungsmissbrauchs auf Unklarheiten im Standpunkt der Wettbewerbskommission sowie auf eine entsprechende redaktionelle Unsorgfalt beim Verfassen der Sanktionsverfügung vom 5. Februar 2007. Die Vorinstanz vermochte sich dabei unter anderem auf die Vernehmlassung der Wettbewerbskommission an das Bundesverwaltungsgericht (vom 18. Juni 2007) selbst zu stützen, worin diese ihren Standpunkt korrigiert und dargelegt hatte, dass (einzig) die Fernmeldediensteanbieterinnen als Marktgegenseite anzusehen seien. Das Bundesverwaltungsgericht schloss daraus insgesamt, zu prüfen sei somit lediglich der Ausbeutungsmissbrauch zu Lasten anderer Fernmeldediensteanbieterinnen, d.h. primär zu Lasten von Sunrise und Orange. In diesem Sinne beschränkte die Vorinstanz den Streitgegenstand ausdrücklich auf den Ausbeutungsmissbrauch, den die Swisscom auf der Infrastrukturebene angeblich zum Nachteil ihrer Konkurrentinnen begangen haben soll. Diesen Streitgegenstand kann das Bundesgericht nicht ausweiten (vgl. E. 2.5). Damit erübrigt es sich, auf die Fragen einzugehen, ob der Vorwurf der Ausbeutung der Endkunden korrekt vorgetragen worden sei, welche Tragweite dabei insbesondere dem strafrechtlichen Anklageprinzip zukäme und ob der Swisscom dazu in geeigneter Weise das rechtliche Gehör gewährt worden wäre.
5.6.2 Was die Fixtelefonieanbieterinnen betrifft, so befanden sich diese grundsätzlich in der gleichen Situation wie die Konkurrentinnen bei der Mobiltelefonie. Auch ihnen stand die Möglichkeit offen, die von der Swisscom offerierten Geschäftsbedingungen über das Interkonnektionsverfahren behördlich überprüfen und allenfalls anpassen zu lassen. Selbst der Swisscom als damals grösster Anbieterin im Markt war es in diesem Sinne angesichts der Rechtsordnung nicht möglich, ihre Bedingungen der Konkurrenz einseitig aufzuzwingen. Die verlangten Terminierungsbedingungen wurden daher im Verhältnis zu den Festtelefonieanbieterinnen ebenfalls nicht im Sinne des Kartellgesetzes erzwungen. Erst recht traf dies für die damalige Swisscom Fixnet AG als grösste Festnetztelefonieanbieterin zu. Da sie zum gleichen Konzern wie die Swisscom Mobile AG gehörte, kann bei ihr sowieso nicht davon ausgegangen werden, die Terminierungsbedingungen seien ihr aufgezwungen worden.
5.6.3 Falls im Übrigen die Endkunden überhöhte Preise zahlen mussten, so ergab sich das eventuell aus einem Zusammenspiel aller beteiligten Unternehmen, was unter dem Gesichtspunkt der abgestimmten Verhaltensweisen kartellrechtlich hätte bedeutsam sein können. Es gibt einige Anhaltspunkte dafür, dass die Preise bei der Mobiltelefonie und insbesondere für die Terminierung im hier fraglichen Zeitraum vom 1. April 2004 bis zum 31. Mai 2005 zumindest sehr hoch waren. Entsprechende ernsthafte Zweifel an deren Angemessenheit äussert auch das Bundesverwaltungsgericht, ohne dass es dies jedoch vertieft zu prüfen hatte. Angesichts des Verzichts der Konkurrenz der Swisscom, eine behördliche Kontrolle der Terminierungsbedingungen im Interkonnektionsverfahren anzustreben, stellt sich durchaus die Frage, ob der Wettbewerb nicht durch ein Zusammenspiel aller beteiligten Fernmeldediensteanbieterinnen in unzulässiger Weise beschränkt wurde. Mangels behördlicher ex-ante-Regelung bei der Interkonnektion bzw. als Folge der schweizerischen ex-post-Kontrolle (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.7 S. 60; Urteil 2A.191/2005 vom 2. September 2005 in sic! 3/2006 S. 170, E. 3), die nur von den betroffenen Konkurrentinnen und nicht von Amtes wegen ausgelöst werden kann, hilft das Interkonnektionsregime bei einer solchen Ausgangslage nicht weiter. Das gilt insbesondere dann, wenn die Marktgegenseite allenfalls wegen der Reziprozitätswirkung (vgl. <ref-ruling> E. 7 S. 281 ff.; Urteil 2A.276/2006 vom 12. Juli 2006 in sic! 12/2006 S. 847, E. 2.5 und 2.6) auch ein Interesse daran hat, die Preise eher hoch zu halten, soweit sie diese an die Endkunden überwälzen kann. Wie es sich damit verhält, muss hier aber offenbleiben.
5.6.4 Der Gesetzgeber hat das ex-post-System beim Interkonnektionsregime genauso bewusst geschaffen, wie er kartellrechtliche Sanktionen an missbräuchlichem Verhalten angeknüpft hat. Es verbietet sich, darin einen Mangel zu sehen, der über eine extensive Auslegung des kartellrechtlichen Ausbeutungsmissbrauchs behoben wird, indem, unabhängig von der Ausgestaltung der Rechtsverhältnisse und namentlich der rechtlichen Rahmenordnung, bereits die Kausalität zwischen Marktbeherrschung und Unangemessenheit der Geschäftsbedingungen zwischen Konkurrentinnen für sich allein als Erzwingung derselben zu gelten hätte. Eine solche Anpassung der Voraussetzungen könnte nur der Gesetzgeber selbst über eine Gesetzesrevision vornehmen.
5.6.5 Wie das Bundesverwaltungsgericht zu Recht festhält, kann Marktgegenseite nur die auf dem relevanten Markt dem marktbeherrschenden Unternehmen als Nachfragerin und damit als Vertragspartnerin gegenüberstehende Unternehmung sein. Im Wholesalemarkt der Telekommunikation sind das die konkurrierenden Fernmeldediensteanbieterinnen. Gegenüber der Endkundschaft wäre wohl eher das Gesamtverhalten aller dieser Unternehmen bzw. insbesondere der drei Mobiltelefonieanbieterinnen mit den entsprechenden Auswirkungen auf den Retailmarkt auf Vereinbarkeit mit dem Kartellrecht zu hinterfragen gewesen. Genau das hat die Wettbewerbskommission in der ersten Phase der Untersuchung auch getan, später aber für die hier fragliche Zeitperiode ein unzulässiges gemeinsames Verhalten ausgeschlossen und das entsprechende Verfahren sowie weitere Untersuchungen gegen Orange und Sunrise eingestellt. Damit verlagerte sich aber auch der gegenüber der Swisscom aufrechterhaltene Vorwurf unzulässigen Verhaltens einzig auf die Ebene zwischen den verschiedenen Fernmeldediensteanbieterinnen mit den entsprechenden Auswirkungen auf die zu prüfenden Geschäftsbeziehungen im Wholesalemarkt. Ein Ausbeutungsmissbrauch lässt sich in diesem Verhältnis der Swisscom jedoch nur schon aufgrund des fernmelderechtlichen Interkonnektionsregimes nicht nachweisen.
5.7 Zusammenfassend ergibt sich, dass bei der Beurteilung des Missbrauchs einer allfälligen marktbeherrschenden Stellung die regulatorische Rahmenordnung des Telekommunikationsrechts mitzuberücksichtigen ist. Im vorliegenden Zusammenhang war es demgemäss der Swisscom nicht möglich, ihre Terminierungsbedingungen den hier einzig massgeblichen konkurrierenden Fernmeldediensteanbieterinnen aufzuzwingen, da diese auf das Interkonnektionsverfahren hätten ausweichen können. Damit entfällt ein Ausbeutungsmissbrauch bzw. eine entsprechende unzulässige Verhaltensweise nach Art. 7 KG, was bereits aus diesem Grunde eine Sanktion gemäss Art. 49a KG gegenüber der Swisscom ausschliesst. Ob Art. 7 KG insoweit genügend bestimmt wäre, um überhaupt als gesetzliche Grundlage für eine Sanktionierung zu taugen, kann mithin offenbleiben.
5.8 Demnach ist die Beschwerde des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements abzuweisen.
6. 6.1 Die Swisscom macht geltend, es verletze Bundesrecht, dass das Bundesverwaltungsgericht die Feststellung der Wettbewerbskommission geschützt habe, sie sei im fraglichen Zeitraum marktbeherrschend gewesen.
6.2 Nach Art. 30 Abs. 1 KG entscheidet die Wettbewerbskommission in der hier einschlägigen Tatbestandsvariante mit Verfügung über die zu treffenden Massnahmen. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind nur der Endentscheid der Wettbewerbskommission bzw. allfällige Zwischen- oder Teilentscheide im Untersuchungsverfahren nach den massgeblichen Verfahrensregeln anfechtbar, nicht aber die im Kartellgesetz enthaltenen spezifischen Verfahrensschritte auf dem Weg zu diesem (<ref-ruling> E. 3.1.3 S. 69). Bei der Endverfügung über eine Sanktion gemäss Art. 49a KG handelt es sich um einen Leistungs- oder Gestaltungsentscheid. Die Sanktion wird ausgesprochen, wenn die entsprechenden Tatbestandselemente vorliegen, oder es wird davon abgesehen, weil die Voraussetzungen nicht erfüllt sind. Es kann hier offenbleiben, ob im zweiten Fall wie in strafrechtlichen Verfahren ausdrücklich ein Freispruch zu erfolgen hat; die Swisscom behauptet dies zwar in ihrer Begründung, hat aber keinen entsprechenden Antrag gestellt. So oder so hat sich das Entscheiderkenntnis auf die Rechtsfolge zu beschränken, d.h. die Anordnung einer Sanktion oder den Verzicht auf eine solche. Die Frage, ob die für die Sanktionierung erforderlichen Tatbestandselemente vorliegen, gehört grundsätzlich nicht ins Dispositiv, sondern bildet Bestandteil der Begründung des Entscheides. In diesem Sinne ist im Erkenntnis im Prinzip weder festzuhalten, ob eine marktbeherrschende Stellung vorliegt, noch ob eine solche allenfalls missbraucht wurde.
6.3 Wie das Bundesgericht entschieden hat, besteht im kartellrechtlichen Melde- und Widerspruchsverfahren nach Art. 49a Abs. 3 lit. a KG kein Raum für Feststellungsentscheide ausserhalb des Untersuchungsverfahrens (<ref-ruling> E. 3.1.3 S. 68). Eine andere Frage ist hingegen, ob die kartellrechtliche Untersuchung selbst zu einer Feststellung führen kann, und zwar auch wenn sie im Hinblick auf eine mögliche Sanktion nach Art. 49a KG erfolgt. Art. 30 Abs. 1 KG, wonach einzig über die zu treffenden Massnahmen zu entscheiden ist, sieht eine solche Möglichkeit entgegen der Ansicht der Wettbewerbskommission allerdings gerade nicht vor. Damit wäre ein Feststellungsentscheid einzig gestützt auf eine allenfalls andere gesetzliche Grundlage zulässig.
6.4 Gemäss Art. 39 KG finden die Bestimmungen des Verwaltungsverfahrensgesetzes Anwendung, soweit das Kartellgesetz nicht hiervon abweicht. Nach <ref-law> kann die in der Sache zuständige Behörde von Amtes wegen oder auf Gesuch hin eine Feststellungsverfügung treffen (Abs. 1). Der Gesuchsteller hat dafür ein schutzwürdiges Interesse nachzuweisen (Abs. 2). Auch dazu hat das Bundesgericht für das Melde- und Widerspruchsverfahren nach Art. 49a Abs. 3 lit. a KG entschieden, ein Feststellungsanspruch nach <ref-law> ausserhalb eines Untersuchungsverfahrens würde die spezialgesetzliche Verfahrensregelung umgehen bzw. ihres Sinnes entleeren und sei daher ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 73 ff.). Das Bundesgericht verwies unter anderem darauf, im Kartellrecht seien Sachverhalt und rechtliche Folge eng miteinander verknüpft und eine tatsächliche Feststellung laufe daher oft weitgehend auf eine Feststellung der Rechtsfolge hinaus (<ref-ruling> E. 3.3.2 S. 75). Die Rechtslage mag sich für kartellrechtliche Sanktionsverfahren allenfalls anders darstellen. Ob in diesem Sinne Raum bleibt für die Anwendbarkeit von <ref-law> im Rahmen eines kartellrechtlichen Sanktionsverfahrens mit der Möglichkeit von Beweis- und Untersuchungsmassnahmen gemäss Art. 40 ff. KG, kann letztlich indes offenbleiben.
6.5 Für die Anwendbarkeit von <ref-law> wäre Ausgangspunkt, dass ein entsprechendes schutzwürdiges Feststellungsinteresse vorläge, das nicht bloss abstrakte, theoretische Rechtsfragen, sondern nur konkrete Rechte oder Pflichten zum Gegenstand hätte. Überdies müsste ausgeschlossen sein, dass das schutzwürdige Interesse ebenso gut mit einer rechtsgestaltenden Verfügung gewahrt werden könnte (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 259; <ref-ruling> E. 2c S. 303; RHINOW/KOLLER/KISS/THURNHERR/BRÜHL-MOSER, Öffentliches Prozessrecht, 2. Aufl., 2010, Rz. 1279 ff.).
6.5.1 Dabei erscheint der Wortlaut von <ref-law> zu eng. Auch eine Feststellungsverfügung von Amtes wegen steht nicht im Belieben der Behörden, sondern setzt ein dem schutzwürdigen Interesse eines Gesuchstellers analoges, diesfalls allerdings nicht privates, sondern öffentliches Feststellungsinteresse voraus (<ref-ruling> E. 2.4 S. 391 f. mit Hinweis; ISABELLE HÄNER, in: Waldmann/ Weissenberger [Hrsg.], VwVG, 2009, Art. 25 Rz. 14). Ein solches ist im vorliegenden Fall nicht ersichtlich. Das strittige Sanktionsverfahren ist ausdrücklich beschränkt auf den Zeitraum vom 1. April 2004 bis zum 31. Mai 2005. Schon aus diesem Grunde kann die allfällige Feststellung der Marktbeherrschung für die fragliche Periode keine verbindliche Vorwirkung für den späteren Zeitraum zeitigen, für den die Untersuchung unter veränderten tatsächlichen Verhältnissen weiterläuft. Die Marktbeherrschung wird vielmehr ohnehin neu abzuklären sein. Das bedeutet zwar nicht, dass die Wettbewerbsbehörden in den noch hängigen oder allfälligen künftigen Verfahren nicht unter Berücksichtigung der prozessualen Rechte der Verfahrensbeteiligten auf bereits vorgenommene Untersuchungshandlungen oder Beweismassnahmen zurückgreifen könnten, soweit sich diese weiterhin als einschlägig erweisen sollten. Es ist aber ausgeschlossen, daraus für spätere Zeiträume ohne weitere Prüfung der Umstände direkt eine Marktbeherrschung der Swisscom abzuleiten.
6.5.2 Auch eine andere Rechtswirkung kartell- oder fernmelderechtlicher Natur ist nicht ersichtlich. So steht insbesondere nicht eine Meldepflicht nach Art. 9 Abs. 4 KG in Frage (vgl. dazu RPW 2005 S. 555 f.); ohnehin würde sich die Marktbeherrschung für den hier fraglichen Zeitraum nicht ohne weiteres auf spätere Unternehmenszusammenschlüsse auswirken, womit dahin gestellt bleiben kann, wieweit insofern überhaupt ein selbständiger Feststellungsentscheid zulässig wäre. Auch ist kein Interkonnektionsverfahren hängig, in dem die Wettbewerbskommission gemäss Art. 11 Abs. 3 aFMG zur Frage der Marktbeherrschung konsultiert worden wäre; überdies handelt es sich dabei nicht um eine selbständige und als solche anfechtbare Feststellung, sondern lediglich um eine im Interkonnektionsverfahren zu entscheidende Vorfrage, und die Kommunikationskommission ist an die Stellungnahme der Wettbewerbskommission nicht gebunden (vgl. dazu etwa die nicht in der Amtlichen Sammlung publizierte E. 4.2 von <ref-ruling>, Urteil 2A.451/2005 vom 21. April 2006).
6.5.3 Gibt es mithin kein schutzwürdiges Interesse an einer isolierten Feststellung der Marktbeherrschung, erweist sich die entsprechende Folgerung im Entscheiddispositiv selbst dann als bundesrechtswidrig, wenn <ref-law> anwendbar wäre.
6.6 Demnach ist das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 insoweit aufzuheben, als es in seiner eigenen Dispositiv-Ziffer 1.2 die Dispositiv-Ziffer 1 der Verfügung der Wettbewerbskommission vom 5. Februar 2007 schützt. Der angefochtene Entscheid ist in dem Sinne anzupassen (vgl. <ref-law>), dass auch die entsprechende selbständige Feststellung der Marktbeherrschung ersatzlos aufgehoben wird. Die Beschwerde der Swisscom ist insofern gutzuheissen.
6.7 Umgekehrt braucht im vorliegenden Verfahren freilich nicht weiter inhaltlich geprüft zu werden, ob die Vorinstanzen zu Recht von der Marktbeherrschung der Swisscom ausgegangen sind und dabei den relevanten Markt im Einklang mit dem Bundesrecht abgegrenzt haben. Erweist sich die rechtsverbindliche selbständige Feststellung der Marktbeherrschung als unzulässig, betrifft die entsprechende Einschätzung im Sinne einer Vorfrage nur ein Tatbestandselement einer allfälligen Sanktionierung, die für sich allein keine Rechtswirkung zu entfalten vermag. Die Swisscom hat kein schutzwürdiges Interesse und somit auch keinen Anspruch auf die ausdrückliche Feststellung, sie sei im vorliegenden Zusammenhang nicht marktbeherrschend gewesen, was sie so allerdings auch gar nicht ausdrücklich geltend macht. Zugleich besteht kein Anlass und kein Recht der Swisscom, dass das Bundesgericht vorfrageweise prüft, ob bei ihr Marktbeherrschung gegeben war. Eine Sanktionierung entfällt bereits aus einem anderem Grund, nämlich mangels Marktmissbrauchs, womit die Frage der Marktbeherrschung für sich allein keine rechtliche Bedeutung hat. Rein theoretische Rechtsfragen ohne Rechtsfolgen sind vom Bundesgericht nicht zu behandeln.
7. Entfallen sowohl eine kartellrechtliche Sanktion nach Art. 49a KG als auch die selbständige Feststellung der Marktbeherrschung der Swisscom im Entscheiderkenntnis, erübrigt es sich, die von dieser geltend gemachten Verfahrensmängel zu prüfen. Damit ist auf die gerügten Verfahrensfehler, soweit sie nicht schon in anderem Zusammenhang behandelt wurden, nicht weiter einzugehen.
8. 8.1 Die Swisscom beanstandet ausserdem die Kosten- und Entschädigungsregelung des Bundesverwaltungsgerichts.
8.2 Die Swisscom ist der Ansicht, sie habe vor der Vorinstanz umfassend obsiegt, weshalb ihr keine Verfahrenskosten hätten auferlegt werden dürfen. Der rechnerische Gesamtbetrag der gesprochenen Verfahrenskosten wird von der Swisscom allerdings nicht in Frage gestellt. Sie wendet sich lediglich gegen den Verteilungsschlüssel.
8.2.1 Nach <ref-law> (in Verbindung mit Art. 37 VGG) auferlegt das Bundesverwaltungsgericht die Verfahrenskosten in der Regel der unterliegenden Partei. Unterliegt diese nur teilweise, so werden die Verfahrenskosten ermässigt, ausnahmsweise erlassen. Gemäss <ref-law> dürfen einer obsiegenden Partei nur Verfahrenskosten auferlegt werden, die sie durch Verletzung von Verfahrenspflichten verursacht hat.
8.2.2 Das Bundesverwaltungsgericht erachtete die Swisscom in zwei Punkten als unterliegend, nämlich erstens im Hinblick auf die Überprüfung und Bestätigung des erstinstanzlichen Befunds zur Marktabgrenzung und Marktbeherrschung sowie zweitens hinsichtlich des Antrags auf Einstellung der weiteren Untersuchung. Die Swisscom ist denn auch in der Tat vor der Vorinstanz jedenfalls mit ihrem hier nicht mehr strittigen Antrag auf Einstellung des weiteren Untersuchungsverfahrens für den Zeitraum nach dem 31. Mai 2005 unterlegen. Was den Streitpunkt der Marktbeherrschung betrifft, hätte das Bundesverwaltungsgericht zwar die selbständige Feststellung einer solchen nicht schützen dürfen; für die im Ergebnis zu prüfende kartellrechtliche Sanktion kam der Frage, ob Marktbeherrschung vorlag, aber keine eigenständige Bedeutung mehr zu, da sich das weitere Tatbestandselement des Marktmissbrauchs als nicht erfüllt erwies. Vollständig obsiegt hätte die Swisscom vor der Vorinstanz so oder so nicht. Die Auferlegung von einem Fünftel der Verfahrenskosten an die Swisscom erweist sich demnach angesichts des dem Bundesverwaltungsgericht insofern zustehenden Ermessensspielraums nicht als bundesrechtswidrig.
8.2.3 Damit brauchen die vorinstanzlichen Verfahrenskosten nicht aufgehoben bzw. in Anwendung von <ref-law> neu festgesetzt und verlegt zu werden.
8.3 Analoges gilt für den Verteilungsschlüssel bei der Parteientschädigung. Hierzu trägt die Swisscom aber zusätzlich und in erster Linie vor, die ihr zugesprochene Parteientschädigung sei betragsmässig selbst unter Berücksichtigung eines Abzugs für teilweises Unterliegen deutlich zu niedrig ausgefallen.
8.3.1 Nach <ref-law> (in Verbindung mit Art. 37 VGG) kann das Bundesverwaltungsgericht der ganz oder teilweise obsiegenden Partei von Amtes wegen oder auf Begehren eine Entschädigung für ihr erwachsene notwendige und verhältnismässig hohe Kosten zusprechen. In Anwendung der ihr zustehenden entsprechenden Regelungskompetenz (vgl. Art. 64 Abs. 5 zweiter Satz VwVG in Verbindung mit Art. 16 Abs. 1 VGG) erliess die Vorinstanz das Reglement vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE; SR 173.320.2). Danach haben Parteien Anspruch auf eine Parteientschädigung für die ihnen erwachsenen notwendigen Kosten (<ref-law>; vgl. MOSER/BEUSCH/ KNEUBÜHLER, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2008, Rz. 4.65). Die Parteientschädigung umfasst die Kosten der Vertretung sowie allfällige weitere notwendige Auslagen der Partei (<ref-law>). Zu den Kosten der Vertretung zählt in erster Linie das Anwaltshonorar (<ref-law>), das sich wiederum nach dem notwendigen Zeitaufwand des Vertreters bemisst und nach einem Stundenansatz von mindestens Fr. 200.-- und höchstens Fr. 400.-- berechnet (Art. 10 Abs. 1 und 2 VGKE). Das Bundesverwaltungsgericht setzt die Parteientschädigung aufgrund der Kostennote, bei Fehlen einer solchen aufgrund der Akten fest (<ref-law>). Bei der Bemessung der Parteientschädigung innerhalb des gesetzlichen Rahmens steht dem Bundesverwaltungsgericht zwangsläufig ein gewisses Ermessen zu. Das Honorar berechnet sich mithin einzig nach dem Aufwand und nicht nach dem Streitwert. Eine summenmässig bestimmte feste Obergrenze besteht nicht.
8.3.2 Die Vorinstanz sprach der Swisscom den grundsätzlichen Anspruch auf eine Parteientschädigung nicht ab. Die Swisscom hatte dem Bundesverwaltungsgericht allerdings keine Kostennote eingereicht. Eine Verpflichtung des Gerichts, eine solche einzuholen, besteht jedoch nicht (MOSER/BEUSCH/KNEUBÜHLER, a.a.O., Rz. 4.84). Die Vorinstanz stützte sich daher für die Bemessung der Parteientschädigung zu Recht auf die Akten, wobei sie von einer Streitsache mit ausserordentlich hohem Aufwand und besonderer Komplexität ausging, bei der auf juristischem Neuland eine Vielzahl anspruchsvoller Rechtsfragen zu klären waren. Das Bundesverwaltungsgericht rechnete der Swisscom indes nicht den ganzen von ihr betriebenen Aufwand an, weil es die Rechtsschriften als teilweise redundant formuliert und daher zu umfangreich beurteilte. Im Ergebnis sprach es der Swisscom eine erneut um einen Fünftel reduzierte Parteientschädigung von Fr. 80'000.-- (inklusive Mehrwertsteuer) zu.
8.3.3 Die Swisscom macht geltend, dass das Bundesverwaltungsgericht bei einer rechnerisch ungekürzten Parteientschädigung von Fr. 100'000.-- und einem angesichts der Komplexität der Streitsache maximalen Stundenansatz von Fr. 400.-- von einem Zeitaufwand ihres Rechtsvertreters von etwa 250 Stunden ausgegangen sei. In Tat und Wahrheit habe dieser Aufwand mehr als 2'300 Stunden betragen, weshalb ihr eine Parteientschädigung von mindestens Fr. 500'000.-- hätte zugesprochen werden müssen, womit die Vorinstanz ihr Ermessen deutlich überschritten habe.
8.3.4 Die Parteientschädigung umfasst nur die notwendigen Kosten. Der Rechtsvertreter der Swisscom war bereits vor der Wettbewerbskommission mit dem vorliegenden Fall befasst. In den Akten befinden sich eine Vollmacht vom 10. Mai 2004 sowie diverse von ihm verfasste und unterzeichnete Schriftstücke. Er vertrat die Swisscom denn auch schon im bundesgerichtlichen Verfahren 2A.289/2005. Überdies wurde die erstinstanzliche Verfügung ihm als Rechtsvertreter der Swisscom eröffnet. Damit musste er die sich stellenden Tat- und Rechtsfragen bereits aus der ersten Instanz kennen. Die von der Swisscom geltend gemachte Arbeitszeit allein für das Beschwerdeverfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht stellt mehr als ein übliches Personenjahr dar. Es stand der Swisscom selbstredend frei, einen solchen Aufwand zu betreiben. Da nur die notwendigen Kosten zu entschädigen sind, muss dieser jedoch nicht vollständig von der Gegenseite übernommen werden.
8.3.5 Die von der Vorinstanz zugesprochene Parteientschädigung lässt vom Betrag her den Schluss zu, dass das Bundesverwaltungsgericht, je nach dem, mit welchem Stundensatz gerechnet wird, von einem ungekürzten Aufwand von rund sechs bis acht Wochen bzw. unter Aufrechnung des Abzugs für teilweise redundante und zu umfangreiche Rechtsschriften von rund acht bis zehn Wochen Arbeit ausging. Damit hat das Bundesverwaltungsgericht seinen Ermessensspielraum bei der Festsetzung der Parteientschädigung nicht missbraucht oder überschritten, insbesondere wenn berücksichtigt wird, dass sich der Rechtsvertreter der Swisscom ja nicht neu in die Streitfragen einarbeiten musste. Im Ergebnis handelt es sich im Übrigen bei einer - selbst bei einer um einen Fünftel gekürzten - Parteientschädigung von Fr. 80'000.-- sogar dann nicht um einen geringfügigen Betrag, wenn berücksichtigt wird, dass eine erhebliche Busse strittig war und für die Swisscom viel auf dem Spiel stand.
8.3.6 Damit erweist sich die vom Bundesverwaltungsgericht zugesprochene Parteientschädigung ebenfalls nicht als bundesrechtswidrig. Angesichts des weiterhin gerechtfertigt erscheinenden Verteilungsschlüssels von 4:1 braucht damit auch der vorinstanzliche Entscheid über die Parteientschädigung nicht aufgehoben bzw. in Anwendung von <ref-law> abgeändert zu werden.
8.4 Im Ergebnis hat die Swisscom gegenüber der Wettbewerbskommission weitgehend obsiegt. Die erstinstanzliche Kostenauflage an die Swisscom (in Ziff. 6a des Dispositivs der Verfügung der Wettbewerbskommission vom 5. Februar 2007) wurde bereits durch die Vorinstanz aufgehoben. Eine Rückweisung zur Neuausscheidung der erstinstanzlichen Verfahrenskosten, wie das das Bundesverwaltungsgericht aufgrund seiner Beurteilung der Rechtslage noch angeordnet hat (vgl. Ziff. 1.1 dritter Satz des Dispositivs des angefochtenen Urteils), rechtfertigt sich insgesamt angesichts des Ausgangs des Verfahrens nicht, worüber das Bundesgericht reformatorisch entscheiden kann (vgl. <ref-law>).
9. 9.1 Zusammenfassend erweist sich demnach die Beschwerde des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements als unbegründet, weshalb sie abzuweisen ist.
9.2 Hingegen ist die Beschwerde der Swisscom teilweise gutzuheissen, und der angefochtene Entscheid muss insoweit aufgehoben und angepasst werden, als er die selbständige Feststellung der Wettbewerbskommission im Entscheiderkenntnis schützt, die Swisscom sei im hier fraglichen Zeitraum marktbeherrschend gewesen. Im Übrigen ist die Beschwerde der Swisscom abzuweisen.
9.3 Bei diesem Verfahrensausgang obsiegt die Swisscom vollumfänglich im Verfahren 2C_343/2010 und unterliegt teilweise im Verfahren 2C_344/2010. Im Unterschied zur Vorinstanz bestimmen sich die Kosten und Entschädigungen im bundesgerichtlichen Verfahren grundsätzlich nach dem Streitwert, soweit ein Vermögensinteresse im Spiel steht; überdies gilt jeweils eine absolute Obergrenze (vgl. Art. 65 Abs. 3 und 5 sowie <ref-law>). Die Behörden vertreten im vorliegenden Fall einzig die Interessen eines funktionierenden Wettbewerbs bzw. der Förderung einer freiheitlichen marktwirtschaftlichen Ordnung (vgl. Art. 1 KG). Vermögensinteressen des Bundes stehen daher, trotz der strittigen Busse, nicht im Spiel. Den Bundesorganen sind daher keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>). Hingegen verfolgt die Swisscom offensichtlich auch Vermögensinteressen. Soweit die Kosten ihr aufzuerlegen und soweit ihr Entschädigungen zuzusprechen sind, ist demnach der Tarif für Streitigkeiten mit Vermögensinteressen massgeblich.
9.4 Insgesamt rechtfertigt es sich, der Swisscom einen Viertel der gesamten Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 80'000.--, d.h. Fr. 20'000.--, aufzuerlegen (vgl. <ref-law>) und, wie dargelegt, von einer Kostenauflage an die Bundesbehörden abzusehen. Zugleich ist der Swisscom eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 60'000.-- zu Lasten des Volkswirtschaftsdepartements zuzusprechen (vgl. <ref-law>). Die Behörden haben keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_343/2010 und 2C_344/2010 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements wird abgewiesen.
3. 3.1 Die Beschwerde der Swisscom (Schweiz) AG wird teilweise gutgeheissen.
3.2 Die Dispositiv-Ziffer 1 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 24. Februar 2010 wird insgesamt aufgehoben und durch folgende neue Dispositiv-Ziffer 1 ersetzt:
"Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Die Dispositiv-Ziffern 1, 2, 3 und 6a der Verfügung der Wettbewerbskommission vom 5. Februar 2007 werden aufgehoben."
3.3 Im Übrigen wird die Beschwerde der Swisscom (Schweiz) AG abgewiesen.
4. Der Swisscom (Schweiz) AG werden reduzierte Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- auferlegt.
5. Das Eidgenössische Volkswirtschaftsdepartement hat der Swisscom (Schweiz) AG für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 60'000.-- auszurichten.
6. Dieses Urteil wird der Swisscom (Schweiz) AG, dem Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartement, der Wettbewerbskommission und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. April 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Uebersax