Sachverhalt:
A.
Die A._ AG (Klägerin, Beschwerdeführerin) mit Sitz in Zürich ist im Bereich der Softwareherstellung und EDV-Beratung tätig. Sie ist aus Fusionen hervorgegangen.
B._ (Beklagter, Beschwerdegegner) und C._ (Mitbeklagter) waren Hauptaktionäre und Verwaltungsräte der Klägerin respektive ihrer Rechtsvorgängerinnen. Die Klägerin wirft den beiden im Wesentlichen vor, sie hätten in den Jahren 2000 bis Anfang 2004 als Verwaltungsräte auf Geschäftskosten ungerechtfertigte, d.h. nicht geschäftsbezogene und nicht im Interesse der Klägerin stehende Auslagen getätigt, veranlasst oder geduldet.
B.
Am 24. November 2008 reichte die A._ AG beim Bezirksgericht Zürich gegen B._ und C._ Klage ein. Sie beantragte deren solidarische Verurteilung zur Zahlung von Fr. 2'049'224.70 nebst Zins zu 5 % seit 25. Juni 2004, unter dem Vorbehalt der Nachklage. Mit ihrer Klage machte sie primär Schadenersatzansprüche aus aktienrechtlicher Verantwortlichkeit geltend. Darüber hinaus forderte sie einen "Kontokorrentsaldo". Mit Beschluss vom 9. Februar 2011 wurde der Prozess in Bezug auf C._ als durch Vergleich erledigt abgeschrieben. Der im Prozess verbliebene Beklagte bestritt eine Haftung und erhob verschiedene Einreden und Einwendungen (Verjährung, Genehmigung, Décharge, Verrechnung). Auch die Forderung aus "Kontokorrentsaldo" bestritt er. Mit Entscheid vom 31. Januar 2013 wies das Bezirksgericht die Klage ab.
Dagegen erhob die Klägerin Berufung an das Obergericht des Kantons Zürich, womit sie die Rückweisung der Sache zur Fortsetzung des Beweisverfahrens, eventualiter die Gutheissung der Klage verlangte. Am 5. Februar 2014 wies das Obergericht die Berufung ab und bestätigte das Urteil des Bezirksgerichts vom 31. Januar 2013.
C.
Die Klägerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts vom 5. Februar 2014 aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an das Bezirksgericht, eventualiter an das Obergericht zurückzuweisen. Subeventualiter sei der Beklagte zu verurteilen, ihr Fr. 2'049'224.70 nebst Zins zu 5 % seit dem 25. Juni 2004 zu bezahlen.
Der Beklagte beantragt, die Beschwerde abzuweisen und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Mit Präsidialverfügung vom 2. Juni 2014 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen, abgewiesen.

Erwägungen:
1.
1.1. Das angefochtene Urteil des Obergerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz im Sinne von Art. 75 Abs. 1 und 2 BGG. Sodann übersteigt der Streitwert die Grenze nach <ref-law>. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinlänglichen Begründung - grundsätzlich auf die Beschwerde einzutreten.
1.2. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Soweit sich der vorinstanzliche Entscheid auf kantonales Recht stützt, kommt als Beschwerdegrund die Verletzung von Bundesrecht, insbesondere von verfassungsmässigen Rechten, in Frage (vgl. <ref-law>). Die Anwendung des kantonalen Rechts als solches bildet nicht Beschwerdegrund. Überprüft werden kann insoweit nur, ob der angefochtene Entscheid auf willkürlicher Gesetzesanwendung beruht oder ob das Gesetz oder seine Anwendung sonst wie gegen übergeordnetes Recht verstösst (<ref-ruling> E. 1.3 S. 60). Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 5.1 S. 22; <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2, 467 E. 3.1).
Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den Lebenssachverhalt, der dem Streitgegenstand zugrunde liegt, als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, also die Feststellungen über den Prozesssachverhalt (<ref-ruling> E. 1.3.1). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2 S. 117; <ref-ruling> E. 1.5).
Soweit eine Partei den Sachverhalt ergänzen will, hat sie mit Aktenhinweisen darzulegen, dass sie entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (<ref-ruling> E. 2 S. 90).
2.
2.1. Da das erstinstanzliche Verfahren noch vor Inkrafttreten der Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO) eingeleitet wurde, war darauf gemäss <ref-law> noch die - zwischenzeitlich aufgehobene - Zivilprozessordnung des Kantons Zürich vom 13. Juni 1976 (aZPO/ZH) anwendbar. Das erstinstanzliche Urteil erging am 31. Januar 2013 und wurde somit unter der Herrschaft des neuen Rechts eröffnet, weshalb für das kantonale Rechtsmittelverfahren die ZPO galt (siehe <ref-law>).
2.2. Das Bezirksgericht stellte fest, die Beschwerdeführerin (bzw. ihre Alleinaktionärin) habe spätestens im Mai 2004 umfassende Kenntnis von den dieser Klage zu Grunde liegenden (von ihr behaupteten) Tatsachen gehabt. Wenn sie gleichwohl dem Beschwerdegegner nicht nur in den Jahren 2000 bis 2002, sondern auch für die Jahre 2003 und 2004 die Décharge erteilt habe, sei sie mit Schadenersatzansprüchen gegen den Beschwerdegegner ausgeschlossen. Die Beschwerdeführerin habe die vom Beschwerdegegner in der Klageantwort behauptete Décharge-Erteilung im Rahmen der Replik nicht bestritten. Eine Bestreitung sei erst in der Stellungnahme zu den Dupliknoven erfolgt, was nur noch unter den Voraussetzungen von § 115 aZPO/ZH zulässig gewesen wäre. Da die Beschwerdeführerin aber eine entsprechende Ausnahme nicht behauptet habe, sei die Décharge-Erteilung verspätet bestritten worden. Entsprechend sei mangels rechtzeitiger Bestreitung davon auszugehen, dass dem Beschwerdegegner auch für die Jahre 2003 und 2004 Décharge erteilt worden sei.
Dennoch wurde dem Beschwerdegegner im Beweisauflagebeschluss vom 14. Mai 2012 der Hauptbeweis auferlegt, dass die Beschwerdeführerin ihm für die Geschäftsjahre 2003 bis 2004 Décharge erteilt habe. In der Folge verlangte der Beschwerdegegner in der Beweisantretung die Edition der Protokolle der ordentlichen Generalversammlungen 2003 und 2004. Die Beschwerdeführerin berief sich im Rahmen ihres Gegenbeweises ebenfalls auf die besagten Generalversammlungsprotokolle, reichte diese indessen nicht ein. Mit Beweisabnahmebeschluss vom 8. November 2012 wurde der Beschwerdeführerin Frist angesetzt, um die Protokolle nachzureichen, unter der ausdrücklichen Androhung, dass Säumnis bei der Beweiswürdigung gemäss § 148 aZPO/ZH berücksichtigt werde. Die Beschwerdeführerin reichte die Protokolle nicht ein mit dem Hinweis, sie seien "in den Gesellschaftsakten leider derzeit nicht auffindbar". Das Bezirksgericht würdigte dieses Prozessverhalten der Beschwerdeführerin dahingehend, dass die behauptete Décharge-Erteilung tatsächlich erfolgt sei.
Das Bezirksgericht ging demnach mit einer doppelten Begründung davon aus, dass dem Beschwerdegegner auch für die Jahre 2003 und 2004 Décharge erteilt worden war, vorab mangels rechtzeitiger Bestreitung, eventualiter mangels Mitwirkung bei der Beweiserhebung.
2.3. Die Vorinstanz hielt dafür, es sei dem Bezirksgericht unter prozessualen Gesichtspunkten unbenommen gewesen, im Urteil auf seine in der Beweisauflage vertretene Auffassung zurückzukommen und die behauptete Décharge-Erteilung - im Einklang mit der Aktenlage - als unbestritten zu werten, ohne dass sie den Parteien hierzu hätte Gelegenheit zur Stellungnahme einräumen müssen. Die gerügte Gehörsverletzung sei nicht ersichtlich.
Bei dieser Sachlage ging die Vorinstanz auf die Rügen der Beschwerdeführerin gegen die Eventualbegründung des Bezirksgerichts nicht weiter ein, wenngleich sie ihrerseits festhielt, dass die Beschwerdeführerin die fraglichen Protokolle gestützt auf § 183 aZPO/ZH hätte einreichen müssen, nachdem diese von beiden Parteien als Beweis- bzw. Gegenbeweismittel bezeichnet und vom Bezirksgericht im Beweisabnahmebeschluss abgenommen worden seien.
Der von der Beschwerdeführerin im Weiteren geforderte Saldo des Kontokorrents von Fr. 77'085.00 wies das Bezirksgericht ab, weil die Beschwerdeführerin trotz entsprechenden Hinweises ihrer Behauptungs- und Substanziierungspflicht nicht genügend nachgekommen sei. Dies wurde von der Vorinstanz geschützt.
3.
Die Beschwerdeführerin hält die Feststellung im angefochtenen Urteil, die beklagtische Behauptung der für die Geschäftsjahre 2003 und 2004 erteilten Décharge sei nicht bzw. zu spät bestritten worden, weshalb sie als anerkannt gelte, für willkürlich.
3.1. Sie bringt vor, der Beschwerdegegner habe in seiner Klageantwort innerhalb seiner Stellungnahme zu den rechtlichen Ausführungen Folgendes behauptet:
"Des Weiteren wurde dem Verwaltungsrat der Klägerin, insbesondere den Beklagten, für die Geschäftsjahre 2000 bis 2004 die Décharge erteilt, weshalb die der Gesellschaft bekannten Tatsachen, und dazu gehörten auch die unter anderem in der Jahresrechnung der Gesellschaft ausgewiesenen Spesen und Auslagen der Beklagten, genehmigt wurden."
Die Beschwerdeführerin meint, der Beschwerdegegner habe seine pauschale Behauptung der erteilten Décharge für die Geschäftsjahre 2000 bis 2004 nicht weiter substanziiert. Unberechtigt sei dagegen der Vorwurf der Vorinstanz, sie (die Beschwerdeführerin) habe in ihrer Replik die rechtlichen Ausführungen des Beschwerdegegners lediglich pauschal als unzutreffend zurückgewiesen, und weiter, sie habe erst im Rahmen der Stellungnahme zu den Dupliknoven die Erteilung der Décharge für die Geschäftsjahre 2003 und 2004 in Erwiderung einer entsprechenden Behauptung in der Duplik des damaligen Mitbeklagten bestritten.
Die Beschwerdeführerin bringt vor, sie habe an mehreren Stellen ihrer Replik ausgeführt, dass die Vertreter des A._-Konzerns, welche die im Jahre 2000 von der damaligen A._ (Switzerland) SA übernommenen Aktien in den jeweiligen Generalversammlungen zu vertreten gehabt hätten, die vom Beschwerdegegner veranlassten Ausgaben nie genehmigt hätten. Nachdem die Erteilung der Décharge nichts anderes als die Genehmigung der Handlungen eines Organs für eine bestimmte Periode darstelle, habe die Beschwerdeführerin zumindest implizit auch die Erteilung der Décharge bereits in ihrer Replik bestritten. Davon sei das Bezirksgericht zunächst ausgegangen, da es sonst jene Behauptung nicht als bestrittene Behauptung zum Beweis verstellt hätte. Erst als sie (die Beschwerdeführerin) die verlangten Protokolle nicht habe edieren können, habe das Bezirksgericht jene Behauptung als unbestritten qualifiziert. Dieses Vorgehen - so die Beschwerdeführerin - hätte die Vorinstanz begründen müssen, statt bloss festzuhalten, es sei dem Bezirksgericht unbenommen geblieben, auf seine im Beweisauflagebeschluss vertretene Auffassung zurückzukommen. Zudem habe die Vorinstanz <ref-law> und <ref-law> verletzt, indem sie verschiedene Massstäbe an die Substanziierung der Parteibehauptungen angelegt habe, wenn sie einerseits die pauschale Behauptung der Décharge-Erteilung für die Jahre 2000 bis 2004 des Beschwerdegegners zugelassen, andererseits aber der Beschwerdeführerin vorgeworfen habe, diese nicht genügend präzis bestritten zu haben.
3.2. Betrachtet man die Vorbringen der Parteien, also einerseits die zitierte Behauptung des Beschwerdegegners in der Klageantwort und andererseits die Erwiderung der Beschwerdeführerin in der Replik, so kann der Vorinstanz nicht Willkür vorgeworfen werden, wenn sie erstere als hinreichend konkret beurteilte, so dass sie konkret hätte bestritten werden müssen, jedoch die pauschale Zurückweisung der rechtlichen Ausführungen in der Replik dazu nicht genügen liess. Auch wenn man der Beschwerdeführerin zugute halten will, dass jene Tatsachenbehauptung in der Stellungnahme zu den rechtlichen Ausführungen enthalten und daher nicht ohne weiteres auszumachen war, ist es doch jedenfalls nicht geradezu unhaltbar, wenn die Vorinstanz dennoch eine konkrete Bestreitung dieser Behauptung verlangte. Der Vorwurf, dass sie unterschiedliche Massstäbe an die Substanziierung angelegt habe, erweist sich bei Betrachtung der beiden zitierten Vorbringen als nicht berechtigt. Der Beschwerdegegner hat konkret behauptet, dass dem Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin, insbesondere dem Beschwerdegegner, für die Geschäftsjahre 2000 bis 2004 die Décharge erteilt worden sei, weshalb die der Gesellschaft bekannten Tatsachen, wozu auch die unter anderem in der Jahresrechnung der Gesellschaft ausgewiesenen Spesen und Auslagen der Beklagten gehörten, genehmigt worden seien. Die Beschwerdeführerin ihrerseits begnügte sich mit einer generellen Zurückweisung der rechtlichen Ausführungen in den Ziffern 51-60 der Klageantwort. Die tatsächliche (und rechtserhebliche) Behauptung der Décharge-Erteilung für die Geschäftsjahre 2000 bis 2004 bestritt sie nicht. Wenn die Beschwerdeführerin auch ihre in der Beschwerde erwähnten Ausführungen in der Replik zu der nicht erfolgten Genehmigung berücksichtigt wissen will, so ist dies im bundesgerichtlichen Verfahren nicht möglich, weil die Beschwerdeführerin nicht darlegt, dass sie entsprechendes schon bei der Vorinstanz verlangt hätte. Es kann daher der Vorinstanz nicht vorgeworfen werden, sie hätte in Berücksichtigung der angeführten Ausführungen in der Replik dennoch von einer hinlänglichen Bestreitung ausgehen müssen.
Sodann führt auch der Umstand, dass das Bezirksgericht anfänglich von einer beweisbedürftigen (weil bestrittenen) Behauptung ausgegangen war, später aber seine Meinung änderte, nicht zu einem willkürlichen Entscheid. Es erklärt aber, weshalb das Bezirksgericht in der Eventualbegründung auch noch auf das Verhalten der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit den trotz gerichtlicher Aufforderung nicht editierten Generalversammlungsprotokollen einging und dieses androhungsgemäss zu ihrem Nachteil dahingehend würdigte, dass die besagte Behauptung als erstellt zu gelten habe.
Schliesslich hilft der Beschwerdeführerin auch nicht, dass der Beschwerdegegner nach dem Ausscheiden des Mitbeklagten aus dem Prozess dessen Eingaben als seine eigenen übernahm. Auch wenn der Mitbeklagte die fragliche Décharge-Erteilung erst in der Duplik behauptet haben sollte, hätte die Beschwerdeführerin die Behauptung des Beschwerdegegners in der Replik rechtzeitig bestreiten müssen.
Die Willkürrüge gegen die Feststellung, dass die vom Beschwerdegegner behauptete Décharge-Erteilung nicht rechtzeitig bestritten worden sei, erweist sich demnach als unbegründet.
4.
Die Beschwerdeführerin macht sodann eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts geltend, konkret von § 114 aZPO/ZH. Sie bringt vor, sie habe die Bestreitung im Rahmen einer zulässigen Eingabe vor Abschluss des Hauptverfahrens und damit rechtzeitig vorgebracht.
Nach § 114 aZPO/ZH sind die Parteien mit Anträgen zur Sache, Tatsachenbehauptungen, Einreden und Bestreitungen ausgeschlossen, die sie mit ihrem letzten Vortrag oder in ihrer letzten Rechtsschrift nicht vorgebracht haben. § 115 aZPO/ZH bestimmt die Ausnahmen von diesem Grundsatz.
Der Umstand, dass die Beschwerdeführerin in einer zulässigen Eingabe zu Dupliknoven Stellung nehmen konnte, ändert nichts daran, dass sie die schon in der Klageantwort vorgebrachte Behauptung der Décharge-Erteilung bereits mit der Replik hätte bestreiten müssen. Gemäss ausdrücklichem Hinweis im Beschluss des Bezirksgerichts vom 19. August 2010 wurde der Beschwerdeführerin Gelegenheit gegeben, sich zu den neuen Behauptungen der Beklagten in den Dupliken zu äussern. Neues Vorbringen sei vorbehältlich vom <ref-law> nicht mehr zulässig. Da die Décharge-Erteilung vom Beschwerdegegner schon in der Klageantwort vorgebracht worden war, also keine neue Behauptung in der Duplik darstellte, bildete die zulässige Eingabe zur Stellungnahme zu Dupliknoven keine Gelegenheit mehr, jene Bestreitung nachzuholen. Solches wäre nur unter Nachweis der Ausnahmen von § 115 aZPO/ZH zulässig gewesen. Eine derartige Ausnahme wurden aber nicht angerufen.
Nach dem Gesagten ist eine willkürliche Anwendung von § 114 aZPO/ZH nicht ersichtlich.
5.
In einer weiteren Rüge moniert die Beschwerdeführerin wie schon vor der Vorinstanz eine Verletzung ihres Gehörsanspruchs, weil ihr keine Gelegenheit eingeräumt worden sei, zum Beweisergebnis Stellung zu nehmen.
Die Rüge ist unbegründet. Im Beweisabnahmebeschluss vom 8. November 2012 war der Beschwerdeführerin Frist angesetzt worden, um die Protokolle der Generalversammlungen 2003 und 2004 nachzureichen, unter der ausdrücklichen Androhung, dass Säumnis bei der Beweiswürdigung gemäss § 148 aZPO/ZH berücksichtigt werde. Dieser Aufforderung kam die Beschwerdeführerin nicht nach. In der Folge würdigte das Bezirksgericht die Beweise gemäss § 148 aZPO/ZH nach freier Überzeugung und berücksichtigte dabei - wie im Beweisabnahmebeschluss angedroht - das Verhalten der Parteien im Prozess, namentlich die Verweigerung der Mitwirkung bei der Beweiserhebung, also konkret die Nichteinreichung der verlangten Generalversammlungsprotokolle 2003 und 2004. Dass sie nicht zuvor der Beschwerdeführerin noch einmal Gelegenheit einräumte, sich zum Beweisergebnis zu äussern, ist jedenfalls von Verfassung wegen nicht zu beanstanden. Es ist nicht nachvollziehbar, was die Beschwerdeführerin in diesem Punkt noch mit der Stellungnahme zum Beweisergebnis hätte ausführen wollen, was sie nicht bereits zuvor hätte erklären können. Zweck der Gewährung des rechtlichen Gehörs im Zusammenhang mit dem Beweisergebnis ist nicht, Versäumtes nachzuholen.
Ohnehin hielt das Bezirksgericht bzw. mit ihm die Vorinstanz die behauptete Décharge-Erteilung in erster Linie mangels rechtzeitiger Bestreitung für erstellt. Nachdem diese Hauptbegründung der bundesgerichtlichen Überprüfung standhält (vgl. Erwägungen 3 und 4), kommt der Eventualbegründung, dass die behauptete Décharge-Erteilung mangels Mitwirkung der Beschwerdeführerin bei der Beweiserhebung als gegeben zu gelten habe, keine streitentscheidende Bedeutung zu.
Die Vorinstanz verwarf mithin die in der Berufung erhobene Gehörsrüge zu Recht.
6.
Für den Fall, dass von der Richtigkeit der Feststellung der Vorinstanz ausgegangen wird, wonach dem Beschwerdegegner für die Geschäftsjahre 2003 und 2004 Décharge erteilt wurde, rügt die Beschwerdeführerin, dass "die Ausdehnung der Wirkung dieser Beschlüsse auf Vorgänge in den Geschäftsjahren 2000, 2001 und 2002" Bundesrecht verletze.
6.1. Vorab macht die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang eine Verletzung der Begründungspflicht geltend, weil die Vorinstanz nicht begründet habe, weshalb die Wirkung einer für die Geschäftsjahre 2003 und 2004 erteilten Décharge auf Vorfälle in den Geschäftsjahren 2000, 2001 und 2002 auszudehnen sei. Feststellungen in tatsächlicher Hinsicht, wonach die Anträge auf Décharge für die Geschäftsjahre 2003 und 2004 auch die Geschäftsführung in den Jahren 2000, 2001 und 2002 umfassten, würden sich weder im erst- noch im zweitinstanzlichen Urteil finden. Der Beschwerdegegner habe auch keine tatsächlichen Behauptungen aufgestellt, wonach seine Entlastung für die Geschäftsjahre 2003 und 2004 auch seine Tätigkeit in den Geschäftsjahren 2000, 2001 und 2002 umfasst habe. Ebenfalls nicht festgestellt sei, wann die Generalversammlung für das Geschäftsjahr 2003 durchgeführt worden sei, obwohl die Beschwerdeführerin erst im Mai 2004 Kenntnis von den Verfehlungen des Beschwerdegegners gehabt habe, die Anlass für das vorliegende Verfahren bildeten. Es stehe somit nicht fest, ob die Generalversammlung vor oder nach Kenntnisnahme der dem Beschwerdegegner zur Last gelegten Vorfälle in den Geschäftsjahren 2000, 2001 und 2002 stattgefunden habe und ob die Generalversammlung in Kenntnis der Verfehlungen über die Entlastung des Beschwerdegegners für das Geschäftsjahr 2003 beschlossen habe.
Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> folgt die grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Der Rechtsuchende soll wissen, warum entgegen seinem Antrag entschieden wird. Die Begründung eines Entscheids muss so abgefasst sein, dass der Betroffene ihn gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Erforderlich ist daher, dass wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen die Behörde sich leiten liess und auf welche sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 3.2 S. 236).
Was die Frage der Wirkung, insbesondere der zeitlichen Reichweite, der als unbestritten angenommenen Décharge-Erteilung anbelangt, trifft es zu, dass sich die Vorinstanz im Wesentlichen darauf beschränkte, die diesbezüglichen Erwägungen des Bezirksgerichts wiederzugeben, ohne eine eigene Begründung zu formulieren. Indessen wurde mit der Wiedergabe der für korrekt erachteten Erwägungen der Erstinstanz klar, dass die Vorinstanz die Décharge-Erteilung für die Geschäftsjahre 2003 und 2004 auch für die (behaupteten) Verfehlungen aus den Jahren 2000-2002 gelten liess und annahm, sämtliche dieser Klage zugrunde liegenden (behaupteten) Verfehlungen seien von der Décharge-Erteilung erfasst. Die Beschwerdeführerin konnte den Entscheid der Vorinstanz in diesem Punkt auch sachgerecht anfechten (vgl. Erwägungen 6.2-6.4). Sie zeigt auch nicht mit Aktenhinweisen auf, dass die Vorinstanz damit eine bereits im kantonalen Verfahren geltend gemachte abweichende Rechtsauffassung der Parteien überging.
Eine Verletzung der Begründungspflicht ist daher zu verneinen.
6.2. Im Weiteren rügt die Beschwerdeführerin eine falsche Anwendung von <ref-law>. Sie meint, die rechtliche Auffassung des Bezirksgerichts, welche die Vorinstanz übernommen habe, wonach mit der Erteilung einer Décharge für ein bestimmtes Geschäftsjahr auch die zu diesem Zeitpunkt bekannten Verfehlungen aus vorangehenden Geschäftsjahren genehmigt seien, verletze Bundesrecht. Gegenstand eines Entlastungsbeschlusses sei in der Regel der allgemeine Geschäftsgang während einer bestimmten Zeitperiode, normalerweise des Geschäftsjahres. Eine Entlastung gelte in zeitlicher Hinsicht nur für Pflichtverletzungen, die im entsprechenden Zeitraum vorgenommen worden seien. Selbstverständlich sei es möglich, einem Organ auch für frühere Perioden Entlastung zu erteilen. Allerdings - so die Argumentation der Beschwerdeführerin - müsste dieser Wille eindeutig aus dem Antrag und dem gefassten Beschluss hervorgehen. Die grundsätzliche materielle Tragweite des Beschlusses sei durch Auslegung des Antrags, "unter Umständen in Verbindung mit dem Verhandlungsgegenstand", zu ermitteln. In dieser Hinsicht fehle es vorliegend an einer Tatsachenbehauptung des Beschwerdegegners als auch an tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil. Mangels anderslautender Anträge hätten die Entlastungsbeschlüsse lediglich Wirkungen in Bezug auf die entsprechende Periode, konkret auf die Geschäftsjahre 2003 und 2004. Verantwortlichkeitsansprüche der Beschwerdeführerin gegen den Beschwerdegegner als ehemaliges Organ für die Geschäftsjahre 2000, 2001 und 2002 blieben von einem allenfalls für die Geschäftsjahre 2003 und 2004 gefassten Entlastungsbeschluss unberührt.
6.3. Der Entlastungsbeschluss lässt allfällige Verantwortlichkeitsansprüche der Gesellschaft gegenüber ihren Organen untergehen bzw. bedeutet eine negative Schuldanerkennung (<ref-ruling> E. 4.2.1; <ref-ruling> E. 3b S. 144; <ref-ruling> E. 5a S. 498; siehe auch Corboz, in: Commentaire romand, Code des obligations II, 2008, N. 1 zu <ref-law>; Gericke/Waller, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 4. Aufl. 2012, N. 2 zu <ref-law>; Watter/Dubs, Der Déchargebeschluss, AJP 2001, S. 909).
Ein allgemein gefasster Entlastungsbeschluss bezieht sich in sachlicher Hinsicht auf den gesamten Geschäftsgang in der betroffenen Zeitperiode. <ref-law> präzisiert immerhin, dass der Entlastungsbeschluss der Generalversammlung nur für bekannt gegebene Tatsachen wirkt. Der Déchargebeschluss kann auch als bloss spezielle Entlastung für einzelne bestimmte Geschäftsvorfälle ausgestaltet sein. Möglich ist schliesslich eine allgemeine Entlastung unter Vorbehalt bestimmter Geschäftsvorfälle. Die materielle Tragweite des Entlastungsbeschlusses ist mithin durch Auslegung des Beschlusses und des ihm zugrunde liegenden Antrages zu ermitteln (Watter/Dubs, a.a.O., S. 910; Corboz, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>).
In zeitlicher Hinsicht erfasst die Entlastungswirkung eines Déchargebeschlusses in der Regel die Geschäftstätigkeit des abgelaufenen Geschäftsjahres, für das Rechnung gelegt und um Décharge ersucht wurde (Böckli, Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 18 Rz. 451c; Watter/Dubs, a.a.O., S. 910; Chammartin/von der Crone, Der Déchargebeschluss, SZW 2005, S. 336 f.). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts kommt es dabei auf den Zeitpunkt der Vornahme der pflichtwidrigen Handlung an und nicht darauf, wann sich die allfälligen Pflichtverletzungen auswirken (Urteil 4C.107/2005 vom 29. Juni 2005 E. 4.2; dazu kritisch Chammartin/von der Crone, a.a.O., S. 337 f., die auf den Zeitpunkt abstellen möchten, an dem die Generalversammlung "über die nötigen Informationen verfügt, um die Bedeutung des Geschäftes zu erkennen").
Vorliegend ist demgegenüber von Bedeutung, ob sich ein Entlastungsbeschluss auch auf Vorfälle aus früheren, dem betreffenden Geschäftsjahr vorgehenden Perioden auswirken kann. Zu dieser Frage findet sich in der älteren Literatur eine ausdrückliche Stellungnahme (siehe Picenoni, Der Entlastungsbeschluss, 1945, S. 54). Nach dieser soll die Entlastung, welche für die gerade abgelaufene Periode erteilt wurde, eine entsprechende Rückwirkung entfalten. Würden nämlich Tatsachen auftreten (z.B. Verfehlungen der Organe oder Verluste), die der Generalversammlung bei den früheren Décharge-Erteilungen nicht bekannt gewesen seien oder nicht hätten bekannt sein können, die sie nun aber kenne, und entlaste sie in Kenntnis dieser Tatsachen von Neuem, so genehmige sie in diesem Umfang die früheren Entlastungen.
Dieser Auffassung ist beizupflichten, stimmt sie doch mit der gesetzlichen Vorgabe in <ref-law> überein, dass der Déchargebeschluss solche Tatsachen erfasst, die der Generalversammlung bekannt gegeben wurden. Die Beschwerdeführerin wendet ein, bei einer solchen Rechtslage wäre die Generalversammlung gezwungen, einem Organ für alle künftigen Geschäftsjahre die Entlastung zu verweigern, wenn sie nicht riskieren wolle, die Handlungen des Organs aus früheren Perioden zu genehmigen. Dem ist entgegenzuhalten, dass es der Generalversammlung unbenommen bleibt, einen in zeitlicher und/oder materieller Hinsicht einschränkenden Vorbehalt anzubringen, wenn sie von Verfehlungen aus früheren Geschäftsjahren Kenntnis erhält und diese von einem generellen Entlastungsbeschluss für das abgelaufene Geschäftsjahr ausnehmen will.
Ein allgemeiner und vorbehaltloser Entlastungsbeschluss für das abgelaufene Geschäftsjahr erfasst somit grundsätzlich auch Vorfälle aus früheren Geschäftsjahren, von denen die Generalversammlung seit der letzten Décharge-Erteilung Kenntnis erlangt hat.
6.4. Wendet man die dargestellte Rechtsregel auf den vorliegenden Fall an, dass die fraglichen Vorfälle der Generalversammlung neu bekannt geworden sind und Letztere trotzdem in Kenntnis dieser Vorfälle erneut generell Entlastung erteilt, so erübrigen sich Behauptungen und Feststellungen dazu, wann die Generalversammlung betreffend das Geschäftsjahr 2003 stattgefunden hat: Das Bezirksgericht stellte fest, die Beschwerdeführerin bzw. ihre Alleinaktionärin habe spätestens im Mai 2004 umfassende Kenntnis von den dieser Klage zu Grunde liegenden (behaupteten) Tatsachen gehabt. Gleichzeitig hielt es die nicht rechtzeitig bestrittene Behauptung des Beschwerdegegners, es sei ihm für die Geschäftsjahre 2000-2004 Décharge erteilt worden, für erstellt. Das Bezirksgericht durfte ohne Weiteres davon ausgehen, dass jedenfalls die Décharge-Erteilung für das Geschäftsjahr 2004 zu einem Zeitpunkt nach Mai 2004, nämlich nach Ablauf des Geschäftsjahres 2004, erfolgt war. Spätestens dann aber hatte die Generalversammlung der Beschwerdeführerin bzw. ihre Alleinaktionärin umfassende Kenntnis von den Vorfällen, die Anlass zur vorliegenden Klage gaben.
Wenn die Generalversammlung dem Beschwerdegegner unter diesen Umständen Décharge erteilte, ohne diesbezüglich einen Vorbehalt in sachlicher oder zeitlicher Hinsicht anzubringen, so erfasste der Entlastungsbeschluss auch die bekannten Vorfälle aus den vorangehenden Jahren. Das Bezirksgericht und die Vorinstanz erkannten dies zutreffend: Der Beschwerdegegner hatte in der Klageantwort generell behauptet, dem Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin sei "für die Geschäftsjahre 2000-2004 die Décharge erteilt" worden. Nach dieser (nicht rechtzeitig bestrittenen) Behauptung war mithin von allgemeinen Entlastungsbeschlüssen auszugehen, wie sie die Regel bilden. Der Beschwerdegegner betonte an der betreffenden Stelle in der Klageantwort explizit, dass die Beschwerdeführerin Kenntnis von den fraglichen Tatsachen, auch von den unter anderem in der Jahresrechnung der Gesellschaft ausgewiesenen Spesen und Auslagen des Beschwerdegegners, hatte. Es lag an der Beschwerdeführerin, gegebenenfalls einzuwenden, die entsprechenden Vorfälle seien im Entlastungsbeschluss gänzlich oder für eine bestimmte Zeitspanne vorbehalten worden, was durch die entsprechenden Generalversammlungsprotokolle, in denen auch die Anträge vermerkt sind, ohne Weiteres hätte belegt werden können. Da jedoch solches nicht geschah und die Protokolle nicht ediert wurden, durfte die Vorinstanz davon ausgehen, dass dem Beschwerdegegner - wie dies der Regel entspricht - allgemein Entlastung erteilt worden war, mithin auch für die der Beschwerdeführerin bzw. ihrer Alleinaktionärin umfassend bekannten Vorfälle aus den Jahren 2000-2002.
Demnach liegt keine Verletzung von <ref-law> vor, und die entsprechende Rüge erweist sich als unbegründet.
7.
In einer letzten Rüge beanstandet die Beschwerdeführerin, dass die Vorinstanz die Abweisung des geltend gemachten Saldos von Fr. 77'085.00 schützte.
7.1. Das Bezirksgericht hatte die Abweisung damit begründet, dass die Beschwerdeführerin trotz entsprechenden Hinweises ihrer Behauptungs- und Substanziierungspflicht nicht genügend nachgekommen sei. Die Vorinstanz hielt dazu fest, falls ein Saldo eingeklagt werde, der aus der Verrechnung verschiedener Positionen herrühre, müsse die ganze zum betreffenden Saldo führende Abrechnung, einschliesslich aller Einzelpositionen, dargelegt werden. Es genüge nicht, "die gesamten Buchhaltungsunterlagen als Beweis zu offerieren". Abgesehen davon habe die Beschwerdeführerin die Buchhaltungsunterlagen dem Bezirksgericht nicht eingereicht.
7.2. Die Beschwerdeführerin rügt, die Feststellung, sie habe nur einen Saldo eingeklagt, sei aktenwidrig und willkürlich. Diese Rüge verfängt nicht. Es trifft durchaus zu, dass die Beschwerdeführerin einen Saldo einklagte, nämlich denjenigen, der sich aus den verbuchten Transaktionen auf dem "Konto B.1._" ergab.
7.3. Hingegen fragt sich, ob die Vorinstanz übertriebene Substanziierungsanforderungen stellte, indem sie forderte, dass die ganze, zum betreffenden Saldo führende Abrechnung, eingeschlossen alle Einzelpositionen, dargelegt wird.
Die Pflicht einer Prozesspartei, ihre Sachdarstellungen zu substanziieren, bedeutet, dass die Partei die Tatsachen nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen hat, dass darüber Beweis abgenommen werden kann. Dabei bestimmt das Bundesrecht, wie weit ein Sachverhalt zu substanziieren ist, damit er unter die Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden kann. Die inhaltliche Tragweite der Substanziierungslast hängt auch vom prozessualen Verhalten der Gegenpartei ab. Tatsachenbehauptungen müssen so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann (<ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 2b S. 339). Stellt der Richter überhöhte Anforderungen an die Substanziierungslast, indem er detailliertere Tatsachenbehauptungen verlangt als für die Beurteilung des anspruchsbegründenden Sachverhalts nötig, verletzt er <ref-law> (<ref-ruling> E. 2a).
Da nicht dargetan ist, dass die Parteien einen Kontokorrentvertrag abgeschlossen haben und ebensowenig, dass im Sinne von <ref-law> der Saldo gezogen und anerkannt wurde, verletzte die Vorinstanz kein Bundesrecht, wenn sie forderte, dass die Beschwerdeführerin die ganze zum betreffenden Saldo führende Abrechnung darlege. Dies wird von der Beschwerdeführerin denn auch nicht beanstandet.
7.4. Hingegen ist die Beschwerdeführerin der Auffassung, sie sei dieser Pflicht zur Darlegung der einzelnen Positionen hinreichend nachgekommen, was die Vorinstanz in willkürlicher Weise und unter Zugrundelegung unterschiedlicher Massstäbe an die Substanziierung der Parteivorbringen übergangen habe. Sie zitiert Ziffer 713 ihrer erstinstanzlichen Replik, wo sie Folgendes ausgeführt hat:
"Per 31. Dezember 2002 war das KK des Beklagten 1 ausgeglichen. Der geltend gemachte Saldo resultiert aus einem Barbezug im Betrag von Fr. 14'999.40 am 4. September 2003 und einer Rechnung der Bar D._ vom 20. November 2003 im Betrag von Fr. 1'659.00. Der Anstieg im Jahr 2004 ist auf die folgenden Transaktionen zurückzuführen, welche allesamt privater Natur waren und deshalb dem Kontokorrent des Beklagten 1 belastet wurden:
Datum Betrag Text/Beleg
21.1.04 4'852.05 Cash Bezug Spielbank Konstanz/500004
21.1.04 1'000.00 Cash Bezug Spielbank Konstanz/500004
31.1.04 6'488.40 Belastung Privatgebrauch/900046
10.2.04 310.00 Kassenbezug/
11.2.04 10'000.00 E._/310001
17.2.04 28'500.00 F._/310002
17.2.04 4'469.20 Privatauslagen Visa-Karte/500006
21.2.04 4'766.40 Privatauslagen Eurocard/500008"
Laut Beschwerdeführerin ergeben die aufgeführten Belastungen den geltend gemachten Totalbetrag von Fr. 77'085.-- (recte aber bloss Fr. 77'044.45). Zum Beleg dieser Angaben reichte die Beschwerdeführerin den Auszug aus ihrer Buchhaltung zum Konto "B.1._" ein und offerierte ihre Buchhaltungsunterlagen und den Zeugenbeweis ihrer Buchhalterin.
Der Beschwerdeführerin ist Recht zu geben, dass sie mit diesen Darlegungen, insbesondere mit der detaillierten Auflistung der zwei Positionen aus dem Jahr 2003 und der acht Positionen aus dem Jahr 2004 unter Angabe des Datums, des exakten Betrags, des Buchungstextes, aus dem sich teilweise eine nähere Spezifizierung ergibt, und der Nummern der entsprechenden Buchungsbelege, die Substanziierungsanforderungen erfüllt hat. Diese von der Beschwerdeführerin aufgestellten Behauptungen sind genügend bestimmt, so dass eine substanziierte Bestreitung möglich ist und darüber Beweis abgenommen werden kann. Die Vorinstanz begründet denn auch mit keinem Wort, weshalb diese Darlegungen nicht genügen sollen und was die Beschwerdeführerin darüber hinaus hätte vorbringen müssen, um der Substanziierungslast zu genügen. Vielmehr schweigt das angefochtene Urteil diesbezüglich vollständig und geht überhaupt nicht auf die Argumente der Beschwerdeführerin ein. Die Beschwerdeführerin rügt zu Recht, der Vorwurf der mangelnden Substanziierung sei unberechtigt.
Ist aber von hinreichend substanziierten Sachvorbringen auszugehen, muss über diese Beweis abgenommen werden, sofern sie denn vom Beschwerdegegner überhaupt substanziiert bestritten wurden. Der Vorwurf der Vorinstanz, die Beschwerdeführerin habe die offerierten Buchhaltungsunterlagen nicht eingereicht, geht ins Leere, nachdem diesbezüglich gar kein Beweisverfahren durchgeführt worden war. Die Beschwerdeführerin rügt zu Recht eine Verletzung von <ref-law>.
7.5. Die Beschwerde erweist sich demnach in diesem Punkt als begründet.
8.
Die Beschwerde ist unbegründet, soweit sie sich gegen die Abweisung der auf aktienrechtliche Verantwortlichkeit gestützten Klage richtet. Hingegen ist die Beschwerde begründet und daher teilweise gutzuheissen, soweit sie die eingeklagte Forderung von Fr. 77'085.00 betrifft. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben, und die Sache ist zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese hat hinsichtlich der Forderung von Fr. 77'085.-- zunächst darüber zu befinden, ob die Behauptungen der Beschwerdeführerin hinreichend substanziiert bestritten wurden, so dass darüber ein Beweisverfahren durchzuführen ist.
Gemessen am Streitwert von Fr. 2'049'224.70 kommt dies einem Obsiegen der Beschwerdeführerin von aufgerundet 4 % und des Beschwerdegegners von 96 % gleich. Im entsprechenden Verhältnis sind die Gerichtskosten und Parteientschädigungen zu verteilen. Demnach gehen die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- im Umfang von Fr. 14'400.-- zulasten der Beschwerdeführerin und im Umfang von Fr. 600.-- zulasten des Beschwerdegegners. Für diesen resultiert nach Kompensation der gegenseitigen Ansprüche eine Parteientschädigung von Fr. 15'640.--.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 5. Februar 2014 wird aufgehoben. Die Sache wird zur Neubeurteilung im Sinne der bundesgerichtlichen Erwägungen (Forderung von Fr. 77'085.--) an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden im Umfang von Fr. 14'400.-- der Beschwerdeführerin und im Umfang von Fr. 600.-- dem Beschwerdegegner auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 15'640.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. August 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Kölz