Sachverhalt:
A. Die Eidgenössische Bankenkommission (EBK) führte ab Ende November 2007 gegen die Anera AG, die Filmart AG, die EJK Ostschweiz Immobilien AG, die Blum Trade AG sowie gegen X._ ein Aufsichtsverfahren wegen des Verdachts der unbewilligten Entgegennahme von Publikumseinlagen. Am 27. Februar 2008 stellte sie gestützt auf den Bericht des Untersuchungsbeauftragten vom 31. Januar 2008 fest, dass die Anera AG, die Filmart AG, die EJK Ostschweiz Immobilien AG und die Blum Trade AG gewerbsmässig Publikumseinlagen entgegengenommen und damit gegen das Bankengesetz verstossen hätten. Sie eröffnete über die Anera AG und die Filmart AG den bankenrechtlichen Konkurs und versetzte die EJK Ostschweiz Immobilien AG und die Blum Trade AG in Liquidation. X._ untersagte sie, unter jeglicher Bezeichnung selbst oder über Dritte Publikumseinlagen gewerbsmässig entgegenzunehmen oder für die Entgegennahme von Publikumseinlagen oder eine andere den Banken vorbehaltene Tätigkeit in Inseraten, Prospekten, Rundschreiben, elektronischen oder anderen Medien zu werben.
B. Die betroffenen Gesellschaften und X._ gelangten hiergegen erfolglos an das Bundesverwaltungsgericht. Dieses ging in seinem Urteil vom 16. Dezember 2008 ebenfalls davon aus, dass die Firmengruppe um X._ über die Anera AG und die Filmart AG gewerbsmässig bankenrechtliche Einlagen im Umfang von rund Fr. 4,1 Mio. entgegengenommen habe. Die Gelder seien teilweise dazu gebraucht worden, Handwerker zu entlöhnen, welche an den Immobilien der EJK Ostschweiz Immobilien AG und der Blum Trade AG Arbeiten ausgeführt hätten; ein weiterer Teil der Mittel habe dazu gedient, Verbindlichkeiten der Filmart AG, der EJK Ostschweiz Immobilien AG sowie Darlehens- und andere Schulden von X._ zu begleichen. Da die Anera AG überschuldet sei und bei der Filmart AG sowohl gemäss provisorischem wie ungeprüftem Abschluss 2006 das Fremdkapital das Eigenkapital übersteige, seien diese zu Recht in den bankenrechtlichen Konkurs versetzt worden; die EJK Ostschweiz Immobilien AG und die Blum Trade AG hätten als Teil der Gruppe ihrerseits bankenrechtlich liquidiert werden dürfen.
C. Die Filmart AG (in Konkurs) und die EJK Ostschweiz Immobilien AG (in Liquidation) sind hiergegen am 2. Februar 2009 mit dem Antrag an das Bundesgericht gelangt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts und die Verfügung der Bankenkommission aufzuheben, soweit sich diese auf sie bezögen. Sie machen geltend, keine Publikumseinlagen entgegengenommen und nicht als Gruppe mit der Anera AG gehandelt zu haben. Die Filmart AG sei nicht überschuldet; im Übrigen sei sie im "Nachtgeschäft" (Cabarets) und die EJK Ostschweiz Immobilien AG im Immobilienbereich tätig, weshalb die Liquidationen unverhältnismässig erschienen.
Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA) beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen Urteile des Bundesverwaltungsgerichts im Bereich der Aufsicht über die Banken (Bundesgesetz vom 8. November 1934 über die Banken und Sparkassen [Bankengesetz, BankG; SR 952.0]) steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (<ref-law> i.V.m. Art. 31 ff. VGG; vgl. <ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 1). Die Organe der in Liquidation bzw. Konkurs versetzten Gesellschaften sind trotz Entzugs bzw. Dahinfallens ihrer Vertretungsbefugnis berechtigt, aufsichtsrechtliche Entscheide in deren Namen anzufechten (<ref-ruling> E. 1.1). Auf die frist- (vgl. <ref-law>) und formgerecht (vgl. <ref-law>) eingereichte Eingabe ist unter folgenden Vorbehalten einzutreten: Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts wird nur noch von der Filmart AG (in Konkurs) und der EJK Ostschweiz Immobilien AG (in Liquidation) in Frage gestellt. Die Unzulässigkeit der Aktivitäten der anderen Beteiligten bilden somit nicht mehr (direkt) Verfahrensgegenstand. Ihnen gegenüber ist der vorinstanzliche Entscheid in Rechtskraft erwachsen. Als unzulässig erweist sich der Antrag, in den umstrittenen Punkten auch die Verfügung der EBK vom 27. Februar 2008 aufzuheben. Anfechtungsobjekt vor Bundesgericht bildet nur der diese schützende Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (Devolutiveffekt; vgl. <ref-law>). Die Verfügung der EBK gilt bloss über diesen inhaltlich als mitangefochten (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 441; <ref-ruling> E. 1c S. 33).
1.2 Am 1. Januar 2009 ist das Bundesgesetz vom 22. Juni 2007 über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMAG; SR 956.1) in Kraft getreten. Die Eidgenössische Bankenkommission, das Bundesamt für Privatversicherung und die Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei wurden auf dieses Datum hin in die "Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA)" überführt. Diese überwacht nunmehr als öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit den Finanzmarkt (<ref-law>). Sie hat alle Verfahren der Eidgenössischen Bankenkommission übernommen, die bei Inkrafttreten des Finanzmarktgesetzes noch hängig waren (<ref-law>). Da es die Bankenkommission somit nicht mehr gibt, ist das vorliegende Verfahren mit der FINMA als deren Rechtsnachfolgerin abzuschliessen. Materiellrechtlich ist der angefochtene Entscheid aufgrund der Rechtslage zu beurteilen, wie sie zum Zeitpunkt des vorinstanzlichen Entscheids bestand. Dem steht das FINMAG nicht entgegen: Dieses ergänzt die übrigen Gesetze, welche die Finanzmarktaufsicht regeln; es gilt nur, soweit die bereits bis anhin bestehenden Finanzmarktgesetze nichts anderes vorsehen (<ref-law>).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung bloss berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die entsprechende Rüge ist rechtsgenüglich substantiiert zu begründen (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.). Soweit die Beschwerdeführerinnen die Feststellung des Sachverhalts rein appellatorisch beanstanden und die Beweiswürdigung ohne detaillierte Auseinandersetzung mit den Ausführungen im angefochtenen Entscheid in Frage stellen, ist auf ihre Vorbringen nicht weiter einzugehen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
2.1 2.1.1 Die Eidgenössische Bankenkommission bzw. heute die FINMA ist befugt, zur Beseitigung von Missständen und zur Wiederherstellung des ordnungsmässigen Zustands alle "notwendigen Verfügungen" zu treffen (vgl. Art. 23ter Abs. 1 aBankG, <ref-law>). Da sie allgemein über die Einhaltung der "gesetzlichen Vorschriften" zu wachen bzw. für die Wiederherstellung des ordnungsgemässen Zustands zu sorgen hat, ist ihre Aufsicht nicht auf die ihr formell unterstellten Betriebe beschränkt. Zu ihrem Aufgabenbereich gehört auch die Abklärung der finanzmarktrechtlichen Bewilligungspflicht und die Ermittlung von Finanzintermediären, die in Verletzung der gesetzlichen Bestimmungen tätig sind (<ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen). Sie ist deshalb berechtigt, die im Gesetz vorgesehenen Mittel auch gegenüber Instituten (oder Personen) einzusetzen, deren Unterstellungs- bzw. Bewilligungspflicht (noch) umstritten ist.
2.1.2 Geht eine Gesellschaft unbewilligt einer den Banken vorbehaltenen Tätigkeit nach, kann die EBK bzw. die FINMA sie im Rahmen der allgemeinen Verfassungs- und Verwaltungsgrundsätze (Willkürverbot, Rechtsgleichheits- und Verhältnismässigkeitsgebot, Treu und Glauben usw.) aufsichtsrechtlich liquidieren (BGE <ref-ruling> E. 3.1.2; vgl. <ref-law>). Erweist sich das Unternehmen als überschuldet oder dauernd zahlungsunfähig, hat sie analog den <ref-law> (in der Fassung vom 3. Oktober 2003 [AS 2004 2767]) den Bankenkonkurs zu eröffnen und durchzuführen. Dabei braucht die Sanierungsfähigkeit (<ref-law> [in der Fassung vom 3. Oktober 2003]) des unbewilligt tätigen Finanzintermediärs in der Regel nicht mehr gesondert geprüft zu werden; mit der nachträglichen Bewilligungsverweigerung und der Anordnung der Liquidation wird eine Fortführung als bewilligter Betrieb ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 388; <ref-ruling> E. 4.1.3 S. 321).
2.1.2 Geht eine Gesellschaft unbewilligt einer den Banken vorbehaltenen Tätigkeit nach, kann die EBK bzw. die FINMA sie im Rahmen der allgemeinen Verfassungs- und Verwaltungsgrundsätze (Willkürverbot, Rechtsgleichheits- und Verhältnismässigkeitsgebot, Treu und Glauben usw.) aufsichtsrechtlich liquidieren (BGE <ref-ruling> E. 3.1.2; vgl. <ref-law>). Erweist sich das Unternehmen als überschuldet oder dauernd zahlungsunfähig, hat sie analog den <ref-law> (in der Fassung vom 3. Oktober 2003 [AS 2004 2767]) den Bankenkonkurs zu eröffnen und durchzuführen. Dabei braucht die Sanierungsfähigkeit (<ref-law> [in der Fassung vom 3. Oktober 2003]) des unbewilligt tätigen Finanzintermediärs in der Regel nicht mehr gesondert geprüft zu werden; mit der nachträglichen Bewilligungsverweigerung und der Anordnung der Liquidation wird eine Fortführung als bewilligter Betrieb ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 388; <ref-ruling> E. 4.1.3 S. 321).
2.2 2.2.1 Natürliche und juristische Personen, die nicht dem Bankengesetz unterstehen, dürfen keine Publikumseinlagen gewerbsmässig entgegennehmen. Der Bundesrat kann Ausnahmen vorsehen, sofern der Schutz der Einleger gewährleistet ist (<ref-law> [in der Fassung vom 18. März 1994]). Die Entgegennahme von Publikumseinlagen, das bankenmässige Passivgeschäft, besteht darin, dass ein Unternehmen gewerbsmässig Verpflichtungen gegenüber Dritten eingeht, d.h. selber zum Rückzahlungsschuldner der entsprechenden Leistung wird (<ref-ruling> E. 6.3.1 S. 391 mit Hinweisen). Dabei gelten grundsätzlich alle Verbindlichkeiten als Einlagen (EBK-Rundschreiben 96/4: Gewerbsmässige Entgegennahme von Publikumseinlagen durch Nichtbanken im Sinne des Bankengesetzes [EBK-RS 96/4], Rz. 10). Ausgenommen hiervon sind unter gewissen, eng umschriebenen Voraussetzungen lediglich fremde Mittel ohne Darlehens- oder Hinterlegungscharakter (Art. 3a Abs. 3 lit. a [in der Fassung vom 12. Dezember 1994] der Verordnung vom 17. Mai 1972 über die Banken und Sparkassen, BankV; SR 952.02), Anleihensobligationen (<ref-law>), Abwicklungskonti (<ref-law>), Gelder für Lebensversicherungen und die berufliche Vorsorge (<ref-law>) sowie Zahlungsmittel und Zahlungssysteme (Rz. 18bis EBK-RS 96/4; vgl. zum Ganzen: BGE <ref-ruling> E. 3.2.1). Keine Publikumseinlagen bilden Einlagen von Banken oder anderen staatlich beaufsichtigten Unternehmen (<ref-law>), Aktionären oder Gesellschaftern mit einer qualifizierten Beteiligung am Schuldner (<ref-law>), von institutionellen Anlegern mit professioneller Tresorerie (<ref-law>), von Einlegern bei Vereinen, Stiftungen und Genossenschaften, sofern diese "in keiner Weise im Finanzbereich tätig sind" (<ref-law>), sowie von Arbeitnehmern bei ihrem Arbeitgeber (<ref-law>). Gewerbsmässig im Sinne des Bankengesetzes handelt, wer dauernd mehr als 20 Publikumseinlagen hält (<ref-law>) oder in Inseraten, Prospekten, Rundschreiben oder elektronischen Medien für die gewerbsmässige Entgegennahme von Geldern wirbt (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 6.3.1 S. 391; <ref-ruling> E. 3.2.1).
2.2.2 Eine bankengesetzlich unzulässige Entgegennahme von Publikumsgeldern kann auch durch ein arbeitsteiliges Vorgehen im Rahmen einer Gruppe erfolgen: Die Bewilligungspflicht und die finanzmarktrechtliche Aufsicht sollen nicht dadurch umgangen werden können, dass jedes einzelne Unternehmen bzw. die dahinter stehenden Personen für sich allein nicht alle Voraussetzungen für die Bewilligungspflicht der Aktivität erfüllen - etwa je weniger als 20 Einlagen halten -, im Resultat gemeinsam aber dennoch eine bewilligungspflichtige Tätigkeit ausüben. Der Schutz des Marktes und der Anleger (vgl. <ref-law>) rechtfertigt trotz formaljuristischer Trennung der Strukturen finanzmarktrechtlich eine einheitliche (wirtschaftliche) Betrachtungsweise, falls zwischen den einzelnen Personen und/oder Gesellschaften enge wirtschaftliche (finanzielle/geschäftliche), organisatorische oder personelle Verflechtungen bestehen und vernünftigerweise einzig eine Gesamtbetrachtung den faktischen Gegebenheiten und der Zielsetzung der Finanzmarktaufsicht gerecht wird. Ein gruppenweises Handeln kann insbesondere dann vorliegen, wenn die Beteiligten gegen aussen als Einheit auftreten bzw. aufgrund der Umstände (Verwischen der rechtlichen und buchhalterischen Grenzen zwischen den Beteiligten; faktisch gleicher Geschäftssitz; wirtschaftlich unbegründete, verschachtelte Beteiligungsverhältnisse; zwischengeschaltete Treuhandstrukturen) davon auszugehen ist, dass koordiniert - ausdrücklich oder stillschweigend arbeitsteilig und zielgerichtet - eine gemeinsame Aktivität im aufsichtsrechtlichen Sinn wahrgenommen wird (vgl. BGE 2C_749/2008 E. 3.2 mit Hinweisen).
3.1 3.1.1 Die Anera AG hat zwischen dem 21. Dezember 2006 und dem 2. August 2007 mit 24 Privatpersonen 26 Investitionsverträge über Fr. 3'474'000.-- abgeschlossen. Die investierten Gelder sollten jeweils in zwölf monatlichen Raten durch Wechsel oder Banküberweisung mit einem Zuschlag von 10 % zurückbezahlt werden. Den Investoren wurde als Sicherheit je ein Inhaberschuldbrief in der Höhe der Investition übergeben, verpfändet oder in Aussicht gestellt. Dieser lastete auf einem Mehrfamilienhaus in Bern, welches im Alleineigentum der Filmart AG stand. Die Filmart AG ihrerseits schloss im November und Dezember 2006 mit drei weiteren Privatpersonen analoge Verträge ab und erwirkte dadurch weitere Zahlungen von Fr. 650'000.--. Die Kontakte der Anera AG mit den Kunden stellten Berater her, denen jeweils Vermittlungsprovisionen von 15 - 20 % der investierten Beträge ausgerichtet wurden. Ab Mitte Juli 2007 blieben die monatlichen Rück-zahlungen an die Investoren aus.
3.1.2 Auf den Konten der Anera AG sind zahlreiche hohe Barbezüge getätigt worden. Die Gelder dienten dazu, Arbeiten an den Liegenschaften der EJK Ostschweiz Immobilien AG bzw. der Blum Trade AG zu begleichen. Gleichzeitig wurden von den Konten der Anera AG diverse Verpflichtungen der Filmart AG - wie Mieten für die von ihr betriebenen Nachtclubs und Cabarets, Warenlieferungen oder Saläre - bezahlt; sie erhielt auch grössere - teilweise als Darlehen bezeichnete - Beträge überwiesen. Schliesslich sind zulasten der Anera AG Darlehens- und andere Schulden von X._ persönlich beglichen worden.
3.1.2 Auf den Konten der Anera AG sind zahlreiche hohe Barbezüge getätigt worden. Die Gelder dienten dazu, Arbeiten an den Liegenschaften der EJK Ostschweiz Immobilien AG bzw. der Blum Trade AG zu begleichen. Gleichzeitig wurden von den Konten der Anera AG diverse Verpflichtungen der Filmart AG - wie Mieten für die von ihr betriebenen Nachtclubs und Cabarets, Warenlieferungen oder Saläre - bezahlt; sie erhielt auch grössere - teilweise als Darlehen bezeichnete - Beträge überwiesen. Schliesslich sind zulasten der Anera AG Darlehens- und andere Schulden von X._ persönlich beglichen worden.
3.2 3.2.1 Wenn die Vorinstanzen davon ausgegangen sind, dass die Filmart AG und die EJK Ostschweiz Immobilien AG damit in Verletzung des Bankengesetzes als Gruppenmitglieder ebenfalls gewerbsmässig Publikumseinlagen entgegengenommen haben, ist dies nicht zu beanstanden: Die Anera AG hielt über zwanzig Einlagen von privaten, mit ihr in keiner Weise verbundenen Investoren, wobei die Anpreisung und der Vertragsabschluss durch professionell tätige Vermittler erfolgten. Die Gelder wurden von ihr zu Anlagezwecken und nicht als Gegenleistung aus einem Vertrag auf Eigentumsübertragung oder Dienstleistung entgegengenommen. Sie erhielt fremde Mittel zur Verfügung gestellt und sollte damit ihre Kosten, einen Gewinn und innerhalb eines Jahres den vertraglich versprochenen Zins (Rendite) erwirtschaften. Die Aufnahme der Geldmittel bzw. die entsprechenden Einlagen waren "dauernder" Natur, da die entgegengenommenen Gelder im Resultat dazu dienten, finanzielle Engpässe in den verschiedenen Firmen und im Privatbereich von X._ zu überbrücken, was realistischer Weise nur möglich erschien, solange weitere Publikumseinlagen erwirkt werden konnten. Mit Blick auf die versprochenen Leistungen (Zins und Vermittlungsgebühren) hätte die Gruppe um X._ auf den einzelnen Investitionen innert Jahresfrist jeweils bis zu 30 % Rendite erarbeiten müssen.
3.2.2 Richtig ist, dass die Filmart AG ihrerseits nur drei Einlagen entgegengenommen hat. Ihre Tätigkeit bildete jedoch Teil der Gruppenaktivitäten, weshalb sie sich diese aufsichtsrechtlich anrechnen lassen muss: Sowohl die Anera AG als auch die Filmart AG gehörten X._, der bei beiden Firmen als alleiniger Verwaltungsrat tätig war. Als solcher bzw. als Verwaltungsratspräsident entschied er auch über das Schicksal der EJK Ostschweiz Immobilien AG und der Blum Trade AG, welche er je zu 30 % direkt und zu 70 % mit seiner (von ihm getrennt lebenden) Frau über die Reklatech AG indirekt hielt. Die von der Anera AG angenommen Gelder wurden durch Schuldbriefe auf einer Liegenschaft der Filmart AG gesichert. Umgekehrt sind von den Konten der Anera AG Rückzahlungen im Gesamtbetrag von Fr. 265'832.-- an Personen geflossen, die ihren Investitionsvertrag mit der Filmart AG abgeschlossen hatten. X._ hat die bei der Anera AG eingezahlten Gelder für Zahlungen von Verpflichtungen sowohl der Filmart AG als auch der EJK Ostschweiz Immobilen AG und der Blum Trade AG eingesetzt. Schulden von einer Gesellschaft wurden wiederholt durch andere Firmen der Gruppe beglichen, ohne dass dies offenbar buchhalterisch korrekt abgewickelt worden wäre. Die Verwaltung der verschiedenen Gesellschaften erfolgten weitgehend von der gleichen Geschäftsadresse aus. Schliesslich hatte X._ selber erklärt, gehofft zu haben, die offenen Forderungen der Investoren aus den geplanten Überschüssen der Verkäufe der Immobilien der EJK Ostschweiz Immobilien AG und der Blum Trade AG decken zu können. Die Beschwerdeführerinnen sind aufgrund der erwiesenen intensiven personellen und wirtschaftlichen Verflechtungen zwischen ihnen und der Anera AG bzw. X._ zu Recht aufsichtsrechtlich in dessen Firmengruppe einbezogen worden, auch wenn sie selber nicht alle Voraussetzungen für eine illegale gewerbsmässige Entgegennahme von Publikumseinlagen erfüllten.
3.2.3 Ihre bankenrechtliche Auflösung ist auch nicht unverhältnismässig: Die Filmart AG betreibt zwar mehrere Nachtclubs und Dancings, doch kann diese Aktivität nicht von ihrer bewilligungspflichtigen Tätigkeit bzw. derjenigen der Anera AG unterschieden werden (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3.3). Der Untersuchungsbeauftragte hielt diesbezüglich ausdrücklich fest: "Die beiden [...] Tätigkeiten der Filmart AG - das Betreiben der Klubs und die Investitionsverträge - können nicht getrennt werden: die Einnahmen aus den Klubs sind auf dasselbe Konto geflossen wie die von den Investoren einbezahlten Gelder und somit mit diesen vermischt worden. Inwieweit von den Investoren einbezahlte Gelder für den Betrieb der Klubs oder für andere Zwecke verwendet wurden, kann aufgrund der heutigen Erkenntnisse nicht genau eruiert werden. Zumindest ist zwischen Einzahlungen der Investoren und den Ausgaben (Barbezügen) kein direkter Zusammenhang erkennbar. Ebenso wenig bestehen Anhaltspunkte für eine räumliche oder betriebliche Trennung der beiden Aktivitäten".
3.2.4 Über die Filmart AG, der nachträglich keine Bewilligung erteilt werden konnte, war deshalb der bankenrechtliche Konkurs auszusprechen; aufgrund der vorliegenden Unterlagen bestand die begründete Besorgnis einer Überschuldung: Gemäss dem provisorischen Status des Untersuchungsbeauftragten überstieg per 29. Januar 2008 das Fremdkapital von Fr. 3'833'995.-- (ohne Berücksichtigung der aus den Schuldbriefen zugunsten der Gläubiger aus den Investitionsverträgen der Arena AG bestehenden Verpflichtungen) die Aktiven von Fr. 3'560'147.--. Der Nominalwert der Schuldbriefe betrug Fr. 4,78 Mio. bei Hypothekarforderungen von Fr. 2'791'077.50. Da im Konkurs der Anera AG für die Investoren mit keiner Dividende gerechnet werden kann, ist davon auszugehen, dass diese ihre Forderungen (zuzüglich Zins) gegen die Filmart AG geltend machen werden. Der amtliche Wert von deren Liegenschaft beträgt Fr. 1,1024 Mio.; die Hypothekargläubigerin geht ihrerseits von einem Wert von Fr. 3 Mio. aus. Zwar legt die Beschwerdeführerin 1 ihren Berechnungen einen Gebäudewert von 4,975 Mio. zugrunde, doch scheint dieser wenig realistisch zu sein, muss sie hierfür doch von Mietzinseinnahmen von Fr. 3'300.-- pro Monat je 21⁄2-Zimmerwohnung ausgehen. Aus dem Jahr 2007 stehen gegen sie zudem noch 16 Betreibungen über Fr. 243'000.-- offen. Entgegen der Kritik der Filmart AG ist ihr Inventar im provisorischen Status bereits mit Fr. 220'000.-- berücksichtigt worden. Ihre Mietzinsgarantie wurde durch Dritte gestellt, womit ihr diesbezüglich keine Gelder zufliessen dürften, sollte die Garantie nicht oder nur teilweise beansprucht werden. Auf jeden Fall ändern die entsprechenden Fr. 200'000.-- nichts an der mutmasslichen Überschuldungssituation.
3.2.5 Die finanzielle Lage der EJK Ostschweiz Immobilien AG ist nicht klar, weshalb die EBK ihr gegenüber zu Recht auf eine Konkurseröffnung verzichtet und die aufsichtsrechtliche Liquidation angeordnet hat. Da die über die Anera AG und die Filmart AG entgegengenommenen Publikumsgelder zumindest zum Teil in ihre Liegenschaften geflossen sind, ist ihre aufsichtsrechtliche Liquidation zulässig. Diese wird es allenfalls erlauben, den Verkaufserlös der Liegenschaften zumindest teilweise den Investoren zugute kommen zu lassen. Zwar behauptet die EJK Ostschweiz, eine eigenständige Aktivität im Immobilienbereich auszuüben, doch belegt sie nicht weiter, dass und inwiefern dieser (neben ihrer Rolle in der Gruppe) eine eigenständige Bedeutung zukäme. Wie bereits dargelegt, hoffte auch X._, mit dem Verkauf der entsprechenden Liegenschaften die Gläubiger aus den Investitionsverträgen befriedigen zu können.
4. 4.1 Die Beschwerde ist somit unbegründet und deshalb abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend werden die unterliegenden Beschwerdeführerinnen kostenpflichtig (vgl. <ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftung auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht (FINMA) und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar