Faits:
A. X._ est une société ayant son siège à Bâle, qui a ouvert dans le canton de Genève plusieurs succursales X._ (supermarchés) et Y._ (commerces spécialisés dans l'audiovisuel et l'électronique) situées notamment dans des centres commerciaux.
Le 28 août 2007, le Service des taxes sur le tourisme de l'Administration fiscale cantonale (ci-après: Administration fiscale cantonale) a notifié aux succursales de X._ région Suisse romande (ci-après: X._ région suisse romande) six bordereaux au titre de taxe de promotion du tourisme pour l'exercice 2007. Il s'agit des succursales sises à la rue de A._ (zone A), à la rue de B._ (zone A), au centre commercial de C._ (zone B), au centre commercial D._ (zone B), au centre commercial E._ (zone B) et au centre commercial F._ (zone B).
Le 27 septembre 2007, X._ région suisse romande a élevé réclamation contre lesdits bordereaux. Le règlement d'application de la loi sur le tourisme violait le principe de la légalité dans la mesure où il soumettait à la taxe les activités économiques exercées à l'intérieur des centres commerciaux quelle que soit leur localisation dans le canton de Genève.
Le 27 décembre 2007, l'Administration fiscale cantonale a notifié aux succursales Y._, division de X._ Bâle (ci-après également: X.Y._), huit bordereaux de taxe de promotion du tourisme. Il s'agit des succursales sises à l'aéroport de Genève (zone A), à la rue de G._ (zone A), à la rue de A._ (zone A), à la rue de H._ (zone A), au centre commercial I._ (zone B), au centre commercial F._ (zone B), au centre commercial J._ (zone B) et au centre commercial K._ (zone B).
Le 28 janvier 2008, X.Y._ a déposé une réclamation contre les bordereaux du 27 décembre 2007 reprenant en substance l'argumentation déjà développée par X._ dans sa réclamation du 27 septembre 2007. Elle a également fait valoir, à l'appui de son raisonnement, qu'elle était "active dans le domaine de l'électronique grand public" et qu'elle se qualifiait de "commerce de proximité par excellence". En conséquence, elle était peu susceptible d'intéresser les touristes.
Par deux décisions du 10 avril 2008, l'Administration fiscale cantonale a rejeté les réclamations des 27 septembre 2007 et 28 janvier 2008.
Le 13 mai 2008, par deux mémoires séparés, X._ région suisse romande et X.Y._ ont recouru contre ces décisions auprès du Tribunal administratif. Elles ont conclu à l'annulation des décisions entreprises en invoquant la violation du principe de la légalité ainsi que la violation du principe de l'égalité de traitement entre concurrents.
Par décision du 16 mai 2008, le Tribunal administratif a joint les deux recours en une seule procédure.
B. Par arrêt du 6 octobre 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours déposé par X._ région suisse romande et X.Y._ contre les décisions du 10 avril 2008. Il a refusé de procéder à un transport sur place du tribunal à titre de mesure d'instruction, parce qu'un tel transport, ponctuel, ne permettait pas d'établir de manière pertinente et déterminante quel type de clientèle fréquentait les succursales chaque jour, notamment en fin de semaine. Sur le fond, le principe du prélèvement de la taxe de promotion du tourisme reposait sur une base légale. Prévu par le règlement d'application, l'assujettissement à la taxe de toutes les activités qui se déroulaient dans les centres commerciaux et quelle que soit leur localisation géographique (zone B) était conforme à cette base légale et justifié en raison du tourisme d'affaire et du tourisme régional. La situation de fait des commerces situés à l'intérieur de centres commerciaux n'étant pas identique ni comparable à celle d'entreprises ayant le même type d'activité mais situées en dehors de tels centres, en raison de l'attractivité des premiers, il n'y avait pas de violation de l'égalité entre concurrents.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ Société, ainsi que X._ région suisse romande et X.Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 6 octobre 2009 et, statuant à nouveau, d'annuler les bordereaux concernant les succursales X._ sises au centre commercial de C._, au centre commercial D._, au centre commercial E._ et au centre commercial F._ ainsi que ceux concernant les succursales Y._ sises au centre commercial I._, au centre commercial F._, au centre commercial J._ et au centre commercial K._. Elles se plaignent de la violation de leur droit d'être entendues, du principe de la légalité en matière de délégation de la compétence fiscale et du droit à l'égalité entre concurrents.
Le Tribunal administratif s'en tient aux considérants de son jugement. L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours.
D. Par ordonnance du 23 novembre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la demande d'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours a été déposé par la société X._, X._ région suisse romande et Y._, division de X._ Bâle, alors que l'arrêt attaqué ne mentionne que les deux dernières dénominations. Il convient de comprendre que la société X._, qui jouit seule de la personnalité morale et de la capacité d'ester en justice a agi devant les instances précédentes par ses succursales. Il n'y a en effet aucun risque de confusion sur ce point (cf. <ref-ruling> consid. 1b p. 13 s.).
1.2 Pour le surplus, le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF) dans une matière qui ne tombe pas sous le coup de l'<ref-law>. Déposé en temps utile (<ref-law>) et en la forme prévue (<ref-law>), par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (<ref-law>), il est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.3 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 lettre a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>).
En l'espèce, le Tribunal administratif n'a pas reproduit dans la partie en fait le montant des taxes contestées, qui ressort pourtant clairement des décisions de taxation figurant au dossier. Il s'agit d'une inexactitude que le Tribunal fédéral peut corriger d'office (<ref-law>), d'autant qu'elle a une influence sur le sort du recours (cf. consid. 6 ci-dessous). La succursale X._ du centre commercial du C._ a reçu un bordereau d'un montant de 1'500 fr., celle de centre commercial D._ de 1'500 fr, celle du centre commercial E._ de 3'750 fr. et celle du centre commercial F._ de 3'750 fr. La succursale Y._ du centre commercial I._ a reçu un bordereau d'un montant de 159 fr. 70, celle du centre commercial F._ de 500 fr., celle du centre commercial J._ de 1'000 fr. et celle du centre commercial K._ de 1'000 fr.
2. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir violé son droit d'être entendue.
2.1 Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou, à tout le moins, de s'exprimer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 277 et la jurisprudence citée).
2.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a rejeté l'offre de preuve de la recourante de procéder à un transport sur place dans la succursale de C._ ainsi que dans toutes autres succursales. Il a jugé que l'administration de cette preuve n'était pas propre à établir de manière pertinente et déterminante quel type de clientèle fréquente les succursales, parce qu'elle aurait lieu un jour précis pour un laps de temps restreint. Or, selon le Tribunal administratif, pour que cette mesure soit efficace, il aurait fallu qu'un comptage de la clientèle et de sa provenance ait lieu par voie de sondages, de manière répétée en différentes périodes de l'année aussi bien en début qu'en fin de semaine, ce que conteste la recourante.
A son avis, s'il était vrai que ses succursales profitaient réellement du tourisme, il devrait se trouver constamment des touristes dans ses succursales en toute période de l'année, de sorte qu'un transport sur place aurait permis au Tribunal administratif de constater l'absence de touristes. Le raisonnement de la recourante perd de vue que c'est à elle qu'il incombe de prouver qu'elle n'entretient "aucune relation commerciale, directe ou indirecte, avec des personnes résidant hors du canton de Genève" (cf. art. 29 al. 4 du règlement d'application du 22 décembre 1993 de la loi sur le tourisme, [RTour; RSGE I 1 60.01]). L'absence ponctuelle de touristes durant le temps, nécessairement limité, que durerait un transport sur place du Tribunal administratif n'est par conséquent pas une constatation qui aurait permis à ce dernier de se convaincre que les succursales de la recourante n'entretiennent aucune relation commerciale, directe ou indirecte, avec des personnes résidant hors du canton de Genève. Pour le reste, la recourante se borne à affirmer que les sondages, auxquels le Tribunal administratif a fait allusion dans l'arrêt attaqué, auraient engendré des coûts démesurés qui ne pouvaient raisonnablement être exigés de sa part, sans exposer concrètement combien ils auraient coûté ni en quoi, le cas échéant, elle n'aurait pas eu les moyens de procéder à de tels sondages. Le grief est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. 3.1 Le canton de Genève s'est doté d'une loi du 24 juin 1993 sur le tourisme (LTour; RSGE I 1 60), visant en particulier à stimuler la promotion du tourisme pour Genève et à soutenir l'économie par le développement du tourisme (art. 1 al. 2 let. b et c LTour). Depuis le 1er janvier 2007, la loi prévoit la perception d'une taxe de promotion du tourisme (art. 17 al. 1 let. d LTour), dont le produit est affecté au développement et à la promotion du tourisme, qui comprend notamment le renforcement de la promotion de Genève à l'étranger ainsi que le renforcement de la collaboration avec d'autres organismes chargés de tâches similaires (art. 18 LTour). Y sont assujettis les bénéficiaires économiques directs ou indirects du tourisme, exerçant les activités ou fournissant les prestations énumérées par la loi (art. 19 LTour).
Les principes sont réglés par l'art. 25 LTour:
1 Il est perçu une taxe de promotion du tourisme auprès des entreprises qui exercent une activité économique ou commerciale bénéficiant des retombées directes ou indirectes du tourisme. Par entreprise, on entend tant le siège ou établissement principal que la succursale ou tout autre établissement secondaire.
2 L'assujettissement à la taxe ainsi que le montant de la taxe de base applicable à chaque activité économique sont déterminés par le règlement d'application en fonction des critères suivants :
a) importance des retombées du tourisme et rentabilité des affaires pour l'activité économique considérée;
b) importance touristique du secteur géographique où s'exerce l'activité en question.
3 La taxe de base ne peut être inférieure à 100 F et supérieure à 5000 F.
4 La taxe de base est pondérée en fonction de l'importance de l'établissement concerné, sur la base du nombre d'employés de celui-ci (coefficient de pondération).
5 Les coefficients de pondération sont fixés par le Conseil d'Etat. Le coefficient maximum ne peut toutefois excéder 6 fois la taxe de base.
Nonobstant un calcul prorata temporis pour début et cessation d'activité en cours d'année, la taxe est exigible dès le 1er janvier pour l'année civile en cours (art. 25B LTour).
3.2 Habilité par l'art. 37 al. 1 LTour à exécuter la loi, le Conseil d'Etat a édicté le règlement d'application du 22 décembre 1993 de la loi sur le tourisme. En vue de la perception de la taxe en cause, il a divisé le canton en deux secteurs. Le secteur A (selon plans) regroupe les zones proches du centre-ville, du lac et de l'aéroport, le secteur B le reste du canton (art. 12 al. 1 et 4 RTour).
L'art. 26 RTour précise que la taxe de promotion du tourisme se compose d'un montant de base, qui tient compte de l'intensité du lien de connexité entre l'activité économique considérée et le tourisme, multiplié par un coefficient en fonction de l'effectif du personnel de l'entreprise ou de la succursale (art. 27 RTour). L'art. 26 al. 2 ch. 23 RTour assujettit les supermarchés et hypermarchés à une taxe de base de CHF 750.- lorsque ceux-ci sont localisés dans le secteur A. Selon l'art. 26 al. 2 ch. 27 RTour, il en va de même pour les magasins d'appareils audiovisuels et de photographie. Certaines activités ne sont taxées que si elles sont localisées dans le secteur A et d'autres indépendamment de leur localisation (art. 26 al. 3 RTour).
Selon l'art. 26 al. 4 RTour, "les activités économiques exercées à l'intérieur des centres commerciaux sont soumises aux taxes prévues aux al. 2 et 3, quelle que soit leur localisation".
Aux termes de l'art. 11 al. 1 RTour, retirent un avantage direct du tourisme ceux qui sont en relations d'affaires directes avec des visiteurs extérieurs, soit en leur fournissant des services, soit en leur vendant des marchandises. Selon l'al. 2, retirent un avantage indirect du tourisme, ceux qui travaillent en relation avec des entreprises qui satisfont des besoins des visiteurs extérieurs.
4. Bien qu'elle allègue la violation des art. 5 al. 1 et 127 al. 1 Cst., la recourante affirme ne pas vouloir contester la clause de délégation législative de l'art. 25 LTour qui, ajoute-t-elle, semble satisfaire aux exigences constitutionnelles en la matière (mémoire de recours, p. 11). Il n'y a par conséquent pas lieu de se prononcer sur cette question, qui a d'ailleurs déjà été examinée par le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 63 ss).
A son avis en revanche, la délégation de compétence faite au Conseil d'Etat ne lui permet d'assujettir à la taxe en cause que les bénéficiaires des retombées directes ou indirectes du tourisme, de sorte qu'en choisissant de fonder l'assujettissement sur le seul fait d'exercer une activité économique à l'intérieur des centres commerciaux, quelle que soit leur localisation dans le canton, le Conseil d'Etat contrevient à l'art. 25 al. 1 LTour. Ce faisant, la recourante se plaint de la violation du principe de la séparation des pouvoirs. Elle invoque à cet effet l'art. 116 Cst./GE.
5. 5.1 Le principe de la séparation des pouvoirs est garanti, au moins implicitement, par toutes les constitutions cantonales; il représente un droit constitutionnel dont peut se prévaloir le citoyen. Sans être expressément consacré en droit genevois (sauf en ce qui concerne l'indépendance du pouvoir judiciaire, posée à l'art. 130 Cst./GE), le principe de la séparation des pouvoirs découle notamment de l'art. 116 Cst./GE, selon lequel le Conseil d'État promulgue les lois, est chargé de leur exécution et prend à cet effet les règlements et arrêtés nécessaires (<ref-ruling> consid. 2.2 et 2.3 p. 326 s.; <ref-ruling> consid. 5.2).
Ce principe assure le respect des compétences établies par la constitution cantonale. Il appartient donc en premier lieu au droit public cantonal de fixer les compétences des autorités. Le principe de la séparation des pouvoirs interdit à un organe de l'État d'empiéter sur les compétences d'un autre organe; en particulier, il interdit au pouvoir exécutif d'édicter des règles de droit, si ce n'est dans le cadre d'une délégation valablement conférée par le législateur. L'ordonnance d'exécution ne peut disposer qu'intra legem et non pas praeter legem. Elle peut établir des règles complémentaires de procédure, préciser et détailler certaines dispositions de la loi, éventuellement combler de véritables lacunes; mais, à moins d'une délégation expresse, elle ne peut poser des règles nouvelles qui restreindraient les droits des administrés ou leur imposeraient des obligations, même si ces règles sont encore conformes au but de la loi (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 279; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 326). Le Tribunal fédéral examine sous l'angle restreint de l'arbitraire l'interprétation des dispositions en matière de compétence qui figurent dans les lois cantonales (ATF <ref-ruling> consid. 5.2 p. 317).
5.2 Appelé à revoir l'interprétation d'une norme sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 177).
5.3 Le Tribunal administratif a jugé que le Conseil d'Etat n'avait pas outrepassé la délégation de l'art. 25 al. 1 LTour en édictant l'art. 26 al. 4 RTour. Les centres commerciaux avaient en effet un coefficient d'attractivité plus important sur le client que les magasins isolés, de par la concentration de boutiques variées qu'ils proposaient dans un espace restreint, à tel point que certaines destinations devaient en grande partie leur attrait touristique aux centres commerciaux qu'elles abritaient. En outre, Genève attirait un tourisme d'affaires lié en particulier à l'organisation de congrès ou aux multiples réunions découlant d'une économie diversifiée hors centre-ville, ce qui expliquait que les centres commerciaux sis dans des quartiers hors centre-ville n'avaient plus vocation à satisfaire uniquement la clientèle locale mais également celle appartenant au tourisme d'affaires. Enfin, les centres commerciaux en cause, proches de la frontière française, notamment sur les grands axes routiers permettant d'éviter le centre-ville, accueillaient un tourisme régional. Malgré quelques cas limites, pour lesquels la fréquentation touristique pourrait être mise en doute, il fallait en conclure que l'assujettissement à la taxe de toutes les activités qui se déroulaient dans les centres commerciaux et quelle que soit leur localisation géographique, était justifié, parce que les entreprises de tels centres bénéficiaient des retombées directes ou indirectes du tourisme.
5.4 La recourante conteste que les divers centres commerciaux dans lesquelles elle a des succursales seraient à l'origine d'un tourisme régional d'échanges frontaliers. D'une part, seuls les genevois iraient en France voisine faire leurs achats et non pas l'inverse et, d'autre part, en raison du développement de projets de collaboration transfrontalière sur le plan régional, il serait erroné de considérer les habitants des départements français limitrophes comme des touristes. Ces objections s'apparentent à une discussion libre des motifs retenus par le Tribunal administratif. Elles ne démontrent pas en quoi l'interprétation de l'art. 25 al. 1 LTour par le Tribunal administratif, notamment de ce qu'il convient d'entendre par "entreprises qui exercent une activité économique ou commerciale bénéficiant des retombées directes ou indirectes du tourisme" serait arbitraire.
Quoiqu'il en soit, l'art. 26 al. 4 Rtour ne trouve pas sa justification uniquement dans l'existence d'un hypothétique tourisme régional, mais également dans d'autres motifs mis en avant par le législateur cantonal (cf. consid. 5.3 ci-dessus). A cet égard, le Tribunal administratif pouvait sans tomber dans l'arbitraire juger que les centres commerciaux jouissent d'une attractivité accrue notamment pour le tourisme d'affaires excentré, dont profitent directement et indirectement les succursales de la recourante pour considérer que l'art. 26 al. 4 RTour respecte la norme de délégation de l'art. 25 al. 1 LTour.
Le grief est rejeté dans la mesure où il est recevable.
5.5 Enfin, la recourante se plaint implicitement de l'application de l'art. 26 al. 4 RTour, en soutenant que les succursales de C._ ou des Charmilles ne bénéficieraient pas des retombées directes ou indirectes du tourisme, parce qu'elles seraient situées dans une zone qui n'est pas réputée touristique. Ce grief doit être rejeté, du moment qu'il lui incombait de prouver que ses succursales n'entretenaient "aucune relation commerciale directe ou indirecte, avec des personnes résidant
hors du canton de Genève" conformément à l'art. 29 al. 4 RTour, ce qu'elle n'a pas fait.
6. Invoquant les art. 8 al. 1 et 2, 27 ainsi que 94 al. 1 Cst., la recourante se plaint de la violation de l'égalité de traitement entre concurrents.
6.1 Selon le principe de l'égalité de traitement entre personnes appartenant à la même branche économique découlant de l'art. 27 Cst., sont interdites les mesures étatiques qui causent une distorsion de la compétition entre concurrents directs, c'est-à-dire celles qui ne sont pas neutres sur le plan de la concurrence. On entend par concurrents directs les membres de la même branche qui s'adressent avec les mêmes offres au même public pour satisfaire les mêmes besoins. L'art. 27 Cst. garantit aux concurrents directs une meilleure protection que celle de l'art. 8 Cst.: une mesure reposant sur des motifs sérieux et objectifs et donc conforme à l'art. 8 Cst. peut provoquer une distorsion entre concurrents directs prohibée par l'art. 27 Cst. (<ref-ruling> consid. 6.3.3.1 p. 53; <ref-ruling> consid. 3d p. 134 s.; <ref-ruling> consid. 4a p. 285; <ref-ruling> consid. 8b p. 211). Des mesures fiscales peuvent avoir un tel effet. A la différence de l'interdiction d'exercer une activité économique ou du fait de la soumettre à autorisation, le prélèvement de contributions ne constitue pas une restriction juridique, mais il peut de fait influer sur l'exercice de la liberté économique. De telles restrictions de fait ne sont que rarement qualifiées de mesures étatiques restreignant la liberté garantie par l'art. 27 Cst. (<ref-ruling> consid. 9.2.2 p. 291; <ref-ruling> consid. 5b p. 198 s. et la jurisprudence citée). Selon la jurisprudence, la liberté économique n'assure aucune protection contre les impôts généraux ni même contre les impôts auxquels sont soumis toutes les professions. Elle ne permet de s'en prendre qu'aux impôts spéciaux frappant une activité économique donnée et pour autant qu'ils soient prohibitifs ("Sondergewerbesteuern"; ATF 73 I 47 consid. 7 p. 59 s. et les références citées). Une contribution est prohibitive si son montant "empêche la réalisation d'un bénéfice convenable dans le commerce ou la branche en question, en rendant impossible ou excessivement difficile l'exercice de la profession" (<ref-ruling> consid. 3 p. 32; <ref-ruling> consid. 6b p. 110).
Il n'est pas nécessaire d'examiner si l'art. 94 al. 1 Cst., qui est inscrit dans la section 7 "Economie" du chapitre 2 "Compétences" de la Constitution et fixe les buts que doivent promouvoir les pouvoirs publics, confère un droit constitutionnel invocable en justice dès lors que les griefs de la recourante peuvent être examinés en l'espèce à la seule lumière de l'art. 27 Cst. (arrêt 2C_410/2009 du 17 décembre 2009, consid. 4.1; 2P.83/2005 du 26 janvier 2006, consid. 2.3 in JdT 2006 I 492).
6.2 La recourante reproche au Tribunal administratif de la traiter de manière moins favorable que ses concurrents en zone B, qui se trouvent dans une situation en tous points comparables à la sienne, à la seule différence qu'elle occupe des locaux à l'intérieur d'un centre commercial, de sorte qu'elle seule est assujettie au paiement de la taxe litigieuse.
En l'espèce, le montant de la taxe dont les succursales doivent s'acquitter se situe entre 159 fr. 70 et 3'750 fr. Un tel montant n'est pas prohibitif au sens de la jurisprudence rappelée ci-dessus. La recourante n'a d'ailleurs pas démontré que la répercussion de ce montant sur le prix de vente des produits de ses succursales provoquait une distorsion de la concurrence. Au demeurant, la situation d'un point de vente à l'intérieur d'un centre commercial n'est, en raison de l'attractivité de ces derniers, pas la même que celle d'un point de vente qui se trouve à l'extérieur, comme l'a confirmé, sans arbitraire, le Tribunal administratif lors de l'examen du large pouvoir d'appréciation dont dispose le législateur cantonal dans le cadre du droit à l'égalité et à l'interdiction de l'arbitraire (cf. consid. 5.4 ci-dessus).
Le grief est par conséquent rejeté.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais de la procédure (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Il n'est pas alloué d'indemnité de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la société X._.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, à l'Administration fiscale au Tribunal administratif du canton de Genève, 1ère section.
Lausanne, le 28 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey