Fatti:
A. Il 24 dicembre 2004 il Capo del Dipartimento federale delle finanze ha autorizzato l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ad aprire un'inchiesta fiscale speciale nei confronti degli avvocati A.A._ e B.A._, quest'ultima titolare di uno studio legale e notarile a Lugano. Il legale è sospettato d'aver commesso gravi infrazioni fiscali ai sensi dell'art. 190 della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11), per aver sottaciuto al fisco federale una parte importante della sua sostanza e dei suoi redditi imponibili. Egli avrebbe inoltre partecipato a reati fiscali commessi da C._, mentre B.A._ avrebbe partecipato a quelli commessi dal marito.
B. Il 2/3 febbraio 2005 la Divisione delle inchieste speciali dell'AFC ha perquisito lo studio legale e sequestrato numerosi documenti cartacei e informatici, posti sotto suggello. L'8 agosto 2005 la Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale ha accolto una richiesta di levata dei sigilli presentata dall'AFC, stabilendo per la cernita, da effettuare dalla Corte medesima, una procedura in tre fasi, confermata dal Tribunale federale (vedi <ref-ruling>).
C. Il 20 febbraio 2007, la I Corte dei reclami penali (I CRP), ritenendo impossibile distinguere i clienti protetti dal segreto professionale dell'avvocato da quelli non protetti e rilevato che l'anonimizzazione degli atti le imporrebbe un lavoro considerevole, ha accolto la richiesta di versare agli atti tutti i documenti ancora in sospeso. Con sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007 il Tribunale federale ha accolto, in quanto ammissibile, un ricorso degli opponenti e, considerata sbrigativa e superficiale la predetta tesi, ha annullato l'impugnata decisione. In seguito i legali hanno prodotto listati contenenti i nomi dei clienti da loro ritenuti protetti dal segreto professionale.
D. La I CRP, comunicata alle parti la sua volontà di procedere a tappe, con decisione del 12 novembre 2007 ha statuito su una parte degli incarti: ritenuto che l'individuazione di relazioni attinenti all'attività tipica dell'avvocato e la relativa anonimizzazione avrebbe implicato un investimento sproporzionato di tempo, ha versato agli atti solo determinati atti, anonimizzandoli senza la verifica effettiva dell'esistenza di un segreto da proteggere. Con sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 il Tribunale federale l'ha annullata.
E. La I CRP, con decisione del 3 dicembre 2007, si è pronunciata sui dati informatici sequestrati dall'AFC nello studio legale degli indagati, registrati su due CD (S4 e S5). I supporti informatici contengono centinaia di documenti, nei quali figurano in gran numero nomi di terzi. L'istanza precedente, richiamati i motivi addotti nella sentenza del 12 novembre 2007, ha ribadito che la cernita e l'anonimizzazione dei nomi rappresenterebbe un lavoro totalmente sproporzionato, decidendo quanto segue:
"1. Gli incarti S4 (parziale) e S5 devono essere restituiti, ai sensi dei considerandi, agli indagati.
2. L'incarto S4 (parziale) deve essere versato agli atti ai sensi dei considerandi.
3. (spese)".
F. L'AFC impugna questo giudizio con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede, in via cautelare, di concedere l'effetto sospensivo al gravame e di congiungere i ricorsi già inoltrati; in via principale, di annullare la decisione impugnata e ordinare alla I CRP di versare agli atti dell'incarto penale in forma integrale, non anonimizzata e con il divieto di utilizzare per altri procedimenti le informazioni riguardanti terzi: i messaggi di posta elettronica, la lista dei siti più frequentemente visitati, la corrispondenza, la documentazione contabile, le fatture e tutta la restante documentazione contenuta nei due CD; quindi la corrispondenza riguardante la gestione societaria ad opera degli opponenti, con l'ausilio di persone di riferimento all'estero, documenti per i quali il versamento degli atti è già stato stabilito con la sentenza impugnata al dispositivo n. 2; in via subordinata, chiede di versare agli atti la citata lista e la menzionata corrispondenza in forma integrale, il resto in forma anonimizzata.
La I CRP propone la reiezione, in quanto ammissibile, del ricorso. Gli opponenti chiedono, in via principale, di dichiarare irricevibile il ricorso e, in via subordinata, di respingerlo.
Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo in via superprovvisionale.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale si è già espresso sull'ammissibilità del rimedio esperito e sulla legittimazione della ricorrente, ritenendo ingiustificata l'avversata domanda di congiungere le differenti cause (sentenza 1B_288/2007 del 30 settembre 2008 consid. 1.1-1.4.6). Anche per il resto si rinvia a quanto già stabilito dal Tribunale federale nella citata sentenza e nella decisione 1B_286/2007 del 30 settembre 2008.
1.2 La ricorrente, richiamando l'art. 125 cpv. 2 LIFD, secondo cui le persone fisiche con reddito da attività lucrativa indipendente devono allegare alla dichiarazione i conti annuali firmati (bilanci e conti profitti e perdite), precisa di possederli. Essa insiste nondimeno sulla necessità di poter accedere ai libri contabili dello studio legale dai quali sono state estratte le cifre riportate sul conto d'esercizio e sul bilancio, allo scopo di procedere alle necessarie verifiche (art. 130 LIFD), ricordato che in ambito penale non sono ammesse le regole valide per la tassazione d'ufficio. Essa espone poi quattro esempi che dimostrerebbero l'impossibilità di proseguire nell'inchiesta fondandosi soltanto sulla documentazione messa a disposizione dalla I CRP. Sottolinea che il segreto professionale sarebbe venuto meno, per cui occorrerebbe poter disporre anche delle fatture relative alle prestazioni tipiche dell'attività d'avvocato. Critica infine l'assunto secondo cui l'anonimizzazione degli atti costituirebbe un lavoro sproporzionato, potendo procedere al loro annerimento automatico.
1.3 Nella risposta, i legali ripropongono l'argomentazione secondo cui la domanda principale del ricorso, segnatamente di versare agli atti tutti i documenti bancari in forma integrale e non anonimizzata, sarebbe inammissibile, siccome costitutiva di "res iudicata". Pure la domanda ricorsuale formulata in via subordinata sarebbe inammissibile, poiché la ricorrente sarebbe d'accordo per la prima volta con il principio dell'anonimizzazione. Contestano quindi la possibilità di esaminare l'apprezzamento compiuto dalla I CRP circa l'utilità o no di un documento per l'inchiesta. Nel merito, essi criticano l'asserita mancata separazione diligente dell'attività tipica dell'avvocato da quella commerciale e contestano il fatto che non potrebbero prevalersi del segreto professionale, rilevando infine che l'istanza precedente avrebbe proceduto a una cernita "quantomeno sommaria". Queste critiche, come pure le osservazioni della I CRP, sono già state respinte nelle sentenze del 30 settembre 2008. D'altra parte, come si vedrà, di massima, allo stadio attuale gli opponenti non possono più prevalersi del segreto professionale, per cui anche le loro ulteriori critiche, secondo cui l'apprezzamento operato dalla I CRP costituirebbe un accertamento fattuale insindacabile, non sono decisive (cause 1B_288/2007 e 1B_286/2007).
1.4 L'istanza precedente si è limitata in sostanza a ribadire che la cernita e l'eventuale anonimizzazione dei documenti comporterebbe un lavoro "totalmente sproporzionato", riprendendo l'argomentazione esposta nella sua precedente decisione del 12 novembre 2007, secondo cui l'esame dell'effettiva esistenza di un segreto professionale e l'anonimizzazione dei relativi documenti costituirebbero misure troppo dispendiose e sproporzionate. Questa pronunzia è stata annullata dal Tribunale federale con la citata sentenza 1B_288/2007: è stato ribadito, come già esposto nella sentenza 1B_47/2007 del 28 giugno 2007, che detta tesi sbrigativa e superficiale non era condivisibile.
È stato rilevato che l'argomentazione della I CRP, secondo cui in caso di dubbio si sarebbe in presenza di documenti coperti dal segreto professionale, ma che, considerato il dispendio di tempo richiesto, la loro anonimizzazione non potrebbe essere pretesa, contraddiceva manifestamente quanto espresso dal Tribunale federale. In effetti, anche nell'ambito del procedimento in esame, l'unione nella medesima persona delle funzioni di amministratore e di avvocato non permette più di distinguere chiaramente quanto rientra in ciascun tipo di attività, per cui il richiamo alla tutela del segreto professionale dell'avvocato è di massima escluso. Visto il coinvolgimento dei legali nell'inchiesta e il fatto che gran parte dei documenti concernono attività estranee a quella tipica dell'avvocato e che tale distinzione non può essere operata in maniera chiara, nella fattispecie l'interesse pubblico a perseguire le gravi sospettate infrazioni prevale sulla tutela del segreto professionale, per di più invocato in modo generico ed essendo peraltro manifesto che A.A._ in nessun caso poteva invocarlo. Un'eventuale anonimizzazione potrebbe quindi limitarsi a determinati documenti: rientra comunque nel potere di apprezzamento della I CRP esprimersi al riguardo (1B_288/2007 consid. 3 e 4).
2. Riguardo ai due CD oggetto della decisione impugnata la I CRP ha stabilito quanto segue:
2.1 S4: esso contiene centinaia di messaggi di posta elettronica, nonché un elenco di siti Internet consultati dallo studio legale. La corrispondenza elettronica concerne svariati ambiti, segnatamente: l'attività di un'associazione di bibliofili, della quale parrebbero far parte gli opponenti; la successione di una persona defunta, della quale si è occupato lo studio legale; la gestione societaria da parte degli opponenti con l'ausilio di persone di riferimento all'estero e l'assistenza fornita da una ditta di informatica relativamente al programma di fatturazione dello studio legale. La I CRP ha stabilito che, eccetto i messaggi concernenti la gestione societaria operata dagli opponenti utili all'inchiesta, non coperti dal segreto professionale dell'avvocato e pertanto da versare agli atti, tutto il resto, ritenuto estraneo all'inchiesta e protetto dal segreto, dev'essere per contro restituito agli opponenti.
2.1.1 La ricorrente rileva che se un controllo approfondito permettesse di stabilire la disponibilità in forma cartacea delle fatture memorizzate sul CD, la loro messa agli atti non sarebbe necessaria: aggiunge nondimeno, che questo controllo parrebbe non essere mai stato fatto. L'assunto non è privo di fondamento, visto che in effetti, contrariamente a quanto stabilito in riferimento ai documenti memorizzati sull'altro CD (S5), l'istanza precedente non sostiene che questi documenti sarebbero disponibili anche in forma cartacea e che sarebbero già stati versati agli atti.
L'AFC propone di suddividere le fatture nel modo seguente: quelle non relative al periodo d'inchiesta possono essere restituite agli opponenti, eccetto quelle emesse da entità off shore verosimilmente riconducibili all'indagato; quelle concernenti il periodo d'inchiesta possono essere restituite a condizione che siano già state versate agli atti in forma cartacea; infine, le fatture inerenti all'attività tipica dell'avvocato devono essere versate agli atti in forma integrale e non anonimizzata, essendo venuto meno il segreto professionale. Gli opponenti, a conoscenza del contenuto del loro CD, si limitano ad accennare al fatto che, secondo gli accertamenti compiuti dall'istanza precedente, su questo supporto informatico non figurerebbero note d'onorario.
2.1.2 Gli accertamenti esperiti in tale ambito dalla I CRP sono superficiali, per cui non si può escludere che sul CD si trovino note di onorario utili per l'inchiesta, se del caso come quelle inerenti alla menzionata procedura di successione, documenti che devono chiaramente essere versati agli atti: spetterà se del caso all'istanza precedente verificare se tali documenti siano già stati versati agli atti in forma cartacea. In effetti, come si è visto, la circostanza che si potrebbe essere in presenza di documenti eventualmente soggetti al segreto professionale, senza peraltro procedere effettivamente al relativo esame, non è più determinante. All'AFC spetta infatti il diritto di poter esaminare tutti gli atti rilevanti per l'inchiesta allo scopo di verificare se, effettivamente, i conti dello studio legale sono completi riguardo ai redditi conseguiti e a quelli dichiarati. Per i motivi suesposti, i documenti che non sembrano manifestamente inutili per l'inchiesta, devono essere versati agli atti, di massima, in forma non anonimizzata. Come rettamente rilevato dalla ricorrente, gli atti che esulano dal periodo dell'inchiesta, possono essere restituiti agli opponenti. Spetterà alla I CRP esperire le necessarie verifiche.
2.1.3 La ricorrente, ricordato che gli opponenti sono sospettati di aver utilizzato in maniera abusiva società off shore per emettere fatture ai clienti dello studio legale allo scopo di frodare il fisco, rileva che i messaggi di posta elettronica potrebbero fornire informazioni chiarificatrici circa il trattamento di una parte dei mandati di gestione societaria, peraltro neppure coperti dal segreto professionale. Gli opponenti, limitandosi a sottolineare che secondo la decisione impugnata sul CD figurerebbe l'attività legata a un'associazione verosimilmente di bibliofili, disconoscono che secondo gli accertamenti della I CRP detti messaggi concernono invero "svariati ambiti", tuttavia non meglio precisati. È quindi palese che l'istanza precedente dovrà riesaminare, sotto il profilo delle suesposte considerazioni, l'utilità o meno anche di queste informazioni, restituendo agli opponenti soltanto quelle manifestamente estranee all'inchiesta.
2.2 S5: esso contiene 645 documenti di varia natura, in particolare corrispondenza, documentazione contabile, fatture, rapporti di revisione, reclami, verbali, ecc., nei quali figurano molti nomi di persone, per cui, secondo l'istanza precedente, una loro anonimizzazione non sarebbe "ragionevolmente praticabile". Essa ha aggiunto che, da un'analisi sommaria, sarebbe tuttavia possibile concludere che la quasi totalità di detti documenti, in gran parte potenzialmente protetti dal segreto professionale dell'avvocato, si troverebbe in forma cartacea negli incarti sui quali ha già statuito: ne ha concluso che un loro versamento agli atti sarebbe pertanto inutile, decidendo di restituire l'intero CD agli opponenti.
2.2.1 Al riguardo, la ricorrente precisa che, eccezion fatta per l'elenco dei siti Internet consultati, i documenti informatici sono stati selezionati ed estrapolati sulla base di una serie di parole chiave, segnatamente di nomi di società off shore ch'essa sospetta siano state utilizzate dagli opponenti per emettere fatture ai loro clienti. Dalla banca dati degli opponenti sarebbero quindi state estratte soltanto informazioni relative all'inchiesta, indispensabili per accertare i fatti, in particolare riguardo alle società di cui l'indagato A.A._ è azionista oppure quelle presumibilmente utilizzate per perpetrare i sospettati reati. Poiché una prima selezione è già stata fatta, questa sarebbe sufficiente per giustificare l'acquisizione agli atti in forma integrale di tutta la documentazione informatica, visto che i legali stessi sono imputati e che avrebbero abusato del segreto professionale.
2.2.2 La decisione impugnata, fondata su una tesi sbrigativa, su un criterio meramente quantitativo e sul fatto che si sarebbe in presenza di documenti potenzialmente soggetti al segreto professionale, non può essere avallata, ricordate le suesposte considerazioni circa l'insussistenza attuale, di massima, del segreto professionale. Anche questi documenti devono quindi, di principio, essere versati agli atti senza anonimizzazione. Non è d'altra parte sufficiente accennare al fatto che da un'analisi "sommaria" la quasi totalità dei documenti sussisterebbe anche in forma cartacea, essendo evidente che sul CD potrebbero trovarsi documenti determinanti per l'inchiesta, non reperibili nella forma cartacea.
Decisiva è poi la circostanza che il Tribunale federale ha annullato le precedenti decisioni con le quali l'istanza precedente aveva statuito sugli incarti nei quali si troverebbero in forma cartacea i documenti memorizzati sul CD. In quelle decisioni essa aveva peraltro ordinato la restituzione di gran parte di detti atti agli opponenti (1B_281-293/2007). Per di più, nella decisione in esame, la I CRP non indica di quali incarti si tratterrebbe, per cui non è possibile sapere se i documenti litigiosi siano o no già stati versati agli atti in forma cartacea. Ne segue che il criticato giudizio dev'essere annullato. Come già rilevato nella sentenza del 30 settembre 2008 (1B_288/2007 consid. 4.2), spetterà semmai alla I CRP procedere a un'eventuale anonimizzazione di determinati documenti
Essa dovrà pure apporre, come avvenuto nelle altre decisioni, il divieto imposto alla ricorrente di utilizzare, senza la sua autorizzazione, gli atti litigiosi per altri scopi, divieto peraltro espressamente riconosciuto dall'AFC.
3. 3.1 Ne segue, che il ricorso dev'essere accolto e la decisione impugnata annullata nel senso dei considerandi.
3.2 Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili (art. 68 cpv. 3 LTF).
3.3 L'emanazione del presente giudizio rende priva d'oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la decisione emanata dalla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale il 3 dicembre 2007 è annullata. La causa viene rinviata alla I Corte dei reclami penali per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico degli opponenti.
3. Comunicazione alla ricorrente, ai patrocinatori degli opponenti e alla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale.