Faits:
A. A.a Le 12 mai 2006, la société A._ SA a constitué la propriété par étages «B._» sur la parcelle no 26 de la Commune de C._. Elle a ensuite procédé à la création de soixante-trois appartements, septante-neuf places de parc intérieures, vingt places de parc extérieures et six locaux destinés au secteur tertiaire.
Le même jour, elle a adopté un règlement d'administration et d'utilisation (ci-après le règlement).
La société A._ SA est restée propriétaire de trois locaux au sein de la PPE: un local avec affectation tertiaire/appartement au rez-de-chaussée du bâtiment A (136/10'000) et deux locaux avec affectation tertiaire au rez-de-chaussée avec terrasse du bâtiment B (85/10'000 et 190/10'000). L'intéressée envisage depuis 2008 d'y installer une garderie, projet qui fait l'objet du présent litige.
A.b Lors de son adoption, le règlement prévoyait à son art. 10 («Destination des lots»):
"1. Sauf décision contraire de l'assemblée des propriétaires d'étages conformément à l'al. 3 ci-dessous, les lots ne peuvent servir qu'à l'usage auquel ils sont destinés. La destination actuelle est mixte, soit:
2. Habitation, local avec affectation tertiaire, locaux, ateliers. Le promoteur de la construction, à défaut le copropriétaire d'un lot en nature de local avec affectation tertiaire, de locaux ou d'ateliers pourra unilatéralement en changer l'affectation à destination d'habitation, soit sans l'accord des autres copropriétaires, à la condition d'obtenir les autorisations administratives adéquates. Demeure réservée l'approbation des copropriétaires pour tous travaux qu'impliqueraient (sic) une telle modification de l'affectation, touchant aux parties communes.
3. Des affectations spéciales telles qu'un salon de jeu, un commerce érotique ou un restaurant 'fast food' doivent faire l'objet d'une autorisation expresse.
4. Tout autre changement de destination d'un lot autre qu'autorisé ci-dessus doit être accepté par l'assemblée des propriétaires d'étages (art. 47 al. 2 let. h). Les modifications ayant pour effet de gêner notablement et durablement, pour un ou plusieurs propriétaires d'étages, l'usage ou la jouissance de la chose selon sa destination actuelle ou qui en compromettent le rendement, ne peuvent pas être exécutées sans leur consentement.»
L'art. 47 du règlement avait la teneur suivante:
«Les décisions de l'assemblée des propriétaires d'étages sont subordonnées à la double majorité des propriétaires d'étages et des quotes-parts lorsque la loi ou ce règlement le prévoient expressément.
La double majorité est notamment requise pour les décisions suivantes:
d) les modifications du présent règlement à l'exception de celles prévues par l'<ref-law>, voire d'autres modifications qui requièrent l'unanimité (<ref-law>);
h) le changement de destination d'un lot, sous réserve de l'application de l'article 10.»
A.c Lors de l'assemblée des copropriétaires du 3 novembre 2008, deux représentants de la Commune de C._ ont exposé aux copropriétaires présents le projet d'ouverture d'une garderie dans les locaux appartenant à A._ SA. Une majorité des membres de la PPE s'est prononcée en défaveur de ce projet.
Une assemblée générale extraordinaire s'est tenue le 17 novembre 2009. Selon le ch. 18 du procès-verbal de dite assemblée, un comité de la PPE ainsi que l'administrateur de cette dernière ont rencontré la Direction des Affaires sociales et familiales de la ville de C._ vers la fin de l'été 2009. A cette occasion, la délégation des copropriétaires a rappelé la position exprimée par l'assemblée au mois de novembre 2008, à savoir un refus de voir s'ouvrir une garderie dans les lots en cours de finition. De son côté, la municipalité s'est montrée disposée à effectuer certains aménagements si le projet se concrétisait. Lors de cette assemblée générale extraordinaire, il a également été décidé de créer un comité ad hoc, chargé de défendre les intérêts de l'assemblée générale dans l'hypothèse où le projet devrait se concrétiser.
Par courrier du 21 avril 2010, les copropriétaires ont été convoqués à une assemblée générale ordinaire prévue le 5 mai 2010. Cette convocation faisait état de l'ordre du jour de dite assemblée, lequel comprenait notamment, sous point 4, la modification de l'art. 47 al. 2 let. h du règlement de la PPE ainsi que, sous point 5, la modification de son art. 10.
Il ressort du procès-verbal de l'assemblée que les modifications réglementaires suivantes ont été adoptées à la double majorité:
«Art. 47: Décisions subordonnées à la double majorité
Les décisions de l'assemblée des propriétaires d'étages sont subordonnées à la double majorité des propriétaires d'étages et des quotes-parts lorsque la loi ou ce règlement le prévoient expressément.
La double majorité est notamment requise pour les décisions suivantes:
h) le changement de destination d'un lot.»
«Art. 10: Destination des lots
1. Sauf décision contraire de l'assemblée des propriétaires d'étages conformément à l'al. 3 ci-dessous, les lots ne peuvent servir qu'à l'usage auquel ils sont destinés. La destination actuelle est mixte, soit:
2. Habitation, local avec affectation tertiaire, locaux, ateliers, à l'exclusion de toute activité de garderie, pouponnière, pré ou parascolaire ou assimilé. Demeure réservée l'approbation des copropriétaires pour tous travaux qu'impliquerait une telle modification de l'affectation, touchant aux parties communes.
Les alinéas 3 et 4 de l'article 10 restent inchangés.»
B. Par demande déposée le 7 juin 2010 devant le Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois, A._ SA a conclu à l'annulation des points 4 et 5 de la décision de l'assemblée générale ordinaire du 5 mai 2010 en tant qu'elle concerne la modification des art. 10 et 47 al. 2 let. h du règlement et lui interdit désormais l'installation d'une garderie dans les locaux lui appartenant. L'intéressée sollicite ainsi que la teneur de ces dispositions au 12 mai 2006 demeure inchangée.
Le Tribunal d'arrondissement a rejeté la demande par jugement du 17 mai 2011.
Statuant le 8 février 2012 sur appel de A._ SA, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud l'a rejeté et confirmé le jugement de première instance.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile le 14 mai 2012, A._ SA (ci-après la recourante) réclame la réforme de l'arrêt cantonal en ce sens que son appel est admis et que le jugement de première instance fasse droit aux conclusions formulées dans sa demande; subsidiairement, elle requiert le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision.
Invitées à se déterminer, l'autorité cantonale se réfère aux considérants de son arrêt tandis que l'intimée conclut au rejet du recours.
D. L'effet suspensif a été attribué au recours par ordonnance présidentielle du 12 juin 2012.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>), prise en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur statuant sur recours (<ref-law>), dans une contestation civile de nature pécuniaire, dont la cour cantonale admet que la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>); il a par ailleurs été déposé à temps (<ref-law>), par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'instance précédente (<ref-law>), de sorte qu'il est recevable au regard de ces dispositions.
2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour d'autres motifs que ceux qui ont été invoqués et le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 3.1).
3. Aux termes de l'art. 10 al. 4 2ème phr. du règlement, «les modifications ayant pour effet de gêner notablement et durablement, pour un ou plusieurs propriétaires d'étages, l'usage ou la jouissance de la chose selon sa destination actuelle ou qui en compromettent le rendement, ne peuvent pas être exécutées sans leur consentement». Se référant à cette disposition, la recourante prétend qu'elle lui aménagerait un droit de veto lui permettant de s'opposer aux modifications réglementaires contestées.
3.1 La cour cantonale a pour l'essentiel considéré que le droit de veto réglementaire ne pouvait en l'espèce être invoqué que par un copropriétaire gêné par le projet envisagé par la recourante et non par la recourante elle-même, vu l'inexistence de modifications la gênant elle-même dans l'usage ou la jouissance des lots lui appartenant.
3.2 Selon la recourante, la référence à la disposition précitée ne serait pas limitée au cas où un propriétaire gêné par un changement de destination d'un lot voisin voudrait s'y opposer: cet article permettrait également à un propriétaire de faire obstacle à une mesure de fait ou à une mesure juridique modifiant la destination de son propre lot, ce qui, contrairement à l'avis des juges cantonaux, était bien le cas en l'espèce.
L'intimée remarque que la recourante ne serait pas fondée à invoquer l'art. 10 al. 4 2ème phr. dès lors que la modification règlementaire contestée n'entraînait aucun changement dans la destination de l'immeuble lui-même, ni dans celle des lots appartenant à l'intéressée.
3.3 A supposer, comme paraît le prétendre la recourante, que le terme «chose» se réfère au lot individuel, on ne peut toutefois soutenir que la modification réglementaire discutée entraînerait un changement dans la destination de ses propres lots dès lors que ceux-ci n'ont encore jamais été affectés aux fins envisagées. De surcroît, les lots de la recourante peuvent encore parfaitement être destinés à une large palette d'activités du domaine tertiaire: le cercle en est certes désormais plus restreint, mais elle dispose néanmoins d'une marge de manoeuvre conséquente, de sorte qu'on ne saurait retenir que l'usage et la jouissance - futurs - de ses lots seraient entravés.
4. La recourante soutient ensuite que les modifications réglementaires envisagées porteraient atteinte à son droit d'utiliser ses parties exclusives comme elle l'entend, droit garanti par l'<ref-law>.
4.1 La cour cantonale a relevé que les propriétaires d'étages pouvaient convenir des restrictions à leur liberté d'utilisation de leurs parties exclusives dans l'acte constitutif de la propriété par étages, dans le règlement d'administration et d'utilisation, dans le règlement de maison ou dans une décision ad hoc de la communauté. Interprétant la modification de l'art. 10 al. 2 du règlement, la cour cantonale en a conclu qu'en l'adoptant, la majorité qualifiée des propriétaires visaient en réalité à préciser la destination actuelle mixte des lots dans un sens conforme à la volonté de la majorité qualifiée des copropriétaires. Dite modification ne nécessitait en outre nullement l'aval de tous les propriétaires d'étages dès lors qu'elle n'impliquait aucun changement de destination, que ce soit des lots appartenant à la recourante ou de l'immeuble en propriété par étages: non seulement ceux-ci n'avaient pas encore été affectés à un usage précis, mais la chose conservait également son usage et son affectation économique, lesquels n'étaient pas modifiés de façon profonde et significative puisque les locaux pouvaient parfaitement être affectés à de nombreuses autres activités dans le domaine tertiaire. Les juges cantonaux ont encore observé qu'il n'était pas exclu que la restriction entreprise pût être ultérieurement levée suite à un renouvellement dans la composition des copropriétaires d'appartements: dès lors que l'interdiction réglementaire avait été soumise à la majorité qualifiée et non à l'unanimité, sa levée serait plus aisée à obtenir qu'une autorisation touchant les activités soumises à l'unanimité.
4.2 La recourante affirme quant à elle être notablement et durablement gênée dans l'usage et la jouissance de ses lots par l'interdiction d'y aménager une garderie en tant qu'un nombre important d'actes préparatoires concrets avaient été menés dans cette perspective (préavis de la municipalité, crédit accordé par le conseil communal, contrat de vente conclu avec la commune). La modification contestée réduirait par conséquent à néant son projet de valorisation et empêcherait la concrétisation de la promesse de vente conclue en vue de la création de la garderie, ce qui constituerait une atteinte particulièrement grave à son droit de propriété. Par ailleurs, à supposer qu'elle ne fût pas admise à s'opposer à l'adoption des dispositions règlementaires litigieuses, la recourante souligne que son droit de propriété exclusif serait vidé de sa substance, l'intimée pouvant en effet systématiquement poser de nouvelles restrictions réglementaires l'empêchant d'utiliser son lot comme elle l'entendait, situation qui non seulement serait dommageable et abusive pour ses intérêts, mais encore dans la perspective d'une vente de ses lots à un tiers, aucune garantie quant à leur utilisation possible ne pouvant être donnée à un éventuel acquéreur. La recourante conclut en soulignant que sa gêne serait d'autant plus grande que la valorisation de ses lots visait un intérêt d'ordre public.
L'intimée remarque qu'en votant la limitation réglementaire contestée, les copropriétaires n'avaient nullement l'intention d'interdire toute activité tertiaire, l'idée étant simplement de sauvegarder les promesses de la promotrice, à savoir une affectation mixte, habitation et tertiaire, sans toutefois va-et-vient incessants, problèmes de parking ou encore cris dans la cour intérieure. La recourante serait ainsi de mauvaise foi en prétendant que l'intention des copropriétaires serait d'empêcher tout nouveau projet sur les derniers lots lui appartenant.
L'intimée remarque qu'en votant la limitation réglementaire contestée, les copropriétaires n'avaient nullement l'intention d'interdire toute activité tertiaire, l'idée étant simplement de sauvegarder les promesses de la promotrice, à savoir une affectation mixte, habitation et tertiaire, sans toutefois va-et-vient incessants, problèmes de parking ou encore cris dans la cour intérieure. La recourante serait ainsi de mauvaise foi en prétendant que l'intention des copropriétaires serait d'empêcher tout nouveau projet sur les derniers lots lui appartenant.
4.3 4.3.1 Aux termes de l'<ref-law>, les parts de copropriété d'un immeuble peuvent être constituées en propriété par étages, de manière que chaque copropriétaire a le droit exclusif d'utiliser et d'aménager intérieurement des parties déterminées d'un bâtiment (al. 1); le copropriétaire a le pouvoir d'administrer, d'utiliser et d'aménager ses locaux dans la mesure où il ne restreint pas l'exercice du droit des autres copropriétaires, n'endommage pas les parties, ouvrages et installations communs du bâtiment, n'entrave pas leur utilisation ou n'en modifie pas l'aspect extérieur (al. 2).
Le droit d'utilisation conféré par l'<ref-law> permet au propriétaire d'utiliser ses parties exclusives comme il l'entend. Cette liberté est présumée. Elle peut toutefois être limitée par des restrictions légales et des restrictions conventionnelles (<ref-ruling> consid. 7; arrêts 5A_499/2010 du 20 décembre 2010 consid. 8.2 et les références; 5C.168/2003 du 17 février 2004 consid. 4.1 publié in: Revue du notariat et du registre foncier [RNRF] 2004 433 ss). Les propriétaires d'étages peuvent ainsi convenir de restrictions à leur liberté d'utilisation de leurs parties exclusives dans l'acte constitutif de la propriété par étages, dans le règlement prévu à l'<ref-law>, dans le règlement de maison ou dans une décision ad hoc de la communauté (<ref-ruling> consid. 7; arrêts 5A_499/2010 précité consid. 8.2; 5C.168/2003 précité consid. 4.2). Ils peuvent notamment prévoir que les locaux doivent être utilisés dans un certain but, par exemple qu'il est interdit d'y exploiter un commerce ou un restaurant (<ref-ruling> consid. 7; arrêts 5A_499/2010 précité consid. 8.2 et les références; 5C.252/2003 du 18 mars 2004 consid. 2.2).
4.3.2 Les restrictions conventionnelles doivent respecter les limites générales de l'ordre juridique (art. 2, 27 CC, 19 s. CO; <ref-ruling> consid. 4; 5C.168/2003 du 17 février 2004 précité consid. 4.2.1), ainsi que celles qui découlent de l'institution même de la propriété par étages (arrêts 5A_499/2010 précité consid. 8.2.1 et les références doctrinales; 5C.168/2003 précité consid. 4.2.1; cf. <ref-ruling> consid. 8 et 9; AMÉDÉO WERMELINGER, La propriété par étages, 2e éd. 2008, n. 71 ad <ref-law>): les intérêts divergents et convergents des propriétaires d'étages doivent ainsi s'équilibrer, de façon que chacun d'eux puisse exercer ses droits le plus librement possible, tout en permettant à la communauté de fonctionner comme une entité (<ref-ruling> consid. 7).
De graves restrictions au droit exclusif du propriétaire d'étage ne peuvent cependant être prises qu'à l'unanimité (PASCAL WIRZ, Schranken der Sonderrechtsausübung im Stockwerkeigentum, p. 176 et 195; cf. également ARTHUR MEIER-HAYOZ, Berner Kommentar, 1988, n. 55 et 59 ad <ref-law> notamment), ou du moins, avec l'accord du propriétaire concrètement concerné par la restriction (ROLF H. WEBER, Die Stockwerkeigentümergemeinschaft, p. 205 s. notamment).
4.3.3 Si les copropriétaires ont adopté des restrictions conventionnelles admissibles, en particulier s'ils ont convenus de soumettre l'immeuble à une certaine affectation, l'accord de tous les copropriétaires est nécessaire pour un changement dans la destination de l'immeuble ou d'une part d'étage (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2 i.f.; arrêts 5A_499/2010 précité consid. 8.2.2; 5C.168/2003 précité consid. 4.2.1). Le changement dans la destination de la chose doit néanmoins être distingué de son changement d'utilisation qui, selon l'<ref-law>, doit être pris à la majorité de tous les copropriétaires, représentant en outre, leurs parts réunies, plus de la moitié de la chose. Les art. 648 al. 2 et 647b al. 1 CC trouvent tous deux application dans le cadre de la propriété par étages en vertu de l'<ref-law>.
Il y a changement de destination lorsque, soit par des mesures de fait, soit par des mesures juridiques, l'usage et l'affectation économique de l'immeuble en propriété par étages sont modifiés de façon profonde et significative. La destination actuelle de l'objet est ainsi reléguée au second plan (arrêts 5A_428/2008, 5A_429/2008 du 19 mars 2009 consid. 4.5.2 publié in: RNRF 2010 297 ss et les références; 5A_760/2011 du 18 mai 2012 consid. 4.3.3). L'affectation de l'immeuble détenu en copropriété est à cet égard déterminante: tant que subsiste le caractère global de l'immeuble, la transformation d'une seule unité d'étage ne conduit pas à un changement d'affectation au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 et 2.4, 450 consid. 2.1; arrêts 5A_428/2008, 5A_429/2008 précités consid. 4.5.2 et les références).
Il y a changement de destination lorsque, soit par des mesures de fait, soit par des mesures juridiques, l'usage et l'affectation économique de l'immeuble en propriété par étages sont modifiés de façon profonde et significative. La destination actuelle de l'objet est ainsi reléguée au second plan (arrêts 5A_428/2008, 5A_429/2008 du 19 mars 2009 consid. 4.5.2 publié in: RNRF 2010 297 ss et les références; 5A_760/2011 du 18 mai 2012 consid. 4.3.3). L'affectation de l'immeuble détenu en copropriété est à cet égard déterminante: tant que subsiste le caractère global de l'immeuble, la transformation d'une seule unité d'étage ne conduit pas à un changement d'affectation au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.3 et 2.4, 450 consid. 2.1; arrêts 5A_428/2008, 5A_429/2008 précités consid. 4.5.2 et les références).
4.4 4.4.1 Il convient avant tout de rappeler que les lots objets du droit exclusif de la recourante n'ont actuellement aucune affectation: ils n'ont donc jamais été, et ne sont pas, aujourd'hui, destinés à des activités pré- ou parascolaires. Dans ces circonstances, on ne saurait admettre que les modifications réglementaires adoptées à la double majorité conformément au règlement porteraient atteinte au droit exclusif de la recourante en se référant à la protection de ses droits acquis (arrêt 5A_690/2011 du 10 janvier 2011 consid. 3.2 et 3.3).
Il ne peut en outre être tenu pour établi - bien que les parties ne paraissent pas le contester formellement - que les aménagements envisagés par la recourante auraient été autorisés par l'ancien règlement, la nécessité d'obtenir une autorisation expresse pour certains types d'activité n'ayant en effet pas un caractère exhaustif (art. 10 al. 3 du règlement).
Le nouveau règlement n'entraîne de surcroît aucun changement dans la destination de l'immeuble lui-même en tant que celui-ci demeure affecté à l'habitation ou à des activités du domaine tertiaire, dont le cercle a simplement été restreint. Dès lors que la recourante peut encore parfaitement destiner ses parts d'étages à l'exercice d'une large palette d'activités du domaine tertiaire, on ne saurait retenir que la modification réglementaire envisagée restreindrait gravement son droit exclusif et qu'elle ne pouvait en conséquence être adoptée sans son consentement. Il faut au contraire conclure que la double majorité, nécessaire pour adopter un changement dans l'utilisation d'un lot, était suffisante (art. 47 let. h du règlement).
4.4.2 Cela dit, il convient de relever qu'il ressort du dossier cantonal, sans que la Cour d'appel ne l'ait formellement constaté (<ref-law>) que, alors même que les enfants amenés à fréquenter la crèche ne devraient pas utiliser le jardin au centre du complexe, la capacité de la crèche envisagée est particulièrement importante, celle-ci pouvant en effet accueillir jusqu'à 51 enfants: 5 bébés, 14 trotteurs, 20 moyens et 12 écoliers (PV de l'assemblée générale du 3 novembre 2008, p. 4). Il n'est pas non plus établi que les locaux soient adaptés aux normes phoniques liées à l'activité d'une garderie (PV de l'assemblée générale extraordinaire du 17 novembre 2009 ch. 18) et si d'éventuels aménagements ont été évoqués (cf. communiqué de presse de la municipalité), aucune garantie n'a été donnée afin qu'ils puissent être concrètement réalisés. Dans ces circonstances, on ne saurait conclure que la protection du droit exclusif de la recourante d'aménager ses parts d'étages comme elle l'entend devrait l'emporter sur le droit des autres copropriétaires à s'opposer aux immissions nécessairement générées par un établissement destiné à recevoir un nombre d'enfants aussi conséquent. Les différents éléments de fait invoqués par la recourante pour démontrer l'atteinte au noyau dur de son droit exclusif - préavis de la Municipalité de C._, conclusion d'un contrat de vente avec la commune, mise à l'enquête publique - ne permettent pas, au demeurant, de faire apparaître la décision prise comme portant une atteinte grave à son droit exclusif au sens de l'<ref-law>. L'intérêt évident des citoyens à bénéficier de nouvelles places de crèche n'entre pas en considération sous cet angle.
Il s'ensuit que le recours doit être rejeté sur ce point.
5. Il doit en aller de même du point 4 de la décision de l'assemblée générale, qui a modifié l'art. 47 al. 2 let. h du règlement relatif aux changements de destination d'un lot, en supprimant la réserve de l'application de l'art. 10 du règlement. Dès lors que les art. 47 al. 2 let. h et 10 sont intimement liés, le rejet du recours quant à la seconde disposition entraîne nécessairement le rejet du recours lié à la première.
6. En définitive, le recours est rejeté aux frais de la recourante (<ref-law>); celle-ci versera en outre une indemnité de dépens à l'intimée, qui s'est déterminée sur le fond du litige (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 6'000 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 27 novembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret Bortolaso