Sachverhalt:
A. Die Kontrollstelle zur Bekämpfung der Geldwäscherei (Kontrollstelle GwG) erhebt Gebühren für ihre Verfügungen und Dienstleistungen. Das Bundesgesetz vom 10. Oktober 1997 zur Bekämpfung der Geldwäscherei im Finanzsektor (Geldwäschereigesetz, GwG; SR 955.0) sieht vor, dass die Selbstregulierungsorganisationen (SRO; <ref-law>) und die direkt durch die Kontrollstelle GwG beaufsichtigten Finanzintermediäre (DUFI; <ref-law>) zur Deckung der nicht individuell zurechenbaren Kosten eine jährliche Aufsichtsabgabe zu entrichten haben (<ref-law> in der Fassung gemäss Ziff. I 17 des Bundesgesetzes vom 19. Dezember 2003 über das Entlastungsprogramm 2003, in Kraft seit 1. Januar 2006 [AS 2004 1647]). Der Bundesrat hat deren Einzelheiten in der Verordnung vom 26. Oktober 2005 über die Aufsichtsabgabe und die Gebühren der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei geregelt (Gebührenverordnung Kontrollstelle, GebV Kst; SR 955.033.2).
B. Am 7. September 2006 legte die Kontrollstelle GwG die von der SRO des Schweizerischen Treuhänderverbands (SRO STV) geschuldete Aufsichtsabgabe für das Jahr 2006 auf Fr. XXX.-- fest. Der Betrag war in eine für alle SRO gleiche Grundabgabe von Fr. 41'038.-- und eine nach Bruttoertrag und Anzahl der jeweils angeschlossenen Finanzintermediäre berechnete Zusatzabgabe aufgeteilt. Diese machte bei der SRO STV Fr. XXX.-- aus (Bruttoertrag: Fr. XXX.--; angeschlossene Finanzintermediäre: XXX). Das Bundesverwaltungsgericht legte auf Beschwerde hin am 7. November 2007 unter Berücksichtigung einer Verminderung der Bruttoerträge und der Aufsichtskosten die von der SRO STV zu leistende Aufsichtsabgabe neu auf Fr. XXX.-- fest. Es berechnete die geschuldete Abgabe unter Ausklammerung der in Art. 7 GebV Kst vorgesehenen Grundabgabe ausschliesslich nach den Kriterien für die Zusatzabgabe und begründet dies damit, dass der Bundesrat mit Art. 7 GebV Kst den ihm in <ref-law> eingeräumten Ermessensspielraum überschritten, dem Legalitätsprinzip zu wenig Rechnung getragen und die verschiedenen SRO in gesetzwidriger Weise rechtsungleich behandelt habe.
C. Die Eidgenössische Finanzverwaltung beantragt mit Eingabe vom 14. Dezember 2007, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und festzustellen, dass die umstrittene Grundabgabe zu Recht erhoben worden sei; die Aufsichtsabgabe 2006 der SRO STV sei neu auf Fr. XXX.-- festzulegen (Grundabgabe: Fr. 43'899.--; Zusatzabgabe: Fr. XXX.--). Die Eidgenössische Finanzverwaltung macht geltend, die Ausgestaltung der Aufsichtsabgabe, bestehend aus einer fixen Grundgebühr und einer variablen Zusatzgebühr, sei sachlich gerechtfertigt und treffe keine rechtsungleichen Unterscheidungen. Die Vorinstanz habe die geschuldete Abgabe zudem insofern falsch berechnet, als sie zwar den bereits bezahlten Betrag von Fr. XXX.-- einer nicht beschwerdeführenden SRO von den Kosten abgezogen, es jedoch unterlassen habe, auch die Zahl von deren Mitgliedern (XXX) sowie ihren Bruttoertrag (Fr. XXX.--) von den jeweiligen Gesamtwerten in Abzug zu bringen, was dazu führe, dass Fr. 11'527.-- der abzugeltenden Kosten ungedeckt geblieben seien. Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die SRO des Schweizerischen Treuhänder-Verbands liess sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1. Aufsichtsrechtliche Entscheide der Kontrollstelle GwG können beim Bundesverwaltungsgericht und hernach mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden (vgl. <ref-law>; Art. 31, 32 i.V.m. Art. 33 lit. d VGG [SR 172.32] bzw. Art. 82, Art. 83 i.V.m. 86 Abs. 1 lit. a BGG; <ref-ruling> E. 1 [zum OG]). Die Kontrollstelle GwG wird durch die Eidgenössische Finanzverwaltung geführt (<ref-law>); der angefochtene Akt ist geeignet, den Vollzug der Bundesgesetzgebung (GwG) in deren Aufgabenbereich zu beeinträchtigen. Die Finanzverwaltung ist deshalb befugt, gegen das angefochtene Urteil an das Bundesgericht zu gelangen (vgl. <ref-law> und Art. 5 der Organisationsverordnung vom 11. Dezember 2000 für das Eidgenössische Finanzdepartement, OV-EFD; SR 172.215.1). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist unter Vorbehalt des Feststellungsbegehrens einzutreten: Über die Zulässigkeit der von der Kontrollstelle GwG erhobenen Grundabgabe kann ein Leistungsentscheid ergehen, weshalb die Finanzverwaltung kein schutzwürdiges Interesse an ihrem Feststellungsantrag hat (<ref-ruling> E. 2c S. 303; Urteil 2C_729/ 735/2007 vom 25. Juni 2008, E. 1).
2. 2.1 Nach <ref-law> deckt die von den SRO und DUFI zu erhebende Aufsichtsabgabe die "Aufsichtskosten, soweit sie nicht aus dem Ertrag der Gebühren gedeckt sind"; die Abgabe wird auf der Grundlage der Kosten erhoben, die der Kontrollstelle im Vorjahr entstanden sind. Bei den Selbstregulierungsorganisationen bemisst sich die Abgabe "nach dem Bruttoertrag und der Anzahl Mitglieder" und bei den direkt unterstellten Finanzintermediären nach dem "Bruttoertrag und der Betriebsgrösse" (<ref-law>). Der Bundesrat regelt die Einzelheiten, "namentlich die Gebührenansätze, die anrechenbaren Aufsichtskosten und die Aufteilung der Aufsichtsabgabe unter die Selbstregulierungsorganisationen und die der Kontrollstelle direkt unterstellten Finanzintermediäre" (<ref-law>).
2.2 Die Aufsichtsabgabe setzt sich aus einer Grund- und einer Zusatzabgabe zusammen (Art. 1 Abs. 2 GebV Kst). Sie wird auf der Basis der nicht individuell zurechenbaren Kosten erhoben, die der Kontrollstelle durch die Aufsicht über die Selbstregulierungsorganisationen bzw. über jene der DUFI entstehen, sowie aufgrund des allgemeinen Aufwands (Art. 1 Abs. 3 GebV Kst). Von diesem sind 25 Prozent der Gruppe der direkt unterstellten Finanzintermediäre zuzuordnen (Art. 5 Abs. 1 lit. a GebV Kst); die restlichen 75 Prozent werden "im Verhältnis der Anzahl Selbstregulierungsorganisationen zu Kontrollstelle auf die Gruppe der Selbstregulierungsorganisationen und die Gruppe der direkt unterstellten Finanzintermediäre aufgeteilt" (Art. 5 Abs. 1 GebV Kst).
2.3 Die von den Selbstregulierungsorganisationen zu tragenden Kosten umfassen deren Anteil an den Kosten für den allgemeinen Aufwand nach Art. 5 GebV Kst und die nicht individuell zurechenbaren Kosten, die der Kontrollstelle durch die Aufsicht über die Selbstregulierungsorganisationen entstehen (Art. 6 GebV Kst). Die - im vorliegenden Verfahren allein umstrittene - Grundabgabe beträgt nach Art. 7 Abs. 1 GebV Kst 25 Prozent der Kosten gemäss Art. 6 GebV Kst; diese werden "gleichmässig" auf alle Selbstregulierungsorganisationen verteilt (Art. 7 Abs. 2 GebV Kst). Die Grundabgabe wird durch die Zusatzabgabe ergänzt, die 75 Prozent der Kosten nach Art. 6 GebV Kst ausmacht und sich nach der Anzahl Finanzintermediäre, die der jeweiligen SRO angeschlossen sind (Faktor 0.75), und ihrem Bruttoertrag (Faktor 0.25) berechnet (Art. 8 i.V.m. Art. 11 GebV Kst).
3. 3.1 Das Bundesverwaltungsgericht kam in seinem Urteil zum Schluss, "dass 1. die in Art. 7 GebV Kst geregelte Grundabgabe einer gesetzlichen Grundlage entbehrt, 2. die Verordnung vorsieht, einen relativ hohen Anteil (25 %) durch Grundabgaben zu finanzieren, 3. die Höhe der Grundabgabe - im Gegensatz zu allen übrigen Rechtsgebieten - nicht nach Grösse der SRO differenziert wird, und 4. die Grundabgabe im Fall der kleinsten SRO über 80 % der Aufsichtsabgabe ausmacht"; hieraus werde "ersichtlich", dass der Verordnungsgeber beim Erlass von Art. 7 GebV Kst das ihm in <ref-law> eingeräumte Ermessen überschritten habe. Diese Beurteilung bzw. der damit verbundene Verzicht darauf, die Grundabgabe gemäss Art. 7 GebV Kst zu erheben, und die Aufsichtsabgabe stattdessen ausschliesslich nach den in <ref-law> genannten Kriterien und nach der (berichtigten) Formel von Art. 11 GebV Kst zu berechnen, ist - entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin - nicht bundesrechtswidrig (vgl. zur richterlichen Überprüfung von unselbständigen bundesrätlichen Verordnungen: <ref-ruling> E. 3.2 S. 566 130 I 26 E. 2.2.1 S. 32 mit Hinweisen):
3. 3.1 Das Bundesverwaltungsgericht kam in seinem Urteil zum Schluss, "dass 1. die in Art. 7 GebV Kst geregelte Grundabgabe einer gesetzlichen Grundlage entbehrt, 2. die Verordnung vorsieht, einen relativ hohen Anteil (25 %) durch Grundabgaben zu finanzieren, 3. die Höhe der Grundabgabe - im Gegensatz zu allen übrigen Rechtsgebieten - nicht nach Grösse der SRO differenziert wird, und 4. die Grundabgabe im Fall der kleinsten SRO über 80 % der Aufsichtsabgabe ausmacht"; hieraus werde "ersichtlich", dass der Verordnungsgeber beim Erlass von Art. 7 GebV Kst das ihm in <ref-law> eingeräumte Ermessen überschritten habe. Diese Beurteilung bzw. der damit verbundene Verzicht darauf, die Grundabgabe gemäss Art. 7 GebV Kst zu erheben, und die Aufsichtsabgabe stattdessen ausschliesslich nach den in <ref-law> genannten Kriterien und nach der (berichtigten) Formel von Art. 11 GebV Kst zu berechnen, ist - entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin - nicht bundesrechtswidrig (vgl. zur richterlichen Überprüfung von unselbständigen bundesrätlichen Verordnungen: <ref-ruling> E. 3.2 S. 566 130 I 26 E. 2.2.1 S. 32 mit Hinweisen):
3.2 3.2.1 Die Finanzverwaltung bestreitet die vom Bundesverwaltungsgericht seinem Entscheid zugrunde gelegten Zahlen zu den Konsequenzen der Grundabgabe nach Art. 7 GebV Kst nicht: Bei der SRO mit dem höchsten Bruttoertrag und der höchsten Mitgliederzahl macht sie 10 Prozent der gesamten Aufsichtsabgabe aus, bei der kleinsten indessen 82 Prozent. Diese bezahlt nach dem bundesrätlichen System 2,8 Prozent sämtlicher Aufsichtsabgaben; ohne die Grundabgabe betrüge ihr Anteil hieran 0,6 Prozent. Die grösste SRO trägt demgegenüber 22 Prozent der Aufsichtsabgaben; ohne die Grundabgabe müsste sie 27 Prozent hiervon übernehmen. Relativ grosse Unterschiede bestehen auch hinsichtlich der Kosten, die von den einzelnen SRO - als nicht lukrative Organisationen - auf die ihnen angeschlossenen Finanzintermediäre überwälzt werden müssen: Diese variieren - bei einem Gesamtdurchschnitt von rund Fr. 300.-- pro Finanzintermediär - zwischen Fr. 240.-- und Fr. 1'264.--.
3.2.2 Solche Unterschiede sind geeignet, zu einer relevanten Marktverzerrung unter den SRO und den durch diese beaufsichtigten Finanzintermediären zu führen (vgl. die Erläuterungen zur Verordnung über die Aufsichtsabgabe und die Gebühren der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei, Ziff. 5.5, S. 20) ; sie sprengen deshalb den Delegationsrahmen und die gesetzliche Grundlage von <ref-law>. Das Gesetz teilt die Aufsichtsabgabe selber nicht in eine Grund- und Zusatzabgabe auf; als Berechnungskriterien nennt es ausschliesslich den "Bruttoertrag" und die "Anzahl Mitglieder" der einzelnen SRO. Wenn der Bundesrat gestützt hierauf ein Berechnungsmodell entwickelt hat, bei dem sich in gewissen Fällen die gesetzlichen Kriterien nur gerade (noch) hinsichtlich eines Fünftels der geschuldeten Aufsichtsabgabe auswirken, überschritt er - wie das Bundesverwaltungsgericht ohne Verletzung von Bundes(verfassungs)recht annehmen durfte - den ihm in <ref-law> eingeräumten Gestaltungsspielraum (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008, E. 5).
3.2.2 Solche Unterschiede sind geeignet, zu einer relevanten Marktverzerrung unter den SRO und den durch diese beaufsichtigten Finanzintermediären zu führen (vgl. die Erläuterungen zur Verordnung über die Aufsichtsabgabe und die Gebühren der Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei, Ziff. 5.5, S. 20) ; sie sprengen deshalb den Delegationsrahmen und die gesetzliche Grundlage von <ref-law>. Das Gesetz teilt die Aufsichtsabgabe selber nicht in eine Grund- und Zusatzabgabe auf; als Berechnungskriterien nennt es ausschliesslich den "Bruttoertrag" und die "Anzahl Mitglieder" der einzelnen SRO. Wenn der Bundesrat gestützt hierauf ein Berechnungsmodell entwickelt hat, bei dem sich in gewissen Fällen die gesetzlichen Kriterien nur gerade (noch) hinsichtlich eines Fünftels der geschuldeten Aufsichtsabgabe auswirken, überschritt er - wie das Bundesverwaltungsgericht ohne Verletzung von Bundes(verfassungs)recht annehmen durfte - den ihm in <ref-law> eingeräumten Gestaltungsspielraum (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008, E. 5).
3.3 3.3.1 Soweit die Finanzverwaltung geltend macht, dass auch bei den Kosten im Bereich der Eidgenössischen Bankenkommission eine Grund- und eine Zusatzabgabe erhoben werden, verkennt sie, dass dies dort formellgesetzlich so vorgesehen ist (<ref-law> [SR 952.0]); zudem wird die Höhe der fixen Grundabgabe in diesem Bereich für die verschiedenen Gruppen von Abgabepflichtigen abgestuft und nicht - wie hier - ohne Unterschied pro Kopf berechnet (vgl. Art. 4 EBK-GebV [SR 611.014]). Mit der Grundabgabe wird zwar der Aufwand für die "Sockel"-Aufsicht abgegolten, wie sie regelmässig unabhängig von der jeweiligen Unternehmensgrösse für alle Beaufsichtigten allein aufgrund ihrer Tätigkeit im beaufsichtigten Wirtschaftsgebiet anfällt; die Grundabgabe muss sich indessen dennoch am Äquivalenzprinzip ausrichten, d.h. die einzelnen pauschalen Abgaben dürfen im Vergleich zum allgemeinen Aufsichtsaufwand der betroffenen Gruppe bzw. zur Abgabe der anderen Gruppenmitglieder nicht in einem Missverhältnis stehen, sondern haben sich insgesamt in einem vernünftigen, verursacheradäquaten Rahmen zu bewegen (vgl. HANS-PETER SCHAAD, in: BSK Bankengesetz, Basel/Genf/München 2005, N. 15 und 17 zu Art. 23octies). Dies gilt auch hier. Obwohl gewisse Pauschalisierungen aus Praktikabilitätsgründen erforderlich und zulässig sind, trägt die bundesrätliche Regelung in Art. 7 GebV Kst den Besonderheiten der verschiedenen SRO bei der Grundabgabe zu wenig Rechnung: Der Bruttoertrag der grössten SRO ist fast 12mal höher als jener der kleinsten; die Zahl der angeschlossenen Mitglieder schwankt ihrerseits zwischen einem und 1'680, was eine ausgeglichenere Abstufung der Grundabgabe nötig macht.
3.3.2 Das Bundesverwaltungsgericht hat - zu Recht - nicht die Zulässigkeit der Sockelabgabe als solche in Frage gestellt. Das Geldwäschereigesetz schliesst diese nicht aus; sie darf jedoch im Einzelfall nicht ohne sachlichen Grund und damit in rechtsungleicher, wettbewerbsverzerrender Art einen erheblichen Teil der gesamten Aufsichtsabgabe einer SRO ausmachen, soll den gesetzlichen Vorgaben von <ref-law> angemessen Rechnung getragen werden (vgl. E. 6.8 des angefochtenen Entscheids). Die Aufteilung in eine fixe Grund- und in eine variable Zusatzgebühr muss insgesamt zu einem sachgerechten Ergebnis führen, was bei den hier festgestellten Unterschieden nicht mehr der Fall ist. Das Bundesverwaltungsgericht durfte deshalb die Kostenverteilung für das Jahr 2006 nach den gesetzlichen Kriterien von <ref-law> (in Verbindung mit Art. 11 GebV Kst) berechnen und damit die Unterschiede in einem verfassungs- und gesetzesrechtlich zulässigen Rahmen halten (Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 9). Dem Verordnungsgeber steht es frei, künftig eine andere Regelung zu treffen, soweit er diese verfassungs- und gesetzeskonform ausgestaltet. Es wird am Bundesrat sein, darüber zu befinden, wie er das System neu verursachergerechter aufbauen will.
3.3.3 Nichts anderes ergibt sich aus dem von der Finanzverwaltung angerufenen Bundesgesetz vom 22. Juni 2007 über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMAG; BBl 2007 S. 4625 ff.): Dessen Art. 15 Abs. 3 sieht zwar vor, dass der Bundesrat die Aufsichtsabgabe in eine fixe Grundabgabe und eine variable Zusatzabgabe aufteilen kann; die Regelung steht indessen noch nicht in Kraft und setzt im Übrigen wiederum voraus, dass die Verteilung der Aufsichtskosten trotz der linearen Grundabgabe insgesamt verursachergerecht, rechtsgleich und verhältnismässig erfolgt.
4. 4.1 Die Beschwerde ist insofern begründet, als das Bundesverwaltungsgericht bei der Berechnung der verschiedenen Aufsichtsabgaben übersehen hat, dass wegen der Rechtskraft einer der Verfügungen der Kontrollstelle die von ihm verwendete Berechnungsformel nicht mehr sachgerecht war. Durch die unvollständige Berechnungsweise wurden entgegen dem Willen des Gesetzgebers (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 4.3) nicht alle Kosten der Kontrollstelle berücksichtigt; zudem erfolgte die Berechnung der Abgabe der SRO, welche ihre Aufsichtsgebühr akzeptiert hatte, anders als für die zehn anderen, was sich auf deren Kostenanteil auswirkt und wiederum zu einer rechtsungleichen Behandlung führt (vgl. das Urteil 2C_729/735/2007 vom 25. Juni 2008 E. 9): Die von den SRO für das Jahr 2006 geschuldeten Aufsichtsabgaben müssen für alle Selbstregulierungsorganisationen - unter Einschluss derjenigen, die nicht Beschwerde geführt hat - nach denselben Regeln neu berechnet und auf die einzelnen SRO verteilt werden. Resultiert dabei für die an den Beschwerdeverfahren unbeteiligte SRO ein Betrag, der vom anerkannten abweicht, kann die Differenz wegen der Rechtskraft der entsprechenden Verfügung indessen weder nachgefordert noch erstattet werden; die Kontrollstelle GwG wird zudem berücksichtigen müssen, dass der Betrag der Aufsichtsgebühr den von ihr selber beantragten (Fr. XXX.--) - nicht übersteigen darf (vgl. <ref-law> und das Urteil 2C_729/735/ 2007 vom 25. Juni 2008 E. 10.1).
4.2 Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zur Neuberechnung der einzelnen Abgaben an die Eidgenössische Finanzverwaltung (Kontrollstelle GwG) zurückzuweisen; das Bundesverwaltungsgericht wird allenfalls über eine Neuverteilung seiner Verfahrenskosten zu befinden haben. Für das bundesgerichtliche Verfahren wird die Eidgenössische Finanzverwaltung im Rahmen ihres Unterliegens kostenpflichtig, da sie mit ihrer Beschwerde Vermögensinteressen des Bundes wahrgenommen hat (<ref-law>). Soweit sie obsiegt, muss der Schweizerische Treuhänder-Verband die restlichen Gerichtskosten tragen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet, da dem Beschwerdegegner kein abzugeltender Aufwand entstanden und die Eidgenössische Finanzverwaltung ihrerseits nicht entschädigungsberechtigt ist (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist; das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 7. November 2007 wird teilweise aufgehoben, und die Sache wird zur Neuberechnung im Sinne der Erwägungen an die Eidgenössische Finanzverwaltung, Kontrollstelle zur Bekämpfung der Geldwäscherei, zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 2'000.-- werden mit Fr. 1'500.-- der Eidgenössischen Finanzverwaltung und mit Fr. 500.-- dem Schweizerischen Treuhänderverband auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Oktober 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Hugi Yar