Sachverhalt:
A. X._ (Beschwerdeführerin) ist die Rechtsanwältin von Z._. Diese ist die Mutter von Y._, geboren 1997. Mutter und Kind lebten seit der Trennung der Kindseltern zusammen. Y._ wurde zunächst unter die Obhut der Mutter gestellt und gleichzeitig wurde eine Beistandschaft im Sinne von <ref-law> angeordnet. Ab Spätsommer 2006 zeigte Y._ Verwahrlosungserscheinungen und Auffälligkeiten im Schulunterricht. Im Frühling 2007 erstattete die Schulpflege A._ der Vormundschaftsbehörde A._ eine Gefährdungsmeldung mit der Mitteilung, die Schulpflege sei besorgt über die negative Entwicklung von Y._ und die ablehnende Haltung der Mutter gegenüber der Schulpflege. Sie wies vorab auf dessen Gewaltbereitschaft und das häufige unentschuldigte Fernbleiben von der Schule hin. Am 1. August 2007 hob die Vormundschaftsbehörde die elterliche Obhut der Mutter über ihren Sohn auf und wies Y._ in eine stationäre Einrichtung ein. Gegen diesen Beschluss erhob die Beschwerdeführerin namens der Mutter Beschwerde beim Verwaltungsgericht und beim Bezirksamt Brugg. In der Folge wurde die an das Verwaltungsgericht gerichtete Beschwerde ebenfalls dem Bezirksamt Brugg überwiesen. Am 10. Dezember 2007 wies das Bezirksamt Brugg die Beschwerde(n) ab, es wurde das Gesuch der Mutter um unentgeltliche Rechtspflege gutgeheissen, die Beschwerdeführerin als unentgeltliche Rechtsvertreterin eingesetzt und ihr für das Beschwerdeverfahren vor Bezirksamt Brugg ein Honorar von Fr. 5'732.25 (inkl. MWST) zugesprochen und ausgerichtet.
B. Gegen diesen Entscheid erhob die Beschwerdeführerin namens der Mutter Beschwerde bei der Kammer für Vormundschaftswesen als zweitinstanzliche vormundschaftliche Aufsichtsbehörde des Obergerichts des Kantons Aargau. Sie verlangte die Rückübertragung der Obhut an die Mutter sowie die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung auch für das oberinstanzliche Beschwerdeverfahren. Am 25. April 2008 wies die Kammer für Vormundschaftswesen die Beschwerde ab. Zudem hob sie in Ziffer 2 von Amtes wegen den vorinstanzlichen Entscheid betreffend die Parteientschädigung von Fr. 5'732.25 auf und reduzierte diese auf Fr. 1'538.15. Weiter beauftragte sie die Vorinstanz, den Differenzbetrag von Fr. 4'185.10 zurückzufordern. Die Kammer für Vormundschaftswesen gewährte schliesslich auch für das oberinstanzliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung und sprach der Beschwerdeführerin in Ziffer 5 eine Entschädigung für das oberinstanzliche Verfahren von Fr. 964.10 zu.
C. Gegen diesen Entscheid hat die Beschwerdeführerin im Entschädigungspunkt subsidiäre Verfassungsbeschwerde erhoben mit den Anträgen, die Reduktion der Entschädigung für das erstinstanzliche Beschwerdeverfahren sei ersatzlos aufzuheben und die oberinstanzliche Entschädigung sei auf Fr. 4'245.90 festzusetzen. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid auf dem Gebiet des Kindesschutzes, der gemäss Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 7 i.V. mit <ref-law> grundsätzlich der Beschwerde in Zivilsachen unterliegt. Da ausschliesslich der Entschädigungspunkt angefochten wird und dieser den gemäss <ref-law> verlangten Streitwert nicht erreicht, ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gemäss <ref-law> gegeben. Zur Verfassungsbeschwerde berechtigt ist, wer am kantonalen Verfahren teilgenommen und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (<ref-law>). Der amtlich bestellte Rechtsanwalt wird für seine Bemühungen direkt vom Staat entschädigt und ist insbesondere nicht befugt, sich von der durch ihn verbeiständeten Partei eine zusätzliche Entschädigung auszahlen zu lassen (<ref-ruling> E. 3b S. 325). Somit hat die Beschwerdeführerin ein eigenes rechtlich geschütztes Interesse an der Abänderung des obergerichtlichen Entscheids im Entschädigungspunkt. Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
2. Die von der ersten Gerichtsinstanz festgesetzte Parteientschädigung von Fr. 5'732.25 wurde von keiner Seite angefochten, so dass sie grundsätzlich in Rechtskraft erwuchs. Allerdings können gemäss § 26 VRPG/AG Verfügungen und Entscheide, die der Rechtslage oder den sachlichen Erfordernissen nicht entsprechen, durch die erlassende Behörde oder die Aufsichtsbehörde abgeändert oder aufgehoben werden, wenn wichtige öffentliche Interessen es erfordern. In ihrer Eigenschaft als obere Aufsichtsbehörde hat demnach die Kammer für Vormundschaftswesen die Befugnis, rechtswidrige Entscheide auch zum Nachteil der beschwerdeführenden Partei zu korrigieren, wenn wichtige öffentliche Interessen es erfordern. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz begründe mit keinem Wort, dass und welche wichtigen öffentlichen Interessen diesen Eingriff von Amtes wegen rechtfertigen. Der Einwand trifft insofern zu, als sich die Kammer für Vormundschaftswesen mit den Voraussetzungen einer Korrektur von Amtes wegen nicht auseinandersetzt, sondern lediglich ausführt, sie könne bei jeder ungesetzlichen oder unangemessenen vorinstanzlichen Kostenentscheidung von Amtes wegen eingreifen. Die Annahme, bei jeder unangemessenen Kostenentscheidung erforderten wichtige öffentliche Interessen ein Eingreifen von Amtes wegen ist in dieser allgemeinen Weise unhaltbar. Vielmehr hat sich die Aufsichtsbehörde mit den Voraussetzungen der reformatio in peius auseinanderzusetzen, wenn sie eine solche vornimmt. Dies hat sie im vorliegenden Fall nicht oder zumindest nicht in vertretbarer Weise getan, so dass der Anspruch auf rechtliches Gehör bzw. das Willkürverbot verletzt sind. Die Beschwerde muss bereits aus diesem Grunde gutgeheissen werden.
3. 3.1 Gemäss <ref-law> hat jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. Im vorliegenden Fall ist unbestritten, dass die Voraussetzungen für die Bestellung eines unentgeltlichen Rechtsbeistands erfüllt sind. Umstritten ist ausschliesslich die Höhe der Entschädigung.
3.2 Das Bundesrecht enthält keine Vorschriften über die Höhe der Parteikosten. Auch die nähere Regelung der im Rahmen der unentgeltlichen Rechtspflege tätigen Anwälte, einschliesslich deren Entschädigung, ist Sache des kantonalen Rechts (<ref-ruling> E. 7.2 S. 205 f.). Als Rügegrund im subsidiären Verfassungsbeschwerdeverfahren kommt ausschliesslich die Verletzung verfassungsmässiger Rechte in Betracht (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law>, weil die Vorinstanz das kantonale Recht, nämlich § 3 Abs. 1 Bst. b, § 6 und § 8 Anwaltstarif (AnwT) willkürlich angewendet habe, und sie rügt eine Verletzung von Art. 29 Abs. 2 und 3 BV, weil die Entschädigung für die Verfahren vor Vor- und Vorvorinstanz unhaltbar tief festgesetzt worden sei, die Vorinstanz ihrer Begründungspflicht als Ausfluss des rechtlichen Gehörs nicht nachgekommen sei und weil das Institut der unentgeltlichen Rechtspflege durch eine solche Honorarfestsetzung offensichtlich ausgehöhlt werde.
Dabei ist vorab anzumerken, dass <ref-law> den Anspruch einer Verfahrenspartei auf unentgeltliche Rechtspflege und gegebenenfalls auf Ernennung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes regelt, mithin das Verhältnis zwischen dem Vertretenen und dem Staat, nicht aber dasjenige zwischen dem (unentgeltlichen) Rechtsvertreter und dem Staat. Diese Bestimmung kommt deshalb im Verhältnis zwischen dem Staat und dem Anwalt nicht zum Tragen. Die unentgeltliche Rechtspflege wird durch ein zu tiefes Honorar auch nicht ausgehöhlt, da der Anwalt gegenüber der Prozesspartei kein Honorarforderungsrecht hat.
3.3 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kommt den Kantonen bei der Bemessung des anwaltlichen Honorars ein weites Ermessen zu. Das Bundesgericht kann folglich nur eingreifen, wenn die kantonalen Bestimmungen, welche den Umfang der Entschädigung umschreiben, in Verletzung von <ref-law> willkürlich angewendet werden oder die kantonalen Behörden ihr Ermessen überschreiten oder missbrauchen (<ref-ruling> E. 3a). Darüber hinaus kann die Festsetzung eines Honorars aufgehoben werden, wenn sie ausserhalb jedes vernünftigen Verhältnisses zu der vom Anwalt geleisteten Arbeit steht und in krasser Weise gegen das Gerechtigkeitsgefühl verstösst (<ref-ruling> E. 2b). Bei der Beurteilung einer konkreten Honorarfestsetzung ist auf die Umstände des Einzelfalles abzustellen (<ref-ruling> E. 2b), mithin insbesondere auf die Bedeutung und Schwierigkeit der Sache sowie auf die damit für den Anwalt verbundene Verantwortung und die von ihm in gebotener Weise aufgewendete Zeit (<ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 3a).
4. 4.1 Im Verfahren vor dem Bezirksamt Brugg reichte die Beschwerdeführerin ihr Stundenblatt sowie ihre Kostennote ein, welche ein Honorar von Fr. 7'315.-- (total 33.25 Stunden gemäss Stundenblatt à Fr. 220.--) plus Auslagen und Mehrwertsteuer auswies. Das Bezirksamt Brugg stiess bei der Durchsicht der Kostennote auf etliche Positionen, die es nicht akzeptieren konnte und gewährte der Beschwerdeführerin dazu das rechtliche Gehör, welches von ihr wahrgenommen wurde. Anschliessend nahm das Bezirksamt Brugg konkrete Korrekturen am Stundenblatt vor und gelangte bei einem Stundenansatz von Fr. 220.-- zu einem Honorar von Fr. 5'115.-- zuzüglich Auslagen und Mehrwertsteuer, was ein Gesamthonorar von Fr. 5'723.-- ausmachte. Zur Begründung führte das Bezirksamt aus, die Beschwerdeführerin habe in der fraglichen Zeit nicht nur das entschädigungsberechtigte Beschwerdeverfahren, sondern auch noch Gespräche mit der Vormundschaftsbehörde, dem Kinderheim usw. geführt, welche Vorkehren nicht zu vergüten seien. Zudem habe die Beschwerdeführerin eine unnötige Beschwerde an das Verwaltungsgericht gerichtet. Mangels expliziter Ausscheidung müsse das Bezirksamt den Aufwand anhand des Stundenblatts schätzen. Das Bezirksamt strich etliche Positionen, die es als unnötig oder nicht zum Beschwerdeverfahren gehörig einschätzte und gelangte schliesslich zu 1'395 entschädigungspflichtigen Minuten (gut 23 Stunden). Die Beschwerdeführerin focht diesen Entscheid nicht an.
4.2 Das Obergericht ging im angefochtenen Entscheid vom Anwaltstarif aus (Dekret über die Entschädigung der Anwälte vom 10. November 1987; AnwT; SAR 291.150). Gemäss § 10 AnwT bemisst sich die Entschädigung des unentgeltlichen Rechtsvertreters nach den §§ 3 - 9 AnwT, in welchen Bestimmungen die ordentlichen Entschädigungen geordnet sind. In Zivil- und Verwaltungsverfahren ohne Streitwert beträgt die Grundentschädigung gemäss § 3 lit. b AnwT je nach Bedeutung und Schwierigkeit des Falles Fr. 1'210.-- bis Fr. 14'740.--. Das Obergericht führte dazu aus, das Verfahren vor den vormundschaftlichen Aufsichtsbehörden sei seiner Natur nach ein einfaches Verfahren, in welchem aufgrund der Untersuchungsmaxime der Sachverhalt von Amtes wegen abzuklären sei, wobei die Aufsichtsbehörden jederzeit auch von Amtes wegen einschreiten könnten, die Verfahrenspartei also praktisch kein Verfahrensrisiko zu tragen habe. Es erachte daher in einem solchen Beschwerdeverfahren ein Grundhonorar von Fr. 1'210.-- als angemessen, das dann, wenn die Verfahrenspartei bereits in der Vorinstanz durch einen Anwalt vertreten gewesen sei, auf 50 %, also Fr. 605.-- herabgesetzt werde (§ 8 AnwT). Eine höhere Entschädigung falle nur dann in Betracht, wenn das Grundhonorar den notwendigen Arbeitsaufwand nicht abzudecken vermöge. Die Anwältin der Beschwerdeführerin sei im Beschwerdeverfahren vor Bezirksamt Brugg für ihre Beschwerde vom 13. August 2007 sowie für die "unnötig veranlasste" Replik zu entschädigen. Die Beschwerdeführerin habe sich in Missachtung der Rechtsmittelbelehrung nicht nur beim Bezirksamt beschwert, sondern zudem Beschwerde an das Verwaltungsgericht eingereicht, wofür sie nicht zu entschädigen sei. Es handle sich um einen Regelfall. Die zu entschädigenden Rechtsvorkehren im erstinstanzlichen Beschwerdeverfahren, welches ohne Parteiverhandlung durchgeführt worden sei, habe in Instruktion, Aktenstudium und der Abfassung der Beschwerde gemäss Rechtsmittelbelehrung sowie der Stellungnahme vom 5. November 2007 bestanden und sei mit dem Honorarbetrag von Fr. 1'210.-- angemessen abgegolten. Entsprechend korrigierte das Obergericht den erstinstanzlichen Beschwerdeentscheid von Amtes wegen.
4.3 Die Beschwerdeführerin rügt Willkür. Das Bezirksamt Brugg habe den Stundenansatz auf Fr. 220.-- festgesetzt, was von der Vorinstanz nicht als zu hoch beanstandet werde. Dem zugesprochenen Grundhonorar entsprächen daher rund 5.5 Stunden Arbeit. Die Rüge ist begründet. Auch wenn der Stundenansatz auf ein verfassungsrechtlich gerade noch haltbares Minimum herabgesetzt würde, ist offensichtlich, dass die von der Beschwerdeführerin geleistete notwendige Arbeit nicht innert der ihr vergüteten Zeit erbracht werden kann. Die Vorinstanz hat sich mit dem vom Bezirksamt Brugg (auch wegen der unnötigen Eingabe an das Verwaltungsgericht) bereits gekürzten Stundenblatt der Beschwerdeführerin nicht auseinandergesetzt. Auch wenn dort allenfalls willkürfrei weitere Kürzungen vorgenommen werden können, weil die Beschwerdeführerin den Aufwand für das Beschwerdeverfahren nicht explizit ausgeschieden hat, ist doch offensichtlich, dass der Aufwand nicht ohne Willkür über die vom Bezirksamt bereits gekürzten gut 23 Stunden derart weiter gekürzt werden kann, dass eine Entschädigung von Fr. 1'210.-- (exkl. Auslagen und MWST) als vertretbar erscheint. Immerhin hat die Beschwerdeführerin ihren Aufwand für das Studium der recht umfangreichen Akten, für die Instruktion der kroatischen Beschwerdeführerin, die wegen der sprachlichen, kulturellen und rechtlichen Unterschiede zu ihrem Herkunftsland recht aufwändig war, für das Beschaffen von Beweismitteln, für die rechtlichen Abklärungen, für die übliche verfahrensnotwendige Korrespondenz und schliesslich für das Abfassen von zwei vom Bezirksamt verlangten Rechtsschriften im Einzelnen ausgewiesen. Zudem handelt es sich beim Entzug der Obhut, der Wegnahme des Kindes und dessen Unterbringung in eine stationäre Einrichtung um einen schwerwiegenden Vorgang, der seitens der Anwältin zwar ohne unnötigen Aufwand, aber doch mit Sorgfalt zu begleiten ist.
4.4 Nach dem Gesagten erweist sich die pauschale Abgeltung der anwaltlichen Leistungen für das erstinstanzliche Beschwerdeverfahren mit Fr. 1'210.-- als willkürlich, weil sie in einem offensichtlichen Missverhältnis zur geleisteten notwendigen Arbeit steht. Entsprechend ist auch die Entschädigung für das obergerichtliche Verfahren, welche gemäss Art. 8 AnwT (50 - 100 % des erstinstanzlichen Verfahrens) auf Fr. 800.-- festgesetzt wurde, aufzuheben und die Sache ist an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückzuweisen.
5. Der Kanton Aargau hat keine Verfahrenskosten zu tragen (<ref-law>). Dagegen hat er die obsiegende Beschwerdeführerin angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfassungsbeschwerde wird gutgeheissen und die Ziffern 2 und 5 des Entscheids des Obergerichts des Kantons Aargau, Kammer für Vormundschaftswesen, vom 25. April 2008 werden aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Aargau hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. August 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Schett