Sachverhalt:
A. E._, geboren 1989, bezog für die Folgen von Geburtsgebrechen verschiedentlich Leistungen der Invalidenversicherung. Insbesondere übernahm die IV-Stelle des Kantons Aargau die Kosten für ambulanten Sprachheilunterricht, richtete Pflegebeiträge aus und kam für Sonderschulmassnahmen auf. Mit Verfügung vom 26. Januar 2001 sprach die IV-Stelle E._ eine ambulante Psychotherapie vom 1. Oktober 2000 bis 31. März 2001 wegen Verhaltensstörung zu. Eine weitere Kostengutsprache für ambulante Psychotherapie für die Zeit vom 12. März 2002 bis 28. Februar 2005 verfügte die IV-Stelle am 6. Juni 2003. Am 1. August 2006 begann E._ eine erstmalige berufliche Ausbildung zur hauswirtschaftlichen Mitarbeiterin in der hauswirtschaftlichen Ausbildungsstätte H._, für welche die IV-Stelle am 1. Mai 2006 Kostengutsprache erteilt hatte. Am 18. August 2006 liess E._, vertreten durch ihre Mutter, auf Grund ihrer "sehr labilen psychischen Verfassung" um erneute Kostenübernahme für eine ambulante Psychotherapie ersuchen. Die IV-Stelle holte Berichte ein bei der Stiftung Y._ vom 25. September 2006, sowie beim Kinder- und Jugendpsychiatrischen Dienst (im Folgenden: KJPD; Dr. med. W._ und Psychologin R._), vom 26. Januar 2007. Zudem veranlasste sie eine Stellungnahme ihres RAD (Dr. med. G._) vom 14. Februar 2007. Mit Vorbescheid vom 21. Februar 2007 stellte die IV-Stelle die Ablehnung des Leistungsbegehrens in Aussicht und verfügte am 18. April 2007 entsprechend.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde der durch den KJPD vertretenen E._ hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 11. März 2008 gut, hob die Verfügung vom 18. April 2007 auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit diese im Sinne der Erwägungen den Umfang des Anspruchs auf die Psychotherapie verfügungsweise festsetze.
C. Die Sozialversicherungsanstalt Aargau (im Folgenden: SVA) führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides.
Das Bundesamt für Sozialversicherungen schliesst sich dem Antrag der SVA an. Vorinstanz und E._ verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin hat den Kostenvorschuss einen Tag nach Ablauf der ihr mit Verfügung vom 20. Mai 2008 gesetzten Frist bezahlt. Da ihr gestützt auf Art. 62 Abs. 3 BGG bei unbenütztem Fristablauf eine Nachfrist zur Bezahlung hätte angesetzt werden müssen, ist die Beschwerde trotz verspäteter Einzahlung gültig. Die Beschwerde gegen den vorinstanzlichen Rückweisungsentscheid ist zulässig (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG; <ref-ruling> E. 5.2). Da auch die übrigen formellen Gültigkeitserfordernisse gegeben sind, ist darauf einzutreten.
2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist auf Grund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene kantonale Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht verletzt (Art. 95 lit. a-c BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Hingegen hat unter der Herrschaft des BGG eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides in tatsächlicher Hinsicht zu unterbleiben (<ref-ruling> E. 2.2 S. 396).
3. 3.1 Streitig und zu prüfen ist der Anspruch der Beschwerdegegnerin auf Übernahme der ambulanten Psychotherapie durch die Invalidenversicherung während der beruflichen Ausbildung (vorgesehen gewesen auf 31. Juli 2008).
3.2 Im angefochtenen Entscheid werden die Rechtsgrundlagen zum Anspruch auf medizinische Massnahmen der Invalidenversicherung zutreffend dargelegt. Es betrifft dies Art. 12 IVG (in der bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassung) sowie Art. 5 Abs. 2 IVG und Art. 8 Abs. 2 ATSG und die hierzu ergangene Rechtsprechung (insbesondere <ref-ruling> E. 4.2 S. 21 mit Hinweisen). Korrekt ist namentlich, dass eine therapeutische Vorkehr, deren Wirkung sich in der Unterdrückung von Symptomen erschöpft, nicht als medizinische Massnahme im Sinne des Art. 12 IVG gelten kann, selbst wenn sie im Hinblick auf die schulische und erwerbliche Eingliederung unabdingbar ist. Denn eine solche dient weder der Herbeiführung eines stabilen Zustandes, in welchem vergleichsweise erheblich verbesserte Voraussetzungen für die spätere Ausbildung und Erwerbsfähigkeit bestehen, noch ändert sie etwas am Fortdauern eines labilen Krankheitsgeschehens und dient dementsprechend nicht der Verhinderung eines stabilen pathologischen Zustandes. Deswegen genügt eine günstige Beeinflussung der Krankheitsdynamik allein nicht, wenn eine spontane, nicht kausal auf die therapeutische Massnahme zurückzuführende Heilung zu erwarten ist, oder wenn die Entstehung eines stabilen Defekts mit Hilfe von Dauertherapie lediglich hinausgeschoben werden soll (Urteil I 501/06 vom 29. Juni 2007 E. 5.2, in: SVR 2008 IV Nr. 16 S. 46). Ein Zustand, der sich nur dank therapeutischer Massnahmen einigermassen im Gleichgewicht halten lässt, ist keine stabile Folge von Krankheit, Unfall oder Geburtsgebrechen. Ein solcher Zustand ist zwar, solange er im Gleichgewicht bewahrt werden kann, stationär, nicht aber im Sinne der Rechtsprechung stabil (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichtes I 115/98 vom 26. Februar 1999 E. 2d, in: AHI 1999 S. 127 f.). Um eine von der Invalidenversicherung nicht zu übernehmende Behandlung des Leidens an sich geht es somit in der Regel bei der Heilung oder Linderung eines labilen pathologischen Geschehens. Eine Psychotherapie bei Minderjährigen kann von der Invalidenversicherung nur übernommen werden, wenn sie keinen Dauercharakter hat, also nicht - wie dies etwa bei Schizophrenien oder manisch-depressiven Psychosen zutrifft - zeitlich unbegrenzt erforderlich sein wird (Urteil I 302/05 vom 31. Oktober 2005 E. 3.2.1).
4. Die Versicherte leidet seit vielen Jahren an psychischen Problemen, die sich zunächst in Verhaltensauffälligkeiten manifestierten (Bericht der Heilpädagogischen Schule O._ vom 25. September 2000 sowie der Psychologin T._ vom 14. Dezember 2000). In der Folge traten ein depressives Stimmungsbild, psychosomatische Symptome (Ekzem), autoaggressive Verhaltensweisen (Schneiden) und Anzeichen von Essstörungen auf (Bericht der Dres. med. Z._ und S._, Stiftung Y._, vom 23. Dezember 2002). Eine am 17. Februar 2003 aufgenommene Psychotherapie konnte am 26. Oktober 2004 beendet werden, da sich der Zustand der Versicherten stark gebessert hatte. Bereits im November 2005 wurde indes eine erneute Psychotherapie notwendig, weil massive Störungen aufgetreten waren (autoaggressive Verhaltensweisen [Schneiden], Suizidgedanken, provokatives Verhalten [die Beschwerdegegnerin stieg mehrere Male auf das Dach des Schulhauses und sagte, dass sie nicht mehr leben wolle], Absenzen, Nachahmen verschiedener Krankheitsbilder [u.a. epileptischer Anfälle]). Die behandelnde Dr. med. Z._ diagnostizierte eine frühkindliche Störung, eine emotionale Verwahrlosung, eine massive Verunsicherung im Bindungs- und Kontaktverhalten sowie eine Identitätsproblematik. Hinsichtlich der Prognose führte Dr. med. Z._ aus, die Versicherte müsse weiterhin die Möglichkeit haben, psychotherapeutisch behandelt zu werden; sie befinde sich in einer akuten Identitätskrise und es bestehe weiterhin die Gefahr des Ausagierens und der Selbstgefährdung (Bericht vom 25. September 2006).
Am 18. August 2006 begab sich die Beschwerdegegnerin beim KJPD in jugendpsychiatrische Abklärung. In ihrem Bericht vom 26. Januar 2007 diagnostizierten Frau Dr. med. W._ und Psychologin R._ Folgendes:
"1. Achse dissoziative Störung F 44.8
Somatisierungsstörung F45.2
2. Achse kombinierte Entwicklungsstörung schulischer Fertigkeiten
F81.3
3. Achse knapp durchschnittliche intellektuelle Fähigkeit (4) - klinisch
beurteilt
4. Achse Ausschluss einer Epilepsie März 06 KSA, Neurologie
Differenzialdiagnose:
- Verdacht auf emotional instabile Persönlichkeitsstörung F60.3
weitere Diagnosen:
- Status nach Automutilation."
Auf die Frage nach Behandlungsplan und Prognose führten sie aus, die Versicherte sei auf ein Sicherheit, Stabilität, Struktur und Konstanz gewährleistendes soziales Umfeld angewiesen. Der aktuelle Behandlungsplan sehe medikamentöse und jugendpsychiatrisch psychotherapeutische Behandlung sowie Beratung der Bezugspersonen vor. Die kontinuierliche Fortsetzung der medizinischen Massnahmen während der Ausbildungsphase sei massgebende Voraussetzung für die Fortsetzung und Beendigung der Ausbildung.
In ihrer Stellungnahme vom 14. Februar 2007 vertrat RAD-Ärztin Dr. med. G._ die Auffassung, es handle sich um ein komplexes psychiatrisches Krankheitsbild und "damit klar ganz überwiegend um Leidensbehandlung". Mit Schreiben vom 11. Mai 2007 führte der stellvertretende Heimleiter der hauswirtschaftlichen Ausbildungsstätte H._ aus, die weiterdauernde regelmässige Psychotherapie sei eine Voraussetzung für die Aufnahme der Versicherten in die zweijährige praktische Anlehre gewesen. Die Therapie habe sich als sehr richtig und unbedingt nötig erwiesen, da bereits kurz nach Ausbildungsbeginn erste Schwierigkeiten aufgetreten seien. Ohne psychotherapeutische Begleitung wäre die Fortsetzung der Ausbildung nicht möglich, da der hauswirtschaftlichen Ausbildungsstätte H._ das psychiatrisch ausgebildete Personal fehle.
In ihrer Beschwerde an die Vorinstanz verdeutlichte Frau Dr. med. W._, die Versicherte sei auf kontinuierliche und regelmässige psychotherapeutische Unterstützung angewiesen; die erforderlichen beruflichen Leistungen könnten nur bei Konstanz und Sicherheit im Umfeld und mit therapeutischer Begleitung erbracht werden. Ohne flankierende Psychotherapie wäre die berufliche Massnahme gar nicht durchführbar. Therapieziele seien die Stabilisierung der emotionalen und kognitiven Befindlichkeit sowie die Verbesserung der Kommunikations- und Beziehungsfähigkeit im Hinblick auf die Ermöglichung der durch die Invalidenversicherung vermittelten und finanzierten Ausbildung. Weiter ziele die Behandlung (Einzelpsychotherapie; medikamentöse Behandlung mit Psychopharmaka [Remeron und Risperdal]) darauf ab, die bereits chronifizierten psychischen Störungen im Rahmen der Ausbildung zu mindern, damit diese nicht in einen späteren stabilen Defekt einmündeten. Die Massnahmen seien voraussichtlich bis zum Abschluss der Ausbildung (Sommer 2008) erforderlich. Die Behandlung des Leidens an sich stehe ganz im Hintergrund. Zwar wäre ohne die berufliche Problematik eine Behandlung der psychischen Schwierigkeiten empfehlenswert; bezüglich des Leidens an sich fehle es aber an einer für die Behandlungsmotivation ausreichenden Introspektionsfähigkeit.
5. Es besteht kein Zweifel, dass die Versicherte auf die psychotherapeutische Behandlung dringend angewiesen ist. Die begleitende ambulante Psychotherapie ist nach Einschätzung der medizinischen Fachpersonen, wie auch der Heimleitung der hauswirtschaftlichen Ausbildungsstätte H._, für die ausbildungsmässige und (nachfolgende) erwerbliche Eingliederung sogar unabdingbare Voraussetzung, so dass deren massgeblicher Einfluss auf die ausbildungsmässige und spätere erwerbliche Eingliederung ohne weiteres bejaht werden kann. Indes ist der überwiegende Eingliederungscharakter der Massnahme damit nicht erstellt.
Soweit die Vorinstanz gestützt auf die Einschätzungen der Frau Dr. med. W._ erwog, es sei überwiegend wahrscheinlich, dass die psychotherapeutische Behandlung ohne die berufliche Erstausbildung nicht zwingend erforderlich wäre, hält ihre Beweiswürdigung vor Bundesrecht nicht stand. Die in der vorinstanzlichen Beschwerde vorgetragene Argumentation der Frau Dr. med. W._ steht in klarem Widerspruch zu den Einschätzungen der übrigen mit der Beschwerdegegnerin betrauten medizinischen Fachpersonen. Die ausführliche Dokumentation der Leidensgeschichte zeigt, dass die Versicherte krankheitsbedingt insbesondere mit Belastungssituationen nicht adäquat umgehen kann. Solche Situationen werden sich indes nicht auf die Ausbildungszeit beschränken, sondern die Beschwerdegegnerin wird auch nach deren Abschluss - und zeitlebens - sowohl im Berufsalltag als auch im Privatleben mit Belastungen konfrontiert sein. Die letztinstanzlich ins Recht gelegten Akten können als unzulässige Noven nicht mehr berücksichtigt werden (Art. 99 Abs. 1 BGG). Selbst wenn sie Beachtung finden könnten, sprächen sie indessen ebenfalls klar gegen die Einschätzung der Frau Dr. med. W._. Der Umstand, dass die Versicherte am 24. September 2007 bereits zum dritten Mal in suizidaler Absicht Tabletten eingenommen hatte und deswegen vom 25. September bis 2. November 2007 in der Psychiatrischen Klinik C._ hospitalisiert gewesen war, bestätigt eindrücklich, dass die medizinische Massnahme auch ohne "berufliche Problematik" nicht nur empfehlenswert, sondern absolut notwendig (gewesen) wäre und eine kontinuierliche begleitende Psychotherapie nicht nur voraussichtlich bis zum Abschluss der Ausbildung erforderlich, sondern - in Würdigung der bisherigen Leidensgeschichte - auf lange Zeit hinaus unabdingbar sein dürfte. Darüber hinaus erschöpft sich die Therapie hauptsächlich in der Unterdrückung von Symptomen durch "stabilisierende Interventionen" und bezweckt, einem stabilen Defekt entgegenzuwirken (wobei es der Beschwerdegegnerin an der für eine Behandlungsmotivation ausreichenden Introspektionsfähigkeit fehlt; Beurteilung der Frau Dr. med W._ vom 21. Mai 2007 [Beschwerde im vorinstanzlichen Verfahren]). Zwar wird dadurch die Krankheitsdynamik immer wieder zeitweilig günstig beeinflusst, am Fortdauern des labilen Krankheitsgeschehens ändert die Psychotherapie aber nichts. Dementsprechend dient sie auch nicht der Verhinderung eines stabilen pathologischen Zustandes. Damit sind die Voraussetzungen für eine Übernahme der ambulanten Psychotherapie gestützt auf Art. 12 IVG nicht erfüllt.
6. Auf die Erhebung von Gerichtskosten wird ausnahmsweise verzichtet (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die obsiegende Beschwerdeführerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (Art. 66 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 11. März 2008 wird aufgehoben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, der Ausgleichskasse des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Dezember 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle