Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ mit Urteil vom 5. November 2008 zweitinstanzlich schuldig des gewerbsmässigen Betrugs, der mehrfachen qualifizierten Veruntreuung, der mehrfachen Urkundenfälschung sowie der Unterdrückung von Urkunden. Es verurteilte sie zu einer Freiheitsstrafe von 5 Jahren unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft von 11 Tagen.
Zugleich sprach das Obergericht X._ insbesondere von den Anklagen des Betrugs und der Urkundenfälschung in mehreren Punkten frei (betreffend die Anklageziffern 28.3., 28.4., 28.5., 28.7., 28.10., 28.11., 28.14., 28.15., 28.16., 28.17., 28.21., 28.22., 28.24., 28.26., 28.28., 28.30., 28.32., 28.33., 28.34., 28.36., 28.38., 28.43., 28.44., 28.45., 29. und 30.).
B. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, sie sei vom Vorwurf der mehrfachen Urkundenfälschung (betreffend die Anklageziffern 28.0, 28.12., 28.13., 28.39. und 28.40.), des gewerbsmässigen Betrugs (betreffend die Anklageziffern 28.0, 28.12., 28.13., 28.39., 28.40., 32.8., 28.1., 28.8., 28.18. und 28.29.) und der mehrfachen qualifizierten Veruntreuung (betreffend die Anklageziffern 32.9., 32.10., 32.12., 32.16., 32.17., 32.18., 32.19., 32.25., 32.26., 32.27., 32.28., 32.31. und 32.33.) freizusprechen und zu einer bedingten respektive teilbedingten Freiheitsstrafe zu verurteilen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich und das Obergericht des Kantons Zürich haben auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz betreffend verschiedene Anfangsinvestitionen in die B._ AG sowie betreffend eine weitere Transaktion eine willkürliche Beweiswürdigung (Art. 9 BV), die Verweigerung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) und eine Verletzung der Unschuldsvermutung (Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK) vor.
1.1 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und substanziiert begründet worden ist. Die Beschwerdeführerin hat sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinanderzusetzen (Art. 106 Abs. 2 und Art. 42 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.2 S. 234 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f. mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 1 S. 287). Genügt die Beschwerde diesen Anforderungen nicht, ist darauf nicht einzutreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
Betreffend die Beweiswürdigung ist die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür im Sinne von Art. 9 BV beschränkt. Eine solche liegt nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung einzig vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht bzw. im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung der Beschwerdeführerin nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung auch vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f. mit Hinweisen).
Der in Art. 29 Abs. 2 BV gewährleistete Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt, dass die Behörden die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hören, prüfen und in der Entscheidfindung berücksichtigen. Die Begründungspflicht und der Anspruch auf Begründung sind nicht dadurch verletzt, dass sich die urteilende Behörde nicht mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 4.1. S. 88; <ref-ruling> E. 3a S. 51, 241 E. 2 S. 242; je mit Hinweisen).
Der in Art. 29 Abs. 2 BV gewährleistete Anspruch auf rechtliches Gehör verlangt, dass die Behörden die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hören, prüfen und in der Entscheidfindung berücksichtigen. Die Begründungspflicht und der Anspruch auf Begründung sind nicht dadurch verletzt, dass sich die urteilende Behörde nicht mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 4.1. S. 88; <ref-ruling> E. 3a S. 51, 241 E. 2 S. 242; je mit Hinweisen).
1.2 1.2.1 Die hier interessierenden Anfangsinvestitionen in die B._ AG (Transaktionen Nr. 12, 13, 39, 40, 53, 54, 55, 57, 61, 62, 63, 64, 70, 71, 72, 73, 76 gemäss Anklageschrift vom 31. Oktober 2005) erfolgten in der Zeit ab Oktober 1999 bis Juni 2000 vom Konto des Geschädigten A._ bei der C._ Bank respektive ab dem Konto seiner Gesellschaft D._ Ltd. Der Beschwerdeführerin wird zur Last gelegt, die Firmengruppe der B._ AG ohne Wissen und Genehmigung des Geschädigten A._ aus dessen Mitteln gekauft zu haben. Zur Auslösung von Transaktionen fälschte die Beschwerdeführerin eine Vielzahl von Unterschriften des Geschädigten, was die Beschwerdeführerin einräumt. Sie will aber das Investment in die B._ AG-Gruppe zu Beginn mit Wissen und Einverständnis des Geschädigten getätigt haben.
1.2.2 Die von der Beschwerdeführerin gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung erhobenen Einwände (Beschwerde S. 10 - 48) haben grösstenteils appellatorischen Charakter. Sie wiederholt in ihrer Beschwerdeschrift über weite Strecken einzig ihre bereits im kantonalen Verfahren vorgebrachten Tatsachenbehauptungen und stellt damit der Würdigung der Vorinstanz lediglich ihre eigene Sicht der Dinge gegenüber, ohne zu erörtern, inwiefern der angefochtene Entscheid (auch) im Ergebnis verfassungswidrig sein sollte. Zudem rügt die Beschwerdeführerin mehrmals Erwägungen der Vorinstanz, die sie jedoch nicht richtig respektive nicht vollständig wiedergibt.
1.2.2.1 Die Beschwerdeführerin bringt beispielsweise vor, stets dargelegt zu haben, die B._ AG in eigenem Namen gekauft zu haben. Die Vorinstanz gehe hingegen aktenwidrig davon aus, dass sie die B._ AG für den Geschädigten (als Eigentümer) mit dessen Geld gekauft habe und dass auch Entsprechendes zur Verteidigung vorgetragen worden sei (Beschwerde S. 10 ff.). Diese Rüge ist unzutreffend. Aus den vorinstanzlichen Erwägungen (S. 113), welche die Beschwerdeführerin wörtlich zitiert, geht vielmehr hervor, dass die Ausführungen der Beschwerdeführerin, dem Geschädigten A._ Geld aus dem Kauf der B._ AG zu schulden, nur dann schlüssig seien, wenn die Beschwerdeführerin die B._ AG für sich gekauft habe. Da nie behauptet worden sei, der Geschädigte A._ habe der Beschwerdeführerin einen Kredit für die Finanzierung dieses Investments gewährt, habe der Kauf der B._ AG auch nicht mit seinem Wissen und Einverständnis erfolgen können. Mithin habe die Beschwerdeführerin die B._ AG für sich und, mangels Darlehens, ohne Wissen und Einwilligung des Geschädigten A._ gekauft. Soweit die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe im Widerspruch zu Dokumenten die Annahme einer Kreditgewährung für den Kauf der B._ AG-Gruppe willkürlich verworfen, setzt sie sich nicht mit den entsprechenden Erwägungen der Vorinstanz (angefochtenes Urteil S. 125 ff.) auseinander.
1.2.2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Aussagen des Geschädigten A._ seien nicht verwertbar. Dies habe sie bereits vor Vorinstanz vorgetragen, was in Verletzung ihres rechtlichen Gehörs nicht berücksichtigt worden sei. Zur Begründung bringt sie beispielsweise vor, der Geschädigte habe wahrheitswidrig die Ausstellung zweier Checks in der Höhe von USD 5 Mio. respektive DEM 10 Mio. bestritten. Auch habe er einen Rücktritt aus dem Verwaltungsrat der E._ AG verneint, obwohl das Rücktrittsschreiben seine Originalunterschrift getragen habe (Beschwerde S. 14 ff.). Dies ist indes keine Frage des rechtlichen Gehörs. Was die Beschwerdeführerin hier in diesem Zusammenhang vorbringt, geht nicht über die - nicht hinreichend begründete - Rüge willkürlicher Beweiswürdigung hinaus.
1.2.2.3 Der Geschädigte A._ sowie die Rechtsanwälte F._ und G._ führten als Zeugen respektive Auskunftspersonen aus, die Beschwerdeführerin habe anlässlich einer Besprechung am 26. Juni 2002 "kleinlaut" zugegeben, das B._ AG-Investment ohne Kenntnis und Einwilligung des Geschädigten A._ getätigt zu haben. Die Beschwerdeführerin macht geltend, der Umstand, dass drei Zeugen das Wort "kleinlaut" gebrauchen würden, indiziere eine Absprache derart stark, dass es willkürlich sei, wenn die Vorinstanz im Ergebnis eine Absprache nicht ausschliesse. Weiter sei die Vorinstanz in Verletzung ihres rechtlichen Gehörs mit keinem Wort auf die Argumentation eingegangen, wonach Rechtsanwalt F._ zeitlich vor A._ befragt worden sei und die Einvernahme von Rechtsanwalt G._ erst einen Monat später stattgefunden habe. Schliesslich tauche das Wort "kleinlaut" in den übrigen Untersuchungsakten nicht auf. Diese Argumentation vor Vorinstanz sei wesentlich, nachdem die erste Instanz die Kongruenz der Aussagen mit einer Übersetzung vom Schweizerdeutsch ins Hochdeutsch begründet habe (Beschwerde S. 19 ff.). Diese Vorbringen überzeugen nicht. Unzutreffend ist, dass das Bezirksgericht Zürich die gleich lautenden Aussagen einzig mit einer Übersetzung im genannten Sinne in Zusammenhang gebracht hat. Vielmehr hat es erwogen, dass eine entsprechende Übersetzung zwar nicht auszuschliessen sei, im Übrigen übereinstimmende Aussagen nicht bedeuten würden, dass eine Absprache stattgefunden habe. Insbesondere lägen keine weiteren Anhaltspunkte für eine Absprache vor. Vielmehr würde die Sachverhaltsschilderung durch H._ bestätigt (erstinstanzliches Urteil S. 30 f.). Die erste Instanz hat mithin die Möglichkeit einer Absprache verworfen, selbst wenn das Wort "kleinlaut" tatsächlich dreimal anlässlich der Einvernahmen gefallen sein sollte. Vor diesem Hintergrund konnte die Vorinstanz willkürfrei auf die erstinstanzlichen Erwägungen verweisen und auf weitere Vorbringen nicht näher eingehen. Die Vorinstanz hat im Übrigen die Ausführungen betreffend die Reihenfolge der Einvernahmen entgegengenommen und als gesucht und wenig überzeugend gewürdigt. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor. Ebenso wenig verletzt die vorinstanzliche Würdigung des Schreibens von Rechtsanwalt I._ vom 18. Oktober 2002, die sich entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht auf formelle Aspekte beschränkt, die in Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK verankerte Maxime "in dubio pro reo". Das Bundesgericht hat diesen aus der Unschuldsvermutung abgeleiteten Grundsatz im Sinne einer Beweiswürdigungsregel wiederholt dargelegt, worauf zu verweisen ist (<ref-ruling> E. 2a S. 41 mit Hinweisen; Urteil 6P.27/2006 vom 27. November 2006 E. 1, in: sic! 6/2007 S. 462 f.; Urteil 6B_305/2009 vom 16. September 2009 E. 1.4).
1.2.2.4 Am 8. Oktober 1999 kaufte die Beschwerdeführerin namens der zu gründenden K._ AG sämtliche Aktien der B._ AG-Gruppe. Der Geschädigte A._ unterzeichnete eine "Vereinbarung über die Verpfändung des Depot / Konto's Nr. 837584-22 lautend auf D._ Ltd. zu Gunsten der neu zu gründenden K._ AG" (vorinstanzliche Akten pag. 050030). Die Vorinstanz hat, unter Hinweis auf die ausführlichen erstinstanzlichen Erwägungen, die Umstände des Zustandekommens dieses Vertrags dargelegt und gewürdigt. Sie hat insbesondere erwogen, der Geschädigte A._ habe die auf den 1. Oktober 1999 datierte Vereinbarung frühestens am 8. Oktober 1999 unterzeichnet, dies in der Annahme, eine Interessenserklärung für einen möglichen Geschäftsabschluss, nicht jedoch die definitive Gutsprache der Finanzierung abzugeben. Deshalb könne aus der besagten Vereinbarung einzig ein anfängliches Interesse, nicht aber ein Einverständnis des Geschädigten A._ betreffend das B._ AG-Investment abgeleitet werden (angefochtenes Urteil S. 125 ff.; erstinstanzlicher Entscheid S. 103 ff.). Was die Beschwerdeführerin dieser Beweiswürdigung entgegenhält (Beschwerde S. 25 ff.), ist unbehelflich und ungeeignet, Willkür darzutun. Sie rügt offensichtlich ohne Grund, die Vorinstanz habe sich mit der Frage, weshalb der Geschädigte A._ über den Inhalt der unterzeichneten Vereinbarung geirrt habe, nicht befasst. Weiter hat die erste Instanz eingehend dargelegt, weshalb die Vereinbarung frühestens am 8. Oktober 1999 habe unterzeichnet werden können. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Erwägungen nicht auseinander, sondern hält fest, der Geschädigte A._ habe ausgesagt, den Kapitalnachweis vor dem 8. Oktober 1999 unterzeichnet zu haben. Indem die Vorinstanz von der Darstellung des Geschädigten abweicht, liegt hingegen nicht, wie vorgebracht, ein unlösbarer Widerspruch vor. Ebenso wenig vermögen die Ausführungen der Beschwerdeführerin betreffend eine Sitzung vom 6. Oktober 1999 respektive die Namensgebung der K._ AG (deren Name in der genannten Vereinbarung erscheint) zu überzeugen. Soweit sie hinsichtlich der Frage, wer die Diskussion um den Firmennamen aufgeworfen hat, eine willkürliche Beweiswürdigung und die Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend macht, ist weder dargetan noch ersichtlich, weshalb diese Frage von Bedeutung sein sollte. Die Vorinstanz hat sich mit diesem Punkt nicht auseinandergesetzt, sondern einzig geprüft, ob der Name vor dem von der Beschwerdeführerin behaupteten Datum der Unterzeichnung entstanden ist, und dies bejaht. Soweit die Beschwerdeführerin darlegt, wie die Zeugenaussagen von L._ ihrer Ansicht nach zu würdigen gewesen wären, übt sie einzig appellatorische Kritik, die keine Willkür und keine Verletzung ihres rechtlichen Gehörs darzutun vermag.
1.2.2.5 Die Beschwerdeführerin verweist auf die Darstellung des Geschädigten A._, wonach er an einer Investition in die B._ AG zu Beginn interessiert gewesen sei, dieses Interesse aber verloren habe, als er von einer Steuerforderung von Algerien in der Höhe von USD 8 - 10 Mio. erfahren habe. Die Steuerforderung sei jedoch erst im Herbst 2000 bekannt geworden. Die Vorinstanz habe diese Forderung mit einer weiteren Forderung des algerischen Staates in der Höhe von Fr. 2.5 Mio. verwechselt und damit den massgeblichen Sachverhalt willkürlich festgestellt (Beschwerde S. 35 ff.). Diese Rüge ist unbegründet. Es trifft nicht zu, dass die Vorinstanz festgestellt hat, die Forderung in der Höhe von USD 8 - 10 Mio. sei anlässlich der Verkaufsverhandlungen thematisiert worden. Ebenso wenig trifft zu, dass die Vorinstanz von der Annahme ausgegangen ist, es bestünde einzig eine Steuerforderung. Vielmehr hat die Vorinstanz die von der Beschwerdeführerin erwähnten Widersprüche gewürdigt. Sie hat festgehalten, die grundsätzliche Aussage des Geschädigten A._, auf Grund von "Steuerforderungen aus Nordafrika" das Interesse am B._ AG-Investment verloren zu haben, sei überzeugend, und die aufgezeigten Widersprüche würden am Beweisergebnis, wonach der Geschädigte die B._ AG letztlich nicht habe kaufen wollen respektive die Beschwerdeführerin die B._ AG eigenmächtig erworben habe, keine Zweifel schüren (angefochtenes Urteil S. 127 f.). Die Beschwerdeführerin vermag nicht aufzuzeigen, weshalb diese Beweiswürdigung im Ergebnis offensichtlich unhaltbar sein sollte.
1.2.2.5 Die Beschwerdeführerin verweist auf die Darstellung des Geschädigten A._, wonach er an einer Investition in die B._ AG zu Beginn interessiert gewesen sei, dieses Interesse aber verloren habe, als er von einer Steuerforderung von Algerien in der Höhe von USD 8 - 10 Mio. erfahren habe. Die Steuerforderung sei jedoch erst im Herbst 2000 bekannt geworden. Die Vorinstanz habe diese Forderung mit einer weiteren Forderung des algerischen Staates in der Höhe von Fr. 2.5 Mio. verwechselt und damit den massgeblichen Sachverhalt willkürlich festgestellt (Beschwerde S. 35 ff.). Diese Rüge ist unbegründet. Es trifft nicht zu, dass die Vorinstanz festgestellt hat, die Forderung in der Höhe von USD 8 - 10 Mio. sei anlässlich der Verkaufsverhandlungen thematisiert worden. Ebenso wenig trifft zu, dass die Vorinstanz von der Annahme ausgegangen ist, es bestünde einzig eine Steuerforderung. Vielmehr hat die Vorinstanz die von der Beschwerdeführerin erwähnten Widersprüche gewürdigt. Sie hat festgehalten, die grundsätzliche Aussage des Geschädigten A._, auf Grund von "Steuerforderungen aus Nordafrika" das Interesse am B._ AG-Investment verloren zu haben, sei überzeugend, und die aufgezeigten Widersprüche würden am Beweisergebnis, wonach der Geschädigte die B._ AG letztlich nicht habe kaufen wollen respektive die Beschwerdeführerin die B._ AG eigenmächtig erworben habe, keine Zweifel schüren (angefochtenes Urteil S. 127 f.). Die Beschwerdeführerin vermag nicht aufzuzeigen, weshalb diese Beweiswürdigung im Ergebnis offensichtlich unhaltbar sein sollte.
1.3 1.3.1 Die älteste Transaktion in der Höhe von rund USD 1'298'900.-- (Transaktion 0 gemäss Anklageschrift vom 31. Oktober 2005) erfolgte am 15. September 1998 ab dem Konto des Geschädigten A._ bei der C._ Bank auf ein Konto seiner Gesellschaft M._ Ltd. bei der N._ Bank (Kontobezeichnung nachfolgend: M._ Ltd.-2_N._ Bank). Der Beschwerdeführerin wird zur Last gelegt, das Konto M._ Ltd.-2_N._ Bank ohne Wissen des Geschädigten A._ eröffnet zu haben. In der Folge habe sie mittels einer Zahlungsanweisung mit gefälschter Unterschrift des Geschädigten A._ und nach der Unterschriftenprüfung durch die C._ Bank den Zahlungsauftrag eigenhändig im System erfasst. Die Beschwerdeführerin bestreitet, die Transaktion durchgeführt oder durch Dritte veranlasst zu haben.
1.3.2 Die Vorinstanz hat im Zusammenhang mit der genannten Transaktion verschiedene Beweismittel eingehend gewürdigt. So berücksichtigte sie den Umstand, dass die Beschwerdeführerin das Konto M._ Ltd.-2_N._ Bank, dessen Existenz dem Geschädigten A._ nicht bekannt gewesen sei, eröffnet und dies anfänglich bestritten habe. Wirtschaftlich Berechtigte seien die Beschwerdeführerin und ihr Ehemann, nicht aber der Geschädigte gewesen. Ein Grund, der M._ Ltd. Geld zukommen zu lassen, habe nicht bestanden, da ihr alleiniger Zweck darin gelegen habe, eine Sicherheitsleistung zu Gunsten der Beschwerdeführerin zu verwalten. Die - erst im vorinstanzlichen Verfahren - aufgestellte Behauptung der Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin, das Konto habe dem Kunsthandel gedient, sei unglaubhaft. Die Vorinstanz würdigte weiter das sogenannte execution journal der C._ Bank und die diesbezüglichen Ausführungen des Zeugen O._, wonach als Zahlungsauftrag ein Faxschreiben existiert habe und die Transaktion mit dem Passwort der Beschwerdeführerin ausgeführt worden sei (angefochtenes Urteil S. 140 ff.).
1.3.3 Die von der Beschwerdeführerin gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung erhobenen Einwände (Beschwerde S. 48 - 60) erschöpfen sich auch hier in unzulässiger appellatorischer Kritik. Soweit sie geltend macht, die Vorinstanz stelle in Verletzung ihres rechtlichen Gehörs auf ein Beweisergebnis ab, ohne dieses näher darzulegen (Beschwerde S. 54 f.), ist ihre Rüge offensichtlich unbegründet (vgl. angefochtener Entscheid S. 140 ff.). Ebenso unzutreffend ist ihr wiederholtes Vorbringen, wonach die Vorinstanz einzig auf die Aussagen des Geschädigten A._ abstellte. Anlässlich der Berufungsverhandlung hat sie erstmals behauptet, ihr Passwort sei auch zwei Mitarbeitern der C._ Bank bekannt gewesen, ohne diese jedoch für die Transaktion verantwortlich zu machen. Die Vorinstanz musste, entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin (Beschwerde S. 56), die Möglichkeit einer Verwendung des Passwortes der Beschwerdeführerin durch Dritte deshalb nicht näher prüfen. Der Hinweis auf Widersprüche zwischen dem activity journal und einem sogenannten operator-profile-index-report sowie die geäusserte Vermutung, auch Dritte hätten Zahlungen mit dem Kürzel der Beschwerdeführerin im System erfassen können, vermögen die vorinstanzliche Beweiswürdigung im Ergebnis nicht als unhaltbar oder widersprüchlich darzustellen. Ebenso wenig liegt eine Verletzung der Unschuldsvermutung und ihres rechtlichen Gehörs vor.
1.4 Zusammenfassend legt die Beschwerdeführerin nicht dar, inwiefern die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung, wonach sie die B._ AG ohne Wissen und Einverständnis des Geschädigten A._ mit dessen Mitteln gekauft und die Transaktion 0 veranlasst habe, auch im Ergebnis offensichtlich unhaltbar sei (BGE <ref-ruling> E. 1.4 S. 287; <ref-ruling> E. 1.4 S. 254 f.; Urteil 6B_514/2009 vom 29. September 2009 E. 2.1). Ebenso wenig liegt eine Verletzung der Unschuldsvermutung und eine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor. Die Beschwerde ist in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin macht ferner geltend, die Transaktionen Nr. 1, 8 und 18 zu Gunsten der M._ Ltd. hätten zu einer blossen Vermögensverschiebung innerhalb des Gesamtvermögens des Geschädigten A._ geführt. Dieses sei dadurch nicht geschmälert oder gefährdet worden. Es sei auch nicht zutreffend, dass der Geschädigte faktisch keinen Zugriff mehr auf sein Kapital gehabt habe, weil er nicht gewusst habe, wo sich seine Vermögenswerte befinden würden. Der Geschädigte habe jederzeit auf das Konto, auf das die Zahlung erfolgt sei, Zugriff nehmen respektive dieses kontrollieren können. Ein Vermögensschaden im Sinne von Art. 146 StGB liege nicht vor (Beschwerde S. 61 ff.).
2.2 Die Transaktion Nr. 1 ist eine Überweisung vom Konto des Geschädigten bei der C._ Bank (Kontobezeichnung nachfolgend: A_C._ Bank) auf das Konto der M._ Ltd. bei der N._ Bank (nachfolgend: M._ Ltd.-1_N._ Bank) in der Höhe von USD 2 Mio. Anschliessend überwies die Beschwerdeführerin davon USD 1'428'571.-- auf das Konto der E._ AG respektive USD 285'714.-- auf das Konto der P._ Ltd. Ein Betrag in der Höhe von USD 285'715.-- verblieb auf dem Konto M._ Ltd.-1_N._ Bank. Die Transaktionen 8 und 18 betreffen zwei Überweisungen in der Höhe von USD 521'000.-- respektive USD 500'000.-- vom Konto A_C._ Bank auf das Konto M._ Ltd.-1_N._ Bank. Somit wurde auf das Konto M._ Ltd.-1_N._ Bank ein Betrag von insgesamt USD 1'306'721.-- überwiesen. Auf diesem Konto war ursprünglich eine Sicherheitsleistung in der Höhe von Fr. 3 Mio. platziert. Diese wäre bei einer ungerechtfertigten Kündigung der Beschwerdeführerin durch den Geschädigten an die Beschwerdeführerin ausbezahlt worden. Alle drei Transaktionen erfolgten mittels gefälschter Unterschriften des Geschädigten.
Die Vorinstanz gelangt zum Schluss, dass die Gesellschaft M._ Ltd. und das Konto M._ Ltd.-1_N._ Bank für den Geschädigten den einzigen Zweck gehabt hätten, den im Anstellungsvertrag mit der Beschwerdeführerin vereinbarten Betrag sicherzustellen und zu verwalten. Der Geschädigte sei wirtschaftlich Berechtigter des Kontos M._ Ltd.-1_N._ Bank gewesen. Er habe nicht gewusst und auch nicht damit rechnen müssen, dass auf diesem Konto Bewegungen stattfänden, solange die Beschwerdeführerin für ihn tätig gewesen sei. Er habe zwar "rein technisch" noch Zugriff auf die Gelder gehabt. Jedoch seien die auf das Konto M._ Ltd.-1_N._ Bank überwiesenen Beträge mit Sicherheit seiner Kenntnis und somit faktisch seinem Zugriff entzogen worden. Dadurch sei sein Vermögen geschädigt worden (angefochtenes Urteil S. 150 ff.).
2.3 Gemäss Art. 146 Abs. 1 StGB macht sich des Betrugs namentlich schuldig, wer in der Absicht, sich oder einen anderen unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen anderen am Vermögen schädigt.
Nach dem wirtschaftlichen Vermögensbegriff umfasst das Vermögen die Summe aller geldwerten Güter (eingehend Markus Boog, Die Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Begriff des Vermögensschadens beim Betrug, 1991, S. 13 ff.). Der juristisch-wirtschaftliche Vermögensbegriff ist enger, wobei Ausgangspunkt stets der wirtschaftliche Wert bildet. Das Vermögen setzt sich danach zusammen aus der Summe der rechtlich geschützten wirtschaftlichen Werte (<ref-ruling> E. 3d S. 183 f. mit Hinweisen; Stratenwerth/Jenny, Schweizerisches Strafrecht, Straftaten gegen Individualinteressen, 6. Aufl. 2003, § 15 N. 42 ff.).
Betrug setzt einen Vermögensschaden voraus. Auszugehen ist von einem objektiven Schadensbegriff. Ausschlaggebend für die Bestimmung des Schadens ist danach allein die objektive Werteinbusse bzw. der Wertverlust (Boog, a.a.O., S. 34). Die objektiv-wirtschaftliche Betrachtung führt zur Saldierung des Abflusses beim Opfer mit der Gegenleistung des Täters (Gunther Arzt, in: Basler Kommentar, Strafrecht, 2. Aufl. 2007, N. 101 zu Art. 146 StGB). Ein Vermögensschaden liegt mithin vor, wenn das Vermögen des Täuschungsopfers nach Vornahme der irrtumsbedingten Vermögensverfügung in seinem Gesamtwert tatsächlich geschmälert ist durch Verringerung der Aktiven oder Vermehrung der Passiven. Das ist auch der Fall, wenn das Vermögen in einem Masse gefährdet wird, dass es in seinem wirtschaftlichen Wert dezimiert ist, d.h. wenn der Gefährdung im Rahmen einer sorgfältigen Bilanzierung durch Wertberichtigung oder Rückstellung Rechnung getragen werden muss (<ref-ruling> E. 3.1 S. 125 f. mit Hinweisen; Martin Schubarth, Vermögensschaden durch Vermögensgefährdung, ZStrR 114/1996 S. 71 ff.). Eine vorübergehende Schädigung genügt (Trechsel/Crameri, in: Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 26 zu Art. 146 StGB).
2.4 Der wirtschaftliche Vermögens- und Schadensbegriff setzen somit voraus, dass das Vermögen vor und nach der Täuschung ermittelt und verglichen wird. Die Transaktionen 1, 8 und 18 vom Konto des Geschädigten bei der C._ Bank auf das Konto seiner Gesellschaft M._ Ltd. bei der N._ Bank haben nicht zu einer objektiven Werteinbusse respektive zu einem Wertverlust geführt. Nach den zutreffenden Ausführungen der Beschwerdeführerin handelt es sich dabei um blosse Vermögensverschiebungen. Diese haben den Gesamtwert des Vermögens von A._ nicht geschmälert. Entgegen der Auffassung der Vorinstanzen ist nicht massgebend, ob der Geschädigte über die auf dem Konto M._ Ltd.-1_N._ Bank seiner Gesellschaft erfolgten Zahlungseingänge Bescheid wusste. Im Übrigen wäre es dem Geschädigten ohne Weiteres möglich gewesen, die Belastungen auf seinem Konto bei der C._ Bank respektive die Gutschriften auf dem Konto M._ Ltd.-1_N._ Bank in Erfahrung zu bringen.
Ungeachtet dessen ist das Vorliegen eines Vermögensschadens jedoch aus folgenden Gründen zu bejahen: Nach den Feststellungen der Vorinstanz hatten die M._ Ltd. und ihr Konto bei der N._ Bank den alleinigen Zweck, eine Sicherheitsleistung in der Höhe von Fr. 3 Mio. zu Gunsten der Beschwerdeführerin zu verwalten. In einer Vereinbarung zwischen der M._ Ltd., dem Geschädigten A._ und der Beschwerdeführerin wurde festgelegt, dass der Betrag in der Höhe von Fr. 3 Mio. zu verwalten sei und die Beschwerdeführerin frei über den Saldo dieses Kontos verfügen dürfe, falls der Geschädigte das Arbeitsverhältnis vorzeitig ungerechtfertigterweise auflösen würde. Die Beschwerdeführerin veranlasste durch die genannten Transaktionen, dass dem Konto M._ Ltd.-1_N._ Bank zusätzliche Mittel in der Höhe von rund USD 1'307'000.-- zuflossen. Da die Vereinbarung die Sicherheitsleistung nicht auf den ursprünglich einbezahlten Betrag, sondern auf den Saldo festlegte (vgl. vorinstanzliche Akten pag. 050047), riskierte der Geschädigte A._ im Falle einer Auseinandersetzung nach vorzeitiger Vertragsauflösung eine höhere als die ursprünglich vereinbarte Zahlung im Umfang von Fr. 3 Mio. (zuzüglich Ertrag). Im entsprechenden zusätzlichen Umfang wurde das Vermögen des Geschädigten gefährdet und in seinem wirtschaftlichen Wert dezimiert. Die Vorinstanz hat somit im Ergebnis das Vorliegen eines Vermögensschadens im Sinne von Art. 146 StGB in der Höhe von rund USD 1'307'000.-- (nebst der Überweisung auf das Konto der P._ Ltd.) zu Recht bejaht.
Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin (Beschwerde S. 63) ist der Betrug bereits vor Eintritt der Bereicherung mit dem Eintritt eines Vermögensschadens vollendet. Die übrigen objektiven und subjektiven Tatbestandsmerkmale sind erfüllt. Diesbezüglich kann auf die zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid (S. 149 ff.) und im erstinstanzlichen Urteil (S. 82 ff., 96 f. und 122 f.) verwiesen werden.
Zusammenfassend verletzt der angefochtene Entscheid auch in diesem Punkt kein Bundesrecht, weshalb die Beschwerde insoweit abzuweisen ist.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt, der Vorwurf betreffend die Transaktion Nr. 33 (Anklageziffer 28.33.) verletze das Anklageprinzip. Die Anklage umschreibe an keiner Stelle ihre Absicht, einen Dritten zu bereichern (Beschwerde S. 63 ff.).
3.2 Nach dem aus Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie aus Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. a und b EMRK abgeleiteten Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion). Die Anklage hat die der beschuldigten Person zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind. Das Anklageprinzip bezweckt zugleich den Schutz der Verteidigungsrechte der angeschuldigten Person und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion). Nach Art. 6 Ziff. 3 lit. a EMRK hat die angeschuldigte Person Anspruch darauf, in möglichst kurzer Frist über die Art und den Grund der gegen sie erhobenen Beschuldigung in Kenntnis gesetzt zu werden. Das Gericht ist an den in der Anklage wiedergegebenen Sachverhalt gebunden, nicht aber an dessen rechtliche Würdigung durch die Anklagebehörde (<ref-ruling> E. 6.3 S. 245; <ref-ruling> E. 2a S. 21).
3.3 Eine Verletzung des Anklagegrundsatzes ist nicht ersichtlich. Die Anklageschrift legt mit der Transaktion Nr. 33 der Beschwerdeführerin zur Last, unter anderem einen Check zu Lasten des Kontos A_C._ Bank und zu Gunsten von Q._ in der Höhe von USD 60'000.-- bestellt zu haben. Dabei habe es sich um eine inoffizielle Abgangsentschädigung an die scheidende Mitarbeiterin der R._ Corp. gehandelt, wovon der Geschädigte nichts gewusst habe (Anklageziffer 28.33). Einleitend wird in der Anklageschrift unter Ziffer 27 zu den Transaktionen 0 bis 45 festgehalten, die Beschwerdeführerin habe durch die Verwendung von Zahlungsaufträgen sowie Check- und Bargeldbestellungen mit der gefälschten Unterschrift des Geschädigten die Sachbearbeiter der C._ Bank in den Irrtum versetzt, der Geschädigte (als einziger Unterschriftsberechtigter) habe die Transaktionen angeordnet. Die Täuschung sei in der Absicht erfolgt, sich, ihren Ehemann, ihre Handelsgesellschaften und/oder weitere Personen unrechtmässig zu bereichern. Darüber hinaus beschreibt die Anklageschrift unter anderem die Funktion der Beschwerdeführerin in verschiedenen Gesellschaften des Geschädigten, die Gründung eigener Gesellschaften durch die Beschwerdeführerin, ihre Beweggründe, ihre fehlende Berechtigung hinsichtlich des Kontos A_C._ Bank und ihre Fälschungstechnik der Unterschriften. Die 77 Seiten umfassende Anklageschrift wurde sorgfältig abgefasst. Der gegen die Beschwerdeführerin erhobene Vorwurf betreffend die Transaktion Nr. 33 ist hinreichend konkretisiert. Dies gilt namentlich auch für den subjektiven Tatbestand. Aus der einleitenden Darstellung ergibt sich in klarer Weise, dass der Beschwerdeführerin vorgeworfen wird, mit Vorsatz und in der Absicht gehandelt zu haben, Q._ zu bereichern. Die Beschwerde erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin bringt sinngemäss vor, in Bezug auf die Transaktion Nr. 29 mangle es an der für die Erfüllung des Betrugstatbestands im Sinne von Art. 146 StGB notwendigen Bereicherung. Die Anklageschrift umschreibe den Schaden des Geschädigten damit, dass die Kosten für die Entwicklung einer Software aus dessen Vermögen bei der C._ Bank bezahlt worden seien. Ihre Bereicherung werde damit umschrieben, dass sie ihrer Gesellschaft P._ Ltd. die Anwartschaften auf die Rechte am Ergebnis der Entwicklungsarbeit zugehalten habe. Die Zahlung vom Konto A_C._ Bank und das Recht auf eine Anwartschaft seien nicht stoffgleich. Zur Anwendung gelange allenfalls das Antragsdelikt der arglistigen Vermögensschädigung gemäss Art. 151 StGB. Eine entsprechende Verurteilung sei jedoch infolge Verjährung ausgeschlossen (Beschwerde S. 65 f.).
4.2 Die Transaktion Nr. 29 vom 6. Juni 2000 ist eine Überweisung vom Konto A_C._ Bank auf das Konto der S._ Ltd. bei der T._ Bank in der Höhe von GBP 67'500.--. Sie steht im Zusammenhang mit der Vergütung eines durch die R._ Corp. an die S._ Ltd. erteilten Auftrags betreffend Softwareentwicklung.
Die erste Instanz, auf deren Erwägungen die Vorinstanz verweist, hält fest, die Zahlung zu Lasten des Kontos A_C._ Bank sei letztlich der P._ Ltd. zugute gekommen. Diese habe die Rechte am Ergebnis der Entwicklungsarbeiten erhalten, die an sich der R._ Corp. zugestanden wären. Dadurch habe die Beschwerdeführerin sich respektive ihre Gesellschaft P._ Ltd. unrechtmässig bereichert (erstinstanzliches Urteil S. 138 ff.). Die Schädigung von A._, so die Vorinstanz, habe im selben Umfang zu einer Bereicherung der Beschwerdeführerin geführt (angefochtener Entscheid S. 160 f.).
4.3 Der Betrug im Sinne von Art. 146 StGB setzt ein Handeln in Bereicherungsabsicht voraus. In <ref-ruling> hat das Bundesgericht dargelegt, dass der Schaden als Vermögensnachteil der Bereicherung als Vermögensvorteil zu entsprechen habe. So wie es bei den Aneignungsdelikten um eine Eigentumsverschiebung gehe, gehe es beim Betrug um eine (beabsichtigte) Vermögensverschiebung. Aus dem Tatbestandsmerkmal der Bereicherungsabsicht sei daher zu schliessen, dass der Täter die Absicht verfolgen müsse, sich oder einen Dritten gerade um denjenigen Vermögensbestandteil zu bereichern, welcher dem Getäuschten entzogen werde. Entscheidend sei mithin, dass die Bereicherung nicht aus einem anderen als dem Opfervermögen erfolge. Werde die Bereicherungsabsicht mangels Stoffgleichheit verneint, so fände statt des Tatbestands des Betrugs gemäss Art. 146 StGB jener der arglistigen Vermögensschädigung nach Art. 151 StGB Anwendung (<ref-ruling> E. 5.3 S. 213 f.; Urteil 6B_530/2008 vom 8. Januar 2009 E. 3.1).
4.4 Vorliegend ist der Einwand der Beschwerdeführerin, es fehle an der Stoffgleichheit, berechtigt. Ihr wird zur Last gelegt, die C._ Bank arglistig irregeführt und dadurch die Zahlung vom Konto des Geschädigten an die S._ Ltd. veranlasst zu haben. Dadurch sei eine Schuld der R._ Corp. gegenüber der S._ Ltd. (teilweise) getilgt worden. Die Bereicherung wird gemäss Anklage und Vorinstanzen damit umschrieben, dass die der Beschwerdeführerin gehörende Gesellschaft P._ Ltd. die Anwartschaften auf die Rechte am Ergebnis der Softwareentwicklung erhalten habe. Der Schaden bestehe somit in der ab dem Konto A_C._ Bank ausbezahlten Summe, und die Bereicherung der P._ Ltd. (und damit auch der Beschwerdeführerin) liege in den zukünftigen Immaterialgüterrechten. Damit mangelt es aber an der für die Bejahung des subjektiven Tatbestands des Betrugs notwendigen Stoffgleichheit.
Die Vorinstanz hat demnach die Beschwerdeführerin betreffend die Transaktion Nr. 29 zu Unrecht des Betrugs schuldig gesprochen. Die Beschwerde ist deshalb in diesem Punkt gutzuheissen.
Eine allfällige Verurteilung wegen arglistiger Vermögensschädigung im Sinne von Art. 151 StGB ist infolge Eintritts der Verfolgungsverjährung nicht möglich. Die Transaktion Nr. 29 erfolgte am 6. Juni 2000. Das erstinstanzliche Urteil erging am 18. September 2007 und der vorinstanzliche Entscheid am 5. November 2008. Gemäss Art. 389 Abs. 1 StGB finden die Bestimmungen des neuen Rechts über die Verfolgungs- und Vollstreckungsverjährung auf vor dem 1. Oktober 2002 verübte Taten Anwendung, wenn die Regelungen milder sind als das bisherige Recht. Die bis zum 30. September 2002 geltenden Verjährungsbestimmungen sahen bei einer arglistigen Vermögensschädigung eine relative Verjährungsfrist von 5 Jahren und eine absolute Verjährungsfrist von 7 1⁄2 Jahren vor (vgl. aArt. 70 ff. StGB). Nach altem Recht trat die (absolute) Verjährung im Dezember 2007 ein. Das neue Verjährungsrecht sieht bei einer arglistigen Vermögensschädigung eine Verjährungsfrist von 7 Jahren vor (Art. 97 Abs. 1 lit. c StGB). In der Revision der Verfolgungsverjährung wurde auf Unterbrechung und Ruhen verzichtet. Die Verfolgungsverjährungsfrist läuft neu mit dem erstinstanzlichen Urteil endgültig ab (Art. 97 Abs. 3 StGB). Nach neuem Recht trat die Verjährung vorliegend im Juni 2007 ein. Nach beiden Regelungen trat somit die Verjährung zwischenzeitlich ein. Deshalb kann dahingestellt bleiben, ob das neue Verjährungsrecht oder das alte Recht milder ist. Schliesslich ist der Lauf der Verjährung für die Transaktion Nr. 29 für sich gesondert zu beurteilen. Eine natürliche Handlungseinheit zu den weiteren Transaktionen ab dem Konto A_C._ Bank (Transaktionen Nr. 30 bis 42) besteht nicht, da u.a. zwischen den einzelnen Transaktionen bis zu 3 1⁄2 Monaten verstrichen und demnach kein enger zeitlicher Zusammenhang gegeben ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.4.5 S. 93 ff.; <ref-ruling> E. 4.5.3 S. 266; <ref-ruling> E. 3.1.1.3 S. 54 f.; PETER MÜLLER, in: Basler Kommentar, Strafrecht, 2. Aufl. 2007, N. 18 zu Art. 98 StGB; DONATSCH/TAG, Strafrecht I, Verbrechenslehre, 8. Aufl. 2006, S. 397 f.).
Die Sache ist zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird aus oben genannten Gründen die Beschwerdeführerin betreffend die ihr zur Last gelegten Transaktion Nr. 29 vom Vorwurf des Betrugs freizusprechen haben.
5. Zusammenfassend obsiegt die Beschwerdeführerin, soweit sie hinsichtlich der Transaktion Nr. 29 eine Bundesrechtsverletzung rügt (E. 4.). Die Beschwerde ist somit teilweise gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ergebnis erübrigen sich weitere Ausführungen zur Strafzumessung. Die Vorinstanz wird das Strafmass neu festzusetzen haben.
6. Die Beschwerdeführerin wird im Umfang ihres Unterliegens kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Da die Transaktion Nr. 29 einen eher kleinen Bruchteil des gesamten Vermögensschadens betrifft, hat die Beschwerdeführerin 9/10 der auf Fr. 4'000.-- bestimmten Gerichtskosten zu tragen. Dem Kanton Zürich sind keine Verfahrenskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 4 BGG).
Der Kanton Zürich hat als teilweise unterliegende Partei der Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 500.-- zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 5. November 2008 aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten werden im Umfang von Fr. 3'600.-- der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Januar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Faga