Aus den Erwägungen:
7.- Erstmals macht der Beschwerdeführer geltend, die Offerte der Y. AG sei unbeachtlich, weil diese Gesellschaft als Verwalterin der strittigen Überbauung im Sinne von <ref-law> in den Ausstand zu treten habe bzw. ein Verkauf an sie gegen <ref-law> verstossen würde.
a) Nach <ref-law> dürfen die Beamten und Angestellten der Betreibungs- und Konkursämter über die vom Amt einzutreibenden Forderungen oder die von ihm zu verwertenden Gegenstände keine Rechtsgeschäfte auf eigene Rechnung abschliessen; Rechtshandlungen, die gegen dieses Verbot verstossen, sind nichtig. Diese Bestimmung dient einer von persönlichen Interessen unbeeinflussten Behandlung des Verfahrens durch die genannten Organe; weder Schuldner noch Gläubiger sollen durch Interessen der genannten Art geschädigt werden (James T. Peter, Kommentar zum SchKG, Basel 1998, N 1 zu Art. 11). <ref-law> setzt nicht etwa voraus, dass das in Frage stehende Vollstreckungsorgan seine Stellung tatsächlich missbraucht hat (<ref-ruling> E. 2c S. 337).
Unerheblich ist angesichts der vorgesehenen Sanktion (Nichtigkeit) zudem auch der Preis, der bei einer Verwertung durch den strittigen Akt erzielt worden ist (dazu Jaeger, Schuldbetreibung und Konkurs, Zürich 1911, N 3 zu Art. 11). Das Selbstkontrahierungsverbot gilt nach der Rechtsprechung nicht nur für die eigentlichen Beamten und Angestellten eines Betreibungs- oder Konkursamtes, sondern auch für die von einem solchen zur Erfüllung seiner Aufgaben allenfalls beigezogenen Hilfspersonen, soweit diese als Träger staatlicher Funktionen erscheinen (BGE 44 III 147; vgl. Pierre-Robert Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, N 9 zu Art. 11).
b) Wegen Verstosses gegen <ref-law> wurde etwa die Ersteigerung von Schuldbriefen durch einen Mitarbeiter des Betreibungsamtes (<ref-ruling> ff.), aber auch die Ersteigerung eines Grundstücks durch ein Mitglied des Gläubigerausschusses im Rahmen des Vollzugs eines Nachlassvertrags mit Vermögensabtretung (<ref-ruling> ff.) als nichtig erklärt.
Demgegenüber wurde dafür gehalten, dass der Erwerb durch den Gantrufer (BGE 26 I 493 ff.; kritisiert von Jaeger, a.a.O., N 1 zu Art. 11, und von Blumenstein, Handbuch des Schweizerischen Schuldbetreibungsrechts, S. 48 Fn. 16) bzw. durch den zur Schätzung der ihm später zugeschlagenen Sache beigezogenen Sachverständigen (BGE 44 III 147 ff.) von <ref-law> nicht erfasst werde. Im zweiten Fall erklärte das Bundesgericht, dass der Sachverständige bloss die nötigen Grundlagen zur eigentlichen Schätzung liefere, die als betreibungsrechtliche Amtshandlung nach <ref-law> vom Betreibungsbeamten selbst vorgenommen werde, und dass die besonderen Rechte und Pflichten des öffentlichen Rechts, die der Sachverständige zur Erfüllung seiner Aufgabe allenfalls übertragen erhalte, auf jeden Fall mit der Abgabe des Expertenbefundes erlöschen würden (S. 147).
8.- Als Konkursverwaltung hat das Konkursamt alle zur Erhaltung und Verwertung der Masse gehörenden Geschäfte zu besorgen (<ref-law>). Bei Grundstücken obliegt ihm - wie dem Betreibungsamt beim Pfändungsverfahren (dazu Art. 16 ff.
VZG [SR 281. 42]) - die Verwaltung und Bewirtschaftung, worunter ordentlicherweise etwa die Anordnung und Bezahlung kleinerer Reparaturen, der Abschluss und die Erneuerung der üblichen Versicherungen, die Kündigung an Mieter, die Ausweisung von Mietern und der Abschluss neuer Mietverträge fallen (vgl. <ref-law>; Fritzsche/Walder, Schuldbetreibung und Konkurs nach schweizerischem Recht, II. Band, 3. Auflage, § 48 Rz 2).
Hier hat das Konkursamt mit Wirkung ab 1. November 2000 die Y. AG zur Erfüllung dieser Verwaltungsaufgaben eingesetzt.
Die Natur des hiefür abgeschlossenen Vertrags ist ohne Belang. Entscheidend ist, dass die Y. AG eine gesetzlich geregelte konkursamtliche Aufgabe übertragen erhalten hat und insofern Trägerin eines öffentlichen Amtes geworden ist (vgl.
Jaeger, a.a.O., N 5 zu Art. 240 S. 203; Marc Russenberger, Kommentar zum SchKG, Basel 1998, N 8 zu Art. 240). Die Y. AG ist in dem ihr anvertrauten Bereich an die Stelle des Konkursamtes getreten und deshalb als eine von <ref-law> erfasste Hilfsperson zu betrachten.
9.- a) In ihrer Vernehmlassung weist die Y. AG darauf hin, dass die vom Beschwerdeführer beanstandete Offerte nicht von ihr stamme, sondern im Namen der Z. AG eingereicht worden sei und dass die beiden Gesellschaften nicht in einem Beteiligungsverhältnis zueinander, sondern lediglich unter dem gemeinsamen Holding-Dach der W. AG stünden; es gehe nicht an, den Kreis der von <ref-law> Betroffenen auf alle Personen auszudehnen, die natürlich oder juristisch miteinander "verwandt" seien. In tatsächlicher Hinsicht stimmen diese Vorbringen mit den von der Vorinstanz übernommenen Feststellungen der unteren Aufsichtsbehörde überein.
b) Von einer Erörterung der gesellschaftsrechtlichen Verbindungen zwischen der Y. AG und der als Offerentin aufgetretenen Z. AG kann aus den nachstehenden Gründen abgesehen werden: Durch das Selbstkontrahierungsverbot nach <ref-law> soll in erster Linie verhindert werden, dass die mit einer öffentlichen Aufgabe vollstreckungsrechtlicher Natur betraute Person die damit verbundenen Befugnisse für eigene Zwecke ausnützt. Die mit der erwähnten Gesetzesbestimmung angestrebte Unbefangenheit und Unabhängigkeit (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 337), mit der jede abstrakte Gefahr einer Benachteiligung von Gläubiger oder Schuldner ausgeschlossen werden will, kann aber bei jedem Interessenkonflikt bedroht sein; eine solche Gefahr besteht auch dann, wenn ein Amtsträger nicht ausschliesslich die Interessen der Zwangsvollstreckung wahrnimmt, sondern daneben auch Interessen eines Dritten zu berücksichtigen hat.
In einem Konflikt dieser Art befand sich die Y. AG im massgebenden Zeitpunkt: Als vom Konkursamt beauftragte Hilfsperson steht sie im Dienste einer unparteiischen Durchführung des Konkurses, zu der auch der vom Konkursamt angestrebte freihändige Verkauf des in Frage stehenden Immobilienkomplexes gehört. Gleichzeitig hatte sie die Interessen der Z. AG wahrzunehmen, in deren Namen sie für eben diesen Freihandverkauf am 17. November 2000 die am 24. März 2000 (damals im Namen der von ihr "betreuten" P. AG) eingereichte Offerte bestätigt hat.
c) Nach dem Gesagten würde die Annahme der strittigen Offerte zu einem im Sinne von <ref-law> nichtigen Akt führen. Die Offerte ist daher unbeachtlich.
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Lausanne, 30. April 2001