Erwägungen:
1. Die als "nationalwirksame Beschwerde" bezeichnete Eingabe des Beschwerdeführers ist als Beschwerde in Strafsachen im Sinne von <ref-law> entgegenzunehmen.
2. Das Bundesgericht ist zur Entgegennahme von Strafanzeigen oder Eröffnung von Strafuntersuchungen nicht zuständig. Auf Antrag 12 ist nicht einzutreten.
3. Eine Verhandlung ist nicht notwendig (vgl. <ref-law>). Das Gesuch um eine Hauptverhandlung (vgl. Antrag 13) ist abzuweisen.
4. Zulässiges Anfechtungsobjekt ist einzig der angefochtene Entscheid der Vorinstanz vom 3. November 2010 (<ref-law>). Soweit sich die Beschwerde gegen andere Entscheide richtet, ist darauf nicht einzutreten.
5. Im angefochtenen Entscheid wurde der Beschwerdeführer wegen Widerhandlung gegen das SVG (Überfahren eines Rotlichts) mit einer Busse von Fr. 250.-- (Ersatzfreiheitsstrafe 2 Tage) bestraft. Die Verfahrenskosten wurden ihm auferlegt.
Was der Beschwerdeführer zur Sache vorbringt, genügt den minimalen Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 bzw. <ref-law> nicht. Soweit er zum Beispiel in prozessualer Hinsicht vorbringt, es sei keine Hauptverhandlung vor erster Instanz durchgeführt worden, der erstinstanzliche Einzelrichter und die mitwirkende Gerichtsschreiberin hätten in den Ausstand treten müssen, und er sei im kantonalen Verfahren nicht gehörig verteidigt gewesen, ergibt sich aus seinen Ausführungen nicht ansatzweise, dass die vorinstanzlichen Erwägungen (vgl. angefochtenen Entscheid, E. 4, E. 7 und E. 8) gegen das schweizerische Recht im Sinne von <ref-law> verstossen könnten. Soweit er weiter behauptet, er sei einzig und allein aufgrund von "akten- und tatsachenwidrigen, vorsätzlich wiederholten Amtslügen", "ohne Täterschaft", "ohne Beweis", "ohne Zeugen" und "ohne polizeiliche Untersuchung" verurteilt worden, zeigt er ebenfalls nicht auf, dass und inwiefern der angefochtene Entscheid (vgl. E. 3) im Sinne von <ref-law> willkürlich sein oder gegen das rechtliche Gehör nach <ref-law> bzw. gegen das schweizerische Recht im Sinne von <ref-law> verstossen könnte. Das Gleiche gilt, soweit sich der Beschwerdeführer gegen die vorinstanzliche Kostenauflage wehrt. Er tut nicht dar, dass und inwiefern die Vorinstanz damit gegen <ref-law> verstossen oder § 190a StPO/ZH willkürlich angewendet haben könnte. Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
6. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Das Gesuch um Durchführung einer Verhandlung wird abgewiesen.
2. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Februar 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill