Faits:
A. X._, né en 1952, et dame X._, née en 1951, se sont mariés le 1er juillet 1991, en adoptant le régime de la séparation de biens. Un enfant est issu de leur union : A._, née le 20 août 1991.
Depuis leur mariage, les époux X._ ont vécu ensemble en Suisse jusqu'en janvier 2004. A cette date, ils se sont séparés et X._ a déménagé à Y._ (Liban) avec l'enfant, qui y a été scolarisée, ce avec le consentement de la mère. Celle-ci a conservé son domicile dans le canton de Genève.
B. B.a Le 3 février 2005, dame X._ a déposé une demande en divorce fondée sur l'art. 115 CC et une action en libération de dette. La cause a été enregistrée sous la référence C/2383/2005.
Sur demande en divorce, elle a conclu au prononcé du divorce et à la condamnation de son époux à lui payer les montants de 3'710'340 fr. 37 et de 144'887 fr. 20 en capital, plus intérêts. A l'appui de ses prétentions en paiement, elle alléguait avoir confié à son conjoint la gestion intégrale de son patrimoine et avoir subi un dommage du fait de la mauvaise gestion de celui-ci. Sur libération de dette, elle a demandé la constatation de l'absence d'une prétendue dette de 531'000 fr. à l'égard de son époux et l'arrêt de la poursuite correspondante (n° xxxx).
Le 30 juin 2006, dame X._ a quitté Z._ pour aller vivre à Chypre, de façon permanente.
B.b Le 11 juillet 2006, X._ a assigné son épouse en paiement de 85'256 fr. 40 en capital, plus intérêts, sollicitant encore la mainlevée, à titre définitif, de l'opposition au commandement de payer formée dans la poursuite n° xxxx. Il alléguait s'être personnellement acquitté de l'intégralité des impôts dus par le couple pour la période fiscale 2002 et demandait à son épouse le remboursement de la part d'impôts afférente aux revenus de celle-ci.
Le 30 novembre 2006, la Présidente de la 10ème Chambre du Tribunal de première instance du canton de Genève a ordonné la jonction de cette cause à celle enregistrée sous la référence C/2383/2005.
C. Selon jugement du 22 mai 2008, le Tribunal de première instance, statuant sur la demande en divorce, a dissous le mariage des époux X._, déclaré irrecevables les conclusions liées au sort de l'enfant mineure pour défaut de compétence ratione loci et débouté les parties de toutes autres conclusions. Cette autorité a rejeté la demande en libération de dette formée par l'épouse. Sur demande de X._ en paiement et en mainlevée, le Tribunal de première instance a condamné l'épouse à payer au mari 24'416 fr. 80 avec intérêts à 5 % dès le 12 juillet 2005 et a déclaré non fondée l'opposition formée au commandement de payer notifié dans la poursuite n° xxxx en déboutant les parties de toutes autres conclusions.
Sur appels formés par chacune des parties, la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement rendu sur la demande en divorce, en paiement et en mainlevée. Statuant à nouveau, elle a rejeté la demande de divorce au motif que les époux n'étaient pas séparés depuis au moins deux ans et que l'épouse n'avait établi aucun motif sérieux qui rendait insupportable la continuation du mariage. L'autorité cantonale a condamné dame X._ à payer à son époux le montant de 85'256 fr. 40 avec intérêts à 5% dès le 12 juillet 2005, a déclaré non fondée à due concurrence l'opposition formée au commandement de payer notifié dans la poursuite n° xxxx et a débouté les parties de toutes autres conclusions. Elle a confirmé le premier jugement en tant qu'il a rejeté l'action en libération de dette.
D. Dame X._ forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi de la cause au Tribunal de première instance pour nouvelle décision.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Sont litigieux en l'espèce le principe du divorce (art. 115 LTF) ainsi que des questions pécuniaires (demande en paiement, en mainlevée et action en libération de dette) relatives aux rapports des époux pendant le mariage. Dans ces conditions, la contestation est non pécuniaire dans son ensemble (arrêt 5A_108/2007 du 11 mai 2007 consid. 1.2). Le recours est par ailleurs interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 LTF) prise par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 al. 1 LTF).
2. Le recours peut être interjeté notamment pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF), ce qui comprend les droits constitutionnels. En revanche, il ne peut être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel; cependant, il est possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal est arbitraire ou contraire à d'autres droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 2.3).
Le recours doit être motivé (art. 42 al. 1 LTF) et sa motivation doit expliquer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 LTF). Les griefs mentionnés à l'art. 106 al. 2 LTF, en particulier celui pris d'une violation des droits fondamentaux, sont toutefois soumis à des exigences de motivation accrues, qui correspondent à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (<ref-ruling> consid. 1), auxquelles ils doivent satisfaire sous peine d'irrecevabilité (<ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 2.1).
3. Le point litigieux a trait au refus par la Cour de justice d'administrer les enquêtes par témoins que la recourante a sollicitées en seconde instance.
Les juges cantonaux ont constaté, en se fondant sur la feuille d'audience de plaidoiries à laquelle la jurisprudence cantonale rattache une présomption d'exactitude, que la recourante avait renoncé en première instance à l'administration des enquêtes préalablement sollicitées dans la procédure au motif qu'elle considérait que la cause était en l'état d'être jugée. A la recourante qui contestait cette renonciation et mettait en doute l'exactitude de la feuille d'audience du 29 novembre 2007, ils ont répondu que ses affirmations selon lesquelles elle n'avait aucune raison de renoncer aux enquêtes par témoins n'étaient pas propres à renverser cette présomption. En effet, celle-ci pouvait avoir rencontré des difficultés à trouver des témoins ou avoir estimé que les pièces versées à la procédure suffisaient à prouver ses allégués. Elle n'indiquait d'ailleurs pas l'identité des témoins qu'elle avait voulus faire citer.
Les magistrats précédents ont alors déduit de l'art. 312 de la loi de procédure civile genevoise (ci-après LPC/GE; RS GE E 3 05), qui interdit les conclusions nouvelles en appel, que les parties ne peuvent pas non plus exiger en appel l'administration de preuves qui n'ont pas été requises en temps utile et dans les formes prescrites devant le premier juge. Ils ont estimé que la recourante ne pouvait ainsi solliciter devant eux l'administration de preuves auxquelles elle avait renoncé devant le premier juge et ont rejeté sa requête en complément d'instruction (jugement attaqué p. 22, paragraphe 2).
4. La recourante conteste avoir renoncé aux enquêtes par témoins devant le premier juge. Elle s'en prend ainsi à une constatation de fait.
4.1 Le Tribunal statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
En l'espèce, la recourante développe deux moyens. Elle prétend d'une part que la constatation de fait a été établie en violation d'une règle d'appréciation des preuves tirée du droit cantonal (cf. consid. 4.2) et, d'autre part, qu'elle procède d'une appréciation arbitraire des preuves (cf. consid. 4.3).
4.2 S'agissant du moyen tiré du droit cantonal de procédure, la recourante affirme qu'une simple contestation des faits portés sur la feuille d'audience suffit pour renverser la présomption d'exactitude qui y est attachée par le droit cantonal.
4.2.1 L'art. 196 LPC/GE dispose qu'à moins que la loi ne prescrive le contraire, le juge apprécie librement les résultats des mesures probatoires. La jurisprudence cantonale a posé une règle d'appréciation des preuves aux termes de laquelle la feuille d'audience fait foi de la procédure suivie, sauf inscription en faux (arrêts de la Cour de justice du 14 avril 2000, in SJ 2000 I p. 624, consid. 1f p. 627, et du 12 février 1971, in SJ 1973 p. 43, consid. 3), de sorte que les indications qu'elle comporte sont présumées exactes (arrêt du Tribunal fédéral 4C.254/2004 du 23 février 2005, consid. 3.2.2; cf. toutefois arrêt 1P.148/1990 du 27 août 1990, consid. 1b, dans lequel il a été jugé que la mention sur la feuille d'audience ne suffisait pas à prouver la notification). La Cour de justice a déduit du principe d'exactitude de la feuille d'audience que celui qui conteste les mentions qui y figurent doit en apporter la preuve (SJ 1973 p. 43 consid. 3; SJ 1970 p. 535 consid. b; SJ 1944 p. 49 consid. 3; SJ 1945 p. 122 ss, p. 125).
4.2.2 La recevabilité du grief de la recourante, qui ne se plaint pas expressément d'arbitraire dans l'application du droit cantonal, paraît douteuse au regard des exigences de motivation exposées ci-dessus (consid. 2). En tout état de cause, il devrait être rejeté pour les motifs suivants.
La recourante prétend qu'une simple contestation des faits portés sur la feuille d'audience suffit pour renverser la présomption d'exactitude qui y est attachée. Elle se réfère à l'appui de cet argument à un arrêt cantonal (arrêt du 11 octobre 1966 de la Cour de justice du canton de Genève in: SJ 1968 p. 300) dans lequel la Cour de justice avait accepté de convoquer les parties pour tenter d'élucider le doute soulevé par l'une d'entre elles au sujet des mentions portées sur la feuille d'audience. Dans une note figurant au bas de page, le commentateur signale toutefois que la cour cantonale s'est montrée moins exigeante que d'ordinaire, une simple contestation ne constituant normalement pas une procédure d'inscription en faux au sens de la loi de procédure civile genevoise. Cette opinion est conforme à l'avis majoritaire qui se retrouve dans la jurisprudence cantonale, laquelle exige que celui qui conteste les mentions de la feuille d'audience en apporte la preuve. En refusant d'admettre qu'une simple contestation était suffisante pour renverser la présomption d'exactitude de la feuille d'audience, la cour cantonale n'a fait qu'appliquer au cas d'espèce la pratique habituelle des tribunaux genevois. Sa décision ne saurait par conséquent être taxée d'arbitraire.
4.3 La recourante soutient encore avoir apporté les éléments aptes à renverser cette présomption.
Elle se borne toutefois à affirmer qu'il est impossible qu'elle ait renoncé à ces enquêtes. Elle ne démontre pas que le titre est inexact, qu'elle se serait opposée à la clôture de la procédure de première instance, ce qui n'aurait pas été protocolé, et que le tribunal aurait passé outre son interdiction. Bien qu'elle prétende que la feuille d'audience doive être confrontée aux autres éléments du dossier, elle n'avance aucun élément de preuve qui contredirait les inscriptions portées sur la feuille d'audience. Elle n'indique d'ailleurs pas avoir requis d'instruction sur ce point (audition du président du tribunal, du greffier) devant la cour cantonale. Vu les éléments dont disposait l'autorité précédente, à savoir uniquement les mentions portées sur la feuille d'audience, il n'y avait rien d'arbitraire à s'en tenir à ces indications en l'absence d'autres preuves. En définitive, la recourante échoue à démontrer que la constatation selon laquelle elle a renoncé aux enquêtes par témoins résulte d'une appréciation arbitraire des preuves.
5. La recourante dénonce une violation de son droit à la preuve au motif que l'autorité précédente a refusé d'ordonner des auditions de témoins.
5.1 Un droit à la preuve et à la contre-preuve a également été déduit de l'art. 8 CC. Ainsi, le juge enfreint l'art. 8 CC s'il refuse d'administrer une preuve régulièrement offerte, dans les formes et les délais prévus par la loi de procédure, et portant sur un fait pertinent pour l'appréciation juridique de la cause (<ref-ruling> consid. 5.2.2, 295 consid. 7.1 et les arrêts cités).
Le recourant qui entend se plaindre d'une violation du droit à la preuve découlant de l'art. 8 CC doit motiver précisément son grief. II doit en particulier indiquer le moyen de preuve régulièrement invoqué dont l'administration a été refusée et en démontrer la pertinence, c'est-à-dire en quoi il est susceptible de conduire à un prononcé différent (<ref-ruling> consid. 6; arrêt 4A_88/2008 du 25 août 2008 consid. 4.3.1).
5.2 Dans le cas particulier, la recourante se borne à invoquer des auditions de témoins sans préciser l'identité de ceux-ci - alors que ce reproche lui avait déjà été fait par les juges précédents (cf. consid. 3.1 supra) - ni en quoi ces auditions pourraient être pertinentes pour l'issue du litige. Dans ces conditions, sa critique n'est pas suffisamment motivée.
6. En conclusion, le recours apparaît mal fondé et doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. La recourante, qui succombe, supportera dès lors les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimé, qui n'a pas été invité à répondre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 24 juillet 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Rey-Mermet