Sachverhalt:
A. Die nationale Netzgesellschaft swissgrid ag veröffentlichte am 23. Mai 2008 die Kosten und Tarife für die Netzebene 1 für das Jahr 2009. Darin war u.a. ein Tarif für allgemeine Systemdienstleistungen (SDL) von 0.90 Rp./kWh vorgesehen. Nachdem verschiedene Netzbetreiber und Endverbraucher bei der ElCom die Überprüfung dieser Tarife verlangt hatten, gab die ElCom am 26. Juni 2008 bekannt, sie überprüfe die Tarife des Übertragungsnetzes von Amtes wegen. Mit Verfügung vom 6. März 2009 erkannte die ElCom, soweit hier von Interesse, wie folgt:
"1. (...)
2. Der Tarif 2009 für allgemeine Systemdienstleistungen wird ab 1. Januar 2009 auf 0.77 Rappen/kWh festgelegt. Davon werden 0.40 Rappen/kWh den Endverbrauchern [recte: den Netzbetreibern und den direkt am Übertragungsnetz angeschlossenen Endverbrauchern] entsprechend der bezogenen elektrischen Energie angelastet.
3. Der Tarif 2009 für Systemdienstleistungen für Kraftwerke mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW gemäss Anhang 2 dieser Verfügung beträgt ab 1. Januar 2009 0.45 Rappen/kWh. Die swissgrid ag hat bei diesen Kraftwerken eine Erhebung der effektiv erzeugten Bruttoenergie durchzuführen. Sie hat nach Vorliegen der tatsächlichen SDL-Kosten der ElCom einen Bericht zur Genehmigung vorzulegen. Die swissgrid ag hat die von der ElCom genehmigten anrechenbaren SDL-Kosten den Betreibern von Kraftwerken mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW individuell nachzubelasten oder gutzuschreiben. Diese Abrechnung kann unterjährig erfolgen.
4. - 6. (...)
7. Die swissgrid ag hat die Ausschreibungsmodalitäten für Systemdienstleistungen laufend zu optimieren. Sie hat der ElCom hierzu alle zwei Monate Bericht zu erstatten, erstmals am 30. April 2009.
8. Die swissgrid ag hat den Stand des Projektes zur Einführung eines neuen Netzreglers für die Sekundärregelung der Regelzone Schweiz alle zwei Monate mittels eines Fortschrittsberichts an die ElCom zu dokumentieren, erstmals am 30. Juni 2009.
9. Die swissgrid ag hat die kombinierte Ausschreibung von Primär- und Sekundärregelleistung zu prüfen und der ElCom die Vor- und Nachteile in einem Bericht mit Frist bis am 30. Juni 2009 darzulegen. Dabei ist insbesondere auf die Auswirkungen einer kombinierten Ausschreibung auf die Markt-Liquidität einzugehen.
10. Die swissgrid ag hat der ElCom bis am 31. Juli 2009 einen Bericht mit Angaben zu der pro Monat vergüteten Blindenergie in den ersten 6 Monaten 2009 (aufgeschlüsselt nach Kraftwerken, die einen Spannungsplan erhalten), zur Vorhaltung überobligatorischer Blindleistung (und deren Inanspruchnahme), sowie zur Einhaltung der Vorgaben bezüglich Spannungshaltung vorzulegen.
11. Die swissgrid ag hat der ElCom bis am 30. Juni 2009 eine technische und wirtschaftliche Machbarkeitsstudie zur Vorhaltung von Sekundärleistung im Ausland vorzulegen.
12. Einer allfälligen Beschwerde gegen Ziffern 1 bis 5 wird die aufschiebende Wirkung entzogen."
In dieser Verfügung deckte die ElCom einzelne Teile als Geschäftsgeheimnisse ab.
B. Die swissgrid ag erhob dagegen Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte, es sei festzustellen, dass sie legitimiert sei, allfällige Nachforderungen, die durch die Korrektur der Tarife in Ziffer 1 zurückzuführen seien, rückwirkend in Rechnung zu stellen oder gutzuschreiben (Ziffer 1 des Rechtsbegehrens). Weiter sei Ziffer 2 der Verfügung aufzuheben (Ziffer 2 des Rechtsbegehrens) und Ziffer 3 der Verfügung durch eine andere Fassung zu ersetzen (Ziffer 3 des Rechtsbegehrens). Die Vorinstanz sei anzuweisen, die Verfügung dergestalt zu eröffnen, dass die Spalte 9 von Tabelle 9 vollständig einsehbar sei (Ziffer 4 des Rechtsbegehrens). Die Ziffern 7 bis 11 der Verfügung seien aufzuheben (Ziffer 5 des Rechtsbegehrens). Schliesslich beantragte sie Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung (Ziffer 6 des Rechtsbegehrens).
Mit Zwischenverfügung vom 15. Juni 2009 wies der Instruktionsrichter des Bundesverwaltungsgerichts den Antrag auf Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ab.
Mit Urteil vom 29. Februar 2012 schrieb das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde, soweit Ziffer 2 Satz 2 und Ziffer 3 der Verfügung vom 6. März 2009 betreffend, als gegenstandslos ab (Ziffer 1). Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Ziffer 2) und auferlegte der swissgrid ag die Verfahrenskosten (Ziffer 3).
C. Mit Eingabe vom 23. April 2012 erhebt die swissgrid ag Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie beantragt, die Ziffern 2 und 3 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben und es sei festzuhalten, dass der Tarif 2009 für allgemeine Systemdienstleistungen 0.9 Rp./kWh betrage und die ElCom nicht berechtigt sei, bei der Tariffestsetzung ihr Ermessen an Stelle desjenigen der swissgrid ag zu setzen.
Das Bundesverwaltungsgericht und das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation verzichten auf eine Vernehmlassung. Die ElCom beantragt die Abweisung der Beschwerde. Mit Eingabe vom 9. Juli 2012 äussert sich die swissgrid ag zur Vernehmlassung der ElCom.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den angefochtenen Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG) und die Beschwerdeführerin ist als nationale Netzgesellschaft, welche Systemdienstleistungen sicherstellt (Art. 20 Abs. 2 lit. b des Bundesgesetzes vom 23. März 2007 über die Stromversorgung [Stromversorgungsgesetz, StromVG; SR 734.7]) und die entsprechenden Kosten in Rechnung stellt (vgl. Art. 15 Abs. 2 Satz 2 StromVG) im Sinne von <ref-law> zur Beschwerde legitimiert.
1.2 Die Vorinstanz ist auf Ziffer 1 des bei ihr gestellten Rechtsbegehrens nicht eingetreten (vgl. E. 1.3 des angefochtenen Entscheides in Verbindung mit Ziffer 2 des Dispositivs), was die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht beanstandet. Nicht mehr Streitgegenstand bildet sodann die in Ziffer 2 Satz 2 sowie Ziffer 3 der ursprünglichen Verfügung angeordnete Aufteilung der allgemeinen Systemdienstleistungskosten auf Endverbraucher und Kraftwerke mit einer elektrischen Leistung von mindestens 50 MW, nachdem die Beschwerdeführerin diese Anträge im Laufe des vorinstanzlichen Verfahrens zurückgezogen hat. Die Vorinstanz hat sodann die Ziffern 7 bis 11 der Verfügung der ElCom bestätigt; sie hat allerdings dazu erwogen, die darin gesetzten Fristen seien längst abgelaufen; das Ansetzen neuer Fristen sei nicht sinnvoll, weil einzelne Berichte und Auskünfte in der Zwischenzeit obsolet geworden oder anderweitig erstattet oder erteilt worden sein könnten (vgl. angefochtener Entscheid E. 5). Die vor Bundesgericht gestellten Anträge beziehen sich formal auch auf diese Ziffern; in der Beschwerdebegründung, auf welche zur Interpretation des Rechtsbegehrens abgestellt werden kann, äussert sich die Beschwerdeführerin jedoch nicht zu diesen Aspekten, so dass darauf nicht weiter einzugehen ist. Streitgegenstand bildet somit einzig die von der ElCom verfügte Absenkung des Tarifs für allgemeine Systemdienstleistungen von 0.9 auf 0.77 Rp./kWh. Das zusätzlich gestellte Begehren, es sei festzustellen, dass die ElCom nicht berechtigt sei, bei der Tariffestsetzung ihr Ermessen an Stelle desjenigen der Beschwerdeführerin zu setzen, ist bloss ein zusätzliches Begründungselement und hat keine selbständige Bedeutung.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin betreibt als nationale Netzgesellschaft das Übertragungsnetz auf gesamtschweizerischer Ebene (Art. 18 StromVG). Sie sorgt dauernd für einen diskriminierungsfreien, zuverlässigen und leistungsfähigen Betrieb des Übertragungsnetzes (Art. 20 Abs. 1 StromVG). Dazu gehört insbesondere die Sicherstellung der Systemdienstleistungen (Art. 20 Abs. 2 lit. b StromVG), d.h. der für den sicheren Betrieb der Netze notwendigen Hilfsdienste (Art. 4 Abs. 1 lit. g StromVG). Sie beschafft die Systemdienstleistungen in einem marktorientierten, diskriminierungsfreien und transparenten Verfahren, soweit sie diese nicht selber erbringt (Art. 22 Abs. 1 Stromversorgungsverordnung vom 14. März 2008 [StromVV; SR 734.71]). Die daraus resultierenden allgemeinen Systemdienstleistungskosten gelten als Betriebskosten des Netzes (Art. 15 Abs. 2 Satz 2 StromVG) und damit als Teil des Netznutzungsentgelts, welches die nationale Netzgesellschaft den Netzbetreibern und den am Übertragungsnetz direkt angeschlossenen Endverbrauchern nach festgelegten Netznutzungstarifen in Rechnung stellt (Art. 14 Abs. 1-3 StromVG; <ref-law>).
2.2 Die Netzbetreiber sind zuständig für die Festlegung der Netznutzungstarife (<ref-law>). Das Stromversorgungsgesetz sieht für die Netznutzungstarife und -entgelte keine präventive Genehmigungspflicht vor (Urteil 2C_25/2011 und 2C_58/2011 vom 3. Juli 2012 E. 8.6.4, zur Publikation vorgesehen; vgl. auch <ref-ruling> E. 1.5 S. 526); es ist somit Sache der Beschwerdeführerin, die Preise für die Systemdienstleistungen festzusetzen (<ref-law>). Sie ist dabei aber an die Vorgaben von Gesetz und Verordnung gebunden. Das Netznutzungsentgelt darf die anrechenbaren Kosten sowie die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen nicht übersteigen (Art. 14 Abs. 1 StromVG). Als anrechenbare Kosten gelten die Betriebs- und Kapitalkosten eines sicheren, leistungsfähigen und effizienten Netzes; sie beinhalten einen angemessenen Betriebsgewinn (Art. 15 Abs. 1 StromVG). Dabei sind die Preise für die Systemdienstleistungen so festzulegen, dass die Kosten gedeckt werden (<ref-law>). Die ElCom ist zuständig, die von den Netzeigentümern festgesetzten Tarife zu überprüfen und gegebenenfalls abzusenken (Art. 22 Abs. 2 lit. a und lit. b StromVG; Urteil 2C_25/2011 und 2C_58/2011 vom 3. Juli 2012 E. 8.6.4, zur Publikation vorgesehen).
3. 3.1 Die ElCom hat in ihrer Verfügung vom 6. März 2009 (vgl. E. 4.3.3.5) einerseits ein von ihr in Auftrag gegebenes Gutachten zum Vergleich mit SDL-Preisen in anderen europäischen Ländern berücksichtigt; daraus ergab sich unter Berücksichtigung schweizerischer Besonderheiten ein Vergleichswert von 0.75 Rp./kWh. Andererseits hat sie ausgeführt, die im Rahmen der Festlegung des SDL-Tarifs erfolgten Kalkulationen basierten auf Kostenschätzungen für die SDL-Beschaffung mittels Ausschreibung, die im Januar 2009 durchgeführt worden seien, woraus sich Kosten von rund 555 Mio. Franken für die Regelleistungsvorhaltung ergäben. Der Monat Januar sei aber überdurchschnittlich teuer. Gemäss den Auktionsresultaten aus dem Jahre 2008 lägen die Kosten für Januar und Februar rund 25 % über dem Jahresmittelwert. Dementsprechend seien die Regelleistungskosten 25 % tiefer anzusetzen, was einen Betrag von rund 416 Mio. Franken ergebe (vgl. E. 4.3.3.6). Zu addieren seien weiter Kosten für den SDL-Betrieb von 27 Mio. Franken und Spannungshaltungskosten von 52 Mio. Franken, abzuziehen hingegen der Überschuss aus der Ausgleichsenergieabrechnung von 20 Mio. Franken. Dadurch resultierten unter Berücksichtigung weiterer, unbestrittener Abzüge totale SDL-Jahreskosten von 418 Mio. Franken, was - auf der Basis eines Jahresverbrauchs von 54.1 TWh - einen Tarif von 0.77 Rp./kWh ergebe (vgl. E. 4.3.3.7).
3.2 Die Vorinstanz hat dazu erwogen, der ElCom stehe als verwaltungsunabhängigem Fachorgan in dem höchst technischen Bereich der Stromversorgung ein "technisches Ermessen" bzw. ein gewisser Ermessens- und Beurteilungsspielraum zu (vgl. angefochtener Entscheid E. 3). Die ElCom stütze sich insbesondere auf ein Gutachten über internationale Vergleichswerte und nenne und beziffere die einzelnen Kostenfaktoren nachvollziehbar und unter Berücksichtigung schweizerischer Besonderheiten, namentlich der Kraftwerkstruktur. Sie habe damit innerhalb des ihr zustehenden "technischen Ermessens" gehandelt und den Tarif recht- und zweckmässig festgelegt (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.3.2).
3.3 Die Beschwerdeführerin kritisiert das Vorgehen der ElCom, für die Tarifjahre 2010 und 2011 zunächst eine vorsorgliche Verfügung und anschliessend die Hauptverfügung zu erlassen und schliesslich ex post die tatsächlich angefallenen Kosten zu überprüfen. Diese Kritik bezieht sich indes nicht auf die hier angefochtene Verfügung, so dass nicht weiter darauf einzugehen ist.
3.4 Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, der Betrieb des Übertragungsnetzes sei eine private Aufgabe; die ElCom habe nicht die Kompetenz, die Tarife nach ihrem eigenen Ermessen festzulegen. Ein aufsichtsrechtliches Eingreifen der ElCom in die Tarife der Beschwerdeführerin bedürfe einer hinreichenden gesetzlichen Grundlage und stelle einen Eingriff in deren Wirtschaftsfreiheit dar. Nach der gesetzlichen Regelung dürfe die ElCom nicht ihr Ermessen an die Stelle desjenigen der Netzbetreiberin setzen; die Aufsichtstätigkeit sei auf die Kontrolle der Gesetzmässigkeit beschränkt. Die Vorinstanzen hätten nicht berücksichtigt, dass der Netzbetrieb nicht nur effizient, sondern auch sicher und leistungsfähig sein müsse.
3.4.1 Der Beschwerdeführerin ist insofern zuzustimmen, dass die ElCom nur bei Gesetzesverstössen einzugreifen hat und sich nicht in das Ermessen der Netzbetreiber einmischen kann (vgl. E. 2.2 hiervor). Zur Gesetzmässigkeit der Netzkosten gehört freilich auch, dass diese kostenbasiert sind und der Betriebsgewinn der Netzbetreiber "angemessen" ist (Art. 15 Abs. 1 StromVG). Überhöhte Netzkosten bzw. unangemessen hohe Betriebsgewinne sind folglich gesetzwidrig und können zu einer Absenkung der Tarife durch die ElCom führen (Art. 22 Abs. 2 lit. b StromVG). Es liegt damit eine genügende formellgesetzliche Grundlage für ein Eingreifen der ElCom vor, ohne dass auf Art. 15 Abs. 2 lit. a letzter Satz StromVV abgestellt werden müsste, dessen Gesetzmässigkeit von der Vorinstanz in Frage gestellt wird (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.3.2). Angesichts dieser ausdrücklichen gesetzlichen Regelung ist auch die von der Beschwerdeführerin thematisierte Frage nicht ausschlaggebend, ob der Betrieb des Übertragungsnetzes und die Erbringung der Systemdienstleistungen eine private oder eine staatliche Aufgabe darstelle.
3.4.2 Wenn der Aufsichtsbehörde - wie im vorliegenden Fall - nur eine Gesetzmässigkeits- und keine Ermessensprüfung zukommt, kann auch das Bundesverwaltungsgericht nicht in den Ermessensbereich des Beaufsichtigten eingreifen (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 389); zugleich hat es darüber zu wachen, dass die Aufsichtsbehörde diesen Bereich respektiert. In der Beurteilung dessen, was ein angemessener Betriebsgewinn ist, kommt freilich der Aufsichtsbehörde ein gewisser Beurteilungsspielraum zu (vgl. zur Höhe des angemessenen Gewinns im Sinne von Art. 13 Abs. 1 lit. b des Preisüberwachungsgesetzes vom 20. Dezember 1985 [PüG; SR 942.20]: <ref-ruling> E. 6.8 S. 469 f.; zur Höhe der kostenorientierten Preise im Sinne von Art. 11 des Fernmeldegesetzes vom 30. April 1997 [FMG; SR 784.10]: <ref-ruling> E. 3.3.2 und E. 6; Urteil 2A.507/2006 vom 15. Januar 2007 E. 6, in: sic! 5/2007 S. 353). Es ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz trotz ihrer an sich umfassenden Kognition (vgl. <ref-law>) diesen Beurteilungsspielraum respektiert (<ref-ruling> E. 3 S. 39 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 493; <ref-ruling> E. 3.2 S. 263).
3.5 Die Beschwerdeführerin weist in allgemeiner Weise auf die Anforderungen an das Übertragungsnetz, die bevorstehenden Netzausbauten und ihren Ermessensspielraum hin und wirft der Vorinstanz eine mangelnde Auseinandersetzung mit der Verfügung der ElCom vor. Zutreffend ist zwar, dass die Vorinstanz ohne eingehende Begründung die Überlegungen der ElCom als nachvollziehbar beurteilt hat. Sie macht damit aber hinreichend klar, dass sie sich diesen Überlegungen anschliesst. Die Beschwerdeführerin setzt sich ihrerseits nicht im Einzelnen mit der von der Vorinstanz übernommenen Begründung der ElCom auseinander. Sie begründet ihre Auffassung, die verfügten Tarife seien zu tief, im Wesentlichen damit, die ElCom habe für das Jahr 2009 ex post mit Verfügung vom 14. April 2011 die tatsächlichen SDL-Beschaffungskosten in der Höhe von 540 Mio. Franken genehmigt, was zu einem allgemeinen SDL-Tarif von 1.11 Rp./kWh führe. Die von der Beschwerdeführerin ex ante geschätzten 0.9 Rp. lägen daher näher bei der Realität als die von der ElCom verfügten 0.77 Rp.
3.5.1 Nach <ref-law> dürfen im Verfahren vor Bundesgericht neue Tatsachen und Beweismittel nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Die Verfügung der ElCom vom 14. April 2011 erging zwar erst, nachdem die Parteien im vorinstanzlichen Verfahren ihre Schlussbemerkungen eingereicht hatten, aber vor dem angefochtenen Urteil; die Beschwerdeführerin hätte somit während des vorinstanzlichen Verfahrens die Verfügung noch einbringen können, da das Bundesverwaltungsgericht Sachverhaltsänderungen grundsätzlich bis zu seinem Entscheid berücksichtigt (ZIBUNG/HOFSTETTER, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, 2009, N. 36 zu <ref-law>; HANSJÖRG SEILER, a.a.O., N. 19 zu <ref-law>; WEISSENBERGER, a.a.O., N. 8 zu <ref-law>). Die Verfügung vom 14. April 2011 ist daher ein unzulässiges Novum.
3.5.2 Hinzu kommt, dass die Verfügung vom 14. April 2011 gemäss der Webseite der ElCom (http://www.elcom.admin.ch unter Dokumentation/Verfügungen, besucht am 13. November 2012) noch nicht rechtskräftig ist. Schliesslich sind in dieser publizierten Version der Verfügung die Zahlen als Geschäftsgeheimnisse geschwärzt. Die Beschwerdeführerin hat keine ungeschwärzte Version der Verfügung eingereicht, so dass das Bundesgericht, auch wenn die Verfügung noch berücksichtigt werden könnte, nicht in der Lage wäre, die geltend gemachten Zahlen zu verifizieren. Aus diesen Gründen kann die Verfügung vom 14. April 2011 im vorliegenden Verfahren nicht berücksichtigt werden.
3.6 Unabhängig davon ergibt sich aber aus dem Gesagten (vgl. E. 3.1 hiervor), dass die ElCom ihre Verfügung auf prognostische Schätzungen über die mutmasslich anfallenden Kosten gestützt hat. Es stand und steht damit nicht fest, dass die von der Beschwerdeführerin festgelegten Tarife tatsächlich gesetzwidrig sind. Sodann sind sich die Beteiligten einig, dass ungerechtfertigte Gewinne, die sich aus überhöhten Netznutzungstarifen ergeben, nachträglich in den Folgejahren zu kompensieren sind (<ref-law>; vgl. auch Weisung 4/2010 vom 10. Juni 2010 der ElCom "Deckungsdifferenzen aus den Vorjahren"; heute abgelöst durch die gleichnamige Weisung 1/2012 vom 19. Januar 2012; <ref-ruling> E. 1.5 S. 527).
Bei dieser Sachlage ist es aber problematisch, wenn die ElCom im Voraus aufgrund von blossen Schätzungen einen vom Netzbetreiber festgelegten Tarif absenkt: Erweisen sich im Nachhinein die Schätzungen des Netzbetreiber als zu hoch, so haben zwar während des Tarifjahres die Abnehmer zu viel bezahlt, was aber nachträglich ausgeglichen wird; ein gesetzwidriges Ergebnis resultiert damit letztlich nicht. Erweisen sich umgekehrt die Schätzungen der ElCom als zu tief, so bedeutet das, dass der Netzbetreiber während des Tarifjahres zu tiefe Einnahmen hatte; zwar kann auch dies nachträglich ausgeglichen werden, doch kann ein zu tiefes Entgelt zu Liquiditätsproblemen beim Netzbetreiber führen. Zudem führt die ex-ante-Korrektur durch die ElCom zu Rechtsunsicherheiten: Grundsätzlich wird der Netzbetreiber die von ihm festgelegten Tarife verrechnen. Verfügt die ElCom einen davon abweichenden Tarif und erhebt der Netzbetreiber dagegen Beschwerde, so hat diese grundsätzlich aufschiebende Wirkung (<ref-law>), so dass der Netzbetreiber weiterhin seinen Tarif in Rechnung stellen kann. Wird hingegen - wie im vorliegenden Verfahren - die aufschiebende Wirkung von der ElCom oder dem Bundesverwaltungsgericht entzogen (<ref-law>), so muss er bereits während der Dauer des Verfahrens seinen Tarif abändern und den von der ElCom festgelegten anwenden. Der Entscheid über die aufschiebende Wirkung kann zudem von Amtes wegen oder auf Beschwerde hin auch wieder geändert werden (<ref-law>), was zur Folge hat, dass der anwendbare Tarif während des Verfahrens gegebenenfalls erneut geändert werden muss. Schliesslich muss nachträglich aufgrund der effektiven Kostenrechnung die definitive Höhe festgelegt und ein Unterschied in der Folge ausgeglichen werden. Die ex-ante-Absenkung eines Tarifs kann somit zur Folge haben, dass für das gleiche Tarifjahr unter Umständen mehrmals die massgebenden Tarife geändert und dementsprechend den Abnehmern unterschiedliche Entgelte in Rechnung gestellt werden müssen. Im Hinblick auf die dadurch verursachten Umtriebe würde sich eine solche Absenkung nur rechtfertigen, wenn von vornherein der vom Netzbetreiber festgelegte Tarif mit Sicherheit oder hoher Wahrscheinlichkeit gesetzwidrig ist, aber nicht schon dann, wenn dies aufgrund von prognostischen Schätzungen als möglich erscheint.
3.7 Im vorliegenden Fall hat die ElCom ex ante aufgrund von blossen Schätzungen den von der Beschwerdeführerin festgelegten Tarif herabgesetzt. Dieses Vorgehen erscheint nach dem soeben Ausgeführten als fragwürdig. In der konkreten Situation rechtfertigt es sich allerdings nicht, den angefochtenen Entscheid aufzuheben: Einerseits steht nicht definitiv fest, wie hoch letztlich die anrechenbaren Systemdienstleistungskosten sind (vgl. E. 3.5 hiervor). Andererseits hat die ElCom in ihrer Verfügung in Bezug auf die Höhe der Systemdienstleistungskosten einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung entzogen. Das Bundesverwaltungsgericht wies mit Zwischenverfügung vom 15. Juni 2009 den Antrag der Beschwerdeführerin auf Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ab. Infolgedessen musste die Beschwerdeführerin während des ganzen Tarifjahres 2009 den von der ElCom verfügten Tarif (0.77 Rp./kWh) anwenden. Würde nun das Bundesgericht diesen Tarif aufheben, könnte die Beschwerdeführerin nachträglich für das Jahr 2009 wieder den von ihr ursprünglich festgesetzten Tarif (0.9 Rp./kWh) anwenden und den Abnehmern die Differenz nachbelasten. Nach der Rechtskraft der von der Beschwerdeführerin erwähnten Verfügung der ElCom vom 14. April 2011, mit welcher ex post der effektive Tarif festgelegt wird, wäre alsdann erneut ein Ausgleich vorzunehmen. Die Rechtsunsicherheit würde dadurch nur zusätzlich erhöht, ohne dass jemand einen erheblichen Nutzen daraus zöge, wird doch letztlich ohnehin ein Kostenausgleich zu schaffen sein.
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen im Sinne der Erwägungen abzuweisen. Aufgrund der Ausführungen in E. 3.7 hiervor rechtfertigt es sich, auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (<ref-law>). Die nicht anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, sowie dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. November 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger