Sachverhalt:
A. Am 3. Juli 2009 beantragte X._ die Gesamtbaubewilligung für den Abbruch der bestehenden Bauten und den Neubau eines Wohn- und Geschäftshauskomplexes mit Einstellhalle auf den Parzellen Bern Gbbl. Nrn. 162, 164, 171, 174, 198 und 201. Am 28. September 2010 erteilte die Einwohnergemeinde (EG) Bern die anbegehrte Bewilligung. Auf Beschwerde hin hob die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) die Gesamtbaubewilligung mit Entscheid vom 8. Februar 2011 auf und erteilte den Bauabschlag. Hierauf erhob X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern, wobei sie mit der Beschwerde ein Projektänderungsgesuch einreichte. Nach Durchführung einer Verhandlung hob das Verwaltungsgericht den Entscheid der BVE im Einvernehmen mit allen Verfahrensbeteiligten auf und wies die Sache zu neuem Entscheid unter Berücksichtigung des Projektänderungsgesuchs an die BVE zurück (Urteil vom 6. Juni 2011).
B. Aufgrund einer Stellungnahme des kantonalen Amts für Gemeinden und Raumordnung, welches Zweifel an der Bewilligungsfähigkeit des geänderten Projekts geäussert hatte, forderte die BVE die Bauherrschaft auf, ihr mitzuteilen, ob sie am Projektänderungsgesuch festhalte (Verfügung vom 2. August 2011). In der Folge zogen die ehemaligen Projektgegner ihre vormals bei der BVE eingereichte Beschwerde am 15. August 2011 "aufgrund anderweitiger Einigung mit der Bauherrschaft" zurück, worauf die BVE das Beschwerdeverfahren mit Entscheid vom 29. August 2011 als erledigt vom Geschäftsverzeichnis abschrieb, den Gesamtbauentscheid vom 28. September 2010 aufhob und die Sache zu neuem Entscheid unter Berücksichtigung des Projektänderungsgesuchs an die EG Bern zurückwies. Hiergegen erhob X._ wiederum Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern, wobei sie namentlich beantragte, es sei festzustellen, dass der Gesamtbauentscheid in Rechtskraft erwachsen sei. Mit Urteil vom 16. Januar 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C. Am 3. April 2012 hat X._ gegen dieses Urteil Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und das Beschwerdeverfahren vor der BVE abzuschreiben, eventuell die Sache an die BVE zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin rügt namentlich die Verletzung des Willkürverbots, des Prinzips der Gewaltentrennung, der Eigentumsgarantie und des Rechtsgleichheitsgebots.
Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die EG Bern und die BVE haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d sowie Abs. 2 BGG). Ein Ausschlussgrund gemäss <ref-law> liegt nicht vor. Die Beschwerdeführerin hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen, ist durch das angefochtene Urteil besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung (<ref-law>). Die Beschwerde wurde form- und fristgerecht erhoben (Art. 42 und 100 Abs. 1 BGG).
1.2 Mit dem angefochtenen Erkenntnis hat das Verwaltungsgericht die Angelegenheit nicht abschliessend beurteilt, sondern einen Rückweisungsentscheid der kantonalen Fachdirektion (BVE) bestätigt, welcher der Baubewilligungsbehörde (EG Bern) einen erheblichen Entscheidungsspielraum belässt. Ein derartiger die Rückweisung bestätigender Entscheid stellt keinen Endentscheid im Sinne von <ref-law> dar, sondern einen Zwischenentscheid (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 127). Ein Zwischenentscheid ist - von den hier nicht gegebenen Ausnahmen gemäss <ref-law> abgesehen - beim Bundesgericht nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> anfechtbar, d.h. wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Nach Meinung der Beschwerdeführerin sind die Voraussetzungen beider Ausnahmefälle gegeben.
Jedenfalls die Voraussetzungen von <ref-law> können hier als erfüllt gelten. Der Beschwerdeführerin geht es - obwohl dies in ihren Rechtsbegehren nicht zum Ausdruck kommt - um die Bestätigung, dass die ursprüngliche von der EG Bern erteilte Gesamtbaubewilligung vom 28. September 2010 (vgl. Sachverhalt Lit. A.) in Rechtskraft erwachsen ist und sie davon Gebrauch machen darf. Mit dem Rückweisungsentscheid wurde die EG Bern indessen von der BVE angewiesen, über das modifizierte Bauvorhaben gemäss Projektänderungsgesuch vom 11. März 2011 zu befinden. Einerseits würde ein gutheissendes Erkenntnis somit unmittelbar zum von der Beschwerdeführerin angestrebten Endentscheid führen, und andererseits würde es sie davon entheben, langwierige Bewilligungs- und allenfalls Rechtsmittelverfahren für ein Grossbauvorhaben mit den damit verbundenen Beweismassnahmen durchlaufen zu müssen, um erst hernach die sie schon jetzt vorrangig interessierende Rechtsfrage zur endgültigen Entscheidung bringen zu können. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt, das Verwaltungsgericht habe Art. 39 Abs. 1 des bernischen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 23. Mai 1989 (VRPG/BE) und Art. 43 des Baubewilligungsdekrets des Kantons Bern vom 22. März 1994 (BewD) willkürlich angewendet. Die erstgenannte Vorschrift bestimme, dass ein Verfahren nach dem Rückzug der Begehren zwingend abzuschreiben sei; die zweite Norm schliesse nicht aus, dass das ursprüngliche Baugesuch bzw. die ursprünglich erteilte Baubewilligung Verfahrensgegenstand bleibe, auch wenn im Verlauf des Verfahrens eine Projektänderung erfolge. Indem die Vorinstanz nur noch das geänderte Projekt als Gegenstand des Verfahrens, den Beschwerderückzug als nicht entscheidend und die ursprünglich erteilte Baubewilligung als hinfällig bezeichnet habe, sei sie in Willkür verfallen.
2.2 Das Verwaltungsgericht hat erwogen, wenn während laufendem Verfahren eine Projektänderung im Sinne von Art. 43 BewD eingereicht werde, trete nach Lehre und ständiger Rechtsprechung das geänderte Projekt an die Stelle des ursprünglichen; dieses sei nicht mehr Verfahrensinhalt und stehe nicht mehr zur Diskussion. Mit Einreichung ihres Projektänderungsgesuchs habe die Beschwerdeführerin somit auf ihr ursprüngliches Projekt verzichtet. Dieses sei hinfällig und der Gesamtbaubewilligung vom 28. September 2010 die Grundlage entzogen worden; sie könne nicht wieder aufleben. Im Umfang der geänderten Teile des Bauvorhabens sei das angehobene Beschwerdeverfahren, aus dem sich die Opponenten zurückgezogen hätten, gegenstandslos geworden. Zu prüfen gewesen sei indessen noch das geänderte Projekt. Der BVE als Beschwerdeinstanz habe es nach ausdrücklicher Vorschrift (Art. 43 Abs. 3 Satz 2 BewD) freigestanden, das geänderte Projekt nicht selber zu prüfen, sondern dieses an die Bewilligungsbehörde (EG Bern) zurückzuweisen.
2.3 Gemäss Art. 39 Abs. 1 VRPG/BE ist nach dem Wegfallen des rechtserheblichen Interesses am Erlass eines Entscheids im Verlaufe des Verfahrens insbesondere zufolge Rückzugs der Begehren das Verfahren von der instruierenden Behörde als erledigt vom Geschäftsverzeichnis abzuschreiben. Art. 43 BewD umschreibt den Begriff der Projektänderung (Abs. 1) und lässt diese unter Einhaltung bestimmter formeller Erfordernisse während des Baubewilligungsverfahrens (Abs. 2) und während eines anschliessenden Baubeschwerdeverfahrens vor der BVE (Abs. 3) zu. Vor dem Verwaltungsgericht sind Projektänderungen im Grundsatz ausgeschlossen (Abs. 4). Für Projektänderungen während der Bauausführung regelt Abs. 5 die Zuständigkeit für das diesfalls anzuhebende nachlaufende Verfahren.
Die erwähnten Normen gehören zum kantonalen Recht, dessen Auslegung und Anwendung das Bundesgericht nur auf Verfassungskonformität, insbesondere Willkür, überprüfen kann (<ref-law>). Willkür in der Rechtsanwendung liegt nach ständiger höchstrichterlicher Praxis vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen angefochtenen Entscheid aber nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (statt vieler <ref-ruling> E. 2.4 S. 5 m.H.).
2.4 Die Auslegung von Art. 43 BewD durch die Vorinstanz, wonach eine während des Baubewilligungs- oder Baubeschwerdeverfahrens eingereichte Projektänderung nicht im Sinne eines Eventualbegehrens neben das ursprüngliche Projekt tritt, sondern dieses ersetzt mit der Folge, dass es nicht mehr Verfahrensgegenstand ist, ist keineswegs willkürlich. Sie entspricht der Lehre (vgl. insbesondere ALDO ZAUGG/ PETER LUDWIG, Kommentar zum Baugesetz des Kantons Bern, 3. Aufl., 2007, Bd I, N 13c zu Art. 32 BauG) und publizierten Praxis (BVR 1989 S. 400 E. 2 S. 401 m.H.). Im Unterschied zum Zivilprozess, in dem eine Klagenhäufung aus prozessökonomischer Sicht sinnvoll sein kann, erfordert ein Baubewilligungsverfahren oft umfangreiche und aufwendige Abklärungen. Diese sollen auf das beabsichtigte Vorhaben beschränkt bleiben und nicht auf Varianten ausgedehnt werden können. Nicht nur die Verwaltungsarbeit, sondern auch die Mitwirkung Dritter würde übermässig erschwert, wenn zugleich mehrere Varianten zu prüfen wären, von denen letztendlich höchstens eine realisiert werden kann (vgl. BVR 1989 S. 400 E. 2b S. 402). Es liesse sich auch die Frage aufwerfen, ob ein Gesuchsteller überhaupt noch ein hinreichendes Rechtsschutzinteresse an der Prüfung des ursprünglich beabsichtigten Bauvorhabens und an der Weiterführung des diesbezüglichen Verfahrens hat, nachdem er das Projekt in veränderter Form eingereicht hat und verwirklichen will. Jedenfalls ist es in keiner Weise abwegig oder unvertretbar, die erwähnte Vorschrift in dem Sinne auszulegen, dass jeweils nur ein Projekt - das aktuell unterbreitete - Gegenstand der Prüfung durch die Baubewilligungs- und Rechtsmittelbehörden sein kann.
2.5 Bei diesem Ergebnis ist es nicht unhaltbar, sondern logisch und folgerichtig, das ursprünglich angehobene, obsolet gewordene Bewilligungs- bzw. Rechtsmittelverfahren als gegenstandslos zu betrachten, soweit überhaupt erforderlich als erledigt abzuschreiben und das Verfahren nur noch mit dem geänderten Bauvorhaben weiterzuführen. Eine ursprünglich erteilte, aber angefochtene Baubewilligung ist im Falle der Projektänderung während des Verfahrens nicht mehr Verfahrensgegenstand und kann, da über sie oberinstanzlich nicht mehr entschieden wird, nicht in Rechtskraft erwachsen. Sie wird mit der Ersetzung des ursprünglichen Vorhabens durch ein neues bzw. der Abschreibung des Verfahrens hinfällig, wie das Verwaltungsgericht zutreffend ausgeführt hat. Daraus ergibt sich zwangsläufig, dass ein nach erfolgter Projektänderung erklärter Rückzug der Gegnerschaft aus dem Verfahren nur das noch laufende Verfahren (betreffend das geänderte Projekt) betreffen kann. Mit Bezug auf ein bereits gegenstandslos gewordenes Verfahren entfaltet eine Rückzugserklärung keine Rechtswirkungen. Wenn die kantonalen Behörden dem Beschwerderückzug der Gegenerschaft daher nur für das künftige Verfahren (betreffend das geänderte Projekt) Bedeutung zugemessen haben, kann ihnen deshalb keineswegs eine willkürliche Anwendung von Art. 39 Abs. 1 VRPG/BE vorgeworfen werden. Ihre Rechtsauffassung erscheint vielmehr überzeugend. Zutreffend ist auch, dass die BVE nach dem Beschwerderückzug mit dem geänderten Projekt befasst blieb, für das noch keine Baubewilligung vorlag. Zu Recht bestreitet die Beschwerdeführerin nicht, dass es der BVE unbenommen war, das modifizierte Projekt zur weiteren Prüfung an die Baubewilligungsbehörde zurückzuweisen (Art. 43 Abs. 2 Satz 2 BewD).
2.6 Im Übrigen scheint die Beschwerdeführerin in ihrer Beschwerde vom 11. März 2011 mit Projektänderungsgesuch an das Verwaltungsgericht noch die gleiche Rechtsauffassung vertreten zu haben. Jedenfalls schrieb sie in dieser Rechtsschrift, "das Projektänderungsgesuch ersetzt das ursprüngliche Bauvorhaben" (Art. 2 S. 5 und Art. 11 S. 38) und sie stellte auch klar, dass nicht etwa die Projektänderung, sondern die Rückweisung an die BVE eventualiter beantragt werde (Art. 5 S. 6). Es ist nicht recht nachvollziehbar, wie sie nun zum Ergebnis gelangen kann, das ursprüngliche Bauvorhaben sei im Sinne eines Eventualbegehrens doch Verfahrensgegenstand geblieben und die seinerzeit erteilte Baubewilligung sei mit dem später erklärten Beschwerderückzug der Gegenerschaft in Rechtskraft erwachsen.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin bringt unter Hinweis auf Art. 69 Abs. 4 lit. a KV/BE weiter vor, das angefochtene Urteil verstosse gegen das Prinzip der Gewaltentrennung, weil die zitierte Dekretsnorm keine genügende gesetzliche Grundlage zur Weiterführung eines (Beschwerde-)Verfahrens trotz Rückzugs der Beschwerde abgebe. Hierzu ist zum einen festzuhalten, dass der Beschwerderückzug - wie ausgeführt (E. 2.5 hiervor) - ein Rechtsmittel betraf, das wegen Änderung des Projekts im weiteren Verfahrensverlauf bereits gegenstandslos geworden war; die Frage der Weiterführung eines Verfahrens trotz Rückzugs der Beschwerde betreffend den gleichen Streitgegenstand stellte sich richtig besehen gar nicht. Zum andern genügt Art. 43 BewD durchaus als gesetzliche Basis für das gerügte Vorgehen: Die Art. 69 Abs. 1 und 74 Abs. 1 KV/BE erlauben grundsätzlich die Übertragung von Gesetzgebungsbefugnissen des Volkes an den Grossen Rat, wenn die Delegation auf ein bestimmtes Gebiet beschränkt ist und das Gesetz den Rahmen der Delegation festlegt (<ref-ruling> E. 4a S. 219; vgl. auch ROLAND FEUZ, Altrechtliche Dekrete unter der neuen Kantonsverfassung; ein Beitrag zur Auslegung von Art. 69 KV, in BVR 2001 S. 145 ff.). Das trifft für das Baubewilligungs- und -beschwerdeverfahren zu, dessen nähere Regelung durch Art. 143 Abs. 1 lit. b des bernischen Baugesetzes vom 9. Juni 1985 ausdrücklich auf die Dekretsstufe verwiesen wird. Das weitere Erfordernis, wonach alle grundlegenden und wichtigen Rechtssätze des kantonalen Rechts in der Form des Gesetzes zu erlassen sind (Art. 69 Abs. 4 KV/BE), gibt ebenfalls zu keinen rechtlichen Bedenken Anlass. Zwar handelt es sich bei der Regelung der Zulässigkeit und der Modalitäten von Projektänderungen während des laufenden (Beschwerde-)Verfahrens durchaus um Fragen mit einem gewissen Gewicht (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 219; WALTER KÄLIN/URS BOLZ, Handbuch des bernischen Verfassungsrechts, 1995, S. 132; BEAT STALDER, Das Dekret im bernischen Recht, in BVR 1990 S. 265 ff., S. 320). Indessen geht es - jedenfalls soweit hier interessierend - klarerweise um Bestimmungen von sekundärer Bedeutung, um typisches Ausführungsrecht (vgl. ROLAND FEUZ, a.a.O., S. 151 f.). Art. 43 BewD eröffnet die Möglichkeit der Projektanpassung nach angehobenem Bewilligungsverfahren und beschränkt sie zugleich. Die Regelung berührt aber die Rechtsstellung des Bauherrn nur marginal und auferlegt ihm namentlich keine besonderen Verpflichtungen. Es bleibt ihm unbenommen, im Rahmen der anwendbaren Bau- und Planungsvorschriften nacheinander Projekte zur Prüfung vorzulegen wie es ihm beliebt. Art. 43 BewD betrifft nur die Änderungsmöglichkeiten während der Prüfungsphase und der Bauausführung. Von einer Bestimmung über "die Grundzüge der Rechtsstellung des einzelnen" (vgl. Art. 69 Abs. 4 lit. a KV/BE), die der Gesetzesform bedürfte, kann entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht die Rede sein. Die Dekretsform erscheint für Regelungen wie die streitbetroffene im Übrigen ohne Weiteres geeignet (vgl. ROLAND FEUZ, a.a.O., S. 152). Es ist deshalb nicht einzusehen, weshalb der erwähnten Norm nicht die Funktion einer gesetzlichen Basis für das zu beurteilende behördliche Vorgehen zukommen sollte.
3.2 Die Rüge der Verletzung der Eigentumsgarantie (<ref-law>) bzw. der Baufreiheit ist ebenfalls unbegündet. Wie soeben ausgeführt, greift die Regelung von Art. 43 BewD höchstens am Rande in die Rechtsstellung des Bauherrn ein und genügt sie den verfassungsmässigen Anforderungen an eine gesetzliche Grundlage für derartige Beschränkungen.
3.3 Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, das angefochtene Urteil verstosse gegen den Verhältnismässigkeitsgrundsatz (vgl. <ref-law>), rügt er ein verfassungsmässiges Prinzip, aber kein Grundrecht (<ref-ruling> E. 4.1 S. 156). Im Zusammenhang mit der Überprüfung von kantonalem Recht fällt diese Rüge mit dem Willkürvorwurf zusammen (<ref-ruling> E. 4.2 u. 4.3 S. 157 f.). Hierzu kann auf das bereits Ausgeführte (E. 2.4 und 2.5) verwiesen werden.
3.4 Der Vorwurf rechtsungleicher Behandlung (<ref-law>) ist ebenfalls unbegründet. Es bestehen sachliche Gründe, um einen Beschwerderückzug vor der Änderung eines Projekts verfahrensmässig anders zu behandeln als einen Rückzug der seinerzeitigen Beschwerde nach der Vornahme einer Projektänderung. Anders als die Beschwerdeführerin meint (S. 36 der Beschwerde), liegt die richtige Anwendung der bau- und planungsrechtlichen Vorschriften nicht nur im Interesse der direkt betroffenen Privatpersonen, sondern auch im öffentlichen (bzw. Allgemein-)Interesse. Ein aufgegebenes, nie rechtskräftig bewilligtes Vorhaben kann deshalb nicht einfach als zulässig und bewilligt gelten, weil die seinerzeitigen Opponenten erklären, sie liessen ihre Einwände gegen dieses Projekt fallen. Eine solche Erklärung wäre - auch aus dem Blickwinkel der Rechtsgleichheit - nur erheblich, wenn nicht nur das geänderte, sondern ebenfalls noch das ursprüngliche Projekt Verfahrensgegenstand wäre. Das aber durften die kantonalen Behörden in willkürfreier Anwendung des einschlägigen kantonalen Rechts verneinen.
4. Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde unbegründet und abzuweisen. Bei diesem Ergebenis wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Parteientschädigungen sind nicht geschuldet (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Einwohnergemeinde Bern, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Juni 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle