Sachverhalt:
A. A.a Die 1978 geborene R._ war als Innendekorateurin bei der Firma X._ angestellt und in dieser Eigenschaft bei den Elvia Versicherungen (heute: Allianz Suisse Versicherungen; nachfolgend: Allianz) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 22. April 2000 erlitt sie als Mitfahrerin auf dem Motorrad ihres Lebenspartners bei einer Kollision mit einem Auto eine Hirnerschütterung, eine Milzruptur und einen Niereninfarkt links mit posttraumatischer Schädigung der Nierenarterie. Als Folge des Unfalles resultierte eine Schrumpfniere links. Mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 10. September 2002 sprach ihr die Allianz eine Integritätsentschädigung aufgrund einer Integritätseinbusse von 20 % zu. Mit Verfügung vom 22. Dezember 2003 und Einspracheentscheid vom 19. Juli 2004 lehnte die Allianz es ab, über den 10. September 2002 hinaus weitergehende Leistungen zu erbringen. Auf Beschwerde der Versicherten hin hob das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 6. Januar 2005 den Einspracheentscheid der Allianz vom 19. Juli 2004 auf und wies die Sache zu weiteren medizinischen Abklärungen an die Allianz zurück. Die von der Allianz hiegegen erhobene Beschwerde wies das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 11. Oktober 2005 (U 72/05) ab.
A.b In Nachachtung dieser Gerichtsentscheide beauftragte die Allianz Dr. med. A._, Fachärztin FMH für Neurologie, mit der Erstellung eines Gutachtens. Diese zog PD Dr. phil. C._, Abteilungsleiter der neuropsychologischen Abteilung des Spitals B._, als neuropsychologischen Teilgutachter bei und erstattete ihr Gutachten am 21. November 2006. Die Allianz stellte daraufhin der Gutachterin mit Schreiben vom 3. Januar 2007 Erläuterungsfragen, ohne die Versicherte über dieses Vorgehen zu informieren. Dr. med. A._ nahm zu diesen Fragen mit Schreiben vom 15. Januar 2007 Stellung. Am 19. Januar 2007 bat die Allianz Dr. med. D._, Spezialärztin FMH für Neurologie, um eine Aktenbeurteilung, welche diese am 13. Februar 2007 erstattete. Nach Gewährung des rechtlichen Gehörs verneinte die Allianz mit Verfügung vom 20. März 2007 und Einspracheentscheid vom 25. September 2007 einen Leistungsanspruch der Versicherten.
B. Die von R._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 19. März 2009 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt R._, ihr seien unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides eine Rente und eine Integritätsentschädigung zuzusprechen.
Während die Allianz auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Rechtsprechungsgemäss ist der Sozialversicherungsträger sowohl im Verfahren vor dem kantonalen Versicherungsgericht als auch im Verfahren vor dem Bundesgericht verpflichtet, die gesamten Akten und nicht nur jene Aktenstücke einzureichen, welche er als notwendig und für die Beurteilung des Falles entscheidend betrachtet (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 196 mit Hinweis auf das Urteil U 422/00 vom 10. Oktober 2001 E. 2a). Vorliegend finden sich indessen keine Anhaltspunkte dafür, dass die Beschwerdegegnerin dieser Verpflichtung nicht nachgekommen wäre; der diesbezügliche Antrag der Beschwerdeführerin ist somit abzuweisen.
3. Mit Verfügung vom 10. September 2002 sprach die Beschwerdegegnerin der Versicherten eine Integritätsentschädigung aufgrund einer Integritätseinbusse von 20 % zu. Diese Verfügung ist unangefochten in Rechtskraft erwachsen. Gemäss <ref-law> sind Revisionen von rechtskräftig zugesprochenen Integritätsentschädigungen nur im Ausnahmefall möglich, wenn die Verschlimmerung von grosser Tragweite ist und nicht voraussehbar war. Da die Beschwerdeführerin allerdings nicht vorbringt, diese Voraussetzungen zu erfüllen und diese auch nicht offensichtlich gegeben sind, ist die Beschwerde, soweit die Ausrichtung einer weiteren bzw. höheren Integritätsentschädigung betreffend, abzuweisen.
4. Zu prüfen ist demgegenüber, ob die Versicherte in Folge des Ereignisses vom 22. April 2000 Anspruch auf eine Invalidenrente hat. Dabei steht fest und ist unbestritten, dass ein solcher Anspruch nur dann besteht, wenn die nach dem 10. September 2002 geklagten, organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden als natürlich und adäquat kausale Unfallfolgen zu gelten haben. Wie das Eidgenössische Versicherungsgericht (EVG) mit Urteil vom 11. Oktober 2005 (U 72/05) festgehalten hat, wäre ein allfälliger natürlicher Kausalzusammenhang auch adäquat und damit rechtsgenüglich. Betreffend dem Bestand eines natürlichen Kausalzusammenhanges wies das EVG die Sache zur Vornahme weiterer Abklärungen an die Beschwerdegegnerin zurück.
5. 5.1 In Nachachtung dieses Urteils veranlasste die Beschwerdegegnerin eine Begutachtung der Versicherten bei Dr. med. A._. Nachdem diese ihr Gutachten am 21. November 2006 erstattet hatte, ersuchte die Versicherung - ohne die Versicherte über diesen Schritt zu informieren - die Gutachterin mit Schreiben vom 3. Januar 2007 um die Beantwortung von Erläuterungsfragen. Es ist daher zunächst zu prüfen, ob diese Vorgehensweise zulässig war und in welchem Zeitpunkt es Versicherungsträger und versicherter Person möglich ist, dem Gutachter Ergänzungsfragen zu stellen.
5.2 Im sozialversicherungsrechtlichen Abklärungsverfahren obliegt die Leitung des Verfahrens dem Versicherungsträger (Grundsatz des Amtsbetriebes); dieser hat einen Sozialversicherungsfall hoheitlich zu bearbeiten (vgl. <ref-law>) und mit dem Erlass einer materiellen Verfügung zu erledigen (vgl. <ref-law>). Partizipatorische, auf präventive Mitwirkung im Rahmen der Gutachtensbestellung abzielende Verfahrensrechte stehen dabei in einem Spannungsverhältnis zum Gebot des raschen und einfachen Verfahrens (vgl. <ref-law>). Anzustreben ist ein vernünftiges Verhältnis zwischen den Mitwirkungsrechten im Verwaltungsverfahren und dem Ziel einer raschen und korrekten Abklärung (vgl. <ref-ruling> E. 6.5 S. 109). Aus diesen Grundsätzen zog das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 7.4 S. 449 den Schluss, <ref-law> sei für das Sozialversicherungsverfahren mit Bezug auf die Parteirechte hinsichtlich der Fragen an die Sachverständigen abschliessend, weshalb die weitergehende Regelung von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> keine Anwendung findet. Die Rechte der versicherten Person würden insofern gewahrt bleiben, als sie sich im Rahmen des rechtlichen Gehörs zum Beweisergebnis wird äussern und erhebliche Beweisanträge wird vorbringen können (<ref-law>; <ref-law>).
5.3 Gemäss <ref-law> und <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Sie brauchen indessen nach <ref-law> nicht angehört zu werden vor Verfügungen, welche durch Einsprache anfechtbar sind. Rechtsprechungsgemäss bezieht sich die im ATSG vorgesehene Einschränkung des rechtlichen Gehörs lediglich darauf, dass die versicherte Person sich bei Verfügungen, welche durch Einsprache anfechtbar sind, nicht vorgängig zum vorgesehenen Entscheid äussern kann; die übrigen Aspekte des verfassungsmässigen Rechts sind von der Einschränkung nicht betroffen (<ref-ruling> E. 4 S. 371 ff.). In Verfahren, welche mittels durch Einsprache anfechtbare Verfügung abgeschlossen werden, braucht der Versicherungsträger ein eingeholtes Gutachten grundsätzlich nicht vor Verfügungserlass zunächst der versicherten Person zuzustellen (<ref-ruling> E. 7 S. 375 f.).
5.4 Hält der Versicherungsträger bei Vorliegen eines externen Gutachtens Erläuterungs- oder Ergänzungsfragen für notwendig, so ist er berechtigt, der Gutachtensperson solche zu stellen (<ref-ruling> E. 4d S. 215). Aufgrund ihres Rechtes, sich zum Beweisergebnis zu äussern und erhebliche Beweisanträge vorzubringen, darf auch die versicherte Person solche Fragen an den Experten richten. Zur Beschleunigung des Verfahrens und damit sich die begutachtende Person nicht immer wieder von Neuem mit dem Dossier auseinandersetzen muss, erscheint es angebracht, die zusätzlichen Fragen beider Parteien gleichzeitig dem Gutachter zu unterbreiten. Dies schliesst eine einseitige Vorgehensweise des Versicherungsträgers aus. <ref-ruling> E. 7 S. 375 f. ist demnach dahingehend zu präzisieren, dass der Versicherungsträger dann, wenn er der Gutachtensperson Erläuterungs- oder Ergänzungsfragen zu stellen gedenkt, er die versicherte Person darüber zu informieren und ihr eine Kopie des Gutachtens zuzustellen hat. Damit erhält die versicherte Person Gelegenheit, auch ihrerseits solche Fragen zu stellen. Der Versicherungsträger wird anschliessend die allfälligen ergänzenden - sachdienlichen - Fragen der versicherten Personen zusammen mit seinen eigenen an die begutachtende Person zur Beantwortung weiterleiten. Dies gilt auch in Verfahren, welche mittels durch Einsprache anfechtbare Verfügung abgeschlossen werden.
5.5 Festzuhalten ist demnach, dass die einseitige Vorgehensweise der Beschwerdegegnerin, der Gutachterin Erläuterungsfragen zu stellen, noch ehe sie der Versicherten eine Kopie des Gutachtens zugestellt hatte, unzulässig war. Da die Versicherte in der Folge auf eigene Erläuterungs- oder Ergänzungsfragen verzichtet hat und bezüglich der ergänzenden Erläuterungen der Dr. med. A._ vom 15. Januar 2007 keine weiteren Anträge stellt, kann dieser Verfahrensmangel indessen als geheilt betrachtet werden (vgl. auch Urteil U 145/06 vom 31. August 2007 E. 4 und 5).
6. 6.1 Nach Vorliegen der ergänzenden Erläuterung der Dr. med. A._ übersandte die Beschwerdegegnerin die Akten an Dr. med. D._ zur Erstellung eines Aktengutachtens. Diese erstattete ihren Bericht am 13. Februar 2007. Die Beschwerdeführerin macht geltend, dieses Vorgehen sei rechtsmissbräuchlich gewesen, und beantragt die Entfernung dieses Berichts aus den Akten.
6.2 Die Beschwerdegegnerin hat nach Vorliegen des Gutachtens der Dr. med. A._ nicht eine - allenfalls rechtsmissbräuchliche (vgl. SVR 2007 UV Nr. 33 S. 111, U 571/06 E. 4.2) - erneute Begutachtung im Verfahren nach <ref-law> angeordnet. Sie hat indessen das Gutachten einer medizinischen Fachperson ihres Vertrauens unterbreitet, damit diese zur medizinischen Nachvollziehbarkeit und Schlüssigkeit Stellung nehme. Eine solche Vorgehensweise ist grundsätzlich zulässig. Allerdings ist zu beachten, dass den (Akten-)Berichten von Sachverständigen, welche nicht im Verfahren nach <ref-law> eingeholt werden, praxisgemäss nicht der gleiche Beweiswert wie einem Gutachten zukommen (<ref-ruling> E. 4.7 S. 471; Urteil 8C_63/2009 vom 25. Januar 2010 E. 5.2.2). Da dem nicht im Verfahren nach <ref-law> eingeholten Bericht der Dr. med. D._ nicht höherer Beweiswert zukommt als der Stellungnahme eines versicherungsinternen Arztes, kann vorliegend offenbleiben, ob sie als Vertrauensärztin der Beschwerdegegnerin zu gelten hätte. Dem Antrag der Versicherten, den Bericht aus den Akten zu entfernen, ist indessen nicht stattzugeben.
7. 7.1 Gemäss dem in vorliegender Sache ergangenen Urteil U 72/05 vom 11. Oktober 2005 ist ein allfälliger natürlicher Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und den geklagten, organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden auch adäquat. Daraus folgt, dass die Beschwerdegegnerin auch für allenfalls nicht im Sinne der Rechtsprechung organisch hinreichend nachweisbare Unfallfolgen Leistungen zu erbringen hat. Dr. med. A._ weist in ihrer ergänzenden Stellungnahme vom 15. Januar 2007 zu Recht darauf hin, dass es bei dieser Ausgangslage widersprüchlich wäre, die Unfallkausalität einzig mit dem Argument zu verneinen, die Beschwerden seien organisch nicht hinreichend nachweisbar.
7.2 Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist praxisgemäss entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, erfüllt das Gutachten der Dr. med. A._ vom 21. November 2006 diese Anforderungen nur teilweise. Insbesondere wird in diesem Gutachten nicht nachvollziehbar aufgezeigt, wie die Versicherte einerseits im Zeitpunkt des Gutachtens aufgrund ihres unfallkausalen Leidens zu 20 % in ihrer Arbeitsfähigkeit eingeschränkt war, anderseits aber die Versicherte nach ihrem Unfall ab November 2000 bis September 2002 in einer Bäckerei beschäftigt war, wobei die Arbeitsbelastung objektiv weit über 100 % gewesen sein soll. Dieser Widerspruch wird im Gutachten nicht aufgelöst. Da im Sozialversicherungsrecht der Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit gilt (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 181), vermögen auch die Ausführungen der Dr. med. D._ in ihrem Aktenbericht vom 13. Februar 2007, wonach die geklagten Beschwerden nicht zwingend auf das Unfallereignis zurückzuführen sind, wenig zur Klärung der hier streitigen Belange beitragen. Zudem bestehen bereits aufgrund des Gutachtens der Dr. med. A._ Zweifel an der Zuverlässigkeit und Richtigkeit der Schlussfolgerungen der einer versicherungsinternen Fachperson gleichgestellten (vgl. E. 6.2 hievor) Ärztin.
7.3 Bei dieser Ausgangslage schloss die Vorinstanz bezüglich des natürlichen Kausalzusammenhanges auf Beweislosigkeit; die Folgen dieser Beweislosigkeit habe die Beschwerdeführerin zu tragen. Diese Beweisregel griffe allerdings erst Platz, wenn es sich als unmöglich erwiese, im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes aufgrund einer Beweiswürdigung einen Sachverhalt zu ermitteln, der zumindest die Wahrscheinlichkeit für sich hat, der Wirklichkeit zu entsprechen (<ref-ruling> E. 3b S. 264). So verhält es sich vorliegend indessen nicht, ist doch von weiteren Abklärungen noch eine Klärung der streitigen Belange zu erwarten. Die Beschwerde ist entsprechend gutzuheissen, Einsprache- und kantonaler Gerichtsentscheid sind aufzuheben und die Sache ist an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen, damit diese durch eine rechtsprechungskonforme Begutachtung kläre, ob und gegebenenfalls ab welchem Zeitpunkt bei der Beschwerdeführerin eine unfallkausale Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit bestanden hat. Anschliessend wird sie über den Rentenanspruch neu zu verfügen haben.
8. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Als unterliegende Partei hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5). Diese hat der Beschwerdeführerin überdies eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 19. März 2009 und der Einspracheentscheid der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft vom 25. September 2007 aufgehoben werden und die Sache an die Beschwerdegegnerin zurückgewiesen wird, damit diese, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. Mai 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer