Erwägungen:
1. Die Werkkommission E._ auferlegte am 20. Februar 2008 X._ und seiner Ehefrau die Kosten der Ersatzvornahme für die Sanierung von deren privaten Schmutzwasserkanalisation. Am 12. Dezember 2008 wies der Bezirksrat Winterthur einen gegen diesen Beschluss erhobenen Rekurs von X._ ab. Auf die hiergegen erhobene Beschwerde, datiert vom 27. April 2009, trat der Einzelrichter der 3. Abteilung des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich mit Verfügung vom 25. Mai 2009 wegen Verspätung nicht ein.
X._ gelangte dagegen mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 1. Juli 2009 ans Bundesgericht.
Das Verwaltungsgericht hat die Akten eingereicht; weitere Instruktionsmassnahmen (Schriftenwechsel etc.) sind nicht angeordnet worden.
2. 2.1 Gemäss <ref-law> haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten (Abs. 1). Dabei ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Abs. 2); es muss sich dabei um schweizerisches Recht handeln (<ref-law>). Die Begründung muss sachbezogen sein, d.h. sich mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids, die für dessen Ergebnis ausschlaggebend sind, auseinandersetzen. Wird ein Nichteintretensentscheid angefochten, hat sich die Beschwerdebegründung auf den von der Vorinstanz herangezogenen Nichteintretensgrund zu beziehen; beruht der (Nichteintretens-)Entscheid wie vorliegend auf kantonalem (Verfahrens-)Recht, fällt praktisch nur die Rüge der Verletzung verfassungsmässiger Rechte in Betracht, welche spezifischer Begründung bedarf (<ref-law>); namentlich genügt appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht.
2.2 Gemäss § 53 des zürcherischen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG) ist die Beschwerde innert 30 Tagen seit Mitteilung der weiterziehbaren Anordnung beim Verwaltungsgericht schriftlich einzureichen.
Der Rekursentscheid des Bezirksrats vom 12. Dezember 2008 wurde am 18. März 2009 versandt und vom Beschwerdeführer am 28. März 2009 entgegengenommen. Damit lief die Beschwerdefrist von 30 Tagen gemäss § 53 des zürcherischen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG) am 27. April 2009 ab. Gemäss Feststellung des Verwaltungsgerichts, die vom Beschwerdeführer nicht bestritten wird, ist der Briefumschlag der mit A-Post versandten Beschwerde mit dem Poststempel vom 28. April 2009 versehen. Der Beschwerdeführer weist allerdings darauf hin, dass er die Beschwerde bereits am Vorabend (27. März 2009) um 21.30 in Winterthur in den Hauptpost-Briefkasten eingeworfen habe, was er auf der Rückseite des Briefumschlags vermerkt habe.
Der allgemeine Grundsatz von <ref-law>, wonach derjenige das Vorhandensein einer behaupteten Tatsache beweisen muss, der aus ihr Rechte ableitet, ist auch im Prozessrecht massgeblich. So trifft die Beweislast für die Rechtzeitigkeit einer Prozesshandlung im Verfahren grundsätzlich jene Partei, welche diese Handlung vorzunehmen hat (<ref-ruling> E. 3 S. 257); dies gilt insbesondere für die Frage, ob eine Eingabe noch innert der Frist bei der Post aufgegeben worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 184 f; Urteil 2A.500/2001 vom 30. Januar 2002 E. 2b, zusammengefasst in StR 57/2002 668). Der vom Beschwerdeführer selber auf dem Briefumschlag angebrachte Hinweis darüber, dieser sei am 27. April 2009 "eingeworfen" worden (richtigerweise könnte er ohnehin bloss bestätigen, dass er vorhabe, den Umschlag in nächster Zeit einzuwerfen), erweist sich als reine Parteibehauptung, die nicht als Beweis für die rechtzeitige Postaufgabe gelten kann und damit irrelevant ist. Inwiefern die angefochtene Nichteintretensverfügung bei dieser Ausgangslage verfassungsmässige Rechte oder sonstwie schweizerisches Recht verletzen könnte, zeigt der Beschwerdeführer in seiner Eingabe vom 1. Juli 2009 nicht in einer den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 (bzw. Art. 106 Abs. 2) BGG genügenden Weise auf. Es fehlt offensichtlich an einer hinreichenden Beschwerdebegründung (<ref-law>), weshalb auf die Beschwerde im vereinfachten Verfahren gemäss <ref-law> nicht einzutreten ist.
2.3 Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (Art. 65 BGG) dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Werkkommission E._, dem Bezirksrat Winterthur und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juli 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Feller