Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung(Verwaltungsgerichtsbeschwerden gegen den Entscheid des Präsidenten des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 16. Mai 2000 und des Verwaltungsgerichts vom 26. Mai 2000), hat sich ergeben:
A.- Die Stadtpolizei Zürich eruierte P._ (geb. 1972) als Drogenabnehmer. Anlässlich der Einvernahme vom 16. März 2000 erklärte er, dass er in begrenztem Rahmen Haschisch durch Rauchen und "vielleicht einmal an einer Party Kokain durch Schnupfen" konsumiere. Haschisch konsumiere er seit er ca. 16-jährig sei. Kokain konsumiere er seit er ca. 20 Jahre alt sei, meistens an Festen oder Geburtstagen.
Der Polizeirichter der Stadt Zürich büsste P._ am 30. März 2000 wegen unbefugten Umganges mit Betäubungsmitteln (<ref-law>) mit Fr. 300.--. Gegen diese Bussenverfügung liess P._ Einsprache einreichen.
Das Verfahren ist noch hängig.
B.- Das Verkehrsamt des Kantons Schwyz verfügte am 4. April 2000, P._ habe sich wegen dringenden Verdachts einer Drogensucht einer verkehrsmedizinischen Untersuchung zu unterziehen. Die Untersuchung verband es mit der Auflage, dass P._ vorgängig mindestens 6 negative Urinproben beibringe. Gleichzeitig ordnete es einen vorsorglichen Führerausweisentzug an und entzog einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung.
Eine Einsprache von P._ vom 14. April 2000 mit dem Antrag, der vorsorgliche Sicherungsentzug sei aufzuheben, wies das Amt am 27. April 2000 ab.
Am 20. April 2000 erhob P._ Beschwerde gegen die Verfügung vom 4. April 2000 und am 2. Mai 2000 gegen diejenige vom 27. April 2000. Mit Zwischenbescheid vom 16. Mai 2000 bestätigte der Präsident des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz den vorsorglichen Sicherungsentzug.
Gegen diesen Entscheid führte P._ am 29. Mai 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht (6A. 49/2000).
Am 26. Mai 2000 vereinigte das Verwaltungsgericht die beiden Beschwerden von P._; es bestätigte den vorsorglichen Sicherungsentzug und die Anordnung einer verkehrsmedizinischen Untersuchung, sah jedoch von der Auflage ab, P._ müsse vorgängig zur Untersuchung 6 negative Urinproben beibringen.
C.- P._ führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde (6A. 56/2000) und beantragt, der angefochtene Entscheid sei insofern aufzuheben als der vorsorgliche Sicherungsentzug bestätigt werde.
Das Verwaltungsgericht beantragt Abweisung der Beschwerde (act. 5).

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 29. Mai 2000 (6A. 49/2000) setzte das Bundesgericht dem Präsidenten des Verwaltungsgerichts am 30. Mai 2000 eine Frist zur Vernehmlassung. Anderntags liess der Präsident vernehmen, dass die Vorinstanz die beiden Beschwerden des Beschwerdeführers bereits am 26. Mai 2000 (Versand am 30. Mai 2000) vereinigt und entschieden hatte, weshalb die Verwaltungsgerichtsbeschwerde (6A. 49/2000, act. 5) gegen den präsidialen Zwischenentscheid gegenstandslos geworden sei.
Diese Auffassung ist formal zutreffend, weshalb die Verwaltungsgerichtsbeschwerde 6A.49/2000 als gegenstandslos geworden am Geschäftsverzeichnis abzuschreiben ist. Wegen der Vereinigung der beiden Beschwerden im vorinstanzlichen Verfahren sind die beiden Verwaltungsgerichtsbeschwerden materiell im Verfahren 6A.56/2000 zu beurteilen, wobei diesem Umstand auch bei der Kostenregelung Rechnung zu tragen sein wird.
2.- a) Die Vorinstanz hält bei der Bestätigung des vorsorglichen Sicherungsentzugs fest,
- dass der 28-jährige Beschwerdeführer Konsument von Cannabis und Kokain sei, wobei er ca. seit dem
16. Altersjahr Haschisch und ca. seit dem 20. Altersjahr Kokain konsumiere,
- dass Cannabis- und Kokainkonsum zu einer Sucht führen könne, welche das sichere Führen von Motorfahrzeugen ausschliesse (Peter Iten, Fahren unter Drogen- oder Medikamenteneinfluss, S. 100 ff., 144 ff.; Andrea Friedrich-Koch/Peter Iten, Die Verminderung der Fahrfähigkeit durch Drogen oder Medikamente, S. 45 ff., 67 ff.),
- dass namentlich der Konsum von Kokain rasch zu einer ausgeprägten psychischen Abhängigkeit führe (<ref-ruling> ff.),
- dass es kein gesichertes Wissen in dem Sinne gebe, dass bereits aus dem gelegentlichen Schnupfen von Kokain zwingend auf eine Abhängigkeit geschlossen werden könne (<ref-ruling> E. 4c) und
- dass der Beschwerdeführer in der zweiten Hälfte Februar 2000 in Zürich nicht nur Kokain gekauft, sondern dieses an einer Party beim OXA in Oerlikon geschnupft habe. Bedeutsam sei, dass er diese Party mit seinem Auto aufgesucht habe, d.h. er sei nach dem Kokainkonsum nach Hause gefahren. Seine Behauptung, er habe nie unter Betäubungsmitteleinfluss ein Motorfahrzeug geführt, sei somit unzutreffend. Abgesehen vom hier zur Diskussion stehenden vorsorglichen Sicherungsentzug sei der Beschwerdeführer damit in Verletzung von <ref-law> Auto gefahren und habe damit zumindest Grund für einen Warnungsentzug gesetzt.
Anderseits sei nicht aktenkundig, dass der Beschwerdeführer, der seit dem 6. März 1991 im Besitze des Führerausweises sei, verkehrsauffällig geworden wäre.
Eintragungen im ADMAS-Register fehlten und es seien keine Anhaltspunkte vorhanden, wonach er wirtschaftlich oder sozial abgestiegen oder verwahrlost sei. Auch im eidgenössischen Strafregister sei er nicht registriert. Dies seien Indizien, welche eher gegen eine die Fahreignung ausschliessende Sucht sprächen.
Zusammenfassend sei festzuhalten, dass ernsthafte Anhaltspunkte dafür bestünden, dass der Beschwerdeführer cannabis- und vor allem kokainsüchtig sein könnte und dass er nach dem Konsum dieser Stoffe Auto gefahren sei.
Der gelegentliche Cannabis-Konsum würde zwar vorliegend einen Sicherungsentzug noch nicht rechtfertigen. Der zusätzliche Kokain-Konsum sei jedoch ein erhebliches Indiz dafür, dass Rauschmittel in beträchtlichem Umfang konsumiert würden und eine Rauschgiftsucht bestehen könnte, was wiederum auf eine erhebliche Verkehrsgefährdung schliessen liesse. Bis zur medizinischen Abklärung sei die vorsorgliche Aberkennung des Führerausweises zu bestätigen (angefochtener Entscheid S. 4 ff. Ziff. 3).
b) Der Beschwerdeführer rügt, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig und unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen (Untersuchungsgrundsatz) festgestellt worden (Art. 105 Abs. 2 OG i.V.m. § 18 der Verordnung über die Verwaltungsrechtspflege [VRP, SRSZ 234. 111]). Dass der Beschwerdeführer nach dem fraglichen Kokain-Konsum im OXA mit seinem Fahrzeug nach Hause gefahren sei, sei eine reine Unterstellung, die jeglicher Grundlage entbehre. Gemäss dem gerügten Grundsatz hätte die Vorinstanz für den Entscheid den rechtserheblichen Sachverhalt ermitteln und die erforderlichen Beweise erheben müssen. Dem Beschwerdeführer werde jedoch ohne jede Abklärung unterstellt, er sei unter Betäubungsmitteleinfluss vom OXA in Oerlikon nach Hause gefahren.
Dies, obwohl er weder eine derartige Aussage gemacht habe, geschweige denn in einem rauschähnlichen Zustand in seinem Fahrzeug angetroffen worden sei. Nach dem Kokain-Kauf habe er sein Fahrzeug in der Umgebung des OXA in einer Tiefgarage abgestellt; anschliessend habe er das Kokain konsumiert, doch habe er sein Auto bis am Abend des folgenden Tages nicht mehr benutzt. Die Nacht habe er bei einem Freund in Zürich verbracht (6A. 56/2000, act. 1, S. 7 ff. Ziff. 12). Als selbständig erwerbender Detailhändler sei er dringend auf den Führerausweis angewiesen.
Der Entzug gefährde seine berufliche Existenz. Gestützt auf diesen Sachverhalt und die bundesgerichtliche Rechtsprechung erweise sich das Vorgehen der Vorinstanzen als unhaltbar und unverhältnismässig (a.a.O., S. 9 ff.
Ziff. 13 f. und 6A.49/2000, act. 1, S. 6 f. Ziff. 9).
3.- a) Beim Entscheid über die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung hat die kantonale Behörde zu prüfen, ob die Gründe, die eine sofortige Vollstreckung nahelegen, wichtiger sind als jene, die für einen Aufschub sprechen. Bei dieser Interessenabwägung kommt ihr - der Natur der Sache nach - ein erheblicher Beurteilungsspielraum zu. Sie ist nicht gehalten, für ihren Entscheid zeitraubende zusätzliche Abklärungen zu treffen, sondern kann in erster Linie auf die ihr zur Verfügung stehenden Akten abstellen. Das Bundesgericht seinerseits beschränkt sich auf Beschwerde hin erst recht auf eine vorläufige Prüfung der Akten (<ref-ruling> E. 2a). Es kontrolliert, ob die Vorinstanz ihr Ermessen überschritten oder missbraucht hat, und hebt deren Entscheid nur auf, wenn sie wesentliche Interessen ausser Acht gelassen oder offensichtlich falsch bewertet hat.
Der Führerausweis wurde dem Beschwerdeführer gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> entzogen. Es handelt sich um einen Sicherungsentzug.
Anders als bei Warnungsentzügen rechtfertigt es sich bei Sicherungsentzügen grundsätzlich, die aufschiebende Wirkung zu entziehen bzw. zu verweigern (<ref-ruling> E. 3a mit Hinweisen). In derartigen Fällen hat das Bundesgericht einen die aufschiebende Wirkung verweigernden bzw. deren Wiederherstellung verweigernden kantonalen Entscheid bloss dann aufzuheben, wenn besondere Umstände vorliegen. Dies ergibt sich aus Sinn und Zweck des Sicherungsentzugs; bis zum rechtskräftigen Entscheid über diese Massnahme soll der Betroffene auch ohne strikten Nachweis von Umständen, die seine Fahreignung ausschliessen, vom Verkehr ferngehalten werden dürfen (<ref-ruling> E. 3a betreffend vorsorglichen Führerausweisentzug gemäss Art. 35 Abs. 3 der Verordnung vom 27. Oktober 1976 über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr, VZV [SR 741. 51]). Immerhin müssen Anhaltspunkte dafür vorliegen, dass der Fahrzeugführer andere Verkehrsteilnehmer im Vergleich zu den übrigen Fahrzeugführern in erhöhtem Masse gefährden könnte, würde er während der Verfahrensdauer zum Verkehr zugelassen (<ref-ruling> E. 2b).
b) Die Vorinstanz geht davon aus, der Beschwerdeführer habe nach dem Besuch einer Party beim OXA in Oerlikon sein Auto unter Betäubungsmitteleinfluss nach Hause gefahren. Demgegenüber bringt der Beschwerdeführer vor, diese Feststellung entbehre jeglicher Grundlage in den Akten. Er habe das Kokain an einer Tramhaltestelle gekauft, habe sein Fahrzeug in der Umgebung des OXA in einer Tiefgarage abgestellt und habe dann das Kokain auf der Party im OXA konsumiert. Die Nacht habe er bei einem Freund in Zürich verbracht und sein Auto habe er erst am folgenden Abend wieder benutzt. Aufgrund der bisherigen Akten - einerseits erfolgten in der fraglichen Richtung keine Untersuchungshandlungen, anderseits hat der Beschwerdeführer mögliche Beweismittel bisher nicht zu den Akten gegeben - lässt sich weder die eine noch die andere Version erhärten. Doch ist dies für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens nicht von entscheidender Bedeutung, wie noch zu zeigen sein wird. Dasselbe gilt für das Vorbringen des Beschwerdeführers, er sei als Selbständigerwerbender beruflich auf den Führerausweis angewiesen.
Im Übrigen ist fraglich, ob der Vorinstanz im vorliegenden Verfahren eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes überhaupt vorgeworfen werden kann; denn beim Entscheid über einen vorsorglichen Sicherungsentzug ist die kantonale Behörde nicht gehalten, zeitraubende zusätzliche Abklärungen zu treffen, und sie kann vielmehr in erster Linie auf die ihr zur Verfügung stehenden Akten abstellen (<ref-ruling> E. 2a).
c) Aus den (bisherigen) Akten ergibt sich, dass der 28-jährige Beschwerdeführer ca. seit dem 16. Altersjahr Cannabis und ca. seit dem 20. Altersjahr Kokain konsumiert:
Haschisch in begrenztem Rahmen ("ab und zu") durch Rauchen und vielleicht einmal an einer Party Kokain durch Schnupfen. Der Beschwerdeführer ist weder im Straf- noch im ADMAS-Register verzeichnet, und es gibt keine Anzeichen, wonach er wirtschaftlich oder sozial abgestiegen oder verwahrlost ist (angefochtener Entscheid S. 5 unten).
Wenn die Vorinstanz bei dieser Ausgangslage und unter Hinweis auf Lehre und Rechtsprechung bezüglich Drogenkonsum zum Schluss kommt, es bestünden ernsthafte Anhaltspunkte dafür, dass der Beschwerdeführer cannabis- und vor allem kokainsüchtig sein könnte, und dass der mehrjährige Misch-Konsum ein erhebliches Indiz für einen beträchtlichen Drogenkonsum darstelle, so ist dies von Bundesrechts wegen nicht zu beanstanden. Daraus durfte die Vorinstanz aber auch ableiten, dass vom Beschwerdeführer eine erhebliche Verkehrsgefährdung ausgehe, weshalb der Führerausweis vorsorglich zu entziehen sei.
Diese Massnahme rechtfertigt sich selbst unter der Annahme, dass der Beschwerdeführer noch nie beim Führen eines Motorfahrzeugs unter Drogeneinfluss betroffen wurde und dass er nach eigenen Angaben beruflich auf den Führerausweis angewiesen ist. Denn bis zum rechtskräftigen Entscheid über den Sicherungsentzug soll der Betroffene auch ohne strikten Nachweis von Umständen, die seine Fahreignung ausschliessen, vom Verkehr ferngehalten werden dürfen (<ref-ruling> E. 3a). In diesem Zusammenhang ist insbesondere von Bedeutung, dass die Vorinstanz im Gegensatz zur ersten Instanz vom Beschwerdeführer nicht mehr verlangt, dass er vor der medizinischen Abklärung im IRM sechs negative Urinproben beizubringen habe, was eine Verlängerung des vorsorglichen Entzugs um etwa sechs Monate nach sich gezogen hätte. So kann innert relativ kurzer Zeit mit dem medizinischen Gutachten und damit auch mit dem Sachentscheid gerechnet werden.
Angesichts des Drogenkonsums des Beschwerdeführers liegen genügend Anhaltspunkte dafür vor, dass er andere Verkehrsteilnehmer im Vergleich zu den übrigen Fahrzeugführern in erhöhtem Masse gefährden könnte, würde er während der Verfahrensdauer zum Verkehr zugelassen (<ref-ruling> E. 2b). Unter diesen Umständen besteht für das Bundesgericht kein Anlass, in das grosse Ermessen der Vorinstanz einzugreifen, das dieser insbesondere bei vorsorglichen Massnahmen zusteht. Damit erweist sich die Beschwerde als unbegründet.
4.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG).
Da es einerseits nicht um den Entscheid in der Sache selbst geht und anderseits die Sache dringlich ist, kann davon abgesehen werden, eine Stellungnahme der beschwerdeberechtigten Bundesbehörde einzuholen (vgl.
Art. 110 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde (6A. 49/2000) wird als gegenstandslos geworden am Geschäftsverzeichnis abgeschrieben.
2.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde (6A. 56/2000) wird abgewiesen.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Verwaltungsgericht und dem Verkehrsamt des Kantons Schwyz sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 28. Juni 2000
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: