Sachverhalt:
A. Die Bundesanwaltschaft eröffnete am 21. Juli 2003 gegen X._ und andere Beschuldigte ein gerichtspolizeiliches Ermittlungsverfahren wegen qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie Beteiligung an bzw. Unterstützung einer kriminellen Organisation. Mit Verfügung vom 17. August 2006 stellte sie das Verfahren gegen X._ wegen Beteiligung an bzw. Unterstützung einer kriminellen Organisation ein. Das eidgenössische Untersuchungsrichteramt eröffnete am 12. September 2006 auf Antrag der Bundesanwaltschaft die Voruntersuchung wegen qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Mit Verfügung vom 15. April 2009 stellte die Bundesanwaltschaft das Verfahren bezüglich des Verdachts des mehrfachen Anstalten-Treffens zur Einfuhr grosser Mengen von Betäubungsmitteln ein. Sie erhob am 16. April 2009 Anklage wegen Einfuhr von 1,6 kg Kokaingemisch.
B. Das Bundesstrafgericht sprach X._ mit Entscheid vom 24. September 2009 der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 19 1⁄2 Monaten (Dispositivziffer 2).
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt die Bundesanwaltschaft, es sei Dispositivziffer 2 des Urteils des Bundesstrafgerichts aufzuheben, und die Sache zur diesbezüglichen Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese sei anzuweisen, die neu festzulegende Strafe jedenfalls auf über 19 1⁄2 Monate anzusetzen.
D. Das Bundesstrafgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. X._ stellt in seiner Vernehmlassung ebenfalls den Antrag auf die kostenpflichtige Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin rügt eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts sowie die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten im Zusammenhang mit dem Beschleunigungsgebot. Zudem verletze die Vorinstanz Bundesrecht, indem sie die Strafreduktion ungenügend begründe.
1.1 Die Vorinstanz führt aus, das Strafverfahren beinhalte zwei Zeitabschnitte von jeweils über einem Jahr, während denen es völlig geruht habe, nämlich von Anfang Juli 2005 bis Ende August 2006 bei der Beschwerdeführerin und vom 12. September 2006 bis 26. Oktober 2007 beim Untersuchungsrichteramt. Gemäss Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte verletzten vergleichbare Verfahrensstillstände das Beschleunigungsgebot und stellten alltägliche Verfahrensmassnahmen wie Vorladungen keinen Verfahrensbetrieb dar. Vorliegend seien keine Gründe ersichtlich, weshalb die Strafverfolgungsbehörden jeweils während eines Jahres keinerlei Verfahrenshandlungen vorgenommen hätten. Die Unterbrüche seien nicht vom Beschwerdegegner verursacht worden und könnten ebenso wenig durch das Verhalten der ausländischen Rechtshilfeinstanzen entschuldigt werden. Auch in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht weise der Fall keine besonderen Schwierigkeiten auf. Die Verletzung des Beschleunigungsgebots führe zu einer nicht unbedeutenden Strafreduktion (angefochtenes Urteil E. 3.5 S. 16 f.). Zur Strafzumessung hält die Vorinstanz fest, der Beschwerdegegner habe die zu beurteilende Tat am 12. Dezember 2003 begangen. Zudem sei er am 7. Dezember 2005 wegen Fahrens in fahrunfähigem Zustand und Verletzung der Meldepflicht zu 14 Tagen Gefängnis und Fr. 1'000.-- Busse verurteilt worden. Diesen Delikten kämen im Vergleich zum Betäubungsmitteldelikt nur eine untergeordnete Bedeutung zu. Insgesamt erscheine eine Gesamtstrafe von knapp 20 Monaten Freiheitsentzug in Verbindung mit der verhängten Busse von Fr. 1'000.-- als angemessen. Von der Freiheitsstrafe seien bereits 14 Tage ausgesprochen worden, so dass eine Zusatzstrafe von 19 1⁄2 Monaten zu bestimmen sei (angefochtenes Urteil E. 3.6 und 3.7 S. 17 ff.).
1.2 Die Beschwerdeführerin bestreitet das Vorliegen eines Verfahrensstillstandes von Anfang Juli 2005 bis Ende August 2006. Sie bringt vor, eine Vorladung, welche als Untersuchungshandlung gegen aussen in Erscheinung trete und dem Verfahrensfortgang diene, stelle eine Verfahrenshandlung dar. Zudem habe sie daneben weitere Untersuchungshandlungen durchgeführt. Sie habe am 2. Mai 2005 rechtshilfeweise die belgischen Behörden um Befragung von A._ und B._ sowie am 21. Februar 2005 um Erhebung von Bankbelegen ersucht. Nach dem Aktenstudium habe sie die Aussagen und Bankbelege am 23. November 2005 dem Beschwerdegegner anlässlich seiner Einvernahme vorgehalten. Sie habe sich bei A._ erkundigt, ob er bereit sei, zu einer Konfrontationseinvernahme in der Schweiz zu erscheinen. Zudem habe sie über die Aushändigung von sichergestellten bzw. beschlagnahmten Gegenständen und die Aufrechterhaltung der Beschlagnahme über gewisse Gegenstände entschieden, die Verfahrensteile betreffend weitere Beschuldigte abgetrennt und das Verfahren bezüglich des Vorwurfs der Unterstützung einer kriminellen Organisation eingestellt. Die Vorinstanz erwähne keine dieser Untersuchungshandlungen. Der von der Vorinstanz im Zeitraum von Anfang Juli 2005 bis Ende August 2006 festgestellte Verfahrensstillstand sei aktenwidrig und willkürlich nach Art. 9 BV.
1.3 Die Vorinstanz führt in der Vernehmlassung aus, die Einvernahme des Beschwerdegegners vom 23. November 2005 habe keinen Zusammenhang zum strafrechtlich beurteilten Vorwurf. Selbst unter Berücksichtigung dieser Einvernahme hätten Aktivitätslücken bestanden und wäre die Strafe nicht strenger ausgefallen. Der Beschwerdegegner macht geltend, auch wenn am 23. November 2005 eine Einvernahme durchgeführt wurde, sei im Zeitraum von 24. November 2005 bis Mitte August 2006 von einer Verfahrenslücke zu sprechen. Die in dieser Zeit vorgenommenen Tätigkeiten, so etwa das Kopieren und Übermitteln von Akten, die Übergabe von sichergestelltem Gut und Übersetzungsaufträge, seien bloss administrativer Natur.
1.3 Die Vorinstanz führt in der Vernehmlassung aus, die Einvernahme des Beschwerdegegners vom 23. November 2005 habe keinen Zusammenhang zum strafrechtlich beurteilten Vorwurf. Selbst unter Berücksichtigung dieser Einvernahme hätten Aktivitätslücken bestanden und wäre die Strafe nicht strenger ausgefallen. Der Beschwerdegegner macht geltend, auch wenn am 23. November 2005 eine Einvernahme durchgeführt wurde, sei im Zeitraum von 24. November 2005 bis Mitte August 2006 von einer Verfahrenslücke zu sprechen. Die in dieser Zeit vorgenommenen Tätigkeiten, so etwa das Kopieren und Übermitteln von Akten, die Übergabe von sichergestelltem Gut und Übersetzungsaufträge, seien bloss administrativer Natur.
1.4 1.4.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Feststellungen zum Sachverhalt prüft es nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (Art. 97 Abs. 1 BGG). Willkür liegt nach ständiger Rechtsprechung vor, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 362 mit Hinweis). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rügepflicht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG, BGE 133 Il 249 E. 1.4.2 S. 254).
1.4.2 Das in Art. 29 Abs. 1 BV, Art. 6 Ziff. 1 EMRK und Art. 14 Ziff. 3 lit. c UNO-Pakt II geregelte Beschleunigungsgebot verpflichtet die Behörden, das Strafverfahren zügig voranzutreiben, um die beschuldigte Person nicht unnötig über die gegen sie erhobenen Vorwürfe im Ungewissen zu lassen. Welche Verfahrensdauer angemessen ist, hängt von den konkreten Umständen ab, die in ihrer Gesamtheit zu würdigen sind. Dabei sind insbesondere die Komplexität des Falls, das Verhalten der beschuldigten Person, die Behandlung des Falls durch die Behörden und dessen Bedeutung für die beschuldigte Person zu berücksichtigen. Bei festgestellter Verletzung des Beschleunigungsgebots reichen die Sanktionen von der Berücksichtigung der Verfahrensverzögerung bei der Strafzumessung über die Schuldigsprechung unter gleichzeitigem Strafverzicht bis zur Verfahrenseinstellung (<ref-ruling> E. 8 S. 170; <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 54 f.; je mit Hinweisen).
1.5 Umstritten ist, ob die Beschwerdeführerin zwischen Anfang Juli 2005 und Ende August 2006 das Strafverfahren hineichend vorangetrieben hat. Unerheblich sind in diesem Zusammenhang die Ausführungen der Beschwerdeführerin, welche sich auf ihre vor diesem Zeitpunkt erfolgten Ersuchen an die belgischen Behörden vom 21. Februar 2005 bzw. 2. Mai 2005 beziehen. Darauf ist mangels Entscheidrelevanz nicht einzugehen (Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.5.1 Die Untersuchungsbehörde führte am 23. November 2005 eine Einvernahme durch, für welche sie den Beschwerdegegner vorladen musste (Beschwerdebeilage 8). Zur Vorbereitung dieser Einvernahme widmete sie sich dem Aktenstudium. So gingen etwa die rechtshilfeweisen Einvernahmen von A._, B._, C._ und D._ sowie Bankbelege ein, welche sie im Vorfeld der Einvernahme studierte (Beschwerdebeilagen 8, 12. 14). Einen Teil dieser Dokumente hielt sie dem Beschwerdegegner an der Einvernahme vom 23. November 2005 vor (z.B. die Aussagen von A._ und B._ sowie die Bankbelege). Nicht entscheidend ist der von der Vorinstanz in der Vernehmlassung erhobene Einwand, die Einvernahme vom 23. November 2005 habe sich auf einen Sachverhalt bezogen, welcher nicht zur Verurteilung führte. Denn die entsprechenden Vorwürfe des Drogenschmuggels in Orangenlieferungen wurden erst mit Einstellungsverfügung vom 17. August 2006 fallen gelassen. Insoweit handelt es sich bei der Einvernahme vom 23. November 2005 um eine sachbezogene Ermittlungstätigkeit, welche mit dem gesamten Strafverfahren wegen Drogenhandels zusammenhängt und für die Frage der Verletzung des Beschleunigungsgebots beachtlich ist.
1.5.2 Wie die Beschwerdeführerin zutreffend ausführt, fanden auch im Zeitraum von Dezember 2005 bis und mit Ende August 2006 in den Akten dokumentierte, zielgerichtete Handlungen statt, die auf eine Erledigung des Verfahrens abzielten, wie beispielsweise die Zustellung des Einvernahmeprotokolls an den Verteidiger mit dem Ersuchen um nachträgliche Unterzeichnung einer Protokollseite, die Anfrage an A._, ob er an einer Konfrontationseinvernahme teilnehme, Aufträge an die Übersetzerin, Freigabe-, Beschlagnahme-, Abtrennungs- und Einstellungsverfügungen (Beschwerdebeilagen 20 bis 30). Insbesondere für die einzelnen Verfügungen musste die Untersuchungsbehörde die Akten studieren bzw. den Sachverhalt abklären. Untersuchungshandlungen die dazu bestimmt sind, den Sachverhalt zu erstellen, sind typische Tätigkeiten einer Strafverfolgungsbehörde, welche das Verfahren vorantreiben (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 143 f.). Entgegen der Auffassung der Vorinstanz lässt sich dem von ihr zitierten Urteil vom 25. März 1999 des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte (Slg. 1999 25444/94, Randnr. 73) nicht entnehmen, dass Vorladungen keine Untersuchungshandlungen wären. Vielmehr führt der Gerichtshof aus, im konkreten Fall, in welchem die Anzahl der Verfahrensbeteiligten nicht besonders gross sei, lasse sich die Untätigkeit der Behörden von rund 13 Monaten nicht durch einzelne grundlegende Verfahrensschritte, wie Vorladungen, rechtfertigen. Die Feststellung der Vorinstanz, von Juli 2005 bis Ende August 2006 hätten keine Ermittlungshandlungen stattgefunden, ist nach dem Gesagten aktenwidrig und willkürlich nach Art. 9 BV, da es in den Akten dokumentierte Handlungen der Untersuchungsbehörden gänzlich unberücksichtigt lässt. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen, da sich die von der Vorinstanz festgestellte Verletzung des Beschleunigungsgebots, welche auf einer fehlerhaften Sachverhaltsfeststellung beruht, nach ihren Erwägungen mit einer nicht unbedeutenden Strafreduktion auf die Strafe ausgewirkt hat.
1.5.3 Nicht einzutreten ist auf die Ausführungen des Beschwerdegegners, soweit sie über die Beantwortung der Beschwerde hinausgehen (so etwa, die Vorinstanz hätte analog zu Art. 48 lit. e StGB den Ablauf einer erheblichen Zeitspanne nach der Tat berücksichtigen müssen bzw. habe dies zu Unrecht nicht getan; Vernehmlassung S. 6 Ziff. 9). Denn der Beschwerdegegner hat nicht selbständig Beschwerde erhoben und insoweit erfolgen diese neuen Begehren nach Ablauf der Beschwerdefrist.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin bringt zur Sanktion der Verfahrensverzögerung vor, die Vorinstanz begründe nicht, weshalb eine nicht unbedeutende Strafreduktion vorzunehmen sei und welche Strafe auszufällen wäre, wenn keine Verletzung des Beschleunigungsgebots vorliegen würde. Es fehlten Angaben dazu, ob und wie schwer der Beschwerdegegner durch die Verfahrensverzögerungen getroffen worden sei. Dies führe zu einer falschen Anwendung von Art. 47 StGB. Die dargelegten Mängel verunmöglichten eine Prüfung, ob die Freiheitsstrafe von 19 1⁄2 Monaten angemessen bzw. welche konkrete Sanktion festzulegen sei, oder ob bei Wegfall der Hälfte des festgestellten Verfahrensstillstandes überhaupt noch auf eine Verletzung des Beschleunigungsgebots zu erkennen sei.
2.2 Der Richter ist verpflichtet, bei der Verletzung des Beschleunigungsgebots zu berücksichtigen, wie schwer der Beschuldigte durch die Verfahrensverzögerung getroffen wurde, wie gravierend die ihm vorgeworfenen Taten sind und welche Strafe ausgesprochen werden müsste, wenn keine Verletzung des Beschleunigungsgebots vorliegen würde (<ref-ruling> E. 4d S. 129 f.).
2.3 Die Vorinstanz wird nach dem Wegfall eines Teils der von ihr angenommenen Verfahrensverzögerung (vgl. E. 1) anhand der genannten Kriterien prüfen müssen, ob immer noch eine Verletzung des Beschleunigungsgebots vorliegt und wie gravierend diese allenfalls ist.
3. Die Beschwerde ist gutzuheissen. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Verfahrenskosten sind dem unterliegenden Beschwerdegegner aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführerin hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 24. September 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juni 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch