Sachverhalt:
A. Der Grosse Rat des Kantons Bern stimmte am 8. September 2008 dem Beitritt des Kantons Bern zur Interkantonalen Vereinbarung über die Harmonisierung der Volksschule vom 14. Juni 2007 (HarmoS-Konkordat) zu. Gegen diesen Beschluss wurde das Referendum ergriffen. Die Volksabstimmung über den Beitritt des Kantons Bern zum HarmoS-Konkordat wurde auf den 27. September 2009 angesetzt.
Die Stimmberechtigten erhielten die Abstimmungsunterlagen zur kantonalen Abstimmung sowie zu weitern Abstimmungen im Vorfeld der Volksabstimmung vom 27. September 2009. Diese enthielten namentlich die Botschaft des Grossen Rates über den Beitritt zum HarmoS-Konkordat (im Folgenden Botschaft oder Abstimmungserläuterungen).
B. Maja und Bernhard Gfeller erhoben am 2. September 2009 Beschwerden. Sie beanstanden die Ausführungen des Grossen Rates in den Abstimmungserläuterungen als irreführend und rügen eine Verletzung von <ref-law>.
Maja und Bernhard Gfeller haben ihre Eingabe zum einen dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern eingereicht. Dieses ist mit Entscheid vom 7. September 2009 auf die Beschwerde und das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen nicht eingetreten. Dieser Entscheid ist nicht angefochten worden.
Parallel dazu haben Maja und Bernhard Gfeller ihre Eingabe auch beim Bundesgericht eingereicht. Sie bezeichnen die Beschwerde als Stimmrechtsbeschwerde im Sinne von <ref-law>. Sie beantragen, dass der Regierungsrat angewiesen werde, bestimmte Passagen in den Abstimmungserläuterungen zu korrigieren. Ferner beantragen sie als vorsorgliche Massnahme, dass die auf den 27. September 2009 angesetzte Abstimmung aufgeschoben werde.
Der Regierungsrat beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführer haben keine Replik eingereicht.
Mit Verfügung vom 18. September 2009 ist das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen abgewiesen worden.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde nach <ref-law> kann die Verletzung von politischen Rechten beim Bundesgericht geltend gemacht und insbesondere gerügt werden, Abstimmungserläuterungen seien mangelhaft und verhinderten eine zuverlässige und unverfälschte Willensbildung und -äusserung der Stimmberechtigten im Sinne von <ref-law>. Das Beschwerderecht steht gemäss <ref-law> jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist; ein besonderes (rechtliches) Interesse in der Sache selbst ist nicht erforderlich (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 176). Diese Voraussetzung trifft auf die Beschwerdeführer zu. Nach Art. 93 des bernischen Gesetzes über die politischen Rechte (GPR; BSG 1141.1) ist die Abstimmungsbeschwerde ans kantonale Verwaltungsgericht unzulässig hinsichtlich von Akten (Handlungen und Beschlüssen) des Grossen Rates und des Regierungsrates. Diese Ordnung steht im Einklang mit <ref-law>. Somit ist die direkt beim Bundesgericht eingereichte Beschwerde zulässig. Schliesslich ist davon auszugehen, dass die Beschwerdeführer die Abstimmungsunterlagen entsprechend ihren Aussagen um den 31. August 2009 herum erhalten und ihre Beschwerde vom 2. September 2009 dementsprechend rechtzeitig nach <ref-law> erhoben haben. Demnach kann auf die Beschwerde eingetreten werden.
Die Beschwerde richtet sich gegen die Abstimmungserläuterungen und somit gegen eine Vorbereitungshandlung zur Volksabstimmung vom 27. September 2009. Wird der Urnengang - etwa infolge der Abweisung eines Gesuches um aufschiebende Wirkung oder vorsorgliche Massnahmen - während der Hängigkeit des bundesgerichtlichen Verfahrens durchgeführt, so wird die gegen die Vorbereitungshandlung gerichtete Stimmrechtsbeschwerde so verstanden, dass sinngemäss auch der Antrag auf Aufhebung der Abstimmung selber gestellt wird (<ref-ruling> E. 1c S. 50; Urteil 1P.582/2005 und 1P.650/2005 vom 20. April 2006 E. 1.2, in: ZBl 108/2007 S. 275). Die vorliegende Beschwerde ist in diesem Sinne zu behandeln.
2. Die in <ref-law> als Grundrecht verankerte Abstimmungsfreiheit gibt den Stimmberechtigten Anspruch darauf, dass kein Abstimmungsergebnis anerkannt wird, das nicht den freien Willen der Stimmberechtigten zuverlässig und unverfälscht zum Ausdruck bringt. Es soll garantiert werden, dass jeder Stimmberechtigte seinen Entscheid gestützt auf einen möglichst freien und umfassenden Prozess der Meinungsbildung treffen und entsprechend mit seiner Stimme zum Ausdruck bringen kann. Die Abstimmungsfreiheit gewährleistet die für den demokratischen Prozess und die Legitimität direktdemokratischer Entscheidungen erforderliche Offenheit der Auseinandersetzung (zur amtlichen Publikation bestimmtes Urteil 1C_587/2008 vom 12. August 2009 E. 2; <ref-ruling> E. 3.1 S. 108; <ref-ruling> E. 3.1 S. 447; <ref-ruling> E. 3.1 S. 294; Urteil 1C_412/2007 vom 18. Juli 2008 E. 4; je mit Hinweisen).
Das Ergebnis eines Urnengangs kann u.a. durch eine unzulässige behördliche Beeinflussung der Willensbildung der Stimmberechtigten im Vorfeld von Urnengängen verfälscht werden. Eine solche fällt namentlich in Bezug auf amtliche Abstimmungserläuterungen in Betracht (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 272; Urteil 1C_412/2007 vom 18. Juli 2008 E. 4; mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung sind behördliche Abstimmungserläuterungen oder Abstimmungsbotschaften, in denen eine Vorlage erklärt und zur Annahme oder Ablehnung empfohlen wird, unter dem Gesichtswinkel der Abstimmungsfreiheit zulässig. Die Behörde ist dabei zwar nicht zur Neutralität verpflichtet - und darf eine Abstimmungsempfehlung abgeben -, wohl aber zur Objektivität. Sie verletzt ihre Pflicht zu objektiver Information, wenn sie über den Zweck und die Tragweite der Vorlage falsch orientiert. Dem Erfordernis der Objektivität genügen Abstimmungserläuterungen, wenn die Aussagen wohlabgewogen sind und beachtliche Gründe dafür sprechen, wenn sie ein umfassendes Bild der Vorlage mit ihren Vor- und Nachteilen abgeben und den Stimmberechtigten eine Beurteilung ermöglichen oder wenn sie trotz einer gewissen Überspitzung nicht unwahr und unsachlich bzw. lediglich ungenau und unvollständig sind. Die Behörde muss sich nicht mit jeder Einzelheit einer Vorlage befassen und nicht alle denkbaren Einwendungen, welche gegen eine Vorlage erhoben werden können, erwähnen; das Gebot der Sachlichkeit verbietet indessen, in den Abstimmungserläuterungen für den Entscheid des Stimmbürgers wichtige Elemente zu unterdrücken oder Argumente von gegnerischen Referendums- oder Initiativkomitees falsch wiederzugeben (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 294; <ref-ruling> E. 3b S. 273; <ref-ruling> E. 3b S. 135; Urteil 1C_412/2007 vom 18. Juli 2008 E. 5.1 mit Hinweisen; vgl. zum Ganzen Michel Besson, Behördliche Information vor Volksabstimmungen, 2003, S. 182 ff., 208 ff. und 250 ff.; Gerold Steinmann, Interventionen des Gemeinwesens im Wahl- und Abstimmungskampf, AJP 1996 S. 260 f.).
Stellt das Bundesgericht im Vorfeld einer Abstimmung oder bei deren Durchführung Mängel fest, so hebt es den Urnengang nur auf, wenn die gerügten Unregelmässigkeiten erheblich sind und das Ergebnis beeinflusst haben könnten. Die Auswirkungen brauchen von den Beschwerdeführern nicht nachgewiesen zu werden; vielmehr genügt es, wenn eine derartige Beeinflussung im Bereiche des Möglichen liegt. Mangels einer ziffernmässigen Feststellung der Auswirkung eines Verfahrensmangels ist dessen Einfluss auf das Abstimmungsergebnis nach den gesamten Umständen und grundsätzlich mit freier Kognition zu beurteilen. Dabei wird namentlich auf die Schwere des festgestellten Mangels und dessen Bedeutung im Rahmen der gesamten Abstimmung sowie auf die Grösse des Stimmenunterschiedes abgestellt. Erscheint die Möglichkeit, dass die Abstimmung ohne den Mangel anders ausgefallen wäre, nach den gesamten Umständen als derart gering, dass sie nicht mehr ernsthaft in Betracht fällt, so kann von der Aufhebung der Abstimmung abgesehen werden (vgl. zur amtlichen Publikation bestimmtes Urteil 1C_587/2008 vom 12. August 2009 E. 4.4; <ref-ruling> E. 3.3 S. 110; <ref-ruling> E. 3.4 S. 296; <ref-ruling> E. 8 S. 204; <ref-ruling> E. 3b S. 273; <ref-ruling> E. 3 S. 263; <ref-ruling> E. 3b und c S. 456; Urteil 1C_412/2007 vom 18. Juli 2008 E. 4 mit Hinweisen).
3. Die Beschwerdeführer erachten die Abstimmungserläuterungen als irreführend, weil sie hinsichtlich des Alters der Einschulung der Kinder flexible Lösungen und in Absprache mit den Eltern Ausnahmeregelungen in Aussicht stellen, während das Konkordat ihrer Ansicht nach ohne Ausnahmen die Einschulung nach vollendetem vierten Altersjahr vorsieht.
Demgegenüber bringt der Regierungsrat vor, das Konkordat stelle keine unmittelbar anwendbare Vereinbarung dar, verpflichte die Kantone zu entsprechender Gesetzgebung und belasse diesen beim "Wie" der Umsetzung Entscheidungsspielraum, von dem verschiedene Kantone auch tatsächlich Gebrauch gemacht hätten.
3.1 In den Abstimmungserläuterungen werden auf den S. 5 ff. die Inhalte des HarmoS-Konkordates vorgestellt: Das Konkordat sieht für die Volksschule ein elfjähriges Bildungskonzept in drei Stufen - Eingangsstufe, Mittelstufe und Sekundarstufe I - vor. Es überlässt es den Kantonen, wie sie die Eingangsstufe (die ersten vier Jahre) organisieren wollen. Hierfür sind verschiedene Varianten möglich. Der Grosse Rat wird im Rahmen der Revision des Volksschulgesetzes darüber entscheiden. Zum Alter des Eintritts der Kinder in die Eingangsstufe wird auf S. 6 der Abstimmungserläuterungen das Folgende ausgeführt:
Sobald die Kinder das vierte Altersjahr vollendet haben, also im 5. Lebensjahr stehen, treten sie in die Eingangsstufe ein. Das heisst, dass Kinder, die bis zum 31. Juli eines Kalenderjahres ihren vierten Geburtstag gefeiert haben, grundsätzlich ab dem 1. August den Kindergarten oder eine Grund- oder Basisstufe besuchen. Der Regierungsrat will im neuen Volksschulgesetz 2012 jedoch eine flexible Lösung verankern, die auch Ausnahmen zulässt und auf die Bedürfnisse der Kinder und Eltern Rücksicht nimmt. Möglich wäre bei Bedarf eine Lösung, bei welcher die Eltern nach Rücksprache mit der Schule selber entscheiden, ob sie ihr Kind ein Jahr später in die elfjährige Schulzeit schicken.
In den bernischen Gemeinden besuchen schon heute drei Viertel aller Kinder im 5. Lebensjahr freiwillig den zweijährigen Kindergarten. Der Schritt zu einem obligatorischen elfjährigen Bildungskonzept ist damit eher klein. In diesem Bereich verankert das HarmoS-Konkordat, was im Kanton Bern bereits weitgehend Realität ist.
Der frühere Eintritt ermöglicht einen abgestimmten Aufbau der Lerninhalte für die elfjährige Kindergarten- und Schulzeit und verbessert die Bildungschancen aller Kinder.
Das HarmoS-Konkordat enthält im Kapitel III über die strukturellen Eckwerte der obligatorischen Schule die folgende Bestimmung:
Art. 5 - Einschulung
1 Die Schülerinnen und Schüler werden mit dem vollendeten 4. Altersjahr eingeschult (Stichtag 31. Juli).
2 Während der ersten Schuljahre (Vorschul- und Primarunterricht) erwirbt das Kind schrittweise die Grundlagen der Sozialkompetenz und der schulischen Arbeitsweise. Es vervollständigt und konsolidiert insbesondere die sprachlichen Grundlagen. Die Zeit, die das Kind für das Durchlaufen der ersten Schuljahre benötigt, ist abhängig von seiner intellektuellen Entwicklung und emotionalen Reife; gegebenenfalls wird es durch besondere Massnahmen zusätzlich unterstützt.
3.2 Nach Art. 1 HarmoS-Konkordat harmonisieren die Vereinbarungskantone die obligatorische Schule, indem sie die Ziele des Unterrichts und die Schulstrukturen harmonisieren und die Qualität und Durchlässigkeit des Schulsystems durch gemeinsame Steuerungsinstrumente entwickeln und sichern. Die Vereinbarungskantone verpflichten sich gemäss Art. 12 Konkordat, spätestens sechs Jahre nach Inkrafttreten der Vereinbarung die strukturellen Eckwerte der obligatorischen Schule (Titel III der Vereinbarung) festzulegen und die Bildungsstandards (Art. 7 der Vereinbarung) anzuwenden.
Aus dieser Regelung kann im Sinne der Ausführungen des Regierungsrates geschlossen werden, dass das HarmoS-Konkordat kein für Bürger und Behörden unmittelbar anwendbares Recht, sondern eine die Vertragskantone zur Rechtssetzung verpflichtende Vereinbarung darstellt (vgl. allgemein Ursula Abderhalden, Die Schweizerische Bundesverfassung, Kommentar, 2. Auflage 2008, Art. 48 N. 14). Das bedeutet, dass die Vereinbarungskantone zwecks Umsetzung des Konkordates entsprechendes Recht schaffen müssen und hierbei im Rahmen der Übereinkunft über einen gewissen Spielraum verfügen. Hierfür sprechen auch verschiedene Verlautbarungen der Schweizerischen Konferenz der kantonalen Erziehungsdirektoren (EDK), in deren Schosse das Konkordat geschaffen worden ist. In Bezug auf den Zeitpunkt der Einschulung heisst es im Faktenblatt der EDK vom 9. Juni 2008 S. 2: "Heute können Eltern beantragen, dass ihr Kind zu einem früheren oder späteren Zeitpunkt eingeschult wird. Diese individuellen Gesuche werden auch weiterhin möglich bleiben. Das Vorgehen hierbei wird wie bis anhin kantonal geregelt." Und im Faktenblatt vom 17. April 2008 S. 4: "Sind individuelle Gesuche für einen späteren oder früheren Schuleintritt nicht mehr möglich? Doch. Das bleibt möglich. Eltern können weiterhin beantragen, dass ihr Kind zu einem früheren oder späteren Zeitpunkt eingeschult wird. Das Vorgehen hierbei wird kantonal geregelt." Schliesslich zeigt sich, dass gewisse, dem Konkordat beigetretene Kantone entsprechende Rechtsgrundlagen zum Zeitpunkt der Einschulung mit Ausnahmemöglichkeiten getroffen haben. Der Kanton St. Gallen sieht in Art. 46 f. des kantonalen Volksschulgesetzes (Gesetzessammlung 213.1) vor, dass das Kind am 1. August nach Vollendung des vierten Altersjahres schulpflichtig wird und dass der Schulrat nach Anhören der Eltern und der Lehrperson den Beginn der Schulpflicht um ein Jahr aufschieben oder das Kind in den ersten drei Monaten des Schuljahres ein Jahr zurückstellen kann. In gleicher Weise bestimmt das Glarner Gesetz über Schule und Bildung (Gesetzessammlung IV B/1/3) in Art. 43: Kinder, die bis zum 31. Juli das vierte Altersjahr erfüllt haben, werden auf Beginn des folgenden Schuljahre schulpflichtig. Die Schulkommission kann auf Gesuche der Erziehungsberechtigten im Einzelfall über den Beginn der Schulpflicht abweichend entscheiden. Das Weitere bestimmt die landrätliche Schulverordnung.
3.3 Bei dieser Sachlage können die genannten Ausführungen in den Abstimmungserläuterungen nicht als irreführend bezeichnet werden. Die Absicht, eine flexible Lösung zu treffen, die Ausnahmen zulässt und auf die Bedürfnisse der Kinder und Eltern Rücksicht nimmt, steht nicht im Widerspruch mit dem Harmonisierungsziel, wie es von der Erziehungsdirektorenkonferenz und einer Reihe von Vereinbarungskantonen verstanden wird. Umgekehrt täuschen die Abstimmungserläuterungen auch nicht über den Umstand hinweg, dass die Einschulung mit Stichdatum 1. August grundsätzlich nach Beendigung des vierten Lebensjahr tatsächlich zu erfolgen hat.
Damit erweist sich die Beschwerde als unbegründet.
4. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern sowie dem Grossen Rat und dem Regierungsrat des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Dezember 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann