Faits:
A. Par jugement du 15 août 2007, le Tribunal correctionnel du district de Neuchâtel a condamné X._, pour vol et infractions à la LCR, à 7 mois de privation de liberté avec sursis pendant 2 ans ainsi qu'à une amende de 200 fr. Saisie d'un recours du condamné, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois l'a rejeté dans la mesure de sa recevabilité par arrêt du 6 juin 2008.
Le 28 novembre 2008, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a annulé la décision rendue et renvoyé la cause aux autorités cantonales, au motif que l'arrêt attaqué violait le droit fédéral en tant qu'il condamnait l'intéressé à une peine privative de liberté au lieu d'une peine pécuniaire.
B. Saisi à nouveau, le Tribunal correctionnel du district de Neuchâtel a rendu un second jugement le 16 juin 2009, condamnant X._ à 210 jours-amende à 53 fr. le jour, dont à déduire deux jours de détention avant jugement, soit un total de 11'024 fr., peine assortie d'un sursis de deux ans. Pour fixer le montant du jour-amende, les premiers juges sont partis d'un revenu mensuel net de 6'405 fr, dont ils ont déduit 930 fr. de loyer, 1'100 fr. d'impôts, 1'500 fr. de pensions alimentaires, 185 fr. de cotisations d'assurance-maladie et 1'100 fr. de minimum vital, d'où des déductions pour 4'815 fr., un disponible mensuel de 1'590 fr. et journalier de 53 fr.
Par arrêt du 11 septembre 2009, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le recours du Ministère public.
C. Invoquant une violation de l'<ref-law>, ce dernier a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de l'arrêt entrepris.
La Cour de cassation et X._, invités à se déterminer, n'ont pas formulé d'observations.

Considérant en droit:
1. Le recourant conteste la déduction par 930 fr. du loyer mensuel du condamné, laquelle réduit à 53 fr. par jour, plutôt qu'à 84 fr., le montant du jour-amende.
1.1 Le Tribunal fédéral a déduit du principe du revenu net et des critères légaux les règles suivantes pour la détermination de la quotité du jour-amende (<ref-ruling> consid. 6 p. 68 ss).
1.1.1 Le montant du jour-amende doit être fixé en partant du revenu que l'auteur réalise en moyenne quotidiennement, quelle qu'en soit la source, car c'est la capacité économique réelle de fournir une prestation qui est déterminante. Constituent des revenus, outre ceux d'une activité lucrative dépendante ou indépendante, notamment les revenus d'une exploitation industrielle, agricole ou forestière, ainsi que les revenus de la fortune (loyers et fermages, intérêt du capital, dividendes, etc.), les contributions d'entretien de droit public ou privé, les prestations d'aide sociale ainsi que les revenus en nature.
Ce qui est dû en vertu de la loi ou ce dont l'auteur ne jouit pas économiquement doit en être soustrait. Il en va ainsi des impôts courants, des cotisations à l'assurance-maladie et accidents obligatoire, ou encore des frais nécessaires d'acquisition du revenu, respectivement pour les indépendants, des frais justifiés par l'usage de la branche. Le principe du revenu net exige que seul le disponible excédant les frais d'acquisition du revenu soit pris en considération, dans les limites de l'abus de droit.
L'évaluation du revenu net peut, dans la règle, être effectuée sur la base des données de la déclaration d'impôt (cf. <ref-law>). La notion pénale de revenu au sens de l'<ref-law> ne se confond cependant pas avec celle du droit fiscal, ce qui peut notamment avoir une incidence pour les indépendants, les propriétaires d'habitations ou les bénéficiaires de bourses. Si les revenus fluctuent fortement, il est nécessaire de se référer à une moyenne représentative des dernières années, sans que cela remette en cause le principe selon lequel la situation déterminante est celle existant au moment où statue le juge du fait (art. 34 al. 2 deuxième phrase CP). Cette règle ne signifie en effet rien d'autre que le tribunal doit établir de manière aussi exacte et actuelle que possible la capacité économique de l'intéressé, en tenant compte si possible de la période durant laquelle la peine pécuniaire devra être payée. Il s'ensuit que les augmentations ou les diminutions attendues du revenu doivent être prises en considération. Elles ne doivent toutefois l'être que si elles sont concrètes et imminentes (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 68 s.).
1.1.2 La loi mentionne encore la fortune comme critère d'évaluation. Il s'agit de la substance même du patrimoine, les fruits de ce dernier constituant déjà des revenus. La mesure dans laquelle l'étendue de la fortune influence la fixation du jour-amende résulte du sens et du but de la peine pécuniaire. Celui qui subvient à ses besoins par ses revenus courants, doit s'acquitter de la peine pécuniaire au moyen de ces derniers et se laisser ainsi restreindre dans son train de vie habituel, qu'il s'agisse de revenus du travail, de la fortune ou de rentes. Qu'il y ait ou non de la fortune ne justifie de la sorte respectivement ni augmentation ni diminution de la quotité du jour-amende. La peine pécuniaire tend en effet avant tout à toucher l'auteur dans ses revenus et non dans les sources de ces derniers. On ne voit pas non plus que l'auteur, qui par ses propres moyens ou en ayant par le passé renoncé à consommer a accumulé de la fortune, doive être moins bien traité que celui qui, dans le même temps, a consommé ses revenus. La peine pécuniaire ne peut tendre à la confiscation totale ou partielle de la fortune. Cette dernière ne doit donc être prise en compte qu'à titre subsidiaire pour fixer la quotité du jour-amende, lorsque la situation patrimoniale, particulière, contraste avec un revenu comparativement faible. En d'autres termes, elle demeure significative lorsque l'auteur vit de toute façon de la substance même de sa fortune. Cette dernière constitue un élément pertinent dans la mesure où l'auteur en tire sa subsistance quotidienne (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 69 s.).
1.1.3 Le critère du niveau de vie fournit un argument supplémentaire, lorsque la situation sur le plan des revenus doit être évaluée parce qu'elle ne peut être établie avec exactitude ou que l'auteur ne fournit que des informations insuffisantes ou imprécises. Une augmentation de la quotité du jour-amende est alors justifiée lorsqu'un train de vie ostensiblement élevé contraste avec des revenus significativement bas (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 70).
1.1.4 La loi mentionne aussi spécialement d'éventuelles obligations d'assistance, familiales en particulier. La raison en est que les membres de la famille ne doivent, autant que possible, pas être affectés par la restriction apportée au train de vie. Le revenu net doit être amputé des montants dus à titre d'entretien ou d'assistance, pour autant que le condamné s'en acquitte effectivement. Le tribunal peut, dans une large mesure, se référer aux principes du droit de la famille en ce qui concerne le calcul de ces montants.
D'autres charges financières ne peuvent être prises en compte que dans le cadre de la situation personnelle. Des engagements plus importants de l'auteur, préexistants et indépendants des faits (p. ex. des paiements par acomptes pour des biens de consommation), n'entrent en principe pas en ligne de compte. Si tout type d'engagement financier devait être déduit, l'auteur obéré ou tenu de s'acquitter d'acomptes ou par un leasing se verrait mieux traité que celui qui n'a pas de telles charges. En règle générale, les intérêts hypothécaires et les frais de logement ne peuvent pas être déduits.
Il n'y a pas lieu non plus de prendre en considération les obligations qui sont la conséquence directe ou indirecte des faits (dommages-intérêts, tort moral, frais judiciaires, etc.). Si l'auteur a reconnu le dommage et qu'il s'acquitte déjà avant le jugement de sommes en mains du lésé, cette circonstance doit être prise en compte dans le cadre du repentir et de la réparation du dommage pour fixer le nombre des jours-amende (art. 48 let. d CP) ainsi que dans le pronostic pour l'octroi du sursis à la peine pécuniaire (art. 42 al. 1 à 3 CP). Il est exclu d'en tenir compte cumulativement lors de la fixation du montant des jours-amende.
Des charges financières extraordinaires peuvent en revanche conduire à une réduction lorsqu'elles correspondent à des besoins financiers accrus résultant de la situation de l'auteur et indépendantes de sa volonté (<ref-ruling> consid. 6.4 p. 70 s.).
1.1.5 La loi se réfère, enfin, au minimum vital, dont la portée dans la fixation de la quotité du jour-amende demeure peu claire. On peut cependant conclure des travaux préparatoires que ce minimum vital ne correspond pas à celui du droit des poursuites et que la part insaisissable des revenus (<ref-law>) ne constitue pas une limite absolue. S'il fallait, dans chaque cas, établir le minimum vital du droit des poursuites et que seul soit disponible l'excédent, un cercle étendu de la population (personnes en formation, étudiants, conjoints s'occupant du ménage, chômeurs, bénéficiaires de l'assistance sociale, requérants d'asile, marginaux, etc.) serait exclu de la peine pécuniaire. Cela n'était précisément pas la volonté du législateur.
Telle qu'elle est conçue dans la loi, la peine pécuniaire ne doit pas non plus être exécutée prioritairement par voie de poursuite, mais bien par un paiement spontané. La poursuite ne doit être introduite que si l'auteur ne s'acquitte pas de la peine pécuniaire dans le délai imparti et qu'un résultat puisse en être attendu (<ref-law>). Il importe par ailleurs que de l'avis du législateur la peine pécuniaire doit, dans la règle, être assortie du sursis, partant son exécution suspendue (<ref-law>). Il s'ensuit que le jour-amende n'est pas limité au revenu qui pourrait vraisemblablement être retiré dans une poursuite (<ref-ruling> consid. 6.5.1 p. 71 s.).
1.2 Selon les juges neuchâtelois, l'absence de déduction des frais de loyer est, à juste titre, critiquée par une partie de la doctrine, ce pour les deux motifs suivants.
D'une part, en vertu de l'<ref-law>, le juge qui prononce une peine pécuniaire doit examiner si celle-ci peut être exécutée. Une réponse négative devrait régulièrement être donnée si le montant que l'auteur consacre au paiement du loyer était systématiquement ignoré et au contraire pris en considération dans le revenu déterminant pour arrêter le montant du jour-amende. Le juge devrait en effet constater que, l'auteur ne disposant pas de ressources lui permettant de payer à la fois son loyer et la sanction pénale, une peine pécuniaire ne peut être prononcée puisqu'elle exposerait l'auteur à l'expulsion de son logement pour défaut de paiement du loyer. Ce constat devrait alors conduire le juge à prononcer une courte peine privative de liberté en lieu et place d'une peine pécuniaire, alors que le législateur a précisément voulu que la peine pécuniaire prenne le pas sur la peine privative de liberté.
D'autre part, très fréquemment, la charge que représentent les frais de logement n'est pas consentie qu'au seul profit de l'auteur, mais également à celui des membres de sa famille qui, eux, peuvent prétendre à ne pas voir leur besoin de se loger menacé par les sanctions pénales auxquelles l'auteur doit être condamné.
1.3 Ce raisonnement ne saurait être suivi. En effet, en application de la jurisprudence, les juges n'ont pas, de manière générale, à tenir compte des intérêts hypothécaires et frais de logement de l'auteur.
Par ailleurs, les autorités n'ont pas à prononcer une courte peine privative de liberté à la place d'une peine pécuniaire, au motif que cette dernière ne serait pas exécutable au sens de l'<ref-law>, l'auteur ne disposant pas des ressources nécessaires lui permettant de régler le montant de son loyer. En effet, la situation économique du condamné ne peut en aucun cas constituer un critère pertinent pour le choix de la nature de la peine (<ref-ruling> consid. 5.2.3 p. 104 s). Même mauvaise ou assistée, la situation économique de l'auteur ne permet pas de justifier le prononcé d'une peine privative de liberté au lieu d'une peine pécuniaire. Admettre le contraire irait à l'encontre de la volonté du législateur. La situation économique précaire de l'intéressé ne peut entrer en ligne de compte que dans le calcul du montant du jour-amende. En outre, des facilités de paiement peuvent être accordées. Ainsi, l'<ref-law> précise que l'autorité d'exécution fixe au condamné un délai de paiement de un à douze mois, peut autoriser le paiement par acomptes et, sur requête, prolonger les délais.
2. Le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants et, partant, sur le montant du jour-amende. Il n'est pas perçu de frais, ni alloué de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais, ni alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 11 janvier 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani