Sachverhalt:
A. Die A._ AG mit Sitz in U._/OW hatte noch unter ihrer alten Firma von der B._ SA verschiedene Räumlichkeiten an der V._strasse xx in W._/AG gemietet, wobei die Mietverträge erstmals auf den 31. März 2018 kündbar sind. Nach anfänglicher Eigennutzung hat sie die Räumlichkeiten in Tief-, Erd-, 1. und 10. Obergeschoss an die X._ AG sowie diejenigen im 9. Obergeschoss an die C._ AG und an D._ untervermietet.
Am 15. Januar 2009 eröffnete das Kantonsgerichtspräsidium des Kantons Obwalden über die A._ AG den Konkurs und betraute das Konkursamt Obwalden mit der Durchführung des Konkursverfahrens.
Nachdem dieses das Konkursamt Aargau, Amtsstelle Brugg, zur rechtshilfeweise Inventaraufnahme und Sicherstellung gemäss <ref-law> betreffend die Mieträumlichkeiten an der V._strasse xx beauftragt hatte, wurden diese am 16. Februar 2009 versiegelt und die Amtsstelle Brugg nahm ein Inventar auf.
Am 2./4. Juni 2009 machten die drei Untermieter diverse Eigentumsansprachen an verschiedenen Inventarpositionen.
Mit Verfügung des Kantonsgerichtspräsidiums vom 6. Juli 2009 wurde der Konkurs über die A._ AG mangels Aktiven eingestellt. Am 4. August 2009 wurde diese Verfügung widerrufen, nachdem der Kostenvorschuss für die Durchführung des Verfahrens geleistet worden war.
Mit Verfügung vom 2. Oktober 2009 wies das Konkursamt Obwalden sämtliche Eigentumsansprachen der X._ AG ab und setzte dieser gemäss <ref-law> eine Frist von 20 Tagen zur Anhebung einer Aussonderungsklage mit der Begründung, die eingereichten Beweismittel seien unzureichend und die Zuordnung zu den einzelnen Inventarpositionen unmöglich; zusätzlich sei an bestimmten Positionen aufgrund ihres Bestandteilcharakters vom Eigentum der Gebäudeeigentümerin/Vermieterin auszugehen und für bestimmte Positionen sei ein Eigentumsvorbehalt zugunsten der E._ AG eingetragen.
B. Mit Beschwerde vom 13. Oktober 2009 verlangte die X._ AG die Anerkennung ihrer Eigentumsansprache betreffend die Inventarpositionen Nrn. 1-53, 55-66, 68-91, 92, 92a, 93-96, 101-106, 110-112, 113-120, 126-139, 142, 143, 147-154, 156-166, 168, 174, 179-227, 230-238 und 240.
Mit Entscheid vom 9. März 2010 hob die Obergerichtskommission des Kantons Obwalden als Aufsichtsbehörde in SchKG-Sachen (nachfolgend Aufsichtsbehörde) die Verfügung des Konkursamtes vom 2. Oktober 2009 mit Bezug auf die Inventarpositionen Nrn. 1-53, 55-66, 68-75, 77-91, 92, 92a, 93-96, 101-106, 110-112, 113-120, 132, 147-154, 156-166, 168, 174, 179-227, 230-236, 238 und 240 auf. Es führte aus, diesbezüglich habe die X._ AG zwar nicht ihr Eigentum, wohl aber ihren Mitgewahrsam aufgrund des Untermietverhältnisses bewiesen. Bei Mitgewahrsam sei nicht Frist zur Aussonderungsklage anzusetzen; vielmehr seien die betreffenden Vermögenswerte zu admassieren. Für die anderen Positionen sei von einem Alleingewahrsam der A._ AG auszugehen, weshalb diesbezüglich die Beschwerde abzuweisen sei.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 22. März 2010 verlangt die X._ AG, über den kantonalen Entscheid hinaus sei ihre Eigentumsansprache an allen Inventarpositionen gemäss den kantonalen Begehren anzuerkennen, d.h. auch an den Nrn. 126-131, 133-139, 142 und 143. Sodann sei das Konkursamt anzuweisen, die Anordnung der Siegelung der Geschäftsräumlichkeiten an der V._strasse xx in W._/AG aufzuheben. Eventualiter sei die Sache weisungsgebunden an die Obergerichtskommission oder an das Konkursamt zurückzuweisen. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist der kantonal letztinstanzliche Endentscheid einer Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen. Dagegen steht die Beschwerde in Zivilsachen unabhängig vom Streitwert offen (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Die Beschwerdefrist von 10 Tagen ist eingehalten (<ref-law>).
Das Begehren, das Konkursamt sei zur Aufhebung der Siegelung anzuweisen, ist neu und damit unzulässig (Art. 99 Abs. Abs. 2 BGG). Entsprechend ist auch auf die betreffenden Ausführungen in der Beschwerde nicht näher einzugehen, zumal im Zusammenhang mit dieser sich auf die Rechtsgrundlage von <ref-law> stützenden Massnahme entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin keine Nichtigkeit ersichtlich ist.
Nicht einzugehen ist sodann auf die Ausführungen zu den Positionen Nrn. 147-154, 163-166, 179 und 180, für welche die Aufsichtsbehörde von einem Gewahrsam von D._ ausgegangen ist (S. 21, lit. dd). Diesbezüglich hat die Aufsichtsbehörde die kantonale Beschwerde gutgeheissen, und folgerichtig beschränkt die Beschwerdeführerin ihre Rechtsbegehren in der Beschwerde in Zivilsachen auf die Positionen Nrn. 126-131, 133-139, 142 und 143.
2. Näher zu betrachten sind die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Rechte an diesen letztgenannten Inventarpositionen. Hierfür ist jedoch streng zwischen Sachverhalts- und Rechtsrügen zu unterscheiden:
In rechtlicher Hinsicht sind alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG zulässig und das Bundesgericht wendet in diesem Bereich das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), was heisst, dass es behauptete Rechtsverletzungen (<ref-law>) mit freier Kognition prüft.
Dagegen ist das Bundesgericht an den festgestellten Sachverhalt grundsätzlich gebunden (<ref-law>). Diesbezüglich kann einzig vorgebracht werden, er sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden (<ref-law>), wobei "offensichtlich unrichtig" mit "willkürlich" gleichzusetzen ist (Botschaft, BBl 2001 IV 4338; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398), oder er beruhe auf einer anderen Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> (z.B. <ref-law> oder <ref-law>). Ausserdem muss in der Beschwerde aufgezeigt werden, inwiefern die Behebung der vorerwähnten Mängel für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 22). Für all diese Elemente gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>; BGE <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 255). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Rechtslage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
3. Die Beschwerdeführerin macht nirgends geltend, die Aufsichtsbehörde habe zu Unrecht angenommen, sie habe ihr Eigentumsrecht an den fraglichen Inventarpositionen nicht nachweisen können; diesen Standpunkt scheint sie mithin aufgegeben zu haben. Hingegen behauptet sie an den Inventarpositionen, für welche die Aufsichtsbehörde einen abweisenden Entscheid gefällt hat, einen Mit- bzw. sogar Alleingewahrsam. Bei den tatsächlichen Voraussetzungen für den Gewahrsam geht es um Sachverhaltsfragen.
Die Aufsichtsbehörde hat diesbezüglich die für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlichen (vgl. E. 2) Feststellungen getroffen, mit Mietvertrag vom 22. November 2007 habe die A._ AG von der B._ SA das EG sowie das 1., 9. und 10. OG als Lager/ Einstellhalle bzw. Büroräume gemietet. Mit Mietvertrag vom 16. Januar 2008, ersetzt durch den Mietvertrag für Garagen und Abstellplätze vom 26. Mai 2008, habe sie überdies diverse Tiefgaragenplätze gemietet. Am 3./30. Oktober 2008 habe sie mit der Beschwerdeführerin einen Untermietvertrag über das gesamte 1. und 10. OG sowie das EG und die Stellplätze in der Tiefgarage geschlossen. Die Sitzverlegung der A._ AG nach U._ am 2. September 2008 lasse nicht ohne Weiteres darauf schliessen, dass sie im Zeitpunkt der Konkurseröffnung am 15. Januar 2009 die von der B._ SA gemieteten Räumlichkeiten nicht mehr genutzt und keinen Gewahrsam an den sich darin befindlichen Gegenständen gehabt habe, sei doch in einem früheren Verfahren der Beschwerdeführerin mit rechtskräftigem Entscheid vom 15. Juli 2009 von einer weiteren Geschäftsaktivität der A._ AG in W._ auch nach der Sitzverlegung ausgegangen worden. Zudem habe sie den Hauptmietvertrag bei Konkurseröffnung nicht gekündigt gehabt und noch mit Schreiben vom 12. Januar 2009 (also 3 Tage vor Konkurseröffnung) an die Vermieterin habe sie ihre Adressanschrift mit V._strasse xx in W._ bezeichnet. Andererseits sei aufgrund des Untermietvertrages zu folgern, dass die Beschwerdeführerin die von der A._ AG gemieteten Räumlichkeiten in der Tiefgarage, dem EG sowie dem 1. und 10. OG im Zeitpunkt der Konkurseröffnung vollumfänglich genutzt und deshalb auch Gewahrsam an den darin befindlichen Gegenständen gehabt habe. Dies könne aber nicht gelten für die Gegenstände im 9. OG, weil sich der Untermietvertrag der Beschwerdeführerin nicht auf dieses Geschoss bezogen habe. Aufgrund eines weiteren Beschwerdeverfahrens (SK 09/020) sei der Aufsichtsbehörde zwar bekannt, dass die A._ AG am 1. Februar 2008 mit D._ einen Untermietvertrag betreffend den Südtrakt des 9. OG und einen Raum im Nordtrakt des 9. OG abgeschlossen habe. Zudem sei der Aufsichtsbehörde aus dem bereits erwähnten Beschwerdeverfahren SK 09/005 bekannt, dass die A._ AG am selben Tag mit der C._ AG (früher F._ AG) einen Untermietvertrag über einen Büroraum im Nordtrakt des 9. OG abgeschlossen habe. Es müsse davon ausgegangen werden, dass es sich bei diesem Büroraum um den Ausstellungsraum im 9. OG gehandelt habe, weil weder die Wohnung, das Schlafzimmer, das Badezimmer und der Fitnessraum noch das "Büro D._" in Frage komme. Für diesen Ausstellungsraum könne kein Mitgewahrsam von D._ festgestellt werden. Sodann habe die C._ AG am 8. Oktober 2008 ihren Sitz nach U._ verlegt und im Gegensatz zur A._ AG lägen keine Hinweise vor, dass sie noch in den Räumlichkeiten an der V._strasse xx in W._ tätig gewesen wäre. Mithin habe sie ihren Gewahrsam an den dort befindlichen Gegenständen aufgegeben. Vor diesem Hintergrund sei für den Zeitpunkt der Konkurseröffnung vom Alleingewahrsam der A._ AG an den Gegenständen im Ausstellungsraum im 9. OG auszugehen. Diesbezüglich sei die Beschwerde folglich abzuweisen.
Diese Sachverhaltsfeststellungen können nach dem in E. 2 Gesagten nur auf die Verletzung verfassungsmässiger Rechte, namentlich auf die Verletzung des Willkürverbotes (<ref-law>) geprüft werden, wofür das strenge Rügeprinzip gilt (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin nennt jedoch keine verfassungsmässige Bestimmung, welche durch die von der Aufsichtsbehörde getroffenen Sachverhaltsfeststellungen verletzt worden sein soll; insbesondere ruft sie in diesem Zusammenhang nirgends das Willkürverbot an. Auf die Sachverhaltskritik kann deshalb mangels tauglicher Rügen nicht eingetreten werden. Im Übrigen vermöchten die Vorbringen der Beschwerdeführerin ohnehin auch inhaltlich den an Willkürrügen zu stellenden Anforderungen nicht zu genügen, erschöpfen sich doch ihre Ausführungen in appellatorischer Kritik, indem sie ohne Bezugnahme auf die einzelnen Erwägungen der Aufsichtsbehörde einfach den Sachverhalt aus ihrer eigenen Sicht schildert (Beschwerde S. 4-6) und das Gegenteil der Feststellungen im angefochtenen Entscheid behauptet, dass nämlich die A._ AG nach der Sitzverlegung ihren Gewahrsam aufgegeben habe, nicht aber die C._ AG (Beschwerde S. 7). Solche allgemeinen Ausführungen sind zur Begründung von Willkürrügen ungenügend (vgl. E. 2).
4. Hat es mangels geeigneter (Verfassungs-)Rügen bei der kantonalen Feststellung zu bleiben, dass die A._ AG an den fraglichen Inventarpositionen alleinigen Gewahrsam hatte, ist die rechtliche Folgerung, das Konkursamt habe der Beschwerdeführerin mit Bezug auf die betreffenden Gegenstände zu Recht Frist zur Anhebung einer Aussonderungsklage angesetzt, zutreffend (Art. 197 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2a S. 90).
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind somit der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Obergerichtskommission des Kantons Obwalden, als Aufsichtsbehörde in SchKG-Sachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juli 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli