Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 24. Januar 1980 erteilte das Grundbuchinspektorat Graubünden der Gesellschaft X._ die Grundsatzbewilligung, 667/1000 der Wohnungswertquoten des Apparthotels "Y._" in Z._ (GR) an Personen im Ausland zu veräussern, wobei jeder einzelne Verkauf noch einer Einzelbewilligung bedürfe. Die dem Hotel- und Restaurationsbetrieb dienenden Räume blieben im Stockwerkeigentum (Sonderrecht) der Gesellschaft X._ bzw. der jeweiligen Rechtsnachfolgerinnen, mit der Auflage, hotelmässige Dienstleistungen zu erbringen.
An die Einzelbewilligungen wurde u.a. die Auflage eines fünfjährigen Veräusserungsverbotes und bei 578/1000 (= 65%) zusätzlich die Verpflichtung geknüpft, ihre Wohnungen der hotelmässigen Bewirtschaftung zugänglich zu halten. Die Eigentümer der einzelnen Stockwerkeigentumseinheiten schlossen mit der Hotelbetriebsgesellschaft einen Mietvertrag, worin sie sich verpflichteten, das Appartement mindestens sechs Monate pro Jahr zur hotelmässigen Weitervermietung zur Verfügung zu stellen. Als Mietpreis wurden 43% des reinen Logementpreises der tatsächlich besetzten Logiernacht vereinbart. Die Verträge enthielten die Klausel: "Dieser Vertrag darf nur mit Zustimmung des Grundbuchinspektorats Graubünden aufgehoben oder abgeändert werden."
B. Am 1. Dezember 2002 erwarb die Y._ AG, die Betriebseinheiten des Hotels. Sie lehnte es ab, die bisherigen Bewirtschaftungs- bzw. Mietverträge zu übernehmen. Insbesondere erachtete sie den Mietzins von 43% als unzumutbar.
In teilweiser Gutheissung eines Gesuchs der Y._ AG vom 3. Juli 2003 erwog das Grundbuchinspektorat mit Verfügung vom 28. November 2003, die ursprünglichen Bewirtschaftungsverträge blieben bis zu einer von der Bewilligungsbehörde genehmigten Vertragsänderung in Kraft. Grundsätzlich seien die Eigentümer gehalten, einen wirtschaftlich tragbaren Mietvertrag abzuschliessen; indessen könne weder die Hotelbetreiberin einseitig einen neuen Mietvertrag vorschreiben noch das Grundbuchinspektorat einen solchen verfügen. Zuständig für eine Vertragsanpassung sei im Streitfall einzig der Zivilrichter.
Nach erfolgloser Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden erhob die Y._ AG am 19. Dezember 2003 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil vom 3. Juni 2004 (publiziert in <ref-ruling> ff.) und folgenden Erwägungen teilweise gut: Entgegen der Ansicht des Verwaltungsgerichts sei für die Durchsetzung einer Vertragsänderung nicht der Zivilrichter zuständig. Vielmehr gebe das Bewilligungsgesetz den Verwaltungsbehörden die Möglichkeit, die Wohnungseigentümer unter Androhung des Bewilligungswiderrufs zu ermahnen, bestimmte von den Verwaltungsbehörden inhaltlich festgelegte Änderungen der Mietverträge zu akzeptieren. Voraussetzung sei allerdings, dass unter den bisherigen Konditionen eine wirtschaftlich tragbare Hotelbewirtschaftung tatsächlich nicht möglich sei. Auch müssten die Vertragsänderungen für die Wohnungseigentümer noch zumutbar sein. Andernfalls seien die Bewirtschaftungsauflagen aufzuheben. Da die Vorinstanzen diese Fragen aufgrund ihrer Rechtsauffassung nicht abschliessend geprüft hatten, wies das Bundesgericht die Sache zwecks neuer Beurteilung an die erste Instanz zurück.
C. Mit Verfügung vom 6. Dezember 2004 erkannte das Grundbuchinspektorat, die Auflagen aus der Grundsatzbewilligung seien bezüglich Mietzinsen und Regelung der Eigenbelegung rückwirkend auf den 1. Dezember 2002 einem Gutachten und Mietvertragsentwurf der Schweizerischen Gesellschaft für Hotelkredit (nachfolgend: SGH) vom 20. November 2002 anzugleichen, unter ausdrücklicher Androhung des Widerrufs der Erwerbsbewilligungen im Weigerungsfalle. Gemäss diesem Gutachten soll das Hotel dann wirtschaftlich geführt werden können, wenn das an die Eigentümer zu entrichtende Vermietungsentgelt den Satz von 16% des Bruttobeherbergungsergebnisses nicht übersteige und die Selbstnutzung durch die Eigentümer strenger geregelt werde. Da das Grundbuchinspektorat zur Auffassung kam, dies habe für die Wohnungseigentümer einen unzumutbaren Verlust aus der Vermietung zur Folge, hob es die Bewirtschaftungsauflagen für die Parteien per Datum seiner Verfügung auf (Ziff. 3 des Verfügungsdispositivs). Sodann stellte es fest, dass der Hotelbetriebsgesellschaft keinerlei Entschädigungen als Ausgleich für den Widerruf der Bewirtschaftungsauflagen zugesprochen würden (Ziff. 4 des Verfügungsdispositivs).
Das Verwaltungsgericht wies eine gegen Ziff. 3 und 4 des Dispositivs der Verfügung des Grundbuchinspektorats erhobene Beschwerde der Y._ AG mit Urteil vom 12. April 2005 ab. Mit Verfügung vom 17. Februar 2005 hatte es die aufschiebende Wirkung verweigert; auf eine hiergegen gerichtete Verwaltungsgerichtsbeschwerde trat das Bundesgericht am 14. März 2005 nicht ein.
D. Am 6. Juli 2005 hat die Y._ AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben; aus der angefochtenen Verfügung des Grundbuchinspektorats seien die Ziffern 3 und 4 des Dispositivs (Aufhebung der Bewirtschaftungsauflagen, Abweisung des Anspruchs auf Entschädigung) aufzuheben; eventuell sei die Sache zur neuen Beurteilung an das Grundbuchinspektorat zurückzuweisen. Der Beschwerde wurde eine Stellungnahme der SGH vom 23. Juni 2005 beigelegt.
Die vermietungspflichtigen Wohnungseigentümer wie auch das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde (soweit darauf überhaupt einzutreten sei). Das Grundbuchinspektorat und das Bundesamt für Justiz verzichten auf eine Stellungnahme. Der Geschäftsführer der Betriebsgesellschaft, ebenfalls Eigentümer einer Wohneinheit, beantragt Gutheissung der Beschwerde.
E. Mit Verfügung vom 28. August 2005 hat der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen den auf das Bundesgesetz vom 16. Dezember 1983 über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland (Bewilligungsgesetz, BewG; SR 211.412. 41) gestützten, kantonal letztinstanzlichen Entscheid ist zulässig (Art. 97 und Art. 98 lit. g OG; <ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist als Betreiberin des Hotels durch den angefochtenen Entscheid beschwert und zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde befugt (Art. 103 lit. a OG; Art. 20 Abs. 2 lit. a und Art. 21 Abs. 2 BewG).
1.2 Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde richtet sich gemäss Art. 98 lit. g OG gegen Verfügungen letzter kantonaler Instanzen. Angefochten werden kann im vorliegenden Verfahren daher einzig der Entscheid des Verwaltungsgerichts (sog. Devolutiveffekt; vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 33, 117 Ib 414 E. 1d S. 417, 104 Ib 412 E. 1c S. 416, mit Hinweisen). Soweit die Beschwerdeführerin auch die Aufhebung der Verfügung des Grundbuchinspektorats verlangt, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
1.3 Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich der Überschreitung oder des Missbrauchs des Ermessens, gerügt werden (Art. 104 lit. a OG). Da eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden hat, ist das Bundesgericht vorliegend an die Sachverhaltsfeststellung gebunden, es sei denn, diese sei offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen erfolgt (Art. 105 Abs. 2 OG). Im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wendet das Bundesgericht das massgebende Bundesrecht von Amtes wegen an, ohne an die Begründung der Parteibegehren gebunden zu sein (Art. 114 Abs. 1 zweiter Halbsatz OG); es kann die Beschwerde auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (<ref-ruling> E. 3.4 S. 188; <ref-ruling> E. 4a S. 117; je mit Hinweis).
1.4 Die kantonalen Behörden waren an die Erwägungen des Bundesgerichtsurteils vom 3. Juni 2004 gebunden. Soweit die Beschwerde über diesen Rahmen hinausgeht, ist darauf nicht näher einzugehen. Nicht zu berücksichtigen, da neu, ist auch die mit der Beschwerde eingereichte Stellungnahme der SGH vom 23. Juni 2005.
2. 2.1 Um die Benutzung als Apparthotel dauerhaft aufrechtzuerhalten, auferlegt die Gesetzgebung dem Bewirtschafter die Pflicht zur Bewirtschaftung und dem Eigentümer die Pflicht, seine Wohnung zu diesem Zweck zur Verfügung zu stellen (vgl. <ref-law>; Art. 7 Abs. 2 und Art. 11 Abs. 2 lit. g der Verordnung vom 1. Oktober 1984 über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland [BewV; SR 211.412.411]. Diese Verpflichtung ist öffentlichrechtlich und gilt dauerhaft, vorbehältlich eines allfälligen Widerrufs der Auflage. Sie kann durch privatrechtliche Vereinbarungen nicht wegbedungen werden.
Die Bewirtschaftungspflicht kann gemäss <ref-law> aufgehoben werden. Dies ist jedoch nur aus zwingenden Gründen zulässig. Ein solcher Grund liegt erst vor, wenn eine Veränderung der Verhältnisse eintritt, welche die Erfüllung der Auflage unmöglich oder unzumutbar macht (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 6.2 S. 378). Grundsätzlich muss der Erwerber einer Wohneinheit in einem Apparthotel somit das wirtschaftliche Risiko, das sich aus der Bewirtschaftungspflicht ergibt, in Kauf nehmen. Insbesondere kann er nicht damit rechnen, mit der Vermietung des Appartements einen Gewinn zu erzielen. Wenn jedoch, um einen wirtschaftlich tragbaren Hotelbetrieb zu ermöglichen, die Mietkonditionen derart zum Nachteil der Wohnungseigentümer verändert werden müssten, dass diesen aus der Vermietung ein Verlust erwachsen oder dass sonst wie das Eigentumsrecht in seiner Substanz angetastet würde, wäre die Änderung für die Wohnungseigentümer unzumutbar. In diesem Fall müsste infolge Unmöglichkeit der Hotelbewirtschaftung die Bewirtschaftungsauflage aufgehoben werden (vgl. <ref-ruling> E. 2.8 S. 300 f.).
2.2 Der neue, vom Grundbuchinspektorat verfügte Mietvertrag hat die den Wohnungseigentümern zuvor zugesicherten Rechte in dem Ausmass eingeschränkt, wie das Gutachten der SGH als notwendig erachtete, um einen wirtschaftlich tragbaren Hotelbetrieb zu gewährleisten. Zugleich hat das Grundbuchinspektorat diese Vertragsänderungen als für die Wohnungseigentümer unzumutbar eingestuft. Das Verwaltungsgericht hat die erstinstanzliche Auffassung geschützt, was - entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin - weder Bundesrecht verletzt noch von der bisherigen Praxis des Bundesgerichts (vgl. u.a. <ref-ruling> E. 2.8 S. 300 f., 129 II 361 E. 6.2 S. 378, mit weiteren Hinweisen) abweicht:
Wie das Verwaltungsgericht zutreffend erwogen hat, ist die neu geregelte Bewirtschaftungspflicht für die Wohnungseigentümer in erster Linie deshalb unzumutbar, weil deren Beteiligung an den Mieteinnahmen wesentlich geringer ausfällt und nunmehr in einem markanten Missverhältnis zu den Eigentümerkosten für die Vermietungszeit steht: Gemäss Gutachten der SGH und Verfügung des Grundbuchinspektorats sollen vom Umsatz der Drittbeherbergungen nicht mehr 43% des Nettoertrags, sondern nur noch 16% des Bruttoergebnisses an die Vermieter zu entrichten sein. Dieser Prozentsatz beruht auf der Schätzung der SGH, bei einem als möglich erachteten Gesamtbeherbergungsertrag von Fr. 780'000.-- könnten Fr. 123'000.-- an die Wohnungseigentümer bezahlt werden, ohne die Wirtschaftlichkeit des Hotelbetriebs zu gefährden. Die seit der Vertragsänderung erzielten Beherbergungsumsätze sind aber weit unter diesem Betrag geblieben (Fr. 57'211.05 für das Geschäftsjahr 2002/2003, voraussichtlich ca. Fr. 75'000.-- für 2003/04). Mit anderen Worten liegt der massiven Reduzierung des Mietengelts (auf ungefähr einen Drittel des bisherigen Prozentsatzes) eine zumindest optimistische Schätzung zugrunde, die ausserdem zukünftige Ersatzinvestitionen bzw. Erneuerungsarbeiten gänzlich unberücksichtigt gelassen zu haben scheint. Auf jeden Fall belaufen sich die der Einnahmenbeteiligung gegenüberzustellenden (d.h. auf die halbjährliche Vermietungszeit entfallenden) Eigentümerkosten auf ein Mehrfaches: Für das Bundesgericht verbindlich (Art. 105 Abs. 2 OG) hat die Vorinstanz in Bezug auf die hier vertretenen Beschwerdegegner jährlich Fr. 594'000.-- Kapitalkosten und Fr. 183'000.-- Betriebskosten festgehalten, d.h. gesamthaft Fr. 778'000.--. Umgerechnet auf ein halbes Jahr, für welches die Eigentümer die Appartements dem Hotelbetrieb zur Verfügung zu stellen haben, ergibt dies ca. Fr. 390'000.--. Werden diesen Kosten - in optimistischer Betrachtungsweise - Fr. 123'000.-- Mietentgelt-Beteiligung gegenübergestellt, resultiert daraus immer noch ein mehr als dreifacher Kostenüberschuss.
Dazu kommt, dass den Wohnungseigentümern auch bezüglich der zulässigen Eigenbelegungen markant verschlechterte Bedingungen auferlegt worden sind: Der frühere Mietvertrag sah wohl vor, dass die Eigentümer ihre Selbstnutzungen im Normalfall ein halbes Jahr im Voraus ankündigen mussten, dann aber (im Rahmen der ihnen zustehenden sechs Monate) sogar in der Hochsaison uneingeschränkt über ihre Wohnung verfügen (oder sie ihren Familien sowie Bekannten unentgeltlich überlassen) konnten. Unter dem neuen Vertrag gemäss Gutachten der SGH sollen sie nunmehr in der Mittelsaison für jede Eigenbelegung 30% der von Drittgästen bezahlten Miete entrichten, in der Hochsaison sogar 75%. Mit anderen Worten werden sie vor folgende, so oder anders sehr unvorteilhafte Alternative gestellt: Entweder dulden sie teils massive Beschränkungen ihrer Eigentümerrechte und verzichten sie insbesondere in den attraktiven Jahreszeiten, für die sie ihre Wohnungen gerade erworben haben, mehr oder weniger vollumfänglich auf Selbstnutzungen. Oder sie nehmen - zusätzlich zu dem deutlich schlechteren Verhältnis zwischen Mietbeteiligung und Kosten für die Vermietungszeit - noch (gegebenenfalls beträchtliche) Mehrausgaben in Kauf.
Gesamthaft hat der neue Mietvertrag wesentliche, zuvor ausdrücklich zugesicherte Vermieterrechte einseitig und massiv eingeschränkt. Daraus ergibt sich für die Wohnungseigentümer insbesondere ein klares Missverhältnis zwischen markant geringeren, selbst so noch unsicheren Einnahmen und zumindest dreimal so hohen Kosten für die Vermietungszeit. Gleichzeitig ist die bezweckte Wirtschaftlichkeit des Hotelbetriebs damit noch keineswegs sichergestellt, während die zukünftige Entwicklung des Unternehmens (vor allem die notwendigen Ersatzinvestitionen) gänzlich ungeregelt bleibt. Demzufolge verstösst es nicht gegen Bundesrecht, dass das Verwaltungsgericht den Widerruf der Bewirtschaftungsauflage geschützt hat.
2.3 Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag nicht zu überzeugen:
Unbegründet ist namentlich der Einwand, die Vorinstanz hätte sich nicht auf die Jahresrechnungen der Verwalterin der Stockwerkeigentümergemeinschaft stützen dürfen. Diese sei als von den Wohnungseigentümern beauftragte Interessenvertreterin befangen; auch erwiesen sich ihre Berechnungen teilweise als krass falsch. Dabei verkennt die Beschwerdeführerin indessen, dass das Bundesgericht hier gemäss Art. 105 Abs. 2 OG an die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz gebunden ist (vgl. E. 1.3 hiervor). Inwiefern die dem angefochtenen Entscheid zugrunde liegenden Berechnungen geradezu offensichtlich unrichtig sein sollten, ist nicht erkennbar und von der Beschwerdeführerin auch nicht rechtsgenüglich dargetan worden. Zudem handelt es sich um Jahresabrechnungen, welche die Betriebsgesellschaft im Rahmen der Stockwerkeigentümergemeinschaft selber genehmigt hat. Es erübrigt sich somit, auf diese Vorhaltungen weiter einzugehen. Ebenfalls nicht zu beanstanden ist, dass das Verwaltungsgericht in antizipierter Beweiswürdigung davon abgesehen hat, zu diesen Fragen ein zusätzliches Gutachten einzuholen.
Nicht stichhaltig ist schliesslich das Vorbringen, ein Widerruf der Bewirtschaftungspflicht habe für die jetzige Betreiberin des Apparthotels dramatische wirtschaftliche Folgen, für welche die Beschwerdegegner sie gemäss <ref-law> angemessen zu entschädigen hätten. Dem ist entgegenzuhalten, dass diese Bestimmung keine genügende gesetzliche Grundlage für etwaige Entschädigungsleistungen enthält. Im Übrigen ist eine Schädigung hier schon deshalb nicht ersichtlich, weil sich die Betriebsgesellschaft bereits bei der Übernahme im Hinblick auf den etwaigen Widerruf der Vermietungsauflage abgesichert zu haben scheint: Sie hat die gesamten Betriebseinheiten und fünf Wohnungen für insgesamt Fr. 650'000.-- erworben; nach der Aufhebung der Bewirtschaftungspflicht verfügt sie über fünf auflagenfreie Wohnungen (mit entsprechend gesteigertem Marktwert); den Ertragswert des Hotel/Restaurantteils schätzt sie selbst auf 1,1 Mio. Franken (vgl. "Fact sheet" vom 16. August 2004).
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG; Art. 159 OG). Die Parteientschädigung ist nur an die durch Rechtsanwalt Buchli-Caspar vertretenen Beschwerdegegner auszurichten, da nur er eine begründete Vernehmlassung eingereicht hat.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr in der Höhe von Fr. 10'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin wird verpflichtet, den durch Rechtsanwalt Buchli-Caspar vertretenen Beschwerdegegnern eine Parteientschädigung von Fr. 10'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Grundbuchinspektorat Graubünden und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 2. Kammer, sowie dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Dezember 2005
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: