Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Die A._ AG (Klägerin) ist im Traktoren- und Landwirtschaftsmaschinenbereich tätig. Sie unterhielt eine Bankbeziehung mit der B._ AG (Beklagte), welche von der Filiale Wil der Beklagten geführt wurde und insbesondere das Konto X._ umfasste.
A.a Für das Konto X._ bestanden Unterschriftskarten. Insbesondere unterzeichneten zwei Direktionsmitglieder der Klägerin am 21. Oktober 1991 eine Unterschriftskarte, welche die "Kollektivunterschrift je zu zweien" von Dr. C._, D._, E._ und F._ festhielt. D._ war zunächst Verkaufsleiter der Klägerin. Am 3. Januar 1992 (SHAB-Publikation vom 17. 1.1992) wurde er als Mitglied des Verwaltungsrates und Geschäftsführer der Klägerin mit Einzelzeichnungsberechtigung ins Handelsregister eingetragen. Der Eintrag blieb bis zu seiner Pensionierung am 13. Juni 2002 unverändert.
A.b Am 3. Februar 1995 ging D._ im Namen der Klägerin eine neue Bankbeziehung mit der Beklagten ein und eröffnete gleichzeitig das Kontokorrent Y._, das später als Nr. Z._ geführt wurde. Zur Begründung gab er dem Bankangestellten G._ an, er benötige im Auftrag der Firmengruppe der Klägerin grössere Geldbeträge für eine streng geheime Angelegenheit. Aus diesem Grund wurde auch vereinbart, dass die Korrespondenz zurückbehalten werde. D._ hinterlegte auf der gleichen Tags ausgestellten Unterschriftenkarte sein Unterschriftenmuster als Einzelzeichnungsberechtigter, G._ brachte darauf den handschriftlichen Hinweis "lt. SHAB i.O." an. Die Unterschriftenkarte wurde nicht unterzeichnet. Am gleichen Tag liess D._ zwei Bankchecks auf den Inhaber über Fr. 300'000.-- und Fr. 350'000.-- ausstellen, die am 6. Februar 1995 eingelöst und dem Kontokorrent Y._ mit Fr. 300'010.-- und Fr. 350'010.-- belastet wurden. Am 8. August 1995 und am 4. März 1996 tätigte D._ Barbezüge von Fr. 100'000.-- und Fr. 120'000.--. Es folgten keine weiteren Bezüge. Das Konto wurde quartalsweise mit den aufgelaufenen Negativzinsen belastet.
A.c Mit Schreiben vom 4. Februar 2000 forderte die B._ AG D._ an die Adresse der Klägerin auf, den Kontokorrent-Kredit auf dem Konto Z._ in Höhe von Fr. 1'195'750.-- bis spätestens 28. Februar 2000 abzulösen bzw. zurückzuführen, ansonsten sich die B._ AG veranlasst sehe, "einen entsprechenden Übertrag ab dem ordentlichen Kontokorrent X._ vorzunehmen". Nachdem eine solche Rückführung nicht erfolgte, wurde das Konto am 4. September 2000 mit einem Negativsaldo von Fr. 1'235'194.35 aufgelöst. Das Kontokorrent X._ wurde am 4. September 2000 mit demselben Betrag belastet. Nach Angaben der Klägerin erfuhr ihr zuständiger Finanzchef F._ erst mit dieser Belastung, dass ein geheimes Konto existiert hatte.
A.d Erstmals mit Schreiben vom 12. August 2003 gelangte die Klägerin an die Beklagte und verlangte Schadenersatz in Höhe von Fr. 1'235'914.35 plus Zinsen seit dem 4. September 2000. In ihrer Antwort vom 2. September 2003 bestritt die Beklagte die Forderung mit der Begründung, sie sei ihrer Sorgfaltspflicht bei Eröffnung und Führung der Geschäftsbeziehung vollumfänglich nachgekommen. Die Klägerin liess der Beklagten darauf einen Zahlungsbefehl über Fr. 1'235'914.35 zustellen, wogegen die Beklagte Rechtsvorschlag erklärte.
A.e Gegen D._ wurde im Kanton St. Gallen eine Strafuntersuchung geführt.
A.e Gegen D._ wurde im Kanton St. Gallen eine Strafuntersuchung geführt.
B. Am 9. Juli 2004 befasste die Klägerin das Handelsgericht des Kantons St. Gallen mit den Begehren, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 1'235'914.35 zuzüglich Zins zu 5% seit 4. September 2000 sowie die Kosten des Zahlungsbefehls Nr. 0000 des Betreibungsamtes Zürich 1 von Fr. 410.-- zu bezahlen (Ziffer 1) und der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 1111 BA Zürich vom 29. Januar 2004 sei zu beseitigen (Ziffer 2). Sie machte geltend, es sei zwischen den Parteien in Bezug auf die Bankverbindung XY._ kein Vertrag zustande gekommen und die Beklagte habe jedenfalls das Konto Y._ bzw. Z._ grobfahrlässig eröffnet bzw. geführt, weshalb die Belastung des Kontos X._ mit dem Sollsaldo auf diesem Kontokorrent nicht gültig erfolgt sei. Die Beklagte stellte sich auf den Standpunkt, sie habe das Konto korrekt eröffnet und geführt.
B. Am 9. Juli 2004 befasste die Klägerin das Handelsgericht des Kantons St. Gallen mit den Begehren, die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 1'235'914.35 zuzüglich Zins zu 5% seit 4. September 2000 sowie die Kosten des Zahlungsbefehls Nr. 0000 des Betreibungsamtes Zürich 1 von Fr. 410.-- zu bezahlen (Ziffer 1) und der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 1111 BA Zürich vom 29. Januar 2004 sei zu beseitigen (Ziffer 2). Sie machte geltend, es sei zwischen den Parteien in Bezug auf die Bankverbindung XY._ kein Vertrag zustande gekommen und die Beklagte habe jedenfalls das Konto Y._ bzw. Z._ grobfahrlässig eröffnet bzw. geführt, weshalb die Belastung des Kontos X._ mit dem Sollsaldo auf diesem Kontokorrent nicht gültig erfolgt sei. Die Beklagte stellte sich auf den Standpunkt, sie habe das Konto korrekt eröffnet und geführt.
C. Das Handelsgericht des Kantons St. Gallen wies die Klage mit Urteil vom 27. März 2006 ab. Das Gericht gelangte zwar zum Schluss, dass die Beklagte bzw. der für sie handelnde G._ bei der Eröffnung der neuen Bankbeziehung durch D._ nicht gutgläubig war, sondern angesichts der Vielzahl ungewöhnlicher Umstände hätte abklären müssen, ob ein Missbrauch der Vertretungsmacht vorlag. Das Gericht folgte dagegen der Ansicht der Beklagten, dass die Klägerin aufgrund des beinahe 3-jährigen Schweigens im Anschluss an die Belastung des Kontos X._ am 4. September 2000 den Rechnungsauszug samt Belastung genehmigt habe.
C. Das Handelsgericht des Kantons St. Gallen wies die Klage mit Urteil vom 27. März 2006 ab. Das Gericht gelangte zwar zum Schluss, dass die Beklagte bzw. der für sie handelnde G._ bei der Eröffnung der neuen Bankbeziehung durch D._ nicht gutgläubig war, sondern angesichts der Vielzahl ungewöhnlicher Umstände hätte abklären müssen, ob ein Missbrauch der Vertretungsmacht vorlag. Das Gericht folgte dagegen der Ansicht der Beklagten, dass die Klägerin aufgrund des beinahe 3-jährigen Schweigens im Anschluss an die Belastung des Kontos X._ am 4. September 2000 den Rechnungsauszug samt Belastung genehmigt habe.
D. Mit Berufung vom 19. Mai 2006 stellt die Klägerin die Anträge, der angefochtene Entscheid des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 27. März 2006 sei aufzuheben (Ziffer 1) und die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 1'235'914.35 zuzüglich Zins zu 5% seit 4. September 2000 sowie die Kosten des Zahlungsbefehls Nr. 0000 des Betreibungsamtes Zürich 1 von Fr. 410.-- zu bezahlen (Ziffer 2) und der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 1111 BA Zürich vom 29. Januar 2004 sei zu beseitigen (Ziffer 3).
D. Mit Berufung vom 19. Mai 2006 stellt die Klägerin die Anträge, der angefochtene Entscheid des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 27. März 2006 sei aufzuheben (Ziffer 1) und die Beklagte sei zu verpflichten, ihr den Betrag von Fr. 1'235'914.35 zuzüglich Zins zu 5% seit 4. September 2000 sowie die Kosten des Zahlungsbefehls Nr. 0000 des Betreibungsamtes Zürich 1 von Fr. 410.-- zu bezahlen (Ziffer 2) und der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 1111 BA Zürich vom 29. Januar 2004 sei zu beseitigen (Ziffer 3).
E. Die Beklagte schliesst in der Berufungsantwort auf Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten ist.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Im Berufungsverfahren ist das Bundesgericht an die tatsächlichen Feststellungen der letzten kantonalen Instanz gebunden, wenn sie nicht offensichtlich auf Versehen beruhen, unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen (Art. 63 Abs. 2 OG) oder im Hinblick auf den Tatbestand einer anwendbaren Sachnorm ergänzungsbedürftig sind (Art. 64 sowie Art. 55 Abs. 1 lit. c und d OG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 106 mit Hinweisen). Blosse Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung ist im Berufungsverfahren unzulässig (<ref-ruling> E. 2b S. 13; <ref-ruling> E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3, je mit Hinweisen). Das Bundesgericht kann über die Begehren der Parteien nicht hinausgehen und neue Begehren sind unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. b OG). Dagegen ist das Bundesgericht an die rechtliche Begründung weder der Parteien noch der Vorinstanz gebunden. Es kann daher die Berufung aus Gründen gutheissen, welche in der Berufungsschrift nicht vorgebracht werden oder die Berufung aus Gründen abweisen, welche dem angefochtenen Entscheid nicht zugrundeliegen (<ref-ruling> E. 1.4 mit Verweis).
Sollte sich erweisen, dass gemäss der in der Berufung vertretenen Rechtsauffassung eine Genehmigung der Klägerin zu verneinen ist, so wäre zu prüfen, ob die Vorinstanz im Sinne der Vorbringen der Beklagten in der Antwort deren Gutgläubigkeit beim Abschluss der neuen Bankbeziehung im Februar 1995 bundesrechtswidrig verneint hat. Dagegen ist die in der Antwort der Beklagten vorgebrachte Kritik an der Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz mangels zulässiger Rügen nicht zu hören (Art. 55 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 59 OG).
Sollte sich erweisen, dass gemäss der in der Berufung vertretenen Rechtsauffassung eine Genehmigung der Klägerin zu verneinen ist, so wäre zu prüfen, ob die Vorinstanz im Sinne der Vorbringen der Beklagten in der Antwort deren Gutgläubigkeit beim Abschluss der neuen Bankbeziehung im Februar 1995 bundesrechtswidrig verneint hat. Dagegen ist die in der Antwort der Beklagten vorgebrachte Kritik an der Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz mangels zulässiger Rügen nicht zu hören (Art. 55 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 59 OG).
2. Die Vorinstanz hat erkannt, die Klägerin habe die Belastung ihres Kontokorrent X._ mit dem Saldo des Kontos Z._ in Höhe von Fr. 1'235'194.35 am 4. September 2000 genehmigt, indem sie rund drei Jahre lang geschwiegen habe, obwohl sie die Belastung tatsächlich zur Kenntnis genommen und insbesondere aufgrund der Bestätigung von Geschäftsbeziehungen der Beklagten vom 21. Februar 2000 bereits damals vom Konto Z._ Kenntnis erhalten hatte. Die Klägerin rügt, die Vorinstanz habe mit der Annahme, sie habe die Belastung vom 4. September 2000 genehmigt, <ref-law>, <ref-law> und <ref-law> verletzt, nachdem die Bösgläubigkeit der Beklagten bei Eröffnung der neuen Kontobeziehung bejaht worden sei.
2.1 Im Kontokorrent-Verhältnis werden Forderungen und Gegenforderungen mit der Verbuchung laufend oder am Ende einer Rechnungsperiode durch Verrechnung getilgt (<ref-ruling> E. 3 S. 83 mit Verweisen). Wird der Saldo gezogen und anerkannt, so ist Neuerung anzunehmen (<ref-law>). Die Parteien können Anerkennung durch Stillschweigen vereinbaren (<ref-ruling> E. 2.2.2 mit Verweisen). Mit der Anerkennung des Saldos wird zwar auf Einwendungen gegen versehentliche Buchungen nicht verzichtet, aber sie bedeutet doch Verzicht auf die Geltendmachung bereits bekannter Willensmängel sowie streitiger oder ungewisser, aber nicht ausdrücklich vorbehaltener Einreden (<ref-ruling> E. 3a mit Verweisen). Mit der Genehmigungsfiktion vereinbaren die Parteien, dass ein passives Verhalten des Bankkunden als Annahme des Kontoauszugs im Sinne von <ref-law> zu werten ist (<ref-ruling> E. 2d S. 151). Die vereinbarte Genehmigung durch Stillschweigen ist nach dem Vertrauensprinzip nur insoweit als Zustimmung zu verstehen, als eine positive Reaktion möglich ist und die Bank nicht weiss oder nach den Umständen wissen muss, dass dem Bankkunden der Genehmigungswille fehlt (Sibbern/von der Crone, Genehmigungsfiktion und Nebenpflichten des Bankkunden, in: SZW 2006, S. 70 ff., S. 73 und 75). Die Parteien haben mit der vertraglichen Übernahme von Art. 9 der AGB der Beklagten vereinbart, dass die Rechnungsauszüge der Beklagten als genehmigt gelten, wenn sie nicht innert eines Monats beanstandet werden. Sie haben gemäss dieser Klausel ausserdem vereinbart, dass die Anerkennung des Rechnungsauszugs die Genehmigung aller in ihm enthaltenen Posten einschliesst.
2.2 Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz hat die Beklagte der Klägerin die Belastung des Kontos X._ mit dem Saldo des Kontos Z._ in Höhe von Fr. 1'235'194.35 am 4. September 2000 mitgeteilt und die Klägerin hat den Rechnungsauszug nicht nur während eines Monats, sondern während rund drei Jahren nicht bestritten. Dabei hatte sie nach den Feststellungen im angefochtenen Entscheid aufgrund der Bestätigung von Geschäftsbeziehungen durch die Beklagte am 21. Februar 2000 tatsächlich Kenntnis vom auf ihren Namen lautenden Konto Nr. Z._ mit einem Negativsaldo von rund Fr. 1'200'000.--. Die Klägerin wendet sich in unzulässiger Weise gegen die Beweiswürdigung der Vorinstanz, wenn sie diese Kenntnis bestreitet. Sie verkennt im Übrigen die Bedeutung des Schlusses der Vorinstanz, wenn sie unterstellt, die Vorinstanz habe nicht allein beweismässig die Kenntnis der Klägerin über die Existenz des von D._ in ihrem Namen eröffneten Kontos und dessen Negativsaldos festgestellt, sondern sie habe aus der fehlenden Reaktion auf die Mitteilung vom 21. Februar 2000 eine Genehmigung abgeleitet. Die Vorinstanz hat im Gegenteil ausdrücklich auf die Genehmigung des Rechnungsauszugs vom 4. September 2000 geschlossen.
2.3 Der Berufung der Klägerin ist nicht zu entnehmen, welche Einwände sie gegen die Belastung ihres Kontos X._ mit dem Negativsaldo des ihr seit dem 21. Februar 2000 bekannten, auf ihren Namen lautenden Kontos Z._ erheben könnte, die ihr im Zeitpunkt der Mitteilung des Rechnungsauszugs vom 4. September 2000 nicht bekannt sein mussten. Sie wendet vielmehr gegen die vertraglich vereinbarte Genehmigungsfiktion durch ihr Schweigen auf die Mitteilung des Rechnungsauszugs und der entsprechenden Belastung ein, diese Genehmigungsfiktion komme wegen der im angefochtenen Entscheid festgestellten Bösgläubigkeit der Beklagten nicht zum Tragen. Sie übergeht dabei, dass sich die im angefochtenen Entscheid bejahte Bösgläubigkeit der Beklagten auf die Umstände der Eröffnung der neuen Bank- bzw. Kontobeziehung durch das einzelzeichnungsberechtigte Organ der Klägerin bezieht, welche nach den Erwägungen im angefochtenen Entscheid auf einen Missbrauch der Vertretungsmacht hindeuteten. Es bestehen dagegen keine Anhaltspunkte in den tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Entscheids, dass die Beklagte Anlass gehabt hätte, am Willen der Klägerin zur Genehmigung des Kontoauszugs vom 4. September 2000 zu zweifeln. Derartige Anhaltspunkten ergeben sich insbesondere nicht aus den Umständen, welche im Februar 1995 bei der Eröffnung des am 4. September 2000 saldierten Kontos auf einen Missbrauch der Vertretungsmacht des Organs der Klägerin hindeuteten. Die Vorinstanz hat bundesrechtskonform geschlossen, die Klägerin habe den Rechnungsauszug vom 4. September 2000 vereinbarungsgemäss anerkannt, indem sie darauf nicht reagierte.
2.4 Da die Klägerin gegen die Belastung ihres Kontos X._ mit dem Negativsaldo des auf ihren Namen lautenden Kontos Z._ keine Einwendungen erhebt, die sie im Zeitpunkt der Mitteilung des Rechnungsauszugs mit der entsprechenden Belastung nicht kennen konnte, und die Beklagte keinen Anlass hatte, das Stillschweigen der Klägerin nicht als Genehmigung der Belastung zu verstehen, hat die Vorinstanz die Genehmigung der Belastung durch Stillschweigen bundesrechtskonform bejaht. Die Vorinstanz hat <ref-law> zutreffend angewandt, wenn sie die Voraussetzung der Anerkennung des Saldos und damit die Neuerung bejahte.
2.4 Da die Klägerin gegen die Belastung ihres Kontos X._ mit dem Negativsaldo des auf ihren Namen lautenden Kontos Z._ keine Einwendungen erhebt, die sie im Zeitpunkt der Mitteilung des Rechnungsauszugs mit der entsprechenden Belastung nicht kennen konnte, und die Beklagte keinen Anlass hatte, das Stillschweigen der Klägerin nicht als Genehmigung der Belastung zu verstehen, hat die Vorinstanz die Genehmigung der Belastung durch Stillschweigen bundesrechtskonform bejaht. Die Vorinstanz hat <ref-law> zutreffend angewandt, wenn sie die Voraussetzung der Anerkennung des Saldos und damit die Neuerung bejahte.
3. Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang ist die Gerichtsgebühr der Klägerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Sie hat die Beklagte überdies für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 12'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3. Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
3. Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 14'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. August 2006
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: