A.- Die 1958 geborene M._ arbeitete seit 1991 im Seelandheim, Worben, als Reinigungsmitarbeiterin. Am 27. Oktober 1997 meldete sie sich unter Hinweis auf seit 1996 bestehende Rückenbeschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Bern holte eine Auskunft des Heims X._ vom 20. November 1997 und einen Bericht der Dres. med. E._ und I._, Spital Y._, Medizinische Abteilung, vom 11. November 1997 über den stationären Aufenthalt vom 24. September bis
29. Oktober 1997 ein. Zudem veranlasste sie eine Abklärung bei PD Dr. med. O._, Medizinisches Zentrum Z._ (Gutachten vom 9. Juli 1998). Gestützt darauf lehnte sie nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 25. Januar 1999 mangels anspruchsbegründender Invalidität ab.
B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 5. April 2000 ab.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt M._ beantragen, es sei ihr eine volle Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen; eventualiter seien die Akten zur weiteren Abklärung an die IV-Stelle zurückzuweisen. Zudem lässt sie um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung ersuchen.
Die IV-Stelle Bern schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während sich das Bundesamt für Sozialversicherung nicht vernehmen lässt.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das kantonale Gericht hat die massgeblichen rechtlichen Grundlagen, insbesondere bezüglich des Invaliditätsbegriffs (<ref-law>) bei geistigen Gesundheitsschäden (<ref-ruling>; AHI 1996 S. 302 Erw. 2a; ZAK 1992 S. 170 Erw. 2a mit Hinweisen; vgl. auch AHI 1996 S. 305 Erw. 1a, S. 308 Erw. 2a), aber auch hinsichtlich der Schadenminderungspflicht (<ref-ruling> Erw. 3, 105 V 178 Erw. 2; vgl. auch <ref-ruling> mit Hinweisen) sowie der Selbsteingliederung als deren Ausdruck (<ref-ruling> Erw. 4a) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
Zu ergänzen ist, dass ein Versicherter Anspruch auf eine Invalidenrente hat, wenn er zu mindestens 40 % invalid ist (<ref-law>). Für die Bemessung der Invalidität Erwerbstätiger wird das Einkommen, das der Versicherte nach Eintritt der Invalidität und nach Durchführung allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine ihm zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte, in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das er erzielen könnte, wenn er nicht invalid geworden wäre (<ref-law>). Erwerbslosigkeit aus invaliditätsfremden Gründen vermag indessen keinen Rentenanspruch zu begründen. Die sich aus derartigen Motiven ergebende "Arbeitsunfähigkeit" ist nicht invaliditätsbedingt (<ref-ruling> Erw. 2c; ZAK 1991 S. 321 Erw. 3c, 1989 S. 315 f.).
b) Um den Invaliditätsgrad bemessen zu können, ist die Verwaltung (und im Beschwerdefall der Richter) auf Unterlagen angewiesen, die der Arzt und gegebenenfalls auch andere Fachleute zur Verfügung zu stellen haben. Aufgabe des Arztes ist es, den Gesundheitszustand zu beurteilen und dazu Stellung zu nehmen, in welchem Umfang und bezüglich welcher Tätigkeiten der Versicherte arbeitsunfähig ist. Im Weiteren sind die ärztlichen Auskünfte eine wichtige Grundlage für die Beurteilung der Frage, welche Arbeitsleistungen dem Versicherten noch zugemutet werden können (<ref-ruling> Erw. 2, 114 V 314 Erw. 3c, 105 V 158 Erw. 1).
c) Das Bundesrecht schreibt nicht vor, wie die einzelnen Beweismittel zu würdigen sind. Für das gesamte Verwaltungs- und Verwaltungsgerichtsbeschwerdeverfahren gilt der Grundsatz der freien Beweiswürdigung (<ref-law> in Verbindung mit Art. 135 OG; Art. 95 Abs. 2 OG in Verbindung mit Art. 113 und 132 OG; <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; Meyer-Blaser, Rechtsprechung des Bundesgerichts zum IVG, Zürich 1997, S. 229). Danach haben Versicherungsträger und Sozialversicherungsrichter die Beweise frei, d.h. ohne Bindung an förmliche Beweisregeln, sowie umfassend und pflichtgemäss zu würdigen. Für das Beschwerdeverfahren bedeutet dies, dass der Sozialversicherungsrichter alle Beweismittel, unabhängig davon, von wem sie stammen, objektiv zu prüfen und danach zu entscheiden hat, ob die verfügbaren Unterlagen eine zuverlässige Beurteilung des streitigen Rechtsanspruches gestatten. Insbesondere darf er bei einander wiedersprechenden medizinischen Berichten den Prozess nicht erledigen, ohne das gesamte Beweismaterial zu würdigen und die Gründe anzugeben, warum er auf die eine und nicht auf die andere medizinische These abstellt. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist also entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind.
Ausschlaggebend für den Beweiswert ist somit weder die Herkunft eines Beweismittels noch die Bezeichnung der eingereichten oder in Auftrag gegebenen Stellungnahmen als Bericht oder Gutachten, sondern dessen Inhalt (<ref-ruling> Erw. 3a mit Hinweisen).
2.- a) Die Vorinstanz gelangte gestützt auf das Gutachten des Medizinischen Zentrums Z._ zum Schluss, die IV-Stelle habe einen Rentenanspruch zu Recht abgelehnt, da der Versicherten eine körperlich leichte Tätigkeit zu 100 % zumutbar sei. Demgegenüber stellt sich die Beschwerdeführerin auf den Standpunkt, sie habe Anspruch auf eine ganze Rente der Invalidenversicherung; insbesondere sei zur Beurteilung der Arbeitsfähigkeit nicht auf das Gutachten des Medizinischen Zentrums Z._ abzustellen.
b) Mit Bezug auf die Arbeitsfähigkeit ergibt sich aus den Akten Folgendes:
Im Bericht des Spitals Y._ vom 11. November 1997 werden eine chronische Schmerzstörung mit medianer Diskusprotrusion L4/5 ohne Neurobeeinträchtigung sowie Spondylarthrose L4/5 und L5/S1, Osteochondrose C5/6 mit kleiner linksparamedianer Diskushernie ohne Neurokompression, ein affektiv-vegetativer Modus (gemäss Mainzer Schmerzwerkstatt) sowie eine Rückzugs-Konservierungsreaktion diagnostiziert. Die Rückenschmerzen seien während der Hospitalisation konstant geblieben, kaum beeinflusst weder durch aktivierende noch durch entspannende Massnahmen.
In den Einzelgesprächen und im Abteilungsalltag sei eine regressiv fordernde Haltung im Vordergrund gestanden mit wenig Fähigkeit zur Introspektion und zur Übernahme von selbstverantwortlichen schmerzmindernden Massnahmen. Angesichts der Gesamtsituation, die eine volle Arbeitsfähigkeit der Versicherten nicht zulasse, werde die Arbeitsfähigkeit für leichte Arbeit auf 50 % geschätzt; eine höhere Arbeitsleistung sei der Versicherten derzeit nicht zumutbar.
Im Gutachten des Medizinischen Zentrums Z._ vom 9. Juli 1998, das auf einem orthopädischen (Dr. med.
H._) und einem psychiatrischen Konsilium (Dr. med.
T._) beruht, werden ein panvertebrales Schmerzsyndrom bei Skoliose der Wirbelsäule und Status nach Morbus Scheuermann, leichte degenerative Veränderungen, vegetative Systonie, Hyperventilation sowie eine chronische Schmerzstörung diagnostiziert. Es wird festgehalten, aus psychiatrischer Sicht bestehe keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit im angestammten Beruf als "Putzfrau". Aus medizinisch-rheumatologischer Sicht wäre eine körperlich nicht stark belastende Tätigkeit wie leichte Reinigungsarbeiten möglich. Es seien ausschliesslich invaliditätsfremde Gründe für die Arbeitsniederlegung, für das Festhalten am Beschwerdekatalog und für die Nichtwiederaufnahme einer gleichwie gearteten beruflichen Tätigkeit verantwortlich.
Dazu gehörten neben dem Wunsch nach Zuwendung und Entlastung das Alter der Versicherten, die mangelnde schulische und berufliche Ausbildung sowie die mangelhaften Sprachkenntnisse. Die Versicherte habe sich in ihrer Krankheitsrolle völlig eingelebt, der Krankheitsgewinn sei so gross, dass sie nicht mehr davon abweichen werde.
c) Die Vorinstanz hat aus diesen medizinischen Unterlagen geschlossen, es bestehe keine wesentliche Einschränkung der Arbeitsfähigkeit und folgt damit der Stellungnahme des Medizinischen Zentrums Z._. Indes kann nicht unbesehen auf dieses Gutachten abgestellt werden, bestehen doch Indizien, die gegen seine Zuverlässigkeit sprechen, was die Annahme voller Beweiskraft ausschliesst (vgl. <ref-ruling> f.).
Zunächst sind die Grundlagen, auf denen die ärztlichen Feststellungen des Gutachtens beruhen, unvollständig. In den IV-Akten fehlen diverse Vorakten, welche deshalb auch keinen Eingang in die Beurteilung durch das Medizinische Zentrum Z._ gefunden haben. So wurden neben dem Bericht des Spitals Y._ keine weiteren medizinischen Unterlagen herangezogen, obwohl der erwähnte Bericht entsprechende Hinweise auf weitere frühere Behandlungen und Abklärungen enthält (unter anderem Konsultationen in der Neurologischen Ambulanz des Paraplegiker-Zentrums vom 10. März 1997 und der Klinik A._ vom 28. April 1997, Hospitalisation im Spital B._ vom 8. bis 17. Juli 1997). Ebenso fehlt ein Bericht des Hausarztes Dr. med.
R._. Zwar ist bei der Würdigung von Arztberichten unter Umständen ein Augenmerk darauf zu richten, dass Hausärzte mitunter im Hinblick auf ihre auftragsrechtliche Vertrauensstellung in Zweifelsfällen eher zu Gunsten ihrer Patienten aussagen (<ref-ruling> Erw. 3b/cc mit Hinweisen).
Trotzdem ist nicht ausser Acht zu lassen, dass gerade bei einer längerdauernden Behandlung, wie sie vorliegend offenbar durchgeführt wurde, die Berichte des Hausarztes für eine umfassende Beurteilung nicht ohne Bedeutung sind.
Unter diesen Umständen kann nicht davon ausgegangen werden, dass die Ergebnisse des Gutachtens auf der medizinischen Gesamtsituation basieren, was jedoch eine Voraussetzung für dessen volle Beweiskraft bildet (Erw. 1c hievor).
Zudem nimmt das Gutachten abgesehen von der Bemerkung, man habe von einem Panvertebralsyndrom gesprochen, um das diagnostische Defizit zuzudecken, keinen Bezug auf den Bericht des Spitals Y._, das eine Arbeitsfähigkeit von lediglich 50 % schätzt, und setzt sich mit dessen Argumentation in keiner Weise auseinander, weshalb die Schlussfolgerungen im Gutachten nicht als widerspruchsfrei und schlüssig bezeichnet werden können. Dabei ist insbesondere zu berücksichtigen, dass die abweichende Stellungnahme zur Arbeitsfähigkeit durch das Spital Y._ auf Beobachtungen während eines fünfwöchigen stationären Aufenthaltes beruht und zudem unter Einbezug weiterer medizinischer Berichte erfolgt ist.
d) Nach dem Gesagten lässt die Aktenlage eine abschliessende Beurteilung der Arbeitsunfähigkeit und damit des Invaliditätsgrades nicht zu. Eine neue Gesamtbeurteilung der medizinischen Situation unter Einbezug aller relevanten medizinischen Unterlagen im Rahmen einer interdisziplinären Begutachtung erweist sich deshalb als unumgänglich.
3.- Es geht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen, weshalb von der Auferlegung von Gerichtskosten abzusehen ist (Art. 134 OG).
Da die Rückweisung zu näheren Abklärungen einem Obsiegen gleichkommt (<ref-ruling>), hat die Beschwerdeführerin Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 159 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 135 OG). Das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung ist damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde
werden der Entscheid des Verwaltungsgerichts
des Kantons Bern vom 5. April 2000 und die Verfügung
vom 25. Januar 1999 aufgehoben, und es wird die Sache
an die IV-Stelle Bern zurückgewiesen, damit diese,
nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über
den Rentenanspruch neu verfüge.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle Bern hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 2500.-
(einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses
zu befinden haben.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht
des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche
Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherung
zugestellt.
Luzern, 15. Dezember 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin:
i.V.