Sachverhalt:
A.
X._ führt einen Landwirtschaftsbetrieb. Diesen unterzogen das kantonale Veterinäramt und das Landwirtschaftsamt am 5. Mai 2010 einer unangemeldeten Kontrolle. Dabei stellten sie diverse Missstände fest und brachten diese am 8. Juni 2010 zur Anzeige. Am 15. Juni 2010 fand auf Antrag von X._ eine Nachkontrolle statt, wobei wiederum Mängel in der Tierhaltung registriert wurden. Am 23. Februar 2011 nahm der Kantonstierarzt im Auftrag und in Begleitung der Staatsanwaltschaft auf dem Betrieb eine unangemeldete Nachkontrolle vor und deckte erneut verschiedene Mängel auf.
B.
X._ wird vorgeworfen, wiederholt gegen das Tierschutzgesetz, die Tierschutzverordnung und das Tierseuchengesetz verstossen zu haben. Ausserdem habe er Widerhandlungen gegen das Gewässerschutzgesetz begangen und sich des Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen schuldig gemacht.
C.
Nach Einsprache von X._ gegen den Strafbefehl vom 23. Oktober 2012 sprach die Einzelrichterin des Kantonsgerichts Appenzell Ausserrhoden ihn am 27. Juni 2013 "teilweise schuldig" der Tierquälerei, der Widerhandlung gegen das Tierschutzgesetz und der Übertretung des Tierseuchengesetzes (alles mehrfach begangen) sowie schuldig der Widerhandlung gegen das Gewässerschutzgesetz und des Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung. Sie verurteilte X._ zu einer Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu Fr. 85.-- (im Umfang von 45 Tagessätzen bedingt aufgeschoben bei einer Probezeit von 5 Jahren) sowie zu einer Busse von Fr. 10'000.-- und sprach ihm eine Entschädigung von Fr. 3'044.50 zu.
Das Obergericht des Kantons Appenzell Ausserrhoden bestätigte dieses Urteil am 8. Dezember 2014.
D.
X._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das Urteil des Obergerichts des Kantons Appenzell Ausserrhoden vom 8. Dezember 2014 sei aufzuheben, soweit er nicht freigesprochen und ihm keine volle Entschädigung zugesprochen worden sei. Er sei von sämtlichen Vorwürfen freizusprechen, eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1.
1.1. Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde, soweit der Beschwerdeführer mit seiner Argumentation vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt abweicht, ohne Willkür darzutun.
Das Bundesgericht legt seinem Urteil die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung zugrunde (<ref-law>) und prüft diese nur auf Willkür hin (vgl. zum Begriff der Willkür: <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.4; je mit Hinweisen). Die Willkürrüge muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substanziiert begründet werden (<ref-law>). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.3; <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
Wenn der Beschwerdeführer in sachverhaltlicher Hinsicht lediglich an seiner bereits vor Vorinstanz geltend gemachten Version festhält und die vorinstanzliche Auffassung bestreitet oder als nicht nachvollziehbar bezeichnet, bringt er damit weder eine ausdrückliche Willkürrüge noch eine ausreichende Begründung vor (vgl. Beschwerde, Rn. 22, 25, 29-33, 35, 45, 48, 51 f., 54, 55 ff.).
1.2. Ebenfalls nicht einzugehen ist auf seinen Antrag, der angefochtene Entscheid sei in Bezug auf die ihm nicht voll zugesprochene Entschädigung aufzuheben. Der Beschwerde ist diesbezüglich keine Begründung zu entnehmen, weshalb sie den Anforderungen gemäss <ref-law> nicht genügt.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Schuldsprüche verletzten Bundesrecht.
2.2. Eine strafrechtlich relevante Vernachlässigung, Misshandlung oder Überanstrengung im Sinne von Art. 26 Abs. 1 lit. a des Tierschutzgesetzes vom 16. Dezember 2005 (TSchG; SR 455) muss mit einer Missachtung der Würde des Tieres einhergehen, ansonsten nicht von einer Tierquälerei gesprochen werden kann und allenfalls der Übertretungstatbestand von <ref-law> zur Anwendung gelangt (Urteil 6B_653/2011 vom 30. Januar 2012 E. 3.3). Die Begriffe der Würde und des Wohlergehens werden in Art. 3 lit. a und b TSchG definiert. Die Würde des Tieres wird missachtet, wenn seine Belastung nicht durch überwiegende Interessen gerechtfertigt werden kann. Eine Belastung liegt vor, wenn dem Tier insbesondere Schmerzen, Leiden oder Schäden zugefügt werden, es in Angst versetzt oder erniedrigt wird, wenn tief greifend in sein Erscheinungsbild oder seine Fähigkeiten eingegriffen oder es übermässig instrumentalisiert wird (<ref-law>). Von einer Missachtung der Würde ist auszugehen, wenn das Wohlergehen des Tieres beeinträchtigt ist, weil Schmerzen, Leiden, Schäden oder Angst nicht vermieden werden (vgl. <ref-law>). Die Leiden oder Schmerzen eines kranken Tieres brauchen nicht besonders stark zu sein. Ob der Tatbestand der Vernachlässigung im Sinne von <ref-law> erfüllt ist, beurteilt sich bei der unterlassenen Pflege eines kranken Tieres in erster Linie nach dem Krankheitsbild (Urteil 6B_653/2011 vom 30. Januar 2012 E. 3.3 mit Hinweis).
Der Kreis derjenigen, die für das Wohlergehen eines Tieres zu sorgen haben, ist unter Berücksichtigung von <ref-law> weit auszulegen und erstreckt sich nicht nur auf den Halter, sondern auch auf den Betreuer. Der Begriff des Betreuers bildet einen Auffangtatbestand für jene Fälle, in denen eine Person zwar nicht Halter ist, aber dennoch eine solche tatsächliche Einwirkungsmöglichkeit auf das Tier hat, so dass ihr zwangsläufig die Funktionen für die angemessene Sorge des Tieres nach <ref-law> zukommen (Urteil 6B_660/2010 vom 8. Februar 2011 E.1.2.2 und E. 1.2.3 mit Hinweisen).
2.3.
2.3.1. Gegen die Schuldsprüche wegen mangelhafter Klauenpflege und unkorrekten Führens einer Tierverkehrsdatenbank wendet der Beschwerdeführer ein, er habe die entsprechenden Vorschriften nicht vorsätzlich missachtet.
Klauenprobleme kämen in der Landwirtschaft nicht selten vor, und auch bei regelmässiger Pflege könnten Klauenleiden auftreten. Dass nur gerade sechs von über hundert Tieren bei der Kontrolle zu lange Klauen aufgewiesen hätten zeige, dass er die Klauenpflege pflichtbewusst betreibe. Zum Zeitpunkt der Kontrolle sei er gerade im Begriff gewesen, die Klauenpflege durchzuführen und habe lediglich noch nicht alle Tiere behandeln können. Dass er auch als Viehhändler tätig sei und sich sein Tierbestand somit immer wieder ändere, erschwere die Klauenpflege, da ein immer gleicher Turnus nicht möglich sei. Grundsätzlich lasse er die Klauenpflege zweimal jährlich vornehmen, wie dies von Fachleuten empfohlen sei. Ausserdem bereiteten zu lange Klauen einem Tier erst dann Schmerzen, wenn Folgebeschwerden aufträten, was vorliegend nicht der Fall sei. Schliesslich habe es sich auch nicht um ein Dauerproblem gehandelt, da bei den drei Kontrollen immer andere Tiere betroffen gewesen seien (Beschwerde, Rn. 14 ff., 40 und 43).
Die Tierverkehrsdatenbank richtig zu führen, habe er sich immer bemüht. Trotzdem könne es gelegentlich zu Rückständen oder Fehlern kommen. Diese seien seiner mangelnden Erfahrung im Umgang mit Computern zuzuschreiben (Beschwerde, Rn. 53).
2.3.2. Vorsätzlich begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt oder wer die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt (Art. 12 Abs. 1 und 2 StGB). Eventualvorsatz ist gegeben, wenn der Täter die Tatbestandsverwirklichung für möglich hält, aber dennoch handelt, weil er den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt, sich mit ihm abfindet, mag er ihm auch unerwünscht sein (BGE <ref-ruling> E. 4.2.3 mit Hinweis; zur Abgrenzung zwischen Eventualvorsatz und bewusster Fahrlässigkeit: <ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen).
Für den Nachweis des Vorsatzes kann sich das Gericht - soweit der Täter nicht geständig ist - regelmässig nur auf äusserlich feststellbare Indizien und auf Erfahrungsregeln stützen, die ihm Rückschlüsse von den äusseren Umständen auf die innere Einstellung des Täters erlauben. Zu den äusseren Umständen, aus denen der Schluss gezogen werden kann, der Täter habe die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen, zählen namentlich die Grösse des dem Täter bekannten Risikos der Tatbestandsverwirklichung und die Schwere der Sorgfaltspflichtverletzung. Je grösser dieses Risiko ist und je schwerer die Sorgfaltspflichtverletzung wiegt, desto eher darf gefolgert werden, der Täter habe die Tatbestandsverwirklichung in Kauf genommen (<ref-ruling> E. 3.2.2 mit Hinweisen). Der Richter darf vom Wissen des Täters auf den Willen schliessen, wenn sich dem Täter der Eintritt des Erfolges als so wahrscheinlich aufdrängte, dass die Bereitschaft, ihn als Folge hinzunehmen, vernünftigerweise nur als Inkaufnahme des Erfolges ausgelegt werden kann (BGE <ref-ruling> E. 4.2.3 mit Hinweis).
Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft sog. innere Tatsachen, die vor Bundesgericht nur im Rahmen von <ref-law> gerügt werden können. Rechtsfrage ist hingegen, ob im Lichte der festgestellten Tatsachen der Schluss auf Eventualvorsatz begründet ist (BGE <ref-ruling> E. 4.2.3 mit Hinweis).
2.3.3. In Bezug auf die mangelhafte Klauenpflege erwägt die Vorinstanz zusammengefasst, zwar möge eine zweimalige Klauenpflege pro Jahr grundsätzlich genügen. Unter Umständen könne aber eine häufigere Pflege angezeigt sein (so zum Beispiel bei einem regelmässig wechselnden Tierbestand oder weicher Bodenbeschaffenheit). Dass bei einem Bestand von hundert Tieren lediglich sechs betroffen gewesen seien, entschuldige den Beschwerdeführer nicht, da dies die Situation für das einzelne Tier nicht verbessere. Selbst wenn der Beschwerdeführer im Zeitpunkt der Kontrolle vom 5. Mai 2010 gerade im Begriff gewesen sei, die Klauenpflege vorzunehmen, ändere dies nichts daran, dass sie bei den fraglichen Tieren bereits zu spät erfolgte. Da zu lange Klauen nicht von heute auf morgen entstünden, das durchschnittliche Klauenwachstum bei Rindern vielmehr nur gerade fünf bis sieben Millimeter monatlich betrage, habe der Zustand aufgrund der viel zu langen Klauen schon eine Weile andauern müssen und hätten diese einem aufmerksamen Tierhalter bei gelegentlichen Kontrollen nicht entgehen können. Daher sei von einem vorsätzlichen Handeln auszugehen (Urteil, S. 11 ff.). Die Fotodokumentation betreffend die Nachkontrolle vom 15. Juni 2010 belege die mangelhafte Klauenpflege noch deutlicher als bei der ersten Kontrolle. Im Übrigen könne auf die vorangehenden Erwägungen verwiesen werden (Urteil, S. 36). Dasselbe gelte bezüglich der Situation, die beim Augenschein vom 23. Februar 2011 angetroffen worden sei (Urteil, S. 39).
Bezüglich des mangelhaften Führens einer Tierverkehrsdatenbank führt die Vorinstanz aus, anlässlich der Kontrolle vom 5. Mai 2010 seien auf dem Betrieb des Beschwerdeführer 147 Tiere gezählt worden, aber nur 116 registriert gewesen. 50 Tiere, die auf ihn registriert gewesen seien, hätten sich nicht auf dem Hof befunden, während 64 Tiere, die sich auf dem Betrieb aufgehalten hätten, nicht auf diesen registriert gewesen seien. Im Juli 2010 sei eine weitere Abweichung festgestellt worden, indem zwei Tiere, die gemäss Tierverkehrsdatenbank Eigentum des Beschwerdeführers waren, an einem anderen Ort vorgefunden worden seien und nach Abklärungen einem anderen Eigentümer hätten zugeordnet werden können. Schliesslich seien auch am 23. Februar 2011 verschiedene Verstösse festgestellt, jedoch nicht mehr zur Anklage gebracht worden. Angesichts des Ausmasses von falschen Einträgen könne nicht mehr von bloss gelegentlich vorkommenden Unregelmässigkeiten gesprochen werden. Ausserdem sei sich der Beschwerdeführer bewusst gewesen, dass er die Datenbank wiederholt nicht ordnungsgemäss geführt habe, weshalb Vorsatz zu bejahen sei (Urteil, S. 53 f.).
2.3.4. Dass die Vorinstanz unter den gegebenen Umständen von Vorsatz ausgeht, ist in beiden Fällen nicht zu beanstanden.
Aus dem Umstand, dass die Klauen der betroffenen Tiere mindestens teilweise deutlich zu lang waren, darf geschlossen werden, dass der Beschwerdeführer sich schon während längerer Zeit nicht mehr um deren Klauenpflege gekümmert hatte und einen Verstoss gegen die Tierschutzgesetzgebung damit mindestens in Kauf nahm. Der Schuldspruch im Sinne von <ref-law> i.V.m. Art. 5 Abs. 4 der Tierschutzverordnung vom 23. April 2008 (TSchV; SR 455.1) verletzt kein Bundesrecht.
Aufgrund der festgestellten Anzahl und Häufigkeit der Abweichungen bei der Führung der Tierverkehrsdatenbank von der Realität sowie unter Berücksichtigung der Tatsache, dass dem Beschwerdeführer bekannt war, dass er die Datenbank wiederholt nicht ordnungsgemäss führte, ist mindestens Eventualvorsatz zu bejahen. Der Schuldspruch im Sinne von Art. 14 Abs. 1 des Tierseuchengesetzes vom 1. Juli 1966 (TSG; SR 916.40) ist bundesrechtskonform.
2.4.
2.4.1. In Bezug auf die Schuldsprüche wegen der an Lungenentzündung erkrankten Kälber führt der Beschwerdeführer aus (Beschwerde, Rn. 20 und 44), Lungenentzündungen seien ein generelles Problem in der Kälbermast. Gestützt auf die entsprechende Aussage seines Tierarztes habe die erste Instanz bezüglich einer Vielzahl der erkrankten Tiere, die bei der Kontrolle vom 5. Mai 2010 angetroffen worden seien, auf Freispruch erkannt. Zu einem Schuldspruch sei sie einzig wegen eines Kalbes gelangt, bei dem die Lungenentzündung so schwer ausgeprägt gewesen sei, dass auf eine Vernachlässigung des Tieres und eine Verletzung seiner Würde geschlossen werden müsse. Auch die Vorinstanz vertrete die Auffassung, er habe seine eigenen wirtschaftlichen Interessen bzw. seine Bequemlichkeit über das Wohlbefinden des Kalbes gestellt und dessen lebensbedrohliche Erkrankung in Kauf genommen. Dieser Argumentation könne nicht gefolgt werden, da er beim betroffenen Kalb keinen schlechteren Gesundheitszustand als bei den übrigen Kälbern habe feststellen können.
Vor dem Hintergrund der erwähnten Freisprüche sei sodann nicht nachvollziehbar, dass die Vorinstanz in Bezug auf die beim Augenschein vom 23. Februar 2011 angetroffenen Kälber mit Lungenentzündung pauschal annehme, alle betroffenen Tiere hätten gelitten und seien in ihrer Würde verletzt worden.
2.4.2. Die Vorinstanz erwägt (Urteil, S. 14 ff.), bei der Kontrolle vom 5. Mai 2010 sei festgehalten worden, dass 20 bis 30 Kälber an Lungenentzündung gelitten hätten und ein Kalb Anzeichen einer starken Lungenentzündung aufgewiesen habe. Bezüglich der 20 bis 30 Kälber sei gemäss erstinstanzlichem Gericht anhand der Anklage schwierig zu beurteilen, ob die Lungenentzündungen im Bereich des - leider - Üblichen lägen oder ob sie durch schlechte Haltung und Pflege der Tiere bedingt seien. Deshalb habe diesbezüglich in dubio pro reo ein Freispruch zu erfolgen. In Bezug auf das schwer erkrankte Tier sei die Situation indes anders zu beurteilen. Dieses sei offenbar nicht, zu spät oder falsch behandelt worden. Der Beschwerdeführer mache zwar geltend, in solchen Fällen jeweils ein Antibiotikum zu spritzen. Dass er dies auch beim schwer erkrankten Kalb gemacht habe, behaupte er aber gerade nicht. Einen Tierarzt habe er jedenfalls nicht beigezogen. Ebenso wenig habe er das Kalb von seinen Artgenossen separiert, obschon ihm dies vom Tierarzt für solche Fälle nahe gelegt worden sei. Dieses eine Kalb sei somit nicht angemessen gepflegt bzw. behandelt worden. Dass es beeinträchtigt gewesen sei und gelitten habe, ergebe sich daraus, dass es gemäss Kontrollbericht eine auffallend verstärkte Atmung gehabt habe. Bei der Güterabwägung stünden dem Wohlbefinden des Kalbes nur die wirtschaftlichen Interessen bzw. die Bequemlichkeit des Beschwerdeführers gegenüber. Diese vermöchten die Inkaufnahme einer lebensbedrohlichen Erkrankung eines Tieres in keinem Fall zu rechtfertigen. Der schlechte Gesundheitszustand des Kalbes habe dem Beschwerdeführer bei der notwendigen Aufmerksamkeit nicht verborgen bleiben können, weshalb ihm vorsätzliches Handeln vorzuwerfen sei.
Beim Augenschein vom 23. Februar 2011 seien wiederum drei Kälber mit akuter und zehn mit schleichender Lungenentzündung angetroffen worden. In diesem Zusammenhang werde dem Beschwerdeführer vorgeworfen, diese Erkrankungen seien Folge der mangelnden Pflege und Hygiene, der ungenügenden Kontrolle, des zu geringen Personalbestands sowie einer ungenügenden Unterbringungen ohne ausreichenden Schutz gegen Zugluft und Nässe. Trotz Kenntnis der Mängel bezüglich Haltung, Unterbringung und Pflege habe der Beschwerdeführer nichts zur Verbesserung unternommen. Dadurch habe er die Erkrankung der Tiere sozusagen "systembedingt" in Kauf genommen. Dass die Tiere gelitten hätten, sei nicht zweifelhaft (Urteil, S. 40 f.).
2.4.3. Gemäss der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung zu jenem Kalb, das am 5. Mai 2010 mit starker Lungenentzündung angetroffen wurde, hätte der Beschwerdeführer dessen schlechten Zustand bemerken und entsprechend die Separation sowie eine ärztliche Behandlung in die Wege leiten müssen. Indem er dies unterliess, vernachlässigte er das betroffene Tier. Dessen Würde hat er missachtet, da sich die Vernachlässigung nicht durch überwiegende Interessen rechtfertigen lässt, wie die Vorinstanz zutreffend feststellt. Der Schuldspruch im Sinne von <ref-law> erweist sich als bundesrechtskonform.
In Bezug auf die Kälber, deren Erkrankung am 23. Februar 2011 festgestellt wurde, hält die Vorinstanz in sachverhaltlicher Hinsicht fest, die Tiere seien erkrankt wegen mangelnder Pflege und Hygiene, ungenügender Kontrolle, zu geringem Personalbestand sowie ungenügender Unterbringung ohne ausreichenden Schutz gegen Zugluft und Nässe. Damit ist eine Vernachlässigung von sämtlichen kranken Kälbern zu bejahen. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers stellt dies keinen Widerspruch dar zu den Freisprüchen im Zusammenhang mit den Feststellungen vom 5. Mai 2010. Die damals bei 20 bis 30 Kälbern festgestellten Lungenentzündungen konnten gemäss der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung gerade nicht der schlechten Haltung und Pflege durch den Beschwerdeführer zugeschrieben werden, während dies bei den Fällen vom 23. Februar 2011 nun der Fall ist. Deshalb ist ein Schuldspruch im Sinne von <ref-law> in Bezug auf alle betroffenen Kälber ohne weiteres nachvollziehbar und bundesrechtskonform.
2.5.
2.5.1. Im Zusammenhang mit der Verurteilung wegen mangelhafter Enthornung wendet der Beschwerdeführer ein (Beschwerde, Rn. 23), es sei nicht nachvollziehbar, weshalb eine eiternde Wunde im vorliegenden Fall grössere Schmerzen als eine normale Wunde verursacht haben soll. Dies umso weniger, als auch korrekt versorgte Wunden eitern könnten.
2.5.2. Die Vorinstanz verweist auf die aus ihrer Sicht nicht zu beanstandende erstinstanzliche Begründung, wonach zwar hinsichtlich der lediglich blutenden Wunde nicht erkennbar sei, ob diese über das normale Mass hinaus gehe, dies jedoch nicht für die eiternde Wunde gelte. In diesem Fall sei klar ersichtlich gewesen, dass das Tier der Pflege bedurft hätte. Da es diese nicht erhalten habe, sei es grob vernachlässigt und in seiner Würde verletzt worden. Der Beschwerdeführer wäre verpflichtet gewesen, die Wunden nach der Enthornung zu kontrollieren und bei Bedarf zu behandeln.
Ergänzend hält die Vorinstanz fest, dass unter Umständen wirtschaftliche Gründe zu rechtfertigen vermöchten, wenn beim Eingriff auf eine Betäubung und die Abgabe von Schmerzmitteln verzichtet werde. Dies bedeute allerdings nicht, dass bei einem schlechten Verlauf, wenn sich beispielsweise Eiter bilde und der Zustand der Tiere nicht gut sei, keine medizinische Behandlung zu erfolgen habe. Dass es nach der Enthornung bei zwei Tieren zu einer Entzündung kam und die Wunden deshalb eiterten, spreche dafür, dass die Wundversorgung mangelhaft gewesen sei. Eine Nachkontrolle durch den Tierarzt sei nicht erfolgt. Vor diesem Hintergrund erscheine die Feststellung des Kantonstierarztes, die Tiere hätten gelitten, absolut glaubhaft. Indem der Beschwerdeführer seiner Verpflichtung, die Wunden nach der Enthornung regelmässig zu kontrollieren und gegebenenfalls behandeln zu lassen, nicht nachgekommen sei, habe er mindestens eventualvorsätzlich gehandelt und sich im Sinne von <ref-law> schuldig gemacht (Urteil, S. 21 ff.).
2.5.3. Der vorinstanzliche Schuldspruch ist nicht zu beanstanden. Der Einwand des Beschwerdeführers, dass auch korrekt versorgte Wunden eitern könnten, mag zwar zutreffen, vermag ihn aber nicht zu entlasten. Die Vorinstanz hält zutreffend fest, dass er verpflichtet gewesen wäre, die Wunden regelmässig zu kontrollieren und nötigenfalls für medizinische Behandlung zu sorgen. Indem er dies unterliess, hat er den betroffenen Tieren Leid zugefügt und ihre Würde verletzt.
2.6.
2.6.1. In Bezug auf den Schuldspruch wegen des Kuhtrainers mit unbewilligtem Elektrogerät bringt der Beschwerdeführer vor (Beschwerde, Rn. 26 f.), das Elektrogerät sei nie beanstandet worden und habe nie Probleme verursacht. Er habe darauf vertrauen dürfen, dass der IP-Kontrolleur nie etwas daran auszusetzen gehabt habe. Auch habe er nicht fahrlässig gehandelt, indem er sich nicht beim Veterinäramt, beim Landwirtschaftsamt oder bei einer Fachorganisation erkundigt habe.
2.6.2. Die Vorinstanz erwägt (Urteil, S. 25 f.), der Beschwerdeführer habe im neuen Stall einen Kuhtrainer mit einem unbewilligten Elektrogerät (Zaungerät mit einer viel zu hohen Schlagstärke) betrieben. Wenn er geltend mache, der IP-Kontrolleur habe das fragliche Gerät bei seinen Kontrollen nie beanstandet, könne er daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten. Es sei ohne Weiteres möglich, dass das Gerät übersehen worden sei. Die Verwendung dieses Geräts sei nicht zulässig gewesen, was der Beschwerdeführer hätte wissen oder anhand einer Nachfrage beim Veterinäramt oder dergleichen in Erfahrung bringen müssen. Er habe folglich zumindest fahrlässig gehandelt, weshalb er im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law> schuldig zu sprechen sei.
2.6.3. Gemäss <ref-law> dürfen nur für Elektrobügel geeignete und nach Artikel 7 Absatz 2 TSchG bewilligte Netzgeräte verwendet werden. Die Rechtslage ist damit klar und hätte dem Beschwerdeführer bekannt sein müssen. Dass er offenbar keinerlei Abklärungen betreffend die Zulässigkeit des von ihm verwendeten Elektrogeräts getroffen hat, wirft ihm die Vorinstanz zu Recht als Sorgfaltspflichtverletzung vor. Aus dem Umstand, dass der IP-Kontrolleur angeblich nie etwas gegen das Gerät eingewendet habe, ergibt sich nichts zu Gunsten des Beschwerdeführers. Zum einen hält die Vorinstanz zutreffend fest, es sei nicht erwiesen, dass der Kontrolleur das besagte Gerät überhaupt je gesehen habe. Zum andern würde dies den Beschwerdeführer ohnehin nicht von der Pflicht entbinden, sich selbst aktiv um eine Bewilligung der verwendeten Geräte zu bemühen und entsprechende Abklärungen zu treffen. Der Schuldspruch wegen fahrlässiger Übertretung des Tierschutzgesetzes ist bundesrechtskonform.
2.7.
2.7.1. Hinsichtlich des Vorwurfs, er habe Tiere auf nasser Einstreu und stark verschmutzt gehalten, beanstandet der Beschwerdeführer (Beschwerde, Rn. 30), die Tierschutzverordnung lasse einen grossen Beurteilungsspielraum offen und eine nicht frisch eingestreute Bucht stelle noch keinen Mangel dar, der das Befinden der Tiere beeinträchtige.
2.7.2. Die Vorinstanz hält fest (Urteil, S. 26 ff.), gemäss Kontrollbericht seien in drei Buchten die Einstreu nass und die Tiere verschmutzt bis stark verschmutzt gewesen. Dies zeigten auch die Fotos in den Akten. Diesen sei eindeutig zu entnehmen, dass der fragliche Zustand seit längerer Zeit gedauert habe und nicht allein das morgendliche Ausmisten noch nicht durchgeführt worden sei. Entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers beeinträchtige eine verdreckte Box das Befinden der Tiere sehr wohl. Der angeklagte Sachverhalt sei damit erstellt. Gegen diese offensichtlichen Missstände habe der Beschwerdeführer nichts unternommen, weshalb Vorsatz vorliege und er im Sinne von <ref-law> i.V.m. Art. 3 Abs. 2 und 3, Art. 5 Abs. 2 und Art. 34 Abs. 1 TSchV schuldig zu sprechen sei.
2.7.3. Entgegen seiner Ansicht wird dem Beschwerdeführer nicht vorgeworfen, er habe die betreffenden Buchten lediglich noch nicht frisch eingestreut gehabt. Im Gegenteil hält die Vorinstanz ausdrücklich fest, der beanstandete Zustand müsse bereits länger angedauert haben, und die starke Verschmutzung habe die Tiere in ihrem Befinden beeinträchtigt. Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was diese Sachverhaltsfeststellung willkürlich erscheinen liesse (vgl. auch vorne E. 1.1). Aus dem Umstand, dass er diese offensichtlichen Missstände während längerer Zeit nicht beseitigte, schliesst die Vorinstanz zu Recht auf ein (mindestens eventual-) vorsätzliches Handeln. Der Schuldspruch ist bundesrechtskonform.
2.8.
2.8.1. Gegen die Verurteilung wegen des verschmutzen und mangelhaften Hühnerstalls wendet der Beschwerdeführer ein (Beschwerde, Rn. 36, 42 und 50), die beanstandeten Mängel genügten nicht für eine Verurteilung.
2.8.2. Die Vorinstanz erwägt (Urteil, S. 31 f.), anlässlich der Kontrolle vom 5. Mai 2010 sei der Hühnerstall stark verschmutzt gewesen und Sitzstangen, Wasser sowie zwei Legenester hätten gefehlt. Wenn der Beschwerdeführer geltend mache, dass er den Hühnerstall inzwischen saniert habe und regelmässig ausmiste, ändere dies nichts daran, dass er zuvor die einschlägigen Vorschriften nicht eingehalten habe. Aufgrund der festgestellten Missstände habe er sich im Sinne von <ref-law> i.V.m. Art. 3 Abs. 2 und 3, Art. 4 Abs. 1, Art. 5 Abs. 1 und Art. 66 TSchV schuldig gemacht.
2.8.3. Die Tierschutzverordnung legt in den erwähnten Bestimmungen fest, dass Hühner nicht nur ausreichend mit Futter und Wasser zu versorgen sind, sondern ihnen auch geeignete Nester und erhöhte Sitzgelegenheiten auf verschiedenen Höhen zur Verfügung stehen müssen. Indem in seinem Hühnerstall zwei Legenester und Sitzstangen fehlten sowie kein Wasser vorhanden war, verstiess der Beschwerdeführer gegen diese Vorschriften. Weil er es unterliess, das Befinden der Tiere und den Zustand der Einrichtungen so oft wie nötig zu überprüfen sowie allfällige Mängel oder Beeinträchtigungen unverzüglich zu beheben (vgl. <ref-law>), handelte er mindestens eventualvorsätzlich. Weshalb die beanstandeten Mängel für eine Verurteilung nicht genügen sollen, begründet der Beschwerdeführer nicht näher und ist nicht ersichtlich. Der vorinstanzliche Schuldspruch erfolgte zu Recht.
2.9.
2.9.1. In Bezug auf die Verurteilung wegen des zu kleinen Kaninchenstalls ohne Rückzugsmöglichkeiten bringt der Beschwerdeführer ebenfalls vor (Beschwerde, Rn. 37), die beanstandeten Mängel reichten für eine Verurteilung nicht aus. Ausserdem seien seine Kinder Eigentümer der Kaninchen und als solche für diese verantwortlich. Kindern im Alter von fünfzehn und siebzehn Jahren könne entgegen der vorinstanzlichen Auffassung sehr wohl die Verantwortung für Kaninchen zugemutet werden.
2.9.2. Die Vorinstanz führt aus (Urteil, S. 33 f.), dem Beschwerdeführer werde angelastet, dass die Kaninchenställe für die Gewichtsklasse der dort lebenden Tiere zu klein gewesen seien und zudem jede Rückzugsmöglichkeit gefehlt habe. Sein Argument, die Kaninchen gehörten seinen Kindern, entlaste ihn nicht von seiner Verantwortung. Seine beiden Söhne seien im Zeitpunkt der Kontrolle rund fünfzehn und siebzehn Jahre alt gewesen. Jugendlichen in diesem Alter könne zwar - unter Aufsicht der Eltern - die eigentliche Betreuung von Kaninchen wie Füttern, Misten etc. überantwortet werden. Wie die Tiere auf dem Hof des Beschwerdeführers untergebracht würden, falle aber in dessen Verantwortung. Als Betriebsinhaber und Viehhändler müsse er die Vorschriften betreffend Tierhaltung kennen. Da er die massgebenden Bestimmungen nicht eingehalten habe, sei er im Sinne von Art. 28 Abs. 1 lit. a i.V.m. <ref-law> sowie Anhang 1 Tabelle 8 TSchV schuldig zu sprechen.
2.9.3. Der Einwand des Beschwerdeführers, seine Kinder seien Eigentümer der Kaninchen und damit für deren Betreuung verantwortlich, entbindet ihn nicht von seiner eigenen Verantwortung. Aufgrund des Umstands, dass er im selben Haushalt lebt und somit eine tatsächliche Einwirkungsmöglichkeit auf die Tiere und ihre Unterbringung hat, obliegen ihm als Betreuer ebenfalls die Pflichten gemäss <ref-law> (vgl. vorne E. 2.2). Weshalb die beanstandeten Mängel für eine Verurteilung nicht ausreichen sollten, ist auch hier weder ersichtlich noch dargetan. Der entsprechende Schuldspruch erweist sich als bundesrechtskonform.
2.10.
2.10.1. Gegen den Schuldspruch wegen fehlenden Auslaufs und Auslaufjournals für Rindvieh wendet der Beschwerdeführer ein (Beschwerde, Rn. 38), er habe sehr wohl ein Auslaufjournal geführt, und die Behauptung der Vorinstanz, dieses sei nicht nachvollziehbar, genüge für eine Verurteilung nicht.
2.10.2. Die Vorinstanz erwägt (Urteil, S. 34 f.), dem Kantonstierarzt zufolge sei kein nachvollziehbares Auslaufjournal für das Rindvieh vorhanden gewesen. In den Akten finde sich zwar keine Kopie dieses Journals, doch sei davon auszugehen, dass der Kantonstierarzt kompetent sei, dessen Qualität zu beurteilen. Es sei deshalb darauf abzustellen, dass lediglich ein Auslaufjournal vorgelegen habe, das keine zuverlässigen Schlüsse in Bezug auf den gewährten Auslauf zugelassen habe. <ref-law> wolle sicherstellen, dass der Auslauf beim angebundenen Rindvieh nachvollzogen werden könne. Ob ein Auslaufjournal komplett fehle, oder ob es in nicht nachvollziehbarer Weise geführt werde, laufe deshalb auf dasselbe hinaus. Infolgedessen sei der Beschwerdeführer im Sinne von Art. 28 Abs. 1 lit. a i.V.m. <ref-law> schuldig zu sprechen.
2.10.3. Die Überlegungen der Vorinstanz sind zutreffend. Ob nun überhaupt kein Auslaufjournal geführt wird oder lediglich ein nicht nachvollziehbares hat beides zur Folge, dass eine Kontrolle des dem Vieh gewährten Auslaufs verunmöglicht und der von <ref-law> angestrebte Zweck nicht erfüllt wird. Der Schuldspruch erweist sich als bundesrechtskonform.
2.11.
2.11.1. Gegen die Schuldsprüche wegen der ungeschlossenen Öffnung der Jauchegrube und den scharfkantigen Ränder von Wasserbehältern wendet der Beschwerdeführer ein (Beschwerde, Rn. 47 und 49), die Tierschutzverordnung verlange nur, dass die Verletzungsgefahr für Tiere gering zu halten sei. Eine gewisse Gefahr werde toleriert. Sowohl die offene Jauchegrube als auch die nicht idealen Ränder der Wasserbehälter hätten höchstens eine solche geringe Gefahr für die Tiere dargestellt, weshalb sich der betreffende Schuldspruch nicht rechtfertige.
2.11.2. Die Vorinstanz erwägt (Urteil, S. 45 f.), eine Bodenöffnung von 30 x 40 cm stelle keine lediglich geringe, sondern im Gegenteil eine erhebliche Verletzungsgefahr für die Tiere dar. Wenn ein Tier hineintrete, könne es in Panik geraten und sich massiv verletzen. Dass die Öffnung bei früheren Kontrollen nicht beanstandet worden sei, könne nicht zugunsten des Beschwerdeführers ausgelegt werden, insbesondere zumal sie möglicherweise - eventuell verdeckt durch Mist oder Einstreu - jeweils nicht wahrgenommen worden sei. Der Beschwerdeführer sei deshalb schuldig im Sinne von <ref-law> i.V.m. Art. 5 Abs. 1 und <ref-law>.
In Bezug auf die scharfkantigen Ränder von Wasserbehältern führt die Vorinstanz aus (Urteil, S. 48 f.), der Beschwerdeführer habe abgeschnittene Blechfässer als Trinkbehälter verwendet. Den Bildern in den Akten sei zu entnehmen, dass die Behälter stark verrostet gewesen seien. Der Kantonstierarzt habe anlässlich der Kontrolle ausserdem festgestellt, dass die Trinkgefässe scharfe Kanten gehabt hätten. Aufgrund des Bewegungsdrangs von eingestallten Tiere sowie der naheliegenden Möglichkeit, dass die Tiere ihren Kratztrieb an Objekten in ihrer Reichweite befriedigen oder diese ablecken, sei insgesamt nicht von einer lediglich geringen Gefahr für die Tiere auszugehen. Dies sei für den Beschwerdeführer leicht erkennbar gewesen. Da er die Trinkbehälter trotzdem verwendet habe, sei mindestens von Eventualvorsatz auszugehen und der Beschwerdeführer schuldig im Sinne von <ref-law> i.V.m. <ref-law>.
2.11.3. Die Ausführungen der Vorinstanz sind zutreffend, darauf kann verwiesen werden. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern ihre Überlegungen nicht stichhaltig sein sollen. Seine eigene Ansicht, sowohl die offene Jauchegrube als auch die scharfkantigen Trinkbehälter stellten lediglich eine geringe Gefahr für die Tiere dar, begründet er nicht weiter. Die vorinstanzlichen Schuldsprüche sind nicht zu beanstanden.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Strafzumessung (Beschwerde, S. 19 f.).
3.2. Das Bundesgericht hat die Grundsätze der Strafzumessung wiederholt dargelegt. Darauf kann verwiesen werden (vgl. <ref-ruling> E. 5.4 ff. mit Hinweisen). Das Sachgericht verfügt auf dem Gebiet der Strafzumessung über einen Ermessensspielraum. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. durch Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 5.6; <ref-ruling> E. 5.3.1; <ref-ruling> E. 2.1; je mit Hinweisen).
3.3. Die Vorinstanz gibt zunächst die erstinstanzlichen Ausführungen zur Strafzumessung wieder (vgl. Urteil, S. 60 ff.). Anschliessend erwägt sie (Urteil, S. 64 f), die erste Instanz habe bei der Strafzumessung sämtliche gesetzlichen Vorgaben sowie die bundesgerichtliche Praxis berücksichtigt und die einzelnen Schritte der Strafzumessung lege artis vorgenommen. Auf die insgesamt schlüssigen Darlegungen könne deshalb verwiesen werden.
3.4. Der Beschwerdeführer legt nicht dar und es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz bzw. die erste Instanz von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen seien oder entscheidende Aspekte nicht berücksichtigt haben sollen. Die Argumentation des Beschwerdeführers basiert auf seiner Überzeugung, er habe sich gar nicht strafbar gemacht. Darauf ist nicht weiter einzugehen, nachdem bereits aufgezeigt wurde, dass die vorinstanzlichen Schuldsprüche bundesrechtskonform erfolgten (vgl. vorne E. 2).
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Kosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht Appenzell Ausserrhoden, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. August 2015
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Denys
Die Gerichtsschreiberin: Siegenthaler