Sachverhalt:
A. Am 29. Mai 2006 schlossen die Y._ AG (Verkäuferin) und A. und B. X._ (Käufer) einen als "Kaufvertrag" bezeichneten Vertrag ab. Darin verpflichtete sich die Verkäuferin, eine 4,5 Zimmer-Attikawohnung an der Z._strasse in Q._ mit Keller und zwei unterirdischen Autoeinstellplätzen "gemäss Projektplänen (Baubewilligung vom 21. Februar 2006) und gemäss separat unterzeichnetem Baubeschrieb fertig zu erstellen" und den Käufern auf den Antrittstermin schlüsselfertig und bezugsbereit zur Verfügung zu stellen. Der Kaufpreis betrug insgesamt Fr. 750'000.--. Für die fachgemässe, dem Baubeschrieb sowie den Plänen entsprechende Ausführung leistete die Verkäuferin Garantie gemäss den Bestimmungen der SIA-Norm 118 für die Dauer von zwei Jahren ab Übergabetermin bzw. ein Jahr nach Lieferung der Maschinen und Apparate gemäss den mit den Unternehmern und Lieferanten vereinbarten Bedingungen.
Die Wohnung konnte am 1. Oktober 2007 übernommen werden.
B. Mit Klage vom 27. November 2008 beantragten die Käufer dem Bezirksgericht Brugg, die Verkäuferin zu verpflichten, ihnen Fr. 758'633.75 nebst gestaffeltem Zins zu bezahlen. Damit verlangten sie die Wandelung des Kaufvertrages mit der Begründung, die Attika-Wohnung sei entgegen mündlich getroffener Abmachungen nicht durchwegs rollstuhlgängig. Das Bezirksgericht wies die Klage mit Urteil vom 22. Februar 2011 ab. Die Käufer legten dagegen Berufung ein mit den Anträgen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache an das Bezirksgericht Brugg zu neuem Entscheid zurückzuweisen, eventuell die Verkäuferin zu verpflichten, den Käufern Fr. 75'000.-- zu bezahlen, unter Erhöhungsvorbehalt gemäss dem Beweisergebnis. Zum Eventualantrag führten die Käufer aus, sie hätten die umstrittene Wohnung im Juni 2011 verkauft, weshalb sie nur noch den Ersatz des Minderwertes verlangen könnten. Das Obergericht des Kantons Aargau wies die Berufung mit Entscheid vom 13. März 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragen die Käufer (Beschwerdeführer) dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts vom 13. März 2012 aufzuheben und die Sache der Vorinstanz, eventuell dem Bezirksgericht Brugg zu neuem Entscheid zurückzuweisen. Eventuell sei die Verkäuferin (Beschwerdegegnerin) zu verpflichten, den Beschwerdeführern Fr. 75'000.-- zu bezahlen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400; <ref-ruling> E. 1.1 S. 105).
1.2 Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53).
1.3 Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen. Letztinstanzlichkeit gemäss <ref-law> bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, ausgeschöpft sein muss (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen).
1.4 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind nach Massgabe von <ref-law> zu begründen. Wer sich auf eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz beruft und den Sachverhalt gestützt darauf berichtigt oder ergänzt wissen will, hat mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile des Bundesgerichts 4A_275/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.4.3 S. 129 mit Hinweisen), was in der Beschwerde ebenfalls näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 3 S. 395).
2.1 2.1.1 Nach <ref-law> hat jede Person Anspruch auf ein durch Gesetz geschaffenes, zuständiges, unabhängiges und unparteiisches Gericht. Ausnahmegerichte sind ausdrücklich untersagt. Die Regelung will verhindern, dass Gerichte eigens für die Beurteilung einer Angelegenheit gebildet werden. Die Rechtsprechung soll auch nicht durch eine gezielte Auswahl der Richter im Einzelfall beeinflusst werden können. Jede Besetzung, die sich nicht mit sachlichen Gründen rechtfertigen lässt, verletzt die Garantie des verfassungsmässigen Richters (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 342 mit Hinweisen).
2.1.2 Ob eine nachträgliche Änderung im einmal gebildeten Spruchkörper zulässig ist, hat die ältere Rechtsprechung nicht unter dem Blickwinkel der Garantie des verfassungsmässigen Richters geprüft, sondern als Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 323). Danach haben die Prozessparteien einen Anspruch darauf, dass kein Gerichtsmitglied urteilt, das nicht Kenntnis von ihren Vorbringen und vom Beweisverfahren hat. Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist deshalb verletzt und das Verfahren (ganz oder teilweise) zu wiederholen, wenn nicht alle an der Beurteilung beteiligten Gerichtsmitglieder an der ausschliesslich mündlichen, in keinem Protokoll festgehaltenen Beweisabnahme mitgewirkt haben. Er ist umgekehrt gewahrt, soweit dem an der Beurteilung neu teilnehmenden Gerichtsmitglied der Prozessstoff durch Aktenstudium zugänglich gemacht werden kann und dadurch alle am Urteil mitwirkenden Gerichtsmitglieder die gleichen Kenntnisse haben (vgl. <ref-ruling> E. 2b und 2c S. 323 f.; <ref-ruling> E. 1e S. 134 f.). Nach der neueren Rechtsprechung kann auch der Anspruch auf ein durch Gesetz geschaffenes Gericht gemäss <ref-law> verletzt sein, wenn die Zusammensetzung des Spruchkörpers im Verlauf des Verfahrens ohne hinreichende sachliche Gründe geändert wird. Eine Veränderung der Besetzung ist einzelfallbezogen zulässig, wenn etwa ein Mitglied des Gerichts aus Altersgründen ausscheidet oder wegen einer länger dauernden Krankheit sein Amt nicht ausüben kann, unzulässig hingegen, wenn zum Beispiel ein Gerichtsmitglied, das die Parteien nicht angehört hat und sich über deren Vorbringen nicht durch ein Protokoll hat unterrichten können, am Urteilsspruch beteiligt war (Urteil 5A_429/2011 vom 9. August 2011 E. 3.2 mit Hinweisen).
2.1.3 Wer einen Verfahrensmangel nicht unverzüglich nach dessen Kenntnisnahme geltend macht, verwirkt den Anspruch auf seine spätere Anrufung (<ref-ruling> E. 3.4 mit Hinweisen). Es verstösst gegen Treu und Glauben, derartige Einwände bei ungünstigem Ausgang erst im Rechtsmittelverfahren vorzubringen, wenn der Mangel schon vorher hätte festgestellt und gerügt werden können. Wer den Mangel nicht unverzüglich vorbringt, wenn er davon Kenntnis erhält, sondern sich stillschweigend auf ein Verfahren einlässt, verwirkt den Anspruch auf spätere Anrufung der vermeintlich verletzten Verfassungsbestimmung. Dies gilt auch, soweit eine Verletzung von Art. 6 EMRK gerügt wird (<ref-ruling> 4.3 S. 496 mit Hinweisen).
2.2 Gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen hat das Bezirksgericht an der Hauptverhandlung vom 15. Dezember 2009, am Augenschein vom 2. März 2010 und an der Urteilsfällung vom 22. Februar 2011 in folgender Besetzung getagt:
15. Dez. 2009 2. März 2010 22. Feb. 2011 (Hauptverhandlung) (Augenschein) (Urteilsfällung)
Gerichtspräsidentin Roth Roth Roth
Vizepräsidentin Leimbacher -- Leimbacher
Bez.Richterin Kocher Kocher --
Bez.Richter Beyeler Beyeler Beyeler
Bez.Richterin Balz Balz Balz
Ersatzrichterin -- Tengler --
Ersatzrichter -- -- Sommer
Gerichtsschreiberin i.V. Möckli -- --
Gerichtsschreiberin -- i.V. Pfister --
Gerichtsschreiberin -- -- i.V. Schlecht
Mit Bezug auf den in diesem Zusammenhang erhobenen Vorwurf der Verletzung des rechtlichen Gehörs erwog die Vorinstanz, die Beschwerdeführer hätten nicht geltend gemacht, dass die am Augenschein nicht teilnehmenden Gerichtspersonen den Prozessstoff einschliesslich der Beweiserhebungen nicht durch die Gerichtsakten hätten zur Kenntnis nehmen können. Das auf das Beweisverfahren noch anwendbare kantonale Zivilprozessrecht lasse zudem die Erhebung der Beweise ausserhalb des Gerichtssitzes oder auf dem Wege der Rechtshilfe durch eine Abordnung des Gerichts ausdrücklich zu, wo es nach den Umständen geboten erscheine. Dass Vizepräsidentin Leimbacher, Ersatzrichter Sommer und Gerichtsschreiberin i.V. Schlecht am Augenschein bzw. an der Zeugen- und Parteibefragung nicht teilgenommen hätten, schade daher unter dem Blickwinkel des Anspruchs auf rechtliches Gehör nicht.
Sodann kam die Vorinstanz zum Ergebnis, die unterschiedliche Zusammensetzung des Bezirksgericht anlässlich der verschiedenen Verhandlungen verletze den Anspruch auf eine gesetzmässige Besetzung des Gerichts gemäss <ref-law> nicht, da keine Anhaltspunkte dafür bestünden, dass das Gericht mit Rücksicht auf die am vorliegenden Prozess beteiligten Personen oder die sich darin stellenden Fragen zusammengesetzt worden wäre. Vielmehr sei die unterschiedliche Zusammensetzung des Bezirksgerichts sachlich begründet gewesen und entsprechend den gesetzlichen Vorgaben erfolgt. Dass Ersatzrichter Sommer an der Urteilsfällung, nicht aber an der Verhandlung vom 15. Dezember 2009 und am Augenschein vom 2. März 2010 mitgewirkt habe, sei darauf zurückzuführen, dass Bezirksrichterin Kocher im April 2010 altershalber aus dem Gericht ausgeschieden sei und der an ihre Stelle getretene Bezirksrichter Etzensberger am 22. Februar 2011 abwesend gewesen und deshalb durch Ersatzrichter Sommer ersetzt worden sei. Dies sei nach § 38 GOG/AG zulässig, wonach Richter, die aus zwingenden Gründen an der Ausübung des Amtes verhindert seien, durch Ersatzrichter ersetzt würden. Dass verschiedene Gerichtsschreiberinnen "i.V." mitgewirkt hätten, liege an deren Einsatzdauer, welche dazu geführt habe, dass sie jeweils bei der nächsten Verhandlung nicht mehr am Bezirksgericht Brugg tätig gewesen seien. Vizepräsidentin Leimbacher schliesslich habe an der Augenscheinverhandlung vom 2. März 2010 wegen ferienbedingter Abwesenheit durch Ersatzrichterin Tengler ersetzt werden müssen.
2.3 Die Beschwerdeführer halten an ihren bereits dem kantonalen Gericht unterbreiteten Rügen der Verletzung ihres Anspruchs auf ein gesetzmässiges Gericht gemäss <ref-law> und auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> fest. Sie machen geltend, es möge zutreffen, dass die Gerichtsschreiberinnen aufgrund der zeitlich beschränkten Einsatzdauer hätten ausgewechselt werden müssen. Es sei aber bereits an der Verhandlung vom 15. Dezember 2009 klar gewesen, dass ein Augenschein bevorstand. Zur Gewährleistung der pflichtgemässen Besetzung des Gerichts hätten daher nicht Rechtspraktikanten, sondern fest angestellte Gerichtsschreiber eingesetzt werden müssen.
Die Beschwerdeführer zeigen jedoch zum einen nicht auf, dass solche Gerichtsschreiber überhaupt verfügbar gewesen wären. Zum andern würde auch eine nicht optimale Gerichtsorganisation in dieser Hinsicht keinen Verstoss gegen <ref-law> bedeuten, zumal die Beschwerdeführer keine Anhaltspunkte dafür anführen, dass der Einsatz verschiedener Gerichtsschreiberinnen aus sachfremden Gründen erfolgte. Eine Verletzung von <ref-law> bzw. Art. 6 EMRK ist insoweit nicht dargetan.
2.4 Weiter rügen die Beschwerdeführer, es habe keine Notwendigkeit bestanden, Vizepräsidentin Leimbacher anlässlich des Augenscheins zu ersetzen, da dieser bis nach ihrer Rückkehr aus den Ferien hätte verschoben werden können.
Insoweit ist den Beschwerdeführern entgegen zu halten, dass sie bereits mit Erhalt des Beschlusses vom 2. März 2010 erkennen konnten, in welcher Zusammensetzung das Gericht den Augenschein vom selben Tage durchgeführt hat. Der Unterschied zur Besetzung der Richterbank anlässlich der Hauptverhandlung vom 5. Dezember 2009, die sie dem Beschluss vom selben Tage hatten entnehmen können, hätte ihnen somit bereits im Laufe des erstinstanzlichen Verfahrens auffallen müssen. Indem sie eine entsprechende Rüge erst nach Fällung des erstinstanzlichen Urteils in der Berufung vortrugen, verhielten sie sich treuwidrig und sind mit ihrem Vorwurf nicht zu hören (vgl. E. 2.1.3 hiervor). Im Übrigen wäre die Kritik auch unbegründet, da nach kantonalem Prozessrecht der Augenschein auch durch eine Gerichtsabordnung, das heisst selbst ohne die abwesende Richterin und ohne, dass diese ersetzt worden wäre, rechtsgültig hätte durchgeführt werden können.
2.5 Dass die Beschwerdeführer sodann die Rüge, Richter Etzensberger hätte nicht durch Ersatzrichter Sommer, sondern durch die bereits am Augenschein mitwirkende Ersatzrichterin Tengler ersetzt werden müssen, bereits dem Obergericht vorgetragen hätten, geht aus dem angefochtenen Urteil nicht hervor. Sie ist daher neu und unzulässig. Dasselbe gilt für die Rüge, der Prozessstoff sei für die an der Urteilsfällung beteiligten Gerichtsmitglieder nicht vollständig durch Aktenstudium zugänglich gewesen.
2.6 Insgesamt erweist sich die Rüge der Verletzung von <ref-law>, soweit darauf eingetreten werden kann, als unbegründet.
3. 3.1 Die Vorinstanz erwog zum Vorwurf, das Bezirksgericht habe in seinem Urteil die abgenommenen Beweise nicht hinreichend gewürdigt, die erstinstanzliche Erwägung zur Frage, ob die Parteien die Rollstuhlgängigkeit der verkauften Wohnung vertraglich vereinbart hätten, sei tatsächlich sehr knapp ausgefallen. Da die Berufung jedoch ein vollkommenes Rechtsmittel darstelle, könnten sämtliche Mängel des erstinstanzlichen Entscheides gerügt und damit eine allfällige Verletzung des rechtlichen Gehörs durch eine zu knappe Begründung geheilt werden. In der Folge ging die Vorinstanz über mehrere Seiten ihres Urteils auf die angerufenen Beweise ein und kam gleich wie das Bezirksgericht zum Schluss, der Beweis, dass die Parteien den schwellenlosen bzw. rollstuhlgängigen Ausgang aus der Wohnung auf die Terrasse vertraglich vereinbart hätten, sei den Beschwerdeführern nicht gelungen.
3.2 Die Beschwerdeführer machen vor Bundesgericht geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht verneint, dass das Bezirksgericht ihren verfassungsmässigen Anspruch auf rechtliches Gehör durch mangelhafte Begründung verletzt hat.
3.3 Auf diese Rüge ist indessen nicht einzugehen, da die Beschwerdeführer nicht in Abrede stellen, dass das Obergericht durch seine eigene Beweiswürdigung und Begründung den allfälligen Mangel des bezirksgerichtlichen Urteils geheilt hat.
4. 4.1 Die Beschwerdeführer bringen allerdings vor, selbst wenn eine Heilung möglich gewesen wäre, hätte die klare Verletzung des rechtlichen Gehörs die Vorinstanz zu einer abweichenden Kostenverlegung veranlassen müssen, denn <ref-law>/AG statuiere eine Billigkeitshaftung der Gerichtsinstanzen. Danach seien Gerichtskosten ganz oder teilweise dem Staat aufzuerlegen, wenn grobe Verfahrensfehler begangen worden seien.
4.2 Damit berufen sich die Beschwerdeführer auf eine kantonale Verfahrensbestimmung, welche die Vorinstanz bei der Kostenauflage nicht mehr anzuwenden hatte, da der erstinstanzliche Entscheid nach Inkrafttreten der Eidgenössischen Zivilprozessordnung (ZPO) eröffnet wurde, weshalb sich das Rechtsmittelverfahren gemäss <ref-law> nach der ZPO richtet. Die Vorinstanz hat demnach die Gerichts- und Parteikosten zu Recht in Anwendung der ZPO auf die Parteien verteilt. Dies schadet den Beschwerdeführern jedoch nicht, da auch nach <ref-law> jene Partei für die Kosten des Verfahrens aufzukommen hat, welche sie verursacht hat und das Gericht nach <ref-law> die Prozesskosten nach Ermessen verteilen kann, wenn eine Partei in guten Treuen zur Prozessführung veranlasst war.
4.2.1 Nach dem Verursacherprinzip dürfen einer Partei, welche sich aufgrund einer Gehörsverletzung veranlasst sah, ein Rechtsmittel zu ergreifen, nicht Kosten auferlegt werden, die ihr ohne die Gehörsverletzung nicht entstanden wären (<ref-ruling> E. 1d; vgl. auch <ref-ruling> E. 3). Ein Anspruch auf Entschädigung der materiell unterliegenden Partei besteht indes nur soweit, als ihr nennenswerte (zusätzliche) Kosten entstanden sind, die ohne die Gehörsverletzung nicht angefallen wären (Urteil I 329/05 vom 10. Februar 2006, E. 3.2.2). Davon ist vorliegend nicht auszugehen, haben die Beschwerdeführer das Urteil des Bezirksgericht doch auch in anderen Punkten und vor Bundesgericht auch die von der Vorinstanz nachträglich vorgebrachte Begründung angefochten, obwohl diesem eine geringere Kognition in Sachfragen als dem Obergericht zusteht. Die kantonale Kostenregelung ist daher nicht zu beanstanden.
5. In der Sache nahm die Vorinstanz im Einklang dem Bezirksgericht an, der Ausgang vom Wohnraum der von den Beschwerdeführern erworbenen Attika-Wohnung auf die Terrasse weise einen Niveauunterschied von 28 cm auf und sei insofern nicht rollstuhlgängig. Um die Rollstuhlgängigkeit herzustellen, wären Anpassungen beim Ausgang auf die Terrasse notwendig. In der Folge prüfte die Vorinstanz, ob die Parteien tatsächlich oder normativ durchgängige Rollstuhlgängigkeit vereinbart haben. Sie wandte dabei - insoweit unbestritten - werkvertragliche Regeln auf den Vertrag an.
5.1 Nach dem angefochtenen Urteil hatten die Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren behauptet, für Balkon- und Terrassentüren sei eine Schwellen- bzw. Absatzhöhe von maximal 25 mm zulässig. Sie stützten sich dabei auf kantonale Bauvorschriften, welche ihrerseits auf die SIA-Norm SN 521 500 "Behindertengerechtes Bauen", Ausgabe 1988 mit Leitfaden Ausgabe 1993 des Procap verweise. In der genannten Norm SN 521 500 "Behindertengerechtes Bauen" wird indes nach unangefochtener Feststellung der Vorinstanz die maximale Schwellen- bzw. Absatzhöhe von 25 mm für Balkon- und Terrassentüren lediglich im Bereich "öffentlich" als "unumgänglich", im Bereich "Wohnen" jedoch bloss als "erwünscht" bezeichnet. Sodann ging die Vorinstanz davon aus, die Attika-Wohnung mit der vorhandenen Schwelle sei gesetzeskonform projektiert und daher bewilligt worden. Da sich in der Baubewilligung selber keine besondere ausdrückliche Äusserung zur Rollstuhlgängigkeit oder Behindertengerechtigkeit fände, könne jedenfalls nicht gesagt werden, die Parteien hätten die vertragliche Verweisung auf die Baubewilligung einzig so verstehen dürfen oder müssen, dass die Erstellung einer ohne weitere Vorkehrungen vollständig rollstuhlgängigen Wohnung einschliesslich hindernisfreien Zugangs zur Terrasse Gegenstand des Vertrages vom 29. Mai 2006 gewesen sei. Nach den einschlägigen Vorschriften seien die Mindestanforderungen an behindertengerechtes Bauen erfüllt, wenn die Wohnungen im Bedarfsfall mit möglichst wenig Aufwand den spezifischen Bedürfnissen angepasst werden könnten. Den Einsatz einer Rollstuhlhebebühne zur Überwindung des Terrassenausgangs hätten die Beschwerdeführer in der Replik als theoretisch möglich bezeichnet. Weshalb diese aufgrund der engen Platzverhältnisse keine zumutbare Massnahme und keine ernsthafte Lösung wäre, hätten sie jedoch nicht näher dargetan.
5.2 Die Beschwerdeführer machen demgegenüber geltend, sie hätten in der Berufung ausführlich dargelegt, weshalb weder Rampen noch Rollstuhlhebebühnen taugliche Lösungen seien. Weshalb es zulässig sein soll, die Gründe für die Untauglichkeit der baulichen Anpassung erstmals vor Obergericht in das Verfahren einzuführen, ist der Beschwerde indessen nicht zu entnehmen und auch nicht ersichtlich (<ref-law>).
5.3 In anderem Zusammenhang rügen die Beschwerdeführer, in der Replik dargelegt zu haben, dass die von der Beschwerdegegnerin eingereichte Dokumentation über Hebebühnen nur Installationen in einem Nicht-Wohnbereich zeige und dass es zwei Hebebühnen im Wohnzimmer bräuchte, weil die Terrasse zwei Ausgänge aufweise, was die Vorinstanz willkürlich missachtet habe.
Zwar trifft zu, dass sich an der angeführten Stelle die betreffenden Vorbringen finden. Diese helfen den Beschwerdeführern aber nicht weiter, da sich aus den eingereichten Bildern von Hebebühnen nicht ergibt, dass diese in einem Wohnraum nicht verwendbar sind und auch nicht nachvollziehbar ist, weshalb ein einziger Ausgang aus dem Wohnzimmer zur Terrasse zur Erreichung der Rollstuhlgängigkeit nicht ausreichen soll. Mangels Relevanz musste die Vorinstanz daher auf die betreffenden Vorbringen nicht näher eingehen. Mit der Annahme, die Wohnung könne mit zumutbarem Aufwand behindertengerecht gestaltet werden und entspreche damit den einschlägigen öffentlich-rechtlichen Anforderungen, verfiel die Vorinstanz mithin nicht in Willkür.
5.4 Soweit die Beschwerdeführer vortragen, sie hätten klar begründet, dass und inwiefern das Gebäude nicht gemäss der Baubewilligung erstellt worden sei, indem sie dargelegt hätten, dass sich aus den eingereichten Plänen nicht eine Schwelle von 28 cm, sondern lediglich von 20 cm Höhe ergebe, ist ihnen entgegenzuhalten, dass sie die entsprechende Behauptung nach dem angefochtenen Urteil erst nach Abschluss des Behauptungsverfahrens und damit verspätet aufgestellt haben. Inwiefern die Vorinstanz damit kantonales Zivilprozessrecht willkürlich angewandt haben soll, legen die Beschwerdeführer nicht rechtsgenügend dar. Sie behaupten zwar, sie hätten "in Fortführung des Behauptungsverfahrens in einem weiteren Rechtsschriftenwechsel zur SIA-Norm 271 Stellung nehmen können." Inwiefern diese im Anschluss an den Augenschein angeordneten Stellungnahmen noch das Behauptungsverfahren hätten fortsetzen und nicht vielmehr Ausführungen im Rahmen des Beweisverfahrens hätten darstellen sollen, zeigen die Beschwerdeführer nicht auf und ist nicht ersichtlich. Von einer willkürlichen Tatsachenfeststellung oder Anwendung des kantonalen Prozessrechts kann nicht die Rede sein. Auf die gegen die Eventualbegründung gerichteten Rügen ist daher nicht einzutreten.
5.5 Auch soweit die Beschwerdeführer die Feststellung der Vorinstanz beanstanden, die Baueingabepläne hätten nicht auf Schwellenfreiheit der Ausgänge schliessen lassen, stützen sie sich auf Umstände, die sie nach Feststellung der Vorinstanz erst nach Abschluss des Hauptverfahrens in der Stellungnahme zum Beweisergebnis und damit verspätet vorgebracht haben (z.B. das für die Entwässerung der Terrasse notwendige Gefälle). Diesbezüglich kann auf das vorstehend Gesagte verwiesen werden.
6. 6.1 Die Vorinstanz kam in Würdigung der Aussagen der Zeugen zum Ergebnis, daraus lasse sich der Beweis einer mündlichen Vereinbarung durchgängiger Rollstuhlgängigkeit nicht herleiten. Ohne näher auf die Ausführungen der Vorinstanz einzugehen unterbreiten die Beschwerdeführer dem Bundesgericht ihre eigene Sicht der Dinge. Sie zeigen damit nicht rechtsgenüglich auf, inwiefern die vorinstanzliche Beweiswürdigung gegen das Willkürverbot verstossen soll.
6.2 Die Vorinstanz begründete den Standpunkt der Mehrheit des Gerichts im Urteil einlässlich und gab denjenigen der Minderheit nur im Ergebnis wieder. Damit verletzte sie entgegen der Meinung der Beschwerdeführer deren Anspruch auf ein begründetes Urteil nicht, zumal die Begründung die sachgerechte Anfechtung des Urteils ermöglichen soll und der Minderheitsstandpunkt nicht Anfechtungsgegenstand bildet (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188; <ref-ruling> E. 4.2 S. 355; je mit Hinweisen).
7. 7.1 Die Vorinstanz stellte fest, die Schwelle zur Terrasse sei nach der von den Beschwerdeführern gemäss Klagebeilage 4 verlangten und von der Beschwerdegegnerin ausgeführten Anpassung (Tritte) auch für Personen benutzbar, die wie die Beschwerdeführer 75 bzw. 77 Jahre alt seien, selbst wenn sie nicht mehr "gut zu Fuss" seien. Eine allenfalls notwendig werdende vollständige Rollstuhlgängigkeit der Ausgänge auf die Terrasse lasse sich mit weiteren Anpassungen oder Hilfsmitteln herstellen. Ausgehend von diesen Feststellungen kam die Vorinstanz nach abermaliger Auseinandersetzung mit der Aktenlage gleich wie die erste Instanz zum Schluss, dem Werk habe keine Eigenschaft gefehlt, welche die Beschwerdeführer auch ohne besondere Vereinbarung in guten Treuen hätten erwarten dürfen.
7.2 Die Beschwerdeführer stellen diesen Schluss vor Bundesgericht in Abrede, indem sie namentlich rügen, er beruhe auf aktenwidrigen Feststellungen. Bei der Klageantwortbeilage 4, auf welche die Vorinstanz für die Feststellung verweist, die Beschwerdeführer hätten Anpassungen (Tritte) beim Terrassenausgang verlangt, handelt es sich um ein Schreiben des Beschwerdeführers 1 vom 19. Juni 2007 an die Beschwerdegegnerin, das an der einschlägigen Stelle wie folgt lautet:
"Der Aus- resp. Auftritt Wohnraum ged. Terrasse
sei durch einen Tritt zu verbessern. Ausmasse
Länge 1 Meter, Tiefe 30 cm, Höhe 15 cm."
Aktenwidrigkeit ist bei dieser Sachlage entgegen der Meinung der Beschwerdeführer nicht gegeben. Indem diese ihre Auffassung, die Wohnung sei zum vorausgesetzten Gebrauch vermindert tauglich gewesen, darauf abstützen, die Terrasse sei für die Beschwerdeführer nicht erreichbar gewesen, weichen sie vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt auf unzulässige Weise ab. Im Übrigen ziehen sie aus einem gegenüber den vorinstanzlichen Feststellungen erweiterten oder abweichenden Sachverhalt ihre eigenen Schlüsse, ohne substanziierte Sachverhaltsrügen zu erheben. Darauf ist nicht einzutreten.
7.3 Aufgrund des willkürfrei festgestellten Sachverhalts schloss die Vorinstanz bundesrechtskonform, das Kaufobjekt sei nicht mangelhaft gewesen.
8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer in solidarischer Haftbarkeit kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 und Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau Zivilgericht 1. Kammer schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Oktober 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Gelzer