Erwägungen:
1. 1.1 X._, kenianische Staatsangehörige (geb. 1979), reiste im Juli 2004 illegal in die Schweiz ein, stellte erfolglos ein Asylgesuch, kehrte am 11. Januar 2006 wieder nach Kenia zurück, heiratete am 25. Januar 2006 in Mombasa den Schweizer Bürger Y._ (geb. 1976), reiste am 7. August 2006 im Rahmen des Familiennachzugs wieder in die Schweiz ein und erhielt in der Folge eine Aufenthaltsbewilligung.
Per 1. November 2009 zog sie aus der ehelichen Wohnung aus. Nachdem ihr das rechtliche Gehör gewährt worden war, verlängerte das Migrationsamt des Kantons Aargau die Aufenthaltsbewilligung nicht mehr. Dagegen hat X._ erfolglos Beschwerde erhoben.
Am 24. April 2010 wurde ihr Sohn geboren. Die Vaterschaft ihres Ehemannes wurde in der Folge gerichtlich aberkannt.
1.2 Vor Bundesgericht beantragt sie, den Entscheid des Rekursgerichts im Ausländerrecht des Kantons Aargau vom 25. August 2011 aufzuheben, die Aufenthaltsbewilligung zu verlängern, eventuell die Sache zur weiteren Abklärung an die Vorinstanz zurückzuweisen und ihr die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
1.3 Mit Verfügung vom 3. Oktober 2011 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Auf die Einholung einer Vernehmlassung wurde verzichtet.
2. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, weshalb sie im Verfahren nach <ref-law> mit summarischer Begründung abgewiesen wird, soweit darauf eingetreten werden kann.
2.1 Nicht einzutreten ist auf die Rüge, der Sachverhalt sei nicht "rechtskonform" festgestellt worden. Die Beschwerdeführerin unterlässt es, darzulegen und in Auseinandersetzung mit dem vorinstanzlichen Entscheid zu begründen, inwiefern dies in willkürlicher Weise (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) erfolgt sein soll; sie stellt lediglich ihre Sicht der Dinge dar (zu den strengen Begründungsanforderungen <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255). Auch wenn sich die Ereignisse aus ihrer Warte etwas anders zugetragen hätten, macht dies die Feststellung des Sachverhalts noch nicht willkürlich.
Ebenfalls nicht zu hören ist die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>). Dieses steht einer vorweggenommenen Beweiswürdigung nicht entgegen. So konnte die Vorinstanz auf die Abnahme von weiteren Beweisen verzichten, da sie aufgrund der bereits abgenommenen (Aussagen vor dem Zivilgericht und weitere Aussagen der Ehegatten) ihre Überzeugung gebildet hatte und ohne Willkür annehmen konnte, ihre Überzeugung werde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (<ref-ruling> E. 5.3. S. 148).
2.2 Ausländische Ehegatten von Schweizer Bürgern haben unter Vorbehalt von Art. 51 AuG (SR 142.20) Anspruch auf Erteilung und Verlängerung ihrer Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit ihrem Partner zusammenwohnen (Art. 42 Abs. 1 AuG). Das Erfordernis des Zusammenwohnens nach Art. 42 AuG besteht nicht, wenn für getrennte Wohnorte wichtige Gründe geltend gemacht werden und die Familiengemeinschaft weiter besteht (Art. 49 AuG). Art. 49 AuG lässt in Krisenzeiten allerdings nur kurze Unterbrüche des gemeinschaftlichen Zusammenlebens von einigen wenigen Wochen, allenfalls Monaten zu (vgl. Art. 76 der Verordnung vom 24. Oktober 2007 über Zulassung, Aufenthalt und Erwerbstätigkeit [VZAR; SR 142.201]; <ref-ruling> E. 3.1.2 S. 347). Eine Ehegemeinschaft liegt vor, solange die eheliche Beziehung tatsächlich gelebt wird und ein gegenseitiger Ehewille besteht. Es ist jeweils aufgrund sämtlicher Umstände im Einzelfall zu bestimmen, ab welchem Zeitpunkt die eheliche Gemeinschaft als definitiv aufgelöst zu gelten hat.
Die Beschwerdeführerin meldete sich per 1. November 2009 in der Gemeinde A._ an. Seither lebt das Ehepaar getrennt. Aufgrund der nunmehr rund zwei Jahre andauernden Trennung ist - wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat - nicht mehr von einem Weiterbestehen der Familiengemeinschaft auszugehen. Unbeachtlich ist, dass die Beschwerdeführerin an ihrer Ehe festhält und davon ausgeht, diese werde sich wieder normalisieren; massgebend ist der gemeinsame Ehewille, welcher beim Ehemann offensichtlich fehlt.
2.3 Der Bewilligungsanspruch besteht trotz Auflösung der Ehe oder der Familiengemeinschaft fort, wenn die Ehegemeinschaft mindestens drei Jahre gedauert hat und die betroffene ausländische Person erfolgreich integriert ist oder wenn wichtige persönliche Gründe (dazu Art. 50 Abs. 2 AuG) einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich machen (Art. 50 Abs. 1 lit. a bzw. lit. b AuG; <ref-ruling>).
Nach dem Eheschutzurteil des Gerichtspräsidiums B._ vom 19. Mai 2009 leben die Ehegatten seit dem 20. Oktober 2008 getrennt. Auch wenn der Ehemann die Beschwerdeführerin nach Verlust derer Arbeitsstelle nicht auf die Strasse setzte und den Wunsch äusserte, dass sie weiterhin in der Schweiz verbleiben könne, folgt daraus nicht, dass die Familiengemeinschaft länger gedauert hat. Der Ehewille des Ehemanns war seit dem 20. Oktober 2008, jedenfalls seit dem 19. Mai 2009 erloschen. Anrechenbar ist zudem nur die in der Schweiz gelebte Dauer (<ref-ruling> E. 3.3.5 S. 120). Insofern hat die Ehe weniger als drei Jahre gedauert. Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG ist nicht anwendbar.
Die Beschwerdeführerin beruft sich auch vergeblich auf den nachehelichen Härtefall nach Art. 50 Abs. 1 lit. b i.V.m. Abs. 2 AuG. Danach besteht der Bewilligungsanspruch weiter, falls wichtige persönliche Gründe einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich machen. Solche bestanden hier indessen nicht: Die Beschwerdeführerin reiste erst mit 27 Jahren in die Schweiz ein. Bis zu diesem Zeitpunkt lebte und arbeitete sie in Kenia; die dortigen Verhältnisse haben sich in ihrer kurzen Aufenthaltszeit in der Schweiz nicht derart geändert, dass sie damit nicht mehr vertraut wäre. Weshalb eine soziale Wiedereingliederung im Herkunftsland deshalb gefährdet sein sollte, führt die Beschwerdeführerin nicht aus. Massgebend ist nicht, dass sie in der Schweiz teilweise wieder Arbeit hat und Deutsch spricht, allenfalls integriert ist und einen Bekanntenkreis aufgebaut hat. Bei der Anwendung von Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG ist entscheidend, ob die persönliche, berufliche und familiäre Wiedereingliederung der betroffenen ausländischen Person bei einer Rückkehr in ihre Heimat als stark gefährdet zu gelten hat und nicht, ob ein Leben in der Schweiz einfacher wäre und von ihr bevorzugt würde (<ref-ruling> E. 3.2.3 S. 350). Diese Rückkehr wird auch nicht durch ihren eineinhalbjährigen Sohn gefährdet, zumal ihm - wie die Vorinstanz ausführlich dargelegt hat und entgegen der appellatorischen Behauptung der Beschwerdeführerin - die kenianische Staatsbürgerschaft zukommt.
Inwiefern Art. 8 EMRK Anwendung finden sollte, ist nicht ersichtlich. Diesbezüglich kann auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden (<ref-law>).
3. Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die unterliegende Beschwerdeführerin grundsätzlich die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen, da dem Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege vor Bundesgericht infolge Aussichtslosigkeit nicht zu entsprechen ist (<ref-law>). Angesichts der besonderen Umstände wird auf eine Erhebung der Gerichtskosten verzichtet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Dezember 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass