von Hanfpflanzen), hat sich ergeben:
A.-Die Bezirksanwaltschaft Affoltern führt eine Strafuntersuchung gegen A._ wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Dem Angeschuldigten wird vorgeworfen, er habe als Teilhaber sowie Betriebs- und Geschäftsleiter der Firma X._ Hanfpflanzen (Marihuana/ Cannabis) gewerbsmässig angebaut, gezüchtet, zu Trockenblumen verarbeitet und mit den Pflanzen, Stecklingen und Trockenblumen Handel betrieben. Ein Gramm Trockenblumen sei zum Preis von Fr. 4.-- verkauft worden. Mit Verfügung der Bezirksanwaltschaft Affoltern vom 1. November 2000 wurden sämtliche Hanfprodukte in den Geschäftsräumlichkeiten der Fa. X._ förmlich beschlagnahmt. Die entnommenen Hanfproben enthielten laut Analysenbericht des Wissenschaftlichen Dienstes der Stadtpolizei Zürich vom 22. November 2000 einen THC-Gehalt (Anteil des Wirkstoffes Tetrahydrocannabinol) zwischen 1,5% und 15%.
B.- Am 28. November 2000 wurden 18'508 Hanfpflanzen (aus den Treibhäusern 5 - 6, 8 - 9 sowie 11 - 12) mit Einverständnis der Bezirksanwaltschaft Affoltern und unter Aufsicht der Kantonspolizei Zürich durch den Betriebsleiter der Fa. X._ freiwillig geerntet und kompostiert bzw. mit Kalkstickstoff bestreut. Bezüglich der restlichen (im Treibhaus 2 noch vorhandenen) Hanfprodukte und der entnommenen Proben erliess die Bezirksanwaltschaft am 30. November 2000 folgende Verfügung:
"1. Die in den Räumlichkeiten der Firma X._ im
Treibhaus 2 befindlichen 366 Einzelpflanzen und 500
Kleinpflanzen, sog. Stecklinge, in Töpfen sowie die
in der Scheune aufgehängten 3'231 Hanfpflanzen,
ebenso die durch die Polizei bereits sichergestellten
insgesamt 29,26 kg Trockenpflanzen und 2,59 kg
Pulver aus Trockenblumen aus dem Tresorraum, insgesamt
0,71 kg Trockenpflanzen aus der Scheune/
Trocknungsraum, 0,3 kg fein geriebener Trockenhanf
aus dem Labor und 4 Muster von insgesamt 16 g Hanfblumen
aus einer Schublade im Büro werden beschlagnahmt.
2. Die Kantonspolizei Zürich wird angewiesen, nach Ablauf
der Rekursfrist die unter Ziff. 1 beschlagnahmten
Hanfpflanzen und Trockenblumen sowie Pulver
aus Trockenblumen zu vernichten.
3. Dem Angeschuldigten wird unter Androhung der Straffolgen
von <ref-law> untersagt, die beschlagnahmten
im Treibhaus 2 befindlichen 366 Einzelpflanzen
und 500 Kleinpflanzen, sog. Stecklinge, in
Töpfen sowie die in der Scheune aufgehängten
3'231 Hanfpflanzen aus den Räumlichkeiten der Firma
X._ zu bringen.. "
[4. Mitteilungen, 5. Rechtsmittelbelehrung. ]
C.-Einen von der Firma X._ dagegen erhobenen Rekurs wies die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich mit Entscheid vom 6. Dezember 2000 ab.
D.-Gegen den Entscheid der Staatsanwaltschaft gelangte die Firma X._ mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 7. Dezember 2000 an das Bundesgericht. Sie rügt eine Verletzung von <ref-law> (Willkürverbot), Art. 26 und Art. 27 i.V.m. <ref-law> sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK, und sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides.
E.-Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich beantragt mit Stellungnahme vom 12. Dezember 2000 die Abweisung der Beschwerde, während die Bezirksanwaltschaft Affoltern am 11. Dezember 2000 auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde ausdrücklich verzichtet hat.
F.-Am 14. Dezember 2000 reichte die Beschwerdeführerin eine Beschwerdeergänzung ein. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichtete am 20. Dezember 2000 ausdrücklich auf eine Vernehmlassung zur Beschwerdeergänzung, während von der Bezirksanwaltschaft Affoltern innert angesetzter Frist keine Stellungnahme dazu eintraf.
G.-Mit Verfügung vom 21. Dezember 2000 wies der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichtes das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung ab.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Als Eigentümerin der beschlagnahmten Ware, deren Vernichtung im angefochtenen Entscheid angeordnet wird, ist die Beschwerdeführerin in ihren rechtlich geschützten Interessen betroffen und zur Beschwerde legitimiert (Art. 88 OG).
Der Umstand, dass die beschlagnahmten Hanfprodukte bereits vernichtet worden sind, lässt das aktuelle praktische Rechtsschutzinteresse im vorliegenden Zusammenhang nicht dahinfallen (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 397 mit Hinweisen).
b) Der angefochtene Beschlagnahme- und Vernichtungsentscheid ist als anfechtbarer Zwischenentscheid mit drohendem nicht wieder gutzumachendem Nachteil (im Sinne von Art. 87 Abs. 2 OG) zu betrachten (<ref-ruling> E. 1b S. 101).
2.-a) Die kantonalen Behörden stützen die strafprozessuale Beschlagnahme und die angeordnete vorsorgliche Vernichtung der Hanfpflanzen auf den Verdacht des Verstosses gegen das Betäubungsmittelgesetz. Die gaschromatographische Analyse der Hanfproben durch den Wissenschaftlichen Dienst der Stadtpolizei Zürich habe einen THC-Wert zwischen 1,5% und 15% ergeben, was (gemäss den Richtlinien der schweizerischen Arbeitsgruppe Forensische Chemie & Toxokologie SGRM) auf Marihuana von durchschnittlicher bis ausgezeichneter Qualität schliessen lasse und auch den vom Bundesgericht bestätigten Grenzwert für Industriehanf von 0,3% THC markant übersteige.
Gemäss angefochtenem Entscheid entspreche es (gestützt auf Ziff. 43.4 der Weisungen der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich für die Untersuchungsführung) "ständiger Praxis der Untersuchungsbehörden im Kanton Zürich (...), ohne Unterhalt leicht verderbliche oder unverhältnismässig hohe Kosten zur Lagerung verursachende Ware zu verwerten bzw. zu vernichten". Im Übrigen bleibe es der Beschwerdeführerin unbenommen, "nach Abschluss des Untersuchungsverfahrens (...) gegebenenfalls bei dem mit der Strafsache befassten Sachrichter Schadenersatz zu begehren". Laut Beschlagnahme- und Vernichtungsverfügung des Bezirksamtes Affoltern vom 30. November 2000 müsste "der Unterhalt der Hanfpflanzen, die Trocknung und Verarbeitung der frisch geernteten Hanfpflanzen sowie die Einlagerung der Trockenblumen und Produkte (...) zur Vermeidung eines Schadens sachgemäss erfolgen" und könnte "aus praktischen und logistischen Gründen nur durch einen Fachmann, nicht aber Angehörige der Ermittlungs- und Untersuchungsbehörden erfolgen".
"Aus diesem Grunde" sei die Pflege der sichergestellten Pflanzen zunächst "weitgehend vor Ort" dem Angeschuldigten "belassen" worden. Dies habe jedoch "eine zumindest stichprobenweise Überwachung durch die Polizei" notwendig gemacht.
"Eine längerfristige Bewirtschaftung der noch vorhandenen Hanfpflanzen und der bereits geernteten Pflanzen durch den Angeschuldigten oder durch weitere Angehörige der Firma X._" würde "eine permanente Bewachung und Sicherung durch die Polizei erfordern, was mit einem unverhältnismässigen personellen und finanziellen Aufwand verbunden wäre".
Aus diesem Grund seien die Hanfprodukte zu vernichten.
b) Die Beschwerdeführerin bestreitet weder den THC-Gehalt der beschlagnahmten Hanfproben, noch den Tatverdacht der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz.
Sie macht jedoch geltend, der angefochtene Entscheid führe zu einem schweren Eingriff in die Eigentumsgarantie und Wirtschaftsfreiheit (Art. 26 und Art. 27 BV). Die angeordnete Zwangsmassnahme entbehre einer ausreichenden gesetzlichen Grundlage und sei unverhältnismässig (<ref-law>). Ausserdem sei die Vernichtung der beschlagnahmten Ware nicht von einem Richter angeordnet worden und nicht in einem Verfahren, welches den Anforderungen von Art. 6 Ziff. 1 EMRK genüge.
3.-a) Die Beschwerdeführerin macht geltend, die in <ref-law>/ZH vorgesehene Beschlagnahme könne "immer nur eine vorübergehende Massnahme sein". Der Entscheid "über das definitive Schicksal von beschlagnahmten Gegenständen" sei "gemäss <ref-law> und <ref-law> dem Richter vorbehalten".
Die strafprozessuale Beschlagnahme stelle "lediglich eine von Bundesrechts wegen vorgeschriebene, provisorische 'konservatorische' prozessuale Massnahme zur vorläufigen Sicherstellung der allenfalls der Einziehung unterliegenden Vermögenswerte dar". Damit liege "die Vernichtung von beschlagnahmtem Gut (...) eindeutig nicht in der Kompetenz der Untersuchungsbehörden". Der Hinweis auf Ziff. 43.4 der Weisungen der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich für die Untersuchungsführung vermöge "eine fehlende gesetzliche Grundlage nicht zu ersetzen". Die prozessuale Zwangsmassnahme sei ausserdem unverhältnismässig.
b) Einschränkungen von Grundrechten bedürfen einer gesetzlichen Grundlage. Schwerwiegende Einschränkungen müssen im Gesetz selbst vorgesehen sein. Ausgenommen sind Fälle ernster, unmittelbarer und nicht anders abwendbarer Gefahr (<ref-law>). Grundrechtseinschränkungen müssen überdies verhältnismässig sein (<ref-law>).
aa) Schwere Eingriffe in die Freiheitsrechte bedürfen einer klaren und ausdrücklichen Regelung in einem formellen Gesetz (<ref-ruling> E. 3b S. 42; <ref-ruling> E. I/4a S. 226). Die gesetzliche Grundlage für Eingriffe in die Freiheitsrechte muss ein Mindestmass an Bestimmtheit und Klarheit aufweisen. Die Rechtsnorm muss ausreichend zugänglich sein, und der Bürger soll in hinreichender Weise erkennen können, welche rechtlichen Vorschriften auf einen gegebenen Fall anwendbar sind. Das Gesetz muss mithin so präzise formuliert sein, dass der Rechtsunterworfene sein Verhalten danach einrichten und die Folgen eines bestimmten Verhaltens mit einem den Umständen entsprechenden Grad an Gewissheit erkennen kann (<ref-ruling> E. 3b S. 43; <ref-ruling> E. 7a S. 288).
bb) Das verfassungsmässige Gebot der Verhältnismässigkeit verlangt, dass staatliche Hoheitsakte für das Erreichen eines im übergeordneten öffentlichen Interesse liegenden Zieles geeignet, notwendig und dem Betroffenen zumutbar sein müssen. Eine Zwangsmassnahme ist namentlich dann unverhältnismässig, wenn eine ebenso geeignete mildere Anordnung für den angestrebten Erfolg ausreicht. Der Eingriff darf in sachlicher, räumlicher, zeitlicher und personeller Hinsicht nicht einschneidender sein als notwendig (<ref-ruling> E. 3e S. 44 f.; <ref-ruling> E. 7a S. 439, je mit Hinweisen; vgl. Jörg Paul Müller, Kommentar zur Eidgenössischen Bundesverfassung, Bd. I, Einleitung zu den Grundrechten, N. 148). Das Gebot der Verhältnismässigkeit ist zwar ein verfassungsmässiges Prinzip (<ref-law>). Es kann jedoch jeweils nur zusammen mit einem besonderen Grundrecht (hier: Art. 26, Eigentumsgarantie, sowie Art. 27, Wirtschaftsfreiheit) geltend gemacht werden (<ref-ruling> E. 2e/ee S. 287 f. mit Hinweisen).
c) Die hier streitigen Gegenstände wurden von den kantonalen Behörden ausdrücklich "als Beweismittel und zur Einziehung beschlagnahmt".
aa) Gemäss <ref-law>/ZH kann der Untersuchungsbeamte Gegenstände und Vermögenswerte, die als Beweismittel, zur richterlichen Einziehung oder zum Verfall (nach <ref-law>) in Frage kommen, in Beschlag nehmen oder auf andere Weise der Verfügung ihres Inhabers entziehen. Bei Beweismitteln ist die Zwangsmassnahme aufzuheben, wenn sie zu Beweiszwecken nicht mehr benötigt werden und weder ihre Einziehung noch ihr Verfall in Frage kommt. Beschlagnahmen im Hinblick auf eine allfällige Einziehung oder einen Verfall sind aufzuheben, wenn die Voraussetzungen dieser strafrechtlichen Massnahmen fehlen. Im Übrigen wird über die beschlagnahmten Gegenstände bei Abschluss des Verfahrens durch die erkennende richterliche Behörde (nach §§ 106 ff. StPO/ZH) entschieden (<ref-law>/ZH). Der Richter kann anordnen, dass eingezogene Gegenstände unbrauchbar gemacht oder vernichtet werden (<ref-law>).
Bereits in seinem nicht publizierten Urteil (1P. 699/2000) vom 5. Februar 2001 i.S. W. und C. gegen Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich (E. 4b) wies das Bundesgericht auf diese gesetzliche Regelung hin. Es erwog, dass "für die Anordnung der Vernichtung von im Rahmen eines Strafverfahrens beschlagnahmten Gegenständen nicht die Untersuchungsbehörde, sondern der Richter zuständig ist". "Mit der Anordnung der Vernichtung" hätten "die Bezirksanwaltschaft Winterthur und die deren Entscheid schützende Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich die in der Zürcher Strafprozessordnung vorgesehene Zuständigkeitsordnung klar verletzt".
Die angeordnete Vernichtung der Hanfbestände erweise sich daher als "verfassungsrechtlich nicht haltbar".
bb) Auch die amtliche Verwertung deckungsbeschlagnahmter Vermögenswerte würde ein entsprechendes Gerichtsurteil bzw. eine Einstellungsverfügung voraussetzen (<ref-law>/ZH).
cc) Eine vorzeitige vorsorgliche Verwertung (Notverkauf) von beschlagnahmten Vermögenswerten durch den Untersuchungsrichter vor Abschluss der Strafuntersuchung ist in der Zürcher Strafprozessordnung nicht vorgesehen. In Lehre und Rechtsprechung wird jedoch teilweise anerkannt, dass es sowohl im öffentlichen Interesse des beschlagnahmeberechtigten Staates als auch im wohlverstandenen Interesse des Angeschuldigten liegen könne, bei drohendem Wertverlust des Deckungssubstrates einen Notverkauf vorzunehmen (vgl.
Hauser/Schweri, Schweizerisches Strafprozessrecht, 3. Aufl. , Basel 1997, § 69 N. 35 S. 287; s. z.B. auch die Regelungen von <ref-law>/SH, <ref-law>/AR und Art. 105A f. CPP/GE). Gemäss Ziff. 43.4 der Weisungen der zürcherischen Staatsanwaltschaft für die Untersuchungsführung vom Oktober 1995 kann ausnahmsweise schon vor Abschluss der Untersuchung ein vorsorglicher Notverkauf angeordnet werden, falls die beschlagnahmten Vermögensgegenstände einer raschen Entwertung ausgesetzt sind oder wenn ihr Unterhalt oder ihre Einlagerung unverhältnismässige Kosten verursacht.
Bei diesen Weisungen handelt es sich um eine Verwaltungsverordnung, somit um ein Gesetz im materiellen Sinne.
d) In seinem nicht amtlich publizierten Urteil vom 16. Februar 1999 i.S. B. (1P. 479/1998) hat das Bundesgericht erwogen, Ziff. 43.4 der Weisungen der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich für die Untersuchungsführung vermöge nur dann eine ausreichende gesetzliche Grundlage für den Notverkauf deckungsbeschlagnahmter Vermögensgegenstände darzustellen, wenn die fragliche Zwangsmassnahme als nicht schwerwiegender Eingriff in die tangierten Grundrechte angesehen werden kann. Im Fall B. hatte die Bezirksanwaltschaft den vorzeitigen Verkauf eines Personenwagens (zur Vermeidung von Standschäden und Lagerkosten) angeordnet. Der definitive Entscheid über die Verwendung des Verwertungserlöses wurde dabei dem erkennenden Sachrichter überlassen. Das Bundesgericht erkannte auf einen nicht schwerwiegenden Eingriff.
e) Der vorliegende Fall unterscheidet sich in wesentlichen Punkten vom erwähnten Fall B. Dort wurde lediglich ein Notverkauf (vorsorgliche Liquidation) des deckungsbeschlagnahmten Fahrzeuges angeordnet. Die Verfügung über den Verwertungserlös (bzw. der Entscheid über dessen strafrechtliche Einziehung) blieb hingegen ausdrücklich dem erkennenden Sachrichter vorbehalten. Die Erhaltung des Substanzwertes durch einen rechtzeitigen Notverkauf des stillgelegten Fahrzeuges lag überdies im wohlverstandenen wirtschaftlichen Interesse des von der Zwangsmassnahme Betroffenen.
aa) Davon kann hier keine Rede sein. Im vorliegenden Fall wurde vom Untersuchungsrichter die Vernichtung sämtlicher noch vorhandener Grünpflanzen, geernteter Pflanzen und Warenbestände inklusive Trockenblumen verfügt. Eine solche Vernichtung wäre definitiver Natur. Ihre Rechtmässigkeit und Angemessenheit könnte vom erkennenden Sachrichter nicht mehr rechtzeitig überprüft werden. Vielmehr würde dieser vor vollendete Tatsachen gestellt. Über eine Einziehung bzw. Vernichtung wäre mangels Einziehungssubstrat nicht mehr zu entscheiden. Aber auch als Beweismittel wären die beschlagnahmten Hanfprodukte definitiv verloren. In diesem Punkt erscheinen die Darlegungen der kantonalen Behörden widersprüchlich.
Einerseits wird in der Verfügung der Bezirksanwaltschaft Affoltern vom 30. November 2000 ausdrücklich festgestellt, die Hanfprodukte würden "als Beweismittel und zur Einziehung beschlagnahmt". Anderseits sollen dieselben Beweismittel - bereits im Stadium der Strafuntersuchung - definitiv vernichtet werden.
bb) Weiter fällt ins Gewicht, dass durch die Vernichtung der ganzen verbliebenen Ernte und sämtlicher vorhandener Waren die wirtschaftliche Existenz der Beschwerdeführerin bedroht wird. Zwar könnten die wirtschaftlichen Folgen der Zwangsmassnahme durch eine Schadenersatzforderung (im Falle eines Freispruches oder einer Verfahrenseinstellung) womöglich korrigiert werden. Zu berücksichtigen ist hier jedoch auch, dass die Beschwerdeführerin nicht nur rein finanzielle Interessen geltend macht. Sie bringt vor, es gehe ihr, "wie bereits in der Rekursschrift an die Beschwerdegegnerin dargelegt (...), nicht zuletzt um die Erhaltung des bei ihr vorhandenen einmaligen und wertvollen genetischen Pools". Bei den beschlagnahmten Pflanzen handle es sich "um spezielle Züchtungen, die sich in Wuchs und Aussehen von allen gängigen Sorten unterscheiden". Mit der angeordneten Zerstörung gingen "diese speziellen Sorten unwiederbringlich verloren".
f) Bei Würdigung sämtlicher Umstände kann hier nicht mehr von einem leichten Eingriff in die Eigentumsgarantie und Wirtschaftsfreiheit gesprochen werden. Es mangelt der angefochtenen prozessualen Zwangsmassnahme somit an einer gesetzlichen Grundlage im formellen Gesetz.
Bei dieser Sachlage braucht nicht geprüft zu werden, ob die streitige Zwangsmassnahme überdies unverhältnismässig wäre (<ref-law>). Offen bleiben kann auch, ob der Wortlaut sowie der Sinn und Zweck von Ziff. 43.4 der Weisungen der Staatsanwaltschaft überhaupt eine definitive Vernichtung beschlagnahmter Ware auf Anordnung des Untersuchungsrichters zuliessen.
4.- Die Beschwerdeführerin rügt auch noch, die vom Untersuchungsrichter angeordnete und von der Staatsanwaltschaft bewilligte Verfügung verstosse gegen die Verfahrensgarantien von Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Gemäss der streitigen Verfügung sollen sämtliche Pflanzen und Warenbestände der Beschwerdeführerin, welche nicht bereits beseitigt wurden, durch die Polizei vernichtet werden. Wie die kantonalen Behörden darlegen, hätten allein schon die zu vernichtenden über 30 kg Trockenpflanzen einen Handelswert von mehr als Fr. 120'000.--.
Bei der angefochtenen Vernichtung sämtlicher noch vorhandener Pflanzen- und Warenbestände einer Hanfgärtnerei handelt es sich um eine Streitigkeit über zivilrechtliche Ansprüche und Verpflichtungen im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Ausserdem handelt es sich um eine verkappte (vorweggenommene) strafrechtliche Sanktion, nämlich faktisch um eine definitive Einziehung und Vernichtung im Sinne von <ref-law>. Art. 6 Ziff. 1 EMRK schreibt für entsprechende Streitigkeiten das Urteil eines unabhängigen Gerichtes sowie ein öffentliches Verfahren vor. Analoge grundrechtliche Ansprüche ergeben sich auch aus <ref-law>. Weder bei den kantonalen Bezirksanwaltschaften noch bei der Staatsanwaltschaft handelt es sich um richterliche Behörden im Sinne von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Der angefochtene Entscheid und die streitige Verfügung ergingen darüber hinaus im schriftlichen Verfahren.
Die Beschwerde erscheint auch in diesem Punkt begründet.
Wie sich aus der vorstehenden Erwägung 3 ergibt, ist der angefochtene Entscheid allerdings schon wegen Verletzung von Art. 36 Abs. 1 i.V.m. Art. 26 und Art. 27 BV aufzuheben. Was die Rüge der Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK betrifft, erübrigen sich im vorliegenden Fall daher weitergehende Erwägungen.
5.-Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben.
Praxisgemäss werden dem unterliegenden Kanton keine Gerichtskosten auferlegt (vgl. Art. 156 Abs. 2 OG). Er hat indessen der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin eine angemessene Parteientschädigung zu entrichten (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen, und der Entscheid der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 6. Dezember 2000 wird aufgehoben.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Zürich hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin sowie der Bezirksanwaltschaft Affoltern, Büro 1, und der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 10. April 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: