Sachverhalt:
A. Im August 2008 erklärte X._ gegenüber seiner damaligen, getrennt von ihm lebenden Ehefrau, Y._, dass er nach Hause gehe, durchlade und nicht wiederkomme.
B. Das Obergericht des Kantons Aargau sprach X._ am 24. Januar 2012 zweitinstanzlich der versuchten Drohung gemäss Art. 180 Abs. 2 lit. a i.V.m. <ref-law> schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 80.--.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, und er sei von Schuld und Strafe freizusprechen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 180 i.V.m. <ref-law>. Die Vorinstanz bejahe zu Unrecht das objektive Tatbestandsmerkmal der schweren Drohung und den entsprechenden Vorsatz.
1.1 Nach <ref-law> wird, auf Antrag, mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer jemanden durch schwere Drohung in Schrecken oder Angst versetzt. Der Täter wird nach <ref-law> von Amtes wegen verfolgt, wenn er der Ehegatte des Opfers ist und die Drohung während der Ehe oder bis zu einem Jahr nach der Scheidung begangen wurde.
Der objektive Tatbestand der Drohung setzt voraus, dass der Drohende seinem Opfer ein künftiges Übel ankündigt oder in Aussicht stellt, wobei er dessen Eintritt als von seinem Willen abhängig hinstellen muss. Erforderlich ist ein Verhalten, das geeignet ist, den Geschädigten in Schrecken oder Angst zu versetzen. Dabei ist nach der Praxis des Bundesgerichts grundsätzlich ein objektiver Massstab anzulegen, wobei in der Regel auf das Empfinden eines vernünftigen Menschen mit einigermassen normaler psychischer Belastbarkeit abzustellen ist (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 100; <ref-ruling> E. 1a S. 215 f. mit Hinweisen; Urteil 6S.103/2003 vom 2. April 2004 E. 9.4). Die Androhung eines Übels kann sich u. a. gegen Rechtsgüter des Drohenden selber richten, sofern sie geeignet ist, das Opfer in Schrecken oder Angst zu versetzen (DELNON/RÜDY, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 8 und 16 zu <ref-law>). Zudem ist erforderlich, dass der Betroffene durch das Verhalten des Täters tatsächlich in Schrecken oder Angst versetzt wird. Tritt dieser tatbestandsmässige Erfolg nicht ein, kommt nur eine Verurteilung wegen versuchter Drohung in Betracht. Der subjektive Tatbestand der Drohung verlangt Vorsatz, mindestens Eventualvorsatz.
1.2 Die Vorinstanz erwägt, dass die Ankündigung gegenüber einem nahestehenden Menschen, sich selber das Leben zu nehmen, geeignet sei, diesen in Angst oder Schrecken zu versetzen. So hätte die damalige Ehefrau des Beschwerdeführers durch seine Äusserung durchaus in Angst oder Schrecken versetzt werden können, da sie hätte befürchten müssen, dass er sich das Leben nehmen und die gemeinsamen Kinder ihren Vater verlieren würden. Jedoch sei Y._ offenbar nicht in der von <ref-law> geforderten Weise erschreckt oder verängstigt worden. Einerseits habe sie fast zwei Jahre mit einer Anzeige zugewartet. Andererseits sei der Anlass für die Anzeige nicht die Suiziddrohung gewesen, sondern eine Beschimpfung und SMS-Mitteilung. Deshalb sei der objektive Tatbestand von <ref-law> nur teilweise erfüllt. Da jedoch dem Beschwerdeführer hätte bewusst sein müssen, seiner damaligen Ehefrau dadurch ein grosses Übel in Aussicht zu stellen, dass er sich das Leben nehmen und die Kinder ihren Vater verlieren würden, habe er zumindest auch in Kauf genommen, dass seine Äusserung sie in Angst oder Schrecken versetzen konnte. Damit habe er den subjektiven Tatbestand von <ref-law> erfüllt.
1.3 Der Beschwerdeführer macht geltend, seine Äusserung von Suizidgedanken hätte in keiner Art und Weise die Integrität und das Leben seiner damaligen Ehefrau tangiert. Da Y._ seit Jahren keinerlei Liebesgefühle ihm gegenüber gehabt, sondern einen Scheidungsprozess mit Hass und Intrigen geführt habe, wäre sein Ableben kaum zu einer Belastung für sie geworden. In finanzieller Hinsicht wäre sein Suizid für sie sogar bedeutend lukrativer gewesen. Es sei denn auch kaum verwunderlich, dass sie erst zwei Jahre später, im Rahmen der Versuche, seine Besuchsrechte zu erschweren, diese Geschichten hervorgeholt habe.
1.4 1.4.1 Der Beschwerdeführer verkennt die Tragweite der inkriminierten Äusserung. Seine Suizidankündigung war geeignet, das Sicherheitsgefühl einer Ehepartnerin mit zwei gemeinsamen, noch relativ kleinen Kindern in hohem Masse zu beeinträchtigen. Seine damalige Ehefrau wäre im Falle seines Suizids nicht abschätzbaren und sie allenfalls noch auf Jahre hinaus erheblich belastenden Reaktionen und Fragen der Kinder einschliesslich Schuldzuweisungen ausgesetzt gewesen. Aufgrund der Aussagen des Beschwerdeführers zur Ausübung des Besuchsrechts ist von einem noch weitgehend intakten Verhältnis zu seinem Sohn auszugehen. Dass die Beziehung der Tochter zu ihrem Vater als schwer beeinträchtigt beschrieben wird, schliesst nicht aus, dass auch für sie sein Suizid später zu einer Belastung hätte werden können. Überdies erweckte der vom Beschwerdeführer verwendete Ausdruck des "Durchladens" den Anschein von bereits konkreteren Vorstellungen hinsichtlich seines Vorgehens, was der Äusserung eine noch beängstigendere Komponente verlieh.
Die Vorinstanz geht davon aus, dass Y._ durch die Äusserung des Beschwerdeführers, er werde Suizid begehen, nicht in Angst oder Schrecken versetzt wurde. Somit kommt nur ein Versuch der Drohung in Betracht, falls der subjektive Tatbestand erfüllt ist.
1.4.2 Der Beschwerdeführer handelte zumindest eventualvorsätzlich. Eventualvorsatz liegt vor, wenn der Täter den Eintritt des Erfolgs beziehungsweise die Tatbestandsverwirklichung für möglich hält, aber dennoch handelt, weil er den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt, sich mit ihm abfindet, mag er ihm auch unerwünscht sein. Der Richter darf vom Wissen des Täters auf den Willen schliessen, wenn sich diesem der Eintritt des Erfolgs als so wahrscheinlich aufdrängte, dass die Bereitschaft, ihn als Folge hinzunehmen, vernünftigerweise nur als Inkaufnahme des Erfolgs ausgelegt werden kann (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 4 mit Hinweis). Der Beschwerdeführer war sich der Möglichkeit bewusst, dass seine Suizidankündigung eine erhebliche Beeinträchtigung des Sicherheitsgefühls seiner damaligen Ehefrau bewirken konnte und sie dadurch auch in Angst oder Schrecken versetzt würde. Es wird ihm nicht vorgeworfen, dass dies das eigentliche Ziel seiner Äusserung war, doch nahm er die mögliche Wirkung in Kauf. Entgegen seinem Einwand vermag die Hilflosigkeit und Verzweiflung wegen des hängigen Scheidungsverfahrens daran nichts zu ändern. Die Ausführungen der Vorinstanz zum subjektiven Tatbestand sind bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
2. Der Beschwerdeführer beruft sich auf <ref-law>. Das mit dieser Bestimmung garantierte Recht auf Leben sei in die Erwägungen miteinzubeziehen. Dieses verfassungsmässige Recht umfasse nicht nur die freie Gestaltung des Lebens, sondern auch das Recht, dieses zu beenden, was implizit das Recht mitumfasse, die selbstbestimmte Beendigung des eigenen Lebens gegenüber Drittpersonen zu äussern. Eine solche Äusserung könne nicht strafbar sein.
Die Rüge ist unbegründet. Aus dem vom Beschwerdeführer geltend gemachten angeblichen Recht auf Suizid ergibt sich kein Recht, durch die Ankündigung des Suizids nahe Angehörige in Schrecken oder Angst zu versetzen.
3. Der Schuldspruch wegen versuchter Drohung (Art. 180 Abs. 2 lit. a i.V.m. <ref-law>) verstösst nicht gegen Bundesrecht.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. September 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Adamczyk