Sachverhalt:
A. Y._ (Kläger, Beschwerdegegner) erledigte seit November 2000 über sein Unternehmen A._ AG im Auftragsverhältnis die buchhalterischen und steuerlichen Angelegenheiten der Gesellschaften der X._-Gruppe, deren wirtschaftlich Berechtigter B._ ist. Ab 1. Januar 2007 wurde er von der X._ GmbH, Baar (Beklagte, Beschwerdeführerin) angestellt und führte die nämlichen Tätigkeiten als Arbeitnehmer für die Gesellschaften der Gruppe aus. Der Vertrag wurde nicht schriftlich festgehalten. Am 13. Juni 2008 kündigte die Beklagte den Arbeitsvertrag auf Ende August 2008. In der Folge kam es zum Streit über die Ansprüche aus dem Arbeitsvertrag, namentlich über die Höhe des Lohnes.
B. Am 6. Februar 2009 gelangte der Kläger mit mehreren Begehren an das Kantonsgericht Zug und beantragte insbesondere, die Beklagte habe ihm eine Restlohnzahlung von Fr. 213'333.30 nebst Zins zu leisten und entsprechende Lohnausweise für die Jahre 2007 und 2008 auszustellen.
Die Beklagte beantragte die Abweisung der Klage und erhob Widerklage mit dem Antrag, der Kläger habe ihr einen Betrag von Fr. 19'340.-- nebst Zins zu 5 % seit 1. September 2009 (Rückforderung von zu viel bezahltem Lohn) zu bezahlen.

Das Kantonsgericht Zug hiess die Klage mit Urteil vom 16. August 2010 im Wesentlichen gut und verurteilte die Beklagte, dem Kläger den Nettobetrag von Fr. 213'330.30 nebst Zins zu 5 % seit 1. September 2008 zu bezahlen (Ziffer 1.1), ihm für die Jahre 2007 und 2008 einen Lohnausweis auszustellen, basierend auf einem Nettojahreslohn von Fr. 200'000.-- (Ziffer 1.2), und ihm ein Arbeitszeugnis mit dem in Erwägung 4.3 aufgeführten Wortlaut auszustellen (Ziffer 1.3). Im Übrigen wies das Kantonsgericht die Klage ab, soweit es darauf eintrat (Ziffer 1.4). Die Widerklage wies es ebenfalls ab (Ziffer 2).
C. Das Obergericht des Kantons Zug wies mit Urteil vom 21. Juni 2011 die Berufung der Beklagten ab, mit der diese beantragt hatte, die Klage sei vollumfänglich abzuweisen und ihre Widerklage vollumfänglich gutzuheissen.
Das Obergericht gelangte in Würdigung der Beweise wie schon das Kantonsgericht zum Schluss, dass der von der Beklagten in einem Schreiben vom 22. April 2008 bestätigte Nettojahreslohn dem beim Vertragsschluss vereinbarten entspreche, und dass der Kläger den ihm zustehenden Lohn von netto Fr. 200'000.-- pro Jahr nur zum Teil bezogen hatte.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Zug vom 21. Juni 2011 vollumfänglich aufzuheben, eventualiter sei die Streitsache an die Vorinstanz zur Beweisergänzung und Neubeurteilung zurückzuweisen. Weiter sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Die Beschwerdeführerin beanstandet den Schluss der Vorinstanz, dass der Beschwerdegegner seinen Lohnanspruch mit dem Schreiben vom 22. April 2008 und den Aussagen der Zeugin C._ hinreichend bewiesen habe, und hält für willkürlich, dass die Vorinstanz den Umstand nicht berücksichtigt habe, wonach der für Versicherungsfragen zuständige Beschwerdegegner im BVG-Vertrag für Fr. 72'000.-- angemeldet war. Die Vorinstanz hätte in Anwendung von <ref-law> und in Würdigung aller relevanten Umstände zum Ergebnis gelangen müssen, dass dem Beschwerdegegner der ihm obliegende Beweis misslungen sei. Die Vorinstanz hätte sodann nach Ansicht der Beschwerdeführerin nicht in antizipierter Würdigung die Zeugeneinvernahme des Bankbeamten D._ verweigern dürfen; sie habe die Beschwerdeführerin damit in ihrem verfassungsmässigen Anspruch auf Beweis verletzt. Für den Fall, dass das Bundesgericht die Beweiswürdigung der kantonalen Instanzen teilen sollte, stellt sich die Beschwerdeführerin auf den Standpunkt, die ursprüngliche Vereinbarung sei von den Parteien stillschweigend geändert worden, nachdem der Beschwerdegegner ohne jeden Widerspruch während rund zwanzig Monaten einen Jahreslohn von Fr. 60'000.-- netto bezogen habe. Schliesslich behauptet die Beschwerdeführerin, die Zeugin C._ sei aufgrund ihrer Feindschaft zu ihrem Geschäftsführer voreingenommen; ihre Aussagen beruhten auf Mutmassungen und seien teilweise offenkundig falsch, weshalb ihre Berücksichtigung <ref-law> verletze.
E. Nach Eingang der Stellungnahme des Beschwerdegegners wurde das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung mit Präsidialverfügung vom 22. September 2011 abgewiesen.
Beschwerdeantworten wurden keine eingeholt.
Erwägungen:
1. Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), darf sich die beschwerdeführende Partei grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheides zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig, sofern ein blosser Rückweisungsantrag nicht ausnahmsweise ausreicht, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen fehlen (<ref-ruling> E. 3.1).
Die Beschwerdeführerin begnügt sich vorliegend damit, in ihren Begehren die Aufhebung des angefochtenen Urteils zu verlangen. Sie erwähnt zwar in ihrer Rechtsschrift eingehend, sie beantrage die Aufhebung des Urteils des Obergerichts des Kantons Zug vom 21. Juni 2011 "und damit (materiell) gleichzeitig auch der Ziffern 1.1 und 1.2 des Urteils des Kantonsgerichts des Kantons Zug vom 16. April 2010", und sie werde nachfolgend darlegen, weshalb die Vorinstanz zu Unrecht den Lohnanspruch des Beschwerdegegners im Umfange von Fr. 213'333.00 nebst Zins zu 5 % seit 1. September 2008 geschützt habe. Dementsprechend sei auch ihre Widerklage zu Unrecht abgewiesen worden. Ob sie damit den formellen Anforderungen an ein Rechtsbegehren genügt, erscheint sehr zweifelhaft, braucht jedoch nicht abschliessend beurteilt zu werden, da die Beschwerde in der Sache ohnehin unbegründet ist.
2. Die Vorinstanz hat den Inhalt des Arbeitsvertrages der Parteien in Würdigung der Umstände festgestellt, nachdem eine schriftliche Vereinbarung fehlt. Die Beschwerdeführerin bestreitet dieses Vorgehen zu Recht nicht grundsätzlich. Sie beanstandet jedoch unter Berufung auf <ref-law> das Ergebnis dieser Würdigung.
2.1 <ref-law> regelt einerseits für den Bereich des Bundeszivilrechts die Beweislastverteilung und gibt anderseits der beweispflichtigen Partei einen bundesrechtlichen Anspruch darauf, zum Beweis zugelassen zu werden (<ref-ruling> E. 5.4 S. 601 mit Hinweisen), sofern ihr Beweisantrag rechtserhebliche Tatsachen betrifft und nach Form und Inhalt den hier noch massgebenden Vorschriften des kantonalen Prozessrechts entspricht (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299 mit Hinweisen). <ref-law> regelt dagegen nicht, wie der Sachverhalt zu ermitteln ist und namentlich die Beweise zu würdigen sind; wenn die Vorinstanz in Würdigung der Beweise zum Schluss gelangt, eine Tatsache sei erwiesen oder widerlegt, wird die Beweislastverteilung gegenstandslos.
Die Vorinstanz ist im angefochtenen Urteil zur Überzeugung gelangt, dass die Parteien einen Jahreslohn von netto Fr. 200'000.-- vereinbart hatten. Inwiefern sie dieser Würdigung ein unzureichendes Beweismass zugrunde gelegt haben sollte und sich etwa mit blosser Wahrscheinlichkeit begnügt hätte, ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht dargelegt. Die Vorinstanz hat aufgrund ihrer Würdigung die volle Überzeugung gewonnen, dass der vereinbarte Lohn auf Fr. 200'000.-- jährlich festgesetzt wurde. Damit ist die Beweislastverteilung gegenstandslos und <ref-law> nicht verletzt.
2.2 Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2). Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind nach Massgabe von <ref-law> zu begründen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von <ref-law>, die dem Richter geradezu in die Augen springen (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin, soweit sie in ihrer Beschwerde die Würdigung der Beweise durch die Vorinstanz kritisiert, als ob das Bundesgericht wie eine Appellationsinstanz die Tatsachen frei prüfen könnte. Es kann jedoch dahin gestellt bleiben, ob überhaupt auf die Beschwerde einzutreten ist.
3. Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt sodann nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheides, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 4a S. 5 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2b S. 56). Willkürlich ist die Beweiswürdigung und damit die Sachverhaltsfeststellung, wenn das Gericht den Sinn und die Tragweite eines Beweismittels offensichtlich verkennt, wenn es ein solches ohne ernsthafte Gründe ausser Acht lässt, obwohl es erheblich ist, und schliesslich wenn es aus getroffenen Beweiserhebungen unhaltbare Schlüsse zieht (<ref-ruling> E. 2.1).
3.1 Die Vorinstanz hat das vom Geschäftsführer der Beschwerdeführerin unterzeichnete Schreiben an den Beschwerdegegner vom 22. April 2008 zum Ausgangspunkt genommen, in dem die Beschwerdeführerin bestätigt, dass der Beschwerdegegner jährlich mit einer Pauschale von netto Fr. 200'000.-- entschädigt werde; er habe für 2007 noch Fr. 140'000.-- zu gut und bisher seinen Lohn nach Bedarf bezogen. Die Vorinstanz hat die Einwände der Beschwerdeführerin gegen dieses Schreiben verworfen und insbesondere verneint, dass es sich dabei um eine Falscherklärung gehandelt habe, um dem Beschwerdegegner zu einem Bankdarlehen zu verhelfen. Sie hat zunächst als unerheblich erachtet, von wem das Schreiben aufgesetzt wurde, nachdem der Geschäftsführer der Beschwerdeführerin unterzeichnete und hat zudem festgestellt, dass das Formular den Aufdruck "X._ GmbH a member of the X._ Group" enthalte, weshalb es im Namen der Beschwerdeführerin ausgestellt worden sei. Sie hat schliesslich berücksichtigt, dass die im Schriftstück vom 22. April 2008 bestätigte Abmachung durch die Aussage der Zeugin C._, ehemalige Arbeitskollegin des Beschwerdegegners und ehemalige Lebenspartnerin von B._ bestätigt werde.
3.2 Die Beschwerdeführerin wiederholt in ihrer Beschwerde die Vorbringen, die im angefochtenen Urteil widerlegt werden. Darauf ist nicht einzutreten, zumal sich aus der Beschwerde nicht ansatzweise ergibt, inwiefern die Vorinstanz im Ergebnis in Willkür verfallen sein sollte mit dem Schluss, dass der im Schreiben vom 22. April 2008 bestätigte Lohn der tatsächlichen Abmachung entsprach. Insbesondere auch mit der Glaubwürdigkeit der Zeugin, welche diese Abmachung bestätigte, hat sich die Vorinstanz eingehend auseinandersetzt. Inwiefern sie dabei verfassungsmässige Rechte verletzt haben könnte, ist der Begründung der Beschwerde nicht zu entnehmen. Der Beschwerdeführerin kann auch nicht gefolgt werden, wenn sie eine Änderung der ursprünglichen Vereinbarung in ihrem Sinne insbesondere aus dem Umstand abzuleiten sucht, dass der Beschwerdegegner regelmässig Bezüge von Fr. 5'000.-- tätigte. Sie vermag damit die Beweiswürdigung der Vorinstanz nicht als verfassungswidrig auszuweisen, wonach es sich dabei lediglich um Teilbezüge handelte, soweit sie sich damit überhaupt auseinandersetzt. Inwiefern die Vorinstanz unter diesen Umständen Bundesrechtsnormen verletzt haben sollte, wenn sie mangels jeglicher Behauptungen über veränderte Verhältnisse eine Vertragsänderung verneinte, ist nicht ersichtlich.
4. Die Beschwerde ist als unbegründet abzuweisen, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Sie hat dem Beschwerdegegner ausserdem die Parteikosten für das vorliegende Beschwerdeverfahren zu ersetzen (<ref-law>). Bei der Bemessung der Höhe ist zu berücksichtigen, dass er sich nur zum Gesuch um aufschiebende Wirkung zu äussern hatte.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, I. Zivilabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Oktober 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni