Faits:
A.
Le 28 juin 2011, le Conseil municipal de la Ville de Genève a adopté une modification du règlement général relatif aux plans d'utilisation du sol de la Ville de Genève du 20 février 2007, entré en vigueur le 27 février 2010 (ci-après: le RPUS). Le Conseil d'Etat du canton de Genève (ci-après: le Conseil d'Etat) a approuvé cette modification par arrêté du 18 avril 2012.
La modification porte principalement sur l'art. 9 RPUS intitulé "règles applicables aux activités contribuant à l'animation des quartiers". Le nouvel art. 9 RPUS, al. 1 à 6, a la teneur suivante:
Art. 9 al. 1 Activités accessibles au public
1.1 Afin de développer l'animation et l'attractivité des quartiers dans les secteurs 1 à 3, en maintenant et en favorisant l'implantation des activités de manière harmonieuse, diversifiée et équilibrée, les surfaces au rez-de-chaussée des bâtiments, doivent, pour la nette majorité de chaque surface, être destinées ou rester destinées à des activités accessibles au public, lorsqu'elles donnent sur des lieux de passage ouverts au public.
1.2 Cette règle ne s'applique pas lorsqu'une construction nouvelle ne se situe pas en continuité avec des bâtiments dont les rez-de-chaussée sont affectés à des locaux ouverts au public.
Art. 9 al. 2 Définitions
2.1 Par activités accessibles au public, il faut entendre les locaux ouverts au public, les arcades ou les bâtiments accessibles depuis le rez-de-chaussée, quels que soient les étages ouverts au public, notamment destinés au commerce, à l'artisanat, aux loisirs, aux activités sociales ou culturelles, à l'exclusion des locaux fermés au public.
2.2 Par locaux fermés au public, on entend des locaux inoccupés par des personnes ou des locaux occupés essentiellement par des personnes de l'entreprise ou qui sont destinés à une clientèle accueillie dans des conditions de confidentialité, notamment des bureaux, cabinets médicaux, études d'avocats, de notaires, fiduciaires, experts-comptables, agents immobiliers, etc.
Art. 9 al. 3 Maintien des activités d'animation
Les cafés, restaurants, tea-rooms, théâtres, cinémas, musées, salles de concert, de spectacles, de conférences, de lieux de loisirs et d'animations divers, notamment sur le plan social, culturel et récréatif, ainsi que les magasins d'alimentation, situés tout particulièrement au centre-ville (secteur A) ou en bordure des rues commerçantes de quartier (secteur B) selon la carte annexée, conservent en règle générale leur catégorie d'activité en cours d'exploitation ou leur dernière exploitation, s'il s'agit de locaux vacants.
Art. 9 al. 4 Maintien de la diversité de l'offre de commerces
Les commerces et les diverses catégories de magasins ouverts au public, au centre-ville (secteur A), conservent ou changent, selon, leur activité, afin d'améliorer et développer la diversité de l'offre, le commerce de proximité et l'animation au centre-ville.
Art. 9 al. 5 Exceptions
S'il est démontré que l'exploitation des activités, citées aux alinéas 3 et 4, exercées dans un ou des locaux, ne peut pas être poursuivie, pour d'autres motifs qu'une majoration de loyer excessive ou un prix d'acquisition disproportionné du bien immobilier ou du fonds de commerce, une dérogation au sens de l'article 14 peut être octroyée.
Art. 9 al. 6 Procédures
Les changements de destination de surfaces de plancher, au sens du présent article, seront soumis à l'autorisation du Département des constructions et des technologies de l'information, même en l'absence de travaux, en application de l'article 1, alinéa 2, lettre b) de la loi sur les constructions et installations diverses.
B.
La Chambre genevoise immobilière et consorts ont recouru auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) contre l'arrêté du Conseil d'Etat du 18 avril 2012.
Par arrêt du 29 janvier 2013, la Cour de justice a partiellement admis le recours, en tant qu'il était recevable. Elle a annulé l'art. 9 al. 4 RPUS approuvé par le Conseil d'Etat le 18 avril 2012 et confirmé ledit arrêté pour le surplus. Les juges cantonaux ont considéré en substance que les mesures prévues par l'art. 9 al. 3 RPUS poursuivaient un intérêt public reconnu et étaient conformes au principe de la proportionnalité. La mesure préconisée par l'art. 9 al. 4 RPUS n'était en revanche pas compatible avec la liberté économique.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Ville de Genève (cause 1C_253/2013) demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt de la Cour de justice du 29 janvier 2013 et de confirmer l'arrêté du Conseil d'Etat du 18 avril 2012. Elle se plaint pour l'essentiel d'une violation de son autonomie communale, la Cour de justice ayant annulé à tort l'art. 9 al. 4 RPUS en considérant que cette disposition portait atteinte à la liberté économique.
La Chambre Genevoise Immobilière (CGI), la Chambre de Commerce, d'Industrie et des Services de Genève, la Fédération des Entreprises Romandes Genève (FER-Ge), la Fédération du Commerce Genevois (FCG), la société A._, l'Union Suisse des Professionnels de l'Immobilier de Genève ainsi que B._ (cause 1C_259/2013) ont également porté leur cause devant le Tribunal fédéral. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué en tant qu'il confirme la validité de l'art. 9 al. 3 et 5 RPUS et à sa confirmation en tant qu'il annule l'art. 9 al. 4 RPUS. Ils se plaignent d'une violation de la liberté économique, de la garantie de la propriété et du principe de la primauté du droit fédéral.
La Cour de justice s'en rapporte à justice quant à la recevabilité des recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Conseil d'Etat conclut à l'admission du recours de la Ville de Genève et au rejet du recours de la CGI et consorts. Les parties se sont déterminées dans les deux procédures.
Par ordonnance du 22 avril 2013, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif déposée dans la cause 1C_259/2013.

Considérant en droit:
1.
1.1. Compte tenu de leur connexité, il se justifie de joindre les deux recours, dirigés contre une même décision, afin de statuer en un seul arrêt.
1.2. Les recours sont dirigés contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale confirmant une décision d'approbation d'un règlement communal relatif à un plan d'affectation, au sens des art. 14 ss de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700). Les recours sont dès lors en principe recevables comme recours en matière de droit public selon les <ref-law> et 34 al. 1 LAT, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée.
1.3. En vertu de l'art. 89 al. 2 let. c LTF, les communes ont qualité pour recourir lorsqu'elles invoquent la violation de garanties qui leur sont reconnues par les Constitutions cantonales ou fédérale. La Ville de Genève, qui invoque l'autonomie dont elle bénéficie en matière d'élaboration des plans d'utilisation du sol, a ainsi qualité pour agir. La question de savoir si elle est réellement autonome dans ces domaines relève du fond (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 45; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 319 et les références).
1.4.
1.4.1. En vertu de l'<ref-law>, peut former un recours en matière de droit public quiconque est particulièrement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). En matière de plans d'affectation, le recourant doit faire valoir la violation de dispositions qui tendent non seulement à la sauvegarde des intérêts de la collectivité mais aussi, si ce n'est principalement, à la protection de ses propres intérêts (<ref-ruling> consid. 4 p. 379); il doit en outre être personnellement touché par les effets prétendument illicites de la décision attaquée. Le droit de recours n'est ainsi reconnu en règle générale qu'au propriétaire d'un bien-fonds, pour se plaindre que la mise en vigueur du plan porte atteinte à ses droits constitutionnels en réduisant à néant ou en modifiant la portée de règles destinées notamment à protéger ses intérêts, ou en restreignant l'utilisation de son bien (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 252).
Une association a qualité pour recourir à titre personnel lorsqu'elle remplit les conditions posées par l'<ref-law>. De même, conformément à la jurisprudence, sans être elle-même touchée par la décision entreprise, une association peut être admise à agir par la voie du recours en matière de droit public - nommé alors recours corporatif ou égoïste - pour autant qu'elle ait pour but statutaire la défense des intérêts de ses membres, que ces intérêts soient communs à la majorité ou au moins à un grand nombre d'entre eux et, enfin, que chacun de ceux-ci ait qualité pour s'en prévaloir à titre individuel (<ref-ruling> consid. 2.6.4 p. 46 s. et les arrêts cités).
1.4.2. La Chambre genevoise immobilière a pour but statutaire la promotion, la représentation et la défense de la propriété foncière dans le canton de Genève; il est constant qu'un grand nombre de ses membres sont propriétaires fonciers à Genève. Dans son recours, la CGI se plaint que la modification de l'art. 9 RPUS restreindra le droit de propriété de ses membres, lesquels ne pourront plus décider librement de l'affectation de leurs locaux. L'intéressée a dès lors un intérêt digne de protection à l'annulation ou la modification du règlement incriminé et la qualité pour recourir doit lui être reconnue. La question de la légitimation des autres recourants peut ainsi rester indécise, comme elle l'a été devant la Cour de justice.
1.5. Les autres conditions de recevabilité sont remplies si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur les recours.
2.
2.1. Selon l'art. 50 al. 1 Cst., l'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal. Une commune bénéficie de la protection de son autonomie dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de façon exhaustive, mais qu'il laisse en tout ou partie dans la sphère communale, conférant par là aux autorités municipales une liberté de décision relativement importante. L'existence et l'étendue de l'autonomie communale dans une matière concrète sont déterminées essentiellement par la constitution et la législation cantonales (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 45; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 131 et les arrêts cités).
2.2. Dans le canton de Genève, les communes ne peuvent se prévaloir d'aucune autonomie en matière de police des constructions, le Département cantonal de l'urbanisme étant compétent pour délivrer les autorisations de construire (arrêt 1C_523/2009 du 12 mars 2010 consid. 2.1, publié in RDAF 2010 I 244 et in SJ 2010 I 474).
En revanche, les communes genevoises sont compétentes en matière de plans d'utilisation du sol (PUS). En effet, l'art. 15A de la loi cantonale du 9 mars 1929 sur l'extension des voies de communication et l'aménagement des quartiers ou localités (LExt) prévoit que les communes élaborent en collaboration avec l'Etat et adoptent des plans d'utilisation du sol approuvés par leur conseil municipal (al. 1 in fine). Dans ce domaine, le conseil municipal de la commune doit non seulement délivrer un préavis, comme pour les autres plans d'affectation, mais approuver cette catégorie de plans. La Ville de Genève peut dès lors invoquer son autonomie communale dans le cas particulier.
2.3. Lorsqu'elle est reconnue autonome dans un domaine spécifique, une commune peut dénoncer tant les excès de compétence d'une autorité cantonale de contrôle ou de recours que la violation par celle-ci des règles du droit fédéral, cantonal ou communal qui régissent la matière (<ref-ruling> consid. 2b p. 9; <ref-ruling> consid. 2 p. 136).
3.
La Ville de Genève reproche à la Cour de justice d'avoir retenu que l'art. 9 al. 4 RPUS n'était pas compatible avec la liberté économique et s'attache à démontrer que cette disposition n'instaure pas une mesure de politique économique. La CGI et consorts estiment pour leur part que les nouveaux al. 3 et 5 de l'art. 9 RPUS consacrent une atteinte inadmissible à la liberté économique et à la garantie de la propriété.
3.1. Les autorités en charge de l'aménagement du territoire bénéficient d'une importante liberté d'appréciation dans l'accomplissement de leurs tâches (art. 2 al. 3 LAT) et notamment dans leurs tâches de planification. Cette liberté d'appréciation n'est toutefois pas totale. L'autorité de planification doit en effet se conformer aux buts et aux principes d'aménagement du territoire tels qu'ils résultent de la Constitution (art. 75 Cst.) et de la loi (art. 1er et 3 LAT).
Le Tribunal fédéral examine librement si les mesures d'aménagement du territoire répondent à un intérêt public et respectent le principe de la proportionnalité; il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales, mieux connues des autorités cantonales, ou de trancher de pures questions d'appréciation (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 415 et les arrêts cités).
3.2. Selon l'art. 27 al. 1 Cst., la liberté économique est garantie. Elle comprend le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice (art. 27 al. 2 Cst.). Elle protège toute activité économique privée, exercée à titre professionnel et tendant à la production d'un gain ou d'un revenu. Elle peut être invoquée tant par les personnes physiques que par les personnes morales (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 135 et les arrêts cités).
Comme n'importe quel droit constitutionnel, la liberté économique peut être restreinte aux conditions de l'art. 36 Cst. (base légale, intérêt public et proportionnalité). Sont ainsi autorisées les restrictions à la liberté économique reposant sur des mesures de police, des mesures de politique sociale ou des mesures dictées par la réalisation d'autres intérêts publics (<ref-ruling> consid. 3a p. 326). Sont en revanche prohibées les mesures de politique économique ou de protection d'une profession qui entravent la libre concurrence en vue de favoriser certaines branches professionnelles ou certaines formes d'exploitation (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 231 s.; <ref-ruling> consid. 6.3.3.1 p. 53; <ref-ruling> consid. 10a p. 221 et les arrêts cités).
3.3. La garantie de la propriété ancrée à l'art. 26 al. 1 Cst. n'est pas absolue. Comme tout droit fondamental, elle peut être restreinte aux conditions fixées à l'art. 36 Cst. L'atteinte au droit de propriété est tenue pour particulièrement grave lorsque la propriété foncière est enlevée de force ou lorsque des interdictions ou des prescriptions positives rendent impossible ou beaucoup plus difficile une utilisation du sol actuelle ou future conforme à sa destination (<ref-ruling> consid. 4.3. p. 637; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 340). La jurisprudence considère par exemple que les mesures de conservation ou de protection du patrimoine bâti constituent une limitation traditionnelle du droit de propriété; en règle générale, elles ne portent pas d'atteinte très grave à celui-ci (cf. <ref-ruling> consid. 2c p. 221; <ref-ruling> consid. 4a p. 387; <ref-ruling> consid. 4 p. 266 s. et les arrêts cités).
4.
En l'espèce, la CGI et consorts sont d'avis que l'art. 9 al. 3 RPUS constitue une mesure de politique économique, intervenant dans la libre concurrence pour favoriser certaines branches d'activité. Cette disposition ferait bénéficier certaines activités dites d'animation d'avantages commerciaux non négligeables, au détriment des autres commerces. Les activités n'entrant pas dans la définition d'animation au sens du RPUS seraient par ailleurs privées d'accès à un nombre important de locaux commerciaux. Se plaignant par ailleurs d'une violation de la garantie de la propriété, les recourants font valoir que les mesures litigieuses ne permettent pas d'atteindre le but visé.
4.1. Conformément aux art. 15A ss LExt, le RPUS a pour but, en vue de favoriser la qualité de vie en ville, de maintenir et rétablir l'habitat, tout en facilitant une implantation harmonieuse des activités qui garantisse le mieux possible l'espace habitable (art. 1 RPUS). A cet égard, le Tribunal fédéral a jugé qu'il était d'intérêt public d'encourager une certaine diversité des activités dans l'agglomération urbaine, ce qui impliquait concrètement de protéger les branches menacées (cf. arrêt 1C_317/2009 du 15 janvier 2010 consid. 9.2). De même, il a considéré qu'une nouvelle réglementation était admissible même si elle pouvait avoir des répercussions susceptibles d'être qualifiées de politique économique, par exemple en favorisant une catégorie d'entreprises par rapport à d'autres, pour autant que l'objectif principal relève de l'aménagement du territoire (arrêt 1C_453/2007 du 10 mars 2008 consid. 8.2). Enfin, l'obligation de réserver une partie d'un bâtiment à une affectation déterminée ne constitue pas une atteinte grave au droit de propriété et à la liberté économique (<ref-ruling> consid. 3b/bb p. 380).
4.2. La Ville de Genève indique que c'est pour rétablir une harmonie et assurer un équilibre dans les activités exercées au centre-ville, au rez-de-chaussée des immeubles, que certains grands axes ont fait l'objet des dispositions spécifiques du RPUS; les mesures litigieuses permettraient de maintenir l'animation et la population au centre et d'éviter ainsi les déplacements pendulaires. Il est en effet constant que les lieux de rencontre et d'animation du centre-ville, qui demeurent ouverts après les horaires administratifs, tendent à disparaître au profit d'activités commerciales dont l'activité ne s'étend pas au-delà de 19h00. Au demeurant, les commerces d'alimentation se font rares au centre-ville et ceux-ci sont nécessaires pour assurer l'approvisionnement de la population.
Sur la base de ces éléments, qui ne sont pas remis en cause par les recourants, il apparaît que la Cour de justice pouvait, à bon droit, considérer que les mesures prévues par l'art. 9 al. 3 RPUS poursuivent un intérêt public reconnu et conforme aux objectifs de l'art. 15 al. 1 LExt, qui sont de favoriser une implantation des activités qui soit harmonieuse et équilibrée. C'est donc en vain que la CGI et consorts font valoir qu'il s'agirait de mesures de politique économique, qui viseraient à favoriser certaines branches d'activité par rapport à d'autres. Il est en effet indéniable que l'objectif recherché par la modification litigieuse relève de l'aménagement du territoire, puisqu'il s'agit de favoriser un équilibre des activités et de garantir un approvisionnement suffisant de la population (cf. art. 1 al. 2 LAT).
Au surplus, les intéressés contestent que les mesures préconisées sont aptes à atteindre le but visé et proportionnées. Or, comme il ressort de l'arrêt attaqué, une partie des établissements auxquels se réfère la disposition litigieuse contribue effectivement à l'animation en dehors des heures d'ouverture des bureaux et des commerces et participe ainsi à l'animation nocturne et dominicale. Il s'agit notamment des cafés, restaurants, théâtres, cinémas, salles de concert, ce que les recourants ne prennent pas en compte lorsqu'ils tentent de démontrer que certaines activités, comme des enseignes de grande distribution (Payot, Globus, FNAC, etc.), contribuent plus à l'animation du centre-ville que celles visées par l'art. 9 al. 3 RPUS. A cela s'ajoute que la viabilité des établissements concernés est prise en compte dans l'application de l'obligation du maintien de l'affectation et ces mesures ne s'appliquent pas à tous les bâtiments de la ville. Enfin, par l'utilisation des termes "en général", la disposition laisse à l'autorité d'application une certaine marge d'appréciation. Au vu de ce qui précède, l'éventuelle inégalité de traitement entre concurrents induite par les modifications litigieuses est compatible avec l'art. 36 Cst. Partant, l'art. 9 al. 3 RPUS ne consacre pas une atteinte inadmissible à la liberté économique et à la garantie de la propriété. Le recours 1C_259/2013 doit être rejeté sur ce point.
5.
La CGI et consorts invoquent encore le principe de la primauté du droit fédéral, faisant valoir que la dérogation prévue par l'art. 9 al. 5 RPUS s'avère clairement contraire au droit fédéral. Cette disposition permet de déroger au maintien des activités d'animation s'il est démontré que leur exploitation ne peut pas être poursuivie, pour d'autres motifs qu'une majoration de loyer excessive ou un prix d'acquisition disproportionné du bien immobilier ou du fonds de commerce. Les recourants estiment ainsi que l'art. 9 al. 5 RPUS poursuit exactement le même but que l'<ref-law>, puisqu'il constitue un instrument de lutte contre les hausses abusives de loyers.
5.1. Selon l'art. 49 al. 1 Cst., le droit fédéral prime le droit cantonal qui lui est contraire. Ce principe constitutionnel de la primauté du droit fédéral fait obstacle à l'adoption ou à l'application de règles cantonales qui éludent des prescriptions de droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par leur but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou qui empiètent sur des matières que le législateur fédéral a réglementées de façon exhaustive (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 174; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 108; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 335 et les arrêts cités).
5.2. Le dispositif mis en place par l'art. 9 al. 5 RPUS est analogue à celui prévu pour les hôtels à l'art. 11 RPUS, dont la conformité au droit supérieur a déjà été approuvée par le Tribunal fédéral. Dans l'arrêt 1C_229/2009 du 15 janvier 2010, il a en effet été jugé que la disposition querellée n'empêchait pas les propriétaires de disposer de leur bien et que la marge d'appréciation laissée à l'administration pour vérifier que les conditions de la dérogation étaient remplies pouvait certes mener à des abus mais qu'il appartenait, cas échéant, à l'autorité judiciaire de les sanctionner (consid. 4.4 de l'arrêt précité). Quoi qu'il en soit, l'art. 9 al. 5 RPUS n'a pas pour objectif le contrôle des loyers et n'empiète dès lors pas sur l'<ref-law>. Mal fondé, ce grief doit également être écarté.
Le recours 1C_259/2013 est par conséquent entièrement rejeté.
6.
La Ville de Genève ne partage pas l'avis des juges cantonaux, selon lesquels l'art. 9 al. 4 RPUS porte atteinte à la liberté économique. Cette disposition prévoit que les commerces et les diverses catégories de magasins ouverts au public, au centre-ville, conservent ou changent leur activité afin d'améliorer et de développer la diversité de l'offre, le commerce de proximité et l'animation du centre-ville. La recourante estime qu'une rue contenant un seul et même type d'activités peut, à terme, poser des problèmes tant en lien avec un surcroît ou une absence d'animation que dans le cadre du ravitaillement de la population; les conséquences y relatives doivent être réglées par des dispositions d'aménagement du territoire. Lors de l'application de l'art. 9 al. 4 RPUS, la ville pourrait ainsi s'opposer à la réouverture d'un café ou d'un restaurant, ou d'une autre activité déjà offerte en abondance dans des secteurs bien définis, garantissant ainsi une diversité des services à la population, une répartition harmonieuse des activités au sein du territoire.
Il apparaît tout d'abord que la disposition querellée est formulée de manière peu claire et est difficilement compréhensible (" Les commerces et les diverses catégories de magasins ouverts au public [...] conservent ou changent, selon, leur activité [...]). Par ailleurs, à la première lecture, on ne saisit pas bien les modalités de son application, en particulier quelle est la marge de manoeuvre des propriétaires concernés, le cadre imposé à l'autorité compétente et le moment où celle-ci doit intervenir. Même si l'on peut supposer que l'art. 9 al. 4 RPUS s'applique lors d'un changement de bail et peut, à cette occasion, contraindre le commerçant à changer ou maintenir une activité déterminée, l'imprécision du texte ne permet pas aux personnes concernées de prévoir, au moins dans les grandes lignes, la façon dont la disposition leur sera appliquée. Pour ce motif déjà, cette disposition ne peut pas être confirmée.
Ensuite, comme le souligne l'arrêt attaqué, si la mesure litigieuse s'appliquait, un examen de la diversité de l'offre et du commerce de proximité devrait être fait par le département compétent en cas de demande de changement d'affectation d'une arcade. Cet examen suppose que l'autorité prévoie quel type de commerce serait, cas échéant, manquant dans l'offre existante ou encore lesquels seraient pléthoriques. Avec la Cour de justice, on peut relever que cette mesure, difficilement applicable, voire inapplicable, n'est à l'évidence pas neutre sur le plan économique et intervient directement sur la libre concurrence. En cela, elle doit être qualifiée de mesure de politique économique. Cette disposition n'est ainsi pas compatible avec la liberté économique (<ref-ruling> consid. 3 p. 102) et son annulation doit par conséquent être confirmée. Partant, le recours 1C_253/2013 est rejeté.
7.
Il résulte de ce qui précède que les deux recours sont rejetés. Il n'est pas mis de frais à la charge de la Ville de Genève (<ref-law>). Les recourants CGI et consorts, qui succombent, supportent leurs frais de justice (art. 66 al. 1 et 5 LTF).
Dans la procédure 1C_253/2013, les intimés CGI et consorts obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat; ils ont droit à des dépens, à la charge de la Ville de Genève (<ref-law>). Cette dernière n'a pas droit à des dépens dans la procédure 1C_259/2013 (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Les causes 1C_253/2013 et 1C_259/2013 sont jointes.
2.
Les recours sont rejetés.
3.
Les frais judiciaires dans la procédure 1C_259/2013, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la Chambre Genevoise Immobilière et consorts, solidairement entre eux.
4.
La Ville de Genève versera à la Chambre Genevoise Immobilière et consorts dans la procédure 1C_253/2013, à titre de dépens, une indemnité de 3'000 fr.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Conseil d'Etat du canton de Genève et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative.
Lausanne, le 1er novembre 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Mabillard