Sachverhalt:
A. A.a Der 1976 geborene N._ arbeitete im Bereich Organisation und Auslieferung bei der Firma P._ GmbH und war in dieser Eigenschaft bei den Winterthur Versicherungen (nunmehr AXA Versicherungen AG; nachfolgend AXA) gegen die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen versichert. Am 26. Februar 2007 rutschte er beim Tragen eines Kartons mit Getränken auf einer Rampenkante aus und setzte stehend stark auf die schräge Bodenkonsole auf. Er verspürte sofort einen starken Schmerz im unteren Teil des Rückens. Der am 14. März 2007 aufgesuchte Dr. med. H._, Facharzt für Neurologie FMH, stellte nach Konsultation eines Computertomogramms, welches eine kleine, flache, mediane, subligamentäre Discushernie L4/L5 mit lokaler Impression des Duralsacks, jedoch ohne Nachweis einer Neurokompression zeigte, die Diagnose einer posttraumatischen Lumbago bei einer Diskushernie ohne Nervenkompression. In der Folge bestand eine Arbeitsunfähigkeit in wechselnden Graden. Mit Verfügung vom 23. Juli 2007 verneinte die AXA ihre Leistungspflicht mit der Begründung, die Beschwerden in Form einer Lumbago und die diagnostizierte Diskushernie seien nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auf das Ereignis vom 26. Februar 2007 zurückzuführen. Auf Einsprache hin bejahte die Unfallversicherung ihre Leistungspflicht mit Entscheid vom 28. November 2007 für die Zeit vom 26. Februar bis 31. Mai 2007; dies mit der Begründung, die Diskushernie sei zwar nicht durch den Unfall verursacht, indessen symptomatisch geworden. Diese Symptomatik sei nach Ablauf von längstens drei Monaten als verselbständigt zu betrachten, womit der Status quo sine erreicht sei und der natürliche Kausalzusammenhang entfalle. Der Einspracheentscheid wurde rechtskräftig.
A.b Mit Eingabe vom 4. Februar 2008 ersuchte N._ um prozessuale Revision des Einspracheentscheides vom 28. November 2007. Er berief sich auf einen Arztbericht des Dr. med. E._, Facharzt für orthopädische Chirurgie und Traumatologie des Bewegungsapparates FMH, vom 1. Februar 2008, worin dieser die Diagnose einer interspinalen Traumatisierung L4/5 bei Kontusion in Hyperextension am 26. Februar 2007 stellte. Die ursprüngliche Diagnose der behandelnden Ärzte und damit auch die angewendeten Therapien seien nicht richtig gewesen. Die AXA trat auf das Revisionsgesuch mit Verfügung vom 19. Februar 2008 nicht ein, da ihres Erachtens keine neuen erheblichen Tatsachen vorlägen.
B. Das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt hiess die gegen die Verfügung vom 19. Februar 2008 erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 26. März 2009 in dem Sinne gut, als es die Unfallversicherung anwies, auf das Gesuch um prozessuale Revision einzutreten und die Sache im Sinne der Erwägungen weiter abzuklären.
C. Die AXA führt gegen den kantonalen Entscheid Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt dessen Aufhebung.
N._ und das Bundesamt für Gesundheit verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das Bundesgericht hat im Entscheid 8C_121/2009 E. 3 vom 26. Juni 2009 (SVR 2009 UV 60 S. 212) festgehalten, dass die Revision eines Einspracheentscheides durch eine neue Verfügung zu erfolgen hat, die wiederum der Einsprache unterliegt.
Der Versicherte gelangte der Rechtsmittelbelehrung in der Verfügung vom 19. Februar 2008 folgend mit Eingabe vom 28. März 2008 direkt an das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt, welches diese als Beschwerde entgegennahm. Vorliegend kann aus Gründen der Prozessökonomie ausnahmsweise davon abgesehen werden, den kantonalen Entscheid einzig wegen des fehlerhaften Instanzenzuges aufzuheben und an die AXA zurückzuweisen, damit diese einen Einspracheentscheid über das Eintreten auf das Revisionsbegehren erlässt.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin mit Blick auf den Bericht des Dr. med. E._ vom 1. Februar 2008 auf das Revisionsgesuch des Versicherten vom 4. Februar 2008 einzutreten und weitere Abklärungen über den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen den von ihm geltend gemachten Beschwerden und dem Unfall vom 26. Februar 2007 vorzunehmen hat.
4. Die Vorinstanz hat die Rechtsgrundlagen für die Beurteilung der Streitsache zutreffend dargelegt. Das betrifft insbesondere die Bestimmungen über die prozessuale Revision (Art. 53 Abs. 1 ATSG) und die Wiedererwägung (Art. 53 Abs. 2 ATSG) rechtskräftiger Verfügungen und Einspracheentscheide mit der dazu ergangenen Rechtsprechung. Richtig sind auch die Erwägungen über die für einen Leistungsanspruch aus der obligatorischen Unfallversicherung erforderlichen kausalen Zusammenhänge und über die zu beachtenden Beweisgrundsätze. Darauf wird verwiesen.
5. Nach Art. 53 Abs. 1 ATSG müssen formell rechtskräftige Verfügungen und Einspracheentscheide in Revision gezogen werden, wenn die versicherte Person oder der Versicherungsträger nach deren Erlass erhebliche neue Tatsachen entdeckt oder Beweismittel auffindet, deren Beibringung zuvor nicht möglich war.
Als "neu" gelten Tatsachen, welche sich zwar vor Erlass der formell rechtskräftigen Verfügung oder des Einspracheentscheids verwirklicht haben, dem Gesuchsteller trotz hinreichender Sorgfalt jedoch nicht bekannt waren (Urteil U 22/07 vom 6. September 2007 E. 4.1 mit Hinweisen). Das revisionsweise vorgebrachte Element, welches lediglich eine neue Würdigung einer bereits bekannten Tatsache beinhaltet, rechtfertigt keine prozessuale Revision (vgl. UELI KIESER, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2009, N. 14 zu Art. 53 ATSG mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 5b S. 358). Die neuen Tatsachen müssen zudem nach dem Wortlaut von Art. 53 Abs. 1 ATSG "erheblich" ("important", "rilevante") sein. Eine neue Tatsache ist jedenfalls nur dann im Sinne von Art. 53 Abs. 1 ATSG erheblich, wenn sie die tatsächliche Grundlage der Verfügung oder des Einspracheentscheids so zu ändern vermag, dass bei zutreffender rechtlicher Würdigung ein anderer Entscheid resultiert (vgl. REAS 2005 S. 242, I 183/04 E. 2.2, sowie Urteile U 22/07 vom 6. September 2007 E. 4.1 und U 68/06 vom 4. Januar 2007 E. 2.2; vgl. auch UELI KIESER, a.a.O., N. 13 zu Art. 53 ATSG, und KARIN SCHERRER, in: Waldmann/Weissenberger [Hrsg.], Praxiskommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren, Zürich 2009, N. 25 zu Art. 66 VwVG).
Neue Beweismittel haben entweder dem Beweis der die Revision begründenden neuen erheblichen Tatsachen oder dem Beweis von Tatsachen zu dienen, die zwar bekannt gewesen, zum Nachteil des Gesuchstellers aber unbewiesen geblieben sind. Sollen bereits vorgebrachte Tatsachen mit neuen Mitteln bewiesen werden, hat der Gesuchsteller auch darzutun, dass er die Beweismittel im früheren Verfahren nicht beibringen konnte.
6. Das kantonale Gericht hat nach umfassender und zutreffender Würdigung der medizinischen Aktenlage festgestellt, dass der vom Versicherten eingereichte neue Arztbericht des Dr. med. E._ vom 1. Februar 2008 hinsichtlich der Diagnosestellung mit demjenigen des Dr. med. H._ - auf welche sich die beratenden Ärzte der Beschwerdeführerin in ihren Aktenberichten gestützt haben - nicht übereinstimmt, weshalb von einem neuen ärztlichen Befund auszugehen ist.
Die Beschwerde führende Unfallversicherung bringt dagegen vor, Dr. med. E._ ziehe aus der beim Patienten festgestellten Symptomkonstellation lediglich andere Schlussfolgerungen, was nichts anderes als eine andere Bewertung desselben Sachverhaltes sei. Dies genüge nicht, um eine neue erhebliche Tatsache im Sinne von Art. 53 Abs. 1 ATSG zu beweisen. Darüber hinaus äussere sich Dr. med. E._ nicht zum natürlichen Kausalzusammenhang. Die Diagnose des Dr. med. E._ sei nicht geeignet, die tatsächliche Grundlage des Einspracheentscheid vom 28. November 2007 in dem Sinne zu ändern, dass eine erneute Entscheidfindung zu einem anderen Resultat führen würde.
7. 7.1 Der Einspracheentscheid der Beschwerdeführerin vom 28. November 2007, gegen welchen sich das Revisionsgesuch des Versicherten vom 4. Februar 2008 richtet, basiert auf der Diagnose einer Diskushernie, die durch das Unfallereignis symptomatisch geworden sei (Einspracheentscheid Ziffer 2.4). Zudem geht die Beschwerdeführerin davon aus, dass durch den Unfall keine richtunggebende strukturelle Veränderungen verursacht wurden. Sie stützt sich dabei auf die Stellungnahme ihres beratenden Arztes Dr. med. A._, der seinerseits das Unfallgeschehen in seinem auf den ihm vorgelegten Akten beruhenden Bericht als "eigentliches Verhebetrauma" qualifiziert. Seine Einschätzungen stützt er auf den Umstand, dass "unfallkausale strukturelle Schädigungen nicht vorliegen". Demgegenüber geht Dr. med. E._ in seinem Bericht vom 1. Februar 2008 davon aus, dass das Sturzereignis zu einer "Verletzung der interspinalen Strukturen L4/5" geführt habe. Stützt man sich auf diese ärztliche Stellungnahme, die auf eigenen Untersuchungen beruht, ist den Ausführungen des Dr. med. A._ der Boden entzogen, weil eben gerade "strukturelle Schädigungen" vorliegen. Dr. med. E._ geht also im Gegensatz zu den die Beschwerdeführerin beratenden Ärzten nicht davon aus, dass die geltend gemachten Beschwerden des Versicherten von seiner Diskushernie herrühren, sondern eine interspinale Verletzung vorliegt. Auch hinsichtlich des Unfallhergangs bestehen zwischen den Berichten des Dr. med. A._ einerseits und des Dr. med. E._ andererseits diametral entgegengesetzte Vorstellungen. Ersterer legt seiner Beurteilung ein Verhebetrauma zu Grunde und letzterer geht davon aus, die Verletzung (Quetschung) sei durch den Aufprall auf das Gesäss verursacht worden.
7.2 Der Einspracheentscheid vom 28. November 2007 beruht auch hinsichtlich des von der Beschwerdeführerin für die Dauer von drei Monaten anerkannten natürlichen Kausalzusammenhanges zwischen dem Unfall und den geltend gemachten Beschwerden auf der Beurteilung des Dr. med. A._. Dieser nimmt an ("ist davon auszugehen"), es habe ein Verhebetrauma stattgefunden, welches für sich genommen nach einigen Wochen bis Monaten (3 Monate) ausheile. Danach sei eine Unfallkausalität strikt abzulehnen. Ist die von Dr. med. E._ festgestellte Verletzung jedoch nicht durch ein Verhebetrauma verursacht worden, wovon er in seinem Bericht ausgeht, besteht auch für die auf einer medizinischen Erfahrung über den Heilverlauf eines Verhebetraumas basierende Kausalitätsbeurteilung kein Raum mehr. Dem Einspracheentscheid wird also die Grundlage entzogen.
Damit steht fest, dass die Berichte des Dr. med. E._ geeignet sein können, den Einspracheentscheid in Revision zu ziehen. Auf das Revisionsgesuch ist daher einzutreten und es sind die nötigen weiteren Abklärungen zu tätigen. Das kantonale Gericht hat die Sache daher zu Recht zu diesem Zweck an die Unfallversicherung zurückgewiesen.0
8. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. Juli 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer