Sachverhalt:
A. A.a Im Rahmen des durch das Konkursamt Obwalden geführten Konkurses über die A._ AG versiegelte am 16. Februar 2009 das Konkursamt Aargau, Amtsstelle Brugg, rechtshilfeweise Mieträumlichkeiten der A._ AG in W._/AG und nahm ein Inventar auf. Die B._ AG, die C._ AG, X._, Y._ und Z._ meldeten diverse Eigentumsansprachen an den inventarisierten Gegenständen an.
A.b Mit Verfügungen vom 30. September 2009 anerkannte das Konkursamt Obwalden die Eigentumsansprachen von Z._ und Y._ vollumfänglich, jene von X._ nur teilweise; insbesondere wies das Konkursamt Obwalden die Eigentumsansprachen betreffend die Inventar-Nrn. 121, 122, 124, 125, 139a, 140 und 141 ab und setzte dem Ansprecher Frist gemäss Art. 242 Abs. 2 SchKG zur Klageeinreichung an.
B. Mit Eingabe vom 12. Oktober 2009 erhoben X._, Y._ und Z._ Beschwerde gegen den genannten Entscheid bei der Obergerichtskommission des Kantons Obwalden mit dem Begehren, es seien die abgelehnten Eigentumsansprüche des X._ anzuerkennen; neu schlossen sie in ihr Begehren die Inventar-Nr. 172 ein. Mit dem hier angefochtenen Entscheid vom 2. Februar 2010 hat die Obergerichtskommission des Kantons Obwalden die Beschwerde abgewiesen.
C. Mit Eingabe vom 15. Februar 2010 erheben gegen den letztgenannten Entscheid X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer 1), Y._ (nachfolgend: Beschwerdeführer 2) und Z._ (nachfolgend: Beschwerdeführerin 3) Beschwerde in Zivilsachen. Sie erneuern ihr Begehren um Anerkennung der strittigen Eigentumsansprachen und verlangen darüber hinaus, dass das Konkursamt Obwalden angewiesen werde, die Anordnung der Siegelung der Geschäftsräumlichkeiten in W._/AG aufzuheben.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonaler Entscheid einer Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen. Ein solcher Entscheid unterliegt unabhängig vom Streitwert der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG). Der angefochtene Entscheid ist darüber hinaus als Endentscheid zu qualifizieren (Art. 90 BGG), wie dies bereits unter der Ägide des OG der Fall war (Urteil 5C.242/2004 vom 7. April 2005 E. 1.2), und kantonal letztinstanzlich (Art. 75 Abs. 1 BGG). Die Beschwerde wurde von den vor Vorinstanz unterlegenen Parteien (Art. 76 Abs. 1 BGG) rechtzeitig erhoben (Art. 100 Abs. 2 lit. a BGG).
2. Mit Beschwerde in Zivilsachen kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG).
2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist deshalb weder durch die in der Beschwerdeschrift erhobenen Argumente noch durch die vorinstanzliche Begründung eingeschränkt; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem geltend gemachten Grund gutheissen, eine Beschwerde aber auch mit einer von der vorinstanzlichen Argumentation abweichenden Begründung abweisen. Angesichts der in Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG festgelegten allgemeinen Begründungspflicht prüft das Bundesgericht allerdings grundsätzlich nur die erhobenen Rügen. Es ist auf jeden Fall nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden Rechtsfragen zu untersuchen, soweit solche nicht (mehr) vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.2 Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das bedeutet, dass klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
2.3 Nach Art. 105 Abs. 1 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252), ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Wird eine willkürliche Feststellung von Tatsachen geltend gemacht, ist neben der Erheblichkeit der gerügten Tatsachenfeststellung für den Ausgang des Verfahrens klar und detailliert darzutun, inwiefern diese offensichtlich unhaltbar sein soll, d.h. mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehe, auf einem offenkundigen Versehen beruhe oder sich sachlich in keiner Weise rechtfertigen lasse (<ref-ruling> E. 7.1 S. 398 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer kann sich mit anderen Worten nicht darauf beschränken, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der kantonalen Instanz, die den dargelegten Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
3. Die drei Beschwerdeführer stellen gemeinsam zwei Anträge, nämlich jenen um ersatzlose Aufhebung von Ziff. 2 des Dispositivs der sie jeweils treffenden Verfügung, wonach ein allfälliger Streit zwischen dem Vindikanten und dem Pfandansprecher bzw. Retentionsgläubiger gemäss Art. 53 Lemma 2 KOV nicht im Konkursverfahren auszutragen sei (dazu hinten E. 6), und jenen um Aufhebung der Siegelung der von ihnen belegten Räumlichkeiten in W._ (dazu hinten E. 7). Beide Begehren entspringen dem gleichen Sachverhalt und betreffend alle Parteien gleichermassen. Dies rechtfertigt und gebietet eine einheitliche Behandlung aller drei Beschwerden in ein und demselben bundesgerichtlichen Entscheid (Art. 71 BGG i.V.m Art. 24 BZP; <ref-ruling> E. 1 S. 217), selbst wenn die konkret zu prüfenden Aussonderungsbegehren nur den Beschwerdeführer 1 betreffen.
4. Der Beschwerdeführer 1 beansprucht für sich das Eigentum an den Inventarpositionen Nrn. 121, 122, 124, 125, 139a, 140, 141 und 172.
4.1 Zu den genannten Positionen hat die Vorinstanz in tatbestandsmässiger Hinsicht festgehalten, dass aus den vom Beschwerdeführer vorgelegten Unterlagen nichts hervorgehe, und mithin keinerlei Anhaltspunkte dafür bestünden, dass diese Gegenstände offensichtlich und zweifellos in seinem Eigentum stünden und folglich dem Vollstreckungsbeschlag nicht unterworfen wären.
4.2 Soweit ersichtlich trägt der Beschwerdeführer gegen diese Feststellung keine gesetzeskonform begründete Rüge vor (E. 2.3 vorne). Zwar vervollständigt er im Abschnitt "Sachverhalt und Ausgangslage" den Sachverhalt nach Belieben, greift dabei jedoch auf Umstände zurück, welche die Vorinstanz nicht festgestellt oder anders gewürdigt hat, ohne auch nur im Ansatz aufzuzeigen, dass die Obergerichtskommission dabei in Willkür verfallen wäre.
4.3 Bei der Feststellung, dass der Beschwerdeführer 1 kein offensichtliches Eigentum an den geltend gemachten Gegenständen hat beweisen können, muss es folglich sein Bewenden haben. Auf seine diesbezügliche Rüge ist nicht einzutreten.
4.4 Was die Inventarposition Nr. 172 anbelangt, kommt als Grund für ein Nichteintreten auf die Beschwerde noch hinzu, dass der Beschwerdeführer 1 die Begründung der Obergerichtskommission für die Ausserachtlassung dieser Position überhaupt nicht gehörig diskutiert, sondern lediglich behauptet, über diesen Anspruch hätte die Obergerichtskommission in ihrer Funktion als Aufsichtsbehörde materiell entscheiden können und müssen. Eine Rechtsnorm, welche die Vorinstanz zu einem solchen Handeln verpflichtet hätte, nennt er jedoch nicht; ebenso wenig erklärt er, warum eine nachträgliche Behandlung dieser Position durch das Konkursamt im Sinne von Art. 242 Abs. 1 SchKG seiner Meinung nach unbegründet und unverhältnismässig sein soll.
5. Die Obergerichtskommission hat sodann, in Auslegung der kantonalen Beschwerdeschrift, auch die Frage geprüft, ob das Konkursamt auf Grund der gegebenen Gewahrsamsverhältnisse zu Recht das Aussonderungsverfahren eingeleitet hatte oder ob es vielmehr das Admassierungsverfahren hätte durchführen müssen.
5.1 Nach Darlegung der Grundsätze von Gewahrsam und Mitgewahrsam hat die Vorinstanz in sachverhaltsmässiger Hinsicht festgehalten, im massgebenden Zeitpunkt der Konkurseröffnung am 15. Januar 2009 hätten sämtliche streitigen Inventarpositionen (mit Ausnahme von Inventar-Nr. 172) im Ausstellungsraum im 9. Obergeschoss gelegen. Bei diesem Raum habe es sich um eine der Flächen gehandelt, welche der Beschwerdeführer 1 von der A._ AG am 1. Februar 2008 untergemietet hatte. Weder der genannte Untermietvertrag noch die am 2. September 2008 erfolgte Sitzverlegung der A._ AG nach U._ würden zwingend zum Schluss führen, die A._ AG habe im Zeitpunkt der Konkurseröffnung die Räumlichkeiten nicht mehr genutzt und den Gewahrsam an den sich darin befindlichen Gegenständen aufgegeben, was übrigens bereits in einem rechtskräftigen Entscheid vom 15. Juli 2009 erwogen worden sei. Gleichzeitig sei aber auch erstellt, dass der Beschwerdeführer 1 im fraglichen Zeitpunkt die untergemieteten Räume ebenfalls genutzt und folglich an den darin befindlichen Gegenständen zumindest Mitgewahrsam mit der A._ AG habe. Allerdings habe am selben Tag wie der Beschwerdeführer 1 auch die C._ AG (vormals D._ AG) einen Untermietvertrag mit der A._ AG abgeschlossen; dabei sei wegen unvollständiger Angaben nicht restlos klar, welche Räumlichkeiten genau dem Beschwerdeführer 1 und welche der C._ AG zur Verfügung gestanden hätten. Mangels weiterer Anhaltspunkte ist die Obergerichtskommission auf Grund der Bezeichnung "Büro X._" davon ausgegangen, dass es sich dabei um den vom Beschwerdeführer 1 als Besprechungszimmer gemieteten Raum handelte. Folglich sei der Ausstellungsraum, in welchem sich die streitigen Gegenstände befinden, von der D._ AG und nicht vom Beschwerdeführer 1 untergemietet gewesen, weshalb Letzterer auch keinen Mitgewahrsam an den fraglichen Gegenständen habe. Vielmehr sei von einem ausschliesslichen Gewahrsam der A._ AG auszugehen.
5.2 Was der Beschwerdeführer 1 gegen diese Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz vorträgt, geht nicht über die Darstellung seiner eigenen Sichtweise hinaus. So verhält es sich z.B. bezüglich der Präzisierung im Abschnitt "Sachverhalt und Ausgangslage", die Vermieterin hätte um die ausschliessliche Nutzung der Räume durch den Untermieter gewusst und verdiene bei ihrem Vorgehen keinen Rechtsschutz: In diesen Ausführungen kann nicht einmal eine Rüge der willkürlichen Sachverhaltsfeststellung erblickt werden. Die apodiktische Behauptung, die A._ AG habe seit ihrem Umzug nach U._ Anfang September 2008 keinen Gewahrsam mehr an den Räumlichkeiten in W._, widerspricht den Feststellungen der Obergerichtskommission, ohne dass dieselben als willkürlich kritisiert würden. Und die Behauptung, die Beschwerdeführer seien mit der Obergerichtskommission nicht einverstanden, wenn diese ihre Feststellung, die A._ AG hätte im Zeitpunkt der Konkurseröffnung die Räumlichkeiten nicht mehr genutzt und den Gewahrsam an den sich darin befindlichen Gegenständen aufgegeben, auf ihren eigenen rechtskräftigen Entscheid vom 15. Juli 2009 abgestützt hätte, vermag Willkür in der Sachverhaltsermittlung selbstredend ebenso wenig zu begründen.
5.3 Gewisse Argumente, welche der Beschwerdeführer 1 vorbringt, ergeben sich sodann aus dem angefochtenen Entscheid nicht: Der Umstand z.B., dass die C._ AG (im Gegensatz zur A._ AG) nach ihrem Umzug nach U._ immer noch Hauptgewahrsam an den an sie weitervermieteten Räumlichkeiten gehabt hätte, ist von der Vorinstanz nicht festgestellt worden. Dabei machen die Beschwerdeführer nicht geltend, die Obergerichtskommission hätte in Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör gar nicht darüber befunden, oder ihre Feststellungen seien willkürlich; auch behaupten sie nicht, dieses Argument bereits vor Vorinstanz rechtzeitig und in der gebotenen Form ins Feld geführt zu haben.
5.4 Auf die einschlägige Kritik des Beschwerdeführers 1 kann im Ergebnis mangels rechtsgenüglicher Begründung gesamthaft nicht eingetreten werden.
6. Die drei Beschwerdeführer X._, Y._ und Z._ rügen in ihrer gemeinsamen Eingabe die Anordnung des Konkursamtes Obwalden, wonach ein allfälliger Streit zwischen dem Vindikanten und dem Pfandansprecher bzw. Retentionsgläubiger gemäss Art. 53 Lemma 2 KOV nicht im Konkursverfahren auszutragen sei. Diese Anordnung ist als jeweilige Dispositiv-Ziffer 2 der jeden einzelnen Ansprecher treffenden Verfügung ergangen.
6.1 Zur Begründung dieser Dispositiv-Ziffer hatte die Vorinstanz ausgeführt, in Bezug auf die durch die Verfügungen vom 30. September 2009 anerkannten Eigentumsansprachen der drei Beschwerdeführer sei hinsichtlich besagter Gegenstände eine Konkurrenz ebendieser Ansprüche einerseits und des Retentionsrechtes der Eigentümerin und Vermieterin der Liegenschaft in W._ gemäss der Art. 268 ff. OR entstanden. Die hiesigen Beschwerdeführer und der Retentionsgläubiger hätten den Streit gemäss Art. 52 [recte: 53] Lemma 1 KOV jedoch nicht vor den Betreibungsbehörden, sondern vor dem Zivilrichter auszutragen.
6.2 Die Beschwerdeführer halten dem in erster Linie entgegen, eine solche Feststellung erschöpfe sich in der Wiedergabe einer gesetzlichen Bestimmung und gehöre nicht in das Dispositiv eines Entscheides. Die Rüge ist unbegründet: Durch die fragliche Dispositiv-Ziffer hat das Konkursamt ein durch die Beschwerdeführer gestelltes Begehren formell behandelt und abgewiesen. Das ist das Schicksal, das jedes gestellte Begehren erfährt und erfahren muss, und die Obergerichtskommission hat dieses Vorgehen in ihren Erwägungen implizit bestätigt.
6.3 Die Beschwerdeführer rügen weiter, die Eigentümerschaft würde auch über gar kein Retentionsrecht verfügen. Zur Bekräftigung ihres Standpunktes bedienen sie sich jedoch erneut mit Argumenten (die erfolgte Bezahlung der Miete seitens der Untermieter und ein bestimmtes Wissen der Vermieterin), die sich aus dem angefochtenen Entscheid nicht ergeben, ohne nachzuweisen oder auch nur zu behaupten, dass sie dieselben rechtzeitig und in der gehörigen Form vor der Vorinstanz vorgebracht hatten. Auf die Rüge ist folglich nicht einzutreten.
7. Die Beschwerdeführer stellen schliesslich das Begehren, es sei das Konkursamt Obwalden anzuweisen, die Anordnung der Siegelung der Geschäftsräumlichkeiten der V._strasse xx in W._ aufzuheben. Aus dem angefochtenen Entscheid ergibt sich jedoch nicht, dass dasselbe Begehren bereits vor Vorinstanz gestellt worden wäre; folglich handelt es sich um eine neues und mithin unzulässiges Begehren (Art. 99 Abs. 2 BGG), auf welches nicht einzutreten ist. Wird das Bundesgericht mit einer Beschwerde angegangen, auf welche es nicht eintreten kann, ist ihm nach dem Wegfall seiner Oberaufsichtsfunktion gemäss Art. 15 altSchKG nicht mehr gestattet, die allfällige Nichtigkeit eines unterinstanzlichen Entscheids festzustellen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 48).
8. Folglich ist die Beschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann, unter Kostenfolge zu Lasten der unterlegenen Beschwerdeführer in Solidarhaft (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden zur Hälfte dem Beschwerdeführer 1 und je zu einem Viertel den Beschwerdeführern 2 und 3 auferlegt, unter solidarischer Haftbarkeit eines jeden Beschwerdeführers für das Ganze.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und der Obergerichtskommission des Kantons Obwalden, als Aufsichtsbehörde in SchKG-Sachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Juli 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli