Sachverhalt:
A. S._, geboren 1982, stürzte am 27. Februar 2000 mit ihrem Snowboard. Frau Dr. med. A._, Allgemeinmedizin FMH, diagnostizierte anlässlich der Erstkonsultation am 9. März 2000 ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) und attestierte S._, welche damals als Haushaltshilfe tätig war, bis zum 21. April 2000 eine 100%ige und bis zum 16. Mai 2000 eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit. Nachdem S._ von September 2000 bis September 2001 eine Ausbildung zur Kosmetikerin absolviert hatte, traten erneut Rücken- und Schulterbeschwerden auf. S._ war in der Folge an verschiedenen Arbeitsstellen tätig und machte sich im April 2004 selbstständig, konnte jedoch nur noch mit deutlich reduziertem Pensum arbeiten. Die Ersatzkasse UVG, bei welcher sie für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, anerkannte ihre Leistungspflicht dem Grundsatz nach und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Nachdem sie die Versicherte durch Dr. med. B._, Orthopädische Chirurgie FMH, hatte abklären lassen (Gutachten vom 26. Juni 2003), das von der Invalidenversicherung in Auftrag gegebene interdisziplinäre Gutachten des Dr. med. L._, Psychiatrie und Psychotherapie sowie Kinder- und Jugendpsychiatrie FMH, vom 12. September 2003 (mit rheumatologischem Teilgutachten) beigezogen hatte, eine weitere Begutachtung in der Klinik X._ (Gutachten vom 3. April 2006) veranlasst und schliesslich ein Aktengutachten des Dr. med. E._, Orthopädische Chirurgie FMH (Gutachten vom 28. Oktober 2006) eingeholt hatte, schloss sie den Fall mit Verfügung vom 12. Juli 2006 und Einspracheentscheid vom 19. Juni 2007 ab und stellte ihre Leistungen per 30. Juni 2006 ein mit der Begründung, dass die noch geklagten Beschwerden nicht mehr in adäquatem Kausalzusammenhang mit dem Unfall stünden.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 27. März 2009 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihr die gesetzlichen Leistungen auch über den 30. Juni 2006 hinaus zuzusprechen, eventualiter sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Ersatzkasse UVG zurückzuweisen. Des Weiteren ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181), insbesondere bei Schleudertraumen (<ref-ruling>), sowie zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist, ob die von der Beschwerdeführerin geklagten Beschwerden in natürlichem und adäquatem Kausalzusammenhang mit dem am 27. Februar 2000 erlittenen Unfall stehen.
Das kantonale Gericht hat nach einlässlicher und sorgfältiger Würdigung der medizinischen Akten erwogen, dass diese Beschwerden organisch objektiv nicht ausgewiesen seien und daher die Adäquanz gestützt auf die Rechtsprechung zu den Unfallfolgen bei Schleudertraumen (<ref-ruling>) zu prüfen sei.
4. Mit der Beschwerde wird zunächst geltend gemacht, es lägen organische Unfallfolgen vor. Dem kann nicht gefolgt werden. So ist zwar anhand der bildgebenden Verfahren eine Skoliose sowie eine (etwa 3cm lange) Halsrippe dokumentiert. Wie aus sämtlichen Gutachten und Arztberichten übereinstimmend hervorgeht, wurde der Befund der Skoliose bereits im Kindesalter nach einem Reitunfall erhoben und ist unfallfremd. Die Missbildung der Halsrippe ist angeboren. Rechtsprechungsgemäss müsste eine natürlich unfallkausale Verschlimmerung eines Vorzustandes, im damals zu beurteilenden Fall einer Diskushernie, selber organisch objektiv ausgewiesen sein, damit der adäquate Kausalzusammenhang ohne besondere Prüfung bejaht werden kann; der Nachweis der Diskushernie genügt hiefür nicht (SVR 2008 UV Nr. 36 S. 137, 8C_637/2007 E. 2.2). Wie das kantonale Gericht dazu richtig ausführt, ist diese Voraussetzung nicht erfüllt. Zwar geht der Gutachter der Klinik X._ von einer Verschlimmerung durch den Unfall aus, ohne dass dafür indessen ein entsprechender radiologischer Nachweis vorliegen würde. Ein zuvor nicht pathologischer Zustand genügt für die Annahme, dass die heute durch die Halsrippe verursachten Beschwerden mit überwiegender Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5b S. 360, 125 V 193 E. 2 S. 195, je mit Hinweisen; vgl. 130 III 321 E. 3.2 und 3.3 S. 324) unfallbedingt seien, nicht; die Argumentation "post hoc ergo propter hoc" ist beweisrechtlich nicht zulässig (<ref-ruling> E. 2b/bb S. 341 f.; SVR 2008 UV Nr. 11 S. 34, U 290/06 E. 4.2.3). Die in diesem Zusammenhang beschwerdeweise beantragten Weiterungen (medizinische Neubeurteilung nach Entfernung der Halsrippe) erübrigen sich daher.
Mit dem kantonalen Gericht ist damit davon auszugehen, dass keine organisch objektiv ausgewiesenen Beschwerden vorliegen, weshalb die Adäquanzprüfung nach <ref-ruling> vorzunehmen ist (s. <ref-ruling> E. 2.1 S. 112). Auf die beschwerdeführerische Kritik bezüglich der medizinischen Abklärungen durch den Unfallversicherer beziehungsweise am Gutachten des Dr. med. E._ ist nicht weiter einzugehen.
5. 5.1 Gemäss <ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f. ist zu prüfen, ob, ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf, ein leichter, mittlerer oder schwerer Unfall vorliegt. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne Weiteres bejaht und bei leichten Unfällen verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht aufgrund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten. Es sind weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehen oder als direkte beziehungsweise indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Je nachdem, wo im mittleren Bereich der Unfall einzuordnen ist und abhängig davon, ob einzelne dieser Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind, genügt zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein Kriterium oder müssen mehrere herangezogen werden.
5.2 Das kantonale Gericht hat den Snowboardunfall vom 27. Februar 2000 rechtsprechungsgemäss als mittelschweres Ereignis im Grenzbereich zu den leichten qualifiziert (vgl. Urteile 8C_970/2008 vom 30. April 2009 E. 5.1, 8C_817/2007 vom 11. Dezember 2008 E. 6.1). Zu prüfen ist im Weiteren, ob die im Bereich der mittleren Unfälle beizuziehenden Kriterien erfüllt sind (<ref-ruling> E. 10 S. 126 ff.).
5.3 Die Vorinstanz ist davon ausgegangen, dass die Kriterien der erheblichen Beschwerden sowie der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen erfüllt seien. Dem ist beizupflichten. Wie das kantonale Gericht zutreffend erwogen hat, geht aus den Akten deutlich hervor, dass der erlittene Unfall die vormals sehr sportorientierte Lebensweise der Versicherten einschneidend verändert hat. Zu berücksichtigen ist jedoch auch, wie von der Vorinstanz ebenfalls richtig festgehalten, dass die Arbeitsunfähigkeiten - wie im Übrigen auch die Beschwerden - nicht nur durch das unfallbedingte Leiden, sondern auch durch eine unfallfremde, im Mai 2000 festgestellte Diskushernie (L5/S1) begründet wurden.
5.4 Die übrigen Kriterien (besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls, Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzung, fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung, ärztliche Fehlbehandlung, schwieriger Heilungsverlauf) lagen nach Auffassung des kantonalen Gerichts nicht vor.
Zu Recht wird beschwerdeweise geltend gemacht, dass im Rahmen des Kriteriums der besonderen Schwere der erlittenen Verletzung der bereits erwähnte Vorzustand (Skoliose, Halsrippe, vgl. oben E. 4) zu berücksichtigen gewesen wäre. Rechtsprechungsgemäss ist eine HWS-Distorsion, welche eine bereits erheblich vorgeschädigte Wirbelsäule trifft, speziell geeignet, die "typischen" Symptome hervorzurufen, weshalb sie als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren ist (SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1, U 39/04 E. 3.4; Urteile 8C_508/2008 vom 22. Oktober 2008 E. 5.4, 8C_785/2007 vom 11. Juni 2008 E. 4.4).
5.5 Selbst die Bejahung der besonderen Schwere der erlittenen Verletzung als drittes Kriterium vermag im Ergebnis indessen an der Beurteilung des kantonalen Gerichts nichts zu ändern. Wie bereits ausgeführt, handelt es sich hier um einen Unfall im mittleren Bereich an der Grenze zu den leichten (oben E. 5.2) und waren die zwar als erheblich zu qualifizierenden Beschwerden und Arbeitsunfähigkeiten nicht allein unfallbedingt (oben E. 5.3; vgl. Urteile 8C_252/2007 vom 16. Mai 2008 E. 8 und U 56/07 vom 25. Januar 2008 E. 6.8). Unter diesen Umständen ist der adäquate Kausalzusammenhang zwischen den noch geklagten Beschwerden und dem Snowboardunfall vom 27. Februar 2000 mit der Vorinstanz zu verneinen, womit eine über den 30. Juni 2006 hinaus gehende Leistungspflicht des Unfallversicherers entfällt.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit Art. 66 Abs. 1 BGG). Die unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten; Art. 64 Abs. 1 BGG) und Verbeiständung (Art. 64 Abs. 2 BGG) kann gewährt werden, weil die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen ist und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt oder eine Rechtsanwältin geboten war. Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Fürsprecher Herbert Bracher wird als unentgeltlicher Anwalt der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2100.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. September 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo