Willkür, Beschleunigungsgebot), (staatsrechtliche Beschwerde gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 27. April 2000), hat sich ergeben:
A.- X._ (geb. 1940) war während rund 30 Jahren bei der Y._ AG als Elektromonteur angestellt.
Seine Arbeitsleistungen waren in fachlicher Hinsicht gut. Er war jedoch ein Sonderling und verursachte deshalb Probleme. Abgesehen von Kontakten zum Homosexuellenmilieu lebte X._ in starker Isolation. Sein Lebensinhalt war eine Waffensammlung, in die er seine Ersparnisse investierte. Die Sammlung umfasste 17 Gewehre, 80 Faustfeuerwaffen, 2 Maschinenpistolen und ca. 7'000 Schuss Munition. Bei Behörden und Amtsstellen war X._ wegen seines rechthaberischen Wesens und seiner erheblichen Aggressivität bekannt. Auf die geringste Zurückweisung reagierte er unverhältnismässig.
Er hatte eine starke Neigung, bei anderen Menschen nach Fehlern zu suchen und entwickelte eine eigentliche "Polizistenmentalität".
Das machte ihn am Arbeitsplatz untragbar; denn er zeigte ständig Bauherren, zu denen er vom Arbeitgeber geschickt wurde, wegen vermeintlicher oder tatsächlicher Verstösse gegen die Bauvorschriften an. Dies führte so weit, dass ihn sein Arbeitgeber Y._ praktisch nicht mehr einsetzen konnte.
X._ führte auch private Verkehrskontrollen durch und reichte laufend Strafanzeigen gegen Fahrzeuglenker ein.
Im November 1991 kündigte ihm Y._ die Arbeitsstelle. X._ konnte sich damit nicht abfinden und entwickelte starke Aggressions- und Frustrationsgefühle gegen Y._. Er warf diesem vor, die Entlassung sei missbräuchlich gewesen; Y._ habe nicht richtig abgerechnet und schulde ihm aus dem Arbeitsverhältnis noch eine grössere Geldsumme.
Am 3. Dezember 1992 kam es bei einer "Verkehrskontrolle" von X._ zu einem Handgemenge, bei dem er einen Autofahrer mit einem Messer erheblich verletzte.
Das Obergericht des Kantons Aargau bestrafte deshalb X._ am 17. Januar 1994 unter Annahme eines Notwehrexzesses mit 3 Monaten Gefängnis bedingt.
In der Nacht vom 22. auf den 23. Februar 1994 begab sich X._ angetrunken zum Haus von Y._, wo er eine Glasscheibe einschlug, sich dabei an der Hand verletzte und Drohungen gegen Y._ ausstiess. Weil Y._ nicht auftauchte, kehrte X._ wieder nach Hause zurück, versorgte die Wunde und fuhr zum Haus seines ehemaligen Vorarbeiters Z._. Dort weckte er diesen durch lautes Rufen. Z._ öffnete das Fenster im ersten Stock über der Haustüre und schaute aus dem Fenster. Als er den bewaffneten X._ vor der Haustüre sah, zog er sich zurück und schloss das Fenster. In diesem Moment feuerte X._ eine Gummischrotladung von unten schräg nach oben gegen die Hausfassade und den Windfang ab. Dabei wurde das Fenster, hinter welchem Z._ stand, von Randschroten getroffen.
Danach fuhr X._ wieder zum Haus von Y._, blieb aber unterwegs mit seinem Wagen in einem Acker stecken und konnte dort verhaftet werden.
Am 29. Juni 1995 verurteilte das Obergericht des Kantons Aargau X._ wegen Gefährdung des Lebens, mehrfachen Hausfriedensbruchs, mehrfacher Drohung, Sachbeschädigung sowie weiterer Delikte zu 21⁄2 Jahren Zuchthaus und Fr. 500.-- Busse. Vor Obergericht hatte X._ auf die Frage, was das Ziel des Aufsuchens von Y._ gewesen sei, ausgesagt, er habe dessen Büro demolieren wollen; er hätte Y._ höchstens eine Körperverletzung zugefügt, z.B. ins Bein geschossen, wenn dieser sich ihm in den Weg gestellt hätte.
X._ verbüsste die Zuchthausstrafe in der Strafanstalt Lenzburg. Während des Vollzugs weigerte er sich lange zu arbeiten. Er äusserte weiterhin Drohungen gegen Y._. Die Strafvollzugsbehörde teilte dies den mit dem Fall betrauten Amtsstellen mit und gab ihrer Sorge Ausdruck, dass X._ nach der Entlassung wieder Gewaltdelikte verüben könnte. Es wurde eine Sitzung anberaumt, an welcher darüber gesprochen wurde, welche Massnahmen in Frage kämen, um zu verhindern, dass X._ wieder straffällig werde. Am 12. Dezember 1996 schlossen X._ und Y._ nach Vermittlung des Direktors der Strafanstalt ein "Friedensabkommen" ab. Darin verpflichtete sich X._, künftig jegliche Aggression gegen Y._ zu unterlassen.
Dieser versprach im Sinne eines Entgegenkommens die Bezahlung von Fr. 4'000.--. Am 24. Dezember 1996 wurde X._ aus dem Strafvollzug entlassen.
Am 22. Januar 1997, gegen 18.10 Uhr, begab sich X._ zum Büro von Y._. Nachdem er heftig an das Fenster des Büros geklopft hatte, liess ihn Y._ eintreten und gab ihm die Hand. X._, welcher sich in einem erregten Zustand befand, begann Y._ massiv zu beschimpfen und nahm eine drohende Haltung ein.
X._ beschimpfte Y._ mit lauter Stimme unter anderem, weil dieser sich erneut für die Grossratswahlen zur Verfügung gestellt habe. X._ erklärte Y._, es komme nicht in Frage, dass er wieder gewählt werde. Da X._ nicht wolle, dass die Familie von Y._ zu Schaden komme, "werde er es halt auf der Strasse tun". Nach immer wirrer werdenden Beschimpfungen drohte X._ dem Y._ schliesslich damit, er werde Jugoslawen für Geld anstellen, um ihn umzubringen. Überdies drohte X._, Y._ mit einem rostigen Spitzhammer/Pickel zu töten. X._ sagte Y._, es sei ihm gleich, wenn er wieder in die Strafanstalt müsse. X._ beendete das Gespräch mit den Worten: "Darum muss dieser jetzt einfach weg".
Gemeint war Y._.
Am 24. Januar 1997 stellte Y._ Strafantrag.
Am folgenden Tag wurde X._ erneut verhaftet.
B.- Am 7. August 1997 verurteilte das Bezirksgericht Zofingen X._ wegen Drohung zu 7 Monaten Gefängnis. Es ordnete in Anwendung von <ref-law> die Verwahrung auf unbestimmte Zeit und eine vollzugsbegleitende psychotherapeutische Massnahme an.
Den Vollzug der Gefängnisstrafe schob es zu Gunsten der Verwahrung auf. Ferner zog es die sichergestellten Waffen, Waffenbestandteile und Munition ein.
Die von X._ dagegen erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Aargau am 27. April 2000 ab.
C.- X._ führt staatsrechtliche Beschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Obergerichtes aufzuheben; er sei sofort aus der Haft zu entlassen.
D.- Das Obergericht hat eine Vernehmlassung eingereicht.
Es beantragt die Abweisung der Beschwerde.
Die Staatsanwaltschaft hat sich nicht vernehmen lassen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach Art. 90 Abs. 1 lit. b OG muss die Beschwerdeschrift die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Im staatsrechtlichen Beschwerdeverfahren prüft das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 1b mit Hinweisen).
2.- a) Der Beschwerdeführer bringt vor, das Obergericht habe im Wesentlichen auf das Gutachten von Dr. M. Kiesewetter vom 21. Juli 1999 abgestellt. Dabei handle es sich um ein reines Aktengutachten, welches sich auf frühere Gutachten stütze und ohne Anhörung und psychiatrische Untersuchung des Beschwerdeführers erstattet worden sei. Das Gutachten von Dr. Kiesewetter habe keine fundierten Aussagen zur aktuellen psychischen Situation des Beschwerdeführers machen können. Indem das Obergericht darauf abgestellt habe, habe es den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verletzt. Zudem habe das Obergericht gegen das Willkürverbot (<ref-law>) verstossen, da es die persönlichen Verhältnisse des Beschwerdeführers auf Grund veralteter Befunde und damit in unhaltbarer Weise festgestellt habe. Zu den Mindestanforderungen eines Gutachtens gehöre es, dass diesem eine persönliche Untersuchung des Exploranden durch den Gutachter zugrunde liege.
Der Beschwerdeführer habe nie auf eine psychiatrische Untersuchung durch Dr. Kiesewetter verzichtet. Er habe eine Begutachtung lediglich von der Beantwortung einiger Fragen abhängig gemacht. Dass Dr. Kiesewetter dann ohne jeden Versuch, das Vertrauen des Beschwerdeführers zu gewinnen, auf eine Untersuchung verzichten würde, sei für den Beschwerdeführer nicht vorhersehbar gewesen.
b) Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Das rechtliche Gehör dient einerseits der Sachaufklärung, anderseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen).
Gemäss <ref-law> hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft.
Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheides, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 4a, je mit Hinweisen).
c) Am 14. Juli 1994 erstellte Dr. med. J. Sachs (Königsfelden) ein psychiatrisches Gutachten über den Beschwerdeführer. Am 17. Februar 1997 erstattete Dr. Sachs ein weiteres Gutachten. An der Hauptverhandlung vor Bezirksgericht Zofingen am 7. August 1997 wurde Dr. Sachs überdies befragt. In der Folge beauftragte das Obergericht Dr. Sachs mit der Erstellung eines Zusatzgutachtens, weil die Notwendigkeit der Verwahrung nicht hinreichend geklärt sei. Dr. Sachs lehnte den Auftrag wegen Befangenheit ab; ebenso die Oberärztin der psychiatrischen Dienste des Kantons Aargau, Frau Dr. Roos Steiger. Diese teilte dem Obergericht mit, der Beschwerdeführer weigere sich, Königsfelden als Gutachtenstelle zu akzeptieren. Das Obergericht beauftragte darauf den Forensisch-Psychiatrischen Dienst der Psychiatrischen Universitätsklinik Zürich mit der Begutachtung. Der neue Gutachter, Dr. Kiesewetter, sah die persönliche psychiatrische Untersuchung des Beschwerdeführers in der Strafanstalt für den 6. Juli 1999 vor. Diese Untersuchung lehnte der Beschwerdeführer ab bzw. machte sie von der vorherigen Stellungnahme von Dr. Kiesewetter zu zwei Schreiben des Beschwerdeführers an Dr. Sachs und an den Verteidiger abhängig. Dr. Kiesewetter teilte dem Beschwerdeführer in der Folge mit, er respektiere seinen im Schreiben an den Verteidiger formulierten Verzicht auf "weitere Gutachten bzw. gutachterliche Untersuchung"; dem Verlangen des Beschwerdeführers, zu seinen abgegebenen Erklärungen, Behauptungen und Klassifikationen Dritter Stellung zu nehmen, könne er nicht nachkommen; dies umso weniger, als der Beschwerdeführer andere Auffassungen zum Vornherein als falsch und bösartig bezeichne; da der Beschwerdeführer die vorgesehene gutachterliche Untersuchung abgelehnt habe und Dr. Kiesewetter keine Möglichkeit zu ihrer sinnvollen Durchführung sehe, werde er nach Studium der Akten prüfen, ob und wieweit es gestützt darauf möglich sei, zu den vom Obergericht gestellten Fragen eine Antwort zu finden.
d) Man kann sich fragen, ob die Rüge nicht Treu und Glauben widerspricht und damit unzulässig ist, da der Beschwerdeführer sich den Umstand, dass eine persönliche Untersuchung unterblieb, im Wesentlichen selber zuzuschreiben hat. Doch kann dies offen bleiben, weil die Rüge aus den nachfolgenden Erwägungen jedenfalls unbegründet ist.
e) Das Schrifttum geht mehrheitlich offenbar stillschweigend von einer persönlichen Exploration des Probanden aus (vgl. etwa Norbert Nedopil, Forensische Psychiatrie, 2. Auflage, Stuttgart 2000, S. 276 ff.; Wilfried Rasch, Forensische Psychiatrie, 2. Auflage, Stuttgart 1999, S. 313 ff., insb. S. 317; Hans Ludwig Schreiber, Der Sachverständige im Verfahren und in der Verhandlung, in: Psychiatrische Begutachtung, hrsg. von Ulrich Venzlaff und Klaus Foerster, 2. Auflage, Stuttgart etc. 1994, S. 93 ff.; Ilse Barbey, Die forensischpsychiatrische Untersuchung, in: Psychiatrische Begutachtung, S. 119 ff.; Ulrich Venzlaff, Die Erstattung des Gutachtens, in: Psychiatrische Begutachtung, S. 139 ff.).
Philipp Maier/Arnulf Möller (Das gerichtspsychiatrische Gutachten gemäss <ref-law>, Zürich 1999, S. 138/9) erachten Gutachten nach Aktenlage immer als problematisch. Teilweise würden solche Gutachten von den Auftraggebern gewünscht, weil zwar gewisse Informationen auf die Möglichkeit einer psychischen Störung im Zusammenhang mit der Anlasstat hinwiesen, eine Untersuchung aber nicht möglich sei. Gutachterliche Aussagemöglichkeiten seien dann sehr begrenzt. Die Zurechnungsfähigkeit eines Exploranden zum Beispiel könne nicht allein nach Aktenlage beurteilt werden.
Nach Georg Eisen (Handwörterbuch der Rechtsmedizin, Band III: Der Täter, sein sozialer Bezug, seine Begutachtung und Behandlung, Stuttgart 1977, S. 281) kann ein forensisches Gutachten grundsätzlich nur nach eigener Untersuchung und Befunderhebung abgegeben werden; in seltenen Fällen jedoch nach Aktenlage und als Notbehelf, wenn der Sachverhalt bereits ärztlich aufgeklärt sei, aber zu verschiedenen forensischen Schlussfolgerungen geführt habe, wenn weiterhin der gleiche Sachverständige die Untersuchung schon früher vorgenommen habe und deren Ergebnisse sehr wahrscheinlich gleich geblieben seien und - unter Vorbehalt einer persönlichen Untersuchung vor oder während der Verhandlung - wenn der Proband weit entfernt wohne. Der Beweiswert eines Aktengutachtens sei geringer als der eines Gutachtens mit eigener Untersuchung.
f) Daraus kann geschlossen werden, dass psychiatrische Gutachten grundsätzlich nur bei persönlicher Untersuchung des Probanden fachgerecht erstattet werden können. Aktengutachten müssen die Ausnahme darstellen.
Solche Ausnahmen sind etwa möglich, wenn über den zu begutachtenden Täter bereits ein oder mehrere Gutachten erstattet worden sind, die überdies jüngeren Datums sein müssen, und wenn sich die Grundlagen der Begutachtung nicht wesentlich geändert haben (nach wie vor gleiches Krankheitsbild). Ein Aktengutachten kommt auch in Betracht, wenn der Proband nicht oder nur schwer erreichbar ist oder sich einer Begutachtung verweigert. Ob bei einer derartigen Konstellation sich ein Aktengutachten verantworten lässt, hat in erster Linie der angefragte Sachverständige zu beurteilen.
g) Dem Obergericht lagen die zwei Gutachten von Dr. Sachs vor und überdies das Einvernahmeprotokoll der Aussagen von Dr. Sachs vor Bezirksgericht. Das Krankheitsbild des Beschwerdeführers hatte sich nicht wesentlich verändert. Das Obergericht durfte, ohne in Willkür zu verfallen, davon ausgehen, dass sich die persönliche Exploration des Beschwerdeführers wegen der von diesem eingenommenen Verweigerungshaltung als unmöglich erwiesen habe. Dr. Kiesewetter sah sich im Stande, sich zu den Fragen des Obergerichts zu äussern; er führte aus, die Möglichkeit einer Begutachtung werde dadurch erleichtert, dass sich die Fragestellung ausdrücklich auf Beweisthemen von <ref-law> beziehe. Nicht stichhaltig ist der Einwand des Beschwerdeführers, das neue Gutachten habe die in der Zwischenzeit eingetretene Entwicklung nicht berücksichtigen können. Das trifft insofern nicht zu, als diese Entwicklung durch verschiedene Schreiben von Dr. Sachs, Dr. Roos Steiger, des Verteidigers sowie des Beschwerdeführers an das Obergericht dokumentiert war.
Bei dieser Sachlage hat das Obergericht weder das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers verletzt noch ist es in Willkür verfallen, als es auf das Aktengutachten von Dr. Kiesewetter abgestellt hat.
3.- Der Beschwerdeführer macht in verschiedener Hinsicht eine Verletzung von <ref-law> geltend.
a) Er bringt vor, die Annahme des Obergerichts, er könnte Morddrohungen umsetzen bzw. Dritte an Leib und Leben gefährden, stehe in klarem Widerspruch zu den psychiatrischen Gutachten und sei willkürlich.
aa) Dr. Kiesewetter führt aus, bei Beachtung legal prognostisch bedeutsamer Faktoren sei zu erkennen, dass die Erwartbarkeit neuerlicher, allfällig auch strafrechtlich relevanter Verhaltensbereitschaften, wie sie der Beschwerdeführer in der Vergangenheit gezeigt habe, hoch sei. Das gelte zunächst für Drohungen. Es sei eine allein richterliche Entscheidung, die Bedeutung bislang erfolgter Drohungen im Hinblick auf konkrete Verhaltensbereitschaften einzuschätzen. Schätze der Richter die im Jahre 1997 erfolgte Drohung als konkrete Morddrohung ein (eine Qualifikation, welcher der Beschwerdeführer widerspreche) und meine der Richter dann auch, dass solche konkreten Tötungsdrohungen, in die Tat umgesetzt, nicht Gefährdungen des Lebens bedeuten, sondern versuchte vorsätzliche Tötung, werde er hinsichtlich des Rechtsbegriffs der schwer wiegenden Gefährdung der öffentlichen Sicherheit möglicherweise anders urteilen, als wenn er den Äusserungen des Beschwerdeführers folge. Sollte der Richter die Annahme vertreten, dass die Drohungen bisher nicht im Sinne ernst gemeinter Morddrohungen mit konkreter Gefährdung für den Bedrohten zu verstehen seien, so wäre aus prognostischer Sicht festzuhalten: Die Wahrscheinlichkeit, dass der Beschwerdeführer ein vergleichbares Verhalten wie in den vergangenen Jahren zeige, sei hoch. Die Wahrscheinlichkeit, dass sich die querulatorische Entwicklung eher noch weiter steigere, sei erheblich. Die Wahrscheinlichkeit, dass es im Rahmen einer solchen zunehmenden querulatorischen, expansiven Entwicklung dann auch zu einem tatsächlichen körperlichen Angriff komme, wäre auf Grund der Natur der Störung erhöht.
bb) Das Obergericht legt dar, es bestehe eine grosse Gefahr, dass der Beschwerdeführer weitere schwere Straftaten begehe, in deren Rahmen er andere Menschen durch Schusswaffen in unmittelbare Lebensgefahr bringe, und damit verbunden sei eine nicht mehr geringe Gefahr, dass dabei hochwertige Rechtsgüter wie Leib und Leben tatsächlich verletzt würden. Schliesslich bestehe die erhebliche Möglichkeit, dass der Beschwerdeführer im Rahmen einer mit erheblicher Wahrscheinlichkeit zunehmenden querulatorischen Entwicklung Morddrohungen tatsächlich in körperliche Angriffe umsetzen werde.
cc) Diese Auffassung des Obergerichts ist nicht offensichtlich unhaltbar. Sie kann sich in erster Linie auf die Vorgeschichte des Beschwerdeführers stützen.
Dr. Kiesewetter hat zudem ausdrücklich auf die Möglichkeit des Richters hingewiesen, die im Januar 1997 erfolgte Drohung als "konkrete Morddrohung" einzuschätzen; ferner darauf, dass der Richter hinsichtlich des Rechtsbegriffes der schwer wiegenden Gefährdung der öffentlichen Sicherheit möglicherweise anders urteilen könne, als wenn er den Äusserungen des Beschwerdeführers folge.
Dies hat das Obergericht getan. Sein Entscheid ist haltbar.
b) Der Beschwerdeführer macht geltend, es gebe keine sachlichen Gründe, die am 22. Januar 1997 gegenüber Y._ ausgesprochenen Drohungen als konkrete, ernst gemeinte Morddrohungen zu deuten.
Darauf wird nicht eingetreten, weil sich die Beschwerde insoweit in einer appellatorischen Kritik erschöpft.
c) Der Beschwerdeführer rügt ausserdem als willkürlich die Auffassung des Obergerichts betreffend die Wahrscheinlichkeit künftiger Gewalttaten.
Auch diese Rüge ist rein appellatorisch. Es kann auf die obigen Ausführungen (E. 3a) verwiesen werden, aus denen hervorgeht, dass Dr. Kiesewetter dem Obergericht einräumte, die Drohungen vom 22. Januar 1997 als ernst gemeint einschätzen zu dürfen. Auch in diesem Punkt wird auf die Beschwerde nicht eingetreten.
4.- Der Beschwerdeführer macht geltend, er befinde sich seit Januar 1997 in Haft; das Berufungsverfahren habe annähernd 3 Jahre gedauert. Darin liege eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes (<ref-law>; Art. 5 Ziff. 3 und Art. 6 Ziff. 1 EMRK).
a) Mit staatsrechtlicher Beschwerde gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid dürfen grundsätzlich weder neue rechtliche oder tatsächliche Einwände erhoben noch neue Beweismittel vorgebracht werden (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 2, je mit Hinweisen).
Wer vor der letzten kantonalen Instanz eine Rüge, die den Gang des Verfahrens betrifft, nicht vorbringt, kann sie vor Bundesgericht nicht mehr erheben (<ref-ruling> E. 2a, 522 E. 3a mit Hinweisen).
b) Was der Beschwerdeführer zur Begründung seiner Rüge vorbringt, war bereits im Zeitpunkt des angefochtenen Urteils bekannt. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, die Verletzung des Beschleunigungsgebotes vor Obergericht geltend gemacht zu haben. Das lässt sich auch den Akten nicht entnehmen. Insbesondere enthält der dem Protokoll der obergerichtlichen Verhandlung vom 27. April 2000 beigelegte schriftliche Parteivortrag des Verteidigers keine hinreichende Rüge der Verletzung des Beschleunigungsgebots. Das Obergericht hat sich im angefochtenen Urteil zur Dauer des Berufungsverfahrens denn auch nicht ausgesprochen.
Die Rüge der Verletzung des Beschleunigungsgebotes in der staatsrechtlichen Beschwerde ist neu. Darauf wird nicht eingetreten.
5.-Der Beschwerdeführer macht geltend, das Obergericht habe <ref-law> verletzt, indem es willkürlich angenommen habe, die sichergestellten Waffen samt Munition seien für die Begehung eines Tötungsdeliktes bzw.
eines schweren Deliktes bestimmt gewesen.
Der Beschwerdeführer beschränkt sich auch insoweit auf appellatorische Kritik. Er stellt lediglich seine Ansicht des tatsächlichen Geschehens jener des Obergerichtes gegenüber. Darauf wird ebenfalls nicht eingetreten.
6.- Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Da die Verwahrung einen schweren Eingriff darstellt, konnte sich der Beschwerdeführer zur Beschwerde veranlasst sehen. Von seiner Bedürftigkeit ist auszugehen.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird bewilligt.
Es werden keine Kosten erhoben. Dem Vertreter des Beschwerdeführers wird eine Entschädigung ausgerichtet.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3.- Es werden keine Kosten erhoben.
4.- Dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Dr. Markus Raess, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'000.-- ausgerichtet.
5.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht (Strafabteilung) des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
--------- Lausanne, 28. November 2000
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: