Sachverhalt:
A. B._, geboren 1963, war seit 1. Januar 2000 bei der Q._ AG angestellt und in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 19. November 2004 löste sich durch eine Windböe ein Fensterrahmen aus der Verankerung und fiel auf ihn. B._ setzte in der Folge mit der Arbeit aus. Die SUVA stellte ihre Leistungen per 5. Oktober 2005 ein. Am 29. März 2006 meldete er sich zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle Schwyz (nachfolgend: IV-Stelle) verneinte in ihrem Vorbescheid vom 14. Dezember 2006 einen Leistungsanspruch. Mit Verfügung vom 5. Februar 2007 hielt sie daran fest.
B. B._ liess hiegegen Beschwerde erheben. Mit Entscheid vom 19. September 2007 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz seine Beschwerde ab.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, der Entscheid vom 19. September 2007 und die Verfügung vom 5. Februar 2007 seien dahingehend abzuändern, dass ihm eine Invalidenrente zustehe. Eventualiter sei die Sache unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und der Verwaltungsverfügung an die IV-Stelle zu ergänzenden Abklärungen zurückzuweisen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. zur Invaliditätsbemessung auch <ref-ruling>).
2. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Begriffe der Invalidität (Art. 4 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 8 Abs. 1 ATSG) und der Arbeitsunfähigkeit (Art. 6 ATSG), insbesondere bei psychischen Leiden (<ref-ruling> E. 4c S. 298; vgl. auch <ref-ruling>), die zu erfüllende Wartezeit (Art. 29 IVG) und den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 IVG in der von 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung) sowie die allgemeine Methode des Einkommensvergleichs (Art. 16 ATSG; <ref-ruling> E. 1 S. 30 mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Aufgabe des Arztes bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades (<ref-ruling> E. 4 S. 261 mit Hinweisen) und die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht sowie deren beweisrechtliche Würdigung (<ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Der Versicherte sass am Pausentisch, als sich am 19. November 2004 ein Fenster samt Rahmen durch eine Windböe löste und auf ihn fiel; dadurch wurde er am Hinterkopf verletzt und erlitt eine Schnittwunde an der Schulter (Unfallmeldung vom 22. November 2004).
3.2 Das radiologische Zentrum Z._ hielt am 24. November 2004 eine unauffällige Darstellung des Neurocraniums und insbesondere keine intrakranielle Blutung fest.
3.3 Am 28. Dezember 2004 stellte der Sozialpsychiatrische Dienst (nachfolgend: SPD) fest, gemäss Auskunft der Hausärztin, Frau Dr. med. V._, Fachärztin für Allgemeine Medizin, sei der Unfall ein Bagatelltrauma gewesen mit ganz kleiner Schnittwunde, ohne Bewusstlosigkeit oder Amnesie, und diagnostizierte ein unklares Zustandsbild mit Nervosität und Schmerzen mit beginnender somatoformer Schmerzstörung und normalem Heilungsverlauf nach Kopf/ Halsverletzung.
3.4 Frau Dr. med. V._ berichtete am 3. Februar 2005, der Versicherte habe am 19. November 2004 einen eher nicht schweren Unfall erlitten, bei welchem er sich eine Kontusion des Kopfes und der HWS sowie leichte Hautschürfungen zugezogen habe. In der Folge habe sich eine schwere posttraumatische Störung mit ausgeprägter vegetativer Symptomatik und psychischer Auffälligkeit entwickelt.
3.5 Dr. med. S._, Facharzt für Neurologie, diagnostizierte am 10. Februar 2005 eine contusio capitis mit multiplen Beschwerden psychovegetativer Natur. Der Neurostatus sei unauffällig. Auf Grund der anamnestischen Angaben (keine Bewusstseinsstörung, keine Amnesie, kein Erbrechen, kein posttraumatischer Dämmerzustand) gebe es keine Hinweise auf eine Commotio cerebri. Eine Contusio cerebri habe ausgeschlossen werden können. Mit Ausnahme der Kopfschmerzen seien die geschilderten Beschwerden psychovegetativer Natur und nicht durch ein organisches Korrelat erklärbar.
3.6 Die Rehaklinik X._ diagnostizierte nach einem Aufenthalt vom 14. Februar bis 23. März 2005 in ihrem Austrittsbericht vom 4. April 2005 einen Unfall mit HWS- und Kopfkontusion, leichten Hautschürfungen und im Verlauf posttraumatischer Störung mit ausgeprägter vegetativer Symptomatik und psychischer Auffälligkeit sowie somatoformer Schmerzstörung (ICD-10: F 45.4). Im Rahmen des psychosomatischen Konsiliums wurde eine leichte bis mittelgradige depressive Episode mit starker Angstsymptomatik und Somatisierungstendenz (ICD-10: F 32.0) festgehalten. Der Unfall habe vermutlich subjektiv grosse Angst ausgelöst. Die Arbeitsfähigkeit betrage 50 % ab 2. Mai 2005 und 100 % ab 6. Juni 2005.
3.7 Am 19. April 2005 hielt das radiologische Zentrum Z._ mögliche degenerative Veränderungen an den Bandscheiben HW 3/4 und 6/7 sowie unauffällige ossäre Verhältnisse und weder erkennbare Hernien noch spinale oder foraminale Stenosen fest.
3.8 Am 7. Juni 2005 diagnostizierte der SPD eine somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F 45.4) und eine mittelgradig depressive Episode (ICD-10: F 32.1). Die depressive Komponente übersteige das Ausmass einer einfachen Begleitsymptomatik und rechtfertige eine eigene Diagnose. Die Arbeitsunfähigkeit betrage weiterhin 100 %.
3.9 Dr. med. N._, Facharzt für Hals, Nasen und Ohren, stellte am 9. Mai 2005 die Diagnose einer grenzwertigen peripher-vestibulären Funktionsstörung rechts, zentral kompensiert, bei Status nach Schädelkontusion im Dezember (recte: November) 2004 und leichtgradiger beidseitiger Hochton-Innenohrschwerhörigkeit.
3.10 Dr. med. G._, Facharzt für Ohren-, Nasen- und Halskrankheiten, Hals- und Gesichtschirurgie, Allergologie, klinische Immunologie und Arbeitsmedizin, SUVA, kam am 5. August 2005 zum Schluss, die von Dr. med. N._ festgestellten Befunde seien überwiegend wahrscheinlich strukturelle Läsionen und kausal zum Unfall vom 19. November 2004. Nach Einsicht in das von Dr. med. N._ erstellte Audiogramm beurteilte Dr. med. G._ am 21. September 2005 den festgestellten Hörschaden als bei weitem nicht erheblichen Grades.
3.11 Vom 18. August bis 12. Oktober 2005 hielt sich der Versicherte in der Klinik Y._ für Psychiatrie und Psychotherapie (nachfolgend: Klinik Y._) auf. Diese diagnostizierte bei Austritt eine somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F 45.4) infolge Kopf- und HWS-Kontusion am 12. Dezember (recte: 19. November) 2004 sowie eine mittelgradige depressive Episode (ICD-10: F 32.1). Im Vordergrund des neuropsychologischen Profils stünden mittelschwere Beeinträchtigungen der Aufmerksamkeitsleistungen. Die Ergebnisse entsprächen insgesamt einer leichten bis mittelschweren neuropsychologischen Funktionsstörung. Der Versicherte habe während der ganzen Hospitalisation keine wesentliche Besserung seines Zustandes erfahren. Bei Austritt habe sich ein unveränderter psychischer Zustand gezeigt.
3.12 Dr. med. A._, Facharzt für Kardiologie und Innere Medizin, kam in seinem Bericht vom 23. Januar 2006 zum Schluss, anhand der anamnestischen Angaben und der durchgeführten Abklärungen habe er keine Hinweise auf eine Herzerkrankung gefunden.
3.13 Dr. med. O._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, und Vertrauensarzt des Krankentaggeldversicherers, hielt am 24. März 2006 fest, bei Durchsicht der Akten falle auf, dass eher eine diffuse Somatisierungsstörung gegeben sei, es aber auch Hinweise auf Aggravation gebe, da der lange Aufenthalt in der Klinik Y._ vom 18. August bis 12. Dezember (recte: 12. Oktober) 2005 trotz intensiver Bemühungen zu keiner Besserung geführt habe. Der dort durchgeführte Test habe eine nur leichte bis mittelschwere neuropsychologische Funktionsstörung ergeben. Mangels ausgewiesener Co-Morbidität von erheblicher Schwere sei eine krankheitsbedingte Arbeitsunfähigkeit aus psychiatrischer Sicht fragwürdig. In seinem Gutachten vom 29. Juni 2006 kam er zum Schluss, es liege keine somatoforme Schmerzstörung mit einer psychisch ausgewiesenen Co-Morbidität von erheblicher Schwere vor, vielmehr bestehe ausschliesslich eine undifferenzierte Somatisierungsstörung (ICD-10: F 45.1) mit ausgeprägter Regressionsneigung. Eine krankheitsbedingte Arbeitsunfähigkeit sei aus psychiatrischer Sicht zu verneinen. Die diversen ambulanten und stationären Behandlungen hätten zu keiner Besserung geführt. Gemäss dem Versicherten hätten die Klinikaufenthalte nicht nur nichts bewirkt, sondern gar zu einer Verschlechterung geführt. Frau Dr. med. V._ sehe keine weiteren Beeinflussungsmöglichkeiten des Beschwerdebildes. Auch die medikamentösen Behandlungen, u.a. mit Psychopharmaka, hätten zu keiner Besserung geführt. Daraus sei zu folgern, dass eine Regression eingetreten sei, welche sich durch den Lebensablauf ziehe. Dr. med. O._ schloss auf eine undifferenzierte Somatisierungsstörung, da diese die nicht nachvollziehbaren Schmerzäusserungen besser zum Ausdruck bringe. Der Versicherte klage über Beschwerden in den Beinen, obwohl er nie eine Verletzung im Bereich der unteren Extremitäten erlitten habe. Die Somatisierungsstörung wirke ausgeprägt aggraviert. Der Versicherte lasse in keiner Art und Weise eine Motivation erkennen, sein Leben wieder aktiv in die Hand zu nehmen. Eine mittelgradige depressive Episode könne nicht diagnostiziert werden. Es sei von einer Anpassungsstörung mit einer gemischten Störung von Gefühlen und Sozialverhalten (ICD-10: F 43.25) zu reden. Das depressive Zustandsbild dürfe nicht überbewertet werden und stelle vielmehr eine Folge der Regression dar. Mit gutem Willen hätte die Regression schon vor langer Zeit durchbrochen werden können. Eine verstärkte Vulnerabilität in der Vorgeschichte sei zu vermuten, auch wenn es dafür keine eindeutigen Hinweise gebe. Dafür spreche hingegen das abnorme Verhalten nach dem Bagatellunfall.
3.14 Am 12. Oktober 2007 reichte H._, juristischer und philosophischer Mediator, beim SPD ein Gesuch um Finanzierung eines Coachings ein.
3.15 Der SPD diagnostizierte am 18. Oktober 2007 eine undifferenzierte Somatisierungsstörung (ICD-10: F 45.1) sowie eine chronische mittelgradige depressive Episode (ICD-10: F 32.1). Krankheitsbedingt bestehe keine praktisch verwertbare Arbeitsfähigkeit mehr. Dr. med. O._ erwähne zwar die neuropsychologische Untersuchung in der Klinik Y._, gewichte die festgestellten mittelschweren Beeinträchtigungen aber nicht. Das Gutachten enthalte viele wertende, wenn nicht gar entwertende Formulierungen. Der SPD sei - anders als Dr. med. O._ - beim Hamilton Score zu einem schwer pathologischen Ergebnis gekommen. Zudem werde nicht diskutiert, ob es sich bei der Regression nicht um eine therapieresistente Erkrankung (Depression) handle. Auch sei die Maximaldauer für die diagnostizierte Anpassungsstörung überschritten.
3.16 Frau Dr. med. V._ berichtete am 22. Oktober 2007, die Folgen des Unfalles vom 19. November 2004 seien gravierend und tragisch. Es habe weder eine Erklärung noch ein organischer Befund gefunden werden können. Eine erneute neuropsychologische Abklärung wäre sinnvoll. Die Klinik Y._ habe sich auf telefonische Anfrage von den Ergebnissen der dort durchgeführten neuropsychologischen Abklärung distanziert und die dabei festgestellten Beeinträchtigungen im Austrittsbericht nicht erwähnt.
3.17 Prof. Dr. med. R._, Facharzt für Innere Medizin, speziell Hämatologie und Onkologie, diagnostizierte am 25. Oktober 2007 eine posttraumatische Belastungsstörung (ICD-10: F 43.1) mit Angst- und Panikattacken, schweren Konzentrationsstörungen und Vergesslichkeit, Tinnitus ähnlichen Hochtongeräuschen beidseits und gestörter Mittelohrbelüftung bei geringem Stress, intermittierenden Schmerzen in Nacken und Hinterhaupt sowie ausgeprägter vegetativer Symptomatik mit Schweissattacken. Er attestierte eine volle Arbeitsunfähigkeit und fehlende Vermittelbarkeit. In der Folge legte er ausführlich dar, weshalb nach seinem Dafürhalten dem Gutachten des Dr. med. O._ nicht gefolgt werden könne.
4. Streitig ist, ob die Vorinstanz auf das Gutachten des Dr. med. O._ abstellen und gestützt darauf einen Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung ablehnen durfte. Bei der Prüfung, ob ein ärztliches Gutachten den rechtlichen Anforderungen genügt, handelt es sich um eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 4.1 S. 400), die vom Gericht frei zu prüfen ist.
4.1 Das Gutachten des Dr. med. O._ vom 29. Juni 2006 entspricht den Anforderungen der Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis). Es berücksichtigt die geklagten Leiden, stützt sich auf die Vorakten, insbesondere auch den Austrittsbericht der Klinik Y._, leuchtet in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge ein und enthält eine nachvollziehbare Begründung der Schlussfolgerungen. Entgegen der Ansicht des Versicherten spielt dabei keine Rolle, dass es im Rahmen der Abklärung der Leistungspflicht des Krankentaggeldversicherers erging, da für den Beweiswert eines ärztlichen Berichts die Herkunft des Beweismittels grundsätzlich nicht ausschlaggebend ist (<ref-ruling> E. 3a in fine S. 352) und auch den Berichten versicherungsinterner Ärzte voller Beweiswert zukommt, sofern sie schlüssig erscheinen, nachvollziehbar begründet und in sich widerspruchsfrei sind sowie keine Indizien gegen ihre Zuverlässigkeit vorliegen (<ref-ruling> E. 3b/ee S. 353). Letzteres ist dabei nicht bereits zu bejahen, wenn der Arzt in einem Anstellungsverhältnis zu einem Versicherungsträger steht (<ref-ruling> E. 3b/ee S. 354). Zudem hatte Dr. med. O._ dieselben Fragen zu klären, welche auch für die IV von Interesse sind, nämlich zumutbare Arbeitsfähigkeit und ob die allfällige Arbeitsunfähigkeit krankheitsbedingt ist oder andere Ursachen hat.
4.2 Der Versicherte macht geltend, die letztinstanzlich erstmals aufgelegten Berichte des Prof. Dr. med. R._ vom 25. Oktober 2007 und des Rechtssoziologen H._ vom 12. Oktober 2007 sowie der Frau Dr. med. V._ vom 22. Oktober 2007 und des SPD vom 18. Oktober 2007 seien zulässige Noven im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG. Diese Frage kann offen bleiben, da diese Berichte nicht dazu führen, das Gutachten des Dr. med. O._ in Frage zu stellen: Prof. Dr. med. R._ ist als Facharzt für Innere Medizin nicht befähigt, die psychiatrische Beurteilung eines Facharztes für Psychiatrie und Psychotherapie in Zweifel zu ziehen, zumal es nach der Rechtsprechung einer psychiatrischen Feststellung der somatoformen Schmerzstörung sowie der Co-Morbidität bedarf (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 353). Dasselbe gilt für die Ausführungen der Hausärztin, Frau Dr. med. V._, und des Rechtssoziologen H._. Ebenso wenig vermag der Bericht des SPD die Schlussfolgerungen des Dr. med. O._ zu entkräften. Denn auf Grund der unterschiedlichen Natur von Begutachtungs- und Behandlungsauftrag wird ein Administrativgutachten nicht schon allein deshalb in Frage gestellt, weil der Gutachter zu einem anderen Ergebnis als die behandelnden Ärzte gelangt (Urteil I 844/06 vom 24. September 2007, E. 2.3.2 mit Hinweisen). Diesbezüglich ist zu beachten, dass namentlich für den therapeutisch tätigen Psychiater mit seinem besonderen Vertrauensverhältnis zum Patienten, welcher die geklagten Beschwerden als Faktum hinzunehmen hat, die Rechtsprechung zur Beweiswürdigung von Berichten von Hausärzten gilt (vgl. nicht publiziertes Urteil 9C_176/2008 vom 19. Juni 2008 E. 3 und Urteil I 655/05 vom 20. März 2006, E. 5.4). Schliesslich wird auch der Einwand bezüglich der neuropsychologischen Testresultate in der Klinik Y._ durch die Angaben der Frau Dr. med. V._, wonach sich die Klinik davon distanziert habe, entkräftet.
4.3 Nach dem Gesagten ist festzuhalten, dass keiner der letztinstanzlich aufgelegten Berichte das Gutachten des Dr. med. O._ vom 29. Juni 2006 in Zweifel zu ziehen vermag. Dieses steht denn auch in Einklang mit den Aussagen in den Berichten der übrigen beteiligten Ärzte. So hatte das radiologische Zentrum Z._ sowohl am 24. November 2004 wie auch am 19. April 2005 vornehmlich unauffällige Befunde festgestellt. Dr. med. S._ hielt am 10. Februar 2005 fest, die Beschwerden des Versicherten seien mit Ausnahme der Kopfschmerzen psychovegetativer Natur, und die Rehaklinik X._ schloss am 4. April 2005 auf eine ausgeprägte vegetative Symptomatik und psychische Auffälligkeiten; insbesondere wird im psychosomatischen Konsilium ebenfalls eine starke Somatisierungstendenz festgehalten. Sowohl Dr. med. N._ als auch Dr. med. G._ beurteilten den Hörschaden als leicht. Dr. med. A._ fand keine organischen Ursachen für die geklagten Beschwerden.
5. Somit durfte die Vorinstanz auf das Gutachten des Dr. med. O._ vom 29. Juni 2006 abstellen. Damit hat sie in für das Bundesgericht verbindlicher Weise festgestellt, dass die Leistungseinschränkung des Versicherten auf seiner Regression beruht, welche bei zumutbarer Willensanstrengung überwindbar wäre. Demnach ist der Invaliditätsbegriff im Sinne von Art. 4 Abs. 1 IVG in Verbindung mit Art. 8 ATSG nach der Rechtsprechung von <ref-ruling> nicht erfüllt. Da auch keine organischen Einschränkungen mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit ausgewiesen sind, hat die Vorinstanz zu Recht die Ablehnung des Leistungsbegehrens durch die IV-Stelle bestätigt.
6. Die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung kann gewährt werden (Art. 64 BGG), da die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen ist und die Vertretung geboten war (<ref-ruling> E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372, je mit Hinweisen). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Willi Füchslin, Lachen, wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2000.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, der Ausgleichskasse EXFOUR und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. August 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung i.V. Nussbaumer