Sachverhalt:
A. Der Strafgerichtspräsident Basel-Stadt sprach X._ am 30. November 2007 der Nötigung und der groben Verletzung von Verkehrsregeln, beides begangen in entschuldbarer Notwehr, schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 7 Tagessätzen zu Fr. 250.--. Die Privatklage von Y._ betreffend Drohung, Tätlichkeiten und Beschimpfung wies er ab.
Auf Appellation von X._ hin bestätigte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt am 29. April 2009 das erstinstanzliche Urteil.
B. X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen vom 3. Juli 2009, ihn vom Vorwurf der Nötigung und der Verletzung von Verkehrsregeln freizusprechen, eventuell das Urteil des Appellationsgerichts vom 29. April 2009 aufzuheben und die Sache zum neuen Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Das Appellationsgericht stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Das Appellationsgericht hielt folgenden Sachverhalt für erwiesen:
Der Beschwerdeführer fuhr am 23. Mai 2007 mit seinem Land Rover in Basel von der St. Alban-Anlage in Richtung Aeschenplatz. Da er im Bereich der Dufourstrasse dem Fahrradfahrer Y._ den Weg abgeschnitten haben soll, überholte ihn dieser an der Einmündung Aeschenvorstadt auf der linken Seite und beschädigte dabei den Aussenspiegel des Land Rovers, bevor er nach rechts in die Aeschenvorstadt einbog. Der Beschwerdeführer verfolgte Y._ durch die Aeschenvorstadt, überholte ihn, zog seinen Personenwagen abrupt nach rechts und bremste brüsk, wodurch er Y._ derart den Weg abschnitt, dass dieser beinahe stürzte.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz sei unvollständig und daher willkürlich. Die gesamte Vorgeschichte betreffend die lange, jegliche Verkehrsregeln verletzende Schlangenfahrt von Y._, welcher sich mehrmals an seinem Fahrzeug vorbeigedrängt habe, sowie dessen Fahrerflucht, würden darin nicht erwähnt. Von einem brüsken Bremsen könne nicht die Rede sein. Y._ sei als sehr geschickter Fahrer mit entsprechender Aufmerksamkeit und entsprechendem Risiko vor ihm geflüchtet. Er habe hinter seinem anhaltenden Fahrzeug rechtzeitig bremsen können und wiederum die Flucht ergreifen wollen, was ihm einzig wegen des herannahenden Trams nicht gelungen sei. Zu keinem Zeitpunkt habe eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit von Y._ bestanden.
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz zugrunde (<ref-law>). Diese kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>, vgl. auch <ref-law>). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.4.1).
Willkür im Sinne von <ref-law> liegt vor, wenn die Sachverhaltsfeststellung zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 5.4; <ref-ruling> E. 2b, mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer muss in der Beschwerdeschrift anhand des angefochtenen Entscheids substanziiert darlegen, inwiefern die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz im Ergebnis willkürlich ist (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.4.3).
2.3 Was der Beschwerdeführer gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung vorbringt, erschöpft sich in einer unzulässigen appellatorischen Kritik. Die Vorinstanz stützte sich auf die Aussagen der Zeugen A._ und B._, welche ihre telefonischen Äusserungen gegenüber der Kantonspolizei Basel-Stadt anlässlich der Verhandlung vor dem Appellationsgericht vom 29. April 2009 bestätigten. Die Zeugen sagten übereinstimmend aus, der Beschwerdeführer sei Y._ mit heulendem Motor gefolgt. Er habe den Fahrradfahrer überholt und anschliessend abrupt gebremst. Die Situation sei für den Velofahrer gefährlich gewesen. Es wäre beinahe zu einem Unfall gekommen. Der Beschwerdeführer widerspricht mit seinem Einwand, er sei immer um die Sicherheit von Y._ besorgt gewesen, den tatsächlichen Ausführungen der Vorinstanz, ohne jedoch darzulegen, inwiefern deren Sachverhaltsfeststellung offensichtlich falsch und damit willkürlich sein soll. Für die Beurteilung der Strafbarkeit des Beschwerdeführers unerheblich und damit nicht weiter zu erörtern ist die Frage, ob sich Y._ ebenfalls verkehrswidrig verhielt.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Bundesrecht. Seine Fahrweise sei der Sache angemessen gewesen. Eine abstrakte oder gar konkrete Gefährdung von Verkehrsteilnehmern im Sinne von <ref-law> habe nicht stattgefunden. Sein Vorgehen sei jedenfalls verhältnismässig gewesen, weshalb rechtfertigende und nicht bloss entschuldbare Notwehr vorliege.
3.2 Die Vorinstanz erwog im angefochtenen Entscheid unter Verweis auf das erstinstanzliche Urteil, der Beschwerdeführer habe den objektiven und subjektiven Tatbestand der Nötigung nach <ref-law> und der groben Verletzung von Verkehrsregeln nach <ref-law> erfüllt. Y._ habe jedoch den Aussenspiegel des Land Rovers des Beschwerdeführers beschädigt und nach dem Vorfall nicht angehalten, wie es seine Pflicht gewesen wäre. Der Beschwerdeführer habe deshalb in Anwendung von <ref-law> verhältnismässige Notwehr üben dürfen und sei grundsätzlich berechtigt gewesen, Y._ nachzusetzen und vorübergehend festzuhalten, um an seine Adresse zu gelangen. Der Beschwerdeführer habe mit seinem Bremsmanöver die Grenzen der zulässigen Notwehr - durch grobe Verletzung der Verkehrsregeln und gewaltsame Nötigung von Y._ - überschritten. Da er zuvor von Y._ provoziert worden sei, erscheine der Notwehrexzess jedoch als entschuldbar im Sinne von <ref-law>.
3.2 Die Vorinstanz erwog im angefochtenen Entscheid unter Verweis auf das erstinstanzliche Urteil, der Beschwerdeführer habe den objektiven und subjektiven Tatbestand der Nötigung nach <ref-law> und der groben Verletzung von Verkehrsregeln nach <ref-law> erfüllt. Y._ habe jedoch den Aussenspiegel des Land Rovers des Beschwerdeführers beschädigt und nach dem Vorfall nicht angehalten, wie es seine Pflicht gewesen wäre. Der Beschwerdeführer habe deshalb in Anwendung von <ref-law> verhältnismässige Notwehr üben dürfen und sei grundsätzlich berechtigt gewesen, Y._ nachzusetzen und vorübergehend festzuhalten, um an seine Adresse zu gelangen. Der Beschwerdeführer habe mit seinem Bremsmanöver die Grenzen der zulässigen Notwehr - durch grobe Verletzung der Verkehrsregeln und gewaltsame Nötigung von Y._ - überschritten. Da er zuvor von Y._ provoziert worden sei, erscheine der Notwehrexzess jedoch als entschuldbar im Sinne von <ref-law>.
3.3 3.3.1 Nach <ref-law> macht sich strafbar, wer durch grobe Verletzung von Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt. Der objektive Tatbestand ist nach der Rechtsprechung erfüllt, wenn der Täter eine wichtige Verkehrsvorschrift in objektiv schwerer Weise missachtet und die Verkehrssicherheit ernstlich gefährdet. Eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer ist nicht erst bei einer konkreten, sondern bereits bei einer erhöhten abstrakten Gefährdung gegeben. Ob eine konkrete, eine erhöhte abstrakte oder nur eine abstrakte Gefahr geschaffen wird, hängt von der Situation ab, in welcher die Verkehrsregelverletzung begangen wird. Subjektiv erfordert der Tatbestand von <ref-law> ein rücksichtsloses oder sonst schwerwiegend verkehrswidriges Verhalten, d.h. ein schweres Verschulden, bei fahrlässigem Handeln mindestens grobe Fahrlässigkeit. Ein rücksichtsloses Verhalten ist unter anderem zu bejahen, wenn der Täter sich der allgemeinen Gefährlichkeit seiner verkehrswidrigen Fahrweise bewusst ist oder sonst ein bedenkenloses Verhalten gegenüber fremden Rechtsgütern offenbart (<ref-ruling> E. 3.2 S. 136; <ref-ruling> E. 5.1 S. 40, je mit Hinweisen).
3.3.2 Der Fahrzeugführer, der sein Fahrzeug anhalten will, hat nach Möglichkeit auf die nachfolgenden Fahrzeuge Rücksicht zu nehmen (<ref-law>). Brüskes Bremsen und Halten sind nur gestattet, wenn kein Fahrzeug folgt und im Notfall (Art. 12 Abs. 2 VRV). Als Fahrzeuge im Sinne des SVG gelten auch Fahrräder. <ref-law> und Art. 12 Abs. 2 VRV stellen wichtige Verkehrsregeln dar, deren Missachtung erhebliche Risiken eines Auffahrunfalls in sich bergen. Die objektiven Voraussetzungen einer groben Verkehrsregelverletzung im Sinne von <ref-law> sind erfüllt, wenn durch unnötiges, d.h. nicht verkehrsbedingtes, brüskes Bremsen eine erhebliche Gefahr einer Auffahrkollision oder einer gefahrenträchtigen Fehlreaktion mit der Gefahr von Verletzten oder Toten hervorgerufen wird. Ob eine solche Gefahr bestand, hängt von der Intensität der Bremsung, dem Fahrbahnzustand und dem Verzögerungsvermögen des nachfolgenden Fahrzeugs ab (JÜRG BOLL, Grobe Verkehrsregelverletzung, 1999, S. 60). Wer bei knappem Abstand brüsk bremst, um das nachfolgende Fahrzeug seinerseits zu einem brüsken Bremsen zu zwingen, geht bewusst das Risiko ein, dass dieses nicht rechtzeitig oder falsch reagiert, und handelt damit subjektiv tatbestandsmässig im Sinne von <ref-law> (JÜRG BOLL, a.a.O., S. 61).
3.3.3 Durch sein nicht verkehrsbedingtes, brüskes Bremsen ohne Rücksicht auf den nachfolgenden Fahrradfahrer hat der Beschwerdeführer die Bestimmungen von <ref-law> und Art. 12 Abs. 2 VRV verletzt. Gemäss der verbindlichen Feststellung der Vorinstanz schuf er durch das Überholmanöver und die Vollbremsung eine konkrete Gefahr für den nachfolgenden Fahrradfahrer. Der Beschwerdeführer handelte rücksichtslos, da er Y._ zwingen wollte, seinerseits anzuhalten, und nahm das Risiko eines Aufpralls des Fahrradfahrers bewusst in Kauf. Die Vorinstanz hat den objektiven und subjektiven Tatbestand der groben Verletzung von Verkehrsregeln im Sinne von <ref-law> zu Recht bejaht.
3.3.3 Durch sein nicht verkehrsbedingtes, brüskes Bremsen ohne Rücksicht auf den nachfolgenden Fahrradfahrer hat der Beschwerdeführer die Bestimmungen von <ref-law> und Art. 12 Abs. 2 VRV verletzt. Gemäss der verbindlichen Feststellung der Vorinstanz schuf er durch das Überholmanöver und die Vollbremsung eine konkrete Gefahr für den nachfolgenden Fahrradfahrer. Der Beschwerdeführer handelte rücksichtslos, da er Y._ zwingen wollte, seinerseits anzuhalten, und nahm das Risiko eines Aufpralls des Fahrradfahrers bewusst in Kauf. Die Vorinstanz hat den objektiven und subjektiven Tatbestand der groben Verletzung von Verkehrsregeln im Sinne von <ref-law> zu Recht bejaht.
3.4 3.4.1 Wird jemand ohne Recht angegriffen oder unmittelbar mit einem Angriff bedroht, so ist der Angegriffene und jeder andere berechtigt, den Angriff in einer den Umständen angemessenen Weise abzuwehren (<ref-law>). Der alte Notwehrartikel von <ref-law> wurde im neuen Allgemeinen Teil des Strafgesetzbuches inhaltlich unverändert übernommen (Urteil des Bundesgerichts 6B_521/2007 vom 1. Februar 2008 E. 2.1), weshalb auf die unter dem alten Recht ergangene Rechtsprechung verwiesen werden kann. Notwehr im Sinne von <ref-law> setzt voraus, dass der Täter ohne Recht angegriffen oder unmittelbar mit einem Angriff bedroht wird. Unmittelbar im Sinne des Gesetzes sind nur aktuelle und konkrete Gefahren (<ref-ruling> E. 3.2 S. 14; <ref-ruling> E. 2a S. 3 f., mit Hinweisen).
3.4.2 Y._ beschädigte den Aussenspiegel des Land Rovers des Beschwerdeführers. Er wurde deswegen vom Strafgericht Basel wegen Sachbeschädigung im Sinne von <ref-law> verurteilt. Der Eingriff in die Rechtsgüter des Beschwerdeführers war mit der Beschädigung des Aussenspiegels abgeschlossen. Eine Notwehrsituation im Sinne von <ref-law> bestand, entgegen der Auffassung der Vorinstanz, gegenüber dem flüchtigen Sachbeschädiger offensichtlich nicht. Der Beschwerdeführer befand sich auch nicht in einem Irrtum über das Fortdauern des Angriffs. Die Annahme einer sog. Putativnotwehr (<ref-ruling> E. 3.2 S. 14; <ref-ruling> E. 2d S. 56, je mit Hinweisen) fällt daher ebenfalls ausser Betracht. Mangels einer Notwehrsituation gelangt auch der Strafmilderungsgrund von <ref-law> nicht zur Anwendung (Urteil des Bundesgerichts 6S.215/2005 vom 15. November 2005 E. 5.1 und 5.2). Zu prüfen sind jedoch mögliche Rechtfertigungsgründe im Sinne von <ref-law>.
3.4.2 Y._ beschädigte den Aussenspiegel des Land Rovers des Beschwerdeführers. Er wurde deswegen vom Strafgericht Basel wegen Sachbeschädigung im Sinne von <ref-law> verurteilt. Der Eingriff in die Rechtsgüter des Beschwerdeführers war mit der Beschädigung des Aussenspiegels abgeschlossen. Eine Notwehrsituation im Sinne von <ref-law> bestand, entgegen der Auffassung der Vorinstanz, gegenüber dem flüchtigen Sachbeschädiger offensichtlich nicht. Der Beschwerdeführer befand sich auch nicht in einem Irrtum über das Fortdauern des Angriffs. Die Annahme einer sog. Putativnotwehr (<ref-ruling> E. 3.2 S. 14; <ref-ruling> E. 2d S. 56, je mit Hinweisen) fällt daher ebenfalls ausser Betracht. Mangels einer Notwehrsituation gelangt auch der Strafmilderungsgrund von <ref-law> nicht zur Anwendung (Urteil des Bundesgerichts 6S.215/2005 vom 15. November 2005 E. 5.1 und 5.2). Zu prüfen sind jedoch mögliche Rechtfertigungsgründe im Sinne von <ref-law>.
3.5 3.5.1 Werden Personen bei oder nach einem Verbrechen oder Vergehen auf frischer Tat betroffen oder verfolgt, so ist gemäss § 67 Abs. 2 Satz 1 der Strafprozessordnung des Kantons Basel-Stadt (StPO/BS) jede Person zur Festnahme befugt. Festgenommene sind unverzüglich der Kantonspolizei zu übergeben (§ 67 Abs. 2 Satz 1 StPO/BS). Ähnliche Bestimmungen sind in den meisten kantonalen Strafprozessordnungen zu finden (vgl. zum Beispiel § 55 StPO/ZH, Art. 170 StrV/BE, Art. 115 StP/SG, Art. 58 Abs. 2 CPP/VD, Art. 99 CPP/TI). Eine entsprechende Regelung ist auch in Art. 218 Abs. 1 lit. a der künftigen Schweizerischen Strafprozessordnung vorgesehen. Die Bestimmungen betreffend die Ergreifung von flüchtigen Personen, welche auf frischer Tat bei der Begehung eines Verbrechens oder Vergehens erwischt wurden, bilden eine gesetzliche Grundlage für die Einschränkung der Bewegungsfreiheit des dringend Tatverdächtigen durch eine Privatperson (vgl. ANDREAS DONATSCH, in: Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, 1996 ff., N. 2 zu § 55). Ein allfälliges tatbestandsmässiges Verhalten ist nach <ref-law> gerechtfertigt, wenn das Verhältnismässigkeitsprinzip gewahrt wurde (vgl. <ref-ruling> E. 2d; <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 5 S. 18). Dafür müssen die für die Festnahme eingesetzten Mittel zur Massnahme proportional sein (Verhältnismässigkeit im engeren Sinne) und dürfen nur eingesetzt werden, wenn keine Möglichkeit besteht, den Betroffenen mit weniger intensiv wirkendem unmittelbarem Zwang festzunehmen. Erscheint eine vorläufige Festnahme mit den vorhandenen Mitteln in verhältnismässiger Weise nicht möglich, so ist darauf zu verzichten (ANDREAS DONATSCH, a.a.O., N. 3 zu § 56 mit Hinweisen; vgl. auch Art. 218 Abs. 2 i.V.m. Art. 200 der zukünftigen Schweizerischen Strafprozessordnung).
Für die Ergreifung durch Privatpersonen sind die für Polizeibeamte geltenden Grundsätze sinngemäss anwendbar (ANDREAS DONATSCH, a.a.O., N. 4 zu § 56). Die Massnahmen dürfen auf jeden Fall nicht weiter gehen. Auch Polizeibeamte, welche bei der Erfüllung ihrer Aufgaben Verkehrsregelverletzungen begehen, können sich nur mit Erfolg auf <ref-law> stützen, wenn ihr Handeln für die Erreichung des verfolgten Ziels geeignet und erforderlich war, und das beeinträchtigte Rechtsgut sowie das Ausmass der Rechtsgutverletzung in einem angemessenen Verhältnis zum Wert des angestrebten Zwecks stand (Urteil des Bundesgerichts 6B_20/2009 vom 14. April 2009 E. 4.4.2; vgl. auch <ref-law> sowie das Urteil des Bundesgerichts 6S.162/2003 vom 4. August 2003 E. 3; RENÉ SCHAFFHAUSER, Grundriss des schweizerischen Strassenverkehrsrechts, Band III: Die Administrativmassnahmen, 1995, S. 180 f.).
3.5.2 Die Sachbeschädigung nach <ref-law> wird als Vergehen bestraft (<ref-law>). Der Beschwerdeführer war Zeuge der Beschädigung seines Aussenspiegels. Er durfte Y._ daher grundsätzlich nachfahren und ihn festhalten zwecks Identifizierung seiner Person. Das eingesetzte Mittel, d.h. die Vollbremsung und die damit einhergehende konkrete Gefährdung der körperlichen Integrität von Y._ stehen angesichts des blossen Sachschadens jedoch in keinem Verhältnis zum verfolgten Zweck der Festnahme. Das Vorgehen des Beschwerdeführers war offensichtlich unverhältnismässig. Er kann sich folglich nicht auf den Rechtfertigungsgrund von § 67 Abs. 2 StPO/BS i.V.m. <ref-law> berufen.
4. Mit Bezug auf die Verurteilung wegen Nötigung macht der Beschwerdeführer geltend, er habe weder unerlaubte Zwecke angestrebt, noch unerlaubte Mittel angewendet. Der Tatbestand der Nötigung sei daher nicht erfüllt.
4.1 Wegen Nötigung nach <ref-law> wird bestraft, wer jemanden durch Gewalt, Androhung ernstlicher Nachteile oder durch andere Beschränkung seiner Handlungsfreiheit nötigt, etwas zu tun, zu unterlassen oder zu dulden. Als geschütztes Rechtsgut von <ref-law> gilt nach der Bundesgerichtspraxis die Handlungsfreiheit bzw. die Freiheit der Willensbildung und Willensbetätigung des Einzelnen (<ref-ruling> E. 4.4.3; <ref-ruling> E. 2.1, mit Hinweisen). Die Tatbestandsvariante der "anderen Beschränkung der Handlungsfreiheit" ist aus rechtsstaatlichen Gründen restriktiv auszulegen. Das Zwangsmittel der "anderen Beschränkung der Handlungsfreiheit" muss, um tatbestandsmässig zu sein, das üblicherweise geduldete Mass an Beeinflussung in ähnlicher Weise eindeutig überschreiten, wie es für die im Gesetz ausdrücklich genannten Zwangsmittel der Gewalt und der Androhung ernstlicher Nachteile gilt (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2a, mit Hinweisen). Die weite Umschreibung des Nötigungstatbestandes hat zur Folge, dass nicht jedes tatbestandsmässige Verhalten bei Fehlen von Rechtfertigungsgründen auch rechtswidrig ist. Vielmehr bedarf die Rechtswidrigkeit bei <ref-law> einer zusätzlichen, besonderen Begründung. Eine Nötigung ist unrechtmässig, wenn das Mittel oder der Zweck unerlaubt ist oder wenn das Mittel zum angestrebten Zweck nicht im richtigen Verhältnis steht oder wenn die Verknüpfung zwischen einem an sich zulässigen Mittel und einem erlaubten Zweck rechtsmissbräuchlich oder sittenwidrig ist (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 3.4; <ref-ruling> E. 2b, je mit Hinweisen).
4.2 Schikanestopps im Strassenverkehr und das nicht verkehrsbedingte Ausbremsen von nachfolgenden Fahrzeugen waren verschiedentlich Gegenstand von kantonalen Entscheiden, welche ans Bundesgericht weitergezogen wurden (vgl. <ref-ruling>; Urteile des Bundesgerichts 6P.238/2006 vom 15. März 2007; 1P.326/2006 vom 5. September 2006; 6S.127/2007 vom 6. Juli 2007; 6S.43/2001 vom 19. Juni 2001; 1P.365/1995 vom 7. November 1995). Das Bundesgericht hatte sich in diesen Fällen jedoch nicht zur rechtlichen Qualifikation dieses Verhaltens zu äussern und, soweit ersichtlich, auch in seiner früheren Rechtsprechung zu dieser Frage nicht Stellung genommen. Fraglich ist, ob bei solchen, sehr kurzfristigen Beeinträchtigungen der freien Willensbetätigung im Strassenverkehr der Tatbestand der Nötigung in echter Konkurrenz zur (groben) Verletzung von Verkehrsregeln erfüllt ist (so YVAN JEANNERET, Les dispositions pénales de la Loi sur la circulation routière, 2007, N. 104 zu <ref-law>) oder ob das Unrecht im Gegenteil mit der Verurteilung nach <ref-law> abgegolten ist (so ANDREAS DONATSCH, Strafrecht III, Delikte gegen den Einzelnen, 9. Aufl. 2008, S. 414 f.; in diesem Sinne wohl auch STEFAN TRECHSEL/THOMAS FINGERHUTH, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 7 zu <ref-law> mit Hinweisen).
4.3 Vorliegend zwang der Beschwerdeführer Y._ zum Anhalten und beeinträchtigte ihn damit in seiner Handlungsfreiheit. Dazu war er jedoch befugt, da dieser den Aussenspiegel seines Fahrzeugs beschädigte und er ein berechtigtes Interesse hatte, an dessen Personalien zu gelangen, um ihn für den entstandenen Schaden verantwortlich machen zu können. Anhaltspunkte, dass der Beschwerdeführer das hierfür erforderliche Mass an Beeinträchtigung überschritt und Y._ etwa in zeitlicher Hinsicht länger als erforderlich von der Weiterfahrt abhielt, sind nicht auszumachen. Die Beeinträchtigung der freien Willensbetätigung von Y._ war daher vom Rechtfertigungsgrund gemäss § 67 Abs. 2 StPO/BS gedeckt (vgl. supra E. 3.5.1). Eine rechtswidrige Nötigung im Sinne von <ref-law> liegt nicht vor. Zwar war das eingesetzte Mittel in Form des brüsken Bremsmanövers unrechtmässig, da für sich gesehen strafbar. Diesbezüglich hat sich der Beschwerdeführer jedoch wegen grober Verletzung von Verkehrsregeln nach <ref-law> zu verantworten.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass der Beschwerdeführer wegen grober Verletzung von Verkehrsregeln nach <ref-law> zu bestrafen ist. Diesbezüglich kann er sich auf keine Rechtfertigungsgründe berufen. Vom Vorwurf der Nötigung nach <ref-law> ist er freizusprechen. Die Frage der Notwehr stellt sich hier nicht. Das Urteil des Appellationsgerichts ist daher im Schuld- und Strafpunkt aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Vorinstanz hat bei der Strafzumessung das Verbot der reformatio in peius zu beachten (<ref-law>; Urteile des Bundesgerichts 6B_422/2007 vom 22. Januar 2008 E. 5.4; 6B_411/2007 vom 2. November 2007 E. 1.3).
6. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen. Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines teilweisen Unterliegens kostenpflichtig (<ref-law>). Soweit der Beschwerdeführer obsiegt, sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Basel-Stadt hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).
Das Gesuch um aufschiebende Wirkung ist zufolge Rückzugs gegenstandslos geworden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 29. April 2009 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt.
3. Der Kanton Basel-Stadt hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. September 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld