Faits:
A.
A._ et B._ sont copropriétaires de deux appartements de cinq pièces, construits en 1987, au rez-de-chaussée des immeubles sis aux n os 12 et 16 du chemin de la Bâtiule, à Puplinge.
Le premier appartement a fait l'objet, entre le mois d'août et le 16 octobre 2009, au départ du locataire en place, des travaux suivants:
"- rénovation complète de l'espace cuisine, pose de nouveaux revêtements sur parois et sol, peinture murs et plafonds, mise en place d'un nouvel agencement de cuisine (plaques vitrocéramiques, four, frigo, congélateur, lave-vaisselle, hotte, évier en inox et robinetterie), mise en place d'un plan de travail avec ameublement haut et bas, éclairage, changement du radiateur;
- rénovation des locaux sanitaires avec pose de nouveaux appareils sanitaires (cuvettes WC, baignoire, douche, lavabos, robinetteries, meubles, miroirs, lampes), pose de nouveaux radiateurs sèche-linge et de nouveaux revêtements sur parois et sol, peinture murs et plafonds;
- réfection complète de la peinture des murs, des plafonds et des menuiseries intérieures de l'appartement;
- vitrification des parquets dans séjour, halls et chambres;
- rénovation de l'installation électrique avec mise en place de nouvelles prises et de nouveaux interrupteurs."
Le coût de ces travaux s'est élevé à 76'000 fr. L'appartement a été remis à bail aux époux D._ le 16 octobre 2009 pour un montant mensuel de 3'500 fr., sans les charges, ramené par la suite à 3'380 fr. Le loyer se chiffrait précédemment à 3'000 fr. sans les charges.
Le second appartement sis au n° 16 du chemin de la Bâtiule a également fait l'objet d'un certain nombre de travaux au printemps 2011, soit:
"- rénovation complète de l'espace cuisine avec pose de nouveaux revêtements sur parois et sol, peinture murs et plafonds, mise en place d'un nouvel agencement de cuisine (frigo, congélateur, lave-vaisselle, hotte, évier en inox et robinetterie), mise en place d'un plan de travail avec ameublement haut et bas, éclairage;
- locaux sanitaires : peinture plafond;
- réfection complète de la peinture des murs, des plafonds et des menuiseries intérieures de l'appartement;
- vitrification des parquets dans séjour, halls et chambres;
- rénovation de l'installation électrique avec mise en place de nouvelles prises et de nouveaux interrupteurs."
Le coût de ces travaux s'est élevé à 47'897 fr. 10. L'appartement a été remis à bail à E._ et F._ le 16 juin 2011 pour un montant mensuel de 3'500 fr., sans les charges, ramené par la suite à 3'200 fr., alors que le loyer se chiffrait précédemment à 2'900 fr. sans les charges.
B.
Par décisions des 20 février 2012 et 19 mars 2012, le Département des constructions et des technologies de l'information de la République et canton de Genève, devenu par la suite le Département de l'urbanisme, a ordonné à A._ et B._ de déposer une requête d'autorisation de construire pour les travaux d'ores et déjà exécutés, s'agissant de travaux de rénovation soumis à autorisation selon l'art. 3 al. 1 de la loi genevoise sur les démolitions, les transformations et les rénovations (LDTR).
Par jugement du 13 novembre 2012, le Tribunal administratif de première instance de la République et canton de Genève a rejeté, après les avoir joints, les recours déposés contre ces décisions par A._ et B._.
La Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève en a fait de même du recours interjeté contre ce jugement par les propriétaires concernés au terme d'un arrêt rendu le 28 mai 2013.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt.
Le Département de l'urbanisme demande au Tribunal fédéral de confirmer l'arrêt attaqué. La Chambre administrative a renoncé à présenter des observations et se réfère à son arrêt.
Invités à faire valoir leurs éventuelles observations, les recourants ont persisté dans les termes de leur recours.

Considérant en droit:
1.
Dirigé contre une décision rendue en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public, conformément aux <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure devant la Cour de justice et sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué qui confirme l'assujettissement à une autorisation de construire des travaux qu'ils ont entrepris dans les appartements du rez-de-chaussée des immeubles sis aux n° s 12 et 16 du chemin de la Bâtiule. Ils ont donc la qualité pour agir au sens de l'<ref-law>.
2.
Les recourants soutiennent avoir procédé à de simples travaux d'entretien dans les deux appartements concernés et contestent leur assujettissement à une autorisation de construire car ils n'auraient engendré aucune amélioration du confort existant au sens de l'art. 3 al. 2 LDTR. L'arrêt attaqué s'écarterait de manière insoutenable du droit cantonal en donnant à cette notion une portée contraire à son sens.
2.1. Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 319; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379).
2.2. La LDTR a pour but de préserver l'habitat et les conditions de vie existants, ainsi que le caractère actuel de l'habitat dans les zones visées expressément par la loi (art. 1 al. 1 LDTR). Celle-ci prévoit notamment à cet effet, et tout en assurant la protection des locataires et des propriétaires d'appartements, des restrictions à la démolition, à la transformation et au changement d'affectation des maisons d'habitation (art. 1 al. 2 let. a LDTR). Une autorisation est nécessaire pour toute transformation ou rénovation de tout ou partie d'une maison d'habitation (art. 9 al. 1 LDTR).
Selon l'art. 3 al. 1 let. d LDTR, sont qualifiés de transformation les travaux qui ont pour objet la rénovation, c'est-à-dire la remise en état, même partielle, de tout ou partie d'une maison d'habitation, en améliorant le confort existant sans modifier la distribution des logements, sous réserve qu'il ne s'agisse pas de travaux d'entretien. A teneur de l'art. 3 al. 2 LDTR, ces derniers, non assujettis à la LDTR, s'entendent des travaux courants qui font partie des frais d'exploitation ordinaires d'une maison d'habitation. Les travaux raisonnables d'entretien régulier ne sont pas considérés comme travaux de transformation, pour autant qu'ils n'engendrent pas une amélioration du confort existant.
2.3. La cour cantonale a considéré que les travaux entrepris dans les deux appartements en cause ne pouvaient être considérés, en raison de leur ampleur, comme relevant d'un entretien courant de la chose louée au sens de l'art. 3 al. 2 LDTR, soit des travaux ayant pour objectif le maintien en état de celle-ci. Ils devaient être qualifiés de travaux de transformation ayant amélioré le confort existant au sens de l'art. 3 al. 1 LDTR, dès lors qu'ils avaient pour but de remettre en état les appartements à l'occasion des changements de locataires, par la réfection complète des sols, des murs, des plafonds, par le ponçage et la vitrification des parquets, par la réfection des agencements de cuisine et de salle de bains, de la douche et du WC de l'appartement du n° 12 du chemin de la Bâtiule et par la mise en conformité des installations électriques. La vétusté des différents agencements ne suffisait pas à elle seule à justifier la remise en état des deux appartements. Les diverses interventions précédant les travaux litigieux étaient ponctuelles, espacées dans le temps et sans commune mesure avec celles entreprises en 2009 et 2011.
La cour cantonale a considéré que ces travaux devaient également être qualifiés d'importants sous l'angle de leur coût. Revenant à 9'579 fr. par pièce l'an pour l'appartement sis au chemin de la Bâtiule n° 12 et à 15'200 fr. par pièce l'an pour l'appartement du chemin de la Bâtiule n° 16, ils ne permettaient pas de maintenir des loyers répondant aux besoins prépondérants de la population. De fait, les loyers s'élevaient avant travaux à 7'200 fr. la pièce l'an pour le premier appartement et à 6'960 fr. la pièce l'an pour le second et dépassaient déjà le montant maximal du loyer correspondant aux besoins prépondérants de la population fixé à 3'363 fr. la pièce l'an par l'arrêté du Conseil d'Etat du 21 juin 2006, en vigueur à l'époque où les travaux ont été entrepris.
2.4. Dans un arrêt du 20 décembre 1990 paru aux <ref-ruling>, le Tribunal fédéral a examiné la conformité au droit fédéral de l'ancien art. 3 al. 1 let. d LDTR, selon lequel étaient considérés comme transformations les travaux de rénovation ayant pour but d'améliorer le confort existant sans modifier la distribution des logements et les réparations importantes, tels que la réfection des toitures ou des façades, le remplacement des sanitaires, des tuyauteries, des salles de bains, du chauffage, de la distribution d'eau, des ascenseurs et de l'agencement des cuisines. Il a vu un empiétement inadmissible du droit public cantonal sur le droit fédéral dans la possibilité donnée à l'autorité administrative d'interdire de procéder à des réparations importantes sur des immeubles soumis au régime de la LDTR en raison de leur incidence sur le montant des loyers, alors que le juge civil, saisi d'une contestation relative à l'augmentation du loyer consécutive à ces travaux, pourrait admettre le bien-fondé de cette hausse (cf. consid. 5b p. 410/411). Il a en revanche tenu pour compatible avec les règles du droit fédéral sur le bail le fait de soumettre à une autorisation les rénovations assimilables à des transformations (cf. consid. 5c p. 411). Celles-ci comprennent tous les travaux d'entretien, de réparation et de modernisation qui entraînent une modification allant au-delà de ce qui est usuel, en raison, par exemple, d'un important accroissement du confort, sans toucher au volume, à l'aspect extérieur et à la destination de l'immeuble. Le coût des travaux envisagés et leur incidence sur les loyers constituent à cet égard des éléments d'appréciation essentiels (<ref-ruling> consid. 5a p. 410 et la jurisprudence citée; voir aussi arrêt 1P.705/2000 du 24 septembre 2001 consid. 2b/bb in RDAF 2002 I p. 54).
2.5. Dans un arrêt du 1 er septembre 2000 rendu dans la cause 1P.664/1999 et reproduit à la RDAF 2002 I p. 25, le Tribunal fédéral a été appelé à examiner la conformité au droit fédéral de l'art. 3 al. 1 let. d LDTR, dans sa version actuelle. Il a constaté que la notion de remise en état visée à cette disposition était limitée aux travaux qui améliorent le confort existant. L'accroissement du confort existant figure au nombre des critères pour admettre l'existence de travaux allant au-delà du simple entretien et distinguer les travaux d'entretien non soumis à la LDTR des rénovations assimilables aux transformations. L'exécution par le bailleur des travaux de remise en état auxquels il est tenu, en vertu des art. 259a et 259b CO, ne procure en général pas un confort supplémentaire au locataire, par rapport à ce qui est convenu dans le contrat de bail. Il s'agit au contraire de la suppression des défauts graves, soit de ceux qui empêchent ou qui entravent considérablement l'usage pour lequel la chose a été louée, ou des défauts de moyenne importance, soit de ceux qui restreignent l'usage prévu, mais ne l'entravent pas considérablement. Les remises en état qui vont au-delà de ce qui est nécessaire pour assurer le maintien de la chose louée en l'état tombent en revanche sous le coup de l'art. 3 al. 1 let. d LDTR.
De même, la Cour de céans a jugé l'art. 3 al. 2 LDTR compatible avec le droit fédéral dans la mesure où cette disposition complète l'art. 3 al. 1 let. d LDTR en décrivant certains types de travaux qui ne seraient pas soumis à autorisation. L'art. 3 al. 2 LDTR n'a qu'une valeur d'exemple et laisse la place à l'application d'autres critères, comme l'importance des travaux ou l'accroissement du confort existant. Il permet à l'autorité d'application de renoncer à soumettre à autorisation des travaux qui seraient imposés au bailleur en vertu du droit privé, respectant en cela la primauté du droit civil fédéral (cf. DOMINIQUE FAVRE, Droit de la rénovation et force dérogatoire du droit fédéral, RDAF 2002 I p. 11).
En d'autres termes, les travaux d'entretien non assujettis à la LDTR sont ceux que le bailleur est tenu d'effectuer au regard de son obligation d'entretien de la chose louée prescrite par l'<ref-law>. Il s'agit des travaux réguliers et raisonnables qui n'ont pas été différés dans le temps et qui tendent à remédier à l'usure normale de la chose et à maintenir l'ouvrage dans son état en réparant les atteintes dues au temps ou à l'usage ( OLIVIER BINDSCHEDLER/FRANÇOIS PAYCHÈRE, La jurisprudence récente du Tribunal administratif du canton de Genève en matière d'entretien des immeubles, RDAF 1998 I p. 367). Encore faut-il qu'ils n'engendrent pas un accroissement du confort existant et que leur coût total soit raisonnable. La jurisprudence cantonale tient compte à cet égard des circonstances dans lesquelles les travaux sont accomplis et notamment de leur accumulation en raison d'un défaut d'entretien courant des bâtiments concernés. Les travaux d'entretien différés dans le temps dont le coût a eu des conséquences importantes sur les loyers, lesquels ne répondent plus aux besoins prépondérants de la population, ont ainsi été jugés comme devant être soumis à autorisation de rénover fondée sur la LDTR (ATA/645/2012 du 25 septembre 2012).
2.6. Au regard de ces principes, la cour cantonale pouvait sans arbitraire retenir que les travaux litigieux équivalaient à une remise en état presque complète des appartements et qu'en raison de leur ampleur, ils ne pouvaient pas s'expliquer uniquement par la vétusté des installations existantes ou par la réparation des dégâts causés par les locataires sortants, mais qu'ils allaient au-delà de ce qui était nécessaire pour assurer le maintien de la chose louée en l'état et qu'ils ont augmenté le confort existant. Les recourants ne démontrent pas que l'ensemble des travaux effectués dans les appartements était absolument nécessaire au respect des obligations d'entretien de la chose louée découlant du droit privé. Ils ont d'ailleurs relevé que certains d'entre eux (rénovation des cuisines pour les deux appartements, ainsi que des sanitaires, s'agissant de l'appartement sis au chemin de la Bâtiule n° 12) avaient été faits de manière à adapter certaines installations au goût du jour et pouvoir justifier le maintien du standing actuel; de plus, l'entretien des appartements n'avaient pas totalement été négligés et seule une partie des travaux ont été justifiés par les dégâts occasionnés par le précédent locataire. Cette solution est au surplus conforme à la volonté du législateur cantonal qui a écarté, lors de la discussion du projet de modification de la LDTR, un amendement visant à préciser dans la loi que la remise à neuf d'un appartement au changement de locataire n'était pas assujettie à la loi a été rejeté (cf. Mémorial du Grand Conseil 1999 p. 1166 et p. 1415).
2.7. Les recourants reprochent à la cour cantonale de s'être écartée sans aucune motivation de sa jurisprudence en soumettant les travaux entrepris dans l'appartement situé au chemin de la Bâtiule n° 16 à une autorisation du Département, alors que leur coût serait inférieur au 10% de la valeur d'assurance du bâtiment concerné.
Les recourants se sont plaints dans leur recours cantonal que le coût des travaux par pièce représentait 3,4 % de la valeur vénale de l'immeuble ou 9 % de la valeur vénale de l'appartement s'agissant du logement sis au chemin de la Bâtiule n° 12, respectivement 2,1 % de la valeur vénale de l'immeuble ou 5,5 % de la valeur de l'appartement pour le logement sis au chemin de la Bâtiule n° 16. Ils ne faisaient ainsi pas référence à la valeur d'assurance de l'immeuble et à la jurisprudence rendue à cet égard. La recevabilité du recours sur ce point est douteuse au regard de la règle de l'épuisement des instances cantonales déduite de l'art. 86 al. 1 let. d LTF, s'agissant d'un grief relevant de l'application du droit cantonal que le Tribunal fédéral examine sous l'angle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 93). Quoi qu'il en soit, supposé recevable, il ne conduirait de toute manière pas à l'annulation de l'arrêt attaqué.
Selon la jurisprudence, des travaux assimilables en soi à de l'entretien relèvent d'une rénovation dès lors qu'ils s'élèvent à la moitié du prix de l'immeuble, leur ampleur ne permettant pas de les limiter à la conservation de la chose en bon état (ATA/98/2002 du 19 février 2002). Des travaux déclarés viser à la remise à neuf d'un bâtiment et de son aspect par la rénovation complète des façades et de la toiture, sont assujettis à la LDTR, dès lors que le coût représente 21% de la valeur fiscale et 25% de la valeur incendie (ATA/689/2009 du 22 décembre 2009). En revanche, des travaux relevant, par leur nature, de l'entretien et dont l'ampleur se limite à 10% de la valeur d'assurance de l'immeuble ne sont pas soumis à la LDTR (ATA SI C. du 1 er décembre 1992 résumé in SJ 1993 p. 576). Les recourants se réfèrent précisément à cet arrêt.
Le Département considère à cet égard que le rapport entre le coût des travaux et la valeur d'assurance incendie de l'immeuble n'est pas déterminant lorsqu'ils portent sur un logement en particulier et qu'il n'entre en considération qu'en présence de travaux collectifs portant sur l'ensemble de l'immeuble, tels que la rénovation de la toiture, des façades, ce qui ne serait pas le cas en l'occurrence. Il n'y a pas lieu d'examiner ce qu'il en est. En effet, selon la jurisprudence cantonale, le rapport entre le coût des travaux entrepris et le montant de la valeur de l'assurance incendie de l'immeuble n'est pas décisif à lui seul pour décider de l'assujettissement des travaux à la LDTR. Il ne s'agit pas d'un critère indépendant qui, s'il était réalisé, devrait entraîner automatiquement le non-assujettissement à une autorisation des travaux litigieux, alors que ces derniers répondraient selon les autres critères à de la rénovation ou à une transformation (ATA/646/2010 du 21 septembre 2010 consid. 8 et les arrêts cités).
Sur ce point, le recours résiste au grief d'arbitraire dans son résultat.
2.8. Les recourants reprochent à la cour cantonale de ne pas avoir expliqué les raisons pour lesquelles elle avait assujetti à la LDTR les travaux concernant l'appartement sis au chemin de la Bâtiule n° 12 alors que l'augmentation de loyer qui s'en est suivie était inférieure à celle de 17 % fixée par la jurisprudence cantonale. Il serait également insoutenable de qualifier les travaux d'importants au motif qu'ils ne permettent pas de maintenir les loyers répondant aux besoins prépondérants de la population alors que les baux des appartements avant travaux dépassent déjà du double le montant maximal arrêté à ce titre à 3'363 fr. la pièce par année.
Les recourants n'ont fait aucune référence dans leur recours cantonal à l'arrêt dont ils se prévalent à l'appui de leur recours en matière de droit public pour contester l'assujettissement des travaux à la LDTR, se bornant à relever que les adaptations de loyer des deux appartements se situaient en-dessous de celles qui ont entraîné l'application de la LDTR dans des affaires similaires. La recevabilité du recours est aussi sujette à caution sur ce point.
Les recourants ne contestent pas que les travaux litigieux puissent être qualifiés d'importants sous l'angle de leur coût au regard de la jurisprudence citée par la cour cantonale. Ils ne nient pas davantage que des travaux aussi importants ne permettent plus de maintenir des loyers correspondant aux besoins prépondérants de la population. Ils ont d'ailleurs motivé une augmentation sensible des baux existants qui dépassait déjà le montant des loyers répondant aux besoins prépondérants de la population, comme le relève le Département. Le fait que les loyers actuels excèdent le montant des loyers répondant aux besoins prépondérants de la population ne permet pas encore de soustraire les travaux entrepris à une autorisation fondée sur la LDTR.
2.9. En définitive, la cour cantonale n'a pas fait preuve d'arbitraire dans l'application du droit cantonal en considérant que les travaux effectués dans les appartements litigieux étaient assimilables à des travaux de rénovation et qu'ils auraient dû être annoncés au Département compétent en vue d'une autorisation.
3.
Le recours doit par conséquent être rejeté dans la mesure où il est recevable, aux frais des recourants qui succombent (art. 65 al. 1 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, ainsi qu'au Département de l'urbanisme et à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 13 février 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Parmelin