Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht Gaster-See erklärte X._ am 12. April 2006 der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern, u.a. mit A._, schuldig und verurteilte ihn zu einer unbedingten Gefängnisstrafe von sieben Monaten. Als massgebliche Entscheidgrundlage diente dem Kreisgericht das psychiatrische Gutachten der Universitätsklinik Zürich aus dem Jahre 1989.
B. X._ legte Berufung beim Kantonsgericht St. Gallen ein. Anlässlich der Verhandlung vom 24. Januar 2007 wurde beschlossen, ihn erneut begutachten zu lassen. Nach Eingang des psychiatrischen Gutachtens vom 16. Juli 2007 und der hierzu erfolgten Stellungnahmen der Parteien sprach das Kantonsgericht X._ am 24. Oktober 2007 wegen fehlender Schuldfähigkeit von der Anklage der mehrfachen sexuellen Handlungen mit Kindern frei (Ziff. 1 des Dispositives) und ordnete eine ambulante psychiatrische Massnahme und für die Dauer der Behandlung Bewährungshilfe an (Ziff. 2 des Dispositives).
C. Die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen erhebt Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht mit den Anträgen, Ziff. 1 des Urteils des Kantonsgerichts sei aufzuheben und die Strafsache an dieses zur Verurteilung und angemessener Bestrafung von X._ wegen mehrfacher sexueller Handlungen mit Kindern zurückzuweisen.
D. Das Kantonsgericht St. Gallen stellt in seiner Stellungnahme vom 4. März 2008 keinen Antrag. Der Beschwerdegegner beantragt in seiner Vernehmlassung vom 18. April 2008 die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf überhaupt einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Staatsanwaltschaft wirft dem Kantonsgericht eine willkürliche Beweiswürdigung (<ref-law>) sowie eine unrichtige Anwendung der Art. 20 und 50 StGB vor. Diese Rügen sind zulässig (<ref-law>), und die Staatsanwaltschaft ist befugt, sie zu erheben (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 BGG; <ref-ruling> E. 1).
2. Das Kantonsgericht erachtet das psychiatrische Gutachten vom 16. Juli 2007 als überzeugend. Dagegen wendet sich die Staatsanwaltschaft in ihrer Beschwerde. Nach ihrem Dafürhalten ist das fragliche Gutachten - welches die Staatsanwaltschaft bereits vor dem Kantonsgericht der Sache nach beanstandete, so dass auf ihre diesbezüglichen Einwendungen vor Bundesgericht einzutreten ist (siehe Vernehmlassung des Beschwerdegegners, S. 5, 6) - in verschiedener Hinsicht mangelhaft. Insbesondere sind ihrer Ansicht nach die gutachterlichen Ausführungen zur Einsichts- und Steuerungsfähigkeit des Beschwerdegegners sowohl grundsätzlich als auch unter Berücksichtigung des Gutachtens der psychiatrischen Universitätsklinik Zürich vom 13. Februar 1989 weder schlüssig noch sachgerecht begründet (vgl. Beschwerdeschrift, insbesondere Ziffern 14 und 15). Es sei deshalb willkürlich, wenn sich das Kantonsgericht bei der Beurteilung der Schuldfähigkeit ohne nähere Begründung einfach auf das fragliche Gutachten vom 16. Juli 2007 stütze.
3. 3.1 Gemäss <ref-law> hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Bei der Beweiswürdigung steht dem kantonalen Gericht ein weiter Ermessens-spielraum zu. Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheides, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 2a, 54 E. 2b; <ref-ruling> E. 2a, mit Hinweisen).
3.2 Wie jedes andere Beweismittel haben Gerichte Gutachten grundsätzlich frei zu würdigen. In Fachfragen dürfen sie aber nicht ohne triftige Gründe von Gutachten abweichen und müssen Abweichungen begründen. Umgekehrt kann das Abstellen auf nicht schlüssige Gutachten gegen das Verbot willkürlicher Beweiswürdigung (<ref-law>) verstossen. Dies ist namentlich der Fall, wenn gewichtige, zuverlässig begründete Tatsachen oder Indizien die Überzeugungskraft des Gutachtens ernstlich erschüttern (<ref-ruling> E. 5.4.2; <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 2).
4. Gemäss Gutachten vom 16. Juli 2007 leidet der im Jahre 1948 geborene Beschwerdegegner seit 1974 an einer bipolaren Affektstörung II (ICD-10 F31) mit depressiven und submanischen bzw. hyperthymen Phasen. In solchen Phasen fehlt es zufolge den weiteren Ausführungen des Gutachters regelmässig an der Krankheitseinsicht, weshalb die Betroffenen eine allfällige psychiatrische Therapie häufig ab- resp. unterbrächen. Es komme dabei sehr oft auch zu einer sexuellen Enthemmung. Bei der Manie handle es sich um eine schwere psychische Erkrankung, welche zu einer tiefgreifenden Veränderung der Persönlichkeit und zur Zerreissung von sinngesetzlichen seelischen Vorgängen und Handlungsabläufen führe. Gegen diese psychotischen Erlebnisqualitäten und Impulse könnten rationale Steuerungsmechanismen nur noch sehr bedingt eingesetzt werden. Auch bei Straftaten im Rahmen von hypomanischen Zuständen sei praktisch stets die Vollexkulpierung gerechtfertigt. Beim Beschwerdegegner liege keine Pädophilie oder Pädosexualität vor, vielmehr handle es sich um eine prägenitale Sexualität mit dem Wunsch nach Zuwendung und Zärtlichkeit. Anlässlich der ihm zur Last gelegten Delikte habe mit hoher Wahrscheinlichkeit eine hypomanische Phase seiner bipolaren Störung II vorgelegen. Die Fähigkeit zur Einsicht in das Unrecht seines Tuns sei dabei kaum herabgemindert gewesen. Jedoch habe diese Einsicht nicht mehr handlungsbestimmend wirken können, d.h. die Steuerungsfähigkeit sei praktisch aufgehoben gewesen, so dass von einer fehlenden Schuldfähigkeit zum Tatzeitpunkt auszugehen sei (Gutachten, S. 18 ff.).
5. Die Diagnose der bipolaren Affektstörung II wird im fraglichen Gutachten nachvollziehbar hergeleitet und umfassend erläutert. Dass der Beschwerdegegner weder an einer schweren Persönlichkeitsstörung leidet, wovon im psychiatrischen Gutachten der Universitätsklinik Zürich vom 13. Februar 1989 im Sinne einer Hauptdiagnose ausgegangen wird, noch an einer Triebstörung (Pädophilie, Pädosexualität), begründet der Sachverständige mit triftigen Argumenten (Gutachten, S. 17 und 19). Die ärztliche Befunderhebung leuchtet insoweit ein. Die Staatsanwaltschaft erhebt hiegegen denn auch zu Recht keine Einwendungen.
Demgegenüber erweist sich ihre Kritik an der weiteren gutachterlichen Einschätzung, insbesondere an der Schuldfähigkeitsbeurteilung, entgegen der Auffassung des Beschwerdegegners (siehe dessen Vernehmlassung, S. 7 ff.) als berechtigt. So äussert sich der Sachverständige - abgesehen von der Feststellung, dass der Beschwerdegegner in den letzten Jahren dank der Lithiumprophylaxe symptomfrei gewesen sein soll (Gutachten, S. 23) - nicht konkret zum Schweregrad, zum Ausmass und zur Ausprägung des von ihm festgestellten Befundes. Er beschränkt sich insofern vielmehr darauf, aus dem Grundsatzwerk "Psychiatrische Begutachtung" von Venzlaff/Foerster zu zitieren, etwa dahin, dass es sich bei der Manie um eine schwere psychische Erkrankung mit tiefgreifender Veränderung der Persönlichkeit handle, ohne aber in der Folge den erhobenen psychischen Befund auch mit Blick auf die andauernde medikamentöse und psychotherapeutische Behandlung des Beschwerdegegners konkret zu quantifizieren. Aus dem Gutachten ergibt sich demnach nicht, ob der Beschwerdegegner - unter Berücksichtigung der grundsätzlich als adäquat eingestuften Behandlungsmassnahmen - an einer eher einfachen Störung bzw. an mittelgradigen oder gar schweren manischen (und depressiven) Episoden leidet. Insoweit erweist sich das Gutachten als unzulänglich.
Nicht anders verhält es sich mit der darin vorgenommenen Einschätzung der Einsichts- und Steuerungsfähigkeit, d.h. der Auswirkungen der psychischen Erkrankung auf die Handlungsmöglichkeiten des Beschwerdegegners. Die Umstände, die vorliegend einerseits für eine weitgehend erhaltene Einsichtsfähigkeit, andererseits aber für eine praktisch aufgehobene Steuerungsfähigkeit zur Tatzeit sprechen sollen, werden im Gutachten nicht sachgerecht und fallbezogen begründet, zumal sich (auch) hierzu nur Erwägungen pauschaler Natur finden, beispielsweise dahin, dass auch bei Straftaten im Rahmen von hypomanischen Zuständen die Vollexkulpierung praktisch stets gerechtfertigt sei. Insoweit entsteht der Eindruck, dass im Gutachten unter alleiniger Berücksichtigung des festgestellten psychischen Befundes in unzulässiger Weise direkt auf die beinahe aufgehobene Steuerungsfähigkeit und damit fehlende Schuldfähigkeit des Beschwerdegegners geschlossen wird. Dieser Eindruck verstärkt sich noch, wenn mit keinem Wort darauf eingegangen wird, weshalb die Steuerungsfähigkeit des Beschwerdegegners praktisch beseitigt gewesen sein soll, wiewohl er mit Lithium behandelt wurde. Die Frage, ob die medikamentöse Behandlung mit Blick auf die Steuerungsfähigkeit als geradezu wirkungslos bezeichnet werden muss, hätte sich aber aufgedrängt und einer eingehenden Begründung durch den Sachverständigen bedurft.
Schliesslich erfolgt im Gutachten vom 16. Juli 2007 auch keine Auseinandersetzung mit der Beurteilung der Schuldfähigkeit, wie sie im Gutachten der Psychiatrischen Universitätsklinik Zürich vom 13. Februar 1989 vorgenommenen wird. Darin wurde dem Beschwerdegegner eine bloss im mittleren Grade verminderte Zurechnungsfähigkeit attestiert. Dies obschon auch die damaligen psychiatrischen Sachverständigen davon ausgingen, dass der Beschwerdegegner neben einer schweren Persönlichkeitsstörung an einer bipolaren Affektpsychose leidet (Gutachten der psychiatrischen Universitätsklinik, S. 37 und 38). Vor diesem Hintergrund hätte es sich aufgedrängt, die Gründe und Umstände, die den aktuellen Sachverständigen zu einer Neubeurteilung der Schuldfähigkeit des Beschwerdegegners veranlassten, unter Würdigung des früheren Gutachtens transparent und nachvollziehbar aufzuzeigen, zumal das Krankheitsbild offensichtlich gleichbleibend seit 1974 besteht. Solches kann dem Gutachten vom 16. Juli 2007 indessen nicht entnommen werden.
Unter diesen Umständen hätte das Kantonsgericht bei seiner Entscheidfindung, wie die Staatsanwaltschaft zu Recht geltend macht, nicht unbesehen auf das fragliche Gutachten vom 16. Juli 2007 abstellen dürfen. Indem es dies dennoch tat, ist es entgegen der Auffassung des Beschwerdegegners in Willkür verfallen. Die Beschwerde erweist sich insofern als begründet. Die weiteren Rügen betreffend die unrichtige Anwendung von Art. 20 und 50 StGB müssen vor diesem Hintergrund nicht behandelt werden.
6. Damit ist die Beschwerde gutzuheissen, die Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und die Sache antragsgemäss zur neuen Entscheidung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Dieses wird im Sinne der obigen Erwägungen den Schweregrad, das Ausmass und die Intensität der psychischen Erkrankung des Beschwerdegegners sowie deren Auswirkungen auf dessen Steuerungsfähigkeit zur Tatzeit abklären lassen müssen, wobei insbesondere zu berücksichtigen sein wird, dass der Beschwerdegegner bereits dannzumal nicht nur psychotherapeutisch, sondern medikamentös mit Lithium behandelt wurde.
7. Gemäss Verfahrensausgang hat der Beschwerdegegner die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (<ref-law>). Die obsiegende beschwerdeführende Staatsanwaltschaft hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, die Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids des Kantonsgerichts St. Gallen vom 24. Oktober 2007 aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, sowie A._ schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. April 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Arquint Hill