Sachverhalt:
A. Die städtische Überbauung Luggweg in Zürich wurde in den Jahren 1958/1959 erstellt. Sie besteht aus zwei achtgeschossigen Laubenganghäusern und zehn Flachdachbauten und umfasst insgesamt 148 Wohnungen. Die Wohnsiedlung soll ausgerichtet auf einen Renovationszyklus von etwa 30 Jahren einer Renovation unterzogen werden. Der Stadtrat von Zürich bewilligte am 17. Januar 2007 für die Gesamtrenovation mit Wohnungszusammenlegungen der Wohnsiedlung Luggweg 24,5 Mio. Franken. Davon betrachtete er 23,15 Mio. Franken als gebundene Ausgaben und 1,35 Mio. Franken als neue Ausgaben. Im Weiteren beschloss er, von diesen Ausgaben 13,5 Mio. Franken als wertvermehrende Investitionen und 11 Mio. Franken als werterhaltende Investitionen zu verbuchen.
B. Gegen diesen Stadtratsbeschluss vom 17. Januar 2007 gelangte Niklaus Scherr mit Stimmrechtsrekurs an den Bezirksrat Zürich. Er verlangte im Wesentlichen die Aufhebung des angefochtenen Stadtratsbeschlusses und stellt den Hauptantrag, es sei festzustellen, dass der gesamte Kreditbetrag von 24,5 Mio. Franken vom Gemeinderat zu bewilligen sei und dem fakultativen Referendum unterliege. Der Eventualantrag zielte auf die Feststellung, dass der Kreditbetrag von 13,5 Mio. Franken für die in der städtischen Bilanz als wertvermehrend zu aktivierenden Investitionen in die Bewilligungszuständigkeit des Gemeinderats falle und dem fakultativen Referendum unterstehe und der Subeventualantrag verlangte dies für einen Kreditanteil von über 2 Mio. Franken.
Der Bezirksrat hiess den Stimmrechtsrekurs am 15. November 2007 teilweise gut und stellte fest, dass vom gesamten Kreditbetrag von 24,5 Mio. Franken ein Anteil von mehr als 2 Mio. Franken neue Ausgaben darstellten und in die Bewilligungszuständigkeit des Gemeinderats fielen. Der Bezirksrat wies die Stadt Zürich an, durch den Stadtrat eine entsprechende Vorlage ausarbeiten und dem Gemeinderat zum Beschluss unterbreiten zu lassen.
C. Gegen den Beschluss des Bezirksrats vom 15. November 2007 erhoben die Stadt Zürich und Niklaus Scherr Rekurs beim Regierungsrat des Kantons Zürich. Die Stadt Zürich stellte den Antrag, dass der Beschluss des Bezirksrats, soweit er den erstinstanzlichen Rekurs gutheisse, aufzuheben sei. Niklaus Scherr stellte im Wesentlichen folgende Anträge:
1. Der Beschluss des Stadtrats betr. gebundene Ausgaben und den Objektkredit für die Gesamtrenovation und die Wohnungszusammenlegungen der Wohnsiedlung Luggweg sei aufzuheben.
2. a. Hauptantrag: Es sei festzustellen, dass der Kreditbetrag für die in der städtischen Bilanz als wertvermehrend aktivierten Investitionen in Höhe von 13,5 Mio. Franken nach Art. 41 lit. r Gemeindeordnung (Investitionen in Bauten des Finanzvermögens) in die Zuständigkeit des Gemeinderates fällt und dem fakultativen Referendum unterliegt. Der Stadtrat sei anzuweisen, dem Gemeinderat entsprechend Antrag zu stellen.
2. b. Eventualantrag: Der Entscheid der Vorinstanz sei dahingehend zu ergänzen, dass noch weitere Aufwendungen als die vom Bezirksrat akzeptierten als neu zu qualifizieren sind und damit dem fakultativen Referendum unterstehen. Darunter fällt namentlich die Neuinstallation von Solarkollektoren zur Warmwasservorwärmung.
Mit Beschluss vom 3. September 2008 bestätigte der Regierungsrat den Beschluss des Bezirksrats vom 15. November 2007 im Wesentlichen und hiess den Stimmrechtsrekurs von Niklaus Scherr im Sinne der Erwägungen teilweise gut. Der Stimmrechtsrekurs der Stadt Zürich wurde vom Regierungsrat abgewiesen. Der Regierungsrat kam zum Schluss, dass die bei den Wohnungszusammenlegungen anfallenden neuen Ausgaben mit Fr. 1.35 Mio. zu tief festgesetzt seien; sowohl die Kosten für Küchen und Bäder als auch jene für Maler- und Bodenarbeiten in den zusammengelegten Wohnungen stellten neue und nicht gebundene Ausgaben dar. Das Gleiche treffe zu für die Vergrösserung der Balkone, die Neuerstellung von sieben Balkonen, die Sanierung der zwei Kinderspielplätze, die Einrichtung eines Veloraums sowie die Erstellung von sieben Parkplätzen. Der Regierungsrat ordnete an, die Stadt habe die neuen Ausgaben für die Gesamtrenovation dem Gemeinderat zur Bewilligung zu unterbreiten.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 8. Oktober 2008 beantragt die Stadt Zürich, der Beschluss des Regierungsrats vom 3. September 2008 sei insoweit aufzuheben, als der Stimmrechtsrekurs von Niklaus Scherr teilweise gutgeheissen und der Stimmrechtsrekurs der Stadt Zürich abgewiesen wurde. Der Beschluss des Stadtrats vom 17. Januar 2007 betreffend die Bewilligung der neuen und gebundenen Ausgaben für die Gesamtrenovation mit Wohnungszusammenlegungen der Wohnsiedlung Luggweg sei zu bestätigen. Zudem sei die Anordnung des Regierungsrats, wonach die Stadt Zürich die neuen Ausgaben für die Gesamtrenovation dem Gemeinderat zur Bewilligung zu unterbreiten habe, aufzuheben.
E. Die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich und der Bezirksrat Zürich verzichten auf eine Stellungnahme zur Beschwerde. Niklaus Scherr beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen und der Beschluss des Regierungsrats zu bestätigen.
F. Gleichzeitig mit der Beschwerde an das Bundesgericht vom 8. Oktober 2008 (Verfahren 1C_467/2008) erhob die Stadt Zürich gegen den Beschluss des Regierungsrats vom 3. September 2008 eine Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit denselben Anträgen. Das Verwaltungsgericht trat auf diese Beschwerde mit Beschluss vom 27. Oktober 2008 mangels sachlicher Zuständigkeit nicht ein.
Dagegen hat die Stadt Zürich am 18. November 2008 beim Bundesgericht vorsorglich eine weitere Beschwerde eingereicht (Verfahren 1C_529/2008). Sie beantragt darin, der Beschluss des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und das Verfahren sei an diese Instanz zur materiellen Behandlung zurückzuweisen, falls das Bundesgericht auf die im Verfahren 1C_467/2008 hängige Beschwerde der Stadt Zürich nicht eintreten sollte.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde der Stadt Zürich im Verfahren 1C_467/2008 richtet sich gegen einen Beschluss des Regierungsrats, mit welchem dieser einen Stimmrechtsrekurs von Niklaus Scherr teilweise gutgeheissen und den Stimmrechtsrekurs der Stadt Zürich abgewiesen hat. Zu beurteilen hatte der Regierungsrat, ob die Aufteilung der Ausgaben für das Projekt betreffend die Wohnsiedlung Luggweg in neue und gebundene Ausgaben rechtmässig erfolgte. Damit liegt eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts vor, welche dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unterbreitet werden kann. Es sind keine Ausnahmegründe im Sinne der <ref-law> erfüllt.
1.2 Der angefochtene Entscheid trifft die Stadt Zürich in ihren hoheitlichen Befugnissen. Sie rügt die Verletzung der Gemeindeautonomie (<ref-law> und Art. 85 Abs. 1 KV/ZH). Dazu ist sie nach Art. 89 Abs. 2 lit. c in Verbindung mit Art. 95 lit. a und c BGG berechtigt. Ob ihr im betroffenen Bereich tatsächlich Autonomie zusteht, ist nicht eine Frage des Eintretens, sondern der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.1 S. 412 mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 1C_326/2008 vom 29. Oktober 2008 E. 1.2).
1.3 Der Regierungsrat ist in Angelegenheiten der vorliegenden Art nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung grundsätzlich nicht die letzte kantonale Instanz (Art. 86 und 88 BGG; <ref-ruling> E. 1.2 S. 201). Auf die vollständige Ausschöpfung des kantonalen Instanzenzugs wird jedoch mit Blick auf das Urteil des Bundesgerichts 1C_183/2008 vom 23. Mai 2008 E. 1.1 im vorliegenden Fall verzichtet. Bei Anfechtungsobjekten, die der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unterliegen und nach Ablauf der Übergangsfrist gemäss <ref-law> nicht von einem oberen kantonalen Gericht im Sinne von Art. 86 Abs. 2 erster Halbsatz BGG gefällt werden, tritt das Bundesgericht auf die Beschwerde vorbehältlich der Ausnahmen gemäss Art. 86-88 BGG nicht ein. Es überweist die Angelegenheit in solchen Fällen an das mutmasslich zuständige obere kantonale Gericht (Urteil des Bundesgerichts 2C_25/2009 vom 5. Februar 2009 E. 6.4).
1.4 Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind in Bezug auf die Beschwerde der Stadt Zürich gegen des Beschluss des Regierungsrats vom 3. September 2008 erfüllt, weshalb darauf einzutreten ist (Verfahren 1C_467/2008).
1.5 Nachdem auf die Beschwerde im Verfahren 1C_467/2008 einzutreten ist, wird die Beschwerde der Stadt Zürich gegen den Nichteintretensbeschluss des Verwaltungsgerichts vom 27. Oktober 2008 gegenstandslos (Verfahren 1C_529/2008). Sie ist somit vom Geschäftsverzeichnis abzuschreiben.
2. 2.1 Nach der Rechtsprechung sind Gemeinden in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann sich auf die Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften beziehen oder einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen. Der Schutz der Gemeindeautonomie setzt eine solche nicht in einem ganzen Aufgabengebiet, sondern lediglich im streitigen Bereich voraus. Im Einzelnen ergibt sich der Umfang der kommunalen Autonomie aus dem für den entsprechenden Bereich anwendbaren kantonalen Verfassungs- und Gesetzesrecht (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 130 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 294; je mit Hinweisen). Die Anwendung von kantonalem oder eidgenössischem Verfassungsrecht prüft das Bundesgericht mit freier Kognition, die Handhabung von Gesetzes- und Verordnungsrecht unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots (<ref-ruling> E. 1 S. 93 mit Hinweisen).
2.2 Im vorliegenden Fall steht die Auslegung und Anwendung von kantonalem Gesetzesrecht zur Diskussion. Dabei geht es um den in § 121 des kantonalen Gemeindegesetzes vom 6. Juni 1926 (GG/ZH) sowie in Art. 10bis der kommunalen Gemeindeordnung vom 26. April 1970 (GO) geregelten Begriff der gebundenen Ausgabe.
Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
2.3 Bei der Wohnüberbauung Luggweg handelt es sich um Liegenschaften des kommunalen Finanzvermögens. Nach Art. 41 lit. r GO ist der Gemeinderat zuständig für die Bewilligung von Krediten, die neue Investitionen für Bauten des Finanzvermögens von mehr als 2 Mio. Franken betreffen. Solche Finanzbeschlüsse des Gemeinderats unterstehen dem fakultativen Referendum (Art. 12 Abs. 1 lit. b GO). Investitionen für Liegenschaften des Finanzvermögens gehören zur Anlagetätigkeit. Sie werden nach Massgabe von Art. 41 lit. r GO wie Ausgaben behandelt. Die Grundsätze, die zu neuen und gebundenen Ausgaben entwickelt wurden, gelten daher auch für diesen Bereich der Anlagetätigkeit (vgl. Peter Saile, Das Recht der Ausgabenbewilligung der zürcherischen Gemeinden, 1991, S. 83 f.). In diesem Sinn weist Art. 41 lit. r GO dem Gemeinderat die Bewilligungskompetenz für neue Ausgaben für Immobilien von mehr als 2 Mio. Franken zu. Über gebundene Ausgaben beschliesst ungeachtet ihrer Höhe in den Zürcher Gemeinden wie auch auf kantonaler Ebene die Exekutive, in der Stadt Zürich somit der Stadtrat (vgl. Art. 68 Abs. 2 lit. c KV/ZH; Saile, a.a.O., S. 43 f.; H.R. Thalmann, Kommentar zum Zürcher Gemeindegesetz, 3. Auflage 2000, § 119 N. 5 und § 64 N. 3.4).
Gemäss § 121 GG/ZH gelten Ausgaben als gebunden, wenn die Gemeinde durch übergeordnetes Recht, durch Gerichtsentscheide, durch Beschlüsse der zuständigen Gemeindeorgane oder durch frühere Beschlüsse zu ihrer Vornahme verpflichtet ist und ihr sachlich, zeitlich und örtlich kein erheblicher Entscheidungsspielraum bleibt. Diese Begriffsbestimmung entspricht im Wesentlichen derjenigen der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 2c S. 142; Urteil des Bundesgerichts 1C_183/2008 vom 23. Mai 2008 E. 5.1.2).
§ 8 der kantonalen Verordnung über den Gemeindehaushalt vom 26. September 1984 ermöglicht es den Gemeinden, den Begriff der gebundenen Ausgaben näher zu umschreiben. Die Stadt Zürich hat davon in Art. 10bis GO Gebrauch gemacht. Nach dessen Abs. 1 gelten Ausgaben als gebunden, wenn
a) die Gemeinde durch übergeordnetes Recht, durch Gerichtsentscheide oder durch frühere Beschlüsse der Gemeinde zu ihrer Vornahme verpflichtet ist
b) der Zweck der Ausgabe und die Art und Mittel der Zweckerfüllung hinreichend konkretisiert sind und
c) hinsichtlich Umfang, Zeitpunkt und Modalitäten der Ausgabe kein erheblicher Entscheidungsspielraum besteht.
Als neue Ausgaben gelten gemäss Art. 10bis Abs. 2 GO insbesondere:
a) Erstellung, Umbau und Zweckänderung von Hochbauten
b) Erstellung von Tiefbauten
c) Renovation von Hochbauten und Sanierung von Tiefbauten, sofern Art und Mittel dazu nicht hinreichend konkretisiert sind.
Die kommunalen Präzisierungen bezwecken nicht neue Definitionen der gebundenen und neuen Ausgaben, sondern erlauben besondere Festlegungen für Grenzbereiche (Thalmann, a.a.O., § 121 N. 1.3). Der Regierungsrat hält im angefochtenen Entscheid fest, dass Art. 10bis GO das Begriffspaar der gebundenen und der neuen Ausgaben übereinstimmend mit § 121 GG/ZH und der bundesgerichtlichen Rechtsprechung definiere. Es sei somit auf die bundesgerichtliche Begriffsbestimmung abzustellen. Diese Auffassung wird von der Beschwerdeführerin, die sich auf ihre Autonomie bei der Anwendung des kommunalen und kantonalen Rechts beruft, grundsätzlich nicht beanstandet (s. auch Urteil des Bundesgerichts 1C_183/2008 vom 23. Mai 2008 E. 5.1.3).
3. 3.1 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts, auf welche hier wie erwähnt abzustellen ist, gelten Ausgaben dann als gebunden, wenn sie durch einen Rechtssatz prinzipiell und dem Umfang nach vorgeschrieben oder zur Erfüllung der gesetzlich geordneten Verwaltungsaufgaben unbedingt erforderlich sind. Gebunden ist eine Ausgabe ferner, wenn anzunehmen ist, die Stimmberechtigten hätten mit einem vorausgehenden Grunderlass auch die aus ihm folgenden Aufwendungen gebilligt, falls ein entsprechendes Bedürfnis voraussehbar war oder falls es gleichgültig ist, welche Sachmittel zur Erfüllung der vom Gemeinwesen mit dem Grunderlass übernommenen Aufgaben gewählt werden. Es kann aber selbst dann, wenn das "Ob" weitgehend durch den Grunderlass präjudiziert ist, das "Wie" wichtig genug sein, um die Mitsprache des Volkes zu rechtfertigen. Immer dann, wenn der entscheidenden Behörde in Bezug auf den Umfang der Ausgabe, den Zeitpunkt ihrer Vornahme oder andere Modalitäten eine verhältnismässig grosse Handlungsfreiheit zusteht, ist eine neue Ausgabe anzunehmen (<ref-ruling> E. 3b S. 90 f.; <ref-ruling> E. 4c S. 62; <ref-ruling> E. 2c S. 142; <ref-ruling> E. 4 S. 396 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 51, mit Hinweisen). Letztlich ausschlaggebend ist, ob eine Ausgabe durch einen Grunderlass so stark vorherbestimmt ist, dass für ihre Vornahme in sachlicher, örtlicher und zeitlicher Hinsicht kein erheblicher Handlungsspielraum mehr besteht. Ist dies der Fall, liegt eine gebundene Ausgabe vor (<ref-ruling> E. 3b S. 81).
3.2 Die bundesgerichtliche Rechtsprechung geht in Anwendung der allgemeinen Grundsätze zum Finanzreferendum davon aus, dass Ausgaben für den blossen Gebäudeunterhalt grundsätzlich als gebunden, solche für die Erweiterung oder die Ergänzung staatlicher Gebäude als neu zu betrachten sind. Ausgaben für den Umbau solcher Gebäude gelten als neu, wenn sie mit einer Zweckänderung verbunden sind. Umgekehrt lässt sich nicht allgemein sagen, dass grössere Ausgaben für die Instandstellung, Erneuerung oder den Umbau eines Gebäudes immer gebunden sind, wenn der Zweck des Gebäudes beibehalten wird. Die Einstufung einer Ausgabe als neu oder als gebunden hängt davon ab, ob die Behörde beim Entscheid über das "Ob" und "Wie" der Aufwendungen eine verhältnismässig grosse Handlungsfreiheit besitzt. Kommt der entscheidenden Behörde eine solche Handlungsfreiheit zu, ist auch bei Umbauten ohne Zweckänderung von neuen Ausgaben auszugehen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 4c S. 398). Ausgaben, die nur der Erhaltung und dem Unterhalt im Sinn der technischen Erneuerung auf einen zeitgemässen Stand dienen, dürfen als gebunden betrachtet werden (vgl. BGE <ref-ruling> E. 4d S. 398 f. mit Hinweis). Überschreiten Modernisierungen den üblichen Standard, spricht dies für das Vorliegen eines erheblichen Entscheidungsspielraums und damit für eine neue Ausgabe (vgl. Marcel Bolz, Die referendumsrechtliche Gebundenheit von Ausgaben für Sanierungsprojekte bei Bauten und die Zulässigkeit der Delegation der Ausgabenbewilligungskompetenz, insbesondere nach aargauischem Recht, in ZBl 1997, S. 337 ff., S. 345). Damit soll insbesondere erreicht werden, dass die Mitwirkungsrechte des Volkes bzw. des Parlaments sinnvoll, d.h. unter Berücksichtigung ihrer staatspolitischen Funktion gehandhabt und nicht ihrer Substanz entleert werden (vgl. BGE <ref-ruling> E. 4c S. 398 mit Hinweis). Dass bei Bauvorhaben eine Aufteilung von gebundenen und neuen Ausgaben vorgenommen wird und die kreditrechtliche Bewilligung der gebundenen und neuen Ausgaben gesondert erfolgt, erachtet das Bundesgericht als zulässig (vgl. BGE 113 la 390 E. 5a S. 399; <ref-ruling> E. 5a S. 40 f.; Urteil des Bundesgerichts 1C_183/2008 vom 23. Mai 2008).
3.3 Die Gesamtsanierung der beiden Laubenganghäuser besteht im Wesentlichen aus der Zusammenlegung von 32 bisherigen kleinräumigen 1-, 21⁄2- und 31⁄2-Zimmer-Wohnungen zu acht 41⁄2-Zimmer-Familienwohnungen im Haus Luggweg 109 und acht 51⁄2-Zimmer-Familienwohnungen im Haus Luggweg 125. Zudem sollen im Haus Luggweg 109 sechszehn 1-Zimmer-Wohnungen zu acht 21⁄2-Zimmer-Wohnungen vereinigt werden. Weiter sollen die Bodenbeläge erneuert und aufgefrischt, die bisherigen 3 m2 grossen Balkone durch neue 5 m2 grosse Balkone ersetzt und solche Balkone auch bei sieben 1-Zimmer-Wohnungen angebracht werden, welche bisher noch über keinen Balkon verfügten. Vorgesehen ist ausserdem die Neugestaltung von zwei bestehenden Kinderspielplätzen. Ein bestehendes Garagengebäude mit sieben Einzelgaragen soll so umgestaltet werden, dass aus drei Garagen ein neuer Veloraum entsteht; im anderen Teil des Garagengebäudes ist ein Geräteraum sowie ein Hauswartbüro mit Dusche geplant.
Der Stadtrat Zürich bewilligte mit Beschluss vom 17. Januar 2007 den Teilbetrag von 1,23 Mio. Franken für die Grundrissveränderungen bei den Wohnungszusammenlegungen als neue Ausgabe. Die zusätzlichen Ausgaben in der Höhe von 23,15 Mio. Franken bezeichnete er als gebundene Ausgaben. Der Regierungsrat erkannte hingegen, dass die neuen Bäder und Küchen auf die neuen Wohnungsgrössen abgestimmt seien und deshalb in direktem Zusammenhang mit der Vereinigung der Wohnungen stünden. Sie seien somit als neue Ausgaben zu bezeichnen. Dasselbe gelte für die Malerarbeiten und Bodenbeläge in den zusammengelegten Wohnungen, da sie im selben Zug mit der inneren Umgestaltung der Gebäude erfolgten. Bei den Balkonen ging der Regierungsrat von einer Komfortsteigerung aus, welche über eine übliche Instandsetzung und Erneuerung hinausgingen. Der Stadtrat beabsichtige die vollständige Entfernung der alten Balkone und deren Ersatz durch eine Neukonstruktion, was eine neue Ausgabe darstelle. Dasselbe gelte für die sieben neuen Balkone für die 1-Zimmer-Wohnungen, welche bisher über keine Balkone verfügten.
Der Regierungsrat kam zum Schluss, zusätzlich zu den von der Stadt anerkannten neuen Ausgaben von 1,35 Mio. Franken, seien auch Fr. 672'000.-- für die Balkonvergrösserungen, Fr. 98'000.-- für die sieben neuen Balkone, Fr. 100'000.-- für die Spielplätze und Fr. 56'900.-- für den Umbau der Garagen neue Ausgaben, was insgesamt über 2,2 Mio. Franken ergebe. Hinzu kämen Kosten für die Erstellung von sieben Parkplätzen und weitere durch die Wohnungszusammenlegungen bedingte Kosten für neue Küchen und Badezimmer sowie Malerarbeiten und Bodenbeläge in den zusammengelegten Wohnungen. Da diese Kosten insgesamt den Betrag von 2 Mio. Franken überstiegen, sei der Gemeinderat für die Bewilligung der neuen Ausgaben zuständig.
3.4 Unbestritten ist, dass ein Grossteil der Kosten von insgesamt 24,5 Mio. Franken für die Gesamtsanierung gebundene Ausgaben darstellen. Umstritten ist insbesondere, ob die mit den Wohnungszusammenlegungen verbundenen Aufwendungen für Küchen und Bäder sowie zusätzliche Malerarbeiten und Bodenbeläge zu den gebundenen Ausgaben gezählt werden dürfen. Zudem ist umstritten, ob der Ersatz der bisherigen Balkone und die neuen Balkone in vollem Umfang als neue Ausgaben oder zumindest teilweise als gebundene Ausgaben zu gelten haben. Die Stadt Zürich lehnt eine Behandlung der entsprechenden Kosten als neue Ausgaben ab, weil der Ersatz von 50-jährigen Küchen, Bädern und Bodenbelägen sowie Malerarbeiten zu den Instandsetzungs- und Unterhaltsmassnahmen gehöre, und zwar ungeachtet des Umstands, dass ein Teil der Wohnungen zusammengelegt werde. Auch der Ersatz der bisherigen nur 3 m2 grossen Balkone durch neu 5 m2 grosse Balkone sei nicht ein eigentlicher Umbau, sondern diene lediglich der Sanierung und nachhaltigen Vermietbarkeit der Wohnungen, also letztlich der Werterhaltung. Eine Komfortsteigerung, welche zu einer neuen Ausgabe führen könne, liege erst bei einer Vergrösserung der Balkone auf 10 m2 vor.
3.5 Der Stadtrat Zürich hat beim Beschluss, einen Teil der bisherigen kleinen Wohnungen zu grösseren Wohnungen zusammenzulegen, von einem erheblichen Handlungsspielraum in Bezug auf die Frage, "wie" die städtische Überbauung Luggweg zu sanieren sei, Gebrauch gemacht. Er hat dabei als neue Ausgaben nur jene Kosten eingesetzt, die durch den eigentlichen Umbau bedingt sind, wie der Abbruch und die Neuerstellung bestimmter Wände und andere bauliche Anpassungen zur Grundrissveränderung. Die Einwände der Stadt Zürich gegen die Beurteilung des Regierungsrats erscheinen insoweit verständlich, als auch bei einem Verzicht auf die Wohnungszusammenlegungen der Ersatz der 50-jährigen Küchen und Bäder, gewisse Malerarbeiten sowie der Ersatz oder die Auffrischung der Bodenbeläge notwendig gewesen wären. Mit den Wohnungszusammenlegungen weicht der Stadtrat jedoch von der zu gebundenen Ausgaben führenden Instandstellung und Erneuerung teilweise ab, indem er auch eine erhebliche Umgestaltung des Gebäudeinnern vornimmt. Mit dieser Umgestaltung wird im Vergleich zum früheren Zustand qualitativ neuer Wohnraum geschaffen, welcher von der Ausübung einer grossen Handlungsfreiheit zeugt. Die mit der Ausübung dieser Handlungsfreiheit verbundenen Kosten für neue Bäder, Küchen, Bodenbeläge und Malerarbeiten als neue Ausgaben zu bewerten, verstösst im Lichte des einschlägigen kantonalen und kommunalen Rechts und der bundesgerichtlichen Praxis nicht gegen das Willkürverbot und damit auch nicht gegen die Gemeindeautonomie der Stadt Zürich (s. vorne E. 2).
Dasselbe gilt für die Beurteilung der umstrittenen Balkone durch den Regierungsrat, da es sich hier um neue Bauteile handelt, die am Gebäude angebracht werden. Auch wenn hier angesichts der bescheidenen Ausmasse der neuen Balkone nicht von einer Komfortsteigerung gesprochen werden könnte, führt die geplante Veränderung der Balkone in Wahrnehmung des kommunalen Handlungsspielraums doch zu einer Steigerung des Gebrauchswerts der Wohnungen. Die regierungsrätliche Beurteilung erscheint auch in dieser Hinsicht im Ergebnis nicht als willkürlich. Daran ändert auch das von der Stadt Zürich angerufene, in ZBl 81/1980 S. 125 ff. publizierte Urteil des Bundesgerichts nichts. In diesem Entscheid bezeichnete das Bundesgericht den Einbau eines Lifts in ein Verwaltungsgebäude, in welchem der Dachstock ausgebaut wurde, als gebundene Ausgabe, weil es sich dabei um eine Einrichtung handle, die in einem öffentlichen Verwaltungsgebäude in aller Regel vorhanden sei. In der vorliegenden Angelegenheit handelt es sich in Bezug auf die zu ersetzenden Balkone gar um bereits vorhandene Balkone, die zu ersetzen sind. Angesichts der grossen Handlungsfreiheit beim Entscheid über die Art, wie die Balkone der Wohnüberbauung Luggweg saniert werden sollen, verfiel der Regierungsrat jedoch bei der Bezeichnung der Kosten für die Balkone als neue Ausgaben nicht in Willkür.
Hinsichtlich der umstrittenen Beurteilung der Ausgaben für den Ersatz der Kinderspielplätze ist trotz der in § 248 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG/ZH) enthaltenen Pflicht zur Einrichtung von Spielplätzen nicht zu beanstanden, dass der Regierungsrat die Spielplätze mangels hinreichend konkreter Vorstellungen über deren Realisierung nicht als gebundene Ausgaben bezeichnete. Art. 10bis Abs. 1 lit. b und Abs. 2 lit. c GO setzen für die Anerkennung als gebundene Ausgabe eine hinreichende Konkretisierung der Art und Mittel der Zweckerfüllung voraus. Aus den Ausführungen der Stadt Zürich ergibt sich im Übrigen, dass eine solche Konkretisierung mit Rücksicht auf die Wünsche der in die Überbauung einziehenden Familien erst in einem späteren Zeitpunkt erfolgen soll.
Schliesslich verweist die Stadt Zürich auf die Pflicht zur Errichtung von Veloparkplätzen gemäss Art. 4 Abs. 3 und Art. 9 Abs. 2 der kommunalen Parkplatzverordnung. Sie leitet daraus ab, bei der Einrichtung eines Veloraums anstelle von drei Einzelgaragen liege eine gebundene Ausgabe vor. Auch diesbezüglich ist von einem erheblichen Handlungsspielraum der Stadt Zürich bei der Erfüllung ihrer Pflicht auszugehen, weshalb die Beurteilung dieser Kosten durch den Regierungsrat als neue Ausgaben nicht zu beanstanden ist.
Lediglich hinsichtlich der sieben Parkplätze, welche im Freien markiert werden sollen, erscheint fraglich, ob willkürfrei von einer neuen Ausgabe gesprochen werden kann. Die Stadt Zürich geht davon aus, hier liege ausser bei der Markierung der betroffenen Flächen gar keine Ausgabe vor, weil die Parkierungsflächen bereits bestünden. Es handelt sich hier ganz offensichtlich um einen untergeordneten Punkt, der keiner Klärung im vorliegenden bundesgerichtlichen Verfahren bedarf, da nach dem angefochtenen Entscheid die neuen Ausgaben, die jedenfalls die Schwelle von 2 Mio. Franken überschreiten, neu zu erheben und dem Gemeinderat zur Bewilligung zu unterbreiten sind. Dabei fällt die Markierung von sieben Parkplätzen gemessen an den übrigen Ausgaben nicht ins Gewicht.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde im Verfahren 1C_467/2008 abzuweisen ist. Die Beschwerde der Stadt Zürich im Verfahren 1C_529/2008 wird als gegenstandslos geworden abgeschrieben.
Der Stadt Zürich sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Dem nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdegegner ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde der Stadt Zürich im Verfahren 1C_467/2008 wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde der Stadt Zürich im Verfahren 1C_529/2008 wird als gegenstandslos geworden abgeschrieben.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Stadt Zürich, dem Beschwerdegegner, dem Bezirksrat Zürich, dem Regierungsrat sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Haag