Sachverhalt:
A. X._ war als Vertriebsvermittler für die A._ Ltd. und die B._ GmbH tätig. Beide Gesellschaften wurden von Z._ kontrolliert. Am 25. August 2003 erhoben X._ und weitere Personen Strafanzeige gegen Z._, den sie verdächtigten, Kundengelder in erheblichem Umfang veruntreut zu haben. Am 2. September 2003 wurde X._ als Auskunftsperson einvernommen.
Am 27. August 2004 erliess die Bezirksanwaltschaft Zürich Vorführungsbefehl gegen X._, der mittlerweile ebenfalls der Veruntreuung verdächtigt wurde. Die Kantonspolizei Zürich vollzog diesen Vorführungsbefehl am 2. September 2004 am Arbeitsplatz von X._. Er wurde auf den Polizeiposten geführt, dort befragt, erkennungsdienstlich behandelt und am gleichen Tag wieder aus dem Polizeigewahrsam entlassen.
Im Zusammenhang mit der Verhaftung vom 2. September 2004 machte X._ am 14. September 2004 gegenüber dem Regierungsrat des Kantons Zürich Haftungsansprüche geltend, da er seine Persönlichkeitsrechte verletzt sah.
B. Am 10. Dezember 2004 lehnte die Finanzdirektion des Kantons Zürich die von X._ geltend gemachten Ansprüche ab.
Darauf erhob X._ am 17. Dezember 2004 beim Bezirksgericht Zürich Klage gegen den Kanton Zürich mit dem Rechtsbegehren, es sei festzustellen, dass der Kanton Zürich durch die Verhaftung und (einzeln aufgeführte) nähere Umstände derselben seine Persönlichkeitsrechte verletzt habe. Nachdem in einem ersten Umgang das Bezirksgericht und das Obergericht auf die Klage nicht eingetreten waren und daraufhin das Kassationsgericht die Sache zur materiellen Beurteilung zurückgewiesen hatte, wies das Bezirksgericht Zürich die Klage von X._ mit Urteil vom 8. Oktober 2009 ab.
Hiergegen erhob X._ Berufung beim Obergericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Klage von X._ mit Urteil vom 4. Februar 2011 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Eingabe vom 22. März 2011 führt X._ Beschwerde in Zivilsachen beim Bundesgericht und stellt den Antrag, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, es sei auf die Klage auf Feststellung einer widerrechtlichen Persönlichkeitsverletzung einzutreten und es sei unter Gutheissung der Klage festzustellen, dass der Kanton Zürich durch die Verhaftung und (einzeln aufgeführte) nähere Umstände derselben seine Persönlichkeitsrechte verletzt habe.
Die Finanzdirektion des Kantons Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde; das Obergericht des Kantons Zürich verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Ansprüche aus Staatshaftung gelten - mit Ausnahme der Fälle der Haftung für medizinische Tätigkeit (Art. 31 Abs. 1 lit. d des Reglements vom 20. November 2006 für das Bundesgericht [BgerR; SR 173.110.131]; <ref-ruling> E. 2.1 S. 465 f.) - als öffentlich-rechtlich und sind vor Bundesgericht daher nicht mit Beschwerde in Zivilsachen (<ref-law>), sondern mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) geltend zu machen. Zuständig ist innerhalb des Bundesgerichts die II. öffentlich-rechtliche Abteilung, ausser für Ansprüche nach strafprozessualen Normen über Entschädigungen, wofür die strafrechtliche Abteilung zuständig ist (Art. 30 Abs. 1 lit. c Ziff. 1 BGerR; <ref-ruling> E. 1.1.2 S. 46), und Ansprüche gestützt auf Sozialversicherungsrecht, welche in der Zuständigkeit der sozialrechtlichen Abteilungen liegen (<ref-ruling>; <ref-ruling>; <ref-ruling>).
1.2 Der Beschwerdeführer macht im Zusammenhang mit seiner Behandlung durch die Polizei eine Verletzung der Persönlichkeit und der EMRK geltend und beantragt eine entsprechende Feststellung. Er erhebt somit nicht Ansprüche nach strafprozessualen Normen über Entschädigungen. Die Vorinstanz hat die Klage nach dem Haftungsgesetz des Kantons Zürich vom 14. September 1969 (HG/ZH; LS 170.1) beurteilt, welches aufgrund des Vorbehalts in <ref-law> erlassen wurde. Im Raum steht demnach ein Anspruch aus öffentlich-rechtlicher Staatshaftung. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG) ist daher die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten grundsätzlich zulässig (unter Vorbehalt von E. 1.3 hiernach). Die falsche Bezeichnung des Rechtsmittels schadet nicht.
1.3 Die Beschwerde ist in vermögensrechtlichen Angelegenheiten auf dem Gebiet der Staatshaftung unzulässig, wenn der Streitwert weniger als Fr. 30'000.-- beträgt (<ref-law>). Im vorliegenden Fall stellt der Beschwerdeführer ein Feststellungsbegehren aus Persönlichkeitsverletzung; dabei handelt es sich um eine nicht vermögensrechtliche Streitigkeit (Urteil 5C.1/2006 vom 22. Mai 2006 E. 1.1, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 1a S. 483). Die Beschwerde bleibt mithin zulässig.
2. 2.1 Mit freier Kognition überprüft das Bundesgericht u.a. die richtige Anwendung von Bundesrecht und Völkerrecht (<ref-law>), aber - abgesehen von hier nicht in Betracht kommenden Fällen (Art. 95 lit. c - lit. e BGG) - nicht diejenige des kantonalen Rechts; hier beschränkt sich die Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts darauf, ob durch die Anwendung kantonalen Rechts Bundesrecht oder Völkerrecht verletzt wird (<ref-law>), wobei namentlich die willkürliche Anwendung kantonalen Rechts in Betracht fällt. Das Bundesgericht prüft zudem die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Der Beschwerdeführer hat anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids klar und detailliert darzulegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 6 S. 397). Als Grundrechte im Sinne dieser Bestimmung gelten auch die in internationalen Menschenrechtskonventionen gewährleisteten Rechtsansprüche (VON WERDT, in: Seiler/von Werdt/Güngerich [Hrsg.], Bundesgerichtsgesetz, 2007, N 9 zu Art. 106; Urteil 9C_722/ 2007 vom 11. April 2008 E. 3.1).
2.2 Das Bundesgericht stellt grundsätzlich auf den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt ab (<ref-law>). Diese Sachverhaltsfeststellungen können vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig - d.h. willkürlich - sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG). Die Rüge, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden, ist gleichbedeutend mit der Willkürrüge und muss daher gemäss den Anforderungen von <ref-law> in der Beschwerdeschrift begründet werden (<ref-ruling> E. 1.2.2 und E. 1.4.3 S. 252 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 351 f.).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat die Klage abgewiesen, soweit sie darauf eintrat. In den Erwägungen hat sie ausgeführt, gemäss § 11 HG/ZH habe, wer in seiner Persönlichkeit widerrechtlich verletzt werde, Anspruch auf Feststellung dieser Verletzung. Es sei daher in Bezug auf die Umstände der Verhaftung ein Rechtsschutzinteresse an der Feststellungsklage zu bejahen. In Bezug auf die Tatsache der Verhaftung an sich sei zu unterscheiden zwischen einer rechtswidrigen (ungesetzlichen) und einer ungerechtfertigten (unschuldig erlittenen) Haft. Ob die Haft rechtswidrig sei, könne heute beurteilt werden. Ob sie ungerechtfertigt erfolgt sei, könne aber erst mit dem Abschluss des Strafverfahrens beurteilt werden, da dies von dessen Ausgang abhängig sei. Soweit der Kläger von ungerechtfertigter Haft ausgehe und seine Persönlichkeitsrechte dadurch verletzt sehe, sei die Beurteilung im heutigen Zeitpunkt nicht möglich; auf das entsprechende Rechtsbegehren sei daher nicht einzutreten (E. II/ 2.3 des angefochtenen Entscheids). Von dieser Ausnahme abgesehen, bestehe aber ein Rechtsschutzinteresse an der Klage (E. II/2.4 des angefochtenen Entscheids). Indessen bestehe ein Feststellungsinteresse gemäss § 11 HG/ZH in Verbindung mit <ref-law> nur, wenn die Persönlichkeitsverletzung als Handlung zwar abgeschlossen sei, sich aber weiterhin oder erneut störend auswirke. Dies habe grundsätzlich der Kläger zu beweisen; bei nach objektivierten Massstäben schweren Eingriffen in die Persönlichkeit könne das Gericht auf den Nachweis verzichten, weil die Vermutung einer fortwährenden Störungswirkung bestehe. Vorliegend könne nicht von schweren Eingriffen ausgegangen werden und der Kläger habe auch nicht bewiesen, dass eine fortdauernde Störungswirkung bestehe. Auf die Klage sei daher mangels eines Feststellungsinteresses an sich nicht einzutreten (E. II/3 des angefochtenen Entscheids). Ergänzend sei aber dennoch zu prüfen, ob die näheren Umstände der Festnahme den Tatbestand einer Persönlichkeitsverletzung erfüllten (E. III/1 des angefochtenen Entscheids). In der Folge prüfte die Vorinstanz die einzelnen vom Kläger geltend gemachten Aspekte und verneinte das Vorliegen einer Persönlichkeitsverletzung.
3.2 Der Beschwerdeführer beanstandet nicht, dass die Vorinstanz zur Zeit noch nicht geprüft hat, ob die Verhaftung als Folge seiner behaupteten Unschuld ungerechtfertigt war. Er führt im Gegenteil aus, die Vorinstanz habe das Rechtsschutzinteresse zu Recht mit einer Ausnahme bejaht; damit anerkennt der Beschwerdeführer ausdrücklich, dass die Vorinstanz auf die Klage nicht eingetreten ist, soweit damit beanstandet wurde, die Verhaftung sei ungerechtfertigt erfolgt. Diese Frage ist daher auch im vorliegenden Verfahren nicht zu überprüfen. Zu prüfen bleibt demgegenüber, ob die Verhaftung angesichts der Verdachtslage und der weiteren Umstände angebracht war.
3.3 In erster Linie rügt der Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe <ref-law> und Art. 13 EMRK verletzt, indem sie das Feststellungsinteresse verneint und daher auf die Klage nicht eingetreten sei. Sie habe auch Art. 6 EMRK verletzt, indem sie ohne faires Verfahren und ohne Beweisabnahme eine Fortdauer der Persönlichkeitsstörung verneint habe. Diese Rügen sind offensichtlich unbegründet. Die Vorinstanz hat zwar primär das Feststellungsinteresse verneint, aber im Rahmen einer Eventualbegründung trotzdem die geltend gemachten Persönlichkeitsverletzungen materiell geprüft. Sie ist somit auf die Klage nicht bloss nicht eingetreten, sondern hat sie abgewiesen, soweit sie eingetreten ist.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer beanstandet die materielle Beurteilung der geltend gemachten Persönlichkeitsverletzung durch die Vorinstanz. Er zitiert in diesem Zusammenhang an einigen Stellen kantonale Rechtsnormen, rügt aber nicht oder jedenfalls nicht in rechtsgenüglicher Weise (vgl. E. 2.1 hiervor) eine willkürliche Anwendung dieser Bestimmungen, sondern beruft sich in erster Linie darauf, seine Behandlung verletze Art. 8 und Art. 10 BV sowie Art. 3, 5, 8 und 14 EMRK. Ob diese Einwendungen den Anforderungen an eine Grundrechtsrüge genügen, ist fraglich, kann aber offen bleiben, da die Rügen in jedem Fall unbegründet sind, wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen (vgl. E. 6 hiernach).
4.2 Der Beschwerdeführer rügt zudem eine Verletzung von <ref-law> sowie von Art. 6 EMRK, indem er beanstandet, dass die Vorinstanz kein Beweisverfahren durchgeführt habe, was die Fairness des Verfahrens verletze.
4.2.1 Der Anspruch auf faires Verfahren bzw. rechtliches Gehör (<ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK) beinhaltet auch den Anspruch, zum Beweis über bestrittene rechtserhebliche Sachverhalte zugelassen zu werden. Nicht beweisbedürftig sind demgegenüber Sachfragen, die nicht rechtserheblich oder nicht umstritten sind. Der Anspruch auf ein faires Verfahren schliesst zudem nicht aus, dass das Verfahren für die Feststellung des massgebenden Sachverhalts bestimmten Formvorschriften unterstellt wird und dass das Gericht aufgrund einer antizipierten Beweiswürdigung beantragte Beweise nicht abnimmt, wenn es zum Ergebnis kommt, dass der Sachverhalt genügend geklärt ist oder das beantragte Beweismittel zu seiner Erhellung nichts beiträgt (Urteil 5A_798/2009 vom 4. März 2010 E. 3, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 5.3 S. 148).
4.2.2 In seinen Rechtsschriften vor den kantonalen Instanzen hatte der Beschwerdeführer verschiedene Beweisanträge gestellt (Edition von Akten, Einvernahme von Zeugen, persönliche Befragung des Klägers). Die Vorinstanz stellte ohne die beantragten Beweismassnahmen den Sachverhalt aufgrund der vorhandenen Akten fest. Dies stellt insoweit keine Verletzung von Verfahrensgrundrechten dar, als nach dem soeben Gesagten ein Beweisverfahren unnötig war. Die bloss allgemein gehaltene Rüge des Beschwerdeführers, die Verfahrensfairness sei verletzt, weil die konkreten Umstände der Verhaftung nicht im Rahmen eines Beweisverfahrens geklärt worden seien, ist in dieser allgemeinen Form nicht zu hören. Entscheidend ist vielmehr, ob bezüglich der einzelnen Punkte, die der Beschwerdeführer als Persönlichkeitsverletzung betrachtet, die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz unvollständig oder offensichtlich unrichtig sind. Dies ist jeweils im Zusammenhang mit den einzelnen Punkten zu prüfen, soweit denn dazu rechtsgenügliche Sachverhaltsrügen (vgl. E. 2.1 hiervor) vorgebracht werden.
5. 5.1 Nach <ref-law> und Art. 5 EMRK hat jeder Mensch das Recht auf persönliche Freiheit, insbesondere auf Bewegungsfreiheit, die nur in besonderen Fällen (u.a. bei rechtmässiger Festnahme, wenn hinreichender Verdacht auf eine strafbare Handlung besteht) und in gesetzlich vorgeschriebener Weise entzogen werden darf. Jede festgenommene Person muss innerhalb einer möglichst kurzen Frist in einer ihr verständlichen Sprache über die Gründe ihrer Festnahme informiert werden (Art. 5 Abs. 2 EMRK) und sie muss im Falle einer Festnahme wegen Verdachts auf strafbare Handlungen unverzüglich einer richterlichen Behörde vorgeführt werden (Art. 5 Abs. 3 EMRK).
5.2 Nach <ref-law> und Art. 3 EMRK ist Folter und jede andere Art grausamer, unmenschlicher oder erniedrigender Behandlung oder Bestrafung verboten. Als unmenschliche oder erniedrigende Behandlung im Sinne dieser Bestimmungen gilt nicht jede Behandlung, die vom Betroffenen als unangenehm oder lästig empfunden wird, sondern nur eine Misshandlung, die ein bestimmtes Mass an Schwere erreicht und körperliche Verletzungen oder intensive physische oder psychische Leiden mit sich bringt. Zu berücksichtigen sind auch die Umstände und die Motivation der Behandlung (Urteil des EGMR 22978/05 vom 1. Juni 2010 i.S. Gäfgen gegen Deutschland, Rz. 88 ff.; Urteil 5A_335/2010 vom 6. Juli 2010 E. 3.4; MEYER-LADEWIG, EMRK-Handkommentar, 3. Aufl. 2011, N 19 ff. zu Art. 3). Als Verletzung von <ref-law> oder Art. 3 EMRK gilt namentlich die Anwendung ungerechtfertigter Gewalt gegen Verhaftete durch Polizeibeamte (<ref-ruling> E. 1.2.6 S. 463 f.). Hingegen fallen Einschränkungen im Wohlbefinden, die durch den legitimen Zweck einer staatlichen Massnahme zwangsläufig bedingt werden, nicht unter diese Bestimmungen (Urteil 2C_169/2008 vom 18. März 2008, publ. in: ZBl 109/2008 S. 551 E. 4; Urteil des EGMR 70204/01 vom 12. Juni 2007 i.S. Frérot gegen Frankreich, Rz. 37).
5.3 Nach <ref-law> und Art. 8 Abs. 1 EMRK hat jede Person Anspruch auf Achtung ihres Privatlebens. Dieses Recht kann eingeschränkt werden, wenn der Eingriff gesetzlich vorgesehen und in einer demokratischen Gesellschaft u.a. für die öffentliche Sicherheit oder zur Verhütung von Straftaten notwendig ist (Art. 8 Abs. 2 EMRK). Zulässig sind namentlich auch Einschränkungen, die sich durch verhältnismässige Massnahmen der Strafverfolgung ergeben (Urteil des EGMR 41199/06 vom 26. April 2011 i.S. M. gegen die Schweiz Rz. 63 ff.).
5.4 Nach Art. 14 EMRK ist der Genuss der in dieser Konvention anerkannten Rechte und Freiheiten ohne Diskriminierung insbesondere wegen des Geschlechts, der Rasse, der Hautfarbe, der Sprache, der Religion, sozialen Herkunft, der Zugehörigkeit zu einer nationalen Minderheit, des Vermögens, der Geburt oder eines sonstigen Status zu gewährleisten. Vorausgesetzt wird indes, das Personen in vergleichbarer oder rechtserheblich ähnlicher Lage unterschiedlich behandelt worden sind und dafür keine sachlichen oder vernünftigen Gründe bestehen (FROWEIN/PEUKERT, EMRK-Kommentar, 3. Aufl. 2009, N 7 ff. zu Art. 14; MEYER-LADEWIG, a.a.O., N 9 zu Art. 14, mit Hinweisen).
6. Der Beschwerdeführer kritisiert einzelne angebliche Persönlichkeitsverletzungen, auf die im Folgenden einzugehen ist.
6.1 Er rügt zunächst die Anordnung der Verhaftung als solche.
6.1.1 Soweit der Beschwerdeführer von Verhaftung spricht, ist zu korrigieren, dass es sich bei seiner Vorführung nicht um eine Verhaftung, sondern um eine polizeiliche Vorführung auf Anordnung der Staatsanwaltschaft im Sinne von § 49 der damals anwendbaren Strafprozessordnung des Kantons Zürich handelt (entspricht Art. 207 der heutigen StPO). Eine solche kann u.a. angeordnet werden, wenn der Angeschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird und ein Haftgrund gemäss § 58 Abs. 1 oder Abs. 2 besteht (§ 49 Abs. 1 Ziff. 2 aStPO/ZH).
6.1.2 Die Vorinstanz hat einen hinreichend konkreten Tatverdacht darin erblickt, dass der Beschwerdeführer und eine weitere Person am 18. und 19. August 2003 Überweisungen von Fr. 370'000.-- bzw. EUR 135'500.-- für ausstehende Vermittlerkommissionen zugunsten ihrer Firma getätigt hätten. Diese Dispositionen seien den Untersuchungsbehörden weder durch die Aktennotiz des Beschwerdeführers vom 22. August 2003 noch anlässlich dessen Einvernahme vom September 2003, sondern erst später bei der Durchsicht edierter Bankunterlagen bekannt geworden. Angesichts der bestehenden wirtschaftlichen Verknüpfungen des Beschwerdeführers und der weiteren beteiligten Person habe eine gewisse Wahrscheinlichkeit bestanden, dass sich diese miteinander absprechen könnten, was die Sachaufklärung hätte gefährden können. Schriftliche Vorladungen hätten Argwohn erwecken können; daher sei auch der Haftgrund der Kollusionsgefahr (§ 58 Abs. 1 Ziff. 2 aStPO/ZH) vorgelegen. Es sei daher unerlässlich gewesen, die beiden Personen unabhängig und unbeeinflusst voneinander anhören zu können, was durch die gemeinsame Vorführung habe bewerkstelligt werden können.
6.1.3 Der Beschwerdeführer bestreitet nicht das Vorliegen einer gesetzlichen Grundlage, erachtet die Vorführung aber als ungesetzlich und unverhältnismässig: Die Anordnung sei mit einer Blankettbegründung versehen gewesen und genüge den gesetzlichen Anforderungen nicht. Insbesondere fehlten Angaben zur konkreten kollusiven Tätigkeit. Zudem seien sämtliche angeblichen Tathandlungen bereits im August/September 2003 aktenkundig gewesen, so dass im Zeitpunkt der Verhaftung keine Kollusionsgefahr bestanden habe. Auch sei die Verhältnismässigkeit der Verhaftung nicht gegeben, da der angestrebte Zweck mit einer milderen Massnahme hätte erreicht werden können. Zudem erblickt er eine gegen Art. 14 EMRK verstossende Diskriminierung darin, dass er und eine weitere Person als italienische Staatsangehörige polizeilich vorgeführt wurden, wogegen ein anderer, ebenfalls ins Strafverfahren involvierter Schweizer Bürger nicht polizeilich vorgeführt, sondern schriftlich vorgeladen worden sei.
6.1.4 Soweit der Beschwerdeführer mit seinen Vorbringen sinngemäss rügt, die Vorführung sei zufolge seiner Unschuld ungerechtfertigt gewesen, ist dies nach dem hiervor Gesagten nicht im vorliegenden Verfahren zu prüfen (vgl. E. 3.2). Soweit er geltend macht, die Angaben zur kollusiven Tätigkeit hätten gefehlt, rügt er nicht in einer gesetzlich vorgeschriebenen Weise (vgl. E. 2.1 hiervor), dass eine solche Angabe nach dem anzuwendenden kantonalen Prozessrecht oder unmittelbar kraft Bundesverfassung vorgeschrieben gewesen wäre. Der von ihm zur Begründung einzig zitierte <ref-ruling> äussert sich nur zu den Voraussetzungen einer Untersuchungshaft, aber nicht zur Begründung eines Vorführungsbefehls.
6.1.5 Zudem ist die Rüge, die angeblichen Tathandlungen seien den Strafverfolgungsbehörden im August/September 2003 bereits bekannt gewesen, unbegründet: Aus der vom Beschwerdeführer angerufenen, von ihm erstellten und nach seinen Angaben am 25. August 2003 der Staatsanwaltschaft übergebenen Aktennotiz vom 22. August 2003, ergab sich entgegen seiner Darstellung nicht, dass er am 18. (recte: 19.) August 2003 eine Überweisung von Fr. 135'000.-- (recte: EUR 135'500.--) zugunsten seiner Firma ausgeführt habe. Es geht daraus nur hervor, dass Z._ dem Beschwerdeführer den Auftrag gegeben habe "die noch ausstehenden Vermittlerkommissionen der E._ GmbH und eine ausstehende Kundenauszahlung zu tätigen", was am folgenden Montag ausgeführt worden sei. Der den Tatverdacht der Veruntreuung erweckende Umstand, dass diese Kommissionen an die eigene Firma des Beschwerdeführers bezahlt wurden und überdies insgesamt mehr als eine halbe Million Franken betrugen, war aus dieser Aktennotiz nicht ersichtlich.
6.1.6 Eine Diskriminierung ergibt sich nicht schon daraus, dass Personen mit einer bestimmten Staatsangehörigkeit in einem konkreten Fall anders behandelt werden als Personen mit anderer Staatsangehörigkeit in einem anderen Fall (vgl. E. 5.4 hiervor). Zum Vorwurf des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe zur Frage der Diskriminierung kein Beweisverfahren durchgeführt, ist zu bemerken, dass derjenige, der eine Diskriminierung geltend macht, zumindest Anhaltspunkte anführen muss, welche die Vermutung einer Diskriminierung begründen; alsdann ist es Sache der Behörden, diese Vermutung zu entkräften (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.4 S. 226 f.). Der Beschwerdeführer hat aber im ganzen Verfahren nicht geltend gemacht, dass und inwiefern beim nicht polizeilich vorgeführten Schweizer Bürger vergleichbare Umstände vorgelegen hätten wie bei ihm selbst und einem weiteren italienischen Staatsangehörigen. Der blosse Umstand, dass der besagte Schweizer auch an der Strafanzeige vom 25. August 2003 beteiligt war, ist jedenfalls kein Anhaltspunkt für eine Diskriminierung. Der Beschwerdeführer behauptet insbesondere auch nicht, dass jener schweizerische Staatsangehörige Geldüberweisungen empfangen habe, welche den Verdacht der Veruntreuung zur Folge hatten. Bei dieser Sachlage liegt kein hinreichender Verdacht auf eine Diskriminierung vor, welcher die Vorinstanz verpflichtet hätte, von sich aus weitere Abklärungen zu treffen.
6.2 Der Beschwerdeführer kritisiert, er sei vor den Augen aller Mitarbeiter an seinem Arbeitsplatz verhaftet worden. Es wäre schonender gewesen, ihn an seinem Wohnort zu verhaften.
6.2.1 Die Vorinstanz hat sachverhaltlich festgestellt, dass im Empfangsbereich ein Mitarbeiter präsent gewesen sei, welcher unmittelbar mitbekommen habe, wie sich der Beschwerdeführer mit zwei neutral gekleideten Besuchern in sein Büro begeben habe. Der Beschwerdeführer rügt nicht in rechtsgenüglicher Weise (vgl. E. 2.2 hiervor), dass diese Sachverhaltsdarstellung offensichtlich unrichtig sei. Unzutreffend ist jedenfalls seine Aussage, die Vorinstanz habe sich auf nicht belegte Behauptungen der Finanzdirektion des Kantons Zürich gestützt. Vielmehr hat sich die Vorinstanz insbesondere auf die vom Beschwerdeführer selber unmittelbar nach der Vorführung erstellte Aktennotiz gestützt. Die allgemeine Kritik des Beschwerdeführers, die Umstände der Verhaftung hätten in einem Beweisverfahren geklärt werden müssen, ist keine hinreichend substantiierte Sachverhaltsrüge.
6.2.2 Abgesehen von der unbegründeten Rüge des unterlassenen Beweisverfahrens bringt der Beschwerdeführer nicht vor, gegen welche Verfassungs- oder Konventionsbestimmung die Festnahme am Arbeitsplatz verstossen soll. Soweit in der Beschwerde eine hinreichende Berufung auf Art. 3 EMRK erblickt wird, ist diese unbegründet: Im Zusammenhang mit Verhaftungen ist Art. 3 EMRK verletzt, wenn gegenüber einem Verhafteten unnötigerweise Gewalt angewendet oder ihm Verletzungen zugefügt werden (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.6 S. 463 f. mit Hinweisen; FROWEIN/PEUKERT, a.a.O., N 2 ff. zu Art. 3; MEYER-LADEWIG, a.a.O., N 23 ff. zu Art. 3). Vorliegend kann von einer solchen Behandlung keine Rede sein. Der blosse Hinweis des Beschwerdeführers, die "Verhaftung" am Wohnort wäre schonender gewesen, ändert daran nichts, zumal auch dort nicht auszuschliessen ist, dass Nachbarn oder weitere Personen davon Kenntnis erhalten hätten.
6.3 Der Beschwerdeführer kritisiert, er habe den Vorführbefehl nicht durchlesen können und sei damit nicht gesetzes- und konventionskonform über den Grund der Vorführung orientiert worden, was gegen Art. 5 Abs. 2 EMRK verstosse.
6.3.1 Die Vorinstanz hat festgestellt, die Polizeibeamten hätten dem Beschwerdeführer den Vorführbefehl gezeigt, weshalb dieser gewusst habe, dass es um den Vorwurf der Veruntreuung gehe. Selbst wenn er den Vorführbefehl möglicherweise im Büro nicht vollumfänglich habe lesen können, sei er doch anlässlich der unmittelbar darauf folgenden Einvernahme in der Polizeikaserne über den Grund der Vorführung informiert worden. Bei diesen Sachverhaltsfeststellungen hat sich die Vorinstanz auf eigene Angaben des Beschwerdeführers gestützt. Dessen blosse Kritik, die Vorinstanz habe den Sachverhalt nicht im Rahmen eines Beweisverfahrens festgestellt, ist nicht geeignet, die Feststellungen der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen. Diese sind daher für das Bundesgericht verbindlich.
6.3.2 Die Unterrichtung gemäss Art. 5 Abs. 2 EMRK muss nach der Praxis des EGMR nicht notwendig bei der Verhaftung selber erfolgen, wohl aber bei der ersten Vernehmung (FROWEIN/PEUKERT, a.a.O., Rz. 99 zu Art. 5; MEYER-LADEWIG, a.a.O., N 61 zu Art. 5). Diese Anforderungen sind nach dem Dargelegten erfüllt, weshalb Art. 5 EMRK nicht verletzt wurde.
6.4 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law> und Art. 3 EMRK, indem er einer Leibesvisitation unterzogen worden sei.
6.4.1 Sachverhaltlich ist die Vorinstanz davon ausgegangen, dass beim Beschwerdeführer in seinem persönlichen Büro eine Körperdurchsuchung durch Abtasten erfolgt sei; dies wird vom Beschwerdeführer nicht beanstandet, weshalb im Folgenden davon auszugehen ist. Insbesondere macht der Beschwerdeführer nicht geltend, er habe sich dazu entkleiden müssen. Nach Auffassung der Vorinstanz handelt es sich dabei um eine Massnahme, die bei Festnahmen aus Sicherheitsgründen regelmässig vorgenommen werde.
6.4.2 Eine Leibesvisitation im entkleideten Zustand stellt einen Eingriff in den Intimbereich dar, der nur durch besonders geschultes Personal und bei besonderem Anlass durchgeführt werden darf (<ref-ruling> E. II./2b S. 235 f.; <ref-ruling> E. 8b S. 158 f.; Urteil des EGMR 70204/01 vom 12. Juni 2007 i.S. Frérot gegen Frankreich § 38 ff.). Eine über den Kleidern vorgenommene Leibesvisitation durch Abtasten in einem Raum, in dem sich ausser dem Untersuchten und den untersuchenden Polizeibeamten keine weitere Person befindet, kann demgegenüber weder als erniedrigende Behandlung noch als unzulässige Einschränkung des Rechts auf Privatleben betrachtet werden. Die Massnahme ist vielmehr gerechtfertigt um zu verhindern, dass Personen, die ohne ihren Willen auf einen Polizeiposten verbracht werden, dorthin Waffen oder andere gefährliche Gegenstände einbringen, mit denen sie Polizeibeamte oder andere Personen bedrohen könnten (vgl. BGE <ref-ruling> E. 8a S. 158; Urteil des EGMR 37104/06 vom 23. November 2010 i.S. Moulin gegen Frankreich § 76).
6.5 Der Beschwerdeführer kritisiert die Dauer seiner Festhaltung.
6.5.1 Die Vorinstanz hat sachverhaltlich aufgrund der eigenen Aktennotiz des Beschwerdeführers festgestellt, dieser habe sich während weniger als sieben Stunden in Polizeigewahrsam befunden. Nach Abschluss der Befragung und der in rascher zeitlicher Abfolge stattfindenden erkennungsdienstlichen Untersuchungshandlungen sei der Beschwerdeführer unverzüglich wieder freigelassen worden. Diese Sachverhaltsfeststellungen werden vom Beschwerdeführer nicht als offensichtlich unrichtig gerügt. Die blosse Kritik, es hätte im Rahmen eines Beweisverfahrens geklärt werden müssen, ob der Freiheitsentzug siebeneinhalb Stunden oder weniger als sieben Stunden betragen habe, ist keine rechtsgenügliche Sachverhaltsrüge.
6.5.2 Ebenso wenig ist der blosse Hinweis des Beschwerdeführers, eine Festhaltung von vier Stunden sei gemäss Praxis des Bundesgerichts und des EGMR bereits "rechtlich relevant", eine hinreichende Verfassungsrüge im Sinne von <ref-law>. Es ist unbestritten, dass die Vorführung und Festhaltung auf dem Polizeiposten eine Einschränkung der persönlichen Freiheit darstellt (<ref-ruling> E. 1 S. 180). Diese hatte aber eine gesetzliche Grundlage und war gerechtfertigt durch den Zweck, eine vermutete Straftat abzuklären (vgl. E. 5.3 hiervor). Sie ist auch nicht von einer solchen Dauer, dass dafür bereits eine richterliche Genehmigung im Sinne von Art. 5 Abs. 3 EMRK erforderlich gewesen wäre, kann doch als "unverzüglich" im Sinne dieser Bestimmung im Normalfall ein Zeitraum von bis zu vier Tagen hingenommen werden (<ref-ruling> E. 3.1 und E. 3.2 S. 96; FROWEIN/PEUKERT, a.a.O., Rz. 102 ff. zu Art. 5; MEYER-LADEWIG, a.a.O., Rz. 65 zu Art. 5); eine Vorführung vor das Gericht erübrigt sich, wenn der Betroffene nach wenigen Stunden aus dem Polizeigewahrsam entlassen wird (FROWEIN/PEUKERT, a.a.O., Rz. 105 zu Art. 5). Vorliegend wurde der Beschwerdeführer während der Dauer des Freiheitsentzugs einvernommen, zulässigerweise erkennungsdienstlich behandelt (vgl. E. 6.7 hiernach) und anschliessend freigelassen. Der Freiheitsentzug war damit durch einen legitimen Zweck gerechtfertigt und dauerte nicht länger als notwendig. Wenn der Beschwerdeführer die Dauer u.a. deshalb als unverhältnismässig lange kritisiert, weil eine Mittagspause von zwei Stunden angesetzt worden sei, widerspricht er seinen eigenen Angaben in der Berufungsbegründung vom 1. Februar 2010, wonach die Befragung von 09:30 bis 13:44 Uhr gedauert habe mit einem Unterbruch von 11:30 bis 12:00 Uhr, also von lediglich 30 Minuten.
6.6 Der Beschwerdeführer kritisiert, er sei in der Mittagspause während 20 Minuten in eine sehr kleine Zelle ohne Fenster gesperrt worden. Es sei dadurch beabsichtigt worden, ihn zu erniedrigen und einzuschüchtern, um ihn so zu einem Geständnis zu bewegen. Auch zu diesem Punkt hätte die Vorinstanz ein Beweisverfahren durchführen müssen.
6.6.1 Die Vorinstanz hat festgestellt, der Beschwerdeführer habe sich über Mittag während 20 Minuten in einer fensterlosen Abstandszelle befunden, da für kurzfristige Aufenthalte kein anderer Aufenthaltsort zur Verfügung gestanden habe. Er hätte bei Unwohlsein mit einem Alarmknopf den Sachbearbeiter verständigen können und sei darüber entsprechend instruiert worden. Er hätte damit die Möglichkeit gehabt, sofern nötig Hilfe anzufordern und im Extremfall - etwa bei Platzangst - die Zelle auch vorzeitig wieder verlassen zu können. Er habe sich während dieser Zeit wunschgemäss verpflegen und auch rauchen können. Dieser Sachverhalt ist sowohl vor der Vorinstanz als auch vor Bundesgericht unbestritten geblieben. Es ist nicht ersichtlich, wozu noch ein Beweisverfahren hätte durchgeführt werden müssen. Insbesondere bestreitet der Beschwerdeführer nicht, dass er bei Bedarf Kontakt zum Sachbearbeiter hätte herstellen können. Offensichtlich hat er davon keinen Gebrauch gemacht.
6.6.2 Der Beschwerdeführer rügt nicht in einer <ref-law> genügenden Weise, gegen welche Verfassungs- oder Konventionsbestimmung die Einschliessung verstossen haben soll. Von einer unmenschlichen oder erniedrigenden Behandlung im Sinne von Art. 3 EMRK oder <ref-law> kann jedenfalls nicht ernstlich die Rede sein. Vielmehr ist es eine unsachgemässe Banalisierung des Menschenrechtsschutzes, wenn Einschränkungen mit Bagatellcharakter wie ein zwanzigminütiger Aufenthalt in einer fensterlosen Zelle, mit der Möglichkeit, sich zu verpflegen, zu rauchen und bei Bedarf einen Alarmknopf zu betätigen, als unmenschliche oder erniedrigende Behandlung qualifiziert werden.
6.7 Der Beschwerdeführer erblickt eine Persönlichkeitsverletzung auch im Umstand, dass bei ihm Fingerabdrücke, eine DNA-Analyse mittels Wangenschleimhautabstrich sowie Fotografien seiner Tätowierungen vorgenommen worden seien.
6.7.1 Soweit der Beschwerdeführer auch in diesem Zusammenhang das Fehlen eines Beweisverfahrens beanstandet, ist dies unbegründet, da es unbestritten ist, dass die genannten Massnahmen vorgenommen wurden.
6.7.2 Die Vorinstanz ist davon ausgegangen, dass die genannten Massnahmen eine gesetzliche Grundlage in der bis Ende 2004 in Kraft gewesenen kantonalen Verordnung über die erkennungsdienstliche Behandlung von Personen gehabt hätten. Der Beschwerdeführer bringt nicht in einer <ref-law> genügenden Weise vor, dass diese Auslegung der kantonalen Verordnung willkürlich sei. Er macht lediglich geltend, es habe keinen Anlass gegeben, ihn erkennungsdienstlich zu behandeln. Zudem würden Fingerabdrücke heute digital erfasst; dass sie bei ihm mittels blauer Tinte erfasst worden seien, sei erniedrigend. Die Abnahme von DNA sei nur mit einer gesetzlichen Grundlage im formellen Sinn zulässig und im konkreten Fall unverhältnismässig gewesen. Sodann seien Körpertätowierungen besonders geschützte Personendaten gemäss § 2 lit. d Ziff. 4 des Datenschutzgesetzes des Kantons Zürich vom 6. Juni 1993 (in Kraft gewesen bis zum 30. September 2008; aDSG/ZH), welche nur aufgrund einer klaren gesetzlichen Grundlage fotografiert werden dürften. Eine solche Grundlage fehle. Zudem habe er sich für die Aufnahme der Fotografien vor den Polizeibeamten ausziehen müssen, was erniedrigend sei.
6.7.3 Identitätsfeststellungen durch Polizeiorgane und die Aufbewahrung entsprechender Daten berühren die Garantien von Art. 10 Abs. 2 sowie Art. 13 Abs. 2 BV und von Art. 8 Ziff. 1 EMRK (<ref-ruling> E. 5.1 S. 101; <ref-ruling> E. 3.2 S. 268; jeweils mit Hinweisen). Der Eingriff ist jedoch leichter Natur, namentlich auch der Wangenschleimhautabstrich zwecks Erstellen eines DNA-Profils (BGE <ref-ruling> E. 3.3 S. 270 und E. 3.6 S. 277 mit Hinweisen; Urteil 6B_251/2008 vom 14. August 2008 E. 4). Eine kompetenzgemäss erlassene Verordnung genügt daher als gesetzliche Grundlage für die Massnahmen (<ref-law> e contrario; BIAGGINI, Kommentar BV, 2007, Rz. 10 und Rz. 13 ff. zu Art. 36 mit Hinweisen).
6.7.4 Erkennungsdienstliche Massnahmen wie namentlich auch DNA-Analysen können gerechtfertigt sein, um eine Täterschaft ausfindig zu machen sowie um Delikte präventiv zu vermeiden und so Rechte und Freiheiten Dritter zu schützen (BGE <ref-ruling> E. 3.4.1 S. 270 ff.; <ref-ruling> E. 2d S. 151; Urteile des EGMR 30562/04 und 30566/04 vom 4. Dezember 2008 i.S. S. und Marper gegen Vereinigtes Königreich § 100 und § 104 f.). Zudem besteht in einem Strafverfahren ein besonderes Interesse daran, Personenverwechslungen zu vermeiden und dadurch letztlich auch zu verhindern, dass allenfalls die falschen Personen verurteilt werden (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3.6 S. 275 ff.). Dieser Zweck bedingt, dass nicht nur solche Daten erhoben werden, die relativ leicht durch kosmetische Massnahmen verändert werden können, wie etwa die fotografisch erfassbare äussere Erscheinung des Gesichts, sondern auch Daten, welche die Identifikation mit hoher Zuverlässigkeit ermöglichen, wie namentlich die DNA (<ref-ruling> E. 3.2 und E. 3.6 S. 268 ff.), so dass deren Erfassung als verhältnismässig zu betrachten ist. Dieser Zweck besteht auch bei Wirtschaftsdelikten, weshalb die erkennungsdienstliche Erfassung des Beschwerdeführers nicht zu beanstanden ist.
6.7.5 In diesem Sinne besteht auch ein Interesse an der fotografischen Erfassung von Körpertätowierungen, sind diese doch ein nicht unbedeutendes Identifikationsmerkmal. Der Beschwerdeführer bringt nicht vor, gegen welche Verfassungsbestimmung diese Aufnahme verstossen soll. Er macht auch nicht geltend, die konkrete Tätowierung habe sich an einer intimen Körperstelle befunden. Offensichtlich unbegründet ist sein Argument, die Aufnahme verstosse gegen das inzwischen aufgehobene kantonale Datenschutzgesetz, weil dieses gemäss seinem § 3 Abs. 2 lit. b in hängigen Verfahren der Strafrechtspflege keine Anwendung findet. Zudem ist das Argument des Beschwerdeführers unzutreffend, Körpertattoos seien besonders schützenswerte Personendaten im Sinne von § 2 lit. d Ziff. 4 aDSG/ZH, spricht doch diese Bestimmung von Daten über strafrechtliche Verfolgungen und Sanktionen.
6.7.6 Gänzlich unerfindlich ist schliesslich, weshalb die Abnahme der Fingerabdrücke mittels blauer Tinte erniedrigend sein soll.
6.8 Die dargelegten einzelnen Eingriffe sind nach dem Ausgeführten gesetzmässig, im öffentlichen Interesse begründet und verhältnismässig. Auch in ihrer Gesamtheit kann die Behandlung des Beschwerdeführers nicht als Verfassungs- oder Konventionsverletzung qualifiziert werden: Sie diente dem legitimen Zweck der Strafverfolgung und war nicht einschneidender, als zu diesem Zweck gerechtfertigt war.
7. Der Beschwerdeführer rügt schliesslich eine Rechtsverzögerung im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK.
7.1 Soweit er in diesem Zusammenhang vorbringt, bisher sei es nicht gelungen, ein Gericht dazu zu bringen, sich materiell mit den geltend gemachten Persönlichkeitsverletzungen auseinanderzusetzen, ist dies offensichtlich unbegründet, hat sich doch die Vorinstanz wie schon vorher das Bezirksgericht in seinem Urteil vom 8. Oktober 2009 materiell mit den Rügen des Beschwerdeführers auseinandergesetzt (vgl. E. 3.3 hiervor).
7.2 Zutreffend ist, dass das Verfahren insgesamt mehrere Jahre gedauert hat: Von der Einreichung der Klage bis zum heutigen Urteil des Bundesgerichts sind insgesamt fast 6 3/4 Jahre verstrichen. Diese Verfahrensdauer ergibt sich daraus, dass das Bezirksgericht (Urteil vom 18. Juli 2005) und das Obergericht (Beschluss vom 15. Mai 2006) zunächst auf die Klage nicht eingetreten sind und in der Folge das Kassationsgericht mit Urteil vom 9. März 2007 diesen Nichteintretensbeschluss aufhob und die Sache an das Obergericht zurückwies. Zur Wahrung des Instanzenzugs wies das Obergericht in der Folge seinerseits die Sache mit Beschluss vom 18. Januar 2008 wieder an das Bezirksgericht zurück, welches daraufhin am 8. Oktober 2009 über die Klage materiell entschied, worauf das Obergericht auf Berufung hin am 4. Februar 2011 urteilte. Insgesamt sind also mit dem heutigen Urteil des Bundesgerichts in dieser Sache sieben Urteile ergangen. Eine solche Häufung von Instanzen ist - wenn der gesetzliche Instanzenzug eingehalten werden soll - nicht zu vermeiden, wenn eine obere Instanz im Gegensatz zu den unteren Instanzen einen Nichteintretensgrund verneint und demzufolge eine Sache zur materiellen Beurteilung zurückweist. Der Umstand an sich, dass Bezirks- und Obergericht im ersten Umgang infolge einer anderen Rechtsauffassung auf die Klage nicht eingetreten sind, kann nicht als Rechtsverzögerung betrachtet werden, zumal die Rechtsauffassung der beiden Instanzen sich zwar als unbegründet erwies, aber nicht als abwegig erschien. Wie sich aus der dargelegten Chronologie ergibt, haben die einzelnen Instanzen für ihre Urteile jeweils nicht übermässig lange Zeit benötigt. Die längste Dauer war diejenige des zweiten Umgangs vor dem Bezirksgericht, welcher nach der Rückweisung durch das Obergericht rund 20 Monate in Anspruch nahm. Dabei ist zu berücksichtigen, dass das Bezirksgericht einen mehrfachen Schriftenwechsel durchführte, der infolge von Fristverlängerungsgesuchen beider Parteien bis Mitte Dezember 2008 dauerte. Anschliessend vergingen knapp zehn Monate bis zum Urteil. Die Verfahrensdauer kann weder bezüglich der einzelnen Instanzen noch in ihrer Gesamtheit als übermässig bezeichnet werden.
8. Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>). Der obsiegende Kanton Zürich hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Finanzdirektion des Kantons Zürich sowie dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Oktober 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Zähndler