Sachverhalt:
A. A.A._ und B.A._ (Verpächter, Beschwerdeführer) sind Eigentümer des Bauernhofes I._ in J._. Am 27. März 2008 schlossen sie mit C.C._ und D.C._ (Pächter, Beschwerdegegner) einen Pachtvertrag über den Bauernhof mit Land, Wald und Bauernhaus. Als Pachtende vereinbarten die Parteien den 1. Mai 2023. Da die Verpächter noch im Bauernhaus wohnten, sollten die Pächter gemäss Vereinbarung eine Ersatzwohnung beziehen, bis das für die Verpächter noch zu errichtende Stöckli fertig gestellt sein würde.
Bereits kurz nach Pachtantritt zerstritten sich die Parteien, worauf die Verpächter den Pachtvertrag am 30. Oktober 2008 vorzeitig kündigten. Die Pächter verliessen den Hof indessen nicht. Sie vertraten den Standpunkt, dass vielmehr die Verpächter das Bauernhaus zu verlassen hätten, um den Einzug der Pächterfamilie zu ermöglichen.
B. B.a Im August 2009 gelangten die Verpächter und widerklageweise die Pächter an das Mietgericht des Bezirkes Horgen und beantragten je, die Gegenpartei sei zu verurteilen, den Hof bzw. das Wohnhaus des Hofes zu verlassen.
Mit Schreiben vom 27. Januar 2010 kündigten die Beschwerdeführer das Pachtverhältnis wegen Vorfällen, die angeblich nach der Kündigung vom 30. Oktober 2008 passiert seien, noch einmal per 30. November 2010 und stellten beim Mietgericht den Eventualantrag, es sei festzustellen, dass der Pachtvertrag per 30. November 2010 gekündigt worden sei.
Mit Urteil vom 23. September 2010 erklärte das Mietgericht die ausgesprochenen Kündigungen für ungültig bzw. nichtig und verurteilte die Verpächter in Gutheissung der Widerklage dazu, das verpachtete Wohnhaus bis spätestens 31. Mai 2011 unter Mitnahme von Hausrat und Mobiliar ordentlich zu räumen und zu verlassen.
Gegen dieses Urteil reichten die Verpächter beim Obergericht des Kantons Zürich Berufung ein.
B.b Mitte Oktober 2010 errichteten die Pächter auf dem Pachtgelände einen Wohncontainer. Dies veranlasste die Verpächter zu einer erneuten Kündigung des Pachtverhältnisses per 30. Oktober 2011.
Mit Eingabe vom 15. Februar 2011 gelangten die Verpächter daher (parallel zum hängigen Berufungsverfahren) wiederum an das Mietgericht des Bezirkes Horgen und beantragten, es sei festzustellen, dass der Pachtvertrag per 31. Oktober 2011 gekündigt sei. Die Pächter seien entsprechend zu verpflichten, das Pachtobjekt unter Mitnahme der Vieh- und Fahrhabe per Ablauf des Pachtvertrages, eventualiter innert einer richterlich anzusetzenden Frist ordnungsgemäss und unter Wiederherstellung des ursprünglichen Zustandes zu verlassen.
B.c Mit Beschluss vom 3. März 2011 bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich im ersten Verfahren das Urteil des Mietgerichts vom 23. September 2010.
B.d Am 5. April 2011 reichten die Verpächter beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen gegen das Urteil des Obergerichts ein. Gleichzeitig reichten sie im zweiten Verfahren dem Mietgericht des Bezirkes Horgen ein Gesuch um Anordnung vorsorglicher Massnahmen mit dem sinngemässen Antrag ein, es sei in Abänderung des Urteils aus dem ersten Verfahren festzustellen, dass das verpachtete Wohnhaus für die Dauer des Verfahrens von den Verpächtern nicht zu räumen und zu verlassen sei.
B.e Mit Verfügung vom 16. Mai 2011 erteilte das Bundesgericht der Beschwerde in Zivilsachen die aufschiebende Wirkung. Gestützt darauf trat das Mietgericht des Bezirkes Horgen mit Beschluss vom 4. Juli 2011 auf das Gesuch um Anordnung vorsorglicher Massnahmen nicht ein.
B.f Mit Urteil 4A_224/2011 vom 27. Juli 2011 wies das Bundesgericht die Beschwerde der Verpächter ab, soweit darauf einzutreten war.
B.g Mit Eingabe vom 11. August 2011 stellten die Pächter beim Mietgericht des Bezirkes Horgen ein Begehren um Erlass eines Befehls nach <ref-law>, mit welchem die Verpächter unter Androhung der Zwangsvollstreckung und einer Bestrafung nach <ref-law> zu verpflichten seien, das Wohnhaus unverzüglich zu verlassen.
Mit Urteil vom 15. Dezember 2011 verpflichtete das Mietgericht die Verpächter zum Verlassen des Bauernhauses bis spätestens 31. Januar 2012.
Die Beschwerde der Verpächter gegen dieses Urteil wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 20. Januar 2012 ab.
B.h Mit Urteil vom 25. April 2012 wies das Mietgericht des Bezirkes Horgen im zweiten Verfahren die Klage der Verpächter ab und erklärte die Kündigung des Pachtvertrages per 30. Oktober 2011 für ungültig.
B.i Gegen dieses Urteil erhoben die Verpächter Berufung an das Obergericht des Kantons Zürich und beantragten, es sei festzustellen, dass der Pachtvertrag vom 27. März 2008 per 30. Oktober 2011 (erstinstanzlich noch: 31. Oktober 2011) gekündigt sei. Dementsprechend seien die Beschwerdegegner zu verpflichten, das Pachtobjekt unter Mitnahme der Vieh- und Fahrhabe innert einer richterlich anzusetzenden Frist ordnungsgemäss und unter Wiederherstellung des ursprünglichen Zustandes zu verlassen, dies unter Androhung einer Zwangsräumung gemäss <ref-law> im Unterlassungsfall.
Mit Urteil vom 14. September 2012 wies das Obergericht die Berufung ab und bestätigte das Urteil des Mietgerichts.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 18. Oktober 2012 beantragen die Verpächter dem Bundesgericht die Aufhebung des Urteils des Obergerichts und wiederholen ihre vorinstanzlich gestellten Begehren. Eventualiter beantragen sie die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuem Entscheid.
Die Beschwerdegegner beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Sie ersuchen zudem um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und um Bestellung eines unentgeltlichen Rechtsvertreters in der Person des bereits mandatierten Rechtsanwalts. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführer haben unaufgefordert eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Entscheid (<ref-law>) einer oberen kantonalen Instanz, die auf ein Rechtsmittel hin kantonal letztinstanzlich in einer Zivilsache entschieden hat (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), die Rechtsbegehren der Beschwerdeführer sind im kantonalen Verfahren nicht geschützt worden (<ref-law>), der massgebende Streitwert beträgt mehr als Fr. 30'000.-- (Art. 51 i.V.m. <ref-law>) und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist somit unter Vorbehalt einer rechtsgenügenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den Lebenssachverhalt, der dem Streitgegenstand zugrunde liegt, als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens (Urteile 4A_305/2012 vom 6. Februar 2013 E. 1.2; 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 2). Die erstinstanzlich getroffenen Feststellungen sind für das Bundesgericht insoweit verbindlich, als sie von der Vorinstanz zumindest implizit übernommen worden sind (<ref-ruling> E. 1; Urteil 4A_305/2012 vom 6. Februar 2013 E. 1.2).
2. Zwischen den Parteien ist streitig, ob die von den Beschwerdeführern per 30. Oktober 2011 ausgesprochene Kündigung des Pachtvertrags wegen der Errichtung eines Wohncontainers gültig ist. Die Vorinstanz hat dies aus mehreren Gründen verneint. Die Beschwerdeführer rügen, damit habe sie Art. 22a Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1985 über die landwirtschaftliche Pacht (LPG; SR 221.213.2) i.V.m. Art. 22b lit. c LPG verletzt. Im Zusammenhang mit der Eventualbegründung der Vorinstanz, die Beschwerdeführer hätten rechtsmissbräuchlich gehandelt, rügen sie zudem eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und von <ref-law>.
2.1 Nach Art. 22a Abs. 1 LPG darf der Pächter Erneuerungen und Änderungen am Pachtgegenstand, die über den ordentlichen Unterhalt hinausgehen, nur mit schriftlicher Zustimmung des Verpächters vornehmen. Nimmt er solche Erneuerungen oder Änderungen ohne schriftliche Zustimmung vor und macht er diese trotz schriftlicher Ermahnung bzw. Aufforderung des Verpächters nicht innert angemessener Frist rückgängig, so kann der Verpächter mit einer Frist von sechs Monaten die Pacht schriftlich auf den folgenden Frühjahr- oder Herbsttermin kündigen (Art. 22b lit. c LPG).
2.2 Voraussetzung für die Gültigkeit der Kündigung ist zunächst, dass das Errichten des Wohncontainers überhaupt eine Änderung am Pachtgegenstand i.S.v. Art. 22a Abs. 1 LPG darstellt.
2.2.1 Nach dem festgestellten Sachverhalt wohnten die Beschwerdegegner mit dem Einverständnis der Beschwerdeführer bereits seit geraumer Zeit provisorisch in einem Wohnwagen mit Vorzelt auf dem gepachteten Bauernhof. Diese Situation entstand, weil sich der Neubau des Stöcklis verzögerte, was die Beschwerdegegner zu verantworten hatten. Die Beschwerdeführer weigerten sich aus diesem Grund, das verpachtete Bauernhaus auf dem Hof zu verlassen. Da der Wohnwagen durch den mehrjährigen Gebrauch stark abgenützt, vergraut und schimmlig war, errichteten die Beschwerdegegner anstelle des Wohnwagens einen eingeschossigen Wohncontainer mit einer Wohnfläche von rund 78 m2. Der Container steht auf 15 in den Boden eingelassenen Rohrfundamenten, die mit Beton gefüllt wurden.
Nachdem das erstinstanzliche Mietgericht in dieser Konstruktion noch eine Änderung am Pachtgegenstand erblickte, hat die Vorinstanz diese Frage offengelassen. Sie hat immerhin ausgeführt, bei einer landwirtschaftlichen Pacht habe der Boden als der zentrale Bestandteil des Pachtverhältnisses zwingend allerlei Eingriffe zu dulden. Ohne Zustimmung erlaubt müsste etwa das Einschlagen von Pfosten für eine Umzäunung für die Tierhaltung oder das Abstellen von Maschinen sein. Die Dimensionen des Wohncontainers seien mit einer grösseren landwirtschaftlichen Maschine vergleichbar.
2.2.2 Die Beschwerdeführer bringen vor, das Errichten eines rund 80 m2 grossen Wohncontainers, der mit 15 einbetonierten Rohrfundamenten verbunden sei, stelle keine ordentliche Unterhaltsarbeit des Pächters dar. Eine solche Konstruktion könne nicht mit dem Einschlagen von ein paar Holzpfosten für einen festen Zaun verglichen werden. Ebenso scheitere der Vergleich mit einer grösseren landwirtschaftlichen Maschine, da es sich bei einem mobilen Gegenstand schon begrifflich nicht um eine Änderung am Pachtgegenstand handle, die über den ordentlichen Unterhalt hinausgehe. Der Wohncontainer habe zudem eine Erhöhung des Ertragswerts der Pachtliegenschaft zur Folge. Dessen Errichtung stelle keine Unterhaltsarbeit dar, sondern eine wertvermehrende Investition.
2.2.3 Das Bundesgericht hat in einem mietrechtlichen Fall entschieden, das Eingraben eines Betonsockels mit den Massen 0.57 m x 0.27 m x 0.27 x zwecks Montage einer Satellitenschüssel in den Gartensitzplatz stelle einen Eingriff in die Substanz der Mietsache dar und sei somit als Änderung an der Mietsache zu qualifizieren (Urteil 4A_541/2011 vom 28. März 2012 E. 4). Der Vorinstanz ist zwar darin zuzustimmen, dass der Boden bei der landwirtschaftlichen Pacht grundsätzlich grössere Eingriffe zu dulden hat. Zudem sind Erneuerungen und Änderungen im Miet- und Pachtrecht gesetzlich nicht identisch geregelt: Während solche im Mietrecht stets der schriftlichen Zustimmung des Vermieters bedürfen (<ref-law>), braucht der Pächter diese nur dann, wenn die Erneuerungen oder Änderungen über den ordentlichen Unterhalt hinausgehen (<ref-law> bzw. Art. 22a Abs. 1 LPG). Auch im Bereich der landwirtschaftlichen Pacht liegt aber eine Änderung der Pachtsache vor, wenn 15 Rohrfundamente einbetoniert werden und ein Container mit einer Fläche von immerhin rund 78 m2 darauf gestellt wird. Eine Konstruktion mit diesen Ausmassen ist weder mit einer mobilen Landmaschine noch mit einem Zaun vergleichbar, wie die Beschwerdeführer zu Recht geltend machen. Die Errichtung eines Wohncontainers kann weiter nicht zum ordentlichen Unterhalt gezählt werden, wie etwa ein Vergleich mit Art. 22 Abs. 3 LPG zeigt: Nach dieser Bestimmung hat der Pächter für den ordentlichen Unterhalt zu sorgen und hat kleinere Reparaturen wie den gewöhnlichen Unterhalt der Wege, Stege, Gräben, Dämme, Zäune, Dächer, Wasserleitungen usw. vorzunehmen (vgl. auch die Aufzählung bei BENNO STUDER/EDUARD HOFER, Das landwirtschaftliche Pachtrecht, Vorabdruck 2007 der 2. Aufl., 2007, N. 478 f. zu Art. 22 LPG). Diese Arbeiten sind nicht vergleichbar mit der Errichtung eines Wohncontainers mit einer Fläche von rund 78 m2. Es liegt somit eine Änderung am Pachtgegenstand i.S.v. Art. 22a Abs. 1 LPG vor, die über den ordentlichen Unterhalt hinausgeht.
2.3 Streitig ist weiter, ob die Voraussetzungen für eine Kündigung nach Art. 22b lit. c LPG i.V.m. Art. 22a Abs. 1 LPG erfüllt waren. Die Vorinstanz forderte neben der Pflichtverletzung des Pächters zusätzlich das Vorliegen eines wichtigen Grundes. Die Beschwerdeführer werfen ihr vor, den Tatbestand in unzulässiger Weise erweitert zu haben.
2.3.1 Die Vorinstanz führte aus, bei Art. 22b LPG handle es sich um eine Ausgestaltung des allgemeinen Prinzips, wonach bei Dauerschuldverhältnissen neben der ordentlichen Kündigung auch eine ausserordentliche Kündigung aus wichtigem Grund möglich sei. Die Kündigungsvoraussetzungen von Art. 22b LPG seien daher als Konkretisierungen des erwähnten, für eine ausserordentliche Kündigung nötigen, wichtigen Grundes zu verstehen. Die vorzeitige Auflösung des Pachtvertrages sei eine ausserordentlich harte Massnahme, die eines ausserordentlichen Grundes bedürfe. Sie sei vor allem dann gerechtfertigt, wenn dem Pachtgegenstand Gefahr drohe. Welche konkreten Nachteile der Pachtsache durch die Errichtung eines neuen Wohnprovisoriums drohen würden, hätten die Beschwerdeführer nicht überzeugend dargetan. Die Schwelle eines wichtigen Grundes sei daher nicht erreicht und die Kündigung des Pachtvertrages gestützt auf Art. 22b lit. c LPG sei somit unzulässig.
2.3.2 Für eine vorzeitige Kündigung gestützt auf Art. 22b LPG bedarf es einer Pflichtverletzung des Pächters gemäss lit. a-c dieser Bestimmung sowie einer erfolglosen schriftlichen Ermahnung bzw. Aufforderung des Verpächters, künftige Pflichtverletzungen zu unterlassen bzw. erfolgte Pflichtverletzungen rückgängig zu machen. Weitere Voraussetzungen, namentlich das Vorliegen eines wichtigen Grundes, bestehen nach dem Gesetzeswortlaut nicht. Die Kündigung aus wichtigem Grund ist vielmehr in Art. 17 LPG geregelt (vgl. auch Botschaft vom 29. Mai 2002 zur Weiterentwicklung der Agrarpolitik [Agrarpolitik 2007], Teil III, BBl 2002 4950 zu Art. 22b LPG). E contrario bedarf es für eine Kündigung nach Art. 22b LPG nicht eines solchen. Würde auch in Art. 22b LPG zusätzlich zur Pflichtverletzung des Pächters ein wichtiger Grund vorausgesetzt, hätte diese Bestimmung keine eigenständige Bedeutung mehr, da sich der Verpächter beim Vorliegen eines wichtigen Grundes auch auf Art. 17 LPG berufen könnte. Die Vorinstanz hat somit Art. 22b lit. c LPG verletzt, wenn sie für dessen Anwendung den Nachweis eines wichtigen Grundes forderte.
2.4 Es sind damit auch die Rügen gegen die Eventualbegründung der Vorinstanz zu behandeln, wonach die Kündigung durch die Beschwerdeführer ohnehin rechtsmissbräuchlich sei.
2.4.1 Die Vorinstanz warf den Beschwerdeführern vor, sie hätten den Beschwerdegegnern lange Zeit erlaubt, auf dem Pachtland zu wohnen. Dies sei nur nötig gewesen, weil die Beschwerdeführer den Bauernhof auch nach mehrmaliger gerichtlicher Aufforderung bis heute nicht verlassen hätten. Die Beschwerdeführer würden sich daher widersprüchlich verhalten, wenn sie der Pächterfamilie nicht zugestünden, der stetig steigenden Dauer dieses Zustandes durch ein etwas stabileres und hygienischeres Provisorium Rechnung zu tragen. Aufgrund der aktenkundigen Vorgeschichte sei die Kündigung zudem durchwegs als Reaktion auf die anhaltenden Auseinandersetzungen zu verstehen. Der Kündigungsgrund der Änderung der Pachtsache sei damit ein vorgeschobener und die Kündigung selbst rechtsmissbräuchlich i.S.v. <ref-law>.
2.4.2 Die Beschwerdeführer rügen vorab eine Verletzung des rechtlichen Gehörs bzw. eine Rechtsverweigerung dadurch, dass die Vorinstanz nicht auf ihre Argumentation zu dieser Frage eingegangen sei. Sie hätten geltend gemacht, es sei nicht rechtsmissbräuchlich, wenn sie das Aufstellen des Wohnwagens toleriert hätten, sich aber gegen die Errichtung des Wohncontainers zur Wehr setzen würden. Sie hätten nie einem generellen Wohnprovisorium zugestimmt. Die Vorinstanz habe dieses Vorbringen nicht gewürdigt. Zudem habe sie mit keinem Wort begründet, weshalb die angeblich vorgeschobene Kündigung rechtsmissbräuchlich sein solle.
Der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verlangt, dass die Gerichte die rechtserheblichen Vorbringen der Parteien anhören und bei der Entscheidfindung berücksichtigen (<ref-ruling> E. 2 S. 242). Aus <ref-law> wird zudem die Pflicht der Behörden abgeleitet, ihre Entscheide zu begründen. Die Begründung muss kurz die Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; je mit Hinweisen). Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 3.2 S. 236).
Diesen Anforderungen genügt der vorinstanzliche Entscheid. Die Vorinstanz hat sich mit der Frage der Rechtsmissbräuchlichkeit ausführlich auseinandergesetzt. Sie ist nicht davon ausgegangen, die Beschwerdeführer hätten einem generellen Provisorium zugestimmt, sondern qualifiziert das Verhalten unabhängig davon als rechtsmissbräuchlich und begründet dies. Zu einer darüber hinausgehenden Auseinandersetzung mit sämtlichen Argumenten der Beschwerdeführerin war die Vorinstanz nicht verpflichtet. Die Vorinstanz hat die Kündigung zudem als vorgeschoben und damit rechtsmissbräuchlich qualifiziert, weil die Kündigung ihrer Ansicht nach durchwegs als Reaktion auf die anhaltenden Auseinandersetzungen mit den Pächtern zu verstehen sei. Auch diese Erwägungen genügen der Begründungspflicht. Die Rüge ist somit unbegründet.
2.4.3 Die Beschwerdeführer rügen weiter, die Vorinstanz habe die Kündigung zu Unrecht als rechtsmissbräuchlich qualifiziert und habe damit <ref-law> verletzt. Aus der Akzeptanz des Aufstellens eines mobilen Wohnwagens hätten die Beschwerdegegner keine Vertrauensgrundlage für das eigenmächtige Erstellen eines auf 15 Rohrfundamenten stehenden rund 80 m2 grossen Wohncontainers ableiten können. Der Bruder des ehemaligen Rechtsvertreters hätte den Beschwerdegegnern gar eine Wohnung in rund 100 m Entfernung zum Hof angeboten. Die Beschwerdegegner hätten ihrerseits nicht einmal angefragt, ob sie den Wohncontainer aufstellen dürften. Am Provisorium seien sie zudem nicht unschuldig, da sie die Sistierung der Baubewilligung für das Stöckli bewirkt hätten. Die Beschwerdeführer hätten ihre Rechte aus dem Pachtvertrag korrekt in Anspruch genommen. Die Beschwerdegegner hätten es in der Hand gehabt, durch die Wiederherstellung des vorherigen Zustandes die Kündigung zu vermeiden. Bei Vertragsverletzungen des Kündigungsempfängers sei mit der Annahme widersprüchlichen Verhaltens des Kündigenden in jedem Fall Zurückhaltung geboten.
Der offenbare Missbrauch eines Rechtes findet keinen Rechtsschutz (<ref-law>). Wann ein solcher Missbrauch vorliegt, ist anhand der konkreten Umstände des Einzelfalles zu bestimmen, wobei die von der Lehre und Rechtsprechung entwickelten Fallgruppen des Rechtsmissbrauchs zu beachten sind (<ref-ruling> E. 3.3.1 S. 169; <ref-ruling> E. 5.1 S. 497 mit Hinweisen). Zu diesen Fallgruppen ist die Rechtsausübung zu zählen, die ohne schützenswertes Interesse erfolgt oder zu einem krassen Missverhältnis berechtigter Interessen führen würde (BGE <ref-ruling> E. 5.1 S. 497; <ref-ruling> E. 2b S. 203; <ref-ruling> E. 3a S. 108 mit Hinweisen). Ebenso kann allgemein gesagt werden, dass die Geltendmachung eines Rechts missbräuchlich ist, wenn sie im Widerspruch zu einem früheren Verhalten steht und dadurch erweckte berechtigte Erwartungen enttäuscht (BGE <ref-ruling> E. 5.1 S. 497; <ref-ruling> E. 4.5; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen).
Das von den Beschwerdeführern angeführte Wohnungsangebot ist dem festgestellten Sachverhalt nicht zu entnehmen und muss daher unberücksichtigt bleiben. Festgestellt ist hingegen, dass sich der Neubau des Stöcklis verzögert hat und dass dies die Beschwerdegegner zu verantworten hatten. Diese haben damit auch zur bestehenden Situation beigetragen, da die Beschwerdeführer dadurch nicht die Möglichkeit hatten, wie vorgesehen vom Bauernhaus in das Stöckli umzuziehen. Zu berücksichtigen ist weiter, dass gemäss dem Pachtvertrag an sich vorgesehen war, dass die Beschwerdegegner bis zur Errichtung des Stöcklis eine Ersatzwohnung beziehen würden. Unter diesen Voraussetzungen ist es nicht rechtsmissbräuchlich, wenn die Beschwerdeführer den Pachtvertrag kündigen, nachdem die Beschwerdegegner ohne ihre Zustimmung Änderungen am Pachtgegenstand vorgenommen haben. Ein schützenswertes Interesse der Beschwerdeführer ist hier durchaus erkennbar. Auch die Begründung der Vorinstanz, die Kündigung sei vorgeschoben, hält einer Überprüfung nicht stand. Es steht fest, dass die Voraussetzungen für eine Kündigung nach Art. 22b lit. c LPG i.V.m. Art. 22a Abs. 1 LPG erfüllt waren (vgl. E. 2.2 f.). Die Kündigung kann nicht einfach deshalb als rechtsmissbräuchlich qualifiziert werden, weil sich die Parteien seit längerer Zeit in gerichtlichen Auseinandersetzungen befinden. Mit dieser allgemeinen Begründung würde den Parteien die Ausübung ihrer Rechte geradezu verunmöglicht. Die Vorinstanz hat somit <ref-law> verletzt, indem sie die Kündigung als rechtsmissbräuchlich qualifiziert hat.
3. Die Beschwerde erweist sich damit als begründet. Die Beschwerdeführer haben zusammengefasst beantragt, es sei die Gültigkeit der Kündigung per 30. Oktober 2011 festzustellen und es seien die Beschwerdegegner zum Verlassen des Pachtobjekts innert einer richterlich anzusetzenden Frist zu verpflichten. Die Parteien äussern sich indessen nicht zur Frage, welche Frist zum Verlassen des Pachtobjekts angemessen erscheint. Auch den vorinstanzlichen Feststellungen lassen sich zu den relevanten Umständen (wie etwa dem für die Wiederherstellung des ursprünglichen Zustandes benötigten Aufwand oder den Möglichkeiten, eine neue Unterkunft zu organisieren) nicht genügend Informationen entnehmen, die eine Beurteilung dieser Frage erlauben würden. Die Sache ist daher in diesem Punkt zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben. Es ist festzustellen, dass der Pachtvertrag vom 27. März 2008 per 30. Oktober 2011 gekündigt wurde. Im Übrigen ist die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Dem Gesuch der Beschwerdegegner um unentgeltliche Rechtspflege kann stattgegeben werden, da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).
Da die Beschwerdeführer in der Sache voll obsiegt haben und die Vorinstanz lediglich abzuklären haben wird, welche Frist den Beschwerdegegnern zum Verlassen des Pachtobjekts zu gewähren ist, rechtfertigt es sich, die Kosten für das bundesgerichtliche Verfahren den Beschwerdegegnern (unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen) aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 5 sowie Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG). Die Gerichtskosten werden vorläufig auf die Gerichtskasse genommen. Es wird jedoch ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist. Von der Ausrichtung einer Parteientschädigung im Falle des Unterliegens entbindet die unentgeltliche Rechtspflege nicht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 14. September 2012 wird aufgehoben. Es wird festgestellt, dass der Pachtvertrag vom 27. März 2008 per 30. Oktober 2011 gekündigt wurde. Im Übrigen wird die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Den Beschwerdegegnern wird für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege gewährt und es wird ihnen Rechtsanwalt Detlev Hebeisen, Winterthur, als amtlicher Vertreter beigegeben.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdegegnern (unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen) auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Die Beschwerdegegner haben die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen (unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen).
5. Rechtsanwalt Detlev Hebeisen, Winterthur, wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 5'000.-- ausgerichtet.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. April 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier