Sachverhalt:
A. Das Strafgericht Basel-Stadt sprach X._, Geschäftsführer des Lokals "A._", am 25. August 2006 der Gefährdung des Lebens in Notwehrexzess, der mehrfachen einfachen Körperverletzung mit einer Waffe in Notwehrexzess, des Raufhandels, der Tätlichkeiten, der fahrlässigen Körperverletzung, des mehrfachen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung und des unerlaubten Waffentragens schuldig. Es verurteilte ihn zu einer bedingten Gefängnisstrafe von 18 Monaten bei einer Probezeit von 5 Jahren.
B. Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt hiess am 17. September 2008 die Appellation von X._ teilweise gut. Es sprach ihn der versuchten Gefährdung des Lebens in Notwehrexzess schuldig, bestätigte im Übrigen die vorinstanzlichen Schuldsprüche und verurteilte ihn zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 16 Monaten bei einer Probezeit von 5 Jahren.
C. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, er sei vom Vorwurf der versuchten Gefährdung des Lebens in Notwehrexzess, der mehrfachen einfachen Körperverletzung mit einer Waffe in Notwehrexzess und des Raufhandels freizusprechen, die Strafe sei entsprechend zu reduzieren und die Dauer der Probezeit sei herabzusetzen.

Erwägungen:
1. Dem vorinstanzlichen Urteil liegt folgender Sachverhalt zugrunde. Die vier englischen Fussballfans B._, C._, D._ und E._ betraten am 26. November 2002 frühmorgens das Lokal "A._". Dabei kam es zu einem verbalen Disput zwischen E._ und dem Türsteher. In der Folge verliessen drei der vier Engländer das Lokal (angefochtenes Urteil S. 8). Vor dem Lokal kam es zu einer tätlichen Auseinandersetzung, in welcher der Türsteher E._ einen Faustschlag versetzte. Der Beschwerdeführer beteiligte sich aktiv an der tätlichen Auseinandersetzung, wobei er auf B._ eintrat (angefochtenes Urteil S. 9 f.). Während der tätlichen Auseinandersetzung mit B._ verliess C._ das "A._" und forderte den Türsteher auf, von ihm abzulassen. Darauf versetzte der Türsteher C._ einen Faustschlag auf das linke Auge. In die Auseinandersetzung zwischen dem Türsteher, B._ und C._ griff der Beschwerdeführer nicht ein. Danach beruhigte sich die Situation und der Beschwerdeführer rief die Polizei, ohne in grosser Bedrängnis zu sein. Kurze Zeit später entfernte D._ eine Eisenstange aus der Umzäunung einer Baumrabatte und schlug damit gegen das Schaufenster des Lokals, worauf der Beschwerdeführer zwei Schüsse aus seiner Pistole vor die Füsse von C._ und D._ abfeuerte. Er lehnte sich bei der Schussabgabe aus der Tür auf die Strasse hinaus und stand auf dem rechten Bein, in einer klassischen Schiessstellung mit festem Stand. Durch die Splitter, welche beim Auftreffen der Projektile am Boden entstanden, erlitten die beiden Engländer Verletzungen an den Beinen (angefochtenes Urteil S. 10 ff.).
2. Gemäss <ref-law> wird mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer einen Menschen in skrupelloser Weise in unmittelbare Lebensgefahr bringt. Subjektiv ist direkter Vorsatz in Bezug auf die unmittelbare Lebensgefahr erforderlich; Eventualvorsatz genügt nicht (siehe zum Ganzen <ref-ruling> E. 5; <ref-ruling> E. 2b/aa). Direkter Vorsatz ist nach der Rechtsprechung gegeben, wenn der Täter den deliktischen Erfolg, mag ihm dieser auch gleichgültig oder sogar unerwünscht sein, als notwendige Folge oder als Mittel zur Erreichung des verfolgten Zwecks in seinen Entschluss miteinbezogen hat. Er braucht nicht das vom Täter erstrebte Ziel zu sein; es genügt, dass er mitgewollt ist (<ref-ruling> E. 2b/cc). Demgegenüber liegt Eventualvorsatz vor, wenn der Täter den Eintritt des Erfolgs bzw. die Tatbestandsverwirklichung für möglich hält, aber dennoch handelt, weil er den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt (<ref-ruling> E. 3c mit Hinweisen).
2. Gemäss <ref-law> wird mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer einen Menschen in skrupelloser Weise in unmittelbare Lebensgefahr bringt. Subjektiv ist direkter Vorsatz in Bezug auf die unmittelbare Lebensgefahr erforderlich; Eventualvorsatz genügt nicht (siehe zum Ganzen <ref-ruling> E. 5; <ref-ruling> E. 2b/aa). Direkter Vorsatz ist nach der Rechtsprechung gegeben, wenn der Täter den deliktischen Erfolg, mag ihm dieser auch gleichgültig oder sogar unerwünscht sein, als notwendige Folge oder als Mittel zur Erreichung des verfolgten Zwecks in seinen Entschluss miteinbezogen hat. Er braucht nicht das vom Täter erstrebte Ziel zu sein; es genügt, dass er mitgewollt ist (<ref-ruling> E. 2b/cc). Demgegenüber liegt Eventualvorsatz vor, wenn der Täter den Eintritt des Erfolgs bzw. die Tatbestandsverwirklichung für möglich hält, aber dennoch handelt, weil er den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt (<ref-ruling> E. 3c mit Hinweisen).
2.1 2.1.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe die Beweise willkürlich gewürdigt, indem sie davon ausgegangen sei, er habe jemanden einer direkten Lebensgefahr aussetzen wollen. Er habe nicht mehr gewusst, welche Munition er verwendet habe. Im Übrigen gebe es keine Umstände, welche darauf schliessen liessen, dass er jemanden einer Lebensgefahr habe aussetzen wollen. Deshalb sei der Schluss auf einen direkten Gefährdungswillen willkürlich.
2.1.2 Die Vorinstanz hat das Wissen des Beschwerdeführers um eine konkrete Lebensgefahr und den Willen dazu bejaht. Er sei ein geübter Schütze und mit den Gefahren von Warnschüssen und den ballistischen Verhältnissen im Allgemeinen vertraut. Er habe auf die Frage nach der Munition geantwortet, dass er "Remington", Vollmantelgeschosse, geladen habe, doch sei er sich nicht ganz sicher. In der Appellationsverhandlung habe er ausgeführt, er habe im Training immer Vollmantelgeschosse verwendet, weil diese günstiger seien (angefochtenes Urteil S. 13). Daraus schliesst die Vorinstanz, der Beschwerdeführer sei nach seiner Vorstellung davon ausgegangen, er schiesse mit Vollmantelmunition. Der Einsatz der Schusswaffe sei nach seiner Vorstellung mit einem sehr hohen Risiko der Tatbestandsverwirklichung verbunden gewesen. Tatsächlich verwendete der Beschwerdeführer jedoch Hohlspitzmunition.
2.1.3 Nach der bundesgerichtlichen Praxis liegt Willkür in der Beweiswürdigung nach <ref-law> vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht bzw. im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Für die Annahme von Willkür genügt es nicht, wenn eine andere Lösung auch als vertretbar oder sogar zutreffender erscheint (<ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und belegte Rügen. Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Es prüft die Verletzung des Willkürverbots nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss sich dazu mit den Entscheidgründen der Vorinstanz auseinandersetzen und präzise angeben, worin er die Rechtsverletzung erblickt bzw. inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 3.3. S. 60 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f. mit Hinweisen).
2.1.4 Die Rüge zur Frage des Wissens und des daraus gezogenen Schlusses auf den Willen des Beschwerdeführers zur Schaffung einer unmittelbaren Lebensgefahr erschöpft sich in unzulässiger appellatorischer Kritik. Der Beschwerdeführer setzt sich nicht mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinander, welche in ihrer Beweiswürdigung seine Aussagen berücksichtigt, dass er die Vollmantelmunition "Remingon" verwendet habe und für das Training üblicherweise die günstigere Vollmantelmunition benutze. Auf die Beschwerde ist in diesem Punkt nicht einzutreten.
2.1.4 Die Rüge zur Frage des Wissens und des daraus gezogenen Schlusses auf den Willen des Beschwerdeführers zur Schaffung einer unmittelbaren Lebensgefahr erschöpft sich in unzulässiger appellatorischer Kritik. Der Beschwerdeführer setzt sich nicht mit den Erwägungen der Vorinstanz auseinander, welche in ihrer Beweiswürdigung seine Aussagen berücksichtigt, dass er die Vollmantelmunition "Remingon" verwendet habe und für das Training üblicherweise die günstigere Vollmantelmunition benutze. Auf die Beschwerde ist in diesem Punkt nicht einzutreten.
2.2 2.2.1 Der Beschwerdeführer rügt weiter, das Gutachten der kriminaltechnischen Abteilung der Staatsanwaltschaft Basel-Stadt vom 11. Juni 2008 sei offensichtlich fehlerhaft und beruhe auf einer willkürlichen Sachverhaltsfeststellung. Der Gutachter habe der Berechnung des Auftreffwinkels eine falsche Schussdistanz zugrunde gelegt, indem er nicht berücksichtigt habe, dass sich die Laufmündung nicht auf der Höhe der Eingangstüre, sondern einen Meter davon entfernt befunden habe. Unter Berücksichtigung des ausgestreckten Arms des Beschwerdeführers sei nicht von einer Schussdistanz von 283 bzw. 375 cm sondern von höchstens 183 bzw. 275 cm auszugehen. Dies führe zu einem Schusswinkel von mindestens 30° und damit zum Ausschluss einer Lebensgefahr auch bei Verwendung von Vollmantelmunition.
2.2.2 Zur Frage der möglichen Konsequenzen der Schussabgabe stützt sich die Vorinstanz auf das Gutachten der kriminaltechnischen Abteilung der Staatsanwaltschaft Basel-Stadt vom 11. Juni 2008 ab (act. 1806 f.). Danach besteht bei der vom Beschwerdeführer verwendeten Hohlspitzmunition erst ab einem Auftreffwinkel von 15% oder weniger die Gefahr lebensgefährlicher Abpraller. Der Aufprallwinkel der Geschosse habe im konkreten Fall 22° bzw. 29° betragen. Die kinetische Energie sei nach dem Zersplittern der verwendeten Geschosse sehr klein, wodurch die Geschosssplitter nur noch ein geringes Verletzungspotential hätten. Lebensgefährliche Verletzungen seien mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit auszuschliessen. Hätte der Beschwerdeführer hingegen Vollmantelgeschosse verwendet, so hätte bei der weiter entfernten Schussabgabe aus der Distanz von 375 cm mit potentiell lebensgefährlichen Abprallern gerechnet werden müssen (angefochtenes Urteil S. 13).
2.2.3 Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers ist es nicht willkürlich, dass das Gutachten bei der der Berechnung des Auftreffwinkels zugrunde gelegten Schussdistanz von der Körpermitte als Ausgangspunkt ausgeht und die Vorinstanz ihrem Urteil das Gutachten zur Frage des Vorliegens einer Lebensgefahr zugrunde legt. Das Gutachten führt gestützt auf die Aufzeichnungen der Überwachungskamera am Tatort aus, der Beschwerdeführer habe seinen Arm gestreckt gehalten, wovon auch der Beschwerdeführer ausgeht (Beschwerdeschrift S. 6). Es ist nicht zu beanstanden, wenn der Gutachter gestützt auf die Bilder der Überwachungskamera davon ausgeht, dass der ausgestreckte Arm und die Schussrichtung auf einer Linie liegen. Der Gutachter hat deshalb den Auftreffwinkel korrekterweise anhand der Schussdistanz von der Körpermitte bis zur Einschussstelle sowie der Schulterhöhe des Beschwerdeführers errechnet (vgl. Skizze act. 1815). Indem die Vorinstanz zur Frage des Schusswinkels auf das Gutachten abstellt und von einer "klassischen Schiessstellung" ausgeht, ist sie nicht in Willkür verfallen.
2.2.3 Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers ist es nicht willkürlich, dass das Gutachten bei der der Berechnung des Auftreffwinkels zugrunde gelegten Schussdistanz von der Körpermitte als Ausgangspunkt ausgeht und die Vorinstanz ihrem Urteil das Gutachten zur Frage des Vorliegens einer Lebensgefahr zugrunde legt. Das Gutachten führt gestützt auf die Aufzeichnungen der Überwachungskamera am Tatort aus, der Beschwerdeführer habe seinen Arm gestreckt gehalten, wovon auch der Beschwerdeführer ausgeht (Beschwerdeschrift S. 6). Es ist nicht zu beanstanden, wenn der Gutachter gestützt auf die Bilder der Überwachungskamera davon ausgeht, dass der ausgestreckte Arm und die Schussrichtung auf einer Linie liegen. Der Gutachter hat deshalb den Auftreffwinkel korrekterweise anhand der Schussdistanz von der Körpermitte bis zur Einschussstelle sowie der Schulterhöhe des Beschwerdeführers errechnet (vgl. Skizze act. 1815). Indem die Vorinstanz zur Frage des Schusswinkels auf das Gutachten abstellt und von einer "klassischen Schiessstellung" ausgeht, ist sie nicht in Willkür verfallen.
2.3 2.3.1 Der Beschwerdeführer rügt, dass im Gutachten die bei der Tat eingesetzte Munition ".357SIG" der für die Abprallversuche verwendeten Munition ".357Magnum" gleichgesetzt werde, obwohl sich diese beiden Munitionsarten bezüglich Geschossgewicht und Geschossgeschwindigkeit unterscheiden würden. Bei der Ermittlung der Geschossausführung sei zudem auf Versuche abgestellt worden, die im Kaliber "9mm Parabellum" durchgeführt worden seien. Die Energiewerte zwischen der "Parabellum" und der "SIG" seien verschieden. Überdies sei die lineare Übertragung der Ergebnisse der Schussversuche, wonach bei Geschossen des Kalibers "9mm Parabellum" eine Differenz von 7° zwischen Voll- und Teilmantelmunition bei Beschuss von Asphalt festgestellt wurde, auf Geschosse des Kalibers ".357 Magnum" willkürlich, da die Geschosse des Kalibers ".357 Magnum" und ".357SIG" eine grössere Energie aufwiesen. Es sei deshalb damit zu rechnen, dass die Differenz zur Teilmantelmunition kleiner als 7° bzw. der Auftreffwinkel kleiner als 22° sei. Aus diesem Grund sei die weiter entfernte Schussabgabe ungefährlich gewesen.
2.3.2 Im bundesgerichtlichen Verfahren dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Dies ist in der Beschwerde näher darzulegen (<ref-law>). Neue Begehren sind unzulässig (<ref-law>). Der Beschwerdeführer kann daher nicht mit neuen tatsächlichen Vorbringen, die er schon vor der Vorinstanz hätte vortragen können und müssen, nachzuweisen versuchen, dass die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung offensichtlich unrichtig oder die Beweiswürdigung willkürlich sei. Soweit der Beschwerdeführer solche neuen Tatsachenbehauptungen vorträgt, ist darauf nicht einzutreten (Urteil 4A_36/2008 vom 18. Februar 2008 E. 4.1).
2.3.3 Der Beschwerdeführer bringt seine Einwände gegen die Vergleichbarkeit der für das Gutachten durchgeführten Schussversuche mit seiner eigenen Schussabgabe erstmals vor Bundesgericht vor. Er hat diese weder bei der Zustellung des Gutachtens zur Kenntnisnahme noch im Plädoyer vor der Vorinstanz geltend gemacht. Seine Ausführungen stellen unzulässige Noven dar, auf welche nicht einzutreten ist.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe aufgrund der tatsächlichen Feststellungen zu Unrecht einen direkten Gefährdungsvorsatz bejaht. Seine Verurteilung wegen versuchter Gefährdung des Lebens verstosse gegen Bundesrecht.
3.2 Die Vorinstanz stellte willkürfrei fest, dass der Beschwerdeführer mit einer Pistole vor die Füsse von zwei Menschen schoss und dabei davon ausging, dass er Vollmantelmunition verwendete, welche im Vergleich zur tatsächlich verwendeten Teilmantelmunition eine erhöhte Gefahr von Abprallern birgt (vgl. E. 2.1 und 2.2). Der Beschwerdeführer wusste gemäss den Feststellungen der Vorinstanz als Sportschütze um die Gefahr der Vollmantelmunition, woraus sich der Schluss aufdrängt, er habe sicher um die unmittelbare Lebensgefahr gewusst. Gestützt darauf hat die Vorinstanz willkürfrei einen Gefährdungswillen des Beschwerdeführers bejaht. Aufgrund der Feststellungen der Vorinstanz zum Wissen und Willen des Beschwerdeführers ist der rechtliche Schluss auf einen direkten Vorsatz nicht zu beanstanden. Die Verurteilung wegen versuchter Gefährdung des Lebens gemäss <ref-law> i.V.m. <ref-law> erweist sich damit als bundesrechtskonform, weshalb die Beschwerde diesbezüglich abzuweisen ist.
4. 4.1 In Bezug auf die Verurteilung wegen Raufhandels bringt der Beschwerdeführer ebenfalls vor, die Vorinstanz habe die Beweise willkürlich gewürdigt. Sie habe die Indizien zu den Spuren an den Kleidern und zu den fehlenden Verletzungen des Beschwerdeführers, die mögliche Tatbeteiligung von Drittpersonen nebst dem Türsteher sowie die zeitliche Komponente zum Ablauf der Auseinandersetzung nicht berücksichtigt, welche Zweifel an seiner Tatbeteiligung hervorriefen.
4.2 Die Vorbringen des Beschwerdeführers gegen die Verurteilung wegen Raufhandels erschöpfen sich in unzulässiger appellatorischer Kritik (vgl. E. 2.1.3). Er hat die Rügen, welche Indizien er für erheblich hält und welche Schlüsse er selbst daraus zieht, bereits im Appellationsverfahren vor Vorinstanz erhoben (act. 1789). Dabei setzt er sich mit der Beweiswürdigung der Vorinstanz nicht auseinander, welche zur Frage des Tathergangs beim Raufhandel auf die Aussagen der daran beteiligten Personen abstellt (angefochtenes Urteil S. 8). Es genügt nicht, dass der Beschwerdeführer lediglich seine eigene Sicht des möglichen Sachverhaltsablaufs darlegt, weshalb auf seine Rügen nicht einzutreten ist.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer beanstandet in rechtlicher Hinsicht, dass die Vorinstanz bei der ihm vorgeworfenen einfachen Körperverletzung zu Unrecht einen Notwehrexzess angenommen habe. Die Verletzungen an den Beinen der Engländer seien angesichts der von der Vorinstanz bejahten Notwehrlage nicht als unverhältnismässige Folgen der berechtigten Abwehr zu werten.
5.2 Nach den Ausführungen der Vorinstanz hat im Moment der Schussabgabe vor die Füsse der beiden Engländer, wobei diese durch die beim Auftreffen der Projektile auf den Boden entstandenen Splitter an den Beinen verletzt wurden, kein aktueller Angriff auf Leib und Leben des Beschwerdeführers gedroht. Dieser und der Türsteher seien den Engländern körperlich überlegen gewesen. Die Schussabgabe erfolgte, nachdem D._ mit einer Eisenstange auf das Schaufenster des Nachtlokals eingeschlug. In diesem Moment hatte der Beschwerdeführer bereits die Polizei verständigt (vorinstanzliches Urteil S. 10 und 15).
5.3 Wird jemand ohne Recht angegriffen oder unmittelbar mit einem Angriff bedroht, so ist der Angegriffene und jeder andere berechtigt, den Angriff in einer den Umständen angemessenen Weise abzuwehren (<ref-law>). Überschreitet der Abwehrende die Grenzen der Notwehr, so mildert das Gericht die Strafe (<ref-law>). Diese Bestimmungen entsprechen dem früheren Recht (aArt. 33 Abs. 1 und aArt. 33 Abs. 2 Satz 1 StGB), weshalb die diesbezügliche Rechtsprechung gültig bleibt. Der Angegriffene ist nur zu einer verhältnismässigen Abwehr berechtigt. Ob im gegebenen Fall die Reaktion des Angegriffenen diesem Erfordernis entspricht, ist eine Frage des Ermessens. Zu ihrer Beantwortung hat der Richter insbesondere der Schwere des tatsächlichen oder drohenden Angriffs, der Wichtigkeit des gefährdeten Rechtsgutes sowie der Bedeutung des durch die Abwehr verletzten Gutes Rechnung zu tragen. Dabei ist auch die Art des Abwehrmittels und seine Verwendung von Belang. Die Angemessenheit der Abwehr ist aufgrund jener Situation zu beurteilen, in welcher sich der rechtswidrig Angegriffene im Zeitpunkt seiner Tat befand. Beim Einsatz von Schusswaffen ist jedenfalls besondere Vorsicht geboten. Die Abwehr, die zu dauernder Verstümmelung oder zum Tode führen kann, ist in der Regel unangemessen, wenn sich der rechtswidrige Angriff allein gegen Eigentum und Vermögen richtet, doch kann eine Schussabgabe unter besonderen Umständen selbst in diesem Fall gerechtfertigt sein. Auch bei einer drohenden Körperverletzung rechtfertigt nicht jede Bagatelle den Einsatz einer Feuerwaffe, doch ist der Angegriffene nicht verpflichtet, eine ernstzunehmende Attacke einfach zu dulden. Wesentlich ist, ob dem Angegriffenen noch andere Mittel oder ein weniger gefährlicher Einsatz der Schusswaffe möglich waren (vgl. zum Ganzen Urteile 6P.76/2005 E. 5; 6S.131/2003 E. 3.1).
5.4 Gestützt auf die von der Vorinstanz festgestellten Umstände stellt die Schussabgabe keine angemessene Notwehr dar. Der Beschwerdeführer durfte zur Abwehr der Gefahr für sein Eigentum, d.h. das Schaufenster, jedenfalls nicht eine Lebensgefahr für D._ und C._ schaffen, zumal einerseits C._ in dieser Phase am Tatgeschehen gänzlich unbeteiligt war und andererseits D._ seine Tathandlungen nicht auf den Beschwerdeführer selbst, sondern lediglich gegen dessen Eigentum richtete. Die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht, indem sie einen Notwehrexzess im Sinne von <ref-law> bejaht. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt abzuweisen.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe ihr Ermessen bei der Festsetzung der Probezeit verletzt, indem sie diese auf die maximal mögliche Dauer von fünf Jahren festgelegt hat. Die Straftaten würden vier bis sechs Jahre zurückliegen. In dieser Zeit habe er sich nichts mehr zu Schulden kommen lassen. Er weise keine wesentlichen Vorstrafen auf, insbesondere nicht wegen vorsätzlicher Verbrechen oder Vergehen. Es seien keine triftigen Gründe gegeben, welche die lange Probezeit rechtfertigten.
6.2 Die Vorinstanz führt zur Dauer der Probezeit aus, der Beschwerdeführer habe eine Vielzahl von Delikten begangen und sich insbesondere durch die ausgesprochene Drohung renitent gezeigt. Es sei eine lange Probezeit erforderlich, um der Gefahr weiterer Straftaten zu begegnen.
6.3 Schiebt das Gericht den Vollzug einer Strafe ganz oder teilweise auf, so bestimmt es dem Verurteilten eine Probezeit von zwei bis fünf Jahren (<ref-law>). Die Bemessung der Probezeit richtet sich innerhalb des gesetzlichen Rahmens nach den Umständen des Einzelfalls, insbesondere nach der Persönlichkeit und dem Charakter des Verurteilten sowie der Rückfallgefahr. Je grösser diese Gefahr, desto länger muss die Probezeit sein, damit der Verurteilte von weiteren Delikten abgehalten wird. Ihre Dauer muss mit anderen Worten so festgelegt werden, dass sie die grösste Wahrscheinlichkeit zur Verhinderung eines Rückfalls bietet. Die Behörden verfügen in diesem Zusammenhang über einen weiten Ermessensspielraum. In diesen greift das Bundesgericht nur dann ein, wenn der Richter sein Ermessen in missbräuchlicher Weise überschreitet (<ref-ruling> E. 1 S. 122 Urteil 6S.457/2006 vom 5. April 2006 E. 3). Keine Rolle spielt insoweit die Schwere der Tat (ROLAND M. SCHNEIDER/ROY GARRÉ, in: Basler Kommentar Strafrecht I, 2. Auflage 2007, N. 4 zu <ref-law>).
6.4 Es steht fest, dass der Beschwerdeführer bereits über eine Vielzahl von Vorstrafen verfügt und dass er im laufenden Strafverfahren eine Drohung ausgesprochen hat. Daran vermögen die Vorbringen des Beschwerdeführers nichts zu ändern. In Anbetracht der Regelmässigkeit und Vielzahl der vom Beschwerdeführer begangenen Taten, die zwar für sich einzeln betrachtet nicht schwerwiegend erscheinen, sowie der ausgesprochenen Drohung hat die Vorinstanz ihr Ermessen nicht verletzt, indem sie die Probezeit auf die gesetzliche Höchstdauer von fünf Jahren festgesetzt hat.
7. Die Beschwerde ist insgesamt abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch