Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität des Kantons Thurgau führt eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen des Verdachts der Veruntreuung und Geldwäscherei. Am 1. September 2010 liess das Kantonale Untersuchungsrichteramt das Wohnhaus der Beschuldigten durchsuchen. Dabei wurden diverse Akten sowie ein Laptop sichergestellt und auf Antrag der Beschuldigten versiegelt. Am 21./22. September 2010 schieden das Untersuchungsrichteramt und die Beschuldigte gemeinsam jene Akten aus, die versiegelt bleiben sollten, jene, die zur Durchsuchung freigegeben werden konnten und jene, die für die Strafuntersuchung nicht relevant erschienen. Am 8. Oktober 2010 stellte das Untersuchungsrichteramt Antrag auf Entsiegelung jener Aufzeichnungen und Gegenstände, welche nach dieser ersten Ausscheidung (gemeinsame Grobtriage) noch versiegelt geblieben waren.
B. Am 4. Januar 2011 überwies der Präsident der Anklagekammer des Kantons Thurgau das hängige Entsiegelungsverfahren zuständigkeitshalber (Inkrafttreten der neuen StPO am 1. Januar 2011) an das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau. Dieses verfügte am 3. März 2011, dass die versiegelten Aufzeichnungen und Gegenstände sichergestellt blieben. Das Gesuch der Beschuldigten um unbelastete Herausgabe wies das Zwangsmassnahmengericht ab. Weiter ordnete es die Durchführung des richterlichen Entsiegelungsverfahrens an. Die zahlreichen versiegelten Akten würden dabei durch das Zwangsmassnahmengericht (im Beisein der Parteien) daraufhin geprüft, ob schützenswerte Geheimhaltungsinteressen einer Weitergabe an die Strafuntersuchungsbehörden entgegenstehen. Über die Entsiegelung des beschlagnahmten Laptops werde in einem separaten Verfahren entschieden.
C. Auf eine von der Beschuldigten gegen den prozessleitenden Entscheid vom 3. März 2011 des Zwangsmassnahmengerichts erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht mit Urteil vom 14. Juni 2011 nicht ein (Verfahren 1B_155/2011).
D. Am 24. August 2011 erfolgte eine (parteiöffentliche) Triage der umfangreichen Akten durch das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau. Mit Entscheid vom 16. September 2011 bewilligte es die Entsiegelung eines Teils der sichergestellten Akten bzw. deren Freigabe an die Staatsanwaltschaft zur Durchsuchung bzw. weiteren Verwendung zu Untersuchungszwecken.
E. Gegen die Entscheide des Zwangsmassnahmengerichtes gelangte X._ mit Beschwerde vom 19. Oktober 2011 an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des Entsiegelungsentscheides vom 16. September 2011 sowie der prozessleitenden Zwischenverfügung vom 3. März 2011 des Zwangsmassnahmengerichtes unter Kosten- und Entschädigungsfolgen. Die in den Ziffern 1.2-1.7 des angefochtenen Entscheiddispositives vom 16. September 2011 aufgelisteten Unterlagen seien von der Entsiegelung ebenfalls auszunehmen. Die vom Zwangsmassnahmengericht verfügte Entsiegelungsgebühr in der Höhe von Fr. 10'000.-- sei (eventualiter) mindestens um Fr. 5'000.-- zu reduzieren.
Die Staatsanwaltschaft und das Zwangsmassnahmengericht beantragen je die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführerin replizierte am 12. Dezember 2011.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Sachurteilsvoraussetzungen von <ref-law> von Amtes wegen und mit freier Kognition (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 103, 470 E. 1 S. 472).
Bei Entsiegelungsentscheiden handelt es sich zwar um Zwischenverfügungen, die das Strafverfahren nicht abschliessen, nicht jedoch um blosse "vorsorgliche Massnahmen" im Sinne von <ref-law> (Urteile des Bundesgerichtes 1B_232/2009 vom 25. Februar 2009 E. 1.3; 1B_233/2009 vom 25. Februar 2009 E. 1.3; zur Nichtanwendbarkeit von <ref-law> auf Zwangsmassnahmen s. auch <ref-ruling> E. 2 S. 125, 340 E. 2.4 S. 346 mit Hinweisen). Die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> sind auf Entsiegelungsverfahren anwendbar. Bei Entsiegelungen wird definitiv darüber entschieden, ob die Geheimnisinteressen, welche von der Inhaberin oder dem Inhaber der versiegelten Aufzeichnungen und Gegenstände angerufen werden, einer Durchsuchung durch die Staatsanwaltschaft entgegen stehen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4 S. 194 f.; <ref-ruling> E. 4.1-4.6 S. 65 ff.). Insofern ist ein drohender nicht wieder gutzumachender Rechtsnachteil im Sinne von <ref-law> regelmässig gegeben. Dies gilt insbesondere, wenn die Inhaberin oder der Inhaber das Anwaltsgeheimnis als verletzt anruft (vgl. BGE <ref-ruling>, nicht amtl. publ. E. 2; Urteile 1B_215/2011 vom 6. September 2011 E. 1.2; 1B_155/2011 vom 14. Juni 2011 E. 1.3; 1B_108/2011 vom 6. Juni 2011 E. 1-2; 1P.32/2005 vom 11. Juli 2005 E. 1.2). Im vorliegenden Fall legt die Beschwerdeführerin als Inhaberin dar, dass die Entsiegelung von Hunderten von konkreten Dokumenten in mehrfacher Weise gegen das Anwaltsgeheimnis verstosse, dessen Schutz sie als Klientin und Beschuldigte anruft. Die Sachurteilsvoraussetzungen von <ref-law> sind erfüllt.
2. Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesstrafgerichts (Abs. 1). Die Kantone setzen als letzte kantonale Instanzen obere Gerichte ein. Diese entscheiden als Rechtsmittelinstanzen. Ausgenommen sind die Fälle, in denen nach der StPO ein Zwangsmassnahmengericht oder ein anderes Gericht als einzige kantonale Instanz entscheidet (Abs. 2; dritter Satz eingefügt durch Anhang Ziff. II/5 des Bundesgesetzes vom 19. März 2010 über die Organisation der Strafbehörden des Bundes [Strafbehördenorganisationsgesetz, StBOG; SR 173.71]).
2.1 Vorliegend hat die Vorinstanz (in Anwendung von <ref-law>) als einzige kantonale Instanz entschieden. Stellt die Staatsanwaltschaft im Vorverfahren ein Entsiegelungsgesuch, so entscheidet darüber das Zwangsmassnahmengericht innerhalb eines Monats endgültig (<ref-law>). <ref-law> stellt klar, dass in den Fällen, in denen die StPO einen Entscheid als endgültig oder nicht anfechtbar bezeichnet, kein Rechtsmittel nach diesem Gesetz zulässig ist. Damit übereinstimmend bestimmt <ref-law>, dass die Beschwerde zulässig ist gegen Entscheide des Zwangsmassnahmengerichts in den in diesem Gesetz vorgesehenen Fällen.
2.2 Wie das Bundesgericht bereits in mehreren Urteilen erwogen hat, drängt sich allerdings die Frage auf, ob der sich aus dem Gesetzeswortlaut ergebende Ausschluss der StPO-Beschwerde in Entsiegelungsangelegenheiten den gesetzgeberischen Willen korrekt zum Ausdruck bringt (vgl. Urteile 1B_492/2011 vom 2. Februar 2012 E. 1; 1B_562/2011 vom 2. Februar 2012 E. 1; 1B_516/ 2011 vom 17. November 2011 E. 1.1). Da die Beschwerden in den genannten Fällen ohnehin abzuweisen waren und es sich dort nicht um sehr komplexe Entsiegelungsverfahren handelte, liess das Bundesgericht die Frage der Zulässigkeit der Beschwerden unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> noch ausdrücklich offen.
2.3 Eine direkte Anfechtungsmöglichkeit beim Bundesgericht widerspricht wichtigen Reformzielen, nämlich der Schaffung des zweistufigen kantonalen Rechtsmittelzugs ("double instance") sowie der Entlastung des Höchstgerichts, ohne dass erkennbar wäre, weshalb der Gesetzgeber von der bisherigen bewährten Ordnung, welche die Beschwerde in Strafsachen nur gegen entsprechende Rechtsmittelentscheide oberer kantonaler Gerichte und (bei Bundesgerichtsbarkeit) der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichtes zuliess (Art. 78 und Art. 79 i.V.m. a<ref-law>), bewusst hätte abweichen wollen. Entsiegelungen betreffen mitunter sehr komplexe Wirtschaftsstraffälle mit grossen Mengen zu sichtender Dokumente und elektronischer Dateien (vgl. <ref-ruling>). <ref-law> sieht eine kurze Entscheidungsfrist vor. Der Gesetzgeber legte besonderes Gewicht darauf, eine Blockierung des Verfahrens durch langwierige Entsiegelungsprozeduren zu vermeiden (vgl. Botschaft des Bundesrates zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts vom 21. Dezember 2005, BBl 2006 1085 ff., S. 1239 Ziff. 2.5.4.3). Um die richterliche Triage vornehmen zu können, ist bei den zuständigen Gerichtsbehörden in der Regel der Aufbau einer aufwändigen und spezialisierten Infrastruktur notwendig (vgl. Heinz Aemisegger/Marc Forster, Basler Kommentar BGG, 2. Aufl., 2011, Art. 79 N. 31). In schwierigen Entsiegelungsfällen ist oft sehr umfangreiches Material zu sichten und zu bewerten, was gegen einen direkten Weiterzug ans Bundesgericht spricht. Dieses ist nicht dotiert zur umfassenden, tatsachenbezogenen und entsprechend zeitraubenden Überprüfung komplexer Untersuchungshandlungen, die regelmässig im Beisein und unter Mitwirkung der betroffenen Parteien und nötigenfalls von Experten (vgl. <ref-law>) vorgenommen werden müssen. Seine primären Aufgaben als Höchstgericht liegen in der letztinstanzlichen Beantwortung von Rechtsfragen und in der Gewährleistung einer einheitlichen Anwendung des Bundesrechts. Die direkte Anfechtbarkeit von Entsiegelungsentscheiden beim Bundesgericht erscheint deshalb - zumindest in sehr komplexen und schwierigen Fällen - nicht stufen- und sachgerecht (Urteile des Bundesgerichtes 1B_492/2011 vom 2. Februar 2012 E. 1.2; 1B_562/2011 vom 2. Februar 2012 E. 1.3; 1B_516/2011 vom 17. November 2011 E. 1.1).
2.4 Auch im Vergleich mit dem Beschwerdeweg bei rechtshilfeweisen Entsiegelungen erweist sich ein vollständiger Ausschluss der StPO-Beschwerde als inkohärent bzw. systemwidrig: Bei allen rechtshilferechtlichen Entsiegelungsentscheiden der Zwangsmassnahmengerichte besteht grundsätzlich eine Beschwerdemöglichkeit nach IRSG, und zwar sowohl bei rechtshilferechtlicher Zuständigkeit der Bundesanwaltschaft als ausführende Behörde, als auch bei Zuständigkeit kantonaler Staatsanwaltschaften (<ref-law> i.V.m. <ref-law>; Urteil des Bundesgerichtes 1B_563/2011 vom 16. Januar 2012 E. 2; vgl. auch zur amtl. Publikation bestimmtes Urteil 1C_365+371/2011 vom 6. Januar 2012 E. 2.2-2.3). Es wäre nur schwer einzusehen, weshalb bei Entsiegelungsentscheiden der Zwangsmassnahmengerichte im Rahmen von inländischen (schweizerischen) Strafverfahren der Rechtsschutz insofern eingeschränkter sein sollte als in Rechtshilfeverfahren. Dies umso weniger, als bei strafprozessualen Entsiegelungen bereits direkt die Freigabe an die Staatsanwaltschaft zur Durchsuchung und weiteren Verwendung zu Strafverfolgungszwecken verfügt wird, während rechtshilfeweise sichergestellte und entsiegelte Gegenstände erst gestützt auf eine weitere rechtskräftige Schlussverfügung (<ref-law>) der untersuchenden ausländischen Behörde allenfalls zur Verfügung gestellt werden können. Insoweit greift der strafprozessuale Entsiegelungsentscheid bereits deutlich stärker in die Rechte der Betroffenen ein als der rechtshilferechtliche (Urteile des Bundesgerichtes 1B_492/2011 vom 2. Februar 2012 E. 1.3; 1B_562/2011 vom 2. Februar 2012 E. 1.4; vgl. Aemisegger/Forster, a.a.O., Art. 79 Fussnote 85). Ein mehrere Erlasse betreffendes komplexes Regelwerk wie die vereinheitlichte StPO kann schwerlich auf Anhieb sämtlichen Koordinationsproblemen im beabsichtigten Masse Rechnung tragen und muss daher im Anwendungsfall zweckgerichtet und dem wahren Sinn entsprechend ausgelegt werden (vgl. E. 5.2 hiernach).
3. Im hier angefochtenen Entsiegelungsentscheid vom 16. September 2011 hat die Vorinstanz Folgendes erwogen und entschieden:
3.1 Die Aktentriage vom 24. August 2011 habe ergeben, dass die Beschuldigte bei einem Liegenschaftsgeschäft, welches Gegenstand der Untersuchung bilde, von verschiedenen Anwälten vertreten bzw. beraten worden sei. Die nicht dieses untersuchte Geschäft betreffenden Akten seien von der Entsiegelung auszunehmen. Zu entsiegeln seien demgegenüber Akten, die "nicht der Anwaltstätigkeit zuzurechnen sind und bei denen" die Beschuldigte "kein anderweitig schützenswertes Interesse geltend gemacht" habe (angefochtener Entscheid, S. 3 f., E. 2). Das untersuchte Geschäft betreffende Korrespondenz sei der Beschuldigten teilweise doppelt (von zwei Anwälten) zugestellt worden. Diesbezüglich sei "eine enge Zusammenarbeit" zwischen einem Schweizer Anwalt und seinen deutschen Kollegen festgestellt worden. Akten von Berufsgeheimnisträgern dürften (gemäss <ref-law>) entsiegelt werden, falls diese im gleichen Zusammenhang Mitbeschuldigte seien. Dies treffe für den fraglichen Schweizer Anwalt und einen mitbeteiligten Rechtsanwalt und Notar zu. Alle von diesen zwei Berufsgeheimnisträgern in Zusammenhang mit dem untersuchten Geschäft produzierten und erhaltenen Unterlagen seien zu entsiegeln. Analoges gelte für konnexe Akten, welche von ihren Mitarbeitern oder Büropartnern stammen. Soweit ein anwaltlicher Büropartner substituiert worden sei, gelte für diesen "kein originäres", sondern ein vom mandatierten Anwalt abgeleitetes Anwaltsgeheimnis, weshalb er ebenfalls unter <ref-law> falle. Als nicht mandatierter Anwalt habe der substituierte Kollege im Hinblick auf die Beschuldigte auch kein Zeugnisverweigerungsrecht. Letzteres gelte auch für den mitbeteiligten Rechtsanwalt und Notar (vgl. angefochtener Entscheid, S. 4 E. 3).
Von der Entsiegelung auszunehmen seien die Unterlagen der deutschen Anwälte, die nicht Mitbeschuldigte seien. Die von ihnen bloss weitergeleiteten Aktendoppel der oben genannten mitbeschuldigten Berufsgeheimnisträger seien ihnen zwar "grundsätzlich zurückzugeben". "Im Zweifelsfall" seien die vom mitbeschuldigten mandatierten Schweizer Anwalt stammenden Dokumente jedoch zu entsiegeln, "auch wenn sie über einen deutschen Anwalt der Beschuldigten zugeleitet worden sind". Einige der deutschen Anwälte der Beschuldigten seien auch im Auftrag eines Dritten tätig gewesen. Die betreffenden Akten seien (gestützt auf <ref-law>) entsiegelungsfähig, da nur Akten, die aus dem Verkehr zwischen der beschuldigten Person und Geheimnisträgern stammen, unter das Beschlagnahmeverbot fielen. Zu entsiegeln seien auch Anwaltsakten, welche die Geschäftstätigkeit von Anwälten als Vermögensverwalter oder Treuhänder betreffen. Der überwiegende Teil der betreffenden Unterlagen stammten vom mitbeschuldigten mandatierten Schweizer Anwalt. Nicht zu entsiegeln seien die Beschuldigte betreffende Verteidigerakten dieses Rechtsvertreters sowie Anwaltsakten, die nichts mit dem untersuchten Liegenschaftsgeschäft zu tun haben (vgl. angefochtener Entscheid, S. 4 f., E. 4-7). Was die "grundsätzlichen" Entsiegelungs- und Beschlagnahmevoraussetzungen betrifft, verweist die Vorinstanz im Übrigen auf die Begründung ihrer prozessleitenden Verfügung vom 3. März 2011 (vgl. angefochtener Entscheid, S. 3 E. 1).
3.2 Das sehr komplexe Dispositiv des angefochtenen Entsiegelungsentscheides erstreckt sich über 25 Seiten:
3.2.1 In Dispositiv Ziffern 1.1-1.7 (angefochtener Entscheid, S. 5-17) werden Hunderte von Dokumenten aus mehreren dutzend Bundesordnern zur Durchsuchung freigegeben.
3.2.2 In Dispositiv Ziffer 2 (angefochtener Entscheid, S. 17-25) werden Hunderte von Dokumenten aus mehreren dutzend Ordnern von der Entsiegelung ausgenommen.
3.2.3 Angesichts des grossen Aufwandes für das Entsiegelungsverfahren legte die Vorinstanz der Beschuldigten die (nach dem anwendbaren Gebührentarif) maximal zulässige Entscheidgebühr von Fr. 10'000.-- auf (Dispositiv Ziffer 3, vgl. dazu angefochtener Entscheid, S. 5 E. 9).
4. Die Beschwerdeführerin bringt (im Wesentlichen zusammengefasst) Folgendes vor:
4.1 In der angefochtenen prozessleitenden Verfügung vom 3. März 2011 werde der Tatverdacht von Veruntreuung und Geldwäscherei einzig auf einen Haftentscheid der kantonalen Anklagekammer vom 6. September 2010 gestützt. Wann und auf wessen Initiative dieser Haftentscheid zu den Entsiegelungsakten genommen wurde, sei unklar. Der Aktenbeizug sei jedenfalls ohne Mitteilung an sie, die Beschwerdeführerin, erfolgt, und es sei ihr keine Gelegenheit eingeräumt worden, dazu Stellung zu nehmen. Seit September 2010 seien zudem zahlreiche entlastende Dokumente aufgetaucht und entlastende Zeugenaussagen erfolgt, denen der Entsiegelungsrichter keine Rechnung getragen habe. Die Begründung des Tatverdachtes stütze sich auf reine Spekulation bzw. willkürliche Tatsachenfeststellungen und verletze die Unschuldsvermutung.
4.2 Am 17. August 2011 habe sie, die Beschwerdeführerin, dem Vorschlag des Entsiegelungsrichters zugestimmt, dass dieser das Siegel bereits vor dem mit den Parteien vereinbarten Triagetermin (vom 24. August 2011) öffnete und die zahlreichen sichergestellten Unterlagen im Hinblick auf eine effiziente Verfahrensführung bereits vorab sichtete. Am 24. August 2011 habe die (parteiöffentliche) richterliche Triage der sichergestellten Dokumente stattgefunden. Die Beschwerdeführerin und die Staatsanwaltschaft hätten sich dabei zu den Dokumenten äussern können. Der Staatsanwaltschaft sei noch kein Einblick in die Akten gewährt worden. Im angefochtenen Entscheid scheine der Entsiegelungsrichter die Ansicht zu vertreten, dass (in Ermangelung von Geheimnisschutzgründen) eine Entsiegelung auch möglich sei, wenn keine Konnexität zwischen den Dokumenten und dem untersuchten Sachverhalt vorliegt. Jedenfalls unterlasse es die Vorinstanz, konkret auszuführen, inwiefern die zahlreichen zur Entsiegelung freigegebenen Unterlagen einen Deliktskonnex aufweisen. Eine entsprechende ausreichende Begründung dränge sich aber besonders bei betroffenen Anwaltsakten auf. Die Beschwerdeführerin listet Hunderte von Unterlagen aus 16 Bundesordnern auf, die ihrer Ansicht nach mangels erkennbarer Deliktskonnexität nicht entsiegelt werden dürften.
4.3 Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, Anwaltsakten dürften nur entsiegelt werden, falls gegen die fraglichen Anwälte selbst ein dringender konkreter Tatverdacht eines deliktischen Verhaltens besteht. Einen solchen Verdacht habe die Vorinstanz jedoch (gegenüber drei betroffenen Anwälten) weder geprüft noch dargelegt. Soweit der Entsiegelungsrichter davon ausgehe, einer der betroffenen Anwälte sei von ihr, der Beschwerdeführerin, gar nicht mandatiert worden, sei diese Ansicht unzutreffend bzw. nicht begründet. Selbst wenn der fragliche Anwalt von einem Kollegen substituiert worden wäre, gelte auch für Ersteren analog das Anwaltsgeheimnis bzw. ein Beschlagnahmeverbot. Bundesrechtswidrig sei sodann die Ansicht des Entsiegelungsrichters, soweit ihre Schweizer Anwälte deutsche Korrespondenzanwälte mandatiert hätten, falle der betreffende Schriftverkehr nicht unter das Anwaltsgeheimnis. Bei gewissen Dokumenten habe die Vorinstanz offensichtlich zu Unrecht eine Geheimnisträgerschaft verneint.
4.4 Und schliesslich sei ihr, der Beschwerdeführerin, zu Unrecht die maximal zulässige Entsiegelungsgebühr von Fr. 10'000.-- vollständig auferlegt worden.
4.5 Nach Ansicht der Beschwerdeführerin verletzten die angefochtenen Entscheide in diesem Zusammenhang Art. 5, Art. 9, Art. 29 Abs. 2, Art. 32 Abs. 1 und Art. 36 BV, Art. 6 EMRK sowie Art. 263 f. i.V.m. <ref-law>.
5. 5.1 Wie den Akten und den vorstehenden Erwägungen zu entnehmen ist, betrifft die vorliegende Beschwerde einen ausserordentlich komplexen Entsiegelungsfall mit sehr umfangreichem Material. Nach der dargelegten gesetzlichen Regelung wäre gegen die Entsiegelungsverfügung des Zwangsmassnahmenrichters direkt die Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht möglich (vgl. E. 2.1 hiervor). Dagegen sprechen allerdings die eingangs erwähnten Gründe (oben, E. 2.2-2.4).
5.2 Für die Auslegung und Anwendung eines Gesetzes ist in erster Linie sein Wortlaut massgebend. Ist der Wortlaut klar, erübrigt es sich in der Regel, zum Verständnis der Bedeutung und Tragweite auf weitere Auslegungselemente zurückzugreifen. Einzig wenn anzunehmen ist, dass der Wortlaut nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt bzw. dass darin die Absichten des Gesetzgebers nicht genügend zum Ausdruck kommen, darf vom eindeutigen und unmissverständlichen Text abgewichen und die Norm entsprechend ihrem wahren Sinn und Zweck angewendet werden. Die Ermittlung des gesetzgeberischen Willens kann diesfalls aufgrund anderer Auslegungselemente erfolgen und sich namentlich aus der Entstehungsgeschichte der Norm, aus ihrem Grund und Ziel oder aus dem Zusammenhang mit anderen Vorschriften ergeben (<ref-ruling> E. 6.2 S. 198 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 277; <ref-ruling> E. 2.4 S. 265 f., 497 E. 4.1 S. 499; <ref-ruling> E. 4.1 S. 20 f.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 396; <ref-ruling> E. 4 S. 82; je mit Hinweisen).
5.3 Wie aufgezeigt wurde (E. 2.3 hiervor), ging es dem Gesetzgeber mit der Regelung des Entsiegelungsprozederes in Art. 248 Abs. 2-4 StPO vor allem um ein rasches Verfahren (vgl. auch <ref-law> und <ref-law>). Mit diesem Ziel vor Augen hat er bestimmte kurze Fristen eingeführt für das Gesuch um Entsiegelung und den Entscheid darüber. Allerdings hat er nicht bedacht, dass der direkte Weiterzug des Entsiegelungsentscheids ans Bundesgericht das Verfahren in komplexen Fällen wie dem vorliegenden mit einer sehr grossen Zahl von Dokumenten im Ergebnis wiederum verlängert, weil das Bundesgericht nicht dafür ausgerüstet ist, solche Datenmengen rasch sichten und bearbeiten zu können. Wohl mag die direkte Anfechtung von Entsiegelungsentscheiden beim Bundesgericht im Normalfall eine Beschleunigung herbeizuführen. Bei sehr umfangreichem Material und vielen umstrittenen Sachverhaltsfragen, namentlich in grossen Wirtschaftsstraffällen, tritt jedoch ein "Kippeffekt" ein: Zufolge der mangelnden Dotierung und Ausrüstung für solche Spezialfälle und der Konzentration von Beschwerdeangelegenheiten beim Höchstgericht dauert ihre Beurteilung nicht weniger lang, sondern im Gegenteil länger als bei Einhaltung des zweistufigen Rechtsmittelweges und insbesondere länger als beabsichtigt und tragbar. Das Ausschalten des vormals bestehenden und auf dem Gebiet der Rechtshilfe grundsätzlich immer noch vorgesehenen Beschwerdewegs (vgl. E. 2.4 hiervor) führt somit dazu, dass die Ziele des Gesetzgebers gerade in den komplexen Entsiegelungsfällen nicht erreicht werden können. Um dem Sinn und Zweck der Regelung zum Durchbruch zu verhelfen, ist es deshalb unumgänglich, in solchen Extremfällen - und nur in diesen - den normalen StPO-Beschwerdeweg (gemäss Art. 20 und 393 ff. StPO) vorzusehen und den Weiterzug an das Bundesgericht (nach <ref-law>) erst im Anschluss daran zuzulassen. Dieses Vorgehen lässt erwarten, dass auch in den komplexen Verfahren eine endgültige Beurteilung innert nützlicher Frist erfolgen kann, da die sehr umfangreichen Beschwerdefälle zunächst dezentral, auf die Kantone verteilt bzw. beim eigens dafür ausgerüsteten Bundesstrafgericht, anfallen und sachverhaltsmässig ergänzt werden, und erfahrungsgemäss nicht alle Fälle und nicht alle umstrittenen Fragen an das Bundesgericht weitergezogen werden ("Filterwirkung"). Zur Vereinfachung dieser Verfahrensregelung und damit der erstinstanzliche Entsiegelungsrichter keine schwierigen Zuständigkeitsfragen beantworten muss, wird das Bundesgericht wie bis anhin alle Beschwerden im Anschluss an Entsiegelungen nach <ref-law> entgegennehmen. Es behält sich jedoch vor, in ausserordentlich umfangreichen bzw. komplexen Fällen die Beschwerde nicht gleich selbst zu behandeln, sondern an die Beschwerdeinstanz gemäss Art. 20 und 393 ff. StPO zu überweisen und darauf (vorerst) nicht einzutreten, um den gesetzgeberischen Willen auch in diesen wichtigen Fällen zum Tragen zu bringen.
5.4 Vorliegend handelt es sich (wie in den Erwägungen 3-4 dargelegt) um einen solchen ausserordentlich umfangreichen Entsiegelungsfall mit zahlreichen zu prüfenden Sachverhalts- und Rechtsfragen. Im Lichte der vorstehenden Erwägungen kann es nicht Aufgabe des Bundesgerichtes sein, als erste und einzige Rechtsmittelinstanz eine derart umfangreiche Entsiegelung und die damit verbundenen komplexen Tat- und Rechtsfragen zu überprüfen. Auf die Beschwerde ist daher mangels Erschöpfung des Instanzenzuges (<ref-law>) nicht einzutreten. Die Streitsache wird von Amtes wegen an das zuständige Obergericht des Kantons Thurgau weitergeleitet zur Instruktion des Beschwerdeverfahrens nach <ref-law>.
6. Auf die Beschwerde in Strafsachen ist nicht einzutreten. Die Streitsache wird von Amtes wegen an das zuständige Obergericht des Kantons Thurgau weitergeleitet zur Instruktion des Beschwerdeverfahrens nach <ref-law>.
Gerichtskosten sind ausnahmsweise nicht zu erheben (vgl. <ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Streitsache wird von Amtes wegen an das Obergericht des Kantons Thurgau weitergeleitet zur Instruktion des Beschwerdeverfahrens nach <ref-law>.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin sowie der Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsfälle und Organisierte Kriminalität, dem Zwangsmassnahmengericht und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster