Sachverhalt:
A. Y._ (Beschwerdegegnerin 1) und Z._ (Beschwerdegegner 2) übertrugen mit einem "Generalunternehmer-Werkvertrag" vom 19./21. August 1996 der X._ AG (Beschwerdeführerin), beziehungsweise deren Rechtsvorgängerin, die Erstellung eines Mehrfamilienhauses. Nach Bezug des Hauses machten die Beschwerdegegner verschiedene Mängel geltend, und es kam zu einem Verfahren vor dem Handelsgericht Zürich, in welchem die Beschwerdegegner namentlich die Feststellung beantragten, dass sie zur Beseitigung einzeln aufgeführter Mängel auf Kosten der Beschwerdeführerin berechtigt seien und von der Beschwerdeführerin die Bevorschussung der entsprechenden Kosten verlangten, während die Beschwerdeführerin Widerklage erhob und Fr. 32'250.-- nebst Zins forderte.
B. Mit Beschluss vom 25. Juni 2009 trat das Handelsgericht auf das Feststellungsbegehren nicht ein, wies die Klage bezüglich einzelner Sachverhalte zufolge Rückzugs als erledigt ab und trat auf die Widerklage gegen die Beschwerdegegnerin 1 nicht ein. Dieser Beschluss blieb unangefochten. Das gleichentags ergangene Urteil des Handelsgerichts, mit welchem dieses im Wesentlichen die Widerklage abwies und die Beschwerdeführerin zur Leistung eines Kostenvorschusses an die mutmasslichen Kosten der Sanierung von Fr. 270'850.-- verpflichtete, zog die Beschwerdeführerin an das Kassationsgericht des Kantons Zürich weiter, welches die Sache mit Zirkulationsbeschluss vom 18. November 2010 an das Handelsgericht zurückwies. Mit Urteil vom 15. März 2011 verpflichtete das Handelsgericht die Beschwerdeführerin schliesslich im Wesentlichen, den Beschwerdegegnern einen Vorschuss von Fr. 242'740.-- zur Abdeckung einzeln aufgeführter Kosten der Nachbesserung zu leisten, die von den Beschwerdegegnern innert 18 Monaten ab Eingang der Vorschusszahlung vorzunehmen sei. Sodann wies es die Widerklage vollumfänglich und die Klage im Mehrbetrag ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin im Wesentlichen, sie sei zu verpflichten, (lediglich) die Kosten für die Entstopfung des Pluvia-Entwässerungssystems von Fr. 7'020.-- zu bevorschussen. Ihr Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wies das Bundesgericht am 26. Mai 2011 ab. Die Beschwerdegegner schliessen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Handelsgericht auf Vernehmlassung verzichtet. Von den im kantonalen Verfahren als Streitberufene Beteiligten haben die G._ AG und die I._ AG auf Vernehmlassung verzichtet, erstere unter Hinweis darauf, dass ihrer Auffassung nach allfällige Rechte der Beschwerdeführerin gegenüber ihr als Solidarbürgin verwirkt seien (Art. 510 OR), letztere, da sie infolge eines Vergleichs nicht mehr Verfahrensbeteiligte sei. A._, die "B._ GmbH", die "C._ AG", D._, die "E._ AG", die "F._ GmbH" und die "H._ AG" haben sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. Einen Hauptstreitpunkt zwischen den Parteien im kantonalen Verfahren, auf welchen sich auch das Verfahren vor Bundesgericht konzentriert, bildete die Frage, ob die von der B._ GmbH ausgeführten Planungs- und Ausführungsarbeiten bezüglich des Innenausbaus Bestandteil des zwischen den Parteien geschlossenen Vertrages waren. Ursprünglich bestand das Vertragsverhältnis zwischen der B._ GmbH und den Beschwerdegegnern. Diese stellten sich aber auf den Standpunkt, im zwischen den Prozessparteien abgeschlossenen Vertrag sei festgehalten, die Beschwerdeführerin übernehme alle bestehenden Verträge, also auch denjenigen zwischen den Beschwerdegegnern und der B._ GmbH. Daher sei die Beschwerdeführerin für sämtliche Planleistungen verantwortlich. Die Beschwerdeführerin bestritt demgegenüber für die entsprechenden Mängel ihre Passivlegitimation.
1.1 Bereits im ersten Urteil vom 25. Juni 2009 kam das Handelsgericht in Würdigung der Beweise zum Schluss, es bestehe ein tatsächlicher Konsens zwischen den Parteien betreffend die Übernahme des Vertrages der Beschwerdegegner durch die Beschwerdeführerin als GU. Zwar hätten die Beschwerdegegner eine Vertragsübernahme im Sinne eines dreiseitigen Vertrages oder infolge nachträglicher Genehmigung nicht beweisen können. Es bleibe aber bei der entsprechenden Verpflichtungserklärung der Beschwerdeführerin, im Ergebnis als GU für die Leistungen der B._ GmbH gegenüber den Beschwerdegegnern einzustehen, sie in diesem Sinne schadlos zu halten.
1.1.1 Die Beschwerdeführerin hat dieses Urteil mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht angefochten, welches die Sache an das Handelsgericht zurückwies. In ihrer Nichtigkeitsbeschwerde hatte die Beschwerdeführerin auch die Frage ihrer Passivlegitimation betreffend von der B._ GmbH zu verantwortender Mängel thematisiert. In diesem Punkt hatte das Kassationsgericht das Urteil des Handelsgerichts indessen nicht beanstandet. Es bemängelte das Urteil des Handelsgerichts lediglich im Zusammenhang mit einem Gutachten zu den Kosten der Mängelbehebung und bezüglich der Widerklage im Zusammenhang mit dem Bonus.
1.1.2 Die Beschwerdeführerin thematisiert in ihrer Beschwerde fast ausschliesslich den vom Handelsgericht angenommenen tatsächlichen Konsens betreffend die Vertragsübernahme. Sie rügt in diesem Zusammenhang namentlich eine Verletzung von Art. 8 ZGB, der Auslegung von Willenserklärungen nach dem Vertrauensprinzip sowie ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör und wirft dem Handelsgericht insbesondere eine willkürliche Beweiswürdigung vor.
1.1.3 Das Handelsgericht hat einen tatsächlich übereinstimmenden Parteiwillen festgestellt. Wo das Gericht in Würdigung von Beweisen zur Überzeugung gelangt, eine Tatsachenbehauptung sei bewiesen oder widerlegt, wird die Beweislastverteilung gegenstandslos (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 241). Art. 8 ZGB knüpft stets an den Begriff und die Folgen der Beweislosigkeit an. Steht eine tatsächliche Willensübereinstimmung fest, bleibt für eine Auslegung nach dem Vertrauensgrundsatz kein Raum (Art. 18 Abs. 1 OR; <ref-ruling> E. 3.1 S. 632; <ref-ruling> E. 1a S. 73). Insoweit gehen die entsprechenden Rügen der Beschwerdeführerin an der Sache vorbei.
1.1.4 Die Feststellung des tatsächlichen Parteiwillens beruht auf Beweiswürdigung (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 274, 626 E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen). Sie kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 130, 397 E. 1.5 S. 401; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252).
1.1.5 Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach Art. 97 Abs. 1 BGG und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach Art. 105 Abs. 2 BGG stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind nach Massgabe von Art. 106 Abs. 2 BGG zu begründen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von Art. 105 Abs. 2 BGG, die dem Richter geradezu in die Augen springen (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen).
1.2 Diesen Begründungsanforderungen genügt die Kritik der Beschwerdeführerin an den tatsächlichen Feststellungen nicht.
1.2.1 Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; je mit Hinweisen).
1.2.2 Die Beschwerdeführerin legt ausführlich dar, wie ihrer Auffassung nach die Beweise hätten gewürdigt werden müssen, und bezeichnet die Beweiswürdigung des Handelsgerichts als willkürlich. Dies genügt indessen zur hinreichenden Begründung einer Willkürrüge nicht. Das Bundesgericht ist keine letzte Appellationsinstanz, die von den Parteien mit vollkommenen Rechtsmitteln angerufen werden könnte (vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4342 Ziff. 4.1.4.5 zu Art. 97 E-BGG). Die Beschwerdeführerin versucht mit den Rügen der Willkür in der Beweiswürdigung und der Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör im Ergebnis zu erreichen, dass das Bundesgericht die Beweiswürdigung des Handelsgerichts umfassend überprüft. Ein derartiges Vorgehen verkennt die grundsätzliche Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid (Art. 97 und 105 BGG). Es geht nicht an, in einer Beschwerde in Zivilsachen appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung des kantonalen Gerichts zu üben und Ergänzungen bezüglich der tatsächlichen Feststellungen vorzunehmen, als ob dem Bundesgericht im Beschwerdeverfahren die freie Prüfung aller Tatfragen zukäme (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; je mit Hinweisen).
1.2.3 Die Schlüsse der Beschwerdeführerin, die sie ihren Willkürrügen zu Grunde legt, sind zudem nicht zwingend und daher ungeeignet, Willkür aufzuzeigen. So beispielsweise, wenn sie aus der Feststellung des Handelsgerichts, der Beschwerdegegner 2 sei bauengagiert gewesen und habe das Haus ursprünglich ohne Totalunternehmer erstellen wollen, ableitet, ihm könne kein laienhaftes Verständnis der von ihm verfassten Schreiben zugebilligt werden, die Äusserungen enthalten, denen entnommen werden könnte, er betrachte sich selbst als Auftraggeber der B._ GmbH. Materiell hat das Handelsgericht insbesondere auf ein Schreiben der Beschwerdeführerin selbst vom 15. Juni 1999 abgestellt, in welchem diese beziehungsweise deren Rechtsvorgängerin bestätigt, die Planer, Bauleiter, Subunternehmer und Lieferanten hafteten ihr gegenüber für die Qualität ihrer Arbeiten und Lieferungen, und sie stehe bezüglich Planung, Bauleitung, Fertigstellung, Mängelerledigung und Garantiearbeiten im direkten Vertragsverhältnis zum Architekturbüro D._ und zum Innenarchitekten B._ GmbH. Vertragserfüllungsansprüche könnten nur bei ihr angemeldet werden. Sie müsse die Ansprüche bei den Vertragspartnern durchsetzen. Wenn das Handelsgericht vor diesem Hintergrund im Ergebnis zum Schluss kommt, auch die Beschwerdeführerin gehe davon aus, der Vertrag sei auf sie übergegangen, kann von Willkür keine Rede sein, selbst wenn im Gesamtzusammenhang und unter Berücksichtigung der übrigen Beweismittel vielleicht auch andere Lösungen denkbar wären. Der blosse Vorwurf, die Vorinstanz gehe nicht auf sämtliche Parteivorbringen und Beweismittel im Einzelnen ein, reicht nicht, um eine Verletzung des rechtlichen Gehörs aufzuzeigen, genügt es doch, wenn der Entscheid aufgrund der Begründung gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88).
1.3 Nach dem Gesagten ist in tatsächlicher Hinsicht von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid auszugehen. Soweit die Beschwerdeführerin ihren Ausführungen einen davon abweichenden Sachverhalt zugrunde legt, ist nicht darauf einzutreten. Damit kann offen bleiben, ob die Beschwerdeführerin sich mit Blick auf das Erfordernis der Letztinstanzlichkeit des angefochtenen Entscheides (Art. 75 Abs. 1 BGG) in tatsächlicher Hinsicht nicht mit dem Urteil des Kassationsgerichts hätte auseinandersetzen müssen, soweit dieses die Beweiswürdigung betreffend die Vertragsübernahme geprüft und nicht beanstandet hatte und die Vorinstanz die Argumentation ihres ersten Entscheides unverändert beibehalten hat. Steht beweismässig für eine Vertragsbestimmung ein tatsächlich übereinstimmender Wille fest, bleibt diesbezüglich für die Rüge der Verletzung von Art. 8 ZGB sowie der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip kein Raum (vgl. E. 1.1.3 hiervor).
1.4 Die Beschwerdeführerin erachtet es als widersprüchlich, wenn das Handelsgericht den Nachweis eines Konsenses betreffend die Vertragsübernahme für erbracht halte, nicht aber jenen der Vertragsübernahme im Sinne eines dreiseitigen Rechtsgeschäfts. Soweit nicht auch diese Rüge tatsächliche Aspekte betrifft und damit nicht hinreichend begründet ist, verkennt die Beschwerdeführerin, dass der vom Handelsgericht ermittelte tatsächliche Konsens das zwischen den Parteien Vereinbarte, mithin die von der Beschwerdeführerin übernommene Pflicht zur Vertragsübernahme beschlägt. Sind die Beschwerdegegner nicht in der Lage zu beweisen, dass die Beschwerdeführerin die Verpflichtung auch erfüllt und den Vertrag effektiv übernommen hat, könnte die Beschwerdeführerin daraus nichts zu ihren Gunsten ableiten. Es sind nicht die Beschwerdegegner, welche die Beweislast für die korrekte Erfüllung der von der Beschwerdeführerin übernommenen Pflichten tragen, sondern dies obliegt der Beschwerdeführerin.
1.5 Soweit die Beschwerdeführerin sich darauf beruft, gemäss dem zwischen den Prozessparteien geschlossenen Vertrag würden die bereits geschlossenen Verträge nur vorbehältlich einer Prüfung übernommen, welche nicht stattgefunden habe, stösst sich ihre Argumentation am Beweisergebnis des Handelsgerichts. Wenn dieses die Bestätigung vom 15. Juni 1999 im Ergebnis dahingehend interpretiert, die Beschwerdeführerin selbst sei von einem Übergang des Vertrages ausgegangen, muss die Beschwerdeführerin auch die dafür vertraglich vorgesehenen Voraussetzungen als erfüllt angesehen haben. Welche Tragweite der vorbehaltenen Prüfung im Einzelnen zukommt, kann daher offen bleiben.
1.6 Die Beschwerdeführerin thematisiert schliesslich noch die Rechtzeitigkeit der Mängelrüge betreffend die Mängel am Marmorboden. Sie ist der Auffassung, die Bauführer J._ von der B._ GmbH gegenüber erhobene Mängelrüge habe sich an die falsche Person gerichtet. Das Handelsgericht ging indessen nicht nur in normativer Hinsicht davon aus, die Beschwerdegegner hätten aufgrund der Äusserungen der Beschwerdeführerin Bauführer J._ als für die Entgegennahme der Mängelrüge zuständig ansehen dürfen, es erachtete es aufgrund von dessen Zeugenaussage zudem als erwiesen, dass dies tatsächlich der damaligen Regelung entsprach. Mit dieser Feststellung setzt sich die Beschwerdeführerin nicht hinreichend auseinander, um sie als willkürlich ausweisen zu können. Damit scheitern die Rügen der Beschwerdeführerin an den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid. Auch die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip würde übrigens zu keinem anderen Ergebnis führen, hielt die Beschwerdeführerin (beziehungsweise deren Rechtsvorgängerin) im Schreiben vom 15. Juni 1999 nach dem Hinweis auf das direkte Auftragsverhältnis zur B._ GmbH doch unter anderem fest, der Bauführer J._ sei in ihrem Auftrag tätig und verantwortlich, die Pendenzen im Direktkontakt mit der Bauherrschaft zu bereinigen. Gestützt darauf durften die Beschwerdegegner trotz des Hinweises, Vertragserfüllungsansprüche könnten nur bei der Beschwerdeführerin (beziehungsweise deren Rechtsvorgängerin) angemeldet werden, davon ausgehen, Bauführer J._ sei zur Entgegennahme der Mängelrüge berechtigt.
2. Die Beschwerde erweist sich insgesamt als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig. Eine Parteientschädigung ist nur den Beschwerdegegnern geschuldet, da den anderen Beteiligten, die keine Vernehmlassung eingereicht haben, kein zu entschädigender Aufwand entstanden ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, A._, der B._ GmbH, der C._ AG, D._, der E._ AG, der F._ GmbH, der G._ AG, der H._ AG, der I._ AG und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. August 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak