Aufenthaltsbewilligung, hat sich ergeben:
A.- Die 1972 geborene jugoslawische Staatsangehörige X.Z._ heiratete am 25. Dezember 1994 im Kosovo Y.Z._, welcher über eine Niederlassungsbewilligung für den Kanton Zürich verfügt. Am 15. Januar 1995 reiste sie in die Schweiz ein. Am 22. Mai 1996 wurde die Tochter C.Z._ und am 20. September 1997 die Tochter D.Z._ geboren. Beide Töchter verfügen über die Niederlassungsbewilligung. Anfangs Juli 1999 verliess X.Z._ die eheliche Wohnung und zog zu ihrem Bruder in M._/AG, angeblich weil sie sich vor den Gewalttätigkeiten ihres Ehemannes fürchtete. Die Kinder liess sie bei diesem zurück. Am 5. Juli 1999 meldete sie sich in der Gemeinde M._/AG an.
B.- Mit Gesuch vom 8. Juli 1999 beantragte X.Z._ bei der Fremdenpolizei des Kantons Aargau (im Folgenden:
Fremdenpolizei) eine Aufenthaltsbewilligung. Mit Verfügung vom 8. September 1999 lehnte diese das Gesuch ab und forderte X.Z._ auf, den Kanton Aargau bis zum 30. Oktober 1999 zu verlassen.
Mit Eheschutzklage vom 29. September 1999 beantragte X.Z._ beim Gerichtspräsidium O._ die Obhut über ihre beiden Töchter. Mit Verfügung vom 5. Oktober 1999 gewährte der Gerichtspräsident des Bezirksgerichts O._ X.Z._ im Sinne einer vorläufigen Massnahme ein Besuchsrecht gegenüber ihren beiden Kindern von zwei Wochenenden pro Monat.
Am 16. November 1999 wies die Fremdenpolizei die gegen ihre Verfügung vom 8. September 1999 erhobene Einsprache ab. Dagegen führte X.Z._ erfolglos Beschwerde beim Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau (im Folgenden: Rekursgericht).
C.- Mit Präliminarentscheid vom 6. Februar 2000 stellte der Präsident des Bezirksgerichts O._ die beiden Kinder unter die Obhut von Y.Z._, errichtete eine Erziehungsbeistandschaft und gewährte X.Z._ ein Besuchsrecht von zwei Wochenenden pro Monat sowie ein Ferienrecht von 14 Tagen jährlich ab Besuch des Kindergartens der jüngeren Tochter.
D.- Gegen den Entscheid des Rekursgerichts vom 28. Januar 2000 hat X.Z._ am 1. März 2000 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Sie beantragt, den Entscheid des Rekursgerichts sowie die beiden Entscheide der Fremdenpolizei vom 8. September 1999 und vom 16. November 1999 aufzuheben und die Fremdenpolizei anzuweisen, ihr eine Aufenthaltsbewilligung zu erteilen; eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Rekursgericht zurückzuweisen.
Sie ersucht zudem um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
Die Fremdenpolizei beantragt sinngemäss, auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht einzutreten. Das Rekursgericht hat unter Verweis auf seinen Entscheid auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Ausländerfragen schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
E.- Mit Verfügung vom 22. März 2000 gestattete der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung der Beschwerdeführerin vorsorglich, sich bis zum Abschluss des bundesgerichtlichen Verfahrens im Kanton Aargau aufzuhalten.
F.- Mit Schreiben vom 14. Juni 2000 gab der Instruktionsrichter der Fremdenpolizei des Kantons Zürich Gelegenheit, zu der Beschwerde aus ihrer Sicht Stellung zu nehmen, und forderte sie auf, dem Bundesgericht die zürcherischen Akten betreffend die Familie Z._ zur Verfügung zu stellen. Mit Eingabe vom 12. Juni (recte: Juli) 2000 führte die Fremdenpolizei des Kantons Zürich aus, die beiden Mädchen C.Z._ und D.Z._ seien, wie ihr Vater Y.Z._, an der A._strasse in N._ wohnhaft; dort wohnten auch die Eltern von Y.Z._, welche die beiden Kinder betreuten. Zurzeit bestehe kein Anlass, gegenüber dem Ehemann der Beschwerdeführerin fremdenpolizeiliche Massnahmen zu ergreifen.
In ihren Bemerkungen vom 16. August 2000 zu dieser Stellungnahme führte die Beschwerdeführerin aus, es treffe nach ihren Kenntnissen zu, dass ihre Kinder von den Grosseltern väterlicherseits betreut würden, hingegen wohne ihr Ehemann schon lange nicht mehr in N._. Sie habe ihn betreiben müssen, da er seinen Unterhaltspflichten nicht nachkomme, und auf dem Betreibungsamt habe er eine Adresse in L._ angegeben.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Anfechtungsgegenstand der vorliegenden Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nur der Entscheid des Rekursgerichts sein. Soweit die Beschwerdeführerin darüber hinaus auch die Aufhebung der Verfügung der Fremdenpolizei vom 8. September 1999 sowie des Einspracheentscheids vom 16. November 1999 verlangt, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
b) Art. 100 lit. b Ziff. 3 OG schliesst die Verwaltungsgerichtsbeschwerde aus gegen die Erteilung oder Verweigerung von fremdenpolizeilichen Bewilligungen, auf die das Bundesrecht keinen Anspruch einräumt. Gemäss Art. 4 des Bundesgesetzes vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG; SR 142. 20) entscheidet die zuständige Behörde, im Rahmen der gesetzlichen Vorschriften und der Verträge mit dem Ausland, nach freiem Ermessen über die Bewilligung von Aufenthalt und Niederlassung. Der Ausländer hat damit grundsätzlich keinen Anspruch auf Erteilung bzw. Verlängerung einer Aufenthaltsbewilligung, und die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist ausgeschlossen, soweit er sich nicht auf eine Norm des Bundesrechts oder eines Staatsvertrags berufen kann, die ihm einen Anspruch auf eine solche Bewilligung einräumt (<ref-ruling> E. 1a S. 363 f., mit Hinweisen).
c) Der Ehemann der Beschwerdeführerin ist im Besitze der Niederlassungsbewilligung. Damit hat die Ehefrau gemäss Art. 17 Abs. 2 ANAG Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, solange die Ehegatten zusammen wohnen. Da sie jedoch seit Juli 1999 nicht mehr mit ihrem Ehemann zusammenlebt, sondern in M._ bei ihrem Bruder wohnt, kann sie sich nicht auf Art. 17 Abs. 2 ANAG berufen.
d) Art. 8 EMRK garantiert den Schutz des Familienlebens.
Gestützt darauf ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des um die fremdenpolizeiliche Bewilligung ersuchenden Ausländers oder seiner hier anwesenden Verwandten zulässig, wenn diese über ein gefestigtes Anwesenheitsrecht (insbesondere Niederlassungsbewilligung) in der Schweiz verfügen und die familiäre Beziehung tatsächlich gelebt wird und intakt ist (<ref-ruling> E. 1b S. 364, mit Hinweisen).
Die beiden Töchter der Beschwerdeführerin verfügen mit der Niederlassungsbewilligung über ein gefestigtes Aufenthaltsrecht in der Schweiz. Es ist ferner davon auszugehen, dass ihre Beziehung zu der Beschwerdeführerin grundsätzlich intakt ist; dass diese nach ihrem Wegzug aus der ehelichen Wohnung offenbar aus Angst vor ihrem Ehemann vorderhand nicht wagte, ihre Kinder zu besuchen, ändert daran nichts. Die Beschwerdeführerin kann sich daher für den Erhalt einer Aufenthaltsbewilligung in der Schweiz grundsätzlich auf Art. 8 EMRK berufen; ob sie diesen Anspruch gerade im Kanton Aargau geltend machen darf und ob allenfalls Verweigerungsgründe bestehen, ist eine Frage der materiellen Beurteilung.
2.- a) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG). Im Fremdenpolizeirecht stellt das Bundesgericht auf die aktuellen tatsächlichen und rechtlichen Umstände ab, ausser wenn eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden hat. Diesfalls gilt die Regelung von Art. 105 Abs. 2 OG, wonach das Bundesgericht an die Feststellung des Sachverhalts gebunden ist, wenn die richterliche Vorinstanz diesen nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen erhoben hat (<ref-ruling> E. 2a S. 365; <ref-ruling> E. 2 S. 390). Da im vorliegenden Fall der angefochtene Entscheid durch ein Gericht erging, gelangt Art. 105 Abs. 2 OG zur Anwendung. Damit können auch nachträgliche Veränderungen des Sachverhalts nicht berücksichtigt werden bzw. sind neue tatsächliche Vorbringen im bundesgerichtlichen Verfahren ausgeschlossen, soweit sie nicht von der Vorinstanz von Amtes wegen hätten beachtet werden müssen und ihre Nichtberücksichtigung auf eine Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen hinausläuft (<ref-ruling> E. 5d S. 310, mit Hinweisen; <ref-ruling> S. 99 E. 1c, mit Hinweisen).
b) Im Zeitpunkt des Einspracheentscheides der Fremdenpolizei vom 16. November 1999 verfügte die Beschwerdeführerin noch über eine Aufenthaltsbewilligung im Kanton Zürich. Diese ist indessen während des Verfahrens vor Rekursgericht am 14. Januar 2000 abgelaufen.
Gemäss Art. 8 Abs. 1 ANAG gilt die Aufenthalts- oder Niederlassungsbewilligung nur für den Kanton, der sie ausgestellt hat. Bei Wechsel des Kantons (Verlegung des Mittelpunktes der Lebensverhältnisse von einem Kanton in den andern) bedarf der Ausländer einer neuen Bewilligung (Art. 14 Abs. 3 der Vollziehungsverordnung vom 1. März 1949 zum Bundesgesetz über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer [ANAV; SR 142. 201]).
c) Das Rekursgericht hat, soweit Art. 8 Ziff. 1 EMRK betreffend, vollumfänglich auf die Erwägungen der Fremdenpolizei verwiesen und diese damit zum Bestandteil der eigenen Begründung gemacht. Die Fremdenpolizei hat im Einspracheentscheid vom 16. November 1999 betont, dass die verwandtschaftlichen Beziehungen der Beschwerdeführerin zu den Geschwistern ihr keinen Anspruch gemäss Art. 8 EMRK zu verleihen vermöchten. Die Beziehung der Beschwerdeführerin zu ihren Kindern als Anspruchsgrundlage hat sie hingegen nicht geprüft. Die Fremdenpolizei hat ferner ausgeführt, in der Verweigerung des Kantonswechsels könne kein unzulässiger Eingriff in das Privatleben der Einsprecherin gesehen werden, da die Bewilligungsverweigerung nicht zu ihrer Repatriierung führe.
Mittlerweilen hat sich die Sachlage geändert: Noch vor dem Entscheid des Rekursgerichts - und zwar am 14. Januar 2000 - ist die Aufenthaltsbewilligung der Beschwerdeführerin für den Kanton Zürich abgelaufen. Damit handelte es sich aber von dem Moment an nicht mehr um einen Kantonswechsel im üblichen Sinne, und das Rekursgericht konnte eine Aufenthaltsbewilligung nicht mehr mit der Begründung verweigern, dass die Beschwerdeführerin ja im Kanton Zürich über eine Aufenthaltsbewilligung verfüge. Es durfte im Übrigen auch nicht ohne Nachprüfung davon ausgehen, die Beschwerdeführerin werde im Kanton Zürich rechtzeitig eine Verlängerung beantragen, geht doch aus ihrer Beschwerde an das Rekursgericht klar hervor, dass sie - aus Angst vor ihrem Ehemann - nicht bereit wäre, dorthin zurückzukehren. Verfügte aber die Beschwerdeführerin im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheides über keine Aufenthaltsbewilligung (mehr) in einem andern Kanton, so hätte der Kanton Aargau die Voraussetzungen einer Erteilung unter denselben Voraussetzungen prüfen müssen, welche auch für die erstmalige Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung gelten.
d) Da das Rekursgericht gestützt auf einen in einem wesentlichen Punkt offensichtlich unrichtig erhobenen Sachverhalt (vgl. Art. 105 Abs. 2 OG) entschieden und davon abgesehen hat, zu prüfen, ob im vorliegenden Fall der Beschwerdeführerin gestützt auf Art. 8 EMRK eine Aufenthaltsbewilligung erteilt werden muss, ist der angefochtene Entscheid aufzuheben.
3.- Im Übrigen hätte das Verwaltungsgericht, auch wenn die Beschwerdeführerin im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheides noch eine Aufenthaltsbewilligung für den Kanton Zürich gehabt hätte, d.h. im Falle eines üblichen Kantonswechsels, näher prüfen müssen, ob ein solcher zu bewilligen wäre:
Das Bundesgericht hat kürzlich entschieden, dass eine ausländische Ehefrau, welche nicht mehr mit ihrem schweizerischen Ehemann zusammenwohnt, grundsätzlich einen Anspruch auf die Bewilligung eines Kantonswechsels hat, da die Aufenthaltsbewilligung dann, wenn der Anspruch auf Art. 7 ANAG beruht, nicht vom gemeinsamen Haushalt der Ehegatten abhängt (zur Publikation bestimmtes Urteil vom 5. Juli 2000 i.S. A.). Im vorliegenden Fall fliesst der grundsätzliche Anspruch der Beschwerdeführerin auf Aufenthalt in der Schweiz aus Art. 8 EMRK, da sie zwei minderjährige Kinder hat, welche über die Niederlassungsbewilligung verfügen. In Analogie zum oben zitierten Fall darf der Bewilligungsanspruch der - nicht obhutsberechtigten - Mutter nicht auf den Kanton beschränkt werden, in dem die beiden Kinder Wohnsitz haben, wenn ein Aufenthalt der Mutter in diesem Kanton aus einem besonderen Grund nicht in Frage kommt.
4.- a) Hebt das Bundesgericht die angefochtene Verfügung auf, so entscheidet es selbst in der Sache oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück; hat diese als Beschwerdeinstanz entschieden, so kann es die Sache an die Behörde zurückweisen, die in erster Instanz verfügt hat (Art. 114 Abs. 2 OG). Im vorliegenden Fall rechtfertigt es sich, die Sache zu neuer Beurteilung an das Rekursgericht zurückzuweisen.
b) Der nicht sorgeberechtigte Ausländer kann die familiäre Beziehung zu seinen Kindern zum Vornherein nur in einem beschränkten Rahmen, nämlich durch Ausübung des ihm eingeräumten Besuchsrechts leben. Hiezu ist nicht unabdingbar, dass er dauernd im gleichen Land wie das Kind lebt und dort über eine Aufenthaltsbewilligung verfügt. Den Anforderungen von Art. 8 EMRK ist regelmässig bereits Genüge getan, wenn der Ausländer das Besuchsrecht im Rahmen von bewilligungsfreien Kurzaufenthalten vom Ausland her ausüben kann, wobei allenfalls dessen Modalitäten entsprechend auszugestalten sind. Ein Anspruch auf Aufenthaltsbewilligung ist (bei tadellosem Verhalten des Ausländers) nur dann zu bejahen, wenn zwischen dem Ausländer und dessen Kindern in wirtschaftlicher und affektiver Hinsicht besonders enge Beziehungen bestehen, die sich zudem wegen der Distanz zwischen der Schweiz und dem Land, in dem der Ausländer leben müsste, praktisch nicht aufrechterhalten liessen (unveröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 14. Januar 2000 i.S. Oezen; vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 5, 22 E. 4a/b S. 25 f.).
Das Rekursgericht wird im Lichte dieser Rechtsprechung zu prüfen haben, ob sich im konkreten Fall eine Bewilligungserteilung an die Beschwerdeführerin rechtfertigt.
Dabei wird es Folgendes zu berücksichtigen haben:
Der Beschwerdeführerin darf grundsätzlich nicht zu ihrem Nachteil gereichen, wenn sie während einiger Zeit aus Angst vor Gewalttätigkeiten ihres Ehemannes nicht gewagt hat, ihr Besuchsrecht gegenüber den Töchtern, die offenbar bei ihren Grosseltern väterlicherseits untergebracht sind, auszuüben. Ob sie mittlerweilen Kontakt mit ihnen aufgenommen hat, und ob sie das Besuchsrecht wahrnimmt, geht weder aus dem Bericht der zürcherischen Fremdenpolizei vom 12. Juni (recte: Juli) 2000 noch aus dem Schreiben der Beschwerdeführerin vom 16. August 2000 hervor. Diesbezüglich wäre abzuklären, ob die Beschwerdeführerin nach wie vor aus Angst vor Gewalttätigkeiten ihres Ehemannes nicht wagt, das ihr eingeräumte Besuchsrecht wahrzunehmen, und ob diese Angst objektiv berechtigt ist. Ob sich dem Ehemann der Beschwerdeführerin gegenüber allenfalls fremdenpolizeiliche Massnahmen (unter anderem scheint dieser seinen Unterhaltspflichten nicht nachzukommen) aufdrängen, wird von den zürcherischen Behörden zu entscheiden sein.
Eine in wirtschaftlicher Hinsicht enge Beziehung zu ihren Kindern kann die Beschwerdeführerin im heutigen Zeitpunkt nicht pflegen, weil sie - mangels Aufenthaltsbewilligung - vorderhand kein Recht hat, eine Stelle anzutreten.
Dieses Element muss daher im vorliegenden Fall ausser Betracht fallen und darf der Beschwerdeführerin insbesondere nicht zum Nachteil gereichen. Dagegen kann eine Rolle spielen, ob auf längere Sicht die Gefahr der Fürsorgeabhängigkeit besteht.
5.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist, der Entscheid des Rekursgerichts vom 28. Januar 2000 aufzuheben, und die Sache zu neuer Beurteilung an das Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau zurückzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu sprechen (vgl. Art. 156 Abs. 2 OG). Der Kanton Aargau hat zudem der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 159 Abs. 2 OG). Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, der Entscheid des Rekursgerichts im Ausländerrecht des Kantons Aargau vom 28. Januar 2000 aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung an das Rekursgericht zurückgewiesen.
2.- Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.- Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 1'800.-- auszurichten.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Fremdenpolizei und dem Rekursgericht des Kantons Aargau, der Fremdenpolizei des Kantons Zürich sowie dem Bundesamt für Ausländerfragen schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 19. September 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: