Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Bei der X._ A._ mit Sitz in Zürich handelt es sich um eine Vorgängergesellschaft der heutigen X._ AG, die im Wesentlichen Dienstleistungen als Revisions- und Beratungsunternehmung anbot. Sie verfügte (im hier fraglichen Zeitpunkt) über zwölf Betriebsstätten in verschiedenen Kantonen, worunter eine im Kanton Waadt. Bei den Veranlagungen für die Staats- und Gemeindesteuern der Steuerjahre 2001 und 2002 berücksichtigte die Steuerverwaltung des Kantons Waadt in ihren Verfügungen vom 30. Mai 2006 einen Vorausanteil (so genanntes Präzipuum) von jeweils 10% am Gesamtgewinn, wogegen keine Einsprachen erhoben wurden. Für die Steuerperiode 2003 unterbreitete das Kantonale Steueramt Zürich einen Vorschlag zur interkantonalen Steuerausscheidung, der von einem Anteil am Reingewinn und Nettokapital von 61,13% für den Kanton Zürich als Kanton des Hauptsitzes und von 3,51% für den Kanton Waadt als Kanton der entsprechenden Zweigniederlassung sowie von einem Vorausanteil von 20% des Gesamtgewinns zugunsten des Kantons Zürich ausging. Für das Steuerjahr 2004 sah der Vorschlag eine entsprechende Ausscheidung von 61,32% für den Kanton Zürich und von 3,43% für den Kanton Waadt bei einem erneuten Präzipuum von 20% des Gesamtgewinns vor.
A. Bei der X._ A._ mit Sitz in Zürich handelt es sich um eine Vorgängergesellschaft der heutigen X._ AG, die im Wesentlichen Dienstleistungen als Revisions- und Beratungsunternehmung anbot. Sie verfügte (im hier fraglichen Zeitpunkt) über zwölf Betriebsstätten in verschiedenen Kantonen, worunter eine im Kanton Waadt. Bei den Veranlagungen für die Staats- und Gemeindesteuern der Steuerjahre 2001 und 2002 berücksichtigte die Steuerverwaltung des Kantons Waadt in ihren Verfügungen vom 30. Mai 2006 einen Vorausanteil (so genanntes Präzipuum) von jeweils 10% am Gesamtgewinn, wogegen keine Einsprachen erhoben wurden. Für die Steuerperiode 2003 unterbreitete das Kantonale Steueramt Zürich einen Vorschlag zur interkantonalen Steuerausscheidung, der von einem Anteil am Reingewinn und Nettokapital von 61,13% für den Kanton Zürich als Kanton des Hauptsitzes und von 3,51% für den Kanton Waadt als Kanton der entsprechenden Zweigniederlassung sowie von einem Vorausanteil von 20% des Gesamtgewinns zugunsten des Kantons Zürich ausging. Für das Steuerjahr 2004 sah der Vorschlag eine entsprechende Ausscheidung von 61,32% für den Kanton Zürich und von 3,43% für den Kanton Waadt bei einem erneuten Präzipuum von 20% des Gesamtgewinns vor.
B. Mit Einschätzungsmitteilung und Schlussrechnung vom 20. November 2006 veranlagte das Steueramt der Stadt Zürich die X._ A._ für die Staats- und Gemeindesteuern des Jahres 2003, unter Berücksichtigung eines Vorausanteils von 20% am Gesamtgewinn, mit einem im Kanton Zürich steuerbaren Reingewinn von Fr. 1'325'800.-- bei einem satzbestimmenden Gesamtgewinn von Fr. 1'924'600.-- sowie einem steuerbaren Kapital von Fr. 4'926'000.-- bei einem satzbestimmenden Kapital von Fr. 8'062'000.--. Am 1. Dezember 2006 taxierte die Steuerverwaltung des Kantons Waadt die X._ A._ für die Staats- und Gemeindesteuern desselben Jahres 2003, unter Berücksichtigung eines Präzipuums von 10% am Gesamtgewinn, mit einem im Kanton Waadt steuerbaren Reingewinn von Fr. 60'700.-- bei einem gleichbleibenden satzbestimmenden Gesamtgewinn von Fr. 1'924'600 und einem steuerbaren Kapital von Fr. 282'000.-- bei einem unveränderten satzbestimmenden Kapital von Fr. 8'062'000.--.
Für die Staats- und Gemeindesteuern des Jahres 2004 berücksichtigte das Steueramt der Stadt Zürich nach dem gleichen Muster erneut einen Vorausanteil von 20% und veranlagte die X._ A._ im Kanton Zürich mit Einschätzungsmitteilung und Schlussrechnung vom 20. November 2006 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 1'166'900.-- bei einem satzbestimmenden Gesamtgewinn von Fr. 1'689'800.-- und einem steuerbaren Kapital von Fr. 5'980'000.-- bei einem satzbestimmenden Kapital von Fr. 9'752'000.--. Am 1. Dezember 2006 anerkannte die Steuerverwaltung des Kantons Waadt für die Staats- und Gemeindesteuern desselben Jahres 2004 erneut lediglich ein Präzipuum von 10% und taxierte die X._ A._ im Kanton Waadt mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 52'100.-- bei einem gleichbleibenden satzbestimmenden Gesamtgewinn von Fr. 1'689'800.-- und einem steuerbaren Kapital von Fr. 334'000.-- bei einem unveränderten satzbestimmenden Kapital von Fr. 9'752'000.--.
Für die Staats- und Gemeindesteuern des Jahres 2004 berücksichtigte das Steueramt der Stadt Zürich nach dem gleichen Muster erneut einen Vorausanteil von 20% und veranlagte die X._ A._ im Kanton Zürich mit Einschätzungsmitteilung und Schlussrechnung vom 20. November 2006 mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 1'166'900.-- bei einem satzbestimmenden Gesamtgewinn von Fr. 1'689'800.-- und einem steuerbaren Kapital von Fr. 5'980'000.-- bei einem satzbestimmenden Kapital von Fr. 9'752'000.--. Am 1. Dezember 2006 anerkannte die Steuerverwaltung des Kantons Waadt für die Staats- und Gemeindesteuern desselben Jahres 2004 erneut lediglich ein Präzipuum von 10% und taxierte die X._ A._ im Kanton Waadt mit einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 52'100.-- bei einem gleichbleibenden satzbestimmenden Gesamtgewinn von Fr. 1'689'800.-- und einem steuerbaren Kapital von Fr. 334'000.-- bei einem unveränderten satzbestimmenden Kapital von Fr. 9'752'000.--.
C. Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 21. Dezember 2006 an das Bundesgericht beantragt die X._ AG (als Nachfolgegesellschaft der X._ A._), die Veranlagungen der Steuerverwaltung des Kantons Waadt vom 1. Dezember 2006 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern der Jahre 2003 und 2004 seien aufzuheben und die Steuerverwaltung des Kantons Waadt sei anzuweisen, diesen Veranlagungen einen Vorausanteil von 20% zugunsten des Kantons Zürich zugrundezulegen; eventuell seien die Veranlagungsverfügungen (Einschätzungsmitteilungen und Schlussrechnungen) des Steueramtes der Stadt Zürich vom 20. November 2006 betreffend die Staats- und Gemeindesteuern für die Jahre 2003 und 2004 aufzuheben und das Steueramt anzuweisen, bei diesen Entscheiden ein Präzipuum von lediglich 10% zu berücksichtigen.
Das Bundesgericht eröffnete in der Folge je ein Verfahren für das Steuerjahr 2003 (Verfahren 2P.338/2006) und das Steuerjahr 2004 (Verfahren 2P.339/2004).
Mit Vernehmlassungen vom 16. Februar 2007 schliesst die Steuerverwaltung des Kantons Waadt auf Abweisung der staatsrechtlichen Beschwerde im Hinblick auf beide fraglichen Steuerjahre, soweit sie sich gegen die Veranlagung durch den Kanton Waadt richtet. Das kantonale Steueramt des Kantons Zürich beantragt für beide betroffenen Steuerjahre, den Hauptantrag der Beschwerde gutzuheissen und den Eventualantrag abzuweisen, soweit auf die Beschwerde einzutreten sei. In Replik und Duplik halten die X._ AG und die Steuerverwaltung des Kantons Waadt im Ergebnis an ihren Standpunkten fest.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Die angefochtenen Entscheide ergingen vor dem 1. Januar 2007, d.h. vor Inkrafttreten des Bundesgesetzes über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110; vgl. AS 2006 1242). Das Verfahren richtet sich daher noch nach dem Bundesrechtspflegegesetz vom 16. Dezember 1943 (OG; siehe <ref-law>).
1.2 Die staatsrechtliche Beschwerde richtet sich gegen die Veranlagungsentscheide zweier Kantone, die zwei unterschiedliche Steuerjahre (2003 und 2004) betreffen, weshalb auch zwei bundesgerichtliche Verfahren eröffnet wurden. Zwischen diesen gibt es jedoch einen engen sachlichen Zusammenhang. Nicht nur stehen sich dieselben Beteiligten gegenüber, sondern es stellen sich auch die gleichen Rechtsfragen. Es rechtfertigt sich daher, die bundesgerichtlichen Verfahren 2P.338/2006 und 2P.339/2006 zu vereinigen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit Art. 40 OG).
1.3 Eine staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung von <ref-law> ist spätestens im Anschluss an die Geltendmachung des letzten der einander ausschliessenden Steueransprüche zu erheben, wobei der kantonale Instanzenzug nicht ausgeschöpft zu werden braucht, aber gegenüber dem angefochtenen Entscheid die dreissigtägige Beschwerdefrist eingehalten werden muss (Art. 86 Abs. 2 und Art. 89 Abs. 3 OG; zu Art. 46 Abs. 2 aBV vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 45 f.; <ref-ruling> E. 1; zu <ref-law> vgl. die nicht in der Amtlichen Sammlung veröffentlichte E. 1.1 von <ref-ruling> = Urteil 2P.5/2002 vom 30. Juni 2004).
1.4 Durchläuft der Steuerpflichtige den kantonalen Instanzenzug ganz oder teilweise, so hat sich die Doppelbesteuerungsbeschwerde gegen den Entscheid derjenigen kantonalen Instanz zu richten, die sich zuletzt mit der Sache befasst hat (<ref-ruling> E. 1a S. 45 f.; <ref-ruling>/96 E. 2; nicht in der Amtlichen Sammlung veröffentlichte E. 1.2 von <ref-ruling> = Urteil 2P.5/2002 vom 30. Juni 2004).
1.5 Die Beschwerde richtet sich hauptsächlich gegen die Veranlagungsentscheide des Kantons Waadt vom 1. Dezember 2006 und subsidiär gegen die Taxationsverfügungen (Einschätzungsmitteilungen und Schlussrechnungen vom 20. November 2006) des Kantons Zürich. Die frist- und formgerecht erhobene staatsrechtliche Beschwerde erweist sich insoweit als zulässig. Mangels Letztinstanzlichkeit des angefochtenen Entscheides kann mit der vorliegenden staatsrechtlichen Beschwerde nur die Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots gerügt werden, was die Beschwerdeführerin jedoch nicht verkennt.
1.6 Die staatsrechtliche Beschwerde ist grundsätzlich kassatorischer Natur, d.h. es kann mit ihr nur die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, nicht aber der Erlass positiver Anordnungen verlangt werden. Eine Ausnahme ist nur gerechtfertigt, wenn der verfassungsmässige Zustand nicht bereits mit der Aufhebung des angefochtenen Entscheids herzustellen ist (<ref-ruling> E. 1f S. 355; <ref-ruling> E. 1d S. 188; <ref-ruling> E. 1b, je mit Hinweisen). Dies ist bei Beschwerden wegen Verletzung von <ref-law> der Fall, wenn sich das Bundesgericht nicht auf die Aufhebung einer oder mehrerer kantonaler Steuerveranlagungen beschränken kann, sondern den betroffenen Kantonen allenfalls verbindliche Weisungen hinsichtlich der verfassungskonformen Steuerausscheidung zu erteilen hat (<ref-ruling> E. 1c S. 46, mit Hinweisen; nicht in der Amtlichen Sammlung veröffentlichte E. 1.3 von <ref-ruling> = Urteil 2P.5/2002 vom 30. Juni 2004). In diesem Sinne sind die von der Beschwerdeführerin gestellten Anträge zulässig.
1.6 Die staatsrechtliche Beschwerde ist grundsätzlich kassatorischer Natur, d.h. es kann mit ihr nur die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, nicht aber der Erlass positiver Anordnungen verlangt werden. Eine Ausnahme ist nur gerechtfertigt, wenn der verfassungsmässige Zustand nicht bereits mit der Aufhebung des angefochtenen Entscheids herzustellen ist (<ref-ruling> E. 1f S. 355; <ref-ruling> E. 1d S. 188; <ref-ruling> E. 1b, je mit Hinweisen). Dies ist bei Beschwerden wegen Verletzung von <ref-law> der Fall, wenn sich das Bundesgericht nicht auf die Aufhebung einer oder mehrerer kantonaler Steuerveranlagungen beschränken kann, sondern den betroffenen Kantonen allenfalls verbindliche Weisungen hinsichtlich der verfassungskonformen Steuerausscheidung zu erteilen hat (<ref-ruling> E. 1c S. 46, mit Hinweisen; nicht in der Amtlichen Sammlung veröffentlichte E. 1.3 von <ref-ruling> = Urteil 2P.5/2002 vom 30. Juni 2004). In diesem Sinne sind die von der Beschwerdeführerin gestellten Anträge zulässig.
2. 2.1 Eine gegen <ref-law> verstossende Doppelbesteuerung liegt insbesondere vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem andern Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung; <ref-ruling> E. 4.1 S. 210, mit Hinweisen). Durch die Berücksichtigung eines Vorausanteils von 20% durch den Kanton Zürich und lediglich eines solchen von 10% durch den Kanton Waadt entsteht für die Beschwerdeführerin eine aktuelle interkantonale Doppelbesteuerung im Umfang der Differenz von 10% des Präzipuums. Dies ist unter den Beteiligten auch nicht umstritten. Uneinigkeit besteht hingegen darüber, wie diese Doppelbesteuerung zu vermeiden ist.
2.2 Nach einem feststehenden Grundsatz des interkantonalen Doppelbesteuerungsrechts können die Kantone die auf ihrem Gebiet gelegenen Betriebsstätten einer interkantonalen Unternehmung nicht selbständig für das Sondervermögen oder Sondereinkommen der Betriebsstätten besteuern; es ist also nicht eine objektmässige Ausscheidung vorzunehmen. Vielmehr können die Kantone nur eine Quote des Gesamtgewinns und des Gesamtkapitals der ganzen Unternehmung erfassen (quotenmässige Ausscheidung). Der Gesamtgewinn und das Gesamtkapital sind demnach anteilmässig auf die Betriebsstättenkantone und den Hauptsitzkanton aufzuteilen. Für die Quotenbestimmung kommt die direkte oder die indirekte Methode in Frage. Bei der direkten Methode werden die Quoten aufgrund der Buchhaltungen der Betriebsstätten ermittelt, bei der indirekten Methode werden Hilfsfaktoren herangezogen, für die Ausscheidung des Gesamtgewinns zumeist die Umsätze der Betriebsstätten oder die in den einzelnen Betriebsstätten eingesetzten Erwerbsfaktoren (Kapital und Arbeit; zum Ganzen: vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 236 f.; StR 2000, 569 E. 3; ASA 58 538 E. 2b, 53 444 E. 4a; Ernst Höhn/Peter Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4. Aufl., Bern/Stuttgart/Wien 2000, S. 395 ff.).
2.3 Die Quotenermittlung kann nun aber zu einem Ergebnis führen, das der Tätigkeit der Zentralleitung und deren Einfluss auf das Geschäftsergebnis zu wenig Rechnung trägt, indem die für den Hauptsitz rechnerisch ermittelte Quote, gemessen an dessen Bedeutung für das Gesamtunternehmen, zu niedrig ausfällt. In solchen Fällen dient die Zuweisung eines Vorausanteils am Gewinn an den Hauptsitz als Korrekturfaktor, der dazu bestimmt ist, einen Ausgleich zu schaffen, wo besondere Verhältnisse bei der ordentlichen Ausscheidung nicht genügend zur Geltung kommen (<ref-ruling> E. 2b S. 268 f.; Höhn/Mäusli, a.a.O., S. 406; Daniel de Vries Reilingh, La double imposition intercantonale, Bern 2005, Rz. 612 f.). Die Zuweisung eines solchen Präzipuums bildet genauso eine Ermessensfrage wie die Bestimmung der Höhe des Vorausanteils (Höhn/Mäusli, a.a.O., S. 407). Im vorliegenden Fall besteht unter den Beteiligten grundsätzlich Übereinstimmung, dass zugunsten des Kantons Zürich als Hauptsitzkanton ein Vorausanteil zu berücksichtigen ist. Umstritten ist hingegen die Höhe desselben, d.h. welcher prozentuale Anteil als Präzipuum bestimmt werden muss. Auch wenn es sich dabei grundsätzlich um eine Ermessensfrage handelt, entscheidet das Bundesgericht darüber zwecks Vermeidung der Doppelbesteuerung mit freier Kognition.
3. 3.1 Nach einer verbreiteten und anerkannten Praxis wird bei interkantonal tätigen Treuhandgesellschaften der Gewinn unter Einschluss des Wertschriftenertrags indirekt nach Massgabe der Honorareinnahmen ausgeschieden. Dem Hauptsitz wird ein Vorausanteil zugewiesen, der regelmässig 20% beträgt, unter Umständen jedoch, etwa bei erheblicher Selbständigkeit der Betriebsstätten, nur mit 10% angesetzt wird (Höhn/Mäusli, a.a.O., S. 419; Kurt Locher/Peter Locher, Das interkantonale Doppelbesteuerungsrecht, Bd. 4, § 8 II C 3 Nr. 13 und § 8 II C 6 Nr. 33).
3.2 Im vorliegenden Fall erfolgte die quotenmässige Ausscheidung nach der indirekten Methode gestützt auf die Lohnsummen, was von keiner Seite in Frage gestellt wird. Damit wurde der Bedeutung des Hauptsitzes bereits in wesentlichem Umfang Rechnung getragen, kommt doch die Wichtigkeit der am Hauptsitz ausgeübten zentralen Funktionen schon in den dort für die Kader und die Stabsstellen ausbezahlten Löhnen zum Ausdruck. Der Kanton Zürich anerkennt denn auch ausdrücklich, dass dies sogar nahe legen würde, auf die Zuweisung eines Präzipuums (überhaupt) zu verzichten. Dadurch würde allerdings nach seiner Auffassung den besonderen Verhältnissen des vorliegenden Falles zu wenig Rechnung getragen, die einen Vorausanteil eben doch im Umfang von 20% rechtfertigen würden.
3.3 Bei der steuerpflichtigen Unternehmung handelt es sich um eine Tochtergesellschaft der X._ Holding, Zürich. Bis zur Fusion der verschiedenen Konzerngesellschaften zur X._ AG, die im Dezember 2006 mit Wirkung auf den 1. Oktober 2006 erfolgte, bildeten die folgenden Gesellschaften die vier wichtigsten Tochtergesellschaften der X._ Holding: die X._ C._, die vor allem Dienstleistungen im Bereich Wirtschaftsprüfung erbrachte, die beschwerdeführende X._ A._, die insbesondere im Bereich Steuerberatung tätig war, die X._ D._ als rechtsberatendes Unternehmen und die X._ B._Management AG, bei der die gesamten gemeinsamen Dienste (Personal, Finanzen, Marketing & Sales, Risk Management, Mitarbeiterschulung usw.) zentralisiert waren. Der Kanton Zürich und die Beschwerdeführerin (in ihrer Replik) machen dazu geltend, die zentralen Kosten seien bei der Schwestergesellschaft X._ B._Management AG angefallen, die auch die entsprechenden Löhne bezahlt habe, weshalb ihre Kosten in der Lohnsumme der Beschwerdeführerin nicht reflektiert würden und damit nicht in die Ausscheidungsquoten eingeflossen seien.
3.4 Die Kosten der zentralen Dienste wurden somit nicht von der Beschwerdeführerin an deren Hauptsitz, sondern von einer Drittfirma erbracht. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin und des Kantons Zürich rechtfertigt dies nicht erst recht einen Vorausanteil des Kantons des Hauptsitzes, sondern stellt einen solchen eher in Frage. Die entsprechenden Leistungen bzw. die darauf entfallenden Gewinne konnte bzw. kann der Kanton Zürich nämlich bei der Managementgesellschaft, die ihren Sitz ebenfalls im Kanton Zürich hat, besteuern. Dass es sich dabei um eine Konzerngesellschaft handelt und diese ihre Leistungen möglicherweise, wie behauptet wird, nicht zu Marktpreisen verrechnete, ist nicht massgeblich. Wenn der Kanton Zürich solche zu tiefen Preise akzeptiert und die Managementgesellschaft - aus welchen Gründen auch immer - massvoll besteuert, ist das allein seine Angelegenheit und kann dies den Kantonen anderer Konzerngesellschaften, d.h. der Schwestergesellschaften, nicht entgegengehalten werden. Im Grunde genommen gewährleistet insofern bereits die Verteilung nach den Lohnsummen im Wesentlichen, dass auf die tatsächlich erbrachten Leistungen des Hauptsitzes für die Betriebsstätten abgestellt wird (vgl. E. 3.2). Damit besteht kein Anlass, dem Kanton Zürich als Kanton des Hauptsitzes ein Präzipuum von mehr als 10% zuzugestehen.
3.4 Die Kosten der zentralen Dienste wurden somit nicht von der Beschwerdeführerin an deren Hauptsitz, sondern von einer Drittfirma erbracht. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin und des Kantons Zürich rechtfertigt dies nicht erst recht einen Vorausanteil des Kantons des Hauptsitzes, sondern stellt einen solchen eher in Frage. Die entsprechenden Leistungen bzw. die darauf entfallenden Gewinne konnte bzw. kann der Kanton Zürich nämlich bei der Managementgesellschaft, die ihren Sitz ebenfalls im Kanton Zürich hat, besteuern. Dass es sich dabei um eine Konzerngesellschaft handelt und diese ihre Leistungen möglicherweise, wie behauptet wird, nicht zu Marktpreisen verrechnete, ist nicht massgeblich. Wenn der Kanton Zürich solche zu tiefen Preise akzeptiert und die Managementgesellschaft - aus welchen Gründen auch immer - massvoll besteuert, ist das allein seine Angelegenheit und kann dies den Kantonen anderer Konzerngesellschaften, d.h. der Schwestergesellschaften, nicht entgegengehalten werden. Im Grunde genommen gewährleistet insofern bereits die Verteilung nach den Lohnsummen im Wesentlichen, dass auf die tatsächlich erbrachten Leistungen des Hauptsitzes für die Betriebsstätten abgestellt wird (vgl. E. 3.2). Damit besteht kein Anlass, dem Kanton Zürich als Kanton des Hauptsitzes ein Präzipuum von mehr als 10% zuzugestehen.
4. 4.1 Infolgedessen ist die staatsrechtliche Beschwerde gutzuheissen, soweit sie sich gegen den Kanton Zürich richtet, und die entsprechenden Veranlagungs- bzw. Ausscheidungsverfügungen des Kantons Zürich sind aufzuheben. Die staatsrechtliche Beschwerde muss hingegen abgewiesen werden, soweit sie sich gegen den Kanton Waadt richtet. Es ist festzustellen, dass der interkantonalen Ausscheidung für die Steuerjahre 2003 und 2004 zugunsten des Kantons Zürich ein Präzipuum von 10% zugrundezulegen ist.
4.2 Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem unterliegenden Kanton Zürich aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 2 OG). Eine Parteientschädigung ist praxisgemäss nicht geschuldet, nachdem sich die Beschwerdeführerin selbst vertritt, handelt es sich doch bei der als Vertretung bezeichneten Einheit seit der Fusion nicht mehr um eine selbständige Unternehmung, sondern um eine Betriebsstätte der beschwerdeführenden Gesellschaft.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die bundesgerichtlichen Verfahren 2A.338/2006 und 2A.339/2006 werden vereinigt.
1. Die bundesgerichtlichen Verfahren 2A.338/2006 und 2A.339/2006 werden vereinigt.
2. Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen, soweit sie sich gegen den Kanton Zürich richtet, und die Einschätzungsmitteilungen und Schlussrechnungen des Steueramtes der Stadt Zürich vom 20. November 2006 für die Steuerjahre 2003 und 2004 werden aufgehoben.
2. Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen, soweit sie sich gegen den Kanton Zürich richtet, und die Einschätzungsmitteilungen und Schlussrechnungen des Steueramtes der Stadt Zürich vom 20. November 2006 für die Steuerjahre 2003 und 2004 werden aufgehoben.
3. Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit sie sich gegen den Kanton Waadt richtet.
3. Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit sie sich gegen den Kanton Waadt richtet.
4. Es wird festgestellt, dass der interkantonalen Steuerausscheidung für die Steuerjahre 2003 und 2004 zugunsten des Kantons Zürich ein Präzipuum von 10% zugrundezulegen ist.
4. Es wird festgestellt, dass der interkantonalen Steuerausscheidung für die Steuerjahre 2003 und 2004 zugunsten des Kantons Zürich ein Präzipuum von 10% zugrundezulegen ist.
5. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500.-- wird dem Kanton Zürich auferlegt.
5. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500.-- wird dem Kanton Zürich auferlegt.
6. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
6. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
7. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Administration cantonale des impôts du canton de Vaud und dem Kantonalen Steueramt Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. September 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: