Faits:
A.
Par jugement du 16 décembre 2011, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné X._ pour blanchiment d'argent aggravé (art. 305bis ch. 1 et 2 let. c CP) à une peine pécuniaire de 360 jours-amende, à 300 fr. le jour, avec sursis pendant deux ans. X._ a également été astreint à payer à l'État une créance compensatrice de 193'938 fr. et à supporter les frais de la procédure.
B.
Par arrêt du 29 octobre 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel formé par X._.
Il ressort en bref de cet arrêt les éléments suivants:
B.a. A._ SA est une société anonyme de droit suisse, dont le but statutaire est le conseil, l'analyse et l'étude en matière de produits financiers, ainsi que la gestion de fortune. En qualité de gérant externe, A._ SA avait conclu avec plusieurs banques, dont B._ et C._, un accord de délégation l'autorisant notamment à procéder à toutes les obligations en matière de "due diligence". Entre 2002 et fin 2005, X._ était l'administrateur président directeur et l'unique actionnaire de A._ SA.
B.b. D._ est d'origine colombienne. Entre 2002 et 2005, il était domicilié au Brésil. Dans le courant de l'année 2002, il a été présenté à X._ par E._, apporteur d'affaires de A._ SA. Il est devenu client de cette société.
A la demande de D._ et A._ SA, F._ SA a constitué le 23 août 2002 la structure G._ limited incorporée aux Iles Vierges britanniques et H._ SA a constitué le 7 janvier 2005 I._ Inc, également incorporée aux Iles Vierges britanniques.
Le 18 septembre 2002, G._ limited a ouvert un compte auprès de la banque B._ (compte J._). D._ en était l'ayant droit économique. Une entrée de 5'000'000 USD était attendue en cours de relation, d'au moins 1'000'000 USD par an, sous forme d'espèces et de bonifications bancaires en provenance de la banque K._ à Rotterdam. L'origine déclarée de l'argent était l'épargne constituée par les bénéfices réalisés sur différentes activités, à savoir l'exportation de fruits et de meubles et l'importation de voitures d'occasion.
Le 12 avril 2005, I._ Inc a ouvert un compte auprès de la banque B._ (compte L._). D._ en était l'ayant droit économique. Une entrée de 10'000'000 EUR était prévue sur douze mois, puis des apports annuels entre 4'000'000 et 5'000'000 EUR, censés provenir de bénéfices non déclarés.
Le 22 avril 2005, I._ Inc a ouvert un compte auprès de la banque C._ (compte M._). D._ en était l'ayant droit économique. Une entrée de 15'000'000 EUR était attendue durant la relation. L'origine déclarée de l'argent était l'exploitation d'une société d'importation fruitière depuis le Brésil vers l'Espagne, la France et la Hollande.
B.c. Entre le 28 novembre 2002 et le 5 mars 2003, le compte J._ a été exclusivement alimenté par des apports en espèces sous forme de petites coupures d'euros placées dans des valises et amenées depuis l'étranger directement dans les locaux de A._ SA par une dénommée "N._", dont personne ne connaissait l'identité réelle. Six apports ont été effectués de cette manière pour un montant total de 5'745'800 EUR.
Le 16 novembre 2004, E._ a effectué un apport en espèces de 400'000 EUR sur ce compte.
Par la suite, des espèces en petites coupures d'euros ont été transportées de Rotterdam en Espagne, ce à quatre ou cinq reprises, pour un montant total oscillant entre 8'000'000 EUR et 10'000'000 EUR, et versés à des tiers. Ceux-ci transféraient ensuite un montant proche de celui reçu de leur compte principalement ouvert en Suisse sur le compte J._, L._ ou M._. Par le biais de ce système de compensation, connu de X._, ces derniers comptes ont été crédités d'un montant total de 7'830'000 EUR.
Les comptes J._ et M._ ont enregistrés plusieurs importants mouvements de débit en faveur de comptes dont les bénéficiaires économiques n'étaient pas D._. Le solde du compte J._ a en outre été crédité en faveur du compte L._, dont le solde a ensuite été transféré sur le compte M._. Fin décembre 2005, les avoirs sur ce dernier compte, de 5'678'681 USD fin octobre 2005, ont été transférés sur un compte ouvert auprès de la banque O._, sise au Canada. A._ SA s'occupait de la gestion des différents transferts de fonds.
B.d. Entre 2002 et 2005, les honoraires touchés par A._ SA en rapport avec les comptes J._, L._ et M._ se sont élevés à 172'702 USD et 14'456 EUR.
B.e. Le 18 août 2007, la police uruguayenne a interpellé D._ qui prenait livraison de 495 kg de cocaïne. L'enquête a mis en évidence que ce dernier était à la tête d'une organisation criminelle internationale active dans le commerce de stupéfiants et le blanchiment d'importantes sommes d'argent. Il se procurait la drogue auprès des FARC en Colombie pour l'importer notamment au Brésil, d'où il l'exportait aux Pays-bas sous le couvert de sociétés fruitières.
C.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt du 29 octobre 2012 et à son acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Plus subsidiairement, il sollicite la réforme de cet arrêt en ce sens que la circonstance aggravante du métier n'est pas retenue, qu'il est constaté que l'action pénale est prescrite pour les faits antérieurs au 16 décembre 2004 et qu'aucune créance compensatrice n'est prononcée. En outre, il requiert que les frais de procédure et une indemnité en sa faveur soient mis à la charge de l'Etat de Genève.
Par ordonnance du 21 janvier 2013, le Président de la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a accordé l'effet suspensif au recours.
Aucun échange d'écritures n'a été ordonné sur le fond du recours.

Considérant en droit:
1.
Dans le recours en matière pénale, les faits constatés par la cour cantonale lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), à moins qu'ils n'aient été établis en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, c'est-à-dire de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.).
Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 69). Le recourant qui se prévaut d'une constatation arbitraire des faits doit ainsi exposer, de manière détaillée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 5).
Le recourant fonde son raisonnement sur plusieurs faits ne résultant pas de l'arrêt entrepris, sans invoquer ni démontrer qu'ils auraient été omis de manière arbitraire. Il ne peut en être tenu compte.
De même, faute de motivation conforme aux exigences posées par l'<ref-law>, le grief de violation du principe de présomption d'innocence, en tant que règle sur l'appréciation des preuves, est irrecevable.
2.
Le recourant conteste sa condamnation pour blanchiment d'argent aggravé au sens de l'art. 305bis ch. 1 et 2 let. c CP.
L'<ref-law> prévoit que celui qui aura commis un acte propre à entraver l'identification de l'origine, la découverte ou la confiscation de valeurs patrimoniales dont il savait ou devait présumer qu'elles provenaient d'un crime, sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire. Dans les cas graves, la peine sera une peine privative de liberté de cinq ans au plus ou une peine pécuniaire. En cas de peine privative de liberté, une peine pécuniaire de 500 jours-amende au plus est également prononcée (<ref-law>). Le cas est grave notamment lorsque le délinquant réalise un chiffre d'affaires ou un gain importants en faisant métier de blanchir de l'argent (art. 305bis ch. 2 al. 2 let. c CP).
3.
Le recourant ne conteste pas l'existence d'un crime préalable, constitué par le trafic de drogue dirigé par D._. Il nie en revanche que les avoirs remis à A._ SA aient eu une provenance criminelle.
3.1. L'exigence de la provenance criminelle des valeurs patrimoniales blanchies suppose qu'il puisse être établi de quelle infraction principale (ou préalable) les valeurs patrimoniales proviennent. La preuve stricte de l'acte préalable n'est toutefois pas exigée. Il n'est pas nécessaire que l'on connaisse en détail les circonstances du crime, singulièrement son auteur, pour pouvoir réprimer le blanchiment. Le lien exigé entre le crime à l'origine des fonds et le blanchiment d'argent est ainsi volontairement ténu. L'exigence d'un crime préalable suppose cependant établi que les valeurs patrimoniales proviennent d'un crime (<ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 5). Celui-ci doit être la cause essentielle et adéquate de l'obtention des valeurs patrimoniales et celles-ci doivent provenir typiquement du crime en question. En d'autres termes, il doit exister entre le crime et l'obtention des valeurs patrimoniales un rapport de causalité naturelle et adéquate tel que la seconde apparaît comme la conséquence directe et immédiate du premier (cf. <ref-ruling> consid. 4.2.3.2 p. 7 et 9).
Un comportement est la cause naturelle d'un résultat s'il en constitue l'une des conditions sine qua non. En matière de blanchiment, cela conduit à rechercher si le crime préalable est une condition nécessaire de l'obtention des valeurs patrimoniales. La constatation du rapport de causalité naturelle relève du fait. Est en revanche une question de droit celle de savoir si l'autorité précédente a méconnu le concept même de la causalité naturelle (<ref-ruling> consid. 4.2.3.3 p. 9).
Un comportement est la cause adéquate d'un résultat lorsque, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, le comportement était propre à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit. Il s'agit d'une question de droit que le Tribunal fédéral revoit librement (<ref-ruling> consid. 4.1.3 p. 61).
3.2. La cour cantonale a retenu que D._ exploitait la société P._, qui exportait des fruits du Brésil à destination des Pays-Bas pour ensuite être revendus dans divers pays d'Europe. Elle a toutefois estimé que plusieurs éléments permettaient de dissiper tout doute quant à la provenance criminelle des fonds confiés à A._ SA: tout d'abord la manière dont les comptes litigieux étaient crédités, dans un premier temps par le biais de valises de petites coupures d'euros amenées directement dans les bureaux de A._ SA par une personne dont nul ne connaissait l'identité réelle, puis grâce à un système de compensation (cf. respectivement supra let. Bc 1er et 3e §). Les apports directement auprès de A._ SA ont en outre porté en quatre mois sur un montant de plus de 5'000'000 EUR alors que D._ était censé approvisionner le compte J._ progressivement, sur plusieurs années (cf. respectivement supra let. Bb 3e §). Il était de plus peu plausible que les acheteurs, sis dans les pays de l'Est où D._ prétendait faire commerce et d'où étaient censées provenir les coupures litigieuses, aient accepté de payer d'importantes quantités de fruits en argent liquide, qui plus est en euros, soit une monnaie n'ayant pas alors cours légal dans ces pays. En outre, la police française avait interpellé en 2005 les deux convoyeurs espagnols travaillant pour D._ afin de transporter l'argent liquide de Rotterdam en Espagne. Il s'est avéré que le montant saisi de 1'999'950 EUR était composé essentiellement de coupures de 50 EUR présentant un nombre anormalement élevé de traces de stupéfiants. L'ensemble de ces éléments laissait apparaître que l'argent ne provenait pas du bénéfice d'une activité licite que D._ avait l'intention de soustraire aux impôts, mais de son activité illicite dans le domaine du trafic de stupéfiants (arrêt entrepris, p. 5-6 et 19).
3.3. En niant que les fonds crédités sur les comptes aient une provenance criminelle, le recourant s'en prend au rapport de causalité naturelle entre le trafic de drogue dirigé par D._ et les fonds obtenus, aspect que le Tribunal fédéral ne revoit que sous l'angle de l'arbitraire.
Le recourant estime que la présence d'un nombre anormalement élevé de traces de stupéfiants sur les coupures saisies par les autorités françaises est sans pertinence ici, ces fonds n'ayant pas été confiés à A._ SA. Ces coupures ont été transportées dans le cadre d'un système de compensation afin d'être mis à disposition de divers tiers, ayant besoin d'espèces, qui créditaient ensuite les comptes J._, L._ ou M._ d'un montant correspondant (arrêt entrepris, p. 5 et 19). Le versement de l'équivalent du montant saisi n'a certes pas été effectué, du fait que les transporteurs ont été interpellés. La cour cantonale pouvait toutefois retenir sans arbitraire que ce versement était prévu. Dès lors, la présence d'un nombre anormalement élevé de traces de drogue sur ces coupures destinées à compenser les futurs versements sur les comptes litigieux est pertinent et constitue un élément probant que les fonds reçus sur ces comptes étaient de provenance illicite. Le grief est sur ce point infondé.
Le recourant invoque que D._ possédait des exploitations de fruits, soit une activité licite, et sous-entend que celle-ci aurait pu permettre de dégager les montants versés sur les comptes litigieux. La cour cantonale a certes constaté l'exercice d'une telle activité par D._. Elle a toutefois considéré que celle-ci servait de couvert pour son commerce de stupéfiants et n'a pas retenu que D._ aurait, par cette activité, dégagé des bénéfices ou commissions susceptibles d'être versés sur les comptes litigieux. Le recourant en le sous-entendant s'écarte donc des faits constatés par l'arrêt entrepris. Faute pour lui de démontrer que les faits qu'il invoque auraient été omis de manière arbitraire, il ne saurait en être tenu compte ici. Au demeurant, les pièces auxquelles le recourant se réfère attestent que D._ utilisait le fond des caisses dans lesquelles les fruits étaient exportés vers l'Europe pour y dissimuler la drogue (pièces 066006 et 066008).
Pour le surplus, le recourant n'expose pas dans quelle mesure il était insoutenable de considérer, sur la base des éléments évoqués ci-dessus, que, malgré l'existence d'une activité licite d'exploitation de fruits par D._, les fonds litigieux provenaient de son activité criminelle. Il ne fait au contraire qu'opposer sa propre appréciation des preuves à celle de la cour cantonale, dans une démarche appellatoire et dès lors irrecevable.
Le grief d'arbitraire relatif à l'existence d'un rapport de causalité naturelle entre le crime préalable et les valeurs litigieuses est ainsi infondé, dans la mesure de sa recevabilité.
3.4. L'enquête menée contre D._ a permis de mettre en évidence que ce dernier était à la tête d'une organisation criminelle internationale active dans le commerce de stupéfiants et le blanchiment d'importantes sommes d'argent. Le trafic de drogue reproché à D._ était ainsi de nature, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, à permettre d'obtenir les valeurs patrimoniales en question. Un rapport de causalité adéquate entre ces deux éléments pouvait donc être retenu.
3.5. Le recourant estime encore que l'autorité cantonale a violé le principe de présomption d'innocence en tant que règle sur le fardeau de la preuve (sur ce principe, cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 40) en retenant comme plus vraisemblable que les fonds confiés étaient issus de l'activité illicite du client, plutôt que de son activité licite de commerce de fruits, car le recourant n'avait pas prouvé le contraire. Tel n'est toutefois pas le cas, l'autorité cantonale ayant exposé sur ce point que plusieurs éléments du dossier permettaient "de dissiper tout doute quant à la provenance criminelle des fonds" (arrêt cantonal, p. 20, ch. 2.2.1). Il n'y a ainsi pas eu renversement du fardeau de la preuve. Le grief est infondé.
3.6. En conséquence, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en considérant que les valeurs litigieuses étaient d'origine criminelle.
4.
En référence à l'<ref-ruling> consid. 3.3 p. 244, le recourant invoque que la procédure ne permet pas de déterminer si les valeurs patrimoniales incriminées ont fait ou auraient pu faire l'objet de confiscation dans le cadre de la procédure brésilienne ouverte contre D._.
Le grief est infondé dès lors qu'il n'est pas douteux que les montants transférés avec le concours de A._ SA étaient susceptibles de confiscation. Il s'agit là du seul aspect déterminant. La procédure brésilienne est sans portée.
5.
Invoquant une violation des art. 11 et 305bis ch. 1 CP, le recourant soutient n'avoir commis aucun acte d'entrave au sens de l'<ref-law>, que ce soit par un comportement actif ou passif. Il nie à cet égard avoir eu une position de garant.
5.1. Le blanchiment d'argent peut être commis par n'importe qui, l'<ref-law> n'apportant aucune restriction quant à l'auteur de l'infraction. Si cette dernière a été commise au sein d'une entreprise, il convient d'examiner les responsabilités individuelles compte tenu de la division et de la répartition interne des tâches (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 191).
La question de savoir si l'on se trouve en présence d'un acte d'entrave doit être tranchée de cas en cas, en fonction de l'ensemble des circonstances. Ce qui est déterminant, c'est que l'acte, dans les circonstances concrètes, soit propre à entraver l'accès des autorités de poursuite pénales aux valeurs patrimoniales provenant d'un crime. Il n'est pas nécessaire qu'il l'ait effectivement entravé (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 191 et références citées).
Le simple versement d'argent provenant d'un trafic de drogue sur un compte bancaire personnel, ouvert au lieu de son domicile et servant aux paiements privés habituels, ne constitue pas un acte d'entrave au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4a p. 278/279). Tombe en revanche sous le coup de cette disposition le placement d'argent provenant d'une infraction qualifiée à la LStup chaque fois que le mode ou la manière d'opérer ne peut être assimilé au simple versement d'argent liquide sur un compte (<ref-ruling> consid. 1d p. 244 ss). Sont des actes d'entrave le transfert de fonds de provenance criminelle d'un pays à un autre (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 191) ou d'un compte à un autre dont les bénéficiaires économiques ne sont pas identiques (cf. Bernard Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. II, 3e éd. 2010, ad <ref-law>, n° 25; Trechsel/Pieth, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2e éd. 2013, n° 18 ad <ref-law>) de même que le recours au change, qu'il s'agisse de convertir les billets dans une monnaie étrangère ou d'obtenir des coupures de montants différents (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 191).
Le blanchiment d'argent peut aussi être réalisé par omission si l'auteur se trouvait dans une position de garant qui entraînait pour lui une obligation juridique d'agir (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 191 s. et références citées).
5.2. Au moment des faits litigieux, l'activité d'intermédiaire financier était soumise à la loi fédérale du 10 octobre 1997 concernant la lutte contre le blanchiment d'argent et le financement du terrorisme dans le secteur financier (LBA; RS 955.0; <ref-law>) et aux directives relatives à la prévention et à la lutte contre le blanchiment de capitaux émises le 26 mars 1998 sous forme de circulaires par la Commission fédérale des banques (Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux).
En vertu de l'<ref-law>, l'intermédiaire financier est tenu d'identifier l'objet et le but de la relation d'affaires souhaitée par le cocontractant. L'étendue des informations à collecter est fonction du risque que représente le cocontractant (al. 1). L'intermédiaire financier doit clarifier l'arrière-plan économique et le but d'une transaction ou d'une relation d'affaires lorsque (a) la transaction ou la relation d'affaires paraissent inhabituelles, sauf si leur légalité est manifeste ou (b) des indices laissent supposer que des valeurs patrimoniales proviennent notamment d'un crime (al. 2). L'<ref-law> prévoit une obligation d'établir et de conserver les documents relatifs aux transactions effectuées ainsi qu'aux clarifications requises. L'<ref-law> précise que les intermédiaires financiers prennent dans leur domaine les mesures nécessaires pour empêcher le blanchiment d'argent et le financement du terrorisme. Ils veillent notamment à ce que leur personnel reçoive une formation suffisante et à ce que des contrôles soient effectués. Selon l'<ref-law>, l'intermédiaire financier informe immédiatement le Bureau de communication en matière de blanchiment d'argent au sens de l'<ref-law> (Bureau de communication), s'il sait ou présume, sur la base de soupçons fondés, que les valeurs patrimoniales impliquées dans la relation d'affaires ont un rapport avec une des infractions mentionnées aux art. 260ter ch. 1 ou 305bis CP, proviennent d'un crime, sont soumises au pouvoir de disposition d'une organisation criminelle ou servent au financement du terrorisme (<ref-law>). Aux termes de l'<ref-law>, l'intermédiaire financier doit bloquer immédiatement les valeurs patrimoniales qui lui sont confiées si elles ont un lien avec les informations communiquées en vertu de l'<ref-law> (al. 1). Il maintient le blocage des avoirs jusqu'à la réception d'une décision de l'autorité de poursuite pénale compétente, mais au maximum durant cinq jours ouvrables à compter du moment où il a informé le Bureau de communication (al. 2).
La Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux précise à l'intention des intermédiaires financiers les exigences fixées par la LBA (par. 3 Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux). Selon son par. 7, les intermédiaires financiers ne doivent pas accepter d'avoirs d'origine criminelle. Les organes ou les employés desdits intermédiaires financiers se rendent coupables de blanchiment de capitaux s'ils acceptent, gardent en dépôt ou aident à placer ou à transférer des valeurs patrimoniales dont ils savent ou doivent présumer qu'elles proviennent d'un crime. Les par. 11 et 23 reprennent et précisent les cas imposant de clarifier le but et l'arrière-plan économique visés par l'<ref-law>. L'intermédiaire financier doit en particulier procéder aux clarifications mentionnées au par. 24 lorsque, au début d'une relation d'affaires, un client ou un tiers apporte des billets de banque pour une contrevaleur supérieure à 100'000 fr. à créditer sur un compte ou un dépôt (par. 23 let. a) ou lorsqu'il constate l'existence d'indices de blanchiment de capitaux au sens de l'annexe à ces directives ou l'existence d'autres indices lui faisant soupçonner que des valeurs patrimoniales sont d'origine criminelle (par. 23 let. c). Doit notamment être considéré comme suspect tout client qui donne à l'intermédiaire financier des renseignements faux ou fallacieux ou qui, sans raison plausible, refuse de lui fournir les informations et les documents nécessaires, admis par les usages de l'activité concernée (ch. A8 annexe n° 1 Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux). Dans ces cas, l'intermédiaire financier est tenu de se procurer les informations, dont il doit vérifier la plausibilité, qui puissent lui permettre une appréciation suffisante de l'arrière-plan économique des transactions. A cette fin, il exige de ses cocontractants une déclaration écrite ou rédige une note dans laquelle il consigne les déclarations du client. Selon les circonstances du cas, des indications sur les points suivants doivent en principe être obtenues : a) but et genre d'une transaction particulière; b) situation financière du cocontractant, respectivement de l'ayant droit économique; c) activité commerciale ou professionnelle du cocontractant, respectivement de l'ayant droit économique; d) provenance des fonds déposés ou investis (par. 24). Lorsque, après clarification, l'intermédiaire financier sait ou présume, sur la base de soupçons fondés, que les valeurs patrimoniales sont d'origine criminelle au sens de l'<ref-law>, il doit en informer sans délai le Bureau de communication (par. 12 et 26 1ère phrase). L'obligation de communiquer vaut également si un client refuse de coopérer aux clarifications exigées par les directives (par. 26 2e phrase). Le par. 31 reprend l'obligation de blocage prévue par l'<ref-law>.
Les intermédiaires financiers se trouvent ainsi depuis 1998 dans une situation juridique particulière qui les oblige notamment à clarifier l'arrière-plan économique et le but d'une relation d'affaires lorsque des indices laissent supposer que des valeurs patrimoniales proviennent d'un crime et à informer immédiatement le Bureau de communication s'ils savent ou présument, sur la base de soupçons fondés, que les valeurs patrimoniales impliquées dans la relation d'affaires ont un rapport avec un acte de blanchiment ou proviennent d'un crime. Ils doivent donc, dans les limites fixées par la loi (cf. art. 3 à 10 LBA), collaborer avec les autorités compétentes. Ces obligations légales créent une position de garant (<ref-ruling> consid. 6.2.2 p. 196 s.).
5.3. Au moment des faits, le recourant était administrateur président directeur et unique actionnaire de A._ SA. Cette société était affiliée en qualité d'intermédiaire financier auprès d'un organisme d'autorégulation et le recourant était responsable du respect des règles contre le blanchiment d'argent auprès de celui-ci, soit en particulier des contrôles relatifs à l'origine des fonds (jugement du 16 décembre 2011, p. 2-3). En tant que tel, il occupait donc une position de garant, ses obligations en matière de blanchiment découlant notamment de la LBA et de la Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux. Le recourant peut ainsi se voir reprocher des actes d'entrave tant par commission que par omission au sens de l'<ref-law>.
Le recourant invoque qu'il ne peut avoir occupé une position de garant, une telle position pour un intermédiaire financier n'ayant été établie que par l'<ref-ruling> rendu le 3 novembre 2010, soit après les faits qui lui sont reprochés. Outre qu'une nouvelle jurisprudence est applicable immédiatement (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 85), le recourant perd de vue que ses obligations de garant découlaient des dispositions précitées, en vigueur au moment des faits reprochés.
5.4. Grâce aux structures mises en place par le recourant, via des sociétés tierces, D._ a disposé de plusieurs comptes ouverts auprès d'établissements bancaires suisses reconnus. Par le biais de ces comptes, il a pu transformer de très nombreuses coupures d'euros provenant de son trafic de drogue exercé à l'étranger en monnaie scripturale créditée sur des comptes ouverts en Suisse. Il a ensuite fait transférer l'argent ainsi crédité, dont à déduire des pertes survenues en 2004, soit sur des comptes dont le bénéficiaire économique était un tiers soit sur des comptes ouverts à l'étranger. Au vu de la jurisprudence précitée, de tels procédés entravent clairement la confiscation des valeurs patrimoniales litigieuses. Point n'est besoin d'examiner plus avant par quels actes précis le recourant aurait entravé la confiscation, dès lors que par sa position de garant, durant tout le procédé, son inaction est punissable.
5.5. D._ était d'origine colombienne, habitait au Brésil et était actif aux Pays-Bas. Il était ainsi en lien avec trois pays à risque en matière de trafic de stupéfiants. D._ a annoncé au recourant, qui ne le connaissait pas auparavant, vouloir verser sur un compte 5'000'000 USD en cours de relation, d'au moins 1'000'000 USD par an, provenant d'activités prétendument licites dans le commerce de fruits. Il ne lui a toutefois jamais fait visiter ni à lui ni à son subordonné, pourtant sur place, les lieux de production ou de distribution, afin qu'ils puissent se rendre compte de la réalité et de l'importance de l'activité licite invoquée. Son subordonné a uniquement vu des palettes de fruits stockées portant la mention "P._". Un tel constat était toutefois impropre à démontrer que l'activité licite invoquée était suffisamment importante pour justifier les sommes annoncées. D._ n'a également donné aucune suite à la prétendue demande du recourant de lui transmettre les comptes de ses sociétés. Le recourant ne disposait ainsi d'aucun indice de la réalité de l'activité licite invoquée permettant de dégager des bénéfices de plus d'un million de dollars par an.
Lors du premier versement sur le compte J._, les avoirs ont été apportés depuis l'étranger, sous forme de petites coupures d'euros, dans des valises directement au sein de A._ SA, auprès du recourant, par une personne dont nul ne connaissait l'identité exacte. Le montant en question s'élevait à 493'600 EUR. Il était censé provenir du commerce de fruits effectués par D._ dans les pays de l'Est, qui selon ce dernier avaient coutume de payer en espèces. Un tel mode de paiement, pour des sommes si importantes, n'apparaît pas plausible, d'autant plus que l'euro n'avait alors pas cours dans ces pays. Cette explication impliquait également que D._ arrivait à réaliser un bénéfice de près de 500'000 EUR par son activité de commerce de fruits non pas dans toute l'Europe mais dans les seuls pays de l'Est.
Dans ces circonstances (transaction inhabituelle [<ref-law>], portant sur des espèces pour une contre-valeur supérieure à 100'000 fr. [par. 23 let. a Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux] et refus du client de donner suite aux demandes fondées du recourant de lui transmettre les comptes de la société censée active [ch. A8 annexe I Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux]), le recourant était tenu de se procurer les informations, dont il devait vérifier la plausibilité, qui puissent lui permettre une appréciation suffisante de l'arrière-plan économique de la transaction (<ref-law>; par. 24 Circ.-CFB 98/1 Blanchiment de capitaux).
Le recourant ne l'a toutefois pas fait. Il n'a ainsi obtenu aucun document attestant de l'importance de l'activité licite invoquée ou de l'origine de l'argent apporté. Il n'apparaît pas non plus qu'il ait vérifié la réalité de la pratique, peu plausible, consistant à payer de grosses sommes en petites coupures et ce dans une monnaie qui n'avait pas cours dans le pays. Pour sa défense, le recourant prétend avoir lu à l'époque dans "la presse" que D._ était à la tête d'une importante exploitation de fruits. Une telle source, au vu des risques relevés ci-dessus et des obligations de clarification incombant au recourant, n'était pas suffisante. Elle n'est en outre qu'alléguée par le recourant qui n'en n'a pas gardé trace. Le recourant invoque que le client lui avait été présenté par son apporteur d'affaires, E._, qui avait prétendu que le premier était à la tête d'une grande entreprise d'exportation de fruits. Que cela corresponde à ce que son apporteur lui avait dit n'enlève rien, au vu des circonstances, à l'obligation qui incombait au recourant d'en vérifier la plausibilité, cela d'autant plus lorsqu'il a constaté l'existence d'importants transferts d'argent entre les comptes dont ledit apporteur d'affaires et le client étaient bénéficiaires économiques (versement de 400'000 EUR par E._ le 16 novembre 2004 et versement en faveur de ce dernier par les comptes dont D._ était bénéficiaire économique de 4 fois 1'000'000 EUR entre le 22 décembre 2004 et le 3 novembre 2005). Le recourant avance avoir constaté lui-même que son client était riche. Ce constat ne dit toutefois rien de la licéité de sa fortune, encore moins de celle des sommes alors remises. Le recourant prétend avoir évalué le bénéfice possible en partant de chiffres librement choisis. Un tel calcul, aussi fantaisiste soit-il qui plus est venant d'une personne qui n'avait aucune expérience dans le domaine du commerce de fruits, n'était pas propre à démontrer la réalité de l'importance de l'activité licite invoquée par son client. D'ailleurs, le calcul en question (0.01 centime d'euros de bénéfice par kilo vendu) conduisait à admettre que les sociétés de D._ importaient pour les seuls pays d'Europe de l'Est desquels les espèces étaient censées provenir plus de 90 % de la quantité exportée mondialement et annuellement par le Brésil. Enfin, que le montant des sommes versées sur le compte J._ ait correspondu à celui de 5'000'000 USD annoncé par le client ne dit rien sur la licéité de ces sommes.
Il résulte de ce qui précède que le recourant a violé son obligation de clarifier l'arrière-plan économique des transactions litigieuses. Dans la mesure où il n'a pas respecté cette obligation lors du premier apport, celle-ci perdurait pour chaque nouvel apport inhabituel et/ou d'espèces dont la contre-valeur dépassait 100'000 francs. Le recourant a dès lors durablement violé son obligation de clarification, puisque tous les montants crédités sur les comptes ouverts par ses soins s'élevaient à plus de 100'000 fr. et étaient apportés en espèces, directement dans un premier temps, puis indirectement par le biais d'un système de compensation faisant intervenir des titulaires de comptes sis en Espagne. Le recourant n'ignorait pas l'existence de ce système de compensation et que ce dernier remplaçait celui consistant à lui amener directement des valises de coupures au siège de A._ SA.
5.6. En cas de violation du devoir de prudence par omission, il faut procéder par hypothèses et se demander si l'accomplissement de l'acte omis aurait, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, évité la survenance du résultat qui s'est produit, pour des raisons en rapport avec le but protecteur de la règle de prudence violée. Pour l'analyse des conséquences de l'acte supposé, il faut appliquer les concepts généraux de la causalité naturelle et de la causalité adéquate (arrêt 6B_908/2009 du 3 novembre 2010 consid. 7.1.2 non publié aux <ref-ruling>).
En l'occurrence, si le recourant, à réception des montants versés en espèces ou, dans la deuxième phase, lorsqu'il prenait connaissance des virements importants effectués sur les comptes litigieux à la suite de versements en espèces de montants d'importance similaire en Espagne, avait procédé aux vérifications requises, il n'aurait pu que constater que le commerce de fruits invoqué n'était qu'un paravent et qu'aucune activité licite ne justifiait ces montants. Pour peu qu'on considère que les éléments à sa disposition ne constituaient pas déjà des soupçons devant le conduire à présumer que les valeurs patrimoniales litigieuses étaient d'origine criminelle, ces clarifications n'auraient que pu lui permettre de parvenir à cette conclusion. Conformément à l'art. 9 al. 1 let. a ch. 2 LBA, il aurait dès lors dû informer le Bureau de communication et, en application de l'<ref-law>, bloquer les valeurs patrimoniales litigieuses. Ainsi, si le recourant avait respecté son obligation de diligence, ces valeurs auraient très probablement été confisquées par les autorités pénales. Elles n'auraient pas pu disparaître ou être virées sur des comptes dont le bénéficiaire économique était un tiers ou ouverts à l'étranger. En ne respectant pas ses devoirs de vérification, puis d'annonce et de blocage, le recourant a donc permis que la confiscation de l'argent soit entravée. Il a donc bien commis des actes de blanchiment d'argent par omission au sens de l'<ref-law> pour l'ensemble des fonds déposés sur les comptes ouverts par ses soins.
6.
Le recourant conteste avoir agi intentionnellement, en l'occurrence par dol éventuel.
6.1. Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable, mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait (<ref-ruling> consid. 8.2 p. 83; <ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 4). Parmi les éléments extérieurs permettant de conclure que l'auteur s'est accommodé du résultat dommageable pour le cas où il se produirait figurent notamment la probabilité (connue par l'auteur) de la réalisation du risque et l'importance de la violation du devoir de prudence. Plus celles-ci sont grandes, plus sera fondée la conclusion que l'auteur, malgré d'éventuelles dénégations, avait accepté l'éventualité de la réalisation du résultat dommageable (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 226; <ref-ruling> consid. 8.4 p. 62). Peuvent également constituer des éléments extérieurs révélateurs les mobiles de l'auteur et la manière dont il a agi (<ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 18).
Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève des constatations de faits, qui lient le Tribunal fédéral, à moins que celles-ci n'aient été établies de façon manifestement inexacte. Est une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception de la notion d'intention, notamment de dol éventuel, et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (<ref-ruling> consid. 8.4.1 p. 84; <ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 4).
6.2. La cour cantonale a retenu que le recourant avait à tout le moins envisagé que les fonds confiés par D._ étaient d'origine criminelle, les indices disponibles ne permettant pas une autre conclusion. Il s'était ainsi accommodé d'une réalisation possible des éléments constitutifs objectifs de l'infraction de blanchiment (arrêt, entrepris, p. 24 ch. 2.2.3). Ce faisant, l'autorité cantonale a jugé que le recourant avait commis des actes de blanchiment d'argent par dol éventuel.
6.3. Le recourant invoque que la cour cantonale aurait violé la notion de dol éventuel, se bornant à examiner l'existence d'une position de garant et la violation ou non des obligations en découlant, pour en déduire de facto que la réalisation de cet élément objectif de punissabilité emportait celle de l'élément subjectif.
On comprend que la cour cantonale a dans un premier temps considéré que le recourant, au vu de sa position au sein d'un intermédiaire financier, des devoirs de vérification lui incombant, de son expérience et des indices à sa disposition, ne pouvait qu'envisager que les valeurs patrimoniales litigieuses étaient de provenance criminelle. Dans un deuxième temps, elle a admis la réalisation de l'élément subjectif - en l'occurrence du dol éventuel - estimant que le recourant en agissant comme il l'avait fait, respectivement en n'effectuant pas les vérifications que les indices dont il disposait imposaient, avait accepté de procéder, respectivement de laisser procéder à des actes d'entrave au sens de l'<ref-law>. On ne distingue pas ici de violation de la notion d'intention ou de dol éventuel.
6.4. Le recourant conteste avoir eu le moindre soupçon que les fonds remis en gestion aient eu une origine criminelle.
A l'appui de ce grief, il invoque notamment ses propres déclarations durant l'enquête et allègue que les informations qui lui avaient été fournies se recoupaient de sorte qu'il n'avait pas de motif d'avoir de doutes qui auraient rendu nécessaires des vérifications plus approfondies. En outre, l'obtention de documents relatifs aux activités licites de D._ n'aurait fait que prouver celles-ci et leur ampleur. La presse de l'époque aurait également attesté de l'existence d'une importante activité de commerce de fruits. Le recourant, pour ces deux derniers éléments, se fonde sur des faits non retenus par l'arrêt entrepris, sans démontrer l'arbitraire de leur omission. Le grief est irrecevable. Pour le reste, son argumentation, consistant à nier les indices pesant contre lui afin de faire uniquement croire, au pire, à une négligence, est d'ordre purement appellatoire et donc irrecevable. Il n'était de loin pas insoutenable de retenir, au vu précisément des éléments dont disposait le recourant - cf. supra consid. 5.5 en particulier du refus de D._ de lui remettre des documents attestant de l'importance de l'activité licite invoquée et du mode d'approvisionnement des comptes - que le recourant, directeur d'un intermédiaire financier et responsable de la due diligence au sein de celui-ci, avait à tout le moins envisagé que les fonds confiés étaient d'origine criminelle.
7.
Le recourant estime que la circonstance aggravante prévue par l'art. 305bis ch. 2 let. c LTF n'était pas réalisée.
7.1. Au sens de cette disposition, le cas est grave lorsque le délinquant réalise un chiffre d'affaires ou un gain importants en faisant métier de blanchir de l'argent.
Est important un chiffre d'affaires de 100'000 francs (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 190 ss) et un gain de 10'000 francs (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 255 s.). La durée de l'activité délictuelle ayant permis de réaliser le chiffre d'affaires ou le gain n'est par contre pas décisive (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 192 ss; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 255).
L'auteur agit par métier lorsqu'il résulte du temps et des moyens qu'il consacre à ses agissements délictueux, de la fréquence des actes pendant une période déterminée, ainsi que des revenus envisagés ou obtenus, qu'il exerce son activité coupable à la manière d'une profession, même accessoire. Il faut que l'auteur aspire à obtenir des revenus relativement réguliers représentant un apport notable au financement de son genre de vie et qu'il se soit ainsi, d'une certaine façon, installé dans la délinquance (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 254). L'auteur doit avoir agi à plusieurs reprises, avoir eu l'intention d'obtenir un revenu et être prêt à réitérer ses agissements (<ref-ruling> consid. 3 p. 133). Il n'est en revanche pas nécessaire que les agissements délictueux du délinquant constituent sa "principale activité professionnelle" (<ref-ruling> consid. 4b p. 331).
7.2. En remettant l'argent reçu dans ses bureaux à la banque B._, puis en laissant cet argent et les sommes suivantes être débités des comptes litigieux en faveur de tiers ou de comptes ouverts à l'étranger, le recourant s'est rendu coupable de blanchiment d'argent pour un montant de plus de 13'000'000 EUR. C'est cette somme, et non les honoraires versés à A._ SA, qui constitue le chiffre d'affaires visé par l'art. 305bis ch. 2 let. c CP (dans ce sens, Jürg-Beat Ackermann, in N. Schmid [édit.], Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, Kommentar, vol. I 1998, par. 437 ad <ref-law>). La première condition posée par cette disposition est réalisée.
Dans la mesure où le recourant conteste avoir agi par métier en invoquant uniquement n'avoir commis aucun acte de blanchiment, son grief ne peut, au vu de ce qui précède, qu'être écarté. Pour le surplus, au vu des faits constatés par l'arrêt entrepris (création de structures sises aux Iles Vierges britanniques par le biais de sociétés tierces pour ouvrir plusieurs comptes successifs, temps et attention donnés aux avoirs du client tant en heure qu'en fréquence, nombre de voyages effectués pour le rencontrer, que ce soit en personne ou par le biais de son subordonné qu'il envoyait et qui lui rendait compte), l'autorité cantonale n'a pas violé l'art. 305bis ch. 2 let. c CP en retenant que le recourant avait agi par métier. La seconde condition posée par cette disposition est donc remplie de sorte que la condamnation pour blanchiment d'argent aggravé ne viole pas le droit fédéral.
Dans la mesure où le recourant invoque la prescription de l'action pénale pour tous les faits antérieurs au 16 décembre 2004, au motif qu'il ne se serait pas rendu coupable de l'infraction aggravée de blanchiment d'argent et que l'infraction simple de blanchiment d'argent se prescrit par sept ans (art. 97 al. 1 let. c CP), son grief ne peut qu'être rejeté.
8.
Le recourant se plaint d'une violation de l'<ref-law> et réclame d'être exempté de toute peine.
Aux termes de cette disposition, si la culpabilité de l'auteur et les conséquences de son acte sont peu importantes, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine.
Le recourant s'est rendu coupable de blanchiment d'argent pour des sommes totalisant plus de 13'000'000 EUR. Que les faits soient relativement anciens, que le recourant se soit bien conduit depuis et que la condamnation prononcée ait des effets importants sur son futur ne suffisent pas à justifier l'application de l'<ref-law>.
9.
Le recourant se plaint de la créance compensatrice prononcée à son encontre à hauteur de 193'938 francs.
9.1. En vertu de l'<ref-law>, le juge prononce la confiscation des valeurs patrimoniales qui sont le résultat d'une infraction ou qui étaient destinées à décider ou à récompenser l'auteur d'une infraction, si elles ne doivent pas être restituées au lésé en rétablissement de ses droits. Aux termes de l'art. 72 al. 1 1ère phrase CP, lorsque les valeurs patrimoniales à confisquer ne sont plus disponibles, le juge ordonne leur remplacement par une créance compensatrice de l'État d'un montant équivalent.
9.2. L'autorité cantonale a estimé que les honoraires avaient été perçus sur des avoirs provenant du blanchiment. Ils récompensaient les activités de gestion de fonds et de dissimulation - illégales - et non de gestion de fortune, qui n'avaient pas eu lieu, les fonds n'ayant fait que transiter sur les comptes litigieux. Ces honoraires, initialement perçus par A._ SA, avaient profité au recourant, mais n'étaient plus disponibles depuis. Une créance compensatrice équivalent aux honoraires reçus devait dès lors être prononcée à l'encontre du recourant (arrêt entrepris, ch. 4.2 p. 27).
9.3. Ce dernier invoque que les honoraires ont été versés pour l'activité de gestion légale effectuée, que les fonds n'ont pas fait que transiter et conteste par conséquent que les sommes reçues récompensent une quelconque infraction. Il nie également avoir profité personnellement de la totalité de ces honoraires. Ce faisant, le recourant s'écarte des faits retenus par l'autorité cantonale, sans formuler de grief d'arbitraire conforme aux exigences posées par l'<ref-law>. Son moyen est irrecevable. Par surabondance, au vu des faits constatés par l'autorité cantonale, une créance compensatrice équivalente aux honoraires reçus pouvait être prononcée sans violation des art. 71 et 72 CP.
10.
Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure de sa recevabilité et aux frais du recourant (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 24 juin 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod