hat sich ergeben:
A.- Die Rivella International AG ist Inhaberin der Wortmarke RIVELLA und zweier Wort-/Bildmarken RIVELLA. Die Rivella AG (Klägerin), welche das Milchserumgetränk 'Rivella' produziert, ist an diesen Marken als Lizenznehmerin berechtigt und namentlich auch befugt, mit rechtlichen Schritten gegen Verletzungshandlungen vorzugehen.
Die Denner AG (Beklagte) bezog in den Jahren 1988 bis 1996 Rivella-Produkte bei der Klägerin. Nach dem Auslaufen der vertraglichen Beziehungen plante die Beklagte, ein Konkurrenzprodukt zu Rivella unter dem Namen 'apiella' auf den Markt zu bringen. Am 5. November 1996 startete sie mit einem Werbespot am Schweizer Fernsehen eine entsprechende Werbekampagne und am darauffolgenden Tag den Verkauf von apiella.
B.- Auf Gesuch der Klägerin um Erlass einer vorsorglichen Massnahme hin verbot der Einzelrichter des Handelsgerichts des Kantons Zürich der Beklagten mit Verfügung vom 26. November 1996 im Wesentlichen, apiella in der vorliegenden Form zu vertreiben oder dafür zu werben und die Bezeichnung apiella auf Flaschen für Getränke zu verwenden.
Mit der darauf eingereichten ordentlichen Klage verlangte die Klägerin neben der Zahlung von Schadenersatz und der Erstattung des unrechtmässig erlangten Gewinnes im Wesentlichen ein an die Beklagte gerichtetes Verbot, apiella in der vorliegenden Form zu vertreiben, zu bewerben oder die Bezeichnung apiella für Getränke zu verwenden; überdies beantragte sie die Feststellung, dass die Beklagte ihre Rechte an der Ausstattung des Getränks rivella-rot sowie ihre Rechte an der Wortmarke Nr. 366920 RIVELLA und der Bildmarke Nr. 412855 RIVELLA verletzt habe, indem sie die Bezeichnung apiella für Getränke verwendet hat. Schliesslich sei die Beklagte zu verpflichten, das Urteil auf ihre Kosten in verschiedenen Zeitungen sowie am Fernsehen zu veröffentlichen.
Mit Verfügung vom 27. Oktober 1997 wurde das Verfahren aus prozessökonomischen Gründen auf die Verletzungsfrage beschränkt. Mit Vor- bzw. Teilurteil vom 29. Juni 1999 hiess das Handelsgericht des Kantons Zürich das Unterlassungs-, das Feststellungs- und das Publikationsbegehren grösstenteils gut. Eine gegen dieses Urteil gerichtete Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 12. April 2000 ab, soweit es darauf eintrat.
C.- Die Beklagte hat gegen das Urteil des Handelsgerichts eidgenössische Berufung eingelegt. Darin beantragt sie dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Klage abzuweisen; eventualiter sei der Fall an die Vorinstanz zur Beweisabnahme über die Frage der Gefahr der Verwechslung bzw. Fehlzurechnung zurückzuweisen. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung und Bestätigung des angefochtenen Urteils.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das angefochtene Urteil hat den Charakter eines Vor- bzw. Teilurteils. Das Bundesgericht kann mit einem vom angefochtenen Entscheid abweichenden Urteil - namentlich bei Verneinung einer Verwechslungsgefahr - einen Endentscheid herbeiführen. Damit könnte nach den übereinstimmenden Ausführungen der Vorinstanz und der Parteien ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges, die Ansprüche auf Schadenersatz und Gewinnherausgabe betreffendes Beweisverfahren erspart werden. Die Voraussetzungen von Art. 50 Abs. 1 OG sind somit gegeben, und es kann offen bleiben, inwiefern diese Erfordernisse auch auf Teilurteile anwendbar sind (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1a S. 409/10; <ref-ruling> E. 2a S. 141/2, je mit Hinweisen).
2.- a) Gemäss Art. 55 Abs. 1 lit. c OG muss in der Berufungsschrift dargelegt werden, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind. Unerlässlich ist dabei, dass die Berufung auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingeht und im Einzelnen zeigt, welche Vorschriften und warum sie von der Vorinstanz verletzt worden sind. Allgemein gehaltene Einwände, die ohne aufgezeigten oder erkennbaren Zusammenhang mit bestimmten Entscheidungsgründen der Vorinstanz vorgebracht werden, genügen diesen Anforderungen nicht (<ref-ruling> E. 3 S. 748/9 mit Hinweisen). Das Bundesgericht hat im Berufungsverfahren seiner Entscheidung überdies grundsätzlich die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zugrunde zu legen (vgl. Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 1e S. 205; <ref-ruling> E. 2 S. 111; <ref-ruling> E. 2a S. 485/6).
b) Soweit die Beklagte zur Untermauerung ihres Standpunktes allgemeine Überlegungen wirtschaftspolitischer Art anstellt, ohne sich konkret mit dem angefochtenen Urteil auseinanderzusetzen und auf Tatsachen verweist, welche im vorinstanzlichen Urteil keine Stütze finden kann - nachdem sie abgesehen von der Rüge der Verletzung von <ref-law> keine hinreichend substanziierten Sachverhaltsrügen vorbringt - auf ihre Berufung nicht eingetreten werden. Im vorliegenden Verfahren unbeachtlich sind namentlich ihre generellen Erwägungen über den Lebensmittelmarkt in der Schweiz.
3.- Die Vorinstanz hat der Erklärung der Beklagten, sie werde die inkriminierten Etiketten und das Zeichen apiella künftig nicht mehr verwenden, keine verfahrenserledigende Wirkung zugemessen. Die Beklagte wendet dagegen sinngemäss ein, ihre Erklärung habe das Rechtsschutzinteresse der Klägerin am Unterlassungsanspruch und an der Urteilspublikation entfallen lassen; gleichzeitig hält sie allerdings daran fest, dass ihr Verhalten rechtmässig gewesen sei. Da sie die materielle Begründetheit der Klage ausdrücklich bestreitet und sich dem Klagebegehren damit nicht vollumfänglich unterzieht, kann die Äusserung der Beklagten nicht ohne weiteres als Abstandserklärung qualifiziert werden (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 75). Zudem relativiert die Beklagte ihren Standpunkt in der Berufungsschrift selbst, indem sie ausführt, sie werde dann kein apiella mehr auf den Markt bringen und die inkriminierte Etikette nicht mehr verwenden, wenn die Klage gutgeheissen wird. Unter diesen Umständen hat die Klägerin entgegen der Auffassung der Beklagten an der gerichtlichen Bestätigung ihrer Rechtsbehauptungen nach wie vor ein schutzwürdiges Interesse (<ref-ruling> E. 2 S. 367/8 mit Hinweisen).
4.- Die Vorinstanz hat die Verwechselbarkeit von apiella und Rivella bejaht, ohne in Bezug auf tatsächliche Verwechslungen ein Beweisverfahren durchgeführt zu haben. Die Beklagte rügt, das Handelsgericht habe dadurch <ref-law> verletzt, indem es der Beklagten die Möglichkeit versagt habe, den Gegenbeweis gegen die behauptete, aber nicht existierende Gefahr von (indirekten) Verwechslungen und Fehlzurechnungen anzutreten.
a) <ref-law> regelt zunächst die Verteilung der Beweislast. Durch die Rechtsprechung hat diese Bestimmung darüber hinaus jedoch die Bedeutung einer allgemeinen bundesrechtlichen Beweisvorschrift erhalten. Das Bundesgericht leitet aus <ref-law> als Korrelat zur Beweislast insbesondere das Recht der beweisbelasteten Partei ab, zum ihr obliegenden Beweis zugelassen zu werden, soweit entsprechende Anträge im kantonalen Verfahren form- und fristgerecht gestellt worden sind. Aus <ref-law> ergibt sich sodann auch das Recht des Gegners der beweisbelasteten Partei zum Gegenbeweis. Zu beachten ist aber, dass dieser bundesrechtliche Beweisführungsanspruch nur für rechtserhebliche Tatsachen besteht und die vorweggenommene Würdigung von Beweisen nicht ausschliesst (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 223; <ref-ruling> E. 4b S. 397, je mit Hinweisen).
b) Das Bundesgericht qualifiziert die Verwechslungsgefahr für den ganzen Bereich des Kennzeichnungsrechts in ständiger Rechtsprechung nicht als Tatsache, sondern als Rechtsfrage. Diese prüft es frei, soweit es um das Verständnis des allgemeinen Publikums geht, welches die streitige Leistung in Anspruch nimmt und kein Branchenverständnis spezifischer Verkehrskreise in Frage steht (<ref-ruling> E. 3a S. 245; <ref-ruling> E. 1 S. 383; <ref-ruling> E. 2a S. 201 mit Hinweisen). Daraus folgt, dass es sich bei der Verwechslungsgefahr um einen normativen Begriff handelt, und dass deren Vorliegen somit nach rechtlichen Gesichtspunkten zu beurteilen ist. Es geht namentlich nicht darum, ob zwei Zeichen auf rein tatbeständlicher Ebene auseinander gehalten werden können (Marbach, Markenrecht, in: von Büren/David, Schweizerisches Immaterial- und Wettbewerbsrecht [SIWR] Band III, S. 111). Das Bundesgericht verlangt denn in konstanter Rechtsprechung für die Bejahung einer Verwechslungsgefahr nicht den Nachweis tatsächlich erfolgter Verwechslungen, wie deren Vorkommen auch nicht zwingend eine rechtlich relevante Verwechslungsgefahr begründet (<ref-ruling> E. 3 S. 326; <ref-ruling> E. 2a S. 515; <ref-ruling> E. 1 S. 458; <ref-ruling> E. 1 S. 154 mit Hinweisen; vgl. auch Marbach, a.a.O., S. 118; David, Basler Kommentar, N. 9 zu <ref-law>; Christian Hilti, Firmenrecht, in: SIWR Band III, S. 309). Aus dieser Sichtweise ergibt sich, dass die Beurteilung der Verwechslungsgefahr als Rechtsanwendung dem Gericht obliegt (Art. 63 Abs. 3 OG) und nicht mittels einer Meinungsumfrage vorgenommen werden kann.
c) Die Beklagte wendet sich gegen die dargestellte Praxis. Das Handelsgericht sei nicht repräsentativ für die Konsumentengesamtheit. Die Beurteilung der Verwechslungsgefahr unter Ausserachtlassung demoskopischer Meinungsumfragen sei angesichts der ausgedehnten Erprobung und Bewährung der demoskopischen Mittel in Deutschland unhaltbar.
aa) Es trifft zu, dass in der deutschen Praxis besonders im Wettbewerbs- und Markenrecht von der Meinungsbefragung durch Spezialinstitute Gebrauch gemacht wird (Baumbach/Lauterbach/Albers/Hartmann, Zivilprozessordnung, 57. Aufl., N. 7 der Übersicht zu <ref-law>; Baumbach/
Hefermehl, Wettbewerbsrecht, 21. Aufl., N. 477 der Einleitung zum UWG). Allerdings ist die Verwendung von Umfragen nicht unumstritten, wird doch etwa darauf hingewiesen, dass eine demoskopische Befragung namentlich dann, wenn das Publikum sich erst aufgrund der Fragestellung eine Meinung bildet, fehl am Platz und deshalb nur ein bedingt geeignetes Beweismittel sei (Baumbach/Hefermehl, a.a.O., N. 118b zu <ref-law>). Gerade in Bezug auf das Markenrecht wird überdies betont, dass die Verwechslungsgefahr einen Rechts- und keinen empirischen Tatsachenbegriff darstelle. Deshalb könne das Vorliegen von Verwechslungsgefahr nicht mit demoskopischen Gutachten begründet werden, auch wenn diese bei der rechtlichen Beurteilung berücksichtigt werden könnten (Fezer, Markenrecht, München 1997, N. 83 zu § 14 MarkenG).
bb) Die Änderung einer Rechtsprechung rechtfertigt sich nur, wenn sich dafür hinreichend ernsthafte Gründe anführen lassen. Die Gründe, die gegen die bisherige Praxis und zugunsten einer neuen Betrachtungsweise sprechen, müssen insgesamt gewichtiger sein als die nachteiligen Auswirkungen, welche die Praxisänderung insbesondere auf die Rechtssicherheit hat (<ref-ruling> E. 6a S. 93; <ref-ruling> E. 4a S. 471; <ref-ruling> E. 7 S. 321 mit Hinweisen).
In der Doktrin wird das Abstellen auf Umfragen für unentbehrlich gehalten, um den richterlichen Ermessensspielraum objektivierend einzuengen (vgl. Rehbinder, Demoskopie als Beweismittel im Markenrecht, in: Marke und Marketing, Bern 1990, S. 355 ff.). Namentlich im vorliegenden Fall, wo zur Beurteilung der Verwechslungsgefahr keine spezifischen Fach- oder Branchenkenntnisse erforderlich sind, überwiegen jedoch die dagegen erhobenen Einwände. So ist nicht zu übersehen, dass zuverlässige Aussagen u.a. von der Auswahl der befragten Personen, der Formulierung der entscheidenden Fragen und deren Einbettung in einen grösseren Fragenkatalog abhängt (vgl. Stein/Jonas/Leipold, ZPO, 21. Aufl., N. 23 der Vorbemerkungen zu § 402; Baumbach/Hefermehl, a.a.O., N. 118b zu <ref-law>). Entscheidend ist auch, ob die Befragten bereits vor der Befragung Kenntnisse oder Vorstellungen bezüglich des in Frage stehenden Sachverhaltes haben. Bilden sie sich nämlich erst aufgrund der Fragestellung und damit in einem unrealistischen Zusammenhang eine Meinung, so ist der Beweiswert der Antworten insbesondere dort zweifelhaft, wo es gerade auf die ungezwungene Auffassung ankommt (Baumbach/
Hefermehl, a.a.O.). Dies lässt demoskopische Umfragen insbesondere in Bezug auf Kennzeichen, welche im Verkehr noch gar nicht verwendet werden, als grundsätzlich fragwürdig erscheinen. Die Vorinstanz weist neben den zeitlichen und finanziellen Aspekten von routinemässig durchgeführten Meinungsumfragen zudem zutreffend darauf hin, dass demoskopische Umfragen allenfalls bei einfachen Fragen wie etwa der Bekanntheit eines Zeichens nützlich sein können; stehen jedoch komplexere Zusammenhänge zur Diskussion, wie dies bei einem Kaufentscheid in einem Lebensmittelladen der Fall ist, welcher von verschiedensten Faktoren abhängig ist, scheint fraglich, inwiefern auf die Resultate eines demoskopischen Gutachtens abgestellt werden kann.
Nach dem Gesagten rechtfertigt es sich nicht, von der konstanten Praxis abzuweichen. Die Vorinstanz hat somit kein Bundesrecht verletzt, wenn sie über die Rechtsfrage der Verwechslungsgefahr ohne Einholung eines demoskopischen Gutachtens entschieden hat.
5.- a) Die Beklagte macht geltend, der Ausgangspunkt der vorinstanzlichen Prüfung sei grundsätzlich falsch. Das Handelsgericht habe nicht berücksichtigt, dass man in der Schweiz ein Milchserumgetränk gar nicht auf den Markt bringen könne, ohne darauf hinzuweisen, dass es sich um ein Getränk "in der Art von Rivella" handle. Ein Fantasiename ohne jeden Anklang an Rivella genüge nicht; niemand wisse, was ein Milchserumgetränk sei, Rivella dagegen kenne jedermann. Das vorinstanzliche Verbot führe de facto dazu, dass niemand in der Schweiz auch nur die geringste Chance habe, mit Aussicht auf Erfolg ein Milchserumgetränk auf den Markt zu bringen, weshalb das Verbot unverhältnismässig und überschiessend sei sowie zu einer Verletzung der Handels- und Gewerbefreiheit führe, welche auch die Nachahmungsfreiheit der Beklagten einschliesse.
b) Die Betrachtungsweise der Beklagten ist im Ansatz verfehlt. Dass die Nachahmung grundsätzlich erlaubt ist, soweit kein Sonderrechtsschutz greift (<ref-ruling> E. 3a/aa S. 472; Schluep, Wirtschaftsrechtliche Punktuationen zum Verhältnis wettbewerbsrechtlicher Norm [am Beispiel der Nachahmung fremder Leistungen], in: Festschrift Heini, Zürich 1995, S. 362), bedeutet nicht, dass eine quasi grundrechtlich geschützte Freiheit auf Nachahmung bestünde, wie dies die Beklagte suggeriert. Eine Nachahmung eines fremden Erzeugnisses ist unzulässig, wenn ihr spezialgesetzliche Ausschliesslichkeitsansprüche entgegenstehen; sie ist ebenfalls verboten, wenn sie das Lauterkeitsgebot verletzt und insbesondere in schmarotzerischer Weise den guten Ruf der Erzeugnisse eines Mitbewerbers ausbeutet (<ref-ruling> E. 3a/aa S. 472/3). Aus der Handels- und Gewerbefreiheit folgt namentlich nicht, dass der Beklagten das Recht zustehen würde, durch Schaffung einer Verwechslungsgefahr an dem durch die Klägerin aufgebauten Ruf zu partizipieren. Entgegen der Auffassung, welche die Beklagte zu vertreten scheint, setzt die Bejahung einer Rechtsverletzung zudem nicht voraus, dass konkrete Alternativen für die erfolgreiche Einführung eines Milchserumgetränkes aufgezeigt werden. Soweit die Beklagte im Übrigen sinngemäss geltend machen sollte, RIVELLA sei zum Freizeichen degeneriert und ihr deshalb die Anlehnung zu gestatten, kann auf ihre Rüge mangels hinreichender Substanziierung nicht eingetreten werden.
6.- a) Das Handelsgericht hat eine Verwechslungsgefahr sowohl zwischen der Wortmarke RIVELLA und der Bezeichnung apiella als auch zwischen der Wort-/Bildmarke RIVELLA (Nr. 412855) und dem Zeichen der Beklagten bejaht.
Bezüglich der Wortmarke erwog es, aufgrund der Übernahme der gleichen Endung 'ella' könnte angenommen werden, die beiden Getränke Rivella und apiella stammten von derselben Herstellerin. Ein Teil des Publikums könnte daneben irrtümlich darauf schliessen, die Klägerin lasse das Getränk mit dem Zeichen apiella in Lizenz durch die Beklagte herstellen, um den Billigmarkt abzudecken; dieser Gedanke habe umso mehr aufkommen müssen, als die Beklagte keine Rivella-Produkte mehr in ihrem Sortiment führte. In Bezug auf die Wort-/Bildmarke sei die Verletzung aus ähnlichen Überlegungen und namentlich aufgrund der klaren Ähnlichkeit in der Gesamtwirkung der beiden Zeichen gegeben.
Nach Auffassung der Beklagten hat die Vorinstanz mit der Bejahung der Verwechslungsgefahr Bundesrecht verletzt.
b) Aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ergeben sich folgende für den vorliegenden Fall relevante Gesichtspunkte zur Beurteilung der Verwechslungsgefahr.
aa) Die Praxis nimmt eine Verwechslungsgefahr unter anderem auch dann an, wenn das Publikum zwei Zeichen zwar durchaus auseinander zu halten vermag, aufgrund ihrer Ähnlichkeit aber falsche Zusammenhänge vermutet, insbesondere an Serienmarken denkt, die verschiedene Produktelinien des gleichen Unternehmens oder von wirtschaftlich miteinander verbundenen Unternehmen kennzeichnen. Eine Verwechslungsgefahr kann sich sodann ebenfalls daraus ergeben, dass das jüngere Zeichen unmissverständlich eine Botschaft des Inhalts "Ersatz für" oder "gleich gut wie" vermittelt. Denn auch durch derartige Anlehnungen an die Kennzeichnungs- und Werbekraft der älteren Marke kann deren Unterscheidungsfunktion gestört werden, selbst wenn Fehlzurechnungen im eigentlichen Sinn unwahrscheinlich sind. Insbesondere besteht die Gefahr, dass die Konsumenten die mit den beiden Marken gekennzeichneten Waren für austauschbar halten und daher, wenn sie in der Masse des Angebots das einmal geschätzte Produkt wieder zu finden suchen, nicht mehr darauf achten, ob sie Waren der einen oder der anderen Marke einkaufen. Das aber kann die Unterscheidungsfunktion der älteren Marke ebenso empfindlich beeinträchtigen wie die Gefahr eigentlicher Fehlzurechnungen (BGE <ref-ruling> E. 1 S. 384/5 mit Hinweisen).
bb) Das Risiko von Verwechslungen wird umso grösser, je näher sich die Waren sind, für welche die in Frage stehenden Zeichen gebraucht werden. Werden zwei Zeichen für identische Warengattungen verwendet, ist bei der Beurteilung der Verwechslungsgefahr ein besonders strenger Massstab anzulegen. Zu beachten ist zudem, dass bei Massenartikeln des täglichen Bedarfs, wie sie die hier in Frage stehenden Getränke darstellen, mit einer geringeren Aufmerksamkeit und einem geringeren Unterscheidungsvermögen der Konsumenten zu rechnen ist als bei Spezialprodukten, deren Absatzmarkt auf einen mehr oder weniger geschlossenen Kreis von Berufsleuten beschränkt bleibt (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 387/8 mit Hinweisen).
cc) Hat sich ein Zeichen als starke Marke im Verkehr durchgesetzt, ist der geschützte Ähnlichkeitsbereich grösser, als dies für schwache Marken der Fall ist. Dieser Grundsatz findet seine Rechtfertigung einerseits darin, dass starke Marken als Ergebnis einer schöpferischen Leistung oder einer langen Aufbauarbeit einen weiteren Ähnlichkeitsbereich verdienen. Anderseits bedürfen starke Zeichen des Schutzes auch in erhöhtem Masse, weil sie Annäherungsversuchen besonders ausgesetzt sind. Schliesslich ist zu berücksichtigen, dass kennzeichnungskräftige Zeichen starke Erinnerungsvorstellungen hinterlassen. Das aber begünstigt unzutreffende Assoziationen: Bei der Wahrnehmung eines anderen Zeichens genügt eine blosse Teilidentität, um im Bewusstsein des Konsumenten die Gedankenverbindung zum bekannten Zeichen hervorzurufen (BGE <ref-ruling> E. 2a S. 385/6 mit zahlreichen Hinweisen).
c) Für die Beurteilung der Verwechselbarkeit der Wortmarke RIVELLA mit apiella ist der Gesamteindruck der Wortmarke massgebend. Dieser wird zunächst durch den Klang und durch das Schriftbild bestimmt. Den Klang prägen insbesondere das Silbenmass, die Aussprachekadenz und die Aufeinanderfolge der Vokale, während das Schriftbild vor allem durch die Wortlänge und durch die Eigenheiten der verwendeten Buchstaben gekennzeichnet wird. Der Wortanfang bzw. der Wortstamm sowie die Endung, insbesondere wenn sie bei der Aussprache betont wird, finden in der Regel grössere Beachtung als dazwischen geschobene, unbetonte weitere Silben (BGE <ref-ruling> E. 5a S. 388 mit Hinweisen).
Die Beklagte bot unter dem Namen apiella wie die Klägerin unter der Marke RIVELLA ein Milchserumgetränk an. Der aus dieser Warengleichheit folgende strenge Beurteilungsmassstab verbunden mit dem aufgrund der unbestrittenen Verkehrsdurchsetzung der Marke RIVELLA weiten Schutzbereich der klägerischen Wortmarke lassen die Verwendung der identischen und bei der Aussprache auf dem e betonten Endsilbe 'ella' durch die Beklagte im Lichte der dargestellten Grundsätze als unzulässig erscheinen. Die Vorinstanz ging zutreffend davon aus, dass die Ähnlichkeit der beiden Zeichen zu einer mittelbaren Verwechslungsgefahr führt. Die Beklagte macht denn auch selbst geltend, sie habe sich in der Namengebung und der Aufmachung bewusst an RIVELLA angelehnt, um die Botschaft zu vermitteln, es handle sich um ein Getränk "wie Rivella". Gerade dies begründet nach der Rechtsprechung jedoch eine rechtlich relevante Verwechslungsgefahr (vgl. oben E. 6b/aa).
d) Eine Verwechslungsgefahr ist mit der Vorinstanz auch bezüglich der Wort-/Bildmarke RIVELLA (Nr. 412855) zu bejahen. Die Beklagte selbst geht davon aus, ihre Etiketten hätten die Botschaft "ein Getränk in der Art von Rivella" vermitteln sollen und sich - wenn nach ihrer Auffassung auch zurückhaltend und vorsichtig - an Rivella angelehnt. Die apiella-Etikette ist denn auch wie die geschützte Wort-/
Bildmarke RIVELLA geprägt von der weissen, schattierten Schrift, deren unterscheidungskräftige Endsilbe 'ella' optisch abgetrennt ist sowie von dem in roter Farbe gehaltenen, nach rechts ansteigenden Balken. Der Gesamteindruck der apiella-Etikette lässt die Anlehnung an Rivella denn auch sofort ersichtlich werden. Die Gefahr falscher Zuordnungen und damit eine mittelbare Verwechslungsgefahr ist evident.
7.- a) Gemäss <ref-law> ist unlauter und widerrechtlich jedes täuschende oder in anderer Weise gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossende Verhalten oder Geschäftsgebaren, welches das Verhältnis zwischen Mitbewerbern oder zwischen Anbietern und Abnehmern beeinflusst. Unlauter handelt insbesondere, wer Massnahmen trifft, die geeignet sind, Verwechslungen mit den Waren, Werken, Leistungen oder dem Geschäftsbetrieb eines andern herbeizuführen (<ref-law>). Unter diesen mitunter als wettbewerbsrechtlicher Kennzeichenschutz bezeichneten Tatbestand fallen sämtliche Verhaltensweisen, bei denen das Publikum durch die Schaffung einer Verwechslungsgefahr irregeführt wird, insbesondere um den Ruf der Wettbewerber auszubeuten, mit denen die Verwechslungsgefahr geschaffen wird (<ref-ruling> E. 3a S. 245 mit zahlreichen Hinweisen).
b) Aus dem für den ganzen Bereich des Kennzeichenrechts einheitlichen Begriff der Verwechslungsgefahr (<ref-ruling> E. 3a S. 245 mit Hinweisen) ergibt sich, dass die markenrechtlich unzulässige Anlehnung grundsätzlich auch den Tatbestand von <ref-law> erfüllt (David, Schweizerisches Wettbewerbsrecht, 3. Aufl., S. 21/2 N 70; vgl. auch Müller, Einleitung und Generalklausel (Art. 1-2 UWG), in: SIWR Band V/1, S. 43; Streuli-Youssef, Unlautere Werbe- und Verkaufsmethoden, in: SIWR Band V/1, S. 152 ff.). Dabei beinhaltet die Bejahung eines Verstosses gegen das UWG nicht zwingend den Vorwurf einer unlauteren Absicht, setzt unlauterer Wettbewerb doch weder einen bösen Glauben noch Verschulden voraus (<ref-ruling> E. 3d S. 247; <ref-ruling> E. 3b S. 369).
Das Handelsgericht hat somit kein Bundesrecht verletzt, wenn es einen Verstoss der Beklagten sowohl gegen das Markenrecht als auch gegen das UWG bejahte.
8.- Die Beklagte rügt, die von der Vorinstanz angeordnete Urteilspublikation sei rechtswidrig, da sie kein apiella mehr auf den Markt bringen und die im Streit liegende Etikette nicht mehr verwenden werde, wenn die Klage gutgeheissen werde; es bestehe damit keine Wiederholungsgefahr. Nachdem apiella im Oktober/November 1996 auf den Markt gebracht und noch im gleichen Jahr wieder zurückgezogen worden sei, sei die Urteilspublikation 4 Jahre danach überdies unverhältnismässig.
a) Mit der Urteilspublikation sollen einerseits die nachteiligen Auswirkungen der Verletzungshandlung beseitigt werden; anderseits hat sie auch eine Genugtuungsfunktion (David, Basler Kommentar, N. 1 zu <ref-law>). Aus diesem Normzweck folgt, dass der Anspruch auf Urteilspublikation keine Wiederholungsgefahr voraussetzt, denn dieser kann bereits mit der Gutheissung des Unterlassungsanspruchs begegnet werden.
b) Beim Entscheid über die Urteilspublikation sind die gegenseitigen Interessen abzuwägen, wobei der Grundsatz der Verhältnismässigkeit zu beachten ist. Der Sachrichter hat über die Publikation nach seinem Ermessen zu entscheiden (David, Der Rechtsschutz im Immaterialgüterrecht, in: SIWR Band I/2, 2. Aufl., S. 99). Bei der Überprüfung derartiger richterlicher Ermessensentscheide auferlegt sich das Bundesgericht Zurückhaltung. So schreitet es nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn Tatsachen berücksichtigt wurden, die keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn umgekehrt Umstände ausser Betracht geblieben sind, die zwingend hätten beachtet werden müssen. In Ermessensentscheide wird ferner eingegriffen, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 1a/cc S. 279/80; <ref-ruling> E. 2a/bb S. 267 mit Hinweisen).
Die Beklagte vertritt die Auffassung, die Unverhältnismässigkeit ergebe sich aus dem seit dem Rückzug von apiella verstrichenen Zeitraum, verbunden mit den raschen Veränderungen auf dem Markt und dem generell kurzen Gedächtnis der Konsumenten. Dem hält das Handelsgericht entgegen, die Beklagte habe 100'000 Flaschen apiella mit den verwechselbaren Etiketten auf den Markt gebracht und gesamtschweizerisch beworben. Die Beklagte habe ihre Haltung auch publizistisch verwertet. Auseinandersetzungen zwischen bedeutenden Unternehmen erregten überdies ein gewisses öffentliches Aufsehen. Aus diesem Grund sei es gerechtfertigt, das Urteil über den Zeichenstreit auch zu publizieren, um allenfalls auch nur latent vorhandene Unsicherheiten zu beseitigen. Als ergänzende Begründung könne überdies der Genugtuungscharakter dienen. Den Bedenken der Beklagten trug die Vorinstanz insofern Rechnung, als sie die Publikation des Urteils auf die Printmedien beschränkte.
Das Handelsgericht hat mit diesen zutreffenden Erwägungen das ihm zustehende Ermessen nicht bundesrechtswidrig ausgeübt. Die Urteilspublikation erscheint namentlich auch aus Gründen der Generalprävention und der in der Lehre vorgebrachten Forderung nach einer weniger zurückhaltenden Ermessensausübung als nicht unverhältnismässig (vgl. David, Der Rechtsschutz im Immaterialgüterrecht, in: SIWR I/2, 2. Aufl., S. 99).
9.- Schliesslich rügt die Beklagte, die vorinstanzliche Streitwertbemessung sei unrichtig.
a) Die Bestimmung des Streitwertes im kantonalen Verfahren richtet sich nicht nach Bundesrecht, sondern nach der anwendbaren kantonalen Prozessordnung. Soweit sich die Beklagte gegen die Bemessung des Streitwertes des Handelsgerichts wendet, ist auf ihre Rüge deshalb im Berufungsverfahren nicht einzutreten (Art. 43 Abs. 1 OG).
b) Für das vorliegende Berufungsverfahren hingegen setzt das Bundesgericht den Streitwert von Amtes wegen und nach freiem Ermessen fest (Art. 36 Abs. 2 OG).
Die Beklagte beziffert den Streitwert auf höchstens Fr. 200'000.--, währenddem die Vorinstanz gestützt auf die Angaben der Klägerin von gesamthaft Fr. 2,1 Mio. ausgeht. Dabei verweist das Handelsgericht namentlich darauf, dass zur Bestimmung des Streitwertes das klägerische Interesse bezüglich einem unbestimmten Zeitraum massgebend sei.
Da es sich bei der Marke RIVELLA um ein sehr bekanntes Zeichen mit entsprechendem ökonomischen Wert handelt, und angesichts der Schwierigkeit, die verfolgten Interessen genau zu beziffern, wird der Streitwert für das bundesgerichtliche Verfahren der Vorinstanz und den klägerischen Angaben folgend auf Fr. 2 Mio. festgesetzt.
10.- Zusammengefasst erweisen sich die von der Beklagten vorgebrachten Rügen als unbegründet. Die Berufung ist deshalb abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beklagte kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Juni 1999 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 17'000-- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 18'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 18. Juli 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: