(ungetreue Geschäftsbesorgung, <ref-law>), hat sich ergeben:
A.- Mit Eingabe vom 8. März 1999 erstatteten X._ und mehrere weitere Personen gegen A._ Strafanzeige wegen Verdachts ungetreuer Geschäftsbesorgung im Sinne von <ref-law> und allenfalls weiterer sich im Strafverfahren ergebender Delikte. Sie warfen A._ im Wesentlichen vor, er habe in seiner Eigenschaft als einzelzeichnungsberechtigter Präsident des Verwaltungsrats der Firma B._ (nachfolgend AG) ein im Eigentum dieser Gesellschaft stehendes Oldtimer- Flugzeug Beechcraft am 27. Januar 1999 eigenmächtig und pflichtwidrig zu einem viel zu niedrigen Preis (von Fr.
375'000.--) an die von ihm beherrschte Firma C._ (nachfolgend GmbH) verkauft.
B.- Mit Verfügung vom 5. August 1999 stellte das Bezirksamt Kreuzlingen die Strafuntersuchung gegen A._ wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung ein.
Die von den Anzeigeerstattern dagegen erhobene Beschwerde wurde von der Anklagekammer des Kantons Thurgau am 21. Dezember 1999 abgewiesen.
C.- X._ führt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde mit dem Antrag, der Entscheid der Anklagekammer sei aufzuheben und die Sache zur weiteren Untersuchung und zur Anklageerhebung an die zuständige Behörde zurückzuweisen.
D.- Die Anklagekammer des Thurgauer Obergerichts beantragt in ihrem Mitteilungsschreiben (Art. 274 BStP), auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, da sie verspätet sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Auf Grund der Angaben in der Abholungseinladung der Post ist unklar, ob der Beschwerdeführer den angefochtenen Entscheid am 26. Februar 2000 (Samstag) oder am 28. Februar 2000 (Montag) in Empfang genommen hat und an welchem Tag somit die 10-tägige Anmeldefrist und die 20-tägige Begründungsfrist begonnen haben. Mit Rücksicht auf die Ausführungen des Beschwerdeführers im Schreiben vom 10. April 2000 ist davon auszugehen, dass er den angefochtenen Entscheid erst am 28. Februar 2000 entgegengenommen hat. Damit ist die Beschwerde fristgerecht angemeldet und begründet worden.
2.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde steht u.a. dem Geschädigten zu, wenn er sich bereits vorher am Verfahren beteiligt hat und soweit sich der Entscheid auf die Beurteilung seiner Zivilforderung auswirken kann (Art. 270 Abs. 1 Satz 2 BStP).
a) Der Beschwerdeführer weist zur Begründung seiner Beschwerdelegitimation darauf hin, dass er, wie der Beschuldigte, Mitglied des Verwaltungsrats und Aktionär der AG sei. Zudem sei er Gläubiger der Gesellschaft, da er ihr ein Aktionärsdarlehen gewährt habe. Infolge der Veräusserung des Flugzeugs durch den Beschuldigten habe die AG kein namhaftes Aktivum mehr. Daher sei seine Darlehensforderung faktisch uneinbringlich. Somit stehe fest, dass sich der Entscheid im Strafverfahren auf die Beurteilung seiner Zivilforderung auswirken könne (Beschwerde S. 4 f.).
Diese Ausführungen vermögen die Legitimation des Beschwerdeführers nicht zu begründen.
b) Geschädigter im Sinne des Strafprozessrechts und damit auch gemäss Art. 270 Abs. 1 BStP ist derjenige, welchem durch das eingeklagte strafbare Verhalten unmittelbar ein Schaden zugefügt wurde oder zu erwachsen drohte.
Das ist in der Regel der Träger des Rechtsgutes, welches durch die fragliche Strafbestimmung vor Verletzung oder Gefährdung geschützt werden soll (<ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 3c/cc S. 159; <ref-ruling> E. 2a mit zahlreichen Hinweisen). Durch die dem Beschuldigten zur Last gelegte ungetreue Geschäftsbesorgung (<ref-law>), angeblich begangen dadurch, dass er ein der AG gehörendes Flugzeug eigenmächtig und pflichtwidrig zu einem viel zu niedrigen Preis verkauft habe, ist allein allenfalls die AG unmittelbar geschädigt worden. Das Flugzeug stand im Eigentum der AG, und allein für deren Vermögen hatte der Beschuldigte in seiner Eigenschaft als Verwaltungsratspräsident zu sorgen. Unerheblich ist, dass infolge der behaupteten Aushöhlung der AG durch den Verkauf des Flugzeugs eine Forderung des Beschwerdeführers gegen die AG angeblich faktisch uneinbringlich geworden ist.
Für das Vermögen des Beschwerdeführers hatte der Beschuldigte nicht zu sorgen.
Der Beschwerdeführer ist daher mangels Geschädigteneigenschaft nicht zur eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde gegen die Einstellung der Untersuchung wegen der behaupteten ungetreuen Geschäftsbesorgung legitimiert.
Anders verhielte es sich allenfalls, wenn etwa die Straftat der Gläubigerschädigung durch Vermögensminderung (<ref-law>) zur Anzeige gebracht und ein diesbezügliches Strafverfahren eingestellt worden wäre. Dies ist indessen nicht der Fall. Ein Verfahren wegen dieser Straftat fiel schon mangels Konkurseröffnung ausser Betracht.
c) Der Beschwerdeführer macht zur Frage der Legitimation "am Rande" allerdings noch Folgendes geltend (Beschwerde S. 6): Er habe, nachdem er von der Veräusserung des Flugzeugs erfahren habe, versucht, als Vertreter der AG deren direkten Schaden geltend zu machen. Er sei jedoch nur kollektiv mit dem Beschuldigten für die AG zeichnungsberechtigt. Daher hätten die Aktionäre sich zusammengeschlossen und versucht, den Beschuldigten abwählen zu lassen. Dieser habe aber die Einberufung einer ausserordentlichen Generalversammlung zu diesem Zwecke von der Genehmigung des Kaufvertrags betreffend das Flugzeug abhängig gemacht. Daher hätten der Beschwerdeführer und die anderen Betroffenen die richterliche Einberufung einer ausserordentlichen Generalversammlung gestützt auf Art. 699 Abs. 3 und 4 OR beantragt. Dieses Gesuch sei aber vom Bezirksgericht Kreuzlingen aus unerklärlichen Gründen abgewiesen worden, sodass die Handlungsfähigkeit der Gesellschaftsorgane bis heute nicht habe wiederhergestellt werden können. Somit sei der Beschwerdeführer zurzeit der Einzige, der die Einstellung des Strafverfahrens anfechten könne.
Daraus ergibt sich indessen nicht, dass der Beschwerdeführer in seiner Eigenschaft als Gläubiger der AG zur eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde gegen die Einstellung des Verfahrens wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung legitimiert sei. Fragen könnte man sich allenfalls, ob in der geschilderten Situation der Beschwerdeführer in seiner Eigenschaft als kollektivzeichnungsberechtigtes Verwaltungsratsmitglied im Namen der AG den Entscheid der Vorinstanz mit eidgenössischer Nichtigkeitsbeschwerde anfechten könnte. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerde aber nicht im Namen der AG, sondern in eigener Person, als Gläubiger der AG, erhoben.
Wie es sich damit im Einzelnen verhält, kann jedoch dahingestellt bleiben. Insbesondere kann mithin auch offen bleiben, ob in einer Konstellation, in welcher ein Strafverfahren gegen den einzelzeichnungsberechtigten Verwaltungsratspräsidenten einer AG wegen eines angeblichen Vermögensdelikts zu deren Nachteil eingestellt wird, das andere, bloss kollektivzeichnungsberechtigte Verwaltungsratsmitglied allein für die angeblich geschädigte AG eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde gegen die Verfahrenseinstellung erheben kann.
Die Nichtigkeitsbeschwerde ist aus nachstehenden Gründen ohnehin abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
3.- a) Der Verkehrswert des Flugzeugs wurde im Gutachten des behördlich bestellten Sachverständigen auf Fr. 195'000.-- geschätzt. Die Vorinstanz erachtete dieses Gutachten als durchaus schlüssig. Selbst wenn im Weiteren zwei Parteigutachten im Sinne einer Gesamtbewertung mitberücksichtigt würden, ergäbe sich aus den drei Gutachten ein Durchschnittswert von rund Fr. 360'000.--. Der vom Beschuldigten bzw. von dessen GmbH effektiv bezahlte Preis von Fr. 375'000.-- stelle damit einen vertretbaren Mittelwert dar (angefochtener Entscheid S. 10). Damit sei das Tatbestandsmerkmal der Vermögensschädigung im Sinne von <ref-law> zum Nachteil der AG nicht erstellt, sei es doch des Weiteren der übereinstimmende Wille des gesamten Verwaltungsrats gewesen, das Flugzeug so bald als möglich zu verkaufen, weshalb der Hinweis des Beschwerdeführers auf entgangene Einkünfte bzw. Gewinne aus dem Betrieb des Flugzeugs nicht nachvollziehbar sei.
Zudem sei der Darstellung des Beschuldigten, wonach sich wegen der Gefahr der Beschlagnahmung des Flugzeugs aus gewissen Gründen ein Sicherungsverkauf aufgedrängt habe, vom Beschwerdeführer nicht widersprochen worden. Ebenso sei unbestritten geblieben, dass gemäss dem Kaufvertrag der AG ein Rückkaufsrecht und den Aktionären ein Anteil an einem allfälligen Mehrerlös im Falle der Weiterveräusserung des Flugzeugs durch die GmbH zustehe. Insgesamt sei daher eine ungetreue Geschäftsbesorgung des Beschuldigten nicht ausgewiesen, weshalb das Bezirksamt das Strafverfahren zu Recht eingestellt habe (angefochtener Entscheid S. 10/ 11).
b) Die Feststellung der Vorinstanz betreffend den Verkehrswert (Marktwert) des Flugzeugs ist tatsächlicher Natur und daher für den Kassationshof im Verfahren der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde verbindlich.
Dies wird denn auch in der Beschwerde (S. 14) anerkannt.
Demnach ist der im Kaufvertrag festgelegte Preis nicht zu niedrig.
4.-a) Der Beschwerdeführer macht geltend, die AG sei gleichwohl geschädigt worden. Zur Begründung führt er im Wesentlichen Folgendes aus (Nichtigkeitsbeschwerde S. 11 ff.): Gemäss dem Kaufvertrag vom 27. Januar 1999 sei der Kaufpreis von Fr. 375'000.-- nicht bar bezahlt, sondern durch Übernahme der pfandrechtlich gesicherten Schuld der AG gegenüber der UBS beglichen worden. Dabei handle es sich um eine Schuld aus Investitionskredit, welchen die UBS seinerzeit der AG gewährt habe. Zur Sicherstellung dieses Investitionskredits sei ein Pfandrecht am Flugzeug in das Luftfahrzeugbuch eingetragen worden. Nachdem die UBS vom Verkauf des Flugzeugs Kenntnis erhalten habe, habe sie die AG mit Schreiben vom 2. März 1999 ausdrücklich darauf aufmerksam gemacht, dass diese durch den Verkauf des Flugzeugs nicht aus der Schuldpflicht entlassen werde und weiterhin für das gesamte Kreditengagement mit sämtlichen übrigen Sicherheiten hafte. Infolge dieser auf Art. 35 des Bundesgesetzes über das Luftfahrzeugbuch (SR 748. 217.1) gestützten Erklärung der UBS, die AG als Schuldnerin beibehalten zu wollen, hafte die AG - trotz der rein internen Übernahme der pfandrechtlich gesicherten Schuld durch die GmbH - nach wie vor für die Schuld. Dass die UBS die AG als Schuldnerin beibehalten wollte, sei nicht erstaunlich, da einerseits die GmbH ein Stammkapital von lediglich Fr. 20'000.-- aufweise und andererseits die Passiven des Beschuldigten, der die GmbH beherrsche, gemäss dessen Steuererklärung die Aktiven um ca. Fr. 1'000'000.-- überstiegen.
Weder der Beschuldigte noch die von ihm beherrschte GmbH hätten je Abschlagszahlungen an die UBS geleistet, und die (interne) Schuldübernahme sei somit leerer Buchstabe geblieben. Infolge der Veräusserung des Flugzeugs habe die AG zum einen ihr einziges namhaftes Aktivum verloren und sei es ihr zum anderen verunmöglicht, durch den Betrieb des Flugzeugs ein Einkommen zu erwirtschaften. Daher könne sie selbst kleinere Verbindlichkeiten nicht mehr erfüllen. Deswegen habe die UBS am 15. April 1999 sowohl den durch das Flugzeug pfandrechtlich gesicherten Investitionskredit als auch den Betriebskredit gekündigt. Die AG werde von weiteren Gläubigern bedrängt. Sie sei somit einerseits nicht mehr Eigentümerin des Flugzeugs, doch seien ihr andererseits alle Passiven unverändert geblieben. An dieser Sachlage ändere das im Kaufvertrag vorgesehene "Vorkaufsrecht" der AG nichts. Denn zum einen müsste die AG die Ausübung dieses Rechts finanzieren, und zum anderen habe die UBS bereits die Betreibung gegen die AG eingeleitet, sodass mit einer Zwangsverwertung des als Pfand dienenden Flugzeugs zu rechnen sei.
Der Beschwerdeführer sieht somit in seiner Nichtigkeitsbeschwerde die dem Beschuldigten zur Last gelegte pflichtwidrige Schädigung der AG im Wesentlichen darin, dass gemäss dem Kaufvertrag der - nach den verbindlichen tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nicht zu niedrige - Kaufpreis durch Schuldübernahme zu begleichen war, welcher die UBS in der Folge aber, was auch nicht erstaunlich sei, gestützt auf Art. 35 des Bundesgesetzes über das Luftfahrzeugbuch nicht zugestimmt habe, sodass die AG weiterhin Schuldnerin geblieben sei mit allen möglichen daraus sich ergebenden Folgen.
b) Dieser Vorwurf war allerdings in der Strafanzeige vom 8. März 1999 (UA p.1 ff.) noch nicht erhoben worden, doch warf der Beschwerdeführer in seiner Eingabe an das Bezirksamt vom 20. April 1999 (UA p. 284 ff.) unter Hinweis auf das ihm inzwischen bekannt gewordene Schreiben der UBS vom 2. März 1999 an die AG dem Beschuldigten vor, dieser habe durch seine Machenschaften die Aktiven der AG vermindert, während die Passiven unverändert geblieben seien, wodurch er der AG einen Schaden in der Höhe der Hypothekarverschuldung zugefügt habe (UA p. 286).
c) Der Standpunkt des Beschwerdeführers, dass der AG bereits deshalb ein Schaden entstanden sei, weil die UBS sie nicht aus der Schuldpflicht entlassen habe, wurde von der Untersuchungsbehörde nicht geteilt. Es bestehe ein Vertrag zwischen der AG und der GmbH betreffend die Übernahme der Schuld gegenüber der UBS, welcher durchgesetzt werden könne. Die UBS habe gemäss dem Bundesgesetz über das Luftfahrzeugbuch das Recht zu erklären, dass sie den bisherigen Schuldner nicht aus der Schuldpflicht entlassen, sondern beibehalten wolle. Darauf habe die GmbH keinen Einfluss gehabt (erstinstanzliche Einstellungsverfügung S. 6).
d) Der Auffassung der ersten Instanz, die AG könne die im Kaufvertrag vereinbarte Zahlung des Kaufpreises durch Schuldübernahme durch die GmbH gerichtlich durchsetzen, hielt der Beschwerdeführer in seiner kantonalen Beschwerde entgegen, dass ein allfälliges Urteil zugunsten der AG diese nicht von ihrer Verbindlichkeit befreien und die UBS nicht binden würde. Abgesehen davon fehlten der AG gerade auch wegen des Verhaltens des Beschuldigten die finanziellen Mittel zu einem solchen Prozess. Unzutreffend sei sodann die Ansicht der Untersuchungsbehörde, dass der Beschuldigte bzw. die GmbH keinen Einfluss auf die Entscheidung der UBS gehabt hätten. In Anbetracht der finanziellen Situation der GmbH und des sie beherrschenden Beschuldigten habe dieser nicht davon ausgehen können, dass die UBS einem Schuldnerwechsel zustimmen würde, zumal die GmbH keine Erfahrungen mit Flugzeugen habe (Beschwerde an die Vorinstanz S. 10 f.).
e) Die Vorinstanz hat sich im angefochtenen Entscheid mit diesen Fragen nicht ausdrücklich auseinander gesetzt. Sie hat nicht erkennbar geprüft, ob der Beschuldigte sich allenfalls dadurch der ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig gemacht haben könnte, dass er für die AG als Verkäuferin des Flugzeugs einen Kaufvertrag unterzeichnete, wonach die GmbH als Käuferin den vereinbarten - nicht zu niedrigen - Kaufpreis durch Übernahme der pfandgesicherten Schuld gegenüber der UBS beglich, wobei das Risiko bestand, dass die UBS entsprechend Art. 35 des Bundesgesetzes über das Luftfahrzeugbuch erklären könnte, dass sie die AG als Schuldnerin beibehalten wolle, welches Risiko sich denn auch verwirklicht hat. Die Vorinstanz hat auch nicht geprüft, ob dies unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> u.a. allenfalls deshalb unerheblich sei, weil entsprechend den Erwägungen in der erstinstanzlichen Einstellungsverfügung die AG die vertraglich vereinbarte Schuldübernahme durch die GmbH gerichtlich durchsetzen könnte und/oder weil der Beschuldigte bzw.
die GmbH keinen Einfluss auf die Entscheidung der UBS gehabt habe.
Insoweit liegt somit kein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid im Sinne von Art. 268 BStP vor. Der Beschwerdeführer hätte daher, und zwar mit staatsrechtlicher Beschwerde, rügen müssen, dass die Vorinstanz sich mit diesen Fragen, die er in der Beschwerde gegen die erstinstanzliche Einstellungsverfügung aufgeworfen hatte, zu Unrecht nicht befasst habe. Diese Rüge hat er nicht erhoben.
Es kann indessen nicht ausgeschlossen werden, dass die Vorinstanz die diesbezüglichen Erwägungen der ersten Instanz stillschweigend übernommen hat. Dafür könnte sprechen, dass die Frage, ob die AG allenfalls infolge Nichtentlassung aus der Schuldpflicht im Sinne von <ref-law> geschädigt worden sei, im kantonalen Verfahren eher ein Randproblem war. Hauptgegenstand des kantonalen Verfahrens war die Frage, welchen Wert das Flugzeug gehabt und ob der Beschuldigte es zu einem zu tiefen Preis verkauft habe.
Wie es sich damit verhält, kann jedoch dahingestellt bleiben. Die erste Instanz hat aus nachstehenden Gründen mit Recht erkannt, die AG sei auch nicht dadurch im Sinne von <ref-law> geschädigt worden, dass sie von der Bank nicht von der Schuldpflicht entlassen worden ist.
f) Übernimmt der Erwerber eines verpfändeten Luftfahrzeugs die Schuldpflicht, so gibt das Eidgenössische Luftamt dem Gläubiger davon Kenntnis. Der frühere Schuldner wird frei, wenn der Gläubiger diesem nicht binnen Jahresfrist schriftlich erklärt, ihn beibehalten zu wollen (Art. 35 des Bundesgesetzes über das Luftfahrzeugbuch; SR 748. 217.1). Diese Bestimmung entspricht im Wesentlichen der Regelung im Fall der Übernahme der Schuldpflicht für die Pfandforderung bei der Veräusserung eines mit einer Grundpfandverschreibung belasteten Grundstücks (Art. 832, 834 ZGB). Wer einem Schuldner verspricht, seine Schuld zu übernehmen, verpflichtet sich, ihn von der Schuld zu befreien, sei es durch Befriedigung des Gläubigers oder dadurch, dass er sich an seiner Statt mit Zustimmung des Gläubigers zu dessen Schuldner macht (<ref-law>; interne Schuldübernahme). Der Eintritt eines Schuldübernehmers in das Schuldverhältnis an Stelle und mit Befreiung des bisherigen Schuldners erfolgt durch Vertrag des Übernehmers mit dem Gläubiger (<ref-law>; externe Schuldübernahme). Der Schuldner kann den Übernehmer zur Erfüllung der sich aus dem Schuldübernahmevertrag ergebenden Pflicht anhalten, wenn er seinerseits seinen Verpflichtungen gegenüber dem Übernehmer nachgekommen ist, die dem Schuldübernahmevertrag zugrunde liegen (vgl. <ref-law>). Unter dieser Voraussetzung kann der Schuldner vom Übernehmer verlangen, dass dieser den Gläubiger befriedige. Hiefür ist die Zustimmung des Gläubigers nicht erforderlich, es handle sich denn um eine persönlich zu erfüllende Schuld.
Erforderlich ist aber, dass die Schuld fällig ist. Der zur Befriedigung des Gläubigers alternative Eintritt des Übernehmers in das Schuldverhältnis bedarf demgegenüber der Zustimmung des Gläubigers, sei es dadurch, dass dieser mit dem Übernehmer einen Vertrag im Sinne von <ref-law> abschliesst, oder dadurch, dass der Gläubiger nicht innert der im Spezialgesetz geregelten Frist eine Beibehaltungserklärung abgibt. Auf diese Zustimmung des Gläubigers zum Eintritt des Übernehmers in das Schuldverhältnis unter Befreiung des Schuldners haben allerdings weder der Schuldner noch der Übernehmer einen Anspruch.
Aus diesem Grunde unter anderem sieht <ref-law> vor, dass der alte Schuldner vom neuen Sicherheit verlangen kann, wenn die Befreiung unterbleibt. Der vom Gläubiger beibehaltene Schuldner hat somit aus dem internen Schuldübernahmevertrag gemäss <ref-law> verschiedene Ansprüche gegen den Schuldübernehmer, deren Art (Zahlung an den Gläubiger, Leistung von Sicherheit) u.a. davon abhängt, ob die Schuld bzw. eine Teilschuld (Raten, Zinsen) fällig ist oder nicht. Soweit ein vom Gläubiger beibehaltener Pfandschuldner im Besonderen Zahlungen an den Gläubiger leistet, tritt er zudem im Umfang seiner Zahlungen in die Gläubigerrechte ein. Was in diesem Sinne in BGE 60 II 178 ff., 190 in Ausfüllung einer Gesetzeslücke für den vom Grundpfandgläubiger gemäss <ref-law> beibehaltenen Pfandschuldner bei Veräusserung eines Grundstücks unter Überbindung der Schuldpflicht entschieden worden ist, muss entsprechend für den vom Gläubiger gemäss Art. 35 Abs. 2 des Bundesgesetzes über das Luftfahrzeugbuch als Pfandschuldner beibehaltenen Verkäufer eines Luftfahrzeugs gelten, zumal in der Botschaft zum Bundesgesetz über das Luftfahrzeugbuch insoweit auf die Regeln von Art. 832 und 834 ZGB verwiesen wird (s. BBl 1959 I 452 ff., 469). Dem vom Gläubiger beibehaltenen Schuldner im Allgemeinen und Pfandschuldner im Besonderen stehen somit verschiedene Ansprüche gegen den Schuldübernehmer zu (s. zum Ganzen Spirig, Zürcher Kommentar, N 190 f., 205 vor Art. 175 bis 183 OR, N 70 ff., 120 zu <ref-law>, N 31, 54 f. zu <ref-law>; A. Troller, Die Zwangsvollstreckung für das Schuldbefreiungsversprechen, SJZ 1942/43 S. 409 ff.).
Die von der Bank als Pfandschuldnerin beibehaltene AG ist angesichts der ihr zustehenden Ansprüche gegen die GmbH aus dem internen Schuldübernahmevertrag nicht grundsätzlich schlechter gestellt als ein Verkäufer, der nach Übereignung der Sache eine Kaufpreisforderung gegen den Käufer aus Kaufvertrag erwirbt. Die verschiedenen Ansprüche aus dem Befreiungsversprechen gemäss <ref-law> sind nicht weniger wert als der Anspruch auf Kaufpreiszahlung aus dem Kaufvertrag. Im einen wie im anderen Fall kann eine unter dem Gesichtspunkt der ungetreuen Geschäftsbesorgung strafrechtlich relevante Vermögensschädigung dann in Betracht fallen, wenn der Anspruch gegen den Schuldübernehmer bzw. gegen den Käufer wegen dessen finanziellen Verhältnissen erheblich gefährdet und daher im Wert vermindert ist. Dass und inwiefern dies vorliegend der Fall sei, hat der Beschwerdeführer im kantonalen Untersuchungsverfahren nicht dargetan. Eine Vermögensschädigung im Sinne von <ref-law> ist nicht schon deshalb gegeben, weil der Gläubiger den Schuldner und Verkäufer der Pfandsache nicht aus dem Schuldverhältnis entlässt.
5.- a) Der Beschwerdeführer macht geltend, für den Fall der Verneinung eines Vermögensschadens liege jedenfalls Versuch der ungetreuen Geschäftsbesorgung vor. Der Beschuldigte sei nämlich, wie sich aus seiner Aussage anlässlich der polizeilichen Einvernahme vom 11. März 1999 (UA p. 96 ff., 99) ergebe, auf Grund entsprechender Angebote von Interessenten selber von einem Marktwert des Flugzeugs von ca. Fr. 420'000.-- bis Fr. 500'000.-- ausgegangen.
Der Einwand ist unzulässig. Die Frage, von welchem Wert des Flugzeugs der Beschuldigte selbst ausging, ist eine Tatfrage, über die im Verfahren der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde nicht zu befinden ist.
b) Der Beschwerdeführer macht schliesslich geltend, der Beschuldigte habe nie die Absicht gehabt, die Schuld gegenüber der Bank tatsächlich zu übernehmen. Dies gehe aus einem Schreiben des Beschuldigten vom 30. Juni 1999 hervor, worin er den Beschwerdeführer aufgefordert habe, eine per 30. Juni 1999 fällige Raten- und Zinszahlung an die Bank zu leisten (Beschwerdebeilage 4).
In der Beschwerdeschrift vom 30. August 1999 an die Vorinstanz wurde das Schreiben des Beschuldigten vom 30. Juni 1999 nicht erwähnt. Der Hinweis darauf in der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde ist damit neu und deshalb unzulässig.
Ob der Beschuldigte bzw. die von ihm beherrschte GmbH tatsächlich nie die Absicht gehabt habe, die AG von ihrer Schuld gegenüber der Bank zu befreien, ist im Übrigen eine Tatfrage, die im Verfahren der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde nicht zu prüfen ist. Abgesehen davon hat sich die GmbH durch den Kaufvertrag vom 27. Januar 1999 zur Übernahme der Pfandschuld verpflichtet. Das zitierte Schreiben vom 30. Juni 1999 zwingt nicht zur Schlussfolgerung, der Beschuldigte habe schon im Zeitpunkt des Abschlusses des Kaufvertrags in Tat und Wahrheit nicht den Willen gehabt, die AG von ihrer Schuld gegenüber der Bank zu befreien. Das zitierte Schreiben kann auch mit dem Spannungsverhältnis erklärt werden, welches u.a. gerade auch durch den dem Beschuldigten zur Last gelegten Verkauf des Flugzeugs verschärft wurde.
6.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen. Dem Beschwerdegegner ist keine Entschädigung zuzusprechen, da ihm im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft und der Anklagekammer des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
--------- Lausanne, 14. August 2000
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: