Fatti:
A. A.a In data 2 marzo 2010, la Commissione tutoria regionale 3 (CTR 3) ha istituito una curatela volontaria in favore di A.A._ e della moglie B.A._; curatore è stato nominato l'avv. C._. Il 1° luglio successivo, la CTR 3 ha revocato tale misura e ha privato i coniugi A._ provvisoriamente dell'esercizio dei diritti civili ai sensi dell'<ref-law>; il curatore è stato designato rappresentante.
A.b Nel frattempo, la stessa CTR 3 ha invitato l'Autorità di vigilanza sulle tutele del Cantone Ticino a pronunciare l'interdizione dei coniugi A._ in applicazione dell'<ref-law>. Sulla base di un rapporto 15 luglio 2010 da lei medesima commissionato e dopo aver sentito A.A._ il 2 settembre 2010, l'Autorità di vigilanza sulle tutele ha pronunciato la sua interdizione in base all'<ref-law> in data 20 settembre 2010.
B. Adito da A.A._ con appello 6 ottobre 2010, il Tribunale di appello del Cantone Ticino ha confermato la misura con la qui impugnata sentenza del 28 luglio 2011. I Giudici cantonali hanno altresì respinto l'istanza di assistenza giudiziaria formulata dall'appellante per assenza di ogni possibilità di buon esito del gravame.
C. Contro la sentenza di appello, A.A._ (ricorrente) è insorto avanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile 14 settembre 2011 chiedendo l'annullamento delle decisioni cantonali, la reiezione della domanda di intervento della CTR 3 tendente ad ottenere la sua interdizione, la liberazione dalle spese di prima e seconda istanza ed il riconoscimento di ripetibili per le procedure avanti alle autorità cantonali. Postula infine la concessione del gratuito patrocinio per la sede federale.
Con decisione 28 settembre 2011 della Presidente della Corte giudicante è stato conferito l'effetto sospensivo al gravame.
Non sono state chieste determinazioni nel merito.

Diritto:
1. 1.1 Impugnata è una decisione finale (<ref-law>) suscettibile di ricorso in materia civile (art. 72 cpv. 2 lett. b n. 6 LTF) e pronunciata da un'autorità giudiziaria cantonale di ultima istanza che ha deciso su ricorso (art. 75 cpv. 1 e 2 LTF). Il ricorrente ha partecipato alla procedura avanti all'istanza precedente, è particolarmente toccato dalla decisione impugnata e ha un ovvio interesse degno di protezione all'annullamento della medesima (<ref-law>). Inoltrato tempestivamente (art. 46 cpv. 1 lett. b e art. 100 cpv. 1 LTF) e nelle forme previste dalla legge (<ref-law>), il gravame è di principio ammissibile.
1.2 Il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (<ref-law>). Ciò nondimeno, giusta l'<ref-law>, nei motivi del ricorso occorre spiegare in modo conciso perché l'atto impugnato viola il diritto. Ciò significa che il ricorrente deve almeno confrontarsi brevemente con i considerandi della sentenza impugnata pena l'inammissibilità del gravame (<ref-ruling> consid. 2.1). Considerazioni di carattere generico, senza un nesso dimostrato o evidente con determinati considerandi della sentenza impugnata, non sono sufficienti (<ref-ruling> consid. 3.3; Laurent Merz, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2a ed. 2011, n. 52 ad <ref-law>).
In linea di massima il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsene o completarlo soltanto se è stato effettuato in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>). Se rimprovera all'autorità cantonale un accertamento dei fatti manifestamente inesatto - ossia arbitrario ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2.2) - il ricorrente deve motivare la censura conformemente alle esigenze poste dall'<ref-law>. Ne discende che il ricorrente deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, in che modo sarebbero stati violati diritti costituzionali (<ref-ruling> consid. 1.2 con rinvii; <ref-ruling> consid. 2.2).
2. 2.1 Fondandosi su un referto 15 luglio 2010 della Clinica psichiatrica cantonale, l'Autorità di vigilanza sulle tutele, autorità di prima istanza, ha ritenuto il ricorrente affetto da "sindrome di dipendenza da alcol". Incapace di rendersi conto della malattia e privo di autocritica, egli rifugge qualsiasi intervento terapeutico e cade in comportamenti parasuicidali. La prima istanza ha inoltre constatato un aumento dei ricoveri a intervalli sempre più ravvicinati, concludendo che il ricorrente non è in grado di attendere ai propri interessi personali e gestionali e diventa addirittura altamente pericoloso per sé e per gli altri in stato di impregnazione etilica.
2.2 Il Tribunale di appello si è associato a questa conclusione. Esso ha menzionato, ricordando come fossero incontestati, gli annosi problemi da dipendenza alcolica del ricorrente, che ha dovuto subire per tale motivo una decina di ricoveri coatti fra il giugno 2008 ed il luglio 2010. Ha poi ribadito i gravi rischi che tale condotta comporta per la sua salute, pure incontestati, nonché la pericolosità del ricorrente per sé e per gli altri in stato di impregnazione etilica, anche quest'ultima incontestata. Ha ricordato infine la prognosi negativa formulata dall'estensore della perizia 15 luglio 2010 in ragione dell'irregolare assunzione dei farmaci prescritti e dell'assenza dai controlli medici, concludendo che al ricorrente occorrono cura, assistenza e protezione durevoli. Altre misure quali l'inabilitazione (<ref-law>), la tutela volontaria (<ref-law>) oppure ancora la curatela (di rappresentanza, <ref-law>; di amministrazione, <ref-law>; volontaria, <ref-law>) sarebbero sproporzionate per difetto, ovvero poiché troppo lievi o di durata temporanea. Il Tribunale di appello ha infine considerato, diversamente da quanto pretende il ricorrente, illusoria la possibilità di assistenza da parte di familiari o terze persone, ed insufficiente - in quanto mera dichiarazione d'intenti - la protestata disponibilità del ricorrente a sottoporsi a controlli settimanali dell'alcolemia ed a una psicoterapia.
3. 3.1 Giusta l'<ref-law> deve essere provvista di un tutore ogni persona maggiorenne che per causa di infermità o debolezza di mente non può provvedere ai propri interessi, richiede durevole protezione o assistenza o mette in pericolo l'altrui sicurezza. Un qualsiasi stato mentale anormale od alterato non basta per giustificare un'interdizione; è necessario che questo stato implichi un bisogno di protezione particolare (DESCHENAUX/STEINAUER, Personnes physiques et tutelle, 4a ed. 2001, n. 123-126, pag. 39 seg.; SCHNYDER/MURER, Berner Kommentar, 3a ed. 1984, n. 94 ad <ref-law> e riferimenti ivi citati). Molto simile è il motivo di messa sotto tutela fondato sull'abuso di bevande spiritose (<ref-law>): esso è dato quando una persona si dimostra incapace di rinunciare ad un consumo eccessivo di bevande alcoliche in ragione di una mancanza di volontà o di presa di coscienza della propria dipendenza (ERNST LANGENEGGER, in Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch, vol. I, 4a ed. 2010, n. 5 ad <ref-law>; DESCHENAUX/ STEINAUER, op. cit., n. 129 e nota a piè di pagina 31 pag. 41). Si applicherà l'<ref-law> quando la dipendenza rispettivamente la mancanza di volontà o intellettiva non appaiono ancora raggiungere il livello della demenza o della malattia mentale (ERNST LANGENEGGER, op. cit., n. 8 ad <ref-law>).
Le condizioni per la pronuncia della misura dell'interdizione sono comuni agli art. 369 e 370 CC (ERNST LANGENEGGER, op. cit., n. 9, n. 12 e n. 13 ad <ref-law>). L'incapacità di provvedere ai propri interessi si riferisce in primo luogo agli interessi di natura economica, di importanza esistenziale. I concetti di protezione ed assistenza concernono principalmente le questioni personali dell'interdicendo (sentenza 5A_726/2008 del 19 dicembre 2008 consid. 3.3 e 3.4, in Pra 2009 n. 53 pag. 350; SCHNYDER/MURER, op. cit., n. 104 e n. 131 segg. ad <ref-law>). La determinazione dello stato patologico (rispettivamente della dipendenza dagli spiritosi) e delle sue ripercussioni sulla capacità di riflettere, intendere e agire di un individuo appartiene alla constatazione dei fatti (SCHNYDER/MURER, op. cit., n. 91 ad <ref-law>). Al contrario, sapere se lo stato mentale accertato clinicamente cada sotto la nozione di infermità o debolezza mentale ai sensi dell'<ref-law> (rispettivamente se la dipendenza da spiritosi soddisfi le esigenze dell'<ref-law>), oppure se i suoi effetti comportino un bisogno di protezione o assistenza particolare, costituisce una questione di diritto che il Tribunale federale rivede liberamente (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2; sentenza 5A_550/2008 del 6 ottobre 2008 consid. 3.1; SCHNYDER/MURER, op. cit., n. 93 ad <ref-law>).
3.2 La misura tutelare deve rispettare il principio della proporzionalità: essa deve aver l'efficacia che il caso richiede, ma nel contempo salvaguardare per quanto possibile la sfera di libertà dell'interessato (DESCHENAUX/STEINAUER, op. cit., n. 862 pag. 340; Schnyder/Murer, op. cit., n. 162 ad <ref-law>; ERNST LANGENEGGER, op. cit., n. 18 e n. 29 segg. ad <ref-law>). Il fine di una misura tutelare è di proteggere la persona debole da se stessa e dallo sfruttamento da parte di terzi. Una misura è pertanto sproporzionata se è troppo incisiva, ma anche se è troppo debole per raggiungere questo scopo (sentenze 5A_55/2010 del 9 marzo 2010 consid. 5.1, in SJ 2011 I pag. 130; 5A_550/2008 del 6 ottobre 2008 consid. 4.1, in FamPra.ch 2009 pag. 286; KURT AFFOLTER, in Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch, vol. I, 4a ed. 2010, n. 60 ad <ref-law>; MARTIN STETTLER, Représentation et protection de l'adulte, 4a ed. 1997, n. 80 e n. 81).
3.3 Tanto la nozione di bisogno particolare di protezione quanto quella di proporzionalità dipendono in gran parte dall'apprezzamento dell'autorità cantonale (SCHNYDER/MURER, op. cit., n. 264 della Parte sistematica prima degli art. 360-397 CC, n. 103 e n. 159 segg. ad <ref-law>, nonché n. 225 ad <ref-law> e la giurisprudenza ivi citata). Riesaminandole, il Tribunale federale si impone pertanto un certo riserbo; esso non interverrà se non nel caso in cui i giudici cantonali abbiano omesso di considerare degli elementi determinanti per il giudizio oppure - al contrario - qualora abbiano erroneamente tenuto conto di circostanze senza pertinenza (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 4.1; sentenze 5C.23/2001 del 19 giugno 2001 consid. 4a e 4b in specie sull'esigenza di protezione e di proporzionalità; 5C.119/2001 del 16 luglio 2001 consid. 3a, in RDAT 2002 I n. 50 pag. 333): sapere se sussista incapacità di provvedere ai propri interessi oppure bisogno di protezione ed assistenza dipende dalle condizioni di vita personali della persona in questione, che l'autorità cantonale è meglio in grado di valutare che non il Tribunale federale (sentenza 5A_726/2008 del 19 dicembre 2008 consid. 3.2, in Pra 2009 n. 53 pag. 350; MARTIN STETTLER, ibid.).
4. 4.1 Avanti al Tribunale federale, come già avanti al Tribunale di appello, il ricorrente non contesta di avere da anni ormai problemi di dipendenza alcolica, e nemmeno che ciò esponga lui medesimo e terze persone a gravi rischi. Esprime dubbi, per contro, circa il rispetto che la misura adottata abbia dei principi di proporzionalità, sussidiarietà e complementarità.
4.2 In proposito, il Tribunale di appello ha in primo luogo sottolineato la necessità, per il ricorrente, di un'assistenza e di una protezione durevoli, ciò che esclude a priori la misura dell'inabilitazione (<ref-law>), primariamente intesa a garantire una corretta amministrazione del patrimonio. Ha in seguito escluso una tutela volontaria, constatando che il ricorrente rifiuta ogni forma di tutela. Da ultimo, i Giudici cantonali hanno escluso la misura della curatela (nelle sue varianti di curatela di rappresentanza, <ref-law>; di amministrazione, <ref-law>; volontaria, <ref-law>) in ragione del fatto che tale misura garantisce unicamente un'assistenza limitata e, di regola, temporanea. Solo il tutore, a loro giudizio, ha il compito precipuo di assistere e proteggere l'interdetto in tutti i suoi interessi personali, e solo il tutore dispone dei mezzi adeguati a tal fine, fino alla misura (estrema) di chiedere un internamento in un istituto di cura o almeno un trattamento ambulatoriale. La rete sociale alla quale il ricorrente ritiene di poter far capo è, secondo i Giudici cantonali, illusoria: i due conoscenti che abitano rispettivamente lavorano nell'immobile di proprietà del ricorrente hanno assunto un comportamento perlomeno contraddittorio, incoraggiandolo sì a sottoporsi a controlli settimanali, ma nel contempo aiutandolo a procurarsi bevande alcoliche, mentre la figlia si è espressa in favore della misura della tutela. Né il Tribunale di appello ha creduto alle dichiarazioni di disponibilità del ricorrente a sottoporsi a controlli settimanali dell'alcolemia e ad una psicoterapia: nel verbale del 30 novembre 2010 della CTR 3 si constatava che nel sangue del ricorrente si riscontrava ormai regolarmente un tasso alcolemico del 4,5 o/oo, sicché non si può parlare di un'evoluzione favorevole.
4.3 Alla luce dei principi esposti (supra consid. 3) non appare che la sentenza impugnata violi il diritto federale. È assodato infatti che l'inabilitazione ex <ref-law> è primariamente prevista per la gestione degli interessi patrimoniali della persona interessata (da ultimo <ref-ruling> consid. 3.2.1; ERNST LANGENEGGER, op. cit., n. 5 ad <ref-law>; SCHNYDER/MURER, op. cit., n. 37 ad art. 395), mentre la curatela ai sensi degli art. 392 segg. CC costituisce una misura da prendersi essenzialmente in caso d'urgenza e con riferimento a singole circostanze (da ultimo <ref-ruling> consid. 4.1; ERNST LANGENEGGER, op. cit., n. 12 ad <ref-law>). Nessuna delle due evocate alternative garantisce pertanto una protezione ed un'assistenza estese nel campo e nel tempo. Data l'entità degli interessi economici in gioco (proprietà immobiliare della moglie del ricorrente e relativi introiti, v. scritto 5 maggio 2010 dell'avv. C._ alla CTR 3, qui menzionati in applicazione dell'<ref-law>), la accertata necessità del ricorrente di durevole assistenza e protezione e l'incontestata violenza di lui, tale da mettere in pericolo la sicurezza altrui, la misura della tutela si giustifica quale risultato della combinazione delle tre cause legali (ERNST LANGENEGGER, op. cit., n. 28 e n. 31 ad <ref-law>).
4.4 Né la critica ricorsuale conduce a divergente conclusione. Il ricorrente, tramite il suo nuovo patrocinatore, intende proporre una lettura alternativa della propria situazione, su base sociologica, al fine di "scardinare l'istituzione" (quale, non è chiaro). Stigmatizzato il ruolo avuto dal precedente legale, passato dal ruolo di curatore e alleato del ricorrente a quello di alleato della figlia di quest'ultimo, posta in evidenza l'accoglienza ostile riservata al nuovo patrocinatore da parte della propria figlia e del precedente legale, il ricorrente ritiene che l'intervento del nuovo legale abbia propiziato l'interruzione della lunga serie di ricoveri in ospedale. Da ciò egli deriva l'opportunità di considerare misure meno incisive rispetto all'interdizione.
Esprimendosi in tal modo, tuttavia, il ricorrente propone considerazioni generiche ed astratte, prive del benché minimo nesso con la puntuale argomentazione del Tribunale di appello, e del tutto improprie a dimostrare l'asserita assenza di proporzionalità della misura adottata dai Giudici cantonali (sulle esigenze di motivazione v. supra consid. 1.2). Peraltro, il ricorrente nemmeno precisa in cosa debba consistere la "soluzione proposta" evocata nel ricorso, se non in "un riequilibrio del potere in modo da lasciare al ricorrente la massima autonomia possibile" che la Corte giudicante non riesce a sussumere in una delle misure di protezione previste e regolate dal CC. La critica ricorsuale secondo la quale non sarebbe stata provata l'inesistenza di misure meno incisive rispetto all'interdizione appare pertanto priva di motivazione comprensibile.
Pure la critica di accertamento arbitrario dei fatti per non avere il Tribunale di appello rilevato la menzionata interruzione della lunga serie di ricoveri subiti dal ricorrente appare del tutto evanescente: un tale accertamento non risulta dalla sentenza impugnata, né il ricorrente indica in quale circostanza egli abbia segnalato e fatto confluire negli atti processuali, conformemente alle applicabili norme di rito, tale circostanza fattuale.
5. L'esito della discussione delle censure sollevate dal ricorrente evidenziano che l'appello era - sin dall'inizio - privo di serie probabilità di successo, contrariamente a quanto sostiene il ricorrente. Per questo motivo deve essere confermata la decisione del Tribunale di appello di reiezione della domanda di assistenza giudiziaria.
6. Ne discende che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Pure l'istanza di ammissione all'assistenza giudiziaria per la sede federale deve essere respinta atteso che il ricorso appariva sin dall'inizio privo di concrete probabilità di esito favorevole (<ref-law>). La tassa di giustizia, fissata in fr. 500.--, deve essere posta a carico del ricorrente soccombente (<ref-law>). Non sono dovute ripetibili.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. La domanda di assistenza giudiziaria del ricorrente è respinta.
3. Le spese giudiziarie di fr. 500.-- sono poste a carico del ricorrente.
4. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino, Divisione degli interni, Sezione degli enti locali, Autorità di vigilanza sulle tutele, e alla I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.