Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Im angefochtenen Entscheid wurde auf ein Rechtsmittel nicht eingetreten, weil der Beschwerdeführer die Frist verpasst hatte. Für den Fristbeginn und die Zustellung stützt sich die Vorinstanz auf Art. 384 lit. a StPO und Art. 85 Abs. 4 lit. b StPO. Die Rechtsmittelfrist beginnt danach mit der Zustellung/Aushändigung des schriftlichen Dispositivs. Der angefochtene Entscheid gilt an dem Tag als zugestellt, an welchem bei einer persönlichen Aushändigung die Annahme vom Empfänger verweigert wird (vgl. angefochtenen Entscheid, S. 2 E. 2). Der Beschwerdeführer macht vor Bundesgericht geltend, die Annahme des schriftlichen Dispositivs anlässlich der erstinstanzlichen Hauptverhandlung sei ihm aus psychologischen Gründen nicht möglich gewesen. Abgesehen davon, dass sich daraus nicht ergibt, inwiefern seine Nichtannahme des schriftlichen Dispositivs gerechtfertigt sein könnte, lässt sich mit dem Vorbringen nicht dartun, dass die Auffassung der Vorinstanz über den Beginn des Fristenlaufs und die Zustellung gegen das Recht im Sinne von <ref-law> verstossen könnte. Auf die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen (<ref-law>). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist durch eine herabgesetzte Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Februar 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Schneider
Die Gerichtsschreiberin: Arquint