Sachverhalt:
A. Am 10. November 2006 schloss die Erbengemeinschaft X._ mit Y._ und Z._, (nachfolgend: Beschwerdegegnerinnen) einen Kaufvertrag über das Grundstück Grundbuch A._, Nr. 1, im B._ von 144.47 Aren, ab. Der Kaufpreis wurde auf Fr. 115'000.-- festgelegt.
B. Am 23. November 2006 wurde beim Departement Finanzen und Ressourcen des Kantons Aargau, Abteilung Landwirtschaft, ein Gesuch um Genehmigung des Kaufvertrags eingereicht. Mit Verfügung vom 5. März 2007 erteilte das Departement folgende Bewilligung:
"Der Erwerb des Grundstückes GB A._ Nr. 1, im B._ von 144,47 Aren durch die Y._ und die Z._ wird gemäss Art. 61 i.V.m. Art. 63 und Art. 64 Abs. 1 BGBB bewilligt, mit der Auflage gemäss <ref-law>, dass dieses Grundstück bis spätestens zwei Jahre nach Rechtskraft dieses Entscheides gegen Flächen im Gebiet C._ abgetauscht wird. Andernfalls muss das Grundstück nach den dannzumal geltenden Bestimmungen des BGBB an einen Selbstbewirtschafter verkauft werden."
C. Gegen diese Verfügung erhob S._ jun. (nachfolgend: Beschwerdeführer) am 23. April 2007 bei der Landwirtschaftlichen Rekurskommission des Kantons Aargau Beschwerde. In seiner Replik vom 27. August 2007 machte er u.a. geltend, Pächter des Grundstücks sei kraft Universalsukzession die Erbengemeinschaft S._ sen.; er habe dieser gegenüber Pächterstellung inne und sei somit im Verhältnis zur Beschwerdegegnerin 1 Unterpächter.
Am 24. September 2007 verfügte der Präsident der Landwirtschaftlichen Rekurskommission, dass das Gericht vorab über die Frage entscheiden werde, ob auf die Beschwerde eingetreten werden dürfe oder nicht, und dass nur im erstgenannten Fall eine Verhandlung durchgeführt werde.
Mit Beschluss vom 15. November 2007 trat die Landwirtschaftliche Rekurskommission auf die Beschwerde nicht ein.
D. Mit Beschwerde vom 14. Januar 2008 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht die Aufhebung des Beschlusses der Landwirtschaftlichen Rekurskommission und die Zurückweisung der Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz mit der Anweisung, auf die Beschwerde einzutreten und den Fall materiell zu behandeln.
Die Vorinstanz sowie die Beschwerdegegnerinnen schliessen in ihren Vernehmlassungen vom 11. und 15. Februar 2008 auf Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer hält in seinem Schreiben vom 21. Februar und in der Replik vom 1. April 2008 an seinen Begehren fest.

Erwägungen:
1. Wer ein landwirtschaftliches Gewerbe oder Grundstück erwerben will, braucht dazu eine Bewilligung (Art. 61 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über das bäuerliche Bodenrecht [BGBB; SR 211.412.11]). Das Gesuch um Erteilung der Bewilligung ist bei der kantonalen Bewilligungsbehörde einzureichen (<ref-law>). Gegen die Verweigerung der Bewilligung können die Vertragsparteien, gegen die Erteilung der Bewilligung die kantonale Aufsichtsbehörde, der Pächter sowie Kaufs-, Vorkaufs- oder Zuweisungsberechtigte bei der kantonalen Beschwerdeinstanz Beschwerde führen (<ref-law>).
2. Angefochten ist ein Beschluss betreffend die Bewilligung eines Grundstückkaufvertrags nach <ref-law>, somit ein Entscheid, welcher das bäuerliche Bodenrecht betrifft und demgemäss von der Zweiten zivilrechtlichen Abteilung behandelt wird (Art. 32 Abs. 1 lit. b des Reglements vom 20. November 2006 für das Bundesgericht [SR 173.110.131]).
Es handelt sich um einen öffentlich-rechtlichen Entscheid, welcher in unmittelbarem Zusammenhang mit Zivilrecht steht (<ref-law>; vgl. den 3. Titel des BGBB, wonach die Bestimmungen über den Erwerb von landwirtschaftlichen Gewerben und Grundstücken zu den öffentlichrechtlichen Beschränkungen des Verkehrs mit landwirtschaftlichen Gewerben und Grundstücken zählen). Die gemäss unzutreffender Rechtsmittelbelehrung eingereichte Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird daher als Beschwerde in Zivilsachen entgegengenommen. Der angefochtene Beschluss ist ausserdem ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid und stellt einen Endentscheid dar (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Da es sich um eine verwaltungsrechtliche Angelegenheit handelt, liegt eine Angelegenheit ohne Streitwert vor.
Somit ist auf die Beschwerde in Zivilsachen einzutreten.
3. Die Vorinstanz erwog, dass der Beschwerdeführer als blosser Unterpächter - analog zum blossen Bewirtschafter - zur Beschwerde gegen die Bewilligung des Kaufvertrags nicht legitimiert sei. Auch wenn er von der Veräusserung des von ihm gepachteten Grundstücks betroffen sein könne, vermöge er aus dem behaupteten Unterpachtverhältnis nur gegenüber dem Pächter, nicht aber gegenüber dem Grundeigentümer Rechte abzuleiten.
4. Der Beschwerdeführer macht geltend, er befinde sich als Unterpächter gegenüber dem Oberpächter in einer einfachen Pächterstellung, welche mit den gleichen Rechten und Pflichten verbunden sei, die jeder andere Pächter auch habe. Da er ebenfalls eine besondere wirtschaftliche Beziehung zum Pachtobjekt habe und insbesondere mit dessen Nutzung rechne, sei er von der Veräusserung des Grundstücks betroffen. Schliesslich sei er nicht wie der blosse Bewirtschafter zu behandeln, da er einen Pachtzins leiste.
5. Das Bewilligungsverfahren in Art. 61 ff. und <ref-law> wurde im Rahmen der parlamentarischen Beratungen eingeführt (vgl. dagegen den bundesrätlichen Entwurf, welcher in Art. 62 ff. E BGBB noch ein Einspracheverfahren vorsah [BBl 1988 III 1127 ff.; s. dazu Botschaft, BBl 1988 III 1035 ff.]). Die Sonderregelung betreffend den Kreis der Beschwerdeberechtigten in <ref-law> geht auf eine Differenz zwischen dem Vorschlag von Bundesrat sowie Nationalrat einerseits und demjenigen des Ständerates anderseits zurück. Während Bundesrat und Nationalrat die in den damals geltenden Art. 103 lit. a OG und <ref-law> enthaltene Ordnung übernehmen wollten (s. das Votum von BR Koller in den Beratungen im Ständerat, in: AB 1990 S 686, sowie die Voten in den Beratungen im Nationalrat, in: AB 1991 N 876 f.), ging dem Ständerat die allgemeine Umschreibung zu weit (s. das Votum von SR Schoch, in: AB 1991 S 154). Die geltende Regelung stellt insofern einen Kompromiss dar (s. das Votum von BR Koller in den Beratungen im Ständerat, in: AB 1991 S 731; zum Ganzen auch <ref-ruling> E. 3.1 S. 586; <ref-ruling> E. 1c S. 276; Stalder, Das bäuerliche Bodenrecht, Brugg 1995, N. 15 zu <ref-law>; Bandli, ebenda, N. 3 zu <ref-law>; Stalder, Die verfassungs- und verwaltungsrechtliche Behandlung unerwünschter Handänderungen im bäuerlichen Bodenrecht, Diss. Bern 1993, S. 224 f., je mit Hinweisen). Die Materialien zeigen auf, dass es dem Gesetzgeber namentlich darum ging, die Nachbarn, die Umwelt- und Naturschutzorganisationen sowie die landwirtschaftlichen Berufsorganisationen als Beschwerdelegitimierte auszuschliessen (vgl. die Voten in den Beratungen im Nationalrat, in: AB 1991 N 876 f., 1701; s. auch BGE <ref-ruling> E. 1c S. 276; Stalder, Das bäuerliche Bodenrecht, N. 15 zu <ref-law>, je mit Hinweisen).
6. Die Stellung des Unterpächters zeichnet sich insbesondere durch zwei Wesensmerkmale des Unterpachtvertrags aus: Zum einen entfaltet der Unterpachtvertrag einem Pachtvertrag entsprechende Wirkungen zwischen den Untervertragsparteien, somit dem Pächter als Unterverpächter einerseits und dem Unterpächter anderseits (Higi, Zürcher Kommentar, N. 15 zu <ref-law>). Zum andern setzt der Unterpachtvertrag den Bestand eines Hauptvertrags voraus und ist der Gegenstand der Leistung durch das begrenzt, was der Unterverpächter selbst vom Hauptverpächter beanspruchen kann (statt vieler Higi, a.a.O., N. 9 <ref-law>, mit Hinweisen; in diesem Sinne auch Studer, Basler Kommentar, N. 3 zu <ref-law>, wonach der Pächter nicht mehr Rechte weitergeben kann, als ihm selber aus dem Pachtvertrag zustehen).
Aufgrund dieser Besonderheiten hat der Unterpächter nicht das gleiche schutzwürdige Interesse an einer Überprüfung der Erteilung der Bewilligung zum Erwerb des unterverpachteten Grundstücks durch eine Drittperson wie der Pächter. Vor diesem Hintergrund beruft sich der Beschwerdeführer vergeblich auf seine Stellung als Unterpächter, da ihm diese nicht das Recht verleiht, gegen die Erteilung der Bewilligung zum Erwerb des Grundstücks Beschwerde zu führen. Somit kann offen bleiben, ob er tatsächlich Unterpächter ist oder ob - wie die Beschwerdegegnerinnen einwenden - gar kein Unterpachtverhältnis vorliegt.
7. Demgemäss ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Landwirtschaftlichen Rekurskommission des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juni 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Rapp