Sachverhalt:
A. X._ fuhr am 7. November 2010 um ca. 15.50 Uhr mit einem Personenwagen auf der Autobahn A6-Süd von Rubigen in Richtung Muri. Bei Regen und nasser Fahrbahn verlor er die Herrschaft über seinen Wagen und prallte gegen die Mittelleitplanke. Es kam zu Sachschaden.
B. Am 28. Februar 2011 entzog das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern (im Folgenden: Strassenverkehrsamt) X._ wegen schwerer Widerhandlung gegen die Verkehrsregeln in Anwendung von Art. 16c Abs. 1 lit. a und Abs. 2 lit. a SVG den Führerausweis für die Dauer von drei Monaten.
Am 13. April 2011 sistierte die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern (im Folgenden: Rekurskommission) die von X._ dagegen erhobene Beschwerde bis zum Abschluss des in der gleichen Sache laufenden Strafverfahrens.
Die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern sprach X._ am 9. August 2011 in Anwendung von <ref-law> der einfachen Verletzung von Verkehrsregeln schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 500.--. Der Strafbefehl erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
Am 23. November 2011 wies die Rekurskommission die von ihm gegen den Entscheid des Strassenverkehrsamtes erhobene Beschwerde ab. Sie kam zum Schluss, es liege eine schwere Widerhandlung gegen die Verkehrsregeln vor.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, den Entscheid der Rekurskommission aufzuheben; der Führerausweis sei ihm im Sinne von Art. 16b Abs. 1 lit. a und Abs. 2 lit. a SVG für einen Monat zu entziehen; der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
D. Am 5. Juni 2012 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.
E. Die Rekurskommission und das Bundesamt für Strassen schliessen je auf Abweisung der Beschwerde. Das Strassenverkehrsamt hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
X._ hat eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Dagegen steht die Beschwerde nach <ref-law> grundsätzlich offen. Ein Ausschlussgrund gemäss <ref-law> besteht nicht. Der angefochtene Entscheid ist kantonal letztinstanzlich. Die Beschwerde ist nach <ref-law> zulässig.
Der Beschwerdeführer hat am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen. Er ist durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung. Damit ist er gemäss <ref-law> zur Beschwerde berechtigt.
Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Umstritten ist, ob der Beschwerdeführer eine mittelschwere oder schwere Widerhandlung gegen die Verkehrsregeln begangen hat.
2.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst, die Vorinstanz habe den massgeblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Er bestreitet zum einen, mit einer Geschwindigkeit von rund 120 km/h gefahren zu sein; er sei mit höchstens 80 km/h unterwegs gewesen. Zum anderen sei der kurzzeitige Verlust der Lenkfähigkeit viel eher auf eine mit feuchtem Laub gefüllte Fahrbahnunebenheit zurückzuführen, wie sie die hinter ihm fahrende Ehefrau bemerkt habe, als auf ein Aquaplaning, wovon die Vorinstanz ausgehe.
2.1.1 Nach 105 Abs. 1 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ist (<ref-law>) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2.1.2 Die für den Führerausweisentzug zuständige Behörde darf grundsätzlich nicht von der Tatsachenfeststellung des rechtskräftigen Strafentscheids abweichen (<ref-ruling> E. 1c S. 106 mit Hinweisen). Die Verwaltungsbehörde ist unter bestimmten Umständen auch an den Strafentscheid gebunden, der im Strafbefehlsverfahren ergangen ist, selbst wenn er ausschliesslich auf einem Polizeibericht beruht. Dies gilt insbesondere dann, wenn der Betroffene weiss oder wissen muss, dass neben dem Straf- ein Verwaltungsverfahren läuft. Nach dem Grundsatz von Treu und Glauben muss der Betroffene allfällige Rügen im Strafverfahren vorbringen und dort die nötigen Rechtsmittel ergreifen (<ref-ruling> E. 3c/aa S. 104; <ref-ruling> E. 3a S. 217 f.).
2.1.3 Die Vorinstanz und die Strafbehörde gingen entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers vom gleichen Sachverhalt aus. Die Staatsanwaltschaft stellte - wie die Rekurskommission - ein Aquaplaning wegen nicht angepasster Geschwindigkeit fest. Zur Geschwindigkeit weist der Strafbefehl zwar keine konkrete Angabe aus. Die Akten lassen aber keinen Zweifel darüber, dass die Strafbehörde ihrem Urteil die polizeilich ermittelte Geschwindigkeit von 120 km/h zugrunde legte. Die Staatsanwaltschaft erhob keine weiteren Beweise, die allenfalls zu einem anderen Ergebnis geführt hätten.
Sowohl Straf- wie Verwaltungsbehörden stellten demnach auf den Polizeirapport ab. Darin hatte der Beschwerdeführer zu Protokoll gegeben, bei ungefähr 120 km/h auf der Überholspur die Kontrolle über seinen Wagen verloren zu haben und in einer Rechtskurve "wie auf Schienen" in die Mittelleitplanke gefahren zu sein. Diese Beschreibung des Unfallhergangs legt mit der Vorinstanz die Annahme nahe, dass der Beschwerdeführer durch Aquaplaning, d.h. durch das Aufschwimmen der Reifen auf einem Wasserkeil, seine Herrschaft über den Wagen verloren. Die beschriebenen Geschehnisse deuten hingegen nicht darauf hin, dass der Verlust über die Kontrolle des Wagens, wie der Beschwerdeführer vorbringt, von einer mit feuchtem Laub gefüllten Fahrbahnunebenheit herrührte. Diese Behauptung findet in den Akten - so auch im Fotomaterial, auf das sich der Beschwerdeführer beruft - keine Stütze.
Es hält daher vor dem Willkürverbot stand, wenn die Vorinstanz ihre Sachverhaltsfeststellung auf den Polizeibericht abstützte und die dagegen stehenden Vorbringen des Beschwerdeführers als unglaubwürdig erachtete. Die vorinstanzliche Feststellung, der Beschwerdeführer habe bei rund 120 km/h durch Aquaplaning die Kontrolle über seinen Wagen verloren, erscheint somit nicht offensichtlich unrichtig. Sie ist für das Bundesgericht verbindlich.
2.2 Der Beschwerdeführer bringt im Weiteren vor, er habe keine schwere Widerhandlung gegen die Verkehrsregeln begangen. Die Vorinstanz weiche zu Unrecht vom Strafurteil ab, welches auf eine einfache Verkehrsregelverletzung erkannt habe.
2.2.1 Nach der Rechtsprechung ist die Verwaltungsbehörde bei der rechtlichen Würdigung des Sachverhalts grundsätzlich nicht an das Urteil des Strafgerichts gebunden. Eine Ausnahme dazu rechtfertigt sich dann, wenn die Rechtsanwendung sehr stark von der Würdigung von Tatsachen abhängt, welche die Strafbehörde besser kennt als die Verwaltungsbehörde (<ref-ruling> E. 3.1 S. 451 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 3c S. 196).
Vorliegend entschied die Staatsanwaltschaft bloss aufgrund des Polizeiberichts. Auch sonst wie sind für die rechtliche Beurteilung des Falles keine Tatsachen ersichtlich, welche die Strafbehörde besser kannte als die Vorinstanz. Zu berücksichtigen ist zudem, dass die Rekurskommission die konkreten Umstände der Widerhandlung deutlich eingehender prüfte als die Staatsanwaltschaft im abgekürzten Strafbefehlsverfahren (vgl. ebenso Urteil 1C_424/2008 vom 31. März 2009 E. 4.1; 1C_7/2008 vom 24. Juli 2008 E. 6.2). Die Vorinstanz war bei ihrer rechtlichen Würdigung des Sachverhalts somit nicht an den Strafbefehl gebunden.
Zu prüfen bleibt, ob die Vorinstanz das Verhalten des Beschwerdeführers zu Recht als schwere Widerhandlung gegen die Verkehrsregeln im Sinne von <ref-law> erachtete.
2.2.2 Das Gesetz unterscheidet zwischen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung (Art. 16a-c SVG). Gemäss <ref-law> begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft. Nach <ref-law> begeht eine mittelschwere Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt. Gestützt auf <ref-law> begeht eine schwere Widerhandlung, wer durch grobe Verletzung von Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt.
2.2.3 Gemäss <ref-law> muss der Lenker sein Fahrzeug ständig so beherrschen, dass er seinen Vorsichtspflichten nachkommen kann. Das Mass der Sorgfalt, das vom Fahrer verlangt wird, richtet sich nach den gesamten Umständen, insbesondere der Verkehrsdichte, den örtlichen Verhältnissen, der Zeit, der Sicht und den voraussehbaren Gefahrenquellen (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 285 mit Hinweisen).
Nach <ref-law> ist die Geschwindigkeit stets den Umständen anzupassen, namentlich den Besonderheiten von Fahrzeug und Ladung, sowie den Strassen-, Verkehrs- und Sichtverhältnissen. Die signalisierte Höchstgeschwindigkeit darf nicht unter allen Umständen ausgefahren werden, sondern gilt nur bei günstigen Verhältnissen (<ref-ruling> E. 4a S. 132).
Welche Geschwindigkeit jeweils als angemessen gilt, ist eine Rechtsfrage, die das Bundesgericht frei überprüft. Allerdings hängt die Beantwortung der Frage weitgehend von der Würdigung der örtlichen Verhältnisse ab, die der kantonale Richter im Allgemeinen aus eigener Wahrnehmung kennt. Diesem muss ein gewisses Ermessen eingeräumt werden, weil die Angemessenheit einer Fahrweise sich naturgemäss nicht genau feststellen, sondern bloss abschätzen lässt. Das Bundesgericht weicht daher von der Ansicht der kantonalen Instanzen über die Zulässigkeit oder Unzulässigkeit einer Geschwindigkeit nur ab, wenn es sich aufdrängt (<ref-ruling> E. 2 S. 229 mit Hinweisen; Urteil 4A_76/2009 vom 6. April 2009 E. 3.3).
2.2.4 Die Vorinstanz erachtet das Verhalten des Beschwerdeführers als schwere Gefährdung des Verkehrs. Durch den Verlust der Herrschaft über sein Fahrzeug habe er eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer geschaffen.
Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz verlor der Beschwerdeführer auf der Autobahn bei Regen, nasser Strasse und einer Geschwindigkeit von 120 km/h die Kontrolle über seinen Wagen und prallte gegen die Mittelleitplanke.
Wie die Vorinstanz zu Recht ausführt, ist dem Beschwerdeführer zunächst anzulasten, trotz Regens und nasser Strasse die auf Autobahnen zulässige Höchstgeschwindigkeit von 120 km/h ausgefahren zu sein. Erschwerend kommt hinzu, dass er die Geschwindigkeit in der Kurve hoch hielt, wodurch er die Rutschgefahr wegen der auf den Wagen wirkenden Fliehkräfte zusätzlich erhöhte. Zudem wiesen die Hinterreifen eine Profilrillentiefe von lediglich knapp über 1,6 mm auf. Die Fahrzeugbereifung ist für die Verkehrssicherheit von erheblicher Bedeutung. Die Profileinschnitte dienen dazu, Wasser beim Abrollvorgang auf nasser Fahrbahn aufzunehmen, womit der Kontakt des Reifens mit der Fahrbahn gewährleistet bleibt (Urteil 6A.89/2006 vom 19. Juli 2007 E. 2.2 mit Hinweisen). Zwar verstösst an sich nicht gegen die Verkehrsregeln, wer mit der minimal zulässigen Rillentiefe von 1,6 mm fährt (Art. 58 Abs. 4 Satz 2 der Verordnung vom 19. Juni 1995 über die technischen Anforderungen an Strassenfahrzeuge [VTS; SR 741.41]). Jedoch hätte der Beschwerdeführer seine Fahrweise an die nur noch minimale Profiltiefe seiner Pneus anpassen müssen. In Würdigung dieser Gesichtspunkte ist ihm vorzuwerfen, seine Geschwindigkeit nicht den Umständen angepasst zu haben.
Durch sein regelwidriges Verhalten verlor er die Kontrolle über sein Fahrzeug. Ein vom Lenker nicht mehr beherrschter Wagen auf Autobahnen, wo ausschliesslich mit hohen Geschwindigkeiten gefahren wird, bedeutet immer eine ernstliche Gefahr für andere Verkehrsteilnehmer. Es besteht vor allem das Risiko von Auffahrunfällen mit erheblichen Folgen für die Beteiligten (<ref-ruling> E. 4c S. 316). Indem der Beschwerdeführer seine Geschwindigkeit nicht den Verhältnissen anpasste und dadurch ein Aquaplaning, d.h. ein Aufschwimmen der Reifen auf einem Wasserkeil mit Verlust der Steuer- und Bremsmöglichkeit verursachte, gefährdete er die Sicherheit des Verkehrs ernsthaft.
Um von einer schweren Gefährdung ausgehen zu können, genügt es, dass der Lenker eine erhöhte abstrakte Gefahr schafft (<ref-ruling> E. 5.1 S. 40; Urteil 6A.19/2006 vom 16. Mai 2006 E. 2). Zum Unfallzeitpunkt herrschte Verkehr. Die Möglichkeit einer konkreten Gefährdung anderer Verkehrsteilnehmer lag daher nahe.
Unter den gegebenen Umständen ist es nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz im Rahmen des ihr zustehenden Ermessens (vgl. E. 2.2.3 hiervor) von einer ernstlichen Gefährdung der Sicherheit anderer gemäss <ref-law> ausgeht.
2.2.5 Vor Bundesrecht hält ebenso stand, wenn die Vorinstanz das Verschulden des Beschwerdeführers als schwer wertet. Es muss als bekannt vorausgesetzt werden, dass eine Fahrt von rund 120 km/h bei den gegebenen Strassenverhältnissen das Risiko von Aquaplaning hervorruft (vgl. <ref-ruling> E. 4c S. 316; <ref-ruling> E. 2a S. 43). Wie der Beschwerdeführer gegenüber der Polizei zu Protokoll gab, war ihm zudem bewusst, dass er auf der Hinterachse mit lediglich minimaler Profiltiefe bereift war. Er verursachte den Unfall somit in voller Kenntnis um die Gefährlichkeit seiner Fahrweise. Sein Verschulden wiegt daher schwer.
Die Vorinstanz verletzt demnach kein Bundesrecht, wenn sie objektiv und subjektiv auf eine schwere Widerhandlung gegen die Verkehrsregeln im Sinne von <ref-law> schliesst.
3. Gemäss <ref-law> beträgt bei einer schweren Widerhandlung die Mindestentzugsdauer drei Monate. Diese darf nicht unterschritten werden (<ref-law>). Auch insoweit ist der angefochtene Entscheid bundesrechtskonform.
4. Die Beschwerde ist danach abzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern, der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern und dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Geisser