Faits:
A. Le 20 avril 1999, X._ a acquis aux enchères, pour le prix de 101'000 fr., l'immeuble no **** du registre foncier de la commune de Y._, d'une surface de *** m2. Cet immeuble abrite un bâtiment d'une surface de *** m2. Le reste est occupé par un jardin.
Le 20 octobre 2003, le Service de défense incendie et secours est intervenu pour installer des barrières Vauban sur le domaine public, afin d'éviter des accidents dus à des chutes de tuiles du toit de l'immeuble de X._. Après avoir vainement ordonné au prénommé d'entreprendre des travaux de sécurisation de la toiture de son bâtiment, la Municipalité de Y._ a décidé, le 9 mars 2004, de faire exécuter ces travaux par substitution, aux frais de l'intéressé. En vue de garantir la prise en charge des frais par ce dernier, elle a fait inscrire une hypothèque légale d'un montant de 211'080 fr. sur l'immeuble en question.
Le 9 juillet 2004, X._ a vendu l'immeuble pour le prix de 400'000 fr.
Le 31 mars 2005, X._ a déposé la déclaration pour l'imposition du gain immobilier découlant de ce transfert. Il a fait valoir en déduction des impenses pour un montant total de 108'336 fr. Dans la liste des impenses figuraient notamment une facture de A._ SA à B._ d'un montant de 422 fr. et des factures de C._ à Y._ pour un montant total de 29'900 fr.
B. Par décision de taxation du 30 mars 2007, l'Office d'impôt du district de Y._ a fixé l'assiette du gain immobilier à 293'800 fr. et le montant de l'impôt à 52'884 fr. Ce faisant, il a admis en déduction des impenses pour un montant total de 5'200 fr. Les factures précitées n'ont pas été prises en considération.
A l'encontre de cette décision, X._ a formé une réclamation. A sa demande, une entrevue a eu lieu le 9 mai 2007 à l'Office d'impôt du district de Y._.
Par courrier du 8 août 2007, X._ s'est prévalu de l'art. 265 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RS/VD 642.11), en demandant que l'estimation fiscale de son immeuble effectuée lors de la révision de 1997, à savoir 350'000 fr., soit considérée comme prix d'acquisition aux fins du calcul de l'impôt sur le gain immobilier, à la place du prix de 101'000 fr. auquel il lui avait été adjugé en 1999.
Par décision du 12 décembre 2007, l'Administration cantonale des impôts a rejeté la réclamation.
X._ a déféré ce prononcé au Tribunal cantonal vaudois.
Dans une écriture du 11 mars 2008, l'Administration cantonale des impôts s'est déterminée sur le recours. Invité à se prononcer sur le contenu de cette écriture, X._ n'a pas déposé d'observations dans le délai imparti.
Par courrier du 7 octobre 2008, le juge instructeur a invité le prénommé à fournir tous documents et renseignements utiles sur "la cause et la nature exacte" des travaux faisant l'objet notamment des factures de A._ SA du 27 février 2000 et de C._ du 30 septembre 2003.
X._ a répondu le 10 novembre 2008 que C._ avait effectué les travaux exigés par le Service cantonal des monuments historiques, à savoir la réfection des galeries et le remplacement de certaines poutres de la toiture, alors que l'entreprise A._ SA s'était occupée de la rénovation et du remplacement des chenaux.
Par arrêt du 21 janvier 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a repoussé le grief de violation du droit d'être entendu tiré du fait que l'Administration cantonale des impôts aurait refusé de déduire certaines impenses sans motivation suffisante. S'agissant des factures précitées, les juges ont considéré que le recourant n'avait pas apporté les preuves permettant de considérer les travaux effectués par C._ et A._ SA comme des impenses. Ils ont en outre estimé que X._ ne pouvait se prévaloir de l'art. 265 LI.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais, principale- ment, de fixer l'impôt sur la base de l'estimation fiscale issue de la révision de 1993, en admettant en déduction les factures de C._ de 29'900 fr. et de A._ SA de 422 fr. et, subsidiairement, de renvoyer le dossier à l'autorité précédente pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.
L'Administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre, concluent au rejet du recours. L'autorité précédente renonce à se déterminer, tout en se référant aux considérants et au dispositif de son arrêt du 21 janvier 2009.

Considérant en droit:
1. Le litige concerne l'impôt cantonal sur les gains immobiliers frappant une aliénation intervenue en 2004. La loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) est dès lors applicable.
1.1 Le recours est dirigé contre un jugement final (cf. <ref-law>) rendu dans une cause de droit public (cf. <ref-law>) par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (cf. art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF). Il est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai et la forme prévus par la loi (cf. art. 42 et 100 al. 1 LTF) et que l'on ne se trouve pas dans l'un des cas d'exceptions mentionnés par l'<ref-law> (s'agissant par ailleurs de la portée de l'<ref-law> en relation avec la loi sur le Tribunal fédéral, cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 189).
1.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Par ailleurs, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.3 En matière d'appréciation des preuves et de constatations de fait, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît aux autorités cantonales dans ce domaine. Il n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans motif sérieux, de tenir compte d'un moyen de preuve pertinent ou encore s'il a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (cf. <ref-ruling> consid. 7.1 p. 398).
1.4 D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Selon l'<ref-law>, en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.).
2. Le litige concerne le calcul du gain immobilier réalisé par le recourant. Les griefs soulevés portent, d'une part, sur le refus des autorités cantonales d'inclure dans les impenses déductibles du produit de l'aliénation différentes factures et, d'autre part, sur la fixation de la valeur d'acquisition de l'immeuble. Dans un premier temps, il convient d'examiner la question des impenses déductibles et les critiques y relatives.
3. 3.1 Selon l'<ref-law>, l'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie (notamment) d'un immeuble faisant partie de la fortune privée du contribuable, à condition que le produit de l'aliénation soit supérieur aux dépenses d'investissement (prix d'acquisition ou autre valeur s'y substituant, impenses).
La loi fédérale sur l'harmonisation ne définit pas la notion d'impenses. Les cantons sont donc en principe libres de déterminer les dépenses pouvant être prises en considération à ce titre (arrêt 2C_119/2009 du 29 mai 2009 consid. 2.1). Il est toutefois généralement admis que l'<ref-law> vise les impenses de plus-value, à savoir les dépenses qui ont servi à acquérir, à créer ou à augmenter la valeur substantielle de l'immeuble, de sorte que les cantons sont tenus d'admettre en déduction ces montants (arrêt 2C_44/2008 du 28 juillet 2008 consid. 2.1, in RDAF 2008 II 497; Bernhard Zwahlen, in Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2ème éd., 2002, no 58 ad <ref-law>). Les cantons ne peuvent en revanche prendre en considération à ce titre les dépenses qui servent à maintenir la valeur de l'immeuble, car celles-ci peuvent déjà être déduites comme frais d'entretien dans le cadre de l'imposition du revenu (Zwahlen, loc. cit.).
Selon la jurisprudence rendue en matière d'impôt sur le revenu, les frais d'entretien au sens technique engagés, dans les cinq ans à compter de son acquisition, pour la remise en état d'un immeuble dont l'entretien a été négligé, ne sont pas déductibles. Ces frais sont, en effet, considérés comme des impenses apportant une plus-value (pratique Dumont, inaugurée par l'<ref-ruling>, précisée par l'<ref-ruling>). Ils peuvent dès lors être qualifiés d'impenses aux fins du calcul de l'impôt sur les gains immobiliers.
3.2 Le droit cantonal vaudois se conforme à ces principes. Ainsi, conformément à l'<ref-law>, l'art. 61 al. 1 LI prévoit que l'impôt sur les gains immobiliers a pour objet les gains réalisés lors de l'aliénation de tout ou partie d'un immeuble, situé dans le canton, et qui fait partie de la fortune privée du contribuable (lettre a).
Intitulé "Base de calcul, principe", l'art. 66 LI dispose que le gain imposable est constitué par la différence entre le produit de l'aliénation et le prix d'acquisition augmenté des impenses (al. 1).
Sous le titre "Impenses", l'art. 70 LI prévoit que seules les dépenses établies par le contribuable qui sont inséparablement liées à l'acquisition ou à l'aliénation, ou qui contribuent à l'augmentation de la valeur de l'immeuble, peuvent être déduites (al. 1 1ère phr.). Tel est le cas notamment des dépenses donnant une plus-value à l'immeuble (al. 1 2ème phr. lettre c). En revanche, les dépenses qui donnent lieu à une déduction du revenu ne peuvent être déduites (al. 2).
3.3 Les dépenses d'investissement sont un facteur qui conduit à réduire la charge fiscale. Par conséquent, le contribuable supporte le fardeau de la preuve des faits y relatifs (arrêt 2C_288/2007 du 19 décembre 2007 consid. 5.2, in RtiD 2008 I p. 971).
4. 4.1 En invoquant l'art. 29 al. 2 Cst. et l'art. 27 de la Constitution du canton de Vaud du 14 avril 2003 (RS/VD 101.01), le recourant se plaint de violation de son droit d'être entendu: en se bornant à mentionner que "seule une partie des travaux ont été justifiés par la production de factures, que ces derniers sont manifestement des travaux d'entretien et que les autres travaux n'ont pas été légitimés par pièces", sans indiquer de quels travaux il s'agit, la décision sur réclamation serait insuffisamment motivée. Contrairement aux affirmations contenues dans la décision entreprise, l'entrevue du 9 mai 2007 n'aurait pas davantage permis au recourant de connaître précisément la position de l'autorité fiscale sur chacun des postes d'impenses litigieux.
4.2 Selon la jurisprudence relative à l'art. 29 al. 2 Cst., la motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 445; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 477).
4.3 Il n'est ni allégué ni démontré que l'art. 27 de la Constitution vaudoise aurait une portée plus large que l'art. 29 al. 2 Cst., de sorte que le grief soulevé doit être examiné exclusivement à la lumière de cette dernière disposition.
4.4 Il ressort de la décision sur réclamation que les coûts des travaux en cause n'ont pas été admis comme impenses, pour les uns, parce qu'ils n'étaient pas justifiés par pièces et, pour les autres - dûment justifiés par la production des factures -, parce qu'ils constituaient "manifestement" des travaux d'entretien. Quoi qu'en dise le recourant, cette motivation est suffisante, même si les travaux appartenant à chacune de ces deux catégories ne sont pas énumérés. Le recourant savait en effet pertinemment quelles pièces avaient été produites en relation avec quels travaux et ne pouvait donc ignorer de quelles dépenses il s'agissait, ce d'autant moins que le passage en question de la décision sur réclamation se réfère au procès-verbal de l'entretien du 9 mai 2007, lors duquel les différents postes ont été apparemment passés en revue de manière détaillée. C'est donc à bon droit que les juges cantonaux ont admis que le droit d'être entendu du recourant n'avait pas été violé.
4.5 Les autres critiques que le recourant développe en relation avec son droit d'être entendu et la maxime inquisitoire relèvent de l'établissement des faits ainsi que de l'application du droit et seront examinées ci-après.
5. 5.1 L'autorité précédente a considéré que les coûts des travaux effectués par les entreprises C._ et A._ SA étaient "susceptibles d'être admis" comme impenses au titre de frais de rattrapage d'entretien. Le recourant n'avait toutefois pas apporté la preuve que ces travaux étaient indispensables à la conservation de la valeur de l'immeuble et qu'ils résultaient d'un défaut d'entretien antérieur. S'agissant des premiers, il s'était en effet borné à dire qu'ils avaient été exigés par le Service cantonal des monuments historiques, sans fournir la moindre preuve de ses allégations. On ignorait donc quelles étaient les exigences de ce service et si les injonctions données étaient en relation avec un quelconque manque d'entretien. Quant aux travaux exécutés par A._ SA - à savoir le "débouchage du tuyau dans le sol" et le "remplacement du tuyau de descente" -, le recourant n'apportait pas non plus les preuves qui auraient permis de les considérer comme des frais de rattrapage d'entretien et, partant, comme des impenses déductibles. A aucun moment le recourant n'avait d'ailleurs pris la peine de décrire "l'état antérieur des parties du bâtiment sur lesquelles des travaux de plus-value ou des interventions destinées à maintenir sa valeur auraient été exécutées".
5.2 Le recourant reproche à l'autorité précédente d'avoir violé la maxime inquisitoire, apprécié les preuves de manière arbitraire et porté atteinte à l'<ref-law>. Selon lui, la vétusté du bâtiment - lequel daterait de plus de dix ans et aurait été inhabité depuis près de dix ans - serait incontestablement établie sur la base des différentes pièces qu'il a produites. Les travaux effectués par A._ SA, à savoir le "démontage de l'ancienne ferblanterie", apparaîtraient ainsi indubitablement comme la conséquence d'une négligence d'entretien. Il en irait de même des travaux exécutés par C._, qui auraient consisté notamment en ceci: "démolition des parties endommagées sur deux travées et demi", "démolition sur 6 m de large" de la toiture, "assainissement des poteaux à la base", "consolidation des sommiers au moyen de doublures contre les anciens sommiers, remplacement des poutraisons" et, s'agissant de la toiture: "remplacement de la partie supérieure de la sablière [...], remplacement des chevrons [...], doublure contre les anciens chevrons, lambrissage sapin [...], remplacement du larmier défectueux [...]". L'ensemble de ces travaux ne pourrait être qualifié d'entretien courant, étant donné qu'ils ont été effectués sur un bâtiment "dont l'état de décrépitude ne peut découler que d'un défaut d'entretien antérieur". Cela serait confirmé par l'intervention du Service cantonal des monuments historiques, lequel aurait exigé la réfection des galeries et le remplacement de certaines poutres de la toiture. Une telle intervention d'urgence n'aurait en effet pas été nécessaire si le bâtiment avait été correctement entretenu dix ans durant; elle ne pourrait s'expliquer que par des carences d'entretien qui auraient mis sa structure même en danger. En résumé, de l'avis du recourant, la nature des travaux en cause et le fait qu'ils ont été effectués pour la plus grande partie dans l'urgence suffiraient à démontrer la vétusté et le défaut d'entretien du bâtiment et, partant, à retenir la qualification d'impenses.
5.3 Si la maxime inquisitoire obligeait l'autorité précédente à instruire d'office en vue d'établir les faits pertinents de la cause, le recourant avait de son côté l'obligation de collaborer à l'établissement de ces faits (cf. <ref-law>). Or, invité à se prononcer sur le contenu de l'écriture de l'Administration cantonale des impôts du 11 mars 2008, le recourant ne s'est pas déterminé dans le délai imparti. Quant à sa réponse au courrier du 7 octobre 2008, par lequel le juge instructeur l'invitait à fournir tous renseignements utiles sur "la cause et la nature exacte" des travaux faisant l'objet notamment des factures de A._ SA et de C._, elle ne contenait que des informations très sommaires. Le recourant ne peut ainsi se plaindre d'une violation de la maxime inquisitoire, alors qu'il a lui-même manqué à son devoir de collaborer.
Ainsi, le recourant n'a pas fourni d'indications sur l'état du bâtiment lorsqu'il l'a acquis aux enchères. Il n'a guère davantage donné d'informations sur l'intervention du Service cantonal des monuments historiques, qui est semble-t-il à l'origine des travaux effectués par C._. Devant le Tribunal de céans, il allègue que le bâtiment daterait de plus de dix ans et aurait été inhabité depuis près de dix ans, mais il s'agit là de faits nouveaux qui ne peuvent être pris en considération (cf. consid. 1.2) et qui ne sont au demeurant pas prouvés. Dans ces conditions, on ne saurait dire que l'autorité précédente a effectué, sur la base des éléments recueillis, une déduction insoutenable - et apprécié de manière arbitraire les preuves -, en considérant qu'un défaut d'entretien du bâtiment n'était pas établi. Comme indiqué plus haut (consid. 2.4), il appartenait en effet au recourant d'apporter la preuve de l'état de vétusté et du défaut d'entretien du bâtiment, en tant que faits déterminants pour qualifier d'impenses de plus-value les frais des travaux en cause. En outre, le fait que la toiture a représenté un danger à un moment donné peut parfaitement avoir pour origine d'autres circonstances qu'un défaut d'entretien.
Les faits retenus sans arbitraire par les premiers juges permettant d'exclure la qualification d'impenses de plus-value, le grief de violation de l'<ref-law> est lui aussi mal fondé.
6. Le recourant s'en prend ensuite à la fixation - aux fins du calcul du gain immobilier - du prix d'acquisition de son immeuble.
6.1 Sous le titre "Prix d'acquisition", l'art. 67 LI définit le prix d'acquisition comme celui qu'avait payé l'aliénateur (al. 1). Cette disposition autorise toutefois le contribuable, lorsque l'acquisition remonte à plus de dix ans, à invoquer comme prix d'acquisition l'estimation fiscale en vigueur dix ans auparavant, en lieu et place du prix payé (al. 2).
Faisant partie des dispositions transitoires et finales de la loi sur les impôts directs cantonaux et intitulé "Gains immobiliers - prix de revient de l'immeuble", l'art. 265 LI a la teneur suivante:
"Lorsque l'acquisition d'un immeuble est intervenue plus de cinq ans avant l'aliénation, le contribuable peut invoquer, comme prix d'acquisition, l'estimation fiscale des révisions générales de 1993, 1995 et 1997. Dans ce cas, l'impôt est perçu aux taux de l'article 51, alinéa 3 de la loi du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux."
L'art. 51 al. 3 de l'ancienne loi vaudoise du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (Recueil 1956 p. 359 ss et les modifications ultérieures; en vigueur jusqu'au 31 décembre 2000; ci-après: aLI) prévoyait un taux ordinaire de 18% et un taux réduit de 12%, applicable notamment "en cas d'aliénation par le propriétaire de l'immeuble principalement affecté à son habitation".
En outre, l'art. 44 al. 2 aLI disposait ce qui suit:
"Lorsque l'acquisition est intervenue plus de cinq ans avant l'aliénation, le contribuable peut invoquer, comme prix d'acquisition, l'estimation fiscale de son immeuble cinq ans avant l'aliénation."
6.2 Selon l'exposé des motifs à l'appui du projet de loi sur les impôts directs cantonaux (BGC mai 2000 p. 723 ss, 804-807), le Conseil d'Etat n'a pas repris dans le projet la règle du droit en vigueur permettant d'invoquer comme prix d'acquisition l'estimation fiscale de l'immeuble cinq ans avant l'aliénation. Il n'était en effet pas envisageable de maintenir cette faculté, tout en adoptant un système de taux dégressifs tenant compte de la durée de possession, car les deux mesures auraient concouru à réduire la matière imposable et leur effet combiné n'aurait pas permis d'atteindre les objectifs financiers voulus. Le Conseil d'Etat a toutefois maintenu la faculté de faire valoir l'estimation fiscale comme substitut du prix d'acquisition, en la limitant aux cas où l'acquisition remonte à plus de dix ans. Dans de telles situations, le propriétaire peut invoquer l'estimation fiscale dix ans avant la vente, tout en bénéficiant d'un taux d'imposition (dégressif) bas, ce qui "réduit la matière imposable de manière significative". Ces mesures devaient avoir un impact financier dès 2003 pour les immeubles locatifs et les terrains constructibles, l'estimation fiscale de 1993 pouvant être invoquée à partir de cette année.
Lors de la procédure de consultation, les milieux intéressés avaient toutefois demandé le maintien de la règle autorisant le contribuable à faire valoir l'estimation fiscale cinq ans avant la vente. Le Conseil d'Etat a ainsi introduit dans le projet une disposition transitoire permettant d'invoquer les estimations fiscales des révisions générales de 1993, 1995 et 1997 à la place du prix d'acquisition de l'immeuble (art. 265). Les taux d'imposition applicables étaient alors ceux du droit en vigueur, et non les taux dégressifs de la nouvelle loi. Il fallait en effet éviter un "effondrement" des recettes fiscales, le contribuable pouvant bénéficier d'un double abattement, à la fois sur la matière et sur les taux. En introduisant cette disposition transitoire, le Conseil d'Etat entendait "ne pas pénaliser les propriétaires qui ont vu l'estimation fiscale de leur immeuble augmenter de manière significative lors des révisions générales de 1993 et 1995, et qui escomptaient de ce fait une substantielle baisse d'impôt sur les gains immobiliers dès les années 1998 et 2000". Cette disposition devait devenir sans objet dès 2003 pour les estimations fiscales de 1993, puisque dès lors les contribuables pourraient s'en prévaloir "dans le système normal au titre de l'estimation fiscale 10 ans avant la vente (art. 67 et 72 LI 2001)". De l'avis du Conseil d'Etat, la coexistence de deux systèmes d'imposition était acceptable, dans la mesure où celle-ci était limitée dans le temps (BGC mai 2000 p. 806 s.).
L'art. 265 du projet a été adopté tel quel par le Grand Conseil.
7. 7.1 Le recourant dénonce une violation des principes de la légalité, de la sécurité du droit et de la bonne foi, ainsi que de l'interdiction de l'arbitraire. Il reproche à l'autorité précédente d'avoir écarté l'art. 265 LI.
7.2 Le recourant ne soutient pas que l'impôt litigieux ne reposerait pas sur une base légale suffisante. Par conséquent, le principe de la légalité en matière fiscale, tel qu'il est garanti à l'art. 127 al. 1 Cst., ne lui est d'aucun secours. Au demeurant, l'art. 265 LI est une disposition que le législateur cantonal a adoptée en faisant usage de la marge de manoeuvre laissée par la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Il s'ensuit que le Tribunal de céans ne revoit son interprétation que sous l'angle de l'arbitraire (cf. consid. 1.4 ci-dessus). Les griefs selon lesquels cette interprétation serait contraire aux principes de la sécurité du droit et de la bonne foi n'ont dès lors pas de portée propre.
Appelé à revoir l'interprétation d'une norme sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution paraît aussi possible (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 177 et les références citées).
7.3 L'autorité précédente a exclu l'application de l'art. 265 LI en se fondant principalement sur sa genèse. Il ressortirait en effet des travaux préparatoires que cette disposition transitoire serait devenue sans objet dès 2003 pour les estimations fiscales issues de la révision de 1993, puisqu'à partir de cette date les contribuables pourraient invoquer l'art. 67 al. 2 LI. En outre, selon la jurisprudence du Tribunal cantonal, les exceptions à l'imposition ordinaire doivent être interprétées de manière restrictive. Le recourant ayant aliéné son immeuble en 2004, il ne pourrait se prévaloir de l'art. 265 LI, devenu sans objet.
7.4 Il ressort de la systématique de la loi, des travaux préparatoires et de la teneur de l'art. 265 LI - dans la mesure où celui-ci renvoie pour le taux à l'ancienne loi sur les impôts directs cantonaux - qu'il s'agit là d'une disposition transitoire permettant de se prévaloir, à certaines conditions, de l'estimation fiscale issue des révisions de 1993, 1995 et 1997. Pris à la lettre, l'art. 265 LI suppose seulement que l'acquisition de l'immeuble soit intervenue plus de cinq ans avant son aliénation. Il va pourtant de soi que ces valeurs ne pourront être invoquées indéfiniment par des contribuables pouvant justifier d'une durée de possession de cinq ans au moins. Selon la règle de l'art. 44 al. 2 aLI, que le législateur vaudois a voulu maintenir en vigueur temporairement par le biais de la disposition transitoire de l'art. 265 LI, encore fallait-il que le contribuable ait déjà été propriétaire de l'immeuble lors de l'estimation dont il se prévalait. L'art. 265 LI ne reprend certes pas explicitement cette condition, comme l'autorité précédente l'a du reste relevé dans son arrêt du 29 mars 2006 (affaire FI.2005.0216), auquel la décision attaquée se réfère. Il ressort cependant des travaux préparatoires qu'en édictant la norme en question, le législateur a envisagé la situation des propriétaires "qui ont vu l'estimation fiscale de leur immeuble augmenter de manière significative lors des révisions générales de 1993 et 1995" et qui escomptaient bénéficier d'un allégement d'impôt, en vertu de l'art. 44 al. 2 aLI, en cas de revente dans les cinq ans, c'est-à-dire respectivement dès 1998 et 2000. C'est de même bien pour ces contribuables-là, déjà propriétaires de l'immeuble lors de l'estimation concernée, que l'art. 265 LI devait perdre sa raison d'être dix ans plus tard, puisqu'alors ils pourraient se prévaloir du nouvel art. 67 al. 2 LI. Dans le cas particulier, le recourant n'a acquis son immeuble qu'en 1999, soit bien après l'estimation fiscale de 1993, dont il se prévaut. Dans ces conditions, on ne voit à l'évidence pas qu'il serait choquant de lui refuser la possibilité d'invoquer cette estimation pour le calcul de son gain imposable. Peu importe en outre qu'il ne puisse pas non plus se prévaloir de l'art. 67 al. 2 LI: le législateur a en effet choisi de faire passer de cinq à dix ans la durée de possession minimale permettant d'invoquer l'estimation fiscale comme substitut du prix d'acquisition. Au demeurant, le système mis en place tend à favoriser les contribuables qui étaient déjà propriétaires de l'immeuble ayant fait l'objet de l'estimation fiscale dont ils peuvent se prévaloir, l'idée étant de diminuer le gain imposable en cas de longue durée de la possession. Or, tel n'est précisément pas le cas du recourant. Le fait qu'il ait acquis lors d'une vente aux enchères de 1999 son immeuble à un prix inférieur à l'estimation fiscale de 1993 ne saurait faire apparaître insoutenable l'arrêt attaqué qui détermine son gain imposable en fonction du prix d'acquisition effectif et non de l'estimation fiscale plus favorable.
Au vu de ce qui précède, le point de vue de l'autorité précédente selon lequel le recourant ne peut se prévaloir de l'art. 265 LI ne saurait être qualifié d'arbitraire.
Dans la mesure où le recourant conteste le prix d'acquisition de l'immeuble pris en considération aux fins du calcul du gain imposable, ses critiques sont donc infondées.
8. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté.
Le recourant qui succombe doit supporter les frais judiciaires (cf. <ref-law>) et n'a pas droit à des dépens (cf. <ref-law> a contrario).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Des frais judiciaires de 3'000 fr. sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à l'Administration cantonale des impôts et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division principale de l'impôt fédéral direct, de l'impôt anticipé, des droits de timbre.
Lausanne, le 7 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Le Greffier:
Merkli Vianin