Faits:
A.
Z._ SA est une entreprise générale de construction. Elle était chargée de la construction de quatre villas à .... Par lettre du 4 décembre 2006, elle a adjugé l'exécution de travaux de terrassement et de génie civil sur ce chantier à X._ SA, entreprise active notamment dans les aménagements extérieurs et les travaux de génie civil; elle priait l'entrepreneur de signer et de renvoyer par retour du courrier le contrat qui lui parviendrait prochainement.
Le contrat, daté du 11 décembre 2006, prévoit un prix de 162'700 fr. TTC; il se réfère à la norme SIA 118 et aux conditions générales de Z._ SA pour les sous-traitants. X._ SA a finalement signé le contrat et les conditions générales le 31 janvier 2008.
Le 17 avril 2007, Z._ SA a chargé X._ SA d'effectuer en plus des travaux d'aménagements extérieurs, consistant notamment dans la pose d'une couche de 30 cm de terre végétale; le prix était fixé à 64'523 fr.40. Par pli du 2 octobre 2007, Z._ SA a fait parvenir à X._ SA le contrat portant sur les travaux précités, en précisant que les conditions générales étaient les mêmes que celles que l'entrepreneur avait "déjà signé (sic) dans la soumission de terrassement".
X._ SA a établi cinq avis de situation. Dans le quatrième avis, daté du 31 juillet 2007, elle indique avoir effectué des "travaux hors soumission" qu'elle a évalués à 51'371 fr.45; elle mentionne également des "travaux complémentaires" ayant fait l'objet de deux devis de 30'292 fr.25, respectivement 22'575 fr.
X._ SA a terminé les aménagements extérieurs fin décembre 2007. Les quatre villas ont été réceptionnées par leurs propriétaires entre le 21 janvier et le 13 février 2008.
Par pli du 11 février 2008, X._ SA a fait parvenir à Z._ SA le contrat (apparemment celui du 11 décembre 2006), ainsi qu'un avenant daté du 31 janvier 2008 et signé uniquement par le sous-traitant, qui comporte un grand nombre de postes hors soumission.
Quelques jours plus tard, X._ SA a envoyé à Z._ SA deux factures finales datées du 31 janvier 2008. La première concernait les travaux de terrassement et s'élevait à 403'823 fr.05; elle correspondait à l'avenant précité, mais tenait compte en sus des acomptes versés de sorte que le solde dû par Z._ SA était de 118'636 fr.05. La seconde facture, relative aux aménagements extérieurs, se montait à 94'190 fr.50. X._ SA réclamait ainsi un total de 212'826 fr.55 à l'entreprise générale de construction.
Z._ SA a contesté les factures du 31 janvier 2008. Afin d'éviter l'inscription d'une hypothèque légale, elle a versé un montant de 150'000 fr. à X._ SA en date du 7 mars 2008. A cette occasion, elle a précisé que ce paiement n'emportait pas reconnaissance de dette et qu'elle se réservait le droit de réclamer un remboursement de la part de X._ SA une fois les métrés établis.
Les métrés contradictoires ont été effectués le 6 mars 2008 par un consultant technique. Selon ce dernier, certains travaux ont dépassé les quantités prévues par la soumission alors que d'autres travaux ne figuraient ni sur les plans ni dans la soumission. En ce qui concerne les aménagements extérieurs, les métrés acceptés par les deux parties mentionnent un rabais de 8% et un escompte de 3% en faveur de Z._ SA.
Par courrier du 1 er avril 2008, Z._ SA a reproché à X._ SA de n'avoir posé que 5 cm de terre végétale au lieu des 30 cm prévus sur les terrains de deux villas et lui a demandé d'y remédier, en vain. Une mise en demeure est intervenue le 29 avril 2008.
Le 13 mai 2008, un constat d'huissier a été dressé à propos de l'état et de l'aspect du sol. Finalement, Z._ SA a fait appel à des entreprises tierces pour ajouter de la terre végétale sur les parcelles en cause.
Sur la base des métrés, X._ SA a corrigé ses factures du 31 janvier 2008, réduites à 349'062 fr.65 pour les travaux de terrassement et à 83'561 fr. pour les travaux d'aménagements extérieurs. Selon le nouveau décompte prenant en considération les acomptes versés et le montant de 150'000 fr., X._ SA devait rembourser à Z._ SA un montant de 2'562 fr.40, qu'elle a réglé le 2 juillet 2008.
Le 12 août 2008, Z._ SA a fait parvenir à X._ SA son propre décompte final sur la base des métrés, au terme duquel le sous-traitant devait rembourser un montant de 44'852 fr.39. Z._ SA réclamait au surplus à X._ SA la somme de 24'432 fr. correspondant aux travaux effectués pour remédier à l'épaisseur insuffisante de terre végétale.
Le 17 septembre 2008, X._ SA a établi un troisième décompte, dont il résultait qu'elle devait rembourser à Z._ SA un montant supplémentaire de 2'015 fr.66, qui sera payé deux jours plus tard.
Les 18 mars 2009 et 19 mai 2010, Z._ SA a engagé des poursuites contre X._ SA pour un montant de 67'268 fr.93 plus intérêts. La poursuivie a formé opposition.
B.
Le 28 mai 2010, Z._ SA a assigné X._ SA en paiement de 42'836 fr.73, avec intérêts, à titre de remboursement des sommes versées en trop par rapport aux métrés; le montant réclamé correspond au solde négatif du décompte de Z._ SA du 12 août 2008 (44'852 fr.39), moins la somme versée par X._ SA le 17 septembre 2008 (2'015 fr.66). La demande tendait en outre à ce que X._ SA soit condamnée à verser à Z._ SA les sommes de 5'057 fr.20, 807 fr., 16'044 fr.20, 275 fr. et 1'129 fr.80, plus intérêts, à titre de remboursement des factures de travaux effectués par des tiers à la suite de la mauvaise exécution du contrat, ainsi que le montant de 1'119 fr. plus intérêts, à titre de remboursement des honoraires liés au constat d'huissier, soit un total de 24'432 fr.20.
Par jugement du 16 mai 2012, le Tribunal de première instance du canton de Genève a condamné X._ SA à verser à Z._ SA la somme de 42'836 fr.73 avec intérêts à 5% dès le 8 mars 2008 (chiffre 1 du dispositif), a levé l'opposition à concurrence de ce montant (chiffre 2), a tranché la question des frais et dépens (chiffre 3) et a débouté les parties de toutes autres conclusions (chiffre 4). Sur ce dernier point, le juge a nié toute prétention de Z._ SA fondée sur la garantie des défauts en raison de la tardiveté de l'avis des défauts.
Statuant le 22 mars 2013 sur appel de X._ SA et appel joint de Z._ SA, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a confirmé le chiffre 1 du dispositif du jugement attaqué, annulé les chiffres 2 à 4 "en tant qu'ils déboutent Z._ SA de ses conclusions en garantie des défauts" et renvoyé la cause au Tribunal de première instance pour instruction dans le sens des considérants et nouvelle décision. Sur ce point, la cour cantonale a considéré en effet que l'avis des défauts n'était pas tardif.
C.
X._ SA interjette un recours en matière civile. Elle conclut principalement au déboutement de Z._ SA des fins de sa demande portant sur le montant de 42'836 fr.73 et au renvoi de la cause à la Cour de justice pour nouvelle décision sur la question du défaut allégué par Z._ SA, sur les frais judiciaires et sur les dépens d'appel et d'appel joint. A titre subsidiaire, la recourante demande le renvoi de l'ensemble de la cause (remboursement du prétendu trop versé et indemnisation en raison du défaut allégué) à la Cour de justice pour complètement des faits, éventuellement instruction complémentaire et nouvelle décision au sens des considérants.
La recourante a requis que l'effet suspensif soit accordé à son recours. Cette demande a été rejetée par ordonnance présidentielle du 16 juin 2013. La recourante a réitéré ensuite sa requête, en apportant un élément nouveau, à savoir que Z._ SA bénéficiait d'un sursis concordataire. Par ordonnance du 12 août 2013, la Présidente de la cour de céans a admis la demande d'effet suspensif.
Dans sa réponse, Z._ SA conclut à l'irrecevabilité du recours en tant qu'il porte sur le renvoi de la cause au Tribunal de première instance et, pour le surplus, à son rejet.
Pour sa part, la Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 476; <ref-ruling> consid. 1, 471 consid. 1 p. 475).
1.1. L'arrêt attaqué a été rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance statuant sur recours (<ref-law>). La valeur litigieuse minimale de 30'000 fr. est atteinte (<ref-law>). Le recours est interjeté par la partie qui n'a pas obtenu gain de cause en instance cantonale (<ref-law>). Enfin, il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. a et art. 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi. Il reste à examiner si l'arrêt entrepris est une décision sujette à recours.
1.2. En règle générale, le recours en matière civile n'est recevable que contre une décision finale, soit celle qui met fin à la procédure (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 216). En l'espèce, l'arrêt cantonal ne met pas un terme au procès. D'une part, la Cour de justice confirme la condamnation de la recourante à rembourser à l'intimée, sur le prix payé, le montant de 42'836 fr.73 avec intérêts et, d'autre part, elle renvoie la cause au Tribunal de première instance pour instruction et nouvelle décision sur la prétention de l'intimée en raison des défauts de l'ouvrage.
Ce faisant, la cour cantonale a tranché définitivement le premier point du litige, dont le sort est indépendant de l'objet qui reste en cause. Dans cette mesure, la décision attaquée est partiellement finale; elle doit être qualifiée de décision partielle au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 216 ss), contre laquelle le recours en matière civile est recevable.
En revanche, le recours n'est pas ouvert contre la décision attaquée dans la mesure où elle renvoie la cause à l'autorité inférieure sur la question des défauts faisant l'objet de l'appel joint de l'intimée. En effet, il s'agit là d'une décision incidente ne portant ni sur la compétence ni sur une demande de récusation (cf. <ref-law>), qui ne peut être attaquée par un recours immédiat que si l'une des deux conditions alternatives posées à l'<ref-law> est remplie. Or, en l'espèce, la condition de l'<ref-law> n'entre pas en considération et le préjudice irréparable dont il est question à l'<ref-law> n'est en rien démontré. C'est le lieu de rappeler que le préjudice en cause doit être de nature juridique et qu'il ne saurait consister en un préjudice de fait ou purement économique, comme l'allongement ou le renchérissement de la procédure; de plus, le préjudice doit être irréparable, c'est-à-dire qu'il ne doit pas pouvoir être supprimé par une décision finale ultérieure qui serait favorable à l'auteur du recours (entre autres <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 317). Contrairement à ce que la recourante soutient, le fait que la cour cantonale ait arrêté les frais judiciaires et les dépens de l'appel joint, puis délégué leur répartition au Tribunal de première instance n'est manifestement pas susceptible de causer un préjudice irréparable à la recourante. La cour de céans n'entrera dès lors pas en matière sur le recours en tant qu'il s'en prend au renvoi de la cause à l'autorité inférieure.
1.3. Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 336; <ref-ruling> consid. 4 p. 317 s.; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 584; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 389; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>; ATF <ref-ruling> consid. 1.4 in fine).
1.4. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
2.
A l'instar du premier juge, la cour cantonale a admis que l'intimée disposait envers la recourante d'une créance, de nature contractuelle, en restitution d'un trop-perçu de 42'836 fr.73, correspondant au montant réclamé dans la demande. Même si l'arrêt attaqué n'est pas très clair à ce sujet, il ressort apparemment de son considérant 5 que la prétention en cause recouvrirait une partie du prix facturé par la recourante pour des travaux réalisés "hors soumission", ainsi que des déductions et des rabais. A cet égard, les juges genevois ont relevé que l'art. 6.1 des conditions générales incorporées au contrat ne qualifiait de travaux modifiés ou supplémentaires que les travaux ayant fait l'objet d'un avenant signé par les parties, précisant la nature de la modification et son incidence sur le prix. Puis, la Chambre civile a constaté que les parties n'avaient passé aucun accord sur le prix des travaux "hors soumission" et en a conclu que ces travaux ne devaient "pas être rémunérés au-delà de ce que l'intimée retient comme admissible". En ce qui concerne les autres déductions (participations au compte pro rata, aux panneaux de chantier et à l'assurance de construction), elles n'avaient, selon la cour cantonale, pas été contestées par la recourante devant le premier juge. Enfin, les rabais de 3% et de 8% avaient été expressément acceptés par la recourante lors des métrés.
Au surplus, la Cour de justice a jugé que le Tribunal de première instance n'avait violé ni le droit à la preuve, ni le droit d'être entendu de la recourante en ne lui laissant pas la possibilité de prouver le prix des travaux "hors soumission" puisque ce prix devait obligatoirement faire l'objet d'un accord. Pour la même raison, la cour cantonale a refusé de donner suite à la demande d'expertise de la recourante.
2.1. La recourante se plaint d'une violation de l'<ref-law>. Elle reproche aux juges cantonaux d'avoir renversé le fardeau de la preuve en exigeant qu'elle démontre que sa facturation était correcte, alors qu'il appartenait à l'intimée d'établir que le montant de 42'836 fr.73 lui était dû. Elle relève que la commande par l'intimée des travaux litigieux n'est pas contestée et qu'en l'absence d'accord sur leur prix, il y avait une lacune que le juge devait combler en recherchant le prix juste, et non en tranchant, de manière choquante et injustifiée, en faveur du prix fixé par le maître de l'ouvrage. Comme, faute d'expertise, ils ne disposaient pas de preuve exploitable du prix des travaux litigieux, les juges cantonaux auraient dû constater que l'intimée n'avait pas démontré que le prix appliqué dans son décompte du 12 août 2008 était celui qu'il fallait retenir.
Par ailleurs, la cour cantonale aurait versé dans l'arbitraire en retenant que la seule signature des métrés contradictoires par la recourante emportait l'accord de celle-ci aux rabais de 3% et 8% appliqués par l'intimée.
2.2. L'intimée entend obtenir, à concurrence de 42'836 fr.73, le remboursement du montant versé le 7 mars 2008. Qu'elle consiste en la répétition de l'indu au sens de l'<ref-law> ou soit fondée sur le contrat, la prétention litigieuse tend toujours à la restitution d'un trop-perçu. Si la distinction est importante notamment pour déterminer le délai de prescription (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 358 s. et les arrêts cités), elle ne change rien à la répartition du fardeau de la preuve. La demanderesse doit prouver l'inexistence de la dette (cf. <ref-ruling> consid. 1b/aa). En effet, chaque plaideur doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'il allègue pour en déduire son droit (<ref-law>). Si des faits juridiquement déterminants restent douteux ou ne sont pas établis, la conséquence de l'absence de preuve est supportée par la partie demanderesse. En principe, la règle de l'<ref-law> s'applique également lorsque, comme en l'espèce, la preuve porte sur des faits négatifs. Les règles de la bonne foi imposent toutefois à l'autre partie de coopérer à la procédure probatoire, notamment en offrant la preuve du contraire (<ref-ruling> consid. 1b/aa p. 306; <ref-ruling> consid. 2 p. 31). C'est dans le cadre de l'appréciation des preuves que le juge se prononcera sur le résultat de la collaboration de la partie adverse ou qu'il tirera les conséquences d'un refus de collaborer à l'administration de la preuve (<ref-ruling> consid. 1b/aa).
L'<ref-law> garantit aussi le droit à la contre-preuve. Lorsqu'une partie est chargée du fardeau de la preuve, son adversaire peut administrer la preuve de faits qui devraient contrecarrer la preuve principale en déterminant le juge à douter de sa valeur (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 326; <ref-ruling>).
2.3. La cour cantonale a admis intégralement la prétention en restitution de l'intimée. Celle-ci la fonde sur son propre décompte du 12 août 2008 et tient compte des deux montants déjà remboursés par la recourante. La Chambre civile ne s'est pas prononcée directement sur ce décompte. Elle s'est bornée à sous-entendre, au considérant 5 de son arrêt, que le montant réclamé de 42'836 fr.73 était composé de la partie du prix facturé des travaux "hors soumission" considérée comme surfaite par l'intimée, ainsi que d'"autres déductions" (participations au compte pro rata, aux panneaux de chantier et à l'assurance de construction) et rabais. Mais au considérant 3, la cour cantonale fait encore allusion à des déductions "pour le vitrage et le curetage des canalisations". Il ne résulte en tout cas pas clairement de l'arrêt attaqué que les juges genevois ont examiné la totalité de la prétention en restitution de l'intimée par 42'836 fr.73. Comme on le verra par la suite, l'affaire doit être renvoyée à l'autorité précédente de sorte qu'il appartiendra à celle-ci d'éclaircir ce point.
Cela étant, la recourante ne critique pas les "autres déductions" mentionnées au considérant 5 de l'arrêt cantonal. En revanche, elle s'en prend aux rabais de 3% et 8% admis par la cour cantonale, dans la mesure où ils s'appliquent aux travaux d'aménagements extérieurs. L'appréciation des preuves à laquelle les juges genevois se sont livrés n'apparaît pas arbitraire à cet égard. En effet, quand bien même ces rabais n'avaient pas été prévus par écrit précédemment pour la seconde série de travaux, il n'est pas insoutenable de déduire qu'en signant les métrés contradictoires faisant état des rabais précités également pour les travaux d'aménagements extérieurs, la recourante a exprimé son acceptation.
En ce qui concerne les travaux "hors soumission", la cour cantonale constate qu'aucun accord préalable, notamment sur le prix, n'est intervenu entre les parties, alors qu'ils auraient dû faire l'objet d'un avenant selon l'art. 6.1 des conditions générales. Elle en conclut que "ces travaux ne doivent pas être rémunérés au-delà de ce que l'intimée retient comme admissible." Ce faisant, la Chambre civile tient implicitement pour établi qu'il y a bien eu des travaux "hors soumission" acceptés par l'intimée. L'absence d'un avenant au sens de l'art. 6.1 des conditions générales ne signifie toutefois pas que ces travaux ne doivent pas être rémunérés, ni que leur prix peut être fixé unilatéralement par le maître de l'ouvrage. C'est le lieu de rappeler que si les parties à un contrat d'entreprise onéreux n'ont pas fixé le prix d'avance, il doit être déterminé d'après la valeur du travail et les dépenses de l'entrepreneur (<ref-law>).
En jugeant, malgré la contestation de la recourante, que l'intimée avait apporté, par ses seules allégations, la preuve du prix des travaux "hors soumission" et, partant, la preuve du trop-perçu, la cour cantonale a violé l'<ref-law>.
En conclusion, le recours doit être admis partiellement. La cause doit être renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur la prétention de l'intimée en restitution d'un trop-perçu. Dans cette perspective, il convient de rappeler les éléments suivants. Il appartient à l'intimée de démontrer qu'elle ne doit pas le montant de 42'836 fr.73. Pour sa part, la recourante peut apporter la contre-preuve que sa facturation est correcte. A ce sujet, il ne résulte pas clairement de l'arrêt attaqué si la recourante s'est heurtée en première instance à un refus d'administrer une preuve, en violation de l'<ref-law>, la cour cantonale se limitant à relever qu'il "import[ait] peu que le premier juge n'ait pas laissé à [la recourante] la possibilité de prouver le prix des travaux". Ce point doit donc être éclairci. De même, la cour cantonale devra examiner s'il doit être donné suite à la demande d'expertise que la recourante a formulée en appel. Enfin, l'état de fait et les considérants en droit devront permettre de comprendre aisément, notamment par des indications chiffrées, dans quelle mesure la prétention de l'intimée est accueillie ou rejetée.
3.
Le recours est irrecevable en ce qui concerne la prétention de 24'432 fr.20 se rapportant à la constatation et à la réparation du défaut invoqué. Il est admis en ce qui concerne la prétention de 42'836 fr.73 en remboursement d'un trop-perçu. Par conséquent, il convient de répartir les frais judiciaires à raison d'environ un tiers à la charge de la recourante et d'environ deux tiers à la charge de l'intimée (<ref-law>). L'intimée versera en outre des dépens réduits à la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est irrecevable dans la mesure où il tend au renvoi de la cause à la Cour de justice sur la question du défaut allégué par Z._ SA.
2.
Le recours est admis partiellement.
L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il confirme le chiffre 1 du dispositif du jugement rendu le 16 mai 2012 par le Tribunal de première instance et statue sur les frais et dépens de l'appel principal.
La cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision sur la prétention de l'intimée en restitution d'un trop-perçu.
3.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis pour 1'300 fr. à la charge de l'intimée et pour 700 fr. à la charge de la recourante.
4.
L'intimée versera à la recourante une indemnité de 900 fr. à titre de dépens réduits.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 17 octobre 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
La Greffière: Godat Zimmermann