Faits:
A. R._, né en 1937, marié, a été mis au bénéfice de prestations complémentaires cantonales et fédérales à la suite d'une demande déposée en 1995. Par décision du 29 mars 2007, l'Office cantonal des personnes âgées (OCPA; depuis le 1er mai 2008, le Service des prestations complémentaires, ci-après: SPC) a constaté que l'assuré n'avait plus droit aux prestations complémentaires fédérales et que son droit aux prestations complémentaires cantonales s'élevait à 950 fr. par mois à partir du 1er avril 2007. Dans le nouveau calcul, l'OCPA a pris en compte, outre un gain de 12'031 fr. généré par l'activité lucrative de l'épouse, un gain potentiel de cette dernière estimé à 27'825 fr. Cette décision n'a pas été attaquée.
Par lettre du 22 octobre 2007, l'assuré a sollicité des prestations d'assistance pour lui-même et son épouse, laquelle était en arrêt de travail depuis deux semaines pour cause de maladie. Par décision du 30 octobre 2007, l'OCPA a refusé d'allouer à l'assuré des prestations d'assistance. Il a cependant tenu compte de l'augmentation de son loyer depuis le 1er avril 2007 et lui a octroyé des prestations complémentaires cantonales de 966 fr. par mois à partir du 1er novembre 2007. L'assuré n'avait en revanche pas droit à des prestations complémentaires fédérales. Par lettre du 8 novembre 2007, l'assuré s'est opposé à cette décision. Il contestait la prise en compte d'un gain potentiel de son épouse de 27'825 fr., laquelle, âgée de 52 ans, était inscrite à l'Office cantonal de l'emploi auprès duquel elle devait justifier chaque mois de recherches de travail actives. Celles-ci n'avaient pas encore été fructueuses, de sorte qu'on ne pouvait reprocher à son épouse de ne pas mettre à profit sa capacité de gain. L'OCPA a rejeté l'opposition par une nouvelle décision du 3 janvier 2008.
B. Par lettre du 9 janvier 2008, R._ a contesté cette décision. L'OCPA a transmis cette lettre au Tribunal des assurances sociales du canton de Genève comme objet de sa compétence. L'assuré a complété son recours le 4 février 2008. Statuant le 13 janvier 2009, le tribunal cantonal a admis le recours, annulé les décisions des 30 octobre 2007 et 3 janvier 2008 s'agissant du gain potentiel de l'épouse et renvoyé la cause au SPC pour nouvelle décision au sens des considérants. En bref, il a retenu que l'épouse de l'assuré avait, dès le mois de novembre 2007, activement cherché un emploi à plein temps, de sorte qu'elle ne s'était nullement abstenue d'exercer une activité lucrative ni d'étendre une telle activité. Par conséquent, c'était à tort que l'OCPA avait inclus, dans le calcul des prestations dues à l'assuré à partir du 1er novembre 2007, un gain potentiel de son épouse.
C. Le SPC interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement en concluant à l'annulation de celui-ci et au rétablissement de sa décision sur opposition du 3 janvier 2008. Il a par ailleurs sollicité l'effet suspensif à son recours, ce qui lui a été accordé par ordonnance du 15 avril 2009.
R._ conclut principalement à l'irrecevabilité du recours et subsidiairement à son rejet. L'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit:
1. Dans les considérants de son jugement, auxquels renvoie le chiffre 3 du dispositif, le tribunal des assurances retient que c'est à tort que le SPC a inclus, dans le calcul des prestations dues à l'assuré à partir du 1er novembre 2007, un gain potentiel de son épouse et lui renvoie la cause pour qu'il calcule à nouveau le montant desdites prestations sans prendre en compte un gain potentiel réalisable par l'épouse. D'un point de vue purement formel, il s'agit d'une décision de renvoi. En principe, les décisions de renvoi sont des décisions incidentes qui ne peuvent faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral qu'aux conditions de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.2 et 4.3 p. 481 s., 132 III 785 consid. 3.2 p. 790). Cependant, lorsque l'autorité inférieure à laquelle la cause est renvoyée n'a pratiquement plus aucune marge de manoeuvre pour statuer et que le renvoi ne vise qu'à mettre à exécution la décision de l'autorité supérieure, cette décision doit être considérée comme une décision finale sujette à recours conformément à l'<ref-law> (arrêt 9C_684/2007 du 27 décembre 2007 consid. 1.1, in SVR 2008 IV n° 39 p. 131; UHLMANN, in Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, n. 9 ad art. 90). C'est le cas en l'espèce, car le droit de l'intimé à des prestations complémentaires fédérales dépend de la prise en compte d'un gain potentiel de son épouse. Par conséquent, le recours est recevable.
2. Comme l'a jugé le Tribunal fédéral dans un arrêt <ref-ruling> (consid. 2.3.4 p. 60), le SPC n'a pas qualité pour former un recours en matière de droit public pour ce qui est des prestations complémentaires prévues par le droit cantonal. C'est donc à raison que le recourant a limité ses conclusions aux prestations complémentaires fédérales.
3. Le litige porte sur le montant de la prestation complémentaire due à l'intimé à partir du 1er novembre 2007, plus particulièrement sur la prise en compte, dans le calcul de ce montant, d'un gain potentiel de l'épouse de 27'825 fr., en sus du gain généré par l'activité lucrative de cette dernière.
La question litigieuse doit être examinée à l'aune des critères posés en droit de la famille (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 61), rappelés dans le jugement entrepris. Celui-ci expose également, au préalable, de manière complète les règles légales (dans leur teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007, applicables en l'espèce [<ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 220]) sur la notion de revenus déterminants pour le calcul de la prestation complémentaire, ainsi que les conditions posées par la jurisprudence selon lesquelles il y a lieu de tenir compte, au titre des ressources dont un ayant droit s'est dessaisi, d'un revenu hypothétique du conjoint de celui-ci. Il suffit donc d'y renvoyer.
4. 4.1 Les premiers juges ont constaté que l'épouse de l'intimé, âgée de 52 ans au moment de la décision litigieuse, sans formation particulière, avait acquis de 1975 à 1996 une importante expérience professionnelle dans le domaine de l'économie domestique en sa qualité de gouvernante à l'ambassade X._, puis avait travaillé jusqu'en 2001 dans les domaines de l'hôtellerie, de la restauration et du nettoyage. Depuis lors, elle exerçait une activité d'aide-soignante. Son taux d'activité avait été réduit de 140 heures à 46 heures par mois entre le premier et le second semestre de 2006, pour se stabiliser en 2007 aux alentours de 75 heures par mois (y compris les gardes de nuit), son employeur refusant depuis lors de lui fournir davantage de travail en raison de ses problèmes de santé. La juridiction cantonale a en outre considéré que l'épouse de l'intimé était non seulement disposée à exercer à plein temps une activité professionnelle adaptée à ses limitations fonctionnelles (pas de port de lourdes charges), mais qu'elle avait également, dès le mois de novembre 2007, activement cherché un emploi à plein temps en qualité de femme de chambre, de caissière, d'auxiliaire de crèche, de nettoyeuse et d'aide-soignante auprès de nombreux établissements du canton, en vain. Les premiers juges ont ainsi retenu que si une augmentation du taux d'activité était exigible de la part de l'épouse de l'intimée, on ne voyait pas ce que celle-ci pouvait faire de plus pour y parvenir. Par conséquent, le taux d'activité réduit de l'épouse de l'intimé ne constituait pas une renonciation à des ressources au sens de l'art. 3c al. 1 let. g LPC.
4.2 En complément aux constatations de la juridiction cantonale et conformément à l'<ref-law>, on précisera, au regard des pièces au dossier, que l'épouse de l'intimé s'est inscrite au chômage en automne 2007 mais qu'elle n'a bénéficié d'aucune indemnité journalière au motif qu'elle n'avait pas perdu son emploi (cf. procès-verbal d'audience du 6 mai 2008).
5. Invoquant l'arbitraire, le recourant reproche en substance aux premiers juges d'avoir renoncé à prendre en compte un gain potentiel de l'épouse à partir du 1er novembre 2007. Selon lui, le couple avait été informé par courrier du 2 octobre 2006 qu'un gain potentiel minimum de l'épouse serait pris en considération dans le calcul de la prestation complémentaire dès le 1er avril 2007. L'épouse de l'intimé ayant déjà bénéficié d'un délai de six mois entre le 1er avril et le 30 octobre 2007 pour effectuer des recherches d'emploi, il n'existait aucune raison objective de lui accorder un délai supplémentaire à cet effet à partir du mois de novembre 2007. Le recourant relève encore que les démarches entreprises par l'épouse de l'intimé pour augmenter son taux d'activité ne suffisaient manifestement pas pour conclure que l'intéressée avait fait tout ce qui pouvait être raisonnablement exigé d'elle. Enfin, le recourant retient que l'épouse de l'intimé avait déclaré ne pas avoir cherché de l'aide auprès d'un organisme de placement et n'avoir suivi qu'un bref cours au début de ses recherches pour apprendre à rédiger un bon CV ainsi que des lettres de candidatures spontanées. Or, la juridiction cantonale n'avait pas tenu compte de ces déclarations qui tendaient à démontrer que l'épouse de l'intimée n'avait pas mis tout en oeuvre pour étendre son activité professionnelle.
6. 6.1 Parmi les critères du droit de la famille décisifs pour déterminer si l'on peut exiger du conjoint d'une personne bénéficiant de prestations complémentaires qu'il exerce une activité lucrative et, le cas échéant, quel salaire il pourrait en tirer en faisant preuve de bonne volonté, il y a lieu de tenir compte des connaissances linguistiques de la personne, de sa formation professionnelle, de l'activité qu'elle a exercée jusqu'ici et du marché de l'emploi (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 61). En ce qui concerne, en particulier, le critère de la mise en valeur de la capacité de gain sur le marché de l'emploi, le Tribunal fédéral a considéré qu'il importe de savoir si et à quelles conditions l'intéressé est en mesure de trouver un travail. A cet égard, il faut prendre en considération, d'une part, l'offre des emplois vacants appropriés et, d'autre part, le nombre de personnes recherchant un travail et examiner concrètement la situation du marché du travail (arrêt P 88/01 du 8 octobre 2002).
6.2 La question de savoir si l'épouse de l'intimé avait effectué suffisamment de recherches d'emploi pendant la période du 1er avril au 1er novembre 2007 n'est pas pertinente dès lors le recourant ne s'est vu octroyer aucune prestation complémentaire fédérale au cours de cette période et qu'il n'a pas contesté la décision du 29 mars 2007 lui refusant de telles prestations. Est donc seule litigieuse la question de savoir si un gain potentiel de l'épouse de l'intimé doit être pris en compte dans le calcul de la prestation complémentaire à partir du 1er novembre 2007. En l'espèce, il ressort des constatations de la juridiction cantonale que l'épouse de l'intimé a cherché dès le mois de novembre 2007 à mettre en valeur sa capacité de gain en qualité de femme de chambre, de caissière, d'auxiliaire de crèche, de nettoyeuse et d'aide-soignante. Elle s'est inscrite au chômage mais le droit à l'indemnité lui a été nié au motif qu'elle n'avait pas perdu son emploi. Compte tenu des démarches - dûment documentées au dossier - qu'elle a entreprises pour trouver un emploi dans les branches de l'intendance, des soins à domicile (lesquelles correspondent à son expérience professionnelle) mais également en tant que caissière, il y a lieu d'admettre que l'intéressée a fait tout ce qu'on pouvait attendre d'elle pour chercher un travail correspondant à sa formation et son expérience professionnelle. Dès lors qu'elle n'a pas réussi à trouver une occupation malgré les recherches entreprises et des chances réelles dont elle disposait - selon les constatations de la juridiction cantonale -, il convient également de retenir que c'est pour des raisons liées au marché de l'emploi qu'elle n'a pas trouvé de travail. Dans ces conditions et quoi qu'en dise le recourant, le jugement entrepris n'apparaît ni arbitraire, ni choquant. Au regard des motifs relatifs à la situation concrète du marché du travail en relation avec la formation et l'expérience professionnelles de l'épouse de l'intimé, la juridiction cantonale était en droit de considérer que l'inactivité partielle de celle-ci à partir du 1er novembre 2007 ne constituait pas une renonciation à des ressources au sens de l'art. 3c al. 1 let. g LPC.
Quant aux prétendues déclarations de l'épouse de l'intimé, selon lesquelles cette dernière n'aurait pas requis d'aide auprès d'un organisme de placement, elles n'ont pas été consignées au procès-verbal d'audience du 6 mai 2008 et ne ressortent d'aucune autre pièce se trouvant au dossier. Quoi qu'il en soit, dans la mesure où les premiers juges sont arrivés à la conclusion que l'épouse de l'intimé avait fait suffisamment de recherches d'emploi, il importe peu de savoir si ces recherches ont été effectuées en répondant à des annonces, par des offres spontanées ou par l'intermédiaire d'un office de placement.
7. Il découle de ce qui précède que le recours est mal fondé. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant (<ref-law>). L'intimé, qui obtient gain de cause, a droit à des dépens à la charge du recourant (<ref-law>), de sorte que la demande d'assistance judiciaire qu'il a présentée pour l'instance fédérale est sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le recourant versera à l'intimé la somme de 2800 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 26 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz