Faits:
A. Par jugement du 6 août 2007, le Juge des districts d'Hérens et Conthey a condamné B._, pour homicide par négligence (<ref-law>), inondation et écroulement par négligence (<ref-law>), entrave à la circulation publique par négligence (<ref-law>) et entrave aux services d'intérêt général par négligence (<ref-law>), à 90 jours-amende avec sursis pendant 2 ans, fixant le montant du jour-amende à 40 fr. Il a également condamné un coaccusé, A._, pour les mêmes infractions, à 120 jours-amende avec sursis pendant 2 ans, fixant le montant du jour-amende à 400 fr. Il a en revanche acquitté deux autres coaccusés, C._ et D._.
Le Juge de district a encore levé divers séquestres. Il a renvoyé toutes les parties civiles, dont il a réservé les prétentions, à agir devant le juge civil. Statuant sur les frais et dépens, il a mis les premiers, à parts égales, à la charge des deux condamnés et des deux acquittés et a laissé à chaque partie la charge de ses propres dépens.
B. B._ et A._ ont appelé de ce jugement auprès de la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan, demandant pour l'essentiel leur acquittement et leur libération des frais. C._ et D._ en ont également appelé, contestant leur condamnation aux frais. Deux des parties civiles, les sociétés Energie Ouest Suisse (EOS) et Grande Dixence SA, ont aussi fait appel, concluant à la condamnation de D._ pour entrave aux services d'intérêt général par négligence.
Le 29 novembre 2007, B._ a sollicité l'ajournement des débats d'appel, au motif qu'il n'avait pas disposé du temps nécessaire à la préparation de sa défense. Cette requête a été rejetée par décision du 5 décembre 2007 de la Présidente de la Cour d'appel. Le 10 janvier 2008, suite à une décision d'extension de l'accusation rendue la veille, il a formulé une requête similaire, qui a été écartée le même jour par cette magistrate. Aux débats d'appel du 15 janvier 2008, il a renouvelé sa requête, qui a été rejetée par la cour.
Par jugement du 1er février 2008, la Cour d'appel a rejeté les recours des deux condamnés en tant qu'ils concluaient à leur acquittement et celui des parties civiles. Elle a en revanche partiellement admis les appels des deux condamnés et des deux acquittés en ce qui concerne le sort des frais, qu'elle a dès lors nouvellement répartis, à concurrence de montants différenciés.
C. Ce jugement retient, en résumé, ce qui suit.
C.a EOS a notamment pour but de fournir de l'énergie électrique aux sociétés d'approvisionnement qui en sont actionnaires, de veiller à l'utilisation optimale des sources d'énergie de ces sociétés, de construire, acheter, louer et exploiter toutes installations servant à la production, au transport, à la transformation et à la répartition de l'énergie électrique ainsi que d'acheter et vendre de l'énergie à des tiers. Elle détient 60 % du capital-actions de Grande Dixence SA, qui s'est donnée pour but d'aménager et d'exploiter les forces hydrauliques sur la rive gauche du Rhône et de fournir l'énergie ainsi produite à des actionnaires partenaires.
C.b De 1930 à 1965, EOS et Grande Dixence SA ont réalisé trois ouvrages, soit le barrage de la première Dixence, construit entre 1930 et 1936, celui de Cleuson, construit entre 1947 et 1949, et celui de la Grande Dixence, édifié entre 1951 et 1965, noyant celui de la première Dixence.
Dès 1977, ces deux sociétés ont étudié la possibilité de réaliser un nouvel aménagement, qui, en profitant de la grande différence d'altitude entre le barrage de la Grande Dixence et la plaine du Rhône, devait permettre d'optimiser le potentiel énergétique de cette retenue d'eau. En avril 1988, au terme de diverses études, elles ont opté pour la variante consistant à réaliser une nouvelle prise d'eau forée dans le barrage précité, une galerie d'amenée de 15,833 km reliant ce dernier à la Dent-de-Nendaz, une chambre d'équilibre dans les contreforts de cette montagne et un puits blindé de 4,230 km, doté de cinq fenêtres d'accès, reliant Tracouet (à une altitude de 2156,90 mètres) à une nouvelle usine à construire au bord du Rhône, à Bieudron. La chute brute maximale du puits serait de 1883 mètres, son débit normal d'équipement de 75 m3/seconde et la pression de fonctionnement de 207 bars. La construction du puits, du fait de sa longueur et des pressions auxquelles il serait soumis, s'avérait délicate.
C.c L'autorisation définitive pour la réalisation du projet, dit de Cleuson-Dixence, a été délivrée au mois d'avril 1993 par l'autorité compétente. Les travaux de construction ont été répartis en six lots principaux, soit: le lot A (nouvelle prise d'eau dans le barrage de la Grande Dixence), le lot B (galerie d'amenée Chargeur-Tortin et ouvrages annexes), le lot C (galerie d'amenée Tracouet-Tortin, chambre d'équilibre et ouvrages annexes), le lot D (puits Bieudron-Tracouet et ouvrages annexes), le lot E (centrale souterraine de Bieudron) et le lot F (fourniture, pose et enrobage des viroles du blindage du puits).
C.d Durant les années 1989 et 1990, les sociétés Giovanola Frères SA et Sulzer-Escher Wyss AG avaient mené - sur mandat du groupe chargé, au sein d'EOS, de conduire le projet Cleuson-Dixence - des études préliminaires concernant la réalisation du puits blindé. Ces études se sont attachées à déterminer, par le biais d'essais de soudage, si un acier trempé à haute limite élastique (HLE), notamment de type S 890 QL, pouvait être utilisé pour la réalisation d'un tel puits. Elles ont fait apparaître que la soudabilité de l'acier S 890 QL était très satisfaisante et que le soudage par arc submergé (AS) présentait une légère supériorité sur les autres procédés de soudage évalués et susceptibles d'être utilisés, soit le soudage manuel avec électrode enrobé (E) et le soudage par arc métallique sous gaz de protection (MAG). Elles ont par ailleurs fait ressortir que la teneur en hydrogène diffusible dans les soudures apparaissait comme une des causes d'une fissuration de ces dernières, préconisant dès lors leur postchauffage à 250°.
C.e En décembre 1992, EOS et Grande Dixence SA ont constitué une société simple, chargée de construire, puis d'entretenir et d'exploiter le nouvel aménagement, dont le coût de réalisation était alors estimé à un milliard de francs.
A la même époque, une direction de projet a été mise en place. Elle était composée d'un chef de projet, A._, et de deux adjoints chargés de l'assister. A._ a exercé sa fonction de chef de projet, chargé de la coordination générale de ce dernier, jusqu'au terme des travaux. A ce titre, il était notamment responsable envers la direction d'EOS de la tenue des délais et des budgets d'investissement.
Parallèlement, une commission technique, dont a notamment fait partie C._, a été constituée. Celui-ci, au service d'EOS depuis 1982, était sous-directeur de cette société en charge du domaine exploitation et construction, auquel le projet Cleuson-Dixence n'était toutefois pas rattaché, et était devenu membre de la direction collégiale dès 1985. En fonction des objets traités, le directeur de Grande-Dixence SA, le chef du projet Cleuson-Dixence et d'autres représentants de la direction des travaux, ont participé aux séances de la commission. Cette dernière a notamment examiné tous les problèmes importants, techniques et économiques, relatifs au projet et suivi le développement des travaux ainsi que l'évolution des frais de construction.
C.f A l'issue de la procédure d'appel d'offres, qui avait été lancée le 11 mars 1994, EOS, en sa qualité de maître de l'ouvrage, a adjugé les travaux du lot F à un consortium d'entreprises, initialement dénommé GBS, composé des sociétés Giovanola Frères SA, Bell Escher Wyss AG et GEC Alsthom SDEM.
Le contrat d'entreprise, signé en janvier 1995, avait principalement pour objet les études, la fabrication en usine, le transport et le montage à pied d'oeuvre des viroles du blindage du puits, le blocage de la conduite par un béton d'enrobage et les essais de mise en pression. Giovanola Frères SA - soit le Chaudronnier selon les termes du contrat - a été choisie comme chef de file des sociétés membres du consortium et comme leur mandataire auprès d'EOS.
Les travaux de construction du puits blindé ont été répartis en quatre tronçons - les lots FI (Tracouet-Dzerjonna), FII (Dzerjonna-Péroua), FIII (Péroua-Condémines) et FIV (Condémines-Bieudron) - et la mise en service du puits a, dans un premier temps, été fixée au 31 mars 1998.
Par un avenant du 17 mars 1995, le contrat d'entreprise a été modifié. Depuis lors, le consortium, dorénavant désigné sous le sigle GSN, a regroupé les sociétés Giovanola Frères SA, Sulzer Hydro AG et GEC Alsthom Neyrpic. Ultérieurement la raison sociale de certaines de ces sociétés a été modifiée.
C.g Conformément à ce qui était prévu par le contrat d'entreprise, le consortium GSN a adopté un programme d'assurance qualité pour la réalisation du lot F.
B._ a été désigné pour assumer la fonction de chef du projet, ce qu'il a fait jusqu'au terme des travaux. Titulaire d'un CFC de chaudronnier et d'un certificat attestant d'une formation d'agent de méthodes de fabrication, celui-ci avait été responsable de la fabrication d'usine, puis, jusqu'en 1993, de l'ensemble de l'exploitation d'usine de Giovanola Frères SA, avant d'être chargé de tous les travaux spéciaux confiés à cette société, puis de la rédaction de l'offre présentée par son employeur dans le cadre du projet Cleuson-Dixence et, enfin, de devenir directeur du programme d'expérimentation. En sa qualité de chef de projet, il a notamment représenté le consortium "dans les actes locaux pour lesquels il était mandaté", remplacé en son absence le directeur de projet, coordonné « l'interface » entre les entreprises du consortium et leurs sous-traitants, approuvé les notes de calcul, vérifié et approuvé les procédures de fabrication, de revêtement, de montage et d'embétonnage, de même que les procédures de "contrôle atelier".
La fonction de responsable assurance qualité, avec pouvoir d'arrêter les travaux qui seraient préjudiciables à l'obtention de la qualité requise, a d'abord été confiée à Claude Giovanola, puis, dès le 31 août 1995, à son adjoint depuis 1987, D._, ingénieur EPFL en sciences des matériaux.
Le programme prévoyait des "contrôles non destructifs" des soudures, devant être réalisés durant la phase de fabrication et de montage des éléments du puits blindé, selon une procédure spécifique (C-3655). Cette dernière, adoptée le 5 décembre 1995 (document C-3655-A), a été établie par D._, vérifiée par Claude Giovanola et approuvée par B._. Elle a fait l'objet d'une révision générale le 3 septembre 1996 (document C-3655-B) et de modifications le 24 mars 1997 (document C-3655-C). Elle a par ailleurs fixé un critère d'acceptation des défauts affectant les soudures contrôlées par ultrasons et arrêté une classification des défauts en trois catégories: ceux qui, excédant le critère d'acceptation, devaient être réparés, ceux, de petite taille, qui étaient considérés comme acceptables mais néanmoins suffisamment importants pour être répertoriés, et ceux, de plus petite taille encore, qui n'avaient pas à être répertoriés.
C.h Le 26 janvier 1996, EOS a confié à la société SEM SA la tâche de procéder à des contrôles externes des travaux de blindage de l'aménagement de Cleuson-Dixence.
Le consortium GSN a par ailleurs réalisé, sous la conduite de B._, un programme d'expérimentation visant à déterminer si l'acier de qualité S 890 QL pouvait être utilisé pour la réalisation du puits blindé. A cette fin, il a procédé à des essais en atelier et à des essais sur site. Les premiers ont fait apparaître que le soudage par arc submergé (AS) était délicat à mettre en oeuvre et que, vu le risque de fissuration, le contrôle de la teneur en humidité du flux devait être très strict et les températures de préchauffage et interpasses scrupuleusement respectées. Les seconds ont permis de constater que le consortium GSN était capable de souder toutes les tôles du blindage en assurant la maîtrise de la qualité et que les divers procédés de soudage testés pouvaient être appliqués; une supervision rigoureuse du suivi du soudage était néanmoins préconisée.
L'Institut de soudure de Paris a en outre été mandaté pour réaliser des expérimentations dans le but d'adapter les conditions de soudage au risque de fissuration à froid encouru lors de la mise en oeuvre de trois aciers de type S 890 QL de fabrications différentes. Les analyses qu'il a effectuées ont confirmé le bien-fondé des températures de pré-chauffage et de post-chauffage des soudures retenues par le consortium GSN et ont permis à ce dernier de tester ses choix de procédés de soudage.
Enfin, diverses évaluations techniques et commerciales ont conduit à privilégier la solution consistant à réaliser la partie inférieure du puits au moyen de tuyaux lisses, et non de tuyaux frettés.
Les conclusions de l'ensemble de ces études ont été formellement approuvées, puis présentées au maître de l'ouvrage le 28 mars 1995.
C.i La construction du puits blindé a d'abord nécessité l'excavation, entre les mois d'août 1994 et novembre 1996, du massif rocheux à l'aide d'un tunnelier à double jupe. Au fur et à mesure de l'avancement des travaux d'excavation, des voussoirs en béton armé, reliés provisoirement par boulonnage, ont été posés, puis du mortier à basse pression a été injecté entre les voussoirs et le rocher.
Entre les mois de juillet 1995 et d'avril 1996, des problèmes géologiques provoquant d'importantes venues d'eau dans le secteur Bieudron-Péroua ont, par périodes, bloqué l'avancement du tunnelier et nécessité des travaux de consolidation du terrain par injection de résines et de mousses polyuréthanes.
Les éléments constituant le blindage du puits ont d'abord été réalisés en atelier par Giovanola Frères SA, par une filiale allemande de Sulzer Hydro AG et par la société italienne Acciairia e Tubificio di Brescia (ATB). Lors de cette phase de fabrication, les tôles livrées par les aciéries ont été roulées, puis soudées longitudinalement (soudures dites longitudinales) de manière à former des viroles d'une longueur de 3 mètres, présentant le diamètre prescrit pour chacun des lots. Des tuyaux ont ensuite été constitués en soudant ces viroles circulairement (soudures dites circulaires) - en principe deux par deux, trois viroles ayant parfois été soudées entre elles pour la réalisation du lot FIV - et en prenant soin que leurs soudures longitudinales soient diamétralement opposées.
Les tuyaux de 6 mètres de long issus du soudage de deux viroles ont par la suite été transportés sur des chantiers de préfabrication, où ils ont été soudés deux par deux, de manière à ce que les soudures longitudinales se trouvent en position alternativement opposées. Les tuyaux de 12 mètres ainsi constitués ont finalement été descendus dans le puits pour y être soudés entre eux et posés sur les voussoirs, le vide entre ces derniers et le blindage étant rempli de béton fluide non armé. Ces travaux ont été réalisés en parallèle sur les quatre lots, entre les mois de septembre 1996 et de mars 1998.
C.j Toutes les soudures ayant été effectuées durant les phases de fabrication et de préfabrication ont été réalisées au moyen du procédé de soudage AS, consistant à créer un arc électrique qui provoque la fusion du métal tout en étant maintenu dans un creux rempli de flux liquide, composé d'un mélange d'oxydes métalliques dont l'effet est d'affiner le métal d'apport et de le protéger de la contamination atmosphérique.
Selon l'expertise judiciaire ordonnée au cours de la procédure (expertise Mortensen), le procédé AS présente les avantages d'une vitesse élevée de déposition du métal d'apport et d'un coût relativement bas. Il a toutefois divers désavantages, notamment celui d'engendrer un important apport de chaleur dans la zone affectée thermiquement ou de favoriser l'incorporation d'hydrogène, susceptible de provoquer un phénomène dit de fissuration à froid. En substance, ce phénomène consiste dans une fissuration qui se produit dans les aciers après le soudage, pendant ou généralement après le refroidissement, laquelle est causée par la conjonction d'hydrogène, qui est absorbé du milieu environnant par le métal liquide pendant le soudage, et de contraintes internes. Les atomes d'hydrogène, qui peuvent migrer assez rapidement dans l'acier, même à température ambiante, fragilisent ce dernier. Comme cette migration intervient dans la fissuration, cette dernière peut prendre du temps, d'où les délais parfois longs pouvant s'écouler entre l'opération de soudage et l'apparition des fissures. Toujours selon l'expertise, le phénomène de fissuration à froid peut toutefois être atténué en chauffant les soudures à température suffisante, tant avant que pendant et après le soudage, afin d'accélérer la cinétique de diffusion de l'hydrogène hors de l'acier, à travers la surface libre de la soudure.
Selon les déclarations de D._, le procédé de soudage AS avait été choisi car les essais effectués avaient révélé que la procédure de soudage MAG avait fourni les plus hautes valeurs de résistance mécanique et les plus faibles allongements, ce qui constituait un "présage de problème avec l'hydrogène". De plus, le procédé de soudage AS était beaucoup plus avantageux.
C.k Pour réaliser les soudures de montage circulaires qui lui incombaient, GEC Alsthom Neyrpic a eu recours au procédé de soudage MAG, consistant à protéger de l'atmosphère l'arc électrique et le métal liquide au moyen d'un flux continu de gaz.
Selon l'expert Mortensen, un tel procédé a l'avantage de pouvoir être utilisé dans des endroits relativement difficiles d'accès et non soudables à l'horizontale. Il permet également de réaliser de longues soudures et offre une bonne protection de la soudure, notamment contre la contamination par l'hydrogène. Par rapport au procédé de soudage AS, il présente toutefois le désavantage d'une faible vitesse de déposition du métal, ce qui engendre un coût plus élevé. Néanmoins, les soudures réalisées par le procédé MAG sont de meilleure qualité, dans la mesure où une moindre quantité d'hydrogène - favorisant le phénomène de fissuration à froid - est absorbée par le métal.
C.l Pour leur part, les entreprises Giovanola Frères SA et Sulzer Hydro AG ont réalisé les soudures de montage qui leur incombaient en utilisant un troisième procédé de soudage, dit descendant à l'électrode.
C.m Environ 14 km de soudures longitudinales et circulaires ont été réalisées lors de la construction du puits blindé, le poids de l'acier formant le blindage étant de l'ordre de 11'000 tonnes.
A quelques exceptions près, toutes les soudures réalisées en atelier ont été contrôlées par ultrasons et/ou magnétoscopie, parfois par radiographie en cas de doutes. Ces contrôles ont en principe été effectués après l'écoulement d'une semaine depuis leur fabrication, puis de trois jours si elles avaient fait l'objet d'une réparation. Aucun contrôle externe de ces soudures n'a en revanche été réalisé.
Les contrôles internes visaient notamment à déceler d'éventuels défauts dus au phénomène de fissuration à froid, auquel les responsables du soudage chez Giovanola Frères SA étaient attentifs, du fait que la procédure de soudage avait dû être adaptée après l'apparition, entre la fin mars 1996 et la fin mai 1997, de défauts de plus en plus fréquents, dus à ce phénomène, principalement dans les soudures longitudinales, sans toutefois que le maître de l'ouvrage en ait été informé.
Les soudures effectuées durant la préfabrication ont également été toutes contrôlées. Certaines d'entre-elles ont en outre fait l'objet de contrôles externes par la société SEM SA, les soudures sur site étant réputées plus délicates que celles en atelier.
C.n La construction de l'aménagement Cleuson-Dixence s'est pour l'essentiel achevée au début du mois de mai 1998.
La mise en eau de la conduite d'amenée s'est déroulée le 9 mai 1998 et celle du puits blindé a commencé le 15 mai 1998. Elle a toutefois dû être interrompue en raison d'une fuite dans la manchette du tuyau démontable à Péroua. L'enlèvement de ce tuyau a révélé des déformations et un désalignement du système, qui ont nécessité l'usinage de brides pour rétablir le parallélisme. Le tuyau a ensuite pu être remonté les 30 et 31 mai 1998.
Durant les jours qui ont suivi, un essai de pression a été effectué et jugé concluant, de sorte que le puits a alors été considéré comme parfaitement étanche. Des travaux, notamment de bétonnage, ont ensuite été réalisés dans le puits entre le 3 et le 10 juillet 1998, après quoi il a été procédé à un deuxième remplissage du puits, le 20 juillet 1998. A cette occasion, une importante fuite s'est toutefois à nouveau manifestée à Péroua, ce qui a provoqué un arrêt du remplissage et une vidange immédiate. Le tuyau démontable a à nouveau été réparé, puis remonté les 24 et 25 juillet 1998, après quoi une nouvelle mise en eau a été immédiatement entreprise. Cette dernière a permis de constater que le puits était parfaitement étanche et "résistant aux pressions contractuelles". A la suite d'essais de pression, l'aménagement a été peu à peu mis en service et est devenu opérationnel à partir de l'automne 1998.
Le 27 janvier 1999, le consortium GSN et le maître de l'ouvrage ont signé un formulaire de réception du blindage et de l'embétonnage du puits blindé. Selon ce document, la vérification avait révélé que la livraison, le montage et la mise en service étaient conformes aux conditions du contrat, avec des défauts mineurs (retouches de peinture et remise en état du treuil), qui devaient encore être corrigés.
En février 1999, l'aménagement Cleuson-Dixence est entré dans le domaine de responsabilité de C._, directeur de production d'EOS, puis, en mars 2000, de son subordonné direct, A._.
C.o Au début du mois de juillet 1999, soit au terme de sa première année d'exploitation, le puits blindé ainsi que le répartiteur ont été complètement vidés et contrôlés dans le cadre d'un programme complet d'inspection de l'aménagement Cleuson-Dixence. Au terme de cette inspection, dans la nuit du 8 au 9 juillet 1999, le puits a à nouveau été rempli, sans qu'aucune fuite ne soit constatée.
Quelques jours plus tard, le 12 juillet 1999, une baisse de pression a toutefois été décelée et une fuite détectée dans le lot FIII, entre Péroua et Bieudron, ce dont le consortium GSN a été immédiatement informé. La fuite a été localisée le 24 juillet 1999, à 60 mètres en dessous de Péroua, à un endroit où l'acier (de qualité S 890 QL) de la conduite avait une épaisseur de 33 millimètres. Cette fuite provenait d'une fissure dite traversante, soit qui débouchait tant à la surface externe qu'à la surface interne du blindage, laquelle affectait une soudure longitudinale d'atelier, sise sur le tuyau n° 172-2, mesurant environ 300 millimètres de longueur et s'arrêtant dans une soudure circulaire. Les documents de suivi de fabrication et de contrôle de ce tuyau indiquaient cependant que ce dernier était "en ordre" lorsqu'il avait quitté les ateliers de Giovanola Frères SA.
Les analyses effectuées ont montré que cette fissure, qualifiée de ponctuelle, avait été causée par le phénomène de fissuration à froid. C._, selon ses déclarations, a pris ce problème au sérieux, se demandant notamment s'il ne s'agissait pas d'un défaut générique, susceptible de se retrouver ailleurs, et a chargé A._ de s'occuper personnellement du problème.
La fissure décelée a été réparée, sous le contrôle de D._, le 28 juillet 1999, dans des conditions extrêmement difficiles en raison des arrivées d'eau. Par manque de temps, il ne fut toutefois pas possible de procéder à un contrôle subséquent de cette réparation. Une inspection du puits a cependant été effectuée le 14 août 1999, laquelle a mis à jour une nouvelle fuite, beaucoup plus importante que la première et également localisée en dessous de Péroua. Une nouvelle visite du puits, le 17 août 1999, a montré que la réparation effectuée le 28 juillet s'était fissurée sur toute la longueur (environ 350 millimètres). Une nouvelle réparation a été entreprise et achevée le 23 août 1999, avant que le puits ne soit à nouveau rempli le 28 août 1999.
Plusieurs contrôles ultérieurs du puits n'ont fait apparaître aucune fuite.
C.p Le 17 octobre 1999, un nouveau contrôle a révélé derechef l'existence d'une fuite, toujours sur le tuyau 172-2. Les limites de la procédure de réparation utilisée ayant été considérées comme atteintes, il a été décidé d'opter pour une autre technique de réparation, devant se dérouler en deux temps. Lors d'une première phase, il devait être procédé à une réparation provisoire, consistant à arrêter la propagation de la fissure par des perçages, puis à souder un coupon de tôle circulaire sur la zone défectueuse; cette réparation provisoire devait permettre de remettre le puits en eau et de laisser le temps nécessaire à la réparation définitive. Lors de la seconde phase, il serait procédé à la réparation définitive, par le soudage d'un bossage ovale à l'emplacement du défaut après le découpage de cette zone.
La réparation provisoire a été achevée le 23 octobre 1999 et le puits a été remis en eau. Giovanola Frères SA a alors mandaté l'Ecole d'ingénieurs du Valais, afin qu'elle procède à des analyses visant à déterminer les causes de la fissuration constatée dans la soudure longitudinale du tuyau 172-2. Le rapport d'analyses, du 21 décembre 1999, a principalement émis deux hypothèses. Selon la première, qualifiée de très probable, la présence à la surface de la soudure d'une microfissure ou d'une blessure faite lors du montage du tube sur le site avait engendré une corrosion par contrainte, puis une corrosion par défaut d'aération due à l'environnement aqueux, l'affaiblissement de la section de la paroi du tube conduisant alors, sous l'effet de la pression, à la fissuration complète de la soudure. Selon la seconde hypothèse, des mouvements de terrain avaient pu se produire, dans une région connue pour son instabilité et traversée par un puits blindé; le défaut d'alignement de quelques centimètres constaté lors du remontage du tuyau tendait à le prouver. Des mouvements de terrains avaient aussi pu se produire au niveau de la soudure défectueuse.
La réparation définitive a été effectuée du 14 janvier au 2 février 2000, après qu'une nouvelle fuite ait été constatée sur le tuyau 172-2 lors d'un contrôle des 8 et 9 janvier 2000. Le lendemain de la réparation, le 3 février 2000, une nouvelle fuite a toutefois été détectée. Les contrôles réalisés ont cependant révélé que la réparation définitive du tuyau 172-2 était parfaitement étanche.
Durant les jours suivants, de nouveaux défauts sont apparus. Ainsi, le 9 février 2000, une fissure a été découverte sur le tuyau n° 316-1 du lot FI. Le 14 février, de petites fissures "typiques de la fissuration à froid" ont été mises à jour dans la soudure circulaire du joint d'atelier du tuyau n° 276-1 du lot FII. Le 22 février, un défaut non traversant dans un joint d'atelier longitudinal a été découvert sur le tuyau 206-1 du lot FIII.
C.q Dès le 14 février 2000, C._ et A._ ont adopté l'hypothèse de travail que le puits blindé était affecté de défauts multiples. Estimant qu'il était confronté à un problème grave, devant désormais être traité de manière globale et avec une grande rigueur scientifique, C._ a ordonné l'arrêt de l'exploitation de l'aménagement ainsi que la mise hors service du puits blindé. Il a en outre demandé à A._ de mettre en place un plan d'action complet et cohérent pour maîtriser le phénomène et toutes ses conséquences possibles. Par la suite, A._ a régulièrement tenu son supérieur informé de l'évolution des événements, lequel a ainsi pu suivre, au fur et à mesure des travaux, les aspects qui touchaient à l'analyse des défauts, au contrôle de l'ensemble des soudures et aux réparations des défauts constatés. Il a par ailleurs demandé au consortium GSN de procéder à un contrôle systématique et à 100 %, par ultrasons, de la totalité des soudures réalisées sur l'acier de qualité S 890 QL.
C.r Toujours le 14 février 2000, le maître de l'ouvrage et le consortium GSN ont décidé de mettre en place une structure ad hoc, comprenant une task force opération et une task force analyse des défauts.
La task force opération - qui regroupait des employés de Giovanola Frères SA, dont B._, et assumait la supervision d'un groupe de travail chargé de contrôler le puits blindé et d'un autre groupe de travail chargé des réparations - avait pour mission de mettre au point les procédures de réparation, de les réaliser ainsi que d'organiser et d'exécuter les tâches d'auscultation du blindage du puits. La task force analyse des défauts - qui regroupait des représentants du maître de l'ouvrage, dont A._ et E._, et du Chaudronnier (B._ et D._) - avait pour tâche de traiter et d'analyser les constats sur le plan technique. Son activité comportait trois volets: une analyse multicritères des fiches de qualité du consortium GSN, visant à cerner le phénomène de la fissuration; une analyse métallurgique des défauts, auprès de l'Institut de soudure de Paris pour la détermination du type de fissure et auprès de l'Institut de soudure de Metz pour l'examen des risques de propagation; une revue du projet par un expert externe portant sur les choix constructifs, les sollicitations dynamiques et statiques, le dimensionnement, la métallurgie, les procédés de soudage, etc.
Considérant que la situation évoluait vers un cas complexe, le maître de l'ouvrage a souhaité qu'une réunion de synthèse et de décision ait lieu chaque semaine et qu'un compte rendu, mentionnant les informations importantes et les décisions prises, soit dressé systématiquement. Ainsi, des séances de travail, en principe hebdomadaires, ont régulièrement été tenues entre le 21 février et la fin juillet 2000.
C.s B._ a participé à toutes ces séances, notamment à celles qui se sont tenues le 8 juin 2000 et le 20 juillet 2000.
Lors de la séance du 8 juin 2000, les travaux de réparation encore à réaliser ont été passés en revue. Un programme général a en outre été arrêté, lequel prévoyait la fin des travaux de réparation au terme de la semaine du 3 au 9 juillet, la fermeture du puits durant la semaine du 10 au 16 juillet, le remplissage du puits durant la semaine du 17 au 23 juillet, des essais jusqu'au terme de la semaine du 21 au 27 août et une reprise de l'exploitation dès le 28 août 2000.
Lors de la séance du 20 juillet 2000, le programme des travaux encore à réaliser a été établi et la préparation du remplissage du puits a été prévue pour le 11 août. Lors de cette même séance, les participants se sont en outre demandés si les conclusions du rapport établi par l'Ecole d'ingénieurs du Valais ne devaient pas être revues "à la lumière des connaissances actuelles", ces conclusions étant en effet jugées peu crédibles. Les notes de cette séance font encore état d'une absence de certitude quant aux causes des fissures.
C.t Le 20 juillet 2000, Giovanola Frères SA a établi un programme de finition des travaux, qu'elle a actualisé le 25 juillet 2000. Ce programme indiquait notamment que les prestations de préparation à la remise en eau du puits blindé étaient prévues entre le 7 et le 11 août 2000.
C.u Le 29 juillet 2000, E._ a procédé à deux visites du puits blindé. Celles-ci lui ont permis de constater la fin des travaux de contrôle et de réparation à Tracouet ainsi que sur les lots FIII et FIV. Elles lui ont en outre permis d'affirmer que le puits était, à ces endroits, prêt pour sa remise en eau. A ce moment, les travaux concernant les lots FI et FII n'étaient pas encore terminés.
Le 4 août 2000, E._ a encore établi un document relatif à l'analyse des risques.
Une séance de préparation de mise en eau et de mise en service de l'aménagement, à laquelle ont participé des employés d'EOS et de Grande Dixence SA, a eu lieu le 8 août 2000.
C.v Les travaux de réparation ayant dû être effectués sur les soudures réalisées sur les tuyaux fabriqués en acier de qualité S 890 QL et leur contrôle subséquent se sont achevés le 11 août 2000.
Les travaux de remise en eau du puits blindé se sont déroulés du 11 au 14 août 2000. Durant les jours suivants, des contrôles de son étanchéité ont été réalisés, qui n'ont révélé aucun problème. Dès le 24 août 2000, l'aménagement a été considéré comme opérationnel à 100 % avec trois groupes disponibles. Il a néanmoins été prévu de procéder à des contrôles ultérieurs, une fois par mois jusqu'en mai 2001.
C.w S'agissant de la décision de remise en eau du puits, C._ a déclaré qu'il l'avait prise sur préavis de A._, mais seul en dernier ressort, après avoir été informé que tous les travaux de réparation et de contrôle étaient terminés. Tous deux ont en outre déclaré que cette décision avait été arrêtée en tenant compte, d'une part, des garanties données par Giovanola Frères SA d'avoir exécuté tous les contrôles à 100 % selon les critères C-3655-C et d'avoir effectué toutes les réparations nécessaires, d'autre part, du rapport de l'Institut de soudure de Paris et, enfin, du fait que des contrôles périodiques d'étanchéité devaient être effectués par la suite et qu'il était en outre prévu, à titre de précaution supplémentaire, de les poursuivre dans le courant de l'année 2001. Il a par ailleurs été établi que la décision de remise en eau avait été prise après que furent connues, dans le courant du mois de juin 2000, les conclusions des analyses effectuées par le bureau Stucky Ingénieurs-Conseils SA, notamment en matière de "risque résiduel", conclusions ensuite reprises dans le rapport final de ce bureau du 20 octobre 2000.
C.x Le 12 décembre 2000, les trois groupes de l'usine de Bieudron ont été mis en service vers 7 heures et ont fonctionné normalement durant toute la journée. L'ordre de les arrêter (arrêt de la production) a été donné entre 20.02 heures et 20.03 heures par le poste de contrôle d'EOS à Lausanne, conformément aux usages en la matière. Dès 20.06 heures, il n'y a plus eu aucun débit dans le puits blindé.
A 20.09 heures, les appareils de mesure surveillant l'aménagement ont décelé une brusque baisse de pression dans la chambre d'équilibre et une augmentation très importante du débit dans le puits, ce qui a provoqué la fermeture automatique de la vanne de tête de Tracouet, en aval de la chambre, fermeture qui s'est achevée vers 20.11 heures.
Au même moment, un contremaître électricien de piquet ce jour-là a reçu une alarme sur sa radio, alors qu'il se trouvait dans l'usine voisine de Nendaz, puis a vu que de l'eau tombait de la montagne, ce qui l'a conduit à alerter sa hiérarchie. Il a ensuite rejoint la salle hydraulique de l'usine de Bieudron, où il a procédé à la fermeture manuelle de la vanne de tête du barrage de la Grande Dixence afin de sécuriser l'installation.
Entre 20.09 heures et 20.14 heures, une partie de l'eau se trouvant dans la chambre d'équilibre ainsi que celle se trouvant dans la section du puits blindé comprise entre Tracouet et un point situé à quelque 350 mètres en aval de la fenêtre de Péroua, à 1234 mètres d'altitude, ont surgi en surface, le puits se trouvant, à cet endroit, enterré à une profondeur d'environ 60 mètres. Selon les estimations, entre 25'000 et 40'000 m3 d'eau ont ainsi jailli à l'air libre, après s'être engouffrés dans une déchirure d'une longueur de 9 mètres.
Ont été affectées par la déchirure, la soudure circulaire 117 (contrôlée "en ordre" le 17 mars 1997 lors de sa réalisation en phase de préfabrication, puis le 18 mai 2000), la soudure longitudinale 119 (réalisée en atelier le 27 juin 1996, réparée et contrôlée les 8 et 18 juillet 1996 et contrôlée "en ordre" le 2 mars 2000) et la soudure circulaire 120 (sur laquelle un défaut "à tolérer" avait été détecté lors de sa réalisation en atelier le 9 juillet 1996 et un défaut "à enregistrer" le 2 mars 2000). Les soudures circulaires 118 (réparée lors de sa réalisation en atelier le 10 juillet 1996 et sur laquelle un défaut "à enregistrer" avait été décelé le 2 mars 2000) et 119 (considérée comme "non conforme" lors des contrôles par ultrasons le 15 avril 1997 et contrôlée "en ordre" le 18 mai 2000) ont été simplement traversées par la déchirure. Par ailleurs, la tôle elle-même a été déchirée en face des soudures longitudinales 118 (réparée lors de sa réalisation en atelier le 27 juin 1996) et 120 (réparée lors de sa réalisation en atelier le 4 juillet 1996), toutes deux contrôlées "en ordre" le 2 mars 2000. Enfin, la déchirure s'est prolongée dans la tôle du tuyau 155, en dessous de la soudure longitudinale 117 (contrôlée "en ordre" lors de sa réalisation en atelier le 5 juillet 1996, puis le 2 mars 2000).
C.y La soudaine éruption de l'eau provoquée par la rupture du puits blindé a généré plusieurs coulées de boue et de pierres, dont la principale a emporté un chalet dans lequel se trouvaient trois personnes, qui ont perdu la vie. Cette même coulée a ensuite atteint la plaine, traversé et obstrué la route de Riddes longeant le Rhône et entravé le cours de ce fleuve durant près d'une heure. Un grand nombre de propriétaires fonciers ont été lésés par les coulées.
D. Immédiatement après la rupture du puits blindé, le magistrat instructeur a ordonné une expertise judiciaire, qui a comporté plusieurs volets, chacun d'eux étant réalisé par des spécialistes des questions à examiner.
D.a L'expert chargé de l'analyse du dimensionnement du blindage du puits est parvenu à la conclusion que celui-ci ne pouvait être mis en cause. Selon l'expert qui a examiné la question, la rupture du puits n'était pas due à un mouvement géologique et l'environnement géologique n'avait pas directement favorisé la déchirure. L'expertise géotechnique a conclu que le massif rocheux ne pouvait expliquer la rupture du blindage. Les experts chargés des calculs de résistance du blindage ont estimé que la rupture du puits ne pouvait être attribuée à la qualité de l'acier S 890 QL et que la forme de la rupture du puits ne correspondait à aucune de celles qui sont engendrées naturellement par une flexion, une traction, une compression, un cisaillement ou un voilement dépassant les capacités du blindage. L'analyse visant à mesurer les contraintes résiduelles dues au refroidissement, dans le sens transversal, de la dernière passe de soudure longitudinale dans le blindage à l'endroit de la rupture a conclu que la rupture du puits pouvait se manifester bien avant la formation d'une fissure traversante. Différentes études ont montré que des pressions ou des manoeuvres supérieures ou plus importantes que celles retenues pour calculer le dimensionnement du blindage ne pouvaient être à l'origine de la rupture.
D.b L'expert Albert Micotti a été chargé d'examiner les travaux de génie civil réalisés lors de la construction du puits blindé. Selon lui, l'utilisation d'un tunnelier à double jupe et la pose de voussoirs au fur et à mesure de l'avancement des travaux constituaient certainement la meilleure solution par rapport à la géologie du massif et à la position du puits, relativement proche de la surface. Les problèmes d'ordre mécanique ou géologique rencontrés ne se trouvaient pas en lien direct de cause à effet avec la rupture du puits. Il en allait de même du fait que l'avancement des travaux avait été laborieux et qu'il avait fallu injecter des quantités très importantes de mousse, résines, etc. Enfin, une inspection minutieuse de la fenêtre de Péroua au début 2001 n'avait permis de déceler aucune fissure importante, déformation ou gonflement.
D.c L'analyse métallurgique du blindage du puits a été réalisée sous la responsabilité et la supervision du professeur Andreas Mortensen.
Dans son rapport principal du 22 juillet 2002, l'expert a élaboré un scénario permettant de s'expliquer la rupture du puits blindé, en précisant que, s'il n'y avait pas de certitude absolue à ce sujet, il s'agissait du scénario le plus probable.
Il a exposé que les soudures contenaient des défauts (macrofissures, microfissures, pores) lors du montage et du blindage. Le mécanisme de formation de ces défauts avait été la fissuration à froid causée par la pénétration d'hydrogène lors de l'opération de soudage. Le procédé de soudage AS avait conduit à l'incorporation dans les soudures d'un taux d'hydrogène excédant le seuil au-delà duquel se produit la fissuration à froid. Les traitements thermiques avaient été insuffisants pour éliminer cet hydrogène, de sorte que les soudures avaient été sujettes à la fissuration à froid après soudage. Les défauts identifiés après une attente d'une semaine environ (de trois jours pour les soudures réparées) avaient été éliminés. Ce laps de temps était toutefois insuffisant à l'élimination par diffusion de l'hydrogène, de sorte que la fissuration à froid demeurait active après inspection et réparation. Le blindage contenait donc, dans ses soudures, des défauts potentiellement importants lors de son montage dans le puits et lors de la mise en service de ce dernier. La formation de ces défauts était favorisée par une dureté élevée du métal; subséquemment, leur concentration était la plus élevée dans la dernière passe du cordon de soudure, situé le long de la surface externe du blindage. Les défauts qui débouchaient à la surface externe du blindage avaient ensuite crû, par le mécanisme de fissuration par corrosion sous contrainte, après la mise en service de celui-ci. Certains avaient traversé le blindage, donnant lieu aux fuites observées au courant de l'année 2000. Les défauts mis en évidence avaient été réparés, mais l'inspection des soudures du blindage avait été insuffisante pour déceler et éliminer tous les défauts susceptibles de croître ensuite par corrosion sous contrainte. Des défauts avaient ainsi continué à croître par le même mécanisme au sein du blindage après sa réparation et son inspection. Un défaut situé à un endroit du blindage où la roche qui l'entourait était trop faible pour contenir le blindage fissuré sous la pression de l'eau du puits avait ainsi atteint sa taille critique. Le blindage non contenu s'était alors fissuré catastrophiquement, relâchant soudainement l'eau qu'il contenait dans la roche qui l'entourait.
Ultérieurement, dans un premier rapport complémentaire du 14 avril 2004, puis dans un second du 30 août 2005, l'expert Mortensen a apporté diverses précisions à son rapport principal.
D.d Le 6 septembre 2002, l'expert Albert Micotti, qui avait été nommé comme expert coordinateur chargé de synthétiser toutes les conclusions des études effectuées par les différents experts, a déposé son rapport de synthèse.
D.e Une expertise privée, commandée par EOS et Grande Dixence SA, a été effectuée par le professeur Cerjak. Dans ses rapports écrits du 19 avril 2004 et du 8 avril 2005, cet expert a, en bref, estimé que la rupture du puits était, du moins au premier chef, imputable à l'existence dans les soudures de fissures de taille critique ou sous critique, qui étaient dues avant tout à la fissuration à froid, mais que le phénomène de la corrosion sous contrainte pouvait avoir causé l'accroissement de la fissure de la taille sous-critique à la taille critique. Lors de son audition du 13 novembre 2006, il en revanche exclu que la corrosion sous contrainte ait pu provoquer la rupture du puits après plusieurs mois d'exploitation.
D.f Se ralliant à l'avis des experts judiciaires, la cour cantonale a tenu pour établi que la fissure dans la soudure longitudinale 119 avait conduit à la rupture du puits blindé. La fissuration à froid n'avait pu, à elle seule, provoquer la progression de la fissure jusqu'à la taille critique, sans quoi la rupture se serait produite dès la mise en eau. Les autres phénomènes mettaient en oeuvre la pression de l'eau à l'intérieur du blindage. Par ailleurs, il n'était pas certain que la fissure de la soudure longitudinale était assurément détectable et réparable lors du contrôle effectué en mars 2000.
E. En substance, la cour cantonale a reproché à B._ d'avoir, par son annonce au maître de l'ouvrage de la fin de tous les travaux de réparation du puits, donné son aval à la remise en eau de ce dernier, alors que les éléments à disposition n'avaient pas permis de d'identifier de manière sûre la cause de la fissuration du puits et que l'apparition de nouvelles fissures n'était pas exclue. La négligence ainsi commise avait été causale de la rupture du puits blindé. Cette rupture avait entraîné la mort de trois personnes se trouvant dans le chalet emporté par la coulée de boue. Elle avait en outre provoqué des inondations et un éboulement, qui avaient mis en danger la vie, l'intégrité corporelle et la propriété d'autrui. Elle avait encore eu pour effet d'obstruer une route ouverte à la circulation publique, mettant concrètement en danger la vie et l'intégrité corporelle des personnes qui auraient pu l'emprunter. Enfin, elle avait été à l'origine de l'arrêt de l'exploitation du complexe hydro-électrique. B._ s'était ainsi rendu coupable des infractions retenues à sa charge en première instance, lesquelles devaient être retenues en concours.
F. B._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il se plaint de vices affectant le jugement attaqué et de diverses atteintes à ses droits constitutionnels, notamment de violations de ses droits de défense et d'arbitraire dans l'établissement des faits. Il soutient que les faits le concernant sont prescrits et qu'on ne peut lui reprocher une négligence causale. Il conclut principalement à son acquittement, subsidiairement à l'annulation des décisions incidentes relatives au refus d'ajournement des débats d'appel et à l'annulation du jugement attaqué.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Le recours peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels. Il ne peut critiquer les constatations de fait qu'au motif que les faits ont été établis de façon manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Le recours doit être motivé conformément à l'<ref-law>, qui exige que le recourant indique en quoi la décision attaquée viole le droit. Les griefs mentionnés à l'<ref-law>, en particulier celui pris d'une violation des droits fondamentaux, sont toutefois soumis à des exigences de motivation accrues, qui correspondent à celles qui résultaient de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
2. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits en relation avec la prescription. Il fait valoir que le comportement qui lui est reproché remonte au 8 juin 2000, du moins au 20 juillet 2000, mais au plus tard au 29 juillet 2000. L'action pénale était donc prescrite au moment où la cour cantonale a statué. Elle l'était au demeurant déjà lors du prononcé du jugement de première instance, dans la mesure où la négligence retenue remonterait au 8 juin 2000.
2.1 De jurisprudence constante, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités).
2.2 Il a été reproché au recourant d'avoir, par l'annonce faite au maître de l'ouvrage de la fin de tous les travaux, avalisé la remise en eau du puits, alors que les éléments à disposition n'avaient pas permis d'identifier de manière sûre la cause de la fissuration et que l'apparition de nouvelles fissures n'était pas exclue. Au vu du grief soulevé, la question est donc de savoir à quel moment la négligence ainsi retenue a été commise.
2.3 Il résulte du jugement attaqué que la date exacte à laquelle le recourant a donné l'aval qui lui est reproché n'a pu être déterminée avec certitude. Aussi les juges cantonaux ont-ils recherché à partir de quel moment cet aval avait pu être donné. Ils ont estimé qu'il n'avait pu intervenir avant la fin de tous les travaux de contrôle et de réparation, ce que le recourant ne peut sérieusement contester. Sur la base d'une appréciation des preuves, ils ont retenu que les travaux se sont terminés le 11 août 2000 et, partant, que l'aval litigieux remontait au plus tôt à cette date.
2.4 Le jugement attaqué constate, que, lors de la séance du 8 juin 2000, les participants à cette séance, dont le recourant, ont passé en revue les "travaux encore à réaliser" et qu'ils ont arrêté un programme général, qui planifiait la fin des travaux de réparation au terme de la semaine du 3 au 9 juillet, la fermeture du puits durant la semaine du 10 au 16 juillet, le remplissage du puits durant la semaine du 17 au 23 juillet, des essais jusqu'au terme de la semaine du 21 au 27 août et une reprise de l'exploitation dès le 28 août 2000.
Sur le vu de ces constatations, dont le recourant ne prétend même pas et ne démontre en tout cas pas qu'elles seraient manifestement insoutenables, il n'était aucunement arbitraire de considérer que les travaux n'étaient pas achevés le 8 juin 2000 et, partant, d'exclure que l'aval litigieux ait pu être donné à cette date.
Les arguments avancés par le recourant sont inaptes à faire admettre le contraire. Il est notamment sans pertinence, au vu de la négligence retenue à son encontre, que les soudures qui ont été affectées par la déchirure du 12 décembre 2000 n'aient pas fait l'objet de réparations en 2000. Ce ne sont pas des manquement dans les contrôles qui lui ont été reprochés, mais le fait d'avoir donné son aval à la remise en eau du puits, alors que la cause de la fissuration n'avait pas été élucidée avec certitude et que l'apparition de nouvelles fissures n'était ainsi pas exclue.
2.5 Le jugement attaqué retient que, lors de la séance du 20 juillet 2000, les participants, dont le recourant, ont établi le programme des "travaux encore à réaliser" et prévu la préparation du remplissage du puits pour le 11 août 2000. Il retient également que les notes de cette séance font état d'une absence de certitude quant aux causes des fissures. Il constate par ailleurs que, ce même 20 juillet, Giovanola Frères SA a établi un programme de finition des travaux, qu'elle a actualisé le 25 juillet 2000 et qui indiquait que les prestations de préparation à la remise en eau du puits blindé étaient prévues entre le 7 et le 11 août 2000.
Le recourant ne conteste pas les constatations cantonales relatives à ce qui a été fait, discuté et prévu lors de la séance du 20 juillet 2000. Il allègue en vain que les programmes de finition des 20 et 25 juillet 2000 mentionnent une série de travaux qui étaient déjà réalisés lorsque ces programmes ont été établis, dès lors que, par là même, il admet que tous les travaux n'étaient pas terminés à ces dates. Il soutient tout aussi vainement que les listes relatives à l'état des réparations aux 7 et 9 août 2000 ne permettent pas de retenir que les travaux non achevés relevaient de sa compétence. Outre qu'il reconnaît ainsi que tous les travaux n'étaient alors pas terminés, l'argument est privé de pertinence au vu de la négligence retenue à son encontre (cf. supra, consid. 2.2 et 2.4 in fine).
Que, sauf arbitraire, il devait être retenu que les travaux étaient tous achevés le 20 juillet 2000 et que c'est donc à cette date que le recourant aurait donné l'aval litigieux n'est ainsi aucunement démontré.
2.6 Selon le recourant, l'aval litigieux remonte au plus tard au 29 juillet 2000, puisque ce jour-là E._ a effectué deux visites du puits blindé.
A lui seul, le fait invoqué ne suffit pas à faire admettre qu'il était arbitraire, au sens défini par la jurisprudence (cf. supra, consid. 2.1), de ne pas retenir que l'aval en question a été donné le jour où ces visites ont eu lieu. Rien en effet ne permet d'admettre que les visites en question auraient marqué la fin de tous les travaux, et non seulement d'une partie de ceux-ci, ni, au demeurant, que le recourant aurait donné à qui que ce soit et d'une quelconque manière un aval à cette date. Les déclarations qu'il cite à la page 54 de son recours montrent tout au plus que, pour leurs auteurs, la fin des travaux était prévue pour la fin juillet 2000, voire pour les premiers jours du mois d'août 2000, non pas qu'ils étaient effectivement tous achevés le 29 juillet au plus tard. Qu'il était manifestement insoutenable de ne pas retenir la date invoquée n'est dès lors pas établi à suffisance de droit.
2.7 Pour admettre que les travaux se sont terminés le 11 août 2000 et, partant, que l'aval litigieux remonte au plus tôt à cette date, la cour cantonale s'est fondée sur divers documents, soit ceux auxquels elle se réfère sous chiffre 64 lettre b des pages 64 et 65 du jugement attaqué.
Comme le recourant doit en définitive l'admettre, les deux premiers de ces documents, soit les programmes de finition établis les 20 et 25 juillet 2000, montrent clairement que tous les travaux n'étaient alors pas terminés et les deux seconds, soit les listes de l'état des réparations aux 7 et 9 août 2000, qu'ils ne l'étaient toujours pas à cette dernière date (cf. supra, consid. 2.5). Quant aux deux autres documents cités, soit les pièces 21 et 58 du classeur 68, le recourant ne peut sérieusement contester qu'ils confirment la date du 11 août 2000 retenue pas la cour cantonale. De l'ensemble de ces pièces, il n'était en tout cas pas manifestement insoutenable de déduire que l'achèvement de tous les travaux remontait au 11 août 2000 et, partant, que l'aval litigieux n'avait pu être donné avant cette date.
2.8 Du fait ainsi retenu, il découle que, depuis la négligence reprochée au recourant, moins de 7 ans s'étaient écoulés au moment où le jugement de première instance a été rendu, le 6 août 2007, et moins de 7 1⁄2 ans lors du prononcé, le 1er février 2008, du jugement attaqué. Ce dernier ne viole donc pas le droit fédéral dans la mesure où il conclut que, tant en vertu de l'ancien droit - soit celui en vigueur au moment des faits, en 2000 - que du nouveau droit - en vigueur depuis le 1er janvier 2007 - l'action pénale n'est pas prescrite (cf. art. 70 al. 3 et 72 ch. 2 al. 2 du CP en vigueur en 2000 et art. 97 al. 1 let. c et 98 CP, en relation avec les art. 117, 227 ch. 2, 237 ch. 2 et 239 ch. 2 CP). La correcte application du droit de la prescription à l'état de fait retenu par la cour cantonale n'est d'ailleurs pas contestée par le recourant.
2.9 En conclusion, le grief doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Le recourant dénonce l'absence de notification d'une décision incidente.
3.1 Il fait valoir que, lors des débats d'appel, la cour cantonale a été amenée à rendre une décision préjudicielle "sur toute une série de questions". S'agissant d'une décision incidente susceptible de faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral en même temps que la décision sur le fond, elle devait être notifiée aux parties par écrit conformément à l'<ref-law> et contenir les éléments mentionnés par cette disposition. Elle devait en outre être signée par la présidente de la cour cantonale et notifiée par pli recommandé, comme le prescrivent les art. 140 ch. 3 et 142 ch. 2 CPP/VS. Le défaut d'accomplissement de ces formalités serait constitutif d'arbitraire et d'un déni de justice. Il n'aurait pas été corrigé dans la décision au fond, dès lors que cette dernière ne contiendrait qu'un récapitulatif du déroulement de la procédure et que son dispositif ne se déterminerait pas sur les questions préjudicielles.
3.2 Le recourant ne saurait à l'évidence se plaindre de l'absence de notification d'une décision que dans la mesure où celle-ci le concerne personnellement, donc, en l'espèce, dans la mesure où il a sollicité - en vain - l'ajournement des débats, au motif qu'il n'avait pas disposé du temps nécessaire à la préparation de sa défense en appel.
3.3 Selon l'<ref-law>, doivent être notifiées aux parties par écrit les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral. Tel n'est pas le cas des décisions préjudicielles ou incidentes au sens de l'<ref-law>, qui, faute de remplir l'une ou l'autre des conditions prévues à l'alinéa 1 de cette disposition, ne peuvent être attaquées directement, mais seulement dans le cadre d'un recours dirigé contre la décision finale. Or, le recourant ne prétend pas que le refus de la cour cantonale d'ajourner les débats remplirait l'une de ces conditions, admettant au contraire expressément que ce prononcé ne peut être attaqué que conjointement avec la décision finale. Le grief est donc dépourvu de fondement.
3.4 Le sort du grief qui vient d'être examiné prive de fondement celui pris d'une violation de l'<ref-law>, du fait que le prononcé litigieux ne contient pas les éléments mentionnés aux lettres a à d de cette disposition, de même que celui tiré d'une violation arbitraire des art. 140 ch. 3 et 142 ch. 2 CPP/VS, au motif que ce prononcé aurait dû être signé par la présidente de la cour cantonale et notifié par pli recommandé.
3.5 Pour le surplus, il n'est aucunement démontré que le droit cantonal de procédure imposerait de faire figurer dans le dispositif du jugement les décisions prises sur les questions préliminaires.
4. Le recourant soutient que le jugement attaqué est entaché de plusieurs vices quant à son contenu et qu'il est insuffisamment motivé.
4.1 L'<ref-law>/VS dont se prévaut le recourant a trait au contenu du procès-verbal des débats, non pas au contenu du jugement. Sa prétendue violation est dès lors impropre à faire admettre que le jugement entrepris serait vicié dans son contenu.
Au demeurant, le grief de violation de l'<ref-law>/VS, autant qu'il est recevable, est dépourvu de fondement. S'agissant des questions soulevées par le recourant aux débats d'appel et des allégués qu'il a présentés à l'appui, ils sont dûment reproduits dans le procès-verbal, comme cela ressort des pièces 3392 ss du dossier cantonal. Le recourant se borne d'ailleurs à affirmer le contraire, sans aucunement le démontrer. Quant aux conclusions qu'il a prises, le procès-verbal d'appel mentionne, à la page 12, que le recourant a déposé des conclusions écrites et ces conclusions sont annexées au procès-verbal, dont elles font donc partie intégrante. Le recourant n'établit en tout cas pas que cette manière de faire procéderait d'une application manifestement insoutenable de l'<ref-law>/VS et, plus précisément, du chiffre 4 de cette disposition.
4.2 En tant que composante du droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., l'obligation du juge de motiver sa décision n'implique pas qu'il rediscute tous les arguments avancés devant lui; il suffit qu'il expose les motifs qui fondent sa décision, de manière à ce que le destinataire de celle-ci puisse en comprendre la portée et l'attaquer utilement (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 445). Que, sur des points précis, le jugement attaqué ne remplirait pas ces exigences n'est pas démontré dans le recours. Dresser une liste d'arguments qui auraient été avancés mais n'auraient pas été repris et discutés ne suffit manifestement pas à le faire admettre.
4.3 Le recourant n'établit nullement que, comme il le prétend, l'<ref-law>/VS, relatif au contenu du jugement, lui accorderait une protection plus étendue de son droit à une décision motivée que celle qu'il peut déduire de l'art. 29 al. 2 Cst. En particulier, l'art. 29 al. 2 Cst. n'exige pas moins que l'<ref-law>/VS que le juge indique les faits pertinents qu'il retient, les principes juridiques applicables ainsi que les conséquences qu'il en tire et, à l'évidence, le jugement attaqué satisfait à ces exigences.
4.4 Dans la mesure où le recourant allègue des insuffisances dans l'état de fait du jugement attaqué ou reproche à la cour cantonale d'avoir faussement apprécié des déclarations ou le contenu de rapports, sa critique revient à se plaindre d'arbitraire dans l'établissement des faits, respectivement dans l'appréciation des preuves, qu'il n'établit toutefois aucunement dans le cadre du présent grief. Il n'y a donc pas lieu d'entrer ici en matière.
4.5 Le jugement attaqué, comme cela ressort de sa page 8 lettre F, mentionne les conclusions prises par le recourant. Il résume en outre, à la page 15 alinéa 2, les griefs qu'il a soulevés en appel et les traite ensuite dans la partie au fond. Plus généralement, il remplit indiscutablement les exigences de l'<ref-law>, comme sa lecture et celle de cette disposition suffisent à le démontrer.
4.6 Sur le vu de ce qui précède, les grief pris de vices affectant le contenu du jugement attaqué et d'une motivation insuffisante de ce dernier doivent être rejetés dans la mesure où ils sont recevables au regard des exigences de motivation de l'<ref-law>.
5. Invoquant notamment l'<ref-law>/VS, les art. 29 al. 2 et 32 al. 2 Cst. ainsi que l'art. 6 CEDH, le recourant se plaint, à plusieurs égards, d'une violation de ses droits de défense.
5.1 Il soutient d'abord que son droit à une défense nécessaire a été violé ensuite d'arbitraire dans l'établissement des faits, d'une application arbitraire de l'<ref-law>/VS et d'une violation des dispositions de rang constitutionnel qu'il invoque, dont le principe de l'égalité des armes.
5.1.1 Bien qu'il dise vouloir s'en plaindre, le recourant ne démontre en réalité aucun arbitraire dans l'établissement des faits, mais reproche à la cour cantonale de n'avoir pas examiné le grief qu'il aurait soulevé devant elle de n'avoir pas été pourvu d'un défenseur au stade de l'instruction, et non seulement de la procédure de première instance. Il n'établit toutefois pas lui avoir effectivement soumis ce grief, mais se borne à l'affirmer, sans se référer à aucune pièce du dossier qui en attesterait. Il n'y a dès lors pas lieu d'entrer en matière.
5.1.2 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir nié arbitrairement que les conditions de l'<ref-law>/VS, qui fixe les conditions auxquelles le juge doit désigner un défenseur au prévenu, étaient réunies au stade de la procédure de première instance.
5.1.2.1 Aux termes de l'<ref-law>/VS, "lorsque le prévenu est détenu depuis plus de 14 jours et qu'il est inculpé d'un crime ou d'un délit grave, ou lorsqu'il ne peut se défendre lui-même à cause de son jeune âge, de son inexpérience ou pour d'autres causes, le juge lui désigne un défenseur, en tenant compte de ses voeux dans la mesure du possible, à moins que le prévenu n'en ait choisi un lui-même".
5.1.2.2 Le jugement attaqué expose que, par "autres causes" au sens de cette disposition, il faut entendre la complexité du cas en fait ou en droit, laquelle doit être telle qu'elle ne puisse être maîtrisée par le prévenu. Il nie que cette condition soit réalisée en l'espèce. A l'appui, il relève que les infractions reprochées au recourant ne justifiaient pas de lui désigner un défenseur, les difficultés de la cause tenant à la technicité des faits, que le recourant était à même de maîtriser.
5.1.2.3 Cette appréciation n'est pas arbitraire. En particulier, il n'était pas manifestement insoutenable de considérer que la cause ne présentait pas de difficultés juridiques particulières; le recourant se voyait reprocher quatre infractions par négligence, qui reposaient toutes sur les même faits et pour lesquelles il encourait une peine modérée, qui serait manifestement assortie du sursis. Il n'était pas non plus manifestement insoutenable d'admettre que l'affaire tenait essentiellement à la technicité des faits et que, de ce point de vue, elle était maîtrisable par le recourant, compte tenu notamment de sa formation, de son expérience professionnelle et des tâches de premier plan qu'il a assumées. Le recourant n'établit au demeurant pas l'arbitraire qu'il allègue. Son argumentation se réduit pratiquement à opposer sa propre appréciation à celle de la cour cantonale, voire simplement à la contredire. Le grief doit dès lors être rejeté dans la mesure où il est recevable.
5.1.3 Le recourant soutient que les art. 29 al. 2 et 32 al. 2 Cst. ainsi que l'art. 6 ch. 1 CEDH imposaient, même contre sa volonté, de lui désigner un défenseur d'office et cela tant au stade de l'instruction qu'à celui de la procédure de première instance.
5.1.3.1 La défense nécessaire ou obligatoire implique que l'intéressé, eu égard aux difficultés que la cause présente en fait et en droit, soit, aux différents stades de la procédure et même s'il ne le demande pas, pourvu d'un défenseur (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 352/353). Elle résulte du droit à un procès équitable, garanti par les art. 6 ch. 1 CEDH et 29 al. 1 Cst., et peut aussi être déduite des droits de la défense, découlant de la même garantie, consacrés par l'art. 32 al. 2 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1 et 4.2 p. 360 s.). Elles n'obligent en revanche pas l'autorité qui a dûment avisé l'accusé de la nécessité pour lui d'être pourvu d'un défenseur de lui en imposer un contre sa volonté (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 361 ss, notamment consid. 4.3.4 p. 364, et consid. 4.4 p. 364/365). Plus généralement, le droit de l'accusé à être pourvu d'un défenseur vaut, même en cas de défense obligatoire, sous réserve de l'abus de droit, qui s'applique à l'ensemble de l'ordre juridique et en particulier, sans restriction, à tous les droits procéduraux des parties, y compris ceux découlant de l'art. 6 CEDH (cf. arrêt 6P.113/1999 consid. 2c et les références citées).
5.1.3.2 Il résulte du jugement attaqué que, le 10 octobre 2005, le recourant a adressé au juge d'instruction une lettre dans laquelle, après avoir admis que ce magistrat avait attiré, par deux fois, son attention sur la nécessité qu'il soit représenté par un défenseur, lui a signifié qu'il maintenait sa position, à savoir qu'il entendait se défendre seul. Le recourant a ainsi renoncé et s'est même opposé, en toute connaissance de cause, à être pourvu d'un défenseur pendant la phase de l'instruction, de sorte qu'il ne saurait se plaindre d'une violation de la garantie qu'il invoque à ce stade de la procédure.
5.1.3.3 Ainsi qu'on l'a vu, la défense nécessaire suppose que l'accusé, en raison des difficultés que présente la cause en fait et en droit, soit exposé à ne pas bénéficier d'une défense efficace et, partant, d'un procès équitable (cf. supra, consid. 5.1.3.1).
La cour cantonale a considéré que ces conditions n'étaient pas réalisées dans le cas d'espèce, ce qu'elle a justifié en renvoyant aux motifs qui l'avaient conduite à écarter le grief de violation de l'<ref-law>/VS, à juste titre dans la mesure où - et cela n'est pas contesté - cette disposition exige, de la même manière, que la complexité juridique et factuelle du cas expose l'accusé à ne pas bénéficier d'une défense efficace (cf. supra, consid. 5.1.2.2). Or, pour les motifs exposés plus haut (cf. supra, consid. 5.1.2.3), son appréciation quant à la complexité de l'affaire et à la capacité du recourant de la maîtriser n'est pas critiquable. A cet égard, il n'est pas inutile d'ajouter que, dans la lettre qu'il a adressée le 10 octobre 2005 au juge d'instruction, le recourant a notamment motivé son refus répété d'un défenseur à raison du peu de confiance qu'il avait à être défendu par un avocat "dans une affaire qui requiert principalement une compréhension technique de la chose". Dans ces conditions, on ne discerne pas de violation des dispositions de rang constitutionnel invoquées.
5.1.4 Le recourant se plaint encore d'une violation du principe de l'égalité des armes, du fait de l'intervention du Ministère public. Il ne motive toutefois pas ce grief conformément aux exigences de l'<ref-law>. Il se borne en effet à arguer de la participation du Ministère public à la procédure, sans démontrer que, de ce fait, il se serait trouvé dans une position de net désavantage, ni alléguer que cette participation imposait de le pourvoir d'un défenseur en vertu du droit cantonal de procédure.
Au demeurant, comme cela ressort de la lettre qu'il a adressée le 10 octobre 2005 au magistrat instructeur, le recourant savait, à tout le moins depuis la séance d'inculpation de mars 2003, que le Ministère public, qui était présent lors de cette séance, intervenait dans la procédure. Ce nonobstant, il a refusé d'être pourvu d'un défenseur. Il est dès lors malvenu de se plaindre d'une violation du principe de l'égalité des armes du fait qu'il n'était pas assisté d'un défenseur alors que le Ministère public participait à la procédure.
5.1.5 Le grief de violation du droit à une défense nécessaire doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable.
5.2 Le recourant invoque une violation des art. 32 al. 2 Cst. et 6 ch. 3 CEDH, au motif qu'il n'a pas disposé, en appel, du temps et des facilités nécessaires à la préparation de sa défense.
5.2.1 L'art. 6 ch. 3 let. b CEDH garantit à tout accusé le droit à disposer du temps et des facilités nécessaires à la préparation de sa défense. Le même droit peut être déduit, sur le plan interne, de l'art. 32 al. 2 Cst., qui n'a à cet égard pas de portée distincte.
Le temps nécessaire ne peut être déterminé de manière abstraite, mais doit être évalué en fonction des circonstances du cas concret. Doivent notamment être pris en considération l'importance de l'affaire et sa difficulté sur le plan factuel et juridique, le genre et le stade de la procédure ainsi que la situation de la défense (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 188).
5.2.2 Le recourant fait en substance valoir qu'il s'est constitué un avocat le 25 octobre 2007, que ce dernier n'a pu consulter le dossier qu'à la mi-novembre 2007 et qu'il n'a donc disposé, entre cette date et celle des débats d'appel, que de 2 mois pour préparer sa défense. Il invoque également l'importance quantitative et qualitative de l'affaire. Il relève encore que son mandataire avait aussi à s'occuper d'autres mandats. Il ajoute qu'il a sollicité à deux reprises le report de l'audience, mais que ces requêtes ont été rejetées, respectivement le 5 décembre 2007 et le 10 janvier 2008, par la présidente de la cour cantonale. Dans ces conditions, le refus de cette dernière d'ajourner les débats d'appel violerait la garantie qu'il invoque.
5.2.3 La cour cantonale a refusé d'ajourner les débats en se référant aux motifs de la décision présidentielle du 5 décembre 2007, qu'elle a donc fait siens.
Il en résulte que la cour cantonale a admis que l'affaire était volumineuse et revêtait une certaine complexité, mais a néanmoins considéré que le temps dont avait disposé l'avocat du recourant pour préparer la défense de ce dernier restait suffisant. A l'appui, elle a observé que l'affaire se trouvait au stade de l'appel, que les agissements du recourant et leur qualification juridique avaient été fixés dans l'arrêt de renvoi du 25 avril 2007 et que l'état de fait avait été circonscrit par le jugement de première instance. Elle a également relevé que le Ministère public n'avait pas appelé de ce jugement et que l'appel des parties civiles EOS et Grande Dixence SA ne concernait pas le recourant, de sorte que le jugement de première instance ne pourrait pas être modifié en défaveur de celui-ci. L'avocat du recourant avait pu prendre connaissance du jugement querellé aussitôt après avoir été consulté et l'intégralité du dossier de la cause était à son entière disposition au greffe du Tribunal cantonal depuis le début du mois de novembre 2007; il avait au demeurant admis avoir pu consacrer une partie de ses soirées, de ses week-ends et de ses vacances de fin d'année à l'affaire; il employait de surcroît plusieurs avocats stagiaires, qui étaient en mesure de le seconder et auxquels il pouvait déléguer certaines tâches.
5.2.4 Compte tenu notamment de l'importance et de l'ampleur de l'affaire, le laps de temps dont a disposé le recourant pour préparer sa défense en appel apparaît certes bref. Il pouvait néanmoins être considéré comme suffisant.
Comme l'a relevé la cour cantonale, la cause se trouvait au stade de l'appel et le jugement de première instance ne pouvait pas être modifié en défaveur du recourant. Les faits reprochés à ce dernier étaient ainsi circonscrits par ce jugement et la défense de ses intérêts n'impliquait pas l'étude de toutes les pièces du dossier, loin s'en faut. On pouvait au demeurant attendre du mandataire du recourant, qui l'a du reste fait, que, ayant accepté le mandat alors qu'il en connaissait l'ampleur et savait que les débats d'appel étaient assignés au 15 janvier 2008, il consacre au besoin une partie de son temps libre à l'affaire. Celui-ci devait en outre être conscient que l'approche de la prescription rendait difficile un ajournement des débats, d'autant plus après la décision présidentielle du 5 décembre 2007. Au demeurant, le recourant doit se laisser opposer la passivité dont il admet avoir fait preuve, en attendant jusqu'au 25 octobre 2007 pour consulter un avocat, soit près de deux mois depuis que le jugement de première instance lui avait été notifié, le 30 août 2007. S'il n'avait pas autant tardé à le faire, il aurait bénéficié d'un laps de temps de près du double de celui dont il a disposé. Le grief doit dès lors être rejeté.
5.3 Le recourant s'en prend à la décision du 9 janvier 2008, par laquelle la présidente de la cour cantonale lui a signifié l'extension de l'accusation portée contre lui à un fait qui n'avait pas été énoncé dans l'arrêt de renvoi ni dénoncé aux débats, mais qui avait été retenu par le premier juge, à savoir que l'aval qu'il a donné à la remise en eau du puits n'a pu être antérieur au 11 août 2000.
5.3.1 Il soutient que ce fait, parce que non mentionné dans l'arrêt de renvoi, a été retenu par le premier juge en violation de l'<ref-law>/VS [recte: <ref-law>/VS], relatif au contenu de l'acte d'accusation, et de l'<ref-law>/VS, relatif à la modification de l'accusation en première instance, donc en violation du principe accusatoire. Il allègue en outre qu'en l'absence d'un appel dirigé contre la condamnation prononcée contre lui en première instance, l'extension de l'accusation qui lui a été signifiée viole l'interdiction de la reformatio in pejus résultant de l'<ref-law>/VS. Comme conséquence des vices ainsi dénoncés, il invoque en outre une violation du principe du double degré de juridiction.
5.3.2 Seul le jugement de dernière instance cantonale peut faire l'objet du recours (<ref-law>). Le recourant est dès lors irrecevable à se plaindre d'une violation du principe accusatoire par le premier juge.
5.3.3 En procédure pénale valaisanne, une modification de l'accusation (<ref-law>/VS) est possible en appel dans les limites de l'<ref-law>/VS (<ref-law>/VS), qui consacre l'interdiction de la reformatio in pejus en l'absence d'un appel du Ministère public ou d'un appel de la partie civile dirigé contre l'accusé.
5.3.4 S'agissant d'une extension de l'accusation, la décision du 9 janvier 2008 relève qu'elle peut intervenir sous la forme d'une prise en considération de faits qui n'ont pas été mentionnés dans l'arrêt de renvoi ni dénoncés lors des débats mais qui ont été retenus par le premier juge. Le recourant ne remet pas en cause cette pratique, dont, à plus forte raison, il ne démontre pas qu'elle serait arbitraire. Il n'y a donc pas lieu d'examiner la question.
5.3.5 Viole l'interdiction de la reformatio in pejus, l'autorité de recours qui, alors que les conditions auxquelles elle pourrait le faire ne sont pas réunies, modifie le jugement qui lui est déféré au préjudice du condamné qui a recouru. Tel n'est à l'évidence pas le cas lorsque l'autorité de recours prend en considération un fait qui a été retenu dans le jugement de première instance, tant il est manifeste que, ce faisant, elle ne modifie pas ce jugement. Subséquemment, la question de savoir si les conditions auxquelles elle aurait pu réformer le jugement attaqué en défaveur du recourant sont réalisées ne se pose pas.
5.3.6 Les griefs de violation du principe accusatoire et de l'interdiction de la reformatio in pejus, respectivement de violation arbitraire des dispositions de droit cantonal relatives à ces principes, sont ainsi dépourvus de fondement. Il en va de même, par conséquent, de celui pris d'une violation du principe du double degré de juridiction, que le recourant se borne à déduire des autres griefs ici soulevés, sans l'étayer par une argumentation spécifique.
5.4 Le recourant se plaint d'une violation de son droit à disposer du temps et des facilités nécessaires à la préparation de sa défense, à raison du rejet de la requête d'ajournement des débats qu'il avait formulée suite à la décision d'extension de l'accusation du 9 janvier 2008.
Il fait valoir que cette décision lui a été notifiée deux jours avant les débats. Il aurait ainsi été contraint, en un laps de temps beaucoup trop court, de "fouiller dans une montagne de papier" pour trouver des éléments susceptibles de lui permettre de contester que le comportement qui lui était reproché remontait au 11 août 2000.
5.4.1 La cour cantonale a écarté la requête litigieuse au motif que les faits auxquels l'accusation était étendue en appel étaient repris "expressis verbis" du jugement de première instance, dont l'avocat du recourant avait eu connaissance dès le début de son mandat.
5.4.2 Ce raisonnement, auquel le recourant ne peut opposer aucun argument sérieux, ne souffre aucune critique. Du considérant 96c du jugement de première instance, il ressort en effet que le premier juge, motifs à l'appui, a exclu que l'aval litigieux ait pu être donné le 8 juin 2000 et a retenu qu'il l'avait été au moment de l'annonce faite au maître de l'ouvrage de la fin de tous les travaux de réparation et de contrôle, avec la précision que cette annonce "n'a pu être antérieure au 11 août 2000". Il était ainsi parfaitement clair que le jugement de première instance tenait pour établi que la négligence retenue remontait au 11 août 2000 au plus tôt. Le recourant ne saurait donc soutenir n'avoir pu, jusqu'à l'extension de l'accusation, se rendre compte que le comportement qui lui est reproché était considéré comme remontant à cette dernière date. Ce fait était connu de lui depuis qu'il avait reçu notification du jugement de première instance, et de son mandataire depuis le début novembre 2007 en tout cas, lequel ne pouvait en méconnaître l'importance. Le grief ne peut dès lors qu'être rejeté.
6. Dans la mesure où le recourant fait valoir que, la cause exacte de la rupture du puits n'ayant pu être identifiée, il ne peut être l'auteur des infractions retenues, sa critique tombe manifestement à faux. Il ne lui a pas été reproché d'avoir méconnu la cause de la fissuration, mais d'avoir donné l'aval litigieux alors que, précisément, il n'y avait pas de certitude quant à l'origine des fissures.
7. Le recourant conteste la négligence retenue à son encontre.
7.1 Il soutient d'abord qu'elle a été déduite d'un état de fait établi arbitrairement.
7.1.1 Le jugement attaqué retient notamment que le recourant a admis que l'annonce qu'il avait faite au maître de l'ouvrage de l'achèvement de tous les contrôles et de toutes les réparations avait valeur de préavis favorable à la remise en eau du puits et que ce préavis garantissait que cette dernière pouvait se faire en toute sécurité du point de vue de la métallurgie et de l'acier. En conséquence, il exclut que le rôle du recourant se soit limité à celui de "courroie de transmission".
Le recourant n'établit aucunement que cette appréciation, qu'il ne conteste même pas, serait arbitraire. Son argumentation se réduit à réaffirmer qu'il était uniquement chargé de viser et de récapituler les informations recueillies, que son rôle était ainsi purement administratif et qu'il n'allait donc pas au-delà de celui d'une "courroie de transmission".
7.1.2 Il semble nécessaire de rappeler une fois de plus que le recourant ne s'est pas vu reprocher une insuffisance dans les contrôles et réparations effectués, mais d'avoir, par l'annonce qu'il a faite au maître de l'ouvrage de l'achèvement de tous les travaux, donné un préavis favorable à la remise en eau du puits. Ses allégations selon lesquelles il n'avait pas les connaissances nécessaires pour apprécier la pertinence et la qualité des travaux effectués sont dès lors impropres à faire admettre l'arbitraire prétendu.
7.1.3 Le reste de l'argumentation du recourant se réduit à une plaidoirie appellatoire, dans laquelle on ne discerne aucune démonstration d'arbitraire. A maints égards, elle est au demeurant privée de pertinence au vu de la négligence retenue à son encontre et, partant, inapte à faire admettre l'arbitraire allégué.
7.1.4 Sur le vu de ce qui précède, le grief d'arbitraire, autant qu'il puisse être considéré comme recevable au regard des exigences de motivation de l'<ref-law>, doit être rejeté.
7.2 Le recourant semble vouloir soutenir que c'est en violation de la loi pénale, en particulier de l'<ref-law>, qu'il lui a été fait grief d'une négligence.
7.2.1 Le violation prétendue du droit matériel fédéral s'examine sur la base des faits établis par l'autorité précédente. Or, le recourant n'indique pas en quoi la cour cantonale, sur la base des faits qu'elle a retenus, aurait violé le droit fédéral, notamment l'<ref-law>, en admettant l'existence d'une négligence. Il se borne à rappeler la jurisprudence relative à la notion de négligence et à déduire l'absence de réalisation de cette condition de l'arbitraire dans l'établissement des faits qu'il allègue. Le grief est dès lors irrecevable, faute de satisfaire aux exigences minimales de motivation de l'<ref-law>.
7.2.2 Au demeurant, fondé sur l'état de fait retenu, le grief eut dû être rejeté.
7.2.2.1 La négligence est définie de la même manière à l'<ref-law> qu'à l'art. 18 aCP. Elle suppose, d'une part, que l'auteur ait violé un devoir de prudence que les circonstances lui imposaient pour ne pas excéder les limites du risque admissible et, d'autre part, qu'il n'ait pas prêté l'attention ou fait les efforts que l'on pouvait attendre de lui pour se conformer à ce devoir (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 161/162; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 121).
Pour déterminer les devoirs imposés par la prudence, on peut se référer à des normes édictées par l'ordre juridique pour assurer la sécurité et éviter des accidents. A défaut de dispositions légales ou réglementaires, on peut se référer à des règles analogues qui émanent d'associations privées ou semi-publiques lorsqu'elles sont généralement reconnues. La violation des devoirs de la prudence peut aussi être déduite des principes généraux, si aucune règle spéciale de sécurité n'a été violée (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 162; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 121). Il y a violation d'un devoir de prudence lorsque l'auteur, au moment des faits, aurait pu, compte tenu de ses connaissances et de ses capacités, se rendre compte de la mise en danger d'autrui (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 162; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 121). La violation, le cas échéant, d'un devoir de prudence doit être imputable à faute. Il faut que l'on puisse reprocher à l'auteur, compte tenu de ses circonstances personnelles, d'avoir fait preuve d'un manque d'effort blâmable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 163; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 121).
7.2.2.2 Selon les constatations de fait cantonales, le recourant faisait partie aussi bien de la task force opération - chargée de la mise au point des procédures de réparation, de leur réalisation ainsi que de l'organisation et de l'exécution des tâches d'auscultation du puits - que de la task force analyse - qui avait en substance pour tâche d'analyser les défauts en vue de cerner le phénomène de la fissuration et de prévenir la survenance de nouvelles fissures -. Au sein de la task force opération, il était le responsable du groupe de travail chargé des réparations. Il a participé à toutes les séances des deux task force depuis le 14 février 2000 et avait, de ce fait, une connaissance complète des mandats et rapports qui y étaient discutés. En particulier, il savait que la cause de la fissuration du puits n'avait pas réellement pu être élucidée, que de nouvelles fissures étaient susceptibles d'apparaître, qu'un contrôle par ultrasons était prévu en 2001 en vue de valider les réparations effectuées et que les nouvelles fissures, comme celles déjà apparues, résulteraient d'une fragilisation des soudures, qui était toujours à l'oeuvre, mais dont les causes précises demeuraient inconnues.
Toujours selon les constatations de fait cantonales, le recourant bénéficiait d'une solide expérience professionnelle, acquise dans la réalisation des conduites forcées de grandes dimensions. Il avait assumé des tâches importantes, participant à la préparation de l'offre pour l'adjudication des travaux du puits, dirigeant le programme prévu par le contrat d'entreprise, assumant la fonction de chef de projet jusqu'au terme des travaux confiés au consortium GSN et fonctionnant comme responsable des travaux de réparation. Par ailleurs, comme il l'a reconnu, l'annonce qu'il a faite au maître de l'ouvrage de l'achèvement de tous les contrôles et de toutes les réparations constituait, de sa part, un aval à la remise en eau du puits. L'aval ainsi donné avait au demeurant été l'un des éléments déterminants ayant présidé à la décision de remettre le puits en eau.
7.2.2.3 Sur la base des faits ainsi retenus et de la jurisprudence précitée, la cour cantonale pouvait, sans violer le droit fédéral, admettre que le comportement du recourant était constitutif de la violation d'un devoir de prudence lui incombant et, partant, d'une négligence au sens de l'<ref-law>, respectivement des dispositions du code pénal réprimant les infractions retenues. Le recourant a donné l'aval litigieux en faisant abstraction d'un danger qu'il connaissait et des conséquences qui pouvaient en résulter. Il a ainsi pris le risque de leur réalisation, alors que, compte tenu des éléments dont il disposait et de ses circonstances personnelles, il ne pouvait l'exclure.
8. Le recourant paraît vouloir contester l'existence d'un lien de causalité adéquate entre son comportement et le résultat dommageable qui s'est produit.
8.1 Un comportement est la cause adéquate d'une résultat, lorsque, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, il est propre à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 168; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 147).
8.2 La recourant se borne à citer la jurisprudence relative à cette condition. Il n'indique pas, conformément aux exigences minimales de motivation posées par l'<ref-law>, en quoi le raisonnement par lequel la cour cantonale a admis qu'elle était réalisée violerait le droit fédéral.
Au demeurant, ce raisonnement n'est pas critiquable. Selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, l'aval litigieux, qui a été l'un des éléments déterminants quant à la décision de remettre le puits en eau, était propre, dans les circonstances où il a été donné, à savoir alors que les causes de la fissuration n'étaient pas suffisamment élucidées et que de nouvelles fissures pouvaient apparaître, à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit.
8.3 En réalité, l'argumentation du recourant vise exclusivement à faire admettre que le lien causal entre son comportement et le dommage a été rompu à raison d'une faute prépondérante du maître de l'ouvrage.
8.3.1 Le rapport de causalité adéquate existant entre un comportement constitutif de négligence et le résultat dommageable qui s'est produit peut se trouver interrompu si une autre cause concomitante, par exemple une force naturelle, le comportement de la victime ou d'un tiers, constitue une circonstance tout à fait exceptionnelle ou apparaît si extraordinaire que l'on ne pouvait s'y attendre. L'imprévisibilité d'un acte concurrent ne suffit pas en soi à interrompre le rapport de causalité adéquate. Il faut encore que cet acte ait une importance telle qu'il s'impose comme la cause la plus probable et la plus immédiate de l'événement considéré, reléguant à l'arrière-plan tous les autres facteurs qui ont contribué à l'amener et notamment le comportement de l'auteur (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 168; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 148).
8.3.2 A l'appui de son grief, le recourant fait valoir que le maître de l'ouvrage était le seul à avoir une vue d'ensemble de la construction. Il avait commandé des études afin de connaître les causes des fissures et d'analyser la sécurité de l'ouvrage, mais n'avait pas attendu les résultats de l'ensemble de celles-ci pour ordonner la remise en eau du puits et avait abandonné la revue du projet, alors que cette dernière aurait pu mettre en évidence les risques liés au choix d'un tracé peu profond. Lorsqu'il avait eu connaissance, bien après l'aval donné par le recourant, des informations relatives à la propagation des fissures et à la sécurité de l'aménagement, il ne les avait pas transmises et n'avait pas adopté les seules mesures raisonnables qui s'imposaient. En agissant de la sorte, il avait violé son devoir élémentaire de prudence et créé un état de chose dangereux. Le décès de trois personnes et l'ampleur des dégâts étaient principalement, voire exclusivement, dus au choix du tracé du puits. L'interdiction de mettre en danger la population qui incombait au maître de l'ouvrage commandait qu'il prenne, au plus tard en octobre 2000 lorsqu'il avait reçu le rapport final du bureau Stucky Ingénieurs-Conseils SA, la décision de faire stopper l'exploitation. La faute du maître de l'ouvrage était si grave que tous les actes antérieurs reprochés aux accusés perdaient leur portée.
8.3.3 Pour aucun des comportements qu'il cite, le recourant n'indique en quoi, supposé causal, il serait si exceptionnel ou extraordinaire qu'on ne pouvait s'y attendre et, le cas échéant, en quoi il serait d'une importance telle qu'il s'imposerait comme la cause la plus probable et la plus immédiate du dommage, au point qu'il l'emporterait sur les autres facteurs, notamment sur son propre comportement, comme cause de ce dommage. En d'autres termes, le recourant n'indique pas en quoi les comportements qu'il attribue au maître de l'ouvrage seraient interruptifs du lien causal entre son propre comportement et le résultat dommageable, ni, partant en quoi le jugement attaqué, pour l'avoir nié, violerait le droit fédéral. La simple affirmation de la violation par un tiers d'un devoir de prudence lui incombant ainsi que du caractère causal et de la gravité de cette violation est à cet égard manifestement insuffisante. Le grief est par conséquent irrecevable, faute de satisfaire eux exigences minimales de motivation de l'<ref-law>.
9. S'agissant de la répartition des frais cantonaux, l'argumentation du recourant vise exclusivement à faire admettre qu'il devrait en être déchargé pour le cas où l'admission de son recours devrait conduire à son acquittement. Vu le sort des griefs soulevés, le recours sur ce point devient sans objet.
10. Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Conformément à l'<ref-law>, le recourant, qui succombe, supportera les frais.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour pénale II.
Lausanne, le 7 janvier 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Angéloz