Sachverhalt:
A. Die 1980 geborene B._ war seit 1. Juni 2004 als Pflegefachfrau beim Altersheim X._ tätig und bei der Allianz Suisse Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend Allianz) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 13. Dezember 2004 kollidierte ein Lastwagen seitlich mit dem von ihr gelenkten PW. Der gleichentags aufgesuchte Hausarzt Dr. med. A._ diagnostizierte eine HWS-Distorsion ohne röntgenologische Hinweise auf ossäre Läsionen. Die Allianz gewährte Heilbehandlung und richtete ein Taggeld aus. Nach diversen medizinischen Abklärungen holte die Unfallversicherung ein interdisziplinäres Gutachten beim Institut Y._ ein, das am 20. Juli 2007 erging. Gestützt darauf verfügte sie am 23. November 2007, dass B._ ab 1. April 2007 in einer angepassten zumutbaren beruflichen Tätigkeit zu 50% als arbeitsfähig gelte und ihr ab diesem Zeitpunkt bis auf weiteres auf dieser Basis Taggelder ausgerichtet würden, wobei sie für die Heilbehandlung weiterhin aufkomme. Im Einspracheverfahren holte die Allianz beim Zentrum Z._ ein weiteres interdisziplinäres Gutachten vom 5. Juni 2008 ein. Aufgrund der Erkenntnisse der Experten, wonach spätestens zwölf Wochen nach dem Unfall der status quo ante vel sine erreicht gewesen sei, stellte die Unfallversicherung B._ die Einstellung der Versicherungsleistungen per 13. März 2005 in Aussicht. Nachdem an der Einsprache festgehalten wurde, hob die Allianz mit Entscheid vom 28. Juli 2008 die Verfügung vom 23. November 2007 auf und stellte die Versicherungsleistungen per 13. März 2005 ein, wobei sie auf die Rückforderung der bereits erbrachten Leistungen verzichtete.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde, mit welcher B._ beantragen liess, die Allianz sei anzuweisen, ihr über den 13. März 2005 hinaus bis auf weiteres volle Taggelder auszurichten und im Übrigen sei die Sache zu weiteren Abklärungen an die Unfallversicherung zurückzuweisen, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 19. November 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt B._ beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids vom 19. November 2009 und des Einspracheentscheids vom 28. Juli 2008 sei die Allianz anzuweisen, ihr über den 13. März 2005 hinaus weiterhin Taggelder zuzusprechen und - unter Berücksichtigung bereits erfolgter Zahlungen - nachzuzahlen.
Die Allianz schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (Urteil 8C_934/2008 vom 17. März 2009 E. 1 mit Hinweisen, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2009 UV Nr. 35 S. 120). Das Bundesgericht kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Im angefochtenen Entscheid sind die Bestimmungen über den Anspruch auf Taggeldleistungen (<ref-law>) der obligatorischen Unfallversicherung zutreffend dargelegt. Gleiches gilt für die Rechtsprechung über den für einen Leistungsanspruch nebst anderem vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181) sowie nach der sog. Schleudertrauma-Praxis (<ref-ruling>) im Besonderen. Darauf wird verwiesen.
3. Die Allianz ist nach dem Unfallereignis vom 13. Dezember 2004 für die Heilbehandlungskosten aufgekommen und hat Taggeldleistungen erbracht. Letztere hat sie mit Verfügung vom 23. November 2007 ab 1. April 2007 auf die Basis einer Arbeitsunfähigkeit von 50% reduziert. Mit Einspracheentscheid vom 28. Juli 2008 hat sie - nach Androhung einer reformatio in peius - in Aufhebung dieser Verfügung die Leistungen per 13. März 2005 eingestellt, jedoch auf eine Rückforderung der nach dem 13. März 2005 erbrachten Leistungen verzichtet. Streitig und zu prüfen ist der Fallabschluss der Allianz per 13. März 2005.
3.1 Die Leistungseinstellung begründete die Allianz damit, dass gestützt auf das Gutachten des Zentrums Z._ vom 5. Juni 2008 der status quo sine vel ante spätestens drei Monate nach dem Unfall, mithin am 13. März 2005, erreicht war und dass, selbst wenn vom Bestehen natürlich kausaler Unfallfolgen auszugehen wäre, deren Adäquanz verneint werden müsste. Unter diesen Umständen - so der Unfallversicherer - sei auf die ursprünglich strittige Frage der Rechtmässigkeit der gestützt auf das Gutachten des Instituts Y._ vom 20. Juli 2007 verfügten Reduktion der Taggeldleistungen auf 50% nicht weiter einzugehen, zumal der Anspruch auf Taggeldleistungen bei fehlender Unfallkausalität ohnehin entfalle.
3.2 Die Vorinstanz liess die Frage des natürlichen Kausalzusammenhangs in Anbetracht der beiden erwähnten, sich diesbezüglich grundlegend unterscheidenden Gutachten offen und verneinte die Anspruchsvoraussetzung des adäquaten Kausalzusammenhangs. Sie legte dar, die Verneinung der Adäquanz im Zeitpunkt des Fallabschlusses schliesse die Feststellung mit ein, dass ab Beginn gar nie ein adäquater Kausalzusammenhang bestanden habe, weshalb sich die Leistungseinstellung per 13. März 2005 als korrekt erweise.
4. 4.1 Nach Gesetz und Rechtsprechung hat der Unfallversicherer den Fall (unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen Heilbehandlung und Taggeld sowie mit Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und auf eine Integritätsentschädigung) abzuschliessen, wenn von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes der versicherten Person mehr erwartet werden kann und allfällige Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung (IV) abgeschlossen sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1 S. 114 mit Hinweisen). Ob von einer Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung zu erwarten ist, bestimmt sich insbesondere nach Massgabe der zu erwartenden Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit, soweit diese unfallbedingt beeinträchtigt ist. Dabei verdeutlicht die Verwendung des Begriffes "namhaft" durch den Gesetzgeber, dass die durch weitere Heilbehandlung zu erwartende Besserung ins Gewicht fallen muss. Unbedeutende Verbesserungen genügen nicht (<ref-ruling> E. 4.3 S. 115). Sodann gilt, dass der Gesundheitszustand der versicherten Person prognostisch und nicht auf Grund retrospektiver Feststellungen zu beurteilen ist (RKUV 2005 Nr. U 557 S. 388, U 244/04 E. 3.1 mit Hinweisen; Urteil 8C_29/2010 vom 27. Mai 2010 E. 4.2). Davon zu unterscheiden ist die Prüfung der adäquaten Kausalität zwischen Unfall und Gesundheitsschaden, bei welcher nach Abschluss des normalen, unfallbedingt erforderlichen Heilungsprozesses abgeklärt wird, ob die geklagten Beschwerden zum Unfall adäquat kausal sind. Rechtsprechungsgemäss kann der Unfallversicherer trotz vorheriger Ausrichtung von Heilbehandlung und Taggeld ohne Berufung auf einen Wiedererwägungs- oder Revisionsgrund die Adäquanz verneinen und gestützt hierauf die Leistungen "ex nunc et pro futuro" einstellen (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 384), ausser wenn die ausbezahlten Leistungen zurückgefordert werden (vgl. <ref-ruling> E. 6.8 S. 65 und Urteil 8C_714/2009 vom 14. April 2010 E. 4.2). Die Formulierung "ex nunc" bezieht sich hiebei auf den Zeitpunkt der faktischen Leistungseinstellung, und nicht auf jenen der Einstellungsverfügung (vgl. Urteil 8C_714/2009 vom 14. April 2010 E. 4.2).
4.2 Wie das kantonale Gericht darlegt, weichen die Gutachten des Instituts Y._ vom 20. Juli 2007 und des Zentrums Z._ vom 5. Juni 2008 zwar nicht bezüglich der Diagnose eines Schmerzsyndroms, jedoch bezüglich der noch vorhandenen unfallkausalen Beschwerden sowie der attestierten Arbeitsunfähigkeit erheblich voneinander ab. Das Institut Y._ führte die geltend gemachte Gesundheitsschädigung mit überwiegender Wahrscheinlichkeit zumindest teilursächlich auf den Unfall vom 13. Dezember 2004 zurück. Während es den Status quo ante bezüglich der Rückenschmerzen seit ungefähr drittes Quartal 2006 als erreicht betrachtete, ging es bezüglich der Beschwerden im Torso und der Kopfschmerzen davon aus, er sollte bis spätestens Mitte 2008 erreicht sein. Obschon das Institut Y._ im Untersuchungszeitpunkt keine Störung von Krankheitswert mehr feststellte, attestierte es der Versicherten in der angestammten Tätigkeit als Pflegefachfrau eine unfallbedingte Arbeitsunfähigkeit von 100% und in einer ideal angepassten Tätigkeit eine solche von 50%. Es führte aus, mit dem Erreichen des Status quo ante dürfe weiterhin gerechnet werden, wobei die Wahrscheinlichkeit dazu nicht über 75% liege. Aktuell sei bei der Versicherten nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit von einer bleibenden Beeinträchtigung der Leistungsfähigkeit als Pflegefachfrau auszugehen, doch lasse sich eine solche auch nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit ausschliessen. Demgegenüber hielt das Zentrum Z._ fest, spätestens zwölf Wochen nach dem Unfall könne von einer folgenlosen Ausheilung der Mikrotraumatisierungen der Muskulatur ausgegangen werden. Es finde sich keine medizinisch mit objektiven Befunden begründbare Einschränkung der Leistungsfähigkeit, weder in der Tätigkeit als Pflegefachfrau noch als Praxisassistentin nach einer vorübergehenden Rekonvaleszenzphase von sechs bis zwölf Wochen nach dem Unfall. Die Versicherte sei in keinen berufsspezifischen Tätigkeiten unfallbedingt beeinträchtigt. Für den Zeitraum seit Juli 2007 gehe sie von einer vollen Arbeitsfähigkeit aus.
4.3 Wie die Allianz vernehmlassungsweise ausführt, hat sie bis Frühling 2008 Taggeldleistungen erbracht und diese mit Einspracheentscheid vom 28. Juli 2008 gestützt auf das Gutachten des Zentrums Z._ vom 5. Juni 2008 rückwirkend per 13. März 2005 eingestellt. Soweit sie die Leistungseinstellung mit der Verneinung der Adäquanz zwischen noch vorhandenen Beschwerden und dem Unfallereignis begründet, kann ihr insoweit gefolgt werden, als gestützt auf die beiden Gutachten mit überwiegender Wahrscheinlichkeit davon ausgegangen werden kann, dass per Mitte 2008 der unfallbedingte Heilungsprozess abgeschlossen war und der adäquate Kausalzusammenhang geprüft werden konnte. Wie das kantonale Gericht in einlässlichen und sorgfältigen Erwägungen überzeugend dargelegt hat, ist ein solcher für diesen Zeitpunkt ausgehend von einem mittelschweren Unfallereignis und in Anwendung der Schleudertraumapraxis zu verneinen. Auf die entsprechenden Erwägungen kann verwiesen werden, zumal sich die Beschwerdeführerin im vorliegenden Verfahren überhaupt nicht damit auseinandersetzt. Der Beschwerdeführerin ist jedoch insoweit Recht zu geben, als die Verneinung der Adäquanz entgegen der Auffassung von Beschwerdegegnerin und Vorinstanz nicht zu einer rückwirkenden Einstellung per 13. März 2005 führen kann, sondern ohne Rückforderung bereits erbrachter Leistungen lediglich eine Leistungseinstellung ex nunc et pro futuro zu begründen vermag und allfällige Taggelder bis zu diesem Zeitpunkt geschuldet sind. Ein Anspruch darüber hinaus ist indessen zu verneinen.
4.4 Ist die Leistungseinstellung lediglich ex nunc et pro futuro möglich, ist somit zu prüfen, ob bis zu diesem Zeitpunkt noch Taggeldleistungen geschuldet sind.
4.4.1 Zunächst stellt sich diesbezüglich die Frage, ob die am 23. November 2007 per 1. April 2007 verfügte Reduktion des Taggeldes auf eine Basis von 50% zu Recht erfolgt ist. Dies beurteilt sich nach der medizinischen Aktenlage. Das Gutachten des Instituts Y._ vom 20. Juli 2007 und dasjenige des Zentrums Z._ vom 5. Juni 2008 weichen zwar - wie bereits in E. 4.2 hievor erwähnt - bezüglich der noch vorhandenen unfallkausalen Beschwerden sowie insbesondere bezüglich der attestierten Arbeitsunfähigkeit erheblich voneinander ab. Nach dem 1. April 2007, was vorliegend relevant ist, bestand aber gemäss beiden Gutachten jedenfalls keine 50% übersteigende Arbeitsunfähigkeit mehr. Das Gutachten des Instituts Y._ vom 20. Juli 2007 attestierte der Versicherten für eine angepasste Tätigkeit eine 50%ige Arbeitsunfähigkeit, dasjenige des Zentrums Z._ vom 5. Juni 2008 eine Arbeitsunfähigkeit von 0%, und auch die übrigen medizinischen Akten lassen nicht den Schluss zu, dass sie 50% überstiegen hätte. Ob die Arbeitsunfähigkeit gar kleiner als 50% war, wie dies im Gutachten des Zentrums Z._ vom 5. Juni 2008 festgestellt worden war, braucht nicht näher abgeklärt zu werden, da die Allianz auf eine Rückforderung bereits erbrachter Leistungen verzichtet. Die am 23. November 2007 per 1. April 2007 verfügte Reduktion des Taggeldes auf eine Basis von 50% kann somit bestätigt werden.
4.4.2 Zu prüfen ist sodann, ob eine Taggeldlücke besteht, nachdem die Allianz, wie sie in ihrer Vernehmlassung festhält, bis Frühling 2008 Taggelder ausgerichtet hat. Eine solche Lücke ist gestützt auf die Prognosen im Gutachten des Instituts Y._ vom 20. Juli 2007 und auf die Feststellungen im Gutachten des Zentrums Z._ vom 5. Juni 2008 zu verneinen. So wird in ersterem festgehalten, dass mit einer medizinischen Trainingstherapie innert sechs Monaten von einer vollständigen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit auszugehen sei, und wird in letzterem festgestellt, dass spätestens zwölf Wochen nach dem Unfallereignis weder in der Tätigkeit als Pflegefachfrau noch als Praxisassistentin eine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit vorgelegen habe. Da somit nach beiden Gutachten ein weiterer Taggeldanspruch bereits ab dem "frühen" Frühjahr 2008 zu verneinen ist, braucht nicht abschliessend geklärt zu werden, bis wann genau im Frühling 2008 die Allianz Taggeldleistungen erbracht hat.
4.5 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass eine Leistungseinstellung durch die Allianz ex nunc et pro futuro möglich war und keine weiteren Taggeldleistungen geschuldet sind. Der vorinstanzliche Entscheid ist daher im Ergebnis zu bestätigen.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. August 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Kopp Käch