Faits:
A. A l'occasion des élections au Grand Conseil du canton de Berne de 2006, le candidat X._ a rempli de sa main, pour le compte d'électeurs, quarante-quatre bulletins de vote en y inscrivant son nom, conformément à la volonté des intéressés et en leur présence. Il n'a toutefois pas précisé à ces derniers qu'il ne s'agissait que d'exemples et qu'ils devaient remplir eux-mêmes leur bulletin de vote, mais il est parti de l'idée que les bulletins seraient utilisés tels quels, ou, du moins, il a accepté qu'ils le seraient. Les électeurs ont ensuite envoyé les bulletins ainsi remplis ou les ont déposés dans l'urne prévue à cet effet dans le bureau de vote, sans que X._ ne participe d'aucune manière à ces démarches. Les quarante-quatre bulletins précités ont été comptabilisés, mais ils n'ont pas influé sur le résultat de l'élection.
B. Par jugement du 11 novembre 2010, la Présidente 12 e.o de l'ancien Arrondissement judiciaire II de Bienne-Nidau a reconnu X._ coupable de fraude électorale au sens de l'<ref-law> et l'a condamné à une peine pécuniaire de 10 jours-amende à 180 francs le jour - à titre de peine complémentaire à celle prononcée le 30 juillet 2007 -, avec sursis et délai d'épreuve de deux ans, ainsi qu'à une amende de 540 francs.
C. Statuant sur appel du condamné le 18 mai 2011, la 2ème Chambre pénale de la section pénale de la Cour suprême du canton de Berne a libéré X._ de la prévention de fraude électorale (<ref-law>). Elle a par ailleurs considéré que l'infraction de captation de suffrage (<ref-law>) n'entrait pas en considération pour cause de prescription.
D. Le Ministère public du canton de Berne interjette un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement. Il conclut à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau, subsidiairement à ce que X._ soit reconnu coupable de fraude électorale et à ce que la peine prononcée par l'autorité de première instance soit confirmée.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recourant invoque une violation de l'<ref-law>. Il soutient que le seul fait de remplir des bulletins de vote tombe sous le coup de cette disposition, et non de l'<ref-law>, lorsqu'ils sont ensuite transmis à l'autorité, contrairement à ce que la cour cantonale a retenu.
1. Le recourant invoque une violation de l'<ref-law>. Il soutient que le seul fait de remplir des bulletins de vote tombe sous le coup de cette disposition, et non de l'<ref-law>, lorsqu'ils sont ensuite transmis à l'autorité, contrairement à ce que la cour cantonale a retenu.
1.1 1.1.1 L'<ref-law> fait partie des délits contre la volonté populaire (art. 279 - 284 CP). Il vise à protéger l'exactitude de la constatation de de la volonté populaire (Stefan Wehrle, Basler Kommentar, Strafrecht II, 2ème éd., 2007, n. 1 ad <ref-law>; Günter Stratenwerth/Felix Bommer, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil II, 6ème éd., 2008, § 48 n. 22). Il prévoit notamment que celui qui, sans en avoir le droit, aura pris part à une élection, à une votation ou signé une demande de référendum ou d'initiative sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire (ch. 1 al. 2).
Cette disposition érige en fraude électorale les actes par lesquels l'auteur prend part à une votation ou à une élection à laquelle il n'est pas autorisé à participer selon les dispositions légales et qui ont pour effet de modifier le résultat de l'opération électorale quant au nombre d'électeurs qui y ont pris part (Paul Logoz, Commentaire du code pénal suisse, partie spéciale II, 1956, n. 3 ad <ref-law>; Philipp Thormann/Alfred von Overbeck, Das Schweizerische Strafgesetzbuch, vol. II, 1941, n. 3 ad <ref-law>). Tel est le cas lorsque l'auteur n'est pas titulaire du droit politique en cause en raison de son domicile, de son âge ou de sa nationalité (Andreas Donatsch/Wolfgang Wohlers, Delikte gegen die Allgemeinheit, 4ème éd., 2011, § 89 p. 374; Bernard Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. II, 3ème éd., 2010, n. 3 ad <ref-law>) ou qu'il exerce une deuxième fois un droit qu'il avait déjà épuisé en faisant par exemple figurer le nom d'un autre, en plus de sa propre signature, sur la liste d'une initiative (<ref-ruling> consid 2b p. 84).
La doctrine considère également que l'<ref-law> est applicable à la personne qui exerce un droit politique d'une manière autre que celle qui est prévue par la loi, sans modifier le nombre de participants. Il en va ainsi notamment lorsque le droit politique est exercé par un représentant, y compris avec l'accord du représenté (Corboz, op. cit., n. 3 ad <ref-law>; Stratenwerth/Bommer, op. cit., § 48 n. 29; Donatsch/Wohlers, op. cit., § 89 p. 374). Les auteurs précités se réfèrent à ce propos à l'<ref-ruling> selon lequel celui qui signe une demande d'initiative pour un tiers se rend coupable d'infraction à l'<ref-law> (consid. 2b p. 84 s). Ils n'affirment cependant pas qu'en ne faisant que remplir un bulletin de vote pour un tiers, la personne "prend part à une élection ou à une votation" et tombe ainsi sous le coup de l'<ref-law>. Seul Stefan Wehrle semble l'admettre lorsqu'en vertu de la loi, l'électeur doit remplir de sa main le bulletin de vote (op. cit., n. 6 ad <ref-law>). Ernst Hafter considère pour sa part que le fait de remplir le bulletin de vote d'un tiers ne tombe pas sous le coup de l'<ref-law> (Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil, Bd. II, 1943, § 112, p. 706, note 3), se référant à la décision du Regierungsrat du canton de Schaffhouse du 15 décembre 1924 (ZBl 1925, p. 95) selon laquelle un tel acte constitue tout au plus un acte préparatoire au vote lui-même, la volonté du citoyen ne s'exprimant véritablement qu'avec le dépôt du bulletin dans l'urne.
L'infraction à l'<ref-law> est consommée avec la participation non autorisée, sans qu'il soit nécessaire que le résultat soit faussé (Donatsch/Wohlers, op. cit., § 89 p. 375; Wehrle, op. cit., n. 8 ad <ref-law>; Thormann/von Overbeck, op. cit., n. 3 ad <ref-law>; Logoz, op. cit., n. 3 p. 650).
1.1.2 L'<ref-law> dispose que celui qui recueille, remplit ou modifie systématiquement des bulletins de vote ou qui distribue des bulletins ainsi remplis ou modifiés sera puni d'une amende. Il a été introduit par la loi fédérale du 17 décembre 1976 sur les droits politiques afin d'offrir une protection contre les abus possibles en relation avec le vote par correspondance (Message du Conseil fédéral concernant une loi fédérale sur les droits politiques du 9 avril 1975, FF 1975 p. 1337, 1379).
L'<ref-law> protège le droit du citoyen de former et exprimer librement sa volonté politique et prohibe des comportements qui peuvent influencer le vote individuel et fausser ainsi la décision populaire (Corboz, op. cit., n. 1 ad <ref-law>). Des bulletins de vote préparés à l'avance, hormis le cas où le droit cantonal autorise les forces politiques à émettre des bulletins de vote, font en effet craindre qu'on influence la décision de l'électeur (Corboz, op. cit., n. 2 ad <ref-law>). Le comportement doit être systématique, ce qui exclut le cas de celui qui aide ponctuellement un tiers à remplir son bulletin, en qualité de personne de confiance ou dans le cercle familial (Donatsch/Wohlers, op. cit., § 90 p. 377, Corboz, op. cit., n. 2 ad <ref-law>).
Etant d'avis que le fait de remplir un bulletin de vote pour un tiers est constitutif d'infraction à l'<ref-law> (cf. supra consid. 1.1.1), Stefan Wehrle estime que l'<ref-law> n'a une signification propre qu'en ce qui concerne le fait de recueillir des bulletins de vote (op. cit., n. 3 ad <ref-law>).
L'infraction à l'<ref-law> est consommée par la seule réalisation de l'un des comportements visé par la norme, sans qu'il soit nécessaire que le bulletin parvienne au bureau de vote ou influence le résultat de la votation ou de l'élection (Donatsch/Wohlers, op. cit., § 90 p. 377; Wehrle, op. cit., n. 2 ad <ref-law>).
1.1.3 Selon les dispositions du droit cantonal bernois relatives à l'exercice du droit de vote, l'électeur doit remplir son bulletin et l'envoyer par correspondance en respectant la marche à suivre décrite (art. 23 ss de l'ordonnance du 10 décembre 1980 sur les droits politiques [ODP/BE; RS/BE 141.112]). L'art. 32 al. 1 ODP/BE dispose en outre que si, pour cause de handicap, l'électeur ou l'électrice capable de discernement n'est pas en mesure d'accomplir lui-même ou elle-même les opérations de vote - parce que le local de vote n'est pas accessible ou qu'il ou elle n'est pas en mesure d'écrire de sa propre main -, il est possible de demander l'aide d'un officiel ou d'un membre du bureau électoral.
1.2 La cour cantonale a considéré que les actes de l'intimé, qui se limitaient à avoir rempli des bulletins de vote, n'étaient pas constitutifs de fraude électorale, mais de captation de suffrage. Un tel comportement ne pouvait être assimilé à celui de la personne qui appose le nom d'un tiers sur la liste de signature d'une demande d'initiative ou de référendum. Si dans le second cas, la personne exerçait un droit politique qui s'épuisait par une seule et même démarche, dans le premier, il n'accomplissait qu'une étape d'un processus qui en comportait plusieurs jusqu'à ce que le bulletin de vote parvienne au bureau électoral et soit comptabilisé. L'<ref-ruling>, relatif à une demande d'initiative (cf. supra consid. 1.1.1), ne pouvait donc être repris tel quel en matière de votation et d'élection. Seul Wehrle préconisait une telle interprétation extensive de l'<ref-law> (cf. supra consid. 1.1.1), laquelle ne correspondait cependant pas à la volonté du législateur. Cela étant, l'infraction à l'<ref-law> était une contravention et la prescription de trois ans était acquise depuis plus de dix-neuf mois lorsque le jugement de première instance avait été rendu le 11 novembre 2010. L'intimé devait donc être libéré de toute prévention.
1.3 Le recourant fait valoir que le bulletin de vote a une fonction fondamentale dans la mesure où il constitue le support de la déclaration de volonté du citoyen. Il est erroné de soutenir que seul celui qui accomplit lui-même l'entier du processus menant à la comptabilisation du vote se rend coupable de fraude électorale. Ce qui est déterminant, c'est que le résultat voulu par l'auteur soit obtenu, à savoir que les bulletins de vote entachés d'un vice parviennent à l'autorité, mettant ainsi en danger la constatation de la volonté du citoyen. Il n'y a captation de suffrage que lorsque l'auteur peut exclure que les bulletins de vote qu'il a remplis ou modifiés seront comptabilisés, parce qu'il a indiqué clairement qu'il s'agissait d'exemples ou qu'il a coupé une partie du bulletin afin de le rendre nul. Lorsque tel n'est pas le cas, comme en l'espèce, c'est une infraction à l'<ref-law> qui est réalisée. L'infraction à l'<ref-law> est alors "consommée" par l'<ref-law>.
1.4 Il est constant que l'intimé a rempli des bulletins de vote pour le compte de tiers, ce qui n'est pas autorisé par le droit cantonal bernois, puisque seuls les officiels ou les membres du bureau électoral peuvent le faire. Il convient toutefois de déterminer en l'espèce si, en agissant de la sorte, il s'est rendu coupable d'infraction à l'<ref-law> comme le soutient le recourant et, en particulier, s'il a pris "part à une votation ou à une élection" au sens de cette disposition.
Le texte de l'<ref-law> réprime expressément le fait de signer sans droit une demande d'initiative ou de référendum. En matière de votation ou d'élection en revanche, ce n'est pas le fait de remplir un bulletin qui est sanctionné, mais celui d'y prendre part sans droit. En signant une demande d'initiative ou de référendum, le citoyen exerce un droit politique qu'il épuise puisqu'il ne pourra plus faire figurer son nom une seconde fois. Le caractère essentiel des signatures en matière de demande d'initiative ou de référendum résulte également du fait que l'aboutissement d'une telle demande dépend précisément du nombre de celles-ci. En revanche, le seul fait de remplir un bulletin de vote n'entraîne en lui-même aucune conséquence. Tant que le citoyen n'a pas fait usage du bulletin qu'il a rempli, il peut toujours modifier son choix ou décider de ne pas le faire valoir. Ce n'est que lorsqu'il aura déposé son bulletin dans l'urne ou qu'il l'aura envoyé par correspondance qu'il aura exprimé sa voix. Ce n'est en outre qu'à partir de ce moment que la constatation de la véritable volonté populaire est susceptible d'être mise en danger si le vote est intervenu sans droit.
Le caractère essentiel dans le processus de vote du dépôt du bulletin dans l'urne ou de son envoi par correspondance est attesté par les formes strictes prévues par la loi qui doivent être observées afin de s'assurer de la régularité du vote, lesquelles ne se limitent pas à prévoir la manière dont le bulletin de vote doit être rempli. Ainsi, le droit cantonal bernois applicable lors des élections au Grand Conseil de ce canton prévoit aux art. 23 ss ODP/BE des modalités pour l'exercice du droit de vote qui prescrivent la manière dont le bulletin doit être envoyé par correspondance. L'art. 32 al. 1 ODP/BE prévoit en outre des mesures tendant à assister les personnes qui ne sont pas en mesure d'accomplir elles-mêmes les opérations de vote, lesquelles visent également la manière dont le bulletin doit être déposé dans l'urne lorsque le local de vote n'est pas accessible.
Le Code pénal réprime par deux dispositions distinctes (art. 282 et 282bis CP) le fait, d'une part, de prendre part sans droit à une votation ou à une élection et, d'autre part, de remplir systématiquement des bulletins (le législateur ayant renoncé à l'<ref-law> à sanctionner celui qui rempli un bulletin isolé dans le cercle familial). Il doit dès lors être admis que le législateur a considéré que ces deux notions ne se confondent pas. L'opinion isolée de Wehrle (op. cit., n. 6 ad <ref-law> et n. 3 ad <ref-law>; cf supra consid. 1.1.1 et 1.1.2) qui semble admettre que le seul fait de remplir un bulletin de vote pour des tiers tombe sous le coup de l'<ref-law>, qui primerait l'<ref-law>, ne saurait être suivie. Cet auteur n'explique pas en quoi celui qui ne fait que remplir un bulletin de vote pour le compte d'un tiers prend déjà part à une votation ou à une élection. Il n'invoque en outre aucune raison sérieuse - découlant des travaux préparatoires, du but et du sens de la disposition ou de la systématique de la loi - qui permettrait de considérer que l'<ref-law> ne refléterait pas la volonté réelle du législateur et que malgré son texte clair, il faudrait s'écarter de son interprétation littérale (cf. <ref-ruling> consid. 2.2. p. 81; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 157 s). Il ne motive d'ailleurs son opinion par aucune décision ou avis de doctrine postérieur à l'adoption de cette norme sur lequel il pourrait s'appuyer.
Il doit donc être retenu, au vu de ce qui précède, que le simple fait de remplir des bulletins de vote pour le compte d'un tiers ne suffit pas pour prendre part sans droit à une votation ou à une élection au sens de l'<ref-law>. Il est encore nécessaire que l'auteur envoie le bulletin par correspondance ou le dépose dans l'urne.
Dès lors, en se limitant à remplir des bulletins de vote, sans prendre aucune autre mesure afin que ceux-ci soient transmis à l'autorité, l'intimé n'a pas pris part à l'élection au Grand Conseil du canton de Berne de 2006.
Contrairement à ce que soutient le recourant, il n'a par conséquent pas pu, par les seuls actes qui lui sont reprochés, mettre en danger la constatation de la volonté populaire, puisque celle-ci n'est susceptible d'être faussée qu'à partir du moment où un vote a été exprimé.
Le recourant ne peut davantage être suivi lorsqu'il soutient que les électeurs qui ont fait usage des bulletins remplis par l'intimé auraient agi comme auteurs médiats. L'auteur médiat est celui qui se sert d'une autre personne comme d'un instrument dénué de volonté ou du moins agissant sans intention coupable, afin de lui faire exécuter l'infraction projetée (<ref-ruling> consid. 2d p. 22-23; arrêt 6B_904/2010 du 16 juin 2011 consid. 3.4; 6B_8/2010 du 29 mars 2010 consid. 1.2.1). Seul l'intimé pourrait ainsi, le cas échéant, être qualifié d'auteur médiat. Il n'a cependant donné aucune instruction aux électeurs ni usé d'un quelconque moyen afin qu'ils fassent parvenir au bureau de vote les bulletins qu'il avait remplis. Il ne s'est donc pas servi d'eux afin de commettre une infraction. Il ne peut être qualifié d'auteur médiat.
En outre, autant que le recourant soutient que l'intimé a pris part à une élection au sens de l'<ref-law> au motif qu'il était candidat à l'élection au Grand conseil bernois de 2006 (cf. recours p. 6), il se méprend sur cette condition d'application de la disposition précitée, laquelle réprime le comportement de toute personne qui, sans droit, prend part à une élection ou à une votation, sans restriction.
Enfin, dans la mesure où l'intimé n'a pas pris part à l'élection en ne réalisant pas lui-même tous les actes du processus de vote, il n'est pas déterminant qu'il n'ait pas rendu nuls les bulletins qu'il a remplis ou qu'il les ait remplis au stylo plutôt qu'au crayon.
1.5 Ainsi, en définitive, en se limitant à remplir des bulletins de vote pour des tiers, l'intimé n'a pas pris part sans droit, au sens de l'<ref-law>, à l'élection au Grand Conseil du canton de Berne de 2006. Les conditions objectives d'application de la disposition précitée ne sont pas réunies. La cour cantonale n'a dès lors pas violé le droit fédéral en libérant l'intimé de la prévention de fraude électorale. Pour le surplus, il n'y a pas lieu d'examiner si les conditions d'application objectives et subjectives de l'<ref-law> sont remplies en l'espèce. En effet, comme l'a justement expliqué l'autorité précédente, sans que le recourant ne le conteste, cette infraction serait prescrite puisque le jugement de première instance a été rendu plus de trois ans après les faits.
2. Au vu de ce qui précède, le recours est rejeté. Le Ministère public, qui succombe, sera dispensé des frais en application de l'<ref-law>. Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimé, qui n'a pas été amené à se déterminer.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires ni alloué de dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour suprême du canton de Berne, Section pénale, 2ème Chambre pénale.
Lausanne, le 30 janvier 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Rieben