Sachverhalt:
A. Die D._ Holding AG (Beklagte) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz im Kanton Freiburg. Ihr Aktienkapital beträgt Fr. 1'700'000.-- und ist eingeteilt in 17'000 Namenaktien.
Die A._ GmbH (Klägerin 1) und B._ (Kläger 2) sind Aktionäre der Beklagten. Sie unterbreiteten dem Verwaltungsrat im Hinblick auf die Generalversammlung vom 20. November 2004 diverse Fragen. Nachdem Dr. F._ für den Verwaltungsrat der Beklagten die Fragen an der Generalversammlung vom 20. November 2004 beantwortet hatte, stellte die Klägerin 1 den Antrag, "über die Fragenkomplexe Nr. 2 bis 8 wie sie von Dr. F._ im Traktandum 1a vorgetragen wurden, eine Sonderprüfung gemäss <ref-law> durchzuführen". Die Generalversammlung lehnte den Antrag mit 14'736 gegen 2'087 Stimmen ab.
B. Am 21. Februar 2005 ersuchten die Klägerin 1, der Kläger 2 sowie C._ (Kläger 3) und G._ beim Präsidenten des Zivilgerichts des Seebezirks um Anordnung einer Sonderprüfung. Die Klägerin 1 hielt bei Klageeinleitung 484 Namenaktien, die Kläger 2 und 3 hielten je 16 Namenaktien und G._ 1'531 Namenaktien. Nach Darstellung der Kläger wurden der Klägerin 1 zudem 40 Namenaktien rechtswidrig vorenthalten, sodass ihr 524 Namenaktien zuzurechnen seien, was die Beklagte anerkannte. Die Kläger hielten im Zeitpunkt der Einreichung des Gesuchs um Einsetzung eines Sonderprüfers somit insgesamt 2'087 Namenaktien.
Am 2. Februar 2006 erklärte G._ den Rückzug seiner Klage. Die verbleibenden Kläger vertraten noch 556 Namenaktien. Mit Verfügung vom 14. Februar 2006 beschränkte der Präsident des Zivilgerichts des Seebezirks das Verfahren auf die Frage der Aktivlegitimation.
Mit Urteil vom 15. Februar 2006 nahm der Zivilgerichtspräsident vom Streitabstand von G._ Vormerk (Ziffer 1) und wies die Klage auf Sonderprüfung infolge fehlender Aktivlegitimation ab (Ziffer 2).
C. Der Appellationshof des Kantonsgerichts Freiburg wies am 21. August 2006 die Berufung der Kläger 1-3 ab, soweit darauf einzutreten war. Das Gericht ging mit dem erstinstanzlichen Gerichtspräsidenten davon aus, dass die Kläger im Zeitpunkt der Klageanhebung über insgesamt 2'047 bzw. 2'087 Namenaktien verfügt hatten und damit über mehr als 10 % des Aktienkapitals der Beklagten. Nach dem Rückzug der Klage von G._ am 2. Februar 2006 besassen die Kläger 1-3 insgesamt nur noch 556 Namenaktien oder 3,27 % des Aktienkapitals der Beklagten. Das Kantonsgericht erkannte wie schon der Präsident des Zivilgerichts des Seebezirks, dass das gesetzliche Quorum von 10 % des Aktienkapitals gemäss <ref-law> nicht nur bei Einleitung des Verfahrens, sondern auch im Zeitpunkt des Entscheids über das Gesuch um Einsetzung eines Sonderprüfers gegeben sein müsse.
D. Mit Berufung vom 25. September 2006 stellen die Kläger das Rechtsbegehren, das Urteil des Kantonsgerichts Freiburg vom 21. August 2006 sei aufzuheben und die Sache zu allfälliger Aktenergänzung und zu neuer Entscheidung an das Kantonsgericht Freiburg zurückzuweisen. Sie rügen, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, als es davon ausging, dass das für den Antrag auf Einsetzung eines Sonderprüfers erforderliche Quorum von 10 % bis zum Entscheid des Richters gegeben sein müsse.
E. Die Beklagte schliesst in der Antwort auf Abweisung der Berufung, soweit darauf eingetreten werden kann.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG, SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006, 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach dem OG (<ref-law>).
2. Der Anspruch auf Einsetzung eines Sonderprüfers im Sinne von <ref-law> ist - wie das Auskunftsrecht gemäss <ref-law> - als selbständiges Mitgliedschaftsrecht der Aktionäre zu verstehen. Der darüber ergangene gerichtliche Entscheid stellt einen Endentscheid in einer Zivilrechtsstreitigkeit dar, der bei Vorliegen der übrigen Voraussetzungen mit Berufung angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 304; <ref-ruling> E. 2 S. 394). Diese weiteren Voraussetzungen sind hier erfüllt, insbesondere stellt die Vorinstanz fest, dass der Streitwert eine Million Franken beträgt (Art. 46 OG).
3. Nach <ref-law> können Aktionäre, die zusammen mindestens 10 % des Aktienkapitals oder Aktien im Nennwert von 2 Millionen Franken vertreten, innert dreier Monate den Richter ersuchen, einen Sonderprüfer einzusetzen, wenn die Generalversammlung dem Antrag nicht entspricht.
3.1 Aktivlegitimiert sind nach <ref-law> Aktionäre, welche -von der hier nicht zur Diskussion stehenden Alternative abgesehen - mindestens 10 % des Aktienkapitals vereinigen. Mit dem Quorum soll sichergestellt werden, dass eine repräsentative Minderheit der Aktionäre das Anliegen unterstützt (Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl. 2004, § 16 N. 26; Weber, Basler Kommentar, N. 2 zu <ref-law>; vgl. auch Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, § 35 N. 41 ff.). Die Kläger stellen zu Recht nicht in Frage, dass die Vorinstanz zutreffend den Nachweis ihrer Aktionärseigenschaft ebenso wie der formellen Voraussetzung, dass sie mindestens 10 % des Aktienkapitals halten, verlangt hat. Sie halten jedoch daran fest, es sei hinreichend, wenn diese Voraussetzungen im Zeitpunkt der Einreichung des Gesuchs erfüllt seien, auch wenn sie vor dem Entscheid über die Anordnung der Sonderprüfung entfallen. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz vertraten die Kläger zusammen mit einem weiteren Aktionär im Zeitpunkt der Einreichung des Gesuchs mehr als 10 % des Aktienkapitals der Beklagten. Nach dem Klagerückzug des weiteren Aktionärs im Laufe des Verfahrens halten die verbleibenden Kläger dagegen nur mehr 3,27 % des Aktienkapitals.
3.2 Aus dem Wortlaut von <ref-law> ergibt sich entgegen der Ansicht der Kläger nichts für ihre Ansicht, dass das Quorum im Zeitpunkt des Entscheides über die Einsetzung eines Sonderprüfers nicht mehr erfüllt sein müsse. Denn während nach Absatz 1 dieser Bestimmung Aktionäre, die zusammen mindestens 10 % des Aktienkapitals vertreten, innert dreier Monate den Richter ersuchen können, einen Sonderprüfer einzusetzen (... des actionnaires représentant 10 % au moins du capital-actions peuvent, dans les trois mois, demander au juge la désignation d'un contrôleur spécial, ... può essere chiesta, entro il termine di tre mesi, da azionisti che rappresentino insieme almeno il 10 per cento del capitale azionario), regelt Absatz 2 dieser Bestimmung den Anspruch der Gesuchsteller auf Einsetzung des Sonderprüfers. Die Gesuchsteller haben danach Anspruch auf Einsetzung eines Sonderprüfers, wenn sie eine Gesetzes- oder Statutenverletzung sowie eine dadurch bewirkte Schädigung der Gesellschaft oder der Aktionäre glaubhaft machen. Aus dem Wortlaut von <ref-law> ergibt sich insofern nur, dass für die fristgerechte Einreichung des Gesuches ein Quorum der Aktionäre schon erforderlich ist. Dass dieses Quorum im Zeitpunkt der Einsetzung des Sonderprüfers durch den Richter nicht mehr erforderlich sein sollte, ergibt sich aus dem Wortlaut von <ref-law> nicht, zumal diese Bestimmung die Voraussetzungen für die Einsetzung des Sonderprüfers durch den Richter nicht abschliessend regelt.
3.3 Hat die Generalversammlung den Antrag auf Durchführung einer Sonderprüfung abgelehnt, steht das Antragsrecht nicht mehr jedem Aktionär als Individualrecht zu. Das Antragsrecht an den Richter ist vielmehr als Minderheitenrecht ausgestaltet (Felix Horber, Die Informationsrechte des Aktionärs, Zürich 1995, S. 386 f., N. 1193; Andreas Casutt, Die Sonderprüfung im künftigen schweizerischen Aktienrecht, Diss. Zürich 1991, § 8 N. 16). In der Gesetzesvorbereitung gehörte die Frage zu den umstrittensten, ob der einzelne Aktionär, wenn er mit seinem Antrag in der Generalversammlung unterlegen ist, an den Richter gelangen kann, um eine Sonderprüfung bewilligen zu lassen. Sie wurde vom Parlament verneint (Böckli, a.a.O., § 16 N. 24). Zur richterlichen Einsetzung eines Sonderprüfers bedarf es danach einer Minderheit der Aktionäre, die sich entweder durch eine minimale absolute oder durch die hier umstrittene relative Mindestbeteiligung am Aktienkapital der Gesellschaft auszeichnet (Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, a.a.O., § 35 N. 41 f.). Da mit dem Quorum eine gewisse Repräsentanz des Anliegens der Minderheitsaktionäre gewährleistet werden soll, muss dieses Erfordernis zwar nicht während der ganzen Dauer der Sonderprüfung, aber doch bis zur Einsetzung des Sonderprüfers durch das Gericht erfüllt sein (Weber, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>; Casutt, a.a.O., § 8 N. 26, setzt daher den Moment der Gesuchstellung mit dem Moment des richterlichen Entscheids darüber gleich; ihm folgend Dominik Vock, Prozessuale Fragen bei der Durchsetzung von Aktionärsrechten, Diss. Zürich 2000, S. 48). Denn das Verfahren auf Einleitung der Sonderprüfung durch die gerichtliche Einsetzung des Sonderprüfers wird erst mit dem richterlichen Entscheid abgeschlossen (Horber, a.a.O., S. 399, N. 1225; Casutt, a.a.O., § 8 N. 1 ff./51).
3.4 Die Sonderprüfung soll dem Informationsdefizit abhelfen, das dadurch entsteht, dass die Minderheitsaktionäre kaum Möglichkeiten haben, an Interna der Gesellschaft heranzukommen (<ref-ruling> E. 2a S. 263 f.; vgl. auch Urteil 4C.278/2006 vom 20. Dezember 2006 E. 3.3). Während sie den Aktionären die erforderlichen Informationen zur Ausübung ihrer Rechte verschaffen soll, stellt sie für die Gesellschaft eine Belastung dar, denn sie ist stets mit der Offenlegung vertraulicher Informationen verbunden, behindert den normalen Geschäftsablauf und verursacht unproduktive Arbeit (Casutt, a.a.O., § 8 N. 50 und § 3 N. 6). Den Ausgleich zwischen den widerstrebenden Interessen hat der Gesetzgeber so getroffen, dass im Falle der Ablehnung einer Sonderprüfung durch die Generalversammlung nur eine qualifizierte Minderheit der Aktionäre die Einsetzung eines Sonderprüfers gegen den Willen der Mehrheit beim Gericht durchsetzen kann. Diesem vom Gesetzgeber gewollten Interessenausgleich entspricht, dass die qualifizierte Minderheit während des Verfahrens auf Anordnung der Sonderprüfung und Einsetzung des Sonderprüfers - und damit wenigstens bis zum Beginn der Prüfung - an ihrem Anliegen festhalten muss. Dass die Aktivlegitimation als materiellrechtliche Voraussetzung eines bundesrechtlichen Anspruchs im Zeitpunkt des richterlichen Entscheides gegeben sein muss, bestreiten die Kläger im Übrigen nicht (<ref-ruling> E. 2 S. 551, 248 E. 2 S. 251 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 130; <ref-ruling> E. 3a S. 346). Das Quorum, das die zur Stellung des Gesuchs um Sonderprüfung massgebende Aktionärsminderheit definiert, gehört zu den Voraussetzungen der Aktivlegitimation (vgl. Urteil 4C.412/2005 vom 23. Februar 2006, E. 3). Wenn die Kläger mit ihrer Behauptung, es handle sich um eine formelle Voraussetzung, vorbringen wollten, das Quorum sei als - bundesrechtliche - Prozessvoraussetzung zu qualifizieren, würde dies zu ihren Gunsten übrigens nichts ändern. Denn auch Prozessvoraussetzungen müssen in der Regel im Zeitpunkt des Entscheides noch gegeben sein (vgl. Vogel/Spühler, Grundriss des Zivilprozessrechts, 8. Aufl. 2006, 7. Kap. N. 85).
3.5 Dass ausländische Regeln zur Sonderprüfung teilweise die danach erforderlichen Quoren im Zeitpunkt der Gesuchseinreichung genügen lassen und ausdrücklich deren Wegfall vor dem Entscheid über die Anordnung der Sonderprüfung als unbeachtlich erklären, vermag die Auslegung des geltenden schweizerischen Rechts nicht zu beeinflussen. Denn rechtsvergleichend mögen ausländische Regelungen zur Auslegung des geltenden schweizerischen Rechts insbesondere dann gewinnbringend beigezogen werden, wenn sie dem schweizerischen Gesetzgeber als Vorbild gedient haben, ohne dass im Konkreten eine Abweichung festzustellen ist, oder wenn eine bewusste Harmonisierung mit ausländischen Rechtsordnungen angestrebt worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 6 S. 350). Dafür fehlen hier für die von den Klägern angeführte holländische Rechtsordnung jegliche Anhaltspunkte. Die Beklagte führt im Gegenteil aus, dem schweizerischen Gesetzgeber habe für das Institut der Sonderprüfung die deutsche Regelung als Vorbild gedient. Diese beantwortet die hier umstrittene Frage aber gerade nicht im Sinne der Kläger. Angesichts der uneinheitlichen Regelung der Frage in den von den Klägern angeführten ausländischen Rechtsordnungen kann jedenfalls für die Auslegung des geltenden schweizerischen Rechts daraus nichts für die von den Klägern befürwortete Lösung abgeleitet werden.
3.6 Die Vorinstanz hat <ref-law> zutreffend ausgelegt, wenn sie das Quorum gemäss Absatz 1 dieser Bestimmung als Voraussetzung der Aktivlegitimation der Aktionärsminderheit im Zeitpunkt des richterlichen Entscheides über die Anordnung einer Sonderprüfung und die Einsetzung eines Sonderprüfers als erforderlich erachtete.
4. Die Kläger werfen der Vorinstanz vor, sie habe <ref-law> zu Unrecht nicht zur Anwendung gebracht, obwohl es offensichtlich sei, dass die Beklagte das tiefere Quorum treuwidrig herbeigeführt habe. Zur Begründung führen sie sinngemäss aus, das Kantonsgericht habe rechtserhebliche Vorbringen nicht geprüft und seinen Entscheid nicht hinreichend begründet. Damit machen sie eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör geltend, was im Berufungsverfahren nicht zulässig ist (Art. 43 Abs. 1 OG).
5. Die Berufung erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen. Die Kläger sind diesem Verfahrensausgang entsprechend zur Bezahlung der Gerichtsgebühr zu verpflichten (Art. 156 Abs. 1 OG). Sie haben der durch einen Anwalt vertretenen Beklagten deren Parteikosten zu ersetzen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 9'000.-- wird den Klägern unter solidarischer Haftbarkeit und intern je zu einem Drittel auferlegt.
3. Die Kläger haben die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit und intern zu gleichen Teilen mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, I. Appellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Februar 2007
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: