(Beschlagnahme, Verwertung und Vernichtung), hat sich ergeben:
A.- Die Bezirksanwaltschaft Winterthur führt für die Bezirksanwaltschaft Andelfingen gegen die Verantwortlichen der Genossenschaft X._ in Y._ (im Folgenden Genossenschaft genannt) eine Strafuntersuchung wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Anbau und Vertrieb von Hanf). Am 26. September 2000 stellte die Kantonspolizei Zürich in verschiedenen, von der Genossenschaft betriebenen Lokalitäten bzw. auf deren Areal grüne Hanfpflanzen sicher. Am 28. September 2000 ordnete die Bezirksanwaltschaft Winterthur in vier Verfügungen an, die sichergestellten grünen Hanfpflanzen zu beschlagnahmen und ab
29. September 2000 zu verwerten. Für den Fall, dass sich für die sofortige Verwertung als Industriehanf kein Abnehmer finden sollte, der jede missbräuchliche Verwendung ausschliessen konnte, wurde die Vernichtung der beschlagnahmten Hanfpflanzen durch die Kantonspolizei vorgesehen. Gemäss Rechtsmittelbelehrung betrug die Frist für einen begründeten Rekurs an die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich drei Tage. Die Beschlagnahmeverfügungen wurden dem Angeschuldigten M._ sowie weiteren Angeschuldigten, der Genossenschaft (vertreten durch den ebenfalls angeschuldigten Verwaltungspräsidenten O._) und dem Eigentümer der Lagerräumlichkeiten und Freilandparzellen zugestellt. Mit Ausnahme von O._ befanden sich alle Angeschuldigten zu diesem Zeitpunkt in Untersuchungshaft.
B.- Gegen die vier Beschlagnahmeverfügungen erhob M._ zwei Rekurse an die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich. Diese wies mit Entscheiden vom 2. und 3. Oktober 2000 die beiden Rekurse ab, soweit sie darauf eintrat.
Zur Begründung wurde ausgeführt, von den Verfügungen sei nicht der Rekurrent selbst, sondern die Genossenschaft in ihren vermögenswerten Rechten direkt betroffen. Mangels persönlicher Beschwer sei er daher zum Rekurs nicht legitimiert.
Der Rekurrent sei bei einer vorzeitigen Vernichtung der Hanfpflanzen auch nicht dadurch beschwert, dass diese nicht als Entlastungsbeweis bis zur Gerichtsverhandlung aufbewahrt würden. Der Sachrichter hätte dereinst den entsprechenden Einwand bei Stichhaltigkeit bei der Beweiswürdigung zu seinen Gunsten zu berücksichtigen. Die Rekurse seien daher insoweit abzuweisen.
Den von den Angeschuldigten C._ und W._ gemeinsam erhobenen Rekurs gegen die Beschlagnahmeverfügungen wies die Staatsanwaltschaft ebenfalls ab, soweit sie darauf eintrat. Auf den Rekurs des O._ trat sie nicht ein. Die Hanfpflanzen wurden in der Folge vernichtet.
C.-Gegen die Rekursentscheide der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 2. und 3. Oktober 2000 führt M._ mit zwei separaten, inhaltlich identischen Rechtsschriften vom 2. November 2000 staatsrechtliche Beschwerde an das Bundesgericht und beantragt, die angefochtenen Entscheide seien aufzuheben. Er rügt eine Verletzung der Eigentumsgarantie (<ref-law>), der Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>) und seines Anspruchs auf ein faires Verfahren und auf eine effiziente Verteidigung (Art. 6 EMRK). Ferner wirft er den kantonalen Instanzen Willkür bei der Anwendung verschiedener Bestimmungen des Gerichtsverfassungsgesetzes und der Strafprozessordnung des Kantons Zürich sowie von <ref-law> vor. Zur Begründung macht M._ geltend, die angeordnete Beschlagnahme, Verwertung und Vernichtung habe nicht nur eine Beschwer für die Genossenschaft zur Folge, sondern habe ebenso einen Eingriff in seine eigenen Rechtspositionen als Genossenschafter und Arbeitnehmer der Genossenschaft bewirkt. Mit der Vernichtung der Hanfpflanzen sei ihm die Möglichkeit genommen worden, hinsichtlich des THC-Gehalts dieser Pflanzen Beweis zu führen, wobei die Beweiswürdigung dem Sachrichter hätte vorbehalten werden müssen.
Da er durch die Beschlagnahmeverfügungen der Bezirksanwaltschaft Winterthur vom 28. September 2000 beschwert sei, hätte die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich auf die hiergegen erhobenen Rekurse eintreten und diese materiell behandeln müssen.
D.- Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichtet auf eine Vernehmlassung. Die Bezirksanwaltschaft Winterthur beantragt Abweisung der staatsrechtlichen Beschwerde, soweit darauf eingetreten werde. Sie macht geltend, von den blühenden (erntereifen) Hanfpflanzen sei eine Vielzahl von Proben zur Bestimmung des THC-Gehalts genommen worden. Erst nachdem deren Auswertung ergeben habe, dass der für Industriehanf zulässige Wert von 0,3 % durchwegs klar überstiegen wurde und sich gezeigt habe, dass kein legaler Markt für grüne Hanfpflanzen mit einem hohen THC-Gehalt vorhanden sei, seien diese Pflanzen vernichtet worden. Das sichergestellte Trockenmaterial sei hingegen aufbewahrt und eine weitere Verfügung darüber dem zuständigen Gericht vorbehalten worden.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die zwei separaten, inhaltlich identischen staatsrechtlichen Beschwerden betreffen den gleichen Sachverhalt.
Nachdem bereits die Staatsanwaltschaft die beiden den Beschwerdeführer betreffenden Verfahren vereinigt und die beiden Rekurse in einem Entscheid behandelt hat, rechtfertigt es sich, auch vor Bundesgericht die Verfahren zu vereinigen.
2.- a) Bei den angefochtenen Entscheiden handelt es sich um letztinstanzliche kantonale Entscheide im Sinne von Art. 86 Abs. 1 OG, gegen die kein anderes eidgenössisches Rechtsmittel zur Verfügung steht.
b) Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Beschwerdeführer zur Erhebung der staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert ist (<ref-ruling> E. 2 S. 249; <ref-ruling> E. 1a S. 258, 207 E. 1 S. 209, je mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer ist gemäss eigenen Angaben Genossenschafter und Angestellter der Genossenschaft, in deren Eigentum die vernichteten Hanfpflanzen standen. Die Staatsanwaltschaft sprach ihm in den angefochtenen Entscheiden die Rekurslegitimation mit der Begründung ab, nicht er selbst, sondern die Genossenschaft sei von den Beschlagnahmeverfügungen in ihren vermögenswerten Rechten direkt betroffen. Eine persönliche Beschwer des Rekurrenten sei nicht gegeben. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 88 OG ist der Beschwerdeführer zur staatsrechtlichen Beschwerde nur legitimiert, wenn er durch den angefochtenen Hoheitsakt in seinen rechtlich geschützten eigenen Interessen betroffen wird; zur Verfolgung rein tatsächlicher oder allgemeiner öffentlicher Interessen ist die staatsrechtliche Beschwerde nicht gegeben. Die eigenen rechtlichen Interessen, auf die sich der Beschwerdeführer berufen muss, können entweder durch kantonales oder eidgenössisches Gesetzesrecht oder aber unmittelbar durch ein angerufenes spezielles Grundrecht geschützt sein, sofern sie im Anwendungsbereich desselben liegen (<ref-ruling> E. 3b S. 85, mit Hinweisen).
c) Der Beschwerdeführer begründet seine Legitimation damit, die angefochtenen Beschlagnahmeverfügungen verletzten ihn in seiner Eigentumsgarantie und Wirtschaftsfreiheit.
Da Betreiberin der Hanfplantagen und Eigentümerin der Hanfpflanzen die Genossenschaft war, fragt sich, ob der Beschwerdeführer durch die Vernichtung der Pflanzen nicht nur in tatsächlichen sondern auch in rechtlich geschützten Interessen betroffen ist. Die Frage kann jedoch offen bleiben.
Auch bei fehlender Legitimation in der Sache selbst ist der Beschwerdeführer nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung befugt, die Verletzung von kantonalen Verfahrensvorschriften zu rügen, sofern diese auf eine Rechtsverweigerung hinausläuft. Das nach Art. 88 OG erforderliche rechtlich geschützte Interesse ergibt sich diesfalls nicht aus einer Berechtigung in der Sache, sondern aus der Berechtigung, am Verfahren teilzunehmen. Wer an einem kantonalen Verfahren beteiligt war, kann in jedem Fall die Verletzung jener Parteirechte rügen, die ihm nach dem kantonalen Verfahrensrecht oder unmittelbar aufgrund des Bundesverfassungsrechts zustehen (<ref-ruling> E. 3b S. 86; <ref-ruling> E. 3b S. 94; <ref-ruling> E. 3c S. 312 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 250, je mit Hinweisen).
d) Der Beschwerdeführer erachtet es als widersprüchlich, dass die Bezirksanwaltschaft die Beschlagnahmeverfügungen zwar ihm und weiteren Verfahrensbeteiligten eröffnete, die Staatsanwaltschaft aber anschliessend seine Rekurslegitimation verneinte. Er beruft sich auf das in <ref-law> enthaltene Willkürverbot sowie seinen Anspruch auf ein faires Verfahren gemäss Art. 6 EMRK. Die Beschlagnahmeverfügungen sind, wie in diesen ausdrücklich festgestellt wird, im Rahmen der gegen den Beschwerdeführer und weitere Angeschuldigte geführten Strafuntersuchung ergangen.
Als Verfahrensbeteiligter ist der Beschwerdeführer befugt, die Nichteintretensentscheide der Staatsanwaltschaft mit diesen Rügen anzufechten.
e) Ohne Weiteres legitimiert ist der Beschwerdeführer zur Anfechtung der Rekursentscheide, soweit er die Abweisung seiner Rekurse beanstandet. Als Angeschuldigter war der Beschwerdeführer gemäss § 395 Ziff. 3 des zürcherischen Gesetzes betreffend den Strafprozess vom 4. Mai 1919 (Strafprozessordnung; StPO) befugt, die Verfügungen der Bezirksanwaltschaft, mit welchen nicht nur die Beschlagnahme der sichergestellten grünen Hanfpflanzen sondern auch deren Verwertung und Vernichtung angeordnet wurden, anzufechten.
Von dieser Überlegung liess sich auch die Staatsanwaltschaft insofern leiten, als sie die Rekurse des Beschwerdeführers hinsichtlich der von ihm geltend gemachten Aufbewahrungspflicht abwies. Der Beschwerdeführer bringt vor, die beschlagnahmten Hanfpflanzen hätten als Entlastungsbeweis bis zur Gerichtsverhandlung aufbewahrt werden müssen. Mit der Vernichtung der Hanfpflanzen hätten ihm die Strafverfolgungsbehörden die Möglichkeit genommen, zu beweisen, dass die ermittelten THC-Gehalte unzutreffend oder nicht repräsentativ seien. Die Beurteilung der Beweislage sei dem zuständigen Sachrichter vorbehalten. Mit ihren Feststellungen über eine allfällige Beweiswürdigung habe die Staatsanwaltschaft in dessen Kompetenz eingegriffen, die Verfahrensordnung willkürlich angewendet und das Recht des Beschwerdeführers auf ein faires Verfahren und eine effiziente Verteidigung im Sinne von Art. 6 EMRK verletzt. Als Angeschuldigter im Strafverfahren ist der Beschwerdeführer befugt, diese Rügen mit staatsrechtlicher Beschwerde vorzubringen.
3.- a) Die beschlagnahmten grünen Hanfpflanzen wurden im Anschluss an die Rekursentscheide der Staatsanwaltschaft vernichtet. Das Bundesgericht tritt auf eine staatsrechtliche Beschwerde grundsätzlich nur ein, wenn der Beschwerdeführer ein aktuelles und praktisches Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids beziehungsweise an der Überprüfung der von ihm erhobenen Rügen hat (<ref-ruling> E. 1a S. 490 mit Hinweisen). Ein aktuelles praktisches Interesse fehlt insbesondere dann, wenn der Nachteil auch bei Gutheissung der Beschwerde nicht mehr behoben werden kann.
Die bereits erfolgte Vernichtung der Hanfpflanzen liesse sich selbst mit einer Gutheissung der vorliegenden Beschwerden nicht mehr rückgängig machen. Es stellt sich die Frage, ob die Beschwerden trotz Wegfalls eines aktuellen und praktischen Interesses des Beschwerdeführers zu behandeln sind.
b) Das Bundesgericht verzichtet ausnahmsweise auf das in Art. 88 OG enthaltene Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses, wenn sich die aufgeworfenen Fragen jederzeit unter gleichen oder ähnlichen Umständen wieder stellen könnten, an deren Beantwortung wegen der grundsätzlichen Bedeutung ein hinreichendes öffentliches Interesse besteht und sofern diese im Einzelfall kaum je rechtzeitig verfassungsgerichtlich geprüft werden könnten (<ref-ruling> E. 4b S. 397 mit Hinweisen).
c) Der Beschwerdeführer bestreitet die Zuständigkeit des Bezirksanwalts zur Anordnung der Vernichtung beschlagnahmter Gegenstände. Er macht geltend, im Rahmen einer Strafuntersuchung sei eine solche dem Sachrichter vorbehalten.
Diese Rüge ist von erheblicher rechtsstaatlicher Bedeutung.
Die Frist für einen Rekurs gegen Verfügungen der Bezirksanwaltschaft beträgt gemäss <ref-law> zwanzig Tage, sofern in der Verfügung nichts anderes bestimmt ist.
Die Rekursfrist kann somit von der verfügenden Behörde abgekürzt werden. Davon machte die Bezirksanwaltschaft in den angefochtenen Beschlagnahmeverfügungen Gebrauch und verkürzte die Rekursfrist auf drei Tage. Ein Rekurs hat überdies gemäss <ref-law> keine aufschiebende Wirkung. Halten die kantonalen Behörden weiterhin an dieser Vorgehensweise fest, ist eine vorgängige verfassungsgerichtliche Kontrolle der Vernichtung beschlagnahmter Gegenstände kaum je möglich. Die Voraussetzungen, unter denen auf ein Rechtsmittel einzutreten ist, auch wenn die gerügte Verletzung von Verfassung und EMRK nicht mehr verhindert, sondern nur noch festgestellt werden kann, sind im vorliegenden Fall erfüllt. Auf die staatsrechtlichen Beschwerden ist somit einzutreten.
4.- a) Die Staatsanwaltschaft sprach dem Beschwerdeführer die Legitimation zur Anfechtung der ihm eröffneten Beschlagnahmeverfügungen mit der Begründung ab, nicht er sondern die Genossenschaft sei in ihren Vermögensrechten direkt betroffen. In seinem Rekurs an die Staatsanwaltschaft hatte der Beschwerdeführer geltend gemacht, die unmittelbar von den Beschlagnahmeverfügungen betroffene Genossenschaft sei derzeit nicht handlungsfähig, weshalb ihr ein Beistand zu ernennen wäre.
b) Der Beschwerdeführer erachtet es als widersprüchlich, dass die Staatsanwaltschaft seine Rekurslegitimation verneinte, obwohl die Beschlagnahmeverfügungen ihm und den weiteren Angeschuldigten zugestellt worden waren.
Dass die Staatsanwaltschaft bei dieser Situation auf die in eigenem Namen erhobenen Rekurse sowohl des Beschwerdeführers wie auch des O._ und der weiteren Angeschuldigten W._ und C._ mit der Begründung nicht eintrat, von den Verfügungen direkt betroffen sei die Genossenschaft, erscheint in der Tat widersprüchlich. Nachdem der Beschwerdeführer in seiner Rekursbegründung an die Staatsanwaltschaft auf die Handlungsunfähigkeit der Genossenschaft und die Notwendigkeit einer Beistandsernennung ausdrücklich hingewiesen hatte, wäre es für die Staatsanwaltschaft nahe gelegen, den Mitgliedern der Genossenschaftsverwaltung Gelegenheit zu geben, der Vormundschaftsbehörde ein entsprechendes Gesuch zu stellen. Angesichts des Umstandes, dass neben dem Beschwerdeführer auch der Präsident und zwei weitere Mitglieder der Verwaltung der Genossenschaft, wenn auch in eigenem Namen, gegen die Beschlagnahmeverfügungen Rekurs erhoben, hätte aufgrund dieses gleichgerichteten Vorgehens auf ein Handeln der Verwaltungsmitglieder für die Genossenschaft geschlossen werden können. Wenn die Staatsanwaltschaft der Genossenschaft weder einen Beistand ernennen liess, noch den Mitgliedern der Verwaltung Gelegenheit gab, der Vormundschaftsbehörde ein entsprechendes Gesuch zu stellen, noch die von mehreren Mitgliedern der Verwaltung erhobenen Rekurse sinngemäss als auch im Namen der Genossenschaft eingereicht entgegennehmen wollte, so wäre sie gehalten gewesen, jedenfalls auf die vom Beschwerdeführer und den weiteren Rekurrenten in eigenem Namen eingereichten Rekurse materiell einzutreten. Indem sie dies nicht tat, sondern sich bezüglich der Legitimation im Ergebnis nur auf die dingliche Berechtigung an den Hanfpflanzen stützte, ist sie in überspitzten Formalismus verfallen und hat damit dem Beschwerdeführer und den übrigen Rekurrenten das Recht verweigert.
Darin liegt eine Verletzung sowohl des Willkürverbots (<ref-law>) wie auch des in <ref-law> gewährleisteten Anspruchs auf ein faires Verfahren.
c) Die Legitimation des Beschwerdeführers zur Rekurserhebung gegen die Beschlagnahmeverfügungen ergibt sich überdies aus <ref-law>, auf den sich der Beschwerdeführer beruft. Danach ist der Angeschuldigte zur Ergreifung der im IX. Abschnitt der StPO vorgesehenen Rechtsmittel, somit auch des Rekurses gegen Verfügungen der Bezirksanwaltschaft gemäss <ref-law> befugt. Die Staatsanwaltschaft hat sich im angefochtenen Entscheid nicht mit dieser Bestimmung auseinander gesetzt. Angesichts der Stellung des Beschwerdeführers als Angeschuldigter in dem von der Bezirksanwaltschaft geführten Strafverfahren erweist sich die Verweigerung der Rekurslegitimation auch im Lichte dieser Bestimmung als Verletzung klaren Rechts und damit als willkürlich.
5.- a) Der Beschwerdeführer bestreitet ferner die Kompetenz der Bezirks- bzw. Staatsanwaltschaft, die Vernichtung beschlagnahmter Gegenstände anzuordnen. Er macht geltend, der definitive Entscheid über die Verwendung beschlagnahmter Gegenstände sei dem Sachrichter vorbehalten.
b) Gemäss <ref-law> kann der Untersuchungsbeamte Gegenstände und Vermögenswerte, die als Beweismittel, zur Einziehung oder zum Verfall in Frage kommen, in Beschlag nehmen oder auf andere Weise der Verfügung ihres Inhabers entziehen. Das weitere Vorgehen in Bezug auf die beschlagnahmten Gegenstände ist in <ref-law> geregelt. Die Untersuchungsbehörde ist nur dann zum Entscheid über deren Vernichtung zuständig, wenn das Verfahren, in welchem die Beschlagnahme gemäss <ref-law> erfolgte, durch Strafbefehl oder durch Einstellung abgeschlossen wurde. Unterliegt ein im Kanton Zürich befindlicher Gegenstand oder Vermögenswert gemäss <ref-law> der Beschlagnahme, ohne dass im Zusammenhang damit in der Schweiz ein Strafverfahren gegen seinen Inhaber durchgeführt werden kann, so sieht <ref-law> die Durchführung einer besonderen Untersuchung durch die zuständige Untersuchungsbehörde vor. Hält diese die Voraussetzungen einer solchen selbständigen Einziehung für gegeben, so überweist sie gemäss <ref-law> die Akten dem Einzelrichter und stellt ihm Antrag. Aus dieser Regelung geht hervor, dass für die Anordnung der Vernichtung von im Rahmen eines Strafverfahrens beschlagnahmten Gegenständen nicht die Untersuchungsbehörde, sondern der Richter zuständig ist, wie dies auch <ref-law> entspricht (vgl.
Niklaus Schmid in Freiburger Zeitschrift für Rechtsprechung 7 (1998), S. 92 f.). Dabei ist allerdings festzuhalten, dass eine Verletzung von <ref-law> nicht mit staatsrechtlicher Beschwerde, sondern mit eidgenössischer Nichtigkeitsbeschwerde geltend zu machen wäre. Mit der Anordnung der Vernichtung haben die Bezirksanwaltschaft Winterthur und die deren Entscheid schützende Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich die in der Zürcher Strafprozessordnung vorgesehene Zuständigkeitsordnung klar verletzt. Die durch die Bezirksanwaltschaft angeordnete Vernichtung erweist sich daher als verfassungsrechtlich nicht haltbar.
6.- Zusammenfassend erweisen sich die staatsrechtlichen Beschwerden als begründet. Sie sind daher gutzuheissen und die Rekursentscheide der Staatsanwaltschaft vom 2. und 3. Oktober 2000 sind aufzuheben. Ob die Vernichtung der Hanfpflanzen auch eine Verletzung der Eigentumsgarantie und der Wirtschaftsfreiheit des Beschwerdeführers beinhaltet, wie dieser geltend macht, kann dabei offen bleiben.
7.- Bei diesem Ausgang sind für das bundesgerichtliche Verfahren keine Kosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG). Angesichts der Identität der beiden vom Vertreter des Beschwerdeführers eingereichten Beschwerdeschriften erscheint eine Gebühr von Fr. 2'000.-- angemessen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verfahren 1P.679/2000 und 1P.683/2000 werden vereinigt.
2.- Die staatsrechtlichen Beschwerden werden gutgeheissen und die Rekursentscheide der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 2. und 3. Oktober 2000 aufgehoben.
3.- Für das bundesgerichtliche Verfahren werden keine Kosten erhoben.
4.- Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Bezirksanwaltschaft Winterthur und der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 5. Februar 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: