Sachverhalt:
A. Die Bundesanwaltschaft hat gegen X._ und weitere Personen Anklage wegen Beteiligung bzw. Unterstützung einer kriminellen Organisation (<ref-law>) und (eventuell) Geldwäscherei in einem schweren Fall (Art. 305bis Ziff. 1 und 2 lit. a und c StGB) erhoben. Die Hauptverhandlung vor der Strafkammer des Bundesstrafgerichts in Bellinzona beginnt am 1. April 2009.
B. Mit Schreiben vom 4. Februar 2009 stellte der Verteidiger von X._ verschiedene Verfahrensanträge. Unter anderem beantragte er, seinem Mandanten sei für die gesamte Hauptverhandlung eine Simultanübersetzung Deutsch/Spanisch zur Verfügung zu stellen und die Anklageschrift dürfe - wenn überhaupt - erst nach der Verhandlung vom 1./2. April 2009 an die Presse ausgehändigt werden.
Am 10. Februar 2009 erliess der Präsident der Strafkammer eine prozessleitende Verfügung. Darin wies er den Antrag auf Simultanübersetzung der Hauptverhandlung ab (Disp.-Ziff. 1). Den Antrag, die Anklageschrift vor der Eröffnung der Hauptverhandlung nicht oder nur in begrenztem Umfang an die Presse auszuhändigen, hiess er insoweit gut, als lediglich die Seiten 1-4 und 205-233 vor der Eröffnung der Hauptverhandlung an die akkreditierte Presse herauszugeben seien (Disp.-Ziff. 5).
C. Dagegen erhob X._ am 2. März 2009 Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, Ziff. 1 und Ziff. 5 der prozessleitenden Verfügung vom 10. Februar 2009 seien aufzuheben. Der Antrag auf Simultanübersetzung der Hauptverhandlung der Strafsache in die spanische Sprache sei gutzuheissen; die Simultanübersetzung sei für die Hauptverhandlung vom 1. und 2. April 2009 vorsorglich anzuordnen. Der Antrag, die Anklageschrift nicht an die Presse auszuhändigen, sei gutzuheissen. Eventualiter seien die in Ziff. 5 der Verfügung zur Veröffentlichung freigegebenen Teile der Anklageschrift anonymisiert zu veröffentlichen. Die Veröffentlichung der Anklageschrift sei vorsorglich bis zum definitiven Entscheid zu verbieten.
D. Der Präsident der Strafkammer beantragt, das Gesuch um aufschiebende Wirkung hinsichtlich der Veröffentlichung von Teilen der Anklageschrift sei abzuweisen. Auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei sie abzuweisen. Die Bundesanwaltschaft schliesst auf Nichteintreten auf die Beschwerde und die Gesuche um vorsorgliche Massnahmen und aufschiebende Wirkung.
E. In seiner Replik vom 18. März 2009 hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Prozessleitende Verfügungen des Präsidenten der Strafkammer des Bundesstrafgerichts sind Zwischenentscheide des Bundesstrafgerichts, gegen welche die Beschwerde in Strafsachen offensteht, sofern die allgemeinen Voraussetzungen gemäss Art. 92 f. BGG erfüllt sind (zur Publikation bestimmter Entscheid 1B_7/2009 vom 16. März 2009 E. 1). <ref-law> bezieht sich nur auf Entscheide der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts und ist deshalb auf den vorliegenden Fall nicht anwendbar.
Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>; nur diese Bestimmung kommt vorliegend in Betracht). Für die Beschwerde in Strafsachen ist dabei ein Nachteil rechtlicher Natur erforderlich (<ref-ruling> E. 2.1 S. 45 mit Hinweisen), der auch durch einen dem Beschwerdeführer günstigen Endentscheid nicht (vollständig) wieder gut gemacht werden kann.
1.1 Soweit der Beschwerdeführer sich gegen die Ablehnung der Simultanübersetzung der gesamten Hauptverhandlung wendet, ist kein derartiger Nachteil ersichtlich (so schon Entscheid 1P.76/2002 vom 14. Februar 2002 betreffend die staatsrechtlichen Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid, mit dem die Übersetzung gewisser Unterlagen in die Sprache des Angeklagten abgelehnt worden war).
Es wird Sache der Verfahrensleitung sein, durch geeignete Massnahmen dafür zu sorgen, dass die Angeklagten, die verschiedene Sprachen sprechen, der Verhandlung ausreichend folgen und ihre Verfahrensrechte wahren können. Dies wurde in der angefochtenen Verfügung (E. 2) auch ausdrücklich zugesagt. Im Falle eines Freispruchs des Beschwerdeführers ist nicht ersichtlich, welcher Nachteil ihm aufgrund der fehlenden Simultanübersetzung verbleiben sollte. Im Falle eines für ihn ungünstigen Verfahrensausgangs kann der Beschwerdeführer gegebenenfalls den Endentscheid mit der Begründung anfechten, aufgrund der fehlenden Simultanübersetzung sei er nicht in den Genuss eines fairen Verfahrens gekommen. Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, es sei unmöglich, die auf 20 Tage angesetzte Hauptverhandlung mit neun Angeklagten und zahlreichen Zeugeneinvernahmen zu wiederholen, ist darauf hinzuweisen, dass im Falle einer Gutheissung einer Beschwerde gegen den Endentscheid möglicherweise nicht die gesamte, sondern nur Teile der Hauptverhandlung wiederholt werden müssten. Im Übrigen vermag der Einwand des Beschwerdeführers nichts an der Qualifikation zu ändern, dass kein nicht wieder gutzumachender Nachteil rechtlicher Natur vorliegt.
Auf die Anträge zur Simultanübersetzung ist daher nicht einzutreten.
1.2 Hinsichtlich der Anklageschrift macht der Beschwerdeführer geltend, dass über deren Zulässigkeit erst zu Beginn der Hauptverhandlung entschieden werde. Die Angeklagten hätten die Rückweisung der Anklageschrift zur Verbesserung beantragt. Würde diese dennoch (ganz oder teilweise) schon vorher an die Presse ausgehändigt und veröffentlicht, so bewirke dies eine schwerwiegende Persönlichkeitsverletzung des Beschwerdeführers; diese könne auch dann nicht wieder gutgemacht werden, wenn die Anklageschrift vom Gesamtgericht zurückgewiesen werde.
Dagegen sind der Präsident der Strafkammer und die Bundesanwaltschaft der Auffassung, dass der Name des Beschwerdeführers und die grundsätzlich gegen ihn erhobene Anklage bereits öffentlich bekannt seien; dies gelte insbesondere auch für die ihm vorgeworfene Beteiligung an einer kriminellen Organisation (Camorra bzw. Sacra Corona Unità). Sie verweisen hierfür unter anderem auf Artikel, die in der Tessiner Presse erschienen sind. Es entspreche der Praxis des Bundesstrafgerichts, den akkreditierten Journalisten für die seriöse Vorbereitung ihrer Berichterstattung die Anklageschrift jeweils einige Tage vor Verhandlungsbeginn abzugeben. Aufgrund des Akkreditierungsreglements seien diese zu einem reglementskonformen und den journalistischen Standesregeln entsprechenden Umgang mit den darin enthaltenen Informationen verpflichtet (Art. 9 lit. a und Art. 10 des Reglements über die Grundsätze der Information und die Akkreditierung für die Gerichtsberichterstattung am Bundesstrafgericht vom 29. August 2006; SR 173.711.33 [im Folgenden: Reglement]).
Die Frage des nicht wieder gutzumachenden Nachteils kann offen bleiben, wenn die Beschwerde in diesem Punkt abzuweisen ist.
2. Der Beschwerdeführer hält es für eine schwerwiegende Verletzung seiner Persönlichkeit, eine Anklageschrift zu veröffentlichen, bevor definitiv über deren Zulassung entschieden worden sei. Dies gelte auch für die vom Strafkammerpräsidenten angeordnete, nur teilweise Veröffentlichung: Der Beschwerdeführer werde dadurch in der Öffentlichkeit als Mitglied der Mafia wahrgenommen; dies wirke sich äusserst negativ auf seinen Ruf und seine persönlichen und beruflichen Verhältnisse aus. Die Angeklagten hätten die Anklageschrift als unzulässig beanstandet und einen Rückweisungsantrag gestellt. Werde diesem Antrag stattgegeben, müsste die Anklageschrift neu verfasst werden. In einem solchen Fall müsse der Persönlichkeitsschutz dem Anspruch der Öffentlichkeit auf Information vorgehen und verhindert werden, dass der Beschwerdeführer durch die Veröffentlichung einer möglicherweise unzulässigen Anklageschrift in schwerster Weise in der Öffentlichkeit beschuldigt werde.
2.1 Der Präsident der Strafkammer hat den Antrag des Beschwerdeführers teilweise gutgeheissen und angeordnet, dass nur ein Teil der Anklageschrift der akkreditierten Presse auszuhändigen sei. Er ging davon aus, dass eine vollständige Herausgabe vor dem gerichtlichen Zulassungsentscheid durch das Informationsrecht der Öffentlichkeit nicht gefordert sei. Die Zustellung des von ihm freigegebenen Teils der Rechtsschrift an die akkreditierte Presse sei dagegen Teil der Öffentlichkeit der Verhandlung. Eine weitere inhaltliche Zensur würde dem Prinzip der Justizkontrolle durch die Öffentlichkeit widersprechen. Die Frage, wie weit die Namen nicht öffentlich zu nennen seien, sei nicht eine solche des Gerichts, sondern der ethischen Grundsätze der Presse.
2.2 Gerichtsverhandlungen in Strafsachen sind grundsätzlich öffentlich (Art. 6 Ziff. 1 EMRK; <ref-law>). Für den Bürger soll ersichtlich sein, wie der Richter die ihm vom jeweiligen Wahlkörper übertragene Verantwortung wahrnimmt, und der Grundsatz der publikumsöffentlichen Verhandlung dient ganz allgemein einer transparenten Justiztätigkeit und Rechtsfindung. Da nicht jedermann jederzeit an beliebigen Gerichtsverhandlungen teilnehmen kann, übernehmen die Medien mit ihrer Gerichtsberichterstattung insofern eine wichtige Brückenfunktion, als sie die richterliche Tätigkeit einem grösseren Publikum zugänglich machen. Die Gerichtsberichterstattung dient damit einer verlängerten bzw. mittelbaren Gerichtsöffentlichkeit, und in diesem Sinn besteht an ihr ein erhebliches öffentliches Interesse (<ref-ruling> E. 3.2 S. 532).
Dem Informationsinteresse der Allgemeinheit steht allerdings das Schutzinteresse der Prozessbeteiligten gegenüber. Namentlich im Strafprozess kann die detaillierte Ausbreitung der persönlichen Verhältnisse in die Privat- oder gar Geheimsphäre des Angeschuldigten eingreifen (<ref-ruling> E. 3 S. 532 mit Hinweis). Schon die Tatsache, dass eine Person in den Medien einer schweren Straftat wie der Beteiligung an einer kriminellen Organisation verdächtigt wird bzw. über die Anklageerhebung gegen sie berichtet wird, kann für diese schwerwiegende Konsequenzen haben.
Der Richter muss daher das Interesse des Betroffenen auf Schutz seiner Persönlichkeit sorgfältig gegen dasjenige der Presse an der Erfüllung des Informationsauftrags, insbesondere des Wächteramts, abwägen. Bei diesem Vorgang steht dem Richter ein gewisses Ermessen zu. Eingriffe in die Persönlichkeitsrechte dürfen stets nur so weit reichen, als ein Informationsbedürfnis der Öffentlichkeit besteht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 644; Entscheid 1C_258/2008 vom 20. November 2008 E. 5).
2.3 Im vorliegenden Fall wird den Angeklagten neben Geldwäscherei die Beteiligung an kriminellen Organisationen im Zusammenhang mit illegalem Zigarettenhandel vorgeworfen. Die diesbezüglichen Ermittlungen und Verhaftungen im Tessin und in Italien sorgten für Schlagzeilen in der Presse und führten zu Anfragen und Interpellationen im Parlament und einer Pressemitteilung des Eidgenössischen Finanzdepartements. Auch aufgrund der langen Dauer und des Umfangs des Untersuchungsverfahrens sowie der zahlreichen in diesem Zusammenhang geführten Rechtshilfeverfahren handelt es sich um einen bedeutenden Fall, weshalb das Informationsinteresse der Öffentlichkeit als gross einzuschätzen ist.
2.4 Praxisgemäss teilt das Bundesstrafgericht den akkreditierten Journalisten die Abgabe einer Kopie der Anklage drei Tage vor dem ersten Verhandlungstermin aus (Art. 9 Abs. 1 lit. a Reglement). Dies ermöglicht es den Journalisten, sich auf die Hauptverhandlung vorzubereiten und dieser sachgerecht zu folgen. Das erscheint vor allem in komplexen Fällen wie dem vorliegenden, mit einem umfangreichen Anklagesachverhalt und einer Vielzahl von beteiligten Personen und Gesellschaften, sinnvoll.
Allerdings ist zu berücksichtigen, dass über die Zulassung der Anklageschrift vom Gesamtgericht noch nicht entschieden worden ist und deshalb die Möglichkeit besteht, dass diese - wie von den Angeklagten beantragt - zur Verbesserung zurückgewiesen wird. Dieser Umstand wurde vom Präsidenten der Strafkammer zu Recht berücksichtigt und führte dazu, dass nur 33 Seiten der 233 Seiten umfassenden Anklageschrift freigegeben wurden.
2.5 Die zur Abgabe an die Presse freigegebenen Teile umfassen:
S. 1-4: Rubrum;
S. 205-227: Zusammenfassung der Tathandlungen der Angeklagten;
S. 228 f. Beweismittel und Beschlagnahme;
S. 229: Sicherheiten
230: Kosten und Auslagen
231 ff.: Mitteilungen, Unterschriften, etc.
Von den freigegebenen Seiten der Anklageschrift befassen sich (abgesehen vom Rubrum und den Mitteilungen) nur drei (S. 212-214) mit dem Beschwerdeführer. Darin werden die ihm vorgeworfenen Tathandlungen knapp zusammengefasst und unter die anwendbaren Gesetzesbestimmungen subsumiert. Aus Formulierung und Kontext ist klar, dass es sich um eine Anklage handelt, die erst noch bewiesen werden muss; eine Vorverurteilung des Beschwerdeführers ist nicht ersichtlich und wird von diesem auch nicht behauptet.
Nicht an die Presse abgegeben wurden diejenigen Passagen der Anklageschrift, die vom Verteidiger des Beschwerdeführers mit Schreiben vom 17. Oktober 2008 als strafprozessual unzulässig beanstandet worden waren, nämlich die angeblich ausschweifenden Ausführungen der Anklageschrift zu den kriminellen Organisationen (Anklageschrift S. 13 ff.) und die nach Auffassung der Verteidigung unnötig wertende Anklageübersicht (Anklageschrift S. 5 ff.). Die übrigen Beanstandungen der Angeklagten betreffen formelle Mängel der Anklageschrift sowie der Aktenordnung (Paginierung, Verweise auf die Beilagen, etc.). Es ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht dargelegt, inwiefern diese Mängel sein Persönlichkeitsrecht verletzen könnten. Damit beschränkt sich die Abgabe an die Presse auf das Minimum dessen, das nötig ist, um den Prozessgegenstand korrekt zu erfassen.
Sodann ist die Abgabe an die akkreditierten Journalisten beschränkt, die Gewähr für die Beachtung der in Art. 10 des Reglements enthaltenen Grundsätze der Gerichtsberichterstattung bieten (Art. 5 Abs. 1 Reglement). Art. 10 Abs. 2 Reglement legt insbesondere fest, dass Namen nur genannt werden dürfen, wenn sie vom Bundesstrafgericht freigegeben werden oder die Betroffenen damit einverstanden sind.
Zusammenfassend ist daher davon auszugehen, dass der Strafkammerpräsident sein Ermessen fehlerfrei ausgeübt hat, indem er die Abgabe zum Schutz des Persönlichkeitsrechts des Beschwerdeführers auf das für die Information der Öffentlichkeit Nötigste beschränkte.
2.6 Eventualiter beantragt der Beschwerdeführer, die Anklageschrift sei den akkreditierten Journalisten nur anonymisiert zuzustellen.
Tatsächlich erfolgt die Berichterstattung über Strafverfahren in der Regel anonym, sofern es sich nicht um Personen der Zeitgeschichte handelt (<ref-ruling> E. 3 S. 533 mit Hinweisen). Dem entspricht die bereits zitierte Bestimmung in Art. 10 Abs. 2 Reglement.
Davon zu unterscheiden ist die Frage, ob schon die Anklageschrift, die an die akkreditierten Journalisten abgegeben wird, anonymisiert werden muss. Dies ist grundsätzlich zu verneinen. Die Anonymisierung würde das Verständnis des Anklagesachverhalts erschweren und es den akkreditierten Pressevertretern verunmöglichen, der Hauptverhandlung sachgerecht zu folgen und somit ihr Wächteramt wahrzunehmen. Zu diesem Zweck müssen die Medienvertreter in der Lage sein, die Angeklagten und deren Verteidiger in der Hauptverhandlung zu identifizieren und sie dem Anklagesachverhalt richtig zuzuordnen.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Damit werden die Anträge auf vorsorgliche Anordnungen bzw. aufschiebende Wirkung gegenstandslos. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Gerichtskosten und hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Dem Beschwerdeführer werden die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bundesanwaltschaft und dem Bundesstrafgericht, Präsident der Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber