Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1955) und Z._ (geb. 1955) heirateten am xxxx 1988. Ihre Töchter S._ und T._ sind volljährig. Am 5. Oktober 2010 trennten sich die Parteien.
B. Mit Eingabe vom 17. Mai 2011 ersuchte Z._ beim Gerichtspräsidium Baden um den Erlass von Eheschutzmassnahmen. Sie beantragte die Zusprechung von monatlichen Unterhaltsbeiträgen von mindestens Fr. 15'000.--. Klageantwortweise war X._ bereit, Unterhaltsbeiträge von Fr. 5'000.-- zu bezahlen zuzüglich eines Drittels seines Netto-Barbonus bis maximal Fr. 24'000.-- pro Jahr.
Mit Urteil vom 30. April 2012 setzte das Gerichtspräsidium den Unterhaltsbeitrag auf monatlich Fr. 3'660.-- ab 1. Januar 2011 fest, zuzüglich 50% des Netto-Barbonus bis zu einem Maximalbetrag von Fr. 42'500.-- pro Jahr. Die vormals eheliche Liegenschaft wies das Gericht Z._ zu, bei gleichzeitiger Verpflichtung von X._, für die Hypothekarzinsen aufzukommen.
C. Z._ erhob hiergegen am 5. Oktober 2012 Berufung. Sie verlangte eine Erhöhung der monatlichen Unterhaltsbeiträge auf Fr. 5'845.--. Zudem seien die von X._ pro Jahr maximal zu leistenden Beiträge auf Fr. 120'000.-- (monatliche Beiträge und Bonusanteil zusammen) anzuheben. X._ schloss auf Abweisung.
Das Obergericht des Kantons Aargau hiess die Berufung mit Urteil vom 25. Februar 2013 teilweise gut. Es setzte den Unterhaltsbeitrag vom 1. Januar 2011 bis 31. Dezember 2011 unter Berücksichtigung eines Bonusanteils auf Fr. 7'735.-- fest. Ab 1. Januar 2012 bezifferte es den Unterhaltsbeitrag auf Fr. 4'760.-- und verpflichtete X._ weiter, jeweils innert 14 Tagen nach Eingang von Bonuszahlungen 50% deren Nettowerts an Z._ zu überweisen.
D. X._ (Beschwerdeführer) hat gegen dieses Urteil mit Postaufgabe vom 5. April 2013 Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Er verlangt eine Reduktion der monatlichen Unterhaltsbeiträge auf Fr. 6'296.-- vom 1. Januar bis 31. Dezember 2011, auf Fr. 3'495.-- vom 1. Januar bis 31. Dezember 2012 sowie auf Fr. 4'320.-- ab 1. Januar 2013. Zudem sei der insgesamt geschuldete Unterhalt bei Fr. 97'129.-- pro Kalenderjahr zu plafonieren.
Das Bundesgericht hat die Akten, in der Sache selbst aber keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzliches Urteil in einer Zivilsache mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert (Art. 51 Abs. 4, Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1, Art. 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist gemäss <ref-law> zur Beschwerde berechtigt und die Beschwerdefrist ist eingehalten (<ref-law>), womit die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich zulässig ist.
1.2 Weil Eheschutzentscheide vorsorgliche Massnahmen im Sinne von <ref-law> darstellen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 397), kann einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt. Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Lage aus Sicht des Beschwerdeführers darzulegen und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246). Die Aufhebung eines angefochtenen Entscheids rechtfertigt sich erst, wenn sich dieser nicht nur in der Begründung als unhaltbar erweist, sondern er auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 1.3 S. 5; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 319).
2. Die Vorinstanz ging für die Berechnung des Unterhaltsbeitrages von den nachfolgend dargestellten finanziellen Verhältnissen der Parteien aus.
2.1 Der Beschwerdeführer ist Investmentberater und einer von vier Partnern der Vermögensverwaltungsgesellschaft Y._, bei welcher er angestellt ist. Er verfügt über ein monatliches Fixeinkommen von Fr. 12'129.--, zuzüglich eines jährlich variierenden Bonus. Das Gesamteinkommen des Beschwerdeführers (inkl. Boni, exkl. Spesen und Ausbildungszulagen) belief sich im Jahr 2011 auf netto Fr. 216'958.--, 2010 auf Fr. 382'449.-- sowie 2009 auf Fr. 241'395.--.
Den Grundbedarf des in einem Konkubinat lebenden Beschwerdeführers setzte die Vorinstanz auf Fr. 4'640.-- fest (Grundbetrag Fr. 850.--, Hypothekarzinsen/Miete Fr. 2'840.--, Krankenkasse Fr. 450.--, Arbeitsweg/ÖV Fr. 300.--, Verpflegung Fr. 200.--). Vor Bundesgericht umstritten sind die Arbeitswegkosten sowie die Tatsache, dass die Vorinstanz die vom Beschwerdeführer geleisteten Zahlungen an die mündigen Töchter nicht im Bedarf berücksichtigte. Darauf wird im Sachzusammenhang zurückzukommen sein.
2.2 Die Beschwerdegegnerin geht keiner Erwerbstätigkeit nach. Der Beschwerdeführer selbst gibt bei ihr die Berufsbezeichnung "Hausfrau" an.
Ihren Grundbedarf bezifferte die Vorinstanz auf Fr. 2'030.-- (Grundbetrag Fr. 1'100.--, Nebenkosten Fr. 350.--, Krankenkasse Fr. 480.--, Krankheitskosten Fr. 100.--).
2.3 Für das Jahr 2011 ging das Obergericht vom Jahresgesamteinkommen (inkl. Boni) von netto Fr. 216'958.-- aus und errechnete durch Gegenüberstellung mit dem Grundbedarf beider Parteien einen monatlichen Überschuss von Fr. 11'410.--, was einen Unterhaltsbeitrag von Fr. 7'735.-- ergab. Für die Zeit ab Januar 2012 ging es vom Fixeinkommen von Fr. 145'548.-- (exkl. Boni) aus und errechnete einen monatlichen Überschuss von Fr. 5'459.--, was zu einem Unterhaltsbeitrag von Fr. 4'760.-- führte. Darüber hinaus sprach es der Ehefrau ab 2012 die Hälfte des jeweiligen Bonus zu, wobei das Total der Unterhaltsbeiträge Fr. 120'000.-- pro Kalenderjahr nicht übersteigen soll.
3. Der Beschwerdeführer rügt den angefochtenen Entscheid in verschiedenen Punkten als willkürlich.
3.1 Er beanstandet, dass die Vorinstanz statt der von ihm geltend gemachten Autokosten nur Kosten für die öffentlichen Verkehrsmittel (Fr. 300.-- pro Monat) berücksichtigte. Dies sei insofern willkürlich, als er auf das Auto angewiesen sei, was die Vorinstanz im Zusammenhang mit seinen Spesen sogar explizit anerkannt habe. Er benötige dieses für die Kundenakquisition. Wenn er mit den öffentlichen Verkehrsmitteln fahren würde, hätte er an der Arbeitsstelle gar kein Auto zur Verfügung.
Wie die Vorinstanz ausführt, hat die Beschwerdegegnerin in ihrer Berufung vorgebracht, er könne mit dem Zug zur Arbeit fahren, ihm seien daher Fr. 300.-- für ein GA zweiter Klasse anzurechnen. Die Vorinstanz hält weiter fest, der Beschwerdeführer habe in seiner Berufungsantwort dagegen nur eingewendet, er sei auf sein Fahrzeug "auch und vor allem beruflich" angewiesen. Dass es ihm möglich und zumutbar wäre, mit öffentlichen Verkehrsmitteln zur Arbeit zu fahren, habe er indes nicht substanziiert in Abrede gestellt. Mit diesen Ausführungen der Vorinstanz setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander, weshalb die Willkürrüge unsubstanziiert bleibt und den Rügeanforderungen von <ref-law> nicht genügt (vgl. vorstehend E. 1.2).
3.2 Weiter rügt der Beschwerdeführer, dass die Vorinstanz den von ihm geleisteten Mündigenunterhalt nicht in seinem Bedarf berücksichtigte, wodurch er einseitig für die den Töchtern geleistete Unterstützung bestraft werde und was damit zu einem absolut stossenden Ergebnis führe. Die von der Vorinstanz zur Begründung herangezogene bundesgerichtliche Rechtsprechung (<ref-ruling> und Urteil 5A_481/2012) sei sinngemäss nur auf künftigen Unterhalt anwendbar, nicht jedoch rückwirkend, d.h. seine 2011 und 2012 nachweislich geleisteten Zahlungen an die beiden Kinder seien zu berücksichtigen. Dem Beschwerdeführer gelingt es damit nicht, Willkür der Vorinstanz darzutun.
Das Obergericht ist im angefochtenen Urteil der einschlägigen bundesgerichtlichen Rechtsprechung gefolgt, wonach der Ehegattenunterhalt dem Mündigenunterhalt vorgeht. Es erscheint nicht willkürlich, wenn das Obergericht für die Jahre 2011 und 2012 keine Ausnahme von dieser Rechtsprechung gemacht hat. Dies gilt um so mehr, als das Rechtsmittelverfahren nicht dazu dient, durch den Zeitablauf einen neuen Sachverhalt zu schaffen. Auch in <ref-ruling> wurde für die während des Verfahrens verstrichene Zeit keine Ausnahme vom obenerwähnten Grundsatz gemacht. Ebenso wenig kann der Beschwerdeführer aus dem Urteil 5A_481/2012 vom 23. August 2012, E. 3.4 für sich ableiten, in welchem die bisherige Praxis in Bezug auf den Vorrang des Ehegattenunterhalts vor dem Mündigenunterhalt bestätigt wurde.
Im Übrigen sei der Beschwerdeführer darauf hingewiesen, dass die Vorinstanz bei der Ermittlung der letzten ehelichen Lebenshaltung und davon abgeleitet dem "gebührenden Bedarf" der Beschwerdegegnerin Aufwendungen an die mündigen Töchter im Umfang von jährlich Fr. 24'000.-- berücksichtigt hat.
3.3 Der Beschwerdeführer beanstandet sodann, die Vorinstanz sei bei der Anhebung der Plafonierung des Unterhaltsanspruchs der Beschwerdegegnerin auf Fr. 120'000.-- pro Kalenderjahr in Willkür verfallen. Die Vorinstanz habe nämlich bei der Festlegung der "letzten Lebenshaltung" der Parteien ein zu hohes Einkommen angenommen, indem sie eine einmalige Sonderzahlung von Fr. 137'677.50 im Jahr 2010 zum Einkommen hinzugeschlagen habe. Diese Vergütung sei infolge Neuaufnahme eines Partners angefallen. Es habe sich folglich um ein aussergewöhnliches Jahr gehandelt. Die Parteien hätten weder früher noch später eine so hohe Lebenshaltung gehabt.
Ausgehend von den festgestellten Jahreseinkommen (E. 2.1 hiervor), ermittelte die Vorinstanz das Einkommen für die 12 Monate vor der Trennung (Oktober 2009 bis September 2010), indem sie 3/12 des Einkommens 2009 zu 9/12 des Einkommens 2010 addierte, was Fr. 347'178.-- ergab. Diese Berechnung wird vom Beschwerdeführer per se nicht als willkürlich gerügt, womit das Bundesgericht an die Feststellung gebunden ist, dass das Nettoeinkommen in den 12 Monaten vor der Trennung Fr. 347'178.-- betrug. Zur Ermittlung des in der betreffenden Periode tatsächlich von den Parteien gelebten Standards zog die Vorinstanz von diesem Betrag die Aufwendungen zugunsten der mündigen Töchter ab (vgl. vorstehend E. 3.2 in fine), womit Fr. 323'178.-- verblieben. Sodann stellte die Vorinstanz fest, dass der beweisbelastete Beschwerdeführer keine Sparquote für die relevante Zeitperiode nachgewiesen habe, worauf er im vorliegenden Verfahren mit keinem Wort eingeht. Vor diesem Hintergrund ist keine Willkür ersichtlich, wenn die Vorinstanz davon ausging, dass das gesamte Einkommen dem Lebensunterhalt der Parteien diente. Diesen standen somit in der letzten Phase vor der Trennung pro Monat fast Fr. 27'000.-- zur Verfügung.
Während der Dauer des Getrenntlebens haben grundsätzlich beide Ehegatten Anspruch auf die Fortführung des während der Ehe zuletzt gelebten Standards (<ref-ruling> E. 4a S. 67; <ref-ruling> E. 4 S. 146). Die Erwägung der Vorinstanz, der von der Beschwerdegegnerin selbst auf Fr. 10'000.-- bezifferte "gebührende Unterhalt" sei durchaus plausibel, ist somit nicht willkürlich.
Im Übrigen wäre selbst dann keine Willkür gegeben, wenn der Beschwerdeführer - wie er behauptet - nie mehr ein so hohes Einkommen erzielen würde. Dem möglicherweise schwankenden Einkommen wurde dadurch Rechnung getragen, dass der effektiv geschuldete Unterhaltsbeitrag ab Januar 2012 vom tatsächlich ausgerichteten Bonus abhängt.
3.4 Schliesslich erhebt der Beschwerdeführer Kritik an der Anwendung der Methode der Überschussteilung. Die Vorinstanz habe sich ohne Begründung über seinen Antrag hinweggesetzt, den Unterhaltsbeitrag nach der einstufigen Methode festzusetzen, und sie habe einen weit über dem Bedarf der Beschwerdegegnerin liegenden Unterhaltsbeitrag zugesprochen.
In diesem Zusammenhang erhebt der Beschwerdeführer keine hinreichend begründete Willkürrüge. So legt er nicht dar, was für "Ausführungen" er vor der Vorinstanz vorgebracht habe, mit denen sich diese hätte auseinandersetzen müssen. Überdies zeigt er nicht auf, weshalb die einstufige Methode hätte angewendet werden müssen (vgl. zu den Voraussetzungen für die Anwendung der einstufigen Methode: <ref-ruling> E. 3 S. 426; Urteil 5A_198/2012 vom 24. August 2012 E. 8.3.1; HAUSHEER/SPYCHER, Handbuch des Unterhaltsrechts, 2. Aufl., Bern 2010, N 02.61b und 02.61c). Ebenso wenig zeigt er auf, inwiefern diese Methode zu einem anderen Ergebnis führen würde. Insbesondere vermag er mit der Behauptung, die Beschwerdegegnerin selbst habe ihren Bedarf auf bloss Fr. 6'716.-- beziffert, keine Willkür darzutun. Das Obergericht hat festgestellt, dass sie im obergerichtlichen Verfahren einen Bedarf von Fr. 10'000.-- geltend gemacht habe, womit sich der Beschwerdeführer nicht auseinandersetzt. Aus den vorstehenden Erwägungen erhellt aber, dass die Vorinstanz diesen Bedarf willkürfrei als plausibel erachten durfte (E. 3.3).
Soweit der Beschwerdeführer der Vorinstanz pauschal eine Verletzung seines rechtlichen Gehörs vorwirft, ist darauf mangels genügender Substanziierung (<ref-law>) nicht einzutreten. Er zeigt namentlich nicht auf, worüber er (zusätzlich) hätte angehört werden sollen.
3.5 Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Der Beschwerdegegnerin ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Mai 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Die Gerichtsschreiberin: Friedli-Bruggmann