Sachverhalt:
A. Der mazedonische Staatsangehörige X._ (geb. 1975) reiste am 15. Dezember 1991 in die Schweiz ein und erhielt am 21. Mai 1992 die Aufenthaltsbewilligung, um bei seinen Eltern zu verbleiben. Am 11. Dezember 2001 wurde ihm die Niederlassungsbewilligung erteilt. Aus der am 1. August 2002 in Mazedonien geschlossenen Ehe mit der ebenfalls niederlassungsberechtigten Landsfrau Y._ (geb. 1983) gingen zwei Töchter hervor (geb. 2003 und 2006).
X._ hat seine Schweizer Berufslehre nicht beendet, fand jedoch trotz mehrmaligem Stellenverlust und vorübergehendem Sozialhilfebezug immer wieder Festanstellungen. Die Ehefrau ist ebenfalls erwerbstätig. Gegen X._ lagen zeitweise offene Verlustscheine in der Höhe von über CHF 45'000.-- vor. Zwischenzeitlich hat er Massnahmen zur Schuldentilgung eingeleitet; seit Januar 2009 sind keine offenen Betreibungen mehr verzeichnet.
X._ hat folgende Straftaten begangen:
Am 3. Mai 2002 verurteilte ihn das Bezirksamt Zofingen wegen Führens eines Motorfahrzeugs in angetrunkenem Zustand und grober Verkehrsregelverletzung durch Missachtung der signalisierten Höchstgeschwindigkeit zu einer bedingten Gefängnisstrafe von sieben Tagen und einer Busse von Fr. 1'500.--.
Am 16. März 2007 wurde X._ vom Untersuchungsrichteramt II Emmental-Oberaargau wegen Missbrauchs von Ausweisen und Schildern zu einer bedingten Geldstrafe von fünf Tagessätzen und einer Busse von Fr. 200.-- verurteilt.
Am 23. Juni 2009 verurteilte ihn das Obergericht des Kantons Aargau wegen qualifizierter Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 30 Monaten und einer Busse von Fr. 100.--.
B. Aufgrund der Delinquenz widerrief das Amt für Migration und Personenstand des Kantons Bern mit Verfügung vom 12. März 2010 die Niederlassungsbewilligung von X._ und wies ihn aus der Schweiz weg. Die dagegen erhobene Beschwerde bei der Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern wurde am 29. März 2011 abgewiesen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hob diesen Entscheid am 3. Januar 2012 insoweit auf, als X._ die unentgeltliche Prozessführung verweigert worden war, wies die Beschwerde im Übrigen aber ab.
C. Vor Bundesgericht beantragt X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 3. Januar 2012 aufzuheben, die Niederlassungsbewilligung nicht zu widerrufen und ihn lediglich zu verwarnen.
Das Amt für Migration und Personenstand des Kantons Bern stellt keinen Antrag. Die Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern, das Bundesamt für Migration (BFM) und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragen die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer replizierte am 15. Juni 2012 auf die vorgenannten Eingaben.
D. Am 9. Februar 2012 hat der Abteilungspräsident der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen kantonal letztinstanzliche Entscheide über den Widerruf der Niederlassungsbewilligung ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 83 lit. c Ziff. 2 [e contrario] und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 4) und der Beschwerdeführer ist zur Ergreifung dieses Rechtsmittels befugt (Art. 89 BGG).
1.2 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht (inklusive Bundesverfassungsrecht) und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 BGG). Von den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen weicht das Bundesgericht nur ab, wenn diese offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 BGG). Eine entsprechende Rüge ist rechtsgenüglich zu substanziieren (Art. 42 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, der Widerruf der Niederlassungsbewilligung verstosse gegen das Verhältnismässigkeitsprinzip und verletze Art. 8 Ziff. 2 EMRK bzw. Art. 13 i.V.m. Art. 36 BV und Art. 96 Abs. 1 AuG.
2.2 Die Niederlassungsbewilligung kann widerrufen werden, wenn der Ausländer zu einer längerfristigen Freiheitsstrafe, d.h. zu einer solchen von mehr als einem Jahr, verurteilt worden ist (Art. 63 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 62 lit. b AuG; <ref-ruling> E. 2 S. 299 ff.). Dieser Widerrufsgrund gilt auch bei Ausländern, die sich seit mehr als 15 Jahren ununterbrochen und ordnungsgemäss in der Schweiz aufhalten (Art. 63 Abs. 2 AuG). Wenn ein Ausländer durch sein Verhalten einen Widerrufsgrund gesetzt hat - was vorliegend unbestritten ist -, bleibt zu prüfen, ob der Widerruf der Anwesenheitsbewilligung verhältnismässig ist (vgl. Art. 96 AuG; Art. 8 Ziff. 2 EMRK; <ref-ruling> E. 4.3 S. 381 f.). Dabei sind praxisgemäss namentlich die Schwere des Delikts und des Verschuldens des Betroffenen, der seit der Tat vergangene Zeitraum, das Verhalten des Ausländers während diesem, der Grad seiner Integration bzw. die Dauer der bisherigen Anwesenheit sowie die ihm und seiner Familie drohenden Nachteile zu berücksichtigen (Urteil 2C_673/2011 vom 3. August 2012 E. 3.2). Zudem sind die Dauer der ehelichen Beziehung und weitere Gesichtspunkte relevant, welche Rückschlüsse auf die Intensität dieser Beziehung zulassen (Geburt und Alter der Kinder; Kenntnis der Tatsache, dass die Beziehung wegen der Straftat unter Umständen nicht in der Schweiz gelebt werden kann). Von Bedeutung sind auch die Nachteile, welche der Ehegatte oder die Kinder erleiden würden, müssten sie dem Betroffenen in dessen Heimatstaat folgen (Urteile 2C_673/2011 vom 3. August 2012 E. 3.2; 2C_1026/2011 vom 23. Juli 2012 E. 3; 2A.65/2006 vom 23. Juni 2006 E. 2.3 mit Hinweis auf das Urteil des EGMR Boultif gegen die Schweiz vom 2. August 2001, publ. in: VPB 2001 Nr. 138 S. 1392 Rz. 48 S. 1398 f.; vgl. auch die Urteile des EGMR Üner gegen die Niederlande vom 18. Oktober 2006, § 57, sowie Emre gegen die Schweiz vom 22. Mai 2008, §§ 65 ff.).
Die Niederlassungsbewilligung eines Ausländers, der sich schon seit langer Zeit hier aufhält, soll nur mit Zurückhaltung widerrufen werden. Bei wiederholter bzw. schwerer Straffälligkeit ist dies jedoch selbst dann nicht ausgeschlossen, wenn der Ausländer hier geboren ist und sein ganzes bisheriges Leben im Land verbracht hat (vgl. das Urteil 2C_562/2011 vom 21. November 2011 E. 3.3). Bei schweren Straftaten und bei Rückfall bzw. wiederholter Delinquenz besteht regelmässig ein wesentliches öffentliches Interesse, die Anwesenheit eines Ausländers zu beenden, der die öffentliche Sicherheit und Ordnung entsprechend stark beeinträchtigt (vgl. das Urteil 2C_903/2010 vom 6. Juni 2011 E. 3.1, nicht publ. in <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4.4.2 S. 190; Urteil 2C_673/2011 vom 3. August 2012 E. 3.2).
3.1 Die kantonalen Behörden haben die für die Beurteilung der Verhältnismässigkeit des Widerrufs relevanten Kriterien zutreffend dargelegt und gewürdigt. Es besteht ein erhebliches öffentliches Interesse an der angefochtenen Entfernungsmassnahme.
3.1.1 Der Beschwerdeführer ist in der Schweiz dreimal straffällig geworden, wobei die jüngste Verurteilung vom 23. Juni 2009 zu einer teilbedingten Freiheitsstrafe von 30 Monaten die schwerste ist. Das Obergericht des Kantons Aargau geht in seinem Urteil von einer "beträchtlichen kriminellen Energie" des Beschwerdeführers aus, da er sich auch am eigentlichen Drogenhandel beteiligte: Der Beschwerdeführer transportierte nicht nur 500 Gramm Heroin (= 125 Gramm reines Heroin), sondern kaufte auch 400 Gramm Heroin (= 160 Gramm reines Heroin), streckte dieses und verkaufte es weiter (bzw. bereitete es zum Verkauf vor). Dass er dies als Nichtdrogenkonsument einzig aus finanziellen Gründen getan habe, offenbare eine "verwerfliche Gesinnung". Zu Gunsten des Beschwerdeführers wirke sich aus, dass er das Heroin bloss an eine einzige Abnehmerin verkaufte und sich in der Drogenhierarchie auf einer unteren Ebene befand.
3.1.2 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist nicht entscheidend, dass das Obergericht des Kantons Aargau von einer massiv entlastenden Täterkomponente ausging und daher den teilbedingten Vollzug anordnete. Strafrecht und Ausländerrecht verfolgen unterschiedliche Ziele, woraus sich eine gegenüber dem Strafrecht strengere Beurteilung ergibt (<ref-ruling> E. 5.2.2 S. 236 f. mit Hinweisen; Urteil 2C_35/2012 vom 20. August 2012 E. 2.3.1). Ausgangspunkt und Massstab für die Schwere des Verschuldens sowie die ausländerrechtliche Interessenabwägung ist die vom Strafrichter verhängte Strafe (<ref-ruling> E. 4.2 S. 23; <ref-ruling> E. 3.1 S. 216). Das Rückfallrisiko bzw. die Prognose über das künftige Wohlverhalten ist im Rahmen der Interessenabwägung nach rein nationalem Ausländerrecht zwar mitzuberücksichtigen, aber nicht ausschlaggebend (<ref-ruling> E. 4.2 S. 20; <ref-ruling> E. 4.2 S. 185). Aus ausländerrechtlicher Perspektive impliziert die Verurteilung zu einer Freiheitsstrafe von mehr als zwei Jahren in jedem Fall - d.h. unabhängig davon, ob die sogenannte "Reneja"-Praxis anwendbar ist - einen sehr schwerwiegenden Verstoss gegen die schweizerische Rechtsordnung (<ref-ruling> E. 4.4 S. 383; Urteil 2C_948/2011 vom 11. Juli 2012 E. 3.4.4). Gerade bei Drogenhandel verfolgt das Bundesgericht - in Übereinstimmung mit der in Europa vorherrschenden Rechtsauffassung - ausländerrechtlich eine strenge Praxis (BGE <ref-ruling> E. 6 u. 7 S. 220 ff.; <ref-ruling> E. 4a/aa S. 526 f.; Urteil des EGMR Arvelo Aponte gegen die Niederlande vom 3. November 2011, § 58; Urteil 2C_892/2012, 2C_893/2012 vom 24. September 2012 E. 3.2). Angesichts der von diesen Delikten ausgehenden potenziellen Gefahr für die Gesellschaft wird selbst ein relativ geringes Rückfallrisiko nicht hingenommen (vgl. Urteile 2C_864/2012 vom 21. September 2012 E. 2.2.1; 2C_339/2012 vom 10. Juli 2012 E. 2.3.2; je mit weiteren Hinweisen).
Zu berücksichtigen ist dabei auch, dass sich der Beschwerdeführer nach wie vor in der strafrechtlichen Probezeit befindet und sein ausländerrechtliches Bewilligungsverfahren hängig ist, so dass ein korrektes Verhalten seinerseits naheliegt und keine definitive Aussage über die Rückfallgefahr zulässt (Urteil 2C_298/2012 vom 5. April 2012 E. 2.2.1; <ref-ruling> E. 4.3 S. 24). Schliesslich ist es entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht entscheidend, ob er seinen Schuldendienst in der Schweiz besser leisten kann als in Mazedonien.
3.2 Dem erheblichen öffentlichen Interesse an der Entfernungsmassnahme sind die privaten Interessen des Beschwerdeführers und seiner Familie am Verbleib in der Schweiz gegenüberzustellen.
3.2.1 Der Beschwerdeführer rügt, er und seine Familie seien mit Mazedonien und der dort gelebten Kultur und Tradition nicht verbunden, ferner wäre das Leben in Mazedonien mit sozialen und beruflichen Benachteiligungen verbunden und hätte den Verlust der sozialen Kontakte in der Schweiz zur Folge. Die kantonalen Behörden haben diese Gesichtspunkte bereits zutreffend dargelegt und gewürdigt. So ging die Vorinstanz davon aus, dass in sozialer und gesellschaftlicher wie auch in beruflich-wirtschaftlicher Hinsicht von einer fortgeschrittenen Integration des Beschwerdeführers auszugehen sei. Der Beschwerdeführer habe es trotz erheblicher Schwierigkeiten und wiederholter Rückschläge (Schulden, Strafvollzug, Stellenverluste) geschafft, finanziell wieder auf eigenen Beinen zu stehen. Der Grossteil seiner Familie und Verwandtschaft wie auch der Familie seiner Ehefrau würde seit längerer Zeit in der Schweiz leben und seien hier niederlassungsberechtigt. Eine Ausreise nach Mazedonien hätte den Verlust des praktisch gesamten familiären, sozialen und beruflichen Beziehungsnetzes zur Folge.
3.2.2 Die Rückkehr nach Mazedonien trifft den Beschwerdeführer und seine Familie zweifellos hart. Umso bedenklicher ist es, dass der Beschwerdeführer trotz seiner familiären Verpflichtungen und kurz nach der Geburt seiner zweiten Tochter im Drogengeschäft das "schnelle Geld" gesucht und damit seinen weiteren Aufenthalt in der Schweiz aufs Spiel gesetzt hat (vgl. <ref-ruling> E. 5c S. 133). Hinzu kommt, dass sowohl der Beschwerdeführer wie auch seine Frau aus dem (heutigen) Mazedonien stammen, einen prägenden Teil ihres Lebens dort verbracht haben und erst im Alter von 14 bzw. 16 Jahren in die Schweiz eingereist sind. Auch heirateten die Eheleute in Mazedonien und es gab - wenn auch selten - Ferienaufenthalte dort. Zudem lebt die Schwester des Beschwerdeführers in Mazedonien. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers geht die Vorinstanz damit zu Recht davon aus, dass er und seine Ehefrau mit den soziokulturellen Verhältnissen der in Mazedonien lebenden Albaner vertraut sind. Was der Beschwerdeführer gegen den vorinstanzlich festgestellten "hohen Stellenwert" der Familie vorbringt, überzeugt nicht: Sowohl zu den Eltern des Beschwerdeführers wie auch zur Familie seiner Ehefrau besteht nach seinen eigenen Angaben ein reger und enger Kontakt.
3.2.3 Aus diesen Gründen ist es dem Beschwerdeführer und seiner Frau möglich und auch zumutbar, sich in Mazedonien einzugliedern und dort erneut ein Beziehungsnetz aufzubauen, wobei sie unter anderem an die Sozialkontakte aus der Kinder- und Jugendzeit anknüpfen können. Auch den Kindern ist es zuzumuten, ihren Eltern ins Ausland zu folgen, waren sie doch im Zeitpunkt des vorinstanzlichen Urteils fünfeinhalb- bzw. achtjährig und damit in einem anpassungsfähigen Alter (<ref-ruling> E. 3c S. 298; Urteil 2C_260/2012 vom 28. August 2012 E. 4.2.2).
3.2.4 Dass die albanische Bevölkerungsgruppe in Mazedonien eine ethnische Minderheit darstellt, führt nicht zur Unzumutbarkeit der Rückreise. Wie bei der vom Beschwerdeführer vorgebrachten hohen Arbeitslosenrate in Mazedonien handelt es sich dabei nicht um spezifische persönliche Umstände, die einer Ausreise entgegenstehen würden. Zusätzlich hat die Vorinstanz diese Aspekte einlässlich geprüft und namentlich darauf hingewiesen, dass sich die Lage für die albanische Bevölkerung in den letzten gut zehn Jahren massgeblich verbessert hat. Der Beschwerdeführer hat nicht substanziiert dargelegt, weshalb ihm und seiner Familie besondere Nachteile drohen. Zu Recht hat die Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung darauf hingewiesen, dass die mit der Wegweisung des Beschwerdeführers verbundenen Härten nicht über das hinausgehen, was Betroffene in vergleichbaren Konstellationen hinzunehmen haben. Im Übrigen werden die Niederlassungsbewilligungen der Ehefrau und der Kinder durch den angefochtenen Entscheid nicht berührt. Sollte die Ehefrau zusammen mit den Kindern in der Schweiz bleiben, können die familiären Kontakte durch Besuche, Briefverkehr, Telefonate und über Internet aufrechterhalten werden (Urteil 2C_817/2011 vom 13. März 2012 E. 3.2.2). Die vom Beschwerdeführer befürchtete Sozialhilfeabhängigkeit der allenfalls in der Schweiz verbleibenden Familie ist nicht von ausschlaggebender Bedeutung, zumal finanzielle Engpässe durch die bereits heute ausgeübte Erwerbstätigkeit der Ehefrau und die fortbestehende Unterstützungspflicht des Beschwerdeführers gemildert werden können.
3.3 Auch wenn die privaten Interessen des Beschwerdeführers und seiner Familie am Verbleib in der Schweiz von einigem Gewicht sind, überwiegt das erhebliche öffentliche Interesse an der Entfernungsmassnahme. Eine vorgängige Verwarnung war unter diesen Umständen nicht erforderlich. Daher ist die Beschwerde abzuweisen.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Egli