Faits:
A. Par décision du 12 mars 2008, l'Office cantonal des automobiles et de la navigation du canton de Genève (ci-après: l'OCAN) a ordonné une mesure de retrait du permis de conduire de X._ pour une durée de douze mois. La prénommée a recouru contre ce prononcé auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (devenu depuis le 1er janvier 2011 la Chambre administrative de la Cour de justice [ci-après: la Cour de justice]). Lors de l'audience de comparution personnelle des parties, l'OCAN a, à la demande de l'avocat qui représentait l'intéressée, accepté de repousser l'exécution de la mesure à la fin de l'année 2008. Faisant suite à cette audience, X._ a, par l'intermédiaire de son avocat, retiré le recours formé contre la décision de l'OCAN. Le Tribunal administratif a, par décision du 27 mai 2008, pris acte du retrait du recours formé contre la décision de l'OCAN. Le 5 juin 2008, l'OCAN a indiqué à X._ qu'elle devait lui communiquer son permis de conduire le 1er janvier 2009, date à partir de laquelle la mesure de retrait du permis prenait effet. X._ n'a cependant pas déposé son permis de conduire à cette date. Le 30 mars 2009, à l'occasion d'un constat d'infraction par la gendarmerie genevoise pour conduite sans permis, celui-ci a été saisi.
Le 12 octobre 2009, X._ a déposé une demande de révision de la décision du 27 mai 2008 auprès du Tribunal administratif qui l'a déclarée irrecevable le 11 mai 2010; le recours formé contre ce prononcé a été rejeté par le Tribunal fédéral (arrêt 1C_310/2010 du 6 décembre 2010).
B. Par décision du 23 juin 2009, l'OCAN a ordonné une nouvelle mesure de retrait du permis de conduire de X._ pour une durée indéterminée, au minimum pour deux ans; cette mesure était fondée sur l'infraction commise le 30 mars 2009 (conduite sous le coup d'un retrait de permis). Le 30 juillet 2009, la prénommée a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative (devenue depuis le 1er janvier 2011 le Tribunal administratif de première instance [ci-après: le TAPI]), en présentant une requête de restitution de l'effet suspensif qui a été définitivement rejetée par le Tribunal fédéral (arrêt 1C_116/2010 du 17 mai 2010).
Sur le fond, X._ soutenait ignorer avoir fait l'objet d'une mesure de retrait du permis de conduire entrée en force. Dans ses observations du 9 octobre 2009, la prénommée a précisé que le mandataire qui l'avait représentée en audience de comparution personnelle le 14 mai 2008 devant le Tribunal administratif l'avait informée de l'offre consistant à lui accorder un délai au 1er janvier 2009 pour déposer son permis de conduire, moyennant retrait de son recours; celui-ci avait précisé que, faute de réponse de sa part avant le 25 mai 2008, il partait de l'idée qu'elle retirait son recours. Elle avait laissé un message oral à l'étude de celui-ci lui demandant de maintenir le procès; celui-ci n'avait toutefois pas pris connaissance de ce message et avait retiré le recours. Elle n'avait pas reçu copie de la décision du Tribunal administratif du 27 mai 2008 et ignorait donc le 30 mars 2009 qu'elle n'était plus en droit de conduire.
C. Par arrêt du 1er février 2011, le TAPI a rejeté le recours formé contre la décision de l'OCAN du 23 juin 2009. L'intéressée a recouru auprès de la Cour de justice contre cet arrêt.
Depuis l'infraction commise le 30 mars 2009, X._ a commis une nouvelle infraction à la loi sur la circulation routière le 5 octobre 2010. A la suite de l'infraction, l'OCAN a ouvert une nouvelle procédure de retrait sans en informer le TAPI et a, le 31 janvier 2011, rendu une nouvelle décision lui retirant définitivement, mais au minimum pour une durée de cinq ans, son permis de conduire. L'intéressée a saisi le TAPI d'un recours contre cette décision lequel a suspendu l'instruction du recours contre la décision de l'OCAN du 31 janvier 2011.
D. La Cour de justice a, par arrêt du 27 septembre 2011, confirmé le prononcé du TAPI du 1er février 2011. Selon cette autorité, le retrait du recours interjeté contre la décision de l'OCAN du 12 mars 2008 - privant X._ de son permis pour une durée de douze mois - avait valablement été effectué par son précédent mandataire et, selon l'accord intervenu, cette mesure prenait effet le 1er janvier 2009. La décision du 27 mai 2008 prenant acte du retrait du recours lui avait été notifiée en son domicile élu; il en allait de même du courrier de l'OCAN réclamant le dépôt du permis de conduire. La recourante avait donc conduit le 30 mars 2009 alors qu'elle était sous le coup d'une mesure de retrait de permis, infraction pouvant être qualifiée de grave. La mesure de retrait prononcée correspondait à la durée minimale du retrait compte tenu de ses antécédents et de la gravité de l'infraction (art. 16c al. 2 let. d de la loi fédérale du 19 décembre 1958 sur la circulation routière [LCR, RS 741.01]).
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause au TAPI pour réexamen. Elle se plaint de l'établissement manifestement inexact des faits, d'une violation des <ref-law> ainsi que de son droit d'être entendue.
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'OCAN n'a pas présenté d'observations.

Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des <ref-law>, est ouverte contre une décision de dernière instance cantonale relative à une mesure administrative de retrait du permis de conduire. Déposé en temps utile (<ref-law>) et en la forme prévue (<ref-law>) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (<ref-law>), le présent recours est recevable.
2. Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.). Elle reproche à la Cour de justice d'avoir écarté sa demande de comparution personnelle la privant ainsi de son droit d'apporter les preuves nécessaires concernant notamment sa situation personnelle et sa prétendue ignorance du retrait de permis.
2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment le droit, pour le justiciable, de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277). Il ne comprend en revanche pas le droit d'être entendu oralement (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 428 s.).
2.2 En l'espèce, il ressort du dossier que la recourante, assistée d'un avocat, a eu l'occasion d'exposer l'ensemble de ses arguments par écrit durant la procédure de recours devant le TAPI puis devant la Cour de justice. L'intéressée s'est ainsi déterminée à plusieurs reprises sur sa situation personnelle ainsi que sur sa prétendue ignorance du retrait de permis et elle a produit divers documents à l'appui de sa position. Elle a donc pu s'exprimer de manière complète et on ne voit pas concrètement ce qu'une audition personnelle devant l'instance précédente lui aurait permis d'ajouter. L'instance précédente n'a donc pas violé le droit d'être entendue de la recourante en refusant de procéder à son audition. Le grief doit être rejeté.
3. Dans un second moyen intitulé "établissement manifestement inexact des faits", la recourante invoque pêle-mêle divers arguments de fait et de droit.
3.1 Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sous réserve de l'<ref-law>. Par ailleurs, il fonde en principe son raisonnement juridique sur les faits retenus par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), sauf s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de façon manifestement inexacte (<ref-law>). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid 5.2.2 p. 322 s.).
3.2 En l'espèce, la recourante soutient qu'elle n'était pas au courant du retrait du recours interjeté contre la décision de l'OCAN du 12 mars 2008 lui retirant son permis de conduire, puisqu'elle avait demandé à son ancien mandataire de maintenir le recours. Elle ne peut toutefois pas objecter qu'elle ignorait l'existence de la mesure de retrait de permis. En effet, en vertu de la règle selon laquelle les actes de l'avocat sont imputables à son client, la recourante était réputée connaître la décision de retrait (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 169; voir aussi <ref-ruling> consid. 2c p. 70; arrêt 1C_310/2010 du 6 décembre 2010 consid. 4.2); elle ne fait pas valoir de circonstances exceptionnelles qui justifieraient de s'écarter de ce principe. De plus, selon la pratique habituelle et conformément au devoir de diligence de l'avocat, la recourante a dû être informée par son mandataire des démarches entreprises et de l'issue de la cause. Il n'est en outre pas crédible que la recourante ne se soit pas souciée du sort de son recours du 14 avril 2008. Celui-ci visait en effet une décision de retrait de permis pour une durée de douze mois, ce qui devait la préoccuper puisqu'elle prétend avoir un besoin impératif de son véhicule pour exercer sa profession. Comme relevé par la Cour de justice, il appartenait à la recourante, compte tenu des circonstances du cas d'espèce, de se soucier des suites de la procédure, notamment à la veille du 1er janvier 2009.
La recourante fait également grief à l'instance précédente d'avoir passé sous silence le fait que le courrier du 13 janvier 2009 de l'OCAN - lequel avisait la police que le permis de conduire n'avait pas été déposé - ne lui avait pas été communiqué. On ne voit toutefois pas en quoi ces faits seraient de nature à remettre en cause la solution du litige puisqu'il a été établi que la recourante ne pouvait se prévaloir de son ignorance de la mesure de retrait de permis dès le 1er janvier 2009.
Enfin, l'intéressée reproche à la police d'avoir contrevenu à son obligation de saisir son permis de conduire, invoquant différentes dispositions qui s'appliqueraient mutatis mutandis (art. 54 OCR [RS 741.11]; 23 OCCR [RS 741.013]; art. 23 de l'ordonnance cantonale bernoise sur la circulation routière). Elle soutient que si la police avait entrepris les démarches habituelles en vue de la saisie du permis, elle n'aurait pas commis l'infraction reprochée (conduite sous le coup d'un retrait). Dans la mesure où la recourante ne peut pas prétendre qu'elle ignorait le retrait de permis prononcé pour une durée de douze mois et qu'elle aurait dû déposer le permis au 1er janvier 2009, elle ne saurait tirer argument d'une prétendue obligation de la police de procéder à la saisie du document en question pour échapper à toute sanction.
Les différents moyens soulevés par la recourante doivent donc être écartés.
4. Enfin, la recourante se plaint d'une violation des dispositions de droit fédéral en matière de représentation prévues aux <ref-law>. Le recours aurait été retiré par son ancien mandataire en violation de ses instructions, de sorte que ce retrait effectué sans pouvoir ne la lierait pas.
En vertu du principe de la bonne foi (art. 5 al. 3 Cst.), celui qui laisse procéder et ne soulève pas devant l'autorité de dernière instance cantonale un grief lié à la conduite du procès, ne peut en principe plus le soulever devant le Tribunal fédéral; il s'agit en effet d'éviter qu'une partie garde en réserve un moyen en fonction de l'issue défavorable de la procédure alors qu'il aurait pu être signalé immédiatement (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 in fine p. 93; <ref-ruling> consid. 2 p. 640; <ref-ruling> consid. 5a p. 228; arrêt 1C_116/2011 du 14 septembre 2011 consid. 3.3; cf. également BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, note 46 ad <ref-law>). En l'occurrence, la recourante allègue pour la première fois devant le Tribunal fédéral que le retrait du recours effectué par son ancien mandataire ne l'engagerait pas. Elle n'a jamais critiqué auparavant la validité du retrait du recours contre la décision de l'OCAN du 12 mars 2008, que ce soit dans la présente procédure ou dans celle relative à la demande de révision interjetée contre l'arrêt du 27 mai 2008 du Tribunal administratif; elle n'explique en outre pas pour quelle raison elle a renoncé à invoquer ce moyen. Il n'y a dès lors pas lieu d'entrer en matière sur ce grief qui n'a pas été soulevé en temps utile, conformément au principe de la bonne foi.
Cela étant, à supposer recevable, le grief aurait de toute manière dû être rejeté. En effet, il n'est pas contesté que la recourante était à l'époque valablement représentée par un mandataire professionnel. Celle-ci était donc engagée par les actes réalisés en son nom par l'avocat habilité à la représenter en justice (cf. <ref-ruling> consid. 2c p. 70; <ref-ruling> consid. 2a p. 169). L'intéressée ne saurait dès lors se retrancher derrière un soi-disant manquement de son précédent avocat, qu'elle ne démontre au demeurant nullement.
5. Le recours doit par conséquent être rejeté dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'<ref-law>, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante, qui succombe.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Office cantonal des automobiles et de la navigation, à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 31 juillet 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn