Faits:
A. Dans la nuit du 5 juillet 2008, X._ a chu dans la tranchée d'un chantier ouvert dans la cour de la maison où elle est domiciliée, sur la parcelle propriété de Y._, et s'est ainsi fracturée tibia et péroné. Sa propriétaire l'avait avisée de ces travaux, qui avaient commencé le 30 juin 2008, la veille de son départ en vacances, lesquelles s'étaient déroulées du 26 juin au 5 juillet 2008. D'après l'enquête de police, la tranchée, profonde de quelque cinquante centimètres, n'était pas entièrement signalisée par du matériel de barrage, ni indiquée par une source lumineuse.
B. Par décision du 5 janvier 2009, le Procureur général du canton de Genève a classé la plainte pénale de X._ contre Y._ et tout autre participant éventuel pour lésions corporelles.
Par ordonnance du 4 février 2009, la Chambre d'accusation genevoise a déclaré irrecevable le recours interjeté par X._, celui-ci ne répondant aux conditions posées par l'art. 192 CPP/GE. Par ordonnance du 16 septembre 2009 et statuant suite à un arrêt de renvoi du Tribunal fédéral, elle a rejeté le recours de X._.
C. Cette dernière dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation des art. 125, 229 CP et l'arbitraire dans l'application du droit cantonal, elle conclut à l'annulation de l'ordonnance du 16 septembre 2009.

Considérant en droit:
1. Invoquant une violation de l'<ref-law>, la recourante estime que la propriétaire Y._ et l'entrepreneur Z._ ont violé leur devoir de garant.
1.1 Conformément à la disposition précitée, celui qui, par négligence, aura fait subir à une personne une atteinte à l'intégrité corporelle ou à la santé sera, sur plainte, puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
1.1.1 L'infraction visée par cette norme est une infraction de résultat, qui suppose en général une action. Elle peut cependant aussi être réalisée par omission, lorsque l'auteur avait une position de garant, c'est-à-dire l'obligation juridique d'agir pour prévenir le résultat dommageable, laquelle peut résulter de la loi, d'un contrat ou des principes généraux, et lorsqu'il n'a pas empêché ce résultat de se produire, alors qu'il le pouvait (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 162).
1.1.2 La négligence suppose, d'une part, que l'auteur ait violé un devoir de prudence que les circonstances lui imposaient pour ne pas excéder les limites du risque admissible et, d'autre part, qu'il n'ait pas prêté l'attention ou fait les efforts que l'on pouvait attendre de lui pour se conformer à ce devoir (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 161 s.). Pour déterminer les devoirs imposés par la prudence, on peut se référer à des normes édictées par l'ordre juridique pour assurer la sécurité et éviter des accidents. A défaut de dispositions légales ou réglementaires, on peut se référer à des règles analogues qui émanent d'associations privées ou semi-publiques lorsqu'elles sont généralement reconnues. La violation des devoirs de la prudence peut aussi être déduite des principes généraux, si aucune règle spéciale de sécurité n'a été violée (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 162; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 121).
Aux termes de l'art. 1 du règlement genevois sur les chantiers, la prévention des accidents sur les chantiers et les mesures à prendre pour assurer la sécurité et la protection de la santé des travailleurs, ainsi que la sécurité du public, des ouvrages et de leurs abords sont réglées par les dispositions du présent règlement (al. 1). Sont tenus de s'y conformer tous les participants à l'acte de construire, démolir, transformer, entretenir, c'est-à-dire toutes les personnes exécutant des travaux se rapportant à l'activité du bâtiment ou du génie civil ainsi que les personnes physiques ou morales employant des travailleurs à cet effet. Il en est de même des personnes chargées de la surveillance des travaux, notamment pour le compte des bureaux d'ingénieurs, d'architectes, des entreprises générales et des coordonnateurs de sécurité et de santé (al. 2). L'art. 11 précise que tout chantier présentant un danger doit être clôturé entre les heures de travail. L'art. 17 al. 1 dispose également que toutes les mesures de sécurité dictées par les circonstances doivent être prises pour la signalisation des chantiers.
1.2 S'agissant de Z._, l'entrepreneur chargé des travaux sur la parcelle propriété de Y._, c'est à juste titre que la Chambre d'accusation a retenu que celui-ci occupait une position de garant vis-à-vis de la recourante. En effet, en application du règlement précité, il lui incombait, en sa qualité d'entrepreneur, de clôturer le chantier entre les heures de travail ou tout au moins de veiller à ce que les mesures de sécurité nécessaires fussent prises.
Selon les constatations cantonales, la recourante s'est blessée dans la nuit du 5 juillet 2008. Z._ a déclaré que des barrières étaient en place autours du chantier le vendredi 4 juillet 2008 en fin de journée, ce que deux témoins contredisent. La Chambre d'accusation a retenu qu'elle ne voyait pas quelles mesures d'instruction permettraient d'établir si, et par qui, cette signalisation avait pu être omise, ôtée, déplacée ou modifiée entre le moment de l'interruption du travail sur le chantier et l'accident. Elle a estimé que, dans aucune de ces diverses hypothèses, Z._ ne pouvait se voir reprocher d'avoir insuffisamment surveillé le chantier et qu'il n'avait de toute évidence aucune obligation de permanence sur les lieux. Au regard de cette argumentation, il convient d'admettre que l'autorité cantonale a tout d'abord constaté qu'il existait un doute sur la question de savoir si les barrières de sécurité avaient été installées ou non le vendredi 4 juillet 2008, en fin de journée, qu'il était également possible que celles-ci aient été ôtées ou déplacées par des tierces personnes et qu'elle ne voyait pas quels moyens de preuve pouvaient encore être administrés pour éclaircir ces points.
1.2.1 La recourante reproche tout d'abord à Z._ de ne pas s'être assuré que le chantier était bien clôturé.
Ce faisant, elle ne s'en prend pas à la motivation précitée, conformément aux exigences légales (cf. 42 et 106 al. 2 LTF). Elle ne se plaint pas d'arbitraire dans l'appréciation des preuves, ne conteste pas qu'il existe un doute quant à la question de savoir si les barrières ont été posées ou non le vendredi 4 juillet au soir et ne nie pas davantage qu'un tiers ait pu déplacer les protections idoines. Elle ne prétend pas non plus que d'autres mesures d'instruction permettraient de déterminer si le chantier a été dûment clôturé ou non et si les barrières ont pu être supprimées par des vandales. Au regard du doute relatif à l'installation des barrières de protection et de l'absence de mesures d'instruction permettant d'éclaircir cette question, la Chambre d'accusation n'a pas violé le droit fédéral en classant la procédure, le doute devant profiter à l'entrepreneur mis en cause. La critique est par conséquent irrecevable.
1.2.2 La recourante soutient ensuite que la mise en place d'un dispositif d'éclairage aurait constitué une mesure de prévention suffisante.
Ce grief tombe à faux. En effet, l'installation de barrières de protection, dont il n'est pas démontré qu'elles auraient été inexistantes ou, éventuellement, supprimées par des tiers, était à elle seule suffisante pour remplir les exigences de sécurité dictées par les circonstances selon les prescriptions cantonales (cf. supra consid. 1.1.2).
1.3 S'agissant de Y._, la propriétaire de la parcelle sur laquelle la recourante s'est blessée, aucun reproche ne peut lui être fait sur la base du règlement genevois sur les chantiers. En effet, celui-ci ne s'applique qu'aux professionnels participant à l'acte de construire (cf. supra consid. 1.1.2 et art. 1 al. 2 dudit règlement). Pour le reste, il est vrai qu'aux termes de l'<ref-law>, le propriétaire d'un bâtiment ou de tout autre ouvrage répond du dommage causé par des vices de construction ou par le défaut d'entretien. Reste qu'en l'occurrence, la propriétaire avait confié les travaux à faire sur sa parcelle à une entreprise et qu'aucun élément ne permet d'affirmer qu'elle ne se serait pas adressée à un professionnel capable et expérimenté. En procédant de la sorte, Y._ a valablement délégué les tâches de surveillance du chantier à l'entrepreneur. Dans ce sens, le règlement genevois sur les chantiers mentionne précisément que ce sont les personnes qui exécutent les travaux qui sont tenues de se conformer audit règlement et donc d'assurer ainsi la sécurité du public. En outre, l'entrepreneur doit également prendre les mesures adéquates pour protéger le maître contre les dangers qui peuvent être liés à l'exécution de l'ouvrage, en particulier là où des travaux dangereux ou nécessitant le recours à des moyens dangereux sont exécutés (P. GAUCH, Le contrat d'entreprise, adaptation française par B. CARRON, n° 817 p. 241 s. et n° 838 p. 247). Enfin, Y._ était partie en vacances du 26 juin au 5 juillet 2008 et avait avisé la recourante des travaux, qui avaient commencé le 30 juin 2008. Au regard de ces éléments, la Chambre d'accusation a, à juste titre, retenu que la propriétaire n'avait pas violé fautivement ses devoirs de prudence. La critique est donc rejetée.
2. Invoquant une violation de l'<ref-law>, la recourante conteste avoir interrompu le lien de causalité par une faute concomitante. Il n'y a toutefois pas lieu d'entrer en matière sur ce grief, celui-ci n'étant pas, sur le vu de ce qui précède, de nature à modifier le résultat de la décision attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 7 p. 228; <ref-ruling> consid. 6 p. 20).
3. La recourante reproche à l'autorité cantonale de ne pas avoir examiné d'office l'application de l'<ref-law>.
En vertu de l'<ref-law>, le recours en matière pénale est recevable contre les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance et par le Tribunal pénal fédéral. Cette règle pose le principe de l'épuisement des instances cantonales. Elle a pour conséquence que seuls sont recevables devant le Tribunal fédéral les griefs qui, pouvant l'être, ont été soulevés devant l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 527).
En l'espèce, il ne ressort pas de l'arrêt attaqué que la recourante, qui n'établit pas l'avoir fait, se serait plainte en instance cantonale d'une violation de l'<ref-law> ou d'un défaut d'examen de cette disposition. Ce grief est par conséquent irrecevable.
4. Invoquant une application arbitraire de l'art. 116 al. 1 CPP/GE, la recourante soutient que la décision de classement viole le droit fédéral, dans la mesure où elle équivaut à un refus d'appliquer la loi pénale.
4.1 Cette dernière disposition permet au procureur général de classer l'affaire "lorsqu'il estime que les faits ne sont pas constitutifs d'une infraction ou que les circonstances ne justifient pas l'exercice de l'action publique".
Le classement fondé sur l'art. 116 CPP/GE a donc pour effet d'empêcher la mise en oeuvre de l'action pénale dans l'intérêt de la personne mise en cause, dans les cas où, sur la base des premières investigations menées, il apparaît que les faits sont insuffisamment vraisemblables, qu'ils ne sont pas constitutifs d'une infraction ou que l'action publique ne se justifie pas pour des motifs d'opportunité (PIERRE DINICHERT/BERNARD BERTOSSA/LOUIS GAILLARD, Procédure pénale genevoise, in SJ 1986 p. 464 ss, notamment p. 469 ss).
4.2 La Chambre d'accusation n'a pas refusé d'appliquer l'<ref-law>, ni modifié la portée de cette disposition. Elle a retenu que l'appréciation des preuves ne permettait pas de conclure que l'entrepreneur avait violé ses devoirs de prudence (cf. supra consid. 1.2) et que les conditions d'application de cette norme n'étaient pas réalisées s'agissant de la propriétaire (cf. supra consid. 1.3). Elle a donc justifié son classement en raison d'une prévention insuffisante à l'encontre des personnes mises en cause. On ne discerne par conséquent aucun arbitraire dans l'application du droit cantonal de procédure.
5. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 4'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 22 décembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani