Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 26. Juni 2007 erteilte der Bauausschuss Hombrechtikon der Y._ AG die baurechtliche Bewilligung für diverse Änderungen eines Projekts für sieben Einfamilienhäuser auf den Grundstücken Kat.-Nrn. 4832-4835 im Gebiet Birkenrain/Wisentalstrasse. Die rechtskräftige Bewilligung des ursprünglichen Projekts durch den Gemeinderat Hombrechtikon datiert vom 1. November 2005.
B. Gegen den Beschluss vom 26. Juni 2007 erhob X._ Rekurs bei der Baurekurskommission II des Kantons Zürich und verlangte dessen Aufhebung sowie die Abweisung des Gesuchs der Beschwerdegegnerin um Änderung der baurechtlichen Bewilligung vom 1. November 2005; eventuell sei dieses Gesuch zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Baurekurskommission wies den Rekurs ab, soweit sie darauf eintrat.
Gegen diesen Rekursentscheid reichte X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ein. Sie beantragte, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Gesuch der Beschwerdegegnerin um Änderung der Bewilligung vom 1. November 2005 sei zu verweigern; eventuell sei dieses Gesuch zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Mit Entscheid vom 18. Juni 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab. Es erwog insbesondere, eine Rückweisung der Angelegenheit an die Vorinstanz wegen eines unterlaufenen Verfahrensfehlers sei nicht erforderlich, da dieser Mangel im Verfahren vor dem Verwaltungsgericht behoben werden könne. Die Vorinstanz sei zudem zu Recht auf den Rekurs insoweit nicht eingetreten, als die Beschwerdeführerin von Projektänderungen nicht betroffen sei.
C. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 18. Juni 2008 erhebt X._ mit Eingabe vom 1. September 2008 (Postaufgabe: 3. September 2008) beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Verweigerung des Gesuchs der Beschwerdegegnerin um Änderung der baurechtlichen Bewilligung vom 1. November 2005. Eventuell sei dieses Gesuch zur Gewährung des rechtlichen Gehörs und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) und des Willkürverbots (<ref-law>).
D. Mit Präsidialverfügung vom 7. November 2008 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.
E. Das Verwaltungsgericht und die Beschwerdegegnerin beantragen in ihren Stellungnahmen Abweisung der Beschwerde. Die Gemeinde Hombrechtikon hat auf eine Vernehmlassung ausdrücklich verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über eine baurechtliche Bewilligung und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung; ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 251; 409 E. 1.1 S. 411).
1.2 Die Beschwerdeführerin hat ihre an das Bundesgericht adressierte Eingabe am 1. September 2008 der Kantonspolizei St. Gallen übergeben.
Nach <ref-law> müssen Eingaben spätestens am letzten Tag der Frist beim Bundesgericht eingereicht oder zu dessen Handen der Schweizerischen Post oder einer schweizerischen diplomatischen oder konsularischen Vertretung übergeben werden. Die Frist gilt nach <ref-law> "auch als gewahrt, wenn die Eingabe rechtzeitig bei der Vorinstanz oder bei einer unzuständigen eidgenössischen oder kantonalen Behörde eingereicht worden ist. Die Eingabe ist unverzüglich dem Bundesgericht zu übermitteln." Der Bundesrat hat in seinem Entwurf zum Bundesgerichtsgesetz vorgesehen, die Eingabefrist gelte auch als gewahrt, wenn die Eingabe rechtzeitig bei der Vorinstanz oder bei einer unzuständigen Bundesbehörde eingereicht worden sei (vgl. Art. 44 Abs. 3 E-BGG, BBl 2001 4489). In der parlamentarischen Beratung wurde die Bestimmung dahin geändert und ergänzt, dass die Eingabe bei einer "unzuständigen eidgenössischen oder kantonalen Behörde" fristwahrend sei (AB 2003 S 896; AB 2004 N 1593). Wie bisher genügt zur Fristwahrung auch der Einwurf der Eingabe in einen Briefkasten der Post, sofern die Rechtzeitigkeit dieser Übergabe an die Post rechtsgenüglich nachgewiesen wird (vgl. <ref-ruling> E. 3).
Die Beschwerdeführerin hat ihre Beschwerde - unter Berücksichtigung des Friststillstands vom 15. Juli bis und mit dem 15. August (<ref-law>) - am letzten Tag der 30-tägigen Frist gemäss <ref-law> und deshalb rechtzeitig bei einer unzuständigen kantonalen Behörde, nämlich bei der Kantonspolizei St. Gallen, eingereicht. Die Kantonspolizei ist als "unzuständige kantonale Behörde" im Sinne von <ref-law> zu betrachten (vgl. Urteile des Eidg. Versicherungsgerichts U 178/01 vom 3. August 2001, Polizeistützpunkt Binningen, sowie U 212/00 vom 27. November 2001, kantonale IV-Stelle). Im Urteil 2C_98/2008 vom 12. März 2008 hat das Bundesgericht in einem Revisionsverfahren dem durch einen Rechtsanwalt vertretenen Beschwerdeführer eine Frist zur Einreichung einer Vollmacht angesetzt. Die Vollmacht wurde in der Folge dem Bundesverwaltungsgericht zugestellt, wobei dieses aufgrund der gegebenen Umstände keinerlei Veranlassung hatte, die Vollmacht dem Bundesgericht weiterzuleiten. Das Bundesgericht hat <ref-law> in diesem Fall in E. 2.3 des erwähnten Urteils vom 12. März 2008 für nicht anwendbar erklärt.
Im vorliegenden Fall übergab der Beschwerdeführer die Beschwerde innert Frist der Kantonspolizei mit korrekter Angabe des Adressaten (Bundesgericht). Die Beschwerdefrist gilt nach den vorstehenden Ausführungen in diesem Fall gestützt auf <ref-law> als gewahrt. Dass die Postaufgabe erst am 3. September 2008 und somit nach Fristablauf erfolgte, vermag daran nichts zu ändern. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, kann auf die Beschwerde eingetreten werden.
2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz nehme im angefochtenen Entscheid auf Feststellungen Bezug, die sie in einem früheren Verfahren getroffen habe. An diesem Verfahren und an dem in diesem Rahmen durchgeführten Augenschein sei sie jedoch im Unterschied zur Beschwerdegegnerin nicht beteiligt gewesen. Der angefochtene Entscheid stelle mithin auf Beweise ab, an deren Erhebung die Beschwerdeführerin nicht habe mitwirken können, was deren Anspruch auf rechtliches Gehör verletze.
2.1 Gemäss <ref-law> haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Der Betroffene hat das Recht, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern. Dazu gehört insbesondere das Recht, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 277; <ref-ruling> E. 2b S. 56). Dem Mitwirkungsrecht entspricht die Pflicht der Behörde, die Argumente und Verfahrensanträge der Partei entgegenzunehmen und zu prüfen sowie die ihr rechtzeitig und formrichtig angebotenen Beweismittel abzunehmen, es sei denn, diese beträfen eine nicht erhebliche Tatsache oder seien offensichtlich untauglich, über die streitige Tatsache Beweis zu erbringen (statt vieler <ref-ruling> E. 2 S. 242 mit Hinweisen; vgl. auch Alfred Koller, Der Gehörsanspruch im erstinstanzlichen Zivilprozess, ZSR 105 [1986] S. 229 f. und 231). Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1 S. 428 f.; je mit Hinweisen). Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist formeller Natur. Seine Verletzung führt ungeachtet der Erfolgsaussichten der Beschwerde in der Sache selbst grundsätzlich zur Aufhebung des angefochtenen Entscheides, es sei denn, die Gehörsverletzung könne von der Rechtsmittelinstanz ausnahmsweise geheilt werden (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1C_35/2007 vom 17. Oktober 2007 E. 2.1).
2.2 Das Verwaltungsgericht hat der Beschwerdeführerin Gelegenheit gegeben zu den aus früheren Verfahren beigezogenen Akten betreffend das Bauvorhaben der Beschwerdegegnerin (Protokoll des Referentenaugenscheins vom 5. April 2006, Entscheid der Baurekurskommission II des Kantons Zürich vom 13. Juni 2006) Stellung zu nehmen. Die Beschwerdeführerin hatte somit die Möglichkeit, sich zum Beweisergebnis zu äussern, das auf dieser Aktenergänzung beruhte. Für die Wahrung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör genügt dies. Im Übrigen legt die Beschwerdeführerin nicht substanziiert dar, dass die am Augenschein vom 5. April 2006 gewonnenen Erkenntnisse hinsichtlich der baulichen und landschaftlichen Umgebung des Bauvorhabens der Beschwerdegegnerin nicht mehr aktuell seien oder dass damals für das vorliegende Verfahren erhebliche Gesichtspunkte nicht hinreichend beachtet worden seien. Zudem zeigt sie auch nicht auf, welche Erkenntnisse über die verkehrs- und immissionsmässigen Auswirkungen der streitigen Projektänderungen von einem weiteren Augenschein am Ort der geplanten Überbauung noch zu erwarten wären. Es erscheint daher nicht als willkürlich und ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz auf die erneute Durchführung eines Augenscheins verzichtete und im angefochtenen Entscheid stattdessen auf die bereits abgenommenen Beweise abstellte. Auch diesbezüglich liegt somit keine Gehörsverletzung vor.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt, indem das Verwaltungsgericht in Bezug auf die geänderte Zufahrt zu den Häusern A bis C nicht auf die Beschwerde eingetreten sei, sei es in Willkür verfallen. Da die Zufahrt zu den Häusern A bis C gemäss der angefochtenen Baubewilligung um 2 m nach Norden verschoben werden soll, komme sie näher zum Grundstück der Beschwerdeführerin zu liegen. Zudem sei eine Verbreiterung der Zufahrt um knapp 20 % geplant, was zu schnellerem und damit lauterem Fahren führe.
3.2 Zu dieser Rüge der Beschwerdeführerin ist zunächst festzuhalten, dass es nicht zutrifft, dass das Verwaltungsgericht in Bezug auf die geänderte Zufahrt zu den Häusern A bis C nicht auf die Beschwerde eingetreten ist. Indes hat es festgestellt, die Baurekurskommission sei in diesem Punkt zu Recht nicht auf die bei ihr vorgebrachten Rügen eingetreten. Vorliegend ist daher zu prüfen, ob die Vorinstanz mit Blick auf die <ref-law> (Einheit des Verfahrens) und 89 Abs. 1 BGG (Beschwerderecht) bei der Anwendung der kantonalen Legitimationsbestimmungen Bundesrecht verletzt hat, soweit sie das Nichteintreten der Baurekurskommission bestätigt hat.
Bei der Regelung von <ref-law> handelt es sich um eine Mindestanforderung. Den Kantonen steht es frei, den Kreis der Beschwerdeberechtigten weiter zu ziehen als es das BGG vorschreibt, aber nicht enger (vgl. Bernhard Ehrenzeller, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 7 zu <ref-law>; Heinz Aemisegger, Erste Erfahrungen mit dem Bundesgerichtsgesetz, in: Jusletter 10. November 2008, «http://jusletter.weblaw.ch/article/de/_6824» [besucht am 8. Januar 2009]). Die frühere, im Rahmen der staatsrechtlichen Beschwerde geltende Praxis, wonach das kantonale Recht den Kreis der in baurechtlichen Verfahren Legitimierten unter bestimmten Umständen in Anwendung von Art. 33 Abs. 2 und 3 lit. a RPG enger ziehen durfte (<ref-ruling> E. 4b S. 29 ff. mit Hinweisen; Aemisegger/Haag, in: Kommentar zum Bundesgesetz über die Raumplanung, 1999, N. 30 und 45 zu Art. 33), lässt sich somit unter der Herrschaft des BGG nicht mehr aufrecht erhalten.
Das Verwaltungsgericht erwägt, die streitige Verschiebung der Zufahrt nach Norden verkürze die Distanz zur Liegenschaft der Beschwerdeführerin nur unwesentlich. Zudem führe die an einer Stelle geringfügig vergrösserte Fahrbahnbreite der nur drei Liegenschaften dienenden Zufahrt nicht zu wahrnehmbar stärkeren Immissionen. Hinsichtlich dieser Feststellungen der Vorinstanz geht weder aus den Ausführungen der Beschwerdeführerin hervor noch ist sonst wie ersichtlich, dass sie in klarem Widerspruch zur tatsächlichen Situation stünden. Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, es fehle der Beschwerdeführerin somit die erforderliche Betroffenheit, weshalb die Baurekurskommission zu Recht auf deren Rüge betreffend die streitige Änderung der Zufahrt zu den Häusern A bis C nicht eingetreten sei, erscheint daher nicht als bundesrechtswidrig und sie ist demnach nicht zu beanstanden. Insbesondere ist der vom Bundesgericht bei der Anwendung von <ref-law> geforderte praktische Nutzen der Beschwerdeführerin nicht ersichtlich (<ref-ruling> E. 1.1 S. 251; <ref-ruling> E. 1.3 S. 413 f. mit Hinweisen; Urteile 1C_64/2007 vom 2. Juli 2007 E. 2 und 7.7; 1C_32/2007 vom 18. Oktober 2007).
3.3 Die Beschwerdeführerin rügt ferner, die Würdigung des Ausmasses der streitigen Projektänderungen durch das Verwaltungsgericht und die damit verbundene Verneinung der Pflicht der Beschwerdegegnerin, für diese Projektänderungen die Durchführung eines ordentlichen Baubewilligungsverfahrens ersuchen zu müssen, sei willkürlich. Nähere Ausführungen zu diesem Vorwurf fehlen. Diese Rüge ist somit nicht hinreichend begründet, weshalb darauf nicht einzutreten ist (vgl. <ref-law>). Im Übrigen könnte das Urteil des Verwaltungsgerichts in diesem Punkt nicht als willkürlich bezeichnet werden.
4. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat der privaten Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bauausschuss Hombrechtikon und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler