Faits:
A. A.a X._, né en 1964 à V._, et Y._, née en 1962 à J._ (Argentine), de nationalité italienne, ont contracté mariage le 21 juin 2002 à Carouge (GE).
Le couple a un enfant commun, A._, né en 1999 à Genève.
Les époux se sont séparés en janvier 2008.
Dans un premier temps, Y._ est retournée vivre en Argentine, laissant A._ auprès de son père. Elle est ensuite revenue à Genève.
A.b X._ est secrétaire adjoint à l'Etat de Genève et perçoit un revenu mensuel net de 10'162 fr. après prélèvement d'un acompte d'impôt. Ses charges mensuelles se chiffrent à 3'246 fr. 70.
Y._ n'exerçait aucune activité lucrative durant la vie commune, s'occupant du ménage et de l'éducation de A._. Elle ne réalise actuellement aucun revenu et ses charges ont été arrêtées à 2'280 fr.
Le montant des charges de A._ est contesté.
B.a B.a.a Par acte déposé le 4 mai 2010 devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, les époux ont requis le prononcé du divorce. Ils ont également déposé une convention réglant les effets accessoires, tenant compte du fait que l'épouse projetait de retourner en Argentine.
La convention prévoyait notamment que l'autorité parentale conjointe sur l'enfant était maintenue, le père se voyant attribuer sa garde et Y._ disposant d'un libre droit de visite à exercer d'entente entre les parties, en tenant compte de son installation en Argentine; l'épouse renonçait en outre à toute contribution à son propre entretien dès juillet 2010, son mari s'engageant toutefois à lui verser la somme de 1'200 fr. par mois jusqu'au 30 juin 2010.
Lors de l'audience de comparution personnelle du 23 juin 2010, Y._, entendue seule, a confirmé son accord sur le principe du divorce, mais s'est en revanche rétractée sur les effets accessoires convenus, dont seuls demeurent actuellement litigieux le principe et le montant d'une contribution d'entretien en sa faveur.
B.a.b D'entente entre les parties, le juge de première instance a ouvert une procédure de mesures provisoires.
L'épouse a conclu à l'octroi d'une pension d'un montant de 4'000 fr. par mois. Le mari a quant à lui réclamé le versement d'une contribution à l'entretien de A._ de 400 fr. par mois.
B.a.c Statuant le 7 octobre 2010, le Tribunal de première instance a libéré l'épouse du paiement d'une contribution à l'entretien de A._ (ch. 4) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 7).
B.a.c Statuant le 7 octobre 2010, le Tribunal de première instance a libéré l'épouse du paiement d'une contribution à l'entretien de A._ (ch. 4) et débouté les parties de toutes autres conclusions (ch. 7).
B.b L'épouse a fait appel de ce jugement devant la Cour de justice, persistant à réclamer l'octroi d'une pension alimentaire d'un montant de 4'000 fr. à compter du 1er mai 2010.
Par arrêt du 13 octobre 2011, notifié aux parties le 17 octobre suivant, la Cour de justice a partiellement donné gain de cause à Y._ en annulant le ch. 7 du jugement de première instance et en condamnant X._ à lui verser une contribution d'entretien de 3'300 fr. par mois à compter du 1er mai 2010, sous déduction du montant de 2'400 fr. déjà versé.
C. Le 22 novembre 2011, X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Le recourant conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal en ce sens qu'il annule le chiffre 7 du dispositif du jugement rendu le 7 octobre 2010 par le Tribunal de première instance et sollicite la confirmation de ce dernier jugement, l'intimée étant déboutée de toutes autres plus amples ou contraires conclusions. A l'appui de ses écritures, le recourant invoque l'établissement arbitraire des faits, l'application arbitraire des art. 125 et 137 CC ainsi que la violation de son droit d'être entendu.
L'intimée conclut, à la forme, à l'irrecevabilité du recours et, au fond, à son rejet. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
D. Par ordonnance présidentielle du 8 décembre 2011, l'effet suspensif a été accordé pour les contributions dues jusqu'au mois d'octobre 2011.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2), rendue en matière civile (<ref-law>), par une autorité supérieure de dernière instance cantonale statuant sur recours (<ref-law>), dans une cause de nature pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4; art. 74 al. 1 let. b LTF). Il a en outre été interjeté en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 2 LTF), par la partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>), de sorte qu'il est en principe recevable.
2. Dès lors que la décision attaquée porte sur des mesures provisionnelles (<ref-ruling> consid. 5.1 in fine p. 397), seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de ces droits que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 88 et les arrêts cités).
Saisi d'un recours au sens de l'<ref-law> ou d'un recours constitutionnel subsidiaire, le Tribunal fédéral ne peut procéder à une substitution de motifs que pour autant que la nouvelle motivation, conforme à la Constitution, n'ait pas expressément été réfutée par l'autorité cantonale (arrêt 5A_652/2009 du 18 janvier 2010 consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 4c/aa).
3. La Cour de justice a retenu que la vie commune avait duré six ans et qu'au moment du mariage, l'intimée avait quarante ans et l'enfant un an et demi. L'épouse n'exerçait aucune activité lucrative avant le mariage pour des raisons de santé et n'en avait pas exercé durant la vie commune, s'occupant notamment du ménage et de l'éducation de A._. Il était attesté par certificat médical qu'elle était actuellement dans un état psychique ne lui permettant pas de travailler.
Les juges cantonaux ont établi ensuite la situation financière des parties comme suit: le revenu mensuel net du recourant se chiffrait à 10'162 fr. par mois après prélèvement d'un acompte d'impôt; ses charges mensuelles s'élevaient à 3'246 fr., celles de A._, dont il avait la garde, à 1'265 fr. 80; son disponible était ainsi de 5'649 fr. 50, somme arrondie à 5'650 fr.; les charges de l'intimée se montaient quant à elles à 2'276 fr. 70, montant arrondi à 2'280 fr.
Remarquant que, s'il y avait lieu d'encourager l'épouse à faire les démarches nécessaires pour reprendre une activité professionnelle et ainsi repourvoir seule à son propre entretien, la cour cantonale a néanmoins retenu qu'au stade des mesures provisoires, il se justifiait de faire application du principe de solidarité, compte tenu de l'incapacité actuelle de travail dans laquelle se trouvait l'intéressée en raison de son état de santé. Déclarant faire usage du large pouvoir d'appréciation qui est le sien en la matière, la Cour de justice a alors attribué à l'intimée une contribution d'entretien mensuelle d'un montant de 3'300 fr.
4. 4.1 Le recourant observe avant tout que son épouse n'aurait pas valablement invalidé la requête commune de divorce, datée du 4 mai 2010, par laquelle elle déclarait renoncer au versement d'une contribution d'entretien. Il affirme à cet égard que les époux ne sauraient remettre en question leur convention par simple convenance personnelle et que seul un vice de volonté permettrait d'y revenir. Or, la cour cantonale avait arbitrairement omis de déterminer si l'intimée pouvait non seulement s'écarter, de manière unilatérale, des engagements pris, mais encore et surtout nier les faits expressément admis dans la convention de divorce et la requête commune.
4.2 La jurisprudence a admis qu'en cas de divorce sur requête commune, un époux pouvait librement retirer son accord avec le principe du divorce et les termes de la convention sur les effets accessoires non seulement dans le délai de réflexion de deux mois prévu par l'art. 111 al. 2 aCC, mais également antérieurement, à savoir avant et pendant l'audition des parties par le juge (<ref-ruling> consid. 2.2; arrêt 5C.270/2004 du 14 juillet 2005 consid. 3.1 et les références). Si le délai de réflexion a certes été supprimé à compter du 1er février 2010, une telle convention demeure par conséquent librement révocable jusqu'à la fin de l'audition par le juge.
4.3 En l'espèce, la procédure s'est déroulée devant le premier juge en mai 2010, alors que le CPC n'était pas encore en vigueur, mais que le délai de réflexion de deux mois avait été abrogé. En considérant que l'intimée était autorisée à révoquer son accord lors de son audition par le juge, la cour cantonale a strictement appliqué la jurisprudence fédérale, de sorte que sa décision ne saurait être qualifiée d'arbitraire sur ce point.
5. Le recourant s'en prend ensuite au principe même de l'attribution d'une contribution d'entretien à l'intimée (consid. 6), ainsi qu'à son montant (consid. 7).
6. 6.1 La cour cantonale a retenu que, comme l'avait relevé le premier juge, il convenait d'encourager l'intimée à faire les démarches nécessaires pour reprendre une activité professionnelle et repourvoir seule à son propre entretien. Elle a néanmoins considéré que l'intéressée était actuellement dans un état psychique ne lui permettant pas de travailler, de sorte qu'il se justifiait, au stade des mesures provisoires, de faire application du principe de solidarité et de lui octroyer une contribution d'entretien.
6.2 Le recourant soutient que la séparation des parties était irrémédiable et que la Cour de justice aurait dès lors procédé à une application arbitraire de l'art. 137 al. 2 aCC en omettant d'appliquer les critères applicables à l'entretien après le divorce (<ref-law>). Le mariage n'avait en l'espèce aucunement influencé la situation financière de l'intimée, celle-ci étant au demeurant en mesure de se réinsérer professionnellement. C'était ainsi arbitrairement que la cour cantonale avait retenu que son épouse était incapable de travailler actuellement et qu'elle avait ainsi droit à une contribution d'entretien. A l'appui de cette dernière allégation, le recourant observe que non seulement le comportement et les déclarations de l'intimée dans le cadre des procédures de mesures provisionnelles et de divorce au fond démontraient qu'elle était en mesure d'exercer une activité lucrative, mais que les certificats médicaux produits par l'intéressée et retenus par la cour cantonale pour fonder l'incapacité de travail étaient également insuffisants.
6.2 Le recourant soutient que la séparation des parties était irrémédiable et que la Cour de justice aurait dès lors procédé à une application arbitraire de l'art. 137 al. 2 aCC en omettant d'appliquer les critères applicables à l'entretien après le divorce (<ref-law>). Le mariage n'avait en l'espèce aucunement influencé la situation financière de l'intimée, celle-ci étant au demeurant en mesure de se réinsérer professionnellement. C'était ainsi arbitrairement que la cour cantonale avait retenu que son épouse était incapable de travailler actuellement et qu'elle avait ainsi droit à une contribution d'entretien. A l'appui de cette dernière allégation, le recourant observe que non seulement le comportement et les déclarations de l'intimée dans le cadre des procédures de mesures provisionnelles et de divorce au fond démontraient qu'elle était en mesure d'exercer une activité lucrative, mais que les certificats médicaux produits par l'intéressée et retenus par la cour cantonale pour fonder l'incapacité de travail étaient également insuffisants.
6.3 6.3.1 Pour fixer la contribution d'entretien due au conjoint à titre de mesures provisionnelles pour la durée de la procédure de divorce, l'art. 137 al. 2 aCC renvoie à l'<ref-law>, applicable par analogie. Le juge doit alors partir de la convention, expresse ou tacite, que les époux ont conclue au sujet de la répartition des tâches et des ressources entre eux (<ref-law>), l'<ref-law> demeurant en effet la cause de l'obligation d'entretien réciproque des époux (<ref-ruling> consid. 3.2). Le juge doit ensuite prendre en considération qu'en cas de suspension de la vie commune (art. 175 s. CC), le but de l'<ref-law>, soit l'entretien convenable de la famille, impose à chacun des époux le devoir de participer, selon ses facultés, notamment par la reprise ou l'augmentation de son activité lucrative, aux frais supplémentaires qu'engendre la vie séparée. Il se peut donc que, suite à cet examen, le juge doive modifier la convention conclue pour la vie commune, pour l'adapter à ces faits nouveaux. C'est dans ce sens qu'il y a lieu de comprendre la jurisprudence consacrée dans l'<ref-ruling>, qui admet que le juge doit prendre en considération, dans le cadre de l'<ref-law>, les critères applicables à l'entretien après le divorce (<ref-law>) pour statuer sur la contribution d'entretien et, en particulier, sur la question de la reprise ou de l'augmentation de l'activité lucrative d'un époux (<ref-ruling> consid. 3.1; arrêt 5A_122/2011 du 9 juin 2011 consid. 4). Le juge doit dès lors examiner si et dans quelle mesure, au vu de ces faits nouveaux, l'on peut attendre de l'époux désormais déchargé de son obligation de tenir le ménage antérieur en raison de la suspension de la vie commune qu'il investisse d'une autre manière sa force de travail ainsi libérée et reprenne ou étende son activité lucrative (<ref-ruling> consid. 3.1 et la référence). L'âge, l'état de santé ainsi que la formation de l'époux concerné devront être pris en considération. De même, si le juge entend exiger de lui la reprise d'une activité lucrative, il doit lui accorder un délai d'adaptation approprié: l'époux doit en effet avoir suffisamment de temps pour s'adapter à sa nouvelle situation, notamment lorsqu'il doit trouver un emploi. Ce délai doit être fixé en fonction des circonstances concrètes du cas particulier (cf. <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 5).
En revanche, les questions de fond, objet du procès en divorce, en particulier celle de savoir si le mariage a influencé concrètement la situation financière du conjoint, ne doivent pas être tranchées, même sous l'angle de la vraisemblance, par le juge des mesures protectrices de l'union conjugale ou des mesures provisoires (<ref-ruling> consid. 3.1).
6.3.2 Dans le domaine de l'appréciation des preuves et de la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière à l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 1b et les références citées). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis, sans motifs objectifs, de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 2.1); encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause.
6.3.2 Dans le domaine de l'appréciation des preuves et de la constatation des faits, le Tribunal fédéral se montre réservé, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière à l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 4b; <ref-ruling> consid. 1b et les références citées). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis, sans motifs objectifs, de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 2.1); encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause.
6.4 6.4.1 Dès lors que la cour cantonale paraît vouloir déduire une obligation d'entretien absolue durant la procédure de mesures provisionnelles, les considérations qui précèdent (consid. 6.3.1 supra) démontrent l'arbitraire d'une telle motivation.
6.4.2 Reste néanmoins à déterminer si la décision cantonale est également arbitraire dans son résultat. Il convient à cet égard d'examiner si c'est à juste titre que la cour cantonale a retenu que, pour des raisons médicales, l'on ne pouvait exiger de l'intimée l'exercice d'une activité lucrative.
6.4.2.1 Le recourant affirme à ce propos que, contrairement à ce qu'aurait arbitrairement retenu la cour cantonale, l'état de santé de l'intimée lui permettrait parfaitement d'exercer une activité lucrative, les certificats présentés n'ayant en effet aucune portée. Les deux premiers, établis en date des 5 août et 2 novembre 2010, l'avaient manifestement été pour les besoins de la cause. Ils avaient par ailleurs été rédigés par un médecin sans spécialisation, auprès d'une Permanence chirurgicale, alors qu'ils attestaient de prétendus problèmes psychiques. Il ressortait en outre de l'attestation du 2 novembre 2010 que l'intimée avait trois enfants à charge, ce qui n'était nullement le cas; de surcroît, aucune information n'était donnée sur la fréquence des consultations, la médication proposée ou encore la durée de traitement envisagée. L'intimée ne démontrait en outre nullement que son traitement était régulier. Quant au dernier certificat produit, il avait été établi par une nutritionniste et se référait à des troubles qui affectaient l'intimée entre 1997 et 1999.
6.4.2.2 Il ressort du certificat établi le 2 novembre 2010, sur lequel les juges cantonaux se sont finalement fondés, que l'intimée est suivie en consultation psychiatrique depuis le 27 juillet 2010 et qu'elle présente un état dépressif clinique, actuellement en rechute. L'attestation précise en outre que l'intéressée est sans la possibilité d'une réinsertion professionnelle dans l'immédiat et que son état psychique ne lui permet pas de travailler pour le moment. Contrairement à ce qu'affirme le recourant, la cour cantonale pouvait admettre sans arbitraire que le certificat avait bien été établi par un médecin psychiatre, la pièce qu'il produit, à supposer qu'elle soit recevable, ne permettant pas de démontrer que ce dernier ne disposerait d'aucune spécialisation. Quant à l'information prétendument erronée sur les enfants de l'intimée, celle-ci n'est pas déterminante pour évaluer son état de santé. Se fondant sur la pièce contestée, dont le recourant ne prétend pas, au demeurant, qu'elle serait dépassée, la juridiction cantonale pouvait donc retenir, sans faire preuve d'arbitraire, que l'intimée était actuellement incapable de travailler.
7. 7.1 Le recourant s'attaque encore au montant de la contribution d'entretien fixé par le tribunal cantonal. Il reproche à cet égard à la juridiction une violation de son droit d'être entendu en tant qu'elle ne mentionnerait aucune méthode de calcul lui permettant de parvenir au montant de 3'300 fr. finalement retenu. Il était ainsi impossible de comprendre la manière dont la contribution d'entretien avait été fixée et d'en contester utilement le fondement. Le montant de la pension arrêté était en outre disproportionné et purement arbitraire, ce d'autant plus que la contribution était due "allocations familiales non comprises", comme si la cour ignorait que c'était bien lui qui avait la garde de A._.
7.2 La garantie du droit d'être entendu comprend notamment l'obligation pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, la contester en connaissance de cause et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 445 s. et les arrêts cités).
7.3 En l'espèce, l'on comprend qu'en déclarant faire usage du "large pouvoir d'appréciation qui est le sien en la matière" pour attribuer à l'intimée un montant de 3'300 fr., la cour cantonale entendait que ses charges soient couvertes, un disponible de 500 fr. étant laissé à sa disposition, tandis qu'une somme de 2'350 fr. demeurait au recourant. Un simple calcul permet en effet de parvenir à cette conclusion. Quant à la question de savoir si le montant octroyé à l'intimée serait arbitraire, il convient d'y répondre par la négative. Celle-ci obtient en effet un montant légèrement inférieur à celui auquel elle pourrait prétendre en faisant application de la méthode dite du minimum vital avec répartition de l'excédent à raison d'un tiers en sa faveur ([10'162 fr. - 3'246 fr. - 1'265 fr. 80 - 2'280 fr.] /3 + 2'280 fr. = 3'403 fr. 40). Or, cette méthode est considérée comme conforme au droit fédéral, en cas de situation financière moyenne et tant que dure le mariage (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>), pour autant qu'elle n'ait pas pour effet de faire bénéficier l'intéressée d'un niveau de vie supérieur à celui mené par le couple durant la vie commune (arrêts 5A_350/2008 du 3 novembre 2008 consid. 4.1; 5P.253/2006 du 8 janvier 2007 consid. 3.2; 5P.52/2005 du 10 mai 2005 consid. 2.3), ce que le recourant ne prétend pas. La condamnation au paiement d'une contribution "allocations familiales non comprises" constitue enfin une erreur manifeste du dispositif, aisément interprétable à la lumière des considérants de l'arrêt attaqué, qui ne porte aucune conséquence sur le montant que le recourant est condamné à verser à l'intimée.
8. 8.1 Le recourant reproche enfin à la cour cantonale de ne pas avoir admis les frais d'écolage privé dans les charges de son fils, dont il s'acquitte intégralement. Il affirme que ce fait était pourtant admis en se référant à des éléments de preuve apportés dans le cadre de la procédure de divorce au fond - procès-verbal de comparution personnelle devant le juge du fond et rapport du Service de protection des mineurs (SPMI).
8.2 Conformément à l'<ref-law>, le recours en matière civile n'est recevable qu'à l'encontre des décisions rendues en dernière instance cantonale; "le recourant doit donc avoir épuisé toutes les voies de droit cantonales pour les griefs qu'il entend invoquer devant le Tribunal fédéral" (FF 2001 p. 4109; cf. notamment: <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 3.2). Il ne ressort pas des faits constatés par l'autorité précédente que le recourant aurait allégué le montant des frais liés à l'écolage privé de son fils, ni prétendu qu'il soit intégré à ses charges, alors que A._ est scolarisé auprès d'un établissement privé depuis la rentrée 2010 déjà. Dès lors qu'il allègue que cette dépense devrait être retenue dans ses charges et qu'il la chiffre devant la Cour de céans seulement, il s'ensuit que ce moyen est irrecevable, faute d'épuisement des instances cantonales.
9. En définitive, le recours est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge du recourant (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à verser à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 16 avril 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret Bortolaso