Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Die X._ SA (Klägerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in Zürich, deren Verwaltungsratspräsident A._ ist. Die Klägerin verlangt von Y._ (Beklagter) die Herausgabe und Übertragung eines Aktienzertifikats vom 2. September 2002 über 99 Namenaktien der B._ AG. Dem Streit liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
Die B._ AG, deren im Jahre 1999 einziger Verwaltungsrat ebenfalls A._ war, war Konkursgläubigerin im Konkurs der C._ AG. A._ wollte namens der B._ AG drei Grundstücke aus dem Konkurs C._ AG günstig erwerben, diese überbauen und mit Gewinn weiterverkaufen. Die B._ AG konnte als Konkursgläubigerin im Konkurs der C._ AG ein Mehrgebot nach <ref-law> einreichen. A._ wollte diesen Vorteil ausnützen. Der B._ AG fehlten dazu aber die erforderlichen Mittel. Der Beklagte sollte daher den Kauf finanzieren. Die B._ AG und der Beklagte schlossen in der Folge einen mündlichen Darlehensvertrag über CHF 2'170'000.-- ab. Die Summe wurde der Konkursmasse C._ AG bezahlt. Das Darlehen des Beklagten an die B._ AG sollte durch einen Schuldbrief von CHF 2'170'000.-- sichergestellt werden. Vorgesehen war, dass der Schuldbrief zu Lasten der zu erwerbenden Grundstücke errichtet und dem Beklagten ausgehändigt wird. Die B._ AG kaufte von der Konkursmasse die Grundstücke. Der Kaufvertrag wurde öffentlich beurkundet. Er sah vor, dass er dahinfällt, wenn die Bewilligung nach der Lex Friedrich nicht eingehalten werden kann. In diesem Fall war der Kaufpreis an die B._ AG zurückzuzahlen.
Am 16. Februar 1999 räumte A._ namens der B._ AG dem Beklagten eine Vollmacht ein.
Am 26. März 1999 erhöhte die B._ AG ihr Aktienkapital von CHF 50'000.-- auf CHF 100'000.-- und den Nennwert der Aktien von CHF 500.-- auf CHF 1'000.--. Das Aktienkapital war nur zur Hälfte einbezahlt. A._ hatte am 26. März 1999 einen Zeichnungsschein unterzeichnet und die Aktien für einen Tag übernommen, jedoch gleichentags an die Klägerin zurückübertragen. Die Kapitalerhöhung wurde am 15. April 1999 im Handelsregister eingetragen.
Am 29. April 1999 übergab A._ dem Beklagten ein Aktienzertifikat Nr. 1 der B._ AG über 99 Namenaktien mit einem Nennwert von je CHF 500.--. Das Zertifikat wurde demnach nicht an den neuen Nennwert der vorausgehenden Kapitalerhöhung angepasst. Der Rechtsgrund dieser Übertragung ist streitig. Die Klägerin geht von einer Hinterlegung aus, der Beklagte behauptet die Vereinbarung einer Sicherungsübereignung. Auf der Vorderseite des übergebenen Aktienzertifikats wird der Rechtsinhaber nicht mit Namen genannt (Blanketturkunde). Auf der Rückseite unterschrieb A._ als Veräusserer des Zertifikats. Unstreitig ist, dass A._ nicht darauf hingewiesen hat, dass er die Aktien dem Beklagten namens der Klägerin übertrug. Weiter zeigt die Rückseite den Beklagten als Erwerber. Das Indossament auf der Rückseite trägt das Datum vom 8. April 1999. Trotz der Indossierung des Titels kam es nicht zu einem Eintrag des neuen Erwerbers ins Aktienbuch der B._ AG. Der Beklagte hat später das Aktienzertifikat vom 8. April 1999 mit einem Strich von oben rechts nach unten links durchgestrichen und mit dem Vermerk "ersetzt durch neues Zertifikat vom 2.9.02" versehen. Streichung und Vermerk sind weder datiert noch unterschrieben.
In der Folge kam es zum Streit zwischen A._ und dem Beklagten über die Realisierung des Projekts. Am 3. Mai 1999 widerrief A._ namens der B._ AG die dem Beklagten eingeräumte Vollmacht. Am 1. Juli 1999 kündigte der Beklagte das Darlehen gegenüber der B._ AG und verlangte Rückzahlung. Da die Zustimmung zum Kauf nach der Lex Friedrich verweigert wurde, fiel der Kaufvertrag dahin und die Konkursmasse C._ AG war verpflichtet, den Kaufpreis an die B._ AG zurückzuzahlen. Der Schuldbrief zur Sicherstellung des Darlehens konnte nicht ausgestellt werden. Eine Rückzahlung des Darlehens an den Beklagten erfolgte nicht.
A._ zedierte namens der B._ AG Teilsummen des Rückerstattungsanspruches gegenüber der Konkursmasse C._ AG an die Klägerin und an andere Personen. Der Beklagte warf A._ in diesem Zusammenhang vor, die B._ AG habe das ihr eingeräumte Darlehen durch die Zessionen veruntreut. Er erstattete Strafanzeige. Im Zuge der Strafuntersuchung beschlagnahmte die Strafuntersuchungsbehörde den einbezahlten Kaufpreis von CHF 2'170'000.-- bei der Konkursmasse C._ AG.
Der Beklagte verlangte von der B._ AG, dass er als Eigentümer der 99 Namenaktien eingetragen werde. A._ verweigerte namens der B._ AG die Eintragung, worauf der Beklagte Klage erhob (Befehlsverfahren). Das Obergericht des Kantons Zürich befahl der B._ AG daraufhin mit Beschluss vom 27. Oktober 2000, den Beklagten als Namenaktionär ins Aktienbuch einzutragen. Ferner ordnete es an, dass der Entscheid den Eintrag ersetzt, wenn die B._ AG sich weigert, den Beklagten ins Aktienbuch einzutragen. Dieser Beschluss ist seit Dezember 2000 rechtskräftig.
Seit dem 19. April 2001 ist nunmehr der Beklagte einziger Verwaltungsrat der B._ AG. Er stellte am 2. September 2002 ein neues Zertifikat der B._ AG über 99 Namenaktien zu einem Nennwert von CHF 1'000.-- für jede Aktie aus. Das Zertifikat lautet auf den Namen des Beklagten. Die Klägerin verlangt die Herausgabe und Indossierung dieses Zertifikates.
Am 26. August 2003 änderte die B._ AG ihre Statuten und erhöhte das Aktienkapital von CHF 100'000.-- auf CHF 250'000.--, bestehend aus 250 Namenaktien zu je CHF 1'000.--. Die Statutenänderung wurde am 29. August 2003 im Tagebuch des Handelsregisters des Kantons Glarus eingetragen. Die Klägerin hat den Kapitalerhöhungs-Beschluss angefochten.
Am 26. August 2003 änderte die B._ AG ihre Statuten und erhöhte das Aktienkapital von CHF 100'000.-- auf CHF 250'000.--, bestehend aus 250 Namenaktien zu je CHF 1'000.--. Die Statutenänderung wurde am 29. August 2003 im Tagebuch des Handelsregisters des Kantons Glarus eingetragen. Die Klägerin hat den Kapitalerhöhungs-Beschluss angefochten.
B. Am 3. Oktober 2003 stellte die Klägerin dem Handelsgericht des Kantons Zürich folgende Rechtsbegehren:
1. Der Beklagte sei zu verpflichten, das Zertifikat über 99 Namenaktien Nr. 1-99 vom 2. September 2002 der B._ AG, Glarus, gehörig indossiert und mit dem Vermerk über die Eintragung der X._ SA im Aktienbuch der Gesellschaft, innert zehn Tagen nach Rechtskraft des Urteils der Klägerin zu übergeben.
2. Im Falle der Gutheissung des Rechtsbegehrens Ziff. 1 sei für den Weigerungsfall folgendes anzuordnen:
a) Ungehorsamsstrafe gemäss <ref-law>
b) Die Androhung, dass das Indossament und der Vermerk über die Eintragung der Klägerin im Aktienbuch der Gesellschaft durch das Urteilsdispositiv ersetzt werden.
3. Eventuell sei festzustellen, dass die Klägerin im Verhältnis zur B._ AG, Glarus, als Aktionärin der 99 Namenaktien Nr. 1-99 anerkannt sei."
Mit Beschluss vom 11. November 2005 trat das Handelsgericht auf das Feststellungsbegehren nicht ein. Mit Urteil gleichen Datums wies es die Klage auf Herausgabe und Indossierung des Aktienzertifikats der B._ AG vom 2. September 2002 ab.
Dagegen erhob die Klägerin Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Beschluss vom 12. Dezember 2006 ab, soweit es auf sie eintrat.
Dagegen erhob die Klägerin Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Beschluss vom 12. Dezember 2006 ab, soweit es auf sie eintrat.
C. Die Klägerin beantragt mit eidgenössischer Berufung, Dispositiv-Ziffern 1, 3 und 4 des Urteils des Handelsgerichts seien aufzuheben und der Beklagte in Gutheissung der Berufung zu verpflichten, das Zertifikat über 99 Namenaktien Nr. 1-99 vom 2. September 2002 der B._ AG, Glarus, gehörig indossiert und mit dem Vermerk über die Eintragung der X._ SA im Aktienbuch der Gesellschaft, innert zehn Tagen nach Rechtskraft des Urteils der Klägerin zu übergeben.
Für den Weigerungsfall sei folgendes anzuordnen:
a) Ungehorsamsstrafe gemäss <ref-law>
b) Die Androhung, dass das Indossament und der Vermerk über
die Eintragung der Klägerin im Aktienbuch der Gesellschaft
durch das Urteilsdispositiv ersetzt werden.
Eventuell sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache dem Handelsgericht zu neuer Entscheidung zurückzuweisen.
Der Beklagte beantragt, die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, und das Urteil des Handelsgerichts zu bestätigen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (<ref-law>).
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (<ref-law>).
2. 2.1 Die Berufungsanträge sind zu begründen (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). In der Berufungsschrift ist kurz darzulegen, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid verletzt sind. Die Gesetzesartikel brauchen allerdings nicht ausdrücklich genannt zu werden, falls aus den Vorbringen hervorgeht, gegen welche Regeln des Bundesprivatrechts die Vorinstanz verstossen haben soll (<ref-ruling> E. 2a S. 400). Unerlässlich ist aber, dass die Berufung auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen zeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt (<ref-ruling> E. 3 S. 749). Auf nicht oder ungenügend begründete Begehren tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 6 S. 316).
2.2 Im Berufungsverfahren hat das Bundesgericht seiner Entscheidung die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zugrunde zu legen, es sei denn, diese beruhten auf einem offensichtlichen Versehen, seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen oder bedürften der Ergänzung, weil das kantonale Gericht in fehlerhafter Rechtsanwendung einen gesetzlichen Tatbestand nicht oder nicht hinreichend klärte, obgleich ihm die entscheidwesentlichen Behauptungen und Beweisanträge frist- und formgerecht unterbreitet wurden (vgl. Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2c). Die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt haben will, hat darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 106; <ref-ruling> E. 2a). Blosse Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung ist im Berufungsverfahren unzulässig (<ref-ruling> E. 6a).
2.2 Im Berufungsverfahren hat das Bundesgericht seiner Entscheidung die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zugrunde zu legen, es sei denn, diese beruhten auf einem offensichtlichen Versehen, seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen oder bedürften der Ergänzung, weil das kantonale Gericht in fehlerhafter Rechtsanwendung einen gesetzlichen Tatbestand nicht oder nicht hinreichend klärte, obgleich ihm die entscheidwesentlichen Behauptungen und Beweisanträge frist- und formgerecht unterbreitet wurden (vgl. Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2c). Die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt haben will, hat darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 106; <ref-ruling> E. 2a). Blosse Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung ist im Berufungsverfahren unzulässig (<ref-ruling> E. 6a).
3. Streitig ist, ob die Klägerin gegenüber dem Beklagten einen Anspruch auf Herausgabe des Zertifikates über 99 Namenaktien Nr.1-99 vom 2. September 2002 der B._ AG hat. Die Vorinstanz hielt fest, die Klägerin unterlasse es, ihren Anspruch auf Herausgabe des Zertifikates vertieft zu begründen. Ihren Ausführungen lasse sich nicht entnehmen, dass sie einen solchen Anspruch geltend machen könnte. Gleichwohl prüfte die Vorinstanz anhand der angesprochenen Rechtsgrundlagen (Eigentum, Hinterlegungsvertrag, einfache Gesellschaft, Sicherungsübereignung), ob der Klägerin ein Herausgabeanspruch zustehe. Dies verneinte sie unter allen Titeln.
Auch aus der Berufungsschrift geht nicht klar hervor, auf welche Rechtsgrundlage(n) die Klägerin den geltend gemachten Herausgabeanspruch stützt. Ihre Rügen lassen die erforderliche Präzision und Übersichtlichkeit vermissen. Im Wesentlichen begnügt sie sich mit dem pauschalen Vorwurf, die Vorinstanz verletze Bundesrecht, ohne indessen konkret aufzuzeigen inwiefern (Erwägung 2.1). Sie stellt den Erwägungen der Vorinstanz bloss ihre eigene Sicht der Dinge gegenüber. Dabei baut sie ihre Argumentation teilweise auf Sachverhaltselementen auf, die über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen, ohne dass sie Sachverhaltsrügen vortragen würde, die den an solche gestellten Begründungsanforderungen (Erwägung 2.2) entsprächen. Soweit die Klägerin die Begründungsanforderungen an eine Berufungsschrift missachtet oder sich lediglich in allgemeinen Rechtserörterungen auslässt, ist sie nicht zu hören und kann auf die Berufung nicht eingetreten werden.
Auch aus der Berufungsschrift geht nicht klar hervor, auf welche Rechtsgrundlage(n) die Klägerin den geltend gemachten Herausgabeanspruch stützt. Ihre Rügen lassen die erforderliche Präzision und Übersichtlichkeit vermissen. Im Wesentlichen begnügt sie sich mit dem pauschalen Vorwurf, die Vorinstanz verletze Bundesrecht, ohne indessen konkret aufzuzeigen inwiefern (Erwägung 2.1). Sie stellt den Erwägungen der Vorinstanz bloss ihre eigene Sicht der Dinge gegenüber. Dabei baut sie ihre Argumentation teilweise auf Sachverhaltselementen auf, die über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen, ohne dass sie Sachverhaltsrügen vortragen würde, die den an solche gestellten Begründungsanforderungen (Erwägung 2.2) entsprächen. Soweit die Klägerin die Begründungsanforderungen an eine Berufungsschrift missachtet oder sich lediglich in allgemeinen Rechtserörterungen auslässt, ist sie nicht zu hören und kann auf die Berufung nicht eingetreten werden.
4. Zunächst wirft die Klägerin der Vorinstanz vor, den Sachverhalt in relevanten Aspekten unvollständig dargestellt zu haben. Was sie zur Begründung dieser Rüge ausführt, erfüllt indessen die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsergänzung nicht.
Eine Ergänzung nach Art. 64 OG setzt voraus, dass entsprechende Sachbehauptungen bereits im kantonalen Verfahren prozesskonform aufgestellt, von der Vorinstanz aber zu Unrecht für unerheblich gehalten oder übersehen worden sind, was wiederum näher anzugeben ist. Ohne diese Angaben gelten Vorbringen, die über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen als neu und sind damit unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; BGE <ref-ruling> E. 2a S. 485 f.). Ergänzungen des Sachverhalts haben zudem nur zu erfolgen, soweit sie entscheidwesentliche Tatsachen betreffen.
Die Klägerin breitet ihre eigene Sachverhaltsdarstellung und ihre Interpretation derselben aus, zeigt aber nicht auf, welche prozesskonform ins kantonale Verfahren eingeführte Sachverhaltselemente im vorinstanzlichen Urteil im Einzelnen fehlen und inwiefern diese für die Beurteilung des streitigen Anspruchs wesentlich gewesen wären. Eine unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes ist nicht dargetan.
Die Klägerin breitet ihre eigene Sachverhaltsdarstellung und ihre Interpretation derselben aus, zeigt aber nicht auf, welche prozesskonform ins kantonale Verfahren eingeführte Sachverhaltselemente im vorinstanzlichen Urteil im Einzelnen fehlen und inwiefern diese für die Beurteilung des streitigen Anspruchs wesentlich gewesen wären. Eine unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes ist nicht dargetan.
5. Sodann kritisiert die Klägerin die Erwägungen der Vorinstanz sub "Vertragsschluss" und macht in verschiedener Hinsicht eine Bundesrechtsverletzung geltend.
Nachdem die Vorinstanz einen Herausgabeanspruch unter den in vorstehender Erwägung 3 erwähnten Rechtsgrundlagen verneint hatte, prüfte sie, ob es bei der Übergabe des Aktienzertifikates vom 8. April 1999 zu einem Vertrag mit einem bestimmten Inhalt gekommen sei. Dabei kam sie zum Schluss, die unterschiedlichen Sachverhaltsvarianten, welche die Klägerin vortrage, seien ungereimt. Hinzu komme, dass die Klägerin auch davon spreche, die Übergabe sei "ohne jede Rechtspflicht" erfolgt, was einen Vertragsschluss ausschliesse. Auch werde nicht klar dargestellt, ob die Klägerin oder A._ hätte Vertragspartei werden sollen. Entscheidend sei, dass die Klägerin trotz ausdrücklichem Verlangen des Gerichts, nicht rechtsgenügend darlege, wer wem wann was gesagt habe. Mangels konkreter Behauptungen der Klägerin könne daher nicht beurteilt werden, ob es zu einem Vertrag durch den Austausch von Willenserklärungen gekommen sei.
Die Vorinstanz hat mithin mangels hinreichender Substantiierung das Zustandekommen eines Vertrages gar nicht beurteilen können. Es ist daher unverständlich, wenn die Klägerin rügt, die Vorinstanz habe "ohne weiteres den normativen Konsens" bejaht. Davon kann keine Rede sein. Die in diesem Zusammenhang erhobene Rüge einer Verletzung von <ref-law>, <ref-law> und <ref-law> stösst ins Leere.
Ebenso wenig ist eine falsche Beweislastverteilung ersichtlich. Wenn die Klägerin sich auf das Zustandekommen eines Vertrages berufen wollte, lag es an ihr, die einschlägigen Behauptungen vorzutragen (vgl. <ref-ruling> E. 2b/c). Dies hat die Vorinstanz zutreffend festgehalten. Nachdem es aber bereits an den entsprechenden Behauptungen mangelte, entfielen diesbezügliche Beweiserhebungen. Eine Verletzung von <ref-law> scheidet aus.
Die Klägerin ist weiter der Ansicht, selbst wenn es zu keinem Vertrag gekommen sein sollte, verletze die Vorinstanz <ref-law>, wenn sie die Klage abweise. Die eigentümerrechtliche Stellung der Klägerin am Aktienzertifikat vom 8. April 1999 vor dessen physischen Übergabe an den Beklagten habe die Vorinstanz nämlich angenommen oder jedenfalls schon mangels Durchführung eines Beweisverfahrens annehmen müssen. Diese Argumentation kann nicht nachvollzogen werden. Die Klage lautet auf Herausgabe des Aktienzertifikats vom 2. September 2002 und nicht desjenigen vom 8. April 1999. Eine Verletzung von <ref-law>, weil die Vorinstanz die Klage abwies, fällt daher ausser Betracht. Zudem erwog die Vorinstanz nicht ohne Berechtigung, A._ habe unstreitig ein Indossament auf der Rückseite des Aktienzertifikats unterschrieben, was nicht nachvollzogen werden könnte, hätte er lediglich gewollt, dass der Beklagte das Zertifikat aufbewahre.
Die Klägerin ist weiter der Ansicht, selbst wenn es zu keinem Vertrag gekommen sein sollte, verletze die Vorinstanz <ref-law>, wenn sie die Klage abweise. Die eigentümerrechtliche Stellung der Klägerin am Aktienzertifikat vom 8. April 1999 vor dessen physischen Übergabe an den Beklagten habe die Vorinstanz nämlich angenommen oder jedenfalls schon mangels Durchführung eines Beweisverfahrens annehmen müssen. Diese Argumentation kann nicht nachvollzogen werden. Die Klage lautet auf Herausgabe des Aktienzertifikats vom 2. September 2002 und nicht desjenigen vom 8. April 1999. Eine Verletzung von <ref-law>, weil die Vorinstanz die Klage abwies, fällt daher ausser Betracht. Zudem erwog die Vorinstanz nicht ohne Berechtigung, A._ habe unstreitig ein Indossament auf der Rückseite des Aktienzertifikats unterschrieben, was nicht nachvollzogen werden könnte, hätte er lediglich gewollt, dass der Beklagte das Zertifikat aufbewahre.
6. Weiter ist die Klägerin der Auffassung, die Vorinstanz hätte das Aktienzertifikat vom 2. September 2002 als Surrogat für dasjenige vom 8. April 1999 betrachten müssen. Die Vorinstanz lehnte dies sowohl bezüglich eines allfälligen Hinterlegungsvertrages als auch einer Sicherungsabrede ab.
Ein Surrogat ist nur dann anzunehmen, wenn es nachweislich an die Stelle des Originalwertes tritt (<ref-ruling> E. 3c/cc S. 107). Als Surrogat einer Sache ist beispielsweise der Erlös aus deren Veräusserung zu betrachten (von Tuhr/Peter, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrechts, Zürich 1979, S. 503). Die Vorinstanz hielt in tatsächlicher Hinsicht und damit für das Bundesgericht verbindlich fest, die beiden Zertifikate stimmten nicht überein. Das von A._ ausgestellte Zertifikat vom 8. April 1999 habe einen Gesamtwert von nominal Fr. 49'500.--. Das Zertifikat vom 2. September 2002 habe der Beklagte ausgestellt und weise einen Gesamtwert von nominal Fr. 99'000.-- auf, wobei hier das Aktienkapital voll einbezahlt sei. Bei dieser Sachlage ist nicht anzunehmen, das Zertifikat vom 2. September 2002 trete ohne weiteres an die Stelle desjenigen vom 8. April 1999.
Möglich bleibt indessen, dass die Parteien solches vereinbart haben. Die Vorinstanz konnte jedoch auch dies nicht bejahen, da die Klägerin nicht einmal entsprechende Behauptungen aufgestellt hatte. Namentlich sei nicht behauptet worden, die Parteien hätten über eine Surrogationsklausel gesprochen. Die Klägerin rügt, mit ihrer Fokussierung auf das gesprochene Wort habe die Vorinstanz die Bestimmungen über den Abschluss eines Vertrages verletzt. Wohl trifft es zu, dass ein Vertrag nicht allein durch Austausch gesprochener Willensäusserungen zustande kommen kann. Eine Willenserklärung kann auch durch konkludentes Handeln oder stillschweigend erfolgen. Sollte dies hier der Fall gewesen sein, bräuchte es aber wiederum zunächst entsprechende Behauptungen der Klägerin. Solche wurden der Vorinstanz offenbar nicht vorgetragen, weshalb nicht ersichtlich ist, inwiefern die Vorinstanz die Bestimmungen über den Vertragsschluss verletzt haben könnte. Die Klägerin irrt auch, wenn sie meint, die diesbezügliche Behauptungslast sei nicht ihr, sondern dem Beklagten oblegen, will sie doch aus einer allfälligen Vereinbarung Rechte ableiten (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 719; <ref-ruling> E. 2b).
Schliesslich bringt die Klägerin vor, der Beklagte gehe selber von einem Surrogat und seiner entsprechenden Rückübertragungspflicht aus. Wenn die Vorinstanz trotzdem zum Schluss komme, die Parteien hätten in ihrem Vertrag keine Surrogationsklausel abgeschlossen, habe sie die massgeblichen Tatsachen rechtlich unrichtig beurteilt. Dem kann nicht gefolgt werden. Dass der Beklagte anerkannt hätte, dass ein Surrogat vorliegt, ist nicht dargetan. An der Stelle, auf welche sich die Klägerin beruft (Klagantwort S. 10 Rz. 48), führt der Beklagte aus, er bestreite nicht, dass eine Rückübertragungspflicht bestehe, sobald der Sicherungszweck dahingefallen sei. Das Darlehen sei am 12. Juli 1999 gekündigt worden. Bis heute sei weder ein Schuldbrief ausgehändigt noch das Darlehen zurückbezahlt worden. Der Sicherungszweck sei also unverändert aktuell. Der Rückübertragungsanspruch aus Sicherungsvertrag sei demnach nicht fällig. Dass der Beklagte diese Ausführungen auf das Zertifikat vom 2. September 2002 bezog, geht aus der angegeben Stelle nicht hervor. Der Kontext lässt im Gegenteil darauf schliessen, dass es bei diesen Ausführungen um das Zertifikat vom 8. April 1999 ging. Für die Version der Klägerin, dass der Beklagte selber von einem Surrogat ausgehe, könnte allenfalls der Umstand sprechen, dass er das Zertifikat vom 8. April 1999 mit einem Strich von oben rechts nach unten links durchgestrichen und auf ihm den Vermerk "ersetzt durch neues Zertifikat vom 2.9.02" angebracht hat. Die Klägerin übergeht aber, dass sie vor der Vorinstanz eine Anspruchsgrundlage zur Herausgabe des Zertifikats vom 2. September 2002 nicht rechtsgenüglich substantiierte. Entscheidend ist bei einer Sicherungsabrede letztlich ohnehin, dass die Klägerin die Übertragung des Zertifikats erst verlangen könnte, wenn der Sicherungszweck erfüllt, mithin der Schuldbrief übergeben oder das Darlehen zurückbezahlt worden ist. Beides ist unbestrittenermassen nicht erfolgt.
7. Ebenso wenig ist eine Verletzung der Bestimmungen über das Eigentum (<ref-law>) ersichtlich, wie sie die Klägerin geltend macht.
Die Vorinstanz befand, das im Besitz des Beklagten befindliche, von der Klägerin herausverlangte Zertifikat vom 2. September 2002 laute auf den Namen des Beklagten und sei von diesem ausgestellt worden. Ein Anspruch der Klägerin aus Eigentum scheide aus, da sie nicht behaupte und darlege, das Aktienzertifikat vom 2. September 2002 aufgrund eines Rechtsgrundes erworben zu haben. Mithin mangelte es auch hinsichtlich eines Vindikationsanspruchs an einer hinlänglichen Substantiierung der Klage.
Was die Klägerin dagegen vorbringt, stützt sich auf die Prämisse, die Vorinstanz hätte das Aktienzertifikat vom 2. September 2002 als Surrogat für dasjenige vom 8. April 1999 behandeln müssen, was sich jedoch nach dem vorstehend (Erwägung 6) Dargelegten als unzutreffend erwiesen hat. Die entsprechenden Rügen erweisen sich daher ohne weiteres als unbegründet.
Was die Klägerin dagegen vorbringt, stützt sich auf die Prämisse, die Vorinstanz hätte das Aktienzertifikat vom 2. September 2002 als Surrogat für dasjenige vom 8. April 1999 behandeln müssen, was sich jedoch nach dem vorstehend (Erwägung 6) Dargelegten als unzutreffend erwiesen hat. Die entsprechenden Rügen erweisen sich daher ohne weiteres als unbegründet.
8. Im Zusammenhang mit einem allfälligen Hinterlegungsvertrag wirft die Klägerin der Vorinstanz vor, die Bedeutung der Bestimmungen von Art. 472 und 481 OR verkannt zu haben. Inwiefern dies der Fall sein soll, wird nicht konkret dargelegt, weshalb darauf nicht eingetreten werden kann (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Wenn sich die Klägerin wiederum auf eine angebliche Surrogation beruft, ist ihr entgegen zu halten, dass sie den Abschluss einer Surrogationsklausel gar nicht behauptet hatte, weshalb die Vorinstanz bei einem allfälligen Hinterlegungsvertrag davon ausgehen musste, Gegenstand der Rückgabepflicht wäre die Sache, die übergeben wurde, mithin das Zertifikat vom 8. April 1999.
8. Im Zusammenhang mit einem allfälligen Hinterlegungsvertrag wirft die Klägerin der Vorinstanz vor, die Bedeutung der Bestimmungen von Art. 472 und 481 OR verkannt zu haben. Inwiefern dies der Fall sein soll, wird nicht konkret dargelegt, weshalb darauf nicht eingetreten werden kann (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Wenn sich die Klägerin wiederum auf eine angebliche Surrogation beruft, ist ihr entgegen zu halten, dass sie den Abschluss einer Surrogationsklausel gar nicht behauptet hatte, weshalb die Vorinstanz bei einem allfälligen Hinterlegungsvertrag davon ausgehen musste, Gegenstand der Rückgabepflicht wäre die Sache, die übergeben wurde, mithin das Zertifikat vom 8. April 1999.
9. Schliesslich wirft die Klägerin der Vorinstanz eine Verletzung von <ref-law> vor, weil sie keinen Rechtsmissbrauch des Beklagten erkennen konnte. Die Berufung des Beklagten auf die fehlende Fälligkeit der Rückübertragungspflicht, weil ihm der Schuldbrief nicht ausgehändigt worden sei, sei rechtsmissbräuchlich. Denn er habe durch die Darlehenskündigung den Vollzug des Grundstückkaufvertrages selber torpediert und verhindert, dass die B._ AG den zur Sicherung des Darlehens versprochenen Schuldbrief übergeben konnte.
Der offenbare Missbrauch eines Rechtes findet keinen Rechtsschutz (<ref-law>). Ob Rechtsmissbrauch vorliegt, ist einzelfallweise in Würdigung der gesamten Umstände zu bestimmen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 497; <ref-ruling> E. 3d. S. 63). Dabei sind die von der Lehre und Rechtsprechung gebildeten Fallgruppen zu beachten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 497; <ref-ruling> E. 2a S. 259) wie die Rechtsausübung, die ohne schützenswertes Interesse erfolgt oder zu einem krassen Missverhältnis berechtigter Interessen führen würde (<ref-ruling> E. 2.4 S. 118; <ref-ruling> E. 5.1 S. 497, je mit Hinweisen). Rechtsmissbrauch liegt auch vor, wenn ein Rechtsinstitut zweckwidrig zur Verwirklichung von Interessen verwendet wird, die nicht in dessen Schutzbereich liegen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 151 mit Hinweisen). Die Geltendmachung eines Rechts ist ferner missbräuchlich, wenn sie im Widerspruch zu einem früheren Verhalten steht und dadurch erweckte berechtigte Erwartungen enttäuscht (<ref-ruling> E. 5.1 S. 497; <ref-ruling> E. 2a). Die tatsächlichen Voraussetzungen sind von der Partei in der vom Prozessrecht vorgeschriebenen Weise vorzutragen (BGE <ref-ruling> E. 3d S. 63 mit Hinweisen).
Vorliegend konnte die Vorinstanz aufgrund dessen, was die Klägerin vorgebracht hatte, keinen Rechtsmissbrauch des Beklagten erkennen. Die Begründung des angefochtenen Entscheids ist in diesem Punkt zugestandenermassen knapp ausgefallen. Die Klägerin zeigt aber nicht auf, welche tatsächlichen Umstände sie zur Begründung eines Rechtsmissbrauchs prozesskonform vorgetragen hätte, aber von der Vorinstanz übergangen worden wären. Die Kündigung des Darlehens allein vermag einen Rechtsmissbrauch nicht zu begründen, zumal sie als Reaktion auf den Widerruf der Vollmacht durch A._ namens der B._ AG erfolgte. Im Übrigen könnte der Sicherungszweck nicht bloss durch Übergabe des Schuldbriefes, sondern auch durch Rückzahlung des Darlehens erfüllt werden. Die Klägerin vermag keinen Rechtsmissbrauch des Beklagten im oben umschriebenen Sinn aufzuzeigen.
Vorliegend konnte die Vorinstanz aufgrund dessen, was die Klägerin vorgebracht hatte, keinen Rechtsmissbrauch des Beklagten erkennen. Die Begründung des angefochtenen Entscheids ist in diesem Punkt zugestandenermassen knapp ausgefallen. Die Klägerin zeigt aber nicht auf, welche tatsächlichen Umstände sie zur Begründung eines Rechtsmissbrauchs prozesskonform vorgetragen hätte, aber von der Vorinstanz übergangen worden wären. Die Kündigung des Darlehens allein vermag einen Rechtsmissbrauch nicht zu begründen, zumal sie als Reaktion auf den Widerruf der Vollmacht durch A._ namens der B._ AG erfolgte. Im Übrigen könnte der Sicherungszweck nicht bloss durch Übergabe des Schuldbriefes, sondern auch durch Rückzahlung des Darlehens erfüllt werden. Die Klägerin vermag keinen Rechtsmissbrauch des Beklagten im oben umschriebenen Sinn aufzuzeigen.
10. Die Berufung ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Klägerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 14'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 14'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3. Die Klägerin hat den Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 16'000.-- zu entschädigen.
3. Die Klägerin hat den Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 16'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. März 2007
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: