Sachverhalt:
A. Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) führt ein Verwaltungsstrafverfahren gegen Unbekannt wegen des Verdachts von Abgabebetrug, eventuell Hinterziehung von Verrechnungssteuern im Umfang von ca. Fr. 21,3 Mio., begangen im Geschäftsbereich der X._ SA (nachfolgend: Gesellschaft). Im Rahmen der Untersuchung fand am 4. April 2012 (nach Hinweisen der Geschäftsführer der Gesellschaft) im Lager der E._ SA, welche per 30. März 2012 aufgrund der erfolgten Fusion mit der D._ AG im Handelsregister gelöscht wurde, eine Hausdurchsuchung statt. Dabei wurden Unterlagen und elektronische Datenträger sichergestellt und auf Einsprache der D._ AG hin versiegelt.
B. Mit Gesuch vom 16. Mai 2012 beantragte die ESTV beim Bundesstrafgericht die Entsiegelung der sichergestellten Aufzeichnungen und Gegenstände bzw. deren Freigabe zur Durchsuchung. Mit Beschluss vom 4./5. Oktober 2012 hiess das Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, das Entsiegelungsgesuch gut.
C. Gegen den Entsiegelungsentscheid der Beschwerdekammer gelangte die D._ AG mit Beschwerde vom 5. November 2012 an das Bundesgericht. Sie beantragt im Hauptstandpunkt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides.
Die ESTV beantragt mit Stellungnahme vom 3. Dezember 2012 die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesstrafgericht liess sich inhaltlich nicht vernehmen. Mit prozessleitender Verfügung vom 4. Dezember 2012 hat das Bundesgericht der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt. Die Beschwerdeführerin replizierte am 21. Januar 2013. Zur Duplik der ESTV vom 14. Februar 2013 nahm die Beschwerdeführerin innert der auf 8. März 2013 angesetzten Frist keine Stellung.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 67 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die Verrechnungssteuer (SR 642.12; VStG) findet auf Strafverfahren im Rahmen des VStG das Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafverfahren (SR 313.0; VStrR) Anwendung. Im vorliegenden Fall ermittelt die ESTV wegen Abgabebetrug (Art. 14 VStrR) bzw. massiver Hinterziehung von Verrechnungssteuern (<ref-law>).
1.2 Auch nach Inkrafttreten der Eidgenössischen Strafprozessordnung (SR 312.0; StPO) und des Strafbehördenorganisationsgesetzes des Bundes (SR 173.71; StBOG) am 1. Januar 2011 bleibt das VStrR auf Fälle der Bundesgerichtsbarkeit in Verwaltungsstrafsachen weiterhin anwendbar. Das VStrR wurde durch die StPO (Anhang 1 Ziff. II/11) und das StBOG (Anhang Ziff. II/9) teilweise geändert. Die neuen VStrR-Bestimmungen sind auf den vorliegenden Fall anwendbar, da der angefochtene erstinstanzliche Entscheid nach dem 1. Januar 2011 erging (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 mit Hinweisen). Soweit das VStrR einzelne Fragen nicht abschliessend regelt, sind die Bestimmungen der StPO grundsätzlich (vgl. dazu unten, E. 3.2) analog anwendbar.
1.3 Über das Entsiegelungsgesuch der untersuchenden Verwaltungsbehörde des Bundes entscheidet die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts (Art. 50 Abs. 3 VStrR i.V.m. <ref-law>). Entsiegelungsentscheide der Beschwerdekammer sind beim Bundesgericht anfechtbar (<ref-law>; vgl. <ref-ruling>; Urteil 1B_232/2009 vom 25. Februar 2010 E. 1).
1.4 Auch die Sachurteilsvoraussetzungen von <ref-law> sind grundsätzlich erfüllt und geben zu keinen Vorbemerkungen Anlass.
2. In prozessualer Hinsicht wird in der Beschwerde gerügt, das Entsiegelungsgesuch sei verspätet gestellt worden, weshalb auf das Gesuch gar nicht hätte eingetreten werden dürfen. Ausserdem habe die Beschwerdekammer kein bundesrechtskonformes Entsiegelungsverfahren durchgeführt. In materieller Hinsicht wird (stark zusammengefasst) geltend gemacht, es fehle am hinreichenden Tatverdacht für Steuerdelikte, und in den sichergestellten Unterlagen und Dateien befänden sich Informationen, die nichts mit dem untersuchten Sachverhalt zu tun hätten.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Entsiegelungsgesuch sei verspätet gestellt worden, nämlich nach Ablauf der 20-tägigen Verwirkungsfrist von <ref-law>, weshalb auf das Gesuch nicht eingetreten werden dürfe. Gemäss Art. 31 Abs. 2 VStrR sei diese Fristbestimmung auch in verwaltungsstrafrechtlichen Untersuchungen "analog" anwendbar. Ausserdem verletze die Vorinstanz das rechtliche Gehör (<ref-law>), indem sie sich mit der gegenteiligen Auffassung der Beschwerdeführerin "in keiner Weise" auseinander setze.
3.2 Bei Durchsuchungen in Strafverfahren nach VStrR ist dem Inhaber der "Papiere" (bzw. der zu durchsuchenden Aufzeichnungen und Gegenstände) wenn immer möglich Gelegenheit zu geben, sich zuvor über ihren Inhalt auszusprechen. Erhebt er gegen die Durchsuchung Einsprache, so werden die Papiere versiegelt und verwahrt, und es entscheidet die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts über die Zulässigkeit der Durchsuchung (Art. 50 Abs. 3 i.V.m. Art. 25 Abs. 1 VStrR und <ref-law>). Eine förmliche Frist zur Einreichung des Entsiegelungsgesuches der Untersuchungsbehörde kennt das VStrR nicht. Insbesondere hat der Gesetzgeber bei Erlass der StPO (per 1. Januar 2011) keine Anpassung von Art. 50 VStrR an <ref-law> (20-Tages-Frist für Entsiegelungsgesuche) vorgenommen. Lediglich die Fristen im gerichtlichen Verfahren richten sich nach der StPO (Art. 31 Abs. 2 und Art. 82 VStrR, in der Fassung gemäss Anhang 1 Ziff. II/11 zur StPO). Das gerichtliche Verfahren nach VStrR ist im Dritten Abschnitt des Dritten Titels (Art. 73-82 VStrR) geregelt. Das Entsiegelungsverfahren vor der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts in der Untersuchung nach VStrR (Art. 37-61 VStrR) fällt nicht darunter. Die Art. 73-82 VStrR regeln das Verfahren vor dem erkennenden kantonalen Strafgericht bzw. vor der Strafkammer des Bundesstrafgerichts nach erfolgter Überweisung (Anklage). Die untersuchende Verwaltungsbehörde hat allerdings - gerade bei Entsiegelungsgesuchen - dem Beschleunigungsgebot in Strafsachen ausreichend Rechnung zu tragen (<ref-law>, <ref-law>). Die allgemeinen strafprozessualen und verfassungsrechtlichen Grundsätze sind jedenfalls auch im Verwaltungsstrafverfahren zu berücksichtigen.
3.3 Im vorliegenden Fall erfolgte das Entsiegelungsgesuch knapp anderthalb Monate nach der Hausdurchsuchung und Siegelung. Damit hat die ESTV dem Beschleunigungsgebot in Strafsachen genügend Rechnung getragen. Die Rüge, das Entsiegelungsgesuch sei zu spät gestellt worden und verletze bundesrechtliche Fristbestimmungen, erweist sich als unbegründet. Es kann offen bleiben, ob <ref-law> überhaupt als Verwirkungsfrist anzusehen wäre, deren Missachtung (in jedem Fall) zum Nichteintreten auf das Entsiegelungsgesuch führen müsste.
Zwar sind die Erwägungen der Vorinstanz zur Frage der Anwendbarkeit von <ref-law> relativ knapp ausgefallen. Der Vorwurf, die Beschwerdekammer setze sich mit der gegenteiligen Auffassung der Beschwerdeführerin "in keiner Weise" auseinander, trifft jedoch nicht zu. Die Beschwerdekammer erwägt: "Im VStrR besteht keine Frist zur Einreichung des Entsiegelungsgesuchs. Jedoch gilt es auch in diesem Verfahren, das allgemeine Beschleunigungsgebot zu beachten" (angefochtener Entscheid, E. 1.2). Damit legt die Vorinstanz die wesentliche Überlegung dar, weshalb sie das Entsiegelungsgesuch im vorliegenden Fall als rechtzeitig gestellt ansah. In der Beschwerde wird im Übrigen auch nicht dargelegt, weshalb die Begründung des angefochtenen Entscheides es der Beschwerdeführerin geradezu verunmöglicht hätte, den Rechtsweg wirksam zu beschreiten. Eine Verletzung von <ref-law> ist nicht ersichtlich.
3.4 Weiter wird gerügt, die Vorinstanz habe das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerin verletzt, indem erstere eine unaufgeforderte Stellungnahme der ESTV mitberücksichtigt habe. Dieser Stellungnahme seien Akten beigelegt worden, die grösstenteils aus sichergestellten Unterlagen stammten, auf deren Versiegelung sie, die Beschwerdeführerin, verzichtet habe. Ausserdem sei es ihr verwehrt worden, auf die Stellungnahme der ESTV zu replizieren.
3.4.1 Die Gehörsrüge erweist sich als unbegründet, soweit sie ausreichend substanziiert erscheint (vgl. <ref-law>):
3.4.2 Die Vorinstanz verletzte kein Bundesrecht, wenn sie im Entsiegelungsverfahren (bei der Prüfung des massgeblichen aktuellen Tatverdachtes) auch sachdienliche nicht versiegelte Unterlagen mitberücksichtigte, die im Verlaufe der Untersuchung gesetzeskonform sichergestellt und von der ESTV im Entsiegelungsverfahren unaufgefordert eingebracht wurden. Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe bei der Vorinstanz um Ansetzung einer angemessenen Frist zur Einreichung einer Replik ersucht, die Vorinstanz habe darauf aber nicht reagiert. Wie sich aus den Akten ergibt, wurde die unaufgeforderte Stellungnahme der ESTV (zur Gesuchsantwort der Beschwerdeführerin) am 6. Juli 2012 bei der Vorinstanz eingereicht und der Beschwerdeführerin am 9. Juli 2012 zugestellt. Am 17. Juli 2012 stellte diese das Gesuch um Ansetzung einer Frist zur Replik. Am 4./5. Oktober 2012 wurde der angefochtene Entscheid gefällt, ohne dass die Vorinstanz der Beschwerdeführerin zuvor eine Replikfrist förmlich ansetzte. Zwar ist nicht ersichtlich, inwiefern es der Beschwerdeführerin verunmöglicht gewesen wäre, zwischen 17. Juli und 4./5. Oktober 2012 (innert angemessener Frist, wie von ihr gewünscht) eine Replik einzureichen. Ob die Vorinstanz in diesem Zusammenhang dennoch das rechtliche Gehör (<ref-law>) verletzte oder nicht, kann jedoch offen bleiben. Selbst eine allfällige Gehörsverletzung wäre im Verfahren vor Bundesgericht jedenfalls "geheilt" worden. Die Beschwerdeführerin hatte unterdessen Gelegenheit, sich auch zur fraglichen Stellungnahme der ESTV zu äussern. Das Bundesgericht prüft die Anwendung des Bundesrechts im vorliegenden Fall mit freier Kognition (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 189; <ref-ruling> E. 2 S. 125; 340 E. 2.4 S. 346; Urteil des Bundesgerichtes 1B_277/2011 vom 28. Juni 2011 E. 1.2). Dem prozessualen Begehren, das Bundesgericht habe ihr Frist anzusetzen, damit sie sich zur Stellungnahme der ESTV vom 6. Juli 2012 vernehmen lassen könne, ist keine Folge zu leisten.
3.5 Gerügt wird sodann, die Vorinstanz habe keine (eigene) Triage der versiegelten Aufzeichnungen und Dateien vorgenommen, sondern diese an die ESTV "delegiert". In der Beschwerde wird konkret beanstandet, dass die Vorinstanz erwog, die versiegelten Aufzeichnungen könnten Hinweise auf untersuchte Fiskaldelikte enthalten, die Entsiegelung sei zulässig, und nach Freigabe der entsiegelten Aufzeichnungen zur Durchsuchung werde es Aufgabe der ESTV sein, darüber zu entscheiden, welche Unterlagen sie als beweisrelevant erachtet und zu den Akten nehmen will.
Die kritisierten Erwägungen widersprechen weder den gesetzlichen Vorschriften (vgl. Art. 50 Abs. 3 VStrR, Art. 246-248 i.V.m. Art. 263 f. StPO), noch der einschlägigen Rechtsprechung des Bundesgerichtes. Insbesondere hat die Beschwerdekammer damit die Entsiegelung nicht unzulässigerweise an die Untersuchungsbehörde "delegiert". Zwar hatte die Beschwerdekammer selbst zu prüfen, ob die Entsiegelungsvoraussetzungen erfüllt sind oder nicht. Eine detaillierte Sichtung und Aussonderung (Triage) von versiegelten Aufzeichnungen hat das Entsiegelungsgericht jedoch nur insoweit vorzunehmen, als die betroffenen Inhaber der versiegelten Aufzeichnungen konkrete Entsiegelungshindernisse geltend machen. Soweit solche nicht substanziiert dargelegt werden, darf das Entsiegelungsgericht die Freigabe der Aufzeichnungen verfügen, zu deren Durchsuchung und allfälligen weiteren Verwendung seitens der Untersuchungsbehörde (<ref-ruling> E. 7.1 S. 229; <ref-ruling> E. 5.1.2 S. 196 f., E. 5.3 S. 198 f.; je mit Hinweisen).
3.6 In materiellrechtlicher Hinsicht wird in der Beschwerde sinngemäss geltend gemacht, die versiegelten Aufzeichnungen und Dateien enthielten schützenswerte Geschäfts- und Privatgeheimnisse der Beschwerdeführerin sowie von unbeteiligten Dritten.
3.6.1 Sichergestellte Papiere (und andere Datenträger) sind mit grösster Schonung der Privatgeheimnisse zu durchsuchen; insbesondere sollen sie nur dann durchsucht werden, wenn anzunehmen ist, dass sich Schriften darunter befinden, die für die Untersuchung von Bedeutung sind (Art. 50 Abs. 1 VStrR). Bei der Durchsuchung sind das Amtsgeheimnis und die Berufsgeheimnisse zu wahren (Art. 50 Abs. 2 VStrR). Nach dem Wortlaut von Art. 50 Abs. 3 VStrR (und dem insoweit identischen <ref-law>) steht das (oben, in E. 3.2 dargelegte) Einspracherecht im Entsiegelungsverfahren nur dem jeweiligen Inhaber der sichergestellten Unterlagen bzw. elektronischen Dateien zu. Dieser hat nicht nur die Schriften bzw. Datenträger zu benennen, die seiner Ansicht nach der Versiegelung und Geheimhaltung im Sinne von Art. 50 Abs. 3 VStrR unterliegen, sondern auch die Berufs-, Privat- oder Geschäftsgeheimnisse glaubhaft zu machen, die seiner Ansicht nach dem öffentlichen Interesse an der Aufklärung und Verfolgung von mutmasslichen Straftaten vorgehen (Urteil des Bundesgerichtes 1B_232/2009 vom 25. Februar 2010 E. 4.2 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-law> und <ref-ruling> E. 7.1 S. 229; <ref-ruling> E. 4.2 S. 195; je mit Hinweisen).
3.6.2 Soweit die Beschwerdeführerin angebliche Geheimnisinteressen von dritten Personen (sinngemäss) als Entsiegelungshindernis anruft, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (vgl. <ref-law> i.V.m. Art. 50 Abs. 3 VStrR; Urteile des Bundesgerichtes 1B_567/2012 vom 26. Februar 2013 E. 1.1-1.2; 1B_492/2011 vom 2. Februar 2012 E. 2.3). Schon die Vorinstanz hat die Beschwerdeführerin darauf hingewiesen, dass sie angeblich tangierte eigenen Privat- und Geschäftsgeheimnisse nicht umschrieben hat. Auch die Beschwerdeschrift an das Bundesgericht enthält dazu nur sehr vage Hinweise. Bei der prozessualen Substanzierungsobliegenheit von Inhabern, welche die Siegelung verlangen, geht es nicht darum, schutzwürdige Geheimnisse inhaltlich preiszugeben, sondern lediglich zu umschreiben, welcher Art die angeblich tangierten Geheimnisinteressen sind und inwiefern sie so wichtig seien, dass sie das Strafverfolgungsinteresse überwiegen (vgl. <ref-law>). Eine solche minimale Substanzierungsobliegenheit führt nicht zur Aushöhlung des Geheimnisschutzes. Sie dient vielmehr der Vermeidung, dass das Entsiegelungsverfahren rechtsmissbräuchlich oder trölerisch in Anspruch genommen werden könnte. Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, kann im vorliegenden Fall grundsätzlich offen bleiben, ob überwiegende Geheimnisschutzinteressen ausreichend substanziiert werden.
3.7 Es wird gerügt, die Annahme des Tatverdachtes von Steuerdelikten beruhe auf willkürlichen Tatsachenfeststellungen.
3.7.1 Strafprozessuale Zwangsmassnahmen setzen einen hinreichenden Tatverdacht voraus (vgl. <ref-law>). Dies gilt auch für Strafuntersuchungen nach VStrR. Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des hinreichenden Tatverdachtes keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Bestreitet der von strafprozessualen Zwangsmassnahmen Betroffene das Vorliegen eines ausreichenden Tatverdachts, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat vorliegen, die Justizbehörden somit das Bestehen eines hinreichenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Es genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 126; <ref-ruling> E. 4 S. 316; <ref-ruling> E. 3c S. 146).
Bei Beschwerden gegen schwerwiegende Eingriffe in individuelle Grundrechte durch Zwangsmassnahmen prüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung der StPO frei (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 189; <ref-ruling> E. 2 S. 125; 340 E. 2.4 S. 346; Urteil des Bundesgerichtes 1B_277/2011 vom 28. Juni 2011 E. 1.2). Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; BGE <ref-ruling> E. 2 S. 125 f.; <ref-ruling> E. 2.5 S. 73 f.).
3.7.2 Zur Frage des hinreichenden Tatverdachtes erwägt die Vorinstanz Folgendes:
Die X._ SA (nachfolgend: Darleiherin) erbringe Beratungsdienstleistungen für deutsche Firmen im Energiesektor. Bis zum 16. Dezember 2009 sei F._ (nachfolgend: Aktionär) ihr Alleinaktionär gewesen. Gemäss Vertrag vom 20. Mai 2009 habe sie der Y._ SA (in Liquidation, nachfolgend: Darlehensnehmerin) ein Darlehen in der Höhe von EUR 26 Mio. (ca. CHF 39,5 Mio.) gewährt. Als Sicherheit für das Darlehen (inkl. Zinsen) habe die Darlehensnehmerin zwar ihre sämtlichen gegenwärtigen und zukünftigen Erträge aus der Verwertung der Lizenzvereinbarung mit einem Geschäftspartner vom Dezember 2005 bis zur Höhe der besicherten Forderungen an die Darleiherin abgetreten. In keiner Jahresrechnung der Darlehensnehmerin (seit ihrer Gründung im Oktober 2005 bis ins Geschäftsjahr 2009) seien jedoch Lizenzerträge verbucht worden. Im Anhang ihres Jahresabschlusses 2007 sei darauf hingewiesen worden, dass ab dem Geschäftsjahr 2009 Lizenzeinnahmen erwartet würden; der Jahresabschluss des folgenden Jahres habe solche Einnahmen ab dem Geschäftsjahr 2010 in Aussicht gestellt.
Im Jahre 2009 seien die Aktien der Darlehensnehmerin (zu 25%, 16,8%, 33% bzw. 25%) von vier weiteren Gesellschaften gehalten worden. Der Aktionär habe zu diesem Zeitpunkt 100% an einer fünften Gesellschaft gehalten, welche zu je 100% an den drei ersten vorgenannten Gesellschaften und zu 40% an der vierten vorgenannten Gesellschaft beteiligt gewesen sei. Daraus habe sich im Tatzeitraum eine indirekte Beteiligung des Aktionärs an der Darlehensnehmerin von 54,8% ergeben. Die Auszahlung des Darlehens sei durch Begleichung einer Forderung einer sechsten Gesellschaft gegenüber der Darlehensnehmerin in der Höhe von EUR 26 Mio. erfolgt. Dabei soll es sich angeblich um die Kosten eines Geschäftsprojektes gehandelt haben. In einer Zusatzvereinbarung vom 20. Mai 2009 zum Darlehensvertrag, abgeschlossen zwischen der Darleiherin und der sechsten Gesellschaft, sei festgehalten worden, dass die Auszahlung des Darlehens unter anderem durch die Übertragung von Goldbarren und weiterer Vermögenswerte sowie durch Banküberweisung des Restsaldos von EUR 9,9 Mio. hätte erfolgen sollen. Die Darleiherin habe diesen Restsaldo indessen nicht an die sechste Gesellschaft überwiesen, sondern mit ihrer Forderung gegenüber einer siebten Gesellschaft verrechnet. Diese siebte Gesellschaft habe diesen Betrag nicht an die sechste Gesellschaft überwiesen, sondern auf ein Konto des Aktionärs. Damit seien rund EUR 9,9 Mio. der Darlehenssumme direkt an ihn geflossen.
Zur Begleichung der genannten Forderung der sechsten Gesellschaft hätten sodann Immobilien im Wert von EUR 7,5 Mio. sowie Wohnungen im Wert von EUR 620'000.-- auf die sechste Gesellschaft übertragen werden sollen. Gemäss den eingeholten Registerauszügen würden diese Immobilien und Wohnungen heute einer achten Gesellschaft gehören, obwohl die Forderung der Darlehensnehmerin "von" der sechsten Gesellschaft "stamme". Der genannte Aktionär sei indirekt mit 51% an der achten Gesellschaft beteiligt. Somit könne er über diesen Teil der erfolgten Zahlung (in der Höhe von ca. EUR 8,1 Mio.) zur Begleichung der Forderung der sechsten Gesellschaft weiterhin mehrheitlich verfügen. Unbekannt sei, an wen bzw. welche Gesellschaft die restlichen Vermögenswerte (bzw. die Restanz des Darlehens) im Wert von ca. EUR 8 Mio. (gemäss der genannten Zusatzvereinbarung) übertragen wurden.
Mit Generalversammlungsbeschluss vom 29. September 2009 sei die Darlehensnehmerin aufgelöst worden. Die Darlehensschuld gegenüber der Darleiherin sei bei der Darlehensnehmerin als "Darlehen mit Rangrücktritt" ausgebucht worden. Im Gegenzug seien die genannten Projektkosten im Umfang von CHF 40 Mio. abgeschrieben worden, so dass ein Liquidationsverlust von ca. CHF 0,5 Mio. resultiert habe. Am 15. März 2010 sei die Darlehensnehmerin im Handelsregister gelöscht worden. Zusammenfassend ergebe sich, dass zum Zeitpunkt der Darlehensgewährung sowohl die Darleiherin als auch die Darlehensnehmerin mehrheitlich vom genannten Aktionär "gehalten" worden seien. Seit ihrem ersten Geschäftsjahr sei die Darlehensnehmerin überschuldet gewesen. Ihre Ertragssituation habe es ihr von Beginn weg verunmöglicht, je einen marktkonformen Zins für das erhaltene Darlehen zu bezahlen. Selbst wenn die Darleiherin das Darlehen vollständig aus Eigenkapital finanziert hätte, hätte gemäss Rundschreiben der ESTV für Vorschüsse an Beteiligte (Nahestehende) ein Zins von mindestens 2,5% oder jährlich rund CHF 980'000.-- verrechnet werden müssen. Die Werthaltigkeit der gegebenen Sicherheit im Zeitpunkt des Abschlusses des Darlehensvertrages sei höchst zweifelhaft, habe die Darlehensnehmerin doch seit ihrer Gründung im Oktober 2005 nie einen entsprechenden Lizenzvertrag ausgewiesen und auch nie eine Lizenz aktiviert. Zudem habe die Darleiherin das Darlehen vollständig abgeschrieben, ohne die dafür geleistete Sicherheit verwertet zu haben. Daraus lasse sich schliessen, dass die Werthaltigkeit der geleisteten Sicherheit nicht gegeben gewesen sei. Nur gerade vier Monate nach Gewährung des Darlehens sei bereits die Auflösung der Darlehensnehmerin beschlossen worden. Bei ihrer Liquidation seien die angeblichen Projektkosten von CHF 40 Mio. vollständig abgeschrieben worden. Somit hätten weder die Projektergebnisse verkauft werden können, noch habe eine Übertragung auf die Darleiherin stattgefunden. Eine Gegenleistung für die angeblich nach Russland übertragenen Vermögenswerte von rund CHF 40 Mio. sei nicht ersichtlich. Es sei offensichtlich, dass unter unabhängigen Parteien ein solches Darlehensgeschäft angesichts der finanziellen Situation der Darlehensnehmerin nie zustande gekommen wäre. Im Zeitpunkt der Darlehensgewährung seien bei beiden beteiligten Gesellschaften die gleichen Personen zeichnungsberechtigt gewesen. Die Organe der Darleiherin seien somit über die finanzielle Situation der Darlehensnehmerin im Bild gewesen. Demnach habe die Darleiherin dem genannten Aktionär eine geldwerte Leistung zukommen lassen. Es liege die Vermutung nahe, dass es sich beim fraglichen Projekt (und somit bei der Forderung der oben genannten sechsten Gesellschaft) um fingierte Geschäfte gehandelt habe, und der Gegenwert des Darlehens indirekt dem beherrschenden Aktionär ausgeschüttet worden sei (vgl. angefochtener Entscheid, S. 5-8, E. 3.3-3.4).
Bei dieser Sachlage bestehe der hinreichende Verdacht, dass die für geldwerte Leistungen an Aktionäre geschuldete Verrechnungssteuer von 35% im Umfang von ca. CHF 21,3 Mio. nicht deklariert und bezahlt worden sei. Ebenso bestehe der Verdacht, dass die Abgabe dem Gemeinwesen durch arglistiges Verhalten der Täterschaft vorenthalten worden sei (Abgabebetrug i.S.v. Art. 14 Abs. 2 VStrR, vgl. angefochtener Entscheid, S. 10, E. 4).
Im Weiteren setzt sich die Vorinstanz mit den Einwendungen der Beschwerdeführerin zum oben dargelegten Tatverdacht ausführlich auseinander (vgl. angefochtener Entscheid, S. 8-10, E. 3.5; S. 10-12, E. 5).
3.7.3 Was in der Beschwerde dagegen vorgebracht wird, lässt die Annahme eines hinreichenden Tatverdachtes von Steuerdelikten nicht als bundesrechtswidrig bzw. willkürlich erscheinen:
3.7.4 Zwar wird die Erwägung der Vorinstanz, wonach die beiden (in E. 3.7.2 genannten) primär involvierten Gesellschaften sich unbestrittenermassen in einer "schlechten finanziellen Situation" befänden (bzw. befunden hätten), als aktenwidrig gerügt. Es ist jedoch nicht nachvollziehbar, inwiefern diese Erwägung (im Ergebnis) zu offensichtlich unrichtigen entscheiderheblichen Sachverhaltsfeststellungen geführt hätte. Die Beschwerdeführerin bestreitet auch nicht, dass die kritisierte Erwägung der Vorinstanz sich auf die Sachdarlegung der ESTV stützt, wonach das Eigenkapital der Darlehensnehmerin Ende 2008 einen Negativsaldo von Fr. 2,7 Mio. aufwies.
3.7.5 Als "schlicht absurd" wird die im vorinstanzlichen Verfahren von der ESTV geäusserte Ansicht bezeichnet, ein von den Gesuchsgegnern beschriebenes Projekt erscheine "fingiert". Dabei bezieht sich die Beschwerdeschrift nicht direkt auf die Begründung des angefochtenen Entscheides. Konkret wird in diesem Zusammenhang die Erwägung der Beschwerdekammer beanstandet, der von den Gesuchsgegnern geschilderte Sachverhalt erscheine wenig glaubwürdig, und es bestünden etliche Hinweise auf Steuerdelikte. Darin ist im Ergebnis keine willkürliche Sachverhaltsfeststellung ersichtlich. Unhaltbare Erwägungen werden der Vorinstanz auch in Bezug auf ein "Darlehen" einer weiteren Gesellschaft vorgeworfen. In der Beschwerde wird jedoch nicht dargelegt, inwiefern es sich dabei um entscheiderhebliche Fragen handeln würde. Primärer Gegenstand der Untersuchung ist ein Darlehen zwischen zwei anderen Gesellschaften (vgl. oben, E. 3.7.2).
3.7.6 Auch die übrigen Vorbringen lassen die Annahme eines hinreichenden Tatverdachtes durch die Vorinstanz nicht als bundesrechtswidrig (willkürlich bzw. gehörsverletzend) erscheinen.
3.8 Schliesslich wird in der Beschwerde geltend gemacht, die Entsiegelung sei unverhältnismässig. Auf den sichergestellten Unterlagen und Dateien befänden sich Informationen, die nichts mit dem untersuchten Sachverhalt zu tun hätten. Die Beschwerdeführerin habe bereits gewisse Aufzeichnungen (mit der Aufschrift des Namens der primär involvierten Gesellschaft) freiwillig (unversiegelt) ediert.
3.8.1 Entsiegelt werden dürfen nur Aufzeichnungen und Dateien, welche für die verwaltungsstrafrechtliche Untersuchung von Bedeutung sind (Art. 50 Abs. 1 VStrR). Strafprozessuale Zwangsmassnahmen müssen (insbesondere) in dieser Hinsicht verhältnismässig sein (vgl. Art. 197 Abs. 1 lit. c-d und Abs. 2 StPO). Nach der Praxis des Bundesgerichtes hat der Entsiegelungsrichter (auch bei grossen Datenmengen) offensichtlich irrelevante Gegenstände auszusondern. Schon in ihrem Entsiegelungsgesuch hat die Untersuchungsbehörde darzulegen, inwiefern die versiegelten Gegenstände grundsätzlich verfahrenserheblich seien. Sodann kann das Entsiegelungsgericht für die Triage - falls nötig - auch Untersuchungsbeamte bzw. schriftliche Auskünfte der Untersuchungsbehörde beiziehen, um die Sichtung zu erleichtern (<ref-ruling> E. 7.1 S. 229; <ref-ruling> E. 5.1.2 S. 196 f.; je mit Hinweisen). Betroffene Inhaber von Aufzeichnungen und Gegenständen, welche die Versiegelung beantragen bzw. Durchsuchungshindernisse geltend machen, haben ihrerseits die prozessuale Obliegenheit, das Entsiegelungsgericht bei der Sichtung und Klassifizierung von Dokumenten zu unterstützen. Dies umso mehr, als der Zwangsmassnahmenrichter die Einzelheiten der Untersuchung nicht kennt und die Untersuchungsbehörde noch keine Detaileinsicht in die versiegelten Akten nehmen kann. Auch haben die betroffenen Inhaber jene Gegenstände zu benennen, die ihrer Ansicht nach der Geheimhaltung unterliegen oder offensichtlich keinen Sachzusammenhang mit der Strafuntersuchung aufweisen. Dies gilt besonders, wenn sie die Versiegelung von sehr umfangreichen bzw. komplexen Dokumenten oder Dateien verlangt haben (<ref-ruling> E. 7.1 S. 229; <ref-ruling> E. 4.2 S. 194 f., E. 5.1.2 S. 196 f., E. 5.3 S. 198 f.; je mit Hinweisen).
3.8.2 Die Vorinstanz erwägt zur Untersuchungsrelevanz der versiegelten Aufzeichnungen insbesondere Folgendes: Wie dem Protokoll über die versiegelten Gegenstände zu entnehmen sei, handle es sich dabei um Ordner, Plastikmäppchen und PCs. Die Beschwerdeführerin sei an den untersuchten Transaktionen teilweise beteiligt gewesen. Ausserdem hätten die Geschäftsführer der in den untersuchten Sachverhalt primär involvierten Gesellschaft ausgesagt, dass sich in den Räumlichkeiten der Beschwerdeführerin Geschäftsunterlagen dieser Gesellschaft befinden könnten. Anlässlich der Hausdurchsuchung hätten denn auch Ordner und sonstige Dokumente mit einer entsprechenden Kennzeichnung sichergestellt werden können. Bereits dem genannten Siegelungsprotokoll lasse sich somit entnehmen, dass diese Unterlagen einen potentiellen Zusammenhang zur Strafuntersuchung aufwiesen und als Beweismittel in Frage kämen. Es entspreche sodann der allgemeinen Lebenserfahrung, dass Informationen über relevante Geschäftstätigkeiten zusätzlich auch auf elektronischen Datenträgern (etwa PCs) abgespeichert würden. Dabei sei zu beachten, dass nicht nur die (oben, in E. 3.7.2 beschriebenen) Geschäftsvorgänge des Jahres 2009 (bzw. die "eigentliche Darlehensgewährung") von Interesse seien, sondern auch frühere und spätere sachkonnexe Transaktionen, welche auf eine Verschleierung der steuerlich relevanten Vorgänge hinwiesen. Dies gelte umso mehr, als etliche Gesellschaften in den untersuchten Sachverhalt verwickelt seien, deren Struktur bzw. Eigentumsverhältnisse (auch wegen ihres Auslandbezuges) intransparent seien (vgl. angefochtener Entscheid, S. 12 f., E. 6.2-6.3).
3.8.3 Der in der Beschwerde geltend gemachte Umstand, dass bereits gewisse Aufzeichnungen (mit der Aufschrift des Namens der primär involvierten Gesellschaft) freiwillig (unversiegelt) ediert worden seien, schliesst keineswegs aus, dass die versiegelten Unterlagen und Dateien weitere untersuchungsrelevante Informationen enthalten könnten. Zwar wird vorgebracht, bei gewissen Aufzeichnungen handle es sich um elektronische Datenträger, welche von "verschiedenen Gruppengesellschaften" stammten. Es wird jedoch eingeräumt, dass der in die Untersuchung involvierte Aktionär diese Gesellschaften kontrollierte, und dass es sich um eine Unternehmensgruppe mit gemeinsamer Geschäftsführung handelte.
3.8.4 Die Beschwerdeführerin bringt weiter vor, eine Dividendenzahlung an sie aus dem Jahre 2010 bilde nicht Gegenstand der Strafuntersuchung. Daher sei sie "nicht involviert". Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Die Beschwerdeführerin legt selber dar, dass es sich um eine Zahlung der in den untersuchten Sachverhalt primär verwickelten Gesellschaft handle und dass sie, die Beschwerdeführerin, die Muttergesellschaft dieser Firma gewesen sei. In diesem Zusammenhang sind auch keine unhaltbaren Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz ersichtlich.
3.8.5 Als "offensichtlich falsch" wird die Erwägung der Vorinstanz kritisiert, es seien "auch Ordner und sonstige Dokumente" sichergestellt worden, welche mit dem Namen der primär involvierten Gesellschaft bezeichnet seien. Die Willkürrüge erweist sich als unbegründet, soweit sie überhaupt ausreichend substanziiert erscheint (vgl. <ref-law>). In der Beschwerdeschrift wird denn auch eingeräumt, dass ein derart bezeichnetes Klarsichtmäppchen versiegelt wurde.
3.8.6 Wenn ansonsten noch allgemein vorgebracht wird, eine Vielzahl von versiegelten Aufzeichnungen weise keine Deliktskonnexität auf, wird nicht substanziiert und nachprüfbar dargelegt, bei welchen konkreten Dokumenten ein inhaltlicher Zusammenhang zum untersuchten Sachverhalt offensichtlich fehlt. Auf pauschale Verweisungen auf frühere Rechtsschriften ist im Übrigen nicht einzutreten.
3.9 Die weiteren Vorbringen haben im vorliegenden Zusammenhang keine über das bereits Dargelegte hinausgehende selbständige Bedeutung.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Mai 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster