Faits:
A. Le 13 novembre 2008, X._ a porté plainte contre Y._.
Elle lui reprochait de lui avoir transmis le papillomavirus humain (HPV), maladie qu'elle avait contractée lors de leurs relations sexuelles. Ils auraient notamment entretenu un rapport non protégé le 25 octobre 2007 alors que son partenaire l'avait préalablement assurée qu'il n'était porteur d'aucune maladie sexuellement transmissible.
B. Par ordonnance du 19 août 2010, le juge d'instruction de l'arrondissement de Lausanne a refusé de donner suite à la requête de X._ tendant à l'administration de nouvelles mesures d'instruction et a rendu une ordonnance de non-lieu dans l'enquête ouverte pour lésions corporelles simples par négligence et propagation d'une maladie de l'homme.
C. Par arrêt du 28 septembre 2010, le Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal vaudois a confirmé cette ordonnance.
D. X._ forme un recours en matière pénale. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour complètement de l'instruction et nouvelle décision. Elle demande également l'assistance judiciaire.
Invitée à se déterminer, l'autorité cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt. Le Ministère public et l'intimé ont conclu au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 472).
1.1 L'arrêt attaqué a été rendu le 28 septembre 2010 et le recours contre celui-ci déposé le 17 novembre 2010 devant le Tribunal fédéral. La qualité pour recourir de l'intéressée s'examine par conséquent au regard de l'<ref-law> selon la teneur de cette disposition en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010 (NIKLAUS SCHMID, Übergangsrecht der schweizerischen Strafprozessordnung, Zurich 2010, p. 98, ch. 352).
1.2 L'<ref-law> confère la qualité pour former un recours en matière pénale à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, ou a été privé de la possibilité de le faire, et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée.
L'<ref-law> dresse une liste, non exhaustive, des personnes auxquelles cette qualité est expressément reconnue. Ainsi, le chiffre 5 de cette disposition confère la qualité pour recourir à celui qui est victime au sens défini par la loi fédérale sur l'aide aux victimes d'infractions (LAVI; RS 312.5), à la condition que la décision attaquée puisse avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. En principe, cette dernière condition n'est remplie que si la victime a pris des conclusions civiles. En cas contraire, il lui incombe d'expliquer quelles prétentions elle entend faire valoir, dans quelle mesure le refus de suivre attaqué a une incidence sur le jugement et pourquoi elle n'a pas été en mesure de les exercer dans le cadre de la procédure pénale. Mais elle peut s'en dispenser dans les cas évidents (<ref-ruling> consid. 1a p. 187).
Est une victime au sens de la LAVI, toute personne qui a subi, du fait d'une infraction, une atteinte directe à son intégrité physique, psychique ou sexuelle (<ref-law>). L'atteinte doit revêtir une certaine gravité. Il ne suffit pas que la victime ait subi des désagréments, qu'elle ait eu peur ou qu'elle ait eu quelque mal. La notion de victime ne dépend toutefois pas de la qualification de l'infraction, mais exclusivement de ses effets sur le lésé. Des voies de fait peuvent ainsi suffire à fonder la qualité de victime si elles causent une atteinte notable à l'intégrité psychique du lésé, mais il est aussi possible que des lésions corporelles simples n'entraînent, au contraire, qu'une altération insignifiante de l'intégrité physique et psychique. En définitive, il faut déterminer si, au regard des conséquences de l'infraction en cause, le lésé pouvait légitimement invoquer le besoin de la protection prévue par la loi fédérale (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 218).
1.3 En l'espèce, la recourante a déjà participé à la procédure, dès lors qu'elle a déposé une plainte pénale et qu'elle a provoqué, par son recours, l'arrêt attaqué. On ne saurait lui reprocher de ne pas avoir pris de conclusions civiles sur le fond, puisque la procédure n'a pas été menée jusqu'à un stade qui aurait permis de le faire. Il est par ailleurs évident que le non-lieu prononcé par l'autorité cantonale en ce qui concerne l'infraction de lésions corporelles simples est de nature à influencer négativement le jugement des prétentions civiles qu'elle pourrait faire valoir contre l'intimé. Reste à examiner si l'atteinte à l'intégrité corporelle qu'elle a subie est suffisamment grave pour fonder la qualité de victime au sens de la LAVI.
Il ressort du dossier que la victime a présenté des verrues dans la région de la vulve, du périnée et de l'anus. Ces lésions tirent leur origine du papillomavirus humain (HPV) dont certains sous-types peuvent provoquer des cancers du col et de la vulve. La recourante a subi, au printemps 2008, des examens médicaux et une intervention chirurgicale consistant à exciser les parties atteintes. Cette opération a occasionné une semaine d'arrêt de travail à 100%. A la suite d'une récidive apparue un an plus tard, la recourante, après plusieurs consultations médicales, a été hospitalisée du 26 au 27 janvier 2010 pour une nouvelle intervention qui a été suivie de contrôles. Il s'ensuit que l'atteinte à son bien-être excède ce qui peut être considéré comme une altération insignifiante de l'intégrité physique et fonde sa qualité de victime au sens de l'<ref-law>.
La recourante a ainsi qualité pour former un recours en matière pénale (art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF).
2. Le Tribunal d'accusation a considéré que, pour déterminer si l'intimé s'était rendu coupable des infractions dénoncées, il convenait de vérifier d'une part s'il était à l'origine de l'infection de la recourante et, d'autre part, s'il se savait porteur du virus HPV au moment de leur relation. Concernant la première question, il a observé qu'il n'était pas possible, au vu des techniques médicales, de connaître l'ordre de contamination entre deux partenaires et que le virus pouvait demeurer toute une vie à l'état latent, sans aucun symptôme. S'agissant de la seconde question, il a constaté que l'intimé, interrogé en avril 2009, avait déclaré qu'il n'était pas conscient être porteur d'une quelconque maladie car il ne présentait aucun symptôme. Trois mois plus tard, l'expert désigné par le juge d'instruction pour examiner l'intimé a constaté chez celui-ci des verrues groupées à la base du pénis, le test HPV s'étant toutefois révélé négatif. Selon le Tribunal d'accusation, des doutes irrémédiables subsistaient à propos de la date de la contamination de l'intimé et du moment auquel il aurait su être infecté. Un renvoi devant une juridiction de jugement aboutirait ainsi à une libération au bénéfice du doute.
L'autorité cantonale a par ailleurs jugé que les moyens de preuves requis par la recourante ne permettraient pas de lever ces incertitudes, compte tenu de la latence du virus et des possibilités de contamination autres que la voie sexuelle (contact peau à peau).
3. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir estimé que le non-lieu pouvait être prononcé sans qu'il soit procédé aux mesures d'instruction qu'elle avait requises. Elle avait notamment demandé que l'intimé soit interrogé sur les noms des médecins qu'il avait consultés depuis son arrivée en Suisse. Ces praticiens auraient ensuite pu indiquer si l'intimé, au moment de sa liaison avec la recourante, avait déjà été traité pour des verrues, conformément à ce qu'il lui aurait avoué après la fin de leur relation.
3.1 Selon la jurisprudence, l'autorité peut renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle acquiert la certitude que le résultat de la mesure sollicitée, même favorable au requérant, ne pourrait pas l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 5.3; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 428 ss).
L'appréciation des preuves n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis sans raison sérieuse de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9 et les arrêts cités).
3.2 En l'occurrence, l'intimé, entendu par le juge d'instruction le 7 avril 2009, a reconnu avoir subi en Suisse plusieurs tests de dépistage du HIV. Cela signifie qu'il a consulté du personnel médical au sujet de la prévention de maladies sexuellement transmissibles. On ne peut pas exclure que les mesures requises, si elles conduisaient à un résultat favorable à la recourante, permettraient de savoir si, au moment de ses relations avec la recourante, l'intimé avait déjà été traité pour des verrues et s'il avait conscience d'être porteur du virus HPV. Un nouvel interrogatoire de l'intimé permettrait également d'éclaircir ses premières déclarations au juge d'instruction. Il avait en effet nié devant celui-ci avoir jamais manifesté des symptômes d'une maladie sexuellement transmissible alors que l'expert a constaté, seulement trois mois plus tard, des verrues à la base du pénis de l'intimé. L'offre de preuve litigieuse porte donc indéniablement sur un fait pertinent pour l'issue de la procédure.
Reste à examiner si elle peut amener le Tribunal d'accusation à modifier son opinion sur l'insuffisance des charges. Si, comme on l'a vu ci-dessus, elle est susceptible d'apporter des faits utiles pour juger de la réalisation de l'élément subjectif des infractions dénoncées, elle ne renseignera pas sur la date de la contamination. Par conséquent, elle ne permettra pas de déterminer si l'intimé est à l'origine de l'infection de la recourante ou si tous deux étaient déjà porteurs du virus au moment de leurs rapports. Toutefois, même si l'ordre de contamination ne peut être établi, on ne saurait exclure d'emblée une condamnation pour les infractions dénoncées, qui pourrait entrer en ligne de compte sous la forme de la tentative (<ref-law>; Favre/Pellet/Stoudmann, Code pénal annoté, 3ème éd., 2007, p. 96 et la réf. citée; Donatsch/ Wohlers, Strafrecht IV, 3ème éd., 2004, p. 72; Stratenwerth/Bommer, Schweizerisches Strafrecht II, 6ème éd., 2008, n. 12 ad § 31).
Partant, le Tribunal d'accusation a versé dans l'arbitraire en refusant, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important qui était propre à modifier sa décision. Il y a lieu par conséquent d'admettre le recours sur ce point, d'annuler l'arrêt attaqué et de renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour complètement de l'état de fait et nouvelle décision (<ref-law>).
4. L'autorité cantonale devra statuer à nouveau sur le sort des frais de recours, ce qui rend sans objet le grief soulevé sur ce point. Au demeurant, le principe de la gratuité que la recourante invoque et qui découle de l'<ref-law> vaut uniquement pour les procédures ayant trait aux prestations allouées par les centres de consultation et les autorités chargées d'octroyer les indemnisations et les réparations morales, mais pas pour d'autres procédures telles que l'action pénale dirigée contre l'auteur (arrêt 6B_736/2009 du 5 novembre 2009 consid. 2).
5. Vu le sort du recours, l'intimé, qui succombe, supportera les frais (<ref-law>) et versera une indemnité de dépens à la recourante (<ref-law>), dont la demande d'assistance judiciaire devient ainsi sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera à la recourante une indemnité de 3000 fr. à titre de dépens.
4. La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 26 avril 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Rey-Mermet