Sachverhalt:
A. A.a Y._ und X._ heirateten 1998. Sie haben ein gemeinsames Kind, Z._, geb. 1999. Im Jahre 2000 hoben sie ihren gemeinsamen Haushalt auf und liessen ihre Ehe vom Kreisgericht Werdenberg-Sargans auf gemeinsames Begehren scheiden. Das Gericht genehmigte die Vereinbarung, wonach Z._ der elterlichen Sorge der Mutter anvertraut und dem Vater regelmässiger Kontakt zum Kind eingeräumt wurde.
A.b Im Juni 2002 klagte Y._ auf Abänderung des Scheidungsurteils und beantragte die Umteilung des Kindes in seine elterliche Sorge.
Mit dringlicher Verfügung ordnete die Gerichtspräsidentin des Kreisgerichts Werdenberg-Sargans im August 2002 die Umplatzierung von Z._ in die Obhut des Vaters an, errichtete eine Erziehungsbeistandschaft und räumte der Mutter mit vorsorglicher Massnahme ein begleitetes Besuchsrecht ein. Das Kreisgericht holte bei einer Kinderpsychologin ein Gutachten ein und beauftragte den Kinder- und Jugendpsychiatrischen Dienst St. Gallen, ein zusätzliches Gutachten zu erstellen. Für Z._ wurde eine Kindesvertretung bestellt. Den Eltern gelang es, in einer Mediation die Kommunikation wesentlich zu verbessern, worauf sie eine zukünftige gemeinsame elterliche Sorge vereinbarten.
Im Anschluss an die Hauptverhandlung des Kreisgerichts unterzeichneten die Eltern im April 2007 eine Vereinbarung mit Widerrufsvorbehalt, wonach Z._ nach den Sommerferien bei der Mutter wohne. Y._ widerrief die Vereinbarung und das Kreisgericht entschied mit Urteil vom 30. April 2007, dass Z._ in der elterlichen Sorge der Mutter verbleiben und die Beistandschaft weitergeführt werden soll. Dem Vater wurde ein Besuchsrecht eingeräumt.
A.c Gegen diesen Entscheid erhob Y._ Berufung beim Kantonsgericht St. Gallen und beantragte, Z._ sei in seine elterliche Sorge zu stellen, der Mutter sei ein regelmässiges Besuchsrecht einzuräumen und sie sei zu verpflichten, monatliche Unterhaltsbeiträge für Z._ zu bezahlen. Weiter verlangte er die Aufhebung der Beistandschaft. Der Kindsvertreter ersuchte darum, die durch das Kreisgericht angeordneten Kinderbelange unverändert zu bestätigen.
Mit Entscheid des Kantonsgerichts vom 27. Juni 2008 wurde Z._ unter die elterliche Sorge des Vaters gestellt, der persönliche Verkehr zwischen Mutter und Kind geregelt und die Mutter verpflichtet, ab 1. September 2008 bis zur Mündigkeit oder späterem ordentlichen Abschluss einer angemessenen Ausbildung an den Unterhalt des Kindes monatlich Fr. 400.-- zuzüglich Kinderzulage zu bezahlen. Die Parteien wurden verpflichtet, die Gerichtskosten für das Verfahren vor Kreisgericht je zur Hälfte und die Parteikosten selber zu bezahlen. Die Gerichtskosten für das Verfahren vor Kantonsgericht sowie die Kosten der Kindsanhörung und Kindervertretung wurden den Parteien je zur Hälfte auferlegt, jedoch wurden sie in Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege von der vorläufigen Bezahlung befreit. Zudem wurde den Parteien die unentgeltliche Rechtsvertretung bewilligt.
B. X._ (fortan: Beschwerdeführerin) ist am 3. September 2008 mit Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht gelangt und verlangt die Aufhebung des kantonsgerichtlichen Urteils, mit Ausnahme der Anordnung der Beistandschaft. Sie beantragt, es sei ihr die elterliche Sorge über Z._ zu belassen und ihr die Obhut wieder zuzuweisen. Eventualiter beantragt sie die Rückweisung der Streitsache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz. Weiter verlangt sie die Verurteilung von Y._ (fortan: Beschwerdegegner) zur Bezahlung der Kosten des Verfahrens vor Kreisgericht und Kantonsgericht. Für das Verfahren vor Bundesgericht ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und unentgeltlichen Rechtsverbeiständung.
Der Beschwerdegegner und das Kantonsgericht sind nicht zur Vernehmlassung eingeladen worden.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein letztinstanzlicher Entscheid im Sinne von <ref-law> betreffend Abänderung eines Scheidungsurteils, mit welchem die elterlichen Rechte und Pflichten (elterliche Sorge, persönlicher Verkehr, Unterhalt) neu geregelt werden. Dabei handelt es sich um einen Entscheid in Zivilsachen (<ref-law>). Streitpunkt vor Bundesgericht ist u.a. die elterliche Sorge, weshalb eine nicht vermögensrechtliche Streitigkeit vorliegt. Die Beschwerde in Zivilsachen ist somit zulässig.
2. Gemäss <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dabei ist es unerlässlich, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 400; Urteil 4A_22/2008 vom 10. April 2008 E. 1). Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104).
Die Beschwerdeführerin setzt sich mit dem kantonsgerichtlichen Urteil nur ansatzweise auseinander. Das Kantonsgericht begründet seinen Zuweisungsentscheid vor allem damit, die kontinuierlichen, stabilen Verhältnisse beim Vater aufrecht zu erhalten und dem Wunsch des neunjährigen Z._s, in seiner vertrauten Umgebung bei seinem Vater und seinen Halbgeschwistern bleiben zu können, Rechnung zu tragen. Die Beschwerdeführerin äussert sich mit keinem Wort zu diesem Wunsch, den Z._ in zwei kinderpsychologischen Befragungen klar geäussert hat. Ebenso wenig geht sie auf das Argument betreffend Aufrechterhaltung der Kontinuität der Lebensverhältnisse beim Vater und den Halbgeschwistern ein. Die Beschwerdeführerin stützt sich vor allem auf ein gerichtliches Gutachten aus dem Jahre 2005, welches jedoch von der Vorinstanz angesichts der inzwischen eingetretenen Entwicklung als nicht mehr massgebend erachtet wird. Es ist daher fraglich, ob die Beschwerdeschrift den Begründungsanforderungen von <ref-law> genügt. Da die Beschwerde jedoch auch unter materiellen Gesichtspunkten klar abzuweisen ist, kann diese Frage offen gelassen werden.
3. Die Beschwerdeführerin macht vorab geltend, der Entscheid des Kantongerichts weiche ohne triftige Gründe von den fachlichen Grundlagen des aktuellen Gerichtsgutachtens ab. Er sei daher willkürlich und verstosse gegen <ref-law>.
3.1 Zur Begründung führt sie aus, das Kantonsgericht habe sich nicht mit allen Argumenten des Gutachtens des Kinder- und Jugendpsychiatrischen Dienstes St. Gallen vom Oktober 2005 auseinandergesetzt. Insbesondere habe das Kantonsgericht nicht berücksichtigt, dass das Gutachten beim Kindsvater eigene emotionale Konflikte festgestellt habe, welche wegen mangelnder Reflexionsfähigkeit und Abgrenzung direkt auf das Kind Z._ übertragen würden. Weiter sei dem Gutachten zu entnehmen, dass der Kindsvater und seine Ehefrau in der Vergangenheit Angriffe auf die Beziehung zwischen Z._ und seiner Mutter gemacht hätten. Nach Ansicht der Beschwerdeführerin müsste bei einer Berücksichtigung aller Argumente des Gutachtens eine Interessenabwägung insgesamt zu ihren Gunsten ausfallen.
3.2 Der Beschwerdeführerin ist darin beizupflichten, dass das Gericht in Fachfragen nicht grundlos von Gutachten abweichen darf und Abweichungen begründen muss. Dies bedeutet jedoch nicht, dass Gerichte die Ergebnisse eines Gutachtens unkritisch übernehmen dürften. Das Gericht würdigt ein Gutachten grundsätzlich frei (<ref-ruling> E. 2 S. 86).
Das Kantongericht hat seinen Entscheid, weshalb die elterliche Sorge und Obhut in Abweichung des Gutachtens vom Oktober 2005 dem Beschwerdegegner zuzuteilen sei - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin - ausführlich und sorgfältig begründet. So betont es insbesondere, dass die beiden eingeholten Gerichtsgutachten mehrere Jahre zurücklägen, sich die Situation der Eltern und des Kindes im Verlaufe des langwierigen Verfahrens hingegen grundlegend verändert habe. Während aus dem ersten Gutachten des Jahres 2002 hervor gegangen sei, dass der Vater das Kindeswohl besser zu gewährleisten vermöge, habe sich das zweite Gutachten aus dem Jahre 2005 dafür ausgesprochen, das Kind in die elterliche Sorge der Mutter zu geben. Die hauptsächliche Schwierigkeit bei der Frage der Kinderzuteilung habe früher darin bestanden, dass die Eltern sich gegenseitig misstraut hätten, was sich negativ auf die Förderung der Beziehung des Kindes zum nicht sorgeberechtigten Elternteil ausgewirkt habe. Anfang 2006 sei es jedoch zu einem Umschwung gekommen. Mit Unterstützung der Beiständin und des Kindsvertreters seien die Eltern befähigt worden, sich offen und respektvoll über die Bedürfnisse Z._s auszutauschen und den Kontakt Mutter-Kind flexibel und grosszügig auszuüben. Z._ sei durch diesen Wandel richtiggehend aufgeblüht. Die wiedererlangte Kooperationsfähigkeit habe dazu geführt, dass nun zwei gleichwertige und engagierte Eltern, die beide eine emotionale Bindung zum Kind hätten, Z._ einen geeigneten Rahmen bieten und es in seiner Entwicklung angemessen fördern könnten. Es sei daher weiter zu untersuchen, ob die Möglichkeit der persönlichen Betreuung durch die Mutter oder die Kontinuität der Lebensverhältnisse beim Vater, wo Z._ seit sechs Jahren lebe, für das allein ausschlaggebende Wohl des Kindes überwiege, wobei die Bindungstoleranz der beiden Eltern und die Meinung des neunjährigen Kindes beim Entscheid über die elterliche Sorge zu berücksichtigen sei.
Das Kantonsgericht ist somit nicht grundlos vom Gutachten vom Oktober 2005 abgewichen, sondern weil dieses seiner Ansicht nach im Entscheidzeitpunkt nicht mehr aktuell war bzw. sich die Situation der Eltern und des Kindes grundlegend verändert hat. Das Kantonsgericht hat bei der Frage, welche Zuteilungsvariante dem Kindeswohl am besten entspricht, verschiedenste Kriterien untersucht, gegeneinander abgewogen und dabei insbesondere der verbesserten Kooperationsbereitschaft des Beschwerdegegners betreffend persönliche Kontakte zur Mutter, der Aufrechterhaltung von kontinuierlichen, stabilen Verhältnissen und dem Wunsch des neunjährigen Kindes Rechnung getragen. Es ist der Vorinstanz darin beizupflichten, dass sich die tatsächliche Situation für die Beurteilung des Kindeswohls ändern kann und daher nicht einfach unkritisch auf die Ergebnisse eines Gutachtens abgestellt werden soll, insbesondere dann nicht, wenn dieses bereits einige Jahre alt ist. Hat eine Betreuungslösung vor drei Jahren den Bedürfnissen eines Kindes und dem Kindeswohl am besten entsprochen, muss dies nicht bedeuten, dass dieselbe Lösung auch noch heute für das Kind optimal ist. Die Frage des Kindeswohls entzieht sich einer starren Beurteilung und ist stets im Hinblick auf die aktuellen Verhältnisse zu beantworten. Nach dem Gesagten kann es nicht beanstandet werden, dass das Kantonsgericht bei der Zuweisung der elterlichen Sorge von dem bereits drei Jahre zurückliegenden Gutachten abgewichen ist. Insbesondere ist diese Abweichung vom Gutachten keinesfalls willkürlich und der Entscheid verstösst somit nicht gegen <ref-law>. Denn Willkür liegt nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts vor, wenn das Gericht bei seinem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen, auf einem offenkundigen Fehler beruhen oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufen (<ref-ruling> E. 2 S. 86).
4. Weiter rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung ihres materiellen rechtlichen Gehörs und damit von <ref-law>, da sich das Kantonsgericht bei seinem Zuteilungsentscheid nicht genügend mit wichtigen Gegenargumenten auseinandergesetzt habe.
4.1 Dazu führt die Beschwerdeführerin insbesondere aus, der angefochtene Entscheid gehe nicht auf den Vorwurf des Gutachtens vom Oktober 2005, ihrer Berufungsantwort und ihrer Eingabe vom April 2008 ein, wonach beim Beschwerdegegner nur der "Beobachtungsdruck des Verfahrens" die Annäherung der Kindseltern wieder möglich gemacht habe bzw. beim Beschwerdegegner weder von einer Verinnerlichung noch von einem Bestand des Lernprozesses ausgegangen werden könne. Auch würde die von ihr und ihrem Partner an einem Mobiltelefon mitgehörte Beeinflussung des Kindes durch den Beschwerdegegner im angefochtenen Entscheid weder diskutiert noch sonst beachtet. Damit missachte das Kantonsgericht die inhaltliche Beschäftigung mit entscheidwesentlichen und auch im Verfahren vorgebrachten Fragen.
4.2 Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin setzt sich das Kantonsgericht in seinem Urteil mit der Problematik betreffend Kooperation der Kindseltern eingehend auseinander. Aus der kantonsgerichtlichen Begründung geht klar hervor, dass die mangelnde Kooperation früher ein Problem darstellte und den Entscheid der Kinderzuteilung erschwerte. Jedoch ist die Vorinstanz zur Überzeugung gelangt, dass es dank Unterstützung der Beiständin und des Kindsvertreters Anfang 2006 zu einem Umschwung kam und sich die Kooperation zwischen den Eltern stark verbesserte. Es sei den Eltern auch während des Berufungsverfahrens gelungen, die wiedererlangte Kooperation aufrecht zu erhalten, was auch beide Eltern mit übereinstimmenden Aussagen bestätigt hätten.
Wie bereits ausgeführt (E. 3.2), hat die Vorinstanz aufgrund veränderter Situation der Eltern und des Kindes zu Recht davon abgesehen, die Ergebnisse des drei Jahre zurückliegenden Gutachtens unkritisch zu übernehmen bzw. dieses Gutachten im Detail zu berücksichtigen. Diese begründete Abweichung vom Gutachten stellt keine Verletzung des rechtlichen Gehörs dar, da die tatsächliche Situation im Beurteilungszeitpunkt für die Frage des Kindeswohls und der für das Kind optimalen Zuteilungsregel entscheidend ist.
Was die Berücksichtigung der Vorbringen in den Eingaben der Beschwerdeführerin betreffend fehlende Verinnerlichung des Lernprozesses beim Beschwerdegegner und Beeinflussungsversuche per Mobiltelefon anbelangt, trifft es zu, dass sich das Kantonsgericht zu diesen Vorbringen nicht explizit geäussert hat. Jedoch stellt es keine Verletzung des rechtlichen Gehörs dar, wenn sich das Gericht nicht mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann es sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 4.1. S. 88). Das Kantonsgericht hat sich genügend zur Kooperationsfähigkeit der Eltern geäussert und begründet, weshalb es zur Überzeugung gelangt ist, dass heute eine tatsächliche Kooperationsbereitschaft des Beschwerdegegners besteht. Seine Überzeugung stützt es zudem auf diesbezügliche übereinstimmende Aussagen beider Eltern. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt unter diesen Umständen nicht vor.
5. Die Beschwerdeführerin bringt schliesslich vor, das Kantonsgericht habe mit der Sorgerechtszuteilung an den Beschwerdegegner gegen <ref-law> verstossen, indem es massgebende Kriterien für die Zuteilung teils nicht berücksichtigt und teils falsch gewichtet habe.
5.1 Gemäss Art. 133 Abs. 1 und 2 ZGB hat das Scheidungsgericht die elterliche Sorge einem Elternteil zuzuteilen und dabei alle für das Kindeswohl massgebenden Umstände zu berücksichtigen. Auf die Meinung der Kinder ist, soweit tunlich, Rücksicht zu nehmen. Im Übrigen sind für die Zuteilung die vom Bundesgericht in der langjährigen Rechtsprechung zum früheren <ref-law> umschriebenen Kriterien wegleitend. Entscheidend ist demnach stets das Kindeswohl (<ref-ruling> E. 4a S. 209, 317 E. 2 S. 319; <ref-ruling> E. 3 S. 354 f.). Den Bedürfnissen der Kinder ist entsprechend ihrem Alter, ihren Neigungen und ihrem Anspruch auf elterliche Fürsorglichkeit, Zuwendung und Erziehung bestmöglich zu entsprechen. Als massgebliche Gesichtspunkte stehen dabei im Vordergrund die persönlichen Beziehungen der Eltern zu den Kindern, ihre erzieherischen Fähigkeiten und ihre Bereitschaft, die Kinder in eigener Obhut zu haben und sie weitgehend persönlich zu betreuen und zu pflegen. Zudem ist dem Bedürfnis der Kinder nach der für eine harmonische Entfaltung in körperlicher, seelischer und geistiger Hinsicht notwendigen Stabilität der Verhältnisse Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 3 S. 201 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 382 f.). Bei ungefähr gleicher Erziehungs- und Betreuungsfähigkeit beider Eltern kommt dem letztgenannten Kriterium besonderes Gewicht zu. Die Möglichkeit der persönlichen Betreuung kann unter Umständen dahinter zurücktreten (Urteil 5C.212/2005 vom 25. Januar 2006 E. 4.2 und 4.4.1, publ. in: FamPra.ch 2006 S. 753). Zusätzlich zu diesen Kriterien können weitere Gesichtspunkte berücksichtigt werden, so beispielsweise der Grundsatz, Geschwister nach Möglichkeit nicht zu trennen.
Bei der Zuteilung der elterlichen Sorge steht den kantonalen Behörden, welche die Parteien und die Verhältnisse besser kennen als das Bundesgericht, ein erhebliches Ermessen zu. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn einschlägige Kriterien grundlos ausser Betracht geblieben oder offenkundig falsch gewichtet worden sind oder wenn die Zuteilung auf Überlegungen abgestützt worden ist, die unter dem Gesichtswinkel des Kindeswohls bedeutungslos sind oder gegen die dargelegten bundesgerichtlichen Grundsätze verstossen (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 355).
Bei der Zuteilung der elterlichen Sorge steht den kantonalen Behörden, welche die Parteien und die Verhältnisse besser kennen als das Bundesgericht, ein erhebliches Ermessen zu. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn einschlägige Kriterien grundlos ausser Betracht geblieben oder offenkundig falsch gewichtet worden sind oder wenn die Zuteilung auf Überlegungen abgestützt worden ist, die unter dem Gesichtswinkel des Kindeswohls bedeutungslos sind oder gegen die dargelegten bundesgerichtlichen Grundsätze verstossen (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 355).
5.2 Die Beschwerdeführerin vertritt die Auffassung, das Kantonsgericht habe das Kriterium der Erziehungsfähigkeit nicht berücksichtigt. Sie habe die besseren erzieherischen Fähigkeiten als der Beschwerdegegner, was auch dem Gutachten vom Oktober 2005 zu entnehmen sei. Weiter habe das Kantonsgericht das Kriterium der Eigenbetreuungsmöglichkeit nicht genügend stark gewichtet. Im Gegensatz zum Beschwerdegegner sei sie in der Lage, das Kind durchgehend persönlich zu betreuen. Sinngemäss führt die Beschwerdeführerin aus, ein Kind sei demjenigen Elternteil zuzuweisen, welcher die besseren Erziehungsfähigkeiten aufweise. Bei ungefähr gleicher Erziehungsfähigkeit sei das Sorgerecht stets demjenigen Elternteil zuzuweisen, welcher die bessere Eigenbetreuungsmöglichkeit habe. Zur Begründung ihrer Auffassung weist sie insbesondere auf die beiden Bundesgerichtsentscheide BGE <ref-ruling> und 115 II 206 hin.
5.3 Was die Erziehungsfähigkeit anbelangt, ist das Kantonsgericht zur Ansicht gelangt, dass beide Eltern ungefähr gleichermassen befähigt wären, die Erziehungsaufgabe wahr zu nehmen. Auch würden sie beide einen geeigneten Rahmen bieten, Z._ in seiner Entwicklung angemessen zu fördern. Die Vorinstanz hat daher weiter untersucht, ob die Möglichkeit der durchgehenden persönlichen Betreuung durch die Mutter oder die Kontinuität der Lebensverhältnisse beim Vater für das ausschlaggebende Wohl des Kindes Z._ überwiegt.
Dabei hat es berücksichtigt, dass die Beschwerdeführerin in einer gefestigten Partnerschaft lebt, ihre Erwerbstätigkeit im Hinblick auf die Betreuung von Z._ vor einiger Zeit aufgegeben hat und somit das Kind durchgehend persönlich betreuen könnte. Der Beschwerdegegner hingegen arbeitet tagsüber. Nach Ansicht des Kantonsgerichts sei aber zu beachten, dass er eine neue Ehe eingegangen sei, mit seiner zweiten Ehefrau drei gemeinsame Kinder habe und diese tagsüber die Kinder betreue. Z._ lebe seit seinem dritten Altersjahr in der längst vertrauten Umgebung und im wachsenden Familienverband des Vaters. Weiter hat das Kantonsgericht zwei kinderpsychologische Befragungen Z._s neueren Datums für seine Interessenabwägung beigezogen. Aus diesen gehe klar hervor, dass Z._ seine Mutter zwar gerne besuche, aber in seiner heutigen Umgebung mit Freunden, Schule und der Familie des Vaters bleiben möchte. Entscheidendes Kriterium sei auch, dass Z._ eine enge Beziehung zu seinen drei Halbgeschwistern aufgebaut habe und sich als deren grosser Bruder und Beschützer fühle.
Das Kantonsgericht ist unter Berücksichtigung dieser Umstände zum Ergebnis gelangt, dass für das Kindeswohl die Kontinuität der Lebensverhältnisse beim Vater gegenüber der durchgehenden Eigenbetreuungsmöglichkeit der Beschwerdeführerin überwiege. Einem Kind dürfe nicht ohne Not ein Wechsel zugemutet werden, den es selber gar nicht wünsche, sondern man müsse sich bemühen, ihm seine persönlichen Beziehungen und seine vertraute Umwelt möglichst zu erhalten. Dies gelte besonders für Z._, der in seiner frühen Kindheit schon einmal einen unvermittelten Beziehungsabbruch und einen jähen Umgebungswechsel zu verkraften gehabt habe. Es entspreche offensichtlich dem Interesse von Z._, dass er in seiner vertrauten Umgebung, bei seinem Vater und seinen Geschwistern, bleiben könne, wo er nun seit sechs Jahren lebe und sich wohl fühle.
5.4 Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin hat das Kantonsgericht das Kriterium der Erziehungsfähigkeit berücksichtigt und ist dabei zur Ansicht gelangt, dass beide Eltern ungefähr gleichermassen zur Erziehung befähigt wären. Diese Feststellungen des Kantonsgerichts können nicht beanstandet werden. Insbesondere vermögen die Ausführungen in dem nicht mehr aktuellen Gutachten vom Oktober 2005 nicht gegen die Erziehungsfähigkeit des Beschwerdegegners zu sprechen. Vielmehr ist auf die tatsächlichen Verhältnisse in den letzten Jahren bzw. auf das gute Funktionieren der Kinderbetreuung und Kindererziehung und das Aufblühen Z._s in den letzten Jahren abzustellen.
Was die weiteren Kriterien für die Kinderzuteilung anbelangt, kann der Auffassung der Beschwerdeführerin, wonach bei gleicher Erziehungsfähigkeit beider Eltern das Kind stets demjenigen Elternteil zugeteilt werden müsse, welcher die bessere Eigenbetreuungsmöglichkeit aufweise, nicht gefolgt werden. Oft entspricht zwar eine Zuteilung an den Elternteil, welcher das Kind persönlich unter eigener Obhut betreuen kann, dem Kindeswohl am besten; daraus kann aber nicht gefolgert werden, dass es sich beim Kriterium der Eigenbetreuungsmöglichkeit stets um ein vorrangiges, stärker zu gewichtendes Kriterium handelt. Der Vorgang der Kinderzuteilung entzieht sich einem starren Prüfungsprogramm. Denn entscheidend ist stets das Kindeswohl und dieses beurteilt sich nach der konkreten Situation des einzelnen Kindes. Die in der bundesgerichtlichen Rechtsprechung entwickelten Zuteilungskriterien sind als Leitlinien für einen dem Kindeswohl entsprechenden Zuteilungsentscheid, nicht aber als starre, in einer ganz bestimmten Reihenfolge zu befolgende Regeln zu verstehen. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin lässt sich aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung keine schematische Prüfungsabfolge der entwickelten Zuteilungskriterien herleiten.
Vorliegend hat das Kantonsgericht berücksichtigt, dass die Beschwerdeführerin Z._ durchgehend selber betreuen könnte. Jedoch hat es auch die Betreuungssituation beim Beschwerdeführer als optimal beurteilt. Denn Z._ wird tagsüber in seiner vertrauten Umgebung von der Ehefrau seines Vaters betreut. Am frühen Abend widmet sich der Beschwerdegegner seiner Familie. Z._ hat somit die Möglichkeit, in einer intakten Familie mit seinem Vater und seinen Halbgeschwistern aufzuwachsen. Z._ hat bei den kinderpsychologischen Gesprächen spontan erzählt, dass er sich bei seinem Vater sehr wohl fühle und in seinem vertrauten Umfeld, bei seinen Halbgeschwistern und Schulfreunden, bleiben möchte. Dem Kantonsgericht ist unter diesen Umständen beizupflichten, dass insgesamt die Argumente, welche für die Zuteilung der elterlichen Sorge an den Kindsvater sprechen, überwiegen. Das Kantonsgericht hat die von Lehre und Rechtsprechung entwickelten Kriterien allesamt berücksichtigt und sorgfältig gewürdigt. Insbesondere werden mit dem kantonsgerichtlichen Entscheid die wichtigen Kriterien der Stabilität der Verhältnisse, der zu vermeidenden Trennung der Geschwister und der Berücksichtigung des Wunschs des Kindes gebührend berücksichtigt. Es besteht daher kein Anlass, in das Ermessen des kantonalen Gerichts einzugreifen. Die Beschwerde ist insoweit abzuweisen.
6. Die Beschwerdeführerin verlangt mit ihren Rechtsbegehren weiter die Aufhebung des Entscheids des Kantonsgerichts betreffend ihr Besuchs- und Ferienrecht, ihre Verpflichtung zur Bezahlung von monatlichen Kinderunterhaltsbeiträgen und die Verteilung der Gerichts- und Verfahrenskosten des kantonalen Verfahrens.
Da in der Beschwerde eine Begründung für diese Begehren fehlt, genügt die Beschwerdeschrift den Anforderungen von <ref-law> nicht, weshalb nicht darauf eingetreten werden kann. Anzumerken ist, dass aus der Beschwerde nicht klar hervor geht, ob die Aufhebung des Urteils betreffend Bezahlung von Kinderunterhaltsbeiträgen, Regelung des persönlichen Verkehrs und Verteilung der Gerichts- und Verfahrenskosten lediglich für den nicht eingetretenen Fall der Zuteilung der elterlichen Sorge an die Beschwerdeführerin beantragt worden ist.
7. Insgesamt ist der Beschwerde an das Bundesgericht kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss trägt die Beschwerdeführerin die Kosten (<ref-law>). Ihr Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, da ihre Anträge, soweit darauf überhaupt einzutreten war, von vornherein aussichtslos waren (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verfahrensbeteiligten und dem Kantonsgericht St. Gallen, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Oktober 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Raselli Gut