Sachverhalt:
A. T._, geboren 1972, fiel am 15. April 2006 beim Öffnen des Kühlschranks eine Glasschale auf den Fuss. Im Rahmen der Unfallbehandlung erhielt sie eine Booster-Impfung mit Ditanrix. In der Folge litt sie unter gesundheitlichen Störungen und es wurde eine akute disseminierte Encephalomyelitis (ADEM) und ein persistierendes Fatigue Syndrom diagnostiziert. Am 14. Mai 2007 ersuchte sie um Leistungen der Invalidenversicherung. Die IV-Stelle Zug sprach ihr nach verschiedenen Abklärungen am 22. November 2010 von 1. April 2007 bis 30. Juni 2008 eine ganze Invalidenrente sowie ab 1. Juli 2008 eine Dreiviertelsrente zu.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zug hiess die gegen die Dreiviertelsrente erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 26. August 2011 insofern gut, als es die Verfügung vom 22. November 2010 bezüglich des Rentenanspruchs ab 1. Juli 2008 aufhob und die Sache zur weiteren Abklärung und erneuten Verfügung an die IV-Stelle zurückwies.
C. T._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass die Verfügung vom 22. November 2010 infolge Rückzugs der dagegen erhobenen Beschwerde in Rechtskraft erwachsen sei.
Das kantonale Gericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die IV-Stelle beantragt, es seien ihr keine Kosten aufzuerlegen, und enthält sich im Übrigen eines Begehrens. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Der vorinstanzliche Entscheid hebt die Verfügung vom 22. November 2010, mit welcher die IV-Stelle der Beschwerdeführerin ab 1. Juli 2008 eine Dreiviertelsrente zugesprochen hat, auf und weist die Sache an die Verwaltung zu weiterer Abklärung und neuer Entscheidung zurück. Dabei handelt es sich um einen - selbstständig eröffneten - Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 4.2 S. 482). Die Zulässigkeit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten setzt somit gemäss Abs. 1 dieser Bestimmung voraus, dass der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
2. Die Rückweisung der Sache an die Verwaltung zu ergänzender oder weiterer Abklärung und neuer Entscheidung bewirkt in der Regel keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law>. Dies gilt auch, wenn die vorinstanzlich angefochtene Verfügung eine Rente zuspricht oder revisionsweise bestätigt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 316 mit Hinweisen). Der nicht wieder gutzumachende Nachteil im Sinne des <ref-law> muss rechtlicher Natur sein, was voraussetzt, dass er durch einen späteren günstigen Entscheid nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann. Eine rein tatsächliche oder wirtschaftliche Erschwernis reicht in der Regel nicht. Hingegen genügt die blosse Möglichkeit eines rechtlichen Nachteils (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 317 mit Hinweisen). Ein solcher rechtlicher Nachteil ist bei Aufhebung einer Rentenverfügung und Rückweisung der Sache zu weiterer Abklärung und neuer Entscheidung an die IV-Stelle insofern nicht gegeben, als der Anspruch nicht resp. erst mit Eintritt der Rechtskraft als erworben gelten kann. Dementsprechend bildet die Rente insgesamt (Umfang des Anspruchs, Beginn, Dauer und Höhe der Leistung) Streitgegenstand des erstinstanzlichen Beschwerdeverfahrens (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 317 mit Hinweisen).
Nach dem Gesagten besteht kein Grund auf die Beschwerde gestützt auf <ref-law> einzutreten.
3. 3.1 Unter dem Blickwinkel von <ref-law> ist zu prüfen, ob die Vorinstanz gestützt auf <ref-law> der Beschwerdeführerin unter Hinweis darauf, dass der rechtserhebliche Sachverhalt ungenügend abgeklärt sei und die Sache daher in Aufhebung der Rentenverfügung an die IV-Stelle zurückgewiesen werden könnte, Gelegenheit zum Rückzug der Beschwerde hätte geben müssen. Ist die Frage zu bejahen, kann aufgrund entsprechender Willensäusserung in diesem Verfahren sofort ein Endentscheid herbeigeführt werden in dem Sinne, dass in Gutheissung der Beschwerde der vorinstanzliche Entscheid aufgehoben und die Verfügung bestätigt werden kann (<ref-ruling> E. 3 S. 317 mit Hinweis).
Versicherte, bei denen das kantonale Versicherungsgericht die verfügungsweise zugesprochene Rente herabsetzt oder sogar aufhebt, haben die Möglichkeit, die Beschwerde zurückzuziehen und so der drohenden Verschlechterung ihrer Rechtsposition zu entgehen. Lässt aber <ref-law> den Rückzug der Beschwerde gegen eine als rechtsfehlerhaft erkannte Verfügung zu, muss dies aus Gründen der Gleichbehandlung der Versicherten umso mehr gelten, wenn das erstinstanzliche Gericht den Sachverhalt als unvollständig abgeklärt erachtet und die Sache zu weiterer Abklärung und zu neuer Entscheidung an die IV-Stelle zurückweist, weil damit die Rente nicht herabgesetzt oder aufgehoben wird, vielmehr Bestehen und Umfang des Anspruchs (weiterhin) offen sind. Die Rentenzusprechung könnte korrekt oder sogar zu Ungunsten der versicherten Person fehlerhaft sein. Die Tatsache allein, dass die Herabsetzung oder Aufhebung der verfügungsweise zugesprochenen Rente in einem reformatorischen Entscheid erfolgt, stellt keinen Grund für eine Ungleichbehandlung dar, und zwar umso weniger, als auch im erstinstanzlichen Beschwerdeverfahren der Untersuchungsgrundsatz gilt (<ref-ruling> E. 3.2.3 S. 319).
Wortlaut und Normzweck von <ref-law> stehen einer Anwendung dieser Bestimmung in dem Sinne, dass der Beschwerde führenden Partei auch dann die Gelegenheit zum Rückzug der Beschwerde zu geben ist, wenn eine rentenzusprechende (z.B. Viertelsrente) Verfügung aufgehoben und die Sache zu weiterer Abklärung und neuer Entscheidung an die IV-Stelle zurückgewiesen werden soll, nicht entgegen. Diese Lösung entspricht einer auch bei Bundesgesetzen zu beachtenden (SVR 2006 IV Nr. 47 S. 171 E. 3.2 mit Hinweisen [I 68/02]) verfassungskonformen Auslegung. Sie steht im Einklang damit, dass in erster Linie die IV-Stelle für die richtige und vollständige Sachverhaltsabklärung zu sorgen hat (<ref-law>). Nicht betroffen sind kantonale Rückweisungsentscheide, welche auf rentenablehnende Verfügungen hin ergehen. Ferner kann sich die Hinweispflicht erübrigen, wenn das kantonale Gericht in den Erwägungen des Rückweisungsentscheides die von der IV-Stelle verfügte oder von ihm selber bejahte teilweise Rente (z.B. Viertelsrente) abschliessend als ausgewiesen und begründet erklärt (<ref-ruling> E. 3.2.4 S. 320 mit Hinweisen).
3.2 Die Versicherte macht in ihrer Beschwerde vor Bundesgericht geltend, sie hätte ihre Beschwerde im kantonalen Verfahren zurückgezogen, sofern ihr die Vorinstanz im Rahmen von <ref-law> dazu Gelegenheit gegeben hätte. Damit kann durch Aufhebung des angefochtenen Entscheids und ohne die vorinstanzlich angeordneten Abklärungen durch die IV-Stelle sofort ein Endentscheid herbeigeführt werden. Eine Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Abschreibung des Verfahrens vom Geschäftsverzeichnis zufolge Rückzugs der Beschwerde ist nicht notwendig (<ref-ruling> E. 3.3 S. 320). Die Voraussetzungen nach <ref-law> sind somit gegeben und die Beschwerde daher begründet.
Daran ändert auch der Umstand nichts, dass die Versicherte in ihrer Beschwerde an die Vorinstanz selbst die Rückweisung zu ergänzenden Abklärungen verlangte. Einerseits handelt es sich dabei um einen Antrag, welcher nicht als genereller Rückweisungsantrag, sondern nur für den Fall gestellt wurde, dass das kantonale Gericht ihrem Hauptantrag auf Zusprechung einer ganzen Rente nicht bereits auf die vorliegenden Akten folgen würde. Ein Antrag auf Abklärung, ob überhaupt ein invalidisierender Gesundheitsschaden vorliegt, kann darin nicht erblickt werden. Andererseits kann das kantonale Gericht bei Feststellung eines unvollständigen Sachverhalts die Sache nach Massgabe von <ref-ruling> E. 4.4 S. 263 f. entweder zur weiteren Abklärung an die Vorinstanz zurückweisen oder aber die notwendigen Abklärungen selbst anordnen. Ist Letzteres der Fall, so erhält die versicherte Person gestützt auf den Anspruch auf Gewährung des rechtlichen Gehörs nach Eingang der Abklärungsergebnisse die Möglichkeit zur Stellungnahme und damit auch die Möglichkeit zum Rückzug ihrer Beschwerde. Es ist nicht einzusehen, weshalb es in der Hand des kantonalen Gerichts liegen sollte, ob die versicherte Person die Möglichkeit zum Rückzug erhält (Einholung eines gerichtlichen Gutachtens) oder nicht (Rückweisung mit Einholung eines Administrativgutachtens). Dies gilt nach Erlass von <ref-ruling> E. 4.4 S. 263 umso mehr.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Angesichts der besonderen Umstände, namentlich der nur kurz vor Erlass des vorinstanzlichen Entscheids ergangenen Rechtsprechungsänderung, verzichtet das Bundesgericht auf die Erhebung von Gerichtskosten (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die Vorinstanz wird über die Gerichtskosten und die Parteientschädigung für das kantonale Verfahren neu zu befinden haben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug, Sozialversicherungsrechtliche Kammer, vom 26. August 2011 aufgehoben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 900.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Sozialversicherungsrechtliche Kammer, zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Sozialversicherungsrechtliche Kammer, der Ausgleichskasse Zürcher Arbeitgeber, Zürich, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. Februar 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold