Sachverhalt:
A. Am 27. September 2012 wies die Vormundschaftsbehörde A._ (Sozialbehörde A._) X._ im Rahmen einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung im Sinn von Art. 397a Abs. 1 aZGB zwecks Behandlung seiner psychischen Erkrankung und der durch langjährigen Alkoholmissbrauch verursachten Folgen in das Pflegezentrum B._ ein. X._ ersuchte um gerichtliche Beurteilung dieser Massnahme bzw. um Entlassung aus der Einrichtung. Nach Anhörung des Betroffenen und des Gutachters, Dr. med. Y._, anlässlich der Verhandlung vom 15. Oktober 2012 wies das Einzelgericht des Bezirksgerichts Pfäffikon mit Urteil vom gleichen Tag das Entlassungsgesuch von X._ ab.
B. Am 6. Dezember 2012 gab das Obergericht des Kantons Zürich einer gegen das Urteil des Einzelgerichts des Bezirksgerichts Pfäffikon eingereichten Berufung des Betroffenen nicht statt.
C. X._ (Beschwerdeführer) hat am 28. Dezember 2012 (Postaufgabe) gegen das Urteil des Obergerichts beim Bundesgericht Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Er ersucht wie schon vor den kantonalen gerichtlichen Instanzen um Entlassung aus der fürsorgerischen Freiheitsentziehung.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. Am 1. Januar 2013 sind die Bestimmungen über die fürsorgerische Unterbringung (Art. 426-439 ZGB) in der Fassung gemäss Ziff. I 1 des Bundesgesetzes vom 19. Dezember 2008 (Erwachsenenschutz, Personenrecht und Kindesrecht) in Kraft getreten. Entgegen Art. 14 Abs. 1 bzw. 14a Abs. 1 SchlTZGB sind diese Bestimmungen jedoch nicht auf die vorliegende Streitsache anzuwenden: Die Anordnung der strittigen Massnahme (fürsorgerische Freiheitsentziehung) ist am 27. September 2012 in Anwendung von Art. 397a ff. aZGB erfolgt. Der angefochtene Entscheid der letzten kantonalen Instanz ist am 6. Dezember 2012 in Anwendung der altrechtlichen Bestimmungen über die fürsorgerische Freiheitsentziehung (Art. 397a-f aZGB) ergangen. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist somit eine 2012 vorgenommene Anordnung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung. Es geht um die Frage, ob die kantonalen Instanzen die Bestimmungen über die fürsorgerische Freiheitsentziehung (Art. 397a ff aZGB) richtig angewendet haben. Mit Bezug auf die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen ist <ref-law> in der Fassung vom 17. Juni 2005 anwendbar. Im Übrigen handelt es sich trotz des mit der Revision verbundenen Namenswechsels (fürsorgerische Unterbringung statt wie bisher fürsorgerische Freiheitsentziehung) nicht um eine neue, sondern grundsätzlich um die gleiche Massnahme, sodass sich ein echtes intertemporalrechtliches Problem nicht stellt (vgl. RUTH E. REUSSER, in Basler Kommentar Erwachsenenschutz, 2012, N. 23 zu Art. 14 SchlTZGB).
2. Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG) betreffend fürsorgerische Freiheitsentziehung. Er betrifft eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit, die in engem Zusammenhang mit dem Zivilrecht steht und demzufolge ohne weiteres mit Beschwerde in Zivilsachen beim Bundesgericht angefochten werden kann (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG). Der Beschwerdeführer war im kantonalen Verfahren Partei (<ref-law>). Er ist mit dem Gesuch um Entlassung nicht durchgedrungen und verfügt damit über ein schützenswertes Interesse an der Aufhebung des Entscheids (<ref-law>). Auf die fristgerecht (<ref-law>) eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
3. Der Beschwerdeführer wehrt sich gegen die Anordnung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung. Er möchte nicht im Pflegezentrum B._, sondern (auf freiwilliger Basis) im Haus C._ in D._ bzw. in den Werken von Z._ untergebracht werden. Überdies erachtet er die fürsorgerische Freiheitsentziehung als zu harte Massnahme, die seine persönliche Freiheit verletzt. Im Folgenden ist somit zu prüfen, ob die Voraussetzungen für eine Anordnung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung im Sinn von Art. 397a Abs. 1 aZGB gegeben sind.
3.1 Die Einweisung bzw. die Zurückbehaltung in einer Anstalt gestützt auf Art. 397a Abs. 1 aZGB erfordert, dass die betroffene Person infolge der im Gesetz umschriebenen Schwächezustände (Geisteskrankheit, Geistesschwäche, Trunksucht, andere Suchterkrankungen oder schwerer Verwahrlosung) persönlicher Fürsorge bedarf, die ihr nur in einer Anstalt gewährt werden kann (<ref-ruling> E. 5; siehe zum Ganzen: <ref-ruling> E. 4). Die in Art. 397a Abs. 1 aZGB enthaltene Aufzählung der Schwächezustände ist abschliessend (BBl 1977 III 26 Ziff. 212.2). Insbesondere sieht das Gesetz keine fürsorgerische Freiheitsentziehung allein wegen Fremdgefährdung vor (vgl. dazu insbesondere auch EUGEN SPIRIG, Zürcher Kommentar, N. 340 zu Art. 397a aZGB; THOMAS GEISER, Basler Kommentar Zivilgesetzbuch I, 4. Aufl. 2010, N. 26 zu Art. 397a aZGB; zur Publikation bestimmtes Urteil 5A_607/2012 vom 5. September 2012 E. 3). Der Zweck der fürsorgerischen Freiheitsentziehung besteht in der Gewährung der erforderlichen persönlichen Fürsorge. Diese beinhaltet namentlich die Behandlung des Schwächezustandes bzw. die nötige persönliche Betreuung der betroffenen Person (GEISER, a.a.O., N. 9 der Vorbemerkungen zu Art. 397a-f aZGB und N. 3 zu Art. 397a aZGB).
3.2 Nach Art. 397e Ziff. 5 aZGB darf bei psychisch Kranken, insbesondere auch bei Alkoholkranken (<ref-ruling> E. 4.2 S. 291 f.), nur unter Beizug eines Sachverständigen entschieden werden. Das gestützt auf Art. 397e Ziff. 5 aZGB einzuholende Gutachten hat es dem Gericht zu ermöglichen, die sich aus Art. 397a Abs. 1 aZGB ergebenden Rechtsfragen zu beantworten (<ref-ruling> E. 4.5). So hat es sich insbesondere über den Gesundheitszustand der betroffenen Person, aber auch darüber zu äussern, wie sich allfällige gesundheitliche Störungen hinsichtlich der Gefahr einer Selbst- bzw. Drittgefährdung oder einer Verwahrlosung auswirken können und ob sich daraus ein Handlungsbedarf ergibt (<ref-ruling> E. 4.5). In diesem Zusammenhang interessiert insbesondere, ob ein Bedarf an der Behandlung einer festgestellten psychischen Erkrankung bzw. an Betreuung der betroffenen Person besteht. Wird ein Behandlungs- bzw. Betreuungsbedarf bejaht, ist weiter wesentlich, mit welcher konkreten Gefahr für die Gesundheit oder das Leben der betroffenen Person bzw. von Dritten zu rechnen ist, wenn die Behandlung der gutachterlich festgestellten Krankheit bzw. die Betreuung unterbleibt (zum Erfordernis der konkreten Gefahr: Urteile 5A_312/2007 vom 10. Juli 2007 E. 2.3; 5A_288/2011 vom 19. Mai 2011 E. 5.3). Im Weiteren ist durch den Gutachter Antwort darauf zu geben, ob aufgrund des festgestellten Handlungsbedarfs eine stationäre Behandlung bzw. Betreuung unerlässlich ist. Dabei hat der Experte auch darüber Auskunft zu geben, ob die betroffene Person über glaubwürdige Krankheits- und Behandlungseinsicht verfügt. Wird aufgrund der vorgenannten gutachterlichen Abklärungen die Zurückbehaltung in einer Anstalt als notwendig erachtet, hat der Experte schliesslich zu beantworten, ob eine Anstalt zur Verfügung steht, die für die Behandlung bzw. Betreuung der betroffenen Person infrage kommt (siehe zum Ganzen <ref-ruling> E. 4.5).
3.3 Die kantonalen Instanzen haben sich nur beschränkt an die Vorgaben der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bezüglich des Inhalts des Gutachtens gehalten. Insbesondere finden sich im Gutachten keine Ausführungen zur Frage, mit welcher konkreten Gefahr für die Gesundheit oder das Leben der betroffenen Person bzw. von Dritten zu rechnen ist, wenn die Behandlung der gutachterlich festgestellten Krankheit unterbleibt (zum Erfordernis der konkreten Gefahr: Urteile 5A_312/2007 vom 10. Juli 2007 E. 2.3; 5A_288/2011 vom 19. Mai 2011 E. 5.3). Namentlich nicht ersichtlich ist, ob die Gewaltbereitschaft des Beschwerdeführers gegenüber Dritten auf eine unterlassene Behandlung der Geistesschwäche zurückzuführen ist. Dennoch rechtfertigt es sich vorliegend nicht, den Entscheid aufzuheben und die Sache zur Ergänzung des Gutachtens an die Vorinstanz zurückzuweisen.
4. 4.1 Das Obergericht hat zusammengefasst aufgrund des eingeholten Gutachtens beim Beschwerdeführer in gesundheitlicher Hinsicht eine psychische Störung im Sinne einer Alkoholhalluzinose bzw. eine psychische Störung aus dem schizophrenen Kreis angenommen und hat im Übrigen einen langjährigen Alkoholmissbrauch ausgemacht. Aufgrund dieser tatsächlichen Feststellungen, die vom Beschwerdeführer in keiner Weise infrage gestellt werden, ist mit der Vorinstanz von einer Geistesschwäche und somit von einem Schwächezustand im Sinn von Art. 397a Abs. 1 aZGB auszugehen.
4.2 Mit Bezug auf den Fürsorgebedarf ergibt sich bereits aus einem Gutachten aus dem Jahr 2003, welches im Auftrag der Vormundschaftsbehörde erstellt worden war, dass der Beschwerdeführer eine Station mit klarem Tagesprogramm und Strukturen benötigt, da der Verdacht auf grosse Defizite bei der Verrichtung von alltäglichen Aufgaben wie regelmässige Nahrungsaufnahme und Körperhygiene, aber auch bezüglich Einhaltung von Abmachungen besteht. Bei testpsychologischen Abklärungen vom Januar 2003 wurde deutlich, dass die kognitiven Fähigkeiten des Beschwerdeführers deutlich unter dem vermuteten prämorbiden Niveau lagen und das Vorliegen einer hirnorganischen Persönlichkeitsstörung vermuten liessen. Die Vorinstanz verweist in diesem Zusammenhang auf den Vorfall im "W._": Obwohl dem Beschwerdeführer klar war, dass die Hausordnung das Rauchen im alten brandgefährdeten Haus nicht erlaubt, sah er nicht ein, dass er auch in der Scheune nicht rauchen durfte. Die besagten Defizite sind laut dem an der Verhandlung befragten Gutachter nicht beseitigt. Vielmehr kommt auch dieser Experte zum Schluss, der Beschwerdeführer sei nicht in der Lage, selbstständig in einer eigenen Wohnung zu leben. Aus dem angefochtenen Entscheid ergibt sich ausserdem die Unfähigkeit des Beschwerdeführers, sich in seinem Zustand in einer eigenen Wohnung ausreichend selbst zu versorgen. Zudem gilt es, die regelmässige Einnahme der verschriebenen Medikamente sicherzustellen. Damit aber ist zweifelsfrei ein Bedarf an persönlicher Betreuung und der Behandlung der Krankheit des Beschwerdeführers und damit ein Fürsorgebedarf im Sinn von Art. 397a Abs. 1 aZGB ausgewiesen.
4.3 Nach Auffassung des Gutachters benötigt der Beschwerdeführer ein stationäres Umfeld und eine stationäre Behandlung, um in den verschiedenen von Defiziten geprägten Bereichen einen Rückfall zu verhindern. Ohne stützendes und betreuendes Umfeld kann der Beschwerdeführer zurzeit nicht existieren. Der Gutachter und mit ihm das Obergericht kommen zum Schluss, die erforderliche persönliche Fürsorge und Behandlung könne ihm nur in einer Einrichtung zuteilwerden. Zudem ist bei einem stationären Aufenthalt die regelmässige Einnahme der beiden ihm verschriebenen Antipsychotika sichergestellt. Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was die obergerichtliche Würdigung des Sachverhalts als bundesrechtswidrig erscheinen liesse.
4.4 Nach dem Gutachter besteht im Pflegezentrum B._ das für die Betreuung und Behandlung des Beschwerdeführers erforderliche aufwändige Betreuungskonzept; ferner stehen ihm dort Beschäftigungs- und Verdienstmöglichkeiten zur Verfügung und ist dort die lückenlose medikamentöse Behandlung seiner Krankheit sichergestellt (zur Voraussetzung der geeigneten Anstalt: <ref-ruling> E. 4c S. 490; <ref-ruling> E. 7 S. 218; siehe auch Urteil 5A_519/2007 vom 10. Oktober 2007 E. 3). Die Anstalt deckt den erforderlichen Betreuungs- und Behandlungsbedarf ab und ist somit geeignet, dem Beschwerdeführer die erforderliche Fürsorge zukommen zu lassen. Der Beschwerdeführer bringt nichts vor, was das angefochtene Urteil mit Bezug auf die Geeignetheit der vorgeschlagenen Einrichtung infrage stellte.
5. Damit aber waren zum gegebenen Zeitpunkt (2012) die Voraussetzungen für die Anordnung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung im Sinn von Art. 397a Abs. 1 aZGB erfüllt. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
6. Den Umständen des konkreten Falles entsprechend werden keine Kosten erhoben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Vormundschaftsbehörde A._ und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Zbinden