Fatti:
A. A._, nato il 6 agosto 1948, già direttore dell'O._, è stato assicurato, per il tramite del suo datore di lavoro, alla Cassa pensioni dei dipendenti della Confederazione dal 1° ottobre 1975.
Con la successiva creazione della Fondazione per l'O._, alle cui dipendenze è diventato direttore, egli è in seguito stato affiliato, con effetto dal 1° settembre 1991, alla Cassa pensioni dei dipendenti dello Stato del Cantone Ticino, con la quale la Fondazione aveva concluso una convenzione di previdenza.
Al momento del trasferimento, la Cassa pensioni federale ha messo a disposizione della Cassa pensioni cantonale la somma di fr. 261'546.10 a titolo di prestazione di libero passaggio. Il che ha permesso all'assicurato di acquistare 6'022 giorni e di fare risalire la data di affiliazione (fittizia) al 9 dicembre 1974.
Venuto a sapere, nell'autunno 2002, che la prestazione di libero passaggio apportata dalla Cassa pensioni federale non solo era sufficiente per riscattare gli anni necessari all'ottenimento del massimo delle prestazioni statutarie - conseguibili a 60 anni con 30 anni di contribuzione -, ma che addirittura andava oltre, l'interessato ha chiesto il rimborso dell'eccedenza.
B. In seguito al rifiuto oppostogli dall'istituto di previdenza, A._ ha convenuto, con il patrocinio dell'avv. Flavio Gemetti, la Cassa pensioni cantonale dinanzi al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino (petizione del 17 ottobre 2005). Facendo sostanzialmente valere che al momento dell'affiliazione la Cassa convenuta avrebbe erroneamente riscattato, nella sua integralità, la prestazione di libero passaggio, anziché computare soltanto l'importo di fr. 203'252.40, necessario al riscatto delle prestazioni massime, l'assicurato ha chiesto il versamento, su un conto di libero passaggio a lui intestato, dell'eccedenza di fr. 58'293.70, oltre agli interessi di legge maturati dal 1° settembre 1991.
Con pronuncia del 19 dicembre 2006, la Corte cantonale, riconoscendo all'attore l'importo di fr. 1'500.- a titolo di ripetibili (dispositivo, cifra 2), ha accolto la petizione e ha condannato la Cassa pensioni convenuta ad accreditare su un conto di libero passaggio a favore di A._ la somma richiesta, più gli interessi dal 1° settembre 1991 (dispositivo, cifra 1). In sostanza, i giudici cantonali, richiamandosi a una sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni del 4 dicembre 1989 (B 18/88), hanno ritenuto che il riscatto doveva limitarsi alla somma necessaria all'ottenimento del massimo delle prestazioni.
C. Allegando al ricorso un parere del suo consulente (H._SA), la Cassa pensioni ha chiesto al Tribunale federale di annullare il giudizio cantonale (cifre 1 e 2 del dispositivo). In particolare, la Cassa contesta l'applicazione della citata sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni e rimprovera ai primi giudici di non avere adeguatamente tenuto conto delle importanti componenti di solidarietà che contraddistinguevano, quantomeno prima dell'entrata in vigore - il 1° gennaio 1995 - della legge federale sul libero passaggio, il sistema di finanziamento delle prestazioni nelle casse con primato di prestazioni. In via subordinata oppone alla pretesa dell'assicurato l'eccezione di prescrizione.
Sempre patrocinato dall'avv. Gemetti, A._ ha proposto la reiezione del gravame.
D. Chiamato ad esprimersi sul ricorso, l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) ne ha per contro chiesto l'accoglimento. Le parti hanno in seguito preso posizione sull'avviso dell'UFAS.

Diritto:
1. Il 1° gennaio 2007 è entrata in vigore la legge sul Tribunale federale del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110; RU 2006 1205, 1241). Poiché la decisione impugnata è stata pronunciata precedentemente a questa data, la procedura resta disciplinata dall'OG (art. 132 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 395).
2. Il processo inerente all'impiego di una prestazione di libero passaggio è una controversia in materia di prestazioni assicurative (cfr. ad esempio la sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni B 80/02 del 20 gennaio 2004, riassunta in RSAS 2005 pag. 178, consid. 2; cfr. pure il consid. 1 non pubblicato in <ref-ruling>). Di conseguenza, il potere di esame di questa Corte è determinato dall'art. 132 OG. Esso non è pertanto limitato all'esame della violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento, ma si estende anche all'esame dell'adeguatezza della decisione impugnata; il Tribunale in tal caso non è vincolato all'accertamento di fatto operato dai primi giudici e può scostarsi dalle conclusioni delle parti, a loro vantaggio o pregiudizio. Inoltre, la procedura è di regola gratuita (art. 134 OG; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 253; <ref-ruling> consid. 1 pag. 165).
3. 3.1 Incontestato, e comunque risultante dagli atti, è l'apporto, al momento dell'affiliazione al nuovo istituto di previdenza, della prestazione di libero passaggio di fr. 261'546.10 maturata presso la Cassa pensioni federale. Pure incontestata, quantomeno nel suo principio, è la destinazione - al momento di tale trasferimento - della somma per il riscatto (quantomeno parziale) di anni assicurativi (cfr. a tal proposito <ref-ruling> consid. 2b pag. 329; <ref-ruling> consid. 2c pag. 107). Pacifico è inoltre pure l'accertamento dei primi giudici secondo il quale l'utilizzo integrale della prestazione di libero passaggio avrebbe permesso, in linea teorica ma contestata, di riscattare 6022 giorni, facendo risalire al 9 dicembre 1974 la data di affiliazione fittizia alla Cassa pensioni cantonale. È ugualmente pacificamente accertato che, al momento dell'affiliazione alla Cassa ricorrente, al resistente, 43enne, rimanevano 17 anni di contribuzione (pari a 6120 giorni di contribuzione) per raggiungere l'età pensionabile statutaria di 60 anni e che per raggiungere i 30 anni di affiliazione (pari a 10800 giorni di contribuzione) necessari - secondo l'ordinamento statutario allora applicabile - per maturare il diritto al massimo della pensione di vecchiaia (60% dello stipendio assicurato), egli ne doveva acquisire ancora 13 (pari a 4680 giorni di contribuzione), per un importo di fr. 203'252.40 (secondo il calcolo di conversione stabilito dall'art. 7 del Regolamento della Cassa pensioni dei dipendenti dello Stato in vigore nel 1991 [Rcpd; RL/TI 2.5.5.1.1]). Donde la richiesta dell'assicurato, accolta dalla Corte cantonale, di ottenere il versamento dell'eccedenza di 1342 giorni, pari a fr. 58'293.70.
3.2 Controversa rimane in questa sede l'estensione del riscatto riconosciuto dal Tribunale cantonale. Per la Cassa ricorrente il riscatto deve avvenire integralmente.
4. 4.1 I giudici di prime cure, dopo avere ricordato le norme applicabili in concreto - in vigore al momento del trasferimento della prestazione di entrata (cfr. l'art. 27 LFLP nonché le sentenze B 80/02, consid. 5.1, citata, e RSAS 2002 pag. 250 [B 11/98]) -, sia per la previdenza obbligatoria che per quella più estesa (cfr. <ref-ruling> consid. 4a pag. 298; <ref-ruling> consid. 2b e 2c pag. 105 con riferimenti), hanno accolto la petizione rifacendosi sostanzialmente a quanto statuito dal Tribunale federale delle assicurazioni nella citata sentenza B 18/88.
4.2 In quella occasione si era trattato di esaminare una situazione analoga a quella in oggetto: il precedente istituto di previdenza aveva messo a disposizione della nuova cassa pensioni, alla quale l'interessato (classe 1926) era stato affiliato, la somma di fr. 133'378.- a titolo di prestazione di libero passaggio. La nuova cassa pensioni aveva in seguito (nel giugno 1986) informato l'assicurato che con l'importo ricevuto gli avrebbe accreditato 40 anni e 6 mesi di affiliazione, facendo risalire quest'ultima all'età di 19 anni. Per parte sua, l'assicurato aveva contestato l'estensione del riscatto, sostenendo che un simile riscatto doveva limitarsi, tutt'al più, a fare risalire l'affiliazione all'età di 30 anni in modo tale da permettergli di beneficiare a partire dai 65 anni della rendita di vecchiaia massima.
Tutelando la decisione dell'istanza precedente che aveva ordinato alla cassa di versare l'importo in eccesso su un conto di libero passaggio intestato all'interessato, il Tribunale federale delle assicurazioni, pur dando atto che l'ordinamento statutario istituiva una disparità di trattamento tra gli assicurati affiliati in più giovane età (dai 17 ai 29 anni) e quelli entranti all'età di 30 anni, ha precisato che, da sola, questa circostanza non permetteva di statuire diversamente, anche perché la disparità, in realtà, era solo apparente dal momento che ogni persona affiliata prima dei 30 anni aveva comunque beneficiato della copertura dei rischi decesso e invalidità. Ha pertanto ritenuto giusto pretendere un contributo per questa copertura dei rischi, della quale non poteva forzatamente godere - per il passato - chi per contro aveva semplicemente riscattato anni di assicurazione.
4.3 La Cassa ricorrente fa per contro sostanzialmente valere che, fino al 31 dicembre 1994 - prima dell'entrata in vigore della LFLP e in particolare del suo art. 13 che disciplina le sorti di una prestazione di uscita non assorbita -, gli anni di assicurazione devono avere lo stesso ed identico valore sulla situazione previdenziale dell'assicurato, indipendentemente dalle modalità in cui sono stati acquisiti. Per la ricorrente, questa valutazione si imporrebbe anche alla luce del vecchio art. 18 della Legge sulla Cassa pensioni dei dipendenti dello Stato (Lcpd; RL/TI 2.5.5.1), nel tenore applicabile in concreto, stante il quale sono da considerare anni di assicurazione gli anni interi trascorsi dall'impiegato alle dipendenze del datore di lavoro dopo la sua ammissione alla Cassa pensioni come pure gli anni riscattati, ritenuto che le frazioni di 6 mesi contano un anno.
Sempre per la Cassa, la pronuncia del Tribunale cantonale, conferendo un peso diverso agli anni di assicurazione a dipendenza che gli stessi siano stati acquisiti con l'apporto di una prestazione di libero passaggio o mediante il versamento dei contributi ordinari e straordinari, istituirebbe una palese ed ingiustificata disparità di trattamento.
La ricorrente rileva inoltre che il suo piano assicurativo, in particolare per gli assicurati affiliati prima del 1° gennaio 1995, presenterebbe una forte componente di solidarietà, la quale si manifesterebbe nel mancato parallelismo diretto tra contributi e prestazioni, nel fatto che i contributi ordinari e straordinari sono determinati in misura uguale per tutti gli assicurati indipendentemente dall'età, come pure, per esempio, nella circostanza che in caso di decesso di assicurati celibi/nubili, divorziati e vedovi prima del raggiungimento di un limite di pensionamento, il capitale integrale rimarrebbe acquisito dalla Cassa nonostante gli assicurati abbiano versato gli stessi contributi degli altri.
4.4 Per parte sua, il resistente osserva che dal mancato parallelismo diretto tra periodo contributivo e periodo necessario ad ottenere il massimo delle prestazioni, non si può in alcun modo inferire un obbligo di riacquisto di anni di contribuzione complementari. Rileva inoltre una differenza sostanziale tra la situazione di chi è tenuto a versare contributi, ma è comunque (stato) al beneficio di prestazioni di rischio, e quella di chi invece riscatta anni di assicurazione completamente inutili per il conseguimento di maggiori prestazioni. Ritiene inoltre ingiustificato il richiamo della Cassa al principio di solidarietà poiché contrario al principio imperativo che impone all'assicurato di finanziare le proprie prestazioni e non ammette di finanziare le prestazioni di un assicurato con i versamenti di un altro.
4.5 L'UFAS, infine, rileva che sebbene la fattispecie in esame sia sostanzialmente uguale a quella trattata nella sentenza B 18/88 e sebbene in quella occasione si sia espresso in favore del versamento dell'eccedenza della prestazione di libero passaggio, esso non avrebbe allora adeguatamente tenuto conto della componente di solidarietà esistente nelle casse con primato di prestazioni. Ritiene che gli anni riscattati mediante prestazioni di libero passaggio debbano avere lo stesso valore di quelli maturati con i contributi ordinari e che l'unica limitazione al riscatto di anni assicurativi sarebbe posta dall'impossibilità di oltrepassare l'età regolamentare di inizio dell'obbligo contributivo, cosa che però non si verificherebbe nel caso di specie. Ricorda come nelle casse in primato di prestazioni, specialmente prima dell'entrata in vigore della LFLP, molte avessero un regolamento che prescriveva un maggiore numero di anni contributivi - specialmente dopo 30 anni di contributi - rispetto agli anni necessari al conseguimento della rendita di vecchiaia completa. Ravvisa in questa circostanza l'esistenza di un importante elemento di solidarietà e ritiene che la soluzione adottata dalla pronuncia impugnata avrebbe per effetto di creare ingiustificate disparità di trattamento nei confronti di quegli assicurati che sin dall'inizio sono stati affiliati alla cassa. Infine, l'UFAS, chiedendo di applicare per analogia la sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni del 14 febbraio 2002, riassunta in RSAS 2003 pag. 352 (B 63/01), fa notare che nelle casse in primato di prestazioni il finanziamento poggia sul principio dell'equivalenza collettiva e che in virtù di questo principio le prestazioni non corrispondono necessariamente ai contributi individuali versati.
5. Come nel caso sottoposto ad esame nella sentenza B 18/88, in discussione è la prestazione di libero passaggio afferente alla previdenza più estesa. Si tratta in particolare di sapere se l'assicurato possa - come è stato statuito in quella occasione - utilizzare solo una parte di questa prestazione per il riscatto degli anni assicurativi necessari a fare risalire la sua affiliazione (fittizia) all'età di 30 anni e possa destinare la parte rimanente al mantenimento della previdenza secondo una delle forme previste dalla legislazione in materia.
6. 6.1 Indubbiamente, come ha fatto notare anche l'UFAS, il sistema di finanziamento delle prestazioni in esame (in applicazione degli statuti in vigore nel 1991) è caratterizzato da una certa componente di solidarietà. Tale circostanza si evince dal mancato parallelismo diretto tra contributi e prestazioni come pure dal fatto che i contributi sono stati fissati in maniera uguale per tutti gli assicurati indipendentemente dalla loro età, il che ha permesso di applicare (in parte) dei tassi contributivi statutari inferiori ai tassi attuariali.
6.2 Come evidenziato dalla Cassa e dal suo consulente, i contributi versati dopo i primi 30 anni sono effettivamente dei contributi di solidarietà. Infatti, mentre per il diritto alle prestazioni, l'art. 22 cpv. 1 vLcpd (nel tenore in vigore nel 1991) stabilisce che la pensione di vecchiaia corrisponde al 2% dell'ultimo stipendio assicurato per ogni anno di assicurazione tra l'affiliazione ed il pensionamento obbligatorio per limite di età, ritenuto un massimo del 60%, e l'art. 13 cpv. 1 vRcpd istituisce con 30 anni di assicurazione una prestazione massima pari al 60% dello stipendio assicurato - garanzia, questa che è stata mantenuta per gli assicurati affiliati prima del 1° gennaio 1995, grazie alla norma transitoria C2 Lcpd e alla rivalutazione di 1/3 del periodo di assicurazione da essa operata, anche dopo il 1° gennaio 1995 con il passaggio a 40 anni di assicurazione (cfr. l'art. 22 cpv. 1 Lcpd, che ha introdotto un nuovo tasso dell'1.5% per ogni anno di assicurazione, ritenuto un massimo del 60%, nonché l'art. 16 Rcpd, che prevede una prestazione massima del 60% dello stipendio assicurato con 40 anni di affiliazione) -, l'art. 12a cpv. 5 Lcpd dispone di massima - fatto salvo il caso di sopravvenienza di un evento assicurativo - per tutti gli assicurati (anche per quelli affiliati prima del 1° gennaio 1995) la cessazione dell'obbligo contributivo solo con il raggiungimento di 60 anni di età e solo con 40 anni pieni di assicurazione. Il che significa concretamente, come osservato dalla Cassa ricorrente, che un assicurato affiliatosi all'età di 20 anni prima del 1° gennaio 1995, all'età di 50 anni raggiungerebbe la percentuale massima del 60%, ma continuerebbe a versare i contributi fino a 60 anni con un versamento supplementare di 10 anni, senza che questo si traduca in un miglioramento sostanziale della sua situazione previdenziale.
7. 7.1 Va inoltre dato atto alla ricorrente che a differenza di quanto avviene nel sistema di primato dei contributi, in cui vige il principio dell'equivalenza individuale e nel quale per ogni singolo assicurato è stabilito un equilibrio tecnico assicurativo tra il diritto alle sue prestazioni e i suoi contributi (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni B 37/93 del 5 aprile 1994, riassunta in RSAS 1997 pag. 331, consid. 5b/bb), nel sistema di primato delle prestazioni, in cui - come in concreto - le prestazioni sono statutariamente predefinite, il loro finanziamento si fonda sul principio dell'equivalenza collettiva (sentenza citata B 63/01, consid. 1b; CARL HELBLING, Personalvorsorge und BVG, 8a ed., Berna 2006, pag. 216 seg.). Di conseguenza, nel sistema del primato delle prestazioni le rendite non corrispondono necessariamente all'importo dei contributi individuali versati. L'equilibrio tra prestazioni e contributi si realizza a livello di collettivo assicurato (cfr. MAURER, Schweizerisches Sozialversicherungsrecht, Berna 1983, pag. 41 seg.).
7.2 Ciò significa pertanto che, contrariamente a quanto invocato in sede di risposta, il resistente non può direttamente inferire dagli art. 65 e 66 LPP l'obbligo per una stretta relazione (nel senso di una equivalenza individuale) tra contributi e prestazioni (sentenza citata B 63/01, consid. 2b).
7.3 Va infine ricordato che in attuazione dei principi di equivalenza collettiva e di solidarietà, il Tribunale federale delle assicurazioni ha già avuto occasione di negare il diritto all'esenzione dal pagamento dei contributi e alla restituzione del preteso indebito (ai sensi dell'art. 62 CO) a un assicurato che, allo scopo di riservarsi il diritto di andare in pensione anticipata con il massimo della prestazione, aveva in un primo tempo versato una determinata somma di riscatto per poi richiederne la restituzione una volta lasciata passare questa possibilità e proseguita l'attività lavorativa (sentenza citata B 63/01). Rispondendo alle censure del ricorrente, il Tribunale federale delle assicurazioni ha tra le altre cose osservato che così come normalmente - e come si avvera anche nella presente fattispecie - gli assicurati più giovani forniscono - in misura diversa - contributi di solidarietà in favore degli assicurati più anziani, il cui tasso contributivo per le medesime prestazioni dovrebbe essere fissato in misura superiore, similmente il fatto che un assicurato più anziano non eserciti il diritto - garantitogli dalla somma di riscatto versata - di andare in pensione anticipata con il massimo della prestazione e continui a lavorare e a versare (suo malgrado) contributi, può essere considerato alla stregua di una prestazione di solidarietà in favore degli assicurati più giovani.
8.1 Per essere compatibile con il principio della parità di trattamento sancito dall'art. 8 cpv. 1 Cost. un cambiamento di giurisprudenza deve fondarsi su motivi oggettivi, quali una conoscenza più approfondita dell'intenzione del legislatore, la modifica delle circostanze esterne o un cambiamento della concezione giuridica. Secondo la giurisprudenza non può infatti essere mantenuta una prassi che si sia rivelata erronea o la cui applicazione abbia condotto a ripetuti abusi (<ref-ruling> consid. 5.3.3 pag. 39; <ref-ruling> consid. 3.2.4.1 pag. 360 e riferimenti).
8.2 Orbene, il Tribunale federale non ritiene siano dati gli estremi per procedere a un cambiamento di giurisprudenza e per scostarsi dalla soluzione adottata nella sentenza B 18/88.
Va innanzitutto ricordato che, oltre che nella predetta sentenza, il Tribunale federale delle assicurazioni ha già avuto modo di occuparsi della questione relativa all'impiego di una prestazione di libero passaggio non strettamente necessaria per la determinazione della prestazione di vecchiaia anche nella sentenza pubblicata in <ref-ruling>. Dovendo statuire in quella occasione sulla questione se un importo in esubero, riconosciuto dalla cassa e da essa, conformemente agli statuti, accreditato in favore dell'assicurato, potesse a scelta dell'interessato essere destinato a una delle forme legali di mantenimento della previdenza, esso Tribunale, oltre a non intervenire sul principio (incontestato) del diritto dell'assicurato all'importo eccedente, aveva ugualmente tutelato il suo diritto di opzione, negando per contro quello dell'istituto di previdenza che esigeva il trasferimento dell'importo eccedente per porlo in compensazione con contributi futuri o con somme di riscatto dovute in caso di aumenti salariali ulteriori. Nello stesso contesto aveva precisato che l'istituto di previdenza, nell'ambito della libertà operativa spettantegli per la previdenza più estesa (v. art. 49 cpv. 2 LPP), può limitare i diritti degli assicurati solo nella misura oggettivamente necessaria all'attuazione dei rapporti previdenziali, aggiungendo per il resto che l'assicurato può fare uso delle forme di mantenimento della previdenza previste dal diritto federale se e nella misura in cui la prestazione di libero passaggio pre-, sotto- e sovraobbligatoria versata dall'ultimo istituto di previdenza non sia di rilievo per la continuazione della sua previdenza più estesa presso la nuova cassa pensioni in virtù del sistema statutario di prestazioni di quest'ultima (<ref-ruling> consid. 4b pag. 109 seg.; cfr. pure Hans-Ulrich Stauffer, Die berufliche Vorsorge BVG/FZG/ZGB/OR/FusG, in: Murer/Stauffer [a cura di], Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Sozialversicherungsrecht, 2a ed., Zurigo 2006, pag. 267 seg.).
8.3 A ciò si aggiunge che il tema della disparità di trattamento con gli assicurati affiliatisi alla Cassa prima dei 30 anni, è già stato sufficientemente affrontato dalla stessa Corte nella sentenza B 18/88. Ricordando come gli istituti di previdenza, nell'ambito della previdenza più estesa, non siano unicamente limitati dall'art. 49 cpv. 2 LPP, ma debbano pure rispettare i principi dedotti dagli art. 8 e 9 Cost. (art. 4 vCost.), e in particolare il principio dell'uguaglianza, il divieto di arbitrio così come pure il principio della proporzionalità, il Tribunale federale delle assicurazioni ha precisato che la disparità creata dal sistema di finanziamento delle prestazioni in realtà è solo apparente ed è comunque giustificata dal fatto che, a differenza degli assicurati affiliati prima dei 30 anni che hanno potuto beneficiare della copertura dei rischi decesso e invalidità e ai quali poteva giustamente essere chiesto un contributo per questa copertura, chi ha semplicemente riscattato anni di assicurazione non ha evidentemente potuto godere della stessa copertura per gli anni precedenti all'affiliazione effettiva. Ma vi è di più. In quella occasione è pure stato ritenuto contrario al principio di parità di trattamento il fatto che la cassa faccia sopportare unicamente all'assicurato il costo di un riscatto che non solo non è per nulla indispensabile, ma che oltretutto lo penalizza nei confronti di altri assicurati, segnatamente di quelli che ad esempio hanno apportato una prestazione di libero passaggio giusta, ossia senza la minima eccedenza, oppure di chi ha finanziato liberamente il riscatto con i propri mezzi. Le stesse considerazioni fatte in quella sede possono essere opposte alla Cassa nella presente vertenza.
8.4 Per il resto, né la Cassa ricorrente né l'UFAS fanno valere circostanze tali da giustificare una modifica della prassi. In particolare, contrariamente a quanto invocato dall'autorità di sorveglianza, non si impone un'applicazione per analogia della sentenza B 63/01 nel presente caso. Le fattispecie poste a fondamento delle due vertenze non sono infatti paragonabili. Come evidenziato dal resistente, nella prima l'assicurato aveva liberamente versato un importo per assicurarsi la possibilità di un pensionamento anticipato con il massimo della prestazione e aveva in seguito, sempre liberamente, rinunciato a fare uso di questa possibilità. Nel caso del qui resistente per contro manca agli atti - quantomeno parzialmente - l'elemento di volontarietà, per cui già solo per questo motivo il richiamo alla sentenza B 63/01 non risulta pertinente.
8.5 Né si impone una diversa valutazione per il fatto che l'art. 7 cpv. 1 Rcpd (nella versione applicabile in concreto) attribuisce alla Cassa l'intera riserva matematica derivante, segnatamente, da una somma trasferita da un altro fondo (libero passaggio). Da tale norma e soprattutto dal contesto in cui essa è inserita (la legge non prescrive in particolare un numero di anni che deve essere riscattato, l'art. 13 cpv. 2 vLcpd disponendo unicamente che l'assicurato può riscattare anni di assicurazione se ne fa domanda [...]) non si evince infatti che l'intera prestazione di libero passaggio debba necessariamente essere utilizzata per il riscatto di anni assicurativi; "l'intera riserva matematica" è piuttosto da intendersi per ogni singolo anno di assicurazione riscattato (sul libero potere di esame riservato al Tribunale federale per esaminare le disposizioni di diritto pubblico cantonale e comunale della previdenza professionale, quantomeno nella misura in cui concernono l'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative cfr. <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 200). In virtù della giurisprudenza suesposta, il riscatto operato dalla Cassa poteva dunque avvenire solo limitatamente alla somma necessaria per il conseguimento delle prestazioni massime, come sancisce peraltro chiaramente, a partire dal 1° gennaio 1995, l'art. 13 cpv. 1 LFLP che nella sua formulazione si è ispirato alla giurisprudenza precedentemente resa dal Tribunale federale delle assicurazioni (cfr. FF 1992 III 526).
8.6 In conclusione si deve pertanto ritenere che neppure il principio di solidarietà può legittimare nel caso di specie il rifiuto della Cassa di versare l'importo della prestazione di libero passaggio non necessario all'ottenimento della rendita di vecchiaia massima. Contrariamente a quanto sembrano invocare la Cassa ricorrente e l'UFAS, detto principio non poteva infatti da solo, in assenza di una chiara base legale e statutaria che disponesse in tal senso, giustificare un (ulteriore) obbligo di riscatto. Spettava piuttosto all'autorità che ha emesso il regolamento disciplinare meglio la situazione al fine di salvaguardare l'equilibrio attuariale della Cassa.
9. Resterebbe da esaminare a questo punto se la pretesa dell'assicurato, non contestata nel suo quantum e d'altra parte desumibile dagli atti, sia eventualmente prescritta, come pretende per la prima volta in questa sede la Cassa ricorrente.
Sennonché, seppur ricevibile (cfr. SVR 2007 BVG n. 17 pag. 57 [B 1/04], consid. 3.5 con riferimenti; cfr. per contro, per l'ambito applicativo della LTF, <ref-ruling>), l'eccezione di prescrizione non può essere accolta perché, in presenza di un obbligo legale di mantenimento della previdenza, il diritto alla prestazione di libero passaggio (in eccesso) non può prescriversi, venendo altrimenti a cadere la base finanziaria per prestazioni assicurative future (<ref-ruling> consid. 6a pag. 326).
10. Vincente in lite, l'opponente, patrocinato da un legale, ha diritto a ripetibili (art. 159 cpv. 1 OG).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso di diritto amministrativo è respinto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. La ricorrente verserà all'opponente la somma di fr. 2'500.- a titolo di ripetibili per la procedura federale.
4. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.