Faits:
A.
X._ a été Commandant de la police cantonale jurassienne de 2002 au 31 août 2010. Par jugement du 23 mai 2012, le Juge pénal du Tribunal de première instance du canton du Jura l'a condamné à 20 jours-amende à 200 fr., avec sursis pendant 2 ans, pour abus d'autorité. Il lui a été reproché d'avoir annulé, entre le 9 juillet 2004 et le 28 août 2008, 55 amendes d'ordre délivrées par des gendarmes.
B.
Saisie par le condamné, par jugement sur appel du 16 janvier 2013, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien, après avoir refusé d'entrer en matière sur l'annulation de 6 amendes, l'a libéré dans 3 autres cas. Elle l'a déclaré coupable d'usurpation de fonction en relation avec l'annulation de 46 amendes et condamné à 15 jours-amende à 200 fr. le jour, avec sursis pendant 2 ans.
C.
X._ recourt contre ce jugement. Il conclut, avec suite de frais et dépens des instances cantonales et fédérale, principalement à sa réforme dans le sens de son acquittement, une indemnité supérieure à 68'350 fr. lui étant allouée pour son dommage économique. A titre subsidiaire, il demande l'annulation de la décision querellée et le renvoi de la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle prononce son acquittement et statue sur les conséquences de celui-ci.

Considérant en droit:
1.
Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise (dont relèvent notamment les éléments relatifs au for intérieur de l'auteur, soit ce qu'il savait, ce qu'il voulait ou ce qu'il a pris en compte; <ref-ruling> consid. 8.5 p. 62) lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire (art. 9 Cst.; v. sur cette notion: <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379) dans la constatation des faits.
Par ailleurs, la violation du droit cantonal ne constituant pas un motif de recours au sens de l'<ref-law>, la cour de céans n'en examine l'application que sous l'angle de l'arbitraire.
La recevabilité de tous ces griefs suppose l'articulation de critiques circonstanciées (<ref-ruling> consid. 3 p. 105), claires et précises, répondant aux exigences de motivation accrues déduites de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
2.
L'<ref-law> réprime le comportement de celui qui, dans un dessein illicite, aura usurpé l'exercice d'une fonction ou le pouvoir de donner des ordres militaires.
En bref, selon l'autorité précédente le droit cantonal alors en vigueur ne conférait pas la compétence générale d'annuler des amendes d'ordre aux organes de police, le commandant de la police cantonale en particulier, sous réserve des « cas broutilles » (cf. <ref-ruling>) - notion d'interprétation restrictive qu'il incombait au droit cantonal de définir - et de l'hypothèse des conducteurs étrangers ayant commis un excès de vitesse en-deçà du cas grave, qui avait fait l'objet d'une délégation de compétence du ministère public à la police cantonale. En annulant des amendes d'ordre hors de ces dernières éventualités, le recourant n'avait pas abusé de ses propres pouvoirs (cf. <ref-law>) mais indubitablement usurpé l'exercice de la fonction et les compétences du ministère public. Il savait ne pas être formellement compétent pour le faire et son objectif était clairement illicite dès lors qu'il avait octroyé un avantage injustifié aux personnes auxquelles ces sanctions avaient été infligées, en leur évitant de devoir emprunter la procédure ordinaire pour tenter d'en obtenir l'annulation. Il avait agi intentionnellement, tout au moins par dol éventuel, et connaissait également l'illicéité de son dessein (jugement entrepris, consid. 4.3 p. 35 s. et consid. 8.2.2 p. 47 s.).
3.
Le recourant ne remet pas en question, sous l'angle de l'arbitraire, l'interprétation donnée par la cour cantonale des règles écrites du droit cantonal de procédure, les normes de compétence en particulier. Il n'y a pas lieu d'examiner la cause sous cet angle (<ref-law>). Invoquant la violation de l'<ref-law>, ainsi que celle de l'<ref-law> (actes licites et culpabilité) et de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.), il soutient qu'une pratique cantonale, ayant valeur de coutume contra legem, l'aurait autorisé à annuler les amendes d'ordre en opportunité. Il conteste, de la sorte, l'élément objectif de l'infraction.
3.1. L'<ref-law> vise l'exercice de la puissance publique, en particulier le droit de rendre des décisions. Le comportement punissable consiste à exercer le pouvoir en faisant croire que l'on est autorisé à agir alors que tel n'est pas le cas. L'infraction peut être commise par un fonctionnaire agissant en dehors de son domaine d'activité (Bernard Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. II, 3e éd. 2010, <ref-law>, nos 1 à 7). L'usurpation peut se limiter à une seule activité entrant dans la compétence de la fonction usurpée (<ref-ruling> consid. 3c/aa p. 167).
3.2. En tant que le recourant soutient que la coutume qu'il allègue aurait fondé sa compétence d'annuler des amendes d'ordre, il conteste la réalisation de cet élément objectif. Il n'y a pas place dans ce contexte pour l'invocation d'un fait justificatif déduit d'un acte licite au sens de l'<ref-law>, résultant d'une compétence coutumière.
3.3. Le Tribunal fédéral n'exclut pas la naissance et la reconnaissance de droit coutumier en droit public. Il a ainsi exposé qu'il n'est pas contraire au droit constitutionnel de reconnaître une norme juridique née d'un usage prolongé, pour autant qu'elle ne porte pas atteinte aux droits fondamentaux des citoyens. Le silence de la loi ne peut pas être interprété d'emblée comme un silence qualifié prohibant tout droit coutumier. Cela dépend de savoir s'il est nécessaire de compléter la loi ou alors s'il faut interpréter le caractère exhaustif de la norme juridique écrite comme s'opposant à tout complètement. La reconnaissance d'une coutume est cependant soumise à des conditions strictes. Il faut qu'elle soit ancienne, ininterrompue, uniforme et qu'elle corresponde au sentiment général du droit ( opinio juris sive necessitatis; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 387; <ref-ruling> consid. 4b/dd p. 19). Une lacune véritable a, par exemple, été admise et une coutume reconnue, s'agissant de la compétence du Conseil d'Etat genevois de connaître des recours hiérarchiques contre les décisions prises par l'administration cantonale (<ref-ruling> consid. 1c p. 591). Cela étant, dans la règle, il ne peut être tenu compte d'une coutume lorsqu'elle revient à déroger à une loi formelle, voire à la constitution (arrêt 2C_1016/2011 du 3 mai 2012, consid. 4.5.4 et les références citées).
Le recourant ne démontre pas en quoi le droit cantonal aurait présenté une lacune que la coutume aurait pu combler. Du reste, la cour cantonale, en renvoyant pour partie au jugement de première instance, expose clairement les motifs qui l'ont conduite à considérer que le droit cantonal écrit conférait au seul ministère public la compétence d'annuler les amendes d'ordre (sous réserve des cas broutille et de l'hypothèse précitée des conducteurs étrangers) et qu'une délégation de compétence n'était pas envisageable dans les cas où un pouvoir d'appréciation s'imposait (jugement entrepris, consid. 5.2.1 et 5.2.2 p. 37 s.). Il suffit d'y renvoyer en ce qui concerne l'application du droit cantonal, à propos de laquelle le recourant ne développe aucun grief d'arbitraire. Le recourant invoque certes que, selon certains auteurs, le droit coutumier est susceptible de s'appliquer contra legemen procédure pénale ( GÉRARD PIQUEREZet ALAIN MACALUSO, Procédure pénale suisse, 3e éd. 2011, n° 260 p. 85; NIKLAUS SCHMID, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2009, n° 49 p. 17). Toutefois, selon ce dernier auteur, auquel renvoient les deux premiers, la force dérogatoire du droit coutumier n'est guère envisageable que dans le contexte de codes de procédure anciens devenus désuets au regard des exigences d'un Etat de droit moderne ou même qui ne sont plus conformes au droit supérieur. Il n'est pas démontré que de telles conditions seraient réalisées en l'espèce. Le recourant se borne, ensuite, à tenter de démontrer qu'une pratique d'annulation d'amendes d'ordre préexistait à son arrivée à la tête de la police cantonale (2002). Le temps écoulé depuis lors (voire quelques années auparavant) et jusqu'au moment des faits (2004 à 2008) ne constitue cependant pas une pratique suffisamment longue pour fonder une coutume. Alléguant, de surcroît, aussi avoir voulu unifier des pratiques divergentes dans les différents districts du canton (recours, p. 11), le recourant ne démontre pas non plus l'existence d'une pratique uniforme. Enfin, la cour cantonale a constaté, au plan subjectif, que le recourant avait annulé les amendes d'ordre tout en sachant ne pas être formellement compétent pour le faire (jugement entrepris, consid. 4.3 p. 35 s.) et le recourant ne discute pas cette constatation de fait sous l'angle de l'arbitraire (v. supra consid. 1). Cela suffit déjà à exclure qu'il ait pu partager avec d'autres autorités le sentiment d'être juridiquement lié par cette pratique (opinio juris). Les conditions permettant d'établir qu'une coutume s'est forgée ne sont manifestement pas réunies.
3.4. Le recourant soutient ensuite qu'à défaut de coutume stricto sensu, la pratique en question aurait été connue du ministère public et des autres autorités et, tout au moins, tolérée. On comprend ainsi que faute de pouvoir invoquer le caractère juridiquement contraignant de la coutume, le recourant se prévaut d'une délégation implicite de la compétence litigieuse.
3.4.1. Pour la cour cantonale, une délégation du ministère public à la police portant sur la compétence d'annuler des amendes d'ordre dans des cas où un pouvoir d'appréciation s'imposait n'était en principe pas envisageable au moment des faits (mis à part dans des situations exceptionnelles, telles que les cas de conducteurs étrangers ayant commis un excès de vitesse en deçà du cas grave, en raison des difficultés pratiques pour identifier l'auteur; jugement entrepris, consid. 5.2.2 p. 39).
Le recourant ne discute pas les motifs, essentiellement déduits du droit cantonal, qui ont conduit l'autorité précédente à exclure la licéité d'une telle délégation de compétence. Il n'y a pas lieu d'examiner la cause sous cet angle (v. supra consid. 1).
3.4.2. La cour cantonale estime, ensuite, que le recourant aurait également pu se sentir légitimé à agir comme il l'a fait s'il avait été en mesure de se prévaloir d'une délégation générale en matière de circulation routière de la part du ministère public l'autorisant à annuler des amendes d'ordre pour des motifs d'opportunité et qu'il aurait alors pu se prévaloir d'un fait justificatif, quand bien même une telle délégation (que la cour cantonale exclut cependant), serait intervenue contra legem.
Contrairement à ce que paraît penser le recourant, le fait justificatif susceptible de résulter d'une délégation de compétence en violation de la loi ne saurait résider dans un acte licite au sens de l'<ref-law>. En effet, si une délégation de compétence valide aurait eu pour effet d'exclure un élément objectif de l'infraction (l'usurpation de la fonction; v. supra consid. 3.2), la délégation de pouvoir invalide n'aurait, inversement pu rendre l'acte licite faute de conférer valablement la compétence de l'accomplir. En réalité, en indiquant, dans ce contexte, que le recourant « aurait pu se sentir légitimé à agir comme il l'a fait », la cour cantonale se réfère implicitement au fait justificatif déduit d'une erreur sur l'illicéité (<ref-law>; cf. à propos d'une telle erreur en relation avec l'application par la police du principe de l'opportunité des poursuites pénales: <ref-ruling> consid. 3 p. 48 s.). Elle exclut cependant cette figure au plan subjectif en retenant que le recourant savait n'être pas formellement compétent pour annuler les amendes d'ordre (jugement entrepris, consid. 4.3 in fine p. 35 s. et consid. 9 p. 48). Or le recourant ne discute pas précisément ce point de fait dans son recours.
3.5. Il résulte de ce qui précède que l'on ne saurait faire grief à la cour cantonale de retenir que le recourant n'était pas compétent pour annuler des amendes d'ordre et qu'il ne peut rien déduire en sa faveur de la pratique d'annulation qu'il allègue avoir existé, sans qu'il soit nécessaire d'examiner l'argumentation qu'il développe à propos des moyens de preuve censés, selon lui, établir l'existence de cette pratique et sa connaissance par les autorités cantonales.
3.6. Le recourant objecte ensuite qu'en annulant une amende d'ordre un membre de la police ne commettrait pas un acte pouvant être assimilé à une ordonnance de classement mais s'abstiendrait, en fait, d'un acte rentrant dans sa propre compétence, soit le fait d'introduire la procédure ordinaire en transmettant le cas au procureur. Il n'aurait donc pas usurpé la fonction de ce dernier. En se référant à la doctrine, il soutient aussi que l'usurpation serait, par ailleurs, exclue en cas de léger dépassement d'attributions de puissance publique.
Il ressort toutefois du jugement entrepris que le recourant a bien annulé formellement des amendes d'ordre (ce qu'il a communiqué par lettre aux administrés concernés) et qu'il ne s'est donc pas limité, en cas de contestation, à renoncer à transmettre le dossier au procureur afin d'ouvrir la procédure ordinaire. Son comportement ne s'épuise pas en une simple omission (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 121 s.) mais a consisté à revenir, par écrit, pour des motifs d'opportunité, sur des décisions à caractère pénal. La non-transmission au ministère public n'est que la conséquence de cette décision. Cela étant, on ne saurait reprocher à la cour cantonale, sous cet angle non plus, d'avoir jugé que le comportement du recourant équivalait, matériellement, à rendre une décision de classement ne rentrant non seulement pas dans ses compétences, mais relevant, de surcroît, d'un autre domaine d'activité, soit des fonctions judiciaires du ministère public par opposition à celles, exécutives, de la police. Il s'ensuit, par ailleurs, que le recourant ne peut rien déduire en sa faveur de la doctrine qu'il cite ( STEFAN HEIMGARTNER, in Basler Kommentar Strafrecht II, 2e éd. 2007, <ref-law>, n° 6), qui a trait à la problématique des dépassements de compétence d'un fonctionnaire à l'intérieur de son propre domaine d'activité. Le grief est infondé.
3.7. Au plan subjectif, le recourant conteste toute intention délictueuse. Il ne remet, ce faisant, pas en question la réalisation du dessein illicite exigé par l'<ref-law>. On peut, au demeurant, en renvoyant à l'<ref-ruling> consid. 3c/bb p. 168, souligner que la cour cantonale retient le caractère illicite du but poursuivi par le recourant, tendant à octroyer un avantage injustifié aux personnes auxquelles les amendes d'ordre avaient été infligées, leur évitant ainsi de devoir suivre la procédure ordinaire pour tenter d'en obtenir l'annulation (v. supra consid. 2).
3.8. Quant à l'intention portant sur l'élément objectif, la cour cantonale retient que, Commandant de la police cantonale au moment des faits, avocat de formation, et ayant de surcroît fonctionné par le passé en qualité de juge d'instruction puis de district, le recourant savait à l'évidence n'avoir pas la compétence d'annuler les amendes d'ordre (jugement entrepris, consid. 8.2.2 p. 47).
Le recourant objecte qu'il ressortirait des notes et courriers qu'il a adressés au Procureur général (dont un avec copie à la Chambre d'accusation), qu'il aurait annoncé ou rappelé à ce dernier qu'il annulait des amendes d'ordre. De surcroît, il relève avoir constitué des dossiers pour chaque cas d'annulation. Il en conclut qu'il ne s'agirait pas là de l'attitude de quelqu'un qui, avec conscience et volonté, entend usurper des fonctions. La cour cantonale aurait ainsi constaté arbitrairement les faits.
3.8.1. S'agissant du courrier du 30 août 2007 (cas Y._), le recourant allègue qu'il a été transmis au ministère public ensuite d'une erreur de la chancellerie de la police (recours, p. 15). Il ne saurait en déduire une manifestation de sa volonté d'informer le procureur ou de lui rappeler que des amendes d'ordre étaient annulées.
3.8.2. Quant à la note du 25 octobre 2007, adressée par le recourant au Procureur général, elle comportait l'indication suivante: « Lorsqu'un doute surgit, nous sommes les premiers à annuler l'amende qui peut avoir été infligée ». Selon le recourant, ce passage, lu en relation avec la phrase qui le précédait « De plus, toute la hiérarchie de la Police cantonale porte une attention soutenue à ce que les rapports soient bien faits, à ce que les faits dénoncés soient clairs et qu'ils ne laissent pas de place aux contestations évidentes » aurait indiqué clairement que la police annulait des amendes. La cour cantonale relève, quant à elle, que la suite du texte (« Lorsqu'un rapport de dénonciation nous échappe [...] nous sommes les premiers à le compléter pour lui donner un éclairage permettant, le cas échéant, un classement [...] j'ai en tête un récent rapport qui, après contestation, nous a semblé peu heureux. J'en ai immédiatement fait part à Mme votre Substitute laquelle s'est très justement inquiétée de cette dénonciation. J'ai suggéré un classement ») introduit une ambiguïté en amalgamant la question des annulations avec la proposition adressée au ministère public de classer un cas dénoncé (jugement entrepris, consid. 5.2.2 p. 39 s.).
L'interprétation de la cour cantonale n'est, en tout cas, pas insoutenable. Il ne ressort en effet pas clairement de ce texte, y compris le passage auquel se réfère le recourant, que les annulations mentionnées auraient également concerné des cas de la compétence du ministère public, respectivement autre chose que des cas « broutilles ». A cet égard, le fait que le recourant a insisté sur le soin porté à éviter les cas de « contestations évidentes » pouvait exclure, dans l'esprit du lecteur, les hypothèses dans lesquelles l'annulation ne pouvait être justifiée que par l'exercice d'un certain pouvoir d'appréciation, cependant que la référence à la proposition d'un classement faite au ministère public suggérait le respect de la compétence de ce dernier. Enfin, le seul fait que le recourant a tenu des dossiers relatifs aux annulations d'amendes d'ordre permet certes de penser qu'il n'entendait pas se rendre coupable d'un crime ou d'un délit, mais n'exclut pas encore qu'il ait, sciemment ou par dol éventuel, empiété en connaissance de cause sur les compétences judiciaires du ministère public. Le grief est infondé.
4.
Ce qui précède rend sans objet les conclusions et développements du recourant tendant à son indemnisation pour l'hypothèse d'un acquittement complet, respectivement au renvoi de la cause à la cour cantonale afin qu'elle statue sur cette prétention.
5.
Le recourant invoque encore la violation des art. 426, 429 al. 1 let. a, 430 et 436 CPP. Il prétend l'allocation d'une indemnité représentant deux tiers de ses frais de défense pour les procédures de première (y compris la procédure d'instruction) et de seconde instances cantonales et que les frais en soient mis dans la même mesure à la charge de l'Etat.
5.1. En tant qu'il relève que la procédure préliminaire a été ouverte en relation avec des accusations sans commune mesure avec les faits qui ont, en définitive, justifié son renvoi puis sa condamnation, le recourant soulève aussi la question des frais et dépens de la phase initiale de la procédure. Il suffit de relever que par ordonnance du 23 janvier 2012, le ministère public a classé partiellement la procédure pénale dirigée contre le recourant en relation avec diverses préventions (lésions corporelles, diffamation, calomnie et injure) ainsi que plusieurs cas d'abus d'autorité (jugement entrepris, consid. G.4 p. 20). Les frais de procédure pour cette partie du dossier ont été laissés à charge de l'Etat et aucune indemnité n'a été allouée au recourant. Cette décision n'a fait l'objet d'aucun recours (jugement de première instance, consid. I.B p. 2; jugement entrepris consid. 14 p. 53). Il s'ensuit que le recours en matière pénale est irrecevable sur ce point, qui n'est l'objet ni du jugement entrepris ni même d'une décision de dernière instance cantonale (<ref-law>).
5.2. Le prévenu supporte les frais de procédure s'il est condamné. Font exception les frais afférents à la défense d'office. L'art. 135 al. 4 est réservé. Lorsque la procédure fait l'objet d'une ordonnance de classement ou que le prévenu est acquitté, tout ou partie des frais de procédure peuvent être mis à sa charge s'il a, de manière illicite et fautive, provoqué l'ouverture de la procédure ou rendu plus difficile la conduite de celle-ci (art. 426 al. 1 et 2 CPP). Ces règles reprennent les principes développés en application des art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH. Pour déterminer si le comportement en cause est propre à justifier l'imputation des frais ou le refus d'une indemnité, le juge peut prendre en considération toute norme de comportement écrite ou non écrite résultant de l'ordre juridique suisse pris dans son ensemble, dans le sens d'une application par analogie des principes découlant de l'<ref-law> (ATF 119 la 332 consid. 1 b p. 334; 116 la 162 consid. 2c p. 169). Le fait reproché doit constituer une violation claire de la norme de comportement (ATF 119 la 332 consid. 1 b p. 334; 116 la 162 consid. 2d p. 171). Les mêmes principes s'appliquent en cas d'acquittement partiel. Une certaine marge d'appréciation doit alors être laissée à l'autorité parce qu'il est difficile de déterminer avec exactitude les frais qui relèvent de chaque fait imputable ou non au condamné (cf. arrêt 6B_45/2011 du 12 septembre 2011 consid. 3.1).
En l'espèce, si le recourant a été renvoyé en jugement pour avoir annulé quelque 90 amendes, mais n'a été condamné, en première instance, que dans 55 de ces cas, force est de constater que les difficultés relatives à l'établissement des faits et à l'application du droit résidaient principalement dans la question, commune à tous les faits, de la délimitation des compétences du Commandant de la police cantonale et du ministère public, en relation notamment avec les problématiques évoquées ci-dessus, de l'existence d'une telle pratique, de sa connaissance par le ministère public et la Chambre d'accusation, voire de sa valeur coutumière. Dans ces conditions, la cour cantonale pouvait considérer, sans abuser de son pouvoir d'appréciation, que le fait que le recourant avait violé les règles de compétence cantonales en matière de procédure pénale dans de nombreuses situations avait provoqué son renvoi en jugement, sans que l'on puisse admettre que les faits pour lesquels il a été acquitté en première instance auraient, à eux seuls, induit des frais particulièrement importants. Il s'ensuit que la mise à la charge du recourant de l'intégralité des frais de première instance, de surcroît modestes (1107 fr.), ne viole pas le droit fédéral.
5.3. Conformément à l'<ref-law>, les frais de la procédure de recours sont mis à la charge des parties dans la mesure où elles ont obtenu gain de cause ou succombé. La partie dont le recours est irrecevable ou qui retire le recours est également considérée avoir succombé.
En l'espèce, la cour cantonale a jugé que le recourant n'avait obtenu gain de cause que très partiellement et a laissé à sa charge trois quarts des frais judiciaires de seconde instance. Cette appréciation n'est pas critiquable. Dans cette procédure, le recourant tentait d'obtenir sa libération de l'intégralité des préventions dont il était encore l'objet (55 cas d'abus d'autorité) et l'octroi d'une indemnité pour dommage économique et tort moral. Il a succombé entièrement sur ce dernier point et n'a obtenu sa libération ou l'abandon des poursuites pénales que pour 9 chefs d'accusation sur 55. Dans ces conditions, la réduction des frais opérée par la cour cantonale (25%) tient largement compte de ce qu'a obtenu le recourant en appel, y compris la requalification des crimes d'abus d'autorité en délits d'usurpation de fonction.
5.4. Si le prévenu est acquitté totalement ou en partie ou s'il bénéficie d'une ordonnance de classement, il a droit à une indemnité pour les dépenses occasionnées par l'exercice raisonnable de ses droits de procédure (<ref-law>). L'autorité pénale peut réduire ou refuser l'indemnité ou la réparation du tort moral lorsque le prévenu a provoqué illicitement et fautivement l'ouverture de la procédure ou a rendu plus difficile la conduite de celle-ci (<ref-law>). Ces règles s'appliquent également dans la procédure de deuxième instance (<ref-law>).
On peut renvoyer à ce qui a été exposé ci-dessus à propos du comportement civilement répréhensible du recourant en relation avec les frais de première instance (supra consid. 5.2) ainsi qu'au résultat obtenu en appel (supra consid. 5.3). Cela étant, l'octroi au recourant d'une indemnité partielle pour ses dépens en deuxième instance (1844 fr. 60 soit 25% de ses frais de défense) n'apparaît pas procéder d'un abus du pouvoir d'appréciation de la cour cantonale.
6.
Le recourant succombe. Il supporte les frais de la procédure (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 13 juin 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Vallat