Sachverhalt:
A. V._, geboren 1963, hatte am 11. Dezember 2003 in Ausübung seiner Tätigkeit als Baufacharbeiter einen Unfall erlitten, bei dem er sich wegen eines Misstritts ein Distorsionstrauma im rechten oberen Sprunggelenk zugezogen hatte. Am 23. Februar 2004 konnte er seine Arbeit wieder zu 100 % aufnehmen, klagte in der Folge jedoch über persistierende Schmerzen im Bereich der rechten Ferse. Im Dezember 2004 wurde bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA), bei welcher V._ für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, ein Rückfall geltend gemacht. Die SUVA lehnte ihre diesbezügliche Leistungspflicht mit Schreiben vom 16. März 2005 ab. Am gleichen Tag musste sich V._ einer Leberteilresektion unterziehen. Seither ist er keiner Erwerbstätigkeit mehr nachgegangen.
Am 27. Juni 2005 meldete die Arbeitgeberin der SUVA einen zweiten Rückfall. Mit Verfügung vom 23. November 2006 und Einspracheentscheid vom 23. Februar 2007 lehnte die SUVA ihre Leistungspflicht wiederum ab mit der Begründung, dass die geklagten Beschwerden nicht mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auf den am 11. Dezember 2003 erlittenen Unfall zurückgeführt werden könnten. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 6. August 2008 ab. Mit Urteil vom 3. Dezember 2008 hob das Bundesgericht diesen Entscheid wegen Missachtung der Ausstandsvorschriften ohne Prüfung der materiellen Richtigkeit auf.
B. In neuer Besetzung wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern die Beschwerde des V._ am 19. Januar 2009 wiederum ab.
C. V._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Sache zur materiellen Anspruchsabklärung an die SUVA zurückzuweisen, es seien ihm die gesetzlichen Leistungen, insbesondere eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung, zuzusprechen und es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Grundsätze zum natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181), zur Leistungspflicht des Unfallversicherers bei Rückfällen und Spätfolgen von Unfällen (Art. 11 UVV; <ref-ruling> E. 2c S. 396 f.) sowie zum Beweiswert von Arztberichten und medizinischen Gutachten (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) unter Hinweis auf den Einspracheentscheid zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz hat über die Leistungspflicht der SUVA für den am 27. Juni 2005 gemeldeten (zweiten) Rückfall mit Entscheid vom 6. August 2008 befunden. Dieser wurde in der Folge mit Urteil des Bundesgerichts vom 3. Dezember 2008 wegen Befangenheit des mitwirkenden Fachrichters aufgehoben. Am 19. Januar 2009 hat das kantonale Gericht in neuer Besetzung entschieden, mit der gleichen präsidierenden Richterin, jedoch zwei neuen Verwaltungsrichtern.
3.2 Beschwerdeweise wird geltend gemacht, dass überschnell entschieden worden und daher fraglich sei, ob die neu eingesetzten Richter sich innert derart kurzer Frist ein umfassendes Aktenbild hätten verschaffen können. Dieser Einwand scheint berechtigt, zumal auch auffällt, dass der zweite, hier angefochtene Entscheid in der materiellen Anspruchsbeurteilung trotz neuer Besetzung wortwörtlich gleich ausgefallen ist wie der erste, welcher vom Bundesgericht aus formellen Gründen aufgehoben wurde.
3.3 Wie das Bundesgericht wiederholt erkannt hat, ist es mit den aus Art. 58 BV (heute Art. 30 BV) und Art. 6 Ziff. 1 EMRK abgeleiteten Verfahrensgarantien vereinbar, dass ein Gericht in neuer Zusammensetzung dieselbe Angelegenheit nochmals beurteilt und (teils wörtlich) zum selben Ergebnis kommt. Auch aus Art. 4 BV (heute Art. 8 Abs. 1 und 2 [Rechtsgleichheit und Diskriminierungsverbot] und Art. 9 BV [Schutz vor Willkür und Wahrung von Treu und Glauben]), dessen Verfahrensgarantien weniger weit gehen als jene der vorgenannten Bestimmungen, kann nicht abgeleitet werden, es sei der angerufenen Instanz untersagt, in neuer Zusammensetzung wiederum den gleichen Entscheid zu fällen und, sofern es objektiv gerechtfertigt erscheint, die ursprüngliche Begründung zu übernehmen. Anders könnte es sich allenfalls verhalten, wenn konkrete Anzeichen vermuten liessen, die neu zusammengesetzte Behörde habe unter Einflussnahme der im Ausstand befindlichen Mitglieder entschieden (Urteil 2P.125/1995 vom 22. Dezember 1998 E. 2a/aa). Dies ist hier aus den nachfolgenden Gründen zu bejahen.
3.4 Bei einem Rückfall handelt es sich um das Wiederaufflackern einer vermeintlich geheilten Krankheit, so dass es zu ärztlicher Behandlung, möglicherweise sogar zu (weiterer) Arbeitsunfähigkeit kommt. Von Spätfolgen spricht man, wenn ein scheinbar geheiltes Leiden im Verlaufe längerer Zeit organische oder auch psychische Veränderungen bewirkt, die zu einem anders gearteten Krankheitsbild führen können. Rückfälle und Spätfolgen schliessen sich somit begrifflich an ein bestehendes Unfallereignis an. Entsprechend können sie eine Leistungspflicht des (damaligen) Unfallversicherers nur auslösen, wenn zwischen den erneut geltend gemachten Beschwerden und der seinerzeit beim versicherten Unfall erlittenen Gesundheitsschädigung ein natürlicher und adäquater Kausalzusammenhang besteht (Art. 11 UVV; <ref-ruling> E. 2c S. 396 f.; RKUV 1994 Nr. U 206 S. 326 E. 2 S. 327; Urteil U 306/02 vom 21. Februar 2003 E. 2 in fine).
3.5 Entscheidwesentlich ist somit in erster Linie, ob die geklagten Fussbeschwerden in natürlichem Kausalzusammenhang mit dem erlittenen Unfall stehen.
3.5.1 Diese Frage hat die SUVA in ihrer leistungsablehnenden Verfügung vom 23. November 2006 unter Berufung auf ihren ärztlichen Berater Dr. med. A._ verneint.
Die Einschätzungen von SUVA-Kreisarzt Dr. med. A._ beschränken sich auf jeweils kurze stichwortartige Stellungnahmen zu den ihm von der Sachbearbeiterin unterbreiteten Fragen. So wurde der Kreisarzt erstmals am 18. Februar 2005 angefragt. Bezüglich der "medizinischen Feststellungen" gab er an: "Diagnose nicht gesichert", zur Frage der Kausalität kreuzte er das Kästchen "nein" an und ergänzte: "Latenzzeit zu lange, Ø ossäre Läsion". Am 26. Juli 2006, nach der zweiten Rückfallmeldung, legte die Sachbearbeiterin den Fall wiederum Dr. med. A._ vor mit den Fragen: "Halten Sie an Ihrer Beurteilung vom 22. Februar 2005 fest? Falls nein, stehen die Beschwerden mit Wahrscheinlichkeit im Zusammenhang mit dem UE vom 11. Dezember 2003?" Der Kreisarzt antwortete darauf: "Hier sollte die Diagnose erst gesichert werden! Eine (unfallfremde) Hemihepatektomie könnte auf einen Tumor schliessen lassen. Metastasen? Gemäss MRI vom 23.12.03 lag eine Tendovaginitis vor. Ein erneutes MRI des re Sprunggelenks mit Ferse ist zu empfehlen". Nachdem die entsprechende Untersuchung im Spital X._ veranlasst worden war, notierte Dr. med. A._ am 22. September 2005: "An der Beurteilung vom 22. Februar 2005 wird festgehalten. Degenerative Veränderungen bestanden schon am 23.12.03. Kein Rückfall wahrscheinlich." Eine letzte Anfrage erfolgte am 7. Juni 2006. "Wir kommen zurück auf Ihre Beurteilung vom 22. September 2006. Wir legen Ihnen den Bericht des Spitals X._ vom 24. Mai 2006 zur Kenntnisnahme vor. Gehen wir richtig in der Annahme, dass es sich bei den heutigen Fussbeschwerden rechts nicht mit der mindestens erforderlichen Wahrscheinlichkeit um Folgen des Unfalles vom 11.12.2003 handelt? Wenn nein, bitten wir um eine ausführliche Begründung." Diese Frage beantwortete der Kreisarzt mit "Ja, keine Unfallfolge". Die zweite Frage lautete: "Zudem ersuchen wir Sie, zur Anfrage bezüglich Kostenübernahme (fussbettende Einlage) Stellung zu nehmen. Indikation unfallbedingt gegeben?" Dr. med. A._ gab dazu an: "Nein, Tarsaltunnelsyndrom ist unfallfremd. Siehe hierzu auch Bericht MRI OSG re 23.08.2005. Keine posttraumatische Läsion."
Eine eigene Untersuchung liegt den ärztlichen Einschätzungen nicht zugrunde, ebenfalls wurde kein mit einer nachvollziehbaren Begründung versehener einlässlicher Bericht verfasst. Indessen handelt es sich um die einzigen Stellungnahmen zur Unfallkausalität der Fussbeschwerden.
3.5.2 Unter Würdigung der Berichte der behandelnden Ärzte, des Spitals X._, des Gutachtens des Instituts Y._, welches am 13. März 2007 zuhanden der Invalidenversicherung erstellt wurde, sowie der genannten Stellungnahmen des Dr. med. A._ kommt die Vorinstanz zum Schluss, dass die natürliche Kausalität zwischen den geklagten Fussbeschwerden und dem Unfall zu verneinen sei und daher nicht von einem Rückfall ausgegangen werden könne. Sie führt im Wesentlichen aus, dass den medizinischen Akten keine ossären Läsionen zu entnehmen seien. Bezüglich des diagnostizierten Tarsaltunnelsyndroms rechts bei OSG-Distorsionstrauma ergebe sich aus den medizinischen Akten lediglich eine Verdachtsdiagnose. Zudem finde sich keine Dauerschmerzhaftigkeit des Fusses, insbesondere unter Belastung oder Zwangshaltung des Fusses in Dorsalextension. Zwischen dem Abschluss des Grundfalles und der Rückfallmeldung fehlten ganz offensichtlich die Brückensymptome. Im Übrigen sei zudem darauf hinzuweisen, dass bei einem Tarsaltunnelsyndrom die Symptomatik den medialen Fussrand betreffe (nächtlich betonte Schmerzen, Dys-, Par- und Hypästhesien am medialen Fussrand mit möglichen Ausstrahlungen in die Fusssohle, Ferse und Wade), während gemäss den ärztlichen Unterlagen aber von Schmerzen im lateralen Fussrand die Rede sei. Unter diesen Umständen könne weder mit überwiegender Wahrscheinlichkeit von einer gesicherten Diagnose noch von einem natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall vom Dezember 2003 und dem möglichen Tarsaltunnelsyndrom ausgegangen werden.
3.5.3 Damit hat die Vorinstanz aufgrund eigener Überlegungen eine medizinische Würdigung zur natürlichen Kausalität vorgenommen, ohne sich dabei auf das unabdingbare ärztliche Fachwissen stützen zu können. Es ist jedoch Aufgabe des Arztes, den Gesundheitszustand zu beurteilen (<ref-ruling> E. 4 S. 261 f.). Da die Frage des natürlichen Kausalzusammenhangs der Beschwerden mit dem Unfall entscheidwesentlich ist, die behandelnden Ärzte wie auch die Gutachter sich dazu jedoch nicht äussern und die Stellungnahmen des SUVA-Kreisarztes sich jeweils in einer blossen Feststellung erschöpfen, ohne eine nachvollziehbare Begründung anzuführen, die Beweisgrundlage somit unvollständig ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.), wäre der Beizug des Fachwissens unabhängiger Experten und Expertinnen unerlässlich gewesen.
3.6 Nachdem sich die Vorinstanz trotz fehlender entsprechender Unterlagen zu entscheidenden medizinischen Sachfragen geäussert hat, muss davon ausgegangen werden, dass sie sich beim zweiten, hier angefochtenen Entscheid, der in neuer Besetzung ohne Fachrichter ergangen ist, hat beeinflussen lassen durch den sich im Ausstand befindlichen Arzt, der beim ersten Entscheid mitgewirkt hatte. Dies folgt aus dem Umstand, dass der zweite Entscheid bezüglich der materiellen Beurteilung des Leistungsanspruchs des Versicherten wortwörtlich mit dem ersten übereinstimmt, sodass bei dem hier angefochtenen Entscheid zumindest eine indirekte Mitwirkung des befangenen Fachrichters erfolgt ist. Diese Vorgehensweise des kantonalen Gerichts ist nach der dargelegten Rechtsprechung (E. 3.3) unzulässig, weshalb der angefochtene Entscheid aus formellen Gründen aufzuheben ist. Die Vorinstanz wird zur erforderlichen Klärung des medizinischen Sachverhalts ein Gutachten einholen und gestützt darauf erneut über die Anspruchsberechtigung des Beschwerdeführers entscheiden.
4. Dem Beschwerdeführer steht bei diesem Verfahrensausgang eine Parteientschädigung zu (Art. 68 Abs. 2 BGG), wobei es sich hier in Anbetracht der besonderen Umstände rechtfertigt, die Parteientschädigung nicht der Beschwerdegegnerin, sondern dem Kanton Luzern aufzuerlegen (Urteil I 56/94 vom 6. Juli 1994 E. 3). Gemäss Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG sind zu seinen Lasten indessen keine Gerichtskosten zu erheben. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten und Verbeiständung) ist damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 19. Januar 2009 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid vom 23. Februar 2007 neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Luzern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo