Fatti:
A. La A._ SA è una società anonima costituita nel 1998 con sede a X._, la cui attività è concentrata nella gestione di mense e ristoranti scolastici. In seguito a pubblici concorsi indetti nel 2003, 2006 e 2007, il Consiglio di Stato del Cantone Ticino le ha deliberato la gestione delle mense e/o ristoranti delle seguenti sede scolastiche:
- B._, con servizio di catering per C._ (decisione n. 3517 del 26.08.2003 + capitolato d'oneri);
- D._, con servizio di catering per E._ e F._ (decisione n. 3523 del 26.08.2003);
- G._, con servizio di catering per H._ (decisione n. 3521 del 26.08.2003);
- I._ (decisione n. 3520 del 26.08.2003);
- J._, con servizio di catering per K._ (decisione n. 3519 del 26.08.2003);
- L._ e M._ (decisione n. 3518 del 26.08.2003);
- N._ (decisione d'incarico diretto n. 5145 del 24.10.2006 e successivo contratto del 10.11.2006, modificato unilateralmente dallo Stato il 13.07.2007);
- O._, con servizio di catering per P._ (decisione n. 2781 del 05.06.2007 + capitolato d'oneri);
- Q._ (decisione n. 2781 del 05.06.2007 + capitolato d'oneri).
B. Con risoluzione del 7 dicembre 2011 il Consiglio di Stato ha deciso che a partire dell'anno scolastico 2012-2013 i ristoranti e le mense scolastici gestiti dalla A._ SA dovevano passare gradualmente, in due fasi e in quanto non in contrasto con i contratti in vigore, sotto la responsabilità gestionale dell'ente pubblico, cioè dell'Ufficio della refezione e dei trasporti scolastici del Dipartimento dell'educazione, della cultura e dello sport (DECS). A sostegno della propria decisione il Governo cantonale, dopo aver preso atto dei rapporti allestiti dalla Sezione amministrativa del DECS e dalla Divisione delle risorse ed avere richiamato gli artt. 7 cpv. 3 della legge della scuola del 1° febbraio 1990 (LSc; RL/TI 5.1.1.1), 18 cpv. 3 della legge della scuola media del 21 ottobre 1974 (LSM; RL/TI 5.1.6.1), e 10 della legge sulle scuole medie superiori del 26 maggio 1982 (LSMS; RL/TI 5.1.7.1), ha osservato che il passaggio da una gestione privata ad una gestione integralmente pubblica permetteva di assumere un numero importante di personale domiciliato in Ticino, di garantire la maggior parte degli acquisti in Ticino o in Svizzera, di applicare a tutti i ristoranti scolastici cantonali gli stessi livelli qualitativi e quantitativi nonché di assicurare un importante numero di posti di apprendistato nel settore.
Su incarico del Governo ticinese, l'Ufficio della refezione e dei trasporti scolastici ne ha quindi informato, il 19 gennaio 2012, A._ SA nonché le ha notificato la disdetta, rispettivamente il mancato rinnovo, per il 31 agosto 2012, dei contratti concernenti O._, compreso il servizio di catering per R._, e Q._. Ha inoltre aggiunto che, nella misura in cui non sarebbero giunti a naturale scadenza alla fine dell'anno scolastico 2012-2013 in base alle relative condizioni contrattuali, erano anche disdetti, rispettivamente non sarebbero stati rinnovati, al 31 agosto 2013 i contratti concernenti:
- H._;
- L._ e M._;
- J._, compreso il servizio di catering per K._;
- I._;
- D._, compreso il servizio di catering per E._;
- F._ (sede con pasto trasportato);
- N._ (con pasto trasportato);
- B._, compreso il servizio di catering per C._.
C. Il 6 febbraio 2012 A._ SA ha inoltrato al Tribunale cantonale amministrativo un'istanza/ricorso rivolta contro le decisioni del 7 dicembre 2011 e del 19 gennaio 2012, in cui chiedeva l'accertamento della nullità dei citati atti, in via subordinata la modifica delle disdette pronunciate per il 31 agosto 2012 nel senso che tutti i contratti venissero disdetti per il 31 agosto 2013 e, in via ancora più subordinata la condanna dello Stato a versarle un'indennità per perdita di guadagno e risarcimento danni di complessivi fr. 150'000.--.

Con sentenza del 9 luglio 2012 la Corte cantonale ha respinto, nella misura in cui era ammissibile, l'istanza/ricorso. I giudici ticinesi hanno constatato che i contratti conclusi tra l'insorgente e lo Stato relativi alla gestione dei ristoranti e delle mense scolastici erano di natura privata, ragione per cui eventuali contestazioni in proposito andavano sottoposte al competente giudice civile. Essi hanno poi rilevato che la scelta del Governo ticinese di disdire i contratti rispettivamente di non rinnovarli alla loro scadenza, non modificava o sopprimeva diritti o obblighi dell'insorgente fondati sul diritto pubblico. Infine la Corte cantonale non ravvisato alcun motivo di nullità nella risoluzione governativa impugnata, considerando che la scelta dello Stato di passare da un regime di gestione in parte pubblico e in parte privato ad un regime interamente pubblico era legittima, poiché non contrastava con la legislazione cantonale scolastica determinante.
D. Il 23 agosto 2012 A._ SA ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui chiede che la sentenza cantonale, la risoluzione governativa e la decisione dell'Ufficio della refezione e dei trasporti scolastici siano annullate, in via subordinata che la sentenza cantonale sia annullata e gli atti rinviati alla Corte cantonale per nuovo giudizio. Adduce, in sintesi, un accertamento arbitrario dei fatti e la violazione dei principi della legalità e della sussidiarietà (<ref-law>), della libertà economica (<ref-law>), della buona fede nonché del divieto dell'arbitrio (<ref-law>).
Chiamati ad esprimersi, il Dipartimento dell'educazione, della cultura e dello sport, per conto dell'Ufficio della refezione e dei trasporti scolastici, e il Consiglio di Stato propongono che il gravame, in quanto ammissibile, sia respinto. Il Tribunale cantonale amministrativo, senza formulare osservazioni, si è riconfermato nelle conclusioni della propria sentenza.
E. Con decreto presidenziale del 30 agosto 2012 è stata respinta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo contenuta nel ricorso.
Diritto:
1. 1.1 II Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 43).
1.2 Sebbene dinanzi al Tribunale federale sia controversa, principalmente, la questione di sapere se i contratti conclusi tra lo Stato e la ricorrente attengano al diritto privato - come giudicato dal Tribunale cantonale amministrativo - oppure al diritto pubblico - come sostenuto dalla ricorrente - nel merito oggetto di disamina è la refezione scolastica, dominio che appartiene al diritto pubblico. In queste condizioni il gravame va trattato, in quanto le relative esigenze di ammissibilità sono soddisfatte, quale ricorso in materia di diritto pubblico.
Di carattere finale (<ref-law>), la decisione impugnata è stata emanata da un'autorità di ultima istanza cantonale con natura di tribunale superiore (art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF) e riguarda una causa di diritto pubblico (<ref-law>) che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'<ref-law>. Presentato in tempo utile (<ref-law>) e nella forma prescritta dalla legge (<ref-law>) dalla destinataria dell'atto impugnato, che ha un interesse degno di protezione all'annullamento del medesimo (<ref-law>), il gravame è quindi di massima ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico.
1.3 Il ricorso risulta invece inammissibile laddove la ricorrente domanda che siano anche annullate le decisioni del 7 dicembre 2011 e del 19 gennaio 2012. In virtù dell'effetto devolutivo della procedura ricorsuale le stesse sono infatti state sostituite dalla sentenza del Tribunale cantonale amministrativo. Soltanto quest'ultima pronuncia può quindi costituire l'oggetto dell'impugnativa (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 543; <ref-ruling> consid. 1. 3 pag. 474).
1.4 Con tale rimedio può, tra l'altro, essere censurata la violazione del diritto federale (<ref-law>), nozione che comprende i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 447 seg.). Rispettate le condizioni prescritte dall'<ref-law>, il Tribunale federale applica comunque il diritto d'ufficio (<ref-law>) e può accogliere o respingere un ricorso anche per motivi diversi da quelli invocati o su cui si è fondata l'autorità precedente (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254). Esigenze più severe valgono invece in relazione alla denuncia della violazione di diritti fondamentali. Il Tribunale federale esamina infatti simili censure solo se l'insorgente le ha sollevate e motivate in modo preciso (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246; <ref-ruling> consid. 1.4.2 pag. 254).
1.5 Per quanto riguarda i fatti, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Esso può scostarsene solo se è stato eseguito in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto, ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252). L'eliminazione del vizio indicato deve inoltre poter influire in maniera determinante sull'esito della causa, aspetto che, insieme a quello dell'asserito arbitrio, compete al ricorrente sostanziare (<ref-law>).
2. 2.1 Il Tribunale amministrativo cantonale, dopo avere analizzato la natura della risoluzione governativa emanata il 7 dicembre 2011, è giunto alla conclusione che la stessa non era volta a modificare o a sopprimere diritti o obblighi dell'insorgente fondati sul diritto pubblico ed andava pertanto, se del caso, contestata dinanzi al giudice civile. La ricorrente nulla ribadisce a questa argomentazione (<ref-law>), motivo per cui non occorre ora approfondire la questione.
2.2 Censurando la violazione del divieto dell'arbitrio la ricorrente afferma invece che la risoluzione governativa emanata il 7 dicembre 2011 si baserebbe su dati non corretti, se non falsi, e su documenti incompleti, rispettivamente che la decisione del 19 gennaio 2012 dell'Ufficio della refezione e dei trasporti pubblici sarebbe dettata da astio nei confronti del proprio direttore. Sennonché dette censure, le quali non sono rivolte contro la sentenza cantonale ma contro le circostanze che avrebbero condotto all'adozione delle decisioni che la precedono, esulano dall'oggetto del litigio (cfr. consid. 1.3) e sfuggono di conseguenza ad un esame di merito.
3. 3.1 Esaminando se il Consiglio di Stato poteva legittimamente decidere di passare, per quanto concerne la refezione scolastica, da un regime di gestione in parte pubblico e in parte privato ad un regime interamente pubblico, il Tribunale cantonale amministrativo ha confermato la scelta cantonale: a suo avviso la stessa era perfettamente lecita dato che non contrastava con la legislazione cantonale in materia scolastica, in virtù della quale (artt. 7 cpv. 3 LSc, 20 del regolamento della scuola media [RSM; RL/TI 5.1.6.1.1], e indirettamente art. 15 della legge sulle scuole professionali del 2 ottobre 1996 [LSP; RL/TI 5.2.2.1]) lo Stato era infatti senz'altro competente di istituire un servizio di refezione scolastica in tutti gli ordini di scuola del Cantone, se non addirittura obbligato, e di riflesso, di decidere se assumere direttamente questo compito o se esercitarlo in forma indiretta, conferendo a terzi l'incarico di provvedervi. I giudici ticinesi hanno poi lasciato indeciso il quesito di sapere se la decisione governativa era sorretta da un sufficiente interesse pubblico e se ossequiava il principio della proporzionalità: dato che la stessa toccava unicamente i diritti e doveri contrattuali dell'insorgente e che la libertà economica non sanciva alcun obbligo generale di contrarre, detta garanzia costituzionale non entrava in considerazione nel caso concreto. In ogni caso i motivi addotti dal Governo cantonale apparivano del tutto sostenibili e pertinenti, ritenuto comunque che, nella misura in cui rilevavano da scelte di mera opportunità, essi sfuggivano a qualsiasi esame o verifica da parte sua.
3.2 A parere della ricorrente invece, affinché la refezione scolastica, nei diversi ordini di scuola, possa essere definita un compito pubblico che lo Stato può esercitare in modo diretto ed esclusivo oppure in forma indiretta, conferendo l'incarico a terzi, occorrerebbe che detto incarico figuri esplicitamente in una legge. Ora, salvo l'art. 37 della legge sulla scuola dell'infanzia e sulla scuola elementare del 7 febbraio 1996 (LSIE; RL/TI 5.1.5.1), che disciplina appunto la questione per le scuole dell'infanzia e quelle elementari, le quali non sono però oggetto di disamina, i disposti determinanti nella fattispecie, cioè gli artt. 7 cpv. 3 e 10 LSc nonché 20 RSM nulla conterebbero in proposito, mentre l'art. 10 LSMS sarebbe solo una norma potestativa. In assenza di una base legale esplicita, la ricorrente considera pertanto che lo Stato può tutt'al più intervenire nella sua veste di proprietario dei locali adibiti alla refezione, fissandone contrattualmente le condizioni d'utilizzazione, oppure quale garante della salute pubblica (controllo della qualità e dell'igiene dei pasti). Giungendo invece alla conclusione che lo Stato può assumere in proprio un'attività che esula dai suoi compiti, la Corte cantonale avrebbe pertanto disatteso il principio di legalità e quello di sussidiarietà sgorganti dall'<ref-law> nonché violato l'<ref-law>, impedendo a lei di esercitare l'attività commerciale che svolgeva in precedenza.
3.3 Giusta l'<ref-law> il settore scolastico è di competenza dei Cantoni (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 164). Conformemente a quanto sancito dagli artt. 19 e 62 cpv. 2 Cost., essi devono segnatamente assicurare un'istruzione scolastica di base obbligatoria - in Ticino ciò corrisponde alle scuole elementari e alle medie (<ref-law>) - la quale dev'essere sufficiente, gratuita nelle scuole pubbliche, accessibile a tutti i giovani e, infine, dev'essere concretizzata in una legge (<ref-ruling> consid. 7.2 e 7.3 pag. 38 con riferimenti dottrinali). In materia d'istruzione l'art. 13 cpv. 2 seconda frase della Costituzione della Repubblica e Cantone Ticino del 14 dicembre 1997 (Cost./TI; RL/TI 1.1.1) dispone che ogni bambino ha diritto ad una formazione scolastica gratuita che risponda alle sue attitudini, mentre secondo l'art. 14 lett. f Cost./TI il Cantone provvede affinché ognuno possa segnatamente beneficiare di un'istruzione e di una formazione adeguata (...). Questi diritti (sociali) sono attuati dalla legge della scuola del 1° febbraio 1990 (LSc) la quale, dopo averla definita (art. 1 cpv. 1), stabilisce tra l'altro che la scuola pubblica è istituita e diretta dal Cantone con la collaborazione dei Comuni (art. 1 cpv. 2; vedasi anche l'art. 15 cpv. 1 Cost./TI cpv. 1 secondo cui i compiti pubblici sono assolti tra l'altro dal Cantone nei modi stabiliti dalla Costituzione e dalle leggi), ne determina la finalità (art. 2), i diversi gradi - dalla scuola dell'infanzia alle scuole professionali, ivi incluso l'educazione speciale - (<ref-law>) e dispone che il Consiglio di Stato, per mezzo del Dipartimento incaricato, ne esercita la direzione generale ed emana le disposizioni di applicazione della legge (<ref-law>).
Come già ricordato dal Tribunale federale i Cantoni fruiscono di un ampio potere di apprezzamento in materia scolastica (<ref-ruling> consid. 7.3 pag. 38) e scelgono di principio liberamente come costituire ed organizzare le loro scuole (le limitazioni imposte dalla Confederazione essendo minime, cfr. ad esempio <ref-law>). I Cantoni possono quindi adottare tutti quei provvedimenti ritenuti necessari al fine di favorire la frequenza scolastica degli alunni. Come già constatato nella giurisprudenza e dalla dottrina, tra questi provvedimenti figurano in particolare i servizi del trasporto e della refezione scolastici. In GAAC 1941 n. 3 è stato giudicato che nella misura in cui gli allievi non potevano rientrare a casa a mezzogiorno, incombeva alle autorità cantonali e/o comunali mettere loro a disposizione un locale sorvegliato, ove veniva servito loro la cosiddetta "Schulsuppe", parere poi riaffermato in GAAC 1955 n.10. Da parte sua HERBERT PLOTKE (in: Schweizerisches Schulrecht, 2a ed., 2003, n. 8.153 pag. 233) considera che è compito della scuola e, di riflesso, delle autorità organizzare una mensa a mezzogiorno quando gli allievi non possono, per motivi di lontananza del domicilio o di organigramma scolastico, rientrare a casa. È quindi indubbio che, contrariamente a quanto affermato dalla ricorrente, la refezione scolastica va annoverata tra i compiti di competenza dello Stato (ciò non implica però che i relativi costi debbano anche essere interamente assunti dallo Stato, che può limitarsi a sussidiarli, come previsto all'<ref-law>.), il quale poi sceglie liberamente come intende metterla in atto.
Come rettamente rilevato dalle autorità nelle loro risposte e contrariamente all'assunto della ricorrente, la refezione scolastica, e ciò per i diversi gradi scolastici, è prevista nelle leggi speciali, rispettivamente nei relativi regolamenti: l'art. 37 LSIE contempla le modalità di organizzazione della refezione scolastica per queste due scuole (cpv. 1), precisando che detto servizio dev'essere garantito per gli allievi che non possono rientrare a casa a mezzogiorno (cpv. 2); un'analoga regolamentazione è contenuta nell'art. 20 cpv. 1 lett. a e b RSM, mentre il principio stesso della refezione figura, sia osservato di transenna, direttamente nella legge medesima dal 1° luglio 2012, in seguito all'introduzione dell'art. 28b LSM (BU 2011, 654 cfr. pure il Messaggio del Consiglio di Stato del 22 febbraio 2011 concernente l'adeguamento della legislazione scolastica per consentire l'applicazione in Ticino del Concordato HarmoS, ove viene rilevato tra l'altro che la questione delle mense è attualmente disciplinata dalle norme di legge ed esecutive e che la competenza per la scuola media è del Consiglio di Stato, § IV n. 3 nonché commento all'art. 28b della legge sulla scuola media); l'art. 10 LSMS prevede che il Consiglio di Stato può istituire convitti e mense retti da speciale regolamento; l'art. 15 LSP dà al Cantone la competenza di fornire agli allievi prestazioni non d'insegnamento, tra cui si può annoverare quelle connesse alla refezione scolastica. Da quel che precede discende che è quindi data una base legale, rammentato poi che quando lo Stato decide di delegare ai propri servizi amministrativi l'esecuzione di un compito pubblico, sarebbe sufficiente, affinché sia rispettato il principio della legalità (<ref-law>) che la materia in questione sia regolamentata in un'ordinanza legislativa se non addirittura amministrativa (<ref-ruling> consid. 4.4.1 pag. 200), mentre se è sua intenzione delegarne l'esecuzione a terzi privati allora la delega e le relative modalità di esecuzione devono figurare in una legge formale (cfr. <ref-ruling> consid. 4.4.3 pag. 201;<ref-ruling> consid. 6.3 pag. 413; cfr. a livello federale l'<ref-law>; CHRISTOPH ERRASS, Kooperative Rechtsetzung, 2010, pag. 40 n. 32).
3.4 Premesse queste considerazioni è quindi a torto che la ricorrente censura la mancanza di una base legale e l'inesistenza di un compito statale e, di riflesso, la violazione dei principi della legalità e della sussidiarietà garantiti dall'<ref-law> Allo stesso modo, non essendovi appropriazione di un'attività svolta da terzi, non vi è alcuna lesione della libertà economica sgorgante dall'<ref-law> Su questi punti il ricorso si rivela infondato e come tale va respinto.
3.5 La Corte cantonale ha lasciato indeciso il quesito di sapere se la scelta dello Stato di assumere la gestione della refezione scolastica fosse retta da un sufficiente interesse pubblico e fosse rispettosa del principio della proporzionalità. Ha poi aggiunto che nella misura in cui la libertà economica (<ref-law>) non sanciva alcun obbligo di contrarre, la stessa non risultava lesa e, infine, che i motivi addotti, del tutto sostenibili e pertinenti, sfuggivano al suo esame in quanto rilevavano da scelte di mera opportunità. La ricorrente nulla obietta al riguardo. In difetto di una qualsiasi motivazione su questi punti (<ref-law>), gli stessi non verranno ulteriormente esaminati.
4. 4.1 Nella sentenza contestata il Tribunale cantonale amministrativo ha osservato che sebbene la refezione scolastica fosse un servizio d'interesse pubblico che lo Stato deve assicurare in virtù di quanto previsto dalla legislazione scolastica cantonale, i contratti conclusi tra lo Stato e l'insorgente ricadevano sotto la disciplina del diritto delle commesse pubbliche. Ora il contratto che viene concluso tra le parti al termine di una procedura di aggiudicazione è di natura giusprivatistica, ragione per cui la sua conclusione, forma, modifica e estinzione sono rette dal diritto privato. Di conseguenza eventuali contestazioni in proposito andavano sottoposte al competente giudice civile.
Questa argomentazione viene ripresa dalle autorità interessate nelle loro osservazioni, ove rilevano che mediante una gara d'appalto lo Stato ha scelto, in ossequio alle norme della legge sulle commesse pubbliche, il proprio partner contrattuale, definendo nel contempo l'oggetto sul quale intende concludere il contratto e che il contratto che sorge in seguito all'aggiudicazione è di natura civilistica. Ciò sarebbe confermato dal fatto che su alcuni punti, segnatamente il rispetto delle direttive, lo Stato avrebbe sempre mantenuto una posizione ferma, mentre su altri aspetti, ad esempio il prezzo dei pasti, vi sarebbe sempre stato un ampio margine di discussione.
4.2 Da parte sua la ricorrente - richiamata la prassi e la dottrina concernenti la decisione amministrativa, rispettivamente il contratto di diritto amministrativo - afferma che se la refezione scolastica è compito dello Stato allora la concessione ad un privato di esercitare detto compito è di natura pubblica e non, come erroneamente giudicato dalla Corte cantonale, di natura privata. A sostegno della propria tesi fa valere che il rapporto in essere tra lo Stato e i suoi servizi e sé stessa non è paritetico; essendo tenuta di seguire le direttive e le imposizioni dell'Ufficio della refezione e dei trasporti scolastici, essa non era libera di esercitare i compiti affidatile, ma si trovava in un rapporto di subordinazione. Allo stesso modo osserva che i concorsi prevedevano disposizioni precise e vincolanti sulla composizione e la preparazione dei pasti, sulla pianificazione dei menù e l'imposizione delle ricette, sul listino dei prezzi nonché contemplavano anche delle misure disciplinari. Infine rileva che i rapporti esistenti sono stati più volte modificati unilateralmente. In queste condizioni non ci si potrebbe avvalere della cosiddetta "Zweistufenteorie", in virtù della quale anche rapporti giuridici fondati su una risoluzione statale potrebbero essere regolati mediante contratti di diritti privato. Dato che esiste un chiaro rapporto di subordinazione, il quale peraltro non potrebbe essere annullato inserendo nei contratti una clausola secondo cui gli stessi sarebbero sottoposti al Codice delle obbligazioni, si è quindi in presenza di una vera e propria decisione, tutt'al più un contratto di diritto pubblico. Giungendo alla soluzione ora contestata, la Corte cantonale avrebbe pertanto accertato in modo errato i fatti a fondamento della vertenza e comunque in violazione del diritto federale.
4.3 Il fatto che la ricorrente confonda l'accertamento dei fatti rilevanti ai fini del giudizio con il loro apprezzamento giuridico, che altro non è che la loro qualificazione giuridica (sussunzione; <ref-ruling> consid. 3 pag. 620), non le nuoce dato che la censura, motivata, viene comunque esaminata nel merito.
4.4 Come già ricordato da questa Corte, le commesse pubbliche servono agli enti pubblici, da un lato, per acquisire dei beni e dei servizi più vantaggiosi possibili dal profilo economico, dall'altro, per garantire la parità di trattamento tra i concorrenti nonché la trasparenza della procedura di appalto. L'aggiudicazione, benché determini in modo vincolante il concorrente con il quale l'autorità deve contrarre, non implica di per sé la conclusione del contratto. In linea di principio la susseguente conclusione del contratto è retta dal diritto privato. Sennonché, la prestazione dell'aggiudicatario può nondimeno essere oggetto di un contratto di diritto pubblico. La qualifica del contratto dipende principalmente dall'oggetto del medesimo: i contratti di diritto amministrativo si riferiscono direttamente all'esecuzione di un compito di diritto pubblico oppure riguardano un oggetto retto dal diritto pubblico. Il contratto attiene invece al diritto privato quando lo Stato vuole solo procacciarsi, mediante un contratto di acquisto o un mandato, una risorsa di cui ha bisogno per eseguire un compito di diritto pubblico che effettuerà esso stesso (<ref-ruling> consid. 2a e 2b pag. 253 seg.). Occorre pertanto in primo luogo determinare la natura giuridica dei contratti litigiosi.
La distinzione fra le contestazioni civili e quelle fondate sul diritto pubblico viene effettuata sulla base dell'oggetto della lite (<ref-ruling> consid. 1b pag. 414, 101 II 366 consid. 2a). La giurisprudenza opera tale distinzione di caso in caso, con l'ausilio di diverse teorie, i cui criteri fondamentali non si escludono vicendevolmente e che vengono utilizzate a dipendenza della loro pertinenza per la singola fattispecie (<ref-ruling> consid. 4 pag. 137 segg., che illustra le diverse teorie).
Come già rilevato in precedenza (cfr. consid. 3), il settore scolastico è di competenza dei Cantoni, i quali fruiscono di un ampio potere di apprezzamento al riguardo: essi scelgono di regola liberamente come organizzare le loro scuole e adottano di conseguenza tutti quei provvedimenti - di cui fa parte, tra l'altro, la refezione scolastica - considerati necessari a tale fine. Trattasi pertanto di un compito d'interesse pubblico, disciplinato dalla normativa cantonale determinante, che deve di principio, essere assicurato dall'ente pubblico. Esaminando ora i diversi capitolati di concorso, rispettivamente i contratti figuranti agli atti emerge che, sebbene in due di loro è rinviato "per quanto non previsto dal presente (...) al Codice delle obbligazioni", è manifesto che non si è in presenza di rapporti giuridici di carattere paritetico. In effetti, come addotto dalla ricorrente nella propria impugnativa, in questi documenti sono stati fissati in modo vincolante, segnatamente, la composizione e la preparazione dei pasti, la pianificazione dei menù, l'imposizione delle ricette (settore peraltro sottoposto alla vigilanza dell'URTS e della consulenza alimentare che ha emanato direttive concernenti i requisiti qualitativi e quantitativi), il listino dei prezzi, i giorni d'apertura durante il calendario scolastico, il divieto di vendere bevande alcoliche e sigarette nonché misure disciplinari in caso di non rispetto di determinate direttive. Trattasi tutti di aspetti attinenti all'organizzazione, rispettivamente all'esecuzione di un compito di diritto pubblico. È quindi indubbio che gli elementi di diritto pubblico prevalgono sull'aspetto "di diritto privato" e che si è in presenza di contratti di diritto pubblico. Il semplice rimando, in alcuni documenti, al Codice delle obbligazioni, non è sufficiente per giungere alla conclusione opposta. Non si può quindi concludere, come fatto invece dal Tribunale cantonale amministrativo, che si è in presenza di un rapporto paritetico, considerato inoltre che l'elemento ritenuto determinante dai giudici cantonali per ammettere che si è in presenza di contratti di diritto privato - la circostanza cioè che una procedura di aggiudicazione, benché fondata sul diritto pubblico, si conclude di regola con un contratto di diritto privato - non è, come ricordato in precedenza, un principio assoluto, dato che la possibilità di stipulare un contratto di diritto pubblico, a dipendenza dell'oggetto del contendere, è possibile, come già indicato dal Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 301 e riferimenti).
Premesse queste considerazioni è quindi a torto che la Corte cantonale, definendo i contratti litigiosi di natura privatistica, ha rinviato la ricorrente ad agire, se del caso, dinanzi al competente giudice civile. Su questo punto il ricorso si rivela fondato e va pertanto accolto. La causa viene quindi rinviata al Tribunale cantonale amministrativo affinché si pronunci su questo aspetto, segnatamente sulla questione di sapere se le esigenze relative alla disdetta dei contratti siano state rispettate.
4.5 Da quanto precede discende che, nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è accolto limitatamente alla questione della natura dei contratti litigiosi e la causa è rinviata al Tribunale cantonale amministrativo affinché si pronunci su questo punto. Per il resto il ricorso è respinto.
5. Visto l'esito del giudizio, le spese giudiziarie ridotte vanno poste a carico della ricorrente, parzialmente soccombente (<ref-law>). Dato che essa vince parzialmente, lo Stato del Cantone Ticino le rifonderà un'indennità ridotta a titolo di ripetibili della sede federale (<ref-law>).
Lo Stato del Cantone Ticino non sopporta spese e non ha diritto a indennità (art. 66 cpv. 4 e 68 cpv. 3 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è parzialmente accolto, la sentenza impugnata è annullata e la causa viene rinviata al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino per nuovo giudizio nel senso dei considerandi. Per il resto il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie ridotte di fr. 1'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà alla ricorrente un'indennità ridotta di fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Dipartimento dell'educazione, della cultura e dello sport del Cantone Ticino, Ufficio della refezione e dei trasporti scolastici, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.