Aus dem Sachverhalt:
Die X. Immobilien AG sowie die Y. AG, die ebenfalls Immobiliengeschäfte bezweckte, wiesen je ein Aktienkapital von Fr. 50'000.-- auf, das je hälftig E.B. und J.R. zustand. Die Y. AG übernahm am 4. Juli 1994 gestützt auf einen Fusionsvertrag vom 4. Juli 1994 rückwirkend auf den 31. Dezember 1993 die Aktiven und Passiven der X. Immobilien AG und erhöhte ihr Aktienkapital um Fr. 50'000.-- auf Fr. 100'000.--.
Nach der Übernahmebilanz vom 31. Dezember 1993 setzte sich das Eigenkapital der übernommenen X. Immobilien AG wie folgt zusammen:
Aktienkapital Fr. 50'000.-- Reserven Fr. 380'000.-- Gewinnvortrag Fr. 389'845.--.
Die übernehmende Y. AG wies demgegenüber per 31. Dezember 1993 einen Bilanzverlust von Fr. 425'190.-- aus.
Bei der direkten Bundessteuer 1995/96 rechnete die Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer des Kantons St. Gallen den Eheleuten E.B. und K.B. u.a. den Betrag von Fr. 425'190.-- für das Bemessungsjahr 1994 als geldwerte Leistung aus Beteiligung auf und veranlagte sie mit einem steuerbaren Einkommen 1995/96 von Fr. 171'800.--. Im Einspracheverfahren hielt sie an dieser Aufrechnung fest und veranlagte die Pflichtigen mit Entscheid vom 22. September 1998 mit einem 1995/96 bundessteuerpflichtigen Einkommen von Fr. 171'700.--.
Hiergegen gelangten die Eheleute E.B. und K.B. an die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen. Diese hiess die Beschwerde mit Entscheid vom 10. Dezember 1999 (versandt am 16. Dezember 1999) gut und veranlagte die Pflichtigen für die direkte Bundessteuer 1995/96 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 65'400.--.
Gegen diesen Entscheid hat die Kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer des Kantons St. Gallen Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt, den Entscheid der Verwaltungsrekurskommission aufzuheben und den Einspracheentscheid der Kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer vom 22. September 1998 zu bestätigen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
2.- a) Nach Art. 20 Abs. 1 lit. c des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642. 11) sind Erträge aus beweglichem Vermögen, insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art, steuerbar. Strittig ist vorliegend, ob den Beschwerdegegnern anlässlich der fusionsweisen Übernahme der X. Immobilien AG durch die Y. AG eine geldwerte Leistung aus Beteiligung zugeflossen ist.
b) <ref-law> entspricht weitgehend dem bisherigen Art. 21 Abs. 1 lit. c BdBSt des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt). Hiebei handelte es sich nach der Praxis um eine Norm mit wirtschaftlichen Anknüpfungspunkten. Sie ist nach der wirtschaftlichen Betrachtungsweise auszulegen, wobei nicht strikte von der zivilrechtlichen Gestaltung auszugehen ist, die der Steuerpflichtige gewählt hat. Vielmehr haben die Steuerbehörden den Sachverhalt steuerrechtlich auch entsprechend seinem wirtschaftlichen Gehalt zu würdigen (<ref-ruling> E. 3b S. 241, 249 E. 2b S. 252). Diese Rechtsprechung wurde vom Bundesgericht trotz verschiedentlicher Kritik in der Lehre bestätigt (ASA 59 717 E. 4a S. 720; 60 537 E. 5a S. 540 f.; Pra. 1999 31 E. 2). Daran ist auch unter der Herrschaft des neuen Rechts festzuhalten.
c) In Anwendung dieser Grundsätze hat das Bundesgericht erkannt, dass ein Aktionär bei der Einbringung einer Beteiligung in eine von ihm beherrschte Gesellschaft zu einem über ihrem Nominalwert liegenden Anrechnungswert gegen Aktien der übernehmenden Gesellschaft oder gegen eine Gutschrift auf einem Aktionärsdarlehenskonto eine steuerbare geldwerte Leistung aus seiner Beteiligung erzielt. Wirtschaftlich betrachtet stellt die Einbringung einer Beteiligung in eine vom Steuerpflichtigen beherrschte Gesellschaft keine Veräusserung dar, da die wirtschaftliche Verfügungsmacht dem Pflichtigen in Form der Beteiligung an der von ihm beherrschten Aktiengesellschaft erhalten bleibt (BGE 115 I b 238 E. 3 c S. 241). Der Pflichtige erzielt bei einem solchen Vorgang einen Vermögenszufluss, der kausal auf das Halten der Beteiligungsrechte und nicht auf die Veräusserung derselben zurückzuführen ist (vgl. Markus Reich, Die steuerneutrale Reservenübertragung bei Unternehmensumstrukturierungen, Neuere Entwicklungen und Tendenzen, in: Das schweizerische Steuerrecht; Eine Standortbestimmung, Festschrift zum 70. Geburtstag von Ferdinand Zuppinger, Bern 1989, S. 384 f.). Es liegt somit nicht ein steuerfreier privater Veräusserungsgewinn (Kapitalgewinn), sondern ein Vermögensertrag vor, der auf dem Halten der Beteiligung beruht und der Einkommenssteuer unterliegt, soweit er keine Rückzahlung der bestehenden Kapitalanteile darstellt. Indem der Steuergesetzgeber Liquidationsüberschüsse und alle geldwerten Vorteile aus Beteiligungen aller Art für steuerbar erklärt, unterstellt er alle Leistungen der Gesellschaft an die Beteiligungsinhaber, soweit sie keine Kapitalrückzahlung darstellen, der Steuer, unabhängig davon, ob sie beim Pflichtigen - zufolge höherer Gestehungskosten - Einkommen im wirtschaftlichen Sinn bilden (objektbezogene Betrachtungsweise; vgl. Markus Reich, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, N. 29 f. zu <ref-law>).
Steuerfrei rückzahlbar sind nur nominelle Kapitalanteile im Zuge von Liquidationen oder Teilliquidationen (Nennwertprinzip; vgl. Reich, a.a.O., N.
33 zu <ref-law>). Durch die gesetzlich vorgesehene Besteuerung sämtlicher geldwerter Vorteile, die den Beteiligungsinhabern erbracht werden und die keine Rückzahlung des nominellen Aktienkapitals darstellen (Nominalwertprinzip), wird die konsequente Durchführung der wirtschaftlichen Doppelbelastung der Gewinne bei der Gesellschaft und der Gewinnausschüttungen beim Aktionär bezweckt. Nach der Praxis lösen daher - aus steuersystematischen Gründen - die Besteuerung auch alle Vorgänge aus, durch welche die Ausschüttungssteuerlast auf Gewinnen und Reserven aufgehoben oder reduziert wird. Das ist nach der Praxis dann der Fall, wenn in der Beteiligung verkörperte Mittel, die dem Aktionär lediglich als Beteiligungsertrag zufliessen können, in den Bereich des steuerfrei rückzahlbaren Grundkapitals oder der steuerfrei rückzahlbaren Darlehensforderungen übertragen (transponiert) werden (BGE 115 I b 238 E. 3d S. 242; Pra. 1999 31 E. 2a). Danach ist der Differenzbetrag zwischen dem Nominalwert der eingebrachten Aktien und der dem Aktionär erteilten Gutschrift als steuerbares Einkommen zu betrachten, es sei denn, es werde die so genannte Agio-Lösung angewandt. Bei dieser wird ein den Nominalwert (nicht aber den Verkehrswert) übersteigender Einbringungswert einkommenssteuerfrei dann zugelassen, wenn dieser Mehrwert einem Reservekonto der Holdinggesellschaft gutgeschrieben wird (vgl. Pra. 1999 31 E. 2c a.E. S. 34; Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 3. Februar 1987, ASA 55 497 f.). Der Steuer unterliegen aber auch Ausgleichsleistungen, die den beteiligten Aktionären bei einer Umstrukturierung zur Herstellung des anvisierten Umtauschverhältnisses erbracht werden, und zwar insbesondere auch Nennwertzuwächse, die aus Reserven stammen, auf denen die Vermögensertragssteuer noch nicht entrichtet worden ist (vgl. Reich, a.a.O., N. 56 ff., insbes. N. 58 zu <ref-law>).
d) Zu prüfen ist, ob im vorliegenden Fall Mittel, die der latenten Ausschüttungssteuerlast unterlegen haben, durch die vorgenommene Umstrukturierung der Besteuerung entzogen wurden. Ist dies zu bejahen, muss aus steuersystematischen Gründen eine Besteuerung eintreten.
aa) Das Bundesgericht hat in einem neueren nicht veröffentlichten Entscheid vom 16. Juni 2000 (Verfahren 2A.157/1999) in einer ähnlichen Situation eine Besteuerung bejaht. In jenem Fall wurden zwei Beteiligungen in eine Holdinggesellschaft eingebracht. Die eine Gesellschaft war überschuldet, weshalb die Einbringung mit einem Disagio von Fr. 900'000.-- vorgenommen wurde, die andere wies erhebliche Reserven und Gewinnvorträge aus und wurde mit einem Agio von Fr. 6'000'000.-- eingebracht. Das Bundesgericht hat erkannt, die erforderliche Sanierung der einen Gesellschaft sei durch Abschreibung der Beteiligung in der Holdinggesellschaft in Höhe von Fr.
900'000.-- zulasten des Agios der anderen Gesellschaft vorgenommen worden.
Die latente Ausschüttungssteuerlast, die sich im Agio der anderen Gesellschaft darstelle, sei in diesem Ausmass reduziert worden (E. 3).
bb) Im vorliegenden Fall war die übernehmende Y. AG nach der massgebenden Übernahmebilanz per 31. Dezember 1993 ebenfalls sanierungsbedürftig. Sie wies bei einem Aktienkapital von Fr. 50'000.-- einen Bilanzverlust von Fr. 425'190.-- aus. Ihr Eigenkapital war somit verloren und die Gesellschaft überschuldet. Dagegen wies die übernommene X. Immobilien AG ein Eigenkapital von Fr. 819'845.-- auf (Aktienkapital Fr. 50'000.--, Reserven Fr. 380'000.--, Gewinnvortrag Fr. 389'845.--). Durch den fusionsbedingten Einbezug des Bilanzverlusts der Y. AG von Fr. 425'190.-- wurden der Gewinnvortrag und die Reserven der X. Immobilien AG entsprechend reduziert. Indem die überschuldete Y. AG die Aktiven und Passiven der X. Immobilien AG mit einem Eigenkapital von Fr. 819'845.-- übernommen hat, wurde die Y. AG buchmässig saniert. Durch diese Sanierung haben die Aktionäre offensichtlich einen geldwerten Vorteil erlangt, wäre die Beseitigung des Kapitalverlusts und der Überschuldung ohne dieses Vorgehen doch nur durch Sanierungsbeiträge aus ihrem Privatvermögen möglich gewesen. Die vorliegende Fusion einer sanierungsbedürftigen Gesellschaft mit einer anderen Gesellschaft zulasten von deren Reserven und Gewinnvorträgen lässt sich nur damit erklären, dass beide Gesellschaften in gleichem Masse von denselben Aktionären beherrscht waren, die durch die dadurch bewirkte Sanierung auch in gleichem Ausmass begünstigt wurden. Auch ging mit der fraglichen Umstrukturierungsmassnahme eine Reduktion der der latenten Ausschüttungssteuerlast unterliegenden Mittel einher, wurden diese doch buchmässig um Fr. 425'190.-- vermindert. Somit ist auch aus steuersystematischen Gründen ein steuerbarer Vermögensertrag von insgesamt Fr. 425'190.-- zu bejahen.
cc) Im Zweijahresdurchschnitt macht dies für den Beschwerdegegner, der über die Hälfte des Aktienkapitals verfügt, Fr. 106'297. 50 aus. Somit ist für die Steuerperiode 1995/96 das bundessteuerpflichtige Einkommen von Fr. 171'700.-- gemäss dem Einspracheentscheid vom 22. September 1998 zu bestätigen.
Lausanne, 15. August 2000