Sachverhalt:
A. Die Schätzungskommission Kreis 10 (ESchK 10) ist ein erstinstanzliches eidgenössisches Fachgericht in Enteignungssachen gemäss Bundesgesetz vom 20. Juni 1930 über die Enteignung (EntG, SR 711). Die ESchK 10 ist für das Gebiet des Kantons Zürich zuständig. Aufsichtsbehörde ist seit dem 1. Januar 2007 das Bundesverwaltungsgericht.
Bei den Schätzungskommissionen handelt es sich um Milizgerichte, deren Mitglieder (Präsident, Vizepräsident und Fachrichter) nebenamtlich tätig sind. Sie sind unabhängige und grundsätzlich selbstständige Organisationseinheiten, verfügen aber im Normalfall über kein eigenes Sekretariat. Für ihre Tätigkeit erhalten die Mitglieder und der Aktuar ein Taggeld. Mit diesem wird in der Regel die gesamte Arbeit und die Benützung der eigenen Büroinfrastruktur abgegolten. In bestimmten Fällen können besondere Kosten überdies als Auslagen in Rechnung gestellt werden (<ref-ruling> E. 4 und 7).
B. Bei der ESchK 10 sind seit einigen Jahren eine Vielzahl von Fällen hängig. Ende 2011 waren es über 1800 Verfahren. Die grosse Zahl an Fällen stellt die ESchK 10 vor besondere organisatorische und betriebliche Probleme. Mit Beschluss vom 11. März 2010 (T-2/2010) traf das Bundesverwaltungsgericht als Aufsichtsbehörde verschiedene Anordnungen betreffend Einstellung von Hilfskräften, Miete von Büroräumlichkeiten, Einrichtung von Arbeitsplätzen und die Kostenaufteilung auf die verschiedenen Verfahren.
Mit Urteilen vom 1. und 15. März 2012 (A-3035/2011 und A-3043/ 2011) hiess das Bundesverwaltungsgericht ausserdem zwei Beschwerden der Flughafen Zürich AG gegen zwei Verfügungen der ESchK 10 über die Verwendung von zwei von der Flughafen Zürich AG bezahlten Kostenvorschüssen von Fr. 150'000 und Fr. 200'000 teilweise gut, hob die angefochtenen Verfügungen auf und wies die Angelegenheiten zur Ermittlung des entscheidrelevanten Sachverhalts bzw. zur Neufestlegung der strittigen Auslagen im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück. Gegen das erste Urteil ist bei der Ersten öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten der Flughafen Zürich AG hängig.
C. Am 8. Mai 2012 reichte die Präsidentin der ESchK 10 beim Bundesgericht Aufsichtsanzeige gegen das Bundesverwaltungsgericht ein. Die ESchK 10 stellt sinngemäss folgende Anträge:
1. Der Verordnungsgeber sei aufzufordern, die Kostenverordnung zu revidieren, namentlich sei eine hauptamtliche Leitung der ESchK zu ermöglichen, allen selbstständigen Fachmitgliedern sei eine Abrechnung zu den berufsüblichen Tarifen zu ermöglichen und zu klären, bei welchen Leistungen ausserhalb von Verhandlungen die übrigen Kommissionsmitglieder ein Taggeld beanspruchen könnten.
2. Die ESchK 10 sei mit geeigneten Massnahmen (Zuweisung eines eigenen Budgets bzw. Aufstockung des Budgets beim BVGer) von der Flughafen Zürich AG finanziell unabhängig zu machen.
3. Dem BVGer sei aufzugeben, die Präsidentin der ESchK von ihren persönlichen finanziellen Risiken zu entlasten und die Finanzverantwortung für die Investitionen gemäss seinem Beschluss vom 11. März 2010 zu gewährleisten.
4. Es sei dem BVGer aufzugeben, dafür zu sorgen, dass dem Bund jene Kosten aus der Tätigkeit und dem Betrieb der ESchK belastet werden könnten, die nicht dem Enteigner überbunden werden können.
5. Es sei dem BVGer aufzugeben sicherzustellen, dass die Mitglieder der ESchK, welche die BVG-Grenzwerte überschreiten, bei der Pensionskasse des Bundes versichert werden.
Das Bundesverwaltungsgericht als Aufsichtsbehörde beantragt, die Aufsichtsbeschwerde abzuweisen.
D. Die Baudirektion und die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Zürich reichten am 8. Juni 2012 beim Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) einen Vorstoss zur Anpassung der Verordnung über Gebühren und Entschädigungen im Enteignungsverfahren (SR 711.3) ein. Das Bundesverwaltungsgericht habe mit den beiden Urteilen vom 1. und 15. März 2012 die Kosten sowie die Stundenansätze für Fachmitglieder ohne technischen Hintergrund auf 47 Franken für Unselbstständige und 58 Franken für Selbstständige herabgesetzt. Das ordnungsgemässe Funktionieren der ESchK 10 sei mit diesen Urteilen grundsätzlich in Frage gestellt.
Das Bundesgericht ist mit einer Kopie der Eingabe bedient worden. Diese ist zu den Akten des vorliegenden Aufsichtsverfahrens genommen worden.

Erwägungen:
1. Beim vorliegenden Verfahren handelt es sich um eine Aufsichtsanzeige im Sinne von Art. 1 Abs. 2 BGG, Art. 3 lit. f Reglement des Bundesgerichts vom 11. September 2006 betreffend die Aufsicht über das Bundesstrafgericht, das Bundesverwaltungsgericht und das Bundespatentgericht (Aufsichtsreglement des Bundesgerichts, AufRBGer; SR 173.110.132) und Art. 3 Abs. 1 Verwaltungsgerichtsgesetz (VGG; SR 173.32) i.V.m. Art. 71 Abs. 1 Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren (VwVG; SR 172.021). Das Verfahren wird von Amtes wegen behördenintern durchgeführt und begründet keinen Anspruch auf Parteirechte (Art. 9 Abs. 2 AufRBGer).
1.1 Die Aufsicht des Bundesgerichts über die erstinstanzlichen eidgenössischen Gerichte geht vom Prinzip der Subsidiarität aus; sie will primär sicherstellen, dass die beaufsichtigten Gerichte mit geeigneten Führungs- und Verwaltungsmassnahmen selber dafür sorgen, dass die ihnen obliegenden Verwaltungs- und Führungsaufgaben umfassend wahrgenommen werden.
1.2 Dies gilt auch für die aufsichtsrechtliche Tätigkeit des Bundesverwaltungsgerichts. Prüfungsgegenstand der bundesgerichtlichen Aufsicht ist hier die Frage, ob das Bundesverwaltungsgericht seine Aufgabe als Aufsichtsbehörde überhaupt wahrnimmt und ob die Aufsicht als solche gesetzmässig, vollständig, sachgerecht sowie rechtzeitig ausgeübt wird, so dass die von ihr beaufsichtigte Behörde ihrerseits ihre Aufgaben gesetzmässig, zweckmässig und haushälterisch wahrnehmen kann. Hingegen überprüft das Bundesgericht als Aufsichtsbehörde über das Bundesverwaltungsgericht nicht, welche von mehreren möglichen aufsichtsrechtlichen Massnahmen besser geeignet wäre. Die Aufsichtsbeschwerde an das Bundesgericht ist kein Rechtsmittel gegen die Aufsicht des Bundesverwaltungsgerichts. Als Aufsichtsbehörde setzt das Bundesgericht nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle des Ermessens des Bundesverwaltungsgerichts. Mit appellatorischer Kritik an den aufsichtsrechtlichen Massnahmen der vorinstanzlichen Aufsichtsbehörde sind die von deren Aufsicht Betroffenen im bundesgerichtlichen Aufsichtsverfahren daher nicht zu hören.
2. Die Anzeigerin ist der Auffassung, dass durch die beiden Urteile des Bundesverwaltungsgerichts vom 1. und 15. März 2012 eine grosse Unsicherheit über die Finanzierung der ESchK 10 entstanden ist, die diese lahm lege.
Diese Urteile sind indessen nicht in einem Aufsichtsverfahren, sondern in einem gerichtlichen Verfahren ergangen. Das Urteil vom 15. März 2012 ist in Rechtskraft erwachsen, gegen jenes vom 1. März 2012 ist noch eine Beschwerde der Flughafen Zürich AG vor Bundesgericht hängig. Die Aufsicht des Bundesgerichts über das Bundesverwaltungsgericht ist administrativer Art; die Rechtsprechung ist von der Aufsicht ausgenommen (Art. 2 Abs. 2 AufRBGer, Art. 3 Abs. 1 VVG). Auf die Kritik an den beiden erwähnten Urteilen ist im vorliegenden Aufsichtsverfahren daher nicht weiter einzugehen.
3. Die Anzeigerin beantragt, dem Verordnungsgeber aufzugeben, die Kostenverordnung zu revidieren, um eine hauptamtliche Leitung der ESchK 10 zu ermöglichen, zudem alle selbstständigen Fachmitglieder mit berufsüblichen Tarifen zu entschädigen und ferner besser zu regeln, für welche Leistungen ein Taggeld beansprucht werden könne. Die Tätigkeit der Präsidentin der ESchK 10 stelle mit 70% keinen Nebenerwerb, sondern den Haupterwerb dar.
3.1 Mit den beiden Urteilen vom 1. und 15. März 2012 hat das Bundesverwaltungsgericht die Entschädigungen für die in diesen Verfahren behandelten Rechnungen der ESchK 10 verbindlich festgelegt, soweit diese im Verfahren vor der Ersten öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts nicht angefochten sind. Als Aufsichtsbehörde kann das Bundesgericht diese Entschädigungen wie erwähnt nicht überprüfen.
3.2 Entgegen der Auffassung, welche das Bundesverwaltungsgericht als Aufsichtsbehörde über die Schätzungskommissionen in seiner Stellungnahme vom 14. Juni 2012 äussert, kann es dagegen auch Aufgabe der Aufsichtsbehörde sein, beim Bundesrat auf eine Änderung der Entschädigungsverordnung hinzuwirken, sofern die Aufsichtsbehörde zur Auffassung gelangt, dass das gegenwärtige Entschädigungssystem den geänderten Verhältnissen nicht mehr gerecht wird und ein ordnungsgemässes Funktionieren bestimmter Schätzungskommissionen eine Anpassung des Entschädigungssystems erfordert. Die Aufgabe der Aufsichtsbehörde besteht nicht nur in der Rechtsanwendung, sondern auch darin, die nötigen organisatorischen Voraussetzungen für ein ordnungsgemässes Funktionieren der beaufsichtigten Behörden zu schaffen, bzw. bei der zuständigen Stelle auf eine Änderung hinzuwirken, wenn die erforderliche Massnahme in die Kompetenz einer anderen Behörde fällt. Das Bundesgericht als frühere Aufsichtsbehörde ist in diesem Sinne wiederholt mit konkreten Vorschlägen beim Bundesrat vorstellig geworden, die in entsprechende Änderungen der Verordnung über Gebühren und Entschädigungen im Enteignungsverfahren gemündet haben.
3.3 Das Bundesverwaltungsgericht verneint indessen einen entsprechenden Handlungsbedarf.
Wie es sich damit verhält, kann dahingestellt bleiben. Aufgrund der Eingabe der Baudirektion und der Volkswirtschaftsdirektion vom 8. Juni 2012 an das UVEK ist der Bundesrat bzw. dessen Verwaltung mit diesem Geschäft bereits befasst. Damit besteht zum vornherein kein Anlass, den Handlungsbedarf zusätzlich im bundesgerichtlichen Aufsichtsverfahren zu behandeln. Demzufolge entfallen im bundesgerichtlichen Aufsichtsverfahren auch die weiteren Anträge der ESchK 10, die auf eine Änderung der Entschädigungsverordnung hinauslaufen und vom Bundesrat behandelt werden müssen.
4. Die Anzeigerin beantragt schliesslich, das Bundesverwaltungsgericht habe dafür zu sorgen, dass die Mitglieder der ESchK, welche die BVG-Grenzwerte überschreiten, bei der Pensionskasse des Bundes versichert werden.
4.1 Im Urteil vom 1. März 2012 äusserte das Bundesverwaltungsgericht in Erwägung 6.6 Zweifel, ob die gegenwärtige Präsidentin und der frühere Präsident der ESchK 10 aufgrund ihrer (zumindest vorübergehend) ausschliesslichen bzw. erheblichen Tätigkeit für die EschK 10 im Haupterwerb noch als selbstständig erwerbend beurteilt werden können und wies die Frage zur Klärung des Sachverhalts und neuer Entscheidung an die ESchK 10 zurück. Im in Rechtskraft erwachsenen Urteil vom 15. März 2012 qualifizierte das Bundesverwaltungsgericht den Präsidenten, den Stellvertreter sowie die Mitglieder der eidgenössischen Schätzungskommission für ihre Tätigkeit zugunsten der Schätzungskommission vorfrageweise als unselbstständigerwerbend (E. 13.2). In Erwägung 13.5 f. stellte es weiter fest, dass die ESchK 10 die entsprechenden Kosten der kostenpflichtigen Verfahrenspartei gestützt auf Art. 114 EntG in Rechnung stellen kann, soweit die ESchK 10 in ihrer Eigenschaft als Arbeitgeberin von Gesetzes wegen gehalten sei, Sozialversicherungsbeiträge zu bezahlen. Für die Präsidentin und ihren Stellvertreter bejahte es die Verrechenbarkeit. Die Frage des Beitritts zur Pensionskasse PUBLICA als solcher wurde dagegen nicht geprüft.
4.2 In der Vernehmlassung vom 14. Juni 2012 wendet sich das Bundesverwaltungsgericht aus technischen Gründen gegen eine Aufnahme der Mitglieder der Schätzungskommissionen in die PUBLICA. Für Selbstständigerwerbende sei eine Aufnahme nicht möglich. Zudem brauche es für eine Aufnahme einen Arbeitgeber; die Eidgenössischen Schätzungskommissionen seien jedoch keine Arbeitgeber im Sinne der PUBLICA-Gesetzgebung.
4.3 Für ihre Tätigkeit zugunsten der ESchK sind der Präsident, der Stellvertreter und die anderen Mitglieder der ESchK gemäss BVG in der Pensionskasse des Bundes zu versichern, soweit die Voraussetzungen nach dem Bundesgesetz über die berufliche Alters-, Hinterlassenen und Invalidenvorsorge (BVG; SR 831.40) und den dazugehörigen Ausführungserlassen erfüllt sind. Zu beachten ist auch die Rechtsprechung des Bundesgerichts, namentlich zum Begriff der Hauptberuflichkeit. Danach gelten bei zwei Beschäftigungen zu 50% beide als hauptberuflich (<ref-ruling> E. 3.4). Bei drei Beschäftigungen gelten schon 20% als hauptberuflich mit entsprechender Versicherungspflicht (Urteil des Bundesgerichts 9C_183/2010, E. 2 und 3.1). Wer für eine bestimmte Tätigkeit als Unselbstständigerwerbender in der beruflichen Vorsorge versichert wird, kann für diese Tätigkeit nicht eine Entschädigung als Selbstständigerwerbender beziehen, weil ein und dieselbe Tätigkeit sozialversicherungsrechtlich nicht unterschiedlich behandelt werden kann.
4.4 Gemäss Art. 20 Abs. 3 der Verordnung über Gebühren und Entschädigungen im Enteignungsverfahren überweist der Präsident der Schätzungskommission der Bundesgerichtskasse - bzw. seit 2007 der Kasse des Bundesverwaltungsgerichts - die auf die Rechnungen entfallenden Sozialversicherungsbeiträge. Die Kasse überweist die Beiträge in der Folge den entsprechenden Sozialversicherungseinrichtungen. Sie wacht ferner gemäss Art. 21 der Verordnung über die Einhaltung der Vorschriften. Dem Bundesverwaltungsgericht kommt für die Schätzungskommissionen in Bezug auf die Sozialversicherungen jedenfalls insoweit eine gewisse Arbeitgeberfunktion zu.
4.5 Für honorarbeziehende Personen, die mit einem Arbeitgeber des Vorsorgewerks Bund in einem Dienstleistungsverhältnis stehen, aber nicht mit einem öffentlich-rechtlichen Arbeitsvertrag nach dem Bundespersonalgesetz angestellt sind, ist am 1. Februar 2012 das Vorsorgereglement für Honorarbeziehende im Vorsorgewerk Bund (VRHB) in Kraft getreten.
4.6 Im vorliegenden Aufsichtsverfahren ist indessen nicht darüber zu befinden, wem in Würdigung aller Umstände die Arbeitgeberfunktion zukommt und welche Mitglieder der ESchK 10 nach welchen Grundsätzen in die Pensionskasse PUBLICA aufzunehmen sind. Die ESchK 10 oder deren Lohnbezüger haben dies vielmehr formell zu beantragen. Gegebenenfalls haben sie eine anfechtbare Verfügung zu erwirken und diese anschliessend auf dem Rechtsmittelweg anzufechten. Für Streitigkeiten zwischen PUBLICA, Arbeitgebern und Anspruchsberechtigten sind gemäss Art. 28 VRHB die von den Kantonen nach Art. 73 BVG bezeichneten Gerichte zuständig.
4.7 Auch diesem Antrag der Anzeigerin kann somit nicht entsprochen werden. Die Aufsichtsanzeige erweist sich damit im Sinne der Erwägungen als unbegründet.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Der Aufsichtsanzeige wird keine Folge gegeben.
2. Es werden weder Kosten erhoben noch Entschädigungen zugesprochen
3. Dieser Entscheid wird dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt. Der Anzeigerin, dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation sowie der Ersten öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts wird eine Orientierungskopie zugestellt.
Lausanne, 24. August 2012
Im Namen der Verwaltungskommission
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Generalsekretär:
Meyer Tschümperlin