A.- Mit Verfügung vom 21. April 1994 kürzte das Bundesamt für Sozialversicherung (nachfolgend: BSV) die Bundesbeiträge an die Krankenkasse des Schweizerischen Betriebskrankenkassenverbandes (nachfolgend: KBV) für das Jahr 1992 um Fr. 1'206'253.-, weil ihre Verwaltungskosten im Jahre 1992 über das zulässige Mass hinaus angestiegen seien. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Eidgenössische Departement des Innern (nachfolgend: EDI) mit Entscheid vom 31. Oktober 1996 ab. Auf Verwaltungsgerichtsbeschwerde der KBV hin setzte das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 24. April 1998 die Kürzung der Bundesbeiträge für das Jahr 1992 auf Fr. 996'972.- fest.
In der Folge machte die KBV auf dem Differenzbetrag von Fr. 209'281.- Verzugszinse geltend, was das BSV mit Verfügung vom 3. Mai 1999 ablehnte.
B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde der KBV wies das EDI mit Entscheid vom 13. Dezember 1999 ab unter Auferlegung der Verfahrenskosten von Fr. 1090.-.
C.- Die KBV lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der Verfügung des BSV seien die Vorinstanzen anzuweisen, ihr noch Fr. 44'472. 20 als Verzugs-, Ausgleichs- oder Schadenszins für den verspätet ausgerichteten Teil des Bundesbeitrages für das Jahr 1992 auszubezahlen.
Das EDI und das BSV schliessen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Da es sich bei der angefochtenen Verfügung nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen handelt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- a) Nach ständiger Rechtsprechung werden im Bereich der Sozialversicherung grundsätzlich keine Verzugszinsen geschuldet, wenn sie nicht gesetzlich vorgesehen sind (<ref-ruling>, 108 V 13, je mit Hinweisen, u.a. bestätigt in <ref-ruling> Erw. 3, in RKUV 2000 U 360 S. 32 und in RKUV 1999 KV 88 S. 441 veröffentlichte Erw. 2a von <ref-ruling>). Dieser Grundsatz gilt indessen nicht ausnahmslos.
So hat das Eidgenössische Versicherungsgericht wiederholt Verzugszinsen zugesprochen, wenn "besondere Umstände" vorlagen. Solche Umstände erachtete das Gericht als gegeben bei widerrechtlichen oder trölerischen Machenschaften der Verwaltungsorgane. Für die ausnahmsweise Verzugszinspflicht bedarf es neben der Rechtswidrigkeit überdies eines schuldhaften Verhaltens der Verwaltung, wobei das Eidgenössische Versicherungsgericht es abgelehnt hat, die Verzugszinspflicht generell für bestimmte Gruppen von Fällen zu bejahen.
Wegleitend dafür war die Überlegung, dass die Auferlegung von Verzugszinsen im Sozialversicherungsrecht nur ausnahmsweise gerechtfertigt ist, wenn das Rechtsempfinden in besonderer Weise tangiert ist (<ref-ruling> Erw. 3a mit Hinweisen).
b) Angesichts dieser ständigen Rechtsprechung, deren Änderung namentlich auch im Hinblick auf die vom Gesetzgeber im Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts zu treffende Lösung (vgl. nunmehr <ref-law>) erst kürzlich abgelehnt worden ist (RKUV 2000 U 360 S. 32; nicht veröffentlichtes Urteil vom 29. Dezember 1998 in Sachen K., K 145/98), ist mit den beiden Vorinstanzen eine Verzugszinspflicht zu verneinen. Die von der Beschwerdeführerin für eine Verzugszinspflicht vorgebrachten drei Hauptgründe sind nicht stichhaltig. Bereits im nicht veröffentlichten Urteil vom 23. November 1989 in Sachen Öffentliche Krankenkasse Celerina (K 34/89) hat das Eidgenössische Versicherungsgericht festgehalten, eine unterschiedliche Behandlung von Versicherten und Trägern der Versicherung bezüglich der Verzugszinspflicht rechtfertige sich nicht. Mit ihrem Einwand übersieht die Beschwerdeführerin, dass die Rechtsprechung zur Verzugszinspflicht nicht nur im Bereich der Leistungen, sondern ganz allgemein im Sozialversicherungsrecht gilt, es sei denn, der Gesetzgeber habe eine andere Lösung getroffen. Weshalb für Sozialversicherungsträger unter dem Aspekt des Wettbewerbes untereinander im Vergleich zu den Versicherten etwas anderes gelten sollte, ist unerfindlich.
Die angeführte Konkurrenzsituation unter den Krankenversicherern bildet keinen Grund für eine abweichende Behandlung oder für die Annahme besonderer Umstände, welche Verzugszinsen zur Folge hätten. Immerhin ist darauf hinzuweisen, dass sich die fehlende Verzugszinspflicht auch zu Gunsten der Krankenversicherer auswirken kann (vgl. RKUV 1997 Nr. K 981 S. 100 Erw. 7 zur früheren Rechtslage im Bereich des Risikoausgleichs unter den Krankenkassen).
Soweit die Beschwerdeführerin unter Berufung auf <ref-ruling> einen Ausgleichszins geltend macht, dringt sie ebenfalls nicht durch. In diesem Entscheid hielt das Eidgenössische Versicherungsgericht im Zusammenhang mit der Auszahlung der Integritätsentschädigung nach <ref-law> fest, dass der Versicherte eine Verspätung in der Auszahlung (z.B. infolge langwieriger Abklärungen) in der Regel in Kauf zu nehmen habe. <ref-law> stelle demgegenüber insofern eine besondere Regelung dar, als damit nicht nur der materielle Anspruchsbeginn, sondern auch der Zeitpunkt, in dem verfügt werden muss, bestimmt werde. Das Gesetz bestimme mithin den Zeitpunkt, in welchem der Versicherte die Leistung erhalten solle. Eine mit <ref-law> vergleichbare Regelung findet sich im dringlichen Bundesbeschluss über befristete Massnahmen gegen die Entsolidarisierung in der Krankenversicherung vom 13. Dezember 1991 nicht, gestützt auf welchen die Verfügung vom 21. April 1994 betreffend Subventionskürzung erging.
Ist keine rechtlich vergleichbare Situation gegeben, erweist sich eine analoge Anwendung von <ref-ruling> als nicht statthaft (nicht veröffentlichtes Urteil vom 10. Mai 1991 in Sachen G., I 403/90). Auch vermag der Umstand, dass eine Rekursbehörde zu einer abweichenden rechtlichen Beurteilung gelangt, grundsätzlich keinen Verzinsungsanspruch auszulösen (RKUV 1991 Nr. U 132 S. 305). Ein Schadenszins, der sowohl bei deliktischer wie bei vertraglicher Haftpflicht geschuldet ist (<ref-ruling> Erw. 4a in fine mit Hinweisen), entfällt im vorliegenden Fall ohnehin. Widerrechtlichem oder trölerischem Verhalten eines Verwaltungsorgans würde über die ausnahmsweise Zusprechung von Verzugszinsen Rechnung getragen.
Schliesslich führt auch die Berufung auf Art. 4 aBV (nunmehr <ref-law>) zu keinem andern Ergebnis. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin führt die Unverzinslichkeit dazu, dass derjenige Sozialversicherungsträger, dem gegenüber das Recht unrichtig angewendet worden ist, einen Nachteil gegenüber seinen Mitbewerbern erleide, was unter dem Aspekt der Rechtsgleichheit nicht sein dürfe. Die sich aus der fehlenden Verzinsungspflicht ergebenden Nachteile sind zwangsläufige Folge des Umstandes, dass die Sozialversicherungsgesetze - von Ausnahmen abgesehen - keine Verzugszinsregelungen enthalten. Sie können grundsätzlich sämtliche Sozialversicherungsträger und Versicherte treffen. Stossenden Ergebnissen kann nach der Rechtsprechung dort Rechnung getragen werden, wenn das Rechtsempfinden in besonderer Weise berührt wird und der Verwaltung ein rechtswidriges und schuldhaftes Verhalten vorgeworfen werden muss (<ref-ruling> Erw. 3). In den übrigen Fällen wiegen die aus der fehlenden Verzinsungspflicht entstehenden Nachteile nicht derart schwerwiegend, dass von einem unhaltbaren Ergebnis oder von einer ungleichen Behandlung gesprochen werden müsste.
3.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 134 OG e contrario in Verbindung mit Art. 156 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Die Gerichtskosten von Fr. 3500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
III. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Eidgenössischen Departement des Innern zugestellt.
Luzern, 5. September 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: