Faits:
A. Le 22 septembre 2006, le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève (ci-après: le département) a refusé à A._ l'autorisation de construire un hangar agricole sur une parcelle de la commune de Presinge, en raison de l'atteinte au paysage. A._ a saisi la Commission cantonale de recours en matière de constructions (ci-après: la commission) qui, par décision du 10 avril 2007, a admis le recours: la parcelle était située en zone agricole et ne faisait pas l'objet d'un plan de site; la cause était renvoyée au département afin de définir si et dans quelle mesure la construction répondait aux besoins de l'exploitation. Par lettre du 13 août 2007, le Chef du département a informé la commune de Presinge que, compte tenu de la décision de la commission et des préavis favorables, l'autorisation était accordée. L'autorisation de construire, datée du même jour, a été publiée dans la feuille d'avis officielle du 17 août 2007, avec la mention qu'il s'agissait d'une décision d'exécution non susceptible de recours.
B. Le 3 septembre 2007, la Mairie de Presinge s'est adressée au Chef du département. Elle relevait notamment qu'après avoir été informée du recours devant la commission et après avoir déposé des remarques initiales, elle n'avait pas été entendue et n'avait eu connaissance de sa décision qu'à réception de la lettre du 13 août 2007. Elle désirait être informée des possibilités de recours à ce stade de la procédure. Le Chef du département répondit, le 27 septembre 2007, que l'autorisation avait été délivrée sur le vu du préavis favorable du service de l'agriculture.
C. Le 8 novembre 2007, la commune a saisi la commission d'un recours contre la décision du 10 avril 2007, subsidiairement d'une demande de révision. Le recours a été transmis au Tribunal administratif genevois, auquel la commune a adressé un recours semblable le 13 novembre 2007. Le même jour, la commune a formé une nouvelle demande de révision remplaçant la première, valant également recours contre l'autorisation de construire du 13 août 2007.
Le 20 novembre 2007, la commission a rejeté la demande de révision, en considérant que la décision du 10 avril 2007 tenait compte, matériellement, de la position exprimée par la commune. Celle-ci a recouru au Tribunal administratif contre ce prononcé.
Le 3 mars 2008, la commission a déclaré irrecevable le recours formé contre l'autorisation de construire du 13 août 2007, cette décision n'étant qu'une mesure d'exécution. La commune a également recouru au Tribunal administratif.
D. Par arrêt du 29 juillet 2008, après avoir écarté diverses requêtes d'effet suspensif, le Tribunal administratif a déclaré irrecevables les recours dirigés contre la décision de la commission du 10 avril 2007; la commune en avait eu connaissance par le courrier du département du 13 août 2007 et s'était ensuite limitée à un échange de correspondance avec le département; le recours, formé trois mois plus tard, était tardif. Le recours dirigé contre la décision de la commission du 20 novembre 2007, irrecevable en tant qu'il tendait à l'annulation de l'autorisation de construire, était mal fondé pour le surplus car la commune ne faisait valoir aucun fait nouveau à l'appui de sa demande de révision. Le recours formé contre la décision du 3 mars 2008 a également été rejeté: l'autorisation de construire du 13 août 2007 constituait effectivement une mesure d'exécution.
E. La Commune de Presinge forme un recours en matière de droit public par lequel elle demande l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif, ainsi que de la décision de la commission du 10 avril 2007 et de l'autorisation de construire du 13 août 2007. La recourante ne remet pas en cause l'arrêt cantonal en tant qu'il concerne la demande de révision adressée à la commission. Elle conteste en revanche l'irrecevabilité pour tardiveté de son recours cantonal contre la décision du 10 avril 2007 de la commission, et le rejet du recours formé contre la décision du 3 mars 2008 constatant que l'autorisation de construire n'était qu'une décision d'exécution non susceptible de recours.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Le département s'en rapporte à justice. A._ conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, le recours en matière de droit public est ouvert contre les décisions rendues dans les causes de droit public.
1.1 Le recours est formé dans le délai de trente jours (<ref-law>), contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF).
1.2 Selon l'art. 89 al. 2 let. c LTF, les communes et autres collectivités publiques ont qualité pour recourir en invoquant la violation de garanties qui leur sont reconnues par les Constitutions cantonale ou fédérale.
La recourante ne prétend pas qu'elle serait autonome sur le fond de la contestation, c'est-à-dire en matière de délivrance d'une autorisation de bâtir en zone agricole. En droit genevois en effet, la compétence en revient au seul département (art. 2 de la loi sur les constructions et installations diverses - LCI, RS/GE L/5/05), les communes ne disposant que d'un droit de préavis (art. 3 al. 3 LCI), qui a été exercé en l'espèce. La recourante ne saurait ainsi fonder sa qualité pour recourir sur l'art. 89 al. 2 let. c LTF (autonomie communale).
1.3 Selon l'art. 89 al. 2 let. d LTF, ont aussi qualité pour recourir les personnes, organisations et autorités auxquelles une autre loi fédérale accorde un droit de recours. Selon l'art. 34 al. 2 let. b et c LAT, les cantons et les communes ont qualité pour recourir contre les décisions portant notamment sur la reconnaissance de la conformité à l'affectation de la zone de constructions sises hors de la zone à bâtir, ainsi que sur les autorisations visées aux art. 24 à 24d LAT. L'arrêt attaqué ne traite pas directement de cette question, mais le recours porte sur la violation des droits de participer à la procédure et de recourir, tels que garantis par le droit cantonal (art. 145 al. 2 LCI) et par l'art. 34 LAT. Le recours paraît donc recevable sous cet angle.
1.4 Dans la mesure où l'arrêt attaqué ne se prononce pas sur la validité de l'autorisation de construire du 13 août 2007, et déclare tardif le recours dirigé contre la décision de la commission du 10 avril 2007, le recours ne peut tendre à l'annulation de ces deux décisions. Seule est recevable la conclusion en annulation de l'arrêt cantonal.
2. La recourante conteste que l'autorisation de construire du 13 août 2007 soit une simple décision d'exécution, non soumise à recours. Elle se prévaut de l'art. 147 al. 2 LCI, disposition qui permettrait aux recourants initiaux de s'en prendre à une autorisation ultérieure, lorsqu'apparaissent de nouveaux motifs de refus. L'art. 59 let. b de la loi genevoise sur la procédure administrative (LPA; RS/GE E/5/10), qui concerne les mesures d'exécution des décisions, ne serait applicable que lorsque la commission ordonne au département de délivrer l'autorisation, et non lorsqu'elle exige, comme en l'espèce, un complément d'instruction devant aboutir à une nouvelle décision finale. Le département aurait omis à tort de procéder au complément d'instruction exigé par la commission, à propos de la taille du hangar au regard des besoins de l'exploitation. La recourante estime ensuite que sa lettre du 3 septembre 2007 exprimait de manière suffisamment claire sa volonté de recourir; elle se prévaut de l'absence d'indication correcte de la voie de recours, et de l'obligation du département de transmettre le recours à l'autorité compétente.
2.1 S'agissant de dispositions de droit cantonal, le Tribunal fédéral n'intervient que sous l'angle de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 251). Il ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable ou en contradiction manifeste avec la situation effective, ou encore si elle a été adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 133; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 260), ce que le recourant doit démontrer en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 400).
2.2 Dans sa décision du 10 avril 2007, la commission relevait que deux des conditions posées à l'<ref-law> n'étaient pas contestées (viabilité de l'exploitation et absence d'intérêts prépondérants); en revanche, le dossier était lacunaire s'agissant de l'adéquation du bâtiment aux besoins de l'exploitation. Dans sa réponse à la recourante du 27 septembre 2007, le département a expliqué que, sous l'angle de la LAT, le service de l'agriculture s'était déclaré favorable au projet. La recourante remet en cause cette appréciation en relevant que le préavis favorable du 23 juin 2005 comportait une condition selon laquelle le projet de hangar devait être examiné simultanément au projet de nouvelle stabulation et d'augmentation du cheptel. Toutefois, dans son préavis du 13 juin 2006, le même service relevait que les aménagements de stabulation ne nécessitaient aucune procédure d'autorisation. Le département pouvait en déduire que la condition formulée précédemment était devenue sans objet, et que le préavis relatif au respect de la LAT était dès lors sans réserve. Dans la mesure où le dossier apparaissait suffisamment instruit sur ce point, le département pouvait autoriser le projet sans se livrer aux actes d'instruction requis par la commission. Il n'y a dès lors aucun arbitraire à retenir que l'autorisation de construire constituait une décision d'exécution.
2.3 La recourante soutient que l'art. 147 al. 2 LCI constituerait une "lex specialis" par rapport à l'art. 59 let. b LPA. On ne voit cependant pas pourquoi cette première disposition (qui impose simplement aux tiers d'intervenir dans la procédure pour pouvoir recourir et participer aux procédures ultérieures) obligerait d'entrer en matière sur un recours dirigé contre une mesure d'exécution. Dans la mesure où il est suffisamment motivé, le grief doit être écarté.
2.4 L'arrêt attaqué n'est pas non plus arbitraire dans son résultat, car, même à supposer que l'autorisation du 13 août 2007 était sujette à recours, il apparaît que la commune a manifestement tardé à agir. Ayant été informée le jour même de la délivrance de l'autorisation de construire, et manifestement désireuse de la remettre en cause, la commune ne pouvait ignorer qu'en cas de recours possible, nonobstant l'indication figurant dans la FAO, elle devait agir dans les trente jours dès la connaissance de cette décision. Or, sa lettre du 3 septembre 2007 ne saurait valoir comme recours; la commune y exprimait son désaccord sur le fond et son étonnement quant à la procédure ayant abouti à la décision de la commission. Elle désirait être informée sur les "possibilités de recours ... à ce stade de la procédure, s'il en reste". Présentée comme une simple demande d'informations, dépourvue de toute motivation et de conclusions à l'encontre de l'autorisation de construire, elle ne satisfaisait manifestement pas aux exigences posées à l'art. 65 LPA et ne pouvait être considérée comme un recours par son destinataire, pas plus que la lettre du 12 septembre 2007 qui annonce le lancement d'une pétition. Le département n'a dès lors commis ni déni de justice, ni violation du droit cantonal en ne transmettant pas ces lettres à la commission. Quant à l'acte du 13 novembre 2007, il est évidemment tardif.
Contrairement à ce que semble soutenir la recourante, l'invocation du droit d'être entendu n'impose pas à l'autorité de se montrer moins exigeante en matière de recevabilité des recours.
3. Les mêmes considérations valent - a fortiori puisqu'il n'y avait pas à ce sujet d'indication erronée des voies de recours - pour le recours dirigé contre la décision de la commission du 10 avril 2007, dont la recourante ne conteste pas avoir également eu connaissance par le courrier du département du 13 août 2007. Le Tribunal administratif relève à juste titre que les recours des 8 et 13 novembre 2007 sont tardifs, et que les courriers précédents de la commune ne pouvaient valoir comme recours. Même si les membres de la Mairie ne sont pas juristes, la recourante ne pouvait être assimilée à un administré ignorant les règles de la procédure, en particulier de l'existence et de la durée des délais de recours et des conséquences d'une inaction. Cette appréciation n'a rien d'arbitraire: rien n'empêchait la commune de se renseigner immédiatement sur la possibilité de recourir, afin de sauvegarder ses droits. A cet égard, les explications liées au calendrier du Conseil municipal sont sans pertinence.
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté. Conformément à l'<ref-law>, il n'est pas perçu de frais judiciaires. Une indemnité de dépens est allouée à l'intimé A._, à la charge de la recourante.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Une indemnité de dépens de 2000 fr. est allouée à l'intimé A._, à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Département des constructions et des technologies de l'information et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 30 janvier 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz