Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdegegner) arbeitete seit 1. Juli 2002 bei X._ SA (Beschwerdeführerin) als Personalberater. Art. 9 des Arbeitsvertrags vom 1. Mai 2002 enthielt ein Konkurrenzverbot. Die Beschwerdeführerin verfasste mehrere Nachträge zum Arbeitsvertrag, die der Beschwerdegegner jeweils unterzeichnete. Sowohl der Arbeitsvertrag als auch die Nachträge verwiesen für "alles Weitere" auf den Rahmenarbeitsvertrag in der jeweils geltenden Fassung. Der Nachtrag 2/2004 enthielt die Änderung der Lohnhöhe, der Pauschalspesen, der Kommission sowie des Jahresbonus und bestätigte die Austrittsklausel sowie das Konkurrenzverbot. Mit dem Nachtrag 1/2005 wurde der Beschwerdegegner zum Abteilungsleiter Technik/Industrie/Bau befördert; die Lohnhöhe, Pauschalspesen, Kommission, Jahresbonus sowie die Austrittsklausel und das Konkurrenzverbot wurden weiterhin als gültig erklärt. Mit dem Nachtrag 2/2006 wurde die Kommission abgeändert und im Übrigen der Lohn sowie der Jahresbonus bestätigt. Die Austrittsklausel sowie das Konkurrenzverbot fanden keine Erwähnung. Mit Schreiben vom 15. Februar 2007 kündigte der Beschwerdegegner seine Arbeitsstelle per Mitte April 2007 und arbeitet seit 1. Mai 2007 bei der Y._ AG in Basel.
B. Im September 2007 erhob die Beschwerdeführerin beim Bezirksgericht Arlesheim Klage und beantragte, den Beschwerdegegner zur Bezahlung einer Konventionalstrafe von Fr. 51'480.-- nebst Zins zu verpflichten, mit der Begründung, der Beschwerdegegner habe das im Arbeitsvertrag vom 1. Mai 2002 vereinbarte Konkurrenzverbot verletzt. Mit Urteil vom 19. Februar 2008 wies das Bezirksgericht die Klage ab. Zur Begründung führte es im Wesentlichen aus, ein allfälliger Verweis, dass neben dem Rahmenarbeitsvertrag noch einzelne Bestimmungen des ursprünglichen Einzelarbeitsvertrags weiterhin Gültigkeit hätten, finde sich in keinem Nachtrag. In Betrachtung des Gesamtzusammenhangs der verschiedenen Vereinbarungen der Parteien sowie deren Inhalts ergebe sich, dass sämtliche Regelungen von früheren Nachträgen zum Arbeitsvertrag mit einem neu vereinbarten Nachtrag ersetzt worden seien und damit keine Geltung mehr beanspruchen könnten. Dies gelte auch für das Konkurrenzverbot, das in den beiden früheren Nachträgen ausdrücklich bestätigt und durch die Nichterwähnung im Nachtrag 2/2006 aufgehoben worden sei. Die Aufhebung eines Konkurrenzverbots könne konkludent erfolgen. Demgemäss habe zum Zeitpunkt der Beendigung des Arbeitsverhältnisses keine gültige Vereinbarung über ein Konkurrenzverbot bestanden.
Das Kantonsgericht Basel-Landschaft wies die Appellation der Beschwerdeführerin, die beantragte, den Beschwerdegegner zur Bezahlung eines reduzierten Betrags von Fr. 30'000.-- nebst Zins zu verpflichten, mit Urteil vom 21. Oktober 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft aufzuheben und den Beschwerdegegner zu verpflichten, der Beschwerdeführerin Fr. 30'000.-- nebst Zins zu bezahlen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz beantragt unter Hinweis auf ihren Entscheid, die Beschwerde sei abzuweisen.

Erwägungen:
1. Die vorliegende Beschwerde hat einen Entscheid in Zivilsachen zum Gegenstand (Art. 72 Abs. 1 BGG). Sie betrifft eine vermögensrechtliche Angelegenheit mit einem Streitwert von mehr als Fr. 15'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 51 Abs. 1 lit. a BGG). Die Vorinstanz hat als letzte kantonale Instanz endgültig entschieden (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Die Beschwerde wurde rechtzeitig eingereicht (Art. 100 Abs. 1 BGG).
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5.4 S. 148; <ref-ruling> E. 3.1 S. 153; <ref-ruling> E. 2.1 S. 211; je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Der Beschwerdeführer kann sich dabei nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
3. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe den Grundsatz des Vorrangs der subjektiven vor der objektiven Vertragsauslegung verletzt (Art. 18 OR). Die Vorinstanz habe sich nicht willkürfrei darauf beschränken können, den Parteiwillen als irrelevant zu bezeichnen, um alsdann auf eine subsidiäre normative Vertragsauslegung abzustellen.
3.1 Die Vorinstanz gelangte im Wesentlichen zum Schluss, mit dem neuen Nachtrag sei der jeweils frühere aufgehoben worden, so dass immer nur der neueste Nachtrag gültig gewesen sei, im Zeitpunkt der Beendigung des Arbeitsverhältnisses somit einzig der Nachtrag 2/2006. Die durch die Nichterwähnung des Konkurrenzverbots im Nachtrag 2/2006 geschaffene Unklarheit hinsichtlich der Weitergeltung von Art. 9 des Arbeitsvertrags vom 1. Mai 2002 gehe nach Sinn und Zweck der gesamten gesetzlichen Regelung des Konkurrenzverbots zu Lasten der Arbeitgeberin bzw. sei so auszulegen, wie sie der Arbeitnehmer nach Treu und Glauben habe verstehen dürfen. Wovon der Beschwerdegegner tatsächlich ausgegangen sei oder ob er sich anlässlich der Unterzeichnung des Nachtrags 2/2006 überhaupt etwas gedacht habe, spiele für die Auslegung keine Rolle. Es sei davon auszugehen, dass ein qualifiziertes Schweigen hinsichtlich des Konkurrenzverbots vorliege und die Konkurrenzverbotsklausel mit Inkrafttreten des Nachtrags 2/2006 per 1. Juni 2006 konkludent aufgehoben worden sei. Dafür dass ein Konkurrenzverbot trotz dieses Auslegungsergebnisses zur Zeit der Beendigung des Arbeitsverhältnisses bestanden habe, sei die Beschwerdeführerin beweispflichtig. Sie müsse eine neue Vereinbarung nachweisen, die den Anforderungen von Art. 340 Abs. 1 OR entspreche. Dieser Beweis sei ihr aber nicht gelungen. Der Beschwerdegegner habe im E-Mail an B._ von der Beschwerdeführerin vom 16. Mai 2007 nur bekundet, an einer aussergerichtlichen Lösung interessiert zu sein und nicht anerkannt, aus dem Konkurrenzverbot etwas zu schulden. Ebenso wenig könne aus der vom neuen Arbeitgeber des Beschwerdegegners bestätigten Abmachung, bei einem negativen Ausgang des vorliegenden Prozesses etwas zu übernehmen, auf eine Anerkennung des Konkurrenzverbots zur Zeit der Beendigung des Arbeitsverhältnisses geschlossen werden.
3.2 Der Inhalt eines Vertrags bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (Art. 18 Abs. 1 OR). Nur wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Während das Bundesgericht die objektivierte Vertragsauslegung als Rechtsfrage prüfen kann, beruht die subjektive Vertragsauslegung auf Beweiswürdigung, die vorbehaltlich der Ausnahme von Art. 105 Abs. 2 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung im Beschwerdeverfahren entzogen ist. Der Vorrang der subjektiven vor der objektivierten Vertragsauslegung ergibt sich aus Art. 18 OR als Auslegungsregel (<ref-ruling> E. 1.1 S. 469 f.).
3.3 Die Behauptungs- und Beweislast für Bestand und Inhalt eines vom normativen Auslegungsergebnis abweichenden subjektiven Vertragswillens trägt jene Partei, die aus diesem Willen zu ihren Gunsten eine Rechtsfolge ableitet (vgl. <ref-ruling> E. 4a/bb S. 123 mit Hinweis). Daher ist nicht zu beanstanden, wenn zunächst - unabhängig vom tatsächlichen Parteiwillen - eine Auslegung nach dem Vertrauensprinzip vorgenommen wird und danach abgeklärt wird, ob einer Partei der Nachweis eines abweichenden tatsächlichen Parteiwillens gelingt. Unzutreffend ist allerdings der Hinweis der Vorinstanz, die Beschwerdeführerin müsse eine neue Vereinbarung nachweisen, die den Anforderungen von Art. 340 Abs. 1 OR entspreche. Es genügt, wenn der Nachweis erbracht ist, dass beide Parteien übereinstimmend von der Weitergeltung des Konkurrenzverbots ausgingen.
3.4 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe übersehen, dass der Beschwerdegegner in einem E-Mail vom 16. Mai 2007 an B._ von der Beschwerdeführerin die Gültigkeit des in Art. 9 des Arbeitsvertrags vom 1. Mai 2002 stipulierten Konkurrenzverbots anerkannt habe.
Der Beschwerdegegner schrieb in diesem E-Mail unter anderem:
"Ich möchte bei Dir deponiert haben dass mir bewusst ist dass ich einen Arbeitsvertrag bei der X._ AG mit einer Klausel unterschrieben habe und dass dies gegen mich verwendet werden kann. Meine Vorstellung ist dass es aber auch sicherlich eine Möglichkeiten gibt dies zu umgehen/vermeiden.
Wir beide wissen wie die Geschichte enden könnte und dass möchte ich nicht wie Du vielleicht auch nicht. Ich bitte Dich darüber Gedanken zu machen ob es eine Möglichkeit / Vereinbarung für Dich und X._ AG gibt, wo wir das Gerichts-Fiasko auslassen und uns anderweitig gemeinsam eine angemessene Lösung ausarbeiten könnten."
Aus dem fraglichen E-Mail geht deutlich hervor, dass das Konkurrenzverbot im Arbeitsvertrag vom 1. Mai 2002 gültig begründet wurde. Dies ist indessen unbestritten. Der Umstand, dass sich der Beschwerdegegner bewusst war, aus einer solchen Klausel könne etwas zu seinen Ungunsten abgeleitet werden, bedeutet nicht, dass er in tatsächlicher Hinsicht davon ausging, das Konkurrenzverbot gelte trotz Nichterwähnung im Nachtrag 2/2006 weiterhin. Seine Äusserungen können sich auch lediglich auf allfällige prozessuale Unsicherheiten beziehen. Damit ist im Ergebnis nicht unhaltbar, wenn die Vorinstanz einen tatsächlichen übereinstimmenden Willen hinsichtlich der Weitergeltung des Konkurrenzverbots nicht als erwiesen erachtete. Die Vorbringen der Beschwerdeführerin zeigen allenfalls auf, dass vielleicht auch ein anderes Ergebnis der Beweiswürdigung vertretbar gewesen wäre. Sie genügen aber jedenfalls nicht, um den Entscheid der Vorinstanz als willkürlich erscheinen zu lassen.
3.5 Die Vorinstanz kam sodann zum Schluss, auch aus der zwischen dem Beschwerdegegner und seinem neuen Arbeitgeber getroffenen Abmachung, "bei einem negativen Ausgang des vorliegenden Prozesses etwas zu übernehmen", könne nicht auf eine Anerkennung des Konkurrenzverbots durch den Beschwerdegegner für den Zeitpunkt der Beendigung des Arbeitsverhältnisses geschlossen werden. Für die entsprechende Aussage verwies die Vorinstanz explizit auf die einschlägige Stelle des Protokolls der Hauptverhandlung. Die Rüge der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe diese Aussage zu Unrecht nicht berücksichtigt, ist somit unbegründet.
3.6 Die Beschwerdeführerin rügt ferner, der Ingress "Nachtrag zum Arbeitsvertrag" könne nur so verstanden werden, dass der Arbeitsvertrag vom 1. Mai 2002 jeweils ergänzt werden sollte, weshalb der Beschwerdegegner nach Treu und Glauben nicht von der Aufhebung des Konkurrenzverbots habe ausgehen dürfen. Die Vorinstanz ging zu Recht davon aus, dass durch die Nichterwähnung des Konkurrenzverbots im Nachtrag 2/2006 zumindest eine Unklarheit hinsichtlich der Weitergeltung von Art. 9 des Arbeitsvertrags vom 1. Mai 2002 entstand. Wenn der ursprüngliche Arbeitsvertrag integral weiter gegolten hätte, hätte in der Tat keine Veranlassung bestanden, in den Nachträgen 2/2004 und 1/2005 festzuhalten, das im Arbeitsvertrag vom 1. Mai 2002 vereinbarte Konkurrenzverbot bleibe weiterhin gültig. Indem die Vorinstanz diese Unklarheit zu Lasten der Beschwerdeführerin auslegte und aufgrund aller Umstände von einem qualifizierten Schweigen sowie von einer konkludenten Aufhebung des im Arbeitsvertrag vom 1. Mai 2002 vereinbarten Konkurrenzverbots ausging, hat sie kein Bundesrecht verletzt.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Mai 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Feldmann