Sachverhalt:
A. X._ und Y._, österreichische Staatsbürger und wohnhaft in Österreich, sind die Eltern des am 29. September 2010 im Untersuchungsgefängnis Bern verstorbenen Z._. Dieser war verdächtigt worden, in den Verkauf einer CD mit Kundendaten der S._ Bank ins Ausland involviert gewesen zu sein, weshalb die Bundesanwaltschaft gegen ihn ein Strafverfahren führte.
B. Zur Deckung der mutmasslichen Steuerschulden von Z._ sel. für die direkte Bundessteuer 2009 und 2010 verlangte das Kantonale Steueramt Zürich (nachfolgend: Steueramt) von X._ und Y._ am 18. Mai 2012 die Sicherstellung von Fr. 500'000.-- und liess die Erbanteile mit Arrest belegen. Dagegen erhoben X._ und Y._ am 6. Juni 2012 Beschwerde beim Steuerrekursgericht des Kantons Zürich (nachfolgend: Steuerrekursgericht), worauf dieses X._ und Y._ am 12. Juni 2012 zur Bezahlung eines Kostenvorschusses von Fr. 15'000.-- verpflichtete. Das Gesuch vom 2. Juli 2012 um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung sowie Bestellung eines unentgeltlichen Rechtsbeistands wies das Steuerrekursgericht am 19. Juli 2012 ab.
C. Mit Beschwerde an das Bundesgericht vom 22. August 2012 beantragen X._ und Y._, der Beschluss des Steuerrekursgerichts vom 19. Juli 2012 betreffend Nichtgewährung der unentgeltlichen Rechtspflege sei aufzuheben und ihnen sei im Verfahren vor dem Steuerrekursgericht die unentgeltliche Prozessführung und Bestellung ihres Rechtsvertreters als unentgeltlicher Rechtsbeistand zu gewähren.
Das Steueramt und das Steuerrekursgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
D. Mit Eingabe vom 5. Oktober 2012 beantragen X._ und Y._ die Sistierung des Verfahrens bis zum rechtskräftigen Abschluss des durch die Bundesanwaltschaft geführten Strafverfahrens gegen Z._ sel. sowie allfälliger Rechtsmittelverfahren im In- und Ausland betreffend die Beschlagnahme oder Einziehung von Vermögenswerten aus dessen Nachlass; eventualiter sei die Frist zur Einreichung einer Stellungnahme bis am 30. November 2012 zu erstrecken.

Erwägungen:
1. 1.1 In der Hauptsache geht es um eine Angelegenheit auf dem Gebiet der direkten Bundessteuer, welche gemäss Art. 82 lit. a BGG der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unterliegt; eine sachliche Ausnahme im Sinn von Art. 83 BGG liegt nicht vor.
1.2 Zu prüfen ist, ob der Beschluss des Steuerrekursgerichts direkt beim Bundesgericht anfechtbar ist.
1.2.1 Gemäss Art. 86 Abs. 2 BGG setzen die Kantone als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein, soweit nicht nach einem anderen Bundesgesetz Entscheide anderer richterlicher Behörden der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen. Im Bereich der direkten Bundessteuer sieht Art. 146 DBG (SR 642.11) vor, dass der Entscheid der kantonalen Steuerrekurskommission oder, wenn ein doppelter kantonaler Instanzenzug im Sinn von Art. 145 Abs. 1 DBG existiert, der Entscheid einer weiteren kantonalen Beschwerdeinstanz beim Bundesgericht angefochten werden kann. Die kantonalen Steuerrekurskommissionen können somit, sofern sie letztinstanzlich entscheiden, als zulässige Vorinstanzen des Bundesgerichts fungieren (vgl. Urteile 2C_136/2011 vom 30. April 2012 E. 1.2; 2C_485/2009 vom 8. April 2010 E. 1.1 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 4.1 S. 97; FELIX RICHNER UND ANDERE, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 1 und N. 19 zu Art. 146 DBG).
1.2.2 Im Bereich der Sicherstellung ist von Bundesrechts wegen der zweistufige kantonale Instanzenzug möglich, aber nicht zwingend. Art. 146 DBG, auf den Art. 169 Abs. 3 DBG verweist, lässt offen, ob dem bundesgerichtlichen Verfahren ein einfacher oder doppelter Instanzenzug vorangeht. Nach der Rechtsprechung zur Steuerharmonisierung sind die Kantone jedoch verpflichtet, für Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer eine zweite kantonale Gerichtsinstanz vorzusehen, wenn für die direkten kantonalen Steuern ein zweifacher gerichtlicher Instanzenzug besteht (<ref-ruling> E. 6.6 S. 80).
Im Kanton Zürich ist für die Sicherstellung der kantonalen Steuern ausnahmsweise ein einstufiger Instanzenzug statuiert; dieser führt allerdings direkt an das Verwaltungsgericht (vgl. § 181 Abs. 3 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [StG; LS 631.1]). Demgegenüber sind Sicherstellungsverfügungen betreffend die direkte Bundessteuer gemäss Art. 169 Abs. 3 DBG bei der kantonalen Steuerrekurskommission anfechtbar. Die Verordnung des Kantons Zürich vom 4. November 1998 über die Durchführung des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer (LS 634.1) äussert sich nicht zum Instanzenzug bei Sicherstellungsverfügungen. In genereller Hinsicht nennt § 13 Abs. 1 der Verordnung die Steuerrekurskommissionen als erste, § 14 Abs. 1 der Verordnung das Verwaltungsgericht als zweite Beschwerdeinstanz. Gemäss § 42 lit. a des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG; LS 175.2) ist die Beschwerde an das Verwaltungsgericht unzulässig gegen Anordnungen, die unmittelbar bei einer Rechtsmittelinstanz des Bundes angefochten werden können. Demgemäss ist das Steuerrekursgericht, welches die Funktion der kantonalen Steuerrekurskommissionen übernommen hat, im Bereich der Sicherstellung der direkten Bundessteuer einzige kantonale Beschwerdeinstanz. In der zürcherischen Gesetzgebung unterliegt somit die Anfechtung von Sicherstellungsverfügungen je nach Art der Steuer unterschiedlichen Beschwerdeinstanzen. Darin kann jedoch kein Verstoss gegen das Prinzip des einheitlichen Instanzenzugs erblickt werden, da dieses in erster Linie die Anzahl der Beschwerdeinstanzen beschlägt (vgl. <ref-ruling> E. 6.6 S. 80).
1.2.3 Ergänzend ist zu erwähnen, dass in der Lehre der einstufige kantonale Instanzenzug mit Blick auf die bei Sicherstellungsverfügungen gebotene zeitliche Dringlichkeit favorisiert wird (vgl. FELIX RICHNER UND ANDERE, a.a.O., N. 39 zu Art. 169 DBG; HANS FREY, Sicherstellung und Arrestbefehl im Gesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2009, S. 161, 172). Dies erscheint sachgerecht, zumal der Zweck des im Rahmen der Bundesjustizreform revidierten Art. 169 Abs. 3 DBG, wonach die Kantone zur Einrichtung einer gerichtlichen Beschwerdeinstanz verpflichtet werden sollten, mit der Beschwerdemöglichkeit an eine Steuerrekurskommission erfüllt ist (vgl. MICHAEL BEUSCH, Die Einheitsbeschwerde im Steuerrecht, IFF Forum für Steuerrecht 2007 S. 3 ff., hier S. 11).
1.2.4 Die zürcherische Regelung der Anfechtung von Sicherstellungsverfügungen erweist sich somit als bundesrechtskonform. Demgemäss ist das Steuerrekursgericht im Bereich der Sicherstellung der direkten Bundessteuer als letzte kantonale Instanz im Sinn von Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG zu betrachten.
1.3 Beim angefochtenen Beschluss handelt es sich um einen Zwischenentscheid betreffend Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Die Beschwerde dagegen ist zulässig, wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG), wobei der Nachteil rechtlicher Natur sein muss (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 382; <ref-ruling> E. 2.1 S. 190). Nach der Rechtsprechung gilt die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege als nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinn dieser Bestimmung (<ref-ruling> E. 4; Urteil 2D_6/2012 vom 31. Juli 2012 E. 1.1).
1.4 Die Beschwerdeführenden, welche am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen haben, sind durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und haben an dessen Aufhebung ein schutzwürdiges Interesse. Sie sind somit gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG zur Erhebung der Beschwerde legitimiert.
1.5 Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur beanstandet bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 BGG beruht (Art. 97 Abs. 1 BGG bzw. Art. 105 Abs. 2 BGG). Die Rüge, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden, ist gleichzusetzen mit der Willkürrüge (<ref-ruling> E. 4.1.2 S. 62; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252) und entsprechend den Anforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG zu substanziieren (vgl. E. 2.1 hiervor). Die Geltendmachung der Sachverhaltsrüge setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Im Fall einer unvollständigen Sachverhaltsfeststellung, welche ebenfalls als Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 lit. a BGG zu behandeln ist, kann das Bundesgericht gemäss Art. 107 Abs. 2 BGG die Sache an die Vorinstanz oder eine untere Instanz zur ergänzenden Abklärung der Umstände zurückweisen (Urteil 2C_273/2010 vom 6. Oktober 2010 E. 1.3 mit Hinweis).
3. Die Vorinstanz begründet die Abweisung des Gesuchs damit, die Beschwerdeführenden hätten ihre Bedürftigkeit nicht ausreichend dargetan und belegt, indem sie lediglich auf ihre Steuerveranlagung für das Jahr 2011 und die zugehörige Steuererklärung verwiesen hätten.
Die Beschwerdeführenden machen geltend, die Vorinstanz habe ihren Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege verletzt und den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Mit dem beigelegten Rentenausweis für das Jahr 2011 hätten sie nachgewiesen, dass sie nur ein jährliches Einkommen von umgerechnet Fr. 18'871.-- erzielen würden. An Vermögenswerten würden sie lediglich über die selbstbewohnte Liegenschaft in Österreich im Wert von ca. EUR 150'000.-- verfügen; diese zu veräussern oder weiter zu belasten sei ihnen nicht zumutbar. Der Zugriff auf das Nachlassvermögen sei ihnen infolge der Arrestierung verwehrt. Die Höhe des Kostenvorschusses sei prohibitiv. Die Vorinstanz habe überspitzt formalistisch gehandelt, indem sie sie - die Beschwerdeführenden - nicht zur Einreichung weiterer Unterlagen aufgefordert habe, obwohl sie im Gesuch explizit um Mitteilung gebeten hätten, falls für die Beurteilung des Begehrens weitere Informationen und Auskünfte benötigt würden.
4. Gemäss Art. 29 Abs. 3 BV hat jede Person, welche nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand.
4.1 Das bei der Vorinstanz erhobene Rechtsmittel, mit dem die Beschwerdeführenden sich der Sicherstellung von mutmasslichen Steuerschulden in der Höhe von insgesamt Fr. 1'000'000.-- widersetzen, kann angesichts des komplizierten Nachlasses von Z._ sel. nicht von vornherein als aussichtslos bezeichnet werden. Die Vorinstanz äussert sich dazu nicht, scheint jedoch implizit von der Nichtaussichtslosigkeit des Begehrens auszugehen, indem sie die Bedürftigkeit der Beschwerdeführenden geprüft und den entsprechenden Nachweis als ungenügend erachtet hat.
4.2 Bei der Prüfung der Bedürftigkeit hat die entscheidende Behörde rechtsprechungsgemäss sämtliche Umstände zu würdigen und der gesamten wirtschaftlichen Situation der gesuchstellenden Partei Rechnung zu tragen. Zu diesem Zweck sind einerseits alle finanziellen Verpflichtungen der gesuchstellenden Partei zu berücksichtigen und andererseits ihre Einkommens- und Vermögensverhältnisse zu prüfen. In zeitlicher Hinsicht ist die wirtschaftliche Situation der gesuchstellenden Partei im Zeitpunkt der Einreichung des Gesuchs massgeblich. Unbeholfene Rechtssuchende hat die Behörde auf die Angaben hinzuweisen, die sie zur Beurteilung des Gesuchs benötigt. Grundsätzlich obliegt es aber der gesuchstellenden Partei, ihre Einkommens- und Vermögensverhältnisse umfassend darzustellen und soweit möglich auch zu belegen. Diesbezüglich trifft sie eine umfassende Mitwirkungspflicht: An ihr ist es, sowohl ihre Einkommens- und Vermögensverhältnisse als auch sämtliche finanziellen Verpflichtungen vollständig anzugeben und soweit möglich zu belegen. An die klare und gründliche Darstellung der finanziellen Situation durch die gesuchstellende Partei dürfen umso höhere Anforderungen gestellt werden, je komplexer diese Verhältnisse sind. Verweigert ein Gesuchsteller die zur Beurteilung seiner aktuellen Gesamtsituation erforderlichen Angaben oder Belege, so kann die Behörde die Bedürftigkeit ohne Verletzung des verfassungsmässigen Anspruchs verneinen. Insbesondere ist die mit dem Gesuch befasste Behörde weder verpflichtet, den Sachverhalt von sich aus nach jeder Richtung hin abzuklären, noch muss sie unbesehen alles, was behauptet wird, von Amtes wegen überprüfen. Sie muss den Sachverhalt nur dort (weiter) abklären, wo noch Unsicherheiten und Unklarheiten bestehen, sei es, dass sie von einer Partei auf solche - wirkliche oder vermeintliche - Fehler hingewiesen wird, sei es, dass sie sie selbst feststellt (Urteil 5A_451/2012 vom 27. August 2012 E. 2.1 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 3a S. 181 f.).
4.3 Die Beschwerdeführenden haben im vorinstanzlichen Verfahren als Beilage zur Steuererklärung 2011 eine (undatierte) "Verständigung über die Pensionshöhe zum 1. Jänner 2011" der österreichischen Pensionsversicherungsanstalt betreffend den Beschwerdeführer 1 eingereicht. Darin wird bescheinigt, dass der monatliche Auszahlungsbetrag ab 1. Januar 2011 EUR 1'300.41 betragen hat. Dieser Betrag (in Franken umgerechnet) wurde in der gemeinsamen Steuererklärung 2011 als einziges Einkommen der Beschwerdeführenden angegeben und in der Veranlagung vom 30. Mai 2012 als satzbestimmendes Einkommen für deren (beschränkte) Steuerpflicht im Kanton Thurgau herangezogen.
Das Wertschriften- und Guthabenverzeichnis der Steuererklärung 2011 enthält keine Einträge. Als Vermögenswerte waren gemäss Veranlagungsverfügung vom 30. Mai 2012 am 31. Dezember 2011 die geerbte Liegenschaft des Sohnes im Kanton Thurgau im Wert von Fr. 339'000.-- sowie die in Österreich gelegene Liegenschaft der Beschwerdeführenden im Wert von umgerechnet Fr. 182'000.-- (im Gesuch mit EUR 150'000.-- beziffert) vorhanden.
Zu ihren Ausgaben haben die Beschwerdeführenden keine Angaben gemacht; in der Veranlagungsverfügung vom 30. Mai 2012 wurden für das Jahr 2011 Schuldzinsen von Fr. 5'775.-- berücksichtigt.
4.4 Die Beschwerdeführenden haben nachgewiesen, dass sie ab Januar 2011 über ein jährliches Renteneinkommen von ca. Fr. 18'871.-- (EUR 15'604.90) sowie über ein bescheidenes Vermögen verfügten. Weil die Liegenschaft des Sohnes am 18. Mai 2012 mit Arrest belegt wurde, ist sie für die Beurteilung der wirtschaftlichen Situation am 2. Juli 2012 nicht heranzuziehen. Das massgebliche Vermögen der Beschwerdeführenden betrug demnach im Zeitpunkt der Gesuchseinreichung ungefähr Fr. 182'000.--.
Die Angaben der Beschwerdeführenden reichen nicht aus, um ihre wirtschaftliche Situation im Zeitpunkt der Gesuchseinreichung am 2. Juli 2012 darzulegen; insbesondere sind die Ausgaben nicht dokumentiert. Für die Berechnung eines allfälligen Überschusses ist eine Gegenüberstellung der Einnahmen und Ausgaben unerlässlich. Der gesuchstellenden Partei obliegt es, ihre Einkünfte anhand aktueller Lohn- oder Rentenausweise zu belegen und auf der Ausgabenseite die Fixkosten (ohne Grundbedarf) anhand von Verträgen und Rechnungen in Verbindung mit den entsprechenden Belastungen auf zeitnah ausgestellten Kontoauszügen nachzuweisen (zum erforderlichen umfassenden Einblick in die aktuelle finanzielle Situation der gesuchstellenden Partei vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 182 f.).
Das Bundesgericht hat in einem ähnlichen Fall, in dem der rechtskundig vertretene Gesuchsteller widersprüchliche Angaben im Gesuch gemacht und keine Bank- oder Postkontoauszüge eingereicht hatte, entschieden, die Mitwirkungspflicht sei knapp erfüllt, und die Prozessarmut aufgrund der vorhandenen Angaben bejaht. Es erwog, die Bedürftigkeit stehe auch ohne Ausgabenbelege fest, decke doch das Einkommen nicht einmal den Grundbedarf (Urteil 9C_690/2009 vom 8. Oktober 2009 E. 4.4).
4.5 Die Frage, ob die Beschwerdeführenden ihrer Mitwirkungspflicht im vorinstanzlichen Verfahren hinreichend nachgekommen sind, kann vorliegend aufgrund der nachfolgenden Erwägungen offen bleiben.
4.5.1 In Übereinstimmung mit den vorstehend dargelegten Grundsätzen (vgl. E. 4.2 hiervor) ist die Vorinstanz grundsätzlich zu Recht davon ausgegangen, dass das Gesuch vom 2. Juli 2012 - insbesondere was die Ausgabenseite betrifft - nicht vollständig dokumentiert war. In Anbetracht der Umstände des hier zu beurteilenden Falls (tiefes Einkommen, bescheidenes Vermögen und relativ hoher Kostenvorschuss) kommt diesem Umstand jedoch keine entscheidende Bedeutung zu.
Die eingereichten Unterlagen lassen auf sehr bescheidene wirtschaftliche Verhältnisse schliessen. So konnte die Vorinstanz nicht davon ausgehen, dass die Rente in den sechs Monaten seit dem Stichtag der Steuererklärung (31. Dezember 2011) in relevanter Weise erhöht worden wäre. Eine Barschaft war gemäss Steuerveranlagung nicht vorhanden.
Die Beschwerdeführenden verfügten im Zeitpunkt der Gesuchseinreichung über eine selbstbewohnte Liegenschaft in Österreich. Aus den eingereichten Unterlagen geht nicht hervor, ob diese schuldenfrei ist; im Gesuch vom 2. Juli 2012 haben die Beschwerdeführenden keine Hypothekarbelastung erwähnt. In der Beschwerde an das Bundesgericht machen sie jedoch geltend, eine "Veräusserung oder weitere Belastung" sei ihnen angesichts ihres tiefen Einkommens nicht zumutbar.
4.5.2 Es stellt sich die Frage, ob den Beschwerdeführenden die Aufnahme eines Hypothekarkredits in der Höhe des Kostenvorschusses von Fr. 15'000.-- zugemutet werden könnte. Nach der Rechtsprechung ist der gesuchstellenden Person grundsätzlich zumutbar, ihr Vermögen anzugreifen, soweit dieses einen angemessenen "Notgroschen" übersteigt. Insbesondere darf von einem Grundeigentümer verlangt werden, einen Kredit auf sein Grundstück aufzunehmen, soweit dieses noch belastet werden kann (Urteil 4D_41/2009 vom 14. Mai 2009 E. 3 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 5). In Anbetracht der aktuell tiefen Zinsen ist trotz des tiefen Einkommens der Beschwerdeführenden nicht von vornherein auszuschliessen, dass die Liegenschaft belastet werden könnte. Umgekehrt kann die Zumutbarkeit einer Belehnung nicht ohne weitere Abklärungen als gegeben erachtet werden. Schliesslich kann von den Beschwerdeführenden auch nicht erwartet werden, dass sie ohne Aufforderung seitens der Behörde eine Bestätigung ihrer Bank einreichen, wonach sie sich erfolglos um einen Hypothekarkredit bemüht hätten. Die eingereichten Unterlagen enthalten somit eine Unklarheit, welche von der Vorinstanz im Einklang mit der Rechtsprechung (vgl. E. 4.2 hiervor am Ende) auszuräumen gewesen wäre. Indem die Vorinstanz trotz Hinweisen auf die Prozessarmut die Frage, ob das selbstbewohnte Wohneigentum belastet werden kann, nicht abgeklärt hat, hat sie den rechtserheblichen Sachverhalt nicht vollständig ermittelt, was eine Rechtsverletzung im Sinn von Art. 95 lit. a BGG darstellt (vgl. E. 2.2 hiervor am Ende).
4.6 Bei diesem Ergebnis ist nicht weiter zu prüfen, ob die Vorinstanz überspitzt formalistisch gehandelt hat, indem sie den Beschwerdeführenden keine Frist zur Vervollständigung des Gesuchs gesetzt hat.
5. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als begründet. Der angefochtene Beschluss ist aufzuheben und die Sache zur ergänzenden Abklärung der wirtschaftlichen Situation der Beschwerdeführenden am 2. Juli 2012 und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5.1 Die Notwendigkeit der anwaltlichen Vertretung wird von der Vorinstanz nicht bestritten. Aufgrund der Komplexität des Nachlasses und der damit verbundenen drohenden Steuerschulden ist evident, dass die (ausländischen) Beschwerdeführenden auf eine Rechtsvertretung in der Schweiz angewiesen sind. Deshalb ist ihnen im Fall, dass nach erfolgter Instruktion ihre Mittellosigkeit bejaht wird, - nebst der Befreiung von der Bezahlung der Verfahrenskosten - Rechtsanwalt Rechsteiner antragsgemäss als unentgeltlicher Rechtsbeistand beizuordnen.
5.2 Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Verfahrenskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG); das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird somit gegenstandslos. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführenden für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG). Das Gesuch um Sistierung des Verfahrens wird als gegenstandslos abgeschrieben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid wird aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführenden für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Steuerrekursgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. November 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Genner