Immissionen, Frühgeläut, hat sich ergeben:
A.- Nachdem der Gemeinderat Bubikon am 1. Oktober 1997 auf einen Antrag von X._, das Frühgeläut der reformierten Kirche Bubikon von 05.00 Uhr auf 07.00 Uhr zu verschieben, nicht eingetreten war, zog er am 18. Februar 1998 seinen Entscheid in Wiedererwägung und ordnete an, dass dieses Frühgeläut nicht vor 06.00 Uhr stattfinden dürfe und auf durchschnittlich 50 Schläge zu beschränken sei.
Gegen diesen Entscheid führte X._ erfolglos Rekurs bei der Baurekurskommission III und Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
B.- Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 29. Januar 1999 hat X._ beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Die Beschwerdeführerin beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei anzuordnen, dass das Frühgeläut der reformierten Kirche Bubikon ausnahmslos nicht vor 07.00 Uhr ertönen dürfe.
C.- Die Reformierte Kirchgemeinde Bubikon und der Gemeinderat Bubikon beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. Den gleichen Antrag stellt das Verwaltungsgericht.
Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) liess sich vernehmen, ohne einen Antrag zum Verfahrensausgang zu stellen. Es würde eine Verschiebung des Frühgeläuts auf 07.00 Uhr als verhältnismässig erachten.
Die Parteien erhielten Gelegenheit, zum Bericht des BUWAL Stellung zu nehmen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der angefochtene Entscheid stützt sich auf eidgenössisches Umweltschutzrecht und ist kantonal letztinstanzlich (Art. 98 lit. g OG). Da kein Ausschlussgrund im Sinne der Art. 99 ff. OG vorliegt, ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zulässig (Art. 97 f. OG i.V.m. <ref-law>). Die Beschwerdeführerin, die im kantonalen Verfahren unterlegen ist, wohnt rund 50 Meter vom Kirchturm der reformierten Kirche Bubikon entfernt. Sie ist vom Frühgeläut in besonderem Masse, d.h. stärker als die Allgemeinheit betroffen und hat damit ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung und Änderung des angefochtenen Entscheids (Art. 103 lit. a OG; <ref-ruling> E. 3a S. 303; <ref-ruling> E. 4b S. 386). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
b) Das Bundesgericht prüft, ob das Verwaltungsgericht Bundesrecht verletzt hat (Art. 104 lit. a OG). Dabei ist es an die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz gebunden, sofern die Feststellungen nicht offensichtlich unrichtig oder unvollständig sind oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen getroffen worden sind (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- a) Es ist unbestritten, dass kirchliches Glockengeläut, auch soweit es Teil der Religionsausübung darstellt und unter dem Schutz der Glaubens- und Gewissensfreiheit steht (<ref-law> bzw. Art. 50 Abs. 1 aBV), zum Schutz der öffentlichen Ruhe gewissen Einschränkungen unterworfen werden darf (<ref-law>; BGE 36 I 374 E. 3 S. 378; Ulrich Häfelin, Kommentar BV 1874, Art. 50 Rz. 24 f. und dortige Hinweise; Peter Karlen, Das Grundrecht der Religionsfreiheit in der Schweiz, Zürich 1988, S. 230, 308 und 318). Auch steht ausser Frage, dass die Umweltschutzgesetzgebung grundsätzlich auf Kirchengeläut anwendbar ist.
b) Das Glockenspiel der reformierten Kirche Bubikon ist eine mit einer Baute dauerhaft verbundene ortsfeste Einrichtung und damit eine Anlage im Sinne von Art. 7 Abs. 7 des Bundesgesetzes vom 7. Oktober 1983 über den Umweltschutz (USG; SR 814. 01) und Art. 2 Abs. 1 der Lärmschutz-Verordnung vom 15. Dezember 1986 (LSV; SR 814. 41). Da die Kirche samt ihrem Läutwerk bereits vor dem Inkrafttreten des Umweltschutzgesetzes am 1. Januar 1985 bestanden hat und keine Erweiterung der Anlage beabsichtigt ist, untersteht sie nicht den Vorschriften für Neuanlagen (<ref-law>, <ref-law>). Indessen ist die Sanierung der ortsfesten Anlage anzuordnen, wenn sie den Vorschriften des Umweltschutzgesetzes nicht genügt (<ref-law>). Zu diesen Vorschriften zählen auch die in Art. 11 Abs. 2 und 3 USG enthaltenen Bestimmungen. Danach sind Emissionen im Rahmen der Vorsorge unabhängig von der bestehenden Umweltbelastung so weit zu begrenzen, als dies technisch und betrieblich möglich und wirtschaftlich tragbar ist (Abs. 2). Wenn feststeht oder zu erwarten ist, dass die Einwirkungen unter Berücksichtigung der bestehenden Umweltbelastung schädlich oder lästig werden, sind die Emissionsbegrenzungen zu verschärfen (Abs. 3). Solche Begrenzungen werden gemäss <ref-law> durch Verordnungen oder, soweit diese nichts vorsehen, durch unmittelbar auf das Umweltschutzgesetz abgestützte Verfügungen vorgeschrieben. Daran ändert nichts, ob bekannt ist, dass die Immissionsgrenzwerte überschritten werden, oder dass Art. 13 der LSV die Sanierungspflicht nur für jene bestehenden ortsfesten Anlagen vorsieht, welche wesentlich zur Überschreitung der Immissionsgrenzwerte beitragen. Schutzmassnahmen nach <ref-law> sind nicht erst zu ergreifen, wenn die Umweltbelastung schädlich oder lästig wird, sondern es müssen gestützt auf das Vorsorgeprinzip schon sämtliche unnötigen Emissionen vermieden werden (<ref-ruling> E. 3 S. 400; <ref-ruling> E. 3d S. 453 f.; <ref-ruling> E. 2e S. 190).
Dies ist allerdings nicht so zu verstehen, dass jeder im strengen Sinne nicht nötige Lärm völlig untersagt werden müsste. Es gibt keinen absoluten Anspruch auf Ruhe; vielmehr sind geringfügige, nicht erhebliche Störungen hinzunehmen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4d/bb S. 334 f.; Urteil des Bundesgerichts vom 18. März 1998 in: URP 1998 S. 529 E. 5b/c; Christoph Zäch, Kommentar USG, N. 13 zu Art. 15).
c) Die Lärmimmissionen ortsfester Anlagen sind grundsätzlich anhand der vom Bundesrat festgelegten Belastungsgrenzwerte (Anhänge 3-8 LSV) zu beurteilen (<ref-law>). Für die Lärmbelastung durch Glockenspiele hat der Bundesrat keine Grenzwerte festgelegt. Fehlen solche Werte, so müssen die Lärmimmissionen im Einzelfall nach den Kriterien der Art. 15, 19 und 23 USG bewertet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4c/aa S. 307; <ref-ruling> E. 4a und b S. 82 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 596). Im Rahmen dieser Einzelfallbeurteilung sind der Charakter des Lärms, Zeitpunkt und Häufigkeit seines Auftretens sowie die Lärmempfindlichkeit bzw. Lärmvorbelastung zu berücksichtigen (BGE <ref-ruling> E. 5a S. 86, 325 E. 4d/bb S. 335; <ref-ruling> E. 4a S. 598). Dabei ist nicht auf das subjektive Lärmempfinden einzelner Personen abzustellen, sondern eine objektivierte Betrachtung unter Berücksichtigung von Personen mit erhöhter Empfindlichkeit (<ref-law>) vorzunehmen (<ref-ruling> E. 4c/aa S. 307; <ref-ruling> E. 5a S. 86, 325 E. 4d/bb S. 334; Urteil des Bundesgerichts vom 1. Dezember 1994 in URP 1995 S. 31, E. 4c; Christoph Zäch, a.a.O., N. 14 zu Art. 15).
d) Die Lärmschutzvorschriften des Umweltschutzgesetzes sind in erster Linie zugeschnitten auf Geräusche, die als unerwünschte Nebenwirkungen einer bestimmten Tätigkeit auftreten. Diese können grundsätzlich mit geeigneten Massnahmen an der Quelle reduziert werden, ohne dass dadurch die entsprechenden Tätigkeiten als solche in Frage gestellt werden. Daneben gibt es jedoch auch Geräusche, welche den eigentlichen Zweck einer bestimmten Aktivität ausmachen. Dazu gehören beispielsweise das Läuten von Kirchen- oder Kuhglocken, das Musizieren sowie das Halten von Reden mit Lautverstärkern an Anlässen in der Öffentlichkeit. Solche Lärmemissionen können nicht völlig vermieden und in der Regel auch nicht in der Lautstärke wesentlich reduziert werden, ohne dass zugleich der Zweck der sie verursachenden Tätigkeit vereitelt würde. Derartige Lärmemissionen als unnötig und unzulässig zu qualifizieren, würde implizieren, die betreffende Tätigkeit generell als unnötig zu betrachten. Die Rechtsprechung hat im Allgemeinen solche Emissionen zwar aufgrund des Umweltschutzgesetzes beurteilt, aber zugleich unter Berücksichtigung des Interesses an der Lärm verursachenden Tätigkeit diese nicht völlig verboten, sondern bloss einschränkenden Massnahmen unterworfen (Urteil des Bundesgerichts vom 18. März 1998 in Pra 87/1998 Nr. 170 S. 904 und in URP 1998 S. 529 betr. Schussanlage zur Abwehr von Vögeln in Rebbergen; vgl. auch Urteil des Bundesgerichts vom 2. August 1995 i.S. R., RDAT 1996 I 62 183, betr. Freiluftmusikveranstaltungen; aus der kantonalen Praxis: URP 1996 S. 668 [Verwaltungsgericht Zürich] betr. Kirchenglocken; RDAF 1995 S. 75 [Verwaltungsgericht Waadt] betr. Freiluftkonzerte). Da eine Reduktion der Schallintensität meist den mit der betreffenden Tätigkeit verfolgten Zweck vereiteln würde, bestehen die emissionsbeschränkenden Massnahmen in der Regel nicht in einer Reduktion des Schallpegels, sondern in einer Einschränkung der Betriebszeiten (<ref-ruling> E. 4-6; <ref-ruling> E. 2b S. 239 f.; Schrade/Loretan, Kommentar USG, N. 29 zu Art. 12). Dabei ist eine Interessenabwägung vorzunehmen zwischen dem Ruhebedürfnis der Bevölkerung und dem Interesse an der lärmverursachenden Tätigkeit. Zu beachten sind insbesondere der Charakter des Lärms, Zeitpunkt, Dauer und Häufigkeit seines Auftretens sowie die Lärmempfindlichkeit bzw. die Lärmvorbelastung der betroffenen Zone (<ref-ruling> E. 4c/cc S. 307 f.; <ref-ruling> E. 4d/bb S. 334 f., <ref-ruling> E. 5a S. 86; Pra 87/1998 Nr. 170 S. 908). Den örtlichen Behörden ist ein gewisser Beurteilungsspielraum zuzugestehen, soweit es sich um Anlässe mit lokaler Ausprägung oder Tradition handelt (<ref-ruling> E. 4c/dd S. 309).
3.- a) Die Baurekurskommission hat anlässlich eines Lokaltermins festgestellt, das Geläut der reformierten Kirche Bubikon weise eine eher dunkle Klangfarbe, aber einen relativ harten Anschlag sowie eine beachtliche Intensität auf. Der davon ausgehende Schall sei zumindest in den unmittelbar dem Kirchturm zugewandten Zimmern der Rekurrentin offensichtlich laut vernehmbar. Das Verwaltungsgericht hat sich zur Intensität des Geläuts nicht geäussert bzw. auf die Feststellungen der Baurekurskommission abgestellt. Das BUWAL führt aus, Untersuchungen der SUVA hätten ergeben, dass in 50 Meter Distanz von einem mittelhohen Kirchturm bei mittelgrossen Kirchenglocken am Ohr der Betroffenen im Innern eines Gebäudes (bei gekipptem Fenster zur Belüftung des Zimmers) ein Schalldruckpegel von mehr als 60 dB(A) entstehe. Bei einem solchen Schalldruckpegel sei nachts mit Aufwachreaktionen zu rechnen. Das bedeute, dass von einer erheblichen Störung im Sinne von <ref-law> gesprochen werden müsse.
b) Diese tatsächlichen Feststellungen der Baurekurskommission und des BUWAL werden von keiner Seite bestritten. Der beantragte Augenschein erübrigt sich deshalb.
Die Beschwerdeführerin verlangt auch nicht, dass das Glockengeläut etwa durch Schallschutzmassnahmen in der Glockenstube eingedämmt werde. Eine solche Massnahme müsste denn auch wohl bedacht werden, da das Erzielen einer breiten Aussenwirkung gerade der Zweck des kirchlichen Läutens und nicht (unerwünschtes) Nebenprodukt irgendeiner Tätigkeit ist: Kirchengeläut soll möglichst vielen Menschen feierlich den neuen Tag ankündigen und sie zur Besinnung mahnen oder auch je nach Tageszeit zum Gebet, zum Gottesdienst oder zu einer kirchlichen Feier rufen (zum kirchlichen und weltlichen Glockenbrauchtum vgl. Hartwig Niemann, Das Liturgische Läuten, Seine Geschichte und die Rechtsgrundlagen, in: Glocken in Geschichte und Gegenwart, Band 2, Karlsruhe 1998, S. 26). Diesem Zweck würden Schallschutzmassnahmen zuwiderlaufen (vgl. dazu immerhin einen Entscheid des Verwaltungsgerichts Aargau, ZBl 90/1989 S. 499 ff., inbes. S. 506 ff.; ferner zur Problematik des Selbstzwecks des Kirchengeläuts Monika Kölz, Die Anwendbarkeit der bundesrechtlichen Lärmschutzvorschriften auf menschlichen Alltagslärm und verwandte Lärmarten, in URP 1993 S. 398). Hingegen fordert die Beschwerdeführerin eine Einschränkung der Betriebszeit beim morgendlichen Frühgeläut, was ebenfalls eine mögliche Massnahme zur Emissionsbegrenzung sein kann (<ref-law>). Umstritten ist, ob bei einem Frühgeläut um 06.00 Uhr morgens noch von einer Nachtruhestörung gesprochen werden kann und ob Kirchengeläut überhaupt von einem wesentlichen Teil der Bevölkerung als erheblich störend empfunden wird.
c) Glockengeläut wird - jedenfalls tags und ab einer gewissen Distanz zu den Glocken - von den meisten Menschen nicht als störend empfunden. Es kann - wie die Musik - nicht mit Verkehrs- oder Industrielärm gleichgesetzt werden. Kirchenglocken haben für viele Leute einen Wohlklang, und ihr regelmässiges Ertönen - auch frühmorgens - entspricht weit verbreiteter alter Tradition. Kirchengeläut hat sich weit über den Kreis der Gläubigen hinaus im Bewusstsein der Menschen eingeprägt, vermag auch religiös gleichgültige Leute zu bewegen und gehört für weite Teile der Bevölkerung zum festen Tagesablauf.
Das Gefühl der Störung hängt ähnlich wie bei Musik stark davon ab, zu welcher Tages- oder Nachtzeit die Glocken ertönen und wie nahe bei der Lärmquelle sich die Betroffenen befinden. Mehrheitsmeinungen in einer Gemeinde können nicht ohne weiteres als Massstab für die Befindlichkeit der "Bevölkerung" im Sinne von <ref-law> dienen, da in der Regel nicht eine Mehrheit nahe bei der Lärmquelle wohnt. "Bevölkerung" ist vielmehr im Sinn einer objektiven, durchschnittlichen Lärmempfindlichkeit zu verstehen. Da aber auch auf Personengruppen mit erhöhter Lärmempfindlichkeit (Kranke, Betagte usw. ) Rücksicht zu nehmen ist (<ref-law>), muss tendenziell von einer eher über dem Durchschnitt liegenden Lärmempfindlichkeit ausgegangen werden (Christoph Zäch, Kommentar USG, Art. 15 N. 15). Indessen ist auch die Ortsüblichkeit (Vorbelastung des Gebiets, Zonenlage, Tradition) in die Beurteilung miteinzubeziehen (Urteile des Bundesgerichts vom 1. Dezember 1994 i.S. T., E. 3c, in URP 1995 S. 31 ff., und vom 13. Juni 1997 i.S. X., E. 2b/bb, in Pra 86/1997 Nr. 138 S. 743). Diesbezüglich ist zu beachten, dass sich die Wohnung der Beschwerdeführerin in der Kernzone befindet, die der Lärmempfindlichkeitsstufe III zugewiesen ist, d.h. wo mässig störender Lärm hingenommen werden muss (<ref-law>).
Das Frühgeläut entspricht zudem einer örtlichen Tradition. Einer Aufstellung im Anhang zum Beschluss des Gemeinderates vom 18. Februar 1998 ist zu entnehmen, dass im Bezirk Hinwil bzw. in angrenzenden Gemeinden sieben Gemeinden ein Frühgeläut um 05.00 Uhr, drei Gemeinden um 06.00 Uhr und eine Gemeinde um 07.00 Uhr kennen. In Dürnten wurde das Frühgeläut mit Rücksicht auf ausländische Hotelgäste abgeschafft.
4.- a) Das Verwaltungsgericht hat massgeblich auf die Polizeiverordnung der Gemeinde Bubikon vom 1. April 1998 (PolV) abgestellt. Dieses Vorgehen ist zulässig, soweit es darum geht, die Handhabung des den lokalen Behörden zustehenden Beurteilungsspielraums bei der Auslegung und Anwendung des Umweltschutzgesetzes, insbesondere die zu ergreifenden Emissionsbegrenzungsmassnahmen, zu überprüfen (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3c S. 596 f.).
Nach Art. 19 PolV gilt von 22.00 Uhr bis 06.00 Uhr Nachtruhe, während welcher "jeder störende Lärm verboten" ist. An öffentlichen Ruhetagen sowie von 06.00 bis 07.00, von 12.00 bis 13.00 und von 20.00 bis 22.00 Uhr ist "die Vermeidung von Lärm besonders zu beachten". Lärmige Haus- und Gartenarbeiten (Klopfen von Teppichen, Arbeiten mit motorbetriebenen Geräten usw. ) dürfen werktags ab 07.00 Uhr ausgeführt werden (Art. 21 Abs. 1 PolV). Lärmige Arbeiten in Industrie, Gewerbe und andern Unternehmen sind von 19.00 bis 07.00 Uhr sowie von 12.00 bis 13.00 Uhr untersagt (Art. 22 Abs. 2 PolV). Für die Landwirtschaft gelten nach Art. 28 Abs. 2 PolV grundsätzlich die Ruhezeiten gemäss Art. 19 PolV. Das Verwaltungsgericht hält es für vertretbar, dass der Gemeinderat auf Art. 19 PolV abstellt und das Morgengeläut nicht gleich behandelt wie Arbeiten in Haus, Garten, Gewerbe und Industrie (Art. 21 und 22 PolV). Das in der Polizeiverordnung festgelegte Ende der Nachtruhe könne als Ausdruck des "ortsüblichen Mittelmasses" angesehen werden, bei dem auch auf Personengruppen mit erhöhter Empfindlichkeit im Sinne von <ref-law> Rücksicht genommen werde.
b) Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, eine Notwendigkeit, das Frühgeläut vor 07.00 Uhr ertönen zu lassen, bestehe nicht. Seit es in jedem Haushalt Wecker gebe, habe das Frühgeläut seine Weckfunktion verloren. Ein grosser Teil der Bevölkerung stehe morgens nicht (mehr) vor 07.00 Uhr auf. Diese Leute würden durch das Geläut um 06.00 Uhr in ihrem Wohlbefinden erheblich gestört. Das gelte erst recht an Samstagen und Sonntagen. Die Bauern, die einen frühen Tagesbeginn hätten, machten heute nur noch den kleineren Teil der Bevölkerung aus. Art. 19 PolV sei nicht massgebend und verletze Bundesrecht. Nach diesem gelte nur für den unvermeidbaren Strassenverkehrs- und Eisenbahnlärm die Zeit zwischen 22.00 und 06.00 Uhr als Nacht (Ziff. 32 Abs. 1 Anhänge 3 und 4 LSV). Für den (vermeidbaren) Industrie- und Gewerbelärm gelte als Nacht die Zeit von 19.00 bis 07.00 Uhr (Ziff. 31 Abs. 1 Anhang 6 LSV). Daraus könne abgeleitet werden, dass vermeidbarer Lärm wie Glockengeläut vor 07.00 Uhr vermieden werden müsse. Die Polizeiverordnung sei im Übrigen vom Gemeinderat in eigener Kompetenz erlassen worden, ohne dass darüber eine Volksabstimmung stattgefunden habe; Art. 19 Abs. 1 PolV könne deshalb nicht als Massstab für das Empfinden der Bevölkerung herangezogen werden. Zudem sei auch nach Art. 19 Abs. 2 PolV jeglicher vermeidbare Lärm zwischen 06.00 und 07.00 Uhr zu unterlassen, und öffentlichen Unternehmen, wie die reformierte Kirche Bubikon eines sei, seien lärmige Arbeiten vor 07.00 Uhr überhaupt untersagt (Art. 22 PolV). Es sei willkürlich, die Emissionen des Kirchengeläuts anders zu behandeln als Emissionen aus Gewerbe, Industrie und Haus (Art. 21 und 22 PolV), und es gebe keinen sachlichen Grund, Art. 19 Abs. 2 PolV, der vorschreibe, dass zwischen 06.00 und 07.00 Uhr auf die Vermeidung jeglichen Lärms besonders zu achten sei, für Kirchengeläut nicht gelten zu lassen. Es sei auch rechtsungleich, wenn das Verwaltungsgericht in der Gemeinde Buchs ein Frühgeläut vor 07.00 Uhr verboten und die Baurekurskommission III in der Gemeinde Dürnten ein solches erst um 06.30 Uhr bzw. an Wochenenden um 07.30 Uhr zugelassen habe (vgl. den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 30. August 1995, publ. in URP 1996 S. 668 ff.), in Bubikon aber das Geläut schon um 06.00 Uhr zugelassen werde. Das Verwaltungsgericht verletze auch das Verhältnismässigkeitsprinzip, wenn es das Interesse eines Teils der Bevölkerung an einem Frühgeläut um 06.00 Uhr stärker gewichte als das Interesse grosser Teile der Bevölkerung am ungestörten Schlaf bis 07.00 Uhr.
5.- a) Es ist der Beschwerdeführerin darin beizupflichten, dass die kommunale Polizeiverordnung die Nachtruhezeit nicht anders definieren kann, als die Lärmschutz-Verordnung es tut. Letztere enthält indessen für Glockengeläut keine Vorschrift. Auch ist es keineswegs zwingend, auf die Regeln für Industrie- und Gewerbelärm (Nachtruhe von 19.00 bis 07.00 Uhr) abzustellen. Industrie- und Gewerbelärm sind Emissionen aus Berufsarbeit und hängen deshalb von den üblichen Arbeitszeiten ab. Strassen- und Bahnverkehr fällt hingegen zu einem grossen Teil vor und nach den üblichen Arbeitszeiten und auch in der Freizeit an, weshalb für ihn andere Nachtruhezeiten gelten (22. 00 bis 06.00 Uhr). Es ist weder willkürlich noch unsachlich und verletzt Bundesrecht nicht, wenn Glockengeläut nicht dem Arbeitslärm gleichgestellt und morgens früher zugelassen wird als dieser. Soweit das Frühgeläut den Zweck hat, den Tag einzuläuten und zur Besinnung oder zum Gebet zu rufen, könnte es diesen Zweck teilweise gar nicht erfüllen, wenn es erst erklingen dürfte, wenn viele Leute bereits unterwegs zur Arbeit oder am Arbeitsort sind. Betriebseinschränkungen dürfen grundsätzlich nicht so weit gehen, dass sie den Zweck des Betriebs geradezu vereiteln, es sei denn, die Alarmwerte würden überschritten, was hier aber nicht angenommen werden kann (<ref-law>). Wie zudem bereits erwähnt worden ist (E. 3c), ist der Klang der Glocken von seiner Art her nicht mit Industrie- und Gewerbelärm oder mit Lärm von Geräten in Haus und Garten vergleichbar.
b) Schliesslich ist zu beachten, dass das Frühgeläut der reformierten Kirche Bubikon Tradition hat. Wie eine Eingabe von 300 Personen an den Gemeinderat zeigt, dürfte dieses einem gewissen öffentlichen Interesse entsprechen, selbst wenn nicht alle Einwohner und Einwohnerinnen der Gemeinde diese Einschätzung teilen mögen. Der Gemeinderat spricht in Ziff. 5 seiner Verfügung vom 1. Oktober 1997 von Brauchtum, das Teil des Zusammengehörigkeitsempfindens dieser ländlichen Gemeinde schlechthin sei. Eine solche Tradition rechtfertigt es, Einschränkungen nur mit Zurückhaltung anzuordnen. Obschon die Polizeiverordnung nur vom Gemeinderat und nicht vom Stimmvolk beschlossen worden ist, ist sie doch Ausdruck der in der Gemeinde vorherrschenden Meinung, dass es genügt, eine allgemeine Nachtruhe nur bis um 06.00 Uhr morgens vorzuschreiben (Art. 19 Abs. 1 PolV). Wohl ist an öffentlichen Ruhetagen und von 06.00 bis 07.00 Uhr der Vermeidung von Lärm besondere Beachtung zu schenken (Art. 19 Abs. 2 PolV). Wenn aber die örtlichen Behörden und mit ihnen die kantonalen Rechtsmittelinstanzen davon ausgehen, dass in der Gemeinde Bubikon ein Frühgeläut der reformierten Kirche um 06.00 Uhr (noch) allgemein akzeptiert werde und dass an der Aufrechterhaltung dieser Tradition ein öffentliches Interesse bestehe, so hat das Bundesgericht keinen Anlass, von dieser Beurteilung durch die mit den örtlichen Verhältnissen besser vertrauten Behörden abzuweichen (vgl. Pra 86/1997 Nr. 138 S. 743, ferner <ref-ruling> E. 2b S. 265). Es kann davon ausgegangen werden, dass sich in Bubikon nicht ein wesentlicher Teil der Bevölkerung durch das Frühgeläut im Wohlbefinden erheblich gestört fühlt (vorne E. 2d), ansonst der Gemeinderat kaum darum herumkäme, bei den Kirchbehörden vorstellig zu werden oder sogar die Polizeiverordnung entsprechend anzupassen.
c) Es ist nicht unverhältnismässig, wenn die Vorinstanzen dem Interesse an der Beibehaltung der erwähnten Tradition grösseres Gewicht beimessen als dem Ruhebedürfnis der Beschwerdeführerin. Auch verletzt es die Rechtsgleichheit nicht, wenn die Gemeinden in Bereichen, wo das Bundesumweltrecht Spielraum lässt, die Ruhezeiten verschieden regeln und wenn die kantonalen Rechtsmittelinstanzen im Zusammenhang mit der Beurteilung von Frühgeläut diesen unterschiedlichen kommunalen Regelungen Rechnung tragen (vgl. <ref-ruling> E. 6d S. 179; s. auch <ref-ruling> E. 4d/ee S. 311).
d) Aus dem Gesagten ergibt sich, dass der angefochtene Entscheid Bundesrecht nicht verletzt. Die Beschwerde ist daher abzuweisen.
6.- Bei diesem Ergebnis hat die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG). Praxisgemäss ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000. -- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Reformierten Kirchgemeinde Bubikon, dem Gemeinderat Bubikon sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, und dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 7. Juni 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: