Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) vermietete der B._ GmbH und C._ (Beschwerdegegner) per 15. Oktober 2001 Räumlichkeiten in X._ zum Gebrauch als Restaurant/Bar. Bezüglich der Dauer und Auflösung des Vertrags wurde vereinbart, der Mietvertrag ende am 15. Oktober 2005, sofern ihn eine der Parteien mindestens sechs Monate vor Ablauf der Mietzeit kündige. Andernfalls verlängere er sich um zwölf Monate, wobei wiederum eine sechsmonatige Kündigungsfrist gelte.
Der Beschwerdeführer kündigte den Mietvertrag mit amtlichem Formular vom 12. September 2008 per 15. Oktober 2009.
B. Am 10. Oktober 2008 beantragten die Beschwerdegegner beim Bezirksamt Zofingen als Schlichtungsbehörde für das Mietwesen, die Kündigung für ungültig zu erklären. Für den Fall der Gültigkeit der Kündigung sei eine Erstreckung des Mietverhältnisses um sechs Jahre (bis 15. Oktober 2015) zu gewähren und der Beschwerdeführer sei zu verpflichten, ihnen eine nach dem Beweisverfahren genauer zu beziffernde Entschädigung gemäss <ref-law> in der Höhe von mindestens Fr. 100'000.-- zu bezahlen. Die Schlichtungsbehörde erkannte am 15. Dezember 2008, dass die Kündigung vom 12. September 2008 per 15. Oktober 2009 gültig sei. Sie gewährte eine Erstreckung um ein Jahr bis zum 30. September 2010 und trat auf die Schadenersatzforderung mangels Entscheidkompetenz nicht ein.
Am 19. Januar 2009 gelangten die Beschwerdegegner an das Bezirksgericht Zofingen und beantragten eine Erstreckung um sechs Jahre (bis 15. Oktober 2015). Ausserdem sei festzustellen, dass der Beschwerdeführer das übergebene Kaufinventar, vermehrt um die Neuanschaffungen und Neueinrichtungen, von den Beschwerdegegnern zum Betriebswert zurückzukaufen habe. Mit Urteil vom 24. März 2009 wies der Bezirksgerichtspräsident Zofingen das Erstreckungsbegehren ab und trat auf das Feststellungsbegehren betreffend den Rückkauf des Betriebsinventars nicht ein.
Dagegen erhoben die Beschwerdegegner Beschwerde an das Obergericht des Kantons Aargau. Sie beantragten, das Mietverhältnis nach richterlichem Ermessen zu erstrecken. Der Beschwerdeführer schloss auf Abweisung der Beschwerde. Mit Urteil vom 31. August 2009 hiess das Obergericht die Beschwerde teilweise gut und erstreckte das Mietverhältnis zwischen den Parteien erstmalig um ein Jahr, das heisst bis zum 15. Oktober 2010.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen und subsidiärer Verfassungsbeschwerde, das Urteil des Obergerichts vom 31. August 2009 aufzuheben und die Klage der Beschwerdegegner in Bestätigung des Urteils des Gerichtspräsidiums Zofingen vom 24. März 2009 abzuweisen. Eventuell sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventuell sei den Beschwerdegegnern eine einmalige Erstreckung von maximal zwölf Monaten zu gewähren.
Die Beschwerdegegner beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, und das Urteil des Obergerichts zu bestätigen. Die Vorinstanz äusserte sich zur gerügten Verlegung der Parteikosten. Sie verzichtete im Übrigen unter Hinweis auf die Erwägungen des angefochtenen Entscheids auf eine Vernehmlassung und auf einen Antrag.

Erwägungen:
1. In mietrechtlichen Fällen beträgt der Streitwert für die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen Fr. 15'000.-- (<ref-law>). Bezieht sich die Streitigkeit auf die Erstreckung des Mietverhältnisses, entspricht der Streitwert dem Bruttomietzins, der für die Dauer der beantragten Erstreckung geschuldet ist; hat der Mieter bereits eine faktische Erstreckung erhalten, bemisst sich der Streitwert aufgrund der Vertragsdauer, die zum Zeitpunkt des letztinstanzlichen kantonalen Entscheids übrig bleibt (Urteil 4A_318/2008 vom 11. November 2008 E. 1, nicht publiziert in <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 1 S. 407 f.; <ref-ruling> E. 1).
Die Vorinstanz bezifferte den Streitwert auf Fr. 216'000.-- (streitige Erstreckungsdauer von sechs Jahren bei einem monatlichen Mietzins von Fr. 3'000.--). Die Grenze von Fr. 15'000.-- ist damit erreicht. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind auch erfüllt, womit auf die Beschwerde einzutreten ist.
Da die Beschwerde in Zivilsachen gegeben ist, erweist sich die ebenfalls erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde als unzulässig (<ref-law>). Auf sie ist nicht einzutreten.
2. Die Beschwerdegegner reichten mit Eingabe vom 5. Juni 2009 im Beschwerdeverfahren vor der Vorinstanz neue Unterlagen ein, mit denen sie ihre Suchbemühungen belegen wollten. Die Vorinstanz nahm diese Unterlagen entgegen, wobei sie sich auf den Untersuchungsgrundsatz nach <ref-law> und auf das sich daraus im aargauischen Prozessrecht ergebende unbeschränkte Novenrecht stützte.
2.1 Die Frage, ob im kantonalen Verfahren Noven vorgetragen werden dürfen und bis zu welchem Zeitpunkt, entscheidet das kantonale Prozessrecht. Dessen Anwendung kann das Bundesgericht nur unter dem Blickwinkel einer Verletzung von Bundesrecht, namentlich des Willkürverbots, prüfen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 466) und unter der Voraussetzung, dass eine solche Rüge vorgebracht und rechtsgenüglich begründet wird (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer rügt in diesem Zusammenhang lediglich eine Verletzung kantonalen Prozessrechts, macht aber nicht geltend, dass dieses willkürlich angewendet worden wäre. Auf die Rüge der Verletzung kantonalen Rechts kann demzufolge nicht eingetreten werden.
2.2 Der Beschwerdeführer erblickt in der Entgegennahme der besagten Unterlagen durch die Vorinstanz ausserdem eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) und des Grundsatzes von Treu und Glauben (<ref-law>).
Die Vorinstanz stellte die Eingabe der Beschwerdegegner vom 5. Juni 2009 samt Belegen dem Beschwerdeführer zur Kenntnisnahme zu. Im angefochtenen Urteil vermerkte sie, der Beschwerdeführer habe sich dazu nicht vernehmen lassen, obwohl ihm dies möglich und auch erlaubt gewesen wäre.
Der Beschwerdeführer bringt vor, es sei notorisch, dass auch in Verfahren, die vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht würden, Eingaben der anderen Partei zur Kenntnisnahme zugestellt würden, damit keine Stellungnahme eingereicht würde bzw. weil eine Stellungnahme nicht opportun oder nicht gewünscht sei. Es sei widersprüchlich und wider Treu und Glauben, wenn die Vorinstanz jene Eingabe bloss zur Kenntnisnahme zustelle und diese - bei Ausbleiben einer Stellungnahme - trotzdem berücksichtige.
Diese Argumentation verfängt nicht. Die Eingabe mit Belegen wurde dem Beschwerdeführer zwar bloss zur Kenntnisnahme ohne förmliche Aufforderung zur Stellungnahme zugestellt. Es ist aber nicht dargetan, dass sich der Beschwerdeführer nicht trotzdem dazu hätte äussern können, wenn er dies für nötig erachtet hätte. Das Vorgehen der Vorinstanz ist unter dem Blickwinkel des Anspruchs auf rechtliches Gehör statthaft (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.3 S. 47). Eine Stellungnahme war dem Beschwerdeführer weder durch den gerichtlichen Vermerk "zur Kenntnisnahme" noch durch das geltende Prozessrecht verwehrt. Vielmehr musste dem anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer bewusst sein, dass nach den kantonalen Prozessvorschriften ein unbeschränktes Novenrecht zur Anwendung gelangte, welches ihm ermöglichte, Stellung zu neuen Unterlagen der Gegenpartei zu nehmen. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs oder des Grundsatzes von Treu und Glauben liegt daher nicht vor. Im Übrigen liess die Vorinstanz die vier von den Beschwerdegegnern mit Eingabe vom 5. Juni 2009 nachgereichten Bestätigungen nicht genügen, um hinreichende Suchbemühungen der Beschwerdegegner nachzuweisen. Insofern ist nicht ersichtlich, welches Interesse der Beschwerdeführer an der diesbezüglichen Gehörsrüge hat. Hingegen stellte die Vorinstanz auf die mit Eingabe vom 5. Juni 2009 von den Beschwerdegegnern eingereichte E-Mail von D._ vom 16. Mai 2009 zur Begründung der Härte massgeblich ab. Wie zuvor ausgeführt, kann jedoch insofern von einer Verletzung des rechtlichen Gehörs oder des Grundsatzes von Treu und Glauben ebenso keine Rede sein, da sich der Beschwerdeführer zur E-Mail hätte äussern können, wenn er dies für erforderlich gehalten hätte.
3. Nicht mehr streitig ist, dass das Mietverhältnis der Parteien durch die Kündigung vom 12. September 2008 per 15. Oktober 2009 gültig beendet wurde. Der Beschwerdeführer wehrt sich nur noch gegen die gewährte Erstreckung des Mietverhältnisses an sich und dagegen, dass diese als erstmalige Erstreckung ausgesprochen wurde.
3.1 Nach <ref-law> kann der Mieter die Erstreckung des Mietverhältnisses verlangen, wenn die Beendigung der Miete für ihn oder seine Familie eine Härte zur Folge hätte, die durch die Interessen des Vermieters nicht zu rechtfertigen wäre. Bei der Interessenabwägung sind insbesondere die in Absatz 2 dieser Vorschrift erwähnten Umstände zu berücksichtigen, so die Umstände des Vertragsabschlusses und den Inhalt des Vertrags (lit. a), die Dauer des Mietverhältnisses (lit. b), die persönlichen, familiären und wirtschaftlichen Verhältnisse der Parteien und deren Verhalten (lit. c), einen allfälligen Eigenbedarf des Vermieters für sich, nahe Verwandte oder Verschwägerte sowie die Dringlichkeit dieses Bedarfs (lit. d) und überdies die Verhältnisse auf dem örtlichen Markt für Wohn- und Geschäftsräume (lit. e). Die Dauer der Erstreckung beträgt gemäss <ref-law> für Geschäftsräume höchstens sechs Jahre, wobei im Rahmen der Höchstdauer eine oder zwei Erstreckungen gewährt werden können. Der Richter entscheidet nach freiem Ermessen (<ref-law>), ob eine Erstreckung zu gewähren ist und gegebenenfalls für wie lange (<ref-ruling> E. 2 S. 123).
Die Möglichkeit, im Rahmen der Höchstdauer eine oder zwei Erstreckungen zu gewähren, soll es dem Richter erleichtern, eine den besonderen Umständen des Einzelfalls angemessene Lösung zu treffen (Botschaft zur Revision des Miet- und Pachtrechts vom 27. März 1985, BBl 1985 I 1462 f.). Ob eine erstmalige oder definitive Erstreckung zu gewähren ist, entscheidet sich - wie die Frage, ob überhaupt eine Erstreckung zu gewähren ist und gegebenenfalls für wie lange - aufgrund einer Abwägung der Interessen der Parteien. Welche Erstreckungsart gewählt wird, ist dabei eine ausgesprochene Ermessensfrage (Urteile 4A_105/2009 vom 5. Juni 2009 E. 3.2; 4C.445/2006 vom 7. Juni 2007 E. 5.2.3, in: MRA 3/07 S. 90 ff.).
Derartige Ermessensentscheide überprüft das Bundesgericht mit Zurückhaltung und greift nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die hätten beachtet werden müssen. Es greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 2 S. 123 f. mit Hinweisen).
3.2 Die Vorinstanz erachtete eine Härte auf Seiten der Beschwerdegegner als dargetan. Dabei stützte sie sich auf die Ausführungen des täglich mit Gastrobetrieben in Verbindung stehenden D._ von der E._ Getränke AG, der ausgeführt hatte, es sei zur Zeit schwierig, einen bezüglich Lage, Parkplätze, Miete etc. guten Betrieb zu finden bzw. in seiner Region sei kein gleichwertiger Betrieb zu haben. Die Vorinstanz erwog, damit sei ein Umstand dargetan, der es den Beschwerdegegnern erschwere bzw. verunmögliche, in der bis zur Vertragsbeendigung verbleibenden Zeit ein adäquates Ersatzobjekt zu beschaffen. Ob die Beschwerdegegnerin dadurch in den Konkurs getrieben werde, sei dahingestellt. Klar sei indessen, dass sie zu einer Betriebsschliessung gezwungen wäre, wenn sie bis Vertragsende keinen Ersatzstandort gefunden haben sollte. Dieser Härte der Mieter stünden auf Seiten des Beschwerdeführers rein finanzielle Interessen gegenüber, wolle er doch das Grundstück bloss sobald als möglich verkaufen. Die rein wirtschaftlichen Interessen des Beschwerdeführers an der raschen Beendigung des Mietverhältnisses rechtfertigten die Härte, die das Vertragsende für die Beschwerdegegner bedeute, nicht und eine Erstreckung sei grundsätzlich angezeigt.
Der Beschwerdeführer beanstandet, die Vorinstanz habe das Bestehen einer Härte bejaht, obwohl sie die Suchbemühungen der Beschwerdegegner als ungenügend qualifiziert habe. Wenn allenfalls eine Härte vorliege, sei sie von den Beschwerdegegnern selbst verschuldet, weil diese ernsthafte Suchbemühungen unterlassen hätten.
Der Mieter muss auch schon im Rahmen eines ersten Erstreckungsgesuchs nach Erhalt der Kündigung ernsthaft nach Ersatzraum suchen. Entsprechend ist das Vorliegen von Suchbemühungen auch schon bei der erstmaligen Erstreckung zu berücksichtigen, wenn auch weniger hohe Anforderungen gelten als für die Gewährung einer zweiten Erstreckung (<ref-ruling> E. 3a S. 448; Urteile 4C.365/2006 vom 16. Januar 2007 E. 4.1; 4C.425/2004 vom 9. März 2005 E. 3.4; je mit Hinweisen).
Die Vorinstanz qualifizierte die Suchbemühungen der Beschwerdegegner zwar als ungenügend. Jedoch erachtete sie die Behauptung der Beschwerdegegner, es sei sehr schwierig, ein gleichwertiges Objekt zu finden und die Suche danach sei mit mehr als bis zur Vertragsbeendigung verbleibenden Zeit verbunden, durch die Angaben von D._, wonach in der Region kein gleichwertiger Betrieb zu haben sei, als bestätigt. Es trifft zu, dass diese Beweisgrundlage für die Annahme einer konkreten Härte auf Seiten der Beschwerdegegner eher dürftig ist. Andererseits lässt sie den Schluss der Vorinstanz auf das Vorliegen einer Härte nicht als unvertretbar erscheinen, bilden doch die Verhältnisse auf dem örtlichen Markt ein Kriterium, das in die Abwägung einzubeziehen ist. Mit seinen Ausführungen beantwortete D._ eine Anfrage der Beschwerdegegner nach dem Vorhandensein von konkret auf sie bezogenen Ersatzobjekten. Insofern ist es nachvollziehbar, dass die Vorinstanz eine gewisse Härte für die Beschwerdegegner bejahte. Auf Seiten des Beschwerdeführers berücksichtigte die Vorinstanz, dass dieser sein Grundstück möglichst bald unvermietet verkaufen möchte. Der Entscheid, dieses Interesse nicht derart stark zu gewichten, dass es die Härte auf Seiten der Beschwerdegegner aufzuwiegen und eine Erstreckung auszuschliessen vermöchte, liegt noch im Rahmen des der Vorinstanz zustehenden weiten Ermessensspielraums.
Es gelingt dem Beschwerdeführer auch nicht, den angefochtenen Entscheid als bundesrechtswidrig auszuweisen, indem er vorträgt, die Umstände des Vertragsschlusses, namentlich die für Geschäftsmieten eher unübliche Mindestlaufzeit von vier Jahren, hätten ebenfalls in die Interessenabwägung einfliessen müssen. Auch wenn die Mindestlaufzeit nur vier Jahre betrug, wurde der Mietvertrag doch auf unbestimmte Zeit abgeschlossen, so dass - anders als bei befristeten Mietverhältnissen - der Zeitpunkt der Vertragsbeendigung nicht von Anfang an bekannt war. Von daher drängte sich keine besondere Zurückhaltung in der Gewährung einer Erstreckung auf (vgl. SVIT-Kommentar, 3. Aufl. 2008, N. 13 zu <ref-law>).
3.3 Bei der Art und Dauer der gewährten Erstreckung berücksichtigte die Vorinstanz, dass die Beschwerdegegner nur ungenügende Suchbemühungen vorweisen konnten und der Beschwerdeführer ihnen bereits entgegengekommen war, indem er die vertragliche Kündigungsfrist von einem halben Jahr auf ein Jahr verdoppelte. Da eine sichere Prognose darüber, ob die Beschwerdegegner innert der Erstreckungsdauer ein Ersatzobjekt finden könnten, zur Zeit nicht möglich sei und die Interessenabwägung nicht ergeben habe, dass eine weitere Erstreckung dem Beschwerdeführer selbst im Fall des Fortbestands der Härte nicht mehr zumutbar wäre, sei eine erstmalige Erstreckung mit der Möglichkeit einer Zweiterstreckung einzuräumen. Umgekehrt sei die Dauer der Ersterstreckung kurz auf ein Jahr zu bemessen, um die Beschwerdegegner zu raschen und intensiven Suchbemühungen zu veranlassen und die Unsicherheit des Beschwerdeführers bezüglich der Frage, wann er über das Mietobjekt verfügen könne, möglichst in Grenzen zu halten.
Der Beschwerdeführer setzt diesen Erwägungen der Vorinstanz, die sich auf anerkannte Grundsätze stützen (vgl. etwa SVIT-Kommentar, a.a.O., N. 4 und 9 zu <ref-law>; Weber, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 4. Aufl. 2007, N. 1 f. zu <ref-law>), lediglich appellatorische Ausführungen gegenüber, indem er darlegt, wie nach seiner Ansicht die Interessen zu gewichten wären, und mit der blossen Behauptung schliesst, soweit trotz selbst verschuldeter Härte eine Erstreckung zu gewähren wäre, diese jedenfalls nur für wenige Monate und definitiv gewährt werden dürfte. Er zeigt indessen nicht auf, inwiefern die Vorinstanz das ihr bezüglich der gewählten Art (erstmalig/definitiv) und Dauer der Erstreckung zustehende Ermessen überschritten oder missbraucht hätte. Namentlich hat die Vorinstanz gerade berücksichtigt, dass die Suchbemühungen der Beschwerdegegner ungenügend waren und ihnen bereits die doppelte Kündigungsfrist zur Verfügung stand. Entsprechend kurz bemass sie die Dauer der Erstreckung auf ein Jahr. Diese Umstände schliessen nicht von vornherein aus, dass zunächst eine erstmalige Erstreckung gewährt wird, zumal - nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>) - auf Seiten des Beschwerdeführers keine derartigen Interessen dargetan sind, die eine definitive Erstreckung aufdrängten.
Aus diesen Gründen besteht für das Bundesgericht kein Anlass, in die Ermessensbetätigung der Vorinstanz einzugreifen.
4. Der Beschwerdeführer wendet sich schliesslich dagegen, dass die Vorinstanz bezüglich der Verfahrenskosten des erst- und zweitinstanzlichen Verfahrens eine Aufteilung von zwei Dritteln zu Lasten der Beschwerdegegner und einem Drittel zu seinen Lasten vornahm, ihm jedoch für das erst- und zweitinstanzliche Verfahren lediglich einen Drittel der Parteikosten zusprach. Diese dem Ausgang des Verfahrens widersprechende Kostenverlegung sei mangels sachlicher Gründe willkürlich und verletze überdies die Begründungspflicht, da sie überhaupt nicht begründet worden sei.
Diese Rüge beruht auf einem Missverständnis des Beschwerdeführers. Wie die Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung erläutert, erfolgte auch die Verlegung der Parteikosten dem Ausgang des Verfahrens entsprechend im Verhältnis von zwei Dritteln zu Lasten der Beschwerdegegner und einem Drittel zu Lasten des Beschwerdeführers. Demzufolge hatten die Beschwerdegegner dem Beschwerdeführer zwei Drittel der Parteikosten und der Beschwerdeführer den Beschwerdegegnern einen Drittel der Parteikosten zu ersetzen. Nach Verrechnung der Bruchteile resultierte ein Drittel der Parteikosten, den die Beschwerdegegner dem Beschwerdeführer zu ersetzen hatten. Der angefochtene Entscheid ist demnach auch bezüglich der Zusprechung der Parteikosten nicht zu beanstanden.
5. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren insgesamt mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Januar 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer