Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht Gaster-See verurteilte am 25. Juni 2008 X._ wegen mehrfachen Raubs, mehrfacher Freiheitsberaubung und mehrfachen Hausfriedensbruchs zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren unter Anrechnung der Auslieferungs- bzw. Untersuchungshaft seit dem 12. September 2007. Der amtliche Verteidiger wurde vom Staat entschädigt. Gegen das Urteil erhob X._ Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen. Er beantragte im Wesentlichen, der Entscheid sei aufzuheben, er selbst sei freizusprechen und auf die beurteilten Schadenersatz- und Genugtuungsforderungen sei nicht einzutreten.
B. X._ ersuchte den Präsidenten der Strafkammer des Kantonsgerichts St. Gallen um Erlass der Einschreibgebühr. Dieser wies das Gesuch mit Verfügung vom 1. September 2008 ab. Dagegen erhob X._ Beschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, die Verfügung sei aufzuheben und die Einschreibgebühr sei ihm zu erlassen. Das Bundesgericht hiess die Beschwerde gut (Urteil 1B_296/2008 vom 11. Dezember 2008).
C. Dem Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen stellte X._ mit Eingabe vom 20. August 2008 ein Gesuch um amtliche Verteidigung im Berufungsverfahren vor dem Kantonsgericht. Das Gesuch wurde mit Verfügung vom 2. September 2008 abgewiesen. X._ erhob gegen diese Verfügung Beschwerde. Mit Entscheid vom 27. Oktober 2008 wies der Präsident des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen das Rechtsmittel ab.
D. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 27. November 2008 beantragt X._, der Entscheid des Präsidenten des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen sei aufzuheben und die Sache sei zur neuen Beurteilung zurückzuweisen. Er rügt die Verletzung von <ref-law> und verschiedener anderer Bestimmungen der BV und der EMRK.
Der Präsident des Verwaltungsgerichts und das Sicherheits- und Justizdepartement des Kantons St. Gallen beantragen in ihrer jeweiligen Vernehmlassung vom 1. Dezember 2008 bzw. vom 2. Dezember 2008 die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichtspräsidenten, mit dem das Gesuch des Beschwerdeführers um amtliche Verteidigung im Berufungsverfahren vor dem Kantonsgericht St. Gallen abgewiesen wurde, ist ein letztinstanzlicher kantonaler Zwischenentscheid. Dagegen ist die Beschwerde gemäss <ref-law> nur zulässig, wenn der Zwischenentscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann. Es muss sich dabei im Rahmen der Beschwerde in Strafsachen um einen Nachteil rechtlicher Natur handeln (<ref-ruling> E. 4 S. 338 mit Hinweisen). Zwischenentscheide, mit denen die unentgeltliche (amtliche) Verteidigung verweigert wird, haben in der Regel einen solchen Nachteil zur Folge (<ref-ruling> E. 1.1 S. 131 mit Hinweis). Dies trifft auch im vorliegenden Fall zu. Muss der Beschwerdeführer seine Interessen im Strafverfahren ohne den Beistand eines Anwalts wahrnehmen, kann dies einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> bewirken.
Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg jenem der Hauptsache (Urteil 1B_151/2008 vom 17. November 2008 E. 1 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 2a S. 414 mit Hinweisen). Gegen einen Entscheid betreffend die Abweisung eines Gesuchs um (unentgeltliche) amtliche Verteidigung in einem Strafverfahren ist die Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> gegeben. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten. Gemäss Art. 29 Abs. 3 des Reglements für das Bundesgericht vom 20. November 2006 (BGerR; SR 173.110.131) ist die I. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts für die Behandlung der Beschwerde zuständig.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht keine Verletzung der kantonalrechtlichen Bestimmungen über die amtliche Verteidigung geltend. Es ist deshalb direkt zu prüfen, ob die angerufenen verfassungs- oder konventionsrechtlichen Garantien verletzt wurden (vgl. <ref-ruling> E. 3.1.1 S. 98 mit Hinweisen).
Gemäss <ref-law> hat jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. Mit dem verfassungsrechtlichen Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege soll verhindert werden, dass dem bedürftigen Rechtsuchenden der Zugang zu Gerichts- und Verwaltungsinstanzen in nicht von vornherein aussichtslosen Verfahren wegen seiner wirtschaftlichen Verhältnisse verwehrt oder erschwert wird. Indessen garantiert der Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege keine definitive Übernahme der Kosten durch den Staat (<ref-ruling> E. 2c S. 324 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 90; <ref-ruling> E. 3b S. 13; je mit Hinweisen).
Vorliegend erachtete der Verwaltungsgerichtspräsident die Berufung gegen das Urteil des Kreisgerichts Gaster-See als aussichtslos.
2.2 Als aussichtslos sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Begehren anzusehen, bei denen die Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Verlustgefahren und die deshalb kaum als ernsthaft bezeichnet werden können. Dagegen gilt ein Begehren nicht als aussichtslos, wenn sich Gewinnaussichten und Verlustgefahren ungefähr die Waage halten oder die Gewinnaussichten nur wenig geringer sind als die Verlustgefahren. Massgebend ist, ob eine Partei, die über die nötigen Mittel verfügt, sich bei vernünftiger Überlegung zu einem Prozess entschliessen würde. Eine Partei soll einen Prozess, den sie auf eigene Rechnung und Gefahr nicht führen würde, nicht auf Kosten des Gemeinwesens anstrengen können. Die Prozesschancen sind in vorläufiger und summarischer Prüfung des Prozessstoffes abzuschätzen. Ob ein Begehren aussichtslos erscheint, beurteilt sich aufgrund der Verhältnisse im Zeitpunkt des Gesuchs (<ref-ruling> E. 5 S. 616; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 135 f.; je mit Hinweisen).
Die Frage nach der Aussichtslosigkeit eines Begehrens lässt sich erst im Zusammenhang mit seiner Begründung abschliessend beantworten. Zu beurteilen sind dabei grundsätzlich die Chancen des Rechtsmittels als Ganzes. Eine teilweise Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege fällt nur ausnahmsweise in Betracht (Urteil 6B_588/2007 vom 11. April 2008 E. 6.2, in: Pra 2008 Nr. 123 S. 766 mit Hinweis). In Bezug auf die Rechtsmittelregelung im Kanton St. Gallen ist zu beachten, dass innert der von Art. 239 Abs. 1 des Strafprozessgesetzes des Kantons St. Gallen vom 1. Juli 1999 (StP; sGS 962.1) festgelegten Frist von 14 Tagen seit Zustellung des angefochtenen Entscheids lediglich die Berufungserklärung einzureichen ist. Gemäss Art. 242 Abs. 1 StP erhalten die Parteien später Gelegenheit, mit schriftlicher Eingabe die Berufung zu begründen, Gegenbemerkungen anzubringen und Beweisanträge zu stellen.
Soweit schwere Beschränkungen der persönlichen Freiheit in Frage stehen, ist nur mit grosser Zurückhaltung auf Aussichtslosigkeit zu schliessen (Urteil des Bundesgerichts 1P.20/2000 vom 3. Februar 2000 E. 5c; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 100 mit Hinweis). Der Beschwerdeführer wurde erstinstanzlich zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren verurteilt, so dass diese Bedingung erfüllt ist. Weiter ist zu berücksichtigen, dass mit der Berufung ein erstinstanzliches Urteil angefochten wird, denn gemäss <ref-law> Satz 1 hat jede verurteilte Person das Recht, das Urteil von einem höheren Gericht überprüfen zu lassen (bei dem von der Vorinstanz angeführten <ref-ruling> ging es im Gegensatz zum vorliegenden Fall um ein Wiederaufnahmeverfahren). Nicht massgebend ist, ob der Beschwerdeführer tatsächlich Aussicht darauf hat, mit seinen Berufungsanträgen vollumfänglich durchzudringen. Besteht eine gewisse Möglichkeit, dass das in der Sache zuständige Gericht ein milderes Urteil fällen wird, so darf das Rechtsmittel nicht als aussichtslos bezeichnet werden (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1B_296/2008 vom 11. Dezember 2008 E. 2.4 mit Hinweisen).
2.3 Die Vorinstanz legt dar, die erstinstanzliche Verurteilung stütze sich auf DNA-Spuren und Zeugenaussagen. Sie setze sich ausführlich mit der Einwendung des Beschwerdeführers auseinander, dass er die nach dem Überfall aufgefundenen und seine DNA-Spuren aufweisenden Kleider nicht getragen habe. Die Gewinnaussichten des Begehrens auf vollumfänglichen Freispruch seien beträchtlich geringer als die Verlustgefahren.
Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, im Berufungsverfahren könnten Eventualanträge gestellt werden. Er habe bisher erst einen Berufungsantrag gestellt und sei noch nicht dazu angehalten worden, diesen zu begründen. Es treffe zudem nicht zu, dass das Kreisgericht Zeugen befragt habe. Die erstinstanzliche Verurteilung gründe vielmehr ausschliesslich auf fragwürdigen DNA-Spuren.
Der Beurteilung der Vorinstanz kann im Lichte von <ref-law> nicht gefolgt werden. Der Verwaltungsgerichtspräsident konnte bei Erlass seines Entscheids die Erfolgsaussichten der Berufung noch gar nicht in genügender Weise beurteilen, da ihm die Gründe für die Einreichung des Rechtsmittels nicht bekannt waren. Art. 239 StP entsprechend reichte der Beschwerdeführer zunächst lediglich eine Berufungserklärung ein. Gemäss Art. 242 Abs. 1 StP wird er noch Gelegenheit erhalten, diese mit einer Begründung zu versehen. Zudem scheint es nicht als ausgeschlossen, dass als Folge des Berufungsverfahrens das Urteil für den Beschwerdeführer günstiger ausfällt. Dass ein vollumfänglicher Freispruch, wie ihn der Beschwerdeführer in seinem Berufungsantrag forderte, unwahrscheinlich ist, ist nach dem Gesagten (E. 2.2) entgegen der Ansicht der Vorinstanz nicht massgebend.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Vorinstanz die Begehren des Beschwerdeführers im Berufungsverfahren zu Unrecht als aussichtslos beurteilte und damit <ref-law> verletzte. Die Beschwerde ist deshalb gutzuheissen und der Entscheid des Präsidenten des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 27. Oktober 2008 aufzuheben. Die Sache wird zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
Diesem Ergebnis entsprechend sind im bundesgerichtlichen Verfahren keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Es ist gerechtfertigt, in Anwendung von Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG dem Beschwerdeführer zulasten des Kantons St. Gallen für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen. Bei dieser Kosten- und Entschädigungsregelung wird das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der Entscheid des Präsidenten des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 27. Oktober 2008 aufgehoben und die Angelegenheit zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an den Verwaltungsgerichtspräsidenten zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton St. Gallen hat den Beschwerdeführer mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Sicherheits- und Justizdepartement sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen, Gerichtspräsident, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold