Sachverhalt:
A. R._ war vom 1. Mai 2006 bis 31. März 2007 bei der F._ GmbH angestellt. Am 22. Juni 2006, am 13./14. September 2006 sowie am 15./16. Februar 2007 leistete er Zivilschutzdienst. Am 12. März 2007 und 23. April 2007 vergütete die Ausgleichskasse des Kantons Bern der Arbeitgeberin eine Erwerbsausfallentschädigung von insgesamt Fr. 686.30 basierend auf einem nach Stundenlohn errechneten Tageseinkommen von Fr. 148.- (2006) bzw. Fr. 154.- (2007). Mit Verfügung vom 23. April 2008 und Einspracheentscheid vom 4. Dezember 2008 sprach sie eine Vergütung von Fr. 578.60 zu und forderte Fr. 107.70 zurück. Sie begründete es damit, aufgrund der Unterlagen sei davon auszugehen, dass R._ nicht im Stunden-, sondern im Monatslohn bezahlt worden sei, entsprechend einem Tageseinkommen von Fr. 140.- (2006) bzw. Fr. 131.- (2007).
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 13. Mai 2009 ab.
C. Die F._ GmbH führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht, wozu auch die unvollständige Tatsachenermittlung zählt.
2. Das kantonale Gericht hat die für die Beurteilung der streitigen Ansprüche einschlägige Rechtsgrundlage (Art. 1a Abs. 1 und 2 [recte Abs. 3], Art. 4 sowie 11 Abs. 1 EOG; Art. 4 Abs. 1, 5 Abs. 1 und 2 sowie 6 Abs. 1 und 2 EOV) zutreffend dargelegt.
3. Der Sachverhalt ist als solcher unbestritten; umstritten ist, ob die ausgefallene Arbeitsleistung hier rechtlich betrachtet als im Stunden- oder aber im Monatslohn geleistet zu vergüten ist.
3.1 Die Beschwerdeführerin rügt, es werde zu Unrecht behauptet, der Dienstleistende sei im Monatslohn angestellt gewesen, weil er eine regelmässige Anzahl an Tagesstunden gearbeitet habe. Die regelmässigen Stundenangaben von 42.5 auf der EO-Ersatzkarte rührten daher, dass er an den durch die Dienstleistung betroffenen Tagen nicht gearbeitet habe, weshalb ein Durchschnitt der an den übrigen Arbeitstagen geleisteten Stunden habe eingesetzt werden müssen.
3.2 Die Vorinstanz schliesst aus dem Umstand, dass auf den EO-Meldekarten jeweils 42.5 Arbeitsstunden angegeben worden sind, auf eine monatslohnbasierte Abgeltung. Es sei gemäss Angaben der Beschwerdeführerin ein Arbeitszeitrapport nicht erstellt worden und Arbeitszeit und Lohn hätten sich - abgestützt auf einen mündlich abgeschlossenen Arbeitsvertrag - nach dem im Gesamtarbeitsvertrag für das Gärtnereigewerbe geregelten Monatssoll gerichtet. Sie folgert daraus, mangels abweichender Abrede der Arbeitsvertragsparteien liege ein unbefristetes Arbeitsverhältnis vor, auch wenn gemäss den beschwerdeführerischen Vorbringen die Löhne im ersten Anstellungsjahr immer auf Stundenlohnbasis ausgerichtet worden seien. Der Dienstleistende sei deshalb hier im Sinne von <ref-law> als im Monatslohn beschäftigter Arbeitnehmer mit einem regelmässigen, keinen starken Schwankungen ausgesetzten Einkommen zu qualifizieren. Dies führe nach <ref-law> dazu, dass zur Ermittlung des pro Tag erzielten vordienstlichen Durchschnittseinkommens der im letzten Kalendermonat vor dem Einrücken erzielte Monatslohn durch 30 zu teilen sei.
4. Das Vorgehen von Verwaltung und Vorinstanz ist nicht zu beanstanden. Gerade die vom Bundesrecht vorgesehene Ermittlung des Durchschnittseinkommens eines im Stundenlohn Beschäftigten kann hier nicht zum Zuge kommen, müsste doch der letzte vor dem Dienstantritt erzielte Stundenlohn mit den in der letzten normalen Arbeitswoche vor dem Einrücken geleisteten Arbeitsstunden vervielfacht und anschliessend durch sieben geteilt werden (<ref-law>). Diese Berechnung ist jedoch nicht möglich, wenn der Lohn nicht nach den effektiv geleisteten Arbeitsstunden abgerechnet wird, sondern wie hier über Jahres-Soll-Stunden (vgl. das Schreiben der Beschwerdeführerin vom 23. Juli 2007 an die Ausgleichskasse).
5. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> als offensichtlich unbegründet (Abs. 2 lit. a), ohne Durchführung des Schriftenwechsels, mit summarischer Begründung und unter Verweis auf den vorinstanzlichen Entscheid erledigt wird.
6. Die unterliegende Beschwerdeführerin trägt die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. September 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz