Sachverhalt:
A. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) sprach T._ mit Verfügung vom 14. Mai 2004 aufgrund einer Erwerbsunfähigkeit von 40 % eine Invalidenrente mit Wirkung ab 1. November 1996 sowie eine Integritätsentschädigung zu und setzte dabei für die Zeit bis Ende Mai 2004 einen Verzugszins von Fr. 7405.- fest, später korrigiert auf Fr. 7708.-. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 30. November 2004 fest.
B. T._ erhob dagegen Beschwerde an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess mit Urteil vom 5. April 2006 die Beschwerde gut, hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache an die SUVA zurück, damit sie die Verzugszinsberechnung im Sinne der Erwägungen vornehme und neu verfüge.
C. Die SUVA erhebt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Sozialversicherungsgerichts sei aufzuheben und der Einspracheentscheid sei zu bestätigen. Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das Bundesamt für Gesundheit auf eine Stellungnahme verzichtet.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. Streitig ist einzig die Art der Verzugszinsberechnung gemäss <ref-law> auf den Invalidenrenten. Unbestritten ist, dass die Verzugszinspflicht erst mit dem Inkrafttreten des ATSG am 1. Januar 2003 (vgl. <ref-ruling> Erw. 6) und erst 24 Monate nach Entstehung des Anspruchs beginnt. Umstritten ist aber, wann diese 24-Monatsfrist beginnt bzw. was unter "Entstehung des Anspruchs" zu verstehen ist. Nach Ansicht der Beschwerdeführerin beginnt der Verzugszins für jede einzelne monatliche Rentenzahlung jeweils erst 24 Monate nach deren Fälligkeit zu laufen. Nach dem angefochtenen Urteil sowie nach Ansicht des Beschwerdegegners beginnt die Verzugszinspflicht 24 Monate nach dem Rentenbeginn für die gesamten bis anhin aufgelaufenen Leistungen.
2. Die Auffassung der Vorinstanz entspricht derjenigen, die das Bundesamt für Sozialversicherungen im Rahmen der AHV/IV entwickelt hat (AHI-Praxis 2003 S. 46 f.; ebenso Kieser, ATSG-Kommentar, Art. 26 N 20; Kieser, Auswirkungen des ATSG - erste Erfahrungen aus Verwaltungsverfahren und Rechtsprechung, in: Schaffhauser/Kieser [Hrsg.], Praktische Anwendungsfragen des ATSG, St. Gallen 2004, S. 9 ff., 19; Mario Christoffel, Spezifische Fragen, in: Schaffhauser/ Kieser, a.a.O., S. 145 ff., 155). Die Unfallversicherer wenden hingegen die von der Beschwerdeführerin vertretene Berechnungsmethode an (vgl. auch Peter Omlin, Erfahrungen in der UV, in: Schaffhauser/Kieser, a.a.O., S. 57 ff., 69 f.).
3. 3.1 Ausgangspunkt jeder Auslegung bildet der Wortlaut der Bestimmung. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Interpretationen möglich, so muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente. Abzustellen ist dabei namentlich auf die Entstehungsgeschichte der Norm und ihren Zweck, auf die dem Text zu Grunde liegenden Wertungen sowie auf die Bedeutung, die der Norm im Kontext mit anderen Bestimmungen zukommt. Die Gesetzesmaterialien sind zwar nicht unmittelbar entscheidend, dienen aber als Hilfsmittel, um den Sinn der Norm zu erkennen (<ref-ruling> Erw. 3.2, 131 II 368 Erw. 4.2, 131 V 93 Erw. 4.1, 176 Erw. 3.1, 439 Erw. 6.1, 130 II 211 Erw. 5.1 mit Hinweisen). Namentlich bei neueren Texten kommt den Materialien eine besondere Stellung zu, weil veränderte Umstände oder ein gewandeltes Rechtsverständnis eine andere Lösung weniger nahelegen (<ref-ruling> Erw. 5.2, 128 I 292 Erw. 2.4, 124 II 377 Erw. 6a). Das Bundesgericht hat sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten lassen und nur dann allein auf das grammatische Element abgestellt, wenn sich daraus zweifelsfrei die sachlich richtige Lösung ergab (<ref-ruling> Erw. 4.1, 124 II 376 Erw. 5 mit Hinweisen).
3.2 Gemäss <ref-law> beginnt die Verzugszinspflicht "nach Ablauf von 24 Monaten nach der Entstehung des Anspruchs, frühestens aber 12 Monate nach dessen Geltendmachung" (frz. "à l'échéance d'un délai de 24 mois à compter de la naissance du droit, mais au plus tôt douze mois à partir du moment où l'assuré fait valoir ce droit"; ital. "dopo 24 mesi dalla nascita del diritto, ma al più presto 12 mesi dopo che si è fatto valere il diritto"). Ob sich der "Anspruch" ("droit", "diritto") auf die einzelnen monatlichen Rentenzahlungen oder auf die Rentenberechtigung als solche bezieht, ergibt sich aus dem Wortlaut nicht ausdrücklich. Auch der von beiden Parteien zitierte <ref-ruling>, Erw. 2.2, gibt dazu keine Antwort: Das Eidgenössische Versicherungsgericht erwähnt dort einerseits, dass "die jeweiligen Rentenbetreffnisse" ab dem Zeitpunkt zu verzinsen seien, in welchem die "seit Anspruchsbeginn" verstrichene Zeitspanne 24 Monate erreicht habe; daraus geht nicht hervor, ob auch der Anspruchsbeginn sich auf die jeweiligen Rentenbetreffnisse bezieht. Vielmehr ergibt sich aus der nicht amtlich publizierten Erwägung 3 dieses Entscheids, dass die hier streitige Frage damals nicht entschieden wurde.
3.3 <ref-law>, wonach der Verzugszins monatlich auf dem bis Ende des Vormonats aufgelaufenen Leistungsanspruch berechnet wird, spricht in seinem deutschen Wortlaut eher für die Auffassung der Vorinstanz, während namentlich der französische Wortlaut ("L'intérêt moratoire est calculé par mois sur les prestations dont le droit est échu jusqu'à la fin du mois précédent") auch die umgekehrte Auffassung zuliesse. Indessen betrifft <ref-law> nur die Berechnungsweise nach Entstehung des Anspruchs auf Verzugszins und sagt nichts aus über diesen Beginn.
3.4 In systematischer Auslegung spricht der in <ref-law> verwendete Ausdruck "Entstehung des Anspruchs" für die Auffassung der Vorinstanz und des Beschwerdegegners: Wenn das Gesetz im Zusammenhang mit Renten vom Beginn oder von der Entstehung des Anspruchs spricht (<ref-law>; <ref-law>; <ref-law>), dann meint es damit in der Regel den Rentenbeginn als solchen, nicht die einzelnen monatlichen Rentenzahlungen. Dies gilt auch für <ref-law>, wie sich namentlich aus dem letzten Halbsatz von Abs. 2 ergibt: Das Pronomen "dessen" bezieht sich auf den Anspruch; der Halbsatz setzt damit voraus, dass der Anspruch geltend gemacht wird. Geltend gemacht wird jedoch in der Regel nur die Rentenberechtigung als solche, nicht aber die einzelne monatliche Rentenzahlung, welche - sobald einmal der Rentenanspruch festgesetzt ist - automatisch erfolgt (vgl. <ref-law>).
3.5 Die Beschwerdeführerin beruft sich demgegenüber auf Art. 24 und 25 ATSG. In der Tat bezieht sich der in <ref-law> enthaltene Ausdruck "Anspruch auf ausstehende Leistungen" bei Renten klar auf die einzelnen Monatsbetreffnisse und nicht auf das Rentenstammrecht, ebenso der "Anspruch" auf Rückerstattung gemäss <ref-law>. Dies ergibt sich in diesen Fällen freilich notwendigerweise aus dem Regelungsgegenstand, würde doch sonst der Anspruch (auf ausstehende Leistungen oder auf Rückerstattung) unter Umständen schon erloschen sein, bevor er überhaupt fällig geworden bzw. bevor die entsprechende Leistung bezahlt worden ist. Diese Überlegung gilt aber nicht gleichermassen für den Verzugszins: Typischerweise beginnt dieser mit dem Verfall der Forderung zu laufen, bei Renten somit grundsätzlich mit der Fälligkeit jeder einzelnen Rente, freilich mit der Sonderregelung von <ref-law> (vgl. <ref-ruling> Erw. 4c; SZS 1997 S. 465 Erw. 4). Wenn <ref-law> den Beginn der Verzugszinspflicht um zwei Jahre hinausschiebt, dann folgt aber daraus nicht zwingend, dass diese Frist jeweils für jede einzelne Monatsrente gilt. Die entgegengesetzte Auffassung führt nicht zu einem logisch widersprüchlichen oder unmöglichen Ergebnis.
3.6 Abzustellen ist unter diesen Umständen auf den Sinn und Zweck von <ref-law>, wie er sich namentlich aus der Entstehungsgeschichte ergibt: Die Kommission des Ständerates sah eine Verzugszinspflicht entsprechend der bisherigen Praxis nur bei trölerischem oder widerrechtlichem Verhalten des Schuldners oder bei einzelgesetzlicher Regelung vor (Art. 33 des Entwurfs; BBl 1991 II 195). Die Nationalratskommission schlug stattdessen die Gesetz gewordene Fassung vor (BBl 1999 4578 f.). Zur Begründung der 24-Monatsfrist führte sie aus: "Die Kommission trägt dem Umstand, dass in den IV-Verfahren zum Teil komplexe Abklärungen nötig sind, die auch einige Zeit in Anspruch nehmen, Rechnung, indem sie grundsätzlich erst nach 24 Monaten eine Verzugszinspflicht auf Leistungen entstehen lässt." Sie war der Auffassung, dass es möglich sein sollte, den grössten Teil der Verfahren innert zweier Jahre abzuschliessen, so dass sich die Mehrkosten im Rahmen halten lassen sollten. Im Nationalrat wurde die Bestimmung ohne Diskussion angenommen, nachdem der Berichterstatter darauf hingewiesen hatte, das Prinzip des Verzugszinses sollte in einer sehr zurückhaltenden Art und Weise verankert werden, die es auch bei der Invalidenversicherung möglich machen sollte, in dieser Zeit zu Entscheiden zu gelangen (Amtl. Bull. N 1999 1243; sinngemäss ebenso dann auch der Ständerat, Amtl. Bull. S 2000 180). Der Sinn der 24-Monatsfrist liegt nach diesen Äusserungen nicht darin, generell die Verzugszinspflicht erst um zwei Jahre verzögert eintreten zu lassen, sondern darin, der Versicherung einen gewissen Zeitraum für Abklärungen zu gewähren, innert welchem sie noch keine Verzugszinsen bezahlen muss. Diese Abklärungen beziehen sich in aller Regel nicht auf einzelne Monatsrenten, sondern auf die Rentenberechtigung als solche. Nach dem Sinn und Zweck der Regelung beginnt somit die Verzugszinspflicht zwei Jahre nach Beginn der Rentenberechtigung als solcher, nicht erst jeweils zwei Jahre nach Fälligkeit jeder einzelnen Monatsrente.
4. Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG). Die SUVA hat dem anwaltlich vertretenen Beschwerdegegner eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die SUVA hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit zugestellt.
Luzern, 5. September 2006
Im Namen des Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Die Präsidentin der I. Kammer: Der Gerichtsschreiber: