Faits:
A. Par contrat de travail du 3 juin 2003, l'Association A._ de B._ (ci-après: l'employeuse) a engagé X._ (ci-après: l'employée) comme éducatrice au sein de la garderie-nursery "La C._". Le salaire mensuel, versé treize fois par an, a été fixé initialement à 4'400 fr. brut - puis à 4'450 fr. brut - pour un taux d'activité à 100%. A teneur du chiffre 10 du contrat, l'employée s'engageait, "en cas de formation suivie [...] à ne pas donner son congé dans un délai de 12 mois, suivant la fin de la formation. L'employeuse se [réservait] le droit de demander le remboursement de la formation au prorata temporis".
Peu après son engagement, l'employée a participé à une série de cours de perfectionnement professionnel. Les coûts occasionnés par la formation ont été supportés par l'employeuse, conformément à l'art. 10 de l'avenant au contrat signé le 31 décembre 2003. Cet avenant précisait les modalités du remboursement des frais de formation payés par l'employeuse ainsi que de "la contre-valeur des jours de congé" accordés à l'employée ("montants calculés en fonction [du] salaire").
L'employée a ensuite émis le désir de suivre une formation en gestion d'équipe dispensée par l'Ecole d'études sociales et pédagogiques, à Lausanne. Des discussions ont eu lieu entre les parties, notamment en vue d'établir les modalités de paiement de cette formation par l'employeuse et les obligations qui en résulteraient pour l'employée. Les 27 et 28 mars 2007, les parties ont signé un nouvel avenant au contrat de travail, qui annulait et remplaçait celui du 31 décembre 2003. Il se présentait comme suit:
"10. Formation
Votre formation «certificat en gestion d'équipe» débutera en mai 2007, et sera intégralement prise en charge par l'employeur. La participation de l'employeur comprend notamment 100% des heures de cours, les frais pour écolages, taxes d'examens et supports obligatoires de cours.
(...)
Les avantages, en temps et financement, mentionnés ci-dessus, sont accordés pour la durée normale de la formation. Afin que les frais à charge de l'employeur soient supportables, il est d'usage d'exiger, après la période de perfectionnement, le maintien des rapports de travail pour une durée de deux ans.
Si, par le fait de l'employée, ces rapports se terminent avant, cette dernière est redevable du pourcentage correspondant à la durée non assumée."
La formation était divisée en un "module de base", d'une durée de huit jours et d'un "module d'approfondissement spécifique" de dix-huit jours au total qui devait s'achever par la rédaction d'un mémoire devant être approuvé par l'école.
Dans le cadre du "module spécifique", l'employée a participé à divers cours. Elle a reçu, pour chacun d'eux, un document attestant de sa participation. Au final, le "module spécifique" a coûté 3'740 fr. L'employée n'a pas rendu le mémoire final devant clôturer ce module et n'a en conséquence pas reçu de certificat.
Le 23 mars 2009, l'employée a résilié le contrat de travail la liant à l'employeuse avec effet au 31 mai 2009.
B. Par requête du 26 août 2009, l'employeuse a ouvert action devant le Tribunal de prud'hommes de l'arrondissement de Lausanne concluant à ce que l'employée soit condamnée à lui payer le montant de 12'058 fr. 90 à titre de remboursement des coûts de la formation supportés par l'employeuse.
La conciliation ayant été tentée en vain, l'employeuse a confirmé ses conclusions en paiement, réclamant en outre le paiement de l'intérêt moratoire, au taux de 5% l'an, dès le 1er juillet 2009. L'employée a conclu à ce que la demanderesse soit déboutée de ses conclusions et pris des conclusions reconventionnelles, qu'elle a finalement retirées à l'audience de jugement.
Par jugement du 17 décembre 2009, le Tribunal de prud'hommes a condamné l'employée à verser à l'employeuse le montant de 3'740 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 5 septembre 2009. Il a considéré que le remboursement se justifiait dans son principe, mais que le montant demandé (soit 12'058 fr. 90), était excessif par rapport à un salaire mensuel de 4'450 fr. et qu'ainsi seuls les frais d'écolage (par 3'740 fr.) pouvaient être réclamés par l'employeuse (celle-ci n'ayant pas prouvé le paiement des frais du "module de base").
Sur recours (principal) de l'employeuse et de l'employée (par voie de jonction), la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois, par arrêt du 3 septembre 2010, a admis le recours principal, rejeté le recours joint, réformé le chiffre I du dispositif du jugement de première instance en ce sens que l'employée doit payer à l'employeuse la somme nette de 10'821 fr. 75, avec intérêt à 5% l'an dès le 5 septembre 2009, et confirmé le jugement pour le surplus, sous suite de dépens.
La Chambre des recours a considéré que les frais (par 2'200 fr.) du "module de base" étaient bien établis et qu'ils devaient être mis à la charge de l'employée en sus du montant de 3'740 fr. (frais du "module spécifique"). Elle a retenu que les heures d'absence pour cause de formation devaient être, conformément à l'avenant des 27 et 28 mars 2007, mises à la charge de l'employée (salaire horaire multiplié par 208 heures d'absence, soit un montant de 4'881 fr. 75). Enfin, elle a considéré qu'il n'y avait pas lieu de réduire le montant total de 10'821 fr. 75.
C. L'employée exerce un recours constitutionnel subsidiaire contre l'arrêt cantonal du 3 septembre 2010. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'admission du recours, à ce que l'arrêt attaqué soit réformé en ce sens qu'elle n'est la débitrice de l'employeuse que de la somme de 5'940 fr. net (coût total des deux modules), avec intérêt à 5% l'an dès le 5 septembre 2009 et, subsidiairement, à ce que l'arrêt entrepris soit annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale. La recourante invoque une application arbitraire (art. 9 Cst.) de diverses normes du droit fédéral.
L'intimée conclut au rejet du recours, avec suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. 1.1 Devant l'autorité précédente, le litige portait sur une somme de 12'058 fr. 90 (montant réclamé par l'employeuse), entièrement contestée. La valeur litigieuse minimale requise par l'<ref-law> n'étant pas atteinte, le recours en matière civile n'était pas ouvert, étant précisé que l'on ne se trouve dans aucun des cas prévus par l'<ref-law>. C'est donc à juste titre que la recourante a interjeté un recours constitutionnel subsidiaire, puisque le recours ordinaire ne lui était pas ouvert (<ref-law>).
1.2 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires et qui a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision (<ref-law>), le recours déposé dans le délai (art. 117 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, est en principe recevable, puisqu'il est dirigé contre un arrêt final (art. 117 et 90 LTF) rendu par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>).
1.3 Le recours subsidiaire ne peut être interjeté que pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'<ref-law> (par renvoi de l'<ref-law>) prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 88 et les arrêts cités). Le recourant doit ainsi indiquer quel droit constitutionnel aurait été violé et démontrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste cette violation (133 III 439 consid. 3.2 p. 444). Ainsi, s'il entend se prévaloir d'une application arbitraire (art. 9 Cst.) du droit fédéral, il doit désigner avec précision quelle est la norme fédérale dont il se prévaut.
1.4 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que s'ils ont été établis en violation d'un droit constitutionnel (art. 118 al. 2 et 116 LTF), ce que la partie recourante doit invoquer avec précision (art. 117 et 106 al. 2 LTF). Aucun fait nouveau ou preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision attaquée (art. 117 et 99 al. 1 LTF).
1.5 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (art. 117 et 107 al. 1 LTF). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (art. 117 et 99 al. 2 LTF).
2. La recourante ne remet en cause l'arrêt cantonal que dans la mesure où il l'astreint à devoir rembourser le salaire équivalant aux périodes d'absence pour cause de formation (soit le montant de 4'881 fr. 75).
2.1 Elle invoque une violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'application du droit fédéral; dans un premier temps, elle mentionne les <ref-law> et ne désigne ainsi pas précisément la norme de droit du travail qui aurait été appliquée de façon insoutenable. Ensuite, bien que rappelant la définition de l'arbitraire, elle ne développe, en définitive, pas sa motivation sous cet angle; elle cite certes les art. 319 al. 1 et 320 al. 3 CO, mais explique simplement qu'il "paraît contraire au principe fondamental du droit suisse du travail (...) d'astreindre un collaborateur à devoir rembourser a posteriori la rémunération perçue pendant une période de formation professionnelle". La recevabilité du moyen est donc douteuse. La question peut toutefois rester ouverte, le grief étant quoiqu'il en soit mal fondé (cf. infra consid. 2.2 à 2.4).
2.2 Toute l'argumentation de la recourante consiste à dire qu'en suivant ses cours professionnels, elle a agi en exécution de son travail et que le remboursement sollicité par l'intimée reviendrait à la priver d'un salaire correspondant à une activité déployée conformément à son contrat de travail.
Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148, 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
2.3 Selon l'art. 13 al. 4 de l'Ordonnance 1 du 10 mai 2000 relative à la loi sur le travail (OLT 1; RS 822.111), le temps qu'un travailleur consacre à une formation complémentaire ou continue, soit sur ordre de l'employeur, soit, en vertu de la loi, parce que son activité professionnelle l'exige, est réputée temps de travail. Ainsi, si la formation est imposée par l'exécution du travail, le salaire est dû au travailleur pour toute la durée consacrée à la formation (PHILIPPE CARRUZZO, La rémunération du travailleur et le remboursement des frais, 2007, p. 245; STREIFF/VON KAENEL, Arbeitsvertrag, Praxiskommentar, 6e éd. 2006, no 7 ad <ref-law>).
Tel n'est par contre pas le cas lorsque la formation n'est pas imposée par l'exécution du travail, mais destinée à améliorer la capacité professionnelle du travailleur. Une telle formation n'est pas liée à un employeur déterminé ou à un produit spécifique (cf. arrêt 4C.326/2005 du 21 octobre 2005 consid. 4) et elle se distingue du travail qui est exécuté directement dans l'intérêt de l'employeur et qui constitue la contrepartie du salaire (cf. arrêt 4P.264/2001 du 10 janvier 2002 consid. 2c/aa; CARRUZZO, op. cit., p. 246 ss). L'employeur et le travailleur peuvent alors convenir, pour les jours consacrés à la formation de l'employé, de l'octroi d'un congé non payé, ou se mettre d'accord sur le maintien du salaire en contrepartie de l'accomplissement d'un travail compensatoire, ou même convenir que les heures de cours seront assimilées, en totalité ou en partie, à du temps de travail (cf. CARRUZZO, op. cit., p. 247 s.). Dans ce dernier cas de figure, l'employeur a la liberté de lier sa contribution à un engagement de remboursement dégressif du salaire payé pendant les heures de formation si le travailleur quitte l'entreprise avant l'échéance de la période convenue (cf. CARRUZZO, op. cit., p. 246 et 248; sur l'admissibilité du remboursement des frais de formation: RÉMY WYLER, Droit du travail, 2e éd. 2008, p. 289 s.).
La constatation de la nature de la formation, ainsi que des frais y relatifs, relève du fait et lie, par conséquent, la juridiction fédérale (cf. arrêt 4C.326/2005 déjà cité consid. 4).
2.4 En l'espèce, la Chambre des recours, reprenant la constatation des premiers juges, a retenu que la recourante avait suivi une formation non indispensable à l'exécution de son travail, mais qui lui conférait, par l'acquisition de nouvelles connaissances, un avantage durable sur le marché du travail.
Il est ainsi indéniable que la formation n'était pas liée à un employeur déterminé ou à un produit spécifique et que les parties pouvaient, dans un accord, assimiler les heures de cours à du temps de travail et convenir des modalités de remboursement du salaire prévues dans l'avenant des 27 et 28 mars 2007; on ne voit pas en quoi les <ref-law>, plus particulièrement les art. 319 al. 1 et 320 al. 3 CO, aurait été appliqués arbitrairement par la cour cantonale.
Enfin, la recourante soutient que la juridiction précédente "confesse son malaise" en n'allouant que le remboursement du salaire net et non celui des cotisations sociales. Elle ne précise toutefois pas en quoi cet argument plaiderait en faveur de l'application arbitraire d'une norme - d'ailleurs non spécifiquement désignée dans l'acte de recours - du droit fédéral. L'argument est au demeurant dénué de pertinence puisque l'intimée a pu procéder de la sorte en faveur de l'employé, pour lui éviter des lacunes de cotisation aux assurances sociales (AVS et prévoyance professionnelle) (cf. CARRUZZO, op. cit., p. 248). Le seul fait que la cour précédente a confirmé le bien-fondé du remboursement du salaire net ne permet donc pas de qualifier d'insoutenable la décision attaquée.
2.5 La recourante revient à la charge en soutenant qu'il est arbitraire d'affirmer, sans aucune motivation ou démonstration, que la clause contractuelle prévue dans l'avenant des 27 et 28 mars 2007 remplissait les exigences de validité posées par la doctrine et la jurisprudence en application des art. 327a et 335a CO.
Si tant est que la recourante entendait par là faire grief à la cour cantonale d'avoir violé son droit d'être entendue (droit à une décision motivée), le moyen serait irrecevable, puisqu'il n'a pas été invoqué clairement ni motivé suffisamment dans l'acte de recours (cf. infra consid. 1.3).
Quant au reproche tiré de l'arbitraire, on peine à comprendre en rapport avec quelle critique (manque de prévisibilité de la clause contractuelle, application erronée de la jurisprudence ou violation du droit fédéral), il est émis et sa recevabilité est, déjà pour cette raison, fort douteuse. Quoiqu'il en soit, toute critique émise en application de l'<ref-law> est d'emblée mal fondée, les frais destinés à améliorer la capacité professionnelle du travailleur ne tombant pas sous le coup de cette disposition (cf. infra consid. 2.4). S'agissant de l'<ref-law>, le moyen est irrecevable, la recourante se limitant à citer la disposition légale, sans toutefois fournir le début d'une motivation permettant de comprendre en quoi elle aurait été violée arbitrairement (art. 9 Cst.).
On notera enfin qu'après avoir indiqué que "les juges cantonaux ont rappelé (...) les trois conditions cumulatives exigées pour l'admission d'une clause de remboursement de frais, soit notamment que les montants à rembourser doivent être clairement spécifiés", la recourante se borne à reprocher à la juridiction précédente de n'avoir pas démontré que l'avenant de 2007 satisfait à cette exigence; elle ne fait référence à aucune décision de la Cour de céans ni à une publication de la doctrine. Si la recourante entendait reprocher à la cour cantonale d'avoir appliqué arbitrairement la jurisprudence du Tribunal fédéral (soit celle ayant trait à la prise en charge des frais de formation destinés à améliorer la capacité professionnelle du travailleur), il lui appartenait au moins de désigner les décisions qui auraient été appliquées de façon insoutenable par l'autorité précédente (cf. supra consid. 1.3). La critique est irrecevable.
3. Le recours constitutionnel subsidiaire doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la recourante qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 14 avril 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget