Sachverhalt:
A. Das Bezirksamt Zofingen führt gegen X._ eine Strafuntersuchung wegen Tätlichkeiten, Drohung, Ungehorsam gegen eine amtliche Verfügung, Nichtabgabe von Ausweisen und Kontrollschildern sowie Übertretungen des Bundesgesetzes über den Transport im öffentlichen Verkehr. Ihm wird insbesondere vorgeworfen, seine getrennt von ihm lebende Ehefrau mehrfach mit dem Tod bedroht zu haben.
B. X._ befindet sich seit dem 12. April 2009 in Untersuchungshaft. Diese wurde mit Verfügung des Präsidums der Beschwerdekammer in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Aargau vom 22. April 2009 bis zum Eingang der Anklage beim Gericht verlängert.
C. Am 8. Mai 2009 ersuchte der Gesuchsteller um Haftentlassung, eventuell unter der Auflage, sich seiner Frau nicht näher als 200 m zu nähern, keinen telefonischen Kontakt mit ihr aufzunehmen und den Kontakt zu den Kindern nur über eine vom Gericht zu bezeichnende Person oder eine Erziehungsbeiständin auszuüben. Subeventuell sei er gegen eine Kaution in Höhe von maximal Fr. 5'000.-- aus der Haft zu entlassen.
Mit Verfügung vom 15. Mai 2009 wies das Präsidium des Obergerichts das Gesuch ab. Es bejahte einen dringenden Tatverdacht sowie die Haftgründe der Kollusions- und der Ausführungsgefahr.
D. Dagegen hat X._ am 11. Juni 2009 Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben und er sei unverzüglich aus der Untersuchungshaft zu entlassen, eventualiter unter der Auflage, sich seiner Frau nicht näher als 200 m zu nähern, keinen telefonischen Kontakt mit ihr aufzunehmen und den Kontakt zu den Kindern nur über eine vom Gericht zu bezeichnende Person oder eine Erziehungsbeiständin auszuüben und sich täglich bei der Polizei zu melden. Subeventuell sei er gegen eine Kaution in Höhe von maximal Fr. 5'000.-- aus der Haft zu entlassen. Subsubeventualiter sei ihm die Verpflichtung zu erteilen, sich nicht im Raum Zofingen/Oftringen, d.h. in einem Radius von 10 km vom Stadtmittelpunkt, aufzuhalten. Überdies beantragt er die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
E. Das Präsidium des Obergerichts beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Bezirksamt Zofingen hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in Strafsachen einzutreten (<ref-law>).
2. Nach § 67 Abs. 1 und 2 der Aargauer Strafprozessordnung vom 11. November 1958 (StPO/AG) darf gegen den Beschuldigten ein Haftbefehl erlassen werden, wenn er einer mit Freiheitsstrafe bedrohten Handlung dringend verdächtig ist und ausserdem Flucht- oder Kollusionsgefahr besteht oder die Freiheit des Beschuldigten mit Gefahr für andere verbunden ist, insbesondere, wenn eine Fortsetzung der strafbaren Tätigkeit zu befürchten ist. Der Verhaftete ist freizulassen, sobald kein Grund mehr vorliegt, die Haft aufrechtzuerhalten (<ref-law>/AG).
Bei Beschwerden, die gestützt auf das Recht der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2, Art. 31 BV) wegen der Ablehnung eines Haftentlassungsgesuches erhoben werden, prüft das Bundesgericht im Hinblick auf die Schwere des Eingriffes die Auslegung und Anwendung des kantonalen Prozessrechts frei. Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>).
3. Der Beschwerdeführer beantragt den Beizug sämtlicher Akten des Strafverfahrens des Bezirksamts Zofingen.
Das Obergericht hat dem Bundesgericht die Haftakten übermittelt, in denen sich insbesondere die Einvernahmen der Ehefrau des Beschwerdeführers befinden. Beigezogen wurden (per Fax) das Urteil des Gerichtspräsidums Zofingen vom 26. März 2009 im summarischen Verfahren betr. Eheschutz, die Verfügung des Gerichtspräsidiums Zofingen vom 9. Februar 2009, diverse Polizeirapporte (vom 22. April 2009, 10. Juni 2008 und 7. Mai 2008) sowie die Einvernahme des Beschwerdeführers vom 13. April 2009. Damit liegen die wesentlichen, für die Beurteilung der Haftvoraussetzungen relevanten Unterlagen vor. Auf einen Beizug der übrigen Strafakten kann daher verzichtet werden.
4. Der Beschwerdeführer bestreitet zunächst das Vorliegen eines dringenden Tatverdachts.
4.1 Der Haftrichter bejahte den dringenden Tatverdacht aufgrund der Anzeigen der Ehefrau des Beschwerdeführers, A._, vom 7., 18. und 27. April 2008, 13. Mai 2008, 17. November 2008 und 12. April 2009, die teilweise durch die Kinder B._ und C._, geb. 1991 und 1993, bestätigt worden seien. Daraus gehe hervor, dass der Gesuchsteller sich entgegen dem Kontaktverbot des Eheschutzrichters vom 28. März 2008 mit dauernden telefonischen und persönlichen Kontakten gegenüber seiner Ehefrau bemerkbar mache und diese bedrohe und belästige.
4.2 Der Beschwerdeführer bestreitet, je seine Ehefrau bedroht zu haben. Er habe trotz zunehmender ehelicher Schwierigkeiten seine Ehefrau noch lange geliebt und den Kontakt zu ihr gesucht, um seine Ehe zu retten. Nachdem es bei jedem Kontakt der Eheleute zu gegenseitigen Beschimpfungen und emotionalen Eskalationen kam, sei dem Beschwerdeführer im Eheschutzurteil vom 26. März 2008 die Kontaktaufnahme zur Ehefrau untersagt worden, mit Ausnahme der für die Organisation des Besuchsrechts der Kinder notwendigen Kontakte. An dieses Kontaktverbot habe er sich stets gehalten.
Beim Vorfall, der der Anzeige vom 12. April 2009 zugrunde liege, habe er den Kontakt zu den Kindern gesucht, um diesen zu ermöglichen, die gerade in der Schweiz anwesende Grossmutter zu sehen. Nachdem er vergeblich versucht hatte, die Kinder auf ihren Handys zu erreichen, habe er auf der Festnetznummer angerufen. Seine Frau habe das Telefon abgenommen, obwohl sie aufgrund der Anzeige auf dem Telefondisplay gewusst habe, dass der Beschwerdeführer am Apparat war. Sie habe sich geweigert, ihn mit den Kindern reden zu lassen, worauf es zum Streit gekommen sei. Er habe aber weder ihr noch ihren Familienangehörigen gedroht.
4.3 A._, Ehefrau des Beschwerdeführers, hat seit dem 6. November 2004 acht Anzeigen wegen häuslicher Gewalt durch Tätlichkeiten, Drohung und Nötigung, Beschimpfung und Belästigung erstattet. Trotz des vom Eheschutzrichter im März 2008 ausgesprochenen Kontaktverbots sei sie vom Beschwerdeführer ständig mit Anrufen und SMS belästigt, beschimpft und bedroht worden. Ihr Ehemann sei überzeugt, dass sie einen Freund habe, überwache ihre Bewegungen und kontrolliere ständig, ob sie zuhause sei. Er komme mehrmals in der Woche zu ihrer Wohnung, läute an die Haustüre oder klopfe ans Fenster. Er habe immer wieder verbal gedroht, sie zu töten, wenn sie einen Freund habe, wenn sie nochmals zur Polizei gehe oder wenn er von einem Gericht verurteilt werde. Zuletzt habe der Beschwerdeführer sie am 12. April 2009 angerufen, nachdem sich die Tochter geweigert hatte, ihre in der Schweiz zu Besuch weilende Grossmutter zu besuchen. Der Beschwerdeführer habe geschrien und gedroht, dass er zuerst sie (A._) und dann ihre Eltern und ihre zwei Brüder umbringen werde.
Die inzwischen 18- und 16-jährigen Kinder B._ und C._, die bei der Mutter wohnen, bestätigten auf Befragung, dass ihr Vater ständig zuhause anrufe und um die Wohnung schleiche. Er rufe sie oft auf dem Natel an, vor allem um ihnen Fragen über ihre Mutter und deren Aufenthaltsort zu stellen (Einvernahme vom 7. April 2008 S. 4 und 5). Die Tochter bestätigte am 13. Mai 2008 gegenüber der Polizei, der Beschwerdeführer habe ihr gesagt, dass er die Mutter "schneiden" oder "aufschneiden" werde (Polizeibericht vom 10. Juni 2008).
Eine im April 2008 durchgeführte Natelauswertung beim Beschwerdeführer ergab, dass dieser seiner Ehefrau in der Zeit vom 31. Januar bis 17. April 2008 insgesamt 440 SMS geschickt hatte (Polizeibericht vom 7. Mai 2008 S. 3). Bei der Einvernahme vom 7. April 2008 (kurz nach Anordnung des Kontaktverbots durch den Eheschutzrichter) zeigte A._ der Polizei, dass allein an diesem Tag 12 Anrufe und 12 SMS ihres Ehemanns eingegangen waren.
Unter diesen Umständen erscheinen die Schilderungen der Ehefrau glaubwürdig und die Bestreitungen des Beschwerdeführers, wonach er sich immer an das Kontaktverbot gehalten habe, unglaubwürdig. Dann aber besteht Grund, auch die Aussagen der Anzeigeerstatterin über die Drohungen ernst zu nehmen. Es ist kein Grund ersichtlich, weshalb sie den Beschwerdeführer zu Unrecht beschuldigen sollte. Insbesondere gibt es keine Anhaltspunkte, dass sie daraus im Trennungs- und Scheidungsverfahren einen Vorteil erzielen wollte.
Insgesamt ist daher ein dringender Tatverdacht hinsichtlich der Drohungen zu bejahen.
5. Streitig ist weiter, ob ein spezieller Haftgrund vorliegt.
5.1 Der Haftrichter ging davon aus, es bestehe Fortsetzungs- und Ausführungsgefahr. Der Beschwerdeführer scheine sich mit der Ehetrennungssituation schlecht oder nicht abfinden zu können; eine Einsicht in die Strafbarkeit seines Verhaltens sei nicht ersichtlich. So habe der Beschwerdeführer selbst nach dem Kontaktverbot im Ehetrennungsverfahren seine Drohungen und Belästigungen fortgesetzt und damit ein erhebliches Fortsetzungspotenzial bewiesen.
Unklar sei zwar, inwiefern das bisher bloss verbal zum Ausdruck gekommene Drohpotenzial auch einen effektiven Gewalthintergrund besitze, nachdem der Beschwerdeführer bisher nicht durch Gewalttätigkeiten aufgefallen sei. Entsprechende Abklärungen seien vom Bezirksamt Zofingen eingeleitet worden, wobei die Psychiatrische Klinik Königsfelden für eine entsprechende Begutachtung offenbar eine Frist von 5 Monaten benötige. Eine derartige Frist sei in einem Haftfall zur Abklärung der Gefährlichkeit nicht akzeptabel, weshalb das Bezirksamt die entsprechenden Überprüfungen des Ausführungspotenzials in psychiatrischer Hinsicht bei einer anderen Institution auf schnellerem Wege zu beschaffen habe. Aufgrund der Fortsetzung der Drohungen und Belästigungen der Ehefrau durch den Beschwerdeführer erscheine allerdings heute auch die Gefahr, dass dieser seine Gewaltdrohungen umsetzen könnte, in einer Art und Weise unberechenbar, dass eine Haftentlassung auch unter dem Haftgrund der Ausführungsgefahr nicht in Frage komme, bevor nicht gutachterlich die Gefahr der Tatausführung als gering eingestuft worden sei.
5.2 Der Beschwerdeführer bestreitet das Vorliegen von Ausführungsgefahr. Selbst wenn er seine Ehefrau bedroht haben sollte (was er bestreitet), liege ein grosser Schritt zwischen der verbalen Bedrohung und der tatsächlichen Umsetzung allfälliger Gewalttätigkeiten oder Todesdrohungen. Er sei bisher in keiner Weise durch Gewaltdelikte aufgefallen und sei nicht einschlägig vorbestraft. Im Übrigen habe er sich inzwischen mit der Ehetrennungssituation und der Scheidung abgefunden. Er sei bereit, in die Scheidung einzuwilligen und habe am 14. Mai 2009 ein Eheschutzbegehren gestellt, damit eine Erziehungsbeistandschaft für die Ausübung des Kinderbesuchsrechts angeordnet werde. Er wolle ausserhalb des Scheidungsverfahrens keinen Kontakt mehr mit seiner Ehefrau.
5.3 Bei der Annahme, dass der Angeschuldigte weitere Verbrechen oder erhebliche Vergehen begehen könnte, ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Zurückhaltung geboten. Da Präventivhaft einen schwerwiegenden Eingriff in das Recht der persönlichen Freiheit darstellt, muss sie auf einer hinreichenden gesetzlichen Grundlage beruhen, im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein. Die Aufrechterhaltung von strafprozessualer Haft wegen Fortsetzungs- oder Ausführungsgefahr ist verhältnismässig, wenn einerseits die Rückfallprognose sehr ungünstig und anderseits die zu befürchtenden Delikte von schwerer Natur sind. Die rein hypothetische Möglichkeit der Verübung weiterer Delikte sowie die Wahrscheinlichkeit, dass nur geringfügige Straftaten verübt werden, reichen dagegen nicht aus, um eine Präventivhaft zu begründen. Schliesslich gilt auch bei der Präventivhaft - wie bei den übrigen Haftarten - dass sie nur als "ultima ratio" angeordnet oder aufrecht erhalten werden darf. Wo sie durch mildere Massnahmen ersetzt werden kann, muss von der Anordnung oder Fortdauer der Haft abgesehen und an ihrer Stelle eine dieser Ersatzmassnahmen verfügt werden (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 2.3 S. 73 mit Hinweisen).
5.4 Aufgrund der Ausführungen zum dringenden Tatverdacht ergibt sich ohne Weiteres auch das Bestehen von Fortsetzungsgefahr: Es ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer sich durch das 2008 vom Eheschutzrichter ausgesprochene Kontaktverbot nicht beeindrucken liess, sondern seine Belästigungen und Drohungen fortgesetzt hat. Selbst wenn er sich jetzt mit der Scheidung abgefunden haben sollte, bedeutet dies nicht, dass er seine Nachstellungen aufgeben wird, da diese nicht ausschliesslich darauf gerichtet waren, die Scheidung zu verhindern, sondern weitere Motive mitspielten (Eifersucht auf einen vermeintlichen Freund; Wut über die Strafanzeigen seiner Frau).
Die Belästigungen durch SMS, nächtliche Anrufe, Läuten, Klopfen etc. und die Kontaktaufnahme unter Missachtung der amtlichen Verfügung des Gerichtspräsidiums Zofingen vom 7. Februar 2009 stellen jedoch keine schwerwiegenden Straftaten dar, deren Fortsetzung Untersuchungshaft rechtfertigen würde.
Dagegen sind Drohungen nicht als Bagatelldelikte einzustufen. Sie können vielmehr, je nach den Umständen des Falles, insbesondere der Schwere der Drohung, ihren Begleitumständen sowie der Befindlichkeit und der Reaktion des Opfers, die Anordnung von Präventivhaft rechtfertigen. So wurde im Urteil 1P.150/2006 vom 3. April 2006 (E. 3.3) Untersuchungshaft wegen der Gefahr weiterer Drohungen bestätigt, nachdem der Angeschuldigte das Opfer mehrfach mit dem Tod bedroht hatte, u.a. in einem vom Opfer gelenkten öffentlichen Bus, weshalb sich das Opfer nicht mehr getraute, zu Hause zu übernachten und ihren Beruf als Busfahrerin weiter auszuüben. Im Urteil 1P.416/2003 vom 23. Juli 2003 (E. 4.4) wurden die Drohungen aufgrund der zu befürchtenden Panikreaktionen des Opfers als besonders schwerwiegend und gesundheitsgefährdend eingestuft.
Im vorliegenden Fall soll der Beschwerdeführer seiner Frau mehrfach gedroht haben, sie und ihre Familienangehörigen umzubringen, d.h. ihm werden besonders schwere Drohungen vorgeworfen. Allerdings leben die Ehefrau und die Kinder bereits seit geraumer Zeit mit diesen Drohungen und haben sich, trotz ihrer Angst, nicht davon abhalten lassen, weiter ihrer Arbeit bzw. ihrer Ausbildung nachzugehen und sich in ihrer Wohnung aufzuhalten. Es liegen im vorliegenden Fall auch keine Hinweise auf Kurzschlussreaktionen der Opfer vor, die deren Gesundheit gefährden könnten. Sofern keine Ausführungsgefahr besteht, erscheint es daher für die Familie zumutbar, noch bis zum Abschluss des Strafverfahrens mit den Drohungen zu leben. Unter diesen Umständen erscheint die Anordnung von Präventivhaft wegen Fortsetzungsgefahr unverhältnismässig.
5.5 Zu prüfen ist deshalb, ob Ausführungsgefahr vorliegt, d.h. die Gefahr besteht, dass der Beschwerdeführer seine Drohungen umsetzen und seine Ehefrau oder deren Familienangehörige töten oder schwer verletzen könnte.
Unstreitig ist der Beschwerdeführer bisher nicht durch Gewalttätigkeiten aufgefallen. Allerdings wird ihm im vorliegenden Verfahren eine Tätlichkeit gegenüber der Tochter vorgeworfen (die er bestreitet); sodann liegen für den Zeitraum vom 6. November 2004 bis 7. Dezember 2005 und dem 5./6. November 2004 auch Anzeigen der Ehefrau wegen Tätlichkeiten vor.
Die Ehefrau des Beschwerdeführers ist überzeugt, dass dieser psychisch krank, sehr aggressiv und unberechenbar sei. Diese Einschätzung wird von der Kantonspolizei im Bericht vom 22. April 2009 weitgehend geteilt: Das Gefahrenpotenzial des Beschwerdeführers sei schwierig einzuschätzen; mit Sicherheit aber dürfe er nicht als harmlos eingestuft werden. Dessen Kontrollabsicht über die getrennt lebende Ehefrau scheine krankhaft zu sein; es dürfte nur eine Frage der Zeit sein, bevor er in einem Wut- oder Eifersuchtsanfall auch erneut handgreiflich werde. Offensichtlich habe der Beschwerdeführer ein psychisches Problem; er scheine unbelehrbar und unverbesserlich zu sein und sehe die Fehler bzw. Auslöser für sein Verhalten jeweils bei den anderen, respektive bei seiner Ehefrau.
Unter diesen Umständen erscheint die Reaktion des Beschwerdeführers im Falle der Entlassung aus der Untersuchungshaft in der Tat unberechenbar. Es besteht die Gefahr, dass er seine Drohung wahrmachen und seine Ehefrau - der er die Schuld an seiner Inhaftierung gibt - töten oder verletzen könnte. In dieser Situation erscheint es gerechtfertigt, Ausführungsgefahr vorläufig - bis zum Vorliegen des angeordneten psychiatrischen Gutachtens - zu bejahen und den Beschwerdeführer in Präventivhaft zu belassen.
Allerdings muss dieses Gutachten unverzüglich erstellt werden. Wie schon der Haftrichter festgehalten hat, ist eine Frist von 5 Monaten in einem Fall wie dem Vorliegenden inakzeptabel.
5.6 Ist der Haftgrund der Ausführungsgefahr zu bejahen, kann offen bleiben, ob auch Kollusionsgefahr vorliegt.
6. Der Haftrichter verneinte die Möglichkeit der Anordnung von milderen Massnahmen, namentlich der vom Beschwerdeführer vorgeschlagenen Auflagen und Kaution. Diese Ausführungen lassen keine Verletzung von Bundesrecht erkennen. Insbesondere erscheint ein erneutes Verbot der Kontaktaufnahme des Beschwerdeführers mit seiner Ehefrau nicht geeignet, diesen von weiteren Straftaten abzuhalten, nachdem er sich bereits über die bisher behördlich angeordneten Kontaktverbote hinweggesetzt hat.
7. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen.
Da die gesetzlichen Voraussetzungen gemäss Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG vorliegen, ist dem Beschwerdeführer die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Marcel Buttliger, Aarau, wird als amtlicher Vertreter des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 2'000.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bezirksamt Zofingen und dem Obergericht des Kantons Aargau, Präsidium der Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber