Faits:
A. X._, né en 1941, et dame X._, née en 1950, se sont mariés le 7 janvier 1983 à Genève. Un enfant est issu de cette union : A._, né en 1991.
Par contrat du 20 mai 1985, les époux ont soumis leur union au régime de la communauté universelle de biens.
B. Ils se sont séparés en mars 2003.
Le 1er mai 2003, l'épouse a introduit une demande en divorce.
Par jugement du 10 septembre 2003, le Tribunal de première instance du canton de Genève a prononcé le divorce, a attribué la garde de l'enfant au père en dispensant la mère de contribuer à l'entretien de son fils, a partagé par moitié les valeurs présentes sur deux comptes bancaires joints ouverts au nom des parties (compte n° 1 auprès de la banque B._ et compte n0 2 auprès de C._) et a condamné le mari à verser à l'épouse le montant de 500'000 fr. à titre d'indemnité équitable au sens de l'<ref-law>.
Sur appel du mari, la Cour de justice du canton de Genève a, par arrêt du 29 novembre 2007, confirmé le jugement de première instance en ce qui concerne le partage par moitié des comptes bancaires joints et l'indemnité équitable au sens de l'<ref-law>.
C. Le mari exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut, principalement, à l'attribution en sa faveur des avoirs déposés sur les comptes bancaires joints précités et à la réduction à 200'000 fr. de l'indemnité équitable au sens de l'<ref-law>. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour instruction complémentaire.

Considérant en droit:
1. Interjeté - compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. c LTF) - dans le délai légal (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>), prise en dernière instance cantonale et sur recours par le tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>), dans une cause de divorce (<ref-law>), dont seuls des effets accessoires de nature pécuniaire d'une valeur supérieure à 30'000 fr. sont remis en cause (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2b), le recours est recevable.
2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
La notion de « manifestement inexacte» correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. Il convient de rappeler que le juge dispose d'un large pouvoir lorsqu'il apprécie les preuves. La partie recourante doit ainsi démontrer dans quelle mesure le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation et, plus particulièrement, s'il a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, s'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore si, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées; à défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 6.2). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
3. Le recourant affirme que l'autorité précédente a méconnu son droit d'être entendu en lui refusant une audience de comparution personnelle. Celle-ci se justifiait pour définir les biens propres et communs de ses avoirs et l'état de ses divers comptes bancaires et « obtenir des explications de l'intimée sur l'héritage de ses parents ». Comme il n'invoque aucune disposition de droit cantonal à l'appui de son grief, celui-ci doit être examiné exclusivement à la lumière des principes déduits directement de l'art. 29 al. 2 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2a et les arrêts cités).
3.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment pour le justiciable le droit de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2a/aa; <ref-ruling> consid. 3a). Le juge peut cependant renoncer à l'administration de certaines preuves, notamment lorsque les faits dont les parties veulent rapporter l'authenticité ne sont pas importants pour la solution du litige. Ce refus d'instruire ne viole leur droit d'être entendues que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3 et les arrêts cités).
3.2 La cour cantonale a refusé l'audition des parties car elle a considéré que l'évolution respective de la fortune des parties était suffisamment documentée. Ce refus procède d'une appréciation anticipée des preuves qui ne constitue pas une violation du droit d'être entendu. En tout état de cause, l'art. 29 al. 2 Cst. ne confère pas le droit d'être entendu oralement par l'autorité (<ref-ruling> consid. 2.1).
4. Le recourant s'en prend sur divers points aux constatations de faits. Ces critiques sont dispersées dans son recours et mélangées aux griefs de violation de l'<ref-law>, ce qui le conduit à méconnaître totalement les exigences en matière de motivation (cf. consid. 2 supra).
4.1 En premier lieu, il invite le Tribunal fédéral à procéder à une correction des faits ou un renvoi à l'autorité cantonale afin qu'elle revoie le montant décisif de la prestation de sortie pour le calcul de l'indemnité équitable au sens de l'<ref-law>. Cependant, il ne précise pas où ni quand il a allégué les faits qui ont été omis par l'autorité précédente, en particulier quant au montant de la part de prévoyance qu'il avait accumulé avant le mariage et du rendement de ce capital. Il n'indique pas davantage laquelle des différentes hypothèses visées par l'<ref-law> justifierait le complètement des constatations de l'autorité précédente (cf. consid. 2 supra). Il n'y a donc pas lieu de s'écarter des faits retenus dans l'arrêt entrepris (cf. <ref-law>).
4.2 Le recourant reproche ensuite à la cour cantonale de n'avoir pas tenu compte de la diminution de sa fortune, qui ne s'élèverait plus qu'à 600'473 fr. On comprend qu'il entend se plaindre d'arbitraire et de violation de la maxime d'office, qui imposerait selon lui à la Cour de justice de demander les pièces permettant d'établir la situation de fortune des parties.
4.2.1 S'agissant de l'appréciation arbitraire des preuves, le recourant prétend que la cour se serait écartée de la décision de taxation fiscale du 17 février 2004 qui faisait état d'une fortune mobilière de 570'000 fr. L'arrêt cantonal ne fait toutefois pas mention de la décision de taxation. La recevabilité du moyen impliquait que le recourant indique en premier lieu qu'il avait allégué le fait qui aurait dû être constaté conformément aux dispositions de procédure applicables, produit la pièce en question et que la cour avait omis ou refusé d'en tenir compte sans raison sérieuse alors que ce fait était propre à modifier la décision attaquée. Faute de motivation suffisante, il n'y a pas lieu d'examiner plus avant ce grief.
Il voit encore une appréciation arbitraire des preuves au motif que la cour cantonale aurait écarté l'extrait du compte UBS aux termes duquel la valeur de son porte-feuille titres s'élevait à 490'473 fr. au 8 mai 2003; cette pièce établirait selon lui la diminution de sa fortune. Selon la cour cantonale, il ressortait des extraits produits que, dès août 2002, le recourant avait investi la totalité de son capital de prévoyance professionnelle (917'320 fr.), sous déduction des charges fiscales, sur le marché boursier. Après avoir suspendu ses opérations boursières entre août 2002 et juillet 2003, il les a reprises en investissant de manière diversifiée sur les marchés suisse, européen et américain. L'autorité précédente a retenu que la diminution de fortune alléguée de 400'000 fr. durant l'année 2002 ne correspondait donc à aucune perte effective car le recourant n'avait procédé à aucune transaction depuis août 2002 et que celles effectuées avant cette date ne démontraient aucune perte conséquente. La cour cantonale a constaté que, depuis juin 2003, la valeur des titres avait augmenté, avec des taux de progression très importants et que les comparaisons ponctuelles entre les valeurs d'achat et de vente qu'elle avait effectué pour différents titres n'établissaient que très rarement de faibles pertes et, le plus souvent, de substantiels bénéfices. Le recourant oppose à ce raisonnement une série d'affirmations purement appellatoires, en niant le rétablissement du marché, en alléguant que ses titres ont perdu de la valeur ou que ceux dont la cour cantonale a comparé les valeurs d'achat et de vente ne sont pas probants. Cette critique ne démontre nullement que la cour a versé dans l'arbitraire en retenant que la fortune du recourant n'avait pas diminué.
4.2.2 En ce qui concerne le grief tiré de violation de la maxime d'office, il s'adresse en grande partie au juge de première instance à qui le recourant reproche de ne pas avoir instruit d'office, ce qui n'est pas admissible (<ref-law>). Dans la mesure où il est dirigé contre le jugement cantonal, il est également irrecevable faute de motivation suffisante, le recourant ne précisant même pas s'il se plaint d'une violation du droit fédéral ou du droit cantonal.
5. Le recourant demande l'attribution des avoirs déposés sur le compte joint ouvert auprès de la banque B._. Il prétend qu'il ne s'agit pas d'un bien commun du couple, car les avoirs de ce compte proviennent exclusivement du capital retiré de son deuxième pilier lors de sa retraite anticipée en 2001. Comme ce capital est un bien propre, le montant figurant sur le compte doit être considéré de la même manière et doit ainsi lui revenir.
5.1 Par contrat du 20 mai 1985, les parties ont choisi de soumettre leur régime matrimonial à la communauté de biens. La liquidation de ce régime est donc soumise aux règles de l'ancien droit (art. 10 al. 1 Titre final CC), soit en l'espèce les art. 154 et 215 ss aCC .
5.2 Selon l'art. 154 aCC, en cas de divorce, chacun des époux reprend son patrimoine personnel quel qu'ait été le régime matrimonial, seul le bénéfice étant réparti entre eux conformément aux règles de leur régime. En l'absence d'accord contraire des conjoints, le juge se fondera en principe sur l'état des biens au jour du divorce (ATF 69 II 213 consid. 1; Bühler/Spühler, Commentaire bernois, n. 66 ad <ref-law>). En cas de communauté universelle de biens, cela signifie que chaque époux reprend les biens qui, dans le régime de l'union de biens, feraient partie de ses apports, et que seuls les biens communs qui subsistent, c'est-à-dire les acquêts, seront partagés par moitié (<ref-ruling> consid. 2b). Sont considérés comme acquêts tous les biens acquis à titre onéreux pendant la durée du régime, à l'exception de ceux acquis en remploi d'apports ou de biens réservés.
Celui des époux qui prétend qu'un bien ne rentre pas dans la communauté doit en faire la preuve (art. 215 al. 1 aCC).
Si un versement anticipé du capital libre passage intervient en espèces pendant le mariage, la somme versée perd son affectation de prévoyance et n'est pas prise en considération dans le montant à partager selon l'<ref-law>. Elle entre par contre dans le régime matrimonial et est comptée dans les biens propres à concurrence de la valeur capitalisée de la rente qui eût appartenu à cet époux à la dissolution du régime matrimonial (Schneider/Bruchez, La prévoyance professionnelle et le divorce, in Le nouveau droit du divorce, Lausanne 2000, p. 228).
5.3 En l'espèce, selon les faits constatés, les époux sont titulaires d'un compte joint n° 1 ouvert auprès de la banque B._. Au 30 juin 2006, ce compte présentait un solde de 128'548 fr. 55. Le 5 décembre 2001, le recourant a viré sur ce compte un montant de 110'000 fr. Il prétend que ce montant provient exclusivement de son capital de prévoyance qu'il avait reçu deux jours plus tôt. Or, à la même époque, le recourant disposait également d'un compte UBS, dont le solde était de 52'295 fr. 45; ce montant était d'origine indéterminée.
Au vu de ces faits, on ne saurait reprocher à l'autorité cantonale d'avoir violé le droit fédéral en considérant que le recourant n'avait pas renversé la présomption d'appartenance du compte aux biens communs des époux. Rien ne permet de conclure que le virement de 110'000 fr. provenait exclusivement du capital de prévoyance reçu par le recourant et non d'un autre compte bancaire, par exemple le compte UBS. Lorsque le recourant expose qu'il était arbitraire de ne pas retenir que les 110'000 fr. provenaient de son deuxième pilier, il s'en prend à l'appréciation des preuves faite par l'instance précédente. Sa critique est toutefois irrecevable car il n'indique pas précisément avec quelle pièce ou élément du dossier la Cour de justice se serait mise en contradiction évidente ni quelle preuve pertinente elle aurait méconnu; il n'explique pas en quoi les constatations de fait sont manifestement fausses ou en quoi l'appréciation des preuves se révèle insoutenable (cf. sur l'appréciation des preuves; <ref-ruling> consid. 4, 173 consid. 3.1; <ref-ruling>). Lorsqu'il soutient que la Cour de justice a méconnu un montant de 36'816 fr. qui aurait été versé le 20 novembre 2001 (sur le compte UBS) et qui provenait de son compte 3ème pilier, ainsi qu'un montant de 10'000 fr. à 20'000 fr. qui aurait toujours été maintenu sur le compte UBS, il se prévaut de faits nouveaux, qui sont par conséquent irrecevables (<ref-law>).
6. Le recourant demande le remboursement de la moitié du montant de 20'000 Euros prélevé par son épouse le 12 juin 2003 sur le compte joint n° 2 ouvert auprès de C._. Il affirme que son épouse a ainsi vidé ce compte et que, comme il s'agit d'un bien commun, il a droit à ce titre, à la moitié de ce montant.
6.1 Selon les constatations cantonales, le tribunal de première instance a ordonné le partage par moitié du compte en question, valeur au jour du jugement. Le recourant a admis dans son mémoire-réponse que l'intimée avait prélevé ce montant en juin 2003 avec son accord pour faire face à ses dépenses courantes et aux frais d'installation qu'elle devait assumer à la suite de la séparation. Comme il n'était pas établi qu'elle avait affecté ce montant à d'autres fins, il n'y avait pas lieu de lui ordonner de restituer la moitié des 20'000 Euros.
6.2 Le recourant ne met en évidence aucune violation du droit fédéral dans ce raisonnement. Dès lors que seuls doivent être partagés par moitié les biens communs qui subsistent au jour du divorce, il y avait lieu de tenir compte du solde du compte bancaire à ce moment. Pour le reste, l'art. 217 aCC prévoyait que le mari et la femme ne pouvaient agir, en dehors des actes de simple administration, que conjointement ou avec le consentement de l'autre. Or, selon les faits constatés, l'épouse avait disposé du montant de 20'000 Euros pour ses dépenses courantes et ses frais d'installation, soit conformément à ce qui avait été convenu avec le recourant. Il n'y a dans ces conditions pas lieu d'ordonner la restitution de la moitié du montant prélevé.
7. Le recourant dénonce une violation de l'<ref-law>. Il ne conteste pas le principe du versement d'une indemnité équitable, mais estime que celle-ci devrait être fixée à 200'000 fr.
7.1 Selon l'<ref-law>, une indemnité équitable est due lorsqu'un cas de prévoyance est déjà survenu pour l'un des époux ou pour les deux, ou que les prétentions en matière de prévoyance professionnelle acquises durant le mariage ne peuvent être partagées pour d'autres motifs.
D'après la jurisprudence, lors de la fixation de l'indemnité équitable, il faut garder à l'esprit l'option de base du législateur à l'<ref-law>, à savoir que les avoirs de prévoyance qui ont été accumulés pendant le mariage doivent, en principe, être partagés par moitié entre les époux; il ne saurait cependant être question d'arrêter schématiquement, sans égard à la situation économique concrète des parties, une indemnité correspondant dans son résultat à un partage par moitié des avoirs de prévoyance; il faut, au contraire, tenir compte de façon adéquate de la situation patrimoniale après la liquidation du régime matrimonial, ainsi que des autres éléments de la situation financière des conjoints après le divorce. On peut procéder en deux étapes, en ce sens que le juge calcule tout d'abord le montant de la prestation de sortie au moment du divorce - respectivement au moment de la survenance du cas de prévoyance - et adapte ensuite ce montant aux besoins concrets des parties en matière de prévoyance (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 3.4.1). Au gré des circonstances de l'espèce, le juge peut fixer cette indemnité sous forme de capital, le cas échéant payable par mensualités, ou, lorsque le débirentier ne dispose pas du patrimoine pour s'en acquitter, d'une rente (<ref-ruling> consid. 4.3.1 et les citations).
7.2 En l'occurrence, l'autorité cantonale a considéré que, vu les avoirs de prévoyance professionnelle accumulés par les deux parties pendant le mariage et la survenance d'un cas de prévoyance chez l'époux, qui avait pris sa retraite anticipée en 2001, il y avait lieu d'allouer à l'intimée une indemnité équitable au sens de l'<ref-law>. Elle a relevé qu'un partage par moitié des avoirs de prévoyance professionnelle accumulés par les parties conduirait à accorder à l'épouse un montant de 678'747 fr. Elle a ensuite observé que les possibilités concrètes pour l'intimée de se constituer un avoir de prévoyance professionnelle avant la retraite apparaissent très réduites au vu de son âge (57 ans) et des longues périodes passées hors du marché de l'emploi. En sus d'une fortune de 31'926 fr., elle obtiendra à l'issue de la liquidation du régime matrimonial un montant de 185'000 fr. alors que, de son côté, le recourant recevra 350'000 fr. La fortune de celui-ci était de 907'678 fr. au 31 décembre 2001. Bien qu'il ait allégué qu'il avait subi des pertes de plus de 600'000 fr. depuis lors, l'autorité cantonale a considéré que cette diminution de fortune n'était pas établie. Il bénéficie, au contraire de l'intimée, de possibilités d'épargne puisque, après avoir couvert ses charges, il lui reste un disponible de 3'000 fr. par mois. L'autorité précédente a confirmé l'indemnité de 500'000 fr. accordée par le premier juge, qu'elle a jugé adéquate au vu de ces circonstances. En outre, elle a estimé que la fortune du recourant, à laquelle s'ajoute le résultat de la liquidation du régime matrimonial, lui permettaient de verser cette indemnité sous forme de capital.
7.3 L'argumentation du recourant se fonde très largement sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt cantonal ou qu'il a vainement remis en cause (cf. consid. 4 supra). Il en va ainsi lorsqu'il affirme qu'il ne peut être condamné à verser une indemnité équitable qui dépasse la moitié de sa fortune de 327'995 fr., qu'il est incapable de verser ce montant, que son épouse n'a pas obtenu tout ce qui lui revenait dans la succession de ses parents ou qu'elle serait en mesure de travailler à plein temps. Pour le reste, son recours ne contient aucun argument propre à faire apparaître une violation du droit fédéral dans la fixation de l'indemnité équitable à 500'000 fr. Contrairement à ce qu'il prétend, la cour cantonale a tenu compte dans ses charges du fait qu'il assume totalement l'entretien de leur fils. Elle a également considéré que l'on pouvait attendre de l'épouse, au vu de sa formation professionnelle de secrétaire, qu'elle reprenne une activité lucrative, tout en observant que compte tenu de son âge et des longues périodes qu'elle a passée hors du marché de l'emploi, ses possibilités concrètes de se constituer des avoirs de prévoyance professionnelle étaient réduites. Le recourant se contente d'affirmer que l'intimée peut trouver un emploi à temps complet. Il ne démontre nullement en quoi la cour cantonale aurait excédé son pouvoir d'appréciation, n'aurait pas tenu compte d'un élément essentiel ou se serait référée à un critère dénué de pertinence (<ref-ruling> consid. 4.1 et les arrêts cités). Au vu des faits retenus, l'indemnité équitable allouée par l'instance précédente apparaît conforme au droit fédéral.
8. En conclusion, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., seront supportés par le recourant qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à répondre sur le fond, étant précisé qu'elle a conclu au rejet de la demande d'effet suspensif qui a été partiellement admise (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 3 novembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli Rey-Mermet