Faits:
A. A.a Y._, né le 3 juillet 1961, a été victime d'un accident de circulation le 24 janvier 1995. Il circulait normalement en moto quand A._, arrivant en sens inverse au volant de son camion et voulant obliquer à gauche, lui a coupé la route, ce qui a provoqué la collision, puis la chute du motard.
Y._ a été blessé à la jambe gauche et au dos, mais a pu rentrer chez lui par ses propres moyens.
Les douleurs vertébrales persistant, Y._ a été hospitalisé du 29 janvier 1995 au 23 mars suivant, date à laquelle il a pu regagner son domicile en portant un corset jour et nuit.
A.b Les médecins l'ayant examiné lors de l'hospitalisation, puis ceux qui se sont succédés entre 1995 et 2001 (à la demande du lésé, puis de son assurance-accidents) ont conclu à l'existence, chez Y._, d'un syndrome vertébral concordant avec son spondylolisthésis, anomalie constitutionnelle préexistante. Selon leurs rapports respectifs, Y._ était en parfaite santé avant l'accident, il n'était limité ni dans ses activités sportives ni professionnelles et il ne présentait pas de pathologie psychiatrique. Les troubles du lésé devaient être recherchés essentiellement dans l'anomalie constitutionnelle, jusque-là muette, mais déstabilisée par l'accident, ainsi que dans une anxiété pathologique découlant du traumatisme psychique parallèlement subi par le lésé. Sans l'accident, le spondylolisthésis aurait pu rester muet ou à peu près muet, toute la vie. Selon les déclarations du Dr B._, rhumatologue ayant examiné le lésé, qui s'est exprimé en audience sur un rapport d'expertise du 8 mars 1999, l'accident a révélé à 95% quelque chose qui était présent avant l'accident.
Un examen IRM a confirmé le diagnostic de spondylolisthésis avec spondylolyse bilatérale de L5 et un phénomène de dessication de L5-S1 et L4-L5.
Les médecins consultés ont déclaré que la situation du lésé était dépourvue de toute évolutivité, même s'ils ont constaté la rééquilibration du spondylolisthésis. Selon les orthopédistes, le statu quo sine (soit l'état de santé qui serait celui du lésé s'il n'avait pas subi l'accident) était atteint, au niveau vertébral, en octobre 1997. Sur le plan psychiatrique, le lésé était cependant atteint d'un processus d'invalidation et l'incapacité de travail de Y._ restait totale même dans une activité sédentaire.
A.c Concernant la perception du déroulement de l'accident, Y._ a déclaré, à plusieurs reprises, avoir eu l'impression d'avoir eu son corps qui explose, comme coupé en deux au niveau de la ceinture, sans perte de connaissance toutefois et sans amnésie circonstancielle. La perception du lésé des circonstances de l'accident a été confirmée par les expertises établies par le Dr C._, chirurgien orthopédiste, puis par les spécialistes consultés du Centre Multidisciplinaire de R._.
B. B.a Le 17 novembre 2004, Y._ a ouvert une action en paiement contre la compagnie Assurance X._ ci-après: X._), l'assureur responsabilité civile de A._, en vertu de l'action directe découlant de l'<ref-law>. Il a réclamé, principalement, 102'867 fr. à titre de perte de gain, 460'187 fr. 30 à titre d'atteinte à l'avenir économique, et 50'000 fr. à titre de réparation du tort moral.
X._ s'est opposée à la demande motif pris, principalement, de l'absence de lien de causalité entre l'accident de Y._ et ses problèmes de santé.
B.b Par ordonnances du 6 février 2007, le Tribunal de première instance du canton de Genève a confié une expertise judiciaire au Dr D._, chirurgien orthopédiste, ainsi qu'au Dr E._, médecin-adjoint dans un service de psychiatrie des adultes.
Le 10 juin 2007, le Dr D._ a rendu son rapport. Il en ressort que, vu le processus d'invalidation résultant de l'accident, il y a peu de chances de voir la situation du lésé évoluer favorablement. Relevant qu'avant l'accident le patient était en excellente santé, le Dr D._ a expliqué que la spondylolyse peut rester méconnue la vie durant. En cas de décompensation, elle se manifeste par une symptomatologie douloureuse, de durée variable. Un patient présentant la même problématique médicale que Y._ aurait pu retrouver une capacité de travail complète, moyennant certaines adaptations sur le plan professionnel. En effet, au niveau vertébral, le statu quo sine a été retrouvé en octobre 1997. Y._ présentait cependant un cas de chronicisation des douleurs, phénomène psychique souvent rencontré dans l'évolution d'une affection rhumatismale ou orthopédique.
Le 20 août 2007, le Dr E._ a rendu son rapport. On peut y lire que l'accident a profondément altéré l'état de santé psychique de Y._, qu'il est ainsi incapable de s'adapter à une quelconque activité professionnelle et qu'il n'existe aucun traitement médical susceptible d'améliorer significativement son état de santé et donc sa capacité de travail. Le Dr E._ relève que le statu quo sine n'a jamais été atteint en ce qui concerne le fonctionnement psychique. Il a encore noté ce qui suit (extraits repris de l'arrêt de la cour cantonale) :
"(?), il paraît néanmoins très probable que l'accident a joué un rôle déclencheur dans l'apparition d'un syndrome douloureux qui a d'emblée présenté des caractéristiques atypiques, évocatrices d'un trouble somatoforme. L'accident ne saurait être tenu pour la cause unique des troubles actuels et le lien de causalité doit être considéré comme seulement possible. (?) Il faut ainsi admettre que l'accident a contribué à la survenance de ce trouble, mais d'autres facteurs ont certainement joué un rôle important, rendant compte de son apparition comme de sa pérennisation. Toutefois, aucun élément de vulnérabilité n'a pu être mis en évidence chez l'expertisé: ni trouble antérieur de la personnalité, ni événement particulier de son histoire personnelle. (?) Par ailleurs, rien ne permet d'affirmer que l'anxiété aujourd'hui perceptible préexistait à l'accident. (?) Ni l'anamnèse médicale et psychiatrique ni l'examen clinique n'apportent d'arguments permettant de soutenir que l'état antérieur ou des circonstances indépendantes de l'accident ont joué un rôle dans la persistance des troubles et de l'incapacité de travail. Dans le cas de l'expertisé, l'intervention de facteurs étrangers à l'accident ne constitue qu'une pétition de principe, qu'aucun élément concret ne vient étayer, mais que l'état des connaissances et des recherches en ce domaine nous pousse cependant à admettre."
B.c Par arrêt du 15 novembre 2007, le Tribunal de première instance du canton de Genève a condamné X._ à payer 28'750 fr. à titre de réparation de l'atteinte à l'avenir économique, 5'320 fr. à titre d'indemnité pour tort moral et débouté les parties de toutes autres conclusions. Concernant l'atteinte à l'intégrité physique, le tribunal a nié l'existence aussi bien du lien de causalité naturelle que du lien de causalité adéquate, en raison du statu quo sine atteint au mois d'octobre 1997. Il a admis les rapports de causalité naturelle et adéquate pour l'atteinte à la santé psychique, l'accident ayant non seulement joué un rôle déclencheur, mais aucun élément ne permettant de retenir que ces troubles persistants se seraient manifestés sans l'accident. En application de l'<ref-law>, il a réduit de 80% le montant global de l'indemnité due au lésé en raison d'une prédisposition constitutionnelle de Y._, soit une certaine composante psychologique, et de facteurs étrangers, qui justifient de retenir que l'accident n'était ni la cause principale ni unique des troubles actuels du lésé.
B.d Par arrêt du 5 décembre 2008, la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement du Tribunal de première instance et condamné X._ a verser à Y._ 84'624 fr. à titre de perte de gain actuelle, 228'584 fr. à titre de perte de gain future, 36'256 fr. au titre de réparation pour tort moral et débouté les parties de toutes autres conclusions. La Cour de justice a reconnu les liens de causalité naturelle et adéquate entre l'accident et les séquelles permanentes sur le psychisme de Y._. Il a néanmoins réduit de 20% le montant global de l'indemnité, tenant compte de la prédisposition constitutionnelle d'ordre physique et de l'absence d'autre facteur étranger à l'origine du dommage.
C. X._ recourt en matière civile auprès du Tribunal fédéral contre le jugement du 5 décembre 2008. Elle reproche à la cour cantonale d'avoir fait preuve d'arbitraire dans la constatation et l'appréciation des faits et des preuves (art. 9 Cst.), d'avoir violé son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), de ne pas avoir appliqué correctement les règles quant à l'exigence de la preuve (<ref-law>), d'avoir violé le droit fédéral en retenant le lien de causalité adéquate et d'avoir violé l'<ref-law> en considérant que l'état préexistant du lésé n'était à prendre en compte dans le calcul du dommage qu'à hauteur de 20%. La recourante conclut, préalablement, à l'octroi de l'effet suspensif et, sur le fond, à l'annulation de la décision attaquée et au déboutement de Y._ de toutes ses conclusions.
Y._ s'en rapporte à justice concernant l'effet suspensif et, sur le fond, conclut, principalement, au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt cantonal.
Par ordonnance présidentielle du 5 février 2009, l'effet suspensif a été accordé au recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire: <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62 - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> serait réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. 2.1 La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir retenu qu'il existait une relation de causalité naturelle entre l'accident du 24 janvier 1995 et le dommage subi par l'intimé. Elle considère que la cour cantonale a apprécié les preuves de manière arbitraire en s'écartant de la terminologie claire pourtant utilisée par l'un des experts judiciaires, le Dr D._, chirurgien orthopédiste, qui a nié expressément, en tous les cas au-delà de 1997, tout lien de causalité naturelle entre les lésions physiques subies par l'intimé et son accident. Selon la recourante, tous les spécialistes arrivent à la même conclusion.
2.1.1 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat, ce qu'il appartient à la recourante de démontrer en vertu de l'<ref-law> (134 I 263 consid. 3.1 p. 265 s.; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153).
Dans la mesure où l'arbitraire est invoqué en relation avec l'établissement des faits, il faut rappeler que le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation lorsqu'il apprécie les preuves (<ref-ruling> consid. 4b p. 40). La recourante doit ainsi expliquer dans quelle mesure le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation et, plus particulièrement, montrer qu'il a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, qu'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore que, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
2.1.2 La correction de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). En l'espèce, la recourante constate elle-même que les experts ont déclaré que le statu quo sine a été retrouvé en octobre 1997 au niveau vertébral, donc en ce qui concerne les atteintes à l'intégrité physique. Au moins depuis cette date, la cour cantonale a cependant établi, en fait, que les séquelles de l'accident sur le psychisme de l'intimé l'ont invalidé complètement. Concernant ces séquelles psychiques, les liens de causalité naturelle et adéquat ont été retenus - comme on le verra plus loin - à juste titre par les juges cantonaux. Le point soulevé par la recourante n'est pas de nature à modifier la décision et le grief d'arbitraire est donc mal fondé.
2.2 Concernant toujours l'appréciation du rapport du Dr D._, la recourante fait le même reproche à la cour cantonale, cette fois sous l'angle de l'art. 29 al. 2 Cst. Elle considère qu'en s'écartant des déclarations claires du Dr D._ sans donner d'explications, les juges cantonaux ont violé son droit d'être entendue.
2.2.1 Pour critiquer l'établissement des faits, la recourante peut invoquer une violation du droit (art. 97 al. 1 et 95 LTF) et donc faire valoir que son droit d'être entendue a été violé lors de l'administration des preuves (art. 29 al. 2 Cst.) ou que les preuves ont été appréciées de manière arbitraire (art. 9 Cst.). Dans les deux cas, le Tribunal fédéral entre en matière à condition que les griefs soient motivés (<ref-law>).
2.2.2 En l'espèce, le grief de violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) n'est pas motivé par la recourante. Il n'est donc pas recevable.
2.3 En rapport avec les séquelles psychiques subies par l'intimé, la recourante invoque à deux égards une constatation arbitraire des faits.
2.3.1 Premièrement, elle reproche à la cour cantonale d'avoir omis de retenir un passage du rapport du Dr E._ selon lequel la symptomatologie anxieuse et dépressive que présente l'intimé n'est pas suffisamment sévère pour autoriser le diagnostic de syndrome de stress post-traumatique, d'autant plus que les autres caractéristiques cliniques de ce trouble ne sont pas présentes.
Le simple fait de ne pas mentionner un passage précis d'une expertise n'est pas encore synonyme d'arbitraire. Encore faut-il que ce passage ait été écarté sans aucune raison sérieuse, alors qu'il aurait été susceptible de modifier la décision attaquée. Tel n'est pas le cas en l'espèce. Se fondant globalement sur l'expertise du Dr E._, ainsi que sur les explications concordantes d'autres médecins, la cour cantonale a retenu que l'accident a joué un rôle déclencheur dans l'apparition d'un syndrome douloureux qui a d'emblée évolué dans le sens d'une chronicisation des douleurs, phénomène psychique souvent rencontré dans l'évolution d'une affection rhumatismale ou orthopédique. Dans le passage de l'expertise invoqué par la recourante, ce rôle déclencheur (d'ailleurs répété plusieurs fois dans le rapport de l'expert) n'est nullement mis en doute. Un fait est la cause naturelle d'un résultat s'il en constitue l'une des conditions sine qua non (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 718; <ref-ruling> consid. 2c/aa p. 23). Cette exigence est remplie lorsqu'il y a lieu d'admettre que, sans l'événement en question, le dommage ne se serait pas produit du tout, ou qu'il ne serait pas survenu de la même manière. Il n'est pas nécessaire en revanche, que l'événement dommageable soit la cause unique ou immédiate de l'atteinte à la santé (<ref-ruling> consid. 2b p. 197; BREHM, Berner Kommentar, Obligationenrecht, 3e éd. 2006, N 109a ad <ref-law>). En l'espèce, le rôle déclencheur de l'accident est établi et c'est sans arbitraire que la cour cantonale a retenu l'existence du lien de causalité naturelle.
2.3.2 Deuxièmement, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir sombré dans l'arbitraire pour n'avoir pas retenu l'une des conclusions de l'expert selon laquelle l'état des connaissances et des recherches poussent à admettre l'intervention de facteurs étrangers ayant contribué aux séquelles psychiques de l'intimé.
Cette seule allégation ne fonde pas encore l'arbitraire. L'expert psychiatre a admis lui-même que son affirmation ne constituait qu'une pétition de principe et constaté qu'aucun élément concret de vulnérabilité n'a pu être mis en évidence chez l'intimé, ni troubles antérieurs de la personnalité, ni événement particulier de son histoire personnelle, ni état anxieux inhabituel préexistant à l'accident. Se fondant sur les expertises judiciaires, les juges cantonaux ont en outre mis en évidence la prédisposition constitutionnelle physique dont souffre l'intimé, soulignant que son atteinte psychique était indissociable des douleurs physiques ressenties de par la révélation de son spondylolyse. Ils ont considéré comme établi que le syndrome somatoforme douloureux est apparu en raison de l'intensité des douleurs qu'il a ressenties à la suite de la déclaration de sa maladie préexistante. On ne voit pas en quoi cette appréciation serait arbitraire.
2.4 Invoquant l'<ref-law>, la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir considéré comme prouvée la relation de causalité naturelle, alors même que l'expert psychiatre, le Dr E._, a considéré que celle-ci était "seulement possible".
Pour dire s'il y a causalité naturelle, le juge doit apprécier les preuves apportées et s'interroger, de manière purement factuelle, sur l'enchaînement des événements et le caractère indispensable, pour provoquer le résultat, du comportement invoqué à l'appui de la demande. Il appartient donc au juge d'apprécier les diverses preuves et de constater l'existence - ou l'inexistence - du rapport de causalité naturelle. Il lui incombe de savoir que la norme qu'il applique exige la causalité et de connaître le sens de cette notion (cf. <ref-ruling> consid. 2b p. 177; <ref-ruling> consid. 2d p. 184).
En l'espèce, les juges cantonaux, analysant l'ensemble du rapport de l'expert, ont acquis la conviction que l'accident avait joué un rôle déclencheur et constaté que celui-ci était bien la condition sine qua non des séquelles psychiques de l'intimé. Il n'y a plus de place pour une violation de l'<ref-law>.
3. Contestant l'existence d'un lien de causalité adéquate entre l'accident du 24 janvier 1995 et le dommage subi par l'intimé, la recourante invoque sur certains points, en se référant à des pièces du dossier et au jugement cantonal, une constatation arbitraire des faits et la violation de l'<ref-law>.
L'examen du lien de causalité adéquate est une question de droit. Ce n'est donc plus le lieu de reprocher une constatation arbitraire des faits. Quant au grief de violation de l'<ref-law>, il n'est pas motivé conformément aux exigences de l'<ref-law>.
3.1 L'existence d'un rapport de causalité adéquate doit être appréciée sous l'angle juridique; elle doit être tranchée par le juge (<ref-ruling> consid. 3a p. 112; <ref-ruling> consid. 1b p. 89). Ainsi, contrairement à ce que pense la recourante, il est sans importance que la déclaration d'accident et le rapport d'expertise du 8 mars 1999 aient qualifié l'accident de "léger".
3.2 Le rapport de causalité est adéquat lorsque l'acte incriminé était propre, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit (<ref-ruling> consid. 3a p. 112 s.; <ref-ruling> consid. 2c/bb p. 23 s.). Pour savoir si un fait est la cause adéquate d'un préjudice, le juge procède à un pronostic rétrospectif objectif: se plaçant au terme de la chaîne des causes, il lui appartient de remonter du dommage dont la réparation est demandée au chef de responsabilité invoqué et de déterminer si, dans le cours normal des choses et selon l'expérience générale de la vie humaine, une telle conséquence demeure dans le champ raisonnable des possibilités objectivement prévisibles (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 318 et les arrêts cités).
3.3 La recourante considère que l'accident doit être qualifié de léger en argumentant que l'intimé n'a pas perdu connaissance, ni subi d'amnésie, ni été victime de fracture, que l'accrochage entre un poids lourd et un motard est souvent anodin lorsque le camion touche à peine le motard, que l'intégralité des dommages matériels subis par l'intimé se sont élevés uniquement à 800 fr. et que la moto conduite par l'intimé et le camion n'ont pas été endommagés. Se fondant sur deux décisions rendues par l'ancien Tribunal fédéral des assurances (<ref-ruling> et 112 V 39), elle considère qu'une relation de causalité adéquate ne peut exister entre un accident catégorisé comme "léger" et des troubles psychiques conséquents.
3.3.1 Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion d'expliquer que la notion de causalité adéquate est définie de manière identique en droit de la responsabilité civile et en droit des assurances sociales; mais, comme il s'agit d'une clause générale qui doit être concrétisée par le juge selon les règles du droit et de l'équité (<ref-law>), les buts de politique juridique de ces deux domaines juridiques doivent être pris en compte (<ref-ruling> consid. 3a p. 113; <ref-ruling> consid. 2 p. 398). L'ancien Tribunal fédéral des assurances a même dit expressément que dans l'assurance-accidents sociale, le caractère déterminant de la cause de l'accident doit être soumis à des exigences plus élevées qu'en droit de la responsabilité civile et qu'ainsi la délimitation entre les conséquences adéquates et non adéquates d'un accident peut différer selon le domaine juridique considéré (<ref-ruling> consid. 12b et c p. 414 s.). Une reprise schématique des critères retenus en droit des assurances sociales dans le domaine de la responsabilité civile qui ferait abstraction de ces différences irait à l'encontre du but poursuivi qui est de prendre une décision d'imputation équitable, c'est-à-dire "adéquate" (<ref-ruling> consid. 3a p. 113).
3.3.2 En droit de la responsabilité civile, il ne se justifie pas de tenir compte de la gravité (ou de la légèreté) de l'accident lors de l'examen du rapport de causalité (4C.402/2006 du 27 février 2007, traduit au JdT 2007 I 543 consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 3 p. 111 et consid. 3c p. 115; SCHAER, Modernes Versicherungsrecht, 2007, p. 628 s.). Il est par contre possible de le faire lors de la détermination de l'éventuelle réduction de l'indemnité (<ref-law> ; cf. consid. 4 infra).
Il est ainsi erroné d'argumenter que l'accident appartient à la catégorie, définie par l'ancien Tribunal fédéral des assurances, des "accidents légers" (cf. <ref-ruling> consid. 6a p. 139) pour nier automatiquement la relation de causalité adéquate entre l'accident ainsi qualifié et les troubles psychiques conséquents.
3.3.3 Des causes concomitantes du dommage, comme une prédisposition constitutionnelle du lésé, ne sauraient interrompre le lien de causalité adéquate (arrêt 4C.415/2006 du 11 septembre 2007 consid. 3.2; arrêt 4C.416/1999 du 22 février 2000, publié in Pra 2000 no 154 p. 920 consid. 2a; <ref-ruling> consid. 3c p. 115; <ref-ruling> consid. 1b p. 90). Selon les circonstances, un état maladif antérieur peut en revanche être pris en considération dans le cadre de l'application des art. 42 à 44 CO. Parmi les cas de prédisposition constitutionnelle, la jurisprudence distingue d'une part ceux où, du fait de l'état maladif antérieur, le dommage se serait certainement ou très vraisemblablement réalisé même sans l'accident et, d'autre part, ceux où le dommage ne serait selon toute probabilité pas survenu sans l'accident (<ref-ruling> consid. 4 p. 13 s.; <ref-ruling> consid. 3b p. 93 s.). Dans la première hypothèse, il faut tenir compte dans le calcul du dommage selon l'<ref-law> des conséquences patrimoniales d'une atteinte à la santé préexistante qui se serait également produite sans l'événement dommageable; en effet, seul le dommage qui résulte directement de cet événement peut être imputé au responsable, tandis que la part du préjudice liée à l'état préexistant doit être exclue du calcul du dommage réparable (<ref-ruling> consid. 4 p. 13; <ref-ruling> consid. 3b p. 93 s.). Dans la seconde hypothèse, le responsable sur le plan civil doit se voir imputer l'entier du préjudice même si la prédisposition maladive en a favorisé la survenance ou augmenté l'ampleur; toutefois, une réduction de l'indemnité sur la base de l'<ref-law> pourra alors entrer en considération (<ref-ruling> consid. 4 p. 13 et les réf. citées; <ref-ruling> consid. 3b p. 93 s.; arrêt 4C.402/2006 du 27 février 2007, traduit au JdT 2007 I 543 consid. 5.1). La distinction présente une importance pratique en matière de droit préférentiel du lésé, qui tend à prémunir celui-ci contre les suites défavorables d'un dommage non couvert (<ref-ruling> consid. 4 p. 14 et les arrêts cités).
3.4 Tenant compte de ces préalables, il convient de déterminer si, en l'espèce, le dommage psychique permanent subi par l'intimé est bien dans un rapport de causalité adéquate avec l'accident, en se fondant sur les précisions apportées à la notion de causalité adéquate par la jurisprudence du Tribunal fédéral en rapport avec la prédisposition constitutionnelle.
3.4.1 Les séquelles psychiques à vie causées par l'accident sont certes inhabituelles, au dire des experts judiciaires. Ce constat ne permet cependant pas de nier le lien de causalité adéquate. La jurisprudence a précisé que, pour qu'une cause soit généralement propre à avoir des effets du genre de ceux qui se sont produits, il n'est pas nécessaire qu'un tel résultat doive se produire régulièrement ou fréquemment. Si un événement est en soi propre à provoquer un effet du genre de celui qui s'est produit, même des conséquences singulières, c'est-à-dire extraordinaires, peuvent constituer des conséquences adéquates de l'accident (arrêt 5C.88/2004 du 26 octobre 2004, publié in Pra 2005 no 121 p. 836 consid. 4.1; arrêt 5C.125/2003 du 31 octobre 2003, publié in SJ 2004 I p. 407 consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 5c p. 346; <ref-ruling> consid. 2 p. 396; BREHM, op. cit., N 124 ad <ref-law>).
3.4.2 Sans l'accident, la maladie latente de l'intimé ne se serait, selon toute probabilité, pas manifestée. Le rôle déclencheur de l'accident a été établi et, pour cette raison le rapport de causalité naturelle a été retenu (cf. consid. 2.3.1 supra).
De même, on ne saurait nier la persistance du lien de causalité adéquate après un certain nombre d'années. L'accident était propre, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, à entraîner une incapacité de gain permanente. En effet, les spondylolyses ou spondylolysthésis ont été décompensés par l'accident. Selon les déclarations des experts, l'évolution de la maladie s'est alors faite dans le sens d'une chronicisation des douleurs, phénomène psychique souvent rencontré dans l'évolution d'une affection rhumatismale ou orthopédique. Le syndrome somatoforme douloureux dont souffre l'intimé est responsable, depuis le mois d'octobre 1997, des douleurs ressenties et donc de son incapacité à reprendre une quelconque activité professionnelle.
Au regard des véhicules impliqués dans l'accident (un camion et une moto), on ne peut suivre la recourante lorsqu'elle affirme qu'un accrochage entre un poids lourd et un motard est souvent anodin lorsque, comme en l'espèce, le camion touche à peine le motard. Il ne faut pas perdre de vue que l'intimé circulait normalement avec sa moto lorsque, soudainement, il a eu sa voie coupée par un camion. On ne saurait nier que le choc ainsi produit (résultant de différents facteurs objectifs comme des véhicules de poids considérablement différents, la vulnérabilité du conducteur de la moto) ait pu avoir un impact psychique important sur l'intimé. Celui-ci a d'ailleurs expliqué à plusieurs reprises avoir eu la sensation d'un "corps qui explose" et qui se "sépare en deux" au moment de la rencontre des deux véhicules.
On ne saurait ainsi reprocher à la cour cantonale d'avoir abusé de son pouvoir d'appréciation en retenant que l'accident de 1995 était, selon l'expérience générale de la vie, propre à provoquer les séquelles psychiques importantes dont souffre aujourd'hui l'intimé.
4. La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir violé le droit fédéral en retenant, fondé sur l'<ref-law>, un taux de réduction de 20%, alors que ce taux ne ressort d'aucune expertise ou d'avis médical. Elle considère que, basée sur l'avis du Dr B._ - qui a examiné l'intimé en 1999 -, elle aurait dû retenir une réduction de 80%.
4.1 Au préalable, il convient de circonscrire l'examen à entreprendre.
4.1.1 Il n'est pas contesté que l'état maladif latent de l'intimé ne serait, selon toute probabilité, pas survenu sans l'accident. Seule doit être examinée l'éventuelle application de l'<ref-law> (arrêt 4C.49/2007 du 28 août 2007, publié in RtiD 2008 I p. 1038 consid. 5.1.2; arrêt 4C.402/2006 du 27 février 2007, traduit au JdT 2007 I 543 consid. 5.1) qui traite de la réduction des dommages-intérêts, et non celle de l'<ref-law> (fixation du dommage), comme cela est invoqué par la recourante.
4.1.2 Savoir s'il faut diminuer la réparation en application de l'<ref-law> et déterminer le taux de la réduction, notamment en raison d'une prédisposition constitutionnelle du lésé, est une question de droit (ATF <ref-ruling> consid. 4.2 p. 15, qui parle de l'<ref-law> sous l'angle de la faute concomitante). Il appartient au juge de fixer le taux de la réduction.
4.2 En application de l'<ref-law>, le tribunal de 1ère instance a réduit de 80% le montant global de l'indemnité due au lésé considérant que l'accident ne peut être considéré comme la cause unique, ni même comme la cause principale des troubles de l'intimé, mais que ces troubles résultaient au contraire dans une large mesure d'autres facteurs, tels que l'état antérieur et l'histoire personnelle du demandeur.
La cour cantonale a retenu, pour sa part, sur la base du rapport de l'expert psychiatre, qu'aucun élément de vulnérabilité n'a pu être mis en évidence chez l'intimé, ni troubles antérieurs de la personnalité, ni événement particulier de son histoire personnelle, ni état anxieux inhabituel préexistant à l'accident. Elle souligne la crédibilité du rapport de l'expert judiciaire, celui-ci ayant été le seul à avoir pu analyser de manière complète l'ensemble des pièces du dossier et à avoir pu questionner l'intimé lui-même sur la base des questions précises figurant dans la mission d'expertise.
4.2.1 L'<ref-law> permet au juge de réduire les dommages-intérêts lorsqu'il apparaît inéquitable de mettre à la charge du responsable la réparation de la totalité du préjudice. Dans les cas où l'état maladif antérieur ne se serait, selon toute probabilité, pas développé sans l'événement dommageable, la prédisposition constitutionnelle ne suffit en principe pas à elle seule pour justifier une réduction des dommages-intérêts. Ainsi, le montant de l'indemnité ne peut être réduit en tenant compte, schématiquement, de la part du dommage survenue en raison de la prédisposition constitutionnelle. L'<ref-law> ne permet pas de poser une telle équation (cf. 4C.416/1999 du 22 février 2000, publié in Pra 2000 no 154 p. 920 consid. 2c/aa). D'autres circonstances doivent intervenir, comme par exemple une disproportion manifeste entre la cause fondant le dommage et l'importance du préjudice (arrêt 4A.307/2008 du 27 novembre 2008 consid. 2.1.3; arrêt 4C.75/2004 du 16 novembre 2004 consid. 4.2; arrêt 4C.215/2001 du 15 janvier 2002, publié in Pra 2002 no 151 p. 816 consid. 3; arrêt 4C.416/1999 du 22 février 2000, publié in Pra 2000 n. 154 p. 920 consid. 2c/aa; OFTINGER/STARK, Schweizerisches Haftpflichtrecht, Allgemeiner Teil, 5e éd. 1995, § 3 n. 99; SCHAETZLE/WEBER, Manuel de capitalisation, 5e éd. 2001, traduction française par Fernand Cerf, n 3.204 p. 395). En d'autres termes, l'acte dommageable ne doit plus avoir aucun rapport avec l'ampleur du dommage subi par le lésé (arrêt 4A.153/2008 du 14 octobre 2008 consid. 3.4; arrêt 4C.416/1999 du 22 février 2000, publié in Pra 2000 no 154 p. 920 consid. 2c/aa).
4.2.2 Dans un cas récent où le dommage causé par l'accident avait été aggravé par une prédisposition constitutionnelle, mais où aucun autre facteur étranger n'a été établi par les juges cantonaux, le Tribunal fédéral a récemment refusé d'opérer une réduction de 20% de l'indemnité due au lésé. Il a en effet constaté que la prédisposition constitutionnelle d'ordre psychique (en l'occurrence les neuroses préexistantes) avait certes aggravé l'ampleur du dommage, mais que la cour cantonale n'avait pas établi l'existence d'autres circonstances permettant de justifier la réduction de l'indemnité (arrêt 4A.153/2008 du 14 octobre 2008 consid. 3.5).
En l'espèce, aucune autre circonstance particulière n'a été constatée par la cour cantonale, qui a tenu compte de la prédisposition constitutionnelle d'ordre physique pour réduire l'indemnité de 20%. La cause fondant le dommage est loin d'être un cas bagatelle. La collision entre un camion et une moto est, d'un point de vue objectif, une cause d'une certaine gravité. D'ailleurs, le choc produit par la rencontre des deux véhicules a eu un impact psychique considérable sur l'intimé (cf. consid. 3.4.2 supra). Ainsi, le droit fédéral n'imposait pas une réduction de l'indemnité supérieure à 20% comme le soutient la recourante.
5. Les chiffres sur lesquels l'autorité cantonale s'est fondée pour calculer le dommage subi par l'intimé n'étant pas contestés devant le Tribunal fédéral, il n'y a pas lieu d'y revenir.
6. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimé une indemnité de 8'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 25 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget