Fatti:
A. Nel maggio 2007 A._ e B._ hanno acquistato uno stabile locativo a X._, subentrando nei contratti di locazione in corso, e hanno effettuato diversi lavori di risanamento. Il 9 giugno 2008 hanno notificato agli inquilini l'aumento delle pigioni con effetto dal 1° ottobre 2008; per D._ e C._ la pigione annua è aumentata da fr. 9'840.-- a fr. 12'000.-- per l'appartamento e da fr. 720.-- a fr. 1'200.-- per il posteggio. Sul modulo ufficiale relativo all'appartamento figurava la motivazione seguente:
"Importanti lavori di grande manutenzione, segnatamente: (...) Inoltre adeguamento per parificare gli affitti dello stabile e della zona"
B. B.a D._ e C._ hanno contestato gli aumenti davanti all'Ufficio di conciliazione chiedendo nel contempo riduzioni della pigione mensile dell'appartamento di fr. 125.-- per adeguarla al tasso ipotecario di riferimento e del 20 % a causa dei disagi sopportati durante il periodo dei lavori. La conciliazione è fallita.
B.b Le rispettive pretese e contestazioni sono state portate davanti al Pretore di Mendrisio Sud: i conduttori hanno chiesto la riduzione della pigione mensile di fr. 125.-- dal 1° ottobre 2008 e il risarcimento di almeno fr. 1'968.-- per i disagi; i locatori che fosse accertata la validità degli aumenti delle pigioni annue a fr. 12'000.-- per l'appartamento e fr. 1'200.-- per il posteggio.
Con giudizio del 22 novembre 2010 il Pretore ha respinto l'istanza dei locatori, ha accordato ai conduttori la riduzione postulata e ha concesso loro fr. 984.-- quale riduzione della pigione durante sei mesi di lavori.
B.c L'appello presentato dai locatori è stato respinto dalla II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino il 13 marzo 2012.
C. A._ e B._ insorgono davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 7 maggio 2012. Chiedono la conferma dell'aumento a fr. 12'000.-- della pigione dell'appartamento a partire dal 1° ottobre 2008 e la reiezione della domanda di riduzione "per il livello insufficiente del reddito lordo percepito nello stabile locato e per la palese inferiorità delle pigioni pagate rispetto ai corrispettivi in uso nel quartiere"; in via subordinata il rinvio degli atti al Tribunale di appello "affinché compia le calcolazioni conseguenti al sopraccitato esito di causa".
C._ e D._ propongono di respingere il ricorso con risposta del 22 giugno 2012. L'autorità cantonale non si è pronunciata.

Diritto:
1. Il ricorso è presentato dalla parte soccombente nella sede cantonale (<ref-law>), è tempestivo (<ref-law>) ed è volto contro una sentenza finale (<ref-law>) emanata su ricorso dall'autorità giudiziaria ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile (<ref-law>). Il valore litigioso, che la Corte cantonale ha accertato in fr. 82'800.--, supera la soglia di fr. 15'000.-- vigente per le cause pecuniarie in materia di locazione (<ref-law>); poco importa che davanti al Tribunale federale le contestazioni siano state limitate, poiché sono determinanti le conclusioni rimaste controverse davanti all'istanza inferiore (<ref-law>).
Sotto questo profilo il ricorso è pertanto ammissibile.
2. Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (<ref-law>). Tuttavia, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione posto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (<ref-law>), considera di regola solo gli argomenti proposti nell'atto di ricorso (<ref-ruling> consid. 1.1). Le esigenze sono più severe quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali: in questo caso l'<ref-law> esige una motivazione puntuale e precisa, analoga a quella che l'art. 90 cpv. 1 lett. b OG prescriveva per il ricorso di diritto pubblico (<ref-ruling> consid. 22, 130 I 258 consid. 1.3). Il rinvio agli atti della procedura cantonale non è ammesso (<ref-ruling> consid. 3.2).
Di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsene o completarlo solo se è stato effettuato in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>).
Se rimprovera all'autorità cantonale un accertamento dei fatti manifestamente inesatto - ossia arbitrario (DTF 133 Il 249 consid. 1.2.2 pag. 252) - il ricorrente deve motivare la censura conformemente alle esigenze poste dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2). Deve indicare chiaramente i diritti costituzionali che si pretendono violati e precisare in cosa consiste la violazione (<ref-ruling> consid. 2.2). Siccome il giudice cantonale fruisce di un grande potere discrezionale nel campo dell'apprezzamento delle prove (o dell'accertamento dei fatti in genere), chi invoca l'arbitrio deve dimostrare che la sentenza impugnata ha ignorato il senso e la portata di un mezzo di prova preciso, ha omesso senza ragioni valide di tenere conto di una prova importante suscettibile di modificare l'esito della lite, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 2.1).
3. La sentenza cantonale inizia con un esposto approfondito sulle regole interpretative degli art. 269 segg. CO concernenti la fissazione della pigione, nel contesto specifico della richiesta di aumento del locatore e delle eccezioni a disposizione del conduttore. Chinandosi sull'aumento della pigione la Corte ticinese, aderendo alla tesi del Pretore, ha dichiarato l'aumento "nullo nel suo insieme", poiché i due criteri invocati dai locatori, l'uno relativo (<ref-law>) l'altro assoluto (<ref-law>), sono "antinomici". Ha spiegato che il significato letterale dell'avverbio inoltre usato nel modulo d'aumento equivale a oltre a ciò o per di più ed esclude perciò che il secondo motivo fosse da intendere subordinato per rispetto al primo e ha richiamato la sentenza 4A_276/2011 dell'11 ottobre 2011, consid. 4, che ha interpretato allo stesso modo la locuzione avverbiale francese en outre.
Quanto alla domanda di riduzione della pigione, il Tribunale di appello, condividendo ancora il giudizio del Pretore, ha negato che fossero adempiuti i presupposti dell'eccezione dei locatori fondata sul reddito lordo secondo l'art. 269a lett. c CO, poiché l'immobile non è di recente costruzione e non è nemmeno stato oggetto di ristrutturazione totale o di risanamenti strutturali per costi rilevanti negli ultimi dieci anni. Ha aggiunto che, siccome l'art. 269a lett. c CO ha lo scopo di favorire la costruzione di abitazioni nuove permettendo un reddito superiore a quello che ammetterebbero gli altri criteri negli anni che seguono la fine dei lavori, l'acquisto recente dello stabile invocato dai locatori è ininfluente.
Infine i giudici ticinesi hanno sentenziato che alla riduzione non possono essere opposte neppure le prestazioni supplementari nel senso dell'<ref-law>, dal momento che gli importi fatti valere non permettono di "assimilare la fattispecie a un'edificazione" e che in ogni caso il criterio del reddito lordo compensante i costi fondato sull'art. 269a lett. c CO, eccepito dai locatori, esclude tutti gli altri.
4. I ricorrenti ritengono "palesemente erronea" l'interpretazione dell'avverbio inoltre effettuata dal Tribunale di appello; asseriscono di non avere affatto inteso prevalersi di un secondo motivo di aumento, ma di avere soltanto voluto "richiamare l'attenzione degli inquilini sul fatto che oltretutto le nuove pigioni sarebbero state più vicine (ma sempre inferiori) ai corrispettivi in uso nel quartiere". La sentenza d'appello denoterebbe insomma un "eccessivo formalismo applicato autonomamente dall'Autorità giudiziaria cantonale".
4.1 La tesi ricorsuale si scontra in modo manifesto contro l'accertamento della sentenza impugnata, secondo cui nell'istanza del 1° dicembre 2008 rivolta al Pretore i locatori stessi avevano indicato che i lavori di risanamento dello stabile e le pigioni in uso nella zona costituivano "due motivi concorrenti" a giustificazione dell'aumento. Se tale era la volontà dichiarata dei locatori, non occorrono interpretazioni particolari per determinarne la portata. Ciò che le parti hanno dichiarato e voluto attiene al fatto ed è perciò vincolante per il Tribunale federale (<ref-ruling> consid. 2.3.2); i ricorrenti non contestano d'altronde il suddetto accertamento.
4.2 Aggiungasi che, in diritto, l'interpretazione secondo il principio dell'affidamento non condurrebbe a un risultato diverso. La dichiarazione fatta dai ricorrenti davanti al Pretore coincide con il testo letterale della motivazione dell'aumento. L'avverbio inoltre esprime perfettamente l'equivalenza tra i due motivi, al pari della locuzione francese commentata nella sentenza 4A_276/2011 dell'11 ottobre 2011 (l'analogia è quasi perfetta, tranne che, in quel caso, la richiesta d'aumento contestata esponeva i motivi dell'art. 269a lett. a/b CO nell'ordine inverso). Che in altri contesti il significato possa anche essere diverso nulla muta. Così come è stato usato nella notifica, senza locuzioni esplicative particolari, l'avverbio inoltre non è neppure indice di un rapporto di subordinazione (tesi alla quale i locatori sembrano peraltro avere rinunciato in questa procedura).
4.3 Per giurisprudenza radicata l'aumento motivato dal locatore con due criteri tra di loro incompatibili, come l'adeguamento alle pigioni usuali e il rincaro dei costi delle prestazioni supplementari, è nullo (<ref-ruling> consid. 3c; sentenza 4A_276/2011 dell'11 ottobre 2011, consid. 4.4). La nullità è assoluta: può essere invocata in ogni momento ed è accertabile d'ufficio (cfr. sentenza 4C.96/2005 del 20 giugno 2005, consid. 1.2.2). Il giudizio di nullità pronunciato dal Tribunale ticinese è pertanto conforme al diritto federale.
5. L'atto di ricorso non contiene altre censure espresse correttamente (<ref-law>; cfr. consid. 2). In particolare, sul tema della riduzione della pigione, i ricorrenti argomentano che la domanda dei conduttori è "paralizzata" sia dalle pigioni in uso, sia dai lavori di risanamento, sia dal reddito lordo insufficiente; a quest'ultimo proposito richiamano la massima inquisitoria ufficiale, che a loro giudizio "consente al giudice di colmare eventuali aspetti interpretativi della fattispecie ma che non consente di estendere le effettive contestazioni di una parte". Un'argomentazione del genere, poco comprensibile, con cui i locatori sovrappongono in modo confuso i tre criteri dell'art. 269a lett. a/b/c CO, senza considerare e contestare punto per punto la motivazione articolata con la quale la Corte cantonale ha respinto le loro eccezioni, è inammissibile (cfr. consid. 2).
6. Ne viene che il gravame, nella misura limitata in cui è ammissibile, è infondato.
Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>). Non sono assegnate ripetibili alla parte resistente, che non si è avvalsa di un patrocinatore davanti al Tribunale federale.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia civile, nella misura in cui è inammissibile, è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti con vincolo di solidarietà.
3. Comunicazione alle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.