nach <ref-law>), hat sich ergeben:
A.- Auf Ersuchen des Eidgenössischen Departements des Innern (EDI) in seiner Funktion als eidgenössische Stiftungsaufsicht stellte die Sozialbehörde Embrach die Dr. Rau'sche Kunststiftung gestützt auf <ref-law> unter Beistandschaft (Verfügung vom 28. Mai 1999). Zum Beistand wurde Rechtsanwalt Dr. Stephan Eschmann, Zürich, ernannt. Im September 1999 stimmte das EDI der Ausleihe von 106 Gemälden im Namen der Kunststiftung nach Japan zu (sog. Japanausleihe).
95 Bilder stammten aus der von der Kunststiftung verwahrten "Collection Rau", 11 gehörten der Kunststiftung selber. Nachdem im Zusammenhang mit der Rückführung der Bilder an den Verwahrungsort (Tresorraum in Embraport) Probleme aufgetreten waren, weil der Stifter und Stiftungsratspräsident Dr. Gustav Rau bzw. Personen aus seinem Umfeld die Bilder entgegen dem Willen des EDI und der Kunststiftung auch andernorts ausstellen wollten, ersuchte Stephan Eschmann die Sozialbehörde Embrach im Sinne von <ref-law> um Zustimmung zur zivilen und strafrechtlichen Prozessführung (Schreiben vom 19. Juli 2000). Mit Verfügung vom 7. August 2000 erteilte die Vormundschaftsbehörde Embrach diese Zustimmung.
B.- Hiergegen beschwerten sich Gustav Rau und die Dr. Rau'sche Kunststiftung, beide vertreten durch Rechtsanwalt Dr. Stefan Gerster, erfolglos beim Bezirksrat Bülach.
Dieser trat auf die Beschwerde nicht ein und entzog einem allfälligen Begehren um gerichtliche Beurteilung die aufschiebende Wirkung (Beschluss vom 25. Oktober 2000).
In der Folge ersuchten Gustav Rau und die Dr. Rau'sche Kunststiftung, wiederum vertreten durch Rechtsanwalt Stefan Gerster, um gerichtliche Beurteilung durch das Obergericht des Kantons Zürich (Eingabe vom 17. November 2000). Sie beantragten die Aufhebung des bezirksrätlichen Erkenntnisses und die Verweigerung der Zustimmung zur Prozessführung.
Das Obergericht (II. Zivilkammer) behandelte die Eingabe gestützt auf die per 1. Januar 2001 revidierten Vorschriften der ZPO/ZH als Rekurs und beschloss am 1. März 2001, das Erkenntnis des Bezirksrats aufzuheben und die Zustimmung zur zivil- und strafrechtlichen Prozessführung zu widerrufen.
C.- Mit Eingabe vom 3. April 2001 führen die Dr. Rau'sche Kunststiftung, diesmal vertreten durch Rechtsanwalt Stephan Eschmann, sowie Stephan Eschmann selber staatsrechtliche Beschwerde.
Sie beantragen dem Bundesgericht, den Beschluss des Obergerichts aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung zurückzuweisen. Zudem stellen sie das Gesuch, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Rechtsanwalt Stefan Gerster beantragt, ebenfalls im Auftrag und Namen der Dr. Rau'schen Kunststiftung, auf die staatsrechtliche Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Abzuweisen sei auch das Gesuch um aufschiebende Wirkung.
Das Obergericht des Kantons Zürich hat auf Vernehmlassung zur Beschwerde und zum Gesuch um aufschiebende Wirkung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Gegen letztinstanzliche kantonale Entscheide kann wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte der Bürger und - mit Einschränkungen - wegen Verletzung von Staatsverträgen mit dem Ausland staatsrechtliche Beschwerde erhoben werden, sofern kein anderes Bundesrechtsmittel zur Verfügung steht (Art. 86 Abs. 1 i.V.m. Art. 84 Abs. 1 lit. a und c und Abs. 2 OG). Ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid liegt vor, weil die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde ausgeschlossen ist (<ref-law>/ZH in der seit dem 1. Januar 2001 geltenden Fassung). Da es sich bei der vormundschaftsbehördlichen Zustimmung zur Prozessführung bzw. bei ihrem Widerruf um einen Akt der freiwilligen Gerichtsbarkeit handelt (vgl. dazu Messmer/Imboden, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, Zürich 1992, N. 53 ff.), den Art. 44 OG nicht eigens als berufungsfähig bezeichnet, scheiden sowohl die Berufung als auch die Verwaltungsgerichtsbeschwerde aus (vgl. Art. 43 ff. und Art. 97 OG). Die staatsrechtliche Beschwerde erweist sich daher grundsätzlich als zulässig. Ob für einen Teil der erhobenen Rügen (Verletzung von staatsvertraglichen Regeln über die Zuständigkeit der Behörden) die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde gegeben wäre (vgl. Art. 68 lit. e OG), ist wohl zu verneinen (vgl. Messmer/Imboden, a.a.O., N. 130 ff.), kann aus den nachstehend aufgeführten Gründen aber dahingestellt bleiben.
2.- Nach Art. 88 OG steht das Recht, staatsrechtliche Beschwerde zu führen, Bürgern (Privaten) und Korporationen bezüglich solcher Rechtsverletzungen zu, die sie durch allgemeinverbindliche oder sie persönlich treffende Erlasse oder Verfügungen erlitten haben. Dabei kann nur eine Verletzung in rechtlich geschützten eigenen Interessen gerügt werden; zur Verfolgung bloss tatsächlicher Vorteile oder zur Geltendmachung allgemeiner öffentlicher Interessen ist die staatsrechtliche Beschwerde nicht gegeben (<ref-ruling> E. 3b und c; <ref-ruling> E. 2). Diese stellt einen Rechtsbehelf zum Schutz verfassungsmässiger Rechte gegen Übergriffe der Staatsgewalt dar. Solche Rechte stehen grundsätzlich nur Privaten zu, nicht dagegen Inhabern hoheitlicher Gewalt. Wenn die angefochtene Verfügung lediglich Befugnisse und Obliegenheiten zum Gegenstand hat, die einem Bürger in seiner Eigenschaft als Behördemitglied zukommen, mithin bloss seine öffentlichrechtliche Stellung und nicht seine private Rechtssphäre betroffen ist, scheidet die staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte der Bürger daher aus (<ref-ruling> S. 267 f., mit Hinweisen).
3.-Der Beistand der Beschwerdeführerin 1, der Beschwerdeführer 2, führt sowohl in ihrem als auch in eigenem Namen staatsrechtliche Beschwerde. Für die Beschwerdeführerin 1 erachtet er sich als vertretungsbefugt, weil er von seinem Amt als Beistand noch nicht rechtsgültig abberufen worden sei. Er macht zudem geltend, seine Zeichnungsberechtigung sei eine ausschliessliche.
a) Fehlen einer Stiftung die erforderlichen Organe und wird sie aus diesem Grunde - gestützt auf <ref-law> - verbeiständet, ist der Beistand alleiniger Vertreter der Stiftung (vgl. dazu und zur Frage der Organstellung des Beistandes Riemer, Berner Kommentar, N. 64 zu <ref-law>). Die alleinige Vertretungsbefugnis kann auch in weiteren (Ausnahme-)Fällen der Verbeiständung von Stiftungen gegeben sein, namentlich wenn sie wegen Interessenkollision oder Gefährdung der rechtmässigen Vermögensverwaltung in weiter Auslegung von <ref-law> bzw. analoger Anwendung von <ref-law> angeordnet wird (vgl. <ref-ruling> E. 3 und 4 S. 500 ff., mit Verweisungen). Wie weit die Vertretungsmacht reicht, ergibt sich vorab aus den Anordnungen der Aufsichtsbehörde, namentlich betreffend die Eintragung im Handelsregister, und aus der Umschreibung des Auftrages durch die Vormundschaftsbehörde.
b) Vorliegend ist die Umschreibung der Vertretungsbefugnis des Beistandes in einem weiten und zunächst auch ausschliesslichen Sinn erfolgt; der Beistand ist zur Regelung der Zeichnungsberechtigung ermächtigt und als einzige zeichnungsberechtigte Person im Handelsregister eingetragen worden (vgl. die Verfügung der Sozialbehörde Embrach vom 28. Mai 1999). Nach den Feststellungen des Obergerichts hat das EDI mit "Zwischenverfügung" vom 22. Dezember 2000 aufsichtsrechtlich neue Anordnungen getroffen. Es hat drei bisherige Stiftungsratsmitglieder abberufen und an ihrer Stelle drei neue ernannt, die Unterschriftsberechtigung der Stiftungsratsmitglieder neu geregelt und diejenige des Beistandes im Hinblick auf die anbegehrte Aufhebung der Beistandschaft als hinfällig erklärt. Im Weiteren hat es das Handelsregisteramt Zürich ersucht ("angewiesen"), die entsprechenden Eintragungen im Handelsregister vorzunehmen. Diese Verfügung ist rechtsbeständig geworden (vgl. die nicht veröffentlichten Entscheide des Bundesgerichts vom 19. Januar 2000 [5A. 35/2000] und vom 22. Mai 2001 [5A. 8/2001], je i.S. R.), und das Handelsregisteramt hat die Änderungen nach den Feststellungen des Obergerichts in der Folge eingetragen (vgl. auch die Verfügung des Handelsregisteramts des Kantons Zürich vom 9. Februar 2001).
Man kann zwar die Frage aufwerfen, ob die Streichung der Unterschriftsberechtigung des Beistandes nicht verfrüht erfolgt ist, da dieser geltend macht, er sei bisher noch nicht rechtsgültig von seinem Amt abberufen worden. Dieser Frage braucht jedoch nicht weiter nachgegangen zu werden, denn in jedem Fall war er mit dem Eintritt der Rechtsbeständigkeit der Zwischenverfügung und ihrem Vollzug nicht mehr allein zur Vertretung der Stiftung befugt. Neben seine (allfällige) Vertretungsbefugnis ist diejenige des neu zusammengesetzten Stiftungsrates getreten. Das ergibt sich aus dem Umstand, dass die Beistandschaft auf die Handlungsfähigkeit der verbeiständeten Person grundsätzlich keinen Einfluss hat (<ref-law>). Diese hat somit - auch hinsichtlich der Prozessfähigkeit - den gleichen Status wie vor der Anordnung der Beistandschaft, wenn nichts anderes verfügt worden ist oder sich aus der Natur der Verbeiständung ergibt (Biderbost, Basler Kommentar, N. 1 und 12 zu <ref-law>). Vorliegend bedeutet dies, dass der Stiftungsrat ebenfalls für die Stiftung handeln kann. Mit dieser Doppelzuständigkeit ist die Gefahr kollidierender Handlungen verbunden (vgl. dazu Biderbost, a.a.O., N. 22 f. zu <ref-law>). Eine solche Situation ist hier eingetreten: Nachdem die Beschwerdeführerin 1, vertreten durch einen vom Stiftungsrat beauftragten Rechtsanwalt, auf dem Rekursweg erreicht hat, dass das Obergericht des Kantons Zürich die Zustimmung zur Prozessführung durch den Beistand widerrufen hat, führt die Beschwerdeführerin 1 - diesmal vertreten durch den Beistand - gegen das von ihr erstrittene Prozessergebnis staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht. Die gleiche Beschwerdeführerin 1 - vertreten durch den Stiftungsrat bzw. den von ihm beigezogenen Rechtsanwalt - beantragt wiederum Nichteintreten auf diese Beschwerde.
Die Beschwerdeführerin 1 prozessiert mit anderen Worten gegen sich selbst.
c) In dieser absurden Situation ist durch Abwägung der massgebenden Umstände zu ermitteln, welcher Willenskundgebung für die Stiftung der Vorrang zukommt. In diesem Zusammenhang ist entscheidend, dass die Anordnungen der Aufsichtsbehörde vom 22. Dezember 2000 darauf abzielten, die gehörige Verwaltung der Stiftung sicherzustellen, die zur Überbrückung der Notsituation angeordnete Verbeiständung abzulösen und der Stiftung damit ihre Selbständigkeit zurückzugeben (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 502). Der nach Meinung der Aufsichtsbehörde obsolet gewordenen Verwaltung durch den Beistand und seinen Handlungen kann somit nicht (mehr) die Priorität zuerkannt werden; vielmehr beanspruchen die damit im Widerspruch stehenden Anordnungen des neu zusammengesetzten Stiftungsrates den Vorrang. Dass der Beistand bei den Stiftungsratsmitgliedern Interessenkollisionen und Handlungsdefizite zu erkennen glaubt, ändert daran nichts. In dieser Hinsicht ist nicht seine Meinung wegleitend, sondern diejenige der Aufsichtsbehörde, welche keine derartigen Hindernisse mehr festgestellt und die Sozialbehörde dahin orientiert und um Aufhebung der Beistandschaft ersucht hat. Dem Nichteintretensantrag der Beschwerdeführerin 1, vertreten durch den vom Stiftungsrat bestimmten Rechtsanwalt, kommt bei dieser Sachlage die Tragweite eines Widerrufs der zuvor vom Beistand in ihrem Namen abgegebenen Willensäusserung zu, staatsrechtliche Beschwerde zu führen. Die Beschwerdeführerin 1 hat damit zu erkennen gegeben, dass sie kein Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der Beschwerde (mehr) hat. Auf ihre Beschwerde ist daher nicht einzutreten.
4.- a) Als Beistand ist der Beschwerdeführer 2 durch den Widerruf der Prozessführungsbefugnis in seiner persönlichen Rechtssphäre bzw. als Privatperson nicht berührt. Er leitet seine Verfahrenslegitimation insofern allein aus dem behördlich übertragenen Mandat, d.h. aus seiner amtlichen Stellung ab. Daraus ergibt sich indessen keine Berechtigung, in eigenem Namen staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung der verfassungsmässigen Rechte der Bürger zu erheben (<ref-ruling> S. 268 f.; nicht veröffentlichter Entscheid des Bundesgerichts vom 9. April 2001 i.S. G.R. und J.B., E. 2b [5P. 100/2001]; ferner oben E. 2). Auf die Beschwerde kann auch insofern nicht eingetreten werden.
b) Fragen kann sich nur noch, ob der Beschwerdeführer 2 als Rechtsanwalt befugt ist, mit staatsrechtlicher Beschwerde die Rüge der formellen Rechtsverweigerung (Verletzung des Anhörungsrechts) vorzutragen, auch wenn ihm in der Sache selbst die Legitimation fehlt (vgl. <ref-ruling> E. 1b und E. 2b). In diesem Zusammenhang ist freilich zu beachten, dass sich die von ihm vertretene Partei - nach ihrer als massgeblich zu betrachtenden Willenserklärung (vgl. oben E. 3c) - selber nicht über eine Verletzung des Anhörungsrechts im obergerichtlichen Verfahren beklagt. Dies leuchtet auch ohne weiteres ein, ist sie doch vor dem Obergericht als Rekurrentin aufgetreten und zu Wort gekommen.
Eine Verletzung des Gehörsanspruchs könnte daher nur in Frage stehen, soweit sich der Beschwerdeführer 2 auf kantonale Normen oder direkt aus der Verfassung ergebende Teilgehalte betreffend das rechtliche Gehör berufen würde, die ihm unabhängig vom Gehörsanspruch der vertretenen Partei, Kraft seiner Stellung als Rechtsanwalt, zustehen. Solche Aspekte des Anhörungsrechts nennt er jedoch nicht, und solche sind auch nicht erkennbar. Unter dem Gesichtswinkel der beruflichen Stellung des Beschwerdeführers 2 ist die staatsrechtliche Beschwerde daher ebenfalls nicht an die Hand zu nehmen.
5.- Bei diesem Ergebnis werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG). Sie haben die Kosten für das Verfahren vor Bundesgericht zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit (für den Gesamtbetrag) zu tragen (Art. 156 Abs. 7 OG). Mit Bezug auf die Parteikosten erscheint es nicht als sinnvoll, die Beschwerdeführerin 1 zur Bezahlung einer Entschädigung an sich selber zu verpflichten, weshalb nur der Beschwerdeführer 2 zur Bezahlung des auf ihn entfallenden Anteils zu verurteilen ist (Art. 159 Abs. 1, 2 und 5 OG). Von einer weitergehenden Kostenauflage an den Beschwerdeführer 2 ist jedoch abzusehen, weil nicht gesagt werden kann, dieser hätte voraussehen müssen, dass die Beschwerde erfolglos bleibe und habe daher unnötige Kosten im Sinne von Art. 156 Abs. 6 OG (auch i.V.m. Art. 159 Abs. 5 OG) verursacht.
Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird den Beschwerdeführern auferlegt.
3.- Der Beschwerdeführer 2 hat die Beschwerdeführerin 1, vertreten durch Rechtsanwalt Dr. Stefan Gerster, für das Verfahren vor Bundesgericht mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 22. Mai 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: