Sachverhalt:
A.
A._ betreibt ein Architektur- und Ingenieurbüro und ist einzelzeichnungsberechtigter Verwaltungsrat der Ing.-Büro B._ AG.
B.
Im Zusammenhang mit einem Neubau anstelle eines ehemaligen Stalles wird A._ sowie dem Eigentümer der betreffenden Liegenschaft, E._, vorgeworfen, Bauarbeiten nicht gemäss den bewilligten Plänen ausgeführt zu haben.
Der Stadtrat von D._ verurteilte E._ und A._ am 5. März 2012 wegen Bauens ohne Baubewilligung zu einer Busse von Fr. 300.-- bzw. Fr. 3'000.-- sowie zu den anteiligen Verfahrenskosten. Hinsichtlich der A._ auferlegten Busse sowie seines Anteils der Verfahrenskosten erklärte er die Ing.-Büro B._ AG für solidarisch haftbar.
Gegen diesen Entscheid erhoben A._ und die Ing.-Büro B._ AG Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses hiess die Beschwerde am 28. Mai 2013 teilweise gut und reduzierte die Busse sowie den Verfahrenskostenanteil von A._ (Verfahrensnummer R 12 34).
A._ und die Ing.-Büro B._ AG führen Beschwerde in Strafsachen (6B_844/2013). Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 28. Mai 2013 sei aufzuheben und ihre Beschwerde gegen den Entscheid des Stadtrates von D._ vom 5. März 2012 gutzuheissen.
C.
A._ und C._ wird vorgeworfen, bei der Sanierung einer im Eigentum von C._ stehenden Liegenschaft Bauarbeiten durchgeführt zu haben, ohne über die entsprechende Bewilligung zu verfügen.
Am 26. November 2012 verurteilte der Stadtrat A._ und C._ wegen Bauens ohne Baubewilligung zu einer Busse von Fr. 600.-- bzw. Fr. 1'200.-- sowie zu den anteiligen Verfahrenskosten. In Bezug auf die A._ auferlegte Busse sowie seinen Anteil der Verfahrenskosten erklärte er die Ing.-Büro B._ AG für solidarisch haftbar.
Gegen diesen Entscheid erhoben A._, die Ing.-Büro B._ AG sowie C._ Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Dieses hiess die Beschwerden am 28. Mai 2013 teilweise gut und reduzierte die Bussen sowie Verfahrenskostenanteile (Verfahrensnummern R 13 55 und R 13 56).
A._, die Ing.-Büro B._ AG und C._ führen Beschwerde in Strafsachen (6B_890/2013 und 6B_891/2013). Sie beantragen, die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden vom 28. Mai 2013 seien aufzuheben und ihre Beschwerden gegen den Entscheid des Stadtrates von D._ vom 26. November 2012 gutzuheissen.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht vereinigt mehrere Verfahren, wenn diese in einem engen sachlichen Zusammenhang stehen, namentlich, wenn sie sich gegen denselben Entscheid richten und wenn sie die gleichen Parteien sowie ähnliche oder gleiche Rechtsfragen betreffen (vgl. <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen). In den zu vereinigenden Verfahren sind dieselben Parteien betroffen und es geht um übereinstimmende bzw. sehr ähnliche Rechtsfragen. Es rechtfertigt sich, die drei Beschwerden gestützt auf Art. 71 BGG in sinngemässer Anwendung von Art. 24 Abs. 2 lit. b BZP zu vereinigen und in einem einzigen Entscheid zu beurteilen.
2.
2.1. Die Beschwerdeführer 1 und 2 rügen eine Verletzung der Art. 12 und Art. 17 StPO sowie von Art. 30 und Art. 32 Abs. 3 BV. Zur Begründung führen sie aus, es widerspreche den Grundsätzen der StPO, wenn die Beschwerdegegnerin ihre hoheitlichen Befugnisse als Übertretungsstrafbehörde nicht selber ausübe, sondern durch externe Fachleute ausführen lasse. Auch der verfassungsmässige Anspruch auf ein unabhängiges und unparteiisches Gericht werde dadurch verletzt. Ebenso sei unhaltbar, dass die Beschwerdegegnerin im Rechtsmittelverfahren vor Vorinstanz als Partei mit umfassenden Parteirechten zugelassen worden sei und sich durch einen Anwalt habe vertreten lassen dürfen (Beschwerde 6B_844/2013, S. 7 ff.).
2.2. Diese Einwände gehen fehl bzw. an der Sache vorbei. Weder die Beschwerdegegnerin noch die Vorinstanz verletzen mit ihrem Vorgehen die Bundesverfassung oder Bundesrecht.
2.2.1. Soweit sich die Beschwerdeführer auf Art. 12 und Art. 17 StPO berufen, verkennen sie, dass die StPO nicht anwendbar ist. Deren Geltungsbereich erstreckt sich auf die Verfolgung und Beurteilung von Straftaten nach Bundesrecht durch die Strafbehörden des Bundes und der Kantone. Dem angefochtenen Urteil liegt hingegen der Bussenentscheid einer kommunalen Übertretungsstrafbehörde zugrunde, der gestützt auf kantonales Recht erging. Gemäss Art. 44 Abs. 2 des Einführungsgesetzes [des Kantons Graubünden] vom 16. Juni 2010 zur Schweizerischen Strafprozessordnung (BR 350.100) richtet sich das Verfahren deshalb nach dem Gesetz [des Kantons Graubünden] vom 31. August 2006 über die Verwaltungsrechtspflege (BR 370.100; nachfolgend: VRG). Auf die Rüge der Verletzung von Art. 12 und Art. 17 StPO ist nicht einzutreten.
2.2.2. Bei einer kommunalen Baubehörde handelt es sich nicht um ein Gericht im Sinne von Art. 30 BV, sondern um eine Verwaltungsbehörde, bei der die aus Art. 6 EMRK bzw. Art. 30 Abs. 1 BV ableitbaren Ansprüche auf ein unparteiliches Gericht nicht unmittelbar anwendbar sind (Urteil 1C_413/2012 vom 14. Juni 2013 E. 4.1). Art. 30 Abs. 1 BV spricht sich lediglich zum Erfordernis der Unabhängigkeit von Gerichtsbehörden, nicht aber von erstinstanzlich entscheidenden kommunalen Verwaltungsbehörden aus. Über die Baubusse hat mit der Vorinstanz ein von der Beschwerdegegnerin unabhängiges Gericht mit voller Kognition als Rechtsmittelinstanz im Beschwerdeverfahren entschieden (vgl. Art. 51 Abs. 1 VRG). Eine Verletzung von Art. 30 Abs. 1 BV liegt damit nicht vor (vgl. Urteil 6B_880/2008 vom 2. Februar 2009 E. 2.2 mit Hinweisen).
2.2.3. Als Partei übte die Beschwerdegegnerin vor Vorinstanz entgegen der Darstellung der Beschwerdeführer 1 und 2 keine hoheitlichen Befugnisse (mehr) aus. Es stand ihr zu, einen Anwalt beizuziehen (Art. 15 Abs. 1 und 2 VRG). Dass sie ihre Parteirechte wahrnahm und vor Vorinstanz als Gegenpartei der Beschwerdeführer 1 und 2 auftrat, tangierte deren verfassungsmässiges Recht, ein Urteil von einer höheren Instanz überprüfen zu lassen (Art. 32 Abs. 3 BV), nicht (vgl. auch vorne Ziffer 2.2.2).
3.
3.1. Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung des Grundsatzes "nulla poena sine lege" nach Art. 1 StGB. Für die gegen sie verfügten Bussen fehle es an einer genügenden gesetzlichen Grundlage.
3.2. Der Legalitätsgrundsatz "nulla poena sine lege" ist zwar ausdrücklich in Art. 1 StGB verankert. Im Rahmen des kantonalen (Übertretungs-) Strafrechts gilt er allerdings nicht gestützt auf Art. 1 StGB, sondern fliesst direkt aus dem Verfassungs- bzw. Konventionsrecht. Zumindest als Folge des Willkürverbotes (Art. 9 BV) gehört das Legalitätsprinzip zum Bundes (verfassungs) recht im Sinne von Art. 95 Abs. 1 BGG (<ref-ruling> E. 1.1.1 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.1).
Die Beschwerdeführer rügen die Verletzung des Legalitätsgrundsatzes infolge ungenügend klarer kantonaler Vorschriften. Das Bundesgericht prüft die Auslegung und Anwendung kantonalen Rechts nur unter dem beschränkten Gesichtswinkel der Willkür (<ref-ruling> E. 2). Willkür im Sinne von Art. 9 BV liegt nach ständiger Rechtsprechung vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 7.1 mit Hinweisen).
Der Grundsatz "nulla poena sine lege" ist verletzt, wenn jemand wegen einer Handlung, die im Gesetz überhaupt nicht als strafbar bezeichnet ist, strafrechtlich verfolgt wird, oder wenn eine Handlung, derentwegen jemand strafrechtlich verfolgt wird, zwar in einem Gesetz mit Strafe bedroht ist, dieses Gesetz selber aber nicht als rechtsbeständig angesehen werden kann, oder schliesslich, wenn der Richter eine Handlung unter eine Strafnorm subsumiert, die darunter auch bei weitestgehender Auslegung nach allgemeinen strafrechtlichen Grundsätzen nicht subsumiert werden kann (<ref-ruling> E. 8.2.1 mit Hinweisen).
Das Bestimmtheitsgebot ("nulla poena sine lege certa") als Teilgehalt des Legalitätsprinzips verlangt eine hinreichend genaue Umschreibung der Straftatbestände. Das Gesetz muss so präzise formuliert sein, dass der Bürger sein Verhalten danach richten und die Folgen eines bestimmten Verhaltens mit einem den Umständen entsprechenden Grad an Gewissheit erkennen kann (<ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen).
3.3.
3.3.1. Die Beschwerdeführer 1 und 2 machen geltend (Beschwerde 6B_844/2013, S. 11 f.), der Vorwurf, sie hätten kommunales Baurecht verletzt, indem sie einen Dachaufbau nicht innerhalb der Dachfläche, sondern bündig mit der Ostfassade errichteten, entbehre einer genügenden gesetzlichen Grundlage. Es sei nirgends gesetzlich vorgeschrieben, dass Dachaufbauten ausschliesslich innerhalb der Dachfläche zu errichten seien und nicht bündig mit einer Fassade konstruiert werden dürften. Es könne ihnen deshalb keine Verletzung des Raumplanungsgesetzes [des Kantons Graubünden] vom 6. Dezember 2004 (BR 801.100; nachfolgend: KRG) oder von darauf beruhenden Erlassen und Verfügungen vorgeworfen werden.
3.3.2. Dieser Argumentation kann nicht gefolgt werden.
Gemäss Art. 95 Abs. 1 KRG werden nicht nur Verstösse gegen das Raumplanungsgesetz des Kantons Graubünden mit Busse bestraft, sondern auch solche gegen darauf beruhende Verfügungen der Gemeinden. Bei der Baubewilligung der Beschwerdegegnerin vom 27. April 2009 handelt es sich um eine solche Verfügung.
Der willkürfreien und für das Bundesgericht damit verbindlichen (vgl. Ziffer 4 nachfolgend) vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung zufolge geht aus den mit Baubewilligung vom 27. April 2009 gutgeheissenen Plänen hervor, dass zwischen dem Dachrand und der Lukarne auf der Südostseite ein Abstand sein sollte. Dass die Lukarne bündig mit der Fassade gebaut und damit zum Fassadenaufbau wurde, entspricht nicht den bewilligten Plänen. Die Folgen einer von der erteilten Bewilligung abweichenden Bauweise sind im Gesetz präzis festgelegt und waren für die Beschwerdeführer 1 und 2 problemlos erkennbar.
Die gegen die Beschwerdeführer 1 und 2 ausgesprochenen Baubussen vom 5. März 2012 verfügen mit Art. 95 Abs. 1 KRG i.V.m. der verletzten Baubewilligung vom 27. April 2009 über eine ausreichende gesetzliche Grundlage (vgl. auch Urteil 6B_442/2010 vom 15. Juli 2010 E. 2.6).
3.4.
3.4.1. Die drei Beschwerdeführer bringen vor, ihnen werde eine Verletzung des kommunalen Baugesetzes vorgeworfen, weil sie ohne gehörige Meldung mit Bauarbeiten begonnen hätten. Welche Unterlagen im Meldeverfahren konkret einzureichen seien, schrieben aber weder das städtische Baugesetz noch das kantonale Raumplanungsgesetz vor. Die Vorinstanz komme zum Schluss, dass die einfache Meldung von Bauarbeiten alleine nicht genüge, sondern auch im Meldeverfahren ein formelles Baugesuch einzureichen sei. Diese Ansicht sei mangels Begründung nicht nachvollziehbar und ohnehin willkürlich. Die Anforderungen an das Meldeverfahren seien insgesamt zu unbestimmt geregelt, weshalb ihnen keine Verletzung eines ausreichend klaren Rechtssatzes vorgeworfen werden könne. Das zeige sich auch darin, dass ihnen gegenüber kein konkreter Verstoss habe genannt werden können (Beschwerden 6B_890/2013 und 6B_891/2013, S. 9 ff. und 14 ff.).
3.4.2. Diese letzte Behauptung trifft nicht zu. Dem Bussenentscheid der Beschwerdegegnerin vom 26. November 2012 ist zu entnehmen, dass die Beschwerdeführer gestützt auf Art. 95 Abs. 1 KRG wegen Verletzung von Art. 86 Abs. 1 KRG i.V.m. Art. 91 Abs. 1 KRG (Bauen ohne Baubewilligung) verurteilt wurden. Die Beschwerdegegnerin bejahte eine formelle Baurechtsverletzung, weil die Beschwerdeführer einerseits in Kenntnis der Bewilligungspflicht Bauarbeiten begonnen hatten, ohne über die entsprechende Bewilligung zu verfügen, und andererseits weitere Arbeiten durchführten, obschon am 21. April 2010 ausdrücklich eine Baueinstellung verfügt worden war (vgl. Entscheid der Beschwerdegegnerin vom 26. November 2012, S. 2 und 4). Übereinstimmend begründet auch die Vorinstanz eine formelle Baurechtsverletzung durch die Beschwerdeführer damit, dass diese kein formelles Baugesuch einreichten bzw. bereits vor Erteilung der Baubewilligung mit der Durchführung von Arbeiten begannen. Sie stellt fest (Urteile R 13 55 und R 13 56 vom 28. Mai 2013, S. 9 f.), dass ein Baugesuch in jedem Fall - sei es im ordentlichen Baubewilligungs- oder im Meldeverfahren - erforderlich gewesen wäre und die einfache Meldung des Bauvorhabens nicht genügte (zum Einwand der Beschwerdeführer, wonach diese Ansicht nicht haltbar und damit willkürlich sei, siehe nachfolgend Ziffer 4.4.1). Damit ist die den Beschwerdeführern vorgeworfene Rechtsverletzung klar definiert.
3.4.3. Die gegen die Beschwerdeführer verfügten Baubussen vom 26. November 2012 wegen Bauens ohne Bewilligung stützen sich auf eine genügende gesetzliche Grundlage und verletzen den Grundsatz "nulla poena sine lege" nicht.
Art. 95 Abs. 1 KRG legt fest, dass mit Busse zwischen Fr. 200.-- und Fr. 40'000.-- bestraft wird, wer gegen das Raumplanungsgesetz des Kantons Graubünden oder darauf beruhende Erlasse und Verfügungen des Kantons oder der Gemeinden verstösst. Nach Art. 86 Abs. 1 KRG dürfen Bauten und Anlagen nur mit schriftlicher Bewilligung der kommunalen Baubehörden errichtet, geändert, abgebrochen oder in ihrem Zweck geändert werden, sofern sie nicht nach Art. 40 der Raumplanungsverordnung [des Kantons Graubünden] vom 24. Mai 2005 (BR 801.110; nachfolgend: KRVO) von der Baubewilligungspflicht ausgenommen sind. Baubewilligungspflichtige Bauvorhaben dürfen begonnen werden, sobald die Baubewilligung schriftlich vorliegt (Art. 91 Abs. 1 KRG).
Bei Bauvorhaben, die dem Meldeverfahren unterstellt sind, können Gesuche und Gesuchsunterlagen in vereinfachter Ausführung eingereicht werden (Art. 51 Abs. 1 KRVO). Gestützt auf diese Bestimmung vertreten die Beschwerdeführer die Meinung, es genüge eine einfache Meldung beabsichtigter Bauarbeiten. Die Vorinstanz hingegen erachtet auch im Meldeverfahren ein formelles Gesuch als erforderlich. Diese vorinstanzliche Auslegung von Art. 50 ff. KRVO (die vom Bundesgericht nur auf Willkür hin geprüft wird, vgl. vorne Ziffer 3.2) ist nachvollziehbar und plausibel. Zum einen stimmt sie mit dem Wortlaut von Art. 51 KRVO überein, der ausdrücklich "Gesuche und Gesuchsunterlagen" sowie "Gesuchstellende" erwähnt. Zum andern wird sie gestützt durch Art. 55 Abs. 2 i.V.m. Art. 54 Abs. 2 des Baugesetzes der Stadt D._, wonach die Baubehörde "nach Eingang des formellen Baugesuchs" das festgelegte Verfahren (ordentliches Baubewilligungs- oder Meldeverfahren) durchführt. Damit durfte die Vorinstanz willkürfrei zum Schluss gelangen, dass auch das Meldeverfahren ein formelles Baugesuch voraussetzt.
Dem Meldeverfahren unterstehende Bauvorhaben dürfen ebenfalls erst nach Erteilung der Baubewilligung begonnen werden (vgl. Art. 51 Abs. 4 KRVO i.V.m. Art. 91 Abs. 1 KRG). Unter Umständen kann diese "innert Monatsfrist seit Einreichung des Gesuchs" stillschweigend erfolgen (Art. 51 Abs. 3 KRVO).
Aufgrund dieser gesetzlichen Bestimmungen ist hinreichend klar geregelt, dass sowohl im ordentlichen Baubewilligungs- als auch im Meldeverfahren ein formelles Baugesuch einzureichen ist und mit Bauarbeiten erst nach Erteilung der Baubewilligung begonnen werden darf. Ebenso gehen die Folgen einer Verletzung dieser Vorschriften eindeutig aus dem Gesetz hervor. Eine willkürliche Anwendung oder Auslegung ist nicht ersichtlich.
4.
4.1. Die Beschwerdeführer rügen eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung.
4.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von Art. 9 BV ist (<ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen) oder wenn sie auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Eine entsprechende Rüge muss klar vorgebracht und substanziiert begründet werden (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 1.3.1; je mit Hinweisen). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
4.3.
4.3.1. Die Beschwerdeführer 1 und 2 werfen der Vorinstanz vor, willkürlich zum Schluss zu kommen, die Dachlukarne überschreite die erlaubte Grösse von 20 Prozent der Dachfläche (Beschwerde 6B_844/2013, S. 14 ff.).
4.3.2. Es trifft zu, dass dem vorinstanzlichen Urteil nicht zu entnehmen ist, wie die konkrete Berechnung der Lukarnengrösse vorgenommen wurde. Auch der Verweis auf die Beurteilung des Bauberaters vom 7. Mai 2011 führt nicht weiter. Allerdings lässt dies allein den Entscheid der Vorinstanz nicht willkürlich werden. Willkür liegt nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts nur vor, wenn der kantonale Entscheid im Ergebnis offensichtlich unhaltbar bzw. mit vernünftigen Gründen schlechterdings nicht zu vertreten ist (<ref-ruling> E. 7.1; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen). Dies ist vorliegend nicht der Fall.
Die Beschwerdeführer 1 und 2 haben eine Baurechtsverletzung begangen, indem sie die Bauarbeiten nicht in ihrer bewilligten Form durchführten. Ihre Behauptung, das realisierte Projekt sei von der Beschwerdegegnerin am 24. April 2009 in dieser Form genehmigt worden (Beschwerde 6B_844/2013, S. 6), ist unzutreffend. Den verwiesenen Beilagen ist lediglich zu entnehmen, dass am 24. April 2009 offenbar sämtliche vom Bauamt angeforderten Unterlagen eingereicht worden waren und der Grundrissplan des Dachgeschosses genehmigt wurde. Eine Plangenehmigung für die Lukarne in der umgesetzten Erscheinung (bündig mit der Südostfassade) ist nicht vorhanden. In der Baubewilligung vom 27. April 2009 wurde zudem ausdrücklich darauf hingewiesen, dass der Bau aufgrund der bewilligten Pläne ausgeführt werden müsse und Änderungen nur mit Einwilligung der Baubehörde vorgenommen werden dürften. Die Auferlegung einer Busse wegen Bauens ohne Bewilligung rechtfertigte sich somit allein durch die von der Bewilligung abweichende Bauweise und unabhängig von der Lukarnengrösse.
Da die Vorinstanz die angebliche Überschreitung der zulässigen Lukarnengrösse bei der Strafzumessung nicht erschwerend miteinbezieht (vgl. Urteil R 12 34, S. 16), fällt dieser Aspekt für das Entscheidergebnis nicht ins Gewicht, und die Behebung des Mangels würde am Ausgang des Verfahrens nichts ändern. Das angefochtene Urteil erweist sich in Bezug auf diesen Vorwurf zwar als nicht nachvollziehbar begründet, ist aber nicht unhaltbar im Resultat.
4.4.
4.4.1. Den Beschwerdeführern zufolge stellt die Vorinstanz willkürlich fest, sie hätten kein bzw. erst nachträglich ein Baugesuch für die durchgeführten Arbeiten eingereicht. Diese Feststellung sei aktenwidrig, da bereits im Baugesuch vom 28. Januar 2010 "auf die inneren Sanierungsarbeiten hingewiesen" worden sei (Beschwerden 6B_890/2013 und 6B_891/2013, S. 14).
4.4.2. Wie die Vorinstanz willkürfrei erwägt (vgl. vorne Ziffer 3.4.3), bedarf es auch im Meldeverfahren eines formellen Baugesuchs. Dass die Beschwerdeführer in ihrer Eingabe vom 28. Januar 2010 "auf die inneren Sanierungsarbeiten hingewiesen" haben, genügt dieser Anforderung nicht. Die Vorinstanz kommt demnach ohne Willkür zum Schluss, dass für die fraglichen Arbeiten erst nachträglich (am 27. Mai 2010) ein (überarbeitetes) Gesuch eingereicht wurde.
4.5.
4.5.1. Die Beschwerdeführer bringen vor, die Beschwerdegegnerin sei ihrer gesetzlichen Verpflichtung nicht nachgekommen, eine Frist zur Vervollständigung oder Verbesserung des Gesuchs anzusetzen, wenn sie der Meinung war, die Eingabe vom 28. Januar 2010 genüge den Anforderungen an das Meldeverfahren nicht (Beschwerden 6B_890/2013 und 6B_891/2013, S. 14).
4.5.2. Selbst wenn dies zuträfe, legen die Beschwerdeführer nicht dar und ist nicht ersichtlich, inwiefern das vorinstanzliche Urteil deshalb willkürlich sein sollte. Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
4.6. Die Beschwerdeführer machen eine Verletzung von Art. 12 Abs. 2 StGB geltend. Die Vorinstanz habe den Vorsatzbegriff völlig verkannt und falsch angewendet.
4.7. Da Art. 12 StGB vorliegend als kantonales Strafrecht anwendbar ist (vgl. Art. 2 Abs. 1 des Einführungsgesetzes [des Kantons Graubünden] vom 16. Juni 2010 zur Schweizerischen Strafprozessordnung; BR 350.100), überprüft das Bundesgericht seine Anwendung nur auf Willkür hin (vgl. vorne Ziffer 3.2).
Vorsätzlich begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt. Vorsätzlich handelt bereits, wer die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt (Art. 12 Abs. 2 StGB). Eventualvorsatz im Sinne von Art. 12 Abs. 2 Satz 2 StGB liegt vor, wenn der Täter die Tatbestandsverwirklichung für möglich hält, aber dennoch handelt, weil er den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt, mag er ihm auch unerwünscht sein (<ref-ruling> E. 4.2.3). Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft innere Tatsachen, welche vor Bundesgericht nur im Rahmen von Art. 97 Abs. 1 BGG gerügt werden können. Rechtsfrage ist hingegen, ob im Lichte der festgestellten Tatsachen der Schluss auf Eventualvorsatz begründet ist (<ref-ruling> E. 4.2.3 mit Hinweis).
4.8.
4.8.1. Die Beschwerdeführer machen in erster Linie Ausführungen dazu, was sie in Bezug auf die Rechtslage wussten bzw. wovon sie ausgehen durften und welche innere Haltung sie hinsichtlich einer möglichen Rechtsverletzung einnahmen (vgl. Beschwerden 6B_844/2013, S. 13; 6B_890/2013 und 6B_891/2013, S. 12 f.). Diese Fragen überprüft das Bundesgericht nur auf Willkür (zur Willkür vgl. vorne Ziffer 3.2).
4.8.2. Die Vorinstanz kommt unter Berücksichtigung sämtlicher Umstände nachvollziehbar zum Schluss, dass ein direkter Vorsatz bei keinem der Beschwerdeführer angenommen werden kann. Hingegen bejaht sie den Eventualvorsatz im Falle des Beschwerdeführers 1 (und damit auch der Beschwerdeführerin 2) zum einen, weil von ihm als erfahrenem Architekten erwartet werden könne, dass er die gesetzlichen Vorschriften kenne (Urteil R 13 55, S. 11). Zum andern hätte er mindestens mit der zuständigen Behörde Rücksprache nehmen müssen, wenn die Umsetzung der feuerpolizeilichen Auflagen zu Unklarheiten geführt habe (Urteil R 12 34, S. 16). Betreffend den Beschwerdeführer 3 hält die Vorinstanz fest, dass dieser als Eigentümer der Liegenschaft ebenfalls mit der Baueinstellungsverfügung bedient worden sei und in dieser Hinsicht über dasselbe Wissen verfügte wie der Beschwerdeführer 1 (Urteil R 13 56, S. 11).
4.8.3. Weshalb diese vorinstanzlichen Feststellungen offensichtlich unrichtig sein oder auf einer Verletzung von schweizerischem Recht beruhen sollen, legen die Beschwerdeführer nicht dar und ist nicht ersichtlich. Ihre Ausführungen sind grösstenteils appellatorischer Natur und beschränken sich darauf, andere mögliche Beweiswürdigungen aufzuzeigen. Dass das vorinstanzliche Beweisergebnis schlechterdings nicht vertretbar ist oder inwiefern sich ein anderes geradezu aufgedrängt hätte, vermögen sie nicht darzutun. In dieser Weise lässt sich keine Willkür belegen. Auf die entsprechenden Vorbringen ist nicht einzutreten.
4.9. Gestützt auf die von der Vorinstanz verbindlich festgestellten Umstände erscheint ihr Schluss auf Eventualvorsatz (wenn auch etwas knapp begründet) im Ergebnis zutreffend und jedenfalls nicht willkürlich.
In Bezug auf den Bau der Dachlukarne (6B_844/2013) waren die Beschwerdeführer 1 und 2 ausdrücklich darauf hingewiesen worden, dass die Bauarbeiten gemäss den bewilligten Plänen ausgeführt werden müssten und Änderungen nur mit Einwilligung der Baubehörde vorgenommen werden dürften (vgl. vorne Ziffer 4.3.2). Indem sie sich nicht an diese Vorgaben hielten, nahmen sie in Kauf, Baurechtsvorschriften zu verletzen.
Im Zusammenhang mit der Gebäudesanierung (6B_890/2013 und 6B_891/2013) führten die Beschwerdeführer Bauarbeiten durch, ohne sich genügend über die Modalitäten des Verfahrens zu informieren. Spätestens ab Verfügung der Baueinstellung wussten sie, dass weitere Arbeiten untersagt waren. Indem sie unter diesen Umständen ohne über eine Baubewilligung zu verfügen Bauarbeiten ausführten, nahmen sie eine Baurechtsverletzung mindestens in Kauf.
5.
Die Beschwerden sind abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten je anteilig den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Der Beschwerdegegnerin ist keine Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 6B_844/2013, 6B_890/2013 und 6B_891/2013 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerden 6B_844/2013, 6B_890/2013 und 6B_891/2013 werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 12'000.-- werden zu je einem Drittel den Beschwerdeführern auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Februar 2014
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Siegenthaler