Sachverhalt:
A. A.a C._ gründete anfangs .......... die V._ GmbH, die X._ GmbH sowie die D._ GmbH, alle mit Sitz c/o A._, und war als deren Gesellschafter und Geschäftsführer mit Einzelunterschrift im Handelsregister eingetragen, wobei er in einem 40 %-Pensum als Eventmanager bei der D._ GmbH angestellt gewesen war. Nachdem er sich am 5. Januar 2005 bei der Arbeitslosenversicherung zum Leistungsbezug angemeldet hatte, verneinte das Amt für Wirtschaft und Arbeit (AWA) des Kantons Zürich mit Verfügung vom 2. Mai 2005 und Einspracheentscheid vom 29. Juni 2005 einen Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung aufgrund seiner arbeitgeberähnlichen Stellung. Das Bundesgericht bestätigte letztinstanzlich diesen Standpunkt mit Urteil C 149/06 vom 30. November 2006. Nach Anstellungen bei der S._ AG und der T._ AG bezog C._ vom 20. Januar 2010 bis zu seiner Abmeldung am 12. April 2010 (aufgrund seiner Arbeitsaufnahme bei der B._ AG und wiederum bei der D._ GmbH im Umfang von je 50 %) Taggelder der Arbeitslosenversicherung.
A.b Am 21. Dezember 2010 stellte C._ erneut Antrag auf Arbeitslosenentschädigung ab 17. Dezember 2010 wegen der Stellenverluste bei der B._ AG auf den 31. Oktober 2010 und bei der D._ GmbH per 30. November 2010. Aufgrund seiner arbeitgeberähnlichen Stellung bei der D._ GmbH verneinte das AWA eine Anspruchsberechtigung hieraus, bejahte jedoch in Berücksichtigung seiner 50 %-igen Tätigkeit bei der B._ AG einen Leistungsanspruch bei einem anrechenbaren Arbeitsausfall von 50 % (Verfügung vom 9. Februar 2011 und Einspracheentscheid vom 1. April 2011).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, soweit es darauf eintrat, teilweise gut, und hob den Einspracheentscheid vom 1. April 2011 des AWA insoweit auf, als dieses den Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung ab dem 9. März 2011 infolge Umgehung der Bestimmungen über die Kurzarbeitsentschädigung verneinte. Es wies die Sache an das AWA zurück, damit es im Sinne der Erwägungen die einzelnen Anspruchsvoraussetzungen prüfe und hernach über den Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung ab 9. März 2011 neu verfüge (Entscheid vom 30. Dezember 2011).
C. Das AWA führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, es sei der vorinstanzliche Entscheid im Umfang der teilweisen Gutheissung aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 1. April 2011 zu bestätigen.
C._ beantragt Abweisung der Beschwerde, während die Vorinstanz und das Staatssekretariat für Wirtschaft auf eine Vernehmlassung verzichtet haben.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich, da das Verfahren noch nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient, um einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>. Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit - alternativ - voraus, dass der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1.2 Die Vorinstanz begründet die teilweise Aufhebung des Einspracheentscheids mit der Feststellung, der Versicherte sei ab 9. März 2011 nicht mehr in arbeitgeberähnlicher Position bei der D._ GmbH gewesen, weshalb nicht von einer Umgehung der Bestimmungen über die Kurzarbeitsentschädigung auszugehen und die Sache zur Prüfung der weiteren gesetzlichen Anspruchsvoraussetzungen an die Arbeitslosenkasse zurückzuweisen sei. Hätte der kantonale Gerichtsentscheid Bestand, so wäre die Verwaltung unter Umständen gezwungen, eine ihres Erachtens rechtswidrige, leistungszusprechende Verfügung zu erlassen. Diese könnte sie in der Folge nicht selber anfechten; da die Gegenpartei in der Regel kein Interesse haben wird, den allenfalls zu ihren Gunsten rechtswidrigen Endentscheid anzufechten, könnte der kantonale Vorentscheid nicht mehr korrigiert werden und würde zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil für die Verwaltung führen (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 S. 483 ff.; Urteil 8C_682/2007 vom 30. Juli 2008 E. 1.2.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Auf ihre Beschwerde ist demnach einzutreten.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
3. Im kantonalen Entscheid werden die Bestimmungen und Grundsätze über die gesetzlichen Vorschriften zum Ausschluss arbeitgeberähnlicher Personen und im Betrieb mitarbeitender Ehegatten vom Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung (<ref-law>), die Rechtsprechung zur analogen Anwendung dieser Bestimmung auf arbeitgeberähnliche Personen und ihre Ehegatten, die Arbeitslosenentschädigung verlangen (<ref-ruling> E. 7 S. 236), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
Hervorzuheben ist, dass die Frage, ob eine arbeitnehmende Person einem obersten betrieblichen Entscheidungsgremium angehört und ob sie in dieser Eigenschaft massgeblich Einfluss auf die Unternehmensentscheidungen nehmen kann, aufgrund der internen betrieblichen Struktur zu beantworten ist (<ref-ruling> E. 3 S. 272; Urteile [des Bundesgerichts C 113/03 vom 24. März 2004 in: ARV 2004 Nr. 21 S. 196 E. 3.2 und C 42/97 vom 21. Mai 1997 in: ARV 1996/97 Nr. 41 S. 224 E. 1b). Keine Prüfung des Einzelfalles ist erforderlich, wenn sich die massgebliche Entscheidungsbefugnis bereits aus dem Gesetz selbst (zwingend) ergibt. In diesem Sinne hat das Bundesgericht (bis Ende 2006: das Eidgenössische Versicherungsgericht) den mitarbeitenden Verwaltungsrat einer AG, für welchen das Gesetz in der Eigenschaft als Verwaltungsrat in Art. 716-716b OR verschiedene, nicht übertrag- und entziehbare, die Entscheidungen des Arbeitgebers bestimmende oder massgeblich beeinflussende Aufgaben vorschreibt, vom Leistungsanspruch generell ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 7a S. 238; <ref-ruling> E. 3 S. 273; Urteil [des Bundesgerichts] 8C_252/2011 vom 14. Juni 2011 in: ARV 2012 S. 78 E. 3 mit weiteren Hinweisen).
4. 4.1 Die Vorinstanz erwog, mit Bezug auf den praxisgemäss die Grenze der richterlichen Überprüfungsbefugnis bildenden Beurteilungszeitraum (<ref-ruling> E. 2.1 S. 140) bis 1. April 2011 (Einspracheentscheid) sei der Versicherte bis 9. März 2011 bei der D._ GmbH als Gesellschafter und Geschäftsführer mit Einzelunterschrift im Handelsregister eingetragen gewesen, bei welcher er vom 1. Mai bis 30. November 2010 einer 50%-igen Tätigkeit nachgegangen sei. Die V._ GmbH, deren Gesellschafter und Geschäftsführer er ebenfalls gewesen sei, habe auch Stammanteile der D._ GmbH gehalten, weshalb er gestützt auf seine persönliche Beteiligung und der Beteiligung der V._ GmbH an der D._ GmbH bis zu diesem Datum eine arbeitgeberähnliche Stellung innegehabt habe. Durch die Veräusserung der Stammanteile der V._ GmbH und dem Ausscheiden des Beschwerdegegners aus der D._ GmbH habe er seine arbeitgeberähnliche Position in dieser Firma hingegen per 9. März 2011 aufgegeben. Ab diesem Zeitpunkt habe kein Firmenkonglomerat mehr bestanden. Er sei lediglich noch Gesellschafter und Geschäftsführer der V._ Gmbh und der X._ GmbH gewesen; er habe keine Einflussmöglichkeit auf die Geschicke der D._ GmbH mehr innegehabt.
4.2 Das AWA wendet dagegen ein, der Versicherte hätte sich aufgrund des weiterhin bestehenden Firmenkonglomerates genauso gut bei einer der anderen Firmen, an denen er mitbeteiligt sei, anstellen können, er besitze nach wie vor Mitbestimmungsrechte, die eine arbeitgeberähnliche Position begründen würden. Angesichts der vergleichbaren Zwecke und des identischen Firmensitzes aller drei Gesellschaften erfolge eine Trennung der Aufgabengebiete nur für den Auftritt nach aussen und um ohne grossen Aufwand ein Tätigkeitsgebiet als ganze Firma verkaufen zu können. Als Hauptinhaber (bis zum 30. Juni 2011) und Geschäftsführer der damaligen V._ GmbH in der Zeit vom 22. Februar 2011 (Wiedereintragung) bis zum 23. Juni 2011 sei er in arbeitgeberähnlicher Position verblieben.
4.3 Hauptzweck der D._ GmbH ist die Organisation und Durchführung von Konzerten und Veranstaltungen sowie die Förderung von Musik und Künstlern. Der primäre Zweck der E._ GmbH, die aus der V._ GmbH hervorging, indem die V._ GmbH die Aktiven und Passiven der X._ GmbH übernahm (gemäss Fusionsvertrag vom ........), und die V._ GmbH den neuen Firmennamen E._ GmbH erhielt (Tagebucheintrag vom ........), ist die Erbringung von Dienstleistungen, Marketing- und Kommunikations-Dienstleistungen sowie der Handel insbesondere im Bereich Textilien. Mit einem Stammanteil von Fr. 99'000.- ist der Beschwerdegegner nach wie vor Gesellschafter der E._ GmbH. Vorgängig liess er sich - nach einer Löschung als Geschäftsführer der V._ GmbH am ........ - per ........ wiederum als Gesellschafter und Geschäftsführer (bei einem gleichbleibenden Stammanteil von Fr. 49'000.-) der V._ GmbH im Handelsregister eintragen, am ........ erfolgte schliesslich eine Mutation bei der X._ GmbH, indem der Versicherte nebst Gesellschafter erneut Geschäftsführer mit Einzelunterschrift wurde.
Auf Grund dieser personellen Verflechtungen und der ähnlichen Firmenzwecke ist mit dem beschwerdeführenden AWA davon auszugehen, dass die beiden Betriebe D._ GmbH und E._ GmbH eng miteinander verbunden sind, in welchen sich der Versicherte durch seine Stellung und die verwobene Beteiligungskonstruktion beliebig entlassen und wieder einstellen (vgl. Urteil [des Bundesgerichts] C 376/99 vom 14. März 2001 in: BJM 2003 S. 131) und seine Funktion in den Gesellschaften frei bestimmen konnte, wie dies die dargelegten Umstände zeigen. Bei einer solchen Vernetzung der Firmen kann es nicht genügen, um dem Umgehungstatbestand nicht zu erfüllen, sich im Handelsregister als Gesellschafter und Geschäftsführer der einen Firma streichen zu lassen, da damit die weitreichenden Bestimmungsmöglichkeiten des Beschwerdegegners über die Entscheide der D._ GmbH nicht verloren gingen. In Anwendung eines materiellen Organbegriffs (Urteil [des Bundesgerichts] C 102/96 vom 26. März 1997 in: SVR 1997 ALV Nr. 101 S. 109), ist vielmehr davon auszugehen, dass der Versicherte im hier interessierenden Zeitraum zwar seine Einflussmöglichkeiten aufgrund der aufgegebenen Eigenschaft als Gesellschafter auf die Entscheidungen der GmbH von Gesetzes wegen verlor, aufgrund der gelebten Verhältnisse jedoch weiterhin massgebenden, faktischen Einfluss auf die Unternehmungsentscheidungen aller drei Firmen innehatte (Thomas Nussbaumer, Arbeitslosenversicherung, in: Ulrich Meyer [Hrsg.], Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Band XIV, Soziale Sicherheit, 2. Aufl., Basel 2007, Rz. 463 S. 2316 mit Hinweisen).
5. 5.1 Zusammenfassend kann weder eine rechtsmissbräuchliche Umgehung der Vorschriften über die Kurzarbeitsentschädigung noch die Gefahr eines missbräuchlichen Beanspruchens der Arbeitslosenversicherung in der hier relevanten Zeit (17. Dezember 2010 bis 1. April 2011) ausgeschlossen werden (vgl. Urteile [des Bundesgerichts] C 92/02 vom 14. April 2003 in: ARV 2003 S. 240 und C 113/03 vom 24. März 2004 in: ARV 2004 S. 196). Der Beschwerdegegner war somit - trotz fehlender formeller Organstellung bei der D._ GmbH (vgl. Urteil [des Bundesgerichts] 8C_664/2009 vom 13. Januar 2010 E. 4.1 in: SVR 2010 ALV Nr. 9 S. 25) - über den 9. März 2011 hinaus als arbeitgeberähnliche Person anzusehen. Nach dem Gesagten erweist sich die vorinstanzliche Betrachtungsweise, wonach der Versicherte nach dem 9. März 2011 keine arbeitgeberähnliche Stellung innegehabt habe, als bundesrechtswidrig.
5.2 Soweit der Beschwerdegegner erneut eine Verletzung der gesetzlichen Aufklärungs- und Beratungspflicht nach <ref-law> geltend machen will, kann diesbezüglich auf die ausführlichen und zutreffenden Darlegungen des kantonalen Gerichts verwiesen werden, denen das Bundesgericht nichts beizufügen hat.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Als unterliegende Partei hat der Beschwerdegegner die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. Dezember 2011 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, dem Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) und der Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich Geschäftsstelle Zürich schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. September 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Polla