Erwägungen:
1. Das Gerichtspräsidium Zofingen führt gegen X._ ein Strafverfahren betreffend übler Nachrede. Mit Eingaben vom 30. und 31. August 2007 stellte X._ ein Ablehnungsbegehren gegen Gerichtspräsident Sigg. Dabei ersuchte er auch um aufschiebende Wirkung hinsichtlich der auf den 10. September 2007 angesetzten Verhandlung. Die Inspektionskommission des Obergerichts des Kantons Aargau wies mit Entscheid vom 6. September 2007 das Ablehnungsbegehren ab, soweit sie darauf eintrat; das Gesuch um aufschiebende Wirkung wies sie ebenfalls ab. Zur Begründung führte die Inspektionskommission zusammenfassend aus, dass Verfahrensfehler oder sachlich falsche Entscheide für sich allein keinen objektiven Verdacht der Voreingenommenheit des sie anordnenden Richters zu begründen vermögen. Nur besonders schwere oder wiederholt begangene Fehler, die als schwere Pflichtverletzungen betrachtet werden müssen, könnten diese Konsequenz haben. Hinsichtlich der vom Beschwerdeführer genannten Erbbescheinigung lege der Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern das Ganze im Zusammenhang mit dem vorliegenden Strafverfahren stehe und deshalb ein Befangenheitsgrund gegeben sein sollte. Insoweit sei das Ablehnungsbegehren ungenügend substantiiert. Weiter sei Gerichtspräsident Sigg dem Anspruch des Beschwerdeführers auf Akteneinsicht genügend nachgekommen, indem er ihm die Möglichkeit gegeben habe, die Akten auf der Gerichtskanzlei einzusehen. Anspruch darauf, dass die Gerichtskanzlei die Akten kopiere und nach Hause schicke, bestehe nicht. Dem Gerichtspräsidenten könne demnach auch insoweit kein Verfahrensfehler vorgeworfen werden, der auf eine Befangenheit schliessen liesse.
2. X._ führt gegen den Entscheid der Inspektionskommission des Obergerichts des Kantons Aargau Beschwerde in Strafsachen (<ref-law>). Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. <ref-law> nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Ist ein, wie hier, in Anwendung kantonalen Rechts ergangener Entscheid angefochten, bildet die Verletzung blossen kantonalen Rechts keinen selbständigen Beschwerdegrund. Vielmehr hat der Beschwerdeführer darzulegen, inwiefern der beanstandete Entscheid gegen verfassungsmässige Rechte, wie etwa das Willkürverbot oder den Anspruch auf ein unabhängiges und unparteiisches Gericht verstossen soll. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in <ref-law> verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
3.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, dass am angefochtenen Urteil der Inspektionskommission eine juristische Sekretärin und nicht ein Gerichtsschreiber mitgewirkt habe. Er unterlässt es jedoch darzulegen, inwiefern dies verfassungswidrig sein soll. Mangels einer hinreichenden Begründung ist insoweit auf die Beschwerde nicht einzutreten.
3.2 In der Sache selbst vermag der Beschwerdeführer mit seinen Ausführungen nicht rechtsgenüglich darzulegen, inwiefern ihm die Inspektionskommission in verfassungswidriger Weise das Ablehnungsbegehren abgewiesen haben sollte, soweit sie überhaupt darauf eintrat.
3.3 Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von <ref-law> ist somit auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
4. Angesichts der offensichtlichen Aussichtslosigkeit der vorliegenden Beschwerde kann dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht entsprochen werden (<ref-law>). Auf eine Kostenauflage kann jedoch verzichtet werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gerichtspräsidenten Zofingen I und der Inspektionskommission des Obergerichts des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Juli 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Aemisegger Pfäffli