Faits:
A. X._ a été incorporé dans la protection civile en 1988. Le 1er janvier 2008, il a été nommé suppléant du commandant de l'Office intercommunal de protection civile de A._ (ci-après: l'Office intercommunal). La libération ordinaire de X._ aurait dû intervenir le 31 décembre 2008. Toutefois, par décision communiquée le 26 février 2009, X._ a obtenu le maintien de son incorporation dans la protection civile à titre volontaire avec effet au 1er janvier 2009.
Le 21 octobre 2009, l'Office intercommunal a décidé de mettre fin pour le 30 octobre 2009 aux fonctions de X._ au sein de la protection civile en raison des dissensions qui existaient entre le commandant et ce dernier, et qui risquaient d'affecter le bon fonctionnement du service.
Par décision du 16 décembre 2009, le Département de l'intérieur et de la mobilité du canton de Genève a rejeté l'opposition que l'intéressé avait déposée contre la décision du 21 octobre 2009. En tant que capitaine, X._ pouvait prétendre à une solde de 16 fr. par jour de service effectué, mais comme l'opposition ne faisait pas état de jours de service qui n'auraient pas été rémunérés, aucune indemnité ne lui était due.
Le 18 janvier 2010, X._ a interjeté recours auprès du Tribunal administratif du canton de Genève contre la décision rendue le 16 décembre 2009, par le Département de l'intérieur et de la mobilité. Il concluait à la nullité, subsidiairement à l'annulation de la décision attaquée. Il a fait valoir en substance qu'il ne s'agissait pas d'un cas de libération ordinaire et que, hormis cette dernière hypothèse, les personnes engagées ne pouvaient être libérées que si elles le demandaient. Enfin, il a affirmé qu'il allait de soi qu'il devrait être maintenu dans son droit de percevoir une indemnité mensuelle brute de protection civile d'un montant de 890 fr., versée par la commune de B._. Par décision du 9 février 2010, la Présidente du Tribunal administratif a rejeté la demande de restitution d'effet suspensif.
B. Par arrêt du 19 octobre 2010, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Le recourant ne pouvait se prévaloir d'un droit à l'engagement d'une durée de trois ans et l'autorité pouvait le libérer de ses fonctions sans excéder son pouvoir d'appréciation.
C. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire pour violation du principe de la légalité et du droit d'être entendu, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 19 octobre 2010 par le Tribunal administratif du canton de Genève ainsi que "la décision rendue le 16 décembre 2009 par la Sécurité civile - Service de la protection civile".
Le Tribunal administratif renonce à déposer des observations. Le Département de l'intérieur et de la mobilité conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'<ref-law> déclarant irrecevable le recours en matière de droit public contre les décisions en matière de service de protection civile, c'est à juste titre que le recourant, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et a pour partie un intérêt juridique à l'annulation de la décision attaquée (<ref-law>), a déposé un recours constitutionnel subsidiaire pour violation des droits constitutionnels (art. 113 et 166 LTF). L'art. 66b de la loi fédérale sur la protection de la population et sur la protection civile (LPPCi; RS 520.1), entré en vigueur le 1er janvier 2011 (RO 2010 6015) n'est pas applicable au présent recours déposé avant le 31 décembre 2010.
1.2 Le recours auprès du Tribunal administratif ayant un effet dévolutif, la conclusion tendant à l'annulation de la décision rendue le 16 décembre 2009 par la Sécurité civile - Service de la protection civile est irrecevable.
1.3 En vertu de l'<ref-law>, les griefs relatifs à la violation des droits constitutionnels doivent être invoqués et motivés de façon détaillée, sous peine d'irrecevabilité.
2. Selon l'<ref-law>, l'obligation de servir dans la protection civile commence au début de l'année durant laquelle la personne astreinte atteint l'âge de 20 ans et s'étend jusqu'à la fin de l'année durant laquelle elle atteint l'âge de 40 ans. Toutefois, les hommes libérés de l'obligation de servir dans la protection civile peuvent s'y engager volontairement (<ref-law>). Les cantons décident de l'admission des volontaires. Nul ne peut se prévaloir du droit d'être admis dans la protection civile (<ref-law>). Les personnes qui s'engagent volontairement dans la protection civile ont les mêmes droits et obligations que les personnes astreintes (<ref-law>). A leur demande, elles sont libérées de l'obligation de servir dans la protection civile. En règle générale elles doivent effectuer au moins trois ans de service (<ref-law>).
3. Invoquant l'art. 5 al. 1 Cst., le recourant soutient que le Tribunal administratif a violé le principe de la légalité en jugeant que le Département de l'intérieur et de la mobilité pouvait mettre un terme à sa fonction au sein de la protection civile avant l'échéance des trois ans de l'<ref-law>. Or, le principe de la légalité figurant à l'art. 5 al. 1 Cst. n'est pas un droit fondamental, mais simplement un principe constitutionnel, qu'il est certes possible d'invoquer directement et indépendamment d'un droit fondamental (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 156 s. et les références; arrêts 2C_81/2008 du 21 novembre 2008, consid. 5.1; 2C_444/2007 du 4 avril 2008 consid. 2.2) par la voie du recours en matière de droit public formé pour violation du droit fédéral en général (<ref-law>), mais qui ne peut en revanche pas l'être par la voie du recours constitutionnel subsidiaire. Ce grief est irrecevable.
4. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., le recourant se plaint de ce que le Tribunal administratif a omis de se prononcer sur le sort de ses indemnités. Il se plaint en réalité d'un déni de justice (art. 29 al. 1 Cst.) de la part du Tribunal administratif.
4.1 Toute personne a droit, dans une procédure judiciaire ou administrative, à ce que sa cause soit traitée équitablement et jugée dans un délai raisonnable (art. 29 al. 1 Cst.). Il y a déni de justice lorsque l'autorité ne statue pas sur ce qui lui a été dûment demandé alors qu'elle était tenue de le faire (<ref-ruling> consid. 3a p. 117 s.).
4.2 En l'espèce, le recourant a conclu en procédure devant le Tribunal cantonal à la nullité, subsidiairement à l'annulation de la décision du 16 décembre 2009. Après avoir rappelé, sous chiffre 30 de son mémoire de recours du 18 janvier 2010, que cette décision constatait que l'indemnité de protection civile s'élevait à 16 fr. par jour de service pour un capitaine, il a exposé, sous chiffre 31 du même mémoire, qu'il percevait des indemnités mensuelles de 890 fr. payées par la commune de B._ et a précisé sous chiffre 32 qu' "il va de soi que le recourant devra être maintenu dans son droit de percevoir des indemnités". Dans un courrier ultérieur du 29 juin 2010, il a encore demandé que le Tribunal administratif "requiert de la commune de B._ toute explication utile quant à l'origine de ces versements mensuels".
Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a jugé que la libération de service imposée au recourant respectait le droit fédéral et n'excédait pas le pouvoir d'appréciation de l'autorité qui l'avait prononcée. Il a par conséquent rejeté le recours et partant confirmé la décision du 16 décembre 2009.
4.3 Il est vrai que l'arrêt attaqué ne s'exprime en aucune manière sur les indemnités qui ont été évoquées par le recourant dans le mémoire de recours du 18 janvier 2010, en dernier lieu dans le sens qu' "il va de soi que le recourant devra être maintenu dans son droit de percevoir des indemnités" (mémoire de recours du 18 janvier 2010, ch. 32).
Le recourant ne démontre pas, conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law>, qu'en vertu de la jurisprudence relative à l'art. 29 al. 1 Cst. et du droit cantonal de procédure de recours, le Tribunal administratif était dûment saisi de conclusions relatives au montant de l'indemnité fixée à 16 fr. par jour de service. Tel n'est du reste pas le cas: Le chiffre 32 du mémoire de recours apparaît en effet comme la conséquence de la nullité voire de l'annulation faisant l'objet des conclusions formelles dudit mémoire de recours, au demeurant rédigé par un mandataire professionnel, et non pas comme une conclusion dont aurait dû se saisir le Tribunal administratif sous peine de déni de justice. Quant au courrier du 29 juin 2010, il peut tout au plus être compris comme une requête d'instruction qui n'avait pas d'objet du moment que le Tribunal administratif n'était pas saisi de conclusions en rapport direct avec cette dernière.
Dans ces conditions, en rejetant le recours sans se prononcer sur le montant des indemnités, le Tribunal administratif n'a pas commis de déni de justice. Il n'était a fortiori pas non plus tenu de motiver son silence sur ce point. Le grief de violation des garanties de l'art. 29 al. 1 et 2 Cst. est rejeté.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Il n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, à la Sécurité civile - Service de la protection civile, au Département de l'intérieur et de la mobilité et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 28 février 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey