Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 30. Januar 2007 befand das Obergericht des Kantons Thurgau X._ zweitinstanzlich der eventualvorsätzlichen schweren Körperverletzung (<ref-law>), der fahrlässigen Tötung (<ref-law>), der mehrfachen Gefährdung des Lebens (<ref-law>), der mehrfachen Nötigung (<ref-law>), der Körperverletzung (<ref-law>), der Tätlichkeit (<ref-law>), der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Art. 19 Ziff. 1 und <ref-law>) sowie der mehrfachen Widerhandlung gegen das Waffengesetz (Art. 33 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 27 f. WG) schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren (unter Anrechnung von 568 Tagen Untersuchungs- und Sicherheitshaft).
B. Mit Urteil 6B_806/2007 vom 13. Juni 2008 hiess die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts die von X._ erhobene Beschwerde teilweise gut, soweit es darauf eintrat, hob das angefochtene Urteil auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht des Kantons Thurgau zurück. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
Das Bundesgericht bestätigte dabei die Schuldsprüche (E. 3). Weiter erwog es, das Strafmass von vier Jahren erscheine "keineswegs als auffallend hoch" (E. 4.1). Hingegen betonte das Bundesgericht, Art. 117, 122, 123 Ziff. 1, 129 und 181 StGB sowie <ref-law> drohten Freiheitsstrafe und Geldstrafe, der Vergehenstatbestand von <ref-law> Gefängnis oder Busse und <ref-law> sowie <ref-law> Busse an (E. 4.2). X._ wende insoweit mit Recht ein, dass Bussen keine "gleichartigen Strafen" im Sinne von <ref-law> und daher gesondert neben einer Freiheitsstrafe auszusprechen seien. Ausserdem begründe die Vorinstanz nicht, weshalb sie bei den Straftaten, die alternativ mit Freiheitsstrafe oder Geldstrafe zu ahnden seien, auf eine Freiheitsstrafe erkenne. Die Strafzumessung erweise sich damit als bundesrechtswidrig. Bei der Neubeurteilung werde die Vorinstanz die Wahl der Strafart zu begründen, die Strafen entsprechend festzusetzen und jedenfalls für die beiden reinen Übertretungstatbestände (<ref-law> und <ref-law>) eine Busse auszufällen haben (E. 4.3).
C. Am 9. Dezember 2008 erklärte das Obergericht des Kantons Thurgau X._ erneut der eventualvorsätzlichen schweren Körperverletzung (<ref-law>), der fahrlässigen Tötung (<ref-law>), der mehrfachen Gefährdung des Lebens (<ref-law>), der mehrfachen Nötigung (<ref-law>), der Körperverletzung (<ref-law>), der Tätlichkeit (<ref-law>), der mehrfachen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz (Art. 19 Ziff. 1 und <ref-law>) sowie der mehrfachen Widerhandlung gegen das Waffengesetz (Art. 33 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 27 f. WG) schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von drei Jahren und elf Monaten (unter Anrechnung von 568 Tagen Untersuchungs- und Sicherheitshaft) sowie zu einer Busse von Fr. 1'500.--.
D. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, er sei in Abänderung des angefochtenen Urteils mit einer Geldstrafe von 330 bis 360 Tagessätzen à Fr. 50.--, einer Freiheitsstrafe von maximal 35 Monaten (unter Anrechnung von 568 Tagen Untersuchungs- und Sicherheitshaft) sowie einer Busse von Fr. 1'200.-- zu bestrafen. Die Geldstrafe sei bedingt und die Freiheitsstrafe im Ausmass von 18 Monaten teilbedingt zu vollziehen, je bei einer Probezeit von vier Jahren. Eventualiter sei die Sache zur Neuregelung der Strafen und ihres Vollzugs an die Vorinstanz zurückzuweisen.
E. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht des Kantons Thurgau stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.1 1.1.1 Der Beschwerdeführer bringt vorab vor, die Bussen für die beiden Übertretungen seien von der Vorinstanz in Verletzung von <ref-law> kumuliert, statt asperiert worden (Beschwerde S. 4).
1.1.2 Weiter macht der Beschwerdeführer geltend, sämtliche in Frage stehenden Verbrechens- und Vergehenstatbestände drohten wahlweise Freiheits- oder Geldstrafe und damit keine gleichartigen Strafen an. Es sei deshalb in einem ersten Schritt für jedes einzelne Delikt zu entscheiden, ob eine Freiheits- oder eine Geldstrafe sachgerecht sei. In einem zweiten Schritt seien die gewählten Strafen gleicher Art nach <ref-law> einerseits zu einer Gesamtfreiheitsstrafe und andererseits zu einer Gesamtgeldstrafe zu asperieren. Das Vorgehen der Vorinstanz, eine einzige Gesamtstrafe zu bilden, verletze somit <ref-law>, welcher die Wahl der Art der Strafe nicht regle.
Vorliegend seien die Verstösse gegen Art. 122 und <ref-law> mit einer Gesamtfreiheitsstrafe von maximal 35 Monaten abzugelten. Für die Schuldsprüche wegen <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law> und Art. 27 f. i.V.m. <ref-law> sei eine Gesamtgeldstrafe von 330 bis 360 Tagessätzen à Fr. 50.-- auszufällen. Die Freiheitsstrafe sei teilbedingt, die Geldstrafe bedingt zu vollziehen. Diese Aufspaltung in eine Gesamtfreiheits- und in eine Gesamtgeldstrafe sei zweck- und verhältnismässig (Beschwerde S. 4 ff.).
1.2 <ref-law> mit dem Randtitel "Konkurrenz" lautet wie folgt: Hat der Täter durch eine oder mehrere Handlungen die Voraussetzungen für mehrere gleichartige Strafen erfüllt, so verurteilt ihn das Gericht zu der Strafe der schwersten Straftat und erhöht sie angemessen. Es darf jedoch das Höchstmass der angedrohten Strafe nicht um mehr als die Hälfte erhöhen. Dabei ist es an das gesetzliche Höchstmass der Strafart gebunden.
<ref-law> verankert das so genannte Asperationsprinzip, wonach das Gericht bei der Festlegung der Sanktion von der schwersten Tat ausgehen und die für sie auszufällende Strafe angemessen zu erhöhen hat (Jürg-Beat Ackermann, Basler Kommentar StGB I, 2. Aufl. 2007, Art. 49 N. 8).
Das Asperationsprinzip kommt nur bei mehreren gleichartigen Strafarten zur Anwendung. Muss das Gericht einerseits für ein Vergehen eine Freiheits- oder Geldstrafe, andererseits für eine Übertretung eine Busse aussprechen, ist folglich <ref-law> nicht anwendbar. Übertretungen sind somit stets mit Busse zu ahnden, selbst wenn gleichzeitig eine Verurteilung wegen eines Vergehens oder eines Verbrechens erfolgt (Ackermann, a.a.O., Art. 49 N. 36 ff.).
1.3 Sind mehrere Übertretungen zu beurteilen, ist die Busse gestützt auf <ref-law> zu asperieren (vgl. <ref-law>; siehe auch Stefan Trechsel/Heidi Affolter-Eijsten, Schweizerisches Strafgesetzbuch Praxiskommentar 2008, Art. 49 N. 7).
Entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers lässt sich aus der Begründung im angefochtenen Urteil nicht folgern, dass die Vorinstanz bei der Festlegung der Bussenhöhe das Kumulations- statt das Asperationsprinzip angewendet hat. Vielmehr hat sie erwogen, dass kumulativ zur ausgesprochenen Freiheitsstrafe für die beiden Übertretungstatbestände (<ref-law> und <ref-law>) eine Busse auszufällen sei (angefochtenes Urteil S. 6). Das Wort "kumulativ" bezieht sich mit anderen Worten nicht auf die Berechnung der Busse, sondern auf das Nebeneinander von Freiheitsstrafe und Busse.
1.4 Die Vorinstanz hat auch kein Bundesrecht verletzt, indem sie für die Vergehens- und Verbrechenstatbestände eine Freiheitsstrafe von drei Jahren und elf Monaten als Gesamtstrafe ausgesprochen und keine Aufspaltung der Sanktion in eine Freiheits- und eine Geldstrafe vorgenommen hat:
1.4.1 Soweit Strafdrohungen teilweise deckungsgleich sind, das heisst beispielsweise ein Tatbestand, welcher einzig Freiheitsstrafe androht, mit einem Tatbestand, welcher Freiheits- oder Geldstrafe vorsieht, in Konkurrenz tritt, liegen noch immer gleichartige Strafen im Sinne von <ref-law> vor. In solchen Fällen steht es dem Gericht offen, einzig eine Freiheitsstrafe als Gesamtstrafe auszusprechen (vgl. Christian Schwarzenegger/Markus Hug/Daniel Jositsch, Strafrecht II, Strafen und Massnahmen, 8. Aufl. 2007, S. 87 f.).
Gleiches gilt für Fälle, in welchen konkurrierende Tatbestände alternativ unterschiedliche Strafarten androhen. Lautet - wie im vorliegenden Fall - die Strafdrohung bei den in Konkurrenz stehenden Tatbeständen jeweils auf Freiheits- oder Geldstrafe, ist das Gericht nicht verpflichtet, die Freiheits- mit der Geldstrafe zu kumulieren, sondern es kann eine (einzige) Gesamtstrafe ausfällen (Ackermann, a.a.O., Art. 49 N. 37; siehe zudem Thomas Hansjakob/Horst Schmitt/Jürg Sollberger, Kommentierte Textausgabe zum revidierten Strafgesetzbuch, 2004, S. 44 f.; vgl. zum bisherigen Recht ferner Urteil des Bundesgerichts 6S.24/2001 vom 23. Januar 2001 E. 2b; a.M. hingegen Günter Stratenwerth, Gesamtstrafenbildung nach neuem Recht; in: forumpoenale 6/2008, S. 356 - 361, S. 357). Entscheidend ist mithin, dass die Strafdrohungen wenigstens einen gemeinsamen Nenner aufweisen.
1.4.2 Sind mehrere Taten zu beurteilen, welche alternativ Freiheits- oder Geldstrafe androhen, ist in Anwendung des Asperationsprinzips von <ref-law> eine Gesamtstrafe zu bilden. Überschreitet diese Gesamtstrafe die Grenze von einem Jahr bzw. 360 Tagessätzen, so ist die Aussprechung einer Geldstrafe ausgeschlossen, und es ist in jedem Fall eine Freiheitsstrafe zu verhängen.
Diese Vorgehensweise steht in Einklang mit dem vom Gesetzgeber verabschiedeten Sanktionensystem (<ref-law>). Demgegenüber würde die vom Beschwerdeführer vorgeschlagene Lösung zu stossenden Ergebnissen führen. Würde nämlich, wie von ihm beantragt, die schuldangemessene Gesamtstrafe von drei Jahren und elf Monaten in eine Freiheitsstrafe von (maximal) zwei Jahren und elf Monaten und in eine Geldstrafe von (maximal) 360 Tagessätzen aufgeteilt und hierfür der teilbedingte respektive der bedingte Vollzug gewährt, käme dies einer nicht sachgerechten Bevorteilung des Mehrfachtäters gleich. Denn hierdurch würde bei Deliktskonkurrenz die Möglichkeit des teilbedingten Strafvollzugs, welche der Gesetzgeber ausdrücklich auf Freiheitsstrafen bis höchstens drei Jahre beschränkt hat (<ref-law>), im Ergebnis auf solche bis zu vier Jahren ausgedehnt, indem die Strafe in eine teilbedingte Freiheitsstrafe von drei Jahren (mit einem zu vollziehenden Teil von mindestens sechs Monaten [<ref-law>]) und in eine bedingte Geldstrafe von 360 Tagessätzen aufgespalten werden könnte.
Zusammenfassend hat die Vorinstanz somit <ref-law> nicht verletzt, indem sie eine Freiheitsstrafe von drei Jahren und elf Monaten und eine Busse von Fr. 1'500.-- ausgesprochen hat.
2. Die Beschwerde ist folglich abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Juli 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Stohner