Revision einer Genehmigungsverfügung, hat sich ergeben:
A.- Die A._ AG ist die Muttergesellschaft der C._ AG und der B._ AG. Mit Anschlussvereinbarung vom 17./22. September 1992 beauftragte die B._ AG die Stiftung Kaderkasse B._ Genossenschaft ............................... (im Folgenden: Kaderkasse B._) mit der Durchführung der beruflichen Vorsorge für ihre Kadermitarbeiter, und zwar rückwirkend auf den
1. Dezember 1990.
Am 21. Dezember 1993 schlossen die A._ AG und ihre Tochtergesellschaften B._ AG und C._ AG mit der I._-Interkantonale Gemeinschaftsstiftung für Personalvorsorge (im Folgenden: Interkantonale Gemeinschaftsstiftung) eine Anschlussvereinbarung "zur Errichtung einer Kaderkasse" ab. Danach übernahm die Interkantonale Gemeinschaftsstiftung als Sammelstiftung die Führung einer Vorsorgeeinrichtung für die Mitarbeiter der drei Gesellschaften "ab Stufe Prokuristen, welche am 30.12.1993 das
60. Altersjahr überschritten haben" (im Folgenden: Kaderkasse der A._ AG).
Am 22. Dezember 1993 überwies die B._ AG einen Betrag von Fr. 100'000.-- auf das Konto der Interkantonalen Gemeinschaftsstiftung, mit dem Vermerk "Als Arbeitgeberbeitragsreserve in Kaderkasse B._".
Mit Übernahmevertrag vom 12./14. Dezember 1994 übernahm die Interkantonale Gemeinschaftsstiftung von der Kaderkasse B._ im Sinne von <ref-law> Stiftungskapitalien in Höhe von Fr. 4'688'238. 50; darunter befand sich auch die von der B._ AG geleistete Arbeitgeberbeitragsreserve von Fr. 100'000.--. Die Interkantonale Gemeinschaftsstiftung verpflichtete sich im Übernahmevertrag, das übernommene Vermögen unter Beachtung des bisherigen Zwecks zu verwenden und die erworbenen Rechte der Destinatäre zu wahren.
Am 15. November 1995 verlangte die A._ AG gegenüber der Interkantonalen Gemeinschaftsstiftung die Auflösung der "I._ Kaderkasse der A._ AG", und zwar per Ende 1995.
B.- Am 9. Juli 1996 genehmigte das Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern (nachfolgend:
ASVS) u.a. den Übernahmevertrag vom 12./14. Dezember 1994, der ihm am 22. August 1995 von der Kaderkasse B._, noch vertreten durch den vormaligen Verwalter, D._, zur Genehmigung unterbreitet worden war. Dieser Entscheid wurde weder der A._ AG noch der B._ AG eröffnet.
Nach der Kündigung des Anschlussvertrages vom 21. Dezember 1993 erstellte die Interkantonale Gemeinschaftsstiftung einen Verteilungsplan, nach dem auch die Arbeitgeberbeitragsreserve von Fr. 100'000.-- zur Verteilung gelangen sollte, und zwar einzig an die vier inzwischen ausgeschiedenen Destinatäre der Kaderkasse der A._ AG. Die A._ AG sowie die B._ AG stellten sich dagegen auf den Standpunkt, die zulasten der Erfolgsrechnung der B._ AG gebildete Arbeitgeberbeitragsreserve von Fr. 100'000.-- dürfte nur aufgrund einer klaren Zustimmung der B._ AG so verwendet werden; eine solche Willensäusserung aber fehle. Die B._ AG verlangte in der Folge die Rückführung der Arbeitgeberbeitragsreserve in die Kaderkasse B._ sowie die Erstellung eines neuen Verteilungsplans.
Da betreffend die Rückführung der Arbeitgeberbeitragsreserve keine Einigung erzielt wurde, gelangte die B._ AG am 16. Februar 1998 an das Bundesamt für Sozialversicherung. Dieses verfügte zufolge Auflösung der Anschlussvereinbarung am 3. Februar 1999 die Liquidation der Kaderkasse der A._ AG mit ihren Tochterfirmen und genehmigte den Verteilungsplan per 31. Dezember 1995. Das Bundesamt hielt dabei fest, es stehe ihm nicht zu, den Vermögensabfluss der Kaderkasse B._ auf Rechtmässigkeit zu überprüfen, da diese Vorsorgeeinrichtung der Stiftungsaufsicht des Kantons Bern unterstehe; aus den ihm zur Verfügung stehenden Unterlagen gehe aber hervor, dass dieser Vorgang mit Kenntnis und Einverständnis sämtlicher Beteiligten erfolgt sei.
Gegen die Verfügung des Bundesamts vom 3. Februar 1999 gelangten die A._ AG und die B._ AG an die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (im Folgenden:
Beschwerdekommission) und verlangten den Widerruf der Genehmigung des Verteilungsplans sowie die Rückübertragung der Arbeitgeberbeitragsreserve von Fr. 100'000.-- an die Kaderkasse B._. Dieses Verfahren ist vor der Beschwerdekommission noch pendent.
C.- Nachdem die A._ AG und die B._ AG durch die Verfügung des Bundesamts für Sozialversicherung vom 3. Februar 1999 (soeben lit. B) am 22. Mai 1999 davon Kenntnis erhalten hatten, dass das ASVS die Übertragung der Arbeitgeberbeitragsreserve an die Kaderkasse der A._ AG bei der Interkantonalen Gemeinschaftsstiftung genehmigt hatte, wurde ihnen die Genehmigungsverfügung auf Verlangen am 17. Juni 1999 mitgeteilt. Hierauf reichten die A._ AG und die B._ AG am 21. Juni 1999 beim ASVS ein "Gesuch um Widerruf/Revision" ein. Sie beantragten den Widerruf der Genehmigung und die Rückübertragung der Arbeitgeberbeitragsreserve an die Kaderkasse B._ bzw.
deren Nachfolgekasse Sammelstiftung E._. Am 9. November 1999 erliess das ASVS eine "Neue Verfügung", mit der es das Revisionsgesuch - zufolge widersprüchlichen Verhaltens der Gesuchstellerinnen - abwies.
Diese erhoben dagegen am 8. Dezember 1999 Beschwerde bei der Beschwerdekommission, welche das Rechtsmittel mit Urteil vom 10. August 2001 abwies.
D.- Gegen diesen Entscheid haben die A._ AG und die B._ AG mit Eingabe vom 13. September 2001 Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht erhoben. Sie stellen - nebst dem Gesuch um aufschiebende Wirkung und um weitere Sistierung des vor der Beschwerdekommission hängigen und sistierten Verfahrens betreffend die Genehmigung des Verteilungsplans - den Hauptantrag, das Urteil der Beschwerdekommission vom 10. August 2001 aufzuheben und die Beschwerde vom 8. Dezember 1999 gutzuheissen, mit der sie die Aufhebung der Genehmigungsverfügung vom 9. Juli 1996 und den Widerruf der Übertragung der Arbeitgeberbeitragsreserve an die Interkantonale Gemeinschaftsstiftung verlangt hatten.
E.- Das ASVS beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Vorinstanz verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Mit Präsidialverfügung vom 5. Oktober 2001 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das vorliegende Verfahren wurde durch das Gesuch der Beschwerdeführerinnen vom 21. Juni 1999 an das ASVS um "Widerruf/Revision" der Verfügung vom 9. Juli 1996 eingeleitet.
Mit dieser Verfügung ist u.a. die Übertragung der von der Beschwerdeführerin 2 in die Kaderkasse B._ einbezahlten Arbeitgeberbeitragsreserve an die von der Interkantonalen Gemeinschaftsstiftung geführte Kaderkasse der A._ AG genehmigt worden. Das ASVS hat das Gesuch der Beschwerdeführerinnen vom 21. Juni 1999 als Revisionsbegehren entgegengenommen und abgewiesen. Im gleichen Sinn hat die Vorinstanz entschieden. Die Beschwerdeführerinnen sind durch den angefochtenen Entscheid - als an den Verfahren vor den Vorinstanzen Beteiligte - betroffen und haben ein schutzwürdiges Interesse daran, dass über die Zulässigkeit des Begehrens entschieden wird. Sie sind demzufolge nach Art. 103 lit. a OG zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert.
b) Die Einrichtungen der beruflichen Vorsorge unterliegen nach Art. 61 ff. des Bundesgesetzes vom 25. Juni 1982 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (BVG; SR 831. 40) der amtlichen Aufsicht. Nach Art. 62 Abs. 1 BVG wacht die Aufsichtsbehörde darüber, dass die Vorsorgeeinrichtungen die gesetzlichen Vorschriften einhalten.
Sie kann insbesondere Massnahmen zur Behebung von Mängeln treffen (lit. d). Die Entscheide der Aufsichtsbehörde unterliegen nach Art. 74 Abs. 2 lit. a BVG der Beschwerde an die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge.
Gegen deren Urteile ist nach Art. 74 Abs. 4 BVG die Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht zulässig.
Während für das Verfahren vor der Beschwerdekommission das Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren gilt (Art. 74 Abs. 2 BVG), richtet sich das Verfahren vor den kantonalen Aufsichtsbehörden grundsätzlich nach kantonalem Recht (vgl. Art. 97 Abs. 2 BVG), dessen Anwendung vorliegend lediglich auf Willkür hin überprüft werden kann.
Nach <ref-law> sind auf das Verfahren vor den kantonalen Aufsichtsbehörden allerdings u.a. auch die Art. 34 - 38 VwVG anwendbar (vgl. Hans Michael Riemer, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, S. 132). Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, dass ihnen die Genehmigungsverfügung nicht gehörig eröffnet worden sei. Sie berufen sich damit auf die vorliegend anwendbaren Art. 34 Abs. 1, Art. 35 Abs. 2 und <ref-law>, wonach eine Verfügung den Parteien schriftlich und mit Rechtsmittelbelehrung zu eröffnen ist, und wonach ihnen aus mangelhafter Eröffnung kein Nachteil erwachsen darf.
2.- a) In der Sache ist das Schicksal der von der Beschwerdeführerin 2 der Kaderkasse B._ geleisteten Arbeitgeberbeitragsreserve von Fr. 100'000.-- umstritten bzw. die Frage, ob diese Reserve gültig an die Kaderkasse der A._ AG bei der Interkantonalen Gemeinschaftsstiftung übertragen wurde. Unmittelbar geht es um die Frage, ob das ASVS auf seine diese Übertragung genehmigende Verfügung vom 9. Juli 1996 zurückkommen musste, wie dies die Beschwerdeführerinnen von ihm am 21. Juni 1999 verlangt hatten.
b) Der Arbeitgeber kann Beiträge an Personalfürsorgeeinrichtungen aus eigenen Mitteln oder aus Beitragsreserven der Personalfürsorgeeinrichtung erbringen, die von ihm hiefür vorgängig geäufnet und gesondert ausgewiesen worden sind (vgl. Art. 331 Abs. 3 2. Halbsatz OR; Riemer, a.a.O., S. 99). Da der Arbeitgeber die Beitragsreserve auf seine laufenden Beiträge anrechnen kann, kann er auch darüber mitbestimmen, wie die Vorsorgeeinrichtung über die Reserven verfügt, insbesondere, ob sie diese auf eine andere Vorsorgeeinrichtung übertragen darf. Da die Beschwerdeführerin 2 durch die Übertragung der Arbeitgeberbeitragsreserve an die Kaderkasse der A._ AG demnach unmittelbar betroffen war, hätte ihr der diese Übertragung genehmigende Entscheid der kantonalen Aufsichtsbehörde grundsätzlich eröffnet werden müssen (Art. 34 Abs. 1 und Art. 35 Abs. 2 VwVG; zum Parteibegriff <ref-law>).
Das ASVS scheint davon ausgegangen zu sein, die Übertragung der Arbeitgeberbeitragsreserve sei mit Wissen und Willen der Beschwerdeführerinnen geschehen (vgl. auch die Verfügung des ASVS vom 9. November 1999, E. 2). Der Übernahmevertrag war aber nur von der Kaderkasse unterzeichnet worden, nicht auch von der Beschwerdeführerin 2. Gewiss war der für die Kaderkasse B._ zeichnende F._ auch Delegierter der Verwaltungsräte beider Beschwerdeführerinnen.
Er war jedoch für diese nicht allein zeichnungsberechtigt und ausserdem an der Übertragung persönlich interessiert, weil er, zu den (wenigen) Destinatären gehörte.
Im Weiteren wurde der Übernahmevertrag vom 12./14.
Dezember 1994 erst Ende August 1995 zur Genehmigung eingereicht, und zwar vom ehemaligen Kassenverwalter, der nicht mehr im Amt stand und ebenfalls zum kleinen Kreis der Destinatäre zählte. Das ASVS hat zudem in anderem Zusammenhang (Vernehmlassung vom 11. Januar 2000 an die Beschwerdekommission) selber ausgeführt, die Reorganisation der beruflichen Vorsorge der Beschwerdeführerin 2 sei wegen internen Problemen "etwas chaotisch" verlaufen; zwischen altem und neuem Kader hätten interne Spannungen bestanden. Gerade weil über die Ausgestaltung der beruflichen Vorsorge der damals über 60-jährigen Versicherten offenbar keine Einigkeit herrschte und die übrigen Umstände nicht erlaubten, eine zweifelsfreie Willensbetätigung der Beschwerdeführerin 2 zur Übertragung und Verwendung der Arbeitgeberbeitragsreserve anzunehmen, hätte das ASVS aber nicht einfach davon ausgehen dürfen, die Beschwerdeführerin 2 sei über den Übernahmevertrag hinreichend im Bild gewesen und habe rechtsgültig zugestimmt, weshalb ihr die Genehmigungsverfügung nicht eigens zur Kenntnis gebracht zu werden brauche. Das ASVS hätte ihr seinen Entscheid vielmehr gemäss Art. 34 f. VWVG eröffnen müssen, um ihr den Rechtsmittelweg zu öffnen für den Fall, dass seine Sachverhaltsannahmen nicht zutrafen.
Da eine solche Eröffnung unterblieben ist, konnte die Genehmigungsverfügung gegenüber der Beschwerdeführerin 2 nicht in Rechtskraft erwachsen (so genannte hinkende Rechtskraft, vgl. dazu Merkli/Aeschlimann/Herzog, Kommentar zum Gesetz vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Bern, N 5 zu Art. 41 VRPG sowie N 3 zu Art. 114 VRPG; Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, Bern 1983, S. 51; ZBl 85/1984 S. 426 f.; vgl. auch <ref-law> und dazu <ref-ruling> E. 8b S. 238). Das bedeutet, dass sie befugt war, den Genehmigungsentscheid auch noch nachträglich anzufechten.
c) Nach dem auf das Verfahren vor der kantonalen BVG-Aufsichtsbehörde primär anwendbaren kantonalen Verfahrensrecht (oben E. 1b), nämlich nach Art. 29 Abs. 1 der hiefür gültigen Verordnung vom 10. November 1993 betreffend die Aufsicht über die Stiftungen und die Vorsorgeeinrichtungen (Stiftungsverordnung; StiV, BGS 212. 223.1), kann von den Betroffenen gegen Verfügungen des ASVS betreffend die Aufsicht über Personalfürsorgestiftungen und Vorsorgeeinrichtungen Einsprache erhoben werden. Da die Genehmigungsverfügung vom 9. Juli 1996 der Beschwerdeführerin 2 erst am 22. Mai 1999 bzw. - im Wortlaut - am 17. Juni 1999 zur Kenntnis gelangt ist, konnte diese dagegen innert der dafür gültigen Frist nachträglich noch Einsprache erheben. Von dieser Möglichkeit hat die Beschwerdeführerin Gebrauch gemacht, hat sie dem ASVS doch mit ihrem "Gesuch um Widerruf/Revision" vom 21. Juni 1999 unmissverständlich mitgeteilt, dass sie mit der beabsichtigten Verwendung der Arbeitgeberbeitragsreserve nicht einverstanden war und eine Neubeurteilung verlange. Die Eingabe vom 21. Juni 1999 war damit als rechtzeitige Einsprache (Art. 54 VRPG/BE) gegen die Genehmigungsverfügung entgegenzunehmen und im ordentlichen Verfahren zu behandeln (Art. 55 VRPG/BE). Das ist indessen unterblieben. Das ASVS hat am 9. November 1999 zwar eine neue Verfügung erlassen; doch hat es die Eingabe vom 21. Juni 1999 nur unter Revisionsgesichtspunkten geprüft.
Die Frage, ob die Revisionsvoraussetzungen erfüllt waren bzw. ob der Revisionsanspruch verwirkt sei, stellte sich aber gar nicht, da ja eine rechtzeitige nachträgliche Einsprache erhoben worden war. Damit hatte die Beschwerdeführerin 2 einen Anspruch auf materielle Prüfung (Art. 55 VRPG/BE; Merkli/Aeschlimann/Herzog, a.a.O., N 1, 2 und 6 zu Art. 55 VRPG). Weder das ASVS noch die Vorinstanz haben aber die Eingabe der Beschwerdeführerinnen materiell geprüft.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Beschwerdeführerin 2 ist bereits aus diesem Grund gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben, und die Sache ist zum materiellen Entscheid über die Einsprache an das ASVS zurückzuweisen.
d) Das ASVS wird zu prüfen haben, ob nach den gesamten Umständen überhaupt eine Zustimmung der Beschwerdeführerin zur Übertragung der Arbeitgeberbeitragsreserve an die Kaderkasse der A._ AG bei der Interkantonalen Gemeinschaftsstiftung bzw. zum Übernahmevertrag vom 12./14.
Dezember 1994 vorgelegen hat. Falls eine solche zu bejahen ist, wird zu prüfen sein, ob die Beschwerdeführerin 2 diese Zustimmung widerrufen durfte und widerrufen hat. Dabei ist mit einzubeziehen, dass ihr vor Eintritt der Rechtskraft des amtlichen Genehmigungsentscheides ein Zurückkommen auf ihre (allfällige) Zustimmung zur Übertragung der Arbeitgeberbeitragsreserve an eine andere Personalfürsorgeeinrichtung jedenfalls unter bestimmten qualifizierten Voraussetzungen möglich sein muss, so wenn die Übertragung der Arbeitgeberbeitragsreserve nicht unter Einhaltung der an die Verwendung gestellten Bedingungen erfolgt sein sollte (namentlich in Bezug auf den Destinatärkreis, der unter umstrittenen Umständen auf die zu Beginn des Jahres 1994 über 60-Jährigen beschränkt wurde), oder wenn sich die Beschwerdeführerin 2 in einem wesentlichen Irrtum befunden haben sollte. Wenn sich ergeben sollte, dass es an einer gültigen Zustimmung gefehlt hat oder dass auf die Zustimmung zurückgekommen werden konnte bzw. kann, so wäre die Genehmigung aufzuheben bzw. zu verweigern. Es wird auch die Frage zu prüfen sein, inwiefern die A._ AG in der Sache überhaupt legitimiert ist, da es einzig um die von der Beschwerdeführerin 2 geleistete Arbeitgeberbeitragsreserve geht.
3.- Die Beschwerde erweist sich damit jedenfalls hinsichtlich der Beschwerdeführerin 2 als begründet. Da die Beschwerdeführerinnen aber durch Handlungen ihrer früheren Organe massgeblich dazu beigetragen haben, dass bei den Behörden der Anschein erweckt wurde, sie hätten der Übertragung der Arbeitgeberbeitragsreserve endgültig zugestimmt, rechtfertigt es sich, ihnen trotz Obsiegens die Verfahrenskosten - auch für das Verfahren vor der Beschwerdekommission - aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 6 sowie Art. 157 OG) und ihnen keine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, Ziff. 1 des Entscheids der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 10. August 2001 wird aufgehoben, und die Sache wird zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an das Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern zurückgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird unter solidarischer Haftbarkeit den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3.- Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, dem Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern, der Eidgenössischen Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge sowie dem Bundesamt für Sozialversicherung schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 19. Dezember 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: