Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. B._ ha promosso una serie di procedure (adozione di provvedimenti supercautelari, azione possessoria e istanza di sfratto) innanzi al Pretore del distretto di Lugano avv. Claudia Canonica Minesso nei confronti dell'avv. A._ concernenti l'appartamento/ufficio oggetto di un contratto di sublocazione fra le parti. Dopo aver rivolto al Pretore una serie di epiteti e rimproveri durante l'udienza tenutasi il 21 ottobre 2010, A._ ha chiesto al Tribunale di appello del Cantone Ticino la ricusa di tale giudice con istanza 21-27 ottobre 2010.
2. Il 28 marzo 2011 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto, nella misura in cui è ricevibile, la predetta domanda di ricusa. La Corte cantonale ha in sostanza ritenuto che i motivi fatti valere dall'istante sono unicamente fondati su sue impressioni soggettive, senza che vi siano elementi oggettivi da cui può essere dedotto che il Pretore abbia violato in modo grave i suoi doveri o sia incorso in atteggiamenti di parzialità.
3. A._ è insorta con allegato 20 maggio 2011 al Tribunale federale a cui chiede, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, di annullare la decisione della Corte cantonale, di accogliere la domanda di ricusa e di ritornare gli atti alla Pretura affinché la procedura continui con un Pretore diverso.
Con scritto 1° giugno 2011 la Corte cantonale si è rimessa al giudizio di questo Tribunale, mentre con lettera 3 giugno 2011 il Pretore ha proposto la reiezione del ricorso.
4. Pur intitolando il suo allegato ricorso in materia civile e ricorso sussidiario in materia costituzionale, la ricorrente non opera alcuna suddivisione del suo scritto nei due rimedi. Nelle pagine dedicate ai requisiti formali dell'impugnativa, la ricorrente si limita a menzionare norme attinenti al ricorso in materia civile. In queste circostanze si può ritenere che l'intestazione del rimedio sia dovuta ad un manifesto errore e che la ricorrente abbia in realtà unicamente voluto introdurre un ricorso in materia civile.
5. Il Tribunale federale esamina d'ufficio il diritto federale (<ref-law>). Nondimeno, secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, l'atto ricorsuale deve contenere le conclusioni della parte ricorrente e i motivi su cui esse si fondano. Occorre spiegare in maniera concisa perché l'atto impugnato viola il diritto. La motivazione dev'essere riferita all'oggetto del litigio, in modo che si capisca perché e su quali punti la decisione contestata è impugnata (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.3). Quando viene fatta valere la violazione di diritti fondamentali le esigenze di motivazione sono più severe: giusta l'<ref-law> il Tribunale federale esamina simili censure soltanto se il ricorrente le solleva e motiva in modo circostanziato (<ref-ruling> consid. 2.5). Per lamentare con un'ammissibile censura la violazione del divieto dell'arbitrio non è segnatamente sufficiente formulare una critica meramente appellatoria (<ref-ruling> consid. 2.8).
Nella fattispecie emerge immediatamente che la maggior parte del prolisso ricorso non soddisfa i predetti requisiti di motivazione: per diverse decine di pagine la ricorrente si è infatti limitata a riprendere - perlopiù testualmente - la domanda di ricusa formulata nella sede cantonale, cambiando talvolta alcune intestazioni e aggiungendo - raramente - qua e là qualche frase di carattere esclusivamente appellatorio. Qui di seguito verranno quindi esaminate quelle due argomentazioni ricorsuali che esulano dalla predetta inammissibile motivazione.
6. La ricorrente lamenta una composizione errata dell'Autorità che ha emanato la decisione impugnata, perché ritiene che quest'ultima sia unicamente stata pronunciata "dal Presidente della Camera dei ricorsi penali" (recte: della II Camera civile) e dal suo segretario (vicecancelliere) che l'hanno firmata.
Giova innanzi tutto precisare che, come risulta letteralmente al termine del giudizio impugnato, la presidente e il segretario hanno firmato la sentenza cantonale "Per la seconda Camera civile del Tribunale di appello" e - come peraltro sembra pure riconoscere la ricorrente medesima - all'inizio della sentenza è stata indicata, sotto il titolo "La seconda Camera civile del Tribunale di appello", la regolare composizione di tre giudici di tale Corte. Non si vede poi né la ricorrente spiega perché la decisione impugnata non sarebbe stata pronunciata dai tre giudici indicati sulla sua prima pagina. Poiché la ricorrente non indica una qualsiasi norma o principio giuridico - violati dalla Corte cantonale - da cui potrebbe essere dedotto che tutti i giudici che partecipano all'emanazione della sentenza debbano apporre in calce alla stessa la loro firma, pure questa censura si appalesa inammissibile.
7. La ricorrente ritiene poi che la decisione della Corte cantonale debba essere annullata a causa di quella che definisce una violazione del principio di doppia istanza (<ref-law>), perché la Corte cantonale, che ha emanato la decisione impugnata, ha giudicato in prima istanza senza indicare nei rimedi di diritto la possibilità di impugnare la sua decisione mediante reclamo alla I Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino.
Nella fattispecie, essendo la decisione impugnata stata emanata dopo l'entrata in vigore del CPC, il dubbio che un ricorrente debba sottoporla ad un'altra istanza cantonale prima di poterla impugnare al Tribunale federale è legittimo. Infatti, come rilevato nel ricorso, l'<ref-law> indica che alle impugnazioni si applica il diritto in vigore al momento della comunicazione della decisione. Secondo parte della dottrina però (DENIS TAPPY, Le droit transitoire applicable lors de l'introduction de la nouvelle procédure civile unifiée, JdT 2010 III 36; FREY/ WILLISEGGER, Commento basilese, Schweizerische Zivilprozessordung, 2010, n. 7 ad <ref-law>) tale norma si applicherebbe unicamente alle decisioni finali e non anche a quelle incidentali, come lo è quella qui impugnata. In concreto tuttavia la questione non dev'essere risolta, atteso che nemmeno la ricorrente ha saputo indicare una qualsiasi disposizione - violata dalla Corte cantonale - che sanzionerebbe un'errata indicazione dei rimedi di diritto con l'annullamento della decisione che la contiene.
8. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela interamente inammissibile. Con l'evasione dell'impugnativa la domanda di effetto sospensivo è divenuta caduca. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>), mentre non si giustifica assegnare ripetibili all'opponente, che non essendo stata invitata a determinarsi, non è incorsa in spese per la sede federale.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Pretore del distretto di Lugano e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.