Faits:
A. La société anonyme X._ SA (ci-après: la Société ou la recourante), dont le siège se trouve à Y._ (GE), est propriétaire de plusieurs parcelles sises sur le territoire de la commune de Z._. Entre 2004 et 2006, elle a obtenu l'autorisation de construire sur celles-ci plusieurs bâtiments locatifs désignés par les lettres A, E, F, G, I et J.
B. Le 19 avril 2005, la commune de Z._ a arrêté à 58'854 fr. 50 la taxe provisoire de raccordement au réseau des eaux usées pour le bâtiment A. Ce montant correspondait à 1,1 % de la valeur cadastrale provisoire, plus la TVA. Le montant définitif serait fixé une fois que la valeur cadastrale aurait été définitivement arrêtée.
La Société a contesté le taux de 1,1 % en faisant valoir qu'elle avait dû mettre en place un système permettant de "réinjecter dans le terrain" les eaux pluviales, ce qui lui avait occasionné des coûts de près de 100'000 fr. pour le seul bâtiment A. La taxe ne portait donc que sur les eaux usées, de sorte que la tarification devait être revue. La commune de Z._ n'a pas accédé à cette demande, tout en renonçant à percevoir immédiatement la taxe provisoire.
Le 21 mai 2007, la commune de Z._ a fixé la taxe de raccordement définitive des bâtiments A et E à 61'425 fr. 90 pour chacun. Elle a en outre arrêté les taxes provisoires des autres bâtiments.
A l'encontre de ces prononcés, la Société a recouru au Conseil d'Etat du canton du Valais, qui l'a déboutée par décision du 23 janvier 2008.
La Société a déféré cette décision au Tribunal cantonal du canton du Valais, en concluant principalement à son annulation et à ce que la taxe de raccordement des immeubles A, E, F, G, I et J n'excède pas 0,6 % de la valeur cadastrale définitive.
Par arrêt du 11 juillet 2008, le Tribunal cantonal a admis partiellement le recours en ce qui concernait les taxes de raccordement des immeubles F, G, I et J. S'agissant de celles des immeubles A et E, les juges cantonaux ont rejeté le recours en rendant un arrêt incitatif. Ils ont considéré que, pour ces immeubles, prélever une taxe de raccordement de 1,1 %, sans faire de distinction entre le propriétaire qui n'évacue que ses eaux usées dans les canalisations publiques et celui qui y déverse également les eaux claires, est contraire aux principes de la causalité et de l'égalité de traitement. Un montant additionnel devrait être exigé en cas de déversement d'eaux claires, ce qui n'était toutefois pas prévu par le droit communal. Les juges ont cependant estimé que la fixation de la taxe litigieuse à 0,6 % de la valeur cadastrale, comme le demandait la recourante, risquerait de créer d'autres inégalités de traitement et exposerait la commune à une insuffisance de ressources. Dans ces circonstances, le Tribunal cantonal a jugé qu'il n'était pas en mesure d'arrêter lui-même une réglementation particulière valable jusqu'à ce que le législateur communal y ait pourvu. Il a donc invité celui-ci à modifier la législation, afin de créer la base légale nécessaire à la perception d'une taxe additionnelle.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler l'arrêt du 11 juillet 2008 en tant qu'il concerne les immeubles A et E et, principalement, de fixer la taxe de raccordement y relative à 0,6 % de la valeur cadastrale au maximum; à titre subsidiaire, elle conclut à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité de première instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants. A titre préalable, elle demande que son recours soit doté de l'effet suspensif.
L'autorité précédente et le Conseil d'Etat ont renoncé à se déterminer sur les conclusions du recours et la requête d'effet suspensif. La commune de Z._ conclut à l'admission de la requête d'effet suspensif et au rejet du recours.
Par ordonnance du 16 octobre 2008, le Président de la IIe Cour de droit public du Tribunal de céans a admis la requête d'effet suspensif.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par une partie directement touchée par la décision et qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (cf. art. 89 al. 1 LTF), le recours est dirigé contre un jugement final (cf. art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (cf. art. 82 lettre a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 lettre d LTF). Il est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai - compte tenu des féries - et la forme prévus par la loi (cf. art. 42, 46 al. 1 lettre b et 100 al. 1 LTF) et que l'on ne se trouve pas dans l'un des cas d'exceptions mentionnés par l'art. 83 LTF.
1.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), c'est-à-dire, pour l'essentiel, que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst., doit démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation.
1.3 Sous réserve de cas non réalisés en l'espèce (cf. art. 95 lettres c et d LTF), le Tribunal fédéral ne revoit pas le droit cantonal en tant que tel, à moins que son application se révèle contraire au droit fédéral, qui comprend le droit constitutionnel (art. 95 lettre a LTF). Par conséquent, une application arbitraire du droit cantonal, contraire à l'art. 9 Cst., constitue un motif de recours pouvant être invoqué (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 466; <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 251/252). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois pas cette question d'office, mais uniquement si le grief est soulevé et dûment motivé par le recourant (art. 106 al. 2 LTF).
2. 2.1 Sous le titre "Principe de causalité", l'art. 3a de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20) dispose que celui qui est à l'origine d'une mesure prescrite par cette loi en supporte les frais.
Intitulé "Evacuation des eaux", l'art. 7 LEaux prescrit que les eaux polluées doivent en principe être traitées (al. 1). Les eaux non polluées doivent généralement être évacuées par infiltration; si les conditions locales ne le permettent pas, elles peuvent, avec l'autorisation du canton, être déversées dans des eaux superficielles (al. 2).
Les eaux polluées qui sont produites dans le périmètre des égouts publics - lequel englobe notamment les zones à bâtir - doivent être déversées dans les égouts (art. 11 al. 1 et al. 2 lettre a LEaux).
S'agissant du financement des installations d'évacuation et d'épuration des eaux, l'art. 60a LEaux prescrit ce qui suit:
"1 Les cantons veillent à ce que les coûts de construction, d'exploitation, d'entretien, d'assainissement et de remplacement des installations d'évacuation et d'épuration des eaux concourant à l'exécution de tâches publiques soient mis, par l'intermédiaire d'émoluments ou d'autres taxes, à la charge de ceux qui sont à l'origine de la production d'eaux usées. Le montant des taxes est fixé en particulier en fonction:
a. du type et de la quantité d'eaux usées produites;
b. des amortissements nécessaires pour maintenir la valeur du capital de ces installations;
c. des intérêts;
d. des investissements planifiés pour l'entretien, l'assainissement et le remplacement de ces installations, pour leur adaptation à des exigen- ces légales ou pour des améliorations relatives à leur exploitation.
2 Si l'instauration de taxes couvrant les coûts et conformes au principe de causalité devait compromettre l'élimination des eaux usées selon les principes de la protection de l'environnement, d'autres modes de financement peuvent être introduits.
3 Les détenteurs d'installations d'évacuation et d'épuration des eaux constituent les provisions nécessaires.
4 Les bases de calcul qui servent à fixer le montant des taxes sont accessibles au public."
2.2 Aux termes de l'art. 14 de la loi valaisanne du 16 novembre 1978 concernant l'application de la loi fédérale sur la protection des eaux contre la pollution (LALPEP; RS/VS 814.2), les communes peuvent prélever des contributions et des taxes pour assurer le financement de la construction et de l'exploitation des réseaux d'égouts et des stations d'épuration d'eaux usées. Elles peuvent notamment percevoir une taxe unique de raccordement exigible au moment de l'établissement du raccordement de l'égout privé au réseau public ainsi qu'une taxe annuelle d'utilisation des canalisations, exigible de tous les propriétaires d'immeubles raccordés au réseau d'égouts publics (art. 15 lettres b et c LALPEP). Les communes sont tenues d'édicter un règlement et/ou des directives portant notamment sur l'exploitation des réseaux d'égouts et l'épuration des eaux (art. 19 LALPEP).
2.3 Le 11 octobre 1993, le Conseil général de la commune de Z._ a adopté un règlement relatif à la taxe de raccordement au réseau d'égouts (ci-après: le règlement communal sur la taxe de raccordement). Sous le titre "Obligations", l'art. 2 de ce règlement a la teneur suivante:
"Tous les bâtiments, notamment les villas, chalets, immeubles locatifs et commerciaux, les constructions artisanales, les bureaux, les halles industrielles, qui sont raccordés au réseau des eaux usées ou au réseau des eaux de surface, directement ou indirectement, sont soumis à une taxe de raccordement".
Intitulé "Détermination de la taxe", l'art. 3 du règlement dispose que "la taxe de raccordement des bâtiments est déterminée sur la base de 1,1 % de la valeur cadastrale des immeubles". La taxe est due par le bénéficiaire de l'autorisation de construire, solidairement avec le propriétaire du fonds (art. 5). Une facture provisoire de raccordement est notifiée au débiteur dès le début des travaux; le décompte définitif intervient dès l'établissement de la taxe cadastrale ou de la valeur d'investissement (art. 6).
2.4 Le 13 mai 2002, le Conseil général de la commune de Z._ a adopté un règlement sur l'évacuation et l'épuration des eaux. Ce règlement prescrit, dans le périmètre du réseau d'égouts, le raccordement à la station d'épuration centrale, s'agissant des eaux polluées (art. 4 ch. 1). Les eaux claires - dont font notamment partie les eaux pluviales (art. 4 ch. 3) - doivent en principe être évacuées par infiltration (art. 4 ch. 4); si toutefois les conditions locales ne le permettent pas, ces eaux peuvent, avec l'accord de la commune, être évacuées via les équipements publics ou privés (art. 4 ch. 5).
3. 3.1 La recourante reproche à l'autorité précédente d'avoir nié une violation du principe de la couverture des frais sur la base d'un examen prima facie des extraits de comptes produits par l'intimée. Selon elle, il ressort en effet de ces comptes que les charges et les produits s'élevaient respectivement, pour l'année 2006, à 439'920 fr. 60 et 468'309 fr. 80 ainsi que, pour l'année 2007, à 255'348 fr. 25 et 411'526 fr. 60. Les comptes produits démontreraient donc l'existence d'un bénéfice et même d'un bénéfice important pour 2007 (à savoir 156'178 fr. 35). L'affirmation de l'autorité précédente selon laquelle la taxe litigieuse respecterait le principe de la couverture des frais reposerait ainsi sur une constatation des faits manifestement inexacte, qu'il conviendrait de corriger.
3.2 Dans la mesure où l'on peut déduire de la décision entreprise une double motivation, le grief de la recourante est irrecevable, dès lors que celle-ci ne s'en prend qu'à un pan de l'argumentation cantonale (cf. <ref-ruling> consid. 1.6 p. 189). Au demeurant, le grief est infondé. En effet, dans sa détermination, l'intimée relève que les chiffres avancés par la recourante sont tirés de ses comptes d'investissement, alors qu'il convient de se fonder sur ses comptes de fonctionnement. Les taxes de raccordement - dont le produit est par nature très variable (à titre de comparaison, il était de 139'053 fr. en 2001 et de 411'536 fr. 60 en 2007) - sont certes enregistrées dans les comptes d'investissement. La différence entre les dépenses d'investissement pour l'assainissement des eaux usées et le produit des taxes de raccordement constitue l'investissement annuel net, à partir duquel est calculé l'amortissement comptable annuel. C'est ce dernier qui apparaît dans les comptes de fonctionnement (sous la rubrique 710.331.00 "Amortissements du réseau"). Or, les comptes de fonctionnement sont équilibrés: sous la rubrique 71 "Assainissement des eaux usées" figurent des charges et des revenus de 1'725'038 fr. 50 pour 2006 et de 1'737'452 fr. 10 pour 2007.
Il ressort de ces explications comptables que les comptes 2006 et 2007 étaient équilibrés et non bénéficiaires comme le soutient la recourante. L'autorité précédente ne s'est donc pas fondée sur une constatation des faits manifestement inexacte, lorsqu'elle a nié toute violation du principe de la couverture des frais.
4. 4.1 La recourante reproche à l'autorité précédente d'être tombée dans l'arbitraire en interprétant le règlement communal sur la taxe de raccordement en ce sens que le fait qu'un immeuble soit raccordé à l'un ou à l'autre des deux réseaux (respectivement des eaux usées et des eaux de surface) entraîne dans tous les cas la seule et même conséquence qu'est l'assujettissement à la taxe de raccordement au taux unique de 1,1 %. De l'avis de la recourante, il s'agit plutôt d'un taux maximal applicable en cas de raccordement aux deux réseaux, alors qu'en cas de raccordement à l'un des deux seulement, la taxe devrait être réduite de moitié et calculée selon un taux de l'ordre de 0,55 à 0,6 % de la valeur cadastrale.
4.2 La loi s'interprète en premier lieu d'après sa lettre (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 277 et les références). En l'espèce, l'art. 3 du règlement communal en question ne fait pas de distinction selon le ou les réseau(x) au(x)quel(s) le bâtiment a été raccordé. On ne voit donc manifestement pas en quoi l'application littérale que l'autorité précédente a faite de cette disposition pourrait être qualifiée d'arbitraire (sur cette notion, cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 133 et les références).
5. Une autre question est de savoir si l'art. 3 du règlement communal sur la taxe de raccordement est en lui-même contraire au droit constitutionnel et notamment au principe d'égalité. L'autorité précédente a retenu que cette disposition porte atteinte aux principes de la causalité et de l'égalité de traitement, dans la mesure où elle prévoit un taux unique de 1,1 % de la valeur cadastrale, sans distinguer selon que le propriétaire n'évacue que ses eaux usées dans les canalisations publiques ou également ses eaux claires. Dans son mémoire de recours devant le Tribunal de céans, la recourante ne revient pas sur ces violations qui ne sont, il est vrai, pas contestées par l'intimée (voir la détermination de cette dernière, p. 6 en haut et p. 7 avant dernier par.). Ce point ne sera donc pas revu.
6. En revanche, la recourante reproche à l'autorité précédente, sous l'angle de l'arbitraire, de n'avoir pas tiré les conséquences de ces violations et d'avoir rejeté son recours en rendant un arrêt incitatif.
6.1 En principe, lors d'un contrôle concret, le juge constitutionnel ne peut appliquer une loi qu'il a reconnue comme non conforme à la Constitution et doit ainsi annuler la décision attaquée (<ref-ruling> consid. II/3a p. 212; <ref-ruling> consid. 2c p. 313 et les références). Il peut cependant, dans certains cas, constater l'inconstitutionnalité de la décision entreprise mais renoncer à l'annuler et rejeter le recours, le cas échéant dans le sens des considérants (<ref-ruling> consid. 6 p. 26/27 s'agissant d'un contrôle abstrait; s'agissant d'un contrôle concret, cf. arrêt 2P.181/2006 du 28 novembre 2006, SJ 2007 I p. 393, consid. 2.4; arrêt 2P.380/1996 du 28 janvier 1998, RDAF 1999 I p. 620, DEP 1998 p. 739, consid. 3a). Une telle décision est usuellement nommée "Appellentscheid" (décision incitative), car elle comporte un appel plus ou moins précis et directif à l'égard du législateur afin qu'il élabore une réglementation conforme à la Constitution (Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2e éd., 1994, p. 403). Une décision incitative a ainsi pour conséquence, d'une part, de maintenir une décision viciée et de débouter un recourant qui sur le fond pourrait être suivi et, d'autre part, de légitimer les autorités à continuer à appliquer, au moins temporairement, une norme reconnue comme n'étant pas conforme à la Constitution jusqu'à ce que le législateur adopte une nouvelle réglementation (cf. Andreas Auer, L'effet des décisions d'inconstitutionnalité du Tribunal fédéral, PJA 5/92 p. 559 ss, 564 n. 23). Aussi une décision incitative ne peut-elle être admise qu'exceptionnellement et pour de justes motifs (cf. arrêt 1C_390/2007 du 22 octobre 2008 consid. 6.2). Tel est le cas lorsque l'abandon de la norme jugée inconstitutionnelle n'entraînerait pas seulement un manque relativement insignifiant, mais un véritable vide juridique (cf. <ref-ruling> consid. 3c p. 61). Il en va de même lorsque, en raison de l'annulation de la norme en cause, la collectivité risquerait de subir un préjudice excessif car, par exemple, toute une réglementation serait bouleversée, une tâche publique importante ne pourrait provisoirement plus être accomplie - du moins plus de façon satisfaisante - ou une règle antérieure également inconstitutionnelle serait remise en vigueur. Un autre critère autorisant le prononcé d'une décision incitative est le fait que le juge ne puisse pas, dans le cadre de ses compétences, remplacer la norme défectueuse par une réglementation particulière valable jusqu'à ce que le législateur ait agi. La prise d'une telle décision est en outre d'autant plus admissible que l'atteinte portée par la norme en question à l'ordre constitutionnel est de moindre gravité (cf. arrêt 2P.181/2006, précité, consid. 2.4; arrêt 2P.96/1997 du 13 novembre 1997, RDAF 1998 II p. 148, RF 53/1998 p. 420, consid. 3b/aa et la jurisprudence citée).
Ces principes peuvent être mis en oeuvre non seulement par le Tribunal fédéral, mais aussi par les tribunaux cantonaux s'agissant de droit cantonal (cf. p. ex. arrêt 2P.96/1997, précité et arrêt P.1020/1986 du 10 octobre 1986, ZBl 88/1987 p. 306).
6.2 La recourante conteste que les conditions qui permettent selon la jurisprudence précitée de rendre une décision incitative soient remplies. De son point de vue, on ne verrait pas comment la non-application dans le cas particulier de l'art. 3 du règlement communal sur la taxe de raccordement - qui fixe la taxe de raccordement à 1,1 % de la valeur cadastrale - pourrait entraîner une inégalité de traitement au détriment d'autres contribuables, comme l'ont retenu les juges cantonaux; cette disposition se limitant à fixer le taux de la contribution, ne pas l'appliquer ne créerait pas un vide juridique; au vu du bénéfice réalisé par l'intimée en 2007, cela ne la priverait pas des ressources nécessaires, ce d'autant que le taux de 0,6 % qu'elle préconise serait "parfaitement viable". Dans ces conditions, l'intérêt privé de la recourante l'emporterait sur l'intérêt public au maintien de la décision attaquée, de sorte que l'autorité précédente aurait dû soit réformer la décision du Conseil d'Etat du 23 janvier 2008 et calculer les taxes litigieuses au taux de 0,6 % de la valeur cadastrale, soit les annuler purement et simplement, "en incitant l'autorité communale à rendre des décisions provisoires (p. ex. au taux de 0,6 %) dans l'attente d'une modification de [la] réglementation".
6.3 L'art. 4 ch. 4 du règlement communal sur l'évacuation et l'épuration des eaux prescrit que les eaux claires soient en principe évacuées par infiltration (conformément à l'art. 7 al. 2 LEaux). Lorsque les conditions locales ne le permettent pas, l'évacuation de ces eaux peut se faire via les équipements publics ou privés, moyennant autorisation de la commune (art. 4 ch. 5 du règlement en question).
Selon l'autorité précédente, le fait que l'art. 3 du règlement communal sur la taxe de raccordement prévoit un taux unique de 1,1 %, sans distinguer selon que le propriétaire n'évacue que ses eaux usées dans les canalisations publiques ou aussi ses eaux claires, porte atteinte aux principes de la causalité et de l'égalité, ce qui n'est pas contesté (cf. consid. 5 ci-dessus). Or, au vu des dispositions précitées, la situation où un propriétaire déverse également ses eaux claires dans les égouts publics devrait être exceptionnelle. La recourante n'a du reste pas allégué et encore moins démontré qu'un tel cas se serait déjà produit.
Il découle de ce qui précède, d'une part, que l'inégalité de traitement dont la recourante pourrait être victime par rapport à des propriétaires qui déverseraient leurs eaux claires avec leurs eaux usées dans le réseau public, paraît être en l'état seulement virtuelle. D'autre part, en raison du caractère exceptionnel de cette situation, le produit de la taxe supplémentaire qui devrait être exigée de ces derniers propriétaires, afin de rétablir l'égalité de traitement avec ceux qui se servent du réseau public seulement pour évacuer leurs eaux usées, devrait être très modeste. C'est dire que l'élimination de l'inégalité de traitement dont la recourante pourrait être victime ne conduirait pas nécessairement à une baisse du taux de la taxe litigieuse. De plus, il ressort de l'arrêt attaqué, d'une manière qui lie le Tribunal fédéral, qu'en matière d'assainissement des eaux usées les comptes de fonctionnement de l'intimée ne sont pas bénéficiaires, mais seulement équilibrés (cf. ci-dessus consid. 3.2). Dans ces conditions, l'autorité précédente était fondée à confirmer la perception d'une taxe de raccordement au taux de 1,1 % en rendant une décision incitative. L'annulation de la décision attaquée et la fixation d'un nouveau taux - que ce soit par l'autorité précédente ou par l'intimée, à laquelle la cause aurait été renvoyée -, qui aurait servi à calculer non seulement la taxe litigieuse en l'espèce, mais aussi, pour des motifs d'égalité, celles dues par d'autres propriétaires, jusqu'à la modification de l'art. 3 du règlement communal sur la taxe de raccordement, ne faisait en effet guère de sens dans les circonstances qui viennent d'être exposées. En définitive, l'intérêt de l'intimée à maintenir temporairement le taux de la taxe de raccordement à 1,1 %, de manière à continuer à disposer de ressources suffisantes pour se charger de l'assainissement des eaux usées, l'emporte sur l'intérêt de la recourante à voir sa taxe de raccordement réduite de manière minime, si ce n'est maintenue, aux fins d'éliminer une inégalité qui devrait être purement virtuelle.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante supporte les frais judiciaires (cf. art. 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (cf. art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Des frais judiciaires de 4'000 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante, à la commune de Z._, au Conseil d'Etat et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 27 novembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Merkli Vianin