Sachverhalt:
A. Die 1986 geborene M._ absolvierte seit 2001 eine Lehre als Pharmaassistentin in der Apotheke K._. Am 17. November 2001 erlitt sie als Beifahrerin in einem Kleinbus bei einem Unfall ein Polytrauma. Nach mehrmonatiger Behandlung konnte sie die Lehre fortsetzen. Nach dem Abschluss ihrer Ausbildung arbeitete sie in der Apotheke im Zentrum X._ und seit August 2006 bei der Apotheke Z._. Am 30. Januar 2008 meldete sich M._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an, wobei sie unter Hinweis darauf, dass sie seit 1. Februar 2007 zu 20 % arbeitsunfähig sei, um Berufsberatung und Umschulung auf eine Tätigkeit ersuchte. Die IV-Stelle Bern zog die Akten der Zürich Versicherungs-Gesellschaft bei, welche für die Folgen des Unfalls die gesetzlichen Leistungen, worunter eine Entschädigung für eine Integritätseinbusse von 81 %, ausgerichtet hatte, und gewährte Unterstützung durch die Berufsberatung sowie Hilfe bei der Abklärung der beruflichen Eingliederungsmöglichkeiten. Gestützt auf die Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes der IV-Stellen Bern/Freiburg/Solothurn vom 9. September 2008, wonach eine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit als Pharmaassistentin nicht nachvollziehbar sei, wurde der Versicherten mit Vorbescheid vom 19. September 2008 die Ablehnung des Leistungsgesuchs in Aussicht gestellt; mit Verfügung vom 6. November 2008 lehnte die IV-Stelle den Anspruch von M._ auf Leistungen der Invalidenversicherung ab.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde, mit welcher M._ beantragen liess, unter Aufhebung der Verfügung sei die IV-Stelle zu verpflichten, weitere Abklärungen vorzunehmen und hernach über den Anspruch auf berufliche Eingliederungsmassnahmen neu zu verfügen, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern ab (Entscheid vom 20. Mai 2009).
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und der Verwaltungsverfügung sei ihr zu Lasten der Invalidenversicherung eine Umschulung zu gewähren; evtl. sei die IV-Stelle anzuweisen, zusätzliche Abklärungen vorzunehmen und hernach über den Umschulungsanspruch neu zu verfügen.
Nachträglich reicht sie eine Stellungnahme der Rehabilitationsklinik Y._ vom 30. Juni 2009 ein.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf eine Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Die Vorinstanz hat die Voraussetzungen des vorliegend aufgrund des Rechtsbegehrens der Versicherten streitigen und zu prüfenden Anspruchs auf Umschulung nach <ref-law> unter Hinweis auf die Rechtsprechung zum Begriff der Umschulung (<ref-ruling> E. 2a S. 110) soweit zur erforderlichen invaliditätsbedingten Leistungseinbusse von etwa 20 % (<ref-ruling> E. 2b S. 110; SVR 2006 IV Nr. 15 S. 53) zutreffend wiedergegeben, sodass darauf verwiesen wird.
Ergänzend ist auf <ref-law> in der vorliegend anwendbaren, seit 1. Januar 2008 geltenden Fassung hinzuweisen. Nach dieser Bestimmung haben Invalide oder von einer Invalidität bedrohte Versicherte Anspruch auf Eingliederungsmassnahmen, soweit diese notwendig und geeignet sind, die Erwerbsfähigkeit oder die Fähigkeit, sich im Aufgabenbereich zu betätigen, wieder herzustellen, zu erhalten oder zu verbessern (lit. a) und die Voraussetzungen für den Anspruch auf die einzelnen Massnahmen erfüllt sind. Der Anspruch auf Eingliederungsmassnahmen setzt somit nur noch eine drohende, und nicht mehr eine unmittelbar drohende Invalidität (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung) voraus (Botschaft des Bundesrates zur Änderung des Bundesgesetzes über die Invalidenversicherung [5. Revision] vom 22. Juni 2005, BBl 2005 S. 4560).
3. 3.1 Das Verwaltungsgericht stellte in Würdigung der medizinischen Unterlagen fest, die Beschwerdeführerin sei zur Folge des gravierenden Unfalls vom 17. November 2001 während 5 Monaten voll arbeitsunfähig gewesen, habe jedoch die Lehre fortsetzen und im Sommer 2004 ohne Verzögerung abschliessen können. Hiernach habe sie eine neue Arbeitsstelle in der Apotheke im Zentrum X._ antreten können. Der darauf folgende Wechsel in die Apotheke Z._ sei nicht aus gesundheitlichen Gründen erfolgt. Dass seither keine namhafte Verschlechterung des Gesundheitszustandes eingetreten sei, habe als erstellt zu gelten, dass die Beschwerdeführerin an dieser oder einer ähnlichen Arbeitsstelle nach wie vor zu 100 %, jedenfalls aber zu mehr als 80 %, als Pharmaassistentin tätig sein könnte. Der Umschulungsanspruch sei somit bereits mangels des Mindestinvaliditätsgrades von 20 % zu verneinen, halte der ausgeglichene Arbeitsmarkt doch genügend Stellen offen, die für die Versicherte mit Rücksicht auf die Restfolgen des Unfalls zumutbar wären.
3.2 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt und nicht alle Arztberichte berücksichtigt zu haben. Namentlich habe sie Berichte der Frau Dr. med. S._, Rehabilitationsklinik Y._, vom 2. Februar 2007 und 11. November 2008 offensichtlich falsch gewürdigt; entgegen den Ausführungen des kantonalen Gerichts habe die Ärztin eine Arbeitszeitreduktion aus medizinischer Sicht als indiziert erachtet. Auch habe sich nach Auffassung der Frau Dr. med. S._ eine Umschulung auf eine weniger Rücken belastende Tätigkeit aufgedrängt. Die Versicherte weist sodann auf weitere Arztberichte hin. Ferner habe die Vorinstanz den Untersuchungsgrundsatz verletzt: die Feststellung, dass Frau Dr. med. S._ nicht die Absicht gehabt habe, eine generelle Arbeitsunfähigkeit von 20 % in der Tätigkeit als Pharmaassistentin zu attestieren, basiere auf eine unzureichend abgeklärte medizinische Aktenlage. Als willkürlich zu erachten sei schliesslich, dass die Vorinstanz das volle Pensum an der ersten Arbeitsstelle, nicht aber das aus medizinischen Gründen auf 80 % reduzierte Pensum an der zweiten Stelle als massgebend erachtet habe.
4. Das kantonale Gericht hat den Umschulungsanspruch einzig unter dem Blickwinkel der rechtsprechungsgemäss erforderlichen invaliditätsbedingten Leistungseinbusse von etwa 20 % geprüft und eine solche gestützt auf die medizinischen Unterlagen verneint. Diese Feststellung ist insoweit weder offensichtlich unrichtig noch beruht sie auf einer Bundesrechtsverletzung. Im Einzelnen ist Folgendes festzuhalten: Frau Dr. med. S._, Rehabilitationsklinik Y._, hat im Bericht vom 2. Februar 2007 ausdrücklich dargelegt, dass das Arbeitspensum zwecks Entlastung und Gewährleistung regelmässiger Therapie vorübergehend auf 80 % reduziert werde. Auch aus dem späteren Bericht der gleichen Ärztin (vom 11. November 2008) geht nicht klar hervor, dass aus medizinischen Gründen eine dauernde Arbeitsunfähigkeit von 20 % vorliegt. Was sodann den Bericht des Prof. R._, Chefarzt am Spital W._, Behandlungszentrum Bewegungsapparat, vom 2. Mai 2007, betrifft, dessen Nichtbeachtung die Beschwerdeführerin der Vorinstanz vorwirft, wird darin bloss anamnestisch deren Aussage wiedergegeben, wonach sie aus gesundheitlichen Gründen nur zu 80 % arbeite. Eine aktuelle Arbeitsunfähigkeit von 20 % wird indessen nicht bescheinigt. Hingegen erachtet Prof. R._ eine künftige Verschlechterung als möglich.
Wenn die Vorinstanz gestützt auf das ursprüngliche Arbeitsverhältnis eine volle Leistungsfähigkeit als möglich und zumutbar betrachtet hat, lässt sich dies nicht beanstanden und schon gar nicht als willkürlich bezeichnen, da, wie erwähnt, eine dauernde Einschränkung der Arbeitsunfähigkeit um 20 % von ärztlicher Seite nicht attestiert wird. Immerhin gilt es zu beachten, dass die Beschwerdeführerin nach dem Unfall jahrelang ein Arbeitspensum von 100 % erfüllte und als voll integriert galt. Da im Übrigen für die Belange der Invaliditätsbemessung eine Bezugnahme auf den gesamten in den Betracht fallenden Arbeitsmarkt zu erfolgen hat, ist auch daran zu erinnern, dass es für Pharmaassistentinnen offenbar Stellen gibt, die körperlich weniger belastend sind. Die Versicherte hat sich denn auch auf eine solche beworben, ihre Bemühungen blieben allerdings erfolglos, wofür nicht medizinische Gründe ausschlaggebend waren.
5. 5.1 Nicht geprüft hat die Vorinstanz den Anspruch der Beschwerdeführerin nach Massgabe von <ref-law> in der seit 1. Januar 2008 geltenden Fassung (5. IV-Revision). Mit Bezug auf die Frage nach der drohenden Invalidität, welche laut dieser Bestimmung Anspruch auf Eingliederungsmassnahmen, worunter Umschulung, verleiht, lässt der vorinstanzliche Entscheid sachbezügliche tatbeständliche Feststellungen vermissen. Die Vorinstanz hat den rechtserheblichen Sachverhalt in diesem Punkt in Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (<ref-law>) unvollständig festgestellt, weshalb das Bundesgericht nicht daran gebunden ist und die tatbeständlichen Darlegungen von Amtes wegen ergänzen kann. Der letztinstanzlich eingereichte Bericht der Frau Dr. med. S._ vom 30. Juni 2009 kann demnach in die Beurteilung miteinbezogen werden, zumal er nur knapp acht Monate nach Erlass der Ablehnungsverfügung (vom 6. November 2008) erstattet wurde, Rückschlüsse auf die Situation zu dem für die richterliche Beurteilung massgeblichen Zeitpunkt des Verfügungserlasses erlaubt und der angefochtene Entscheid Anlass zu dessen Einreichung gegeben hat (<ref-law>). Die Ärztin der Rehabilitationsklinik Y._ nahm im erwähnten Bericht Stellung zur Arbeitsunfähigkeit der Versicherten als Pharmaassistentin und wies darauf hin, dass diese im Verlauf der Berufstätigkeit zunehmend an Rückenschmerzen gelitten habe, die regelmässig medizinische Behandlung erforderten. Prognostisch äusserte sich Frau Dr. med. S._ dahin, dass sie längerfristig mit einer weiteren Zunahme der Rückenschmerzen im Verlauf rechne, weshalb sie eine Umschulung auf einen Beruf befürworte, der auch zwischenzeitlich sitzend ausgeübt werden könne. Weiter erachtete sie es als wichtig, dass Anpassungen der Arbeitssituation und der Arbeitsfähigkeit zeitgerecht erfolgten, um ein Dekompensieren zu vermeiden und damit mehrmonatige Arbeitsunfähigkeiten und stationäre Aufenthalte zu verhindern. Sodann ging die Zürich Versicherungs-Gesellschaft, bei welcher die Beschwerdeführerin für die Folgen des Unfalls vom 17. November 2001 versichert war, in der Verfügung betreffend Integritätsentschädigung vom 14. Februar 2008 aufgrund der ärztlichen Angaben des Spitals W._ und der Rehabilitationsklinik Y._ davon aus, dass sich der Integritätsschaden voraussichtlich verschlimmern werde, wovon auch die Arbeitsfähigkeit betroffen sein dürfte.
5.2 Die Angaben der Frau Dr. med. S._ im nachträglich eingereichten Bericht vom 30. Juni 2009 deuten darauf hin, dass die Beschwerdeführerin, wenn auch aktuell nicht in anspruchsbegründendem Ausmass invalid, so doch im Sinne von <ref-law> von einer Invalidität bedroht sein könnte und daher gemäss <ref-law> Anspruch auf Umschulung auf eine neue Erwerbstätigkeit hat, wenn die übrigen Voraussetzungen nach dieser Bestimmung erfüllt sind. Die Verwaltung, an welche die Sache zurückzuweisen ist, wird gestützt auf zusätzliche Abklärungen in medizinischer Hinsicht prüfen, ob die Voraussetzungen für den Leistungsanspruch nach Art. 8 Abs. 1 und 17 Abs. 1 IVG erfüllt sind und hernach über die Umschulung neu verfügen.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden IV-Stelle aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat der Beschwerdeführerin überdies eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde werden der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 20. Mai 2009 und die Verfügung der IV-Stelle Bern vom 6. November 2008 aufgehoben. Die Sache wird an die IV-Stelle Bern zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf Umschulung neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Oktober 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer