Faits:
A. A.a Y._ est propriétaire des parcelles nos 5683 et 6883 de la commune de Z._. Le bien-fonds no 7967, sis sur le territoire de la même commune, appartient à X._.
Les parcelles nos 7672 et 2714 de la Commune de Z._ constituent le chemin F._. Ledit chemin prend naissance perpendiculairement à la route G._, en formant un coude entre les propriétés de Y._ et X._.
Le chemin F._ a fait l'objet d'une attribution de propriété en faveur de plusieurs parcelles, dont les biens-fonds nos 5683 et 6883.
A.b Y._ a fait construire un trottoir en galets de 15 centimètres de hauteur sur le bord de la parcelle no 6883, le long du chemin F._.
Le chemin F._ étant très étroit, X._ a allégué que la présence de ce trottoir rendait difficile le passage d'un véhicule dans le virage et qu'il était obligé de manoeuvrer à plusieurs reprises afin de pouvoir tourner.
Le 23 mars 2007, il a dès lors introduit une demande en cession d'un passage nécessaire au sens de l'<ref-law> sur les parcelles nos 5683 et 6883 appartenant à Y._. La procédure a été jointe à une action en cessation de trouble intentée par ce dernier le 21 novembre 2006. Ladite procédure est actuellement pendante devant les instances cantonales genevoises.
A.c Le 25 octobre 2006, Y._ a déposé au Département des constructions du canton de Genève une demande portant sur l'édification d'une bordure de 25 centimètres, le long de la parcelle no 5683, à l'angle formé par les parcelles nos 2714 et 7672. Cet ouvrage devait permettre de protéger un mur ainsi que la végétation située à l'arrière de celui-ci.
Y._ a obtenu l'autorisation de construire le 19 janvier 2007, malgré l'opposition de X._. Le recours interjeté par ce dernier contre la décision d'autorisation a été rejeté par la Commission cantonale de recours en matière de construction, puis par le Tribunal administratif le 9 décembre 2008. Cette dernière juridiction a réservé la question des éventuels droits de passage, jugeant que la question relevait des tribunaux civils.
Y._ a entrepris la construction de la bordure litigieuse le 26 janvier 2009.
B. Par requête de mesures provisionnelles du 27 janvier 2009, X._ a sollicité le Tribunal de première instance du canton de Genève qu'il ordonne à Y._ la suspension des travaux de construction entrepris, ce conformément à l'art. 322 de la loi de procédure civile genevoise (ci-après LPC/GE; RS GE E 3 05) et sous la menace de la peine prévue par l'<ref-law>. Parallèlement, il a demandé que la mesure requise soit autorisée provisoirement au sens de l'<ref-law>/GE.
Par ordonnance pré-provisionnelle du même jour, puis par ordonnance de mesures provisionnelles du 19 mars 2009, le Tribunal de première instance a fait droit à la requête de X._.
Statuant sur appel de Y._, la Cour de justice a annulé l'ordonnance du 27 mars 2009 (recte: 19 mars 2009) et rejeté la requête de mesures provisionnelles déposée par X._ le 27 janvier 2009. L'arrêt, rendu le 3 septembre 2009, a été notifié aux parties le 7 septembre suivant.
C. Par acte du 17 septembre 2009, X._ (ci-après le recourant) exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il invoque la violation de l'art. 9 Cst., concluant principalement à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la confirmation de l'ordonnance rendue le 19 mars 2009 par le Tribunal de première instance, subsidiairement au renvoi de la cause à la cour cantonale.
Y._ (ci-après l'intimé) conclut à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à la confirmation de l'arrêt cantonal. La Cour de justice se réfère aux considérants de son arrêt.
D. Par ordonnance présidentielle du 13 octobre 2009, le recourant a obtenu l'effet suspensif, l'intimé se voyant empêché de poursuivre la construction litigieuse durant la procédure fédérale.

Considérant en droit:
1. 1.1 La mesure requise par le recourant se présente comme une mesure d'exécution anticipée, les bordurettes empêchant le passage auquel le recourant prétend au fond. Ayant été refusée à la suite d'une requête de mesures pré-provisionnelles et provisionnelles déposée dans le cadre d'une demande en cession d'un droit de passage nécessaire au sens de l'<ref-law>, la suspension des travaux de construction sollicitée est donc intimement liée à cette dernière procédure et on ne saurait en conséquence considérer que la décision qui refuse de l'ordonner met fin à la procédure introduite. L'ordonnance attaquée ne constitue donc pas une décision finale au sens de l'<ref-law>, mais bien une décision incidente selon l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2b; arrêts 5P.411/2004 du 15 mars 2005 consid. 1.2; 5P.195/2004 du 23 août 2004 consid. 1.2).
Hormis les décisions mentionnées à l'<ref-law>, une décision préjudicielle ou incidente peut être entreprise immédiatement, si elle peut causer un préjudice irréparable (<ref-law>), ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). Un préjudice ne peut être qualifié d'irréparable au sens de l'<ref-law> que s'il cause un inconvénient de nature juridique; tel est le cas lorsqu'une décision finale même favorable à la partie recourante ne le ferait pas disparaître entièrement. En tant que le recourant prétend que les bordurettes entraveraient l'accès auquel il prétend au fond et que la dernière instance refuse de suspendre leur construction, l'arrêt entrepris lui cause donc un dommage irréparable au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.3.4 p. 36; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 190). Le recours immédiat au Tribunal fédéral est ainsi ouvert, contrairement à ce qu'affirme l'intimé.
1.2 La décision attaquée a en outre été rendue en matière civile (<ref-law>), par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>). Le recourant, qui a succombé dans ses conclusions devant l'instance précédente, a qualité pour recourir au sens de l'<ref-law> et son recours a été interjeté dans le délai prévu par la loi (<ref-law>).
1.3 Le recours étant dirigé contre une décision portant sur des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law>, seule peut être invoquée la violation de droits constitutionnels.
2. La cour cantonale a observé qu'il résultait des témoignages déposés dans le cadre de la procédure au fond que le recourant pouvait accéder à sa parcelle avec un véhicule à moteur en empruntant le chemin H._ Il n'avait ainsi pas rendu vraisemblable l'apparence du droit invoqué au fond, à savoir un passage nécessaire sur le chemin F._, ce qui vidait les mesures provisionnelles de leur but. Par ailleurs, il n'apparaissait pas que le passage réclamé soit nécessaire pour répondre à un besoin urgent, de sorte que le recourant n'avait pas non plus établi la nécessité d'une protection immédiate. En tant que les conditions d'octroi des mesures provisionnelles sollicitées n'étaient pas toutes réalisées, il convenait donc d'annuler la décision par laquelle le Tribunal de première instance ordonnait la suspension des travaux entrepris par l'intimé.
3. 3.1 S'en prenant avant tout à la motivation cantonale relative à l'absence de vraisemblance d'un passage nécessaire sur le chemin F._, le recourant soutient que la Cour de justice aurait arbitrairement établi les faits et appliqué l'<ref-law>. Le chemin H._ serait en effet un passage piétonnier, non asphalté, longeant une réserve naturelle destinée à la reproduction des oiseaux; l'emprunter nécessiterait ainsi une autorisation de la commune de Z._, de même que celle de la Fondation P._, responsable de la gestion de ladite réserve. Il ressortirait en outre clairement du plan du Registre foncier que le chemin H._ n'aboutirait pas à sa parcelle, mais à celle de ses voisins, circonstance nécessitant l'octroi d'un droit de passage supplémentaire. Au vu de ces différents éléments, les juges cantonaux ne pouvaient, sans arbitraire, en déduire que le chemin H._ permettait la desserte de la parcelle du recourant et qu'en conséquence, celui-ci n'était pas parvenu à démontrer la vraisemblance de la nécessité d'un passage sur le chemin F._.
Tout en reconnaissant que le recourant, son épouse et son personnel emprunteraient quotidiennement le chemin F._, l'intimé soutient que son adverse partie utiliserait également chaque jour le chemin H._ pour accéder à sa propriété, ce qui démontrerait que cet accès serait parfaitement envisageable, moyennant certaines démarches administratives. Les conditions posées par l'<ref-law>/GE ne seraient en outre pas remplies en l'espèce: non seulement le recourant ne serait titulaire d'aucun droit sur le chemin F._, ce qui l'empêcherait de solliciter la suspension des travaux, mais la construction entreprise ne serait pas non plus nouvelle au sens de cette dernière disposition.
Tout en reconnaissant que le recourant, son épouse et son personnel emprunteraient quotidiennement le chemin F._, l'intimé soutient que son adverse partie utiliserait également chaque jour le chemin H._ pour accéder à sa propriété, ce qui démontrerait que cet accès serait parfaitement envisageable, moyennant certaines démarches administratives. Les conditions posées par l'<ref-law>/GE ne seraient en outre pas remplies en l'espèce: non seulement le recourant ne serait titulaire d'aucun droit sur le chemin F._, ce qui l'empêcherait de solliciter la suspension des travaux, mais la construction entreprise ne serait pas non plus nouvelle au sens de cette dernière disposition.
3.2 3.2.1 D'après la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2.1, 57 consid. 2; <ref-ruling> consid. 3.1).
3.2.2 Aux termes de l'<ref-law>, le propriétaire qui n'a qu'une issue insuffisante sur la voie publique peut exiger de ses voisins qu'ils lui cèdent le passage nécessaire, moyennant pleine indemnité. Le droit de passage nécessaire implique, comme d'autres restrictions légales directes à la propriété (par ex. la conduite et la fontaine nécessaires), une "expropriation privée" (<ref-ruling> consid. 4a p. 236), de sorte que, de jurisprudence constante, le Tribunal fédéral fait dépendre l'octroi d'un passage nécessaire de conditions très strictes. De la genèse de l'<ref-law>, il a d'abord déduit que le droit de passage - fondé sur le droit de voisinage - ne peut être invoqué qu'en cas de véritable nécessité (<ref-ruling> consid. 2a et les arrêts cités). Il n'y a nécessité que si une utilisation ou une exploitation conforme à la destination du fonds exige un accès à la voie publique et que celui-ci fait totalement défaut ou est très entravé (arrêt 5A_500/2009 du 19 novembre 2009 consid. 3.1 prévu pour la publication; <ref-ruling> consid. 3b; <ref-ruling> consid. 2 et les références).
3.2.3 Une autorisation de construire n'est délivrée qu'à la condition que le terrain soit équipé (art. 22 al. 2 let. b LAT). Un terrain est réputé équipé lorsqu'il est desservi d'une manière adaptée à l'utilisation prévue par des voies d'accès (art. 19 al. 1 LAT). Ce sont les moyens de la planification qui déterminent en premier lieu l'accès suffisant; celui-ci peut également être aménagé par une convention privée conclue entre les propriétaires concernés (arrêt 5A_500/2009 du 19 novembre 2009 consid. 3.3.2 prévu pour la publication; <ref-ruling> consid. 4a p. 69 sv.). Dans le cadre d'un projet de construction, l'autorité qui octroie le permis de construire doit déterminer si un accès suffisant est garanti. Saisi d'un litige de passage nécessaire, le juge civil peut en principe se fonder sur l'autorisation de construire entrée en force dans la mesure où l'accès suffisant du droit public suppose généralement des exigences plus strictes que celles du passage nécessaire garanti par le droit privé. Il convient néanmoins de réserver une éventuelle nullité de l'autorisation de construire; de même, il convient de prendre en considération le fait que l'autorité qui délivre l'autorisation décide généralement de l'existence d'un accès suffisant avant l'exécution des travaux de construction, en se fondant sur les documents annexés à la requête et suite à une inspection des lieux. Si des modifications au projet approuvé s'imposent, pour des raisons techniques ou pour d'autres causes objectives, le juge civil doit les examiner (arrêt 5A_500/2009 du 19 novembre 2009 consid. 3.3.4 prévu pour la publication).
3.2.4 Faute de disposer de la demande d'autorisation de construire la villa située sur la parcelle du recourant et de l'autorisation elle-même, on ignore quelles étaient les voies d'accès destinées initialement à permettre la desserte de ladite parcelle.
Il ressort des faits, tels qu'établis par la juridiction cantonale, que le passage par le chemin H._ nécessite une autorisation. Une telle autorisation a ainsi été ponctuellement octroyée à l'entreprise C._, afin de tailler les arbres empêchant le passage des piétons; A._, administrateur de la société B._ SA, a également indiqué avoir bénéficié d'une autorisation ponctuelle pour emprunter ledit chemin, ce afin d'accéder à la propriété du recourant avec des poids lourds. On ignore toutefois si le recourant est susceptible d'obtenir une autorisation de circuler permanente sur le chemin H._. Par ailleurs, ainsi que le démontre le plan du Registre foncier produit par le recourant devant le Tribunal de première instance, le chemin H._ ne permet pas d'accéder directement à sa propriété, mais bien à celle des propriétaires de la parcelle no 7978. Il s'ensuit que la Cour de justice ne pouvait, sans arbitraire, se limiter à affirmer que la parcelle du recourant bénéficiait d'ores et déjà d'une desserte par le chemin H._, alors même que les conditions d'accès par celui-ci n'étaient pas claires, pour ensuite exclure la vraisemblance de la prétention du recourant sur le chemin F._.
3.2.5 Alors que la cour cantonale a admis que, si les conditions en étaient remplies, le droit de passage nécessaire pouvait fonder un droit à des mesures provisionnelles, l'intimé se limite à affirmer le contraire, considérant que le recourant dispose d'un accès par le chemin H._ - ce qui a été jugé arbitraire par le Tribunal de céans -, tout en admettant cependant que le recourant, son épouse et son personnel empruntent quotidiennement le chemin F._. Les critiques formulées à cet égard sont donc irrecevables. Au demeurant, l'intimé omet de prendre en considération que la cour cantonale a fondé son argumentation non seulement sur l'<ref-law>/GE, mais également sur les dispositions générales permettant d'ordonner des mesures provisionnelles aux conditions cumulatives tirées de l'<ref-law>/GE, dont l'apparence du droit invoqué au fond. En tant que cette condition constitue le fondement de l'octroi des mesures provisionnelles au sens des <ref-law>/GE et que c'est arbitrairement qu'elle a été écartée par la Cour de justice, ses critiques tombent donc à faux.
4. 4.1 S'agissant de la condition de l'urgence, le recourant prétend, contrairement à ce qu'a jugé la cour cantonale, qu'il y aurait manifestement urgence à requérir la suspension des travaux de construction des bordurettes. Celles-ci l'empêcheraient en effet de franchir le virage à angle droit du chemin F._ avec une voiture d'une certaine dimension alors que ledit chemin, objet de sa demande de cession de passage nécessaire, était le seul chemin praticable pour se rendre à sa parcelle.
4.2 La condition de l'urgence n'implique pas nécessairement une immédiateté temporelle. Elle résulte plutôt de la considération que seules des mesures provisionnelles peuvent prévenir le dommage menaçant, ou, en d'autres termes que, sans ordonnance de mesures provisionnelles, le requérant risquerait de subir un dommage difficile à réparer au point que l'efficacité du jugement rendu à l'issue de la procédure ordinaire en serait compromise (Bertossa/Gaillard/Guyet/ Schmidt, op. cit., n. 14 ad <ref-law>/GE).
En déclarant qu'il n'apparaissait pas que le passage réclamé soit nécessaire pour répondre à un besoin urgent, la cour cantonale s'est fondée sur le fait qu'elle jugeait les prétentions au fond du recourant dénuées de toute vraisemblance, une dévestiture existant selon elle par le chemin H._. Dans la mesure toutefois où le Tribunal de céans a jugé qu'un tel raisonnement était arbitraire, il appartient désormais à la cour cantonale de déterminer si la pose de bordurettes entrave réellement le passage de véhicules à moteur, fait allégué par le recourant dont elle n'a pas examiné la vraisemblance, pour pouvoir déterminer si la condition de l'urgence est elle-même réalisée.
5. Vu ce qui précède, le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la Cour de justice pour instruction et nouvelle décision au sens des considérants. Les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimé (<ref-law>), lequel versera en outre au recourant une indemnité de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la Cour de justice du canton de Genève pour instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Une indemnité de 3'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 25 février 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret