Sachverhalt:
A. X._, geboren 1976, arbeitet seit dem 1. Januar 2000 als Flugzeugelektriker bei A._ in Stans/NW. Vom 1. August 1999 bis am 31. März 2007 war er in Oberrickenbach (Gemeinde Wolfenschiessen/NW) als Wochenaufenthalter angemeldet. Per 1. April 2007 meldete sich X._ als Wochenaufenthalter in der Stadt Luzern an, wo er zusammen mit seiner Lebenspartnerin eine selbst möblierte 3-Zimmerwohnung bewohnt.
B. Mit Feststellungsverfügung vom 14. Januar 2008 erklärte das regionale Steueramt der Stadt Luzern X._ ab dem 1. Januar 2007 in der Stadt Luzern als unbeschränkt steuerpflichtig. Eine Einsprache hiergegen wurde von der kantonalen Steuerkommission für Unselbständigerwerbende am 28. Februar 2008 abgewiesen. Die gegen diesen Entscheid erhobene Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern wies dieses mit Urteil vom 9. September 2008 ab. Für die Steuerperiode 2007 hat X._ im Kanton Graubünden eine Steuererklärung eingereicht. Eine Veranlagung ist - gemäss den Erwägungen der Vorinstanz - noch nicht erfolgt.
C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 9. September 2008 hat X._ mit Eingabe vom 13. Oktober 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Er beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 9. September 2008 aufzuheben und der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen. Gerügt wird eine unrichtige Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung des Schlechterstellungsverbots.
D. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde. Die ebenfalls zur Stellungnahme aufgeforderte Steuerverwaltung des Kantons Graubünden verzichtet auf eine Stellungnahme.
E. Mit Verfügung vom 11. November 2008 erkannte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde antragsgemäss aufschiebende Wirkung zu.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern betreffend die Feststellung der Steuerpflicht ab 1. Januar 2007 ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a in Verbindung mit Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Der Beschwerdeführer ist gestützt auf Art. 89 Abs. 1 BGG zur Anfechtung des vorinstanzlichen Urteils legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten (Art. 100 BGG).
1.2 Bei Beschwerden wegen interkantonaler Kompetenzkonflikte kann eine allenfalls bereits rechtskräftige Veranlagung eines anderen Kantons für dieselbe Steuerperiode mit angefochten werden (vgl. Art. 100 Abs. 5 BGG), obwohl diese kein Urteil im Sinne von Art. 86 BGG bildet (<ref-ruling> E. 2.4 S. 307, 308 E. 2.4 S. 313). Im vorliegenden Fall richtet sich die Beschwerde nur gegen den Kanton Luzern, zumal eine Veranlagung für dieselbe Steuerperiode im Kanton Graubünden offenbar noch nicht erfolgt ist. Immerhin ist der Kanton Graubünden zur Stellungnahme eingeladen worden.
1.3 Bei staatsrechtlichen Beschwerden wegen Verletzung des Doppelbesteuerungsverbots prüfte das Bundesgericht Rechts- und Tatfragen frei; es konnte auch neue Tatsachen und Beweismittel berücksichtigen (vgl. u.a. <ref-ruling> E. 2.4 S. 149 mit Hinweisen). Für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erwog es, angesichts der Besonderheiten des Beschwerdeverfahrens in Doppelbesteuerungssachen sei es selbst bei Vorliegen des Entscheids einer letztinstanzlichen kantonalen richterlichen Behörde nicht in jedem Fall davon entbunden, den Sachverhalt frei zu überprüfen. Zudem sei das Novenverbot wohl zu relativieren, wenn bzw. soweit der Instanzenzug nur in einem Kanton durchlaufen worden sei (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 306); zu denken ist vor allem an den Fall, dass der andere Kanton den Sachverhalt bestreitet und eigene Beweismittel vorlegt, wozu sich der Beschwerdeführer unter Umständen äussern können muss. Das neue Recht schreibt nun aber auf dem Gebiet der interkantonalen Doppelbesteuerung ebenfalls vor, dass der kantonale Instanzenzug zumindest in einem Kanton durchlaufen werden muss. Dieses Erfordernis hätte keinen Sinn, wenn der Beschwerdeführer seine Behauptungen und Beweismittel nicht bereits im kantonalen Verfahren vorbringen müsste und wenn die dort getroffenen Feststellungen für das Bundesgericht im Rahmen von Art. 105 BGG nicht verbindlich wären. Anders kann es sich nur verhalten, wenn der Zweitkanton, für den die Bindungswirkung nicht gilt, diese Feststellungen bestreitet; das ist hier indessen nicht der Fall. Das heisst aber, dass gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Luzerner Verwaltungsgerichts neue Tatsachen und Beweismittel nur in dem Ausmass zuzulassen sind, als dieser Entscheid dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Zudem legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG); von deren Sachverhaltsfeststellungen kann nur abgewichen werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. Urteil 2C_230/2008 vom 27. August 2008 E. 1.3).
1.4 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird (<ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist hier nur teilweise zu erkennen, insbesondere soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung des Schlechterstellungsverbots rügt, zumal dieses nur bei einer - hier nicht gegebenen - beschränkten Steuerpflicht eine Rolle spielen könnte. Soweit eine solche qualifizierte Begründung fehlt, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2. Eine gegen Art. 127 Abs. 3 BV verstossende Doppelbesteuerung liegt vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, die einem anderen Kanton zusteht (virtuelle Doppelbesteuerung). Ausserdem darf ein Kanton eine steuerpflichtige Person grundsätzlich nicht deshalb stärker belasten, weil sie nicht im vollen Umfang seiner Steuerhoheit untersteht, sondern zufolge ihrer territorialen Beziehungen auch noch in einem anderen Kanton steuerpflichtig ist (Schlechterstellungsverbot, vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 306 f. mit Hinweisen).
Im vorliegenden Fall wird das Hauptsteuerdomizil des Beschwerdeführers für die Steuerperiode 2007 aufgrund des angefochtenen Urteils vom Kanton Luzern beansprucht, obschon der Beschwerdeführer für die Steuerperiode 2007 bereits im Kanton Graubünden eine Steuererklärung eingereicht hat. Damit besteht die Gefahr, dass sich eine aktuelle Doppelbesteuerung ergibt.
3. 3.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 127 Abs. 3 BV ist der steuerrechtliche Wohnsitz (Hauptsteuerdomizil) einer unselbständig erwerbenden Person derjenige Ort, wo sich die betreffende Person mit der Absicht dauernden Verbleibens aufhält bzw. wo sich der Mittelpunkt ihrer Lebensinteressen befindet (vgl. Art. 23 Abs. 1 ZGB; Art. 3 Abs. 2 DBG; Art. 3 Abs. 2 StHG; <ref-ruling> E. 4.1 S. 35 f.). Dieser Mittelpunkt der Lebensinteressen bestimmt sich nach der Gesamtheit der objektiven, äusseren Umstände, aus denen sich diese Interessen erkennen lassen, nicht nach den bloss erklärten Wünschen der steuerpflichtigen Person. Auf die gefühlsmässige Bevorzugung eines Ortes kommt es nicht an; der steuerrechtliche Wohnsitz ist insofern nicht frei wählbar. Dem polizeilichen Domizil, wo die Schriften hinterlegt sind oder wo die politischen Rechte ausgeübt werden, kommt dagegen keine entscheidende Bedeutung zu; das sind bloss äussere Merkmale, die ein Indiz für den steuerrechtlichen Wohnsitz bilden können, wenn auch das übrige Verhalten der Person dafür spricht (statt vieler: <ref-ruling> E. 4.1 S. 36). Wenn sich eine Person abwechslungsweise an zwei Orten aufhält, namentlich wenn ihr Arbeitsort und ihr sonstiger Aufenthaltsort auseinanderfallen, ist für die Bestimmung des steuerrechtlichen Wohnsitzes darauf abzustellen, zu welchem Ort sie die stärkeren Beziehungen unterhält. Bei unselbständig erwerbenden Steuerpflichtigen ist das gewöhnlich der Ort, wo sie für längere oder unbestimmte Zeit Aufenthalt nehmen, um von dort aus der täglichen Arbeit nachzugehen, ist doch der Zweck des Lebensunterhalts dauernder Natur. Die Frage, zu welchem der Aufenthaltsorte die steuerpflichtige Person die stärkeren Beziehungen unterhält, ist jeweils aufgrund der Gesamtheit der Umstände des Einzelfalls zu beurteilen (<ref-ruling> E. 4.2 S. 36 f. mit Hinweisen).
Bei verheirateten Personen mit Beziehungen zu mehreren Orten werden die persönlichen und familiären Kontakte zum Ort, wo sich ihre Familie aufhält, als stärker erachtet als diejenigen zum Arbeitsort, wenn sie in nicht leitender Stellung unselbständig erwerbstätig sind und täglich oder an den Wochenenden regelmässig an den Familienort zurückkehren. Demnach unterstehen verheiratete Pendler oder Wochenaufenthalter grundsätzlich ausschliesslich der Steuerhoheit desjenigen Kantons, in dem sich ihre Familie aufhält (<ref-ruling> E. 4.2 und 4.3 S. 36 f. mit Hinweisen).
Diese Praxis findet auch auf ledige Personen Anwendung, zählt die Rechtsprechung doch Eltern und Geschwister ebenfalls zur Familie des Steuerpflichtigen. Allerdings werden die Kriterien, nach denen das Bundesgericht entscheidet, wann anstelle des Arbeitsorts der Aufenthaltsort der Familie als Hauptsteuerdomizil anerkannt werden kann, besonders streng gehandhabt; dies folgt aus der Erfahrung, dass die Bindung zur elterlichen Familie regelmässig lockerer ist als diejenige unter Ehegatten. Bei ledigen Steuerpflichtigen ist vermehrt noch als bei verheirateten Personen zu berücksichtigen, ob weitere als nur familiäre Beziehungen zum einen oder anderen Ort ein Übergewicht begründen. Dadurch erhält der Grundsatz, wonach das Hauptsteuerdomizil von Unselbständigerwerbenden am Arbeitsort liegt, grösseres Gewicht: Selbst wenn ledige Steuerpflichtige allwöchentlich zu den Eltern oder Geschwistern zurückkehren, können die Beziehungen zum Arbeitsort überwiegen. Dies kann namentlich dann zutreffen, wenn sie sich am Arbeitsort eine Wohnung eingerichtet haben, dort ein Konkubinatsverhältnis haben oder über einen besonderen Freundes- und Bekanntenkreis verfügen. Besonderes Gewicht haben in diesem Zusammenhang auch die Dauer des Arbeitsverhältnisses und das Alter des Steuerpflichtigen (<ref-ruling> E. 2b/bb S. 57 mit Hinweisen).
Auch ein Konkubinatsverhältnis ist gewöhnlich stärker zu gewichten als die Bindungen zum Familienort (Urteile 2C_230/2008 vom 27. August 2008 E. 3.1; 2C_769/2007 vom 29. April 2008 E. 3.1; 2P.179/2003 vom 17. Juni 2004 E. 2.3; <ref-ruling> E. 3 S. 216).
3.2 In Bezug auf die Beweisführung sind folgende Grundsätze massgebend: Der Umstand, dass der unverheiratete Steuerpflichtige vom Ort aus, wo er sich während der Woche aufhält und einer unselbständigen Erwerbstätigkeit nachgeht, begründet nach der Rechtsprechung die natürliche Vermutung, dass der Steuerpflichtige dort sein Hauptsteuerdomizil hat. Diese Vermutung lässt sich nur entkräften, wenn er regelmässig, mindestens ein Mal pro Woche, an den Ort zurückkehrt, wo seine Familie lebt, mit welcher er aus bestimmten Gründen besonders eng verbunden ist, und wo er andere persönliche und gesellschaftliche Beziehungen pflegt. Nur wenn der steuerpflichtigen Person der Nachweis solcher familiärer und gesellschaftlicher Beziehungen am Ort, wo die Familie wohnt, gelingt, obliegt es dem Kanton des Wochenaufenthalts- oder Arbeitsorts nachzuweisen, dass die Person gewichtige wirtschaftliche und allenfalls persönliche Beziehungen zu diesem Ort unterhält (Urteile 2C_230/2008 vom 27. August 2008 E. 3.2; 2C_769/2007 vom 29. April 2008 E. 3.2; 2P.200/2006 vom 14. Dezember 2006 E. 3.2; 2P.179/2003 vom 17. Juni 2004 E. 2.4 je mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 3a S. 58).
3.3 Aus diesen Grundsätzen ergibt sich zunächst die natürliche Vermutung, dass sich das Hauptsteuerdomizil des Beschwerdeführers, der seit dem Jahr 2000 beim gleichen Arbeitgeber tätig ist, in der fraglichen Steuerperiode in der Stadt Luzern befand. Gegenüber dieser natürlichen Vermutung vermag zwar der Beschwerdeführer hier recht enge Beziehungen zu Disentis/GR, wohin er regelmässig übers Wochenende zurückkehrt, aufzuzeigen. Dort gehört ihm ein Haus, in welchem seine 70-jährige, verwitwete Mutter, zu der er ein "starkes Verhältnis" hat, wohnrechtsberechtigt ist. In Disentis hat er auch seinen Freundes- und Bekanntenkreis, nimmt aktiv am Vereinsleben teil, interessiert sich für das Gedeihen der Gemeinde und wirbt für die Bergbahnen Disentis, indem er seinen Gleitschirm mit deren Logo bedruckt hat. Der Beschwerdeführer vermag damit Beziehungen zu Disentis aufzuzeigen, die zwar etwas weiter gehen und enger sind als die üblichen Kontakte zum regelmässig besuchten Wochenendort; diese sind jedoch nicht dermassen aussergewöhnlich, dass sie die natürliche Vermutung umstossen könnten. Von einer offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung im Sinne von Art. 97 Abs. 1 BGG kann jedenfalls keine Rede sein.
3.4 Selbst wenn es dem Beschwerdeführer gelänge, die zu Gunsten des Wochenaufenthaltsortes bestehende natürliche Vermutung umzustossen, vermöchte hier der Kanton Luzern wiederum den Nachweis zu erbringen, dass der Beschwerdeführer insbesondere gewichtige persönliche Beziehungen zur Stadt Luzern unterhält: Der über dreissigjährige Beschwerdeführer wohnt seit seinem Zuzug am 1. April 2007 zusammen mit seiner Lebenspartnerin in einer selbst möblierten 3-Zimmerwohnung an der B._-strasse in Luzern. Dies allein bildet in aller Regel hinreichend Anlass, das Hauptsteuerdomizil an diesem Ort anzunehmen, da eine solche Beziehung erfahrungsgemäss alle anderen familiären und persönlichen Kontakte überstrahlt (vgl. E. 3.1). Vor diesem Hintergrund ist die Behauptung des Beschwerdeführers, sein Freundes- und Bekanntenkreis befinde sich "ausschliesslich" in Disentis, offensichtlich unzutreffend.
4. Die Beschwerde erweist sich mithin gegenüber dem Kanton Luzern als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
5. Bei diesem Verfahrensausgang werden die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer, der mit seinem Antrag nicht durchdringt, auferlegt (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Kanton Luzern wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung des Kantons Luzern, der Steuerverwaltung des Kantons Graubünden, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. März 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger