Sachverhalt:
A. Das Strafgericht Basel-Stadt sprach X._ mit Urteil vom 18. April 2008 der Erpressung, der einfachen Körperverletzung, der geringfügigen Sachbeschädigung, der mehrfachen Nötigung, der einfachen und mehrfachen groben Verletzung der Verkehrsregeln, des mehrfachen Fahrens in fahrunfähigem Zustand (teilweise qualifiziert), der Vereitelung einer Blutprobe, des pflichtwidrigen Verhaltens nach Verkehrsunfall sowie der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz schuldig. Es verurteilte ihn zu einer unbedingt vollziehbaren Freiheitsstrafe von 18 Monaten und zu einer Busse von Fr. 1'000.--. Ferner hob es die mit Urteil des Strafgerichtspräsidenten Basel-Stadt am 3. Juni 2005 angeordnete ambulante psychiatrische Behandlung auf und erklärte die damals aufgeschobenen Gefängnisstrafen von 14 Monaten (Urteil des Strafgerichts Basel-Stadt vom 12. November 2002), 14 Tagen (Urteil des Bezirksamts Laufenburg vom 22. Juli 2003) und 5 Monaten (Urteil des Strafgerichtspräsidenten Basel-Stadt vom 3. Juni 2005), unter Anrechnung von insgesamt 23 Tagen Untersuchungshaft, als vollziehbar.
Gegen dieses Urteil appellierte X._. Auf seinen Antrag hin, dem sich die Staatsanwaltschaft Basel-Stadt anschloss, ordnete das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt am 24. September 2009 eine forensisch-psychiatrische Begutachtung bei den Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel (nachfolgend: UPK) zur Frage der Schuldfähigkeit und Behandelbarkeit von X._ an. Nach Eingang des Gutachtens der UPK vom 19. Juli 2010 bestätigte das Appellationsgericht am 26. Januar 2011 den Entscheid des Strafgerichts Basel-Stadt.
B. Am 23. September 2011 hob das Bundesgericht in teilweiser Gutheissung der Beschwerde von X._ das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an dieses zurück.
Am 7. Februar 2012 bestätigte das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt abermals das Urteil des Strafgerichts Basel-Stadt.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 7. Februar 2012 sei aufzuheben, die Gefängnisstrafen von 14 Monaten, 14 Tagen und 5 Monaten seien nicht für vollziehbar bzw. für bedingt/teilbedingt vollziehbar zu erklären. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem ersucht X._ um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Die Vorinstanz entscheide im neuen Verfahren aufgrund der Akten, obwohl sie ihn vor der Ausfällung des Urteils hätte anhören müssen, denn diesem seien die aktuellen Verhältnisse zugrunde zu legen (Beschwerde S. 3 f.).
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>). Die Vorinstanz entscheide im neuen Verfahren aufgrund der Akten, obwohl sie ihn vor der Ausfällung des Urteils hätte anhören müssen, denn diesem seien die aktuellen Verhältnisse zugrunde zu legen (Beschwerde S. 3 f.).
1.2 1.2.1 Der in <ref-law> verankerte Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst u.a. das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern (<ref-ruling> E. 3.2 mit Hinweis; Urteil 6B_1076/2010 vom 21. Juni 2011 E. 5.2). Inwieweit nach der Gutheissung einer Beschwerde und der Rückweisung ein Äusserungsrecht besteht, richtet sich nach den noch zu entscheidenden Fragen (<ref-ruling> E. 2e; <ref-ruling>; Urteil 1C_572/2010 vom 26. Mai 2011 E. 3.1; je mit Hinweisen). Die mit der Neubeurteilung befasste kantonale Instanz hat ihrer Entscheidung im Falle einer Rückweisung die rechtliche Beurteilung, mit der die Zurückweisung begründet wird, zugrunde zu legen. Aufgrund der Bindungswirkung ist es den nochmals mit der Sache befassten Gerichten und den Parteien verwehrt, der Überprüfung einen anderen als den bisherigen Sachverhalt zu unterstellen oder die Sache unter Gesichtspunkten zu prüfen, die im Rückweisungsentscheid ausdrücklich abgelehnt oder nicht in Erwägung gezogen worden sind (<ref-ruling> E. 2 und E. 2.1 mit Hinweisen).
1.2.2 Nach dem Grundsatz von Treu und Glauben und dem Verbot des Rechtsmissbrauchs ist es nicht zulässig, verfahrensrechtliche Einwendungen, die in einem früheren Prozessstadium hätten geltend gemacht werden können, bei ungünstigem Ausgang später noch vorzubringen (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweisen). Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist formeller Natur. Seine Verletzung führt ungeachtet der Erfolgsaussichten der Beschwerde in der Sache selbst zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids (<ref-ruling> E. 2.2 mit Hinweis). Wenn eine solche Verletzung des rechtlichen Gehörs indessen keinen Einfluss auf das Verfahren hatte, kann die Aufhebung des Entscheids unterbleiben (Urteil 4A_153/2009 vom 1. Mai 2009 E. 4.1 mit Hinweis).
1.3 Das Bundesgericht erwog im ersten Beschwerdeverfahren, die Vorinstanz hebe die mit Urteil des Strafgerichtspräsidenten Basel-Stadt vom 3. Juni 2005 angeordnete ambulante psychiatrische Behandlung wegen Aussichtslosigkeit auf und erkläre die damals aufgeschobenen Gefängnisstrafen für vollziehbar. Die Vorinstanz führe zwar aus, diese Strafen seien nach <ref-law> zu vollziehen, sie äussere sich aber nicht dazu, ob nach Abs. 4 Satz 2 dieser Bestimmung in Bezug auf die Reststrafe die Voraussetzungen der bedingten Entlassung oder bedingten Freiheitsstrafe vorlägen. Mangels entsprechender Begründung sei nicht nachprüfbar, ob die Vorinstanz die entscheidwesentlichen Aspekte berücksichtige (Urteil 6B_385/2011 vom 23. September 2011 E. 2.3). In den übrigen Punkten wies das Bundesgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
Die Vorinstanz musste im neuen Verfahren beurteilen, ob bei den für vollziehbar erklärten Strafen die Voraussetzungen der bedingten Entlassung oder bedingten Freiheitsstrafe nach <ref-law> vorliegen. Insofern war der Sachverhalt im Zeitpunkt des zweiten vorinstanzlichen Urteils massgebend. Aus den Akten geht nicht hervor, dass die Vorinstanz dem Beschwerdeführer nach dem Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts die Gelegenheit erteilte, sich zu diesem Punkt zu äussern, bevor sie das angefochtene Urteil fällte. Damit hat sie grundsätzlich seinen Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt. Allerdings legt der Beschwerdeführer nicht dar, welche neuen Umstände eine Rolle spielen könnten. Angesichts der bisherigen offensichtlichen Schlechtprognose (vgl. die nachstehenden Erwägungen) hätte er dies tun müssen. Damit ist nicht ersichtlich, inwiefern die Verletzung des rechtlichen Gehörs einen Einfluss auf das Verfahren haben könnte, weshalb der angefochtene Entscheid ausnahmsweise nicht aufzuheben ist. Auf die erneute Rückweisung der Angelegenheit an die Vorinstanz kann verzichtet werden.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung vor (<ref-law>). Deren Ausführung, er habe nach seiner Verurteilung im Jahr 2008 wieder delinquiert, sei offensichtlich unrichtig. Es dürfe nicht angenommen werden, er habe die ihm vorgeworfenen Straftaten tatsächlich begangen, nur weil er in eine Strafuntersuchung geraten sei. Eine erneute Straffälligkeit sei ein wesentlicher Umstand bei der Beurteilung der Bewährungsaussichten. Diese unrichtige Feststellung der Vorinstanz sei deshalb von erheblicher Relevanz (Beschwerde S. 3 f.).
2.2 Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, vgl. auch Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 2.4 S. 314 mit Hinweis).
Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 1.3 mit Hinweisen).
2.3 Dem Beschwerdeführer ist insofern zuzustimmen, als die vorinstanzliche Feststellung, er habe seit seiner Verurteilung im Jahr 2008 erneut delinquiert (Urteil S. 5 E. 2.5), mangels rechtskräftigen Strafentscheids nicht zutreffend ist. Weil die Behebung dieses Fehlers auf den Ausgang des Verfahrens jedoch keinen Einfluss hat, ist auf seine Rüge gleichwohl nicht einzutreten. Selbst wenn die Feststellung der Vorinstanz dahin gehend berichtigt wird, dass der Beschwerdeführer seit der Verurteilung im Jahr 2008 abermals in eine Strafuntersuchung geraten ist, bleibt deren Erwägung, der Verlauf nach der Verurteilung sei sehr bedenklich, vertretbar. Insbesondere vermag diese unrichtige Feststellung nichts am vorinstanzlichen Ergebnis zu ändern, die Legalprognose des Beschwerdeführers falle äusserst ungünstig aus (Urteil S. 5 E. 2.5; E. 3.3 nachfolgend).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz hätte bei den mit Urteil des Strafgerichtspräsidenten Basel-Stadt vom 3. Juni 2005 aufgeschobenen Strafen den bedingten oder zumindest den teilbedingten Vollzug gewähren müssen. Bei der Beurteilung der Frage des Aufschubs des Vollzugs der Vorstrafen beziehe sie zu Unrecht nicht mit ein, dass sie ihn zu einer unbedingt vollziehbaren Freiheitsstrafe von 18 Monaten verurteilt habe. Der erstmalige Vollzug einer solchen Strafe werde bei ihm seine Wirkung nicht verfehlen. Indem die Vorinstanz diesen wesentlichen Aspekt ausser Acht lasse, verletze sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör (Beschwerde S. 3 ff.).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz hätte bei den mit Urteil des Strafgerichtspräsidenten Basel-Stadt vom 3. Juni 2005 aufgeschobenen Strafen den bedingten oder zumindest den teilbedingten Vollzug gewähren müssen. Bei der Beurteilung der Frage des Aufschubs des Vollzugs der Vorstrafen beziehe sie zu Unrecht nicht mit ein, dass sie ihn zu einer unbedingt vollziehbaren Freiheitsstrafe von 18 Monaten verurteilt habe. Der erstmalige Vollzug einer solchen Strafe werde bei ihm seine Wirkung nicht verfehlen. Indem die Vorinstanz diesen wesentlichen Aspekt ausser Acht lasse, verletze sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör (Beschwerde S. 3 ff.).
3.2 3.2.1 Gemäss <ref-law> ist die aufgeschobene Freiheitsstrafe zu vollziehen, wenn die ambulante Behandlung wegen Aussichtslosigkeit (<ref-law>) aufgehoben wird. Das Gericht entscheidet, inwieweit der mit der ambulanten Behandlung verbundene Freiheitsentzug auf die Strafe angerechnet wird (<ref-law>). Liegen in Bezug auf die Reststrafe die Voraussetzungen der bedingten Entlassung oder der bedingten Freiheitsstrafe vor, so schiebt das Gericht nach <ref-law> den Vollzug auf. Dem Gesetzgeber scheint es ungeachtet der Unterschiede zwischen den beiden Regelungen um die Frage zu gehen, ob eine günstige Prognose vorliegt bzw. eine ungünstige Prognose fehlt. Dieses Kriterium erscheint indessen kaum als erfüllt, wenn die Massnahme wegen Aussichtslosigkeit eingestellt werden musste oder falls weitere Straftaten eines Betroffenen vorliegen, mit denen dieser seine weitere Gefährlichkeit ausdrückt (TRECHSEL/PAUEN BORER, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, <ref-law> N. 5; MARIANNE HEER, in: Basler Kommentar, Strafrecht I, 2. Aufl. 2007, <ref-law> N. 30 ff. und N. 37 sowie <ref-law> N. 17 ff.).
3.2.2 Der Bundesrat führt in seiner Botschaft zur Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches vom 21. September 1998 aus, die Regelung nach Art. 62c Abs. 2 Satz 2 bzw. <ref-law> entspreche der Rechtsprechung des Bundesgerichts (<ref-ruling>), wonach eine aufgeschobene Strafe nachträglich als bedingt vollziehbar erklärt werden kann. Die für die Gewährung des bedingten Strafvollzugs notwendige günstige Prognose sei in bestimmten Fällen denkbar, so wenn die Massnahme aufgehoben werde, weil sich im Verlauf des Massnahmenvollzugs herausstellt, dass der Betroffene nicht therapiebedürftig sei (BBl 1999 S. 1979 ff. Ziff. 213.434 und Ziff. 213.443). Die Frage, ob der nachträgliche Vollzug angeordnet werden musste, beurteilte sich nach altem Recht in erster Linie danach, inwieweit beim Betroffenen eine Besserung eingetreten war und inwieweit diese durch den nachträglichen Vollzug in Frage gestellt würde. Von Letzterem war grundsätzlich abzusehen, wenn dadurch der (Heil-)Erfolg einer Behandlung in Frage gestellt worden wäre (<ref-ruling> E. 3a S. 89 und E. 5 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 5 S. 24). Gemäss dem Urteil 6S.210/2003 vom 3. März 2004 E. 2.3 liess sich ein Verzicht auf den Strafvollzug nicht rechtfertigen, falls ein Heilerfolg nicht erreicht worden war oder die zu verzeichnenden Therapieerfolge - angesichts der unvermindert fortbestehenden Grundproblematik des Betroffenen - im Ergebnis nur unbedeutend erschienen.
3.3 Die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht, indem sie dem Beschwerdeführer eine äusserst ungünstige Legalprognose attestiert. Sie berücksichtigt insbesondere die gutachterlichen Erkenntnisse und die Persönlichkeit sowie das Verhalten des Beschwerdeführers. Sie erwägt, der Gutachter gehe von einer sehr ungünstigen Legalprognose aus, stufe den Beschwerdeführer als besonders gefährlich und das Rückfallrisiko als sehr hoch ein. Die ambulante Therapie habe keinen messbaren Erfolg gezeigt, vielmehr habe sich die Symptomatik verschlimmert, und der Beschwerdeführer habe weiter delinquiert. Die Vorinstanz hält fest, die neue Strafuntersuchung des Bezirksstatthalteramts Arlesheim stütze diese Ausführungen. Aufgrund der Behandlungsverläufe und der schlechten Therapierbarkeit werde keine Massnahme empfohlen, sondern zu einer Freiheitsstrafe geraten, da sich diese aufgrund der geforderten Tagesstruktur prognostisch sogar günstig auswirken könne. Die Vorinstanz erwägt zu Recht, die Voraussetzungen für einen bedingten Vollzug der aufgeschobenen Strafen lägen aufgrund der desolaten Prognose offensichtlich nicht vor. Diese seien vollumfänglich zu vollziehen (Urteil S. 5 f. E. 2.5). Die Massnahme musste infolge Aussichtslosigkeit eingestellt werden. Beim als besonders gefährlich eingestuften Beschwerdeführer ist trotz jahrelanger Behandlung keine Besserung eingetreten, und der Gutachter qualifiziert das Rückfallrisiko für schwerwiegende Straftaten als sehr hoch. Im Lichte dieser Umstände vermag selbst eine allfällige Warnwirkung des Vollzugs der Freiheitsstrafe von 18 Monaten auf den Beschwerdeführer diese ausgesprochen ungünstige Legalprognose nicht erheblich positiv zu verändern. Aufgrund dieser Legalprognose kann dahingestellt bleiben (<ref-ruling> E. 5.3.1 mit Hinweisen), ob gestützt auf <ref-law> ein teilbedingter Vollzug möglich ist.
Unbehelflich ist in diesem Zusammenhang der Hinweis des Beschwerdeführers auf den Zeitablauf seit der ursprünglichen Verurteilung (Beschwerde S. 5 Ziff. 5). Gestützt auf <ref-law> besteht nämlich keine Möglichkeit, wegen des Zeitablaufs seit der Anordnung der Massnahme vom Vollzug der Freiheitsstrafen abzusehen (Urteil 6B_499/2011 vom 17. Januar 2012 E. 2.3).
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Kosten des Verfahrens wären bei diesem Ausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Er hat ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt, das gutgeheissen werden kann. Die Bedürftigkeit ist ausgewiesen und die Beschwerde war - insbesondere was die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör betrifft - nicht von vornherein aussichtslos. Daher sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Der Vertreter des Beschwerdeführers ist aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen. Dem Beschwerdeführer wird Advokat Christoph Dumartheray als unentgeltlicher Rechtsbeistand beigegeben.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Juli 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini