Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) war im Jahre 1983 unter der Firma Y._ AG gegründet worden, deren einziger Aktionär im Jahr 2001 B.Z._ war. Dieser verkaufte alle Aktien an seine Tochter sowie an B._. Der Aktienkaufvertrag verweist auf einen bestehenden Mietvertrag, der zum integrierenden Vertragsbestandteil erklärt wird. Am 1. Januar 2002 unterzeichneten die Tochter für die Beschwerdeführerin als Mieterin und A.Z._ (Beschwerdegegnerin), die Ehefrau von B.Z._, für die Vermieterschaft einen Mietvertrag, mit welchem das Mietobjekt neu umschrieben wurde. Der Mietzins war im Vertrag mit insgesamt Fr. 1'250.-- pro Monat angegeben, bis auf Weiteres inkl. Nebenkosten.
B. Die Beschwerdeführerin beanstandete im Mai 2005 eine mangelhafte Heizung und Feuchtigkeit in den unteren Räumen. Zum offenen Streit kam es nach einem Wassereinbruch im Sommer 2005. Die Beschwerdeführerin hinterlegte für die Monate Oktober bis Dezember 2005 insgesamt Fr. 3'450.--. Per 31. Dezember 2005 wurde das Mietverhältnis einvernehmlich aufgehoben. Nach dem Verfahren vor der Schlichtungsbehörde, in welchem der Beschwerdeführerin eine Mietzinsreduktion zugestanden worden war, gelangten beide Parteien an das Mietgericht des Bezirkes Meilen. Die Beschwerdegegnerin verlangte im Wesentlichen ausstehende Mietzinse unter Anrechnung des hinterlegten Betrages sowie Schadenersatz, während sich die Beschwerdeführerin diesen Forderungen widersetzte und beantragte, die Mietzinsreduktion gutzuheissen.
C. Das Mietgericht hiess die Klage im Wesentlichen im Umfang von Fr. 12'715.15 für ausstehende Mietzinse und von Fr. 11'130.-- als Schadenersatz gut. Mit kantonaler Berufung beantragte die Beschwerdeführerin sinngemäss, ihr Fr. 2'758.95 des hinterlegten Betrages herauszugeben und die Mietzinsforderung, soweit diese den Restbetrag der hinterlegten Summe überschreitet, sowie die Schadenersatzforderung abzuweisen. Daraufhin verpflichtete das Obergericht des Kantons Zürich die Beschwerdeführerin mit Beschluss vom 18. Februar 2008, der Beschwerdegegnerin Fr. 8'965.15 (Mietzinse) und Fr. 3'600.-- Schadenersatz zu zahlen, und wies die Gerichtskasse an, den hinterlegten Betrag der Beschwerdegegnerin auszuzahlen. Die hiergegen von der Beschwerdeführerin erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 23. Dezember 2008 ab, soweit es darauf eintrat.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht im Wesentlichen, sowohl den Entscheid des Kassationsgerichts als auch denjenigen des Obergerichts aufzuheben und ihre Rechtsbegehren gemäss Eingabe an das Obergericht des Kantons Zürich vom 3. Dezember 2007 (act. 21 [sic]) gutzuheissen. Die Beschwerdegegnerin schliesst im Wesentlichen auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht und das Kassationsgericht auf Vernehmlassung verzichten.

Erwägungen:
1. Der in mietrechtlichen Fällen erforderliche Streitwert von Fr. 15'000.-- (<ref-law>) wird angesichts der vor Obergericht noch streitigen Beträge von rund Fr. 27'300.-- überschritten.
1.1 Die Beschwerdeschrift an das Bundesgericht hat die Rechtsbegehren, deren Begründung mit Angabe der Beweismittel und die Unterschrift zu enthalten (<ref-law>). Fehlen die Begehren und/oder die Begründung oder missachten diese die gesetzlichen Anforderungen, wird ohne weiteres auf die Beschwerde nicht eingetreten. Eine Nachfrist zur Verbesserung wird nicht gesetzt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 490; betreffend die Begründung: <ref-ruling>).
1.2 Da die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law>), darf sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Er muss demnach angeben, welche Punkte des Entscheides angefochten und welche Abänderungen beantragt werden. Grundsätzlich ist ein materieller Antrag erforderlich; Anträge auf Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Entscheidung oder blosse Aufhebungsanträge genügen nicht und machen die Beschwerde unzulässig. Ein blosser Rückweisungsantrag reicht ausnahmsweise aus, wenn das Bundesgericht im Falle der Gutheissung in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, weil die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz fehlen (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen).
1.3 Nach <ref-law> ist in der Begründung der Anträge in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Unbeachtlich sind blosse Verweise auf die Akten; inwiefern das angefochtene Urteil Recht verletzt, ist in der Rechtsschrift selbst darzulegen (vgl. <ref-ruling> E. 1d S. 201; <ref-ruling> E. 2 S. 93 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 85; <ref-ruling> E. 1 S. 78 mit Hinweis).
1.4 Die Beschwerdeführerin stellt vor Bundesgericht keinen expliziten materiellen Antrag, sondern verweist auf ihre Eingabe an das Obergericht vom 3. Dezember 2007, welche sich allerdings in den kantonalen Akten unter act. 93 befindet, während das von der Beschwerdeführerin angegebene act. 21 die vor Bezirksgericht gestellten Rechtsbegehren enthält. Der blosse Hinweis auf kantonale Eingaben ist an sich ungenügend. Der Hinweis auf die Eingabe an das Obergericht kann allerdings nach Treu und Glauben nur dahingehend interpretiert werden, dass die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht an ihren vor Obergericht gestellten Begehren festhalten will. Der Inhalt dieser Begehren ist den tatsächlichen Feststellungen des Obergerichts, welche das Bundesgericht vorbehältlich abweichender Feststellungen des Kassationsgerichts seinem Entscheid zu Grunde legt, zu entnehmen. Ob dem Erfordernis eines materiellen Antrages damit Genüge getan ist, braucht nicht vertieft behandelt zu werden, da die Beschwerde, wie zu zeigen sein wird, ohnehin zum Scheitern verurteilt ist. Soweit die Beschwerdeführerin aber in der Beschwerdebegründung einfach auf ihre Eingaben im kantonalen Verfahren verweist, ist von Vornherein nicht auf die Beschwerde einzutreten.
1.5 Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen und des Bundesverwaltungsgerichts. Dabei knüpft der Begriff der Letztinstanzlichkeit an jenen von Art. 86 Abs. 1 OG an. Letztinstanzlichkeit gemäss <ref-law> bedeutet, dass der kantonale Instanzenzug für die Rügen, die dem Bundesgericht vorgetragen werden, ausgeschöpft sein muss (<ref-ruling> E. 1.3 S. 527 mit Hinweisen). Wenn der Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts mit einem Rechtsmittel, das nicht alle Rügen nach den Artikeln 95-98 zulässt, bei einer zusätzlichen kantonalen Gerichtsinstanz angefochten worden ist, so beginnt die Beschwerdefrist erst mit der Eröffnung des Entscheids dieser Instanz (<ref-law>). Dabei kann auch der Entscheid des oberen kantonalen Gerichts mitangefochten werden, jedoch nur betreffend Rügen, welche der zusätzlichen kantonalen Instanz nicht unterbreitet werden konnten. Soweit eine Rüge der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde zugänglich ist, war die Beschwerdeführerin nach dem Gesagten gehalten, diese dem Kassationsgericht zu unterbreiten und dessen Entscheid vor Bundesgericht anzufechten. Da mit Nichtigkeitsbeschwerde auf einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme beruhende Feststellungen gerügt werden können (§ 281 Ziff. 2 der Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976, ZPO/ZH, LS 271), ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, soweit die Beschwerdeführerin die Beweiswürdigung des Obergerichts direkt ohne Bezugnahme auf den Entscheid des Kassationsgerichts beanstandet.
1.6 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind nach Massgabe von <ref-law> zu begründen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von <ref-law>, die dem Richter geradezu in die Augen springen (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen).
2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Kassationsgericht hätte ihre Rüge behandeln müssen, wonach das Obergericht den Vertrag willkürlich ausgelegt habe, indem es annahm, der Ehemann der Beschwerdegegnerin sei nicht Vertragspartei.
2.1 Ziel der Vertragsauslegung ist es, in erster Linie den übereinstimmenden wirklichen Willen der Parteien festzustellen (vgl. <ref-law>). Diese subjektive Vertragsauslegung beruht auf Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 97 und 105 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung entzogen ist. Steht eine tatsächliche Willensübereinstimmung fest, bleibt für eine Auslegung nach dem Vertrauensgrundsatz kein Raum (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632). Erst wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten. Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67 mit Hinweisen). Massgebend ist dabei der Zeitpunkt des Vertragsabschlusses. Nachträgliches Parteiverhalten ist bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip nicht von Bedeutung; es kann höchstens - im Rahmen der Beweiswürdigung - auf einen tatsächlichen Willen der Parteien schliessen lassen (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67; <ref-ruling> E. 3.1 S. 632).
2.2 Das Kassationsgericht ging davon aus, das Obergericht habe keinen tatsächlichen Willen der Vertragsparteien festgestellt, sondern den Vertrag nach dem Vertrauensprinzip ausgelegt. Es trat auf die Rüge nicht ein, da diese vom Bundesgericht im Beschwerdeverfahren frei überprüft werden könne. Dies trifft zu, weshalb die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde nicht gegeben ist (<ref-law>/ZH). Auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin zum übereinstimmenden Willen der Parteien ist nicht einzutreten. Das Kassationsgericht ist auf die entsprechenden Ausführungen der Beschwerdeführerin nicht näher eingegangen, weil diese sich auf unzulässige Noven berufen hatte. Inwiefern diese Auffassung Recht verletzt, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf und ist auch nicht ersichtlich. Damit war das Kassationsgericht nicht gehalten, den Entscheid des Obergerichts insoweit zu überprüfen.
2.3 Im Mietvertrag wurde das Formularfeld "Vermieter" mit "A. + B. Z._" ausgefüllt. Anschliessend folgt die Adresse. Darunter kann nach dem Wortlaut nur die Beschwerdegegnerin und ihr Ehemann verstanden werden. Der Mietvertrag wurde aber für die Vermieterschaft einzig von der Beschwerdegegnerin unterzeichnet. Das Obergericht zog überdies in Betracht, spätestens nach Unterzeichnung des Aktienkaufvertrages am 15. Dezember 2001 sei bekannt gewesen, dass die Beschwerdegegnerin Alleineigentümerin des Mietobjekts gewesen sei, wobei festgehalten werde, dass die Gesellschaft in einem Mietvertrag stehe, und ausdrücklich von der "Vermieterin" die Rede sei. Wenn das Obergericht gestützt auf diese Tatsachen zum Schluss kam, die Beschwerdeführerin habe entgegen dem Wortlaut nach Treu und Glauben nicht davon ausgehen können, der Ehemann sei Vertragspartner, ist dies bundesrechtlich nicht zu beanstanden, da der Wortlaut allein nicht massgeblich ist, sondern die gesamten Umstände bei Vertragsschluss zu berücksichtigen sind.
2.4 Die Beschwerdeführerin macht allerdings sinngemäss geltend, das Kassationsgericht hätte den aus dem Aktienkaufvertrag gezogenen Schluss, es sei den Parteien bekannt gewesen, dass die Beschwerdegegnerin Alleineigentümerin des Mietobjekts gewesen sei, als willkürlich erachten müssen. Im Aktienkaufvertrag sei nur an einer Stelle von einer Vermieterin die Rede, während sonst vom Vermieter gesprochen werde. Zudem werde der Mietvertrag zum integrierenden Bestandteil des Aktienkaufvertrages erklärt, womit klar sei, dass die Beschwerdegegnerin ihren Ehemann als Vermieter anerkannt habe.
2.4.1 Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1 S. 211 mit Hinweisen). Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133).
2.4.2 Zwar trifft zu, dass der Vertrag an gewissen Stellen auch vom "Vermieter" spricht. Am Ende des Vertrages sind indessen die integrierenden Bestandteile der Vereinbarung aufgelistet. Dort findet sich an dritter Stelle folgende Angabe: "- Mietvertrag mit Frau A.Z._". Damit ist es im Ergebnis jedenfalls nicht offensichtlich unhaltbar, wenn die kantonalen Instanzen davon ausgingen, die Vertragsparteien hätten aufgrund dieses Aktienkaufvertrages gewusst, dass die Beschwerdegegnerin Alleineigentümerin des Mietobjekts war. Die Rüge der Beschwerdeführerin ist daher unbegründet.
2.5 Die Beschwerdeführerin beanstandet, das Obergericht habe eine von ihr betreffend die Bezahlung der Mietzinse angerufene Zeugin zu Unrecht nicht angehört mit der Begründung, die Beweisofferte habe sich nicht auf die Mietzinszahlungen bezogen. Das Kassationsgericht trat auf diese Rüge nicht ein, da die Beschwerdeführerin sich nicht hinreichend mit der Argumentation des Obergerichts auseinandergesetzt habe. Die Beschwerdeführerin versucht zwar aufzuzeigen, dass sie die Zeugin bezüglich Mietzinszahlungen angerufen hat. Dass sie sich mit der Argumentation des Obergerichts in der Nichtigkeitsbeschwerde hinreichend auseinandergesetzt hätte, vermag sie dadurch aber nicht aufzuzeigen. Damit ist nicht ersichtlich, inwieweit der Entscheid des Kassationsgerichts Recht verletzt, und der Beschluss des Obergerichts ist mangels Letztinstanzlichkeit nicht zu überprüfen.
2.6 Das Obergericht erachtete als erwiesen, dass die Beschwerdeführerin vor Rückgabe des Mietobjekts zusammen mit den eigenen Einbauten die vorbestehenden elektrischen Einrichtungen vorsätzlich herausgerissen habe, und verpflichtete sie zu Schadenersatz. Vor Obergericht hatte die Beschwerdeführerin unter Verweis auf eine von der Beschwerdegegnerin eingereichte Rechnung erstmals eingewendet, sie selbst habe allfällige vorbestehende elektrische Einrichtungen bezahlt. Das Obergericht liess die neue Behauptung aus prozessualen Gründen nicht zu, da sie sich nicht sofort beweisen lasse (<ref-law>/ZH). Es hielt einerseits fest, aus dem Beleg ergebe sich nicht zweifelsfrei, dass es sich bei der in der Rechnung genannten Y._ AG um die Beschwerdeführerin handle. Dies ergibt sich indessen aus einem bei den Akten befindlichen Auszug, weshalb das Kassationsgericht dieses Argument des Obergerichts für willkürlich erachtete. Das Obergericht war andererseits aber der Auffassung, selbst wenn die Rechnung von der Beschwerdeführerin bezahlt worden sei, stünde damit nicht fest, dass die Beschwerdeführerin berechtigt war, jene Installationen auszubauen, denn über die näheren Umstände der Ausführung der Arbeiten und allfällige Absprachen zwischen Mieterin und Vermieterin sei nichts bekannt. Diese Begründung erachtete das Kassationsgericht für stichhaltig, zumal sich aus den Vorbringen der Beschwerdeführerin selbst ergebe, dass die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin zumindest einen Teil der Aufwendungen ersetzt habe, so dass die Berechtigung, die vorbestehenden Installationen auszubauen, zweifelhaft sei. Die Beschwerdeführerin behauptet zwar, damit sei das Kassationsgericht in Willkür verfallen. Sie setzt sich mit der Argumentation des Kassationsgerichts nicht auseinander und genügt damit den Begründungsanforderungen in keiner Weise. Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
3. Der zweite Teil der Beschwerde richtet sich gegen das Urteil des Obergerichts.
3.1 Die Beschwerdeführerin bemängelt zunächst, das Obergericht hätte den Beweis, dass mündlich eine Mietzinsreduktion vereinbart worden sei, für erbracht ansehen müssen. Die willkürliche Feststellung des Sachverhalts kann indessen mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde beanstandet werden, so dass entsprechende Rügen gegen den Beschluss des Obergerichts nicht zu hören sind.
3.2 Dasselbe gilt bezüglich der weiteren Zahlungen (namentlich an den Ehemann der Beschwerdegegnerin), welche die Beschwerdeführerin als Mietzinszahlungen angerechnet wissen will. Einerseits geht sie dabei zu Unrecht davon aus, der Ehemann sei ebenfalls Vertragspartei. Andererseits kritisiert die Beschwerdeführerin in unzulässiger Weise (vgl. E. 1.5 hiervor) die Beweiswürdigung des Obergerichts und beschränkt sich überdies darauf, dem Bundesgericht ihre eigene Version der Geschehnisse vorzutragen und daraus vom Entscheid des Obergerichts abweichende Schlüsse zu ziehen. Damit wären die Rügen ohnehin nicht hinreichend begründet.
3.3 Das gleiche Bild zeigt sich bezüglich der Schadenersatzforderung. Ob die Beschwerdeführerin den ihr angelasteten Schaden tatsächlich verursacht hat und ob der Beschwerdegegnerin der entsprechende Beweis gelungen ist, betrifft ebenfalls die tatsächlichen Feststellungen, welche die Beschwerdeführerin zunächst mit Nichtigkeitsbeschwerde hätte beanstanden müssen. Auf die diesbezüglichen Rügen ist nicht einzutreten. Eine Bundesrechtsverletzung ist weder dargetan noch ersichtlich.
4. Die Beschwerde erweist sich insgesamt als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kassationsgericht des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak