Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdegegner) hatte in der ehemaligen DDR eine Ausbildung zum Zootechniker abgeschlossen. Nach der Wende liess er sich zum Maurer umschulen. Von Januar 1993 bis Juni 2005 war er in diversen deutschen Baubetrieben als Maurer tätig. Im Juli 2005 kam er in die Schweiz und fand eine erste Arbeit bis November 2005. Er erhielt bei diesem Einsatz einen Stundenlohn von Fr. 35.00 brutto. Vom 24. April 2006 bis zum 22. Dezember 2006 war er bei der X._ AG (Beschwerdeführerin) angestellt. Er wurde in verschiedenen Einsatzbetrieben als Maurer beschäftigt. Der jeweils vertraglich vereinbarte Stundenlohn belief sich auf Fr. 34.35 brutto, was dem Mindestlohn der Lohnklasse A nach dem Landesmantelvertrag für das Schweizerische Bauhauptgewerbe 2006-2008 (LMV 2006) entspricht.
B. Der Beschwerdegegner ist der Auffassung, er hätte einen Stundenlohn von Fr. 35.65 entsprechend der Lohnklasse Q des LMV 2006 erhalten müssen. Daher gelangte er an das Arbeitsgericht der Stadt Bern und verlangte von der Beschwerdeführerin unter diesem Titel Fr. 1'953.-- brutto, sowie die Nachzahlung der BVG-Beiträge für die Monate August bis September 2006 zu Handen seiner Pensionskasse. Am 29. Januar 2009 verpflichtete das Arbeitsgericht die Beschwerdeführerin unter Strafandrohung, die BVG-Beiträge auf die Lohnbetreffnisse August und September 2006 auszurechnen und der zuständigen Pensionskasse einzuzahlen. In diesen Punkten akzeptierte die Beschwerdeführerin den Entscheid des Arbeitsgerichts ausser bezüglich der Strafandrohung, da diese nicht beantragt worden sei. Ferner sprach das Arbeitsgericht dem Beschwerdegegner Fr. 1'952.90 brutto zu. Der von der Beschwerdeführerin erhobenen Nichtigkeitsklage an das Obergericht des Kantons Bern war kein Erfolg beschieden, da nach Auffassung des Obergerichts weder der Nichtigkeitsgrund der Verletzung klaren Rechts gegeben war, noch dem Beschwerdegegner mehr zugesprochen worden sei als dieser verlangt habe (vgl. Dekret über die Arbeitsgerichte vom 9. November 1971 [BSG 162.71, DArbGer/BE] Art. 47 Ziff. 7 und Ziff. 5).
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, den Entscheid des Arbeitsgerichts aufzuheben, soweit sie zur Zahlung von Fr. 1'952.90 brutto verpflichtet wird, und die Klage diesbezüglich abzuweisen. Ihr Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wies das Bundesgericht am 17. Juni 2009 ab. Der Beschwerdegegner beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, und eventuell, diese abzuweisen. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Soweit die Beschwerde in Zivilsachen zulässig ist, haben die Kantone grundsätzlich obere Gerichte, die als Rechtsmittelinstanzen entscheiden, einzusetzen (<ref-law>; zu den Ausnahmen vgl. lit. a-c derselben Bestimmung). Die unmittelbare Vorinstanz muss unter Vorbehalt allfälliger Rechtsmittel gegen Entscheide oberer kantonaler Gerichte nach <ref-law> mindestens die Rügen nach den Artikeln 95-98 BGG prüfen können (<ref-law>). Diese Voraussetzung wäre, sollte sich die Beschwerde in Zivilsachen als zulässig erweisen, nicht erfüllt, da das Obergericht die Anwendung von Bundesrecht nicht frei prüfen kann. Die Übergangsfrist zur Anpassung der kantonalen Bestimmungen ist indessen noch nicht abgelaufen (<ref-law>), weshalb das kantonale Verfahren insoweit nicht zu beanstanden ist.
1.1 Der Beschwerdegegner weist darauf hin, die Beschwerdeführerin verlange lediglich die Aufhebung des Entscheides des Arbeitsgerichts. Der Entscheid des Obergerichts sei unangefochtenen geblieben und damit in Rechtskraft erwachsen. Mangels Anfechtung des obergerichtlichen Entscheides komme eine Mitanfechtung des Entscheides des Arbeitsgerichts nach der unter Geltung des OG entwickelten Dorénaz-Praxis nicht in Betracht. Auch <ref-law> finde keine Anwendung, da nicht der Entscheid einer oberen kantonalen Instanz bei einer zusätzlichen Instanz angefochten werde, sondern ein erstinstanzlicher Entscheid.
1.2 Soweit das Obergericht als Rechtsmittelinstanz im Sinn von <ref-law> fungiert (zum Vorbehalt von <ref-law> vgl. E. 1 hiervor), muss es grundsätzlich angerufen werden, weil die Beschwerde in Zivilsachen nur gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig ist (<ref-law>). Bezüglich Rügen, welche das Obergericht nicht oder mit engerer Kognition als das Bundesgericht geprüft hat, kann indessen der erstinstanzliche Entscheid mitangefochten werden. Im Bereich der Mitanfechtung bildet nicht der zweit-, sondern der erstinstanzliche Entscheid das Anfechtungsobjekt, was in den Rechtsbegehren und in der Beschwerdebegründung zu berücksichtigen ist (<ref-ruling> E. 2 S. 143 f. mit Hinweisen). Die Rüge, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht, ohne dass ein Nichtigkeitsgrund gemäss Art. 47 Abs. 7 DArbGer/BE vorliegt, konnte die Beschwerdeführerin dem Obergericht nicht unterbreiten. Diesbezüglich kann der erstinstanzliche Entscheid mithin angefochten werden. Ob sich die Beschwerde daneben auch gegen den Entscheid des Obergerichts richtet, ist unerheblich.
2. Die Beschwerdeführerin anerkennt selbst, dass der für eine Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich erforderliche Streitwert nicht erreicht wird (<ref-law>). Ihrer Ansicht nach sind aber Rechtsfragen von grundsätzlicher Bedeutung zu behandeln, weshalb die Beschwerde dennoch zulässig sei (<ref-law>). Einerseits stelle sich die Frage, ob der LMV 2006 für die Einreihung in die Lohnklasse Q auch bezüglich ausländischer Arbeitnehmer eine dreijährige Berufstätigkeit in der Schweiz verlange und ob eine derartige Bestimmung zu einer indirekten Diskriminierung im Sinne des Personenfreizügigkeitsabkommens führen würde. Ferner sei zu klären, ob der im Rahmen einer verkürzten Zweitausbildung in Deutschland erlangte Gesellenbrief mit einem eidgenössischen Fähigkeitsausweis als Maurer gleichwertig sei. Mit Blick auf die Vielzahl ausländischer, namentlich deutscher Arbeitnehmer, die dem LMV unterstehen, gehe es um Fragen von grundsätzlicher Bedeutung, betreffend derer keine Einigkeit herrsche und die sich auch in anderen hängigen Verfahren stellten. Dass den aufgeworfenen Fragen grundsätzliche Bedeutung zukomme, lasse sich auch am medialen Interesse erkennen, das dem angefochtenen Entscheid entgegengebracht worden sei.
2.1 Der Begriff der Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung im Sinne von <ref-law> ist sehr restriktiv auszulegen, wobei auf die in der Botschaft enthaltene Umschreibung nicht ohne weiteres abgestellt werden kann, da diese die Möglichkeit, subsidiäre Verfassungsbeschwerde zu ergreifen, nicht berücksichtigte. Soweit es bei der aufgeworfenen Frage lediglich um die Anwendung von Grundsätzen der Rechtsprechung auf einen konkreten Fall geht, handelt es sich nicht um eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4; <ref-ruling> E. 1 S. 494 ff.; je mit Hinweisen). Die Voraussetzung von <ref-law> ist hingegen erfüllt, wenn ein allgemeines Interesse besteht, dass eine umstrittene Frage höchstrichterlich geklärt wird, um eine einheitliche Anwendung und Auslegung des Bundesrechts herbeizuführen und damit Rechtssicherheit herzustellen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4; <ref-ruling> E. 2.4 S. 648 f.). Eine neue Rechtsfrage kann vom Bundesgericht sodann beurteilt werden, wenn dessen Entscheid für die Praxis wegleitend sein kann, namentlich, wenn von unteren Instanzen viele gleichartige Fälle zu beurteilen sein werden (vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4309 Ziff. 4.1.3.1 zu Art. 70 E-BGG). Damit Fälle als gleichartig angesehen werden können, genügt es nicht, dass sich dieselbe Rechtsfrage (hier die Anerkennung eines ausländischen Abschlusses) in weiteren Verfahren stellen wird. Die zu beurteilende Streitsache muss überdies geeignet sein, die Frage auch mit Bezug auf die anderen Fälle zu klären. Diese Voraussetzung ist nicht erfüllt, wenn entscheidrelevante Eigenheiten bestehen, die bei den anderen Fällen in der Regel nicht gegeben sind. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, ist in der Beschwerdeschrift auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist (<ref-law>).
2.2 Selbst wenn infolge der Allgemeinverbindlicherklärung eine Vielzahl von Arbeitnehmern den Bestimmungen des LMV 2006 unterstellt waren, macht dies nicht sämtliche Auslegungsdispute zu Rechtsfragen von grundsätzlicher Bedeutung. Stellt sich eine Frage nur in speziellen Konstellation, ist vielmehr darzulegen, dass ein Entscheid in dieser Konstellation für die Praxis wegleitend sein kann und die Rechtsfrage nach einer höchstrichterlichen Klärung ruft. Es ist mithin aufzuzeigen, dass die dem Bundesgericht unterbreitete Konstellation keinen Einzelfall darstellt (vgl. Urteil des Bundesgerichts 4A_5/2009 vom 11. März 2009 E. 2.3).
2.3 Nach Art. 42 Abs. 1 LMV 2006 fallen in die Lohnklasse Q gelernte Bau-Facharbeiter mit einem von der SVK (Schweizerische Paritätische Vollzugskommission) anerkannten Berufsausweis (Eidg. Fähigkeitszeugnis oder gleichwertiger ausländischer Fähigkeitsausweis) und mindestens dreijähriger Tätigkeit auf Schweizer Baustellen, wobei die Berufslehrzeit als Tätigkeit gilt. Umstritten ist, ob deutsche Arbeitnehmer neben einem gleichwertigen Abschluss eine dreijährige Tätigkeit auf "Schweizer" Baustellen vorweisen müssen, um in die Lohnklasse Q aufsteigen zu können, oder ob auch die Tätigkeit auf einer ausländischen Baustelle genügt.
2.3.1 Diese Streitfrage wurde für die Zukunft bereits geklärt. Art. 42 Abs 1 der neuen Version des Landesmantelvertrages (LMV 2008) verlangt nunmehr lediglich eine mindestens dreijährige Tätigkeit "auf Baustellen" statt "auf Schweizer Baustellen". Darauf hatte, wie das Arbeitsgericht festhält, bereits die SVK in ihrer Stellungnahme hingewiesen. Sofern sich die Beschwerdeführerin dennoch auf die Ausnahmebestimmung von <ref-law> berufen wollte, müsste sie im Einzelnen darlegen, dass der Frage grundsätzliche Bedeutung zukommt, obwohl sie sich unter der Geltung des LMV 2008 nicht mehr stellt. Da entsprechende Ausführungen fehlen, wird die Beschwerdeschrift insoweit den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht gerecht.
2.3.2 Zudem beruft sich die Beschwerdeführerin darauf, das Kriterium der Tätigkeit auf einer "Schweizer" Baustelle lasse sich objektiv rechtfertigen, da Maurer auf Schweizer Baustellen im Vergleich zum Ausland anspruchsvollere Tätigkeiten ausführten und die Arbeitsabläufe und Zuständigkeiten teilweise anders seien. Die kantonalen Instanzen haben indessen nichts Entsprechendes festgestellt. Zwar geht aus den kantonalen Entscheiden hervor, dass die Beschwerdeführerin prozesskonform entsprechende Behauptungen aufgestellt hat. Da die Beschwerdeführerin aber nicht aufzeigt, dass sie für diese Behauptung prozesskonform Beweise angeboten hätte, welche nicht abgenommen worden wären, gelingt es ihr nicht, die Sachverhaltsfeststellung als offensichtlich unrichtig oder unvollständig auszuweisen (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 BGG). Damit scheidet eine diesbezügliche Ergänzung des Sachverhalts aus. Insoweit könnte ein Entscheid des Bundesgerichts für andere Fälle keine präjudizielle Wirkung entfalten und beträfe nur den Einzelfall. Die Voraussetzungen für ein Absehen vom Streitwerterfordernis sind diesbezüglich nicht erfüllt.
2.4 Weiter unterbreitet die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht die Frage, ob der im Rahmen einer verkürzten Zweitausbildung in Deutschland erlangte Gesellenbrief mit einem eidgenössischen Fähigkeitsausweis als Maurer gleichwertig sei.
2.4.1 Zunächst setzt sich die Beschwerdeführerin auch diesbezüglich nicht hinreichend mit dem zwischenzeitlich vereinbarten LMV 2008 auseinander. Sie zeigt weder auf, dass sich die zu beurteilende Frage auch im LMV 2008 unter den gleichen Vorzeichen stellt und dem Entscheid des Bundesgerichts auch insoweit Präjudizwirkung zukäme, noch legt sie dar, inwiefern der Frage selbst dann grundsätzliche Bedeutung zukäme, wenn der Entscheid nicht auf den neu geltenden LMV 2008 übertragen werden könnte. Damit genügt sie den Begründungsanforderungen nicht (<ref-law>).
2.4.2 Davon abgesehen beruft sich die Beschwerdeführerin darauf, die Zweitausbildung des Beschwerdegegners sei mit dessen Erstausbildung nicht artverwandt. Dieses Argument hält sie der Auffassung der SVK, welcher die Streitfrage unterbreitet worden war, entgegen, wonach bei Absolvierung einer Zweitausbildung in einem artverwandten Beruf gewisse Prüfungen erlassen werden könnten, weshalb die Ausbildungsdauer verkürzt sein könne. Damit unterbreitet die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht auch bezüglich der Art der Erstausbildung einen Spezialfall, ohne im Einzelnen darzulegen, dass auch für diesen Sonderfall die Voraussetzungen für die Annahme einer Frage von grundsätzlicher Bedeutung gegeben wären. Auch insoweit genügt sie den Begründungsanforderungen nicht.
3. Es gelingt der Beschwerdeführerin nicht, aufzuzeigen, dass eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung zu beurteilen wäre. Eine Entgegennahme der Eingabe als subsidiäre Verfassungsbeschwerde scheidet aus, da die Beschwerdeschrift den diesbezüglichen strengen Begründungsanforderungen nicht genügt (Art. 117 i.V.m. <ref-law>) und sich die Beschwerdeführerin nicht hinreichend mit dem Urteil des Obergerichts auseinandersetzt, das allein Anfechtungsobjekt einer subsidiären Verfassungsbeschwerde bilden könnte, da in dieser auch das Bundesgericht die Anwendung von Bundesrecht nur auf die Verletzung des Willkürverbots hin überprüfen könnte (<ref-law> und <ref-law>). Diese Rüge kann aber dem Obergericht als Verletzung klaren Rechts unterbreitet werden. Klares Recht verletzt gemäss den Ausführungen des Obergerichts eine Rechtsanwendung, die schlechterdings unhaltbar ist. Unter derselben Voraussetzung ist eine Verletzung von <ref-law> gegeben (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133 mit Hinweisen).
4. Damit ist insgesamt auf die Beschwerde nicht einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig. Nach <ref-law> kommt in Streitigkeiten aus einem Arbeitsverhältnis nur eine reduzierte Gerichtsgebühr in Ansatz. Dagegen ist die volle Parteientschädigung geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. August 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak