Sachverhalt:
A. X._ wurde 1987 in Somalia geboren und lebt seit 1997 in der Schweiz. Am 26. August 2003 stellte er ein Einbürgerungsgesuch. Am 19. November 2003 wurde er vom Stadtrat von Zürich in das Bürgerrecht der Stadt Zürich aufgenommen und sein Gesuch wurde der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich zur Weiterbehandlung übergegeben. Am 5. April 2004 verlieh das Gemeindeamt X._ das zürcherische Kantonsbürgerrecht und das Schweizer Bürgerrecht. Die erfolgte Aufnahme in das Gemeindebürgerrecht von Zürich wurde bestätigt.
Nachforschungen des Gemeindeamts im Sommer 2004 ergaben, dass X._ seit 2002 verschiedene Straftaten begangen hatte, unter anderem (mehrfachen) Raub. Diese Umstände veranlassten das Amt, gegen ihn ein Verfahren betreffend Nichtigerklärung der Einbürgerung zu eröffnen. In diesem Verfahren konnte er schriftlich Stellung nehmen. Mit Verfügung vom 26. Februar 2007 erklärte das Gemeindeamt die Einbürgerung von X._ für nichtig.
B. Mit Rekurs an die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich beantragte X._ die Aufhebung dieses Entscheids. Die Direktion wies den Rekurs mit Verfügung vom 20. Juli 2007 ab.
C. In der Folge gelangte X._ gemäss der Rechtsmittelbelehrung an den Regierungsrat und beantragte die Aufhebung des angefochtenen Rekursentscheids. Mit Beschluss vom 10. September 2008 trat der Regierungsrat auf das Rechtsmittel mangels Zuständigkeit nicht ein und überwies die Sache dem Verwaltungsgericht zur Beurteilung. Mit Entscheid vom 5. November 2008 wies dieses die Beschwerde ab. Es erwog, X._ habe im Rahmen des Einbürgerungsverfahrens seine Beteiligung an neun verschiedenen, teilweise versuchten Raubüberfällen verschwiegen. Er habe die Einbürgerung somit erschlichen, weshalb die Voraussetzungen einer Nichtigerklärung im Sinne von Art. 41 des Bundesgesetzes vom 29. September 1952 über Erwerb und Verlust des Schweizer Bürgerrechts (Bürgerrechtsgesetz, BüG; SR 141.0) erfüllt seien. Da die verübten Verstösse gegen die schweizerische Rechtsordnung schwer wögen, sei die Massnahme verhältnismässig.
D. Mit Eingabe vom 15. Dezember 2008 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>). Er beantragt im Wesentlichen die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils vom 5. November 2008. Eventuell sei die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Der Beschwerdeführer ersucht um Bewilligung der unentgeltlichen Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Er rügt, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt (<ref-law>) und sie habe Bundesrecht verletzt (<ref-law>).
E. Das Gemeindeamt des Kantons Zürich schliesst in seiner Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Der Beschwerdeführer hat von der Gelegenheit Gebrauch gemacht, eine Stellungnahme einzureichen. Mit Eingabe vom 20. Februar 2009 hält er an seinen bisherigen Ausführungen und Anträgen fest.
F. Die I. öffentlichrechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die Angelegenheit am 11. November 2009 an einer öffentlichen Sitzung beraten.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über eine Nichtigerklärung einer Einbürgerung und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zugrunde. Die Ausnahme der ordentlichen Einbürgerung gemäss <ref-law> erstreckt sich nicht auf die Nichtigerklärung der Einbürgerung. Auf die Beschwerde ist somit unter Vorbehalt zulässiger Rügen (vgl. E. 1.2 und 1.3 hiernach) grundsätzlich einzutreten.
1.2 Soweit der Beschwerdeführer die Aufhebung der Verfügung des Gemeindeamts vom 26. Februar 2007 betreffend Nichtigerklärung der Einbürgerung verlangt, ist auf seine Beschwerde nicht einzutreten. Diese Verfügung ist durch den Entscheid der nachfolgenden Rechtsmittelinstanzen ersetzt worden (sog. Devolutiveffekt) und gilt als inhaltlich mitangefochten (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 441; <ref-ruling> E. 1c S. 33; je mit Hinweisen).
1.3 Der Beschwerdeführer verweist teilweise auf Ausführungen vor den kantonalen Instanzen. Auf solche Verweisungen wird praxisgemäss nicht eingetreten (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 399 f. mit Hinweisen).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz. Dass er vor der Einbürgerung als anerkannter Flüchtling in der Schweiz gelebt habe, sei aktenwidrig. Zutreffend sei vielmehr, dass er lediglich Inhaber einer Aufenthaltsbewilligung F für vorläufig aufgenommene Ausländer gewesen sei; eine Kopie des Ausländerausweises F habe sich bei den Akten befunden. Die unrichtige Sachverhaltsfeststellung sei für den Ausgang des Verfahrens entscheidend, da sie einen grossen Einfluss auf die Beurteilung der Verhältnismässigkeit der Nichtigerklärung der Einbürgerung habe. Vorliegend sei davon auszugehen, dass das Bundesamt für Migration wegen der vom Beschwerdeführer begangenen Straftaten davon absehen werde, ihm im Anschluss an eine Nichtigerklärung der Einbürgerung erneut die vorläufige Aufnahme zu gewähren. Konsequenz der Nichtigerklärung wäre daher, dass er nach Somalia ausgewiesen würde. Dort verfüge er weder über ein soziales Netz noch sei er mit den notwendigen Überlebensstrategien vertraut, um in diesem von Gewalt und Willkür beherrschten Land ein neues Leben aufbauen zu können.
2.2 Soweit der Beschwerdeführer die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann er nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
2.3 Über die Frage, ob dem Betroffenen im Anschluss an die Nichtigerklärung der Einbürgerung allenfalls ein Anwesenheitsrecht eingeräumt wird bzw. ob er aus der Schweiz weggewiesen wird, ist nicht im Einbürgerungsverfahren zu befinden. Darüber haben vielmehr die für die Anwendung des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20) zuständigen Behörden aufgrund der aktuellen Sach- und Rechtslage zu entscheiden. Die Frage, ob der Beschwerdeführer vor der Einbürgerung den Status eines vorläufig aufgenommenen Ausländers hatte, ist daher für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens nicht erheblich. Auf die bezüglich der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung erhobene Rüge ist deshalb nicht einzutreten.
3. 3.1 Nach <ref-law> kann die Einbürgerung vom Bundesamt mit Zustimmung der zuständigen Behörde des Heimatkantons innert fünf Jahren nichtig erklärt werden, wenn sie durch falsche Angaben oder Verheimlichung erheblicher Tatsachen erschlichen worden ist. Unter den gleichen Voraussetzungen kann die Einbürgerung nach Art. 12 bis 17 BüG (ordentliche Einbürgerung) von der zuständigen kantonalen Behörde nichtig erklärt werden (<ref-law>). Das blosse Fehlen der Einbürgerungsvoraussetzungen genügt nicht. Die Nichtigerklärung der Einbürgerung setzt vielmehr voraus, dass diese "erschlichen", das heisst mit einem unlauteren und täuschenden Verhalten erwirkt worden ist. Arglist im Sinne des strafrechtlichen Betrugstatbestands ist nicht erforderlich. Immerhin ist notwendig, dass der Betroffene bewusst falsche Angaben macht bzw. die Behörde bewusst in einem falschen Glauben lässt und so den Vorwurf auf sich zieht, es unterlassen zu haben, die Behörde über eine erhebliche Tatsache zu informieren (<ref-ruling> E. 3.1 S. 115). Wesentlich sind dabei nicht nur Umstände, nach denen die Behörden ausdrücklich gefragt haben, sondern auch solche, von denen der Gesuchsteller wissen muss, dass sie für den Einbürgerungsentscheid massgebend sind; ob die Einbürgerungsbehörden die fragliche Tatsache bei gebotener Sorgfalt selbst hätten ermitteln können, spielt keine Rolle. Diese im Zusammenhang mit der Erteilung der Niederlassungsbewilligung entwickelte Rechtsprechung (Urteile des Bundesgerichts 2A.595/2006 vom 6. Februar 2007 E. 4.3 und 2A.346/2004 vom 10. Dezember 2004 E. 2.2 mit Hinweisen) muss erst recht bei Einbürgerungen gelten. Eine Verpflichtung des Gesuchstellers, die Einbürgerungsbehörden von sich aus über erhebliche Tatsachen zu informieren, ergibt sich zudem auch aufgrund seiner Mitwirkungspflicht in einem Verwaltungsverfahren, das er durch sein Begehren eingeleitet hat (vgl. <ref-law> [SR 172.021]). Diese dem Verwaltungsrecht eigene Verpflichtung besteht auch dann, wenn sich die betreffende Mitteilung zum Nachteil des Gesuchstellers auswirken kann (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 115 f.).
<ref-law> räumt der zuständigen Behörde bei der Nichtigerklärung einer Einbürgerung einen gewissen Ermessensspielraum ein (kann-Vorschrift). In Ermessensentscheide greift das Bundesgericht nur bei Missbrauch oder Überschreitung des Ermessens ein, etwa dann, wenn Gesichtspunkte berücksichtigt wurden, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn umgekehrt Umstände ausser Betracht geblieben sind, die hätten beachtet werden müssen. Ausserdem greift das Bundesgericht ein, wenn sich Ermessensentscheide im Ergebnis als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen. Es setzt jedoch nicht sein Ermessen an die Stelle desjenigen der in der Sache zuständigen Behörden (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 403; <ref-ruling> E. 1a/cc S. 279 f.; je mit Hinweisen).
3.2 3.2.1 Die Vorinstanz erwog, dem Beschwerdeführer habe nach seiner Beteiligung an neun verschiedenen (teilweise versuchten) Raubüberfällen im Zeitraum vom Juni 2002 bis zum April 2003 sowie nach seiner Inhaftierung vom 30. April bis zum 21. Mai 2003 bereits zum Zeitpunkt der Gesuchstellung (26. August 2003) klar sein müssen, dass er die Einbürgerungsvoraussetzung des Einhaltens der schweizerischen Rechtsordnung nicht erfülle. Dass dieser Punkt eine Voraussetzung sei, habe er im Rahmen des Einbürgerungsverfahrens zur Kenntnis genommen, indem er auf dem Gesuchsformular einen entsprechenden optisch hervorgehobenen Hinweis unterzeichnet habe. Aus Gründen von Treu und Glauben hätte er daher den Einbürgerungsbehörden die einschlägigen Tatsachen von sich aus mitteilen müssen, selbst wenn sich dies voraussichtlich zu seinem Nachteil ausgewirkt hätte. Da er dies jedoch nicht nur im Zeitpunkt der Gesuchstellung, sondern auch noch nach Eröffnung der Erziehungsverfügung vom 22. November 2003 unterlassen habe, habe er die Einbürgerung im Sinne von <ref-law> erschlichen.
3.2.2 Der Beschwerdeführer bestreitet, den Einbürgerungsbehörden gegenüber etwas verschwiegen zu haben, zumal er weder nach allfälligen Vorstrafen noch nach laufenden Strafverfahren gefragt worden sei. Er habe sich den von den Behörden verlangten Strafregisterauszug zuschicken lassen und nach dessen Eintreffen festgestellt, dass er im Strafregister nicht verzeichnet sei. Diesen Umstand habe er sich damit erklärt, dass die Schweizer Behörden, von deren fehlerfreiem Handeln er überzeugt gewesen sei, die von ihm begangenen Delikte aus irgendwelchen Gründen nicht mehr als relevant einstufen würden. Vor diesem subjektiven Hintergrund könne nicht darauf geschlossen werden, dass er es wissentlich und willentlich unterlassen habe, von sich aus über seine Delinquenz zu informieren, mit dem Ziel, die Behörden zu täuschen. Gestützt auf den Strafregisterauszug habe er vielmehr geglaubt, aus irgendwelchen Gründen in den Genuss einer Art Begnadigung gekommen zu sein.
3.2.3 Dass das Beachten der schweizerischen Rechtsordnung eine Voraussetzung jeder Einbürgerung ist (<ref-law>), musste dem Beschwerdeführer bekannt gewesen sein. Bei der Einreichung seines Einbürgerungsgesuchs vom 26. August 2003 nahm er einen entsprechenden schriftlichen und optisch hervorgehobenen Hinweis unterschriftlich zur Kenntnis. Dem Beschwerdeführer musste somit bewusst sein, dass es sich bei den von ihm begangenen Straftaten und den laufenden Strafverfahren um entscheidrelevante Tatsachen handelte. Die Verpflichtung, den Behörden wesentliche Tatsachen zu offenbaren, besteht nicht nur hinsichtlich solcher Tatsachen, nach denen die Behörden ausdrücklich gefragt haben, sondern auch hinsichtlich solcher Tatsachen, von denen der Gesuchsteller wissen muss, dass sie für den Einbürgerungsentscheid massgebend sind. Diese im Zusammenhang mit der Erteilung der Niederlassungsbewilligung entwickelte Rechtsprechung (Urteile 2A.84/2002 vom 21. Februar 2002 E. 2.1; 2A.374/2001 vom 10. Januar 2002 E. 3; 2A.366/1999 vom 16. März 2000 E. 3a; je mit Hinweisen) muss auch bei Einbürgerungen gelten. Der Beschwerdeführer wäre nach Treu und Glauben verpflichtet gewesen, auf die im Zeitpunkt der Einbürgerung bereits erfolgte Bestrafung, aber auch auf die noch hängigen Verfahren hinzuweisen. Indem er das unterliess, hat er erhebliche Tatsachen verschwiegen. Die Einbürgerung wurde somit erschlichen im Sinne von <ref-law> und kann daher für nichtig erklärt werden.
3.2.3 Dass das Beachten der schweizerischen Rechtsordnung eine Voraussetzung jeder Einbürgerung ist (<ref-law>), musste dem Beschwerdeführer bekannt gewesen sein. Bei der Einreichung seines Einbürgerungsgesuchs vom 26. August 2003 nahm er einen entsprechenden schriftlichen und optisch hervorgehobenen Hinweis unterschriftlich zur Kenntnis. Dem Beschwerdeführer musste somit bewusst sein, dass es sich bei den von ihm begangenen Straftaten und den laufenden Strafverfahren um entscheidrelevante Tatsachen handelte. Die Verpflichtung, den Behörden wesentliche Tatsachen zu offenbaren, besteht nicht nur hinsichtlich solcher Tatsachen, nach denen die Behörden ausdrücklich gefragt haben, sondern auch hinsichtlich solcher Tatsachen, von denen der Gesuchsteller wissen muss, dass sie für den Einbürgerungsentscheid massgebend sind. Diese im Zusammenhang mit der Erteilung der Niederlassungsbewilligung entwickelte Rechtsprechung (Urteile 2A.84/2002 vom 21. Februar 2002 E. 2.1; 2A.374/2001 vom 10. Januar 2002 E. 3; 2A.366/1999 vom 16. März 2000 E. 3a; je mit Hinweisen) muss auch bei Einbürgerungen gelten. Der Beschwerdeführer wäre nach Treu und Glauben verpflichtet gewesen, auf die im Zeitpunkt der Einbürgerung bereits erfolgte Bestrafung, aber auch auf die noch hängigen Verfahren hinzuweisen. Indem er das unterliess, hat er erhebliche Tatsachen verschwiegen. Die Einbürgerung wurde somit erschlichen im Sinne von <ref-law> und kann daher für nichtig erklärt werden.
3.3 3.3.1 Die Vorinstanz erwog, die Nichtigerklärung der Einbürgerung des Beschwerdeführers erscheine als zumutbar und als verhältnismässig. Zwar sei seit der Einbürgerung bereits relativ viel Zeit verstrichen und der Beschwerdeführer habe schon den Militärdienst absolviert. Die von ihm vor der Einbürgerung begangenen Verstösse gegen die schweizerische Rechtsordnung wögen aber schwer, auch wenn sie wegen der Jugendlichkeit des Beschwerdeführers nicht mit Strafen im eigentlichen Sinn, sondern lediglich mit Massnahmen geahndet worden seien. Die Vorinstanz hält hierzu fest, dass die Sanktionen und Massnahmen des damaligen Jugendstrafrechts nach dem gesamten Persönlichkeitsbild des Straftäters und nach erzieherischen Gesichtspunkten festgesetzt würden und nicht nach der Schwere der begangenen Straftaten und des Verschuldens. Wenn für den Beschwerdeführer mit Entscheid vom 22. November 2003 lediglich eine Erziehungshilfe angeordnet und er lediglich zu einer Arbeitsleistung von zehn Tagen verpflichtet worden sei, könne daraus nicht auf das Verschulden des Täters geschlossen werden. Seine Beteiligung an neun verschiedenen Raubtaten (teilweise versuchte Tatbegehung) - zum Teil gegenüber zufällig ausgewählten Opfern - während fast eines Jahres und die dabei mehrmals von ihm eingenommene aktive, gewalttätige Rolle stelle jedenfalls einen erheblichen Verstoss gegen die Rechtsordnung dar. Bei den dem Entscheid vom 22. November 2003 zugrunde liegenden Sachverhalten handle es sich zudem in Bezug auf die Täterschaft des Beschwerdeführers nicht um zufällige oder einmalige "Episoden", zumal er am 26. Dezember 2003 und nach erfolgter Einbürgerung weitere Straftaten begangen habe, wofür er später mit zehn Tagen Einschliessung habe bestraft werden müssen.
3.3.2 Den kantonalen Akten kann entnommen werden, dass der Beschwerdeführer in den Jahren 2002 und 2003 im Alter von 15 und 16 Jahren als Mittäter bei neun Raubüberfällen, einem versuchten Raub und einem Angriff mitwirkte. Die Täter gingen jeweils mit grosser Brutalität vor, meist gegen zufällig ausgewählte Opfer. Sie bedrohten diese mit zerschlagenen Glasflaschen und schlugen sie, wenn sie das verlangte Geld nicht sofort herausgaben, mit Schlägern und Stuhlbeinen und sie traktierten sie mit Fusstritten, wenn sie am Boden lagen. Am 26. Dezember 2003 delinquierte der Beschwerdeführer erneut. Er beging einen Hausfriedensbruch und am 22. Mai bzw. 18. Juni 2004, nunmehr 17-jährig, machte er sich der Mittäterschaft bei einem Angriff und der Begünstigung schuldig. Zu diesem Zeitpunkt war er für die früher begangenen Straftaten bereits mit der Erziehungsverfügung vom 22. November 2003 bestraft worden.
3.3.3 Der Beschwerdeführer bringt vor, er sei als zehnjähriger Junge in die Schweiz gekommen, habe hier die Schulen besucht, nach seiner Einbürgerung den Militärdienst geleistet. Seither sei er gut integriert. Er macht geltend, dass der Entzug des Schweizer Bürgerrechts für ihn nicht nur zur Folge hätte, dass er die damit verbundenen politischen Rechte verlöre, sondern dass er auch nach Somalia ausgewiesen würde (siehe dazu E. 2.1 hiervor). Angesichts dieser Konsequenzen überwiege sein Interesse an einem Verzicht auf die Nichtigerklärung der Einbürgerung das entgegenstehende öffentliche Interesse bei Weitem.
3.3.4 Die Vorinstanz hat bei der Handhabung des ihr zustehenden Ermessensspielraums allen wesentlichen Belangen Rechnung getragen (zur Frage und den möglichen Folgen einer Wegweisung des Beschwerdeführers aus der Schweiz siehe E. 2.3 hiervor). Insbesondere hat sie berücksichtigt, dass seit der Einbürgerung des Beschwerdeführers bereits relativ viel Zeit verstrichen ist und dass er schon den Militärdienst absolviert hat. Dass sie demgegenüber dem geltend gemachten Verlust der politischen Rechte kein erhebliches Gewicht eingeräumt hat, ist nicht zu beanstanden, da dies eine Konsequenz jeder Nichtigerklärung einer Einbürgerung ist.
Bei der Gesamtwürdigung der massgebenden Umstände hat die Vorinstanz den vom Beschwerdeführer begangenen Verstössen gegen die schweizerische Rechtsordnung das überwiegende Gewicht eingeräumt. Dies ist angesichts der Schwere dieser Verstösse nachvollziehbar. Der Beschwerdeführer war im Alter von 15 bzw. 16 Jahren an mehreren Gewaltdelikten (Raubüberfällen) gegenüber meist zufällig ausgesuchten Opfern beteiligt; zudem hat er nach Einreichen des Einbürgerungsgesuchs weiterhin delinquiert. Der angefochtene Entscheid ist daher nicht zu beanstanden. Er erweist sich somit als bundesrechtskonform.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG), ist dem Begehren stattzugeben. Es sind daher keine Gerichtskosten zu erheben und dem Rechtsvertreter ist eine angemessene Entschädigung auszurichten.

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Dem Vertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Christian Widmer, wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Gemeindeamt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. November 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler