Sachverhalt:
A. A.a Die Versicherungskasse der Stadt Zürich führte als unselbständige Dienstabteilung der Stadt Zürich die berufliche Vorsorge der Angestellten der Stadt Zürich. Gemäss Art. 23 Abs. 1 der Statuten der Versicherungskasse vom 22. Dezember 1993 sind die Überschüsse der Jahresrechnung in erster Linie zur Deckung eines allfälligen Fehlbetrags in der Bilanz einzusetzen. In zweiter Linie sind die Reserven zu äufnen, wobei Bewertungs- (Art. 23 Abs. 2 lit. a sowie Abs. 3 der Statuten) und technische Reserven (Art. 23 Abs. 2 lit. b sowie Abs. 4 der Statuten) unterschieden werden. Gemäss Art. 25 und 26 der Statuten, je Abs. 1, entrichten für die Risikoversicherten die Versicherten und der Arbeitgeber je einen Risikobeitrag von 0,5 % des beitragspflichtigen Einkommens. Für die Vollversicherten entrichten gemäss je Abs. 2 der genannten Artikel die Versicherten einen Sparbeitrag von 6-9 % und der Arbeitgeber einen Sparbeitrag von 4-39 % sowie einen Risikobeitrag von 2 %.
A.b Mit Beschluss vom 2. April 1997 änderte der Gemeinderat (Legislative) der Stadt Zürich die Artikel 19 und 26 der Statuten. Es wurde ein Mechanismus vorgesehen, nach welchem bei anhaltend geringer Lohnteuerung die Sparbeiträge des Arbeitgebers und mit diesen die Altersgutschriften der Versicherten reduziert werden können (Art. 19 Abs. 6 der Statuten). Zudem traf der Gemeinderat in Ziff. 3 des Beschlusses folgende einmalige Übergangslösung: "Für das Geschäftsjahr 1997 wird auf die Erhebung von Risikobeiträgen für Vollversicherte gemäss Art. 26 Abs. 2 der Statuten der Versicherungskasse [...] verzichtet. Aus dem Jahresgewinn 1996 der Pensionskasse ist einmalig eine Risikoreserve zu bilden, welche 1997 zur Finanzierung der Risikobeiträge wieder aufzulösen ist". Gegen diese Ziffer 3 des Beschlusses erhob die Konferenz der Personalverbände (KPV; ein Verein, bestehend aus Verbänden, deren Mitglieder Arbeitnehmer der Stadt Zürich sind) Aufsichtsbeschwerde, welche das Bundesgericht letztinstanzlich mit Urteil 2A.100/2000 vom 26. November 2001 (<ref-ruling>) guthiess und Ziffer 3 des Beschlusses vom 2. April 1997 aufhob.
A.c Mit Beschluss vom 4. Februar 1998 änderte der Gemeinderat sodann die Statuten wie folgt ab: In Art. 23 Abs. 2 der Statuten wurde eine neue Litera c eingefügt mit dem Wortlaut: "zur Äufnung einer freien Reserve". Sodann wurde Art. 23 der Statuten um einen Absatz 5 ergänzt, welcher lautet: "Die freie Reserve dient der Äufnung der Reserven gemäss Abs. 2 lit. a und b [d.h. der Bewertungs- und der technischen Reserven], sofern diese nicht ausreichend dotiert sind. Sodann kann sie fallweise für jeweils ein Jahr zur teilweisen oder ganzen Finanzierung von Beiträgen der Versicherten und der Arbeitgeber herangezogen werden. Über Äufnung und Verwendung entscheidet der Stadtrat auf Antrag der Kassenkommission." Zugleich wurde gleichlautend in Art. 25 der Statuten (Beiträge der Versicherten) ein neuer Absatz 5 und in Art. 26 der Statuten (Beiträge des Arbeitgebers) ein neuer Absatz 4 eingefügt mit dem Wortlaut: "Vorbehalten bleibt die Finanzierung aus dem Vermögen der Pensionskasse (Art. 23)". Gegen diese Statutenänderung erhob die KPV ebenfalls Aufsichtsbeschwerde. Diese wurde letztinstanzlich vom Bundesgericht mit Urteil 2A.101/2000 vom 26. November 2001 abgewiesen.
B. B.a Aufgrund von Beschlüssen des Zürcher Stadtrats (Exekutive) vom 25. März 1998, 31. März 1999 und 22. März 2000 beglich die Versicherungskasse, gestützt auf Art. 23 Abs. 5 der Statuten, in den Jahren 1999, 2000 und 2001 je 60 % der gesamten Beiträge (Spar- und Risikobeiträge) für Vollversicherte, insgesamt rund 40 Mio. Franken, aus den in den Jahren 1997, 1998 und 1999 erzielten Überschüssen.
B.b Mit Aufsichtsbeschwerde vom 20. November 2002 gelangte die KPV an das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungen des Kantons Zürich als Aufsichtsbehörde und beantragte, es sei festzustellen, dass die von der Stadt Zürich in den Jahren 1999 bis und mit 2001 zulasten des Kassenvermögens vorgenommene Reduktion der Risikobeiträge für Vollversicherte gemäss Art. 26 Abs. 2 der Statuten der Versicherungskasse um 60 % rechtswidrig sei. Die Stadt Zürich sei anzuhalten, den für die Jahre 1999 bis 2001 im Umfang von 60 % noch geschuldeten Risikobeitrag für Vollversicherte gemäss Art. 26 Abs. 2 der Statuten an die Versicherungskasse zu überweisen.
B.c Zum 1. Januar 2003 wurde die Versicherungskasse von einer unselbständigen Anstalt in die selbständige öffentlich-rechtliche Stiftung "Pensionskasse Stadt Zürich" umgewandelt, welche in die Aktiven und Passiven der bisherigen Versicherungskasse eintrat.
B.d Mit Verfügung vom 19. Juli 2005 wies das Amt für berufliche Vorsorge und Stiftungen des Kantons Zürich die Aufsichtsbeschwerde in der Sache ab. Es erwog, die Pensionskasse sei an die Stelle der Stadt Zürich getreten. Diese habe nur noch die Stellung einer Arbeitgeberin und sei im Aufsichtsbeschwerdeverfahren nicht Partei.
B.e Die KPV erhob dagegen Beschwerde an die damalige Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge. Mit Entscheid vom 30. Juni 2009 wies das inzwischen zuständige Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab.
C. C.a Die KPV erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei festzustellen, dass die von der Stadt Zürich in den Jahren 1999 bis und mit 2001 zulasten des Kassenvermögens vorgenommene Reduktion der Risikobeiträge für Vollversicherte gemäss Art. 26 Abs. 2 der Statuten um 60 % rechtswidrig sei; eventuell seien die Beschlüsse des Stadtrates von Zürich vom 25. März 1998, 31. März 1999 und 22. März 2000 aufzuheben. Die Pensionskasse Stadt Zürich sei zu verpflichten, den von der Stadt Zürich und den angeschlossenen Unternehmen für die Jahre 1999 bis und mit 2001 im Umfang von 60 % noch geschuldeten Risikobeitrag für Vollversicherte gemäss Ziff. 26 Abs. 2 der Statuten einzufordern.
C.b Die Aufsichtsbehörde und die Pensionskasse beantragen Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesverwaltungsgericht schliesst auf Abweisung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen Beschwerdeentscheide des Bundesverwaltungsgerichts betreffend Verfügungen der Aufsichtsbehörden (Art. 74 Abs. 1 BVG) ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zulässig (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die KPV ist zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1b S. 26).
1.2 Die Aufsichtsbehörde übt nach Art. 61 Abs. 1 BVG die Aufsicht über die Vorsorgeeinrichtungen bzw. die Einrichtungen, die nach ihrem Zweck der beruflichen Vorsorge dienen, aus. Sie wacht darüber, dass die Einrichtungen die gesetzlichen Bestimmungen einhalten (Art. 62 Abs. 1 BVG). Die Aufsicht und die von der Aufsichtsbehörde angeordneten Massnahmen können sich daher nur gegen die Einrichtungen richten, nicht gegen Dritte, namentlich nicht gegen den Arbeitgeber; die Vorsorgeeinrichtungen können nur angewiesen werden, gegen Dritte rechtlich vorzugehen (vgl. <ref-ruling> E. 3.4 S. 28 f.; Urteil 2A.605/2004 vom 26. April 2005 E. 3.2). Vorliegend war die Stadt Zürich im Verfügungsverfahren vor der Aufsichtsbehörde anfänglich noch beteiligt, weil die Versicherungskasse eine unselbständige Anstalt der Stadt war. Die Stadt war zugleich auch Arbeitgeberin. In einer solchen Konstellation regeln die von den zuständigen Gemeinwesen erlassenen Vorschriften (Art. 50 Abs. 2 und Art. 51 Abs. 5 BVG) oft sowohl die dienstrechtlichen Beziehungen zwischen dem Arbeitgeber und den Arbeitnehmern als auch die vorsorgerechtlichen Beziehungen zwischen der Vorsorgeeinrichtung und den Arbeitnehmern (vgl. <ref-ruling> E. 7.5 S. 561), so dass die Aufsichtsbehörden generell für die Beurteilung der entsprechenden Beschlüsse und Reglemente zuständig sind (<ref-ruling> E. 3 S. 186 ff.), soweit die Grundlage der anzuordnenden Massnahmen im BVG liegt (<ref-ruling> E. 3.4 S. 28 f.). An die Stelle der Stadt Zürich in ihrer Eigenschaft als öffentlich-rechtliche Vorsorgeeinrichtung ist inzwischen die rechtlich verselbständigte Beschwerdegegnerin getreten. Die Stadt Zürich ist nur noch als Arbeitgeberin beteiligt und untersteht insofern nicht der Aufsicht der BVG-Aufsichtsbehörden. Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin kann aber dennoch auf das Eventualbegehren der Beschwerdeführerin auf Aufhebung der Stadtratsbeschlüsse vom 25. März 1998, 31. März 1999 und 22. März 2000 eingetreten werden; denn diese Beschlüsse fällte der Stadtrat nicht als Organ der Stadt Zürich in seiner Eigenschaft als Arbeitgeber, sondern als Organ der Versicherungskasse (Art. 68 Abs. 1 der Statuten von 1993) in Ausübung der ihm durch Art. 23 Abs. 5 Satz 3 der Statuten zugewiesenen Befugnisse. Die Beschlüsse des Stadtrates sind daher heute als solche der Beschwerdegegnerin zu betrachten, die insoweit Rechtsnachfolgerin der Stadt Zürich ist und die Rechtmässigkeit dieser Beschlüsse zu vertreten hat. Hingegen kann die Aufsichtsbehörde nicht die Stadt Zürich in ihrer Eigenschaft als Arbeitgeberin hoheitlich verpflichten, Beiträge zu leisten, sondern nur die Beschwerdegegnerin dazu anhalten, bei den Arbeitgebern Beiträge einzufordern. Mit Recht und zulässigerweise hat deshalb die Beschwerdeführerin das vor der Aufsichtsbehörde ursprünglich eingereichte Rechtsbegehren bereits in der Beschwerde an die Vorinstanz in diesem Sinne geändert, worauf einzutreten ist. Das ebenfalls gestellte Feststellungsbegehren hat daneben keine selbständige Bedeutung.
2. Mit den Stadtratsbeschlüssen vom 25. März 1998, 31. März 1999 und 22. März 2000 wurde entschieden, jeweils drei Fünftel der Beiträge (Spar- und Risikobeiträge) der Versicherten und der Arbeitgeber aus der freien Reserve zu finanzieren. Streitig ist die Zulässigkeit dieser Finanzierung nur in Bezug auf die Risikobeiträge. Nicht bestritten ist demgegenüber die Finanzierung der Sparbeiträge aus der freien Reserve.
3. Die umstrittenen Beschlüsse stützen sich auf Art. 23 Abs. 5 i.V.m. Art. 26 Abs. 4 der Statuten. Die Rechtmässigkeit dieser Statutenbestimmungen ist zutreffenderweise nicht umstritten, nachdem die dagegen gerichtete Beschwerde vom Bundesgericht mit Urteil 2A.101/2000 vom 26. November 2001 abgewiesen worden ist. Die Beschwerdeführerin ist hingegen der Auffassung, dass diese Bestimmungen, statuten- und bundesrechtskonform ausgelegt, eine Finanzierung der Risikobeiträge aus der freien Reserve verbieten.
3.1 Der Wortlaut von Art. 23 Abs. 5 Satz 2 der Statuten erlaubt die Verwendung der freien Reserve zur Finanzierung von "Beiträgen der Versicherten und der Arbeitgeber", ohne dabei zwischen Spar- und Risikobeiträgen zu differenzieren. Der Arbeitgeber entrichtet für Vollversicherte nach Art. 26 Abs. 2 der Statuten sowohl Spar- als auch Risikobeiträge. Absatz 4 behält sodann die Finanzierung aus dem Vermögen der Pensionskasse vor, ebenfalls ohne zwischen Spar- und Risikobeiträgen zu unterscheiden. Nach dem insoweit klaren Wortlaut der Statuten kann somit die freie Reserve für die Finanzierung beider Beitragsarten verwendet werden.
3.2 Die Beschwerdeführerin stützt sich zur Begründung ihrer gegenteiligen Auffassung darauf, dass das Bundesgericht im Urteil 2A.100/2000 (<ref-ruling>) die Finanzierung der Risikobeiträge aus freien Mitteln als unzulässig erklärt habe. Da die Risikobeiträge gemäss Statuten ausschliesslich vom Arbeitgeber bezahlt würden, verletze eine Finanzierung dieser Beiträge aus der freien Reserve die Beitragsparität, weil diese Finanzierung einseitig dem Arbeitgeber zugute komme. Im Urteil 2A.101/2000, wo die Statutenregelung als zulässig beurteilt worden sei, habe sich das Bundesgericht nur mit den Sparbeiträgen befasst.
3.3 Im Urteil 2A.101/2000 erwog das Bundesgericht, eine Herabsetzung der Beiträge könne nur mittels einer Statutenänderung erfolgen. Eine solche Statutenänderung werde gerade geschaffen mit der angefochtenen Bestimmung (Art. 23 Abs. 5 der Statuten), welche erlaube, die Beiträge nach Massgabe der finanziellen Situation jeweils für ein Jahr herabzusetzen, ohne dass sich zugleich auch die Altersgutschriften vermindern würden. Die Alternative, die in den Art. 25 und 26 der Statuten festgelegten Beitragssätze zu reduzieren, würde auch die Altersgutschriften vermindern, was nicht im Interesse der Versicherten läge. Denkbar wäre es allenfalls, Sparbeiträge und Altersgutschriften zu entkoppeln, was aber weniger Gewähr für die Einhaltung des Vorsorgezwecks bieten würde. <ref-law>, der die Finanzierung von Arbeitgeberbeiträgen aus Mitteln der Vorsorgeeinrichtung unterbinde, sei auf öffentlich-rechtliche Einrichtungen nicht anwendbar. Sodann werde der Grundsatz der Zweckgebundenheit der Vorsorgemittel nicht verletzt, wenn lediglich auf den Zufluss weiterer Mittel verzichtet werde. Auch werde nicht gegen den Grundsatz der Gleichbehandlung der Versicherten verstossen, denn auf Beiträge könne nur dann verzichtet werden, wenn bereits die übrigen Reserven geäufnet seien, wenn also sowohl das Vorsorgeziel der aktiven Versicherten als auch jenes der Pensionierten gesichert sei. Die Erhebung weiterer überflüssiger Beiträge würde einzig zu einer weiteren Überkapitalisierung der Pensionskasse führen, die ihrerseits unter dem Gesichtswinkel der Gleichbehandlung problematisch erscheine.
3.4 Wenn auch das Bundesgericht im Urteil 2A.101/2000 teilweise auf Sparbeiträge hingewiesen hat, ist doch der Kern der Argumentation nicht darauf beschränkt: Die Pensionskasse ist verpflichtet, jederzeit Sicherheit zu bieten, dass sie die übernommenen Verpflichtungen erfüllen kann. Sie regelt das Beitragssystem und die Finanzierung so, dass die Leistungen erbracht werden können (Art. 65 Abs. 1 und 2 BVG). Sie ist aber nicht verpflichtet, über das Deckungskapital und die notwendigen Rückstellungen hinaus Überschüsse zu erwirtschaften. Hat eine Vorsorgeeinrichtung hohe freie Reserven, so impliziert dies, dass sie in der Vergangenheit höhere Beiträge erhoben hat als zur Deckung ihrer Verpflichtungen erforderlich ist. Es ist alsdann ohne weiteres zulässig, für die Zukunft die Beiträge zu reduzieren und damit die freien Reserven abzubauen. Ob die Beiträge reduziert werden, was zu einer Verminderung der freien Reserve führt, oder ob die freie Reserve reduziert wird, um eine Beitragssenkung zu ermöglichen, sind nur zwei Betrachtungsweisen für den gleichen Vorgang. Es ist nicht ersichtlich, weshalb diese Argumentation nicht auch für Risikobeiträge gelten soll. Die damit finanzierten Invaliden- und Hinterlassenenleistungen gehören ebenfalls zu den Leistungen, welche die Pensionskasse mit den von ihr erhobenen Beiträgen finanzieren können muss (Art. 65 Abs. 2 BVG). Auch die Risikobeiträge können deshalb reduziert werden, solange die Leistungsverpflichtungen gedeckt sind.
3.5 Im Urteil 2A.100/2000 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht erwogen: Bei der im Verfahren 2A.101/2000 geschützten Statutenänderung geht es um eine generell-abstrakte Regelung, welche die Beitragsbefreiung einzig im Falle einer ausgewiesenen Überkapitalisierung und unter klar umschriebenen Voraussetzungen vorsieht. Weiter trägt sie den unterschiedlichen Interessen der Betroffenen gleichermassen Rechnung. Anders verhält es sich bei der zu beurteilenden Übergangslösung; dabei geht es der Sache nach nicht um eine Beitragssenkung. Vielmehr wird ein Teil des Überschusses der Jahresrechnung 1996 zur Bezahlung der Risikobeiträge eingesetzt. Damit werden die vom Arbeitgeber geschuldeten Pensionskassenbeiträge direkt aus freien Stiftungsmitteln finanziert (E. 3d S. 31). Es erscheint als unzulässige Umgehung von Art. 66 BVG, wenn formell durch eine Statutenänderung auf die Erhebung von Risikobeiträgen verzichtet wird, nur um gleichzeitig den freien Mitteln der Vorsorgeeinrichtung die zur Bezahlung der Beiträge erforderliche Summe zu entnehmen, umso mehr als der Risikobeitrag von 2 % offenbar nicht mehr ausreicht, um den Aufwand zu decken (E. 3e S. 32 f.). Aus dem Sinn und Geist des BVG ergibt sich, dass die freien Mittel der Vorsorgeeinrichtung dieser zukommen und primär zur Erreichung des Vorsorgezwecks einzusetzen sind. Weil sie mit Beiträgen von Arbeitgeber und Arbeitnehmer gemeinsam erwirtschaftet worden sind, müssen grundsätzlich auch beide Gruppen profitieren können, wenn überschüssige Mittel für Beitragserleichterungen eingesetzt werden. Die Arbeitnehmer sind dabei mindestens nach Massgabe des Beitragsverhältnisses zu beteiligen. Mithin ist es ausgeschlossen, einseitig Arbeitgeberbeiträge aus Pensionskassengeldern zu bezahlen. Bei der zu beurteilenden Übergangsregelung kommen jedoch die dem Vermögen der Vorsorgeeinrichtung entnommenen Mittel einseitig dem Arbeitgeber zugute, weil dieser allein für die Risikobeiträge aufzukommen hat. Insoweit ist die Vorgehensweise der Stadt Zürich unzulässig (E. 4 S. 33 f.).
3.6 Anders als die im Urteil 2A.100/2000 zur Diskussion stehende Übergangsregelung, welche sich einzig auf die ausschliesslich vom Arbeitgeber finanzierten Risikobeiträge bezog, gilt die hier zu beurteilende Beitragsentlastung in gleichem Umfang für sämtliche Beiträge sowohl der Arbeitgeber als auch der Versicherten. Dass der Arbeitgeber von der Entlastung in absoluten Zahlen mehr profitiert als die Versicherten, ergibt sich zwangsläufig daraus, dass er gemäss Statuten höhere Beiträge bezahlt als diese. Relativ erfolgt aber die Beitragsentlastung für alle Beiträge einheitlich (im Umfang von 60 %) nach Massgabe des Beitragsverhältnisses. Das entspricht den Erwägungen in <ref-ruling> E. 4 S. 33, wo entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin nicht eine Reduktion im Verhältnis von Eins zu Eins verlangt wird, sondern eine solche "nach Massgabe des Beitragsverhältnisses". Wenn die Beitragsleistung des Arbeitgebers überparitätisch ist, kann selbstverständlich auch die Reduktion der Beiträge im gleichen Verhältnis überparitätisch sein.
4. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, Spar- und Risikobeiträge könnten nicht zusammen betrachtet werden. Es handle sich dabei nach Statuten und Rechnungsführung der Pensionskasse um zwei verschiedene Arten von Beiträgen mit unterschiedlicher Funktion und Zwecksetzung. Die Sparversicherung bezwecke die Bildung eines individuellen Alterskapitals, während die Risikobeiträge kein Altersguthaben generierten. Spar- und Risikoversicherung seien zwei verschiedene Einrichtungen. Deshalb dürften unter dem Gesichtspunkt der Beitragsparität die Spar- und Risikobeiträge nicht zu einem Gesamtbetrag addiert werden. Zudem sei in den letzten Jahren das Defizit der Risikoversicherung aus den freien Reserven gedeckt worden, so dass eine Quersubventionierung der Risikoversicherung aus den Sparbeiträgen und dem Vermögensertrag, der den Versicherten gehöre, erfolgt sei.
4.1 Dieser Argumentation kann nicht gefolgt werden: Die Pensionskasse vollzieht die berufliche Vorsorge nach BVG und ist deshalb verpflichtet, die Risiken Alter, Tod und Invalidität zu versichern (Art. 1 BVG; Art. 4 der Statuten). Abgesehen von den nur Risikoversicherten (Art. 6 der Statuten, d.h. die Versicherten bis zum vollendeten 24. Altersjahr, für welche gemäss Art. 16 BVG noch keine Altersgutschriften gebildet werden müssen, weshalb noch keine Sparkomponente besteht) werden dieselben Versicherten sowohl spar- als auch risikoversichert. Wenn auch die versicherungstechnischen Kalkulationen wie bei jeder Pensionskasse entsprechend den versicherungsmathematischen Grundlagen für die Risikoversicherung und die Spar- bzw. Altersversicherung unterschiedlich ausfallen, so handelt es sich doch um eine einheitliche Einrichtung. Dass der Arbeitgeberanteil bei den Sparbeiträgen anders ist als bei den Risikobeiträgen, ändert daran nichts.
4.2 Aus diesem Grund ist es auch richtig, dass in Bezug auf die Beitragsparität die Spar- und die Risikobeiträge gesamthaft betrachtet werden. Denn der Grundsatz der Beitragsparität gilt kollektiv für die gesamten Beiträge aller Arbeitnehmer (Art. 66 Abs. 1 Satz 2 BVG; <ref-ruling> E. 2e S. 573). Die von der Beschwerdeführerin zitierten Lehrmeinungen besagen nichts anderes. Im Übrigen wäre bei der von der Beschwerdeführerin postulierten getrennten Betrachtung die Beitragsparität erst recht eingehalten: Wenn der Arbeitgeber allein die Risikobeiträge bezahlt, dann bezahlt er sie immer noch allein (und damit überparitätisch), wenn sie gesenkt worden sind. Auch bei gesamthafter Betrachtung sind die Beiträge des Arbeitgebers nach wie vor weit überparitätisch. Zudem gilt Art. 66 Abs. 1 BVG ohnehin nur im obligatorischen Bereich (Art. 49 Abs. 2 BVG e contrario; Urteil 2A.45/2003 vom 29. Juli 2004 E. 4.1, publ. in: StR 60/2005 S. 32) und <ref-law>, der die Beitragsparität für den überobligatorischen Bereich festlegt, ist auf öffentlich-rechtliche Pensionskassen nicht anwendbar (Urteil 2A.101/2000 vom 26. November 2001 E. 3c).
4.3 Der Umstand, dass nach der Darstellung der Beschwerdeführerin die Beiträge für die Risikoversicherung nicht kostendeckend waren, ändert nichts daran, dass die Beitragsparität gesamthaft eingehalten ist und die Reduktion der Beiträge nach Massgabe des Beitragsverhältnisses erfolgte. Auch wird dadurch das Vermögen der (Spar-)Versicherten entgegen der Sichtweise der Beschwerdeführerin nicht tangiert: Denn freie Mittel entstehen per definitionem erst dann, wenn das gesamte Vorsorgekapital einschliesslich der versicherungstechnisch notwendigen Reserven und Rückstellungen gedeckt ist. Damit sind die Ansprüche der Sparversicherten sichergestellt. Die darüber hinaus entstehende freie Reserve steht nicht im Vermögen der Versicherten, sondern der Vorsorgeeinrichtung, welche in den Schranken der Rechtsordnung darüber verfügen kann. Namentlich kann die freie Reserve auch reduziert oder zur Deckung eines allfälligen Defizits aus der Risikoversicherung eingesetzt werden. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, gegen welche Rechtsnorm die hier zur Diskussion stehende Verwendung freier Mittel für die Risikoversicherung verstossen soll. Im Übrigen verkennt die Beschwerdeführerin mit ihrer Berechnung, wonach die Kosten der Risikoversicherung zu mehr als der Hälfte aus den Mitteln der Versicherten bezahlt worden seien, dass diese Mittel "der Versicherten" nicht nur aus Arbeitnehmerbeiträgen, sondern auch aus weit überparitätischen Arbeitgeberbeiträgen finanziert worden sind und zudem auch auf Vermögenserträgen beruhen, welche ebenfalls proportional den geleisteten Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträgen zugerechnet werden können.
4.4 Die Beschwerdeführerin macht zwar geltend, die Bewertungs- und die technische Reserve hätten im Jahre 2001 einen Unterbestand aufgewiesen. Sollte dies zutreffen, wäre die gesamte Beitragsentlastung problematisch gewesen, weshalb es inkonsequent erscheinen würde, dass die Beschwerdeführerin nur die Beitragsentlastung auf den Risikobeiträgen angefochten hat, nicht aber die finanziell weit mehr ins Gewicht fallende Entlastung auf den Sparbeiträgen. Indessen kann von einem Unterbestand keine Rede sein: Im Zeitpunkt der hier zu beurteilenden Beschlüsse betrug der Deckungsgrad der Pensionskasse rund 150 %, so dass eine Beitragsreduktion ohne weiteres zulässig war. Dass damit eine Entlastung der Stadt als Arbeitgeberin angestrebt und erreicht wurde, ist legitim; denn es besteht keine Pflicht des (öffentlichen oder privaten) Arbeitgebers, mit Pensionskassenbeiträgen eine hohe Überdeckung zu finanzieren. In der Folge sank zwar aufgrund der gerichts- und allgemeinnotorischen Kapitalmarktentwicklung in den Jahren 2001 und 2002 der Deckungsgrad. Dadurch werden indessen die hier zu beurteilenden, in den Jahren 1998 bis 2000 aufgrund der damaligen Finanzlage getroffenen Beschlüsse nicht im Nachhinein unrechtmässig (vgl. SVR 2010 BVG Nr. 5 S. 17, 9C_421/2009 E. 7.6). Zudem ist es gerade der Sinn von Bewertungsreserven, negative Kapitalmarktentwicklungen aufzufangen. Die Reserve wäre sinnlos, wenn sie nicht zu diesem Zweck verwendet werden könnte. Dass die Bewertungsreserve bis im Jahr 2002 zwar gesunken ist, aber nach der Darstellung der Beschwerdeführerin immer noch 7,6 % des Deckungskapitals betrug, zeigt, dass sie genügend hoch war, um ihren Zweck zu erfüllen.
5. Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich eine Verletzung des Grundsatzes der Gleichbehandlung der Destinatäre. In den Jahren 1999 bis 2002 seien die aktiven Versicherten durch Reduktion der Sparbeiträge, die Aktion Frühpensionierung und eine Höherverzinsung der Altersgutschriften mit insgesamt rund 553 Mio. Franken begünstigt worden; demgegenüber seien den Rentnern nur rund 319 Mio. Franken ausgeschüttet worden, so dass eine Differenz von 234 Mio. Franken zu Ungunsten der Rentner resultiere.
Auch diesbezüglich scheint es inkonsequent, dass die Beschwerdeführerin nur die Entlastung auf den Risiko- und nicht auch diejenige auf den Sparbeiträgen angefochten hat. Davon abgesehen ist aber die Rüge offensichtlich unbegründet: Es entspricht dem Wesen der beruflichen Vorsorge als auf dem Kollektivitätsprinzip beruhende Sozialversicherung, dass nicht alle Versicherten gleich viel Leistungen beziehen wie sie einbezahlt haben. Die Rechtsgleichheit in Bezug auf die Leistungen der Pensionskasse kann daher von vornherein nur eine relative sein; es besteht auch kein Anspruch, dass jede Versichertengruppe frankenmässig absolut gleich behandelt wird (<ref-ruling> E. 5.3 S. 537 f.; vgl. Übersicht über die Tragweite der Rechtsgleichheit bei öffentlich-rechtlichen Pensionskassen in <ref-ruling> E. 9 S. 42 ff.). Namentlich auch in der Verwendung freier Mittel besteht ein erheblicher Ermessensspielraum der Pensionskassenorgane, in welchen die Aufsichtsbehörden nur einzugreifen haben, wenn der Entscheid unhaltbar ist, weil er auf sachfremden Kriterien beruht oder einschlägige Kriterien ausser Acht lässt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 397 f.). Im Lichte dieser Grundsätze stellt der blosse Umstand, dass die Gruppe der aktiven Versicherten durch Leistungsverbesserungen und Beitragsentlastungen insgesamt mehr profitiert als die Gruppe der Rentner, keine Verletzung der Rechtsgleichheit dar. Zudem betrifft diese Kritik zum grössten Teil andere Massnahmen als die hier allein streitige Entlastung auf den Risikobeiträgen. Angesichts der offensichtlichen Unbegründetheit der Rüge liegt auch keine Gehörsverletzung darin, dass die Vorinstanz dazu nicht ausdrücklich Stellung genommen hat.
6. Die unterliegende Beschwerdeführerin trägt die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin hat trotz Obsiegens keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. März 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Keel Baumann