Faits:
A.
La société A._ exploite depuis de nombreuses années une centrale de production d'enrobé bitumineux en zone industrielle de la commune d'Ecublens. Elle a également bénéficié d'autorisations régulièrement renouvelées par le Service cantonal des eaux, sols et assainissement (ci-après: le SESA) d'exploiter une installation de traitement et d'élimination de déchets.
Ces activités ont régulièrement donné lieu à des plaintes du voisinage, en raison des odeurs et poussières incommodantes dégagées. Au vu de nouvelles plaintes présentées à la commune en 2005, la municipalité d'Ecublens (ci-après: la municipalité) a pris contact avec le Service cantonal de l'environnement et de l'énergie (ci-après: le SEVEN), autorité cantonale compétente en matière de protection de l'air.
Après plusieurs échanges avec A._, tendant à obtenir de celle-ci un plan d'assainissement de son installation, le SEVEN a rendu une décision d'assainissement le 7 mars 2008. Le 14 octobre 2011, le SEVEN a rendu une nouvelle décision d'assainissement qui annule et remplace celle du 7 mars 2008. L'assainissement attendu nécessitait le renouvellement complet de l'installation par un poste à tour haute, la mise en place d'un système de post-combustion ainsi que la fixation de la VLE de carbone organique à 50 mg/m3. Le délai d'assainissement était fixé au 30 avril 2012.
A._ a recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal), puis, ayant succombé, devant le Tribunal fédéral (cause 1C_637/2012), qui a rejeté son recours par arrêt de ce jour. Un nouveau délai d'assainissement a été fixé au 15 mars 2014.
B.
Parallèlement à cette procédure, le SESA a délivré à A._, le 9 septembre 2011, une autorisation temporaire d'exploiter une installation de traitement et d'élimination des déchets, valable du 1er septembre 2011 au 31 août 2012. Cette autorisation prévoyait un certain nombre d'obligations et conditions.
A._ a recouru contre cette décision devant le Tribunal cantonal, le 12 octobre 2011. Le même jour, le SESA a rendu une nouvelle décision remplaçant celle du 9 septembre 2011. Les chiffres 3.2 et 3.3 de cette nouvelle autorisation temporaire, valable du 1er septembre 2011 au 31 août 2012, étaient formulés comme suit:
3.2 La présente autorisation ne donne pas le droit à l'entreprise d'ajouter des matériaux recyclés dans son poste d'enrobage, mais seulement de les réceptionner, trier, concasser, stocker, de les recycler sous forme de grave non liée ou de les remettre à une autre entreprise capable de les traiter.
3.3 Le Service de l'environnement et de l'énergie (SEVEN) a imposé au détenteur de la présente autorisation un assainissement des installations en ce qui concerne les effluents gazeux. Une autorisation ordinaire ne pourra pas être délivrée par le SESA tant que le fonctionnement de la centrale ne satisfera pas les exigences des autres services cantonaux, notamment le SEVEN.
A._ a maintenu son recours contre cette nouvelle décision. Elle estimait que la nouvelle formulation de la clause 3.2 restait inacceptable, car il devait être possible de traiter sur place les matériaux recyclés dans le poste d'enrobage, sans restriction injustifiée.
Après avoir procédé à une vision locale en présence des parties, le Tribunal cantonal a rejeté le recours de A._, par arrêt du 9 novembre 2012.
C.
Précédemment, soit le 12 octobre 2012, le SESA a rendu une nouvelle décision, intitulée "Autorisation d'élimination pour les déchets spéciaux et les déchets soumis à contrôle", valable du 1er octobre 2012 au 30 septembre 2013 et dont les chiffres 3.2 et 3.3 sont formulés comme suit:
3.2 L'ajout de matériaux recyclés dans le poste d'enrobage est interdit. La présente autorisation ne donne le droit à l'entreprise que de réceptionner des déchets d'enrobé, de les trier, concasser, stocker, et de les recycler sous forme de grave non liée ou de les remettre à une autre entreprise capable de les traiter (selon teneur en HAP).
3.3 Le Service de l'environnement et de l'énergie (SEVEN) a imposé au détenteur de la présente autorisation un assainissement des installations en ce qui concerne les effluents gazeux. Une autorisation ordinaire ne pourra pas être délivrée par le SESA tant que le fonctionnement de la centrale ne satisfera pas les exigences des autres services cantonaux, notamment le SEVEN.
A._ a recouru contre cette décision, concluant à l'annulation de ses chiffres 3.2 et 3.3 pour les mêmes motifs que ceux exposés dans la procédure précédente.
Par arrêt du 15 janvier 2013, le Tribunal cantonal a rejeté le recours de A._ et confirmé la décision du SESA du 12 octobre 2012. Renvoyant à son arrêt du 9 novembre 2012, il a considéré en substance que la restriction imposée par le SESA était conforme à la législation cantonale relative à la gestion des déchets, dès lors qu'elle permettait de limiter le risque d'émissions excessives tant qu'un assainissement, tel qu'exigé par le SEVEN, n'aurait pas été effectué.
D.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal du 15 janvier 2013 dans le sens où la décision du SESA du 12 octobre 2012 est modifiée, le chiffre 3.2 de cette décision étant supprimé. Subsidiairement, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi du dossier au Tribunal cantonal pour nouvelle instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. La recourante se plaint pour l'essentiel d'une violation de son droit d'être entendue ainsi que d'une violation des principes de la liberté économique et de la proportionnalité.

Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer et conclut au rejet du recours, au bénéfice des considérants de son arrêt. La municipalité conclut au rejet du recours. Invité à se déterminer, l'Office fédéral de l'environnement (ci-après: l'OFEV) considère que l'arrêt du Tribunal cantonal est conforme à la législation sur la protection de l'environnement. Les parties ont pu s'exprimer sur cette prise de position.
Par ordonnance du 19 mars 2013, le Juge présidant de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif de la recourante.
Considérant en droit:
1.
La voie du recours en matière de droit public (<ref-law>) est en principe ouverte contre une décision prise par une autorité cantonale de dernière instance dans une contestation portant sur l'application du droit de la protection de l'environnement. La recourante, qui a pris part à la procédure devant le Tribunal cantonal, est particulièrement touchée par l'arrêt attaqué, qui confirme l'interdiction qui lui a été faite par le SESA d'introduire dans son poste d'enrobage des matériaux à recycler. Elle dispose ainsi de la qualité pour recourir en vertu de l'<ref-law>.
2.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue. Elle reproche au SESA, puis au Tribunal cantonal, d'avoir insuffisamment motivé leurs décisions. Par ailleurs, elle n'aurait pas pu déposer d'écritures complémentaires.
2.1. Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend notamment pour le justiciable le droit d'obtenir l'administration des preuves pertinentes et valablement offertes, de participer à l'administration des preuves essentielles et de se déterminer sur son résultat lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 16; <ref-ruling> consid. 3a p. 51). L'autorité de décision peut cependant se livrer à une appréciation anticipée de la pertinence du fait à prouver et de l'utilité du moyen de preuve offert et, sur cette base, refuser de l'administrer. Ce refus ne viole le droit d'être entendu que si l'appréciation à laquelle elle a ainsi procédé est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3 p. 157 et les arrêts cités).
Le droit d'être entendu implique également pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision, afin que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Selon la jurisprudence, la motivation d'une décision est suffisante lorsque l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé son raisonnement. L'autorité ne doit toutefois pas se prononcer sur tous les moyens des parties; elle peut se limiter aux questions décisives (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 540 et les arrêts cités).
2.2. En l'espèce, la recourante estime que la restriction d'exploitation figurant sous le chiffre 3.2 de la décision litigieuse du SESA n'a jamais été motivée d'une façon suffisante pour lui permettre d'en contester les motifs. Or il sied de relever que, dans leur arrêt, les juges cantonaux ont indiqué que la restriction imposée par le SESA était conforme à la législation cantonale relative à la gestion des déchets, dès lors qu'elle permettait de limiter le risque d'émissions excessives tant qu'un assainissement n'aurait pas été effectué. Cette motivation, certes sommaire, est suffisante pour comprendre les raisons qui ont amené la cour cantonale à confirmer la décision litigieuse. Il ne saurait dès lors y avoir de violation du droit d'être entendu à cet égard.
La recourante indique ensuite qu'elle a demandé à pouvoir déposer une écriture complémentaire, dans la mesure où la suspension de la cause jusqu'à droit connu sur l'assainissement requis par le SEVEN avait été refusée. Le rejet de cette demande serait constitutif d'une violation de son droit d'être entendue. Il ressort du dossier que, par écriture du 10 décembre 2012, la recourante a demandé à "pouvoir déposer une écriture complémentaire, pour faire état des nouveaux développements de cette affaire, une fois que les autorités intimées et concernées auront déposé leur dossier et qu'[elle aurait] pu consulter ceux-ci." Par ordonnance du 27 décembre 2012, la juge instructrice a informé les parties que les autorités n'avaient pas complété les dossiers qu'elles avaient déjà produits dans la précédente procédure, de sorte qu'il n'apparaissait pas nécessaire en l'état de procéder à un échange d'écritures. La recourante n'allègue ni ne démontre que cette motivation serait arbitraire, ce qui n'apparaît manifestement pas être le cas. Dans ces conditions, le Tribunal cantonal pouvait, sans violer le droit d'être entendu de l'intéressée, rejeter sa requête tendant à pouvoir déposer une écriture complémentaire. Le grief doit également être rejeté sur ce point.
3.
Au fond, la recourante fait valoir que la restriction résultant du chiffre 3.2 de la décision du SESA constitue une atteinte grave à sa liberté économique. Cette mesure la prive de pouvoir utiliser des matériaux recyclés dans son poste d'enrobage, ce qui l'empêcherait d'être compétitive sur les prix et ce qui serait contraire à l'intérêt public lié à la nécessité du recyclage des matériaux. Elle soutient que l'atteinte subie ne repose pas sur une base légale, n'est pas conforme au principe de la proportionnalité ni justifiée par un intérêt public (cf. art. 36 Cst.).
3.1. La recourante se plaint en vain d'un défaut de base légale (art. 36 al. 1 Cst.). L'art. 24 de la loi cantonale du 5 septembre 2006 sur la gestion des déchets (LGD) soumet en effet à autorisation spéciale l'exploitation de toute installation d'élimination des déchets susceptible de présenter un risque pour l'environnement. En vertu de l'art. 22 al. 3 du règlement d'application de la LGD du 20 février 2008 (RLGD), le département peut assortir l'autorisation d'exploiter de charges ou de conditions relatives au fonctionnement, à la surveillance, aux garanties et à l'assurance. Le fait que cette dernière disposition se trouve dans un règlement du Conseil d'Etat est sans importance, puisque l'autorité n'a de toute façon pas besoin d'une base légale formelle pour assortir sa décision d'une éventuelle charge ou condition.
3.2. Les déchets doivent être éliminés d'une manière respectueuse de l'environnement (art. 30 al. 2 de la loi fédérale du 7 octobre 1983 sur la protection de l'environnement [LPE; RS 814.01]). L'élimination doit être compatible avec l'environnement à tous les stades (cf. Message relatif à une révision de la LPE du 7 juin 1993, FF 1993 II 1337, p. 1382). Ainsi, pour être respectueuse de l'environnement, l'utilisation des matériaux recyclés dans la centrale d'enrobage de la recourante doit notamment respecter la législation fédérale sur la protection de l'air. Or, il ressort du dossier que la recourante ne respecte pas la valeur limite d'émission de carbone; pour ce motif, le SEVEN a déterminé, dans sa décision d'assainissement du 14 octobre 2011, une valeur de 50 mg/m3 de carbone organique total à titre de limitation préventive des émissions, en application de l'art. 4 de l'ordonnance du 16 décembre 1985 sur la protection de l'air (OPair; RS 814.318.142.1), décision confirmée par le Tribunal fédéral dans l'arrêt 1C_637/2012.
L'OFEV relève que c'est justement l'intégration des matériaux bitumineux dans la centrale d'enrobage de la recourante qui génère des émissions de carbone problématique. Il est dès lors justifié du point de vue de la protection de l'air d'interdire d'ajouter des matériaux recyclés dans le poste d'enrobage si l'installation de la recourante ne respecte pas les exigences de la protection de l'air. Cette restriction imposée par le SESA permet ainsi de réduire les émissions et de protéger l'homme contre les atteintes nuisibles ou incommodantes (cf. <ref-law>); elle répond par conséquent à un intérêt public évident (art. 36 al. 2 Cst.).
3.3. Dès que les modifications techniques demandées par le SEVEN auront été appliquées sur les installations de la recourante et que la législation sur la protection de l'environnement sera respectée, la limitation d'admission des matériaux recyclés dans le poste d'enrobage pourra être annulée. De plus, une telle interdiction n'empêche pas tout recyclage d'agrégats d'enrobés dans la région, étant donné qu'il existe des alternatives. A ce sujet, le Tribunal cantonal a retenu, dans le compte-rendu de l'audience du 30 mai 2012, que dix centrales de production d'enrobés bitumineux existaient dans le canton de Vaud et que la recourante elle-même exploitait de telles installations dans le Chablais et les cantons de Genève, Jura, Neuchâtel et Fribourg. Dans ces circonstances, l'atteinte à la liberté économique de la recourante, au demeurant limitée dans le temps, n'apparaît pas disproportionnée (cf. art. 36 al. 3 Cst.).
3.4. Par conséquent, le grief tiré d'une violation de la liberté économique de la recourante apparaît mal fondé et doit être rejeté. En confirmant la décision du SESA, le Tribunal cantonal a correctement appliqué la législation fédérale en matière de protection de l'environnement. Au surplus, comme le souligne l'OFEV, le fait qu'il existe suffisamment de sites alternatifs, même pour la recourante, renforce l'opinion selon laquelle il n'y a aucune nécessité de tolérer des émissions excessives sur le site d'Ecublens.
4.
Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours, aux frais de la recourante qui succombe (art. 65 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires de la recourante et de la Municipalité d'Ecublens, à la Direction générale de l'environnement du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.
Lausanne, le 27 septembre 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Mabillard