Faits:
A. Fin avril 2003, X._, née Z._, a mandaté l'avocat genevois Y._ et l'avocat milanais A._ aux fins de faire valoir ses droits dans le cadre de la succession de feu son père.
Pour l'activité déployée, l'avocat Y._ a établi trois notes de frais et honoraires pour un total de 15'671'412 fr. 50 toutes taxes comprises, à savoir:
- une note de frais et honoraires du 11 juin 2003 de 61'263 fr. 55 toutes taxes comprises, soit 52'000 fr. hors taxes et débours pour les honoraires couvrant l'activité déployée entre le 1er avril et le 31 mai 2003;
- une note de frais et honoraires du 21 octobre 2003 de 129'148 fr. 95 toutes taxes comprises, soit 117'534 fr. hors taxes et débours pour les honoraires couvrant l'activité déployée entre le 1er juin et le 30 septembre 2003;
- une note de frais et honoraires du 29 avril 2004 de 15'481'000 fr. toutes taxes comprises, soit 14'387'546 fr. hors taxes et débours pour les honoraires couvrant l'activité déployées entre le 1er octobre 2003 et le 29 avril 2004 et la future activité à exercer jusqu'à la fin de l'année 2004.
Le 23 avril 2004, X._, qui avait donné les instructions utiles à sa banque par avis du 21 avril 2004, a finalement versé à ses avocats la somme de 25'000'000 euros à titre d'honoraires. Sur ce montant, l'avocat Y._ a prélevé la somme de 15'481'000 fr. correspondant au montant de la note de frais et honoraires du 29 avril 2004 que X._, qui le conteste, avait contresignée pour accord.
Au printemps 2007, X._ a mandaté l'avocat genevois B._ qui, par courrier du 1er juin 2007, a requis tant de l'avocat Y._ que de l'avocat A._ qu'ils l'informent sur la manière dont leurs honoraires - dont X._ ne remettait pas en cause le montant - avaient été répartis et si une partie du montant avait été reversée à un ou plusieurs tiers.
Par courrier du 5 juin 2007, l'avocat Y._, sans entrer en matière sur la répartition des honoraires, a affirmé qu'aucun tiers n'avait bénéficié, ne serait-ce que partiellement, du montant payé par X._ pour honorer ses avocats dans le cadre de leur mandat.
L'avocat Y._ n'a donné aucune suite aux lettres de X._ des 24 juillet et 27 août 2007 visant à obtenir la répartition des honoraires et la raison pour laquelle elle n'avait pas reçu de note d'honoraires.
Le 16 novembre 2007, X._ a saisi le Tribunal de première instance du canton de Genève d'une requête en reddition de comptes tendant à ce qu'il soit donné ordre à l'avocat Y._ de lui communiquer toutes informations utiles quant à la répartition entre son étude et celle de l'avocat A._ de la somme de 25'000'000 euros qui lui avait été versée à titre d'honoraires, d'établir une note d'honoraires lui permettant de comprendre la tarification appliquée et justifiant du montant des honoraires et frais encourus, enfin de rendre compte sur les activités déployées dans son mandat (démarches entreprises, personnes rencontrées, temps consacré et tarifs horaires). Par ordonnance du 11 décembre 2007, il a été fait droit à cette requête.
Par courrier du 21 janvier 2008, l'avocat Y._ a donné suite à la décision du 11 décembre 2007 en produisant notamment ses trois notes de frais et honoraires du 11 juin 2003, 21 octobre 2003 et 29 avril 2004 ainsi que le relevé de son time-sheet pour l'activité déployée entre le 25 avril 2003 et le 26 avril 2006 pour le compte de X._. Dans cette même lettre, il relevait, en substance, que son ancienne cliente, contrairement à ses dires, avait toujours été parfaitement informée de ses démarches et de son activité et qu'elle avait reçu toutes les explications nécessaires. Il soulignait par ailleurs qu'elle avait reçu et payé les trois notes d'honoraires précitées, la troisième facture ayant d'ailleurs fait l'objet d'une longue discussion intervenue le 10 février 2004, au cours de laquelle ses anciens conseils lui avaient indiqué que leur activité justifiait une rémunération de 25'000'000 euros qu'elle avait finalement accepté par la signature de la troisième facture.
Par courrier du 31 janvier 2008, X._ a contesté avoir été tenue informée de l'activité de l'avocat Y._ et lui a reproché d'avoir procédé à une reddition de comptes lacunaire, le priant de répondre à des questions rédigées sur vingt-cinq pages et numérotées de 1 à 175.
Le 17 février 2008, X._ a saisi le Tribunal de première instance d'une seconde action en reddition de comptes comprenant les questions susmentionnées, fondée sur le même état de fait que la première, qui a été rejetée dans la mesure de sa recevabilité par ordonnance du 20 mars 2008, puis déclarée irrecevable par arrêt de la Cour de justice du canton de Genève du 7 août 2008.
Par lettre du 25 février 2008, X._ a relevé le caractère exorbitant des honoraires de l'avocat Y._, auxquels elle a contesté avoir consenti. Elle a par ailleurs déclaré invalider au sens des art. 21, 23, 24 ch. 4 et 28 CO son prétendu accord avec lesdits honoraires.
Par réponse du 3 mars 2008, l'avocat Y._ a contesté tant les griefs soulevés par X._ que l'invalidation de l'accord sur les honoraires.
B. Par requête du 13 juin 2008, X._ a soumis à la Commission de taxation des honoraires d'avocat du canton de Genève (ci-après: la Commission) les trois notes d'honoraires de l'avocat Y._, concluant à ce que cette autorité les réduise à un taux horaire de 500 fr. et qu'elle les arrête ainsi à 29'950 fr. pour celle du 11 juin 2003, 52'425 fr. pour celle du 21 octobre 2003 et 517'750 fr. pour celle du 29 avril 2004.
En substance, elle reprochait à l'avocat Y._ le caractère exorbitant de ses honoraires, soulignant que celui-ci avait appliqué un tarif horaire de 868 fr. 11 (59.9 heures facturées 52'000 fr.) pour la note d'honoraires du 11 juin 2003, de 1'121 fr. (104.85 heures facturées 117'534 fr.) pour la note d'honoraires du 21 octobre 2003 et de 14'950 fr. 25 (1'033.50 heures facturées 15'481'000 fr.) pour la note d'honoraires du 29 avril 2004. Elle expliquait s'être rendue compte de cette situation uniquement après avoir eu connaissance du time-sheet de son ancien conseil, raison pour laquelle elle n'agissait qu'à ce moment-là. Elle entendait ainsi que la Commission réduise lesdites notes à un tarif horaire de 500 fr. Elle soulignait par ailleurs ne jamais avoir consenti à de tels honoraires, contestant avoir signé la facture du 29 avril 2004, et rappelant, en tout état, avoir révoqué, par courrier du 25 février 2008, tout éventuel consentement pour le cas où il aurait été donné.
L'avocat Y._ a conclu au rejet. En bref, il invoquait la tardiveté de la requête, qui intervenait plus de cinq ans après le paiement des notes d'honoraires dressées en 2003 et plus de quatre ans après le paiement des honoraires finaux et forfaitaires, convenus en février 2004, qui avaient été facturés le 29 avril 2004 et auxquels elle avait consenti par la signature d'un exemplaire de ladite facture. Il soulevait également l'absence d'intérêt juridique suffisant de X._ pour intenter son action, au motif qu'en invoquant l'invalidité de l'accord sur les honoraires, elle devait en premier lieu soumettre à l'autorité judiciaire compétente cette question pour ensuite, dans l'hypothèse où elle obtenait gain de cause, agir dans le cadre d'une procédure de taxation. Il soulignait par ailleurs que X._ avait donné son accord avec les honoraires litigieux puisque c'était elle-même qui avait donné l'ordre de transfert de la somme de 25'000'000 euros et qui avait signé la facture du 29 avril 2004, aucun élément au dossier ne permettant de retenir un vice de consentement. Il relevait enfin que les notes d'honoraires litigieuses n'étaient pas excessives au regard des différents critères de l'art. 34 de la loi genevoise du 26 avril 2002 sur la profession d'avocat (LPAv/GE; RSG E 6 10) vu la responsabilité assumée, l'importance de l'affaire, la complexité des négociations, l'extraordinaire résultat obtenu et la situation financière de sa cliente.
Par décision du 3 février 2009, la Commission a déclaré la requête du 13 juin 2008 irrecevable. Elle a rappelé que selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, la reconnaissance par le client du montant des honoraires ne le privait pas du droit de les contester ultérieurement devant la Commission; à défaut, celle-ci commettrait un déni de justice si elle n'entrait pas en matière (arrêt P 634/76 du 14 juillet 1976 consid. 2); ainsi, la Commission avait retenu, dans diverses décisions subséquentes, qu'une requête de taxation ne saurait être déclarée irrecevable pour cause de tardiveté dans la mesure où la LPAv/GE ne prévoyait pas de délai pour la saisir (décisions de la Commission n° 51/2005 du 20 avril 2005; n° 18/2002 du 13 novembre 2001; n° 46/98 du 8 juin 1998); cependant, la Commission avait nuancé sa jurisprudence en ce sens qu'elle avait précisé que lorsque le client s'était d'ores et déjà acquitté de la note d'honoraires, il devait toutefois agir dans un délai raisonnable, soit dans celui d'un an prévu par le CO pour les vices du consentement (décisions de la Commission n° 16/2007 du 30 mars 2007; n° 46/98 du 8 juin 1998). Cela étant, la Commission a considéré qu'en l'espèce, il apparaissait, au regard des pièces produites et des explications fournies par les parties, que X._ avait reconnu, dans un premier temps, devoir les honoraires réclamés par l'avocat Y._ puisqu'elle avait donné, par avis de transfert du 21 avril 2004, à sa banque l'ordre de transférer un montant de 25'000'000 euros afin de s'acquitter des honoraires dus à ses avocats; par ailleurs, il était établi qu'elle avait accepté les honoraires facturés par l'avocat Y._ le 29 avril 2004 en contresignant la note de frais et honoraires de cette date, aucun élément au dossier ne permettant de retenir qu'il ne s'agirait pas de sa signature. Le fait que X._ ait reconnu, dans un premier temps, le montant des honoraires de l'avocat Y._ n'était pas en soi un motif qui la privait aujourd'hui du droit de contester les notes d'honoraires litigieuses. En revanche, il était établi et non contesté par les parties que X._ s'était acquittée de l'ensemble des honoraires facturés par l'avocat Y._ en avril 2004; partant, il devait être admis qu'en déposant une requête le 13 juin 2008, soit quatre ans plus tard, X._ n'avait pas agi dans un délai raisonnable.
C. X._ (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à ce que celui-ci annule la décision du 3 février 2009 et renvoie la cause à la Commission en lui enjoignant de déclarer sa requête recevable et de statuer au fond, avec suite de dépens.
Y._ (l'intimé) propose le rejet du recours dans la mesure où il est recevable et la confirmation de la décision entreprise, sous suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1).
Interjeté par la recourante dont la requête a été déclarée irrecevable (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>; art. 38 al. 2 LPAv/GE) rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>; art. 38 al. 2 LPAv/GE) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
Il faut observer ici que la Commission, selon l'organisation judiciaire cantonale, statue en instance unique et avec autorité de chose jugée sur le montant des honoraires que l'avocat peut demander en fonction des prestations fournies; toute autre question sur la relation juridique entre l'avocat et son client, en particulier la question d'une éventuelle mauvaise exécution du mandat, relève du juge civil ordinaire (cf. art. 39 LPAv/GE). Que cette commission statue en instance cantonale unique n'est pas conforme aux exigences de l'<ref-law>, mais cette disposition fédérale n'est actuellement pas en vigueur (<ref-law>).
2. Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104). Toutefois, compte tenu de l'exigence de motivation (art. 42 al. 1 et 2 LTF), prévue sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), qui sous-entend que le recourant discute du moins brièvement la motivation de l'arrêt attaqué (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 245 s.), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs suffisamment invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 105). En outre, il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>). Pour ces griefs, les exigences en matière de motivation correspondent à celles plus élevées de l'ancien recours de droit public; le recourant doit donc discuter les attendus de la décision attaquée et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste la violation du droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.1).
Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). La partie recourante qui entend contester les constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'exception prévue par l'<ref-law> sont réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 466 s.). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
En l'espèce, la recourante entend "souligner certains faits pertinents". Dans la mesure où elle présente ainsi des faits différents de ceux qui ressortent de la décision querellée sans satisfaire aux exigences susmentionnées, il ne saurait toutefois en être tenu compte.
3. La recourante se plaint notamment d'arbitraire dans l'application de la loi cantonale, en l'occurrence des dispositions de la LPAv/GE. Se référant à la décision de la Commission n° 46/98 du 8 juin 1998 selon laquelle le client ayant déjà payé devait agir "dans un délai raisonnable après la réception de la note d'honoraires, lui permettant ensuite d'agir le cas échéant en répétition de l'indu", elle soutient en substance que la Commission n'aurait à tort pas tiré de conséquences du fait essentiel selon lequel les time-sheets de l'intimé relatifs aux honoraires à taxer ne lui auraient été remis qu'au mois de janvier 2008, élément central à examiner sous l'angle de l'<ref-law> qui prévoit que l'action en répétition de l'indu se prescrit par un an dès le moment où le lésé a eu connaissance de son droit; par ailleurs, la Commission serait revenue sans motif sur sa propre jurisprudence.
3.1 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat, ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 265 s.).
En matière d'application du droit cantonal, arbitraire et violation de la loi ne doivent pas être confondus; une violation de la loi doit être manifeste et reconnaissable d'emblée pour être considérée comme arbitraire. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 18).
3.2 L'art. 37 LPAv/GE ne fixe logiquement pas de délai pour saisir la Commission. En effet, celle-ci doit se prononcer sur la note d'honoraires de l'avocat adressée à son client, c'est-à-dire sur une facture établie par un particulier, et non pas sur une décision d'une autorité qui entre en force de chose jugée et devient exécutoire. A teneur du texte légal en soi sans ambiguïté, le dépôt d'une requête de taxation est ainsi possible sans limitation dans le temps.
3.3 Dans son arrêt du 14 juillet 1976, le Tribunal fédéral a jugé que la Commission ne pouvait pas refuser d'entrer en matière sur une requête de taxation du simple fait que le client avait précédemment reconnu le montant de la note d'honoraires. Selon cette décision, il appartient à la Commission d'arrêter le montant des honoraires selon les critères fixés par la loi ou le règlement y relatifs, sans se préoccuper de savoir si, en vertu des règles de droit civil fédéral, l'avocat a une créance envers le client, ni de savoir quelles sont les conséquences juridiques de la reconnaissance de la dette et de sa contestation ultérieure, ces questions étant du seul ressort du juge civil ordinaire (cf. arrêt P 634/76 du 14 juillet 1976 consid. 2).
Depuis cet arrêt, la Commission admet qu'en principe, une requête de taxation ne peut pas être déclarée irrecevable pour cause de tardiveté dès lors que la loi ne fixait pas de délai. Elle a toutefois "nuancé" cette pratique dans la mesure où le client s'est déjà acquitté de la note d'honoraires. Nonobstant le paiement, il peut certes toujours s'adresser à la Commission et lui demander de taxer les honoraires, et il n'a pour ce faire pas besoin d'ouvrir d'abord une procédure en répétition devant le juge civil ordinaire. Il doit toutefois, selon la pratique de la Commission, agir "dans un délai raisonnable, soit dans le délai d'un an prévu par le code des obligations pour les vices du consentement" (cf. en dernier lieu décision de la Commission n° 16/2007 du 30 mars 2007 consid. 1.2).
En l'espèce, la Commission a déclaré la requête tardive parce que la note a été payée en avril 2004 et la requête présentée le 13 juin 2008, soit quatre ans après le paiement.
3.4 Celui qui a payé volontairement ce qu'il ne devait pas ne peut le répéter s'il ne prouve qu'il a payé en croyant, par erreur, qu'il devait ce qu'il a payé (<ref-law>). L'action pour cause d'enrichissement illégitime se prescrit par un an à compter du jour où la partie lésée a eu connaissance de son droit de répétition, et, dans tous les cas, par dix ans dès la naissance de ce droit (<ref-law>).
3.5 Selon la pratique de la Commission, la limitation dans le temps de la possibilité de demander la taxation des honoraires s'applique lorsque le montant réclamé a été payé, mais pas lorsque ce montant a été simplement reconnu. Or, on ne discerne pas de motif pour traiter ces deux cas différemment, et la décision attaquée n'en donne aucun. Certes, celui qui a simplement reconnu la dette pourra indéfiniment refuser de l'honorer, tandis que celui qui l'a payée perdra, au bout d'un certain temps, la possibilité de répéter ce qu'il a payé si l'avocat invoque la prescription. Lorsqu'une répétition est exclue, il n'y a plus d'intérêt à la taxation et une requête de taxation peut être déclarée irrecevable. Mais tant que la possibilité de répéter ce qui a été payé existe selon les règles du droit civil, le client de l'avocat a un intérêt manifeste à la taxation, au même titre que celui qui n'a que reconnu la note ou l'a d'emblée contestée.
3.6 La pratique à laquelle se réfère la Commission dit que la requête doit être présentée dans le délai d'un an prévu en cas de vice du consentement. Ce délai d'un an court non pas dès le moment où est posé l'acte vicié, mais dès la découverte postérieure de l'erreur ou du dol.
A l'échéance de ce délai, le droit à répéter ce qui a été payé par erreur se prescrit, mais subsiste. Il n'y a dès lors aucun motif pour ne pas entrer en matière sur une demande de taxation présentée après l'échéance du délai d'un an dès la découverte de l'erreur, du moins aussi longtemps que l'avocat n'a pas invoqué la prescription.
Même si l'on devait considérer que le paiement de la note implique en soi une reconnaissance de dette par acte concluant - étant toutefois précisé que pareil paiement semble plutôt constituer une acceptation par le client de l'offre faite par l'avocat de fixer les honoraires à tel montant -, il appert qu'un acte unilatéral peut être dénoncé pour cause de vice du consentement (cf. <ref-ruling> consid. 2a), dans le délai d'un an qui court dès que l'erreur ou le dol a été découvert (<ref-law>). Le défaut de dénonciation est toutefois en soi sans pertinence pour le droit de répétition, car la reconnaissance de dette ne fait que renverser le fardeau de la preuve, mais n'a pas d'incidence sur l'existence matérielle de l'obligation (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 273).
3.7 En l'espèce, la requête a été déclarée irrecevable parce qu'introduite plus d'une année après le paiement de la dette. Ce faisant, la Commission n'a pas constaté qu'une répétition de tout ou partie de ce qui avait été payé était exclue au moment du dépôt de la requête; elle n'a pas examiné la question. Il convient en outre de noter qu'en faisant partir le délai d'une année du moment où la dette a été payée et non pas de celui où le client a découvert son erreur, elle semble s'être écartée de la pratique à laquelle elle dit se référer. Dans ces circonstances, en déclarant tardive une requête pour laquelle la loi ne prévoit pas de délai, la Commission a appliqué le droit de procédure cantonal de manière arbitraire.
Cela étant, il y a enfin lieu de relever qu'en cas de simple reconnaissance de dette, la Commission entre en matière sur les requêtes de taxation sans autre examen. Elle évite ainsi de devoir se prononcer à titre préjudiciel sur des questions de droit civil qui ne sont pas de sa compétence; cela va dans le sens des considérants de l'arrêt précité P 634/76 du 14 juillet 1976, selon lequel la Commission n'a pas à se préoccuper des questions qui sont du ressort du juge civil ordinaire. Il n'y a en soi pas de raison de ne pas appliquer ces principes dans les cas où la note d'honoraires a été payée.
3.8 Il résulte de ce qui précède que le grief d'arbitraire dans l'application du droit cantonal est fondé. Le recours doit ainsi être admis, la décision attaquée annulée et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision, sans qu'il soit nécessaire d'examiner les autres moyens soulevés par la recourante.
4. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de la recourante sont mis à la charge de l'intimé, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. La décision attaquée est annulée et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 40'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Une indemnité de 50'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Commission de taxation des honoraires d'avocat du canton de Genève.
Lausanne, le 16 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz