Faits:
A. C._ (ci-après: l'assujetti ou l'intimé) exploite l'entreprise individuelle D._ (ci-après: l'entreprise), à M._, qui organise des voyages en autocar en Suisse et à l'étranger. A ce titre, il est immatriculé dans le registre des assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: TVA) depuis le 1er janvier 1995.
B. Du 6 au 8 octobre 1999, l'Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée (ci-après: l'Administration fédérale ou la recourante) a effectué auprès de l'entreprise un contrôle fiscal portant sur la période allant du 1er janvier 1995 au 30 juin 1999 (du 1er trimestre 1995 au 2ème trimestre 1999). A la suite de ce contrôle, a été établi le décompte complémentaire no 154'411 d'un montant de 13'107 fr., qui correspondait à des reprises portant notamment sur les points suivants:
- l'impôt préalable payé à l'achat d'un tracteur de la société E._ SA avait été indûment mis en compte sur la base d'une quittance incomplète (reprise de 854 fr. 45); celui lié à l'achat d'un véhicule Fiat Ulysse, utilisé en partie à des fins privées, avait été mis en compte à 100%, alors qu'il pouvait être déduit seulement à concurrence de 50% (reprise de 1'214 fr. 50);
- les factures se rapportant à des prestations de services exonérées totalement (voyages organisés entièrement à l'étranger) ou partiellement (voyages effectués au moins en partie à l'étranger) comportaient la mention « TVA 6,5% incluse » pour l'entier de la somme; l'assujetti n'avait décompté la TVA que sur la part des prestations qui n'était pas exonérée (reprise de 3'121 fr. 75);
- la TVA sur les prestations à soi-même correspondant à la part privée de l'utilisation du véhicule Fiat Ulysse n'avait pas été acquittée (reprise de 1'320 fr. 90 [1'154.40 + 166.50]).
Le décompte complémentaire a été confirmé par décision du 7 décembre 2000, puis sur réclamation le 25 septembre 2001.
C._ a interjeté recours contre cette décision devant la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours).
Par décision du 8 septembre 2003, la Commission de recours a partiellement admis le recours. Elle l'a rejeté s'agissant de la déduction de l'impôt préalable lié à l'acquisition du véhicule Fiat Ulysse. Pour le reste, elle a annulé la décision attaquée et retourné le dossier à l'Administration fédérale pour qu'elle procède dans le sens des considérants et rende une nouvelle décision.
C. Agissant par la voie du recours de droit administratif, l'Administration fédérale demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision attaquée et de rétablir la décision sur réclamation du 25 septembre 2001. Elle dénonce une violation des art. 5, 8 al. 1 lettre a, 28 al. 1 et 29 al. 1 de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RO 1994 p. 1464 et les modifications ultérieures) et 63 PA.
La Commission de recours a renoncé à déposer des observations. L'intimé n'a pas donné suite à l'invitation qui lui a été faite de se déterminer.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. 1.1 Dirigé contre une décision finale qui a été prise par une commission fédérale de recours (art. 98 lettre e OJ) et qui est fondée sur le droit public fédéral, le présent recours, qui a été déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi, est en principe recevable en vertu des art. 97 ss OJ ainsi que des art. 54 al. 1 de l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée et 66 al. 1 de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA; RS 641.20).
En vertu des <ref-law> et 66 al. 2 LTVA, l'Administration fédérale a qualité pour recourir (art. 103 lettre b OJ).
1.2 Nonobstant ses conclusions formelles, la recourante ne conteste pas la décision de l'autorité intimée s'agissant de la déduction de l'impôt préalable lié à l'acquisition du véhicule Fiat Ulysse, point sur lequel celle-ci a rejeté le recours de C._. Cette question n'a donc plus à être examinée.
2. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, a été remplacée par la loi fédérale du même nom, du 2 septembre 1999, entrée en vigueur le 1er janvier 2001. Selon l'<ref-law>, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, qui porte sur des périodes fiscales allant du 1er trimestre 1995 au 2ème trimestre 1999.
3. 3.1 L'<ref-law> énonce les conditions générales de la déduction de l'impôt préalable. A son alinéa 1er, il dispose que, si l'assujetti utilise des biens ou des prestations de services pour un des buts indiqués au 2e alinéa (parmi ceux-ci figurent les livraisons et les prestations de services imposables), il peut déduire, dans son décompte, notamment les montants d'impôt préalable que d'autres assujettis lui ont facturés, conformément à l'article 28, pour des livraisons et des prestations de services.
3.2 Intitulé « Facturation et transfert de l'impôt », l'<ref-law> dispose notamment ce qui suit:
«1 Pour sa livraison ou sa prestation de services, l'assujetti doit, sur demande du destinataire assujetti à l'impôt, dresser une facture portant les indications suivantes:
a. son nom, son adresse, ainsi que son numéro d'immatriculation au registre des contribuables;
b. le nom et l'adresse du destinataire de la livraison ou de la prestation de services;
c. la date ou la période de la livraison ou de la prestation de services;
d. le genre, l'objet et l'importance de la livraison ou de la prestation de services;
e. la contre-prestation pour la livraison ou la prestation de services;
f. le montant de l'impôt dû sur la contre-prestation. Si l'impôt est inclus dans la contre-prestation, l'assujetti peut n'indiquer que le taux de l'impôt. [...]
3 Les notes de crédit et autres documents qui, dans la marche habituelle des affaires, remplacent les factures, leur sont assimilés si les indications prescrites au 1er alinéa y figurent.
4 Quiconque n'est pas immatriculé au registre des contribuables [...] n'a le droit de mentionner l'impôt ni sur les étiquettes, listes de prix ou offres analogues, ni dans les factures.»
Selon les Instructions 1997 à l'usage des assujettis TVA (ci-après: les Instructions 1997), éditées par l'Administration fédérale, le destinataire de la prestation doit s'assurer à la réception des factures que celles-ci contiennent toutes les indications prescrites et soient exactes. Lorsque tel n'est pas le cas, les factures doivent être retournées, avant paiement, pour être rectifiées. Une fois le paiement effectué, les factures ne peuvent plus être modifiées, « car il s'agit d'une opération commerciale close » (ch. 779a).
3.3 Lorsqu'il apparaît à l'occasion d'un contrôle fiscal qu'une facture n'est pas conforme aux exigences de l'<ref-law>, l'Administration fédérale donne la possibilité au destinataire de la prestation de régulariser la situation en lui adressant un formulaire 1310 (intitulé « Attestation du fournisseur de la prestation au bénéficiaire de la prestation afin de faire valoir la déduction ultérieure de l'impôt préalable, malgré une facturation formellement insuffisante », actuellement formulaire 1550) - à établir par le prestataire -, en vue d'obtenir tout de même la déduction de l'impôt préalable. Cette possibilité n'existe toutefois que si la facture est viciée par l'absence d'un ou de plusieurs des éléments suivants, qui ne sont pas essentiels: numéro d'immatriculation du prestataire, date ou période de la livraison ou de la prestation de services, genre, objet et importance de la livraison ou de la prestation de services ainsi que taux de l'impôt (Camenzind/Honauer/Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2ème éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2003, n. 1337; Ueli Mauser in Kompetenzzentrum MWST der Treuhand-Kammer [édit.], mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Munich 2000, n. 29 ad <ref-law> [qui ne mentionne toutefois pas le genre, l'objet et l'importance de la livraison ou prestation de services]; cf. aussi arrêts 2A.399/2002 et 2A.406/2002 du 31 mars 2003, respectivement consid. 4.2.2 et 4.3). En revanche, les noms et adresses du prestataire et du destinataire, ainsi que la contre-prestation et le montant de l'impôt dû constituent des éléments essentiels dont le défaut d'indication sur les factures ne peut être régularisé (Camenzind/Honauer/Vallender, loc. cit.).
3.4 L'art. 29 alinéa 5 OTVA a la teneur suivante:
«Si l'assujetti sait ou, par un examen soigneux, aurait dû savoir que celui qui lui a délivré une facture conforme à l'article 28, 1er alinéa, n'est pas inscrit comme contribuable, cette facture ne lui donne pas le droit de déduire l'impôt préalable.»
Cette disposition vise le cas où celui qui a établi une facture contenant les indications prescrites par l'<ref-law> - parmi lesquelles figurent son numéro d'immatriculation au registre des contribuables (lettre a) ainsi que le montant de l'impôt dû ou à tout le moins le taux de celui-ci (lettre f) - n'est en réalité pas inscrit comme contribuable. La question est alors de savoir si le destinataire de la prestation, qui a payé la TVA facturée par le prestataire non inscrit - lequel ne l'a pas versée à l'Administration fédérale -, peut néanmoins obtenir la déduction de l'impôt préalable. L'<ref-law> y répond par la négative dans le cas où le destinataire « sait ou, par un comportement soigneux, aurait dû savoir » que le prestataire n'est pas inscrit. A contrario, le destinataire qui est de bonne foi, dans le sens où il ignorait que le prestataire n'était pas inscrit et ne devait pas non plus le savoir, peut déduire l'impôt préalable (cf. Département fédéral des finances, Commentaire de l'Ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée du 22 juin 1994, in FF 1994 p. 534 ss, ad art. 29 al. 5): sa bonne foi est protégée dans ses rapports avec le fisc. Une facture contenant les indications prescrites par l'<ref-law> crée l'apparence que le prestataire est inscrit comme contribuable, apparence à laquelle le destinataire peut se fier, sauf si elle est démentie par des éléments extérieurs à la facture, qu'il connaissait ou qu'il lui appartenait de connaître.
Conformément aux règles générales (<ref-law>), la bonne foi est présumée, de sorte qu'il incombe au fisc d'établir que l'intéressé savait ou devait savoir que son cocontractant n'était pas inscrit comme contribuable (Erik Steiger in Kompetenzzentrum MWST der Treuhand-Kammer [édit.], mwst.com, Kommentar zum Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer, Bâle/Genève/Munich 2000, n. 5 ad <ref-law>; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 1427).
4. 4.1 L'<ref-law> énumère les opérations exonérées de l'impôt. Selon la lettre i, tel est le cas notamment des prestations de services fournies par des agences de voyages en leur propre nom, dans la mesure où elles recourent à des livraisons et prestations de services de tiers fournies à l'étranger par ces derniers. Si ces opérations sont effectuées aussi bien sur territoire suisse qu'à l'étranger, seule la partie de la prestation de services de l'agence de voyages concernant les opérations à l'étranger est exonérée de l'impôt.
4.2 Lorsque des prestations imposables à des taux différents forment un tout, elles n'en doivent pas moins, en principe, être traitées de manière distincte. Toutefois, par mesure de simplification, l'Administration fédérale admet que l'intégralité de la contre-prestation soit imposée au taux applicable aux prestations représentant la plus grande partie (au moins 90%) de la valeur de l'ensemble (Instructions 1997 ch. 414; Instructions 2001 ch. 360). De manière analogue, lorsque des prestations de services culturels (exclues du champ de l'impôt: <ref-law>) sont fournies conjointement à des prestations imposables (prestations de restauration, d'hébergement, de transport, etc.) sans être mentionnées séparément sur le billet ou dans la facture, l'intégralité de la contre-prestation est exclue du champ de l'impôt si celles-ci ne représentent pas plus de 10% du prix d'entrée. Dans le cas contraire, la totalité du prix d'entrée est imposable (notice no 29 concernant les manifestations culturelles et sportives ainsi que d'autres festivités ouvertes au public, ch. 2.6.2). Cette pratique, dite des 10%, a été admise par l'autorité intimée, qui a insisté sur la nécessité de l'appliquer de manière uniforme à tous les contribuables (JAAC 66/2002 consid. 6c), et par le Tribunal de céans (arrêt 2A.150/2001 du 13 février 2002, Archives 72 p. 231/Revue fiscale 57/2002 p. 670, RDAF 2002 II p. 156, Pra 91/2002 no 53 p. 296 consid. 7b).
5. Dans le système de la TVA suisse, la facture a une importance particulière. Lorsqu'elle mentionne la TVA, elle constitue une pièce justificative attestant que l'auteur de la prestation a décompté la TVA (ou va le faire) et permet à son destinataire d'obtenir la déduction de l'impôt préalable (arrêt 2A.546/2000 du 31 mai 2002, Archives 72 p. 727/Revue fiscale 58/2003 p. 209 consid. 5a). La conséquence en est que la TVA facturée, même à tort, est due: un non-assujetti qui établit une facture mentionnant la TVA doit acquitter celle-ci; l'assujetti qui facture sa prestation à un taux trop élevé est tenu de la comptabiliser dans son décompte à ce taux (Mauser, op. cit., n. 27 ad <ref-law>).
Il faut réserver le cas où l'auteur de la prestation constate ultérieurement que la TVA facturée au client est trop élevée ou trop faible: dans cette situation, il lui est possible d'opérer la correction par un débit (facture) complémentaire ou par un avis de crédit conforme aux exigences formelles. Le client assujetti doit alors rectifier dans les mêmes proportions la déduction de l'impôt préalable (ch. 779b des Instructions 1997).
6. L'art. 4 lettre c OTVA pose le principe de l'imposition des prestations à soi-même, lesquelles sont définies à l'<ref-law>. Il y a notamment prestation à soi-même lorsque l'assujetti prélève de son entreprise des biens ayant ouvert le droit à une déduction totale ou partielle de l'impôt préalable, pour les affecter à des fins étrangères à l'entreprise, en particulier à ses besoins privés (<ref-law>).
S'agissant de véhicules utilisés principalement à des fins imposables, le montant de l'impôt sur la prestation à soi-même peut être déterminé de manière forfaitaire ou sur la base des valeurs effectives (cf. notice no 4a sur la simplification de l'imposition des prestations à soi-même [forfaits par branches] et des biens à utilisation mixte [parts privées aux coûts d'une automobile, aux frais de chauffage, d'éclairage, de nettoyage, de téléphone et autres, ch. 3 et 4; brochure no 2 sur la branche des véhicules automobiles, ch. 4.2).
L'impôt forfaitaire est calculé sur une part privée mensuelle équivalant à 1% du prix d'acquisition (0,5% si, lors de l'acquisition, l'intéressé n'a pu faire valoir aucune déduction de l'impôt préalable), mais au moins à 150 fr.
Le prix de location qui serait facturé à un tiers indépendant pour l'utilisation du véhicule est déterminant pour calculer l'impôt sur la base des valeurs effectives. S'il n'existe pas de valeur de référence, la valeur locative du véhicule est déterminée d'après les coûts d'exploitation. Par ailleurs, le calcul de l'impôt selon la méthode effective suppose la tenue d'une liste de contrôle des trajets, donnant des renseignements fiables sur les kilomètres parcourus, soit à titre privé, soit à titre commercial. La prestation à soi-même imposable équivaut aux coûts d'exploitation rapportés à la proportion existant entre les trajets privés et les trajets commerciaux, plus 10% de marge bénéficiaire.
7. 7.1 Le litige porte d'abord sur la déduction de l'impôt préalable lié à l'acquisition d'un tracteur de la société E._ SA.
Le tracteur a été acheté à la société E._ SA, sise à N. Cette société a été radiée du registre des assujettis à la TVA le 24 octobre 1996.
Selon quittance établie à M._ le 24 septembre 1997 (dont une copie a été produite par la recourante, la société précitée a reçu de l'intimé 14'000 fr. comme contre-prestation pour un tracteur à sellette « 1635 Mercedes » et un « semi [remorque] Sameco SRDA ». Le document indique « TVA compris 14'000.- ». Sous le terme « TVA » figure l'abréviation « No », mais le numéro d'immatriculation n'a pas été indiqué.
La faillite de la société E._ SA a été prononcée le 23 octobre 1997 et publiée dans la Feuille officielle suisse du commerce le 24 novembre 1997.
A la suite du contrôle fiscal, l'intimé s'est fait remettre un formulaire 1310, qui a été établi le 26 octobre 1999 par le préposé de l'Office des faillites de Lausanne, agissant au nom de la masse en faillite de E._ SA. Sous la rubrique « Décompte dans lequel la prestation a été imposée », il est indiqué « ignoré ».
L'autorité de réclamation a considéré que les conditions de la déduction de l'impôt préalable n'étaient pas remplies: la quittance produite ne comportait pas toutes les indications prescrites par l'<ref-law> et la formule no 1310 n'avait pas été remplie complètement (il manquait l'indication du décompte TVA dans lequel la prestation avait été imposée).
L'autorité intimée a estimé que l'indication du décompte dans lequel la prestation avait été imposée auprès du fournisseur n'était pas requise par l'<ref-law>, de sorte que l'Administration fédérale ne pouvait refuser la déduction pour le motif que la formule 1310 ne comportait pas cette indication. Quant à l'autre motif invoqué par l'Administration fédérale, à savoir le fait que la société E._ SA avait été radiée du registre des assujettis le 24 octobre 1996, l'autorité intimée a relevé à propos de l'<ref-law> qu'il convenait « de ne pas se montrer trop exigeant dans l'appréciation de l'attention requise de l'assujetti » et que la preuve de ce que celui-ci n'avait pas fait montre de l'attention requise incombait au fisc. En l'espèce, les circonstances dans lesquelles la société E._ SA avait été radiée du registre des assujettis n'avaient pas été éclaircies et l'Administration fédérale n'avait pas indiqué en quoi l'assujetti avait manqué de l'attention requise à cet égard. Par conséquent, le dossier devait lui être retourné pour qu'elle complète l'instruction et rende une nouvelle décision.
7.2 La quittance établie par la société E._ SA ne contenait pas toutes les indications prescrites par l'<ref-law>: l'abréviation « No » y figurait, mais sans le numéro d'immatriculation lui-même. Dans ces conditions, la quittance - qui comportait certes la mention « TVA compris » - ne créait pas l'apparence que la société précitée était inscrite comme contribuable dans une mesure suffisante pour que la bonne foi éventuelle de l'intimé soit protégée, l'<ref-law> n'étant pas applicable. Dès lors, c'est à bon droit que l'Administration fédérale a refusé la déduction de l'impôt préalable et l'autorité intimée ne pouvait annuler la décision de celle-ci en lui renvoyant le dossier pour qu'elle complète l'instruction et rende une nouvelle décision.
Par ailleurs, il n'est pas exact que l'indication du décompte sur la formule 1310 sorte du cadre de ce qui est prescrit par l'<ref-law>: cette exigence est couverte par la lettre c de cette disposition, qui prévoit que la date ou la période de la livraison ou de la prestation de services doit figurer sur la facture. Du reste, si cette exigence était illicite, il y aurait lieu de s'en tenir aux prescriptions de l'<ref-law>, lesquelles ne sont pas remplies non plus, de sorte que l'intimé ne peut obtenir la déduction de l'impôt préalable lié à l'acquisition du tracteur de E._ SA.
Le recours doit être admis sur ce point.
8. Le litige porte ensuite sur la TVA perçue sur la base de factures comportant la mention « TVA 6,5% incluse », alors qu'il s'agissait de prestations de services totalement ou partiellement exonérées.
8.1 L'intimé a facturé des prestations de services totalement (voyages organisés entièrement à l'étranger) ou partiellement (voyages effectués au moins en partie à l'étranger) exonérées avec la mention « TVA 6,5% incluse » en regard de l'entier du montant facturé. Pourtant, il n'a pas décompté l'impôt ou l'a fait seulement sur une partie de la contre-prestation (à titre d'exemples, dans le cas du voyage dans la région d'Auxerre de la Fédération F._ [facture du 31 août 1995 d'un montant de 4'500 fr.], il a décompté seulement un montant forfaitaire de 4 fr. par personne [en se basant apparemment sur le ch. 6.2 de la brochure concernant les agences de voyages et les offices du tourisme]; dans le cas du voyage à Beaune des Fabriques G._ [facture du 17 octobre 1995 d'un montant de 3'182 fr.], il a calculé la TVA sur la part du trajet en car effectuée sur territoire suisse [70 km sur un total de 535 km]).
Dans sa décision, l'autorité de réclamation a considéré que, dès le moment où l'assujetti avait facturé et perçu la TVA, celle-ci devait être versée à l'Administration fédérale, quand bien même elle avait été facturée à tort, les prestations étant (entièrement ou partiellement) exonérées. Le fait que les clients n'étaient eux-mêmes pas assujettis, ce qui excluait qu'ils puissent déduire à titre d'impôt préalable le montant de TVA qui leur avait été facturé, n'y changeait rien.
La Commission de recours a distingué, d'une part, selon que les prestations en cause étaient entièrement (cas où elles étaient complètement effectuées à l'étranger) ou seulement partiellement (cas où une partie du trajet se déroulait sur territoire suisse) exonérées et, d'autre part, selon qu'elles étaient fournies à des assujettis ou à des non-assujettis. S'agissant des prestations entièrement exonérées fournies à des non-assujettis, l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée ne contenait pas de règles de forme sur la facturation et la pratique de l'Administration fédérale (Instructions, brochure concernant les agences de voyages et les offices du tourisme) prévoyait même expressément que l'établissement de la facture n'était en principe pas soumis à des prescriptions formelles. De plus, les risques d'abus étaient inexistants, puisque les destinataires non assujettis ne pouvaient déduire l'impôt préalable. Dans ces conditions, si le contribuable parvenait à prouver que les factures mentionnant la TVA, alors qu'elles se rapportaient à des opérations clairement exonérées, avaient été établies au nom de clients non assujettis, il y avait lieu de présumer - la preuve du contraire pouvant être rapportée par l'Administration - l'existence d'une simple erreur de déclaration, avec pour conséquence que la TVA n'était pas due. En l'occurrence, l'assujetti pouvait bénéficier de cette présomption, s'il parvenait à prouver que les prestations entièrement exonérées avaient été fournies à des non-assujettis. La décision sur réclamation devait être annulée et le dossier renvoyé à l'autorité inférieure pour qu'elle complète l'instruction et statue à nouveau. Concernant les prestations entièrement exonérées fournies à des assujettis, en raison des risques d'abus, il se justifiait de confirmer le principe selon lequel « un assujetti qui facture une TVA à un autre assujetti doit en principe l'acquitter ». L'erreur de déclaration devait certes être réservée, mais, loin d'être présumée, elle était soumise à des exigences de preuve strictes. Dans le cas particulier, la preuve d'une telle erreur n'était nullement rapportée, de sorte que la TVA facturée - à tort - devait être versée à l'Administration fédérale, la reprise litigieuse étant, dans cette mesure, justifiée. S'agissant maintenant des prestations partiellement exonérées, l'autorité intimée a considéré qu'il y avait lieu d'appliquer la pratique des 10%, la part des trajets effectuée sur territoire suisse étant très limitée. Lorsque cette pratique conduisait à exonérer l'ensemble des prestations, il fallait distinguer ici aussi selon qu'elles avaient été fournies à des non-assujettis ou à des assujettis. Dans le premier cas, l'erreur de déclaration devait être présumée, de sorte que la TVA ne devait pas être acquittée. Dans le second cas, elle devait être versée, pour les mêmes raisons qu'en relation avec les prestations entièrement exonérées. La décision attaquée devait être annulée et le dossier renvoyé à l'autorité inférieure pour qu'elle statue à nouveau sur la base de ces distinctions.
La recourante soutient d'abord que la pratique des 10% n'est pas applicable dans les cas où à la fois des prestations imposables et des prestations exonérées sont fournies et, plus particulièrement, lorsqu'il s'agit, comme en l'espèce, de voyages en car avec passage de la frontière. Elle avance ensuite différents arguments aux fins de démontrer que la décision attaquée est erronée dans la mesure où elle conduit à ne pas imposer des prestations entièrement exonérées (en tant que telles ou en vertu de la pratique des 10%) fournies à des non-assujettis, alors que les factures y relatives portent la mention « TVA 6,5% incluse » (implicitement, les mêmes arguments valent, mutatis mutandis, pour les prestations partiellement exonérées):
- Mentionner « TVA 6,5% incluse » sur les factures se rapportant à des prestations exonérées revient à indiquer un taux d'impôt erroné. De telles factures peuvent être corrigées, soit avant paiement, soit ultérieurement. Tant qu'elles ne l'ont pas été, la TVA est due, conformément à ce qu'elles énoncent.
- S'agissant de la pratique de l'Administration fédérale, les Instructions 1997 prévoient que l'établissement de la facture n'est en principe pas soumis à des prescriptions formelles, ce qui suppose l'existence d'exceptions. Elles ne sauraient en tout cas autoriser l'indication sur la facture d'une TVA qui n'est pas due.
- Le fait que l'assujetti a commis une erreur en indiquant sur les factures « TVA 6,5% incluse » alors qu'il s'agissait de prestations exonérées ne conduit pas à renoncer à l'imposition. En effet, soit l'on considère, d'un point de vue théorique, que ce genre d'erreur reste sans conséquence sur l'imposition, auquel cas l'assujetti ne peut s'en prévaloir aux fins d'obtenir que les prestations ne soient pas imposées. Soit l'on admet que ce genre d'erreur est de nature à avoir une incidence sur l'imposition, mais, dans ce cas, le fait que l'erreur aurait pu être corrigée - ainsi qu'il a été dit ci-dessus -, exclut qu'elle conduise sans autre à une exonération. Par ailleurs, il y a lieu de se référer à la jurisprudence rendue par le Tribunal de céans sous l'empire de l'arrêté du Conseil fédéral du 29 juillet 1941 instituant un impôt sur le chiffre d'affaires (RO 1941 p. 821 ss et modifications ultérieures; AchA) concernant le calcul du montant de la contre-prestation imposable, lorsque celle-ci est acquittée partiellement en espèces et partiellement en nature, par la remise de marchandises. Selon cette jurisprudence, un éventuel rabais n'était pris en compte dans le calcul de la contre-prestation qu'à condition d'apparaître dans le contrat ou sur la facture. Or, dans le cas où le rabais n'était pas mentionné sur la facture, le Tribunal fédéral n'a jamais jugé qu'il devait néanmoins être pris en considération pour le motif qu'il s'agissait d'une erreur de déclaration. De manière analogue, dans le cas où des factures comportant la mention « TVA 6,5% incluse » ont été établies pour des prestations exonérées, il n'est pas question de renoncer à l'imposition sous prétexte que l'émetteur des factures a commis une erreur de déclaration.
- Ne pas appliquer le principe « TVA facturée, TVA due » en présence de factures destinées à des non-assujettis conduit à remettre en cause tout le système de la TVA suisse. En effet, pour le destinataire de la prestation, la facture mentionnant la TVA constitue une pièce justificative attestant que l'auteur de la prestation a décompté l'impôt ou va le faire. Le consommateur final ne peut accepter de payer la TVA qui lui est facturée qu'à la condition d'avoir la certitude que ce montant sera effectivement versé à la caisse fédérale. De plus, renoncer à appliquer ce principe reviendrait à tolérer l'existence de pièces justificatives ayant un contenu matériellement inexact. Enfin, le fait de devoir contrôler si les destinataires des factures ne sont effectivement pas inscrits comme contribuables compliquerait à l'excès la tâche de l'Administration fédérale.
- Le fait que les factures comportant la mention « TVA 6,5% incluse » ont été remises à des non-assujettis n'exclut pas que ceux-ci puissent s'en servir pour obtenir la déduction de l'impôt préalable dans certaines circonstances (droit ultérieur au dégrèvement de l'impôt préalable lorsque les conditions de cette déduction n'étaient pas remplies lors de la fourniture des prestations de services, mais le deviennent par la suite [<ref-law>]; assujettissement rétroactif). Des risques d'abus existent donc bel et bien.
8.2 Il est constant que l'intimé a facturé les prestations d'organisation de voyages en cause - lesquelles étaient entièrement ou partiellement exonérées -, en mentionnant « TVA 6,5% incluse » en regard de l'entier du montant facturé. S'ils étaient assujettis, les destinataires pouvaient se servir de ces factures comme pièces justificatives aux fins de déduire l'impôt préalable calculé sur l'entier du montant. Quant aux non-assujettis, on ne peut tout à fait exclure qu'ils aient acquis ultérieurement le droit de déduire l'impôt préalable et aient pu se servir dans ce but des factures en question.
Dans le système de la TVA suisse, une facture mentionnant la TVA constitue une pièce justificative, que son destinataire soit assujetti ou non (cf. ci-dessus consid. 5). Le principe de l'auto-taxation (<ref-law>) qui le régit entraîne un certain formalisme et une responsabilité accrue de l'auteur de la facture, qui doit se laisser opposer les mentions portées sur celle-ci.
S'agissant des factures destinées à des non-assujettis, il est vrai que l'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée ne contient pas de prescriptions formelles - l'<ref-law> ne réglant expressément que la facturation à des assujettis -, et que la pratique de l'Administration fédérale (Instructions, brochure topique) renonce - d'ailleurs seulement « en principe » (Instructions 1997 ch. 737) - à de telles exigences; cela n'autorise toutefois pas l'auteur des prestations à y inscrire des indications erronées et à y mentionner « TVA 6,5% incluse » en regard de l'entier du montant facturé, lorsque la TVA n'a été calculée que sur une partie de celui-ci ou n'a pas été perçue.
Aux conditions de l'<ref-law>, le revendeur d'un véhicule automobile d'occasion peut calculer la TVA sur la différence entre le prix d'achat et le prix de vente (imposition sur la différence), au lieu de le faire sur l'intégralité du prix de vente (imposition ordinaire). S'il entend faire usage de ce droit, il doit s'abstenir de mentionner l'impôt notamment sur les factures (<ref-law>). En cas de violation de cette règle, le revendeur doit acquitter la TVA sur l'intégralité du prix de vente. Ce formalisme a été jugé sévère mais nécessaire en vue de prévenir des erreurs et des abus lors de la déduction de l'impôt préalable (arrêt 2A.546/2000 du 31 mai 2002, précité, consid. 2). Ce faisant, le Tribunal de céans n'a pas fait de distinction selon que l'acquéreur du véhicule et destinataire de la facture était assujetti ou non. Il doit en aller de même en l'espèce.
La question de savoir si les factures pouvaient être corrigées après coup (voir à ce sujet l'arrêt précité, consid. 4 à 6) peut demeurer indécise, du moment que dans le cas particulier elles ne l'ont pas été: l'intimé n'allègue pas et ne démontre encore moins (les annotations manuscrites figurant sur les factures ne sont pas suffisantes à cet égard, notamment parce que l'on ignore quand elles ont été faites) avoir adressé à ses clients de nouvelles factures indiquant que la TVA avait été calculée sur la seule partie des prestations qui était imposable (part du trajet effectuée sur territoire suisse).
Au vu de ce qui précède, la reprise litigieuse était justifiée. L'autorité intimée ne pouvait annuler sur ce point la décision de l'autorité de réclamation et lui renvoyer le dossier pour qu'elle statue à nouveau. Partant, le recours doit être admis.
9. Le litige porte sur l'impôt de prestation à soi-même dû pour la part d'utilisation privée du véhicule Fiat Ulysse.
9.1 La recourante a imposé la part privée calculée selon la méthode forfaitaire (370 fr. par mois = 1% du prix d'acquisition de 37'000 fr.). Dans sa décision sur réclamation, elle a indiqué ce qui suit (p. 10):
« [...] l'inspecteur a établi, en accord avec la réclamante, un calcul en fonction d'une méthode simplifiée décrite dans la notice no 4a. Ceci n'est d'ailleurs pas contesté par la réclamante ».
Dans son recours contre ladite décision, l'intimé a contesté avoir donné son accord, en relevant qu'il n'avait pas assisté au contrôle qui avait eu lieu seulement en présence de son épouse.
Dans la décision attaquée, l'autorité intimée a estimé que le véhicule Fiat Ulysse avait été utilisé à des fins étrangères à l'entreprise, toutefois dans une mesure moindre que ne l'avait admis l'Administration fédérale. Elle a donc confirmé sur le principe la perception d'un impôt sur les prestations à soi-même. S'agissant du calcul de celui-ci, elle a relevé que la méthode forfaitaire était applicable lorsque l'assujetti ne fournissait pas les indications permettant de déterminer de manière effective le montant de l'impôt. En l'espèce, l'intimé n'avait pas eu jusqu'alors de raison de donner ces indications, du moment qu'il contestait le principe de l'imposition au titre des prestations à soi-même. Le dossier devait donc être renvoyé à l'Administration fédérale pour qu'elle invite l'intimé à lui communiquer les indications nécessaires.
La recourante maintient que l'intimé a consenti à ce que l'impôt sur la prestation à soi-même soit calculé d'après la méthode forfaitaire. Elle soutient au surplus qu'à supposer qu'il ait entendu contester ce mode de taxation, il lui appartenait de fournir les éléments permettant de calculer l'impôt selon la méthode effective, et ce quand bien même il s'en prenait déjà au principe de l'imposition. La recourante estime que sa décision sur réclamation était ainsi bien fondée et qu'il n'y avait pas lieu de l'annuler et de lui retourner le dossier pour qu'elle statue à nouveau.
9.2 Le litige porte uniquement sur la méthode de calcul de la part privée imposable à titre de prestation à soi-même.
L'intimé ne s'est pas déterminé dans la présente procédure. Devant l'autorité intimée, il contestait le principe de l'imposition à titre de prestation à soi-même. En revanche, il n'a pas indiqué explicitement s'en prendre aussi au mode de calcul. Dans ces conditions, la recourante était fondée à calculer l'impôt selon la méthode forfaitaire. Cela vaut d'autant plus que, dès le moment où l'intimé conteste utiliser le véhicule à des fins privées, il serait pour le moins surprenant qu'il ait tenu une liste de contrôle des trajets commerciaux et privés, document qui est nécessaire pour déterminer la part privée selon la méthode effective. Ainsi, le recours doit être admis sur ce point également.
L'intimé ne s'est pas déterminé dans la présente procédure. Devant l'autorité intimée, il contestait le principe de l'imposition à titre de prestation à soi-même. En revanche, il n'a pas indiqué explicitement s'en prendre aussi au mode de calcul. Dans ces conditions, la recourante était fondée à calculer l'impôt selon la méthode forfaitaire. Cela vaut d'autant plus que, dès le moment où l'intimé conteste utiliser le véhicule à des fins privées, il serait pour le moins surprenant qu'il ait tenu une liste de contrôle des trajets commerciaux et privés, document qui est nécessaire pour déterminer la part privée selon la méthode effective. Ainsi, le recours doit être admis sur ce point également.
10. La recourante voit encore une violation de l'<ref-law> dans le fait que les frais judiciaires de la procédure devant l'autorité intimée ont été mis à la charge de l'intimé seulement pour moitié. Au vu de l'issue de la présente procédure, qui entraîne l'annulation de la décision attaquée aussi sur le point des frais de justice, point n'est besoin de se prononcer sur le grief en question.
Il appartiendra à l'autorité intimée de statuer à nouveau sur les frais de la procédure devant elle.
Il appartiendra à l'autorité intimée de statuer à nouveau sur les frais de la procédure devant elle.
11. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours.
Succombant, l'intimé doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et la décision de la Commission fédérale de recours en matière de contributions du 8 septembre 2003 est annulée. La décision sur réclamation de l'Administration fédérale des contributions du 25 septembre 2001 est confirmée.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge de l'intimé.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties et à la Commission fédérale de recours en matière de contributions.
Lausanne, le 13 janvier 2005
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: