Sachverhalt:
A. Im Rahmen einer von der Bank Y._ als Grundpfandgläubigerin eingeleiteten Betreibung ersteigerte die X._ AG am 4. April 2003 für Fr. 420'000.-- die Liegenschaft A._-GBB-1. Ziff. 11 der Steigerungsbedingungen lautete wie folgt:
Ohne Abrechnung am Zuschlagspreis hat der Ersteigerer zu übernehmen bzw. bar zu bezahlen:
a) die Verwertungskosten sowie die Kosten der Eigentumsübertragung und der in Bezug auf Grundpfandrechte, Dienstbarkeiten usw. erforderlichen Löschungen und Änderungen im Grundbuch und in den Pfandtiteln;
b) die im Zeitpunkt der Versteigerung noch nicht fälligen und deshalb im Lastenverzeichnis nicht aufgeführten Forderungen mit gesetzlichem Pfandrecht (Brandassekuranzsteuern, Liegenschaftssteuern), ferner die laufenden öffentlich-rechtlichen Abgaben für Wasser, Elektrizität, Abfuhrwesen usw.
Am 15. Dezember 2004 veranlagte die kantonale Steuerverwaltung Graubünden die Grundstücksgewinnsteuer für den durch die Ersteigerung erzielten Wertzuwachs. Weil die Schuldnerin am 26. November 2004 in Konkurs fiel und dieser am 20. Dezember 2004 mangels Aktiven eingestellt wurde, machte die Steuerverwaltung am 23. Februar 2005 gegenüber der X._ ihr gesetzliches Grundpfandrecht für die Grundstückgewinnsteuer von Fr. 24'430.-- (inkl. Zins) geltend. Die von der X._ gegen die vorläufige Eintragung im Grundbuch erhobene Einsprache wies die Steuerverwaltung am 21. Juni 2005 ab.
B. Am 19. September 2005 machte die X._ gegenüber dem Betreibungsamt A._ eine Ersatzforderung in entsprechender Höhe geltend. Die Haftpflichtversicherung des Kantons Graubünden lehnte die Haftung am 29. Dezember 2005 ab. Nachdem die X._ erneut an die Haftpflichtversicherung gelangt war, forderte das Finanz- und Militärdepartement Graubünden die Bank Y._ auf, dem Betreibungsamt den Steuerbetrag samt Zins zu erstatten, weil dieser Betrag vom Betreibungsamt irrtümlich ausbezahlt worden sei.
Das Betreibungsamt erliess am 3. Mai 2006 eine neue Steuerabrechnung, in welcher die Grundstückgewinnsteuer vom Pfanderlös vor dessen Verteilung an die Gläubiger in Abzug gebracht wurde. Die Bank Y._ wurde aufgefordert, den zu viel ausbezahlten Betrag zu erstatten. Den hiergegen erhobenen Rekurs hiess die Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibung und Konkurs am 4. Juli 2006 dahingehend gut, dass die neue Steigerungsabrechnung aufgehoben wurde.
C. Weil die Haftpflichtversicherung eine Haftung des Kantons weiterhin ablehnte, reichte die X._ am 22. März 2007 gegen den Kanton Graubünden gestützt auf Art. 5 SchKG eine Klage über Fr. 24'430.-- nebst Zins ein.
Das Bezirksgericht B._ hiess die Klage mit Urteil vom 6. März 2008 gut, das Kantonsgericht von Graubünden wies sie am 1. Dezember 2008 (Mitteilung 27. Februar 2009) auf Berufung des Kantons hin ab.
D. Gegen das Urteil des Kantonsgerichts hat die X._ am 1. April 2009 Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit dem Begehren um Verpflichtung des Kantons Graubünden zur Zahlung von Fr. 24'430.-- nebst Zins zu 5% seit 21. Juni 2005. Mit Schreiben vom 23. April 2009 bzw. Vernehmlassung vom 26. Mai 2009 verlangen das Kantonsgericht und der Kanton die Beschwerdeabweisung, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG) über eine Staatshaftung im Sinn von Art. 5 SchKG. Dagegen steht die Beschwerde in Zivilsachen offen (Art. 72 Abs. 2 lit. a BGG), sofern der Streitwert Fr. 30'000.-- beträgt (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Dies ist vorliegend nicht der Fall. Indes behauptet die Beschwerdeführerin eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (Art. 74 Abs. 2 lit. a BGG), was nachfolgend zu prüfen ist.
2. Das Kantonsgericht hat erwogen, nach Art. 157 SchKG wären die Verwertungskosten zwar vorab aus dem Steigerungserlös zu decken. Die anders lautende Regelung in den Steigerungsbedingungen geniesse aber Vorrang gegenüber der gesetzlichen Regelung, weshalb das Vorgehen des Betreibungsamtes nicht bundesrechtswidrig sein könne. Im Übrigen sei in den Steigerungsbedingungen das Wort "Verwertungskosten" fett gedruckt gewesen, womit deren Überbindung der Beschwerdeführerin habe bekannt sein müssen. Zu den Verwertungskosten gehöre nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung auch die Grundstückgewinnsteuer. Von diesem allgemein gültigen Begriff der Verwertungskosten habe die Beschwerdeführerin ausgehen und es habe ihr deshalb klar sein müssen, dass auch die Grundstückgewinnsteuer überbunden worden sei.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung dürften dem Ersteigerer nur klar und unzweideutig in den Steigerungsbedingungen ausgewiesene Kosten zusätzlich auferlegt werden. Was unter "klar und unzweideutig" genau zu verstehen sei, sei von der Rechtsprechung bislang nicht weiter konkretisiert worden. Demzufolge sei es eine Frage von grundsätzlicher Bedeutung, ob der Begriff "Verwertungskosten" automatisch die Grundstückgewinnsteuer abdecke oder ob in den Steigerungsbedingungen summarisch hätte umschrieben werden müssen, was die Verwertungskosten im Einzelnen umfassten.
Die Voraussetzungen von Art. 74 Abs. 2 lit. a BGG sind erfüllt, wenn ein allgemeines Interesse besteht, dass eine umstrittene Frage höchstrichterlich geklärt wird, um eine einheitliche Anwendung und Auslegung des Bundesrechts herbeizuführen und damit Rechtssicherheit herzustellen (<ref-ruling> E. 2.4 S. 649; <ref-ruling> E. 1.3 S. 357). Ein erhöhtes Interesse besteht dann, wenn die Wahrscheinlichkeit, dass die entsprechende Frage je dem Bundesgericht unterbreitet werden kann, infolge der Streitwertgrenze äusserst gering ist (<ref-ruling> E. 1.2.3 S. 271). Keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung liegt demgegenüber vor, wenn es lediglich um die Anwendung von Grundsätzen der Rechtsprechung auf einen konkreten Fall geht (<ref-ruling> E. 1.2 S. 495 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 117).
Aufgrund des Gesagten wäre etwa als Frage von grundsätzlicher Bedeutung anzusehen, ob die Grundstückgewinnsteuer zu den Verwertungskosten gehört und ob diese dem Steigerer überbunden werden dürfen statt sie vorab aus dem Bruttoerlös zu bezahlen; zu all diesen Fragen gibt es bereits bundesgerichtliche Rechtsprechung (z.B. <ref-ruling>; Urteile 5A_54/2008; 2P.348/2005; 7B.265/2002). Keine Frage von grundsätzlicher Bedeutung, sondern eine Anwendungs- und Detailfrage bei der Formulierung von Steigerungsbedingungen ist hingegen, ob hinter dem Wort "Verwertungskosten" in Klammern enumerativ aufzuzählen ist, worin diese bestehen. Was in diesem Zusammenhang spezifisch die Grundstückgewinnsteuer anbelangt, handelt es sich im Übrigen nicht um einen Fall, der kaum je mit einem Streitwert von über Fr. 30'000.-- an das Bundesgericht getragen werden könnte, wird doch dieser vorliegend auf der Basis eines Zuschlagspreises von Fr. 420'000.-- beinahe erreicht.
3. Stellt sich nach dem Gesagten keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, mangelt es der Beschwerde in Zivilsachen am notwendigen Streitwert und ist demzufolge subsidiäre Verfassungsbeschwerde einzureichen (Art. 113 BGG), bei der auch die Rechtsanwendung nur auf Willkür oder andere Verfassungsverletzungen hin überprüft werden kann (Art. 116 BGG).
Die Beschwerdeführerin erhebt im Rahmen der Verfassungsbeschwerde verschiedene Willkürrügen, sowohl mit Bezug auf den Sachverhalt als auch hinsichtlich der Rechtsanwendung. Wie die weiteren Ausführungen zeigen werden, hält der angefochtene Entscheid bereits aufgrund des kantonal festgestellten Sachverhaltes in rechtlicher Hinsicht nicht vor dem Willkürverbot stand, so dass sich eine Prüfung der sachverhaltsbezogenen Willkürrügen erübrigt.
In rechtlicher Hinsicht macht die Beschwerdeführerin geltend, schon die Tatsache, dass das Kantonsgericht nur aufgrund einer langwierigen Auslegung der Steigerungsbedingungen zum Schluss komme, dass in den dort aufgeführten "Verwertungskosten" auch die Grundstückgewinnsteuer eingeschlossen sein müsse, zeige, dass deren Überbindung jedenfalls nicht klar und unmissverständlich sei, wie dies gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung der Fall sein müsste. Ohnehin sei die Auffassung, diese seien vorliegend in den Verwertungskosten inbegriffen gewesen, unhaltbar. Dies zeige sich insbesondere auch im vorprozessualen Verhalten der Parteien, sei doch der Irrtum des Betreibungsamtes allseits anerkannt worden.
4. Nach Art. 157 SchKG und der dazu ergangenen bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind die Verwertungskosten, wozu auch die Grundstückgewinnsteuer gehört, vom Erlös abzuziehen (<ref-ruling>); ein anderes Vorgehen ist bundesrechtswidrig (Urteil 5A_54/2008, E. 2.1). Dies gilt im Übrigen auch beim Konkursverfahren gestützt auf die analoge Vorschrift von Art. 262 SchKG (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 156). Etwas anderes ergibt sich insbesondere aus Art. 49 Abs. 1 lit. b VZG nicht, betrifft doch diese Norm einzig vorbestehende Forderungen; die Grundstückgewinnsteuer entsteht jedoch erst mit dem Zuschlag (<ref-ruling>).
Das in den zitierten Bundesgerichtsentscheiden ausgeführte Problem der Behandlung der Grundstückgewinnsteuern ist alt und bekannt. Es darf als notorisch gelten, dass aus diesem Grund - und gerade zur Vermeidung einer Staatshaftung - die Justizinspektoren zahlreicher Kantone mit konkreten Weisungen zur expliziten Formulierung in den Steigerungsbedingungen angehalten haben, wonach die Verwertungskosten, namentlich die Grundstückgewinnsteuer, vom Erlös abzuziehen sind.
Anders ist freilich die Praxis im Kanton Zürich. Dort wird aber die nach dem Gesagten bundesrechtswidrige Regelung in den Steigerungsbedingungen explizit erwähnt und es wird auch ausführlich auf die damit für den Ersteigerer verbunden Gefahren hingewiesen (zum ausführlichen Text in den Steigerungsbedingungen vgl. Urteil 5A_54/2008, Lit. A). Das Bundesgericht hat im betreffenden Entscheid mit Bezug auf die zürcherische Praxis festgehalten, das Vorgehen sei zwar bundesrechtswidrig (E. 2.1), aber die Überbindung der Grundstückgewinnsteuer sei für alle Beteiligten klar ersichtlich und beeinflusse bereits die Steigerungsangebote in einem entsprechenden Sinn (E. 4.4); deshalb könnten die Steigerungsbedingungen nicht als nichtig angesehen werden (E. 3.2). Sodann hat das Bundesgericht für den konkret zu beurteilenden Zürcher Fall zusätzlich darauf abgestellt, dass auf die besondere Regelung anlässlich der Steigerung mündlich erneut hingewiesen wurde und der Ersteigerer ein Rechtsanwalt war, dem die Tragweite der in den Steigerungsbedingungen und mündlich ausführlich geschilderten Regelung vollumfänglich bewusst war (E. 4.2); das Bundesgericht hat deshalb erwogen, dass er auf eigene Gefahr gehandelt habe (E. 4.3) und ihm angesichts seines klaren Wissens, welches mutmasslich das Steigerungsgebot beeinflusst habe, letztlich auch gar kein Schaden entstanden sei (E. 4.4).
Vorliegend ist die Ausgangslage anders. Die Grundstückgewinnsteuer wurde in den Steigerungsbedingungen nicht erwähnt und es wurde auch anlässlich der Steigerung nicht auf die angebliche Überbindung hingewiesen; vielmehr war für alle beteiligten Parteien klar, dass sie eben nicht überbunden würde: Das Betreibungsamt hat hierüber nicht abgerechnet, und ausserdem pflegen die Ämter, welche bundesrechtswidrig überbinden, bei der Steuerbehörde bekanntlich eine Vorauskalkulation per Steigerungsdatum einzuholen. Sodann haben sich sowohl die Haftpflichtversicherung als auch die Finanz- und Polizeidirektion zunächst auf den zutreffenden Standpunkt gestellt, dass die Grundstückgewinnsteuer vom Steigerungserlös hätte abgezogen werden müssen. Der Betreibungsbeamte kam ebenfalls zu dieser richtigen Einsicht und hat in der Folge eine neue Abrechnung erstellt und gegenüber der Bank Y._ eine Rückerstattungsverfügung erlassen (möglicherweise wäre Klage aus ungerechtfertigter Bereicherung zu erheben gewesen: vgl. <ref-ruling>; Urteil 7B.53/2006). Erst nachdem die Bank Y._ die Rückerstattung verweigerte, stellten sich die kantonalen Behörden auf den Standpunkt, gemäss Steigerungsbedingungen sei die Grundstückgewinnsteuer in Wahrheit überbunden worden.
Es ist - zumal der potentielle Ersteigerer die Steigerungsbedingungen nicht anfechten kann, insbesondere auch nicht mit Bezug auf die Überbindung von Kosten (BGE 60 III 31 E. 2; Urteil 7B.46/2006, E. 5.1) - treuwidrig und willkürlich, wenn vom Ersteigerer bzw. vom potentiellen Steigerungspublikum im Nachhinein ein "Wissen" verlangt wird, das die Ämter übereinstimmend selbst nicht hatten bzw. von dessen Gegenteil sie ausgingen; die Beschwerdeführerin durfte deshalb und mangels anderer Verlautbarungen davon ausgehen, dass sie nicht zusätzlich zum Zuschlagspreis die Grundstückgewinnsteuer zu tragen hätte. Dafür nicht einschlägig sind sodann die Verweise des Kantonsgerichts auf Art. 135 Abs. 2 SchKG und Art. 49 Abs. 2 VZG. Ohnehin liesse sich aus diesen Bestimmungen willkürfrei nur der Schluss ziehen, dass in den Steigerungsbedingungen im Einzelnen aufzuführen wäre, wenn dem Erwerber die Grunstückgewinnsteuer überbunden werden soll.
5. Gemäss Art. 5 SchKG haftet der Kanton für den Schaden, den die Betreibungsbeamten bei der Erfüllung der Aufgaben, die ihnen das SchKG zuweist, widerrechtlich verursachen.
Eine Amtshandlung ist widerrechtlich, wenn sie in Verletzung eines absoluten Rechtsgutes oder einer einschlägigen Schutznorm bzw. einer Amtspflichtverletzung erfolgt ist (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 457; Levante, Kurzkommentar SchKG, N. 5 zu Art. 5). Die vorgenannten Normen des SchKG und der VZG wollen u.a. den Ersteigerer vor ungerechtfertigten zusätzlichen Forderungen schützen und dem Betreibungsbeamten ist nach dem Gesagten (entgegen der Behauptung des Kantonsgerichts) ein bundesrechtswidriges Vorgehen vorzuwerfen; er hat denn in Einsicht seines Fehlers zuerst auch richtig gehandelt und versucht, die betreffende Summe bei der unrechtmässig begünstigten Bank Y._ erhältlich zu machen. Das Tatbestandsmerkmal der Widerrechtlichkeit ist somit erfüllt.
Damit ist die Beschwerde begründet und der angefochtene Entscheid aufzuheben. Es stellt sich die Frage, ob die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen ist, oder ob das Bundesgericht in der Sache selbst entscheiden kann (Art. 117 i.V.m. Art. 107 Abs. 2 BGG). Angesichts der Tatsache, dass die weiteren Tatbestandselemente der Haftung gemäss Art. 5 SchKG - Schaden und Kausalität - offensichtlich gegeben und in der Vernehmlassung auch nicht bestritten sind, rechtfertigt es sich, dass das Bundesgericht selbst in der Sache entscheidet: Das gesetzliche Grundpfandrecht für die Grundstückgewinnsteuer ermöglicht den Zugriff auf das Grundstück selbst dann, wenn die Steuer zu Unrecht überbunden wurde, weil die Steuerbehörde nicht auf das Vorgehen des Betreibungsbeamten einwirken kann (Urteil 2P.348/2005, E. 3.2), so dass der Schaden gegeben ist. Der Eintritt des Schadens bei der Beschwerdeführerin steht schliesslich in einem klaren Kausalzusammenhang mit dem bundesrechtswidrigen Vorgehen des Betreibungsamtes; hätte dieses vom Steigerungserlös die Grundstückgewinnsteuer korrekt abgezogen, hätte sich das hierfür bestehende Grundpfandrecht gar nie aktualisiert.
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gutzuheissen ist. Die Beschwerdeführerin ist mit ihrem Standpunkt durchgedrungen; eine Kostenausscheidung für das Nichteintreten auf das Hauptrechtsmittel rechtfertigt sich nicht. Der in seinen Vermögensinteressen betroffene Kanton Graubünden wird demnach vollumfänglich kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 4 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG). Die Kostenfestsetzung und -verteilung entsprechend dem neuen Ausgang des Verfahrens ist vom Kantonsgericht vorzunehmen (Art. 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. In Gutheissung der subsidiären Verfassungsbeschwerde wird das Urteil des Kantonsgerichts Graubünden vom 1. Dezember 2008 aufgehoben und der Beschwerdegegner wird verpflichtet, der Beschwerdeführerin Fr. 24'430.-- nebst Zins zu 5% seit 21. Juni 2005 zu bezahlen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
4. Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juli 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli