Faits:
A. Par jugement du 17 décembre 2008, le Tribunal de police du canton de Genève a acquitté A.X._ du chef d'accusation de dénonciation calomnieuse.
B. Saisie d'un appel par B.X._, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a annulé ce jugement, par arrêt du 22 juin 2009. Statuant à nouveau, elle a reconnu A.X._ coupable de cette infraction et l'a condamnée à 30 jours-amende à 10 fr. l'un avec sursis pendant 2 ans, avec suite de frais et dépens. Cet arrêt repose, en substance, sur l'état de fait suivant.
B.a Mariés depuis le 3 septembre 2004, les époux X._ sont les parents de quatre enfants nés respectivement, le premier, le 20 novembre 2004 et, les triplés, le 5 janvier 2006. Des difficultés conjugales sont apparues à l'automne 2007. A la même période, B.X._ s'est ouvert à plusieurs reprises auprès du Service de protection des mineurs de son inquiétude face aux difficultés rencontrées par son épouse dans l'éducation de leurs enfants, celle-ci paraissant ne plus pouvoir faire face physiquement et psychologiquement à la charge de travail générée par quatre enfants en bas âge, malgré l'aide d'une nourrice.
B.b Le 9 novembre 2007, B.X._ a déposé plainte pénale contre A.X._ pour violation du devoir d'éducation et d'assistance, dénonçant certaines pratiques auxquelles elle avait eu recours dans l'éducation de leurs enfants. Le même jour, à une demi-heure d'intervalle, A.X._ s'est également présentée dans les locaux de la police pour déposer plainte contre son époux, pour des violences conjugales englobant notamment des viols. B.X._ a riposté en déposant plainte pour dénonciation calomnieuse.
Ce jour-là, A.X._ a décrit son époux comme une personne manipulatrice et autoritaire, qui l'humiliait devant leurs quatre enfants et dont elle craignait les réactions. Il exerçait constamment une contrainte psychologique dont il avait usé sur elle pour la violer à plusieurs reprises et lui imposer, malgré son refus, divers comportements sexuels. D'un point de vue professionnel, son époux était un escroc notoire qui exploitait la crédulité des gens par le biais de sociétés fictives, actives notamment dans le domaine de la voyance et des fausses loteries. Il ne déclarait en outre qu'une partie de ses revenus à l'administration fiscale. Leurs rapports conjugaux s'étaient envenimés et, le 5 octobre 2007, elle avait annoncé à B.X._ son intention de divorcer. Depuis lors, il avait mis en doute son état de santé mentale et essayé de la faire interner dans un hôpital psychiatrique. Elle n'avait pas souhaité dénoncer plus tôt les agissements de son conjoint car elle éprouvait des difficultés à s'y résoudre et ne souhaitait pas être impliquée dans une telle procédure. Elle a produit une attestation médicale du 5 novembre 2007 faisant état de contusions au poignet droit ensuite d'une altercation avec son mari. Elle contestait, enfin, les actes de maltraitance infantile qui lui étaient reprochés.
B.c A.X._ a confirmé sa plainte à l'instruction. La nature des rapports sexuels conjugaux avait dégénéré après la naissance de leur premier enfant, B.X._ lui ayant fait comprendre qu'il était de son devoir d'accepter les avances qu'il lui faisait. Il se montrait si assidu et insistant qu'elle finissait par céder. Sa plainte pénale visait également les lésions corporelles simples que B.X._ lui avait infligées au poignet le 29 octobre 2007, alors qu'il tentait de récupérer le téléphone portable qu'elle avait réussi à lui arracher des mains après qu'il l'eut filmée s'occupant de leurs enfants. Il avait pris cette habitude pour recueillir les preuves des prétendus actes de maltraitance auxquels elle se livrait. Il agissait ainsi avec la complicité de la nourrice des enfants, qui souhaitait qu'il en obtienne la garde, afin de conserver son emploi.
B.d Devant le tribunal, A.X._ avait nuancé ses accusations. Elle avait été dépassée par les événements, affaiblie et fatiguée qu'elle était ensuite de la naissance des triplés et devant, en sus, s'occuper de l'aîné encore en bas âge, au point qu'elle avait vécu sa relation avec B.X._ comme une contrainte permanente. Il exerçait une violence psychologique et la harcelait pour parvenir à ses fins, n'étant pas conscient que son état de fatigue l'empêchait de lui résister. N'ayant jamais voulu dénoncer une infraction qui n'avait pas existé, elle avait exprimé une situation difficile et son désarroi avec des mots « lourds », sans doute inadéquats. Rétrospectivement, elle n'aurait plus déposé une plainte pénale pour viol, ce qui ne correspondait, par ailleurs, pas à son intention initiale, qui était de dénoncer des lésions corporelles et des voies de fait. Depuis près d'une année, elle vivait avec ses quatre enfants, séparée de son époux.
B.e De son côté, B.X._ a, pour l'essentiel, contesté, tout au long de la procédure, les faits qui lui étaient reprochés, sous réserve d'un épisode de jeux érotiques librement consentis et du fait qu'il avait serré très fort le poignet de son épouse pour qu'elle lâche le téléphone portable qu'elle lui avait arraché des mains. Il a mis la dégradation progressive de la relation de couple depuis le début octobre 2007 en relation avec la charge de travail résultant de la naissance des triplés et a produit divers courriers rédigés par des proches confirmant cette évolution.
B.f La plainte pénale déposée par A.X._ a été classée le 18 janvier 2008 par le Procureur général, sauf circonstances nouvelles, vu l'absence d'inculpation.
C. A.X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, principalement à son acquittement et, à titre subsidiaire, à l'exemption de toute peine.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. L'<ref-law> sanctionne d'une peine privative de liberté ou d'une peine pécuniaire celui qui aura dénoncé à l'autorité, comme auteur d'un crime ou d'un délit, une personne qu'il savait innocente, en vue de faire ouvrir contre elle une poursuite pénale. Sur le plan objectif, cette norme suppose qu'une communication imputant faussement à une personne la commission d'un crime ou d'un délit ait été adressée à l'autorité (v. <ref-ruling> consid. 4.2, p. 25). Plus précisément, la communication attaquée doit imputer faussement à la personne dénoncée des faits qui, s'ils étaient avérés, seraient constitutifs d'un crime ou d'un délit. En effet, la qualification juridique inexacte de faits fidèlement rapportés ne portant pas atteinte à l'administration de la justice, à laquelle il incombe de connaître les définitions légales, elle ne tombe pas sous le coup de l'<ref-law> (GÜNTHER STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil II, § 53 n. 7; cf. aussi URSULA CASSANI, Commentaire du droit pénal suisse, vol. 9, n. 7 ad <ref-law>; ANDREAS DONATSCH/WOLFGANG WOHLERS, Strafrecht IV - Delikte gegen die Allgemeinheit, 4e éd., 2004, p. 367; ROLF HÜGLI, Die falsche Anschuldigung und die Irreführung der Rechtspflege, thèse, 1948, p. 28/29; HERMANN MENZEL, Die falsche Anschuldigung nach deutschem und schweizerischem Strafrecht, thèse, 1963, p. 53 initio; STEFAN TRECHSEL, Schweizerisches Strafgesetzbuch - Kurzkommentar, n. 4 ad <ref-law>). L'utilisation mal à propos d'une qualification pénale ne peut constituer une dénonciation calomnieuse que si l'auteur s'est servi de la dénomination légale d'un crime ou d'un délit pour en alléguer les faits constitutifs mais non si l'auteur s'est borné à soutenir que des faits, allégués par ailleurs, constituent le crime ou le délit mentionné.
1.1 La recourante invoque dans un seul et même moyen la présomption d'innocence (art. 6 par. 2 CEDH et 32 al. 1 Cst.), l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) et la violation de l'<ref-law>. Elle soutient, en résumé, que les accusations qu'elle a formulées n'auraient causé aucun préjudice concret à l'intimé. Indépendamment de l'utilisation du mot « viol », les faits qu'elle avait dénoncés, soit des relations sexuelles non consenties, ne seraient pas faux. Ni les dénégations de l'intimé ni le classement intervenu ne permettraient de conclure qu'ils le fussent. Le harcèlement psychologique et physique qu'elle aurait subi de la part d'un mari « psycho-rigide » serait, en particulier, prouvé par divers éléments du dossier, de sorte qu'elle aurait été de bonne foi en affirmant au juge d'instruction qu'elle « estimait avoir été violée ». Elle avait voulu, de la sorte, dénoncer avec des mots « lourds » une situation de relation conjugale faite de tensions, de contraintes, de pressions psychologiques, d'atteintes physiques même, arrivée au paroxysme de l'insupportable, dans un contexte d'incommunicabilité, dans lequel son refus non exprimé clairement de relations sexuelles aurait été compris comme un consentement.
Ce faisant, la recourante mêle indistinctement des critiques de fait et de droit. Elle oppose aussi les constatations de fait de l'autorité cantonale à sa propre appréciation de différents éléments de preuve, en se référant notamment aux déclarations qu'elle a faites en cours d'instruction et devant le tribunal, dans lesquelles elle a notablement modéré les accusations portées contre l'intimé. Ainsi articulé, le moyen est de nature essentiellement appellatoire. On se bornera, en conséquence, à reprendre ci-dessous les éléments de ce grief qui n'apparaissent pas d'emblée irrecevables pour ce motif (cf. <ref-ruling> consid. 6 p. 397) ou faute d'une motivation suffisante (<ref-law>).
1.2 Au plan objectif, la recourante reproche principalement à la cour cantonale d'avoir déduit que ses allégations étaient fausses du fait que la procédure dirigée contre l'intimé pour viol avait été classée. Elle relève que ce classement motivé en opportunité et en raison de l'absence de charges suffisantes s'inscrivait dans le cadre du conflit conjugal et que la procédure pourrait être reprise en cas de faits nouveaux. Ce classement ne pourrait ainsi être comparé à un jugement d'acquittement.
1.2.1 Ce grief est infondé. Le Tribunal fédéral a, en effet, déjà jugé que l'autorité pénale appelée à statuer sur l'infraction de dénonciation calomnieuse est, sauf faits ou moyens de preuve nouveaux, liée par l'ordonnance de non-lieu rendue au bénéfice de la personne dénoncée (cf. ATF 72 IV 74 consid. 1), mais non par un classement en opportunité. Il a aussi relevé qu'il est dans l'intérêt de la sécurité du droit et du maintien de l'ordre public que le bien-fondé des jugements pénaux et des ordonnances de non-lieu - lesquelles ont, sous réserve de la découverte de faits ou moyens de preuve nouveaux, la même valeur qu'un jugement d'acquittement - ne puisse plus être contesté une fois épuisées les voies de recours ordinaires ouvertes contre ces décisions. Le jugement d'acquittement et l'ordonnance de non-lieu ne pourraient remplir entièrement leur fonction - qui est notamment de garantir le droit à la tranquillité du prévenu - si leur bien-fondé pouvait être contesté à titre préjudiciel dans un procès pour atteinte à l'honneur ou dénonciation calomnieuse (arrêt non publié 6S.437/2006 du 4 décembre 2006, consid. 7.2).
1.2.2 En l'espèce, l'arrêt entrepris constate de manière à lier la cour de céans (<ref-law>) que la plainte pénale déposée par la recourante contre l'intimé a été classée par le Procureur général, sauf circonstances nouvelles, vu l'absence d'inculpation (arrêt entrepris, consid. C.e, p. 5/11), ce qui implique l'absence de charges suffisantes (<ref-law>/GE). Il s'ensuit que ce classement ne procède pas de simples motifs d'opportunité, mais est motivé en fait, de sorte que la cour cantonale pouvait, conformément à la jurisprudence, se considérer comme liée par cette ordonnance en ce qui concerne le caractère faux des allégations de la recourante.
1.2.3 Pour le surplus, en tant que la recourante invoque également, dans ce contexte, la présomption d'innocence, il convient de rappeler qu'en obligeant le dénonciateur à prouver ses accusations dans le cadre des poursuites engagées contre la personne qu'il a dénoncée, la solution de la jurisprudence n'implique pas, pour le cas où la personne dénoncée a été acquittée ou mise au bénéfice d'un non-lieu, un renversement du fardeau de la preuve incompatible avec les art. 32 al. 1 Cst. et 6 § 2 CEDH. En effet, en matière d'infractions contre l'honneur, la présomption d'innocence du lésé entre également en considération (cf. SCHUBARTH, Zur Tragweite des Grundsatzes der Unschuldsvermutung, 1978, p. 8) et certaines nuances sont admissibles au regard de l'art. 6 § 2 CEDH (cf. JACQUES VELU/RUSEN ERGEC, La Convention européenne des droits de l'homme, Extrait du Répertoire pratique du droit belge, Complément t. VII, n. 562 p. 470 et la référence). Il n'y a pas lieu de s'écarter de ces principes en ce qui concerne l'application de l'<ref-law>, qui constitue non seulement une infraction contre l'administration de la justice, mais aussi contre la personne dont elle protège notamment la liberté et l'honneur (<ref-ruling> consid. 4.1, p. 24 s.; <ref-ruling> consid. 2b, p. 3).
1.2.4 Il résulte de ce qui précède que la recourante tente en vain de démontrer que sa soumission à des rapports sexuels non consentis serait plausible. Par ailleurs, compte tenu de la précision avec laquelle elle a décrit, dans sa plainte, les comportements qu'elle imputait à l'intimé, elle discute de même inutilement la portée de la qualification de viol. On examinera, pour le surplus, au considérant qui suit, l'incidence de cette dernière argumentation sur la question de l'intention.
1.3 Au plan subjectif, la recourante soutient avoir été de bonne foi lorsqu'elle a affirmé au juge d'instruction qu'elle « estimait avoir été violée » par son époux.
1.3.1 L'<ref-law> exige que l'auteur sache qu'il dénonce un innocent. Il s'agit d'une connaissance au sens strict. Le dol éventuel ne suffit pas (ATF 76 IV 244), de sorte que l'auteur peut objecter n'avoir pas su le dénoncé innocent en invoquant sa bonne foi (ATF 72 IV 74 consid. 1 in fine, p. 76). En revanche, dès qu'il est établi que l'auteur sait la personne dénoncée innocente, les preuves libératoires de la vérité ou de la bonne foi n'ont aucun sens et sont, partant, exclues (cf. BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. I, ad <ref-law>, p. 572). Le dol éventuel suffit en revanche quant à l'intention de faire ouvrir une poursuite pénale (<ref-ruling> ; <ref-ruling>). Déterminer ce que l'auteur sait, veut ou l'éventualité à laquelle il consent relève de l'établissement des faits (<ref-ruling>, consid. 3.1, p. 116; <ref-ruling> consid. 2.5, p. 276; <ref-ruling> consid. 2d, p. 215; <ref-ruling> consid. 2d, p. 56).
1.3.2 La cour cantonale a relevé que la période difficile traversée par la recourante ainsi que son affaiblissement physique et psychologique lié à la charge de travail générée par quatre enfants en bas âge ne pouvait expliquer ou justifier la nature des accusations portées contre son conjoint. La cour cantonale a, par ailleurs, estimé que la recourante n'était pas crédible lorsqu'elle affirmait n'avoir pas su trouver les mots adéquats, alors qu'elle avait expressément indiqué avoir été violée à plusieurs reprises tant à la police qu'en cours d'instruction. L'autorité précédente a souligné, à ce propos, le caractère précis, univoque et violent des termes utilisés par la recourante pour décrire tant les viols dont elle prétendait avoir été victime que les pratiques auxquelles elle aurait été contrainte de se livrer, en donnant une image sordide de l'intimé, y compris dans le domaine professionnel. Elle en a conclu que la recourante avait sciemment accusé faussement son époux de l'avoir violée (arrêt entrepris, consid. 2, p. 7/11).
En objectant avoir néanmoins subi des actes sexuels non consentis sous la pression psychologique de son époux et avoir été de bonne foi en déclarant au juge d'instruction qu'elle estimait avoir été violée, la recourante s'écarte, sur le premier point, de manière inadmissible de l'état de fait de la décision entreprise (<ref-law>; v. supra consid. 1.2). Elle perd de vue, sur le second, que ce sont, au premier chef, les déclarations contenues dans sa plainte qui lui sont reprochées, de sorte qu'elle ne peut rien déduire en sa faveur, au plan subjectif, de la version des faits amendée présentée ultérieurement en cours d'instruction puis de jugement. La cour cantonale pouvait ainsi, sans arbitraire (sur cette notion. v. les principes maintes fois exposés par le Tribunal fédéral, notamment aux <ref-ruling> consid. 1.3 et les références p. 4 et 5; <ref-ruling> consid. 5.4 et les arrêts cités p. 148) déduire du fait que la recourante, qui ne soutenait plus avoir subi les sévices qu'elle décrivait avec force détails dans sa plainte (cf. arrêt entrepris, consid. 2.2, premier paragraphe, p. 6/11 in fine), savait pertinemment ces accusations fausses. Cela étant, la cour cantonale a jugé à bon escient que l'intention de la recourante allait au-delà du dol éventuel et que la première condition subjective de l'<ref-law> était réalisée.
1.3.3 Enfin, la décision entreprise souligne la coïncidence des dépôts de plainte respectifs et le fait que la démarche de la recourante avait succédé à celle de l'intimé dans un intervalle d'une demi-heure, en écartant l'hypothèse d'un simple hasard. On peut en déduire, sans solliciter les faits, que la recourante, qui avait manifesté l'intention de divorcer et craignait manifestement de ne pas obtenir la garde de ses enfants (arrêt entrepris, consid. 2.2, p. 7/11), avait accepté, pour le cas où elle se produirait, l'éventualité qu'une poursuite pénale soit ouverte contre son époux. Elle ne le conteste, au demeurant, pas dans son recours en matière pénale.
1.4 Les conditions objectives et subjectives de l'<ref-law> étant réalisées, l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en prononçant la condamnation de la recourante pour dénonciation calomnieuse.
2. La recourante invoque, à titre subsidiaire, la violation des art. 52, 53 et 54 CP.
2.1 Si la culpabilité de l'auteur et les conséquences de son acte sont peu importantes, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine (<ref-law>). Cette disposition pose des conditions cumulatives (FRANZ RIKLIN, BSK, Strafrecht I, 2e éd. 2007, art. 52, n. 14).
La cour cantonale a estimé, à juste titre, que la faute de la recourante, dont les mobiles étaient égoïstes, était d'une gravité certaine (arrêt entrepris, consid. 3.2.1, p. 8/11). Cela suffit à exclure l'application de cette règle.
2.2 Conformément à l'<ref-law>, l'autorité compétente renonce à poursuivre l'auteur d'une infraction, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine lorsqu'il a réparé le dommage ou accompli tous les efforts que l'on pouvait raisonnablement attendre de lui pour compenser le tort qu'il a causé, si les conditions du sursis à l'exécution de la peine sont remplies (art. 42) et que l'intérêt public et l'intérêt du lésé à poursuivre l'auteur pénalement soient peu importants.
La recourante soutient, en se référant à ses déclarations à l'audience du Tribunal de police, qu'elle aurait manifesté une prise de conscience, son sens des responsabilités l'amenant à reconnaître que certains de ses propos avaient dépassé sa pensée. Elle s'écarte, ce faisant, de manière inadmissible (<ref-law>) des constatations de fait de la décision entreprise, qui retient qu'elle n'a pas pris conscience de la gravité de ses actes, dont elle ne s'est pas excusée, reportant la faute sur son époux (arrêt entrepris, consid. 3.2.1, p. 8/11), ce que confirme encore, au demeurant, l'argumentation qu'elle développe devant la cour de céans. Le grief est irrecevable.
2.3 Si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine (<ref-law>).
La recourante allègue subir, en raison de ses actes, une souffrance psychique supplémentaire qui la ronge. Elle estime que sa prise de conscience serait telle qu'une sanction pénale paraîtrait inappropriée. Elle s'écarte, sur ce point aussi, de manière inadmissible des constatations de fait de la cour cantonale quant à son état d'esprit au moment du jugement (v. supra consid. 2.2).
3. La recourante succombe. Elle supporte les frais de la procédure (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens aux intimés qui n'ont pas été invités à procéder (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 23 novembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat