Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 16. Dezember 2008 entliess der Gemeinderat Hochfelden das Bauernhaus an der Dorfstrasse 8 in Hochfelden (Assek.-Nr. 45) aus dem Inventar der kommunalen Natur- und Heimatschutzobjekte der Gemeinde Hochfelden. Er stellte eine Abbruchbewilligung in Aussicht, sofern für den geplanten Ersatzbau eine rechtskräftige baurechtliche Bewilligung vorliege. Das Bauernhaus gehört den Eheleuten Z._.
Gegen die Inventarentlassung erhoben die Zürcherische Vereinigung für Heimatschutz (ZVH) und X._ Rekurs bei der Baurekurskommission IV des Kantons Zürich. Mit Entscheid vom 16. Juli 2009 vereinigte diese die beiden Verfahren und wies die Rekurse ab.
Dagegen erhoben die ZVH und X._ gemeinsam Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. In der Folge beschloss das Verwaltungsgericht, beim Sachverständigen Heinz Pantli ein Gutachten zu folgender Frage einzuholen:
"Handelt es sich beim Gebäude Assek.-Nr. 45 auf dem Grundstück Kat.-Nr. 298 an der Dorfstrasse 8 in Hochfelden um einen wichtigen Zeugen einer politischen, wirtschaftlichen, sozialen oder baukünstlerischen Epoche oder hat es eine für das Ortsbild wesentlich mitprägende Bedeutung?"
Gestützt auf das Gutachten kam das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 25. Mai 2011 zum Schluss, dass der Gemeinderat Hochfelden kein Recht verletzt habe, als er das Gebäude aus dem Inventar entliess. Die Beschwerde der ZVH und von X._ wies es ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht beantragen die ZVH und X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts und der Beschluss des Gemeinderats Hochfelden vom 16. Dezember 2008 seien aufzuheben. Eventualiter beantragen sie, die Kosten des Gutachtens seien nicht den Beschwerdeführerinnen aufzuerlegen.
Das Verwaltungsgericht, die Gemeinde Hochfelden sowie die Eheleute Z._ beantragen in ihrer jeweiligen Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführerinnen nahmen dazu mit Eingabe vom 10. Oktober 2011 Stellung.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid des Verwaltungsgerichts, der die Aufhebung der Unterschutzstellung eines Gebäudes und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit betrifft, steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (<ref-law>).
Die Legitimation zur Beschwerde ist für beide Beschwerdeführerinnen separat zu prüfen. Nach <ref-law> ist zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat, durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung besitzt. Verlangt wird somit neben der formellen Beschwer (lit. a), dass der Beschwerdeführer über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache verfügt (lit. b) und einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids zieht (lit. c). Die Nähe der Beziehung zum Streitgegenstand muss bei Streitigkeiten über die Unterschutzstellung von Bauten insbesondere in räumlicher Hinsicht gegeben sein. Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (<ref-ruling> E. 1.3 S. 413 mit Hinweisen). Nach <ref-law> sind ferner Personen, Organisationen und Behörden zur Beschwerde berechtigt, denen ein anderes Bundesgesetz dieses Recht einräumt.
1.2 Die Beschwerdeführerin 1 ist Eigentümerin einer dem umstrittenen Gebäude benachbarten Liegenschaft. Nach den Feststellungen der Vorinstanz wäre bei einer Entlassung des Bauernhauses aus dem Inventar der schutzwürdigen Objekte von kommunaler Bedeutung eine weit intensivere Nutzung möglich, womit für die Nachbarliegenschaft ein Nachteil entstehen würde. Bei dieser Sachlage ist die Legitimation der Beschwerdeführerin 1 gegeben.
1.3 Die Beschwerdeführerin 2 ist als kantonal tätige Heimatschutzorganisation nicht nach Art. 12 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes vom 1. Juli 1966 über den Natur- und Heimatschutz (NHG; SR 451) i.V.m. <ref-law> zur Beschwerde legitimiert. Das Verbandsbeschwerderecht gemäss § 338a Abs. 2 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Zürich vom 7. September 1975 (LS 700.1; im Folgenden: PBG) gilt nur für die kantonale Ebene, nicht aber vor Bundesgericht.
Zu prüfen ist deshalb, ob die Beschwerdebefugnis nach <ref-law> gegeben ist. Die Beschwerdeführerin 2 macht selbst nicht geltend, dass sie oder die Mehrzahl ihrer Mitglieder eine enge (insbesondere räumliche) Beziehung zur Baute habe. Da sie somit in der Sache selbst nicht legitimiert ist, kann die Heimatschutz-Vereinigung, der zwar auf kantonaler, nicht aber auf Bundesebene ein Verbandsbeschwerderecht zusteht, vor Bundesgericht lediglich geltend machen, im kantonalen Verfahren in ihren Parteirechten verletzt worden zu sein. Zudem kann sie einen sie belastenden Kostenentscheid anfechten. Allerdings kann auf diesem Weg keine (indirekte) Überprüfung des Entscheids in der Hauptsache erlangt werden. Nicht einzutreten ist daher auf formelle Rügen, deren Beurteilung von der Prüfung in der Sache selbst nicht getrennt werden kann, wie namentlich die Rüge, die Begründung des angefochtenen Entscheids sei unvollständig, zu wenig differenziert oder materiell unzutreffend (BGE 129 I 217 E. 1.4 S. 222 mit Hinweisen). Auf die Beschwerde der Beschwerdeführerin 2 ist daher nur insoweit einzutreten, als sie eine Verletzung von Parteirechten rügt und eine Aufhebung bzw. Abänderung des Kostenentscheids verlangt (zum Ganzen: Urteil 1C_195/2011 vom 27. Juli 2011 E. 1.2 mit Hinweisen).
1.4 Die Beschwerdeführerinnen rügen, das Verwaltungsgericht habe ihre Bedenken zur Unbefangenheit des Gutachters ohne weitere Begründung nicht anerkannt.
Nachdem das Verwaltungsgericht am 10. März 2010 beschlossen hatte, ein Sachverständigengutachten einzuholen und als Gutachter Heinz Pantli in Aussicht genommen hatte, äusserten die Beschwerdeführerinnen Zweifel an dessen Unbefangenheit. Mit Beschluss vom 5. Mai 2010 erwog das Verwaltungsgericht, diese Zweifel würden keine Befangenheitsgründe darstellen, und ernannte Heinz Pantli zum Gutachter. Es fällte damit einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid über ein Ausstandsbegehren. Gegen solche Zwischenentscheide ist nach <ref-law> die Beschwerde ans Bundesgericht zulässig; sie können jedoch später nicht mehr angefochten werden. Dies gilt auch in Bezug auf Sachverständige (Urteil 9C_304/2010 vom 12. Mai 2010 E. 2.1 mit Hinweisen). Der Zwischenentscheid vom 5. Mai 2010 blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft. Auf die dagegen gerichteten Rügen ist im Rahmen der Beschwerde gegen den Endentscheid nicht einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerinnen kritisieren den Inhalt des Gutachtens, auf das sich das Verwaltungsgericht gestützt hat. Im Ergebnis rügen sie damit die Sachverhaltsfeststellung durch die Vorinstanz. Wie bereits dargelegt, ist darauf von vornherein nur insoweit einzutreten, als Beschwerdeführerin 1 betroffen ist.
Soweit ein Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann er nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (<ref-law>). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.5 S. 129 f.; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; Urteil 1C_412/2008 vom 24. März 2009 E. 2.1; je mit Hinweisen). Dabei ist zu beachten, dass der Richter gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts an die Auffassung des Experten gebunden ist, soweit Fachfragen betroffen sind und soweit nicht triftige Gründe für eine abweichende Würdigung sprechen (<ref-ruling> E. 4.4.1 S. 269 mit Hinweisen). Derartige triftige Gründe können etwa bestehen, wenn das Gutachten nicht eindeutig ist, Widersprüche enthält oder bedeutsame Elemente ausser Acht lässt (Urteile 9C_646/2010 vom 23. Februar 2011 E. 4; 9C_886/2009 vom 27. April 2010 E. 2.2; je mit Hinweisen).
2.2 Der vom Verwaltungsgericht eingesetzte Gutachter kam zum Schluss, dass dem Gebäude keine wichtige siedlungsgeschichtliche Zeugenschaft für die Entstehung des Bauerndorfs Hochfelden bzw. für den Wiederaufbau auf der Brandstätte von 1846 im Oberdorf von Hochfelden zukomme. Eine architekturhistorische oder konstruktionsgeschichtliche wichtige Zeugenschaft könne wegen der zahlreichen Vergleichsbeispiele für das Jahr 1847 auf der Brandstätte im Oberdorf und in den übrigen Dorfteilen nicht belegt werden. Eine wichtige sozialgeschichtliche Zeugenschaft sei angesichts der grossen Zahl von zwischen 1847 und 1881 auf der einstigen Brandstätte entstandenen Vergleichsbeispiele ebenfalls nicht zu belegen. Die Ausstattung wie auch die Fenster- und Türflügel von 1847 dürften im Dorf noch mehrfach vorhanden sein und könnten für sich allein keine wichtige kommunale Zeugenschaft belegen. Das aktuelle Erscheinungsbild mit Putzfassade von 1930 stelle keinen wichtigen Zeugen einer neuen Weise der architektonischen Gestaltung im Dorf dar und das Gebäude besitze auch nur eine eingeschränkte Bedeutung für das Dorfbild des Oberdorfs. Der Situationswert beschränke sich auf die Blickrichtung von Süden, von der Einmündung der Dorfstrasse und der Schmiedgasse in die Willenhofstrasse und sei daher als von eher niedriger bis mittlerer Bedeutung einzustufen. Darüber hinaus besitze das Gebäude innerhalb des Dorfbilds an der Dorfstrasse selber keine herausgehobene Bedeutung.
2.3 Die Beschwerdeführerinnen rügen die Qualität des Gutachtens in verschiedener Hinsicht und beanstanden, dass das Verwaltungsgericht kein Obergutachten eingeholt hat. An erster Stelle machen sie geltend, das Gutachten weise einen unlogischen und verwirrenden Aufbau auf und der Gutachter habe unnützes Unterlagenmaterial angehäuft. Inwiefern der Aufbau unlogisch oder verwirrend sein soll und inwiefern nicht erforderliches Unterlagenmaterial die Richtigkeit der Schlussfolgerungen des Gutachtens beeinträchtigt haben sollte, legen die Beschwerdeführerinnen jedoch nicht dar. Darauf ist nicht weiter einzugehen (<ref-law>). Dasselbe gilt für die Kritik an der Typengliederung, welche der Gutachter zu Vergleichszwecken vorgenommen hatte. Die Beschwerdeführerinnen behaupten, sie beruhe auf wenigen, sonderbar gewählten Merkmalen, welche keine Schlüsse über die siedlungsgeschichtliche Bedeutung zulassen würden. Welche Merkmale sonderbar sein und welche anderen Merkmale stattdessen der Typologisierung hätten zugrunde gelegt werden sollen, wird nicht ausgeführt. Darauf ist ebenfalls nicht einzutreten (<ref-law>). Die Beschwerdeführerinnen bringen weiter vor, der Gutachter habe sich bei seinen Vergleichen in hohem Masse auf blosse Vermutungen gestützt. Damit zeigen sie indessen keinen triftigen Grund auf, um von den Erkenntnissen des Gutachtens abzuweichen. Dies schon deshalb nicht, weil unklar bleibt, welche Vermutungen unfundiert sein sollen. Ein weiterer Kritikpunkt betrifft die im Gutachten angestellten Vergleiche. Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, es sei sinnlos, Tenntore zu vergleichen, wenn die aufgrund von Holznägeln ersichtlichen nachträglichen Veränderungen des Ausgangsobjekts nicht berücksichtigt würden. Zudem sei der Datierung der verglichenen Bauteile keine Beachtung geschenkt worden. Aus der Beschwerdeschrift geht jedoch nicht hervor, welche nachträglichen Veränderungen von welchen konkreten Objekten inwiefern die Datenbasis des Gutachtens in entscheidender Weise beeinträchtigt haben sollen. Insofern als die Beschwerdeführerinnen ihre Kritik überhaupt hinreichend begründen, ist sie nicht geeignet, die Zuverlässigkeit des Gutachtens ernsthaft in Frage zu stellen. Die weiteren Beanstandungen des Gutachtens bleiben oberflächlich, so etwa jene, es enthalte subjektive Meinungsäusserungen. Darauf und auf die in diesem Zusammenhang angerufenen Rechtsnormen (Art. 8, 9 und 29 BV, Art. 11 KV/ZH [SR 131.211]) ist mangels hinreichender Begründung der Beschwerde nicht einzutreten (<ref-law>).
Zusammenfassend ist festzuhalten, dass auf die Kritik an der Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz in Bezug auf die Beschwerdeführerin 2 nicht einzutreten ist. Hinsichtlich der Beschwerdeführerin 1 erweist sie sich als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, sie hätten gegenüber dem Verwaltungsgericht mit Eingabe vom 30. März 2011 zum Gutachten Stellung genommen. Dabei hätten sie insbesondere die exorbitanten Kosten beanstandet. Der Gutachter habe Informationen zusammengestellt, die mit der ihm vorgelegten Frage nichts zu tun gehabt hätten, und damit einen unnötigen Mehraufwand betrieben. Es stelle eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs dar, dass sich das Verwaltungsgericht mit den Vorbringen nicht auseinandergesetzt habe. Das Gutachten wäre gar nicht erforderlich gewesen, wenn die Gemeinde die notwendigen Abklärungen gemacht hätte. Die Beschwerdeführerinnen äussern deshalb ihr Unverständnis darüber, dass das Verwaltungsgericht der Gemeinde lediglich einen Drittel, ihnen selbst aber zwei Drittel der Kosten für das Gutachten auferlegt hat. Die Begründung des Verwaltungsgerichts, dass der Aufwand zur Erstellung eines Gutachtens im verwaltungsgerichtlichen Verfahren höher sei, bezeichnen sie als nicht nachvollziehbar.
3.2 Die Gerichtskosten für das Verfahren vor Verwaltungsgericht wurden auf Fr. 34'284.35 festgesetzt. Davon entfielen Fr. 31'074.35 auf die Erstellung des Gutachtens. Zur Kostenverteilung führte das Verwaltungsgericht aus, gemäss § 13 Abs. 2 Satz 1 i.V.m § 65a Abs. 1 des Verwaltungsrechtpflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (VRG; LS 175.2) seien die Gerichtskosten je zur Hälfte den Beschwerdeführerinnen aufzuerlegen. Von diesem Grundsatz sei indessen hinsichtlich der Kosten des Gutachtens teilweise abzuweichen. Dieses sei notwendig geworden, weil die von der Gemeinde vorgenommenen Sachverhaltsermittlungen ungenügend gewesen seien. Da die entsprechenden Abklärungen Aufgabe der Gemeinde seien, seien ihr in Anwendung von § 13 Abs. 2 Satz 2 VRG die daraus entstandenen Kosten unabhängig vom Verfahrensausgang aufzuerlegen. Allerdings gehe der Aufwand zur Erstellung eines Gutachtens im verwaltungsgerichtlichen Verfahren über die Abklärungen hinaus, die im Rahmen des kommunalen Verfahrens hätten vorgenommen werden müssen. Es rechtfertige sich deshalb, die Kosten des Gutachtens zu einem Drittel der Gemeinde und zu zwei Dritteln den unterliegenden Beschwerdeführerinnen aufzuerlegen.
3.3 Das Gutachten war nicht von den Parteien beantragt, sondern von Amtes wegen eingeholt worden. Entsprechend wurde kein Kostenvorschuss von den Beschwerdeführerinnen erhoben (§ 15 Abs. 1 VRG; KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl. 1999, N. 16 zu § 15 und N. 29 zu § 7 VRG). Das Verwaltungsgericht hat auch, soweit ersichtlich, vom Gutachter keinen Kostenvoranschlag eingeholt oder andere Vorkehrungen getroffen, um die entstehenden Kosten im Griff zu behalten und zu verhindern, dass der Gutachter einen Aufwand betreibt, der über das zur Beantwortung der gestellten Frage Notwendige hinausgeht. Zu den vom Gutachter in Rechnung gestellten Kosten hat es erwogen, dass nach dem Verursacherprinzip ein Drittel der Gemeinde aufzuerlegen sei. Zudem hat es festgehalten, dass zur Erstellung des Gutachtens mehr Aufwand betrieben worden war, als im Rahmen der kommunalen Sachverhaltsermittlung notwendig gewesen wäre. Doch hat es sich mit dem in der Eingabe vom 30. März 2011 eingenommenen Standpunkt der Beschwerdeführerinnen, dass der Aufwand teilweise unnötig gewesen sei und wegen der Sachverhaltsermittlungspflicht der Gemeinde jedenfalls nicht den Beschwerdeführerinnen überbunden werden dürfe, im Ergebnis nicht befasst. Insoweit hat es deren Anspruch auf eine hinreichende Begründung verletzt (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid ist deshalb aufzuheben und die Angelegenheit zur neuen Beurteilung im Kostenpunkt an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Dabei wird es sich mit dem Einwand der Beschwerdeführerinnen auseinanderzusetzen haben, es sei nicht nachvollziehbar, dass für die Abklärungen über die Schutzwürdigkeit im Verfahren vor Verwaltungsgericht ein grösserer Aufwand getrieben werden müsse als auf kommunaler Ebene. Auch wird es zu bedenken haben, dass ein unnötiger Aufwand nicht als von den Beschwerdeführerinnen verursacht gelten kann. Hätte das Verwaltungsgericht die Sache wegen ungenügender Sachverhaltsermittlung an die Gemeinde zurückgewiesen, so hätten die Kosten eines Gutachtens von vornherein nicht den Beschwerdeführerinnen auferlegt werden können, da diese am kommunalen Verfahren gar nicht beteiligt waren.
4. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und der angefochtene Entscheid im Kostenpunkt (Ziff. 3 des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 25. Mai 2011) aufzuheben. Die Sache ist diesbezüglich an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie einen der verfassungsrechtlichen Begründungspflicht genügenden Entscheid fällt. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführerinnen und die Beschwerdegegner die Gerichtskosten im Umfang ihres Unterliegens (<ref-law>). Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen (<ref-law>). Der Gemeinde Hochfelden werden keine Gerichtskosten auferlegt (<ref-law>), und sie hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und das Urteil vom 25. Mai 2011 des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich aufgehoben. Die Angelegenheit wird zur neuen Beurteilung der Kostenfolgen an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden im Umfang von Fr. 1'500.-- den Beschwerdeführerinnen, im Umfang von Fr. 1'500.-- den Beschwerdegegnern auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Hochfelden und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold