Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Prag führt gegen Z._ und weitere Personen ein Strafverfahren wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung. Mit Schreiben vom 4. Januar und 14. Oktober 2011 ersuchte sie die Schweiz um Rechtshilfe. Die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich entsprach am 16. Dezember 2011 dem Ersuchen und verfügte die Herausgabe von Bankunterlagen betreffend ein Konto der X._ Ltd. bei der Y._ Bank AG an die ersuchende Behörde.
Die von der X._ Ltd. dagegen erhobene Beschwerde wies die Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts mit Entscheid vom 29. Oktober 2012 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 9. November 2012 beantragt die X._ Ltd. in erster Linie die Aufhebung des Entscheids des Bundesstrafgerichts und die Verweigerung der Rechtshilfe in Bezug auf bestimmte, in der Beschwerdeschrift aufgelistete Dokumente.
Es wurde kein Schriftenwechsel durchgeführt.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> ist gegen einen Entscheid auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen die Beschwerde nur zulässig, wenn er eine Auslieferung, eine Beschlagnahme, eine Herausgabe von Gegenständen oder Vermögenswerten oder eine Übermittlung von Informationen aus dem Geheimbereich betrifft und es sich um einen besonders bedeutenden Fall handelt (Abs. 1). Ein besonders bedeutender Fall liegt insbesondere vor, wenn Gründe für die Annahme bestehen, dass elementare Verfahrensgrundsätze verletzt worden sind oder das Verfahren im Ausland schwere Mängel aufweist (Abs. 2).
<ref-law> bezweckt die wirksame Begrenzung des Zugangs zum Bundesgericht im Bereich der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 160 mit Hinweisen). Ein besonders bedeutender Fall ist mit Zurückhaltung anzunehmen (<ref-ruling> E. 2.4 S. 144 mit Hinweis). Bei der Beantwortung der Frage, ob ein solcher Fall gegeben ist, steht dem Bundesgericht zudem ein weiter Ermessensspielraum zu (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 160 mit Hinweis).
Gemäss <ref-law> ist in der Begründung der Rechtsschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass ein besonders bedeutender Fall nach <ref-law> vorliegt, so ist auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist.
Erachtet das Bundesgericht eine Beschwerde auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen als unzulässig, so fällt es gemäss <ref-law> - abgesehen von einem hier nicht gegebenen Ausnahmefall - den Nichteintretensentscheid innert 15 Tagen seit Abschluss eines allfälligen Schriftenwechsels.
Nach <ref-law> entscheidet die Abteilung in Dreierbesetzung über Nichteintreten auf Beschwerden, bei denen kein besonders bedeutender Fall vorliegt (Abs. 1). Der Entscheid wird summarisch begründet und es kann ganz oder teilweise auf den angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Abs. 3).
1.2 Vorliegend geht es um eine Übermittlung von Informationen aus dem Geheimbereich und damit um ein Sachgebiet, bei dem die Beschwerde nach <ref-law> insoweit zulässig ist. Zu prüfen ist, ob es sich zudem um einen besonders bedeutenden Fall handelt.
Die Beschwerdeführerin bringt in dieser Hinsicht vor, sie habe in ihrer Replik im Verfahren vor Bundesstrafgericht unter anderem ausgeführt, dass eine in einem ordentlichen Auftragsvergabeverfahren überteuert erfolgte Auftragserteilung in der Schweiz keine Korruption darstelle. Das Bundesstrafgericht sei trotz dieses Hinweises nicht auf die Voraussetzung der doppelten Strafbarkeit eingegangen und habe somit das rechtliche Gehör, mithin einen elementaren Verfahrensgrundsatz (<ref-law>), verletzt.
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin bestehen keine Hinweise auf eine Verletzung des rechtlichen Gehörs. Den Einwand der fehlenden beidseitigen Strafbarkeit hätte die Beschwerdeführerin bereits in ihrer Beschwerde vorbringen können. Damit ist es nicht zu beanstanden, wenn sich die Vorinstanz nicht zu dem Einwand geäussert hat. Er wäre im Übrigen unbegründet gewesen. Nach <ref-law> machen sich Mitglieder einer Behörde oder Beamte strafbar, die bei einem Rechtsgeschäft die von ihnen zu wahrenden öffentlichen Interessen schädigen, um sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen. Gemäss dem verbindlichen Sachverhalt, der dem Rechtshilfeersuchen zu Grunde liegt, sollen die Beschuldigten das Vergabeverfahren manipuliert haben, um einem zum Voraus bestimmten und bevorzugten Bieter den Zuschlag erteilen zu können, obwohl dessen Angebot den Dokumentationserfordernissen nicht genügt habe und zu hoch gewesen sei. Die Stadt Prag habe dadurch einen Vermögensnachteil erlitten und die Beschuldigten würden verdächtigt, für ihr Verhalten einen ihnen nicht zukommenden finanziellen Vorteil angenommen zu haben. Nach der zutreffenden Annahme der Staatsanwaltschaft fällt dieses Verhalten prima facie unter <ref-law>.
Unter diesen Umständen kann kein besonders bedeutsamer Fall angenommen werden. Die Beschwerde ist unzulässig.
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich, dem Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, und dem Bundesamt für Justiz, Fachbereich Rechtshilfe, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold