Sachverhalt:
A. M._, geboren 1964, war ab 8. April 1980 bei der Firma X._ angestellt. Am 26. Juli 2006 wurde ihm auf den 31. Oktober 2006 gekündigt, da der Betriebsinhaber infolge Erreichen des Pensionsalters das Geschäft aufgab. M._ war von November 2006 bis Mai 2007 für dessen Nachfolger W._ im Stundenlohn tätig. Die Arbeitslosenkasse des Kantons Thurgau (nachfolgend: Arbeitslosenkasse) rechnete ihm dies als Zwischenverdienst an und leistete Kompensationszahlungen. Auf den 1. Juni 2007 trat M._ eine Stelle bei der Stadt Y._ an. Mit Verfügung vom 24. August 2007, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 17. Oktober 2007, forderte die Arbeitslosenkasse zu Unrecht bezahlte Arbeitslosenentschädigung im Betrag von Fr. 1147.45 zurück, da gemäss den Angaben des Arbeitgebers im Zwischenverdienst eine Ferienentschädigung enthalten gewesen, diese jedoch auf Veranlassung von M._ vom Arbeitgeber nachbezahlt worden sei.
B. Mit Entscheid vom 4. März 2008 hob das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau in Gutheissung der dagegen erhobenen Beschwerde die Verfügung vom 27. (recte: 24.) August 2007 und den Einspracheentscheid vom 17. Oktober 2007 auf.
C. Die Arbeitslosenkasse führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es sei der kantonale Entscheid aufzuheben. M._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Staatssekretariat für Wirtschaft verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann die Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin überprüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Es ist unbestritten, dass der Versicherte den in den Lohnabrechnungen der Monate Dezember 2006 bis Mai 2007 mit "Auszahlung" vermerkten Betrag, einschliesslich der in den Monaten März und Mai 2007 zusätzlich aufgeführten Beträge, ebenso wie die Zahlung für den Juli 2007, als er bereits nicht mehr im Zwischenverdienst tätig war, erhalten hat und dass die Arbeitslosenkasse jeden Monat vom Bruttobetrag des vom Arbeitgeber gemeldeten Stundenlohnes einen Abzug in der Höhe von 8.33 % vorgenommen hat. Streitig ist jedoch, ob die Arbeitslosenkasse zu Recht eine Rückforderung geltend gemacht hat.
3. Die Arbeitslosenkasse hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Zwischenverdienst (<ref-law>; Kreisschreiben über die Arbeitslosenentschädigung [KS ALE], Januar 2007, Rz. C 149; vgl. auch Urteil C 256/99 vom 16. März 2000, E. 4, und ARV 2006 S. 216, je mit Hinweisen) sowie die Rückforderung von Leistungen (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) im Einspracheentscheid vom 17. Oktober 2007 zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Gemäss den vom Versicherten als Originale bezeichneten Lohnabrechnungen lag den Zahlungen im November 2006 ein Stundenlohn brutto von Fr. 4807.85, im Dezember 2006 von Fr. 3166.35, im Januar 2007 von Fr. 1791.50, im Februar 2007 von Fr. 1933.15, im März 2007 von Fr. 4491.20, im April 2007 von Fr. 4199.60, im Mai 2007 von Fr. 274.95 und im Juli 2007 von 263.75 zugrunde. In der Abrechnung für den März 2007 ist ein Betrag von Fr. 684.40 brutto mit dem Vermerk "Gratifikation (Stundenlöhner)" und in jener für den Mai 2007 ein Betrag von Fr. 400.50 brutto mit dem Vermerk "Korrekturleistungen Dritter" sowie von Fr. 374.20 brutto für "13. Monatslohn" enthalten. Die Lohnabrechnung für den Juli 2007, als er unbestrittenermassen nicht mehr für die Firma Weber tätig war, hat der Versicherte mit dem Zusatz "Nachzahlung!! Dezember 2006" versehen.
Die Arbeitslosenkasse hat ihren Berechnungen der Kompensationszahlungen für November 2006 einen Zwischenverdienst von brutto Fr. 4438.15, für Dezember 2006 von brutto Fr. 2922.85, für Januar 2007 von brutto Fr. 1653.75, für Februar 2007 von brutto Fr. 1784.50, für März 2007 von brutto Fr. 4145.85, für April 2007 von brutto Fr. 3876.65 und für Mai 2007 von brutto Fr. 253.80 berücksichtigt.
Der Arbeitgeber hat in den Bescheinigungen über den Zwischenverdienst für November und Dezember 2006 angegeben, der AHV-pflichtige Lohn enthalte nebst dem Grundlohn auch eine Feiertags- und eine Ferienentschädigung sowie anteilsmässig 13. Monatslohn/Gratifikation. Nach Angabe des Arbeitgebers enthielt der AHV-pflichtige Lohn ab Januar 2007 nebst dem Grundlohn nur noch eine Feiertags- und eine Ferienentschädigung, nicht aber einen Anteil 13. Monatslohn/Gratifikation.
5. Aus den Lohnabrechnungen, den Bescheinigungen über den Zwischenverdienst und den Abrechnungen der Arbeitslosenkasse ergibt sich, dass die Arbeitslosenkasse Abzüge vom Bruttobetrag des Stundenlohnes in der Höhe von 8.33 % gemacht hat. Diese hat die Vorinstanz zu Recht als Abzug für Ferienentschädigung qualifiziert, da eine solche stets Bestandteil des Stundenlohnes war. Ebenfalls richtig ist, dass sie die zusätzlichen Zahlungen von März, Mai und Juli 2007 als Gratifikationsanteile qualifizierte. Denn ein solcher Anteil war ab Januar 2007 nicht mehr im Stundenlohn enthalten und die zusätzlichen Zahlungen im März und Mai 2007 wurden auch als "Gratifikation (Stundenlöhner)" resp. "13. Monatslohn" bezeichnet. Allerdings wurden diese unbestrittenermassen ausbezahlten weiteren Beträge nie als Zwischenverdienst angerechnet, obwohl auch der anteilsmässige 13. Monatslohn resp. Gratifikationen gemäss <ref-law> beim Zwischenverdienst zu berücksichtigen sind.
Nach dem Gesagten hat die Arbeitslosenkasse ihren Berechnungen einen geringeren Zwischenverdienst zugrunde gelegt als jener, welcher anzurechnen gewesen wäre. Wie sie in ihrer Beschwerde zu Recht ausführt, spielt es keine Rolle, ob es sich dabei um Ferienentschädigung oder Gratifikationen handelt. Denn insgesamt hat der Versicherte mehr als den ihm zustehenden Betrag an Arbeitslosenentschädigungen erhalten, so dass die Voraussetzungen der Rückforderung nach <ref-law> gegeben sind. Im Ergebnis ist somit die Rückforderung der Arbeitslosenkasse nicht zu beanstanden. Die Vorinstanz hat demzufolge den Einspracheentscheid vom 17. Oktober 2007 zu Unrecht aufgehoben.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Als unterliegende Partei hat der Versicherte die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Hingegen kann auf eine Rückweisung an die Vorinstanz zur Festsetzung der Gerichtskosten und Parteientschädigung im kantonalen Verfahren verzichtet werden, da dieses nicht kostenpflichtig ist (<ref-law>) und die Arbeitslosenkasse keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung hat (<ref-law> e contrario; vgl. auch KIESER, ATSG-Kommentar, Zürich 2003, N 97 zu Art. 61).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 4. März 2008 aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Staatssekretariat für Wirtschaft schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Dezember 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold