Sachverhalt:
A. Im Jahre 1933 wurde im Grundbuch Uster eine Personaldienstbarkeit mit dem Stichwort "Bauverbot" (SP 1916) zugunsten des Verbandes zum Schutze des Greifensees (Beschwerdeführer) und zulasten von Grundstücken eingetragen, die heute im Eigentum der Stadt Uster (Beschwerdegegnerin) und des Kantons Zürich (Beschwerdegegner) stehen. Die belasteten Grundstücke, gelegen am Ufer des Greifensees, befanden sich im Perimeter einer am 14. Mai 1976 beschlossenen Gesamtmelioration. In deren Rahmen erfolgte eine Bereinigung der Dienstbarkeiten. Im Sommer 1998 wurde der Entwurf des neuen Bestandes mit den bereinigten Dienstbarkeiten öffentlich aufgelegt. Danach sollte die Personaldienstbarkeit SP 1916 nicht auf die Neuzuteilungsparzellen übertragen werden. Der Beschwerdeführer erhob dagegen keine Einsprache. In der Folge wurde der gesamte neue Bestand rechtskräftig und die Personaldienstbarkeit SP 1916 am 11. August 2003 im Grundbuch gelöscht.
B. Der Beschwerdeführer erhielt gemäss seinen eigenen Angaben am 9. Januar 2008 von der Löschung der Personaldienstbarkeit SP 1916 Kenntnis und erhob einen Rekurs gegen die Meliorationsgenossenschaft mit dem Begehren, die Personaldienstbarkeit SP 1916 im Grundbuch wieder einzutragen. Unter Hinweis auf den zivilrechtlichen Klageweg trat der Bezirksrat Uster auf den Rekurs nicht ein (Beschluss vom 18. November 2008).
C. Am 26. Oktober 2009 erhob der Beschwerdeführer eine Grundbuchberichtigungsklage gegen die Beschwerdegegner. Er beantragte zur Hauptsache, den Bestand der Dienstbarkeit SP 1916 als Personaldienstbarkeit zu seinen Gunsten und zulasten der Grundstücke Kat.-Nr. C 3251 (Eigentum der Beschwerdegegnerin) und Kat.-Nr. C 3226 (Eigentum des Beschwerdegegners) festzustellen und das Grundbuchamt anzuweisen, die Dienstbarkeit wieder einzutragen. Die Beschwerdegegner schlossen auf Abweisung. Denselben Antrag stellte X._, der auf dem Grundstück Kat.-Nr. C 3226 den Bau eines Seerestaurants plant und dem Prozess als Nebenintervenient beitrat. Das Bezirksgericht Uster verneinte seine sachliche Zuständigkeit und trat auf die Klage nicht ein mit der Begründung, es liege eine öffentlich-rechtliche Streitigkeit vor, die von den Verwaltungsbehörden und Verwaltungsgerichten zu entscheiden sei (Beschluss vom 29. Juni 2011). Die vom Beschwerdeführer dagegen eingelegte Berufung wies das Obergericht des Kantons Zürich ab (Urteil vom 27. Januar 2012).
D. Mit Eingabe vom 5. März 2012 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, das obergerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache an das Bezirksgericht zur materiellen Beurteilung der Klage zurückzuweisen. Zum Gesuch um aufschiebende Wirkung haben sich die Beschwerdegegner und der Nebenintervenient nicht vernehmen lassen, während das Obergericht auf eine Vernehmlassung verzichtet hat. Die Präsidentin der II. zivilrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts hat der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt (Verfügung vom 21. März 2012). Es sind die kantonalen Akten eingeholt worden. Die Beschwerdegegner und der Nebenintervenient schliessen zur Hauptsache auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil betrifft eine Klage auf Berichtigung des Grundbuches (<ref-law>) und damit eine Zivilsache (<ref-law>) in einer vermögensrechtlichen Angelegenheit, deren Streitwert gemäss den obergerichtlichen Feststellungen Fr. 300'000.-- beträgt und den gesetzlichen Mindestbetrag von Fr. 30'000.-- übersteigt (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 192; <ref-ruling> E. 1.2, nicht veröffentlicht). Es ist kantonal letztinstanzlich (<ref-law>), lautet entgegen den Begehren des Beschwerdeführers (<ref-law>) und schliesst das kantonale Verfahren ab (<ref-law>). Auf die - fristgerecht erhobene (<ref-law>) - Beschwerde kann eingetreten werden. Da beide kantonalen Gerichte nur über die Zuständigkeit entschieden haben, kann das Bundesgericht im Falle der Begründetheit der Beschwerde kein Sachurteil fällen. Die Angelegenheit ist zu diesem Zweck an das Bezirksgericht, wie das der Beschwerdeführer beantragt, zurückweisen (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 259). Weitere formelle Einzelfragen sind im Sachzusammenhang zu erörtern.
2. Der Beschwerdeführer hat seine Klage am 26. Oktober 2009 nach erfolglos durchgeführtem Sühnverfahren beim Bezirksgericht eingereicht. Für das ganze erstinstanzliche Verfahren haben damit die kantonale Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976 (ZPO/ZH) und das kantonale Gerichtsverfassungsgesetz vom 13. Juni 1976 (GVG/ZH) gegolten. Da der erstinstanzliche Beschluss vom 29. Juni 2011 den Parteien je am 1. Juli 2011 eröffnet wurde, waren für das Rechtsmittelverfahren hingegen die Bestimmungen der am 1. Januar 2011 in Kraft getretenen Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO, SR 272) massgebend (Art. 404 Abs. 1 und Art. 405 Abs. 1 ZPO). Soweit es um prozessuale Fragen des erstinstanzlichen Verfahrens gegangen ist, hatte das Obergericht als Berufungsinstanz die richtige Anwendung des bisherigen kantonalen Verfahrensrechts zu prüfen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 3).
3. Das Obergericht hat ausgeführt, die Kritik des Beschwerdeführers ziele auf das Meliorationsverfahren, insbesondere auf die von der Meliorationsgenossenschaft vorgenommene "Servitutsbereinigung" und die damit einhergehende geltend gemachte Gehörsverletzung. Die Personalservitut sei nach der Darstellung des Beschwerdeführers in einer Art Geheimverfahren von Genossenschaft und Grundbuchamt gelöscht worden. In Bezug auf sein Recht aus der Servitut 1916 habe es im Zusammenlegungsverfahren nichts zu bereinigen und nichts neu zu gestalten gegeben. Falls sich die Frage der gänzlichen Löschung von SP 1916 überhaupt gestellt hätte, hätten seine Mitwirkungsrechte gewahrt werden müssen, und zwar von der Einleitungs- bis zur Entscheidphase (E. III/8 S. 11). Das Obergericht hat dafürgehalten, die Vorwürfe des Beschwerdeführers betreffend Löschung der Dienstbarkeit und die Nichtgewährung des rechtlichen Gehörs seien klar an die Adresse der Meliorationsgenossenschaft gerichtet, die mit ihrem Vorgehen bzw. Unterlassen kantonales Recht, Bundes- und Verfassungsrecht verletzt haben solle. Der Beschwerdeführer wolle mit seiner Klage den Entscheid betreffend die bereits gelöschte Dienstbarkeit, "welche seinen Ausführungen zufolge gestützt auf einen nichtigen Verwaltungsakt erfolgt ist" (E. III/12 S. 14), neu überprüfen und die Dienstbarkeit wieder eintragen lassen. Angefochten werde das Vorgehen im Meliorationsverfahren und die unter dem Gesichtspunkt des Meliorationszwecks vorgenommene Einschätzung, nämlich die Bauverbotsdienstbarkeit habe sich als überflüssig erwiesen, da die belasteten Grundstücke erstens in der Freihaltezone und zweitens im Eigentum der Öffentlichkeit stehen würden. Damit gehe es um einen Entscheid der Meliorationsgenossenschaft. Treffe die Meliorationsgenossenschaft einen Entscheid, komme das verwaltungsgerichtliche Verfahren zum Zuge. Die Auffassung der Erstinstanz sei somit zu bestätigen. Anfechtungsobjekt des Beschwerdeführers sei der öffentlich-rechtliche Entscheid, der Verwaltungsakt der Meliorationsgenossenschaft, wofür die zivilen Gerichte nicht zuständig seien. Es handle sich nicht um eine zivilrechtliche Streitigkeit (E. III/12 S. 14 f. des angefochtenen Urteils).
4. Eine formelle Rechtsverweigerung erblickt der Beschwerdeführer darin, dass das Obergericht die Nichtigkeit des Verwaltungsaktes, auf dessen Grundlage die Personaldienstbarkeit SP 1916 gelöscht worden sei, im Rahmen der Grundbuchberichtigungsklage nicht geprüft habe (S. 10 ff. Ziff. 15-17 der Beschwerdeschrift).
4.1 Ist ein richtiger Eintrag im Grundbuch in ungerechtfertigter Weise gelöscht worden, so kann jedermann, der dadurch in seinen dinglichen Rechten verletzt ist, auf Abänderung des Eintrages klagen (vgl. <ref-law>). Ungerechtfertigt ist die Löschung, die ohne Rechtsgrund oder aus einem unverbindlichen Rechtsgeschäft erfolgt ist (vgl. <ref-law>). Dass eine Löschung ungerechtfertigt ist, kann sich aus der Ungültigkeit des Rechtsgrundes, d.h. eines Rechtsgeschäftes oder auch einer amtlichen Anordnung, ergeben. Dieser Rechtsgrund selber muss nicht durch ein bestimmtes Rechtsmittel angefochten werden. Ob er rechtsgültig ist, wird vielmehr im Prozess um die Richtigstellung des Grundbuches vorfrageweise geprüft (vgl. DESCHENAUX, Das Grundbuch, SPR V/3,II, 1989, S. 829 § 40/B/I/2 sowie S. 815 § 39/II/2b/aa; STEINAUER, Les droits réels, t. I, 4. Aufl. 2007, N. 954a S. 332 f.; z.B. die Gültigkeit eines Erbenscheins: <ref-ruling> E. II/2 S. 82; <ref-ruling> E. 2c S. 112; aus der kantonalen Rechtsprechung, z.B. Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Tessin vom 28. August 2009 E. 5, in: RtiD I-2010 S. 709 f.; Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau vom 27. Februar 1992 E. 5, in: ZBGR 78/1997 S. 313).
4.2 Die im Ergebnis gegenteilige Auffassung der kantonalen Gerichte, der Beschwerdegegner und des Nebenintervenienten kann aus nachstehendem Grund nicht geteilt werden:
4.2.1 Das Obergericht zeigt zum einen zwar zutreffend auf, dass gegen Entscheide des Meliorationsamtes darüber, ob im Einzelfall die Einräumung oder Aufhebung einer Dienstbarkeit für die Erfüllung des Meliorationszweckes notwendig ist, grundsätzlich der Verwaltungsweg zu beschreiten ist (vgl. Urteil 1P.152/2002 vom 4. Juli 2002 E. 3.4, in: ZBGR 84/2003 S. 94 f.). Beachtet werden muss hier jedoch, dass gemäss den Klagebegehren Anfechtungsobjekt nicht ein Entscheid des Meliorationsamtes ist, sondern die Löschung der Personaldienstbarkeit SP 1916, deren Wiedereintragung mit der grundsätzlich unbefristet zulässigen Grundbuchberichtigungsklage bewirkt werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 610).
4.2.2 Zutreffend ist zum anderen auch die obergerichtliche Annahme, dass die Löschung, die sich auf einen unrichtigen, aber in Rechtskraft erwachsenen behördlichen Entscheid stützt, nicht ungerechtfertigt im Gesetzessinne ist (vgl. BGE 45 II 63 E. 3 S. 71 f.; DESCHENAUX, a.a.O., S. 750 § 37/B/II/2b; HOMBERGER, Zürcher Kommentar, 1938, N. 6 zu <ref-law>). Das Vorliegen eines rechtskräftigen Verwaltungsentscheids hebt die sachliche Zuständigkeit der Zivilgerichte indessen nicht vorbehaltlos auf. Denn Zivilgerichte sind im Rahmen eines Zivilprozesses wie des Grundbuchberichtigungsklageverfahrens befugt, über Vorfragen öffentlich-rechtlicher Natur zu entscheiden, solange die hiefür zuständigen Verwaltungsinstanzen im konkreten Fall noch keinen rechtskräftigen Entscheid getroffen haben. Liegt ein rechtskräftiger Verwaltungsentscheid vor, sind die Zivilgerichte daran gebunden, es sei denn, er erwiese sich als nichtig. Zumindest mit der Frage einer absoluten Nichtigkeit haben sich die Zivilgerichte somit zu befassen (vgl. <ref-ruling> E. 4.4.3 S. 56 mit Hinweisen). Diese Grundsätze haben auch nach Massgabe des kantonalen Verfahrensrechts (E. 2 hiervor) gegolten. Danach sind die Zivilgerichte berechtigt und verpflichtet, die sich im hängigen Verfahren - hier einer Grundbuchberichtigungsklage - stellenden öffentlich-rechtlichen Vorfragen zu beurteilen und gegebenenfalls die absolute Nichtigkeit dazu ergangener rechtskräftiger Verwaltungsentscheide zu prüfen und zu berücksichtigen (vgl. GULDENER, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 3. Aufl. 1979, S. 34 bei/in Anm. 14 und S. 155 bei/in Anm. 4; FRANK/STRÄULI/MESSMER, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, 3. Aufl. 1997, N. 6b zu § 25 sowie N. 8 und N. 8a zu <ref-law>/ZH; HAUSER/SCHWERI, Kommentar zum zürcherischen Gerichtsverfassungsgesetz vom 13. Juni 1976 mit den seitherigen Änderungen, 2002, N. 23 der Vorbem. zu §§ 1 ff. und N. 4 zu §§ 104-104a [a]GVG).
4.2.3 Der Beschwerdeführer rügt den Verwaltungsakt, auf den sich die Löschung der Personaldienstbarkeit SP 1916 im Grundbuch stützt, wegen inhaltlicher Mängel (S. 6 ff. Ziff. 12 und 13) und wegen fehlender sachlicher Zuständigkeit der Meliorationsbehörde (S. 9 f. Ziff. 14) als absolut nichtig (vgl. zum Begriff: <ref-ruling> E. 4.4.3 S. 56). Entgegen der Darstellung des Nebenintervenienten hat der Beschwerdeführer die angebliche Nichtigkeit im kantonalen Verfahren nicht bloss beiläufig und ohne eingehende Begründung erwähnt (S. 3 Ziff. II/1/4 der Vernehmlassung), da das Obergericht andernfalls die Rüge des Beschwerdeführers, die Löschung seiner Dienstbarkeit sei "gestützt auf einen nichtigen Verwaltungsakt erfolgt", nicht eigens wiedergegeben hätte (vgl. E. 3 hiervor). Diese Frage der absoluten Nichtigkeit hätten die kantonalen Gerichte prüfen müssen.
4.3 Aus den dargelegten Gründen ist die Beschwerde gutzuheissen und die Sache zur Beurteilung der Klage an das Bezirksgericht zurückzuweisen. Die Prüfung der weiteren Rügen des Beschwerdeführers (S. 12 ff. Ziff. 18-20) erübrigt sich bei diesem Ergebnis (vgl. <ref-ruling> E. 4.4 S. 538; <ref-ruling> E. 2.5 S. 259).
5. 5.1 Die Rückweisung an das Bezirksgericht entspricht zwar dem Antrag des Beschwerdeführers, doch bleibt der Ausgang des Rechtsstreits offen. Es rechtfertigt sich deshalb, die Gerichtskosten den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und die Parteientschädigungen wettzuschlagen. Der Erfolg des Beschwerdeführers im Verfahren des Gesuchs um aufschiebende Wirkung vermag daran nichts zu ändern (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 BGG). Entgegen seiner Auffassung (S. 4 f. Ziff. 6 der Beschwerdeschrift) bestimmt sich der Streitwert, der für die Gerichtsgebühr neben anderen Bemessungsfaktoren massgebend ist (<ref-law>), nach den streitigen Begehren in der Hauptsache, auch wenn bisher nur über die Zuständigkeitsfrage entschieden ist (vgl. <ref-law>; z.B. <ref-ruling> E. 7, nicht veröffentlicht). Über die Kosten und Entschädigungen im kantonalen Berufungsverfahren wird das Obergericht neu zu befinden haben (Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG).
5.2 Die Beschwerdegegner verwahren sich gegen eine allfällige Kostenpflicht mit der Begründung, sie sähen sich im Rechtsmittelverfahren in einen Streit um eine ohnehin zu klärende Prozessvoraussetzung hineingezogen, die von Amtes wegen abzuklären gewesen sei (S. 4/5 Ziff. III/1 der Vernehmlassung). Nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts trägt die Gegenpartei im Falle des Unterliegens grundsätzlich das Kostenrisiko, auch wenn sie den vorinstanzlichen Entscheid nicht zu vertreten hat (vgl. <ref-ruling> E. 3a). Praxisgemäss rechtfertigt sich indes eine Ausnahme, wenn ein gravierender, vom Rechtsmittelbeklagten nicht mitverschuldeter Verfahrensfehler (Justizpanne) zur Gutheissung des Rechtsmittels führt und der Rechtsmittelbeklagte entweder die Gutheissung des Rechtsmittels beantragt oder sich eines Antrages enthalten hat (Urteil 5A_61/2012 vom 23. März 2012 E. 4 mit Hinweisen). Diese Voraussetzungen sind hier nicht erfüllt, zumal die Beschwerdegegner im Hauptantrag ausdrücklich auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Im vorliegenden Beschwerdeverfahren ist es zudem um die Anwendung allgemein anerkannter Grundsätze und nicht um eine im allgemeinen Interesse zu beantwortende Grundsatzfrage gegangen, so dass sich auch unter diesem Blickwinkel ein Verzicht auf die Erhebung von Gerichtskosten nicht rechtfertigt (<ref-law> vgl. <ref-ruling> E. 6.3 S. 198; <ref-ruling> E. 6, nicht veröffentlicht). Da die Beschwerdegegner als Grundeigentümer in ihren Vermögensinteressen betroffen sind (<ref-law>), werden sie für den auf sie entfallenden Anteil unter solidarischer Haftbarkeit kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).
5.3 Über die Berücksichtigung des Nebenintervenienten im Kosten- und Entschädigungspunkt befindet das Bundesgericht nach seinem Ermessen (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). Von besonderen Gründen abgesehen, die im vorliegenden Fall weder ersichtlich noch dargetan sind, hat der Nebenintervenient im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren in der Regel keinen Anspruch auf Parteientschädigung und wird auch nicht kostenpflichtig (vgl. <ref-ruling> E. 9 S. 296 f.; <ref-ruling> E. 6 S. 578, je mit Hinweis auf GULDENER, a.a.O., S. 408).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, vom 27. Januar 2012 wird aufgehoben. Die Sache wird an das Bezirksgericht Uster zur Beurteilung der Klage des Beschwerdeführers vom 26. Oktober 2009 zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 6'000.-- werden zur Hälfte dem Beschwerdeführer und zur Hälfte den Beschwerdegegnern unter solidarischer Haftbarkeit für ihren Anteil auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und Entschädigungen des kantonalen Berufungsverfahrens an das Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Bezirksgericht Uster und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Juni 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: von Roten