Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz hat die massgeblichen gesetzlichen Bestimmungen über die Anspruchsberechtigung in der Arbeitslosenversicherung, namentlich die Vermittlungsfähigkeit, und die hiezu ergangene Rechtsprechung zutreffend dargestellt.
Darauf wird verwiesen.
2.- Prozessthema ist, entsprechend der angefochtenen und vorinstanzlich bestätigten Verfügung der kantonalen Amtsstelle vom 16. Dezember 1999, einzig die Frage, ob der "Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung (...) ab 02.03.98" zu Recht verneint worden ist. Alles andere ist nicht Gegenstand des Zweifelsfalls- und nachfolgenden kantonalen und letztinstanzlichen Beschwerdeverfahrens, insbesondere nicht die Fragen der Rückforderung, des Rückkommenstitels, der Verwirkung usw. (<ref-ruling>), geschweige denn jene der Kurzarbeitsentschädigung.
3.- Der Beschwerdeführer wurde von seiner langjährigen Arbeitgeberin, der Firma X._ AG, an welcher er mit 30 % beteiligt ist und als deren Geschäftsführer des Büros in Y._ er amtete, aus wirtschaftlichen Gründen (schlechter Geschäftsgang, mangelnde Aufträge) auf Ende Februar 1998 entlassen. Er war in der Folge für die Firma noch stundenweise tätig, und zwar grundsätzlich je zwei Stunden vormittags und nachmittags. Aktenmässig ausgewiesen ist der am 1. Dezember 1997 auf 31. Dezember 1997 erklärte Rücktritt des Beschwerdeführers aus dem Verwaltungsrat der Firma X._ AG, welcher vom Verwaltungsratspräsidenten, Z._, am 4. Dezember 1997 quittiert worden ist.
Bei dieser Sachlage kann weder von fehlender Vermittlungsfähigkeit noch von einer den Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung ausschliessenden arbeitgeberähnlichen Stellung im Sinne von <ref-ruling> gesprochen werden. Ausschlaggebend für die Beendigung der Verwaltungsratsstellung ist auch in diesem Zusammenhang, wie andernorts (z.B. im Bereich von <ref-law>), das effektive Ausscheiden aus dem Verwaltungsrat, und nicht die Löschung des Handelsregistereintrages, die, aus welchen Gründen auch immer, sich verzögern kann (ARV 2000 Nr. 34 S. 176 zu <ref-law>, <ref-ruling>; Frage noch offen gelassen im Urteil G.
vom 12. Mai 1998 [C 404/97]). Die zeitlich beschränkte Tätigkeit für die Firma, welche jederzeit aufgegeben werden konnte, wahrte die Vermittlungsfähigkeit des Beschwerdeführers ohne weiteres, zumindest im Ausmass eines 50%igen Arbeitsausfalls. Was die Vorinstanz unter dem Titel der arbeitgeberähnlichen Stellung, d.h. der rechtsmissbräuchlichen Inanspruchnahme von AlV-Taggeldern, erwägt, ist einerseits widersprüchlich, anderseits unbestimmt: So ist es überhaupt kein Widerspruch, wenn der Beschwerdeführer, nachdem er am 1. Dezember 1997 seinen Rücktritt aus dem Verwaltungsrat erklärt hatte, im Rahmen der Befragung durch die kantonale Amtsstelle am 29. November 1999 angab, er habe im März 1998 die Firma schriftlich aufgefordert, den Eintrag im Handelsregister zu löschen. Mit dieser Aufforderung wollte der Beschwerdeführer offensichtlich nichts anderes erreichen, als dass die im Dezember 1997 erklärte Demission auch im Handelsregister publiziert würde - ein durchaus nachvollziehbares Verhalten, das nicht als widersprüchlich bezeichnet werden kann. Aus dem Umstand, dass, wie die Vorinstanz weiter erwägt, der Beschwerdeführer "nach dem Zeitpunkt des angekündigten Verzichts noch drei Monate als Geschäftsführer des Büros in Y._ tätig" gewesen sei, lässt sich nichts Schlüssiges ableiten, da auch in diesem Zusammenhang zwischen der Verwaltungsratsfunktion und der Arbeitnehmertätigkeit als weisungsgebundener Geschäftsführer zu unterscheiden ist. Davon abgesehen hatte der Beschwerdeführer im Dezember 1997 nicht nur seinen Verzicht angekündigt, wie die Vorinstanz schreibt, sondern die Demission klar und rechtswirksam erklärt. Es gibt in den Akten keinerlei Anhaltspunkte für die Annahme, dass der Beschwerdeführer ab Januar 1998 und insbesondere ab Beginn der Stempelkontrolle im März 1998 noch Tätigkeiten entfaltet hätte, welche für eine faktische Aufrechterhaltung seiner Verwaltungsratsstellung sprechen würden. Die von der Vorinstanz erwähnten Gesichtspunkte "der fortdauernden Haftung eines eingetragenen Verwaltungsrates und der Möglichkeit, nach dreissig Tagen der Untätigkeit der Gesellschaft selbst die Löschung beim Handelsregisteramt zu beantragen", sind keine erheblichen Umstände. Was die Vorinstanz schliesslich in Erw. 5c ihres Entscheides ausführt, ist aktenmässig nicht gesichert. Dass der Beschwerdeführer im Rahmen seiner Zwischenverdiensttätigkeit für seine frühere Arbeitgeberin auf Grund des in langen Jahren erworbenen Fachwissens von Nutzen war, bedeutet nicht, dass er seine Organstellung als Verwaltungsrat weiterhin behalten hätte. Von einer beherrschenden und arbeitgeberähnlichen Stellung kann im Falle des Beschwerdeführers nicht die Rede sein. Daher besteht kein Anlass, entgegen vorinstanzlichem Entscheid und Verfügung der kantonalen Amtsstelle, den Beschwerdeführer rückwirkend als nicht anspruchsberechtigt zu bezeichnen.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden
der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des
Kantons Zürich vom 31. Oktober 2000 und die Verfügung
des Amtes für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Zürich
vom 16. Dezember 1999 aufgehoben.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Das Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Zürich hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung
von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer)
zu bezahlen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, der Arbeitslosenkasse GBI, Zürich, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Staatssekretariat für Wirtschaft
zugestellt.
Luzern, 7. August 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: