Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 12. November 2009 wies die ausserordentliche Stellvertreterin der Regierungsstatthalterin von Y._ X._ (geb. 1989) wegen einer kombinierten Persönlichkeitsstörung (ICD-10; F61.0) und (sekundärem) schädlichem Gebrauch multipler Substanzen (ICD-10; F19.1) auf unbestimmte Zeit ins Regionalgefängnis Z._ ein.
B. Die kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen des Obergerichts des Kantons Bern bestellte X._ mit Verfügung vom 24. November 2009 einen unentgeltlichen Rechtsbeistand und wies mit Urteil vom 30. November 2009 in teilweiser Gutheissung des Rekurses von X._ gegen die Einweisungsverfügung die Regierungsstatthalterin von Y._ an, die Betroffene bis spätestens zum 15. Januar 2010 aus dem Regionalgefängnis in eine gemäss den Erwägungen geeignete Institution einzuweisen.
C. Die anwaltlich verbeiständete X._ hat gegen das ihrem Vertreter am 1. Dezember 2009 zugestellte Urteil mit einer am 23. Dezember 2009 der Post übergebenen Eingabe Beschwerde in Zivilsachen erhoben. Sie beantragt im Wesentlichen, das Urteil der Rekurskommission vom 30. November 2009 aufzuheben und sie unverzüglich aus der Anstalt zu entlassen. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege.
Die Rekurskommission hat auf Vernehmlassung verzichtet. Der stellvertretende Regierungsstatthalter von Y._ hat sich am 30. Dezember 2009 vernehmen lassen. Diese Vernehmlassung ist dem Anwalt der Beschwerdeführerin am 5. Januar 2010 zugestellt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Rekurskommission hat die von der Beschwerdeführerin beanstandete Einweisung durch die ausserordentliche Stellvertreterin der Regierungsstatthalterin als rechtmässig erachtet. Wie bereits vor der kantonalen Instanz macht die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht geltend, nach Bundesrecht (<ref-law>) seien die Kantone verpflichtet, die sachliche Zuständigkeit für die Einweisung in eine Anstalt einer vormundschaftliche Behörde zu übertragen, worunter <ref-law> abschliessend die Vormundschaftsbehörde und die Aufsichtsbehörde verstehe. Das kantonale Recht dürfe den bundesrechtlich definierten Kreis der für eine Einweisung zuständigen vormundschaftlichen Organe nicht erweitern. Im vorliegenden Fall habe der für die Justiz-, Gemeinde und Kirchendirektion zuständige Regierungsrat eine Sachbearbeiterin als sogenannte ausserordentliche Stellvertreterin der Regierungsstatthalterin von Y._ eingesetzt und ausschliesslich mit Kompetenzen im Bereich der fürsorgerischen Freiheitsentziehung ausgestattet, weshalb die Ernennung gegen <ref-law> bzw. <ref-law> und <ref-law>/BE verstosse.
Überdies habe das Berner Stimmvolk sein Vertrauen bezüglich der Einweisungskompetenzen im Bereich der fürsorgerischen Freiheitsentziehung den Regierungsstatthaltern bzw. den Regierungsstatthalterinnen ausgesprochen und müsse folglich nicht damit rechnen, dass die fragliche Kompetenz einer beliebigen Person übertragen werde. Die Beschwerdeführerin wirft der Rekurskommission eine Verletzung von Art. 9 Abs. 1 des kantonalen Gesetzes über die fürsorgerischen Freiheitsentziehungen und von Art. 4 Abs. 3 des Gesetzes vom 16. März 1995 über die Regierungsstatthalterinnen und Regierungsstatthalter (RstG; BSG 152.321) vor.
1.2 Mit ihren Vorbringen wirft die Beschwerdeführerin im Ergebnis der Rekurskommission vor, die sachliche Zuständigkeit der als ausserordentliche Regierungsstatthalterin eingesetzten Sachbearbeiterin zu Unrecht bejaht und damit die Nichtigkeit des Einweisungsentscheids verkannt zu haben. Die Nichtigkeit eines Entscheides ist jederzeit und von sämtlichen rechtsanwendenden Behörden von Amtes wegen zu beachten. Sie kann auch im Rechtsmittelverfahren geltend gemacht werden (<ref-ruling> E. 2 S. 363 mit Hinweisen). Fehlerhafte Entscheide sind nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nichtig, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, wenn er sich als offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar erweist und die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel einer Entscheidung führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht (<ref-ruling> E. 3.2 S. 367 mit Hinweis).
1.3 Das Bundesrecht (<ref-law> i.V.m. <ref-law>) schreibt lediglich vor, dass die Einweisung bzw. Zurückbehaltung im Rahmen der fürsorgerischen Freiheitsentziehung in den Zuständigkeitsbereich der Vormundschaftsbehörde oder der Aufsichtsbehörde falle. Die Kantone verfügen aber über eine grosse Regelungsfreiheit (Thomas Geiser, Basler Kommentar Zivilgesetzbuch I, 3. Aufl. 2006, N. 7 zu <ref-law>). Aus dem Bundesrecht ergibt sich somit nicht, wie die Kantone diese Behörden im Einzelnen zu organisieren haben, weshalb die Beschwerdeführerin aus den vorgenannten Bestimmungen des Bundesrechts nichts zu ihren Gunsten ableiten kann.
1.4 Nach Art. 9 Abs. 1 des Gesetzes vom 22. November 1989 über die fürsorgerische Freiheitsentziehung und andere Massnahmen der persönlichen Fürsorge (FFEG; BSG 213.316) ist die Regierungsstatthalterin oder der Regierungsstatthalter zur Anordnung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung zuständig. Bis zum 31. Dezember 2009, also auch zum Zeitpunkt der Ernennung der ausserordentlichen Stellvertreterin der Regierungsstatthalterin durch den Regierungsrat (1. September 2009), war die Stellvertretung der für die Anordnung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung zuständigen Behörde im Gesetz vom 16. März 1995 über die Regierungsstatthalterinnen und Regierungsstatthalter geregelt (RstG; BSG 152.321; vgl. Art. 19 des Gesetzes vom 28. März 2006 über die Regierungsstatthalterinnen und Regierungsstatthalter). Die diesbezügliche Ordnung fiel gemäss Art. 4 Abs. 1 dieses Gesetzes in den Zuständigkeitsbereich des Regierungsrats, wobei im Fall der Verhinderung der ordentlichen Stellvertretung die Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion eine ausserordentliche Stellvertretung zu bestimmen hatte (Art. 4 Abs. 3). Damit beruhte die Einsetzung der Sachbearbeiterin als ausserordentliche Stellvertretung auf einer klaren Regelung in einem formellen Gesetz. Sodann hat der zuständige Regierungsrat in seiner Verfügung vom 1. September 2009 die Person als ausserordentliche Stellvertreterin der Regierungsstatthalterin bezeichnet, welche schliesslich die Einweisung vom 12. November 2009 unterzeichnet hat.
1.5 Die Beschwerde erweist sich damit in dieser Hinsicht als unbegründet.
2. 2.1 Eine mündige oder entmündigte Person darf wegen Geisteskrankheit, Geistesschwäche, Trunksucht, anderen Suchterkrankungen oder schwerer Verwahrlosung in einer geeigneten Anstalt untergebracht oder zurückbehalten werden, wenn ihr die nötige persönliche Fürsorge nicht anders erwiesen werden kann (<ref-law>). Wie bei der Einweisung in eine Anstalt ist auch bei der Zurückbehaltung des Betroffenen das Prinzip der Verhältnismässigkeit zu beachten. Erforderlich ist, dass der Betroffene infolge der im Gesetz umschriebenen Schwächezustände persönlicher Fürsorge bedarf, die ihm nur in einer Anstalt gewährt werden kann (<ref-ruling> E. 5). Ferner ist die Belastung zu berücksichtigen, welche die Person für ihre Umgebung bedeutet (<ref-law>). Sobald es sein Zustand erlaubt, muss der von der fürsorgerischen Freiheitsentziehung Betroffene entlassen werden (<ref-law>; zum Ganzen: <ref-ruling> E. 4).
2.2 Die Rekurskommission ist aufgrund der Akten, aber auch aufgrund ihres persönlichen an der Verhandlung gewonnenen Eindrucks davon ausgegangen, bei der Beschwerdeführerin seien die Voraussetzungen der fürsorgerischen Freiheitsentziehung nach wie vor gegeben. Wie sich aus dem ausführlichen Gutachten des Forensisch-Psychiatrischen Dienstes der Universität Bern vom 29. Oktober 2009 ergebe, liege bei der Beschwerdeführerin eine Persönlichkeitsstörung, mithin eine Geisteskrankheit im Sinn von <ref-law>, vor. Die Behandlungsbedürftigkeit der Beschwerdeführerin sei offensichtlich und werde von ihr denn auch nicht bestritten. Vielmehr benötige sie ihrer Ansicht nach Einzel- und Gruppengespräche und möchte zudem in einer Klinik untergebracht werden. Die Rückbehaltung in einer Anstalt sei daher unumgänglich und ohne Weiteres verhältnismässig. Die Beschwerdeführerin könne sich nicht von der Suizidalität distanzieren; ferner sei nicht zuletzt gestützt auf ihre persönlichen Aussagen Fremdgefährdung zu bejahen, wobei das fremd gefährdende Verhalten auch in den Akten ausreichend dokumentiert sei. Die Beschwerdeführerin habe Tötungsfantasien, habe diese auch schon fast in die Tat umgesetzt, und aus den Akten ergebe sich zudem, dass sie sich mit einer Bekannten identifiziere, die in Y._ einen Mann erstochen habe. Zusammenfassend sei die Kommission der Ansicht, fremdaggressive tätliche Angriffe seien wahrscheinlich.
2.3 Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Erwägungen der Rekurskommission nicht rechtsgenüglich auseinander, behauptet sie doch lediglich, in ihrem Fall genüge eine ambulante Behandlung, sodass eine wesentliche Voraussetzung für die fürsorgerische Freiheitsentziehung nicht gegeben sei. Diese allgemein gehaltenen, nicht auf die konkreten Erwägungen der Rekurskommission Bezug nehmenden Ausführungen der Beschwerdeführerin vermögen den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht zu genügen (<ref-ruling> E. 3 S. 749; 5A_92/2008 vom 25. Juni 2008 E. 2.3; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287; <ref-ruling> E. 3.2. S. 88 mit Hinweisen). Darauf ist nicht einzutreten.
Damit bleibt es dabei, dass die Voraussetzungen von <ref-law> mit Bezug auf den Einweisungs- bzw. Zurückbehaltungsgrund (Geisteskrankheit), die Fürsorgebedürftigkeit sowie die Unmöglichkeit einer Behandlung ausserhalb einer Anstalt gegeben sind. Strittig ist im vorliegenden Fall lediglich noch, ob das Regionalgefängnis als geeignete Anstalt im Sinn von <ref-law> bezeichnet werden kann.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, bereits im Bericht des forensischen Dienstes vom 24. November 2009 sei auf die fehlende Eignung des Regionalgefängnisses als Anstalt hingewiesen worden. Die Einkerkerung von betreuungsbedürftigen Personen sei schlicht unzumutbar. Indem die Rekurskommission einen weiteren Verbleib in einer ungeeigneten Anstalt befürworte, verletze sie <ref-law> und Art. 5 Abs. 1 lit. e EMRK, 2 ff. EMRK und 7 ff. BV sowie Art. 9 ff. KV/BE.
3.2 Was unter einer geeigneten Anstalt zu verstehen ist, umschreibt das Bundesrecht (<ref-law>) nicht näher (<ref-ruling> E. 3, auch zu den Gründen; zum Begriff der Anstalt allgemein <ref-ruling> E. 2b S. 308). Aus dem in der genannten Bestimmung erwähnten Zweck der fürsorgerischen Freiheitsentziehung, der eingewiesenen Person die nötige persönliche Fürsorge zu erbringen, ergibt sich aber, dass es sich um eine Institution handeln muss, die mit den ihr normalerweise zur Verfügung stehenden organisatorischen und personellen Mitteln in der Lage ist, die wesentlichen Bedürfnisse der eingewiesenen Person bezüglich Fürsorge und Betreuung zu befriedigen (<ref-ruling> E. 4c S. 490; <ref-ruling> E. 7 S. 218). Mithin muss im Einzelfall das Betreuungs- und Therapieangebot der Anstalt den vorrangigen Bedürfnissen der betroffenen Person entsprechen (<ref-ruling> E. 5 und 6 S. 490 ff.). Eine Strafanstalt kommt ausnahmsweise als Anstalt im Sinn von <ref-law> infrage, wenn sie die wesentlichen Bedürfnisse der eingewiesenen Person bezüglich Fürsorge und Betreuung zu befriedigen vermag (<ref-ruling> E. 4c S. 490; <ref-ruling> E. 7 S. 218). Das Bundesgericht hat zum Beispiel eine Strafanstalt als geeignet erachtet, die neben dem Vollzug von strafrechtlichen Massnahmen ausdrücklich auch auf den Vollzug von fürsorgerischen Freiheitsentziehungen ausgerichtet ist, über geschultes Personal zur Betreuung von fürsorgerisch eingewiesenen Personen verfügt und überdies eng mit der psychiatrischen Klinik zusammenarbeitet (Urteil 5A_519/2007 vom 10. Oktober 2007 E. 3.1). Gibt es keine geeignete Anstalt, ist grundsätzlich von der fürsorgerischen Freiheitsentziehung abzusehen (GEISER, a.a.O., N. 25 zu <ref-law>).
3.3 Nach dem Bericht des Forensisch-Psychiatrischen Dienstes der Universität Bern vom 24. November 2009 kann der Beschwerdeführerin während ihres Aufenthalts im Regionalgefängnis ein wöchentliches therapeutisches Einzelgespräch bei einer Fall führenden Psychiaterin angeboten werden und können im Rahmen der anderen beiden Visiten Kontrolltermine bei zwei weiteren Ärzten stattfinden. Angesichts des bisherigen Krankheitsverlaufs der Beschwerdeführerin ist laut Bericht eine wesentliche Modifizierung der schweren Persönlichkeitsstörung der Beschwerdeführerin nicht zu erwarten. Der befragte Arzt führt zusammenfassend aus, die Rahmenbedingungen des Regionalgefängnisses seien nicht geeignet, schwere psychiatrische Krankheitsbilder zu behandeln, bei denen in erster Linie eine langfristige Psychotherapie indiziert sei. Die Rekurskommission war sich denn auch darüber im Klaren, dass der Beschwerdeführerin im Gefängnis die nötige Betreuung nur in sehr engem Rahmen gewährt werden könne, und hat daher in teilweiser Gutheissung des Rekurses angeordnet, dass die Beschwerdeführerin bis spätestens 15. Januar 2010 in eine geeignete Anstalt zu überführen sei. Auch wenn ein Mangel an geeigneten Anstalten zu verzeichnen ist und daher den zuständigen Behörden unter Umständen eine gewisse Zeit zur Auswahl eines geeigneten Instituts zu gewähren ist, kann sich der Aufenthalt in einer ungeeigneten Anstalt nicht über mehrere Monate, sondern höchstens über zwei bis drei Wochen erstrecken. Im Lichte von <ref-law>, der den Fürsorgegedanken in den Vordergrund stellt, kann es nicht angehen, dass eine Person über mehrere Monate in einer ihrem Behandlungsbedarf nicht entsprechenden und damit ungeeigneten Anstalt verbringen muss. Mit ihrer Anordnung hat die Rekurskommission <ref-law> bzw. <ref-law> (persönliche Freiheit) und Art. 5 Abs. 1 lit. e EMRK sowie Art. 9 ff. der Verfassung des Kantons Bern verletzt.
4. Dennoch ist im vorliegenden Fall nicht angezeigt, die Beschwerdeführerin ihrem Antrag entsprechend unverzüglich aus dem Gefängnis zu entlassen. Wie sich aus der Vernehmlassung des stellvertretenden Regierungstatthalters von Y._ vom 30. Dezember 2009 ergibt, zeichnet sich die Aufnahme der Beschwerdeführerin im Psychiatriezentrum A._ ab. Eine Entlassung unmittelbar vor der geplanten Verlegung liesse sich denn auch mit dem festgestellten Gesundheitszustand und der erforderlichen Fürsorge, die der Beschwerdeführerin im Gefängnis für die wenigen noch verbleibenden Tage - wenn auch nur in einem minimalen Ausmass (Medikamente, ein wöchentliches Gespräch) - gewährt werden kann, nicht vereinbaren. Angesichts des bevorstehenden Übertritts erweist es sich aber auch nicht als sinnvoll, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und den Regierungsstatthalter anzuweisen, innert einer kurzen Frist entweder die Überweisung anzuordnen oder aber die betroffene Person zu entlassen (vgl. dazu: Urteil 5C.250/2002 vom 20 November 2002, E. 3 und Dispositiv), läuft doch die von der Rekurskommission gesetzte Frist demnächst, nämlich bereits am 15. Januar 2010, ab. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Ergänzend beizufügen ist, dass die Beschwerdeführerin entlassen werden muss, falls sie nicht innert der von der Rekurskommission gesetzten Frist in eine geeignete Anstalt überwiesen werden kann.
5. Im vorliegenden Fall ist die im Ergebnis unterliegende Beschwerdeführerin an sich zu Recht an das Bundesgericht gelangt, wurde doch eine Verletzung wesentlicher Bestimmungen des Bundesrechts festgestellt und dem Antrag auf Entlassung einzig aus den in E. 4 erwähnten Gründen nicht entsprochen. Kosten und Entschädigung sind daher nicht nach dem Ausgang des Verfahrens (<ref-law>), sondern nach dem Verursacherprinzip (Art. 68 Abs. 4 i.V.m. <ref-law>) zu verlegen. Da der Beschwerdeführerin durch das fehlerhafte Verhalten der Rekurskommission Anwaltskosten entstanden sind, rechtfertigt es sich, den Kanton Bern zur Übernahme dieser Kosten zu verpflichten. Gerichtskosten können dem Kanton, der in seinem amtlichen Wirkungskreis gehandelt hat, nicht auferlegt werden (<ref-law>).
6. Mit der vorstehenden Kosten- und Entschädigungsregelung wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Der Kanton Bern hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem mitbeteiligten Amt und der Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Januar 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
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