Sachverhalt:
A. Der 1972 geborene G._ meldete sich im Januar 2005 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärungen und Durchführung des Vorbescheidverfahrens sprach ihm die IV-Stelle des Kantons Graubünden mit Verfügung vom 8. April 2008 bei einem Invaliditätsgrad von 100 % ab 1. März 2005 bis 28. Februar 2006 eine ganze Rente der Invalidenversicherung zu. Hingegen verneinte sie einen Rentenanspruch ab März 2006 mit der Begründung, ab 30. November 2005 betrage die Erwerbsfähigkeit 70 %, was zu einem rentenausschliessenden Invaliditätsgrad von 39 % führe.
B. Dagegen erhob G._ Beschwerde, worauf die IV-Stelle die angefochtene Verfügung, soweit sie den Sachverhalt ab 15. November 2007 resp. den Rentenanspruch ab 1. November 2007 betrifft, zwecks weiterer Sachverhaltsabklärungen in Wiedererwägung zog. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden wies die Beschwerde, soweit sie nicht gegenstandslos geworden war, mit Entscheid vom 11. Dezember 2008 ab.
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, unter Aufhebung des Entscheids vom 11. Dezember 2008 sei ihm ab März 2006 mindestens eine Viertelsrente der Invalidenversicherung zu gewähren.
Die IV-Stelle und das kantonale Gericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Mit Bezug auf die Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers ist das kantonale Gericht nach Würdigung der medizinischen Unterlagen zum Schluss gelangt, es sei nicht ersichtlich, weshalb für die Zeit bis zum 14. November 2007 vom interdisziplinären Gutachten der MEDAS vom 9. Januar 2006 abgewichen werden sollte. Danach ist dem Versicherten seit 30. November 2005 die zuletzt ausgeübte Tätigkeit nur noch zu 50 %, eine körperlich leichte bis mittelschwere Arbeit hingegen zu 70 % möglich, wobei der Anteil mittelschwerer Tätigkeit maximal hälftig sein soll. Zur Schwerarbeit sei der Versicherte definitiv nicht mehr geeignet. Darauf gestützt hat die Vorinstanz durch Einkommensvergleich (<ref-law>) einen Invaliditätsgrad von 39 % ermittelt und infolgedessen den Rentenanspruch ab 1. März 2006 verneint (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung, heute <ref-law>; <ref-law> [SR 831.201]). Der Invaliditätsbemessung hat sie ein Valideneinkommen von Fr. 67'003.- zugrunde gelegt. Ohne den vom Beschwerdeführer verlangten Abzug vom Tabellenlohn zu gewähren, hat sie das von der Verwaltung gestützt auf die Schweizerische Lohnstrukturerhebung (LSE) des Bundesamtes für Statistik (Tabelle TA 1, Anforderungsniveau 4, Männer, Total) und unter Berücksichtigung der reduzierten Arbeitsfähigkeit auf Fr. 41'007.- festgesetzte Invalideneinkommen übernommen.
3. 3.1 Streitgegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens (<ref-ruling> E. 1 S. 414 f.) bildet nur der Rentenanspruch bis 31. Oktober 2007. Soweit darüber hinaus eine Rentenzusprache beantragt wird, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
3.2 Streitig und zu prüfen ist lediglich die Rechtsfrage (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399), ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Leidensabzug vom statistisch ermittelten Invalideneinkommen vorzunehmen sei.
3.3 Ob und in welchem Ausmass Tabellenlöhne herabzusetzen sind, ist von sämtlichen persönlichen und beruflichen Umständen des konkreten Einzelfalls (leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad) abhängig. Der Einfluss sämtlicher Merkmale auf das Invalideneinkommen ist nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen, wobei der Abzug auf höchstens 25 % zu begrenzen ist (<ref-ruling> E. 5 S. 78 ff.; <ref-ruling> E. 4.3.2. S. 481).
3.4 Die vorinstanzlichen Feststellungen in Bezug auf die Arbeitsfähigkeit sind nicht offensichtlich unrichtig und daher für das Bundesgericht verbindlich (E. 1). Danach kann der Versicherte seine Restarbeitsfähigkeit bei voller zeitlicher Präsenz verwerten, weshalb das kantonale Gericht einen in Teilzeittätigkeit begründeten Abzug zu Recht ablehnte (Urteil 8C_765/2008 vom 11. Juli 2008 E. 4.3.3 mit Hinweisen). Die Rechtsprechung gewährt insbesondere dann einen Abzug auf dem Invalideneinkommen, wenn eine versicherte Person selbst im Rahmen körperlich leichter Hilfsarbeitertätigkeit in ihrer Leistungsfähigkeit eingeschränkt ist (<ref-ruling> E. 5a/bb S. 78). Sind hingegen leichte bis mittelschwere Arbeiten zumutbar, ist allein deswegen auch bei eingeschränkter Leistungsfähigkeit noch kein Abzug gerechtfertigt (Urteile 8C_559/2008 vom 15. Dezember 2008 E. 4; 9C_343/2008 vom 21. August 2008 E. 3.2; 8C_765/2007 vom 11. Juli 2008 E. 4.3.2). Dies ergibt sich daraus, dass der Tabellenlohn im Anforderungsniveau 4 bereits eine Vielzahl von leichten und mittelschweren Tätigkeiten umfasst. Nichts anderes gilt, wenn - wie beim Beschwerdeführer - der Anteil mittelschwerer Tätigkeit auf die Hälfte limitiert ist, zumal der Vorinstanz beizupflichten ist, dass auch leidensadaptierte Tätigkeiten (etwa leichte Verpackungs-, Montage- und Kontrollarbeiten) nicht nur im untersten (Lohn-)Bereich der massgebenden Kategorie vertreten sind. Weiter ziehen die sich aus dem psychiatrischen Teilgutachten der MEDAS ergebenden Einschränkungen bezüglich Fahrtauglichkeit und Bedienung potentiell gefährlicher Maschinen in der Regel noch keine überproportionalen Lohneinbussen nach sich. Schliesslich sprechen weder das Alter (vgl. AHI S. 237, I 377/98 E. 4c) des knapp 37-jährigen Versicherten noch dessen (schweizerische) Nationalität für ein reduziertes Einkommen.
3.5 Unter den gegebenen Umständen hat das kantonale Gericht nicht Bundesrecht verletzt, wenn es die Vornahme eines Abzuges vom Tabellenlohn ablehnte und damit für die Zeit vom 1. März 2006 bis 31. Oktober 2007 die Verneinung eines Rentenanspruchs bestätigte.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. März 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Dormann