Sachverhalt:
A. A.a Mit Verfügung vom 28. Oktober 2003 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich der 1957 geborenen I._ rückwirkend ab 1. Oktober 2002 eine halbe Invalidenrente zu. Dabei wurde sie zu 40 % als Erwerbstätige und zu 60 % als im Haushalt tätige Person qualifiziert. Der Invaliditätsgrad im erwerblichen Bereich betrug 100 % und im Aufgabenbereich 30 %, insgesamt somit 58 %. Mit Einspracheentscheid vom 26. Februar 2004, welcher unangefochten in Rechtskraft erwuchs, bestätigte die IV-Stelle ihre Verfügung.
A.b Vom 1. März bis 31. Dezember 2004 ging I._ einer Teilerwerbstätigkeit im Umfang von 10.6 Stunden pro Woche nach und erzielte dabei ein Erwerbseinkommen von Fr. 18'417.-. Die IV-Stelle stellte nach Durchführung eines Revisionsverfahrens die Ausrichtung der Invalidenrente mit Verfügung vom 20. November 2007 ein. Am 15. Juli 2008 hob sie zudem die Ausrichtung der halben Invalidenrente rückwirkend per 1. März 2004 auf und verfügte die Rückerstattung der vom 1. März 2004 bis 31. Dezember 2007 ausgerichteten Leistungen.
B. Gegen die Verfügungen vom 20. November 2007 und 15. Juli 2008 liess I._ je Beschwerde erheben. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich vereinigte die Verfahren und wies die Beschwerden mit Entscheid vom 20. November 2009 ab.
C. Mit Beschwerde lässt I._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides und die weitere Ausrichtung der am 28. Oktober 2003 verfügten Leistungen beantragen. Eventualiter sei die Sache zur gutachterlichen Abklärung an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen. Subeventualiter sei auf die Rückerstattung von Rentenleistungen wegen Vorliegen eines Härtefalls zu verzichten.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). Die Feststellung des Gesundheitsschadens und dessen Veränderung in einem bestimmten Zeitraum betrifft eine Tatfrage. Auch die konkrete Beweiswürdigung stellt eine Tatfrage dar. Als Rechtsfragen zu prüfen sind dagegen die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach Art. 61 lit. c ATSG sowie die auf allgemeine Lebenserfahrung gestützten Annahmen und Schlussfolgerungen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.).
2. Im angefochtenen Entscheid werden nebst den einschlägigen intertemporalrechtlichen Grundsätzen die Bestimmungen über den Begriff der Invalidität (Art. 8 ATSG) und die Voraussetzungen einer Rentenrevision (Art. 17 Abs. 1 ATSG) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Gemäss Art. 99 Abs. 2 BGG sind neue Begehren unzulässig. Im vorinstanzlichen Verfahren lautete der Antrag der Beschwerdeführerin auf Ausrichtung einer halben Invalidenrente ab 1. Januar 2005. Anhaltspunkte, wonach sie die Einstellung der Rente vom 1. März bis 31. Dezember 2004 im Vorbescheidverfahren und im vorinstanzlichen Verfahren anfechten wollte, liegen nicht vor. Im Gegenteil beantragte sie wegen ihrer Erwerbstätigkeit für diesen Zeitraum ausdrücklich, die Rente sei rückwirkend per 1. März bis 31. Dezember 2004 aufzuheben. Das erstmals vor Bundesgericht gestellte Begehren, es sei auch für den Zeitraum von 1. März bis 31. Dezember 2004 eine Rente auszurichten, erweist sich somit als neu, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
4. Nachdem die Beschwerdeführerin von 1. März bis 31. Dezember 2004 während zehn Monaten einer Teilerwerbstätigkeit im Umfang von 10.6 Stunden pro Woche nachgegangen war und dabei ein Erwerbseinkommen von Fr. 18'417.- erzielte, lag eine anspruchserhebliche Änderung des Invaliditätsgrades vor (Invaliditätsgrad von 34 %). Es ist zunächst zu prüfen, wie es sich mit ihrem Gesundheitszustand ab 1. Januar 2005 verhielt.
4.1 Das kantonale Gericht verwies hierzu insbesondere auf das im Auftrag der Beschwerdegegnerin von Dr. med. S._, Facharzt für orthopädische Chirurgie, am 30. März 2007 erstellte medizinische Gutachten, welches zum Schluss kam, die Beschwerdeführerin sei in einer leidensangepassten Tätigkeit zu 60 % arbeitsfähig. Der Gutachter berücksichtigte dabei auch die effektive Erwerbstätigkeit der Beschwerdeführerin im Jahr 2004 sowie den Bericht des Hausarztes Dr. med. L._ vom 3. Juli 2006, in dem dieser eine Teilerwerbstätigkeit für zumutbar beurteilte und bescheinigte, dass die Beschwerdeführerin den Haushalt wieder vollständig selber führe. Im Unterschied zum frühen Gutachten von Dr. med. M._, Facharzt für physikalische Medizin spez. Rheumaerkrankungen, vom 7. Juli 2003, welches der ursprünglichen Rentenzusprache zugrunde lag und in welchem unter anderem von einer Schmerzverarbeitungsstörung und Symptomausweitung berichtet wurde, verwies Dr. med. S._ insbesondere auf den Umstand, dass das damals festgestellte Stöhnen bei der Untersuchung vollständig fehle. Er kam zum Schluss, aktuell lägen keine Anhaltspunkte mehr für eine somatoforme Schmerzstörung vor.
Das kantonale Gericht hat dem Gutachten von Dr. med. S._ in einer umfassenden Würdigung Beweiswert zuerkannt, was sich angesichts der dargelegten Umstände nicht als offensichtlich unrichtig erweist. Nicht zu beanstanden ist, dass im Rahmen des medizinischen Gutachtens keine fachärztlich-psychiatrische Beurteilung eingeholt wurde, da sich keine Hinweise auf eine somatoforme Schmerzstörung ergaben.
4.2 Der von der Beschwerdeführerin eingereichte Bericht des behandelnden Psychiaters Dr. med. E._ vom 11. Juni 2008 vermag an der Beurteilung von Dr. med. S._ im Ergebnis nichts zu ändern. Das kantonale Gericht ging in seiner Beweiswürdigung auch auf diesen Bericht ein. Die von Dr. med. E._ diagnostizierte somatoforme Schmerzstörung und die Aussage, wonach die Arbeitsfähigkeit in der Vergangenheit in beträchtlichem Umfang reduziert gewesen sei, steht nicht im Widerspruch zur Arbeitsfähigkeitsbeurteilung von Dr. med. S._, gemäss der von einer Arbeitsfähigkeit von bloss 60 % ausgegangen werden könne. Insbesondere ist zu berücksichtigen, dass eine gemäss Angaben von Dr. med. E._ vorübergehende soziale Dekompensation einerseits durch den Tod der Mutter im Oktober 2007, andererseits durch die Trennung vom Ehemann im November 2007 sowie durch die Zustellung der Verfügung über die Einstellung der Rente vom 20. November 2007, erst zu einer notfallmässigen Überweisung der Beschwerdeführerin zur psychiatrischen Behandlung an Dr. med. E._ im Dezember 2007 geführt hat. Hierbei handelte es sich um eine auf einer psychosozialen Belastungssituation beruhenden vorübergehenden Störung, die sich in der Folge wieder besserte und nach Beurteilung von Dr. med. E._ zum Zeitpunkt seines Berichts aus psychischer Sicht wieder eine Arbeitsfähigkeit von ca. 40 % zur Folge hatte. Mittelfristig sei eine Arbeitstätigkeit von 50 % bis 60 % zu erwarten. Ein eigentlicher Widerspruch zur Arbeitsfähigkeitsbeurteilung von Dr. med. S._ liegt damit nicht vor. Die in der psychosozialen Belastungssituation begründete vorübergehend erhöhte Einschränkung der Arbeitsfähigkeit kann allerdings bereits aus sozialversicherungsrechtlicher Sicht an sich nicht berücksichtigt werden (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.5 S. 356 mit Hinweisen).
5. Zusammenfassend erweisen sich die tatsächlichen Feststellungen des kantonalen Gerichts weder als offensichtlich unrichtig noch die von ihm daraus gezogenen Schlussfolgerungen als bundesrechtswidrig. Demgemäss kann auf weitere medizinische Abklärungen in antizipierter Beweiswürdigung verzichtet werden. Der Beschwerdeführerin stehen ab 1. März 2004 keine Rentenleistungen mehr zu. Die in der Zeit vom 1. März 2004 bis 31. Dezember 2007 bezogene Rente ist somit zu Unrecht ausgerichtet worden. Streitig und zu prüfen bleibt die Frage, ob die Beschwerdegegnerin die Rente in diesem Umfang zurückzuerstatten hat.
5.1 Unrechtmässig bezogene Leistungen sind gemäss Art. 25 Abs. 1 ATSG zurückzuerstatten. Liegt eine Verletzung der Meldepflicht im Sinne von Art. 77 IVV vor, ist gemäss Art. 88bis Abs. 2 lit. b IVV zwischen dem zu sanktionierenden Verhalten (Meldepflichtverletzung) und dem eingetretenen Schaden (unrechtmässiger Bezug von Versicherungsleistungen) ein Kausalzusammenhang erforderlich. Die bis zum Eintreffen einer verspäteten Meldung bezüglich Arbeitsaufnahme unrechtmässig bezogene Rente unterliegt grundsätzlich der Rückerstattungspflicht. Nicht mehr rückerstattungspflichtig ist hingegen die nach Eingang der verspäteten Meldung bezogene Rente (<ref-ruling> E. 4 S. 434 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 219 ff.).
5.2 Die Beschwerdeführerin ging vom 1. März bis 31. Dezember 2004 in Verletzung ihrer Meldepflicht einer Teilerwerbstätigkeit nach. Ausweislich der Akten erfuhr die Beschwerdegegnerin bei der Haushaltsabklärung am 29. Januar 2007 (Bericht vom 30. Januar 2007) von dieser Erwerbstätigkeit. Die Meldepflichtverletzung erweist sich somit als kausal für den unrechtmässigen Leistungsbezug für die Zeit vom 1. März 2004 bis 31. Januar 2007. Hingegen entfällt die Rückerstattungspflicht ab 1. Februar 2007, d.h. ab dem der verspäteten Meldung bzw. der Kenntnisnahme durch die Verwaltung folgenden Monat (vgl. SVR 1995 IV Nr. 58 S. 165, I 151/94 E. 5c). Die Beschwerde ist daher dahingehend teilweise gutzuheissen, als die Beschwerdeführerin die zu Unrecht bezogenen Rentenleistungen lediglich für die Zeit vom 1. März 2004 bis 31. Januar 2007 zurückzuerstatten hat.
6. Soweit die Beschwerdeführerin eine grosse Härte gemäss Art. 25 Abs. 1 Satz 2 ATSG geltend macht, ist darauf nicht einzutreten, da über den Erlass der Rückerstattung noch nicht verfügt wurde. Ein entsprechendes Gesuch hat sie vielmehr bei der Verwaltung einzureichen (Art. 4 Abs. 2 und 4 ATSV).
7. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten den Parteien anteilsmässig aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die IV-Stelle hat der Beschwerdeführerin eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Die Vorinstanz wird die Gerichts- und Parteikosten entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Verfahrens neu festzulegen haben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 20. November 2009 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 15. Juli 2008 werden dahingehend abgeändert, dass die Beschwerdeführerin für den Zeitraum vom 1. März 2004 bis 31. Januar 2007 zu Unrecht bezogene Leistungen zurückzuerstatten hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 400.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 100.- auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Mai 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner