Faits:
A. Le 23 avril 2008, la Juge pénale du Tribunal de première instance de la République et canton du Jura a condamné X._ à une peine privative de liberté de douze mois -sous déduction de deux jours de détention préventive- avec sursis pendant trois ans et à une amende de 2500 fr. pour lésions corporelles simples, voies de fait, instigation à lésions corporelles simples et menaces au préjudice de Y._, ainsi que pour diverses infractions à la LCR.
B. Saisie d'un appel circonscrit aux infractions contre l'intégrité corporelle, la Cour pénale du Tribunal cantonal a confirmé la condamnation par arrêt du 23 février 2009 fondé sur les faits suivants.
B.a X._ et Y._, divorcée et mère de quatre enfants, ont vécu en ménage commun dès 2001-2002. La relation, qui s'est avérée conflictuelle dès son début, a dégénéré en violence verbale et physique. Elle a pris fin en février 2005, sans que les rapports entre les prénommés ne s'apaisent pour autant.
B.b Le 15 septembre 2005, X._ a frappé Y._ de plusieurs coups de poing, puis l'a jetée au sol.
B.c Le 3 novembre 2005, l'une des filles de cette dernière, A._, née le 27 mai 1997, est rentrée de l'école en pleurs, expliquant avoir croisé sur son chemin X._ qui l'avait agrippée par le poignet et empêchée de poursuivre son chemin. Y._ s'est alors rendue avec l'un de ses amis, D._, au domicile de X._ afin d'obtenir des explications de sa part. En réponse, il a exigé le retrait de la plainte pénale qu'elle avait déposée à son encontre à la suite des événements survenus le 15 septembre précédent. Y._ ayant refusé, X._ lui a asséné un violent coup de poing à hauteur de l'arcade sourcilière droite, la projetant contre le mur puis à terre. Alors qu'elle quittait les lieux, X._ lui a déclaré qu'elle subirait pire si elle ne retirait pas sa plainte.
B.d Le 25 novembre 2005, Y._ s'est retrouvée nez-à-nez avec X._ à la sortie d'un commerce de Porrentruy. Sous l'effet de surprise, elle a lâché les divers objets qu'elle portait. Alors qu'elle ramassait ses affaires, X._ lui a écrasé la main et le poignet droits du talon de sa chaussure, tout en lui ordonnant de retirer les plaintes déposées contre lui. A l'arrivée de la fille aînée de Y._, B._, née le 25 juillet 1991, il s'est immédiatement enfui.
B.e Le 14 mai 2006, X._ a agressé Y._ au pied de son immeuble, en lui frappant la tête contre un capot de voiture, l'insultant et lui blessant la joue gauche d'un coup de lame. Au moment de quitter les lieux, il l'a prévenue qu'il chargerait désormais un tiers d'exercer sur elle les pressions nécessaires au retrait de ses plaintes.
B.f Le 17 mai 2006, Y._, qui était accompagnée de son fils C._, né en 1998, a été frappée et tailladée d'un coup de couteau à la joue droite par un inconnu portant lunettes de soleil et couvre-chef noir. Avant de s'échapper, il a indiqué avoir agi pour le compte de X._.
C. Ce dernier interjette un recours en matière pénale contre le jugement cantonal dont il requiert la réforme en ce sens qu'il soit libéré des préventions en cause et qu'une sanction pécuniaire soit prononcée en lieu et place d'une peine privative de liberté. En outre, il réclame l'allocation d'une indemnité pour tort moral.
II n'a pas été ouvert d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Dans un premier grief, le recourant dénonce une violation de la présomption d'innocence sous l'angle d'une appréciation arbitraire des preuves.
1.1 En présence de versions divergentes, la Cour cantonale a écarté celle du prévenu considérée comme non convaincante. En effet, ses propos attribuant à Y._ des actes d'automutilation n'étaient aucunement étayés au dossier, certains rapports médicaux excluant au contraire expressément cette éventualité. Les preuves administrées avaient démontré qu'il avait menti. Enfin, il n'avait livré aucune justification sur son emploi du temps, se bornant à affirmer qu'il n'avait rien à se reprocher.
Les juges cantonaux ont en revanche retenu les faits relatés par la plaignante, précisant que les quelques incohérences émaillant certains points de détails de ses dépositions n'étaient pas propres à ébranler leur conviction. A l'appui de celle-ci, ils ont constaté que le dossier médical de Y._ attestait non seulement les lésions qu'elle avait subies mais aussi leur compatibilité avec les violences qu'elle avait décrites. L'essentiel des déclarations de l'intimée était en outre corroboré par différents témoignages dont aucun élément au dossier ne permettait de douter de leur sincérité. Les magistrats ont en particulier observé que l'audition par la police judiciaire de A._ s'était déroulée conformément aux exigences de la LAVI et que les déclarations de l'enfant étaient de surcroît confirmées par son pédiatre, aux dires duquel A._ lui avait relaté l'épisode du 3 novembre 2005 en cours de consultation. De même ont-ils souligné que s'il convenait d'apprécier les déclarations de B._ avec une certaine circonspection compte tenu du conflit de loyauté la liant à sa mère, il n'en demeurait pas moins qu'elle n'avait pas pris fait et cause sans réserve en faveur de celle-là, lui reprochant au contraire de ne penser qu'à elle; elle n'avait pas non plus cherché à charger le prévenu, ayant spontanément relevé sa gentillesse à l'égard de ses frères et soeurs.
1.2 Le recourant estime, de manière générale, que les charges retenues contre lui ne peuvent l'être sur la base du seul témoignage de Y._ qui présente d'importants troubles psychiques et dont les déclarations sur le déroulement des faits seraient inconstantes, imprécises, manqueraient de cohérence et divergeraient sur certains points de détails des versions rapportées par les témoins. Les rapports médicaux figurant au dossier n'établiraient aucunement la réalité des événements du 15 septembre 2005, le docteur E._ ayant affirmé à deux reprises que ceux-ci seraient survenus le 5 septembre 2005. Ces rapports accréditeraient bien plutôt la thèse d'actes d'automutilation dès lors que le docteur E._ constate des lésions minimes dans son rapport du 22 septembre 2005 tandis que, plus d'un mois plus tard, la doctoresse F._ fait état, dans son rapport du 25 octobre 2005, d'hématomes au niveau des deux bras ainsi que de la jambe droite. S'agissant des événements du 3 novembre, il met en cause le témoignage de D._ compte tenu de son lien d'amitié avec Y._ et du contenu de ses déclarations qui outrepasseraient celles de la plaignante, cette dernière n'ayant jamais prétendu avoir été frappée à coups de pied. De même, il conteste le témoignage de B._ au regard du conflit de loyauté la liant à sa mère et des imprécisions de son récit. Les événements du 25 novembre 2005 seraient de surcroît d'autant moins fondés qu'il n'existe aucune fiche d'hospitalisation corrélative et que la plaignante a déclaré dans un premier temps avoir glissé sur une plaque de verglas avant de se raviser et d'alléguer avoir subi une double déchirure par écrasement de la main. Enfin, les faits prétendument survenus les 14 et 17 mai 2006 seraient d'autant moins établis que, selon la fiche de consultation du docteur G._, Y._ s'est rendue, le 15 mai 2006, à l'hôpital de Porrentruy à la suite d'un coup de couteau essuyé le matin même et qu'aucune fiche de consultation n'atteste de sa présence à l'hôpital du Jura le 17 mai 2006.
1.3 Ce faisant, le recourant ne prétend pas que les autorités cantonales auraient faussement retranscrit les déclarations des témoins entendus ou le contenu des rapports médicaux pas plus qu'il ne démontre en quoi ceux-ci seraient dépourvus de valeur probante (<ref-ruling> consid. 3 b/aa p. 352). Il se borne à présenter en instance fédérale les griefs soulevés devant la juridiction cantonale et auxquels cette dernière a répondu de manière exhaustive et convaincante. Se bornant à formuler un avis divergent au sujet des faits qui lui sont reprochés, il oppose son appréciation des circonstances à celle de la cour cantonale. Ce faisant, il fait valoir des griefs de nature appellatoire et ne démontre pas en quoi la cour cantonale aurait procédé à une appréciation arbitraire des preuves. Le grief est irrecevable (art. 106 al. 2 LTF).
2. Dans un second moyen, le recourant conteste la nature de la peine prononcée à son encontre et réclame une sanction pécuniaire assortie du sursis en lieu et place d'une peine privative de liberté. En particulier, il fait grief aux juges d'avoir omis l'examen en opportunité d'une peine pécuniaire.
2. Dans un second moyen, le recourant conteste la nature de la peine prononcée à son encontre et réclame une sanction pécuniaire assortie du sursis en lieu et place d'une peine privative de liberté. En particulier, il fait grief aux juges d'avoir omis l'examen en opportunité d'une peine pécuniaire.
2.1 2.1.1 Selon l'art. 47 CP, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1), étant précisé que cet aspect de prévention spéciale ne permet que des corrections marginales, la peine devant toujours rester proportionnée à la faute (arrêt 6B_14/2007 du Tribunal fédéral du 17 avril 2007). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (art. 47 al. 2 CP). L'art. 47 CP confère un large pouvoir d'appréciation au juge. Par conséquent, celui-ci ne viole le droit fédéral en fixant la peine que s'il sort du cadre légal, s'il se fonde sur des critères étrangers à l'art. 47 CP, s'il omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 19; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 20 et les références citées).
2.1.2 Quant au choix de la sanction, la peine pécuniaire constitue la sanction principale. Les peines privatives de liberté ne doivent être prononcées que lorsque l'Etat ne peut garantir d'une autre manière la sécurité publique. En vertu du principe de la proportionnalité, il y a en général lieu, lorsque plusieurs peines entrent en considération et apparaissent sanctionner de manière équivalente la faute, de choisir celle qui restreint le moins sévèrement la liberté personnelle de l'intéressé, respectivement qui le touche le moins durement (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 84 et les références). Le choix du type de peine doit principalement tenir compte de l'adéquation d'une sanction déterminée, de ses effets sur le condamné et l'environnement social de ce dernier ainsi que de l'efficacité de la sanction dans l'optique de la prévention (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 84 et les références).
2.2 Le recourant a causé à sa victime d'importantes souffrances morales ainsi que des blessures physiques, l'écrasement du bras gauche l'ayant entravée dans sa vie quotidienne jusqu'en 2008. En réponse à ces agissements, il a été reconnu coupable de lésions corporelles simples à quatre reprises, d'instigation à lésions corporelles simples et de menaces, infractions qui entrent en concours (cf. art. 49 CP).
Comme devant la juridiction cantonale, il tente de se justifier en prétendant avoir été provoqué par la plaignante. Sur ce point, les juges cantonaux ont indiqué que si cette dernière avait pu être à l'origine de certaines provocations, elle avait néanmoins tenté de sauvegarder sa relation avec X._ en lui proposant notamment de consulter la doctoresse F._ et ainsi témoigné des efforts consentis en vue de rétablir un climat paisible au sein du couple. Au demeurant, les éventuelles provocations de Y._ ne fondaient aucunement le recourant à agir comme il l'a fait. En portant atteinte à l'intégrité physique et psychique de cette dernière dans le seul but qu'elle retire ses plaintes, il a agi pour des mobiles vils et strictement égoïstes. En réitérant, en novembre 2005 et mai 2006, des infractions au préjudice de la prénommée au mépris des règles de conduite qui lui avaient été fixées le 6 novembre 2005 par ordonnance de mise en liberté provisoire, il a démontré n'avoir nullement pris conscience de la gravité de ses actes. Les agressions, l'instigation et les menaces commises témoignent d'un défaut absolu de scrupule de la part du recourant dont le comportement violent et agressif est inadmissible et inexcusable.
L'appréciation des juges cantonaux qui ont considéré que la culpabilité de X._ était relativement grave, n'est pas critiquable, à tout le moins pas dans le sens invoqué par le recourant. Au vu des circonstances, la peine privative de liberté de douze mois avec sursis pendant trois ans n'apparaît pas sévère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé à la cour cantonale. Cette dernière a motivé de manière détaillée et complète la sanction retenue. En particulier, elle a largement exposé les motifs pour lesquels elle considérait le prononcé d'une peine pécuniaire comme inadéquat au cas d'espèce. En récidivant au cours de la procédure d'instruction, ce dernier a du reste démontré qu'il ne redoutait aucunement les sanctions encourues, de sorte qu'on ne voit pas qu'une peine pécuniaire suffît à exercer un quelconque effet sur le recourant, qui, au demeurant, n'a exprimé aucun regret. Le grief de violation de l'art. 47 CP est infondé.
3. Sur le vu de ce qui précède, il n'y a pas lieu d'examiner la demande d'indemnisation pour tort moral.
4. Le recourant, qui succombe, supportera les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Dans la mesure où il est recevable, le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 23 juillet 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Gehring