Nella misura in cui è ammissibile, anche questa censura si rivela però infondata. Che la restituzione della differenza tra gli anticipi pagati dall'attrice e le tasse percepite dalle dogane fosse avvenuta a saldo di ogni rapporto di dare e avere fra le parti non risulta dagli accertamenti contenuti nella sentenza impugnata. Gli argomenti che la convenuta fonda su simili fatti sono di conseguenza irricevibili. L'assenza di accertamenti concernenti l'asserita dichiarazione di quietanza esclude anche la rilevanza degli <ref-law> e 2 cpv. 2 CC. La presunzione che la prima di queste norme istituisce potrebbe comunque avere effetto - se i presupposti di fatto fossero adempiuti - solo per gli interessi sul capitale di fr. 408'800.15 restituito all'attrice, ovvero per quella pretesa di fr. 1962.85 che l'autorità cantonale ha di fatto già negato al considerando 6 della sua sentenza, per altri motivi (mancata messa in mora della debitrice).
6.- La convenuta critica la sentenza cantonale laddove conclude che l'obbligo di restituzione del mandatario sussiste indipendentemente dal fatto che i beni affidatigli siano divenuti di sua proprietà, oppure siano rimasti solo in suo possesso. Senza menzionare disposizioni di diritto federale, ma richiamando ancora una volta le affermazioni dei testimoni, sostiene che i soldi anticipati erano entrati nel suo patrimonio e potevano essere gestiti a suo piacimento.
a) Il Tribunale di appello ha accertato che l'attrice ha anticipato, in varie tappe, fr. 4'102'870.20 destinati al pagamento dei dazi e dell'ICA in relazione con l'attività di importazione svolta dalla convenuta; ha stabilito che tale somma è successivamente rimasta sui conti bancari della convenuta dal 1988 al 1991, sino all'allestimento dei conteggi finali da parte dell'AFD. Si tratta indubbiamente di somme di denaro che il mandatario (trasportatore o vetturiere) ha ricevuto in forza del mandato e che, nella misura in cui non sono state usate per lo scopo previsto, sottostanno all'obbligo di restituzione secondo l'<ref-law>. La convenuta ammette questa conseguenza, tant'è vero che ha restituito il maggior anticipo; si contraddice quindi quando afferma che l'obbligo di restituzione è decaduto perché i soldi sono divenuti parte integrante del suo patrimonio. Comunque sia, il Tribunale d'appello ha osservato a ragione che la circostanza è irrilevante in concreto (Fellmann, Berner Kommentar, <ref-law> n. 143 e 144).
b) Unica questione che occorre ancora risolvere è se tale obbligo copra anche i frutti che la convenuta ha ricavato dai capitali affidatigli dall'attrice. Ebbene, il mandatario è tenuto a restituire non solo ciò che gli ha dato il mandante, ma anche tutto quanto ha ricevuto da terzi nell'esecuzione del mandato (Fellmann, op. cit., <ref-law> n. 115; Weber, Basler Kommentar, art. 400, n. 12). Il criterio di giudizio fondamentale è che il mandatario - eccettuata la rimunerazione se pattuita - non deve arricchirsi, né subire pregiudizi in seguito all'esecuzione dell'incarico : deve restituire tutti i beni che hanno una connessione interna con il mandato e può trattenere soltanto quelli per i quali la relazione è occasionale (Fellmann, op. cit. <ref-law>, n. 127; Tercier, Les contrats spéciaux, ed. 1995, n. 4054). L'obbligo di restituzione si estende pertanto sia a quanto il mandatario ha ricevuto come risultato diretto dell'esecuzione del contratto, sia ai vantaggi indiretti quali ribassi, provvigioni, perfino tangenti e frutti (Tercier, op. cit. n. 4056; Fellmann, op. cit. <ref-law>, n. 127 e 128). Nella misura in cui la Corte cantonale ha condannato la convenuta a restituire i frutti prodotti dagli anticipi versati dall'attrice, valutati dal perito in franchi 658'932.75, ha applicato correttamente le regole sopra esposte derivanti dal diritto federale; la relazione di questo beneficio con l'esecuzione del mandato, anche se indiretta, è infatti stretta ed evidente.
7.- Infine la convenuta si diffonde sulla quantificazione del danno.
a) Il primo argomento invocato è manifestamente inammissibile. Al punto 3 del gravame si legge infatti che andrebbe tutt'al più riconosciuto all'attrice l'obbligo di rimborso degli interessi di ritardo addebitati dalle dogane, ammontanti a fr. 118'065.70. Le sembra però sfuggire completamente che il Tribunale di appello ha già negato il risarcimento di questa posizione del danno al considerando 5 della sentenza impugnata.
b) Per l'esame delle altre censure va preliminarmente ricordato che l'accertamento dell'esistenza e dell' entità del danno è una questione di fatto che compete all' autorità cantonale; il Tribunale federale, come giurisdizione di riforma, interviene soltanto se si è fatto capo a una nozione giuridica errata del danno, oppure se sono stati applicati criteri di calcolo sbagliati (<ref-ruling> consid. 3b e riferimenti). Conscia di questa regola, la convenuta spiega di avere presentato, per questo motivo, un ricorso di diritto pubblico.
Su questo punto la motivazione dei due gravami, oltre che priva di riferimenti a disposizioni di diritto federale, è praticamente identica. Questa circostanza rende difficile distinguere gli argomenti dell'uno o dell'altro rimedio; possono essere identificate con sufficienza soltanto tre censure, che parrebbero riguardare i criteri di calcolo del danno (<ref-ruling> consid. 2a, 118 IV 293 consid. 2a).
Con la prima la convenuta lamenta la mancata deduzione dai suoi profitti della somma di fr. 118'065.70 versata per interessi di mora all'AFD. Dimentica tuttavia che, secondo gli accertamenti della sentenza impugnata, questa somma è stata pagata dall'attrice, alla quale - come precedentemente ricordato - la rifusione è stata negata. La seconda censura, con la quale la convenuta sostiene la deduzione dagli interessi percepiti dell'imposta preventiva, è invece irricevibile; i giudici cantonali hanno infatti considerato tardivo quest'argomento in applicazione dell'<ref-law>/TI, norma di diritto cantonale che il Tribunale federale non può esaminare nell'ambito di un ricorso per riforma. Anche l'ultima critica, relativa ad una presunta violazione del divieto di anatocismo (<ref-law>), è irricevibile, avendola il Tribunale d'appello respinta principalmente per il medesimo motivo tratto dal diritto cantonale.
8.- Alla luce delle considerazioni che precedono il ricorso per riforma si rivela infondato, nella misura in cui è ammissibile. Spese ed indennità processuali sono poste a carico della parte soccombente (art. 156 cpv. 1 e 159 cpv. 1 OG).

Per questi motivi
i l T r i b u n a l e f e d e r a l e
p r o n u n c i a :
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso per riforma è respinto e la sentenza impugnata viene confermata.
2. La tassa di giustizia di fr. 6000.-- è posta a carico della convenuta, la quale rifonderà all'attrice fr. 10'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera Civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.