Sachverhalt:
A. X._ ist der Vater des 1995 geborenen Kindes A Y._. Mit Urteil des Bezirksgerichts St. Gallen vom 8. Juli 1997 wurde er zu Unterhaltsbeiträgen von Fr. 600.-- bis zum vollendeten 6. Altersjahr, von Fr. 650.-- bis zum 12. Altersjahr und von Fr. 700.-- bis zum ordentlichen Abschluss der Erstausbildung verpflichtet.
B. Im Februar 2008 erhob der Vater eine Abänderungsklage mit der Begründung, er habe 2003 geheiratet und aus dieser Ehe sei 2005 ein Kind hervorgegangen. Zudem habe sich seine Einkommenssituation wegen zeitweiser Arbeitslosigkeit verschlechtert.
Das Kreisgericht St. Gallen setzte den Kindesunterhalt mit Urteil vom 19. September 2008 auf Fr. 350.-- ab August 2008 fest.
Mit Entscheid vom 2. März 2009 verpflichtete das Kantonsgericht St. Gallen den Vater zu Unterhaltsbeiträgen von Fr. 350.-- ab Februar bis Juli 2008, von Fr. 200.-- ab April 2009 und solange er unverschuldet arbeitslos bleibt, längestens aber bis März 2010, und anschliessend von Fr. 350.-- bis das Kind eine angemessene Ausbildung abschliessen kann.
C. Gegen diesen Entscheid hat der Vater am 2. April 2009 eine Beschwerde eingereicht mit dem Begehren um dessen Aufhebung und Abänderung dahingehend, dass ab Februar 2008 und mindestens für die Dauer seiner Arbeitslosigkeit keine Unterhaltsbeiträge festzusetzen seien. Mit Gesuch vom 21. April 2009 ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzliches Endurteil in einer vermögensrechtlichen Zivilsache (Art. 72 Abs. 1, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Der notwendige Streitwert von Fr. 30'000.-- gemäss Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG ist jedenfalls bei Dauerarbeitslosigkeit des Vaters erreicht. Die Beschwerde erweist sich damit grundsätzlich als zulässig.
2. Die Rechtsanwendung überprüft das Bundesgericht im Rahmen rechtsgenüglicher Vorbringen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 95 f. BGG) grundsätzlich mit freier Kognition (Art. 106 Abs. 1 BGG). Für die Unterhaltsfestsetzung gilt es freilich zu beachten, dass der Richter in verschiedener Hinsicht auf sein Ermessen verwiesen ist (Art. 4 ZGB; <ref-ruling> E. 3a S. 141; Botschaft, BBl 1996 I S. 115 f.) und das Bundesgericht bei der Überprüfung solcher Entscheide eine gewisse Zurückhaltung übt (<ref-ruling> E. 2 S. 382; <ref-ruling> E. 4.2 S. 15; <ref-ruling> E. 1 S. 99).
An die kantonalen Sachverhaltsfeststellungen ist das Bundesgericht grundsätzlich gebunden (Art. 105 Abs. 1 BGG). Diesbezüglich kann einzig eine Verletzung des Willkürverbots oder anderer verfassungsmässiger Rechte vorgebracht werden, und hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG; BBl 2001 IV 4338; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252; <ref-ruling> E. 7.1 S. 398). Das heisst, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene Rügen prüft, die soweit möglich zu belegen sind, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 1b S. 495; <ref-ruling> E. 1.3 S. 262).
3. Die meisten Vorbringen des Beschwerdeführers sind Sachverhaltsrügen (Krankenkassenbeiträge 2008; Prämienverbilligung 2009; Krankheitskosten; Zahnbehandlung). Diesbezüglich vermag die Beschwerde dem strengen Rügeprinzip gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG nicht im Ansatz zu genügen, wird doch nicht einmal gesagt, welches verfassungsmässige Recht verletzt worden sein soll; entsprechend kann auf diese Vorbringen nicht eingetreten werden.
Ohnehin wären die Vorbringen auch materiell unbegründet, soweit sinngemäss das Willkürverbot angerufen sein sollte: Das Obergericht hat im Gesamtexistenzminimum des Beschwerdeführers tiefere Kosten für die Krankenkasse eingesetzt, weil es für das Jahr 2008 nur die obligatorische Krankenversicherung berücksichtigt und überdies ab dem Jahr 2009 die Prämienverbilligung in Abzug gebracht hat. Was sodann die angeblich permanent anfallenden Krankheitskosten und die Notwendigkeit der Zahnbehandlung anbelangt, erschöpfen sich die Ausführungen in appellatorischer Kritik am angefochtenen Entscheid und sind die eingereichten Unterlagen zudem neu und damit unzulässig (Art. 99 Abs. 1 BGG). Gleiches gilt im Übrigen für die Umschulung, die ab April 2009 beginnen soll; dabei handelt es sich ebenfalls um ein neues und damit im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren unzulässiges Vorbringen (Art. 99 Abs. 1 BGG).
4. Eine Rechtsfrage ist hingegen, ob die mit dem Studium der neuen Ehefrau verbundenen Kosten (Kinderhort, Fahrtkosten, Versicherung) im Gesamtexistenzminimum des Vaters zu berücksichtigen sind mit der Folge, dass dieses die aktuellen Einnahmen aus Arbeitslosengeldern übersteigen und folglich kein Raum für Kindesunterhalt mehr bleiben würde.
Das Kantonsgericht hat diesbezüglich erwogen, die Unterhaltsverpflichtung gegenüber dem ausserehelichen Kind gehe den Studienkosten der neuen Ehefrau vor, weshalb diese nicht im Existenzminimum des Vaters zu berücksichtigen seien. Dieser Auffassung ist grundsätzlich zuzustimmen und insbesondere besteht kein Anlass, diesbezüglich in das weite Ermessen des Sachrichters (dazu E. 2) einzugreifen: Das Bundesgericht hat es in <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 415 abgelehnt, eine eigentliche Rangordnung zwischen dem Unterhaltsanspruch des Ehegatten und dem Kind aufzustellen. Diese Frage kann jedoch weiter offen gelassen werden bzw. stellt sich vorliegend gar nicht erst, hat doch das Kantonsgericht die im Rahmen des Existenzminimums zu berücksichtigenden eigentlichen Unterhaltskosten für die neue Ehefrau im Gesamtexistenzminimum des Vaters berücksichtigt. Das Kantonsgericht hat es einzig abgelehnt, über die Unterhaltskosten im engeren Sinn hinaus auch die Studienkosten der neuen Ehefrau im Gesamtexistenzminimum des Vaters zu berücksichtigen. Damit wird aber kein Bundesrecht verletzt, im Gegenteil, wäre doch vielmehr umgekehrt der (neue) Ehepartner gehalten, aufgrund seiner ehelichen Treue- und Beistandspflicht gemäss Art. 159 Abs. 3 ZGB dem anderen Ehegatten bei der Erfüllung von dessen Unterstützungspflichten beizustehen (sog. indirekte Beistandspflicht: <ref-ruling> E. 3 S. 72). Insbesondere dort ist der neue Ehegatte gegebenenfalls sogar zu eigener Arbeitsaufnahme verpflichtet und hat er sich jedenfalls in seinem eigenen Lebensstandard einzuschränken, wo er seinen Ehepartner in Kenntnis von dessen Unterhaltsverpflichtung geheiratet hat und daher bei knappen finanziellen Verhältnissen nicht mit hohen ehelichen Unterstützungsleistungen rechnen durfte (Urteil 5A_572/2008 vom 6. Februar 2009, E. 4.2). Vor diesem Hintergrund ist die kantonsgerichtliche Folgerung zutreffend, in der vorliegenden Konstellation geniesse die vorbestehende Unterstützungspflicht für das aussereheliche Kind gegenüber den Studienkosten der neuen Ehefrau den Vorrang.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit überhaupt auf sie eingetreten werden kann. Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, muss sie als von Anfang an aussichtslos bezeichnet werden, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen für die unentgeltliche Rechtspflege fehlt (Art. 64 Abs. 1 BGG). Folglich ist das betreffende Gesuch abzuweisen, und die Gerichtskosten sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli