Faits:
A. Le litige concerne le droit de propriété sur le véhicule Maserati Bora portant le numéro de chassis xxxx.
Par demande du 2 juin 2005, X._ SA en liquidation a conclu, avec dépens, principalement, à la reconnaissance de son titre de propriété sur cette automobile et à sa restitution par Y._ dans un délai à fixer et, subsidiairement à ce dernier chef de conclusions, au versement immédiat par le prénommé de 100'000 fr., avec intérêts à 5% dès le 5 juin 2005. Le défendeur s'est opposé à la demande.
Statuant le 9 octobre 2007, le Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne a reconnu le droit de propriété de X._ SA en liquidation, donné ordre à Y._ de restituer la Maserati dans les dix jours dès jugement définitif et exécutoire et rejeté toutes autres ou plus amples conclusions, le tout sous suite de frais et dépens.
Y._ a recouru contre ce jugement. Dans son acte de recours, il a conclu, principalement, à sa réforme dans le sens d'un rejet des prétentions de X._ SA en liquidation et, subsidiairement, à son annulation. Dans son mémoire ampliatif, il a demandé, principalement, que le prononcé entrepris soit annulé et, subsidiairement, qu'il soit réformé dans le sens d'un rejet de l'action, plus subsidiairement, d'une restitution du véhicule contre paiement de 100'000 fr. X._ SA en liquidation a proposé le rejet du recours.
Le 3 septembre 2008, la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud a jugé que la transformation d'un chef de conclusions subsidiaire en principal constituait une augmentation des conclusions, de telle sorte que celles en nullité devaient demeurer subsidiaires ainsi qu'elles avaient été prises dans l'acte de recours. Elle a par ailleurs déclaré irrecevable le chef de conclusions subordonnant la restitution de la Maserati au versement de 100'000 fr., pour le motif qu'il était nouveau, n'admettant que la conclusion libératoire par voie de réforme formulée à titre principal dans l'acte de recours. Statuant au fond, sous suite de frais et dépens de deuxième instance, elle a réformé le jugement attaqué en ce sens qu'elle a rejeté l'action de la demanderesse et arrêté les frais et dépens de première instance à la charge de chaque partie. Elle a en outre déclaré l'arrêt exécutoire.
B. X._ SA en liquidation exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à la réforme de l'arrêt cantonal dans le sens d'une confirmation du jugement de première instance.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 236).
1.1 Le recours a été interjeté en temps utile (<ref-law>) par une partie qui a succombé devant l'autorité précédente (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance sur recours par le tribunal supérieur du canton de Vaud (<ref-law>) dans une affaire civile (<ref-law>) de nature pécuniaire.
1.1 Le recours a été interjeté en temps utile (<ref-law>) par une partie qui a succombé devant l'autorité précédente (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance sur recours par le tribunal supérieur du canton de Vaud (<ref-law>) dans une affaire civile (<ref-law>) de nature pécuniaire.
1.2 1.2.1 Dans les affaires pécuniaires, le recours en matière civile n'est recevable que si la valeur litigieuse s'élève au moins à 30'000 fr. (<ref-law>). En cas de recours contre une décision finale, cette valeur est déterminée par les conclusions - recevables (Yves DONZALLAZ, Loi sur le Tribunal fédéral, p. 585, no 1386 ad <ref-law> et l'arrêt cité en note 3466; JEAN-FRANÇOIS POUDRET, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, p. 240, no 1.5 ad art. 46 OJ) - restées litigieuses devant l'autorité précédente (<ref-law>) juste avant que celle-ci prononce le jugement (BEAT RUDIN, in: Bundesgerichtsgesetz, Commentaire Bâlois, 2008, no 23 ad <ref-law>; SPÜHLER ET AL., Kurzkommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2006, no 2 ad <ref-law>; JEAN-MAURICE FRÉSARD, in Commentaire de la LTF, 2009, no 18 ad <ref-law>). Si les conclusions ne tendent pas au paiement d'une somme d'argent déterminée, le Tribunal fédéral fixe la valeur litigieuse selon son appréciation (<ref-law>); cette disposition correspond à l'art. 36 al. 2 OJ (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 p. 3764, 3858). Cela signifie que le Tribunal fédéral va arrêter la valeur en se fondant sur les éléments d'appréciation ressortant de la décision attaquée (<ref-law>) ou d'autres éléments du dossier, sans être lié par l'estimation du recourant ou un accord des parties (<ref-ruling> consid. 1c/ee p. 495), ni par une estimation manifestement erronée de l'autorité cantonale. Lorsque le litige porte sur la propriété d'un meuble, la valeur vénale de l'objet est déterminante (<ref-ruling> consid. 2 p. 54; DONZALLAZ, op. cit., p. 591, no 1407 ad <ref-law>; POUDRET, op. cit., p. 271, no 5.1 ad art. 36 OJ).
1.2.2 En l'espèce, était contesté devant la dernière instance cantonale le chef de conclusions tendant à ce que le véhicule revendiqué soit restitué à la demanderesse. La Chambre des recours n'en a pas indiqué la valeur litigieuse. La recourante se borne quant à elle à affirmer que cette dernière dépasse les 30'000 fr. De l'arrêt entrepris, il résulte que l'autorité cantonale a jugé complet et conforme aux pièces du dossier l'état de fait du jugement de première instance, qu'elle a reproduit in extenso dans son arrêt. La cour de céans peut tirer de ces constatations qu'une expertise a été confiée à un spécialiste. Ce dernier a estimé la valeur de l'épave d'un véhicule de type Maserati Bora - tel que celui acquis au prix de 20'000 fr. par l'intimé en 1994 - à 10'400 fr. et celle d'un véhicule en parfait état de marche - chose rare - à 80'000 fr. Il a ajouté que, en l'espèce, cette valeur était très inférieure, la restauration n'étant pas terminée et la voiture n'étant pas complète. Il a en outre précisé que, dans l'hypothèse où l'automobile ne serait pas restituée à la demanderesse, celle-ci subirait "une perte s'élevant au maximum à la valeur de l'épave payée par le défendeur, soit 20'000 fr., somme de laquelle il conviendrait de déduire le coût de la place d'entreposage [...] depuis l'achat par le défendeur". Il a encore relevé que, "indéniablement, les travaux effectués par [le défendeur] et les fournitures dépassent largement le montant ou la valeur de 80'000 fr.", bien que la restauration ne soit pas terminée et qu'il manque encore des fournitures ainsi que la restauration de la carrosserie, du châssis, de la mécanique et de l'intérieur. Il a aussi ajouté que le véhicule est "quasi" invendable en l'état, car il n'est pas complet, que, cependant, si on le vendait en pièces détachées, la vente pourrait "au final" dépasser la valeur du véhicule, qu'il est impossible de déterminer la valeur des pièces (moteur, carrosserie, boîte à vitesse, sellerie), que le véhicule est rare et qu'il faut trouver le client qui a besoin de telles pièces et enfin que, si on ne trouve pas d'acheteur, la valeur de ces pièces ne vaudra pas la valeur de l'ensemble. A la lecture de ces suppositions, force est de considérer qu'il n'est pas possible de constater d'emblée et avec certitude que l'objet du litige a une valeur vénale, qui plus est, atteignant 30'000 fr. (<ref-law>).
Ainsi, faute de constatations ou d'éléments d'appréciation permettant au Tribunal fédéral de fixer sans hésitations la valeur litigieuse, le recours en matière civile est irrecevable au regard de l'<ref-law>.
1.3 On ne saurait en outre entrer en matière sur le recours en vertu de l'<ref-law>. La recourante, qui se contente d'affirmer que la valeur litigieuse est atteinte en l'espèce, sans prendre la peine d'indiquer quelle serait la question juridique de principe en jeu, ne satisfait en effet manifestement pas aux exigences de motivation de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 103).
Cela étant, le recours en matière civile est irrecevable, l'un des autres cas d'exception prévus par l'<ref-law> n'entrant par ailleurs pas en considération.
2. L'intitulé erroné d'un recours ne nuit pas à son auteur, pour autant que les conditions de recevabilité du recours qui aurait dû être interjeté soient réunies (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 296; <ref-ruling> consid. 1b p. 509 et les arrêts cités). Il n'en va cependant pas ainsi en l'espèce.
Le seul autre moyen de droit envisageable ici est le recours constitutionnel subsidiaire, au sens des <ref-law>. Selon l'<ref-law>, un tel recours peut être formé pour violation des droits constitutionnels. En vertu de l'<ref-law>, applicable par analogie (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine semblable violation que si un grief s'y rapportant a été invoqué et motivé par le recourant. Cette exigence de motivation correspond à celle que la jurisprudence avait déduite de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (<ref-ruling> consid. 5 p. 187; <ref-ruling> consid. 2 p. 639). Le recourant doit ainsi indiquer, dans l'acte de recours lui-même, quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée appuyée si possible par des pièces, en quoi consiste sa violation (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 588 s.; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 s.).
L'acte de recours ne répond pas à ces exigences. Dans une critique appellatoire qui mélange largement les notions de fait et de droit et ne cite aucun droit constitutionnel, la recourante se plaint de constatations manifestement inexactes sur la base desquelles la cour cantonale aurait retenu "à tort", de façon "arbitraire", en violation du droit fédéral (art. 3 al. 1, 4, 714 al. 2 et 933 CC), l'existence d'un transfert de propriété à l'intimé et la bonne foi de ce dernier. Elle se contente d'opposer sa propre appréciation des preuves et des faits sans démontrer en quoi l'autorité cantonale aurait fait preuve d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans la constatation des faits et l'application du droit fédéral.
Il est donc exclu de procéder à la conversion du recours en matière civile en un recours constitutionnel subsidiaire.
3. La recourante, qui succombe, supportera les frais de la procédure (<ref-law>). N'ayant pas été invité à se déterminer sur le recours, l'intimé n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 29 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Jordan