Sachverhalt:
A. Die in Cham ansässige Y._ AG produziert und vertreibt Lötanlagen. Am 25. Mai 2005 schloss sie mit der italienischen Kommanditgesellschaft X._ (Beschwerdeführerin) ein "Distribution-Agreement", einen Vertriebsvertrag, gemäss welchem die Beschwerdeführerin für bestimmte Länder und Gebiete als Händlerin für die Produkte der Beschwerdegegnerin eingesetzt wurde. Grundlage der Vertragsbeziehungen bildeten nebst dem Distribution-Agreement auch die "General Conditions of Sale Y._ AG". Nach deren Ziffer 4.4 war die Beschwerdegegnerin bei Nichteinhaltung der Zahlungstermine durch die Beschwerdeführerin berechtigt, ohne Vorankündigung einen Verzugszins von einem Prozent pro Monat zu verrechnen und zugesagte weitere Lieferungen unter Wahrung aller Rechte von angemessenen Sicherheiten abhängig zu machen.
Mit Schreiben vom 9. September 2009 kündigte die Beschwerdegegnerin den Vertrag fristlos unter Hinweis darauf, dass die Beschwerdeführerin entgegen ihren Versprechungen ihre Zahlungen stets verspätet geleistet habe und die für eine ausstehende Zahlung angesetzte letzte Frist ungenutzt habe verstreichen lassen. Am 17. September und 7. Oktober 2009 gab die Beschwerdeführerin, welche damals mit Zahlungen im Rückstand war, bei der Beschwerdegegnerin zwei weitere Bestellungen auf. Die Beschwerdegegnerin verlangte vor der Ausführung dieser Bestellungen als Sicherheit die Vorauszahlung oder eine Bankgarantie. Die Beschwerdeführerin war nicht bereit, diese Sicherheiten zu leisten.
B. Am 15. Dezember 2009 klagte die Beschwerdegegnerin beim Richteramt Thal-Gäu gegen die Beschwerdeführerin auf Zahlung von Fr. 33'957.60 nebst 12 % Zins seit 1. Juli 2009. Damit verlangte sie den ihr gemäss dem Vertriebsvertrag zustehenden Betrag aus Verkäufen, welche die Beschwerdeführerin getätigt hatte. Diese schloss auf Abweisung der Klage und verlangte widerklageweise Schadenersatz in der Höhe von Fr. 40'585.20 wegen verweigerter Lieferung der am 17. September und 7. Oktober 2009 bestellten Waren. Mit Urteil vom 16. Juni 2011 verpflichtete das Amtsgericht die Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin Fr. 13'157.60 nebst Zins zu 12 % auf Fr. 20'800.-- vom 1. Juli 2009 bis 15. Oktober 2009 zu bezahlen. In Gutheissung der Widerklage verpflichtete es ferner die Beschwerdegegnerin, der Beschwerdeführerin Fr. 40'585.20 nebst 5 % Zins seit 16. Oktober 2009 zu bezahlen. Das Obergericht des Kantons Solothurn hiess mit Urteil vom 9. Januar 2012 eine dagegen von der Beschwerdegegnerin erhobenen Berufung teilweise gut, indem es das erstinstanzliche Urteil aufhob, die Beschwerdeführerin verpflichtete, der Beschwerdegegnerin Fr. 33'957.60 nebst 12 % Zins auf Fr. 20'800.-- seit 1. Juli 2009 zu bezahlen und die Widerklage abwies.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Solothurn vom 9. Januar 2012 aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihr Fr. 27'427.60 (d.h. Fr. 40'585.20 abzüglich eines als geschuldet anerkannten Betrages von Fr. 13'157.60) nebst 5 % Zins seit 6. Oktober 2009 zu bezahlen. Eventuell sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das gleichzeitig gestellte Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung wurde mit Präsidialverfügung vom 24. Februar 2012 abgewiesen. Ebenso wurde das Gesuch der Beschwerdegegnerin um Sicherstellung einer allfälligen Parteientschädigung am 21. März 2012 abgewiesen. In der Sache beantragt die Beschwerdegegnerin, die Beschwerde abzuweisen, während die Vorinstanz auf Stellungnahme verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hat unverlangt eine Replik, die Beschwerdegegnerin eine Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Soweit die Beschwerdeführerin den Sachverhalt ergänzen will, hat sie mit Aktenhinweisen darzulegen, dass entsprechende Sachbehauptungen bereits im vorinstanzlichen Verfahren prozesskonform aufgestellt worden sind (Urteil 4A_682/2011 vom 31. Mai 2012 E. 2.4; vgl. auch <ref-ruling> E. 2a S. 486 mit Hinweisen). Überdies ist in der Beschwerde darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.2).
1.2 Eine Replik kann nicht dazu dienen, die Beschwerdeschrift zu ergänzen oder unzulässige Noven einzureichen. Die entsprechenden Ausführungen der Beschwerdeführerin bleiben ausser Acht.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin erhebt vor Bundesgericht einzig Einwände mit Bezug auf die Berechtigung der Widerklage. Dazu erwog die Vorinstanz, die Beschwerdeführerin sei im Zeitpunkt der Bestellungen vom 17. September und 7. Oktober 2009 mit ihren Zahlungen im Rückstand gewesen, weshalb die Beschwerdegegnerin gemäss Art. 4.4 der anwendbaren Allgemeinen Verkaufsbedingungen weitere Lieferungen von angemessenen Sicherheiten habe abhängig machen dürfen. Inwiefern die von ihr verlangte Vorauszahlung oder Stellung einer Bankgarantie nicht angemessen im Sinne der genannten Bestimmung gewesen sei, habe die Beschwerdeführerin nicht dargetan. Dies sei nicht ersichtlich, zumal auch nach <ref-law> entweder bereits erfüllt haben oder die Erfüllung anbieten müsse, wer bei einem zweiseitigen Vertrag den andern zur Erfüllung anhalten wolle, sofern er nach dem Inhalt oder nach der Natur des Vertrages nicht erst später zu erfüllen habe. Dass die verlangten Sicherheiten vor dem Hintergrund der Wirtschaftskrise der Maschinenindustrie realitätsfremd seien, wie die Beschwerdeführerin vorgebracht hatte, wertete die Vorinstanz als nicht belegte Schutzbehauptung. Da sich die Beschwerdegegnerin grundsätzlich bereit erklärt habe, die beiden Bestellungen auszuführen und vertragsgemäss befugt gewesen sei, die Lieferung von angemessenen Sicherheiten abhängig zu machen, habe sie unabhängig davon, ob die fristlose Kündigung berechtigt gewesen oder in eine ordentliche umzudeuten sei, keine Vertragsverletzung begangen.
2.2 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe verkannt, dass es sich beim Bestand der Wirtschaftskrise der Maschinenindustrie in den Jahren 2009/2010 um eine allgemein bekannte und damit gerichtsnotorische Tatsache handle, welche das Gericht von Amtes wegen zu berücksichtigen habe. Indem die Vorinstanz diesbezüglich eine formelle Beweisführung gefordert habe, habe sie ein bundesrechtswidriges Beweismass angewandt und das Recht auf Beweis gemäss <ref-law> verletzt. Die Wirtschaftskrise und die sich daraus ergebende Unangemessenheit der von der Beschwerdegegnerin geforderten Sicherheit sei für die Anwendung von Ziff. 4.3 (recte 4.4) der "General Conditions of Sale" massgebend, weshalb die Vorinstanz eine rechtserhebliche Tatsache nicht berücksichtigt habe.
2.3 <ref-law> gibt der beweispflichtigen Partei in allen bundesrechtlichen Zivilstreitigkeiten einen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden, wenn ihr Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Rechts entspricht (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299). Offenkundige bzw. notorische Tatsachen müssen im kantonalen Verfahren weder behauptet noch bewiesen werden (<ref-ruling> E. 4.1 S. 89; <ref-ruling> E. 3.4 S. 121) und können im Verfahren vor Bundesgericht von Amtes wegen berücksichtigt werden (<ref-law>; Urteil 4A_412/2011 vom 4. Mai 2012 E. 2.2).
2.4 Ob die Vorinstanz den Bestand der Wirtschaftskrise der Maschinenindustrie als solchen oder vielmehr die Behauptung der Realitätsfremdheit, derartige Sicherheiten in Zeiten der Wirtschaftskrise der Maschinenindustrie einzufordern, als nicht belegte Schutzbehauptung abtat, kann offenbleiben. So oder anders ist die Relevanz der Behauptung, es habe eine Krise in der Maschinenindustrie geherrscht, nicht ersichtlich, weshalb insoweit eine Verletzung von <ref-law> ausscheidet. Dass andere als die verlangten Sicherheiten, etwa Bürgschaften oder Grundpfänder, in Krisenzeiten eher angebracht gewesen wären als die von der Beschwerdegegnerin geforderte Vorauszahlung oder Bankgarantie, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Ihre Berufung auf die Wirtschaftskrise, in welcher es realitätsfremd sei, derartige Sicherheiten zu fordern, ist daher dahin zu verstehen, die Beschwerdeführerin halte die Tatsache, dass in Krisenzeiten überhaupt Sicherheiten verlangt werden, für unangemessen. Dieser Einwand bricht sich indessen an der in Ziffer 4.4 der allgemeinen Verkaufsbedingungen vereinbarten Berechtigung der Beschwerdegegnerin, bei Nichteinhaltung der Zahlungstermine weitere Lieferungen von der Leistung von Sicherheiten abhängig zu machen. Danach war die Beschwerdegegnerin nicht gehalten, die Ausstände unbegrenzt anwachsen zu lassen und damit ein hohes Risiko der Uneinbringlichkeit ihrer Forderung einzugehen. Weshalb in Krisenzeiten, in denen es häufig schwerfällt, die Abnehmer zu veranlassen, die geschuldete Leistung bzw. die Kaufpreiszahlung zeitgerecht zu erbringen, unangemessen sein soll, von weiteren Lieferungen abzusehen, wenn deren Zahlung nicht sichergestellt wird, ist nicht nachvollziehbar. Gerade in Zeiten grosser wirtschaftlicher Unsicherheit erlangte die betreffende Bestimmung besondere Bedeutung und musste der Beschwerdegegnerin gestattet sein, das darin statuierte Recht in Anspruch zu nehmen.
3. 3.1 Soweit die Beschwerdeführerin anführt, sie habe sich "strikte" an die vereinbarten Zahlungsvereinbarungen gehalten", insbesondere an die vereinbarten Zinszahlungen und habe in ihrer E-Mail vom 5. Oktober 2009 vertragsgemässe Zahlungen offeriert, womit sie den Vertrag erfüllt habe, widerspricht sie einerseits der für das Bundesgericht verbindlichen Feststellung der Vorinstanz, wonach die Beschwerdeführerin im relevanten Zeitraum mit ihren Zahlungen im Rückstand war. Andererseits verkennt die Beschwerdeführerin, dass mit einer Zahlungszusicherung die Zahlungspflicht nicht erfüllt wird. Demnach waren die Voraussetzungen gegeben, unter denen die Beschwerdegegnerin berechtigt war, weitere Lieferungen von der Leistung von Sicherheiten abhängig zu machen. Die Vorinstanz hat dies bundesrechtskonform erkannt und insoweit kein Bundesrecht verletzt. Ihrem in diesem Zusammenhang erfolgten Hinweis auf <ref-law> kommt keine selbstständige Bedeutung zu, weshalb auf die dagegen erhobene Rüge nicht einzutreten ist.
3.2 Gleichfalls irrelevant ist unter den gegebenen Umständen, ob die Beschwerdegegnerin im Zeitpunkt ihrer begründeten Lieferungsverweigerung bereits einen anderen Vertriebspartner im Auge hatte, zumal für die Frage der Schadenersatzpflicht der Beschwerdegegnerin die fristlose Kündigung des Vertriebsvertrages, bzw. die Frage, was die Beschwerdegegnerin dazu veranlasst hat, keine Rolle spielt. Auf die diesbezüglichen Vorbringen der Beschwerdeführerin ist daher nicht einzutreten.
3.3 Soweit die Beschwerdeführerin geltend macht, die Vorinstanz habe ausser Acht gelassen, dass die Existenz eines neuen Vertriebsvertrages und nicht die unterlassene Vorauszahlung der wahre Grund für die Leistungsverweigerung der Beschwerdegegnerin gewesen sei, verlangt die Beschwerdeführerin eine Ergänzung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts. Sie zeigt jedoch nicht mit Aktenhinweisen auf, dass sie entsprechende Tatsachenbehauptungen bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat, weshalb auf das Begehren mangels rechtsgenüglicher Begründung nicht einzutreten ist.
4. Aus den dargelegten Gründen erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens wird die Beschwerdeführerin dafür kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 2 und Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Solothurn, Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juli 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Gelzer