Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 6. Mai 1996 sprach die IV-Stelle des Kantons St. Gallen dem 1956 geborenen, als Steinmetz arbeitenden G._ ab 1. März 1996 eine halbe Invalidenrente zu (Invaliditätsgrad 50 %). Im Spital A._ wurde er am 15. März 1999 an der rechten Hand und am 15. Juli 2002 am linken Ellbogen operiert. Bis Juli 2002 übte er die obige Arbeit zu 50 % aus. Seither arbeitet er nicht mehr. Mit Verfügung vom 6. November 2003 sprach ihm die nunmehr zuständige IV-Stelle des Kantons Glarus ab 1. September 2002 eine ganze Invalidenrente zu (Invaliditätsgrad 75 %). Am 3. Juni 2008 leitete sie ein Revisionsverfahren ein und zog diverse Arztberichte sowie ein Gutachten der Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._, Innere Medizin FMH spez. Rheumaerkrankungen, zertifizierte medizinische Gutachterin SIM, vom 21. Mai 2009 bei. Mit Verfügung vom 28. September 2010 hob die IV-Stelle die Invalidenrente auf Ende des der Zustellung folgenden Monats auf.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Glarus mit Entscheid vom 18. Mai 2011 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantona-len Entscheides sei die IV-Stelle zu verpflichten, ihm ab 1. November 2010 weiterhin eine ganze Rente zuzusprechen.
Die IV-Stelle und die Vorinstanz schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Verfahrensausgang entscheidend sein kann (<ref-law>). Dies ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen (nicht publ. E. 1 des Urteils <ref-ruling>, in SVR 2009 IV Nr. 52 S. 161 [8C_763/2008]).
Die gestützt auf medizinische Akten gerichtlich festgestellte Arbeitsfähigkeit bzw. deren Veränderung in einem bestimmten Zeitraum ist Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397). Rechtsfragen sind die unvollständige Feststellung rechtserheblicher Tatsachen sowie die Missachtung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG) und der Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232, 132 V 93 E. 4 S. 99). Die konkrete Beweiswürdigung ist Tatfrage (nicht publ. E. 4.1 des Urteils <ref-ruling>, in SVR 2009 IV Nr. 53 S. 164 [9C_204/2009]; Urteil 8C_304/2011 vom 6. Juli 2011 E. 1).
2. Die Vorinstanz hat die Grundlagen über die Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), die Invalidität (<ref-law>; <ref-law>), den Rentenanspruch (<ref-law>), die Rentenrevision (<ref-law>; Art. 88a Abs. 2, Art. 88bis Abs. 2 lit. a IVV; <ref-ruling> E. 3. S. 132), den Untersuchungsgrundsatz und den Beweiswert ärztlicher Berichte bzw. Gutachten (vgl. E. 1 hievor) sowie den Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125 f.) richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen. Da der Versicherte die Rente bei Inkrafttreten des ATSG am 1. Januar 2003 bereits bezog, sind an sich die davor geltenden Rechtsnormen massgebend (Art. 82 Abs. 1 erster Satz ATSG; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 446), doch zeitigt dies keine Folgen, da das ATSG bezüglich der Invaliditätsbemessung keine Änderungen brachte (<ref-ruling>, 130 V 343 und 393; Urteil 8C_668/2010 vom 15. März 2011 E. 2).
3. Zu prüfen ist, ob sich der Gesundheitszustand und entsprechend die Arbeitsfähigkeit des Versicherten zwischen der Zusprache der ganzen Invalidenrente ab 1. September 2002 (Verfügung vom 6. November 2003) und der Rentenaufhebungsverfügung vom 28. September 2010 anspruchsrelevant verändert hat.
3.1 Die erstgenannte Verfügung stützte sich auf den Bericht der Abklärungs- und Ausbildungsstätte B._ vom 3. Juli 2003. Hierin wurden folgende invalidisierende Diagnosen gestellt: Thoracolumbovertebralsyndrom mit rezidivierenden spondylogenen Schmerzausstrahlungen rechts; chronische Periartropathia humero-scapularis rechts (anamnestisch gelegentlich auch links); Epicondylopathia humeri ulnaris links; leichtgradiges Carpaltunnel-syndrom rechts; Fingerpolyarthrose beidseits rechtsbetont mit Belastungsschmerzen/Funktionseinschränkung. Bei körperlich stärker belastenden Tätigkeiten bestehe keine Arbeitsfähigkeit mehr. Körperlich leichte, feinmotorisch wenig anspruchsvolle Arbeiten mit Gelegenheit zu kurzen Entlastungspausen oder einem etwas verlangsamten Arbeitstempo seien dem Versicherten zu 50 % zumutbar (möglichst ohne wiederholte Armeinsätze über Schulterhöhe; in rückengerechter Körperposition seien leichte Gewichtsbelastungen [möglichst nicht über 15 kg] zumutbar; länger dauerndes oder repetitives Arbeiten in ergonomisch ungünstigen Körperpositionen [z.B. mit stark geneigtem oder rotiertem Oberkörper] und wiederholte grössere manuelle Kraftaufwendungen seien zu vermeiden).
3.2 Die Rentenaufhebungsverfügung vom 28. September 2010 basiert auf dem Gutachten der Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._ vom 21. Mai 2009. Diese stellte keine Diagnose mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit des Versicherten. Ohne Auswirkung auf diese seien ausgedehnte chronische Schmerzen; Panvertebralsyndrom bei DISH (disseminierte idiopathische Skeletthyperosthose) der Brustwirbelsäule (BWS) und degenerativen Veränderungen vor allem der unteren Lendenwirbelsäule (LWS); leichte Fingerpolyarthrosen beidseits; Diabetes mellitus (ED 2005) mit ungenügender Einstellung; Vitamin D-Mangel; Fussmykosen rechts mehr als links. Hinsichtlich der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit führte die Gutachterin unter der Überschrift "Rücken" aus, zu meiden seien Arbeiten mit repetitiven Rotationsbewegungen des Oberkörpers und - ob stehend oder sitzend - das längere Verharren in vornübergeneigter Haltung. Ebenso seien unerwartete, asymmetrische Lasteinwirkungen auszuschliessen. Eher günstig seien wechselbelastende Tätigkeiten. Der Versicherte könne 25 kg heben oder tragen (mittelschweres Belastungsniveau). Tätigkeiten mit diesem Profil könne er zu 100 % ausüben; solche, die ihm nicht entsprächen, könne er nicht ausführen. Weiter legte die Gutachterin dar, in einer adaptierten Tätigkeit sei der Versicherte nie langfristig arbeitsunfähig gewesen. Nicht adaptierte Tätigkeiten könne er ab 17. September 2003 nicht mehr ausüben. In adaptierten Tätigkeiten sei er zu 100 % arbeitsfähig.
4. 4.1 Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, gemäss dem Bericht des Dr. med. N._, Facharzt für Allgemeinmedizin vom 26. September 2008 seien die Schulterschmerzen rechts nicht mehr vordergründig und die Ellbogenbeschwerden nur noch geringfügig vorhanden; bezüglich des Karpaltunnels bestünden keine Einschränkungen mehr. Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._ habe die Schultern am 11. Mai 2009 bildgebend abklären lassen; dies habe an der linken Schulter keinen Befund und an der rechten Schulter eine initiale Schultergelenksarthrose ergeben. Zudem habe sie die rechte Schulter klinisch untersucht. Somit habe sie die Schulterschmerzen rechts im Gutachten vom 21. Mai 2009 berücksichtigt. Während Dr. med. N._ am 26. September 2008 die chronische Periarthropathie als hintergründig bezeichnet habe, habe Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._ sie als chronische Schmerzen eingestuft. Die Arme bzw. Ellbogen habe sie ebenfalls untersucht, wenn auch nicht bildgebend. Es leuchte ein, dass sie an den Armen keine detaillierte Abklärungen mehr vorgenommen habe, da Dr. med. N._ am 26. September 2008 hier nur noch geringe Restbeschwerden beschrieben habe. Den Rücken habe Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._ eingehend untersucht und sei zum Ergebnis gekommen, der Versicherte könne 25 kg heben oder tragen (mittelschweres Belastungsniveau). Die Abklärungs- und Ausbildungsstätte B._ habe ihm dagegen am 3. Juli 2003 noch das Heben und Tragen von 15 kg zugemutet. Das Gutachten der Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._ vom 21. Mai 2009 sei rechtsgenüglich. Aufgrund der Akten sei betreffend die Schultern und Arme eine Verbesserung des Gesundheitszustandes und demzufolge eine Steigerung der Arbeitsfähigkeit eingetreten. Insofern könne offen bleiben, ob hinsichtlich der Rückenbeschwerden eine Verbesserung zu verzeichnen sei oder ob Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._ diesbezüglich lediglich eine unterschiedliche Beurteilung desselben Gesundheitsschadens vorgenommen habe.
4.2 Der Versicherte wendet ein, zwar habe Dr. med. N._ am 26. September 2008 festgehalten, die Schulterbeschwerden seien aktuell eher im Hintergrund. Daraus könne jedoch nicht ohne Weiteres auf eine Verbesserung des Gesundheitszustandes geschlossen werden. Mit den Schulterbeschwerden habe sich Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._ nicht einlässlich und nachvollziehbar auseinandergesetzt. Zwar habe die von ihr veranlasste Röntgenuntersuchung eine Acromioclavialarthrose rechts ergeben. Sie habe es aber unterlassen, anhand dieses Befundes eine Diagnose zu stellen. Zudem habe er bei der Untersuchung Schulterbeschwerden beklagt. Sie habe jedoch zur Schulterproblematik und zu deren Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit nicht Stellung genommen. Dasselbe gelte für die Armbeschwerden, die zumindest bildgebend nicht näher untersucht worden seien. Laut Dr. med. N._ seien von Seiten der Epikondylitiden zwar nur noch geringe Restbeschwerden vorhanden. Hieraus hätte die Vorinstanz aber nicht einfach auf eine Verbesserung des Gesundheitszustandes und der Arbeitsfähigkeit schliessen dürfen. Sie lasse ausser Acht, dass die Rückbildung der Beschwerden auch auf die langjährige Arbeitsabstinenz und die damit verbundene körperliche Schonung zurückgeführt werden könne. Die Abklärungs- und Ausbildungsstätte B._ habe darauf hingewiesen, dass unter Belastung mit einer Zustandsverschlechterung gerechnet werden müsse. Die von der Vorinstanz festgestellte Verbesserung des Gesundheitszustandes finde medizinisch keine Stütze; sie habe aus eigenen Überlegungen Schlussfolgerungen über die Arbeitsfähigkeit gezogen. Weiter enthielten weder das Gutachten vom 21. Mai 2009 noch die übrigen medizinischen Akten Hinweise für eine Verbesserung des Rückenleidens; deshalb hätte die Vorinstanz eine solche verneinen müssen.
5. 5.1 Bei der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit bezog sich Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._ im Gutachten vom 21. Mai 2009 ausdrücklich einzig auf das Rückenleiden des Versicherten. Sie führte aus, in einer adaptierten Tätigkeit sei er nie langfristig arbeitsunfähig gewesen. Diese Einschätzung widerspricht derjenigen der Abklärungs- und Ausbildungsstätte B._ vom 3. Juli 2003, wonach er - unter anderem wegen Rückenbeschwerden - in einer leichten leidensangepassten Tätigkeit zu 50 % arbeitsunfähig war (vgl. E. 3.1 f. hievor). Diesbezüglich hat die Vorinstanz zu Recht erkannt, dass die Voraussetzungen für eine wiedererwägungsweise Aufhebung der Rentenzusprechungsverfügung vom 6. November 2003 nach <ref-law> nicht erfüllt sind, was unbestritten ist. Denn aufgrund der Akten kann nicht gesagt werden, diese Verfügung sei im Lichte der damaligen Sach- und Rechtslage zweifellos unrichtig gewesen (zum Begriff der zweifellosen Unrichtigkeit siehe SVR 2010 IV Nr. 5 S. 10 E. 2.2 [8C_1012/2008]; Urteil 9C_994/2010 vom 12. April 2011 E. 2 und 3.2.1, zitiert in SZS 211 S. 506). Insbesondere kann auch nicht von einer damals klaren Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes ausgegangen werden (vgl. Urteil 8C_27/2011 vom 14. März 2011 E. 4.1). Zudem ist festzuhalten, dass die unterschiedliche Beurteilung eines im Wesentlichen gleich gebliebenen Sachverhalts im revisionsrechtlichen Kontext unbeachtlich ist (nicht publ. E. 3.2 des Urteils <ref-ruling>, veröffentlicht in SVR 2011 IV Nr. 1 S. 1 E. 3.2 [8C_972/2009]).
5.2 Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._ untersuchte zwar im Rahmen der Begutachtung vom 21. Mai 2009 auch die Schultern, Unterarme und Ellbogengelenke des Versicherten. Zu den Schulter- und Armbeschwerden nahm sie jedoch bei der Beurteilung seiner Arbeitsfähigkeit nicht explizit Stellung. Aus ihrem Gutachten geht mithin nicht rechtsgenüglich hervor, ob sie auch bezüglich der Schulter- und Armproblematik annahm, in einer adaptierten Tätigkeit sei der Versicherte nie langfristig arbeitsunfähig gewesen (vgl. E. 3.2 und 5.1 hievor), oder ob sie diesbezüglich von einer Verbesserung der Arbeitsfähigkeit seit der Beurteilung durch die Abklärungs- und Ausbildungsstätte B._ vom 3. Juli 2003 ausging. Angesichts dieser Aktenlage haben IV-Stelle und Vorinstanz den Sachverhalt betreffend die Arbeitsfähigkeit unvollständig festgestellt und den Untersuchungsgrundsatz missachtet, was eine Rechtsverletzung darstellt (vgl. E. 1 hievor). Die Sache ist demnach an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie einen ergänzenden Bericht der Frau Dr. med. und Dr. sc. nat. ETH S._ zur Frage einholt, ob bezüglich der Schulter- und Armproblematik im massgebenden Zeitraum eine Verbesserung der Arbeitsfähigkeit eintrat. Erforderlichenfalls ist eine weitere Begutachtung anzuordnen (vgl. auch Urteil 8C_1021/2010 vom 19. Februar 2011 E. 8). Danach hat die Vorinstanz über die Beschwerde neu zu entscheiden.
6. Erwerblicherseits (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399) ist das vorinstanzlich festgestellte Valideneinkommen des Versicherten unbestritten, womit es sein Bewenden hat. Über sein Invalideneinkommen kann erst nach Klärung der Arbeitsfähigkeit befunden werden.
7. Die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu erneuter Abklärung gilt als vollständiges Obsiegen des Versicherten nach Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG (<ref-ruling> E. 6.1 S. 235; Urteil 8C_82/2011 vom 9. Juni 2011 E. 9).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Glarus vom 18. Mai 2011 aufgehoben und die Sache an dieses zurückgewiesen wird, damit es, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Beschwerde gegen die Verfügung vom 28. September 2010 neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Glarus und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. Oktober 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Jancar