Sachverhalt:
A. A.a Die Gesellschaft X._ AG (Vermieterin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) vermietete Rechtsanwalt A.c._ Büroräumlichkeiten an der Strasse I._ in K._. Der Mietvertrag wurde am 18. Februar 2005 infolge Zahlungsverzugs des Mieters per Ende März 2005 gekündigt.
Am 9. Juni 2005 unterzeichneten Rechtsanwalt A.c._ und seine Ehefrau, A.b._ (Beklagte, Beschwerdeführerin) sowie die Gesellschaft X._ AG einen neuen Mietvertrag für dieselben Büroräumlichkeiten rückwirkend ab dem 1. April 2005.
A.b Am 25. Februar 2008 kündigte die Vermieterin den Mietvertrag vom 9. Juni 2005 auf den 31. März 2008 erneut wegen Zahlungsverzugs.
B. B.a Am 18. Mai 2009 erhob die Vermieterin beim Mietgericht Zürich gegen die Eheleute A._ Klage für ausstehende Leistungen aus dem Mietvertrag. Infolge Hinschieds von Rechtsanwalt A.c._, trennte das Mietgericht die Klage der Klägerin gegen Rechtsanwalt A.c._ vom vorliegenden Prozess gegen die Beklagte ab.
Mit Urteil vom 26. April 2010 wies das Mietgericht die Klage gegen die Beklagte ab. Es erwog im Wesentlichen, dass der Einbezug der Beklagten als solidarisch haftende Mitmieterin in den Mietvertrag vom 9. Juni 2005 einzig zur Absicherung der daraus entstehenden finanziellen Verpflichtungen erfolgte, womit eine formungültige Bürgschaft vorliege. Auf Berufung der Klägerin hin hob das Obergericht des Kantons Zürich am 30. Juli 2010 dieses Urteil auf und wies den Prozess zur Ergänzung des Verfahrens und zu neuem Entscheid an das Mietgericht zurück (Rückweisungsbeschluss). Das Obergericht erwog, dass die Beklagte als Mietpartei für die Verpflichtungen aus dem Mietvertrag hafte und das Vertragsverhältnis demnach nicht als (formungültige) Bürgschaft zu qualifizieren sei. Das Kassationsgericht wies die dagegen erhobene Nichtigkeitsbeschwerde der Beklagten am 11. November 2011 ab, soweit es darauf eintrat.
Das Mietgericht erliess in der Folge den Beweisabnahmebeschluss, nahm hingegen - abgesehen von einer Urkunde - keine der von der Beklagten beantragten Beweise ab. Mit Urteil vom 19. Juli 2012 hiess das Mietgericht die Klage gut und verpflichtete die Beklagte entsprechend, der Klägerin Fr. 57'862.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 1. Oktober 2008 zu bezahlen. Gegen dieses Urteil erhob die Beklagte Berufung an das Obergericht des Kantons Zürich.
B.b Mit Urteil vom 22. Oktober 2012 wies das Obergericht des Kantons Zürich die Berufung ab und bestätigte den Entscheid des Mietgerichts Zürich vom 19. Juli 2012.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht:
"1. Der Rückweisungsbeschluss des Obergerichtes des Kantons Zürich vom 30.7.2010 (...) sei aufzuheben, die Berufung der Klägerin gegen das Urteil des Mietgerichtes Zürich vom 26.4.2010 (...) sei vollumfänglich abzuweisen und der angefochtene Entscheid sei vollumfänglich zu bestätigen, (...);
2. das Urteil des Obergerichtes des Kantons Zürich vom 22.10.2012 (...), sei aufzuheben und die Klage der Klägerin sei in Gutheissung der Berufung der Beklagten gegen das Urteil des Mietgerichtes Zürich vom 19.7.2012 (...) und in Aufhebung desselben, mit Ausnahme von Ziff. 2, sowie in Bestätigung des Urteils des Mietgerichtes Zürich vom 26.4.2010 (...) vollumfänglich abzuweisen, (...);
3. die gesamten Gerichtskosten für das zweite erstinstanzliche Verfahren vor dem Mietgericht Zürich (...) von Fr. 6'000.--, gemäss Ziff. 2 seines Urteils vom 19.7.2012, sowie die Gerichtskosten des ersten Berufungsverfahrens von Fr. 6'000.-- gemäss Ziff. 2 des Rückweisungsbeschlusses des Obergerichtes des Kantons Zürich vom 30.7.2010 (...) und gemäss Ziff. 2 des Urteils des Mietgerichtes Zürich vom 19.7.2012 (...), insgesamt also von Fr. 12'000.-- seien der Klägerin aufzuerlegen;
die Gerichtskosten seien vom Mietgericht Zürich - unter Verrechnung der geleisteten Kostenvorschüsse - von der Klägerin im Umfang von Fr. 200.-- und von der Beklagten im Umfang von Fr. 1'000.-- zu beziehen, wobei die Klägerin der Beklagten den letztgenannten Betrag zu ersetzen habe;
4. die Klägerin sei in Abänderung von Ziff. 4 des Urteils des Mietgerichtes Zürich vom 19.7.2012 (...) zu verpflichten, der Beklagten für das zweite erstinstanzliche Verfahren vor dem Mietgericht Zürich (...), sowie für das erste Berufungsverfahrens gemäss Ziff. 3 des Rückweisungsbeschlusses des Obergerichtes des Kantons Zürich vom 30.7.2010 (...) eine Prozessentschädigung von Fr. 12'000.-- (...) zu bezahlen;
5. in Abänderung von Ziff. 3 des Urteils des Obergerichtes des Kantons Zürich vom 22.10.2012 (...) sei die Entscheidgebühr von Fr. 6'000.-- der Klägerin aufzuerlegen;
der von der Beklagten geleistete Kostenvorschuss von Fr. 6'000.-- sei dieser vom Obergericht des Kantons Zürich zurückzuerstatten; eventualiter sei die Entscheidgebühr - unter Verrechnung des geleisteten Kostenvorschusses - von der Beklagten im Umfang von Fr. 6'000.-- zu beziehen, wobei die Klägerin der Beklagten den letztgenannten Betrag zu ersetzen habe;
6. in Abänderung von Ziff. 4 des Urteils des Obergerichtes des Kantons Zürich vom 22.10.2012 (...) sei die Klägerin zu verpflichten, der Beklagten für das betreffende Berufungsverfahren eine Prozessentschädigung von Fr. 7'700.-- (...) zu bezahlen;
7. alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen (...) zulasten der Klägerin."
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hat unaufgefordert eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Der angefochtene Entscheid des Obergerichtes des Kantons Zürich vom 22. Oktober 2012 ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der für die Beschwerde in Zivilsachen bei vermögensrechtlichen Angelegenheiten erforderliche Streitwert nach <ref-law> ist gegeben. Mitangefochten ist der Rückweisungsbeschluss des Obergerichtes des Kantons Zürich vom 30. Juli 2010, welcher einen Zwischenentscheid darstellt. Dieser Entscheid war nicht direkt angefochten worden und ist damit durch Beschwerde gegen den Endentscheid anfechtbar, auf dessen Inhalt er sich auswirkt (<ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401).
2.2 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>), andernfalls wird darauf nicht eingetreten. Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die Beschwerdeführerin soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.).
Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin in verschiedener Hinsicht. Sie begnügt sich weitgehend damit, ihre Vorbringen die sie in den kantonalen Instanzen vorgebracht hat, in ihrer Beschwerde an das Bundesgericht zu wiederholen bzw. einzukopieren und ihre eigene Würdigung der Sach- und Rechtslage derjenigen der Vorinstanz gegenüberzustellen. Dabei setzt sie sich nicht hinreichend mit dem angefochtenen Entscheid auseinander und verfehlt insoweit die gesetzlichen Begründungsanforderungen.
So beantragt die Beschwerdeführerin in ihren zahlreichen Rechtsbegehren, die Gerichts- und Parteikosten aller kantonalen Verfahren bzw. der beiden Verfahren vor dem Mietgericht und der beiden Verfahren vor dem Obergericht seien neu zu verlegen resp. "umzukehren". Insoweit die Beschwerdeführerin mit diesen Anträgen verlangen wollte, die Kosten der kantonalen Verfahren seien auch bei Abweisung der Beschwerde anders zu verlegen, fehlt jede Begründung (<ref-law>). Auf diese Anträge ist nicht einzutreten.
3. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, die Mitunterzeichnung des Mietvertrages ihres Ehemannes als Mieter mit der Beschwerdegegnerin als Vermieterin sei als (formungültige) Bürgschaft zu qualifizieren.
3.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die von der Vorinstanz vorgenommene Vertragsauslegung verstosse gegen <ref-law>, verletze den Grundsatz der Verhandlungsmaxime und wende den Begriff der Bürgschaft gemäss <ref-law> falsch an.
Dabei macht sie geltend, die Vorinstanz habe verkannt, dass ein übereinstimmender Parteiwille auf Sicherung vorgelegen habe, womit kein Platz für eine Auslegung des Mietvertrages nach dem Vertrauensprinzip bestanden habe. Im Übrigen sei die objektivierte Auslegung des Vertrages durch die Vorinstanz unter Verletzung der Verhandlungsmaxime vorgenommen worden; die Vorinstanz leite ihre "waghalsigen und unzulässigen Schlussfolgerungen aus Spekulationen darüber ab, was sich im Hinterkopf der Klägerin möglicherweise hinsichtlich des Hinterkopfes der Beklagten abgespielt haben möge". Keine Partei habe im Verfahren jemals vorgebracht, dass die Beschwerdeführerin als Mieterin habe auftreten wollen, um die Gewissheit zu haben, dass die Vermieterin nicht alleine ihrem Ehemann gegenüber kündigen oder den Mietzins erhöhen könne.
3.2 Die Vorinstanz hat im Rückweisungsbeschluss vom 30. Juli 2010 festgestellt, dass sich die Beschwerdeführerin dem Wortlaut nach nicht verpflichtet habe, "für die Erfüllung der (Mietzins-) Schuld ihres Ehemannes mit einzustehen", sondern mit der Beschwerdegegnerin als eine von zwei Mietparteien einen Mietvertrag abgeschlossen habe. Das Mietgericht habe zutreffend erwogen, dass ein innerer Wille der Organe der Vermieterin nicht habe bewiesen werden können, womit sich die Beschwerdeführerin nicht auseinandergesetzt habe.
Da kein übereinstimmender tatsächlicher Parteiwille habe festgestellt werden können, sei der Vertrag nach dem Vertrauensgrundsatz auszulegen; die Beschwerdeführerin könne damit ihrer grundsätzlichen Haftung nur entgehen, wenn die Beschwerdegegnerin nach Treu und Glauben erkennen konnte, dass die Beschwerdeführerin in Wahrheit gar keinen Mietvertrag eingehen, sondern lediglich die Pflichten ihres Ehemannes durch ihre Mit-Unterschrift besichern wollte. Dabei sei zwar der Auffassung der Beschwerdeführerin zuzustimmen, dass es für die Beschwerdegegnerin erkennbar war, dass sie ihrem in Schwierigkeiten steckenden Ehemann habe zu Hilfe kommen wollen, damit sei aber aus einer vernünftigen und korrekten Sicht der Vermieterin nicht ausgeschlossen, dass die Beschwerdeführerin gleichwohl Partei des Mietvertrages werden wollte. Als Mieterin bzw. Vertragspartei habe sie die Gewissheit gehabt, dass die Vermieterin nicht alleine ihrem Ehemann gegenüber kündigen oder den Mietzins erhöhen könne. Die Beschwerdeführerin sei somit aus dem Mietvertrag nicht nur berechtigt, sondern auch verpflichtet worden.
3.3 Der Inhalt eines Vertrages bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>). Wenn dieser unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen, die ihnen vorausgegangen und unter denen sie abgegeben worden sind, verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 611; je mit Hinweisen). Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung von Willenserklärungen als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67 mit Hinweisen).
3.4 Insoweit sich die Beschwerdeführerin auf das Vorliegen eines wirklichen übereinstimmenden Parteiwillens auf Abschluss eines reinen Sicherungsgeschäfts bzw. auf Abschluss einer Bürgschaft beruft, gehen ihre Vorbringen ins Leere. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass die Beschwerdeführerin im erstinstanzlichen Verfahren mit den offerierten Beweismitteln einen inneren Willen der Organe der Vermieterin nicht hat beweisen können, womit sich die Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren nicht hinreichend auseinandergesetzt hat. Diese in Beweiswürdigung getroffene tatsächliche Feststellung ist für das Bundesgericht verbindlich. Soweit die Beschwerdeführerin einen solchen inneren Willen in Frage stellt, vermag sie den Begründungsanforderungen offensichtlich nicht zu genügen und macht insbesondere nicht geltend, dass sie vor der Vorinstanz die Feststellungen des Mietgerichts gehörig gerügt hätte.
Mithin hat die Vorinstanz den Mietvertrag zu Recht nach dem Vertrauensprinzip ausgelegt.
3.5 Die Parteien haben unbestrittenermassen am 9. Juni 2005 einen Mietvertrag für Geschäftsräume abgeschlossen, wobei die Beschwerdeführerin neben ihrem Ehemann ausdrücklich als Mieterin aufgeführt wurde und den Vertrag auch als solche unterschrieben hat. Dabei haben die Parteien im Vertrag vereinbart, dass bei mehreren Personen als Mieter, diese für die Verbindlichkeiten aus dem Vertrag solidarisch haften. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz war im Moment der Vertragsunterzeichnung für beide Parteien klar, dass der Beitritt der Beschwerdeführerin in den Vertrag primär eine Hilfe für ihren Ehemann bzw. eine finanzielle Sicherheit für die Beschwerdegegnerin darstellte. Die Beschwerdeführerin wollte mit der Mitunterzeichnung des Vertrages ihrem in Schwierigkeiten steckenden Ehemann Beistand leisten, damit dieser weiterhin in den Mietlokalitäten bleiben konnte, wobei es für die Beschwerdegegnerin grundlegend war, dass sie sich für die Weiterführung bzw. den Neuabschluss des Mietvertrages solventen Vertragspartnern gegenüber sah. Die Vorinstanz hat dabei verbindlich festgestellt, dass diese Handlungsabsicht der Beschwerdeführerin für die Beschwerdegegnerin erkennbar war. Diese durfte demnach, wie die Vorinstanz zu Recht erkannt hat, nach Treu und Glauben davon ausgehen, dass die Beschwerdeführerin mit der (Mit-)Unterzeichnung des Mietvertrages auch wirklich Mietpartei hat werden wollen. Als Vertragspartei erlangte die Beschwerdeführerin eine wesentlich andere rechtliche Stellung und Einflussmöglichkeit, womit sie ihren Handlungszweck, dem Ehegatten die Nutzung der Mieträumlichkeiten zu ermöglichen, erreichen konnte. Wie die Vorinstanz zu Recht erkannt hat, konnte sie als Mietpartei die Gewissheit haben, dass der Vertrag (infolge allfälligem erneutem Zahlungsverzugs) nicht alleine ihrem Ehemann gegenüber gekündigt werden kann.
Insoweit die Beschwerdeführerin dabei vorbringt, die Vorinstanz habe damit den Verhandlungsgrundsatz verletzt, gehen ihre Ausführungen ins Leere.
3.6 Die Verhandlungsmaxime bildete im ersten Verfahren vor der Vorinstanz, auf welches noch das kantonale Prozessrecht anwendbar war (<ref-law>), einen kantonalrechtlichen Grundsatz. Als solchen kann ihn das Bundesgericht nur prüfen, wenn die Verletzung mit einer hinlänglich begründeten Willkürrüge geltend gemacht wird (<ref-ruling> E. 1.2 S. 382 f.).
Nach § 54 Abs. 1 aZPO/ZH ist es Sache der Parteien, dem Gericht das Tatsächliche des Rechtsstreits darzulegen, welches seinem Verfahren nur behauptete Tatsachen zugrunde legt. Aus der Beschwerdebegründung ist nicht zu entnehmen, inwiefern die Vorinstanz diese Bestimmung willkürlich angewendet haben soll. Soweit sich die Beschwerdeführerin darauf beruft, es sei von keiner Partei behauptet worden, ihr sei es bei der Unterzeichnung des Mietvertrages darum gegangen, Adressatin einer allfälligen Kündigung oder einer Mietzinserhöhung zu sein, verkennt sie, dass die Vorinstanz damit keine Feststellung getroffen hat, sondern vielmehr eine rechtliche Schlussfolgerung. Die Verhandlungsmaxime beschlägt aber von vornherein nur die Feststellung des Sachverhalts, weshalb die Rüge ihrer Verletzung in diesem Zusammenhang fehl geht.
3.7 Demnach ist die Beschwerdeführerin aus dem Mietvertrag - wie die Vorinstanz ohne Bundesrechtsverletzung erkannt hat - nicht nur berechtigt, sondern auch verpflichtet worden, womit sie aus dem Mietvertrag haftet. Damit erübrigt es sich auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin einzugehen, wonach das Vertragsverhältnis als Bürgschaft zu qualifizieren sei, da die Beschwerdeführerin am Vertragsschluss kein eigenes Interesse gehabt habe. Wie die Vorinstanz zu Recht festgestellt hat, kommt es für das Zustandekommen eines Mietvertrages nicht darauf an, ob der Mieter beabsichtigt das Objekt selber zu nutzen oder nicht.
4. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. April 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze