Sachverhalt:
A. Der 1952 geborene S._, als Branchensekretär bei der Gewerkschaft U._ tätig und dadurch bei der Helsana Unfall AG (Helsana) obligatorisch gegen Unfallfolgen versichert, verunfallte am 31. August 2007. Beim Aussteigen aus einem Tram klappten dessen Türen plötzlich zu und der Versicherte wurde an der Hand, am Hinterkopf und am im Bereich des Halses eingeklemmt. Der erstbehandelnde Arzt, Dr. med. W._, Pädiatrie FMH, fand eine stark druckschmerzhafte Hals- und Nackenmuskulatur, aber keinen Hinweis auf knöcherne oder intracranielle Verletzungen. Die Helsana anerkannte ihre Leistungspflicht, gewährte Heilbehandlung und richtete Taggeld aus. S._ hatte am 15. Dezember 2000 bei einer Auffahrkollision eine Halswirbelsäulendistorsion erlitten. Die damals zuständige National Versicherung richtete ihm gemäss Verfügung vom 31. Januar 2006 für die verbleibende schmerzbedingte Funktionseinschränkung der Halswirbelsäule sowie für schmerzbedingte neuropsychologische Störungen eine Integritätsentschädigung für eine entsprechende Einbusse von 10 % aus.
Mit Verfügung vom 12. Oktober 2010 teilte die Helsana dem Versicherten mit, die Leistungen würden auf den 31. Oktober 2010 eingestellt, da ein Gutachten der A._ am Spital X._ vom 11. Mai 2010 gezeigt habe, dass das Ereignis zwar eine vorübergehende Verschlimmerung eines Vorzustandes bewirkte, der Status quo sine aber spätestens zum Zeitpunkt der Untersuchung erreicht sei. Daran hielt die Helsana auf Einsprache des Versicherten hin fest (Entscheid vom 25. Februar 2011).
B. Die von S._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 2. November 2011 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, der kantonale Entscheid sei aufzuheben und es seien ihm über den 31. Oktober 2010 hinaus Versicherungsleistungen in Form einer Invalidenrente von 20 % und einer Integritätsentschädigung von mindestens 20 % auszurichten.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist die Leistungspflicht der Unfallversicherung für die ab 1. November 2010 anhaltend geklagten Beschwerden.
3. Das kantonale Gericht hat die Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181, 123 V 43 E. 2a S. 45, je mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt für die Ausführungen zum Wegfall des ursächlichen Zusammenhangs und damit des Leistungsanspruchs der versicherten Person bei Erreichen des status quo sine vel ante (SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9, 8C_354/2007 E. 2.2 mit Hinweisen), zu dem im Sozialversicherungsrecht bei der Beantwortung von Tatfragen üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 1c S. 160 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
Wie die Vorinstanz überdies zutreffend festhält, gilt: Ist die Unfallkausalität einmal mit der erforderlichen Wahrscheinlichkeit nachgewiesen, entfällt die deswegen anerkannte Leistungspflicht des Unfallversicherers erst, wenn der Unfall nicht die natürliche und adäquate Ursache des Gesundheitsschadens darstellt, wenn also Letzterer nur noch und ausschliesslich auf unfallfremden Ursachen beruht. Dies trifft dann zu, wenn entweder der (krankhafte) Gesundheitszustand, wie er unmittelbar vor dem Unfall bestanden hat (status quo ante) oder aber derjenige Zustand, wie er sich nach dem schicksalsmässigen Verlauf eines krankhaften Vorzustandes auch ohne Unfall früher oder später eingestellt hätte (status quo sine), erreicht ist. Ebenso wie der leistungsbegründende natürliche Kausalzusammenhang muss das Dahinfallen jeder kausalen Bedeutung von unfallbedingten Ursachen eines Gesundheitsschadens mit dem im Sozialversicherungsrecht allgemein üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sein. Die blosse Möglichkeit nunmehr gänzlich fehlender ursächlicher Auswirkungen des Unfalls genügt nicht. Da es sich hierbei um eine anspruchsaufhebende Tatfrage handelt, liegt die entsprechende Beweislast - anders als bei der Frage, ob ein leistungsbegründender natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist - nicht beim Versicherten, sondern beim Unfallversicherer. Diese Beweisgrundsätze gelten sowohl im Grundfall als auch bei Rückfällen und Spätfolgen und sind für sämtliche Leistungsarten massgebend (SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9, 8C_354/2007 E. 2.2 mit Hinweisen).
4. Die Vorinstanz ist, namentlich gestützt auf das Gutachten der A._ vom 11. Mai 2010 - welches die von der Rechtsprechung an derartige Expertisen gestellte Anforderungen erfülle und vollen Beweiswert geniesse - zum Ergebnis gelangt, für die Beschwerden ab dem 1. November 2010 bestehe mangels natürlichen Kausalzusammenhangs zum Unfall vom 31. August 2007 kein Leistungsanspruch mehr. Dies gelte unbesehen davon, dass die vom Beschwerdeführer nach wie vor geklagten nuchalen (Nacken-)Schmerzen wie auch die chronischen okzip-parietalen Kopfschmerzen organischer Natur seien. Diese seien nicht vom Unfall verursacht. Wann genau der status quo sine eingetreten sei, lasse sich in der Rückschau nicht genau terminieren. Deshalb setzten die Experten diesen Zeitpunkt spätestens auf jenen des Gutachtens, mithin auf den 11. Mai 2010 fest. Die danach geklagten Beschwerden sind laut angefochtenem Entscheid nicht mehr auf das versicherte Ereignis zurückzuführen.
5. In der Beschwerde wird insbesondere eingewendet, die Gutachter der A._ stützten ihre Schlussfolgerungen darauf, dass es sich beim Vorfall vom 31. August 2007 um ein "langsames, Weichteil quetschendes Ereignis" gehandelt habe, welches weder ein Beschleunigungstrauma noch eine äquivalente Verletzung dieser Art darstelle. Der genaue Unfallmechanismus sei aber gar nie abgeklärt worden. Dadurch, dass sowohl die Unfallversicherung als auch die Vorinstanz trotz gegenteiligem Antrag davon abgesehen hätten, ein unfalldynamisches/biomechanisches Gutachten in Auftrag zu geben, hätten sie die Abklärungspflicht verletzt. Das "ruckartige temporeiche Zuklemmen der Türen" habe zu körperlichen Beeinträchtigungen geführt. Strittig sei einzig, ob die durch das Gutachten nachgewiesene Instabilität im Segment C 4/5 auf das Unfallereignis zurückzuführen sei, was Versicherer und Vorinstanz aufgrund des Gutachtens der A._ verneint hätten. Diese Beurteilung beruhe indessen auf dem nicht geklärten Unfallmechanismus, weshalb ein unfalldynamisches/biomechanisches Gutachten unerlässlich sei.
6. 6.1 Aus den in der Beschwerde angeführten haftpflichtrechtlichen Urteilen kann keineswegs gefolgert werden, dass für die Abklärung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwingend ein unfalldynamisches/ biomechanisches Gutachten erforderlich ist. Im Urteil 4A_540/2010 vom 8. Februar 2011 E. 1.3 wird vielmehr ausgeführt, dass entsprechende Gutachten zulässig sind, um die natürliche Kausalität zu belegen oder zu verneinen; ein solches also mitberücksichtigt werden darf. Für den vorinstanzlichen Entscheid, dass auf die Einholung eines entsprechenden Gutachtens in antizipierter Beweiswürdigung verzichtet werden kann, spricht indessen, dass die Gutachter der A._ entgegen der Darstellung in der Beschwerde ihre Schlussfolgerungen keineswegs hauptsächlich auf den Unfallhergang beziehungsweise -mechanismus stützten. Auch stellt der Beschwerdeführer die Ausführungen in der Expertise verkürzt und damit unrichtig dar, wenn er vorbringt, strittig sei einzig, ob die segmentale Instabilität der Halswirbelsäule (C 4/5) auf das Unfallereignis zurückzuführen sei.
Inwiefern ein biomechanisches Gutachten über den Druck der zwei Tramtüren auf den Körper des Beschwerdeführers einen massgeblichen Einfluss auf die Beurteilung der natürlichen Kausalität zwischen den von den Experten erhobenen Befunden und dem Unfall haben könnten, ist nicht ersichtlich. Die ersten Arztzeugnisse zeigen, dass sich der Beschwerdeführer keine äusseren Verletzungen wie Hämatome oder ähnliches zugezogen hat, was gegen die Darstellung einer plötzlichen heftigen Quetschung spricht. Ebensowenig gab es Hinweise für knöcherne oder intracranielle Verletzungen. Hingegen zeigte bereits ein MRI vom 4. September 2007 - also unmittelbar nach dem Unfall - progrediente degenerative Veränderungen mit Protrusionen in den Segmenten C 5/6 und C 6/7. Die Vorinstanz durfte daher zu Recht folgern, es sei angesichts der sich stellenden Fragen unerheblich, wie gross der Türdruck tatsächlich gewesen sei, weshalb dieser auch nicht abgeklärt werden müsse. Insbesondere ist auch ohne weiteres Gutachten evident, dass durch das Einklemmen von Hals und Hinterkopf kein HWS-Beschleunigungstrauma oder eine äquivalente Verletzung herbeigeführt werden konnte, zeichnet sich letzteres doch durch ein freies Schwingen des Kopfes aus. Dies wurde durch das Festklemmen in der Türe aber gerade verhindert.
6.2 Die Schlussfolgerung im angefochtenen Entscheid beruht auf der tatsächlichen Feststellung, dass es aufgrund der Erkenntnisse im Gutachten der A._ keine Hinweise für eine irgendwie geartete strukturelle Verletzung der HWS durch den Unfall vom 31. August 2007 gibt. Hingegen beschreiben die Gutachter mehrsegmentale deutliche degenerative HWS-Veränderungen. Im Bereich C 4/5 bestehe eine Anterolisthesis um 3 mm, zusätzlich lägen im Bereich von C 5/6 und C 6/7 mediane Bandscheibenprotrusionen vor. Die Befunde würden ihr klinisches Korrelat in einer leichten Inklinationshaltung des Kopfes und einer Steifhaltung des Kopfes beim Hinsetzen und Aufstehen finden. Damit ist der Darstellung in der Beschwerde, wonach die gutachterliche Schlussfolgerung der Experten der A._, dass das versicherte Ereignis, ohne dokumentierte unfallbedingte Organläsionen, nur eine vorübergehende Exacerbation der vorbestehenden Schmerzen zur Folge hatte, "einzig aufgrund des nicht geklärten Sachverhalts hinsichtlich des Unfallmechanismus" zustande kam, widerlegt. Wie im angefochtenen Entscheid ausführlich dargelegt wird, ist anhand der Krankengeschichte eindeutig dokumentiert, dass die degenerativen Veränderungen schon vor dem versicherten Unfall vorhanden waren. Damit konnte die Vorinstanz die festgestellten organischen Veränderungen an der HWS ohne weitere Abklärungen als unfallfremd qualifizieren. Schliesslich kann der Beschwerdeführer auch aus dem Umstand, dass die Gutachter den Zeitpunkt des Erreichens des status quo sine nicht genau datieren können, nichts zu seinen Gunsten ableiten. Dieser war spätestens im Untersuchungszeitpunkt erreicht, sodass die Leistungseinstellung auf den 31. Oktober 2010 nicht verfrüht war.
7. Der Beschwerdeführer bringt weiter vor, er leide auch an kognitiven Beeinträchtigungen, die auf den Unfall zurückzuführen seien.
7.1 Aus neurologischer Sicht steht fest, dass es im Rahmen des Unfallereignisses vom 31. August 2007 nicht zu einer milden traumatischen Hirnverletzung gekommen ist und auch keine Anhaltspunkte für eine organische Hirnläsion bestanden. Andererseits wurde dem Beschwerdeführer für die schmerzbedingte Funktionseinschränkung der HWS und die schmerzbedingten neuropsychologischen Störungen als Folge des ersten Unfalls im Jahre 2000 von der damals zuständigen Unfallversicherung eine Integritätsentschädigung zugesprochen. Diese wird definitionsgemäss für "dauernde erhebliche Schädigungen" (<ref-law>) ausgerichtet. Dass sich die im Gutachten der A._ diagnostizierte "minimale bis leichte neuropsychologische Störung" gegenüber dem Vorzustand überhaupt verschlimmert hat, ist nicht belegt. Ohnehin könnte eine Verschlimmerung wegen fehlender direkter oder indirekter Hirnverletzung durch den Unfall nur schmerzbedingt sein. Die glaubhaft geltend gemachten Schmerzen sind aber wie in Erwägung 6 bereits ausgeführt, nicht auf Folgen des Unfalls von 2007, sondern auf degenerative Veränderungen zurückzuführen.
7.2 Zusammenfassend wurde mit dem umfassenden und nachvollziehbaren Gutachten vom 11. Mai 2010 klar belegt, dass die geltend gemachte gesundheitliche Beeinträchtigung nachweislich organischer Natur ist, dass diese aufgrund der dokumentierten Schädigung zum Unfallzeitpunkt nicht auf das Ereignis zurückgeführt werden kann, dass indessen eindeutige degenerative Veränderungen im Bereiche der Halswirbelsäule vorliegen, und dass diese wiederum nicht durch den Unfall entstanden sein können, weil diese - in Ansätzen - schon Jahre vor dem hier relevanten Ereignis dokumentiert waren. Das wiederholte Vorbringen, der Beschwerdeführer habe am 31. August 2007 eine "HWS-Schleudertrauma äquivalente" Verletzung und ein mildes Schädel-Hirntrauma erlitten, ändert nichts an der Tatsache, dass diese Behauptung in den Akten keinerlei Grundlage findet, weshalb sich weitere Ausführungen dazu erübrigen. Die Helsana hat ihre Leistungen zu Recht eingestellt.
8. Die Kosten des Verfahrens sind vom unterliegenden Beschwerdeführer zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. Mai 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer