Baubewilligung und Befehl, hat sich ergeben:
A.- Die Baukommission Meilen verweigerte S._ am 23. Februar 1999 die nachträgliche baurechtliche Bewilligung für die Aufmauerung der bestehenden Gartenmauer auf die Höhe von rund 2,20 m entlang der Südgrenze (A.-weg) und entlang eines Teils der Westgrenze (B._) des Grundstücks Kat. Nr. 3251 an der B._ in Meilen. Gleichzeitig setzte die Baukommission unter Androhung der Ersatzvornahme eine Frist von 90 Tagen ab Zustellung ihres Entscheids an, um die erstellte Erhöhung wieder abzubrechen. Die Kommission kam zum Schluss, dass die Mauer (im Bereich der Einmündung der Strasse B._ in den A.-weg) auf der Kurveninnenseite liege, dort die Sichtverhältnisse beeinträchtige und schon aus Gründen der Verkehrssicherheit nicht bewilligungsfähig sei. Sodann erwog sie, dass die ohne Bewilligung erstellte Mauer weder im Einzelnen noch als Anlage im Zusammenhang mit der näheren oder entfernteren Umgebung den ästhetischen und gestalterischen Anforderungen von § 238 Abs. 1 des Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG) zu genügen vermöge, dies auch dann nicht, wenn sie nachträglich mit einem Verputz versehen würde. Sie bilde einen stossenden Gegensatz zu den die Umgebung prägenden Merkmalen. Da sich die Mauerkrone leicht ins Strassengebiet neige, sprächen auch die Eigentumsrechte der privaten Strasseneigentümer gegen die Erteilung der Baubewilligung.
B.- Die Baurekurskommission II des Kantons Zürich wies am 21. September 1999 einen gegen die Verweigerung der nachträglichen Baubewilligung und den Beseitigungsbefehl erhobenen Rekurs ab. Das hiergegen angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die entsprechende Beschwerde am 9. März 2000 ab.
C.- Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid führt S._ mit Eingabe vom 25. Mai 2000 staatsrechtliche Beschwerde an das Bundesgericht. Sie rügt eine Verletzung der Menschenwürde (<ref-law>) und sinngemäss eine Missachtung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) und auf ein unparteiisches Gericht (<ref-law>). Sie beantragt implizit Aufhebung des angefochtenen Entscheides und Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an das Verwaltungsgericht.
D.- Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt. Auf die staatsrechtliche Beschwerde ist daher einzutreten.
2.- a) Die Beschwerdeführerin beanstandet, dass das Verwaltungsgericht "die Glaubwürdigkeit der Parteien ungleich behandelt" habe. Es habe tatsachenwidrige Massangaben und Zeichnungen der Gegenpartei als unparteilich und wahr angenommen und Gegenbeweise ohne Überprüfung als nicht zutreffend behandelt. Der Beweis, dass die strittige Mauer nicht 69 m, sondern nur 52 m lang sei, sei einfach ignoriert worden. Ein Augenschein und eine Überprüfung vor Ort seien abgelehnt worden. Die Beschwerdeführerin sieht sich deshalb in ihrer Menschenwürde verletzt. Ausserdem führt sie aus, das Verwaltungsgericht habe den Antrag auf Bestellung eines Gutachters, welcher auf Grund seiner fachlichen Fähigkeiten die Angaben der Baukommission hätte überprüfen können, zu Unrecht abgelehnt.
Die Vorbringen der Beschwerdeführerin richten sich im Wesentlichen gegen die Beweiserhebung und -würdigung des Verwaltungsgerichts. Gerügt wird implizit eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>).
b) Der Umfang des in <ref-law> gewährleisteten Gehörsanspruchs bestimmt sich zunächst nach den kantonalen Verfahrensvorschriften, deren Auslegung und Handhabung das Bundesgericht unter dem Gesichtswinkel der Willkür prüft. Überdies greifen die unmittelbar aus der BV folgenden bundesrechtlichen Minimalgarantien Platz; ob diese verletzt sind, beurteilt das Bundesgericht mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 2a S. 22, 15 E. 2a S. 16 mit Hinweisen).
Da im vorliegenden Fall nicht die Verletzung kantonaler Vorschriften gerügt wird, ist einzig zu prüfen, ob die unmittelbar aus dem Verfassungsrecht fliessenden Minimalgarantien verletzt sind.
Der verfassungsrechtliche Gehörsanspruch gibt dem Betroffenen als persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht das Recht, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheides zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen. Dem Mitwirkungsrecht entspricht die Pflicht der Behörde, die Argumente und Verfahrensanträge der Partei entgegenzunehmen und zu prüfen sowie die ihr rechtzeitig und formrichtig angebotenen erheblichen Beweismittel abzunehmen (<ref-ruling> E. 2 S. 242 mit Hinweisen). Der Anspruch auf rechtliches Gehör trägt dem Gedanken der von der Beschwerdeführerin angerufenen Menschenwürde Rechnung, indem er sicherstellt, dass der betroffene Einzelne in einem administrativen oder gerichtlichen Verfahren nicht nur als Objekt, sondern auch als Subjekt ernst genommen wird. Es soll nicht einfach über ihn "verfügt" werden. Er ist vielmehr in den ihn betreffenden Entscheidprozess einzubeziehen mit der Möglichkeit, seine Sicht, Argumente und Widersprüche anmelden zu können (vgl.
Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3. Aufl. , Bern 1999, S. 510).
Der Anspruch auf rechtliches Gehör gewährt allerdings kein unbeschränktes Recht auf Abnahme von Beweisen.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kann der Richter ein Beweisverfahren schliessen, wenn die Beweisanträge eine nicht erhebliche Tatsache betreffen oder offensichtlich untauglich sind oder wenn er auf Grund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde. Das Bundesgericht greift auf staatsrechtliche Beschwerde hin nur ein, wenn die Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offenkundigen Versehen beruht oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 4a S. 211 mit weiteren Hinweisen).
c) Das Verwaltungsgericht erachtete einen weiteren Augenschein als nicht erforderlich, da sich der Sachverhalt mit hinreichender Deutlichkeit aus den bei den Akten liegenden Fotografien, dem Katasterplan und den Ergebnissen des von der Baurekurskommission II durchgeführten Augenscheins ergebe. Das Gericht würdigte eingehend diese Beweismittel und kam zum Schluss, die Auffassung der Baukommission Meilen und der Baurekurskommission II, dass sich die streitige Mauer nicht befriedigend in die bauliche und landschaftliche Umgebung einordne und damit § 238 Abs. 1 PBG verletzte, stütze sich auf vertretbare Gründe. Diese Beweiswürdigung ist namentlich angesichts der umfassenden fotografischen Dokumentation der umstrittenen Mauer nicht zu beanstanden.
Das Verwaltungsgericht durfte ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen, dass seine Überzeugung durch einen weiteren Augenschein nicht geändert würde. Die Beschwerdeführerin bringt in diesem Zusammenhang zwar vor, die Fotografien seien von der Gegenpartei gemacht und darauf sei nur festgehalten worden, was für diese von Vorteil sei. Dadurch sei die Unparteilichkeit nicht gewahrt worden. Die bei den Akten liegenden Fotografien zeigen die Mauer von allen Seiten. Es ist nicht anzunehmen, dass sich dem Verwaltungsgericht bei einem Augenschein vor Ort ein völlig anderes Bild präsentiert hätte. Ein Teil der Fotografien stammt zudem von der Baurekurskommission II, die in ihrer rechtsprechenden Tätigkeit unabhängig ist (vgl. § 336 Abs. 1 des Gesetzes über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht vom 7. September 1975). Zwar trifft es zu, dass eine Beweiswürdigung willkürlich ist, welche einseitig einzelne Beweise berücksichtigt (vgl. <ref-ruling> E. 1b S. 30). Davon kann hier jedoch keine Rede sein. Willkür ist jedenfalls nicht schon dann zu bejahen, wenn die vom Richter gezogenen Schlüsse nicht mit der Darstellung der Beschwerdeführerin übereinstimmen (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 88).
Das Verwaltungsgericht lehnte den Antrag auf Einholung eines Sachverständigen-Gutachtens mit der Begründung ab, die Baurekurskommissionen seien Fachgremien, die ohne weiteres in der Lage seien, über die streitige Frage zu befinden.
Diese Begründung ist einleuchtend, jedenfalls nicht offensichtlich unhaltbar. Das Verwaltungsgericht durfte auch hier ohne Willkür annehmen, dass seine Überzeugung durch den Beizug eines Gutachters nicht geändert würde.
Die Beschwerdeführerin erhoffte sich von einem zusätzlichen Augenschein offenbar auch eine Richtigstellung der Tatsache, dass die Mauer, wie von ihr behauptet, bloss 52 bzw. 54 m und nicht, wie von der Baukommission Meilen und der Baurekurskommission festgestellt, 69 m lang sei. Nach Ansicht der Beschwerdeführerin stützte sich das Verwaltungsgericht bei der Sachverhaltsfeststellung auf parteiisch angefertigte Zeichnungen und auf tatsachenwidrige Massangaben der Baukommission und verzichtete in voreingenommener Weise auf die Überprüfung der als unwahr gerügten Tatsachen vor Ort. Das Verwaltungsgericht übernahm die Feststellung der Bau- und der Baurekurskommission, dass die Mauer 69 m lang sei, nicht einfach unbesehen. Es stützte sich auf die von der Beschwerdeführerin unterzeichneten 2 Exemplare der Katasterkopie im Massstab 1:500, welche dem Baugesuch beilagen.
Wie das Gericht zutreffend ausführte, ist darauf der aufgestockte Mauerbereich rot eingezeichnet. Aufgrund dieser Katasterkopie beträgt die Länge der Mauer tatsächlich ziemlich genau 69 m. Dass es sich bei der Katasterkopie und der darauf rot eingezeichneten Mauer um eine parteiisch angefertigte Zeichnung handeln soll, überzeugt nicht, namentlich da die Beschwerdeführerin die Pläne selber unterzeichnet hat.
Die Feststellung des Verwaltungsgerichts bezüglich der Länge der Mauer ist nicht offensichtlich unhaltbar. Ausserdem ist fraglich, ob es für die Beurteilung der Einordnung der Mauer in die bauliche und landschaftliche Umgebung überhaupt wesentlich ist, ob die Mauer 52 oder 69 m lang ist. Der Anspruch auf Abnahme von Beweisen bezieht sich nur auf erhebliche Tatsachen.
Zusammenfassend ist festzuhalten, dass das Verwaltungsgericht durch die Ablehnung der Anträge auf Augenschein und Einholung eines Sachverständigen-Gutachtens den Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> und damit auch die Menschenwürde nicht verletzt hat.
3.- a) Die Beschwerdeführerin beanstandet auch, dass gewisse Äusserungen der Baukommission tendenziös seien. Der Ausdruck "Die Berliner Mauer kommt nicht nach Meilen" und "wenn wir das Ihnen genehmigen, dann kommen andere auch" lasse nicht auf Objektivität vertrauen. Schliesslich stösst sich die Beschwerdeführerin daran, dass das Verwaltungsgericht in seinem Urteil ausführt, die bisher unverputzte Mauer gleiche eher einer Gefängnismauer. Dies sei im Zusammenhang damit, dass sich in unmittelbarer Nähe (ungefähr 80 m) die Gefängnismauern des Bezirksgefängnisses Meilen befänden, von besonderer Pikanterie. Diese Mauern seien deutlich über 2,20 m hoch.
b) Die Baurekurskommission führte am 17. August 1999 einen Referentenaugenschein auf dem Grundstück der Beschwerdeführerin durch. Gemäss dem entsprechenden Protokoll äusserte sich der anwesende Präsident der Baukommission als Vertreter der Gemeinde wie folgt:
"Es gehe beim vorliegenden Fall auch um die präjudizielle
Wirkung. Ganz Meilen wisse, dass die Mauer
ohne Baubewilligung erstellt worden sei. Die Baukommission
habe einen schweren Stand, wenn der
Mauerbau nicht sanktioniert werde. Die Bauherrschaft
habe aber ein Recht auf eine Mauer. Wie
diese im Konkreten auszusehen habe, könne in Ruhe
besprochen werden. Es gehe aber nicht an, dass
einfach eine Mauer aufgestellt werde, wie dies in
Berlin geschehen sei.. "
Der Hinweis auf Berlin ist sachlich nicht gerechtfertigt.
Er weckt Assoziationen hinsichtlich der Geschichte Deutschlands, die mit dem konkreten Mauerbau nichts zu tun haben. Es ist verständlich, dass sich die Beschwerdeführerin, die von Berlin in die Schweiz gezogen ist, durch diese Bemerkung verletzt fühlt. Es wäre an sich Sache des Referenten der Baurekurskommission gewesen, sich im Rahmen einer korrekten Verfahrensleitung davon zu distanzieren. Auf der anderen Seite kommt in der Äusserung des Präsidenten das Anliegen der Baukommission zum Ausdruck, das Baugesetz rechtsgleich anzuwenden. Es wird ausdrücklich festgehalten, dass die Beschwerdeführerin ein Recht auf eine Mauer habe und Dialogbereitschaft bezüglich der konkreten Ausgestaltung signalisiert. Auch wenn der Vergleich mit der Berliner Mauer verfehlt ist, kann aus der Äusserung in ihrem Gesamtkontext gesehen nicht nachträglich der Schluss gezogen werden, die Baukommission habe parteiisch entschieden. Ebenso wenig kann aus der fehlenden Distanzierung des Referenten von der Bemerkung auf Parteilichkeit der Baurekurskommission geschlossen werden. Eine Verletzung des Anspruchs auf ein unparteiisches Gericht (<ref-law>) bzw. auf eine unparteiische Verwaltungsbehörde (<ref-law>) liegt nicht vor. Es ist auch fraglich, ob die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht überhaupt noch eine Verletzung des Anspruchs auf ein verfassungsmässiges Gericht geltend machen kann, nachdem sie nicht unmittelbar im Anschluss an den Augenschein einen Antrag auf Ablehnung des Referenten gestellt hat (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 123).
Inwiefern das Verwaltungsgericht mit seiner Feststellung, die umstrittene Mauer erinnere mindestens in ihrem heutigen Zustand eher an eine Gefängnismauer, die Verfassung verletzt haben soll, ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht dargelegt. Das Verwaltungsgericht stützte seine Einschätzung auf die bei den Akten liegenden Fotografien. Es war zum Schluss gekommen, die Mauer wirke massig, auffällig und überhöht, dies unabhängig davon, ob sie verputzt werde.
4.- Die Rüge der Beschwerdeführerin, sie sei bezüglich Einhaltung der Fristen nicht gleich behandelt worden wie die Baukommission, ist offensichtlich unbegründet. Das Verwaltungsgericht beachtete in seinem Urteil die um einen Tag verspätete Beschwerdeantwort der Baukommission gar nicht (vgl. Ziff. 1 des verwaltungsgerichtlichen Entscheides).
5.- Die staatsrechtliche Beschwerde erweist sich in allen Punkten als unbegründet und ist daher abzuweisen. Bei diesem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Ihr ist auch keine Parteientschädigung auszurichten (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtskosten in der Höhe von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Baukommission Meilen und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 24. Januar 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: