Sachverhalt:
A. Aufgrund eines Hinweises der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend SUVA) über mögliche Unregelmässigkeiten ihres Angestellten Y._ eröffnete die Bundesanwaltschaft ein Verfahren wegen Verdachts auf passive Bestechung. Y._ war in der Zeit vom 1. April 2002 bis 18. April 2006 bei der SUVA im Bereich Portfoliomanagement als sogenannter "Recovery-Manager" angestellt; zunächst als Kreditsachbearbeiter, vom 1. April 2003 bis 1. Mai 2005 als Teamleiter und anschliessend wieder als Kreditsachbearbeiter. Seine Aufgabe bestand darin, im Rahmen der ihm zustehenden Kreditlimiten Hypothekarkredite an juristische und natürliche Personen zu gewähren bzw. Anträge zur Kreditvergabe an die nächst höhere Kompetenzstufe zu stellen sowie notleidende Kredite zu erkennen, zu überwachen und abzulösen (Recovery-Funktion).
Gemäss Anklage erwarb Y._ am 4. Dezember 2003 die Aktien der damaligen A._ AG (später umfirmiert in B._ AG) für einen Buchwert von Fr. 6'500.--. Da das nominale und vollständig liberierte Aktienkapital Fr. 100'000.-- betrug, habe er diese Gesellschaft unter Vermittlung von C._ "geschenkt" erhalten. Weitere nicht gebührende Vorteile seien darin zu erblicken, dass Y._ für die B._ AG ohne Einsatz eigener Mittel zwei Liegenschaften in Tafers und Givisiez zu einem unter dem vermuteten Marktwert liegenden Preis habe erwerben können.
B. Das Bundesstrafgericht sprach Y._ am 30. November 2010 von den Anklagevorwürfen des Sich bestechen Lassens (<ref-law>), der Vorteilsannahme (<ref-law>), der ungetreuen Amtsführung (<ref-law>) und der ungetreuen Geschäftsbesorgung (<ref-law>) frei.
C. Die Bundesanwaltschaft erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt sinngemäss, den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 30. November 2010 bezüglich der Freisprüche von den Anklagevorwürfen des Sich bestechen Lassens und der Vorteilsannahme aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an dieses zurückzuweisen. Eventualiter sei die Sache durch das Bundesgericht selber zu entscheiden. Y._ sei unter Kosten- und Entschädigungsfolge schuldig zu sprechen des Sich bestechen Lassens, eventualiter der Vorteilsannahme, und entsprechend zu bestrafen. Ferner sei die Beschlagnahme der Vermögenswerte weiterhin aufrecht zu erhalten.
D. Das Bundesstrafgericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Y._ beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Er sei in Bestätigung des vorinstanzlichen Entscheids unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten des Staates freizusprechen. Ausserdem sei die bestehende Beschlagnahme von Bankkonten aufzuheben.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt und damit Bundesrecht verletzt zu haben.
C._ habe dem Beschwerdegegner einen Aktienmantel der A._ AG beschafft. Einen solchen Mantel zu suchen, zu finden und zu erwerben hätte finanzielle Aufwendungen und Zeitinvestment bedingt. C._ habe ausserdem unentgeltlich die Umfirmierung der A._ AG in die B._ AG organisiert. Weiter habe sich dieser vom Beschwerdegegner eine Generalvollmacht geben und den Liegenschaftskomplex in Givisiez ins Eigentum der B._ AG überführen lassen. Der Beschwerdegegner habe sich hierbei um nichts kümmern müssen. C._ habe die gesamten Verkaufsverhandlungen für die Liegenschaften in Givisiez und Tafers und die damit verbundenen Aufwendungen gratis geleistet. Die zwei Rechnungen vom 28. Dezember 2004 im Betrag von insgesamt Fr. 50'000.--, die er im Namen seiner beiden Unternehmen D._ AG und E._ AG für die B._ AG habe ausstellen lassen, seien nie bezahlt worden. Die eine Firma habe die Rechnung nicht verbucht, während die andere Firma im Zeitpunkt der Rechnungsstellung noch gar nicht existiert habe. Der Rechnungsbetrag sei auf ein fiktives, weil effektiv nie gewährtes Darlehen im Umfang von Fr. 100'000.-- der B._ AG an C._ angerechnet worden. Später habe der Beschwerdegegner eingeräumt, die Verbuchung dieses Darlehens sei ein Irrtum gewesen. Er selber und nicht C._ schulde der B._ AG Fr. 100'000.--. Schliesslich habe C._ dem Beschwerdegegner zusätzliche unentgeltliche Dienste erwiesen, indem er ihm bzw. der B._ AG ein Firmendomizil, einen Buchhalter und eine Revisionsstelle organisiert habe. Insgesamt liege der nicht gebührende Vorteil in den erbrachten geldwerten Leistungen im Zusammenhang mit der Schaffung und Erstellung der Funktionsfähigkeit der B._ AG (Beschwerde, S. 4 f. und S. 7 ff.).
1.2 Die Vorinstanz begründet zunächst ausführlich, weshalb es in Bezug auf den Liegenschaftserwerb in Tafers und Givisiez an einem wirtschaftlichen und immateriellen Vorteil zugunsten der B._ AG bzw. des Beschwerdegegners gemangelt habe (angefochtenes Urteil, S. 11 ff.). Die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten unentgeltlichen Vorteile, die dem Beschwerdegegner zugekommen sein sollen, verneint die Vorinstanz. Die Liegenschaftsverwaltung sei durch die F._ AG erfolgt, welche mit C._ nicht verbunden gewesen und von der B._ AG hierfür entschädigt worden sei. Für die Domizilkosten, die Aufwendungen der beteiligten Notare und die Verwaltung der Liegenschaften durch zwei aussenstehende Personen sei die B._ AG selber aufgekommen. C._ sei für seinen Einsatz mit Fr. 50'000.-- über zwei ihm nahe stehende Unternehmen und für die Liegenschaftsvermittlung von der Maklerin mit Fr. 30'000.-- entschädigt worden. Die Liegenschaften seien von den Tochtergesellschaften einer Grossbank und einer Pensionskasse verkauft worden, auf die C._ keinen Einfluss gehabt habe. C._ habe sich von der B._ AG für seine Vermittlungstätigkeit honorieren lassen. Ebenso erhielt er von der F._ AG ein Erfolgshonorar. Es fehle daher am Austauschverhältnis zwischen dem amtlichen Handeln des Beschwerdegegners und dem C._ zugekommenen Vorteil. Zudem sei nicht nachgewiesen, dass C._ einen entscheidenden Einfluss auf die Verkäuferinnen der Liegenschaften gehabt habe (angefochtenes Urteil, S. 15 ff.).
1.3 Wer als Mitglied einer richterlichen oder anderen Behörde, als Beamter, als amtlich bestellter Sachverständiger, Übersetzer oder Dolmetscher oder als Schiedsrichter im Zusammenhang mit seiner amtlichen Tätigkeit für eine pflichtwidrige oder eine im Ermessen stehende Handlung oder Unterlassung für sich oder einen Dritten einen nicht gebührenden Vorteil fordert, sich versprechen lässt oder annimmt, wird mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe bestraft (<ref-law>).
1.4 Umstritten ist, ob C._ für die Liegenschaftsvermittlung und seine übrigen Bemühungen tatsächlich mit Fr. 50'000.-- über zwei ihm nahe stehende Unternehmen entschädigt worden ist.
Dem Sachgericht steht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zu (<ref-ruling> E. 4b). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht diesen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (<ref-ruling> E. 2.1; zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 2.4 mit Hinweisen). Inwiefern das Gericht sein Ermessen im dargelegten Sinn missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 1.3).
1.5 Die Beschwerdeführerin vermag keine Willkür an der vorinstanzlichen Tatsachenfeststellung darzutun. Die Vorinstanz begründet ausführlich, dass der Beschwerdegegner im Rahmen der inkriminierten Handlungen keinen nicht gebührenden Vorteil gefordert oder erhalten hat. Sie zeigt die mit den Liegenschaften in Givisiez und Tafers zusammenhängenden Kosten auf und ordnet diese den verschiedenen Kostenträgern nachvollziehbar zu. Die Firmen E._ AG und D._ AG, an welche die Fr. 50'000.-- Entschädigung für C._ zu zahlen waren, existierten entgegen den Ausführungen der Beschwerdegegnerin im damaligen Zeitpunkt. Die D._ AG verlegte zwar erst einige Monate nach der Rechnungsstellung ihren Sitz in den Kanton Freiburg, wurde aber schon einige Jahre vorher gegründet (Beschwerdeantwort Beschwerdegegner, S. 7 mit Hinweis auf die entsprechenden Handelsregisterauszüge).
Dass die fraglichen Rechnungen gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen in Form der teilweisen Tilgung eines Darlehens zwischen der B._ AG und C._ bezahlt wurden, ist nicht zu beanstanden. Daran ändert die spätere Erkenntnis nichts, dass im Rahmen des Erwerbs der B._ AG der Beschwerdegegner statt C._ Darlehensnehmer war (act. 13 00 484 der Vorakten). Es ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht geltend gemacht, dass die Beteiligten im Zeitpunkt der teilweisen Darlehenstilgung von den korrekten vertraglichen Verhältnissen in Bezug auf das Darlehen gewusst haben. Das subjektive Merkmal des Bestechungstatbestandes - die Absicht der Nichtentschädigung von C._ - ist daher nicht erfüllt.
Die weiteren von der Beschwerdeführerin aufgeworfenen formellen Ungereimtheiten der Rechnungsstellung (Beschwerde, S. 7 ff.) genügen für die Annahme von Willkür nicht. Die Vorinstanz verletzt kein Bundesrecht, indem sie die Art. 322quater (Sich bestechen lassen) und Art. 322sexies (Vorteilsannahme) als nicht erfüllt betrachtet. Bei diesem Verfahrensausgang ist auf den Antrag, die Beschlagnahme der Vermögenswerte weiterhin aufrecht zu erhalten, nicht weiter einzugehen.
2. Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Der anwaltlich vertretene Beschwerdegegner obsiegt mit seinem Antrag auf Abweisung der Beschwerde, weshalb ihm die schweizerische Eidgenossenschaft eine angemessene Entschädigung auszurichten hat (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat dem Beschwerdegegner eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Mai 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Keller