Sachverhalt:
A. U._, geboren 1994, erlitt am 30. Dezember 2009 bei einem Skiunfall eine Paraplegie sub Th2, initial komplett, im Verlauf inkomplett. Seit dem Unfalltag bis am 21. Mai 2010 war er zur Rehabilitation im Paraplegikerzentrum X._ hospitalisiert. Mit Schreiben vom 1. März 2011 meldete die Innova Krankenversicherung AG U._, welcher bei ihr für Krankenpflege versichert ist, bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Am 7. Juni 2011 bestätigte die Mutter von U._ das Gesuch um Übernahme medizinischer Massnahmen durch die Invalidenversicherung. Mit Verfügung vom 22. Dezember 2011 lehnte die IV-Stelle des Kantons Thurgau das Gesuch um Kostengutsprache für medizinische Massnahmen ab. Zur Begründung führte sie aus, die Lähmungen von U._ seien regredient und bei Austritt aus dem Paraplegikerzentrum habe er sich wieder selbstständig ohne Rollstuhl fortbewegen können. Damit habe eine Leidensbehandlung vorgelegen, für welche die Invalidenversicherung nicht aufzukommen habe.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde, mit welcher die Innova Krankenversicherung AG die Übernahme des Rehabilitationsaufenthalts von U._ im Paraplegikerzentrum X._ als medizinische Massnahme der Invalidenversicherung beantragt hatte, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 28. März 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erneuert die Innova Krankenversicherung AG den Antrag auf Übernahme der Kosten des Aufenthalts von U._ im Paraplegikerzentrum X._ vom 30. Dezember 2009 bis 21. Mai 2010 als medizinische Massnahme durch die Invalidenversicherung.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, lässt sich die Mutter des Versicherten nicht vernehmen. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Versicherte haben bis zum vollendeten 20. Altersjahr Anspruch auf medizinische Massnahmen, die nicht auf die Behandlung des Leidens an sich, sondern unmittelbar auf die Eingliederung ins Erwerbsleben oder in den Aufgabenbereich gerichtet und geeignet sind, die Erwerbsfähigkeit oder die Fähigkeit, sich im Aufgabenbereich zu betätigen, dauernd und wesentlich zu verbessern oder vor wesentlicher Beeinträchtigung zu bewahren (<ref-law>). Anspruch auf Übernahme medizinischer Massnahmen durch die Invalidenversicherung besteht, wenn durch die entsprechende Vorkehr stabile oder wenigstens relativ stabilisierte Folgezustände von Geburtsgebrechen, Krankheit oder Unfall - im Einzelnen: Beeinträchtigungen der Körperbewegung, der Sinneswahrnehmung oder der Kontaktfähigkeit - behoben oder gemildert werden, um die Erwerbsfähigkeit dauernd und wesentlich zu verbessern oder vor wesentlicher Beeinträchtigung zu bewahren (<ref-ruling> E. 3a S. 279 mit Hinweisen). Als medizinische Massnahmen im Sinne von <ref-law> gelten nach <ref-law> namentlich chirurgische, physiotherapeutische und psychotherapeutische Vorkehren, die nach bewährter Erkenntnis der medizinischen Wissenschaft angezeigt sein müssen und den Eingliederungserfolg in einfacher und zweckmässiger Weise anstreben (<ref-law>).
Nach der zu <ref-law> (in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung) ergangenen Rechtsprechung galt Folgendes: Vom strikten Erfordernis der Korrektur stabiler Funktionsausfälle oder Defekte ist im Fall von Minderjährigen gegebenenfalls abzusehen. Hier können medizinische Vorkehren schon dann überwiegend der beruflichen Eingliederung dienen und trotz des einstweilen noch labilen Charakters des Leidens von der Invalidenversicherung übernommen werden, wenn ohne diese Vorkehren eine Heilung mit Defekt oder ein anderer stabilisierter Zustand einträte, welcher die Berufsbildung oder die Erwerbsfähigkeit voraussichtlich beeinträchtigen würde. Die entsprechenden Kosten werden bei Minderjährigen also von der Invalidenversicherung getragen, wenn das Leiden mit hinreichender Wahrscheinlichkeit zu einem schwer korrigierbaren, die spätere Ausbildung und Erwerbsfähigkeit erheblich behindernden stabilen pathologischen Zustand führen würde (<ref-ruling> E. 4.2 S. 21 mit Hinweisen).
1.2 An dieser für jugendliche Versicherte geltenden Rechtsprechung ist auch in Anwendung der seit 1. Januar 2008 gültigen Fassung von <ref-law> festzuhalten. Der am 12. Januar 1994 geborene Versicherte vollendete im Zeitraum, als er im Paraplegikerzentrum X._ hospitalisiert war, sein 16. Altersjahr, womit die zitierte Rechtsprechung anwendbar ist.
2. Die Vorinstanz hat den Leistungsanspruch des Versicherten unter dem Gesichtswinkel von <ref-law> geprüft, ohne der vorstehend zitierten Rechtsprechung für Minderjährige Rechnung zu tragen. Weil die unmittelbar nach dem Skiunfall vom 30. Dezember 2009 komplette Paraplegie sub Th2 sich in den folgenden Monaten besserte und der Versicherte bis zum Ende der Hospitalisation (21. Mai 2010) wieder normal gehen lernte, nahm das kantonale Gericht an, es liege eine regrediente Lähmung vor. Deren Behandlung sei als Leidensbehandlung zu qualifizieren; diese falle nicht in den Anwendungsbereich von <ref-law>.
3. 3.1 Dieser Auffassung kann mit Blick auf die vorstehenden Erwägungen (E. 1 hievor) nicht beigepflichtet werden. Im Paraplegikerzentrum X._ unterzog sich der Versicherte einer komplexen stationären, interdisziplinären Rehabilitation mit Physiotherapie, Ergotherapie und aktivierender Pflege (Bericht der Oberärztin Frau Dr. med. S._ vom 30. März 2010). Es handelt sich dabei um stationär durchgeführte medizinische Massnahmen nach <ref-law>, welche von der Invalidenversicherung gestützt auf <ref-law> zu übernehmen sind. Obwohl die Lähmungen sich zurückbildeten, kann nicht auf labiles pathologisches Geschehen geschlossen werden. Aufgrund einer prognostischen Beurteilung, wie sie bei der Prüfung des Anspruchs auf medizinische Eingliederungsmassnahmen vorzunehmen ist (SVR 2011 IV Nr. 5 S. 15 mit Hinweis), kann der Erfolg der Behandlung mit Wiedergewinnung der Gehfähigkeit nach anfänglicher Lähmung innerhalb einer Behandlungsdauer von rund fünf Monaten nicht berücksichtigt werden. Vielmehr ist aufgrund der ursprünglichen Diagnose (initial komplette Paraplegie sub Th2) von einem stabilen Funktionsausfall oder zumindest davon auszugehen, dass ohne die medizinischen Massnahmen eine Heilung mit Defekt eintreten würde, welche die geplante Berufsbildung mit Antritt einer Lehrstelle als Fachangestellter Gesundheit am Spital Y._ voraussichtlich beeinträchtigen würde. Die während des stationären Aufenthalts im Paraplegikerzentrum X._ durchgeführten Therapien waren im Sinne der Rechtsprechung auf eine dauernde und wesentliche Verbesserung der Berufs-, Ausbildungs- und Erwerbfähigkeit gerichtet. Ohne diese Massnahmen wäre eine Heilung mit Defekt oder ein anderer stabilisierter Zustand eingetreten, wodurch das berufliche Fortkommen des Versicherten wahrscheinlich behindert worden wäre. Blosse Leidensbehandlung, für welche die Krankenversicherung aufkommen müsste, liegt entgegen der Ansicht des kantonalen Gerichts nicht vor.
3.2 Die Vorinstanz hat die zum Anspruch minderjähriger Versicherter auf medizinische Eingliederungsmassnahmen nach <ref-law> ergangene Rechtsprechung mit den dabei geltenden abweichenden Voraussetzungen nicht angewendet, weshalb der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzt (<ref-law>).
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden IV-Stelle aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 28. März 2012 aufgehoben. Die Beschwerdegegnerin wird verpflichtet, die Kosten des Aufenthalts von U._ im Paraplegikerzentrum X._ zu übernehmen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau zurückgewiesen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, U._, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. November 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Widmer