Sachverhalt:
A. Die X._ Holding AG (Beschwerdeführerin) schloss mit A._ (Beschwerdegegner) am 11. Dezember 2008 einen als "Geschäftsführervertrag" bezeichneten Arbeitsvertrag für eine feste Laufzeit von zwei Jahren. Er regelt die Bedingungen, unter denen der Beschwerdegegner ab dem 1. Januar 2009 in die Geschäftsführung der X._ Holding AG eintrat. Mit Schreiben vom 21. Juli 2009 kündigte die X._ Holding AG dieses Arbeitsverhältnis fristlos. Der Beschwerdegegner protestierte und bestritt das Vorliegen eines wichtigen Grundes.
B. Am 11. November 2009 klagte der Beschwerdegegner beim Zivilgericht des Seebezirks Lohn- und Spesenausstände, den künftigen Lohn bis 31. Dezember 2010, eine Entschädigung von EUR 11'666.70 sowie ein Arbeitszeugnis ein. Die Beschwerdeführerin forderte vom Beschwerdegegner widerklageweise einen Fr. 30'000.-- übersteigenden, gerichtlich zu bestimmenden Betrag. Mit Verfügung vom 19. Mai 2010 stellte der Präsident des Zivilgerichts fest, dass die Beschwerdeführerin den verlangten Kostenvorschuss nicht bezahlt hatte, und trat auf die Widerklage nicht ein. Das Zivilgericht hiess die Klage am 2. Juli 2010 teilweise gut. Es verpflichtete die Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner den Lohn für die Zeit vom 1. Juli 2009 bis zum 15. August 2009 in der Höhe von EUR 17'500.05 brutto nebst Zins von 5 % seit dem 15. August 2009 und den Lohn für die Zeit vom 16. August 2009 bis zum 30. Juni 2010 in der Höhe von EUR 122'500.35 brutto nebst Zins zu 5 % seit dem 8. Februar 2010, ferner die Spesen von EUR 14'821.88 nebst Zins zu 5 % seit dem 15. August 2009 sowie eine Entschädigung von EUR 11'666.70 brutto zu bezahlen. Ausserdem nahm das Zivilgericht Vormerk vom Nachklagevorbehalt des Beschwerdegegners für Forderungen aus dem Arbeitsverhältnis für die Zeit nach dem 30. Juni 2010. Ferner wurde die Beschwerdeführerin zur Rechenschaftslegung über die von ihr gegenüber den Sozialversicherungen (UVG) und der Steuerbehörde für den Beschwerdegegner angemeldeten, abgerechneten und bezahlten Beträge und zur Ausstellung eines Arbeitszeugnisses verpflichtet.
Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Berufung an das Kantonsgericht Freiburg und beantragte, die Klage ausser in den Punkten betreffend Spesen, Abrechnung Sozialversicherungen/Steuern und Arbeitszeugnis abzuweisen. Der Beschwerdegegner beantragte, die Berufung abzuweisen, das Urteil des Zivilgerichts zu bestätigen und in dessen Ziffer 3 von Amtes wegen einen (Ab)Rechnungsfehler zu korrigieren.
Am 25. Februar 2011 wies das Kantonsgericht die Berufung ab, soweit es darauf eintrat. In Korrektur eines Rechnungsfehlers änderte es Ziffer 3 des Urteils des Zivilgerichts von Amtes wegen wie folgt:
"3. Die Beklagte wird verpflichtet, dem Kläger den Lohn für die Zeit vom 16. August 2009 bis zum 30. Juni 2010 in der Höhe von Euro 105'626.55 brutto nebst Zins zu 5 % seit dem 8. Februar 2010 zu bezahlen."
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil der Vorinstanz aufzuheben und die Klage (soweit weitergehend als Ziffer 1.5 und Ziffer 1.6 [d.h. Rechenschaftsablage betreffend Sozialversicherungsbeiträge und Steuern, Ausstellung eines Arbeitszeugnisses]) abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Mit Präsidialverfügung vom 5. September 2011 wurde ein Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Kantonsgerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz im Sinne von Art. 75 Abs. 1 und 2 BGG. Sodann übersteigt der Streitwert von EUR 149'615.18 die Grenze nach <ref-law>. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Nach <ref-law> kann der Arbeitgeber wie der Arbeitnehmer das Arbeitsverhältnis aus wichtigen Gründen jederzeit fristlos auflösen. Als wichtiger Grund gilt jeder Umstand, bei dessen Vorhandensein dem Kündigenden nach Treu und Glauben die Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses nicht mehr zugemutet werden darf (Abs. 2). Über das Vorhandensein solcher Umstände entscheidet das Gericht nach seinem Ermessen (<ref-law>). Derartige Ermessensentscheide überprüft das Bundesgericht an sich frei. Es übt dabei aber Zurückhaltung und schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die hätten beachtet werden müssen. Es greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 32, 213 E. 3.1 S. 220).
Nach der Rechtsprechung zu <ref-law> ist eine fristlose Entlassung nur bei besonders schweren Verfehlungen des Arbeitnehmers gerechtfertigt. Diese müssen einerseits objektiv geeignet sein, die für das Arbeitsverhältnis wesentliche Vertrauensgrundlage zu zerstören oder zumindest so tiefgreifend zu erschüttern, dass dem Arbeitgeber die Fortsetzung des Vertrags nicht mehr zuzumuten ist, und anderseits auch tatsächlich zu einer derartigen Zerstörung oder Erschütterung des gegenseitigen Vertrauens geführt haben (<ref-ruling> E. 4.1 S. 31, 213 E. 3.1 S. 220 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 382 mit Hinweisen). Die Treuepflicht des Arbeitnehmers (<ref-law>) gilt für leitende Angestellte in erhöhtem Masse, weshalb eine Verletzung dieser Pflicht durch solche Angestellte schwerer wiegt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 31; <ref-ruling> E. 1 S. 29 f. mit Hinweisen). Ob die dem Arbeitnehmer vorgeworfene Pflichtverletzung die erforderliche Schwere erreicht, lässt sich nicht allgemein sagen, sondern hängt von den konkreten Umständen des Einzelfalles ab (<ref-ruling> E. 1a S. 155; <ref-ruling> E. 6a S. 150).
3. Vorliegend war zu prüfen, ob die im Kündigungsschreiben vom 21. Juli 2009 vorgebrachten Gründe die fristlose Entlassung zu rechtfertigen vermochten.
3.1 Die von der Beschwerdeführerin in der Klageantwort und an der erstinstanzlichen Gerichtsverhandlung genannten weiteren Gründe konnten nicht berücksichtigt werden, weil die Beschwerdeführerin nach dem vorliegend noch anwendbaren freiburgischen Zivilprozessrecht infolge nicht fristgerechter Bezahlung des Kostenvorschusses nicht befugt war, den durch die klägerischen Tatsachenbehauptungen begrenzten Streitgegenstand durch neue Tatsachenbehauptungen auszudehnen und hierzu Beweisanträge zu stellen; eine willkürliche Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts rügt die Beschwerdeführerin insoweit nicht.
Dementsprechend lehnte das Zivilgericht die Anhörung der Zeugen B. Y._ und C._ ab, welche die Beschwerdeführerin zum im Kündigungsschreiben vom 19. Juli 2009 nicht erwähnten Vorwurf angerufen hatte, der Beschwerdegegner habe der Firma Y._ Insiderinformationen weitergegeben. Dieses Vorgehen des Zivilgerichts wurde von der Vorinstanz für richtig beurteilt und nicht beanstandet. Die Beschwerdeführerin rügt die Ablehnung der beantragten Zeugenbefragung indes als Verletzung des rechtlichen Gehörs. Zu Unrecht. Sie brachte diese Beweisanträge nicht prozesskonform ein, sondern war mit ihnen zufolge ihrer Säumnis ausgeschlossen. Die Nichtabnahme dieser Beweisanträge stellt daher keine Verletzung des Gehörsanspruchs dar (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188).
Das Zivilgericht prüfte den Vorwurf der Weitergabe von Internas zu finanziellen Belangen trotzdem und verwarf ihn schliesslich. Es hielt es nicht einmal für erwiesen, dass der Beschwerdegegner Einblick in die finanziellen Verhältnisse der Beschwerdeführerin gehabt habe. Auch begründete es eingehend, weshalb es nicht ungewöhnlich gewesen sei, dass der Beschwerdegegner noch Kontakt zu der Firma Y._ gehabt habe. Darin liege jedenfalls kein wichtiger Grund für eine fristlose Kündigung. Die Vorinstanz sah keinen Anlass für eine andere Beurteilung, zumal sich die Beschwerdeführerin mit der Begründung des Zivilgerichts nicht auseinandergesetzt habe und ihre Ausführungen den Anforderungen an die Begründung einer Berufung nach dem Zivilprozessrecht des Kantons Freiburg nicht genügten.
Die Beschwerdeführerin widerspricht dem und zitiert Ausführungen in ihrer Berufungsbegründung. Die Lektüre derselben bestätigt indessen die Beurteilung der Vorinstanz, dass sich die Beschwerdeführerin über weite Strecken damit begnügte, ihre Sicht der Dinge erneut vorzutragen, nicht aber konkret auf die zivilgerichtliche Begründung einging. Es kann der Vorinstanz daher nicht vorgeworfen werden, sich mit diesen Ausführungen in der Berufungsbegründung nicht näher auseinandergesetzt zu haben. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt auch in dieser Hinsicht nicht vor.
Nicht zu helfen vermögen der Beschwerdeführerin ihre Erörterungen, mit denen sie darauf beharrt, dass der Beschwerdegegner interne Informationen an B. Y._ weitergegeben habe und dass darin ein wichtiger Grund für eine fristlose Kündigung liege. Dieser Vorwurf ist laut Zivilgericht, dessen Würdigung die Vorinstanz nicht beanstandete, nicht erstellt und die Beschwerdeführerin vermag diese Feststellung nicht als willkürlich auszuweisen. Ist der Vorwurf aber nicht erstellt, muss auch nicht geprüft werden, ob darin ein wichtiger Grund im Sinne von <ref-law> zu erblicken wäre. Schliesslich ist nochmals zu erwähnen, dass der Vorwurf bereits aus prozessualen Gründen ohnehin nicht berücksichtigt werden konnte.
3.2 Zum im Kündigungsschreiben genannten Hauptvorwurf, nämlich der Äusserung des Beschwerdegegners, er werde das von ihm entwickelte Z._-System so oder so weiterverfolgen, ob mit oder ohne die Beschwerdeführerin, hielt das Zivilgericht fest, es könne offen bleiben, ob die Organe der Beschwerdeführerin diese (unbestrittene) Aussage ihres Geschäftsführers tatsächlich oder willentlich falsch verstanden hätten, um eine fristlose Kündigung aussprechen zu können. Der Beschwerdegegner habe dem Zivilgericht erläutert, wie diese Aussage zu verstehen sei, nämlich dass er das Konzept Z._ im alten oder im neuen System durchziehen werde, aber jedenfalls mit der Beschwerdeführerin. Bei dieser Interpretation sei kein Grund erkennbar, der eine fristlose Kündigung rechtfertigen würde. Umso weniger, als es der Beschwerdeführerin ohne weiteres möglich und zumutbar gewesen wäre, beim Beschwerdegegner nachzufragen, wie die an der Besprechung vom 17. Juli 2009 gemachte Äusserung zu verstehen sei. Gemäss der Vorinstanz ist dieser Schluss nicht zu beanstanden.
Die Beschwerdeführerin kann dieser Argumentation nicht folgen. Es sei unbestritten, dass der Beschwerdegegner als CEO sich gegenüber dem Verwaltungsrat dahingehend geäussert habe, er werde das Konzept Z._ mit oder ohne die Beschwerdeführerin weiterverfolgen. Die Beschwerdeführerin habe somit - insbesondere auch unter Berücksichtigung der ihr zugetragenen Information, dass der Beschwerdegegner Internas an B. Y._ weitergegeben habe - die Loyalität des Beschwerdegegners in Zweifel ziehen müssen. Da der Beschwerdegegner CEO gewesen sei, handle es sich um einen wichtigen Grund im Sinne von <ref-law>, und es habe ihr nicht zugemutet werden können, das Arbeitsverhältnis fortzusetzen. Indem die Vorinstanz dies verneine, verletze sie Bundesrecht.
Diese Vorbringen erheischen keine andere Beurteilung. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz erläuterte der Beschwerdegegner die beanstandete Äusserung an der erstinstanzlichen Sitzung dahingehend, dass er das Konzept Z._ im alten oder im neuen System durchziehen wollte, aber jedenfalls mit der Beschwerdeführerin. Die Äusserung war demnach nicht in dem Sinn gemeint, dass der Beschwerdegegner das Konzept Z._ unter Umständen auch losgelöst von der Beschwerdeführerin realisieren wollte. Zwar trifft es zu, dass der Wortlaut der Äusserung dieses Verständnis nicht nahelegt. Es kann der Vorinstanz aber beigepflichtet werden, wenn sie der Beschwerdeführerin zumutete, zuerst beim Beschwerdegegner nachzufragen, wie er seine Aussage meine, anstatt wegen dieser aus dem Zusammenhang gerissenen Äusserung ohne weiteres eine fristlose Kündigung auszusprechen. Nach ihren Ausführungen in der Beschwerde sollen der Beschwerdeführerin denn auch nicht allein schon wegen dieser Äusserung Zweifel an der Loyalität des Beschwerdegegners gekommen sein, sondern insbesondere auch unter Berücksichtigung der ihr zugetragenen Information, dass der Beschwerdegegner Internas an B. Y._ weitergegeben habe. Letzterer Umstand hat sich aber nicht erwiesen und ist im von der Vorinstanz verbindlich erhobenen Sachverhalt (<ref-law>) nicht festgestellt. Er kann daher nicht berücksichtigt werden. Wenn die Vorinstanz die betreffende Äusserung nicht als wichtigen Grund für eine fristlose Kündigung qualifizierte, ist dies bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Das Bundesgericht sieht keinen Anlass, in das Ermessen der Vorinstanz einzugreifen (vgl. Erwägung 2).
4. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, I. Zivilappellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Oktober 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer