Sachverhalt:
A. C.X._ betreibt seit 1979 in A._ die Einzelfirma "X._ Umwelttechnik" (zum Teil auch als "X._ Ladeneinrichtungen" bezeichnet), die sich mit der Planung, Lieferung und Aufstellung von Ladenregalen und dergleichen befasst. Das Geschäft entwickelte sich in den Jahren vor 2000 folgendermassen:
Geschäftsjahr
Umsatz
Betriebsergebnis
Gewinn/Verlust
1988/89
Fr. 445'401
Fr. 134'324
Fr. 86'273
1989/90
Fr. 515'339
Fr. 146'213
Fr. 93'323
1990/91
Fr. 480'802
Fr. 86'746
Fr. 44'017
1991/92
Fr. 353'256
Fr. 92'857
Fr. 39'684
1992/93
Fr. 193'885
Fr. 39'936
- Fr. 13'496
1993/94
Fr. 238'638
Fr. 57'816
Fr. 6'298
1994/95
Fr. 192'356
Fr. 82'887
Fr. 50'159
1995/96
Fr. 106'316
- Fr. 4'692
- Fr. 65'404
1996/97
Fr. 197'725
Fr. 63'490
Fr. 77'323
1997/98
Fr. 166'591
Fr. 22'420
- Fr. 17'400
1998/99
Fr. 213'885
Fr. 57'698
Fr. 45'656
1.3.1999-
31.12.2000
Fr. 770'429
Fr. 224'936
Fr. 200'917
Umrechnung auf 12 Monate
Fr. 420'234
Fr. 122'692
Fr. 109'921
Der im verlängerten Rechnungsjahr 1999/2000 erhöhte Umsatz beruhte im Wesentlichen darauf, dass C.X._ für zahlreiche Z._-Filialen Ladeneinrichtungen oder Teile davon liefern konnte. Das Z._-Geschäft machte rund Fr. 550'000.--, entsprechend rund 71 % des Gesamtumsatzes, aus.
B. Die Steuerkommission A._ beurteilte den mit dem Z._-Geschäft erzielten Gewinn aufgrund seiner Einmaligkeit und Höhe als ausserordentliches, der gesonderten Jahressteuer unterliegendes Einkommen, das sie wie folgt berechnete:
Umsatz Z._ Fr. 549'568
./. Aufwand Z._ Fr. 352'625 Fr. 196'943
./. anteilige Gemeinkosten (71 % der
gesamten Betriebs-/Bürokosten ohne AHV) - Fr. 52'988
ausserordentlicher Gewinn vor AHV Fr. 143'955
./. AHV 9,78 % - Fr. 14'079
Ausserordentlicher Gewinn 2000 Fr. 129'876
Dementsprechend veranlagte die Steuerkommission C. und D.X_ für das Jahr 2000 zu einer gesonderten Jahressteuer auf einem steuerbaren Einkommen von Fr. 129'800.--. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 15. Juni 2005 fest. Die dagegen erhobenen Rechtsmittel wurden vom Steuerrekursgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 24. Januar 2007 und vom Verwaltungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 23. August 2007 abgewiesen.
C. Gegen diesen Entscheid haben C. und D.X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben mit dem Antrag, er sei aufzuheben und das Verfahren zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen; ferner sei festzustellen, dass die Sonderjahressteuer lediglich auf dem aus der Änderung der Verbuchungsmethode resultierenden Einkommen geschuldet sei.
Das kantonale Steueramt und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen die Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht auf Vernehmlassung verzichtet hat.

Erwägungen:
1. Die Eingabe richtet sich gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Eine Ausnahme gemäss <ref-law> liegt nicht vor. Die Beschwerde ist daher grundsätzlich zulässig. Auf das Feststellungsbegehren kann jedoch nicht eingetreten werden; über die Steuerpflicht der Beschwerdeführer kann ein Leistungsentscheid gefällt werden, weshalb kein schutzwürdiges Interesse an der verlangten Feststellung besteht (vgl. statt vieler <ref-ruling> E. 2c S. 303 f. mit Hinweisen).
2. Der Kanton Aargau hat mit dem Inkrafttreten des Steuergesetzes vom 15. Dezember 1998 (StG/AG) per 1. Januar 2001 vom System der zweijährigen Veranlagung mit Vergangenheitsbemessung zu demjenigen mit einjähriger Gegenwartsbesteuerung gewechselt. Gemäss § 263 StG werden die Einkommens- und Vermögenssteuern für die Steuerperiode 2001 nach neuem Recht erhoben (Abs. 1). Einer gesonderten Jahressteuer für das Steuerjahr, in dem sie zugeflossen sind, unterliegen die ausserordentlichen Einkünfte (insbesondere aus nichtperiodischen Vermögenserträgen oder nichtperiodischen Gratifikationen) sowie die ausserordentlichen Erträge auf dem Geschäftsvermögen (insbesondere Kapitalgewinne, buchmässige Aufwertungen von Vermögensgegenständen, Auflösungen von Rückstellungen, Unterlassungen geschäftsmässig notwendiger Aufwendungen und Rückstellungen) der Jahre 1999 und 2000 (Abs. 2). Diese Bestimmung entspricht im wesentlichen Art. 69 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz; StHG; SR 642.14), der für die Kantone nach ständiger Praxis bereits ab 1. Januar 1999 und damit schon vor Ablauf der allgemeinen achtjährigen Übergangsfrist (per 1. Januar 2001, vgl. Art. 72 Abs. 1 und 2 StHG) massgebend ist (vgl. das Urteil 2P.199/2003 vom 21. Januar 2004, publiziert in StR 59/2004 S. 367, E. 2). Im Unterschied zu Art. 69 Abs. 3 StHG (vgl. auch Art. 218 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]) werden die ausserordentlichen Erträge aus selbständiger Erwerbstätigkeit in § 263 Abs. 2 StG/AG bei der beispielhaften Aufzählung der ausserordentlichen Einkünfte nicht ausdrücklich erwähnt. Es wird aber von keiner Seite bestritten, dass auch solche Erträge darunter fallen können. Das Bundesgericht prüft ohnehin frei, ob das kantonale Recht und dessen Anwendung durch die kantonalen Behörden mit den Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes übereinstimmen. Ein Gestaltungsspielraum steht den Kantonen bei der Regelung des Wechsels der zeitlichen Bemessung nicht zu.
3. 3.1 Der Systemwechsel per 1. Januar 2001 hatte zur Folge, dass das in den Jahren 1999 und 2000 erzielte Einkommen in die Bemessungslücke fiel. Mit § 263 StG/AG und Art. 69 StHG soll verhindert werden, dass dabei ungerechtfertigte, mit dem Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit nicht vereinbare Steuervorteile entstehen. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung, die sich an das Kreisschreiben Nr. 6 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 20. August 1999 (publiziert in ASA 68 S. 384 ff.) anlehnt, kann sich der ausserordentliche Charakter eines Einkommens namentlich aus dessen Einmaligkeit ergeben. Die Nichtberücksichtigung solcher Einkünfte hätte zur Folge, dass sie überhaupt nie besteuert würden. Ausserordentlich sind auch Einkünfte, die zwar regelmässig fliessen, aber im Vergleich zu den früheren Jahren ungewöhnlich erscheinen und sich dadurch vom Üblichen abheben, z.B bei Dividenden oder Gratifikationen. Schliesslich können Änderungen in der Verbuchung ebenfalls zur Erhebung der Sondersteuer führen, weil sonst die Leistungsfähigkeit und die effektive Steuerbelastung nicht mehr übereinstimmen würden. Allen Fällen ist gemeinsam, dass die steuerpflichtige Person ihr Einkommen gewöhnlich nicht oder nicht in dieser Art und Weise erzielt (Urteil 2A.301/2005, publiziert in StE 2006 B 65.4 Nr. 22, E. 3.2).
3.2 Im Bereich der selbständigen Erwerbstätigkeit, wo das Einkommen naturgemäss Schwankungen unterworfen ist, fällt die Abgrenzung der ordentlichen von den ausserordentlichen Einkünften nicht leicht. Das Bundesgericht hat Gewinne aus Liegenschaftenhandel grundsätzlich als ausserordentliche Einkünfte betrachtet, weil bei dieser Tätigkeit, namentlich wenn sie nebenberuflich ausgeübt wird, normalerweise nicht von einem regelmässigen Betriebsergebnis ausgegangen werden kann (Urteile 2A.679/2005 vom 3. November 2006, 2A.87/2005 vom 28. April 2006). Es hat auch besonders hohe Anwaltshonorare in der Bemessungslücke wiederholt als ausserordentliche Einkünfte qualifiziert, so im Urteil 2P.11/2007 vom 13. Juli 2007 ein Erfolgshonorar von Fr. 1'075'000.-- aus einem einzigen Geschäft. Gleich entschieden hat es im Urteil 2P.181/2003 vom 21. Januar 2004 (publiziert in StR 59/2004 S. 361), wo ein Anwalt aus der Vermittlung eines Gesellschaftsverkaufs eine Provision von Fr. 1'265'200.-- erzielt hatte, die rund dem Fünffachen des von ihm in den Vorjahren durchschnittlich deklarierten Einkommens entsprach.
3.3 Mit solchen Fällen lässt sich der vorliegend zu beurteilende Sachverhalt nicht vergleichen. Wohl erscheint der im Geschäftsjahr 1999/2000 erzielte Gewinn von Fr. 200'917.-- im Vergleich mit den Ergebnissen der Vorjahre als hoch. Zu beachten ist aber, dass das Geschäftsjahr ausnahmsweise 22 Monate umfasste (1. März 1999 - 31. Dezember 2000). Rechnet man die Zahlen auf zwölf Monate um, was sich aufdrängt, beträgt der Gewinn noch Fr. 109'921.--, bei einem Umsatz von Fr. 420'234.-- und einem Betriebsergebnis von Fr. 122'692.--. Diese Beträge sind zwar überdurchschnittlich hoch, fallen jedoch keineswegs aus dem Rahmen. Der Beschwerdeführer hatte Ende der Achtziger- und anfangs der Neunzigerjahre bei zum Teil sogar höheren Umsätzen und Betriebsergebnissen Gewinne in ähnlicher Grössenordnung erzielt. So belief sich der Ertrag des Geschäftsjahres 1988/89 auf Fr. 86'273.--, derjenige des folgenden Jahres auf Fr. 93'323.--. Davon unterscheidet sich der auf zwölf Monate umgerechnete Gewinn 1999/2000 von Fr. 109'921.-- nicht wesentlich. Es ist nicht einzusehen, weshalb diese Zahlen nicht in den Vergleich miteinbezogen werden dürften. Die Vorinstanz argumentiert, das zuvor florierende Geschäft der Beschwerdeführer sei anfangs der Neunzigerjahre massiv zurückgegangen, habe 1992/93 einen Tiefpunkt erreicht und sich in der Folge auf tieferem Niveau wieder eingependelt; zum Vergleich seien daher (nur) die Geschäftsjahre ab 1993/94 geeignet. Das lässt ausser Acht, dass sich an dem von den Beschwerdeführern betriebenen Geschäft während des gesamten Zeitraums nichts änderte. Im Übrigen waren die Betriebsergebnisse auch in den folgenden Jahren erheblichen Schwankungen ausgesetzt. So erzielten die Beschwerdeführer im Geschäftsjahr 1995/96 einen Verlust von Fr. 65'404.--, im folgenden Jahr aber einen Gewinn von Fr. 77'323.--. Selbst wenn die Ergebnisse um gewisse ausserordentliche Faktoren (z.B. massiv negative Liegenschaftenrechnung im Geschäftsjahr 1995/96, einmaliger Verlust aus Inventarverkauf im Geschäftsjahr 1997/98) bereinigt werden, wie sie von der Vorinstanz berücksichtigt worden sind, bleiben die Unregelmässigkeiten beträchtlich. Das entsprechend korrigierte Ergebnis verminderte sich beispielsweise von Fr. 63'490.-- im Jahre 1996/97 auf Fr. 22'420.-- im Jahre 1997/98, um im folgenden Jahr wieder auf Fr. 57'698.-- anzusteigen. Bei solchen Unterschieden macht es - entgegen der Auffassung des Verwaltungsgerichts - keinen Sinn, auf Durchschnittserträge abzustellen.
3.4 Derartige Schwankungen im Geschäftseinkommen der Beschwerdeführer beruhen offenbar auf der Natur des von ihnen betriebenen Unternehmens. Es ist denn auch unbestritten, dass der im Lückenjahr erzielte Gewinnzuwachs vor allem auf das sogenannte Z._-Geschäft zurückzuführen war. Dabei handelte es sich jedoch nicht um einen einmaligen Grossauftrag, sondern um eine Reihe von Einzelaufträgen zur Erneuerung der Einrichtungen verschiedener Filialen. Die Aufträge unterschieden sich in qualitativer Hinsicht nicht von der bisherigen Tätigkeit der Beschwerdeführer. Dass diese ihr Einkommen gewöhnlich auf andere Weise erzielten, lässt sich daher nicht sagen. Nach den Feststellungen im angefochtenen Entscheid hatte die Z._ den Beschwerdeführern übrigens bereits vor den Jahren 1999/2000 Aufträge erteilt und jeweils deren zeitliche Abfolge bestimmt, wie beim hier massgeblichen Geschäft. Absolut fällt der streitige Gewinn schliesslich nicht aus dem Rahmen des für eine Einzelfirma Üblichen. Unter den gegebenen Umständen erscheint es nicht als gerechtfertigt, das streitige Einkommen allein wegen seiner Höhe der Sondersteuer zu unterwerfen. Die Beschwerde ist insoweit begründet.
4. Als ausserordentlich erweist sich der Gewinn zum Teil indessen unter einem anderen Aspekt, nämlich aufgrund der Änderung der Verbuchungsmethode (vgl. oben E. 3.1). Im Jahr 2000 verlegten die Beschwerdeführer den Geschäftsabschluss vom bisherigen Datum des 28. Februar auf den 31. Dezember. Das Geschäftsjahr verlängerte sich damit auf 22 Monate. Bei gleichbleibender Methode wäre das in den Monaten März bis Dezember 2000 erzielte Geschäftsergebnis mit dem Abschluss per 28. Februar 2001 erfasst und damit der ordentlichen Besteuerung in der Periode 2001 zugeführt worden (vgl. § 59 Abs. 2 StG/AG). Durch den Methodenwechsel wurde der Ertrag der genannten Zeitspanne der Besteuerung vollständig entzogen, wie die Beschwerdeführer selber einräumen, ohne dass dies durch den Wechsel des Systems der zeitlichen Bemessung bedingt gewesen wäre. Es rechtfertigt sich daher, den in den Monaten März bis Dezember 2000 erzielten Geschäftsgewinn insgesamt als ausserordentlich zu qualifizieren und ihn der gesonderten Jahressteuer zu unterwerfen (vgl. in der gleichen Richtung auch E. 4 des angefochtenen Entscheids). Der angefochtene Entscheid ist somit aufzuheben und die Sache - wie von den Beschwerdeführern beantragt - zur Neuberechnung der Sonderjahressteuer an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Kosten dem Kanton Aargau aufzuerlegen, der den Beschwerdeführern für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung auszurichten hat (Art. 65, 66 Abs. 1 und 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 23. August 2007 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.- werden dem Kanton Aargau auferlegt.
3. Der Kanton Aargau hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. März 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Matter