Sachverhalt:
A. Am 9. März 2007 verweigerte das Amt für Städtebau der Stadt Zürich der X._ AG die Baubewilligung für fünf Plakatwerbestellen an der Bergstrasse (Kat.-Nr. HO 3829), mangels genügender Einordnung und wegen Beeinträchtigung der Verkehrssicherheit.
B. Gegen die Bauverweigerung erhob die X._ AG Rekurs bei der Baurekurskommission I. Diese führte am 16. August 2007 einen Augenschein durch, an dem die X._ AG auf drei der fünf Plakatstellen verzichtete. Am 14. Dezember 2007 hiess die Baurekurskommission den Rekurs teilweise gut und lud das Amt für Städtebau ein, die Baubewilligung für zwei Plakatwerbestellen im Sinne der Erwägungen und mit den allenfalls erforderlichen Nebenbestimmungen zu erteilen.
C. Dagegen erhob das Amt für Städtebau der Stadt Zürich Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde am 21. Mai 2008 gut, soweit sie nicht wegen Gegenstandslosigkeit abgeschrieben wurde. Es hob den Entscheid der Baurekurskommission auf und stellte die Bauverweigerung des Amts für Städtebau wieder her.
D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die X._ AG am 1. Juli 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Entscheid der Baurekurskommission vom 14. Dezember 2007 sei zu bestätigen. Eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid nach Durchführung eines Augenscheins an die Vorinstanz zurückzuweisen.
E. Das Amt für Städtebau beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. In ihrer Replik hielt die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (<ref-law>). Vorbehältlich genügend begründeter Rügen (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Streitig sind nur noch zwei Plakatstellen im Format F12 (130x284 cm) an der Bergstrasse, kurz vor der Einmündung der Doldertalstrasse. Diese befinden sich vor einer niedrigen Mauer und einem Maschendrahtzaun. Dahinter erhebt sich ein Hang mit hochstämmigen Einzelbäumen. Dieser ist Teil des Ensembles der Liegenschaft HO3829 (Dolderstrasse 71), das sowohl mit dem Gebäude als auch mit dem Garten im Inventar der schutzwürdigen Objekte von kommunaler Bedeutung aufgeführt ist. Alle Parteien gehen daher davon aus, dass nicht nur eine befriedigende Einordnung der neuen Plakatstellen in die Umgebung vorausgesetzt wird (gemäss § 238 Abs. 1 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 [PBG]), sondern § 238 Abs. 2 PBG zur Anwendung gelangt, wonach auf Objekte des Natur- und Heimatschutzes besondere Rücksicht zu nehmen ist.
2.1 Das Amt für Städtebau verweigerte die Baubewilligung, weil der nachgesuchte Standort in einem Strassenabschnitt liege, der von einem wertvollen Bestand einer Zürichberg-typischen ursprünglichen Wohnbebauung mit entsprechend hochwertigen Aussenräumen geprägt sei. Der Hintergrund des Standorts bilde die mit hochstämmigen Bäumen besetzte Hangsituation, die sich im Inventar der schützenswerten Objekte befinde und damit eine erhöhte Rücksichtnahme erfordere. Das ausgewiesen wertvolle Landschaftselement, das zusätzlich im Kontext des Doldertals als Grünader von stadträumlicher Bedeutung sei, werde durch die notwendigerweise hervorstechenden Plakatträger derart beeinträchtigt, dass keine befriedigende Gesamtwirkung erreicht werde, und erst recht keine besondere Rücksichtnahme.
2.2 Die Baurekurskommission ging dagegen davon aus, dass die Werbeträger klar in Richtung der Strasse angeordnet seien. Ein Bezug zur dahinterliegenden Parzelle sei nur insoweit gegeben, als die bestehende Mauer und der Zaun den Hintergrund der Anlage bildeten. Zwar überrage die Anlage den Zaun; ein Bezug zum dahinter liegenden Grünraum entstehe aber nicht, da dieser erhöht liege. Nachdem die Anlage von drei auf zwei Tafeln reduziert worden sei, wirke sie auch durch ihre Gesamtlänge nicht mehr übermässig und daher störend.
2.3 Das Verwaltungsgericht hielt dem entgegen, § 238 Abs. 1 PBG verlange ausdrücklich die befriedigende Gesamtwirkung einer Baute "in ihrem Zusammenhang mit der baulichen und landschaftlichen Umgebung". Da die Reklameanlage den rund 1 m hohen Maschendrahtzaun überragten und daher optisch in den Grünraum hineinreichten, dürfe dieser bei der Beurteilung der Einordnungsfrage nicht einfach ausgeblendet werden. Vielmehr sei gestützt auf § 238 Abs. 2 PBG auf die inventarisierte Gartenanlage Rücksicht zu nehmen. Wenn die Baubehörde zum Schluss komme, dass dieses ausgewiesen wertvolle Landschaftselement durch die Plakatwerbestellen beeinträchtigt werde, so sei dies eine durchaus nachvollziehbare ästhetische Würdigung. Den kommunalen Baubehörden komme bei der Anwendung von § 238 Abs. 1 und 2 PBG eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit bzw. ein besonderer Beurteilungsspielraum zu, den die Baurekurskommission zu respektieren habe.
3. Die Beschwerdeführerin rügt in erster Linie eine Verletzung ihrer Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>).
Sie sieht in der Bauverweigerung einen schweren Eingriff in dieses Freiheitsrecht. Besonders werbewirksame Plakatstellen wie die vorliegenden seien in der Stadt Zürich rar; die Verweigerung der Bewilligung treffe die Beschwerdeführerin daher schwer und könne sie in ihrer Existenz gefährden. Erschwerend komme hinzu, dass die Stadt Zürich selbst Plakatwerbestellen zur Verfügung stelle, die von privaten Konzessionsnehmern bewirtschaftet werden. Sie stehe damit indirekt in einem Konkurrenzverhältnis zur Beschwerdeführerin. Je weniger neue Plakatstellen auf Privatgrund bewilligt würden, desto begehrenswerter seien die Werbestellen der Stadt und desto mehr Geld brächten sie ein. Aufgrund der Doppelrolle der Stadt als Konkurrentin und als Bewilligungsbehörde wiege der Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit der Beschwerdeführerin besonders schwer. Die Auslegung und Anwendung von § 238 PBG sei daher vom Bundesgericht frei zu überprüfen. Hierzu beantragt die Beschwerdeführerin die Vornahme eines Augenscheins.
3.1 Die Nichtbewilligung der beantragten Plakatstellen berührt die Beschwerdeführerin als Plakatgesellschaft in ihrer Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>). Die Wirtschaftsfreiheit gilt indessen nicht absolut, sondern kann unter den in <ref-law> genannten Voraussetzungen eingeschränkt werden. Dabei haben sich Bund und Kantone an den Grundsatz der Wirtschaftsfreiheit zu halten (<ref-law>); Abweichungen von diesem Grundsatz, insbesondere auch Massnahmen, die sich gegen den Wettbewerb richten, sind nur zulässig, wenn sie in der Bundesverfassung vorgesehen oder durch kantonale Regalrechte begründet sind (<ref-law>).
3.2 Die Nichtbewilligung einzelner Plakatwerbestellen wurde vom Bundesgericht stets als leichter Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit qualifiziert (vgl. Urteil 1C_12/2007 vom 8. Januar 2008 E. 5.2 mit Hinweis). Als schwerer Eingriff wurde nur das vollständige Verbot von Fremdreklamen auf Privatgrund bewertet (Urteil 1P.122/1998 vom 12. Mai 1998 E. 3d, in ZBl 101/2000 S. 135 mit Hinweis; Urteil 2P.247/2006 vom 21. März 2007 E. 3.1).
Ein derartiges Verbot besteht in der Stadt Zürich weder rechtlich noch faktisch. Aus den von der Beschwerdeführerin eingereichten Zeitungsartikeln ergibt sich, dass der grösste Teil der Werbeflächen in der Stadt Zürich nicht auf öffentlichem, sondern auf privatem Grund stehen ("Werben mit Regeln", NZZ vom 8. März 2006 S. 53). Allein in diesem Jahr hat das Amt für Städtebau der Beschwerdeführerin bereits fünf zusätzliche Plakatwerbestellen an drei Standorten in der Stadt Zürich bewilligt.
Handelt es sich somit um einen leichten Eingriff, so genügt als gesetzliche Grundlage ein Gesetz im materiellen Sinn oder eine Generalklausel, deren Auslegung und Anwendung das Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft (<ref-ruling> E. 4 S. 339 mit Hinweisen). Für diese Prüfung reichen die in den Akten liegenden Pläne und Fotos, weshalb auf einen Augenschein verzichtet werden kann.
3.3 Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss geltend, es liege eine unzulässige Massnahme gegen den Wettbewerb vor.
Die Bauverweigerung wurde jedoch von der Stadt mit Gründen des Ortsbildsschutzes begründet. Es gibt keine Anhaltspunkte dafür, dass diese Gründe nur vorgeschoben wurden, und es der Stadt in Wirklichkeit darum ging, unliebsame Konkurrenz auszuschalten. Dieser Vorwurf wird von der Beschwerdeführerin erstmals vor Bundesgericht erhoben und allein mit der Tatsache begründet, dass die Stadt 60 neue Werbestellen auf öffentlichem Grund zur Verfügung stellen wolle. Aus den von der Beschwerdeführerin selbst eingereichten Zeitungsartikeln ergibt sich jedoch, dass die Nachfrage nach Werbestellen in Zürich das Angebot bei Weitem übersteigt ("Werben mit Regeln", NZZ vom 8. März 2006, S. 53), weshalb es die Stadt nicht nötig hat, Privatwerbung auszuschalten. Die Beschwerdeführerin behauptet zwar, dass auf öffentlichem Grund Reklameanlagen zu sehen seien, welche auf privatem Grund nie bewilligt würden, belegt diesen Vorwurf aber nicht: Die von ihr zum Nachweis ihrer rechtsungleichen Behandlung beigezogenen Vergleichsbeispiele (vgl. unten, E. 4) umfassen Plakatstellen auf öffentlichem wie auf privatem Grund und lassen keine Unterschiede zwischen beiden Kategorien erkennen.
3.4 Die Beschwerdeführerin rügt weiter, § 238 PBG sei vom Amt für Städtebau und dem Verwaltungsgericht willkürlich angewandt worden. Die Plakatstellen orientierten sich zur Strasse und nicht in Richtung der weiter oben, am Hang wachsenden Bäume. Diese würden durch die Mauer und den Zaun von den Plakatwerbeträgern getrennt und bildeten daher nicht den unmittelbaren Hintergrund für die Plakatstellen, sondern seien nur "in einem grösseren Kontext" die massgebende Umgebung. Der Grünraum bestehe aus einem wenig gepflegten Wildwuchs an Bäumen und Büschen. Optisch dominierten - neben dem Verkehrsraum - die Kandelaber und ein altes blaues Schopfhäuschen.
Die Auffassung des Verwaltungsgerichts, wonach für die ästhetische Beurteilung einer Baute oder Anlage auch auf deren nähere Umgebung abzustellen ist, kann sich auf den Wortlaut von § 238 PBG stützen ("Zusammenhang mit der baulichen und landschaftlichen Umgebung") und ist nicht willkürlich. Die Plakatstellen überragen den rund 1 m hohen Zaun und reichen daher optisch in den Grünraum herein; zudem ist der aus Maschendraht bestehende Zaun blickdurchlässig und bildet deshalb keine optische Barriere zwischen den Plakatstellen und dem dahinterliegenden Hang. Dieser ist Teil einer inventarisierten Gartenanlage, auf die besondere Rücksicht zu nehmen ist. Da die Baubewilligung auf unbestimmte Dauer erteilt wird, kann der aktuelle - gepflegte oder ungepflegte - Zustand des Gartens nicht massgeblich sein, der sich innert kurzer Zeit ändern kann. Die vorhandenen störenden Elemente (Kandelaber, Schopf) sind kein zwingender Grund, weitere, das Erscheinungsbild des Schutzobjekts beeinträchtigenden, Bauten zu bewilligen.
3.5 Die Beschwerdeführerin rügt weiter, das Verwaltungsgericht habe der Baurekurskommission zu Unrecht vorgeworfen, sich nicht genügend mit den Erwägungen des Amts für Städtebau in der angefochtenen Verfügung auseinandergesetzt zu haben. Die Baurekurskommission habe einen Augenschein durchgeführt, an dem die Parteien ausführlich zu Wort gekommen seien; diese Ausführungen seien von den Kommissionsmitgliedern zur Kenntnis genommen und beraten worden. Aufgrund dieses mündlichen Verfahren habe die schriftliche Begründung kurz ausfallen können. Im Übrigen dürfe es der Beschwerdeführerin nicht zum Nachteil gereichen, wenn der Entscheid der Baurekurskommission nicht korrekt formuliert worden sei.
Tatsächlich hätte ein Begründungsmangel lediglich zur Rückweisung der Sache an die Rekurskommission, nicht aber zur Bestätigung der Bauverweigerung führen können. Aus den Erwägungen des Verwaltungsgerichts ergibt sich jedoch, dass es die ästhetische Würdigung der Stadt für nachvollziehbar erachtete und die Beschwerde aus diesem Grund guthiess.
3.6 Nach dem Gesagten liegt keine Verletzung der Wirtschaftsfreiheit vor.
4. Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, es gebe in der Stadt Zürich zahlreiche vergleichbare Werbeträger, die vor "waldigem Grün" bewilligt worden seien. Es gebe auch keine Praxis, dass Plakatstellen - sei es auf öffentlichem oder auf privaten Grund - bei Inventar- und Schutzobjekten generell unzulässig seien.
4.1 Die Beschwerdeführerin belegt dies mit zahlreichen Vergleichsbeispielen. Soweit es sich um neue Beispiele handelt, die im kantonalen Verfahren nicht vorgebracht worden waren, handelt es sich um neue Tatsachen und Beweismittel, die im Verfahren vor Bundesgericht grundsätzlich unzulässig sind. Diese dürfen gemäss <ref-law> nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Dieser Ausnahmefall liegt hier nicht vor, weshalb im Folgenden nur die Vergleichsfälle zu behandeln sind, die schon Thema des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens waren (Bergstrasse 53, 89 und 127 sowie Hofstrasse 74/Seite Bergstrasse).
4.2 Das Verwaltungsgericht führte dazu aus, die Vergleichsbeispiele seien mit der vorliegend streitigen Plakatwerbestelle schwer vergleichbar, da sie sich im Gegensatz zu den nachgesuchten Stellen alle an Bushaltestellen befänden, wo die Bewilligung von Plakatwerbestellen generell etwas grosszügiger gehandhabt werde. Auch der begrünte Hintergrund lasse sich nur schwer vergleichen: Zwar befänden sich die Vergleichsstandorte vor Hecken bzw. an Mauern mit darüberliegenden Hecken; eine mit hochstämmigen Bäumen besetzte Hangsituation wie beim streitigen Standort liege jedoch bei keinem der Vergleichsbeispiele vor.
Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, das Verwaltungsgericht verlange eine genau identische Situation; dies sei jedoch in der Praxis nicht auffindbar. Rechtlich relevante tatsächliche Elemente seien auch dann vergleichbar, wenn sie nicht identisch seien. Entscheidend sei, ob die gleichen Merkmale - hier: der grüne Hintergrund - unterschiedlich interpretiert worden seien.
4.3 In der Tat kann nicht verlangt werden, dass ein Vergleichsstandort in allen Aspekten dem streitigen Standort gleicht. Entscheidend ist vielmehr, ob sich die für die Bauverweigerung wesentlichen Elemente auch am Vergleichsstandort in gleicher oder ähnlicher Weise wiederfinden, bzw. ob dieser für die ästhetische Beurteilung wesentliche Unterschiede aufweist.
In der Bauverweigerungsverfügung stellte das Amt für Städtebau massgeblich darauf ab, dass der mit hochstämmigen Bäumen besetzte Hang ein wertvolles Landschaftselement sei, das sich im Inventar schützenswerter Objekte befinde und zudem Teil des Doldertals, einer Grünader von stadträumlicher Bedeutung, bilde. Der "grüne" Hintergrund war somit für die Bauverweigerung nicht allein ausschlaggebend.
Die übrigen an der Bergstrasse bewilligten Plakatstellen befinden sich zwar vor Hecken und Mauern; die Beschwerdeführerin legt aber nicht dar, dass es sich dabei um besonders wertvolle Landschaftselemente bzw. inventarisierte Gärten handelt. Zudem befinden sich alle anderen an der Bergstrasse bewilligten Plakatstellen an Bushaltestellen, d.h. an Strassenbereichen, die bereits durch die aufgestellten Fahrkartenautomaten und Halteschilder von der restlichen Strasse abgehoben sind und an der sich Personen aufhalten, um auf den Bus zu warten. Nach der unbestrittenen Feststellung des Verwaltungsgerichts wird an diesen - als Werbeträger besonders geeigneten - Stellen die Bewilligung von Plakatwerbestellen grosszügiger gehandhabt.
Nach dem Gesagten unterscheiden sich der streitige Standort und die Vergleichsbeispiele in wesentlichen Aspekten, weshalb das Rechtsgleichheitsgebot nicht verletzt wurde.
5. Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber