Sachverhalt:
A. Y._ gab für die A._ AG am 25. Mai 2009 103 Schweine beim Schlachtbetrieb B._ AG in X._ zur Schlachtung ab. Rund ein Drittel der Schweine war zum Zeitpunkt der Ablieferung stark verschmutzt. Auf der Haut der Tiere hatten sich zum Teil Kotkrusten gebildet.
B. Das Kreisgericht Toggenburg verurteilte Y._ am 20. Oktober 2010 wegen vorsätzlicher Missachtung der Vorschriften über die Tierhaltung zu einer Busse von Fr. 910.--. Von der angeklagten Verletzung von Art. 48 Abs. 1 lit. g des Bundesgesetzes vom 9. Oktober 1992 über Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände (Lebensmittelgesetz, LMG; SR 817.0) sprach es ihn frei. Gegen diesen Entscheid führten die Staatsanwaltschaft Berufung und Y._ Anschlussberufung.
C. Das Kantonsgericht St. Gallen bestätigte am 4. Juli 2011 den Schuldspruch wegen Widerhandlung gegen das Tierschutzgesetz (Dispositiv-Ziff. 2) und den Freispruch vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz (Dispositiv-Ziff. 1). Es verurteilte Y._ zu einer Busse von Fr. 600.--.
D. Die Staatsanwaltschaft führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt im Wesentlichen, Ziff. 1 des Urteils des Kantonsgerichts vom 4. Juli 2011 aufzuheben, Y._ wegen vorsätzlicher Übertretung des Lebensmittelgesetzes im Sinne von <ref-law> schuldig zu sprechen und mit einer Gesamtbusse von Fr. 1'300.-- zu bestrafen. Eventualiter sei das Strafverfahren zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen.
E. Y._ beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht St. Gallen liess sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen den Freispruch vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Lebensmittelgesetz im Sinne von <ref-law>.
1.2 Die Vorinstanz führt aus, lebende Tiere seien keine Lebensmittel im Sinne von <ref-law>. <ref-law> korrespondiere mit Art. 4 Abs. 1 der Lebensmittel- und Gebrauchsgegenständeverordnung vom 23. November 2005 (LGV; SR 817.02). Sofern lebende Tiere als Lebensmittel gälten, würden sie in Art. 4 Abs. 1 LGV ausdrücklich genannt. Lebende Schweine, die zur Lebensmittelgewinnung bestimmt seien, seien Ausgangsprodukte im Sinne des Lebensmittelgesetzes (vgl. Art. 7 Abs. 1 und 3 LMG). Erst das durch ihre Schlachtung gewonnene Fleisch gelte als Lebensmittel. Die Abgabe von lebenden Schweinen an den Schlachtbetrieb stelle somit definitionsgemäss keinen Verstoss gegen <ref-law> dar. Mangels einer anderen einschlägigen Strafbestimmung sei der Verstoss gegen Art. 9 Abs. 1 lit. c der Verordnung vom 23. November 2005 über das Schlachten und die Fleischkontrolle (VSFK; SR 817.190) nicht strafbar (angefochtenes Urteil S. 7-9).
Der Beschwerdegegner schliesst sich in seiner Vernehmlassung der Argumentation des Kantonsgerichts an.
1.3 Das Lebensmittelgesetz regelt u.a. das Herstellen, Behandeln, Lagern, Transportieren und Abgeben von Lebensmitteln (<ref-law>). Der Geltungsbereich des Lebensmittelgesetzes umfasst gemäss der bundesrätlichen Botschaft den ganzen "Lebensweg" eines Lebensmittels, vom Anbau von Pflanzen bzw. von der Mast von Tieren bis zur Abgabe des Endproduktes an die Konsumenten. Das Gesetz bezieht sich insbesondere auch auf Fleisch und Fleischerzeugnisse (Botschaft vom 30. Januar 1989 zu einem Bundesgesetz über Lebensmittel und Gebrauchsgegenstände, BBl 1989 913). Gemäss <ref-law> müssen Tiere, soweit sie zum Herstellen von Lebensmitteln verwendet werden, so beschaffen sein, dass die entsprechenden Lebensmittel die menschliche Gesundheit nicht gefährden. Für die Beurteilung massgeblich sind bei Tieren die Fütterung und Pflege (<ref-law>). Zur Pflege von Tieren gehört, obschon in der Botschaft zum LMG nicht ausdrücklich erwähnt (vgl. BBl 1989 921), auch die Reinigung. <ref-law> ermächtigt den Bundesrat zum Erlass von Ausführungsvorschriften. Solche sind u.a. in der VSFK enthalten. Wer Tiere hält, die zum Schlachten bestimmt sind, hat gemäss Art. 9 Abs. 1 lit. c VSFK dafür zu sorgen, dass diese ohne offensichtliche Verunreinigungen zum Schlachten gebracht werden. Die amtliche Kontrolle entbindet den Tierhalter nicht von der Pflicht zur Selbstkontrolle (vgl. <ref-law>). Dies muss auch für den Schlachtprozess gelten, obwohl es sich bei der Schlachttier- und Fleischuntersuchung im Sinne von Art. 27 ff. VSFK nicht um eine blosse Stichprobenkontrolle handelt (vgl. dazu BBl 1989 937). Die Pflicht, Tiere gereinigt zum Schlachthof zu bringen, ergibt sich daher aus dem Lebensmittelgesetz und den dazu ergangenen Ausführungsvorschriften.
1.4 Widerhandlungen gegen das LMG und dessen Ausführungsvorschriften werden in Art. 47 f. LMG unter Strafe gestellt. Danach wird u.a. mit Busse bis zu Fr. 40'000.-- bestraft, wer vorsätzlich Lebensmittel so herstellt, dass sie den Anforderungen des Lebensmittelgesetzes nicht entsprechen (<ref-law>). Bei fahrlässiger Tatbegehung beträgt die Busse bis zu Fr. 20'000.-- (<ref-law>). <ref-law> ist im Vergleich zu den übrigen Strafbestimmungen von <ref-law> als Auffangtatbestand ausgestaltet (BBl 1989 960; <ref-ruling> E. I.2b/cc).
Wohl sind lebende Schweine keine Lebensmittel. Ein Lebensmittel entsteht erst durch die Schlachtung. Dennoch ist der Umgang mit lebenden Tieren vom Anwendungsbereich von <ref-law> nicht ausgenommen, nachdem die Bestimmung ausdrücklich auch die Herstellung von Lebensmitteln erfasst. <ref-law> bezieht sich gemäss der bundesrätlichen Botschaft auf Art. 4 des Entwurfs, der <ref-law> des Gesetzes entspricht (BBl 1989 960; <ref-ruling> E. I.2b/cc). Gemäss <ref-law> dürfen Lebensmittel, Zusatzstoffe und Gebrauchsgegenstände, die den Anforderungen des LMG und seinen Ausführungsbestimmungen nicht genügen, insbesondere jene, die Grenz- oder Toleranzwerte überschreiten, nicht oder nur mit Auflagen verwendet oder an den Konsumenten abgegeben werden. Der Hinweis in der Botschaft kann nicht dahin gehend ausgelegt werden, dass <ref-law> entgegen seinem klaren Wortlaut nur die "Abgabe" von Lebensmitteln an den Konsumenten im engeren Sinne unter Strafe stellt, unter Ausschluss von vorgelagerten Handlungen wie der Herstellung oder auch der Lagerung oder des Transports (vgl. <ref-ruling> E. I.2c).
Unter "Herstellen" im Sinne des Lebensmittelgesetzes werden alle Fabrikationsprozesse, Herstellungs- und Verarbeitungsvorgänge, das Schlachten sowie die vorgelagerten Produktionsstufen in der Landwirtschaft verstanden (BBl 1989 917). Zur Lebensmittelherstellung nach <ref-law> gehört bei Fleischerzeugnissen daher auch der Schlachtprozess. Unerheblich ist, ob daraus ein Lebensmittel resultierte, d.h. der Herstellungsprozess im Zeitpunkt der Ungeniessbarerklärung der Tiere bzw. der Aufdeckung des Mangels bereits abgeschlossen war. Indem die Vorinstanz den Beschwerdegegner mit der Begründung von der Widerhandlung gegen <ref-law> freispricht, das Schlachten von Tieren falle nicht unter den Tatbestand, verletzt sie Bundesrecht.
2. Die Beschwerde ist gutzuheissen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdegegner kostenpflichtig (<ref-law>). Der Beschwerdeführerin ist keine Entschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, Dispositiv-Ziff. 1 des Urteils des Kantonsgerichts St. Gallen vom 4. Juli 2011 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Dem Beschwerdegegner werden Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Januar 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld