Sachverhalt:
A. Die Sanatorium X._ AG (vormals Y._ AG; Beschwerdegegnerin) ist eine Aktiengesellschaft mit dem Zweck des Betriebs der Psychiatrischen Privatklinik Sanatorium X._. A._ (Beschwerdeführer) wurde am 23. April 1986 durch seinen Hausarzt Dr. E._ mit Einweisungszeugnis notfallmässig und gegen seinen Willen in das Sanatorium X._ eingewiesen. Die kantonale Psychiatrische Klinik B._ hatte zuvor die Aufnahme wegen Überbelegung abgelehnt. Der Beschwerdeführer blieb bis zu seiner Flucht am 17. Juni 1986 in der Klinik hospitalisiert. Am 20. Juni 1986 wurde er gegen Revers seines Vaters administrativ aus der Klinik entlassen.
Mit Schreiben vom 17. Juni 1989 erklärte der Beschwerdeführer gegenüber der Direktion, der Klinikaufenthalt habe dazu geführt, dass er zur Ausbildung als Primarlehrer nicht zugelassen worden sei. Im Verlauf der folgenden Jahre korrespondierten die Parteien bzw. deren Vertreter, wobei der Beschwerdeführer Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche für den materiellen und psychischen Schaden geltend machte, den er aufgrund des Aufenthalts und der Therapie gegen seinen Willen in der Klinik erlitten habe. In seinem Schreiben vom 25. März 1996 substantiierte er seine Ansprüche. Er brachte vor, die Internierung und Zwangsbehandlung habe für ihn insbesondere negative Folgen bezüglich seines Berufslebens gehabt. Er bezifferte den Einkommensausfall auf nicht unter durchschnittlich Fr. 80'000.-- pro Jahr. Berechnet ab dem 30. Altersjahr und kapitalisiert, errechnete er einen Betrag von mindestens Fr. 1'750'000.--. Zudem verlangte er eine angemessene Genugtuung und den Ersatz weiterer Auslagen und Aufwendungen. Schliesslich betrieb der Beschwerdeführer die Beschwerdegegnerin mit Zahlungsbefehl vom 22. April 1996 für eine Forderung von Fr. 2'000'000.--.
B. B.a Die Beschwerdegegnerin gelangte am 23. April 1999 an den Friedensrichter. Mit Klage vom 26. August 1999 stellte sie beim Bezirksgericht Zürich das Begehren, es sei festzustellen, dass dem Beschwerdeführer aufgrund seiner medizinischen Behandlung in der Zeit vom 23. April bis 20. Juni 1986 im Sanatorium X._ keinerlei Ansprüche gegen sie zustehen würden. Weiter sei das Betreibungsamt Kilchberg anzuweisen, die vom Beschwerdeführer angehobene Betreibung im Betreibungsregister zu löschen. Mit Präsidialverfügung vom 9. September 1999 wurde das Verfahren nach der Klagebegründung, in der die Beschwerdegegnerin die Einrede der Verjährung erhob und den Erlass eines Vorurteils beantragte, auf die Frage der Verjährung einer allfälligen Forderung des Beschwerdeführers beschränkt. Dem Beschwerdeführer wurde mit Beschluss vom 11. Oktober 1999 die unentgeltliche Rechtspflege gewährt. Am 31. Mai 2000 hiess das Bezirksgericht die Klage infolge Verjährung der allfälligen Ansprüche des Beschwerdeführers gut.
Der Beschwerdeführer erhob gegen das Urteil vom 31. Mai 2000 kantonale Berufung an das Obergericht des Kantons Zürich. Dieses hob das angefochtene Urteil mit Beschluss vom 25. April 2001 auf und wies die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens an das Bezirksgericht zurück. Es kam zum Schluss, für deliktische Ansprüche sei die Verjährung eingetreten. Allfällige Ansprüche des Beschwerdeführers gegenüber der Beschwerdegegnerin aufgrund der medizinischen Behandlung seien jedoch quasivertraglicher Natur und dementsprechend noch nicht verjährt. Die gegen diesen Beschluss von der Beschwerdegegnerin erhobene eidgenössische Berufung hiess das Bundesgericht mit Urteil 4C.182/2001 vom 18. September 2001 (= <ref-ruling>) teilweise gut und wies die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurück. Das Bundesgericht befand, die vorliegend allein in Frage kommenden Ansprüche aus unerlaubter Handlung (<ref-law>) seien verjährt, ausser es würden die Voraussetzungen von <ref-law> vorliegen (Herleitung der Klage aus einer strafbaren Handlung mit längerer Verjährungsfrist). Mit Beschluss vom 10. Mai 2002 hob das Obergericht das Urteil des Bezirksgerichts vom 31. Mai 2000 erneut auf und wies die Sache zur Fortsetzung des Verfahrens und zu neuem Entscheid an das Bezirksgericht zurück. Das Bezirksgericht hiess die Klage am 3. Oktober 2003 wiederum gut. Es stellte fest, dass dem Beschwerdeführer aufgrund seiner medizinischen Behandlung im Sanatorium X._ im Zeitraum vom 23. April bis 20. Juni 1986 gegenüber der Beschwerdegegnerin zufolge Verjährung keinerlei Ansprüche zustehen. Zudem wies es das Betreibungsamt Kilchberg an, die Betreibung über Fr. 2'000'000.-- Dritten nicht mehr zur Kenntnis zu geben.
B.b Gegen das Urteil vom 3. Oktober 2003 erhob der Beschwerdeführer erneut kantonale Berufung. Das Obergericht entzog ihm mit Beschluss vom 21. Juli 2004 wegen Aussichtslosigkeit die unentgeltliche Prozessführung und Rechtsvertretung. Die gegen diesen Beschluss vom Beschwerdeführer erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 17. Februar 2005 ab, soweit es darauf eintrat. Die dagegen erhobene staatsrechtliche Beschwerde wurde vom Bundesgericht mit Urteil 4P.105/2005 vom 31. August 2005 ebenfalls abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden konnte.
Das Obergericht wies mit Beschluss vom 29. April 2008 das erneute Begehren des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege ab (Dispositiv-Ziffer 1). Es nahm davon Vormerk, dass die Beschwerdegegnerin ihr Begehren 1a auf die Feststellung beschränkte, dass dem Beschwerdeführer aufgrund seiner medizinischen Behandlung in der Privatklinik Sanatorium X._ vom 23. April bis 20. Juni 1986 keinerlei klagbaren Schadenersatz- oder Genugtuungsansprüche zustehen (Dispositiv-Ziffer 2). Auf die Klagebegehren 1b und 2 (Anweisung an das Betreibungsamt Kilchberg betreffend Löschung sowie Vorbehalt betreffend Geltendmachung von Schadenersatzansprüchen) trat es nicht ein (Dispositiv-Ziffer 3). Mit Urteil vom 29. April 2008 stellte das Obergericht sodann fest, dass dem Beschwerdeführer für allfällige Folgen seiner Behandlung in der Klinik der Beschwerdegegnerin vom 23. April bis 20. Juni 1986 weder klagbare Schadenersatz- noch Genugtuungsansprüche zustehen.
Der Beschwerdeführer erhob gegen das Urteil des Obergerichts sowie gegen die Dispositiv-Ziffer 1 des Beschlusses vom 29. April 2008 kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich, das die Beschwerde mit Zirkulationsbeschluss vom 24. Juli 2009 abwies, soweit es darauf eintrat. Ebenso wies es das Gesuch des Beschwerdeführers um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege für das Kassationsverfahren ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 14. September 2009 beantragt der Beschwerdeführer die Aufhebung des Urteils des Obergerichts vom 29. April 2008. Es sei die Feststellungsklage der Beschwerdegegnerin abzuweisen. Eventuell sei die Sache zur weiteren Abklärung des Sachverhalts und zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Weiter seien die Dispositiv-Ziffern 1 und 2 des Beschlusses des Obergerichts vom 29. April 2008 aufzuheben. Zudem beantragt er die Aufhebung des Zirkulationsbeschlusses des Kassationsgerichts vom 24. Juli 2009. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das Kassationsgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin stellt den Antrag auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht verzichtete auf eine Vernehmlassung. Das Kassationsgericht liess sich zwar vernehmen, stellte aber keine Anträge.
Das Gesuch des Beschwerdeführers um Ansetzung einer Frist zur Einreichung einer Replik wurde mit Verfügung vom 21. Dezember 2009 abgewiesen mit dem Hinweis, dass es der beschwerdeführenden Partei frei steht, sich umgehend zur Beschwerdeantwort zu äussern. Der Beschwerdeführer reichte mit Eingabe vom 1. Februar 2010 eine Replik ein.
D. Mit Präsidialverfügung vom 13. Oktober 2009 wurde das Gesuch des Beschwerdeführers um aufschiebende Wirkung abgewiesen. Der Beschwerdeführer stellte am 26. Oktober 2009 ein Wiedererwägungsgesuch. Mit Verfügung vom 24. November 2009 wurde dieses gutgeheissen und der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. 1.1 Nach <ref-law> beginnt die Beschwerdefrist, wenn der Entscheid eines oberen kantonalen Gerichts mit einem Rechtsmittel, das nicht alle Rügen nach den <ref-law> zulässt, bei einer zusätzlichen kantonalen Gerichtsinstanz angefochten worden ist, erst mit der Eröffnung des Entscheids dieser Instanz. Die innert 30 Tagen seit Eröffnung des Kassationsgerichtsentscheids eingereichte Beschwerde ist damit auch rechtzeitig erfolgt, soweit sie sich gegen das Urteil und den Beschluss des Obergerichts richtet. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen - vorbehältlich der nachfolgenden Ausführungen zur Letztinstanzlichkeit sowie zur rechtsgenüglichen Begründung - erfüllt sind, ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
1.2 Der Beschluss und das Urteil des Obergerichts sind nur insofern der Beschwerde zugänglich, als sie das Erfordernis der Letztinstanzlichkeit erfüllen, mithin für die erhobenen Rügen kein kantonales Rechtsmittel mehr offen stand (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 527). Gegen den Beschluss und das Urteil des Obergerichts konnte kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich nach § 281 der Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976 (ZPO/ZH; LS 271) erhoben werden. Sie sind daher insoweit nicht kantonal letztinstanzlich, als sie vom Kassationsgericht überprüft werden konnten. Nach <ref-law>/ZH kann mit Nichtigkeitsbeschwerde geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid beruhe zum Nachteil des Nichtigkeitsklägers auf einer Verletzung eines wesentlichen Verfahrensgrundsatzes (Ziff. 1), auf einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme (Ziff. 2) oder auf einer Verletzung klaren materiellen Rechts (Ziff. 3). Ausgeschlossen ist die Nichtigkeitsbeschwerde, wenn das Bundesgericht einen Mangel frei überprüfen kann, wobei sie gemäss <ref-law>/ZH stets zulässig ist, wenn eine Verletzung von Art. 8, 9, 29 oder 30 BV oder von Art. 6 EMRK geltend gemacht wird.
Der Beschwerdeführer kann den Beschluss und das Urteil des Obergerichts somit nur insoweit anfechten, als im Rahmen der Beschwerde in Zivilsachen zulässige Rügen dem Kassationsgericht nicht unterbreitet werden konnten (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 93). Der Beschwerdeführer wirft dem Obergericht jedoch wiederholt willkürliche tatsächliche Feststellungen, eine Verletzung der Begründungspflicht bzw. des rechtlichen Gehörs und des Willkürverbots vor (Art. 9, 29 Abs. 2 BV; Art. 6 EMRK). Entsprechende Rügen waren zwecks Ausschöpfung des kantonalen Instanzenzugs vor dem Kassationsgericht geltend zu machen (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 640); insofern diese vom Kassationsgericht nicht bzw. nicht richtig beurteilt wurden, hat dies der Beschwerdeführer in der Beschwerde gegen den kassationsgerichtlichen Entscheid zu rügen. Auf entsprechende Rügen gegen den Beschluss und das Urteil des Obergerichts kann mangels Letztinstanzlichkeit nicht eingetreten werden. Soweit der Beschwerdeführer dagegen die Verletzung von Bundesrecht rügt, ist der Beschluss und das Urteil des Obergerichts kantonal letztinstanzlich.
1.3 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2. S. 254; <ref-ruling> E. 6, 439 E. 3.2). Macht der Beschwerdeführer beispielsweise eine Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3 S. 316; <ref-ruling> E. 3.1. S. 399).
Soweit sich die Beschwerde gegen den Entscheid einer ausserordentlichen Rechtsmittelinstanz richtet - wie hier gegen das Kassationsgericht -, der dieselben Rügen unterbreitet werden konnten wie dem Bundesgericht im vorliegenden Verfahren, ist unter Auseinandersetzung mit deren Erwägungen aufzuzeigen, inwiefern diese Instanz die gerügte Verfassungsverletzung durch das vorher entscheidende Gericht - vorliegend das Obergericht - zu Unrecht verneint haben soll. Das Gebot, den kantonalen Instanzenzug auszuschöpfen (<ref-law>; vgl. Erwägung 1.2), hätte wenig Sinn, wenn das Bundesgericht die selben Rügen, die bereits im kantonalen Rechtsmittelverfahren geprüft worden sind, einfach nochmals behandeln würde, ohne dass die Begründung des letztinstanzlichen kantonalen Entscheids in der Beschwerde substantiiert gerügt wird (<ref-ruling> E. 1a/cc und E. 1b S. 494 ff.; <ref-ruling> E. 1b S. 354).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5).
Vorliegend kann der Beschwerdeführer Rügen, es seien bei der Sachverhaltsfeststellung verfassungsmässige Rechte verletzt worden, nur gegen den Beschluss des Kassationsgerichts erheben, indem dargetan wird, inwiefern das Kassationsgericht solche zu Unrecht verneint haben soll (vgl. vorangehende Erwägungen). Gegen den Beschluss und das Urteil des Obergerichts ist einzig die Rüge zulässig, das Obergericht habe bei der Sachverhaltsermittlung <ref-law> verletzt. Vorbehältlich solcher Rügen ist durchwegs vom Sachverhalt auszugehen, wie ihn das Obergericht bzw. das Kassationsgericht festgestellt haben. Soweit der Beschwerdeführer seiner Beschwerdebegründung einen davon abweichenden Sachverhalt zugrunde legt, ohne eine zulässige Sachverhaltsrüge zu erheben, kann darauf nicht eingetreten werden.
1.5 Diese Grundsätze übergeht der Beschwerdeführer in verschiedener Hinsicht. So stellt er seinen rechtlichen Ausführungen eine eigene Sachverhaltsdarstellung voran. Soweit er darin von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanzen abweicht oder diese erweitert, ohne substantiierte Sachverhaltsrügen zu erheben, kann er nicht gehört werden. Das Gleiche gilt, soweit er seine rechtlichen Erörterungen auf einen vom vorinstanzlich verbindlich festgestellten Sachverhalt abweichenden Ablauf der Ereignisse stützt und dem Bundesgericht appellatorische Kritik unterbreitet, als ob diesem eine freie Prüfung sämtlicher Tat- und Rechtsfragen zukäme.
Der Beschwerdeführer verkennt zudem, dass er mit Sachverhaltsrügen und Rügen der Verletzung von Grundrechten nur gehört werden kann, soweit er solche gegen den diesbezüglich letztinstanzlichen Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts erhebt und sich mit den Erwägungen des Kassationsgerichts hinlänglich auseinandersetzt. So beanstandet er in weitschweifigen Ausführungen die Auffassung der Vorinstanzen, ohne in rechtsgenüglicher Weise aufzuzeigen, worin diese Unhaltbarkeit bestehen soll und namentlich, inwiefern das Kassationsgericht bezüglich konkret kritisierter Feststellungen des Obergerichts zu Unrecht einen Nichtigkeitsgrund verneint hätte. Darauf kann nicht eingetreten werden.
2. Der Beschwerdeführer bringt vor, es bestehe an der negativen Feststellungsklage der Beschwerdegegnerin kein schutzwürdiges Interesse. Die Feststellungsklage sei zudem rechtsmissbräuchlich erhoben worden.
2.1 Unter welchen Voraussetzungen die gerichtliche Feststellung des Bestehens oder Nichtbestehens bundesrechtlicher Ansprüche verlangt werden kann, ist eine Frage des Bundesrechts, da das materielle Recht auch den für seine Durchsetzung erforderlichen Rechtsschutz garantiert (<ref-ruling> E. 2.2 S. 379 f.; <ref-ruling> E. 3.5; <ref-ruling> E. 2.2 S. 299).
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist die Feststellungsklage zuzulassen, wenn der Kläger an der sofortigen Feststellung ein erhebliches schutzwürdiges Interesse hat, welches kein rechtliches zu sein braucht, sondern auch bloss tatsächlicher Natur sein kann. Diese Voraussetzung ist namentlich gegeben, wenn die Rechtsbeziehungen der Parteien ungewiss sind und die Ungewissheit durch die richterliche Feststellung behoben werden kann (<ref-ruling> E. 3.5 S. 287). Dabei genügt nicht jede Ungewissheit; erforderlich ist vielmehr, dass ihre Fortdauer dem Kläger nicht mehr zugemutet werden darf, weil sie ihn in seiner Bewegungsfreiheit behindert (<ref-ruling> E. 2.2 S. 380; <ref-ruling> E. 3.5 S. 324 f.; <ref-ruling> E. 7b S. 429; <ref-ruling> E. 3a S. 22; je mit Hinweisen). Namentlich bei negativen Feststellungsklagen ist zudem auch auf die Interessen des Beklagten Rücksicht zu nehmen. Wer auf Feststellung klagt, dass eine Forderung nicht besteht, zwingt damit den beklagten Gläubiger zu vorzeitiger Prozessführung. Damit wird die Regel durchbrochen, dass grundsätzlich der Gläubiger und nicht der Schuldner den Zeitpunkt für die Geltendmachung eines Anspruchs bestimmt. Der vorzeitige Prozess kann den Gläubiger benachteiligen, wenn er zur Beweisführung gezwungen wird, bevor er dazu bereit und in der Lage ist (BGE <ref-ruling> E. 3.5 S. 325; <ref-ruling> E. 3a S. 22 f. mit Hinweisen).
Im Geschäftsleben kommt Registereinträgen über Betreibungen eine erhebliche Tragweite zu, da Betreibungsregisterauskünfte im Allgemeinen im Lichte der Erfahrungstatsache interpretiert werden, dass nur in einer verschwindend kleinen Anzahl von Fällen völlig grundlos betrieben wird (BGE <ref-ruling> E. 3b S. 24; <ref-ruling> E. 3b S. 87 f.). Dies führt insbesondere bei Betreibungen über namhafte Beträge dazu, dass die Kredit- und Vertrauenswürdigkeit des Betriebenen leidet, unabhängig davon, ob die eingeleitete Betreibung begründet ist oder nicht (BGE <ref-ruling> E. 3b S. 24). Vorliegend kommt der betriebenen Beschwerdegegnerin somit ein erhebliches tatsächliches Interesse zu, in einem Feststellungsprozess ein Urteil zu erwirken, mit dem sie gegenüber Dritten die Grundlosigkeit der Betreibung über Fr. 2'000'000.-- jederzeit belegen kann (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3b S. 24). Zu beachten ist, dass ihrem Interesse an einem Feststellungsurteil, das die Grundlosigkeit der Betreibung festhält, das Interesse des Beschwerdeführers gegenübersteht, sich der betreibungsrechtlichen Vorkehren bedienen zu können, ohne sich damit der Gefahr auszusetzen, den Prozess über seinen Anspruch auf eine negative Feststellungsklage der Beschwerdegegnerin hin vorzeitig führen zu müssen. Angesichts des Gewichts der Nachteile, welche die Betreibung für den Betriebenen nach sich ziehen kann, wird vom Gläubiger verlangt, dass er hinreichend dartut, weshalb es ihm unzumutbar wäre, den Beweis seines Anspruchs anzutreten. Unzumutbarkeit in diesem Sinne ist insbesondere dann anzunehmen, wenn einzig drohende Verjährung den Gläubiger veranlasst hätte, zum Zwecke der Verjährungsunterbrechung Betreibung einzuleiten, bevor er willens und in der Lage gewesen wäre, die eigentliche rechtliche Auseinandersetzung über seinen Anspruch aufzunehmen (BGE <ref-ruling> E. 3b S. 24 f.). Der Beschwerdeführer zeigt mit seinen Ausführungen nicht auf, inwiefern es ihm im Zeitpunkt der Anhebung der negativen Feststellungsklage durch die Beschwerdegegnerin unzumutbar gewesen wäre, den Beweis seines Anspruchs anzutreten. Da der Beschwerdegegnerin demgegenüber ein erhebliches schutzwürdiges Interesse an der Klärung der Rechtslage zukommt, ist die Zulässigkeit der negativen Feststellungsklage zu bejahen.
2.2 Zu prüfen bleibt der Vorwurf des Beschwerdeführers, die Feststellungsklage erweise sich als rechtsmissbräuchlich im Sinne von <ref-law>. Der Beschwerdeführer bringt zur Begründung vor, die Beschwerdegegnerin hätte dem Gericht die Feststellungsklage unter Verheimlichung zentraler Dokumente der medizinischen Behandlung eingereicht und wahrheitswidrig behauptet, die medizinischen Akten seien vollständig. Auf diese Weise habe sie die Gutheissung ihrer negativen Feststellungsklage missbräuchlich zu erwirken versucht.
Das Obergericht kam zum Schluss, es bestehe kein Anlass zur Annahme, dass die Beschwerdegegnerin systematisch versucht habe, die Abklärung des Sachverhalts zu behindern. Die vom Beschwerdeführer dagegen erhobenen Rügen der Aktenwidrigkeit bzw. der willkürlichen Beweiswürdigung blieben vor dem Kassationsgericht erfolglos.
Ob der Beschwerdeführer mit seinen in diesem Zusammenhang erhobenen Sachverhaltsrügen durchzudringen vermag und ob auf diese überhaupt einzutreten ist, kann mit Blick auf die Frage des Rechtsmissbrauchs offen bleiben. Selbst wenn es zutreffen sollte, dass die Beschwerdegegnerin bei den Sachverhaltsabklärungen Dokumente verheimlicht und sich wahrheitswidrig verhalten hätte, würde dies noch keine Rechtsmissbräuchlichkeit ihrer negativen Feststellungsklage zu begründen vermögen: Nach <ref-law> findet der offenbare Missbrauch eines Rechts keinen Rechtsschutz. Inwiefern die Beschwerdegegnerin durch die Verheimlichung von Dokumenten das Recht, eine Feststellungsklage zu erheben, offenbar rechtsmissbräuchlich ausüben würde, ist nicht ersichtlich. Wie das Kassationsgericht ausführte, würde das behauptete Verhalten der Beschwerdegegnerin einen Verstoss gegen die Wahrheitspflicht darstellen (<ref-law>/ZH), der gegebenenfalls disziplinarisch geahndet werden (<ref-law>/ZH), Kostenfolgen nach sich ziehen oder bei der Beweiswürdigung berücksichtigt werden könnte. Zu Recht kam das Kassationsgericht demzufolge zum Schluss, dass damit aber nicht das Rechtsschutzinteresse der Beschwerdegegnerin betroffen wäre und sich die Erhebung der Feststellungsklage nicht als rechtsmissbräuchlich erweisen würde.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer belangt die Beschwerdegegnerin auf Schadenersatz und Genugtuung für die Auswirkungen der Behandlung in der psychiatrischen Klinik auf seine Gesundheit und sein berufliches Fortkommen. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen bezieht sich das negative Feststellungsbegehren der Beschwerdegegnerin lediglich auf die medizinische Behandlung als solche, nicht jedoch auf den vom Beschwerdeführer behaupteten widerrechtlichen fürsorgerischen Freiheitsentzug. Unbestritten ist, dass sich die Haftung der Beschwerdegegnerin nach den einschlägigen Haftungsnormen des OR und ZGB als bundesrechtliche Normen beurteilt, weil die Beschwerdegegnerin eine juristische Person des Privatrechts ist und somit nicht dem kantonalen Haftungsgesetz untersteht.
Vorliegend ist streitig, ob der Anspruch des Beschwerdeführers auf Schadenersatz und Genugtuung verjährt ist. Das Bundesgericht kam in seinem Rückweisungsentscheid vom 18. September 2001 zum Schluss, dass nach den Sachvorbringen des Beschwerdeführers allein unerlaubte Handlungen als Rechtsgrundlage in Betracht kommen und sich die Verjährung somit nach <ref-law> richtet (Urteil 4C.182/2001 vom 18. September 2001 E. 3c, nicht publ. in: <ref-ruling>).
3.2 Der Anspruch auf Schadenersatz oder Genugtuung verjährt nach <ref-law> in einem Jahr von dem Tag hinweg, wo der Geschädigte Kenntnis vom Schaden und von der Person des Ersatzpflichtigen erlangt hat, jedenfalls aber mit dem Ablauf von zehn Jahren, vom Tag der schädigenden Handlung an gerechnet. Wird jedoch die Klage aus einer strafbaren Handlung hergeleitet, für die das Strafrecht eine längere Verjährung vorschreibt, so gilt diese gemäss <ref-law> auch für den Zivilanspruch. Damit die längere Verjährungsfrist für strafbare Handlungen Anwendung findet, ist erforderlich, dass der jeweilige Straftatbestand durch das die zivilrechtliche Haftung begründende Verhalten in objektiver und subjektiver Hinsicht erfüllt ist (<ref-ruling> E. 4b S. 540; <ref-ruling> E. 2c S. 8; Urteil 4P.105/2005 vom 31. August 2005 E. 4 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer, der am 17. Juni 1986 aus der Klinik der Beschwerdegegnerin geflohen ist und die Beschwerdegegnerin am 22. April 1996 betrieben hat, behauptet nicht, dass er die Verjährungsfrist von <ref-law> eingehalten hätte. Er stellt sich indessen auf den Standpunkt, die Verjährung sei gemäss <ref-law> noch nicht eingetreten, da er seine Ansprüche aus Straftaten herleite.
Das Obergericht verneinte das Vorliegen einer strafbaren Handlung, die nach <ref-law> eine längere Verjährungsfrist nach sich ziehen würde. Es kam zum Schluss, dass der Anspruch des Beschwerdeführers auf Schadenersatz und Genugtuung als Folge der medizinischen Behandlung in der Klinik der Beschwerdegegnerin daher verjährt sei.
3.3 Der Beschwerdeführer wendet sich insbesondere dagegen, dass das Obergericht den Tatbestand der schweren Körperverletzung von <ref-law> als nicht erfüllt erachtete.
3.3.1 Ärztliche Eingriffe erfüllen, auch wenn sie medizinisch indiziert und kunstgerecht durchgeführt worden sind, jedenfalls insoweit den objektiven Tatbestand der Körperverletzung, als sie entweder in die Körpersubstanz eingreifen (z.B. bei Amputationen) oder mindestens vorübergehend die körperliche Leistungsfähigkeit oder das körperliche Wohlbefinden des Patienten nicht nur unerheblich beeinträchtigen oder verschlechtern. Solche Eingriffe können durch die ausdrückliche oder mutmassliche Einwilligung des Patienten gerechtfertigt werden (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3a S. 157; je mit Hinweisen).
Den Tatbestand der schweren Körperverletzung erfüllt nach <ref-law>, wer vorsätzlich einen Menschen lebensgefährlich verletzt (Abs. 1), wer vorsätzlich den Körper, ein wichtiges Organ oder Glied eines Menschen verstümmelt oder ein wichtiges Organ oder Glied unbrauchbar macht, einen Menschen bleibend arbeitsunfähig, gebrechlich oder geisteskrank macht, das Gesicht eines Menschen arg und bleibend entstellt (Abs. 2), oder wer vorsätzlich eine andere schwere Schädigung des Körpers oder der körperlichen oder geistigen Gesundheit eines Menschen verursacht (Abs. 3).
Die in Art. 122 Abs. 1 und 2 StGB genannten Beeinträchtigungen haben beispielhaften Charakter. <ref-law> nennt im Sinne einer Generalklausel die "andere schwere Schädigung des Körpers oder der körperlichen oder geistigen Gesundheit". Als solche kommt nur eine Beeinträchtigung in Frage, die mit den zuvor genannten Beispielen in ihrer Schwere vergleichbar ist und etwa mit einer langen Bewusstlosigkeit, einem schweren und lang dauernden Krankenlager, einem ausserordentlich langen Heilungsprozess oder einer Arbeitsunfähigkeit während eines grossen Zeitraumes verbunden ist (<ref-ruling> E. 2 S. 57; Entscheid 6P.54/2002 vom 22. November 2002 E. 2.1.1). Der Begriff der schweren Körperverletzung stellt einen auslegungsbedürftigen unbestimmten Rechtsbegriff dar. Steht ein Grenzfall zur Diskussion, weicht das Bundesgericht insoweit nur mit einer gewissen Zurückhaltung von der Auffassung der Vorinstanz ab (<ref-ruling> E. 3.2 S. 3; <ref-ruling> E. 2b).
3.3.2 Das Obergericht erwog insbesondere, die vom Beschwerdeführer behauptete Gefährdung durch die Behandlung mit Medikamenten genüge nicht, um eine Lebensgefahr im Sinne von <ref-law> zu begründen. Von Seiten des Beschwerdeführers sei nicht dargetan, dass sich die abstrakte Gefahr zur konkreten Lebensgefahr verdichtet hätte. Eine konkrete Gefahr ergebe sich auch nicht aus dem vom Beschwerdeführer dazu eingereichten Bericht von Dr. C._ und aus der Abgabe von Leponex. Es treffe zwar zu, dass dem Beschwerdeführer Dosen von bis zu 400 mg dieses Medikaments pro Tag verabreicht worden seien. Dass es sogar höhere Dosen gewesen sein sollen, wie der Beschwerdeführer in seiner Stellungnahme zum Beweisergebnis geltend gemacht habe, sei nicht ersichtlich. Selbst wenn dies der Fall gewesen wäre, würde dies am Ergebnis nichts ändern. Eine Lebensgefahr lasse sich auch nicht aus dem Auszug aus dem Kompendium ableiten. Aus den nachgereichten Laborberichten ergebe sich im Übrigen, dass die Leukozytenwerte effektiv gemessen worden und nicht alarmierend gewesen seien.
Weiter verneinte das Obergericht eine bleibende Arbeitsunfähigkeit, Gebrechlichkeit und Geisteskrankheit im Sinne von <ref-law> sowie das Vorliegen einer anderen schweren Schädigung des Körpers oder der körperlichen oder geistigen Gesundheit des Beschwerdeführers nach <ref-law>. Es führte insbesondere aus, die vom Beschwerdeführer und von Dr. C._ geschilderten Auswirkungen der Behandlung und der Zwangsisolation auf den Körper des Beschwerdeführers und seine Befindlichkeit während seines Aufenthalts in der Klinik und in den nachfolgenden Monaten und Jahren seien zweifellos gravierender Art gewesen. Andauernde physische Auswirkungen seien indessen nicht ersichtlich. Nach (allerdings jahrelangen) erheblichen Anstrengungen des Beschwerdeführers seien auch die psychischen Folgen bereits bis 1995 zu einem guten Teil überwunden gewesen. Der Beschwerdeführer, der nach der Matura bis 1986, d.h. bis zum Alter von 25 Jahren, noch keine Fachausbildung absolviert gehabt habe, sei nach dem Klinikaufenthalt immerhin in der Lage gewesen, zwei anforderungsreiche Berufsausbildungen abzuschliessen und in diesen Berufen zu praktizieren. Er habe nicht nur sein juristisches Studium abgeschlossen, sondern sei nun auch im Besitz des Anwaltspatents des Kantons Zürich und - neben seiner Tätigkeit als Primarlehrer - auch als Anwalt tätig. Auch wenn man von der bestrittenen Darstellung des Beschwerdeführers und Dr. C._ ausgehe, wonach Auswirkungen der Behandlung in der Klinik noch im Partnerschaftsbereich, bei der Konfrontation mit dem Aufenthalt in der Klinik und in Situationen erhöhter bzw. hoher Belastung spürbar sein sollten, frage es sich, ob der Beschwerdeführer durch die Behandlung in derart schwerwiegendem Masse physisch und psychisch geschädigt worden sei, dass von einer schweren Körperverletzung im Sinne von Art. 122 Abs. 2 und 3 StGB gesprochen werden könne. Das Obergericht erachtete die geschilderte Schädigung als im Grenzbereich zwischen einfacher und schwerer Körperverletzung liegend und kam zum Schluss, die Grenze zur schweren Körperverletzung sei nicht überschritten worden.
3.3.3 Soweit der Beschwerdeführer eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung des Obergerichts im Zusammenhang mit der schweren Körperverletzung rügt - insbesondere aufgrund der Nichteinholung eines Gutachtens - kann darauf mangels Letztinstanzlichkeit des Urteils des Obergerichts nicht eingetreten werden (vgl. Erwägung 1.2). Ebenso kann er mit seinen appellatorischen Ausführungen, die sich gegen die Erwägungen des Kassationsgericht richten, nicht gehört werden. Indem er nicht aufzeigt, inwiefern das Kassationsgericht einen Nichtigkeitsgrund zu Unrecht verneint hätte, missachtet er die Begründungsanforderungen. Auch das pauschale Vorbringen, das Obergericht habe die erforderlichen Sachverhaltsfeststellungen nicht getroffen und damit Bundesrecht verletzt, erweist sich als nicht stichhaltig. Es ist nicht ersichtlich und der Beschwerdeführer zeigt nicht rechtsgenüglich auf, welche Sachverhaltsfeststellungen, die zur Beurteilung des Vorliegens des objektiven Tatbestands der schweren Körperverletzung erforderlich gewesen wären, das Obergericht bundesrechtswidrig nicht getroffen hätte. Die diesbezüglichen Ausführungen des Beschwerdeführers belaufen sich vielmehr auf eine Darstellung der eigenen Sicht der Dinge, womit er nicht zu hören ist.
Da der Beschwerdeführer seine Ausführungen, inwiefern das Obergericht <ref-law> verletzt habe, indem es den objektiven Tatbestand verneinte, auf einen nicht festgestellten Sachverhalt stützt, ist er damit ebenfalls nicht zu hören. Zudem verkennt er, dass das Obergericht in seinem Urteil wiedergegeben hat, was es als gegeben erachtete. So führte es namentlich aus, andauernde physische Auswirkungen seien nicht ersichtlich und die psychischen Folgen des Beschwerdeführers seien bis 1995 zu einem guten Teil überwunden. Einzig bei den Auswirkungen im partnerschaftlichen Bereich liess es offen, ob solche in der Tat vorliegen. Selbst in der Annahme, solche würden vorliegen, kam es indessen zum Schluss, es sei keine schwere Körperverletzung gegeben. Vorliegend ist kein Grund ersichtlich, der das Bundesgericht zu einer Abweichung von der Auffassung der Vorinstanz veranlassen würde. Weder wurde der Beschwerdeführer durch die medizinische Behandlung lebensgefährlich verletzt, noch blieb er dauernd arbeitsunfähig oder geisteskrank. Es liegt auch keine Beeinträchtigung vor, die eine mit diesen Fällen vergleichbare Schwere erreicht. Der Beschwerdeführer war nach dem Klinikaufenthalt immerhin in der Lage, zwei anforderungsreiche Berufsausbildungen abzuschliessen und in diesen Berufen zu praktizieren.
Auch aus dem <ref-ruling> vermag der Beschwerdeführer nichts zu seinen Gunsten abzuleiten. Er macht insbesondere darauf aufmerksam, dass in diesem Entscheid das Bundesgericht bereits den Umstand, dass die geschädigte Person ihr Hobby nicht mehr ausführen könne, für die Qualifikation als schwere Körperverletzung relevant betrachtet habe. Es trifft zu, dass das Bundesgericht erwähnte, der Verletzte könne seinem Hobby, dem Fischen, nicht mehr nachgehen. Dies alleine führte aber bei Weitem noch nicht zur Annahme einer schweren Körperverletzung. Der Beschwerdeführer verkennt, dass in diesem Entscheid die vom Fussgänger erlittene Verletzung ein Krankenlager von rund sieben Monaten nötig machte. Zudem wurde durch die Verletzung das Hüftgelenk unbrauchbar, so dass eine Hüft-Totalprothese eingesetzt werden musste, wodurch nach dem noch nicht abschliessenden Arztbericht ein gewisser Dauerschaden möglich war. Acht Monate nach dem Unfall ging der Verletzte immer noch am Stock, war behindert beim Einsteigen ins Tram und allgemein beim Treppensteigen. Weder konnte er längere Zeit schmerzfrei gehen, noch war es ihm möglich, relativ schwere Sachen zu tragen (<ref-ruling> S. 180).
3.3.4 Festzuhalten bleibt somit, dass es vorliegend bereits am objektiven Tatbestand der schweren Körperverletzung nach <ref-law> mangelt. Demzufolge erübrigt es sich, auf die Rügen des Beschwerdeführers zum subjektiven Tatbestand, den das Obergericht auch als nicht gegeben erachtete, einzugehen.
3.4 Ebenso erübrigt es sich, die Vorwürfe des Beschwerdeführers unter dem Titel "Täterschaft der Organe der Beschwerdegegnerin" zu prüfen. Der Beschwerdeführer rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung von Art. 12, 122, 183, 312 StGB sowie eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>). Nachdem sich die Schlussfolgerung des Obergerichts, es fehle am objektiven Tatbestand einer schweren Körperverletzung nicht als bundesrechtswidrig herausgestellt hat, ist es vorliegend nicht mehr von Belang, wer für die Beschwerdegegnerin handelte.
3.5 Das Bundesgericht erwog bereits in seinem Rückweisungsentscheid vom 18. September 2001, dass von den drei vom Beschwerdeführer angeführten Straftatbeständen mit einer mit Blick auf <ref-law> relevanten Verjährungsfrist (schwere Körperverletzung [<ref-law>], Freiheitsberaubung [<ref-law>] und Amtsmissbrauch [<ref-law>]) einzig derjenige der schweren Körperverletzung in Frage kommt. Denn der zivil- und strafrechtliche Tatbestand muss sich auf dieselben Handlungen beziehen (BGE <ref-ruling> E. 2c) und vorliegend bezieht sich nur die geltend gemachte schwere Körperverletzung auf die medizinische Behandlung, aus welcher der Beschwerdeführer seine Ansprüche auf Schadenersatz und Genugtuung herleitet (<ref-ruling> E. 4b).
Im Sinne einer Eventualbegründung machte das Obergericht dennoch Ausführungen zu den beiden Straftatbeständen der Freiheitsberaubung und des Amtsmissbrauchs. Es kam zum Schluss, dass die beiden Tatbestände nicht erfüllt sind. Die Anwendung der längeren Verjährungsfrist im Sinne von <ref-law> setzt nebst der Voraussetzung, dass sich der zivil- und strafrechtliche Tatbestand auf dieselben Handlungen bezieht, ebenso voraus, dass das beeinträchtigte Rechtsgut zum Kreis der durch die strafbare Handlung geschützten Objekte gehört (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 8 mit Hinweisen). So führte das Obergericht zusätzlich zutreffend aus, selbst wenn die beiden Straftatbestände der Freiheitsberaubung und des Amtsmissbrauchs zu bejahen wären, könnte der Beschwerdeführer daraus keine längere Verjährungsfrist im Sinne von <ref-law> für seine zivilrechtlichen Ansprüche aus der medizinischen Behandlung in der Klinik der Beschwerdegegnerin ableiten. Das Delikt der Freiheitsberaubung im Sinne von <ref-law> schütze nämlich die Fortbewegungsfreiheit als solche und nicht die Gesundheit bzw. das berufliche Fortkommen. Daran ändere auch der Umstand nichts, dass <ref-law> den Strafrahmen für den Fall erweitere, dass das Opfer in seiner Gesundheit erheblich gefährdet werde. Die Gesundheit werde durch diese Erweiterung nicht zum Schutzobjekt. Da der Zwangsaufenthalt des Beschwerdeführers in der Klinik als solcher vorliegend nicht zur Diskussion stehe, gehe es allein um die medizinische Behandlung des Beschwerdeführers in der Klinik. Der Beschwerdeführer wolle aufgrund der Auswirkungen dieser Behandlung auf seine Gesundheit und sein berufliches Fortkommen Schadenersatz und Genugtuung. Die Strafbarkeit nach <ref-law> könne somit nicht Grundlage für die Verlängerung der Verjährungsfrist sein. Ebenso erwog das Obergericht zutreffend, dass der Amtsmissbrauch nach <ref-law> nicht Grundlage für die längere Verjährungsfrist nach <ref-law> sein könne. Denn der Tatbestand des Amtsmissbrauchs schütze ebenfalls nicht die Rechtsgüter, deren behauptete Verletzung die Ansprüche des Beschwerdeführers begründen. Durch <ref-law> werde einerseits der Staat, sein Interesse an pflichtbewussten Amtsträgern, welche die ihnen anvertrauten hoheitlichen Befugnisse rechtmässig einsetzen, und andererseits der Bürger vor dem missbräuchlichen Einsatz der Staatsgewalt durch die Amtsträger und somit das Vertrauen der Öffentlichkeit in deren Integrität gesichert.
Es erübrigt sich daher, auf die Ausführungen des Beschwerdeführers einzugehen, weshalb entgegen der Vorinstanz die Tatbestände der Freiheitsberaubung (<ref-law>) und des Amtsmissbrauchs (<ref-law>) erfüllt sein sollten.
3.6 Die längere strafrechtliche Verjährungsfrist im Sinne von <ref-law> findet vorliegend demzufolge keine Anwendung, da sich der Anspruch des Beschwerdeführers nicht aus einer strafbaren Handlung herleitet, für die das Strafrecht eine längere Verjährung vorschreiben würde.
4. Der Beschwerdeführer rügt weiter sinngemäss eine Verletzung von <ref-law>, da das Obergericht die Verjährung seiner Ansprüche aus <ref-law> von Amtes wegen berücksichtigt habe, ohne dass die Beschwerdegegnerin eine entsprechende Einrede erhoben hätte. Die Beschwerdegegnerin habe in ihrer Klagebegründung ausgeführt, Ansprüche im Rahmen der vollzogenen fürsorgerischen Freiheitsentziehung aus <ref-law> wären längstens verjährt. Gegenüber Ansprüchen des Beschwerdeführers aus dem Obligationenrecht habe sie hingegen nie die Einrede der Verjährung erhoben.
Diese Rüge ist nicht stichhaltig. Denn der Richter ist nicht an die Begründung der Verjährungseinrede der Parteien gebunden. Liegt eine form- und fristgerecht erhobene Einrede vor, greift der Grundsatz iura novit curia in dem Sinn, dass das Gericht die Begründetheit der Einrede unter allen rechtlichen Aspekten zu überprüfen hat (BGE 66 II 234 S. 237; Urteil 4A_56/2008 vom 8. Oktober 2009 E. 9.1). Die Beschwerdegegnerin stellte in ihrer Klage vom 26. August 1999 das Rechtsbegehren, es sei festzustellen, dass dem Beschwerdeführer aufgrund seiner medizinischen Behandlung in der Zeit vom 23. April bis 20. Juni 1986 im Sanatorium X._ keinerlei Ansprüche gegen sie zustehen würden. In ihrer Klagebegründung führte sie aus, der Anspruch aus <ref-law> sei längst verjährt, worauf das Bezirksgericht mit Präsidialverfügung vom 9. September 1999 das Verfahren auf die Frage der Verjährung beschränkte. Die Beschwerdegegnerin erklärte unmissverständlich die Verjährungseinrede, indem sie in ihrer Klagebegründung beantragte, das Verfahren vorerst auf die Frage der Verjährung zu beschränken, da sie die in Betreibung gesetzte Forderung des Beschwerdeführers von über Fr. 2'000'000.-- als verjährt erachtete. Dass sie die Rechtsgrundlage (<ref-law>) explizit nannte, auf welche der Beschwerdeführer seine Forderung stützt, war indessen nicht erforderlich.
5. Weiter macht der Beschwerdeführer eine Verletzung seines Rechts auf Beweis, eine falsche Beweislastverteilung und eine Verkürzung des Beweisverfahrens geltend (<ref-law>, <ref-law> i.V.m. Art. 6 Ziff. 1 EMRK).
5.1 Er rügt, der Beweisauflagebeschluss des Obergerichts vom 23. August 2006 und das darauf beruhende Urteil vom 29. April 2008 würden <ref-law> verletzen.
Im Beweisauflagebeschluss vom 23. August 2006 wurde dem Beschwerdeführer unter anderem auferlegt, die Behandlung mit den Medikamenten in dem von ihm behaupteten Umfang und die Folgen der Behandlung zu beweisen. Mit dieser Beweislastverteilung hat das Obergericht <ref-law> nicht verletzt: Gemäss <ref-law> hat, wo es das Gesetz nicht anders bestimmt, jene Partei das Vorhandensein einer behaupteten Tatsache zu beweisen, die aus ihr Rechte ableitet. Der Beschwerdeführer leitet aus der medizinischen Behandlung in der Klinik der Beschwerdegegnerin und den daraus entstandenen Folgen Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche ab. Er behauptet, diese Ansprüche seien aufgrund der Anwendung der längeren Verjährungsfrist von <ref-law> nicht verjährt. Voraussetzung von <ref-law> ist, dass sich der zivil- und strafrechtliche Tatbestand auf dieselben Handlungen beziehen (<ref-ruling> E. 4b S. 540; <ref-ruling> E. 2c S. 8). Demzufolge ist es nicht bundesrechtswidrig, wenn dem Beschwerdeführer die Beweislast für das Vorliegen der medizinischen Behandlung und ihren Folgen, aus denen er seine Schadenersatz- und Genugtuungsansprüche sowie den Tatbestand der schweren Körperverletzung zur Begründung der längeren Verjährungsfrist ableiten will, auferlegt wurde. Der Umstand, dass dem Beschwerdeführer im vorliegenden Prozess die Parteirolle des Beklagten zukommt, ist diesbezüglich unerheblich, da die Parteirolle im Prozess nichts mit der Beweislast zu tun hat. Auch im negativen Feststellungsprozess trägt der Gläubiger für den Bestand seiner Forderung die Beweislast und führt daher Beweislosigkeit - als Folge der materiellen Rechtskraft des Feststellungsurteils - zum Anspruchsverlust (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 23 mit Hinweisen; Hans Schmid, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch I, Art. 1-456 ZGB, 3. Aufl. 2006, N. 41 zu <ref-law>). Dass lediglich die Beschwerdegegnerin genauere Kenntnis von der Sachlage gehabt oder nur sie über Beweismittel verfügt hätte, macht der Beschwerdeführer nicht geltend. Entsprechende Beweisschwierigkeiten würden denn auch nicht zu einer Umkehr der Beweislast führen. Indessen würde sich eine Weigerung der Beschwerdegegnerin zur Aussage oder Beweismittelvorlage gegebenenfalls im Rahmen der Beweiswürdigung zu ihrem Nachteil auswirken (vgl. 114 II 91 E. 3 S. 96; Max Kummer, in: Berner Kommentar, Schweizerisches Zivilgesetzbuch, Art. 1-10 ZGB, Bern 1966, N. 186 zu <ref-law>; Hans Schmid, a.a.O., N. 71 zu <ref-law>).
Nachdem sich die Schlussfolgerung, der objektive Tatbestand der schweren Körperverletzung liege nicht vor, als bundesrechtskonform erwiesen hat (Erwägung 3.3), erübrigt es sich, auf die Ausführungen des Beschwerdeführers zur Beweislast im Zusammenhang mit allfälligen Rechtfertigungsgründen und mit der behaupteten Verletzung von <ref-law>, Art. 183 und 312 StGB einzugehen. Soweit der Beschwerdeführer zudem das Opferhilfegesetz anruft und geltend macht, er sei Opfer im Sinne dieses Gesetzes, tut er nicht dar und ist nicht ersichtlich, inwiefern er daraus etwas Entscheidrelevantes zu seinen Gunsten ableiten will.
5.2 Wie bereits vorhergehend ausgeführt, ist der Beschwerdeführer nicht zu hören, soweit er sich mit seinen Willkürrügen und den Rügen der Verletzung des rechtlichen Gehörs direkt gegen das Urteil des Obergerichts richtet (Erwägung 1). Ebenso kann er nicht gehört werden, soweit er dem Obergericht eine Verletzung verschiedener kantonaler Bestimmungen, wie insbesondere §§ 17, 51, 61 der Krankenhausverordnung des Kantons Zürich sowie Bestimmungen kantonalen Prozessrechts, vorwirft.
5.3 Weiter wendet sich der Beschwerdeführer dagegen, dass im Prozess kein medizinisches Gutachten eingeholt wurde und seine eigene Beweisaussage nicht zugelassen worden sei. Zudem rügt er, dass mehrere Zeugen in ungenügender Weise befragt worden seien. Insbesondere seien nicht alle Zeugen über ihre persönlichen Beziehungen zu den Parteien befragt und es seien Ergänzungsfragen verweigert worden.
Das Kassationsgericht hat sich im Zirkulationsbeschluss vom 24. Juli 2009 eingehend mit den Vorbringen des Beschwerdeführers zu dem nicht eingeholten medizinischen Gutachten, zur persönlichen Befragung und zu den Zeugeneinvernahmen auseinandergesetzt. Es kam zum Schluss, dass diesbezüglich kein Nichtigkeitsgrund vorliege. Der Beschwerdeführer vermag mit seinen Ausführungen in der Beschwerdeschrift nichts vorzubringen, was diese Auffassung des Kassationsgerichts als unzutreffend ausweisen würde. Insbesondere ist weder eine Gehörsverletzung noch eine willkürliche Beweiswürdigung durch das Kassationsgericht dargetan.
6. Unter dem Titel "Unzulässige Klageänderung; Verletzung der Dispositionsmaxime" erhebt der Beschwerdeführer zum einen mehrere Rügen gegen das Urteil des Obergerichts (Verletzung des rechtlichen Gehörs, willkürliche Beweiswürdigung und willkürliche Anwendung der §§ 54, 61, 148, 281 Ziff. 1, 3 ZPO/ZH). Mit diesen kann er nicht gehört werden (vgl. Erwägung 1). Zum andern wirft er dem Kassationsgericht vor, es habe die von ihm dargelegten Umstände in haltloser Weise übergangen und die massgeblichen Normen qualifiziert falsch angewendet (<ref-law> i.V.m. §§ 54, 61, 148, 281 Ziff. 1 und 2 ZPO/ZH, Art. 60, 139, 142 OR, <ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK).
6.1 Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) folgt unter anderem die grundsätzliche Pflicht der Behörden, die Begründung ihres Entscheids so abzufassen, dass ihn der Betroffene gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Sie muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 3.2; je mit Hinweisen).
Das Kassationsgericht führte aus, das ursprüngliche Rechtsbegehren der Beschwerdegegnerin vor dem Obergericht habe auf Feststellung gelautet, dass dem Beschwerdeführer aufgrund seiner medizinischen Behandlung in der Zeit vom 23. April bis 20. Juni 1986 im Sanatorium X._ "keinerlei Ansprüche" gegen sie zustünden. Nunmehr laute dieses Rechtsbegehren auf die Feststellung, dass dem Beschwerdeführer "keine klagbaren Ansprüche" aus dieser Behandlung zustünden. Mit dem Attribut "klagbar" seien die Gegenstand des Verfahrens bildenden Ansprüche ausdrücklich eingegrenzt worden. Darin liege offensichtlich kein "aliud", sondern ein "minus". Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers komme es nicht darauf an, wie die Klage zunächst begründet worden sei. Auch wenn zutreffe, dass die Beschwerdegegnerin ihre Klage ursprünglich auf <ref-law> gestützt habe, habe dies nicht zur Folge, dass deswegen von einer Klageänderung im Sinne von <ref-law>/ZH auszugehen wäre. Entscheidend sei, dass die Identität der Klage gewahrt bleibe. Ohne Klageänderung könne daher auch im Berufungsverfahren ein anderer Rechtsgrund für den eingeklagten Anspruch geltend gemacht werden, was schon daraus folge, dass der Richter das Klagebegehren von Amtes wegen unter allen rechtlichen Gesichtspunkten zu prüfen habe (<ref-law>/ZH). Auch im Falle der negativen Feststellungsklage sei somit unerheblich, mit welcher Begründung der Richter diese gutgeheissen habe.
Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers begründete das Kassationsgericht damit seinen Entscheid nachvollziehbar und legte dar, auf welche Gründe sich seine erlangte Überzeugung gestützt hat. In verfassungsrechtlicher Hinsicht war es nicht erforderlich, dass sich das Kassationsgericht mit jedem Vorbringen in der Nichtigkeitsbeschwerde des Beschwerdeführers auseinandersetzte. Inwiefern das Kassationsgericht zudem gegen das Willkürverbot verstossen hätte, ist ebenfalls nicht ersichtlich, soweit die entsprechende Rüge des Beschwerdeführers überhaupt als rechtsgenüglich begründet betrachtet werden kann.
6.2 Der Beschwerdeführer verkennt weiter, dass es nicht Aufgabe der Beschwerdegegnerin war, darzulegen, dass sie für die Ansprüche aus medizinischer Behandlung hafte und passivlegitimiert sei. Vielmehr war es an ihm als Gläubiger der in Betreibung gesetzten Forderung darzutun, dass die Beschwerdegegnerin als Haftungssubjekt in Frage kam. Der Beschwerdeführer rügt zu Unrecht, dass im Verhalten der Beschwerdegegnerin ein Treu und Glauben widersprechendes venire contra factum proprium zu erblicken sei, indem diese vorgebracht habe, sie sei betreffend Ansprüche aus <ref-law> nicht passivlegitimiert und allfällige Ansprüche aus <ref-law> seien verjährt. Zudem ist - entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers - auch keine Bundesrechtsverletzung im Zusammenhang mit der Klageidentität zu erblicken.
6.3 Zu Recht führt der Beschwerdeführer hingegen aus, dass verjährte Ansprüche nicht per se unklagbar, sondern bloss einredebelastet sind. Dies bedeutet, dass nur die effektive Erhebung der Einrede der Verjährung die klageweise Durchsetzung der verjährten Forderung verunmöglicht (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 189). Insofern trifft es zu, dass sich die Formulierung im Dispositiv des Urteils des Obergerichts vom 29. April 2008 als unglücklich gewählt erweist, wonach "dem Beschwerdeführer für allfällige Folgen seiner Behandlung in der Klinik der Beschwerdegegnerin vom 23. April bis 20. Juni 1986 weder klagbare Schadenersatz- noch Genugtuungsansprüche zustehen". Eine Abänderung des Urteilsdispositivs wird indessen nicht beantragt und wäre auch nicht erforderlich. Denn aus der Begründung des Obergerichts ergibt sich klar, dass dieses zum Schluss kam, allfällige Ansprüche des Beschwerdeführers gegen die Beschwerdegegnerin für Folgen der medizinischen Behandlung in deren Klinik vom 23. April bis am 20. Juni 1986 seien verjährt und demzufolge gegen den Willen der Beschwerdegegnerin nicht mehr gerichtlich durchsetzbar. Das Urteilsdispositiv ist demzufolge in diesem Sinne zu verstehen.
7. Unter dem Titel "Zwangsbehandlung, FFE, Eintritt" bringt der Beschwerdeführer vor, es würden Zwangsmassnahmen vorliegen, die weder durch die Bestimmungen der fürsorgerischen Freiheitsentziehung gerechtfertigt waren noch sich sonst auf eine andere Rechtsgrundlage stützen könnten. Diese seien als rechtswidrige Handlungen namentlich bei der Prüfung der objektiven Tatbestandselemente der schweren Körperverletzung miteinzubeziehen. Sofern das Obergericht ausgeführt habe, die Behandlung unmittelbar nach dem Eintritt des Beschwerdeführers in die Klinik und die Unterbringung im Isolierzimmer seien im Zusammenhang mit der fürsorgerischen Freiheitsentziehung gestanden und daher im vorliegenden Verfahren, in dem es um Ansprüche gestützt auf die medizinische Behandlung gehe, nicht relevant, habe es Bundesrecht verletzt.
In tatbeständlicher Hinsicht steht fest, dass der Beschwerdeführer während der ganzen Dauer seines Aufenthalts in der Klinik medizinisch behandelt wurde und in einem Zimmer untergebracht war, das sich auch als Isolierzelle verwenden liess. Da der Beschwerdeführer geltend macht, er sei während seines gesamten Klinikaufenthalts widerrechtlich sowohl mit Medikamenten behandelt als auch zwangsisoliert worden, spielt es für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens keine Rolle, ob die medizinische Behandlung und die Unterbringung des Beschwerdeführers in der ersten Phase unmittelbar nach seinem Klinikeintritt noch unter die Bestimmungen über die fürsorgerische Freiheitsentziehung (<ref-law>) oder bereits unter diejenigen der unerlaubten Handlungen (<ref-law>) fallen würden. Entscheidend ist vorliegend allein, ob sich der Nachweis erbringen lässt, dass ein Organ der Beschwerdegegnerin die objektiven und subjektiven Tatbestandsvoraussetzungen eines Straftatbestandes, der eine längere Verjährungsfrist nach <ref-law> zur Folge hätte, erfüllen würde. Die Frage, wie lange die noch in den Bereich der fürsorgerischen Freiheitsentziehung fallende erste Phase der Behandlung und Unterbringung des Beschwerdeführers in der Klinik dauerte, ist für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens indessen ohne Belang.
Zudem zeigt der Beschwerdeführer mit seinen Ausführungen nicht rechtsgenüglich auf, inwiefern welche vom Obergericht unberücksichtigten Handlungen den objektiven Tatbestand der schweren Körperverletzung nach <ref-law> zu erfüllen vermöchten. Insbesondere vermag er mit seinem ungenügend substantiierten Vorbringen, es sei ihm eine Injektion von Haldol und Nozinan verabreicht worden, keine schwere Körperverletzung nachzuweisen.
8. Der Beschwerdeführer rügt weiter eine Verletzung von <ref-law>, da ihm im vorinstanzlichen Verfahren das Recht auf unentgeltliche Rechtspflege infolge Aussichtslosigkeit nicht gewährt wurde.
Diese Rüge ist unbegründet. Mit Beschluss vom 21. Juli 2004 entzog das Obergericht dem Beschwerdeführer die unentgeltliche Rechtspflege. Die dagegen erhobene Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht ab, soweit es darauf eintrat, und die gegen den Beschluss des Kassationsgerichts erhobene staatsrechtliche Beschwerde wurde vom Bundesgericht mit Urteil 4P.105/2005 vom 31. August 2005 ebenfalls abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden konnte. Das erneute Begehren des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wies das Obergericht mit Beschluss vom 29. April 2008 wiederum wegen Aussichtslosigkeit ab. Inwiefern sich die Situation seit dem Bundesgerichtsurteil vom 31. August 2005 verändert hätte, zeigt der Beschwerdeführer mit seinen Ausführungen in der Beschwerdeschrift nicht auf. Er behauptet zwar eine gegenüber dem ursprünglichen Gesuch veränderte Sachlage, indem er vorbringt, in Bezug auf die Zahl der Ärzte der Klinik und die Rolle von Dr. D._ sei vom Obergericht eine Annahme getroffen worden, die sich später als falsch entpuppt habe. Inwiefern sich dadurch an der im Bundesgerichtsurteil vom 31. August 2005 festgestellten Aussichtslosigkeit etwas geändert haben sollte, ist nicht nachvollziehbar. Das Obergericht und das Kassationsgericht haben demnach nicht gegen <ref-law> verstossen, indem sie dem Beschwerdeführer die unentgeltliche Rechtspflege nicht gewährten. Zudem liegt entgegen dem Beschwerdeführer in diesem Zusammenhang keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor.
9. Zum Schluss seiner über hundertseitigen Beschwerdeschrift bringt der Beschwerdeführer unter generellem Verweis auf seine Begründungen pauschal vor, die Art. 3, 5, 6, 8, 13 und 41 EMRK seien verletzt.
In der Beschwerdeschrift fehlen indessen rechtsgenügliche Auseinandersetzungen zur behaupteten Verletzung dieser Konventionsrechte. Sofern der Beschwerdeführer jeweils an einzelne Rügen pauschal anfügt, die EMRK sei dadurch ebenso verletzt, vermag er der qualifizierten Rügepflicht von <ref-law> nicht zu genügen und kann er damit nicht gehört werden. Wie vorhergehend ausgeführt, prüft das Bundesgericht Rügen der Verletzung von Grundrechten nur, insofern solche präzise vorgebracht und genügend begründet worden sind (vgl. Erwägung 1.3).
10. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 15'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 17'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. März 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer