Fatti:
A. La A._AG è proprietaria del fondo part. n. 313 di Gambarogno (Vira). Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, il 18 dicembre 2006 il Consiglio comunale di Vira Gambarogno ha adottato una variante di piano regolatore che, in particolare, assegnava la maggior parte del fondo alla zona agricola e la parte rimanente a quella forestale. Con sentenza del 23 maggio 2011, il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto, in quanto ricevibile, un ricorso presentato dalla proprietaria contro la decisione di approvazione della variante da parte del Consiglio di Stato. Essa ha in seguito impugnato la sentenza della Corte cantonale con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, tuttora pendente (causa 1C_296/2011).
B. Frattanto, il 18 febbraio 2009, il Consiglio consortile del consorzio per il piano regolatore dei Comuni del Gambarogno ha adottato la revisione del piano regolatore di Gambarogno, nell'ambito della quale il fondo part. n. 313 è stato inserito nel perimetro del piano particolareggiato di Vira (PP2). Contro la decisione governativa di approvazione del piano, del 21 luglio 2011, la A._AG ha adito il Tribunale cantonale amministrativo con un ricorso del 13 settembre 2011, chiedendo contestualmente la ricusa dei giudici e del vicecancelliere che avevano partecipato al precedente giudizio del 23 maggio 2011.
C. Con sentenza del 9 novembre 2011, il Tribunale cantonale amministrativo, nella stessa composizione che aveva statuito il 23 maggio 2011, si è pronunciato sull'istanza di ricusa, ritenendola manifestamente infondata e dichiarandola irricevibile.
D. La A._AG impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di dichiarare nullo il giudizio impugnato e di rinviare la causa alla Corte cantonale, affinché, sull'istanza di ricusa, statuisca l'autorità prevista dalla legge. In via subordinata, chiede di accogliere l'istanza di ricusa e di rinviare gli atti alla Corte cantonale, affinché l'istruzione e la decisione della causa di merito siano affidate a un'autorità regolarmente costituita. La ricorrente, che postula pure di conferire al gravame l'effetto sospensivo, fa essenzialmente valere la violazione degli art. 6 n. 1 CEDU, 29 cpv. 1 e 30 cpv. 1 Cost.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1. 1.1 La criticata decisione, che non pone fine alla causa concernente la revisione del piano regolatore, costituisce una decisione incidentale sulla competenza e la ricusazione notificata separatamente. Contro simili decisioni, il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>) è, di massima, ammissibile (<ref-law>). Tali decisioni non possono più essere impugnate ulteriormente (<ref-law>).
1.2 La tempestività del gravame (<ref-law>) e la legittimazione della ricorrente (<ref-law>) sono pacifiche. È parimenti adempiuto il requisito dell'esaurimento delle istanze cantonali (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF).
2. 2.1 Secondo la ricorrente, i giudici ed il vicecancelliere che hanno partecipato al giudizio del 23 maggio 2011 potrebbero essere prevenuti nello statuire sul suo ricorso del 13 settembre 2011 contro la revisione del piano regolatore, dal momento che, in quel giudizio, si sarebbero già espressi su aspetti rilevanti, segnatamente formulando l'auspicio che il nuovo piano regolatore prevedesse una zona agricola in senso ampio, non limitata ai terreni idonei alla coltivazione.
2.2 La Corte cantonale ha rilevato che, per il rinvio dell'art. 32 cpv. 1 della legge ticinese di procedura per le cause amministrative del 19 aprile 1966 (LPamm), sono applicabili i motivi di ricusazione previsti dal Codice di procedura civile. Ha ritenuto che in concreto entrava in linea di conto unicamente l'ipotesi dell'art. 47 cpv. 1 lett. b del Codice di procedura civile, del 19 dicembre 2008 (CPC; RS 272), secondo cui chi opera in seno a un'autorità giudiziaria si ricusa se ha partecipato alla medesima causa in altra veste, segnatamente come membro di un'autorità, patrocinatore di una parte, perito, testimone o mediatore. La ricorrente non fa valere, tantomeno con una motivazione conforme all'<ref-law>, una violazione di questa norma, che i giudici cantonali non hanno ritenuto essere stata disattesa trattandosi di due procedure distinte. Richiama piuttosto la garanzia costituzionale dell'indipendenza e imparzialità dei giudici prevista dagli art. 6 n. 1 CEDU e 30 cpv. 1 Cost., adducendo sostanzialmente che la partecipazione dei giudici e del vicecancelliere ricusati al giudizio del 23 maggio 2011 sarebbe idonea a suscitare una loro apparenza di prevenzione, se dovessero statuire anche sul nuovo ricorso, che pure verte sul trattamento pianificatorio del fondo part. n. 313. La giurisprudenza ha tuttavia ritenuto a più riprese compatibile con la garanzia costituzionale dell'indipendenza e dell'imparzialità dei giudici la partecipazione di un magistrato ad altre decisioni precedenti. Di massima, né l'<ref-law> né l'art. 6 n. 1 CEDU esigono infatti che un giudice debba ricusarsi a motivo che in un precedente stadio del processo abbia reso una decisione sfavorevole all'interessato (DTF 116 la 135 consid. 3a e b). Per valutare l'eventuale esistenza di prevenzione quando un giudice ha già partecipato alla causa in uno stadio anteriore, occorre esaminare se l'esito della vertenza sugli argomenti rimasti aperti non sia già predeterminato, ma sia ancora effettivamente indeciso riguardo all'accertamento dei fatti e alla risoluzione delle questioni giuridiche, tenuto conto in particolare del potere d'esame spettante al giudice (<ref-ruling> consid. 6.2.1; <ref-ruling> consid. 1.2 e rinvii, 113 consid. 3.4; sentenza 1B_264/2009 del 18 novembre 2009 consid. 2.4, in: RtiD II-2010 pag. 38).
2.3 Con la sentenza del 23 maggio 2011 i giudici cantonali hanno statuito sulla variante di piano regolatore che concerneva il fondo della ricorrente e una particella confinante, confermando in sostanza il mancato inserimento di tale fondo nella zona edificabile e la sua assegnazione alla zona agricola. In quella sede, i giudici non si sono pronunciati sull'approvazione della revisione del piano regolatore, oggetto di una diversa procedura. Né essi si sono in particolare espressi sull'inclusione del fondo part. n. 313 nel perimetro del piano particolareggiato PP2. L'esito del ricorso del 13 settembre 2011 non risulta in alcun modo essere stato predeterminato dai giudici cantonali nel giudizio del 23 maggio 2011 e rimane tuttora aperto. Il fatto ch'essi hanno formulato in quella sentenza l'auspicio che il nuovo piano regolatore prevedesse una zona agricola che comprendesse anche i terreni che dovevano esservi attribuiti nell'interesse generale e non solo quelli strettamente idonei alla coltivazione, non basta di certo a fondare un sospetto di prevenzione. Si tratta infatti di una considerazione di carattere generale, che non riguarda direttamente il trattamento pianificatorio del fondo della ricorrente, per il quale l'idoneità all'agricoltura era già stata accertata dalle autorità inferiori e confermata dai giudici cantonali nella sentenza medesima. Con il citato auspicio, i giudici ricusati, in ogni modo, non hanno preteso che occorresse necessariamente istituire, nell'ambito della pendente revisione pianificatoria, una zona agricola in senso ampio per includervi il fondo della ricorrente. A ragione la Corte cantonale ha quindi ritenuto l'istanza di ricusa manifestamente infondata e per questo motivo, come è consentito dalla giurisprudenza, l'ha decisa essa stessa direttamente (cfr. <ref-ruling> consid. 1; sentenza 1C_9/2010 del 14 dicembre 2010 consid. 5.1 e riferimenti).
3. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (<ref-law>).
L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Municipio di Gambarogno, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino nonché all'Ufficio federale dello sviluppo territoriale.