Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer hat den Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen, obere kantonale Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs, vom 22. September 2011 betreffend Konkursandrohung mit Eingabe vom 30. September 2011 beim Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen angefochten. Er beantragt die Beseitigung der Konkursandrohung. Die Aufsichtsbehörde hat erwogen, der Entscheid der unteren Aufsichtsbehörde, des Kreisgerichts Wil, vom 31. August 2011 sei gleichentags per Gerichtsurkunde versandt worden und der Beschwerdeführer habe ihn am 3. September 2011 in Empfang genommen. Die zehntägige Rechtsmittelfrist gemäss <ref-law> (für die Beschwerde an die obere Aufsichtsbehörde) habe demnach vom 4. September bis 13. September 2011 gedauert. Die am 15. September 2011 der Post übergebene Beschwerde sei somit verspätet.
2. In der Beschwerde ist in Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, welche Rechte der beschwerdeführenden Partei durch das kantonale Gericht verletzt worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245), wobei eine allfällige Verletzung verfassungsmässiger Rechte vom Bundesgericht nicht von Amtes wegen geprüft wird, sondern nur dann, wenn solche Rügen in der Beschwerdeschrift ausdrücklich erhoben und begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 234).
Der Beschwerdeführer setzt sich in seiner Eingabe mit den Erwägungen des Entscheids des Kantonsgerichts St. Gallen, obere kantonale Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs, vom 22. September 2011 gar nicht auseinander und zeigt nicht auf, inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hat. Die obere Aufsichtsbehörde hat sich wegen der verspäteten Beschwerde nicht mit der Frage befasst, ob die Konkursandrohung rechtens war. Diese Frage ist somit auch nicht Gegenstand des bundesgerichtlichen Verfahrens und kann folglich vom Bundesgericht nicht behandelt werden.
3. Auf die offensichtlich unzulässige Beschwerde ist somit im vereinfachten Verfahren (<ref-law>) durch die Präsidentin der Abteilung unter Kostenfolge für den Beschwerdeführer (<ref-law>) nicht einzutreten.

Demnach erkennt die Präsidentin:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Betreibungsamt Z._ und dem Kantonsgericht St. Gallen, obere kantonale Aufsichtsbehörde für Schuldbetreibung und Konkurs, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Oktober 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Zbinden