(Entlassung aus Sicherheitshaft), hat sich ergeben:
A.- R._ wird vorgeworfen, in der Nacht vom 9.
auf den 10. August 1999 gemeinsam mit M._ die in Zürich angetroffene L._ in die Wohnung des Letzteren eingeladen, sie dort festgehalten und mehrfach vergewaltigt zu haben. R._ befindet sich seit dem 12. August 1999 in Untersuchungs- bzw. Sicherheitshaft. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich geht in ihrer Anklageschrift vom 12. Januar 2000 hinsichtlich des Tathergangs davon aus, dass die Geschädigte die beiden Männer am Abend des 9. August 1999 in der Bäckeranlage in Zürich traf und sich einige Zeit später mit M._ in dessen Wohnung begab, wobei ihnen R._ etwas später nachgefolgt sei. Die Geschädigte sei dann, als sie die Wohnung habe verlassen wollen, am Weggehen gehindert worden. Nach einem vergeblichen Fluchtversuch über den Balkon, auf dem die Geschädigte um Hilfe gerufen habe, sei sie von den beiden Männern mehrfach vergewaltigt worden.
Die 4. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich sprach R._ und M._ mit Urteil vom 30. März 2000 von den Vorwürfen der mehrfachen Vergewaltigung und der Freiheitsberaubung frei und bestrafte Ersteren wegen einfacher Körperverletzung zu 14 Tagen Gefängnis; auf die Schadenersatz- und Genugtuungsbegehren der Geschädigten L._ trat sie nicht ein. Weiter sprach das Bezirksgericht R._ und M._ eine Genugtuung von Fr. 12'000.-- resp. Fr. 6'000.-- zu. Die schriftliche Urteilsbegründung steht noch aus. Im Anschluss an die Hauptverhandlung verfügte der Vorsitzende der 4. Abteilung des Bezirksgerichts Zürich die Entlassung aus der Sicherheitshaft. Im Hinblick auf eine allfällige Berufung verfügte die Bezirksanwaltschaft Zürich gleichentags in Bezug auf beide Angeschuldigte Sicherheitshaft wegen Fluchtgefahr. Am 31. März 2000 erhob die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich Berufung gegen das bezirksgerichtliche Urteil und beantragte dem Zürcher Obergericht die Bestätigung der vorläufig verfügten Sicherheitshaft.
Der Präsident der II. Strafkammer des Obergerichts holte von den beiden Angeklagten eine Stellungnahme ein und bestätigte mit Verfügung vom 13. April 2000 die von der Bezirksanwaltschaft vorläufig angeordnete Sicherheitshaft.
B.- Gegen diese Präsidialverfügung haben beide Angeklagte staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht erhoben (zum Beschwerdeverfahren in Sachen M._: s. Dossier 1P.300/2000). R._ beantragt die Aufhebung der angefochtenen Verfügung sowie die unverzügliche Entlassung aus der Sicherheitshaft, wobei ihm für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren sei.
Die Staatsanwaltschaft beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf eine Stellungnahme ausdrücklich verzichtet. Der Beschwerdeführer hat zu den Ausführungen der Staatsanwaltschaft eine Replik eingereicht.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der bei ihm eingereichten Beschwerden von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1a S. 299 mit Hinweisen).
b) Der Beschwerdeführer ist durch die angefochtene Verfügung betreffend Bestätigung der angeordneten Sicherheitshaft in seinen rechtlich geschützten Interessen betroffen und zur Erhebung der staatsrechtlichen Beschwerde wegen Verletzung der angerufenen Verfassungsrechte legitimiert (Art. 86 f. OG). Sein Antrag auf Haftentlassung ist in Abweichung vom Grundsatz der kassatorischen Natur der staatsrechtlichen Beschwerde zulässig, da im Falle einer nicht gerechtfertigten strafprozessualen Haft die von der Verfassung geforderte Lage nicht schon mit der Aufhebung der angefochtenen Verfügung, sondern erst mit einer positiven Anordnung wiederhergestellt werden kann (<ref-ruling> E. 4a und b S. 332 f.; <ref-ruling> E. 1a; je mit Hinweisen).
Nach Art. 90 Abs. 1 lit. b OG muss eine staatsrechtliche Beschwerde die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind.
Im staatsrechtlichen Beschwerdeverfahren prüft das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene Rügen (vgl. <ref-ruling> E. 1b, 71 E. 1c; <ref-ruling> E. 1c). Der Beschwerdeführer bringt vor, der zuständige Bezirksanwalt habe gegenüber der Presse erklärt, der bezirksgerichtliche Freispruch komme einer Aufforderung zur Vergewaltigung gleich, und die Staatsanwaltschaft habe den entsprechenden Zeitungsbericht dem Haftbestätigungsantrag beigelegt; damit hätten die Strafverfolgungsbehörden in einer gegen die verfassungsmässigen Grundsätze des fairen Verfahrens sowie der Unschuldsvermutung verstossenden Weise den Haftrichter in der Entscheidfindung beeinflusst. Indessen legt der Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern aus dem angefochtenen Entscheid konkret hervorgehen würde, dass sich der Haftrichter von der behaupteten Stellungnahme des Bezirksanwalts hätte leiten lassen. Die Beschwerde hält insofern den erwähnten Begründungsanforderungen nicht stand, weshalb auf die entsprechenden Rügen nicht eingetreten werden kann.
2.- a) Der Freiheitsentzug stellt einen Eingriff in das Recht auf persönliche Freiheit dar, das in der am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen neuen Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV) ausdrücklich in den Art. 10 Abs. 2 und 31 gewährleistet ist. Dieser Eingriff ist - wie bereits unter der Herrschaft der Bundesverfassung vom 29. Mai 1874 (aBV), als die persönliche Freiheit als ungeschriebenes Verfassungsrecht Gültigkeit hatte - nur zulässig, wenn er auf einer ausreichenden gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist; zudem ist der Kerngehalt der persönlichen Freiheit unantastbar: Diese darf weder völlig unterdrückt noch ihres Gehalts als Institution der Rechtsordnung entleert werden (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 4a, 124 I 80 E. 2c mit Hinweisen, je zur aBV; vgl. Botschaft des Bundesrates vom 20. November 1996 über eine neue Bundesverfassung, BBl 1997 I, S. 185 f. und 194 ff.). Art. 5 EMRK geht in seinem Gehalt nicht über den verfassungsmässigen Anspruch auf persönliche Freiheit hinaus. Indessen berücksichtigt das Bundesgericht bei der Konkretisierung dieses Anspruchs auch die Rechtsprechung der Konventionsorgane (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2c mit Hinweisen). Das Bundesgericht prüft im Hinblick auf die Schwere des Eingriffs die Auslegung und Anwendung des einschlägigen kantonalen Rechts mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 3a). Soweit jedoch reine Sachverhaltsfeststellungen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht grundsätzlich nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der kantonalen Instanz willkürlich sind (BGE <ref-ruling> E. 3a und 268 E. 2d; <ref-ruling> E. 1; je mit Hinweisen).
b) Nach § 67 Abs. 2 in Verbindung mit § 58 Abs. 1 Ziff. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich (StPO/ZH) kann nach erfolgter Anklageerhebung Sicherheitshaft angeordnet werden, wenn der Angeschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird und ausserdem aufgrund bestimmter Anhaltspunkte ernsthaft befürchtet werden muss, er werde sich der Strafverfolgung oder der zu erwartenden Strafe durch Flucht entziehen.
aa) In der angefochtenen Verfügung hat der Präsident der II. Strafkammer des Obergerichts unter Verweis auf die betreffenden Aktenstellen dargelegt, der dringende Tatverdacht betreffend mehrfache Vergewaltigung und Freiheitsberaubung ergebe sich aus einer summarischen Prüfung der vorhandenen Beweismittel. Demnach erwiesen sich die belastenden Aussagen der Geschädigten trotz einiger widersprüchlicher Äusserungen insgesamt als recht glaubhaft und zumindest nicht als derart abwägig und lebensfremd, dass der Sachrichter klar zu einem Freispruch gelangen müsste. Dies gelte umso mehr, als die Geschädigte im Zusammenhang mit der Schilderung der dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Tathandlungen zahlreiche Details bei jeder Befragung gleich beschrieben habe, was grundsätzlich gegen ein Lügengebilde spreche. Ferner werde der Vergewaltigungsvorwurf durch die Aussagen des Zeugen B._ gestützt, dem eine neutrale Stellung zukomme. Sodann ergebe sich aus den Akten kein plausibles Motiv für allfällige falsche Anschuldigungen.
Demgegenüber enthielten die Aussagen der beiden Angeklagten sowohl in sich als auch im Verhältnis zueinander in wesentlichen Punkten klare Widersprüche, obwohl erstellt sei, dass sich zur fraglichen Zeit beide in der Wohnung von M._ befunden hätten.
bb) Der besondere Haftgrund der Fluchtgefahr wird in der angefochtenen Bestätigung der Haftanordnung mit der Begründung bejaht, der Beschwerdeführer weise keine beachtlichen Beziehungen zur Schweiz auf. Vor seiner Verhaftung habe er sich während rund vier Monaten in der Schweiz aufgehalten und verfüge hier weder über eine feste Arbeitsstelle noch über persönliche Bindungen. Hinzu komme, dass er im Falle eines Schuldspruchs mit einer erheblichen Freiheitsstrafe zu rechnen hätte.
c) Der Beschwerdeführer betrachtet die Voraussetzungen für die Anordnung der Sicherheitshaft mangels Vorliegens eines dringenden Tatverdachts betreffend mehrfacher Vergewaltigung und Freiheitsberaubung als nicht gegeben. Er macht geltend, die gegenteilige Annahme in der angefochtenen Verfügung sei aktenwidrig und damit willkürlich, nachdem das Bezirksgericht ihn von diesen Vorwürfen freigesprochen habe und die Staatsanwaltschaft in ihrem Haftbestätigungsantrag an das Obergericht nicht ausreichend aufgezeigt und belegt habe, in welchen Punkten sie das bezirksgerichtliche Urteil als anfechtbar erachte. Vielmehr habe sie sich auf die Wiederholung der Argumente beschränkt, die bereits der Untersuchungsrichter bei der Begründung seiner Anträge in seinem Plädoyer vorgebracht habe und mit denen sich das Bezirksgericht als Kollegialbehörde inzwischen gründlich und mit voller Kognition auseinander gesetzt habe. Völlig unverständlich sei in diesem Zusammenhang, dass die Bestätigung der Sicherheitshaft auf die Aussagen des Zeugen B._ gestützt werde, obwohl sich dieser gar nicht in der fraglichen Wohnung aufgehalten habe, sondern nur die Erzählungen der Geschädigten habe wiedergeben können. Nicht nachvollziehbar sei auch die Feststellung, wonach aus den Akten kein plausibles Motiv ersichtlich sei, weshalb die Geschädigte die beiden Angeklagten falsch hätte anschuldigen sollen. Diesbezüglich sei im Plädoyer der Verteidigung auf mögliche Motive für ein solches Verhalten hingewiesen und etwa erwähnt worden, dass die Geschädigte dem Beschwerdeführer mit einer polizeilichen Anzeige gedroht habe für den Fall, dass er ihr den verlangten Betrag von Fr. 100.-- nicht bezahlen sollte.
Schliesslich sei die Haftbestätigung auch deshalb willkürlich, weil dem Beschwerdeführer darin ohne ausführlichere Angaben ein widersprüchliches Aussageverhalten vorgeworfen werde.
d) aa) Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des allgemeinen Haftgrundes des dringenden Tatverdachts keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen oder etwa eine umfassende Bewertung der Glaubwürdigkeit der den Beschwerdeführer belastenden Personen.
Macht ein Inhaftierter geltend, er befinde sich ohne ausreichenden Tatverdacht in strafprozessualer Haft, ist vielmehr zu prüfen, ob konkrete Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der Beschwerdeführer eine Straftat begangen hat, die kantonalen Behörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften (<ref-ruling> E. 3c). Das Prinzip, wonach mit fortschreitendem Verfahren ein immer strengerer Massstab an die Erheblichkeit und Konkretheit des Tatverdachts gestellt wird, verlangt dabei nicht, dass der Haftrichter immer neue, zusätzliche Verdachtsmomente darlegen müsste. Wenn von Anfang an, etwa aufgrund einer Zeugenaussage, ein erheblicher Verdacht vorhanden ist, genügt es für die Annahme des dringenden Tatverdachts, dass sich dieser nicht durch andere Umstände oder neue Vorbringen des Haftinsassen verflüchtigt (vgl. unveröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 31. August 1999 i.S. T., E. 3a).
bb) Der Haftrichter hat zur Begründung des dringenden Tatverdachts sinngemäss erwogen, die Aussagen der Geschädigten und des Zeugen B._ seien in sich schlüssiger als diejenigen des Beschwerdeführers und des Mitangeklagten.
Die entsprechenden Ausführungen stützen sich entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers überwiegend auf konkrete Aktenstellen und halten damit den verfassungsmässigen Begründungsanforderungen stand (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2c). Dass der Haftrichter dabei dem Umstand besonderes Gewicht beimass, wonach die Geschädigte im Verlauf des Strafverfahrens verschiedenste Einzelheiten zum Tathergang immer gleichbleibend schilderte, ist vertretbar. Dies gilt auch hinsichtlich der haftrichterlichen Würdigung der von der Verteidigung vorgebrachten Motive für die der Geschädigten unterstellten Falschanschuldigungen: Dass der Haftrichter den Tatverdacht dennoch als gegeben erachtete, ist nicht zu beanstanden. Insofern erweist sich auch der im vorliegenden Verfahren wiederholte Einwand, wonach die Geschädigte den Beschwerdeführer deshalb angezeigt habe, weil er ihr den verlangten Betrag von Fr. 100.-- nicht habe leisten wollen, nicht als stichhaltig. Ebenfalls nicht zu beanstanden ist die Berücksichtigung der Aussagen des Zeugen B._, da dieser nach dem fraglichen Vorfall die erste Ansprechperson der Geschädigten war. Insgesamt bestehen demnach ausreichend konkrete und erhebliche Anhaltspunkte für die Annahme eines dringenden Tatverdachts, zumal sich aus den Akten Hinweise darauf ergeben, dass die Geschädigte auf dem Balkon der fraglichen Wohnung um Hilfe rief und dabei von Anwohnern gehört wurde. Der bezirksgerichtliche Freispruch vermag diese Verdachtsmomente nicht von vornherein umzustossen, da er noch nicht in Rechtskraft erwachsen ist.
Deshalb wird entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers mit dem Bejahen des Tatverdachts weder unzulässig in die Kompetenzen des Bezirksgerichts eingegriffen noch das Sachurteil des Berufungsgerichts vorweggenommen. Mithin ist es nicht schon im Grundsatz willkürlich, wenn der Haftrichter aufgrund seiner unterschiedlichen Funktion im Rahmen des Strafverfahrens die Beweise anders würdigt als das erkennende Strafgericht (s. oben E. 3d/aa und unten E. 4b).
3.- a) Der Beschwerdeführer macht geltend, der Haftrichter habe beim Erlass der angefochtenen Verfügung <ref-law>/ZH in einer Weise ausgelegt, die gegen das verfassungsmässige Prinzip des fairen Verfahrens gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK verstosse: Da bei der nach <ref-law>/ZH für den Fall einer Verurteilung des Angeklagten vorgesehenen Zuständigkeit des Bezirksgerichtspräsidenten zum Entscheid über die Anordnung der Sicherheitshaft keine ordentliche Rechtsmittelmöglichkeit bestehe, müsse dies auch für den umgekehrten Fall gelten, wonach der Gerichtspräsident gestützt auf einen Freispruch die Entlassung des Angeklagten aus der Sicherheitshaft verfüge. Folglich gehe es nicht an, dass der Präsident des Berufungsgerichts sich mittels einer neuen Haftanordnung über den Haftentlassungsentscheid des Gerichtspräsidenten hinwegsetze; dies gelte umso mehr, als sich dieser auf die umfassend erfolgte Beweiswürdigung des in der Sache selbst zuständigen Bezirksgerichts stütze und der Entscheid des Präsidenten des Berufungsgerichts nicht mit einem ordentlichen Rechtsmittel anfechtbar sei.
Schliesslich müsse unter diesen Umständen sowie angesichts der Schwere des mit einem Freiheitsentzug verbundenen Eingriffs die Aufrechterhaltung der Haft als unverhältnismässige Beschränkung der persönlichen Freiheit betrachtet werden, zumal keine Gründe ersichtlich seien, die das bezirksgerichtliche Urteil als offensichtlich fehlerhaft erscheinen liessen.
b) Zuständig zur Anordnung der Sicherheitshaft ist nach § 67 Abs. 1 Ziff. 2 in Verbindung mit <ref-law>/ZH in Sachen des Bezirksgerichts dessen Präsident. Sind die Akten dem Berufungsgericht zugestellt, so ist der Präsident des Berufungsgerichts zur Haftanordnung zuständig (<ref-law>/ZH). Ausnahmsweise kann auch die Anklagebehörde die Sicherheitshaft verfügen; sie stellt beim Präsidenten des Berufungsgerichts schriftlich begründeten Antrag auf Bestätigung der vorsorglichen Massnahme, wobei dieser endgültig über die Haftanordnung entscheidet (<ref-law>/ZH). Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers kann diesen Bestimmungen nicht entnommen werden, dass der Präsident des Berufungsgerichts nur dann Sicherheitshaft anordnen könnte, wenn er den konkreten Tatverdacht nicht in Bezug auf dieselben Vorwürfe bejaht, von denen das Bezirksgericht den Angeklagten freigesprochen hat. Auch wenn sich die Situation, in der ein Angeklagter infolge Weiterzugs eines Freispruchs durch die Strafverfolgungsbehörden vom Haftrichter erneut in Sicherheitshaft gesetzt wird, praktisch selten ergeben dürfte, so lässt dies nicht den Schluss zu, der Haftrichter wäre in rechtlicher Hinsicht generell an die Beurteilung durch das Sachgericht gebunden; vielmehr hat er auch hier den von den Strafverfolgungsbehörden vertretenen Standpunkt bei seiner Entscheidfindung zu berücksichtigen (vgl.
dazu auch das zum bernischen Strafverfahrensrecht ergangene unveröffentlichte Urteil des Bundesgerichts vom 29. März 2000 i.S. R., insbesondere E. 3b/cc). Das Bundesgericht hat bereits in einem früheren Entscheid befunden, es sei nicht verfassungs- oder konventionswidrig, die in <ref-law>/ZH für die Dauer des Berufungsverfahrens vorgesehene Zuständigkeitsordnung auch im Falle eines erstinstanzlichen Freispruchs anzuwenden (s. unveröffentlichtes Urteil vom 11. Juni 1993 i.S. S., E. 2d). Dabei hat es in Bestätigung der kantonalen Erwägungen auf die analoge Regelung in <ref-law>/ZH für das Verfahren der kantonalen Nichtigkeitsbeschwerde und die entsprechende Züricher Praxis (s. ZR 90/1991 Nr. 81 S. 257) hingewiesen, wonach die Sicherheitshaft allgemein der Sicherung der Vollstreckung eines noch nicht vollstreckbaren Urteils mit freiheitsentziehender Sanktion diene und mithin auch im Falle eines Freispruchs für die Dauer eines Rechtsmittelverfahrens angeordnet werden könne. Somit hat der Präsident der II. Strafkammer des Obergerichts nicht gegen verfassungsmässige Rechte des Beschwerdeführers verstossen, indem er seine in <ref-law>/ZH vorgesehene Zuständigkeit zum kantonal endgültigen Entscheid über die Anordnung der Sicherheitshaft trotz des erstinstanzlichen Freispruchs wahrgenommen hat.
4.- Demnach ist die Beschwerde abzuweisen. Dem Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege im Sinn von Art. 152 OG kann entsprochen werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2.- Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
a) Es werden keine Kosten erhoben;
b) Rechtsanwalt Philippe Vetterli, Zürich, wird als amtlicher Anwalt des Beschwerdeführers bezeichnet und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'500.-- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 30. Mai 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: