Sachverhalt:
A. Die Ecofin Holding AG, Davos Dorf, die Ecofin Research and Consulting AG, Zürich, die Ecofin Data Model AG, Davos Dorf, und die Ecofin Investment Consulting AG, Zürich (Klägerinnen und Berufungsklägerinnen), sind im Vorsorgebereich, im Bereich Banking and Finance, im Investment Consulting und im Financial Planning tätig. Sie gehören derselben Gruppe an und führen alle den Firmenbestandteil ECOFIN. Die Ecofin Research and Consulting AG ist Inhaberin der Domainnamen "ecofin.ch" und "ecofin.com".
Markus Scholand, Meschede/D (Beklagter und Berufungsbeklagter), ist Dozent am Zentrum für Interdisziplinäre Technikforschung an der Technischen Universität Darmstadt und war dort unter anderem Projektmitarbeiter am Institut für Betriebswirtschaftslehre, Fachgebiet Finanzierung und Bankbetriebslehre. Nach den Angaben auf der Homepage "ecofin.de" besteht unter der Bezeichnung ECOFIN ein Kooperationsprojekt, das interdisziplinäre Beiträge zur problemorientierten Forschung und Lehre im Spannungsfeld insbesondere von ökonomischen Fragestellungen leistet; ein Schwerpunkt liegt im Bereich verhaltensorientierter Kapitalmarktforschung sowie der Innovations- und Projektfinanzierung von Energieanlagen. Der Beklagte ist Inhaber des Domainnamens "ecofin.de". Ausserdem hinterlegte er am 23. Mai 2000 das Zeichen ECOFIN, das unter der Nr. 481 763 im schweizerischen Markenregister eingetragen wurde. Als Vertreter des Beklagten wird die Riederer Hasler und Partner Patentanwälte AG, Bad Ragaz, im Register aufgeführt.
B. Am 5. Juli 2004 gelangten die Klägerinnen an das Handelsgericht des Kantons St. Gallen und stellten folgende Rechtsbegehren:
1. Es sei der Beklagte zu verpflichten, die Schweizerische Marke ECOFIN Nr. 481763, hinterlegt beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum am 23. Mai 2000, bezüglich folgender Waren und Dienstleistungen löschen zu lassen:
9 Geräte zur Aufzeichnung, Speicherung und Verarbeitung von Daten, Bildern sowie Tönen, Rechenmaschinen und Datenverarbeitungsgeräten nebst Zubehör; alle vorgenannten Waren soweit in Klasse 9 enthalten.
35 Unterstützung beim Betrieb oder bei der Geschäftsführung eines Unternehmens, Unternehmensverwaltung, Wertermittlung und Wirtschaftsprognosen in Geschäftsangelegenheiten, Aufstellung, Systematisierung und Auswertung von Mitteilungen, Aufzeichnungen oder Daten, Marketingforschung, Werbung und Öffentlichkeitsarbeit.
36 Finanzdienstleistungen, insbesondere Dienstleistungen von Kreditinstituten, Investmentgesellschaften, Maklern oder Treuhandgesellschaften; Finanzanalysen, Finanzauskünfte, Finanzierungen, Finanzinformation und -beratung; Schätzung, Vermittlung und Verwaltung von Vermögenswerten, insbesondere Grundstücken, Immobilien, Fonds und Beteiligungen; Dienstleistungen im Bezug auf den Abschluss von Finanzgeschäften.
42 Wissenschaftliche sowie industrielle Analysen und Forschung, Konzeption, Erstellung und Aktualisierung von Software für die Datenverarbeitung.
2. Es sei dem Beklagten unter Androhung der Ungehorsamsstrafe gemäss <ref-law> für den Fall der Zuwiderhandlung zu verbieten, das Wort ECOFIN in Alleinstellung oder in einer nicht unterscheidungskräftigen Kombination mit einem anderen Zeichen im geschäftlichen Verkehr in Zusammenhang mit Computerhard- und Software und diesbezüglicher Beratung, Geschäftsführung, Unternehmensverwaltung, Werbung, Finanzwesen, Geldgeschäft, Versicherungs- und Immobilienwesen sowie Erstellung von Wirtschaftsdaten und Prognosen sowie wissenschaftlicher und industrieller Forschung und Analysen, in irgendeiner Form, insbesondere zur Bezeichnung von Waren, Dienstleistungen oder als Internetadresse, zu gebrauchen.
3. Der Beklagte sei zur Zahlung von SFR 10'000.-- nebst Zins zu 5 % seit der Klageeinleitung vom 5. Juli 2004 an die Klägerinnen zu verurteilen [...]."
Die Klägerinnen stützten ihre Ansprüche auf das UWG und begründeten die Zuständigkeit des Handelsgerichts St. Gallen mit Art. 5 Ziffer 3 LugÜ.
Der Beklagte beantragte Nichteintreten auf die Klage. Das Handelsgericht führte zur Einrede der Unzuständigkeit einen Schriftenwechsel durch. Die Klägerinnen beriefen sich zusätzlich auf die Zuständigkeit nach <ref-law>.
C. Mit Entscheid vom 16. August 2005 trat das Handelsgericht des Kantons St. Gallen auf die Klage nicht ein. Mit beiden Parteien ging das Gericht davon aus, dass angesichts des Wohnsitzes des Beklagten in Deutschland ein internationaler Sachverhalt vorliege und das Lugano-Übereinkommen (LugÜ; SR 0.275.11) anwendbar sei. Die Zuständigkeit des Deliktsorts gemäss <ref-law> verneinte das Gericht im Wesentlichen mit der Begründung, ein Erfolgsort sei im Kanton St. Gallen nicht gegeben, weil die Markeneintragung dafür nicht genüge und weil die Klägerinnen nicht behaupteten, es sei hier ein Schaden eingetreten; einen Handlungsort im Sinne von <ref-law> im Kanton St. Gallen verneinte das Gericht, weil die Eintragung der Marke ECOFIN als mögliche relevante Handlung durch den vom Beklagten bestellten Vertreter vom Büro in Eschen (Fürstentum Liechtenstein) aus vorgenommen worden sei. Die Zuständigkeit nach <ref-law> verneinte das Gericht, weil es nicht um eine markenrechtliche Bestandesklage gehe.
D. Mit eidgenössischer Berufung beantragen die Klägerinnen, der angefochtene Entscheid des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 16. August 2005 sei aufzuheben, das Handelsgericht zur Beurteilung der Klage vom 5. Juli 2004 für örtlich zuständig zu erklären und die Streitsache zur Beurteilung dieser Klage an das Handelsgericht zurückzuweisen. Sie rügen, die Vorinstanz habe in Verletzung von <ref-law> angenommen, die entscheidende Handlung bestehe im Briefwechsel zwischen dem Beklagten und seinem Vertreter, statt in der Markenanmeldung; die Vorinstanz habe unberücksichtigt gelassen, dass der ausländische Markeninhaber gemäss <ref-law> einen Vertreter mit Niederlassung in der Schweiz bestellen müsse, der nicht nur den Anschein erwecken dürfe, er würde in der Schweiz handeln, sondern dazu auch verpflichtet sei. Die Klägerinnen bringen sodann vor, <ref-law> werde im angefochtenen Entscheid falsch angewandt; denn Löschungsklagen seien unbesehen ihrer Rechtsnatur Bestandesklagen im Sinne dieser Bestimmung. Schliesslich rügen die Klägerinnen, die Vorinstanz habe das Vorliegen einer Notzuständigkeit gemäss <ref-law> nicht geprüft. Sie beanstanden zudem als offensichtliches Versehen, die Vorinstanz habe übersehen, dass der Beklagte in seiner Stellungnahme vom 28. Dezember 2004 anerkenne, den schweizerischen Vertreter in der Markenanmeldung angegeben zu haben.
E. Der Beklagte beantragt in der Antwort, die Berufung sei abzuweisen, der angefochtene Entscheid zu bestätigen sowie das Handelsgericht des Kantons St. Gallen zur Beurteilung der Klage für örtlich unzuständig zu erklären.
F. Das Kassationsgericht des Kantons St. Gallen wies die Nichtigkeitsbeschwerde der Klägerinnen am 7. Februar 2006 ab, soweit auf das Rechtsmittel eingetreten werden konnte. In der Begründung stellte es fest, das Handelsgericht habe keine Feststellung darüber getroffen, an welchem Ort die Markenanmeldung erfolgt sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Im Berufungsverfahren ist das Bundesgericht an die tatsächlichen Feststellungen der letzten kantonalen Instanz gebunden, wenn sie nicht offensichtlich auf Versehen beruhen, unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen (Art. 63 Abs. 2 OG) oder im Hinblick auf den Tatbestand einer anwendbaren Sachnorm ergänzungsbedürftig sind (Art. 64 OG). Werden solche Ausnahmen geltend gemacht, so hat die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt wissen will, darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. c und d OG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 106 mit Hinweisen). Blosse Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung ist im Berufungsverfahren unzulässig (<ref-ruling> E. 6a).
Die Klägerinnen rügen als offensichtliches Versehen im Sinne von Art. 55 Abs. 1 lit. d OG, die Vorinstanz habe übersehen, dass der Beklagte anerkannt habe, den schweizerischen Vertreter mit Sitz in St. Gallen in der Markenanmeldung angegeben zu haben. Die Rüge ist unverständlich. Ein offensichtliches Versehen, das vom Bundesgericht gestützt auf Art. 63 Abs. 2 OG berichtigt werden könnte (<ref-ruling> E. 3b S. 74 mit Verweis), kann sich nur auf eine rechtserhebliche Tatsache beziehen (<ref-ruling> E. 2a). Dass der Beklagte einen Vertreter mit Niederlassung in der Schweiz bezeichnet hat, der im Markenregister eingetragen ist, hat die Vorinstanz festgestellt. Weshalb aus der Bezeichnung des Vertreters dagegen hätte geschlossen werden müssen, schon die Anmeldung sei durch den Vertreter und erst noch von einem bestimmten Ort aus erfolgt, ist nicht nachvollziehbar - ganz abgesehen davon, dass es sich dabei um Beweiswürdigung handelt, die auch unter Berufung auf ein angebliches offensichtliches Versehen im vorliegenden Verfahren nicht kritisiert werden kann (<ref-ruling> E. 2.3.2.1 S. 145).
2. Nach <ref-law> kann eine Person, die ihren Wohnsitz im Hoheitsgebiet eines Vertragsstaats hat, in einem andern Vertragsstaat vor dem Gericht des Ortes, an dem das schädigende Ereignis eingetreten ist, verklagt werden, wenn eine unerlaubte Handlung oder eine Handlung, die einer unerlaubten Handlung gleichgestellt ist, oder wenn Ansprüche aus einer solchen Handlung den Gegenstand des Verfahrens bilden. Da der Beklagte seinen Wohnsitz in Deutschland und damit in einem Vertragsstaat des LugÜ hat, ist die Vorinstanz in Übereinstimmung mit den Parteien zutreffend davon ausgegangen, dass <ref-law> anwendbar ist (vgl. <ref-ruling> E. 3).
2.1 Der Begriff der unerlaubten Handlung im Sinne von Art. 5 Ziffer 3 LugÜ ist staatsvertraglich autonom auszulegen und bezieht sich auf alle Klagen, mit denen eine Schadenshaftung des Beklagten geltend gemacht wird und die nicht an einen Vertrag im Sinne von Art. 5 Ziffer 1 knüpfen (Kropholler, Europäisches Zivilprozessrecht, 7. Aufl., Heidelberg 2002, N. 65 zu Art. 5 betreffend die parallele Bestimmung in EuGVÜ/EuGVO; Laurenz Uhl, Internationale Zuständigkeit gemäss Art. 5 Nr. 3 des Brüssler und Lugano-Übereinkommens, Diss. Bern 1999, S. 135 f.). Unlauterer Wettbewerb gehört zu den Delikten, welche die Zuständigkeit nach <ref-law> begründen (Kropholler, a.a.O., N. 66 zu Art. 5). Klagen aus unlauterem Wettbewerb können danach sowohl am Handlungsort angebracht werden, d.h. am Ort, an dem die Ursache der Schädigung gesetzt wurde, wie auch am Erfolgsort, d.h. am Ort, an dem der Schaden eingetreten ist (<ref-ruling> E. 4a S. 348/E. 4c S. 350; Kropholler, a.a.O., N. 72 zu Art. 5). Die Vorinstanz hat festgestellt, dass die Klägerinnen den Eintritt eines Schadens im Kanton St. Gallen nicht behaupten. Diese bestreiten im vorliegenden Verfahren denn auch nicht mehr, dass sie sich auf einen Erfolgsort nicht berufen können. Sie halten dagegen daran fest, dass im Kanton St. Gallen eine unter <ref-law> fallende Handlung ausgeführt wurde.
2.2 Bei räumlich auseinander liegenden Teilhandlungen ergeben sich nach <ref-law> mehrere Handlungsorte, da jedes Gericht, in dessen Bezirk eine Handlung begangen wurde, konkurrierend örtlich zuständig ist. Blosse Vorbereitungshandlungen begründen allerdings den Gerichtsstand des Handlungsortes nicht (<ref-ruling> E. 4c/aa S. 350 mit Hinweisen). Der Ort, an dem eine Handlung ausgeführt wird, die nach <ref-law> als Delikt oder Quasidelikt definiert werden kann, ist danach für die örtliche Zuständigkeit des Handlungsortes massgebend (zu den entsprechenden Definitionen in der Lehre vgl. Uhl, a.a.O., S. 157). Dabei hat das angerufene Gericht zu prüfen, ob der eingeklagte Anspruch im Falle seiner Begründetheit aus einer unerlaubten Handlung im Sinne von <ref-law> entstanden wäre und ob im Gerichtsbezirk tatsächlich eine dafür ursächliche Handlung (oder Unterlassung) gesetzt wurde (vgl. <ref-ruling> E. 4c/aa S. 351). Denn für den Entscheid über die örtliche Zuständigkeit ist zwar die materielle Begründetheit des Anspruchs nicht vorwegzunehmen, weshalb so genannte doppelrelevante Tatsachen erst bei der materiellen Beurteilung beweismässig festzustellen sind (<ref-ruling> E. 2a mit Verweisen). Die Feststellung, an welchem Ort sich ein (deliktisches oder deliktsähnliches) Verhalten ereignet hat, ist jedoch für die materielle Begründetheit des daraus sich ergebenden Anspruchs regelmässig bedeutungslos. Über den Ort der Vornahme oder pflichtwidrigen Unterlassung einer Tathandlung im Sinne von <ref-law> ist daher im Rahmen der Zuständigkeitsprüfung Beweis zu erheben (vgl. <ref-ruling> E. 3b/bb, cc S. 252 f).
2.3 Nach der Behauptung der Klägerinnen kommt als Tathandlung im Sinne von Art. 5 Ziffer 3 LugÜ die Anmeldung der Marke ECOFIN durch den im Markenregister eingetragenen Vertreter des Beklagten in Betracht, der im Kanton St. Gallen ein Patentanwaltsbüro führt. Die Vorinstanz hat dazu festgestellt, dass dieser Vertreter die Anmeldung allenfalls von seinem Büro in Liechtenstein - nicht aber aus St. Gallen - versandt habe, was von den Klägerinnen nicht bestritten werde. Das Kassationsgericht hat im Entscheid vom 7. Februar 2006 dazu festgehalten, dass der Anmeldeort für die Markeneintragung in tatsächlicher Hinsicht bisher nicht bestimmt worden ist, sondern dass dazu entgegen der Feststellung der Vorinstanz gegenteilige Behauptungen der Parteien vorliegen, die gerichtlich nicht geklärt worden sind. Der Fall müsste daher zur Ergänzung an die Vorinstanz zurückgewiesen werden, wenn die Anmeldung als deliktische oder deliktsähnliche Handlung die Zuständigkeit gemäss <ref-law> zu begründen vermöchte. Dies ist jedoch zu verneinen. Die Anmeldung eines Zeichens als Marke ist als solche nicht rechtswidrig. Die Klägerinnen stützen ihre Ansprüche zwar auf unlauteren Wettbewerb und die Lauterkeit des Wettbewerbs darf durch das Markenrecht nicht vereitelt werden (<ref-ruling> E. 3.3 S. 358). Als unerlaubte Handlungen im Sinne des UWG fallen jedoch nur Verhaltensweisen in Betracht, die den Wettbewerb tatsächlich beeinflussen (<ref-ruling> E. 2c S. 202). Dies trifft für die Anmeldung eines Zeichens beim Markenregister nicht zu; es handelt es sich dabei höchstens um eine Vorbereitung für den (allenfalls unlauteren) Gebrauch der Marke im Wettbewerb.
3. Im vorinstanzlichen Verfahren beantragten die Klägerinnen in Ziffer 1 ihrer Rechtsbegehren, der Beklagte sei zu verpflichten, die von ihm im schweizerischen Register eingetragene Marke Nr. 481 763 für verschiedene, genau bezeichnete Waren und Dienstleistungen löschen zu lassen.
3.1 Nach <ref-law> sind die Gerichte des Vertragsstaates, in dessen Hoheitsgebiet die Hinterlegung oder Registrierung beantragt oder vorgenommen worden ist oder aufgrund eines zwischenstaatlichen Übereinkommens als vorgenommen gilt, ohne Rücksicht auf den Wohnsitz der Parteien ausschliesslich zuständig für Klagen, welche die Eintragung oder Gültigkeit von Patenten, Warenzeichen, Mustern und Modellen sowie ähnlicher Rechte zum Gegenstand haben, die einer Hinterlegung oder Registrierung bedürfen. Für Klagen betreffend die Gültigkeit oder die Eintragung von Immaterialgüterrechten in der Schweiz sind die schweizerischen Gerichte am Geschäftssitz des im Register eingetragenen Vertreters zuständig, sofern der Beklagte - wie vorliegend - keinen Wohnsitz in der Schweiz hat (<ref-law>). Da der im Markenregister eingetragene Vertreter des Beklagten seinen Geschäftssitz nach den verbindlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid im Kanton St. Gallen hat, ist die Vorinstanz zuständig, sofern das Rechtsbegehren 1 der Klägerinnen im Sinne von <ref-law> die Eintragung oder die Gültigkeit von Warenzeichen zum Gegenstand hat.
3.2 Die ausschliessliche und zwingende Zuständigkeit von Art. 16 Ziffer 4 LugÜ bezieht sich auf Bestandesklagen, die insbesondere die Feststellung der Nichtigkeit zum Gegenstand haben (<ref-ruling>; vgl. auch Urteil 4C.159/2005 vom 19. August 2005, E. 2.1). Dagegen fallen Klagen über die Verletzung von Immaterialgüterrechten auch dann nicht in den Geltungsbereich der Bestimmung, wenn diese Rechte in einem (nationalen) Register eingetragen sind (G. Walter, Internationales Zivilprozessrecht der Schweiz, 3. Aufl., 2002, S. 231; Vischer, Zürcher Kommentar, N. 22 f. zu <ref-law>; Simon Mäder, Die Anwendung des Lugano-Übereinkommens im gewerblichen Rechtsschutz, Bern 1999, S. 20 f.; Kropholler, a.a.O., N. 50 zu Art. 22 EUGVO; Geimer/Schütze, Europäisches Zivilverfahrensrecht, 5. Aufl., München 2004, N. 226 zu Art. 22 EuGVO). Als Bestandesklagen gelten nach schweizerischem Verständnis Klagen, welche die materielle Gültigkeit oder die Zuständigkeit an Schutzrechten zum Gegenstand haben oder in Ausnahmefällen den Bestand einer lauterkeitsrechtlich geschützten Wettbewerbsstellung betreffen (von Büren/Marbach, Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, 2. Aufl., Bern 2002, Rz. 797 S. 158; David, Der Rechtsschutz im Immaterialgüterrecht, in: SIWR, Bd. I/2, 2. Aufl. 1998, S. 8; Vischer, a.a.O., N. 4 zu <ref-law>; vgl. auch K. Troller, Grundzüge des schweizerischen Immaterialgüterrechts, 2. Aufl. 2005, S. 376 f.; Mäder, a.a.O., S. 18 f.).
3.3 Der Europäische Gerichtshof, dessen Rechtsprechung zum EuGVÜ für die Auslegung des LugÜ zu berücksichtigen ist (vgl. Protokoll Nr. 2 über die einheitliche Auslegung des Übereinkommens; SR 0.275.11), interpretiert Art. 16 Ziff. 4 EuGVÜ vertragsautonom (EuGH-Entscheid vom 5. November 1983, Rechtssache 288/82 Duijntsee gegen Goderbauer, Slg. 1983, S. 3663/3672 Randnrn. 16-20, S. 3675 f./Dispositiv-Ziffer 2, S. 3679). Der Gerichtshof erblickt den Grund für die ausschliessliche Zuständigkeit gemäss Art. 16 Ziff. 4 EuGVÜ darin, dass die Gerichte am Registerort am besten in der Lage sind, über Fälle zu entscheiden, in denen der Rechtsstreit die Gültigkeit des registrierten Rechts oder das Bestehen der Hinterlegung oder Registrierung selbst zum Gegenstand hat (EuGH-Entscheid vom 5. November 1983, a.a.O., Randnr. 22). Als Rechtsstreitigkeiten, die unter Art. 16 Ziffer 4 EuGVÜ fallen, hat er beispielhaft diejenigen über die Gültigkeit, das Bestehen oder Erlöschen des Rechts oder über die Geltendmachung eines Prioritätsrechts aufgrund einer früheren Eintragung genannt (EuGH-Entscheid vom 5. November 1983, a.a.O., Randnr. 24). Neben den Verletzungsklagen (EuGH-Entscheid vom 5. November 1983, a.a.O., Randnr. 23) hat der EuGH in diesem Urteil die Klage über die Berechtigung an einem registrierten Schutzrecht vom Anwendungsbereich der Bestimmung ausgeschlossen, als im Rahmen einer arbeitsvertraglichen Beziehung umstritten war, ob ein Patent dem Arbeitgeber oder dem Arbeitnehmer zustehe (EuGH-Entscheid vom 5. November 1983, a.a.O., Randnr. 26).
3.4 Die Lehre leitet aus dem zitierten Entscheid des EuGH ab, dass vertragliche Streitigkeiten über die Berechtigung an einem registrierten Recht allgemein nicht in die ausschliessliche Zuständigkeit der Gerichte am Registerort gemäss <ref-law> bzw. dem entsprechenden Art. 22 Nr. 4 EuGVO fallen (Geimer/Schütze, a.a.O., Rz. 227 zu Art. 22 EuGVO; Kropholler, a.a.O., N. 50 zu Art. 22 EuGVO; Gaudemet-Tallon, Compétence et exécution des jugements en Europe, 3. Aufl., Paris 2002, S. 82 f. N. 114). Teilweise wird vertreten, Streitigkeiten aus unlauterem Wettbewerb oder wegen Verletzung einer Markenlizenz seien vom Anwendungsbereich des <ref-law> bzw. Art. 22 Nr. 4 EuGVO auszuschliessen (Gaudemet-Tallon, a.a.O., Fn. 32 mit Verweis auf ein französisches Urteil). In Weiterführung der Rechtsprechung des EuGH wird zum Teil befürwortet, Streitigkeiten darüber, wer materiell berechtigt und wer nicht berechtigt ist, allgemein vom Anwendungsbereich der Zuständigkeitsnorm auszunehmen und insbesondere zivilrechtliche Klagen auf Eintragungsbewilligung oder Löschung im Markenrecht nicht darunter zu subsumieren (Kropholler, a.a.O., N. 48 zu Art. 22 EuGVO). Ob dies allgemein zutrifft erscheint fraglich, nachdem der EuGH Streitigkeiten über die Priorität ausdrücklich der Zuständigkeit von Art. 16 Ziffer 4 LugÜ vorbehalten hat.
3.5 Der ausschliessliche Sondergerichtsstand gemäss <ref-law> erklärt sich historisch aus dem Umstand, dass die gewerblichen Schutzrechte früher als Privilegien des Staates angesehen wurden, über deren Bestand nur der konzedierende Staat urteilen sollte (David, SIWR Bd. I/2, a.a.O., S. 33). Er rechtfertigt sich im geltenden Recht aufgrund der Verknüpfung der materiellen Frage mit dem Verfahren der registerrechtlichen Korrektur, wobei auch die Zurückhaltung beachtlich ist, die der Schutzstaat bei der Anerkennung eines fremden Urteils über den Bestand registrierter Immaterialgüterrechte bekunden könnte (Vischer, Zürcher Kommentar, N. 24 zu <ref-law>; vgl. für die unterschiedlichen Rechtfertigungen in England, Frankreich und Deutschland auch Mäder, a.a.O., S. 66 f.). Bestandesklagen, die sich unmittelbar auf die Registerführung auswirken, fallen danach in die ausschliessliche Zuständigkeit der Gerichte am Ort der Registerführung gemäss <ref-law>. Soweit dagegen in erster Linie nicht die Eintragung, Änderung oder Löschung eines Registereintrags streitig ist, sondern die Rechtsbeziehung der Parteien Gegenstand des Rechtsstreits bildet, erscheint die zwingende und ausschliessliche Zuständigkeit im Lichte der Rechtsprechung des EuGH nicht gerechtfertigt (Mäder, a.a.O., S. 68). Danach findet <ref-law> insbesondere für Klagen über die Inhaberschaft an einem registrierten Schutzrecht trotz der Auswirkungen auf den Registerinhalt keine Anwendung, wenn die Rechtsbeziehungen zwischen den Parteien primär streitig sind (Mäder, a.a.O., S. 68 f.).
3.6 Wer ein rechtliches Interesse nachweist, kann nach <ref-law> vom Richter feststellen lassen, dass ein Recht oder ein Rechtsverhältnis nach diesem Gesetz besteht. Die Feststellungsklage nach <ref-law> kann die Verletzung oder den Bestand eines Markenrechts betreffen (Willi, Kommentar zum Markenschutzgesetz, Zürich 2002, N 12 ff./23 sowie 24 f., 31 vor <ref-law>). Feststellungsklagen, welche die Verletzung eines registrierten Rechts zum Gegenstand haben, sowie Abwehrklagen auf positive Feststellung der Gültigkeit oder des Bestandes eines (eigenen) Schutzrechtes, die den Verletzungsklagen gleichgestellt sind, fallen von vornherein nicht in den Anwendungsbereich von <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 600; vgl. dazu David, Kommentar zum Markenschutzgesetz, Muster- und Modellgesetz, 2. Aufl. 1999, N. 8 Vorbemerkung zum 3. Titel S. 313; Mäder, a.a.O., S. 74/82). Klagen auf Feststellung der Nichtigkeit bzw. auf Löschung einer Marke im Register können jedoch mit einer besseren Berechtigung am Zeichen (insbesondere einer prioritären Eintragung) begründet werden und führen im Falle der Gutheissung der Klage direkt zur registerrechtlichen Löschung der Marke mit Wirkung gegenüber allen Teilnehmern am Rechtsverkehr (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2, 3 S. 147). Dass die Klägerinnen in Ziffer 1 ihrer Rechtsbegehren beantragen, der Beklagte sei zu verpflichten, seine Marke löschen zu lassen, ist entgegen der in der Antwort des Beklagten geäusserten Ansicht für die Beurteilung der Frage ohne Bedeutung, ob der Rechtsstreit direkt die registerrechtliche Löschung der Marke oder im Gegenteil primär die Rechtsbeziehung der Parteien betrifft.
3.7 Die Klägerinnen verlangen in Ziffer 1 ihrer Rechtsbegehren die Löschung der Marke des Beklagten in Bezug auf bestimmte Waren und Dienstleistungen im schweizerischen Markenregister. Sie bestreiten die Gültigkeit dieser Marke und damit deren Bestand. Sie behaupten, der Beklagte verhalte sich im Wettbewerb unlauter oder beabsichtige zumindest eine Wettbewerbsverletzung (<ref-law>). Ihre angebliche bessere, prioritäre Berechtigung am strittigen Zeichen begründen sie nicht mit einer vertraglichen oder vertragsähnlichen Beziehung zum Beklagten, sondern allein mit dessen widerrechtlichen Anmassung des Zeichens. Der Streitfall ist insofern nicht vergleichbar mit der Auseinandersetzung über die Berechtigung an einer im arbeitsvertraglichen Verhältnis gemachten Erfindung, die im Patentregister eingetragen worden war und deren subjektive Zuständigkeit Gegenstand der zitierten Entscheidung des EuGH bildete (oben E. 3.3). Soweit die Lehre aus diesem Entscheid ableiten sollte, dass allgemein und unbesehen um die Rechtsgrundlage Streitsachen über die Zuständigkeit an einem registrierten Recht nicht unter den ausschliesslichen und zwingenden Gerichtsstand gemäss Art. 16 Ziffer 4 LugÜ fallen, überdehnt sie die Tragweite dieses Präjudizes. Sie verkennt, dass der EuGH einzig und allein über die vertragliche Auseinandersetzung betreffend die Berechtigung an einem Patent entschieden hat, während er ausdrücklich Streitigkeiten über die prioritäre Berechtigung als Anwendungsfall von Art. 16 Ziff. 4 EuGVÜ erwähnte. Die Vorinstanz hat die Klage gemäss Begehren 1 zu Unrecht nicht als Bestandesklage qualifiziert, die in den Anwendungsbereich von <ref-law> fällt. Die Rüge der unrichtigen Anwendung dieser Bestimmung ist begründet.
4. Die Berufung ist teilweise gutzuheissen und es ist festzustellen, dass die Vorinstanz zur Beurteilung von Ziffer 1 der Rechtsbegehren der Klägerinnen gestützt auf <ref-law> zuständig ist. Für die Beurteilung der Rechtsbegehren 2 und 3 hat die Vorinstanz ihre örtliche Zuständigkeit gemäss <ref-law> dagegen zutreffend verneint. Dafür kommt auch eine angebliche Notzuständigkeit gemäss <ref-law> von vornherein nicht in Frage, ist diese Bestimmung doch im Bereich des LugÜ nicht anwendbar (<ref-law>).
5. Angesichts des Verfahrensausgangs rechtfertigt sich, die Gerichtsgebühr den Parteien je zur Hälfte zu auferlegen (Art. 156 Abs. 3 OG) und die Parteikosten wettzuschlagen (Art. 159 Abs. 3 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird teilweise gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 16. August 2005 wird aufgehoben und es wird festgestellt, dass das Handelsgericht zur Beurteilung von Rechtsbegehren 1 der Klage örtlich zuständig ist. Im Übrigen wird die Berufung abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird den Parteien je zur Hälfte im Umfang von je Fr. 1'500.-- auferlegt, den Klägerinnen intern zu gleichen Teilen.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2006
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: