A.- Die 1964 geborene W._ meldete sich am 7. Juli 1994 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Rente) an. Die IV-Stelle Bern holte Berichte des Dr.
med. K._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 15. August 1994, des Fürsorgeamtes X._ vom 12. September 1994, der Sozialpsychiatrischen Klinik Y._ vom 28. Februar und 14. März 1995 und der IV-internen Abteilung Berufliche Eingliederung vom 12. Oktober 1995 sowie ein Gutachten von Frau Dr. med. L._, Neurochirurgie FMH, vom 26. November 1996 ein. Anschliessend wies sie das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 16. Februar 1997 ab, hob diese Verfügung jedoch - nachdem die Versicherte Beschwerde erhoben und im Verlauf des Verfahrens Stellungnahmen der Universitären Psychiatrischen Dienste Z._ vom 13. März und 9. Juni 1997 eingereicht hatte - am 9. Juli 1997 wiedererwägungsweise auf, um eine ergänzende psychiatrische Untersuchung zu veranlassen, worauf das Beschwerdeverfahren als gegenstandslos geworden abgeschrieben wurde. In der Folge holte die IV-Stelle ein Gutachten des Dr. med. A._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, ein, welches am 2. Mai 1998 erstattet wurde.
Daraufhin forderte sie die Versicherte auf, sich einer Entzugsbehandlung mit anschliessender Psychotherapie zu unterziehen.
Am 27. April 1999 verfasste Dr. med. A._ ein Verlaufsgutachten. Nachdem der IV-Stelle ausserdem eine Stellungnahme der Universitären Psychiatrischen Dienste Z._, Klinik B._, vom 22. September 1999 eingereicht worden war, sprach sie der Versicherten - nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens, in dessen Verlauf zusätzlich ein ärztliches Zeugnis der Universitären Psychiatrischen Dienste Z._ vom 25. Januar 2000 aufgelegt wurde - mit Verfügung vom 6. Juni 2000 für die Zeit ab
1. März 1997 eine halbe Rente zu.
B.- Die dagegen erhobene Beschwerde mit dem Antrag auf Zusprechung einer ganzen Rente wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern ab (Entscheid vom 26. Januar 2001).
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt W._ das Rechtsbegehren stellen, es sei der kantonale Entscheid aufzuheben und ihr mit Wirkung ab 1. Juni 1993, eventuell ab einem gerichtlich zu bestimmenden Zeitpunkt, eine ganze Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen; eventuell sei die Sache zur weiteren Abklärung an die IV-Stelle Bern zurückzuweisen. Zudem lässt sie um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ersuchen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, lässt sich das Bundesamt für Sozialversicherung nicht vernehmen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Das kantonale Gericht hat die massgebliche Bestimmung über den Begriff der Invalidität (<ref-law>) sowie die nach der Rechtsprechung bei der Prüfung geistiger Gesundheitsschäden auf ihren allfälligen invalidisierenden Charakter hin zu beachtenden Grundsätze (<ref-ruling>; AHI 2000 S. 151 Erw. 2a mit Hinweisen) zutreffend dargelegt.
Richtig wiedergegeben hat die Vorinstanz auch die Rechtsprechung zur Beurteilung der Invalidität bei Drogensucht (<ref-ruling>; AHI 1996 S. 302 Erw. 2a, S. 305 Erw. 1a und S. 308 Erw. 2a; siehe auch SVR 2001 IV Nr. 3 S. 7 Erw. 2b und S. 8 Erw. 4b, je mit Hinweisen) und zur Aufgabe des Arztes oder der Ärztin bei der Invaliditätsbemessung (siehe auch <ref-ruling> Erw. 4, 115 V 134 Erw. 2, 114 V 314 Erw. 3c, 105 V 158 Erw. 1). Darauf wird verwiesen.
2.- Umstritten ist, inwieweit und seit wann die Drogensucht der Beschwerdeführerin Invalidität begründet. Zu prüfen ist, inwieweit der Drogensucht Krankheitswert zukommt und inwiefern diese Krankheit die Erwerbsfähigkeit beeinträchtigt.
3.- a) Zum Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin während der Zeit bis zum Erlass der Verfügung vom 6. Juni 2000, welcher praxisgemäss (<ref-ruling> Erw. 1b mit Hinweisen) die Grenze der gerichtlichen Überprüfung bildet, liegen die folgenden ärztlichen Stellungnahmen vor:
aa) Im Bericht der Sozialpsychiatrischen Klinik Y._ vom 28. Februar 1995 (Frau Dr. med. E._, Assistenzärztin; Frau Dr. med. C._, Oberärztin) werden Störungen durch Opioide mit Abhängigkeitssyndrom (ICD 10: F11. 2) und eine abhängige Persönlichkeitsstörung mit allgemeiner Autonomieproblematik (ICD 10: F60. 7) diagnostiziert.
Es bestünden chronische Rücken-, Hüft- und Kniebeschwerden beidseits, eine allgemeine kognitive Verlangsamung und eine deutliche Affektlabilität mit erhöhter Kränkbarkeit sowie mangelnder Frustrations- und Stresstoleranz.
Die Ärztinnen erklären die Beschwerdeführerin im bisherigen Beruf für die Zeit ab Februar 1991 (Arbeitsunfall in der Firma D._ AG) bis auf weiteres zu 100 % arbeitsunfähig, während sie eine Tätigkeit an einem geschützten Arbeitsplatz mit einem Pensum von maximal 30 bis 50 % in einem klar strukturierten und relativ einfach durchschaubaren Tätigkeitsfeld mit einem toleranten Klima als zumutbar erachten.
bb) Frau Dr. med. L._ diagnostiziert in ihrem Gutachten vom 26. November 1996 einen lageabhängigen (Liegen auf linker Schulter) Schulter-/Thorax-Schmerz seit einem HWS-Trauma am 23. Januar 1991, eine Chondropathia patellae beidseits (operiert) sowie eine Drogenabhängigkeit.
Neurologisch liessen sich keine sicheren Ausfälle feststellen und die geklagten Beschwerden im Schulter-, Wirbelsäulen- und Thoraxbereich könnten weder einem radikulären noch einem Plexusgeschehen zugeordnet werden. Die Gutachterin erachtet die Versicherte rein auf Grund der somatischen Untersuchungsbefunde (ohne Berücksichtigung des Suchtproblems) als Sortiererin als zu 100 % arbeitsfähig.
Allgemein bestehe für leichte bis mittelschwere Arbeiten aus somatischer Sicht keine Einschränkung der Arbeitsfähigkeit, ausser für Arbeiten in häufiger oder anhaltender kniender Stellung. Die der Versicherten geläufigen Arbeiten wie Kassiererin in Kino oder Dancing, Platzanweiserin oder Putzfrau könnten (bei Ausklammerung des Suchtproblems) ohne zeitliche oder leistungsmässige Einschränkung verrichtet werden.
cc) In der Stellungnahme der Universitären Psychiatrischen Dienste Z._ (UPD) vom 9. Juni 1997 (Frau Dr.
med. F._, Assistenzärztin; Visum Dr. med.
H._, Oberarzt) wird erklärt, seit die Patientin bei Frau Dr. med. F._ in Behandlung sei (also seit
27. August 1996, vgl. die Stellungnahme vom 13. März 1997), sei sie aus psychischen Gründen durchgehend nicht arbeitsfähig gewesen.
dd) Dr. med. A._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, führt in seinem der IV-Stelle erstatteten Gutachten vom 2. Mai 1998 aus, zur Zeit stehe offensichtlich die Abhängigkeit von psychotropen Substanzen im Vordergrund.
Ein grosser Teil der Persönlichkeitsstörungen, insbesondere die Karikierung der Persönlichkeit und die Verhaltensauffälligkeiten, seien sicher Ausdruck der Politoxikomanie.
Die Wahrscheinlichkeit sei gross, dass die Vergröberung der Persönlichkeit sich zurückbilden würde, wenn der Suchtmittelkonsum kontrollierter und massvoller zurückgedämmt werden könnte. Der Arzt stellt die Diagnose einer Politoxikomanie, vorwiegend vom Herointyp, und von Verhaltensauffälligkeiten, welche zur Zeit vorwiegend als dissoziative Störungen (hysteriform, Konversionsreaktionen, labile rasch entgleisende Affektivität) imponierten, am Übergang zur histrionischen Persönlichkeitsstörung. Er erachtet repetitive Arbeiten oder eine Tätigkeit zum Beispiel als Kassiererin bei Einschränkung des Missbrauchs von psychotropen Substanzen auf ein für die Umgebung erträgliches und für die Versicherte selbst verträgliches Mass als zumutbar, dies während einer längerfristigen Übergangsphase mit einem Pensum von 50 %. Unter der Voraussetzung des eingeschränkten Drogenkonsums und in Berücksichtigung des Umstandes, dass die Versicherte ein Training benötige, um eine Tagesstruktur einzuhalten, sei ihre Leistungsfähigkeit vor allem durch ihre Beziehungsstörung (Selbstwertproblematik, Kränkbarkeit, Geltungsbedürfnis) eingeschränkt.
ee) Im Verlaufsgutachten vom 27. April 1999 berichtet Dr. med. A._ über eine günstige Entwicklung. Durch den massiven früheren Drogenkonsum seien sicher keine schwereren psychoorganischen Schäden aufgetreten. Insbesondere beginne die Versicherte die früher notorisch störenden hysterischen Beziehungsmuster (dissoziative Störungen) durch argumentative Konfliktbewältigungsstrategien zu ersetzen, vor allem auch dank eines deutlich gesteigerten Selbstwertgefühls. Falls es gelinge, den Drogenkonsum durch adäquates, selbstwertiges, in Beziehungen eingebettetes Erleben zu ersetzen, sei eine wenigstens 50%ige Erwerbstätigkeit möglich. Notwendig sei vorerst die Durchführung einer Psychotherapie.
ff) Dem im Auftrag des Regierungsstatthalteramtes erstatteten Gutachten der Universitären Psychiatrischen Dienste Z._, Klinik B._ (Dr. med. G._, Assistenzarzt; Dr. med. I._, Oberarzt), vom 22. September 1999, welches der Beantwortung der Frage diente, ob eine stationäre Behandlung in einer psychiatrischen Klinik angezeigt sei, ist zu entnehmen, dass die Versicherte eine schwere Persönlichkeitsstörung vom Borderline-Typus (emotional instabile Persönlichkeitsstörung) aufweise, welche wahrscheinlich als Ursache bzw. unterhaltende Kraft der ebenfalls festgestellten chronischen Polytoxikomanie zu interpretieren sei, die ihrerseits zu ausgeprägten somatischen, psychischen und sozialen Folgeschäden geführt habe.
gg) Gemäss dem ärztlichen Zeugnis der Universitären Psychiatrischen Dienste Z._ (Dr. med. M._, Oberarzt), vom 25. Januar 2000 leidet die Beschwerdeführerin, welche sich seit 1996 in der heroingestützten Behandlung K._ befindet, an einer schweren emotional instabilen Persönlichkeitsstörung vom Borderline-Typus mit deutlichen histrionischen und narzisstischen Zügen (ICD 10:
F60. 33) sowie an einer Heroinabhängigkeit, gegenwärtig in heroingestützter Behandlung (ICD-10: F11. 22) mit episodischem zusätzlichem Substanzgebrauch von Kokain und Benzodiazepinen.
Den lange geplanten Teilentzug (Entzug von Benzodiazepinen und Kokain) habe die Patientin im Herbst 1999 anlässlich eines stationären Aufenthalts in einer psychiatrischen Klinik gemacht. Trotz einer Verbesserung des psychischen Zustandes persistierten jedoch die Symptome der Borderline-Störung, und trotz des Teilentzugs habe sich die Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin nicht verbessert.
Es werde ihr deshalb eine Arbeitsunfähigkeit von 100 % seit dem 13. Oktober 1999 bis auf weiteres attestiert.
b) Die Vorinstanz hielt fest, es sei unbestritten, dass die Beschwerdeführerin neben der Polytoxikomanie an einem psychischen Gesundheitsschaden leide, welcher "einer krankheitswertigen Störung gleichzusetzen" sei. Es sei überwiegend wahrscheinlich, dass die Persönlichkeitsstruktur der Beschwerdeführerin, wie im Gutachten der Klinik B._ vom 22. September 1999 ausgeführt werde, Ursache bzw. unterhaltende Kraft der Polytoxikomanie sei, wodurch die Sucht im Rahmen der Invalidenversicherung relevant werde.
Die einander widersprechenden ärztlichen Aussagen zur Arbeitsfähigkeit stellten eine unterschiedliche Beurteilung desselben Sachverhalts dar. Den beiden Gutachten des Dr.
med. A._, welche sich auf Grund konkreter Fragestellungen ausführlich zur Arbeitsfähigkeit äusserten, sei im vorliegenden Zusammenhang eine grössere Aussagekraft beizumessen als dem Gutachten der Klinik B._ vom 22. September 1999, welches in erster Linie der Beantwortung der Frage gedient habe, ob ein fürsorgerischer Freiheitsentzug angezeigt sei, und dem ärztlichen Zeugnis des Dr. med.
M._ vom 25. Januar 2000, dem nicht entnommen werden könne, warum die vollständige Arbeitsunfähigkeit genau für den Zeitraum ab 13. Oktober 1999 attestiert werde und wie es sich für die davor liegende Zeit verhalte. Gestützt auf die Ergebnisse der Untersuchungen des Dr. med. A._ sei von einer Arbeitsfähigkeit von 50 % auszugehen.
c) Dieser vorinstanzlichen Beurteilung kann nicht gefolgt werden. Es trifft zwar zu, dass das Gutachten der Klinik B._ vom 22. September 1999 nicht im Hinblick auf die Bemessung der Arbeitsfähigkeit erstattet wurde und sich deshalb auch nicht ausdrücklich dazu äussert. Dem Gutachten ist jedoch die klare Aussage zu entnehmen, die Beschwerdeführerin leide an einer schweren Persönlichkeitsstörung vom Borderline-Typus, welche wahrscheinlich Ursache bzw. unterhaltende Kraft der festgestellten Polytoxikomanie mit den entsprechenden Folgeschäden sei. Diese Beurteilung, welcher sich die Vorinstanz im Grundsatz teilweise anschliesst, steht im Widerspruch zu den beiden Gutachten des Dr. med. A._ vom 2. Mai 1998 und 27. April 1999, welche das kantonale Gericht letztlich als massgebend erachtete. Das Zeugnis des Dr. med. M._ vom 25. Januar 2000, welches die Diagnose einer Persönlichkeitsstörung vom Borderline-Typus bestätigt, bezieht sich zwar, soweit der Beschwerdeführerin eine Arbeitsfähigkeit von 100 % bescheinigt wird, nur auf den Zeitraum ab 13. Oktober 1999. Abgesehen davon, dass auch dieses Datum noch deutlich vor dem Erlass der Verwaltungsverfügung vom 6. Juni 2000 liegt, enthält das Zeugnis jedoch auch die Bemerkung, die Arbeitsfähigkeit habe sich trotz des im Herbst 1999 durchgeführten Teilentzugs nicht verbessert. Daraus kann geschlossen werden, dass Dr. med. M._ die Arbeitsfähigkeit auch für den Zeitraum vor dem 13. Oktober 1999 ähnlich einschätzt. Insgesamt ergibt sich ein deutlicher Widerspruch zwischen den Erkenntnissen des Dr. med.
A._ einerseits und denjenigen der Ärzte der Klinik B._ und des Dr. med. M._ andererseits. Da kein Anlass besteht, einer dieser ärztlichen Stellungnahmen verminderte Aussagekraft beizumessen, erweist sich der Sachverhalt als in medizinischer Hinsicht nicht hinreichend geklärt. Die Sache ist an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen, damit sie die Abklärungen durch ein zusätzliches Gutachten ergänze und anschliessend erneut über den Rentenanspruch der Beschwerdeführerin befinde.
d) Weiterer Klärung bedarf auch die Frage nach dem Zeitpunkt des Rentenbeginns, ist doch nicht erkennbar, auf welcher Grundlage die IV-Stelle zur Feststellung gelangte, die 50%ige Erwerbsunfähigkeit der Beschwerdeführerin habe seit März 1996 bestanden.
4.- Im vorliegenden Verfahren geht es um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen, weshalb von der Auferlegung von Gerichtskosten abzusehen ist (Art. 134 OG). Dem Prozessausgang entsprechend ist der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 135 in Verbindung mit Art. 159 OG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege, einschliesslich der unentgeltlichen Verbeiständung, erweist sich damit als gegenstandslos.
Im vorinstanzlichen Verfahren war die Beschwerdeführerin durch das Fürsorgeamt X._ vertreten, weshalb keine Parteientschädigung geschuldet ist (<ref-ruling>).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne
gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts
des Kantons Bern vom 26. Januar 2001 und die
Verfügung vom 6. Juni 2000 aufgehoben werden und die
Sache an die IV-Stelle Bern zurückgewiesen wird, damit
sie, nach erfolgter Ergänzung der Abklärungen im Sinne
der Erwägungen, über den Rentenanspruch der Beschwerdeführerin
neu verfüge.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle Bern hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich
Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und
dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 4. September 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Vorsitzende der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: