(Privatschulung/Vorsorgliche Massnahmen), hat sich ergeben:
A.-A._, geboren 1988, besucht seit anfangs Januar 1999 die (private) MOMO-Schule in Uster. Ein Gesuch von B._, Mutter von A._, um Übertritt in diese Schule, unter Kostenübernahme durch die Gemeinde, hatte die Primarschulpflege Uster vorgängig, am 16. November 1998, abgewiesen. Die Bezirksschulpflege Uster wies den gegen diesen ablehnenden Entscheid erhobenen Rekurs am 19. April 1999 ab. Die Schulrekurskommission des Kantons Zürich hiess am 16. August 1999 einen Rekurs von B._ gegen den Beschluss der Bezirksschulpflege teilweise gut. In den Erwägungen hielt sie fest, dass die Primarschule Uster mit ihren gemischten Sonderklassen B/D im Vergleich zur MOMO-Schule jederzeit ein gleichwertiges Unterrichtsangebot mache, dessen Anforderungen A._ mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit gewachsen wäre; indessen könne ihr im Interesse des Kindswohls nicht ein kurzfristiger Schulwechsel zugemutet werden; vom Angebot der Primarschulpflege könne sie nach den Sportferien 2000 Gebrauch machen, und die Primarschulpflege Uster habe für die vom Eintritt (in die MOMO-Schule) bis zu diesem Zeitpunkt anfallenden Schulkosten aufzukommen.
Der Rekursentscheid wurde dem damaligen Rechtsvertreter von B._ zugestellt, und ein Rechtsmittel wurde in der Folge nicht erhoben; B._ gelangte freilich nachträglich mit einem Gesuch um Wiederherstellung der Frist zur Anfechtung des Entscheids der Schulrekurskommission vom 16. August 1999 an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich; dieses wies das Gesuch indessen ab, und auch eine dagegen beim Bundesgericht eingereichte staatsrechtliche Beschwerde blieb erfolglos (Verfahren 2P.4/2001).
B.- Am 16. Februar 2000 lehnte die Primarschulpflege Uster das Begehren von B._, A._ solle weiterhin die MOMO-Schule besuchen dürfen, unter Hinweis auf den Entscheid der Schulrekurskommission vom 16. August 1999 ab und wies sie der Kleinklasse B Mittelstufe zu. B._ erhob am 28. Februar 2000 dagegen Beschwerde an die Bezirksschulpflege Uster. Deren Präsidentin entsprach am 1. März 2000 dem im Rekurs gestellten Gesuch, A._ während der Dauer des Rekursverfahrens auf Kosten der Primarschulgemeinde in der MOMO-Schule zu belassen. Die Schulrekurskommission des Kantons Zürich hiess den gegen diese Zwischenverfügung erhobenen Rekurs der Primarschulpflege Uster am 15. Mai 2000 gut, wobei sie auf ihren früheren Entscheid vom 16. August 1999 abstellte. Hinsichtlich dieser vorsorglichen Massnahme gelangte B._ an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches die entsprechende Beschwerde am 25. Oktober 2000 abwies, soweit es darauf eintrat.
C.- Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 25. Oktober 2000 hat B._ beim Bundesgericht staatsrechtliche Beschwerde erhoben. Das Verfahren ist am 25. Januar 2001 bis zum Vorliegen des Rekursentscheides der Bezirksschulpflege Uster über den materiellen Verfahrensgegenstand (Klasseneinteilung, definitive Kostentragungspflicht) sistiert worden. Am 18. April 2001 wies die Bezirksschulpflege den bei ihr hängigen Rekurs in der Sache im Wesentlichen ab, soweit sie darauf eintrat. B._ hat diesen Entscheid an die Schulrekurskommission weitergezogen, wo das Verfahren, soweit bekannt, zurzeit noch hängig ist. Mit Präsidialverfügung vom 2. Juli 2001 wurde das bundesgerichtliche Verfahren im Zusammenhang mit der vorsorglichen Massnahme wieder aufgenommen.
B._ beantragt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Gemeinde Uster zu verpflichten, die Kosten für die MOMO-Schule während der Dauer des Verfahrens zu übernehmen; eventuell sei Ziffer 4 des Dispositivs des verwaltungsgerichtlichen Urteils betreffend die Zusprechung einer Parteientschädigung an die Gemeinde Uster aufzuheben. B._ ersucht überdies um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
D.- Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Die Gemeinde Uster stellt den Antrag, auf die Beschwerde nicht einzutreten bzw. sie eventuell abzuweisen; subeventuell sei für den Fall, dass die Gemeinde zur Übernahme der Schulkosten während des Verfahrens verpflichtet werden sollte, die Sicherstellung dieser Kosten durch B._ anzuordnen.
Die Bildungsdirektion des Kantons Zürich, Volksschulamt, hat im Auftrag der Schulrekurskommission des Kantons Zürich auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Gegenstand des vorliegenden staatsrechtlichen Verfahrens ist einzig die Frage der vorsorglichen Kostenübernahme durch die Beschwerdegegnerin für die Dauer des Verfahrens und nicht die eigentliche Hauptfrage in der Sache über die Schulzuteilung und definitive Kostentragung. Dazu stellen sich mehrere Eintretensfragen.
b) Nach Art. 87 Abs. 2 OG in der - von der Beschwerdeführerin offenbar übersehenen - Fassung vom 8. Oktober 1999 (AS 2000 416, insbes. 418) ist die staatsrechtliche Beschwerde gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, von hier nicht zutreffenden Ausnahmen abgesehen (vgl. Art. 87 Abs. 1 OG), unabhängig vom Beschwerdegrund nur zulässig, wenn sie einen nicht wiedergutzumachenden Nachteil bewirken können. Da es lediglich um die vorläufige Kostentragung geht, die im Endentscheid ohnehin mit geregelt wird, ist grundsätzlich fraglich, ob die Beschwerdeführerin einen solchen Nachteil erleidet (vgl. zur Reversibilität vorläufiger Kostenregelungen etwa <ref-ruling> E. 4), wobei die Prozesskostenregelung insoweit der Hauptfrage folgt (vgl.
BGE 122 I 39 E. 1). Freilich erscheint angesichts der vom Verwaltungsgericht bewilligten unentgeltlichen Prozessführung glaubhaft, dass die Beschwerdeführerin mittellos ist; wird die provisorische Massnahme nicht gewährt, muss sie ihr Kind sofort in die öffentliche Sonderklasse umteilen. Selbst wenn sie dereinst in der Sache obsiegen sollte, würde ihr später das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der Frage fehlen, ob das Provisorium nötig gewesen wäre, zumal ihr nach einer Umteilung keine Schulkosten mehr anfallen würden.
Die umstrittene provisorische Massnahme könnte diesfalls mangels Rechtsschutzinteresses nicht mehr auf Verfassungsmässigkeit überprüft werden. Das spricht eher für das Vorliegen eines nicht wiedergutzumachenden Nachteils. Darüber braucht indessen angesichts des Ausgangs des vorliegenden Verfahrens nicht abschliessend entschieden zu werden.
c) Weiter fragt es sich, ob die staatsrechtliche Beschwerde mit dem Entscheid in der Sache (Entscheid der Bezirksschulpflege vom 18. April 2001) nicht gegenstandslos geworden ist bzw. die Beschwerdeführerin überhaupt noch über das nach Art. 88 OG erforderliche aktuelle Rechtsschutzinteresse verfügt.
Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss geltend, ein unterinstanzlicher Massnahmeentscheid wirke grundsätzlich auch für die in der Sache zuständigen Rechtsmittelbehörden weiter; diese könnten ihn solange nicht abändern, als er selbständig angefochten sei, womit die Verfügungsgewalt darüber wegen des Devolutiveffekts jeweils derjenigen Rechtsmittelinstanz zukomme, bei welcher der Massnahmeentscheid gerade hängig sei. Diese Argumentation mag allenfalls für das Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zutreffen.
Mit der staatsrechtlichen Beschwerde wird indessen nicht ein vorbestandenes Rechtsmittelverfahren fortgesetzt, sondern ein selbständiges Verfahren neu ausgelöst. Sie hat keinen Devolutiveffekt, der die kantonalen Behörden daran hindern würde, das Massnahmenregime zu ändern. Es erscheint daher fraglich, ob sich die Beschwerdeführerin nicht an die gerade zuständige (kantonale) Rechtsmittelinstanz in der Sache wenden und bei dieser die Anordnung vorsorglicher Massnahmen - bzw. die Wiedererwägung oder Anpassung des Massnahmeentscheides - in ihrem Sinne beantragen müsste.
Freilich wären die kantonalen Behörden wohl nur dann verpflichtet, ein entsprechendes Gesuch an die Hand zu nehmen, wenn neue wesentliche Umstände eingetreten wären. Überhaupt erschiene ein solches Ersuchen angesichts der von den kantonalen Behörden eingenommenen Standpunkte wenig aussichtsreich.
Das spricht wiederum eher für die Bejahung eines aktuellen Rechtsschutzinteresses. Auch diese Frage kann jedoch offen bleiben, zumal selbst dann, wenn die Beschwerde wegen Dahinfallens des Rechtsschutzinteresses abgeschrieben werden könnte, zwecks Verlegung der Prozesskosten eine - freilich lediglich summarische - inhaltliche Prüfung stattzufinden hätte (Art. 40 OG in Verbindung mit Art. 72 BZP).
d) Nach Art. 88 OG steht Privaten das Recht zur Erhebung der staatsrechtlichen Beschwerde, soweit dies hier interessiert, bezüglich solcher Rechtsverletzungen zu, die sie durch sie persönlich treffende Verfügungen erlitten haben. Wie die Beschwerdegegnerin zu Recht einwendet, tritt die Beschwerdeführerin einzig in eigenem Namen auf. Soweit diese Grund- und Menschenrechte anruft, die ihrer Tochter persönlich zustehen, ist sie dazu nicht legitimiert. Das trifft namentlich auf gewisse angerufene Rechtspositionen im Bildungsbereich zu. Die Beschwerdeführerin hätte sie als Vertreterin ihrer Tochter geltend machen können, hat dies aber nicht getan. Auf die Beschwerde kann daher nicht eingetreten werden, soweit sie sich auf Art. 7 BV (Garantie der Menschenwürde), Art. 11 BV (Schutz der Kinder und Jugendlichen) sowie die entsprechenden Bestimmungen des Übereinkommens vom 20. November 1989 über die Rechte des Kindes (UNO-Kinderrechtekonvention; SR 0.107; insbes. Art. 3 und 23 und teilweise Art. 28 und 29) und des Internationalen Pakts vom 16. Dezember 1966 über wirtschaftliche, soziale und kulturelle Rechte (UNO-Pakt I; SR 0.103. 1; teilweise Art. 13) bezieht; für die beiden genannten Staatsverträge wäre ohnehin zusätzlich zu berücksichtigen, ob sich daraus im vorliegenden Zusammenhang überhaupt unmittelbar anwendbare Ansprüche ableiten liessen (vgl. dazu etwa <ref-ruling>). Da die Frage des ausreichenden und unentgeltlichen Grundschulunterrichts auch die Eltern der (noch minderjährigen) Kinder betrifft, soweit sie wie die Beschwerdeführerin für allfällige Schulkosten einzustehen haben, kann dieser jedoch insoweit die Beschwerdebefugnis nicht abgesprochen werden; dies gilt insbesondere im Hinblick auf Art. 19 BV. Ohnehin ist die Beschwerdeführerin zur Geltendmachung der behaupteten Verfahrensmängel sowie der willkürlichen Anwendung des kantonalen Rechts, mithin zur Anrufung von Art. 9 und 29 BV legitimiert.
e) Nach Art. 90 Abs. 1 lit. b OG muss die staatsrechtliche Beschwerde die wesentlichen Tatsachen und eine kurzgefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte oder Rechtssätze der angefochtene Erlass oder Entscheid verletzt und inwiefern dies der Fall ist. Wird Willkür geltend gemacht, muss dargetan werden, inwiefern der angefochtene Entscheid qualifiziert unrichtig sein soll (<ref-ruling> E. 2a S. 3 f.; <ref-ruling> E. 1b S. 495, mit Hinweisen). Auf bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. b; <ref-ruling> E. 1c S. 395).
Die Beschwerdeführerin nennt die angeblich verletzten verfassungsmässigen Rechte und führt aus, inwiefern dagegen verstossen worden sei. Insoweit kommt sie ihrer Substantiierungspflicht nach. In einzelnen Teilen ihrer Beschwerdeschrift, namentlich im Zusammenhang mit der Anrufung des Willkürverbots, verfällt sie jedoch in appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid, weshalb insofern auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
f) Schliesslich ist die staatsrechtliche Beschwerde, von hier nicht in Betracht fallenden Ausnahmen abgesehen, rein kassatorischer Natur (<ref-ruling> E. 5a S. 96, mit Hinweisen). Soweit die Beschwerdeführerin mehr verlangt als die blosse Aufhebung des angefochtenen Entscheids, erscheint fraglich, ob die Beschwerde zulässig ist.
Dasselbe gilt für das Subeventualbegehren der Beschwerdegegnerin.
Dies kann jedoch ebenfalls dahingestellt bleiben.
2.- Im Rahmen der staatsrechtlichen Beschwerde greift das Bundesgericht, soweit es um die tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Entscheids geht, auf entsprechende Rüge hin nur dann ein, wenn die Sachverhaltsfeststellung oder die Beweiswürdigung willkürlich ist, d.h. offensichtlich falsch ist oder auf einem offenkundigen Versehen beruht (<ref-ruling> E. 2c S. 397; <ref-ruling> E. 2a S. 190 f., mit Hinweisen). Das Vorbringen neuer Tatsachen ist ohnehin nur ganz ausnahmsweise zulässig (vgl. <ref-ruling> E. 5a S. 26, mit Hinweis). Grundsätzlich ist daher auf den Sachverhalt abzustellen, der sich der letzten kantonalen Instanz darbot.
Die Beschwerdeführerin äussert sich umfassend zum Sachverhalt und ruft dabei auch neue Tatsachen an. Sie vermag jedoch nicht darzutun, dass die Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung des Verwaltungsgerichts willkürlich wäre. Ebenfalls nicht erstellt ist, dass das Verwaltungsgericht den Sachverhalt in verfassungswidriger Weise unvollständig erhoben hätte, was allenfalls zur Berücksichtigung angeblich neuer Tatsachen, die bereits vor Fällung des angefochtenen Entscheids eingetreten sind, hätte führen können.
Es ist daher vom Sachverhalt auszugehen, wie er dem Verwaltungsgericht bekannt war.
3.- a) In formeller Hinsicht rügt die Beschwerdeführerin zunächst unter Verweis auf ein Urteil des Bundesgerichts vom 29. September 2000 (1P. 93/2000), die Schulrekurskommission sowie das Verwaltungsgericht hätten § 21 des zürcherischen Gesetzes über den Rechtsschutz in Verwaltungssachen vom 24. Mai 1959 (Verwaltungsrechtspflegegesetz, VRG; LS 175. 2) willkürlich angewendet, weil sie die Prozessvoraussetzung der Legitimation der Beschwerdegegnerin vor der Schulrekurskommission nicht von Amtes wegen geprüft und verneint hätten. Dabei handelt es sich indessen um ein neues rechtliches Vorbringen. Solche sind bei Willkürbeschwerden auch dann nicht zulässig, wenn die letzte kantonale Instanz freie Kognition besass und das Recht von Amtes wegen anzuwenden hatte (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 90 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 495, mit Hinweisen). Eine Ausnahme gilt diesfalls nur, wenn erst die Begründung des angefochtenen Entscheids zur Geltendmachung eines Vorbringens Anlass gibt (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4a), was hier offensichtlich nicht zutrifft und was das Bundesgericht im genannten Urteil vom 29. September 2000 (vgl. dessen E. 2a) offenbar übersehen hatte.
Auf die Rüge kann daher nicht eingetreten werden.
Im Übrigen verweist das Verwaltungsgericht auf zwei neuere Urteile, in denen es sich mit dem genannten bundesgerichtlichen Entscheid inhaltlich auseinander gesetzt hat (VB 2000. 00421 und VB 2001. 00004, beide enthalten in der öffentlich zugänglichen Internet-Datenbank der Website des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich). Es erscheint fraglich, ob angesichts der dort angeführten Gründe, welche für die Beschwerdelegitimation von Gemeinden im vorliegenden Zusammenhang sprechen, am Urteil vom 29. September 2000 festgehalten werden könnte. Es spricht tatsächlich einiges dafür, dass es nicht willkürlich ist, wenn das Verwaltungsgericht - entgegen einer anderslautenden Meinung im Schrifttum (Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl. , Zürich 1999, N 63 in Verbindung mit N 55 zu § 21) - die kantonale Umschreibung der Legitimationsvoraussetzungen gemäss dem zürcherischen Verwaltungsrechtspflegegesetz in einem weiteren Sinne versteht, als das Bundesgericht dies bei der Auslegung von Art. 103 lit. a OG für die eidgenössische Verwaltungsgerichtsbeschwerde tut. Darüber braucht hier jedoch nicht abschliessend entschieden zu werden.
b) Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, das Verwaltungsgericht habe gegen Art. 29 Abs. 2 BV verstossen, indem es verneinte, dass die Schulrekurskommission ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt habe. Diese habe sich nämlich mit keinem Wort mit dem damaligen Eventualantrag der Beschwerdeführerin auf Anordnung vorsorglicher Massnahmen auseinander gesetzt.
Das Verwaltungsgericht hat zu dieser Rüge unter Verweis auf eine entsprechende Passage im Tatsachenbeschrieb des Entscheids der Schulrekurskommission ausgeführt, dieser übersehe nicht, dass die Beschwerdeführerin ihr Begehren eventuell auf § 6 VRG betreffend vorsorgliche Massnahmen stütze; die Schulrekurskommission habe im Sinne einer negativen Hauptsachenprognose stillschweigend verneint, dass rechtsgenügliche Gründe für die Aufhebung des früheren rechtskräftigen Rechtsmittelentscheides vom 16. August 1999 bestanden hätten; die entsprechende Begründung sei zwar knapp, aber ausreichend. Diese Beurteilung hält vor Art. 29 Abs. 2 BV stand.
c) Schliesslich hält die Beschwerdeführerin dafür, das Verwaltungsgericht habe "eine formelle Rechtsverweigerung" begangen, "welche gleichsam gegen den Grundsatz des fairen Verfahrens gemäss Art. 29 Abs. 1 BV" verstosse; das Verwaltungsgericht vertrete nämlich in willkürlicher Weise die Auffassung, der Entscheid der Schulrekurskommission vom 16. August 1999 sei in dem Sinne rechtskräftig geworden, dass der Anspruch auf Kostenübernahme seit den Sportferien 2000 erloschen sei.
Indessen sind die entsprechenden Erwägungen des Verwaltungsgerichts klar und nachvollziehbar; sie geben den logischen Sinn des fraglichen Entscheides wieder. Es ist nicht ersichtlich, weshalb sie willkürlich sein oder gegen Art. 29 Abs. 1 BV verstossen sollten.
4.- a) Ist von der Rechtskraft des Entscheids der Schulrekurskommission vom 16. August 1999 auszugehen, wäre vorfrageweise zu prüfen, ob der Entscheid in Wiedererwägung gezogen bzw. - in der Terminologie des Verwaltungsgerichts und der Beschwerdeführerin - angepasst werden müsste. Nur unter dieser Voraussetzung fielen vorsorgliche Massnahmen, wie sie von der Präsidentin der Bezirksschulpflege Uster am 1. März 2000 zugunsten der Beschwerdeführerin angeordnet und auf Rekurs der Beschwerdegegnerin von der Schulrekurskommission des Kantons Zürich am 15. Mai 2000 wieder aufgehoben worden waren, überhaupt in Betracht. Ob die Beschwerdeführerin gestützt auf Art. 29 Abs. 1 BV (analog wie früher in Anwendung von Art. 4 aBV) bei der vorliegenden Sachlage einen Anspruch auf Wiedererwägung hat, wie sie geltend macht, kann indessen offen bleiben, da die kantonalen Instanzen ohnehin geprüft haben, ob eine vorsorgliche Massnahme im Sinne der Beschwerdeführerin zu treffen sei oder nicht.
b) Nach § 70 in Verbindung mit § 6 VRG trifft die zuständige Verwaltungsrechtspflegeinstanz die nötigen vorsorglichen Massnahmen. Das Gesetz bestimmt die Voraussetzungen entsprechender Anordnungen nicht näher. Die Beschwerdeführerin räumt jedoch selbst ein, vorsorgliche Massnahmen setzten, wie dies auch das Verwaltungsgericht festgehalten hat, unter anderem voraus, dass ein schwerer, wahrscheinlich eintretender Nachteil drohe (vgl. auch Kölz/Bosshart/Röhl, a.a.O., N 10 zu § 6). Das Verwaltungsgericht hat das Vorliegen eines solchen erheblichen Nachteils verneint, weil zwar ein - aus finanziellen Gründen - erzwungener Schulwechsel während des Verfahrens sich auf die Fortschritte des Kindes der Beschwerdeführerin nicht förderlich auswirken bzw. diese allenfalls gefährden dürfte, es sich aber dennoch um eine geeignete Schulung handeln würde; selbst wenn die MOMO-Schule die optimalste wäre, bestehe gegenüber dem Gemeinwesen kein Anrecht auf Finanzierung einer entsprechenden Ausbildung.
Bei der Anordnung vorsorglicher Massnahmen haben die zuständigen Instanzen auf eine summarische Prüfung der Sachlage abzustellen und mit hoher Dringlichkeit zu entscheiden (vgl. etwa für den Bund <ref-ruling> E. 3). Dabei räumt das zürcherische Verwaltungsgericht den kantonalen Instanzen einen gewissen Ermessensspielraum ein. Zwar ist die Beschwerdeführerin der Ansicht, die MOMO-Schule böte die bessere Schulung als die öffentliche Sonderklasse B und für ihr Kind sei ohnehin die - noch weniger geeignete - Einteilung in eine gemischte Sonderklasse B/D vorgesehen. Auch in der gemischten Sonderklasse der öffentlichen Schule wird die Tochter der Beschwerdeführerin jedoch grundsätzlich eine auf sie ausgerichtete Sonderschulung erhalten, was zumindest vorläufig, solange das Verfahren in der Hauptsache hängig ist, genügt. Damit erweist sich ein Schulwechsel während des Verfahrens selbst dann nicht gerade als unzumutbar, wenn in Rechnung gestellt wird, dass bei einem allfälligen Obsiegen der Beschwerdeführerin in der Sache ein Rückwechsel stattzufinden hätte. Es erscheint daher unter Berücksichtigung der Besonderheiten eines vorsorglichen Massnahmeentscheides nicht unhaltbar und willkürlich, die die Beschwerdeführerin treffenden Nachteile nicht als schwer zu beurteilen, obschon es nicht zwingend wäre, dass die kantonalen Instanzen der Hauptsachenprognose ein derart grosses Gewicht beimessen.
Es fällt denn auch auf, dass im vorliegenden Verfahren die Hauptsachenfrage - namentlich die Geeignetheit der öffentlichen Sonderschulung - bereits eine grössere Rolle spielt, als dies an sich sein sollte (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 138; <ref-ruling> E. 7a S. 623; <ref-ruling> E. 3 S. 506; <ref-ruling> E. 2b S. 191; <ref-ruling> E. 2a).
Gleichzeitig ergibt sich, dass jedenfalls während des Verfahrens der Anspruch der Beschwerdeführerin auf ausreichenden - nicht: optimalen - und unentgeltlichen Grundschulunterricht ihres Kindes gemäss Art. 19 BV nicht verletzt ist. Auch die entsprechenden Bestimmungen der UNO-Kinderrechtekonvention (insbes. Art. 28 und 29) und des UNO-Pakts I (insbes. Art. 13 Abs. 1 und Abs. 2 lit. a) vermitteln, soweit sie überhaupt anwendbar sind (vgl. E. 1d), im vorliegenden Zusammenhang keinen weitergehenden Schutz.
5.- Zu prüfen bleibt, ob das Verwaltungsgericht der Beschwerdeführerin willkürfrei in Anwendung von § 17 Abs. 2 lit. a VRG eine Parteientschädigung zugunsten der Beschwerdegegnerin auferlegen durfte.
Nach § 17 Abs. 2 lit. a VRG kann im Verfahren vor dem Verwaltungsgericht die unterliegende Partei zu einer angemessenen Entschädigung für die Umtriebe des Gegners verpflichtet werden, namentlich wenn die rechtsgenügliche Darstellung komplizierter Sachverhalte und schwieriger Rechtsfragen besonderen Aufwand erforderte oder den Beizug eines Rechtsbeistandes rechtfertigte.
Nach der Praxis der zürcherischen Verwaltungsrechtspflegeorgane haben vor allem grössere und leistungsfähigere Gemeinwesen grundsätzlich keinen Anspruch auf Parteientschädigung.
Eine Ausnahme besteht aber unter anderem dann, wenn ein solches Gemeinwesen wegen des prozessualen Verhaltens und den Vorbringen der Gegenpartei über Gebühr belastet wird (vgl. Kölz/Bosshart/Röhl, a.a.O., N 19 f. zu § 17). Bei der Beschwerdegegnerin handelt es sich zwar um eine grössere Gemeinde; mit Blick auf die finanziellen Verhältnisse der Beschwerdeführerin mag es daher etwas hart erscheinen, dass das Verwaltungsgericht dieser eine Parteientschädigung auferlegt hat. Angesichts ihrer aufwendigen Prozessführung entspricht das aber der beschriebenen Praxis und ist noch nicht willkürlich. Der entsprechende Betrag von Fr. 1'000.-- hält sich im Übrigen im Rahmen, weshalb die Parteientschädigung auch als verhältnismässig zu beurteilen ist.
6.- Die staatsrechtliche Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Die Beschwerdeführerin unterliegt. Da sie jedoch bedürftig ist und ihre Begehren nicht von vornherein aussichtslos erscheinen, ist ihr antragsgemäss die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu bewilligen (Art. 152 OG). Demnach sind keine Kosten zu erheben, und die Beschwerdeführerin ist aus der Bundesgerichtskasse für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen. Ihre Vertreterin hat dem Bundesgericht eine Kostennote eingereicht, deren Betrag jedoch angesichts der aufwendigen Prozessführung, welche den gebotenen Aufwand für ein Verfahren der vorsorglichen Massnahme übersteigt, zu kürzen ist.
Da es sich bei der obsiegenden Beschwerdegegnerin um ein grösseres Gemeinwesen handelt und sich für das bundesgerichtliche Verfahren keine Ausnahme rechtfertigt, ist ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen (vgl. Art. 159 Abs. 2 analog).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege bewilligt, und es wird ihr Rechtsanwältin Dr. Isabelle Häner als unentgeltliche Rechtsbeiständin beigegeben.
3.- Es werden keine Kosten erhoben, und es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.- Der Vertreterin der Beschwerdeführerin, Rechtsanwältin Dr. Isabelle Häner, wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'500.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien, der Bezirksschulpflege Uster sowie der Schulrekurskommission und dem Verwaltungsgericht (4. Kammer) des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 5. Dezember 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: