Faits:
A. B.X._ est propriétaire d'un quadricycle à moteur Polaris Sportsmann 700 avec lequel son fils, A.X._, a commis diverses infractions.
B. Par décision du 27 février 2004, le juge d'instruction du Bas-Valais a ordonné le séquestre du véhicule susmentionné.
Le 2 mars 2004, B.X._ a été informé téléphoniquement par la police de la décision précitée. Il a toutefois indiqué à son interlocuteur qu'il ne signerait rien dans cette affaire et qu'il n'en avait rien à faire.
C. Par jugement du 5 avril 2006, le juge II du district de Monthey a notamment condamné A.X._, pour lésions corporelles simples avec un objet dangereux, entrave à la circulation publique, contrainte et violations à la LCR, à vingt-cinq jours d'emprisonnement, avec sursis. Il a également confisqué et dévolu à l'Etat le quadricycle Polaris Sportsman 700, immatriculé au nom de B.X._, qui n'a pas reçu notification de cette décision.
D. Par jugement du 4 juillet 2008, la Juge de la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan a notamment condamné A.X._, pour lésions corporelles simples avec un objet dangereux, dommages à la propriété, contrainte, entrave à la circulation publique et violations à la LCR, à une peine pécuniaire de 20 jours-amende, à 15 fr./j., et à une amende de 300 fr., respectivement à une peine privative de liberté de substitution de 20 jours. Elle a également confisqué le quadricycle à moteur Polaris Sportsman 700, immatriculé au nom de B.X._, précisant que le produit de réalisation dudit véhicule devait, sous déduction des frais y relatifs, être alloué à ce dernier.
La partie relative à la confiscation du jugement précité a été correctement notifiée à B.X._.
E. B.X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de son droit d'être entendu, de ses garanties fondamentales de procédure, de son droit à la propriété et une application arbitraire de l'art. 18 CPP/VS, il conclut à l'annulation de la décision cantonale dans la mesure où celle-ci vise la confiscation de son quadricycle.
Le Tribunal cantonal et le Ministère public valaisan ont renoncé à déposer des observations.

Considérant en droit:
1. 1.1 Selon l'art. 81 al. 1 LTF, quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire et (let. a) a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (let. b) a qualité pour former un recours en matière pénale. Cette disposition donne une définition générale de la qualité pour recourir en matière pénale. La liste figurant sous la let. b énumère les cas ordinaires où la condition de l'intérêt juridique à recourir est en principe réalisée. Elle n'est toutefois pas exhaustive. Le Tribunal fédéral a reconnu, tant sous l'OJ (<ref-ruling> consid. 1a p. 155 s.; <ref-ruling> consid. 1a/bb p. 368; <ref-ruling> consid. 1a p. 148) que sous la LTF (<ref-ruling> consid. 1.3), que celui qui s'opposait à la confiscation de biens lui appartenant avait un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision litigieuse.
B.X._ est le propriétaire de l'objet confisqué, de sorte qu'il a un intérêt juridique à l'annulation de la décision entreprise. De plus, il n'a pas été en mesure de participer à la procédure devant l'autorité précédente, la décision de première instance ne lui ayant pas été notifiée. Dans ces conditions, il convient de lui reconnaître la qualité pour recourir en application de l'art. 81 al. 1 LTF.
1.2 En vertu de l'art. 80 al. 1 LTF, les décisions des autorités cantonales ne peuvent faire l'objet d'un recours que si elles ont été prises en dernière instance. Il en découle qu'une décision cantonale ne peut être attaquée devant le Tribunal fédéral que dans la mesure où elle n'est pas susceptible d'un recours cantonal.
Le recourant s'en prend à la décision de séquestre rendue par le juge d'instruction. Or, il n'a pas déposé de recours cantonal contre cette mesure, qui ne constitue pas l'objet du jugement attaqué. En effet, celui-ci se prononce uniquement sur la question de la confiscation. Le recours est donc irrecevable en tant qu'il porte sur le séquestre.
2. Le recourant invoque une violation de son droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2 Cst., de ses garanties fondamentales découlant des art. 5 et 6 CEDH et de son droit de propriété visé par l'art. 26 Cst. Il explique ne jamais avoir été convoqué en cours de procédure, ni informé du fait que son véhicule risquait d'être confisqué.
2. Le recourant invoque une violation de son droit d'être entendu au sens de l'art. 29 al. 2 Cst., de ses garanties fondamentales découlant des art. 5 et 6 CEDH et de son droit de propriété visé par l'art. 26 Cst. Il explique ne jamais avoir été convoqué en cours de procédure, ni informé du fait que son véhicule risquait d'être confisqué.
2.1 2.1.1 Le droit fédéral exige que la décision en matière de confiscation soit prise par un juge ayant une pleine cognition en fait et en droit (<ref-ruling> consid. 1b/cc p. 110); en revanche, il ne précise pas la procédure au terme de laquelle cette décision doit être rendue. En particulier, il n'impose pas aux cantons de prévoir une voie de recours cantonale contre une décision de confiscation prise dans le cadre d'un jugement de condamnation en faveur des tiers visés aux art. 69 ss CP, mais uniquement de mettre à leur disposition une procédure permettant de faire valoir leur droit de propriété. Il peut s'agir d'une procédure séparée de la procédure pénale, telle une action civile (ATF 1P.467/1998 du 22 décembre 1998, consid. 3e, paru à la RDAT 1999 I n° 57 p. 202).
Selon la loi valaisanne d'application du CP, les dispositions du code de procédure civile s'appliquent à la procédure de contestation portant sur la propriété des objets ou valeurs confisqués ou dévolus à l'Etat. L'action doit être ouverte devant le juge civil du lieu de situation de ces biens, sous réserve de la législation fédérale et des traités internationaux (art. 10 e). Dans une jurisprudence publiée à la RVJ 1998 p. 165, le Tribunal cantonal valaisan a toutefois constaté que la situation juridique du tiers prétendument titulaire de valeurs ou d'objets confisqués n'était pas réglée par le CPP/VS. Se référant notamment à l'<ref-ruling> consid. 7c, il a alors admis que les principes constitutionnels fondamentaux s'appliquaient dans le cadre de la procédure pénale concernant la confiscation et a par conséquent reconnu au tiers concerné par ce prononcé la qualité pour recourir contre cette mesure par la voie de l'appel (RVJ 1998 p. 162 ss).
2.1.2 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, le droit de produire des preuves pertinentes, de prendre connaissance du dossier, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur leur résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 494; <ref-ruling> consid. 2c p. 578).
Une renonciation au droit d'être entendu, et plus particulièrement à la tenue d'une audience publique, ne doit pas être admise trop facilement, mais doit être établie de manière non équivoque et s'entourer d'un minimum de garanties correspondant à sa gravité (<ref-ruling> consid. 5f p. 37 ss).
2.2 Le jugement attaqué est de nature à porter atteinte aux droits du recourant, puisque celui-ci est le propriétaire du quadricycle confisqué. Dès lors, les autorités cantonales ne pouvaient ordonner la mesure litigieuse sans l'entendre préalablement (<ref-ruling> consid. 7c p. 368 et RVJ 1998 p. 163 consid. 1). Or, les magistrats valaisans ne l'ont jamais convoqué à aucune audience. Le juge de première instance ne lui a pas non plus communiqué sa décision, contre laquelle il n'a donc pas pu interjeter d'appel, conformément à ce que permet la jurisprudence citée sous RVJ 1998 p. 136. Ce n'est donc qu'au terme de la procédure cantonale que le recourant a été informé de la confiscation litigieuse. Enfin, on ne saurait lui opposer les déclarations faites à la police le 2 mars 2004 et selon « lesquelles il ne signerait rien et n'aurait rien à faire de la décision relative au séquestre de son objet ». En effet, celles-ci ne peuvent manifestement constituer une renonciation expresse du droit d'être entendu de l'intéressé dans le cadre d'une confiscation.
Dans ces conditions, les autorités valaisannes ont violé l'art. 29 al. 2 Cst., puisqu'elles ont prononcé la confiscation du quadricycle sans entendre le propriétaire de l'objet en question.
3. Le recours doit ainsi être admis dans la mesure où il est recevable, le jugement attaqué annulé en ce qui concerne la confiscation et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Conformément à l'art. 66 al. 4 LTF, il ne sera pas perçu de frais. Le canton du Valais versera en revanche une indemnité de dépens au recourant pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable, le jugement attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais.
3. Le canton du Valais versera au recourant une indemnité de dépens de 3000 fr.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, La Juge de la Cour pénale II.
Lausanne, le 13 janvier 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière
Favre Bendani