Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Bremgarten verurteilte X._ am 4. Dezember 2008 u.a. wegen qualifizierter Verstösse gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von dessen Art. 19 Ziff. 2 sowie wegen Nichtabgabe von Ausweisen oder Kontrollschildern im Sinne von <ref-law> zu 2 Jahren Freiheitsstrafe und einer Busse von 300 Franken.
Das Obergericht des Kantons Aargau wies die Berufung von X._ am 26. Mai 2009 ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, ihn von diesen beiden Vorwürfen freizusprechen.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Nach der Überzeugung des Obergerichts hat der Beschwerdeführer zwischen dem 1. November 2007 und dem 11. Dezember 2007 in Sarmenstorf im Restaurant und im Hotel A._ sowie in der Umgebung mit Heroin gehandelt. In diesem Zusammenhang wurde ihm von der Staatsanwaltschaft in Ziff. 1.3 der Anklageschrift vorgehalten:
"1.3 Besitz von Heroin
Anlässlich der Hausdurchsuchung vom 11. 12. 2007 in Sarmenstorf, Hotel A._, konnten im Zimmer von X._, welches auch von P._ bewohnt wurde, 199.8 Gramm Heroin gefunden und sichergestellt werden. Der Angeklagte war zusammen mit P._ im Besitze von 199.8 Gramm Heroin. Der Reinheitsgehalt des Heroins beträgt 11-13 %. Folglich war der Angeklagte im Besitze von mindestens 22 Gramm reinem Heroin."
1.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Anklageprinzips. Die Anklage werfe ihm den Besitz von Drogen vor. Damit sei nicht Besitz im Sinne von <ref-law> gemeint, sondern nach dem strafrechtlichen Gewahrsambegriff beim Diebstahl ein tatsächliches Herrschaftsverhältnis, welches von einem Herrschaftswillen getragen werde. Ein solches werde in der Anklage nicht geschildert, weshalb das Anklageprinzip verletzt sei.
1.2 Der Anklagegrundsatz verteilt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung die Aufgaben zwischen den Untersuchungs- bzw. Anklagebehörden einerseits und den Gerichten andererseits. Er bestimmt den Gegenstand des Gerichtsverfahrens. Die Anklage hat die dem Angeklagten zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind. Das Anklageprinzip bezweckt zugleich den Schutz der Verteidigungsrechte des Angeschuldigten und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-ruling> E. 2b S. 353 f. mit Hinweisen). Nach Art. 6 Ziff. 3 lit. a EMRK hat der Angeschuldigte Anspruch darauf, in möglichst kurzer Frist über die Art und den Grund der gegen ihn erhobenen Beschuldigung in Kenntnis gesetzt zu werden. Das Gericht ist an den in der Anklage wiedergegebenen Sachverhalt gebunden, nicht aber an dessen rechtliche Würdigung durch die Anklagebehörde (<ref-ruling> E. 2a).
1.3 Der Begriff Besitz bedeutet, wie der Beschwerdeführer selber zu Recht vorbringt, ein vom Herrschaftswillen getragenes tatsächliches Herrschaftsverhältnis an einer Sache. In Ziffer 1.3 der Anklage wird ihm dementsprechend vorgeworfen, er und sein Zimmergenosse hätten wissentlich und willentlich gemeinsam rund 200 g Heroin in ihrem Zimmer aufbewahrt. Dieser Vorwurf ist präzise und unmissverständlich. Der Beschwerdeführer wusste, was ihm angelastet wurde und konnte sich dagegen angemessen verteidigen. Von einer Verletzung des Anklageprinzips kann keine Rede sein.
1.4 Eine andere Frage ist, ob das Obergericht willkürfrei davon ausgehen konnte, dass der Beschwerdeführer dieses Heroin effektiv zusammen mit seinem Zimmergenossen in ihrem Hotelzimmer lagerte, oder ob er damit nichts zu tun hatte, wie er behauptet. Das Obergericht legt indessen, teilweise unter Verweis auf die erstinstanzliche Beweiswürdigung, nachvollziehbar und plausibel dar (angefochtener Entscheid S. 12 ff.), weshalb es die Aussagen von P._, Q._ und R._, wonach der Beschwerdeführer mit Heroin gehandelt und dieses jedenfalls zumindest teilweise aus dem Hotelzimmer geholt habe, für glaubhaft hält. Er bringt nichts vor, was die obergerichtliche Schlussfolgerung, er und P._ seien die Besitzer der am 11. Dezember 2007 in ihrem Hotelzimmer beschlagnahmten rund 200 g Heroin gewesen, unhaltbar erscheinen lassen könnte. Seien Bestreitungen sind rein appellatorisch und damit unzulässig (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.4.3).
1.5 Für die Rüge, das Obergericht habe das Betäubungsmittelgesetz verletzt, geht der Beschwerdeführer nicht vom Sachverhalt aus, wie ihn das Obergericht willkürfrei feststellte, sondern von seiner abweichenden eigenen Version der Geschehnisse. Ein solches Vorgehen ist von vornherein nicht geeignet, dem Obergericht eine Verletzung von Bundesrecht nachzuweisen.
2. 2.1 In Bezug auf die Verurteilung wegen Nichtabgabe von Ausweisen oder Kontrollschildern (angefochtener Entscheid E. 6 S. 18 ff.) ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer mit Verfügung des Strassenverkehrsamtes Aargau vom 3. April 2008 unter Strafandrohung aufgefordert wurde, seinen Führerausweis abzugeben. Dieser Aufforderung kam er nicht nach. Ebenfalls unbestritten ist, dass diese Verfügung am 7. April 2008 rechtsgültig zugestellt und von der Mutter des Beschwerdeführers entgegengenommen wurde. Der Beschwerdeführer macht geltend, diese habe sie weggelegt und ihm nicht übergeben. Die Zustellung sei zwar korrekt erfolgt und die Polizei daher berechtigt gewesen, seinen Führerschein einzuziehen. Die Nichtabgabe des Führerausweises im Sinne von <ref-law> sei indessen ein Vorsatzdelikt, weswegen er nicht hätte verurteilt werden dürfen, da er von der Abgabeverfügung keine Kenntnis gehabt habe.
2.2 Dem Beschwerdeführer ist insoweit zuzustimmen, dass es sich bei Missbrauch von Ausweisen und Schildern im Sinne von <ref-law> um ein Vorsatzdelikt handelt. Eine Verurteilung wegen Nichtabgabe von Ausweisen trotz behördlicher Aufforderung nach Abs. 2 dieser Bestimmung setzt damit grundsätzlich voraus, dass der Täter von dieser Verfügung Kenntnis hatte. Das Obergericht vertritt zwar, gestützt auf ein obiter dictum in E. 1.3 des Urteils 6S.233/2002 des Bundesgerichts vom 11. Juli 2002, die Auffassung, es reiche für die Annahme der Tatbestandsmässigkeit aus, dass die Abgabeverfügung rechtsgültig zugestellt wurde, weil diesfalls ohne weiteres davon auszugehen sei, dass der Empfänger von der Verfügung Kenntnis genommen habe.
Dies erscheint fraglich, es würde wohl kaum angehen, den Beschwerdeführer strafrechtlich zu verurteilen, wenn feststünde, dass seine Mutter ihm die Verfügung nicht weitergegeben und er davon keine Kenntnis hatte. Der Beschwerdeführer übersieht jedoch, dass dies keineswegs feststeht, sondern dass das Obergericht im Gegenteil davon ausgeht, dass es sich dabei um eine reine Schutzbehauptung handelt, er somit nach dessen Überzeugung von der Verfügung Kenntnis hatte (angefochtener Entscheid E. 6.3 S. 19 f.). Da er nicht darlegt, inwiefern diese Sachverhaltsfeststellung willkürlich sein sollte, ist sie für das Bundesgericht verbindlich. Seine Verurteilung in diesem Punkt ist nicht zu beanstanden. Die Rüge ist unbegründet.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von 4'000 Franken werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. September 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi