Faits:
A. B._, née en 1966, exerce l'activité de fleuriste à titre indépendant depuis 1997. Atteinte d'une sclérose en plaques rémittente évoluant depuis l'âge de 25 ans et de dorso-lombalgies chroniques, elle s'est annoncée à l'assurance-invalidité le 8 août 2005, en indiquant que depuis le 1er mai 2005 elle présentait une incapacité de travail de 50 %. Dans le cadre de l'instruction, l'office cantonal AI du Valais (ci-après: l'office AI) a recueilli les renseignements médicaux usuels et a fait procéder à une enquête économique effectuée au domicile de l'assurée le 24 mars 2006, dont le rapport a été établi le 28 mars 2006.
Se fondant sur les conclusions des différents rapports médicaux au dossier, sur l'avis des médecins du Service médical régional (SMR), sur les résultats de l'enquête économique mentionnée et sur un procès-verbal d'audition du 30 août 2006, l'office AI a, par décision du 2 octobre 2006, nié à l'assurée le droit à une rente d'invalidité, son degré d'invalidité ayant été fixé à 24 %. Il a également écarté la requête d'assistance juridique gratuite pour la procédure administrative.
B. Par jugement du 20 octobre 2008, le Tribunal cantonal des assurances sociales du canton du Valais a rejeté le recours formé par l'assurée contre la décision de refus de rente. Il a en outre reconnu le droit de la recourante à l'assistance judiciaire gratuite pour la procédure de recours et confirmé le refus de l'assistance juridique en procédure administrative.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut au droit à une rente entière d'invalidité dès le mois d'août 2004, au droit à l'assistance juridique gratuite en procédure administrative et sollicite d'être mise au bénéfice de l'assistance judiciaire pour la procédure fédérale.
L'office AI conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours constitutionnel subsidiaire est exclu (<ref-law>), car les griefs soulevés par la recourante dans son recours en matière de droit public - le droit à des prestations de l'assurance-invalidité - peuvent être examinés sans restriction (<ref-law>).
1.2 Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), n'examine en principe que les griefs invoqués (<ref-law>), fondant son raisonnement sur les faits retenus par l'autorité précédente (<ref-law>), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (<ref-law>).
1.3 Le litige porte sur le droit de la recourante à une rente d'invalidité. A cet égard, le jugement entrepris expose correctement les dispositions légales et la jurisprudence applicables au présent cas. Il suffit d'y renvoyer.
La recourante invoque une violation du droit fédéral et se prévaut d'une violation de son droit d'être entendue (<ref-ruling> consid. 2 p. 92 et la référence), reproche à la juridiction cantonale de ne pas avoir tenu compte de l'incapacité de travail de 50 % admise par le corps médical et d'avoir statué sur la base d'une enquête économique dépourvue de valeur probante, établissant son degré d'invalidité en se fondant sur des revenus hypothétiques erronés.
1.4 Le Tribunal fédéral examine librement, parce qu'il s'agit d'une question de droit, le grief tiré d'une violation du principe de la libre appréciation des preuves et du devoir qui en découle, de procéder à une appréciation complète, rigoureuse et objective des rapports médicaux, en relation avec leur contenu (<ref-ruling> consid. 4.1. p. 400). Constitue également une question de droit celle de savoir quelle méthode d'évaluation doit être prise en considération dans un cas d'espèce pour déterminer le degré d'invalidité (arrêt I 981/06 du 18 janvier 2008 consid. 4 et I 990/06 du 28 mars 2007, consid. 4.1) et celle qui consiste à examiner si la méthode choisie a été appliquée correctement (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 399; arrêts I 981/06 du 18 janvier 2008 précité, consid. 4 et I 59/07 du 7 décembre 2007, consid. 3 in fine). Les constatations déterminantes pour fixer le degré d'invalidité dans le cadre de la méthode extraordinaire d'évaluation de l'invalidité que le juge doit prendre en considération ou dont la personne assurée doit être admise à fournir les preuves, relèvent en revanche d'une question de fait, lesquelles lient en principe le Tribunal fédéral, à moins qu'elles n'apparaissent manifestement inexactes, ne reposent sur une violation du droit au sens de l'<ref-law> ou sur une appréciation arbitraire des preuves, voire sur une violation du droit d'être entendu (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 429, 119 Ib 492 consid. 5b/bb p. 505), auquel cas le Tribunal fédéral examine librement le grief en question.
2. 2.1 La recourante ne conteste pas le jugement cantonal dans la mesure où les premiers juges ont choisi la méthode extraordinaire d'évaluation de l'invalidité. Elle reproche en revanche aux juges cantonaux de ne pas avoir appliqué cette méthode de manière correcte et critique surtout le contenu du rapport d'enquête économique du 28 mars 2006 ainsi que sa valeur probante. Elle considère que le Tribunal cantonal aurait dû écarter ce document ou faire procéder à une nouvelle enquête, puisqu'il contient des informations manifestement erronées sur l'incidence des atteintes à la santé sur l'exploitation du magasin et de l'atelier floral dont elle s'occupe. A son avis, les informations sur lesquelles les premiers juges se sont fondés sont clairement en contradiction avec les appréciations médicales, selon lesquelles elle présente une incapacité de travail de 50 %, a de la peine à marcher et à rester debout. Elle considère en outre que, eu égard à la portée considérable du rapport en question sur le droit aux prestations, il aurait appartenu à l'inspecteur qui l'a rédigé de s'assurer que les éléments retenus correspondent à la réalité, en faisant par exemple contresigner ledit rapport par l'assurée.
2.2 Le Tribunal fédéral est lié par les questions de fait relatives aux données médicales et à l'incapacité de travail retenues par les premiers juges; il ne peut les rectifier que si la juridiction cantonale a fondé son jugement sur des constatations manifestement inexactes. Tel n'est cependant pas le cas en l'occurrence, puisque les constatations selon lesquelles la recourante souffre des séquelles de la sclérose en plaques, d'atteintes du rachis et d'une tendance dépressive, ce qui provoque une incapacité de travail de 50 %, ne sont pas litigieuses.
2.3 Il reste à examiner l'incidence de l'incapacité de travail de 50 % retenue par les premiers juges sur la capacité de gain de la recourante, selon la méthode extraordinaire d'évaluation de l'invalidité.
Le Tribunal fédéral examine les faits retenus par les premiers juges sur la base d'une enquête économique avec le même pouvoir d'examen que ceux retenus sur la base des rapports médicaux. En effet, les constatations fondées sur le rapport d'une enquête économique effectuée à domicile (<ref-law>) dans le cadre de la méthode extraordinaire d'évaluation de l'invalidité, notamment celles qui ont pour objet la capacité de travail de la personne assurée dans des activités spécifiques ainsi que sa portée du point de vue économique sont, comme l'appréciation des preuves dans un cas concret, des questions de fait. Constituent en revanche des questions de droit l'observation du principe de l'instruction d'office (<ref-ruling> consid. 5.2.5 p. 68 sv avec références) et des règles sur l'appréciation des preuves selon l'art. 61 let. c LPGA (arrêts I 981/06 du 18 janvier 2008, consid. 4, I 1048/06 du 13 décembre 2007, consid. 3, et I 59/07 du 7 décembre 2007, consid. 3).
En l'occurrence, la juridiction cantonale a constaté que les données retenues par l'enquêteur de l'office AI incluent un tableau des activités à accomplir et des tâches pouvant encore être menées à bien par l'assurée, compte tenu des limitations médicales attestées. Les premiers juges ont considéré que l'appréciation de l'office AI ne reposait pas sur des erreurs manifestes, l'enquêteur s'étant conformé à son devoir de retranscrire les réponses données par la recourante lors de son passage à domicile. A leur avis, c'est ainsi sur la foi des indications fournies par l'assurée que l'incapacité a été fixée à 25 %, tandis que la recourante revient, selon les premiers juges, sur ses déclarations initiales pour tenter de les rectifier en sa faveur.
2.4 L'administration et la juridiction cantonale ont retenu que, malgré une incapacité de travail de 50 % dans l'activité de fleuriste attestée médicalement, la recourante ne présente qu'un handicap de 25 % dans le champs d'activité « travail à l'atelier ». Pour fonder cette appréciation, les premiers juges ont notamment considéré que l'assurée pouvait renoncer à l'exercice de l'activité pénible de la décoration en hauteur et que le déplacement de charges lourdes pouvait être évité grâce à l'organisation d'un transport mécanique. Compte tenu de l'incapacité de travail de 50 % admise à l'unanimité par le corps médical, cette opinion n'est cependant pas soutenable dans la mesure où le travail à l'atelier constitue par essence l'activité principale d'une fleuriste indépendante. Telle qu'elle a été effectuée, l'appréciation des preuves contenues dans le rapport d'enquête économique du 28 mars 2006, lequel décrit les activités à accomplir et les tâches pouvant encore être menées à bien, correspond au contraire à une constatation manifestement inexacte de l'entrave, dans le champ d'activité principal de la recourante, des séquelles de la sclérose en plaques dont souffre cette dernière. Constitutive, en lien avec l'opinion des médecins, d'une violation du principe de la libre appréciation des preuves, cette conclusion repose sur une appréciation arbitraire des preuves et ne peut dès lors pas être retenue. Dans ces conditions, conformément aux attestations médicales au dossier, une incapacité de travail de 50 % dans l'activité principale de l'assurée doit être admise, la question du rôle joué par l'enquêteur ne méritant pas d'être examinée plus avant.
En fonction d'une incapacité de travail de 50 % dans le champs d'activité à l'atelier, lequel correspond à 69,93 % du travail au plan global sans handicap, le champs pondéré de cette activité avec handicap est de 34,97 %, ce qui équivaut à un revenu de 18'910.- fr. (54'075.85 x 34,97 %). Compte tenu des autres éléments économiques à prendre en considération, soit de revenus se montant à 11'129 fr., d'où un revenu total avec handicap de 30'039 fr., le degré d'invalidité est donc de 43 % (42,52 %) selon la formule finale de l'évaluation économique sans et avec incapacité de travail ([52'267 - 30'039] : 52'267 x 100). La recourante a dès lors droit à un quart de rente d'invalidité.
2.5 La recourante demande que la rente lui soit accordée avec effet au 1er août 2004, sans toutefois motiver cette conclusion relative au début du droit à la rente. En revanche, dans sa demande de prestations d'assurance, elle avait indiqué qu'elle présentait une incapacité de travail de 50 % depuis le 1er mai 2005. D'autre part, la juridiction cantonale a relevé à juste titre que le corps médical n'avait pas attesté d'incapacité de travail avant le mois de mai 2005. Dès lors, c'est à partir du 1er mai 2006, à savoir à l'échéance de la période d'attente d'une année prévue par la loi, que le droit au quart de rente doit être reconnu à la recourante.
3. Les premiers juges ont confirmé le refus du droit à l'assistance juridique en procédure administrative, considérant que la recourante avait requis son audition au cours de l'instruction, qu'elle avait pu s'exprimer librement à cette occasion et contester sans l'aide d'un avocat les différents paramètres propres à sa situation personnelle qui entraient en considération dans l'examen de son droit aux prestations et que, sur ces différents points au surplus, le courrier ultérieur de son avocat n'avait apporté rien de nouveau.
Se référant de manière toute générale à la nature complexe des questions juridiques soulevées en procédure administrative, la recourante n'explique cependant pas en quoi, dans le cas précis, au regard des conditions spécifiques posées par la jurisprudence à l'octroi d'un avocat d'office en procédure administrative, l'appréciation des premiers juges sur la base des éléments qu'ils ont retenus serait contraire au droit fédéral. Sur ce point, le recours doit être rejeté.
4. En conclusion, le recours doit être partiellement admis dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui obtient gain de cause, a droit à une indemnité de dépens pour la procédure fédérale, à charge de l'Office intimé (<ref-law>), sa demande visant à être mise au bénéfice de l'assistance judiciaire devenant sans objet. Vu l'issue du litige, les frais de la présente procédure doivent être supportés par l'Office AI qui succombe (art. 66 al. 1 première phrase LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est partiellement admis, le jugement du Tribunal cantonal des assurances du Canton du Valais, du 20 octobre 2008, et la décision de l'Office AI, du 2 octobre 2006, étant réformés en ce sens que la recourante a droit à un quart de rente d'invalidité avec effet au 1er mai 2006. Le recours est rejeté pour le surplus.
2. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'Office intimé.
4. L'Office intimé versera à la recourante la somme de 2'800 fr. à titre de dépens.
5. Le Tribunal cantonal des assurances du Canton du Valais statuera sur les frais et dépens pour la procédure de première instance, au regard de l'issue du procès de dernière instance.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances du canton du Valais et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 20 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Scartazzini