Faits:
Faits:
A. Inscrite au registre du commerce de Genève le 5 février 1997, la société X._ SA (ci-après: la société) était affiliée en tant qu'employeur auprès de la Caisse interprofessionnelle d'assurance-vieillesse et survivants de la Fédération romande des syndicats patronaux, aujourd'hui, la Caisse interprofessionnelle d'AVS de la Fédération des entreprises romandes (ci-après: la caisse).
Les administrateurs uniques, avec signature individuelle, ont été successivement V._, du 13 février au 25 novembre 1997 et E._, du 25 novembre 1997 jusqu'à la dissolution de la société. S._ a fonctionné comme directeur avec signature individuelle du 17 décembre 1997 jusqu'au prononcé de la faillite. Cette dernière l'a été le 23 novembre 1999 et liquidée sommairement le 14 février 2000.
Par décisions du 12 avril 2001, la caisse a réclamé à E._ et S._ la réparation du dommage encouru par elle dans la faillite de la société X._ SA, à concurrence d'un montant de 48'749 fr. 25, lequel correspondait aux cotisations AVS-AI-APG-AC et les cotisations d'allocations familiales restées impayées sur les salaires versés par la société pour la période d'avril 1997 à avril 1999 (y compris les frais de sommation, de poursuite et les intérêts). Le même jour, elle a notifié une décision en réparation du dommage à V._ d'un montant de 18'347 fr. 95 portant sur la période d'avril à décembre 1997.
E._ et V._ ont formé opposition à la décision de réparation du dommage qui leur a été notifiée. Quant à S._, il n'a pas contesté la décision.
E._ et V._ ont formé opposition à la décision de réparation du dommage qui leur a été notifiée. Quant à S._, il n'a pas contesté la décision.
B. Par acte du 1er juin 2001, la caisse a ouvert action contre E._ et V._ devant la Commission cantonale de recours en matière d'AVS-AI-APG (depuis le 1er août 2003: Tribunal cantonal des assurances sociales, Genève), en concluant à la levée des oppositions formées par E._ et V._ contre ses décisions du 12 avril 2001.
Par jugement du 31 mai 2005, le Tribunal des assurances du canton de Genève a admis les prétentions de la caisse à l'encontre de E._ et a condamné celui-ci au paiement de 46'927 fr. 30, au titre des cotisations paritaires de droit fédéral; la procédure en réparation pour non-versement des cotisations d'allocations familiales de droit cantonal a fait l'objet d'une procédure distincte. En revanche, il a débouté la caisse de ses conclusions à l'égard de V._ et l'a condamnée à verser à ce dernier la somme de 1'500 fr. au titre d'une indemnité de frais et dépens (ch. 3 et 4 du dispositif).
Par jugement du 31 mai 2005, le Tribunal des assurances du canton de Genève a admis les prétentions de la caisse à l'encontre de E._ et a condamné celui-ci au paiement de 46'927 fr. 30, au titre des cotisations paritaires de droit fédéral; la procédure en réparation pour non-versement des cotisations d'allocations familiales de droit cantonal a fait l'objet d'une procédure distincte. En revanche, il a débouté la caisse de ses conclusions à l'égard de V._ et l'a condamnée à verser à ce dernier la somme de 1'500 fr. au titre d'une indemnité de frais et dépens (ch. 3 et 4 du dispositif).
C. La caisse interjette un recours de droit administratif contre ce jugement dont elle demande l'annulation, dans la mesure où il la déboute de ses conclusions envers V._, et conclut à la condamnation de ce dernier au paiement de 18'347 fr. 95 à titre de réparation du dommage subi en raison du non-paiement de cotisations sociales.
Dans sa réponse, V._ conclut au rejet du recours, sous suite de frais et dépens, en soulevant notamment l'exception de prescription de la créance en réparation du dommage. L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se prononcer.

Considérant en droit:
Considérant en droit:
1. La décision litigieuse n'ayant pas pour objet l'octroi ou le refus de prestations d'assurance, le Tribunal fédéral des assurances doit se borner à examiner si les premiers juges ont violé le droit fédéral, y compris par l'excès ou par l'abus de leur pouvoir d'appréciation, ou si les faits pertinents ont été constatés d'une manière manifestement inexacte ou incomplète, ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 en corrélation avec les art. 104 let. a et b et 105 al. 2 OJ).
1. La décision litigieuse n'ayant pas pour objet l'octroi ou le refus de prestations d'assurance, le Tribunal fédéral des assurances doit se borner à examiner si les premiers juges ont violé le droit fédéral, y compris par l'excès ou par l'abus de leur pouvoir d'appréciation, ou si les faits pertinents ont été constatés d'une manière manifestement inexacte ou incomplète, ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 en corrélation avec les art. 104 let. a et b et 105 al. 2 OJ).
2. Comme en procédure cantonale, l'intimé soulève l'exception de prescription. Se référant à un arrêt F. du 30 novembre 2004, H 96/03, publié in SVR 2005 AHV no 15 p. 48, il fait valoir que le nouvel <ref-law> était applicable à la présente procédure. La prescription de deux ans prévue par cette disposition a commencé à courir le 1er janvier 2003 et n'a été interrompue par aucun acte de la part de la caisse, de sorte qu'au 1er janvier 2005, la prescription était acquise.
Les premiers juges ont rejeté cette exception. Ils ont retenu que l'application de l'<ref-law> n'avait pas lieu d'être puisque le cas d'espèce était régi par l'art. 82 al. 1 aRAVS, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002, eu égard au fait que les règles applicables sont celles en vigueur au moment où les faits juridiquement déterminants se sont produits.
Les premiers juges ont rejeté cette exception. Ils ont retenu que l'application de l'<ref-law> n'avait pas lieu d'être puisque le cas d'espèce était régi par l'art. 82 al. 1 aRAVS, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002, eu égard au fait que les règles applicables sont celles en vigueur au moment où les faits juridiquement déterminants se sont produits.
3. La loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales du 6 octobre 2000 (LPGA) est entrée en vigueur le 1er janvier 2003, entraînant la modification de nombreuses dispositions légales dans le domaine de l'AVS, notamment en ce qui concerne l'<ref-law>. Le cas d'espèce reste toutefois régi, sur le plan matériel, par les dispositions en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002, eu égard au principe selon lequel les règles applicables sont celles en vigueur au moment où les faits juridiquement déterminants se sont produits (<ref-ruling> consid. 1.2 et les références). En revanche, les dispositions générales de procédure de la LPGA (art. 27 à 62 LPGA) sont applicables au cas d'espèce (<ref-law> dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2003, art. 52 et 56 LPGA; cf. <ref-ruling>).
3. La loi fédérale sur la partie générale du droit des assurances sociales du 6 octobre 2000 (LPGA) est entrée en vigueur le 1er janvier 2003, entraînant la modification de nombreuses dispositions légales dans le domaine de l'AVS, notamment en ce qui concerne l'<ref-law>. Le cas d'espèce reste toutefois régi, sur le plan matériel, par les dispositions en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002, eu égard au principe selon lequel les règles applicables sont celles en vigueur au moment où les faits juridiquement déterminants se sont produits (<ref-ruling> consid. 1.2 et les références). En revanche, les dispositions générales de procédure de la LPGA (art. 27 à 62 LPGA) sont applicables au cas d'espèce (<ref-law> dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2003, art. 52 et 56 LPGA; cf. <ref-ruling>).
4. Selon l'<ref-law>, tel qu'en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002, l'employeur qui, intentionnellement ou par négligence grave, n'observe pas des prescriptions et cause ainsi un dommage à la caisse de compensation, est tenu à réparation.
4.1 D'après l'ancien <ref-law>, en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002, le droit de demander la réparation du dommage se prescrit lorsque la caisse de compensation ne le fait pas valoir par une décision de réparation dans l'année après qu'elle a eu connaissance du dommage, et, en tout cas, à l'expiration d'un délai de cinq ans à compter du fait dommageable. En tant qu'il s'agit de délais de péremption, la caisse de compensation est déchue du droit d'exiger la réparation du dommage si elle n'a pas agi dans les délais requis (cf. <ref-ruling> consid. 5a, 17 consid. 2a, 126 V 451 consid. 2a, 121 III 388 consid. 3b et les références; cf. également Andrea Braconi, Prescription et péremption dans l'assurance sociale, in : Droit privé et assurances sociales, Fribourg 1990, p. 223 et 227 ss). En revanche, si elle a rendu une décision de réparation du dommage dans ces délais et, en cas d'opposition, ouvert une action dans les 30 jours à compter du moment où elle a eu connaissance de l'opposition (ancien <ref-law>), ses droits sont sauvegardés pour toute la durée de la procédure, jusqu'à ce que la décision entre en force ou qu'un jugement définitif soit rendu (cf. consid. 5.1.1 de l'arrêt F. du 30 novembre 2004 (H 96/03) précité; RCC 1991 p. 136 consid. 2c; arrêt non publié B. du 8 janvier 1990 [H 102/88] consid. 2c).
Avec l'entrée en vigueur de la LPGA, au 1er janvier 2003, l'<ref-law> a été abrogé. Depuis lors, le nouvel <ref-law> (introduit par le ch. 7 de l'annexe à la LPGA) prévoit à son al. 3 que le droit à réparation est prescrit deux ans après que la caisse de compensation compétente a eu connaissance du dommage et, dans tous les cas, cinq ans après la survenance du dommage. Ces délais peuvent être interrompus et l'employeur peut renoncer à s'en prévaloir. Il s'agit de délais de prescription, non de péremption, comme cela ressort du texte légal et des travaux préparatoires de la LPGA (cf. SVR 2005 AHV n° 15 p. 49 consid. 5.1.2; FF 1994 V 964 sv., 1999 p. 4422).
4.2 La LPGA ne contient pas de disposition transitoire relative aux délais de péremption et de prescription prévus par l'ancien <ref-law> et l'<ref-law>. Dans l'arrêt F. du 30 novembre 2004 (H 96/03), le Tribunal fédéral des assurances a jugé que le délai de prescription prévu par l'<ref-law> ne commencerait à courir, le cas échéant, qu'à partir de l'entrée en vigueur de la nouvelle réglementation, le 1er janvier 2003. En revanche, il a laissé ouverte la question de savoir si une créance en réparation du dommage était susceptible de prescription au sens de l'<ref-law> alors même qu'elle faisait l'objet d'une procédure judiciaire en cours. Ce nonobstant, dans un arrêt ultérieur, du 27 septembre 2005 (cf. <ref-ruling>), le Tribunal fédéral des assurances a laissé ouverte la question de savoir si la période écoulée sous l'ancien droit devait être portée en compte dans le délai de prescription de deux ans de l'<ref-law> (consid. 5.2).
Cette question peut également souffrir de rester indécise en l'espèce.
Cette question peut également souffrir de rester indécise en l'espèce.
5. 5.1 Tandis que le juge ne peut interrompre la prescription que par une ordonnance ou une décision, «chaque acte judiciaire des parties» suffit à produire cet effet (<ref-law>). Cette notion d'acte judiciaire des parties doit être interprétée largement (<ref-ruling> consid. 4; Stephen V. Berti, Commentaire zurichois, n. 18 ad <ref-law>; Robert K. Däppen, Commentaire bâlois, 3è édition, n. 2 ad <ref-law>; Pascal Pichonnaz, Commentaire romand, n. 4 ad <ref-law>), tout en ayant égard à la ratio legis de la disposition citée, qui est de sanctionner l'inaction du créancier. Il faut donc considérer comme acte judiciaire d'une partie tout acte de procédure relatif au droit invoqué en justice et susceptible de faire progresser l'instance (cf. <ref-ruling> consid. 3.2).
5.2 Le délai de prescription de deux ans, à supposer qu'il ait commencé à courir avant le 1er janvier 2003, a été interrompu une première fois le 1er juin 2001, lorsque la caisse a ouvert action en réparation du dommage devant la Commission cantonale de recours. Il ressort des pièces se trouvant au dossier que le 30 avril 2003, la caisse a écrit à l'autorité cantonale de recours en lui faisant parvenir une copie de l'acte de défaut de biens délivré par l'office des faillites du canton de Genève le 22 avril 2003. Cet acte attestait l'admission de la créance de la caisse au tableau de distribution des deniers dans la faillite de la société pour un montant de 52'701 fr. 15. En versant cette pièce au dossier de la cause, la caisse a clairement manifesté son intérêt à la poursuite de la procédure et porté à la connaissance du juge le montant définitif de son dommage subi dans la faillite de la société. Cette lettre était ainsi apte à faire avancer le procès et à interrompre la prescription. Par la suite, le 14 décembre 2004, le Tribunal cantonal des assurances sociales a rendu une ordonnance de comparution personnelle des parties. Cet acte a eu pour effet d'interrompre une nouvelle fois la prescription (cf. Fabienne Hohl, Procédure civile, tome I, Berne 2001, no 174; Attilio R. Gadola, Verjährung und Verwirkung im öffentlichen Recht, PJA 1/1995 p. 54). Par consequent, même si la période écoulée sous l'ancien droit depuis la connaissance du dommage devait être portée en compte dans le délai de prescription de deux ans de l'<ref-law>, la créance litigieuse n'était pas prescrite le 31 mai 2005, dès lors qu'elle a été valablement interrompue et qu'un nouveau délai n'était pas écoulé entre deux actes interruptifs. Le moyen soulevé par l'intimé n'est dès lors pas fondé.
5.2 Le délai de prescription de deux ans, à supposer qu'il ait commencé à courir avant le 1er janvier 2003, a été interrompu une première fois le 1er juin 2001, lorsque la caisse a ouvert action en réparation du dommage devant la Commission cantonale de recours. Il ressort des pièces se trouvant au dossier que le 30 avril 2003, la caisse a écrit à l'autorité cantonale de recours en lui faisant parvenir une copie de l'acte de défaut de biens délivré par l'office des faillites du canton de Genève le 22 avril 2003. Cet acte attestait l'admission de la créance de la caisse au tableau de distribution des deniers dans la faillite de la société pour un montant de 52'701 fr. 15. En versant cette pièce au dossier de la cause, la caisse a clairement manifesté son intérêt à la poursuite de la procédure et porté à la connaissance du juge le montant définitif de son dommage subi dans la faillite de la société. Cette lettre était ainsi apte à faire avancer le procès et à interrompre la prescription. Par la suite, le 14 décembre 2004, le Tribunal cantonal des assurances sociales a rendu une ordonnance de comparution personnelle des parties. Cet acte a eu pour effet d'interrompre une nouvelle fois la prescription (cf. Fabienne Hohl, Procédure civile, tome I, Berne 2001, no 174; Attilio R. Gadola, Verjährung und Verwirkung im öffentlichen Recht, PJA 1/1995 p. 54). Par consequent, même si la période écoulée sous l'ancien droit depuis la connaissance du dommage devait être portée en compte dans le délai de prescription de deux ans de l'<ref-law>, la créance litigieuse n'était pas prescrite le 31 mai 2005, dès lors qu'elle a été valablement interrompue et qu'un nouveau délai n'était pas écoulé entre deux actes interruptifs. Le moyen soulevé par l'intimé n'est dès lors pas fondé.
6. Pour ce qui est du recours de la caisse, il y a lieu de relever, préliminairement, que lorsque le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral des assurances est limité par l'art. 105 al. 2 OJ, la possibilité d'alléguer des faits nouveaux ou de faire valoir de nouveaux moyens de preuve est très restreinte. Selon la jurisprudence, seules sont admissibles dans ce cas les preuves que l'instance inférieure aurait dû réunir d'office, et dont le défaut d'administration constitue une violation de règles essentielles de procédure (<ref-ruling> consid. 1c, 120 V 485 consid. 1b et les références).
6. Pour ce qui est du recours de la caisse, il y a lieu de relever, préliminairement, que lorsque le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral des assurances est limité par l'art. 105 al. 2 OJ, la possibilité d'alléguer des faits nouveaux ou de faire valoir de nouveaux moyens de preuve est très restreinte. Selon la jurisprudence, seules sont admissibles dans ce cas les preuves que l'instance inférieure aurait dû réunir d'office, et dont le défaut d'administration constitue une violation de règles essentielles de procédure (<ref-ruling> consid. 1c, 120 V 485 consid. 1b et les références).
7. 7.1 En l'espèce, les premiers juges ont constaté que les cotisations sociales de la société avaient fait l'objet d'une facturation forfaitaire trimestrielle avec facturation définitive sur la base des attestations annuelles des salaires versés et ce, dès sa création en février 1997. Ils ont retenu ensuite que la facturation définitive sur la base de l'attestation annuelle des salaires pour l'année 1997 adressée par la société à la caisse le 30 janvier 1998, avait fait l'objet de factures les 26 mai 1998 et 3 juin 1999. Les premiers juges ont appliqué la jurisprudence du Tribunal fédéral des assurances selon laquelle on admet que lorsque l'entreprise établit un décompte de ses cotisations aux assurances sociales selon la procédure de décompte forfaitaire, un organe qui se retire au cours d'une année civile répond des montants forfaitaires échus jusqu'à son départ (pour autant qu'ils ne dépassent pas le montant du dommage) mais non des cotisations effectives - plus élevées ou plus basses - à déterminer à la fin de l'année civile et correspondant à la période allant jusqu'à son départ (VSI 2002 p. 55). La juridiction cantonale a ainsi admis que les prétentions de la caisse à l'égard de V._ résultant des factures émises les 26 mai 1998 et 3 juin 1999 étaient mal fondées, dès lors qu'à ces dates, l'intimé n'était plus inscrit au registre du commerce.
7.2 La caisse allègue un fait nouveau devant l'instance fédérale: la juridiction cantonale aurait méconnu que pour l'année 1997, les charges sociales ne faisaient pas l'objet d'une facturation forfaitaire trimestrielle, mais la société devait envoyer trimestriellement à la caisse les déclarations de salaires. Elle fait valoir que ce n'est qu'à partir de janvier 1998 que la société a choisi la facturation forfaitaire, de sorte que la jurisprudence citée par la juridiction cantonale et ayant pour conséquence de libérer l'intimé de sa responsabilité n'était pas applicable en l'espèce.
7.2 La caisse allègue un fait nouveau devant l'instance fédérale: la juridiction cantonale aurait méconnu que pour l'année 1997, les charges sociales ne faisaient pas l'objet d'une facturation forfaitaire trimestrielle, mais la société devait envoyer trimestriellement à la caisse les déclarations de salaires. Elle fait valoir que ce n'est qu'à partir de janvier 1998 que la société a choisi la facturation forfaitaire, de sorte que la jurisprudence citée par la juridiction cantonale et ayant pour conséquence de libérer l'intimé de sa responsabilité n'était pas applicable en l'espèce.
8. En l'espèce, les premiers juges ont constaté sans autre motivation que la société payait ses cotisations selon la procédure de décompte forfaitaire. Les différentes pièces invoquées par la recourante à l'appui de ses allégations nouvelles semblent plutôt démontrer le contraire (voit notamment les pièces 14, 16 et 17 de la caisse). Les premiers juges n'étaient en tous les cas pas en mesure de rendre leur jugement en pleine connaissance de cause sur la base des seuls éléments se trouvant au dossier. Si les premiers juges avaient des doutes selon quelle procédure, forfaitaire ou ordinaire, la société payait ses cotisations pour l'année 1997, il leur appartenait, en l'absence de tout autre élément de fait susceptible d'infirmer ou de confirmer leur appréciation, de procéder à des investigations complémentaires, conformément à l'obligation qui leur incombe d'établir d'office les faits déterminants pour la solution du litige (cf. art. 61 let. c LPGA). Le défaut d'instruction sur ce point constitue la violation d'une règle essentielle de procédure.
Il convient dès lors d'annuler les chiffres 3 et 4 du dispositif du jugement attaqué et de renvoyer la cause aux premiers juges. Ceux-ci examineront à nouveau la responsabilité de l'intimé, après avoir instruit le point de savoir selon quelle procédure la société payait ses cotisations pour l'année 1997.
Il convient dès lors d'annuler les chiffres 3 et 4 du dispositif du jugement attaqué et de renvoyer la cause aux premiers juges. Ceux-ci examineront à nouveau la responsabilité de l'intimé, après avoir instruit le point de savoir selon quelle procédure la société payait ses cotisations pour l'année 1997.
9. Dès lors qu'elle ne porte pas sur l'octroi ou le refus de prestations d'assurance, la procédure est onéreuse (art. 134 OJ a contrario). La caisse recourante obtenant gain de cause, les frais de justice sont mis à la charge de l'intimé (art. 156 al. 1 OJ) . La caisse n'a toutefois pas droit à l'allocation d'une indemnité de dépens (art. 159 al. 2 in fine OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances prononce:
1. Le recours est admis en ce sens que les ch. 3 et 4 du jugement du Tribunal des assurances du canton de Genève, du 31 mai 2005, sont annulés, la cause étant renvoyée à ce même Tribunal pour complément d'instruction au sens des considérants et nouveau jugement.
1. Le recours est admis en ce sens que les ch. 3 et 4 du jugement du Tribunal des assurances du canton de Genève, du 31 mai 2005, sont annulés, la cause étant renvoyée à ce même Tribunal pour complément d'instruction au sens des considérants et nouveau jugement.
2. Les frais de justice, d'un montant de 1'500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
2. Les frais de justice, d'un montant de 1'500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'avance de frais versée par la recourante, d'un montant de 1'500 fr., lui est restituée.
3. L'avance de frais versée par la recourante, d'un montant de 1'500 fr., lui est restituée.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Il n'est pas alloué de dépens.
5. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, à E._, à S._, au Tribunal cantonal des assurances sociales et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 23 novembre 2006
Au nom du Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IVe Chambre: La Greffière: