Fatti:
A. La succursale svizzera della società olandese A._, concessionaria della società italiana C._ Srl, ha venduto alla società francese B._ una macchina per l'avvolgimento di filo in acciaio inossidabile e per saldatura. Il contratto stabiliva il prezzo di EUR 82'633.-- (da pagarsi in ragione del 30 % all'ordine e del 70 % alla consegna) e conteneva una proroga di foro a favore del Tribunale di Lugano. La messa in esercizio della macchina ha rivelato difetti di rendimento, per cui l'acquirente non ha pagato la seconda rata del prezzo.
B. Il 10 febbraio 2003 la A._, asserendo in sostanza che le difficoltà erano dovute al filo tubolare utilizzato dalla B._, ha avviato una causa civile davanti al Pretore del Distretto di Lugano, sezione 1: ha chiesto la condanna della convenuta al pagamento di EUR 79'674.80, dei quali EUR 57'843.-- costituivano il saldo del prezzo di vendita e EUR 21'813.80 il credito ceduto all'attrice dalla C._ Srl, la quale aveva effettuato e fatturato interventi propri sulla macchina.
La convenuta si è opposta alla petizione obiettando che i difetti erano imputabili all'attrice, della quale ha chiesto in via riconvenzionale la condanna al pagamento di EUR 90'000.-- per minor valore della macchina e danni consecutivi al cattivo funzionamento.
Il Pretore ha accolto parzialmente entrambe le azioni: la petizione per EUR 52'657.--, la domanda riconvenzionale per EUR 3'000.--.
C. Adita dalla convenuta, il 16 dicembre 2009 la II Camera civile del Tribunale di appello ticinese ha ridotto la somma riconosciuta a favore dell'attrice a EUR 47'843.-- e ha accolto la domanda riconvenzionale per l'intero importo di EUR 90'000.--.
D. L'attrice insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 29 gennaio 2010. Domanda la conferma della decisione emanata in prima istanza.
Con osservazioni dell'8 marzo 2010 la convenuta propone in via principale di dichiarare il ricorso inammissibile, in via subordinata di respingerlo. L'autorità cantonale non ha presentato osservazioni.
La richiesta di concessione dell'effetto sospensivo è stata respinta con decreto presidenziale del 22 febbraio 2010.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 pag. 216 con rinvii).
1.1 Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'art. 46 cpv. 1 lett. c LTF) dalla parte parzialmente soccombente nella sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (<ref-law>), il ricorso è ricevibile, perlomeno sotto questo profilo.
1.2 Il Tribunale federale esamina d'ufficio il diritto federale (<ref-law>), tenuto però conto dell'obbligo minimo di allegazione e motivazione imposto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 104). Le esigenze sono più rigorose quando è fatta valere la violazione di diritti fondamentali e di disposizioni di diritto cantonale e intercantonale. Il Tribunale federale esamina queste censure solo se la parte ricorrente le ha debitamente sollevate e motivate, come prescritto dall'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2.2).
2. La ricorrente dichiara di insorgere contro la valutazione delle prove e l'accertamento dei fatti effettuati dal Tribunale di appello, che ritiene insostenibili e arbitrari, perché, contrariamente a quanto fatto dal Pretore, non tengono in considerazione le conclusioni peritali.
2.1 In linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>); può scostarsene o completarlo solo se è stato effettuato in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>).
L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (<ref-law>). Spetta alla parte che si prevale di una fattispecie diversa da quella accertata in sede cantonale il dovere di esporre in maniera circostanziata il motivo che la induce a ritenere adempiute queste condizioni e di spiegare che il procedimento avrebbe avuto un esito diverso qualora i fatti fossero stati accertati in maniera conforme al diritto. Dato che la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella di arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.2.2 pag. 252) e configura dunque a sua volta la violazione di un diritto fondamentale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 39), valgono le esigenze di motivazione poste dall'<ref-law>.
2.2 Nel campo dell'apprezzamento delle prove (o dell'accertamento dei fatti in genere) il giudice cantonale fruisce di un grande potere discrezionale. Chi invoca l'arbitrio deve pertanto dimostrare che la sentenza impugnata ha ignorato il senso e la portata di un mezzo di prova, ha omesso senza ragioni valide di tenere conto di una prova importante suscettibile di modificare l'esito della lite, oppure ha ammesso o negato un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretando questi in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 9).
Una critica degli accertamenti di fatto eseguiti dall'autorità cantonale che non ossequia i requisiti appena esposti è inammissibile (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 351 seg., 133 III 393 consid. 7.1 pag. 398, 133 III 462 consid. 2.4 pag. 466 seg.).
2.3 La ricorrente enuncia bene queste regole, ma nell'applicazione pratica gliene sfugge l'essenza.
2.3.1 L'argomento di fondo della ricorrente è che la Corte cantonale ha fatto uso in modo insostenibile della perizia giudiziaria, ignorando o "stravolgendo" in modo arbitrario accertamenti determinanti. Primo fra tutti quello concernente il filo utilizzato dalla convenuta, che, a suo dire, sarebbe la causa del rendimento insufficiente della macchina. Le sue argomentazioni sono però generiche, senza riferimenti puntuali ai passaggi della perizia (o delle testimonianze) che i giudici ticinesi avrebbero travisato. E soprattutto la ricorrente non si confronta con la motivazione precisa della sentenza impugnata, la quale non ha affatto omesso di considerare l'influenza del filo utilizzato sul rendimento della macchina; ha invece accertato che la perizia giudiziaria "ha smentito la tesi attorea secondo cui il filo tubulare della convenuta all'origine dei problemi riscontrati non sarebbe conforme al contratto", con l'indicazione delle pagine del referto peritale ove ciò è avvenuto.
2.3.2 Le medesime considerazioni valgono per l'indennità di EUR 12'000.-- riconosciuta in appello alla convenuta a rifusione parziale delle spese sostenute per modificare la macchina. La ricorrente non si china sull'argomentazione del giudizio cantonale che, sempre con rinvii precisi al referto peritale, ha negato che gli interventi sulla macchina costituissero migliorie e ha quantificato il costo in EUR 3'000.-- moltiplicato per quattro anni.
2.3.3 Per calcolare l'onere supplementare dell'addetto alla sorveglianza della macchina il Tribunale di appello ha costatato che dal prospetto pubblicitario allegato alla prima offerta si evinceva che sarebbe bastato un operatore a metà tempo, mentre la perizia ha accertato che per la macchina fornita dall'attrice occorre una sorveglianza a tempo pieno: moltiplicando la metà dello stipendio percepito dall'operatore per i sei anni di durata presumibile della macchina è arrivato a un totale di EUR 56'244.30.
A questo proposito le critiche della ricorrente sono un poco più mirate. Essa sostiene che la motivazione impugnata è manifestamente errata perché ignora gli accertamenti concreti del perito, prevalenti sul contenuto del prospetto pubblicitario, secondo i quali una macchina del genere richiede la presenza continua dell'operatore. La Corte cantonale, laddove accenna a quanto stabilito dal Pretore, prende in considerazione tali accertamenti, giudicandoli però irrilevanti; essa reputa invece determinante "il minor impiego di manodopera prospettato a suo tempo dalla convenuta", ossia ciò che l'attrice aveva effettivamente promesso. Contro quest'argomentazione la ricorrente dice poco: non spiega in cosa consisterebbe l'arbitrio se non affermando genericamente che il contenuto del prospetto "era del tutto eccezionale", poiché si riferiva a una "situazione ideale e perfetta", oppure riprendendo l'argomento del filo a suo dire inadeguato impiegato dalla convenuta, del quale s'è già detto. Ne viene l'inammissibilità delle contestazioni.
2.3.4 Ancora d'acchito inammissibili sono poi gli argomenti con i quali la ricorrente definisce insostenibile il giudizio impugnato quanto all'indennizzo per minore produttività della macchina. Non si addentra affatto nella motivazione articolata mediante la quale i giudici ticinesi, sempre citando i passaggi della perizia giudiziaria sui quali si sono basati, hanno calcolato in EUR 29'247.-- quest'indennità. Anzi, la ricorrente giunge perfino ad affermare di non comprendere perché "ci si discosta dalle conclusioni peritali e di prima istanza".
3. Nel considerando finale il Tribunale di appello ha rifiutato per incompetenza territoriale di condannare la convenuta a pagare una fattura di EUR 4'814.-- emessa per prestazioni eseguite dalla C._ Srl, la quale ha in seguito ceduto il credito all'attrice. Esso ha considerato inefficace la clausola di proroga del foro, poiché, sebbene la pretesa trovi fondamento nel contratto stipulato tra attrice e convenuta, C._ Srl non l'aveva sottoscritta, né l'aveva accettata in un'altra forma ammessa dall'art. 17 n. 1 della convenzione di Lugano (RS 0.275.11). La Corte cantonale ha soggiunto che non sono individuabili neppure fori ordinari o speciali secondo gli art. da 2 a 6 della convenzione.
La ricorrente si limita a ricordare che "la pretesa in questione trova fondamento nel punto 10 del contratto sottoscritto da attrice e convenuta, per il quale vale la proroga prevista", senza minimamente affrontare, tanto meno contestare, le spiegazioni del giudizio d'appello. Anche questa parte del gravame è di conseguenza inammissibile.
4. Il ricorso è pertanto interamente inammissibile per insufficienza della motivazione. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 5 LTF, art. 68 cpv. 1, 2 e 4 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'500.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 5'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.