Sachverhalt:
A. Die Beschwerdeführerin ist eine in Israel domizilierte und im dortigen Handelsregister eingetragene Ölgesellschaft.
Die Beschwerdegegnerin ist die Nachlassmasse der Swissair Schweizerische Luftverkehr-Aktiengesellschaft (nachfolgend Swissair). Diese war die operative Fluggesellschaft der ehemaligen Swissair-Gruppe mit der SAir-Group als oberster Holdinggesellschaft.
Gestützt auf einen am 31. Oktober 2000 verlängerten Vertrag belieferte die Beschwerdeführerin die Swissair am Flughafen von Tel Aviv mit Kerosin. Die Lieferungen zwischen dem 16. und 31. August 2001 wurden der Swissair am 31. August 2001 mit USD 176'867.82 und diejenigen zwischen dem 1. und 15. September 2001 am 15. September 2001 mit USD 162'929.01 in Rechnung gestellt. Nachdem die Beschwerdeführerin mehrmals interveniert und in den Nacht vom 3. zum 4. Oktober 2001 einen Lieferstopp verfügt hatte, überwies Swissair am 4. Oktober 2001 den Betrag von USD 339'796.83.
Im Verlauf der Jahre 2000 und 2001 war die Swissair-Gruppe in eine sich stetig verschärfende Liquiditätskrise geraten. Am 2. Oktober 2001 verfügte Swissair nicht mehr über die zur Aufrechterhaltung des Flugbetriebs notwendigen Geldmittel und es kam zum "Grounding" der Swissair-Flotte. Gestützt auf ein entsprechendes Gesuch vom 4. Oktober 2001 wurde ihr am Folgetag die provisorische Nachlassstundung und am 4. Dezember 2001 die definitive Nachlassstundung bewilligt. Am 22. Mai 2003 genehmigte der Nachlassrichter den Nachlassvertrag; am 16. Mai 2003 wurde er rechtskräftig.
B. In Gutheissung der betreffenden Anfechtungsklage vom 7. April 2006 verpflichtete das Handelsgericht des Kantons Zürich die Beschwerdeführerin mit Urteil vom 26. Juni 2009 zur Zahlung von USD 339'796.83 nebst Zins zu 5% seit 24. Mai 2005 an die Nachlassmasse.
C. Gegen dieses Urteil hat die Beschwerdeführerin am 3. September 2009 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und Abweisung der Anfechtungsklage, eventualiter um Rückweisung der Sache an das Handelsgericht. Mit Verfügung vom 7. September 2009 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen steht bei paulianischen Anfechtungsklagen mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert grundsätzlich offen (Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Das Handelsgericht des Kantons Zürich war sachlich als einzige kantonale Instanz zuständig und hat einen Endentscheid gefällt (Art. 75 Abs. 2 lit. b und Art. 90 BGG).
Soweit die Beschwerdeführerin verschiedene Tatbestandselemente in Frage stellt, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Die vom Handelsgericht getroffenen Sachverhaltsfeststellungen sind für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>).
Inhaltslos ist sodann die Rüge der willkürlichen Rechtsanwendung: Die Rechtsanwendung kann frei gerügt werden (<ref-law>) und dem Bundesgericht steht diesbezüglich volle Kognition zu (<ref-law>), weshalb die Rüge der willkürlichen Anwendung von Bundesrecht in der gleichzeitig geltend gemachten Grundrüge der Verletzung von Bundesrecht aufgeht.
2. Die Beschwerdegegnerin hatte ihre Klage sowohl auf <ref-law> als auch auf <ref-law> gestützt. Das Handelsgericht hat die Voraussetzungen der Absichtspauliana als erfüllt angesehen und deshalb die Klage gutgeheissen, ohne auch noch die Voraussetzungen der Überschuldungspauliana zu prüfen. In ihrer Beschwerde äussert sich auch die Beschwerdeführerin nur noch zu <ref-law>.
Nach dieser Bestimmung sind alle Rechtshandlungen anfechtbar, welche der Schuldner innerhalb der letzten fünf Jahre vor der Pfändung oder Konkurseröffnung in der dem anderen Teil erkennbaren Absicht vorgenommen hat, seine Gläubiger zu benachteiligen oder einzelne Gläubiger zum Nachteil anderer zu begünstigen (<ref-law>). Der Anfechtung nach diesen Grundsätzen unterliegen gemäss <ref-law> auch die Rechtshandlungen, welche der Schuldner vor der Bestätigung des Nachlassvertrages vorgenommen hat.
3. Als erstes Tatbestandsmerkmal von <ref-law> muss eine Schädigung der anderen Gläubiger gegeben sein, und zwar durch Beeinträchtigung der Exekutionsrechte, indem ihre Befriedigung im Rahmen der General- oder Spezialexekution oder ihre Stellung im Vollstreckungsverfahren wegen der Bevorzugung des einen Gläubigers beeinträchtigt wird (<ref-ruling> E. 2 S. 267, 513 E. 3.1 S. 515).
3.1 Für die Gläubigerschädigung als Tatbestandsvoraussetzung ist an sich der Kläger beweispflichtig (<ref-ruling> E. 2 S. 454; zur Publikation bestimmtes Urteil 5A_758/2008, E. 3). Sie wird aber nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zugunsten der Masse vermutet, wobei dem Anfechtungsbeklagten der Beweis offen steht, dass die anderen Gläubiger auch bei richtigem Verhalten des Schuldners zum gleichen Verlust gekommen wären, dient doch die Anfechtungsklage nicht der Bestrafung des beklagten Gläubigers, sondern der Wiederherstellung des Zustandes, in welchem sich ohne das angefochtene Geschäft das zur Befriedigung der übrigen Gläubiger dienende Vermögen des Schuldners im Zeitpunkt der Konkurseröffnung befunden hätte (<ref-ruling> E. 2a S. 189 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 33; <ref-ruling> E. 4.1 S. 617; <ref-ruling> E. 2 S. 267). Eine Schädigung der Gläubiger tritt in der Regel nicht ein, wenn die angefochtene Rechtshandlung im Austausch gleichwertiger Leistungen besteht, es sei denn, der Schuldner habe mit dem Geschäft den Zweck verfolgt, über seine letzten Aktiven zum Schaden der Gläubiger verfügen zu können, und sein Geschäftspartner habe das erkannt oder bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit erkennen müssen (BGE <ref-ruling> E. 4 S. 34; <ref-ruling> E. 4a S. 94; <ref-ruling> E. 2.1.2 S. 238; <ref-ruling> E. 3.1 S. 455).
3.2 Das Handelsgericht hat befunden, die Zahlung sei weder im Voraus noch Zug um Zug erfolgt; vielmehr sei in der Bilanz der Swissair zuerst eine Kreditorenposition entstanden, die mit der anschliessenden Bezahlung getilgt worden sei. Damit sei die Zahlung gemäss <ref-ruling> E. 6.3.1 und 6.3.2 zum Nachteil der anderen Gläubiger erfolgt, deren Forderungen unbefriedigt geblieben seien. Ohne die angefochtene Zahlung wäre die entsprechende Summe in der Masse verblieben und könnte unter sämtlichen Gläubigern verteilt werden.
Ebenso wenig lasse sich sagen, die Zahlung sei direkt zu Lasten des Bundesdarlehens gegangen und habe insofern die Stellung der anderen Gläubiger gar nicht tangiert. Erst per 5. Oktober 2001 sei der Darlehensvertrag abgeschlossen und die Valuta der Swissair gutgeschrieben worden. Die Tatsache, dass die Gewährung des Überbrückungskredites allenfalls schon im Vorfeld versprochen worden sei, habe sicherlich die Wiederaufnahme des Flugbetriebes am 4. Oktober 2001 erleichtert, stelle aber keine Rechtsgrundlage für eine Tilgung bereits entstandener Schulden aus dem Darlehen dar. Der Sachwalter habe denn auch am 6. Oktober 2001 Mario Corti ersucht, die Weisung zu erlassen, dass ohne seine Zustimmung keine Zahlungen für Verpflichtungen geleistet werden dürften, die vor dem 5. Oktober 2001 entstanden seien.
Schliesslich lasse sich auch nicht sagen, die Zahlung sei betriebsnotwendig gewesen, zumal nach der Lebenserfahrung davon auszugehen sei, dass gegen Vorauszahlung weitere Kerosin-Lieferungen erfolgt wären.
3.3 Die Beschwerdeführerin äussert sich zur Gläubigerschädigung nur am Rand und erst am Schluss ihrer Beschwerde. Sie macht jedoch im Zusammenhang mit der Schädigungsabsicht zahlreiche Ausführungen, welche von der Sache her zum Thema der Gläubigerschädigung gehören.
Was diese Ausführungen anbelangt, geht zunächst die Behauptung an der Sache vorbei, das Handelsgericht habe den Vertragszweck des Bundesdarlehens verkannt und dabei <ref-law> verletzt: Nach den verbindlichen kantonalen Sachverhaltsfeststellungen kam das Darlehen erst nach der angefochtenen Zahlung zustande und auch die Überweisung der ersten Tranche erfolgte später. Die Beschwerdeführerin vermag denn auch nicht konkret darzutun - sie beschränkt sich auf allgemeine Ausführungen zum Vertragszweck -, dass die angefochtene Zahlung aus diesem Darlehen bzw. in einer Weise erfolgt ist, dass die Exekutionsrechte der anderen Gläubiger gar nicht tangiert worden sind, indem diese auch ohne die angefochtene Zahlung zum gleichen Schaden gekommen wären.
Nach den Ausführungen in E. 3.1 tritt zwar in der Regel keine Schädigung ein, wenn die angefochtene Rechtshandlung im Austausch gleichwertiger Leistungen besteht. Es ist auch unbestritten, dass die Zahlung eine (gleichwertige) Gegenleistung für die Lieferung von Kerosin war. Sodann mag zutreffen, dass die Strecke nach Tel Aviv hochrentabel war. Indes ist vorliegend die spezielle Situation gegeben, dass die angefochtene Handlung am Tag des Nachlassgesuches erfolgt ist, welches am Folgetag gutgeheissen wurde, weshalb die Zahlung entgegen der Beschwerdeführerin nicht mehr zur normalen Geschäftstätigkeit zu rechnen ist und auch ihr weiteres Argument nicht greifen kann, wegen der Rentabilität der Strecke habe die Weiterführung im Interesse der anderen Gläubiger gelegen: Zunächst weist sie nicht nach, auf dem Flughafen Tel Aviv gewissermassen Monopolistin gewesen zu sein, so dass ein Ausweichen auf eine andere Kerosin-Lieferantin unmöglich gewesen wäre. Entscheidender ist aber, dass eine Zahlung wenige Stunden vor der Nachlassstundung nicht im Interesse der anderen Nachlassgläubiger, sondern wenn schon in demjenigen der Nachfolgegesellschaft bzw. deren Gläubiger lag; für die Gläubiger der in Nachlass gegangenen Swissair konnte die ganz unmittelbar vor der Nachlassstundung geleistete Zahlung nur noch Abfluss letzter freier Mittel und damit eine Schmälerung ihrer Dividende bedeuten. Damit ist die Gläubigerschädigung nach der in E. 3.1 zitierten Rechtsprechung gegeben, und vor diesem Hintergrund sind auch die vom Handelsgericht zitierten Ausführungen in <ref-ruling> E. 6.3.1 und 6.3.2 zu lesen, der ebenfalls zu einer unmittelbar vor der Nachlassstundung bezahlten Kerosin-Rechnung erging.
4. Als weiteres Tatbestandsmerkmal von <ref-law> muss der Schuldner die angefochtene Handlung in der Absicht vorgenommen haben, die in E. 3 beschriebene Schädigung bzw. Benachteiligung der anderen Gläubiger zu bewirken.
4.1 Nicht erforderlich ist, dass der Schuldner mit seiner Handlung die Benachteiligung von Gläubigern oder die Begünstigung einzelner Gläubiger geradezu bezweckt hat. Es genügt vielmehr, wenn er sich darüber hat Rechenschaft geben können und müssen und gleichsam in Kauf genommen hat, dass als natürliche Folge seiner Handlung Gläubiger geschädigt werden. Die Absicht der Gläubigerschädigung ist mithin zu bejahen, wenn der Schuldner voraussehen konnte und musste, dass die angefochtene Handlung die Gläubigergesamtheit benachteiligt oder einzelne Gläubiger gegenüber anderen bevorzugt (BGE 21 S. 660 E. 4 S. 669; <ref-ruling> E. 3a S. 85; <ref-ruling> E. 4.1 S. 456; <ref-ruling> E. 2 S. 267).
4.2 Das Handelsgericht hat erwogen, die Swissair sei sich ihrer finanziellen Schwierigkeiten ab Beginn des Jahres 2001 bewusst gewesen. Es sei bekannt gewesen, dass viel zu viel Liquidität abfloss und die Zeit drängte. Die Ereignisse vom 11. September 2001 hätten die Lage noch verschlimmert. Mitte September 2001 habe die Swissair den Bundesrat informiert, dass sie ab Beginn des Monats Oktober ohne Mittelzufluss ihren Verpflichtungen nicht mehr werde nachkommen können; Ende September 2001 habe sie mitgeteilt, dass sich die zuvor beabsichtigte Sanierung als unrealisierbar erwiesen habe und entschieden worden sei, die Nachlassstundung zu beantragen. Am 2. Oktober habe die Swissair nicht mehr über die zur Aufrechterhaltung des Flugbetriebs notwendigen Geldmittel verfügt und es sei zum Grounding der Flotte gekommen. Bei Gewährung der Nachlassstundung am 5. Oktober 2001 habe die Swissair Aktiven von Fr. 472'081'000.-- und anerkannte Passiven von Fr. 4'321'200'000.-- gehabt. Den Verantwortlichen sei spätestens am 1. Oktober 2001 klar gewesen, dass nicht mehr alle anstehenden Zahlungen ausgeführt werden könnten. Bei der Zahlung am 4. Oktober 2001, zwei Tage nach dem Grounding und am Tag der Einreichung des Nachlassgesuches, hätten sie deshalb vorhersehen können und müssen, dass damit die Beschwerdeführerin bevorzugt und die anderen Gläubiger benachteiligt würden.
4.3 Ausgehend von E. 3.3 stösst das Vorbringen, die richtig verstandene Zwecksetzung des Bundesdarlehens hätte den Swissair-Organen bekannt sein müssen und folglich fehle es an einer Schädigungsabsicht, ins Leere. Abwegig ist sodann die an die Rechtsprechung zu Revisionshonoraren (vgl. BGE <ref-ruling>) angelehnte Behauptung, die Bezahlung der rückständigen Forderungen habe einer gesetzlichen Aufgabe bzw. einer völkerrechtlichen Verpflichtung entsprochen; die Beschwerdeführerin nennt denn auch keine angeblich verpflichtende Gesetzesgrundlage.
Selbstverständlich war die Schädigung der anderen Gläubiger nicht der eigentliche Zweck der Begleichung der Kerosin-Rechnungen; die direkte Absicht dürfte vielmehr darin bestanden haben, eine als wichtig zur Stabilisierung des Flugbetriebes erachtete Zahlung zu tätigen, und konkreter Anlass mag der Lieferungsstopp in der vorangegangenen Nacht gewesen sein. Indes musste den Swissair-Organen klar sein und haben sie gleichsam in Kauf genommen, dass mit der Zahlung am Tag des Gesuchs um Nachlassstundung letzte Liquidität abgeführt und damit die Exekutionsrechte der anderen Gläubiger beeinträchtigt würden. Daran ändert nichts, ob die Strecke nach Tel Aviv gut ausgelastet und rentabel war, wie von der Beschwerdeführerin behauptet: Die Aufrechterhaltung dieser Flugdestination - abgesehen davon, dass die Beschwerdeführerin nach dem in E. 3.3 Gesagten nicht nachzuweisen vermochte, ob hierfür die Zahlung verfallener Rechnungen nötig war - lag wenn schon im Interesse der Gläubiger der Nachfolgegesellschaft, während die wenige Stunden vor der Gewährung der Nachlassstundung ausgeführte Zahlung für die Nachlassgläubiger nur noch eine Schmälerung ihrer Nachlassdividende bedeuten konnte. Dies musste auch den Swissair-Organen bewusst sein. Aus den dargestellten Tatbestandselementen ergibt sich zwingend der Schluss, dass durch die gleichzeitig mit dem Nachlassgesuch erfolgende Befriedigung eines bestimmten Einzelgläubigers die entsprechende Benachteiligung der anderen Gläubiger in Kauf genommen wurde, womit das Tatbestandsmerkmal der Schädigungsabsicht erfüllt ist.
5. Die Schädigungsabsicht muss für den Begünstigten im Sinn eines dritten Tatbestandselementes von <ref-law> erkennbar gewesen sein.
5.1 Dies ist der Fall, wenn dieser bei Anwendung der nach den Umständen gebotenen und zumutbaren Sorgfalt und Aufmerksamkeit hätte erkennen können und müssen, dass als Folge der angefochtenen Handlung möglicherweise eine Benachteiligung der anderen Gläubiger eintritt. Hiermit wird keine unbeschränkte Erkundigungspflicht aufgestellt; im Allgemeinen braucht sich niemand darum zu kümmern, ob durch ein Rechtsgeschäft die Gläubiger seines Kontrahenten geschädigt werden oder nicht. Nur wenn deutliche Anzeichen für eine Gläubigerbegünstigung bzw. -benachteiligung bestehen, darf vom Begünstigten eine sorgfältige Prüfung verlangt werden (BGE 30 II 160 E. 5 164; <ref-ruling> E. 4.2 S. 456; <ref-ruling> E. 2 S. 267).
5.2 Das Handelsgericht hat erwogen, aufgrund der Berichterstattung in den Medien habe die Beschwerdeführerin um die katastrophale Lage der Swissair wissen müssen; sie räume denn auch selbst ein, dies am 3. Oktober 2001 erkannt zu haben. Durch die Medien habe der Beschwerdeführerin auch bekannt sein müssen, dass es zu einer Zerschlagung der Swissair kommen würde, dass ein neuer Operateur (Crossair) aufgetaucht sei und dass die Swissair um Nachlassstundung ersucht habe. Es sei unbestritten, dass die Beschwerdeführerin ihre Lieferungen am Abend des 3. Oktobers 2001 vorübergehend ausgesetzt habe, um "mit Nachdruck auf die Zahlung von Ausständen einzuwirken". Unter diesen Umständen habe sie erkennen müssen, dass sie mit der auf den Lieferungsstopp hin erfolgten Zahlung vom 4. Oktober 2001 gegenüber den übrigen Gläubigern, die nicht über solche Druckmittel verfügten, bevorzugt werde und die anderen Gläubiger beim bevorstehenden Konkurs einen in diesem Umfang grösseren Verlust erleiden würden.
5.3 Die Beschwerdeführerin stellt diese Erwägungen gar nicht erst in Frage. In der Tat musste ihr spätestens nach dem Grounding der Swissair-Flotte, das weltweit ein grosses Echo ausgelöst hatte, die katastrophale Situation der Swissair ebenso bekannt sein wie aufgrund der entsprechenden Presseberichterstattung das bevorstehende Nachlassverfahren. Mit dem in der Nacht vom 3. auf den 4. Oktober 2001 verhängten Lieferstopp hat die Beschwerdeführerin denn auch selbst dokumentiert, dass sie um die Befriedigung ihrer Ansprüche fürchtete. Dies lässt darauf schliessen, dass sie nicht nur bei Anwendung der nach den Umständen gebotenen und zumutbaren Sorgfalt und Aufmerksamkeit hätte erkennen können und müssen, dass als Folge der angefochtenen Handlung möglicherweise eine Gläubigerschädigung eintritt, sondern dass sie dies sogar tatsächlich erkannt hat.
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass das Handelsgericht die drei Tatbestandsvoraussetzungen von <ref-law> zu Recht bejaht und als Folge die Anfechtungsklage gutgeheissen hat. Die gegen sein Urteil gerichtete Beschwerde in Zivilsachen ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Der Gegenpartei ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juni 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli