Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité du recours de droit public (<ref-ruling> consid. 2a p. 16, 253 consid. 1a p. 254; <ref-ruling> consid. 1a p. 299; <ref-ruling> consid. 1 p. 232 et les arrêts cités).
Le recours est formé en temps utile contre une décision finale prise en dernière instance cantonale (art. 84, 86, 87 et 89 OJ). La recourante invoque en premier lieu une application arbitraire de l'art. 25 al. 3 de l'ordonnance du 10 juillet 1997 concernant le traitement des fonctionnaires et employés de l'Etat du Valais (OTF; 130). Cette norme servant entre autres à protéger ses intérêts prétendument lésés, la recourante remplit les conditions de légitimation posées par l'art. 88 OJ (cf. sur les conditions du recours de droit public pour arbitraire: <ref-ruling> consid. 3c/aa p. 280; <ref-ruling> consid. 3b/bb p. 47; <ref-ruling> consid. 1a p. 255 et les arrêts cités; voir également l'arrêt destiné à la publication du 3 avril 2000). Elle est ainsi également légitimée à requérir un contrôle accessoire de cette norme sur la base du principe d'égalité et de l'interdiction d'arbitraire (cf.
Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2e éd., Berne 1994, p. 238 et les références citées). Son recours satisfait à toutes les conditions posées à la recevabilité du recours de droit public.
2.- Le recours est manifestement infondé:
a) Une décision n'est arbitraire que lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; à cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain (<ref-ruling> consid. 2a p. 168; <ref-ruling> consid. 3a p. 15; <ref-ruling> consid. 5 p. 250; <ref-ruling> consid. 2b p. 139 et les arrêts cités). Il n'y a enfin pas arbitraire du seul fait qu'une autre interprétation de la loi soit possible, ou même préférable (ATF <ref-ruling> consid. 5 p. 250/251; <ref-ruling> consid. 3a p. 373).
b) La décision attaquée respecte l'art. 25 al. 3 OTF. Selon cette disposition, les absences liées à des complications d'ordre médical en rapport avec la grossesse survenant un mois avant l'accouchement sont comptées dans le congé maternité. Ici, la recourante ne conteste pas que les absences qu'elle considère comme des absences maladie et non comme des absences maternité étaient dues à des problèmes liés à sa grossesse. En outre, au contraire de ce qu'elle prétend, l'art. 25 al. 4 OTF ne signifie pas que les femmes ayant eu des complications après l'accouchement soient traitées différemment de celles, comme elle, ayant eu des complications avant l'accouchement. Ainsi que l'expose clairement le Tribunal cantonal dans ses observations, il ressort d'une interprétation littérale de l'art. 25 al. 4 OTF qu'un cumul du congé maternité et du congé maladie n'est pas possible:
selon cette norme, les dispositions relatives à la maladie sont applicables dès le premier jour si l'absence liée à des complications en rapport avec la grossesse doit durer plus de 16 semaines. Ainsi, en cas de complications dues à la grossesse, le droit au traitement correspond au maximum au droit de traitement en cas de maladie, c'est-à-dire 13,5 semaines. Cette interprétation ne viole pas l'interdiction d'arbitraire, et la différence de traitement invoquée par la recourante n'existe pas. Son grief de violation du principe d'égalité est ainsi infondé. Enfin, le fait que la pratique du Tribunal fédéral concernant l'art. 74 al. 2 de la loi fédérale sur l'assurance-maladie du 18 mars 1994 (LAMal; RS 832. 10) diffère de la pratique cantonale ne rend ni la décision attaquée ni les art. 25 al. 3 et al. 4 OTF arbitraires ou contraires au principe d'égalité. D'une part, la LAMal règle les obligations de l'assurance-maladie par rapport à l'assuré(e) et non celles comme ici de l'employeur envers son employé(e); or, le droit fédéral n'oblige pas l'employeur à verser d'indemnité journalière à ses employées durant le congé maternité. D'autre part, le statut de la fonction publique peut être librement organisé par les cantons dans le cadre de la loi (cf. <ref-law>). Le canton du Valais est ainsi libre de prévoir des indemnités journalières durant le congé maternité des fonctionnaires et peut en fixer librement la durée et les modalités pour autant que, comme ici, il respecte les principes constitutionnels.
3.- Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté. La recourante, qui succombe, sera condamnée à un émolument judiciaire de 2'000 fr. (art. 156 al. 1 en relation avec les art. 153 et 153a OJ).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1.- Rejette le recours.
2.- Met un émolument judiciaire de 2'000 fr. à la charge de la recourante.
3.- Communique le présent arrêt en copie aux mandataires de la recourante, au Conseil d'Etat et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais.
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Lausanne, le 17 mai 2000 CAM/col
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
La Greffière,