Sachverhalt:
A. A.a Die X._ SA stellte am 12. Juli 2007 bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) ein Beitragsgesuch für die Finanzierung einer Pilot- und Demonstrationsanlage zur Erzeugung von Strom und Wärme. Projektinhalt bildete ein modulares Dachsystem, welches gleichzeitig die kombinierte Gewinnung von Strom und Wärme, die alleinige Gewinnung von Strom oder Wärme (Warmwasser), die Oberlichtfunktion und die konventionelle Dachfunktion ermöglicht. Das Projekt sollte in zwei zeitlich aufeinanderfolgenden Abschnitten an zwei verschiedenen Standorten in A._ und B._ realisiert werden. Mit Verfügung vom 12. August 2007 sicherte die BVE einen Kantonsbeitrag von insgesamt Fr. 400'000.-- zu. In der Verfügung wurde u.a. die ratenweise Ausbezahlung des Gesamtbetrages im Einzelnen definiert. Dabei sollten Fr. 150'000.-- im Zusammenhang mit dem ersten Projektabschnitt, Anlage in A._, und Fr. 250'000.-- im Zusammenhang mit dem zweiten Projektabschnitt, Anlage in B._, zur Auszahlung kommen. In Ziff. 5.4 der Verfügung wurde festgehalten: "Wenn die Anlage B._ ohne triftige Gründe nicht bis Ende 2009 vollständig fertig gestellt ist, müssen alle ausbezahlten Beiträge mit Ausnahme der ersten Rate von Fr. 50'000.-- zurückbezahlt werden." Bis zum 25. Oktober 2007 wurden der X._ SA drei Raten von insgesamt Fr. 150'000.-- ausbezahlt.
A.b Am 12. Januar 2010 reichte die X._ SA bei der BVE ein Projektänderungsgesuch ein, welches einen Standortwechsel und die Neudimensionierung der Anlage für den zweiten Abschnitt des Projektes beinhaltete. Gleichzeitig ersuchte sie um Anpassung der Auszahlungsmodalitäten.
B. Mit Verfügung vom 27. April 2010 hielt die BVE fest, die Gesuchstellerin habe die Anlage in B._ ohne triftige Gründe bis Ende 2009 nicht vollständig fertiggestellt (Ziff. 1). Gestützt auf Ziffer 5.4 der Verfügung vom 12. August 2007 habe sie dem Kanton Fr. 100'000.-- bis spätestens 28. Juni 2010 zurückzuerstatten (Ziff. 2). Auf das Gesuch um Genehmigung des Standortwechsels und Festlegung neuer Zahlungsmodalitäten werde nicht eingetreten (Ziff. 3).
Gegen die Ziff. 1 und 2 dieser Verfügung erhob die X._ SA am 28. Mai 2010 Einsprache bei der BVE. In Bezug auf die Nichteintretensverfügung (Ziff. 3) stellte sie am 14. Juni 2010 ein Wiedererwägungsgesuch.
Mit Entscheid vom 9. August 2010 trat die BVE auf das Wiedererwägungsgesuch ein, vereinigte die beiden Verfahren und wies sowohl die Einsprache wie auch das Gesuch um Änderung der Subventionsbedingungen ab.
Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Urteil vom 6. Dezember 2011 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 24. Januar 2012 beantragt die X._ SA, in Aufhebung des Urteils der Vorinstanz vom 6. Dezember 2011 und von Ziff. 1 lit. a des Einspracheentscheides vom 9. August 2010 sowie Ziff. 1 und 2 der Verfügung vom 27. April 2010 des Beschwerdegegners sei die dort angeordnete Rückerstattungspflicht von Fr. 100'000.-- der Beschwerdeführerin betreffend den Kantonsbeitrag an deren Pilot- und Demonstrations-Projekt zur Gewinnung von Solarstrom und Wärme vollumfänglich und ersatzlos aufzuheben.
Die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist.
Mit Verfügung vom 10. Februar 2012 hat der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den Entscheid über die Rückforderung von Subventionen kann Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben werden, unabhängig davon, ob ein Rechtsanspruch auf deren Gewährung bestand; der Ausschlussgrund von <ref-law> kommt nicht zum Tragen (vgl. Urteile 2C_650/2009 vom 22. Februar 2010 E. 1.2, 2C_233/2008 vom 18. März 2008 E. 2.1 sowie 2C_266/2007 vom 21. Januar 2008 E. 1.1). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde (Art. 42 und 100 BGG) der hierzu legitimierten Verfügungsadressatin (<ref-law>) ist somit - unter Vorbehalt der nachfolgenden Einschränkungen - grundsätzlich einzutreten.
1.2 Unzulässig ist das Rechtsmittel, soweit es sich gegen die kantonal vorinstanzlichen Entscheide richtet, da diese durch das verwaltungsgerichtliche Urteil ersetzt worden sind und als mitangefochten gelten (sog. Devolutiveffekt; vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 144; <ref-ruling> E. 1 S. 441).
1.3 Der angefochtene Entscheid stützt sich auf kantonales öffentliches Recht. Vor Bundesgericht kann die Verletzung kantonaler verfassungsmässiger Rechte sowie kantonaler Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung gerügt werden (Art. 95 lit. c und d BGG), die Verletzung übrigen kantonalen Rechts jedoch nur insoweit, als sie zugleich eine Verletzung von Bundesrecht (mit Einschluss der Verletzung der Bundesverfassung), von Völkerrecht oder interkantonalem Recht darstellt (Art. 95 lit. a, b und e BGG, vgl. Urteil 2C_572/2010 vom 23. März 2011 E. 2.1). Das Bundesgericht prüft dabei die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.4 Letztgenannte Anforderung gilt insbesondere auch für die Rüge, das kantonale Recht sei willkürlich angewendet worden. Wer das Willkürverbot anruft, muss dartun, dass und inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 4.2 S. 48; <ref-ruling> E. 6 S. 397).
2. 2.1 Am 1. Januar 2012 ist das Energiegesetz des Kantons Bern vom 15. Mai 2011 (KEnG; BSG 741.1) in Kraft getreten. Vorliegend findet jedoch noch das bernische Energiegesetz vom 14. Mai 1981 in der Fassung vom 6. Juni 2000 (EnG) Anwendung. Gemäss Art. 24 Abs. 1 EnG fördern der Staat und die Gemeinden die sparsame, wirtschaftliche und umweltschonende Gewinnung, Verteilung und Verwendung der Energie. Der Staat kann finanzielle Beihilfen zur Förderung der Erforschung, Nutzung und Erprobung erneuerbarer Energien gewähren oder sich an entsprechenden Vorhaben beteiligen (Art. 26 Abs. 2 lit. a EnG). Staatsbeiträge und andere Finanzierungshilfen werden durch ein Dekret des Grossen Rates geordnet (Art. 26 Abs. 5 EnG). Der Grosse Rat des Kantons Bern hat gestützt auf Artikel 26 Abs. 5 EnG am 4. Februar 1987 das Dekret über Staatsleistungen an die Energieversorgung (DEV; ausser Kraft seit dem 1. Januar 2012) erlassen. Gemäss Art. 14 Abs. 1 lit. c DEV können staatliche Leistungen gewährt werden für Pilotanlagen zur praktischen Erprobung von Forschungsergebnissen. Gemäss Art. 8 Abs. 1 DEV werden zu Unrecht bezogene Leistungen zurückgefordert. Die Rückforderung erfolgt auch, wenn eine Anlage oder Vorkehr innerhalb von zehn Jahren aufgegeben oder ihrem Zweck entfremdet wird oder Bedingungen und Auflagen nicht eingehalten werden.
2.2 Vorliegend ist umstritten, ob die Rückforderung der geleisteten Kantonsbeiträge im Umfang von Fr. 100'000.-- zu Recht erfolgte. Die Vorinstanz hat ausgeführt, die Beschwerdeführerin habe unbestrittenermassen die zweite Projektphase nicht bis Ende 2009 zum Abschluss gebracht. Die konkreten Rückerstattungsvoraussetzungen würden sich aus der Beitragsverfügung ergeben, welche grundsätzlich nicht mehr auf ihre Vereinbarkeit mit den Bestimmungen des Staatsbeitragsgesetzes des Kantons Bern vom 16. September 1992 (StBG; BSG 641.1) und des Dekrets über Staatsleistungen an die Energieversorgung zu untersuchen sei. Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung verfassungsmässiger Rechte, hauptsächlich eine Verletzung des Willkürverbots sowie des Prinzips von Treu und Glauben.
3. Gemäss der Resolutivbedingung in Ziff. 5.4 der Beitragsverfügung vom 12. August 2007 müssen die bezahlten Beiträge (mit Ausnahme der ersten Rate von Fr. 50'000.--) zurückbezahlt werden, sofern die Anlage in B._ ohne triftige Gründe nicht bis Ende 2009 vollständig fertiggestellt ist.
Feststellungen zu den geltend gemachten Umständen sind eine Frage des Sachverhalts. Ob diese als triftige Gründe zu qualifizieren sind, ist eine Rechtsfrage, die auf kantonalem Recht beruht. Beide Fragen prüft das Bundesgericht vorliegend mit Willkürkognition.
3.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, im Rahmen der Realisierung der Anlage in B._ seien Finanzierungsschwierigkeiten entstanden, weil für diese zweite Phase ein Vertrag bezüglich kostendeckender Stromeinspeisevergütung (KEV) aus weder voraussehbaren noch beeinflussbaren Gründen (Budgetschwierigkeiten der Eidgenossenschaft) nicht habe abgeschlossen werden können.
3.2 Die Vorinstanz erwog, die BVE habe die genannten Finanzierungsprobleme zu Recht nicht als triftigen Grund anerkannt. Sie begründet dies u.a. damit, zur Finanzierung des zweiten Projektabschnittes sei aus dem Beitragsgesuch keine entsprechende Planung ersichtlich. Die Beschwerdeführerin führt dagegen aus, die fragliche Einspeisevergütung sei ein wesentlicher Planungsbestandteil und für sie Voraussetzung für die Finanzierung der Projekte gewesen, was bereits im Beitragsgesuch vom 12. Juli 2007 unmissverständlich dargestellt worden sei. Diese Ausführungen sind zutreffend: Die Wirtschaftlichkeitsberechnung für die Pilotanlage Teilprojekt 2 B._ enthält u.a. die Angaben "Strompreis inkl. Mehrwertsteuer (2007-2027) CHF 0.81" und "Strompreis (2027-2032) CHF 0.35" (Beitragsgesuch, S. 17). Bereits im Beitragsgesuch wurde somit darauf hingewiesen, dass Grundlage der Finanzierbarkeit der Abschluss eines Stromabnahmevertrages war und zwar für beide Projektphasen. Die gegenteilige vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung ist demnach offensichtlich unrichtig und für das Bundesgericht nicht verbindlich (vgl. <ref-law>).
3.2 Die Vorinstanz erwog, die BVE habe die genannten Finanzierungsprobleme zu Recht nicht als triftigen Grund anerkannt. Sie begründet dies u.a. damit, zur Finanzierung des zweiten Projektabschnittes sei aus dem Beitragsgesuch keine entsprechende Planung ersichtlich. Die Beschwerdeführerin führt dagegen aus, die fragliche Einspeisevergütung sei ein wesentlicher Planungsbestandteil und für sie Voraussetzung für die Finanzierung der Projekte gewesen, was bereits im Beitragsgesuch vom 12. Juli 2007 unmissverständlich dargestellt worden sei. Diese Ausführungen sind zutreffend: Die Wirtschaftlichkeitsberechnung für die Pilotanlage Teilprojekt 2 B._ enthält u.a. die Angaben "Strompreis inkl. Mehrwertsteuer (2007-2027) CHF 0.81" und "Strompreis (2027-2032) CHF 0.35" (Beitragsgesuch, S. 17). Bereits im Beitragsgesuch wurde somit darauf hingewiesen, dass Grundlage der Finanzierbarkeit der Abschluss eines Stromabnahmevertrages war und zwar für beide Projektphasen. Die gegenteilige vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung ist demnach offensichtlich unrichtig und für das Bundesgericht nicht verbindlich (vgl. <ref-law>).
3.3 3.3.1 Weiter verneint die Vorinstanz das Vorliegen eines triftigen Grundes mit der Begründung, die Einspeisevergütungen des Bundes seien von einem jährlich festgelegten Budget abhängig, weshalb sich die Beschwerdeführerin nicht auf finanzielle Mittel aus diesem Förderprogramm habe verlassen können und dürfen. Sie habe es selber zu verantworten, dass sie die Finanzierung vorgängig nicht genügend abgesichert habe.
3.3.2 Ausgehend davon, dass das der BVE unterbreitete Projekt u.a. genau diese Finanzierung als wesentlichen Bestandteil enthielt und so vom BVE als Grundlage für die Zusprechung des Förderungsbeitrages vorausgesetzt wurde, ist es willkürlich, im Nachhinein der Beschwerdeführerin vorzuwerfen, sie hätte damit rechnen müssen, dass diese Finanzierung allenfalls nicht erhältlich sein könnte. Es kann nicht ernsthaft behauptet werden, der Wegfall eines Teils der Finanzierung des Projektes, welcher zuvor auch von der Förderungsmittel zusprechenden Behörde als Grundlage des Projektes akzeptiert wurde, könne nicht als triftiger Grund für die nicht plangemässe Realisation angesehen werden. Wäre die Erhältlichmachung von Einspeisevergütungen des Bundes als derart unsicher zu betrachten, dass die Beschwerdeführerin mit deren Ausfall hätte rechnen müssen, so hätte dies auch die BVE bereits bei der Beurteilung des Gesuches beachten und feststellen müssen, die Finanzierung sei nicht gesichert.
3.3.3 Die Beschwerdeführerin macht zudem geltend, angesichts dieser neuen und im Beitragsverfahren des Jahres 2007 weder bekannten noch voraussehbaren (finanziellen) Situation habe sie mit dem projektverantwortlichen Vertreter der BVE Verbindung aufgenommen und bezüglich der zweiten Projektphase eine Redimensionierung mit Kosteneinsparung und Wechsel des Standortes vorgeschlagen. Der Projektverantwortliche habe daraufhin von der Beschwerdeführerin für die Abänderung und Redimensionierung der zweiten Projektphase ein schriftliches Gesuch verlangt, das bereits den Charakter eines detaillierten Ausführungsprojektes mit "aktuellen, projektbezogenen Ausführungs- und Installationsplänen" haben sollte, wobei "speziell das Wärmekonzept und die Einbindung ins bestehende Heizsystem nachvollzieh- und belegbar" sein sollten. Die Beschwerdeführerin sei diesen Anweisungen des Kantons nachgekommen und habe mit erheblichem finanziellen Aufwand und umfangreichen Abklärungen eine auf den neuen Standort und die Redimensionierung zugeschnittenen Detailplanung entwickelt. Im Gesuch habe sie dargelegt, dass die Änderungen für die zweite Projektphase sich nicht auf die technische Konzeption des Wärmeteils und nicht auf die grundlegenden technischen Gegebenheiten beziehe, sondern lediglich den Standort und die Projektgrösse betreffe, wobei für die Finanzierung (der nunmehr reduzierten) Kosten ein Darlehen der französischen Schwestergesellschaft erhältlich gemacht werden könne.
Die Vorinstanz hat bezüglich dieser Ausführungen festgestellt, das (für die BVE federführende) Amt für Umweltkoordination und Energie (AUE) habe angekündigt, dass es aufgrund dieser Unterlagen die für den zweiten Projektabschnitt vorgesehenen Änderungen prüfen werde. Aufgrund von Ziff. 5.1 der Beitragsverfügung seien Projektänderungen möglich, wobei nicht ausdrücklich geregelt worden sei, wie sich eine "vereinbarte" Projektänderung auf die Rückerstattungspflicht gemäss Ziff. 5.2 und 5.4 der Beitragsverfügung auswirken würde. Unter diesen Umständen sei zwar nachvollziehbar, dass die Beschwerdeführerin nach der Besprechung und aufgrund der anschliessenden E-Mail des AUE nicht mit der unmittelbaren Rückforderung des Kantonsbeitrages für den ersten Projektabschnitt rechnete. Umgekehrt habe sie aber auch nicht erwarten dürfen, dass eine Rückforderung gemäss Beitragsverfügung unterbleiben würde, wenn sie ihr Projektänderungsgesuch erst nach Ablauf der für den Abschluss der zweiten Phase eingeräumten Frist einreichen würde.
3.3.4 Diese Argumentation ist widersprüchlich und unhaltbar. Aus dem Umstand, dass die zuständige Instanz nicht nur Interesse und Verständnis für die Notwendigkeit der Projektänderung gezeigt hat, sondern von der Beschwerdeführerin für die Abänderung und Redimensionierung der zweiten Projektphase ein schriftliches Gesuch in Form eines detaillierten Ausführungsprojektes verlangte, wobei sie die zu behandelnden Kriterien ebenfalls genau definierte, ist ohne Weiteres zu schliessen, dass triftige Gründe für eine allfällige Änderung des Konzeptes, und damit für die nicht termingerechte Fertigstellung der Anlage nach ursprünglichen Plänen, gegeben waren. Wäre dies nicht der Fall gewesen, hätten also keine triftigen Gründe für eine Projektänderung vorgelegen, so hätte die zuständige Behörde bereits in jenem Zeitpunkt auf der Weiterabwicklung und termingerechten Beendigung des Projektes gemäss den ursprünglichen Plänen bestehen können.
3.3.5 Zusammenfassend ergibt sich somit, dass die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Finanzierungsschwierigkeiten triftige Gründe für die nicht termingerechte Fertigstellung der Anlage in B._ darstellten. Die Feststellung der Vorinstanz, die Voraussetzungen für eine Rückforderung der fraglichen Beiträge seien gegeben, erweist sich demnach als unhaltbar. Unter diesen Umständen erübrigt es sich, auf die weiteren Vorbringen der Beschwerdeführerin einzugehen.
4. 4.1 Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann, und das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern ist aufzuheben.
4.2 Bei diesem Ausgang sind die Gerichtskosten dem Kanton Bern aufzuerlegen, um dessen Vermögensinteressen es vorliegend geht (vgl. <ref-law>). Dieser hat zudem die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 6. Dezember 2011 wird aufgehoben. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Kanton Bern auferlegt.
3. Der Kanton Bern hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kanton Bern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Oktober 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Dubs