Sachverhalt:
A. Am 22. September 2004 kam es an einem unbewachten Bahnübergang zum Zusammenstoss zwischen dem SBB Schnellzug Nr. 1829, Lausanne - Luzern, und dem Personenwagen VW XXX._. D._, die Ehefrau von A._ (Beschwerdeführer 1) und Mutter von B._ (Beschwerdeführer 2) und C._ (Beschwerdeführerin 3), und E._, der siebenjährige Sohn resp. Bruder der Beschwerdeführer, kamen bei diesem Unfall ums Leben.
Die Schweizerische Bundesbahnen SBB AG (Beschwerdegegnerin) liess durch ihre Rechtsvertreterin den Beschwerdeführern mit Schreiben vom 23. Januar 2006 folgendes Angebot unterbreiten:
"- Haftung
(...). Im vorliegenden Fall ist meine Mandantin aufgrund der konkreten Ausgangslage bereit, sich im Rahmen von 30 % an den finanziellen Unfallfolgen zu beteiligen. Dieses Angebot erfolgt ohne Anerkennung einer Rechtspflicht und unpräjudiziell für den Fall einer gerichtlichen Auseinandersetzung.
- Akontozahlung
Damit ich Ihr Gesuch um eine Akontozahlung überprüfen kann, bitte ich Sie, mich mit der notwendigen Dokumentation zu bedienen.
In Erwartung Ihrer Rückmeldung verbleibe ich (...)"
Mit Schreiben vom 13. Juli 2006 wiederholte die Anwältin der Beschwerdegegnerin ihr Angebot, befristete es aber bis zum 30. August 2006. Auch dieses Angebot erfolgte ausdrücklich "ohne Anerkennung einer Rechtspflicht und unpräjudiziell für den Fall einer gerichtlichen Auseinandersetzung". Innert Frist erfolgte keine Annahmeerklärung seitens der Gegenpartei.
Der Anwalt der Beschwerdeführer ersuchte die Beschwerdegegnerin mit Schreiben vom 7. November 2006 um Abgabe eines Verjährungsverzichts bis und mit 31. Dezember 2008. Hierauf teilte ihm die Beschwerdegegnerin mit, dass die Schadenersatzforderung der Beschwerdeführer ohne Zweifel verjährt sei und sie gegenüber den Beschwerdeführern auf die Einrede der Verjährung bis zum 31. Dezember 2007 verzichte, wobei dieser Verzicht weder eine grundsätzliche noch eine massliche Anerkennung einer Rechtspflicht enthalte und unter dem Vorbehalt stehe, dass die Verjährung bis zum heutigen Zeitpunkt nicht eingetreten sei.
Mit Schreiben vom 31. Januar 2007 teilte der Anwalt der Beschwerdeführer namens seiner Mandanten mit, dass er unpräjudiziell bereit sei, den Versorgerschaden mit einer Haftungsquote von 30 % zu berechnen und auf Genugtuungen zu verzichten. Eine diesbezügliche Antwort der Beschwerdegegnerin liegt nicht vor.
B. Die Beschwerdeführer stellten am 13. Juli 2007 das Ladungsbegehren zum Aussöhnungsversuch, der in der Folge am 29. Oktober 2007 stattfand und fruchtlos verlief. Die Beschwerdegegnerin gab mit Schreiben vom 8. November 2007 auf Anfrage der Beschwerdeführer einen weiteren Verjährungseinredeverzicht bis zum 31. Dezember 2009 ab, unter dem Vorbehalt, dass die Verjährung bis zum damaligen Zeitpunkt nicht eingetreten sei.
Mit Eingabe vom 26. April 2008 reichten die Beschwerdeführer beim Gerichtskreis VIII Bern-Laupen gegen die Beschwerdegegnerin Klage ein. Sie beantragten, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihnen aus dem Unfallereignis vom 22. September 2004 einen je Fr. 30'000.-- übersteigenden Betrag zuzüglich Zins zu bezahlen. Das Verfahren wurde auf die Frage der Verjährung beschränkt. Der Gerichtspräsident 8 kam zum Schluss, die Schadenersatzforderung sei verjährt. Er wies daher mit Urteil vom 23. April 2009 die Klage ab.
Gegen dieses Urteil gelangten die Beschwerdeführer an das Obergericht des Kantons Bern. Dieses schützte die Auffassung des Gerichtspräsidenten und wies die Klage am 15. September 2009 ebenfalls ab.
C. Die Beschwerdeführer beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihnen Schadenersatz und Genugtuung nach richterlichem Ermessen zuzusprechen. Das Urteil des Obergerichts vom 15. September 2009 sei vollumfänglich aufzuheben und das Verfahren sei zur materiellen Beurteilung der Schadenersatzklage an den Gerichtskreis VIII Bern-Laupen zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin begehrt, die Beschwerde abzuweisen und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Streitig ist vorliegend, ob die Ansprüche der Beschwerdeführer gegen die Beschwerdegegnerin aus dem Unfallereignis vom 22. September 2004 verjährt sind.
2. Per 1. Januar 2010 wurde das Bundesgesetz vom 28. März 1905 über die Haftpflicht der Eisenbahn- und Dampfschifffahrtsunternehmungen und der Schweizerischen Post (EHG) aufgehoben und sind die Art. 40b ff. des Eisenbahngesetzes (EBG; SR 742.101) in Kraft getreten. Neu richtet sich die Verjährung von haftpflichtrechtlichen Ansprüchen gegen Inhaber eines Eisenbahnunternehmens nach <ref-law> (Art. 40f EHG).
Da sich das Bahnunglück am 22. September 2004 und somit vor dem Inkrafttreten der neuen Bestimmungen von <ref-law> ereignete, gelangen vorliegend indessen noch die Bestimmungen des EHG zur Anwendung. Wenn beim Bau oder Betrieb einer Eisenbahn oder bei Hilfsarbeiten, mit denen die besondere Gefahr des Eisenbahnbetriebes verbunden ist, ein Mensch getötet oder körperlich verletzt wird, so haftet nach Art. 1 Abs. 1 EHG der Inhaber der Eisenbahnunternehmung für den daraus entstandenen Schaden, sofern er nicht beweist, dass der Unfall durch höhere Gewalt, durch Verschulden Dritter oder durch Verschulden des Getöteten oder Verletzten verursacht ist. Nach Art. 14 Abs. 1 EHG verjähren Ansprüche aus Eisenbahnhaftpflicht innert zwei Jahren, die von dem Tag des Unfalls an gerechnet werden. Für den Stillstand, die Hinderung und die Unterbrechung der Verjährung gelten die Bestimmungen des Obligationenrechts (Art. 14 Abs. 2 EHG).
Die Forderungen aus dem Unfallereignis vom 22. September 2004 verjährten demzufolge am 22. September 2006, wenn die Verjährung nicht nach <ref-law> unterbrochen wurde. Gemäss <ref-law> wird die Verjährung zum einen durch die Anerkennung der Forderung von Seiten des Schuldners, namentlich durch Zins- und Abschlags-zahlungen, Pfand- und Bürgschaftsbestellung, unterbrochen (Ziff. 1) und zum andern durch Schuldbetreibung, durch Klage oder Einrede vor einem Gericht oder Schiedsgericht sowie durch Eingabe im Konkurs und Ladung zu einem amtlichen Sühneversuch (Ziff. 2).
3. Die Beschwerdeführer rügen zunächst, die Feststellung der Vorinstanz sei aktenwidrig, wonach sie mit einer Reaktion an die Beschwerdegegnerin bis am 31. Januar 2007 zugewartet hätten.
3.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3).
3.2 Zur Begründung ihrer Sachverhaltsrüge führen die Beschwerdeführer aus, es sei aus dem Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 13. Juli 2006 mit der Betreffzeile "Ihr Schreiben vom 6. Juli 2006" klar ersichtlich, dass die Beschwerdeführer auf die laufende Auseinandersetzung reagiert hätten. Im Urteil der Vorinstanz sei zudem vermerkt, dass die Beschwerdegegnerin anlässlich der mündlichen Verhandlung vor der Vorinstanz zugestanden habe, dass eine Reaktion erfolgt sei.
Die Beschwerdeführer legen indessen nicht dar, inwiefern ihrer von ihnen behaupteten früheren Reaktion verjährungsunterbrechende Wirkung zugekommen wäre. Mangels Aufzeigens der Entscheidrelevanz der Behebung des von ihnen gerügten Mangels kann daher auf diese Sachverhaltsrüge nicht eingetreten werden. Folglich beurteilt sich vorliegender Fall aufgrund des von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalts.
4. Die Beschwerdeführer begründen die Unterbrechung der Verjährung mit den Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 23. Januar 2006 und vom 13. Juli 2006. Sie beharren auf ihrem Standpunkt, dass diese Schreiben eine Schuldanerkennung im Sinne von <ref-law> darstellen würden.
4.1 Gemäss <ref-law> wird die Verjährung durch Anerkennung der Forderung von Seiten des Schuldners unterbrochen. Als Anerkennung mit Unterbrechungswirkung gilt jedes Verhalten des Schuldners, das vom Gläubiger nach Treu und Glauben im Verkehr als Bestätigung seiner rechtlichen Verpflichtung aufgefasst werden darf (<ref-ruling> E. 5.2.1; <ref-ruling> E. 7b S. 378 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 180 f.). Die Anerkennung der grundsätzlichen Schuldpflicht genügt. Sie braucht sich nicht auf einen bestimmten Betrag zu beziehen (<ref-ruling> E. 5.2.1; <ref-ruling> E. 3 S. 181; Urteil 4A_276/2008 vom 31. Juli 2008 E. 4). Ob eine Erklärung des Schuldners als Anerkennung zu deuten ist, welche die Verjährung unterbricht, ist mit Blick auf den konkreten Einzelfall zu entscheiden (Urteile 4A_276/2008 vom 31. Juli 2008 E. 4.4; 4C.134/2004 vom 14. Oktober 2004 E. 4.3).
4.2 Die Vorinstanz erwog, der Rechtsvertreter der Beschwerdegegnerin habe den Beschwerdeführern mit Schreiben vom 23. Januar 2006 mitgeteilt, dass sich seine Mandantin aufgrund der konkreten Ausgangslage bereit erkläre, sich im Rahmen von 30 % an den finanziellen Unfallfolgen zu beteiligen. Dabei hielt er ausdrücklich fest, dass dieses Angebot seitens der Beschwerdegegnerin ohne Anerkennung einer Rechtspflicht und unpräjudiziell für den Fall einer gerichtlichen Auseinandersetzung erfolge. Mit diesem Terminus sei erstellt, dass die Beschwerdegegnerin ihr Angebot nicht unter dem Eindruck einer Rechtspflicht abgegeben habe, sondern sich um eine schnelle und unbürokratische Abgeltung der finanziellen Unfallfolgen bemühen wollte. Das Schreiben sei somit nicht als Schuldanerkennung im Sinne von <ref-law> zu werten.
4.3 Die Beschwerdeführer bringen dagegen vor, die Vorinstanz habe gegen <ref-law> verstossen, indem sie das Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 23. Januar 2006 nicht als verjährungsunterbrechende Schuldanerkennung erachtet habe. Es handle sich bei diesem Schreiben nicht bloss um eine Vergleichsofferte, sondern die Beschwerdegegnerin habe damit ihre Leistungspflicht grundsätzlich anerkannt. Das Schreiben sei als Leistungszusage dahingehend auszulegen, dass die Beschwerdeführer nach Treu und Glauben von einer Schuldanerkennung in der Höhe von 30 % des Direktschadens ausgehen konnten, dass sie sich aber in einem allfälligen Gerichtsverfahren nicht auf diese Quote berufen dürften. Die geäusserte Leistungszusage im Umfang von 30 % habe die Beschwerdegegnerin zudem mit Judikatur untermauert.
4.4 Dieser Auffassung der Beschwerdeführer ist nicht zu folgen. Die Vorinstanz hat nicht gegen Bundesrecht verstossen, indem sie im Schreiben vom 23. Januar 2006 nicht eine Schuldanerkennung im Sinne von <ref-law> erblickte. Die Beschwerdegegnerin erwähnte ausdrücklich, dass das Angebot, sich zu 30 % an den finanziellen Unfallfolgen zu beteiligen, ohne Anerkennung einer Rechtspflicht und unpräjudiziell für den Fall einer gerichtlichen Auseinandersetzung erfolge. Die Beschwerdeführer durften diese Äusserung nach Treu und Glauben nicht als Bestätigung einer rechtlichen Verpflichtung verstehen. Die generelle Äusserung "ohne Anerkennung einer Rechtspflicht" bezog sich nicht bloss auf die Quote von 30 %, welche die Beschwerdegegnerin zu zahlen bereit war, sondern ebenso auf die Frage der Haftpflicht an sich. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin zudem nicht ihre vorgeschlagene Beteiligungsquote von 30 % mit Judikatur untermauert, sondern ihr Vorbringen, dass das Bundesgericht in der älteren Rechtsprechung das blindlings Überfahren eines Bahnübergangs, ohne sich im Geringsten danach umzusehen, ob sich ein Zug nähere, sogar als kausal unterbrechendes Selbstverschulden erachtet.
Die Beschwerdeführer vermögen aus dem von ihnen angerufenen Entscheid des Bundesgerichts 4A_276/2008 vom 31. Juli 2008 nichts zu ihren Gunsten abzuleiten. Sie bringen vor, in diesem Entscheid sei bereits das Telefonat eines Schadeninspektors mit dem unverfänglichen Wortlaut "wir sollten's besprechen und schauen, wieviel sie noch zugut haben" als verjährungsunterbrechend erachtet worden. Dabei verkennen sie aber, dass in diesem Entscheid die grundsätzliche Zahlungspflicht der Beschwerdeführerin ausser Streit stand und nur noch über die Höhe der Verpflichtung Ungewissheit bestand (Urteil 4A_276/2008 vom 31. Juli 2008 E. 4.5). Im vorliegenden Fall hat die Beschwerdegegnerin indessen gerade explizit eine grundsätzliche Zahlungspflicht nicht anerkannt.
Zudem berufen sich die Beschwerdeführer auf <ref-ruling>, in dem das Bundesgericht ausführte, mit einer Akontozahlung bringe der Schuldner in der Regel zum Ausdruck, dass er seine Verpflichtung grundsätzlich anerkenne, unter gewissen Voraussetzungen zur Leistung weiterer Zahlungen bereit sei und somit das Bestehen einer Restschuld nicht ausschliesse. Dies genüge zur Unterbrechung der Verjährung (<ref-ruling> E. 5.2.3 S. 595). Die Beschwerdeführer verkennen, dass auch diesem Entscheid ein vom vorliegenden Fall abweichender Sachverhalt zugrunde lag: In <ref-ruling> wurden Akontozahlungen geleistet, im vorliegenden Fall jedoch unbestrittenermassen nicht. Daher hat die Vorinstanz auch mit Blick auf <ref-ruling> das Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 23. Januar 2006 zu Recht nicht als Schuldanerkennung im Sinne von <ref-law> qualifiziert.
4.5 Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, die Vorinstanz habe im Zusammenhang mit den mit Schreiben vom 23. Januar 2006 in Aussicht gestellten Akontozahlungen zu Unrecht nicht auf eine Verjährungsunterbrechung im Sinne von <ref-law> erkannt. Es sei Usus, Akontozahlungen zu prüfen und auszurichten, wenn man grundsätzlich eine Zahlungspflicht für gegeben erachte, sich aber im Gesamt-Quantitativ bislang nicht habe einigen können. Dass die Beschwerdegegnerin das Ausrichten einer Akontozahlung unabhängig von der Einigung auf eine finanzielle Quote geprüft habe, hätten die Beschwerdeführer als grundsätzliche Zahlungsanerkennung auffassen dürfen.
Dem ist nicht zu folgen. Die Beschwerdegegnerin führte im Schreiben vom 23. Januar 2006 aus: "Damit ich Ihr Gesuch um eine Akontozahlung überprüfen kann, bitte ich Sie, mich mit der notwendigen Dokumentation zu bedienen." Wie die Vorinstanz zu Recht erwog, hat die Beschwerdegegnerin damit lediglich die Überprüfung des von den Beschwerdeführern gestellten Gesuchs um eine Akontozahlung in Aussicht gestellt. Dies durften die Beschwerdeführer indessen nach Treu und Glauben nicht so auffassen, dass die Beschwerdegegnerin damit eine grundsätzliche Schuldpflicht anerkannte. Mit der im Zusammenhang mit den Akontozahlungen erhobenen Sachverhaltsrüge, wonach die Vorinstanz den Sachverhalt nicht richtig festgestellt habe, indem sie ausführte, auch die Akontozahlungen und deren Überprüfung stünden unter dem Vorbehalt "unpräjudiziell und ohne Anerkennung einer Rechtspflicht", können die Beschwerdeführer wiederum nicht gehört werden, da sie nicht aufzeigen, inwiefern die Behebung dieses von ihnen behaupteten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidrelevant wäre (vgl. Erwägung 3.1).
4.6 Weiter rügen die Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe ebenso das Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 13. Juli 2006 zu Unrecht nicht als verjährungsunterbrechende Schuldanerkennung im Sinne von <ref-law> anerkannt. Selbst wenn die zweite Erklärung der Beschwerdegegnerin vom 13. Juli 2006 als "Vergleichsangebot" übertitelt sei, hätten die Beschwerdeführer diesem Schreiben entnehmen können, dass die Beschwerdegegnerin eine Zahlungspflicht anerkannt habe.
Die Vorinstanz führte zum Schreiben vom 13. Juli 2006 aus, dass dieses - ebenfalls ausdrücklich "ohne Anerkennung einer Rechtspflicht und unpräjudiziell" - lediglich das Angebot vom 23. Januar 2006 wiederhole und bis zum 30. August 2006 befriste. Innert Frist sei keine Annahme des Angebots erfolgt, womit das Schreiben weder für sich alleine noch im Zusammenhang mit einer entsprechenden Antwort der Beschwerdeführer als Schuldanerkennung zu qualifizieren sei. Das Schreiben des Rechtsvertreters der Beschwerdeführer vom 31. Januar 2007, das immerhin als Reaktion auf das Angebot der Beschwerdegegnerin vom 23. Januar bzw. 13. Juli 2006 angesehen werden müsse, sei rund fünf Monate nach Ablauf der Frist verfasst worden und daher verspätet erfolgt. Die Vorinstanz qualifizierte somit auch das Schreiben vom 13. Juli 2006 nicht als Schuldanerkennung, indem sie zutreffend erwog, blosse Vergleichsofferten reichten für die Annahme einer Schuldanerkennung nicht aus, wenn sie nicht zu einer Einigung führten (vgl. <ref-ruling> E. 2e S. 269).
5. Die Beschwerdeführer machen schliesslich eine rechtsmissbräuchliche Erhebung der Verjährungseinrede geltend. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz habe die Beschwerdegegnerin <ref-law> verletzt, indem sie sich auf die Verjährung berufen habe.
5.1 Nach der Rechtsprechung ist <ref-law> nicht nur dann verletzt, wenn der Schuldner den Gläubiger arglistig dazu verleitet, nicht innert nützlicher Frist zu handeln, sondern auch dann, wenn er - ohne Arglist - ein Verhalten gezeigt hat, das einerseits den Gläubiger bewogen hat, rechtliche Schritte während der Verjährungsfrist zu unterlassen, und das andererseits die Säumnis des Gläubigers auch bei objektiver Betrachtungsweise als verständlich erscheinen lässt. Das Verhalten des Schuldners muss für das verspätete Handeln des Gläubigers kausal sein (<ref-ruling> E. 2 S. 437; <ref-ruling> E. 4a S. 241; Urteil 4A_487/2007 vom 19. Juni 2009 E. 4.1). Nach der Praxis kann sich auch der bösgläubige Schuldner auf Verjährung berufen, ohne dass ihm Rechtsmissbrauch entgegengehalten werden kann (<ref-ruling> S. 101). Die Verjährungseinrede ist namentlich nicht schon deshalb rechtsmissbräuchlich, weil der Schuldner weiss, dass der eingeklagte Anspruch zu Recht besteht. Nur die positive Verursachung der Fristversäumnis durch entsprechendes Verhalten des Schuldners vermag die Gegeneinrede des Rechtsmissbrauchs zu rechtfertigen (Urteil 5C.37/1997 vom 6. März 1997 E. 3a).
5.2 Die Vorinstanz kam zum Schluss, von einem treuwidrigen Verhalten der Beschwerdegegnerin könne keine Rede sein. Dem ist zuzustimmen. Die Beschwerdegegnerin erweckte kein schützenswertes Vertrauen, indem sie ihr Angebot ausdrücklich mit dem klaren Passus "ohne Anerkennung einer Rechtspflicht und unpräjudiziell für den Fall einer gerichtlichen Auseinandersetzung" verbunden hat. Das Angebot für eine aussergerichtliche Regulierung des Schadensfalls enthält gerade keine Schuldanerkennung und besitzt für den Fall einer gerichtlichen Auseinandersetzung keine Geltung. Demnach wäre es Sache der Beschwerdeführer gewesen, allfällige Rechtsvorkehren im Sinne von <ref-law> zur Unterbrechung der Verjährung fristgerecht vorzunehmen oder rechtzeitig einen Verjährungsverzicht bei der Beschwerdegegnerin einzuholen. Dieses Verhalten drängte sich umso mehr auf, als die Beschwerdeführer seit Beginn des Verfahrens anwaltlich vertreten gewesen sind. Wie die Vorinstanz zudem in tatsächlicher Hinsicht feststellte, hat die Beschwerdegegnerin die Beschwerdeführer sogar mit Schreiben vom 13. Juli 2006 ausdrücklich darauf hingewiesen, "dass der Unfall bald zwei Jahre zurückliege". Unter diesen Umständen kann der Beschwerdegegnerin nicht vorgeworfen werden, sie habe sich rechtsmissbräuchlich auf die Verjährung berufen.
Als Zusatzargument führte die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid an, es erscheine schliesslich zweifelhaft, ob die Beschwerdeführer überhaupt darauf vertraut hätten, dass die Beschwerdegegnerin auf die Einrede der Verjährung verzichten werde. Denn der Anwalt der Beschwerdeführer habe die Nichteinholung eines Verjährungsverzichts anlässlich der Parteivorträge mehrfach mit einem "administrativen Versehen" begründet. In diesem Zusammenhang rügen die Beschwerdeführer eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>), da die Vorinstanz es unterlassen habe, Rechtsanwalt F._, an den die Vertretung im erstinstanzlichen Verfahren delegiert wurde, als Zeugen einzuvernehmen. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer hat die Vorinstanz durch die Nichteinvernahme von Rechtsanwalt F._ jedoch den Anspruch der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör nicht verletzt. Das Gericht kann das Beweisverfahren schliessen, wenn die Beweisanträge eine nicht erhebliche Tatsache betreffen oder offensichtlich untauglich sind oder wenn es aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4a S. 211). Die Beschwerdeführer tun nicht dar, inwiefern die Vorinstanz in Willkür verfallen wäre, indem sie in ihrer Verfügung vom 4. Juni 2009 die beantragte Zeugeneinvernahme ablehnte, da sie davon ausging, dass sich aus der Befragung von Rechtsanwalt F._ nichts Beweisrelevantes ergeben würde und zudem bereits die vorliegenden Beweismittel den Verlauf der Verhandlungen hinreichend dokumentieren würden.
6. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 sowie Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Mai 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Klett Sommer