Sachverhalt:
A. Der 1974 geborene K._ war als Mitarbeiter in der Firma B._ AG tätig und dadurch bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch gegen Unfallfolgen versichert, als er am 19. November 2004 auf der Autobahn mit seinem Personenwagen in ein wegen eines Selbstunfalls vor ihm quer auf der Fahrbahn stehendes Fahrzeug fuhr und daraufhin ein nachfolgender Personenwagen mit dem stillstehenden Auto des Versicherten kollidierte. K._ erlitt dabei ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) sowie Prellungen der Nase sowie des Ober- und Unterkiefers (Austrittsbericht des Kantonalen Spitals X._ vom 22. November 2004). Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung, Taggeld). Da die Beschwerden trotz verschiedener medizinischer Massnahmen anhielten und psychische Beschwerden in Form einer posttraumatischen Belastungsstörung hinzutraten, veranlasste die SUVA eine stationäre Behandlung (vom 21. März bis 15. April 2005) in der Klinik Y._ (Fachklinik für kardiale und psychosomatische Rehabilitation) und im Anschluss daran eine neuropsychologische Untersuchung in der Klinik Z._ welche mittelgradige neuropsychologische Funktionsstörungen ergab (Bericht vom 21. Juni 2005). Nachdem die SUVA zusätzlich bei der Medizinischen Abklärungsstelle Universitätskliniken (MEDAS) eine interdisziplinäre Begutachtung in Auftrag gegeben hatte, teilte sie dem Versicherten mit Verfügung vom 23. Januar 2007 mit, die Leistungen würden auf den 31. Januar 2007 eingestellt. Zudem verneinte sie einen Anspruch auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung. Zur Begründung führte die SUVA aus, die noch geklagten Beschwerden stünden nicht in einem rechtserheblichen Zusammenhang mit dem Unfall vom 19. November 2004. Daran hielt sie auf Einsprache hin fest (Einspracheentscheid vom 11. Mai 2007).
B. In Gutheissung der hiegegen eingereichten Beschwerde hob das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen den Einspracheentscheid vom 11. Mai 2007 auf und verpflichtete die SUVA, K._ auch über den 31. Januar 2007 hinaus die gesetzlichen Leistungen für den am 19. November 2004 erlittenen Unfall zu erbringen (Entscheid vom 4. März 2008).
C. Die SUVA führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids.
Während K._ Abweisung der Beschwerde beantragen und um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersuchen lässt, hat das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat mit Entscheid vom 4. März 2008 den angefochtenen Einspracheentscheid der Beschwerdeführerin vom 11. Mai 2007 aufgehoben und festgestellt, dass bis zu diesem Zeitpunkt immer noch unfallkausale Folgen vorgelegen hätten; es hat die Sache sodann an den Unfallversicherer zurückgewiesen, damit dieser über den 31. Januar 2007 hinaus die gesetzlichen Leistungen erbringe. Mit der Bejahung von Unfallfolgen jedenfalls bis zum Zeitpunkt des Einspracheentscheids - und damit über die von der Beschwerdeführerin auf den 31. Januar 2007 verfügte Einstellung der Leistungen hinaus -, hat die Vorinstanz über das Wesentliche des umstrittenen Rechtsverhältnisses abschliessend entschieden, weshalb der kantonale Entscheid als Endentscheid (<ref-law>) zu qualifizierten ist. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3. Die Vorinstanz hat die Grundsätze zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 9.5 S. 125; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen), zu der im Weiteren erforderlichen Adäquanz des Kausalzusammenhangs generell (BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 181) sowie bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> E. 6 S. 138 ff.; ferner <ref-ruling> und 119 V 335) und Folgen eines Unfalls mit Schleudertrauma der HWS ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle im Speziellen (<ref-ruling>; <ref-ruling>), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Streitig ist, ob die Beschwerdeführerin als obligatorischer Unfallversicherer für das Ereignis vom 17. November 2004 über den 31. Januar 2007 hinaus Leistungen zu erbringen hat. Zu klären ist dabei insbesondere, ob der Fall mangels Aussicht auf eine namhafte Verbesserung des Gesundheitszustandes zu Recht am 31. Januar 2007 eingestellt worden war.
4.1 Das kantonale Gericht erwog, das Dahinfallen der natürlichen Kausalität zwischen dem Unfall und den über den 31. Januar 2007 hinaus geklagten Beschwerden sei nicht rechtsgenüglich dargetan. Die Leistungseinstellung erweise sich daher als ungerechtfertigt, zumal die Behandlungen der unfallkausalen Beschwerden noch nicht abgeschlossen gewesen seien und von den medizinischen Massnahmen eine erhebliche Besserung des Gesundheitszustands und eine Steigerung der Arbeitsfähigkeit hätte erwartet werden können.
4.2 Die Beschwerdeführerin bringt im Wesentlichen vor, aus der Expertise der MEDAS vom 13. September 2006 ergäbe sich, dass der medizinische Endzustand im April 2005 erreicht gewesen sei und von weiteren ärztlichen Massnahmen keine nahmhafte Besserung des Gesundheitszustands mehr zu erwarten gewesen wäre. Eine gewisse Verbesserung durch eine weitere medizinische Behandlung sei einzig noch hinsichtlich der psychischen Problematik erwartet worden, weshalb der Fallabschluss nicht verfrüht gewesen und die Adäquanzbeurteilung nach der Praxis zu den psychischen Unfallfolgen gemäss <ref-ruling> vorzunehmen sei.
4.3 Das Bundesgericht hat sich im bereits erwähnten Urteil <ref-ruling> (E.3) auch zum Zeitpunkt des Fallabschlusses geäussert. Demnach sind Heilbehandlung und Taggeld nur solange zu gewähren, als von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes erwartet werden kann. Trifft dies nicht mehr zu, ist der Fall unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen mit gleichzeitiger Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und auf eine Integritätsentschädigung abzuschliessen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 114). Ob eine namhafte Besserung noch möglich ist, bestimmt sich nach Massgabe der zu erwartenden Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit, soweit diese unfallbedingt beeinträchtigt ist. Dabei verdeutlicht die Verwendung des Begriffes "namhaft" durch den Gesetzgeber, dass die durch weitere Heilbehandlung zu erwartende Besserung ins Gewicht fallen muss. Unbedeutende Verbesserungen genügen nicht (E. 4.3 S. 115). Damit stellen sich die Fragen, ob eine allenfalls noch bestehende Arbeitsunfähigkeit unfallbedingt ist und (falls ja) ob sie durch weitere Heilbehandlung noch namhaft gesteigert oder wieder hergestellt werden kann; wenn eine entsprechende Verbesserung nicht erwartet werden kann, ist der Fall abzuschliessen.
4.4 Im Gutachten der MEDAS (vom 13. September 2006), auf welches sich die Vorinstanz im Wesentlichen stützt, wird aus rheumatologischer Sicht ein chronisches zervikovertebrales Schmerzsyndrom sowie eine morbide Adipositas diagnostiziert, welche es dem Versicherten erlaubten, eine leidensangepasste leichte Tätigkeit im Umfang von 80 % auszuüben. Mittelfristig könnten sich muskelkräftigende Massnahmen im Bereich der Rumpf- und Nackenmuskulatur mit Haltungsverbesserung symptomatisch günstig auswirken, allenfalls könnte auch eine Gewichtsreduktion das aktuelle Ungleichgewicht zwischen muskulärem Haltetonus und Körpergewicht bedingter Kraftanforderung verbessern helfen. Gemäss neurologischem Fachgutachten (vom 17. Mai 2006) sei der Beschwerdegegner aufgrund eines leichtgradigen Zervikalsyndroms für körperlich leichte Tätigkeiten ohne Zwangshaltungen zu 90 % arbeitsfähig. Medizinische Massnahmen seien keine erforderlich. Dem neuropsychologischen Fachgutachten vom 16. Mai 2006 lässt sich entnehmen, dass von einer mittelschweren neuropsychologischen Funktionsstörung ausgegangen und die Arbeitsfähigkeit in einem geschützten Rahmen auf 50 % für einfachere, strukturierte Tätigkeiten mit geringen Anforderungen an Tempo, Konzentration, Lern- und Gedächtnisleistungen sowie Handlungsplanung geschätzt wird. Im Vordergrund der Behandlung solle die Fortführung der Psychotherapie zur Behandlung der aktuellen depressiven Episode sowie der posttraumatischen Belastungsstörung stehen. Schliesslich kommt auch der Psychiater Dr. med. A._ in seinem Fachgutachten vom 18. Mai 2006 zum Schluss, es bestehe eine mittelgradige depressive Episode (ICD-10 F32.11) sowie eine teilremittierte posttraumatische Belastungsstörung (ICD-10 F43.1). Aus psychiatrischer Sicht sei die Arbeitsfähigkeit aufgrund des depressiven Zustandsbildes und der posttraumatischen Belastungsstörung um 40 % eingeschränkt. Zur Verbesserung der Arbeitsfähigkeit solle die ambulante psychotherapeutische Behandlung in ausrechend hochfrequenter Form (mindestens ein Termin pro Woche) fortgeführt werden. Zur Zeit erscheine die Behandlung des depressiven Syndroms indiziert, da eine spezifische Traumatherapie aufgrund des noch bestehenden depressiven Zustandsbildes nicht angezeigt wäre; ausserdem müsse die Medikamenten-Compliance durch regelmässige Serumspiegelkontrollen gesichert werden, die zur Zeit nicht gegeben sei. In der gutachterlichen Gesamtbeurteilung wird nochmals mit Blick auf die medizinischen Massnahmen ausgeführt, aus neuropsychologischer und psychiatrischer Sicht werde die Fortführung der psychotherapeutischen Behandlung empfohlen. Weiter wird festgehalten, dass die unbehandelte psychische Dimension der PTSD (Posttraumatic-Stress-Disorder; posttraumatische Belastungsstörung) in Bezug auf das vorhandene Schmerzsyndrom sowie die kognitiven Störungen einen chronischen Faktor darstelle. Andererseits hätten auch chronische Schmerzen häufig einen traumatisierenden Effekt, weshalb möglichst auch eine Optimierung der Schmerzbehandlung versucht werden sollte. Die Offenlegung des Traumas und die Anerkennung als Opfer stellten wichtige Faktoren für die Genesung dar. Aus rheumatologischer Sicht wurden wiederholt muskelkräftigende Massnahmen im Bereich der Rumpf-Nackenmuskulatur mit Haltungsverbesserung als eventuell symptomatisch günstig beschrieben sowie eine Gewichtsreduktion empfohlen, was jedoch ohne Auswirkung auf die zumutbare Arbeitsfähigkeit und das Spektrum der zumutbaren Verweisungstätigkeiten sei. In neurologischer und internistischer Hinsicht werden im Gutachten keine medizinischen Massnahmen zur Verbesserung der Arbeitsfähigkeit aufgeführt. Die fallverantwortliche MEDAS-Ärztin Dr. med. R._ gab sodann an, hinsichtlich der rein somatischen Beschwerden, die im Vergleich zu den psychischen Beschwerden nicht ganz in den Hintergrund getreten seien, sei davon auszugehen, dass auch mit Therapie keine Verbesserung der Arbeitsfähigkeit erreicht werden könne. Die psychischen Beschwerden seien jedoch ihrer Ansicht nach therapierbar.
4.5 Daraus erhellt, dass aus somatischer Sicht von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung der noch vorhandenen Beschwerden mehr zu erwarten ist und die durch die Rheumatologin Dr. med. G._ vorgeschlagenen Massnahmen dem Erhalt des bisherigen Gesundheitszustands dienen. Einzig mit Blick auf die posttraumatische Belastungsstörung und die mittelgradige depressive Episode (als psychogene Unfallfolgen) sind die Behandlungsmöglichkeiten, die zu einer Steigerung der Arbeitsfähigkeit führen können, aus neuropsychologischer und psychiatrischer Sicht noch nicht erschöpft. Ein Anspruch auf weitere Leistungen des Unfallversicherers bestünde jedoch nur dann, wenn die fortbestehenden Beschwerden in einem natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang mit dem Unfallereignis stehen sollten. Da sich die bei den psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall anlässlich der Adäquanzprüfung einzig zu berücksichtigenden physischen Komponenten im Zeitpunkt, in welchem von einer Fortsetzung der auf die somatischen Leiden gerichteten ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung mehr erwartet werden konnte, zuverlässig beurteilen lassen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116), ist der auf den 31. Januar 2007 erfolgte Fallabschluss nicht verfrüht und somit nicht zu beanstanden. Daran ändern auch die vom Beschwerdegegner neu eingereichten und daher ohnehin unzulässigen (<ref-law>) Schreiben des Dr. med. H._, Facharzt für Allgemeine Medizin FMH, vom 1. Juli 2008, und des Dr. phil. V._, Psychotherapie und psychotraumatologische Beratung, vom 2. Juli 2008, nichts, zumal sie nicht den massgeblichen Zeitraum bis zum Einspracheentscheid (<ref-ruling> E. 1a S. 248) betreffen. Soweit das kantonale Gericht einen Anspruch auf weitere Unfallversicherungsleistungen über den 31. Januar 2007 hinaus mit der Begründung des verfrühten Fallabschlusses bejahte, ist der angefochtene Entscheid demnach aufzuheben.
4.6 Gestützt auf das MEDAS -Gutachten vom 13. September 2006 hat die Vorinstanz den natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis vom 19. November 2004 und den über den 31. Januar 2007 hinaus fortbestehenden psychischen Einschränkungen zu Recht bejaht. Nach dem Gesagten bleibt deshalb zu prüfen, ob die über Ende Januar 2007 hinaus vorliegenden psychischen Leiden in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum erlittenen Autounfall stehen. Die posttraumatische Belastungsstörung und die depressive Episode, die im Wesentlichen die Notwendigkeit der Fortsetzung der Heilbehandlung und die Einschränkung der Arbeitsfähigkeit nach dem Einspracheentscheid begründen, bilden nicht Teil der schleudertraumaspezifischen Beschwerden, sondern stellen davon zu trennende, eigenständige Leiden dar, zumal Dr. med. A._ auf sekundäre psychosoziale Belastungsfaktoren, wie die unklare wirtschaftliche Situation der Familie und Schuldgefühle bezüglich der schulischen Entwicklung der Kinder, hinweist. Dies zieht die Anwendung der für psychische Unfallfolgen geltenden, zwischen physischen und psychischen Beschwerdekomponenten unterscheidenden (BGE <ref-ruling> E. 6a in fine S. 367) Praxis (<ref-ruling>) nach sich. Die Sache geht deshalb zur Adäquanzbeurteilung nach den in <ref-ruling> festgelegten Grundsätzen und anschliessenden neuen Entscheidung über den Anspruch auf Versicherungsleistungen über den 31. Januar 2007 hinaus an das kantonale Gericht zurück.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdegegner grundsätzlich die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Dem Begehren des Beschwerdegegners um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG) kann jedoch entsprochen werden, weil die Bedürftigkeit auf Grund der eingereichten Unterlagen als ausgewiesen gelten kann und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt oder eine Rechtsanwältin als geboten erscheint (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 135, 128 I 225 E. 2.5.3 S. 235). Der Beschwerdegegner wird der Gerichtskasse jedoch Ersatz zu leisten haben, wenn er später dazu in der Lage ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 4. März 2008 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über den Leistungsanspruch des Beschwerdegegners neu entscheide.
2. Dem Beschwerdegegner wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwältin lic. iur. Monika Paminger Müller wird als unentgeltliche Anwältin des Beschwerdegegners bestellt, und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. Mai 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla