Sachverhalt:
A.
A._ erwarb im Jahr 2002 zwei in der Gemeinde Küssnacht/SZ gelegene Grundstücke und übernahm diese in ihr Privatvermögen. Zugunsten dieser beiden Parzellen lastete auf drei benachbarten Parzellen seit dem Jahr 1896 ein im Grundbuch eingetragenes Bauverbot. Es diente der langfristigen Sicherstellung einer unbeeinträchtigten Seesicht. Im Jahr 2006 willigte A._ in die Löschung dieser Grunddienstbarkeiten ein, wofür sie von der Gegenpartei mit einer noch zu erstellenden Attikawohnung (im Stockwerkeigentum) und drei Einstellhallenplätzen (im Miteigentum) abgefunden wurde.
B.
Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer ermittelte einen Wert der Abfindung von Fr. 2'335'000.-- und erfasste diesen in der Veranlagungsverfügung 2006 vom 26. Januar 2010 als Einkommen. A._ erhob dagegen Einsprache, welche die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer mit Einspracheentscheid vom 6. Juni 2012 teilweise guthiess. Die Einsprachebehörde ging nunmehr von einem Wert der Abfindung von noch Fr. 2'135'000.-- aus, wovon sie die im Jahr 1896 mutmasslich angefallenen Gestehungskosten des Bauverbots, annäherungsweise festgesetzt auf Fr. 10'000.--, abzog. Den Restbetrag unterstellte sie weiterhin der direkten Bundessteuer. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, wies die dagegen gerichtete Beschwerde mit Entscheid vom 25. September 2012 im Sinne der Erwägungen ab.
C.
Mit Eingabe vom 20. November 2012 erhebt A._ (hiernach: die Steuerpflichtige) beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 25. September 2012 sei aufzuheben und die Veranlagungsverfügung 2006 sei dahingehend zu bereinigen, dass der Betrag von Fr. 2'335'000.-- beseitigt werde.
Während das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz auf eine Stellungnahme verzichtet, beantragen die Steuerverwaltung des Kantons Schwyz und die Eidgenössische Steuerverwaltung die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (<ref-law>) und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 44; <ref-ruling> E. 1 S. 369; <ref-ruling> E. 1 S. 475; <ref-ruling> E. 1.4 S. 262).
1.2. Die Beschwerde richtet sich gegen einen (End-) Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist grundsätzlich gegeben (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1 und Art. 90 BGG i. V. m. Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]). Die Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.3. Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; <ref-ruling> E. 2.2 S. 540; <ref-ruling> E. 3 S. 386; <ref-ruling> E. 2.2. S. 550).
Trotz der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (<ref-law>), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur, soweit eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Fragen des Bundesrechts klärt das Bundesgericht mit freier Kognition (<ref-law>; Urteile 2C_596/2012 vom 19. März 2013 E. 1.3; 2C_708/2012 vom 21. Dezember 2012 E. 1.4).
1.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d. h. willkürlich ermittelt worden sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5.1 S. 356; zum Willkürbegriff: <ref-ruling> E. 7.1 S. 51; <ref-ruling> E. 2.4 S. 5) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 234).
1.5. Die Steuerpflichtige rügt, die Vorinstanz habe das einschlägige Bundesrecht (insbesondere Art. 16 Abs. 1 und Abs. 3, Art. 21 Abs. 1 lit. a und <ref-law>) unrichtig angewandt. Darüber hinaus kritisiert sie die vorinstanzliche Handhabung des Verfahrensrechts, "z. B. rechtliches Gehör". Eine Begründung dieser Auffassung liefert die Steuerpflichtige nicht. Aufgrund des Fehlens einer - unerlässlichen - Begründung ist der Rüge nicht nachzugehen (Art. 42 Abs. 2 i. V. m. <ref-law>; vgl. E. 1.3 hiervor).
2.
2.1. <ref-law> bringt im Bereich der Besteuerung des Einkommens natürlicher Personen das Konzept der Reinvermögenszugangstheorie ("théorie de l'accroissement du patrimoine" bzw. "imposition du revenu global net") zum Ausdruck (<ref-ruling> E. 2.1 S. 289; <ref-ruling> E. 4.1 S. 413; <ref-ruling> E. 4a S. 119; Urteile 2C_711/2012 vom 20. Dezember 2012 E. 2.1; 2C_91/2012 vom 17. August 2012 E. 3.2; vgl. auch Urteil 9C_803/2011 vom 23. August 2012 E. 3.3.4 [AHV]). Danach unterliegen aufgrund der Generalklausel von <ref-law> und des nicht abschliessenden Positivkatalogs (Art. 17-23 DBG) alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte der direkten Bundessteuer. Vorbehalten bleiben die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen (<ref-law>) und die im Negativkatalog von <ref-law> abschliessend aufgezählten Fälle (zum gleichartigen früheren Recht <ref-ruling> E. 2b S. 2; <ref-ruling> E. 4a S. 227; <ref-ruling> E. 2a S. 229; <ref-ruling> E. 1 S. 2; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 4. Aufl., 2012, § 7 N. 7; Markus Reich, Steuerrecht, 2. Aufl., 2012, § 10 N. 7; ders., in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a, DBG, 2. Aufl., 2008, N. 26 zu <ref-law>; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl., 2009, N. 1 ff. zu <ref-law>; Yves Noël, in: Danielle Yersin/Yves Noël [Hrsg.], Commentaire romand, LIFD, 2008, N. 24 zu <ref-law>; Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 17 e contrario zu <ref-law>; a. M. jedoch Ernst Höhn/Robert Waldburger, Steuerrecht, Band I, 9. Aufl., 2001, S. 294).
2.2. Der Reinvermögenszugang, wie er <ref-law> zugrunde liegt, besteht in einer Nettogrösse. Er entspricht dem Überschuss aller Vermögenszugänge gegenüber den Vermögensabgängen derselben Steuerperiode (u. a. Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, DBG, N. 20 ff. der Vorbemerkungen zu Art. 16-39 DBG; Reich, Steuerrecht, § 10 N. 12, unter Bezugnahme auf Georg Schanz, Der Einkommensbegriff und die Einkommenssteuergesetze, in: Finanz-Archiv 13/1896, Band 1, S. 1, insb. 7; Markus Weidmann, Einkommensbegriff und Realisation, 1995, S. 12). Im konkreten Einzelfall ergibt sich ein für steuerliche Zwecke massgeblicher Reinvermögenszugang, sobald der Vermögenszugang den realisierten Vermögensabgang der Höhe nach übersteigt (Urteil 2C_622/2011 vom 29. Februar 2012 E. 4 mit Hinweisen, in: StE 2012 B 21.1 Nr. 21; Oberson, § 7 N. 242; Reich, StHG, N. 26 zu Art. 7 StHG). Im Bereich des Privatvermögens entspricht der Vermögensabgang - mangels Vorliegens eines Buchwertes - den nominalen Gestehungskosten nebst den seitherigen wertvermehrenden Investitionen. Ein industrieller Mehrwert durch Vornahme wertvermehrender Investitionen fällt typischerweise bei Liegenschaften in Betracht, während er im Fall eines Bauverbots kaum denkbar ist. Dementsprechend bleibt in einem Bauverbotsfall als Anlagekosten zu berücksichtigen, was die Eigentümerschaft anlässlich des Erwerbsvorgangs konkret aufzuwenden hatte. Nur im Fall der Universalsukzession ist der ursprüngliche Erwerbspreis des Bauverbots (nebst etwaigen seitherigen wertvermehrenden Investitionen) massgebend.
Im Umfang, in welchem sich Vermögenszugang und Vermögensabgang der Höhe nach entsprechen, bleibt es bei einem steuerfreien Aktiventausch. Stellt sich darüber hinaus im konkreten Einzelfall tatsächlich ein Reinvermögenszugang ein, bleibt im Privatvermögen zu prüfen, ob der Überschuss - der realisierte konjunkturelle Mehrwert - als steuerbarer Vermögens- bzw. Kapitalertrag (<ref-law>) oder aber als steuerfreier Vermögens- bzw. Kapitalgewinn (<ref-law>) zu erfassen sei (Peter Locher, Abgrenzung von Kapitalgewinn und Kapitalertrag im Bundessteuerrecht, in: recht 8/1990 S. 109, insb. 110).
Mit Blick auf den Grundsatz der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (<ref-law>) und das diesen konkretisierende Reinvermögenszugangsprinzip stellt die Steuerfreiheit privater Kapitalgewinne allerdings eine systemwidrige Ausnahme dar. Sie ist vom Gesetzgeber gewollt, auch aus Gründen der Veranlagungsökonomie (BGE <ref-ruling> E. 5c S. 230 f.), aber zurückhaltend auszulegen (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 243 zum gleichartigen früheren Recht; Reich, N. 47 zu Art. 7 StHG). Ausnahmen sind vor dem Hintergrund einer allgemeinen Einkommenssteuer restriktiv zu handhaben (Urteil 2C_711/2012 vom 20. Dezember 2012 E. 2.4 [Leibrentenprivileg]), was auch im Bereich der Mehrwertsteuer gilt, die als allgemeine Verbrauchssteuer konzipiert ist (Urteil 2C_196/2012 vom 10. Dezember 2012 E. 2.2 [Leistungsaustausch]; <ref-ruling> E. 2.3.4 S. 256 [subjektive Steuerpflicht]).
2.3. Gemäss <ref-law> sind lediglich die Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen steuerfrei. Die Abgrenzung von Kapitalertrag und Kapitalgewinn lässt sich im Regelfall anhand des Substanzverzehrkriteriums vornehmen (Locher, DBG, N. 73 ff. zu <ref-law>; Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, DBG, N. 166 zu <ref-law>). Mit der Veräusserung geht der Idee nach ein Substanzverzehr einher. Unerlässliche Voraussetzung des steuerfreien Kapitalgewinns ist mithin das Vorliegen einer Gesamt- oder Teilveräusserung von dinglichen oder obligatorischen Rechten. Diese verlassen das Eigentum der veräussernden Person und schmälern vorübergehend, bis zum Eintreffen der Gegenleistung, die Substanz.
2.4. Die Veräusserung im Sinne von <ref-law> bedingt weiter, dass sich der Vermögenszugang nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und der allgemeinen Erfahrung des Lebens als "natürliche und typische (adäquate) " Folge des Vermögensabgangs darstellt (Richner/ Frei/Kaufmann/Meuter, DBG, N. 157 zu <ref-law>). Daran fehlt es von vornherein insoweit, als ein gemischtes Rechtsgeschäft vorliegt und dem Vermögenszugang (auch) veräusserungsfremde Teile innewohnen. Zu denken ist im Grundstückbereich etwa die Verquickung von Kaufpreis und Entschädigung für den Rückzug der Einsprache gegen eine Umzonung oder ein Bauvorhaben. Ein Rechtsgeschäft über die Nichterhebung oder den Rückzug einer Einsprache ist selbständiger Natur.
2.5. Ein privatrechtlicher Vertrag über den Rückzug der Einsprache gegen ein konkretes Bauvorhaben steht in keinem unmittelbaren Zusammenhang zur Veräusserung der durch das Vorhaben tangierten Parzelle und kann deshalb privatrechtlich ohne Weiteres als eigenständiges Geschäft geschlossen werden. Das Entgelt für den Rückzug oder die Nichterhebung einer Einsprache steuerlich zu privilegieren, widerspricht der Konzeption von <ref-law>, der auf Veräusserungen beschränkt ist. Solche Entschädigungen unterliegen der Einkommenssteuer (Art. 16 Abs. 1 i. V. m. <ref-law>; Urteil 2P.55/2002 vom 20. Juni 2002 E. 3.8, in: StE 2002 B 26.27 Nr. 5). Offenbleiben kann die Subsumtion unter <ref-law> (Entschädigung für die Nichtausübung eines Rechts). Das Bundesgericht hat diese Norm etwa herangezogen, soweit es um die Abgeltung des Verzichts auf einen enteignungsrechtlichen, formell-gesetzlichen und überdies von Gesetzes wegen bestehenden Anspruch ging (Rückforderungsrecht gemäss Art. 102 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 20. Juni 1930 über die Enteignung [EntG; SR 711]; Urteil 2C_622/2011 vom 29. Februar 2012 E. 4 mit Hinweisen, in: StE 2012 B 21.1 Nr. 21). Mit dieser Konstellation ist die vorliegende Sachlage nicht vergleichbar. Namentlich findet die Entschädigung für den Rückzug einer bau- oder planungsrechtlichen Einsprache keine gesetzliche Grundlage.
Der entgeltliche Verzicht auf ein Rechtsmittel oder einen Rechtsbehelf kann ohnehin unter dem Aspekt der Sittenwidrigkeit (<ref-law>) problematisch sein. Mit Blick auf die genannte Norm ist zwar die Verabredung einer Vergütung für den Rückzug eines nicht aussichtslosen Baurechtsmittels unbedenklich (Urteile 4A_37/2008 vom 12. Juni 2008 E. 3; 4C.207/1997 vom 9. April 1998 E. 3b; <ref-ruling> E. 4b S. 235 f.). Soweit sich der wirtschaftliche Wert des Verzichts aber bloss aus dem möglichen Schaden wegen der Verlängerung des Baubewilligungsverfahrens und nicht aus den schutzwürdigen Interessen des rechtsmittelführenden Nachbarn ergibt, ist die "Kommerzialisierung des Verzichts" praxisgemäss sittenwidrig (Urteile 4A_657/2011 vom 8. Februar 2012 E. 3, in: SemJud 2012 I S. 433; 4A_21/2009 vom 11. März 2009 E. 5.1, in: ZBGR 91/2010 S. 109; <ref-ruling> E. 2c S. 105 f.).
2.6. Geht mit der Nichterhebung oder dem Rückzug der Einsprache tatsächlich ein Minderwert des Grundstücks einher, kann die grundsätzlich steuerbare Leistung einen (steuerfreien) Ersatz des positiven Schadens bzw. objektiven Wertverlusts darstellen (Ernst Känzig, Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer], 2. Aufl., I. Teil, 1982, N. 91 zu Art. 21 BdBSt; Locher, DBG, N. 40 zu <ref-law>; Richner/Frei/ Kaufmann/ Meuter, DBG, N. 48 zu <ref-law>). Leistungen, die dazu dienen, einen eingetretenen oder künftigen Vermögensschaden zu ersetzen (damnum emergens), sind mit keinem Reinvermögenszugang verbunden (<ref-ruling> E. 3.1 S. 130; <ref-ruling> E. 2b S. 2; Urteile 9C_1003/2008 vom 6. August 2009 E. 4.3; 2P.55/2002 vom 20. Juni 2002 E. 3.8, in: StE 2002 B 26.27 Nr. 5; 2A.398/1996 vom 29. Oktober 1997 E. 5a/aa; Locher, DBG, N. 15 zu <ref-law>; Rainer Zigerlig/ Guido Jud, in: Zweifel/Athanas, DBG, N. 3 zu <ref-law>; Markus Reich, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Band I/1, StHG, 2. Aufl., 2002, N. 26 zu Art. 7 StHG). Auch sie bewirken dann einen steuerfreien Aktiventausch.
Im Zeitpunkt der Realisierung eines zonenkonformen Bauvorhabens wird freilich nur in Ausnahmefällen von einem positiven Schaden bzw. objektiven Wertverlust auszugehen sein. Aufgrund der herrschenden Zonenplanordnung, die eine Bebauung zulässt, besteht schon vor Verwirklichung des Projekts zumindest die Erwartung der baldigen oder gelegentlichen Überbauung. Dieser latente Umstand schlägt sich bereits mit dem Eintritt der Rechtskraft des Zonenplans unmittelbar im Verkehrswert der hinter- oder anliegenden Parzelle nieder. Insoweit lässt sich in der Regel nicht sagen, mit der Inangriffnahme des zonenkonformen Projekts gehe ein zusätzlicher positiver Schaden einher. Anders kann es sich verhalten, falls der Bauherrschaft unerwarteterweise eine Ausnahmebewilligung erteilt wird, aufgrund deren beispielsweise ein zusätzliches Geschoss oder eine andersartige Nutzung gestattet ist. Tritt kein derartiges unvorhersehbares Ereignis ein, unterliegt die Abgeltung regelmässig der Einkommenssteuer (Art. 16 Abs. 1 i. V. m. <ref-law>).
3.
3.1. Die Vorinstanz verwirft das Vorliegen einer Veräusserung. Sie verweist darauf, dass die Bauverbotsdienstbarkeit kein Grundstück im Sinne von <ref-law> darstelle. Insbesondere handle es sich nicht um ein in das Grundbuch aufgenommenes selbständiges und dauerndes Recht (<ref-law>). Folglich lasse es sich "nicht alleine, sondern nur zusammen mit den berechtigten Grundstücken" übertragen, wie dies die Unterinstanz formuliert hatte. Das Recht sei im vorliegenden Fall ohnehin nicht an einen Dritten weiterveräussert, sondern bloss aufgehoben worden.
3.2. Aufgrund des in den Akten liegenden Einspracheentscheids der kantonalen Verwaltung für die direkte Bundessteuer vom 6. Juni 2012 ist davon auszugehen, dass das Bauverbot im Jahr 1896 begründet wurde. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>) ist es zudem im Grundbuch zugunsten der beiden Grundstücke der Steuerpflichtigen und zulasten dreier benachbarter Parzellen eingetragen. Zivilrechtlich fällt das Bauverbot unter die unbefristeten, negativen Grunddienstbarkeiten im Sinne von <ref-law> (Urteil 5A_171/2008 vom 13. Mai 2008 E. 3.1, in: ZBGR 90/2009 S. 174; <ref-ruling> E. 2c S. 341 ff.).
Der Tatbestand von <ref-law> verlangt für den Eintritt des steuerfreien Kapitalgewinns im Privatvermögen, dass es zu einer Veräusserung kommt. Für die Zwecke der Grundstückgewinnsteuer hatte die Vorinstanz im parallelen Verfahren mit Entscheid vom 24. April 2009 erkannt, die Sachumstände vermöchten keine Veräusserung zu begründen, weswegen die Grundstückgewinnsteuer nicht in Betracht falle. Dieser Entscheid ist in Rechtskraft erwachsen. Dessen ungeachtet ist festzuhalten, dass das Harmonisierungsrecht in Art. 12 Abs. 2 StHG bestimmte Vorgänge nennt, die den zivilrechtlichen Handänderungen (Art. 12 Abs. 1 StHG) gleichgestellt sind. In diesen Katalog fällt namentlich die Belastung eines Grundstücks mit privatrechtlichen Dienstbarkeiten oder öffentlich-rechtlichen Eigentumsbeschränkungen, wenn diese die unbeschränkte Bewirtschaftung oder den Veräusserungswert des Grundstücks dauernd und wesentlich beeinträchtigen und dafür ein Entgelt entrichtet wird (Art. 12 Abs. 2 lit. c StHG).
Diese Norm ist für den vorliegenden Fall von etwelcher Bedeutung: Zum einen lässt die Konzeption erkennen, dass der Steuergesetzgeber hier das zivilrechtliche Eigentum in sachbezogene Teilaspekte unterteilt ( BERNHARD ZWAHLEN, in: Zweifel/Athanas, StHG, N. 38 zu Art. 12 StHG). Zum andern erfordert das Gebot der vertikalen Steuerharmonisierung ohnehin, bei der Anwendung von <ref-law> die Praxis zu den (sinngemäss) entsprechenden Bestimmungen des Harmonisierungsrechts analog heranzuziehen (zur spiegelbildlichen Konstellation Urteile 2C_407/2012 vom 23. November 2012 E. 1.3, in: StE 2013 B 92.8 Nr. 17; 2C_91/2012 vom 17. August 2012 E. 1.4 und 3.3, in: StR 68/2013 S. 158; <ref-ruling> E. 3.2 S. 116).
3.3. Das Harmonisierungsrecht spricht in Art. 12 Abs. 2 lit. c StHG von der "Belastung" eines Grundstücks. Kennzeichnend für eine derartige Belastungssituation ist, dass das dingliche Vollrecht (Grundeigentum; Art. 641 i. V. m. <ref-law>) mittels Einräumung eines beschränkten dinglichen Rechts (Dienstbarkeit; <ref-law>) einem andern Grundstück dauernd und in erheblicher Weise dienstbar gemacht wird. Infolgedessen muss sich die Eigentümerschaft des dienenden Grundstücks bestimmte Eingriffe der Eigentümerschaft des herrschenden Grundstücks gefallen lassen (so die Formulierung von <ref-law>).
Vorliegend geht es um die Löschung einer grundbuchlich stipulierten Berechtigung, die zugunsten der beiden herrschenden Grundstücke bestanden hatte. Anlässlich des Kaufs im Jahr 2002 erwarb die Steuerpflichtige, will man der Theorie der Teilaspekte folgen, zum einen das dingliche Vollrecht an den Grundstücken, zum andern die zugunsten dieser Grundstücke errichtete, vorbestehende Grunddienstbarkeit. Willigte die Steuerpflichtige im Jahr 2006 in die Löschung der Dienstbarkeit ein, gab sie damit ein beschränktes dingliches Recht preis und schränkte sie ihren Rechtsbestand in gleicher Weise ein, wie wenn sie ihre Grundstücke "belastet" hätte (Art. 12 Abs. 2 lit. c StHG).
Der eine wie der andere Vorgang ist mit einer Einschränkung des dinglichen Rechtsbestandes verbunden. Herrscht zivilrechtlich weitgehende Übereinstimmung der Vorgänge, kann es sich steuerrechtlich nicht anders verhalten (vgl. Urteil 2C_20/2012 vom 24. April 2012 E. 3, in: StR 67/2012 S. 517, zur ähnlichen gelagerten Handänderungssteuer). In teleologischer Auslegung von Art. 12 Abs. 2 lit. c StHG ergibt sich über den eng gefassten Wortlaut der Bestimmung hinaus, dass die entgeltliche Aufgabe eines beschränkten dinglichen Rechts an einem Grundstück ebenso eine Teilveräusserung darstellt wie die entgeltliche Belastung mit einem solchen. Die darüber hinaus erforderliche Verknüpfung von Vermögensabgang (Löschung der Grunddienstbarkeit) und Vermögenszugang (Übereignung von Attika-Wohnung und Einstellhallenplätzen) liegt auf der Hand: Das eine wird (nur) durch das andere hervorgerufen und bestimmt.
3.4. Mit Blick auf die (vertikal) harmonisierungsrechtlich gebotene analoge Auslegung gleichartiger Bestimmungen liegt mithin auch unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> eine (Teil-) Veräusserung vor. Wird anlässlich der Löschung der Dienstbarkeit überhaupt ein konjunktureller Mehrwert aufgedeckt, fällt dieser im Privatvermögen unter das Privileg des steuerfreien Kapitalgewinns. Ausgangspunkt der Ermittlung des konjunkturell bedingten Wertzuwachses bilden im Regelfall die Gestehungskosten, hier gebildet durch den Erwerbspreis des Bauverbots im Jahr 2002 und die seitherigen wertvermehrenden Investitionen, soweit solche im vorliegenden Zusammenhang überhaupt denkbar und nachgewiesen sind (E. 2.2 hiervor). Nachdem der etwaig realisierte konjunkturelle Wertzuwachsgewinn allerdings einen steuerfreien Kapitalgewinn begründet, erübrigt sich wohl ein Verkehrswertgutachten.
3.5. Ein Vorbehalt ist anzubringen, was die unter Umständen vorliegenden veräusserungsfremden Entgeltsbestandteile betrifft. Die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer hatte in ihrem Entscheid vom 15. Januar 2009 erkannt, mit Vertrag vom 8. September 2006 habe sich die Steuerpflichtige (auch) zum Rückzug ihrer Einsprache gegen die Bauvorhaben auf den dienenden Grundstücken verpflichtet. Dies lässt auf ein gemischtes Rechtsgeschäft schliessen. Es kann denn auch nicht rundweg ausgeschlossen werden, dass sich die Abfindung aus mehreren Komponenten (Ablösung der Dienstbarkeit, Rückzug der Baueinsprache, allenfalls Abgeltung Ausnahmebewilligung) zusammensetzte. Dies wird die Unterinstanz zu klären haben. Wäre durch den Rückzug der Baueinsprache auf den beiden Grundstücken tatsächlich ein objektiver Wertverlust eingetreten, läge ein Aktiventausch vor und käme es auch hier zu keiner Besteuerung (E. 2.6 hiervor).
4.
4.1. Mit ihrer Handhabung der einschlägigen Bestimmungen des Bundessteuerrechts (insbesondere <ref-law>) hat die Vorinstanz Bundesrecht verletzt (<ref-law>). Infolgedessen erweist sich die Beschwerde als begründet. Sie ist im Sinne der Erwägungen gutzuheissen, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur weiteren Untersuchung an die Unterinstanz zurückzuweisen (<ref-law>; Urteil 2C_900/2011 vom 2. Juni 2012 E. 6.4). Sollte die Unterinstanz zum Ergebnis gelangen, es läge nicht in allen Teilen eine (bei der direkten Bundessteuer steuerfreie) Teilveräusserung oder ein (steuerfreier) Aktiventausch vor, hätte sie diesen Anteil neu zu berechnen.
4.2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Kanton Schwyz, der in seiner Eigenschaft als Steuergläubiger Vermögensinteressen im Sinne von <ref-law> wahrnimmt, die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 i. V. m. <ref-law>). Der obsiegenden Beschwerdeführerin ist eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Die Festsetzung der Kosten und Entschädigung für das vorinstanzliche Verfahren wird der Vorinstanz übertragen (Art. 67 i.V.m. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz, Kammer II, vom 25. September 2012 aufgehoben und die Sache zur weiteren Untersuchung an die Verwaltung des Kantons Schwyz für die direkte Bundessteuer sowie zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für das vorinstanzliche Verfahren an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz zurückgewiesen.
2.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 6'000.-- werden dem Kanton Schwyz auferlegt.
3.
Der Kanton Schwyz hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- auszurichten.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juni 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher