Faits:
A. Dès le 1er août 2005, X._ (ci-après: l'employée) a travaillé comme déléguée médicale à temps partiel pour Y._ AG (ci-après: l'employeuse). Elle a perçu 4'007 fr. 20, 9'174 fr. 30 et 5'295 fr. 90 à titre de bonus pour les années 2005, 2006 et 2007; le règlement de l'employeuse auquel renvoyait le contrat de travail prévoyait notamment que le bonus était une motivation pour les performances futures et qu'il n'était payé que si les relations de travail n'avaient pas été résiliées au moment du versement. Le contrat de l'employée a été résilié en juin 2008 mais s'est prolongé jusqu'à fin août 2009, pour cause de grossesse.
B. Le 3 février 2009, l'employée a ouvert action devant le Tribunal de prud'hommes de l'arrondissement de La Broye et du Nord vaudois, concluant à ce que l'employeuse soit condamnée à lui payer cinq mois de salaire ainsi qu'un montant finalement arrêté à 13'706 fr. 30 à titre de bonus pour l'année 2008. Intervenue à la procédure, la Caisse de chômage Z._ (ci-après: la Caisse de chômage) a requis l'allocation de sa subrogation légale à hauteur de 18'836 fr. 75. Par jugement du 11 juin 2009 rectifié le 3 septembre 2009, le Tribunal de prud'hommes a condamné l'employeuse à payer les salaires demandés par l'employée et dit que la Caisse de chômage était subrogée dans les droits de celle-ci à concurrence de 18'836 fr. 75, mais rejeté la conclusion relative au bonus pour 2008.
Par arrêt du 11 janvier 2010, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours déposé par l'employée, qui avait conclu à la réforme du jugement de première instance en ce sens que son adverse partie lui doit paiement des montants qui y étaient alloués ainsi que de 13'663 fr. à titre de bonus pour 2008. En substance, la cour cantonale a constaté que l'employeuse n'avait pas appliqué son règlement à la lettre en versant des boni alors que l'employée ne remplissait pas toutes les conditions règlementaires et a admis le caractère obligatoire de la gratification dès lors que ces boni avaient été payés sans réserve; toutefois, elle a ensuite jugé qu'il ne pouvait pas être déduit des circonstances de l'espèce que l'employeuse avait renoncé à appliquer son règlement dans la mesure où celui-ci excluait toute gratification dans la situation particulière où le contrat de travail avait été résilié.
C. L'employée (la recourante) a interjeté un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral, concluant à ce que l'employeuse soit condamnée, en sus des montants déjà définitivement alloués par le Tribunal de prud'hommes, à lui payer 13'663 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 31 décembre 2008. L'em-ployeuse (l'intimée) a proposé le rejet des recours dans la mesure où ils ne sont pas irrecevables et la Caisse de chômage a pour sa part indiqué que compte tenu du fait que l'employeuse lui avait versé la somme de 18'836 fr. 75, elle estimait ne plus être concernée par la présente affaire.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1).
En cas de recours contre une décision finale, la valeur litigieuse est déterminée par les conclusions restées contestées devant l'autorité précédente (<ref-law>), soit en l'occurrence 13'663 fr. La valeur litigieuse ouvrant la voie du recours en matière civile n'est ainsi pas atteinte (<ref-law>). La recourante ne soutient en outre pas que la contestation soulèverait une question juridique de principe (art. 74 al. 2 let. a et art. 42 al. 2 LTF). Par conséquent, le recours en matière civile est irrecevable et seule la voie du recours constitutionnel subsidiaire est ouverte (<ref-law>).
2. Le recours constitutionnel peut être formé uniquement pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Les griefs doivent être expressément invoqués et motivés (<ref-law> applicable par le renvoi de l'<ref-law>); l'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, nécessairement contenir un exposé succinct des droits ou principes constitutionnels violés et exposer de manière claire et circonstanciée en quoi consiste leur violation (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 2.1).
Dans son recours constitutionnel subsidiaire, la recourante se plaint uniquement d'une violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (art. 9 Cst.), que la cour cantonale aurait commise en se fondant sur la disposition réglementaire subordonnant le versement d'un bonus à la condition que les relations de travail ne sont pas résiliées. Sa motivation est sommaire et se limite à des affirmations; la question de la recevabilité du grief peut toutefois rester indécise.
Les juges cantonaux ont certes admis le caractère obligatoire du bonus. Cela signifie que l'intimée ne pouvait pas l'accorder ou le refu-ser selon son bon vouloir, mais en revanche pas qu'elle était obligée de le verser lorsque les conditions fixées dans le contrat de travail ou le règlement d'entreprise applicable n'étaient pas remplies; il n'y a là aucune contradiction.
L'intimée a certes renoncé à appliquer son règlement à la lettre dans la mesure où elle a accordé des boni à la recourante en 2005, 2006 et 2007, alors que celle-ci ne remplissait pas entièrement les conditions réglementaires, son taux d'occupation n'ayant été à l'époque que de 40 % au lieu des 50 % exigés par le règlement. Cette bienveillance à l'égard de la recourante n'implique cependant pas nécessairement que l'intimée ait renoncé de manière générale à appliquer son règlement et qu'elle se soit engagée à verser un bonus en toutes circonstances, également dans le cas où le contrat de travail serait résilié; comme le relève pertinemment l'autorité cantonale, si l'octroi de boni les années précédentes était parfaitement compatible avec le but de cette gratification, c'est-à-dire donner une motivation pour les performances futures, cela n'était évidemment plus le cas dès le moment où le contrat était résilié. On ne discerne ainsi pas d'arbitraire à appliquer le règlement sur ce point, ce qui scelle le sort du grief et, partant, du recours constitutionnel subsidiaire, qui doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
3. Comme la valeur litigieuse, calculée selon les prétentions à l'ouverture de l'action (<ref-ruling> consid. 5b p. 41), ne dépasse pas le seuil de 30'000 fr., le montant de l'émolument judiciaire est fixé selon le tarif réduit (art. 65 al. 4 let. c LTF). Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante (<ref-law>); celle-ci versera en outre des dépens à l'intimée Y._ AG, mais pas à la Caisse de chômage qui n'a pas activement pris part à la procédure devant le Tribunal de céans (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière civile est irrecevable.
2. Le recours constitutionnel subsidiaire est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 600 fr., sont mis à la charge de la recou-rante.
4. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimée Y._ AG à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 25 juin 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz