Sachverhalt:
A. Die 1965 geborene C._ war als Arbeitslose bei der Schweizerischen Unfallversicherung (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 9. April 2003 als Lenkerin eines Personenwagens einen Auffahrunfall erlitt und sich am 30. Juli 2003 den rechten Fuss verstauchte. Die SUVA anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieser Ereignisse und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 14. Oktober 2005 bestätigt mit Einspracheentscheid vom 27. Januar 2006 stellte sie die Leistungen für beide Unfälle ein und verneinte den Anspruch auf eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung. Eine von der Versicherten hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 28. Februar 2007 gut und wies die Sache zu weiteren Abklärungen und anschliessendem Neuentscheid an die SUVA zurück. Die SUVA tätigte ergänzende Abklärungen und verweigerte mit Verfügung vom 22. August 2008 und Einspracheentscheid vom 8. April 2009 die Kosten für einen stationären Aufenthalt in der Klinik X._, für weitere Physiotherapie sowie Ersatz der Selbstbehaltkosten und Taggeld. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 14. Januar 2010 teilweise gut und wies die Sache zu weiteren Abklärungen an die SUVA zurück. Da in der Zwischenzeit das von der IV-Stelle in Auftrag gegebene polydisziplinäre Gutachten des Ärztlichen Begutachtungsinstituts (ABI) vom 9. November 2009, an welchem sich die SUVA beteiligt hatte, vorlag, sprach die SUVA der Versicherten mit Verfügung vom 15. Juni 2010 rückwirkend für die Zeit vom 9. April 2003 bis 31. Oktober 2005 ein volles Taggeld zu, stellte aber die weitergehenden Versicherungsleistungen per 31. Oktober 2005 ein. Mit Einspracheentscheid vom 12. Juli 2011 hielt sie daran fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 30. August 2012 in dem Sinne teilweise gut, als es die SUVA verpflichtete, der Versicherten bis und mit 4. August 2009 die Heilbehandlungskosten zu ersetzen.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt die Versicherte sinngemäss beantragen, es sei ihr unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides auch über den 31. Oktober 2005 hinaus ein volles Taggeld - eventuell befristet bis 9. November 2009 - auszurichten. Eventuell sei die SUVA zu verpflichten, ihr ab 10. November 2009 eine Invalidenrente auszuzahlen.
Die kantonalen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen sind einerseits der Taggeldanspruch in der Zeit zwischen dem 1. November 2005 bis zum 9. November 2009, andererseits die Leistungsansprüche ab 10. November 2009.
3. 3.1 Ist der Versicherte infolge des Unfalles voll oder teilweise arbeitsunfähig, so hat er nach <ref-law> Anspruch auf ein Taggeld. Arbeitsunfähigkeit ist gemäss <ref-law> die durch eine Beeinträchtigung der körperlichen, geistigen oder psychischen Gesundheit bedingte, volle oder teilweise Unfähigkeit, im bisherigen Beruf oder Aufgabenbereich zumutbare Arbeit zu leisten. Bei langer Dauer wird auch die zumutbare Tätigkeit in einem anderen Beruf oder Aufgabenbereich berücksichtigt. Steht fest, dass die versicherte Person unter dem Blickwinkel der Schadenminderungspflicht einen Berufswechsel vorzunehmen hat, so hat der Versicherungsträger sie dazu aufzufordern und ihr zur Anpassung an die veränderten Verhältnisse sowie zur Stellensuche eine angemessene Übergangsfrist einzuräumen, während welcher das bisherige Taggeld geschuldet bleibt. Diese Übergangsfrist ist in der Regel auf drei bis fünf Monate zu bemessen (vgl. Urteil 8C_173/2008 vom 20. August 2008 E. 2.3 mit weiteren Hinweisen).
3.2 Ist von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes des Versicherten mehr zu erwarten, und allfällige Eingliederungsmassnahmen der IV abgeschlossen, so sind nach <ref-law> die Taggeld- und Heilbehandlungsleistungen einzustellen und der Fall unter Prüfung des Rentenanspruchs abzuschliessen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 113 f.).
4. 4.1 Das kantonale Gericht hat nach Würdigung der medizinischen Akten erwogen, jedenfalls ab dem Zeitpunkt der Begutachtung im ABI (4. August 2009) sei von der Fortsetzung der medizinischen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten gewesen. Diese Feststellung wird von der Beschwerdeführerin zu Recht nicht bestritten. Somit entfällt ein Anspruch auf Taggeld und Heilbehandlung auf diesen Zeitpunkt hin; ab 4. August 2009 wäre allenfalls eine Rente geschuldet (dazu nachstehend E. 4.3).
4.2 Weiter hat die Vorinstanz in umfassender Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere aber gestützt auf das Gutachten des ABI vom 9. November 2009 erwogen, dass die Beschwerdeführerin ab 1. November 2005 in einer leidensangepassten Tätigkeit voll arbeitsfähig war und die Taggeldleistungen per 31. Oktober 2005 zu Recht eingestellt wurden. Dies ist nicht zu beanstanden. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag nicht zu einem andern Ergebnis zu führen.
4.2.1 Insbesondere gilt festzustellen, dass das ABI-Gutachten die rechtsprechungsgemässen Anforderungen an eine medizinische Entscheidgrundlage (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232, 125 V 351 E. 2a S. 352) erfüllt, weshalb ihm die Vorinstanz zu Recht vollen Beweiswert zuerkannte. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerdeführerin für körperlich leichte bis intermittierend mittelschwere Tätigkeiten ohne Überkopfarbeiten und andere Zwangshaltungen der Wirbelsäule zu 100 % arbeits- und leistungsfähig ist. Die festgestellte Arbeitsfähigkeit gilt gemäss Gutachten sicher ab Untersuchungsdatum im August 2009 und mit hoher Wahrscheinlichkeit ab Oktober 2005. Entgegen der Beschwerdeführerin bezieht sich die Aussage im Gutachten, wonach sich genaue Angaben über den Verlauf der Arbeitsunfähigkeit aufgrund objektiv-medizinischer Befunde retrospektiv anhand der Akten nicht machen lassen, auf die Zeit vor Oktober 2005 und ist mithin vorliegend nicht relevant.
4.2.2 Weiter rügt die Beschwerdeführerin, es widerspreche <ref-law>, wenn aus einer vollen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit ohne weiteres auf den Wegfall des Taggeldanspruches geschlossen werde. Da sie von der SUVA nie zu einem Berufswechsel aufgefordert worden sei, sei der Grad der Arbeitsunfähigkeit weiterhin aufgrund ihrer angestammten Tätigkeit zu beurteilen. Diese Ausführungen sind zwar grundsätzlich richtig, jedoch übersieht die Beschwerdeführerin in ihrer Argumentation, dass sie im Unfallzeitpunkt arbeitslos war. Eine besondere Aufforderung der Beschwerdegegnerin, sich eine neue Stelle zu suchen, war demnach entbehrlich. Zudem besteht gemäss dem Gutachten des ABI vom 9. November 2009 seit November 2005 eine volle Arbeitsfähigkeit für eine körperlich leichte bis intermittierend mittelschwere Tätigkeit ohne Überkopfarbeiten und Zwangshaltungen. Mit diesem Anforderungsprofil waren auch die vor Arbeitslosigkeit ausgeführten Tätigkeiten als Floristin und als Geschäftsführerin eines Antiquitätengeschäfts wieder zumutbar. Somit durfte die Vorinstanz im vorliegenden Fall aus der vollen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit, welche mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt ist, ohne weiteres auf einen Wegfall des Taggeldanspruchs schliessen.
4.3 Bei einer vollen Arbeitsfähigkeit in den vor Arbeitslosigkeit ausgeführten Arbeiten ab 1. November 2005 besteht auch keine Grundlage für einen Rentenanspruch ab August - oder wie von der Versicherten verlangt - ab November 2009 (vgl. auch Urteil 8C_88/2012 vom 5. Juni 2012 E. 4.2). Auch ein solcher Anspruch kann ohne weiteres verneint werden. Die Frage der Unfallkausalität braucht mithin nicht weiter geprüft zu werden.
4.4 Besteht demnach kein Anspruch auf höhere Leistungen, als sie die Vorinstanz zugesprochen hat, so ist die Beschwerde abzuweisen.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. April 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Weber Peter