A.- Mit Schreiben vom 3. Mai 1999 stellte die Vereinigung X._ ein Gesuch um nachträgliche Aufnahme ihrer Drogenrehabilitationseinrichtungen in die Bedarfsplanung 1998-2000 des Kantons Zürich. Dieses Begehren wies das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) mit Verfügung vom 3. Oktober 2000 ab, da der gemäss <ref-law> für die Gewährung von Beiträgen vorausgesetzte Nachweis des spezifischen Bedarfs auf Grund der kantonalen Bedarfsplanung nicht erstellt sei. In der Rechtsmittelbelehrung wurde als zulässiges Rechtsmittel die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Eidgenössische Versicherungsgericht angegeben.
B.- Die Direktion für Soziales und Sicherheit des Kantons Zürich führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides seien die Drogentherapieeinrichtungen der Vereinigung X._ in die Bedarfsplanungen 1998-2000 und 2001-2003 des Kantons Zürich aufzunehmen.
Das BSV beantragt die Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Die Vereinigung X._ schliesst sich dem Antrag der Beschwerdeführerin an.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Gemäss Art. 128 OG beurteilt das Eidgenössische Versicherungsgericht letztinstanzlich Verwaltungsgerichtsbeschwerden gegen Verfügungen im Sinne von Art. 97, 98 lit. b-h und 98a OG auf dem Gebiet der Sozialversicherung. Dabei prüft es von Amtes wegen, ob die Eintretensvoraussetzungen bei einer Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegeben sind (<ref-ruling> Erw. 1 mit Hinweis).
2.- a) Nach <ref-law> kann die Invalidenversicherung Beiträge an die Errichtung, den Ausbau und die Erneuerung von Wohnheimen zur dauernden oder vorübergehenden Unterbringung von Invaliden und an die dadurch entstehenden zusätzlichen Betriebskosten gewähren. Die Beiträge werden u.a. laut <ref-law> unter der Voraussetzung gewährt, dass eine kantonale oder interkantonale Planung den spezifischen Bedarf nachweist.
b) In seiner früheren Rechtsprechung war das Eidgenössische Versicherungsgericht auf Verwaltungsgerichtsbeschwerden gegen solche Beitragsverfügungen des Bundesamtes in Anwendung von Art. 98 lit. c in fine OG in Verbindung mit <ref-law> (anwendbar auf dem Gebiet der Invalidenversicherung nach <ref-law>) unmittelbar, das heisst als erste und einzige Rechtsmittelinstanz eingetreten (<ref-ruling> Erw. 4a). Dieser Rechtsweg erwies sich insofern als atypisch, als in der Bundesverwaltungsrechtspflege im Regelfall die zweistufige beschwerdeweise Überprüfung von Verfügungen vorgesehen ist (<ref-ruling> Erw. 3c in fine). Mit Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 5. Oktober 1990 über Finanzhilfen und Abgeltungen (Subventionsgesetz [SuG; SR 616.1]) am 1. April 1991 hat sich dies, zumal wenn die angefochtene Verfügung nach diesem Zeitpunkt ergangen ist, geändert. Die Botschaft dazu (vom 15. Dezember 1986 [BBl 1987 I 382]) erwähnt ausdrücklich, dass der Gesetzgeber beabsichtigte, die Beiträge der Invalidenversicherung an Wohnheime dem Geltungsbereich der Novelle, welche das Beitragswesen des Bundes rechtlich zu systematisieren und mit einheitlichen Grundsätzen auszustatten trachtet (<ref-ruling> Erw. 4b mit Hinweisen), zu unterstellen (Anhang [BBl, a.a.O., S. 429]). Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat daraus in <ref-ruling> Erw. 4c im Hinblick auf die Baubeiträge gemäss <ref-law> geschlossen, dass die Rechtsmittelbestimmung des neuen Gesetzes (Art. 35 Abs. 1 SuG) diejenige des <ref-law> als blosse Verordnungsnorm derogiert hat. Da <ref-law> so wenig wie <ref-law> eine Grundlage für eine abweichende Spezialregelung bietet und das Subventionsgesetz nicht ungünstiger ist, weil es dem Beitragsempfänger einen um eine zusätzliche Instanz erweiterten Rechtsschutz gewährleistet, sind Verfügungen des Bundesamtes für Sozialversicherung im Bereich der Beiträge nach <ref-law> ebenfalls beim Eidgenössischen Departement des Innern erstinstanzlich anzufechten (SVR 1997 IV Nr. 107 S. 331). Gestützt auf diese Rechtsprechung wurde <ref-law> (in Kraft seit 1. Januar 1998) erlassen, wonach gegen Verfügungen über Beiträge nach den Art. 73 und 74 IVG Beschwerde beim Eidgenössischen Departement des Innern erhoben werden kann (vgl. dazu auch AHI-Praxis 1998 S. 15). <ref-law> und die seither mehrmals bestätigte Rechtsprechung (nicht veröffentlichte Urteile in Sachen Stiftung X. vom 21. Februar 1997 [I 105/96] und in Sachen Fondation X. vom 7. Mai 1997 [I 34/96, vgl. auch <ref-ruling>]; vgl. auch den Sachverhalt von <ref-ruling>) gelten selbstredend auch für Streitigkeiten im Zusammenhang mit der für die Beiträge erforderlichen Anspruchsvoraussetzung der Bedarfsplanung gemäss <ref-law>. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher nicht einzutreten. Der vorliegende Streit fällt damit in die Zuständigkeit des Eidgenössischen Departements des Innern und ist an dieses zur Behandlung zu überweisen.
3.- a) Gemäss dem Grundsatz, dass aus unrichtiger Rechtsmittelbelehrung den Parteien keine Nachteile erwachsen dürfen (Art. 107 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 132 OG), sind im vorliegenden Fall, obwohl das Verfahren nicht die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen betrifft (<ref-ruling> Erw. 3, 98 V 131 Erw. 1) und daher grundsätzlich kostenpflichtig ist (Art. 134 OG e contrario), keine Gerichtskosten zu erheben.
b) Der anwaltlich vertretenen Mitinteressierten Vereinigung X._ steht eine Parteientschädigung zu (<ref-ruling> Erw. 5; SVR 1995 AHV Nr. 70 S. 214 Erw. 6b; Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl., S. 184), welche angesichts der unzutreffenden Rechtsmittelbelehrung in Anwendung von Art. 159 Abs. 5 OG (in Verbindung mit Art. 156 Abs. 6 OG) zulasten des Bundesamtes für Sozialversicherung geht.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird nicht ein-
getreten.
II. Die Akten werden im Sinne der Erwägungen dem Eidgenös-
sischen Departement des Innern überwiesen.
III. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
IV. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 9000.- wird der
Direktion für Soziales und Sicherheit des Kantons
Zürich zurückerstattet.
V. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat der Mitin-
teressierten Vereinigung X._ eine Parteient-
schädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwert-
steuer) zu bezahlen.
VI. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Eidgenössischen
Departement des Innern und der Vereinigung X._
zugestellt.
Luzern, 27. Februar 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: