Sachverhalt:
A. A._ war am 13. Mai 2008 als Maurer auf einer Baustelle eines Neubaus in Dübendorf (ZH) tätig. Er stürzte von einem Baugerüst ca. sieben Meter in die Tiefe und zog sich dabei verschiedene Verletzungen zu. Y._ und X._ waren beim Architekturbüro angestellt, das mit dem Neubau betraut war.
B. Das Bezirksgericht Uster, Einzelgericht in Strafsachen, sprach Y._ und X._ am 29. Juni 2011 vom Vorwurf der fahrlässigen einfachen Körperverletzung frei.
Das Obergericht des Kantons Zürich trat am 11. Juli 2012 im Berufungsverfahren auf die Anklage nicht ein und stellte das Strafverfahren gegen Y._ und X._ ein.
C. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt im Wesentlichen, der Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich sei aufzuheben. Die Sache sei zum Entscheid, ob auf die Berufung einzutreten sei, und zur allfälligen Durchführung der Berufungsverhandlung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Die Staatsanwaltschaft See/Oberland hat die aus ihrer Sicht für den Bauunfall vom 13. Mai 2008 verantwortlichen Y._ und X._ (Beschwerdegegner) mit insgesamt vier Anklageschriften vom 15. September 2009, 24. März 2010, 20. September 2010 und 8. März 2011 beim zuständigen Einzelrichter in Strafsachen der fahrlässigen Körperverletzung angeklagt.
Der erstinstanzliche Einzelrichter trat am 18. Januar 2010 auf die Anklage vom 15. September 2009 nicht ein. Eine ergänzte Anklage vom 24. März 2010 liess er am 1. Juni 2010 einstweilen nicht zu. Daraufhin reichte die Untersuchungsbehörde am 20. September 2010 bei der ersten Instanz eine gleichlautende Anklageschrift ein. Dies führte am 17. Dezember 2010 zu einer weiteren einstweiligen Nichtzulassung. Am 8. März 2011 übermittelte die Untersuchungsbehörde dem zuständigen Einzelrichter abermals eine gleichlautende Anklage. Dessen Freispruch vom Vorwurf der fahrlässigen Körperverletzung datiert vom 29. Juni 2011. Die Vorinstanz stellte im Berufungsverfahren am 11. Juli 2012 das Strafverfahren gegen die Beschwerdegegner ein.
1.1 Die Vorinstanz verweist einleitend auf die Erwägungen des Einzelrichters in Strafsachen vom 18. Januar 2010 (vorinstanzliche Akten act. 22). Danach umschreibe die erste Anklageschrift zu wenig genau, woraus sich eine Garantenstellung der Beschwerdegegner ergeben könnte. Ungenügend sei die Anklage auch betreffend die zur Last gelegte Sorgfaltspflichtverletzung. Zudem sei der tatbestandsrelevante Sachverhalt, insbesondere die Garantenstellung, in der Untersuchung zu wenig abgeklärt worden. Eine Rückweisung einer mangelhaften Anklage zur Verbesserung sei gemäss § 182 Abs. 3 des Gesetzes des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 betreffend den Strafprozess (StPO/ZH; LS 321; aufgehoben per 1. Januar 2011) nur möglich, wenn das Gericht aufgrund der bereits erhobenen Beweise zur Überzeugung gelangte, dass der Tatbestand erfüllt sei. Eine Beweisergänzung im Sinne von § 183 Abs. 2 aStPO/ZH sei lediglich im Rahmen einer im betreffenden Punkt mängelfreien Anklage statthaft. Die Verbindung einer Rückweisung zur Anklagekorrektur mit einer solchen zur Beweisergänzung sei bezüglich des gleichen Mangels unzulässig. Die Anklageschrift genüge dem Akkusationsprinzip nicht, und der Mangel könne nicht behoben werden. Da es an einer Prozessvoraussetzung fehle, sei das Verfahren durch einen Nichteintretensentscheid zu erledigen.
Die Verfügung vom 18. Januar 2010 sei, so die Vorinstanz, rechtskräftig. Damit stelle sich unter Berücksichtigung des Grundsatzes "ne bis in idem" die Frage, ob auf die jüngste Anklage vom 8. März 2011 eingetreten werden könne. Die Nichteintretensverfügung vom 18. Januar 2010 sei nicht mit einer Rückweisung verbunden gewesen, die Anklage zu verbessern und die Untersuchung zu ergänzen. Die Mängel der Anklageschrift seien nicht behebbar gewesen. Ein Vorgehen im Sinne von § 182 Abs. 3 aStPO/ZH sei nur zulässig, wenn der Richter aufgrund der bereits vorliegenden Beweise zur Überzeugung gelange, eine korrekt formulierte Anklage führe zum Schuldspruch. Die Verfügung vom 18. Januar 2010 stelle einen verfahrenserledigenden definitiven Nichteintretensentscheid dar (§ 167 Ziff. 3 aStPO/ZH analog). Dieser habe den Charakter eines Sachentscheids. Auf eine Anklage, die den Beschuldigten den gleichen Lebenssachverhalt vorwerfe, dürfe nicht eingetreten werden. Damit wäre auf die zweite und dritte Anklage nicht einzutreten gewesen. Dasselbe gelte (in Anwendung von <ref-law> in Verbindung mit Art. 320 Abs. 1 und 4 StPO sowie Art. 437 Abs. 1 und 2 StPO) in Bezug auf die vierte Anklage vom 8. März 2011. Die erste Instanz hätte das Verfahren wegen eines unüberwindbaren Verfahrenshindernisses einstellen müssen. Dies sei im Berufungsverfahren nachzuholen (Entscheid S. 7 ff.).
1.2 Seit dem 1. Januar 2011 ist die Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) in Kraft. Ist ein Entscheid vor Inkrafttreten der StPO gefällt worden, werden dagegen erhobene Rechtsmittel nach bisherigem Recht und von den bisher zuständigen Behörden beurteilt (<ref-law>). Für Rechtsmittel gegen erstinstanzliche Entscheide, die nach dem 31. Dezember 2010 gefällt werden, gilt neues Recht (<ref-law>). Ausschlaggebend für die Anwendbarkeit des alten oder neuen Prozessrechts ist mithin das erstinstanzliche Entscheiddatum (<ref-ruling> E. 1.1 S. 221 mit Hinweisen). Das erstinstanzliche Urteil datiert vom 29. Juni 2011. Die Vorinstanz wendet, indem sie gestützt auf <ref-law> auf die Anklage vom 8. März 2011 nicht eintritt, zutreffend das neue Strafprozessrecht an. Eine vor dem 1. Januar 2011 verfügte Einstellung eines Strafverfahrens kann unabhängig von den Bedingungen nach bisherigem Verfahrensrecht unter der Voraussetzung von <ref-law> wieder aufgenommen werden. <ref-law> gilt auch für Einstellungsverfügungen, die vor Inkrafttreten der StPO rechtskräftig wurden (NIKLAUS SCHMID, Übergangsrecht der Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, N. 210). Neues Prozessrecht ist damit auch betreffend den richterlichen Nichteintretensentscheid vom 18. Januar 2010 massgebend.
1.2 Seit dem 1. Januar 2011 ist die Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) in Kraft. Ist ein Entscheid vor Inkrafttreten der StPO gefällt worden, werden dagegen erhobene Rechtsmittel nach bisherigem Recht und von den bisher zuständigen Behörden beurteilt (<ref-law>). Für Rechtsmittel gegen erstinstanzliche Entscheide, die nach dem 31. Dezember 2010 gefällt werden, gilt neues Recht (<ref-law>). Ausschlaggebend für die Anwendbarkeit des alten oder neuen Prozessrechts ist mithin das erstinstanzliche Entscheiddatum (<ref-ruling> E. 1.1 S. 221 mit Hinweisen). Das erstinstanzliche Urteil datiert vom 29. Juni 2011. Die Vorinstanz wendet, indem sie gestützt auf <ref-law> auf die Anklage vom 8. März 2011 nicht eintritt, zutreffend das neue Strafprozessrecht an. Eine vor dem 1. Januar 2011 verfügte Einstellung eines Strafverfahrens kann unabhängig von den Bedingungen nach bisherigem Verfahrensrecht unter der Voraussetzung von <ref-law> wieder aufgenommen werden. <ref-law> gilt auch für Einstellungsverfügungen, die vor Inkrafttreten der StPO rechtskräftig wurden (NIKLAUS SCHMID, Übergangsrecht der Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, N. 210). Neues Prozessrecht ist damit auch betreffend den richterlichen Nichteintretensentscheid vom 18. Januar 2010 massgebend.
1.3 1.3.1 Die Beschwerdeführerin rügt einen Verstoss gegen Art. 403 Abs. 1 und <ref-law>. Die Verletzung des Grundsatzes "ne bis in idem" sei eine negative Prozessvoraussetzung. Die Vorinstanz sei auf die Berufung "offenbar sinngemäss" eingetreten. Deshalb könne nicht in Anwendung von <ref-law> auf die Anklage nicht eingetreten werden, da die erste Instanz diesen Entscheid hätte fällen müssen. Korrekterweise hätte die Vorinstanz auf die Berufung nicht eintreten und die Sache zur Neubeurteilung an die erste Instanz zurückweisen müssen. Werde auf die Berufung eingetreten, so sei die Berufungsverhandlung durchzuführen (Beschwerde S. 3 ff.).
1.3.2 Das Berufungsgericht entscheidet nach <ref-law> auf Antrag einer Partei oder auf Veranlassung der Verfahrensleitung, ob auf die Berufung einzutreten ist. Das Gesetz sieht drei Gründe vor, welche zu einem Nichteintretensentscheid führen. Zwei Gründe stehen im Zusammenhang mit dem Berufungsverfahren (lit. a und b) und ein Grund betrifft die Prozessvoraussetzungen respektive Prozesshindernisse (lit. c). Der Grundsatz "ne bis in idem" stellt eine negative Prozessvoraussetzung (Prozesshindernis) dar (<ref-ruling> E. 4b S. 146 f. mit Hinweisen; HAUSER/SCHWERI/HARTMANN, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl. 2005, § 41 Rz. 8; NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3. Aufl. 2012, N. 617 ff. und N. 1399; DONATSCH/SCHMID, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, 1997, N. 9 zu <ref-law>/ZH).
Der Nichteintretensentscheid des Berufungsgerichts bringt das Verfahren ohne Sachprüfung zum Abschluss (LUZIUS EUGSTER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 8 zu <ref-law>). Tritt das Berufungsgericht auf das Rechtsmittel ein, fällt es nach durchgeführtem mündlichen oder schriftlichen Berufungsverfahren ein neues Urteil (<ref-law>). Es kann auch das angefochtene Urteil aufheben und die Sache an das erstinstanzliche Gericht zur Durchführung einer neuen Hauptverhandlung und zur Fällung eines neuen Urteils zurückweisen (<ref-law>).
1.3.3 Bereits aus den zitierten Gesetzesbestimmungen geht hervor, dass einem kassatorischen Beschluss (<ref-law>) ein Eintreten auf das Rechtsmittel vorausgeht. Dies verkennt die Beschwerdeführerin, indem sie ausführt, die Vorinstanz hätte auf die Berufung nicht eintreten und "die Sache zur richtigen Entscheidung im Sinne der Erwägungen an das Bezirksgericht zurückweisen müssen".
Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, die Vorinstanz hätte unter Berücksichtigung des Grundsatzes "ne bis in idem" nicht reformatorisch entscheiden dürfen (<ref-law>), sondern die Sache an die erste Instanz zurückweisen müssen, worauf diese einen Nichteintretensentscheid gefällt hätte (vgl. <ref-law>). Der erstinstanzliche Entscheid wäre hierauf durch die Vorinstanz im Rechtsmittelverfahren zu überprüfen gewesen. Diese Argumentation geht an der Sache vorbei. Die Vorinstanz ist auf die Berufung der Beschwerdeführerin nicht eingetreten (siehe nachfolgend). Selbst wenn die Vorinstanz auf das Rechtsmittel der Beschwerdeführerin eingetreten wäre, so ist die kassatorische Wirkung einer Berufung nur in Ausnahmefällen zu bejahen, das heisst bei wesentlichen Mängeln des erstinstanzlichen Verfahrens wie beispielsweise bei Verweigerung von Teilnahmerechten oder nicht gehöriger Verteidigung. Die Fehler des erstinstanzlichen Verfahrens und Urteils müssen derart gravierend sein, dass die Rückweisung zur Wahrung der Parteirechte unumgänglich erscheint (Urteil 6B_362/2012 vom 29. Oktober 2012 E. 8.4.2; Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1318 Ziff. 2.9.3.3). Es wird von der Beschwerdeführerin nicht dargetan und ist nicht ersichtlich, inwiefern hier ein kassatorischer Entscheid der Vorinstanz zur Wahrung der Parteirechte unumgänglich gewesen wäre. Vielmehr hätte er einen formalistischen Leerlauf bedeutet.
Bei einem definitiven Verfahrenshindernis ist die Einstellung des Verfahrens durch die Rechtsmittelinstanz möglich (vgl. <ref-law> sowie <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; NIKLAUS SCHMID, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2009 [zit. Handbuch], N. 1278; DERSELBE, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009 [zit. Praxiskommentar], N. 9 zu <ref-law>; HAUSER/SCHWERI/HARTMANN, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl. 2005, § 41 Rz. 15). Die Vorinstanz gab den Parteien am 24. Mai 2012 gemäss Art. 403 Abs. 1 und 2 StPO Gelegenheit, sich zur Frage einer Verfahrenseinstellung zu äussern (vorinstanzliche Akten act. 91). Sie trat in der Folge ohne Weiterungen in Anwendung von <ref-law> auf die Anklage vom 8. März 2011 nicht ein und stellte das Strafverfahren gegen die Beschwerdegegner ein. Damit ist sie entgegen dem Dafürhalten der Beschwerdeführerin nicht auf die Berufung eingetreten. Ihr Vorgehen ist nicht zu beanstanden, und die Rüge der Verletzung von Bundesrecht (Art. 403 Abs. 1 und <ref-law>) ist unbegründet.
Bei einem definitiven Verfahrenshindernis ist die Einstellung des Verfahrens durch die Rechtsmittelinstanz möglich (vgl. <ref-law> sowie <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; NIKLAUS SCHMID, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2009 [zit. Handbuch], N. 1278; DERSELBE, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009 [zit. Praxiskommentar], N. 9 zu <ref-law>; HAUSER/SCHWERI/HARTMANN, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl. 2005, § 41 Rz. 15). Die Vorinstanz gab den Parteien am 24. Mai 2012 gemäss Art. 403 Abs. 1 und 2 StPO Gelegenheit, sich zur Frage einer Verfahrenseinstellung zu äussern (vorinstanzliche Akten act. 91). Sie trat in der Folge ohne Weiterungen in Anwendung von <ref-law> auf die Anklage vom 8. März 2011 nicht ein und stellte das Strafverfahren gegen die Beschwerdegegner ein. Damit ist sie entgegen dem Dafürhalten der Beschwerdeführerin nicht auf die Berufung eingetreten. Ihr Vorgehen ist nicht zu beanstanden, und die Rüge der Verletzung von Bundesrecht (Art. 403 Abs. 1 und <ref-law>) ist unbegründet.
1.4 1.4.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, der Nichteintretensentscheid vom 18. Januar 2010 stelle kein Prozesshindernis dar. Die Vorinstanz verletze Art. 403 Abs. 1 lit. c und Art. 329 Abs. 1 lit. c StPO und gehe von einem unzutreffenden Verständnis des Grundsatzes "ne bis in idem" aus. Die Beschwerdeführerin verweist auf <ref-law>, Art. 4 des Protokolls Nr. 7 vom 22. November 1984 zur Konvention zum Schutz der Menschenrechte und Grundfreiheiten (SR 0.101.07), Art. 14 Abs. 7 des Internationalen Pakts vom 16. Dezember 1966 über bürgerliche und politische Rechte (UNO-Pakt II; SR 0.103.2) und <ref-law>. Zur Begründung führt sie an, der Nichteintretensentscheid sei ohne jede materielle Rechtsprüfung erfolgt. Die Anklage sei zur Korrektur und zur Ergänzung der Untersuchung zurückgewiesen worden. Inhaltlich sei eine einstweilige Nichtzulassung erfolgt. Die Untersuchungsbehörde habe sich darauf beschränkt, die mangelhafte Anklageschrift zu verbessern und erneut einzureichen. Inwiefern diesem Vorgehen der Grundsatz "ne bis in idem" entgegenstehen soll, sei nicht nachvollziehbar. Der Nichteintretensentscheid sei erfolgt, da eine Rückweisung einer Anklage zur Abänderung oder Ergänzung im Sinne von § 182 Abs. 3 aStPO/ZH nicht mit einer Rückweisung zur Beweisergänzung im Sinne von § 183 Abs. 2 aStPO/ZH verbunden werden könne. Dabei handle es sich nicht um einen unabänderlichen prozessualen Grund (Beschwerde S. 5 ff.).
1.4.2 Der Grundsatz "ne bis in idem" wird garantiert durch Art. 4 des Protokolls Nr. 7 zur EMRK vom 22. November 1984 (SR 0.101.07). Danach darf niemand wegen einer Straftat, wegen der er bereits nach dem Gesetz und dem Strafverfahrensrecht eines Staates rechtskräftig verurteilt oder freigesprochen worden ist, in einem Strafverfahren desselben Staates erneut verfolgt oder bestraft werden. Der Grundsatz ist zudem in Art. 14 Abs. 7 UNO-Pakt II (SR 0.103.2) festgehalten. Er lässt sich auch aus der Bundesverfassung ableiten (<ref-ruling> E. 5.2 S. 367; <ref-ruling> E. 1b S. 404; je mit Hinweisen). Schliesslich darf nach <ref-law> wegen der gleichen Straftat nicht erneut verfolgt werden, wer in der Schweiz rechtskräftig verurteilt oder freigesprochen worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 364 f. mit Hinweisen; siehe auch <ref-law>). Die Anwendung des Prinzips "ne bis in idem" setzt unter anderem voraus, dass dem Richter im ersten Verfahren die Möglichkeit zugestanden haben muss, den Sachverhalt unter allen tatbestandsmässigen Punkten zu würdigen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 10 mit Hinweis).
Eine rechtskräftige Einstellungsverfügung kommt einem freisprechenden Endentscheid gleich (<ref-law>). Sie erwächst in materielle Rechtskraft. Der Grundsatz "ne bis in idem" stünde deshalb einer erneuten strafrechtlichen Verfolgung wegen der gleichen Straftat grundsätzlich entgegen. Die Rechtskraft der Einstellung ist jedoch beschränkt, da diese entgegen einem richterlichen Urteil regelmässig nicht auf einer umfassenden Prüfung der Sach- und Rechtslage beruht (GRÄDEL/HEINIGER, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 14 zu <ref-law>; OBERHOLZER, a.a.O., N. 1409; SCHMID, Handbuch, a.a.O., N. 1263; DONATSCH/SCHMID, a.a.O., N. 1 ff. zu <ref-law>/ZH). Nach <ref-law> sind die Wiederaufnahme eines eingestellten oder nicht anhand genommenen Verfahrens (Art. 310 und Art. 319 ff. StPO) und die Revision (<ref-law>) vorbehalten. Dies steht u.a. mit <ref-law> im Einklang (Botschaft, a.a.O., 1133 Ziff. 2.1.2). Art. 4 Abs. 2 des Protokolls Nr. 7 zur EMRK sieht die Wiederaufnahme des Verfahrens unter anderem vor, wenn neue oder neu bekannt gewordene Tatsachen vorliegen. Nach <ref-ruling> E. 2b S. 13 kann ein eingestelltes Verfahren wieder aufgenommen werden, sofern die Behörden neue Tatsachen oder Beweismittel entdeckt haben.
Die Schweizerische Strafprozessordnung regelt die Wiederaufnahme eines durch Einstellungsverfügung rechtskräftig beendeten Verfahrens in <ref-law>. Danach ist die Wiederaufnahme möglich, wenn neue Beweismittel oder Tatsachen bekannt werden, die für eine strafrechtliche Verantwortlichkeit der beschuldigten Person sprechen (Abs. 1 lit. a) und sich nicht aus den früheren Akten ergeben (Abs. 1 lit. b). Die Beweislage muss sich geändert haben (SCHMID, Handbuch, a.a.O., N. 1264). Möglich ist auch, dass Umstände wie die Geringfügigkeit (<ref-law>), die Wiedergutmachung (<ref-law>) oder die Betroffenheit des Täters durch seine Tat (<ref-law>) zur Einstellung geführt haben und diesbezüglich neue Tatsachen eine Wiederaufnahme notwendig machen (NATHAN LANDSHUT, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, N. 14 und 20 zu <ref-law>). <ref-law>, der die gerichtliche Prüfung der Anklage zum Gegenstand hat, verweist im Zusammenhang mit der Einstellung des Verfahrens in Abs. 4 auf <ref-law>. Die Wiederaufnahme im Sinne von <ref-law> ist grundsätzlich auch bei gerichtlichen Einstellungen im Sinne von <ref-law> möglich (vgl. SCHMID, Praxiskommentar, a.a.O., N. 19 zu <ref-law>; BRIGITTE TAG, Allgemeine Verfahrensregeln, in: Schweizerische Strafprozessordnung, Ausgewählte Aspekte aus Zürcher Sicht, 2010, S. 34).
1.4.3 Der erstinstanzliche Einzelrichter trat am 18. Januar 2010 auf die Anklage der Staatsanwaltschaft See/Oberland vom 15. September 2009 nicht ein. Er erwog im Wesentlichen, dass eine Anklagekorrektur im Sinne von § 182 Abs. 3 aStPO/ZH wie auch eine Beweisergänzung gemäss § 183 Abs. 2 aStPO/ZH erforderlich seien. Jedoch sei die Verbindung einer gerichtlichen Aufforderung im Sinne der erstgenannten Bestimmung mit der Rückweisung zur Beweisergänzung im gleichen Punkt unter Hinweis auf die kantonalzürcherische Rechtsprechung nicht möglich (Beschluss des Kassationsgerichts des Kantons Zürich vom 24. Februar 2003, in: ZR 102/2003 Nr. 54; vgl. etwa auch Entscheide des Obergerichts des Kantons Zürich vom 22. August 2012, Prozess-Nr. SB120214; 30. Oktober 2009, Prozess-Nr. SB090312; 21. September 2009, in: ZR 109/2010 Nr. 23; DONATSCH/SCHMID, a.a.O., N. 13 und 16 zu <ref-law>/ZH). Der Mangel sei nicht behebbar. Der Entscheid des erstinstanzlichen Einzelrichters vom 18. Januar 2010 blieb unangefochten und erwuchs in Rechtskraft. Die Vorinstanz qualifiziert ihn zutreffend als definitives Nichteintreten respektive definitive Nichtzulassung (§ 167 Ziff. 3 aStPO/ZH analog). Es handelt sich nach den korrekten Erwägungen der Vorinstanz nicht um eine einstweilige Nichtzulassung, und die Anklage wurde nicht zur Ergänzung zurückgewiesen (Beschwerde S. 7). Dies geht aus den Erwägungen wie auch aus dem Entscheiddispositiv unzweifelhaft hervor. Dafür spricht auch der Hinweis auf das kantonale Rechtsmittel. Nur die definitive Nichtzulassung der Anklage war mit Rekurs anfechtbar, nicht aber die einstweilige Nichtzulassung im Sinne von § 167 Ziff. 2 aStPO/ZH (NIKLAUS SCHMID, Strafprozessrecht, 4. Aufl. 2005, Rz. 999 und Fn. 121). Die definitive Nichtzulassung bewirkte den Abschluss des gegen die Beschwerdegegner geführten Verfahrens, ohne dass eine zusätzliche Einstellung des Verfahrens durch die Untersuchungsbehörde nötig war (DONATSCH/SCHMID, a.a.O., N. 13 zu <ref-law>/ZH).
Die altrechtliche definitive Nichtzulassung, welcher beschränkte materielle Rechtskraft zukommt, führt nach <ref-law> grundsätzlich zum Verbot der doppelten Strafverfolgung ("ne bis in indem"). Es stellt sich die Frage, ob die Voraussetzungen für eine Wiederaufnahme im Sinne von <ref-law> zu bejahen gewesen wären. Die Anklageschrift vom 8. März 2011 entspricht den früheren Anklageschriften vom 20. September 2010 und 24. März 2010. Sie erfuhr gegenüber der ersten Anklage vom 15. September 2009 leichte Ergänzungen. Die Staatsanwaltschaft See/Oberland führte darin zusätzlich im Wesentlichen aus, seit wann die Beschwerdegegner im besagten Architekturbüro angestellt waren und was zu ihrem gemeinsamen Verantwortlichkeitsbereich als Projekt- und Bauleiter gehörte. Zudem hielt die Staatsanwaltschaft neu fest, die Beschwerdegegner hätten darauf vertraut, dass nur Zimmerleute über die fragliche ungesicherte Stelle zwischen Aussen- und Innengerüst gingen und der Urheber der Manipulationen das Gerüst wieder in Ordnung brächte. Diese Anklageergänzung erfolgte in teilweiser Berücksichtigung der richterlichen Erwägungen vom 18. Januar 2010. Sie zeigt auf, dass sich die Beweislage in Bezug auf die rund ein Jahr zurückliegende Verfahrenseinstellung unverändert präsentierte. Neue Beweismittel oder Tatsachen im Sinne von <ref-law> werden in der ergänzten Anklage nicht genannt. Die Voraussetzungen einer Wiederaufnahme im Sinne der genannten Bestimmung waren nicht gegeben. Es ist deshalb nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz auf die in gleicher Sache erfolgte Anklage vom 8. März 2011 nicht eintritt, nachdem die Untersuchung zu Beginn des Jahres 2010 durch die formell und materiell rechtskräftige definitive Nichtzulassung der Anklage zum Abschluss gekommen war. Damit kann dahingestellt bleiben, ob die Untersuchungsbehörde die Wiederaufnahme überhaupt formell verfügte. Die Vorinstanz berücksichtigt zutreffend das Verbot der doppelten Strafverfolgung ("ne bis in idem"), und eine Bundesrechtsverletzung liegt nicht vor.
2. Die Beschwerde ist abzuweisen. Es sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Den Beschwerdegegnern ist keine Entschädigung zuzusprechen, da ihnen im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Faga