Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach <ref-law> werden die Eingliederungsmassnahmen in der Schweiz, ausnahmsweise auch im Ausland, gewährt. Die Invalidenversicherung übernimmt die Kosten einer einfachen und zweckmässigen Durchführung einer Eingliederungsmassnahme im Ausland dann, wenn sich die Durchführung in der Schweiz nicht als möglich erweist, insbesondere weil die erforderlichen Institutionen oder Fachpersonen fehlen, oder wenn eine medizinische Massnahme notfallmässig im Ausland durchgeführt werden muss (<ref-law>). Die von einem in der Schweiz wohnhaften Versicherten beanspruchte Massnahme kann nur dann im Ausland gewährt werden, wenn sie objektiv wegen ihrer Besonderheit und Seltenheit in der Schweiz nicht oder noch nicht vollzogen werden kann (ZAK 1984 S. 86). Wird eine Massnahme aus andern beachtlichen Gründen im Ausland durchgeführt, vergütet die Versicherung die Kosten bis zu dem Umfang, in welchem solche Leistungen in der Schweiz zu erbringen gewesen wären (<ref-law>).
Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat in <ref-ruling> entschieden, dass die Voraussetzungen des Abs. 2 von <ref-law> offensichtlich weniger weit gehen als diejenigen von Abs. 1. Obgleich diese Norm somit nicht eng auszulegen ist, können beachtliche Gründe indes lediglich solche von erheblichem Gewicht sein, weil sonst nicht nur Abs. 1 von <ref-law> bedeutungslos, sondern auch <ref-law> unterlaufen würde, wonach Eingliederungsmassnahmen (nur) "ausnahmsweise" im Ausland gewährt werden (AHI 1997 S. 119 Erw. 5c mit Hinweisen). So führt beispielsweise bei Vornahme einer komplizierten Operation der Umstand, dass eine spezialisierte Klinik im Ausland über mehr Erfahrung auf dem betreffenden Gebiet verfügt, für sich allein noch nicht zu einer Anwendung von <ref-law> (AHI 1997 S. 298 Erw. 2b). Zu bejahen ist diese Anspruchsgrundlage hingegen, wenn eine besonders seltene Krankheit vorliegt, mit welcher ein in der Schweiz tätiger Spezialist noch kaum konfrontiert wurde und deren Behandlung eine genaue Diagnose erfordert (nicht veröffentlichte Urteile A. vom 21. Juli 2000, I 740/99, und S. vom 20. September 1999, I 106/99).
2.- Streitig ist, ob die Invalidenversicherung die im Epilepsie-Zentrum X._ vorgesehenen medizinischen Massnahmen vollumfänglich nach <ref-law> oder nur im beschränkten Rahmen von Abs. 2 derselben Bestimmung übernehmen muss. Während die Vorinstanz Leistungen nach Abs. 1 der erwähnten Vorschrift zugesprochen hat, stellt sich das BSV auf den Standpunkt, dass lediglich beachtliche Gründe im Sinne von Abs. 2 vorlägen.
a) Der Versicherte leidet gemäss Bericht der Epilepsie-Klinik C._ vom 1. Juli 1998 an einer durch eine temporale mesiale Sklerose verursachte, bei Kleinkindern äusserst seltenen Epilepsie (Ziffer 387 GgV). Weltweit seien bisher erst ein oder zwei Kinder in ähnlichem Alter an dieser Form von Epilepsie erkrankt und operiert worden. Die präoperative Diagnostik und die nachfolgende Operation verlangten bestimmte Kenntnisse, welche nicht automatisch durch Operationen bei Erwachsenen erworben werden könnten. Deshalb solle das Kind an das Epilepsie-Zentrum X._ überwiesen werden.
b) In den erwähnten nicht veröffentlichten Urteilen A. und S. (Erw. 1 in fine) hatte sich das Eidgenössische Versicherungsgericht ebenfalls mit Kleinkindern zu befassen, die an ungewöhnlich komplexen Epilepsien litten und im selben Zentrum X._ behandelt wurden. Auch damals beriefen sich BSV und IV-Stelle auf das Schreiben von Prof. W._ vom Spital Y._ vom 3. Juli 1998. Das Gericht stellte fest, dass dieses Dokument sich einzig auf <ref-law> beziehe und die Frage beantworte, ob die solchen Fällen vorgesehenen Operationen überhaupt nur im Ausland durchführbar seien. Dies ist in der Tat zu verneinen. Auf Grund der Akten (Schreiben Prof. W._ vom 3. Juli 1998 und vom 19. August 1998; Bericht Prof. B._, Kinderspital Z._, vom 8. September 1998; Zusammenfassung in dem vom BSV eingereichten Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau) geht hervor, dass es in der Schweiz Zentren gibt, die qualitativ und quantitativ in der Lage sind, prächirurgische Abklärungen und pädiatrisch-epilepsiechirurgische Eingriffe durchzuführen. Daher sind die Voraussetzungen für eine Leistungszusprechung nach Abs. 1 von <ref-law> nicht erfüllt.
c) Was die Eltern des Versicherten hiegegen einwenden, vermag zu keinem andern Ergebnis zu führen. Selbst wenn es zutreffen sollte, dass epilepsiespezifische Massnahmen eher in der französischen Schweiz durchgeführt werden, bleibt es dabei, dass entsprechende Möglichkeiten in der Schweiz bestehen. Die Zumutbarkeit der Durchführung solcher Massnahmen in der Schweiz ist im Rahmen des Abs. 1 von <ref-law> nicht beachtlich. Auch das Alter des Versicherten ändert nichts daran, dass es grundsätzlich möglich ist, die streitigen Vorkehren an schweizerischen Kliniken durchzuführen.
d) Zu prüfen bleibt, ob beachtliche Gründe für die Durchführung der medizinischen Massnahmen im Ausland nach Abs. 2 von <ref-law> vorliegen.
aa) In den erwähnten Urteilen S. und A. hat das Eidgenössische Versicherungsgericht festgehalten, das Schreiben von Prof. W._ vom 3. Juli 1998 sage nichts über die konkret zu beurteilenden Einzelfälle aus. Beide Male hatten weder Verwaltung noch BSV zu belegen vermocht, dass eine Schweizer Klinik über ausreichende Erfahrung mit komplexen Fällen bei Kleinkindern verfügt. Eine entsprechende Abteilung am Spital Y._ war erst im Aufbau begriffen. Im Epilepsie-Zentrum X._ werden dagegen häufig Operationen an Kleinkindern durchgeführt, weshalb dieses Zentrum weit mehr Erfahrung hat. Damit kam das Gericht in beiden Urteilen zum Schluss, dass besonders seltene Formen von Epilespie bei Kleinkindern vorlägen, mit welcher die in der Schweiz tätigen Spezialisten noch kaum konfrontiert worden seien, und bejahte ausreichende Gründe im Sinne von Abs. 2 von <ref-law>.
bb) Der vorliegende Sachverhalt unterscheidet sich nicht wesentlich von demjenigen in den Fällen S. und A. Auch hier geht es um eine besonders komplexe Form von Epilepsie bei einem Kleinkind. Die in den Berichten von Prof. B._ vom 6. Mai und 8. September 1998 genannten Patientenzahlen bestätigen, dass die Schweizer Kliniken erst wenig Erfahrungen mit Kindern im Vorschulalter haben. Dies gilt namentlich auch für die von der IV-Stelle vorgeschlagenen Kliniken in Zürich und Lausanne. Im Fall A. hatte Prof. B._ das Schreiben von Prof. W._ vom 3. Juli 1998 zudem als persönliche Meinung des Verfassers relativiert, die nicht der Ansicht der Kommission Prächirurgische Epilepsieabklärung und Epilepsiechirurgie der Schweizerischen Neurologischen Gesellschaft entspreche. Gemäss den Aussagen der Klinik C._ im Bericht vom 1. Juli 1998 (Erw. 2a hievor) handelt es sich auch vorliegend um einen Fall, mit dessen Komplexität Schweizer Spezialisten noch kaum konfrontiert worden sind. Damit liegen beachtliche Gründe im Sinne von <ref-law> für die Durchführung der medizinischen Massnahmen im Ausland vor.
3.- a) Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG e contrario). Eine allfällige Parteientschädigung ist auf Grund der materiellen Anträge der obsiegenden Partei, vorliegend des BSV, und des Verfahrensausgangs festzusetzen; dabei bleiben die Anträge der Gegenpartei unberücksichtigt (<ref-ruling>). Im Lichte dieser Praxis ist dem Beschwerdegegner keine Parteientschädigung für den vorliegenden Prozess zuzusprechen.
b) Für das vorinstanzliche Verfahren hat das kantonale Gericht dem heutigen Beschwerdegegner und damaligen Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zugesprochen (Dispositiv-Ziffer 3 des angefochtenen Entscheides). Angesichts des letztinstanzlichen Prozessausgangs ist diese Parteikostenzusprechung abzuändern. Dabei ist zu beachten, dass es unter dem Gesichtspunkt des (bundesrechtlichen) Anspruchs auf eine Parteientschädigung im Streit um eine Sozialversicherungsleistung praxisgemäss bereits als Obsiegen gilt, wenn der Versicherte seine Rechtsstellung im Vergleich zu derjenigen nach Abschluss des Administrativverfahrens verbessert (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> Erw. 3a mit Hinweisen; ZAK 1987 S. 268 Erw. 5 mit Hinweisen). Daher wird die Vorinstanz die im kantonalen Verfahren zugesprochene Parteientschädigung entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Verfahrens neu festsetzen.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wer-
den der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des
Kantons Zürich vom 30. März 2000 und die Verfügung der
IV-Stelle des Kantons Zürich vom 10. Juli 1998 aufge-
hoben. Die IV-Stelle wird verpflichtet, die Kosten für
medizinische Massnahmen bis zu dem Umfang zu überneh-
men, wie sie bei Durchführung der Massnahmen in der
Schweiz entstanden wären.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dem Beschwerdegegner wird für das Verfahren vor dem
Eidgenössischen Versicherungsgericht keine Parteient-
schädigung zugesprochen.
IV. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wird
über eine Parteientschädigung für das kantonale Ver-
fahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen
Prozesses zu befinden haben.
V. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversiche-
rungsgericht des Kantons Zürich und der IV-Stelle des
Kantons Zürich zugestellt.
Luzern, 13. Februar 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident Der Gerichts der IV. Kammer: schreiber: