Sachverhalt:
A. A.a In den Jahren 2003 und 2004 hatte das Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) verschiedene Exporte von Industriegütern der Firma Y._ AG mit Sitz in S._ in den Iran zu beurteilen. Einige Sendungen waren von der Y._ AG dem SECO gemeldet worden, andere Sendungen wurden bei der Ausfuhr vom Zoll entdeckt und dem SECO angezeigt. Dies führte seitens des SECO zu vertieften Abklärungen. In zwei Fällen, nämlich durch Verfügungen vom 15. September 2003 und vom 26. Februar 2004, wurde die geplante Ausfuhr der Güter (Kabel) an bestimmte Unternehmen im Iran vom SECO unter Hinweis auf Art. 4 Abs. 3 der Güterkontrollverordnung (GKV) und Art. 7 Abs. 1 lit. c des Kriegsmaterialgesetzes (KMG) abgelehnt.
Aufgrund dieser Vorkommnisse erliess das SECO am 3. August 2004 eine Verfügung, worin sie X._ verpflichtete, alle geplanten Ausfuhren seines Unternehmens von Gütern in den Iran, die unter die in der Verfügung im Einzelnen bezeichneten Zollkapitel fallen, ab sofort dem SECO unter Vorlage der erforderlichen Begleitdokumente schriftlich zu melden. Das SECO wies darauf hin, dass Widerhandlungen gegen diese Verfügung gemäss <ref-law> bestraft werden, soweit nicht ohnehin eine andere Strafbestimmung des GKG anwendbar sei.
Die Schweizerische Bundesanwaltschaft eröffnete am 18. Oktober 2006 ein gerichtspolizeiliches Ermittlungsverfahren nach Art. 101 ff. BStP gegen X._ wegen Verdachts der Widerhandlungen im Sinne von Art. 14 des Güterkontrollgesetzes in Verbindung mit Art. 4 der Güterkontrollverordnung sowie eventuell Widerhandlung gegen das Kriegsmaterialgesetz. Das Eidgenössische Untersuchungsrichteramt eröffnete am 6. August 2007 gegen X._ gemäss Art. 108 BStP eine Voruntersuchung wegen Verdachts der Widerhandlungen im Sinne von <ref-law>. Mit Schlussbericht vom 19. Dezember 2007 stellte der Eidgenössische Untersuchungsrichter den Antrag, es sei gegen X._ Anklage wegen Widerhandlung gegen <ref-law> sowie wegen mehrfacher Widerhandlung gegen <ref-law> zu erheben.
A.b Mit Anklageschrift vom 9. Oktober 2008 wirft die Schweizerische Bundesanwaltschaft X._ vor, er habe in der Zeit zwischen dem 3. August 2004 und Oktober 2006 als verantwortlicher Direktor und als Alleinhandelnder seiner Firma Y._ AG mit Sitz in S._ und mittels seiner Einzelhandelsfirma X._ mit Sitz in S._ mehrfach Güter von der Schweiz direkt oder über Drittländer in den Iran geliefert, ohne die benötigte Bewilligung beim Staatssekretariat für Wirtschaft (SECO) eingeholt zu haben oder die geplante Ausfuhr von Gütern dem SECO zu melden, obschon er vom SECO mit Verfügung vom 3. August 2004 verpflichtet worden sei, alle geplanten Ausfuhren von Gütern in den Iran, die unter bestimmte Zollkapitel fallen, schriftlich, unter Vorlage der erforderlichen Begleitdokumente, dem SECO zu melden. Im Anklagepunkt I.A wird X._ zur Last gelegt, er habe vorsätzlich gegen Art. 14 Abs. 1 lit. a, eventualiter lit. d und f GKG in Verbindung mit Art. 3 beziehungsweise 4 GKV verstossen, indem er am 22. Februar 2005 bewilligungspflichtige Güter im Sinne von Art. 3 GKV ohne notwendige Ausfuhrbewilligung des SECO und auch ohne Anmeldung im Sinne von Art. 4 GKV beim SECO von der Schweiz via ein Unternehmen in Kuala Lumpur/Malaysia an die Firma A._ Co., Teheran/Iran, exportiert habe. Im Anklagepunkt I.B wird X._ zur Last gelegt, er habe in insgesamt 12 Fällen vorsätzlich Güter, die unter bestimmte Zollkapitel fallen, an Firmen im Iran, die als Beschaffungsfirmen für Rüstungsgüter des Iran bekannt seien, geliefert, ohne die geplante Ausfuhr dem SECO im Sinne von Art. 4 GKV zu melden, obschon er vom SECO mit Verfügung vom 3. August 2004 dazu verpflichtet worden sei. Damit habe er in Verbindung mit Art. 4 GKV gegen Art. 14 Ziff. 1 lit. d und eventualiter lit. f GKG verstossen.
Mit Schreiben vom 19. Januar 2009 wies der Einzelrichter am Bundesstrafgericht die Bundesanwaltschaft darauf hin, es sei fraglich, ob die im Anklagepunkt I.B umschriebenen Verhaltensweisen entsprechend der Auffassung der Anklägerin unter die Straftatbestände von Art. 14 Abs. 1 lit. d und f GKG fallen. Hinsichtlich einer Strafbarkeit nach <ref-law> wäre in der Mehrzahl der Fälle die Verjährung eingetreten. Insoweit fehle es auch an einer Zuweisung des Falles an den Richter nach Art. 21 Abs. 1 VStrR in Verbindung mit <ref-law>. Der Einzelrichter gab daher der Bundesanwaltschaft die Gelegenheit, die Anklageschrift bis spätestens 2. Februar 2009 zu ändern. Die Bundesanwaltschaft antwortete mit Schreiben vom 29. Januar 2009, dass sie von einer Änderung der Anklageschrift im Anklagepunkt I.B absehe.
A.c Am 2. Februar 2009 erteilte der Einzelrichter am Bundesstrafgericht dem SECO den Auftrag zur Erstellung eines Amtsberichts zur Frage, ob die gemäss Anklagepunkt I.A exportierten Güter unter die Anhänge zur Güterkontrollverordnung fallen. Das SECO hielt in seinen Amtsberichten vom 23. Februar, 3. März und 13. März 2009 fest, dass die fraglichen Güter die im massgebenden Zeitpunkt gültigen technischen Kontrollparameter der Anhänge zur GKV nicht erfüllten und somit zum damaligen Zeitpunkt nicht der Bewilligungspflicht nach Art. 3 GKV unterlagen. Hingegen hätten diese Güter aufgrund der möglichen Verwendung für die Herstellung oder Entwicklung von Trägersystemen für Massenvernichtungswaffen zum Zeitpunkt der erfolgten Ausfuhr aus der Schweiz der Meldepflicht nach Art. 4 GKV (Catch-all) unterlegen, da sie vom Zolltarifkapitel 90 respektive von der Zolltarifnummer 9014 als Navigationsinstrumente erfasst werden.
A.d Zu Beginn der vorinstanzlichen Hauptverhandlung vom 26. März 2009 änderte die Bundesanwaltschaft die Anklageschrift im Anklagepunkt I.A in dem Sinne, dass sie insoweit nur eine Verurteilung in Anwendung von Art. 14 Abs. 1 lit. d und eventuell lit. f GKG, nicht auch in Anwendung von <ref-law> beantragte. Der Einzelrichter am Bundesstrafgericht behielt sich vor, den Anklagepunkt I.A entgegen der Auffassung des Staatsanwaltes nach <ref-law> zu beurteilen.
B. Der Einzelrichter der Strafkammer des Bundesstrafgerichts trat mit Urteil vom 26. März 2009 auf die Anklage im Punkt I.B nicht ein und sprach X._ im Anklagepunkt I.A der vorsätzlichen Widerhandlung gegen das Güterkontrollgesetz gemäss Artikel 14 Abs. 1 lit. a GKG schuldig. Er bestrafte ihn mit einer Geldstrafe von 70 Tagessätzen zu Fr. 100.--, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren, und mit einer Busse von Fr. 2'000.--, für welche im Falle der schuldhaften Nichtbezahlung eine Ersatzfreiheitsstrafe von 20 Tagen bestimmt wurde. Zudem ordnete der Einzelrichter die Einziehung eines Geldbetrags von Fr. 26'466.86 ab einem Bankkonto der Firma Y._ AG an.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das Urteil des Einzelrichters am Bundesstrafgericht sei aufzuheben, und er sei freizusprechen, eventuell sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die Bundesanwaltschaft hat auf eine Stellungnahme zur Beschwerde verzichtet.
Das Bundesstrafgericht stellt unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid den Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgesetz vom 13. Dezember 1996 über die Kontrolle zivil und militärisch verwendbarer Güter sowie besonderer militärischer Güter (Güterkontrollgesetz, GKG; SR 946.202) regelt in <ref-law> die Verbrechen und Vergehen, in <ref-law> die Übertretungen und in <ref-law> die Ordnungswidrigkeiten. Verfolgung und Beurteilung der Widerhandlungen nach den Artikeln 14 und 15 GKG unterstehen gemäss <ref-law> der Bundesstrafgerichtsbarkeit. Widerhandlungen nach Artikel 15a GKG werden gemäss <ref-law> nach dem Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht beurteilt.
Gemäss <ref-law> wird mit Gefängnis oder mit Busse bis zu 1 Million Franken - seit 1. Januar 2007: mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder mit Geldstrafe - bestraft, wer vorsätzlich (lit. a) ohne entsprechende Bewilligung Waren herstellt, lagert, weitergibt, verwendet, ein-, aus-, durchführt oder vermittelt oder an eine Bewilligung geknüpfte Bedingungen und Auflagen nicht einhält; (lit. d) Güter nicht oder nicht richtig zur Ein-, Aus-, Durchfuhr oder Vermittlung anmeldet; (lit. f) Güter jemandem zukommen lässt, von dem er weiss oder annehmen muss, dass er sie direkt oder indirekt an einen Endverbraucher weiterleitet, an den sie nicht geliefert werden dürfen. Gemäss <ref-law> wird mit Haft oder mit Busse bis zu 100'000 Franken (seit 1. Januar 2007: mit Busse bis zu 100'000 Franken) unter anderem bestraft, wer vorsätzlich (lit. b) auf andere Weise einer Bestimmung dieses Gesetzes oder einer Ausführungsvorschrift, deren Übertretung für strafbar erklärt wird, oder einer unter Hinweis auf die Strafandrohung dieses Artikels erlassenen Verfügung zuwiderhandelt, ohne dass ein strafbares Verhalten nach einem anderen Straftatbestand vorliegt. Gemäss Art. 15a GVG ("Ordnungswidrigkeiten") wird mit Busse bis zu 5'000 Franken bestraft, wer fahrlässig oder vorsätzlich verstösst gegen (lit. a) eine Bestimmung dieses Gesetzes oder eine Ausführungsvorschrift, deren Übertretung für strafbar erklärt wird; (lit. b) eine Verfügung, in der auf die Strafandrohung dieses Artikels hingewiesen wird.
Die Verordnung vom 25. Juni 1997 über die Aus-, Ein- und Durchfuhr zivil und militärisch verwendbarer Güter sowie besonderer militärischer Güter (Güterkontrollverordnung, GKV; SR 946.202.1) regelt in Artikel 3 die "Bewilligungspflicht" und in Artikel 4 die "Meldepflicht". Wer Güter der Anhänge 2, 3 und 5 ausführen will, braucht gemäss Art. 3 Abs. 1 GKV für jedes Bestimmungsland eine Ausfuhrbewilligung des Staatssekretariats für Wirtschaft (SECO). Ebenfalls eine Ausfuhrbewilligung ist nach Art. 3 Abs. 2 GKV für ein Gut erforderlich, das nicht in den Anhängen 2 und 3 aufgeführt ist, jedoch darin aufgeführte Bestandteile enthält, die zu den Hauptelementen des Gutes gehören oder die insgesamt mehr als 25% des Güterwertes ausmachen. Anlagen gelten nicht als Güter im Sinne dieser Bestimmung. Gemäss Art. 4 Abs. 1 GKV ist die geplante Ausfuhr von Gütern, die nicht der Bewilligungspflicht nach Artikel 3 unterstehen, dem SECO schriftlich zu melden, wenn (lit. a) der Exporteur weiss, dass diese Güter ganz oder teilweise für die Entwicklung, die Herstellung oder die Verwendung von nuklearen, biologischen oder chemischen Waffen (ABC-Waffen) oder von Trägersystemen für den Einsatz von ABC-Waffen oder für den Bau von Anlagen für ABC-Waffen oder deren Trägersysteme bestimmt sind oder bestimmt sein könnten; (lit. b) der Exporteur vom SECO davon unterrichtet worden ist, dass die Güter ganz oder teilweise für einen der in Buchstabe a genannten Zwecke bestimmt sein könnten. Die Meldepflicht gemäss Absatz 1 besteht nach Art. 4 Abs. 2 GKV auch für Güter der Anhänge 2 und 3, für die bereits eine Ausfuhrbewilligung erteilt worden ist oder für die Erleichterungen oder Ausnahmen von der Bewilligungspflicht vorgesehen sind. In den 14 Tagen, die der Meldung folgen, dürfen die Güter nur mit Zustimmung des SECO ausgeführt werden (Art. 4 Abs. 3 Satz 1 GKV). Das SECO überprüft, ob die Ausfuhr mit Artikel 7 des Kriegsmaterialgesetzes vom 13. Dezember 1996 vereinbar ist (Art. 4 Abs. 3 Satz 2 GKV). Reicht die Frist von 14 Tagen nicht aus, kann es ein vorläufiges Ausfuhrverbot oder andere vorsorgliche Massnahmen anordnen (Art. 4 Abs. 3 Satz 3 GKV).
Die Verordnung vom 25. Juni 1997 über die Aus-, Ein- und Durchfuhr zivil und militärisch verwendbarer Güter sowie besonderer militärischer Güter (Güterkontrollverordnung, GKV; SR 946.202.1) regelt in Artikel 3 die "Bewilligungspflicht" und in Artikel 4 die "Meldepflicht". Wer Güter der Anhänge 2, 3 und 5 ausführen will, braucht gemäss Art. 3 Abs. 1 GKV für jedes Bestimmungsland eine Ausfuhrbewilligung des Staatssekretariats für Wirtschaft (SECO). Ebenfalls eine Ausfuhrbewilligung ist nach Art. 3 Abs. 2 GKV für ein Gut erforderlich, das nicht in den Anhängen 2 und 3 aufgeführt ist, jedoch darin aufgeführte Bestandteile enthält, die zu den Hauptelementen des Gutes gehören oder die insgesamt mehr als 25% des Güterwertes ausmachen. Anlagen gelten nicht als Güter im Sinne dieser Bestimmung. Gemäss Art. 4 Abs. 1 GKV ist die geplante Ausfuhr von Gütern, die nicht der Bewilligungspflicht nach Artikel 3 unterstehen, dem SECO schriftlich zu melden, wenn (lit. a) der Exporteur weiss, dass diese Güter ganz oder teilweise für die Entwicklung, die Herstellung oder die Verwendung von nuklearen, biologischen oder chemischen Waffen (ABC-Waffen) oder von Trägersystemen für den Einsatz von ABC-Waffen oder für den Bau von Anlagen für ABC-Waffen oder deren Trägersysteme bestimmt sind oder bestimmt sein könnten; (lit. b) der Exporteur vom SECO davon unterrichtet worden ist, dass die Güter ganz oder teilweise für einen der in Buchstabe a genannten Zwecke bestimmt sein könnten. Die Meldepflicht gemäss Absatz 1 besteht nach Art. 4 Abs. 2 GKV auch für Güter der Anhänge 2 und 3, für die bereits eine Ausfuhrbewilligung erteilt worden ist oder für die Erleichterungen oder Ausnahmen von der Bewilligungspflicht vorgesehen sind. In den 14 Tagen, die der Meldung folgen, dürfen die Güter nur mit Zustimmung des SECO ausgeführt werden (Art. 4 Abs. 3 Satz 1 GKV). Das SECO überprüft, ob die Ausfuhr mit Artikel 7 des Kriegsmaterialgesetzes vom 13. Dezember 1996 vereinbar ist (Art. 4 Abs. 3 Satz 2 GKV). Reicht die Frist von 14 Tagen nicht aus, kann es ein vorläufiges Ausfuhrverbot oder andere vorsorgliche Massnahmen anordnen (Art. 4 Abs. 3 Satz 3 GKV).
1.2 1.2.1 Die vom Beschwerdeführer gemäss dem Anklagepunkt I.A ausgeführten Waren entsprechen laut dem im vorinstanzlichen Verfahren eingeholten Amtsbericht des SECO vom 23. Februar bzw. 3. März 2009 nicht den in den Anhängen zur Güterkontrollverordnung aufgelisteten Gütern. Sie hatten nach den Ausführungen der Vorinstanz somit keinen Dual-use-Charakter, weshalb für ihre Ausfuhr keine Bewilligung nach Art. 3 Abs. 1 GKV einzuholen war (angefochtenes Urteil S. 12).
Die Vorinstanz prüft im Folgenden, "ob sich eine Bewilligungspflicht aus Art. 4 GKV ergebe" (angefochtenes Urteil S. 12). Sie ist der Auffassung, dass der Straftatbestand von <ref-law> "auch eine sich allenfalls aus Art. 4 GKV ergebende Bewilligungspflicht" einschliesse (angefochtenes Urteil S. 7). Zwar beinhalte Art. 4 GKV "in erster Linie eine Meldepflicht", deren Verletzung der Straftatbestand von <ref-law> nicht erfasse (angefochtenes Urteil S. 7). Indem aber Art. 4 Abs. 3 GKV vorschreibe, dass nach einer Meldung die Güter während 14 Tagen nur mit Zustimmung des SECO ausgeführt werden dürfen, statuiere diese Norm für die meldepflichtigen Güter ein Ausfuhrverbot mit Bewilligungsvorbehalt, welches sich von der ordentlichen Situation - Erfordernis der Bewilligung für die dem Gesetz generell unterworfenen Güter - nicht unterscheide, ausser in seiner fixen, jedoch erstreckbaren zeitlichen Befristung (angefochtenes Urteil S. 7). Die Vorinstanz prüft im Folgenden, ob nach Art. 4 Abs. 3 GKV ein einstweiliges Ausfuhrverbot nicht nur bei erfolgter, sondern auch bei unterlassener Meldung bestehe. Zwar spreche der Wortlaut der Bestimmung dagegen, doch verbiete <ref-law> nicht, darüber hinauszugehen, wenn der Normsinn dies verlange. Wenn nun die in Art. 4 GKV vorgeschriebene Meldung explizit den Zweck habe, dem SECO die Prüfung zu erlauben, ob die geplante Ausfuhr von Gütern wegen des Vorliegens der Kriterien von <ref-law> als ABC-Waffen-Proliferation absolut verboten sei, und wenn das einstweilige Verbot bezwecke, die sich aus dieser Prüfung möglicherweise ergebenden Folgerungen nicht durch vorzeitige Ausfuhr zu unterlaufen, so müsse dieses umso mehr gelten, wenn der Ausfuhrwillige die Meldung unterlasse und damit schon verhindere, dass die zuständige Stelle die erforderliche konkrete Prüfung überhaupt vornehme (angefochtenes Urteil S. 7/8). Für die Vorinstanz folgt daraus, dass den objektiven Tatbestand von <ref-law> auch erfüllt, wer die nach Art. 4 Abs. 1 GKV vorgeschriebene Meldung unterlässt und Güter trotzdem ausführt (angefochtenes Urteil S. 8).
1.2.2 Bezogen auf den konkreten Fall weist die Vorinstanz darauf hin, dass es das SECO in den Erwägungen seiner Verfügung vom 3. August 2004 aufgrund gewisser Vorkommnisse als angezeigt erachtet habe, dem Beschwerdeführer "für Ausfuhren von Gütern an sämtliche Unternehmen im Iran, die für die Herstellung, die Entwicklung oder die Verwendung von nuklearen, biologischen oder chemischen Waffen (ABC-Waffen) oder von Trägersystemen für den Einsatz von ABC-Waffen oder für den Bau von Anlagen für ABC-Waffen oder deren Trägersysteme bestimmt sind oder bestimmt sein könnten, eine generelle Meldepflicht gemäss Art. 4 GKV aufzuerlegen". Der in dieser Erwägung des SECO enthaltene Relativsatz - " .... die für die Herstellung ... bestimmt sein könnten ..." - beziehe sich nicht auf die iranischen Abnehmerfirmen, sondern auf die Güter, und zwar auf diejenigen Güter, welche unter die in der Verfügung des SECO genannten Zollkapitel fallen. Die drei Teile, welche der Beschwerdeführer beziehungsweise die von ihm beherrschte Y._ AG am 22. Februar 2005 über die Firma B._ in Kuala Lumpur/Malaysia an die Firma A._ Co., Teheran/Iran, ausgeführt habe, fielen gemäss dem Amtsbericht des SECO vom 13. März 2009 unter das Zollkapitel 90 und würden daher von der Verfügung des SECO vom 3. August 2004 erfasst (angefochtenes Urteil S. 13). Indem der Beschwerdeführer diese drei Teile in Missachtung der ihm durch die Verfügung des SECO vom 3. April 2004 auferlegten Meldepflicht und ohne Zustimmung des SECO an die Firma A._ Co. in Teheran/Iran ausgeführt habe, habe er den objektiven Tatbestand von <ref-law> erfüllt (angefochtenes Urteil S. 13/14).
1.3 Der Beschwerdeführer erhebt in seiner umfangreichen Beschwerdeschrift eine Vielzahl von Rügen. Er macht im Wesentlichen geltend, dass die Vorinstanz <ref-law> sowie Art. 3 und 4 GKV unrichtig ausgelegt habe, der Schuldspruch in mehrfacher Hinsicht gegen den Anklagegrundsatz sowie gegen das Gebot von Treu und Glauben verstosse und auf willkürlichen Feststellungen beziehungsweise blossen Vermutungen beruhe. Zur Begründung der Rüge der Verletzung von eidgenössischem Recht macht der Beschwerdeführer im Besonderen geltend, die erstmals im angefochtenen Urteil vertretene Ansicht, wonach Art. 4 Abs. 3 GKV für die meldepflichtigen Güter ein Ausfuhrverbot mit Bewilligungsvorbehalt statuiere und die Verletzung der Meldepflicht im Sinne von Art. 4 GKV den Tatbestand von <ref-law> erfülle, sei falsch. Unter der "entsprechenden Bewilligung" im Sinne des Straftatbestands von <ref-law> sei bei der Ausfuhr von Gütern die Bewilligung zu verstehen, welche gemäss Art. 3 GKV für die Ausfuhr der in den Anhängen 2, 3 und 5 aufgelisteten Güter erforderlich sei. Die von ihm ausgeführten Waren fielen unstreitig nicht unter diese Anhänge, und ihre Ausfuhr sei daher nicht gemäss Art. 3 GKV bewilligungspflichtig, weshalb der Tatbestand von <ref-law> nicht erfüllt sei. Der Verstoss gegen die ihm durch die Catch-all-Verfügung des SECO vom 3. August 2004 auferlegte Meldepflicht sei entsprechend dem in dieser Verfügung enthaltenen Hinweis lediglich nach <ref-law> strafbar. Da er die Meldepflicht gemäss Art. 4 Abs. 1 GKV missachtet habe, gelange Art. 4 Abs. 3 GKV - wonach in den 14 Tagen, die der Meldung folgen, die Güter nur mit Zustimmung des SECO ausgeführt werden dürfen - gar nicht zur Anwendung. Zudem sei diese Zustimmung offensichtlich keine Bewilligung im Sinne der Güterkontrollgesetzgebung.
2. 2.1 Der Bundesrat kann zur Durchführung von internationalen Abkommen sowie zur Unterstützung anderer internationaler Kontrollmassnahmen, die völkerrechtlich nicht verbindlich sind, unter anderem für die Ein-, Aus-, Durchfuhr und Vermittlung von Gütern Bewilligungs- und Meldepflichten einführen (siehe Art. 4 lit. a Ziff. 2 und Art. 5 lit. a GKG). Die Güterkontrollverordnung statuiert für die Ausfuhr in Art. 3 GKV eine "Bewilligungspflicht" ("régime du permis"; "obbligo del permesso") und in Art. 4 GKV eine "Meldepflicht" ("obligation de déclarer"; "obbligo di notifica") unter den in diesen Bestimmungen genannten Voraussetzungen. Das Gesetz und die Verordnung unterscheiden mithin zwischen Bewilligungspflichten einerseits und Meldepflichten andererseits.
Gemäss <ref-law> wird bestraft, wer "ohne entsprechende Bewilligung" ("sans être titulaire d'un permis"; "senza autorizzazione") Waren herstellt, lagert, weitergibt, verwendet, ein-, aus-, durchführt oder vermittelt oder an eine Bewilligung geknüpfte Bedingungen und Auflagen nicht einhält. Diese Strafbestimmung nimmt somit Bezug auf die Bewilligung beziehungsweise die Bewilligungspflicht. Den Tatbestand von <ref-law> erfüllt mithin, wer ohne Bewilligung Waren ausführt, für deren Ausfuhr eine Bewilligung erforderlich ist.
2.2 Bewilligungspflichtig ist die Ausfuhr von Gütern, wenn und weil die Güter unter die Anhänge 2, 3 und 5 fallen (Art. 3 Abs. 1 GKV) oder als Hauptelemente Bestandteile enthalten, die unter die Anhänge 2 und 3 fallen (Art. 3 Abs. 2 GKV). Die vom Beschwerdeführer ausgeführten Güter erfüllen diese Voraussetzungen unstreitig nicht. Die Ausfuhr der Güter war daher nicht gemäss Art. 3 GKV bewilligungspflichtig. Daher hat der Beschwerdeführer die Waren nicht im Sinne von <ref-law> ohne entsprechende Bewilligung ausgeführt.
2.2 Bewilligungspflichtig ist die Ausfuhr von Gütern, wenn und weil die Güter unter die Anhänge 2, 3 und 5 fallen (Art. 3 Abs. 1 GKV) oder als Hauptelemente Bestandteile enthalten, die unter die Anhänge 2 und 3 fallen (Art. 3 Abs. 2 GKV). Die vom Beschwerdeführer ausgeführten Güter erfüllen diese Voraussetzungen unstreitig nicht. Die Ausfuhr der Güter war daher nicht gemäss Art. 3 GKV bewilligungspflichtig. Daher hat der Beschwerdeführer die Waren nicht im Sinne von <ref-law> ohne entsprechende Bewilligung ausgeführt.
2.3 2.3.1 Die geplante Ausfuhr der Gegenstand des Anklagepunktes I.A bildenden Güter, die - unstreitig - nicht der Bewilligungspflicht nach Art. 3 GKV unterstanden, war gemäss Art. 4 Abs. 1 GKV meldepflichtig, wenn die in dieser Bestimmung genannten Voraussetzungen erfüllt waren. Art. 4 Abs. 3 Satz 1 GKV sieht vor, dass in den 14 Tagen, die der Meldung folgen, die Güter nur "mit Zustimmung" ("avec l'assentiment"; "con l'approvazione") des SECO ausgeführt werden dürfen. Diese Zustimmung ist jedoch keine Bewilligung im Sinne der Güterkontrollgesetzgebung. Wer in den 14 Tagen, die der Meldung folgen, die Güter ohne Zustimmung des SECO ausführt, erfüllt daher nicht den Tatbestand der Ausfuhr von Waren ohne die entsprechende Bewilligung im Sinne von <ref-law>. Er missachtet lediglich Art. 4 Abs. 3 Satz 1 GKV und handelt somit einer Ausführungsvorschrift zum GKG zuwider. Dies erfüllt im Übrigen auch nicht den Übertretungstatbestand von Art. 15 Abs. 1 lit. b erste Hälfte GKG, da es an einer Bestimmung fehlt, welche die Übertretung von Art. 4 Abs. 3 Satz 1 GKV für strafbar erklärt.
2.3.2 Ebenso wenig erfüllt den Tatbestand der Ausfuhr von Waren ohne die entsprechende Bewilligung im Sinne von <ref-law>, wer die geplante Ausfuhr von Gütern, die nicht der Bewilligungspflicht nach Art. 3 GKV unterstehen, in Missachtung von Art. 4 Abs. 1 GKV dem SECO gar nicht meldet und dadurch das Erfordernis einer Zustimmung des SECO für die Ausfuhr in den 14 Tagen seit der Meldung gleichsam unterläuft. Ein solches Verhalten stellt lediglich eine Zuwiderhandlung gegen Art. 4 Abs. 1 GKV dar. Dies erfüllt im Übrigen auch nicht den Übertretungstatbestand im Sinne von Art. 15 Abs. 1 lit. b erste Hälfte GKG, da es an einer Bestimmung fehlt, welche die Übertretung von Art. 4 Abs. 1 GKV für strafbar erklärt.
2.3.3 Aus Art. 4 Abs. 3 GKV geht im Übrigen nicht klar hervor, was nach Ablauf von 14 Tagen seit der vorgeschriebenen Meldung gilt. Aus Art. 4 Abs. 3 Satz 1 GKV lässt sich der Umkehrschluss ziehen, dass die Güter nach Ablauf von 14 Tagen seit der Meldung auch ohne Zustimmung des SECO ausgeführt werden dürfen, es sei denn, das SECO habe in der Zwischenzeit im Rahmen der in Art. 4 Abs. 3 Satz 2 GKV vorgesehenen Prüfung, ob die Ausfuhr mit Art. 7 des Kriegsmaterialgesetzes vereinbar sei, gestützt auf Art. 4 Abs. 3 Satz 3 GKV ein vorläufiges Ausfuhrverbot oder eine andere vorsorgliche Massnahme angeordnet. Auch die Missachtung eines gestützt auf Art. 4 Abs. 3 Satz 3 GKV erlassenen Ausfuhrverbots oder einer anderen vorsorglichen Massnahme ist im Übrigen nicht als Ausfuhr von Waren ohne die erforderliche Bewilligung im Sinne von <ref-law>, sondern allenfalls als Zuwiderhandlung gegen eine Verfügung gemäss Art. 15 Abs. 1 lit. b zweite Hälfte GKG respektive <ref-law> strafbar. Soweit durch die Ausfuhr der Waren im Sinne von Art. 7 Abs. 1 lit. c des Kriegsmaterialgesetzes eine Handlung nach <ref-law>, beispielsweise die Entwicklung oder Herstellung von ABC-Waffen, gefördert würde, wäre die Ausfuhr nach den Bestimmungen des Kriegsmaterialgesetzes (Art. 34 Abs. 1 lit. c in Verbindung mit <ref-law>) zu verfolgen und zu beurteilen.
2.3.3 Aus Art. 4 Abs. 3 GKV geht im Übrigen nicht klar hervor, was nach Ablauf von 14 Tagen seit der vorgeschriebenen Meldung gilt. Aus Art. 4 Abs. 3 Satz 1 GKV lässt sich der Umkehrschluss ziehen, dass die Güter nach Ablauf von 14 Tagen seit der Meldung auch ohne Zustimmung des SECO ausgeführt werden dürfen, es sei denn, das SECO habe in der Zwischenzeit im Rahmen der in Art. 4 Abs. 3 Satz 2 GKV vorgesehenen Prüfung, ob die Ausfuhr mit Art. 7 des Kriegsmaterialgesetzes vereinbar sei, gestützt auf Art. 4 Abs. 3 Satz 3 GKV ein vorläufiges Ausfuhrverbot oder eine andere vorsorgliche Massnahme angeordnet. Auch die Missachtung eines gestützt auf Art. 4 Abs. 3 Satz 3 GKV erlassenen Ausfuhrverbots oder einer anderen vorsorglichen Massnahme ist im Übrigen nicht als Ausfuhr von Waren ohne die erforderliche Bewilligung im Sinne von <ref-law>, sondern allenfalls als Zuwiderhandlung gegen eine Verfügung gemäss Art. 15 Abs. 1 lit. b zweite Hälfte GKG respektive <ref-law> strafbar. Soweit durch die Ausfuhr der Waren im Sinne von Art. 7 Abs. 1 lit. c des Kriegsmaterialgesetzes eine Handlung nach <ref-law>, beispielsweise die Entwicklung oder Herstellung von ABC-Waffen, gefördert würde, wäre die Ausfuhr nach den Bestimmungen des Kriegsmaterialgesetzes (Art. 34 Abs. 1 lit. c in Verbindung mit <ref-law>) zu verfolgen und zu beurteilen.
2.4 2.4.1 Allerdings wurde der Beschwerdeführer durch Dispositiv-Ziffer 1 der Verfügung des SECO vom 3. August 2004 verpflichtet, "alle geplanten Ausfuhren" von Gütern "in den Iran", welche unter die in der Verfügung bezeichneten Zollkapitel fallen, dem SECO zu melden. Der Beschwerdeführer hat durch das im Anklagepunkt I.A beschriebene Verhalten unstreitig diese Verfügung missachtet. Dadurch hat er aber nicht im Sinne des Straftatbestands von <ref-law> ohne entsprechende Bewilligung Waren ausgeführt.
2.4.2 Die Zuwiderhandlung gegen die Verfügung des SECO vom 3. August 2004 erfüllt im Übrigen auch nicht den Übertretungstatbestand von Art. 15 Abs. 1 lit. b zweite Hälfte GKG, da in der Verfügung nicht auf die Strafdrohung von <ref-law> hingewiesen wird. Die Verfügung weist vielmehr auf die Strafdrohung von <ref-law> hin. Ob der Beschwerdeführer im Anklagepunkt I.A im Sinne von <ref-law> gegen eine Verfügung verstossen hat, in der auf die Strafandrohung dieses Artikels hingewiesen wird, ist im vorliegenden Verfahren nicht zu prüfen. Denn die Widerhandlungen im Sinne von <ref-law> unterstehen im Unterschied zu den Widerhandlungen im Sinne von Art. 14 und <ref-law> nicht der Bundesstrafgerichtsbarkeit, sondern werden nach dem Bundesgesetz über das Verwaltungsstrafrecht verfolgt und beurteilt (<ref-law>), weshalb die Frage, inwiefern der Beschwerdeführer durch sein Verhalten den Tatbestand von <ref-law> erfüllt habe, nicht Gegenstand des vorinstanzlichen Verfahrens bildete.
2.5 Die Vorinstanz hat mit Recht erkannt, dass die Tatbestandsvarianten von <ref-law> entgegen der Meinung der Beschwerdegegnerin nicht erfüllt sind.
2.5.1 Nach <ref-law> in der Fassung gemäss Anhang Ziff. 21 des Zollgesetzes vom 18. März 2005, in Kraft seit 1. Mai 2007, wird bestraft, wer Güter nicht oder nicht richtig zur Ein-, Aus-, Durchfuhr oder Vermittlung anmeldet. Nach a<ref-law> in der bis zum 30. April 2007 geltenden Fassung wurde bestraft, wer Güter nicht zur Ein-, Aus-, Durchfuhr oder Vermittlung anmeldete oder bei der Ein-, Aus-, Durchfuhr oder Vermittlung unrichtig deklarierte. Die Bestimmung betrifft sowohl in ihrer alten wie auch in ihrer neuen Fassung allein die Verletzung von Meldepflichten gegenüber den Zollorganen, nicht auch die Missachtung der in Art. 4 GKV statuierten Pflicht zur Meldung an das SECO. Es handelt sich bei <ref-law> - wie beim entsprechenden Art. 33 Abs. 1 lit. c des Kriegsmaterialgesetzes - um einen speziellen Bannbruchtatbestand, welcher dem Bannbruchtatbestand im Sinne des Zollgesetzes (Art. 76 aZG; <ref-law>) vorgeht (siehe Botschaft des Bundesrates vom 22. Februar 1995 zum Güterkontrollgesetz, BBl 1995 II 1301 ff., 1345; Botschaft des Bundesrates vom 15. Februar 1995 zum Kriegsmaterialgesetz, BBl 1995 II 1027 ff., 1077).
2.5.2 Gemäss <ref-law> wird bestraft, wer Güter jemandem zukommen lässt, von dem er weiss oder annehmen muss, dass er sie direkt oder indirekt an einen Endverbraucher weiterleitet, an den sie nicht geliefert werden dürfen.
Der Beschwerdeführer hat gemäss Anklageziffer I.A Güter von der Schweiz aus über die Firma B._ in Kuala Lumpur (Malaysia) an die Firma A._ Co. in Teheran (Iran) geliefert. Der Beschwerdeführer hat die Güter nicht im Sinne von <ref-law> der Firma B._ zukommen lassen, und die Firma B._ hat die Güter nicht im Sinne dieser Bestimmung an die Firma A._ weitergeleitet. Die Firma B._ fungierte als blosse Erfüllungsgehilfin der Firma Y._ AG für eine Lieferung an die iranische Firma A._ , wurde das Geschäft doch zwischen den Firmen Y._ AG und A._ vereinbart und finanziell abgewickelt (siehe angefochtenes Urteil S. 13 unten). Dass und inwiefern die Firma A._ die Güter an einen Endverbraucher weitergeleitet habe, an den sie nicht geliefert werden durften, und dass der Beschwerdeführer dies gewusst oder angenommen habe, wird in der Anklageschrift nicht dargestellt. Schon aus diesen Gründen fällt eine Verurteilung des Beschwerdeführers in Anwendung von <ref-law> ausser Betracht.
2.6 Zusammenfassend ergibt sich somit Folgendes. Der Beschwerdeführer hat durch sein Verhalten entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht im Sinne von <ref-law> ohne entsprechende Bewilligung Waren ausgeführt. Er hat nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz entgegen der Meinung der Beschwerdegegnerin die Tatbestandsvarianten von Art. 14 Abs. 1 lit. d beziehungsweise lit. f GKG nicht erfüllt. Der Beschwerdeführer hat im Übrigen auch den Übertretungstatbestand im Sinne von <ref-law> nicht erfüllt. Ob er sich allenfalls einer Ordnungswidrigkeit gemäss <ref-law> schuldig gemacht habe, ist im vorliegenden Verfahren nicht zu prüfen.
3. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen, das Urteil des Bundesstrafgerichts (Strafkammer, Einzelrichter) vom 26. März 2009 aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>) und hat die Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) dem obsiegenden Beschwerdeführer eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- zu zahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Bundesstrafgerichts (Strafkammer) vom 26. März 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Die Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) hat dem Beschwerdeführer eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- zu zahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Oktober 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Näf