Sachverhalt:
A. X._, geb. 1969, und Y._, geb. 1974, heirateten 1998. Aus der Ehe ging der Sohn Z._, geb. März 1999, hervor. Nach drei Jahren erfolgte die Trennung.
B. Mit Urteil vom 22. Januar 2007 schied das Bezirksgericht Bremgarten die Ehe der Parteien. Es stellte den Sohn Z._ unter die elterliche Sorge der Mutter, unter Einräumung eines Besuchsrechts an den Vater, und verpflichtete diesen zu Kinderunterhaltsbeiträgen von Fr. 1'000.-- bis zum vollendeten 12. Altersjahr und danach von Fr. 1'100.-- (zzgl. allfällige Kinderzulagen) sowie zu nachehelichem Unterhalt von Fr. 3'045.-- ab Rechtskraft des Scheidungsurteils und von Fr. 545.-- von April 2009 bis März 2015. Weiter regelte das Gericht die güterrechtliche Auseinandersetzung und die Kosten.
Gestützt auf die Appellation von Y._ und die Anschlussappellation von X._ bestimmte das Obergericht des Kantons Aargau in seinem Urteil vom 23. Juni 2009 den Kindesunterhalt auf Fr. 1'100.-- bis zum vollendeten 16. Altersjahr und danach bis zur wirtschaftlichen Selbständigkeit, längstens bis zur Mündigkeit, auf Fr. 1'300.-- (zzgl. allfällige Kinderzulagen) und setzte den nachehelichen Unterhalt auf Fr. 2'400.-- fest, laufend ab Rechtskraft des obergerichtlichen Urteils, endend im März 2015. Ferner regelte es die güterrechtliche Auseinandersetzung und die Kosten.
C. Beschränkt auf den nachehelichen und den Kindesunterhalt hat X._ am 10. September 2009 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben, von der Sache her mit den Begehren um Festsetzung des Kindesunterhaltes auf Fr. 1'000.-- bis zum vollendeten 12. Altersjahr und danach auf Fr. 1'100.-- (zzgl. allfällige Kinderzulagen) sowie des nachehelichen Unterhaltes auf Fr. 745.-- für die Zeit von April 2009 bis März 2015, ferner um entsprechende Neuverlegung der Kosten. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist der mit kantonal letztinstanzlichem Endentscheid festgesetzte nacheheliche Unterhalt und der Kindesunterhalt in Fr. 30'000.-- übersteigendem Umfang; die Beschwerde in Zivilsachen ist mithin zulässig (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
An die kantonalen Sachverhaltsfeststellungen ist das Bundesgericht grundsätzlich gebunden (<ref-law>). Diesbezüglich kann einzig vorgebracht werden, der Sachverhalt sei offensichtlich unrichtig festgestellt worden (<ref-law>), und hierfür gilt das strenge Rügeprinzip (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Das bedeutet, dass das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene und soweit möglich belegte Rügen prüft, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 1.3 S. 262). Wird die Verletzung des Willkürverbots gerügt, reicht es sodann nicht aus, die Situation aus eigener Sicht zu schildern und den davon abweichenden angefochtenen Entscheid als willkürlich zu bezeichnen; vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
Die Rechtsanwendung überprüft das Bundesgericht im Rahmen behaupteter und begründeter Verletzungen (<ref-law>) an sich von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>). Für die Unterhaltsfestsetzung gilt es freilich zu beachten, dass der Richter in verschiedener Hinsicht auf sein Ermessen verwiesen ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3a S. 141; Botschaft, BBl 1996 I S. 115 f.) und das Bundesgericht bei der Überprüfung solcher Entscheide eine gewisse Zurückhaltung übt: Es greift nur ein, wenn die kantonale Instanz von dem ihr zustehenden Ermessen falschen Gebrauch gemacht hat, d.h. wenn sie grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn sie Gesichtspunkte berücksichtigt hat, die keine Rolle hätten spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt rechtserhebliche Umstände ausser Acht gelassen hat; aufzuheben und zu korrigieren sind ausserdem Ermessensentscheide, die sich als im Ergebnis offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 2c/aa S. 162; <ref-ruling> E. 4.2 S. 15; <ref-ruling> E. 1 S. 99).
2. Der Beschwerdeführer rügt zunächst die Höhe des Kindesunterhaltes, den zu bezahlen er nur im Rahmen des erstinstanzlich festgesetzten Umfangs bereit ist.
2.1 Für den Unterhaltsbeitrag an den Sohn Z._ ist das Obergericht von einem Gesamteinkommen des Beschwerdeführers von Fr. 8'100.-- (Fr. 7'500.-- aus selbständiger Erwerbstätigkeit und Fr. 600.-- aus Mieteinnahmen) ausgegangen, auf Seiten der Beschwerdegegnerin von einem hypothetischen Einkommen von Fr. 2'500.-- bis zum 16. Lebensjahr des Sohnes und danach von Fr. 5'000.--. Anschliessend hat es erwogen, der durchschnittliche Bedarf eines Kindes betrage gemäss Kreisschreiben der Kammer für Vormundschaftswesen vom 1. November 2005 (Unterhaltsempfehlungen) für das 7. bis 12. Altersjahr Fr. 1'374.-- (Barbedarf Fr. 1'044.--; Pflege und Erziehung Fr. 330.--), für das 13. bis 16. Altersjahr Fr. 1'377.-- (Barbedarf Fr. 1'089.--; Pflege und Erziehung Fr. 288.--) sowie für das 17. und 18. Altersjahr Fr. 1'560.-- (Barbedarf Fr. 1'386.--; Pflege und Erziehung Fr. 174.--). Diese Ansätze basierten auf durchschnittlichen finanziellen Verhältnissen mit einem Nettoeinkommen von Fr. 7'650.--. Vorliegend seien die finanziellen Verhältnisse besser, weshalb von einem Barbedarf des Sohnes von Fr. 1'300.-- bis zum 16. Altersjahr und danach von Fr. 1'650.-- auszugehen sei. Die Beschwerdegegnerin habe im Rahmen ihres hypothetischen Einkommens Anspruch auf Kinderzulagen von Fr. 200.--, die an den Bedarf anzurechnen seien. Sodann habe auch sie an den Kindesunterhalt beizutragen, weil ihr Mittel zur Verfügung stünden, welche ihren Notbedarf überträfen; dies gelte insbesondere für die Phase nach dem 16. Altersjahr, in welcher auch der Pflege- und Erziehungsanteil tiefer sei.
2.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, das ihm angerechnete Einkommen von Fr. 7'500.-- (bzw. Fr. 8'100.-- inkl. Mieteinnahmen) entspreche dem Basiswert von Fr. 7'650.-- gemäss Richtlinien. Es gehe deshalb nicht an, den Barbedarf gemäss diesen Richtlinien von Fr. 1'089.-- bzw. ab dem 16. Altersjahr von Fr. 1'386.-- wegen angeblich überdurchschnittlicher Einkommensverhältnisse auf Fr. 1'300.-- und ab dem 16. Altersjahr sogar auf Fr. 1'650.-- zu erhöhen. Vielmehr betrage der im Sinn von <ref-law> vernünftige und angemessene Unterhaltsbeitrag unter Abzug der Kinderzulage Fr. 890.-- bzw. Fr. 1'135.--.
2.3 Das Gesetz schreibt dem Sachrichter keine bestimmte Methode zur Unterhaltsbemessung vor (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 414). Dieser geniesst im Rahmen des grossen Ermessens bei der Unterhaltsfestsetzung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3a S. 141) denn auch relativ weitreichende Freiheiten in der Gewichtung der relevanten Kriterien. Immerhin muss er sich gegebenenfalls zur angewandten Methode äussern und diese begründen (Urteile 5C.271/2005 E. 9.5; 5A_241/2008 E. 2), was das Obergericht mit seiner ausführlichen Darlegung, wie es zu den Unterhaltsbeiträgen von Fr. 1'100.-- bzw. Fr. 1'300.-- gekommen ist, hinreichend getan hat.
In seinen Ausführungen verbindet der Beschwerdeführer zwei Methoden zur Bemessung des Kindesunterhaltes in unzulässiger Weise: Das Obergericht hat die sog. konkrete Methode angewandt, bei welcher der Bedarf des Kindes den Ausgangspunkt bildet. Es hat den durchschnittlichen Bedarf gemäss seinen Unterhaltsempfehlungen erhöht, weil es das Einkommen der Beschwerdegegnerin von Fr. 2'500.-- bzw. von Fr. 5'000.-- ab dem 16. Altersjahr von Z._ mitberücksichtigt und ihr zugemutet hat, ebenfalls an den Kindesunterhalt beizutragen; das gesamte Familieneinkommen beträgt mithin Fr. 10'600.-- bzw. Fr. 13'100.-- und das Obergericht hat dieses als überdurchschnittlich bezeichnet. Diesbezüglich versucht der Beschwerdeführer eine Rechtsverletzung darzutun, indem er allein sein eigenes Einkommen als Bemessungsgrundlage nimmt. Dies entspräche dem Vorgehen bei der sog. abstrakten Methode, wo das Einkommen des Unterhaltspflichtigen zum Ausgangspunkt genommen und davon ein Prozentsatz als Kindesunterhalt ausgeschieden wird (dazu HAUSHEER/SPYCHER, Handbuch des Unterhaltsrechts, Bern 1997, Rz 02.20). Bei der abstrakten Methode wird aber dem sorgeberechtigten Elternteil - besondere Konstellationen vorbehalten, etwa wenn das Einkommen des Sorgeberechtigten massiv höher ist als dasjenige des anderen Elternteils - nie die Mitfinanzierung des Kindesunterhaltes zugemutet. Mit seinen Vorbringen verquickt nun der Beschwerdeführer je ein Element aus den beiden Methoden, indem er einerseits nur sein eigenes Einkommen in die Betrachtung einbeziehen, andererseits aber der Beschwerdegegnerin eine Mitfinanzierung zumuten möchte; dies ist unzulässig.
Inwiefern aber das Obergericht bei konsequenter Anwendung seiner Methodik von seinem Ermessen unsachgemässen Gebrauch gemacht haben soll, tut der Beschwerdeführer nicht dar; umso weniger ist ersichtlich, inwiefern das daraus resultierende Ergebnis auch nur im Ansatz falsch sein soll, als die Anwendung (der vom Obergericht verworfenen) abstrakten Methode zu einem quasi identischen (bzw. sogar leicht höheren) Kindesunterhalt führen würde.
3. Der Beschwerdeführer hält auch den auf Fr. 2'400.-- pro Monat festgesetzten nachehelichen Unterhalt für zu hoch.
3.1 Das Obergericht hat die Ehe wegen des gemeinsamen Kindes als lebensprägend angesehen. Es hat die eheliche Lebenshaltung auf Fr. 10'150.-- beziffert und die Methode der beidseitigen Existenzminimumsberechnung mit Überschussteilung gewählt.
Im Einzelnen hat das Obergericht mit Bezug auf den Betrieb des Beschwerdeführers erwogen, im Jahr 1999 hätten der Gewinn Fr. 86'835.20 und die Privatbezüge nach Spesenabzug Fr. 100'400.-- betragen, im Jahr 2000 der Gewinn Fr. 60'228.-- und die Privatbezüge nach Spesenabzug Fr. 134'275.50, im Jahr 2001 der Gewinn von Fr. 70'684.80 und die Privatbezüge nach Spesenabzug Fr. 143'688.95. Namentlich bei unklaren Verhältnissen seien bei Selbständigerwerbenden die Privatbezüge ein geeigneter Anhaltspunkt für die Bestimmung der Lebenshaltung vor der Aufhebung des gemeinsamen Haushaltes. Der Beschwerdeführer habe die Privatbezüge mit der Behauptung bestritten, die Überweisungen seien für geschäftliche Aufwendungen gebraucht worden; hierfür habe er aber keine Belege präsentiert. Wenig klar und ebenfalls nicht dokumentiert sei sodann die Behauptung, es sei darum gegangen, zur Sicherheit bzw. für den Mangelfall Geld ausserhalb des Betriebes zu haben. Anzuerkennen sei aber die Amortisation verschiedener Darlehen durch Privatbezüge sowie das gemäss Gutachten zu hoch ausgewiesene WIR-Konto; aus diesen Gründen seien für die Jahre des ehelichen Zusammenlebens insgesamt Fr. 78'990.-- nicht der ehelichen Lebenshaltung zugeflossen. Der sich während dieser Periode aus den Privatbezügen und dem Verdienst der Beschwerdegegnerin bis zur Erwerbsaufgabe im Durchschnitt ergebende Betrag von monatlich Fr. 12'345.-- sei deshalb um Fr. 2'195.-- (78'990 : 36) auf Fr. 10'150.-- zu reduzieren; dies sei der während des ehelichen Zusammenlebens für die Bestreitung der ehelichen Lebenshaltung aufgewendete Betrag.
Im Anschluss hat das Obergericht befunden, bei einem Notbedarf von Fr. 4'852.-- zuzüglich Steuerlast von Fr. 400.-- während des ehelichen Zusammenlebens habe sich der Überschuss auf Fr. 4'898.-- belaufen; dieser sei im Verhältnis 4 : 4 : 2 auf die beiden Ehegatten und den Sohn aufzuteilen, mithin im Umfang von Fr. 1'959.20 der Beschwerdegegnerin zuzuweisen. Ihr aktuelles Existenzminimum zuzüglich dieses Überschussanteiles ergebe einen Bedarf zur Aufrechterhaltung der ehelichen Lebensführung von Fr. 5'904.20. Dies entspreche zugleich dem gebührenden Unterhalt im Sinn von <ref-law>, weil die Beschwerdegegnerin zwar vorbringe, über keine 2. Säule zu verfügen, aber daraus keine konkret bezifferten Ansprüche ableite und ihren Vorsorgebedarf auch nicht substanziiere.
Mit Bezug auf die Eigenversorgungskapazität hat das Obergericht erwogen, der Beschwerdegegnerin, die während der Ehe ihre Erwerbstätigkeit zugunsten der Haushaltführung und Kindererziehung aufgegeben hatte, sei trotz ihrer gesundheitlichen Probleme (somatoforische Störung) und der Lernschwierigkeiten von Z._ (gemäss schulpsychologischer Abklärung wäre eine Kleinklasse angebracht) eine 50%-ige Erwerbstätigkeit zuzumuten und sie könne dabei angesichts ihrer Grundausbildung als kaufmännische Angestellte und Zusatzausbildung als Systemtherapeutin ein Einkommen von Fr. 2'500.--, sodann ab dem vollendeten 16. Altersjahr des Sohnes mit einer Vollzeitstelle ein solches von Fr. 5'000.-- erzielen. Für die Phase des Teilzeiterwerbes sei ihr gebührender Unterhalt im Umfang von Fr. 2'404.20 nicht gedeckt; mit dem anschliessenden Vollzeiterwerb vermöge sie ihn selbst zu bestreiten.
3.2 Dass die Ehe angesichts des gemeinsamen Kindes lebensprägend war, wird vom Beschwerdeführer ebenso anerkannt wie die methodische Vorgehensweise. Er beanstandet aber die Höhe seiner Bezüge aus dem Geschäftsbetrieb während des ehelichen Zusammenlebens. In diesem Zusammenhang rügt er in erster Linie eine Verletzung von <ref-law> und macht nur beiläufig geltend, die Überlegungen des Obergerichts seien "auch nicht <ref-law> entsprechend". Was er in der Sache anficht, nämlich die Ermittlung der ehelichen Lebenshaltung, beschlägt aber eine reine Sachverhaltsfrage, die für das Bundesgericht verbindlich ist, soweit sie nicht unter Verletzung verfassungsmässiger Rechte, insbesondere des Willkürverbotes, zustande gekommen ist, wofür die strengen Rügeanforderungen gelten (vgl. die Ausführungen in E. 1).
Angesichts der weitestgehend appellatorischen Kritik, wie sie für Willkürrügen unzulässig ist, und der bloss beiläufigen, nicht im Einzelnen auf konkrete Erwägungen Bezug nehmenden Erwähnung von <ref-law> fragt sich, inwieweit auf die Ausführungen im Zusammenhang mit der Ermittlung der ehelichen Lebenshaltung überhaupt einzutreten ist. Ohnehin wären aber die Kritikpunkte des Beschwerdeführers selbst als individuelle Willkürrügen nicht geeignet, eine Verfassungsverletzung darzutun, was in der gebotenen Kürze zusammengefasst sei: Soweit der Beschwerdeführer geltend macht, die Beschwerdegegnerin habe bereits im Frühjahr 1999 mit Arbeiten aufgehört und die ihr noch ausbezahlten Beträge seien primär Entschädigung für früher geleistete Überstunden gewesen, so ändert dies nichts an der (als solchen unbestrittenen) Tatsache, dass dieses Einkommen für die gemeinsame Lebenshaltung verwendet worden ist. Ebenso wenig ist es willkürlich, sondern vielmehr sogar üblich und sachgemäss, bei schwankendem Einkommen, namentlich im Zusammenhang mit selbständiger Erwerbstätigkeit, für die Ermittlung der ehelichen Lebenshaltung auf den Durchschnitt der letzten drei Jahre und nicht isoliert auf das letzte Jahr abzustellen (z.B. Urteil 5A_241/2008, E. 3). Weshalb nicht auf die in der Buchhaltung ausgewiesene Gewinnzahl oder auf die Steuererklärung, sondern auf die Privatbezüge abgestellt wurde, hat das Obergericht unter Zitierung der entsprechenden Doktrin und Gerichtspraxis ausführlich erläutert; mit der blossen Behauptung, dies sei unhaltbar, ist keine Willkür darzutun. Gleiches gilt für das Vorbringen, es gehe nicht an, ein teures Gutachten zu seinem Erwerbseinkommen in Auftrag zu geben und dann doch nicht darauf abzustellen: Mit Bezug auf das WIR-Konto hat das Obergericht zugunsten des Beschwerdeführers auf das Gutachten abgestellt. Im Übrigen hat es auf die vom Gutachter festgestellten Lücken in den Beurteilungsgrundlagen (viele Geschäftsunterlagen waren gar nicht vorhanden) und die in Frage gestellte Ordnungsmässigkeit der Buchhaltung hingewiesen (teilweise wurde gegen die Ordnungsmässigkeit der Buchführung und Rechnungslegung verstossen). Indem der Beschwerdeführer sich dazu nicht äussert, übergeht er entscheidwesentliche Erwägungen und bleibt seine Rüge deshalb unsubstanziiert. Ebenso wenig ergibt sich Willkür aus der pauschalen Behauptung, die vom Obergericht vorgenommenen Korrekturen (Anrechnung von Darlehenstilgung) zeige, dass man in seinem Fall eben nicht auf die Privatbezüge abstellen könne, sondern den ausgewiesenen Gewinn als Basis nehmen müsse: Nach dem Gesagten ist die Ordnungsmässigkeit der Buchhaltung höchst zweifelhaft und selbst bei ordnungsgemässer Rechnungslegung liesse sich der ausgewiesene Gewinn in mannigfaltiger Weise (etwa durch Bildung stiller Reserven) steuern. Aus diesem Grund ist das Abstellen auf die Privatbezüge im vorliegenden Fall nicht nur (wie bereits erwähnt) willkürfrei, sondern sogar sachgerecht. Einzig dann könnte einer Willkürrüge Erfolg beschieden sein, wenn der Beschwerdeführer mit substanziierten Ausführungen darlegen würde, dass mit den höheren Privatbezügen die Substanz des Betriebes aufgezehrt bzw. dieser innerlich ausgehöhlt würde; solches tut er nicht im Ansatz dar.
Dass das Obergericht auf der Grundlage der (willkürfreien) Sachverhaltsfeststellungen bezüglich der ehelichen Lebenshaltung falsche rechtliche Schlüsse mit Bezug auf den nachehelichen Unterhalt gezogen hätte, macht der Beschwerdeführer nicht geltend; im Gegenteil anerkennt er die obergerichtliche Methodik ausdrücklich als zulässig.
4. Der Beschwerdeführer macht aber eine Rechtsverletzung im Zusammenhang mit dem Rentenbeginn geltend.
4.1 Das Bezirksgericht hat der Beschwerdegegnerin in seinem Urteil vom 22. Januar 2007 eine 50%-ige Erwerbstätigkeit ab dem vollendeten 10. Altersjahr des Sohnes Z._ im März 2009 zugemutet und deshalb den nachehelichen Unterhalt ab April 2009 reduziert. Das Obergericht hat der Beschwerdegegnerin in seinem Urteil vom 23. Juni 2009 direkt ein hypothetisches Erwerbseinkommen von 50% angerechnet, weil der Sohn in diesem Zeitpunkt das 10. Altersjahr bereits vollendet hatte, und es hat den Beschwerdeführer zu nachehelichem Unterhalt ab Rechtskraft des obergerichtlichen Urteils verpflichtet.
4.2 Der Beschwerdeführer erblickt darin einen Verstoss gegen <ref-law> und verlangt, dass der Beschwerdeführerin rückwirkend ab April 2009 ein hypothetisches Einkommen anzurechnen sei.
4.3 Gemäss <ref-law> bestimmt das Gericht den Beginn der Beitragspflicht. Indem das Gesetz keinen bestimmten Zeitpunkt nennt, überlässt es dem Sachgericht einen relativ grossen Spielraum (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 123) und damit ein Ermessen. So wie es bereits unter dem alten Scheidungsrecht der üblichen Gerichtspraxis entsprochen hat (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 122), ist es auch nach <ref-law> die Regel, dass der Beginn der Unterhaltspflicht auf den Zeitpunkt der Rechtskraft des Rentenurteils festgesetzt wird (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 123). Inwiefern das Obergericht durch Befolgung dieser Regel von seinem Ermessen unsachgemässen Gebrauch gemacht haben soll, ist umso weniger ersichtlich, als das der Beschwerdegegnerin angerechnete Einkommen hypothetischer Natur ist und es wenig sachgerecht wäre, ein nicht tatsächlich vorhandenes Einkommen rückwirkend anzunehmen.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit auf sie einzutreten ist. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Der Beschwerdegegnerin ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau Zivilgericht 1. Kammer schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. November 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli