Sachverhalt:
A. Am 20. Februar 2007 leitete die Bank Y._ gegen X._ für Fr. 199'750.57 die Betreibung auf Grundpfandverwertung Nr. ... des Betreibungsamtes A._ ein. Am 5. Juli 2007 wurde der Bank die provisorische Rechtsöffnung erteilt und am 30. September 2009 wurde die Aberkennungsklage des Schuldners abgewiesen. Das Betreibungsamt setzte die Versteigerung der betroffenen Liegenschaft auf den 1. September 2010 an.
B. Am 23. Juni 2010 reichte der Schuldner beim Bezirksgericht Aarau eine negative Feststellungsklage ein, mit welcher er u.a. die vorläufige Einstellung der Betreibung verlangte. Er machte geltend, sich mit der Bank im Rahmen eines novierenden Vertrages auf die Bezahlung eines Betrages von Fr. 150'000.-- geeinigt zu haben. Sodann verlangte er die unentgeltliche Rechtspflege.
C. Mit Verfügung vom 28. Juni 2010 wies der Gerichtspräsident I des Bezirksgerichts Aarau das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab mit der Begründung, der betreffende Vertrag würde aufgrund der qualifizierten Buchführungspflicht der Banken erst mit der allseitigen Unterzeichnung wirksam, weshalb die negative Feststellungsklage aussichtslos sei, und er setzte eine Frist von 20 Tagen ab Rechtskraft der Verfügung zur Leistung des Kostenvorschusses von Fr. 10'000.--.
Gegen die verweigerte unentgeltliche Rechtspflege reichte der Schuldner am 8. Juli 2010 eine Beschwerde ein, mit welcher er die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und die vorläufige Einstellung der Betreibung verlangte. Mit Verfügung vom 26. Juli 2010 trat der Instruktionsrichter auf das Einstellungsbegehren nicht ein. Mit Entscheid vom 16. August 2010 wies das Obergericht des Kantons Aargau die restliche Beschwerde ab (ZSU.2010.262).
Dagegen hat der Schuldner am 29. September 2010 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben, die vom Bundesgericht mit Urteil heutigen Datums abgewiesen wurde (Verfahren 5A_684/2010).
D. Am 29. Juli 2010 forderte der Schuldner das Bezirksgericht auf, mit Blick auf die Liegenschaftsversteigerung vom 1. September 2010 umgehend über das Einstellungsbegehren zu befinden.
Nachdem das Bezirksgericht hierauf nicht reagiert hatte, reichte der Schuldner am 11. August 2010 bei der Justizkommission des Obergerichts eine Aufsichtsbeschwerde ein mit dem Begehren um Anweisung des Bezirksgerichts, umgehend einen Entscheid über die vorläufige Einstellung der Betreibung zu fällen bzw. eventualiter umgehend die Gegenpartei anzuhören und anschliessend über die Klage zu befinden. Er machte darauf aufmerksam, dass die angemessene Beurteilungsfrist fallbezogen zu konkretisieren sei, dass vorliegend das beschleunigte Verfahren gelte und dass die Versteigerung der Liegenschaft auf den 1. September 2010 angesetzt sei.
Mit Schreiben vom 23. August 2010 machte der Schuldner die Justizkommission nochmals auf die drohende Liegenschaftsversteigerung vom 1. September 2010 aufmerksam und verlangte, das Bezirksgericht sei anzuweisen, bis zum 25. August 2010 superprovisorisch das Massnahmebegehren um vorläufige Einstellung der Betreibung gutzuheissen.
Mit Entscheid vom 24. August 2010 wies der Präsident der Inspektionskommission das Gesuch um superprovisorische Anweisung des Bezirksgerichts ab und hielt fest, der Entscheid in der Hauptsache erfolge nach Eingang der Vernehmlassung. Zur Begründung führte er an, die Pflicht zum Vorschiessen der Gerichtskosten entfalle nur bei unentgeltlicher Rechtspflege. Das Bezirksgericht habe diese verweigert und das Obergericht habe über die diesbezügliche Beschwerde noch nicht befunden (in Wahrheit hatte das Obergericht hierüber bereits am 16. August 2010 befunden, wobei dieser Entscheid dem Schuldner erst am 1. September 2010 zugestellt wurde und offenbar auch gerichtsintern unbekannt blieb). Der Schuldner habe den Gerichtskostenvorschuss aktuell nicht bezahlt und deshalb sei keine Rechtsverzögerung oder Rechtsverweigerung durch das Bezirksgericht zu erkennen, denn Massnahmen müssten nicht vor der Leistung des Kostenvorschusses erlassen werden und das Bezirksgericht habe die Sache deshalb förderlich behandelt (IVV.2010.30).
Mit Eingabe vom 27. August 2010 verlangte der Schuldner erneut direkt beim Bezirksgericht Aarau die superprovisorische Einstellung der Betreibung, wofür ein neues Dossier eröffnet wurde (summarisches Verfahren). Noch am gleichen Tag wies der Gerichtspräsident I den Erlass einer Massnahme bis zum Eingang einer Stellungnahme der Bank in der Hauptsache (ordentliches Verfahren) ab.
E. Am 31. August 2010 reichte der Schuldner eine Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde gemäss <ref-law> ein mit den Begehren, das vor Amtsgericht hängige Massnahmebegehren sei im Sinn einer ultima ratio durch das Bundesgericht gutzuheissen, eventualiter sei die Inspektionskommission anzuweisen, unverzüglich über das Massnahmebegehren zu entscheiden, und die Betreibung sei superprovisorisch einzustellen. Mit Präsidialverfügung vom 31. August 2010 wurde die Betreibung Nr. ... des Betreibungsamtes A._ gestützt auf <ref-law> superprovisorisch eingestellt. Mit Schreiben vom 9. September 2010 verzichtete die Inspektionskommission auf eine Vernehmlassung. Das Bezirksgericht liess sich nicht vernehmen. Mit Eingabe vom 14. September 2010 äusserte sich der Beschwerdeführer zum Schreiben der Inspektionskommission.

Erwägungen:
1. Die grundsätzlich jederzeit mögliche Beschwerde im Sinn von <ref-law> kann nur erhoben werden, wenn es eine Behörde ausdrücklich ablehnt, eine Entscheidung zu treffen, obwohl sie dazu verpflichtet ist (formelle Rechtsverweigerung; <ref-ruling> E. 4 S. 133; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9), oder wenn sich die zuständige Behörde zwar bereit zeigt, einen Entscheid zu treffen, diesen aber nicht binnen der Frist fällt, welche nach der Natur der Sache und nach der Gesamtheit der übrigen Umstände als angemessen erscheint (Rechtsverzögerung; <ref-ruling> E. 2a S. 191). Wurde hingegen ein Entscheid getroffen, der aber ein offensichtliches Fehlurteil ist, so liegt eine materielle Rechtsverweigerung vor (vgl. <ref-ruling> E. 2d S. 579), gegen die nicht eine Rechtsverzögerungs- bzw. Rechtsverweigerungsbeschwerde gemäss <ref-law> ergriffen werden kann; vielmehr ist hier innerhalb der anwendbaren Rechtsmittelfrist der getroffene Entscheid anzufechten (Botschaft zum BGG, BBl 2001 S. 4334 Ziff. 4.1.4.1; Urteile 1C_433/2008, E. 1.4; 1B_108/2009, E. 1.4).
Vorliegend blieb mit Bezug auf die verlangte superprovisorische Einstellung der Betreibung der erstinstanzliche Richter im ordentlichen Verfahren zwar untätig. Weil vorab der kantonale Instanzenzug auszuschöpfen ist, kann vor Bundesgericht aber nur oberinstanzliche Untätigkeit zum Gegenstand einer Beschwerde gemäss <ref-law> gemacht werden. Vorliegend ist indes weder Rechtsverzögerung noch formelle Rechtsverweigerung gegeben, nachdem der Präsident der mit der Aufsichtsbeschwerde befassten Justizkommission am 24. August 2010 eine negative Verfügung erlassen hat. Zwar ist die Begründung, ohne Kostenvorschuss sei das Bezirksgericht nicht zum Erlass irgendwelcher Massnahmen verpflichtet und dessen Untätigkeit sei folglich korrekt, offensichtlich unhaltbar: Gemäss Verfügung des Bezirksgerichts vom 28. Juni 2010 beginnt die Frist für den Kostenvorschuss mit der Rechtskraft des abweisenden Entscheides über die unentgeltliche Rechtspflege zu laufen. Der Schuldner hat die Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege vor Obergericht mit Beschwerde gemäss <ref-law>/AG angefochten und der Beschwerde kommt nach aargauischem Zivilprozessrecht aufschiebende Wirkung zu (BÜHLER/EDELMANN/KILLER, Kommentar zur aargauischen Zivilprozessordnung, 2. Aufl., 1998, N. 14 zu § 335). Dass die Justizkommission dem Schuldner dennoch vorwarf, keinen Kostenvorschuss geleistet zu haben, und sich deshalb mit Verfügung vom 24. August 2010 weigerte, das Bezirksgericht mit Blick auf die Liegenschaftsversteigerung vom 1. September 2010 zum Erlass einer superprovisorischen Massnahme gemäss <ref-law>/AG anzuhalten, kommt einer materiellen Rechtsverweigerung gleich, indem die Begründung qualifiziert unrichtig ist und die vorweggenommene Versteigerung die negative Feststellungsklage gegenstandslos gemacht hätte (vgl. <ref-ruling> zum analogen Fall, wo ein Gericht vor dem Entscheid über die Einstellung der Betreibung den Konkurs eröffnete). Gegen eine materielle Rechtsverweigerung steht aber die Beschwerde gemäss <ref-law>, wie vorstehend ausgeführt, nicht offen. Vielmehr hätte der Schuldner gegen die betreffende Zwischenverfügung vom 24. August 2010 eine Beschwerde gemäss <ref-law> erheben müssen, wie sie bei grosser Dringlichkeit und anderweitig nicht mehr wieder gutzumachendem Nachteil ausnahmsweise auch im Zusammenhang mit verweigerten superprovisorischen Massnahmen möglich ist (vgl. Urteil 5A_712/2008, E. 1.2). Als solche Beschwerde kann die vorliegende Eingabe jedoch nicht entgegengenommen werden, weil bei vorsorglichen Massnahmen nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte (z.B. Willkürverbot, Treu und Glauben, rechtliches Gehör) vorgebracht werden kann (<ref-law>) und keine entsprechenden Rügen erhoben worden sind.
2. Der Beschwerdeführer rügt in seiner Beschwerde eine Rechtsverweigerung bzw. Rechtsverzögerung im Zusammenhang mit der im Hinblick auf die Liegenschaftsversteigerung vom 1. September 2010 verlangten, jedoch mit der Begründung des nicht geleisteten Kostenvorschusses verweigerten superprovisorischen Einstellung der Grundpfandbetreibung. Bereits in seiner ursprünglichen Klage vom 23. Juni 2010 habe er ein Begehren um Einstellung der Betreibung gestellt, sodann habe er mit Eingaben an das Bezirksgericht vom 29. Juli und vom 27. August 2010 unter Hinweis auf die anstehende Versteigerung sofortige Massnahmen verlangt.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass auf die Beschwerde gemäss <ref-law> nicht eingetreten werden kann. Nachdem aber die Versteigerung aufgrund der im bundesgerichtlichen Verfahren superprovisorisch gewährten aufschiebenden Wirkung ohnehin abgesetzt werden musste und die parallele Beschwerde betreffend unentgeltliche Rechtspflege mit Urteil heutigen Datums abgewiesen worden ist (5A_684/2010), sei den kantonalen Instanzen im Anschluss an das vorstehend Gesagte nahegelegt, den weiteren Verfahrensgang angesichts der Bestimmung von <ref-law> so einzurichten bzw. die hängigen Verfahren in einer Weise voranzutreiben, dass vor dem neu anzusetzenden Steigerungsdatum der Kostenvorschuss für die negative Feststellungsklage geleistet, die Gegenpartei angehört und der Entscheid über die allfällige Einstellung der Betreibung im Sinn von <ref-law> getroffen werden kann.
Fehlt es bereits an den Eintretensvoraussetzungen, muss die Beschwerde als von Anfang an aussichtslos angesehen und mithin das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren abgewiesen werden (<ref-law>). Die Gerichtskosten sind ausgangsgemäss dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Aargau, der Bank Y._ und dem Betreibungsamt A._ schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Oktober 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli