Sachverhalt:
A. A.a Die X._ AG (vormals: Q._ SA) hat ihren Sitz in A._/BE und bezweckt den Handel mit Maschinen und Geräten der Land-, Kommunal- und Baumaschinenbranche sowie das Ausführen von Reparatur- und Servicearbeiten an diesen Handelsgütern.
Die Y._ & Co. AG hat ihren Sitz in B._/BE und bezweckt die Entwicklung, die Herstellung und den Vertrieb von Maschinen, Fahrzeugen und deren Komponenten insbesondere für die Landwirtschaft, die Kommunaltechnik und den Hoch- und Tiefbau.
Die Z._ Holding AG ist eine Holdinggesellschaft mit Sitz in C._/TG.
A.b Im Jahr 2010 trugen die Y._ & Co. AG sowie die Z._ Holding AG als Klägerinnen und die damalige Q._ AG als Beklagte einen Streit vor dem Handelsgericht des Kantons Bern aus.
Am 14. Dezember 2010 schlossen die Parteien vor dem Handelsgericht einen gerichtlichen Vergleich mit folgendem Wortlaut ab:
"1. Die Beklagte verpflichtet sich, sich von 'Q._ SA' umzufirmieren zu 'X._ SA'.
2. Sie hat diese Änderung bis zum 30.06.2011 vorzunehmen und bei den zuständigen Handelsregisterämtern anzumelden.
3. Die Beklagte verpflichtet sich, ihren bisherigen Marktauftritt beizubehalten und ihn mit dem Zusatz 'X._', deutlich lesbar und ebenfalls auf gelben Hintergrund mit schwarzer Schrift, zu ergänzen.
[Logo "Q._" in schwarzer Schrift auf gelbem Hintergrund]
Die Ergänzung des Marktauftritts hat bis zum 30.06.2011 zu erfolgen.
4. Die Klägerinnen erklären sich mit dem unter Ziff. 3 umschriebenen Marktauftritt und einer allfälligen Eintragung als Wort-Bild-Marke einverstanden.
5. Die Gerichtskosten von CHF 4'000.00 werden halbiert.
6. Die Parteikosten werden wettgeschlagen.
7. Die drei Parteien bestätigen, je ein Exemplar dieses Vergleichs im Original erhalten zu haben."
Am 23. Juni 2011 firmierte sich die Q._ AG in X._ AG um.
In der Folge kamen die Y._ & Co. AG und die Z._ Holding AG indessen zum Schluss, die X._ AG komme ihren Verpflichtungen gemäss Ziffer 3 des Vergleichs nicht nach.
B. B.a Mit Vollstreckungsgesuch vom 22. November 2011 gegen die X._ AG stellten die Y._ & Co. AG und die Z._ Holding AG dem Regionalgericht Berner Jura-Seeland die folgenden Rechtsbegehren:
"1. Die Gesuchsgegnerin sei zu verpflichten, Ziff. 3 des am 14. Dezember 2010 vor Handelsgericht des Kantons Bern geschlossenen Vergleichs umgehend zu erfüllen.
2. Es sei gegenüber der Gesuchsgegnerin für den Fall der Unterlassung eine Ordnungsbusse in Höhe von CHF 1'000.00 für jeden Tag der Nichterfüllung anzuordnen. Überdies sei gegenüber der Gesuchsgegnerin für jede zukünftige Handlung, welche Ziff. 3 des Vergleichs verletzt, eine Ordnungsbusse in Höhe von CHF 1'000.00 anzuordnen.
3. Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Gesuchsgegnerin."
Mit Entscheid vom 18. Januar 2012 wies das Regionalgericht Berner Jura-Seeland das Gesuch ab.
B.b Mit Urteil vom 11. April 2012 hiess das Obergericht des Kantons Bern die von der Y._ & Co. AG und Z._ Holding AG gegen den Entscheid des Regionalgerichts eingelegte Beschwerde gut und ordnete in den Ziffern 1 und 2 des Urteilsdispositivs Folgendes an:
"1. Die Beschwerdegegnerin wird verpflichtet, Ziffer 3 des am 14. Dezember 2010 vor dem Handelsgericht des Kantons Bern geschlossenen Vergleichs bis spätestens am 31. Mai 2012 zu erfüllen.
2. Für jede festgestellte Unterlassung bzw. Widerhandlung nach Ablauf der Frist wird der Beschwerdegegnerin eine Ordnungsbusse von CHF 1'000.00 auf Antrag der Berufungsklägerin [recte: Beschwerdeführerinnen] angedroht."
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, es sei das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 11. April 2012 aufzuheben und das Vollstreckungsgesuch vom 22. November 2011 sei abzuweisen. Weiter sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Die Beschwerdegegnerinnen beantragen in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Parteien reichten Replik und Duplik ein.
D. Mit Präsidialverfügung vom 4. Juni 2012 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung insoweit gutgeheissen, als der Beschwerde die aufschiebende Wirkung mit Bezug auf Ordnungsbussen im Zusammenhang mit Dokumenten, die sich bis zum heutigen Zeitpunkt bereits im Umlauf befinden, gewährt wurde.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Rechtsmittelentscheid eines oberen kantonalen Gerichts (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), ist innert der Beschwerdefrist (<ref-law>) von der mit ihren Rechtsbegehren unterlegenen Partei (<ref-law>) eingereicht worden und bei der Streitsache handelt es sich um die Vollstreckung eines Entscheids in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziffer 1 BGG) mit einem Fr. 30'000.-- übersteigenden Streitwert (<ref-law>).
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen verfahrensabschliessenden Rechtsmittelentscheid eines oberen kantonalen Gerichts (Art. 75 i.V.m. <ref-law>), ist innert der Beschwerdefrist (<ref-law>) von der mit ihren Rechtsbegehren unterlegenen Partei (<ref-law>) eingereicht worden und bei der Streitsache handelt es sich um die Vollstreckung eines Entscheids in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziffer 1 BGG) mit einem Fr. 30'000.-- übersteigenden Streitwert (<ref-law>).
1.2 1.2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Dazu gehören sowohl die Feststellungen über den Lebenssachverhalt, der dem Streitgegenstand zugrunde liegt, als auch jene über den Ablauf des vor- und erstinstanzlichen Verfahrens, namentlich die Parteivorbringen in denselben (Urteile 4A_210/2009 vom 7. April 2010 E. 2; 4A_439/2010 vom 20. Oktober 2011 E. 2.1). Das Bundesgericht kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Die Beschwerdeführerin, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substanziiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
1.2.2 Die Beschwerdeführerin verkennt diese Grundsätze, soweit sie ihren rechtlichen Vorbringen unter dem Titel "Art. 2 Sachverhalt" eine ausführliche Sachverhaltsdarstellung voranstellt, in der sie den Ablauf der Ereignisse sowie des Verfahrens aus ihrer Sicht schildert. Sie weicht darin in verschiedenen Punkten von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz ab oder erweitert diese unter Hinweis auf verschiedenste Aktenstücke des kantonalen Verfahrens sowie weiteren Dokumenten, ohne substanziiert Ausnahmen von der Sachverhaltsbindung geltend zu machen. Ihre Ausführungen haben daher unbeachtet zu bleiben, und es ist ausschliesslich auf den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt abzustellen.
1.2.2 Die Beschwerdeführerin verkennt diese Grundsätze, soweit sie ihren rechtlichen Vorbringen unter dem Titel "Art. 2 Sachverhalt" eine ausführliche Sachverhaltsdarstellung voranstellt, in der sie den Ablauf der Ereignisse sowie des Verfahrens aus ihrer Sicht schildert. Sie weicht darin in verschiedenen Punkten von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz ab oder erweitert diese unter Hinweis auf verschiedenste Aktenstücke des kantonalen Verfahrens sowie weiteren Dokumenten, ohne substanziiert Ausnahmen von der Sachverhaltsbindung geltend zu machen. Ihre Ausführungen haben daher unbeachtet zu bleiben, und es ist ausschliesslich auf den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt abzustellen.
1.3 1.3.1 Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444). Dabei hat die Begründung in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen; Verweise auf andere Rechtsschriften, insbesondere im kantonalen Verfahren eingereichte, sind unbeachtlich (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 399 f.; <ref-ruling> E. 2.3 S. 387 f., je mit Verweisen).
1.3.2 Auch diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin, soweit sie der Vorinstanz an mehreren Stellen ihrer Beschwerdeschrift pauschal eine Verletzung von "<ref-law> (Willkürverbot) und 29 ff. BV (Unzulässige Einschränkung der Prüfung, Verstoss gegen Verfahrensgarantien, Verstoss gegen die Rechte im gerichtlichen Verfahren und Verstoss gegen den Grundsatz der Rechtssicherheit" vorwirft, ohne diese angeblichen Verfassungsverstösse substanziiert und in Auseinandersetzung mit den vorinstanzlichen Erwägungen darzulegen und aufzuzeigen. Darauf ist nicht einzutreten. Dies gilt namentlich auch für den unter Titel "Art. 4 Nichtbeachten wesentlicher und aktenkundiger Elemente des Sachverhalts" erhobenen Vorwurf, die Vorinstanz habe das rechtliche Gehör (<ref-law>) der Beschwerdeführerin verletzt, indem sie "wesentliche Fakten, welche zu einem abweisenden Entscheid der Begehren der Beschwerdegegnerinnen geführt hätte," unbeachtet gelassen habe. Zur Begründung dieser Rüge führt die Beschwerdeführerin auf S. 12 f. zwar eine ganze Liste von Tatsachen auf, welche die Vorinstanz angeblich unbeachtet gelassen habe, zeigt dabei aber nicht in einer den Begründungsanforderungen von <ref-law> genügenden Weise auf, dass sie diese Tatsachen vor der Vorinstanz auch gehörig behauptet und entsprechende Beweismittel rechtzeitig und formrichtig angeboten hat.
2. Unter dem Titel "Art. 3 Überschreitung der Kompetenz der Vorinstanz" wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz vor, diese habe die zu vollstreckende Ziffer 3 des Vergleichs "ausgelegt" und dabei die dort gewählte offene Formulierung in unzulässiger Weise "unnötig und in massiver Überschreitung ihrer Kompetenz" eingeengt. Damit habe die Vorinstanz gegen "<ref-law> i.V.m. <ref-law> und <ref-law>" sowie "<ref-law> (Willkürverbot) und 29 ff. BV (Unzulässige Einschränkung der Prüfung, Verstoss gegen Verfahrensgarantien, insbesondere Überschreitung der Entscheidkompetenzen, Verstoss gegen die Rechte im gerichtlichen Verfahren)" verstossen.
Die Rüge ist unbegründet. Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz die zu vollstreckende Ziffer 3 des Vergleichs nämlich in keiner Weise ausgelegt. Die Vorinstanz hat in der Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Vollstreckungsentscheids vielmehr integral auf Ziffer 3 des Vergleichs verwiesen und angeordnet, diese sei bis spätestens am 31. Mai 2012 zu erfüllen. Damit hat die Vorinstanz die im Vergleich vereinbarte Verpflichtung, gemäss welcher die Beschwerdeführerin ihren bisherigen Marktauftritt beizubehalten und ihn mit dem Zusatz "X._" deutlich lesbar und ebenfalls auf gelben Hintergrund mit schwarzer Schrift zu ergänzen hat, ohne jegliche Auslegung telle quelle vollstreckt. Sie hat dabei einzig eine Frist angesetzt, innerhalb derer die Beschwerdeführerin die genannte Leistung zu erbringen hat. Von einer Auslegung des Vergleichs oder einer wie auch immer gearteten Konkretisierung oder "Einengung" des darin enthaltenen Pflichtenprogramms kann keine Rede sein.
3. Unter dem Titel "Art. 5 Mangelnde Vollstreckbarkeit der Ziffer 3 des Vergleiches vom 14.12.2010" macht die Beschwerdeführerin geltend, die Vorinstanz habe zu Unrecht die Vollstreckbarkeit von Ziffer 3 des Vergleichs bejaht. Der Regelungsinhalt von Ziffer 3 sei mangels "Praktikabilität" "materiell" nicht vollstreckbar. Bis heute befänden sich Tausende von Dokumentationsseiten, wie gültige Preislisten sowie von Dritten genutzte Marktauftritte (Drittlogos, Werbeinserate, Merchandise-Produkte etc.), auf dem Markt. Diese Dokumente seien dem Herrschaftsbereich der Beschwerdeführerin entzogen. Es sei der Beschwerdeführerin nicht möglich gewesen, diese Dokumente bis zum 30. Juni 2011 zu entfernen.
3.1 Nach <ref-law> ist ein Entscheid vollstreckbar, wenn er rechtskräftig ist und das Gericht die Vollstreckung nicht aufgeschoben hat (lit. a) oder noch nicht rechtskräftig ist, jedoch die vorzeitige Vollstreckung bewilligt worden ist (lit. b).
Unter den Begriff des Entscheids im Sinne dieser Norm fallen auch Entscheidsurrogate wie etwa der gerichtliche Vergleich (LORENZ DROESE, in: Basler Kommentar, 2010, N. 19 zu <ref-law>; SABINE KOFMEL EHRENZELLER, in: Oberhammer [Hrsg.], Kurzkommentar ZPO, 2010, N. 2 zu <ref-law>; NICOLAS JEANDIN, in: Bohnet et al. (Hrsg.), Code de procédure civile commenté, 2011, N. 12 zu <ref-law>).
Da ein gerichtlicher Vergleich lediglich mit dem ausserordentlichen Rechtsmittel der Revision angefochten werden kann (<ref-law>; Botschaft vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, BBl 2006 7221, S. 7380), erwächst er umgehend mit seinem Abschluss in formelle Rechtskraft (statt aller GEORG NÄGELI, in: Oberhammer [Hrsg.], Kurzkommentar ZPO, 2010, N. 33 zu <ref-law>). Er ist damit formell vollstreckbar i.S. von <ref-law>.
3.2 Zur formellen Vollstreckbarkeit i.S. von <ref-law> tritt als weitere Vollstreckbarkeitsvoraussetzung die tatsächliche Möglichkeit hinzu, die im Entscheid oder Entscheidsurrogat festgestellte Leistungspflicht zu vollstrecken (DROESE, a.a.O., N. 16 zu <ref-law>). Hierzu ist namentlich erforderlich, dass der formell vollstreckbare Entscheid die durchzusetzende Pflicht in sachlicher, örtlicher und zeitlicher Hinsicht so klar bestimmt, dass das Vollstreckungsgericht diesbezüglich keine eigene Erkenntnistätigkeit entfalten muss (DROESE, a.a.O., N. 16 zu <ref-law>; FRANCESCO TREZZINI, in: Commentario al Codice di diritto processuale civile svizzero [CPC], 2011, N. 2 zu <ref-law>, S. 1444 f.).
3.3 Die mit dem angefochtenen Entscheid vollstreckte Ziffer 3 des Vergleichs ist formell rechtskräftig und damit i.S. von <ref-law> formell vollstreckbar, was auch die Beschwerdeführerin zugibt. Der Regelungsinhalt der genannten Ziffer, also die Verpflichtung der Beschwerdeführerin, ihren bisherigen Marktauftritt beizubehalten und ihn bis am 30. Juni 2011 mit dem Zusatz "X._" deutlich lesbar und ebenfalls auf gelben Hintergrund mit schwarzer Schrift zu ergänzen, ist sodann auch in sachlicher, örtlicher und zeitlicher Hinsicht hinreichend bestimmt. Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz denn auch keine eigene Erkenntnistätigkeit entfaltet, sondern Ziffer 3 ohne Ergänzung oder Konkretisierung telle quelle vollstreckt (vgl. oben E. 2). Wenn die Beschwerdeführerin rügt, der Regelungsinhalt von Ziffer 3 des Vergleiches sei für sie nicht praktikabel, wendet sie sich in der Sache gegen den ausgehandelten Inhalt des Vergleiches. Dieser bzw. dessen Angemessenheit bildet jedoch nicht Gegenstand des Vollstreckungsverfahrens. Die Rüge, die Vorinstanz habe die Vollstreckbarkeit des Vergleiches zu Unrecht bejaht, ist unbegründet.
4. Unter dem Titel "Art. 6 Verstoss gegen die Beweisregeln im Vollstreckungsverfahren" wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz schliesslich vor, diese habe sich bei ihrem Entscheid ausschliesslich auf Tatsachenbehauptungen der Beschwerdegegnerinnen gestützt, ohne entsprechende Abnahme und Würdigung von Beweisen. Sie habe namentlich nicht geprüft, ob die von den Beschwerdegegnerinnen vorgelegten Urkunden mit dem alten Marktauftritt der Beschwerdeführerin vor oder nach dem 30. Juni 2011 hergestellt bzw. publiziert wurden.
4.1 Gemäss <ref-law> kann der Vollstreckungsgegner materiell gegen die Vollstreckbarkeit einwenden, dass seit Eröffnung des Entscheids Tatsachen eingetreten sind, welche der Vollstreckbarkeit entgegenstehen, wie insbesondere Tilgung, Stundung, Verjährung oder Verwirkung der geschuldeten Leistung. Dabei sind Tilgung und Stundung mit Urkunden zu beweisen. Die Beweislast für solche materiellen Einwendungen gegen die Leistungspflicht trägt der Vollstreckungsgegner (KOFMEL EHRENZELLER, a.a.O., N. 13 zu <ref-law>; DROESE, a.a.O., N. 38 zu <ref-law>; TREZZINI, a.a.O., S. 1459).
4.2 Mit ihren Vorbringen macht die Beschwerdeführerin in der Sache wie bereits in den kantonalen Verfahren geltend, sie sei ihrer Verpflichtung gemäss Ziffer 3 des Vergleichs hinreichend nachgekommen, habe diese also entgegen der Behauptung der Beschwerdegegnerinnen erfüllt. Die Vorinstanz kam demgegenüber zum Schluss, dass die Beschwerdeführerin nach dem im Vergleich festgesetzten Stichdatum des 30. Juni 2011 den Zusatz "X._" in diversen Fällen jedenfalls nicht in deutscher Sprache und nicht deutlich lesbar verwendet habe. Insoweit die Vorinstanz damit den Nachweis nicht für erbracht hielt, dass die Beschwerdeführerin ihre aus Ziffer 3 des Vergleiches fliessende Leistungspflicht erfüllt hat, hat sie zu Recht zulasten der Beschwerdeführerin entschieden, trägt diese doch für die materiellen Einwendungen gegen die Leistungspflicht die Beweislast. Die Rüge, die Vorinstanz habe gegen Beweisregeln im Vollstreckungsverfahren verstossen, ist unbegründet.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Dezember 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni