Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Nord-Estlands führt ein Strafverfahren gegen X._ wegen des Verdachts der Bestechung und Geldwäscherei.
Am 9. Februar und 27. April 2011 ersuchte sie die Schweiz um die Erhebung von Bankunterlagen.
Mit Schlussverfügung vom 27. Januar 2012 ordnete die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich die Herausgabe von Unterlagen betreffend ein auf die Y._ Ltd. lautendes Konto an die ersuchende Behörde an.
B. Auf die von X._ dagegen erhobene Beschwerde trat das Bundesstrafgericht (Beschwerdekammer) am 7. August 2012 nicht ein. Es verneinte die Beschwerdelegitimation.
C. X._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid des Bundesstrafgerichts sowie die Schlussverfügung seien aufzuheben und die Rechtshilfe zu verweigern. Die in der Schlussverfügung genannten Bankunterlagen über das Konto der Y._ Ltd. seien vollständig und unbelastet dem Beschwerdeführer herauszugeben. Eventualiter sei der Entscheid des Bundesstrafgerichts aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der bundesgerichtlichen Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Das Bundesstrafgericht und die Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich haben auf Gegenbemerkungen verzichtet.
Das Bundesamt für Justiz hat sich vernehmen lassen mit dem Antrag, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Es hält dafür, es fehle an der Eintretensvoraussetzung des besonders bedeutenden Falles nach <ref-law>.
X._ hat hierzu Stellung genommen. Er hält an seinen Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> ist gegen einen Entscheid auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen die Beschwerde nur zulässig, wenn er unter anderem eine Übermittlung von Informationen aus dem Geheimbereich betrifft und es sich um einen besonders bedeutenden Fall handelt (Abs. 1). Ein besonders bedeutender Fall liegt insbesondere vor, wenn Gründe für die Annahme bestehen, dass elementare Verfahrensgrundsätze verletzt worden sind oder das Verfahren im Ausland schwere Mängel aufweist (Abs. 2).
<ref-law> bezweckt die wirksame Begrenzung des Zugangs zum Bundesgericht im Bereich der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 160 mit Hinweisen). Ein besonders bedeutender Fall ist mit Zurückhaltung anzunehmen (<ref-ruling> E. 2.4 S. 144 mit Hinweis).
Bei der Beantwortung der Frage, ob ein besonders bedeutender Fall gegeben ist, steht dem Bundesgericht ein weiter Ermessensspielraum zu (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 160 mit Hinweis).
Gemäss <ref-law> ist in der Begründung der Rechtsschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass ein besonders bedeutender Fall nach Artikel 84 vorliegt, so ist auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist.
Erachtet das Bundesgericht eine Beschwerde auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen als unzulässig, so fällt es gemäss <ref-law> - abgesehen von einem hier nicht gegebenen Ausnahmefall - den Nichteintretensentscheid innert 15 Tagen seit Abschluss eines allfälligen Schriftenwechsels.
Nach <ref-law> entscheidet die Abteilung in Dreierbesetzung über Nichteintreten auf Beschwerden, bei denen kein besonders bedeutender Fall vorliegt (Abs. 1). Der Entscheid wird summarisch begründet. Es kann ganz oder teilweise auf den angefochtenen Entscheid verwiesen werden (Abs. 3).
1.2 Zwar geht es hier um die Übermittlung von Informationen aus dem Geheimbereich und damit um ein Sachgebiet, bei dem die Beschwerde nach <ref-law> insoweit möglich ist. Nach der zutreffenden Ansicht des Bundesamtes handelt es sich jedoch um keinen besonders bedeutenden Fall.
Die Vorinstanz hat die Voraussetzungen für die ausnahmsweise Annahme der Beschwerdelegitimation des lediglich wirtschaftlich an einem Konto Berechtigten verneint (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2c und d S. 157 f.). Sie anerkennt zwar, dass die Y._ Ltd. aufgelöst worden ist und der Beschwerdeführer an deren Konto wirtschaftlich berechtigt war. Sie erachtet es jedoch nicht als erwiesen, dass der Beschwerdeführer Begünstigter aus dem Liquidationserlös der Y._ Ltd. war.
Dieser Beweis ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung erforderlich (Urteile 1C_183/2012 vom 12. April 2012 E. 1.4 f.; 1C_440/2011 vom 17. Oktober 2011 E. 1.4 f.; 1C_161/2011 vom 11. April 2011 E. 1.3 f.; je mit Hinweisen). Wenn ihn die Vorinstanz unter den gegebenen Umständen als nicht erbracht beurteilt hat, ist das nicht zu beanstanden. Auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid (S. 5 f. E. 3.2) kann verwiesen werden. Eine rechtliche Grundsatzfrage stellt sich nicht.
Auch sonst wie bringt der Beschwerdeführer nichts vor, was es rechtfertigen könnte, den vorliegenden Fall als besonders bedeutend einzustufen.
Die Beschwerde ist danach unzulässig.
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft I des Kantons Zürich, dem Bundesstrafgericht, Beschwerdekammer, und dem Bundesamt für Justiz schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. September 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Härri