Faits:
A. A.X._, B.X._ et C.X._ exploitent des piscicultures sur les territoires respectifs des communes de Haut-Intyamon, Autafond et Chésopelloz, ainsi que Tavel. Ils élèvent des truites, truitelles et alevins à tous les stades de développement. En janvier 2007, ils ont tous les trois demandé au Service des forêts et de la faune du canton de Fribourg (ci-après: le Service cantonal) une nouvelle autorisation de tirer (ou faire tirer) des oiseaux, notamment des hérons cendrés, causant des dommages dans leurs piscicultures.
Le 24 janvier 2007, le Service cantonal a délivré les trois autorisations requises, permettant de tirer (ou faire tirer) des hérons cendrés, des grands cormorans et, pour A.X._, également des corneilles noires ainsi que des grands corbeaux. Il est admis que le nombre moyen de hérons abattus chaque année dans les trois piscicultures concernées est de 36 pour A.X._, 59 pour B.X._ et 31 pour C.X._.
B. L'Association suisse pour la protection des oiseaux (ASPO) et Pro Natura (Section de Fribourg) ont déposé trois recours à l'encontre des autorisations précitées dans la mesure où elles concernaient les hérons cendrés.
La Direction des institutions, de l'agriculture et des forêts du canton de Fribourg (ci-après: la Direction cantonale) a admis les recours par décisions des 13 juillet 2007 (cause A.X._), 30 juillet 2007 (cause B.X._) et 13 août 2007 (cause C.X._). Elle a annulé les décisions du Service cantonal parce qu'elles autorisaient une mesure individuelle de tir qui était exclue dès lors que le héron cendré était une espèce protégée et que seules des mesures exceptionnelles de tir pouvaient être prononcées, en application de la législation sur la chasse. Elle a ainsi remplacé les autorisations contestées par des "ordres de tir" adressés à A.X._, pour la "Pisciculture de la Gruyère", à B.X._ et D.X._pour la "Pisciculture B.X._" et enfin, à E.X._ et F.X._ pour la "Pisciculture du Gottéron". Elle a par ailleurs soumis ces tirs à des conditions. Ainsi, seuls les hérons se trouvant dans le périmètre des piscicultures, à proximité immédiate des bassins et à terre pouvaient être tirés au moyen d'une arme à feu et pour autant que des mesures d'effarouchement aient été exécutées au préalable, afin d'individualiser les oiseaux non craintifs susceptibles d'être tirés; chaque oiseau tiré devait être annoncé immédiatement au Service cantonal. Les ordres de tir étaient valables en principe jusqu'au 31 janvier 2009, mais pouvaient être annulés en tout temps par le Service cantonal.
C. L'ASPO et Pro Natura ont recouru contre les trois décisions précitées de la Direction cantonale. Ayant joint les causes, la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a, par arrêt du 30 octobre 2008, rejeté les recours, tout en ajoutant aux décisions contestées l'indication qu'afin d'individualiser les oiseaux non craintifs, susceptibles d'être tirés, les exploitants devaient mettre en fonction sur le site un épouvantail gonflable automatique.
D. Le 5 décembre 2008, l'ASPO et Pro Natura ont déposé un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 30 octobre 2008. Elles concluent, sous suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et des "décisions des autorités autorisant les tirs de hérons cendrés". Elles se plaignent de constatation manifestement incorrecte des faits et de violation du droit fédéral (interprétation et application fausses de la législation fédérale, violation du principe de la proportionnalité, arbitraire notamment dans l'interprétation et l'application du droit cantonal).
Le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours. La Direction cantonale conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours ainsi qu'à la confirmation de l'arrêt attaqué et des décisions autorisant les tirs de hérons cendrés. Les intimés A.X._, B.X._ et C.X._ contestent l'argumentation des recourantes, sans toutefois conclure expressément au rejet du recours.
L'Office fédéral de l'environnement a déposé des déterminations dans lesquelles il fait valoir que l'arrêt attaqué n'est pas conforme au droit fédéral. Les parties et le Tribunal cantonal ont encore été invités à se prononcer sur ces déterminations.
E. Par ordonnance présidentielle du 2 février 2009, la requête d'effet suspensif contenue dans le recours a été déclarée sans objet, les autorisations de tir étant en principe valables jusqu'au 31 janvier 2009.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 96).
1.1 L'ASPO et Pro Natura font partie des organisations d'importance nationale habilitées à déposer un recours en matière de droit public (art. 12 al. 1 let. b de la loi fédérale du 1er juillet 1966 sur la protection de la nature et du paysage [LPN; RS 451] en relation avec l'art. 1 et les ch. 4 et 6 de l'annexe à l'art. 1 de l'ordonnance du 27 juin 1990 relative à la désignation des organisations habilitées à recourir dans les domaines de la protection de l'environnement ainsi que de la protection de la nature et du paysage [ODO; RS 814.076]). En outre, elles sont les destinataires de l'arrêt attaqué qui les touche particulièrement et déclarent déposer un recours dans l'intérêt des oiseaux sauvages, en invoquant la loi fédérale du 20 juin 1986 sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages (ci-après: la loi fédérale sur la chasse ou LChP; RS 922.0) (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 60 s.; 1C_408/2008 du 16 juillet 2009 consid. 1.2 non publié in <ref-ruling>). De plus, le droit de recours suppose que l'intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de la décision entreprise soit actuel (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 365). En principe, l'intérêt digne de protection doit exister non seulement au moment du dépôt du recours, mais encore au moment où l'arrêt est rendu. Toutefois, le Tribunal fédéral fait exceptionnellement abstraction de l'exigence d'un intérêt actuel, lorsque la contestation peut se reproduire en tout temps dans des circonstances identiques ou analogues, que sa nature ne permet pas de la trancher avant qu'elle ne perde son actualité et que, en raison de sa portée de principe, il existe un intérêt public suffisamment important à la solution de la question litigieuse (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 81; cf. aussi <ref-ruling> consid. 1.2 p. 674; <ref-ruling> consid. 1.7 p. 119). Ces conditions sont remplies en l'espèce, dès lors que les autorisations de tir qui sont à la base du présent litige étaient certes valables jusqu'au 31 janvier 2009 seulement, mais que de telles autorisations sont toujours limitées dans le temps. Il y a donc lieu d'admettre la qualité pour recourir de l'ASPO et de Pro Natura au sens de l'art. 89 al. 1 et al. 2 let. d LTF.
1.2 En tant qu'il s'en prend à l'arrêt du Tribunal cantonal du 30 octobre 2008, le présent recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) dans une cause de droit public (<ref-law>); en outre, il a été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>), de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
En revanche, dans la mesure où les recourantes ne s'en prennent pas seulement à l'arrêt attaqué, mais encore à des "décisions des autorités autorisant les tirs de hérons cendrés" dont elles demandent l'annulation, leur recours n'est pas recevable en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé auprès du Tribunal cantonal (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 302 s.; <ref-ruling> consid. 1c p. 33).
2. Des mesures probatoires devant le Tribunal fédéral ne sont qu'exceptionnellement ordonnées dans une procédure de recours (JEAN-MAURICE FRÉSARD, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 9 ad art. 55), dès lors que le Tribunal fédéral statue et conduit en principe son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. infra, consid. 3).
Les recourantes requièrent la production du dossier du Tribunal cantonal 2A 2007-95/96/97, que ce dernier a déposé au Tribunal fédéral en application de l'<ref-law>. Elles demandent également l'audition de U.C. de la station ornithologique suisse, sans toutefois motiver leur requête. Il n'y sera pas donné suite, car il n'y a aucun élément dont on puisse inférer des circonstances exceptionnelles justifiant une mesure d'instruction.
3. Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). Si le recourant entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. <ref-law>), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 254 s.; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288).
Les recourantes se plaignent d'une constatation manifestement inexacte des faits. Elles s'en prennent aux calculs effectués par la Direction cantonale et confirmés par le Tribunal cantonal, pour admettre que les hérons cendrés faisaient subir aux intimés des dégâts importants. Leur argument consiste toutefois à opposer essentiellement leur appréciation à celle des autorités, critiquant la quantité de poissons touchée et le nombre de hérons actifs dans chaque pisciculture. Une telle argumentation ne permet pas au Tribunal fédéral de conclure que les constatations de fait de l'arrêt attaqué auraient été établies de façon manifestement inexacte ou en violation du droit (cf. <ref-law>). Ainsi, l'arrêt attaqué, qui a entériné la méthode de calcul appliquée par la Direction cantonale, se base sur le nombre de hérons tirés par année en moyenne, soit 36, 59 et 31 dans chacune des trois exploitations, multiplié par la perte financière causée par un héron. Pour établir cette perte, les autorités ont pris en compte les dégâts causés en un jour par un héron qui se nourrit dans une pisciculture, multipliés par 200 jours. Les recourantes, qui se fondent sur la quantité de poissons mangée par les hérons, oublient que les pertes subies par les intimés ne résultent pas seulement des poissons que les hérons cendrés mangent, mais encore de ceux qu'ils attaquent et laissent blessés ou morts dans les bassins, voire à proximité. Quant au nombre de hérons actifs par pisciculture, si le chiffre retenu peut effectivement sembler élevé, il n'en est pas pour autant insoutenable, compte tenu des oiseaux abattus en moyenne par les intimés.
4. 4.1 Le Tribunal cantonal a estimé en substance que les ordres de tir litigieux ne pouvaient pas être conçus comme des mesures individuelles au sens de l'<ref-law>, en tant qu'ils concernaient le héron cendré, soit une espèce protégée. Seules des mesures exceptionnelles au sens de l'<ref-law> et de l'art. 31 al. 2 de la loi fribourgeoise du 14 novembre 1996 sur la chasse et la protection des mammifères, des oiseaux sauvages et de leurs biotopes (ci-après: la loi cantonale fribourgeoise ou LCha; RSF 922.1) étaient envisageables. Or, en l'occurrence, la mesure tendant à permettre aux personnes concernées par les autorisations de tirer des hérons cendrés aux conditions fixées par la Direction cantonale était conforme au droit. Selon les juges cantonaux, la seule mesure de prévention efficace, qui consisterait à couvrir d'un filet de protection l'intégralité des installations, ne pouvait être imposée en raison de son coût et des difficultés d'entretien. Les mesures d'effarouchement imposées par la Direction cantonale devaient permettre d'individualiser les oiseaux "spécialistes". Après avoir relevé que l'instruction avait montré qu'en principe ces mesures n'avaient qu'une efficacité limitée, car les oiseaux s'y habituaient rapidement, le Tribunal cantonal a imposé une nouvelle méthode consistant dans l'installation d'épouvantails gonflables automatiques, du fait que celle-ci avait donné des résultats positifs en Allemagne, bien que testée sur une période relativement courte. Si, malgré ces mesures, des hérons cendrés s'attaquaient aux poissons, ils devaient être considérés comme spécialistes et il était dès lors raisonnable d'ordonner leur abattage, car ils causaient des dégâts importants. Les juges cantonaux ont également souligné qu'il n'était pas contraire au droit que les titulaires de l'autorisation de tirer les hérons soient les pisciculteurs eux-mêmes ou certains de leurs proches (frère, père), dès lors qu'ils étaient titulaires d'une autorisation de chasser.
4.2 Hormis les critiques relatives aux faits (cf. supra, consid. 3), les recourantes estiment qu'en confirmant les ordres de tir, les juges cantonaux ont violé l'<ref-law> et appliqué arbitrairement le droit cantonal. Elles considèrent en substance que ces ordres de tir ne relèvent pas de l'<ref-law>, mais d'une réduction de la population au sens de l'<ref-law>, dont les conditions ne sont pas réalisées. Au surplus, même si la mesure devait être considérée comme individuelle, elle reviendrait de facto à autoriser l'extermination de plus de 120 hérons cendrés par année, ce qui n'est pas compatible avec le statut d'espèce protégée du droit fédéral et contrevient manifestement au droit fribourgeois. En outre, permettre aux pisciculteurs de tirer eux-mêmes des hérons cendrés conduirait à un conflit d'intérêts que l'<ref-law> aurait précisément voulu éviter en exigeant que seuls les chasseurs et les organes de surveillance puissent être chargés de l'exécution de telles mesures. Enfin, les recourantes se plaignent d'une violation du principe de la proportionnalité, car la mesure ordonnée tend à favoriser l'intérêt privé de trois personnes au détriment de l'intérêt public au maintien de la population des hérons cendrés dans le canton de Fribourg.
5. 5.1 La loi fédérale sur la chasse concerne notamment les oiseaux vivant en Suisse à l'état sauvage (<ref-law>). Elle distingue les espèces pouvant être chassées des espèces protégées. Font partie des espèces protégées tous les animaux visés à l'<ref-law> qui n'appartiennent pas à une espèce pouvant être chassée (<ref-law>). Le héron cendré est une espèce protégée.
L'<ref-law> est consacré à la prévention des dommages causés par la faune sauvage. Il prévoit ce qui suit:
"1 Les cantons prennent des mesures pour prévenir les dommages dus à la faune sauvage.
2 Les cantons peuvent ordonner ou autoriser en tout temps des mesures contre certains animaux protégés ou pouvant être chassés, lorsqu'ils causent des dégâts importants. Seuls des personnes titulaires d'une autorisation de chasser ou des organes de surveillance peuvent être chargés de l'exécution de ces mesures.
2bis Le Conseil fédéral peut désigner des espèces protégées pour lesquelles la compétence d'ordonner les mesures prévues à l'al. 2 appartient à l'Office fédéral.
3 Les cantons déterminent les mesures qui peuvent légalement être prises à titre individuel en vue de protéger du gibier les animaux domestiques, les biens-fonds et les cultures. Le Conseil fédéral désigne les espèces protégées contre lesquelles il est permis de prendre de telles mesures.
4 Lorsque la population d'animaux d'une espèce protégée est trop nombreuse et qu'il en résulte d'importants dommages ou un grave danger, les cantons peuvent prendre des mesures pour la réduire, avec l'assentiment préalable du Département."
Il en ressort que l'<ref-law> prévoit trois types de mesures distinctes:
- les mesures de régulation, qui tendent à réduire une population d'animaux d'une espèce protégée, ce qui suppose d'importants dommages ou un grave danger; elles nécessitent l'autorisation du Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (ci-après: le Département fédéral) (al. 4);
- les mesures dites individuelles, qui tendent à protéger les animaux domestiques, les bien-fonds et les cultures du gibier; sont donc visées les espèces pouvant être chassées à l'exclusion des espèces protégées, sous réserve des espèces désignées par le Conseil fédéral (al. 3); l'art. 9 al. 1 de l'ordonnance du 29 février 1988 sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages (ordonnance sur la chasse, OChP; RS 922.01) dispose que les espèces protégées pouvant faire l'objet de mesures individuelles sont le moineau friquet, le moineau domestique, l'étourneau, la grive litorne et le merle noir;
- les mesures dites exceptionnelles, qui peuvent être prises contre certains animaux protégés ou pouvant être chassés, lorsqu'ils causent des dégâts importants (al. 2).
5.2 la loi cantonale fribourgeoise a pour but principal de réaliser les objectifs définis par la loi fédérale sur la chasse (cf. art. 1 let. a LCha). Le chapitre 6 (art. 31 à 34) de la loi cantonale fribourgeoise traite des dommages causés par les animaux sauvages.
L'art. 31 al. 1 LCha pose le principe général de prévention, selon lequel les propriétaires et leurs ayants droit sont tenus de prendre, dans toute la mesure du possible, les précautions nécessaires pour protéger les biens-fonds, les cultures, les forêts et les animaux de rente contre les dommages que les animaux sauvages sont susceptibles de leur causer. Ces mesures sont énumérées à l'art. 39 du règlement fribourgeois du 20 juin 2000 sur la chasse et la protection des mammifères, des oiseaux sauvages et de leurs biotopes (RCha; RSF 922.11).
L'art. 31 al. 2 LCha prévoit qu'aux conditions fixées par le droit fédéral, le Conseil d'Etat fribourgeois détermine les mesures qui peuvent être prises contre certains animaux protégés ou pouvant être chassés; il ajoute que ces mesures gardent toutefois un caractère exceptionnel et sont exécutées par les gardes-faune et par les chasseurs. Cette disposition met ainsi en oeuvre les mesures exceptionnelles qui sont envisagées à l'<ref-law>. Parmi les mesures fixées par le Conseil d'Etat fribourgeois figure le tir de certaines espèces, qui a pour but le refoulement d'une population animale d'une espèce d'un endroit donné (prélèvement d'un nombre restreint d'individus), par opposition au tir de régulation qui poursuit un objectif de réduction (cf. les déterminations de la Direction cantonale du 7 janvier 2009 p. 4, dernier al.; voir aussi arrêt du Tribunal administratif du canton de Thurgovie du 12 mars 1997 consid. 2d/cc, in ZBl 99/1998 p. 128).
Pour sa part, comme cela ressort de son titre, l'art. 32 LCha traite, à ses al. 1 et 2, de la mise en oeuvre des mesures individuelles prévues à l'<ref-law>. Il envisage en effet des mesures qui visent les animaux pouvant être chassés et, ce que confirme l'art. 42 al. 2 RChA, les animaux des espèces protégées désignées à l'<ref-law> soit le moineau friquet, le moineau domestique, l'étourneau, la grive litorne et le merle noir.
5.3 Dans la présente cause, le Service cantonal a initialement ordonné des mesures individuelles sur la base des art. 12 (al. 3) LChP et 32 LCha. Comme indiqué ci-dessus, celles-ci sont pourtant exclues, puisque le héron cendré ne fait pas partie des espèces pouvant faire l'objet de telles mesures en vertu de l'<ref-law>. Partant, c'est à juste titre que la Direction cantonale a annulé les décisions du Service cantonal. Elle a cependant admis, comme par la suite le Tribunal cantonal, que des mesures, non pas individuelles, mais exceptionnelles au sens des <ref-law> et 31 al. 2 LCha pouvaient être prises. Les tirs autorisés par le Service cantonal ont donc été confirmés, tout en étant soumis à des conditions supplémentaires.
5.4 Reste à examiner si les ordres de tir litigieux correspondent effectivement à une mesure exceptionnelle visée à l'<ref-law>. Ils ne sauraient en effet constituer de facto une mesure individuelle, exclue en vertu de l'<ref-law> (cf. consid. 5.3), ou équivaloir à une mesure de régulation de l'espèce, car cela impliquerait qu'ils devraient être soumis aux exigences de l'<ref-law>, comme le soutiennent les recourantes et l'Office fédéral de l'environnement.
5.5 Dans le message du 27 avril 1983 concernant la loi fédérale sur la chasse, le Conseil fédéral a expressément souligné à propos de l'art. 11 al. 2 du projet, c'est-à-dire l'<ref-law>, que cette disposition devrait être appliquée dans les cantons à titre exceptionnel seulement et qu'il faudrait alors faire preuve de la plus grande retenue, si l'espèce était protégée (FF 1983 II 1244 ch. 32). Pour savoir si l'on est en présence d'une mesure exceptionnelle, ce n'est pas tant l'intention poursuivie par les autorités ordonnant la mesure que l'ampleur de cette mesure qui est déterminante. Une mesure ne peut être qualifiée d'exceptionnelle au sens de l'<ref-law> que si elle vise uniquement des individus isolés et individualisés. Il y a lieu de rappeler que, conformément à l'intention du législateur, il convient de se montrer d'autant plus strict que l'animal visé est une espèce protégée, et non une espèce pouvant être chassée. L'Office fédéral de l'environnement considère qu'une mesure exceptionnelle ne doit pas viser plus de 10 % environ de la population reproductrice d'une espèce déterminée. Cette limite, qui ne fait d'ailleurs pas l'objet d'une directive du Département fédéral, n'a pas un caractère absolu. Il s'agit d'un simple ordre de grandeur, qui peut cependant servir de valeur indicative, en tout cas s'agissant d'une espèce protégée.
Le héron cendré est protégé en Suisse depuis 1926. L'arrêt attaqué retient que le nombre d'oiseaux nicheurs se monte à environ 1400 couples en Suisse; l'Office fédéral de l'environnement estime que la population de hérons cendrés dans le canton de Fribourg, soit dans la région géographique déterminante, se situe entre 50 et 70 couples. L'arrêt attaqué ne fixe pas le nombre maximum de hérons cendrés qui pourraient être abattus dans l'année par les intimés. Il se contente de soumettre les tirs à différentes conditions afin qu'ils atteignent exclusivement des "individus spécialistes", soit des hérons qui ont pris l'habitude de venir sur le site commettre des dégâts sans être effrayés par les mesures d'effarouchement imposées. Or, comme le reconnaissent les juges cantonaux eux-mêmes, ces mesures d'effarouchement n'ont qu'une efficacité limitée, car les oiseaux s'y habituent rapidement. C'est du reste la raison pour laquelle le Tribunal cantonal a aussi imposé l'installation d'épouvantails gonflables automatiques, en relevant d'ailleurs que les résultats de ces machines, développées en Allemagne spécialement pour les piscicultures, étaient très positifs, bien que les tests aient été effectués durant une période relativement courte (arrêt attaqué consid. 4c p. 8). Par conséquent, au moment où il a rendu l'arrêt entrepris, le Tribunal cantonal n'était pas en état de savoir combien de hérons cendrés allaient devenir "spécialistes" et pourraient être tirés en application des autorisations de tir qu'il confirmait. Cette incertitude quant au nombre d'animaux susceptibles d'être abattus empêche d'admettre que la mesure ne vise que quelques hérons cendrés individualisés et isolés. Au surplus, on ignore si ce nombre sera inférieur à celui des hérons que les intimés tiraient les années précédentes, dès lors que l'efficacité des mesures d'effarouchement n'est pas prouvée. Ces tirs entraînaient l'abattage en moyenne de respectivement 36, 59 et 31 individus, soit 126 au total. Par rapport à la population de hérons cendrés du canton de Fribourg, ce chiffre dépasse largement la valeur indicative de 10 % du nombre de ces animaux permettant de distinguer, selon l'ordre de grandeur de l'Office fédéral de l'environnement, une mesure exceptionnelle d'une mesure de régulation de l'espèce. Or, il est exclu qu'à titre de mesure exceptionnelle au sens de l'<ref-law>, l'arrêt attaqué aboutisse à permettre le tir d'autant de hérons cendrés. Il importe peu que, malgré ces tirs, la population de ces animaux nichant dans le canton de Fribourg ne se soit pas réduite. En effet, comme l'a expliqué l'Office fédéral de l'environnement, les hérons cendrés migrent, de sorte que les individus manquants sont remplacés par des hérons cendrés d'autres régions; cela peut tout au plus provoquer un trou régional qui peut passer plus longtemps inaperçu. Au demeurant, qu'une espèce protégée ne soit pas menacée d'extinction ne permet pas aux cantons d'autoriser, sous le couvert de mesure exceptionnelle, le tir d'un nombre illimité d'animaux. Le fait que chaque oiseau tiré soit annoncé au Service cantonal et que ce dernier puisse annuler en tout temps l'autorisation de tir délivrée n'y change rien. Tant que l'on ignore la proportion d'individus susceptibles d'être abattus par rapport à la population de hérons cendrés du canton de Fribourg, il n'y a aucune garantie que les mesures de tir autorisées soient vraiment exceptionnelles.
En résumé, dans la mesure où il ne permet pas d'évaluer le nombre d'oiseaux susceptibles d'être tirés ni ne garantit que le chiffre excessivement élevé de hérons cendrés abattus les années précédentes par les intimés ne soit égalé, l'arrêt attaqué ne peut être qualifié de mesure exceptionnelle au sens de l'<ref-law>. Le point de savoir s'il équivaut à une mesure individuelle prévue par les <ref-law> et 32 LCha ou à une mesure de régulation de l'espèce au sens de l'<ref-law> n'a pas à être tranché car, dans un cas comme dans l'autre, l'arrêt attaqué ne répond pas aux exigences légales. Ainsi, une mesure individuelle est exclue pour les hérons cendrés, car il ne s'agit pas d'une espèce protégée visée par l'<ref-law>. Quant à une mesure de régulation, elle est subordonnée à la réalisation de conditions qui n'ont pas été envisagées, notamment l'existence d'une population de hérons cendrés trop nombreuse et l'assentiment préalable du Département fédéral (cf. <ref-law>).
Dans ces circonstances, l'arrêt attaqué viole l'<ref-law> et constitue une application arbitraire du droit cantonal, en tant qu'il confirme des ordres de tir qui, selon l'art. 31 al. 2 LChA, ne peuvent être prononcés qu'aux conditions fixées par le droit fédéral.
Le recours doit donc être admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt attaqué annulé, sans qu'il y ait lieu d'examiner les autres griefs soulevés par les recourantes.
6. Succombant, les intimés doivent supporter solidairement les frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 5 LTF), bien qu'ils n'aient pas pris expressément de conclusions (BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 38 ad art. 66), ainsi que les dépens qui doivent être versés aux recourantes, créancières solidaires, dès lors que celles-ci obtiennent gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).
La cause sera renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable et l'arrêt de la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg du 30 octobre 2008 est annulé.
2. La cause est renvoyée à la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg pour qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des intimés, solidairement entre eux.
4. Les intimés, débiteurs solidaires, verseront aux recourantes, créancières solidaires, une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourantes, aux intimés, à la Direction des institutions, de l'agriculture et des forêts et à la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg, ainsi qu'à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.
Lausanne, le 1er octobre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Dupraz