Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 11. Oktober 2006 befand das Bezirksgericht Zürich X._ des Raubs (Art. 140 Ziff. 1 Abs. 1 und Ziff. 3 Abs. 3 StGB), des unvollendet versuchten Betrugs (<ref-law> und <ref-law>), des betrügerischen Missbrauchs einer Datenverarbeitungsanlage (<ref-law>) sowie des Hausfriedensbruchs (<ref-law>) für schuldig. Es bestrafte ihn mit 3 Jahren Zuchthaus und ordnete eine ambulante strafvollzugsbegleitende Massnahme an (<ref-law>).
B. Sowohl die Staatsanwaltschaft als auch X._ appellierten im Strafpunkt. Mit Urteil vom 18. März 2008 erhöhte das Obergericht des Kantons Zürich die Freiheitsstrafe auf 3 1⁄2 Jahre. Für die Dauer des Strafvollzugs wurde eine ambulante Massnahme nach <ref-law> angeordnet. Das Obergericht lehnte es ab, den Strafvollzug im Sinne von <ref-law> zu Gunsten der ambulanten Behandlung aufzuschieben.
C. Die Beschwerde in Strafsachen richtet sich gegen das obergerichtliche Urteil. Der Beschwerdeführer beantragt dessen Aufhebung sowie die Gewährung unentgeltlicher Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Sowohl das Obergericht als auch die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich verzichten auf eine Stellungnahme zur Beschwerde.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Strafzumessung sowie gegen die Anordnung der vollzugsbegleitenden Massnahme. Er macht eine Verletzung von Art. 47 und <ref-law> geltend.
1.1 Zur Begründung bringt er vor, seine Jugendstrafen seien sowohl bei der Strafzumessung als auch für die der Massnahme zugrunde liegende Begutachtung unverwertbar. Nach dem neuen Strafregisterrecht seien weit gravierendere Jugendstrafen als er sie erwirkt habe, ohne Weiteres und insbesondere ohne die minimale Frist von 10 Jahren aus dem Register zu entfernen und gemäss <ref-law> unverwertbar. Er sei daher als vorstrafenlos zu betrachten. Dieser Umstand sei ihm strafmindernd zu Gute zu halten.
1.2 Der Beschwerdeführer hat folgende Jugendstrafen verwirkt: Mit Erziehungsverfügung der Jugendanwaltschaft Dielsdorf vom 6. November 2000 wurde ihm ein Verweis erteilt. Mit Erziehungsverfügung der Jugendanwaltschaft Dielsdorf und Bülach vom 4. Juli 2002 wurde er für fehlbar erklärt und mit einer Busse bestraft. Mit Erziehungsverfügung der Jugendanwaltschaft Dielsdorf und Bülach vom 14. November 2003 wurde er mit einer Arbeitsleistung von 4 Tagen bestraft. Gleichzeitig wurde eine Erziehungshilfe angeordnet. Diese Jugendstrafen und -massnahmen wurden nicht im Strafregister eingetragen (vgl. Beschwerde S. 7; angefochtenes Urteil S. 10).
1.3 Bei der Strafzumessung folgt die Vorinstanz der Argumentation des Beschwerdeführers, wonach dessen einschlägige Jugendstrafen mangels Eintragung im Strafregister nicht straferhöhend berücksichtigt werden dürften. In Bezug auf die Massnahme hingegen hält sie ihm seine Vorstrafen indirekt entgegen, indem sie sich den Schlussfolgerungen des Gutachters anschliesst. Unter Einbezug der jugendstrafrechtlichen Vorgeschichte prognostizierte dieser beim Beschwerdeführer eine erhebliche Rückfallgefahr für Betrugsdelikte und legte eine vollzugsbegleitende Massnahme nahe.
1.4 Der Beschwerdeführer stellt sich auf den Standpunkt, die Entfernung der Jugendstrafen aus dem Strafregister führe zur Unverwertbarkeit der zugrunde liegenden Taten. Diesbezüglich sind drei Konstellationen zu unterscheiden: Die reguläre Entfernung von Verurteilungen nach Ablauf einer bestimmten Frist und deren Folgen (2.), die Entfernung altrechtlicher Eintragungen aufgrund übergangsrechtlicher Gesetzesanordnung und deren Folgen (3.) sowie schliesslich die Verwertbarkeit nicht eintragungspflichtiger Delikte (4.).
2. 2.1 Unter dem Titel "Entfernung des Eintrags" werden in <ref-law> Fristen festgelegt, nach deren Ablauf Einträge aus dem Strafregister zu entfernen sind. Diese Entfernungsfristen betragen je nach Deliktsschwere zwischen 10 und 20 Jahren, wobei die Dauer der unbedingt verhängten Freiheitsstrafe dazuzuzählen ist (<ref-law>). Urteile, die eine bedingte Freiheitsstrafe, eine Geldstrafe, gemeinnützige Arbeit oder eine Busse als Hauptstrafe enthalten, werden von Amtes wegen nach 10 Jahren entfernt (<ref-law>; im Detail vgl. Patrick Gruber, Basler Kommentar StGB II, 2. Aufl., Basel 2007, Art. 369 N 1 ff.). Jugendstrafrechtliche Urteile, die eine Freiheitsstrafe nach Artikel 25 JStG enthalten, werden von Amtes wegen entfernt, wenn über die gerichtlich zugemessene Strafdauer hinaus 10 Jahre verstrichen sind (<ref-law>). Bei geschlossener Unterbringung nach Artikel 15 Absatz 2 JStG werden die Urteile nach 10 Jahren von Amtes wegen entfernt (<ref-law>). Nach der Entfernung darf die Eintragung nicht mehr rekonstruierbar sein. Das entfernte Urteil darf dem Betroffenen nicht mehr entgegengehalten werden (<ref-law>). Die letztgenannte Bestimmung ist neu.
2.2 Nach ständiger Rechtsprechung unter altem Recht konnten aus dem Strafregister gelöschte (<ref-ruling>) und ab <ref-ruling> sogar aus dem Register entfernte Vorstrafen zu Lasten des Betroffenen verwertet werden. Zur Begründung führte das Bundesgericht folgendes aus (E. 1c/cc a.a.O):
"Entfernte Vorstrafen sind im Gegensatz zu gelöschten im Strafregister nicht mehr vorhanden und für den Strafrichter aus dem Registerauszug somit nicht mehr ersichtlich. Entfernte Vorstrafen können dem Richter gleichwohl zur Kenntnis gelangen, etwa aufgrund von beigezogenen Vorakten und älteren Gutachten [...].
Im deutschen Recht dürfen im Bundeszentralregister getilgte Verurteilungen in einem neuen Strafverfahren grundsätzlich nicht zum Nachteil des Täters verwendet werden. Das schweizerische Recht kennt keine entsprechende Regelung. Gemäss <ref-law> ist bei der Strafzumessung das Vorleben zu berücksichtigen. Zum Vorleben gehören auch entfernte Vorstrafen. <ref-law> auferlegt dem Richter bei der Würdigung des Vorlebens keine Schranken und sagt nicht, entfernte Vorstrafen seien ausser acht zu lassen. Ein Verwertungsverbot in bezug auf entfernte Vorstrafen wäre sachlich auch nicht gerechtfertigt. Entfernte Vorstrafen können für die Urteilsfindung in verschiedener Hinsicht wesentlich sein. Sie können zunächst von Bedeutung sein für die Wahl der Sanktionsart. [...] Entfernte Vorstrafen können sodann [...] für die Strafzumessung und die Frage des bedingten Strafvollzugs bedeutsam sein.
Schwer durchführbar wäre ein Verwertungsverbot auch dort, wo ein Gutachten vorliegt und der ärztliche Sachverständige bei der Beurteilung der Persönlichkeit des Angeklagten entfernte Vorstrafen berücksichtigt hat [...]. Ein Verwertungsverbot in bezug auf entfernte Vorstrafen ist deshalb abzulehnen."
2.3 Nach revidiertem Recht hat das Vorleben des Täters weiterhin einen zentralen Stellenwert bei der Strafzumessung (vgl. <ref-law>). Im Gegensatz zur Rechtslage, welche dem zitierten Bundesgerichtsentscheid zu Grunde lag, besagt das neue Recht nunmehr jedoch explizit, dass entfernte Vorstrafen ausser acht zu lassen seien (<ref-law>). Hierzu wird in der Botschaft festgehalten, dass
"die Entfernungsfristen so bemessen sind, dass zwischen den staatlichen Verfolgungsinteressen und dem Bedürfnis nach vollständiger Rehabilitation eines Straffälligen ein Ausgleich geschaffen wird. Es lässt sich nicht rechtfertigen, dem Täter auch Jahrzehnte nach Verbüssung der Strafe noch von Staats wegen eine Straftat vorzuhalten [...]. Art. 372 Abs. 7 des Entwurfs ordnet ausdrücklich an, dass entfernte Daten nicht mehr rekonstruierbar sein dürfen. Der zweite Satz bezeichnet die eigentliche rechtliche Wirkung der Entfernung der Eintragung: Das betreffende Urteil und damit auch die Tat selbst dürfen dem Täter nicht mehr entgegengehalten werden, das heisst, es dürfen daran keine Rechtsfolgen mehr geknüpft werden. Der Täter ist vollständig rehabilitiert" (Botschaft vom 21. September 1998, BBl 1999, 2167).
In den parlamentarischen Beratungen blieb diese Bestimmung unbestritten. Einzig die Artikelnummerierung wurde angepasst (Art. 372 Abs. 7 des Entwurfs entspricht wörtlich dem geltenden <ref-law>; Sitzung des Ständerats vom 14. Dezember 1999, Amtl. Bull. SR 1999 S. 1137; Sitzung des Nationalrats vom 7. Juni 2001, Amtl. Bull. NR 2001 S. 604).
In der Lehre ist die neue Bestimmung vorwiegend auf Zustimmung (Günter Stratenwerth/Wolfgang Wohlers, Schweizerisches Strafgesetzbuch - Handkommentar, Bern 2007, Art. 369 N 4; Stefan Trechsel et. al., Schweizerisches Strafgesetzbuch - Praxiskommentar, Zürich 2008, Art. 369 N 6), zumindest jedoch auf keine Kritik gestossen (vgl. Donatsch et. al., StGB, 17. Aufl., Zürich 2006, Art. 369; Patrick Gruber, op.cit., Art. 369 N 6 ff.).
2.4 Nach expliziter Gesetzesvorschrift (<ref-law>) können dem Betroffenen entfernte Strafen nicht mehr entgegen gehalten werden. Die belastende Berücksichtigung eines deliktischen Vorlebens ist insoweit neu und entgegen <ref-ruling> eingeschränkt (Hans Wiprächtiger, Basler Kommentar StGB I, 2. Aufl., Art. 47 N 101). Aus dem gesetzgeberischen Willen der vollständigen Rehabilitation muss gefolgert werden, dass entfernte Urteile weder bei der Strafzumessung noch bei der Prognosebeurteilung zu Lasten des Betroffenen verwendet werden dürfen. Diese Verwertungseinschränkung ist gerechtfertigt, da die Vortaten aufgrund der grosszügig bemessenen Entfernungsfristen (vgl. <ref-law>) Jahrzehnte zurückliegen. Nach Ablauf dieser Fristen sind die Rehabilitierungs- und Resozialisierungsinteressen des Betroffenen von Gesetzes wegen schwerer zu gewichten als die öffentlichen Informations- und Strafbedürfnisse (zur Interessenabwägung vgl. Angela Augustin, die Legitimation von Informationen über Strafregistereinträge, in: M. Cottier/D. Rüetschi/K.W. Sahlfeld (Hrsg.) Information & Recht, Basel etc. 2002, S. 3 f.).
2.5 Aus dem Umstand, dass den Betroffenen entfernte Verurteilungen durch das Gericht nicht mehr entgegen gehalten werden dürfen, folgt nicht, dass medizinische Sachverständige solche Umstände nicht mehr berücksichtigen dürfen. Zumal dem Betroffenen nach der Botschaft bloss keine negativen Rechtsfolgen aus dem entfernten Urteil mehr erwachsen dürfen (Botschaft, S. 2167). Erfahren forensische Psychiater im Rahmen ihrer Exploration von inzwischen entfernten Vorstrafen oder sind ihnen solche aus früheren Behandlungen bekannt, so können sie diese bei ihrer Begutachtung nicht ausblenden, ohne ein kunstfehlerbehaftetes medizinisches Urteil abzugeben.
Diesbezüglich drängt sich ein Blick in das deutsche Recht auf. Auch dort reagierte der Gesetzgeber mit einem Verwertungsverbot auf eine Rechtsprechung, welche die umfassende Berücksichtigung getilgter Vorstrafen bei der Strafzumessung zuliess (Kurt Rebmann/Sigmar Uhlig, Bundeszentralregistergesetz, München 1985, Vor § 51 N 5 ff.). Nach § 51 des dt. Bundeszentralregistergesetzes (BZRG) dürfen deshalb die einer getilgten Eintragung zugrunde liegende Tat und Verurteilung dem Betroffenen im Rechtsverkehr nicht mehr vorgehalten und nicht mehr zu seinem Nachteil verwertet werden (BVerfGE 36, 174, S. 184 ff.). Dieses Verwertungsverbot gilt jedoch nicht, wenn in einem erneuten Strafverfahren ein Gutachten über den Geisteszustand des Betroffenen zu erstatten ist, falls die Umstände der früheren Tat für die Beurteilung des Geisteszustands von Bedeutung sind (vgl. § 52 Abs. 1 Ziff. 2 BZRG). Den Sachverständigen dürfen somit Gutachten zur Verfügung gestellt werden, die der getilgten Verurteilung zugrunde lagen (Albrecht Götz/Gudrun Tolzmann, Bundeszentralregistergesetz - Kommentar, 4. Aufl., Stuttgart 2000, § 52 N 8). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichtshofs wird den Sachverständigen damit die Möglichkeit eröffnet, im Interesse einer umfassenden Begutachtung Erkenntnisse aus früheren Straftaten und -verfahren zu berücksichtigen. Diese Ausnahmeregelung gestattet es den Gerichten jedoch nicht, die in Frage stehende Vortat strafschärfend zu berücksichtigen (BGH, NJW 1973, S. 815).
Wie bereits unter bisheriger Rechtsprechung ist ein Verwertungsverbot in Bezug auf Gutachten abzulehnen (vgl. <ref-ruling> E. 1c/dd). Im Gegensatz zu den Strafbehörden dürfen die medizinischen Gutachter somit aktenkundige Hinweise auf entfernte Strafen und insbesondere frühere Gutachten berücksichtigen. Es ist insofern zwischen (medizinischer) Realprognose und (gerichtlicher) Legalprognose zu unterscheiden. Um eine Umgehung des gerichtlichen Verwertungsverbots gemäss <ref-law> zu verhindern, muss in der Begutachtung jedoch offengelegt werden, inwiefern die frühere mit der neu zu beurteilenden Delinquenz in Zusammenhang steht (Konnexität) und wie stark sich diese weit zurück liegenden Taten noch auf das gutachterliche Realprognoseurteil auswirkt (Relevanz). So kann auch für die gerichtliche Beurteilung gewährleistet werden, dass allfällige Schlechtprognosen nur im Umfang der noch eingetragenen Vorverurteilungen berücksichtigt werden (vgl. BGH, NJW 1973, S. 815).
3. 3.1 Von der Entfernung des Strafregistereintrags infolge Zeitablaufs (<ref-law>) zu unterscheiden ist die in Ziff. 3 Abs. 2 der Schlussbestimmungen der Änderung vom 13. Dezember 2002 statuierte Entfernung altrechtlicher Jugendstrafen.
Zum Inhalt des Strafregisters bestimmt <ref-law>, dass Verurteilungen von Jugendlichen nur ins Strafregister aufzunehmen sind, wenn diese zu einem Freiheitsentzug (<ref-law>) oder zu einer Unterbringung in einer geschlossenen Einrichtung (<ref-law>) verurteilt worden sind (Abs. 3). Damit wurde die Eintragungspflicht für Jugendstrafen gegenüber dem alten Recht (vgl. Art. 361 aStGB) weiter eingeschränkt. Mit dieser restriktiven Eintragungspraxis soll gemäss Botschaft eine "Stigmatisierung der Jugendlichen verhindert werden und die Episodenhaftigkeit eines Grossteils der Jugendkriminalität Berücksichtigung finden. Von einem gänzlichen Verzicht auf den Eintrag jugendgerichtlicher Urteile ins Strafregister wurde abgesehen, da bei einer Verurteilung von Erwachsenen Informationen über schwerste Straftaten im Jugendalter zugänglich sein sollten" (Botschaft vom 21. September 1998, BBl 1999, 2166; s.a. Patrick Gruber, op.cit., Art. 366 N 40 ff.). Auf eine Berücksichtigung der von Jörg Rehberg bereits gegen das noch weniger einschränkende frühere Recht geäusserten Bedenken, wonach die beschränkte Eintragungspflicht bei Jugendkriminalität die Abklärung der persönlichen Verhältnisse in späteren Strafverfahren gegen den gleichen Täter erschwere, wurde somit zu Gunsten der Jugendlichen verzichtet (vgl. Jörg Rehberg, Strafrecht II, Strafen und Massnahmen, Jugendstrafrecht, 7. Auflage, Zürich 2001, S. 226).
3.2 Gemäss Ziff. 3 Abs. 2 der Schlussbestimmungen der Änderung vom 13. Dezember 2002 sind die Bestimmungen des neuen Rechts über das Strafregister (Art. 365-371 StGB) auch auf Urteile anwendbar, die auf Grund des bisherigen Rechts ergangen sind. Wegen dieser sofortigen Anwendbarkeit des neuen und für die Jugendlichen günstigeren Strafregisterrechts musste die Frage geregelt werden, was mit eingetragenen altrechtlichen Jugendstrafen zu geschehen hat, die neu nicht mehr eintragungspflichtig sind. Für den Bereich des Jugendstrafrechts bestimmt Ziff. 3 Abs. 2 der Schlussbestimmungen hierzu, dass die zuständige Behörde bis spätestens sechs Monate nach Inkrafttreten des neuen Rechts von Amtes wegen Eintragungen betreffend Erziehungsmassnahmen (Art. 91 aStGB, ausgenommen Art. 91 Ziffer 2 aStGB), besondere Behandlung (Art. 92 aStGB) sowie die Verpflichtung zu einer Arbeitsleistung (Art. 95 aStGB) entfernt. Bei dieser Entfernung handelt es sich im Gegensatz zu <ref-law> nicht um eine Entfernung infolge Zeitablaufs. Es handelt sich vielmehr bloss um eine übergangsrechtliche Umsetzung der neu nicht mehr bestehenden Eintragungspflicht. Mangels Ablaufs der langen Entfernungsfristen lassen sich die Resozialisierungs- und Rehabilitierungsgedanken nicht heranziehen. Die Entfernung führt hier nicht zur Unverwertbarkeit, sondern hat lediglich zur Folge, dass die entfernten Jugendstrafen zu behandeln sind wie nicht eintragungspflichtige Delikte.
4. Das Gesetz äussert sich nicht zur Dauer der Verwertbarkeit nicht eintragungspflichtiger Delikte (nicht eintragungspflichtige Übertretungen und Jugendstrafen, kantonalrechtliche Straftatbestände). In der Literatur wird zu Recht eine sinngemässe Anwendung der Entfernungsfristen von <ref-law> vorgeschlagen (Patrick Gruber, op. cit., Art. 369 N 10). Es wäre widersprüchlich, bei eingetragenen Delikten nach dem Fristablauf eine Unverwertbarkeit anzunehmen, andererseits jedoch bei den weniger schweren nicht eintragungspflichtigen Verurteilungen eine zeitlich unbeschränkte Verwertung zuzulassen. Nach <ref-law> werden Urteile, die eine bedingte Freiheitsstrafe, eine Geldstrafe, gemeinnützige Arbeit oder eine Busse als Hauptstrafe enthalten, von Amtes wegen nach 10 Jahren entfernt. Der Fristenlauf beginnt mit dem Tag, an dem das Urteil rechtlich vollstreckbar wird (<ref-law>). Es drängt sich auf, diese 10-jährige Minimalfrist bei eintragungspflichtigen Verurteilungen zugleich als absolute Maximalfrist festzusetzen, während der nicht eintragungspflichtige Verurteilungen noch verwertet werden dürfen. Je näher nicht eintragungspflichtige Verurteilungen diesem Fristablauf kommen, desto höher sind die Rehabiltitierungs- und Resozialisierungsinteressen sowie bei Jugendstrafen der Umstand zu gewichten, dass diese Taten im Jugendalter begangen wurden. Je länger die zugrunde liegenden Taten zurückliegen, desto weniger dürfen Urteile zu Lasten des Betroffenen verwertet werden. Diese Verwertbarkeitsbeschränkung bei nicht registrierungspflichtigen Delikten wird in Deutschland auch mit dem Verhältnismässigkeitsprinzip und dem Bewährungsgedanken begründet (Rebmann/ Uhlig, op.cit., § 51 N 11 ff. m.H.a. BVerwG vom 17. Dezember 1976 - VII C 27.74; Götz/Gudrun, op.cit., § 51 N 40 ff.).
5. Die Vorinstanz lastet dem Beschwerdeführer seine einschlägigen Jugendstrafen bei der Strafzumessung nicht an, lässt jedoch zu, dass sie bei der gutachterlichen Prognosestellung berücksichtigt werden (vgl. E. 1.3).
Im vorliegenden Fall geht es um Jugendstrafen, die weder unter altem noch unter neuem Recht eintragungspflichtig sind. Aus dem Umstand, dass neu gewisse altrechtliche Eintragungen aus dem Register zu entfernen sind, folgt entgegen der Vorinstanz und dem Beschwerdeführer weder automatisch die Unverwertbarkeit der ehemals eintragungspflichtigen Verurteilungen noch in einem vermeintlichen "argumentum a maiore ad minus" die Unverwertbarkeit nicht eintragungspflichtiger Jugendstrafen. Für die Verwertbarkeit ist nach dem Ausgeführten nur auf die Fristen abzustellen. Da es vorliegend um nicht eintragungspflichtige Delikte geht, ist in sinngemässer Anwendung von <ref-law> eine 10-jährige Maximalfrist anzunehmen. Diese ist nach zutreffender Feststellung der Vorinstanz noch für keine der Jugendstrafen erreicht. Entgegen seinen Vorbringen gilt der Beschwerdeführer deshalb weiterhin als vorbestraft. Seine Beschwerde ist insoweit abzuweisen. Seine einschlägigen Vorstrafen hätten ihm - was der Vorinstanz insoweit entgangen ist - bei der Strafzumessung entsprechend dem Zeitablauf straferhöhend entgegen gehalten werden müssen. In Bezug auf die Begutachtung hat die Vorinstanz die Berücksichtigung der nicht eingetragenen Vorstrafen zu Recht zugelassen. Wie oben dargelegt, hätten bei der Begutachtung sogar ehemals eingetragene, unterdessen entfernte Straftaten berücksichtigt werden dürfen (E. 2.5 oben). Zusammenfassend hätten die Vorstrafen des Beschwerdeführers mangels Ablauf der bei nicht eintragungspflichtigen Verurteilungen sinngemäss anzuwendenden Entfernungsfristen sowohl bei der Strafzumessung und Legalprognosestellung als auch bei der Begutachtung zu Lasten des Beschwerdeführers verwendet werden dürfen. Nach Ablauf der Entfernungsfrist darf das diesbezügliche Vorleben nur noch bei der Begutachtung berücksichtigt werden.
6. Das Obergericht durfte demnach bei der Anordnung der Massnahme auf das die Jugendstrafen berücksichtigende Gutachten abstellen. Es hätte die Vorstrafen überdies bei der Strafzumessung in Rechnung stellen sollen. Dieser Strafzumessungsfehler führt - für sich genommen - nicht zur Aufhebung des angefochtenen Urteils, zumal das Bundesgericht nicht über die Begehren der Partei hinausgehen darf (<ref-law>). Die Staatsanwaltschaft hat keine Beschwerde erhoben. Indessen macht der Beschwerdeführer zu Recht geltend, dass seine im vorinstanzlichen Verfahren geltend gemachte (vgl. Berufungsschrift S. 7; kant. act. 88), belegte (vgl. Berufungsbeilage Nr. 27; kant. act. 89/27) und angesichts seiner finanziellen Verhältnisse beachtliche Wiedergutmachungszahlung von Fr. 11'421.10 keinen Niederschlag in der Strafzumessung fand. Damit wurden <ref-law> und <ref-law> verletzt. Aus diesem Grund ist das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Bei der Neubeurteilung wird die Vorinstanz die einschlägigen Jugendstrafen straferhöhend, die Wiedergutmachungsbemühungen strafmindernd berücksichtigen. Ferner wird sie die persönliche und berufliche Entwicklung sowie die Beziehungssituation des Beschwerdeführers nach dem aktuellen Stand neu einzuschätzen haben (vgl. Beschwerde S. 3 f.). Bei der erneuten Strafzumessung wird sie insgesamt zwar eine tiefere, aber keine höhere als die bisher ausgesprochene 3 1⁄2-jährige Freiheitsstrafe ausfällen dürfen. Nach ständiger Rechtsprechung folgt aus der Bindung an die Parteibegehren ein Verbot der reformatio in peius nach bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheiden (vgl. <ref-ruling> E. 2; Urteil 6B_411/2007 vom 2. November 2007, E. 1.3).
7. Der Beschwerdeführer stellt ein Begehren um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung. Seine Begehren waren nicht aussichtslos und seine Bedürftigkeit ist ausgewiesen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist gutzuheissen, und es sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Der Beschwerdeführer ist im Rahmen seines Obsiegens durch den Kanton Zürich, im Übrigen durch die Bundesgerichtskasse zu entschädigen. Rechtsanwalt Thomas Fingerhuth ist als Rechtsvertreter des Beschwerdeführers einzusetzen und die Entschädigung an ihn auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 18. März 2008 insoweit aufgehoben und die Angelegenheit zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, Rechtsanwalt Thomas Fingerhuth, ist für das bundesgerichtliche Verfahren vom Kanton Zürich sowie aus der Bundesgerichtskasse mit je Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Januar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Thommen