Sachverhalt:
A. A.a Die mazedonische Staatsangehörige X._ (geboren 1989) heiratete am 19. Mai 2008 in Mazedonien ihren in der Schweiz niedergelassenen Landsmann Y._. Am 1. August 2008 reiste X._ in die Schweiz ein und erhielt hier eine Aufenthaltsbewilligung, zuletzt verlängert bis 16. Juni 2011. Das Bezirksgericht Plessur ermächtigte mit Eheschutzverfügung vom 17. Februar 2011 die Ehegatten zum Getrenntleben. Die Ehe wurde mit rechtskräftigem Urteil des Gerichts Kumanovo, Mazedonien, vom 27. Juli 2011 geschieden.
A.b Mit Verfügung vom 15. September 2011 lehnte das Amt für Polizeiwesen und Zivilrecht (heute: Amt für Migration und Zivilrecht) Graubünden die Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung für X._ ab und wies diese aus der Schweiz weg. Das Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit des Kantons Graubünden wies am 20. Februar 2012 eine dagegen gerichtete Beschwerde samt Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ab.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden hiess mit Urteil vom 3. Juli 2012 eine dagegen erhobene Beschwerde insoweit gut, als es für das Verfahren vor dem Departement die unentgeltliche Rechtspflege gewährte, wies im Übrigen aber das Rechtsmittel ab.
C. X._ erhebt mit Eingabe vom 4. Oktober 2012 "Beschwerde" beim Bundesgericht mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, soweit es die Beschwerde abwies, und es sei ihr die Aufenthaltsbewilligung zu erteilen, allenfalls sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem sei die unentgeltliche Rechtspflege für das vorinstanzliche Verfahren zu gewähren. Sie beantragt zudem Erteilung der aufschiebenden Wirkung und Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung auch für das bundesgerichtliche Verfahren.
Mit Verfügung vom 11. Oktober 2012 wies das Bundesgericht dieses Gesuch mangels Bedürftigkeit ab, worauf X._ den einverlangten Kostenvorschuss einbezahlte.
Mit Verfügung des Präsidenten der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 22. Oktober 2012 wurde der Beschwerde - antragsgemäss - die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Das Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit und das Verwaltungsgericht Graubünden sowie das Bundesamt für Migration beantragen Abweisung der Beschwerde; das Amt für Migration und Zivilrecht Graubünden verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin beruft sich in vertretbarer Weise auf einen Aufenthaltsanspruch gemäss Art. 50 AuG. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid ist daher die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 83 lit. c Ziff. 2, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Art. 90 BGG).
1.2 Das Bundesgericht prüft frei die richtige Anwendung von Bundesrecht (Art. 95 lit. a BGG). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen oder auf begründete Rüge hin (Art. 106 Abs. 2 BGG) berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst, die Vorinstanz habe das bei ihr gestellte Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht behandelt. Mit Recht: Am 22. März 2012 hatte die Beschwerdeführerin nebst der Beschwerde an das Verwaltungsgericht (worin sie unter anderem unentgeltliche Rechtspflege für das Beschwerdeverfahren vor dem Departement beantragte) mit separater Eingabe auch ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das verwaltungsgerichtliche Verfahren gestellt. Die Vorinstanz beurteilte zwar den in der Beschwerde enthaltenen Antrag auf Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das Departementsverfahren, nicht aber das entsprechende Gesuch für das verwaltungsgerichtliche Verfahren; dementsprechend auferlegte sie der Beschwerdeführerin einen Teil der Gerichtskosten und sprach ihr lediglich eine reduzierte Parteientschädigung zu. Darin liegt eine formelle Rechtsverweigerung. In diesem Punkt ist die Beschwerde begründet und die Sache zur Beurteilung des Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege an die Vorinstanz zurückzuweisen. Indessen besteht kein Anlass, das angefochtene Urteil aus diesem Grund aufzuheben, zumal die - anwaltlich vertretene - Beschwerdeführerin trotz der besagten Rechtsverweigerung nicht daran gehindert wurde, nach der kantonalen Verfahrensordnung alle ihre Ansprüche betreffend die Verlängerung ihrer Aufenthaltsbewilligung geltend zu machen und diese Ansprüche vom Verwaltungsgericht auch materiell geprüft worden sind.
3. 3.1 Ausländische Ehegatten von Personen mit Niederlassungsbewilligung haben Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit diesen zusammenwohnen (Art. 43 Abs. 1 AuG). Nach Auflösung der Ehe oder der Familiengemeinschaft besteht nach Art. 50 Abs. 1 AuG der Anspruch des Ehegatten auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung nach Art. 43 AuG weiter, wenn die Ehegemeinschaft mindestens drei Jahre bestanden hat und eine erfolgreiche Integration besteht (lit. a) oder wichtige persönliche Gründe einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz erforderlich machen (lit. b). Wichtige persönliche Gründe nach Absatz 1 Buchstabe b können namentlich vorliegen, wenn die Ehegattin oder der Ehegatte Opfer ehelicher Gewalt wurde und die soziale Wiedereingliederung im Herkunftsland stark gefährdet erscheint (Art. 50 Abs. 2 AuG). Für die Beantwortung der Frage, ob eine Ehegemeinschaft im Zeitpunkt der Auflösung drei Jahre bestanden hat (Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG), ist einzig die Dauer des Zusammenlebens im Inland massgeblich (<ref-ruling> E. 3.3).
3.2 Die Vorinstanz hat erwogen, mit der am 17. Februar 2011 vollzogenen Trennung habe das eheliche Zusammenleben geendet. Das gelte unabhängig davon, ob das in Mazedonien ergangene Scheidungsurteil in der Schweiz anerkennungsfähig sei. Da keine wichtigen Gründe für ein Getrenntleben geltend gemacht würden, sei die dreijährige Dauer der Ehegemeinschaft gemäss Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG nicht erreicht, so dass sich daraus kein Anspruch auf eine Aufenthaltsbewilligung ergebe. Sodann lägen auch keine wichtigen Gründe im Sinne von Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG vor. Die Beschwerdeführerin mache eheliche Gewalt geltend, indem der Ehemann sie zum Schwangerschaftsabbruch gedrängt und sie während der Ehe "isoliert gehalten" habe (Einziehung des Arbeitsverdienstes, Wegnahme von Ausweis, Bankkarte und Hausschlüssel). In Bezug auf die Unterdrucksetzung zum Schwangerschaftsabbruch ergebe sich aber aus den Akten nichts, was klar auf eine unzulässige Unterdrucksetzung hinweisen würde. Nach dem Befragungsprotokoll des Amtes für Polizeiwesen und Zivilrecht vom 16. Mai 2011 habe die Beschwerdeführerin lediglich ausgeführt, der Mann habe gesagt, er möchte nicht für das Kind sorgen. Auch aus dem Verlaufsbericht des Frauenhauses Graubünden ergebe sich nichts, was einen Ermessensmissbrauch bzw. eine Ermessensüberschreitung durch das Departement nahe legen würde. Zwar sei von einer Druckausübung die Rede, aus den verschiedenen Mail-Berichten gewinne man aber durchaus den Eindruck, dass die Beschwerdeführerin den Entscheid zum Schwangerschaftsabbruch eigenverantwortlich in Begleitung und Unterstützung des Sozialdienstes getroffen habe. Auch bezüglich des Vorwurfs der unzulässigen Isolation durch den Ehemann bringe die Beschwerdeführerin nichts vor, worauf nicht bereits das Departement eingegangen sei. Die Würdigung des Verlaufsberichts des Frauenhauses lasse nicht auf einen Rechts- oder Ermessensfehler der Vorinstanz schliessen. Die Beschwerdeführerin lege auch keine weiteren Nachweise gemäss Art. 77 Abs. 6 der Verordnung vom 24. Oktober 2007 über Zulassung, Aufenthalt und Erwerbstätigkeit (VZAE; SR 142.201) vor, welche das Gegenteil beweisen oder zumindest glaubhaft machen würden. Die beschriebenen Einzelereignisse, wonach der Ehemann der Beschwerdeführerin nach einem Ferienaufenthalt in Mazedonien den Ausländerausweis, den Wohnungsschlüssel und die Bankkarten weggenommen haben soll, könnten zwar eine Form der ehelichen Gewalt darstellen; weil sie aber einmalig seien, die Ehefrau keiner medizinischen Versorgung bedurfte und die Ereignisse gemäss den vorhandenen Akten zu keinen physischen oder psychischen Folgeschäden geführt hätten, könnten sie für sich allein nicht als Gründe angesehen werden die einen weiteren Aufenthalt in der Schweiz rechtfertigen würden. Auch eine starke Gefährdung der Wiedereingliederung in der Heimat sei nur allgemein behauptet, aber nicht näher spezifiziert. Eine ernstliche Gefahr seitens der eigenen Familie, insbesondere des Vaters, sei weder bewiesen noch glaubhaft gemacht. Selbst wenn dies der Fall sein sollte, wäre es der Beschwerdeführerin möglich, in Mazedonien ausserhalb der Familie zu leben. Sie lebe erst seit vier Jahren in der Schweiz und sei mit der Sprache, Kultur und Lebensweise in der Heimat vertraut.
4. Die Beschwerdeführerin beantragt wie bereits vor den Vorinstanzen die vorfrageweise Prüfung der Anerkennung des ihres Erachtens gegen den ordre public (Art. 27 IPRG) verstossenden mazedonischen Scheidungsurteils und kritisiert als Rechtsverweigerung, dass die Vorinstanzen diese Prüfung nicht vorgenommen hätten. Sie stellt aber die vorinstanzliche Feststellung nicht in Frage, dass die eheliche Gemeinschaft bereits mit der Eheschutzverfügung vom 17. Februar 2011 beendet wurde. Sie behauptet auch nicht, die Ehegemeinschaft sei nachher wieder aufgenommen worden. Bei dieser Sachlage ist das Scheidungsurteil für die Bemessung der Drei-Jahres-Dauer im Sinne von Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG nicht von Bedeutung; folglich ist es dafür auch unerheblich, ob es in der Schweiz anerkannt wird.
Die Beschwerdeführerin macht freilich geltend, die Missachtung ihrer Verfahrens- und Beteiligungsrechte im mazedonischen Urteil habe Einfluss auf die Beurteilung der wichtigen Gründe im Sinne von Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG, insbesondere auf ihre Stellung im Herkunftsland. Indessen sind für die Beurteilung, ob die soziale Wiedereingliederung im Herkunftsland stark gefährdet erscheint (Art. 50 Abs. 2 AuG; hinten E. 5.2), die dortigen Verhältnisse massgebend. Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass das Scheidungsurteil in Mazedonien als rechtskräftig gilt. Ihre Stellung in Mazedonien wird sich nach der dort geltenden Rechtslage richten. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern sich das mazedonische Umfeld dafür interessieren sollte, ob das Urteil in der Schweiz anerkannt wird und inwiefern dies für die Wiedereingliederung von Bedeutung sein soll. Die Vorinstanzen durften daher auf eine vorfrageweise Abklärung dieser zivilrechtlichen Frage verzichten.
5. Nach dem Gesagten hat das Verwaltungsgericht mit Recht einen Anspruch nach Art. 50 Abs. 1 lit. a AuG verneint. Zu prüfen ist ein solcher nach lit. b.
5.1 Die Beschwerdeführerin macht nicht körperliche, sondern psychische häusliche Gewalt geltend.
5.1.1 Nach der Rechtsprechung ist im Rahmen von Art. 50 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit Art. 50 Abs. 2 AuG jede Form ehelicher bzw. häuslicher Gewalt, sei sie körperlicher oder psychischer Natur, ernst zu nehmen. Häusliche Gewalt bedeutet systematische Misshandlung mit dem Ziel, Macht und Kontrolle auszuüben und nicht eine einmalige Ohrfeige oder eine verbale Beschimpfung im Verlauf eines eskalierenden Streits. Die physische oder psychische Zwangsausübung und deren Auswirkungen müssen vielmehr von einer gewissen Konstanz bzw. Intensität sein (<ref-ruling> E. 3.2.1). Auch psychische bzw. sozio-ökonomische Druckausübung wie dauerndes Beschimpfen, Erniedrigen, Drohen und Einsperren kann einen für die Annahme eines nachehelichen Härtefalls relevanten Grad an unzulässiger Oppression erreichen. Dies ist praxisgemäss der Fall, wenn die psychische Integrität des Opfers bei einer Aufrechterhaltung der ehelichen Gemeinschaft schwer beeinträchtigt würde. Nicht jede unglückliche, belastende und nicht den eigenen Vorstellungen entsprechende Entwicklung einer Beziehung begründet indessen bereits einen nachehelichen Härtefall und ein weiteres Anwesenheitsrecht in der Schweiz, sondern hierfür verlangt die Rechtsprechung eine gewisse Intensität der ehelichen Gewalt (vgl. <ref-ruling> E. 5.3 S.4): Die anhaltende, erniedrigende Behandlung muss derart schwer wiegen, dass von der betroffenen Person bei Berücksichtigung sämtlicher Umstände vernünftigerweise nicht erwartet werden kann, dass sie einzig aus bewilligungsrechtlichen Gründen die Ehe aufrechterhält und in einer ihre Menschenwürde und Persönlichkeit verneinenden Beziehung verharrt. Eine glaubhaft gemachte oppressionsbedingte Aufhebung der Hausgemeinschaft soll für die betroffene Person keine ausländerrechtlichen Nachteile zur Folge haben, wenn sie durch das Zusammenleben in ihrer Persönlichkeit ernsthaft gefährdet wäre und ihr eine Fortführung der ehelichen Gemeinschaft bei objektiver Betrachtungsweise nicht mehr zugemutet werden kann. Die Abhängigkeit des Opfers häuslicher Gewalt bzw. psychischer Oppression vom Täter soll durch die Bewilligungsfrage nicht verstärkt und die gewaltbetroffene nachgezogene Person nicht vor das Dilemma gestellt werden, in der Zwangssituation verbleiben oder den Verlust des Aufenthaltsrechts hinnehmen zu müssen. Dabei ist eine Gesamtbetrachtung vorzunehmen (<ref-ruling> E. 3.2.2). Die ausländische Person trifft bei der Feststellung des entsprechenden Sachverhalts eine weitreichende Mitwirkungspflicht (vgl. hierzu <ref-ruling> E. 2b/cc S. 342; <ref-ruling> E. 2b S. 365). Sie muss die eheliche Gewalt bzw. häusliche Oppression in geeigneter Weise glaubhaft machen (Arztberichte oder psychiatrische Gutachten, Polizeirapporte, Berichte/Einschätzungen von Fachstellen [Frauenhäuser, Opferhilfe usw.], glaubwürdige Zeugenaussagen von weiteren Angehörigen oder Nachbarn etc.). Allgemein gehaltene Behauptungen oder Hinweise auf punktuelle Spannungen genügen nicht; wird häusliche Gewalt in Form psychischer Oppression behauptet, muss vielmehr die Systematik der Misshandlung bzw. deren zeitliches Andauern und die daraus entstehende subjektive Belastung objektiv nachvollziehbar konkretisiert und beweismässig unterlegt werden (<ref-ruling> E. 3.2.3).
5.1.2 Die Ausführungen der Vorinstanz sind insofern unzutreffend, als darin (E. 2c S. 11 f.) die Rede davon ist, die Erteilung bzw. Verlängerung der Bewilligung nach Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG liege im Ermessen der zuständigen Behörden. Aus dem Zusammenhang geht aber hervor, dass diese Ausdrucksweise nur eine unpräzise Redaktion darstellt; in Wirklichkeit geht die Vorinstanz zutreffend davon aus, dass bei Vorliegen der Voraussetzungen von Art 50 AuG ein Rechtsanspruch auf die Bewilligung besteht (E. 2a S. 9); mit dem Hinweis auf das "Ermessen" meint sie, dass die Behörden einen gewissen Beurteilungsspielraum in der Würdigung des Sachverhalts haben; das entspricht auch der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 5.3 S. 4; Urteil 2C_590/2010 vom 29. November 2010 E. 2.5.2).
5.1.3 Die Beschwerdeführerin kritisiert zwar die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz, legt aber nicht dar, inwiefern diese offensichtlich unrichtig sein sollen. Insbesondere ist der Vorwurf unzutreffend, die Vorinstanz habe den Bericht des Frauenhauses Graubünden nicht berücksichtigt: Die Vorinstanz hat vielmehr diesen Bericht ausdrücklich gewürdigt. Es ist entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin nicht aktenwidrig, aus diesem Bericht abzuleiten, die Beschwerdeführerin habe den Entscheid zum Schwangerschaftsabbruch eigenverantwortlich getroffen. Zwar steht auf S. 2 des chronologisch aufgebauten Berichts, der Mann setze die Beschwerdeführerin massiv unter Druck ("Frau Z._ könne nicht helfen, folg(l)ich müsse sie ausreisen. Damit sie in Mazedonien wieder heiraten kann, soll sie das Kind abtreiben"), und diese sei völlig überfordert mit der Situation. Ein Antwortmail (offenbar von einer Mitarbeiterin des Frauenhauses) vom 19. Februar 2011 gibt an, sie habe "heute" erfahren, dass "gestern" der Mann gesagt habe, die Beschwerdeführerin müsse abtreiben, damit sie in Mazedonien eine Existenzgrundlage habe. Auf der folgenden Seite steht jedoch, das sei die durch den Mann erfolgte Übersetzung der Aussage einer Mitarbeiterin des Sozialdienstes. Anschliessend steht weiter, die Beschwerdeführerin wisse, dass sie gute Chancen habe, bis nach der Geburt in der Schweiz bleiben zu können, sie sei am Abwägen, ob sie kämpfen wolle; nach einer geschwärzten Passage steht sodann, die Beschwerdeführerin habe sich für eine Abtreibung entschieden. Daraus ergibt sich wohl, dass die Abtreibung unter dem Druck der Umstände, aber nicht, dass sie unter dem Druck des Mannes stattgefunden hat. Ebenso wenig legt die Beschwerdeführerin dar, dass die übrigen Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz zur geltend gemachten häuslichen Gewalt (E. 3.2) offensichtlich unrichtig seien. Insbesondere hat sich die Vorinstanz entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin nicht nur auf die strafrechtliche Einschätzung fokussiert. Vielmehr hat sie mit Recht darauf hingewiesen, dass keine Nachweise im Sinne von Art. 77 Abs. 6 VZAE vorlägen, welche häusliche Gewalt beweisen oder zumindest glaubhaft machen würden.
5.1.4 Bei diesem Sachverhalt hat die Vorinstanz mit Recht das Vorliegen häuslicher Gewalt im dargelegten Sinne (E. 5.1.1) verneint: Da eine systematische Oppression von einer gewissen Dauer mit dem Ziel, Macht und Kontrolle auszuüben, nicht glaubhaft gemacht ist, geht es nicht darum, dass die Beschwerdeführerin durch das Zusammenleben mit einem tyrannischen Gatten in ihrer Persönlichkeit ernsthaft gefährdet wäre, so dass ihr eine Fortführung der ehelichen Gemeinschaft nicht mehr zugemutet werden kann. Vielmehr wollte der Ehemann sich von der Beschwerdeführerin trennen, nachdem er sie - wenn auch allenfalls zu Unrecht - der ehelichen Untreue verdächtigte. Dass es im Rahmen einer solchen Trennung zu Streitigkeiten zwischen den Ehegatten kommen kann, liegt im Rahmen des Üblichen und hält sich vorliegend auch zeitlich in Grenzen (von ca. Ende Dezember 2010 bis zum Eheschutzentscheid vom 17. Februar 2011). Eine bestehende Schwangerschaft stellt in einer solchen Situation verständlicherweise eine erhebliche Belastung für die Frau dar; daraus oder aus dem Umstand, dass die Schwangerschaft abgebrochen wurde, folgt aber nicht, dass die Frau Opfer ehelicher Gewalt geworden wäre.
5.2 Die Beschwerdeführerin beruft sich zudem auf eine Gefährdung der Wiedereingliederung in Mazedonien.
5.2.1 Art. 50 Abs. 2 AuG setzt voraus, dass die Wiedereingliederung in der Heimat "stark gefährdet" ist; entscheidend ist nicht, ob die ausländische Person in der Schweiz gut integriert ist oder ob ein Leben in der Schweiz einfacher wäre (<ref-ruling> E. 3.1; Urteil 2C_216/2009 vom 20. August 2009 E. 3). Der blosse Umstand, dass die ausländische Person in Lebensverhältnisse zurückkehren muss, die in ihrem Herkunftsland allgemein üblich sind, stellt keinen wichtigen Grund im Sinne von Art. 50 AuG dar, auch wenn diese Lebensumstände weniger vorteilhaft sein mögen als diejenigen in der Schweiz (Urteil 2C_647/2010 vom 10. Februar 2011 E. 3.6/3.7). Ein persönlicher, nachehelicher Härtefall setzt aufgrund der konkreten Umstände eine erhebliche Intensität der Konsequenzen für das Privat- und Familienleben der ausländischen Person voraus, die mit ihrer Lebenssituation nach dem Dahinfallen der gestützt auf Art. 42 Abs. 1 bzw. Art. 43 Abs. 1 AuG abgeleiteten Anwesenheitsberechtigung verbunden sind (<ref-ruling> E. 3.2.3). Eine solche Gefährdung liegt namentlich vor, wenn Hindernisse bestehen, die auch dem Vollzug der Wegweisung entgegenstehen (Art. 83 AuG; <ref-ruling> E. 3.3.2; Urteil 2C_236/2011 vom 2. September 2011 E. 2.2). Auch hier genügen allgemeine Hinweise nicht; die befürchtete Beeinträchtigung muss im Einzelfall aufgrund der konkreten Umstände glaubhaft erscheinen. Nur in diesem Fall und beim Bestehen entsprechender Beweisanträge, die nicht in antizipierter Beweiswürdigung abgewiesen werden können - wobei aber allfälligen sachinhärenten besonderen Beweisschwierigkeiten Rechnung zu tragen ist -, rechtfertigt es sich, ein ausländerrechtliches Beweisverfahren durchzuführen (<ref-ruling> E. 3.2.3).
5.2.2 Auch in dieser Hinsicht legt die Beschwerdeführerin nicht dar, inwiefern die Sachverhaltsfeststellung und -würdigung der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sein soll. Zwar wird in der Rechtsprechung als wichtiger Grund im Sinne von Art. 50 Abs. 1 lit. b AuG genannt, dass eine geschiedene Frau (mit Kindern) in ein patriarchalisches Gesellschaftssystem zurückkehren und dort wegen ihres Status als Geschiedene mit Diskriminierungen und Ächtungen rechnen müsse (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 3.2.2). Diese Konstellation wurde etwa angenommen, wenn das Scheitern der Ehe erstelltermassen darauf zurückzuführen ist, dass die Ehefrau gegen ihren Willen dauernd in ein von ihr abgelehntes, erniedrigendes patriarchalisches Rollenverständnis als "Sklavin" gezwungen wurde, wobei ihr entsprechender Widerspruch zum Scheitern der Ehe geführt hat, und die Strukturen in ihrer Heimat einer Rückkehr als geschiedene Frau in glaubwürdiger Weise und auf ihre konkreten familiären Verhältnisse bezogen entgegenstehen (<ref-ruling> E. 3.3.4). Blosse stereotype Vorstellungen über bestimmte Gesellschaftsverhältnisse können nicht genügen. Zwar ist in Mazedonien die Scheidungsrate deutlich tiefer als in der Schweiz, aber ungefähr vergleichbar mit derjenigen von Italien oder Irland, so dass nicht gesagt werden kann, eine geschiedene Frau werde in Mazedonien geächtet oder sei in den dortigen gesellschaftlichen Strukturen unvorstellbar. Sodann geht aus dem heimatlichen Scheidungsurteil nicht hervor, dass die Schuld an der Scheidung der Beschwerdeführerin zugewiesen worden wäre. Irgendwelche weiteren konkreten Umstände, die auf eine Gefährdung der Wiedereingliederung schliessen liessen, hat die Beschwerdeführerin nicht vorgebracht. Ihr blosses unsubstanziiertes Vorbringen, sie fürchte Gewalt seitens ihrer Familie und derjenigen ihres Mannes, vermag eine solche Gefährdung nicht glaubhaft zu machen (vgl. zu ähnlichen Situationen in Kosovo Urteile 2C_363/2012 vom 1. Oktober 2012 E. 4.2; 2C_295/2012 vom 5. September 2012 E. 3.3.2).
6. Bei diesem Ausgang des Verfahrens obsiegt die Beschwerdeführerin teilweise und hat Anspruch auf entsprechende Parteientschädigung gegenüber dem Kanton Graubünden (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Im Umfang des Unterliegens trägt sie die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG); der Kanton Graubünden trägt keine Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird insoweit teilweise gutgeheissen, als die Sache an das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden zurückgewiesen wird zur Beurteilung des Antrags auf unentgeltliche Rechtspflege für das Verfahren vor dem Verwaltungsgericht. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Der Kanton Graubünden hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Amt für Migration und Zivilrecht, dem Departement für Justiz, Sicherheit und Gesundheit und dem Verwaltungsgericht (1. Kammer) des Kantons Graubünden sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Februar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein