Sachverhalt:
A. X._ AG reichte am 10. Juli 2009 dem Bundesamt für Zivilluftfahrt BAZL im Rahmen des Projektes "Y._" ihr komplett überarbeitetes Betriebshandbuch (Operations Manual, OM) zur Prüfung ein. Für die Prüfung der Teilbände OM-B und OM-C erliess das BAZL vier Verfügungen in der Höhe von insgesamt Fr. 12'384.--. Für die Prüfung des Teilbandes OM-D Issue 2 Revision 0 stellte das BAZL mit Kostenverfügung vom 10. August 2010 einen Betrag von Fr. 21'961.80 in Rechnung und für die Prüfung des Teilbandes OM-A Issue 2 Revision 0 mit Kostenverfügung vom 2. Mai 2011 einen Betrag von Fr. 19'893.60. Im weiteren stellte das BAZL der X._ AG am 12. Juli 2010 eine Gebühr von Fr. 450.-- in Rechnung für die Aufnahme eines Flugzeuges auf das Air Operator Certificate (AOC) sowie am 29. Juli 2010 eine solche von Fr. 540.-- für die Erneuerung des AOC.
B. Gegen die Kostenverfügung vom 10. August 2010 für den Betrag von Fr. 21'961.80 führte die X._ AG am 6. September 2010 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht, gegen die Kostenverfügung vom 2. Mai 2011 für den Betrag von Fr. 19'893.60 am 3. Juni 2011.
Mit Urteil vom 13. September 2011 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerden teilweise gut. Es erkannte dabei, dass die Gebührenobergrenze von Fr. 50'000.-- gemäss Art. 39 der Verordnung vom 28. September 2007 über die Gebühren des Bundesamtes für Zivilluftfahrt (GebV-BAZL; SR 748.112.11) für die Prüfung des Betriebshandbuches insgesamt nicht überschritten werden dürfe. Der "Gebührenüberschuss" von Fr. 5'229.40 werde von den beiden angefochtenen Kostenverfügungen in Abzug gebracht; Fr. 3'000.-- von derjenigen vom 10. August 2010 in der Höhe von Fr. 21'961.80 und Fr. 2'229.40 von derjenigen vom 2. Mai 2011 in der Höhe von Fr. 19'893.60.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 12. Oktober 2011 beantragt die X._ AG, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-6337/2010 vom 13. September 2011 sei aufzuheben und es sei für die Prüfung des Betriebshandbuchs, Teilbände OM-A und OM-D Issue 2 Revision 0, eine Gebühr zu Lasten der Beschwerdeführerin in der Höhe von Fr. 7'616.-- festzusetzen.
Eventualiter sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und es sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Bundesamt für Zivilluftfahrt BAZL beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) liess sich nicht vernehmen.
Mit Eingabe vom 16. Januar 2012 nahm die Beschwerdeführerin Stellung zur Vernehmlassung des Bundesamtes für Zivilluftfahrt BAZL.

Erwägungen:
1. Gegen Urteile des Bundesverwaltungsgerichts im Bereich des Luftverkehrsrechts ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zulässig, soweit es nicht um das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen geht (vgl. Art. 6 des Bundesgesetzes vom 21. Dezember 1948 über die Luftfahrt [Luftfahrtgesetz, LFG; SR 748.0] i.V.m. Art. 82 ff. und Art. 83 lit. t BGG).
Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Das schweizerische Luftrecht ist über das Abkommen vom 21. Juni 1999 zwischen der schweizerischen Eidgenossenschaft und der Europäischen Gemeinschaft über den Luftverkehr in das europäische Regelungssystem eingebunden (Luftverkehrsabkommen [LFA]; SR 0.748.127.192.68; vgl. REGULA DETTLING-OTT, Das bilaterale Luftverkehrsabkommen der Schweiz und der EG, in: Thürer et al. [Hrsg.], Bilaterale Verträge I&II Schweiz-EU, 2007, S. 491 ff., Rz. 5, 8, 49; DETTLING-OTT/HALDIMANN, Luftverkehrsrecht Teil II: Betrieb der Luftfahrt, in: Georg Müller [Hrsg.], Verkehrsrecht, SBVR Bd. IV, H Rz. 26 ff.). Zu diesem Zweck gelten im Rahmen des Gegenstands des Abkommens und der im Anhang genannten Verordnungen und Richtlinien die europäischen Regeln auch in der Schweiz (Art. 1 Abs. 2 und Art. 32 LFA).
2.2 Nach Art. 27 LFG und Art. 103 der Verordnung vom 14. November 1973 über die Luftfahrt (Luftfahrtverordnung, LFV; SR 748.01) bzw. Art. 4 der Verordnung (EG) Nr. 1008/2008 vom 24. September 2008 über gemeinsame Vorschriften für die Durchführung von Luftverkehrsdiensten in der Gemeinschaft (ABl. L 293 vom 31. Oktober 2008, S. 3 ff.) i.V.m. Ziff. 1 des Anhangs zum Luftverkehrsabkommen wird einem Unternehmen eine Betriebsbewilligung - gemäss schweizerischer Terminologie - bzw. eine Betriebsgenehmigung - nach Terminologie der EG - unter diversen, genau bestimmten Voraussetzungen erteilt. Eine dieser Voraussetzungen besteht darin, dass das Unternehmen über ein Luftverkehrsbetreiberzeugnis (Air Operator Certificate: AOC) verfügt, das insbesondere auch die Flugbetriebs- und Unterhaltsorganisation regelt (vgl. <ref-law>; Art. 4 lit. b und Art. 6 der Verordnung [EG] Nr. 1008/2008). Das AOC bescheinigt, dass der Luftverkehrsbetreiber die fachliche Eignung und Organisation besitzt, um die Sicherheit des im Zeugnis genannten Betriebs gemäss den einschlägigen Bestimmungen des Gemeinschaftsrechts oder gegebenenfalls des einzelstaatlichen Rechts zu gewährleisten (Art. 2 Ziff. 8 der Verordnung [EG] Nr. 1008/2008).
2.3 Die Voraussetzungen zur Erteilung, Änderung und Aufrechterhaltung der Gültigkeit des Luftverkehrsbetreiberzeugnisses bilden Gegenstand der Verordnung (EWG) Nr. 3922/91 des Rates vom 16. Dezember 1991 zur Harmonisierung der technischen Vorschriften und der Verwaltungsverfahren in der Zivilluftfahrt (Abschnitt C des Anhangs III [ABl. L 373 vom 31. Dezember 1991, S. 4, bzw. Verordnung (EG) Nr. 859/2008 der Kommission vom 20. August 2008 zur Änderung der Verordnung (EWG) Nr. 3922/91 des Rates in Bezug auf gemeinsame technische Vorschriften und Verwaltungsverfahren für den gewerblichen Luftverkehr mit Flächenflugzeugen, ABl. L 254 vom 20. September 2008, S. 1]). Diese Erteilungsvoraussetzungen, welche sich aus dem Anhang der Verordnung ergeben (sog. OPS 1), lassen sich in flugbetriebliche und technische sowie solche hinsichtlich der Flugsicherheit untergliedern (STEFFEN HEYN/SEBASTIAN ROTH, C. Luftfahrtunternehmen, in: Hobe/von Ruckteschell [Hrsg.], Kölner Kompendium Luftrecht, Rz. 168). Hinsichtlich der flugbetrieblichen Anforderungen wird der Aufbau einer geeigneten Unternehmensstruktur und Leitung, einschliesslich Anstellung und Benennung eines verantwortlichen Betriebsleiters und mehrerer Fachbereichsleiter - welche für die Leitung und Überwachung der Bereiche Flugbetrieb, Instandhaltungssystem, Schulung der Besatzungen und Bodenbetrieb verantwortlich sind - verlangt, um eine verlässliche und effektive Führungsstruktur zur Gewährleistung eines sicheren Flugbetriebs und der Umsetzung und Einhaltung aller gesetzlichen Vorschriften nachweisen zu können (vgl. OPS 1.175 lit. g Ziff. 1, lit. h und i; OPS 1.180 lit. a Ziff. 3 i). Weiter wird eine betriebsinterne Festlegung von Verfahren für die Überwachung des Betriebes (OPS 1.175 lit. g Ziff. 2), der Aufbau eines Qualitätssystems gemäss OPS 1.035 (OPS 1.180 lit. a Ziff. 3 ii) und die Erstellung eines Unfallverhütungs- und Flugsicherheitsprogramms gemäss OPS 1.037 (OPS 1.175) sowie der Nachweis, dass die geforderten Schulungsprogramme eingehalten werden können (OPS 1.180 lit. a Ziff. 3 iii), verlangt. Sodann muss das Luftfahrtunternehmen der Luftfahrtbehörde eine Kopie der betrieblichen Dokumentation zur Darstellung der organisatorischen und flugbetrieblichen Verfahren (Betriebshandbuch, bestehend aus den Teilen A: Allgemeines/Grundsätzliches, B: Flugzeugbezogene Betriebsunterlagen, C: Strecken- und flugplatzbezogene Anweisungen und Angaben, D: Schulungen) gemäss OPS 1.200 mit den Inhalten gemäss OPS 1, Abschnitt P (OPS 1.1040 ff.) zur Verfügung stellen (OPS 1.175 lit. p).
Mit der Vorinstanz und der Beschwerdeführerin ist davon auszugehen, dass diese europarechtlichen Bestimmungen nach dem Willen der Vertragspartner grundsätzlich auch in der Schweiz direkt angewendet werden sollen (vgl. <ref-ruling> E. 3.1, mit Hinweisen).
2.4 Nach Art. 3 LFG hat der Bundesrat im Rahmen der Zuständigkeit des Bundes die Aufsicht über die Luftfahrt im gesamten Gebiet der Schweizerischen Eidgenossenschaft (Abs. 1, Satz 1). Er setzt insbesondere die zu erhebenden Gebühren fest (Abs. 3). Gestützt auf diese Kompetenz hat der Bundesrat die Verordnung vom 28. September 2007 über die Gebühren des Bundesamtes für Zivilluftfahrt (GebV-BAZL; SR 748.112.11) erlassen. Diese Verordnung regelt die Gebühren für Verfügungen und Dienstleistungen, die das Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) u.a. gestützt auf die schweizerische Luftfahrtgesetzgebung erlässt beziehungsweise erbringt (<ref-law>). <ref-law> bestimmt, dass für die Änderung oder Erneuerung eines Luftverkehrsbetreiberzeugnisses (AOC) die Gebühren nach Zeitaufwand innerhalb eines Gebührenrahmens von Fr. 300.-- (Minimalgebühr) bis Fr. 50'000.-- (Maximalgebühr) bemessen werden (Abs. 1 lit. b). Für alle anderen gewerbsmässigen Bewilligungen und Prüfungen werden die Gebühren gemäss <ref-law> nach Zeitaufwand innerhalb eines Gebührenrahmens von Fr. 150.-- bis Fr. 10'000.-- bemessen. Unter der Marginalie "Betriebsbewilligung" bestimmt <ref-law> sodann, dass die Gebühren für die Bearbeitung eines Gesuchs um Erteilung einer Genehmigung eines Betriebshandbuchs oder einer Änderung des Handbuchs nach Zeitaufwand innerhalb eines Gebührenrahmens von Fr. 150.-- bis Fr. 10'000.-- Franken bemessen werden.
3. Vorliegend ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin über ein Luftverkehrsbetreiberzeugnis (AOC) verfügte, welches bis zum 31. Juli 2010 gültig war, sowie dass sie am 10. Juli 2009 dem Bundesamt für Zivilluftfahrt BAZL (im Folgenden auch: das Bundesamt) ihr komplettes Betriebshandbuch bestehend aus den Teilbänden OM-A, OM-B, OM-C und OM-D sowie weitere Unterlagen zur Prüfung und Genehmigung einreichte. Umstritten ist dagegen, ob das Bundesamt für die Prüfung des Betriebshandbuches Gebühren nach <ref-law> in Rechnung stellen durfte, oder ob sie die Gebühr aufgrund der Bestimmung von <ref-law> hätte bemessen müssen.
3. Vorliegend ist unbestritten, dass die Beschwerdeführerin über ein Luftverkehrsbetreiberzeugnis (AOC) verfügte, welches bis zum 31. Juli 2010 gültig war, sowie dass sie am 10. Juli 2009 dem Bundesamt für Zivilluftfahrt BAZL (im Folgenden auch: das Bundesamt) ihr komplettes Betriebshandbuch bestehend aus den Teilbänden OM-A, OM-B, OM-C und OM-D sowie weitere Unterlagen zur Prüfung und Genehmigung einreichte. Umstritten ist dagegen, ob das Bundesamt für die Prüfung des Betriebshandbuches Gebühren nach <ref-law> in Rechnung stellen durfte, oder ob sie die Gebühr aufgrund der Bestimmung von <ref-law> hätte bemessen müssen.
3.1 Die Vorinstanz führt aus, der Gebührenrahmen für die Änderung oder Erneuerung eines AOC im Sinne von <ref-law> erfasse die Überprüfung sämtlicher Voraussetzungen, die zur Erteilung eines AOC erfüllt sein müssten und damit gewissermassen den materiellen Gehalt eines AOC. Dazu gehöre auch die Überprüfung des Betriebshandbuches.
Der Vorinstanz ist insoweit zuzustimmen, als im Rahmen der Überprüfung eines AOC auch die Überprüfung des Betriebshandbuches zu erfolgen hat. Sie legt jedoch in der Folge ihren Überlegungen zugrunde, dass auch das Umgekehrte zutrifft und ein Gesuch um Änderung des Betriebshandbuches per se als Veranlassung einer Änderung oder Erneuerung eines AOC qualifiziert wird. Es kann aus den nachfolgenden Erwägungen offen gelassen werden, ob diese Auffassung so zutrifft.
Im weiteren ist sodann festzustellen, dass sich die Vorinstanz selber nicht an ihre eingangs genannte Feststellung hält, wenn sie gleichzeitig zum Ergebnis kommt, dass das Bundesamt für die Überprüfung der Betriebshandbücher der Beschwerdeführerin eine Gebühr verlangen könne, welche den maximal zulässigen Rahmen von <ref-law> vollumfänglich ausschöpft. Mit dieser Betrachtungsweise geht sie nicht davon aus, dass die Erteilung eines AOC auch die Überprüfung der Betriebshandbücher umfasst, sondern sie setzt die Erteilung eines AOC mit der Prüfung der Betriebshandbücher gleich. Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Aufgrund des Anhangs III zur Verordnung (EG) Nr. 859/2008, Abschnitt C (vgl. dazu E. 2.3) ergibt sich ohne Weiteres, dass die Vorlage der erforderlichen Betriebshandbücher lediglich eine von verschiedenen Voraussetzungen zur Erlangung des AOC darstellt und daher deren Überprüfung lediglich ein Teilaspekt bei der Prüfung der Voraussetzungen für die Erteilung bzw. Erneuerung des AOC bildet. Dementsprechend kann die Gebühr für die Prüfung der Betriebshandbücher lediglich einen Teil der Gesamtgebühr für die Änderung oder Erneuerung des AOC betragen. Damit stellt sich - auch wenn die Überprüfung geänderter Betriebshandbücher als Teil einer Änderung des AOC betrachtet wird - die Frage, wie innerhalb des Gebührenrahmens für die Änderung des AOC die Gebühr für die einzelnen behördlichen Dienstleistungen zu bemessen ist.
3.2 Die Beschwerdeführerin ist sinngemäss der Auffassung, die Gebühr für die Bearbeitung eines Gesuchs um Erteilung einer Genehmigung eines Betriebshandbuches oder einer Änderung des Handbuches bemesse sich immer nach <ref-law>. Demgegenüber scheint die tragende Überlegung des Bundesamtes, welcher die Vorinstanz gefolgt ist, zu sein, dass <ref-law> lediglich in Bezug auf die Prüfung von Betriebshandbüchern von Helikopterunternehmen Anwendung findet, welche noch nicht verpflichtet sind, über ein AOC zu verfügen.
Der Wortlaut der fraglichen Bestimmung erscheint klar zu sein: Für die Bearbeitung eines Gesuchs um Erteilung einer Genehmigung eines Betriebshandbuchs oder einer Änderung des Handbuchs werden die Gebühren nach Zeitaufwand innerhalb eines Gebührenrahmens von 150 bis 10 000 Franken bemessen. Aus diesem Wortlaut ergeben sich keinerlei Einschränkungen bloss auf Betriebshandbücher bestimmter Unternehmen. Derartige Einschränkungen ergeben sich sodann auch nicht aus der systematischen Stellung der Norm. Sie befindet sich im 6. Abschnitt der Gebührenverordnung, welche den Titel "Gewerbsmässige Flugunternehmen und -betriebe" trägt. In diesem Abschnitt befinden sich die Gebührenregelungen für das Luftverkehrsbetreiberzeugnis (Air Operator Certificate) (<ref-law>), für andere gewerbsmässige Bewilligungen und Prüfungen (<ref-law>), Betriebsbewilligungen (<ref-law>), Ausnahmebewilligungen und Einzelbewilligungen (<ref-law>) sowie Streckenkonzessionen (<ref-law>). Betriebshandbücher sind - wie bereits ausgeführt (E. 2.3) - Voraussetzung für die Erteilung eines AOC. Da das AOC seinerseits eine der Voraussetzungen für die Erteilung einer Betriebsbewilligung ist (vgl. E. 2.2), sind die Betriebshandbücher zugleich auch Voraussetzung für Letztere. Aus dem Umstand, dass der Verordnungsgeber die verschiedenen behördlichen Tätigkeiten, welche insgesamt zur Bewilligung des Betriebs eines gewerbsmässigen Flugunternehmens führen, in mehreren Bestimmungen unterschiedlich detailliert geregelt hat, ergibt sich, dass der Gebührenrahmen für bestimmte Tätigkeiten klarer als für andere festgehalten werden sollte. Was die Gebühr für die Bearbeitung eines Gesuchs um Erteilung einer Genehmigung eines Betriebshandbuchs oder einer Änderung des Handbuchs betrifft, muss daher aus <ref-law> mangels Hinweisen auf abweichende Intentionen des Verordnungsgebers geschlossen werden, dass der Gebührenrahmen für diese Tätigkeit speziell geregelt werden sollte. Die Vorinstanz sieht einen solchen Hinweis auf abweichende Intentionen des Verordnungsgebers darin, dass eine Regelung getroffen werden musste für Unternehmen, welche die gewerbsmässige Beförderung von Personen oder Gütern mit Helikoptern vornehmen wollen, jedoch nicht verpflichtet waren, über ein AOC zu verfügen. Sie folgert dies aus der Übergangsbestimmung von Art. 15 der Verordnung des UVEK vom 14. Oktober 2008 über den Betrieb von Helikoptern zur gewerbsmässigen Beförderung von Personen oder Gütern (VJAR-OPS 3; SR 748.127.9). Diese Bestimmung sieht vor, dass das BAZL jedem Helikopterunternehmen, auf das diese Verordnung anwendbar ist, eine Frist setzt, in der es den Betrieb und das Betriebsreglement dieser Verordnung und den JAR-OPS 3 anzupassen hat. Die Vorinstanz schliesst aus dieser Regelung, dass im Moment des Erlasses der GebV-BAZL noch nicht alle Helikopterunternehmen verpflichtet waren, über ein AOC zu verfügen. Sie führt weiter aus, aus diesem Grunde habe mit <ref-law> eine separate Bestimmung für die Bearbeitung von Gesuchen um Erteilung einer Genehmigung eines Betriebshandbuches oder dessen Änderung erlassen werden müssen, da ansonsten für die Überprüfung der Betriebshandbücher solcher Helikopterunternehmen keine Gebührenobergrenze festgesetzt gewesen wäre. Angesichts des Umstandes, dass gemäss <ref-law> - in Kraft seit 15. November 1998 (AS 1998 S. 2570) - alle Unternehmen in der Schweiz als Voraussetzung für eine Betriebsbewilligung für die gewerbsmässige Beförderung von Personen oder Gütern ein Luftverkehrsbetreiberzeugnis benötigen und die Verordnung diesbezüglich keine Ausnahmen vorsieht (vgl. Art. 103 Abs. 3 und 4 sowie <ref-law> bezüglich möglicher Ausnahmen), kann dem Schluss der Vorinstanz nicht gefolgt werden. Der Beschwerdeführerin ist daher zuzustimmen, wenn sie moniert, falls es zum Zeitpunkt des Erlasses der GebV-BAZL noch Helikopterunternehmen gegeben haben sollte, die über kein AOC verfügt hätten, seien dies systemwidrige (recte: verordnungswidrige) Ausnahmefälle gewesen. Es bestehen entsprechend keine Anhaltspunkte dafür, dass der Verordnungsgeber bei Erlass der GebV-BAZL eine spezielle Regelung für Sachverhalte vorsehen wollte, welche der Luftfahrtverordnung widersprechen. Zudem ist mit der Beschwerdeführerin festzustellen, dass eine spezielle Gebührenregelung für derartige Sachverhalte entgegen der Meinung der Vorinstanz auch nicht notwendig gewesen wäre, weil sie ohne Weiteres unter <ref-law> ("laufende Aufsicht") hätte subsumiert werden können.
Zusammenfassend ist damit festzuhalten, dass sich aus der dargestellten Systematik folgende Struktur der Bewilligung für den Flugbetrieb ergibt: Die Betriebsbewilligung (geregelt in Art. 27 LFG bzw. <ref-law>) setzt die Erfüllung verschiedener Bedingungen voraus (vgl. Art. 103 Abs. 1 lit. a-c, e-g und i LFV), u.a. das Vorhandensein eines AOC (<ref-law>). Die Erteilung eines AOC setzt ihrerseits die Erfüllung verschiedener Voraussetzungen voraus (vgl. OPS 1.175, insb. lit. g Ziff. 1 und 2 sowie lit. h und i, OPS 1.180), u.a. das Vorhandensein eines Betriebshandbuches (OPS 1.1040 ff.). Das Betriebshandbuch ist somit nicht direktes Element der Betriebsbewilligung, sondern ein Element des AOC, welches jedoch seinerseits ein Element der Betriebsbewilligung darstellt. Dementsprechend kann die Genehmigung des Betriebshandbuches nicht direkt im Zusammenhang mit der Änderung oder Verlängerung einer Betriebsbewilligung gesehen werden, sondern lediglich indirekt, via Genehmigung des AOC. Sowohl die Betriebsbewilligung als auch das AOC setzen demnach je die Erfüllung mehrerer Bedingungen voraus, deren Erfüllung die zuständige Behörde kontrollieren muss. Das heisst, sowohl die Gebühr für die Betriebsbewilligung - geregelt in <ref-law> - wie auch diejenige für das AOC - geregelt in <ref-law> - stellen damit das Entgelt für eine Mehrzahl von Dienstleistungen bzw. Kontrollverfahren dar. Bereits aus diesem Grunde kann das Vorgehen der Bewilligungsbehörde nicht richtig sein, welche für die Kontrolle der Betriebshandbücher alleine die Maximalgebühr für die Genehmigung des AOC verlangte. Richtig ist vielmehr, dass die Gebühr für die Erteilung des AOC gemäss <ref-law> (Fr. 300.-- bis Fr. 50'000.--) den Gesamtrahmen für alle Elemente des AOC bestimmt. In <ref-law> wurde dazu eine Teiltätigkeit der Behörden, welche im Rahmen des AOC anfallen kann, nämlich die Genehmigung der Betriebshandbücher speziell geregelt (Fr. 150.-- bis Fr. 10'000.--). Im Ergebnis bedeutet dies, dass für die anderen behördlichen Massnahmen im Rahmen der AOC Erteilung bzw. Überprüfung ein Gebührenrahmen von bis zu maximal Fr. 40'000.-- besteht (Fr. 50'000.-- abzüglich die Maximalgebühr für die Betriebshandbücher).
3.3 Als Ergebnis ist festzuhalten, dass die Gebühr für die Bearbeitung eines Gesuchs um Erteilung einer Genehmigung eins Betriebshandbuches oder einer Änderung des Handbuches nach <ref-law> zu bemessen ist. Dementsprechend beträgt die Maximalgebühr Fr. 10'000.--.
Die Beschwerdeführerin beantragt die Festsetzung der Gebühren für die Überprüfung der Teilbände OM-A und OM-D des Betriebshandbuches auf Fr. 7'616.--. Aus der Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz geht hervor, dass das Bundesamt für Zivilluftfahrt der Beschwerdeführerin für die Prüfung der Teilbände OM-B und OM-C Gebühren von Fr. 12'384.-- in Rechnung stellte und die Beschwerdeführerin diese Kostenverfügungen in Rechtskraft erwachsen liess sowie die Rechnungen bezahlte. Das Bundesamt versteht die Vorbringen der Beschwerdeführerin so, dass diese davon ausgehe, es habe sich um zwei Änderungsgesuche gehandelt, weshalb in Anwendung von <ref-law> maximal eine Gebühr von Fr. 20'000.-- (2 x Fr. 10'000.--) für die Bearbeitung der zwei Gesuche erhoben werden könne.
Es kann offen gelassen werden, wie es sich damit genau verhält. Massgebend ist, dass das Bundesgericht gemäss <ref-law> nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen darf. Das materielle Urteil (Sachurteil) darf ihnen nicht mehr und nicht anderes zuerkennen, als sie zulässigerweise beantragt haben (ULRICH MEYER/JOHANNA DORMANN, Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N 1 zu <ref-law>).
Nachdem festgestellt wurde, dass die zulässige Maximalgebühr für die Bearbeitung eines Gesuchs um Erteilung einer Genehmigung eines Betriebshandbuches oder einer Änderung des Handbuches Fr. 10'000.-- beträgt, für die beiden Teilbände OM-B und OM-C bereits Gebühren von Fr. 12'384.-- erhoben wurden und die Beschwerdeführerin für die Teilbände OM-A und OM-D die Festlegung einer Gebühr von Fr. 7'616.-- beantragt, ist diesem Antrag daher stattzugeben, ohne dass zu prüfen ist, ob vorliegend von einem oder zwei Gesuchen auszugehen ist.
4. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich demnach als begründet und ist gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben. Die Beschwerdeführerin schuldet dem Bundesamt für Zivilluftfahrt für die Prüfung des Betriebshandbuches, Teilbände OM-A und OM-D Issue 2 Revision 0, eine Gebühr von Fr. 7'616.--.
Vom unterliegenden Bundesamt für Zivilluftfahrt bzw. dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) sind gemäss <ref-law> keine Gerichtskosten zu erheben.
Der durch den Leiter ihres Rechtsdienstes vertretenen Beschwerdeführerin ist weder für das bundesgerichtliche noch das vorinstanzliche Verfahren eine Parteientschädigung zuzusprechen (vgl. Urteil 2C_807/2008 vom 19. Juni 2009 E. 4.3 mit Hinweisen; vgl. THOMAS GEISER, Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N 5 zu <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 13. September 2011 wird aufgehoben. Die Beschwerdeführerin schuldet dem Bundesamt für Zivilluftfahrt für die Prüfung des Betriebshandbuches, Teilbände OM-A und OM-D Issue 2 Revision 0, eine Gebühr von Fr. 7'616.--.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Es sind keine Parteikosten geschuldet.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL), dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK), und dem Bundesverwaltungsgericht Abteilung I schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Moser