Sachverhalt:
A. Mit Vertrag vom 3. Januar 2001 vermieteten A._ (Vermieterin1) und B._ (Vermieterin 2) die ihnen je zur Hälfte gehörende Stockwerkeigentumseinheit im Erdgeschoss der Liegenschaft an der Y._strasse in Z._ ab dem 1. Januar 2001 an die X._ AG (Mieterin). Diese wurde von den Vermieterinnen zu gleichen Teilen beherrscht, welche für sie als Geschäftsführerinnen tätig waren. Der Mietvertrag sah einen Mietzins von Fr. 12'500.-- brutto pro Monat und eine feste Dauer von sechs Jahren mit Verlängerungsoption vor. Obwohl diese Option nicht ausgeübt wurde, nutzte die Mieterin das Mietobjekt auch nach dem Ablauf der Dauer des Mietvertrages am 1. Januar 2007 und entrichtete weiterhin den bisherigen Mietzins. Mit Aktienverkaufsvertrag vom 13. Juli 2007 verkaufte die Vermieterin 1 ihre Beteiligung an der Mieterin an die Vermieterin 2. Gemäss einer Beendigungsvereinbarung vom gleichen Tag wurde das Arbeitsverhältnis der Mieterin mit der Vermieterin 1 per 31. Dezember 2007 aufgelöst, wobei sich diese verpflichtete per 30. September 2007 aus dem Verwaltungsrat der Mieterin auszutreten. Ab dem 1. Oktober 2007 bezahlte die Mieterin nur noch einen Mietzins von Fr. 7'000.-- brutto pro Monat, vierteljährlich im Voraus. Die Berechtigung dazu leitete sie aus einem entsprechenden schriftlichen Mietvertrag vom 27. September 2007 ab, der aber vermieterseits nur von der Vermieterin 2 unterzeichnet war. Am 22./23. Dezember 2008 unterzeichneten die Mieterin und die Vermieterinnen eine schriftliche Vereinbarung mit folgenden Passagen:
"Präambel
Die Gesellschaft [Mieterin] und A._ haben am 13.7.2007 eine Beendigungsvereinbarung abgeschlossen. Da einige Vertragspunkte noch nicht definitiv geregelt werden konnten, haben die Gesellschaft und A._ einen Mechanismus vereinbart, wie der Vertrag vollzogen werden soll. Nachdem diese Vertragspunkte inzwischen definitiv geregelt werden konnten vereinbaren die Parteien Folgendes:
1. Arbeitsverhältnis zwischen der Gesellschaft und A._
[...]
2. Projekt Tonhalle
[...]
3. Steuerrevision
[...]
4. Abschluss Kontokorrentkonto von A._
[...]
5. Restzahlung Kaufpreis Aktienkauf vom 13.7.2007
[...]
6 Weitere Bestimmungen
6.1. Die vorliegende Vereinbarung ersetzt die Beendigungsvereinbarung vom 13.07.2007 und den Aktienkaufvertrag vom 13.07.2007. Mit Vollzug der vorliegenden Vereinbarung und dem Aktienkaufvertrag sind die Parteien per Saldo aller gegenseitigen Ansprüche, vorbehältlich des Verkaufs des 50%-Anteils der Liegenschaft Y._ auseinandergesetzt.
6.2. Die vorliegende Vereinbarung hält sämtliche zwischen den Parteien geltenden Abreden fest. Sämtliche früheren zwischen den Parteien bestehenden Verpflichtungen, vorbehältlich der Geheimhaltungsverpflichtung, werden mit Vollzug dieser Vereinbarung aufgehoben."
B. Nach erfolglosem Schlichtungsverfahren belangte die Vermieterin 1 am 30. Juli 2009 die Mieterin beim Mietgericht Zürich auf Zahlung von Fr. 60'500.-- nebst Zins. Gemäss erweitertem Rechtsbegehren verlangte die Vermieterin 1 insgesamt Fr. 77'000.-- nebst 5 % Zins seit dem 1. Oktober 2007. Zur Begründung führte sie an, der von ihr nicht unterzeichnete Mietvertrag vom 27. September 2007 sei ihr gegenüber nicht gültig, weshalb die Mieterin ihr weiterhin die Hälfte des im Mietvertrag vom 3. Januar 2001 vereinbarten Mietzinses von monatlich Fr. 12'500.-- schulde. Das Mietgericht wies die Klage mit Urteil vom 25. Juni 2010 wegen fehlender Aktivlegitimation der Vermieterin 1 ab. In Gutheissung einer von dieser erhobenen Berufung bejahte das Obergericht des Kantons Zürich mit Rückweisungsbeschluss vom 8. März 2011 ihre Aktivlegitimation und wies die Sache zu neuer Entscheidung an das Mietgericht zurück. Auf eine dagegen gerichtete Beschwerde trat das Bundesgericht mit Urteil 4A_241/2011 vom 26. April 2011 nicht ein.
Das Mietgericht kam alsdann zum Ergebnis, das Mietverhältnis sei ab 1. Januar 2007 unbefristet mit einem monatlichen Bruttomietzins von Fr. 12'500.-- fortgesetzt worden. Die Parteien hätten danach weder ausdrücklich noch konkludent einen reduzierten Mietzins vereinbart, weshalb der monatliche Bruttomietzins ab dem 1. Oktober 2007 weiterhin geschuldet sei. Entgegen der Auffassung der Mieterin umfasse die in der Vereinbarung vom 22./23. Dezember 2008 enthaltene Saldoklausel die Mietzinsforderungen nicht. Mit Urteil vom 5. März 2012 verpflichtete das Mietgericht daher die Mieterin in Gutheissung der Klage, der Vermieterin 1 Fr. 77'000.-- nebst 5 % Zins seit 15. November 2008 zu bezahlen. Das Obergericht des Kantons Zürich wies eine dagegen von der Mieterin erhobene Berufung mit Urteil vom 2. Juli 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Mieterin (Beschwerdeführerin) dem Bundesgericht, das Urteil des Obergerichts vom 2. Juli 2012 aufzuheben und die Klage abzuweisen.
Mit Präsidialverfügung vom 13. August 2012 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen. Die Vermieterin 1 (Beschwerdegegnerin) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Nach <ref-law> ist in der Begründung der Anträge in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Zwar wendet das Bundesgericht nach <ref-law> das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an. Es prüft jedoch unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400; <ref-ruling> E. 1.1 S. 105; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53).
1.2 Soweit ein Entscheid auf mehreren selbstständigen alternativen Begründungen beruht, ist für jede einzelne darzutun, weshalb sie Recht verletzt; denn soweit nicht beanstandete Begründungen das angefochtene Urteil selbstständig stützen, fehlt das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der gehörig begründeten Rügen (<ref-ruling> E. 6.3 S. 120 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 S. 560; je mit Hinweisen).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Die beschwerdeführende Partei, welche die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4). Wird Willkür in der Ermittlung des Sachverhalts geltend gemacht, ist zu beachten, dass dem Sachrichter in der Beweiswürdigung ein breiter Ermessensspielraum zusteht. Die beschwerdeführende Partei hat daher darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse gezogen, erhebliche Beweise übersehen oder willkürlich ausser Acht gelassen habe (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40).
1.4 Auf die Beschwerde ist daher insoweit nicht einzutreten, als die Beschwerdeführerin von den vorinstanzlichen Feststellungen abweicht, ohne eine substanziierte Sachverhaltsrüge vorzubringen (<ref-ruling> E. 1.4.3, 396 E. 3.1 S. 399).
2. Die Erwägungen der Vorinstanz, wonach ab dem 1. Januar 2007 der vorbestehende Mietvertrag als unbefristeter Vertrag weitergeführt wurde, dessen Abänderung die Beschwerdeführerin nicht habe nachweisen können, wird von dieser nicht angefochten.
3. 3.1 Die Vorinstanz erachtete im Einklang mit dem erstinstanzlichen Gericht den der Beschwerdeführerin obliegenden Beweis ihrer Behauptung, nach übereinstimmendem Willen beider Parteien habe die Saldoklausel in der Vereinbarung vom 22./23. Dezember 2008 auch die Mietzinsausstände erfasst, für gescheitert. Zur Begründung führte die Vorinstanz aus, in den Monaten vor dem Abschluss dieser Vereinbarung seien betreffend die Mietzinsausstände Gespräche geführt worden, die zu keiner Einigung geführt hätten. Die Beschwerdeführerin habe zwar geltend gemacht, die Mietzinshöhe sei in der letzten Zeit vor dem Abschluss der Saldoklausel nicht mehr diskutiert worden. Daraus könne jedoch nicht geschlossen werden, die Parteien hätten die Mietzinsausstände bewusst in den Anwendungsbereich der allgemeinen Saldoklausel stellen wollen. Der Abbruch der Gespräche betreffend die Mietzinshöhe könne vielmehr auch bedeuten, dass die Vertragsparteien erkannten, diesbezüglich weit auseinander zu liegen, weshalb sie dieses Thema in der Vereinbarung vom 22./23. Dezember 2008 beiseite gelassen hätten.
Zur Glaubwürdigkeit der vom Mietgericht befragten Personen erwog die Vorinstanz, weder die Organe der Beschwerdeführerin noch die Rechtsvertreter der Beschwerdegegnerin seien im Spannungsverhältnis zwischen den Parteien gänzlich neutral, sei es zufolge ihrer Organstellung oder als Rechtsanwälte, weil sie es unterlassen hätten, die Mietzinsausstände in der Vereinbarung explizit zu regeln, was aus nachträglicher Sicht ratsam gewesen wäre. Dem Umstand, dass die Anwälte der Beschwerdegegnerin, C._ und D._, als Grund für die fehlende ausdrückliche Erwähnung der Mietzinsausstände in der Vereinbarung zum einen ein Versehen und zum anderen Absicht genannt hatten, mass die Vorinstanz kein entscheidendes Gewicht bei, zumal auch der Zeuge D._, der von Absicht gesprochen habe, angegeben habe, er habe damals nicht daran gedacht, einen ausdrücklichen Hinweis auf die von der Vereinbarung nicht erfasste Mietzinsforderung anzubringen. Die Abweichung zur Aussage des Zeugen C._, wonach der unterbliebene ausdrückliche Hinweis ein Versehen gewesen sein müsse, wiege daher nicht schwer. Übereinstimmend hätten sodann beide Anwälte ausgeführt, betreffend die Problematik der Liegenschaft bzw. der Mietzinsen sei man sich an einer ersten Besprechung nicht näher gekommen und habe daher gesagt, man klammere dies aus. Vor diesem Hintergrund erachtete die Vorinstanz den von der Beschwerdeführerin hervorgehobenen Widerspruch nicht für derart entscheidend, dass er dazu führen müsste, den Aussagen von B._ und Rechtsanwalt E._, Organe der Beschwerdeführerin, gegenüber den Aussagen der Zeugen C._ und D._ den Vorzug zu geben.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt, diese Beweiswürdigung sei willkürlich. Der eklatante Widerspruch in den Aussagen der Rechtsanwälte C._ und D._ sowie die fehlende Glaubwürdigkeit der Aussage von Rechtsanwalt D._, dass er trotz mehrfachem Hin- und Hersenden des Vereinbarungsentwurfs nicht daran gedacht habe, einen entsprechenden Vorbehalt in die Saldoklausel aufzunehmen, hätte dazu führen müssen, den widerspruchsfreien Aussagen von B._ und Rechtsanwalt E._ den Vorzug zu geben. Mit dem Eingeständnis von Rechtsanwalt D._, dass es der Klarheit halber "günstiger" gewesen wäre, einen ausdrücklichen Hinweis auf die von der Vereinbarung nicht erfasste Mietzinsforderung anzubringen, werde der Widerspruch in den Aussagen der Rechtsanwälte D._ und C._ nicht ausgeräumt.
3.3 Diese Kritik beruht auf der falschen Annahme, die Vorinstanz sei der Meinung, den Widerspruch betreffend das von den beiden Zeugen angeführte Motiv für die unterbliebene Erwähnung der Mietzinsauseinandersetzung, Absicht oder Versehen, ausgeräumt zu haben. Die Vorinstanz betrachtete jedoch den Widerspruch bloss als nicht wesentlich. Inwiefern sie mit dieser Einschätzung in Willkür verfallen sein soll, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Sodann hat die Vorinstanz erwähnt und damit beachtet, dass der Vereinbarungsentwurf mehrfach zwischen den Parteien hin- und hergesandt wurde. Sie hat daraus jedoch mit Bezug auf die Glaubwürdigkeit der Zeugen nicht den von der Beschwerdeführerin gewünschten Schluss gezogen, sondern festgehalten, es möge sein, dass bei fehlender Einigung über die Mietzinsen ein ausdrücklicher Vorbehalt zu erwarten wäre; gleichermassen wäre aber bei tatsächlicher Einigung ein ausdrückliches Festhalten derselben zu erwarten (E. 7.3.6). Inwiefern dies unhaltbar sein soll, zeigt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenügend auf. Im Übrigen würde die Annahme, die Zeugen C._ und D._ seien nicht zuverlässig, nicht zwingend bedeuten, dass auf die Angaben des Zeugen E._ und von B._ in der persönlichen Befragung abgestellt werden müsste, selbst wenn diese übereinstimmend ausgesagt haben. Entgegen der Annahme der Beschwerdeführerin hat die Vorinstanz auch nicht willkürlich ausser Acht gelassen dass gemäss Ziff. 6.2 der Vereinbarung sämtliche früheren zwischen den Parteien bestehenden Verpflichtungen aufgehoben werden. Vielmehr erwog die Vorinstanz, hätte die Vereinbarung auch das Mietverhältnis erfasst, wäre dieses gemäss Ziff. 6.2 aufgehoben worden, was offenkundig nicht dem Verständnis der Vertragsparteien entsprochen habe. Inwiefern die Vorinstanz damit in Willkür verfallen sein soll, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf. Willkür in der Beweiswürdigung ist somit nicht dargetan. Damit kann offen bleiben, ob die Beschwerdeführerin die weiteren von der Vorinstanz gegen eine tatsächliche Willensübereinstimmung angeführten Gründe hätte anfechten müssen.
4. 4.1 Vertragliche Vereinbarungen sind, wenn ein übereinstimmender wirklicher Parteiwille nicht ermittelt werden kann (<ref-law>), aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen, die ihnen vorausgegangen und unter denen sie abgegeben worden sind, verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 4.1. S. 611). Das Bundesgericht überprüft die objektivierte Auslegung nach dem Vertrauensprinzip als Rechtsfrage, wobei es an die Feststellungen der kantonalen Gerichte über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67, mit Hinweisen).
4.2 Zur vertrauenstheoretischen Auslegung der umstrittenen Saldoklausel erwog die Vorinstanz, eine systematische Betrachtung im Gesamtkonzept des Vertrages lege nahe, diese Klausel so zu verstehen, dass sie sich lediglich auf Forderungen der Vertragsparteien im Zusammenhang mit der beruflichen Zusammenarbeit zwischen der Beschwerdegegnerin und B._ bezogen habe, nicht aber auf die mietrechtlichen Belange zwischen der Beschwerdeführerin einerseits und der Beschwerdegegnerin und B._ andererseits, welche die Vorinstanz als "Aussenbeziehung" charakterisierte.
Zum gleichen Ergebnis gelangte die Vorinstanz auch im Hinblick darauf, dass der in der Saldoklausel angebrachte Vorbehalt eines allfälligen Verkaufs des 50 %-Anteils der Mietliegenschaft mit der von der Beschwerdeführerin verlangten Mietzinsherabsetzung in einem engen Zusammenhang stehe. Daraus, dass die Parteien eine der diskutierten Varianten zur Entschärfung der Mietzinsfrage ausdrücklich von der Saldoklausel ausgenommen hätten, sei nach Treu und Glauben zu schliessen, dass auch die andere Variante noch im Raum gestanden habe, weil die Problematik als Ganzes noch nicht entschärft gewesen sei. Dies lege eine weite Auslegung des Vorbehalts in dem Sinne nahe, dass er auch die Mietzinsfrage umfassen sollte.
Weiter erwog die Vorinstanz, nach dem Wortlaut von Ziffer 6.2 der Vereinbarung wäre auch der Mietvertrag aufgehoben, wenn man die Saldoklausel auf Verpflichtungen aus dem Mietvertrag beziehen wollte. Dies entspreche aber offenkundig nicht dem Verständnis der Vertragsparteien, namentlich nicht jenem der Beschwerdeführerin. Hinzu komme, dass der Streit über die Mietzinshöhe vor Abschluss der erwähnten Vereinbarung wiederholt diskutiert worden sei, ohne dass es zu einer einvernehmlichen Regelung gekommen wäre. Auch aus diesem Grunde lehnte es die Vorinstanz ab, die geltend gemachten Mietzinsausstände der allgemein formulierten Saldoklausel zu unterstellen.
4.3 Die Beschwerdeführerin kritisiert einzig die im Zusammenhang mit der normativen Auslegung vorgenommene Unterscheidung nach Innen- und Aussenbeziehungen. Inwiefern die Erwägungen der Vorinstanz, die ungeachtet dieser Unterscheidung zum gleichen Auslegungsergebnis führen, das Vertrauensprinzip verletzt haben soll, legt die Beschwerdeführerin jedoch nicht dar. So widerlegt sie nicht, dass die in Ziff. 6.2 der Vereinbarung erwähnte Aufhebung sämtlicher früheren zwischen den Parteien bestehenden Verpflichtungen bei einem Einbezug der umstrittenen Mietzinsforderungen zur Beendigung des Mietvertrages hätte führen müssen, die von den Parteien nicht gewollt war. Zudem ist entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin nicht ersichtlich, inwiefern für die Vertragsauslegung erheblich sein soll, dass der Vereinbarungsentwurf zwischen den Rechtsvertretern der Parteien hin und her gesandt wurde. Schliesslich ersetzt die Vereinbarung gemäss Ziff. 6.1 den Aktienkaufvertrag und die auch in der Präambel erwähnte Beendigungsvereinbarung vom 13. Juli 2007, die den Mietvertrag nicht betraf. Dies bestätigt, dass die in der gleichen Ziffer angeführte Saldoklausel die Verpflichtungen aus dem Mietvertrag ebenfalls nicht erfasste. Demnach ist eine Verletzung des Vertrauensprinzips, soweit sie überhaupt rechtsgenüglich gerügt wurde, zu verneinen.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens wird die Beschwerdeführerin dafür kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Gelzer