Sachverhalt:
A. Am 14. Dezember 2007 erteilte der Bauausschuss der Stadt Winterthur die Ehegatten Y._ die baurechtliche Bewilligung für ein Mehrfamilienhaus mit Unterniveaugarage auf dem Grundstück Kat.-Nr. 3/6445 an der Etzbergstrasse 43 in Winterthur. Diesen Beschluss genehmigte der Stadtrat Winterthur am 23. Januar 2008 und entliess gleichentags eine auf dem Baugrundstück stehende Scheinzypresse aus dem kommunalen Schutzinventar. Dazu hob der Stadtrat die Verfügung auf, mit welcher der Baum am 29. November 1989 unter Schutz gestellt worden war.
Gegen beide Beschlüsse rekurrierte der Nachbar X._ als Eigentümer des Nachbargrundstücks. Die Baurekurskommission IV vereinigte die Rekurse und wies sie nach einem Augenschein am 31. Juli 2008 ab.
B. Der unterlegene Rekurrent gelangte hierauf ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und beantragte im Wesentlichen die Aufhebung der kommunalen Anordnungen und des Rekursentscheids.
Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 25. Februar 2009 ab.
C. In seiner Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 23. April 2009 beantragt X._ die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils, sofern dieses die Beschwerde gegen den Entscheid der Baurekurskommission IV nicht gutgeheissen habe. Demzufolge seien auch die Beschlüsse der Stadt Winterthur vom 14. Dezember 2007 und des Stadtrats vom 23. Januar 2008 aufzuheben. Die Sache sei zur Neubeurteilung an den Bauausschuss bzw. an den Stadtrat, eventualiter an eine der Vorinstanzen zurückzuweisen. Dabei seien der Bauausschuss bzw. der Stadtrat (eventualiter die entsprechende Vorinstanz) insbesondere anzuweisen, für die Bestimmung des gewachsenen Bodens im Sinn von § 5 der Allgemeinen Bauverordnung vom 22. Juni 1977 (ABauV/ZH; LS 700.2) auf die Terrainverhältnisse abzustellen, wie sie vor Erstellung des nun zum Abbruch vorgesehenen Gebäudes bestanden haben oder, eventualiter, zumindest wie sie vor 1980 bestanden haben; die seither erfolgten Terrainveränderungen seien ebenfalls zu berücksichtigen. Gleichzeitig ersucht der Beschwerdeführer um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Die Ehegatten Y._ als Bauherrschaft und private Beschwerdegegner schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Desgleichen stellen der Bauausschuss und der Stadtrat von Winterthur Antrag auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Auch das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei, und verweist dazu auf den angefochtenen Entscheid.
Im Rahmen des zweiten Schriftenwechsels halten die privaten Parteien sinngemäss an ihren Anträgen fest.
Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung hat der Beschwerde mit Verfügung vom 19. Mai 2009 die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (<ref-law>). Gestützt auf <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Dieses Rechtsmittel steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 RPG in der Fassung nach Ziff. 64 des Anhangs zum Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32; vgl. AS 2006 2261) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251).
1.2 Der Beschwerdeführer als Nachbar des umstrittenen Projekts ist ohne Weiteres zur Beschwerde legitimiert (zur Legitimation gemäss <ref-law> siehe <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 253 f.). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde unter Vorbehalt der rechtsgenüglichen Begründung (dazu E. 1.3 und 1.4 hiernach) einzutreten ist.
1.3 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Soweit der Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann er nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (E. 1.3 hiervor). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
1.5 Nicht zu hören ist der Beschwerdeführer mit dem Antrag, auch die Beschlüsse der Vorinstanzen aufzuheben. Diese sind durch den Entscheid des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1 S. 441 mit Hinweisen).
1.6 Desgleichen ist auf die Ausführungen des Beschwerdeführers nicht einzutreten, soweit er auf seine Eingaben im kantonalen Verfahren verweist. Damit erfüllt er die Begründungsanforderungen vor Bundesgericht nicht.
2. Der Beschwerdeführer wirft den Vorinstanzen verschiedentlich eine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor, weil sie sich nicht mit seinen entscheidrelevanten Argumenten auseinandergesetzt hätten. Aufgrund des formellen Charakters des rechtlichen Gehörs ist über diese Rüge vorab zu entscheiden.
2.1 Das rechtliche Gehör gemäss <ref-law> dient einerseits der Sachaufklärung, andererseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheides dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines solchen Entscheides zur Sache zu äussern, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst als Mitwirkungsrecht somit alle Befugnisse, die einer Partei einzuräumen sind, damit sie in einem Verfahren ihren Standpunkt wirksam zur Geltung bringen kann (<ref-ruling> E. 3.2 S. 494; <ref-ruling> E. 2b S. 56; <ref-ruling> E. 4b S. 268, mit Hinweisen). Dass sich aus dem kantonalen Recht ein weitergehender Gehörsanspruch ergeben würde, wird nicht behauptet und ist auch nicht ersichtlich.
Nach der Rechtsprechung kann das Gericht das Beweisverfahren schliessen, wenn die Beweisanträge eine nicht erhebliche Tatsache betreffen oder offensichtlich untauglich sind oder wenn es aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde. Das Bundesgericht greift nur ein, wenn die Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offensichtlichen Versehen beruht oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1 S. 428; <ref-ruling> E. 4a S. 211).
2.2 Aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör folgt weiter die grundsätzliche Pflicht der Behörden, ihren Entscheid zu begründen. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass der Betroffene den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Die Begründung muss kurz die wesentlichen Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 2b S. 102 f. mit Hinweisen).
2.3 Diesen Anforderungen wird der angefochtene Entscheid gerecht. Das Verwaltungsgericht hat sich mit den massgeblichen Argumenten des Beschwerdeführers hinlänglich auseinandergesetzt. Es war nicht gehalten, zu jedem einzelnen Vorbringen Stellung zu nehmen, sondern durfte in den wesentlichen Grundzügen darlegen, warum es der rechtlichen Einschätzung des Beschwerdeführers nicht folgte. Der Beschwerdeführer war sich denn auch über die Tragweite der Beurteilung im Klaren und ohne Weiteres in der Lage, das bemängelte Urteil beim Bundesgericht sachgerecht anzufechten. Einzig aus dem Umstand, dass der Beschwerdeführer die vom Verwaltungsgericht vorgenommenen rechtlichen Qualifikationen nicht teilt, kann er keine Verletzung des rechtlichen Gehörs ableiten. Auch den Anforderungen von <ref-law> wird mit dem Urteil Genüge getan.
3. In materieller Hinsicht rügt der Beschwerdeführer in erster Linie eine willkürliche Auslegung und Anwendung kantonalen Rechts und in diesem Zusammenhang auch eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots (<ref-law>).
3.1 Strittig ist die Auslegung von § 5 ABauV/ZH, welcher den gewachsenen Boden definiert. Gemäss Abs. 1 gilt als gewachsener Boden der bei Einreichung des Baugesuchs bestehende Verlauf des Bodens. Auf frühere Verhältnisse ist nach Abs. 2 zurückzugreifen, wenn der Boden (a) innert eines Zeitraums von 10 Jahren vor der Baueingabe in einem im Zeitpunkt der Ausführung der Bewilligungspflicht unterliegendem Ausmass aufgeschüttet und das neue Terrain in der baurechtlichen Bewilligung oder in einem förmlichen Planungs- oder Projektgenehmigungsverfahren nicht ausdrücklich als künftig gewachsener Boden erklärt worden ist; oder wenn (b) der Boden im Hinblick auf die beabsichtigte Nutzung des Grundstückes oder zur Umgehung von Bauvorschriften umgestaltet worden ist.
3.2 Das Gesetz ist in erster Linie nach seinem Wortlaut auszulegen. Vom klaren, das heisst eindeutigen und unmissverständlichen Wortlaut darf nur ausnahmsweise abgewichen werden, namentlich dann, wenn triftige Gründe dafür vorliegen, dass er nicht den wahren Sinn der Bestimmung wiedergibt. Solche Gründe können sich aus der Entstehungsgeschichte der Bestimmung, aus ihrem Grund und Zweck oder aus dem Zusammenhang mit anderen Vorschriften ergeben (<ref-ruling> E. 2.4 S. 236, 353 E. 3.3 S. 356; siehe auch <ref-ruling> E. 3.5 S. 408 f.)
3.3 Das Verwaltungsgericht legt im angefochtenen Urteil seine diesbezügliche Praxis dar. Es habe in einem Grundsatzentscheid vom 28. September 2005 (RB 2005 Nr. 75/BEZ 2006 Nr. 9) entschieden, dass bei Um- und Erweiterungsbauten für die Bestimmung des gewachsenen Bodens auf die Terrainverhältnisse bei Einreichung des ursprünglichen Baugesuchs für das umzubauende Gebäude abzustellen sei; dies unabhängig davon, ob das Terrain seinerzeit abgegraben oder aufgeschüttet worden ist. Unter "Baugesuch" sei in diesen Fällen das Stammbaugesuch zu verstehen. Massgeblich sei der gewachsene Boden bei Einreichung des ursprünglichen Gesuchs für die Stammbewilligung und nicht das Terrain bei Einreichung des Änderungs- oder Erweiterungsgesuchs. Zu diesem Ergebnis führe insbesondere auch das richtige Verständnis von § 5 Abs. 2 lit. a ABauV/ZH, wonach auf die früheren Verhältnisse zurückzugreifen sei, wenn der Boden im Hinblick auf die - gemäss ursprünglicher Neubaubewilligung - beabsichtigte Nutzung des Grundstücks umgestaltet worden sei. Mit Entscheiden vom 14. März 2007 und 18. Juli 2007 habe es diese Rechtsprechung bestätigt (VGr, 14. März 2007, BEZ 2007 Nr. 18; VGr, 18. Juli 2007, VB.2007.00212 auf www.vgrzh.ch).
Wie sich aus den zitierten Entscheiden ohne Weiteres ergebe, beziehe sich diese Rechtsprechung ausschliesslich auf Um- und Erweiterungsbauten und sei, wie die Baurekurskommission zutreffend erwogen habe, auch nie auf anstelle von bestehenden Bauten errichtete Neubauten ausgedehnt worden. Im Gegenteil habe das Verwaltungsgericht in einem Entscheid vom 24. März 2004 beim Ersatz eines 1946 erstellten Gebäudes das seinerzeit gestaltete Terrain für die Beurteilung des Neubaus als massgeblich bezeichnet (VGr, 24. März 2004, VB.2003.00364 und 366). Eine Ausdehnung der für Um- und Erweiterungsbauten entwickelten Praxis wäre mit dem Wortlaut von § 5 Abs. 4 ABauV/ZH nach Meinung des Verwaltungsgerichts nicht vereinbar. Es liessen sich dafür auch nicht die Gründe anführen, die bei Änderungs- und Erweiterungsgesuchen von Bedeutung seien, nämlich, dass bei ausgeschöpfter Gebäudehöhe oder Baumasse im Fall von Abgrabungen das Gebäude im Nachhinein baurechtswidrig würde bzw. im Fall von Aufschüttungen es nachträglich weiter erhöht oder die Baumasse vergrössert werden könnte. Zudem sei bei Neuüberbauungen der Missbrauchsgefahr mit § 5 Abs. 2 lit. a ABauV/ZH hinreichend Rechnung getragen. Zwar treffe es zu, dass gemäss Anhang 1 Ziff. 1.1 der Interkantonalen Vereinbarung über die Harmonisierung der Baubegriffe und Messweisen vom 22. September 2005 (IVHB) als massgebendes Terrain der natürlich gewachsene Terrainverlauf gelte und, falls dieser infolge früherer Abgrabungen und Aufschüttungen nicht mehr festgestellt werden könne, vom natürlichen Terrainverlauf in der Umgebung auszugehen sei. Der Kanton Zürich sei indessen diesem Konkordat (noch) nicht beigetreten. Eine positive Voranwendung künftigen Rechts sei nicht zulässig. Abschliessend gelangt das Verwaltungsgericht zum Schluss, die Baubehörde und die Baurekurskommission seien zulässigerweise vom Terrainverlauf ausgegangen, wie er sich heute darstelle. Die Terrainverhältnisse, wie sie bei Errichtung der im März 1930 bewilligten und nun zum Abbruch bestimmten Baute bestanden hätten, brauchten deshalb nicht untersucht zu werden.
3.4 Diese Argumentation ist in sich schlüssig, konsequent und durch den Wortlaut der strittigen Bestimmung vollumfänglich abgedeckt. Es ist denn auch nicht so, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts unvorhersehbar gewesen wäre. Die Praxisänderung wurde im Entscheid vom 28. September 2005 (publ. in BEZ 2006 Nr. 9) ausdrücklich als solche deklariert und seither angewandt. Sie entsprach offenbar schon der früheren, vom Verwaltungsgericht geschützten Rechtsprechung der Baurekurskommission (Hinweise in BEZ 2006 Nr. 9 S. 9). Bereits in einem Entscheid vom 16. August 2004 hat das Verwaltungsgericht den Begriff "Baugesuch" in § 5 Abs. 1 ABauV/ZH als "Stamm-Baugesuch" ausgelegt. Es ist den kantonalen Instanzen nicht vorzuwerfen, wenn sie bei der Beurteilung des gewachsenen Terrains zwischen Neubauten und Um- resp. Erweiterungsbauten unterscheiden. Der Terrainverlauf bei Einreichung des ursprünglichen Baugesuches lässt sich im Rahmen von Um- oder Erweiterungsbauten meist aufgrund der beim ursprünglichen Hausbau bewilligten Pläne auch ohne grössere Probleme eruieren (so auch das Verwaltungsgericht in einem Entscheid vom 9. April 2003 in BEZ 2003 Nr. 23). Das vom Beschwerdeführer verlangte Vorgehen hingegen, wonach auch bei Neubauten auf den ursprünglichen Terrainverlauf abzustellen wäre, wie er bestand, bevor das Grundstück erstmals überbaut wurde, dürfte in der Praxis grössere Beweisschwierigkeiten mit sich bringen. Wie das Bundesgericht im Urteil 1P.327/20054 vom 5. Januar 2005 (publ. in ZBl 107/2006 S. 316) bereits festgestellt hat, wird der gewachsene Boden nach der zürcherischen Praxis auf jeden Fall seit Inkrafttreten des Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1957 (PBG/ZH; LS 700.1) als dynamischer Begriff interpretiert (so auch das Verwaltungsgericht im Entscheid vom 24. März 2004, VB.2003.000364). Das Verwaltungsgericht legt die Gründe dafür transparent dar.
3.5 Im vorliegenden Fall wird ein neues Haus erstellt. In Berücksichtigung der kantonalen Praxis und in Beachtung des Wortlauts von § 5 Abs. 1 ABauV/ZH durften die Baubehörden darum auf den bei Einreichung des Baugesuchs bestehenden, gegenwärtigen Verlauf des Bodens abstellen, ohne nachzuforschen, wie das Terrain vor der Erteilung der ersten Baubewilligung ausgesehen hat. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, erschöpft sich weitgehend in appellatorischer Kritik, ohne eine willkürliche Auslegung der kantonalen Norm darzutun. Er kann auch nicht überrascht sein von der kantonalen Auslegungspraxis, hat er doch in seiner Rekurseingabe selber darauf Bezug genommen und erklärt, diese zu kennen. Aus seiner Behauptung, ein Neubau beeinträchtige ihn mehr als ein Umbau, kann der Beschwerdeführer erst recht keinen Anspruch ableiten. Sofern ein Neubauprojekt die gesetzlichen Anforderungen erfüllt, ist die Baubewilligung zu erteilen, unabhängig davon, ob der Nachbar dadurch Einbussen in seiner Aussicht in Kauf nehmen muss. Unbehelflich ist in diesem Zusammenhang der Hinweis auf angeblich rechtswidrige Aufschüttungen auf Drittgrundstücken. Daraus lässt sich nicht zwingend schliessen, auch auf dem Grundstück der Beschwerdegegner werde es zu Unregelmässigkeiten kommen. Zudem handelt es sich bei dieser Behauptung um ein unzulässiges Novum, mit welchem der Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren nicht zu hören ist.
3.6 Daran ändert auch nichts, dass die im angefochtenen Urteil vertretene Auslegung von § 5 ABauV/ZH nicht mit den harmonisierten Baubegriffen und Messweisen übereinstimmt, welche der interkantonalen Vereinbarung über die Harmonisierung der Baubegriffe und Messweisen (IVHB) zugrunde liegen. Der Kanton Zürich ist diesem Konkordat noch nicht beigetreten. Es ist im Übrigen gerichtsnotorisch, dass zum Begriff des gewachsenen Bodens eine Vielzahl kantonal unterschiedlicher Regelungen besteht (vgl. das Urteil 1P.327/2004 vom 5. Januar 2005 des Bundesgerichts, E. 3.5.3).
3.7 Im Zusammenhang mit der Unterscheidung zwischen Neu- und Um- resp. Erweiterungsbauten ist auch auf die Rüge des Beschwerdeführers wegen Verletzung von <ref-law> einzugehen: Das Gebot der Gleichbehandlung gemäss <ref-law> verlangt, dass Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich oder Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Das Rechtsgleichheitsgebot wird insbesondere verletzt, wenn gleiche Sachverhalte ohne sachliche Gründe ungleich behandelt werden (vgl. <ref-ruling> E. 3.4 S. 103; <ref-ruling> E. 6 S. 357, je mit Hinweisen).
Das Verwaltungsgericht differenziert bei der Anwendung von § 5 ABauV/ZH nachgerade zwischen unterschiedlichen Sachverhalten, einmal dem Neubau eines Hauses, einmal dem Um- oder Erweiterungsbau eines bestehenden Hauses. Es hat sachgerechte Gründe für eine Unterscheidung zwischen diesen Ausgangslagen genannt. Würden beispielsweise bei einer Baute, welche die zulässige Geschosszahl bereits voll ausschöpft, im Rahmen eines Umbaus Abgrabungen bewilligt, weil einfach auf das Terrain bei Einreichung des Umbaugesuches abgestellt wird, könnte das restliche Gebäude rechtswidrig werden. Deshalb ist in diesem Fall auf den Bodenverlauf abzustellen, wie er sich im Zeitpunkt des Stamm-Baugesuches, des ursprünglichen Baugesuches, präsentiert hat. Bei einem Neubau stellt sich diese Problematik nicht. Missbräuchen kann dort in Anwendung von § 5 Abs. 2 lit. a ABauV/ZH begegnet werden. Die Rüge des Beschwerdeführers ist darum unbegründet. Das Gebot der Gleichbehandlung gemäss <ref-law> verlangt, dass Gleiches nach Massgabe seiner Gleichheit gleich oder Ungleiches nach Massgabe seiner Ungleichheit ungleich behandelt wird. Das Rechtsgleichheitsgebot wird insbesondere verletzt, wenn gleiche Sachverhalte ohne sachliche Gründe ungleich behandelt werden (vgl. <ref-ruling> E. 3.4 S. 103; <ref-ruling> E. 6 S. 357, je mit Hinweisen).
4. Schliesslich wendet sich der Beschwerdeführer gegen den in der Baubewilligung enthaltenen Beseitigungsrevers für die Tiefgarageneinfahrt, die Zufahrtsrampe und diverse Stützmauern. Er stellt insbesondere die Voraussetzungen gemäss § 100 Abs. 3 PBG/ZH in Abrede.
4.1 Gemäss § 100 Abs. 1 PBG/ZH dürfen einzelne oberirdische Gebäudevorsprünge bis zu 1.5 m über Verkehrsbaulinien und Baulinien für Versorgungsleitungen und Industriegleise hinausragen, müssen jedoch entschädigungslos beseitigt werden, sobald die Ausführung des Werks oder der Anlage, wofür die Baulinie festgesetzt worden ist, dies erfordert. Abs. 3 der zitierten Bestimmung sieht vor, dass weitergehende und andersartige Beanspruchungen des Baulinienbereichs mit der baurechtlichen Bewilligung, nötigenfalls unter sichernden Nebenbestimmungen, gestattet werden.
4.2 Gemäss der Baubewilligung vom 14. Dezember 2007 liegen die Tiefgarageneinfahrt, die Zugangsrampe sowie diverse Stützmauern im Baulinienbereich. Die Baubehörde hielt dazu fest, dass diese Bauten bei einem allfälligen Ausbau der Etzbergstrasse oder wenn andere öffentliche Interessen es erforderten, ohne Entschädigung zu beseitigen bzw. den veränderten Verhältnissen anzupassen seien (Dispositiv Ziff. I.A.1.a). Gleiches gilt für einen im Baulinienbereich liegenden Pflichtparkplatz (Dispositiv Ziff. I.A.1.b). Ob die Baubehörde eine Bewilligung unter diesen Umständen erteilen will, liegt in ihrem Ermessen. Darauf verweist das Verwaltungsgericht in seinem Entscheid. Es bezieht sich auf seine in BEZ 2007 Nr. 17 publizierte Rechtsprechung, nach welcher die Baubehörde die Beanspruchung des Baulinienbereichs aufgrund einer Interessenabwägung zwischen den mit der Baulinienfestsetzung verfolgten öffentlichen Interessen auf der einen und den privaten Interessen des Grundeigentümers an einer zweckmässigen Nutzung seines Grundstücks auf der anderen Seite sowie den Interessen allfälliger Drittbetroffener bewilligen kann. Im zitierten Entscheid hatte das Verwaltungsgericht eine Änderung seiner bisherigen Praxis bekannt gegeben. Einen Grund dafür, den Bewilligungsbehörden einen grösseren Ermessensspielraum einzuräumen, sah es darin, dass es sich bei § 100 Abs. 3 PBG/ZH um eine "Kann-Vorschrift" handelt. Im Entscheid BEZ 2007 Nr. 17 werden auch Beispiele für bisherige Bewilligungen genannt: Demnach wurden Mauern, Einfriedigungen, Reklamen, Schwimmbassins, offene und gedeckte Fahrzeugabstellplätze, Einzelgaragen, Terrainaufschüttungen, Ein- und Ausfahrten, Pergolas, Gartensitzplätze, Gartenhäuser und Schöpfe im Baulinienbereich bewilligt. Im Lichte dieser verfassungsrechtlich nicht zu beanstandenden Praxis ist dem Verwaltungsgericht nicht vorzuwerfen, wenn es im vorliegenden Fall keine Gründe erkennen konnte, welche einer solchen Bewilligung im Wege stehen könnten. Die Anpassung der Einfahrt bei einem Ausbau der Etzbergstrasse wäre aus seiner Sicht ohne Weiteres möglich und auch nicht von vornherein unverhältnismässig.
4.3 Die dagegen vorgebrachten Bedenken des Beschwerdeführers genügen den Begründungsanforderungen nach <ref-law> nicht. Er vermag mit seinen Ausführungen keine willkürliche Anwendung oder Auslegung der zitierten kantonalen Normen darzutun. Zwar scheint ihm die spätere Anpassung der Einfahrt sowie die Beseitigung weiterer Bauteile unverhältnismässig, aber damit gibt er einzig seine Einschätzung wieder, ohne eine Rechtswidrigkeit aufzuzeigen. Eine offensichtlich falsche Sachverhaltsfeststellung ist dem Verwaltungsgericht in diesem Zusammenhang ebenfalls nicht vorzuwerfen. Zwar nennt es nur die Tiefgarageneinfahrt, die Anpassung derselben an veränderte Umstände dürfte aber auch den grössten Aufwand mit sich bringen. Zudem geht aus den Erwägungen des Verwaltungsgerichts hinreichend hervor, dass es insgesamt keinen Ermessensmissbrauch der Vorinstanzen feststellen konnte. In der Baubewilligung sind die betroffenen Bauteile erwähnt. Das Verwaltungsgericht hat diese geschützt. Dazu brauchte es nicht auf sämtliche Elemente einzugehen.
5. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Entsprechend hat der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (<ref-law>). Zudem hat er die privaten Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die privaten Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Stadtrat und dem Bauausschuss der Stadt Winterthur sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. August 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer