Sachverhalt:
A. Der 1968 geborene H._ arbeitete seit März 1999 als Gerüstbauer bei der Firma R._ AG und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 10. September 2001 wurde er während der Arbeit von einem umkippenden Gerüstelement am Kopf getroffen; er zog sich eine Rissquetschwunde am Kopf zu und litt danach an Schwindel und einem Zervikalsyndrom (Berichte des Spitals X._ vom 10. September 2001 und des Kreisarztes Dr. med. L._, FMH für Orthopädische Chirurgie, vom 7. November 2001). Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Ab 20. Oktober 2001 arbeitete der Versicherte wieder vollzeitig, aber nur noch im Lager in obiger Firma.
Am 29. November 2001 prallte vor einer Verzweigung ein nachfolgender Personenwagen (PW) ins Heck seines Autos, wobei dieses in einen anderen PW geschoben wurde. Das Spital X._ diagnostizierte gleichentags ein Schleudertrauma sowie Prellungen des linken Schultergelenks und des linken oberen Sprunggelenks. Die SUVA erbrachte Heilbehandlung und Taggeld. Vom 17. April bis 22. Mai 2002 war der Versicherte in der Rehabilitationsklinik Y._ hospitalisiert (Austrittsbericht vom 19. Juni 2002). Die SUVA zog diverse Arztberichte, eine biomechanische Kurzbeurteilung des Unfalls vom 29. November 2001 der Arbeitsgruppe für Unfallmechanik vom 16. September 2002, Gutachten des Psychiaters Dr. med. S._ vom 26. April 2004 sowie der Neurologin Frau Dr. med. O._ vom 4. Juni 2004, einen Bericht der Beruflichen Abklärungsstelle vom 14. Dezember 2004 sowie Aktenbeurteilungen der Psychiaterin Frau Dr. med. K._, SUVA Versicherungsmedizin, vom 31. Mai und 13. Oktober 2005 bei. Mit Verfügung vom 25. November 2005 stellte die SUVA die Leistungen für die Unfälle vom 10. September und 29. November 2001 auf den 31. Dezember 2005 ein. Dagegen erhob der Versicherte Einsprache.
Am 6. November 2005 prallte vor einem Fussgängerstreifen der nachfolgende PW ins Heck seines Fahrzeugs. Dr. med. G._, FMH Chirurgie Schwerpunkt Allg.- und Unfallchirurgie, Rehabilitationsklinik Y._, diagnostizierte als Folge dieses Unfalls eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) bei vorbestehendem chronifiziertem Schmerzsyndrom, eine Verschlimmerung des Schmerzsyndroms sowie eine schwere depressive Episode (Bericht vom 31. Januar 2006). Die SUVA erbrachte Heilbehandlung und Taggeld. Sie holte bei der Arbeitsgruppe für Unfallmechanik zum letztgenannten Unfall eine biomechanische Kurzbeurteilung und eine technische Unfallanalyse vom 28. März bzw. 9. Mai 2006, diverse Arztberichte sowie ein Gutachten des Neurologen Dr. med. C._ vom 6. Februar 2007, ein. Mit Verfügung vom 27. Februar 2007 stellte sie die Leistungen für den Unfall vom 6. November 2005 auf den 31. März 2007 ein. Auch dagegen erhob der Versicherte Einsprache. Mit Entscheid vom 12. September 2007 vereinigte die SUVA die beiden Verfahren und wies die Einsprachen gegen die Verfügungen vom 25. November 2005 sowie 27. Februar 2007 ab.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern ab, soweit es darauf eintrat (Entscheid vom 20. Januar 2009).
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte die Aufhebung des kantonalen Entscheides und der Leistungseinstellung in sämtlichen Fällen; die SUVA habe ihm weiterhin sämtliche Leistungen wie z.B. Taggelder, medizinische Kosten, Transportkosten etc. und ab dem frühstmöglichen Zeitpunkt eine Invalidenrente sowie eine angemessene Integritätsentschädigung zu leisten. Er verlangt die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.
Die SUVA schliesst auf Beschwerdeabweisung, während das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft indessen grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; Urteil 8C_346/2009 vom 3. Juli 2009 E. 1 mit Hinweis).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die Grundsätze über den für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Gesundheitsschaden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.), die vorausgesetzte Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181), bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116, 115 V 133) und Folgen eines Unfalls mit HWS-Schleudertrauma oder äquivalenter Verletzung (<ref-ruling>) ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle richtig dargelegt. Gleiches gilt zum Wegfall des ursächlichen Zusammenhangs und damit des Leistungsanspruchs der versicherten Person bei Erreichen des status quo sine vel ante (SVR 2009 UV Nr. 3 S. 9 E. 2.2 [8C_354/2007]), zum Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125) und zum Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Darauf wird verwiesen. Hat eine Person mehrere versicherte Unfälle mit psychischer Fehlentwicklung oder HWS-Schleudertrauma bzw. äquivalenter Verletzung erlitten, ist die adäquate Kausalität grundsätzlich für jeden Unfall gesondert zu beurteilen. Es ist jedoch nicht generell ausgeschlossen, die wiederholte Betroffenheit desselben Körperteils bei der Adäquanzprüfung zu berücksichtigen; dies ist insbesondere dann denkbar, wenn die Auswirkungen der verschiedenen Unfälle auf gewisse Beschwerden und/oder auf die Arbeitsfähigkeit nicht voneinander abgegrenzt werden können. Einer nachgewiesenermassen durch einen früheren Unfall verursachten erheblichen HWS-Vorschädigung kann bei der Beurteilung der Adäquanzkriterien Rechnung getragen werden (SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1 E. 3.2.2 und 3.3.2 [U 39/04]).
3. Die SUVA stellte die Leistungen für die Unfälle vom 10. September und 29. November 2001 auf den 31. Dezember 2005 und für den Unfall vom 6. November 2005 auf den 31. März 2007 ein, was die Vorinstanz bestätigt hat. Der Versicherte verlangt die Aufhebung der Leistungseinstellung betreffend alle drei Unfälle.
3.1 Vom 17. April bis 22. Mai 2005 weilte der Versicherte in der Rehabilitationsklinik Y._, die im Austrittsbericht vom 19. Juni 2002 Folgendes diagnostizierte: 1. Zervikocephales und zervikovertebrales Schmerzsyndrom mit bewegungs- und belastungsabhängigen Hinterkopf- und Nackenbeschwerden (VAS 8-10/10), Ausstrahlung der Schmerzsymptomatik in den Schultergürtel und kappenförmig in den restlichen Kopf (VAS 7-8/10), leichtgradig schmerzhafter HWS-Rotationseinschränkung rechtsbetont, krampfartigen Schmerzsensationen im Bereich der Kiefergelenke, lageabhängigen Schwankschwindelsensationen, Tinnitus beidseits, ohne AP für eine radikuläre Reiz- oder Ausfallsymptomatik bei Status nach Heckaufprallkollision mit u.a. Schleudertrauma am 29. November 2001; 2. Anpassungsstörung, Angst und Depression gemischt (ICD-10: F43.22). Im neurologischen Konsilium der Rehabilitationsklinik Y._ vom 23. April 2002 betreffend die Unfälle vom 10. September und 29. November 2001 wurde ausgeführt, es seien hier sicher zweimal milde traumatische Hirnverletzungen (MTBI) innert kurzer Zeit durchgemacht worden, jeweils mit kurzer Amnesie und deutlichen neurologischen Reizzeichen durch Übelkeit/ Erbrechen mit noch persistierenden leichten Gleichgewichtsproblemen. Im neuropsychologischen Bericht der Rehabilitationsklinik Y._ vom 29. April 2002 wurde eine MTBI beim Unfall vom 29. November 2001 diagnostiziert.
3.2 Der Psychiater Dr. med. S._ diagnostizierte im Gutachten vom 26. April 2004 eine chronisch-anhaltende, voll invalidisierende somatoforme Schmerzstörung in Verbindung mit sowohl psychischen Faktoren als auch einem medizinischen Krankheitsfaktor gemäss DSM-IV 307.89 ausgehend von zweimaliger, wahrscheinlich eher leichter noziver Kräfteeinwirkung auf Kopf-/Nackenstrukturen im Abstand von zweieinhalb Monaten. Die heutigen Beschwerden seien überwiegend wahrscheinlich auf die Unfälle vom 10. September und 29. November 2001 zurückzuführen. Von weiterer psychiatrischer Behandlung könne keine nahmhafte Besserung der psychischen Störung erwartet werden. Von verwertbarer Restarbeitsfähigkeit könne nicht ausgegangen werden.
3.3 Der Radiologe Dr. med. A._, Oberarzt, Zentrum Z._, gab im Bericht zuhanden des Dr. med. C._ (E. 3.5 hienach) vom 22. Dezember 2006 folgende Beurteilung ab: 1. Beginnende multisegmentale HWS-Degeneration in den Segmenten C3/4, C4/5 und C5/6. Streckhaltung bzw. beginnende HWS-Kyphose. Beginnende multisegmentale Diskopathie und multisegmentale Einengung des Spinalkanals - des vorderen Subarachnoidalraumes zwischen C3 und C6. Leicht eingeschränkte Rotation nach links. 2. Kein Nachweis einer eindeutigen posttraumatischen diskolagimentären Läsion, insbesondere einer Läsion der Lig. alaria. Bei den Funktionsuntersuchungen kein Nachweis einer Kompression neuraler Strukturen.
3.4 Dr. med. N._, Hals/Nasen/Ohren(HNO)-Praxis, diagnostizierte im Bericht zuhanden des Dr. med. C._ vom 8. Januar 2007 Schwindel unklarer Ätiologie, DD: zervikogen, phobisch. Auf Grund der Anamnese sowie der durchgeführten Untersuchung hege er am meisten den Verdacht auf eine zervikogene Symptomatik. Ebenfalls könnte eine phobische Komponente mitspielen, habe der Versicherte doch auch Angst vor diesem Schwindelphänomen. Er rate zur physiotherapeutischen Lockerung der Wirbelsäule sowie zu zusätzlicher physiotherapeutischer Schwindeltherapie an.
3.5 Der Neurologe Dr. med. C._ stellte im Gutachten vom 6. Februar 2007 folgende Diagnosen: HWS-Distorsionstrauma vom 6. November 2005 (mit vorübergehender Verschlimmerung der vorbestehenden Nacken- und Kopfschmerzen seit dem Unfall vom 29. November 2001, keinem Nachweis eines myofaszialen Zervikalsyndroms und neurologischer Ausfälle, dringendem Verdacht auf medikamenteninduzierten Dauerkopfschmerz, Schwindelbeschwerden unklarer Ätiologie [DD: zervikogener Schwindel, phobischer Schwindel], chronifiziertem Schmerzsyndrom bei einer somatoformen Schmerz- und Anpassungsstörung mit Angst und Depression); HWS-Distorsionstrauma am 29. November 2001 (mit chronischem zervikocephalem Schmerzsyndrom, keinem Nachweis eines zervikoradikulären Syndroms); Status nach Schädelkontusion mit Rissquetschwunde ohne Hinweis auf Commotio cerebri mit posttraumatischem benignem Lagerungsschwindel und sekundärem zervikospondylogenem Syndrom am 10. September 2001. Nach dem Unfall vom 6. November 2005 sei es gemäss Angaben des Versicherten zu einer vorübergehenden Verschlimmerung der Beschwerden, namentlich der seit dem Unfall vom 29. November 2001 persistierenden Nacken- und Kopfschmerzen gekommen. Nach zirka zwei Monaten habe sich die Intensität der Schmerzen auf das Niveau vor dem Unfall vom 6. November 2005 zurückgebildet. Es müsse aber betont werden, dass letztgenannter Unfall trotzdem zu einem ungünstigen Verlauf führen könne (im Sinne einer richtunggebenden Verschlimmerung des Vorzustandes). Aus diesem Grund lasse sich nicht mit Sicherheit ausschliessen, ob die jetzigen Beschwerden im kausalen Zusammenhang mit dem Unfall vom 6. November 2005 stünden. Aus neurologischer Sicht könne unter Berücksichtigung des Fehlens neurologischer Defizite eine Leistungsfähigkeit von 100 % angenommen werden. Da der Versicherte drei Unfälle, davon zwei mit HWS-Distorion, erlitten habe, sei eine Tätigkeit in der Gerüstmontage, die eine körperlich schwere Arbeit erfordere, nicht realistisch. Im Vordergrund stehe eine ausgeprägte psychische Störung (somatoforme Schmerz- und Anpassungsstörung), die keine verwertbare Leistungsfähigkeit zulasse.
4. 4.1 Die Vorinstanz hat im Wesentlichen erwogen, auf Grund der Akten sei nicht restlos klar, ob der Versicherte beim Unfall vom 10. September 2001 zumindest eine schleudertraumaähnliche Verletzung erlitten habe. Bei den Unfällen vom 29. November 2001 und 6. November 2005 habe er sich jedoch ein HWS-Schleudertrauma bzw. eine äquivalente Verletzung und bei demjenigen vom 29. November 2001 zudem eine MTBI zugezogen. Dass er beim dritten Unfall (nebst einer HWS-Distorsion) ein Schädel-Hirntrauma erlitten haben könnte, sei von Dr. med. G._ explizit verworfen und von Dr. med. C._ für sehr unwahrscheinlich gehalten worden. Es weise nichts darauf hin, dass im Zeitpunkt der Leistungseinstellungen noch objektivierbare organische Unfallfolgen vorgelegen haben könnten. Die SUVA anerkenne die natürliche Kausalität zwischen den Unfällen vom 10. September und 29. November 2001 sowie den anhaltenden Beschwerden. Auf Grund des Unfalls vom 6. November 2005 könne der Versicherte keine SUVA-Leistungen mehr beanspruchen, da im Zeitpunkt der Leistungseinstellung der "status quo ante" erreicht gewesen sei. Ebenso müsse eine gesamthafte Adäquanzprüfung unter Einbezug aller drei Unfälle ausser Betracht fallen. Die Adäquanzprüfung zwischen den Unfällen vom 10. September und 29. November 2001 sowie den anhaltenden Beschwerden habe nach der Praxis für psychische Unfallfolgen, mithin ohne Einbezug psychischer Aspekte zu erfolgen (<ref-ruling>). Die Auffahrkollision vom 29. November 2001 sei mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen, woran nichts ändere, dass der Wagen des Versicherten nach der Heckkollision mit einem weiteren Fahrzeug zusammengestossen sei. Eine Verlagerung hin zum mittelschweren Bereich innerhalb der mittleren Gruppe dränge sich auch nicht bei einer Gesamtbetrachtung mit dem Unfall vom 10. September 2001 auf, den die SUVA zu Recht als leicht gewertet habe. Es sei einzig das Adäquanzkriterium der besonderen Art der erlittenen Verletzung erfüllt, da der Versicherte innert kurzer Zeit zwei Unfälle mit Verletzungen an Kopf und HWS erlitten habe. Da es nicht besonders ausgeprägt vorliege, sei die adäquate Kausalität zwischen den Unfällen vom 10. September und 29. November 2001 sowie den psychischen Beschwerden zu verneinen, weshalb die Leistungseinstellung auf Ende 2005 rechtens sei. Deshalb sei auch die Leistungseinstellung nach dem Unfall vom 6. November 2005 auf Ende März 2007 nicht zu beanstanden.
4.2 Der Versicherte macht im Wesentlichen geltend, es bestehe eine multiple Beschwerdesituation, bei der somatische und psychische Beschwerden nicht auseinandergehalten werden könnten. Eine leistungsaufhebende Tatsache sei nicht erstellt. Dr. med. E._, Facharzt FMH für Allgemeine Medizin, SUVA Versicherungsmedizin, habe dem Strassenverkehrsamt am 27. März 2006 mitgeteilt, auf Grund des Kreisarztberichts vom 20. Dezember 2005 sei bei deutlich eingeschränkter HWS-Beweglichkeit (Kopfbeweglichkeit), deutlichen Sehstörungen sowie zunehmendem Schwindel das Führen eines Kraftfahrzeuges ab sofort nicht mehr als gegeben beurteilt worden. Weiter bringt der Versicherte vor, er leide an organischen Beschwerden (milde traumatische Hirnverletzung, Rückenschmerzen, Schlafstörungen, unruhige Beine, starke Mundtrockenheit, Ohrgeräusche, Übelkeit, Kraftlosigkeit, sexuelle Inappetenz, zervikocephales und zervikovertebrales Schmerzsyndrom, Rotationseinschränkungen, Fieberbeschwerden, Schwindelproblematik mit Schwank- und Schwindelsensationen etc.); als organische Leiden seien nicht nur bildgebend, sondern auch mittels sonstiger Diagnose-Methoden erkannte Beschwerden zu qualifizieren. Die Vorinstanz hätte eine Adäquanzprüfung aller drei Unfälle vornehmen müssen, was insgesamt zur Anerkennung eines schweren Unfalls führen müsse; diesfalls müsse gar nicht auf die Adäquanzprüfung zurückgegriffen werden. Es sei von einem schweren Unfall mit organischen Folgen auszugehen, weshalb bei richtiger Adäquanzprüfung die Kausalität zu bejahen sei. Erfüllt seien auf Grund der Gesamtbetrachtung die Kriterien der Unfalldramatik (Mehrfachunfall), der besonderen Art der erlittenen Verletzung (Mehrfachverletzung), der Dauerbehandlung, der Dauerschmerzen, der Fehlbehandlung und der Arbeitsunfähigkeit.
5. Die Vorinstanz geht davon aus, der Versicherte habe bei den Unfällen vom 29. November 2001 und 6. November 2005 ein HWS-Schleudertrauma bzw. eine äquivalente Verletzung und beim erstgenannten Unfall auch eine MTBI erlitten. Sie bejaht die natürliche Kausalität zwischen den Unfällen vom 19. September und 29. November 2001 und den anhaltenden Beschwerden und nimmt an, dass im Zeitpunkt der Leistungseinstellungen keine objektivierbaren organischen Unfallfolgen mehr vorlagen (E. 4.1 hievor). In solcher Konstellation mit längere Zeit anhaltenden Beschwerden ist grundsätzlich eine polydisziplinäre medizinische Begutachtung durchzuführen. Im Vordergrund stehen Untersuchungen neurologisch/orthopädischer (soweit indiziert mit apparativen Mitteln) und psychiatrischer sowie gegebenenfalls auch neuropsychologischer Fachrichtung. Bei spezifischer Fragestellung und zum Ausschluss von Differentialdiagnosen sind auch otoneurologische, ophthalmologische oder andere Untersuchungen angezeigt (<ref-ruling> E. 9.4 f. S. 124 ff.). Eine solche Begutachtung wurde vorliegend nicht veranlasst.
Die bisherigen medizinischen Akten bilden keine rechtsgenügliche Beurteilungsgrundlage. Das psychiatrische Gutachten des Dr. med. S._ datiert vom 26. April 2004. Danach fand noch eine Aktenbeurteilung durch die Psychiaterin Frau Dr. med. K._, SUVA Versicherungsmedizin, vom 31. Mai und 13. Oktober 2005 statt. Für die Zeit nach dem Unfall vom 6. November 2005 befindet sich bei den Akten psychiatrischerseits weder ein Bericht noch ein Gutachten. Dem Neurologen Dr. med. C._, der im Gutachten vom 6. Februar 2007 von im Vordergrund stehenden psychischen Beschwerden ausging (E. 3.5 hievor), fehlt in psychiatrischer Hinsicht die Fachkompetenz (vgl. auch Urteil 8C_369/2008 vom 11. August 2008 E. 8.2). Weiter ist zu beachten, dass die orthopädische Untersuchung am 12. November 2002 vom Kreisarzt Dr. med. L._, FMH Orthopädische Chirurgie, vorgenommen wurde, was angesichts des Unfalls vom 6. November 2005 ebenfalls nicht hinreichend ist.
Zudem bedarf die vom HNO-Arzt Dr. med. N._ im Bericht vom 8. Januar 2007 ambulant festgestellte Schwindelproblematik unklarer Ätiologie (E. 3.4 hievor) weiterer, allenfalls stationärer Abklärung, zumal sich die Angaben über deren Ausmass nur auf Aussagen des Versicherten stützten (vgl. auch Urteil I 153/2006 vom 19. April 2007 E. 6.1.2 und 6.4). Dr. med. N._ riet zu physiotherapeutischer Lockerung der Wirbelsäule und zusätzlicher physiotherapeutischer Schwindeltherapie. Zur Frage, ob von weiterer Behandlung eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes zu erwarten ist, nahm er keine Stellung. Auch Dr. med. C._, zu dessen Handen dieser Bericht erstattet wurde, äusserte sich zu dieser Frage im Gutachten vom 6. Februar 2007 nicht (E. 3.5 hievor). Diesbezüglich ist auf <ref-ruling> E. 3 f. S. 112 hinzuweisen. Danach hat der Unfallversicherer den Fall - unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen und Prüfung des Anspruchs auf Invalidenrente und Integritätsentschädigung - in dem Zeitpunkt abzuschliessen, in welchem von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes der versicherten Person mehr erwartet werden kann und allfällige Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung abgeschlossen sind. Diese Frage hat die SUVA ebenfalls zu prüfen (Urteil 8C_76/2008 vom 15. Januar 2009 E. 7).
Nach dem Gesagten hat die SUVA eine polydisziplinäre Begutachtung im Sinne von <ref-ruling> E. 9.5 S. 125 f. anzuordnen und danach über den Leistungsanspruch neu zu verfügen (vgl. auch Urteil 8C_369/2008 E. 11.2).
6. Im Hinblick auf das weitere Vorgehen ist festzuhalten, dass von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen erst dann gesprochen werden kann, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt werden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232, 109 E. 9 S. 122; SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105 E. 2.1 [8C_413/2008]). Nur bei in diesem Sinne ausgewiesenen Unfallfolgen spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 112).
7. 7.1 Die allfällige Berücksichtigung mehrerer erlittener Unfälle im Rahmen der Adäquanzprüfung führt - entgegen der Auffassung der Vorinstanz und des Versicherten - nicht zu einer Gesamtbeurteilung der Unfallschwere gleichsam aus der Summe der Unfälle. Die Unfallschwere ist vielmehr für jedes Ereignis gesondert nach dem jeweiligen augenfälligen Geschehensablauf und den sich dabei entwickelnden Kräften zu bestimmen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.3.1 [U 2/07]). Etwaige unfallbedingte erhebliche Vorschädigungen sind einzig im Rahmen der Beurteilung der Adäquanzkriterien - beispielsweise der besonderen Art der erlittenen Verletzung, der Arbeitsunfähigkeit oder der ärztlichen Behandlung - zu berücksichtigen (vgl. E. 2 hievor; SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1 E. 3.3.2; Urteil 8C_477/2008 vom 19. Dezember 2008 E. 6.1-6.3).
7.2 Nicht zu beanstanden ist die vorinstanzliche Feststellung, dass für sich allein betrachtet der Unfall vom 10. September 2001 (der Versicherte wurde von einem umkippenden Gerüstelement am Kopf getroffen) als leicht und derjenige vom 29. November 2001 (Auffahrunfall, worauf der PW des Versicherten mit einem anderen Fahrzeug zusammenstiess) als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Ereignissen zu qualifizieren ist (vgl. RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.1.2 [U 380/04]; Urteil 8C_252/2007 vom 16. Mai 2008 E. 6.2). Zur Schwere des dritten Unfalls vom 6. November 2005 hat sich die Vorinstanz nicht geäussert, da sie diesen nicht in die Adäquanz-Beurteilung einbezog (E. 4.1 hievor). Sollte sich auf Grund der ergänzenden Begutachtung ergeben, dass auch dieses Ereignis bei der Beurteilung der gesundheitlichen Beschwerden des Versicherten zu berücksichtigen ist, ist festzuhalten, dass es eine mittelschwere, im Grenzbereich zu den leichten Unfällen liegende Auffahrkollision war.
In einer solchen Konstellation kann im Falle einer erforderlichen Adäquanzprüfung (vgl. E. 6 hievor) - sei es nach <ref-ruling> oder nach <ref-ruling> - der adäquate Kausalzusammenhang nur bejaht werden, wenn entweder mehrere der sieben massgeblichen Kriterien erfüllt wären oder eines davon in besonders ausgeprägter Weise vorläge (vgl. auch Urteil 8C_477/2008 E. 6.2 f.).
7.3 Auch das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder besonderen Eindrücklichkeit ist nicht gesamthaft auf Grund der Summe aller erlittenen Unfälle, sondern für jeden Unfall separat zu prüfen.
8. Die unterliegende SUVA hat die Gerichtskosten zu tragen und dem Versicherten eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG; <ref-ruling>, 132 V 215 E. 6.1 S. 235). Sein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 20. Januar 2009 und der Einspracheentscheid der SUVA vom 12. September 2007 aufgehoben werden und die Sache an die SUVA zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Leistungsanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der SUVA auferlegt.
3. Die SUVA hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. August 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar