Faits:
A. A.a A._, exploitant viticole, et B._, vinificateur et commerçant, sont copropriétaires de la parcelle n° 909 du registre foncier de la commune de X._. Ce bien-fonds est principalement cultivé en vigne. Une ancienne habitation avec rural, n° ECA xxx, occupant 59 m2 au sol y est implantée. Les propriétaires ont vainement tenté de réhabiliter cette bâtisse mais aucun des projets mis à l'enquête n'a pu être autorisé à ce jour.
A.b C._ et D._ sont copropriétaires de la parcelle voisine n° 908 du registre foncier de la commune de X._. Le bâtiment n° ECA xxx est situé en limite de cette parcelle.
B. Par demande du 19 octobre 2010, C._ et D._ ont requis qu'ordre soit donné à A._ et B._, sous la menace de la peine d'amende prévue par l'<ref-law>, de démolir le bâtiment n° ECA xxx, subsidiairement, de prendre toutes les mesures propres à exclure tout risque d'éboulement, d'effondrement et de chute de tuiles ou d'autres matériaux provenant dudit bâtiment sur la parcelle n° 908, dans un délai de trois mois dès jugement définitif et exécutoire. Fondant leur demande sur l'<ref-law>, ils allèguent l'état de délabrement avancé du bâtiment et le danger que cela représente pour leur propre bâtiment situé en contrebas ainsi que pour les personnes susceptibles d'emprunter le chemin passant à proximité.
C. C.a Le 26 mai 2011, les demandeurs ont requis, à titre de mesures provisionnelles, qu'ordre soit donné à A._ et B._, sous la menace de la peine d'amende prévue par l'<ref-law>, de démonter la toiture du bâtiment n° ECA xxx, de démolir la moitié ouest du dernier niveau dudit bâtiment, de stabiliser l'ouvrage et de le protéger des intempéries dans un délai à dire de justice.
Par ordonnance du 5 septembre 2011, la présidente du Tribunal civil de l'Est vaudois a partiellement admis la requête en ce sens qu'elle a ordonné à A._ et B._, sous la menace de la peine d'amende prévue par l'<ref-law>, de démonter la toiture du bâtiment en cause d'ici le 15 décembre 2011 et de stabiliser celui-ci et de le protéger des intempéries dans le même délai.
C.b Par acte du 11 octobre 2011, A._ et B._ ont appelé de cette décision auprès du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Ils ont requis que l'effet suspensif soit octroyé au recours.
Par décision du 13 octobre 2011, le Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté cette requête.
D. Le 8 novembre 2011, A._ et B._ interjettent un recours constitutionnel au Tribunal fédéral contre cette décision, concluant à ce que l'effet suspensif soit accordé à l'appel qu'ils ont formé devant le Tribunal cantonal du canton de Vaud. Ils requièrent également l'octroi de l'effet suspensif pour la procédure fédérale.
Suite à la détermination des intimés, qui ont conclu au rejet de cette requête, l'effet suspensif a été attribué au recours par ordonnance du 29 novembre 2011.
Invités à se déterminer sur le fond, les intimés ont, par courrier du 15 mars 2012, renvoyé à leurs observations du 25 novembre 2011 relatives à la requête d'effet suspensif, dans lesquelles ils avaient d'ores et déjà conclu à l'irrecevabilité du recours. L'autorité cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 et les références citées).
1.1 La décision querellée refuse de suspendre l'exécution d'un jugement de première instance ordonnant, à titre provisoire, la démolition de la toiture d'un bâtiment, la stabilisation de celui-ci et sa protection contre les intempéries. Il s'agit là d'une décision incidente (<ref-ruling> consid. 1 et les références citées) rendue en matière civile (<ref-law>) puisqu'elle a pour objet des rapports de voisinage (ATF 52 II 292 consid. 1).
Hormis les décisions mentionnées à l'<ref-law>, une décision préjudicielle ou incidente peut être entreprise immédiatement si elle peut causer un préjudice irréparable (<ref-law>) ou si l'admission du recours peut conduire immédiatement à une décision finale qui permet d'éviter une procédure probatoire longue et coûteuse (<ref-law>). Un préjudice ne peut être qualifié d'irréparable au sens de l'<ref-law> que s'il cause un inconvénient de nature juridique; tel est le cas lorsqu'une décision finale même favorable à la partie recourante ne le ferait pas disparaître entièrement (<ref-ruling> consid. 2.1). En tant que la dernière instance a refusé de suspendre une décision ordonnant le démontage de la toiture d'un bâtiment, la stabilisation de celui-ci et sa protection contre les intempéries, la décision entreprise est de nature à causer un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law> car le démontage immédiat de la toiture, en exécution de la décision du 13 octobre 2011, entraînera pour les recourants des inconvénients qui ne seront pas entièrement réparés si, à l'issue de la procédure d'appel, ils obtiennent une décision permettant de maintenir le bâtiment en l'état (arrêt 4D_12/2010 du 10 février 2010 consid. 1; arrêt 5A_629/2009 du 25 février 2009 consid. 1.1). Le recours immédiat au Tribunal fédéral est ainsi ouvert, contrairement à ce qu'affirment les intimés.
1.2 Il n'est pas nécessaire d'examiner si la valeur litigieuse minimale (<ref-law>) est atteinte - impliquant de traiter les écritures des recourants comme recours en matière civile (<ref-ruling> consid. 1.2, 133 III 462 consid. 2.1) - dès lors que, de toute manière, seule une violation des droits constitutionnels peut être invoquée en l'espèce.
En effet, la décision accordant l'effet suspensif, comme celle d'exécution provisoire ou de retrait de l'effet suspensif, est une décision de mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law>, qui ne peut être attaquée que pour violation de droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 2 et les références citées).
1.3 Le Tribunal cantonal n'a pas statué sur recours mais a refusé l'effet suspensif requis dans le cadre d'une procédure d'appel; le recours en matière civile est cependant admissible en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1, 424 consid. 2.2).
1.4 Interjeté en temps utile par une partie qui a succombé dans ses conclusions en instance cantonale, le recours en matière civile est également recevable au regard des art. 100 al. 1 et 76 LTF.
2. Saisi d'un recours en matière civile au sens de l'<ref-law> ou d'un recours constitutionnel subsidiaire, le Tribunal fédéral dispose d'un pouvoir d'examen limité, seule la violation des droits constitutionnels pouvant être invoquée. Il n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (<ref-law>), à savoir expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 2). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi manifestement insoutenable (<ref-ruling> consid. 3 et les références citées).
3. La cour cantonale a rejeté la requête d'effet suspensif, qu'elle a qualifiée de non motivée, pour deux motifs. D'une part, elle a relevé que les recourants alléguaient eux-mêmes que des travaux de réhabilitation étaient envisagés dans un proche avenir. D'autre part, elle a considéré, se référant à l'expertise - dont se prévalent ces derniers - que, même s'il n'y avait pas de danger en l'état, la poursuite de la dégradation des deux niveaux pouvait présenter un danger pour le bâtiment voisin et que leur démolition devrait être entreprise dans un délai relativement court, auquel correspondait, prima facie, le délai imparti par le premier juge.
4. Les recourants invoquent tout d'abord un déni de justice ainsi qu'une violation de leur droit d'être entendu en tant que le Juge cantonal n'a pas examiné le motif qui pourrait justifier l'octroi de l'effet suspensif, à savoir si le dispositif de l'ordonnance de mesures provisionnelles querellée pourrait leur causer un préjudice difficilement réparable.
4.1 Selon la jurisprudence, commet un déni de justice formel et viole par conséquent l'art. 29 al. 1 Cst. l'autorité qui ne statue pas ou n'entre pas en matière sur un recours ou un grief qui lui est soumis dans les formes et délais légaux, alors qu'elle était compétente pour le faire (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.3).
La jurisprudence a en outre déduit de l'art. 29 al. 2 Cst., qui garantit le droit d'être entendu, le devoir pour l'autorité de motiver sa décision afin que le destinataire puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 3.3; arrêt 5A_8/2010 du 10 mars 2010 consid. 4.2.1). Comme le droit à une décision motivée participe de la nature formelle du droit d'être entendu (<ref-ruling> consid. 5g), ce moyen doit être examiné en premier lieu (<ref-ruling> consid. 1) et avec une pleine cognition (<ref-ruling> consid. 2a).
4.2 En l'espèce, la motivation du Juge cantonal ne consacre ni violation du droit d'être entendu ni déni de justice. Même si le juge précédent n'expose pas de manière très détaillée les raisons qui l'ont conduit à refuser de surseoir à l'exécution des mesures provisionnelles, objet de l'appel, il a indiqué qu'une réhabilitation du bâtiment était envisagée dans un avenir proche par les recourants eux-mêmes et que la poursuite de la dégradation dudit bâtiment pouvait présenter un danger pour l'immeuble voisin de sorte que sa démolition devait être entreprise dans le délai imparti par le premier juge. Aussi, on ne saurait prétendre qu'il n'a pas examiné si le défaut d'effet suspensif serait susceptible de porter un préjudice difficilement réparable aux recourants. Il ressort, par ailleurs, de leur argumentation fondée sur l'arbitraire que les recourants ont compris le sens et la portée de la décision déférée. Mal fondé, le recours doit donc être rejeté sur ce point.
5. Les recourants se plaignent ensuite de formalisme excessif en tant que le Juge cantonal a qualifié leur requête d'effet suspensif de non motivée. En l'occurrence, si le Juge précédent indique que la requête n'est pas motivée, il n'a pas considéré cet élément formel comme déterminant puisqu'il a procédé à la pesée des intérêts en présence pour finalement refuser l'octroi de l'effet suspensif. Il est donc entré en matière sur la requête et l'a rejetée pour d'autres motifs.
6. Les recourants invoquent une application arbitraire de l'<ref-law>.
6.1 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 2.2.2 et les références citées).
6.2 L'appel n'a pas d'effet suspensif lorsqu'il a pour objet des décisions portant sur des mesures provisionnelles (<ref-law>). À teneur de l'<ref-law>, l'exécution des mesures provisionnelles peut exceptionnellement être suspendue si la partie concernée risque de subir un préjudice difficilement réparable. En tant que les mesures prononcées en l'espèce ordonnent, à titre provisoire, la démolition de la toiture d'un bâtiment, la stabilisation de celui-ci et sa protection contre les intempéries, elles constituent des mesures provisionnelles au sens des art. 262 let. b et 315 al. 4 let. b et al. 5 CPC.
6.3 Le dommage difficilement réparable de l'<ref-law> est principalement de nature factuelle; il concerne tout préjudice, patrimonial ou immatériel, et peut même résulter du seul écoulement du temps pendant le procès (HOHL, Procédure civile, tome II, 2010, n. 1763). Il en va de même pour le dommage difficilement réparable de l'<ref-law>. Il s'agit pour l'un comme pour l'autre d'une condition matérielle, respectivement de la protection juridique provisoire dans la première disposition et de la suspension de l'exécution de la mesure ordonnée dans la seconde. Le dommage est constitué, pour celui qui requiert les mesures provisionnelles, par le fait que, sans celles-ci, il serait lésé dans sa position juridique de fond et, pour celui qui recourt contre le prononcé de telles mesures, par les conséquences matérielles qu'elles engendrent (REETZ/HILBER, in Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger, Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2010, n° 69 ad <ref-law>; DONZALLAZ, La notion de "préjudice difficilement réparable" dans le CPC, in: Bernasconi et alii, Il Codice di diritto processuale civile svizzero, 2011, p. 191). Ces deux notions doivent en revanche être distinguées de celle de préjudice difficilement réparable, condition de recevabilité contre une décision ou une ordonnance d'instruction (<ref-law>). Elles ne doivent pas être confondues non plus avec la notion de préjudice irréparable de l'<ref-law>, condition de recevabilité des recours au Tribunal fédéral contre les décisions préjudicielles ou incidentes (HOHL, op. cit., n. 1764; DONZALLAZ, op. cit., p. 191 s.; cf. également : arrêt 4P.155/1994 du 4 novembre 1994 consid. 2 publié in RSPI 1996 II, p. 241; concernant le manque de coordination terminologique entre les art. 92 s. LTF et l'<ref-law>, cf. TAPPY, in Bohnet/Haldy/Jeandin/Schweizer/Tappy, CPC, Code de procédure civile commenté, 2011, n° 5 ad <ref-law>).
Saisie d'une demande d'effet suspensif au sens de l'<ref-law>, l'autorité cantonale d'appel doit ainsi procéder à une nouvelle pesée des intérêts entre les deux préjudices difficilement réparables, celui du demandeur à l'action si la mesure n'était pas exécutée immédiatement et celui qu'entraînerait pour le défendeur l'exécution de cette mesure (REETZ/HILBER, ibidem; DONZALLAZ, op. cit., p. 191; TREZZINI, in Cocchi/Trezzini/Bernasconi, Commentario al Codice di diritto processuale civile svizzero [CPC], 2011, p. 1385 s.).
6.4 Lorsque la décision de mesures provisionnelles, dont la suspension de l'exécution est requise, constitue une mesure d'exécution anticipée provisoire susceptible d'avoir un effet définitif - à savoir lorsque le litige n'a plus d'intérêt au-delà du prononcé de la mesure requise -, il y a lieu de tenir compte du fait que de telles mesures portent une atteinte particulièrement grave à la situation juridique de la partie citée (<ref-ruling> consid. 2.3). Celles-ci ne sont en effet admises que de façon restrictive et sont soumises à des exigences beaucoup plus élevées. Ces exigences portent aussi bien sur l'existence des faits pertinents que sur l'ensemble des conditions d'octroi des mesures en cause, en particulier sur l'appréciation de l'issue du litige sur le fond et des inconvénients respectifs pour le requérant et pour le requis, selon que la mesure soit ordonnée ou refusée. Dans de tels cas, la protection juridique provisoire ne doit ainsi être accordée que lorsque la demande apparaît fondée de manière relativement claire, au vu de l'état de fait rendu vraisemblable (ATF cité, consid. 3.2; HOHL, op. cit, n. 1844 ss; BOHNET, in Bohnet/Haldy/Jeandin/Schweizer/Tappy, CPC, Code de procédure civile commenté, 2011, n° 18 ad <ref-law>; TREZZINI, op. cit., p. 1159 s.).
Si l'on entend offrir une véritable voie de droit à la partie, contre qui une mesure d'exécution anticipée provisoire susceptible d'avoir un effet définitif a été prononcée, il convient alors de ne pas se montrer trop exigeant quant aux conditions d'octroi de la suspension de l'exécution de la mesure ordonnée durant la procédure d'appel. C'est à cette condition seulement que l'instance cantonale de recours pourra vérifier la mise en balance des intérêts contradictoires des parties effectuée par le premier juge et examiner, à son tour, si les conditions matérielles du prononcé de la mesure provisionnelle requise sont réunies. À défaut de suspension, l'intimé court en effet le risque d'être définitivement privé du contrôle de la décision sur mesures provisionnelles et, par suite, de tout intérêt à la procédure sur le fond. Aussi, la requête ne devrait être refusée que lorsque l'appel paraît d'emblée manifestement infondé ou irrecevable.
6.5 En l'espèce, la mesure ordonnée est une mesure d'exécution anticipée provisoire susceptible d'avoir un effet définitif puisque, une fois la toiture démontée et le bâtiment stabilisé et protégé contre les intempéries, le litige sur le fond ne conserve que peu, voire plus du tout d'intérêt pour les parties. Par conséquent, la cour cantonale aurait dû procéder à l'examen des chances de succès de l'appel et ne refuser la requête d'effet suspensif que si celles-ci devaient être manifestement niées. En l'occurrence, il ne ressort pas de la décision entreprise que l'autorité précédente aurait procédé à un tel examen et serait arrivée à cette conclusion.
Il s'ensuit que le Juge cantonal a manifestement violé l'<ref-law> en refusant l'effet suspensif sans constater le défaut manifeste de chances de succès de l'appel. Le résultat, auquel il parvient et qui prive les recourants d'un véritable contrôle des mesures provisionnelles ordonnées, se révèle en outre arbitraire en l'espèce.
7. En définitive, le présent recours doit être admis et la décision attaquée réformée en ce sens que l'effet suspensif est accordé à l'appel que les recourants ont formé le 11 octobre 2011 devant le Tribunal cantonal du canton de Vaud. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis solidairement à la charge des intimés qui succombent (<ref-law>). Les intimés verseront en outre aux recourants une indemnité de dépens à hauteur de 2'000 fr. (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et la décision cantonale réformée en ce sens que l'effet suspensif est accordé à l'appel formé le 11 octobre 2011 devant le Tribunal cantonal du canton de Vaud.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis solidairement à la charge des intimés.
3. Une indemnité de 2'000 fr., à payer aux recourants, créanciers solidaires, à titre de dépens, est mise solidairement à la charge des intimés.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 30 mars 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
Le Greffier: Richard