Sachverhalt:
A. X._ reichte am 4. Juli 2010 beim Amt für Gemeinden des Kantons Luzern ein Gesuch um Bekanntgabe von Daten gemäss Art. 59 der Zivilstandsverordnung (ZStV, SR 211.112.2) ein. Das dafür zuständige regionale Zivilstandsamt A._ verneinte ein schutzwürdiges Interesse und trat mit Verfügung vom 24. August 2010 auf das Gesuch nicht ein.
B. Dagegen erhob X._ am 29. September 2010 beim Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Luzern eine Beschwerde, mit welcher er u.a. die Bekanntgabe der Personendaten, insbesondere der Verwandtschaftsverhältnisse zwischen Y._ und Z._ zu W._ verlangte.
In einer neuen Verfügung vom 22. Oktober 2010 hob das Zivilstandsamt seine Verfügung vom 24. August 2010 auf und bestätigte X._, dass W._ die Grossmutter von Z._ sei. Sodann wurde ihm am 11. November 2010 telefonisch die Übereinstimmung der Verwandtschaftsverhältnisse von Y._ mit W._ und Z._ bestätigt.
Auf Schreiben des Justiz- und Sicherheitsdepartementes hin, ob er an seiner Beschwerde festhalte, teilte X._ am 15. November 2010 mit, da er "keinen Grund habe - bessere Belehrung Ihrerseits vorbehalten, - an diesen Aussagen zu zweifeln, wäre die Causa zumindest materiell erledigt"; es verbleibe noch die Klärung der Kostenfrage resp. der Entschädigung für seinen Aufwand.
Gestützt hierauf erklärte das Justiz- und Sicherheitsdepartement das Beschwerdeverfahren mit Entscheid vom 24. März 2011 zufolge Gegenstandslosigkeit als erledigt. Es wurde keine Parteientschädigung zugesprochen.
Gegen diesen Abschreibungsbeschluss erhob X._ am 23. April 2011 eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde, welche das Obergericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 26. Januar 2012 abwies.
C. Gegen dieses Urteil hat X._ am 21. März 2012 eine Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben, im Wesentlichen mit den Begehren um dessen Aufhebung, um vollumfängliche Auskunftserteilung betreffend die (im Rechtsbegehren mit detaillierten Angaben und Fragen umschriebenen) Verwandtschaftsverhältnisse, um Anweisung des Zivilstandsamtes zur betreffenden Auskunftserteilung, eventualiter um Verpflichtung des Obergerichtes zur Anweisung des Departementes zu entsprechenden Untersuchungen, subeventualiter um direkte Anweisung des Departementes mit den betreffenden Untersuchungen, um Entschädigung für seinen unverhältnismässig hohen Aufwand, um Feststellung der unrechtmässigen Verweigerung der unentgeltlichen Rechtspflege, um Feststellung einer Rechtsverzögerung und um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und eines Rechtsvertreters nach seiner Wahl auch für das bundesgerichtliche Verfahren. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt, aber die kantonalen Akten beigezogen.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft das Zivilstandsregister, weshalb nicht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, sondern die Beschwerde in Zivilsachen gegeben ist (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG), und zwar streitwertunabhängig, weil keine vermögensrechtliche Streitigkeit vorliegt. Die übrigen Beschwerdevoraussetzungen (Art. 75 Abs. 1, Art. 90 und Art. 100 Abs. 1 BGG) geben zu keinen Bemerkungen Anlass.
Im Grundsatz ist mithin auf die Beschwerde in Zivilsachen einzutreten, soweit sie begründet wird (<ref-law>). Unbegründet bleibt das Begehren um Feststellung einer Rechtsverzögerung; darauf ist folglich nicht näher einzugehen. Sodann sind Feststellungsbegehren grundsätzlich insoweit unzulässig, als direkt Leistungsbegehren gestellt werden können (<ref-ruling> E. 1 a S. 51; <ref-ruling> E. 3a S. 48). Gegenstandslos ist schliesslich das Begehren des Beschwerdeführers, es sei ihm ein unentgeltlicher Rechtsvertreter seiner Wahl zu gewähren, hat er doch die Beschwerde bereits eingereicht, und zwar am letzten Tag der Beschwerdefrist.
2. Das Obergericht hat erwogen, das Zivilstandsamt habe dem Beschwerdeführer die gewünschten Auskünfte erteilt und er habe gegenüber dem Departement erklärt, dass er keinen Grund habe - eine bessere Belehrung vorbehalten -, an diesen Aussagen zu zweifeln, und die Causa zumindest materiell erledigt sei. Damit habe er klar gemacht, dass er an einer weiteren materiellen Prüfung der Beschwerde kein Interesse mehr habe. Es sei deshalb nicht zu beanstanden, wenn das Departement das Beschwerdeverfahren als gegenstandslos erachtet habe.
Hinsichtlich der Kostenfrage hat das Obergericht befunden, dass nach den kantonalrechtlichen Vorschriften nur die Kosten der Vertretung vergütet werden könnten (§ 193 Abs. 3 VRG/LU). Was sodann das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege für das obergerichtliche Verfahren anbelange, so müsse dieses als aussichtslos betrachtet und das Gesuch deshalb abgewiesen werden.
3. Unzutreffend ist zunächst die Behauptung, das Obergericht habe übergangen und verkannt, dass er - zusätzlich hervorgehoben durch die Gedankenstriche - den Vorbehalt "bessere Belehrung Ihrerseits" angebracht habe, was eine offensichtliche Aktenwidrigkeit und damit Willkür sei: Das Obergericht hat dies in E. 2.2 explizit so erwähnt und deshalb keineswegs übersehen.
Nicht zu folgen ist dem Beschwerdeführer sodann bei seiner Ansicht, zufolge des Vorbehaltes habe nicht von einem Beschwerderückzug bzw. einer Gegenstandslosigkeit ausgegangen werden dürfen: Nach dem klaren Wortlaut bezieht sich der Vorbehalt darauf, dass zu belehren wäre, falls die vom Zivilstandsamt abgegebenen Erklärungen nicht zutreffen würden, wofür aber keine Anhaltspunkte bestehen. Als Folge der erhaltenen Auskünfte brachte der Beschwerdeführer in seinem Schreiben sodann zum Ausdruck, dass für ihn die "Causa materiell erledigt" sei und sich nur noch die Kostenfrage stelle. Inwiefern das Vertrauensprinzip verletzt worden sein soll, wenn das Departement das Beschwerdeverfahren in der Folge als gegenstandslos betrachtet hat, ist nicht ersichtlich, und zwar unabhängig von allfälligen zum Tragen kommenden Verfahrensmaximen. Nicht zu prüfen ist sodann die Behauptung, aus datenschutzrechtlichen Gründen hätten gar keine telefonischen Auskünfte erteilt werden dürfen, handelt es sich doch dabei um ein neues Vorbringen und hat es im Übrigen keinen Einfluss auf die Frage, wie das Departement die prozessuale Erklärung des Beschwerdeführers verstehen durfte und musste.
4. Im Zusammenhang mit der unentgeltlichen Rechtspflege rügt der Beschwerdeführer wiederum Aktenwidrigkeiten (erneut das angebliche Übergehen des vorerwähnten Vorbehaltes sowie das Ausblenden der Tatsache, dass er im uR-Formular Prof. V._ als erbetenen Rechtsvertreter aufgeführt habe) sowie eine Verletzung von <ref-law>, <ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK und einen Verstoss gegen das Gebot der Verhältnismässigkeit.
Entgegen der Begründungspflicht von <ref-law> setzt sich der Beschwerdeführer mit der obergerichtlichen Erwägung bezüglich des departementalen Verfahrens, nach dem anwendbaren kantonalen Recht könnten nur effektive Vertretungskosten vergütet werden, ebenso wenig auseinander wie mit der Begründung hinsichtlich des obergerichtlichen Verfahrens, die Beschwerde sei angesichts der klaren Äusserungen im Schreiben vom 15. November 2010 von Anfang an aussichtslos gewesen. Die Rüge der Verletzung des Anspruches auf unentgeltliche Rechtspflege scheitert deshalb bereits an der fehlenden Beschwerdebegründung; ohnehin wäre die Rüge aber gestützt auf die zutreffenden obergerichtlichen Ausführungen auch materiell abzuweisen.
5. Soweit der Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege verlangt, muss die Beschwerde wiederum als von Anfang an aussichtslos betrachtet werden, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege mangelt und das entsprechende Gesuch abzuweisen ist (<ref-law>). Angesichts der offensichtlichen Mittellosigkeit und der besonderen Umstände wird indes auf eine Kostenerhebung verzichtet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird den Parteien schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. April 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Möckli