Faits:
A. A.a Par ordonnance du 11 novembre 2004, le Tribunal de première instance de la République et du Canton de Genève a condamné la Banque Y._ SA (ci-après la Banque) à remettre à Dame X._, veuve de X._, l'ensemble des documents et informations en sa possession concernant les comptes dont ce dernier était titulaire ou ayant droit économique au jour de son décès, ainsi que les pièces relatives aux mouvements enregistrés sur ces comptes, avec l'identité des bénéficiaires, pour les dix ans précédant le décès et jusqu'à la clôture des comptes.
Cette ordonnance a été confirmée par arrêt de la Cour de justice du 27 janvier 2005.
A.b Le 9 février 2005, la Banque Y._ SA a remis un certain nombre de documents bancaires à Dame X._. Cette dernière les a soumis à un expert privé, qui a considéré qu'ils n'étaient pas exhaustifs.
B. B.a Par courrier du 2 mars 2005, Dame X._ a requis de la Banque Y._ SA divers renseignements complémentaires.
Le 25 avril 2005, en l'absence de réponse de la Banque, Dame X._ a, par acte d'huissier, sommé la Banque Y._ SA de satisfaire au dispositif de l'ordonnance du 11 novembre 2004.
Par requête du 26 avril 2005, Dame X._ s'est ensuite adressée au Procureur général de la République et du Canton de Genève afin d'obtenir l'exécution forcée de ladite ordonnance.
B.b Parallèlement, le 27 avril 2006, Dame X._ a saisi le Tribunal de première instance d'une requête en contestation en matière d'exécution forcée d'un jugement au sens de l'art. 477 de la loi de procédure civile genevoise (ci-après LPC/GE), concluant à ce qu'il soit constaté qu'aucun obstacle ne s'opposait à l'exécution forcée de l'ordonnance du 11 novembre 2004. Le Tribunal de première instance a rejeté la requête par jugement du 25 mai 2006, confirmé par la Cour de justice le 10 août suivant.
Par arrêt du 9 janvier 2007, le Tribunal fédéral a annulé l'arrêt précité et renvoyé l'affaire à la Cour de justice (arrêt 5P.377/2006), laquelle, sur renvoi, a déclaré irrecevable la requête déposée par Dame X._.
Appelé à statuer sur le recours de cette dernière, le Tribunal fédéral l'a jugé sans objet compte tenu du fait que le Procureur général avait indiqué que, par courrier du 25 juin 2007, il avait enjoint à la Banque Y._ SA de répondre aux différentes questions et requêtes émises par Dame X._. Le Tribunal fédéral a ainsi considéré que, par ledit courrier, le Procureur général avait ordonné l'exécution (arrêt 5A_196/2007 du 24 septembre 2007).
B.c Le 11 juillet 2007, en réponse au courrier du Procureur général daté du 25 juin 2007, la Banque Y._ SA a indiqué qu'elle estimait avoir déjà satisfait aux exigences de l'ordonnance du 11 novembre 2004.
Par courriers des 17 juillet et 5 octobre 2007, le Procureur général a sommé la Banque Y._ SA de se conformer à l'ordonnance rendue le 11 novembre 2004 par le Tribunal de première instance.
La Banque Y._ SA s'est référée à son courrier du 11 juillet 2007, confirmant avoir fourni tous les renseignements utiles.
A la suite d'une audience de comparution personnelle des parties, tenue devant le Procureur général en date du 10 janvier 2008, il a été convenu que la Banque Y._ SA allait une nouvelle fois vérifier si d'autres documents se trouvaient encore en sa possession, afin de tenter de répondre aux questions en souffrance de Dame X._. A cette fin, les parties se sont rencontrées dans les locaux de la Banque pour définir des critères de recherche complémentaires.
B.d Par courrier du 4 mars 2008, la Banque Y._ SA a indiqué que les recherches effectuées au moyen de ces nouveaux critères s'étaient révélées infructueuses et qu'elle considérait avoir satisfait aux exigences de la reddition de comptes.
Le 11 juin 2008, le Procureur général a rendu une ordonnance par laquelle il constatait que la Banque Y._ SA avait exécuté l'ordonnance et rejetait la requête en exécution déposée par Dame X._, la déclarant "sans objet" (sic).
B.e Le 17 juillet 2008, Dame X._ a déposé auprès du Tribunal de première instance une nouvelle requête en contestation en matière d'exécution forcée d'un jugement, tendant notamment à ce qu'il soit constaté que la Banque Y._ SA n'avait pas entièrement exécuté l'ordonnance du 11 novembre 2004.
C. C.a Le 14 juillet 2008, Dame X._ (ci-après la recourante) exerce un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire contre l'ordonnance rendue par le procureur général le 11 juin 2008 (procédure 5A_479/2008). La recourante conclut à l'annulation de la décision attaquée et à ce qu'il soit fait injonction à la Banque de répondre aux différentes questions et requêtes soulevées dans le courrier qu'elle lui avait adressé le 2 mars 2005, en exécution de l'ordonnance du 11 novembre 2004. A l'appui de ses conclusions, la recourante se plaint, dans chacun de ses deux recours, de l'application arbitraire de l'<ref-law>/GE ainsi que de la violation de l'art. 6 § 1 de la Convention Européenne de sauvegarde des Droits de l'Homme et des Libertés Fondamentales (ci-après CEDH).
C.b Par ordonnance présidentielle du 22 juillet 2008, la procédure de recours a été suspendue jusqu'à droit connu sur la requête en contestation en matière d'exécution pendante devant le Tribunal de première instance.
Ce dernier l'a rejetée par jugement du 18 novembre 2008, confirmé le 12 mars 2009 par arrêt de la Cour de justice.
C.c Le 30 avril 2009, la recourante dépose un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire contre ce dernier arrêt (procédure 5A_297/2009). La recourante conclut principalement à l'annulation de la décision attaquée, à ce qu'il soit constaté que la Banque ne s'est pas conformée à l'ordonnance du 11 novembre 2004 et à ce qu'il lui soit ordonné de s'y conformer; elle demande également qu'il soit ordonné à la Banque de répondre à son questionnaire du 2 mars 2005 et à ce que celle-ci démontre par pièces, l'éventuelle destruction régulière des archives contenant les documents dont la production est sollicitée. Subsidiairement, la recourante demande le renvoi de la cause à l'autorité inférieure. Dans son recours en matière civile, la recourante se plaint d'une violation des <ref-law>, 9 Cst. et 6 § 1 CEDH. Par son recours constitutionnel subsidiaire, la recourante fait valoir la violation des art. 9 Cst. et 6 § 1 CEDH.
C.d L'intimée n'a été invitée à répondre dans aucune des deux procédures.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence (<ref-law>), respectivement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1, 235 consid. 1, 379 consid. 1; <ref-ruling> consid. 2 et les arrêts cités).
2. I. Recours contre la décision du Procureur général
2.1 Selon l'<ref-law>/GE, si la partie condamnée n'exécute pas les obligations qui lui sont imposées, le jugement est exécuté sur ordre du Procureur général. Selon les commentateurs, cette dernière autorité doit examiner si les conditions formelles de l'exécution forcée sont réunies (qualité pour agir du requérant, existence et validité de la sommation préalable à l'huissier [<ref-law>/GE] ou encore dépôt de sûretés [<ref-law>/GE]). Il n'est en revanche plus compétent pour trancher lui-même les objections (notamment caractère exécutoire du jugement, for, possibilité d'exécution forcée, extinction de l'obligation) qui surgiraient une fois l'ordonnance d'exécution forcée rendue et dont la compétence ressortit au Tribunal de première instance, conformément à l'<ref-law>/GE (BERNARD BERTOSSA/LOUIS GAILLARD/JAQUES GUYET/ANDRÉ DIEGO SCHMIDT, Commentaire de la loi de procédure civile genevoise, n. 3 ad art. 474 et n. 2 ad <ref-law>/GE; arrêt 4P.20/2006 du 24 février 2006 consid. 2.2.1).
2.2 En l'espèce, par arrêt du 24 septembre 2007 rendu dans le cadre de la première contestation de l'exécution forcée déposée par la recourante, le Tribunal fédéral a considéré que le Procureur général, par courrier du 25 juin 2007, avait ordonné l'exécution de l'ordonnance du 11 novembre 2004. Dans cette mesure et conformément aux principes susmentionnés, une nouvelle ordonnance sous menace de sanctions pénales semblait peu probable. La procédure devant le Procureur général devait ainsi être considérée comme étant terminée et il appartenait à la recourante de déposer une requête en contestation en matière d'exécution forcée devant le Tribunal de première instance, ce qu'elle n'a d'ailleurs pas manqué de faire le 17 juillet 2008.
En constatant, le 11 juin 2008, que la Banque avait satisfait à l'ordonnance du 11 novembre 2004 et en rejetant "comme étant devenue sans objet" la requête en exécution déposée par la recourante, le Procureur général a rendu une nouvelle décision sur un point qui n'était pas de sa compétence au regard de l'arrêt du Tribunal fédéral précité. En tant que la recourante entend obtenir de lui qu'il ordonne à la Banque de répondre à son questionnaire du 2 mars 2005 - antérieur à l'arrêt du Tribunal de céans - et qu'elle reprend cette même conclusion dans les recours qu'elle exerce contre l'arrêt rendu par la Cour de justice le 12 mars 2009, les recours déposés contre l'ordonnance rendue 11 juin 2008 par le Procureur général sont par conséquent d'emblée irrecevables.
3. II. Recours contre la décision de la Cour de justice
3.1 Le présent litige a trait à l'exécution forcée d'un jugement exécutoire. A teneur de l'art. 72 al. 2 let. b ch. 1 LTF, les décisions sur la reconnaissance et l'exécution de décisions ainsi que sur l'entraide en matière civile sont sujettes au recours en matière civile. Cette norme a trait non seulement à la reconnaissance et à l'exécution de décisions étrangères (<ref-law>), mais aussi à l'exécution de décisions rendues en Suisse (arrêt 4A_72/2007 du 22 août 2007 consid. 2.1).
3.2 En tant que la contestation porte sur l'exécution forcée d'une ordonnance de reddition de comptes, il faut considérer le litige comme étant de nature pécuniaire, les renseignements demandés étant en effet susceptibles de fournir le fondement d'une contestation civile d'une telle nature (<ref-ruling> consid. 3b et les références citées; arrêt 4A_413/2007 du 10 décembre 2007 consid. 1.2). Conformément à la jurisprudence, le demandeur est toutefois dispensé d'en chiffrer exactement la valeur litigieuse (<ref-ruling> consid. 1b/cc p. 398 et les arrêts cités; arrêts 5A_810/2008 du 5 mai 2009 consid. 1.2; 5C.157/2003 du 22 janvier 2004 consid. 3.2, publié in SJ 2004 I 477, p. 479). Compte tenu de l'étendue de la demande de renseignements, il faut en l'espèce admettre que la valeur litigieuse de 30'000 fr. est atteinte (<ref-law>).
3.3 S'agissant des autres conditions de recevabilité, le recours en matière civile a été déposé en temps utile (art. 46 al. 1 et 100 al. 1 LTF), contre une décision finale (<ref-law>), prise en dernière instance par le Tribunal supérieur du canton de Genève (<ref-law>). Il a en outre été déposé par la partie qui a succombé dans ses conclusions devant l'autorité précédente (<ref-law>), de sorte qu'il est en principe recevable, à l'exclusion du recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>).
4. La décision attaquée concerne l'exécution d'une ordonnance de reddition de compte, laquelle ne constitue pas une mesure provisionnelle au sens de l'<ref-law> (arrêt 5A_810/2008 du 5 mai 2009 consid. 1.6; cf. également <ref-ruling> consid. 2b; arrêt 5C.235/2004 du 24 mars 2005 consid. 1.2). Les moyens de la recourante ne sont donc pas restreints à la violation de ses droits constitutionnels, avec les exigences de motivation qui s'y rapportent (<ref-law>).
Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est lié ni par les motifs invoqués par les parties ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale (cf. <ref-ruling> consid. 3.1); iI peut donc admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 in fine, 297 consid. 3.1).
5. La recourante reproche à la cour cantonale une violation des <ref-law>, 9 Cst. et 6 § 1 CEDH.
5.1 La cour cantonale a essentiellement relevé que la Banque avait procédé à plusieurs vérifications et effectué des recherches élargies, selon les critères définis par la recourante elle-même, et sur une documentation qu'elle n'était plus tenue de conserver. Si la Banque n'avait pas fourni tous les documents que la recourante attendait, cela ne signifiait pas pour autant que la Banque était ou serait en possession d'autres pièces ou informations qu'elle dissimulerait. La recourante ne fournissait d'ailleurs aucun élément permettant de retenir un tel comportement de la Banque à son détriment.
5.2 La recourante estime avant tout que la Cour de justice aurait violé l'<ref-law> en refusant d'exiger de la Banque la démonstration, par pièces, de la destruction des documents sollicités et en omettant de se prononcer sur la production de certains documents, pourtant exigée. Les héritiers se seraient ainsi trouvés dans l'impossibilité de disposer des documents utiles à la reconstitution de leurs réserves héréditaires alors que, la Banque étant seule en mesure de démontrer l'inexistence desdits documents, le fardeau de la preuve devait être mis à sa charge. Se plaignant ensuite de la violation de l'art. 9 Cst., la recourante soutient que l'autorité cantonale aurait fait preuve d'arbitraire dans l'appréciation des preuves en admettant qu'elle n'avait pas rendu vraisemblable la rétention de documents de la part de la Banque. Toujours en se fondant sur l'art. 9 Cst., elle lui reproche également de ne pas s'être prononcée sur le questionnaire qu'elle avait établi à l'intention de l'intimée et auquel celle-ci n'avait jamais répondu, ainsi que d'avoir retenu que les recherches effectuées par la Banque étaient limitées aux entités du groupe "Y._ SA", à l'exclusion d'autres entités internationales. La recourante conclut en affirmant qu'en violant les <ref-law> et 9 Cst., la cour cantonale aurait également violé l'art. 6 § 1 CEDH dans la mesure où elle aurait ainsi compromis le droit au procès équitable que les héritiers réservataires ont entamé ou entameront par la suite.
5.3 La décision ordonnant la production de renseignements et de pièces qui a acquis force de chose jugée peut faire l'objet d'une procédure d'exécution forcée, selon le droit de procédure cantonal (arrêt 5A_810/2008 du 5 mai 2009 consid. 3.1; cf., à propos de l'<ref-law>, HEINZ HAUSHEER/RUTH REUSSER/THOMAS GEISER, Commentaire bernois, 1999, n. 30 ad <ref-law>; cf. également OSCAR VOGEL/KARL SPÜHLER, Grundriss des Zivilprozessrechts, 8e éd., 2006, p. 431, n. 7; MARKUS AFFOLTER, Die Durchsetzung von Informationspflichten im Zivilprozess, 1994, p. 166 et les références). Afin de déterminer la conformité des renseignements et pièces fournis, le juge peut s'adjoindre le service d'experts. Si cela est nécessaire, il peut également administrer d'autres moyens de preuve prévus par le droit cantonal, comme l'interrogatoire de témoins ou l'inspection (HAUSHEER/REUSSER/GEISER, n. 32 ad <ref-law>). Si le juge de l'exécution peut concrétiser, préciser et déterminer plus exactement la décision prise par le juge du fond, il ne doit en revanche pas se substituer à lui et redéfinir le contenu matériel de l'obligation de produire en la complétant, voire en la modifiant (AFFOLTER, p. 170 et 173).
L'<ref-law> règle le fardeau de la preuve et le droit à la preuve pour les prétentions fondées sur le droit privé fédéral (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 3.2.2; <ref-ruling> consid. 2a p. 522; <ref-ruling> consid. 2b, 315 consid. 4a), et ce pour la procédure conduisant à la décision au fond; savoir si cette disposition trouve également application pour l'exécution de la décision condamnant le débiteur à produire certains documents n'a pas à être examinée plus avant en l'espèce. A teneur de l'ordonnance à exécuter, la Banque était notamment condamnée à fournir à la recourante des informations relatives aux mouvements enregistrés sur les comptes dont son mari était titulaire ou ayant droit économique, ce sur une période de dix années précédant son décès. Ces informations n'étant toutefois plus sujettes à une obligation de conservation de la part de l'établissement bancaire, l'ordonnance précisait expressément que la transmission de la documentation sollicitée était soumise à la condition qu'elle soit encore en possession de la Banque. La recourante se plaint essentiellement de ce que les informations fournies seraient lacunaires, sans parvenir à démontrer l'existence d'une prétendue rétention de celles-ci à son détriment: elle se contente en effet de réitérer, devant le Tribunal de céans, les soupçons qu'elle nourrit à l'égard de la Banque et qu'elle a déjà exprimés, sans succès, devant les instances précédentes. En l'absence d'une telle preuve, elle se heurte donc à la teneur même de l'ordonnance, qui limite la transmission d'informations à la condition que l'établissement bancaire en soit encore détenteur. Il en est de même s'agissant du questionnaire établi par la recourante à l'intention de l'intimée, celui-ci constatant le caractère prétendument incomplet des informations transmises. Enfin, la limitation des recherches aux entités du groupe "Banque Y._ SA en Suisse" ressort précisément de l'ordonnance de reddition de comptes, ce que la recourante ne parvient pas à réfuter par ses critiques, au demeurant peu compréhensibles. En rejetant sur ce point l'appel interjeté par la recourante dans le cadre de l'exécution de l'ordonnance du 11 novembre 2004, la Cour de justice est ainsi demeurée dans les limites tracées par celle-ci; elle n'avait pas en effet à élargir les obligations que cette décision imposait à l'intimée, comme le demandait indirectement la recourante. Le grief de la recourante lié à violation de l'art. 6 § 1 CEDH devient par conséquent sans objet.
6. En conclusion, le recours en matière civile et le recours constitutionnel subsidiaire déposés contre l'ordonnance du Procureur général du 11 juin 2008 doivent être déclarés irrecevables, aux frais de leur auteur (<ref-law>). Le recours en matière civile déposé contre l'arrêt de la Cour de justice du 12 mars 2009 doit être rejeté et le recours constitutionnel subsidiaire déclaré irrecevable. Les frais relatifs à ces recours seront mis à la charge de la recourante (<ref-law>). Aucun dépens n'est accordé à l'intimée qui n'a pas été invitée à répondre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière civile et le recours constitutionnel subsidiaire contre l'ordonnance du Procureur général du 11 juin 2008 sont irrecevables (5A_479/2008).
2. Le recours constitutionnel subsidiaire contre l'arrêt de la Cour de justice du 12 mars 2009 est irrecevable (5A_297/2009).
3. Le recours en matière civile contre l'arrêt de la Cour de justice du 12 mars 2009 est rejeté (5A_297/2009).
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice du canton de Genève et au Procureur général du canton de Genève.
Lausanne, le 11 août 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: de Poret