Faits:
A. H._ a travaillé à l'Ecole Y._; à la fin des rapports de travail (en 1999), l'avoir de prévoyance de l'intéressé a été transféré sur un compte de libre passage auprès de l'Institution X._. Au mois de juin 2000, H._ a signé un contrat de travail avec la société Z._ SA, où il a travaillé du 1er août 2000 jusqu'au mois de novembre 2002. Le 25 juillet 2000, il a signé un formulaire intitulé « Demande de transfert du capital de libre passage », sans remplir la rubrique « Raison sociale et adresse de la nouvelle institution de prévoyance ». La demande était accompagnée d'un bulletin de versement au nom de S._, administrateur de Z._ SA, avec l'indication manuscrite « pour le compte » suivi du timbre de « Z._ SA ». L'avoir de libre passage a été versé par l'Institution X._ sur le compte indiqué par le bulletin de versement. S._ n'a jamais fait suivre cet avoir à une institution de prévoyance reconnue et a utilisé l'argent pour procéder à divers investissements. Les tentatives de H._ en vue de recouvrer le montant de sa prestation de libre passage auprès de celui-ci se sont avérées par la suite infructueuses.
B. Le 25 août 2005, H._ a ouvert action contre l'Institution X._ devant la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud. Il a conclu à ce que l'institution de libre passage soit condamnée à payer la somme de 394'580 fr. 60, subsidiairement 318'219 fr. 20, avec intérêt à 5 % dès le 1er juillet 2004, sur le compte de prévoyance ouvert auprès de l'institution de prévoyance de son employeur actuel. Par jugement du 23 mars 2009, la juridiction cantonale a condamné l'Institution X._ à verser sur le compte de l'assuré auprès de la Caisse de pensions V._ la somme de 318'219 fr. 20 avec intérêt à 4 % l'an du 4 août 2000 au 31 décembre 2002, 3,25 % du 1er janvier au 31 décembre 2003, 2,25 % du 1er janvier au 31 décembre 2004, 2,5 % du 1er janvier au 24 août 2005, 3,5 % du 25 août 2005 au 31 décembre 2007, 3,75 % du 1er janvier au 31 décembre 2008 et 3 % à compter du 1er janvier 2009.
C. L'Institution X._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut principalement au rejet de la demande, subsidiairement à l'admission partielle de la demande à concurrence d'un montant à fixer à dire de justice et très subsidiairement au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouveau jugement au sens des considérants.
H._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le litige porte sur la question de savoir si l'institution recourante peut être tenue de verser une seconde fois le montant de la prestation de libre passage de l'intimé.
2. 2.1 Les premiers juges ont considéré que la responsabilité contractuelle de l'institution recourante était engagée par un comportement constitutif d'une négligence et qu'elle était tenue en conséquence de réparer le dommage causé à l'intimé. Elle ne s'était en effet pas assurée que le titulaire du compte sur lequel elle avait versé la prestation de libre passage de l'intimé était celui d'une institution de prévoyance, alors qu'une simple vérification au registre du commerce aurait suffi. Le formulaire signé par l'assuré le 25 juillet 2000 mentionnait d'ailleurs que le transfert du capital de prévoyance n'était possible que si la rubrique « Raison sociale et adresse de la nouvelle institution de prévoyance » était remplie. En pareilles circonstances, compte tenu du devoir de diligence accru qui incombait à l'institution de prévoyance, il importait peu que l'assuré ait remis lui-même un bulletin de versement à la recourante.
2.2 L'institution recourante fait grief aux premiers juges de n'avoir pas considéré que le paiement opéré avait eu un effet libératoire à son encontre, dans la mesure où l'assuré avait personnellement communiqué l'adresse de paiement et remis un bulletin de versement avec l'adresse manuscrite de Z._ SA. A tout le moins, elle reproche à la juridiction cantonale de n'avoir pas reconnu que l'assuré s'était fait l'auteur d'une faute concomitante, dans la mesure où il était à l'origine du paiement et où il n'avait réagi que très tardivement au transfert. Pour finir, elle observe que les premiers juges n'ont pas examiné deux moyens qu'elle avait invoqués en procédure cantonale, à savoir l'exception de compensation et l'interdiction de l'abus de droit.
3. Dans un grief qu'il convient d'examiner en premier lieu, l'institution recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue pour défaut de motivation du jugement entrepris, en tant que celui-ci n'aurait pas examiné les moyens libératoires qu'elle avait invoqués.
3.1 La jurisprudence a déduit du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) le devoir pour le juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et exercer son droit de recours à bon escient. Pour répondre à ces exigences, le juge doit mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté même si la motivation présentée est erronée. La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêt 2C_23/2009 du 25 mai 2009 consid. 3.1, publié in RDAF 2009 II p. 434). En revanche, une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 2 Cst. si elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (cf. <ref-ruling> consid. 5.2 p. 248; <ref-ruling> consid. 2b p. 102; <ref-ruling> consid. 2a p. 441).
3.2 En l'espèce, alors même que l'institution recourante avait invoqué une éventuelle faute concomitante de l'assuré, soulevé l'exception de compensation et dénoncé ce qu'elle considérait être un abus de droit commis par l'assuré, les premiers juges n'ont pas examiné ces moyens. En ne discutant pas les griefs valablement présentés par la recourante, alors qu'ils n'étaient pas, de prime abord, dépourvus de pertinence pour l'issue du litige, ceux-ci ont commis un déni de justice formel au sens de l'art. 29 al. 1 Cst. Il y a dès lors lieu de constater que le jugement entrepris ne permet pas un examen exhaustif de la cause par le Tribunal fédéral. Pour ce motif déjà et eu égard à la nature formelle du grief invoqué (<ref-ruling> consid. 3d/aa p. 437), il convient d'admettre le recours, d'annuler le jugement attaqué et de renvoyer la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle reprenne l'examen de la demande et statue à nouveau sur celle-ci.
4. Vu l'issue du litige, les frais de justice doivent en principe être supportés par l'intimé qui succombe (art. 66 al. 1, première phrase, LTF en relation avec l'<ref-law>). Compte tenu cependant de la violation qualifiée dans l'application des règles de droit par la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal, les frais judiciaires sont mis à la charge du canton de Vaud (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5 p. 407 et les références). Quant à l'institution recourante, elle ne saurait prétendre des dépens, aucuns dépens n'étant alloués aux organisations chargées de tâches de droit public (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud du 23 mars 2009 est annulé. La cause est renvoyée à la juridiction de première instance pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du canton de Vaud.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 12 août 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Piguet