(Staats- und Gemeindesteuern 1997), hat sich ergeben:
A.- Gemäss § 91 der Verfassung des Kantons Thurgau vom 16. März 1987 (KV; SR 131. 228) sind die evangelisch-reformierte und die römisch-katholische Religionsgemeinschaft anerkannte Landeskirchen des öffentlichen Rechts. Sie gliedern sich in Kirchgemeinden mit eigener Rechtspersönlichkeit (§ 93 Abs. 1 KV). Laut § 93 Abs. 2 KV können die Kirchgemeinden "für die Erfüllung der Kultusaufgaben innerhalb von Kirchgemeinden, Landeskirchen und Religionsgemeinschaft im Rahmen der konfessionellen Gesetzgebung Steuern in Form von Zuschlägen zu den Hauptsteuern erheben".
Nach § 222 des thurgauischen Gesetzes vom 14. September 1992 über die Staats- und Gemeindesteuern (Steuergesetz; StG) können die Munizipal-, Orts-, Schul- und Kirchgemeinden Gemeindesteuern in Prozenten der einfachen Steuer erheben (Abs. 1); sie bestimmen jährlich den Steuerfuss (Abs. 2). Gemäss § 224 Abs. 1 StG haben die juristischen Personen sowohl den evangelischen als auch den katholischen Kirchgemeinden Steuern zu entrichten.
B.- Die M._AG in A._ wurde für die Veranlagungsperiode 1997 mit einer einfachen Kapital- und Ertragssteuer von gesamthaft Fr. 1._ veranlagt. Das Gemeindesteueramt A._ auferlegte ihr in der Folge Kirchensteuern von Fr. 2._ bzw. Fr. 3._.
Der von der M._AG hiegegen erhobene Rekurs wurde von der Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau am 19. August 1998 und die gegen diesen Rekursentscheid eingereichte Beschwerde vom Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau am 24. Februar 1999 abgewiesen.
C.- Mit Eingabe vom 26. April 1999 hat die M._AG beim Bundesgericht staatsrechtliche Beschwerde eingereicht mit dem Antrag:
"1. Der Beschwerdeentscheid des Verwaltungsgerichtes des Kantons Thurgau vom 24.02.1999 sowie die ihm zugrunde liegende Steuerrechnung des Gemeindesteueramtes A._ vom 20.10.1997 seien vollumfänglich aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen;
2. Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten des Kantons Thurgau. "
D.- Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau (im Folgenden: Verwaltungsgericht) schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau hat sich nicht vernehmen lassen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der bei ihm eingereichten Beschwerden von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1a S. 414, mit Hinweisen).
a) Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts stellt einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid dar, gegen den nur die staatsrechtliche Beschwerde gegeben ist (vgl. Art. 84 Abs. 2, Art. 86 Abs. 1 und Art. 87 OG). Die Beschwerde ist hingegen unzulässig, soweit sie sich gegen den unterinstanzlichen Entscheid des Gemeindesteueramtes richtet (vgl. <ref-ruling> E. 1a/aa S. 493 f., mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin ist als Betroffene gemäss Art. 88 OG zur Beschwerdeführung legitimiert. Unter Berücksichtigung des Stillstands der Fristen während der Ostertage wurde die Beschwerde rechtzeitig erhoben (Art. 89 in Verbindung mit Art. 34 Abs. 1 lit. a OG).
b) Die staatsrechtliche Beschwerde ist - von hier nicht zutreffenden Ausnahmen abgesehen - rein kassatorischer Natur (vgl. <ref-ruling> E. 1b S. 107; <ref-ruling> E. 5a S. 96, je mit Hinweisen). Soweit die Beschwerdeführerin mehr verlangt als die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Entscheides, ist darauf nicht einzutreten.
2.- a) Die Beschwerdeführerin rügt einen Verstoss gegen Art. 4 aBV durch Verletzung des Legalitätsprinzips und macht geltend, gestützt auf § 93 Abs. 2 KV seien ausschliesslich die Kirchgemeinden zur Erhebung der Kirchensteuern zuständig. Der Grosse Rat des Kantons Thurgau sei nicht zum Erlass von § 224 StG kompetent gewesen. Sowohl nach dem Wortlaut von § 93 Abs. 2 KV wie nach systematischen Gesichtspunkten liege die Kompetenz zur Erhebung von Kirchensteuern, mithin die Steuerhoheit, eindeutig bei den Kirchgemeinden; dies schliesse regelmässig auch die Kompetenz zur Rechtsetzung ein.
b) Ob und in welchem Umfang den Gemeinden im Bereich der Steuern Rechtsetzungsbefugnisse zukommen, wird durch die kantonale Verfassung und Gesetzgebung bestimmt. Eine autonome, unmittelbar auf der Verfassung beruhende Rechtsetzungsbefugnis der Gemeinden kommt im Steuerrecht selten vor. Vielmehr bestimmt in der Regel die kantonale Gesetzgebung, welche Steuern von den Gemeinden erhoben werden dürfen, wobei es sich zumeist um Zuschläge zur Staatssteuer handelt (Ernst Höhn/Robert Waldburger, Steuerrecht, Band I, 8. Aufl. 1997, § 4 Rz. 37-39). Zwar gehört die Befugnis der Gemeinde, ihre finanziellen Angelegenheiten selbständig zu ordnen, zur Gemeindeautonomie, doch steht ihr die Steuerhoheit in der Regel nicht aufgrund ihrer Autonomie zu, sondern nur nach Massgabe des kantonalen Rechts (abgeleitete Steuerhoheit; Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 3. Aufl. 1998, Rz. 1127; vgl. auch Felix Richner/Walter Frei/Barbara Weber/Hans R. Brütsch, Zürcher Steuergesetz, Kurzkommentar, 2. Aufl. 1997, N. 3 der Vorbemerkungen zu §§ 135-184).
So verhält es sich auch im Kanton Thurgau: Zum einen haben die politischen Gemeinden und die Schulgemeinden das Recht, Steuern in Form von Zuschlägen zu den Hauptsteuern zu erheben (§ 85 Abs. 2 KV). Dies - und nicht mehr - können zum anderen auch die Kirchgemeinden tun (vgl. § 93 Abs. 2 KV). Wie die politischen und die Schulgemeinden verfügen sie damit nicht über eine eigene Steuerhoheit. Die Gemeinden können nämlich nur Zuschläge - diese aber autonom - zu den Hauptsteuern des Kantons erheben, während der Kanton das formelle und das materielle Recht abschliessend erlässt (Philipp Stähelin, Wegweiser durch die Thurgauer Verfassung, 1991, § 85 N. 4, § 93 N. 6). Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist der (kantonale) Gesetzgeber folglich befugt, den Umfang des Besteuerungsrechts der Kirchgemeinden zu bestimmen (Philipp Stähelin, a.a.O., § 93 N. 6). Der Zusatz bei § 93 Abs. 2 KV "im Rahmen der konfessionellen Gesetzgebung" vermag daran nichts zu ändern, zumal er sich, wie das Verwaltungsgericht festhält, durchaus auf die Festsetzung des Steuerfusses beschränken kann. Zudem erscheint nicht ausgeschlossen, dass sich dieser Zusatz auf die "Erfüllung der Kultusaufgaben" bezieht. Mithin verstösst § 224 StG, der die Kirchensteuern juristischer Personen regelt, nicht gegen das Legalitätsprinzip.
c) Im Gegensatz zur Meinung der Beschwerdeführerin gehören die thurgauischen Kirchgemeinden zu den Gebietskörperschaften, auch wenn sie neben territorialen zusätzlich personale Elemente aufweisen (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 179 ; Philipp Stähelin, a.a.O., § 57 N. 3). Daher geht der Einwand fehl, die Kompetenz der Kirchgemeinden ("als Körperschaften auf rein personeller Grundlage") zur Erhebung von Kirchensteuern sei auf natürliche Personen beschränkt (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 472 ff.).
3.- Die Beschwerdeführerin stellt sich vor allem auf den Standpunkt, § 224 StG verstosse gegen Art. 49 Abs. 6 aBV. Dieser lautet wie folgt:
"Niemand ist gehalten, Steuern zu bezahlen, welche speziell für eigentliche Kultuszwecke einer Religionsgemeinschaft, der er nicht angehört, auferlegt werden. Die nähere Ausführung dieses Grundsatzes ist der Bundesgesetzgebung vorbehalten. "
a) Im angefochtenen Entscheid stützt sich das Verwaltungsgericht auf die langjährige und konstante Rechtsprechung des Bundesgerichts, wonach die Kirchensteuerpflicht juristischer Personen mit Art. 49 Abs. 6 aBV vereinbar sei. Nach dieser Praxis sei Art. 49 Abs. 6 aBV Ausfluss der in Art. 49 Abs. 1 aBV gewährleisteten Glaubens- und Gewissensfreiheit; diese stehe jedoch nur natürlichen Personen zu, weshalb sich juristische Personen, mangels einer schützenswerten religiösen Überzeugung, nicht darauf berufen könnten. Aufgrund dieser Praxis, zu der sich das Bundesgericht letztmals in <ref-ruling> ausführlich geäussert habe, könne es an der Zulässigkeit der Erhebung einer Kirchensteuer bei juristischen Personen keine Zweifel geben, und die Beschwerdeführerin bringe diesbezüglich nichts Neues vor, weshalb auf die entsprechenden Erwägungen des Bundesgerichts verwiesen werden könne.
b) Die Beschwerdeführerin wendet ein, das Bundesgericht habe sich letztmals vor über 20 Jahren mit der Kirchensteuerpflicht juristischer Personen befasst und diese damals "gegen den Widerstand einer verbreiteten Lehrmeinung" geschützt. Seither sei dieser Steuerpflicht aus der Lehre noch bedeutend mehr Ablehnung erwachsen. Unter Berufung auf das Erfordernis einer zeitgemässen Verfassungsauslegung macht die Beschwerdeführerin weiter geltend, "dass sich die Auffassung der Allgemeinheit über das Verhältnis von Staat und Kirche seit dem letzten publizierten Bundesgerichtsentscheid nochmals wesentlich verändert hat", was durch die Zunahme der Kirchenaustritte belegt werde. Auch beschränkten sich die Kirchen heute auf Kultusaufgaben im engeren Sinn, die von ihnen früher wahrgenommenen Aufgaben im Sozialbereich seien auf den Staat übergegangen. Zudem habe die territoriale Grundlage für sich allein genommen keine Berechtigung mehr. Dies zeige sich darin, dass bereits über ein Viertel der Kantone keine Kirchensteuerpflicht mehr kennen würden, und werde durch die Botschaft des Bundesrates zur neuen Bundesverfassung mit ihrem Schwergewicht auf den individualrechtlichen Aspekten der Religionsfreiheit bestätigt. Weiter sei zu beachten, dass die hinter den juristischen Personen stehenden natürlichen Personen durch die Belastung des Geschäftsvermögens mit Kultussteuern indirekt in ihrer Glaubens- und Gewissensfreiheit verletzt würden. Schliesslich hält die Beschwerdeführerin fest, die bisherige Praxis des Bundesgerichts sei mit dem heutigen Verständnis der Glaubens- und Gewissensfreiheit nicht vereinbar und daher verfassungswidrig.
4.- a) Das Bundesgericht hat seit 1878 in ständiger Praxis die Verfassungsmässigkeit der Kirchensteuerpflicht juristischer Personen bejaht (vgl. zur Entwicklung der Rechtsprechung Ulrich Häfelin, in Kommentar zur Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 29. Mai 1874, Art. 49, Rz. 96 ff.; Peter Karlen, Das Grundrecht der Religionsfreiheit in der Schweiz, Diss. Zürich 1988, S. 362 ff.). Das in <ref-ruling> publizierte Urteil vom 6. Oktober 1976 hielt es "in einer Zeit starker gesellschaftlicher Wandlungen" für angezeigt, "dass das Bundesgericht seine seit 1878 vertretene Interpretation von Art. 49 Abs. 6 BV grundsätzlich neu überprüft und untersucht, ob neue Argumente und Erkenntnisse eine Aufgabe der bisherigen Rechtsprechung zu rechtfertigen vermögen" (dortige E. 2c). Entsprechend setzte sich das Bundesgericht in diesem Entscheid mit den Argumenten, die in der Doktrin gegen die Heranziehung juristischer Personen zur Kirchensteuer angebracht wurden, auseinander, doch hielt es an der bisherigen Rechtsprechung fest: Dem historischen Verfassungsgeber sei es ausschliesslich darum gegangen, natürliche Personen gegen die Besteuerung durch eine Religionsgemeinschaft zu schützen, der sie nicht oder nicht mehr angehören. Art. 49 Abs. 6 aBV bestimme demnach rein negativ, dass die nicht zur steuerberechtigten Kirche gehörende natürliche Person wegen der ihr zustehenden Glaubens- und Gewissensfreiheit nicht zur Bezahlung von Kirchensteuern verpflichtet werden dürfe, schaffe aber nicht ein positives Erfordernis der Kirchenzugehörigkeit als verfassungsrechtliche Voraussetzung für die Erhebung der Kirchensteuer. Diese restriktive Auslegung von Art. 49 Abs. 6 aBV, die juristische Personen nicht erfasse, sei auch auf dem Hintergrund der öffentlichrechtlichen Stellung der anerkannten und mit der Befugnis zur Steuererhebung ausgestatteten Kirchen zu sehen. Der Verfassungsgeber habe den Kantonen nicht verbieten wollen, das Kirchenwesen als eine öffentliche Aufgabe zu betrachten, es aus den allgemeinen Mitteln des Staates zu finanzieren (Staatskirchen) oder die Gemeinden anerkannter Landeskirchen als Gebietskörperschaften auszugestalten, die analog den politischen Gemeinden ihre finanziellen Bedürfnisse durch Erhebung voraussetzungsloser Abgaben (Steuern) von den ihrer Gebietshoheit unterworfenen Steuerpflichtigen befriedigen können. Dann aber dürften auch die im Gebiet der Kirchgemeinde domizilierten juristischen Personen zur Kirchensteuer herangezogen werden, und es dränge sich auf, Art. 49 Abs. 6 aBV wie bisher restriktiv als eine sich aus der Glaubens- und Gewissensfreiheit ergebende Schutznorm gegenüber natürlichen Personen auszulegen. Die Kritik an der Rechtsprechung, die eine Kirchensteuerpflicht auf rein personeller Grundlage postuliere und dabei den strukturellen Hintergrund nicht beachte, dürfte einem gewandelten Verständnis der Kirchen entsprechen. Rechtspolitische Gründe, die sich für eine andere Konzeption von Kirchgemeinde und Landeskirche ins Feld führen liessen, seien jedoch nicht geeignet, die Aufgabe der bisherigen Praxis zu rechtfertigen, welche mit der herkömmlichen, bis jetzt nicht grundlegend geänderten Rechtsnatur öffentlichrechtlicher Kirchgemeinden im Einklang stehe (<ref-ruling> E. 3 S. 472 ff.). Dem Einwand, hinter der juristischen Person ständen natürliche Personen, die durch die Besteuerung des Gesellschaftsvermögens mit Kultussteuern indirekt in ihrer Glaubens- und Gewissensfreiheit verletzt sein könnten, mass das Bundesgericht ein gewisses Gewicht für kleinere, in Form einer juristischen Person organisierte Unternehmungen bei.
Es räumte ein, dies vermöge bei der heutigen Ausgestaltung der Individualrechte nicht ganz zu befriedigen. Wer aber einen Teil seines Vermögens rechtlich von seiner Person trenne und als juristische Person verselbständige, müsse neben den Vorteilen dieser Gestaltung auch die Nachteile in Kauf nehmen. Auch sei zu beachten, dass Art. 49 Abs. 6 aBV nur die speziellen Kultussteuern, nicht aber jede Verwendung von Steuern Andersgläubiger oder Konfessionsloser für die Zwecke einer Kirche, der sie nicht angehören, verbieten wolle. Es sei nicht Sache des Verfassungsrichters, dieser Vorschrift in Änderung einer bald hundertjährigen Praxis gestützt auf die Annahme gewandelter Auffassungen eine grössere Tragweite zu geben, obschon das Kirchenrecht der Kantone sich auch in neuerer Zeit weitgehend im herkömmlichen Rahmen entwickelt habe. Zudem bestehe bereits eine wichtige Ausnahme: Juristische Personen, die selber religiöse oder kirchliche Zwecke verfolgten, könnten gemäss <ref-ruling> nicht verpflichtet werden, an andere Religionsgemeinschaften Kultus- oder Kirchensteuern zu entrichten (<ref-ruling> E. 4 S. 475 ff.).
Die Europäische Kommission für Menschenrechte trat mit Entscheid vom 27. Februar 1979 auf die gegen dieses Urteil erhobene Beschwerde nicht ein mit der Begründung, eine juristische Person mit wirtschaftlichem Geschäftszweck komme weder in den Genuss des angerufenen Art. 9 EMRK noch könne sie sich darauf berufen (in Décisions et rapports 16 S. 85 f.; auch in VPB 47/1983 Nr. 190).
b) Die Lehre steht der Rechtsprechung des Bundesgerichts von jeher grossenteils ablehnend gegenüber. Dieses hat sich damit in <ref-ruling> eingehend auseinander gesetzt (vgl. dort Hinweise in E. 2a, wo auch die zustimmenden Autoren aufgeführt werden). Die Kritik ist indessen nicht verstummt. Dabei werden im Wesentlichen die Argumente wiederholt, mit denen sich das Bundesgericht im erwähnten Entscheid bereits befasst hat.
Vor allem wird betont, dass hinter den juristischen Personen natürliche Personen ständen, und es sei grundrechtlich unhaltbar, diesen und deren Religionsfreiheit nicht Rechnung zu tragen (vgl. Ulrich Häfelin, a.a.O., Art. 49, Rz. 102; Andreas Kley, Der Grundrechtskatalog der nachgeführten Bundesverfassung - ausgewählte Neuerungen, in ZBJV 135/1999 S. 301 ff., insbes. S. 337; Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, 1999, S. 101; ders. , Die staatsrechtliche Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 1976, in ZBJV 114/1978 S. 49 ff., insbes. S. 65 f., wo zu <ref-ruling> gesagt wird, das Bundesgericht hätte prüfen müssen, wie weit es seine Aufgabe gewesen wäre, den grundrechtlichen Gehalt von Art. 49 Abs. 1 aBV und von Art. 9 EMRK "auch gegen erhärtete Strukturen unseres Landeskirchenrechts zum Tragen zu bringen"). Nach Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des Steuerrechts, 5. Aufl. 1995, S. 50, steht die Kirchensteuerpflicht in unlösbarer Verbindung mit der Persönlichkeit des Menschen und kann daher der Natur der Sache nach nur natürlichen Personen zukommen (ähnlich Daniel Pache, Les impôts ecclésiastiques, Diss. Lausanne 1981, S. 57). Als stossend wird namentlich auch empfunden, dass die juristischen Personen mit dem Tätigkeitsbereich der Kirchen wenig zu tun hätten; eine Gleichstellung mit den politischen Gemeinden rechtfertige sich nicht und aus Art. 49 Abs. 6 aBV lasse sich nicht der Schluss ziehen, für Kirchensteuern gelte das Territorialprinzip (vgl. Ulrich Häfelin, a.a.O., Art. 49, Rz. 101). Der Entstehungsgeschichte könne heute keine grosse Verbindlichkeit zuerkannt werden, und die Auslegung müsse berücksichtigen, dass das Verständnis der Kirchen sich gewandelt habe; Kirchgemeinden und Landeskirche würden mehr und mehr als auf rein personeller Grundlage beruhende Personenverbände aufgefasst (vgl. Ulrich Häfelin, a.a.O., Art. 49, Rz. 101 und 103). Nach Peter Karlen (a.a.O., S. 366 f.) lässt sich bei der Religionsfreiheit die Frage der Grundrechtsträgerschaft juristischer Personen nicht kategorisch bejahen oder verneinen, sondern sie ist vom in Frage stehenden Teilgehalt abhängig; die Berufung auf den sich aus der Religionsfreiheit ergebenden Grundsatz von Art. 49 Abs. 6 aBV setze beim Ansprecher keinerlei positive Glaubensbetätigung voraus. Deshalb stehe er auch den juristischen Personen zu.
5.- Die von der Beschwerdeführerin verlangte Aufgabe der bisherigen bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist nicht zum Vornherein ausgeschlossen. Eine Praxis ist nämlich nicht unwandelbar und muss sogar geändert werden, wenn sich erweist, dass das Recht bisher unrichtig angewendet worden ist oder eine andere Rechtsanwendung dem Sinne des Gesetzes (hier: der Verfassung) oder veränderten Verhältnissen besser entspricht. Eine Praxisänderung muss sich allerdings auf ernsthafte sachliche Gründe stützen können, die - vor allem aus Gründen der Rechtssicherheit - umso gewichtiger sein müssen, je länger die als falsch oder nicht mehr zeitgemäss erkannte Rechtsanwendung gehandhabt worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 4c/aa S. 162 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 471; <ref-ruling> E. 3c/aa S. 59, je mit Hinweisen). Ob die Voraussetzungen für eine Änderung der Rechtsprechung gegeben sind, ist im Folgenden zu prüfen.
a) Die Regelung des Gemeindewesens ist Sache der Kantone. Entsprechend sind diese frei, die Kirchgemeinden - wie der Kanton Thurgau es getan hat (siehe oben E. 2c) - als Gebietskörperschaften auszugestalten. Diesfalls aber kann die Steuerhoheit an die Gebietshoheit anknüpfen, und die Mitgliedschaft zu einer bestimmten Religionsgemeinschaft ist nicht Voraussetzung für die Kirchensteuerpflicht von juristischen Personen. Da sich diese nicht auf die Religionsfreiheit berufen können, verletzt ihre Besteuerung auch nicht Art. 49 Abs. 6 aBV. Zudem ist die Kirchensteuer als eigentliche Steuer voraussetzungslos geschuldet und somit nicht von Gegenleistungen des Gemeinwesens abhängig (vgl. hiezu Ferdinand Zuppinger, Zur Kirchensteuerpflicht juristischer Personen, in Louis Carlen (Hrsg. ), Die Kirchensteuer juristischer Personen in der Schweiz, 1988, S. 11 ff., insbes. S. 14 ff. sowie S. 20).
b) Das schweizerische Steuerrecht geht davon aus, dass die juristischen Personen, vor allem auch die Aktiengesellschaften, selbständig besteuert werden und einer besonderen Steuer unterliegen. Dies entspricht der zivilrechtlichen Ordnung, nach der die juristische Person ein eigenes, von den daran beteiligten natürlichen Personen getrenntes Dasein führt, und ist auch fiskalisch begründet, denn damit werden unter eigenem Namen und auf eigene Rechnung wirtschaftliche Zwecke verfolgt. Werden aber die juristischen Personen allgemein als selbständige Steuersubjekte behandelt, ohne dass auf die dahinter stehenden natürlichen Personen Rücksicht genommen wird, so ist nicht einzusehen, weshalb einzig und allein für die Kirchensteuer dieser Durchgriff vorzunehmen wäre (Ferdinand Zuppinger, a.a.O., S. 17 f.; Ernst Höhn/Robert Waldburger, a.a.O., § 4 Rz. 94).
c) Angesichts dieser Verschiedenheiten zwischen natürlichen Personen und juristischen Personen verstösst die Kirchensteuer der juristischen Personen auch nicht gegen das Gebot der Rechtsgleichheit, denn Verschiedenes darf verschieden behandelt werden (vgl. Ferdinand Zuppinger, a.a.O., S. 19 f.). Die betreffenden Vorbringen der Beschwerdeführerin stossen damit zum Vornherein ins Leere.
d) Der Kritik ist einzuräumen, dass der Entstehungsgeschichte von Art. 49 aBV aus heutiger Sicht kaum mehr entscheidende Bedeutung zukommt und dass sich die Ansichten bezüglich des Verhältnisses zwischen Kirche und Staat in den letzten Jahren (weiter) gewandelt haben. Massgebend ist allerdings, in welcher Richtung sich das Kirchenrecht der Kantone in dieser Zeit entwickelt hat (vgl. schon <ref-ruling> E. 4 S. 477). Weiter ist die entsprechende Regelung in der neuen Bundesverfassung vom 18. April 1999 (BV) von Interesse.
aa) In den Kantonen haben sich kaum wesentliche Änderungen ergeben. In 20 Kantonen werden von den juristischen Personen Kirchensteuern erhoben; keine solchen Abgaben erheben die Kantone Aargau, Basel-Stadt, Appenzell Ausserrhoden, Schaffhausen, Genf und Waadt, wobei der Kanton Waadt die Kultusaufgaben aus dem Ertrag der ordentlichen Steuern finanziert (vgl. Steuerinformationen der Interkantonalen Kommission für Steueraufklärung "Die Kirchensteuern", Ausgabe Dezember 1999, S. 4, 14 und 21; Ferdinand Zuppinger, a.a.O., S. 21; Johann Georg Fuchs, Die Kirchensteuerpflicht juristischer Personen als Unterstützung der Volkskirchen, in Louis Carlen (Hrsg. ), a.a.O., S. 25 ff., insbes. S. 28). Dabei fällt ins Gewicht, dass - wie in <ref-ruling> E. 2b S. 471 erwähnt - die Kantone Graubünden und Nidwalden die Besteuerung juristischer Personen in der Kantonsverfassung verankert haben und die Bundesversammlung diesen Verfassungen die Gewährleistung erteilt hat; seit 1986 gilt dies auch für den Kanton Basel-Landschaft (§ 140 Abs. 2 der Verfassung des Kantons Basel-Landschaft vom 17. Mai 1984, SR 131. 222.2; Gewährleistungsbeschluss vom 11. Juni 1986, BBl 1986 II 681).
bb) Es fragt sich, ob die am 1. Januar 2000 in Kraft getretene Bundesverfassung vom 18. April 1999 Änderungen gebracht hat, die in eine erneute Prüfung der Kirchensteuer juristischer Personen einzubeziehen sind.
Art. 15 BV regelt die Glaubens- und Gewissensfreiheit und lautet wie folgt:
1 Die Glaubens- und Gewissensfreiheit ist gewährleistet.
2 Jede Person hat das Recht, ihre Religion und ihre weltanschauliche Überzeugung frei zu wählen und allein oder in Gemeinschaft mit anderen zu bekennen.
3 Jede Person hat das Recht, einer Religionsgemeinschaft beizutreten oder anzugehören und religiösem Unterricht zu folgen.
4 Niemand darf gezwungen werden, einer Religionsgemeinschaft beizutreten oder anzugehören, eine religiöse Handlung vorzunehmen oder religiösem Unterricht zu folgen.
Eine Art. 49 Abs. 6 aBV entsprechende Regelung ist darin nicht enthalten. Die bundesrätliche Botschaft vom 20. November 1996 über eine neue Bundesverfassung hielt diesbezüglich - zum damaligen Art. 13 des Entwurfs, der vom Wortlaut her mit Art. 15 BV übereinstimmt - fest, diese lasse "sich aus Absatz 1 der vorliegenden Bestimmung ableiten" (BBl 1997 I 157). Dem Bundesrat erschien gemäss BBl 1997 I 111 lediglich eine Gesetzesanpassung nötig: "Artikel 49 Absatz 6 BV muss in die Bundesgesetzgebung aufgenommen werden (DBG, SR 642. 11; evtl. StHG, SR 642. 14)."
In der parlamentarischen Beratung ergaben sich keine Modifikationen. Aus den Vorarbeiten der Verfassungskommissionen des Stände- und Nationalrats geht im Übrigen hervor, dass an der Kirchensteuer für juristische Personen nichts geändert, insbesondere das Bundesgericht nicht zur Aufgabe seiner ständigen Praxis gezwungen werden sollte; auch die Verwendung des Personenbegriffs in Art. 15 Abs. 2 und 3 BV ("jede Person") wurde insoweit nicht im Sinne eines Abweichens von der bisherigen Rechtsprechung verstanden.
e) Im Hinblick auf die Verhältnisse in den Kantonen sowie mit Rücksicht auf das Ergebnis der Totalrevision der Bundesverfassung besteht somit kein Anlass, die nunmehr weit über 100 Jahre alte Praxis des Bundesgerichts zur Kirchensteuer juristischer Personen zu ändern. Eine Änderung der Rechtsprechung wäre für die Landeskirchen und die Kirchgemeinden, aber auch für die Kantone selber, mit weitreichenden Folgen verbunden (vgl. Ferdinand Zuppinger, a.a.O., S. 24). Dieser Gesichtspunkt mag zwar eher rechtspolitischer Natur sein; er kann indes bei der Gesamtwürdigung, ob und in welchem Umfang sich die Verhältnisse gewandelt haben, nicht unbeachtet gelassen werden. Den Kantonen selber bleibt nicht verwehrt, ihre bestehenden Regelungen zu revidieren. Hingegen ist es (weiterhin) nicht Sache des Bundesgerichts, dies als Verfassungsrichter für 20 Kantone zu tun (vgl. in diesem Zusammenhang Peter Karlen, a.a.O., S. 368). Vom zuletzt publizierten Bundesgerichtsentscheid von 1976 (<ref-ruling>) ausgehend, sind seither keine neuen ernsthaften sachlichen Gründe für eine Praxisänderung aufgetreten bzw. geltend gemacht worden. Insbesondere hat der Bundesgesetzgeber, trotz eines entsprechenden Vorbehalts in Art. 49 Abs. 2 Satz 2 aBV, keine - auch nicht im Zuge der Steuerharmonisierung - auf einen Wandel gerichtete Regelungen getroffen. Ebenso unterblieb dies bei der Nachführung der Bundesverfassung.
6.- Die Beschwerdeführerin macht schliesslich eine Verletzung der in Art. 31 aBV (vgl. Art. 27 BV) garantierten Handels- und Gewerbefreiheit geltend: Sie erleide einen Wettbewerbsnachteil, indem sie sich der Kirchensteuerpflicht nicht entledigen könne, während ein Einzelunternehmer diese Möglichkeit habe.
Art. 31 aBV behält in Abs. 2 kantonale Bestimmungen über die Ausübung von Handel und Gewerbe und deren Besteuerung vor, doch dürfen sie, soweit die Bundesverfassung nichts anderes vorsieht, den Grundsatz der Handels- und Gewerbefreiheit nicht beeinträchtigen. Aus Art. 31 aBV wird der Grundsatz der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen abgeleitet (vgl. <ref-ruling> E. 10 S. 35, 385 E. 11 S. 401; <ref-ruling> E. 3b S. 132, 279 E. 4a S. 285, je mit Hinweisen).
Unzulässig sind besondere Gewerbesteuern, wenn sie prohibitiv oder protektionistisch sind (vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 199; ASA 49 345 E. 4a S. 352). Die Kirchensteuer stellt keine spezielle Gewerbesteuer dar, sondern trifft alle juristischen Personen in gleicher Weise. Die unterschiedliche Behandlung gegenüber der Einkommenssteuerpflicht unterliegenden Einzelunternehmern, die sich auf den Grundsatz der Religionsfreiheit berufen können, ist gemäss den Ausführungen in E. 5b/c gerechtfertigt. Entscheidet sich jemand für die Rechtsform der juristischen Person statt des Betriebs eines Einzelunternehmens, um sich die daraus ergebenden Vorteile zu ziehen, kann er konsequenterweise nicht verlangen, bei der Kirchensteuer wie ein Einzelunternehmen behandelt zu werden.
7.- Damit erweist sich die vorliegende Beschwerde als unbegründet, soweit auf sie eingetreten werden kann.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Es besteht kein Grund, gemäss Art. 154 OG von Gerichtsgebühren abzusehen. Ob hier noch die alte Fassung dieser Bestimmung gilt, die für eine sich auf Art. 49 Abs. 1-5 aBV beziehende Auseinandersetzung Kostenfreiheit vorsah, oder bereits die am 1. März 2000 in Kraft getretene Fassung (AS 2000 417 f.), braucht nicht entschieden zu werden, da nach beiden Fassungen kein Ausnahmetatbestand erfüllt ist. Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (vgl. Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 6'000. -- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin sowie der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 13. Juni 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: