Sachverhalt:
A. Am 22. Oktober 2003 wurde über den Nachlass von Z._ der Konkurs eröffnet. Am 23. September 2004 meldete X._ (nachfolgend: Beschwerdeführerin) dem Konkursamt des Kantons Thurgau das "Eigentum event. Eigentumsanteil event. faustpfandgesicherte Forderung in Höhe von Fr. 25'000.--" am Segelschiff "A._" sowie eine Forderung gemäss Konkursverlustschein des Konkursamts B._ vom 21. Juli 2000 im Betrag von Fr. 27'753.85, ursprünglich lautend auf die Bank W._, an. Zur Begründung brachte die Beschwerdeführerin unter anderem vor, Z._ habe ihr am 4. Januar 1995 das ganze Boot zu Eigentum abgetreten, nachdem zu den ursprünglichen Darlehen von Fr. 25'000.-- eine Bankbürgschaft hinzugekommen sei, welche sie zugunsten von Z._ eingegangen sei. Nachdem sie die Bank habe schadlos halten müssen, sei ihr von dieser der Verlustschein abgetreten worden. Mit Bezug auf ihr ganzes oder anteiliges Eigentum oder eventuell Faustpfandrecht am Segelschiff sei darauf hinzuweisen, dass sie - wie zuvor Z._ - jederzeit Zugriff auf das Schiff gehabt habe.
Mit Schreiben vom 8. März 2006 ersuchte die Beschwerdeführerin das Konkursamt gestützt auf die Abtretungserklärung vom 4. Januar 1995 und damit das behauptete Eigentum um Freigabe des Schiffs, wobei sie offen liess, ob angesichts der derzeitigen Sachlage überhaupt von einem Konkursbeschlag gesprochen werden könne.
Am 4. Februar 2008 eröffnete das Konkursamt den Parteien das Inventar, in welches das Segelschiff keinen Eingang gefunden hatte, und legte den Kollokationsplan auf.
B. Mit Eingabe vom 14. Februar 2008 erhob die Beschwerdeführerin beim Obergericht des Kantons Thurgau Beschwerde mit folgenden Anträgen:
"1. Es sei das Inventar durch Aufnahme des Segelschiffs A._ und Vormerknahme des Eigentumsanspruchs mit Bezug auf das Schiff A._ seitens X._ (...) zu ergänzen.
2. Eventuell sei das Konkursamt anzuweisen, die Korrekturen des Inventars gemäss Ziffer 1 vorzunehmen.
3. Mit Bezug auf das Verfahren seien die Konkursakten vom Konkursamt des Kantons Thurgau beizuziehen, insbesondere die Akten über die Inventarisation der Aktiven und im Speziellen des Schiffs A._ sowie die Akten im Zusammenhang mit den hinsichtlich des Schiffs A._ gestellten Ansprüchen, namentlich auch derjenigen der Beschwerdeführerin."
C. Mit Faxschreiben vom 22. Februar 2008 ersuchte die Beschwerdeführerin das Konkursamt um Mitteilung per Fax,
"dass das Schiff inventarisiert wird und dass die beiden für Frau X._ eingegebenen Forderungen als pfandgesichert kolloziert werden."
Ebenfalls am 22. Februar 2008 wurde das Faxschreiben seitens des Konkursamts mit der Bemerkung "i.O." sowie mit Stempel und Unterschrift versehen und zurückgefaxt.
D. Am 26. Februar 2008 teilte das Konkursamt dem Vertreter der Beschwerdeführerin unter anderem mit, die Konkursverwaltung verfüge, dass das Segelschiff "A._" als Dritteigentum und unter Vorbehalt sämtlicher Gläubigerrechte ins Konkursinventar aufgenommen werde. Dementsprechend teilte das Konkursamt dem Obergericht am 27. Februar 2008 mit, es habe das angefochtene Inventar in Wiedererwägung gezogen und eine neue Verfügung erlassen. Die Beschwerde könne demzufolge abgeschrieben werden.
E. Am 3. März 2008 teilte das Konkursamt dem Vertreter der Beschwerdeführerin mit, die "Fax-Verfügung" vom 22. Februar 2008 sowie die Wiedererwägungsverfügung vom 26. Februar 2008 würden widerrufen. Dementsprechend meldete das Konkursamt dem Obergericht am 3. März 2008, es müsse die Wiedererwägungsverfügung widerrufen, weil sich seit dem 27. Februar 2008 etliche Änderungen ergeben hätten.
F. Mit Eingabe vom 14. März 2008 erhob die Beschwerdeführerin beim Obergericht gegen die Verfügung vom 3. März 2008 Beschwerde und verlangte deren Aufhebung.
G. Am 17. März 2008 erhob die Beschwerdeführerin beim Obergericht Beschwerde mit den Anträgen, es sei die Verfügung des Konkursamts vom 26. Februar 2008 aufzuheben und es sei festzustellen, dass die gestützt auf die Beschwerde vom 14. Februar 2008 am 22. Februar 2008 ergangene Verfügung betreffend Änderung von Inventar und Kollokationsplan im Nachlasskonkurs Z._ gültig sei und die erste und einzige im Wiedererwägungsverfahren zur Beschwerde vom 14. Februar 2008 ergangene Änderung mit Bezug auf die Beschwerdeführerin darstelle.
H. Mit Entscheid vom 28. April 2008 wies das Obergericht die Beschwerden ab, soweit es darauf eintrat.
I. Mit Beschwerde vom 27. Mai 2008 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht
1. die Aufhebung des Entscheids des Obergerichts,
2. die Feststellung, dass die "Faxverfügung" des Konkursamtes mit der Vereinbarung zwischen Beschwerdeführerin und Konkursamt vom 22. Februar 2008 gültig ist, wonach das vom Nachlassschuldner hinterlassene Segelschiff "A._" inventarisiert wird und wonach die beiden Forderungen der Beschwerdeführerin (Fr. 25'000.-- und Fr. 27'753.85) als durch das Schiff pfandgesichert zu kollozieren sind,
3. die Aufnahme des Schiffes "A._" ins Konkursinventar,
4. die Aufhebung der Verfügungen des Konkursamtes Thurgau vom 3. März und vom 26. Februar 2008,
5. eventualiter die Zurückweisung an die Vorinstanz, subeventualiter mit Bezug auf die Inventarisation des Schiffes an das Konkursamt Thurgau, mit der Anweisung, das Schiff "A._" zu inventarisieren und die beiden Verfügungen des Konkursamts vom 3. März und vom 26. Februar 2008 aufzuheben bzw. auf die dagegen gerichteten Beschwerden einzutreten,
6. den Beizug der bisher vorliegenden Akten durch die Vorinstanz und die Anweisung an das Obergericht, vom Konkursamt Thurgau sämtliche Vorakten zu erheben und dem Bundesgericht einzureichen.
Mit Präsidialverfügung vom 23. Juni 2008 wurde der Beschwerde antragsgemäss aufschiebende Wirkung zuerkannt. Das Konkursamt verzichtete auf eine Vernehmlassung und verwies auf seine Vernehmlassungen im kantonalen Verfahren vom 10. und 26. März 2008. Das Obergericht liess sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1. Entscheide in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen, welche in diesem Bereich an die Stelle der Beschwerde in Betreibungssachen tritt (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). Die Beschwerde ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen (<ref-law>). Beschwerdeentscheide der kantonalen Aufsichtsbehörden über Verfügungen der Vollstreckungsorgane gemäss <ref-law> sind Endentscheide im Sinne von <ref-law>, zumal diese Verfügungen im laufenden Vollstreckungsverfahren grundsätzlich nicht mehr in Frage gestellt werden können (<ref-ruling> E. 1.2 S. 351). Sie sind unabhängig von einer gesetzlichen Streitwertgrenze anfechtbar (<ref-law>).
2. Strittig ist zunächst die Aufnahme des Segelschiffs "A._" in das Konkursinventar.
2.1 Dabei stellt sich die Frage nach der Gültigkeit der Verfügung vom 3. März 2008, mit welcher der Beschwerdeführerin der Widerruf der "Fax-Verfügung" vom 22. Februar 2008 und der Wiedererwägungsverfügung vom 26. Februar 2008 mitgeteilt worden ist und gegen welche sich die Beschwerdeführerin mit ihrer Eingabe vom 14. März 2008 gewandt hat.
2.1.1 Das Obergericht erwog, dass das Einverständnis des Konkursamts zum Faxschreiben der Beschwerdeführerin vom 22. Februar 2008 gegenüber dieser auf deren Drängen abgegeben worden sei, die betreffende Verfügung weder formell eröffnet noch mit einer Rechtsmittelbelehrung versehen noch dem Obergericht als Aufsichtsbehörde zur Kenntnis gebracht worden sei, weshalb sie als nichtig zu betrachten sei. Die Verfügung vom 26. Februar 2008 sei formgerecht erlassen, dem Obergericht zur Kenntnis gebracht worden und habe im Rahmen des ersten Beschwerdeverfahrens seitens des Konkursamtes nicht mehr abgeändert werden dürfen. Noch bevor das Obergericht die Beschwerde als gegenstandslos habe abschreiben können, habe die Beschwerdeführerin gegen die Verfügung vom 26. Februar 2008 Beschwerde geführt, weshalb die entsprechende Verfügung nicht habe rechtskräftig werden können und ebenfalls zu überprüfen sei. Die Verfügung vom 3. März 2008, mit welcher sowohl die nichtige Verfügung vom 22. Februar 2008 als auch die Verfügung vom 26. Februar 2008 widerrufen worden sei, sei während neu laufender Beschwerdefrist erfolgt. Ob das Konkursamt zu jenem Zeitpunkt berechtigt gewesen sei, eine neuerliche Verfügung zu erlassen, könne offen bleiben, nachdem die Beschwerdeführerin auch die Verfügung vom 26. Februar 2008 angefochten habe. Aufgrund der erhobenen Beschwerde habe das Konkursamt die Verfügung vom 26. Februar 2008 wiederum in Wiedererwägung ziehen dürfen. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin sei daher als massgebende Wiedererwägung die Verfügung vom 26. Februar 2008 zu betrachten.
2.1.2 Die Beschwerdeführerin macht dagegen geltend, die Verfügung vom 22. Februar 2008 beruhe auf dem Entschluss des Konkursamtes, der Beschwerde vom 14. Februar 2006 [recte: 2008] im Wiedererwägungsverfahren zu entsprechen. Daraus hätten sich die telefonischen Kontakte vom 21. Februar 2008 entwickelt, welche zu dieser Faxverfügung geführt hätten. Es gehe in erster Linie um die Inventarisation. Diesbezüglich handle es sich um eine Verfügung, mit welcher die angefochtene ursprüngliche Verfügung im Rahmen des Wiedererwägungsverfahrens nach <ref-law> abgeändert worden sei. Der Umstand, dass sie per Fax und lediglich gegenüber der Beschwerdeführerin eröffnet worden sei, schade nicht, zumal keine anderen Parteien involviert gewesen seien. Da die Verfügung die Beschwerdeführerin nicht belastet habe, stelle es überspitzten Formalismus dar, wenn ihr aufgrund des Fehlens einer Rechtsmittelbelehrung die Eigenschaft als Verfügung abgesprochen werde. Die Beschwerdeführerin habe auch nicht erkennen können, dass das Obergericht über die Verfügung nicht in Kenntnis gesetzt worden sei. Spätestens am 3. März 2008 sei die entsprechende Orientierung seitens des Konkursamtes erfolgt, sodass auch diesbezüglich überspitzter Formalismus vorliege, wenn die Nichtigkeit mit der nicht umgehenden Orientierung der Aufsichtsbehörde begründet werde.
Weiter rügt die Beschwerdeführerin, dass <ref-law> lediglich eine einmalige Wiedererwägung zulasse, nicht aber eine erneute Wiedererwägung des Wiedererwägungsentscheids.
2.1.3 Die Beschwerdeführerin verkennt indes, dass mit der Wiedererwägungsverfügung vom 26. Februar 2008 eine neue Rechtsmittelfrist zu laufen begann. Bis zu deren Ablauf war eine Aufhebung oder Abänderung dieser Verfügung zulässig. Daher war die Beschwerde vom 14. März 2008 unbegründet. Insofern ist auch die Beschwerde an das Bundesgericht abzuweisen.
2.2 Auch soweit sich die Beschwerdeführerin mit ihrer Beschwerde vom 17. März 2008 an das Obergericht gegen die Verfügung vom 26. Februar 2008 richtete und Bestätigung der Zusicherung vom 22. Februar 2008 beantragte, ist ihr entgegenzuhalten, dass die Verfügung vom 3. März 2008, mit welcher die Verfügung vom 26. Februar 2008 in Wiedererwägung gezogen wurde, Bestand hatte (s. oben, E. 2.1.3). Daher wurde diese Beschwerde gegenstandslos und wäre abzuschreiben gewesen. Auch diesbezüglich ist die Beschwerde somit abzuweisen.
2.3 Weiter stellt sich die Frage, wie die Beschwerde vor Obergericht vom 14. Februar 2008 zu beurteilen ist, mit welcher die Beschwerdeführerin die Ergänzung des Inventars durch Aufnahme des Segelschiffs "A._" und Vormerknahme ihres Eigentumsanspruchs beantragte.
2.3.1 Das Obergericht erwog, dass die Beschwerdeführerin im Nachlasskonkursverfahren zwar auch Ansprüche als Gläubigerin geltend mache, jedoch mit den vor Obergericht zu beurteilenden Anträgen einzig ihre Interessen als Eigentum beanspruchende Dritte verfolge. Insofern sei sie mangels Rechtsschutzinteresses nicht zur Beschwerde berechtigt, da das Konkursinventar keine Wirkungen auf ihre Rechtsstellung als Dritte entfalte.
Weiter führte das Obergericht aus, sowohl die Beschwerdeführerin als auch das Konkursamt nähmen den Standpunkt ein, das Segelschiff "A._" sei nicht vom Konkursbeschlag betroffen. So habe die Beschwerdeführerin mit Schreiben vom 8. März 2006 ihren Eigentumsanspruch am Segelschiff geltend gemacht, wobei sie ausdrücklich einen Konkursbeschlag angezweifelt habe. Bereits am 23. September 2004 habe sie Eigentum geltend gemacht, indem sie darauf hingewiesen habe, jederzeit Zugriff auf das Schiff gehabt zu haben. Da unbestritten sei, dass das Segelschiff nicht im Eigentum des Konkursschuldners gestanden habe, brauche sich die Masse mit einem allfälligen Prätendentenstreit nicht zu befassen und sei die Aufnahme des Segelschiffs ins Inventar unter gleichzeitiger Vormerknahme des Dritteigentumsanspruchs sinnlos.
2.3.2 Die Beschwerdeführerin wendet ein, sie habe in ihrer Beschwerde neben der Aufnahme des Schiffs ins Inventar und damit dessen Admassierung lediglich deshalb auch noch die Vormerknahme ihres Eigentumsanspruchs verlangt, weil der später gemäss Faxverfügung vom 22. Februar 2008 aufgegebene Eigentumsanspruch damals noch bestanden habe. Aufgrund dieser Faxverfügung sollten - gestützt auf eine telefonische Vereinbarung vom Vortag - das Schiff ins Inventar aufgenommen und ihre beiden Forderungen als pfandgesichert kolloziert werden. Dies habe den Eigentumsanpruch, auf welchen damit verzichtet worden sei, ausgeschlossen. Dies sei im Schreiben ihres Rechtsvertreters vom 29. Februar 2008 zusätzlich bestätigt worden. Mit den beiden Beschwerden vom 14. und 17. März 2008 habe für die Vorinstanz klar sein müssen, dass sie auf den Zusatzantrag in Ziff. 1 der Beschwerde vom 14. Februar 2008 mit der Vormerknahme der Eigentumsansprache verzichtet habe. Der Hauptpunkt der Inventarisation sei unverändert geblieben. Insbesondere in der Beschwerde vom 17. März 2008 sei zusätzlich klargestellt worden, dass nur die Vereinbarung gemäss Faxverfügung vom 22. Februar 2008 massgebend sei. Bereits aus den Forderungsanmeldungen vom 26. November 2003 und 23. September 2004 ergebe sich, dass sie nicht bloss Forderungsgläubigerin, sondern Pfandgläubigerin sei. Doch selbst als Drittklassgläubigerin hätte sie ein Interesse an der Inventarisation des Schiffes, da sie gegebenenfalls am Verwertungserlös partizipieren könnte. Selbst wenn mit der Vorinstanz davon auszugehen wäre, dass die Verfügung vom 22. Februar 2008 nichtig sei - was bestritten werde -, bestätige dieses Dokument inhaltlich die Vereinbarung zwischen ihr und dem Konkursamt vom 21./22. Februar 2008. Daher sei sie zur Beschwerde legitimiert.
Sodann wendet sich die Beschwerdeführerin gegen die vorinstanzliche Erwägung, dass auch sie davon ausgehe, das Segelschiff "A._" sei nicht vom Konkursbeschlag betroffen. So sei mit der Beschwerde vom 14. Februar 2008 klargestellt worden, dass sie die Inventarisation des Schiffes zwecks Admassierung verlange. Da zwei Jahre zuvor noch nicht klar gewesen sei, ob die Konkursverwaltung das Segelschiff admassiere, habe ihr Rechtsvertreter in seinem Schreiben vom 8. März 2006 nicht den "Konkursbeschlag ausdrücklich angezweifelt", sondern diese Frage offen gelassen. In der Folge sei klar geworden, dass sich das Konkursamt als für das Segelschiff zuständig betrachte. Darüber gäben die vom Konkursamt beizuziehenden Akten Aufschluss, deren Beizug bereits in der Beschwerde vom 14. Februar 2008 beantragt worden, jedoch nicht erfolgt sei. Sie sei darauf erst aufmerksam geworden, als ihr am 23. Mai die am 19. Mai 2008 nach Eingang des Beschwerdeentscheides einverlangten Akten zugegangen seien. Die Vorinstanz habe bei der Einholung der Vernehmlassungen des Konkursamtes am 15. Februar und 18. März 2008 nicht zur Einreichung der Akten aufgefordert, und das Konkursamt habe seinerseits dann das eingereicht, was man für den eigenen Standpunkt als zweckdienlich erachtet habe.
Ausserdem sei nie bestritten worden, dass das Segelschiff ursprünglich im Eigentum von Z._ gestanden habe, sondern es sei lediglich aufgrund entsprechender Behauptungen Dritter in Betracht gezogen worden, dass diese neben Z._ am Schiff auch berechtigt sein könnten, was sie konsequent bestritten habe. In ihrem Schreiben vom 23. September 2004 habe sie nicht Eigentum geltend gemacht, sondern volles oder anteiliges Eigentum, eventuell ein Faustpfandrecht. Ihre dinglichen Ansprüche seien auf zwei verschiedene Erklärungen des Nachlassschuldners zurückgegangen, die unterschiedlich seien oder unterschiedlich interpretiert werden könnten.
2.3.3 Das Erstellen des Inventars ist eine interne Massnahme der Konkursverwaltung, die keine Wirkung gegenüber Dritten entfaltet (<ref-ruling> E. 1 S. 19). Hingegen kann gegen die Weigerung der Konkursverwaltung, einen Gegenstand in das Konkursinventar aufzunehmen, jeder Gläubiger Beschwerde führen (<ref-ruling> E. 5b S. 22 mit Hinweis).
Gemäss Kollokationsplan wurden die beiden Forderungen der Beschwerdeführerin als Drittklassforderungen kolloziert. Mithin konnte der Beschwerdeführerin die Legitimation hinsichtlich des Begehrens, das Schiff ins Konkursinventar aufzunehmen, nicht einfach abgesprochen werden. Die Beschwerdeführerin beantragte in ihrer Beschwerde vom 14. März 2008 zwar noch die Ergänzung des Inventars durch Aufnahme des Segelschiffs "A._" und Vormerknahme ihres Eigentumsanspruchs. Indes hat die Vorinstanz in ihrer Begründung die Frage nicht behandelt, ob die Beschwerdeführerin ihren Eigentumsanspruch aufgegeben und dementsprechend auf dessen Vormerknahme verzichtet hat, und insbesondere die Eingabe der Beschwerdeführerin vom 8. April 2008 nicht berücksichtigt, in welcher diese den Verzicht auf die (blosse) Vormerknahme des Eigentumsanspruchs erklärt hat. Hat die Beschwerdeführerin vor Obergericht gültig und in zulässiger Weise auf die Vormerknahme des Eigentumsanspruchs verzichtet, so war die Beschwerde materiell zu beurteilen. Da sich das vorinstanzliche Urteil diesbezüglich als unvollständig erweist, ist es insofern aufzuheben, als es sich auf die Aufnahme des Segelschiffs "A._" ins Konkursinventar bezieht, und ist die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen.
3. Sodann geht es um die Frage, ob die Forderungen der Beschwerdeführerin als Drittklassforderungen oder als pfandgesicherte Forderungen zu kollozieren sind. Diesbezüglich macht die Beschwerdeführerin geltend, sie habe den Kollokationsplan lediglich aufgrund der Faxverfügung vom 22. Februar 2008 nicht angefochten.
Dem ist entgegenzuhalten, dass es ihr unbenommen gewesen wäre, gegen den Kollokationsplan ebenfalls Beschwerde zu führen (wie sie es in Bezug auf das Konkursinventar getan hatte), wenn sie der Auffassung war, die Forderungen seien zu Unrecht als Drittklass- und nicht als pfandgesicherte Forderungen kolloziert worden. Dies hat sie jedoch unterlassen. Stattdessen gelangte ihr Rechtsvertreter am 21. Februar 2008 telefonisch an das Konkursamt, wobei es ihm zunächst gelang, dieses von seinem Ansinnen zu überzeugen und die am 22. Februar 2008 mit Fax erfolgte Zusicherung zu erwirken, dass die beiden Forderungen als pfandgesichert kolloziert würden. Auf die Beständigkeit dieser - ohne Beschreitung des Beschwerdewegs erwirkte - Zusicherung konnte sich ihr Rechtsvertreter indessen nicht verlassen und hätte selbst zu diesem Zeitpunkt vorsichtigerweise noch Beschwerde führen können. Daher waren die Beschwerden vom 14. und 17. März 2008, mit welchen die Bestätigung der inzwischen vom Konkursamt widerrufenen Zusicherung vom 22. Februar 2008 verlangt wurde, abzuweisen. Damit bleibt es beim unangefochten gebliebenen Kollokationsplan bzw. bei der Kollokation der beiden Forderungen der Beschwerdeführerin als Drittklassforderungen. Insofern ist die Beschwerde abzuweisen.
4. Die Beschwerdeführerin ersucht schliesslich um Beizug der bisher vorliegenden Akten durch die Vorinstanz und um Anweisung an das Obergericht, vom Konkursamt Thurgau sämtliche Vorakten zu erheben und dem Bundesgericht einzureichen. Welche Akten die Vorinstanz zu Unrecht nicht beigezogen haben soll, geht aus der Beschwerde jedoch nicht hervor, sodass sich das entsprechende Vorbringen als unsubstanziiert erweist.
5. Zusammenfassend ist die Beschwerde insofern gutzuheissen, als es um die Frage geht, ob die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der Aufnahme des Segelschiffs "A._" ins Konkursinventar Nachlass Z._ ihren Eigentumsanspruch aufgegeben und dementsprechend auf dessen Vormerknahme verzichtet hat, sowie gegebenenfalls um die materielle Beurteilung der Beschwerde. Diesbezüglich ist das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 1'000.-- zur Hälfte der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Dem Kanton Thurgau sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Hingegen ist er zur Leistung einer Parteientschädigung für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 500.-- zu verpflichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 28. April 2008 insoweit aufgehoben, als er sich auf die Aufnahme des Segelschiffs "A._" ins Konkursinventar Nachlass Z._ bezieht. Die Sache wird zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen an das Obergericht zurückgewiesen.
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten werden im Umfang von Fr. 500.-- der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Der Kanton Thurgau hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau, als kantonale Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. November 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Rapp