Sachverhalt:
A. A.a Das Amtsgericht Ludwigsburg/Deutschland eröffnete mit Beschluss vom 1. April 2004 über das Vermögen der Firma Z._ GmbH, in Pleidelsheim/Deutschland, das Insolvenzverfahren und ernannte Y._ in Stuttgart zum Insolvenzverwalter. Auf Gesuch des Insolvenzverwalters hin verfügte der Präsident des Zivilgerichts Seebezirk am 29. Mai 2006 gestützt auf Art. 166 IPRG die Anerkennung des Insolvenzbeschlusses vom 1. April 2004 und beauftragte das Konkursamt des Kantons Freiburg mit dem Vollzug.
A.b Am 25. August 2006 erhob der Insolvenzverwalter beim Zivilgericht Seebezirk eine Anfechtungsklage gemäss Art. 285 ff. SchKG gegen die X._ GmbH in B._/FR und verlangte, die X._ GmbH sei zu verpflichten, Fr. 280'000.-- (nebst Zinsen) zu bezahlen und in die Insolvenzmasse zurückzuführen. Zur Begründung machte er im Wesentlichen geltend, die X._ GmbH habe sich Beratungshonorare auszahlen lassen, als die Z._ GmbH bereits überschuldet gewesen sei.
A.c Das Zivilgericht Seebezirk beschränkte das Verfahren dahingehend, über die Rechtzeitigkeit der Anfechtungsklage und die Aktivlegitimation des Anfechtungsklägers zu entscheiden. Mit Urteil vom 4. Juli 2008 stellte das Zivilgericht fest, dass die Anfechtungsklage nicht verwirkt sei (Dispositiv-Ziff. 1), und wies die Einrede der fehlenden Aktivlegitimation ab (Dispositiv-Ziff. 2).
B. Gegen diesen Entscheid erhob die X._ GmbH kantonale Berufung und focht (einzig) die Bejahung der Aktivlegitimation an. Mit Urteil vom 5. Januar 2009 wies das Kantonsgericht Freiburg (II. Zivilappellationshof) die Berufung ab und bestätigte das erstinstanzliche Urteil.
C. Die X._ GmbH führt mit Eingabe vom 23. Februar 2009 Beschwerde in Zivilsachen. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht, das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben und die Anfechtungsklage mangels Aktivlegitimation abzuweisen.
Der Insolvenzverwalter als Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Kantonsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in Zivilsachen steht bei paulianischen Anfechtungsklagen mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert grundsätzlich offen (Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG; Urteil 5A_37/2008 vom 4. September 2008, E. 1, nicht publ. in: <ref-ruling>). Die Vorinstanz als oberes kantonales Gericht hat als letzte kantonale Instanz entschieden (Art. 75 Abs. 1 BGG). Der selbständig eröffnete Entscheid über die (einzig) umstrittene Aktivlegitimation stellt einen Vor- bzw. Zwischenentscheid im Sinne von Art. 93 BGG dar. Die Beschwerde würde im Falle der Gutheissung sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten ersparen (Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerde in Zivilsachen ist grundsätzlich zulässig.
1.2 Mit Beschwerde kann die Verletzung von u.a. Bundes- und Völkerrecht (Art. 95 lit. a und b BGG) und im Rahmen von Art. 96 BGG die Anwendung von ausländischem Recht gerügt werden. In der Beschwerdebegründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), wobei - unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde - grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen geprüft werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten ist in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (Art. 106 Abs. 2 BGG), wobei das Rügeprinzip gilt (<ref-ruling> E. 2 S. 591).
2. Das Kantonsgericht hat im Wesentlichen festgehalten, dass die ausländische Konkursverwaltung gemäss Art. 171 IPRG zur Anfechtungsklage legitimiert sei und den Prozesserlös der ausländischen Konkursmasse zuführen könne, wenn sowohl die Konkursverwaltung bzw. die Gläubigergesamtheit als auch die einzelnen Konkursgläubiger im IPRG-Konkurs auf die Geltendmachung des Anfechtungsanspruches verzichtet hätten. Nach deutschem Recht sei der Insolvenzverwalter sodann berechtigt, Prozesse mit Wirkung für die Insolvenzmasse zu führen. Nach den Erwägungen der Vorinstanz sei der Insolvenzbeschluss am 29. Mai 2006 in der Schweiz anerkannt worden und der Insolvenzverwalter nach Art. 171 IPRG zur Anfechtungsklage gemäss Art. 285 ff. SchKG legitimiert.
Die Beschwerdeführerin hält fest, dass allfällige bilaterale Konkursverträge aus dem 19. Jahrhundert der Anerkennung des Konkursdekretes nicht entgegenstehen, und bestätigt, dass die ausländische Konkursmasse nach Art. 171 IPRG subsidiär zur Anfechtungsklage legitimiert sei. Allerdings habe die Vorinstanz dem Beschwerdegegner die Aktivlegitimation zu Unrecht zuerkannt, da er im eigenen Namen, und nicht als Vertreter der Insolvenzmasse klage, zumal sich die Anfechtungsklage nach schweizerischem Recht richte und die Anwendung ausländischen Rechts dem Territorialitätsprinzip widerspreche.
3. Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt die beim Zivilgericht Seebezirk erhobene Anfechtungsklage gemäss Art. 285 ff. SchKG des Beschwerdegegners, welcher in dem in Ludwigsburg/Deutschland eröffneten Insolvenzverfahren über das Vermögen der Z._ GmbH als Insolvenzverwalter eingesetzt worden ist. Umstritten ist, ob der Beschwerdegegner zur Klageerhebung berechtigt ist.
3.1 Zu Recht ist unbestritten, dass der Konkurs im vorliegenden internationalen Verhältnis vom IPRG geregelt wird, wenn kein Staatsvertrag besteht oder zwar einer besteht, der aber eine Frage nicht oder nicht abschliessend regelt (Art. 30a SchKG; Botschaft vom 8. Mai 1991 über die Änderung des SchKG, BBl 1991 III 43 Ziff. 201.19). Nach dem IPRG kann die ausländische Konkursverwaltung nur dann eine Anfechtungsklage erheben (Art. 171 IPRG), wenn das ausländische Konkursdekret in der Schweiz nach Art. 166 IPRG anerkannt worden ist (<ref-ruling> E. 5.3 S. 588). Die Beschwerdeführerin selber hält fest, dass "allfällige bilaterale Konkursverträge aus dem 19. Jahrhundert" der Anerkennung des Konkursdekretes und der Erhebung der Anfechtungsklage nach Art. 171 IPRG nicht entgegenstehen sollen.
3.1.1 Die Schweizerische Eidgenossenschaft und die Krone Württemberg schlossen am 12. Dezember 1825/13. Mai 1826 die Übereinkunft "betreffend die Konkursverhältnisse und gleiche Behandlung beiderseitigen Staatsangehörigen in Konkursfällen" (abgedruckt in: WALDER, Schuldbetreibung und Konkurs, 17. Aufl. 2007, Ziff. 109). Freiburg gehört zu den vertragsschliessenden Kantonen. Auf der deutschen Seite erfasst das Abkommen den Bezirk des Oberlandesgerichts Stuttgart (BÜRGI, Konkursrechtliche Verträge mit der Schweiz [...], BlSchK 1989 S. 86), zu welchem nach dem Gerichtsorganisationsgesetz von Baden-Württemberg vom 3. März 1976 Pleidelsheim bzw. das Amtsgericht Ludwigsburg gehört. Nach den Bestimmungen des Konkursvertrages wird der Konkursgerichtsstand am Wohnort des Schuldners anerkannt, werden die Gläubiger in den Vertragsstaaten gleich behandelt (Art. 2), ist nach Konkurseröffnung keine Arrestlegung mehr möglich (Art. 3) und wird (vorbehältlich verpfändeter Vermögenswerte) bloss eine Konkursmasse gebildet (Art. 4 und 5). Das Übereinkommen verankert grundsätzlich die Universalität des Konkurses im Staatsgebiet der Vertragsparteien (DALLÈVES, Les accords bilatéraux en matière de faillite [...], in: Le droit de la faillite internationale, Zürich 1986, S. 85).
3.1.2 In der Lehre wird der Konkursvertrag mit Württemberg mehrheitlich als noch gültig angesehen (M. STAEHELIN, in: Basler Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 1998, N. 71 zu Art. 30a; GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, 1999, N. 53 zu Art. 30a, je mit Hinweisen; GOTTWALD, in: Gottwald [Hrsg.], Insolvenzrechtshandbuch, 3. Aufl., München 2006, § 133 Rz. 24). Einzelne Autoren erachten die Gültigkeit allgemein als fraglich (BERTI, in: Basler Kommentar, Internationales Privatrecht, 2. Aufl. 2007, N. 4 zu Art. 166), oder die alten, von den deutschen Ländern abgeschlossenen Konkursverträge als ausser Kraft (MÜLLER-FREIENFELS, Auslandkonkurs und Inlandfolgen, in: Festschrift Dölle, Bd. II, Tübingen 1963, S. 394 Fn 111). Nach einem Teil der Lehre ist der Konkursvertrag mit Württemberg jedoch nach Inkrafttreten des IPRG praktisch gegenstandslos (DALLÈVES, a.a.O., S. 85; BRACONI/COLOMBARA, La reconnaissance et l'exécution des décisions de faillite étrangères en Suisse, in: Le juriste suisse face au droit et aux jugements étrangers, 1988, S. 206) bzw. nicht mehr wirksam (SANDOZ-MONOD, in: Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bd. II, 1990, S. 781, Bd. V, 1992, S. 254-256, je Ziff. 2.3.2.3 zu Art. 81; im gl. Sinn WALTHER, Grundlagen des internationalen Insolvenzrechts der Schweiz, in: Grenzüberschreitendes Insolvenzrecht, 2004, S. 71 Fn 64). Zum Teil wird die Auffassung vertreten, dass der Konkursvertrag mit Württemberg keine verfahrensrechtliche Vorschriften enthält, sondern diese mit Erlass bundesrechtlicher Vorschriften zur Vollstreckbarkeit eines ausländischen Konkursdekretes geschaffen wurden und insoweit kantonale Staatsverträge mit dem Ausland keine Grundlage bieten, um von Art. 166 ff. IPRG abzuweichen (BERTI/ INFANGER, Praktische Gedanken zur Frage der Kontrolle von Rechtswirkungen ausländischer Konkursdekrete in der Schweiz, in: Festschrift Spühler, 2005, S. 37 ff., Fn. 12, S. 43).
3.1.3 Das Bundesgericht ist in <ref-ruling> (betreffend die Zustellung einer Konkursandrohung) zum Ergebnis gelangt, dass der Konkursvertrag im konkreten Fall in räumlicher Hinsicht nicht anwendbar sei, ohne zu erörtern, welche Tragweite dem Übereinkommen nach Inkrafttreten des IPRG zukommt (E. 2.2.2 S. 450). Mit Bezug auf die Frage, ob ein Verfahren auf Vollstreckbarkeit des Insolvenzbeschlusses notwendig ist, hat das Bundesgericht allerdings bereits in einem Urteil aus dem Jahre 1983 bestätigt, dass der Konkursvertrag mit der Krone Württemberg kantonales Recht darstellt (<ref-ruling> E. 3 S. 69), und festgehalten, dass dieses nur solange massgebend sein kann, als bundesrechtliche Bestimmungen oder ein eidgenössischer Staatsvertrag fehlen (<ref-ruling> E. 3 S. 85). Gestützt auf dieses Urteil ist nach Inkrafttreten des IPRG die Anerkennung auch eines württembergischen Konkursdekretes notwendig. Auf die gegensätzlichen Stellungnahmen zum Urteil (zustimmend SANDOZ-MONOD, a.a.O.; kritisch GILLIÉRON, a.a.O., N. 56 zu Art. 30a) ist - wie sich aus dem Folgenden ergibt - nicht näher einzugehen.
3.1.4 Vorliegend steht fest, dass der Insolvenzbeschluss vom 1. April 2004 mit Entscheid des Präsidenten des Zivilgerichts Seebezirk am 29. Mai 2006 gestützt auf Art. 166 IPRG anerkannt wurde. Die Beschwerdeführerin behauptet selber nicht, der Konkursvertrag mit Württemberg stehe der wirksamen Anerkennung und der Anhebung der Anfechtungsklage nach Art. 285 ff. SchKG entgegen. Inwiefern - mit Bezug auf die Legitimation zur Erhebung der Anfechtungsklage - die Nichtanwendung des betreffenden Konkursvertrages, d.h. von kantonalem Recht gegen Art. 9 BV verstossen soll, rügt die Beschwerdeführerin nicht (Art. 106 Abs. 2 BGG); ebenso wenig wird in Frage gestellt, dass insoweit das Bundesrecht nicht massgebend sein soll (Art. 42 Abs. 2 BGG). Das Kantonsgericht erwähnt den Konkursvertrag nicht; es stellt seine Erwägungen einzig auf Bundesrecht ab, was mit <ref-ruling> in Einklang steht und insoweit nicht zu beanstanden ist.
3.2 Rechtsfolge der Anerkennung des Konkurses nach Art. 166 IPRG ist, dass die ausländische Konkursverwaltung (oder ein dazu berechtigter Konkursgläubiger) die Anfechtungsklage nach Art. 285 ff. SchKG erheben kann (Art. 171 IPRG; <ref-ruling> E. 5.3 S. 688).
3.2.1 Die Beschwerdeführerin hält zunächst zu Recht fest, dass die ausländische Konkursverwaltung die Anfechtungsansprüche nur geltend machen und den Prozesserlös direkt der ausländischen Masse zuführen kann, sofern das schweizerische Konkursamt und die privilegierten Gläubiger auf die Geltendmachung verzichtet haben (<ref-ruling> E. 2.5.1 S. 44; VOLKEN, Zürcher Kommentar zum IPRG, 2. Aufl. 2004, N. 21 zu Art. 171; BERTI, a.a.O., N. 10 zu Art. 171; vgl. KAUFMANN-KOHLER/SCHÖLL, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, N. 15 ff. zu Art. 171). Auf diese Voraussetzungen hat die Vorinstanz abgestellt, allerdings ohne nähere Angaben in tatsächlicher Hinsicht anzufügen. Dass die erwähnten Voraussetzungen - Verzicht auf Geltendmachung durch die Konkursverwaltung und die privilegierten Gläubiger - erfüllt seien, stellt die Beschwerdeführerin mit keinem Wort in Frage. Insoweit ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz erwogen hat, dass die Insolvenzverwaltung der Z._ GmbH grundsätzlich - gestützt auf Art. 171 IPRG - berechtigt ist, die Anfechtungsklage zu erheben und Leistung an die ausländische Masse zu verlangen. Die Rüge, die vorliegende Anfechtungsklage verstosse insoweit gegen das Territorialitätsprinzip, ist unbegründet.
3.2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Vorinstanz habe verkannt, dass der Beschwerdegegner (Insolvenzverwalter) die Anfechtungsklage als Vertreter der Insolvenzmasse erheben müsse, wie dies im uneingeschränkt massgebenden schweizerischen Recht vorgesehen sei. Dieser Einwand ist unbehelflich. Bei der "ausländischen Konkursverwaltung" gemäss Art. 171 IPRG handelt es sich um die Instanz, die das Vermögen des Konkursiten verwaltet, verwertet und verteilt (KREN KOSTKIEWICZ, Internationales Konkursrecht [...], BlSchK 1993 S. 7/8; BERTI, a.a.O., N. 20 zu Art. 166). Dass nicht der Beschwerdegegner als Insolvenzverwalter, sondern eine andere Instanz als "ausländische Konkursverwaltung" zu qualifizieren sei, behauptet die Beschwerdeführerin selber nicht. Das Kantonsgericht geht zu Recht davon aus, dass die Frage, ob der Beschwerdegegner zur Prozessführung legitimiert ist, sich im Einzelfall nach dem Recht des Konkurseröffnungsstaates bestimmt (KREN KOSTKIEWICZ, a.a.O.; BERTI, a.a.O., N. 20 zu Art. 166; vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 21). Die Rüge, die Vorinstanz habe insoweit zu Unrecht deutsches Recht angewendet (Art. 96 lit. a BGG), geht fehl.
3.2.3 Die weiteren Vorbringen der Beschwerdeführerin, wonach der Beschwerdegegner (Insolvenzverwalter) die Anfechtungsklage nicht in eigenem Namen erheben könne, sondern als Vertreter der Insolvenzmasse erheben müsse, sind unbehelflich. Nach den vorinstanzlichen Erwägungen ist (mit Hinweis auf Lehre und Rechtsprechung) der Beschwerdegegner als Insolvenzverwalter nach § 80 Abs. 1 der deutschen Insolvenzordnung vom 5. Oktober 1994 befugt, Prozesse in eigenem Namen und in eigener Verantwortung mit Wirkung für die Insolvenzmasse zu führen. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass das Bundesgericht in vermögensrechtlichen Angelegenheiten nicht prüfen kann, ob das ausländische Recht richtig angewendet worden ist (Art. 96 lit. b BGG, e contrario), sondern nur die Rüge einer Verletzung von Art. 9 BV möglich ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 447). Dass die (belegte) Auffassung der Vorinstanz, nach der deutschen Insolvenzordnung sei der Beschwerdeführer als Insolvenzverwalter zur Prozessführung befugt (vgl. dazu <ref-ruling> E.1.1.2 [erster Absatz] S. 65), gegen das Willkürverbot verstosse, rügt die Beschwerdeführerin nicht (Art. 106 Abs. 2 BGG). Auf das Vorbringen, der Beschwerdegegner hätte "als Vertreter der Insolvenzmasse" klagen müssen, kann mangels hinreichend begründeter Beschwerde nicht eingetreten werden.
3.3 Nach dem Dargelegten ist nicht zu beanstanden, wenn das Kantonsgericht zum Ergebnis gelangt ist, der Beschwerdegegner sei zur Anfechtungsklage berechtigt. Der Hinweis der Vorinstanz auf <ref-ruling>, in welchem die Aktivlegitimation der ausländischen Konkursverwaltung ohne weiteres bejaht wurde, weil es um die Freigabe von Vermögenswerten aus öffentlich-rechtlichen Gründen gehe (E.1.1.2 [zweiter Absatz] S. 66), ist bei diesem Ergebnis nicht weiter zu erörtern, zumal hier keine derartigen Ansprüche zur Diskussion stehen.
4. Aus diesen Gründen ist der Beschwerde in Zivilsachen kein Erfolg beschieden. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, II. Zivilappellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juli 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Hohl
Der Gerichtsschreiber: Levante