Sachverhalt:
A. Y._ (Beschwerdegegnerin 1) arbeitete gemäss Vertrag vom 3. Januar 2004 ab dem 5. Januar 2004 als Zahnarztassistentin bei X._ (Beschwerdeführer). Die den Lohn betreffende Bestimmung des Arbeitsvertrages lautet wie folgt: "Die Arbeitnehmerin erhält einen Bruttolohn von Fr. 5'000.-- monatlich Aconto. Abrechnung jeweils alle 6 Monate mit 33 % Umsatzbeteiligung." Am 9. Oktober 2006 vereinbarten die Parteien schriftlich, die Umsatz-Akontozahlung ab 31. Oktober 2006 auf Fr. 8'000.-- zu erhöhen. Die Umsatzbeteiligung blieb wie bis anhin bei 33 %, und alle weiteren Vertragsbestandteile blieben unverändert. Am 27. November 2006 kündigte der Beschwerdeführer das Arbeitsverhältnis auf den 31. Januar 2007.
B. Mit Klage vom 6. Juni 2007 beantragte die Beschwerdegegnerin 1 dem Arbeitsgericht Baden, den Beschwerdeführer zu verpflichten, ihr als Restschuld der Umsatzbeteiligung 2005 und 2006 Fr. 35'834.20 netto nebst Zins und die Sozialversicherungsbeiträge auf diesem Betrag zu bezahlen sowie für den Monat Januar 2007 Fr. 10'027.85, abzüglich Sozialversicherungsbeiträge, zuzüglich Zins. Mit Eingabe vom 5. März und 15. April 2008 beantragte die öffentliche Arbeitslosenkasse des Kantons Aargau (Beschwerdegegnerin 2), als Nebenklägerin zugelassen zu werden mit einer Forderung von total Fr. 13'591.85. Mit Urteil vom 27. Juni 2008 schützte das Arbeitsgericht die Klage beider Beschwerdegegnerinnen und verpflichtete den Beschwerdeführer, der Beschwerdegegnerin 1 Fr. 30'928.95 nebst Zins sowie der Beschwerdegegnerin 2 Fr. 13'591.85 zu bezahlen. Der Beschwerdeführer appellierte ans Obergericht des Kantons Aargau mit dem Begehren, der Beschwerdegegnerin 2 Fr. 12'408.30 zuzusprechen und die Klagen im Übrigen vollumfänglich abzuweisen. Das Obergericht wies die Appellation am 20. August 2009 ab.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen im Wesentlichen, das Urteil des Obergerichts aufzuheben, den Beschwerdeführer zu verpflichten, der Beschwerdegegnerin 2 Fr. 12'408.30 zu bezahlen und die Klage im Übrigen abzuweisen. Beide Beschwerdegegnerinnen schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht auf eine Vernehmlassung verzichtet hat.

Erwägungen:
1. Zwischen den Parteien des Arbeitsvertrages ist im Wesentlichen umstritten, ob die Umsatzbeteiligung der Beschwerdegegnerin 1, welche deren Entlöhnung darstellt, auf der Basis des Brutto- oder des Nettoumsatzes (d.h. nach Verrechnung mit offen gebliebenen Forderungen gegenüber Patienten) zu berechnen ist.
1.1 Die Vorinstanz kam in Würdigung der Beweise zum Ergebnis, der Beschwerdeführer sei in Übereinstimmung mit der Beschwerdegegnerin 1 ursprünglich davon ausgegangen, deren Lohn richte sich nach dem von ihr erzielten Bruttoumsatz. Der Beschwerdeführer habe nie behauptet, der Beschwerdegegnerin 1 ausdrücklich erklärt zu haben, ihr Lohn betrage 33 % ihres in Rechnung gestellten Umsatzes nach Abzug uneinbringlicher Forderungen, d. h. des Nettoumsatzes. Er habe jedoch vorgebracht, es habe im Aufgabenbereich und in den Möglichkeiten der Beschwerdegegnerin 1 gelegen, offene Guthaben erhältlich zu machen, bzw. einzutreiben. Er habe ihr die Weisung erteilt, vor jeglicher Behandlung die Bonität der Patienten zu prüfen. Bei negativer Bonität habe sie nur nach Eingang eines Kostenvorschusses arbeiten dürfen. Nach Auffassung der Vorinstanz führen diese Umstände nicht zwingend zum Schluss, der Beschwerdegegnerin 1 sei klar gewesen, dass definitive Ausstände auf von ihr generiertem Umsatz zur Verrechnung gelangen würden oder dass bei einem Verstoss gegen die genannte Weisung und in den Fällen, in denen die Patienten ihre Kosten nicht bezahlen würden, die betreffenden Ausstände vom Bruttoumsatz in Abzug gelangen würden. Aus diesen Gründen hielt die Vorinstanz dafür, die zu diesen Umständen angerufenen Beweismittel (Bestätigungen, Zeugen) seien mangels Relevanz nicht abzunehmen.
1.2 Der Beschwerdeführer ist der Meinung, die Vorinstanz sei bei der Beweiswürdigung in Willkür verfallen. Er wirft ihr zudem eine Verletzung von <ref-law> durch falsche Verteilung der Beweislast und Vereitelung seines Gegenbeweises vor.
1.2.1 Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten. (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 466 f.).
1.2.2 <ref-law> gibt der beweispflichtigen Partei einen bundesrechtlichen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Vorbringen zum Beweis zugelassen zu werden, wenn ihr Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Rechts entspricht (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts gewährleistet <ref-law> ebenfalls das Recht zum Gegenbeweis, d.h. er gibt dem Gegner der beweisbelasteten Partei einen Anspruch darauf, zum Beweis von konkreten Umständen zugelassen zu werden, die beim Gericht Zweifel an der Richtigkeit der Gegenstand des Hauptbeweises bildenden Sachbehauptung wach halten und diesen dadurch vereiteln können (<ref-ruling> E. 3.4 S. 326; <ref-ruling>; je mit Hinweisen). Auch dieser Beweisführungsanspruch schliesst aber die vorweggenommene Beweiswürdigung nicht aus, verbietet dem Gericht also nicht, einem beantragten Beweismittel die Erheblichkeit oder Tauglichkeit abzusprechen. Zudem wird <ref-law> auch hinsichtlich des Gegenbeweises gegenstandslos, wenn das dem Hauptbeweis unterstellte Tatbestandsmerkmal beweismässig bereits feststeht. Dies gilt mindestens insoweit, als das Sachgericht seine Feststellungen nicht allein auf Erfahrungssätze oder mittelbare Indizien stützt (BGE <ref-ruling>, 120 II 393 E. 4b S. 397). Mithin gibt <ref-law> keinen Anspruch auf Weiterungen eines erfolgreichen Beweisverfahrens, weil die Bestimmung stets an den Begriff und die Folgen der Beweislosigkeit anknüpft. Wird allerdings eine substanziierte Sachverhaltsrüge erhoben, kann das Bundesgericht prüfen, ob die Beschränkung des Beweisverfahrens zu einer unrichtigen Feststellung des Sachverhalts im Sinne von <ref-law> geführt hat.
1.2.3 Mit Bezug auf den übereinstimmenden tatsächlichen Willen zweier Vertragsparteien trägt jede Partei die Beweislast für den von ihr behaupteten Parteiwillen. Misslingt der Beweis, kommt die Vertragsauslegung nach dem Vertrauensprinzip zum Zuge (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 632 mit Hinweisen). Die Vorinstanz erachtete als erwiesen, dass beide Parteien für den Lohn der Beschwerdegegnerin 1 tatsächlich übereinstimmend den erzielten Bruttoumsatz für massgeblich hielten. Die Behauptung, bei der Umsatzberechnung seien von den Patienten nicht erhältlich zu machende Beträge abzuziehen, sei demgegenüber nicht erwiesen. Die Vorinstanz hat dem Beschwerdeführer nicht das Recht zum Gegenbeweis abgeschnitten, sondern die Darstellung der Beschwerdegegnerin 1 trotz der Vorbringen und Beweismittel des Beschwerdeführers für zutreffend befunden. Eine Verletzung von <ref-law> ist insoweit nicht gegeben.
1.2.4 Bezüglich der Beweiswürdigung beschränkt sich der Beschwerdeführer im Wesentlichen darauf, die aus seiner Sicht willkürlich gewürdigten Zeugenaussagen wiederzugeben und der Vorinstanz einseitige und willkürliche Beweiswürdigung vorzuwerfen, ohne darzulegen, inwiefern die angeführten Beweise zum Schluss hätten führen müssen, mit der Beschwerdegegnerin 1 sei eine Beteiligung auf dem von ihr erzielten einbringlichen Umsatz verabredet worden. Mangels hinreichender Begründung sind die betreffenden Vorbringen nicht zu hören. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers erscheint eine Vereinbarung, nach welcher der Arbeitgeber das Risiko der Einbringlichkeit des von seiner Angestellten erarbeiteten Umsatzes trägt, keineswegs absurd, wenn wie vorliegend zwei Drittel, also mehr als die Hälfte des Gesamtumsatzes seiner Angestellten ihm zugutekommen. Zudem hat die Vorinstanz entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers die Aussage der Beschwerdegegnerin 1 nicht unbesehen übernommen, sondern insbesondere auch das Verhalten des Beschwerdeführers selbst berücksichtigt. Von Willkür kann insoweit keine Rede sein. Eine Aktenwidrigkeit der Feststellung, der Beschwerdeführer sei ursprünglich selbst davon ausgegangen, dass sich der Lohn der Beschwerdegegnerin 1 nach dem von dieser erzielten Bruttoumsatz richte, lässt sich schliesslich mit dem blossen Hinweis auf die Akten ohne Wiedergabe des Inhalts der bezeichneten Stelle in der Beschwerdeschrift selbst nicht begründen (vgl. <ref-ruling> E. 1d S. 201 mit Hinweis).
1.2.5 Der Beschwerdeführer rügt überdies, die Vorinstanz habe zu Unrecht die von ihm angerufenen Zeugen nicht berücksichtigt. Die Vorinstanz verzichtete auf die Anhörung der für die vom Beschwerdeführer angeordnete Bonitätsprüfung angerufenen Zeugen, da nur über rechtserhebliche Tatsachen Beweis zu erheben sei. Der Beschwerdeführer zeigt nicht rechtsgenügend auf, inwiefern die Einschätzung der Vorinstanz offensichtlich unhaltbar sein sollte, wonach sich aus den behaupteten Umständen nicht zwingend ergeben muss, die Beschwerdegegnerin 1 habe gewusst, dass sie sich bei einem Verstoss gegen eine Weisung oder bei Uneinbringlichkeit einer von ihr generierten Forderung einen entsprechenden Abzug vom Umsatz und damit vom Lohn gefallen lassen müsse. Dass die Zeugen, wie in der Beschwerde angeführt wird, auch zum Beweis dafür angeboten worden wären, dass allfällige Debitorenverluste in der Praxis des Beschwerdeführers zu Lasten des Umsatzes der angestellten Zahnärzte gingen, geht aus dem angefochtenen Urteil nicht hervor, und der Beschwerdeführer erhebt diesbezüglich keine Sachverhaltsrüge, abgesehen davon, dass damit die mit der Beschwerdegegnerin 1 getroffene Vereinbarung nicht ohne Weiteres nachgewiesen wäre. Aus der Stelle der kantonalen Appellationsschrift, auf die der Beschwerdeführer verweist, geht nichts Entsprechendes hervor. Isoliert betrachtet könnte die Stelle zwar dahingehend ausgelegt werden, die angerufenen Zeugen könnten aus eigener Wahrnehmung darlegen, wie die Beschwerdegegnerin 1 die Vereinbarung verstanden hatte. Die Berücksichtigung des Gesamtzusammenhangs, namentlich der vom Beschwerdeführer eingereichten schriftlichen Bestätigungen, erhellt aber, dass das Beweisangebot nicht in diesem Sinne zu verstehen war. Wenn die Vorinstanz vor diesem Hintergrund annahm, die angebotenen Beweise bezögen sich auf unerhebliche Umstände und von einer Abnahme absah, verfiel sie damit nicht in Willkür (<ref-law>) und verstiess weder gegen <ref-law> noch gegen den Gehörsanspruch des Beschwerdeführers nach <ref-law>.
2. 2.1 Gemäss Arbeitsvertrag hatte die Beschwerdegegnerin 1 während 4 Wochen pro Kalenderjahr Anspruch auf Ferien und den darauf entfallenden Lohn, wie die Vorinstanz unangefochten feststellte. Im Januar 2007 arbeitete die Beschwerdegegnerin 1 nur noch zehn Tage und beanspruchte den Rest als Ferien. Die Vorinstanz bejahte unter Hinweis auf <ref-ruling> E. 3.2 S. 495 einen Anspruch auf Ferienentschädigung und berechnete diesen entsprechend dem Umsatz der Beschwerdegegnerin 1 in den letzten zwölf Monaten vor Januar 2007 von Fr. 359'210.70, wovon der Lohnanspruch mit 33 % gerundet Fr. 118'540.-- betrage. Davon sei ein Betrag im Umfang von 8,33 %, mithin Fr. 9'874.-- für Ferien geschuldet. Da die Beschwerdegegnerin 1 im ersten Monatsdrittel noch gearbeitet habe, stünden ihr 2/3 des erwähnten Betrages als Ferienlohn zu.
2.2 Den Ferienanspruch stellte der Beschwerdeführer nicht in Abrede. Er ist jedoch der Ansicht, ein Anspruch auf Ferienlohn bestehe nicht, da das Jahreseinkommen in einer Umsatzbeteiligung mit genügenden monatlichen Vorschüssen bestehe. Die Vorinstanz habe sich ungerechtfertigterweise an der Berechnung des Ferienlohns für Teilzeitangestellte orientiert.
2.3 Die Kritik des Beschwerdeführers ist offensichtlich unbegründet. In <ref-ruling> E. 7.3 S. 674 hat das Bundesgericht klar festgehalten, dass die in <ref-ruling> eingeleitete Rechtsprechung auch bei Lohn auf Provisionsbasis gilt, der grundsätzlich aufgrund der durchschnittlichen Einkünfte einer geeigneten Zeitperiode zu berechnen ist. Dass der auf die Ferien entfallende Lohn wie zwingend vorgeschrieben (<ref-ruling> E. 3.3 f. S. 696 f.) im schriftlichen Arbeitsvertrag ausgeschieden worden wäre, macht der Beschwerdeführer nicht geltend, erst recht nicht, dass die einzelnen Lohnabrechnungen einen derartigen Hinweis enthalten hätten. Inwiefern die Vorinstanz unter diesen Umständen gegen Bundesrecht verstossen haben könnte, legt der Beschwerdeführer nicht dar und ist nicht ersichtlich.
3. 3.1 Die Vorinstanz ging davon aus, der Beschwerdeführer habe Schadenersatzansprüche nach <ref-law> zur Verrechnung gestellt, die er daraus ableitete, dass die Beschwerdegegnerin 1 seine Weisungen, die Bonität der Patienten vor deren Behandlung bei der Zahnärztekasse prüfen zu lassen, missachtet habe. Sie sei bewusst das Risiko eingegangen, dass die Patienten ihre Rechnungen nicht begleichen und die Zahnärztekasse die bereits vergüteten Honorare zurückfordern und dadurch ihr Lohn geschmälert würde, sofern und soweit sie bei negativem Prüfungsresultat ohne Kostenvorschuss eine Behandlung vornahm. Aus diesen Gründen hat sich die Beschwerdegegnerin 1 nach Meinung des Beschwerdeführers im Umfang der Rückleistungen an die Zahnärztekasse einen Abzug vom Bruttoumsatz gefallen zu lassen. Die Vorinstanz hielt fest, der Beschwerdeführer habe dazu lediglich ausgeführt, die Beschwerdegegnerin 1 hätte "bei vielen Patienten" nur mit Kostenvorschüssen arbeiten dürfen, was dazu geführt hätte, dass heute "mit Bestimmtheit nicht entsprechend grosse Ausstände" offen wären. Die Beschwerdegegnerin 1 habe demgegenüber vorgebracht, sie habe soweit möglich (nicht aber bei Notfallpatienten) die Bonität geprüft. Der Beschwerdeführer habe nicht dargelegt, bei welchen Patienten die Beschwerdegegnerin 1 die Bonitätsprüfung unterlassen habe und welche Schäden daraus entstanden seien. Selbst bei amtswegiger Einsicht in die eingereichten Unterlagen ergebe sich nicht, in welchen Fällen eine Bonitätsprüfung angezeigt gewesen wäre und pflichtwidrig von der Beschwerdegegnerin 1 unterlassen worden sei. Die Schadenersatzansprüche seien somit weder substanziiert, geschweige denn nachgewiesen.
3.2 Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, wenn die Beschwerdegegnerin 1 die Bonitätsprüfung vorgenommen hätte, wären die ihre Patienten betreffenden, belegten Ausstände von insgesamt Fr. 26'996.50 nicht entstanden. Er sei seiner Substanziierungspflicht genügend nachgekommen.
3.3 Damit setzt sich der Beschwerdeführer in Widerspruch zur Wiedergabe seiner Vorbringen im angefochtenen Urteil, wonach er der Beschwerdegegnerin 1 vorgeworfen hat, viele Patienten ohne Bonitätsprüfung behandelt und dadurch die Ausstände vergrössert zu haben. Es hätte ihm daher oblegen, aufzuzeigen, um welche Patienten es sich dabei handelte. Wenn die Vorinstanz bei dieser Sachlage ein substanziiertes Behaupten und Beweisen der einzelnen Verfehlungen der Beschwerdegegnerin 1 und des Kausalzusammenhangs zum eingetretenen Schaden verlangte, überhöhte sie die Substanziierungsanforderungen in keiner Weise. Eine Bundesrechtsverletzung ist nicht ersichtlich.
4. Die Beschwerde ist insgesamt unbegründet und abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig. Die Beschwerdegegnerin 2 ist nicht anwaltlich vertreten, weshalb ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 4 S. 446 mit Hinweis).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin 1 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Dezember 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak