Sachverhalt:
A. Das Kantonale Strafgericht Schwyz verurteilte Y._ und X._ am 14. Dezember 2007 wegen Verbrechens gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 i.V.m. Ziff. 2c zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 13 Monaten. Es verfügte zudem, die vom Verhöramt Schwyz am 3. und am 7. Juni 2004 beschlagnahmten 15'122 kg und 11'280 kg getrockneten Hanfpflanzen und -blüten seien, vorbehältlich einer Inanspruchnahme durch das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, der Kantonspolizei Schwyz zur Vernichtung bzw. gutscheinenden Verwendung zu überlassen.
In teilweiser Gutheissung der Berufungen von Y._ und X._ und in Abweisung der Anschlussberufungen der Staatsanwaltschaft erkannte das Kantonsgericht Schwyz am 30. September 2008: "Die Angeklagten werden wegen eines Betäubungsmittelumsatzes von Fr. 24'000.-- nebst Eigenkonsum des Vergehens gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von <ref-law> schuldig gesprochen und mit Geldstrafen von je 150 Tagessätzen zu Fr. 60.-- bestraft, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren und unter Anrechnung eines Hafttages an die Strafe von Y._. Im Übrigen werden die Angeklagten von den Anklagen freigesprochen, soweit die Verfahren nicht einzustellen sind". In Bezug auf die Beschlagnahmungen erwog das Kantonsgericht, die Mengen seien versehentlich um den Faktor 1000 zu hoch angenommen worden, und berichtigte diesen Fehler. Im Übrigen sei der Antrag auf Aufhebung der Beschlagnahme zwar gegenstandslos geworden, weil die gelagerte Drogen bereits am 29. August 2006 verschimmelt gewesen und zwischenzeitlich von der Kantonspolizei vernichtet worden seien. Es teile indessen die Auffassung der Vorinstanz, dass das beschlagnahmte Material hätte eingezogen werden müssen, da die Beschwerdeführer in Teilpunkten schuldig gesprochen worden seien und eine unerlaubte Verwendung des Hanfs nicht ausgeschlossen werden könne. Die erstinstanzlichen Kosten von je gut 14'000 Franken auferlegte das Kantonsgericht Y._ und X._ zu je 3'000 Franken, die zweitinstanzlichen Kosten zu je 1/10. Ausserdem sprach es ihnen für das Untersuchungs- und das erst- und zweitinstanzliche Gerichtsverfahren reduzierte Parteientschädigungen zu.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragen Y._ und X._, ihre Verurteilungen inklusive der Kosten- und Entschädigungsregelungen aufzuheben und sie vollumfänglich freizusprechen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung ans Kantonsgericht zurückzuweisen.
C. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Staatsanwaltschaft warf den beiden Beschwerdeführern in zwei gleichlautenden Anklageschriften vom 22. Februar 2007 (angefochtenes Urteil S. 6 ff.) vor, als Teilhaber der am 30. November 1999 ins Handelsregister eingetragenen Firma X._ & Y._ an verschiedenen Standorten, teilweise zusammen mit weiteren Beteiligten, Indoor-Hanfplantagen betrieben und dabei Hanfsorten mit einem THC-Gehalt von 3 bis 19 % angebaut zu haben. Mit dem Verkauf von gerüsteten und getrockneten Hanfblüten (Marihuana), Hanfstecklingen, Badesalz, Massageöl, Lufterfrischer etc. hätten die Beschwerdeführer einen Umsatz von rund 1,2 Millionen Franken und einen Gewinn von knapp 280'000 Franken erzielt. Sie hätten sich zwar in Abnahmeverträgen bestätigen lassen, dass ihre Produkte, obwohl aufgrund des hohen THC-Gehaltes dafür geeignet, nicht zu Drogenzwecken missbraucht würden, sich aber nur teilweise dafür interessiert, welchen Verwendungszwecken ihre Produkte effektiv zugeführt wurden. Diese seien von den Endkunden jedenfalls zum Teil als Drogen konsumiert worden, wie es auch die Beschwerdeführer selber getan hätten.
1.2 Das Kantonsgericht erwog im angefochtenen Entscheid, die den Beschwerdeführern vorgeworfenen Lebensvorgänge seien teilweise identisch mit denjenigen, die bereits Gegenstand des am 31. Oktober 2001 eingestellten Strafverfahrens gewesen seien. Es sei zu berücksichtigen, dass die Strafuntersuchungsbehörden die Beschwerdeführer vor ihrem Einschreiten - insbesondere der Hausdurchsuchung vom 7. Juni 2004 - nicht darauf hingewiesen hätten, dass sie gewisse, bisher als legal eingestufte Handlungen nunmehr als Verstösse gegen das Betäubungsmittelgesetz werteten. Soweit den Beschwerdeführern Handlungen vorgeworfen würden, die in der Einstellungsverfügung vom 31. Oktober 2001 als legal beurteilt worden seien, könnten sie sich daher auf das Vorliegen eines Sachverhaltsirrtums im Sinne von <ref-law> berufen. Dies bedeute, dass ihnen nur diejenigen Fälle bzw. Umsätze als Verstösse gegen das Betäubungsmittelgesetz anzulasten seien, bei denen sie wussten und duldeten, dass die verkauften Produkte als Drogen Verwendung finden würden. Nach der Anklageschrift treffe dies, abgesehen vom Eigenkonsum, nur für die Verkäufe an die A._ Trade und B._ zu. An erstere sei Ware für 26'000 Franken verkauft worden, wobei allerdings nur ein Betrag von 18'000 Franken angeklagt sei. An letzteren sei 2002 für 6'000 Franken Ware abgesetzt worden; die mengenmässig weit grösseren Verkäufe aus dem Jahre 2000 seien verjährt.
2. 2.1 Die Beschwerdeführer machen geltend, der Anklagegrundsatz sei verletzt. Die Anklageschrift enthalte keine Angaben darüber, in welchem Umfang und in welchem Zeitraum sie an die A._ Trade und B._ Marihuana geliefert haben sollen. Das Obergericht habe sie in unzulässiger Weise für einen Teilumsatz an völlig untergeordnete Abnehmer verurteilt, wobei dieser Teilumsatz der Anklageschrift nicht entnommen werden könne, ebensowenig wie die konkreten Tatbeiträge, die ihnen in diesem Zusammenhang vorgeworfen würden.
2.2 Der Anklagegrundsatz verteilt nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung die Aufgaben zwischen den Untersuchungs- bzw. Anklagebehörden einerseits und den Gerichten andererseits. Er bestimmt den Gegenstand des Gerichtsverfahrens. Die Anklage hat die dem Angeklagten zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe genügend konkretisiert sind. Das Anklageprinzip bezweckt zugleich den Schutz der Verteidigungsrechte des Angeschuldigten und dient dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-ruling> E. 2b S. 353 f. mit Hinweisen). Nach Art. 6 Ziff. 3 lit. a EMRK hat der Angeschuldigte Anspruch darauf, in möglichst kurzer Frist über die Art und den Grund der gegen ihn erhobenen Beschuldigung in Kenntnis gesetzt zu werden. Das Gericht ist an den in der Anklage wiedergegebenen Sachverhalt gebunden, nicht aber an dessen rechtliche Würdigung durch die Anklagebehörde (<ref-ruling> E. 2a).
2.3 In den Anklageschriften wird den beiden Beschwerdeführern vorgeworfen, in arbeitsteiliger Weise Hanf mit hohem THC-Gehalt gezogen, verarbeitet und verkauft zu haben, wobei sie gewusst oder zumindest in Kauf genommen hätten, dass ihre Produkte jedenfalls teilweise als Betäubungsmittel Verwendung finden würden. Die A._ Trade und B._ werden als Abnehmer ausdrücklich aufgeführt (S. 4). Die an sie gelieferten Mengen sind nicht separat ausgeschieden, in der Anklageschrift wird nur die Gesamtmenge - 204 bis 222 Kg Marihuana - bezeichnet.
Diese Anklagevorwürfe sind ausreichend substantiiert, auch wenn nicht im Einzelnen aufgeführt wird, welcher der beiden Beschwerdeführer welche für die Produktion, die Verarbeitung und den Vertrieb notwendigen Tätigkeiten ausgeführt hat. Die Beschwerdeführer wussten, was ihnen vorgeworfen wurde und dass auch die Geschäfte mit der A._ Trade und B._ zum Anklagesachverhalt gehörten. Sie waren damit in der Lage, ihre Verteidigungsrechte wahrzunehmen. Die Rüge ist unbegründet.
3. 3.1 Das Kantonsgericht ist im angefochtenen Entscheid insbesondere auf Grund der Aussagen der beiden Beschwerdeführer zur Überzeugung gelangt, dass die von ihnen an die A._ Trade und B._ gelieferten Waren als Betäubungsmittel verwendet wurden, und sie dies wussten und duldeten (E. 3b und c S. 13 ff.). Die Beschwerdeführer rügen, dies sei unhaltbar.
3.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz zugrunde (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law> ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 1.4.1).
Willkür in der Beweiswürdigung nach <ref-law> liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 5.4; <ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer muss in der Beschwerdeschrift anhand des angefochtenen Entscheids klar und deutlich darlegen, inwiefern die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz im Ergebnis willkürlich ist (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.4.3).
3.3 Die Beschwerdeführer machen geltend, die Sachverhaltsfeststellungen des Kantonsgerichts seien falsch und würden bestritten, soweit es "sich nicht um Zugaben zu ihren Gunsten" handle (Beschwerde S. 15). Da B._ Hanfrohstoff auch zu legalen Zwecken verwendet habe, beweise dessen Verurteilung wegen Betäubungsmitteldelikten nicht, dass er gerade die von ihnen gelieferte Ware in strafbarer Weise missbraucht habe.
Diese Kritik an der Beweiswürdigung ist appellatorisch und offensichtlich nicht geeignet, sie unhaltbar erscheinen zu lassen. Insbesondere legen die Beschwerdeführer nicht dar, inwiefern die Beurteilung des Kantonsgerichts willkürlich sein soll, sie hätten selber zugestanden, die A._ Trade und B._ mit Hanfrohstoff beliefert zu haben, obwohl sie gewusst oder zumindest in Kauf genommen hätten, dass ihre Ware strafbaren Zwecken zugeführt würde. Auf die Rüge, das Obergericht habe den Sachverhalt willkürlich festgestellt, ist nicht einzutreten.
3.4 Zur Begründung ihrer Rügen, das Kantonsgericht habe <ref-law> und <ref-law> verletzt, gehen die Beschwerdeführer nicht vom massgebenden Sachverhalt aus, den das Kantonsgericht feststellte, sondern von ihrer Version der Dinge, wonach sie weder gewusst noch in Kauf genommen hätten, dass die an die A._ Trade und B._ gelieferte Ware als Betäubungsmittel missbraucht würde, sondern gutgläubig von einem legalen Verwendungszweck hätten ausgehen dürfen.
Das ist unzulässig. Nach den für das Bundesgericht verbindlichen kantonsgerichtlichen Feststellungen wussten sie oder nahmen zumindest in Kauf, dass diese beiden Abnehmer die gelieferte Ware als Betäubungsmittel missbrauchen würden. Daraus ergibt sich ohne weiteres, dass sie sowohl den objektiven als auch den subjektiven Tatbestand von <ref-law> erfüllten, und für die Annahme eines Sachverhaltsirrtums im Sinne von <ref-law> bleibt bei dieser Sachlage von vornherein kein Raum.
4. Die Beschwerdeführer machen geltend, der ihnen zur Last gelegte Eigenkonsum sei als Übertretung im Sinne von <ref-law> bereits verjährt.
4.1 Der Zeitraum, in welchem die beiden Beschwerdeführer selber das von ihnen produzierte Marihuana konsumiert haben sollen, wird weder in der Anklageschrift noch vom Kantonsgericht bezeichnet. Nach der Anklageschrift erstreckt sich indessen der Tatzeitraum bis zum 7. Juni 2004. Die Verjährung begann damit an diesem Tag zu laufen (<ref-law>) und war nach <ref-law> (und zwar sowohl nach der heutigen als auch in der am 7. Juni 2004 geltenden Fassung) drei Jahre später abgelaufen. Diese Tatvorwürfe waren somit bereits im Zeitpunkt des erstinstanzlichen Urteils verjährt und hätten demnach vom Kantonsgericht nicht mehr geahndet werden dürfen (<ref-law>).
4.2 Allerdings fällt der Eigenkonsum "mengenmässig nicht ins Gewicht" (angefochtener Entscheid S. 15), und bei der Strafzumessung spielt er für das Kantonsgericht keine Rolle. Das zeigt sich auch darin, dass es sich nicht mit der Frage auseinandersetzt, ob allenfalls ein leichter Fall im Sinne von <ref-law> vorliegt, was ein Absehen von Strafe ermöglichen würde, sondern den Eigenkonsum für die Strafzumessung schlicht übergeht. Es ist daher auszuschliessen, dass sich die unzulässige Verurteilung der Beschwerdeführer wegen Eigenkonsums bei der Strafzumessung zu ihren Lasten ausgewirkt hat. Dementsprechend ist in teilweiser Gutheissung der Beschwerde Dispositiv-Ziffer 2 des angefochtenen Urteils dahingehend zu korrigieren, dass die Beschwerdeführer von den (ohnehin nicht explizit angeklagten) Vorwürfen des Eigenkonsums im Sinne von <ref-law> freizusprechen sind.
5. Die Beschwerdeführer rügen, die ausgefällte Strafe sei willkürlich hoch. So habe ihnen die erste Instanz angelastet, 204 bis 222 kg Marihuana produziert und vertrieben und dabei einen Umsatz von rund 1,2 Mio Franken erzielt zu haben. Dafür seien sie zu 395.2 Tagen Freiheitsstrafe verurteilt worden. Das Kantonsgericht sei von einer Drogenmenge bzw. einem Umsatz von 2 % dieser Werte ausgegangen, habe sie aber zu 150 Tagessätzen und damit zu 38 % der erstinstanzlichen Strafe verurteilt. Das sei willkürlich und unverhältnismässig.
Die Tat und Schuld angemessene Strafe wird nicht durch eine Prozentrechnung ermittelt, sondern durch eine wertende Beurteilung nach den Kriterien von <ref-law>. Die Geldstrafe ist zudem milder als die Freiheitsstrafe, weshalb es von vornherein unzulässig ist, einen Tagessatz Geldstrafe mit einem Tag Freiheitsstrafe gleichzusetzen. Diese Einwände sind daher von vornherein nicht geeignet, die vom Kantonsgericht ausgefällten Strafen in Frage zu stellen.
Diese liegen im Ermessensbereich des Gerichts und sind zudem - teilweise durch Verweis auf die bis auf die Beschreibung der ähnlichen persönlichen Verhältnisse der Beschwerdeführer identischen Ausführungen des Strafgerichts (Urteile des Strafgerichts vom 14. Dezember 2007 S. 35 f.) - nachvollziehbar und ausreichend begründet (angefochtener Entscheid S. 16 ff. E. 6). Die Strafzumessung ist nicht zu beanstanden, die Rüge ist unbegründet.
6. Die Beschwerdeführer machen geltend, die Voraussetzungen von <ref-law> für die Einziehung der insgesamt rund 26,4 kg getrockneten Hanfpflanzen und -blüten seien nicht erfüllt.
Unbestritten ist, dass die beschlagnahmte Ware verschimmelte und vernichtet wurde. Da eine nicht (mehr) existierende Ware nicht eingezogen werden kann, ist die Bestätigung der erstinstanzlichen Einziehung durch das Kantonsgericht zwar unhaltbar. Anderseits werden die Beschwerdeführer dadurch auch nicht belastet. Sie haben kein rechtlich geschütztes Interesse, sich vor Bundesgericht gegen die (unmögliche) Einziehung untergegangener Ware zur Wehr zu setzen. Darauf ist nicht einzutreten.
Eine andere Frage ist, ob der Kanton Schwyz die Hanfpflanzen und -blüten unrechtmässig beschlagnahmen und/oder sie in vorwerfbarer Weise untergehen liess und dafür allenfalls schadenersatzpflichtig wird. Dies ist indessen nicht Thema des vorliegenden Strafprozesses, sondern wird in dem vom Beschwerdeführer 2 angestrengten und offenbar noch hängigen Staatshaftungsprozess zu klären sein.
7. 7.1 Die Beschwerdeführer rügen, das Kantonsgericht habe mit seiner Kostenverlegung und der Festsetzung der Parteientschädigungen das Willkürverbot von <ref-law> und seine Begründungspflicht im Sinne von <ref-law> verletzt. Bei den ihnen von der Anklage vorgeworfenen Betäubungsmitteldelikten seien sie bloss wegen 2 % der ihnen angelasteten Drogenmenge bzw. des damit in strafbarer Weise erzielten Umsatzes verurteilt worden. Trotzdem seien ihnen ohne Begründung rund 20 % der erst- und zweitinstanzlichen Verfahrenskosten auferlegt worden, was willkürlich sei. Das Gleiche gelte für die Festsetzung der Parteientschädigung. Bei einer vollen Entschädigung im Falle eines Freispruches hätten sie nach den Kostennoten ihres Vertreters für das Verfahren vor der ersten Instanz eine solche von Fr. 14'343.60 und für dasjenige vor der zweiten Instanz eine solche von Fr. 6'913.40 zugute gehabt. Bei einer Verurteilungsquote von bloss 2 % hätten sie daher Parteientschädigungen in der Grössenordnung von 98 % dieser Beträge zugesprochen erhalten müssen, nicht bloss von 70-72 %.
7.2 Die Beschwerdeführer rügen nicht, das Kantonsgericht habe bei der Festlegung und Verteilung der Kosten und Entschädigungen das kantonale Prozessrecht verletzt. Sie werfen ihm lediglich vor, dabei willkürlich vorgegangen zu sein.
Davon kann keine Rede sein. Die Kosten wurden vom Kantonsgericht nach dem allseits üblichen Unterliegerprinzip verteilt, wonach der Verurteilte die Kosten nach Massgabe seiner Verurteilung ganz oder teilweise zu tragen hat. Bei der Kostenverlegung kommt dem Gericht ein erheblicher Ermessenspielraum zu. Sie erschöpft sich jedenfalls nicht in einer Prozentrechnung, zumal die erzeugte und gehandelte Drogenmenge bzw. der damit erzielte Umsatz bei Betäubungsmitteldelikten zwar einen rechtserheblichen Gesichtspunkt für die Beurteilung der Tatschwere darstellt, aber keineswegs den einzigen oder allein ausschlaggebenden. Vorliegend wurden die Beschwerdeführer vom Kantonsgericht zwar von besonders ins Gewicht fallenden Anklagepunkten freigesprochen (Verbrechen gegen das Betäubungsmittelgesetz), hingegen für andere, keineswegs zu bagatellisierende Straftaten verurteilt. Das Kantonsgericht ist daher nicht in Willkür verfallen, indem es den Beschwerdeführern die erstinstanzlichen Kosten zu gut einem Fünftel und die zweitinstanzlichen zu einem Zehntel auferlegte und ihnen massvoll reduzierte Parteientschädigungen zusprach. Die Begründung dieser Kostenverlegung und der Festsetzung der Parteientschädigung mit dem Hinweis auf den Ausgang des Verfahrens genügt den verfassungsrechtlichen Anforderungen.
8. Die Beschwerde ist, soweit darauf einzutreten ist, teilweise gutzuheissen und im Übrigen abzuweisen. Die Gutheissung betrifft einen unbedeutenden Nebenpunkt. Den Beschwerdeführern sind dementsprechend die leicht reduzierten Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG), und der Kanton Schwyz hat den Beschwerdeführern eine stark reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird Dispositiv-Ziffer 2 des Urteils des Kantonsgerichts Schwyz vom 30. September 2008 aufgehoben und wie folgt neu gefasst:
"Die Angeklagten werden des Vergehens gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 schuldig gesprochen und mit Geldstrafen von je 150 Tagessätzen à 60 Franken bestraft, bedingt vollziehbar bei einer Probezeit von zwei Jahren und unter Anrechnung eines Hafttages an die Strafe von Y._. Im Übrigen werden die Angeklagten von den Anklagen freigesprochen, soweit die Verfahren nicht einzustellen sind."
1.2 Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens in Höhe von 3'000 Franken werden den Beschwerdeführern je zur Hälfte auferlegt, unter solidarischer Haftung für den ganzen Betrag.
3. Der Kanton Schwyz hat den Beschwerdeführern für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von je 250 Franken zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Schwyz, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi