Sachverhalt:
A.
Die Eheleute A. und B.X._ sind mit Ehevertrag vom 21. März 1989 vom Güterstand der Errungenschaftsbeteiligung zum Güterstand der Gütertrennung gewechselt. Zugleich haben die Eheleute einen Vertrag auf Eigentumsübertragung infolge güterrechtlicher Auseinandersetzung und Schenkung abgeschlossen.
Zur Abgeltung des hälftigen Anteils von B.X._ an der bisherigen Gesamterrungenschaft beider Ehegatten hat A.X._ der Ehefrau unter anderem eine im Bau befindliche Stockwerkeigentumseinheit in der Gemeinde K._ übertragen. Die Einheit befand sich vormals im Geschäftsvermögen des Ehemanns, der als Liegenschaftenhändler tätig war. Auf der gemeinschaftlichen Liegenschaft lastete ein Grundpfandrecht, welches zur Sicherung einer Baukreditschuld diente. Die Ehefrau ist im Vertrag auf Eigentumsübertragung in diese Baukreditschuld eingetreten, mit solidarischer Haftung gegen aussen und unter Übernahme der Hälfte des auf den Ehemann entfallenden Schuldanteils im internen Verhältnis. Da die Ehefrau durch die Eigentumsübertragung (abzüglich des Schuldeintritts) mehr erhielt, als sie aus der güterrechtlichen Auseinandersetzung fordern konnte, stand dem Ehemann eine Ausgleichsforderung zu, welche er der Ehefrau schenkungsweise erliess.
Am 5. August 2005 hat B.X._ die Stockwerkeigentumseinheit verkauft.
B.
Die Eheleute A. und B.X._ deklarierten in ihrer Steuererklärung 2005 ein steuerbares Einkommen von Fr. 195'925.--. Das Steueramt des Kantons Zürich veranlagte die Eheleute am 1. Dezember 2010 zu einem steuerbaren Einkommen von Fr. 749'500.--, wobei aufgrund der Einschätzung des zuständigen Steuerkommissärs der Gewinn aus dem Verkauf der Stockwerkeigentumseinheit in der Höhe von Fr. 550'000.-- als Einkommen aus gewerbsmässigem Liegenschaftenhandel aufgerechnet wurde. Die dagegen erhobene Einsprache wies das Steueramt des Kantons Zürich am 2. Dezember 2011ab. Die anschliessende Beschwerde hiess das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich am 18. Juni 2012 gut und reduzierte das steuerbare Einkommen um die Aufrechnung des Liegenschaftsgewinns. Dagegen erhob das Steueramt des Kantons Zürich Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, die mit Urteil vom 31. Oktober 2012 gutgeheissen wurde.
C.
Vor Bundesgericht beantragen die Eheleute A. und B.X._, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 31. Oktober 2012 aufzuheben und das steuerbare Einkommen auf Fr. 199'532.-- festzusetzen, eventualiter die Angelegenheit an die Vorinstanz bzw. die Steuerverwaltung des Kantons Zürich zurückzuweisen zwecks Festsetzung des steuerbaren Einkommens auf Fr. 199'532.--.
Das Steueramt des Kantons Zürich, die Eidgenössische Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist.

Erwägungen:
1.
1.1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid. Dagegen steht gemäss <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> (SR 642.11) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Auf das form- und fristgerecht eingereichte Rechtsmittel der hierzu legitimierten Beschwerdeführer (vgl. <ref-law>) ist einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.6 S. 280 mit Hinweis). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, darin eingeschlossen solcher, die sich aus Völkerrecht ergeben, gilt eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 76 f.; <ref-ruling> E. 5.2 S. 373, 274 E. 1.6 S. 280 f.).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Es kann die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung bloss berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in einem entscheidwesentlichen Punkt klar und eindeutig mangelhaft erscheint (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.6 S. 281; <ref-ruling> E. 1.4 S. 336; <ref-ruling> E. 7.4 S. 230).
2.
2.1. Strittig ist, ob der bei der Veräusserung der Stockwerkeigentumseinheit durch die Beschwerdeführerin 2 erzielte Gewinn der direkten Bundessteuer unterliegt. Aufgrund der Generalklauseln von Art. 16 Abs. 1 und Art. 18 Abs. 1 DBG unterliegen der Einkommenssteuer alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte aus einer selbständigen Erwerbstätigkeit. Dazu zählen auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen. Steuerfrei sind laut <ref-law> einzig Kapitalgewinne aus der Veräusserung von Privatvermögen. Ein der direkten Bundessteuer unterliegender Kapitalgewinn liegt daher nur vor, sofern die Stockwerkeigentumseinheit Geschäftsvermögen bildete, nicht aber, wenn sie zum Privatvermögen zählte (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 421 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 119 und E. 6a S. 124; zum Ganzen jüngst Urteil 2C_1273/2012 vom 13. Juni 2013 E. 2).
2.2. Geschäftsvermögen liegt vor, wenn der Vermögenswert ganz oder vorwiegend der selbständigen Erwerbstätigkeit dient (<ref-law>; Urteil 2C_802/2012, 2C_803/2012 vom 8. Januar 2013 E. 2.2, in: StE 2013 B 23.2 Nr. 42). Ob ein Wertgegenstand dem Privat- oder dem Geschäftsvermögen zuzuordnen ist, entscheidet sich aufgrund einer Würdigung aller in Betracht kommenden tatsächlichen Umstände. Ausschlaggebendes Zuteilungskriterium ist die aktuelle technisch-wirtschaftliche Funktion des fraglichen Vermögensgegenstands. Verlangt wird, dass der Vermögenswert tatsächlich der selbständigen Erwerbstätigkeit dient (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2 S. 422; <ref-ruling> E. 4c/aa S. 354 f.), sei es unmittelbar durch seine Beschaffenheit oder als Sicherheit für Betriebskredite, sei es mittelbar als notwendiges Betriebskapital oder als Betriebsreserve (BGE 70 I 257 E. 3 S. 261). Höchstens von untergeordneter Bedeutung sind das Erwerbsmotiv, die Mittelherkunft oder die buchhalterische Behandlung (<ref-ruling> E. 1 S. 467; Urteile 2C_996/2012, 2C_997/2012 vom 19. April 2013 E. 5.1; 2C_802/2012 vom 8. Januar 2013 E. 2.2). Dieselben Kriterien gelten im Bereich von Liegenschaften, soweit sie aufgrund ihrer Beschaffenheit überhaupt geeignet sind, sowohl dem Privat- als auch dem Geschäftsvermögen anzugehören; auch hier entscheidet in erster Linie die tatsächliche technisch-wirtschaftliche Funktion über die Massenzuweisung (<ref-ruling> E. 3.3 S. 422 f.).
2.3.
2.3.1. Vorliegend hat die Ehefrau das streitbetroffene Grundstück infolge eines Wechsels des Güterstandes unter ungetrennt lebenden Ehegatten erworben. Bei einem solchen Wechsel ist es möglich, dass ein Vermögenswert weiterhin im geschäftlichen Interesse eingesetzt wird, obwohl die Eigentumsverhältnisse infolge der güterrechtlichen Auseinandersetzung ändern. Grundsätzlich kann zwar nur Geschäftsvermögen sein, was zivilrechtlich im Eigentum des Unternehmerehegatten steht (<ref-ruling> E. 2a S. 123; Urteile 2A.52/2003 vom 23. Januar 2004 E. 3.2, in: StE 2004 A 21.14 Nr. 15; 2A.107/2002 vom 6. September 2002 E. 1.3, in: StE 2003 B 96.21 Nr. 10). Eine Ausnahme gilt jedoch bei in ungetrennter Ehe lebenden Ehegatten, soweit diese bei der Führung eines Geschäfts eine wirtschaftliche Einheit bilden (<ref-ruling> E. 2b S. 124 f.; JULIA VON AH, Die Besteuerung Selbständigerwerbender, 2. Aufl. 2011, S. 38 f.). Nicht erforderlich ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung, dass die Ehegatten eine einfache Gesellschaft (<ref-law>) oder eine Personengesellschaft des Handelsrechts bilden. Das tatsächliche Zusammenarbeiten in Verwirklichung der zwischen Ehegatten im Allgemeinen herrschenden wirtschaftlichen Einheit genügt (<ref-ruling> E. 2 b/bb S. 125). Auf eine Zuordnung der Vermögenswerte hat das Bundesgericht unter Verweis auf die Gemeinschaftsbesteuerung verzichtet (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2b/aa S. 125).
2.3.2. Diese Rechtsprechung ist in der Lehre insoweit auf Kritik gestossen, als das Bundesgericht auf eine Zuordnung der Vermögenswerte verzichtet hat und zu pauschal von einer wirtschaftlichen Einheit der Ehegatten ausgegangen sei ( MADELEINE SIMONEK, Die Abgrenzung des Geschäfts- vom Privatvermögen zwischen Ehegatten, ASA 65 S. 513 ff.). Ein Vermögenswert könne nur dann dem Geschäftsvermögen des Unternehmerehegatten zugerechnet werden, wenn dieser wirtschaftlicher Eigentümer sei. Geschäftsvermögen des Ehepartners liege dagegen vor, wenn dieser eine Mitunternehmerstellung einnehme. Dabei genüge beim Güterstand der Errungenschaftsbeteiligung eine faktische Mitunternehmerschaft, während bei der Gütertrennung ein - allenfalls konkludent abgeschlossener - Gesellschaftsvertrag vorliegen müsse ( SIMONEK, a.a.O., S. 522 ff.). In diesen Fällen ist der Ehepartner ebenfalls selbständig erwerbstätig ( VON AH, a.a.O., S. 39). Auf diese Differenzierung braucht vorliegend jedoch nicht näher eingegangen zu werden (vgl. auch Urteil 2C_379/2008 vom 4. Dezember 2008 E. 2.4, in: StE 2009 B 23.43.1 Nr. 6).
2.4. Soweit die aktuelle technisch-wirtschaftliche Funktion eines Vermögenswertes aus den tatsächlichen Umständen nicht klar erkennbar ist, kann dem Willen und der Sachdarstellung der steuerpflichtigen Person eine wichtige Bedeutung zukommen. Dazu zählen etwa Indizien wie die buchmässige Behandlung des fraglichen Vermögenswertes oder Erklärungen in der Steuererklärung bzw. deren Beilagen (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 83 f.; Urteile 2A.700/2004 vom 26. Mai 2005 E. 4.3.1 und E. 4.4.2, in: NStP 59/2005 S. 91 ff.; 2A.186/1991 vom 10. Januar 1992 E. 3c, in: StE 1993 B 23.2 Nr. 11; MARTIN ARNOLD, Geschäfts- und Privatvermögen im schweizerischen Einkommenssteuerrecht, ASA 75 S. 265 ff., 281; MARKUS REICH, Steuerrecht, 2. Aufl. 2012, § 15 Rz. 35 ff.). Dabei ist eine Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen nicht durch blossen Zeitablauf, sondern erst in demjenigen Zeitpunkt anzunehmen, in dem die steuerpflichtige Person klar und deutlich - durch ausdrückliches oder konkludentes Handeln - gegenüber den Steuerbehörden ihren Willen zur Überführung des Vermögenswertes geäussert hat (BGE <ref-ruling> E. 6c S. 125 ff.; Urteile 2C_996/2012, 2C_997/2012 vom 19. April 2013 E. 6.2; 2C_297/2012, 2C_300/2012 vom 17. Oktober 2012 E. 4.2; je mit Hinweisen).
3.
3.1. Nach dem Prinzip der gemischten Veranlagung - das bereits unter der Ordnung des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt; BS 6 350) galt - stellen die Veranlagungsbehörden zusammen mit der steuerpflichtigen Person die für eine vollständige und richtige Besteuerung massgebenden tatsächlichen und rechtlichen Verhältnisse fest (<ref-law>; Art. 77 ff. BdBSt; KÄNZIG/BEHNISCH, Die direkte Bundessteuer, II. Teil, 2. Aufl. 1992, N. 1 zu Art. 77 BdBSt). Daraus geht zunächst hervor, dass Behörden und steuerpflichtige Personen grundsätzlich gemeinsam auf eine richtige und vollständige Veranlagung hinarbeiten. Die steuerpflichtige Person hat alles zu tun, um eine vollständige und richtige Veranlagung zu ermöglichen (<ref-law>; Art. 89 BdBSt). Insbesondere muss sie das Formular für die Steuererklärung wahrheitsgemäss und vollständig ausfüllen (<ref-law>; Art. 86 BdBSt). Die steuerpflichtige Person trägt die Verantwortung für die Richtigkeit und Vollständigkeit ihrer Steuererklärung (Urteile 2C_851/2011 vom 15. August 2012 E. 2.1, in: StR 67/2012 S. 759 ff.; 2C_494/2011, 2C_495/2011 vom 6. Juli 2012 E. 2.1.1, in: StE 2012 B 72.25 Nr. 2; 2C_223/2011 vom 13. September 2011 E. 2.2.1; 2C_26/2007 vom 10. Oktober 2007 E. 3.2.1, in: ASA 78 S. 308 ff.; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.6.1 S. 51).
3.2. Wenn der Steuerpflichtige als Buchführungspflichtiger trotz Mahnung überhaupt keine oder zur Ermittlung der Steuerfaktoren untaugliche Bücher vorlegt oder die geforderten Ausweise nicht beibringt, wird die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vorgenommen (<ref-law>; Art. 92 Abs. 1 BdBSt; Urteil 2A.351/1998 vom 15. Oktober 1999 E. 2a). Bei der Ermessenseinschätzung hat die Steuerbehörde nach pflichtgemässem Ermessen von Amtes wegen alle Unterlagen zu berücksichtigen, die ihr zur Verfügung stehen. Es kann von ihr jedoch nicht die Durchführung allzu eingehender Untersuchungen und Abklärungen verlangt werden, besonders wenn sie nicht über beweiskräftige Unterlagen verfügt (Urteil 2A.166/2002 vom 11. Oktober 2002 E. 2.2 mit Hinweisen). Die Steuerbehörde hat eine vorsichtige Schätzung vorzunehmen, die dem wirklichen Sachverhalt möglichst nahe kommt, ohne allerdings dazu verpflichtet zu sein, bei der durch das Verhalten der steuerpflichtigen Person bedingten Ermessensbetätigung im Zweifelsfall die für diese günstigste Annahme zu treffen: Es soll vermieden werden, dass derjenige Steuerpflichtige, der für die Möglichkeit der Nachprüfung der von ihm erklärten Verhältnisse Sorge getragen hat, höhere Steuern zu bezahlen hat als derjenige, bei dem eine solche Nachprüfung aus von ihm zu vertretenden Gründen unmöglich ist. Die Verletzung von Verfahrenspflichten darf sich nicht lohnen (Urteile 2C_835/2011 vom 4. Juni 2012 E. 4.3, in: StR 67/2012 S. 709; 2C_441/2008 vom 30. Januar 2009 E. 2.2; 2A.384/2003 vom 29. Januar 2004 E. 2.2; ASA 58 S. 670 ff., 673 f.; je mit Hinweisen).
4.
4.1. Entscheidend ist vorliegend, welchem Zweck die streitbetroffene Stockwerkeigentumseinheit nach der Handänderung im Jahr 1989 gedient hat. Aufgrund der vorliegenden Umstände war für die Steuerbehörden nicht klar erkennbar, ob eine Überführung in das Privatvermögen der Ehefrau stattgefunden hatte. Zwar spricht die den Steuerbehörden angezeigte Handänderung für eine Überführung, doch äusserten sich die Beschwerdeführer im Veranlagungsverfahren zugleich dahin gehend, das Grundstück auch nach der Handänderung dem bisherigen, geschäftlichen Verwendungszweck zur Verfügung stellen zu wollen.
4.2. So führten die Beschwerdeführer die Stockwerkeigentumseinheit in den Beilagen zur Steuererklärung 1991/92 (Bemessungsjahre: 1989/1990) und der Einsprache zur Ermessenstaxation 1993/94 (Bemessungsjahre: 1991/1992) weiterhin bei den Geschäftsliegenschaften des Ehemannes auf. Das ist ein Indiz für das Verfolgen eines gemeinsamen geschäftlichen Zwecks (vgl. Simonek, a.a.O., S. 531). Mangels zuverlässiger Unterlagen, insb. fehlender Jahresabschlüsse, musste das Einkommen aus selbständiger Erwerbstätigkeit in den Jahren 1991/92 geschätzt werden. Angesichts dieser Versäumnisse der Beschwerdeführer, die trotz Mahnung keine ordnungsgemässe Buchhaltung einreichten, war die Steuerbehörde vorliegend nicht gehalten, weitere Abklärungen vorzunehmen. Es geht nun nicht an, im Nachhinein die für die Steuerpflichtigen günstigste Annahme zu treffen (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 124).
4.3. Hinzu kommt, dass die Stockwerkeigentumseinheit auch nach der Handänderung weiterhin als Pfand zur Absicherung des Baukredites diente, welchem die Ehefrau als Solidarschuldnerin (im Aussenverhältnis) beigetreten war. Sowohl der Schuldbeitritt der Ehefrau in den Baukredit wie die Fortführung der Pfandhaftung der Liegenschaft für den Baukredit sprechen gegen eine Überführung in das Privatvermögen, sondern sind klare Hinweise darauf, dass die Stockwerkeigentumseinheit auch nach der Handänderung unverändert dem bisherigen - und neu gemeinsamen - geschäftlichen Zweck diente und damit nicht aus dem Geschäftsvermögen ausschied. Eine Realisation ist somit entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer nicht erstellt.
4.4. Ist damit in der Steuerperiode 1991/92 zu Recht keine Abrechnung erfolgt, ist auf die seit dem Erwerb durch den Ehemann im Jahr 1983 eingetretene Wertvermehrung abzustellen, die sich gemäss unbestrittener vorinstanzlicher Feststellung auf Fr. 550'000.-- beläuft. Dass das Grundstück zu einem späteren Zeitpunkt vom Geschäftsvermögen in das Privatvermögen der Ehefrau überführt worden wäre, ist nicht erstellt und wird von den Beschwerdeführern nicht vorgebracht.
5.
Aus dem Gesagten folgt, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Dem Verfahrensausgang entsprechend werden die unterlegenen Beschwerdeführer kostenpflichtig (vgl. <ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Juli 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Egli