Faits:
A. La société X._ AG (ou l'intimée) est immatriculée dans le registre de l'Administration fédérale des contributions depuis le 1er janvier 1995 en qualité d'assujettie au sens de l'art. 17 de l'ordonnance du 22 juin 1994 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RO 1994 II 1464 et les modifications ultérieures) et de l'art. 21 de la loi fédérale du 2 septembre 1999 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (loi sur la TVA, LTVA, entrée en vigueur le 1er janvier 2001; RS 641.20). Ses actionnaires sont la Fondation de famille A._ par l'intermédiaire de sa société holding, A._ Holding SA (ci-après: A._ Holding), à raison de 63,33%, et B._ Holding AG, à raison de 34,58%. Elle exploite un hôtel.
Un premier hôtel (150 lits) exploité à Z._ de 1875 à 1961 fut détruit par un incendie en 1961. Reconstruit d'abord sous une forme modeste en 1986 (20 lits et des appartements), il a été agrandi dès 1997 (132 lits et quatre appartements) et transformé en "hôtel de sport" 4 étoiles. Les fonds nécessaires à cette transformation et à la création d'une maison pour le personnel ont été mis à disposition en totalité, soit à raison de 62'904'445 fr. 05, par A._ Holding sous forme de prêt, aux dires de l'intimée. Celle-ci a déduit dans ses décomptes la TVA facturée par les maîtres d'état.
B. A la suite d'un contrôle effectué en juillet et août 2001, l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'Administration fédérale ou la recourante) a établi les décomptes complémentaires suivants:
- No 149491, du 27 novembre 2001, de 21'659 fr. plus intérêts pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 1995 au 31 décembre 2000.
- No 149492, du 27 novembre 2001, de 3'906 fr. plus intérêts pour la période du 1er janvier 2001 au 31 mars 2001.
- No 149502, du 15 avril 2002, de 4'288'135 fr. plus intérêts pour les périodes fiscales allant du 1er janvier 1996 au 31 mars 2001.
Ces décomptes complémentaires ont été confirmés par décision du 26 juin 2003.
Par décision sur réclamation du 10 décembre 2003, l'Administration fédérale constata que les montants de 21'659 fr. et 3'906 fr. n'étaient plus contestés (ch. 1 du dispositif) et qu'ils avaient été acquittés (ch. 3 al. 1 lettres a et b); elle rejeta la réclamation (ch. 2) et fixa le solde dû à 4'288'135 fr. (ch. 3 al. 2). Ce montant se justifiait par la réduction d'impôts préalables mis en compte. Selon l'Administration fédérale, les montants mis à disposition de l'intimée par A._ Holding ne pouvaient être considérés comme un prêt. Il n'existait pas de contrat écrit attestant le prêt, mais seulement un projet, sans date précise ni signature, de 2001. Par ailleurs, il ressortait de l'analyse de différents documents remis par X._ AG (business plan sur huit ans, récapitulation des investissements, tableaux de comparaison chiffrés, etc.) que le prêt en cause ne permettait pas d'obtenir une rentabilité appropriée, ni de maintenir le capital au regard des principes de l'économie d'entreprise, ni même d'assurer un rendement minimal par rapport aux moyennes de la branche. Il n'était pas justifié par l'usage commercial. Il devait être qualifié de don et comme il était en relation directe avec des dépenses de construction et de transformation, la déduction de l'impôt préalable devait être réduite proportionnellement. L'Administration fédérale invoquait sa notice no 23 « Contributions des actionnaires et des associés, contributions de tiers et contributions à des fins d'assainissement », dans sa nouvelle version révisée au 1er juillet 2003.
Le 26 janvier 2004, X._ AG a recouru contre cette décision à la Commission fédérale de recours en matière de contributions (ci-après: la Commission de recours), en faisant valoir que l'entreprise se développait normalement s'agissant d'hôtellerie de luxe, que A._ Holding lui avait remis une part de sa dette, à raison de 6'764'515 fr. 05, montant correspondant à la perte reportée au 31 octobre 2000 (5'106'515 fr.) et aux intérêts dus sur le prêt au 31 octobre 2001 (1'658'000 fr.), de façon "à partir de la première année d'exploitation avec un compte de pertes et profits à zéro". Elle n'avait par ailleurs qu'un seul créancier, la banque C._, pour un montant de 5'000'000 fr. Le montant avancé par A._ Holding était bien un prêt, et non un don, et donnait droit à la déduction de l'impôt préalable. Subsidiairement, elle demandait que la part justifiée par l'usage commercial du prêt fût déterminée selon les méthodes suggérées, le cas échéant avec l'aide d'un expert indépendant et neutre.
C. Par décision du 11 mars 2005, la Commission de recours a admis le recours de X._ AG dans le sens des considérants et annulé la décision sur réclamation. Considérant qu'un prêt est en principe exclu du champ de l'impôt selon les <ref-law> et 18 ch. 19 lettre a LTVA, sans droit à la déduction de l'impôt préalable, et que les apports des actionnaires à la société ne constituaient pas un échange de prestations, mais bien des "opérations hors du champ de la TVA au sens technique" qui ne pouvaient avoir d'effet sur l'impôt préalable déductible, elle a jugé que ni la partie de la dette de X._ AG représentant un prêt véritable, ni celle constituant un apport dissimulé de capital n'entraînaient de réduction de l'impôt préalable déductible. Il en allait de même des intérêts sur le prêt, auxquels avait renoncé A._ Holding: ils faisaient partie de l'apport en capital. La Commission de recours ne pouvait suivre la notice no 23 (dans sa version du 1er juillet 2003), selon laquelle les contributions non justifiées par l'usage commercial équivalent à des dons, des subventions ou d'autres contributions des pouvoirs publics conduisant à réduire la déduction de l'impôt préalable.
D. Agissant par la voie du recours de droit administratif, l'Administration fédérale demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision de la Commission de recours du 11 mars 2005 et de confirmer la décision sur réclamation du 10 décembre 2003, avec suite de frais et dépens. Selon elle, les montants versés sans lien économique avec une prestation imposable ne sont pas soumis à la TVA et les opérations réalisées grâce à ces montants ne font pas partie des affectations ouvrant le droit à la déduction de l'impôt préalable. Seules les opérations consenties en dehors d'un échange de prestations par un actionnaire direct et justifiées par l'usage commercial n'induisent pas de réduction de la déduction de l'impôt préalable; à défaut, elles sont qualifiées de dons et entraînent une telle réduction. En l'espèce, l'intimée se maintiendrait en activité non pas grâce à une rentabilité appropriée de ses fonds propres et étrangers, mais par l'apport de contributions de tiers qui ne peuvent être justifiées par l'usage commercial. Les versements en cause permettraient à l'intimée de réaliser son activité en abaissant ses prix et de fournir des prestations gratuites, ce qui pourrait constituer une distorsion de concurrence par rapport aux autres entreprises contraintes par les lois du marché à rentabiliser leurs capitaux sans aide externe. Les montants versés par A._ Holding ayant financé entièrement les investissements, la réduction de l'impôt préalable déductible devrait être totale.
La Commission de recours a renoncé à déposer des observations, tout en se reportant à sa décision. L'intimée conclut, sous suite de frais et dépens, au rejet du recours, à la confirmation de la décision du 11 mars 2005 de la Commission de recours et à l'autorisation de mettre en compte le montant de 4'288'133 fr. (recte: 4'288'135 fr.) au titre d'impôt préalable.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1.1 Dirigé contre une décision finale qui a été prise par une commission fédérale de recours (art. 98 lettre e OJ) et qui est fondée sur le droit public fédéral, le présent recours, qui a été déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi, est recevable en vertu des art. 97 ss OJ ainsi que des <ref-law> et 66 al. 1 LTVA.
En vertu des <ref-law> et 66 al. 2 LTVA, l'Administration fédérale a qualité pour recourir (art. 103 lettre b OJ).
1.2 L'intimée demande le retrait de la pièce 12 - qu'elle ne connaissait pas - du dossier de la recourante. Elle consent à son maintien si la pièce est interprétée en sa faveur. Il s'agit d'une lettre de la recourante au conseiller aux Etats D._ à propos des documents à produire par l'intimée.
Comme cette pièce ne joue aucun rôle pour l'issue de la cause, il est inutile de décider de son sort.
1.3 Dans la mesure où l'intimée demande autre chose que le rejet du recours, à savoir la mise en compte d'un montant de TVA au titre d'impôt préalable, ses conclusions sont irrecevables, car le recours de droit administratif ne connaît pas l'institution du recours joint (cf. 2A.253/2000, Archives 71 p. 251, consid. 1c).
2. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée, entrée en vigueur le 1er janvier 1995, a été remplacée par la loi fédérale du même nom, entrée en vigueur le 1er janvier 2001. Selon l'<ref-law>, les dispositions abrogées et leurs dispositions d'exécution restent applicables, sous réserve d'exceptions non réalisées en l'espèce, à tous les faits et rapports juridiques ayant pris naissance au cours de leur durée de validité. L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée s'applique dès lors au présent litige, dans la mesure où il porte sur les périodes fiscales allant du 1er trimestre 1996 au 4ème trimestre 2000 et la loi régissant la taxe sur la valeur ajoutée en tant qu'il s'agit du 1er trimestre 2001. Il faut admettre toutefois, avec les parties, que le droit applicable en l'espèce n'a pas été modifié par le changement de législation. Tout au plus la loi a-t-elle complété et clarifié certaines pratiques administratives développées sous le régime de l'ordonnance, de sorte que l'ensemble du litige est soumis à la même réglementation matérielle, quelle que soit la période fiscale considérée.
3. La recourante reproche à la Commission de recours d'avoir annulé le chiffre 1 du dispositif de la décision sur réclamation du 10 décembre 2003 qui constatait que les montants de 21'659 fr. et 3'906 fr. n'étaient plus contestés. Faute de motivation, la décision entreprise serait nulle sur ce point.
Il est exact que l'intimée n'a contesté ces deux montants ni dans la procédure de réclamation, ni dans celle de recours administratif et qu'elle les a même payés (ch. 3 al. 1 de la décision sur réclamation). Par conséquent, l'autorité intimée n'avait pas de raison d'annuler la décision sur réclamation sur ce point qui n'était pas litigieux. Le grief est donc bien fondé. Cette erreur résulte manifestement d'une inadvertance qu'il convient de corriger en annulant la décision attaquée sur ce point (et non en la déclarant nulle, comme le demande à tort la recourante).
4. 4.1 Selon l'<ref-law>, si l'assujetti utilise des biens et des services pour l'une des affectations justifiées par l'usage commercial indiquées à l'alinéa 2, il peut déduire dans son décompte les montants de l'impôt préalable que d'autres assujettis lui ont facturés pour des livraisons de biens et prestations de services, ceux qu'il a déclarés, payés ou versés lors de l'acquisition de prestations de services à l'étranger ainsi que l'impôt sur l'importation de biens (al. 1). Donnent droit à la déduction de l'impôt préalable en particulier les livraisons de biens imposables et les prestations de services imposables (al. 2 lettres a et b; pour d'autres affectations donnant droit à la déduction, cf. al. 2 lettres c et d et al. 3 de l'<ref-law>).
Sont notamment soumises à l'impôt les livraisons de biens faites à titre onéreux sur le territoire suisse, les prestations de services fournies à titre onéreux sur le territoire suisse et les prestations à soi-même, pour autant qu'elles soient effectuées par des assujettis (art. 5 lettres a à c LTVA). Une transaction est effectuée à titre onéreux, soit contre rémunération, s'il y a échange d'une prestation suffisamment concrétisée et d'une contre-prestation entre un ou plusieurs prestataires, dont l'un au moins est assujetti à la TVA, et un ou plusieurs bénéficiaires. Il faut aussi un rapport économique étroit entre la prestation et la contre-prestation, ce qui est notamment le cas si l'échange repose sur un contrat. Une livraison de biens ou une prestation de services n'est dès lors imposable que si elle est effectuée en échange d'une contre-prestation.
La TVA se calcule en principe sur la contre-prestation. Est réputé contre-prestation tout ce que le destinataire, ou un tiers à sa place, dépense en contrepartie de la livraison de biens ou de la prestation de services (<ref-law>).
Les art. 29, 4 et 26 OTVA consacrent une réglementation analogue.
4.2 Sont exclues du champ de l'impôt, à moins que l'assujetti n'ait opté pour leur imposition conformément à l'<ref-law>, et ne donnent par conséquent pas droit à la déduction de l'impôt préalable, les opérations mentionnées à l'<ref-law>, notamment l'octroi et la négociation de crédits, ainsi que la gestion de crédits par celui qui les a octroyés (art. 17 et 18 ch. 19 lettre a LTVA, cf. art. 13 et 14 ch. 15 lettre a OTVA). Bien que reposant en principe sur un échange de prestations, ces opérations échappent à l'impôt par choix du législateur pour des motifs de politique sociale, culturelle ou de systématique fiscale (par exemple l'opération ne correspond pas à une consommation ou provoquerait une double imposition) (Camenzind/Honauer/Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2ème éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2003, n. 650 ss).
4.3 N'entrent pas dans le domaine de la TVA les opérations qui ne correspondent pas à un échange de prestations (Nichtumsätze, non-opérations, non-transactions, activités qui ne sont pas considérées comme des opérations), parce qu'elles n'en remplissent pas les conditions. A titre d'exemples, la doctrine cite les donations et successions, les dommages-intérêts, les peines conventionnelles, les garanties, les subventions et autres contributions des pouvoirs publics, les dons et contributions privées, les dividendes, etc. (Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 153 ss et 307 ss; Dieter Metzger, Kurz-Kommentar zum MWSTG, Muri/Berne 2000, n. 9 ad art. 38).
L'ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée ne réglait - partiellement - que le traitement fiscal des subventions et autres contributions des pouvoirs publics, en précisant qu'elles ne faisaient pas partie de la contre-prestation (<ref-law>) et que la déduction de l'impôt préalable devait être réduite proportionnellement tant que l'assujetti recevait de tels montants (<ref-law>). La jurisprudence a réservé le même traitement aux dons et attributions bénévoles privés (<ref-ruling> consid. 8).
Les subventions et contributions des pouvoirs publics sont soumises au même régime selon les art. 33 al. 6 lettre b et 38 al. 8 LTVA. S'agissant des dons, l'<ref-law> précise que la contre-prestation comprend aussi les dons qui peuvent être considérés comme des contre-prestations directes, fournies au bénéficiaire. Cela signifie implicitement que les dons qui ne constituent pas des contre-prestations directes ne sont pas soumis à la TVA. Si l'assujetti reçoit des dons qui ne peuvent être considérés comme la contre-prestation d'une opération déterminée, il doit réduire proportionnellement l'impôt préalable (<ref-law>). Le régime des dons n'a donc pas été modifié non plus.
Une disposition nouvelle et plus générale énumère en revanche les opérations qui ne donnent pas droit à la déduction de l'impôt préalable. Ainsi sont mentionnées à titre exemplatif à l'<ref-law> les opérations exclues du champ de l'impôt, les activités qui ne sont pas considérées comme des opérations, les activités privées et les opérations exercées dans le cadre de la puissance publique. S'agissant des activités qui ne sont pas considérées comme des opérations (Nichtumsätze), il ressort des travaux préparatoires que le législateur a renoncé à les énumérer dans la loi, car "une telle décision serait notamment liée au risque de créer des vides juridiques" (rapport de la Commission de l'économie et des redevances du Conseil national [ci-après: rapport CER], FF 1996 V 701 ss, 719). Ainsi, on ne trouve aucune mention des apports d'un actionnaire à une société (libération du capital-actions, apports en nature, prestations à fonds perdu, abandon de créances, etc.), ni du traitement fiscal qui devrait leur être réservé. S'agissant des dividendes, le législateur a précisé que les dépenses en relation avec ceux-ci ne peuvent en tous les cas pas être exonérées d'impôt par l'intermédiaire de la déduction de l'impôt préalable, lorsque le but commercial de l'assujetti consiste principalement à détenir des participations. La diminution de l'impôt préalable déductible doit être fondée sur des critères objectifs, pour autant qu'une réduction ait lieu, car, souvent, celle-ci n'a pas lieu, de telles opérations ne reposant pas sur des prestations acquises avec la charge de la TVA. Au surplus, plusieurs méthodes sont possibles, le lien économique entre les différentes transactions devant être mis au premier plan dans la mesure du possible (rapport CER, FF 1996 V 701 ss, 719 et 769).
Sous une forme ou sous une autre, le droit à la déduction de l'impôt préalable se trouve ainsi réduit, qu'il s'agisse d'opérations exclues du champ de l'impôt ou d'activités qui ne sont pas considérées comme des opérations (Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 153 ss). Contrairement à ce qu'affirme la décision attaquée (consid. 3d/cc et 4d), on ne saurait considérer que les "non-transactions" sont sans effet sur l'impôt préalable déductible.
5. 5.1 L'intimée a reçu de son actionnaire principal un prêt très important. Une faible partie de cette somme a fait l'objet d'un abandon de créance, de même que les intérêts, jusqu'au 31 octobre 2001.
Selon l'autorité intimée, le prêt - tant dans sa partie commercialement justifiée (au sens qu'elle aurait pu être accordée par un tiers) que pour son solde qui doit être qualifié d'apport dissimulé - ne justifie aucune réduction de la déduction de l'impôt préalable qui a grevé les dépenses d'investissements de l'intimée. Il en va de même de la part de la créance et des intérêts qui ont été abandonnés.
Pour la recourante, de telles opérations ne donnent droit à la déduction de l'impôt préalable que si elles proviennent d'un actionnaire direct, qu'elles sont consenties en dehors d'un échange de prestations et qu'elles sont justifiées par l'usage commercial. Cette dernière condition ne serait pas remplie en l'espèce, ce qui conduirait à la réduction "totale" de la déduction, les montants en cause représentant des dons.
Il convient dès lors de qualifier les diverses opérations précitées et de déterminer leurs effets sur la déduction de l'impôt préalable. On peut constater d'emblée que le prêt ainsi que l'abandon de créance et des intérêts accordés à l'intimée l'ont été par son actionnaire direct, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'examiner quelle solution devrait être adoptée dans le cas où de tels financements sont consentis par des intéressés plus éloignés (sociétés soeur, fille, grand-mère, autres proches des actionnaires directs, ou même tiers). En effet, sous réserve de cas particuliers (par exemple la société anonyme à but idéal, <ref-law>), le rapport d'actionnariat crée une situation particulière entre la société et son actionnaire, comme le relève l'autorité intimée (cf. décision attaquée, consid. 3d/aa). Celui-ci n'entretient pas des relations bénévoles ou gratuites avec la société car, grâce aux droits que lui confèrent ses actions, il compte bénéficier d'un retour des prestations qu'il lui consent. La situation de tiers ou de personnes qui ne participeraient que de façon médiate à la société apparaît différente, car ceux-ci n'ont pas de moyens d'action directs vis-à-vis de la société.
6. 6.1 Les crédits, y compris les prêts, sont des opérations exclues du champ de l'impôt sans droit à la déduction de l'impôt préalable chez celui qui les octroie (<ref-law>, 14 ch. 15 lettre a OTVA). Ce n'est pas le versement des fonds et leur remboursement ultérieur qui représentent un échange de prestations à titre onéreux, mais bien la mise à disposition d'un capital contre un intérêt (ou d'autres rémunérations) (Dziadkowski/Walden, Umsatzsteuer, 4ème éd., Munich/Vienne 1996, p. 171 s.; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 802). L'emprunteur (auquel aucune TVA n'a d'ailleurs été facturée en sus des intérêts) n'a droit à aucune déduction de l'impôt préalable. Il ne peut non plus demander la déduction d'impôts préalables portant sur des prestations de conseils ou autres dépenses administratives en relation avec le prêt (notice no 16 concernant le traitement fiscal des chiffres d'affaires en relation avec des papiers-valeurs ainsi que le traitement fiscal des intérêts et des dividendes, éditée par l'Administration fédérale le 16 août 1995, ch. 2.1 par analogie; voir aussi la brochure spéciale no 610.526-01 « Modifications de la pratique valables à partir du 1er janvier 2005 » [ci-après: Modifications de la pratique], éditée par l'Administration fédérale, ch. 2.4).
6.2 La qualification des apports des (futurs) actionnaires à une société est loin d'être univoque. A en croire la doctrine allemande et autrichienne, l'apport, lors de la création de la société, peut être considéré comme un échange de prestations (prestations en espèces ou en nature contre des droits d'actionnariat), du moins en cas d'apports en nature; au cours de la vie de la société, l'apport serait assimilé à une activité considérée comme ne relevant pas de la TVA (non-transaction). Selon d'autres avis, les droits de sociétariat ne représenteraient pas une contre-prestation; celle-ci consisterait en un avoir pour balance (Auseinandersetzungsguthaben), ou en l'extinction de l'obligation de procéder à l'apport ou encore en l'augmentation de valeur de la participation. L'opinion selon laquelle l'apport serait de manière générale une opération non imposable est également soutenue. Il en irait de même des apports dissimulés et des versements supplémentaires d'actionnaires, qui ne font l'objet d'aucune contre-prestation (Hans Georg Ruppe, Umsatzsteuergesetz, Kommentar, 3ème éd., Vienne 2005, n. 77 ss, 83 ad § 1; Dziadkowski/Walden, op. cit., p. 89 ss; Bunjes/Geist, Umsatzsteuergesetz, Kommentar, 8ème éd., Munich 2005, n. 45 ss ad § 1; Wolfram Birkenfeld, Das grosse Umsatzsteuer-Handbuch, Cologne 1996 ss, vol. I, § 50, n. 533 ss, 560 ss). La doctrine suisse considère les apports à une société comme des activités ne relevant pas de la TVA, faute d'échange de prestations. Il en irait de même des abandons de créances et prestations à fonds perdu des actionnaires (Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 450 ss). En contrepartie, l'impôt préalable sur les opérations en rapport direct avec des apports n'est pas déductible (Metzger, op. cit., n. 8 et 9 ad art. 38; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 1419 s.). L'Administration fédérale partage cette opinion pour autant que les autres conditions qu'elle a posées soient remplies (cf. consid. 5.1 ci-dessus; notice no 23, précitée). Elle admet toutefois la déduction par la société bénéficiaire des apports de l'impôt préalable grevant les frais de constitution ainsi que les frais d'augmentation du capital, d'obtention de capitaux étrangers et les frais en relation avec des contributions d'assainissement (Modifications de la pratique, ch. 2.4, qui déroge à la notice no 16, précitée, ch. 3.1).
6.3 Au regard des considérations ci-dessus, il n'est pas nécessaire de qualifier de manière définitive les prêts et les apports. En effet, ces deux formes de financement des entreprises bénéficient d'un traitement identique, ce qui garantit leur neutralité au plan de la TVA. Une société doit pouvoir choisir entre un financement au moyen de fonds propres ou par emprunt, provenant de son ou de ses actionnaires directs, sans que des conséquences fiscales différentes n'influencent ce choix. A cet égard, la TVA se distingue des impôts directs où le choix du financement (capital propre dissimulé) peut conduire à une diminution indue d'impôt.
6.4 Ainsi, les prêts obtenus par l'intimée - qu'ils soient qualifiés de prêts véritables exonérés selon l'<ref-law> (<ref-law>) ou d'apports (le cas échéant dissimulés) considérés comme des "non-transactions" au sens de l'<ref-law> - ne sont pas soumis à la TVA et ne donnent pas droit, en principe, à la déduction de l'impôt préalable (Rivier/Rochat Pauchard, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, Fribourg 2000, p. 140).
A bon droit, l'autorité intimée a considéré que l'abandon de créance et la renonciation aux intérêts dus représentent également des apports. Il s'agit en effet d'opérations de financement, ou de refinancement par l'actionnaire, de même nature que la libération de la valeur nominale des actions, le versement d'un agio, des prestations à fonds perdu ou des versements supplémentaires (décision attaquée, consid. 3c/aa et 4d).
7.1 L'impôt préalable ne peut être déduit si les prestations acquises sont utilisées notamment pour une activité exclue du champ de l'impôt (art. 17 et 18 LTVA, art. 13 et 14 OTVA) ou qui n'est pas considérée comme une opération au sens de la TVA (<ref-law>). Cela ne signifie pas que la réduction de la déduction de l'impôt préalable soit semblable dans tous les cas.
Les dons et subventions visent à encourager et soutenir une activité qui ne serait pas viable par elle-même ou la commercialisation de produits ou de services à un prix réduit par rapport au marché; ils représentent des recettes supplémentaires qui complètent les chiffres d'affaires (imposables, exclus ou exonérés) du bénéficiaire. La réduction de l'impôt préalable doit en tenir compte (brochure spéciale no 06 « Réduction de la déduction de l'impôt préalable en cas de double affectation », éditée par l'Administration fédérale en septembre 2000, ch. 1.1.4).
Les apports - comme les prêts - représentent de simples moyens de financement permettant à la société qui les obtient d'exercer une activité génératrice de plus-value en suivant les lois du marché. Ils ne représentent donc pas des chiffres d'affaires complémentaires. Comme ils ne sont pas soumis à la TVA, ils entraînent la réduction de la déduction de l'impôt préalable, lorsqu'ils reposent sur des prestations qui ont été acquises par la société avec la charge de la taxe préalable. Dans la mesure où les prêts et apports sont en relation directe avec de telles prestations, la déduction de l'impôt qui grève celles-ci doit être refusée (Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 1420). Il n'est pas exclu non plus que l'impôt préalable grevant les frais administratifs généraux fasse l'objet d'une réduction appropriée, si ceux-ci sont en rapport avec les prêts et apports. Ce traitement différent ressort implicitement du texte légal qui prévoit une réduction "proportionnelle" dans le cas des dons et subventions (<ref-law>), alors que tel n'est pas le cas à l'alinéa 4 de l'<ref-law>. Que les apports et prêts servent ensuite à acquérir des biens ou services grevés de la TVA n'autorise pas à réduire la déduction de ces montants d'impôt préalable. Une éventuelle réduction dépendra en principe uniquement du caractère imposable ou non de l'activité à laquelle ces biens et services seront affectés (<ref-law>).
S'agissant de la réduction induite par les prêts et apports, il appartiendra à la recourante d'examiner si elle entend maintenir la pratique libérale instaurée dans les Modifications de la pratique à partir du 1er janvier 2005 (cf. ci-dessus consid. 6.2 in fine) ou si elle préfère revenir à la pratique précédente conforme à la lettre de la loi.
7.2 En l'espèce, l'intimée a obtenu des prêts importants qu'elle a consacrés à financer ses investissements hôteliers. Quelle que soit la qualification de ces prêts (fonds étrangers ou apports dissimulés, y compris la part de la créance et les intérêts abandonnés), ils justifient la réduction de la déduction de l'impôt préalable qui a grevé les opérations à leur base (conseils, frais administratifs, etc.). En revanche, la déduction de l'impôt préalable grevant les investissements de l'intimée ne saurait être réduite, car ces opérations sont en relation avec l'activité hôtelière de l'intimée. Seul le caractère imposable (ou non) de cette activité est déterminant pour une éventuelle réduction de cette déduction. Il s'agit dès lors de savoir si celle-ci remplit les conditions de l'art. 38 al. 1 et 2 LTVA.
8. 8.1 Selon la recourante, les contributions des actionnaires (apports de capitaux, primes, aides et contributions versées à fonds perdu, abandon et postposition de créance en rapport avec des prêts, abandon ou réduction d'intérêts, etc.) ne seraient justifiées par l'usage commercial que pour autant que l'ensemble des circonstances permettent d'admettre que l'entreprise peut atteindre une rentabilité appropriée en tenant compte des principes de l'économie d'entreprise. Les prêts, apports et contributions doivent pouvoir être utilisés pour l'activité future et ne pas servir seulement à la compensation des pertes (notice no 23, précitée, ch. 2.1.3 et 2.2.1). A défaut, il s'agirait de dons qui donnent lieu à la réduction proportionnelle de l'impôt préalable. Tel serait le cas des prêts et autres contributions obtenus par l'intimée dont l'activité ne serait pas viable.
Pour l'autorité intimée, il serait manifeste que le rapport entre les fonds propres et les fonds empruntés de l'intimée est disproportionné. On peut toutefois faire l'économie d'une étude de rentabilité, car ni les apports en capital, qu'ils soient dissimulés sous forme de prêts ou qu'ils consistent en créances ou intérêts abandonnés, ni les prêts véritables ne donnent lieu à une diminution du droit de déduire l'impôt préalable.
L'intimée estime que son activité se développe positivement et que rien ne permet de considérer que les prêts en cause ne se justifieraient pas commercialement, de sorte que la réduction de la déduction de l'impôt préalable confinerait à l'arbitraire, d'autant que la recourante admet appliquer des critères variables et parfois subjectifs en fonction de la spécificité de chaque cas.
8.2 Aux termes de l'art. 38 al. 1 et 2 LTVA, les affectations qui donnent droit à la déduction de l'impôt préalable doivent être justifiées par l'usage commercial et sont les livraisons de biens imposables, les prestations de services imposables, les opérations pour lesquelles il y a eu imposition par option, la remise de cadeaux et d'échantillons à certaines conditions (al. 2), ainsi que les activités en relation avec l'étranger ou qui seraient imposables si l'assujetti les effectuait sur territoire suisse (al. 3 qui renvoie à l'al. 1). L'<ref-law> indiquait simplement que pour bénéficier de la déduction de l'impôt préalable, l'assujetti devait utiliser les biens ou prestations de services en cause "pour un des buts indiqués au 2e alinéa", ces buts étant par ailleurs identiques à ceux de l'<ref-law> (sous réserve d'une modification mineure s'agissant de la remise de cadeaux).
Ces formulations concrétisent positivement le principe constitutionnel selon lequel "les dépenses n'ayant pas de caractère commercial ne donnent pas droit à la déduction de l'impôt préalable" (art. 196 ch. 14 al. 1 lettre h in fine Cst.). La modification introduite à l'<ref-law> (utilisation pour des affectations "justifiées par l'usage commercial") devait notamment régler de manière plus générale le sort de l'impôt préalable grevant les dépenses de luxe, les frais de représentation et les frais de nourriture et de boissons (cf. <ref-law>, 30 al. 1 et 2 OTVA; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 1388 ss; Metzger, op. cit., n. 2 ad art. 38). Il n'en demeure pas moins que, sur le plan général, les biens et services qui ouvrent le droit à la déduction de l'impôt préalable doivent être affectés à des opérations imposables (sous réserve de la remise de cadeaux, art. 38 al. 2 lettre d LTVA, 29 al. 2 lettre d OTVA), seules celles dont il est établi qu'elles servent un but commercial justifiant la déduction. Cela exclut que les biens et services affectés à une consommation privée donnent droit à la déduction de l'impôt préalable. Cela vaut également lorsque le consommateur est un assujetti et qu'il affecte des biens et services à un autre but que son activité commerciale, soit à des opérations imposables (Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchsteuer, thèse Zurich 1998, p. 254, 259).
8.3 Le droit de déduire l'impôt préalable suppose une relation entre l'opération préalable grevée (Eingangsleistung) et l'opération imposable (Ausgangsleistung) à laquelle celle-là est affectée. La relation peut être directe (achat d'un produit qui est revendu). Elle peut être indirecte lorsque la prestation imposable est exécutée grâce à des biens et services grevés de l'impôt préalable qui n'entrent toutefois pas dans sa composition. Tel est le cas des moyens de production ou des biens d'investissement. Le lien entre les deux prestations est économique et les biens et services grevés que l'assujetti a acquis doivent pouvoir être imputés à son activité imposable (Riedo, op. cit., p. 254 ss, 256; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 1395).
La doctrine paraît divisée sur le point de savoir si une utilisation effective des biens et services grevés pour une affectation justifiée par l'usage commercial, c'est-à-dire une opération imposable, est exigée pour que l'impôt préalable puisse être déduit ou s'il suffit que l'assujetti ait eu l'intention d'utiliser les biens et services acquis pour l'une des affectations reconnues par la loi. Dans le premier cas, des opérations préalables qui échouent (Fehlmassnahmen), telles que des activités préparatoires non suivies d'effet, des marchandises ou des biens perdus ou détruits, ne donnent pas droit à la déduction de l'impôt préalable, puisqu'ils n'ont pas été utilisés pour l'une des affectations légales justifiées par l'usage commercial. Il y a dans ce cas consommation des biens en cause, aucune prestation imposable n'ayant été fournie grâce à eux. Selon une autre opinion, du moment que les biens et services grevés ont été acquis par un assujetti (une entreprise) en vue d'une affectation justifiée par l'usage commercial, le droit à la déduction de l'impôt préalable reste acquis, même si l'activité économique envisagée n'a pas débouché sur des opérations imposables. L'<ref-law> consacrerait la première solution, même si la pratique est souple (Riedo, op. cit., p. 257 ss; Camenzind/Honauer/Vallender, op. cit., n. 1395).
Dans une jurisprudence portant sur des états de fait voisins (dite de l'"erfolgloser Unternehmer"), la Cour de justice des Communautés européennes a jugé que celui qui manifestait l'intention, confirmée par des éléments objectifs, de commencer de manière indépendante une activité économique et qui effectue les premières dépenses d'investissement à ces fins doit être considéré comme assujetti et a le droit de déduire immédiatement la TVA due ou acquittée sur les dépenses d'investissement effectuées pour les besoins des opérations qu'il envisage de faire et qui ouvrent le droit à la déduction, sans devoir attendre le début de l'exploitation effective de son entreprise (arrêt du 21 mars 2000, Gabalfrisa SL, C-110/98 à C-147/98, Rec. 2000, p. I-1577, points 45 s.), et cela même lorsque l'administration fiscale sait dès la première liquidation de la taxe que l'activité envisagée, qui devait donner lieu à des opérations taxées, ne sera pas exercée (arrêt du 8 juin 2000, Breitsohl, C-400/98, Rec. 2000, p. I-4321, points 34 ss) (cf. Rivier/Rochat Pauchard, op. cit., p. 150; Riedo, op. cit., p. 261 qui critique cette jurisprudence qui s'écarterait de l'art. 17 al. 2 de la sixième directive; Ruppe, op. cit., n. 137 ad § 2; Bunjes/Geist, op. cit., n. 56 ad § 15 et la jurisprudence citée; Dziadkowski/Walden, op. cit., p. 223 ss qui citent également la position du Bundesfinanzhof, selon lequel, si des opérations taxables ne sont pas réalisées ultérieurement, la qualité d'assujettie de l'entreprise disparaît, de sorte que le droit à la déduction de l'impôt préalable s'éteint rétroactivement).
8.4 La loi régissant la taxe sur la valeur ajoutée, comme l'ordonnance du même nom, ne règle que de manière fragmentaire les relations entre le droit d'un assujetti à la déduction de l'impôt préalable et l'obtention de chiffres d'affaires imposables. L'assujettissement obligatoire ne commence pas en principe avec l'activité, même si elle est exercée en vue de réaliser des recettes, mais avec la réalisation d'un certain chiffre d'affaires imposable (<ref-law>, 17 ss OTVA). L'assujettissement facultatif commence bien avec le début de l'activité, mais l'Administration fédérale peut en fixer les conditions (<ref-law>, 20 OTVA). Dès lors, il est peu probable que se présentent des situations d'"erfolgloser Unternehmer", telles que jugées par la Cour de justice des Communautés européennes. Par ailleurs, l'<ref-law> (<ref-law>) règle le droit ultérieur au dégrèvement de l'impôt préalable. Au surplus, les règles générales sur la naissance du droit à la déduction de l'impôt préalable (<ref-law> et 29 al. 6 OTVA) et sur la naissance de la créance fiscale s'agissant de la fourniture de biens et de services (<ref-law> et 34 OTVA) s'appliquent.
En revanche, la législation ne pose aucune règle exigeant que la déduction de l'impôt préalable grevant des investissements ou des moyens de production soit répartie sur plusieurs périodes fiscales (en fonction de la durée d'utilisation de ces biens, par exemple). Elle n'exclut pas non plus que les décomptes de certaines périodes fiscales soient négatifs au détriment du fisc. L'<ref-law> envisage et règle même cette hypothèse. Il faut rappeler à cet égard que l'un des buts du passage de l'impôt sur le chiffre d'affaires à la TVA était l'élimination de la taxe occulte résultant notamment de l'imposition des biens d'investissement et moyens d'exploitation (cf. rapport de F. Matthey, BO CN 1993 p. 338). Le législateur n'a manifestement pas pris en compte l'éventualité d'une déflation, de dépressions économiques sectorielles ou générales, ni même de pertes subies par des entreprises particulières dont les livraisons imposables se révéleraient globalement d'un montant plus faible que les biens et services utilisés pour les produire et ouvrant le droit à la déduction de l'impôt préalable, et cela pendant plusieurs périodes fiscales, le cas échéant jusqu'au rétablissement de l'entreprise, avec ou sans assainissement, ou jusqu'à sa disparition.
9. 9.1 La recourante considère que les prêts et apports d'actionnaires directs - en tant qu'activités hors champ ou ne relevant pas de la TVA - n'entraînent une réduction de la déduction de l'impôt préalable limitée aux opérations qui en sont à la base (cf. ci-dessus consid. 7.2) que s'il est établi que l'entreprise peut atteindre une rentabilité appropriée au moment de leur versement. A défaut, il s'agirait de dons entraînant la réduction proportionnelle de l'impôt préalable grevant les investissements qu'ils ont servi à financer, cette dernière réduction étant dans les faits plus lourde que la première. Par ces qualifications, la recourante instaure implicitement un rapport étroit entre la déduction de l'impôt préalable grevant les dépenses d'investissement et le financement de celles-ci.
9.2 La recourante ne peut être suivie lorsqu'elle introduit la notion de "rentabilité appropriée". Comme le relève l'intimée, celle-ci provoque une insécurité juridique importante en particulier lorsqu'aucun critère précis n'est posé et que l'Administration fédérale prétend adapter son interprétation aux spécificités de chaque cas. Une telle méthode est en contradiction avec le système de l'auto-taxation de l'assujetti, tel que le connaît la TVA. En outre, au plan du droit matériel, ce critère apparaît étranger à la TVA. Certes, la réalisation d'un bénéfice, des liquidités suffisantes et des actifs permettant d'honorer ses engagements sont des conditions économiques nécessaires à la survie d'une entreprise commerciale. L'article 21 LTVA prévoit toutefois expressément que, si l'exercice de manière indépendante d'une activité commerciale ou professionnelle en vue de réaliser des recettes est nécessaire pour être assujetti, tel n'est pas le cas de la poursuite d'un but lucratif. Le principe de la neutralité concurrentielle ne saurait non plus être invoqué à l'appui du critère développé par la recourante. Contrairement aux entreprises subventionnées, l'intimée ne pratique pas des prix inférieurs au marché; du moins, aucune partie ne l'a prétendu. Il est vrai que si elle devait couvrir l'entier des charges résultant d'un même financement accordé par des tiers, l'intimée ne survivrait probablement pas, car elle ne parviendrait pas à augmenter ses prix dans la mesure nécessaire; le marché précisément le lui interdirait. Par ailleurs, la recourante s'en prend essentiellement au fait que le financement consiste en fonds étrangers, du moins apparemment. Or, du point de vue de la TVA, l'intimée serait dans la même situation si elle était financée entièrement par des fonds propres des actionnaires directs. Implicitement, c'est le mode de financement que la recourante considère comme non justifié par l'usage commercial, alors que seule son importance - et les dépenses qu'il permet - joue un rôle.
En conséquence, le rapport que la recourante tente d'établir entre le financement mis à disposition de l'intimée et la déduction de l'impôt préalable grevant les biens et services acquis et utilisés en vue de son activité hôtelière apparaît erroné. La relation déterminante pour la déduction de l'impôt préalable est celle qui doit exister entre les biens et services grevés de l'impôt préalable et leur utilisation pour effectuer des opérations imposables.
9.3 Ainsi, les prêts et apports - dissimulés ou non - des actionnaires directs demeurent des opérations exclues du champ de l'impôt ou qui ne relèvent pas de la TVA selon l'<ref-law>; ils ne se transforment pas en dons quels que soient leurs montants et les résultats de la société assujettie. Leur incidence se limite à supprimer la déduction de l'impôt préalable qui grève les opérations qui les fondent.
Dans ces conditions, il est inutile d'examiner si la recourante était en droit de modifier sa pratique et d'appliquer rétroactivement au 1er janvier 1995 la notice no 23 dans sa version révisée du 1er juillet 2003.
Dans ces conditions, il est inutile d'examiner si la recourante était en droit de modifier sa pratique et d'appliquer rétroactivement au 1er janvier 1995 la notice no 23 dans sa version révisée du 1er juillet 2003.
10. Comme la déduction de l'impôt préalable grevant les biens et services acquis dépend de leur utilisation effective pour effectuer des opérations imposables, la question se pose de savoir si cette déduction est remise en cause lorsque le nombre ou l'importance des opérations imposables est insuffisant. En cas de disproportion manifeste, comme en l'espèce, la recourante peut légitimement en rechercher les causes, car il n'est pas usuel qu'un actionnaire finance à perte indéfiniment une société assujettie.
La cause de la disproportion peut être recherchée dans les biens et services acquis par l'assujettie, qui seraient pour une part sans relation avec les opérations imposables qu'elle entend fournir, étant entendu que de simples erreurs d'appréciation ou de gestion ne sauraient suffire à rompre le rapport entre opérations préalables et prestations fournies. Les biens et services qui ne seraient pas utilisés pour une affectation justifiée par l'usage commercial relèvent d'une consommation finale de l'assujettie. Le déséquilibre peut également avoir sa source dans les prestations fournies dont seule une partie remplirait les conditions de l'<ref-law> et représenterait une affectation justifiée par l'usage commercial. Tel serait le cas si la société, à part ses buts commerciaux, en poursuivait d'autres, dissimulés, destinés à satisfaire par exemple un hobby ou certains goûts de luxe de l'actionnaire, tel un mécénat dépourvu de fins publicitaires (consommation privée). Cela peut aussi être le cas si, dans le cadre de son activité commerciale, la société poursuit d'autres fins, représentant des opérations exclues du champ de l'impôt, telles des prestations de services culturelles (art. 18 ch. 14 et 16 LTVA par exemple) (double affectation selon l'<ref-law>). Au surplus, les cas où une évasion fiscale serait réalisée doivent être réservés.
En revanche, dans la mesure où qualitativement les biens et services acquis grevés de la TVA sont effectivement utilisés pour une affectation justifiée par l'usage commercial, rien ne légitime une réduction de la déduction de l'impôt préalable. Le seul fait que l'impôt préalable mis en compte soit égal ou supérieur à la taxe due sur les opérations imposables ne permet pas encore de conclure que des biens et services n'auraient pas été effectivement utilisés pour une des affectations légales. En effet, il est douteux que l'Administration fédérale puisse corriger un tel déséquilibre - purement quantitatif - dans le cadre de sa pratique. Il appartient en principe au législateur de décider, par exemple, si la déduction de l'impôt préalable grevant des investissements doit être répartie sur un certain nombre de périodes fiscales ou si des décomptes négatifs en défaveur du fisc ne sauraient être tolérés que pendant un laps de temps limité.
Dans le cas particulier, il ne fait pas de doute que l'activité hôtelière de l'intimée constitue une affectation donnant droit à la déduction de l'impôt préalable selon l'<ref-law>. En outre, l'activité est effective; elle ne relève pas de la simple intention. Enfin, il n'apparaît pas que l'intimée satisfasse une consommation finale ou privée de ses actionnaires ou poursuive d'autres buts exclus du champ de l'impôt dans le cadre de son activité hôtelière: l'exploitation de l'hôtel a débuté il y a plusieurs années et semble se développer positivement; l'existence, à côté de A._ Holding, d'un autre actionnaire important, à savoir B._ Holding AG, qui, avec une participation de 34,58%, est en mesure d'empêcher une modification du but social de l'intimée (<ref-law>), permet d'exclure que celle-ci poursuive des buts privés, car cela serait contraire aux intérêts de l'actionnaire minoritaire; la recourante elle-même n'a du reste jamais allégué que l'intimée poursuivrait de tels buts.
Dans le cas particulier, il ne fait pas de doute que l'activité hôtelière de l'intimée constitue une affectation donnant droit à la déduction de l'impôt préalable selon l'<ref-law>. En outre, l'activité est effective; elle ne relève pas de la simple intention. Enfin, il n'apparaît pas que l'intimée satisfasse une consommation finale ou privée de ses actionnaires ou poursuive d'autres buts exclus du champ de l'impôt dans le cadre de son activité hôtelière: l'exploitation de l'hôtel a débuté il y a plusieurs années et semble se développer positivement; l'existence, à côté de A._ Holding, d'un autre actionnaire important, à savoir B._ Holding AG, qui, avec une participation de 34,58%, est en mesure d'empêcher une modification du but social de l'intimée (<ref-law>), permet d'exclure que celle-ci poursuive des buts privés, car cela serait contraire aux intérêts de l'actionnaire minoritaire; la recourante elle-même n'a du reste jamais allégué que l'intimée poursuivrait de tels buts.
11. Vu ce qui précède, le recours doit être admis partiellement au sens des considérants ci-dessus. La décision attaquée doit être annulée et la cause renvoyée à l'autorité intimée pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens et à l'Administration fédérale pour qu'elle rende une nouvelle décision sur le fond dans le sens des considérants du présent arrêt.
Succombant pour l'essentiel, la recourante, dont l'intérêt pécuniaire est en cause, doit supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 2 OJ). L'intimée a droit à des dépens légèrement réduits (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. La décision attaquée est annulée et la cause est renvoyée à l'autorité intimée pour qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de la procédure devant elle et à l'Administration fédérale des contributions pour qu'elle rende une nouvelle décision sur le fond dans le sens des considérants du présent arrêt.
2. Les frais judiciaires de 25'000 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimée une indemnité de dépens de 20'000 fr.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties et à la Commission fédérale de recours en matière de contributions.
Lausanne, le 9 août 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: