Faits:
A. Par jugement du 28 janvier 2009 complété le 2 février suivant, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de La Broye et du Nord Vaudois a déclaré X._ coupable d'actes d'ordre sexuel sur une personne incapable de discernement ou de résistance et l'a condamné à une peine privative de liberté de douze mois avec sursis pendant cinq ans, ainsi qu'à l'indemnisation par 3000 francs du tort moral infligé à Y._.
En bref, le tribunal a retenu les principaux éléments de faits suivants. A la suite de douleurs cervicales, Y._ s'est vu prescrire six séances de physiothérapie. Au cours de la troisième consultation donnée le 17 mai 2005, X._ lui a demandé de s'allonger sur son côté gauche en laissant ses fesses dépasser de la table de soins. En même temps qu'il lui massait la jambe droite, il a pressé son pénis en érection entre les fesses et contre les organes génitaux de la patiente. Cette dernière est restée tétanisée pendant que X._ a poursuivi ces agissements durant plusieurs minutes. Elle ne s'est plus rendue chez ce thérapeute.
B. Saisie d'un recours en nullité et en réforme du condamné, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté par arrêt du 6 juillet 2009.
C. X._ interjette un recours en matière pénale contre ce jugement, concluant à son acquittement. En outre, il sollicite le bénéfice de l'assistance judiciaire totale.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recourant se prévaut d'arbitraire dans la constatation des faits et l'appréciation des preuves, respectivement d'une violation du principe in dubio pro reo.
1.1 Il reproche aux autorités cantonales d'avoir retenu la version des faits relatée par Y._ alors que ses déclarations étaient entachées de contradictions et d'imprécisions. En effet, celle-ci s'était montrée incertaine s'agissant d'établir la date des consultations et de l'appel téléphonique d'un ami. Elle s'était contredite au moment d'évaluer la durée de la séance du 17 mai 2005. Elle avait été incapable de décrire sa position sur la table de massage ce jour-là. Elle avait évoqué tardivement de prétendus gémissements du thérapeute durant les faits. Elle avait été incohérente en prétendant - dans un deuxième temps et de manière invraisemblable - que X._, placé derrière elle, avait pressé son pénis en érection contre ses fesses et ses organes génitaux. Les juges ne pouvaient pas non plus se baser sur les déclarations de l'infirmier, du psychiatre et de l'éducatrice auprès desquels la victime s'était confiée. Ces témoins indirects s'étaient bornés à rapporter de simples ouï-dire, sans formellement exclure que cette dernière ait simulé des troubles psychiques. Les autorités cantonales ne pouvaient pas non plus écarter le témoignage de A._ qui avait été constant tout au long de la procédure et qui était corroboré par les propos de Y._ et de X._. Le fait que le témoin n'ait pas pu préciser la date de son passage impromptu au cabinet de X._ et qu'elle n'y ait pas aperçu Y._ ne discréditaient pas ses déclarations. Enfin, X._ met en cause l'appréciation par les juges de ses propres dépositions. Il fait valoir que la fausse indication d'une quatrième séance, de même que la facturation à la caisse d'assurance-maladie des cinquième et sixième consultations constituaient des éléments sans incidence sur l'issue du litige. Les juges avaient de surcroit faussement retenu que pour prodiguer les soins appropriés à la patiente, il avait dû se placer derrière elle. Au demeurant, il se prévaut d'une cabale orchestrée par Y._ qui connaissait B._, témoin à charge dans les poursuites engagées contre lui en 1998.
1.1 Il reproche aux autorités cantonales d'avoir retenu la version des faits relatée par Y._ alors que ses déclarations étaient entachées de contradictions et d'imprécisions. En effet, celle-ci s'était montrée incertaine s'agissant d'établir la date des consultations et de l'appel téléphonique d'un ami. Elle s'était contredite au moment d'évaluer la durée de la séance du 17 mai 2005. Elle avait été incapable de décrire sa position sur la table de massage ce jour-là. Elle avait évoqué tardivement de prétendus gémissements du thérapeute durant les faits. Elle avait été incohérente en prétendant - dans un deuxième temps et de manière invraisemblable - que X._, placé derrière elle, avait pressé son pénis en érection contre ses fesses et ses organes génitaux. Les juges ne pouvaient pas non plus se baser sur les déclarations de l'infirmier, du psychiatre et de l'éducatrice auprès desquels la victime s'était confiée. Ces témoins indirects s'étaient bornés à rapporter de simples ouï-dire, sans formellement exclure que cette dernière ait simulé des troubles psychiques. Les autorités cantonales ne pouvaient pas non plus écarter le témoignage de A._ qui avait été constant tout au long de la procédure et qui était corroboré par les propos de Y._ et de X._. Le fait que le témoin n'ait pas pu préciser la date de son passage impromptu au cabinet de X._ et qu'elle n'y ait pas aperçu Y._ ne discréditaient pas ses déclarations. Enfin, X._ met en cause l'appréciation par les juges de ses propres dépositions. Il fait valoir que la fausse indication d'une quatrième séance, de même que la facturation à la caisse d'assurance-maladie des cinquième et sixième consultations constituaient des éléments sans incidence sur l'issue du litige. Les juges avaient de surcroit faussement retenu que pour prodiguer les soins appropriés à la patiente, il avait dû se placer derrière elle. Au demeurant, il se prévaut d'une cabale orchestrée par Y._ qui connaissait B._, témoin à charge dans les poursuites engagées contre lui en 1998.
1.2 1.2.1 Dans la mesure où le recourant conteste l'appréciation de ses déclarations par le Tribunal correctionnel, pour la première fois, en instance fédérale, il se prévaut d'un grief irrecevable (v. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 93), faute d'épuisement des instances cantonales (<ref-law>).
1.2.2 Pour le reste de ses critiques, il n'allègue pas que les autorités cantonales auraient faussement retranscrit les déclarations des témoins entendus ou le contenu des pièces sur lesquelles elles se sont fondées. Il ne prétend pas non plus qu'elles auraient ignoré une preuve essentielle à la procédure. En particulier, il n'apparaît pas que les juges se soient manifestement mépris sur le sens et la portée des preuves retenues, ni qu'ils aient omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un autre moyen important et propre à modifier leur décision, ni qu'ils aient tiré des déductions insoutenables à partir des éléments recueillis. Le recourant se borne à porter en instance fédérale les griefs soulevés devant la juridiction cantonale et auxquels cette dernière a répondu de manière exhaustive et convaincante. Il ré-expose sa propre vision de l'ensemble du litige dans une démarche de nature appellatoire qui ne remplit à l'évidence pas les exigences de motivation, ni ne démontre que l'appréciation cantonale serait insoutenable (v. art. 42 al. 1, 106 al. 2 et 108 al. 1 let. b LTF; sur la notion d'arbitraire v. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s., 134 I 140 consid. 5.4 p. 148 et les arrêts cités). Le grief est irrecevable (cf. <ref-ruling> consid. 6 p. 397).
2. 2.1 Le recourant dénonce ensuite une violation du principe "res iudicata pro veritate habetur" pour le motif que les autorités cantonales ont fondé sa culpabilité sur des déclarations recueillies lors d'une enquête instruite en 1998 et clôturée par non-lieu le 10 février 1999.
2.2 Une violation du principe "res judicata pro veritate habetur" en vertu duquel une décision entrée en force ne peut être réexaminée, si ce n'est dans le cadre étroit de la procédure de révision (<ref-ruling> consid. 3a), ne saurait entrer en considération. Il ressort de l'arrêt attaqué que les premiers juges n'ont aucunement ignoré la décision de non-lieu prononcée le 10 février 1999. En se référant aux déclarations exprimées dans ce contexte par d'anciennes patientes de X._, les autorités cantonales n'ont fait que souligner la similitude troublante des faits dénoncés alors avec ceux rapportés par Y._ afin d'étayer la crédibilité des déclarations de cette dernière. Ce faisant, elles n'ont aucunement mis en cause le non-lieu précité.
3. 3.1 Finalement, le recourant dénonce une violation de l'<ref-law> aux termes duquel celui qui, sachant qu'une personne est incapable de discernement ou de résistance, en aura profité pour commettre sur elle l'acte sexuel, un acte analogue ou un autre acte d'ordre sexuel, sera puni d'une peine privative de liberté de dix ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
3.2 D'une part, il conteste s'être rendu coupable d'actes d'ordre sexuel et allègue que les comportements qui lui sont reprochés sont au plus constitutifs d'attouchements d'ordre sexuel au sens de l'<ref-law>. Il ressort des constatations cantonales, qu'après avoir écarté le slip et entièrement dénudé la fesse droite de la patiente, le recourant a exercé des pressions répétées de son sexe en érection contre les fesses et les organes génitaux de cette dernière pendant plusieurs minutes. Ce faisant, il ne s'est pas satisfait d'un contact rapide, par surprise, avec le corps de la victime. Il s'est bien plutôt sexuellement excité pendant plusieurs minutes en s'adonnant sur celle-ci à des agissements manifestement constitutifs d'actes d'ordre sexuel (voir arrêt 6B_303/2008 du 22 janvier 2009 consid. 3 et les références citées).
3.2 D'une part, il conteste s'être rendu coupable d'actes d'ordre sexuel et allègue que les comportements qui lui sont reprochés sont au plus constitutifs d'attouchements d'ordre sexuel au sens de l'<ref-law>. Il ressort des constatations cantonales, qu'après avoir écarté le slip et entièrement dénudé la fesse droite de la patiente, le recourant a exercé des pressions répétées de son sexe en érection contre les fesses et les organes génitaux de cette dernière pendant plusieurs minutes. Ce faisant, il ne s'est pas satisfait d'un contact rapide, par surprise, avec le corps de la victime. Il s'est bien plutôt sexuellement excité pendant plusieurs minutes en s'adonnant sur celle-ci à des agissements manifestement constitutifs d'actes d'ordre sexuel (voir arrêt 6B_303/2008 du 22 janvier 2009 consid. 3 et les références citées).
3.3 3.3.1 D'autre part, le recourant dénie l'incapacité de résister dans laquelle Y._ se serait trouvée.
3.3.2 Selon la jurisprudence, est incapable de résistance la personne qui n'est pas apte à s'opposer à des contacts sexuels non désirés. Cette disposition protège les personnes qui ne sont pas en mesure de former, exprimer ou exercer efficacement une volonté de s'opposer à des atteintes sexuelles. L'incapacité de résistance peut être durable ou momentanée, chronique ou due aux circonstances. Elle peut être la conséquence d'un état mental gravement anormal, d'une sévère intoxication due à l'alcool ou à la drogue, ou encore d'entraves matérielles. Il faut cependant que la victime soit totalement incapable de se défendre. Si l'inaptitude n'est que partielle - par exemple en raison d'un état d'ivresse - la victime n'est pas incapable de résistance (<ref-ruling>, consid. 7.2 p. 56 et les références citées; voir également <ref-ruling> consid. 3a p. 232).
Le Tribunal fédéral a reconnu l'incapacité de résister des patientes allongées sur une chaise d'examen gynécologique. Leur volonté est affectée par leur position sur la chaise d'examen, qui ne leur permet pas de voir ce qui se passe, alors que la capacité d'une personne à réagir selon sa volonté dépend précisément d'une perception préalable des phénomènes extérieurs par les sens. Faute de perception visuelle, seules demeurent les sensations corporelles au niveau génital, lesquelles ne permettent aux victimes de réagir qu'à un stade où l'auteur est sur le point d'abuser d'elles (<ref-ruling> consid. 7.4 p. 56 s, 103 IV 165/166). L'incapacité de résistance au sens de l'<ref-law> est également admise lorsqu'en raison de la position particulière de son corps, la patiente se trouve dans l'incapacité de discerner l'atteinte du thérapeute à son intégrité sexuelle et qu'il abuse sexuellement d'elle par surprise (<ref-ruling> consid. 7 p. 55 s.).
3.3.3 Accordant sa confiance au recourant en tant que physiothérapeute, Y._, vêtue de ses seuls sous-vêtements, s'est allongée sur la table de massage. A la demande du praticien, elle s'est positionnée sur le côté gauche, les fesses dépassant de la table. Couchée en équilibre précaire à l'extrémité de celle-ci, sa liberté de mouvement s'en est trouvée particulièrement entravée, de même que par les manipulations physiothérapeutiques qu'elle subissait au niveau du bassin et de la jambe droite. Tournant de surcroît le dos à l'intéressé, elle ne pouvait pas voir les gestes de ce dernier. Sa posture et son champ visuel l'ont empêchée d'anticiper de quelque manière que ce soit le comportement du condamné. Elle n'a pu réaliser l'abus que lorsqu'elle a ressenti son sexe en érection contre ses organes génitaux et ses fesses, soit après qu'il avait commencé à abuser d'elle. Dans le cadre d'une relation de confiance et alors qu'elle n'avait aucune raison d'être sur ses gardes, elle a été, à l'évidence, prise au dépourvu par les agissements du thérapeute et, sous l'effet de surprise, incapable d'y résister et de s'y opposer.
3.4 Cela étant, l'autorité cantonale n'a aucunement enfreint l'<ref-law> en reconnaissant X._ coupable d'actes d'ordre sexuel sur une personne incapable de résistance.
4. Le recours étant d'emblée dénué de chance de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée et les frais mis à la charge du recourant. Il n'est pas alloué d'indemnité à l'intimée qui n'a pas participé à la procédure.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 18 février 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Gehring