Sachverhalt:
A. M._, geboren 1952, meldete sich am 13. Mai 2004 wegen verschiedener Beschwerden bei der IV-Stelle des Kantons Zürich zum Leistungsbezug an. Nach Durchführung medizinischer Abklärungen - insbesondere einer interdisziplinären Begutachtung (das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ datiert vom 30. März 2006) und Einholung einer Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes der Invalidenversicherung (RAD) - verneinte die IV-Stelle einen Leistungsanspruch, weil die diagnostizierte somatoforme Schmerzstörung unter den gegebenen Umständen praxisgemäss keine relevante Arbeitsunfähigkeit zu begründen vermöge (Verfügung vom 4. Dezember 2006).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde der M._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 25. September 2008 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt M._ beantragen, ihr sei unter Aufhebung des angefochtenen Gerichtsentscheides mit Wirkung ab 1. April 2005 eine halbe Invalidenrente zuzusprechen. Gleichzeitig ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Streitig ist, ob die Beschwerdeführerin Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung hat. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung des Leistungsanspruchs einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (<ref-law>). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen und ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.2 Im Rahmen der Invaliditätsbemessung betrifft die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung und die gestützt darauf gestellte Diagnose, ebenso eine Tatfrage wie die auf Grund von medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeitsunfähigkeit (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398). Für die Beurteilung, ob eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung oder ein vergleichbarer pathogenetisch unklarer syndromaler Zustand (<ref-ruling> E. 3.2 S. 399) mit invalidisierender Wirkung vorliegt, gilt: Zu den vom Bundesgericht nur eingeschränkt überprüfbaren Tatsachenfeststellungen zählt zunächst, ob eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung vorliegt, und - bejahendenfalls -, ob eine psychische Komorbidität oder weitere Umstände gegeben sind, welche die Schmerzbewältigung behindern. Als Rechtsfrage frei überprüfbar ist, ob eine festgestellte psychische Komorbidität hinreichend erheblich ist und ob einzelne oder mehrere der festgestellten weiteren Kriterien in genügender Intensität und Konstanz vorliegen, um gesamthaft den Schluss auf eine nicht mit zumutbarer Willensanstrengung überwindbare Schmerzstörung und somit auf eine invalidisierende Gesundheitsschädigung zu gestatten (SVR 2008 IV Nr. 23 S. 71, I 683/06 E. 2.2; Urteile 9C_850/2008 vom 6. Februar 2009 E. 2.3 und 8C_348/2008 vom 7. Januar 2009 E. 3.2 mit Hinweis).
3. 3.1 Das kantonale Gericht stellte fest, die Beschwerdeführerin sei aus somatischen Gründen in einer leidensangepassten Tätigkeit zumutbarerweise uneingeschränkt arbeitsfähig. Hinsichtlich der psychischen Problematik komme dem Gutachten des medizinischen Zentrums X._ in Bezug auf die Diagnose sowie die Darlegung der medizinischen Situation und Lebensumstände volle Beweiskraft zu, ohne dass deswegen auf die aus psychischen Gründen attestierte Arbeitsunfähigkeit von 50 % abgestellt werden müsse. Die diagnostizierte hypochondrische Störung (ICD-10 F45.2) gehöre zu den somatoformen Störungen (ICD-10 F45). Eine erhebliche psychische Komorbidität liege nicht vor. Das im Vordergrund stehende subjektive Schmerzerleben und die psychosoziale Situation der Versicherten liessen nicht auf eine invalidisierende Wirkung schliessen. Folglich sei von einer vollen Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit auszugehen.
3. 3.1 Das kantonale Gericht stellte fest, die Beschwerdeführerin sei aus somatischen Gründen in einer leidensangepassten Tätigkeit zumutbarerweise uneingeschränkt arbeitsfähig. Hinsichtlich der psychischen Problematik komme dem Gutachten des medizinischen Zentrums X._ in Bezug auf die Diagnose sowie die Darlegung der medizinischen Situation und Lebensumstände volle Beweiskraft zu, ohne dass deswegen auf die aus psychischen Gründen attestierte Arbeitsunfähigkeit von 50 % abgestellt werden müsse. Die diagnostizierte hypochondrische Störung (ICD-10 F45.2) gehöre zu den somatoformen Störungen (ICD-10 F45). Eine erhebliche psychische Komorbidität liege nicht vor. Das im Vordergrund stehende subjektive Schmerzerleben und die psychosoziale Situation der Versicherten liessen nicht auf eine invalidisierende Wirkung schliessen. Folglich sei von einer vollen Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit auszugehen.
3.2 3.2.1 Hiegegen wendet die Beschwerdeführerin zunächst ein, Verwaltung und Vorinstanz hätten die Tatfrage, ob eine psychische Komorbidität gegeben sei, offensichtlich unrichtig beantwortet und zu Unrecht verneint. Gemäss Angaben des seit Juni 2004 behandelnden Psychiaters Dr. med. S._ und laut Bericht der Klinik Y._ (Deutschland) vom 9. Dezember 2005 leide die Versicherte an einer nicht als reaktive Begleiterscheinung der somatoformen Schmerzstörung zu qualifizierenden mittelgradigen depressiven Episode. In diesem Leiden sei eine psychische Komorbidität zu erblicken, welche praxisgemäss ausnahmsweise auf die Unzumutbarkeit einer willentlichen Schmerzüberwindung und eines Wiedereinstiegs in den Arbeitsprozess schliessen lasse.
3.2.2 Mit IV-Stelle und kantonalem Gericht ist festzuhalten, dass hier eine psychische Komorbidität von erheblicher Schwere, Intensität, Ausprägung und Dauer, welche eine willentliche Schmerzüberwindung als unzumutbar erscheinen liesse, nicht vorliegt. Die aus Bulgarien stammende Beschwerdeführerin ist Mutter von zwei Kindern (geboren 1971 und 1974) aus erster Ehe. Sie reiste 1994 in die Schweiz ein und heiratete 1995 einen um knapp 23 Jahre älteren Schweizer. Aktenkundig zeigte sie wiederholt Anzeichen reaktiver depressiver Entwicklungen. Der behandelnde Hausarzt Dr. med. B._ berichtete am 22. Mai 2004, dass es 1998 in der Folge von zunehmenden Eheschwierigkeiten zu einer solchen Reaktion gekommen sei. Nachdem der Ehegatte im Jahre 2000 wegen gesundheitlicher Einschränkungen in ein Pflegeheim habe übersiedeln müssen, habe sich die Situation entspannt. Eine weitere reaktive depressive Entwicklung trat nach dem Auffahrunfall vom 6. März 2003 ein. Auch der behandelnde Rheumatologe Dr. med. Z._ sprach in seinem Bericht vom 15. März 2004 von einer chronischen Schmerzerkrankung mit depressiver Entwicklung. Dr. med. B._ veranlasste 2004 die Überweisung an den Psychiater Dr. med. S._, welcher neben einem Verdacht auf eine seit dem Auffahrunfall anhaltende somatoforme Schmerzstörung eine mittelgradige depressive Episode diagnostizierte. Diese Diagnose wurde auch während des stationären Rehabilitationsaufenthalts der Versicherten in der Klinik Y._ bestätigt. Gleichzeitig wies diese Klinik ausdrücklich auf "deutlich histrionische Züge" sowie eine klar feststellbare Diskrepanz zwischen den berichteten Körperbeschwerden und den Verhaltensbeobachtungen hin. Eine depressive Symptomatik war bei Einnahme von Seropram gemäss Gutachten des medizinischen Zentrums X._ nicht vorhanden. Statt dessen wurde ausschliesslich von einem bewusstseinsfernen Verhalten im Sinne einer hypochondrischen Störung (ICD-10 F45.2) auf dem Boden einer histrionischen Persönlichkeitsstruktur (ICD-10 F60.4) berichtet. Dazu bemerkte der behandelnde Psychiater in seinem Bericht vom 22. September 2006 an die Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin, ein wesentlicher Aspekt sei im Gutachten des medizinischen Zentrums X._ unberücksichtigt geblieben. Die aus Bulgarien stammende, erst seit 1994 in der Schweiz lebende Versicherte zeige ein für diesen Kulturraum (vergleichbar mit Menschen aus dem Süden Italiens) typisches, oft ziemlich übertriebenes und theatralisch anmutendes Verhalten, welches wenig mit der Diagnose histrionische Persönlichkeit zu tun habe. Aus sozialversicherungsrechtlicher Sicht sind jedoch psychosoziale und soziokulturelle Faktoren grundsätzlich unbeachtlich, was die rechtsanwendenden Behörden bei Würdigung der ärztlichen Einschätzung der Arbeitsfähigkeit besonders sorgfältig zu prüfen haben (<ref-ruling> E. 2.2.5 in fine S. 356 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 1.2 in fine S. 51 mit Hinweisen). Eine von depressiven Verstimmungszuständen klar unterscheidbare andauernde Depression (<ref-ruling> E. 5a S. 299) im Sinne eines verselbstständigten Gesundheitsschadens (SVR 2008 IV Nr. 62 S. 203, 9C_830/2007 E. 4.2), welcher unabhängig von der somatoformen Schmerzstörung als erhebliche psychische Komorbidität ausnahmsweise auf die Unzumutbarkeit einer willentlichen Schmerzüberwindung schliessen liesse (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 358), ist angesichts der dargelegten psychischen Störungen mit Verwaltung und Vorinstanz zu verneinen.
3.3 Die Beschwerdeführerin rügt sodann, das kantonale Gericht habe Bundesrecht verletzt, indem es die von der Praxis alternativ zum Vorliegen einer psychischen Komorbidität umschriebenen Kriterien, welche für die ausnahmsweise Unüberwindlichkeit einer somatoformen Schmerzstörung sprechen können (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.3 S. 354 f.), nicht geprüft habe.
3.3.1 Haben Verwaltung und Vorinstanz eine erhebliche psychische Komorbidität zu Recht verneint (E. 3.2.2 in fine), bleibt zu prüfen, ob die von der Rechtsprechung alternativ dazu formulierten Kriterien vorhanden (Tatfrage) und gegebenenfalls in ausreichender Intensität und Konstanz erfüllt (Rechtsfrage) sind, wonach die rechtsanwendenden Behörden darüber zu befinden haben, inwiefern die versicherte Person über psychische Ressourcen verfügt, die es ihr erlauben, mit den Schmerzen umzugehen und trotzdem zu arbeiten (SVR 2008 IV Nr. 62 S. 203, 9C_830/2007 E. 4.2 mit Hinweisen auf <ref-ruling> E. 1.2 S. 50, 130 V 352 E. 2.2.3 und 2.2.4 S. 353 ff.). Praxisgemäss können unter Umständen (1) chronische körperliche Begleiterkrankungen und mehrjähriger Krankheitsverlauf bei unveränderter oder progredienter Symptomatik ohne längerfristige Remission, (2) ein ausgewiesener sozialer Rückzug in allen Belangen des Lebens, (3) ein verfestigter, therapeutisch nicht mehr angehbarer innerseelischer Verlauf einer an sich missglückten, psychisch aber entlastenden Konfliktbewältigung (primärer Krankheitsgewinn ["Flucht in die Krankheit"]) oder schliesslich (4) unbefriedigende Behandlungsergebnisse trotz konsequent durchgeführter ambulanter und/oder stationärer Behandlungsbemühungen (auch mit unterschiedlichem therapeutischem Ansatz) und gescheiterte Rehabilitationsmassnahmen bei vorhandener Motivation und Eigenanstrengung der versicherten Person für die ausnahmsweise Unüberwindlichkeit der somatoformen Schmerzstörung sprechen (<ref-ruling> E. 2.2.3 in fine 354 f. mit Hinweisen).
3.3.2 Wie von der Beschwerdeführerin zu Recht gerügt, finden sich im angefochtenen Entscheid keine abschliessenden Feststellungen zu diesen von der Rechtsprechung anerkannten Umständen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50, 130 V 352 E. 2.2.3 S. 354 f.), welche bei entsprechender Intensität und Konstanz gegebenenfalls die Schmerzbewältigung behindern und den Wiedereinstieg in den Arbeitsprozess unzumutbar machen können. Einzig zum Kriterium des sozialen Rückzuges stellte das kantonale Gericht in tatsächlicher Hinsicht fest, ein entsprechender Rückzug aus allen Belangen des Lebens sei bei der Versicherten zu verneinen. Die Beschwerdeführerin legt diesbezüglich nicht dar und behauptet auch nicht, die entsprechende Sachverhaltsfeststellung gemäss angefochtenem Entscheid sei offensichtlich unrichtig.
3.3.3 Keine entsprechenden Feststellungen traf die Vorinstanz jedoch zu den übrigen Kriterien im Sinne von Erwägung 3.3.1 hievor. Der medizinischen Aktenlage ist nicht zu entnehmen, ob die unter dem Titel "Persönliche Anamnese" im Gutachten des medizinischen Zentrums X._ (S. 5) aufgeführten gesundheitlichen Beeinträchtigungen zumindest teilweise als chronische körperliche Begleiterkrankungen mit mehrjährigem Krankheitsverlauf unveränderter Symptomatik ohne längerfristige Remission zu verstehen sind. Auch der RAD hat sich in seinen Stellungnahmen - insbesondere jener vom 10. April und 24. November 2006 - nicht im Einzelnen nachvollziehbar und überzeugend zu den verschiedenen aktenkundigen Anhaltspunkten auf möglicherweise vorhandene chronische körperliche Begleiterkrankungen geäussert. Dasselbe gilt in Bezug auf die Fragen nach allfälligen unbefriedigenden Behandlungsergebnissen trotz konsequent durchgeführter Behandlungsbemühungen oder einem eventuell erlangten primären Krankheitsgewinn. Denn obwohl auch während einem sechswöchigen stationären Rehabilitationsaufenthalt in der Klinik Y._ (Fachklinik für psychische und psychosomatische Erkrankungen) vom 13. Oktober bis 24. November 2005 infolge des anhaltenden Klagens, Weinens und Schluchzens der Beschwerdeführerin eine Einzelpsychotherapie nicht durchführbar war und keine sichtbaren Verbesserungen der Beschwerden erreicht werden konnten, vertrat die psychiatrische Gutachterin Dr. med. L._ die Auffassung, "die Versicherte [aggraviere] nicht, sondern es [handle] sich um ein bewusstseinsfernes Verhalten."
3.4 Steht nach dem Gesagten zusammenfassend fest, dass eine erhebliche psychische Komorbidität mit Verwaltung und Vorinstanz auszuschliessen ist, dass jedoch das kantonale Gericht in Bezug auf die alternativ zu prüfenden Kriterien im Wesentlichen keine Feststellungen getroffen und diese folglich auch nicht hinsichtlich der praxisgemäss geforderten Intensität und Konstanz gewürdigt hat, ist die Sache zur Ergänzung des unvollständig festgestellten Sachverhalts an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird hernach über die Beschwerde der Versicherten vom 16. Januar 2007 neu entscheiden.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der IV-Stelle aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat der obsiegenden Beschwerdeführerin überdies eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 25. September 2008 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Beschwerde neu entscheide.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Hochuli