Sachverhalt:
A. Der Gemeinderat Hinwil erteilte der Sunrise Communications AG (damals noch TDC Switzerland AG) am 23. August 2006 die Bewilligung für die Erstellung einer Mobilfunk-Basisstation auf dem Gebäude X._strasse .. in Hinwil (Grundstück Kat.-Nr. 1225).
B. Dagegen gelangten mehrere Eigentümer und Mieter von Liegenschaften im Umkreis der geplanten Mobilfunkanlage mit Rekurs an die Baurekurskommission III und anschliessend mit Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Das Verwaltungsgericht hiess die Beschwerde am 3. September 2008 teilweise gut. Es hob den Entscheid der Baurekurskommission auf und wies die Sache zur Durchführung eines Augenscheins und zu neuer Entscheidung an diese zurück. Nach durchgeführtem Augenschein wies die Baurekurskommission den Rekurs am 12. August 2009 ab.
C. Gegen den Entscheid der Baurekurskommission vom 12. August 2009 gelangten die am bisherigen Verfahren beteiligten A._, B._, C._, D._, E._ und F._ erneut ans Verwaltungsgericht. Dieses wies die Beschwerde am 2. Dezember 2009 ab, soweit es darauf eintrat.
D. Gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 2. Dezember 2009 haben A._, B._, C._, D._, E._ und F._ am 12. Februar 2010 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Baubewilligung zu verweigern.
E. Mit Verfügung vom 16. März 2010 hat das Bundesgericht der Beschwerde auf Gesuch der Beschwerdeführer hin aufschiebende Wirkung zuerkannt.
F. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Ohne einen förmlichen Antrag zu stellen, teilt der Gemeinderat Hinwil mit, die Gemeindeversammlung habe am 15. März 2010 einer Teilrevision Nutzungsplanung zugestimmt. Die Anliegen der Beschwerdeführer deckten sich damit mit den seinigen und denjenigen der Hinwiler Bevölkerung. Die Sunrise Communications AG beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen.
G. Im weiteren Schriftenwechsel halten die Beschwerdeführer, die Vorinstanz und die Beschwerdegegnerin an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid, mit dem eine Beschwerde gegen die Erteilung einer Bewilligung für eine Mobilfunk-Basisstation abgewiesen worden ist. Dagegen steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 ff. BGG). Die Beschwerdeführer haben am kantonalen Verfahren teilgenommen und sind als Eigentümer und Mieter von Liegenschaften im Umkreis der geplanten Mobilfunkanlage beschwerdelegitimiert (vgl. Art. 89 Abs. 1 BGG). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten.
2. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt das massgebliche Recht verletzt, das Beschwerdegrund (vgl. dazu Art. 95 ff. BGG) einer Beschwerde beim Bundesgericht bilden kann. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Dies bedingt aber, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG erfüllt. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Führt der Beschwerdeführer nicht zumindest in erkennbarer Weise an, welches Grundrecht seiner Meinung nach verletzt sei, und legt er nicht kurz dar, worin die behauptete Verletzung bestehe, unterbleibt die Prüfung durch das Bundesgericht (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 68). Im Rahmen der nachfolgenden Ausführungen zu den behaupteten Rechtsverletzungen ist zu prüfen, ob die Beschwerde den genannten Rüge- und Begründungspflichten entspricht.
3. Die Beschwerdeführer machen geltend, die Vorinstanz habe Ziffer 5.2 der kommunalen Bauordnung qualifiziert fehlerhaft und damit willkürlich angewendet. Nach dieser Bestimmung seien in der Quartiererhaltungszone "Wihalden", in welcher die Mobilfunkanlage erstellt werden soll, nur Wohnungen, Büros, Ateliers, Praxen, Läden sowie nicht störende Gewerbebetriebe zulässig.
Willkürlich im Sinne von Art. 9 BV ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtssatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 133; <ref-ruling> E. 5.4 S. 148; <ref-ruling> E. 5.1 S. 260 f.; je mit Hinweisen).
Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid festgehalten, eine gewöhnliche Mobilfunk-Basisstation stelle keinen Betrieb im baurechtlichen Sinne, sondern eine technische Infrastrukturbaute dar, welche unter gewissen Voraussetzungen (vgl. dazu nachfolgend E. 4.1) auch in einer Wohnzone zonenkonform sei. Die Beschwerdeführer begründen nicht in genügender Weise, inwiefern der angefochtene Entscheid diesbezüglich willkürlich im Sinne von Art. 9 BV sein sollte, weshalb auf diese Rüge nicht einzutreten ist.
4. Umstritten ist, ob die projektierte Mobilfunkanlage gemäss Art. 22 Abs. 2 lit. a RPG (SR 700) am geplanten Standort zonenkonform ist.
4.1 Die Vorinstanz hat dazu im angefochtenen Entscheid festgehalten, eine gewöhnliche Mobilfunk-Basisstation sei als technische Infrastrukturbaute auch in einer Wohnzone zonenkonform. Sie sei jedoch nur so weit tragfähig, als die Anlage bzw. Anlageteile einem tatsächlichen Bedürfnis zur lokalen Versorgung mit Mobilfunkdiensten entsprächen. Vorliegend könne die projektierte Mobilfunkanlage aufgrund ihrer Dimensionen noch als gewöhnliche Anlage qualifiziert werden. Sie gehe nicht über das hinaus, was zur üblichen Ausstattung einer reinen Wohnzone mit Infrastrukturanlagen gehöre. Die geplante Anlage stehe in unmittelbarer funktioneller Beziehung zum Ort, an dem sie errichtet werden solle. Sie diene primär dem Standortquartier zur Versorgung mit Mobilfunkdienstleistungen. Aufgrund der nur durchschnittlichen Grösse und Leistungsfähigkeit Antenne könne von einer Abdeckung weiter Teile oder gar des gesamten Gemeindegebiets von Hinwil nicht die Rede sein. Der Umstand, dass die Abdeckung mit Mobilfunkdiensten nicht deckungsgleich mit dem Wohnquartier sei und wohl teilweise über dieses hinausgehe, liege im zellenförmigen Aufbau des Mobilfunknetzes begründet. Daraus lasse sich jedoch noch nicht auf eine fehlende Zonenkonformität schliessen.
4.2 Die Beschwerdeführer bringen vor, die Bedeutung der streitigen Anlage gehe weit über das betroffene Quartier und die betroffene Quartiererhaltungszone hinaus. Was das Gebiet angehe, welches mit der geplanten Anlage abgedeckt werden solle, habe die Vorinstanz den rechtlich erheblichen Sachverhalt nicht hinreichend abgeklärt, sondern offensichtlich unrichtig festgestellt. Die geplante Anlage diene nicht primär der Quartierversorgung, sondern wolle ein weit grösseres Gebiet der Gemeinde Hinwil bzw. des Zürcher Oberlandes mit Funkdiensten versorgen. Dies gehe aus den Dimensionen und der Sendeleistung der geplanten Anlage hervor. Eine Mobilfunkanlage könne zwar in einer in Bezug auf Immissionen eher unempfindlichen Bauzone, wie zum Beispiel einer Gewerbe- oder Industriezone, zonenkonform sein, selbst wenn sie darüber hinaus auch Teile einer Wohnzone abdecke. Dagegen sei es nicht denkbar, weite Teile eines Gemeindegebiets oder eines Gemeindeteils über eine einzige Mobilfunkanlage in einer reinen Wohnzone oder einer primär dem Wohnen dienenden Zone zu erschliessen.
4.3 Mobilfunkantennen sind als Infrastrukturbauten in Bauzonen nicht generell und unabhängig von ihrem Verwendungszweck zulässig. Verlangt wird ein Bezug zu den Zonenflächen, auf welchen sie erstellt werden sollen (Art. 22 Abs. 2 lit. a RPG). Innerhalb der Bauzonen sind sie grundsätzlich zonenkonform, soweit sie hinsichtlich Standort und Ausgestaltung in einer unmittelbaren funktionellen Beziehung zum Ort stehen, an dem sie errichtet werden sollen, und im Wesentlichen Bauzonenland abdecken (<ref-ruling> E. 4.2 S. 360; <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 325). Die Zonenkonformität einer Mobilfunkantenne kann unter Umständen auch bejaht werden, wenn sie der Ausstattung der Bauzone als Ganzem und nicht nur speziell dem in Frage stehenden Bauzonenteil dient (BGE <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 325).
4.4 Was die Beschwerdeführer vorbringen, lässt die geplante Mobilfunkantenne bzw. deren Standort nicht als bundesrechtswidrig erscheinen.
4.4.1 Wie die Vorinstanz ausgeführt hat, steht die geplante Anlage in unmittelbarer funktioneller Beziehung zum Ort, an dem sie errichtet werden soll. Nach der dargestellten bundesgerichtlichen Rechtsprechung wird für die Zonenkonformität einer Mobilfunkantenne von Bundesrechts wegen nicht verlangt, dass sie einzig dem Bauzonenteil dient, in welchem sie errichtet werden soll, sondern nur, dass sie im Wesentlichen Bauzonenland abdeckt. Insbesondere ergibt sich aus dem Raumplanungsrecht des Bundes auch nicht, dass eine Mobilfunkanlage in einer Wohnzone oder einer primär dem Wohnen dienenden Zone nur gerade diese Zone abdecken darf, sofern es sich beim insgesamt abgedeckten Gebiet im Wesentlichen um Bauzonenland handelt. Diese Voraussetzung ist vorliegend erfüllt und zwar selbst dann, wenn man mit den Beschwerdeführern davon ausgeht, dass die geplante Anlage nicht nur das Gebiet der Quartiererhaltungszone "Wihalden", sondern darüber hinaus noch weitere Teile des Siedlungsgebiets von Hinwil abdeckt. Aus diesem Grund ist auch der Einwand der Beschwerdeführer von vornherein unbehelflich, die Vorinstanz habe hinsichtlich des mit der geplanten Anlage abgedeckten Gebiets den entscheidwesentlichen Sachverhalt nicht hinreichend abgeklärt. Aber auch die Hinweise der Beschwerdeführer auf die Höhe des Gebäudes, auf welchem die Mobilfunkanlage erstellt werden soll, oder die Sendeleistung der Anlage vermögen nichts daran zu ändern, dass diese hinsichtlich Standort und Ausgestaltung in einer unmittelbaren funktionellen Beziehung zum Ort steht, an dem sie errichtet werden soll, und im Wesentlichen Bauzonenland abdeckt. Unbehelflich ist schliesslich der Hinweis auf die aus Sicht der Beschwerdeführer auch ohne die geplante Anlage genügende Mobilfunk-Netzabdeckung in der Gemeinde Hinwil.
4.4.2 Unter dem Stichwort "fehlende planungsrechtliche Baureife" weisen die Beschwerdeführer auf den vom Gemeinderat nach dem Erlass des angefochtenen Entscheids verabschiedeten Entwurf zu einer Änderung der kommunalen Bauordnung hin, wonach Mobilfunkanlagen der Quartierversorgung zu dienen hätten und nur in der Industrie- und Gewerbezone sowie in der Zone für öffentliche Bauten auch Anlagen für die kommunale Versorgung erstellt werden dürften. Es sei daher § 234 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes (PBG; LS 700.1) anwendbar, wonach durch eine bauliche Massnahme keine durch den Gemeinderat beantragte planungsrechtliche Festlegung nachteilig beeinflusst werden dürfe. Der Entwurf zu einer Änderung der kommunalen Bauordnung ergänze und konkretisiere das geltende Recht zulässigerweise. Er verstärke die Argumente, welche zur Zonenwidrigkeit der geplanten Anlage vorgebracht worden seien.
Im Rahmen ihrer bau- und planungsrechtlichen Zuständigkeiten sind Gemeinden und Kantone grundsätzlich befugt, Bau- und Zonenvorschriften in Bezug auf Mobilfunksendeanlagen zu erlassen, sofern sie die bundesrechtlichen Schranken, die sich insbesondere aus dem Bundesumwelt- und -fernmelderecht ergeben, beachten. So ist es unter Vorbehalt der Gewährleistung der Grundversorgung mit Fernmeldediensten beispielsweise zulässig, baupolizeilich vorzuschreiben, dass die Erstellung von Mobilfunkantennen eine Standortevaluation voraussetzt, wobei der Standort in einer umfassenden Interessenabwägung festzulegen ist (<ref-ruling> E. 4.2 S. 360).
Vorliegend steht aber fest, dass die Bestimmungen der kommunalen Bauordnung, auf welche sich die Beschwerdeführer vor Bundesgericht neu abstützen, weder zum Zeitpunkt der Erteilung der Baubewilligung durch die Gemeinde noch des Entscheids der Vorinstanz in Kraft standen, sodass sie für die Beurteilung der Rechtmässigkeit des vorinstanzlichen Entscheids von vornherein unbeachtlich sind. Demzufolge erübrigen sich auch Ausführungen dazu, ob diese Bestimmungen die bundesrechtlichen Schranken beachten oder nicht, weshalb auf entsprechende Ausführungen der Parteien nicht einzugehen ist. Nicht nachvollziehbar ist schliesslich, inwiefern § 234 PBG, wo festgehalten wird, unter welchen Voraussetzungen ein Grundstück als baureif gelten kann, für die sich vorliegend stellende Frage der Zonenkonformität nach Art. 22 Abs. 2 lit. a RPG einschlägig sein sollte. Ohnehin machen die Beschwerdeführer nicht geltend, dass die Vorinstanz § 234 PBG in bundesrechtswidriger Weise angewendet bzw. ausgelegt hätte.
5. Weiter rügen die Beschwerdeführer, die Vorinstanz sei auf ihre Rüge nicht eingetreten, wonach mit dem geplanten Projekt in Verletzung von Ziffer 5.1.1 der kommunalen Bauordnung das oberirdische Volumen der bestehenden Baute überschritten würde. Damit habe die Vorinstanz gegen das Verbot des überspitzten Formalismus und in qualifizierter Weise gegen § 7 sowie § 52 des kantonalen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG; LS 175.2) verstossen.
5.1 Die Vorinstanz trat auf die Rüge der Verletzung von Ziffer 5.1.1 der kommunalen Bauordnung nicht ein, weil diese Rüge vor der Baurekurskommission nicht vorgebracht worden und somit neu sei. Im verwaltungsrechtlichen Rechtsmittelverfahren werde der Streitgegenstand durch die angefochtene Anordnung einerseits und den (erstmaligen) Rekursantrag andererseits bestimmt. Der Streitgegenstand habe beim Durchlaufen des funktionellen Instanzenzugs gleich zu bleiben. Das vor der Rekursinstanz gestellte Sachbegehren dürfe daher im Beschwerdeverfahren nicht ausgedehnt werden. Auf Begehren, über welche die Vorinstanz weder entschieden habe noch hätte entscheiden sollen, sei nicht einzutreten. Selbst bei gleich bleibenden Begehren könne eine unzulässige Klageänderung vorliegen, nämlich dann, wenn das Begehren aus einem anderen Rechtsgrund abgeleitet werde. Nach ständiger Praxis könne sich ein Nachbar in baurechtlichen Streitigkeiten daher nicht erstmals vor Verwaltungsgericht auf einen neuen Bauhinderungsgrund berufen.
5.2 Nach § 52 Abs. 1 i.V.m. § 20a sowie § 52 Abs. 2 VRG sind, wenn das Verwaltungsgericht als zweite gerichtliche Instanz entscheidet, nicht nur neue Rechtsbegehren unzulässig, sondern grundsätzlich auch neue Tatsachenbehauptungen. Mit der Rüge, das geplante Projekt verstosse insbesondere wegen des Technikcontainers, der nebst dem Masten mit den Mobilfunkantennen erstellt werden solle, gegen Ziffer 5.1.1 der kommunalen Bauordnung, haben die Beschwerdeführer vor Verwaltungsgericht nicht nur die Verletzung eines anderen bzw. neuen Rechtssatzes gerügt, sondern auch einen anderen bzw. neuen Sachverhalt eingeführt. Daran ändert weder der Grundsatz der Untersuchung von Amtes wegen (§ 7 Abs. 1 VRG) etwas noch der Umstand, dass die Beschwerdeführer im Rekursverfahren eine mangelhafte Einordnung und Gestaltung der Baute gerügt haben.
5.3 Es ist nicht ersichtlich und wird von den Beschwerdeführern auch nicht substanziiert begründet, inwiefern die Vorinstanz in Willkür verfallen sein sollte, indem sie auf die Rüge der Verletzung von Ziffer 5.1.1 der kommunalen Bauordnung unter Hinweis auf ihre klare Praxis zu § 52 VRG nicht eingetreten ist. Es kann im Übrigen auch nicht die Rede davon sein, dass die dargestellte Praxis über die zulässige Klageänderung das Verbot des überspitzten Formalismus (Art. 29 Abs. 1 BV) verletzt. Die Rüge der Beschwerdeführer erweist sich somit als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
6. Weiter machen die Beschwerdeführer geltend, der angefochtene Entscheid sei wegen willkürlicher Auslegung und Anwendung von § 238 PBG aufzuheben. Sie bezeichnen die Ausführungen der Vorinstanz zur Einordnung und Gestaltung des umstrittenen Projekts in verschiedener Hinsicht als unzutreffend bzw. nicht richtig. Richtig sei zwar, dass der Vorinstanz nur Rechtskontrolle zugestanden habe. Sie habe aber zu Unrecht entschieden, dass sich die ästhetische Würdigung der Baurekurskommission als vertretbar erweise. Indem sie deren Darlegungen bestätigt habe, habe sie § 238 Abs. 1 PBG qualifiziert unrichtig angewandt.
6.1 Gemäss § 238 PBG sind Bauten, Anlagen und Umschwung für sich und in ihrem Zusammenhang mit der baulichen und landschaftlichen Umgebung im Ganzen und in ihren einzelnen Teilen so zu gestalten, dass eine befriedigende Gesamtwirkung erreicht wird, wobei diese Anforderung auch für Materialien und Farben gilt (Abs. 1). Auf Objekte des Natur- und Heimatschutzes ist besondere Rücksicht zu nehmen (Abs. 2).
6.2 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid ausgeführt, ihr komme im Gegensatz zur Baurekurskommission keine Ermessens-, sondern nur Rechtskontrolle zu. Sie habe lediglich zu überprüfen, ob sich die ästhetische Würdigung der Baurekurskommission als vertretbar erweise. Dagegen sei es nicht ihre Aufgabe, eine eigene umfassende Beurteilung der Gestaltung und der Einordnung des Bauvorhabens vorzunehmen.
Die Rekurskommission habe zu Recht Abs. 1 und nicht Abs. 2 von § 238 PBG angewendet, weil die Quartiererhaltungszone nicht eine denkmalschützerische Zielsetzung verfolge, sondern die Erhaltung und Förderung der Siedlungsqualität bezwecke. Bei der Beurteilung der Einordnung von Mobilfunkantennen sei zu beachten, dass sich diese wegen ihrer technischen Form und Funktion gestalterisch nur schwer befriedigend bzw. gut einordnen liessen. Wie andere Infrastrukturanlagen würden sie vom durchschnittlichen Betrachter als technisch notwendige Einrichtungen hingenommen. Das Standortgebäude weise keine besondere architektonische Qualität auf und sei dementsprechend auch nicht inventarisiert. Die Unterbringung des technischen Equipments in einem Gerätekasten auf dem Dach falle aufgrund der Positionierung und der vergleichsweise geringen Dimensionen visuell kaum in Erscheinung. Die Antenne selbst sei als noch durchschnittlich dimensioniert zu betrachten. Die Einschätzung der Rekurskommission, die Mobilfunkanlage werde wegen ihrer gewöhnlichen Dimensionen, ihrer schlanken Form sowie der Grosskubigkeit des Standortgebäudes als nur wenig störend wahrgenommen, erweise sich somit ohne Weiteres als nachvollziehbar. In der unmittelbaren Umgebung befänden sich keine Schutzobjekte, auf welche Rücksicht zu nehmen wäre. Spezielle Verhältnisse liessen sich auch nicht darin erblicken, dass die Mobilfunkantenne auf dem höchsten Gebäude Hinwils geplant sei. Aufgrund der nur durchschnittlichen Grösse der Anlage könne nicht gesagt werden, der geplante Mast würde das Ortsbild beeinträchtigen oder die Aussicht verschandeln.
Zu beachten sei sodann, dass Mobilfunkantennen, um ihre Funktion zu erfüllen, die Dächer in der Regel überragen müssten, was eine gewisse Mindesthöhe voraussetze. Da die Antenne relativ zentral auf dem Dach des Standortgebäudes angeordnet werden solle, werde die Antenne für den Betrachter in unmittelbarer Nähe durch das Gebäude ganz oder teilweise verdeckt. Je weiter sich der Betrachter vom Gebäude entferne, desto mehr sehe er zwar von der Antennenanlage, desto kleiner trete diese aber auch optisch in Erscheinung, weshalb sie vom durchschnittlichen Betrachter als nur wenig störend wahrgenommen werde. Die Baurekurskommission habe den ihr zustehenden Ermessensspielraum nicht verletzt, indem sie das Bauvorhaben als einordnungsmässig gesetzeskonform qualifiziert habe.
6.3 Mit ihrer vorwiegend appellatorischen Kritik am angefochtenen Entscheid zeigen die Beschwerdeführer nicht auf, inwiefern die Vorinstanz, der gemäss § 50 Abs. 1 VRG nur Rechtskontrolle zusteht, geradezu in Willkür verfallen sein sollte, indem es die ästhetische Würdigung durch die Baurekurskommission als vertretbar bezeichnete. Soweit sich die Beschwerdeführer zum Standortgebäude sowie zu den Dimensionen der geplanten Mobilfunkantenne bzw. der damit verbundenen Wirkung für den Betrachter äussern, vermögen sie nicht aufzuzeigen, inwiefern der Entscheid der Vorinstanz offensichtlich unhaltbar im Sinne von Art. 9 BV sein sollte. Das Gleiche gilt für das Vorbringen, die Quartiererhaltungszone setze Massstäbe bezüglich der Einordnung und Gestaltung von Bauten, welche mit der geplanten Mobilfunkanlage nicht eingehalten werden könnten. Auch diese Rüge erweist sich damit als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
7. Es ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführer haben der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführer haben der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Hinwil und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Oktober 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Mattle