Sachverhalt:
A. P._, geboren 1969, ersuchte am 7. September 2004 erstmals um Leistungen der Invalidenversicherung, was die IV-Stelle des Kantons St. Gallen am 22. März 2005 ablehnte. Am 16. April 2008 meldete sie ihr Hausarzt, Dr. med. E._, Facharzt für Allgemeine Medizin, zur Früherfassung an. Mit Schreiben vom 9. Juni 2008 forderte die IV-Stelle P._ auf, sich zum Leistungsbezug anzumelden, was am 20. Juni 2008 erfolgte. Die IV-Stelle holte verschiedene medizinische Berichte sowie einen Arbeitgeberbericht ein und liess sie durch das Institut X._, polydisziplinär abklären. Gestützt auf das Gutachten des Instituts X._ vom 5. Mai 2010 und das ergänzende Schreiben vom 3. November 2010 ging die IV-Stelle von einer vollen zumutbaren Arbeitsfähigkeit aus und lehnte einen Anspruch auf eine Invalidenrente ab (Vorbescheid vom 12. Juli 2010; Verfügung vom 15. November 2010).
B. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen wies die von P._ dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 31. Oktober 2012 ab und sprach ihrem Rechtsanwalt im Rahmen der unentgeltlichen Rechtspflege eine Entschädigung von Fr. 2800.- zu.
C. P._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es sei die IV-Stelle zu verpflichten, ihr eine volle (recte: ganze) Invalidenrente, eventualiter beschränkt vom 19. Mai 2008 bis Ende Juni 2010, auszurichten. Zudem sei die Vorinstanz anzuweisen, die Kostennote ihres Rechtsanwalts bezüglich des notwendigen Aufwands zu beurteilen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Hier muss die Beschwerdeschrift die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
1.3 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Die Voraussetzungen für eine Sachverhaltsrüge nach <ref-law> und für eine Berichtigung des Sachverhalts von Amtes wegen nach <ref-law> stimmen im Wesentlichen überein. Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in <ref-law> genannten Rügen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Andernfalls können Vorbringen mit Bezug auf einen Sachverhalt, der von den Feststellungen im angefochtenen Entscheid abweicht, nicht berücksichtigt werden. Vorbehalten bleiben offensichtliche Sachverhaltsmängel im Sinne von <ref-law>, die dem Richter geradezu in die Augen springen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 288; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255).
2. Die Vorinstanz hat die Grundsätze über die Ermittlung des Invaliditätsgrades nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>), namentlich die Voraussetzungen eines Prozentvergleichs (vgl. etwa Urteil 8C_463/2012 vom 3. August 2012 E. 4.2 mit Hinweisen), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Die Versicherte rügt eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung, die Verletzung der Rechtsgleichheit sowie die Verletzung der Begründungspflicht durch eine willkürliche Kürzung der Kostennote im Rahmen der unentgeltlichen Rechtspflege.
4. Die Vorinstanz hat gestützt auf das Gutachten des Instituts X._ vom 5. Mai 2010 und das ergänzende Schreiben vom 3. November 2010 sowie den Austrittsbericht der Klinik V._ vom 13. Dezember 2007 für das Bundesgericht in verbindlicher Weise (E. 1.3) festgestellt, dass die Versicherte auch ohne die gesundheitlichen Beeinträchtigungen als Hilfsarbeiterin in verschiedenen Branchen tätig wäre, weshalb der Invaliditätsgrad im Rahmen eines Prozentvergleichs zu ermitteln sei, und dabei sowohl bei Stellung der Fehldiagnose als auch nach deren Korrektur von einer zumutbaren vollen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit auszugehen sei, womit ein nicht rentenbegründender Invaliditätsgrad von 5 % resultiere.
Die Versicherte lässt eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung rügen, da nicht alleine strittig sei, ob sie heute einer Arbeit nachgehen könnte, sondern auch, ob sie zur Zeit, als die systemische Sklerose diagnostiziert und behandelt wurde (Erstdiagnose Mai 2008; Erkennen der Fehldiagnose im Februar 2010), arbeitsfähig war.
Bei Stellung der Fehldiagnose wurde u.a. auch der Status nach Analgetikaentzug 2007 festgehalten (Bericht des Departements Innere Medizin, Rheumatologie und Rehabilitation, Kantonsspital Z._, vom 27. Mai 2008). Gegenüber verschiedenen Ärzten machte die Versicherte geltend, ihre Schmerzen bestünden bereits seit 2004 (vgl. etwa Gutachten des Instituts X._ vom 5. Mai 2010 oder Austrittsbericht der Klinik V._ vom 13. Dezember 2007). Es ist somit davon auszugehen, dass sie während Jahren über starke Schmerzen klagte, gegen welche ihr Schmerzmittel verschrieben wurden, für welche jedoch keine somatisch-objektivierbare Ursache gefunden werden konnte. Unter Berücksichtigung, dass es sich bei der systemischen Sklerose um eine Fehldiagnose handelt, hat das Gutachten des Instituts X._ vom 5. Mai 2010 überzeugend und nachvollziehbar dargelegt, dass das Leiden der Versicherten durchwegs im Rahmen einer somatoformen Schmerzstörung zu sehen ist und seit der Beurteilung durch die Klinik V._ im Dezember 2007 ab 1. Januar 2008 eine volle zumutbare Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit besteht. So wird denn auch nicht erst mit der Aufdeckung der Fehldiagnose durch die Reha R._ ein chronisches Schmerzsyndrom diagnostiziert (Bericht vom 4. März 2010), sondern bereits vor Stellung der Fehldiagnose haben verschiedene Ärzte ein chronisches Schmerzsyndrom festgehalten (vgl. etwa die Berichte des Departements Interdisziplinäre medizinische Dienste, Palliativzentrum, Kantonsspital Z._, vom 11. September 2007, des Departements Innere Medizin, Pneumologie, Kantonsspital Z._, vom 23. August 2007, des Departements Innere Medizin, Allgemeine Innere Medizin, Kantonsspital Z._, vom 15. August 2007, der Frau Dr. med. A._, Fachärztin für Innere Medizin und Rheumatologie, vom 30. April 2007 und vom 21. November 2006) und auch bis zur Korrektur der Fehldiagnose wurde mehrfach ein chronisches Schmerzsyndrom thematisiert resp. attestiert (vgl. etwa den Bericht des Dr. med. E._ vom 14. Mai 2009, des Dr. med. K._, Facharzt für Angiologie, vom 10. August 2009, der Frau Dr. med. B._, Fachärztin für Innere Medizin und Rheumatologie, vom 2. November 2009, sowie Aktennotiz des Dr. med. J._, Facharzt für Innere Medizin, RAD-Arzt, vom 16. November 2009). Somit standen auch während des Zeitraums, in welchem die Versicherte fälschlicherweise im Rahmen einer systemischen Sklerose behandelt wurde, stets auch somatisch nicht erklärbare Schmerzen im Vordergrund (vgl. dazu etwa den Bericht des Departements Interdisziplinäre medizinische Dienste, Palliativzentrum, vom 7. Juli 2009, welcher das chronische Schmerzsyndrom als Erstdiagnose festhält, sowie die Ausführungen der Frau Dr. med. B._ im Bericht vom 2. November 2009 zum chronischen Lumbovertebralsyndrom). Damit ist nicht zu beanstanden, dass Verwaltung und Vorinstanz gestützt auf das Gutachten des Instituts X._ auch während dieses Zeitraums von objektiv überwindbaren Beschwerden im Rahmen einer somatoformen Schmerzstörung (ICD-10: F. 45.4) ausgingen.
Auf den Einwand, die unterschiedliche Behandlung von Personen mit bildgebend nachweisbaren Leiden und solchen mit bildgebend nicht nachweisbaren Leiden stelle eine Verletzung der Rechtsgleichheit (<ref-law>) dar, ist nicht weiter einzugehen, da die entsprechende Rüge nicht den Anforderungen von <ref-law> genügt.
Nachdem die Vorinstanz den Invaliditätsgrad zu Recht anhand eines Prozentvergleichs ermittelt und die Versicherte dagegen keine Einwände erhoben hat, hat es beim nicht rentenbegründenden Invaliditätsgrad von 5 % sein Bewenden.
5. Die Beschwerdeführerin beantragt, es sei ihr eine höhere Parteientschädigung für den Aufwand des unentgeltlichen Rechtsvertreters zuzusprechen, da die übliche Entschädigung die Auslagen in diesem komplizierteren Fall nicht decken würden.
Nach konstanter Rechtsprechung steht die Beschwerdelegitimation bezüglich der Höhe der im Rahmen der unentgeltlichen Rechtspflege zugesprochenen Entschädigung (Bemessung der Entschädigung) nicht der rechtsuchenden Person, sondern ihrem Rechtsvertreter zu (<ref-ruling> E. 1 S. 155; SVR 2009 IV Nr. 48 S. 144 E. 2.2.1 [9C_991/2008]; vgl. auch Urteil 8C_641/2011 vom 22. Dezember 2011 E. 6 mit Hinweis).
Im Rubrum der Beschwerde ist lediglich die Versicherte als Beschwerdeführerin genannt. Auch aus der Beschwerde selbst ergeben sich keine Hinweise dafür, dass der Rechtsvertreter das Begehren um eine höhere Entschädigung im Rahmen der unentgeltlichen Verbeiständung in eigenem Namen stellen würde. Der entsprechende Antrag wurde demnach im Namen der Versicherten erhoben, so dass darauf mangels Beschwerdelegitimation nicht eingetreten werden kann.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. April 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Riedi Hunold