Sachverhalt:
A. Mit Vorbescheid vom 11. Juli 2006 stellte die IV-Stelle Luzern dem 1957 geborenen L._ in Aussicht, das am 17. Mai 2005 eingereichte Leistungsgesuch abzuweisen. Gleichzeitig gewährte sie ihm die Möglichkeit, innert 30 Tagen schriftlich Einwand zu erheben oder telefonisch einen Besprechungstermin zu vereinbaren um die Einwände persönlich vorzubringen. Dabei wies sie darauf hin, dass nach Ablauf dieser nicht erstreckbaren Frist eine beschwerdefähige Verfügung ergehen würde. L._ liess am 20. Juli 2006 durch seinen Rechtsvertreter mitteilen, dass er mit dem vorgesehenen Entscheid nicht einverstanden sei und ersuchte um Gewährung einer Fristverlängerung zur Einreichung einer allfälligen Stellungnahme bis zum 29. September 2006. Die IV-Stelle eröffnete dem Rechtsvertreter am 24. Juli 2006 unter Hinweis auf bereits Gesagtes, dass im Vorbescheidverfahren keine Fristerstreckungen gewährt würden. Mit Verfügung vom 21. September 2006 wies die IV-Stelle das Leistungsbegehren ab, ohne dass sich L._ zwischenzeitig näher zum Vorbescheid geäussert gehabt hätte.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern am 6. März 2008 in dem Sinne gut, dass es die angefochtene Verfügung aufhob und die Sache an die IV-Stelle zur erneuten Durchführung des Vorbescheidverfahrens unter Gewährung des rechtlichen Gehörs zurückwies. Materiell äusserte sich das kantonale Gericht zur Beschwerde nicht.
C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und die Sache an das kantonale Gericht zurückzuweisen, damit es über die Beschwerde gegen die Verfügung vom 21. September 2006 materielle entscheide.
Das Bundesamt für Sozialversicherungen schliesst auf Gutheissung der Beschwerde. L._ lässt die Abweisung des Rechtsmittels beantragen.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern schliesst das Verfahren um Versicherungsleistungen nicht ab. Es handelt sich somit um einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>.
1.1 Gegen Vor- und Zwischenentscheide - die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen (s. dazu <ref-law>) - ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss <ref-law> zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
1.2 Weil der Rückweisungsentscheid der IV-Stelle keine materiellen Vorgaben macht, liegt kein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> vor (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 5.2 S. 483 f.).
1.3 Ebenso wenig besteht die Möglichkeit, gestützt auf <ref-law> auf die Beschwerde einzutreten: Die Gutheissung würde nicht sofort zu einem Endentscheid führen. Zudem ist weder ersichtlich noch wird dargetan, damit ein weitläufiges Beweisverfahren einzusparen. Die rein theoretische Möglichkeit, dass im weiteren Vorbescheidverfahren Beweisanträge gestellt werden, genügt nicht (vgl. auch Urteile 8C_224/2007 vom 23. Oktober 2007, E. 2.3.2, und 9C_234/07 vom 3. Oktober 2007).
1.4 Auf die Beschwerde gegen den vorliegenden Zwischenentscheid kann daher nicht eingetreten werden, wobei dies im Verfahren nach <ref-law> zu geschehen hat.
2. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>) und der Beschwerdegegner hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 300.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse Luzern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Juli 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Grünvogel