Sachverhalt:
A. Am 20. November 1973 schloss A._ (geb. 1915) mit seiner Ehefrau B._ (geb. 1914) einen Erbvertrag. Darin wiesen sich beide an ihrem dereinstigen Nachlass 3/16 zu Eigentum (frei verfügbare Quote) sowie an den restlichen 13/16 die Gesamtnutzniessung gemäss Art. 473 altZGB zu Lasten der gemeinsamen Söhne Y._ (geb. 1943) und X._ (geb. 1953) zu.
A._ verstarb am 6. Februar 1974.
B._, X._ und Y._ schlossen am 2. November 1984 einen "partiellen Teilungsvertrag". Dessen Zweck bestand darin, die bis anhin im Eigentum der Erbengemeinschaft A._ befindliche Liegenschaft - in Abweichung des Erbvertrages aus dem Jahre 1973 - in das Alleineigentum des Sohnes X._ zu überführen. Als Anrechnungspreis für die Liegenschaft wurde Fr. 360'000.-- vereinbart. Davon beglich X._ Fr. 39'000.-- mittels Schuldübernahme; zu den übrigen Fr. 321'000.-- heisst es im Vertrag: "Die sich ergebende Restanz von Fr. 321'000.-- wird gemäss separater Vereinbarung (Erbteilungsvertrag) getilgt." Eine solche Vereinbarung wurde in der Folge jedoch nie abgeschlossen.
In einem eigenhändigen Testament vom 11. September 1990 führte B._ unter anderem Folgendes aus: "Das Haus habe ich für Fr. 360'000.-- an Sohn X._ verkauft. Vom Erlös habe ich Fr. 50'000 bezogen. Es liegt heute noch auf der Bank! Sohn Y._ hat damals schon Fr. 65'000.-- vorbezogen."
Mit öffentlicher letztwilliger Verfügung vom 5. April 2006 hob B._ sämtliche bisherigen Verfügungen von Todes wegen auf und setzte Sohn X._ zum Universalerben ein. Ausserdem hielt sie fest, dass sich Sohn Y._ im Umfang von Fr. 23'000.-- einen ausgleichungspflichtigen Vorempfang anrechnen lassen müsse; abgesehen davon bestünden keine Ausgleichungspflichten.
B._ verstarb am 15. Januar 2007.
Mit Eingabe vom 27. Juni 2008 erhob Y._ vor dem Bezirksgericht Aarau Klage gegen X._. Darin verlangte er die Ungültigerklärung der Klausel der letztwilligen öffentlichen Urkunde, gemäss welcher ihm ein Vorempfang von Fr. 23'000.-- als ausgleichungspflichtig anzurechnen sei. Des Weiteren forderte er, dass die Zuwendungen der Erblasserin an den Beklagten, soweit nicht der Ausgleichung unterliegend, auf den entsprechenden Bruchteil herabzusetzen seien, so dass dem Kläger der volle Pflichtteil von 3/8 am Nachlass der Erblasserin zukomme. Schliesslich verlangte er die Feststellung des Nachlasses von B._, eine damit zusammenhängende Auskunftserteilung, insbesondere betreffend das dem Beklagten von der Erblasserin gewährte Darlehen im Umfang von Fr. 180'000.-- gemäss Steuererklärung 2004, die allfällige Feststellung von Ausgleichungspflichten sowie - als Ziffer 4 des Rechtsbegehrens - die Ermittlung seines Erbanspruches am Nachlass von A._, wobei der ihm zustehende hälftige Anteil "im Rahmen der Gesamtabrechnung beider Nachlässe einzuwerfen" sei; auch diesbezüglich sei der Beklagte zur Auskunft zu verpflichten.
In der Replik zog der Kläger alle seine Rechtsbegehren mit Ausnahme der vorgenannten Ziffer 4 zurück und änderte letztere wie folgt ab: "Es sei der Beklagte zu verpflichten, die im Nachlass von A._, gest. 6.2.1974, noch nicht getilgte Restanz gemäss partiellem Erbteilungsvertrag [vom] 12.10./2.11.1984 zu tilgen, dem Kläger seinen Anteil von der Hälfte von 13/16 zuzuweisen und ihm unter Abzug des Vorempfangs von Fr. 30'000.00 gemäss Erbvertrag der Eltern der Parteien vom 20.11.1973 den Betrag von CHF 100'406.25 innert 30 Tagen nach Rechtskraft des Urteils zu überweisen."
Der Kläger begründete diese Änderung damit, dass er sich nicht an den partiellen Erbteilungsvertrag vom 2. November 1984 habe erinnern können und vom entsprechenden Vertragstext erstmals mit der Klageantwort erfahren habe. Daher verschiebe sich nun sein Interesse vom Nachlass der Mutter auf den Nachlass des Vaters.
B. Mit Urteil vom 18. November 2009 hiess das Bezirksgericht Aarau die Klage vollumfänglich gut und verpflichtete X._ zur Zahlung von Fr. 100'406.25.
Mit Urteil vom 29. November 2010 wies das Obergericht des Kantons Aargau die Appellation von X._ ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 1. Februar 2011 gelangt X._ (nachfolgend Beschwerdeführer) an das Bundesgericht und beantragt die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sowie die Abweisung der Klage, eventualiter die Rückweisung an die Vorinstanz. Gleichzeitig ersucht er um aufschiebende Wirkung, die ihm mit Entscheid vom 17. Februar 2011 gewährt wurde.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer vermögensrechtlichen Zivilsache. Der Streitwert übersteigt Fr. 30'000.--. Auf die Beschwerde in Zivilsachen ist somit einzutreten (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist dabei weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die vorinstanzliche Begründung gebunden; es kann eine Beschwerde aus anderen Gründen gutheissen als gestützt auf die darin erhobenen Rügen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Vorinstanz abweichenden Argumentation abweisen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 550 mit Hinweisen).
1.3 Die Anwendung des kantonalen Zivilprozessrechts kann nicht direkt bzw. mit voller Kognition, sondern einzig auf Willkür, d.h. auf eine Verletzung von Art. 9 BV hin geprüft werden (<ref-ruling> E. 3 S. 351), was - wie im Übrigen generell bei der Geltendmachung von Verfassungsverletzungen - entsprechend substanziierte Rügen voraussetzt (Art. 106 Abs. 2 BGG). Danach ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern das kantonale Gericht willkürlich entschieden haben soll und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246). Nach der bundesgerichtlichen Praxis liegt Willkür nicht schon vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder sogar vorzuziehen wäre (<ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f.; je mit Hinweisen), sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Schliesslich hebt das Bundesgericht einen Entscheid nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5.4 S. 148 mit Hinweisen).
2. In verschiedener Hinsicht wirft der Beschwerdeführer dem Obergericht eine Verletzung der Begründungspflicht als Teilgehalt des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) vor; diese Rüge ist wegen der formellen Natur vorweg zu prüfen (<ref-ruling> E. 2a S. 232; <ref-ruling> E. 4a S. 469).
2.1 Die Begründung eines Entscheides muss so abgefasst sein, dass der Betroffene ihn gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Dies ist nur möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheides ein Bild machen können. In diesem Sinn müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf welche sich ihr Entscheid stützt. Es ist jedoch nicht nötig, dass sich die Behörde mit jeder tatsächlichen Behauptung und mit jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 3.2 S. 236; <ref-ruling> E. 3.3 S. 455; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88).
2.2 Der Beschwerdeführer führt zunächst an, er habe bereits in seiner Duplik vor erster Instanz die Verjährung jeglicher Forderungen aus dem partiellen Erbteilungsvertrag vom 2. November 1984 geltend gemacht, worauf sich weder das Bezirks- noch das Obergericht mit dieser Frage befasst hätten. Nach Durchsicht der Appellationsschrift des Beschwerdeführers vom 1. März 2010 ist indes festzustellen, dass er in seiner Appellation die Einrede der Verjährung nicht erhob bzw. diese nicht aufrecht hielt. Damit hatte das Obergericht auch keine Veranlassung, sich mit diesem Thema zu befassen. Die Rüge der Verletzung der Begründungspflicht ist demnach unbegründet.
In der Beschwerdeschrift vom 1. Februar 2011 bleibt unklar, ob der Beschwerdeführer die Einrede der Verjährung vor Bundesgericht wieder erhebt. Sollte dies beabsichtigt gewesen sein, wäre die Einrede verspätet (Art. 99 Abs. 1 bzw. Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 226 f.).
2.3 Unter Hinweis auf den "Betreff" der Klage und den "Ingress" der Urteile des Bezirksgerichts und des Obergerichts behauptet der Beschwerdeführer, es sei nie ausgeführt worden, "um was für eine Klage (in welchem Stadium des Verfahrens) es sich handelt". Es sei willkürlich, einem Kläger einen Leistungsanspruch aus Erbrecht zuzusprechen, ohne jemals das Begehren des Klägers innerhalb des numerus clausus der erbrechtlichen Klagen (Erbschafts-, Ausgleichungs-, Herabsetzungs-, Anfechtungs- oder Teilungsklage) qualifiziert zu haben. Weder das Bezirks- noch das Obergericht hätten sich dazu geäussert und insofern ihre Begründungspflicht verletzt.
Auch hier fällt auf, dass der Beschwerdeführer vor Obergericht keine derartige Rüge erhoben hat. Soweit Bundesrecht betreffend, nennt er sodann weder eine gesetzliche Bestimmung noch einen allgemeinen Rechtsgrundsatz oder ein richterliches Präjudiz, aus welchem sich die angebliche Pflicht zur Qualifizierung einer Klage innerhalb des numerus clausus der erbrechtlichen Klagen ergibt. Von Bundesrechts wegen ist dies auch nicht Voraussetzung. Eine Verletzung der Begründungspflicht ist daher damit nicht dargetan.
3. Der Beschwerdeführer bemängelt die vorinstanzlichen Verfahren in verschiedener Hinsicht unter prozessualen Gesichtspunkten.
3.1 Zunächst erhebt er diverse Einwendungen im Zusammenhang mit dem Weisungsschein. Das Obergericht bezeichnete den Weisungsschein zwar als unvollständig, erachtete diesen Mangel aber als geheilt, weil der Beschwerdeführer in der Klageantwort hiezu nichts vorgetragen und sich damit auf die Klage eingelassen habe. Dem hält der Beschwerdeführer entgegen, der Friedensrichter habe ihm das Begehren des Beschwerdegegners nie zur Kenntnis gebracht; dieser habe jenes erst im Appellationsverfahren eingereicht. Das Rechtsbegehren fehle auch im Weisungsschein. Im Übrigen sei ihm auch dieser nie zugestellt worden. Aus diesem Grunde sei es willkürlich, ihm eine vorbehaltlose Einlassung vorzuhalten.
Diese Einwendungen stossen ins Leere: Wie aus den Akten ersichtlich ist, hat der Beschwerdegegner den fraglichen Weisungsschein seiner Klage vom 27. Juni 2008 als Klagebeilage 1 beigefügt. Unbestrittenermassen brachte der Beschwerdeführer in seiner Klageantwort vom 25. November 2008 keine Einwendungen gegen den Weisungsschein vor. Namentlich stellte er keinen prozessual begründeten Rückweisungsantrag, sondern beantragte Abweisung der Klage. Warum der Beschwerdeführer nicht in der Lage gewesen sein soll, sich nach Kenntnis der klägerischen Begehren zum Weisungsschein zu äussern, wird weder vorgetragen noch liegen solche Gründe auf der Hand. Zudem nennt der Beschwerdeführer keine kantonale Gesetzesbestimmung, welche die Folgen der geltend gemachten Mängel des Schlichtungsverfahrens bzw. des Weisungsscheins regelt, geschweige denn, legt er dar, inwiefern eine solche Regelung vorliegend willkürlich angewandt wurde. Unter den gegebenen Umständen ist es jedenfalls nicht willkürlich, wenn das Obergericht von einer Heilung des Mangels am Weisungsschein ausgegangen ist.
Damit entfällt die Grundlage für den Vorwurf, wonach das Obergericht nicht geprüft habe, ob das erst im Appellationsverfahren eingereichte Begehren an den Friedensrichter ein unzulässiges Novum darstelle; Entsprechendes gilt auch für den damit zusammenhängenden Einwand der willkürlichen Beweiswürdigung sowie für die Rüge, zwischen Weisungsschein und Klage bestehe keine Klageidentität, da der Streitgegenstand gemäss Weisungsschein den Nachlass der Mutter betreffe ("Ungültigkeit des öffentlichen Testaments vom 5. April 2006"), während die Klage auch denjenigen des Vaters zum Gegenstand habe.
3.2 Ferner hält der Beschwerdeführer dem Obergericht vor, seine in der Duplik vorgebrachten Einwendungen gegen den Weisungsschein zu Unrecht als verspätet erachtet zu haben, weil in der Klage nirgends von einer Teilung des Nachlasses des Vaters die Rede gewesen sei und der Beschwerdegegner das Teilungsbegehren erst mit der Replik gestellt habe, weshalb seine Reaktion darauf in der Duplik nicht verspätet sein könne. Sodann sei es willkürlich, wenn ihm unterstellt werde, er habe sich vorbehaltlos auf die Klage hinsichtlich des väterlichen Nachlasses eingelassen.
Unter Hinweis auf § 185 ZPO/AG hielt das Obergericht hierzu fest, bei dem in der Replik gestellten Begehren handle es sich um eine zulässige Klageänderung. Mit dieser Erwägung setzt sich der Beschwerdeführer nicht auseinander. Auf die Rüge ist daher nicht einzutreten. Es genügt der Hinweis, dass ein (zulässigerweise) geändertes Begehren naturgemäss nicht vom Weisungsschein erfasst sein kann, so dass - ebenso naturgemäss - aus dem Fehlen des (geänderten) Begehrens im Weisungsschein nichts abgeleitet werden kann.
Damit ist sämtlichen Vorbringen im Zusammenhang mit dem klägerischen Rechtsbegehren Ziffer 4 der Boden entzogen, so dass diese nicht weiter zu erörtern sind.
3.3 Ausserdem rügt der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 8 ZGB (Behauptungs- und Substanziierungslast), da ihm das Obergericht vorgeworfen habe, seine Einwendung, wonach vor der Teilung des väterlichen Nachlasses eine güterrechtliche Auseinandersetzung durchgeführt werden müsse, verspätet erfolgt sei, und zwar erst vor zweiter Instanz bzw. nachdem der Beschwerdegegner in seiner Klage diesbezüglich weder ein Begehren gestellt noch Begründungen vorgetragen habe.
Dieses Vorbringen des Beschwerdeführers trifft nicht zu. Das Rechtsbegehren Ziffer 4 der Klage beginnt nämlich wie folgt: "Es sei der dem Kläger zustehende Erbanspruch im Nachlass des am 06.02.1974 verstorbenen A._, Ehemann der Erblasserin und Vater der Parteien zu ermitteln. [...]." Sodann ist von einer "Gesamtabrechnung beider Nachlässe" die Rede. Damit konnten nur die Nachlässe des Vaters und der Mutter gemeint sein. Sodann lautet das in der Replik gestellte Begehren auf Bezahlung eines bezifferten Betrages, und zwar in unmittelbarem Zusammenhang mit dem väterlichen Nachlass. Wieso nicht klar gewesen sein soll, dass das Leistungsbegehren nur nach vorgängiger Teilung des väterlichen Nachlasses zugesprochen werden konnte, ist unerfindlich. Der Beschwerdeführer hatte jeden Grund, in dieser Phase des Prozesses seine Einwendungen (es sei vor der Teilung des Nachlasses des Vaters eine güterrechtliche Auseinandersetzung zwischen Vater und Mutter durchzuführen) vorzutragen. Das Obergericht hat somit kein Bundesrecht verletzt, wenn es die erst oberinstanzlich vorgetragenen Einwendungen als verspätet erachtet hat. Dass kantonales Recht, welches die Zulassung neuer tatsächlicher oder rechtlicher Vorbringen regelt, willkürlich angewendet worden wäre, macht der Beschwerdeführer nicht geltend.
4. Sodann behauptet der Beschwerdeführer Willkür in der Beweiswürdigung.
4.1 Zunächst beanstandet der Beschwerdeführer die Feststellung der Höhe des Nachlassvermögens des Vaters.
4.1.1 Das Obergericht ist bei seinem Entscheid davon ausgegangen, dass der im partiellen Erbteilungsvertrag vom 2. November 1984 genannte Restkaufpreis von Fr. 321'000.-- das Nachlassvermögen des Vaters darstelle.
4.1.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, mit dem Hinweis auf den partiellen Erbteilungsvertrag vom 2. November 1984 könne das Nachlassvermögen des Vaters nicht als bewiesen gelten, zumal obligatorisch vorgängig eine güterrechtliche Auseinandersetzung stattzufinden habe; er als Beklagter habe alles bestritten, und der Beschwerdegegner als Kläger habe keine weiteren Beweismittel angerufen. Damit sei jede Behauptung zum Nachlass des Vaters beweislos geblieben. Das gelte sowohl für die Erbquote des Beschwerdegegners als auch für den Nettowert des Nachlasses.
4.1.3 Wie sich aus E. 3.3 ergibt, war nicht zu beanstanden, dass das Obergericht den Einwand des Beschwerdeführers hinsichtlich der vorgängig vorzunehmenden güterrechtlichen Auseinandersetzung als verspätet erachtete und nicht darauf abstellte. Sodann hat der Beschwerdegegner eine Abrechnung auf der Basis des Restkaufpreises von Fr. 321'000.-- beantragt. In der Folge wurden in betragsmässiger Hinsicht keine (bzw. keine rechtzeitigen) Einwände vorgetragen. Daher durfte das Obergericht auf den im partiellen Erbteilungsvertrag genannten Restkaufpreis abstellen und diesen als Wert des väterlichen Nachlasses annehmen. Wie der Beschwerdeführer zutreffend bemerkt, wäre eigentlich noch der angerechnete Vorempfang von Fr. 30'000.-- hinzuzurechnen gewesen. Hierzu fehlte es indes an einem entsprechenden Vorbringen. Nach dem Gesagten erweist sich der Vorwurf der willkürlichen Beweiswürdigung als unbegründet.
4.2 Sodann ist der Beschwerdeführer der Auffassung, das Obergericht habe zu Unrecht einen Vorempfang des Beschwerdegegners in der Höhe von Fr. 65'000.-- als unbewiesen erachtet.
Hierzu erwog das Obergericht, der im Testament der Mutter vom 11. September 1990 erwähnte Vorempfang von Fr. 65'000.-- habe diese in ihrer letztwilligen Verfügung vom 5. April 2006 nicht mehr erwähnt, sodass die Aussagekraft des ersten Testaments wesentlich relativiert und der Beweis für den Vorempfang insgesamt nicht erbracht sei. Diese Beweiswürdigung kann jedenfalls nicht als willkürlich gelten. Auch eine Verletzung von Art. 8 ZGB ist nicht ersichtlich, zumal der Vorempfang tatsächlich vom Beschwerdeführer zu beweisen wäre bzw. dieser die Folgen der Beweislosigkeit trägt. Die diesbezüglichen Vorwürfe des Beschwerdeführers zielen ins Leere. Im Übrigen betrifft der besagte Vorempfang ohnehin den Nachlass der Mutter, nicht aber denjenigen des Vaters, der vorliegend allein als Streitgegenstand übrig bleibt.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer unterliegt und wird kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Beschwerdegegner, der im Zusammenhang mit der aufschiebenden Wirkung unterlag, ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden (Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Mai 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Escher Schwander