Sachverhalt:
A. Im Jahr 1991 konnte X._, geb. 1928, wohnhaft gewesen in R._/AG, den Landwirtschaftsbetrieb M._ in der Gemeinde T._/AG (Gesamtfläche rund 25 ha) dank dem Verkauf einer Baulandparzelle in der Gemeinde R._ kaufen. Dieser Vorgang wurde als Ersatzbeschaffung steuerneutral behandelt. Daneben blieb X._ Eigentümer von Grundstücken in der Gemeinde R._ mit der Hofparzelle Nr. 396 (1'563 m2 Umschwung), der Parzelle Nr. 360 (6'160 m2 Bauland) und der Parzelle Nr. 1036 (3'236 m2 Weideland) sowie in der Nachbargemeinde S._/AG mit der Parzelle Nr. 1455 im Halte von 27'450 m2 (rekultiviertes Kiesabbauland).
Anfangs 1992 gab X._ seine Erwerbstätigkeit aus gesundheitlichen Gründen auf und verpachtete den Landwirtschaftsbetrieb M._ in T._ sowie auch die Parzellen in R._ und S._ seinem Sohn B._.
Mit Vertrag vom 20. April 1996 verkaufte X._ seinem Sohn B._ den Landwirtschaftsbetrieb M._ für Fr. 340'000.--. Die Bezahlung dieses Kaufpreises wurde B._ im Sinne eines Erbvorbezuges erlassen. Die verpachteten Parzellen in R._ und S._ behielt X._ zu Eigentum. Gleichentags schloss das Ehepaar X._ und Y._ mit seinen vier Kindern einen Erbvertrag ab. In diesem wurde insbesondere festgehalten, dass B._ mit der erfolgten Hofübergabe als künftiger Erbe seiner Eltern abgefunden sei und auf jeden weiteren Erbanteil verzichte.
1997 schenkte X._ seiner Tochter D._ einen Teil der Parzelle Nr. 360 in R._.
Nach dem Tode von X._ am 27. Mai 2001 schlossen seine Erben am 3. März 2002 einen Erbteilungsvertrag ab, worin auch die Verteilung des Grundbesitzes geregelt wurde: Die überlebende Ehefrau Y._ erhielt die Hofparzelle Nr. 396 sowie den Erlös der zum Verkauf vorgesehenen Parzelle Nr. 1036. Der dem Erblasser verbliebene Rest der Parzelle Nr. 360 wurde zu gleichen Teilen (unter Anrechnung des "Vorbezugs" von D._) auf die drei Töchter des Erblassers aufgeteilt. An der Parzelle Nr. 1455 in S._ wurde Miteigentum begründet mit Quoten von jeweils einem Sechstel für jede der drei Töchter sowie der Hälfte für Y._.
B. Die Steuerkommission R._ erblickte im Verkauf des Landwirtschaftsbetriebs M._ im April 1996 einen Liquidationstatbestand. Sie veranlagte mit Verfügung vom 18. September 2003 einen steuerbaren Liquidationsgewinn des Jahres 1996 in Höhe von Fr. 2'374'900.-- aus der Veräusserung des Landwirtschaftsbetriebs M._ sowie der Privatentnahme der vier Parzellen in R._ und S._. Eine Einsprache bzw. einen Rekurs wiesen die Steuerkommission R._ am 12. Januar 2004 bzw. das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 23. Oktober 2004 ab. Auf Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau erliess dieses am 23. Oktober 2007 einen Teilentscheid: Es stellte fest, X._ habe im Jahr 1996 seinen Landwirtschaftsbetrieb liquidiert und der dabei erzielte Gewinn unterliege der Liquidationsgewinnsteuer. Auf die Bemessung bzw. Bezifferung des Liquidationsgewinns wurde im Urteil vom 23. Oktober 2007 noch verzichtet.
C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 23. Oktober 2007 führten die Erben des X._ und der inzwischen ebenfalls verstorbenen Y._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht, welche mit Urteil vom 15. April 2008 abgewiesen wurde, soweit darauf einzutreten war (Urteil 2C_707/2007).
D. Am 19. September 2008 entschied das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hinsichtlich der Bemessung des steuerbaren Liquidationsgewinnes und setzte diesen auf Fr. 1'639'900.-- fest.
E. Gegen dieses zweite Urteil des Verwaltungsgerichts führen die Steuerpflichtigen mit Eingabe vom 27. Oktober 2008 erneut Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Sie rügen eine mehrfache Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör sowie des Willkürverbots und stellen die folgenden Anträge:
"1. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 19. September 2008 sei ersatzlos aufzuheben. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Vornahme bzw. Veranlassung einer neuen, den gesetzlichen Anforderungen entsprechenden Schätzung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Subeventualiter sei die Schätzung durch das Bundesgericht zu veranlassen, welches diese ihrem Entscheid zu Grunde zu legen hat.
2. Es sei festzustellen, dass der Verkehrswert keine gesetzliche Grundlage findet, um Berechnungsbasis für die Bemessung eines Liquidationsgewinns zu sein.
3. Eventualiter sei festzustellen, dass die Vorinstanz zu Unrecht den Verkehrswert mit der Lageklassenmethode, anstelle der gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung bewährten Vergleichsmethode ermittelte.
4. Es sei festzustellen, dass die Vorinstanz die Beweisanträge der Beschwerdeführer zu Unrecht überhörte.
5. Es sei festzustellen, dass die Vorinstanz bei der Ermittlung des Liquidationswertes zu Unrecht den Betrag von Fr. 340'000.-- berücksichtigte.
6. Es sei festzustellen, dass der Beschwerdeführer 2 für den Liquidationsgewinn nicht solidarisch haftender Erbe ist.
7. Es sei - von Amtes wegen - die Verwirkungsfrist von § 179 Abs. 4 aStG des Kantons Aargau zu beachten.
8. Unter Kosten- und Entschädigungsfolgen."
Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau verzichtet unter Hinweis auf seine Ausführungen im angefochtenen Entscheid auf einen Antrag. Das kantonale Steueramt beantragt die Abweisung der Beschwerde.
Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat die Angelegenheit am 21. August 2009 an einer öffentlichen Sitzung beraten. Gegenstand der Beratung bildete ausschliesslich die Frage der Verwirkung der streitigen Steuerforderung (vgl. E. 7).

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde richtet sich gegen einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss <ref-law> legitimierten Beschwerdeführer ist grundsätzlich einzutreten (unter Vorbehalt von E. 1.2 und E. 1.3 hiernach).
1.2 Soweit die Beschwerdeführer ihre Rügen in Form von Feststellungsbegehren erheben, kann darauf nicht eingetreten werden: Es fehlt diesbezüglich an einem schützenswerten Feststellungsinteresse, zumal den Anliegen der Beschwerdeführer ebenso gut mit einem rechtsgestaltenden Entscheid entsprochen werden könnte (<ref-ruling> E. 2c S. 303). Die Vorbringen der Beschwerdeführer werden indes im Rahmen ihres Hauptbegehrens um Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids geprüft, soweit sie den nachfolgenden Anforderungen (E. 1.3) genügen.
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht (einschliesslich der verfassungsmässigen Rechte) gerügt werden (<ref-law>). Die Anwendung von kantonalem Recht kann dagegen vom Bundesgericht nicht frei, sondern nur auf Verfassungskonformität hin überprüft werden (<ref-law> e contrario). Bezüglich der Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gilt eine qualifizierte Rügepflicht: Das Bundesgericht tritt auf eine solche Rüge nur dann ein, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law> i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Sodann legt das Bundesgericht seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>). Neue Begehren sind unzulässig (<ref-law>).
2. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist nur noch die Berechnung bzw. die Bezifferung des steuerbaren Liquidationsgewinnes für die Steuerperiode 1996. Bundesrechtliche Vorgaben hierzu bestehen nicht. Insbesondere ist auch das Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14) hier nicht anwendbar, weil es um eine Steuerperiode geht, die in die Frist fällt, die den Kantonen gemäss Art. 72 Abs. 1 StHG zur Anpassung ihrer Steuergesetze offen stand (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 591 ff.). Die streitige Steuerforderung gründet demzufolge ausschliesslich auf kantonalem Steuerrecht, welches das Bundesgericht - wie bereits ausgeführt - nur unter dem Gesichtspunkt der verfassungsmässigen Rechte, insbesondere des Willkürverbotes überprüfen kann.
3. 3.1 Die Beschwerdeführer bringen vor, die Vorinstanz habe für die Bemessung des Liquidationswertes zu Unrecht auf den Verkehrswert der Liegenschaften statt auf deren Ertragswert abgestellt. Im schweizerischen Landwirtschaftsrecht komme dem Ertragswertprinzip jedoch eine zentrale Bedeutung zu: So bestimme etwa Art. 17 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über das bäuerliche Bodenrecht (BGBB; SR 211.412.11), dass ein landwirtschaftliches Gewerbe dem selbstbewirtschaftenden Erben zum Ertragswert an den Erbteil angerechnet werde. In <ref-law> werde in Zusammenhang mit dem Anspruch auf Zuweisung eines landwirtschaftlichen Grundstücks ebenfalls auf den Ertragswert Bezug genommen und auch bei der Gewinnanteilsberechnung nach <ref-law> sowie beim Vorkaufs-recht finde sich der Ertragswert als Berechnungsbestandteil wieder. Das Ertragswertprinzip dürfe aber nicht nur zu Gunsten des aktiven Selbstbewirtschafters gelten, sondern es müsse auch in Bezug auf die Bemessung von Liquidationsgewinnen des sich aus der Landwirtschaft zurückziehenden Pensionärs Anwendung finden. Andernfalls werde das Ertragswertprinzip "in einem landwirtschaftsfeindlichen Sinne untergraben". Die Beschwerdeführer rügen in diesem Zusammenhang eine Verletzung des in <ref-law> statuierten Willkürverbotes.
3.2 Diese Rüge ist unbegründet: In § 27 Abs. 2 des Steuergesetzes des Kantons Aargau vom 15. Januar 1998 (in Kraft seit 1. Januar 2001; StG/AG) in Verbindung mit § 7 Abs. 4 der hierzu erlassenen Verordnung vom 11. September 2000 (in Kraft seit 1. Januar 2001; StGV/AG) ist ausdrücklich vorgesehen, dass Überführungen vom Geschäfts- ins Privatvermögen zum Verkehrswert abzurechnen sind. Zwar ist auf den vorliegenden Fall noch das bis zum 31. Dezember 2000 in Kraft gewesene kantonale Steuergesetz vom 13. Dezember 1983 (aStG/AG) anwendbar, doch kannte dieses in § 22 Abs. 1 lit. b aStG/AG i.V.m. § 7 Abs. 3 der Verordnung zum Steuergesetz vom 13. Juli 1984, Fassung vom 11. Juli 1988 (aStGV/AG; in Kraft gewesen bis zum 31. Dezember 2000) eine analoge Bestimmung, und die Abrechnung zum Verkehrswert entsprach bereits damals der konstanten kantonalen Praxis (Walter Koch in: Baur/Klöti-Weber/Koch/ Meier/Ursprung, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 1991, Rz. 240 zu § 22 aStG/AG, mit Hinweisen; Jürg Altorfer/Julia von Ah in: Klöti-Weber/Siegrist/Weber, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl. 2009, Rz. 92 zu § 27 StG/AG). Bei dieser Sachlage kann demzufolge von einem willkürlichen Vorgehen der aargauischen Behörden keine Rede sein. Dies umso weniger, als die Gewinnberechnung anhand des Verkehrswertes auch der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur analogen Thematik in Art. 18 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) entspricht (Urteil 2A.5/2002 vom 3. Juli 2002 E. 2.3, mit Hinweis auf das Urteil A.348/1978 vom 19. März 1981 E. 2a, publ. in: ASA 50 S. 303 E. 2a): Dieser Rechtsprechung liegt der Gedanke zu Grunde, dass eine Überführung von Geschäftsvermögen in das Privatvermögen (Privatentnahme) nicht zu einer anderen steuerrechtlichen Stellung führen soll als eine Veräusserung (sog. Grundsatz der veräusserungsgleichen Behandlung; vgl. Reich, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I 2a], Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer [DBG], 2. Aufl. 2008, Rz. 32 zu <ref-law>). Die von den Beschwerdeführern angerufenen Normen des bäuerlichen Bodenrechts weisen demgegenüber keinerlei Bezug zur vorliegenden steuerrechtlichen Fragestellung auf, sondern betreffen insbesondere die erbrechtliche Aufteilung bzw. die Übernahme von landwirtschaftlichen Gewerben oder Grundstücken zur Selbstbewirtschaftung.
4. 4.1 Die Beschwerdeführer beanstanden sodann, dass der vom Verwaltungsgericht eingesetzte Gutachter die Verkehrswertschätzung der Grundstücke [recte: ausschliesslich der Parzelle Nr. 396 in R._] nach der sog. Lageklassenmethode vorgenommen habe: Dies sei willkürlich, zumal für Verkehrswertschätzungen grundsätzlich die sog. Vergleichsmethode angewendet werden müsse, welche das beste und objektivste aller Bewertungsverfahren darstelle. Das Verwaltungsgericht habe zur Rechtfertigung seines Vorgehens lediglich ausgeführt, dass die für die Anwendung der Vergleichsmethode erforderlichen Vergleichswerte nicht behauptet worden seien. Diese Argumentation gehe jedoch fehl, zumal die Beschaffung dieser Vergleichswerte in den Aufgabenbereich des Gutachters gefallen wäre. Das unbegründete Hinwegsehen über die Vergleichsmethode stelle deshalb auch eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör dar.
4.2 Zur Ermittlung des Verkehrswerts eines Grundstückes existieren verschiedene Methoden: Die Lageklassenmethode beruht auf der Erkenntnis, dass ähnliche Objekte an gleicher Lage stets die gleichen Verhältniszahlen zwischen Grundstückswert und dem Wert der Bauten aufweisen. So kann der Landwert in Relation zum Gesamtwert berechnet werden. Die Vergleichswert- bzw. Vergleichspreismethode ermittelt den Wert einer Immobilie demgegenüber aufgrund eines Vergleichs mit Handänderungs- bzw. Transaktionsdaten, die in naher Vergangenheit getätigt wurden. Aktuelle Angebote auf dem örtlichen Markt werden dabei ebenfalls berücksichtigt.
Zwar kennt die Praxis des aargauischen Verwaltungsgerichts in Anlehnung an die bundesgerichtliche Rechtsprechung zur Verkehrswertberechnung bei Enteignungen eine Bevorzugung der Vergleichswert-methode (AGVE 2000 S. 133 ff.; <ref-ruling> E. 3.a S. 173). Indes stellt diese Präferenz keine feste Regel dar und setzt überdies voraus, dass genügend Vergleichspreise für Objekte ähnlicher Beschaffenheit zur Verfügung stehen. Bezüglich der anzuwendenden Berechnungsmethode verbleibt der zuständigen Behörde demzufolge ein gewisses Auswahlermessen.
Die vorliegend erfolgte Methodenwahl ist unter den hier massgeblichen Willkürgesichtspunkten nicht zu beanstanden: Als die Vorinstanz den Verkehrswert für die Parzelle Nr. 396 in R._ festlegte, wählte sie die Bewertungsmethode nicht ausschliesslich nach eigenem Gutdünken aus. Sie stellte hierfür vielmehr auf ein Expertengutachten ab, welches hinsichtlich dieser Parzelle die Lageklassenmethode angewendet hatte. Wenn die Beschwerdeführer dagegen einwenden, dass die Vergleichswertmethode vorzuziehen gewesen wäre oder dass die Bewertung nach Lageklassenmethode gar einen Fehler darstelle, so reicht dies nach der konstanten bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur Annahme von Willkür noch nicht aus. Hierzu wäre erforderlich, dass die Vorinstanz ihren Ermessensspielraum bei der Methodenwahl offensichtlich missbraucht hätte oder ihre Wahl geradezu unhaltbar oder mit der tatsächlichen Situation nicht zu vereinbaren wäre, oder auf einem offenkundigen Versehen beruhen bzw. in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufen würde (statt vieler <ref-ruling> E. 4a S. 211). Dies wird von den Beschwerdeführern jedoch nicht aufgezeigt.
4.3 Der von <ref-law> gewährleistete Anspruch auf rechtliches Gehör beinhaltet die grundsätzliche Pflicht einer Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Jedoch ist nicht erforderlich, dass sich Letztere ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand der Rechtsuchenden auseinandersetzt. Vielmehr kann sie sich auf die für ihre Entscheidungsfindung wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 2b S. 102 f., mit Hinweisen).
Den Verfahrensakten des Verwaltungsgerichts (insb. act. 58) kann entnommen werden, dass die Beschwerdeführer die Anwendung der Lageklassenmethode in ihrer Vernehmlassung zur Expertise nicht substantiiert in Frage gestellt haben. Vielmehr erwähnten sie diesen Punkt in ihren eigenen Anmerkungen mit keinem Wort. Lediglich in ihrer Stellungnahme zur Vernehmlassung des kantonalen Steueramtes (act. 58 S. 4) deuteten sie an, dass die Bewertung eines Landanteils aufgrund des prozentualen Verkehrswertes eine untaugliche Methode darstelle, wenn so viele Vergleichswerte vorhanden seien, wie dies in R._ zutreffe.
Einzig aufgrund dieser pauschalen, unbelegten Bemerkung war das Verwaltungsgericht indes nicht gehalten, die Bewertungsmethode der Expertise vertieft zu hinterfragen und in seinem Urteil umfassende Ausführungen zu dieser Thematik zu machen. Ohne hierdurch seine Begründungspflicht zu verletzen, durfte es bei dieser Sachlage bezüglich der Parzelle Nr. 396 in R._ auf den vom Gutachter nach der Lageklassenmethode errechneten relativen Landwert abstellen und sich im Urteil auf den Hinweis beschränken, dass das Vorliegen von Vergleichszahlen, welche allenfalls die Anwendung der Vergleichswertmethode ermöglicht hätten, jedenfalls nicht konkret behauptet worden sei.
5. Die Beschwerdeführer rügen weiter, dass das Verwaltungsgericht ihrem Antrag auf Befragung des Bauverwalters und des ehemaligen Gemeindeammanns von R._ sowie weiteren Beweisanträgen nicht stattgegeben habe; es sei davon ausgegangen, dass sich diese Anträge erübrigt hätten. Begründet habe die Vorinstanz ihr Vorgehen unter Hinweis auf die "zu Unrecht angewendete Lageklassenmethode". Die Beschwerdeführer erblicken auch darin einen Verstoss gegen das Willkürverbot und den Anspruch auf rechtliches Gehör.
Die Rüge geht bereits deshalb fehl, weil das Verwaltungsgericht zur Bewertung der Parzelle Nr. 396 in R._ auf die vom Experten angewendete Lageklassenmethode abstellen durfte, ohne hierdurch die verfassungsmässigen Rechte der Beschwerdeführer zu verletzen (vgl. E. 4). Betreffend die beantragte Vorladung des Bauverwalters sowie des ehemaligen Gemeindeammanns ist ausserdem von vornherein kein Zusammenhang zur Wahl der Bewertungsmethode ersichtlich: Wie das Verwaltungsgericht in seiner Vernehmlassung vom 19. Dezember 2008 zutreffend festgehalten hat, betraf dieser Beweisantrag der Beschwerdeführer vielmehr den Erschliessungs- und Planungsstand einzelner Parzellen.
6. Sodann bemängeln die Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren erstmals, dass bei der Bemessung des Liquidationsgewinnes auch der Erlös aus der Veräusserung des Landwirtschaftsbetriebs M._ an den Beschwerdeführer 2 in Höhe von Fr. 340'000.-- miteinbezogen worden sei. Da der Beschwerdeführer 2 unbestrittenermassen im landwirtschaftlichen Sinne als Selbstbewirtschafter gelte, könne in Bezug auf den Landwirtschaftsbetrieb M._ nicht von einer Liquidation gesprochen werden. Diese Hofübergabe wäre demzufolge gemäss § 83 ff. aStG/AG ausschliesslich von der Erbschafts- bzw. Schenkungssteuer zu erfassen gewesen. Demgegenüber sei die Berücksichtigung des Verkaufserlöses bei der Liquidationsgewinnsteuer "ungebührlich".
In diesem Zusammenhang wenden die Beschwerdeführer auch ein, dass die Vorinstanzen zu Unrecht eine solidarische Haftbarkeit des Beschwerdeführers 2 für die Liquidationsgewinnsteuer angenommen hätten. Zwar würden gemäss § 7 Abs. 3 aStG/AG bzw. § 8 Abs. 3 StG/AG die Erben solidarisch für alle Steuerforderungen an den Nachlass bis zur Höhe ihrer Erbteile haften. Indessen verfüge der Beschwerdeführer 2 seit dem 20. April 1996 über keinen Erbteilsanspruch mehr, zumal er mit Erhalt des Landwirtschaftsbetriebs M._ erbrechtlich abgefunden worden sei.
Beide Rügen können nicht gehört werden: Wie ausgeführt, kann die Anwendung von kantonalem Recht vom Bundesgericht nicht frei, sondern nur auf Verfassungskonformität hin überprüft werden (vgl. E. 1.3). Mit den genannten Vorbringen behaupten die Beschwerdeführer indes keine Verletzung des Willkürverbotes oder anderer verfassungsmässiger Rechte, sondern ausschliesslich eine falsche Anwendung des kantonalen Steuergesetzes, was keinen zulässigen Rügegrund darstellt. Zudem liegt eine unzulässige Erweiterung des Streitgegenstandes vor.
7. Schliesslich behaupten die Beschwerdeführer unter Hinweis auf § 179 Abs. 4 aStG/AG, dass mit Ablauf des 31. Dezember 2008 die Verwirkung der streitigen Steuerforderung eingetreten sei. Diese sei gemäss § 179 Abs. 5 aStG/AG von Amtes wegen zu berücksichtigen.
Nachfolgend zu prüfen ist daher, inwieweit der allfällige Ablauf einer kantonalrechtlichen Verjährungs- bzw. Verwirkungsfrist im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren noch von Bedeutung ist.
Einerseits ist evident, dass der Eintritt der Verjährung bzw. Verwirkung untrennbar mit dem Fristablauf verbunden ist und deshalb eine ausgeprägte sachverhaltliche Komponente aufweist. Vorliegend wird der Eintritt der Verjährung bzw. Verwirkung per 1. Januar 2009 behauptet, d.h. der Fristablauf wäre erst nach dem vorinstanzlichen Urteil vom 19. September 2008 erfolgt. Aus diesem Grund erscheint fraglich, ob die allfällig eingetretene Verwirkung nicht ein sog. "echtes" Novum, d.h. ein in jedem Fall unzulässiges Vorbringen einer neuen Tatsache darstellt (vgl. E 1.3; <ref-ruling> E. 2 S. 226 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 343 f., mit Hinweisen). Die Frage kann offenbleiben, zumal es - wie die nachfolgenden Ausführungen zeigen - in Zusammenhang mit der Verwirkungseinrede bereits an einem zulässigen Beschwerdegrund fehlt.
Die von den Beschwerdeführern angerufene Verjährungsbestimmung ist Bestandteil der aargauischen Steuerordnung vor Inkrafttreten des Steuerharmonisierungsgesetzes und stellt mithin rein kantonales Recht dar (vgl. E. 2). Eine Berücksichtigung der nach dem vorinstanzlichen Urteil allenfalls eingetretenen Verjährung bzw. Verwirkung würde demzufolge eine originäre Anwendung von aargauischem Steuerrecht darstellen. Hierzu ist das Bundesgericht indes nicht befugt: Gemäss <ref-law> beschränkt sich seine Kompetenz darauf, Streitigkeiten wegen Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht, interkantonalem Recht, von kantonalen verfassungsmässigen Rechten, der Gemeindeautonomie sowie von eidgenössischen und kantonalen Bestimmungen über die politischen Rechte zu beurteilen. Einen deckungsgleichen Inhalt weisen folgerichtig auch die in <ref-law> statuierten Beschwerdegründe auf (vgl. E. 1.3). Im vorliegenden Fall wird ein solcher, zulässiger Rügegrund indes nicht vorgebracht. Namentlich behaupten die Beschwerdeführer nicht, dass die streitige Steuerforderung bereits zum Zeitpunkt des vorinstanzlichen Urteils verjährt bzw. verwirkt gewesen sei und das Verwaltungsgericht diesen Umstand in bundesrechtswidriger Weise verneint habe. Wird dies aber nicht geltend gemacht, so ist der Verjährungseinrede der Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren von vornherein die Grundlage entzogen.
Im gegenwärtigen Verfahrensabschnitt ist es demzufolge denkbar, dass die materiellrechtliche mit der prozessualen Ordnung kollidiert: Einerseits kann die Verjährung während der Litispendenz beim Bundesgericht eintreten, anderseits besteht aber keine Möglichkeit mehr, eine entsprechende Einrede vorzubringen. In diesem Zusammenhang hat das Bundesgericht in einem früheren Entscheid zwar festgehalten, es folge aus der dienenden Natur des Verfahrensrechts der Grundsatz, dass dieses die Durchsetzung des materiellen Rechts bei sorgfältiger Prozessführung nicht vereiteln dürfe; diese Auslegungsmaxime sei auch bei der Anwendung bundesrechtlicher Verfahrensvorschriften zu beachten, weswegen die Verjährungseinrede vor Bundesgericht unter Umständen zuzulassen sei (<ref-ruling> E. 4 f. S. 216 ff., mit Hinweisen). Indes bezog sich das besagte Urteil ausschliesslich auf das Verhältnis zwischen Bundesprozessrecht und einer Verjährungsbestimmung des (gleichrangigen) Bundeszivilrechts, welches das Bundesgericht kraft <ref-law> von Amtes wegen anzuwenden hat. Stellt die angerufene Verjährungsbestimmung dagegen - wie im vorliegenden Fall - ausschliesslich kantonales Recht dar, das nur im Rahmen einer Verfassungsrüge zur Überprüfung durch das Bundesgericht gebracht werden kann (<ref-law>), so ist diese Rechtsprechung aus den genannten Gründen nicht zu übernehmen.
Auf den Einwand der Verjährung bzw. Verwirkung ist demzufolge nicht einzutreten.
8. Nach dem Ausgeführten erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 2. Kammer, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. November 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Zähndler