Faits:
A. T._ SA a été inscrite au Registre du commerce de Genève le 4 février 1985. Elle avait notamment pour but de fournir, sur l'ensemble du continent européen, des services et des conseils relatifs à la gestion de fortune de manière indépendante ou par l'intermédiaire de parts à des fonds de placement. Elle était affiliée à la Caisse Inter-Entreprises de Prévoyance professionnelle (ci-après: CIEPP) depuis le 1er octobre 2000, pour la gestion de la prévoyance professionnelle en faveur de ses employés. La CIEPP est une institution de prévoyance à laquelle sont affiliés plusieurs employeurs sur la base de conventions d'affiliation.
Par lettre du 12 février 2002, T._ SA a demandé l'ouverture d'un compte-entreprise auprès de la CIEPP aux fins de constituer une réserve de prévoyance pour le paiement des cotisations patronales. Le 5 mars 2002, la CIEPP a confirmé l'ouverture d'un compte-entreprise, conformément à l'art. 99 de son règlement. Elle a précisé qu'en application des dispositions fiscales, le montant maximum qui pouvait être versé par l'entreprise ne devait pas dépasser cinq fois le montant des cotisations annuelles patronales, en l'occurrence 842'688 fr. La caisse rappelait que le compte serait rémunéré sur la base d'un taux d'intérêt de cinq pour cent pour l'année 2002. Plusieurs versements furent effectués par T._ SA sur le compte-entreprise, les 18 mars 2002 et 7 mai 2002, pour un montant total de 850'000 fr.
B. T._ SA a été dissoute par décision de son assemblée générale du 10 décembre 2002. Elle n'a plus occupé de personnel à compter du 1er mars 2003.
Par lettre du 2 avril 2003, T._ SA en liquidation a demandé à la CIEPP, par l'intermédiaire de son liquidateur, le remboursement du solde du compte-entreprise, lequel s'élevait à 743'552 fr. 95. La caisse a répondu, le 9 mai 2003, que le compte de réserve et de cotisations patronales constitué par la société ne pouvait pas faire l'objet d'une liquidation qui occasionnerait un transfert à l'employeur. Le montant à disposition devait en revanche être réparti sur le compte des assurés ayant cotisé à l'institution de prévoyance depuis son ouverture.
C. Par écriture du 1er juillet 2003, T._ SA en liquidation, représentée par son liquidateur, a assigné la CIEPP devant le Tribunal administratif du canton de Genève (aujourd'hui en matière d'assurances sociales: Tribunal cantonal des assurances sociales, Genève) en concluant à la restitution par cette dernière des acomptes de réserve pour cotisations patronales jusqu'à concurrence de 743'552 fr. 95. La défenderesse a conclu au rejet de la demande.
Statuant le 20 janvier 2004, le tribunal administratif a rejeté la demande.
D. T._ SA en liquidation a formé un recours de droit administratif en concluant, principalement, à l'annulation de ce jugement et au remboursement par la CIEPP du montant précité de 743'552 fr. 95. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause aux premiers juges pour nouvelle décision au sens des motifs.
La CIEPP a déclaré ne pas souhaiter répondre au recours de droit administratif. Quant à l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS), il propose de rejeter le recours.
E. Par ordonnance du 28 avril 2004, la Vice-Présidente du Tribunal fédéral des assurances a rejeté, dans la mesure où elle n'était pas sans objet, la requête d'effet suspensif présentée par la recourante.

Considérant en droit:
1. La CIEPP est une institution de prévoyance à laquelle sont affiliés plusieurs employeurs sur la base d'une convention passée avec chaque employeur. Il s'agit d'une fondation commune dans la mesure où elle est régie par le même règlement qui s'applique à l'égard de l'ensemble des employeurs affiliés (cf. Romolo Molo, Aspects des fondations collectives et communes dans la prévoyance professionnelle suisse, thèse publiée in: Le droit du travail en pratique, vol. 20, Zurich 2000, p. 119). Le présent litige a trait au remboursement à l'employeur (en liquidation) de réserves de cotisations. Il oppose un employeur à une institution de prévoyance. Par ailleurs, dans la mesure où le litige porte, concrètement, sur la restitution de cotisations, il relève du domaine spécifique de la prévoyance professionnelle. Il est en conséquence soumis aux voies de droit prévues par l'<ref-law> (voir <ref-ruling> consid. 1b, 127 V 35 consid. 3b et les références).
2. Le litige n'ayant pas pour objet l'octroi ou le refus de prestations d'assurance, le Tribunal fédéral des assurances doit se borner à examiner si les premiers juges ont violé le droit fédéral, y compris par l'excès ou par l'abus de leur pouvoir d'appréciation, ou si les faits pertinents ont été constatés d'une manière manifestement inexacte ou incomplète, ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 en corrélation avec les art. 104 let. a et b et 105 al. 2 OJ).
3. L'employeur peut verser certains montants à l'institution de prévoyance qu'il a chargée d'appliquer la prévoyance professionnelle afin de les utiliser comme réserves pour le paiement de ses cotisations (réserves de cotisations de l'employeur). Sous l'empire du droit en vigueur jusqu'au 31 décembre 1984, l'ancien <ref-law> n'exigeait pas que les contributions des employeurs à l'institution de prévoyance fussent versées par l'employeur lui-même; ces contributions pouvaient aussi être prélevées sur l'ensemble des biens de l'institution (<ref-ruling> consid. 5, 101 Ib 243 consid. 6). Toutefois, le nouvel <ref-law>, entré en vigueur le 1er janvier 1985, exclut cette possibilité, puisqu'il ne permet plus, à côté du financement direct par l'employeur, que le financement grâce à des réserves de cotisations accumulées préalablement dans ce but auprès de l'institution de prévoyance et comptabilisées séparément (sur l'<ref-law> voir Christiane Brunner/Jean-Michel Bühler/Jean-Bernard Waeber/Christian Bruchez, Commentaire du contrat de travail, 3e éd., Lausanne 2004, N 7 à l'art. 331). Cette disposition du code des obligations est valable dans le domaine obligatoire comme dans le domaine sur-obligatoire, en l'absence de dispositions à ce sujet dans la LPP (Hans Michael Riemer, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, Berne 1985, p. 99, ch. 6).
4. 4.1 Sur le plan fiscal, les déductions des versements à des institutions de prévoyance sont admissibles à condition que toute utilisation contraire à leur but soit exclue (art. 27 al. 2 let. c et <ref-law>; art. 10 al. 1 let. d et <ref-law>). De telles contributions ne sont donc déductibles que si elles sont appropriées au but de prévoyance et ne visent pas un objectif essentiellement fiscal (Ferdinand Fessler, Die steuerliche Behandlung der Vorsorge, Revue fiscale 1986, p. 119; Martin Steiner, L'expert-comptable suisse, 1989, p. 137/138). Aussi bien la déduction est-elle en règle ordinaire limitée par les autorités fiscales, quant à son montant, à l'équivalent, selon les cantons, de trois à cinq années de contributions par les règles applicables à leur exonération (Gladys Laffely, Traitement fiscal des attributions de l'employeur à une institution de prévoyance, plus particulièrement sous l'angle des réserves de cotisations patronales, Revue fiscale 1989 p. 59; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zurich 2003, note 21 ad art. 59; Wolfgang Maute/Martin Steiner/Adrian Rufener, Steuern und Versicherungen, Überblick über die steuerliche Behandlung von Versicherungen, 2ème éd., 1999, p. 149 sv.; Conférence des fonctionnaires fiscaux d'Etat, Commission LPP, in: Prévoyance professionnelle et impôts, Cas d'application n° 38, p. 145; cf. également Peter B. Nefzger/Madeleine Simonek/Thomas P. Wenk, Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, Bâle/Genève/Munich 2004, § 29 note 67).
4.2 La constitution de réserves de cotisations représente une exception au principe de l'étanchéité (ou périodicité) des exercices, valable tant en comptabilité qu'en droit fiscal. Selon ce principe, les charges doivent être rattachées à l'exercice au cours duquel elles sont utilisées ou consommées pour dégager le revenu de l'exercice (Jean-Marc Rivier, Introduction à la fiscalité de l'entreprise, 1988, p. 163, chiffre 24.5.9; Maute/Steiner/Rufener, op. cit., p. 149; Nefzger/Simonek/Wenk, op. cit., § 29, note 67). Or, les réserves patronales, qu'elles soient constituées dans l'institution de prévoyance en faveur du personnel ou dans une fondation de financement, ont pour but de couvrir les contributions de l'employeur qui seront dues au cours des exercices futurs. Du point de vue fiscal, cependant, la loi ne distingue pas selon que les versements sont affectés à la couverture des droits réglementaires des affiliés (fortune liée), à la fortune libre ou à la constitution de réserves. La seule condition posée est celle de l'affectation irrévocable au but de prévoyance, ce qui exclut un retour à l'entreprise (Laffely, loc. cit., p. 59; Linda Peter-Szerenyi, Der Begriff der Vorsorge im Steuerrecht, unter Berücksichtigung der Zweiten und Dritten Säule, thèse Zurich 2001, p. 170 et note de bas de page 897; Gotthard Steinmann, Weitere Anwendungsfälle aus der Steuerpraxis für den Bereich der beruflichen Vorsorge und der gebundenen Selbstvorsorge, Revue fiscale 1992, p. 515, «Dritter Sachverhalt»). La règle de l'affectation durable et exclusive de la fortune au but de prévoyance doit être interprétée de manière très restrictive. Il s'ensuit, en particulier, que le patrimoine de l'institution ne doit en aucun cas revenir aux entreprises dont le personnel est assuré ni servir au versement de prestations qui, par leur nature, relèvent du contrat de travail et donc de l'employeur (Jacques-André Schneider, A-propos des normes comptables IAS 19 et FER/RPC 16 et de la prévoyance professionnelle suisse, ch. 62, www.bsv.admin.ch/blind/bv/projekte/f/ Schneider_def.pdf [ci-après cité: Schneider; A-propos des normes comptables]; Jean-Marc Rivier, Le traitement fiscal du deuxième pilier: remarques critiques, in: Prévoyance professionnelle et fiscalité, publication CEDIDAC n° 7, Lausanne 1986, p. 44).
5. 5.1 Sous l'angle de la prévoyance professionnelle, le montant transféré désigné comme réserve de cotisations cesse d'être la propriété de l'employeur et ne peut plus être utilisé à des fins étrangères à la prévoyance professionnelle. L'employeur a néanmoins un contrôle de sa réserve de cotisations - versée sur un compte séparé auprès de l'institution de prévoyance - dans la mesure où il peut l'affecter au paiement des contributions ordinaires en fonction de l'évolution de la marche de ses affaires (Jürg Brühwiler, Die betriebliche Personalvorsorge in der Schweiz, Berne 1989, p. 308). Rien ne s'oppose à sa comptabilisation dans le bilan de l'employeur, mais en principe pour le montant correspondant à une année de contributions; pour la comptabilisation d'un montant dépassant une année de contributions, il est recommandé, en effet, une information claire, figurant sous la forme d'une annotation dans l'annexe, indiquant que la réserve ne peut être remboursée directement à l'employeur (Schneider, A-propos des normes comptables, ch. 81).
5.2 En cas de liquidation de l'entreprise entraînant la résiliation de la convention d'affiliation et la liquidation consécutive de la caisse de pensions qui était gérée au sein d'une institution de prévoyance commune ou collective, le but de l'institution devient impossible à réaliser. La prévoyance des salariés doit dès lors être réorganisée en vertu du principe selon lequel la fortune de prévoyance suit le personnel (<ref-ruling> consid. 3.2, 119 Ib 46; Jacques-André Schneider, Fonds libres et liquidations de caisses de pensions, Eléments de jurisprudence, in: RSAS 2001, p. 454 [ci-après cité: Schneider, Eléments de jurisprudence]). C'est pourquoi, en cas de cessation complète d'activité, l'institution de prévoyance fera l'objet d'une liquidation totale (voir Jürg Brechbühl, Plans sociaux et prévoyance vieillesse, Sécurité sociale, 2002, p. 224).
5.3 Il est admis, aussi bien par la doctrine que par l'autorité fédérale de surveillance au travers des directives émises par celle-ci, qu'en cas de liquidation totale, la fortune de l'institution affectée jusqu'alors au paiement des cotisations devient un élément de la fortune libre de l'institution de prévoyance et doit servir - comme auparavant - à la prévoyance professionnelle des assurés concernés par la liquidation. Aussi bien les réserves de contributions patronales ne sont-elles pas remboursées à l'employeur mais sont dissoutes en faveur des salariés. Elles sont portées au crédit des affiliés selon une clé de répartition appropriée (Schneider, Eléments de jurisprudence, p. 463 et A-propos des normes comptables, ch. 81; Carl Helbling, Personalvorsorge und BVG, 7ème éd., Berne/Stuttgart/Vienne 2000, p. 188; Hans J. Pfitzmann, Schutz der Destinatäre als eine der Aufgaben der Aufsichtsbehörden, die von der Rechtsprechung konkretisiert wurde, in: Mélanges pour le 75ème anniversaire du Tribunal fédéral des assurances, Berne 1992, p. 496 sv.; Werner Nussbaum, Prévoyance professionnelle, La résiliation des contrats d'affiliation avec les institutions de prévoyance, FJS n° 1394, p. 7 sv.; voir aussi le jugement de la Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité du 4 juin 1997, in: SVR 1998 BVG n° 16 p. 58 consid. 7). Les directives de l'autorité fédérale de surveillance prévoient ainsi que les réserves des cotisations d'employeur, en cas de résiliation du contrat d'affiliation par suite de fermeture de l'entreprise, doivent au même titre que la fortune de l'institution de prévoyance désormais libérée, être portées au crédit des assurés selon des critères de partage objectivement motivés, en particulier l'âge, l'état civil, le salaire touché, les obligations familiales, la durée des rapports de service etc. (Bulletin de la prévoyance professionnelle n° 3 du 22 avril 1987, ch. 24; voir aussi les instructions de l'OFAS à l'attention des institutions communes et collectives et de leurs organes de contrôle, concernant l'examen de la résiliation des contrats d'affiliation et de la réaffiliation de l'employeur, in RSAS 1993 p. 362 ss, plus spécialement pp. 365 et 371 ss; à propos des critères de répartition applicables, cf. également <ref-ruling> consid. 4).
En revanche, il est admis que cette répartition n'a en principe pas lieu en cas de liquidation partielle, car l'employeur doit pouvoir se réserver la possibilité de financer ses contributions à l'aide des réserves de cotisations qu'il a accumulées auprès de l'institution de prévoyance; cela vaut en tout cas tant que la solvabilité de l'employeur pour assurer les paiements courants n'est pas en cause (Jacques-André Schneider, Restructurations économiques et fonds libres d'une institution de prévoyance, in: Plädoyer, 5/1995, p. 54; Thomas Geiser, Art. 23 Freizügigkeitsgesetz als Rechtsgrundlage für Teilliquidationen, in: Teilliquidation von Vorsorgeeinrichtungen, Berne/Stuttgart/Vienne 2000 p. 18; cf. aussi Hans Michael Riemer, Fusionen bei klassischen und Personalvorsorgestiftungen, RSAS 1991 p. 174; Carl Helbling, Berufliche Vorsorge im Umbruch, Neuere Entwicklungen und Standortbestimmung aus betriebswirtschaftlicher Sicht, L'expert-comptable suisse, 2000, p. 406 sv.). C'est pourquoi, en pratique, avant de répartir les fonds libres, on soustrait de la fortune de l'institution de prévoyance les réserves de cotisations (Brechbühl, loc. cit., p. 225). Demeurent réservées des situations dans lesquelles la réserve de contributions est si importante qu'elle ne peut être affectée dans un délai raisonnable à son but au regard du faible effectif de travailleurs restants; dans un tel cas, il peut se justifier, compte tenu des impératifs d'une affectation au but de prévoyance, de procéder à une répartition en faveur des bénéficiaires pour améliorer leur prévoyance future (Geiser, loc. cit., p. 18 sv.).
6. Il résulte des considérations qui précèdent que tant pour des motifs qui relèvent du droit fiscal que pour des raisons tirées du droit de la prévoyance professionnelle, les réserves de cotisations ne peuvent être remboursées à l'employeur en cas de fermeture de l'entreprise entraînant la résiliation du contrat d'affiliation.
Il n'y a ainsi pas de raison de s'écarter de l'avis de la doctrine unanime et des instructions édictées par l'autorité fédérale de surveillance à l'intention des institutions qui relèvent de sa surveillance (voir les <ref-law>, ainsi que les art. 84 al. 2 et 89bis al. 6 CC). Contrairement à ce que soutient la recourante, on ne saurait, en particulier, parler d'un enrichissement illégitime ou d'une violation du principe de la bonne foi. Comme on l'a vu, une déduction fiscale au titre d'attributions à l'institution de prévoyance d'une réserve de cotisations n'est admissible qu'à la condition que le versement soit irrévocablement affecté à la prévoyance professionnelle. Un tel versement n'a aucun caractère obligatoire et c'est en définitive à l'employeur de savoir si et dans quelle mesure il entend constituer une réserve de cotisations qui présente un avantage fiscal tout en sachant que le retour à l'entreprise est exclu. Enfin, c'est en vain que la recourante invoque les dispositions de son règlement, dans la mesure où toute solution contraire au principe du non-remboursement à l'employeur des réserves de cotisations qui en résulterait n'est pas admissible.
7. Il résulte de ce qui précède que le recours est mal fondé.
Vu la nature du litige, la procédure n'est pas gratuite (art. 134 OJ a contrario). Succombant, la recourante en supportera les frais (art. 156 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de la cause, d'un montant de 12'000 fr., sont mis à la charge de la recourante et sont compensés avec l'avance de frais, d'un même montant, qu'elle a versée.
3. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal cantonal genevois des assurances sociales et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 19 novembre 2004
Au nom du Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la Ire Chambre: La Greffière: