Sachverhalt:
A. A.a Das Kreisgericht St. Gallen sprach A.X._ am 16. August 2010 der Brandstiftung, des mehrfachen Betrugs und des versuchten Betrugs schuldig. Es verurteilte sie zu einer Freiheitsstrafe von 3 1⁄2 Jahren sowie, unter allfälliger solidarischer Haftbarkeit mit B.X._ und C._, zur Bezahlung von Fr. 56'553.65 an die Gebäudeversicherungsanstalt des Kantons St. Gallen, Fr. 11'122.-- an die Gemeinde Gaiserwald (Feuerwehrkommando) und Fr. 6'000.-- an die D._ Versicherungen. Die Genugtuungsforderungen der E._ und der F._ AG wies es ab. Die übrigen Zivilforderungen verwies es auf den Zivilweg.
A.b Das Kantonsgericht St. Gallen reduzierte die Freiheitsstrafe am 10. Mai 2012 auf 36 Monate, davon 21 Monate bedingt, bei einer Probezeit von zwei Jahren. Im Übrigen bestätigte es das erstinstanzliche Urteil.
Das Kantonsgericht geht von folgenden Sachverhalten aus:
Die Ehegatten B.X._ und A.X._ führten ein Geschäft im Einkaufs- und Freizeitzentrum G._. Nach einem Brand in ihrem Geschäft vom 25. Dezember 2005 gaben sie der H._ Versicherung für die Zeit danach zu tiefe Umsatzzahlen an. Dadurch bewirkten sie, dass ihnen zu hohe Versicherungsleistungen von mindestens Fr. 11'620.-- ausbezahlt wurden.
Am 3. März 2007 legten B.X._ und A.X._ nach einem zuvor gefassten Plan zusammen mit I._ und C._ in ihren Geschäftslokalitäten einen Brand. Hierfür stellten sie im Ladengeschäft Benzin und Stoffballen bereit, welche I._ gegen 22.30 Uhr in ihrem Auftrag anzündete. Der durch den Brand und die Benzinexplosion verursachte Schaden hielt sich in Grenzen. Hingegen entstanden aufgrund des Einsatzes der Sprinkleranlage in der Einkaufsstrasse um das Ladengeschäft eine Überschwemmung und ein erheblicher Wasserschaden. Das Zentrum G._ wurde im Tatzeitpunkt immer noch von Besuchern frequentiert. Den Schaden aus dem Brandfall meldeten B.X._ und A.X._ der J._ Versicherung, welche die Schadensübernahme ablehnte.
B.X._ täuschte Dr. L._ vor, infolge des Brandanschlags an einer akuten Belastungsreaktion zu leiden. A.X._ als Geschäftsinhaberin leitete die Krankheitsmeldung der K._ Krankenversicherung weiter und bestätigte die Krankheit ihres Ehemannes auch gegenüber dem RAV. Die K._ Krankenversicherung zahlte gestützt auf die von Dr. L._ bescheinigte 100 % Arbeitsunfähigkeit für die Zeit vom 19. März bis am 30. April 2007 Krankentaggelder über Fr. 6'040.60, obschon B.X._ in dieser Zeit nicht krank war. A.X._ wusste, dass die Krankheit ihres Ehemannes nur vorgetäuscht war.
B. A.X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil vom 10. Mai 2012 aufzuheben, sie vom Vorwurf des Betrugs zum Nachteil der K._ Krankenversicherung freizusprechen und für die übrigen Straftaten mit einer bedingten Freiheitsstrafe von 14 Monaten zu bestrafen, bei einer Probezeit von zwei Jahren. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Mit Urteil 6B_519/2012 vom 12. September 2012 trat das Bundesgericht auf die vermeintlich verspätete Beschwerde nicht ein. Ein gegen diesen Entscheid erhobenes Revisionsgesuch hiess es am 2. Oktober 2012 gut und nahm das Verfahren 6B_519/2012 wieder auf (Urteil 6F_15/2012).

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz begründe nur ungenügend, warum sie bezüglich des Betrugs zum Nachteil der K._ Krankenversicherung von einem mittäterschaftlichen Handeln ausgehe. Unklar sei, weshalb die Vorinstanz zur Erkenntnis gelange, sie habe von der Krankheitsvortäuschung durch ihren Ehemann Kenntnis gehabt. Die Meldung an die K._ Krankenversicherung sei erst rund zwei Wochen nach dem Brand erfolgt. Dies widerspreche den Ausführungen der Vorinstanz, wonach der Betrug Teil des Tatplans gewesen sei.
1.2 Für den Schuldspruch wegen Betrugs zum Nachteil der K._ Krankenversicherung ist entscheidend, ob die Beschwerdeführerin wusste, dass die Krankheit ihres Ehemannes nur vorgetäuscht war. Insofern geht es um eine Sachverhaltsfeststellung (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.3.2; je mit Hinweisen), welche das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür prüft (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1). Die Rüge der Willkür muss präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-law>). Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
Die Rüge der Beschwerdeführerin genügt diesen Anforderungen nicht, da sie nicht dartut, inwiefern die vorinstanzliche Beweiswürdigung offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht (vgl. zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 2.4). Darauf ist nicht einzutreten. Der angefochtene Entscheid ist ausreichend begründet. Der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen) ist nicht verletzt.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die Strafzumessung. Sie beanstandet auch in diesem Zusammenhang, der angefochtene Entscheid sei ungenügend begründet.
2.2 Das Bundesgericht hat die Grundsätze der Strafzumessung nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 5.4 und 5.5 mit Hinweisen) und die Anforderungen an ihre Begründung (<ref-ruling> E. 2.1) wiederholt dargelegt. Das Sachgericht verfügt auf dem Gebiet der Strafzumessung über einen Ermessensspielraum. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde in Strafsachen hin nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. durch Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 5.6; <ref-ruling> E. 5.3.1; <ref-ruling> E. 2.1).
2.3 Die Vorinstanz setzt sich in ihren Erwägungen zur Strafzumessung mit den wesentlichen schuldrelevanten Komponenten auseinander und würdigt diese korrekt. Dass sie sich von rechtlich nicht massgeblichen Gesichtspunkten hätte leiten lassen oder wesentliche Aspekte nicht berücksichtigt hätte, ist nicht ersichtlich. Nicht zu beanstanden ist, dass sie die mittelgradige Depression der Beschwerdeführerin, welche gemäss dem psychiatrischen Gutachten keinen Einfluss auf deren Einsichts- oder Steuerungsfähigkeit hatte, nicht strafmindernd berücksichtigt (Urteil S. 27; Beschwerde S. 12). Der relativ langen Verfahrensdauer trägt die Vorinstanz zu Recht nur in dem Umfang strafmindernd Rechnung, als die Ursache dafür in einer von den Behörden zu vertretenden Verzögerung liegt (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.3; <ref-ruling> E. 2c; je mit Hinweisen; dazu Urteil S. 26 sowie Beschwerde S. 12 f.). Auch durfte sie für die Strafzumessung auf den effektiv entstandenen Schaden abstellen, ohne diesen in Relation zur Bausubstanz des gesamten Einkaufszentrums zu setzen (Beschwerde S. 9). Nicht einzusehen ist zudem, weshalb sich die lange Anstiftungsphase verschuldensmässig zugunsten der Beschwerdeführerin hätte auswirken müssen (Beschwerde S. 9). Die Vorinstanz weist schliesslich zutreffend darauf hin, dass sich die Vorstrafenlosigkeit nach neuerer Rechtsprechung bei der Strafzumessung grundsätzlich neutral auswirkt (<ref-ruling> E. 2.6). Eine aussergewöhnliche Gesetzestreue, welche ausnahmsweise als Täterkomponente strafmindernd ins Gewicht fallen kann, durfte sie verneinen. Eine solche ist nicht leichthin anzunehmen (<ref-ruling> E. 2.6.4). Besondere Umstände, welche auf eine derartige Gesetzestreue hinweisen würden, werden von der Beschwerdeführerin nicht geltend gemacht. Dass sie seit 1978 unbescholten in der Schweiz lebte und im Tatzeitpunkt bereits 50 Jahre alt war (vgl. Beschwerde S. 11), genügt hierfür nicht.
2.4 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, sie gehe für die Bestimmung des Verschuldens zu Unrecht von einer abstrakten Gefährdung mehrerer Rechtsgüter aus. Aufgrund der funktionstüchtigen Sprinkleranlage sei klar gewesen, dass sich das Feuer nicht unkontrolliert auf andere Gebäude oder Sachen ausbreiten würde (Beschwerde S. 7-9). Damit wendet sie sich gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung, ohne jedoch eine entsprechende Willkürrüge zu erheben, was im bundesgerichtlichen Verfahren nicht zulässig ist (oben E. 1.2). Unbestritten ist, dass Dritte durch den Brand Sachschaden erlitten. Die Vorinstanz legt zudem dar, dass die Freizeitanlagen des Zentrums G._ im Zeitpunkt der Brandlegung noch geöffnet waren, was einen gewissen Publikumsverkehr mit sich gebracht und die Gefahr für Menschen erhöht habe, durch das Brandereignis geschädigt zu werden. Die Beschwerdeführerin habe die Gefahr zwar nicht gewollt, aber in Kauf genommen. I._ sei durch die rasche Ausbreitung des Feuers selbst verletzt worden, was auf einen erheblichen Einsatz von Benzin als Brandbeschleuniger schliessen lasse (Urteil S. 26). Die Vorinstanz trägt diesen Tatumständen zutreffend bei der Bewertung des Verschuldens Rechnung.
2.5 Die Freiheitsstrafe von 36 Monaten hält sich im Rahmen des sachrichterlichen Ermessens. Die Strafzumessung genügt den gesetzlichen Begründungsanforderungen. <ref-law> und <ref-law> sind nicht verletzt.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. März 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld