Faits:
A. X._ occupait deux emplois à mi-temps depuis 1992: l'un auprès de la Régie immobilière A._, à B._; l'autre auprès de la Maison de retraite de C._, à D._. Le 31 août 2000, il a cessé son activité auprès de la Maison de retraite de C._ sans augmenter son taux d'activité auprès de la Régie A._ ni prendre un nouvel emploi à mi-temps.
Le 30 novembre 1999, X._ et Y._ (ci-après: les intéressés) ont déposé leur déclaration d'impôt pour la période fiscale 1999/2000; ils ont annoncé un revenu de 235'700 fr., imposable au taux de 102'400 fr. et une fortune nulle. Le 31 janvier 2001, ils ont demandé qu'une taxation intermédiaire soit établie pour le 1er septembre 2000 en raison de la fin de l'activité de X._ auprès de la Maison de retraite de C._.
Le 16 mai 2001, les intéressés ont déposé leur déclaration d'impôt pour la période fiscale 2001/2002. Ils ont annoncé un revenu de 2'700 fr. et une fortune de 104'000 fr. Ils ont une nouvelle fois signalé la fin de l'activité lucrative de X._ auprès de la Maison de retraite de C._.
Par décision de taxation du 13 décembre 2002, l'Office d'impôt du district de Vevey a arrêté le revenu soumis à l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 1999/2000 à 254'700 fr. Par décision de taxation du 18 décembre 2002, il a arrêté le revenu soumis à l'impôt fédéral direct de la période fiscale 1999-2000 à 262'000 fr. Dans les deux cas, il a refusé de procéder à une taxation intermédiaire, soulignant notamment qu'aucune taxation intermédiaire n'avait été effectuée lors de l'engagement auprès de la maison de retraite. Le 8 janvier 2003, les intéressés ont déposé une réclamation contre ces décisions concluant à l'établissement d'une taxation intermédiaire au 1er septembre 2000.
Par décision de taxation du 13 janvier 2003, l'Office d'impôt du district de Vevey a arrêté le revenu soumis à l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2001/2002 à 132'600 fr. Par décision de taxation du 15 janvier 2003, il a arrêté le revenu soumis à l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2001/2002 à 146'100 fr. Les revenus imposés comprenaient les salaires versés par la maison de retraite de C._. Le 30 janvier 2003, les intéressés ont déposé une réclamation contre ces décisions.
Par décision du 23 octobre 2007, l'Administration des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale des impôts) a rejeté les réclamations.
Le 20 novembre 2007, les intéressés ont recouru contre la décision du 23 octobre 2007 auprès du Tribunal administratif (devenu depuis le 1er janvier 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal: ci-après: le Tribunal cantonal).
B. Par arrêt du 25 septembre 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Les conditions pour l'établissement d'une taxation intermédiaire pour cessation de l'activité lucrative n'étaient pas réunies.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ et Y._ demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, l'établissement d'une taxation intermédiaire au 1er septembre 2000 pour l'impôt fédéral direct ainsi que pour l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002. Ils se plaignent de la violation du droit fédéral et cantonal.
L'Administration cantonale des impôts et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours. Le Tribunal cantonal renonce à déposer des observations.
D. Par ordonnance du 22 octobre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la requête tendant à l'octroi de l'effet suspensif au recours déposé par les intéressés.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt attaqué constitue une décision finale rendue dans une cause de droit public par une autorité supérieure de dernière instance cantonale. Il concerne, d'une part, l'impôt fédéral direct pour les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002 et, d'autre part, l'impôt cantonal pour la période fiscale 1999/2000 ainsi que l'impôt cantonal harmonisé pour la période fiscale 2001/2002. Il est admissible (<ref-ruling> ss) de traiter ensemble l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2001/2002, parce que les cas de taxation intermédiaire sont identiques pour les deux catégories d'impôts (cf. arrêt 2A.598/2006 du 12 mars 2007, consid. 5.1). La période fiscale 1999/2000 étant en revanche encore soumise au droit cantonal non harmonisé (<ref-law>), le Tribunal cantonal aurait dû rendre deux décisions qui pouvaient figurer dans le même acte (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 et 131 II 553 consid. 4.2 et les références citées). Il n'y a toutefois pas lieu de renvoyer l'arrêt à l'autorité précédente, le recours devant de toute manière être rejeté sur le fond.
1.2 Déposé en temps utile par les destinataires de l'arrêt attaqué, qui ont un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci, le présent recours en matière de droit public est néanmoins recevable en vertu des <ref-law>, 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) et 73 al. 1 LHID. Il est aussi conforme à la jurisprudence qui autorise le dépôt d'un seul acte de recours, lorsqu'il ressort clairement du mémoire que la partie recourante s'en prend aux deux catégories d'impôts (cf. <ref-ruling> ss).
1.3 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>.
I. Impôt fédéral direct
2. 2.1 Dans le système d'imposition praenumerando bisannuel, l'impôt fédéral direct sur le revenu des personnes physiques exerçant une activité lucrative est calculé sur la base du revenu moyen du contribuable pendant les deux années civiles ayant précédé la période fiscale (art. 40 al. 2 et 43 al. 1 LIFD). Ce système est fondé sur la présomption que le revenu de la période fiscale est de même nature et de même importance que celui de la période de calcul (cf. Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, Bâle 2007, p. 157 n° 292). Il est dérogé à cette règle - et le revenu imposable fait l'objet d'une taxation intermédiaire - notamment en cas de modification durable et essentielle des bases de l'activité lucrative ensuite du début ou de la cessation de l'activité lucrative ou d'un changement de profession (<ref-law>). La taxation intermédiaire est faite au moment de la modification. Elle est fondée sur la taxation ordinaire en vigueur, augmentée ou diminuée des éléments du revenu qui ont été modifiés. Lors de la taxation ordinaire suivante, les éléments qui ont été exclus du revenu ensuite de la taxation intermédiaire ne sont plus pris en considération; les éléments qui ont été ajoutés sont déterminés selon les règles applicables au début de l'assujettissement (<ref-law>).
Ces dispositions correspondent à celles des art. 42 et 96 de l'arrêté fédéral sur l'impôt fédéral direct abrogé au 31 décembre 1994, de sorte que la doctrine et la jurisprudence rendues sous l'ancien droit trouvent encore application sous l'empire de la loi sur l'impôt fédéral direct (Marco Duss/Daniel Schär, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, vol. I/2a, n° 37 ad <ref-law>).
2.2 Selon la jurisprudence relative à l'<ref-law>, un motif de taxation intermédiaire ne peut être accepté qu'avec retenue (arrêt 2A.598/2006 du 12 mars 2007, consid. 4.2; 2A.552/1999 du 8 mars 2000, consid. 2a). Dans l'arrêt 110 Ib 313, le Tribunal fédéral a changé la jurisprudence résultant de l'<ref-ruling> selon laquelle la cessation d'une activité lucrative parmi plusieurs autres (concurrentes) de même importance justifiait l'établissement d'une taxation intermédiaire, pour autant que celle-là ne soit pas remplacée par une autre activité. Eu égard à la théorie de l'accroissement global net du patrimoine ("Gesamtreinvermögenszugangstheorie") qui régit l'impôt fédéral direct, pour juger du début ou de la cessation d'une activité lucrative, il ne fallait pas examiner chacune des sources du revenu mais adopter une approche globale de la situation du contribuable et déterminer si celle-ci subissait une modification structurelle profonde dans son ensemble au point que le maintien de la taxation bisannuelle ordinaire ne se justifiait plus (<ref-ruling> consid. 3c p. 316 s.; cf. aussi arrêt 2A.147/1996 du 7 avril 1998, consid. 3a in Pra 1998 n° 101 p. 582). D'une manière générale par conséquent, une taxation intermédiaire n'est effectuée qu'une seule fois lors de l'entrée dans la vie active et lors de la cessation de l'activité lucrative pour raison d'âge ou de santé. Le début, respectivement la cessation, d'une activité "concurrente" mais toutefois effectivement liée à l'activité menée et poursuivie jusqu'alors ne peut pas être considérée comme une modification structurelle profonde de la situation professionnelle dans son ensemble qui justifierait une taxation intermédiaire pour cause de début ou de cessation d'activité lucrative. Il en va de même de la réduction ou de l'augmentation du temps de travail (arrêt 2A.60/1995 du 20 mai 1996, consid. 2b; <ref-ruling> consid. 3a p. 10 s., 110 Ib 313 consid. 2a et 2b p. 315 s.; Archives 60 p. 335 consid. 3b p. 338-339). A la lumière de cette jurisprudence, l'opinion contraire de Jean-Marc Rivier (L'imposition du revenu et de la fortune, Neuchâtel 1980 p. 264), dont se prévalent les recourants, ne saurait être suivie.
2.3 En l'espèce, c'est à bon droit que le Tribunal cantonal a jugé que la cessation le 31 août 2000 par le recourant de l'une des deux activités lucratives que ce dernier menait concurremment ne suffisait pas à justifier l'établissement d'une taxation intermédiaire durant les périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002. La condition objective de cessation de l'activité lucrative n'est pas remplie. Force est d'ailleurs de remarquer que le recourant n'a pas non plus fait l'objet d'une taxation intermédiaire lorsqu'il a pris son engagement auprès de la maison de retraite. Les conditions pour admettre un début ou une cessation d'activité lucrative au sens de l'<ref-law> étant les mêmes (Marco Duss/Daniel Schär, op. cit., n° 51 ad <ref-law>), le recours doit être rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
II. Impôt cantonal et communal
A. Période fiscale 2001/2002
3. 3.1 Selon l'<ref-law>, en règle générale, l'impôt sur le revenu est calculé sur la base du revenu moyen des deux années civiles précédant la période fiscale. Cette règle repose sur la présomption que les éléments imposables du contribuable ne se modifient pas de manière sensible pendant les périodes de calcul et de taxation. Si la situation du contribuable fait l'objet d'une modification durable et importante au cours de la période de taxation, l'<ref-law> permet de procéder à une nouvelle taxation (taxation intermédiaire), afin d'éviter une distorsion entre sa charge fiscale et sa capacité contributive. Ainsi, lorsque les conditions objectives énumérées par l'<ref-law> sont réalisées, parmi lesquelles figure notamment la modification durable et essentielle des bases de l'activité lucrative ensuite du début ou de la cessation de l'activité lucrative ou d'un changement de profession, une nouvelle taxation, dite intermédiaire, doit être faite au moment de la modification quant aux éléments du revenu et de la fortune touchés par celle-ci. L'énumération des motifs figurant à l'<ref-law> est exhaustive. Sauf le motif de la lettre d lié aux questions de répartition intercantonale et internationale, elle correspond à celle de l'<ref-law>.
3.2 En matière d'impôts directs cantonaux, le canton de Vaud a passé, comme le permet l'<ref-law>, à la taxation annuelle des personnes physiques pour la première fois pour la période fiscale 2003 (art. 271 ss de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux [LI/VD; RSVD 642.11] dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2003). La période fiscale en cause (2001/2002), antérieure au 1er janvier 2003, est par conséquent encore régie par les art. 15, 17 à 19 LHID et les art. 80 ss de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI-2001; dans leur teneur en vigueur du 1er janvier 2001 au 31 décembre 2002 [Recueil 2000, p. 332 ss]; art. 271, 2e phrase LI/VD) qui consacrent le système de taxation praenumerando bisannuelle.
3.3 L'art. 80 LI-2001 (Recueil 2000, p. 368) prévoit que le revenu et la fortune font l'objet d'une taxation intermédiaire notamment en cas de modification durable et essentielle des bases de l'activité lucrative ensuite du début ou de la cessation de l'activité lucrative ou d'un changement de profession. La teneur de cette disposition est semblable à celles des <ref-law> et 45 LIFD. Il s'ensuit que la jurisprudence rendue en matière d'impôt fédéral direct garde toute sa valeur pour les impôts cantonal et communal de la période fiscale 2001/2002 (arrêt 2A.598/2006 du du 12 mars 2007, consid. 5.1).
3.4 C'est par conséquent également à bon droit que le Tribunal cantonal a jugé que la cessation le 31 août 2000 par le recourant de l'une des deux activités lucratives qu'il menait concurremment ne suffisait pas à justifier l'établissement d'une taxation intermédiaire de droit cantonal pour la période fiscale 2001/2002. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt cantonal direct de la période fiscale 2001/2002.
B. Période fiscale 1999/2000
4. Dans l'arrêt attaqué, pour juger de la question d'une éventuelle taxation intermédiaire durant la période fiscale 1999/2000, le Tribunal cantonal a appliqué "l'art. 80 let. b LI (dans sa teneur jusqu'au 1er janvier 2003)" (cf. arrêt attaqué, consid. 3a), il faisait donc référence à l'art. 80 LI-2001. Entrée en vigueur le 1er janvier 2001 (art. 272 LI-2001), cette disposition n'était pas encore applicable à la période fiscale 1999/2000 durant laquelle a eu lieu la cessation de l'une des activités lucratives menées concurremment par le recourant. La période fiscale 1999/2000 restait régie par la loi vaudoise du 26 novembre 1956 sur les impôts directs cantonaux (LI-1956; Recueil 1956, p. 359), dont l'art. 70 al. 1, notamment, règle les questions de taxation intermédiaire surgissant au cours de la période de taxation.
Comme l'application du droit cantonal ne peut faire l'objet d'un recours en matière de droit public que sous l'angle de la violation du droit fédéral qui comprend les droits constitutionnels (<ref-law>; cf. consid. 1.3 ci-dessus) et que les recourants n'ont exposé aucun grief relatif à la période fiscale 1999/2000 qui réponde aux exigences de motivation de l'<ref-law>, les conclusions tendant à réformer la décision sur réclamation de l'Administration cantonale des impôts du 23 octobre 2003 en tant qu'elle porte sur la période fiscale 1999/2000 sont irrecevables.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourants doivent supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF), solidairement entre eux. Ils n'ont pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct des périodes fiscales 1999/2000 et 2001/2002.
2. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable en tant qu'il concerne l'impôt cantonal et communal des périodes fiscales 1999/ 2000 et 2001/2002.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué aux participants de la procédure, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 13 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey