Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht V Burgdorf-Fraubrunnen sprach X._ mit Entscheid vom 16. Mai 2007 der Veruntreuung z.N. von B._ (Überweisungsbeschluss, Ziff. 1.1), der ungetreuen Geschäftsbesorgung z.N. der A._ AG (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.2) sowie des mehrfachen Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen (Überweisungsbeschluss, Ziff. 5) schuldig. Von den Vorwürfen der ungetreuen Geschäftsbesorgung z.N. von B._ (Überweisungsbeschluss, Ziff. 1.2), der mehrfachen Veruntreuung, ev. ungetreuen Geschäftsbesorgung (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.1 und 2.3), des versuchten Betrugs (Überweisungsbeschluss, Ziff. 3) sowie der Unterdrückung von Urkunden (Überweisungsbeschluss, Ziff. 4) z.N. der A._ AG sprach es ihn frei. Es verurteilte ihn unter Anrechnung der Untersuchungshaft von zwei Tagen zu einer bedingten Freiheitsstrafe von sechs Monaten.
B. Das Obergericht des Kantons Bern sprach X._ mit Urteil vom 31. Mai 2008 der mehrfachen Veruntreuung z.N. von B._ und der A._ AG (Überweisungsbeschluss, Ziff. 1.1 und 2.1) sowie der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung z.N. der A._ AG (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.2, 2.3 und 3) schuldig. Sodann stellte es die Rechtskraft der Verurteilung wegen mehrfachen Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen (Überweisungsbeschluss, Ziff. 5) sowie der Freisprüche von den Vorwürfen der ungetreuen Geschäftsbesorgung z.N. von B._ (Überweisungsbeschluss, Ziff. 1.2) sowie der Unterdrückung von Urkunden z.N. der A._ AG (Überweisungsbeschluss, Ziff. 4) fest. Es verurteilte ihn unter Anrechnung der Untersuchungshaft von zwei Tagen zu einer bedingten Geldstrafe von 250 Tagessätzen zu Fr. 1'440.--, zu einer unbedingten Geldstrafe von 50 Tagessätzen zu Fr. 1'440.-- sowie zu einer Busse von Fr. 500.--.
C. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, er sei von den Vorwürfen der mehrfachen Veruntreuung z.N. von B._ (Überweisungsbeschluss, Ziff. 1.1) und der A._ AG (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.1) sowie der mehrfachen ungetreuen Geschäftsbesorgung z.N. der A._ AG (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.2, 2.3 und 3) freizusprechen, und die Sache sei zu neuer Beurteilung der Strafzumessung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die Vorinstanz sowie die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern verzichten auf Vernehmlassungen. Die Beschwerdegegner 2 und 3 beantragen die Abweisung der Beschwerde. Insbesondere weisen sie darauf hin, dass mit Entscheid des Richteramts Solothurn-Lebern vom 16. Juni 2010 erstinstanzlich festgestellt worden sei, dass die von der C._ AG in Betreibung gesetzte Forderung von Fr. 999'000.-- gegenüber der A._ AG nicht bestehe.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus:
Anfangs 2000 beschlossen die Gebrüder D._ und E._ sowie F._ den Bau einer Sporthalle in der Ortschaft G._. Als Generalunternehmer beauftragten sie den Beschwerdeführer. Als Architekt wurde B._ hinzugezogen, der inzwischen verstorben ist. Am 26. September 2000 wurde die A._ AG (nachfolgend: A._ AG) zwecks Betriebs und Verwaltung der Sporthalle gegründet. Als Verwaltungsräte amtierten der Beschwerdeführer als Präsident und B._ als Vizepräsident. Beide waren mit je 45 % der Aktien an der Gesellschaft beteiligt und zeichneten gemäss Handelsregistereintrag kollektiv zu zweien. Zur Deckung des Kapitalbedarfs für die Erstellung der Halle war unter anderem ein Darlehen der Bank H._ in der Höhe von Fr. 600'000.-- vorgesehen. Zu diesem Zwecke wurde ein Inhaberschuldbrief auf dem Grundstück der A._ AG errichtet. In der Folge verzichtete die A._ AG jedoch auf das Darlehen der Bank H._, weshalb die Bank den Inhaberschuldbrief an die A._ AG zurückschickte. Stattdessen unterliessen es die beiden Hauptaktionäre, Guthaben in der Höhe von je Fr. 300'000.-- gegen die A._ AG geltend zu machen. Im April 2001 wurde die Sporthalle fertiggestellt. Am 22. Februar 2005 trat der Beschwerdeführer mit sofortiger Wirkung als Verwaltungsratspräsident zurück.
1.2 Zum Sachverhalt gemäss Überweisungsbeschluss Ziff. 1.1:
Am 31. Januar 2001 nahm der Beschwerdeführer seine eigenen (Aktienzertifikate Nr. 1 + 3 der A._ AG) sowie die Aktien des nicht anwesenden B._ (Aktienzertifikate Nr. 2 + 4 der A._ AG) entgegen und bewahrte sie in der Folge auf. Zu diesem Zwecke stellte B._ eine auf einen Tag begrenzte Vollmacht aus, in der er den Beschwerdeführer zur Übernahme und Unterzeichnung seiner Aktien ermächtigte (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 41). Am 17. August 2001 erteilte er dem Beschwerdeführer sowie dessen Ehefrau eine Generalvollmacht, "sämtliche Rechtsgeschäfte der genannten Firma (A._ AG), insbesondere die Aufgaben der Hausverwaltung, den Verkehr mit Mietern, den Verkehr mit Banken, den Abschluss sowie die Aufhebung von Verträgen etc. in seinem Namen zu tätigen" (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 44 f.). Namens der A._ AG wurde am 11. Dezember 2001 eine sog. "Verpfändungsbestätigung" verfasst (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 65). Darin wurde die Verpfändung der Aktienzertifikate Nr. 2 + 4 sowie des Inhaberschuldbriefes über Fr. 600'000.-- an die C._ AG (Immobilienbewirtschaftung und Management) zur Sicherung der Ansprüche derselben gegenüber der A._ AG bestätigt. Unterzeichnet wurde die Bestätigung vom Beschwerdeführer sowie von dessen Ehefrau "in Vertretung durch Vollmacht vom 17. August 2001" für den Verwaltungsrat B._. Der Beschwerdeführer amtete damals gleichzeitig als einziger Verwaltungsrat der C._ AG. An der Generalversammlung vom 30. Juli 2003 wurde B._ als Vizepräsident abgewählt, da seine Aktionärseigenschaft mangels Aktienbesitz vom Beschwerdeführer bestritten wurde (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 57 f.). Mit Schreiben vom 31. Juli 2003 verlangte B._ daraufhin die Rückgabe der Aktienzertifikate Nr. 2 + 4 vom Beschwerdeführer und widerrief sämtliche Vollmachten (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 46 f.). Nachdem der Beschwerdeführer die Aktien nicht zurückgegeben hatte, stellte B._ am 15. August 2003 beim Richteramt Solothurn-Lebern ein Gesuch um Erlass einer einstweiligen Verfügung mit dem Rechtsbegehren, der Beschwerdeführer sei zur Herausgabe der Aktienzertifikate anzuweisen. Obwohl dem Gesuch entsprochen wurde, leistete der Beschwerdeführer der Verfügung keine Folge. Nach Erlass einer Vollstreckungsverfügung stellte die Frau des Beschwerdeführers die Aktienzertifikate dem Oberamt Solothurn-Lebern zur Hinterlegung zu. Das Verfahren endete mit Urteil des Zivilgerichts Solothurn-Lebern vom 16. Juni 2004 (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 200 ff.), in welchem der Beschwerdeführer verurteilt wurde, B._ die Aktien herauszugeben.
1.3 Zum Sachverhalt gemäss Überweisungsbeschluss Ziff. 2.1:
Die "Verpfändungsbestätigung" vom 11. Dezember 2001 umfasste neben den Aktienzertifikaten Nr. 2 + 4 auch den Inhaberschuldbrief auf dem Grundstück der A._ AG in der Höhe von Fr. 600'000.--. Am 3. Februar 2005 stellte die A._ AG - handelnd durch den Vizepräsidenten des Verwaltungsrates, B._ - beim Richteramt Solothurn-Lebern ein Gesuch um Erlass einer einstweiligen Verfügung mit dem Rechtsbegehren der gerichtlichen Hinterlegung des Inhaberschuldbriefes (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 219 ff.). Diesem Gesuch wurde entsprochen, woraufhin die C._ AG am 9. Februar 2005 mitteilte, ihr Verwaltungsratspräsident - in der Person des Beschwerdeführers - sei landesabwesend, und der Inhaberschuldbrief befinde sich nicht im Besitz der C._ AG (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 249). Nach Bestätigung der einstweiligen Verfügung reichte die A._ AG am 19. Mai 2005 Klage gegen die C._ AG auf Herausgabe des Inhaberschuldbriefes bzw. auf Leistung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 600'000.-- ein. Mit Entscheid vom 26. April 2006 verurteilte das Richteramt Solothurn-Lebern die C._ AG zur Herausgabe des Inhaberschuldbriefes an die A._ AG (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 830 ff.). Dieses Urteil wurde durch das Obergericht des Kantons Solothurn am 16. März 2007 (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 978 ff.) sowie durch das Bundesgericht am 31. Juli 2007 (vgl. Urteil 4A_134/2007 vom 31. Juli 2007) bestätigt.
1.4 Zum Sachverhalt gemäss Überweisungsbeschluss Ziff. 2.2:
Gestützt auf den Inhaberschuldbrief betrieb der Beschwerdeführer im Namen der C._ AG am 23. Oktober 2003 die A._ AG auf Grundpfandverwertung (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 237), wobei er nach Zustellung des Zahlungsbefehls in der Funktion als Verwaltungsratspräsident der A._ AG auf die Erhebung des Rechtsvorschlags verzichtete. Daraufhin erhob B._, der von der Betreibung Kenntnis erhalten hatte, Rechtsvorschlag, der jedoch als ungültig abgewiesen wurde. Diese Verfügung wurde in der Folge von der Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen für den Kanton Bern aufgehoben und der Rechtsvorschlag zugelassen. Das Bundesgericht bestätigte diesen Entscheid letztinstanzlich (vgl. Urteil 7B.45/2004 vom 26. März 2004). Der Beschwerdeführer leitete am 21. Dezember 2004 erneut eine Betreibung der A._ AG auf Grundpfandverwertung ein (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 218), was die Konkursandrohung zur Folge hatte. Diese wurde jedoch von der Aufsichtsbehörde in Betreibungs- und Konkurssachen nichtig erklärt.
Die Vorinstanz stellt in ihrer Beweiswürdigung fest, dem Beschwerdeführer sei bewusst gewesen, dass ein den mutmasslichen Forderungen der C._ AG gegenüber der A._ AG (ca. Fr. 300'000.--) weit überhöhter Betrag in Betreibung gesetzt worden sei, nämlich Fr. 600'000.-- plus Zinsen. Gemäss eigenen Angaben habe er mit der Betreibung den Tausch der Parteirollen bezweckt, da die A._ AG auf diese Weise gegen die C._ AG auf Rückzahlung ungerechtfertigter Beträge hätte klagen müssen (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 1049 f.). Damit habe er der A._ AG bewusst Schaden zufügen wollen, indem er deren allfälligen Konkurs in Kauf genommen, wenn nicht herbeizuführen versucht habe.
1.5 Zum Sachverhalt gemäss Überweisungsbeschluss Ziff. 2.3:
Der Beschwerdeführer brachte den Inhaberschuldbrief sodann aus der Schweiz fort und bewahrte ihn in Thailand im Tresor von I._ auf. Zu diesem Zwecke wurde am 17. September 2004 ein "Pfandvertrag mit fiduziarischer Übereignung" ausgestellt, gemäss welchem I._ den Inhaberschuldbrief von der C._ AG als Sicherheit für ein Darlehen in der Höhe von Fr. 200'000.-- übernimmt und verwahrt (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 618). In der Folge missachtete der Beschwerdeführer sämtliche gerichtlichen Aufforderungen, den Inhaberschuldbrief zu hinterlegen, und liess dem Richteramt Solothurn-Lebern ausrichten, der Schuldbrief befinde sich nicht im Besitze der C._ AG. Gegenüber I._ gab er die C._ AG als Eigentümerin des Inhaberschuldbriefes aus.
1.6 Zum Sachverhalt gemäss Überweisungsbeschluss Ziff. 3:
In der Folge wurde die K._ Holding Ltd. als Inhaberin des Schuldbriefes bezeichnet. Der Beschwerdeführer beauftragte als CEO dieser Gesellschaft Fürsprecher L._ mit Inkassomandatsvertrag vom 29. Juli 2005, den Inhaberschuldbrief bestmöglichst zu verwerten und den Erlös auf sein Konto zu überweisen (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 530 f.). Dieser leitete mit Zahlungsbefehl vom 12. August 2005 eine Betreibung auf Grundpfandverwertung gegen die A._ AG ein (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 306). Das Rechtsöffnungsverfahren wurde jedoch in der Folge aufgrund der Verhaftung des Beschwerdeführers eingestellt.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht zunächst eine willkürliche Sachverhaltserstellung durch die Vorinstanz geltend. So habe ihn diese auch für Handlungen, die er nach dem 22. Februar 2005 vorgenommen habe, wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung verurteilt. Nach diesem Datum sei er jedoch nicht mehr Geschäftsführer der A._ AG gewesen, weshalb sein Verhalten den Tatbestand nicht mehr habe erfüllen können. Die Vorinstanz habe diesbezüglich den Sachverhalt ungenügend festgestellt. Die Verurteilung wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung (Überweisungsbeschluss, Ziff. 3) aufgrund der Betreibung der A._ AG von Seiten Fürsprecher L._ sei daher nicht rechtens.
Zudem bestreitet der Beschwerdeführer, den Inhaberschuldbrief aus der Schweiz fortgeschafft und einem Dritten übergeben zu haben (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.3). Vor dem 22. Februar 2005 habe sich der Inhaberschuldbrief stets in einem Tresor in Burgdorf in seinem Besitz befunden. Was nach diesem Datum gewesen sei, könne den Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung ohnehin nicht mehr erfüllen, da er nicht mehr Geschäftsführer der A._ AG gewesen sei.
Zudem bestreitet der Beschwerdeführer, den Inhaberschuldbrief aus der Schweiz fortgeschafft und einem Dritten übergeben zu haben (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.3). Vor dem 22. Februar 2005 habe sich der Inhaberschuldbrief stets in einem Tresor in Burgdorf in seinem Besitz befunden. Was nach diesem Datum gewesen sei, könne den Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung ohnehin nicht mehr erfüllen, da er nicht mehr Geschäftsführer der A._ AG gewesen sei.
2.2 2.2.1 Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie willkürlich (<ref-law>) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 mit Hinweis). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.4.1 mit Hinweisen).
2.2.2 Die Einwände des Beschwerdeführers vermögen die vorinstanzliche Sachverhaltserstellung nicht in Frage zu stellen. Es liegt keine Willkür vor. So hält die Vorinstanz in ihrem Urteil fest, dass der Beschwerdeführer am 22. Februar 2005 seinen sofortigen Rücktritt als Verwaltungsratspräsident der A._ AG bekannt gab. Inwiefern sie diesbezüglich den Sachverhalt willkürlich erstellt haben soll, ist nicht ersichtlich. Ob sie diese Tatsache rechtlich richtig würdigt, wird nachfolgend zu prüfen sein.
Weiter hat der Beschwerdeführer selber ausgesagt, den Inhaberschuldbrief nach Thailand mitgenommen und ihn bei I._ aufbewahrt zu haben (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 605 ff.). Zudem ist unbestritten, dass der Beschwerdeführer den Aufforderungen, den Inhaberschuldbrief zu hinterlegen, nicht nachgekommen ist (vgl. Urteil des Richteramts Solothurn-Lebern vom 23. Februar 2005, act. 240 f.). Das Vorbringen des Beschwerdeführers, der Inhaberschuldbrief habe sich stets im Tresor in Burgdorf befunden, erscheint vor diesem Hintergrund als blosse Behauptung, für die jeglicher Nachweis fehlt.
3. 3.1 Weiter richtet sich die Beschwerde gegen die Verurteilung wegen Veruntreuung der Aktienzertifikate 2 + 4 zum Nachteil von B._ (Überweisungsbeschluss, Ziff. 1.1). Die Vorinstanz gehe zu Unrecht davon aus, der Beschwerdeführer sei nicht willens gewesen, die sich in seinem Besitz befindenden Aktienzertifikate B._ herauszugeben. Als er am 31. Juli 2003 von diesem schriftlich aufgefordert worden sei, die Aktienzertifikate zurückzugeben, habe er sich zwar geweigert, dies zu tun. Dies sei jedoch einzig deshalb geschehen, um sich gegen eine Abwahl aus dem Verwaltungsrat der A._ AG wehren zu können. Eine Bereicherungsabsicht sei damit nicht verbunden gewesen. Er sei objektiv jederzeit im Stande gewesen, Ersatz zu leisten und habe schliesslich die Aktienzertifikate herausgegeben, was eine Verurteilung wegen Veruntreuung ausschliesse.
Zudem habe es sich bei den Aktienzertifikaten um vertretbare Sachen gehandelt, da sie gleichwertig und austauschbar seien. Daher sei es unerheblich, welche Aktienzertifikate er verpfändet habe, da er stets noch weitere Zertifikate zur freien Verfügung gehabt habe, welche er habe aushändigen können.
3.2 Die Vorinstanz erwägt, bei den Aktienzertifikaten handle es sich um fremde Sachen, da diese nummeriert und klar einem Aktionär zugewiesen gewesen seien. Daher hätten sich die Zertifikate von B._ nicht mit denjenigen des Beschwerdeführers vermischen können und seien in der Folge auch nicht in dessen Eigentum übergegangen.
Betreffend das Tatbestandsmerkmal des Anvertrautseins gibt die Vorinstanz zu bedenken, die Aktienzertifikate hätten sich wegen eines Hinterlegungsvertrages beim Beschwerdeführer befunden und nicht aufgrund einer Sicherungsübereignung, wie von diesem behauptet. Weshalb B._ als Aktionär der A._ AG mit seinem Privatvermögen für Forderungen gegenüber der Gesellschaft haften sollte, sei nicht nachvollziehbar. Dieser sei zum Zeitpunkt der Aktienübergabe abwesend gewesen und habe daher den Beschwerdeführer gebeten, die Aktien für ihn entgegen zu nehmen und aufzubewahren. Anders lasse sich die ausdrücklich nur für einen Tag ausgestellte Vollmacht nicht erklären. Die Generalvollmacht vom 17. August 2001 beinhalte sodann keine Vertretung in Privatsachen, weshalb die Verpfändung der Aktienzertifikate ungültig sei. Somit sei klar, dass es sich bei den Aktienzertifikaten um dem Beschwerdeführer anvertraute Sachen gehandelt habe.
Der Beschwerdeführer habe gehandelt, als ob er Eigentümer der Aktienzertifikate 2 + 4 sei, wobei die Aneignung der Wertpapiere durch die Verpfändung an die C._ AG erfolgt sei, um diese zu Gunsten der Gesellschaft verwerten zu können.
Betreffend Bereicherungsabsicht erwägt die Vorinstanz, der Beschwerdeführer könne sich nicht darauf berufen, er habe sich etwas angeeignet, worauf er geglaubt habe, Anspruch zu haben. Zum einen könne er Forderungen der C._ AG gegenüber der A._ AG nicht mit dem Privatvermögen von B._ verrechnen. Zum anderen habe er sich Werte angeeignet, die weit über den mutmasslichen Ansprüchen gelegen hätten, um B._ in einem allfälligen Rückforderungsprozess in eine ungünstige Position zu zwingen. Eine Ersatzbereitschaft könne aus diesen Gründen ausgeschlossen werden.
Betreffend Bereicherungsabsicht erwägt die Vorinstanz, der Beschwerdeführer könne sich nicht darauf berufen, er habe sich etwas angeeignet, worauf er geglaubt habe, Anspruch zu haben. Zum einen könne er Forderungen der C._ AG gegenüber der A._ AG nicht mit dem Privatvermögen von B._ verrechnen. Zum anderen habe er sich Werte angeeignet, die weit über den mutmasslichen Ansprüchen gelegen hätten, um B._ in einem allfälligen Rückforderungsprozess in eine ungünstige Position zu zwingen. Eine Ersatzbereitschaft könne aus diesen Gründen ausgeschlossen werden.
3.3 3.3.1 Der Veruntreuung gemäss <ref-law> macht sich strafbar, wer sich eine ihm anvertraute fremde bewegliche Sache aneignet, um sich oder einen andern damit unrechtmässig zu bereichern.
Der subjektive Tatbestand erfordert Vorsatz und ein Handeln in unrechtmässiger Bereicherungsabsicht. An einer unrechtmässigen Bereicherungsabsicht fehlt es, wenn der Täter Ersatzbereitschaft, d.h. Ersatzwille und Ersatzfähigkeit aufweist (<ref-ruling> E. 6.1.2 mit Hinweisen). Wer eine anvertraute Sache dem Berechtigten jederzeit zur Verfügung zu halten hat, bereichert sich unrechtmässig, wenn er sie zu seinem Nutzen verwendet, ohne fähig und gewillt zu sein, sie jederzeit sofort zu ersetzen. Ist der Täter in einem solchen Fall fähig und gewillt, die Sache zu einem späteren Zeitpunkt zu ersetzen, dann beabsichtigt er eine vorübergehende Bereicherung, was zur Bestrafung genügt (<ref-ruling> E. 3a mit Hinweisen).
Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung genügt es demzufolge nicht, dass der Beschwerdeführer zum Ersatz fähig war, vielmehr musste er dazu auch willens sein. Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm bzw. ob er in der Absicht handelte, sich unrechtmässig zu bereichern (<ref-ruling> E. 3 mit Hinweis), betrifft so genannte innere Tatsachen und ist damit Tatfrage (<ref-ruling> E. 4.1 mit Hinweisen). Feststellungen zum Sachverhalt prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-law>). Die Willkürrüge muss in der Beschwerde explizit vorgebracht und substantiiert begründet werden (<ref-law>).
3.3.2 Der Beschwerdeführer erhebt keine Willkürrüge gegen die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung. Soweit er vom vorinstanzlichen Urteil abweichende Feststellungen dazu macht, weshalb er nicht in unrechtmässiger Bereicherungsabsicht gehandelt habe, genügen seine Vorbringen den Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge nicht. Insofern ist darauf nicht einzutreten.
In Anbetracht der verbindlich festgestellten Tatumstände durfte die Vorinstanz davon ausgehen, dass der Beschwerdeführer in unrechtmässiger Bereicherungsabsicht gehandelt hat. Dadurch, dass er die Aktienzertifikate der C._ AG verpfändete, verhielt er sich wie deren Eigentümer. Die Annahme, er habe damit die Forderungen der C._ AG gegenüber der A._ AG sichern wollen, entspricht seinen eigenen Aussagen (vgl. vorinstanzliche Akten, act. 584). Der Einwand, er habe dies nur deshalb getan, um sich gegen eine Abwahl aus dem Verwaltungsrat der A._ AG wehren zu können, darf die Vorinstanz willkürfrei als Schutzbehauptung werten. Zudem musste ihm bewusst sein, dass es unrechtmässig ist, Forderungen der C._ AG gegenüber der A._ AG mit Privatvermögen von B._ zu sichern.
Sein Einwand, er habe die Aktienzertifikate schlussendlich zurückgegeben, weshalb er ersatzwillig gewesen sei, geht fehl. So hat er bzw. seine Ehefrau erst nach Erhalt der Vollstreckungsverfügung der Aufforderung entsprochen, die Aktienzertifikate herauszugeben. Von jederzeitigem Ersatzwillen kann somit keine Rede sein. Wie die Vorinstanz zutreffend erwägt, befanden sich die Aktienzertifikate aufgrund eines Hinterlegungsvertrages beim Beschwerdeführer. Eine andere Auslegung der Vollmacht vom 31. Januar 2001 überzeugt nicht. Betreffend Rückgabe der Aktienzertifikate an B._ war nichts Ausdrückliches vereinbart, jedoch liegen keine Gründe für die Annahme vor, es sei etwas anderes abgemacht gewesen als die jederzeitige Herausgabe der Aktienzertifikate an B._. Wenn die Vorinstanz nun davon ausgeht, der Beschwerdeführer sei nicht dazu bereit gewesen, die Aktienzertifikate jederzeit herauszugeben, ist dies eine nachvollziehbare Schlussfolgerung aus der Würdigung der Beweise. Zwar ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer objektiv in der Lage war, stets Ersatz zu leisten, mithin ersatzfähig war. Dies genügt jedoch - entgegen seiner Ansicht - nicht, um die Ersatzbereitschaft zu bejahen.
Betreffend weitere Tatbestandsmerkmale ist auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz zu verweisen (<ref-law>). Deren Vorliegen ist zudem unbestritten.
Die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen Veruntreuung zum Nachteil von B._ verletzt somit kein Bundesrecht.
4. 4.1 Sodann richtet sich der Beschwerdeführer gegen die Verurteilung wegen Veruntreuung zum Nachteil der A._ AG (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.1). Er macht geltend, er habe mit der Verpfändung des Inhaberschuldbriefes keine unrechtmässige Bereicherung angestrebt. Vielmehr habe er diesen als zulässige Sicherheit für sich sowie die C._ AG bis zur Bezahlung der offenen Forderungen von mindestens Fr. 300'000.-- behalten wollen. Zudem habe er etwa zwei Jahre mit der Anhebung einer Betreibung der A._ AG gewartet und somit auf die Liquiditätsprobleme der Gesellschaft Rücksicht genommen, was eine Bereicherungsabsicht ebenfalls ausschliesse.
4. 4.1 Sodann richtet sich der Beschwerdeführer gegen die Verurteilung wegen Veruntreuung zum Nachteil der A._ AG (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.1). Er macht geltend, er habe mit der Verpfändung des Inhaberschuldbriefes keine unrechtmässige Bereicherung angestrebt. Vielmehr habe er diesen als zulässige Sicherheit für sich sowie die C._ AG bis zur Bezahlung der offenen Forderungen von mindestens Fr. 300'000.-- behalten wollen. Zudem habe er etwa zwei Jahre mit der Anhebung einer Betreibung der A._ AG gewartet und somit auf die Liquiditätsprobleme der Gesellschaft Rücksicht genommen, was eine Bereicherungsabsicht ebenfalls ausschliesse.
4.2 4.2.1 Anvertraut im Sinne von <ref-law> ist gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung, was jemand mit der Verpflichtung empfängt, es in bestimmter Weise im Sinne eines andern zu verwenden, insbesondere es zu verwahren, verwalten oder abzuliefern (<ref-ruling> E. 6.2 mit Hinweisen). Nach einer anderen Definition gilt als anvertraut, was mit rechtlich beschränkter Verfügungsbefugnis überlassen wird, ohne dass eine unmittelbare Kontrolle der Verwendung möglich oder üblich ist. Gemäss einer neueren Umschreibung ist anvertraut, was jemand mit der besonderen Verpflichtung empfängt, es dem Treugeber zurückzugeben oder es für diesen an einen Dritten weiterzuleiten, wobei der Treugeber seine Verfügungsmacht über das Anvertraute aufgibt (Urteil 6B_596/2009 vom 27. Mai 2010 E. 4.2.1 mit Hinweisen).
4.2.2 Der Beschwerdeführer handelte als Verwaltungsratspräsident der A._ AG. Der Inhaberschuldbrief gehörte zum Geschäftsvermögen der A._ AG. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung gilt Geschäftsvermögen von Handelsgesellschaften nicht als deren Organen anvertraut. Das Organ einer Aktiengesellschaft ist in Bezug auf die Gesellschaft nicht ein Dritter, sondern Teil der Gesellschaft. Es empfängt nicht Gesellschaftsvermögen, um dieses im Interesse der Gesellschaft zu verwalten. Die Gesellschaft behält vielmehr Gewahrsam an den betreffenden Vermögenswerten und verwaltet sie, wenn auch durch ihre Organe, weiterhin selbst. Pflichtwidrige Vermögensdispositionen im Rahmen der Organtätigkeit fallen nach der Rechtsprechung daher grundsätzlich unter den Tatbestand der ungetreuen Geschäftsbesorgung, wenn die Gesellschaft dadurch geschädigt wird (Urteil 6B_446/2010 vom 14. Oktober 2010 E. 6.3 mit Hinweis; vgl. auch ANDREAS DONATSCH, Aspekte der ungetreuen Geschäftsbesorgung nach <ref-law>, ZStrR 114/1996 S. 219). Die Verurteilung wegen Veruntreuung verletzt demnach Bundesrecht. Die Beschwerde ist in diesem Punkt gutzuheissen.
Die Frage der Konkurrenz zwischen dem Tatbestand der Veruntreuung und demjenigen der ungetreuen Geschäftsbesorgung stellt sich somit nicht. Die Vorinstanz wird jedoch zu befinden haben, ob der Beschwerdeführer gestützt auf <ref-law> zu verurteilen ist.
5. 5.1 Weiter rügt der Beschwerdeführer, er sei zu Unrecht der ungetreuen Geschäftsbesorgung zum Nachteil der A._ AG (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.2) schuldig gesprochen worden. Er bringt vor, er habe als Organ der C._ AG gehandelt, als er gegen die A._ AG die Betreibung erhoben habe, nicht als Organ der A._ AG, weshalb sein Verhalten nicht als ungetreue Geschäftsbesorgung qualifiziert werden könne. Es gebe zudem kein Prinzip, das die Schonung eines Unternehmens durch ein anderes gebiete, wenn deren Organe teilweise identisch seien. Ein Zahlungsbefehl an ein Organ, das die eigene Gesellschaft betreibe, könne sodann nicht gültig zugestellt werden.
5.2 Wie die Vorinstanz zu Recht festhält, erlag der Beschwerdeführer als Geschäftsführer sowohl der A._ AG als auch der C._ AG einer Interessenkollision und beging dadurch eine Pflichtverletzung. Seine Treuepflicht gegenüber der A._ AG verletzte er, indem er eine Betreibung der Gesellschaft anstrebte und darauf verzichtete, Rechtsvorschlag zu erheben. Somit wahrte er einseitig die Interessen der C._ AG und liess diejenigen der A._ AG aussen vor. Seine Vorbringen erscheinen unbehelflich und vermögen den vorinstanzlichen Entscheid nicht in Frage zu stellen.
Bezüglich weiterer objektiver sowie subjektiver Tatbestandselemente kann auf die zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz verwiesen werden. Die Verurteilung wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung gemäss Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und 3 StGB verletzt kein Bundesrecht.
6. 6.1 Weiter beantragt der Beschwerdeführer, er sei vom Vorwurf der ungetreuen Geschäftsbesorgung zum Nachteil der A._ AG durch Wegbringen des Inhaberschuldbriefes und Verpfändung desselben an I._ (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.3) freizusprechen. Er macht geltend, das Wegbringen des Inhaberschuldbriefes sowie das Verpfänden desselben an I._ seien als straflose Nachtaten der Veruntreuung (Überweisungsbeschluss, Ziff. 2.1) zu werten.
6.2 Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers lässt sich das Fortschaffen und Verpfänden des Inhaberschuldbriefes an I._ nicht als mitbestrafte Nachtat der erstmaligen Verpfändung desselben an die C._ AG auffassen.
Die Lehre nimmt zwar unechte Konkurrenz in Form der sogenannten straflosen bzw. mitbestraften Vor- bzw. Nachtat an, wenn mehrere Straftaten so miteinander in Zusammenhang stehen, dass die eine nur als Vorstufe des eigentlichen Angriffs auf das geschützte Rechtsgut oder nur als Ausnützen des durch die andere Straftat Erreichten erscheint (statt vieler Günter Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Allg. Teil I, 3. Aufl., Bern 2005, § 18 N 10). Doch lehnt das Bundesgericht die Lehre weitgehend ab bzw. wendet sie nur mit Zurückhaltung an (<ref-ruling> E. 4a/aa mit Hinweisen). Zwischen den Einzelhandlungen eines Tatkomplexes wird demnach ständig Realkonkurrenz angenommen, soweit nicht dem Sinn des Strafgesetzes deutlich zu entnehmen ist, dass die für die eine Tat ausgefällte Strafe auch die andere abgelten soll (<ref-ruling> E. 2b; Urteil 6S.262/2003 vom 19. Oktober 2003 E. 2.2; je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer hat den Inhaberschuldbrief zunächst an die C._ AG verpfändet, in der Folge mehrere Betreibungen gegen die A._ AG erhoben, den Inhaberschuldbrief nach Thailand fortgeschafft und ihn dort an I._ verpfändet. Schliesslich beauftragte er Fürsprecher L._, den Inhaberschuldbrief zu verwerten. Obwohl die Handlungen in Zusammenhang stehen, erscheinen sie als einzelne Tatbegehungen und nicht als Vor- oder Nachtat zu einer Haupttat. Auch sind die verschiedenen Handlungen nicht als natürliche Handlungseinheit zu betrachten. Es trifft zwar zu, dass sie miteinander in engem Zusammenhang stehen. Das schliesst aber die Annahme mehrfacher Tatbegehung nicht aus. Die Annahme einer die Anwendung von <ref-law> ausschliessenden natürlichen Handlungseinheit kommt nur in Betracht, wenn das gesamte Tätigwerden des Täters auf einem einheitlichen Willensakt (einheitliches Ziel, einmaliger Entschluss) beruht und kraft eines engen räumlichen und zeitlichen Zusammenhangs der Einzelakte bei natürlicher Betrachtungsweise objektiv als ein einheitliches, zusammengehörendes Geschehen erscheint (<ref-ruling> E. 4.5.3). Dass die mehreren verübten strafbaren Handlungen auf ein und denselben Willensentschluss zurückgehen, genügt für die Annahme einer Handlungseinheit nicht (Urteil 6P.239/2006 vom 21. März 2007 E. 5.3.1 mit Hinweis). Die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen mehrfacher ungetreuer Geschäftsbesorgung verletzt demnach kein Bundesrecht.
7. 7.1 Schlussendlich rügt der Beschwerdeführer, er sei zu Unrecht der ungetreuen Geschäftsbesorgung zum Nachteil der A._ AG (Überweisungsbeschluss, Ziff. 3) schuldig gesprochen worden. Zum Zeitpunkt, als er Fürsprecher L._ mit der Verwertung des Inhaberschuldbriefes beauftragt habe, sei er nicht mehr Geschäftsführer der A._ AG gewesen. Daher könne er sich nicht der ungetreuen Geschäftsbesorgung schuldig gemacht haben.
7.2 Der Beschwerdeführer trat am 22. Februar 2005 mit sofortiger Wirkung als Verwaltungsratspräsident der A._ AG zurück. Mit Inkassomandatsvertrag vom 29. Juli 2005 beauftragte er als CEO der K._ Holding Ltd. Fürsprecher L._, den Inhaberschuldbrief bestmöglichst zu verwerten und den Erlös auf sein Konto zu überweisen. Der Beauftragte erhob gestützt auf den Inhaberschuldbrief am 3. August 2005 eine Betreibung gegen die A._ AG.
Der Beschwerdeführer verkennt, dass er trotz Aufgabe des Verwaltungsratsmandats der A._ AG tatbestandsrelevante Pflichtverletzungen begangen hatte. Zum einen wäre er zur Rückgabe des Inhaberschuldbriefes an die A._ AG zum Zeitpunkt seines Rücktritts als Verwaltungsratspräsident verpflichtet gewesen. Darüber hinaus zeitigt die Treuepflicht eines Verwaltungsratsmitglieds eine Nachwirkung über den Zeitpunkt der Beendigung des Mandats hinaus. Der Ausgeschiedene muss - jedenfalls für ein oder zwei Jahre - Tätigkeiten unterlassen, die die Gesellschaft schädigen könnten (Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 4. Aufl. 2009, § 13 Rz. 90a). Eine Verletzung der Treuepflicht stellt es mitunter auch dar, wenn der Beschwerdeführer nach Beendigung seines Mandats eine Drittperson damit beauftragt, den Inhaberschuldbrief zum Nachteil der A._ AG zu verwerten.
Betreffend die weiteren objektiven und subjektiven Tatbestandselemente der ungetreuen Geschäftsbesorgung gemäss Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und 3 StGB kann auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden.
Die Verurteilung wegen ungetreuer Geschäftsbesorgung im Sinne von Art. 158 Ziff. 1 Abs. 1 und 3 StGB verletzt kein Bundesrecht.
8. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen. Die Sache ist zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig (<ref-law>). Der Kanton Bern hat als teilweise unterliegende Partei dem Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern vom 31. Mai 2008 aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Kanton Bern hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Entschädigung von Fr. 500.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Februar 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Horber