Sachverhalt:
A. A.a Am 18. Januar 2007 informierte die Sulzer AG die Eidgenössische Bankenkommission (EBK) über mögliche Meldepflichtverletzungen im Handel mit Beteiligungspapieren an ihr. Sie vermutete gestützt auf Marktbeobachtungen, Angaben aus Bankenkreisen sowie diversen Gerüchten in der Presse, dass die OC Oerlikon AG oder mehrere von deren direkten oder indirekten Grossaktionären versucht sein könnten, in Umgehung der Meldepflichten eine grössere Beteiligung an ihr aufzubauen bzw. sie unfreundlich zu übernehmen.
A.b Am 29. Februar 2008 informierte die EBK Ronny Pecik, Georg Stumpf und Victor F. Vekselberg, dass gegen sie in diesem Zusammenhang ein Verwaltungsverfahren eröffnet worden sei, wobei die Verdachtsmomente auf "mögliche Verletzung der offenlegungsrechtlichen Meldepflichten gemäss Art. 20 und 41 des Bundesgesetzes über die Börsen und den Effektenhandel (BEHG) i.V.m. Art. 9 ff. der Verordnung der Eidg. Bankenkommission über die Börsen und den Effektenhandel (BEHV-EBK) sowie auf mögliche Kursmanipulation gemäss Art. 161bis des Schweizerischen Strafgesetzbuches (StGB)" lauteten. Die Verfahrenseröffnung habe zur Folge, dass sie Akteneinsicht nehmen und sich "vor Erlass einer allfälligen Verfügung der EBK" zum Sachverhalt äussern könnten.
A.c Am 22. September 2008 bestritt Ronny Pecik die Zuständigkeit der Bankenkommission, um gegen ihn ein Verwaltungsverfahren führen zu können; dieses sei einzustellen, allenfalls sei im Rahmen einer selbständig anfechtbaren Zwischenverfügung vorweg über die Zuständigkeit zu befinden. Die EBK informierte Ronny Pecik am 2. Oktober 2008, dass sie zu "gegebener Zeit" auf seine Anträge zurückkommen werde; inzwischen erhalte er "nochmals" Gelegenheit, sich zur Sache zu äussern. Am 15. Oktober 2008 hielt Ronny Pecik an seinen Anträgen vom 22. September 2008 fest; insbesondere verlangte er erneut, dass über die bestrittene Zuständigkeit vorweg entschieden werde. Mit Schreiben vom 23. Oktober 2008 gab die Bankenkommission ihm Gelegenheit bis zum 6. November 2008, zu den Eingaben der anderen Beteiligten Stellung zu nehmen.
B. B.a Am 3. November 2008 gelangte Ronny Pecik mit dem Antrag an das Bundesverwaltungsgericht, die Bankenkommission sei anzuweisen, über ihre Zuständigkeit eine selbständig anfechtbare Zwischenverfügung zu treffen und das Verfahren bis zum rechtskräftigen Entscheid über die Zuständigkeit zu sistieren. Mit Verfügung vom 7. November 2008 hielt der Instruktionsrichter die EBK an, "weitere Handlungen, insbesondere den Erlass einer Feststellungsverfügung, bis zum rechtskräftigen Entscheid über die Rechtsverweigerungs- und Rechtsverzögerungsbeschwerde" bzw. "bis zum Abschluss eines allfällig nachfolgenden Verfahrens über die Frage der Zuständigkeit der Vorinstanz" zu unterlassen. Am 11. Dezember 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde ab, da der Endentscheid der EBK unmittelbar bevorstehe.
B.b Am 22. Januar 2009 stellte die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA) fest, dass sie befugt sei, gegenüber Personen und Gesellschaften, welche den börsenrechtlichen Meldepflichten unterstünden, offenlegungsrechtliche Feststellungsverfügungen zu erlassen. Gleichzeitig kam sie zum Schluss, dass Ronny Pecik und Georg Stumpf als organisierte Gruppe im Rahmen des Beteiligungsaufbaus an der Sulzer AG ihre Meldepflichten nach Art. 20 BEHG verletzt hätten. Sie warf den beiden vor, unter missbräuchlichem Einsatz von formal auf Barausgleich lautenden Optionen Aktien der Sulzer AG erworben bzw. kontrolliert sowie Optionen mit Barausgleich in Optionen mit Realerfüllung konvertiert zu haben. Da sich die Gruppe auf diese Weise die potentielle Kontrolle über die mit den Aktien verbundenen beziehungsweise durch die Optionen mit Realerfüllung vermittelten Stimmrechte habe verschaffen können, müssten die Positionen ihnen zugerechnet werden.
C. Am 2. Februar 2009 ist Ronny Pecik mit dem Antrag an das Bundesgericht gelangt, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 11. Dezember 2008 aufzuheben sowie die FINMA anzuweisen, eine selbständig anfechtbare Zwischenverfügung über ihre Zuständigkeit zu erlassen und ihr Verwaltungsverfahren bis zum rechtskräftigen Entscheid hierüber zu sistieren; eventuell sei die Sache zu neuem Entscheid an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen. Ronny Pecik macht geltend, er habe die Zuständigkeit der EBK bestritten, womit vor dem Sachentscheid von Bundesrechts wegen zuerst diese Frage rechtskräftig zu beurteilen gewesen wäre (<ref-law>; SR 172.021).
Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA) beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten bzw. sie als gegenstandslos abzuschreiben; eventuell sei sie vollumfänglich abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen.
D. Der Abteilungspräsident hat am 9. Februar (superprovisorisch) bzw. am 3. März 2009 (definitiv) davon abgesehen, der Eingabe aufschiebende Wirkung beizulegen.

Erwägungen:
1. Am 1. Januar 2009 ist das Bundesgesetz vom 22. Juni 2007 über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMAG; SR 956.1) in Kraft getreten. Die Eidgenössische Bankenkommission, das Bundesamt für Privatversicherung und die Kontrollstelle für die Bekämpfung der Geldwäscherei wurden damit in der "Eidgenössische Finanzmarktaufsicht (FINMA)" zusammengeführt. Diese beaufsichtigt nunmehr als öffentlich-rechtliche Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit den Finanzmarkt (<ref-law>). Sie hat alle Verfahren der Bankenkommission übernommen, die bei Inkrafttreten des Finanzmarktgesetzes hängig waren (<ref-law>). Da es die Bankenkommission somit nicht mehr gibt, ist das vorliegende Verfahren mit der FINMA als deren Rechtsnachfolgerin zu führen.
2. 2.1 Im Gegensatz zum früheren Recht (Art. 70 aVwVG) ist grundsätzlich nicht mehr die Aufsichtsbehörde, sondern die jeweilige Beschwerdeinstanz zur Beurteilung einer Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde zuständig. Der Beschwerdeführer konnte deshalb mit der Rüge einer Verletzung von <ref-law> an das Bundesverwaltungsgericht gelangen (vgl. <ref-law>; UHLMANN/ WÄLLE-BÄR, in: Waldmann/Weissenberger, VwVG, 2009, Rz. 12 zu <ref-law>). Gegen dessen Urteile steht im Bereich der Aufsicht über die Börsen und den Effektenhandel (Bundesgesetz vom 24. März 1995 über die Börsen und den Effektenhandel [BEHG; SR 954.1]) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (vgl. Art. 31, 32 i.V.m. Art. 33 lit. f VGG [SR 172.32] bzw. Art. 82, 83 i.V.m. <ref-law>; Urteil 2A.25/2007 vom 6. Juni 2007, E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3.2.1). Mit dem Finanzmarktaufsichtsgesetz wurde zwar <ref-law> um eine lit. u ergänzt, wonach dieses Rechtsmittel "gegen Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (nach Art. 22 ff. des Börsengesetzes vom 24. März 1995)" nicht mehr gegeben ist. Der Ausschlussgrund gilt indessen nicht für die börsenrechtlichen Meldepflichten (so auch: WURZBURGER, in: Corboz et al., Commentaire de la LTF, 2009, N. 164 zu <ref-law>): Im Übernahmewesen entscheidet das Bundesverwaltungsgericht nach der Übernahmekommission und der FINMA als dritte Instanz, weshalb der Gesetzgeber wegen des Bedürfnisses nach einem raschen Verfahren die entsprechenden Entscheide (analog zur Regelung bei der internationalen Amtshilfe) für definitiv erklärt hat (vgl. die Botschaft vom 1. Februar 2006 zum Bundesgesetz über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht, BBl 2006 2829 ff. Ziff. 2.7.3). Zwar liegen die Offenlegungspflichten auch im Interesse der Zielgesellschaft (vgl. ROLF H. WEBER, in: Watter/Vogt [Hrsg.], BSK Börsengesetz, 2. Aufl., 2007, Rz. 7 zu Art. 20 BEHG) und beeinflussen sie ein öffentliches Kaufangebot etwa insofern, als sie die Übernahme verteuern können (TSCHÄNI/IFFLAND/DIEM, Öffentliche Kaufangebote, 2007, N 131); dennoch haben die Meldepflichten eigenständige Bedeutung (vgl. ROLF H. WEBER, a.a.O., Rz. 8 zu Art. 20 BEHG). Sie bilden nicht Teil der Regelungen über die öffentlichen Kaufangebote (Art. 22 ff. BEHG) und unterliegen auch nicht der gleichen zeitlichen Dringlichkeit wie die Anordnungen im Übernahmeverfahren (vgl. zu diesem TSCHÄNI/IFFLAND/DIEM, a.a.O., Rz. 232 ff.; ZULAUF/WYSS/ROTH, Finanzmarktenforcement, 2008, S. 175, 307). Ist vorliegend somit der Beschwerdeweg an das Bundesgericht in der Sache selber gegeben und war das Bundesverwaltungsgericht zur Beurteilung der bei ihm eingereichten Rechtsverzögerungs- bzw. Rechtsverweigerungsbeschwerde zuständig, kann gegen seinen Entscheid mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gelangt werden ("Einheit des Verfahrens": vgl. FELIX UHLMANN, in: Niggli/ Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], BSK Bundesgerichtsgesetz, 2008, Rz. 5 zu <ref-law>; UHLMANN/WÄLLE-BÄR, a.a.O., Rz. 5 zu <ref-law>).
2. 2.1 Im Gegensatz zum früheren Recht (Art. 70 aVwVG) ist grundsätzlich nicht mehr die Aufsichtsbehörde, sondern die jeweilige Beschwerdeinstanz zur Beurteilung einer Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde zuständig. Der Beschwerdeführer konnte deshalb mit der Rüge einer Verletzung von <ref-law> an das Bundesverwaltungsgericht gelangen (vgl. <ref-law>; UHLMANN/ WÄLLE-BÄR, in: Waldmann/Weissenberger, VwVG, 2009, Rz. 12 zu <ref-law>). Gegen dessen Urteile steht im Bereich der Aufsicht über die Börsen und den Effektenhandel (Bundesgesetz vom 24. März 1995 über die Börsen und den Effektenhandel [BEHG; SR 954.1]) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen (vgl. Art. 31, 32 i.V.m. Art. 33 lit. f VGG [SR 172.32] bzw. Art. 82, 83 i.V.m. <ref-law>; Urteil 2A.25/2007 vom 6. Juni 2007, E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3.2.1). Mit dem Finanzmarktaufsichtsgesetz wurde zwar <ref-law> um eine lit. u ergänzt, wonach dieses Rechtsmittel "gegen Entscheide auf dem Gebiet der öffentlichen Kaufangebote (nach Art. 22 ff. des Börsengesetzes vom 24. März 1995)" nicht mehr gegeben ist. Der Ausschlussgrund gilt indessen nicht für die börsenrechtlichen Meldepflichten (so auch: WURZBURGER, in: Corboz et al., Commentaire de la LTF, 2009, N. 164 zu <ref-law>): Im Übernahmewesen entscheidet das Bundesverwaltungsgericht nach der Übernahmekommission und der FINMA als dritte Instanz, weshalb der Gesetzgeber wegen des Bedürfnisses nach einem raschen Verfahren die entsprechenden Entscheide (analog zur Regelung bei der internationalen Amtshilfe) für definitiv erklärt hat (vgl. die Botschaft vom 1. Februar 2006 zum Bundesgesetz über die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht, BBl 2006 2829 ff. Ziff. 2.7.3). Zwar liegen die Offenlegungspflichten auch im Interesse der Zielgesellschaft (vgl. ROLF H. WEBER, in: Watter/Vogt [Hrsg.], BSK Börsengesetz, 2. Aufl., 2007, Rz. 7 zu Art. 20 BEHG) und beeinflussen sie ein öffentliches Kaufangebot etwa insofern, als sie die Übernahme verteuern können (TSCHÄNI/IFFLAND/DIEM, Öffentliche Kaufangebote, 2007, N 131); dennoch haben die Meldepflichten eigenständige Bedeutung (vgl. ROLF H. WEBER, a.a.O., Rz. 8 zu Art. 20 BEHG). Sie bilden nicht Teil der Regelungen über die öffentlichen Kaufangebote (Art. 22 ff. BEHG) und unterliegen auch nicht der gleichen zeitlichen Dringlichkeit wie die Anordnungen im Übernahmeverfahren (vgl. zu diesem TSCHÄNI/IFFLAND/DIEM, a.a.O., Rz. 232 ff.; ZULAUF/WYSS/ROTH, Finanzmarktenforcement, 2008, S. 175, 307). Ist vorliegend somit der Beschwerdeweg an das Bundesgericht in der Sache selber gegeben und war das Bundesverwaltungsgericht zur Beurteilung der bei ihm eingereichten Rechtsverzögerungs- bzw. Rechtsverweigerungsbeschwerde zuständig, kann gegen seinen Entscheid mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gelangt werden ("Einheit des Verfahrens": vgl. FELIX UHLMANN, in: Niggli/ Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], BSK Bundesgerichtsgesetz, 2008, Rz. 5 zu <ref-law>; UHLMANN/WÄLLE-BÄR, a.a.O., Rz. 5 zu <ref-law>).
2.2 2.2.1 Auch zur Beschwerde wegen einer angeblichen Rechtsverweigerung bzw. Rechtsverzögerung ist nur legitimiert, wer ein schutzwürdiges Interesse an der Beurteilung seiner Eingabe hat (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2c S. 314; <ref-ruling> E. 1b; Urteile 2A.219/1996 vom 11. Juli 1996 E. 1 und U 197/96 vom 3. September 1997 E. 5b/aa). Dieses muss nicht nur bei der Beschwerdeeinreichung, sondern auch noch im Zeitpunkt der Urteilsfällung aktuell und praktisch sein (<ref-ruling> E. 4). Fällt das schutzwürdige Interesse im Laufe des Verfahrens dahin, wird die Sache als erledigt erklärt; fehlte es schon bei der Beschwerdeeinreichung, ist auf die Eingabe nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 2 S. 7; UHLMANN/WÄLLE-BÄR, a.a.O., Rz. 6 zu <ref-law>; MARKUS MÜLLER, in: Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], Kommentar zum Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren [VwVG], 2008, Rz. 11 f. zu <ref-law>; MERKLI/AESCHLIMANN/ HERZOG, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Bern, 1997, Rz. 74 zu Art. 49 VRPG/BE). Das Bundesgericht verzichtet ausnahmsweise auf das Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses, wenn sich die aufgeworfenen Fragen unter gleichen oder ähnlichen Umständen jederzeit wieder stellen können, eine rechtzeitige Überprüfung im Einzelfall kaum je möglich wäre und die Beantwortung wegen deren grundsätzlicher Bedeutung im öffentlichen Interesse liegt (<ref-ruling> E. 1.1; <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2b S. 59).
2.2.2 Der Beschwerdeführer beanstandete vor dem Bundesverwaltungsgericht, dass die EBK seinem Antrag, eine anfechtbare Zwischenverfügung über ihre Zuständigkeit zu erlassen, nicht entsprochen habe. Die Eidgenössische Finanzmarktaufsicht hat im Rahmen ihrer (End-)Verfügung am 22. Januar 2009 ihre Zuständigkeit geprüft und sich dabei eingehend mit den Ausführungen des Beschwerdeführers auseinandergesetzt. Sie hat somit vor Einreichung der vorliegenden Beschwerde erstinstanzlich entschieden, womit bereits bei Hängigmachung der Eingabe kein schutzwürdiges Interesse mehr an deren Beurteilung bestand: Bei der Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde geht es um die Durchsetzung des Anspruchs auf Behandlung eines Begehrens durch jene (untere) Behörde, bei der es gestellt worden ist. Die materiell-rechtliche Frage spielt dabei keine Rolle. Die Beschwerdeinstanz darf sich nicht dazu äussern, wie der Entscheid der Vorinstanz in der Sache auszufallen hätte (Uhlmann/Wälle-Bär, a.a.O., Rz. 36 zu <ref-law>; MÜLLER, a.a.O., Rz. 3 zu <ref-law>). Sobald die zum Entscheid verpflichtete Behörde tatsächlich entschieden hat, fällt eine Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde ausser Betracht und besteht für das Bundesgericht keine Veranlassung mehr, seinerseits zu prüfen, ob das Bundesverwaltungsgericht eine solche zu Recht abgewiesen hat (vgl. UHLMANN/WÄLLE-BÄR, a.a.O., Rz. 6 zu <ref-law>; MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, a.a.O., Rz. 74 zu Art. 49 VRPG/BE; KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., 1999, Rz. 51 Vorbem. zu §§ 19 - 28 VRPG/ZH). Nachdem das Bundesgericht sich bereits in <ref-ruling> ff. zur Tragweite von <ref-law> äussern konnte (dort E. 2.4), rechtfertigt es sich nicht, im vorliegenden Fall ausnahmsweise vom Erfordernis des aktuellen praktischen Interesses abzusehen, zumal die Zuständigkeit der EBK erst in einem relativ späten Verfahrensstadium bei dieser bestritten worden ist (vgl. THOMAS FLÜCKIGER, in: Waldmann/ Weissenberger, a.a.O., Rz. 4 zu <ref-law>; unten E. 3.2). Die Zuständigkeitsproblematik bzw. eine allenfalls mit der Verweigerung der Zwischenverfügung verbundene Verletzung des Anspruchs des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör wird im Rahmen der Anfechtung des Sachentscheids zu prüfen sein.
2.2.3 Was der Beschwerdeführer hiergegen einwendet, überzeugt nicht: Soweit er darauf hinweist, der Instruktionsrichter am Bundesverwaltungsgericht habe am 7. November 2008 angeordnet, dass der Erlass einer Feststellungsverfügung bis zum "rechtskräftigen Entscheid" über die Rechtsverweigerungs- und Rechtsverzögerungsbeschwerde bzw. bis "zum Abschluss eines allfällig nachfolgenden Verfahrens über die Frage der Zuständigkeit der Vorinstanz zu unterlassen" sei, verkennt er, dass diese vorsorgliche Massnahme mit dem Entscheid vom 11. Dezember 2008 dahingefallen ist (vgl. <ref-ruling> E. 2b) und das Gericht auf eine entsprechende Anordnung im Urteil selber verzichtet hat (vgl. REGINA KIENER, in: Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], a.a.O., Rz. 7 zu <ref-law>). Das Bundesgericht seinerseits hatte im Parallelverfahren 2C_45/2009 am 23. Januar 2009 zwar superprovisorisch verfügt, dass bis zum Entscheid über das mit der Beschwerde verbundene Gesuch um aufschiebende Wirkung alle Vollziehungsvorkehrungen zu unterbleiben hätten. Die Anordnung ging bei der FINMA indessen erst nach deren Entscheid ein, weshalb der Abteilungspräsident das Gesuch um aufschiebende Wirkung am 17. Februar 2009 mit der Begründung abwies, dass kein Interesse mehr erkennbar sei, welches es erlaube, abweichend von der Regel von <ref-law> ausnahmsweise die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Der Entscheid der FINMA vom 22. Januar 2009 ist - entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers - auch nicht nichtig: Zwar kann je nach Situation der Devolutiveffekt einer Beschwerde zur Nichtigkeit eines diesen verletzenden Verwaltungsentscheids führen (vgl. <ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> ff.; MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, a.a.O., Rz. 57 zu Art. 49 VRPG/BE; KÖLZ/HÄNER, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl., 1998, Rz. 661); das gilt jedoch von vornherein nicht für die Rechtsverweigerungs- oder Rechtsverzögerungsbeschwerde: Diese ist gerade darauf ausgelegt, die Vorinstanz zu veranlassen, über die bei ihr eingereichten Anträge zu befinden. Ihr kommt deshalb keine Devolutivwirkung in der Sache zu; die Zuständigkeit in der Angelegenheit selber verbleibt bei der (angeblich säumigen) Instanz (MÜLLER, a.a.O., Rz. 13 zu <ref-law>; FRITZ GYGI, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl., 1983, S. 189 und S. 226 f.; PETER SALADIN, Das Verwaltungsverfahrensrecht des Bundes, 1979, S. 205; MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, a.a.O., Rz. 74 zu Art. 49 VRPG/BE). Nachdem der Sachentscheid ergangen und dessen Resultat bekannt geworden ist, kann eine allfällige Gutheissung der vorliegenden Beschwerde die Beeinträchtigung des Rufs des Beschwerdeführers nicht mehr abwenden, weshalb ihm auch insofern ein schutzwürdiges Interesse an der Beurteilung seiner Eingabe fehlt. Es ist darauf nicht einzutreten.
3. Diesem Verfahrensausgang entsprechend wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet (<ref-law>). Hieran änderte sich nichts, wenn auf den mutmasslichen Verfahrensausgang abgestellt würde (Gegenstandslosigkeit):
3.1 Nach <ref-law> stellt die Behörde ihre Zuständigkeit durch Verfügung fest, wenn eine Partei sie bestreitet. Diese Bestimmung ist ihrem Wortlaut nach zwar zwingender Natur (BBl 1965 II 1365; MICHAEL DAUM, in: Auer/Müller/Schindler [Hrsg.], a.a.O., Rz. 2 zu <ref-law>), doch hat das Bundesgericht mit Blick auf Sinn und Zweck der Regelung (Prozessökonomie) Ausnahmen zugelassen und der Behörde ein gewisses pflichtgemässes Ermessen bei der Frage eingeräumt, ob es sich aufgrund der konkreten Umstände (noch) rechtfertigt, eine Zwischenverfügung über die bestrittene Zuständigkeit zu treffen oder nicht (vgl. <ref-ruling> E. 2.4; FLÜCKIGER, a.a.O., Rz. 5 zu <ref-law>; KÖLZ/BOSSHART/RÖHL, a.a.O., Rz. 25 zu § 5 VRPG/ZH; MERKLI/AESCHLIMANN/HERZOG, a.a.O., Rz. 1 zu Art. 5 VRPG/ BE; einschränkender: DAUM, a.a.O., Rz. 2 zu <ref-law>).
3.2 Im vorliegenden Fall liefen ab Januar 2007 intensive Vorabklärungen über eine allfällige Verletzung von Meldepflichten im Handel mit Sulzer-Aktien und -Optionen. Am 29. Februar 2008 wurde dem Beschwerdeführer die Eröffnung des Verwaltungsverfahrens gegen ihn mitgeteilt, dennoch ersuchte er erst am 22. September 2008 um den Erlass der Zwischenverfügung im Sinne von <ref-law>. Bereits anfangs März 2008 musste er jedoch wissen, dass die EBK als Aufsichtsbehörde im Offenlegungsrecht über die Institutsaufsicht hinaus eine Feststellungskompetenz in Anspruch nimmt, hatte sie doch schon am 12. Dezember 2007 bzw. 7. März 2008 im Fall Laxey/Implenia so entschieden. Die Konsequenzen dieses Verfahrens bildeten Thema der damaligen Medienberichterstattung gerade auch mit Blick auf den Rechtsstreit um die Sulzer AG (vgl. den vom Beschwerdeführer eingereichten Artikel der NZZ am Sonntag vom 16. März 2008 "EBK zieht die Schraube an: Bankenkommission fällt wichtigen Entscheid zu Implenia. Mit Folgen für den Fall Sulzer?"). Dass sich der Beschwerdeführer, welcher spätestens ab dem 2. April 2008 anwaltlich vertreten war, der Tragweite des Schreibens vom 29. Februar 2008 durchaus bewusst war, ergibt sich aus seiner Eingabe vom 22. September 2008, wenn er dort ausführte, dass am 25. Juli 2008 "die bereits im Schreiben vom 29. Februar 2008 geäusserte Absicht der EBK" wiederholt worden sei, "in diesem Zusammenhang 'eine Feststellungsverfügung zu erlassen'" (Hervorhebung im Original).
3.3 Unter diesen Umständen war es vertretbar, wenn die FINMA mit Blick auf den Stand ihres Verfahrens davon absah, die Zuständigkeitsfrage antragsgemäss (noch) vorweg zu klären. Der Beschwerdeführer hat zwar mit Blick auf seine Rechtsauffassung in der Sache vor der FINMA nicht Stellung genommen; wegen des von dieser gewählten Vorgehens trägt sie das damit verbundene Risiko einer allfälligen Verletzung des Anspruchs des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör. Hätte sich im März 2008 der Erlass einer Zwischenverfügung aus prozessökonomischen Gründen noch gebieten können, weil die Frage in der Doktrin umstritten ist, ob Art. 35 aBEHG bzw. <ref-law> oder <ref-law> der FINMA die Kompetenz verschaffen, auch gegenüber Personen zu verfügen, die nicht ihrer Institutsaufsicht unterstehen (vgl. WATTER/KÄGI, in: Watter/Vogt [Hrsg.], BSK Börsengesetz, a.a.O., Rz. 76 f. zu Art. 6 BEHG), war dies beim Stand des Verfahrens im Oktober 2008 nicht mehr zwingend der Fall. Es wäre am Beschwerdeführer gewesen, rechtzeitig zu reagieren und mit seinem Verfahrensantrag nicht monatelang zuzuwarten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. 2.1 Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
2.2 Es sind keine Parteientschädigungen geschuldet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Eidgenössischen Finanzmarktaufsicht und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar