Fatti:
A. A._ sta scontando presso il Penitenziario "La Stampa" la pena detentiva di sei anni, inflittagli dalla Corte delle assise criminali del Cantone Ticino con sentenza del 23 febbraio 2010. Il 24 giugno 2011 ha raggiunto un terzo dell'espiazione di pena; il 23 giugno 2012 ne avrà espiato la metà, mentre il 23 giugno 2013 i due terzi. La fine della pena è prevista per il 23 giugno 2015.
B. In seguito alla richiesta del detenuto di beneficiare di un primo congedo, il Giudice dell'applicazione della pena (GIAP), raccolti i preavvisi della Direzione delle Strutture Carcerarie e dell'Ufficio di assistenza riabilitativa e sentito A._, con decisione del 29 settembre 2011 ha respinto l'istanza di congedo ritenuto dato in particolare il pericolo di fuga.
C. Il reclamo presentato da A._ contro questo giudizio è stato respinto dalla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CRP) con sentenza del 7 marzo 2012.
D. Con scritti del 10 e 12 aprile 2012, corredati di diversi allegati, A._ impugna la decisione dell'ultima autorità cantonale mediante ricorso in materia penale al Tribunale federale. Postula la ricusa del GIAP e della CRP, l'annullamento del giudizio contestato e la concessione di un primo congedo.
Non è stato ordinato uno scambio di scritti.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere d'esame la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-ruling> consid. 1).
1.1 Presentato dal detenuto che ha partecipato alla procedura dinanzi alla precedente istanza e le cui conclusioni sono state disattese (<ref-law>), diretto contro una decisione finale (<ref-law>) concernente l'esecuzione di pene e misure (<ref-law>), il gravame, tempestivo (<ref-law> combinato con l'<ref-law>), è di massima ammissibile quale ricorso in materia penale.
1.2 Nella misura in cui l'insorgente critica l'operato del GIAP, l'impugnativa risulta inammissibile, perché solo la decisione della CRP, quale autorità cantonale di ultima istanza, può essere oggetto di impugnazione davanti al Tribunale federale (<ref-law>).
2. L'insorgente postula la ricusa sia del GIAP sia della CRP in quanto avrebbero abusato della loro autorità, non dando alcun seguito alle denunce e alle irregolarità da lui segnalate e non trasmettendole alle competenti autorità. Nella sua inutilmente prolissa e ripetitiva argomentazione, salvo ad accennare genericamente al principio della buona fede, non si prevale delle garanzie sgorganti dalla Costituzione né della violazione delle ulteriori pertinenti norme in materia. Già per tale motivo, di per sé il ricorso su questo punto sarebbe inammissibile (v. art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 2.1 e 2.2).
Giusta gli <ref-law> e 6 n. 1 CEDU, ognuno ha il diritto di essere giudicato da un tribunale indipendente e imparziale. La parte che intende chiedere la ricusazione di una persona che opera in seno a un'autorità deve presentare la relativa domanda senza indugio, non appena è a conoscenza del motivo di ricusazione. In concreto, la conclusione ricorsuale non può trovare accoglimento, perché tardiva. Lasciando aperta la questione della pertinenza delle ragioni avanzate a sostegno della domanda, l'insorgente ha infatti atteso l'esito (negativo) del procedimento per formularla, benché a conoscenza dei fatti già nelle more della procedura cantonale: prova ne sia il suo precedente ricorso in materia penale del 10 dicembre 2011, evaso con sentenza 6B_9/2012 del 7 maggio 2012. Per invalsa giurisprudenza, chi tarda senza ragioni nel chiedere la ricusa è precluso dalla possibilità di farlo ulteriormente (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 4).
3. Al fine di permettere al detenuto di curare le relazioni con il mondo esterno, di preparare il ritorno alla vita libera o per altre ragioni particolari, l'<ref-law>, che non conferisce un diritto, prevede che gli vadano concessi adeguati congedi, purché il suo comportamento durante l'esecuzione della pena non vi si opponga e non vi sia il rischio che si dia alla fuga o che commetta nuovi reati. Il rischio di fuga va valutato alla luce dei criteri sviluppati nella giurisprudenza del Tribunale federale in materia di carcere preventivo. Non si può concludere sull'esistenza di questo rischio solo sulla base di una possibilità astratta di fuga. Occorre piuttosto una certa probabilità, fondata su concreti motivi, che il detenuto posto in libertà si sottragga all'esecuzione della pena, dandosi alla fuga. Va quindi preso in considerazione l'insieme delle circostanze proprie al detenuto, quali per esempio le sue condizioni personali, i legami familiari, la sua situazione professionale e finanziaria, nonché le sue relazioni all'estero (sentenza 6B_577/2011 del 12 gennaio 2012 consid. 2.1 e 2.2; sentenza 1S.3/2006 del 2 marzo 2006 consid. 5.3).
Nell'ambito dell'esecuzione della pena e quindi anche dell'esame delle domande di congedo, le autorità cantonali dispongono di un ampio potere di apprezzamento. Il Tribunale federale interviene pertanto unicamente in caso di abuso o eccesso di tale potere (sentenza citata 6B_577/2011 consid. 2.4).
4. 4.1 La CRP ha condiviso i motivi che hanno indotto il GIAP a negare il congedo al ricorrente. Nella richiesta, preavvisata negativamente dai servizi interpellati, volta a poter far visita al fratello, al cui domicilio sarebbero giunti pure le due sorelle e dalla Turchia i genitori, egli non spiegava né le ragioni per cui il loro incontro non potesse avvenire in carcere, né in che modo il congedo rientrasse nella progressiva esecuzione della pena e perseguisse gli scopi dell'<ref-law>, tanto più che l'insorgente aveva rifiutato di collaborare all'elaborazione del piano di esecuzione (PES). La Corte ha poi ritenuto un concreto pericolo di fuga sulla base di molteplici fattori: l'entità del residuo di pena ancora da scontare; l'incertezza sulla possibilità del condannato di restare in Svizzera alla liberazione condizionale o a fine pena; l'assenza di rapporti significativi al di fuori di parenti e connazionali e quindi di un legame con il territorio; la mancanza di un PES congiuntamente elaborato, di un progetto concreto di reinserimento e risocializzazione e infine la non accettazione della sentenza di condanna.
4.2 Il ricorrente lamenta la violazione dell'<ref-law>, ritenendosi discriminato a causa della sua nazionalità. Contesta il pericolo di fuga e sostiene che la CRP avrebbe dovuto dimostrare un suo concreto interesse e una sua reale possibilità di fuggire, nonché indicare l'eventuale destinazione. Visto il suo statuto di rifugiato, sarebbe infatti impensabile una fuga verso il suo paese d'origine. L'insorgente nega la possibilità di collegare un'eventuale revoca del permesso di soggiorno con il pericolo di fuga. Puntualizza poi di non avere intenzione, né motivi per fuggire: la pena ancora da scontare non sarebbe lunga, tra un solo anno raggiungerebbe i due terzi e le denunce sporte contro diverse autorità cantonali dimostrerebbero la sua volontà di restare e lottare per provare la sua innocenza. Rimprovera infine ai giudici cantonali di aver distorto il senso delle sue lettere alle autorità federali e le ragioni per le quali ha rifiutato di partecipare all'elaborazione del PES.
4.3 Nella misura in cui è criticata l'interpretazione data ai diversi scritti del ricorrente, l'impugnativa risulta inammissibile, perché non sostanzia arbitrio nella valutazione delle prove (sulla cui definizione v. <ref-ruling> consid. 4.1.2; sulle esigenze di motivazione v. <ref-ruling> consid. 1.3). Per il resto, gli elementi presi in considerazione dalla CRP sono pertinenti e idonei a fondare l'esistenza di un pericolo di fuga. Sebbene la possibilità di una revoca del permesso di soggiorno da sola non sia sufficiente per negare un congedo, il Tribunale federale ha comunque precisato trattarsi di un fattore che di regola accresce sensibilmente il pericolo di fuga (sentenza 6B_577/2011 del 12 gennaio 2012 consid. 4.1). Dalla sentenza impugnata risulta che l'insorgente non ha stretto particolari legami con il territorio e il suo caso è già al vaglio dell'Ufficio federale della migrazione. Pur beneficiando dello statuto di rifugiato, né il diritto federale (v. art. 63 segg. LAsi; RS 142.31) né quello internazionale (v. art. 32 seg. della Convenzione del 28 luglio 1951 sullo statuto dei rifugiati; RS 0.142.30) gli assicurano una permanenza in Svizzera. Peraltro va ricordato che nel rischio di fuga rientra sia il fatto di partire all'estero sia quello di nascondersi in Svizzera (v. ALEXIS SCHMOCKER, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, n. 12 ad <ref-law>). Quanto poi alla pretesa disparità di trattamento con altri detenuti, vietata dall'<ref-law>, la censura è infondata. Difatti il pericolo di fuga non è stato ritenuto solo in ragione dell'incertezza riguardo al mantenimento del permesso di soggiorno, bensì sulla base di ulteriori elementi, tra cui l'entità della pena ancora da espiare e la sua mancata accettazione della condanna, risentita come il risultato dell'agire quantomeno scorretto delle autorità e dei legali intervenuti nel procedimento di merito. Orbene, secondo la giurisprudenza, il fatto che il detenuto consideri ingiusta la sua pena può essere valutato quale indizio per il pericolo di fuga (sentenza 1P.470/2004 del 15 ottobre 2004 consid. 4.5). Benché l'insorgente abbia il diritto di professare la propria innocenza, non può non essere considerato il suo comportamento processuale: prima ha proclamato la sua estraneità ai fatti imputatigli, in seguito li ha ammessi (beneficiando dell'attenuante specifica del sincero pentimento) e infine ha ritrattato tutto, adducendo soprusi vari. Ciò ha un evidente influsso sul giudizio della sua affidabilità. Inoltre, come rettamente osservato dalla CRP, la mancata collaborazione all'allestimento del PES e più in generale l'atteggiamento negativo assunto dal ricorrente, l'assenza di un progetto concreto di reinserimento e risocializzazione concorrono ad affievolire il suo legame con il territorio e a concretizzare il pericolo di fuga, posto che il residuo di pena ancora da scontare è pur sempre importante, anche se tra un anno potrebbe essergli concessa la libertà condizionale.
Nel ritenere un rischio concreto di fuga e rifiutare il congedo al ricorrente, la CRP non ha pertanto abusato, né ecceduto nel suo ampio potere d'apprezzamento, sicché la sentenza impugnata va confermata.
5. L'insorgente chiede infine che venga trasmessa al Ministero pubblico della Confederazione (MPC) la sua segnalazione sui comportamenti di asserita valenza penale delle autorità cantonali, segnatamente sui pretesi reati di abuso d'autorità e falsità in documenti. A prescindere dall'ammissibilità di una simile domanda in questa sede, le infrazioni ipotizzate non soggiacciono alla giurisdizione federale (v. art. 23 seg. CPP), né d'altronde il ricorrente pretende il contrario, sicché non si giustifica dar seguito alla sua richiesta, precisando che le competenti autorità cantonali sono già state adite dallo stesso. Egli resta nondimeno libero di trasmettere personalmente le sue denunce al MPC.
6. Ne segue che, in quanto ammissibile, il ricorso è infondato e dev'essere respinto.
Al ricorrente soccombente sono addossate le spese giudiziarie (<ref-law>), il cui importo già tiene conto della sua situazione finanziaria (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 800.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello del Cantone Ticino e alla Direzione delle Strutture Carcerarie.