Faits:
A. La Cour d'assises genevoise a, par arrêt du 16 octobre 2007, reconnu A.X._ coupable, sans circonstance atténuante, de 7 actes d'ordre sexuel avec des enfants (<ref-law>) et de 7 actes d'ordre sexuel commis sur des personnes incapables de discernement ou de résistance (<ref-law>), infractions commises entre 1995 et 2003. Lui ayant reconnu une responsabilité légèrement restreinte (art. 11 aCP), la Cour d'assises a condamné A.X._ à huit ans et six mois de réclusion, peine complémentaire à celle de 18 mois d'emprisonnement infligée au condamné le 29 juillet 2004 par la Cour correctionnelle sans jury pour des actes analogues.
Les victimes sont toutes des fillettes qui, au moment des faits, étaient âgées de 4 à 7 ans. Deux d'entre elles sont les propres enfants du condamné.
B. Le 7 mars 2008, la cour de cassation cantonale a retenu que seul un attouchement avait été commis sur l'enfant V._ et non deux comme l'avait admis l'autorité de première instance. Partant, elle a réduit de un quart l'indemnité allouée à cette victime en réparation du tort moral et, considérant que la diminution de culpabilité n'avait aucune incidence sur la peine, elle a rejeté le pourvoi de A.X._ sur cette dernière question. Elle a également condamné A.X._ aux dépens des parties civiles B.X._, M._ et des époux Z._, la quotité de ceux-ci étant fixée en tenant compte de l'extrême concision des écritures produites.
C. A.X._ forme un recours en matière pénale contre ce dernier arrêt. Il conclut à son annulation et au renvoi de la cause à la Cour d'assises. Il se plaint d'une violation des art. 11, 63 et 68 aCP, ainsi que d'une application arbitraire du droit cantonal (<ref-law> GE). Il sollicite également l'assistance judiciaire.
D. Invité à présenter des observations, le Ministère public s'est référé à la décision attaquée. Relevant le nombre et la durée des faits imputés au recourant, il soutient que c'est à juste titre que l'autorité cantonale a considéré que le fait qu'un seul acte soit retenu dans le cas de V._ était sans incidence sur le quantum de la peine, laquelle ne procédait au demeurant ni d'un abus ni d'un excès du pouvoir d'appréciation.
Pour sa part, l'autorité cantonale a déclaré n'avoir pas d'observations à formuler et persister dans les termes de sa décision.

Considérant en droit:
1. Rendue en matière pénale (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), la décision attaquée, qui met fin à la procédure (<ref-law>), peut faire l'objet d'un recours en matière pénale (<ref-law>). L'accusé, qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>), a qualité pour recourir.
Le recours peut notamment être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), qui englobe les droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que le recourant ne démontre que ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte, à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (FF 2001 p. 4135), ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne sanctionne une violation de droits fondamentaux que si ce moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>). Les exigences de motivation de l'acte de recours correspondent à celles de l'art. 90 al. 1 let. b OJ (FF 2001 p. 4142).
Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments du recourant ni par la motivation de l'autorité précédente. Toutefois, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, dont la sanction est l'irrecevabilité (<ref-law>), il n'examine en principe que les griefs invoqués et n'est dès lors pas tenu de traiter des questions qui ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>).
2. Le recourant invoque une violation des art. 11, 63 et 68 aCP. Il considère que la peine qui lui a été infligée est excessivement sévère, qu'elle ne tient pas compte de la réduction du nombre d'actes d'ordre sexuel retenus à son encontre et ne prend pas suffisamment en considération sa collaboration à l'enquête, ses aveux, ses regrets, son absence d'antécédents et sa responsabilité légèrement restreinte. Il estime enfin qu'elle est disproportionnée au regard d'affaires semblables.
2.1 Au cas particulier, les autorités cantonales ont appliqué l'ancien droit, alors que les actes ont été commis avant l'entrée en vigueur des nouvelles dispositions du CP et l'auteur mis en jugement après l'entrée en vigueur de celles-ci, de sorte que le nouveau droit aurait dû être appliqué s'il était plus favorable au condamné (art. 2 al 2 CP).
Compte tenu des faits reprochés au recourant et de la culpabilité de celui-ci, la seule sanction qui entre en considération est une peine privative de liberté ferme. La peine privative de liberté du nouveau droit ne présente en soi aucune différence matérielle avec la réclusion et l'emprisonnement de l'ancien droit. En outre, les nouvelles règles sur la fixation de la peine n'apportent pas de changements significatifs par rapport aux règles que la jurisprudence a établies pour l'application de l'ancien <ref-law>, de telle sorte que c'est à juste titre que la cour cantonale a fait application de l'ancien droit.
2.2 Les éléments pertinents pour la fixation de la peine ont été exposés dans les <ref-ruling> consid. 1 et 116 IV 288 consid. 2a et rappelés récemment dans l'<ref-ruling> consid. 6.1, arrêts auxquels on peut se référer. Le critère essentiel à prendre en considération est la gravité de la faute, que le juge doit évaluer en fonction de tous les éléments pertinents, notamment de ceux qui ont trait à l'acte commis, à savoir le résultat de l'activité illicite, le mode d'exécution, l'intensité de la volonté délictuelle et les mobiles, de même que ceux qui concernent l'auteur, soit ses antécédents, sa situation personnelle ainsi que son comportement après l'acte et au cours de la procédure pénale (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 20; <ref-ruling> consid. 1a p. 243; <ref-ruling> consid. 2b p. 24 s. et les arrêts cités).
Dans sa décision, le juge doit exposer les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés. Il peut passer sous silence les éléments qui, sans abus du pouvoir d'appréciation, lui paraissent non pertinents ou d'une importance mineure. La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté, mais le juge n'est nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite. Plus la peine est élevée, plus la motivation doit être complète. Cela vaut surtout lorsque la peine, dans le cadre légal, apparaît comparativement très élevée. Toutefois, un recours ne saurait être admis simplement pour améliorer ou compléter un considérant (<ref-ruling> consid. 2c p. 104s. et les arrêts cités).
Le juge qui retient une responsabilité restreinte doit réduire la peine en conséquence, mais n'est pas tenu d'opérer une réduction linéaire (<ref-ruling> consid. 2c p. 51). En effet, il ne s'agit pas d'appliquer un tarif ou une relation mathématique, mais de tirer des conséquences raisonnables de la situation. Une diminution légère, moyenne ou forte de la responsabilité n'entraîne donc pas nécessairement une réduction de 25 %, respectivement de 50 % ou de 75 %, de la peine. Il doit toutefois exister une certaine corrélation entre la diminution de responsabilité constatée et ses conséquences sur la peine (<ref-ruling> consid. 6.2 p. 35).
2.3 La peine maximale encourue par le recourant est de 15 ans de réclusion, compte tenu du concours entre les art. 187 et 191 CP. Les premiers juges ont exposé que la faute du recourant est très lourde, ce qui n'est d'ailleurs pas contesté par ce dernier. Il a agi sur plusieurs années, à l'encontre de plusieurs enfants, les siens propres et ceux confiés à son épouse. Le recourant a été déclaré coupable de 7 actes d'ordre sexuel avec des enfants (<ref-law>) et de 7 actes d'ordre sexuel commis sur des personnes incapables de discernement ou de résistance (<ref-law>), infractions commises entre 1995 et 2003. Les victimes sont toutes des fillettes qui, au moment des faits, étaient âgées de 4 à 7 ans, dont deux sont ses propres enfants.
Le recourant a à chaque fois introduit et effectué un va et vient avec son doigt dans le vagin de ses jeunes victimes, tout en se masturbant à côté d'elles jusqu'à l'éjaculation. Il a ainsi porté atteinte à l'intégrité sexuelle de sept enfants et mis en danger leur développement, tant sexuel que psychologique. Ses victimes ont subi un préjudice important. Il y a concours d'infractions, le recourant ayant été reconnu coupable de 14 infractions, commises sur 7 victimes. Le recourant a agi pour assouvir ses pulsions en faisant totalement abstraction de ses victimes. Sa collaboration à l'enquête a été qualifiée d'acceptable, sans plus. Le recourant a certes admis spontanément certains actes, notamment les abus sur ses filles, mais pas tout de suite. Le recourant a 40 ans et est au bénéfice d'une rente AI depuis plus de 10 ans. Il est marié et père de trois enfants. Il présente un trouble touchant autant le développement de sa personnalité que sa sexualité, le syndrome de Gilles de la Tourette. Ce syndrome est à l'origine d'une perturbation des liens sociaux, d'un sentiment de vulnérabilité et de dévalorisation. Le recourant a néanmoins trouvé en son épouse une personne qui le soutenait et sa situation personnelle, à l'exception de sa responsabilité restreinte n'explique pas ses agissements. Le recourant n'a pas d'antécédents judiciaires, mis à part la condamnation du 29 juillet 2004 à 18 mois d'emprisonnement avec sursis pour des infractions identiques, commises sur un enfant également, après les actes pour lesquels il est condamné dans la présente affaire, dans laquelle il y a dès lors lieu de prononcer une peine complémentaire. Compte tenu de tous ces éléments et notamment d'une réduction de peine en raison d'une responsabilité légèrement diminuée, les premiers juges ont estimé que c'est une peine de 10 ans qui aurait dû être infligée si toutes les infractions avaient été jugées ensemble et ont donc prononcé une peine complémentaire de 8 ans et demi.
2.4 Si les juges cantonaux ont suivi les critères posés par l'<ref-law> et ne se sont pas laissés guider par des considérations étrangères à cette disposition, on ne comprend en revanche pas comment ils arrivent à la conclusion que le recourant devrait encourir une peine de 10 ans de réclusion pour l'ensemble de son activité délictueuse. Le recourant ne prétend pas qu'ils auraient tenu compte d'éléments étrangers à la fixation de la peine, ni qu'ils auraient ignoré des éléments pertinents, mais il conteste l'appréciation de différents éléments par les premiers juges, suivis par la cour cantonale. Il est admis, y compris par le recourant, que la faute de ce dernier est très lourde. De plus et sans examiner plus avant cette question, on relèvera, comme l'a fait le recourant, que si le nombre de morts consécutif à une avalanche n'est pas pertinent pour juger de la responsabilité et de la faute ou négligence d'un guide de montagne, il est en revanche important de déterminer si le recourant a commis un ou plusieurs actes sur ses victimes pour juger de sa culpabilité en tant qu'auteur d'infractions intentionnelles. Ainsi, la référence faite par l'autorité cantonale à l'<ref-ruling> est sans pertinence. Lorsqu'à la suite d'un recours, un élément d'appréciation retenu par les premiers juges est écarté, l'autorité ne peut maintenir la peine inchangée sans que cela ne soit justifié par une motivation particulière (voir <ref-ruling> consid. 1c/bb p. 21 et <ref-ruling> consid. 4 p. 397). On n'en trouve qu'une maigre trace en l'espèce dans l'arrêt attaqué qui précise que la modification du nombre d'actes d'ordre sexuel retenus en seconde instance n'affecte pas l'intensité globale des fautes très graves du recourant.
Cependant, même au vu de cette très grave culpabilité, s'agissant d'un délinquant primaire, sans antécédents judiciaires, la peine est particulièrement élevée. Une telle peine est en principe réservée aux infractions les plus graves, notamment les atteintes à la vie ou les crimes aggravés. S'agissant des infractions contre l'intégrité sexuelle, ce n'est même pas la peine atteinte dans des affaires très graves de viols qualifiés ou d'infractions diverses contre l'intégrité sexuelle alors que la responsabilité de l'auteur était pleine et entière. Une telle peine ne pourrait se justifier en l'espèce que pour des raisons particulières. Or, les juges cantonaux n'en citent pas. Ils ne disent notamment rien du recourant qui permettrait de le distinguer d'un autre délinquant sexuel, si ce n'est qu'il a agi avec 7 enfants différents dont les deux siens, enfants qui étaient en bas âge, ce qui est effectivement très grave. Mais, à sa décharge, il semble par exemple qu'il ait fait des aveux, ce qui n'est pas fréquent. De plus, le recourant est bénéficiaire d'une rente AI et on sait peu de choses de sa situation personnelle. On ne sait notamment pas ce qu'il a fait depuis sa condamnation en 2004, comment il a évolué, s'il a suivi ou continué une thérapie depuis qu'il est détenu, s'il a manifesté des regrets ou des remords. Le recourant a été mis au bénéfice d'une légère diminution de responsabilité, sans préciser la proportion admise. Malgré cette diminution de responsabilité, les premiers juges, suivis par l'autorité cantonale, ont admis que la peine soit fixée à 10 ans, soit aux 2/3 de la peine maximale possible. Or, si on peut admettre que la diminution de responsabilité pouvait atteindre jusqu'à 25 % de la peine, on se rend compte que la peine prononcée, à laquelle on rajouterait la diminution de 25%, est très proche de la peine maximale encourue sans que cela ne soit motivé suffisamment et donc sans que cela ne s'explique. Les motifs de la décision, s'ils mentionnent que le recourant bénéficie d'une responsabilité légèrement restreinte, ne consacrent pas d'autres développements à cette question. Se contenter de dire que la marge de 5 ans entre la peine prononcée et la peine maximale autorisée inclut la réduction pour responsabilité restreinte (arrêt attaqué p. 10) est insuffisant. Même sans tenir compte d'une diminution de responsabilité, la peine prononcée serait déjà très lourde. Or, cette diminution de responsabilité est aussi clairement de nature à faire apparaître la peine infligée comme excessivement sévère et la décision attaquée viole le droit fédéral. Il appartiendra donc aux juges cantonaux de se prononcer à nouveau sur la peine.
3. Le recourant reproche en outre à l'autorité cantonale d'avoir fait une application arbitraire du droit cantonal en le condamnant aux dépens de toutes les parties civiles à l'exclusion de celles qui comparaissaient par leur curateur.
Suite à l'admission du recours et à l'annulation de l'arrêt attaqué, ce grief devient sans objet, l'autorité cantonale étant de toute manière appelée à trancher à nouveau sur le sort des frais et dépens de deuxième instance.
4. Le recours doit donc être admis, la décision attaquée annulée et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
Il n'est pas perçu de frais et le canton de Genève versera au recourant une indemnité de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La requête d'assistance judiciaire devient ainsi sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais.
3. Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de 3'000 fr. pour ses dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 10 octobre 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Schneider Paquier-Boinay