Sachverhalt:
A. Das Bundesstrafgericht in Bellinzona sprach U._ und die weiteren Mitangeklagten, R._, S._, X._, Y._, Z._ und T._, am 8. Juli 2009 von den Vorwürfen der Beteiligung an bzw. der Unterstützung einer kriminellen Organisation und der (qualifizierten bzw. der Gehilfenschaft zur) Geldwäscherei vollumfänglich frei. Zwei weitere Angeklagte, V._ und W._, verurteilte es wegen Unterstützung einer kriminellen Organisation. Hingegen sprach es beide vom Vorwurf der qualifizierten Geldwäscherei frei.
Es auferlegte U._ Verfahrenskosten im Umfang von Fr. 60'893.85. Rechtsanwalt RAa._ sprach es für die amtliche Verteidigung Fr. 73'000.--, Rechtsanwalt RAb._ Fr. 60'000.-- und Rechtsanwalt RAc._ Fr. 174'270.-- (jeweils inkl. MWST) zu. Es verpflichtete U._, der Kasse des Bundesstrafgerichts für diese Kosten Ersatz zu leisten und verweigerte ihm eine Entschädigung.
B. U._ und RAa._ erheben gegen dieses Urteil Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragen, Ziffern VIII.4, VIII.5 und VIII.6 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben. Sämtliche Verfahrenskosten sowie die Kosten der amtlichen Verteidigung seien dem Staat aufzuerlegen. Rechtsanwalt RAa._ sei für seine Bemühungen eine Entschädigung von Fr. 106'306.40 und U._ seien Fr. 56'000.-- plus Fr. 86'975.-- für die Verteidigerkosten vor der Einsetzung seiner amtlichen Verteidiger zuzusprechen. Weiter sei U._ Fr. 56'100.-- für die zu Unrecht ausgestandene Untersuchungshaft sowie eine Genugtuung in richterlich zu bestimmender Höhe, mindestens aber Fr. 30'000.-- zu bezahlen. U._ ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und -verbeiständung.
C. Das Bundesstrafgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft stellt den Antrag, das Verfahren 6B_609/2009 sowie das vorliegende Verfahren zu vereinigen. Die Beschwerden von U._ und RAa._ seien abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
D. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft führte gegen das Urteil des Bundesstrafgerichts ebenfalls Beschwerde in Strafsachen (vgl. Urteil 6B_609/2009), über welche das Bundesgericht am 22. Februar 2011 entschieden hat.

Erwägungen:
1. Eine Vereinigung des vorliegenden Verfahrens mit dem Verfahren 6B_609/2009 drängt sich nicht auf. Zwar besteht ein Zusammenhang zwischen beiden Verfahren. Sie behandeln aber unterschiedliche Themen und Problemstellungen.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer 1 rügt, die Auferlegung der Gerichts- und Parteikosten verstosse gegen die Unschuldsvermutung nach <ref-law> und Art. 6 Ziff. EMRK. Die Vorinstanz lege ihm trotz Freispruchs ein strafrechtliches Verschulden zur Last. Es fehle auch eine Begründung des ihm vorwerfbaren Verhaltens, welches die Kostenauflage rechtfertige. Die pauschal für alle Angeklagten vorgenommene Begründung genüge den bundesrechtlichen Anforderungen nicht. Die Vorinstanz verletze zudem den Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law>, da sie während der Verhandlung nie auf eine mögliche Kostenauflage trotz Freispruchs aufmerksam gemacht habe und er sich weder zu den diesbezüglichen Fakten noch zu der rechtlichen Lage habe äussern können. Die in Bezug auf die Kostenauflage festgestellten Tatsachen seien willkürlich. Die Vorinstanz verletze Art. 122 und Art. 173 Abs. 2 des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Bundesgesetzes vom 15. Juni 1934 über die Bundesstrafrechtspflege (BStP; BS 3 303). Die Überbindung sämtlicher Verfahrenskosten zu gleichen Teilen an Verurteilte und Freigesprochene sowie die Verweigerung einer Entschädigung für die Untersuchungshaft widerspreche dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit. Es seien auch die Kosten für die private Verteidigung vom 11. Dezember 2008 bis zum 26. April 2009 zu vergüten.
2.2 Das angefochtene Urteil, darunter der Freispruch des Beschwerdeführers 1, wurde im parallelen Verfahren auf Beschwerde der Schweizerischen Bundesanwaltschaft hin aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen (Urteil 6B_609/2009 vom 22. Februar 2011). Damit wird die Vorinstanz auch die Regelung der Verfahrenskosten und der Parteientschädigungen, deren Rückforderung, die Entschädigung für die Haft und Genugtuungsansprüche neu beurteilen müssen. Die Rügen des Beschwerdeführers 1 sind deshalb gegenstandslos geworden.
3.1 3.1.1 Der Beschwerdeführer 2 rügt, die Vorinstanz habe die geltend gemachten Arbeitsstunden (344 Std. und 20 Min.) zu Unrecht auf 250 Stunden gekürzt. Die Kürzung sei auf die Nichtzulassung von Rechtsanwältin RAd._ an der Verhandlung zurückzuführen. Dies stehe im Widerspruch zum Präsidialentscheid vom 30. April 2009, in welchem das Gericht gestattet habe, dass Rechtsanwältin RAd._ ihm während der Verhandlungen assistieren oder ihn substituieren dürfe.
3.1.2 Die Vorinstanz erwägt, der Straffall habe in mehreren Punkten Probleme in tatsächlicher Hinsicht gestellt. Die Anklageschrift umfasse 233 Seiten, die Einvernahmen, Akten und Verhandlungen hätten erhöhte Sprachkompetenzen erfordert. In rechtlicher Hinsicht seien die Schwierigkeiten auf ein Rechtsgebiet begrenzt gewesen, in welchem noch keine umfassende und eindeutige Rechtsprechung bestehe. Es seien jedoch nur ein Sachverhalt und zwei Anklagevorwürfe zu beurteilen gewesen. Der immense Aktenumfang schlage sich weniger im Stundenansatz als in der Anzahl Stunden nieder und sei bei der Festlegung des Stundenansatzes nur am Rande zu beachten. Der Stundenansatz sei somit auf Fr. 260.-- festzusetzen, jener für die Reisezeit auf Fr. 200.--. Für die von Rechtspraktikanten geleistete Arbeit werde Fr. 100.-- pro Stunde vergütet. Der Beschwerdeführer 2 sei am 30. April 2009 zusammen mit Fürsprecher RAb._ zum amtlichen Verteidiger des Beschwerdeführers 1 ernannt worden. Er mache einen Zeitaufwand von 344 Stunden und 25 Minuten zu einem Stundenansatz von Fr. 275.-- geltend. Dieser Zeitaufwand sei zu hoch, da für die Anwesenheit an der Hauptverhandlung kumulativ die Stunden für den Beschwerdeführer 2 und Rechtsanwältin RAd._ verrechnet würden. Zwar sei Rechtsanwältin RAd._ mit Präsidialverfügung vom 30. April 2009 als Substitutin und Assistentin des Beschwerdeführers 2 an der Hauptverhandlung zugelassen worden. Dies habe indessen nur sprachliche Gründe gehabt, weil der Beschwerdeführer 2 geltend gemacht habe, er bedürfe der Assistenz eines deutschsprachigen Anwalts. Sofern aber Rechtsanwalt RAb._ oder dessen Substituten an der Hauptverhandlung zugegen gewesen seien, sei die Anwesenheit eines deutschsprachigen Verteidigers für den Beschwerdeführer 2 gewährleistet gewesen. Deshalb sei die zusätzliche Anwesenheit von Rechtsanwältin RAd._ nicht notwendig gewesen. Folglich seien 250 Stunden zu Fr. 260.-- zu entschädigen. Als Auslagen werde das Bahnbillet erster Klasse und nicht Fahrzeugkosten anerkannt. Sie seien mit Fr. 3'000.-- zu vergüten. Dies ergebe eine Entschädigung von Fr. 73'000.-- (inkl. MWST).
3.1.3 Nach Art. 38 Abs. 1 aBStP (in der bis 31. Dezember 2010 gültig gewesenen Fassung) setzt das Bundesstrafgericht die Entschädigung des amtlichen Verteidigers fest. Diese umfasst das Honorar für den notwendigen und ausgewiesenen Zeitaufwand von 200 bis 300 Franken pro Stunde und die notwendigen Auslagen (Art. 2 Abs. 1 und Art. 3 des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Reglements vom 26. September 2006 über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht; AS 2006 4467). Für Reisen werden die Kosten eines Bahnbilletts erster Klasse vergütet (Art. 4 Abs. 2 lit. a des Reglements). Anstelle der Bahnkosten kann ausnahmsweise, insbesondere bei erheblicher Zeitersparnis, für die Benutzung eines privaten Motorfahrzeugs eine Entschädigung ausgerichtet werden (Art. 4 Abs. 3 des Reglements).
Auch wenn die Entschädigung des Beschwerdeführers 2 vom Bundesrecht geregelt wird, überprüft das Bundesgericht deren Bemessung nur mit Zurückhaltung. Als erstinstanzliches Sachgericht ist das Bundesstrafgericht am besten in der Lage, die Angemessenheit der anwaltlichen Bemühungen zu beurteilen, weshalb ihm ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (vgl. 133 IV 187 E. 6.1 S. 196 mit Hinweis). In Fällen, in denen es den vom Anwalt in Rechnung gestellten Arbeitsaufwand als übersetzt bezeichnet und entsprechend kürzt, schreitet das Bundesgericht nur ein, wenn es Bemühungen nicht honoriert hat, die zu den Obliegenheiten eines amtlichen Verteidigers gehören und die Entschädigung nicht in einem vernünftigen Verhältnis zu den vom Anwalt geleisteten Diensten steht (vgl. Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 3a S. 2 f. zur Entschädigung des amtlichen Verteidigers im kantonalen Verfahren). Bei der Beurteilung der konkreten Honorarfestsetzung ist auf die Umstände des Einzelfalles abzustellen. Obwohl die Entschädigung des amtlichen Anwalts gesamthaft gesehen angemessen sein muss, darf sie tiefer angesetzt werden als bei einem privaten Rechtsanwalt (<ref-ruling> E. 7.3.4 S. 209 mit Hinweisen). Sie ist allerdings so zu bemessen, dass es den Rechtsanwälten möglich ist, einen bescheidenen - nicht bloss symbolischen - Verdienst zu erzielen (a.a.O. E. 8.5 S. 216 f.).
<ref-law> verpflichtet das Bundesstrafgericht, seinen Entscheid wenigstens summarisch zu begründen. Hat der amtliche Verteidiger eine detaillierte Kostennote eingereicht, so ergibt sich aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs, dass das Bundesstrafgericht, wenn es diese nicht unbesehen übernimmt, wenigstens kurz in nachvollziehbarer Weise zu begründen hat, weshalb es welche der in Rechnung gestellten Aufwandspositionen für übersetzt hält (Urteil 6B_136/2009 vom 12. Mai 2009 E. 2.3 mit Hinweisen).
3.1.4 Die Vorinstanz hat dem Beschwerdeführer 2 bewilligt, aus sprachlichen Gründen Rechtsanwältin RAd._ als Assistentin oder Substitutin anlässlich der Hauptverhandlung beizuziehen. Einen Vorbehalt, wonach nur der Aufwand von Rechtsanwältin RAd._ entschädigt werde, sofern kein anderer deutschsprachiger Verteidiger anwesend sei, brachte sie nicht an. Es verstösst gegen Treu und Glauben, wenn die Vorinstanz im angefochtenen Urteil die Kostennote mit der Begründung kürzt, der Aufwand für Rechtsanwältin RAd._ sei unnötig, soweit Rechtsanwalt RAb._ als deutschsprachiger Verteidiger des Beschwerdeführers 1 anwesend gewesen sei. Eine hinreichende Begründung, warum die Kosten für Rechtsanwältin RAd._ nicht zugelassen werden sollten, fehlt. Die Beschwerde ist gutzuheissen und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3.1.4 Die Vorinstanz hat dem Beschwerdeführer 2 bewilligt, aus sprachlichen Gründen Rechtsanwältin RAd._ als Assistentin oder Substitutin anlässlich der Hauptverhandlung beizuziehen. Einen Vorbehalt, wonach nur der Aufwand von Rechtsanwältin RAd._ entschädigt werde, sofern kein anderer deutschsprachiger Verteidiger anwesend sei, brachte sie nicht an. Es verstösst gegen Treu und Glauben, wenn die Vorinstanz im angefochtenen Urteil die Kostennote mit der Begründung kürzt, der Aufwand für Rechtsanwältin RAd._ sei unnötig, soweit Rechtsanwalt RAb._ als deutschsprachiger Verteidiger des Beschwerdeführers 1 anwesend gewesen sei. Eine hinreichende Begründung, warum die Kosten für Rechtsanwältin RAd._ nicht zugelassen werden sollten, fehlt. Die Beschwerde ist gutzuheissen und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3.2 3.2.1 Der Beschwerdeführer 2 rügt, die Kürzung der Spesen und Auslagen verstosse gegen Art. 4 Abs. 3 des Reglements über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht. Es seien ihm die Autofahrten zu entschädigen, da er zur Zeit des Prozesses krankheitshalber nicht habe laufen können. Er sei auf Krücken angewiesen gewesen und habe nicht in einen Zug ein- und aussteigen bzw. das notwendige Material mit sich führen können. Er habe keine Kosten für die Reisezeit berechnet, was die Vorinstanz nicht berücksichtige und obwohl sie den anderen Verteidigern Fr. 200.-- pro Stunde für die Reisezeit zugestehe. Es seien 70 Rappen pro Kilometer zu vergüten. Er sei morgens mit dem Privatfahrzeug zur Verhandlung gefahren worden und abends in der Regel mit Rechtsanwältin RAd._ nach Lugano zurückgekehrt. Er mache zweimal täglich die Fahrtstrecke Lugano-Bellinzona geltend, weil zwei Fahrzeuge benutzt worden seien.
3.2.2 Art. 4 Abs. 3 des Reglements über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht ermächtigt das Gericht, ausnahmsweise die Fahrtkosten mit dem Motorfahrzeug zu entschädigen. Dabei handelt es sich um eine "Kann-Vorschrift". Das heisst, auch bei den vertretbaren Gründen (gesundheitliche Einschränkungen), welche der Beschwerdeführer 2 für die Benutzung des Motorfahrzeugs geltend macht, muss die Vorinstanz die Fahrtkosten mit dem Motorfahrzeug nicht entschädigen. Ihr steht ein erhebliches Ermessen zu. Sie ist aufgrund des direkten Kontakts mit dem Beschwerdeführer 2 an der Hauptverhandlung, wo sie sich einen Eindruck über dessen Gesundheitszustand verschaffen konnte, besser in der Lage, die Angemessenheit der geltend gemachten Fahrzeugkosten zu beurteilen. Soweit die Vorinstanz die für die Fahrt benötigte Zeit nicht vergütet, weil der Beschwerdeführer 2 diese nicht geltend gemacht hat, fehlt es an einem tauglichen Anfechtungsobjekt (vgl. <ref-law>). Der Beschwerdeführer 2 kann der Vorinstanz diesbezüglich kein bundesrechtswidriges Vorgehen vorwerfen. Die Rüge ist abzuweisen.
3.2.2 Art. 4 Abs. 3 des Reglements über die Entschädigung in Verfahren vor dem Bundesstrafgericht ermächtigt das Gericht, ausnahmsweise die Fahrtkosten mit dem Motorfahrzeug zu entschädigen. Dabei handelt es sich um eine "Kann-Vorschrift". Das heisst, auch bei den vertretbaren Gründen (gesundheitliche Einschränkungen), welche der Beschwerdeführer 2 für die Benutzung des Motorfahrzeugs geltend macht, muss die Vorinstanz die Fahrtkosten mit dem Motorfahrzeug nicht entschädigen. Ihr steht ein erhebliches Ermessen zu. Sie ist aufgrund des direkten Kontakts mit dem Beschwerdeführer 2 an der Hauptverhandlung, wo sie sich einen Eindruck über dessen Gesundheitszustand verschaffen konnte, besser in der Lage, die Angemessenheit der geltend gemachten Fahrzeugkosten zu beurteilen. Soweit die Vorinstanz die für die Fahrt benötigte Zeit nicht vergütet, weil der Beschwerdeführer 2 diese nicht geltend gemacht hat, fehlt es an einem tauglichen Anfechtungsobjekt (vgl. <ref-law>). Der Beschwerdeführer 2 kann der Vorinstanz diesbezüglich kein bundesrechtswidriges Vorgehen vorwerfen. Die Rüge ist abzuweisen.
3.3 3.3.1 Der Beschwerdeführer 2 rügt, die Vorinstanz setze den Stundentarif mit Fr. 260.-- zu niedrig fest. Sie überschreite damit das ihr zustehende Ermessen. Das Verfahren sei umfangreich, die Ermittlungsakten umfassten über 1'000 Bundesordner, die Anklage sei weitschweifig, es seien Kenntnisse verschiedener Sprachen erforderlich, wobei die Simultanübersetzung der Verhandlung in Italienisch abgelehnt worden sei, er habe verschiedene Zeugenbefragungen vorbereiten müssen und der Verhandlungsplan sei so gedrängt gewesen, dass er die Verhandlungen abends, nachts und an Festtagen habe vorbereiten müssen. Die rechtlichen Fragen seien schwierig gewesen, es gebe keine Präzedenzfälle und es hätten sich Fragen mit internationalem Bezug (z.B. italienische Urteile) gestellt. Auch die Höhe der von der Bundesanwaltschaft geforderten Strafe sowie die auf dem Spiel stehenden Vermögenswerte seien erheblich. Die Verhandlung habe 19 Tage in Anspruch genommen und eine andere berufliche Tätigkeit verunmöglicht. Die Vorinstanz selbst habe den Prozess während mehreren Monaten vorbereitet und ebenso lange zur Urteilsbegründung benötigt. Der Umfang der Verfahrensakten führe nicht nur zu einer grossen Stundenanzahl, sondern mache dieses auch komplex. Ein Stundenansatz von Fr. 300.-- erweise sich als angemessen. Er habe nur Fr. 275.-- pro Stunde verrechnet, um der untergeordneten Rolle von Rechtsanwältin RAd._ Rechnung zu tragen.
3.3.2 Wie der Beschwerdeführer 2 zutreffend ausführt, ist zahlreiches Aktenmaterial vorhanden, es sind mehrere Angeklagte beteiligt und der Fall ist nicht einfach zu beurteilen. Die Komplexität des Falls schlägt sich aber in erster Linie nicht in der Höhe des Stundenansatzes, sondern im zu entschädigenden zeitlichen Aufwand nieder. Je schwieriger ein Fall ist, desto mehr Stunden sind dem amtlichen Verteidiger zur Erarbeitung einer sachgemässen Verteidigungsstrategie (z.B. Aktenstudium, Besprechungen mit dem Klienten, Rechtsabklärungen) zuzugestehen. Hingegen ist bei der Bemessung des Stundenansatzes zu berücksichtigen, dass die im Verfahren verwendeten verschiedenen Fremdsprachen die Verteidigung zusätzlich erschwerten. Dabei stand dem Beschwerdeführer 2 für die deutsche Sprache ein Verteidiger (Fürsprecher RAb._) zur Seite. Obschon dem Beschwerdeführer 2 die Beschäftigung mit anderen Mandanten während der Verhandlungstage nicht möglich war, ist eine Erhöhung des Stundenansatzes nicht angezeigt. Denn die entsprechende zeitliche Auslastung wird mit der Entschädigung für das amtliche Mandat abgegolten. Ob der Beschwerdeführer 2 weitere Klienten betreuen konnte, ist eine Frage der internen Büroorganisation (z.B. telefonische Erreichbarkeit des Sekretariats, Terminkoordination, allfällige Stellvertretung). Die Vorinstanz hat mit Fr. 260.-- einen über dem Durchschnitt liegenden Stundenansatz gewählt. Auch die Gerichtsgebühr von Fr. 150'000.-- hat sie in vergleichbarem Rahmen festgesetzt. Die ordentliche Gerichtsgebühr beträgt bei Dreierbesetzung zwischen Fr. 3'000.-- und Fr. 60'000.-- (Art. 2 Abs. 1 lit. b des seit dem 1. Januar 2011 aufgehobenen Reglements über die Gerichtsgebühren vor dem Bundesstrafgericht vom 11. Februar 2004; AS 2004 1585). Sie kann, wenn besondere Gründe es rechtfertigen, insbesondere bei umfangreichen Verfahren und mehreren Angeklagten, bis auf Fr. 200'000.-- erhöht werden (vgl. Art. 4 lit. b des Reglements). Dabei deckt die von der Vorinstanz festgesetzte Gerichtsgebühr, im Gegensatz zum Stundentarif für die anwaltlichen Leistungen, auch den grossen Zeitaufwand ab. Im vorliegenden Fall liegt die Höhe des Stundenansatzes von Fr. 260.-- für die Leistungen des amtlichen Verteidigers gerade noch innerhalb des vorinstanzlichen Ermessens.
4.1 4.1.1 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 ist infolge Gegenstandslosigkeit vom Geschäftsverzeichnis abzuschreiben. Erklärt das Bundesgericht einen Rechtsstreit als erledigt, entscheidet es mit summarischer Begründung über die Prozesskosten aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrunds. Dabei ist in erster Linie auf den mutmasslichen Verfahrensausgang abzustellen, ohne unter Verursachung weiterer Umtriebe die Prozessaussichten im Einzelnen zu prüfen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 115 f. mit Hinweisen). Es muss bei einer knappen Beurteilung der Aktenlage sein Bewenden haben. Auf dem Weg über den Kostenentscheid soll nicht ein materielles Urteil gefällt und unter Umständen der Entscheid in einer heiklen Rechtsfrage präjudiziert werden. Lässt sich der mutmassliche Ausgang des Verfahrens nicht ohne weiteres feststellen, ist auf allgemeine prozessuale Kriterien zurückzugreifen. Danach wird in erster Linie jene Partei kosten- und entschädigungspflichtig, die das gegenstandslos gewordene Verfahren veranlasst oder bei der die Gründe eingetreten sind, die zur Gegenstandslosigkeit des Verfahrens geführt haben (vgl. Urteil 2C_237/2009 vom 28. September 2009 E. 3.1 mit Hinweis).
4.1.2 Die Prozessaussichten der Beschwerde des Beschwerdeführers 1 sind davon abhängig, ob ihm ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten anzulasten ist, welches eine Kostenauflage trotz Freispruchs nach Art. 173 aBStP rechtfertigt.
4.1.3 Vorliegend lässt sich der mutmassliche Prozessausgang nicht ohne weiteres ermitteln. Das angefochtene Urteil wurde im parallelen Verfahren aufgehoben, weil die Vorinstanz den massgeblichen Sachverhalt nicht korrekt und vollständig für jeden Angeklagten einzeln festgestellt hat. Mangels hinreichender Sachverhaltsfeststellungen kann nicht geprüft werden, ob dem Beschwerdeführer 1 ein zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten anzulasten ist. Deshalb rechtfertigt es sich, keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>) und dem Beschwerdeführer 1 bzw. dessen Rechtsvertreter eine angemessene Parteientschädigung zu Lasten der Schweizerischen Eidgenossenschaft zuzusprechen (<ref-law>). Sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.
4.2 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 ist teilweise gutzuheissen. Dieser hat die auf seine Beschwerde entfallenden reduzierten Gerichtskosten selbst zu tragen (<ref-law>). Er ist für seine Aufwendungen von der Schweizerischen Eidgenossenschaft angemessen zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 wird als gegenstandslos vom Geschäftsverzeichnis abgeschrieben.
1.2 Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Bundesstrafgerichts vom 8. Juli 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Das Gesuch des Beschwerdeführers 1 um unentgeltliche Rechtspflege wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3. 3.1 Für die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.2 Dem Beschwerdeführer 2 werden Gerichtskosten von Fr. 500.-- auferlegt.
4. 4.1 Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers 1, Rechtsanwalt RAa._, Lugano, für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.2 Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat den Beschwerdeführer 2 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch