Sachverhalt:
A. X._ (Ehefrau) Diener (nachfolgend: Beschwerdeführerin) und Y._ (Ehemann) (nachfolgend: Beschwerdegegner) sind seit 1995 verheiratet und haben zwei Kinder R._ (geb. 1997) und S._ (geb. 2002). Die Ehegatten reichten im Februar 2005 beim Kreisgericht Gaster-See ein gemeinsames Scheidungsbegehren ein. Am 14. März 2005 stellte die Beschwerdeführerin ein Gesuch um vorsorgliche Massnahmen im Ehescheidungsverfahren.
Mit Entscheid vom 6. Juli 2005 betreffend vorsorgliche Massnahmen wurde u.a. der Beschwerdeführerin die eheliche Wohnung zugewiesen, und es wurden die Kinder unter ihre Obhut gestellt. Ausserdem wurde der Beschwerdegegner verpflichtet, Unterhaltsbeiträge von insgesamt Fr. 2'110.-- (Fr. 500.-- für S._, Fr. 650.-- für R._ zuzüglich Fr. 340.-- Kinderzulagen sowie Fr. 620.-- für die Beschwerdeführerin) zu bezahlen, und sein Umgang mit den Kindern wurde geregelt.
Im Oktober 2005 reiste die Beschwerdeführerin mit den Kindern in ihre Heimat Ecuador ab, wo sie mit diesen bis heute lebt. Mit Eingabe vom 13. April 2006 beantragte der Beschwerdegegner die Abänderung des Massnahmeentscheids, weil die Lebenskosten der Beschwerdeführerin und der Kinder in Ecuador wesentlich tiefer und seine Unterhaltsverpflichtungen deshalb herabzusetzen seien. Mit Entscheid vom 27. Oktober 2006 wies die Richterin das Abänderungsgesuch ab.
Das Kreisgericht Gaster-See schied die Ehe mit Urteil vom 23. Oktober 2007, hielt sich jedoch für unzuständig, die elterliche Sorge und den persönlichen Umgang mit den Kindern zu regeln. Es verpflichtete den Beschwerdegegner, für den Fall einer Zuteilung des Sorgerechts an die Beschwerdeführerin indexierten Kinderunterhalt von Fr. 670.-- für jedes Kind plus allfällige Kinderzulagen zu bezahlen. Sodann stellte es fest, dass der gebührende Unterhalt der Beschwerdeführerin nicht gedeckt werden könne, und sprach ihr einen güterrechtlichen Ausgleich von Fr. 1'850.-- zu.
B. Gegen dieses Urteil erklärte die Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 7. Januar 2008 beim Kantonsgericht St. Gallen Berufung mit den Anträgen, ihr die elterliche Sorge über die Kinder zu übertragen und dem Vater ein angemessenes Besuchsrecht einzuräumen, den Kinderunterhalt auf je Fr. 900.-- anzusetzen und ihr nach Wegfall eines Kinderunterhaltsbeitrags nachehelichen Unterhalt von Fr. 500.-- während 80 Monaten zuzusprechen. Sodann verlangte sie, den Beschwerdegegner zur Übernahme sämtlicher Familienschulden zu verpflichten. Der Beschwerdegegner beantragte mit Eingabe vom 25. Januar 2008 die Abweisung der Berufung und stellte zugleich das Massnahmegesuch, den vorsorglich verfügten Ehegattenunterhalt aufzuheben und ihm Gelegenheit zu einem Ferienaufenthalt mit den Kindern im November 2008 zu geben.
Am 7. Mai 2008 unterbreitete das Kantonsgericht den Parteien einen Vergleichsvorschlag. In der Folge erklärten sich die Parteien im Rahmen einer Teilvereinbarung insbesondere hinsichtlich der Zuteilung der elterlichen Sorge sowie des Umgangs mit den Kindern einverstanden und unterbreiteten die Festsetzung des Kinder- und Ehegattenunterhalts dem Gericht zur Entscheidung.
C. Mit Verfügung vom 10. November 2008 hiess der Vizepräsident der II. Zivilkammer des Kantonsgerichts das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen gut und hob die Unterhaltspflicht des Beschwerdegegners gegenüber der Beschwerdeführerin rückwirkend per Ende Januar 2008 auf.
Ferner teilte die II. Zivilkammer des Kantonsgerichts mit Entscheid vom 10. November 2008 die alleinige elterliche Sorge über die Töchter R._ und S._ der Beschwerdeführerin zu, räumte dem Beschwerdegegner und den Töchtern das Recht ein, zweimal pro Jahr während den Schulferien 14 Tage miteinander zu verbringen, wobei dieser die Töchter erstmals im Herbst 2008 in Ecuador besuchen dürfe, verpflichtete den Beschwerdegegner, an den Unterhalt der beiden Töchter R._ und S._ monatlich im Voraus je Fr. 750.-- zuzüglich allfällige Kinderzulagen bis zur Volljährigkeit, längstens aber bis zum Abschluss einer ordentlichen Erstausbildung zu bezahlen, stellte fest, dass für die Beschwerdeführerin keine zur Deckung des gebührenden Unterhalts ausreichende Rente habe festgesetzt werden können, genehmigte die Teilvereinbarung, wonach die Beschwerdeführerin das Recht habe, im Falle des Belangtwerdens für Familienschulden auf den Beschwerdegegner zurückzugreifen, und bestätigte das erstinstanzliche Urteil betreffend Ehescheidung, Indexierung Kinderunterhalt, Güterrecht sowie Freizügigkeitsguthaben.
D. Mit Beschwerde vom 11. Dezember 2008 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht die Aufhebung des Entscheids der II. Zivilkammer des Kantonsgerichts, soweit er den Kinderunterhalt des Beschwerdegegners betrifft, und dessen Verpflichtung zur Bezahlung von Unterhaltsbeiträgen an die beiden Töchter R._ und S._ von monatlich im Voraus je Fr. 900.-- ab 1. Februar 2008 bis zum 31. Dezember 2008, Fr. 860.-- ab 1. Januar bis zum 31. Dezember 2009, Fr. 900.-- ab 1. Januar 2010 bis zum 31. Dezember 2010 und Fr. 920.-- ab 1. Januar 2011 bis zur Volljährigkeit, längstens aber bis zum Abschluss einer ordentlichen Erstausbildung jeweils zuzüglich allfällige Kinderzulagen. Eventualiter beantragt die Beschwerdeführerin die Aufhebung der Verfügung vom 10. November 2008, subeventualiter die Verpflichtung des Beschwerdegegners zur Bezahlung von Unterhaltsbeiträgen an die Beschwerdeführerin von monatlich Fr. 350.-- ab 1. Februar 2008 bis zum Abschluss des vorliegenden Verfahrens. Ferner ersucht sie um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren.
Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde richtet sich sowohl gegen den Entscheid des Kantonsgerichts betreffend Ehescheidung als auch gegen die Verfügung des Vizepräsidenten des Kantonsgerichts betreffend vorsorgliche Massnahmen je vom 10. November 2008. Auch wenn die beiden Entscheide in einem Dokument zusammengefasst worden sind, sind sie als separate Entscheide zu betrachten, sodass auch die Eintretensvoraussetzungen gesondert zu prüfen sind.
2. 2.1 Soweit sich die Beschwerde gegen den Entscheid betreffend den Kinderunterhalt des Beschwerdegegners richtet, ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid (<ref-law>) in einer Scheidungssache und damit einer Zivilsache i.S.v. <ref-law> angefochten, welcher einen Endentscheid i.S.v. <ref-law> darstellt. Dabei ist in vermögensrechtlichen Angelegenheiten die Beschwerde grundsätzlich nur zulässig, wenn der erforderliche Streitwert von 30'000.-- erreicht ist (<ref-law>). Wie schon unter der Herrschaft des OG gelten familienrechtliche Klagen mit den finanziellen Nebenfolgen als nicht vermögensrechtliche Streitigkeiten, wenn die Regelung dieser Folgen notwendiger Bestandteil des Entscheides über die nicht vermögensrechtliche Streitigkeit ist (Urteil 5A_108/2007 vom 11. Mai 2007 E. 1.2 mit Hinweis). Waren allerdings - wie vorliegend - nur die familienrechtlichen Nebenfolgen umstritten, handelt es sich um eine vermögensrechtliche Streitigkeit, deren Streitwert von mindestens Fr. 30'000.-- angesichts der Höhe und der unbestimmten Dauer der Unterhaltsbeiträge offenkundig überschritten wird (Art. 74 Abs. 1 lit. b i.V.m. Art. 51 Abs. 1 und 4 BGG). Die Beschwerde in Zivilsachen ist somit insoweit gegeben.
2.2 Im Rahmen der Ermittlung der Leistungsfähigkeit des Beschwerdegegners erwog das Kantonsgericht, dass dessen monatliches Einkommen zur Zeit Fr. 4'300.-- betrage. Er erhalte keinen 13. Monatslohn, da der Landes-Gesamtarbeitsvertrag des Gastgewerbes für ihn als Familienmitglied (er sei der Bruder seiner Arbeitgeberin) gemäss dessen Art. 2 nicht zur Anwendung komme.
2.2.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die vorinstanzlichen Ausführungen beruhten auf einer unrichtigen und aktenwidrigen Feststellung des Sachverhalts und seien willkürlich. Die Nichtberücksichtigung des 13. Monatslohnes stelle ausserdem eine Verletzung von Art. 133 bzw. <ref-law> dar.
Im Verfahren vor Bundesgericht sind unter den engen Voraussetzungen von <ref-law> Vorbringen gegen die Sachverhaltsfeststellung zulässig. Ein solcher Einwand kann nach der letztgenannten Bestimmung nur erhoben werden, wenn die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4338).
Die Beschwerdeführerin wendet zunächst ein, der Beschwerdegegner habe den Arbeitsvertrag nicht mit seiner Schwester, sondern mit seinem Schwager abgeschlossen, sodass der Ausschluss des Gesamtarbeitsvertrags in dessen Art. 2 nicht anwendbar sei. Sodann macht sie geltend, in Ziff. 9 des Arbeitsvertrages werde mit Bezug auf einen 13. Monatslohn explizit auf Art. 12 des Gesamtarbeitsvertrags verwiesen, sodass diesbezüglich eine Sonderabsprache i.S. einer Ausbezahlung des 13. Monatslohnes getroffen worden sei.
Was das Arbeitsverhältnis zwischen dem Beschwerdegegner und dessen Schwester betrifft, hat die Beschwerdeführerin selber vor Kantonsgericht einen Handelsregisterauszug der Kollektivgesellschaft eingereicht, die das Hotel A._ führt, in welchem der Beschwerdegegner angestellt ist. Aus diesem Auszug geht hervor, dass Gesellschafter dieser Kollektivgesellschaft die Schwester und der Schwager des Beschwerdegegners sind. Davon ist offensichtlich auch die Vorinstanz ausgegangen. Der Einwand der Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegner habe seinen Arbeitsvertrag mit seinem Schwager abgeschlossen, stösst daher ins Leere. Ausserdem hält Ziff. 11 des Arbeitsvertrages ausdrücklich fest, das Arbeitsverhältnis mit dem Beschwerdegegner als direktem Familienmitglied sei nicht dem Gesamtarbeitsvertrag unterstellt. Mit dieser arbeitsvertraglichen Klausel setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander. Sie tut auch nicht dar, weshalb Ziff. 9 des Arbeitsvertrags dem Ausschluss des Gesamtarbeitsvertrags in Ziff. 11 vorgehen soll, sodass ihr Verweis auf erstere Bestimmung ebenfalls unbehelflich ist.
Insgesamt ist der Vorinstanz keine Willkür vorzuwerfen, wenn sie die Anwendbarkeit des Gesamtarbeitsvertrags für den Beschwerdegegner und damit den Anspruch auf einen 13. Monatslohn verneint hat. Damit bleibt auch für die Rüge einer Verletzung von Art. 133 bzw. <ref-law> kein Raum.
2.2.1 Sodann macht die Beschwerdeführerin geltend, das Kantonsgericht habe es entgegen ihrem Begehren in der schriftlichen Stellungnahme vom 26. September 2008 unterlassen, den Inhalt einer speziellen Regelung zu ermitteln, welche in einem Schreiben vom 14. Oktober 2007 festgehalten und auf welche in Ziff. 11 des Arbeitsvertrages verwiesen werde. Insofern rügt sie eine Verletzung des Anspruchs auf Beweisführung.
Einen Anspruch darauf, für rechtserhebliche Sachvorbringen zum Beweis zugelassen zu werden - wenn der Beweisantrag nach Form und Inhalt den Vorschriften des kantonalen Rechts entspricht - geben sowohl <ref-law> als auch <ref-law>, wobei bei der Beurteilung zivilrechtlicher Ansprüche beweisrechtlich <ref-law> zum Zuge kommt (Urteile 5A_44/2008 vom 7. Juli 2008 E. 3; 5A_193/2008 vom 13. Mai 2008 E. 3.1; 5A_403/2007 vom 25. Oktober 2007 E. 3; zu <ref-law> vgl. <ref-ruling> E. 7.1 S. 299; <ref-ruling> E. 2.3 S. 226; <ref-ruling> E. 5.4 S. 601; <ref-ruling> E. 2.6 S. 24 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 317; je mit Hinweisen). Insofern kommt der Rüge der Beschwerdeführerin, das Kantonsgericht habe gegen das Willkürverbot verstossen, gegenüber der Rüge der Verletzung des Beweisführungsanspruchs keine selbständige Bedeutung zu. Die allgemeine Beweisvorschrift ist insbesondere verletzt, wenn der kantonale Richter Behauptungen einer Partei, unbekümmert darum, dass sie von der Gegenpartei bestritten worden sind, als richtig hinnimmt, oder über rechtserhebliche Tatsachen überhaupt nicht Beweis führen lässt (<ref-ruling> E. 7.1 S. 299; <ref-ruling> E. 5.4 S. 601 f.; je mit Hinweis).
Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, was das genannte Schreiben enthalten und wie es sich zu ihren Gunsten auswirken soll - mit anderen Worten, in welcher Hinsicht das Schreiben rechtserheblich sein soll. Die Rüge einer Verletzung des Beweisführungsanspruchs erweist sich daher als ungenügend begründet, sodass darauf nicht einzutreten ist.
2.3 Weiter wendet sich die Beschwerdeführerin gegen die Bedarfsberechnung durch das Kantonsgericht. Dieses ermittelte einen monatlichen Bedarf des Beschwerdegegners von Fr. 2'800.--.
2.3.1 Strittig ist dabei zum einen die Berücksichtigung der Kosten für die Ausübung des Besuchsrechts für das Jahr 2008. Das Kantonsgericht veranschlagte diese auf monatlich Fr. 333.--. Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass der Beschwerdegegner entgegen seiner Ankündigung die Kinder im Herbst 2008 nicht besucht habe. Daher seien ihm die Besuchskosten in dieser Zeit nicht erwachsen.
Wie aus dem vorinstanzlichen Entscheid hervorgeht, stand der vorgesehene Besuch des Beschwerdegegners damals noch bevor. Der von der Beschwerdeführerin vorgebrachte Sachverhalt betrifft somit einen Zeitpunkt nach dem angefochtenen Entscheid des Kantonsgerichts. Indes können im Rahmen einer Beschwerde nur Tatsachen, die anlässlich des vorinstanzlichen Entscheides bereits bestanden haben, ans Bundesgericht getragen werden (vgl. Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4340 Ziff. 4.1.4.3)
2.3.2 Zum andern rügt die Beschwerdeführerin, das Kantonsgericht habe bei der Festsetzung der Kinderunterhaltsbeiträge nicht berücksichtigt, dass es im gleichen Entscheid die Unterhaltsbeiträge an die Beschwerdeführerin aufgehoben habe. Mit der rückwirkenden Aufhebung der Ehegattenrente und der Festsetzung der neuen Unterhaltsbeiträge an die Kinder erst ab Rechtskraft des vorinstanzlichen Urteils habe das Kantonsgericht dem Beschwerdegegner einen weiteren Freibetrag gewährt. Dieser Einwand geht an der kantonsgerichtlichen Argumentation vorbei, da dieses die Kinderunterhaltsbeiträge aufgrund der hälftigen Teilung des Überschusses aus Lohn und Bedarf des Beschwerdegegners berechnet und dabei den Unterhalt an die Beschwerdeführerin nicht berücksichtigt hat. Gegen diese Berechnungsweise richtet sich die Beschwerdeführerin nicht. Auch tut sie nicht weiter dar, weshalb der Wegfall des Ehegattenunterhalts die Höhe der Kinderunterhaltsbeiträge beeinflussen soll, sodass sich die Beschwerde auch insoweit als unsubstanziiert erweist und auf sie nicht einzutreten ist.
2.3.3 Weiter macht die Beschwerdeführerin eine Verletzung von <ref-law> geltend. Sie rügt damit implizit, dass die Vorinstanz den Beschwerdegegner nicht rückwirkend für ein Jahr vor Klageerhebung zur Leistung von Kinderunterhalt verpflichtet hat. Dabei verkennt sie, dass es vorliegend um Kinderunterhaltsbeiträge als Nebenfolgen einer Scheidung geht und diese grundsätzlich nicht mit Rückwirkung auf die Zeit vor Klageanhebung geltend gemacht werden können (<ref-ruling> E. 4 S. 357; CYRIL HEGNAUER, Berner Kommentar, 4. Aufl. 1997, N. 150 zu Art. 279/280 ZGB; vgl. auch Urteil 5P.356/2002 vom 5. Dezember 2002 E. 2, in: Pra 92/2003 Nr. 110 S. 596; zum Verhältnis zwischen Kinderunterhalt im Rahmen eines Sachurteils und im Rahmen eines provisorischen Massnahmeentscheides vgl. Urteil 5A_725/2008 und 5A_733/2008 vom 6. August 2009 E. 3.1.3). Die Beschwerdeführerin nennt keinen Grund, der eine Abweichung von diesem Grundsatz rechtfertigen könnte. Die Rüge ist abzuweisen.
2.4 Ausgehend davon, dass die vorinstanzliche Sachverhaltsermittlung nicht willkürlich ist, fehlt es an einer entscheidenden Grundlage für eine allfällige Berücksichtigung neuer Begehren (zur Rechtslage unter der Herrschaft des OG vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 23). Deshalb kann die Frage offen bleiben, ob unter der Herrschaft des BGG bei Geltung der Offizialmaxime neue Begehren trotz <ref-law> zulässig sind.
3. Eventualiter wendet sich die Beschwerdeführerin gegen die Verfügung des Vizepräsidenten des Kantonsgerichts betreffend Aufhebung der Unterhaltspflicht des Beschwerdegegners gegenüber der Beschwerdeführerin per Ende Januar 2008 (s. oben, E. 1). Das betreffende Begehren steht dabei unter dem Vorbehalt der Abweisung des oben behandelten Begehrens gegen den Entscheid betreffend den Kinderunterhalt.
Nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts sind Prozesshandlungen der Parteien jedoch im Allgemeinen bedingungsfeindlich (<ref-ruling> E. 2.2 ff. S. 333 ff.; <ref-ruling> E. 6c S. 312 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 216 f.). Das Gericht muss notwendigerweise klaren verfahrensrechtlichen Verhältnissen gegenübergestellt werden. Ausnahmen von der Bedingungsfeindlichkeit werden regelmässig nur bei Vorliegen eines ausgewiesenen praktischen Bedürfnisses angenommen (<ref-ruling> E. 2.5 S. 335). Als zulässig wird etwa die bloss vorsorgliche Einreichung eines Rechtsmittels betrachtet für den Fall, dass eine andere Instanz auf ein gleichzeitig eingereichtes Rechtsmittel oder einen zusätzlichen Rechtsbehelf (z.B. ein Wiedererwägungsgesuch) nicht eintritt (<ref-ruling> E. 2.3 S. 334; <ref-ruling> E. 1 S. 353). Zulässig sind ferner Eventualbegehren, welche gestellt werden können für den Fall, dass ein Hauptbegehren nicht geschützt wird (<ref-ruling> E. 2.2 S. 333).
Da sich das Begehren gegen den Entscheid betreffend vorsorgliche Massnahmen und nicht wie das oben behandelte Begehren (für den Fall dessen Abweisung es gestellt wird) gegen den Entscheid in der Hauptsache betreffend den Kinderunterhalt richtet, liegt kein zulässiges Eventualbegehren, sondern eine unzulässige bedingte Beschwerde vor, auf welche nicht einzutreten ist. Zudem erscheint fraglich, ob überhaupt eine rückwirkende Aufhebung der Unterhaltspflicht in Frage steht.
1. Insgesamt ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Wie die vorstehenden Ausführungen zeigen, konnte der Beschwerde von Anfang an kein Erfolg beschieden sein, weshalb es an den materiellen Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege fehlt (<ref-law>) und das betreffende Gesuch der Beschwerdeführerin abzuweisen ist. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. August 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Rapp