Fatti:
A. Il 12 giugno 2012 la Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni del Cantone Ticino ha revocato il permesso di dimora CE/AELS, valevole fino al 9 dicembre 2013, rilasciato il 10 dicembre 2008 alla cittadina ucraina A._, in seguito al suo matrimonio con un cittadino svizzero. La revoca - la quale ha comportato anche quella dell'autorizzazione accordata il 27 agosto 2009 nell'ambito del ricongiungimento familiare alla figlia B._ - era basata sulla cessazione della vita in comune dei consorti, come attestato sia dalle dichiarazioni del marito del 2 dicembre 2011 sia dal contenuto dei loro rispettivi interrogatori svoltisi il 24 aprile 2012 (lui) e il 29 maggio 2012 (lei). Detta decisione, intimata per raccomandata il 13 giugno 2012, non è stata ritirata dall'interessata, e quindi è stata retrocessa al mittente.
B. Il 12 ottobre 2012 A._ ha presentato dinanzi al Consiglio di Stato un'istanza di restituzione in intero contro il lasso dei termini. A sostegno della domanda ha affermato di non avere trovato l'invito a ritirare la raccomandata nella bucalettere, molto probabilmente perché il marito, il quale era tuttora in possesso delle chiavi e in passato le aveva già sottratto altre raccomandate, lo aveva preso. Ha poi aggiunto di essersene resa conto solo il 2 ottobre 2012, quando è stata convocata dalla Polizia cantonale.
L'istanza è stata respinta dal Governo ticinese il 24 ottobre 2012, il quale ha giudicato non adempiute le condizioni per concedere la restituzione in intero. Detta decisione è stata confermata su ricorso dal Giudice delegato del Tribunale cantonale amministrativo il 29 novembre 2012.
C. Il 9 gennaio 2013 A._ ha esperito dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico, con cui lamenta un accertamento manifestamente errato dei fatti, un'applicazione arbitraria del diritto cantonale e la violazione del suo diritto di essere sentito. Chiede inoltre che sia conferito effetto sospensivo al gravame.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 43).
2. Oggetto di disamina è la questione di sapere se il Giudice delegato del Tribunale cantonale amministrativo ha, a ragione, ritenuto che le condizioni per potere beneficiare di una restituzione in intero dei termini non erano in concreto adempiute e, quindi, confermato il giudizio governativo.
2.1 La ricorrente non rimette in discussione il fatto che l'invito a ritirare la lettera raccomandata della Sezione della popolazione è stato effettivamente depositato nella propria bucalettere né le conseguenze che ne derivano riguardo alla scadenza del termine di ricorso. Su questo punto ci si limita a rinviare ai pertinenti considerandi della sentenza cantonale (cfr. quest'ultima consid. 3 pag. 4 seg.).
2.1 La ricorrente non rimette in discussione il fatto che l'invito a ritirare la lettera raccomandata della Sezione della popolazione è stato effettivamente depositato nella propria bucalettere né le conseguenze che ne derivano riguardo alla scadenza del termine di ricorso. Su questo punto ci si limita a rinviare ai pertinenti considerandi della sentenza cantonale (cfr. quest'ultima consid. 3 pag. 4 seg.).
2.2 2.2.1 La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale un accertamento manifestamente errato dei fatti in quanto non avrebbe indagato oltre sulla condotta del marito. Lamenta poi che non essendo avvezza con la materia, non poteva oggettivamente aspettarsi ad una decisione tanto celere e, di riflesso sapere che una raccomandata le era stata spedita. In queste condizioni rifiutarle la restituzione dei termini configurerebbe arbitrario. La critica è inconferente.
2.2.2 Dopo avere esposto le condizioni - valutate per prassi seguendo criteri restrittivi - alle quali una restituzione in intero contro il lasso dei termini poteva essere accordata (cfr. sentenza impugnata consid. 4.1 pag. 5), la Corte cantonale ha innanzitutto osservato che l'affermazione secondo cui l'avviso di ritiro sarebbe stato sottratto dal marito non era corroborata da alcun elemento probatorio. Ma quand'anche lo fosse, visto che nel passato il consorte le aveva già preso della corrispondenza, l'insorgente avrebbe dovuto premunirsi adeguatamente contro un tale agire, esigendo la restituzione delle chiavi, cambiando la serratura della casetta oppure munendosi di una casella postale. Non intraprendendo nulla, quanto accaduto non raffigurava una negligenza scusabile né un motivo grave e inevitabile ai sensi della prassi cantonale tale da giustificare una restituzione dei termini. Del resto, siccome era stata interrogata dalla polizia cantonale sulla propria situazione matrimoniale nel maggio 2012, la ricorrente avrebbe dovuto prendere in considerazione che l'autorità competente avrebbe preso una decisione concernente la sua autorizzazione di soggiorno e avrebbe quindi dovuto farsi parte diligente, informandosi in proposito. L'istanza di restituzione andava pertanto respinta, senza che fosse necessario procedere ad ulteriore disamina. Tale argomentazione va tutelata. Dal momento che, come affermato dalla ricorrente stessa, il marito già in precedenza le aveva sottratto della corrispondenza, ella doveva reagire e cautelarsi per il futuro. Non avendo invece intrapreso nulla, rispettivamente non avendo fornito alcuna prova di aver tentato di rimediare alla situazione - le proprie contrarie affermazioni non essendo corroborate da alcun mezzo di prova - ne discende che, come ben giudicato dalla Corte ticinese, non si è in presenza di un'omissione processuale incolpevole o dovuta a negligenza scusabile. In queste condizioni non vi era alcuna necessità di istruire ulteriormente sul preteso comportamento del consorte. Occorre poi precisare che il fatto di non aspettarsi, come addotto nel gravame, a tanta celerità da parte della Sezione della popolazione non giustifica di non avere intrapreso nulla per ovviare alla situazione venutasi a creare, ciò tanto più che, come ben rilevato nel giudizio contestato, in seguito agli interrogatori della polizia sulla propria situazione matrimoniale, la ricorrente - ciò che nemmeno lei nega - doveva comunque prevedere che prima o poi avrebbe ricevuto una comunicazione da parte dell'autorità di polizia degli stranieri.
2.3 Premesse queste considerazioni, la censura relativa all'asserita lesione del suo diritto di essere sentita, siccome il rifiuto di restituirle i termini le avrebbe impedito di esporre i suoi motivi, validi e numerosi, contro la revoca del suo permesso di dimora, si rivela ugualmente priva di consistenza.
3. 3.1 Per i motivi illustrati, il ricorso si avvera pertanto manifestamente infondato e va quindi respinto in base alla procedura semplificata dell'art. 109 LTF.
3.2 Con l'evasione del ricorso, la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo è divenuta priva d'oggetto.
3.3 Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (art. 68 cpv. 3 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese processuali di fr. 1'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, alla Sezione della popolazione del Dipartimento delle istituzioni, al Consiglio di Stato e al Giudice delegato del Tribunale amministrativo del Cantone Ticino, nonché all'Ufficio federale della migrazione.