Sachverhalt:
A. Die Firma G._ war für die Durchführung der beruflichen Vorsorge ihres Personals der Winterthur-Columna Sammelstiftung (nachfolgend: Stiftung) angeschlossen. Mit Schreiben vom 10. Oktober 2002 stellte die Stiftung der Firma G._ Sparbeiträge von Fr. 819'480.50 auf Bonuszahlungen der Jahre 1993 - 2001 zuzüglich Zins in Rechnung, da die Firma G._ diese Bonuszahlungen nicht deklariert hatte. In der Folge schloss die Firma G._ mit den meisten der betroffenen Arbeitnehmer eine Vereinbarung, wonach die zu niedrig deklarierten Löhne (nur) für die Jahre 1997 - 2001 nachzuversichern sind. Die Arbeitnehmer bestätigten darin, dass die Firma G._ sowie die Stiftung mit der erfolgten Lohn-Nachversicherung alle Verpflichtungen ihnen gegenüber erfüllt haben und weder die Arbeitnehmer selber noch ihre Angehörigen irgendwelche weitergehenden Forderungen gegen die Firma G._ oder die Stiftung geltend machen werden. Am 28. November 2002 leistete die Firma G._ der Stiftung eine Zahlung von Fr. 517'509.70. Diese Zahlung betraf die Beiträge auf den in den Jahren 1997 - 2001 ausgerichteten Boni. Unbezahlt blieben die Beiträge auf den Bonuszahlungen der Jahre 1993 - 1996 sowie sämtliche in Rechnung gestellten Beiträge für die Arbeitnehmer B._ und H._.
B. Am 19. März 2003 liess die Stiftung die Firma G._ auf den Betrag von Fr. 334'886.80 betreiben (Betreibung Nr. 44666 des Betreibungsamtes X._). Nachdem die Firma G._ Rechtsvorschlag erhoben hatte, reichte die Stiftung am 17. März 2004 beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Klage ein gegen die Firma G._ auf Zahlung von Fr. 334'886.80 nebst Zins zu 5,5 % seit 1. März 2003, sowie auf Aufhebung des Rechtsvorschlags in der entsprechenden Betreibung. Mit Klageantwort vom 30. Juni 2004 beantragte die Firma G._ Abweisung der Klage, worin sie unter anderem die Verjährungseinrede erhob. Mit Replik vom 5. November 2004 reduzierte die Stiftung den eingeklagten Betrag auf Fr. 310'400.25 nebst Zins zu 5,5 % seit 1. März 2003.
Das Sozialversicherungsgericht setzte der Firma G._ mit Verfügung vom 8. November 2004 Frist zur Einreichung einer Duplik und schloss, nachdem innert Frist keine solche eingegangen war, mit Verfügung vom 21. Dezember 2004 den Schriftenwechsel. Am 27. Dezember 2004 stellte die Firma G._ ein Wiederherstellungsgesuch für die Frist zur Einreichung einer Duplik und reichte diese am 6. Januar 2005 ein. Das Gericht bewilligte mit Verfügung vom 19. Januar 2005 die Wiederherstellung der Frist und nahm von der eingereichten Duplik Vormerk. Die Stiftung erhob dagegen Verwaltungsgerichtsbeschwerde, auf welche das frühere Eidgenössische Versicherungsgericht (EVG; heute Bundesgericht) mit Urteil vom 11. April 2007 nicht eintrat.
Mit Entscheid vom 3. Juli 2007 hiess das Sozialversicherungsgericht die Klage im Betrag von Fr. 310'400.25 nebst Zins zu 5 % seit dem 1. März 2003 teilweise gut und hob in diesem Umfang den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 44666 des Betreibungsamtes X._ auf.
C. Die Firma G._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, die Klage sei vollumfänglich abzuweisen, eventuell zur Abweisung der Klage an die Vorinstanz zurückzuweisen, subeventuell die Klage nur im Umfang von Fr. 40'736.25 gutzuheissen. Zudem beantragt sie Erteilung der aufschiebenden Wirkung.
Die Stiftung beantragt Abweisung der Beschwerde, während das BSV auf Vernehmlassung verzichtet.
D. Mit Verfügung vom 5. Dezember 2007 erteilte der Instruktionsrichter des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung.

Erwägungen:
1. Streitig sind in erster Linie die Nachzahlungen für die Jahre 1993 - 1996. Die Beschwerdeführerin beruft sich - wie bereits vor der Vorinstanz - auf die Verjährung. Die Vorinstanz hat die Verjährung verneint.
1. Streitig sind in erster Linie die Nachzahlungen für die Jahre 1993 - 1996. Die Beschwerdeführerin beruft sich - wie bereits vor der Vorinstanz - auf die Verjährung. Die Vorinstanz hat die Verjährung verneint.
1.1 1.1.1 Gemäss Art. 41 Abs. 1 BVG (in der hier massgebenden, bis Ende 2004 in Kraft gewesenen Fassung) verjähren Forderungen auf periodische Beiträge und Leistungen nach fünf, andere nach zehn Jahren. Die Art. 129 - 142 OR sind anwendbar. Bei den streitigen Beiträgen handelt es sich um die Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge, welche der Arbeitgeber der Vorsorgeeinrichtung schuldet (Art. 66 Abs. 2 BVG bzw. Ziff. B.6 des Anschlussvertrags). Diese unterliegen der Verjährung nach Art. 41 BVG (SZS 1994 S. 388 E. 3b; Urteil B 26/99 vom 9. August 2001 [SZS 2002 S. 510] E. 2b). Es handelt sich dabei wie bei den Lohnzahlungen, auf denen sie beruhen, um periodisch zu erbringende Leistungen. Es gilt somit dafür die fünfjährige Verjährungsfrist (SZS 2002 S. 510, E. 2b, für die Beitragsleistungen des Arbeitnehmers nach Art. 66 Abs. 3 BVG; Riemer/Riemer-Kafka, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2. Auflage, Bern 2006, S. 129 Rz. 94; Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Zürich 2005, S. 348 Rz. 935).
1.1.2 Die Verjährungsfrist beginnt mit der Fälligkeit der Forderung (<ref-law>). Fälligkeit bedeutet, dass der Gläubiger die Leistung fordern kann und der Schuldner erfüllen muss (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 541). Nach dem Inkrafttreten der 1. BVG-Revision am 1. Januar 2005 sind gemäss Art. 66 Abs. 4 BVG die Beiträge spätestens jeweils am Ende des ersten Monats nach dem Jahr, für das sie geschuldet sind, der Vorsorgeeinrichtung zu überweisen, was auch für die überobligatorischen Beiträge gilt (Art. 49 Abs. 2 Ziff. 16 BVG sowie <ref-law>, je in der Fassung der 1. BVG-Revision). In diesem Zeitpunkt werden die Beitragsforderungen fällig. Vor dem Inkrafttreten der 1. BVG-Revision gab es in der beruflichen Vorsorge keine gesetzliche, sondern nur reglementarische bzw. vertragliche Fälligkeitsregelungen (<ref-ruling> E. 3c S. 277; Stauffer, a.a.O., S. 546 Rz. 1446). Gemäss Anschlussvertrag ist die Beschwerdeführerin verpflichtet, die Beiträge "fristgerecht" zu bezahlen. Eine ausdrückliche Fälligkeitsregelung enthalten weder Anschlussvertrag noch Vorsorgereglement. Eine lückenfüllende Ergänzung dieses Vertrags kann indessen entsprechend der allgemeinen Usanz nur dahin gehen, dass die Beitragsforderungen mindestens jährlich geltend zu machen sind. Die Beschwerdegegnerin hat selber in ihrer vorinstanzlichen Klageschrift von gemeldeten Jahreslöhnen gesprochen, ihre Nachzahlungsforderungen in Jahrestranchen berechnet und jeweils in den Folgejahren darauf Zinsen berechnet, was voraussetzt, das die Forderungen jeweils mindestens jährlich fällig geworden sind.
1.1.3 Die Beiträge für das am wenigsten weit zurückliegende Jahr 1996 sind somit spätestens im Jahre 1997 fällig geworden. Die Fälligkeit und damit die Verjährungsfrist beginnt selbst dann, wenn die Gläubigerin von ihrer Forderung im Grundsatz oder im Quantitativ noch keine Kenntnis hat (<ref-ruling> E. 7b, 119 II 216 E. 4a/aa; Urteil 4C.397/2005 vom 1. März 2006, E. 2.2). Dies gilt auch dann, wenn die Forderung auf eine positive Vertragsverletzung zurückzuführen ist, als welche allenfalls die ursprünglich offenbar unvollständige Lohnmeldung durch die Beschwerdeführerin zu betrachten sein könnte. In diesem Fall beginnt die Verjährungsfrist mit der Pflichtverletzung (Claire Huguenin, Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 2. Auflage, Zürich 2006, S. 143 Rz. 919; Gauch/Schluep/Schmid/Rey, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 8. Auflage, Zürich 2003, S. 247 f. Rz. 3512; Ingeborg Schwenzer, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, 4. Auflage, Bern 2006, S. 505 Rz. 84.14). Von vornherein nicht anwendbar ist die von einem Teil der Lehre vertretene Auffassung, es sei der Zeitpunkt des Eintritts des Schadens massgeblich (Stephen Berti, Zürcher Kommentar zum OR, Rz. 129 zu Art. 130), denn eingeklagt ist hier die Erfüllung des Vertrags, nicht ein Schadenersatzanspruch. Ein solcher würde einen hier nicht nachgewiesenen Schaden voraussetzen.
1.1.4 Die Verjährungsfrist ist damit spätestens im Jahre 2002 abgelaufen. Da eine verjährungsunterbrechende Handlung (<ref-law> in Verbindung mit Art. 41 BVG) erst mit der Betreibung vom März 2003 erfolgt ist, sind die Beitragsnachzahlungen für die Jahre 1993 - 1996 verjährt.
1.2 Vorinstanz und Beschwerdegegnerin berufen sich zu Unrecht auf die Urteile B 75/03 vom 18. Juni 2004 und <ref-ruling>:
1.2.1 Im Urteil 2A.231/1994 vom 13. September 1995 (SZS 1998 S. 381), worauf das Urteil B 75/03 in E. 4.3 verweist, ging es um den rückwirkenden Zwangsanschluss gemäss Art. 11 Abs. 3 BVG. Das Bundesgericht entschied, es handle sich nicht um die Einforderung von Beiträgen oder um Leistungen, sondern um die Frage des zwangsweisen Anschlusses bei der Auffangeinrichtung, weshalb die Verjährungseinrede unbegründet sei. Ob die einzelnen Beitragsforderungen verjährt seien, sei daher im damaligen Verfahren nicht zu prüfen (E. 5). Im Urteil B 34/93 vom 1. März 1994 (SZS 1994 S. 388), E. 3b, entschied das EVG, mit dem zwangsweisen Anschluss werde ein neues Rechtsverhältnis begründet, aufgrund dessen der Arbeitgeber der (neuen) Vorsorgeeinrichtung die gesamten Beiträge ab diesem Zeitpunkt schulde. Die Verjährungsfrist beginne daher erst mit dem Zwangsanschluss zu laufen. Analoges gilt, wenn umstritten ist, ob eine Versicherungspflicht besteht (Urteile B 26/99 vom 9. August 2001 [SZS 2002 S. 510] E. 2c und B 1/04 vom 1. September 2006 [SZS 2007 S. 496] E. 4.6 - 4.8). In all diesen Fällen kann die Vorsorgeeinrichtung noch keine Beiträge fordern, solange der betreffende Arbeitgeber ihr noch gar nicht angeschlossen ist bzw. die Versicherungspflicht als solche umstritten ist. Es können daher auch noch keine Beitragspflichtig fällig sein und keine Verjährungsfristen laufen. Hier geht es hingegen nicht um einen zwangsweisen Anschluss oder um eine umstrittene Versicherungspflicht. Die Beschwerdeführerin war im fraglichen Zeitraum bei der Beschwerdegegnerin angeschlossen und die streitbetroffenen Arbeitnehmer waren versichert. Die Beschwerdegegnerin konnte periodisch die Zahlung der Beiträge einfordern.
1.2.2 In <ref-ruling> wurde entschieden, dass der Anspruch auf Freizügigkeitsleistungen nicht verjährt, solange eine Pflicht zur Erhaltung des Vorsorgeschutzes besteht. Im Unterschied zu jenem Fall geht es aber hier nicht um einen Anspruch auf Freizügigkeitsleistung, welche erst beim Austritt aus dem Vorsorgeverhältnis fällig wird (Art. 2 Abs. 3 FZG; <ref-ruling> E. 3c S. 318), sondern um die periodischen Beitragsleistungen, auf welche Art. 41 BVG anwendbar ist, was auch in <ref-ruling> E. 3b S. 318 unter Hinweis auf SZS 1994 S. 388 sowie das erwähnte Urteil B 26/99 erneut bestätigt wurde. Auch muss die Unverjährbarkeit der Freizügigkeitsleistung nicht zwingend die Unverjährbarkeit der Beitragsleistungen zur Folge haben, wie die Beschwerdegegnerin meint. Die Unverjährbarkeit der Freizügigkeitsleistung gilt für diese Leistung in der jeweiligen im Freizügigkeitsfall bestehenden Höhe (Art. 2 FZG), nicht aber (unter Vorbehalt der Mindestanforderungen von Art. 15 ff. FZG) für eine bestimmte Höhe dieser Leistung. Die Verjährung von Beitragsforderungen führt dazu, dass die im Freizügigkeitsfall vorhandene Austrittsleistung allenfalls geringer sein wird, hat aber keinen Bezug zur Frage, ob und wann diese Leistung verjährt.
2. Umstritten sind sodann die Beitragsnachzahlungen für B._ für das Jahr 2000.
2.1 Die Beschwerdeführerin hatte in der vorinstanzlichen Klageantwort geltend gemacht, B._ sei im Jahre 2000 noch bei einer anderen Vorsorgeeinrichtung versichert gewesen. Die Vorinstanz führte dazu aus, die damalige Beklagte (und heutige Beschwerdeführerin) habe den Beweis nicht erbracht, dass B._ bei einer anderen Vorsorgeeinrichtung versichert gewesen sei. Die Beschwerdeführerin wiederholt in der Beschwerde ans Bundesgericht ihre vorinstanzliche Darstellung und rügt, die Vorinstanz hätte ein Beweisverfahren durchführen müssen, wenn ihr die Sachlage ungenügend abgeklärt erschienen wäre.
2.2 Es trifft zu, dass die Vorinstanz bezüglich der umstrittenen Versicherteneigenschaft von B._ keine ausdrückliche Sachverhaltsfeststellung getroffen hat. Indessen ist die E. 6.2.1 des angefochtenen Entscheids im Zusammenhang mit der vorhergehenden E. 6.1 zu sehen, wo die Vorinstanz auf die Klagebeilagen 5 - 30 hinwies, aus welchen die für die einzelnen Arbeitnehmer ausbezahlten AHV-pflichtigen Löhne und die Berechnung der Beiträge hervorgeht. Zu den damit erfassten Arbeitnehmern gehört auch B._, der gemäss dem Lohnausweis für die Steuererklärung auch im Jahr 2000 Arbeitnehmer der Beschwerdeführerin war. Da gemäss Anschlussvertrag die Beschwerdeführerin "die von ihr beschäftigten Arbeitnehmer" bei der Beschwerdegegnerin versichert, musste auch B._ für das Jahr 2000 bei der Beschwerdegegnerin versichert sein. Unter diesen Umständen ist die Vorinstanz mit Recht davon ausgegangen, es wäre Sache der Beschwerdeführerin gewesen, die angeblich bei der Vorsorgeeinrichtung der früheren Arbeitgeberin bestehende Versicherung zu beweisen, zumal eine solche Versicherung im Widerspruch nicht nur zum Anschlussvertrag, sondern auch zu Art. 11 Abs. 1 BVG stünde.
3. Umstritten sind weiter die Nachzahlungen für H._ für das Jahr 2000.
3.1 In der vorinstanzlichen Klageantwort hatte die Beschwerdeführerin ausgeführt, H._ habe nicht zum Bonusplan für Verkaufsmitarbeiter gehört und keine Bonuszahlungen, sondern nur aufgrund einer Spezialabmachung im Jahre 2001 einmalig eine Sonderzulage erhalten. Die heutige Beschwerdegegnerin bestritt dies in der Replik mit Nichtwissen. Die Vorinstanz führt dazu aus, die Beschwerdeführerin habe für das Jahr 2000 einen Bruttolohn von Fr. 166'011.- gemeldet, der zu versichern sei, unabhängig davon, ob darin ein Bonus enthalten sei oder nicht.
3.2 Gemäss Art. 3 Abs. 1 lit. a BVV 2 sowie Art. 4.4 Abs. 2 der bei den Akten liegenden Vorsorgereglemente werden Lohnbestandteile, die nur gelegentlich anfallen, nicht versichert. Wenn - wie die Beschwerdeführerin vorbringt - es sich bei der fraglichen Summe wirklich um eine einmalige Sonderzulage handelt, ist sie damit nicht versichert. Es spielt damit entgegen der Auffassung der Vorinstanz eine Rolle, ob es sich um einen (nicht nur gelegentlich, sondern jährlich anfallenden) Bonus oder um eine einmalige Zahlung handelt. Diesbezüglich hat die Vorinstanz keine Sachverhaltsfeststellungen getroffen. Die Frage lässt sich auch nicht aufgrund der Akten beantworten. Die im vorinstanzlichen Verfahren von der Beschwerdegegnerin eingereichte Aufstellung der AHV-Löhne von H._ aus den Jahren 1993 - 2000 lässt die Darstellung der Beschwerdeführerin, der Arbeitnehmer habe eine einmalige Sonderprämie erhalten, zumindest als plausibel erscheinen. Jedenfalls ist nicht dargetan, dass es sich dabei um einen BVG-pflichtigen Lohnbestandteil handelte, was sich zum Nachteil der beweisbelasteten Beschwerdegegnerin auswirkt (<ref-law>).
4. Umstritten sind schliesslich die Nachzahlungen für M._ für das Jahr 2000.
4.1 Die Beschwerdegegnerin hatte in der vorinstanzlichen Klage einen Nachzahlungsbetrag von Fr. 34'839.90 für die Jahre 2000 (Fr. 16'024.10) und 2001 (Fr. 18'174.40) inkl. Zins (Fr. 641.--) geltend gemacht und substantiiert. Mit der Klageantwort hatte die Beschwerdeführerin die von M._ unterzeichnete Erklärung eingereicht, wonach für das Jahr 2001 eine Nachzahlung von Fr. 18'174.40 zu leisten ist und auf weitere Nachzahlungen - unter anderem für das Jahr 2000 - verzichtet wird. Die Vorinstanz hat trotzdem bei ihrer Zusammenstellung auch die Nachzahlung für das Jahr 2000 berücksichtigt. Es stellt sich insoweit die (für die übrigen Arbeitnehmer infolge Verjährung [siehe E. 1] nicht mehr relevante) Frage nach der Zulässigkeit und Tragweite dieser Erklärung.
4.1 Die Beschwerdegegnerin hatte in der vorinstanzlichen Klage einen Nachzahlungsbetrag von Fr. 34'839.90 für die Jahre 2000 (Fr. 16'024.10) und 2001 (Fr. 18'174.40) inkl. Zins (Fr. 641.--) geltend gemacht und substantiiert. Mit der Klageantwort hatte die Beschwerdeführerin die von M._ unterzeichnete Erklärung eingereicht, wonach für das Jahr 2001 eine Nachzahlung von Fr. 18'174.40 zu leisten ist und auf weitere Nachzahlungen - unter anderem für das Jahr 2000 - verzichtet wird. Die Vorinstanz hat trotzdem bei ihrer Zusammenstellung auch die Nachzahlung für das Jahr 2000 berücksichtigt. Es stellt sich insoweit die (für die übrigen Arbeitnehmer infolge Verjährung [siehe E. 1] nicht mehr relevante) Frage nach der Zulässigkeit und Tragweite dieser Erklärung.
4.2 4.2.1 Die Vorinstanz hat erwogen, es sei zwischen Vorsorge- und Arbeitsvertrag zu unterscheiden. Das Rechtsverhältnis zwischen Vorsorgeeinrichtung und Vorsorgenehmer werde durch den Vorsorgevertrag begründet, dessen Inhalt sich aus dem Reglement ergebe. Im Einzelfall vom Reglement abweichende Abreden bedürften einer Vereinbarung zwischen der Vorsorgeeinrichtung und den Arbeitnehmern. Bei den fraglichen Bestätigungen handle es sich um eine ergänzende arbeitsvertragliche Abmachung zwischen Arbeitnehmer und Arbeitgeberin. Die Beschwerdegegnerin sei an diesem Vertrag als Partei nicht beteiligt, selbst wenn sie davon Kenntnis gehabt habe. Im Übrigen sei durch die Akten nicht belegt, dass sich die Beschwerdegegnerin nie gegen diese Abmachung gewehrt haben soll.
4.2.2 Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, die fragliche Erklärung habe nicht bloss eine arbeitsrechtliche, sondern auch eine vorsorgerechtliche Bedeutung. Die Arbeitnehmer hätten damit verbindlich auf eine entsprechende Nachversicherung verzichtet, was sich auch die Vorsorgeeinrichtung entgegenhalten lassen müsse. Es sei weltfremd und überspitzt formalistisch, eine ausdrückliche schriftliche Vereinbarung zwischen Destinatär und Vorsorgeeinrichtung zu verlangen.
4.2.3 Es trifft zu, dass der Vorsorgevertrag - obwohl er dogmatisch vom Arbeitsvertrag zu unterscheiden ist - eng mit diesem verknüpft ist. Das ist hier jedoch nicht ausschlaggebend. Rechtsgrundlage für die Forderung der Beschwerdegegnerin ist nicht der Vorsorgevertrag zwischen den Vorsorgenehmern und der Beschwerdegegnerin, sondern der Anschlussvertrag, worin sich die Beschwerdeführerin verpflichtet hat, der Beschwerdegegnerin die Beiträge gemäss Reglement zu leisten (Ziff. B.3 und 6 des Anschlussvertrags). Zwar gehört auch der Anschlussvertrag zusammen mit den Vorsorgeverträgen zu einem aufeinander abgestimmten Ganzen (vgl. <ref-ruling> E. 5c/cc S. 386 f.). Dies ändert aber nichts daran, dass die Beschwerdegegnerin aufgrund des Anschlussvertrags (in Verbindung mit dem Reglement und den ebenfalls auf das Reglement Bezug nehmenden Vorsorgeverträgen) Gläubigerin der vertragskonformen Versicherungsbeiträge auf dem versicherten Lohn ist. Soll entgegen dem abgeschlossenen Vertragswerk bzw. dem Reglement ein Teil des arbeitsvertraglich geschuldeten Lohnes von der Versicherung ausgenommen werden (was im überobligatorischen Bereich grundsätzlich zulässig ist, Art. 8 Abs. 1 BVG), so handelt es sich dabei nicht um einen einseitigen Verzicht des Arbeitnehmers (der damit auch auf den entsprechenden Arbeitgeberbeitrag verzichtet, was in den Schranken von <ref-law> zulässig wäre), sondern um eine Änderung der Rechtsposition der Beschwerdegegnerin. Auch soweit individuelle Abweichungen vom Vorsorgereglement zulässig sind (<ref-ruling> E. 2.1 S. 29, 122 V 142 E. 4b S. 145), bedürfen diese daher der Zustimmung der Vorsorgeeinrichtung bzw. der Sammelstiftung. Eine solche Zustimmung kann auch stillschweigend erfolgen (Art. 1 Abs. 2 und Art. 6 OR). Bei vorbestehenden Vertragsbeziehungen kann Stillschweigen zu einer Mitteilung als Zustimmung interpretiert werden, sofern sich dies nach objektiven Massstäben aus dem Vertrauensgrundsatz ergibt (<ref-ruling> E. 2c/aa S. 41, 114 II 250 E. 2a; Urteil 4C.303/2001 vom 4. März 2002 E. 2b; Urteil K 171/98 vom 28. Februar 2001 E. 2c/bb). Die Beweislast für das Vorliegen einer stillschweigenden Zustimmung obliegt demjenigen, der aus dieser Zustimmung für sich Vorteile ableitet (<ref-law>; Urteil 4C.242/2005 vom 9. November 2005 E. 4.3).
4.2.4 Aufgrund der Akten kann entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin eine stillschweigende Zustimmung der Beschwerdegegnerin zu den Verzichtserklärungen nicht als erwiesen betrachtet werden. Zwar hat die Beschwerdeführerin die zwischen November 2002 und Januar 2003 unterzeichneten Erklärungen der Arbeitnehmer der Beschwerdegegnerin mitgeteilt, doch hat diese bereits im bei den Akten liegenden Mailverkehr vom Dezember 2002 klar gemacht, dass sie mit diesem Vorgehen nicht einverstanden ist. Spätere Indizien, die auf eine Zustimmung schliessen liessen, sind nicht belegt und werden auch nicht geltend gemacht. Aus der Entgegennahme der Teilzahlung (<ref-law>) kann nicht auf einen stillschweigenden Verzicht auf die Restzahlung geschlossen werden (<ref-ruling> E. 3a S. 70), ebenso wenig daraus, dass die Austrittsleistungen an die streitbetroffenen Mitarbeiter offenbar vorbehaltlos erfolgten.
4.2.5 Die Beschwerdegegnerin braucht sich somit die Verzichtserklärung von M._ nicht entgegenhalten zu lassen. Die Beschwerdeführerin schuldet ihr die vertrags- und reglementskonformen Beiträge, soweit sie nicht verjährt sind (vgl. E. 1). Da - wie die Beschwerdeführerin einräumt - nur der Betrag für das Jahr 2001 nachversichert wurde, ist der Beitrag für das Jahr 2000 noch zu bezahlen. Dieser Betrag ist liquid und in der Höhe unbestritten, so dass dazu kein Beweisverfahren erforderlich ist und das Bundesgericht reformatorisch entscheiden kann (<ref-law>).
5. Zusammenfassend erweist sich die Beschwerde in Bezug auf die Nachzahlungen für die Jahre 1993 - 1996 sowie auf die Nachzahlungen für H._ als begründet, in Bezug auf die Nachzahlungen für B._ und M._ für das Jahr 2000 hingegen als unbegründet. Der betreffende Betrag beträgt für B._ gemäss Klagebeilage 8 (exkl. Zins) Fr. 26'190.70, für M._ gemäss Klagebeilage 20 Fr. 16'024.50 (exkl. Zins und ohne den Beitrag von Fr. 18'174.40 für das Jahr 2001, welcher gemäss Klageantwortbeilage 27 in der bereits erfolgten Nachzahlung berücksichtigt wurde). Im daraus resultierenden Umfang von Fr. 42'215.20 nebst Zins zu 5 % seit 1. März 2003 ist die Klage gutzuheissen, im Übrigen abzuweisen.
6. Die Verfahrenskosten sind entsprechend dem Ausmass des Obsiegens und Unterliegens aufzuteilen (<ref-law>). Die mehrheitlich unterliegende Beschwerdegegnerin hat der Beschwerdeführerin eine geringfügig reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG), hat selber aber keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>). Die Vorinstanz wird die Parteikosten für das erstinstanzliche Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Verfahrens festzulegen haben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 3. Juli 2007 wird dahingehend geändert, dass die Beschwerdeführerin verpflichtet wird, der Beschwerdegegnerin den Betrag von Fr. 42'215.20 nebst Zins zu 5 % seit 1. März 2003 zu bezahlen. In diesem Umfang wird der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. 44666 des Betreibungsamtes X._ aufgehoben. Soweit weitergehend, wird die Klage abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 9000.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 1000.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 8000.- auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 8000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. Januar 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Lustenberger Maillard