Sachverhalt:
A. A.a P._ (geb. 1960) war ab 14. Februar 2000 vollzeitlich in der Firma X._ AG angestellt und im Rahmen dieses Arbeitsverhältnisses bei der Winterthur-Columna Sammelstiftung berufsvorsorgeversichert (Anschlussvertrag Nr. 1/83218). Am 16. November 2000 wurden die Freistellung von der Arbeitsleistung ab 11. Dezember 2000 und die Auflösung des Arbeitsverhältnisses per 31. März 2001 vereinbart. Am 28. Dezember 2000 unterzeichnete P._ einen Arbeitsvertrag mit der über den Vertrag Nr. 1/94337 ebenfalls der Winterthur-Columna-Sammelstiftung (nachfolgend: Winterthur-Columna) angeschlossenen Firma Y._ AG. Nachdem er die neue 100%- Stelle vereinbarungsgemäss am 8. Januar 2001 angetreten und die Firma Y._ AG ihn am 16. Januar 2001 bei der Winterthur-Columna angemeldet hatte, erlitt P._ am 30. Januar 2001 bei einem Verkehrsunfall eine HWS-Distorsion, worauf er teilweise arbeitsunfähig war und die Arbeitgeberin am 24. August 2001 das Arbeitsverhältnis zum 30. September 2001 kündigte. Am 22. Januar 2002 meldete sich P._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Mit Verfügung vom 5. Juli 2004 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich dem - seit dem 1. Februar 2002 in einem 30%- Pensum bei der evangelisch-reformierten Kirchgemeinde des Kantons A._ angestellten und der kantonalen Pensionskasse angeschlossenen - Versicherten rückwirkend ab 1. Januar 2002 eine ganze Invalidenrente zu (Invaliditätsgrad: 86 %).
A.b Nachdem die Winterthur Columna erstmals am 25. November 2004 Kenntnis von der teilweisen Arbeitsunfähigkeit im Zeitpunkt der Beendigung des Arbeitsverhältnisses mit der Firma Y._ AG erhalten hatte, machte sie die auf 30. September 2001 erfolgte Auflösung des Vorsorgeverhältnisses (gemäss Schreiben vom 31. Oktober 2001) wieder rückgängig und stellte sie die Versicherung gemäss Anschlussvertrag Nr. 1/94337 mit der Firma Y._ AG - und nicht, wie vom Rechtsvertreter von P._ beantragt, gemäss Anschlussvertrag Nr. 1/83218 mit der Firma X._ AG - wieder in Stand, unter Einrechnung der von der Pensionskasse des Kantons Zug erhaltenen Freizügigkeitsleistung von Fr. 91'293.50. Mit Schreiben vom 16. Juni 2006 sprach die Vorsorgeeinrichtung P._ gestützt auf den Vertrag Nr. 1/94337 erstmals Invalidenleistungen zu.
B. Am 26. November 2006 liess P._ beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gegen die Winterthur Columna Klage erheben mit dem Rechtsbegehren, es sei festzustellen, dass er über den Versicherungsvertrag Nr. 1/83218 der Firma X._ AG Mitglied der Winterthur Columna sei und Anspruch auf die aufgrund dieses Vorsorgeverhältnisses versicherten Leistungen habe. Mit Entscheid vom 3. März 2008 wies das kantonale Gericht die Klage ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt P._ beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids vom 3. März 2008 sei die Klage vom 26. November 2006 gemäss vorinstanzlich gestelltem Rechtsbegehren gutzuheissen.
Die Winterthur Columna schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beurteilung der vorsorgerechtlichen Streitigkeit fällt in die zeitliche und sachliche Zuständigkeit der in Art. 73 BVG erwähnten richterlichen Behörden (<ref-ruling> E 1.1 S. 104 f., 130 V 111 E. 3.1.2 S. 112, 128 V 41 E. 1b S. 44 mit Hinweisen) und obliegt letztinstanzlich der II. sozialrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts (Art. 35 lit. e des Reglements für das Bundesgericht vom 20. November 2006 [BgerR; SR 173.110.131], in Kraft seit 1. Januar 2007). Da auch die übrigen Prozessvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 2.5 S. 262, 130 III 136 E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2.2 Bundesrechtsverletzungen im Sinne von Art. 95 lit. a BGG überprüft das Bundesgericht frei; zum frei überprüfbaren Bundesrecht gehört auch das von einer Vorsorgeeinrichtung reglementarisch oder statutarisch (unter Einschluss der Stiftungsurkunde) erlassene Berufsvorsorgerecht (vgl. in <ref-ruling> nicht publ. E. 2 [B 113/03]; <ref-ruling> E. 2b S. 335; Ulrich Meyer, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 10 zu Art. 106; Markus Schott, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 46 zu Art. 95; HANSJÖRG SEILER, in: SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N. 27 zu Art. 95). In tatsächlicher Hinsicht ist die Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts dahingehend eingeschränkt, dass es die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen kann, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Beginn und das Ende der obligatorischen Berufsvorsorgeversicherung (Art. 10 BVG in der bis Ende 2004 gültig gewesenen, hier anwendbaren Fassung; Art. 6 BVV 2; <ref-ruling> E. 2 S. 19 ff.) zutreffend dargelegt. Richtig wiedergegeben hat das kantonale Gericht insbesondere auch die Rechtsprechung, wonach das BVG im Rahmen der obligatorischen beruflichen Vorsorge echte Doppelversicherungen ausschliesst und Art. 10 Abs. 3 BVG analoge Anwendung findet, wenn ein Arbeitnehmer oder eine Arbeitnehmerin vor Beendigung des bisherigen Arbeitsverhältnisses eine neue Stelle antritt und es sich nicht um den Fall einer unechten Doppelversicherung (Art. 46 BVG) handelt (<ref-ruling> E. 4 und 5 S. 23 ff. E. 4).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Beginn und das Ende der obligatorischen Berufsvorsorgeversicherung (Art. 10 BVG in der bis Ende 2004 gültig gewesenen, hier anwendbaren Fassung; Art. 6 BVV 2; <ref-ruling> E. 2 S. 19 ff.) zutreffend dargelegt. Richtig wiedergegeben hat das kantonale Gericht insbesondere auch die Rechtsprechung, wonach das BVG im Rahmen der obligatorischen beruflichen Vorsorge echte Doppelversicherungen ausschliesst und Art. 10 Abs. 3 BVG analoge Anwendung findet, wenn ein Arbeitnehmer oder eine Arbeitnehmerin vor Beendigung des bisherigen Arbeitsverhältnisses eine neue Stelle antritt und es sich nicht um den Fall einer unechten Doppelversicherung (Art. 46 BVG) handelt (<ref-ruling> E. 4 und 5 S. 23 ff. E. 4).
3.2 3.2.1 Im Bereich der weitergehenden Vorsorge wird die Rechtsbeziehung zwischen versichertem Arbeitnehmer und Vorsorgeeinrichtung (Vorsorgeverhältnis) - bei einem zu Grunde liegenden privatrechtlichen Arbeitsverhältnis - durch privatrechtlichen Vorsorgevertrag begründet, der rechtsdogmatisch den Innominatverträgen (eigener Art) zuzuordnen ist und und in erster Linie den allgemeinen Bestimmungen des Obligationenrechts (Art. 1-183 OR) untersteht. Das Versicherungsverhältnis beginnt im Zeitpunkt, in welchem sich der Arbeitnehmer dem Reglement oder den Statuten der Vorsorgeeinrichtung - als vorformulierter Inhalt des Vorsorgevertrages, vergleichbar Allgemeinen Vertrags- oder Versicherungsbedingungen - ausdrücklich oder konkludent (beispielsweise durch widerspruchslose Entgegennahme des Reglementes, Bezahlung der Beiträge oder Hinnahme der entsprechenden Lohnabzüge) unterzieht (<ref-ruling> E. 2a S. 19 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.1 S. 227 f.; <ref-ruling> E. 5 S. 150 mit Hinweis). Der Beginn des Vorsorgeschutzes muss nicht notwendigerweise mit dem Beginn des Versicherungsverhältnisses übereinstimmen; massgebend ist der von den Parteien vereinbarte bzw. durch das Reglement oder die Statuten bestimmte Zeitpunkt (<ref-ruling> E. 2a S. 19 f.).
3.2.2 Wie in der obligatorischen beruflichen Vorsorge endet das Versicherungsverhältnis auch in der weitergehenden Vorsorge mit der Auflösung des Arbeitsverhältnisses. Hier wie dort kommt es dabei praxisgemäss darauf an, ob und wann das Arbeitsverhältnis rechtlich aufgehört hat zu existieren; nicht massgeblich ist die effektive Arbeitsausübung oder -niederlegung. Entscheidend ist somit die Beendigung des Arbeitsverhältnisses nach den zivilrechtlichen Regeln gemäss Art. 334 ff. OR mit der Folge, dass das Vorsorgeverhältnis in der Regel bei Ablauf der gesetzlichen oder vertraglichen Kündigungsfrist endet (<ref-ruling> E. 2a S. 20).
3.3 Nach ständiger Rechtsprechung hat die Auslegung der Vorsorgeverträge nach dem Vertrauensprinzip zu erfolgen. Es ist darauf abzustellen, wie die zur Streitigkeit Anlass gebende Willenserklärung vom Empfänger in guten Treuen verstanden werden durfte und musste. Dabei ist nicht auf den inneren Willen des Erklärenden abzustellen, sondern auf den objektiven Sinn seines Erklärungsverhaltens. Der Erklärende hat gegen sich gelten zu lassen, was ein vernünftiger und korrekter Mensch unter der Erklärung verstehen durfte. Weiter sind die besonderen Auslegungsregeln bei Allgemeinen Geschäfts- oder Versicherungsbedingungen zu beachten, insbesondere die Unklarheits- und die Ungewöhnlichkeitsregel (<ref-ruling> E. 5 S. 150 f., mit Hinweisen). Bei der Auslegung und Anwendung von statutarischen und reglementarischen Bestimmungen im weitergehenden Vorsorgebereich ist zudem zu berücksichtigen, dass die Vorsorgeeinrichtungen in der Ausgestaltung der Leistungen und in deren Finanzierung sowie in ihrer Organisation grundsätzlich autonom sind (Art. 49 BVG). Dabei haben sie jedoch das Gebot der Rechtsgleichheit, das Willkürverbot und das Verhältnismässigkeitsprinzip zu beachten (<ref-ruling> E. 3.1 S. 227, 369 E. 6.2 S. 375; <ref-ruling> E. 5.2.4 in fine S. 154; <ref-ruling> E. 4 S. 149 mit Hinweisen auf die Lehre; <ref-ruling> E. 4b S. 109).
4. 4.1 Ausser Frage steht, dass der Beschwerdeführer im Zeitpunkt des Eintritts des Versicherungsfalls Ende Januar 2001 (Unfall mit anschliessender Arbeitsunfähigkeit und Invalidität) noch in einem Arbeitsverhältnis mit der mittels Anschlussvertrag Nr. 1/83218 der Winterthur Columna angeschlossenen Firma X._ AG stand (100%-Anstellung; Freistellung seit 11. Dezember 2000) und von dieser namentlich weiterhin Lohn bezog, wobei die Lohnzahlung bis Ende März 2001 (Ausscheiden aus der Firma) explizit auch für den Fall des vorzeitigen Antritts einer neuen Stelle zugesichert worden war; unstrittig war er über dieses Arbeitsverhältnis grundsätzlich noch bis Ende März 2001 bei der Vorsorgeeinrichtung der Firma vorsorgeversichert mit entsprechender Zahlung der Prämien, einschliesslich für das Risiko Invalidität. Weiter steht fest, dass er trotz noch bestehendem Arbeitsverhältnis bereits am 8. Januar 2001 - zivilrechtlich grundsätzlich zulässig (<ref-ruling> E. 2b S. 21) - eine neue 100%-Stelle in der ihrerseits mittels Anschlussvertrag Nr. 1/94337 der Winterthur Columna angeschlossenen Firma Y._ AG angetreten hatte und er über dieses Arbeitsverhältnis kraft Art. 10 Abs. 1 BVG obligatorisch bei der Beschwerdegegnerin versichert war.
4.2 Letztinstanzlich wird nicht bestritten, dass sich die für das versicherte Ereignis zu erbringenden Leistungen aus obligatorischer beruflicher Vorsorge aufgrund des BVG-Doppelversicherungsverbots und der im obligatorischen Bereich analogen Anwendung des Art. 10 Abs. 3 BVG (vgl. E. 3.1 hievor) ausschliesslich nach dem Vorsorgeverhältnis gemäss Anschlussvertrag Nr. 1/94337 mit der Firma Y._ AG richten. Streitig und zu prüfen ist, ob letzteres auch für die überobligatorischen Vorsorgeleistungen gilt, was die Vorinstanz bejaht, der Beschwerdeführer dagegen verneint.
5. 5.1 Vorab sind die Parteien uneins in der Frage, ob bezüglich des Arbeitsverhältnisses mit der Firma Y._ AG überhaupt ein (überobligatorischer) Vorsorgevertrag ("Kaderversicherung") zustande gekommen ist, was aufgrund der allgemeinen OR-rechtlichen Bestimmungen und Grundsätze über die Vertragsentstehung zu beurteilen ist (vgl. E. 3.2.1 hievor). Dabei ist letztinstanzlich eingeschränkt überprüfbare (Art. 105 BGG) Tatfrage, ob die Parteien tatsächlich übereinstimmende Willenserklärungen zum Abschluss eines bestimmten Vertrages ausgetauscht haben; der freien Überprüfung durch das Bundesgericht unterliegende Rechtsfrage ist demgegenüber, ob - bei nicht festgestelltem oder nicht feststellbarem tatsächlichen Willen der Parteien - ein Vertragsschluss aufgrund einer Auslegung der Parteierklärungen nach dem Vertrauensprinzip zu bejahen ist, wobei aber das Gericht an die Feststellungen des kantonalen Gerichts über die Umstände des Vertragsschlusses und das Wissen der Vertragsparteien gebunden ist (vgl. <ref-ruling> E. 1; ferner <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 274 f. mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2b S. 39; <ref-ruling> E. 5a S. 279; in SZS 1996 S. 138 nicht veröffentlichte E. 4b des Urteils des Eidg. Versicherungsgerichts B 3/96 vom 21. Juni 1994).
5.2 Nach den Feststellungen der Vorinstanz hat der Beschwerdeführer mit der Firma Y._ AG am 28. Dezember 2000 einen Arbeitsvertrag mit vereinbartem Stellenantritt am 8. Januar 2001 abgeschlossen und eine auf den 28. Dezember 2000 datierte Beilage zum Arbeitsvertrag ("gültig ab 8. 1. 2001") unterzeichnet, wonach er mit einem versicherten Lohn von Fr. 84'480.- beruflich vorsorgeversichert (Altersvorsorge BVG) und er in einer "Kaderversicherung" mit einem Lohn von Fr. 36'000.- zusätzlich versichert ist, wobei deren Prämien voll zu Lasten des Arbeitgebers gehen. Gemäss vorinstanzlicher Feststellung hat der Beschwerdeführer bei Abschluss des Arbeitsvertrags zudem das Pensionskassenreglement entgegen genommen und hat ihn die neue Arbeitgeberin am 16. Januar 2001 mit einem Grundlohn von Fr. 120'420.- seit 8. Januar 2001 bei der Vorsorgeeinrichtung der Firma (Anschlussvertrag Nr. 1/94337) angemeldet. Aufgrund dieser Sachlage ist gemäss Schlussfolgerungen des kantonalen Gerichts erstellt, dass sich der Beschwerdeführer Ende Dezember 2000 mit dem im Rahmen des neuen Arbeitsverhältnisses gewährten Vorsorgeschutz und insbesondere mit dem in der Kaderversicherung versicherten Verdienst von Fr. 36'000.- (arbeitsvertraglich festgelegter AHV-Jahreslohn minus Koordinationsabzug gemäss Vorsorgeplan) einverstanden erklärt hat und damit der Vorsorgevertrag mit der Winterthur Columna (Anschlussvertrag Nr. 1/94337) per Beginn des Arbeitsverhältnisses zustande gekommen ist.
5.2 Nach den Feststellungen der Vorinstanz hat der Beschwerdeführer mit der Firma Y._ AG am 28. Dezember 2000 einen Arbeitsvertrag mit vereinbartem Stellenantritt am 8. Januar 2001 abgeschlossen und eine auf den 28. Dezember 2000 datierte Beilage zum Arbeitsvertrag ("gültig ab 8. 1. 2001") unterzeichnet, wonach er mit einem versicherten Lohn von Fr. 84'480.- beruflich vorsorgeversichert (Altersvorsorge BVG) und er in einer "Kaderversicherung" mit einem Lohn von Fr. 36'000.- zusätzlich versichert ist, wobei deren Prämien voll zu Lasten des Arbeitgebers gehen. Gemäss vorinstanzlicher Feststellung hat der Beschwerdeführer bei Abschluss des Arbeitsvertrags zudem das Pensionskassenreglement entgegen genommen und hat ihn die neue Arbeitgeberin am 16. Januar 2001 mit einem Grundlohn von Fr. 120'420.- seit 8. Januar 2001 bei der Vorsorgeeinrichtung der Firma (Anschlussvertrag Nr. 1/94337) angemeldet. Aufgrund dieser Sachlage ist gemäss Schlussfolgerungen des kantonalen Gerichts erstellt, dass sich der Beschwerdeführer Ende Dezember 2000 mit dem im Rahmen des neuen Arbeitsverhältnisses gewährten Vorsorgeschutz und insbesondere mit dem in der Kaderversicherung versicherten Verdienst von Fr. 36'000.- (arbeitsvertraglich festgelegter AHV-Jahreslohn minus Koordinationsabzug gemäss Vorsorgeplan) einverstanden erklärt hat und damit der Vorsorgevertrag mit der Winterthur Columna (Anschlussvertrag Nr. 1/94337) per Beginn des Arbeitsverhältnisses zustande gekommen ist.
5.3 5.3.1 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers sind die vorinstanzlichen Tatsachenfeststellungen zum Zustandekommen des Vorsorgevertrags (bezüglich "Kadervorsorge") weder offensichtlich unrichtig noch beruhen sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 BGG). Sie halten namentlich auch im Lichte einer objektivierten Auslegung der Parteierklärungen nach dem Vertrauensprinzip stand: Die vom Beschwerdeführer nicht bestrittene Entgegennahme der Vorsorgereglemente (Basisvorsorge und Kaderversicherung) und die handschriftliche Unterzeichnung der ab "8.1.2001" gültigen, in ihrem Wortlaut klaren Beilage zum Arbeitsvertrag vom 28. Dezember 2000, wonach der Mitarbeiter nebst der Altersvorsorge nach BVG (Versicherter Lohn: Fr. 84'480.-) zusätzlich "Mitglied der Kaderversicherung (Beilage) (Versicherter Lohn: Fr. 36'000.-)" ist, dürfen und müssen mangels dagegen sprechender äusserer Umstände als Zustimmung zu den reglementarischen Grundlagen der zusätzlichen Vorsorge und der Höhe des in der Kaderversicherung versicherten Lohnes von Fr. 36'000.- verstanden werden. Da der Beschwerdeführer im Zeitpunkt des Stellenantritts am 8. Januar 2001 im Übrigen unstrittig die reglementarischen Aufnahmebedingungen gemäss Ziff. 5 der Allgemeinen Bestimmungen des bezüglich Anschlussvertrag Nr. 1/94337 anwendbaren Reglements der Winterthur Columna (in der ab 1. Januar 2001 gültig gewesenen Fassung) erfüllte, erfolgte damals zugleich die Aufnahme in die Vorsorgeeinrichtung (Ziff. 6.1 [erster Satz] der Allgemeinen Bestimmungen des Reglements). Nach Gesetz (für das Obligatorium: Art. 10 Abs. 1 BVG; für den überobligatorischen Bereich: Art. 331a Abs. 1 in Verbindung mit Art. 362 OR; vgl. auch <ref-ruling> E. 5.2.1 S. 16) und Reglement (vgl. Ziff. 8.1 in Verbindung mit Ziff. 5 der Allgemeinen Bestimmungen) auf denselben Zeitpunkt fällt der Beginn des Vorsorgeschutzes.
5.3.2 Nach den tatsächlich wie rechtlich einwandfreien Feststellungen der Vorinstanz nichts an der Entstehung des Vorsorgevertrags ändert, dass die Arbeitgeberin den der Vorsorgeeinrichtung am 16. Januar 2001 gemeldeten AHV-Jahreslohn von Fr. 120'420.- mit Mitteilung vom 7. Februar 2001 leicht nach oben auf Fr. 122'520.- korrigierte, die Vorsorgeeinrichtung am 9. Februar 2001 eine entsprechende "Offerte, provisorischer Vorsorgeausweis gültig per 1. Januar 2001" mit Angabe eines AHV-Jahreslohnes von Fr. 122'520.- sowie eines versicherten Verdienstes von Fr. 86'520.- (Grundvorsorge) respektive Fr. 36'000.- (Zusatzvorsorge, "Kaderversicherung") erstellte, der Beschwerdeführer alsdann von der Winterthur Columna eine Berechnung des Vorsorgeschutzes auf der Basis eines AHV-Jahreslohnes von Fr. 180'000.- verlangte und die Vorsorgeeinrichtung diesem Anliegen bezogen auf die Zusatzvorsorge mit "Offerte, Provisorischer Versicherungsausweis" vom 13. Februar 2001 nachkam mit dem ausdrücklichen Hinweis, eine "Änderung des derzeitigen Grundlohnes von Fr. 122'520.-" müsse von der Arbeitgeberin schriftlich mitgeteilt werden. Gerade letztere Anmerkung der Vorsorgeeinrichtung bestätigt, dass das Vorsorgeverhältnis damals bereits bestand und lediglich eine Änderung des versicherten Verdienstes zur Diskussion stand, welche ihrerseits eine - nicht von der Vorsorgeeinrichtung, sondern allein vom Arbeitgeber (vgl. Ziff. 12.2 des Vorsorgereglements) in Absprache mit dem Arbeitnehmer festzusetzende - Erhöhung des AHV-Jahreslohnes bedingte. Eine solche Änderung ist grundsätzlich immer möglich, und es ist denn auch zulässig, zu diesem Zweck Offerten einzuholen respektive zu unterbreiten. Daraus folgt indessen nicht, dass der ursprüngliche Vorsorgevertrag mit Beginn des Vorsorgeschutzes ab Stellenantritt am 8. Januar 2001 (vgl. E. 5.3.1 in fine) nicht zustande gekommen wäre. Zu keinem abweichenden Ergebnis führt die Tatsache, dass die Freizügigkeitsleistung aus dem Vertrag mit der Firma X._ AG auf ein Freizügigkeitskonto und nicht direkt auf das durch das neue Arbeitsverhältnis mit der Firma Y._ AG begründete Vorsorgekonto übertragen wurde. Das betreffende Vorgehen wirft zwar Fragen auf (vgl. Art. 21 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 3 Abs. 1 FZG), lässt aber nicht auf eine vorinstanzlich offensichtlich unrichtige oder rechtsfehlerhaft bejahte Vertragsentstehung schliessen. Der Beschwerdeführer war somit im hier interessierenden Zeitraum grundsätzlich sowohl über das Arbeitsverhältnis mit der X._ AG als auch über jenes mit der Y._ AG bei der Winterthur Columna überobligatorisch vorsorgeversichert.
6. Zu prüfen bleibt die Rechtsauffassung der Vorinstanz, in analoger Anwendung der in <ref-ruling> mit Bezug auf das BVG-Obligatorium dargelegten Rechtsprechung (vgl. E. 3.1 hievor) sei auch für den überobligatorischen Bereich von einer unzulässigen echten (<ref-ruling> E. 3b S. 22 f.) Doppelversicherung auszugehen und die Beschwerdegegnerin einzig aufgrund des zweiten - aus dem Arbeitsverhältnis mit der Firma Y._ AG hervorgegangenen - Vorsorgevertrags leistungspflichtig (Anschlussvertrag Nr. 1/94337).
6.1 Ob angesichts der Tatsache, dass der Beschwerdeführer im massgeblichen Zeitraum (Januar bis März 2001) über zwei verschiedene Arbeits- und Vorsorgeverhältnisse bei ein- und derselben Vorsorgeeinrichtung - und nicht bei zwei verschiedenen Versicherungsträgern - (u.a.) für das Risiko Invalidität versichert war, eine Doppelversicherung im Sinne von Art. 53 VVG vorliegt, ist fraglich, hier jedoch nicht von ausschlaggebender Bedeutung. Eine "Doppelversicherung" liegt jedenfalls insoweit vor, als der Beschwerdeführer über zwei verschiedene Vorsorgeverträge mit je unterschiedlichem Vorsorgeplan für das hier in Frage stehende Risiko Invalidität versichert war (vgl. zur Begriffsbestimmung <ref-ruling> E. 3b S. 22 f.).
6.1 Ob angesichts der Tatsache, dass der Beschwerdeführer im massgeblichen Zeitraum (Januar bis März 2001) über zwei verschiedene Arbeits- und Vorsorgeverhältnisse bei ein- und derselben Vorsorgeeinrichtung - und nicht bei zwei verschiedenen Versicherungsträgern - (u.a.) für das Risiko Invalidität versichert war, eine Doppelversicherung im Sinne von Art. 53 VVG vorliegt, ist fraglich, hier jedoch nicht von ausschlaggebender Bedeutung. Eine "Doppelversicherung" liegt jedenfalls insoweit vor, als der Beschwerdeführer über zwei verschiedene Vorsorgeverträge mit je unterschiedlichem Vorsorgeplan für das hier in Frage stehende Risiko Invalidität versichert war (vgl. zur Begriffsbestimmung <ref-ruling> E. 3b S. 22 f.).
6.2 6.2.1 In den Reglementen der Beschwerdegegnerin ist eine Doppelversicherung nicht ausdrücklich vorgesehen. Eine solche ergibt sich jedoch automatisch aus der wortgetreuen Anwendung der für die hier interessierenden Vorsorgeverhältnisse massgebenden Reglementsbestimmungen über Beginn und Ende des Vorsorgeverhältnisses und Vorsorgeschutzes. Reglementarische Vorschriften, welche dieses Ergebnis explizit ausschliessen respektive für den Fall einer zeitlichen Überlappung zweier Vorsorgeverhältnisse (aus zwei funktionell gleichen hauptberuflichen Tätigkeiten und mit Versicherung desselben Risikos) eine exklusive Zuständigkeit nur einer Vorsorgeeinrichtung statuieren, bestehen nicht. Allerdings verweist das kantonale Gericht auf Ziff. 2.4.1 Satz 3 des Reglements des Vorsorgewerks der X._ AG (in der ab 1. April 1998 gültig gewesenen Fassung), wonach der Vorsorgeschutz für die Risiken Tod und Invalidität "bis zum Beginn eines neuen Vorsorgeverhältnisses bestehen" bleibe, "längstens aber während eines Monats" (Nachdeckungsfrist). Diese Bestimmung enthalte eine analoge Regelung zu Art. 10 Abs. 3 BVG (dessen Satz 1 seinerseits Art. 331a Abs. 2 OR entspricht). Da Art. 10 Abs. 3 BVG gemäss <ref-ruling> nicht nur Lücken in der Versicherungsdeckung vermeiden, sondern auch Doppelversicherungen ausschliessen solle, müsse - so das kantonale Gericht implizit - dasselbe auch für die praktisch gleichlautende Reglementsbestimmung gelten.
6.2.2 Ziff. 2.4.1 Satz 3 (in Verbindung mit Ziff. 6.1.1) des Reglements des Vorsorgewerks der X._ AG, wonach der Vorsorgeschutz bis zum Beginn eines neuen Vorsorgeverhältnisses, längstens aber während eines Monats bestehen bleibt, wird in Ziff. 6.3.4 wörtlich wiederholt und dahingehend ergänzt, dass die Person, welche "keine neue Stelle" antrete, eine Einzelversicherung zur Deckung der Risiken Invalidität und Tod beantragen könne. Damit verfolgt das Reglement - wie Art. 10 Abs. 3 BVG im obligatorischen Bereich (<ref-ruling> E. 4a S. 23) - grundsätzlich den Zweck, bei Aufeinanderfolgen zweier Arbeitsverhältnisse Lücken im Versicherungsschutz und Doppelversicherungen zu vermeiden. Auf ein reglementarisches Verbot einer Doppelversicherung bei sich zeitlich überlappenden Arbeits- und Vorsorgeverhältnissen kann daraus indessen nicht geschlossen werden. Daran vermag der vorinstanzliche Verweis auf <ref-ruling> nichts zu ändern. Auf Art. 10 Abs. 3 BVG wird in <ref-ruling> in erster Linie in Erwägung 5 Bezug genommen, welche allein die Frage des Zeitpunkts des Versicherungsübergangs bei (bereits) vorausgesetztem Doppelversicherungsverbot zum Gegenstand hat. Die eigentliche Begründung des Doppelversicherungsverbots in Erwägung 4 des erwähnten Urteils stützt sich dagegen nicht primär, geschweige denn ausschliesslich auf Art. 10 Abs. 3 BVG (vgl. auch E. 6.2.1 am Anfang). Vielmehr wird dort lediglich am Rande dessen Normzweck erwähnt (a.a.O., E. 4a in fine S. 23); dabei verweist das Eidgenössische Versicherungsgericht direkt auf Alfred Maurer, Bundessozialversicherungsrecht, 2. unveränderte Auflage, Basel/Frankfurt am Main 1994, S. 203, welcher an der betreffenden Textstelle echte Doppelversicherungen nicht kategorisch als unzulässig bezeichnet, sondern lediglich festhält, mit der Gesetzesregelung sollten solche "nach Möglichkeit" ausgeschlossen werden. Derselbe objektive Sinn - nicht aber prinzipielles Doppelversicherungsverbot - ist im Lichte des Vertrauensprinzips und der übrigen Regeln über die Auslegung von Vorsorgeverträgen den erwähnten Reglementsbestimmungen beizumessen.
6.3 Fraglich bleibt, ob eine (hier: vorübergehende) echte Doppelversicherung im Bereich der weitergehenden Vorsorge von Gesetzes und/oder Verfassung wegen ausgeschlossen ist.
6.3.1 In <ref-ruling> wurde das Doppelversicherungsverbot im obligatorischen Bereich hauptsächlich mit der gesetzlichen Ordnung des BVG als Mindestversicherung im Hinblick auf die "Fortsetzung der gewohnten Lebenshaltung in angemessener Weise" gemäss Verfassungsauftrag (Art. 113 Abs. 2 lit. a BV; vgl. Art. 34quater Abs. 3 aBV) begründet. Ob das Reglement einer umhüllenden Vorsorgeeinrichtung echte Doppelversicherungen vorsehen könne, wurde ausdrücklich offen gelassen (<ref-ruling> E. 4b S. 24). Im Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts B 46/02 vom 25. Februar 2003 wurde eine Doppelversicherung mit kurzem Hinweis auf <ref-ruling> als unzulässig bezeichnet, ohne ausdrücklich zwischen Obligatorium und Überobligatorium zu unterscheiden (a.a.O., E. 4.2; vgl. ferner SVR 2008 IV Nr. 11 S. 32, E. 2.1, I 687/06).
6.3.2 Im überobligatorischen Bereich ist es im Rahmen von Art. 49 BVG (vgl. E. 6.3.4.1 hernach) sowie unter Beachtung des Gebots der Rechtsgleichheit, des Willkürverbots und der Verhältnismässigkeit (<ref-ruling> E. 3.1 S. 228 mit weiteren Hinweisen) zulässig, über das durch das BVG-Obligatorium definierte verfassungsrechtliche Minimalziel hinauszugehen. Art. 113 Abs. 2 lit. a BV steht hier mithin einer Doppelversicherung grundsätzlich nicht entgegen. Namentlich spricht der Umstand, dass eine versicherte Person im Falle der Doppelversicherung für das gleiche Risiko zweimal Beiträge zu bezahlen und damit einen doppelten (hier allerdings den reglementarischen Überentschädigungsregeln unterstehenden) Leistungsanspruch hätte, im Bereich der vertraglich begründeten weitergehenden Vorsorge, anders als im Obligatoriumsbereich (<ref-ruling> E. 4a S. 23), nicht gegen die Zulässigkeit einer Doppelversicherung. Eine solche verstösst auch nicht bereits im Grundsatz gegen das Rechtsgleichheitsgebot (Art. 8 Abs. 1 BV): Bei der überobligatorischen Doppelversicherung dürfte es sich insgesamt um seltene Fälle handeln, die einzig dort praktisch relevant sind, wo - wie vorliegend - bei der ersten Vorsorgeeinrichtung eine höhere (überobligatorische) Leistung versichert ist als bei der hinzutretenden zweiten Versicherung. Bezahlt die versicherte Person während der ganzen Dauer des noch laufenden ersten Arbeitsvertrags und des damit verknüpften (ersten) Vorsorgeverhältnisses tatsächlich die entsprechenden Risikoprämien u.a. für den Invaliditätsfall, lässt sich auch sachlich (und versicherungstechnisch; vgl. E. 6.3.4.3 hernach, 2. Absatz) rechtfertigen, wenn sich dies in höheren Leistungen niederschlägt. Unverhältnismässige Leistungsvorteile (Art. 5 Abs. 2 BV) werden dabei in der Regel - jedenfalls aber im hier zu beurteilenden Fall - durch reglementarische Überentschädigungsregeln vermieden (vgl. E. 6.3.5 hernach).
6.3.3 Ein allgemeines Doppelversicherungsverbot im Sinne eines anerkannten Rechtsgrundsatzes existiert weder in der Sozialversicherung (vgl. <ref-ruling> E. 4.3 S. 452) noch im Privatversicherungsrecht (vgl. etwa Boll, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, Basel 2001, N 12 zu Art. 53 VVG [S. 798]). Ausserhalb der obligatorischen beruflichen Vorsorge (<ref-ruling>) gilt eine Doppelversicherung etwa in der obligatorischen Krankenversicherung als (generell) unzulässig (<ref-ruling> E. 4.4-4.7), wobei sich hier die Interessenlage anders gestaltet als in der vertraglich begründeten weitergehenden Vorsorge: Während im Krankenversicherungsbereich keinerlei schutzwürdiges Interesse erkennbar ist, für ein- und dieselbe Behandlung zweimal versichert zu sein, kann es in der überobligatorischen beruflichen Vorsorge durchaus legitim sein, sich für bestimmte Risikoleistungen vorübergehend bei mehreren Vorsorgeeinrichtungen zu versichern.
6.3.4 Auf gesetzlicher Ebene sind - mit Blick auf die hier massgebende Rechtslage - keine Normen ersichtlich, welche eine überobligatorische Doppelversicherung prinzipiell ausschliessen würden.
6.3.4.1 Die in Art. 1 Abs. 2 BVG (in der hier intertemporalrechtlich massgeblichen, bis 31. Dezember 2005 gültig gewesenen Fassung) enthaltene Hinweis auf die Fortsetzung der gewohnten Lebenshaltung in angemessener Weise (Art. 113 Abs. 2 lit. a BV) legt ein Minimum fest, schliesst aber weitergehende Leistungen nicht aus.
6.3.4.2 Nichts Anderes gilt für Art. 331a Abs. 2 OR, welcher inhaltlich im Wesentlichen mit Art. 10 Abs. 3 Satz 1 BVG übereinstimmt (Nachdeckungsfrist). Auch wenn die Norm - wie Art. 10 Abs. 3 BVG - die Vermeidung von Doppelversicherungen bezwecken mag (vgl. Ullin Streiff/Adran von Kaenel, Arbeitsvertrag, Praxiskommentar zu Art. 319-362 OR, Zürich/Basel/Genf 2006, N7 zu Art. 331a OR), kann allein daraus nicht auf ein eigentliches Verbot geschlossen werden (bezüglich Art. 10 Abs. 3 BVG: vgl. E. 6.1.2 hievor in fine). Die Bestimmung ist dementsprechend denn auch nur einseitig zwingend (Art. 362 OR) und lässt damit Abweichungen zu Gunsten des Arbeitnehmers zu.
6.3.4.3 Ebenfalls kein (zwingendes) gesetzliches Doppelversicherungsverbot ergibt sich aus dem - auf die weitergehende berufliche Vorsorge anwendbaren (<ref-ruling> E. 3.2 S. 279 f.) - Bundesgesetz vom 17. Dezember 1993 über die Freizügigkeit in der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge (Freizügigkeitsgesetz, FZG; SR 831.42) und der dazugehörigen Verordnung (FZV; SR 831.425). Das FZG regelt den Freizügigkeitsfall, welcher mit dem Verlassen einer Vorsorgeeinrichtung eintritt und den Anspruch auf eine Austrittsleistung begründet (Art. 2 FZG). Dabei geht Art. 3 FZG, wonach bei Übertritt der versicherten Person in eine neue Vorsorgeeinrichtung die frühere Vorsorgeeinrichtung die Austrittsleistung an die neue zu überweisen hat, von der normalen Situation aus, dass jeweils nur ein Vorsorgeverhältnis besteht. Dasselbe gilt für Art. 21 FZG, gemäss welchem wie im Freizügigkeitsfall abzurechnen ist, wenn - wie hier - zwei Arbeitgeber derselben Vorsorgeeinrichtung angeschlossen sind und die versicherte Person von einem zum andern wechselt mit damit verbundenem Wechsel des Vorsorgewerks oder des Vorsorgeplans. Dass sich das Freizügigkeitsgesetz lediglich zum Normalfall des Wechsels der Vorsorgeeinrichtung (respektive des Vorsorgewerks/-plans) äussert, legt zwar eine gewisse Systemfremdheit von Doppelversicherungen in der gesamten beruflichen Vorsorge nahe. Auf ein qualifiziertes Schweigen des Gesetzgebers in dem Sinne, dass ausnahmsweise Überschneidungen zweier rein vertraglich begründeter Vorsorgeverhältnisse unzulässig sind und der aus dem rechtlich noch bestehenden ersten Vorsorgeverhältnis fliessende (überobligatorische) Versicherungsschutz mit der Begründung des zweiten Vorsorgeverhältnisses automatisch dahinfallen muss (vgl. - für den obligatorischen Bereich - <ref-ruling> E. 5b in fine S. 25), lässt sich daraus indessen nicht schliessen. Nichts Anderes ergibt sich aus dem Sinn und Zweck des Freizügigkeitsgesetzes, der in erster Linie in der möglichst weitgehenden Erhaltung des Vorsorgeschutzes im Falle eines Stellenwechsels liegt (vgl. Botschaft des Bundesrates zu einem Bundesgesetz über die Freizügigkeit in der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 26 Februar 1992, Nr. 92.026, BBl 1992 III 533 ff., hier: S. 570).
Zumindest im hier zu beurteilenden Fall ergeben sich aus dem Weiterbestehen der früheren Versicherung mit entsprechender reglementarischer Leistungspflicht für das Risiko Invalidität auch keine unüberbrückbaren versicherungstechnischen Probleme: Gemäss Ziff. 3.4.2 des anwendbaren Reglements des Vorsorgewerks der X._ AG werden die (überobligatorischen) Invalidenleistungen ohne jeden Bezug zum Altersguthaben allein nach der Höhe des versicherten Verdienstes bemessen; ihre Finanzierung erfolgt einzig durch Risikobeiträge (Ziff. 5.2.2 des Reglements). Somit steht der Umstand, dass das im Rahmen des ersten Vorsorgeverhältnisses angereicherte Altersguthaben auf den Ausscheidungszeitpunkt dem Vorsorgekonto des - für den BVG-Anspruch massgebenden (vgl. E. 4 hievor) - zweiten Vorsorgeverhältnisses gutzuschreiben (vgl. Art. 3 Abs. 1 und Art. 9 Abs. 1 FZG; vgl. auch Art. 18 FZG) und dort kraft Gesetz und Reglement bei der Bemessung der obligatorischen Mindestleistungen zu Grunde zu legen ist (Art. 24 Abs. 3 lit. a BVG; Art. 13 Abs. 3 Satz 2 FZV; Ziff. 21 des für die Angestellten der Firma Y._ AG ab 1. Januar 2000 bis 23. März 2001 gültig gewesenen Vorsorgereglements für die BVG-Basisvorsorge; ebenso Ziff. 21 der späteren Fassungen), einer überobligatorischen Leistungspflicht aus dem ersten Vorsorgeverhältnis versicherungstechnisch nicht entgegen; dies gilt umso mehr in Anbetracht der in Art. 3 Abs. 2 und 3 FZG statuierten Rückerstattungs- und Kürzungsregeln.
6.3.5
6.3.5.1 Entgegen der Auffassung von Vorinstanz und Beschwerdegegnerin liegt im vorliegenden Fall schliesslich auch keine unzulässige Überversicherung vor. Festzuhalten ist vorab, dass das Eidgenössische Versicherungsgericht in E. 3a des Urteils B 52/94 vom 30. September 1994 (SVR 1997 BVG Nr. 68 S. 207) ein allgemeines Überversicherungs- resp. Überentschädigungsverbot im schweizerischen Sozialversicherungsrecht verneint hat. Zwischenzeitlich ist mit Art. 69 Abs. 1 des am 1. Januar 2003 in Kraft getretenen Bundesgesetzes vom 6. Oktober 2000 über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG; SR 830.1) auf Gesetzesebene ein Überentschädigungsverbot statuiert (vgl. auch Art. 66 Abs. 1 ATSG). Die Bestimmung gilt jedoch für die berufliche Vorsorge nicht (vgl. Art. 2 ATSG und Art. 34a BVG). Für diese sieht Art. 24 Abs. 1 BVV 2 gestützt auf Art. 34a Abs. 1 BVG eine Kürzung zwecks Vermeidung "ungerechtfertigter Vorteile" vor. Selbst wenn daraus - entgegen der Formulierung als "Kann"-Vorschrift - eine für den obligatorischen Bereich "zwingende Überentschädigungskürzung im Sinne von Art. 66 Abs. 1 ATSG" erblickt werden müsste (in diese Richtung - unter Verweis auf die BVG-Gesetzesmaterialien - tendierend Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Zürich/Basel/ Genf 2005, S. 303 Rz. 813), gälte Analoges nicht ohne Weiteres für den überobligatorischen Bereich. Hier haben die Vorsorgeeinrichtungen gemäss Botschaft des Bundesrates vom 19. Dezember 1975 zum Bundesgesetz über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge das "Recht, auf Kürzungen zu verzichten, die Kraft Gesetz und Verordnung vorgesehen sind" (BBl 1976 I, 247 f.). Daraus schliesst etwa Stauffer, (a.a.O., S. 303 Rz. 813), dass jede über das Obligatorium hinausgehende Leistung zulässig ist und eine Überentschädigung, für die reglementarisch keine Kürzung vorgesehen ist, gesetzeskonform ist. Ob dem so ist, braucht nicht abschliessend geklärt zu werden, da eine Überentschädigung im vorliegenden Fall aufgrund der vorhandenen reglementarischen Kürzungsvorschriften gemäss Ziff. 3.2.1 und Ziff. 4.2 des für das Vorsorgewerk der X._ AG massgebenden Reglements (in der von 1. April 1998 bis 23. März 2001 in Kraft gestandenen Reglements; vgl. auch Ziff. 36 und 37 des ab 24. März 2001 gültig gewesenen Reglements) in jedem Fall vermieden wird. Gemäss Ziff. 3.2.1 des Reglements liegt die Überentschädigungsgrenze bezüglich der Koordination mit der Unfall- und Militärversicherung - Art. 24 Abs. 1 BVV 2 entsprechend - bei 90 % des mutmasslich entgangenen Verdienstes, im Übrigen bildet gemäss Ziff. 4.2.3 der zuletzt bezogene Jahreslohn die massgebende Obergrenze. Dieselbe Regelung enthält das für das Vorsorgewerk der Y._ AG für die BVG-Basisvorsorge massgebende Reglement (Ziff. 36 f.). Das Koordinationsproblem, das sich aufgrund der im Rahmen beider Vorsorgeverhältnisse geltenden Kürzungsbestimmungen ergibt, muss hier lückenfüllend geregelt werden. Dabei kann Art. 10 Abs. 3 BVG analog herangezogen werden, so dass die Beschwerdegegnerin die Invalidenleistungen in erster Linie aufgrund des zweiten Vorsorgeverhältnisses zu erbringen hat und im Rahmen des ersten Vorsorgeverhältnisses gemäss reglementarischer Vorschrift kürzen kann.
6.4 Zusammenfassend ergibt sich, dass einer überobligatorischen Leistungspflicht der Beschwerdegegnerin aus dem Anschlussvertrag Nr. 1/83218 weder Gesetz noch Verfassung entgegen stehen und der Beschwerdeführer Anspruch auf entsprechende Invalidenleistungen hat.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 1 und Abs. 4 lit. a BGG). Dem Prozessausgang entsprechend gehen die Gerichtskosten zu Lasten der Beschwerdegegnerin (Art. 66 Abs. 1 BGG). Ferner hat der Beschwerdeführer Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. In Aufhebung des Entscheids des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 3. März 2008 wird die Klage gutgeheissen und festgestellt, dass der Beschwerdeführer im Sinne der Erwägungen Anspruch auf Leistungen aus dem Vertrag Nr. 1/83218 der Firma X._ AG hat.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. Dezember 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Amstutz