nachehelicher Unterhalt, hat sich ergeben:
A.- Nach kurzer Bekanntschaftszeit (ab 1969) gingen A._, geboren am 21. Juli 1947, und B._, geboren am 16. Oktober 1945, am 15. Mai 1971 die Ehe ein. Sie wurden Eltern zweier Kinder, Jahrgang 1976 und 1977. Er arbeitete von Beginn an in der kantonalen Verwaltung und ist heute Chef des X._s. Sie war vor der Heirat fünf Jahre lang als - an der Hotelfachschule in Lausanne ausgebildete - Sekretärin tätig, arbeitete während der Ehe in den Jahren 1971 bis 1975, 1981 bis 1989 und 1991 bis 1993 stundenweise in verschiedenen Branchen auf ihrem Beruf, besuchte ab 1993 Unterricht in Psychologie und Esoterik und erteilt seit 1998 Kurse in fernöstlicher Atmungs- und Bewegungstherapie für ältere Menschen. Am 1. April 1999 verliess A._ die eheliche Wohnung, nachdem B._ am 18. Dezember 1998 bei Gericht den Ehescheidungsprozess eingeleitet hatte. Widerklageweise begehrte A._ ebenfalls die Scheidung der Ehe.
Das Bezirksgericht Frauenfeld schied die Ehe der Parteien und regelte die güterrechtlichen Nebenfolgen (Ziffern 1 und 2). Einen Unterhaltsbeitrag sprach das Bezirksgericht A._ nicht zu, weil sie nicht als "schuldlos" im Sinne des anwendbaren Rechts gelten könne (E. 2 S. 15 ff.
des Urteils vom 14. Juli 1999).
Auf Berufung von A._ hin verpflichtete das Obergericht des Kantons Thurgau B._ zur Zahlung indexierter monatlicher Unterhaltsbeiträge von Fr. 2'000.-- bis Ende Oktober 2010 (Ziffer 2). Aus Güterrecht sprach es A._ Fr. 34'902. 50 sowie eine Versicherungspolice (Wert: Fr. 7'816.--) zu (Ziffer 3). Die Pensionskasse des Thurgauischen Staatspersonals wurde angewiesen, 50% der B._ zustehenden Austrittsleistung auf das von A._ bezeichnete Freizügigkeitskonto zu überweisen (Ziffer 4). Was den nachehelichen Unterhalt anbetrifft, rechnete das Obergericht A._ ein hypothetisches Erwerbseinkommen als Sekretärin im Umfang von Fr. 3'000.-- bis Fr. 3'500.-- pro Monat an (E. 3d S. 10 ff. des Urteils vom 16. Mai 2000).
B.- Vor Bundesgericht erneuert A._ mit eidgenössischer Berufung ihren Antrag, B._ habe ihr Unterhaltsbeiträge von Fr. 4'590.-- bis zu seinem Eintritt in das AHV-Alter und danach bis zu ihrem Eintritt in das AHV-Alter von Fr. 2'200.-- pro Monat zu bezahlen. Eventuell sei die Sache zwecks ergänzender Abklärung und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. B._ beantragt, auf die Berufung nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen. Das Obergericht hat in seinen Gegenbemerkungen auf Abweisung geschlossen.
C.- Die von A._ gegen das obergerichtliche Urteil gleichzeitig erhobene staatsrechtliche Beschwerde hat die II. Zivilabteilung des Bundesgerichts mit Urteil vom heutigen Tag abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden konnte (5P. 26/2001).

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das kantonale Verfahren war vor erster Instanz mündlich und vor zweiter Instanz zunächst schriftlich, dann aber ebenfalls mündlich. Für solche Fälle sieht Art. 51 Abs. 1 lit. b OG vor, dass über die Parteiverhandlungen, soweit sie für den Entscheid massgebend sind, entweder ein genaues Sitzungsprotokoll geführt wird oder im Entscheid die Anträge der Parteien, die zu deren Begründung vorgebrachten Tatsachen, die Erklärungen (Anerkennungen, Bestreitungen) der Parteien sowie die von ihnen angerufenen Beweis- und Gegenbeweismittel vollständig angeführt werden (erster Teil); überdies steht jeder Partei das Recht zu, vor Schluss des kantonalen Verfahrens eine Zusammenfassung ihrer mündlichen Vorträge zu den Akten zu legen, in der die von ihr gestellten Anträge, die zu deren Begründung vorgebrachten Tatsachen und rechtlichen Gesichtspunkte sowie die von ihr angerufenen Beweismittel und abgegebenen Erklärungen anzugeben sind (zweiter Teil Satz 1).
Die Vorschrift, die auch bei teilweiser Mündlichkeit des kantonalen Verfahrens gilt, bezweckt, dem Bundesgericht die Prüfung zu ermöglichen, wieweit Vorbringen als neu auszuscheiden sind (Messmer/Imboden, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, Zürich 1992, Anm. 36 auf S. 169). Das Obergericht hat die entscheidwesentlichen Vorbringen in seinem Urteil festgehalten (E. 3d S. 10 ff.), die Plädoyernotizen der Beklagten und eine Beilage dazu hingegen nicht zu den Akten genommen. Diese Zusammenfassung ihres mündlichen Vortrags liegt dem Bundesgericht vor und kann antragsgemäss berücksichtigt werden, ohne das obergerichtliche Urteil in diesem Punkt gemäss Art. 52 OG aufzuheben (Poudret/Sandoz-Monod, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, II, Bern 1990, N. 3 zu Art. 51, S. 364, und N. 1 zu Art. 52 OG).
2.- Das Obergericht hat der Beklagten nicht ein (tatsächlich) erzieltes, sondern ein (hypothetisch) erzielbares Erwerbseinkommen angerechnet und damit die Frage beantwortet, ob ihr die (Wieder-)Aufnahme oder Ausdehnung einer Erwerbstätigkeit nach der Scheidung tatsächlich möglich und zumutbar ist. In seinem Urteil über die staatsrechtliche Beschwerde ist das Bundesgericht auf die Unterscheidung von Tat- und Rechtsfrage beim hypothetischen Einkommen eingegangen (E. 4a S. 4 f.): Soweit es um die "Zumutbarkeit" geht, liegt eine Rechtsfrage vor (<ref-ruling> E. 2b S. 13); die Beurteilung der "tatsächlichen Möglichkeit" beruht entweder auf im Berufungsverfahren verbindlicher Beweiswürdigung oder auf allgemeiner Lebenserfahrung, die auf Berufung hin überprüft werden kann (<ref-ruling> E. 2b S. 12). Es wird darauf beim Entscheid über die einzelnen Berufungsgründe zurückzukommen sein. Im Verfahren der eidgenössischen Berufung ausnahmsweise zulässige Sachverhaltsrügen erhebt und begründet die Beklagte nicht; Kritik an den verbindlichen Tatsachenfeststellungen ist daher unzulässig (Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG; <ref-ruling> E. 2a S. 65).
3.- Die Beklagte bestreitet die vom Obergericht bejahte Zumutbarkeit eines eigenen Erwerbseinkommens als Sekretärin.
Seinen Nichteintretensantrag begründet der Kläger damit, dass die Beklagte nicht die Zumutbarkeit in Frage stelle, sondern - wie bereits mit staatsrechtlicher Beschwerde - die tatsächliche Möglichkeit, nach der Scheidung ein eigenes Erwerbseinkommen zu erzielen; die Berufungsvorbringen seien aber auch unbegründet.
a) Gemäss <ref-law> besteht Anspruch auf nachehelichen Unterhalt ("einen angemessenen Beitrag") nur, soweit einem Ehegatten nicht zuzumuten ist, für den ihm gebührenden Unterhalt unter Einschluss einer angemessenen Altersvorsorge selbst aufzukommen. Die Bestimmung konkretisiert die Prinzipien des sog. "clean break" und der (nachehelichen) Solidarität: Einerseits hat jeder Ehegatte - soweit immer möglich - für seinen Unterhalt selbst zu sorgen, und andererseits ist der eine Ehegatte zur Leistung von Geldbeiträgen an den andern verpflichtet, damit dieser seine, durch die Ehe allenfalls beeinträchtigte, wirtschaftliche Selbstständigkeit erreichen kann. Voraussetzung und Bemessungsgrundlage der Beitragspflicht bildet die Leistungsfähigkeit der Ehegatten (<ref-law>, Ingress und Ziffer 5). Massgebend ist im Grundsatz das tatsächlich erzielte Einkommen, gegebenenfalls muss aber auch ein höheres Einkommen berücksichtigt werden, wenn dessen Erzielung als tatsächlich möglich und zumutbar erscheint (zur Veröffentlichung bestimmtes Urteil des Bundesgerichts vom 25. Januar 2001 i.S. G. c/ G., E. 2a S. 5 ff., 5C.222/2000). Ob und in welchem Umfang die Wiederaufnahme oder die Ausdehnung einer Erwerbstätigkeit nach der Scheidung tatsächlich möglich und zumutbar ist, hängt von verschiedenen Faktoren ab. Wesentlich ist zunächst die Dauer der Ehe und die von den Parteien während der Ehe vereinbarte Aufgabenverteilung (vgl. <ref-law>), die mit Rücksicht auf einen allfälligen Berufsunterbruch und das Alter des den Unterhalt ansprechenden Ehegatten dessen Wiedereingliederung in das Erwerbsleben erschweren oder verhindern können. Die Wiederaufnahme oder die Ausdehnung einer Erwerbstätigkeit können sodann durch nacheheliche Kinderbetreuungspflichten, aus persönlichen Gründen (Gesundheitszustand, Ausbildung, u.a.m.) oder auf Grund objektiver Umstände wie der Arbeitsmarktlage beeinträchtigt oder ausgeschlossen sein (vgl. statt vieler:
Hausheer, Der Scheidungsunterhalt und die Familienwohnung, in: Vom alten zum neuen Scheidungsrecht, Bern 1999, N. 3.35.43 S. 142 ff.).
b) Die Ehe der Parteien hat bis zur tatsächlichen Trennung im April 1999 achtundzwanzig Jahre gedauert, und die Beklagte war im Zeitpunkt der Ehescheidung zweiundfünfzigjährig.
Diese beiden Elemente sowie ihre Rolle als Hausgatte sprechen nach Ansicht der Beklagten gegen die Zumutbarkeit einer Erwerbstätigkeit.
Die von der Beklagten angerufene Rechtsprechung besagt, dass dem haushaltführenden Ehegatten, der auf eine Erwerbstätigkeit verzichtet hat, die Wiederaufnahme einer solchen dann nicht mehr zumutbar ist, wenn er im Zeitpunkt der Scheidung das 45. Altersjahr erreicht hat (<ref-ruling> E. 5a S. 11). Abgesehen davon, dass es sich dabei bloss um eine widerlegbare Richtigkeitsvermutung handelt (Hausheer, a.a.O., N. 3.45 S. 145), sind die genannten Voraussetzungen hier nicht erfüllt. Die Beklagte hat nach den unbestrittenen Feststellungen des Obergerichts während der Ehe auf ihrem angestammten Beruf teilzeitlich gearbeitet mit einem Unterbruch von 1975 bis 1981 nach Geburt ihrer Kinder und einem weiteren Unterbruch von 1989 bis 1991. Ihre Teilzeitanstellung hat sie nach 1993 aufgegeben und sich einer Ausbildung in Psychologie und Esoterik gewidmet; sie erteilt heute Kurse. Ob sich aus dem von der Beklagten zitierten Schreiben des Klägers seine Zustimmung zu dieser "Umorientierung" ableiten lässt, ist - soweit rechtlich überhaupt von Belang - eine Frage der Urkundenbeweiswürdigung.
Entgegen der (einseitigen) Darstellung der Beklagten hat das Obergericht die erwähnte Regel nicht bloss unter Hinweis auf das AHV-Rentensplitting und die Teilung der Austrittsleistungen gemäss <ref-law> relativiert, sondern eben auch darauf ("zudem"; E. 3d/aa Abs. 2 S. 10) abgestellt, dass die Beklagte während der Ehe nicht gänzlich auf eine Erwerbstätigkeit verzichtet hat. Sie ist bezogen auf die gesamte Ehedauer fortgesetzt beruflich tätig gewesen und hat darauf nur verzichtet, wo dies unumgänglich war (vorab nach Geburt der Kinder und für die Betreuungszeit bis etwa zu deren fünftem Altersjahr). Bei objektiver Betrachtungsweise hat die Beklagte unter diesen Umständen als Zuverdienerin und nicht als Hausgatte zu gelten. Trotz langer Ehedauer und trotz ihres Alters ist es ihr deshalb im Grundsatz zumutbar, eine Nebenerwerbstätigkeit weiterzuführen und allenfalls auszubauen (vgl. etwa Vetterli, Scheidungshandbuch, St. Gallen/ Lachen SZ 1998, S. 96).
c) Was die Beklagte aus dem - angeblich im Einverständnis mit dem Kläger - erfolgten Abbruch ihrer bisherigen Tätigkeit als Sekretärin im Jahre 1993 folgert, betrifft nicht die Zumutbarkeit, sondern die tatsächliche Möglichkeit der Wiederaufnahme ihres Berufs und der Wiedereingliederung in das Berufsleben. Es liegt somit eine Tatfrage vor, mit deren Beantwortung sich das Bundesgericht in seinem Urteil über die staatsrechtliche Beschwerde befasst hat (E. 4c S. 6 f.).
Nachdem beide Parteien seit dem Vermittlungsvorstand im Dezember 1998 die Scheidung wollten, hätte sich die Beklagte ab jenem Zeitpunkt zudem auf die Wiederaufnahme bzw. Ausdehnung einer beruflichen Tätigkeit vorbereiten können und müssen (zur Veröffentlichung bestimmtes Urteil des Bundesgerichts vom 25. Januar 2001 i.S. G. c/ G., E. 2c Abs. 2 und 3 S. 8 f., 5C.222/2000). Der Kläger verweist auf diese sich aus Treu und Glauben ergebende Pflicht zu Recht.
d) An persönlichen Gründen beruft sich die Beklagte einerseits auf ihre keineswegs solide Ausbildung als Sekretärin.
Andererseits erachtet sie höchstens die Weiterführung dessen als zumutbar, was sie in den letzten Ehejahren eingeleitet habe und damit verdienen könne (fernöstliche Atmungs- und Bewegungstherapie für ältere Menschen).
Auch in diesem Punkt erblickt der Kläger eine unzulässige Kritik an den obergerichtlichen Tatsachenfeststellungen über die Möglichkeit einer Erwerbstätigkeit. Ob die Ausbildung der Beklagten als "solide" oder "recht gut" bezeichnet werden darf (S. 11 des obergerichtlichen Urteils), ist eine Frage der Wertung, deren Richtigkeit bzw. Vertretbarkeit vom zugrunde liegenden Sachverhalt abhängt. Kommt der Wertung Regelfunktion zu, weil sie aus den in andern Fällen gemachten Erfahrungen gewonnen wird und in gleich gelagerten Fällen allgemeine Geltung für die Zukunft beanspruchen soll (z.B. Absolventen einer bestimmten Schule), kann das Bundesgericht sie als Berufungsinstanz überprüfen; stützt die Wertung sich hingegen auf die gesamten Umstände des konkreten Falls oder auf bewiesene Indizien, liegt unüberprüfbare Beweiswürdigung vor (<ref-ruling> E. 2b S. 13). Wie der Kläger zu Recht einwendet und im Urteil über die staatsrechtliche Beschwerde ausgeführt worden ist (E. 4b S. 5 f.), beruht die Bewertung der Ausbildung der Beklagten auf einer Gesamtwürdigung ihrer bisherigen beruflichen Tätigkeiten, deren Dauer und Art; sie ist vertretbar und entgegen der widersprüchlichen Auffassung der Beklagten nicht mehr zu prüfen.
Weshalb es ihr nicht zumutbar sei, wie während langer Ehejahre eine Arbeitsstelle als Sekretärin oder Verwaltungsbeamtin anzunehmen, führt die Beklagte nicht näher aus.
Sie behauptet lediglich, dass alles, was sie ausser Haus getan habe, vorerst ihrer Beschäftigung und der Stärkung ihres Selbstwertgefühls sowie später ihrer Selbstfindung gedient habe. Für die Eigenversorgungskapazität der Beklagten - wie im Übrigen auch für die Unterhaltspflicht des Klägers - ist indessen auf die objektive Leistungsfähigkeit abzustellen und nicht auf subjektive Faktoren, die diese beeinflussen könnten (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 299, betreffend vorzeitige Pensionierung).
e) Mit ihren Vorbringen gelingt es der Beklagten nicht, die Bundesrechtswidrigkeit der obergerichtlichen Beurteilung darzutun, es sei ihr nach der Scheidung eine Erwerbstätigkeit zumutbar. Nachdem die staatsrechtliche Beschwerde auch hinsichtlich der Höhe des als tatsächlich möglich angenommenen Erwerbseinkommens abgewiesen worden ist (E. 4d S. 8), hat das Bundesgericht von einem hypothetischen Durchschnittseinkommen der Beklagten über die nächsten zehn Jahre von zwischen Fr. 3'000.-- und Fr. 3'500.-- pro Monat auszugehen (E. 3d/bb S. 12 des obergerichtlichen Urteils).
4.- Den ihr "gebührenden Unterhalt unter Einschluss einer angemessenen Altersvorsorge" (<ref-law>) hat die Beklagte im kantonalen Verfahren auf Fr. 5'300.-- beziffert (einschliesslich Fr. 500.-- für die Altersvorsorge). Das Obergericht hat auf diesen Betrag abgestellt und dafürgehalten, mit einem monatlichen Einkommen von Fr. 9'598.-- sei der Kläger in der Lage, einen Unterhaltsbeitrag von Fr. 2'000.-- zu leisten, selbst wenn sich sein Bedarf von Fr. 4'540.--, wie er von der Beklagten ermittelt worden sei, nach seinen Berechnungen auf Fr. 6'140.-- belaufen sollte; mit diesem Beitrag von Fr. 2'000.-- und ihrem mutmasslichen Einkommen von Fr. 3'000.-- bis Fr. 3'500.-- vermöge die Beklagte den geltend gemachten nachehelichen Unterhalt zu decken (E. 3d/cc S. 12 f. des obergerichtlichen Urteils). Mit ihren Ausführungen zur Leistungsfähigkeit des Klägers, bezieht sich die Beklagte auf Unbestrittenes und vermag nicht darzutun, inwiefern die obergerichtliche Ermessensbetätigung Bundesrecht verletzen soll (vgl. zur Veröffentlichung bestimmtes Urteil des Bundesgerichts vom 25. Januar 2001 i.S. G. c/ G., E. 3 S. 10, 5C.222/2000). Das Obergericht hat ferner begründet, weshalb der geschuldete Unterhaltsbeitrag auf den Eintritt des Klägers in das AHV-Alter (November 2010) und nicht auf den Eintritt der Beklagten in das AHV-Alter (August 2011) zu befristen sei (E. 3d/dd S. 13). Die Beklagte setzt sich mit diesen Entscheidgründen nicht auseinander, so dass insoweit auf ihre Berufung nicht eingetreten werden kann (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 3 S. 748 f.).
5.- Aus den dargelegten Gründen muss die Berufung der Beklagten abgewiesen werden, soweit darauf einzutreten ist.
Die Beklagte wird damit kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 16. Mai 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat den Kläger für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 19. April 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: