Fatti:
A. Dopo il rifiuto oppostole il 6 maggio 2011 dal Municipio di Lugano di trattare la sua richiesta del 26 marzo precedente relativa alla proroga degli orari notturni del bar B._ che gestisce, la A._SA è insorta dinanzi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino il 20 maggio 2011. Lo scambio di allegati scritti essendo stato dichiarato concluso il 25 luglio 2011, il 29 settembre e il 7 ottobre successivi, la A._SA ha sollecitato l'evasione del proprio gravame. Invano. La società si è allora rivolta il 15 ottobre 2011 al Tribunale cantonale amministrativo per denegata e ritardata giustizia.
Nel frattempo, cioè il 12 ottobre 2011, il Consiglio di Stato ha statuito sul gravame del 20 maggio 2011, respingendolo. Il giudizio, notificato alla ricorrente il 17 ottobre 2011, è stato da lei tempestivamente impugnato dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, il quale non si era ancora pronunciato.

B. Il 16 aprile 2012 il Tribunale cantonale amministrativo ha stralciato dai ruoli il gravame esperito il 15 ottobre 2011, considerando che in seguito all'emanazione del giudizio governativo, era diventato privo d'oggetto. Ha ugualmente negato la sussistenza di un interesse all'accertamento della pretesa violazione dell'art. 53 LPamm (RL/TI 3.3.1.1), secondo cui la decisione motivata deve essere intimata entro 30 giorni dall'ultimo atto di causa, trattandosi, secondo lui, non di un termine perentorio, bensì ordinatorio. Infine, procedendo ad un esame sommario della vertenza per potere statuire sulle spese e le ripetibili, è giunto alla conclusione che il termine entro il quale il Governo ticinese si era pronunciato era del tutto corretto, motivo per cui ha addossato tasse e spese alla ricorrente.
C. Il 23 maggio 2012 la A._SA ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui censura, in sostanza, denegata e ritardata giustizia nonché la violazione del principio della legalità.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
Diritto:
1. II Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 43).
2.1 La decisione querelata non è finale, perché concerne solamente un aspetto del procedimento amministrativo in corso relativo alla proroga (non concessa) degli orari di apertura notturna dell'esercizio pubblico gestito dalla qui ricorrente, problematica tuttora in esame dinanzi all'istanza ricorsuale cantonale di secondo grado. Per quanto necessario la ricorrente potrà quindi formulare, al momento della contestazione della decisione finale, le sue censure (<ref-law>). La decisione ora litigiosa, che verte su un quesito procedurale, è quindi solo una decisione incidentale. La sentenza del Tribunale cantonale amministrativo può pertanto essere impugnata soltanto se risultano adempiuti i presupposti dell'<ref-law>.
2.2 Sennonché la ricorrente, alla quale spetta dimostrare l'adempimento di tali condizioni (<ref-ruling> consid. 1.2 in fine pag. 429), non si è avveduta affatto di questo aspetto. Essa non fa valere, e d'altronde non si scorge neppure, l'esistenza di un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law>, ricordato che per pregiudizio irreparabile s'intende un pregiudizio di natura giuridica, ossia un pregiudizio a cui non può essere posto ulteriormente rimedio con una sentenza finale o un'altra decisione favorevole al ricorrente (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 263). Inoltre nemmeno la condizione dell'<ref-law> è realizzata nel caso concreto perché l'eventuale accoglimento del ricorso non comporterebbe affatto una decisione finale immediata, consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa.
3. Per i motivi illustrati, il ricorso si avvera pertanto manifestamente inammissibile e va deciso secondo la procedura semplificata dell'<ref-law>.
4. Tenuto conto dell'indicazione errata dei rimedi di diritto che ha potuto indurre la ricorrente a presentare il gravame in discussione, si rinuncia eccezionalmente a prelevare spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 seconda frase LTF). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Presidente pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Municipio di Lugano, al Dipartimento delle istituzioni, Sezione della popolazione, Ufficio del commercio e dei passaporti, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.