Faits:
A. Par délibération du 20 février 2007, le Conseil municipal de la ville de Genève (ci-après: le Conseil municipal) a adopté le règlement relatif aux plans d'utilisation du sol de la ville de Genève (ci-après: le règlement ou le RPUS). Le plan annexé prévoit un découpage de la ville en trois secteurs: la première zone comprend la vielle ville, la deuxième est composée de trois sous-secteurs couvrant tous les quartiers de la ville hormis les zones faisant l'objet de plans localisés de quartier, ces dernières étant attribuées à la troisième zone. Pour chaque secteur et sous-secteur est prescrit un taux minimal de logements et d'espaces verts applicable à toute nouvelle surface brute de plancher supplémentaire obtenue par des transformations de bâtiments ou des constructions nouvelles. Sont prévus un taux de 50 % de logements dans le secteur 1, un taux de 80 % dans les secteurs 2.1, 2.2 et 2.3 accompagné d'un taux de 35 % et 40 % d'espaces verts dans les secteurs 2.2 et 2.3. Pour le secteur 3, le plan renvoie aux plans localisés de quartiers. Le règlement prévoit également le maintien de l'affectation des constructions existantes.
B. Le RPUS est l'aboutissement d'un long processus qui trouve son origine dans une initiative populaire pour la protection de l'habitat et contre les constructions abusives. A la suite de cette initiative, le Grand Conseil a adopté, le 21 avril 1983, les art. 15A à 15F de la loi cantonale du 9 mars 1929 sur l'extension des voies de communication et l'aménagement des quartiers ou localités (LExt) en reprenant les principes contenus dans l'initiative. Ces dispositions légales ont été approuvées en votation populaire le 26 juin 1983.
Le Conseil administratif de la ville de Genève (ci-après: le Conseil administratif) a ensuite élaboré un projet de règlement transitoire relatif aux plans d'utilisation du sol (ci-après: le règlement transitoire ou le RTPUS) qui a été soumis à enquête publique du 9 novembre au 9 décembre 1987. Ce règlement a été adopté le 21 juin 1988 par le Conseil municipal et approuvé par arrêté du Conseil d'Etat le 24 août 1988. Par trois arrêts des 24 mai 1989, 22 novembre 1989 et 28 mars 1990, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté trois recours déposés contre le règlement transitoire. Sur recours de droit public, le Tribunal fédéral a confirmé l'arrêt du Tribunal administratif du 24 mai 1989 (<ref-ruling>).
Parallèlement à l'adoption du règlement transitoire, la ville de Genève a élaboré un projet de RPUS. Le 29 novembre 1989, le Conseil administratif a déposé auprès du Conseil municipal un avant-projet destiné à compléter et remplacer le règlement transitoire en y incluant des chapitres fixant les indices d'utilisation du sol ainsi que des taux d'espaces verts par secteurs. Ce projet a été soumis à enquête publique du 17 novembre au 18 décembre 1989. Il a suscité trente-six lettres d'observations. A la suite de l'enquête, le Conseil administratif a apporté des amendements au projet, notamment celui consistant à porter de 70 à 80 % les taux de surfaces brutes de plancher supplémentaires dévolues au logement. Une nouvelle enquête publique portant sur le projet modifié a eu lieu du 4 octobre au 3 novembre 1991, suscitant vingt lettres d'observations.
Les travaux des commissions municipales se sont poursuivis pour aboutir à un nouveau projet de RPUS qui a été soumis à enquête publique du 18 novembre au 18 décembre 1998, suscitant treize lettres d'observations.
Dans le cadre d'une modification de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 (LaLAT) instaurant les plans directeurs communaux, le Grand Conseil a décidé de modifier l'art. 15C LExt en supprimant la possibilité pour les communes de fixer des indices d'utilisation du sol dans le cadre des plans d'utilisation du sol. Cette modification est entrée en vigueur le 25 mars 2003. Le RPUS a été modifié pour tenir compte de cette nouvelle disposition notamment et a finalement été adopté par le Conseil municipal le 20 février 2007.
Le 28 novembre 2007, le Conseil municipal a adressé au Conseil d'Etat un rapport fondé sur l'art. 47 de l'ordonnance du 28 juin 2000 sur l'aménagement du territoire (OAT; RS 700.1), portant sur la conformité du RPUS au droit fédéral et cantonal et répondant aux observations des opposants déposées après l'adoption du règlement.
Le 27 février 2008, le Conseil d'Etat a approuvé le RPUS par arrêté publié dans la Feuille d'Avis officielle (FAO) du 17 mars 2008.
C. Par arrêt du 21 avril 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours de la Société des Hôteliers de Genève contre l'arrêté précité. Il a considéré en substance que l'écoulement du temps n'imposait pas à lui seul une nouvelle enquête; une obligation de réexamen du RPUS fondée sur un changement sensible des circonstances ne pouvait pas non plus être retenue. Par ailleurs, l'art. 11 RPUS, relatif au maintien de l'affectation des établissements hôteliers, n'avait pas pour but de favoriser le tourisme comme branche de l'économie, mais de maintenir l'activité hôtelière comme comme l'un des éléments essentiels de la vie et de l'animation de la ville.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, la Société des Hôteliers de Genève a demandé au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 21 avril 2009 ainsi que l'arrêté du Conseil d'Etat du 27 février 2008. La recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue en relation avec une mauvaise application de l'art. 33 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700). Elle fait également valoir une violation des principes du droit de l'aménagement du territoire en matière de planification (art. 75 Cst.) ainsi qu'une violation de la liberté économique des hôteliers (art. 27 Cst.) et de la garantie de la propriété (art. 26 Cst.).
Le Tribunal administratif s'en rapporte à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Conseil d'Etat s'en rapporte également à justice en ce qui concerne la recevabilité du recours et demande au Tribunal fédéral de le rejeter et de confirmer l'arrêt attaqué. Le Conseil municipal conclut au rejet du recours.
Par ordonnance du 23 juin 2009, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif de la recourante.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale confirmant une décision d'approbation d'un règlement communal relatif à un plan d'affectation, au sens des art. 14 ss LAT. Le recours est dès lors en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law> et 34 al. 1 LAT, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 24).
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale confirmant une décision d'approbation d'un règlement communal relatif à un plan d'affectation, au sens des art. 14 ss LAT. Le recours est dès lors en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law> et 34 al. 1 LAT, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 24).
1.2 1.2.1 En vertu de l'<ref-law>, peut former un recours en matière de droit public quiconque est particulièrement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c). En matière de plans d'affectation, le recourant doit faire valoir la violation de dispositions qui tendent non seulement à la sauvegarde des intérêts de la collectivité mais aussi, si ce n'est principalement, à la protection de ses propres intérêts (<ref-ruling> consid. 4 p. 379); il doit en outre être personnellement touché par les effets prétendument illicites de la décision attaquée. Le droit de recours n'est ainsi reconnu en règle générale qu'au propriétaire d'un bien-fonds, pour se plaindre que la mise en vigueur du plan porte atteinte à ses droits constitutionnels en réduisant à néant ou en modifiant la portée de règles destinées notamment à protéger ses intérêts, ou en restreignant l'utilisation de son bien (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 252).
Une association a qualité pour recourir à titre personnel lorsqu'elle remplit les conditions posées par l'<ref-law>. De même, conformément à la jurisprudence, sans être elle-même touchée par la décision entreprise, une association peut être admise à agir par la voie du recours en matière de droit public - nommé alors recours corporatif ou égoïste - pour autant qu'elle ait pour but statutaire la défense des intérêts de ses membres, que ces intérêts soient communs à la majorité ou au moins à un grand nombre d'entre eux et, enfin, que chacun de ceux-ci ait qualité pour s'en prévaloir à titre individuel (<ref-ruling> consid. 2.3.3 p. 519; <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 30; <ref-ruling> consid. 2d/aa et les arrêts cités).
1.2.2 La Société des Hôteliers de Genève a pour but statutaire la promotion et la défense des intérêts de ses membres, tant à l'échelon national que régional ou cantonal. Elle se compose notamment d'établissements de l'hôtellerie et de la restauration sis sur le territoire du canton de Genève. Selon l'art. 6.1 de ses statuts, peut être admise en qualité d'établissement membre toute entreprise, quelle que soit sa forme juridique, qui exploite un hôtel en tant que locataire, propriétaire ou en vertu d'un contrat de gestion. La recourante ne fait pas valoir que la majorité de ses membres, ou du moins un grand nombre d'entre eux, seraient propriétaires d'hôtels situés dans la surface régie par le plan critiqué. Il est dès lors douteux que la qualité pour agir puisse lui être reconnue (cf. arrêt 1P.28/1993 du 5 novembre 1993, SJ 1995 p. 85, consid. 1c/bb). Cette question peut toutefois rester indécise en l'espèce, puisque le recours s'avère de toute façon infondé et doit être rejeté au fond.
1.3 Dans la mesure où la recourante demande l'annulation de l'arrêté du Conseil d'Etat du 27 février 2008, son recours n'est pas recevable en raison de l'effet dévolutif du recours déposé auprès du Tribunal administratif (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 441; <ref-ruling> consid. 2a p. 302). Seul l'arrêt du Tribunal administratif peut en effet faire l'objet du recours en matière de droit public (cf. consid. 1.1 ci-dessus).
2. La recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue en relation avec l'art. 33 LAT. Elle fait valoir que les observations qu'elle a formulées à l'occasion de la dernière enquête publique de 1998 n'ont jamais été prises en considération et qu'elle n'a pas pu se prononcer sur les modifications apportées au règlement entre la dernière enquête et son adoption.
2.1 Dans la procédure d'aménagement du territoire, la protection juridique individuelle et la garantie du droit d'être entendu sont concrétisées à l'art. 33 al. 1 LAT, en vertu duquel les plans d'affectation doivent être mis à l'enquête publique; les formalités sont pour le surplus réglées par le droit cantonal. Selon la jurisprudence, l'art. 33 LAT exige la mise à l'enquête des plans d'affectation, mais pas celle des projets de plans. Cette exigence est satisfaite lorsqu'une procédure prévoit la mise à l'enquête publique du plan d'affectation uniquement après son adoption par l'organe compétent, comme point de départ de la procédure de recours. Il s'ensuit que les objections peuvent être formulées dans le cadre d'une procédure d'opposition ou de recours (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 295).
En l'espèce, le plan d'affectation et son règlement ont été soumis à l'enquête publique avant que l'autorité compétente n'ait statué définitivement. Cette procédure va au-delà de ce qui est requis par les art. 29 al. 2 Cst. et 33 LAT. La recourant a eu ainsi la possibilité de faire valoir son point de vue à cette occasion. Contrairement à ce qu'elle soutient, il ressort du dossier que ses oppositions ont été traitées. Lors de sa séance du 9 mars 1999, la Commission de l'environnement et l'aménagement du territoire de la ville de Genève a commencé à analyser les observations recueillies dans le cadre de l'enquête publique et, le 23 mars 1999, elle a entendu une partie des opposants; le débat s'est poursuivi pendant les séances suivantes des 30 mars et 27 avril 1999. Les résultats de l'enquête publique ont également été consignés dans le rapport au sens de l'<ref-law> adressé le 28 novembre 2007 par l'autorité municipale au Conseil d'Etat (p. 10 ss du rapport 47 OAT du 21 novembre 2007). La garantie du droit d'être entendu concrétisée à l'art. 33 al. 1 LAT a ainsi été respectée, même si les oppositions n'ont finalement pas été prises en compte, leurs motifs se trouvant en conflit avec les objectifs visés par le Conseil municipal. Par ailleurs, la recourante, en dehors de toute enquête publique formelle, s'est plainte auprès du Conseil d'Etat après l'adoption du RPUS par le Conseil municipal. Dans une annexe au rapport 47 OAT du 21 novembre 2007, le Conseil administratif de la ville de Genève a fait une synthèse répondant aux observations adressées au Conseil d'Etat. Cette annexe, communiquée aux opposants, constitue en quelque sorte un complément des résultats de l'enquête publique de 1998 consignées dans le rapport précité. Enfin, la recourante a pu recourir contre le plan et le règlement auprès du Tribunal administratif, autorité qui dispose en cette matière d'un plein pouvoir d'examen (art. 15F al. 1 LExt). Il apparaît que la recourante a largement eu l'occasion de faire valoir ses arguments en cours de procédure ce qui, du point de vue de l'art. 33 al. 1 LAT, est suffisant.
2.2 La recourante soutient en outre qu'une enquête publique vieille de plus de neuf ans ne saurait refléter l'opinion des personnes concernées par le plan dès lors que, dans l'intervalle, leur situation a inévitablement changé. A cela s'ajoute que le projet aurait subi des modifications substantielles, s'agissant en particulier de la réduction de cinq à trois du nombre des secteurs découpant la ville.
La recourante ne peut invoquer aucune disposition fédérale ou cantonale qui limiterait la durée d'une enquête publique. Une telle norme n'entrerait de toute façon pas dans la logique du législateur fédéral, qui a également renoncé à assigner aux plans d'affectation du sol une durée de validité. Selon la jurisprudence, lorsqu'un projet a été modifié après avoir été soumis à l'enquête publique, une nouvelle enquête n'est nécessaire que si la modification s'avère essentielle, au point que la nouvelle version doive être assimilée à un nouveau projet (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 478). Par ailleurs, en vertu des art. 21 al. 1 LAT et 15E LExt applicables aux plans d'affectations, ceux-ci font l'objet des adaptations nécessaires lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées. Dans son arrêt, le Tribunal administratif a constaté que les modifications apportées au RPUS depuis la dernière enquête publique ne pouvaient être qualifiées d'essentielles ou d'importantes et qu'aucune modification sensible des circonstances à l'origine du règlement n'était réalisée. Il a notamment mentionné la réduction de cinq à trois du nombre des secteurs; les limites territoriales de ces secteurs n'ont cependant pas été modifiées et le pourcentage minimum de logement de même que les taux d'espaces verts sont demeurés inchangés pour chaque parcelle concernée, hormis la suppression pour les parcelles situées dans un ancien sous-secteur de l'obligation de prévoir 25 % d'espace vert. C'est donc en vain que la recourante affirme, sans étayer ses allégations, que le régime applicable aux parcelles des propriétaires concernés aurait subi des changements. En ne montrant pas en quoi les modifications du plan seraient essentielles ou importantes, la recourante n'amène aucun élément qui permettrait de justifier une nouvelle mise à l'enquête. Le simple fait d'invoquer l'écoulement du temps est insuffisant, puisque la période écoulée jusqu'à l'approbation du plan ne saurait à elle seule fonder une obligation de soumettre le plan d'affectation à une nouvelle enquête publique. Au demeurant, l'importante durée de la procédure doit être relativisée dans la mesure où ce règlement s'applique au territoire de l'une des plus grandes villes de Suisse, dans un contexte conflictuel, alors qu'une sévère pénurie de logements y sévit depuis plusieurs années.
Il résulte de ce qui précède que le grief est infondé et doit être écarté.
3. Invoquant l'art. 75 Cst., la recourante se plaint d'une violation des principes du droit de l'aménagement du territoire en matière de planification.
Tout d'abord, elle relève que le plan directeur cantonal poursuit un but général de densification des zones déjà bâties afin de développer notamment l'offre de logements. Dans la mesure où le RPUS prescrit un taux minium d'espaces verts de 35 %, respectivement 40 % (cf. art. 12 et 13 RPUS), il mènerait à une sous-densification du territoire de la ville et contredirait l'objectif précité. Il est douteux que ce grief, insuffisamment motivé et développé pour la première fois devant le Tribunal fédéral, soit recevable. Quoi qu'il en soit, il devrait être écarté. La recourante fonde son argumentation sur une hypothèse erronée. Elle expose qu'une parcelle de 1'500 m2 située dans le secteur 2.3, aujourd'hui occupée par un immeuble sur la moitié de sa surface (750 m2), se verrait imposer la réalisation d'espaces verts sur une surface de 600 m2, ce qui rendrait la construction d'un immeuble supplémentaire impossible. Or, dès lors qu'il est question de laisser subsister l'immeuble occupant 750 m2 au sol et de lui adjoindre un bâtiment supplémentaire, cette opération ne relève pas d'une démolition-reconstruction, libérant une surface au sol de plus de 1'000 m2; elle ne tombe donc pas sous le coup des art. 12 et 13 RPUS et n'est ainsi pas soumise à l'obligation de prévoir un taux d'espace vert de 40 %. Au surplus, tant le RPUS que le plan directeur cantonal visent une densification modérée pour une meilleure qualité de l'espace bâti, assurant une urbanisation équilibrée, et non une sur-densification qui aurait pour résultat de faire fuir les habitants du centre ville. Les dispositions du règlement litigieux relatives aux espaces de verdure s'inscrivent en outre parfaitement dans le cadre du principe d'aménagement du territoire décrit par l'art. 3 al. 3 let. e LAT, qui préconise de ménager dans le milieu bâti de nombreux aires de verdure et espaces plantés d'arbres.
Ensuite, la recourante fait valoir que le plan directeur communal de la ville de Genève n'a pas encore été réalisé. En adoptant au préalable le RPUS, le Conseil municipal aurait inversé le processus de coordination nécessaire à l'aménagement du territoire. Comme l'a considéré à juste titre le Tribunal administratif, le règlement attaqué ne pouvait pas tenir compte du plan directeur de la ville de Genève, celui-ci n'étant pas encore réalisé. La LAT n'indique au demeurant pas qu'aucun plan d'affectation ne peut être adopté en l'absence de plan directeur communal en force. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
4. Enfin, la recourante soutient que l'art. 11 RPUS ne repose pas sur une base légale suffisante et porte une atteinte inadmissible à la liberté économique des hôteliers et à la garantie de la propriété privée.
L'art. 11 RPUS a la teneur suivante:
Les bâtiments affectés à un établissement hôtelier conservent en règle générale leur affectation en cas de transformation ou de démolition-reconstruction. S'il est démontré que l'exploitation hôtelière ne peut pas être poursuivie, pour d'autres motifs qu'un prix d'acquisition excessif de l'immeuble, ce dernier peut, toutefois, être affecté à une autre forme d'habitation et, pour partie, à des activités pour autant que celles-ci n'occupent pas plus de 30% des surfaces brutes de plancher de l'immeuble.
4.1 S'agissant de la base légale, l'art. 11 RPUS répond à l'objectif fixé à l'art. 15A al. 1 LExt, visant à favoriser une implantation des activités qui soit harmonieuse et équilibrée, tout en garantissant le mieux possible l'espace habitable et en limitant les nuisances qui pourraient résulter de l'activité économique. D'après l'art. 15B al. 2 LExt, les terrains à bâtir sont répartis dans des secteurs d'intérêt public (let. a), d'habitation ou de logements (let. b) et de travail ou d'emplois (let. c); et dans les différents secteurs des taux de répartition doivent être définis afin d'assurer notamment un équilibre entre l'habitat et l'artisanat, le commerce, l'administration et les secteurs de détente (art. 15C LExt). Les plans l'utilisation du sol n'ont donc pas uniquement comme objectif de "maintenir et rétablir l'habitat", comme l'affirme la recourante, mais ont également vocation à prévoir une implantation des activités qui soit harmonieuse et équilibrée. La recourante ne conteste d'ailleurs pas que l'exploitation hôtelière soit une activité, puisqu'elle se plaint d'une violation de la liberté économique. Il apparaît que l'art. 11 RPUS n'excède pas le cadre définit par les art. 15A ss LExt et que le principe de la légalité est par conséquent respecté.
4.2 Selon la recourante, l'art. 11 RPUS implique que tous les hôtels situés en ville de Genève ne pourraient plus librement transformer une partie de leur établissement, par exemple pour y installer un commerce, ce qui entraînerait une distorsion de concurrence avec les hôtels situés en périphérie. La recourante se plaint en réalité d'une inégalité de traitement. Comme l'a relevé à juste titre le Tribunal administratif, l'égalité de traitement n'a qu'une portée réduite en matière d'adoption ou de révision des plans d'affectation et se confond avec l'interdiction de l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 6e/bb p. 249; <ref-ruling> consid. 6c p. 162 et les arrêts cités) et, surtout, la situation des hôtels sis hors de la ville n'est absolument pas comparable, ceux-ci étant hors du champ d'application du règlement et de ce fait soumis à d'autres autorités de décision en la matière. Le grief est donc infondé.
4.3 La recourante fait valoir que l'interdiction de transformer tous les hôtels sans distinction constitue une intervention économique de l'Etat ayant pour but de favoriser le tourisme à Genève, ce qui n'est pas admissible. L'art. 11 RPUS est certes calqué sur l'art. 8 al. 2 du plan de site de la rade du 25 novembre 1992, que le Tribunal fédéral a jugé conforme à la Constitution. La recourante considère toutefois que le raisonnement du Tribunal administratif, qui consiste à relever que l'art. 11 RPUS ne fait qu'étendre à la ville une mesure existant pour certains quartiers, sans donner aucune justification recevable à cette étendue importante de la mesure, n'est pas acceptable; le périmètre visé par le plan de site de la rade est en effet bien plus restreint et concerne des bâtiments qui ont une valeur architecturale ou historique importante.
La recourante invoque l'<ref-ruling>. Dans cet arrêt concernant une disposition contenue dans la LDTR, le Tribunal fédéral a jugé que l'interdiction générale, sur tout le territoire cantonal, de transformer en locaux commerciaux des hôtels destinés à l'hébergement d'une clientèle de passage, constituerait une mesure de politique économique visant à favoriser le tourisme à Genève; la Constitution n'habilitant pas les cantons à intervenir dans cette branche de l'économie, une telle règle violerait l'art. 31 Cst. (<ref-ruling> consid. 4c p. 29 s.). Le Tribunal fédéral a également été amené à juger de la conformité de l'art. 8 al. 2 du plan de site de la rade avec la garantie de la propriété et la liberté économique. Il a considéré que le plan contesté relevait de l'aménagement du territoire et poursuivait des buts différents de la LDTR. Il tendait à la protection du site de la rade de Genève, de renommée mondiale, et des bâtiments situés aux abords de celle-ci; selon la jurisprudence un tel plan pouvait, sans violer la Constitution, imposer le maintien de l'affectation hôtelière des établissements compris dans son périmètre et fixer une quote-part de logements en cas de transformation de ces bâtiments car cette règle n'avait pas pour but de favoriser le tourisme comme branche de l'économie, mais de maintenir aux abords de la rade l'activité hôtelière comme l'un des éléments essentiels de la vie et de l'animation de ce quartier de la ville. Un tel objectif ne pouvait être atteint autrement que par l'interdiction du changement d'affectation des hôtels compris dans le périmètre du plan (arrêt 1P.28/1993 du 5 novembre 1993, SJ 1995 p. 85, consid. 4a).
En l'espèce, conformément aux art. 15A ss LExt, le règlement litigieux a pour but, en vue de favoriser la qualité de vie en ville, de maintenir et rétablir l'habitat, tout en facilitant une implantation harmonieuse des activités qui garantisse le mieux possible l'espace habitable (art. 1 RPUS). L'art. 11 RPUS s'attache ainsi à maintenir en ville l'activité hôtelière comme un des éléments essentiels de la vie et de l'animation des quartiers. En effet, depuis quelques années, une tendance à la disparition des hôtels dans les villes touristiques est constatée, non seulement dans des quartiers particuliers, mais sur l'ensemble du territoire de la ville de Genève et même au-delà, puisque le phénomène est national. Entre 1972 et 1990, trente hôtels ont ainsi disparus à Genève, soit par démolition, soit par changement d'affectation (cf. Mémorial des séances du Conseil municipal de la ville de Genève du 24 mai 1989, p. 374); cela a représenté environ 25 % des 126 hôtels alors existants. Le remplacement des hôtels par des immeubles de bureaux pose des problèmes tant en matière de logements, lorsqu'il s'agit d'hôtels de catégorie modeste, en accentuant la crise du logement, qu'en matière de tourisme. En outre, la pression qui pèse sur l'ensemble des hôtels sis sur tout le territoire de la ville de Genève, en vue de les transformer soit en habitations, soit en surfaces commerciales ou tertiaires plus lucratives, quand bien même elle est à son comble dans un site comme celui de la rade, est également très importante dans les autres quartiers présentant moins d'attrait sur le plan touristique. Il importe au demeurant peu que les bâtiments qui sont exploités en tant qu'hôtels aient un intérêt architectural ou historique important ou non, le Tribunal fédéral, dans son arrêt précité 1P.28/ 1993 du 5 novembre 1993 n'ayant formulé aucune exigence particulière en la matière; l'art. 11 RPUS ne vise pas à protéger ces bâtiments eux-mêmes, mais leur affectation. Par conséquent, c'est à bon droit que le Tribunal administratif a considéré que la règle applicable aux hôtels de la rade de Genève pouvait être étendue à l'ensemble de la ville. Le grief de la recourante tombe à faux et doit être rejeté.
4.4 L'art. 11 RPUS respecte en outre le principe de la proportionnalité dans la mesure où il octroie une dispense au principe du maintien des activités hôtelières pour les cas où il est établi que l'exploitation ne peut pas être poursuivie. Cette disposition n'empêche ainsi pas les propriétaires de disposer de leurs biens, puisqu'ils ont la possibilité de changer d'affectation s'ils démontrent que leur établissement n'est pas viable, pour d'autres motifs qu'un prix d'acquisition excessif de l'immeuble (cf. arrêt arrêt 1P.28/1993 op. cit., consid. 4b). Certes, la question de savoir si cette condition est remplie fait place à une certaine marge d'appréciation et, dans ce cadre, il est concevable qu'un abus puisse se produire; il appartiendra toutefois à l'autorité judiciaire saisie par le propriétaire lésé de sanctionner un éventuel abus commis dans un cas déterminé. Il est ainsi faux de prétendre, comme le fait la recourante, que l'art. 11 RPUS, qui suppose la production de documents comptables objectifs, impliquerait nécessairement de déboucher sur un abus de son pouvoir d'appréciation par l'autorité exécutive. Enfin, si le maintien de l'activité hôtelière n'est pas possible, l'art. 11 RPUS permet aux propriétaires fonciers d'affecter 30 % des surfaces brutes de plancher à des surfaces commerciales, toute en favorisant cependant la création de nouveaux logements, ce qui permet de lutter contre la pénurie et relève également de l'intérêt public. Il a déjà été jugé qu'un plan fixant une quote-part d'utilisation à des fins d'habitation répondait à un intérêt public prépondérant qui l'emportait sur l'intérêt privé à disposer du droit de propriété (cf. arrêt 1P.376/1989 du 11 janvier 1990, RDAF 1990 p. 127, consid. 4; <ref-ruling> consid. 2b p. 98).
Il s'ensuit que l'art. 11 RPUS respecte les principes de la légalité, de l'intérêt public et de la proportionnalité et que le grief doit être rejeté.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). La commune de Genève et le Département cantonal du territoire n'ont pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Conseil municipal de la ville de Genève, ainsi qu'au Conseil d'Etat et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 15 janvier 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard