Sachverhalt:
A. Am 20. Juni 2006 um ca. 16.10 Uhr lenkte X._ einen Kombi Opel Astra in einer stockenden Fahrzeugkolonne auf der Hohlstrasse in Zürich stadteinwärts. Auf der Höhe der Liegenschaft Nr. 213 beabsichtigte er, über die doppelgleisige Tramspur zu wenden und auf die rechte Spur der Gegenfahrbahn zu fahren, um auf die nahegelegene Hardbrücke zu gelangen. Zu Beginn des Manövers kam es zu einer seitlichen Kollision mit dem Motorradlenker Y._, welcher links am Kombi Opel Astra stadteinwärts vorbeifuhr. Y._ erlitt eine Sprunggelenkfraktur am rechten Bein.
B. Der Einzelrichter des Bezirksgerichts Zürich sprach X._ am 30. Januar 2008 vom Vorwurf der fahrlässigen Körperverletzung und der ungenügenden Rücksichtnahme auf nachfolgende Fahrzeuge beim Linksabbiegen frei.
C. Die dagegen erhobene Berufung des Geschädigten Y._ hiess das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 28. Oktober 2008 gut. Es sprach X._ der fahrlässigen Körperverletzung im Sinne von <ref-law> schuldig, bestrafte ihn mit einer bedingt vollziehbaren Geldstrafe von 10 Tagessätzen zu Fr. 100.-- bei einer Probezeit 2 Jahren und verpflichtete ihn, Y._ die Hälfte des aus der Kollision resultierenden Schadens zu bezahlen. Für das Quantitativ verwies es den Geschädigten mit seinem Anspruch auf den Zivilweg. Weiter verpflichtete es X._, dem Geschädigten für die Kosten der anwaltlichen Vertretung in der Untersuchung und im erstinstanzlichen Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'700.-- zu bezahlen.
D. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, er sei von Schuld und Strafe freizusprechen. Eventualiter wendet er sich gegen die Strafzumessung, die Haftungsquote betreffend den Zivilanspruch und die dem Geschädigten zugesprochene Parteientschädigung. Insoweit stellt er die An-träge, er sei lediglich mit einer Geldstrafe von 3 Tagessätzen zu Fr. 20.-- zu bestrafen, seine Haftungsquote sei auf 20% zu reduzieren und es sei dem Geschädigten mangels tatsächlicher anwaltlicher Vertretung keine Entschädigung für die Untersuchung und das erstinstanzliche Verfahren zuzusprechen.

Erwägungen:
1.1 Die Vorinstanz stellt in tatsächlicher Hinsicht im Wesentlichen fest, der Beschwerdeführer habe mit seinem Personenwagen die Fahrtrichtung ändern und die bisherige Fahrspur verlassen wollen. Er habe aus einer stehenden bzw. stockenden Kolonne direkt zum Wendemanöver auf die Gegenfahrbahn angesetzt, ohne einzuspuren. Dabei habe er den Kopf vor dem Verlassen seiner Fahrspur nicht gedreht. Er hätte den Motorradfahrer sehen müssen, wenn er im Moment, in welchem er die Fahrzeugkolonne verlassen habe, den Kopf gedreht hätte. Er habe dem Beschwerdegegner den Weg abgeschnitten, worauf es zu einer Streifkollision mit dessen Motorrad gekommen sei. Im Bereich des vorderen linken Kotflügels und seitlich am Frontspoiler des Personenwagen sei es zum Kontakt mit dem rechten Fusspedal des Motorrades gekommen. Beim Vorfall habe sich der Beschwerdegegner eine Sprunggelenkfraktur rechts zugezogen. Die Vorinstanz lässt offen, ob der Beschwerdeführer den Blinker überhaupt oder rechtzeitig gestellt habe. Beim Fahrmanöver des Beschwerdeführers handle es sich nicht um ein Einspuren an einer Strassenverzweigung. Der Beschwerdeführer habe für sein Wendemanöver auch nicht auf den Fahrraum der Strassenbahn eingespurt.
Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz zur örtlichen Situation wird im Bereich der Kollisionsstelle die Fahrbahn stadteinwärts einspurig geführt. Gegen rechts wird die Fahrbahn durch ein Trottoir begrenzt, gegen links durch eine gelbe Markierung des Tram- bzw. Busstreifens. Die gelbe Linie ist teilweise unterbrochen, doch fehlt eine Aufschrift "Bus" oder ein Signal "Bus-Fahrbahn". Zwischen der gelben Begrenzungsline und jener der Gegenfahrbahn befinden sich zwei Tramgeleise. Die Kollision hat sich am Ende jenes Streckenabschnittes ereignet, der eine ununterbrochene gelbe Linie zwischen Tramgeleise und stadteinwärts führender Fahrspur für den Autoverkehr aufweist. Der Kollisionspunkt liegt gemäss den Feststellungen der Vorinstanz nicht unmittelbar im Bereich der gelben Begrenzungslinie sondern links des stadteinwärts führenden Tramgeleises.
1.2 In rechtlicher Hinsicht erwägt die Vorinstanz, den Beschwerdeführer, welcher seine bisherige Fahrspur nach links habe verlassen wollen, treffe grundsätzlich eine Pflicht zur Rücksichtnahme auf nachfolgende Fahrzeuge. Die sichere Vornahme des vom Beschwerdeführer beabsichtigten Abbiege- oder Wendemanövers setze nebst dem Blick in den Rück- und Seitenspiegel auch die Linksdrehung des Kopfs unmittelbar vor dem Verlassen der bisherigen Fahrspur voraus, da nicht ausgeschlossen werden könne, dass er den Weg eines anderen Verkehrsteilnehmers kreuze. Soweit es dem Beschwerdeführer nicht möglich gewesen sei, zu Beginn seines Fahrmanövers den Beschwerdegegner zu sehen, habe er dieses nicht vornehmen dürfen. Dem Beschwerdeführer sei es bei Beachtung der Pflicht zu einem Blick über die Schulter möglich gewesen, die Kollision zu vermeiden. Allerdings habe sich auch der Beschwerdegegner nicht ordnungsgemäss verhalten und gegen Art. 35 sowie Art. 47 Abs. 2 SVG verstossen, indem er mit seinem Motorrad eine stehende bzw. stockende Kolonne links überholt habe. Indessen sei entscheidend, dass der nach links wendende Beschwerdeführer ausserhalb einer Verzweigung direkt zum Wendemanöver auf die Gegenfahrbahn angesetzt habe, ohne einzuspuren. Es sei gerichtsnotorisch, dass stockende Autokolonnen im Innerortsbereich regelmässig von Zweiradfahrern links überholt würden. Ausserdem habe der Beschwerdeführer, welcher von einer Normal- über eine Tram- bzw. Busspur auf die Gegenfahrbahn habe wechseln wollen, auf entsprechende vortrittsberechtigte Spezialfahrzeuge (Bus, Tram) achten müssen. Der Beschwerdeführer habe nicht darauf vertrauen dürfen, dass eine solche Spur nicht auch von anderen Verkehrsteilnehmern benützt werde, namentlich zum Überholen einer langsameren Kolonne von Motorfahrzeugen auf der Normalspur, was zum Alltagsleben eines Automobilisten im Stadtverkehr gehöre. Durch das unterlassene Drehen des Kopfes habe er seine Sorgfaltspflicht verletzt und die Kollision mitverursacht. Der Zusammenstoss und die daraus resultierende Verletzung des Beschwerdegegners seien voraussehbar und durch regelkonformes Verhalten des Beschwerdeführers vermeidbar gewesen.
2. 2.1 Wer fahrlässig einen Menschen am Körper verletzt, wird nach <ref-law> auf Antrag mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft. Ist die Schädigung schwer, wird der Täter gemäss <ref-law> von Amtes wegen verfolgt. Gemäss <ref-law> hat der Fahrzeugführer beim Abbiegen auf den Gegenverkehr und auf die ihm nachfolgenden Fahrzeuge Rücksicht zu nehmen. Der Führer, der sein Fahrzeug wenden will, darf andere Strassenbenützer nicht behindern, diese haben den Vortritt (<ref-law>). An unübersichtlichen Stellen und bei dichtem Verkehr ist das Wenden untersagt (Art. 17 Abs. 4 VRV). Eine pflichtgemässe Zeichengebung bei der Richtungsänderung entbindet den Fahrzeugführer nicht von der gebotenen Vorsicht (<ref-law>). Der Überholende muss auf die übrigen Strassenbenützer, namentlich auf jene, die er überholen will, besonders Rücksicht nehmen (<ref-law>). Fahrzeuge dürfen nicht überholt werden, wenn der Führer die Absicht anzeigt, nach links abzubiegen (<ref-law>). Hat ein Fahrzeug zum Abbiegen nach links eingespurt, darf es nur rechts überholt werden (<ref-law>).
Nach der Grundregel von <ref-law> hat sich im Sinne einer allgemeinen Sorgfaltspflicht im Verkehr jedermann so zu verhalten, dass er andere in der ordnungsgemässen Benützung der Strasse weder behindert noch gefährdet. Daraus leitet die Rechtsprechung den Vertrauensgrundsatz ab, nach welchem jeder Strassenbenützer, der sich selbst verkehrsgemäss verhält, darauf vertrauen darf, dass sich die anderen Verkehrsteilnehmer ebenfalls ordnungsgemäss verhalten, sofern nicht besondere Umstände dagegen sprechen (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 285 f. mit Hinweisen). Eine Pflicht zu einer erhöhten Sorgfalt gilt bei unklaren Verkehrssituationen oder ungewissen Lagen. Wegen der besonderen Gefahrenträchtigkeit solcher Situationen ist risikoarmes Verhalten gefordert (<ref-ruling> E. 2b S. 87 f. mit Hinweisen).
2.2 Im Interesse der Verkehrssicherheit ist nicht leichthin anzunehmen, das sich der links Abbiegende auf das für nachfolgende Fahrzeuge geltende Verbot des Linksüberholens eines Linksabbiegers verlassen dürfe; denn er schafft mit seinem Manöver eine gefahrenträchtige Verkehrssituation namentlich für die nachfolgenden Verkehrsteilnehmer (<ref-ruling> E. 2c S. 88 mit Hinweis). Dies gilt erst recht für Wendemanöver ausserhalb einer Strassenverzweigung, da diese ungewöhnlicher sind als das Linksabbiegen und daher eine besondere Sorgfaltspflicht erfordern.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe den Sachverhalt in willkürlicher Weise festgestellt und dadurch seinen Anspruch, ohne Willkür behandelt zu werden, verletzt (<ref-law>). Er begründet seine Rüge damit, dass die Vorinstanz trotz fehlender unfalltechnischer Auswertung und aufgrund von perspektivisch verzerrten Fotos Rückschlüsse auf die Kollisionsstelle und die Verkehrsmarkierungen am Kollisionsort getroffen habe. Zudem habe sich die Linienführung seit dem Unfallzeitpunkt verändert. Es sei unklar, ob die Vorinstanz die alte oder die neue Signalisation als "gerichtsnotorisch" betrachte und ob im Zeitpunkt des Unfalls auf der Busspur die Aufschrift "Bus" angebracht gewesen sei.
3.2 Nach der bundesgerichtlichen Praxis liegt Willkür in der Beweiswürdigung nach <ref-law> vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswür-digung beruht bzw. im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Für die Annahme von Willkür genügt es nicht, wenn eine andere Lösung auch als vertretbar oder sogar zutreffender erscheint (<ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
3.3 Die Vorinstanz hat ihre Feststellungen zur Signalisation und zu den Markierungen anhand der unmittelbar nach dem Unfallzeitpunkt (20. Juni 2006, 16.10 Uhr) erstellten Fotos getroffen (act. 11, Fotos vom 20. Juni 2006, 16.50 Uhr) und auf die Fotodokumentation verwiesen (angefochtenes Urteil S. 7). Ihre Feststellungen stimmen mit der Fotodokumentation überein. Sie hat die Linienführung bzw. die Signalisation und die Markierungen in Übereinstimmung mit den Fotoaufnahmen willkürfrei festgesellt.
Die genaue Lage der Kollisionsstelle ist für die strafrechtliche Beurteilung des vorliegenden Falles unerheblich (siehe E. 5.2 hiernach), weshalb auf die diesbezüglichen Rügen des Beschwerdeführers nicht einzutreten ist (<ref-law>).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem sie den Sachverhalt nicht vollständig festgestellt habe. Die korrekte Gesetzesanwendung könne mangels Feststellung des massgeblichen Sachverhalts nicht geprüft werden. Die Vorinstanz habe die Frage nicht beantwortet, ob er den Geschädigten bei einer Drehung seines Kopfes hätte sehen können. Zudem habe die Vorinstanz nicht festgestellt, ob der Beschwerdeführer auf seiner Fahrspur links in Richtung Busspur eingespurt habe.
Diese Rügen erschöpfen sich in unzulässiger appellatorischer Kritik an der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung. Entgegen den Behauptungen in der Beschwerdeschrift hat sich die Vorinstanz mit den Vorbringen betreffend Kopfdrehung auseinandergesetzt und festgestellt, dass er den Beschwerdegegner bei einer rechtzeitigen Drehung des Kopfes hätte erblicken müssen (angefochtenes Urteil S. 12). Der Beschwerdeführer trägt vor Bundesgericht noch einmal dieselben Einwände wie im Plädoyer vor der Vorinstanz vor, ohne sich mit deren Begründung auseinanderzusetzen. Darauf ist nicht einzutreten.
Entgegen dem Einwand des Beschwerdeführers hat sich die Vorinstanz auch zur Frage des Einspurens geäussert. Sie hält fest, er habe direkt zum Wendemanöver angesetzt und nicht auf der Tramspur eingespurt, was erlaubt gewesen wäre (angefochtenes Urteil S. 13).
4.2 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem sie zu Unrecht die Beweislast umgekehrt habe. Nicht er müsse seine Unschuld beweisen, sondern die staatlichen Strafverfolgungsbehörden müssten seine Schuld beweisen. Der Beschwerdeführer beanstandet die vorinstanzliche Erwägung, er habe weder behauptet, dass er auf den Fahrraum der Strassenbahn gewechselt habe, um dort für das eigentliche Wendemanöver einzuspuren (angefochtenes Urteil Ziff. III. 7. S. 11), noch geltend gemacht, der Beschwerdegegner habe ihn derart schnell überholt, dass er ihn auch bei rechtzeitiger Drehung des Kopfes und einem sorgfältigen Blick zurück nicht hätte sehen können (angefochtenes Urteil Ziff. III. 7. S. 12).
Aus der in <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK verankerten Unschuldsvermutung wird abgeleitet, dass es auf dem Gebiet des Strafrechts Sache des Staates ist, die Schuld eines Angeklagten zu beweisen, und dass nicht dieser seine Unschuld nachweisen muss (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 41 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 88).
Der Beschwerdeführer sagte aus, er sei schräg in der Fahrspur der Fahrzeugkolonne gestanden und gerade angefahren, als es zur Kollision gekommen sei (angefochtenes Urteil S. 9). Der Beschwerdeführer sagte damit nach der willkürfreien Beweiswürdigung der Vorinstanz offensichtlich nicht aus, er sei vor der Kollision auf die Tram- bzw. Busspur eingespurt. Die Feststellung der Vorinstanz, der Beschwerdeführer sei nicht eingespurt, stützt sich somit auf die Aussagen des Beschwerdeführers und beruht nicht auf einer unzulässigen Umkehr der Beweislast.
Zu seiner Geschwindigkeit sagte der Beschwerdegegner aus, er sei beim Überholen mit 20 bis 30 km/h im 2. Gang gefahren, im Augenblick der Kollision sei er ca mit 40 km/h gefahren. Er habe noch beschleunigt, um eine Kollision zu verhindern, weil er gesehen habe, wie ein Autolenker im Begriff gewesen sei, links abzubiegen (angefochtenes Urteil S. 9). Der Beschwerdeführer führte zu seiner Geschwindigkeit aus, er sei ganz langsam bzw. ungefähr im Schritttempo gefahren, die Kolonne vor ihm sei fast stillgestanden (angefochtenes Urteil S. 9).
Die Feststellung der Vorinstanz zu den Geschwindigkeiten der Beteiligten und zur Möglichkeit des Beschwerdeführers, den Beschwerdegegner bei einer Kopfdrehung zu erblicken, stützen sich damit auf die Akten ab, stellen daher keine unzulässige Beweislastumkehr dar und verletzen den Grundsatz der Unschuldsvermutung nicht.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law> (betreffend die Fahrlässigkeit) und von <ref-law> (betreffend den Vertrauensgrundsatz). Die Vorinstanz habe zu Unrecht die Voraussehbarkeit bejaht und die Frage der Vermeidbarkeit gar nicht geprüft. Er habe mehrfach in den Rück- und Seitenspiegel geschaut und vorschriftsgemäss den linken Blinker betätigt. Er habe das Fenster zur akustischen Wahrnehmung geöffnet. Er habe sich nicht "leichthin" auf das für nachfolgende Fahrzeuge geltende Verbot des Linksüberholens von Linksabbiegern verlassen und selbst keine unklare oder gefährliche Verkehrslage geschaffen. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz habe er nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 3.c/bb S. 44) im Moment des Abbiegens keinen Seitenblick machen, sondern auf die Fahrspur schauen müssen. Der Beschwerdegegner habe die stehende Fahrzeugkolonne "aus dem Nichts" mit übersetzter Geschwindigkeit überholt.
5.2 Soweit der Beschwerdeführer in der Begründung dieser Rügen Tatsachen behauptet, die von den willkürfreien tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz (siehe E. 3 hiervor) abweichen, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz ist es alltäglich, dass im stehenden und stockenden Kolonnenverkehr innerorts Zweiradfahrer die Kolonne links überholen. Es ist auch nicht ungewöhnlich, dass Zweiradfahrer dabei in Missachtung von Markierungen beispielsweise für Busse reservierte Verkehrsflächen befahren. Daher ist es im vorliegenden Fall unerheblich, wo genau es zur Kollision kam. Der Beschwerdeführer musste mit der Möglichkeit rechnen, dass er im stockenden Kolonnenverkehr verbotenerweise von einem Zweiradfahrer links überholt wird, der dabei in unzulässiger Weise eine Busspur benützte. Er durfte, zumal er ein eher ungewöhnliches Wendemanöver durchführen wollte, nicht darauf vertrauen, dass er nicht links überholt wird. Er musste sich daher, insbesondere da er nicht auf die Tram- bzw. Busspur eingespurt war, vergewissern, dass kein Fahrzeug von hinten auf dieser Spur nahte. Hierfür musste er zur Vermeidung der sich aus dem "toten Winkel" ergebenden Risiken auch den Kopf drehen. Bei diesem gebotenen Verhalten hätte er gemäss den willkürfreien Feststellungen der Vorinstanz den Beschwerdegegner bemerken können oder aber, falls er auch beim Drehen des Kopfes keine unbehinderte Sicht nach hinten gehabt hätte, nicht losfahren dürfen. Gegebenenfalls hätte er mit der Einleitung des Wendemanövers zuwarten müssen und dadurch die Kollision und deren Verletzungsfolgen verhindern können. Unter diesen Umständen kann die genaue Lage des Kollisionspunktes offen bleiben.
Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit sich der Beschwerdeführer gegen den Schuldspruch der fahrlässigen Körperverletzung nach <ref-law> wendet.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer macht eventualiter geltend, die Anzahl und Höhe der Tagessätze seien zu hoch und im angefochtenen Entscheid nicht ausreichend begründet. Er verlangt eine Reduktion der Geldstrafe auf drei Tagessätze à Fr. 20.--.
6.2 Der Strafrahmen für die fahrlässige Körperverletzung bewegt sich zwischen einer Geldstrafe von einem bis 360 Tagessätzen oder einer Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren (Art. 125 Abs. 1, Art. 34 Abs. 1 StGB). Gemäss <ref-law> misst das Gericht die Strafe nach dem Verschulden des Täters zu. Es berücksichtigt das Vorleben und die persönlichen Verhältnisse sowie die Wirkung der Strafe auf das Leben des Täters. Nach <ref-law> wird das Verschulden nach der Schwere der Verletzung oder Gefährdung des betroffenen Rechtsguts, nach der Verwerflichkeit des Handelns, den Beweggründen und Zielen des Täters sowie danach bestimmt, wie weit der Täter nach den inneren und äusseren Umständen in der Lage war, die Gefährdung oder Verletzung zu vermeiden. Das Gericht bestimmt die Anzahl Tagessätze nach dem Verschulden des Täters (<ref-law>). Es bestimmt die Höhe des Tagessatzes nach den persönlichen und wirtschaftlichen Verhältnissen des Täters im Zeitpunkt des Urteils, namentlich nach Einkommen und Vermögen, Lebensaufwand, allfälligen Familien- und Unterstützungspflichten sowie nach dem Existenzminimum (<ref-law>). Das Bundesgericht greift in die Strafzumessung nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen beziehungsweise in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 f. mit Hinweisen).
6.3 Die Vorinstanz berücksichtigt bei den Tatkomponenten die schmerzhaften Verletzungsfolgen des Beschwerdegegners, welche zu einer halbjährigen Arbeitsunfähigkeit führten. Zugunsten des Beschwerdeführers wertet sie, dass er nur einen kurzen Moment unaufmerksam gewesen ist und den Beschwerdegegner ein Mitverschulden am Unfall trifft. In Bezug auf die Täterkomponente gewichtet sie das Fehlen von Vorstrafen und Administrativmassnahmen im Strassenverkehr sowie das Geständnis in den wesentlichen Belangen strafmindernd. Gestützt darauf gelangt die Vorinstanz zu einer Geldstrafe von 10 Tagessätzen. Zur Berechnung der Tagessatzhöhe geht sie von einem Erwerbseinkommen des Beschwerdeführers von Fr. 4'600.-- sowie einer Rente von Fr. 1'034.--, d.h. insgesamt Fr. 5'634.--, aus. Unter Berücksichtigung der Unterstützungspflichten für zwei Kinder (Jahrgang 1991 und 1995) setzt sie den Tagessatz auf Fr. 100.-- fest.
6.4 Die Vorinstanz legt sowohl die Tatkomponenten als auch die Täterkompomenten korrekt und vollständig dar. Sie bewertet das Verschulden des Beschwerdeführers innerhalb des Strafrahmens zu Recht als leicht und setzt die Geldstrafe im untersten Bereich an. Die Vorinstanz verletzt daher kein Bundesrecht, wenn sie die Strafe auf zehn Tagessätze Geldstrafe festlegt.
6.5 Die Bemessung der Tagessatzhöhe erfolgt nach dem Nettoeinkommensprinzip (<ref-ruling> E. 5.4 S. 66 ff. mit Hinweisen). Ausgangspunkt bildet das Einkommen, das dem Täter durchschnittlich an einem Tag zufliesst. Was gesetzlich geschuldet ist oder dem Täter wirtschaftlich nicht zufliesst, ist abzuziehen, so die laufenden Steuern, die Beiträge an die obligatorische Kranken- und Unfallversicherung sowie die notwendigen Berufsauslagen bzw. bei Selbständigerwerbenden die branchenüblichen Geschäftsunkosten (<ref-ruling> E. 6.1 S. 68 f.).
6.6 Bei einem Monatseinkommen von Fr. 5'634.-- und Unterstützungspflichten gegenüber zwei Kindern im Alter von 14 bzw. 18 Jahren liegt ein Tagessatz von Fr. 100.-- bei einer Strafe von 10 Tagessätzen noch im Bereich, in welchem das Existenzminimum des Beschwerdeführers nicht tangiert wird. Entgegen den Einwänden in der Beschwerde verletzt die Vorinstanz kein Bundesrecht, wenn sie den Kriterien des Existenzminimums und Lebensaufwands nicht durch Gewährung eines zusätzlichen Pauschalabzugs Rechnung trägt. Denn diese dienen lediglich als Korrektiv des errechneten Tagessatzes nach erfolgtem Pauschalabzug für die laufenden Steuern, die Beiträge an die obligatorische Kranken- und Unfallversicherung sowie die notwendigen Berufsauslagen. Bei der Anwendung der Kriterien zur Berechnung der Höhe des Tagessatzes (vgl. E. 6.5 hiervor) ist ein Tagessatz von Fr. 100.-- vertretbar. Das Vorgehen der Vorinstanz und die von ihr festgestellten Zahlen (vgl. E. 6.3 hiervor) sind nicht zu beanstanden. Die Berechnung der Tagessatzhöhe durch die Vorinstanz verletzt damit kein Bundesrecht. Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt abzuweisen.
7. 7.1 Die Vorinstanz hat zur Haftungsquote ausgeführt, die Betriebsgefahr beider Fahrzeuge habe sich gleich massgeblich ausgewirkt. Beiden Unfallbeteiligten sei eine Verletzung von Verkehrsregeln anzulasten. Dem Beschwerdegegner sei nicht bloss eine Unachtsamkeit vorzuwerfen, sondern er habe willentlich eine stockende bzw. stehende Kolonne überholt, obwohl er nicht die Gewissheit gehabt habe, rechtzeitig und ohne Behinderung anderer Verkehrsteilnehmer wieder einzubiegen. Er habe damit rechnen müssen, dass einzelne Fahrzeuge aus der Kolonne ausscheren, namentlich um ein Wendemanöver zu vollziehen. Beide Unfallbeteiligten hätten die gelbe Sicherheitslinie der Busspur überfahren. Den Beschwerdegegner treffe mindestens ein gleich grosses Verschulden am Unfall wie den Beschwerdeführer, weshalb die Haftungsquote auf je 50% festzulegen sei.
7.2 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie die Haftungsquote für den dem Beschwerdegegner entstandenen Schaden willkürlich auf lediglich 50% festgelegt habe. Sie habe die Verschuldensanteile des Beschwerdeführers und des Beschwerdegegners falsch gewichtet. Sie habe festgestellt, dass der Beschwerdeführer lediglich einen Moment unaufmerksam gewesen sei, während es sich beim Beschwerdegegner nicht um eine blosse Unachtsamkeit handle. Wenn sie dennoch die Haftungsquote auf je 50% festlege, geschehe dies willkürlich abweichend vom Verschuldensanteil und unverhältnismässig zu Lasten des Beschwerdeführers. Seine Haftungsquote sei auf 20% herabzusetzen.
7.3 Inhaltlich rügt der Beschwerdeführer eine Verletzung von <ref-law>. Indem er aber in seiner Begründung eine andere Aufteilung der Haftungsquoten verlangt, macht er sinngemäss die Verletzung der entsprechenden bundesrechtlichen Bestimmungen im Strassenverkehrsrecht, Obligationenrecht und Opferhilfegesetz geltend. Jedenfalls genügt der Beschwerdeführer mit der Bezifferung der Haftungsquoten seiner Substanziierungspflicht (Urteil 6S.107/2007 E. 3.). Das Bundesgericht wendet im Übrigen das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>).
7.4 Wird bei einem Unfall, an dem mehrere Motorfahrzeuge beteiligt sind, ein Halter körperlich geschädigt, so wird der Schaden den Haltern aller beteiligten Motorfahrzeuge nach Massgabe des von ihnen zu vertretenden Verschuldens auferlegt, wenn nicht besondere Umstände, namentlich die Betriebsgefahren, eine andere Verteilung rechtfertigen (<ref-law>). Für den Sachschaden eines Halters haftet ein anderer Halter nur, wenn der Geschädigte beweist, dass der Schaden verursacht wurde durch Verschulden oder vorübergehenden Verlust der Urteilsfähigkeit des beklagten Halters oder einer Person, für die er verantwortlich ist, oder durch fehlerhafte Beschaffenheit seines Fahrzeuges (<ref-law>). Art und Umfang des Schadenersatzes sowie die Zusprechung einer Genugtuung richten sich nach den Grundsätzen des Obligationenrechtes über unerlaubte Handlungen (<ref-law>).
Inhaltlich entspricht die Regelung in <ref-law> jener in <ref-law>, auch wenn der Wortlaut nicht identisch ist (URBAN HULLIGER, Bedeutung und Gewichtung der Betriebsgefahr in Art. 60 und 61 SVG, in: Jahrbuch zum Strassenverkehrsrecht 2004, S. 163). Das Verschulden ist primäres Kriterium der Haftungsaufteilung. Die Bedeutung des Verschuldens wird insoweit relativiert, als besondere Umstände, namentlich die Betriebsgefahren, eine andere Verteilung der Haftungsquote rechtfertigen können. Der schuldlose Halter hat daher einen Teil des Schadens zu übernehmen, wenn sich die Betriebsgefahr seines Fahrzeugs besonders stark ausgewirkt hat oder wenn den allein schuldigen Halter nur ein geringfügiges Verschulden trifft (<ref-ruling> E. 1a/bb S. 277). Die Beurteilung der Umstände im Sinne von <ref-law> beruht weitgehend auf richterlichem Ermessen, welche das Bundesgericht an sich frei überprüft. Indessen übt es dabei Zurückhaltung und greift nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von den in der Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgewichen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid keine Rolle hätten spielen dürfen oder wenn sie Umstände ausser Betracht gelassen hat, welche entscheidwesentlich waren (<ref-ruling> E. 1a/cc S. 279).
7.5 Nach den Ausführungen der Vorinstanz war der Beschwerdeführer für einen kurzen Moment unachtsam, indem er vor dem Wendemanöver keinen Blick über die Schulter zurück getätigt hat. Der Beschwerdegegner hat sich bewusst über Verkehrsregeln hinweggesetzt, indem er eine stehende Kolonne links überholt hat. Dabei hat er gemäss eigenen Aussagen noch auf 40 km/h beschleunigt, um eine Kollision zu verhindern, währenddessen der Beschwerdeführer nach seinen Aussagen lediglich im Schritttempo gefahren ist (angefochtenes Urteil S. 9). Beide Parteien sind mit ihrem Verhalten ein Risiko eingegangen, wobei die kurze Unachtsamkeit des Beschwerdeführers gegenüber dem Handeln des Beschwerdegegners weniger schwer wiegt.
Daneben ist im konkreten Fall auch die Betriebsgefahr zu berücksichtigen, welche sich sich hauptsächlich durch die Geschwindigkeit und das Gewicht eines Fahrzeugs auswirkt (ROLAND BREHM, Betriebsgefahr und Betriebsvorgang des Motorfahrzeugs, in: Jahrbuch zum Strassenverkehrsrecht 2005, S. 126 f.). Vorliegend hat sich vorwiegend die Betriebsgefahr des Autos des Beschwerdeführers mit der grösseren Masse auf die Verletzungsfolgen des Beschwerdegegners ausgewirkt, indem es ihn seitlich mit dem linken Kotflügel am Fusspedal touchiert hat (angefochtenes Urteil S. 8). Eine solche seitliche Kollision mit denselben Verletzungsfolgen hätte sich beispielsweise auch mit einem Fahrradfahrer ereignen können, welchen der Beschwerdeführer übersehen hätte.
Im Ergebnis ist daher die Festlegung einer Haftungsquote von 50% zulasten des Beschwerdeführers nicht unangemessen hoch. Zwar ist das Verschulden des Beschwerdeführers kleiner als jenes des Beschwerdegegners, doch hat sich im Verletzungserfolg vor allem die Betriebsgefahr des Beschwerdeführers ausgewirkt.
8. 8.1 Die Vorinstanz hat dem Beschwerdegegner eine Prozessentschädigung von Fr. 2'700.-- für die Kosten seiner anwaltlichen Vertretung in der Untersuchung und im erstinstanzlichen Verfahren zugesprochen. Sie hat dazu ausgeführt, eine solche Entschädigung sei mit der Berufungsschrift nicht beantragt worden. Zur Kostenverteilung stützt sie sich auf § 188 Abs. 1 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich (StPO/ZH, LS 321), wonach die Kosten der Untersuchung und des erstinstanzlichen Verfahrens dem Verurteilten aufzuerlegen sind. Die Höhe der Prozessentschädigung hat die Vorinstanz nicht weiter begründet.
8.2 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Zusprechung einer Parteientschädigung von Fr. 2'700.-- an den Beschwerdegegner für das erstinstanzliche Verfahren. Er macht geltend, die Zusprechung einer Prozessentschädigung sei willkürlich. Der Beschwerdegegner sei während der Untersuchung nicht und im erstinstanzlichen Verfahren nur auf dem Papier vertreten gewesen. Der Vertreter des Beschwerdegegners sei weder an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung erschienen, noch habe er eine Stellungnahme eingereicht und es habe mangels Teilnahme an der Hauptverhandlung keine Instruktionsarbeit im Hintergrund geleistet werden müssen. Der Beschwerdegegner habe keine Entschädigung für das erstinstanzliche Verfahren beantragt und keine Kostennote eingereicht. Eine Prozessentschädigung sei lediglich für tatsächlich anfallende Kosten zu leisten, welche vorliegend fehlen würden.
8.3 Auch wenn der Beschwerdegegner an der erstinstanzlichen Verhandlung nicht anwesend war, so hat er sich doch am Verfahren beteiligt. Sein Vertreter hat bereits im Untersuchungsverfahren am 26. September 2007 die Akten einverlangt (act. 20/2), um sie im Hinblick auf einen allfälligen Rückzug des Strafantrags zu studieren. Zu diesem Zweck musste er den Fall mit seinem Klienten, dem Beschwerdegegner, besprechen. Weiter hat er Arztzeugnisse eingereicht (act. 4). Der Beschwerdegegner selbst hat eine Zivilforderung geltend gemacht (act. 3). Er hat die Zusprechung einer Parteientschädigung für das erst- und zweitinstanzliche Verfahren zwar nicht in der Berufungsschrift, aber im Plädoyer (act. 48, S. 7) beantragt und die entsprechenden Parteikosten auf Fr. 4'000.-- beziffert. Die Pauschalisierung der Parteientschädigung ohne Einholung einer Kostennote ist im Ergebnis nicht unhaltbar, da der Beschwerdeführer seine Aufwendungen für das Verfahren vor erster und zweiter Instanz mit Fr. 4'000.-- beziffert hat und die Vorinstanz die Angemessenheit der Forderung anhand des ortsüblichen bzw. gerichtsnotorischen Stundenansatzes für Anwälte abschätzen kann. Im Ergebnis erweist sich die Zusprechung einer pauschalen Entschädigung von Fr. 2'700.-- für die Vertretung im Untersuchungs und erstinstanzlichen Verfahren nicht als willkürlich, deckt diese doch einen durchschnittlichen Arbeitsaufwand von wenigen Stunden ab.
Dass und inwiefern die Vorinstanz Bestimmungen des kantonalen Prozessrechts willkürlich angewendet habe, macht der Beschwerdeführer nicht geltend, weshalb dies nicht zu prüfen ist.
9. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch