Faits:
A. C._, née en 1959, travaille depuis le 1er janvier 2000 en qualité de collaboratrice au service client de X._. A ce titre, elle est assurée obligatoirement contre le risque d'accident auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (ci-après: CNA).
Par une déclaration du 21 septembre 2006 (non signée) adressée à la CNA, l'employeur de l'assurée a annoncé en ces termes un accident survenu le 15 septembre 2006 sur un parking à T._: « C._ est descendue d'un petit fourgon et son genou a lâché. Rechute d'un accident du 21 février 1998 assuré par la caisse F._ ».
C._ a été examinée le 19 septembre 2006 par le docteur Y._, spécialiste en chirurgie orthopédique. Dans un rapport du 5 octobre 2006, ce dernier a diagnostiqué une nouvelle distorsion du genou gauche, sur ancienne distorsion du LCA (ligament croisé antérieur), contusion osseuse au compartiment externe, distorsion du ligament latéral interne (LLI). L'incapacité de travail était totale jusqu'au 1er octobre 2006, puis partielle, à raison de 50 %.
Une IRM du genou gauche a mis en évidence une ancienne rupture complète du LCA s'accompagnant d'une petite lésion méniscale périphérique, des contusions osseuses secondaires à un stress en valgus, une lésion de grade II à III du LLI proximal avec atteinte associée du ligament ménisco-fémoral ainsi qu'un épanchement articulaire modéré et dans la bourse postéro-antérieure du demi-membraneux (rapport du 25 septembre 2006 du docteur W._).
Le 2 octobre 2006, en réponse à un questionnaire de la CNA sur les circonstances de l'accident, C._ a indiqué ce qui suit « J'ai voulu sortir quelque chose d'un petit fourgon vers 17 h 30 à T._, en descendant du coffre, mon genou gauche est parti, s'est tordu du côté intérieur et je me suis trouvée par terre; le genou a fléchi à l'intérieur (chute); les douleurs ont commencé de suite après l'événement ».
Interrogée sur son lieu de travail le 31 octobre 2006 par un inspecteur de la CNA, C._ a déclaré ce qui suit:
« Alors que je descendais normalement du pont du fourgon d'une connaissance (hauteur environ 50 cm), j'ai posé normalement mon pied gauche au sol sans qu'il y ait quelque chose de spécial au sol comme un caillou ou un trou. Immédiatement lors de la pose de ce pied gauche, mon genou s'est tordu sur l'intérieur de mes jambes, puis a lâché. Cela m'a fait perdre l'équilibre et je suis partie de tout mon long en avant sur le goudron. Je me suis réceptionnée alors sur le coude gauche et sur tout le côté gauche ».
Par décision du 7 novembre 2006, la CNA a refusé de prendre en charge le cas, faute d'un événement couvert par l'assurance. C._ a fait opposition à cette décision. Après avoir requis l'avis du docteur J._, (rapport du 13 février 2007), la CNA a confirmé sa décision initiale par une nouvelle décision du 20 février 2007. Elle a considéré, en bref, que l'événement du 15 septembre 2006 ne constituait ni un accident, ni une lésion assimilée à un accident. En particulier, la chute de l'intéressée n'était que la conséquence de l'entorse subie et non la cause de celle-ci, laquelle remontait en réalité à un accident de ski du 21 février 1998 couvert par une autre compagnie d'assurance.
B. Statuant le 5 décembre 2008, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours formé par C._ contre la décision sur opposition.
C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement en prenant les conclusions suivantes: « Le jugement rendu le 5 décembre 2008 par le Tribunal des assurances du canton de Vaud est réformé en ce sens que le recours formé par C._ à l'encontre de la décision sur opposition rendue le 20 février 2007 par l'intimée SUVA est admis, dite décision étant réformée en ce sens que l'opposition formée les 1er décembre 2006 et 23 janvier 2007 par la recourante à l'encontre de la décision du 14 novembre 2006 est admise, dite décision étant réformée en ce sens que l'événement du 15 septembre 2006 doit être qualifié d'accident au sens de l'<ref-law>, ses conséquences devant être prises en charge par l'intimée SUVA ».
La CNA conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le litige porte sur le droit éventuel de l'assurée à la prise en charge par l'intimée des suites de l'événement du 15 septembre 2006.
2. Dans la procédure de recours concernant l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral n'est pas lié par l'état de fait constaté par la juridiction inférieure (<ref-law>).
3. En vertu de l'<ref-law>, est réputé accident toute atteinte dommageable, soudaine et involontaire, portée au corps humain par une cause extérieure extraordinaire qui compromet la santé physique, mentale ou psychique ou qui entraîne la mort. La recourante ne prétend plus que l'événement du 15 septembre 2006 serait constitutif d'un accident au vu de ses motifs et conclusions. Elle fait valoir que la lésion qu'elle a subie entre dans la définition des atteintes mentionnées à l'<ref-law>.
4. La jurisprudence (<ref-ruling>) a précisé les conditions d'octroi des prestations en cas de lésion corporelle assimilée à un accident. C'est ainsi qu'à l'exception du caractère «extraordinaire» de la cause extérieure, toutes les autres conditions constitutives de la notion d'accident doivent être réalisées (cf. <ref-law>). En particulier, en l'absence d'une cause extérieure - soit d'un événement similaire à un accident, externe au corps humain, susceptible d'être constaté de manière objective et qui présente une certaine importance -, fût-ce comme simple facteur déclenchant des lésions corporelles énumérées à l'<ref-law>, les troubles constatés sont à la charge de l'assurance-maladie.
L'existence d'une lésion corporelle assimilée à un accident doit ainsi être niée dans tous les cas où le facteur dommageable extérieur se confond avec l'apparition (pour la première fois) de douleurs identifiées comme étant les symptômes des lésions corporelles énumérées à l'art. 9 al. 2 let. a à h OLAA.
De la même manière, l'exigence d'un facteur dommageable extérieur n'est pas donnée lorsque l'assuré fait état de douleurs apparues pour la première fois après avoir accompli un geste de la vie courante (par exemple en se levant, en s'asseyant, en se couchant ou en se déplaçant dans une pièce, etc.) à moins que le geste en question n'ait requis une sollicitation du corps, en particulier des membres, plus élevée que la normale du point de vue physiologique et dépasse ce qui est normalement maîtrisé d'un point de vue psychologique. La notion de cause extérieure suppose en effet qu'un événement générant un risque de lésion accru survienne. Tel est le cas notamment lors de changements de position du corps, qui sont fréquemment de nature à provoquer des lésions corporelles selon les constatations de la médecine des accidents (brusque redressement du corps à partir de la position accroupie, le fait d'accomplir un mouvement violent ou en étant lourdement chargé, ou le changement de position corporelle de manière incontrôlée sous l'influence de phénomènes extérieurs; <ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 470).
5. Dans sa décision sur opposition du 20 février 2007, l'intimée a distingué deux phases dans les circonstances décrites par l'assurée. La première a consisté dans le simple fait de descendre du pont d'un fourgon en posant normalement le pied gauche au sol. L'existence d'une lésion corporelle assimilée à un accident devait être niée puisque C._ avait quitté le pont du fourgon, haut de près de 50 cm, en posant normalement son pied gauche: une telle action dépourvue d'intensité, ne sort pas du cadre de la vie courante et ne saurait dès lors constituer un facteur extérieur. En d'autres termes, le fait que la prénommée n'a ni effectué de saut, ni opéré de mouvement particulier et qu'elle n'a pas non plus posé son pied gauche sur un sol inégal ne permet pas d'admettre l'existence d'une lésion corporelle assimilée à un accident.
La deuxième phase a été marquée par une chute, consécutive à une perte d'équilibre. Si celle-ci constitue, en tant que telle, un accident, elle ne saurait, en revanche, avoir entraîné des lésions propres nécessitant un suivi thérapeutique ou générant une incapacité de travail. Il ressort en effet de l'appréciation du docteur J._ du 13 février 2007 que la distortion du LLI et les contusions osseuses du compartiment externe sont uniquement imputables à la première phase des événements, laquelle n'entre pas dans la définition d'un accident ou d'une lésion corporelle assimilée.
5.1 La juridiction cantonale a confirmé cette décision sur opposition en se ralliant pour l'essentiel à la motivation de la CNA, soit en retenant l'absence d'une cause extérieure.
De son côté, la recourante fait valoir qu'elle est descendue du pont du fourgon d'une hauteur de 50 cm. Elle indique qu'elle mesure 1,59 m pour une hauteur d'entrejambe de 70 cm et déclare qu'une descente du fourgon « en marchant » à partir d'une position debout est objectivement impossible, de sorte qu'elle a bel et bien sauté, soit elle s'est laissée descendre lourdement sur sa jambe gauche. Elle soutient que la descente du fourgon constitue un facteur extérieur au caractère extraordinaire.
5.2 En l'espèce, sur la base des propres déclarations de la recourante - constantes sur ce point - il ne fait pas de doute que la distorsion du genou de l'intéressée s'est produite avant qu'elle ne perde l'équilibre puis chute. En d'autres termes, la chute est la conséquence et non la cause de l'entorse au genou gauche. C'est dire que dans ce contexte, la chute n'est pas déterminante. Dans la mesure où par ailleurs, selon ces mêmes déclarations, l'incident du 15 septembre 2006 s'est déroulé dans des conditions normales (soit jusqu'à la fin de sa première phase), il y a lieu nier l'existence d'un facteur extérieur, à l'instar des deux instances précédentes. On ajoutera que l'allégation de la recourante selon laquelle elle aurait sauté du fourgon est en contradiction avec ses déclarations initiales des 2 et 31 octobre 2006 auxquelles il y a lieu de se tenir.
6. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires afférents à la présente procédure (art. 66 al. 1, première phase, LTF en relation avec l'art. 65 al. 4 let. a). Pour le même motif, elle n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 750 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 11 août 2009
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
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