Fatti:
A. A.a S._ è stato assunto nel 1987 alle dipendenze della Banca X._, appartenente al gruppo Y._. Quale dipendente dell'istituto era assicurato presso la previdenza professionale del gruppo, che era strutturata in un fondo di previdenza per il personale (Personalvorsorgestiftung der Y._, in seguito: PVS) e in un fondo di previdenza padronale a carattere assistenziale, finanziato esclusivamente dal datore di lavoro (Arbeitgebervorsorgefonds der Y._, in seguito: AGVF).
Nel 1998, a seguito di una ristrutturazione del gruppo Y._, l'istituto X._ venne rilevato dal gruppo Z._, sotto la ragione sociale W._ SA. L'interessato ha continuato a lavorare presso quest'ultima società fino al 30 novembre 1999, data per la quale ha disdetto il contratto di lavoro.
In seguito alla ristrutturazione, il fondo di previdenza per il personale della Banca X._ si è staccato dalla PVS per aderire - con effetto al 1° gennaio 1999 - al nuovo istituto di previdenza della W._ SA, ossia alla Servisa, fondazione collettiva per la previdenza del personale (ora: Servisa, fondazione collettiva delle Banche Cantonali).
A.b Da parte sua, il Consiglio di fondazione dell'AGVF ha deciso il 1°/ 2 settembre 1999 di liquidare - in funzione della sua fusione con la PVS - il fondo padronale con effetto dal 30 settembre 1999 secondo le seguenti modalità: per gli assicurati rimasti nel gruppo Y._ è stato allestito un piano di riparto individuale dei fondi liberi, mentre per gli assicurati delle società vendute (la W._ SA e la P._) i fondi liberi sarebbero stati trasferiti collettivamente alle nuove fondazioni indicate da dette società prendendo come base di ripartizione il capitale di risparmio esistente presso PVS il 31 dicembre 1998. Per il personale di W._ SA i fondi in questione sono stati trasferiti in parte alla Servisa (per un importo di fr. 2'000'000.-) e in parte al neocostituito fondo padronale della W._ SA, denominato Fondazione padronale della W._ SA (per un importo di fr. 866'110.65).
A.c L'8 novembre 1999 la Commissione per la previdenza della W._ SA ha deciso, con effetto al 1° gennaio 2000, la ripartizione individuale dei fondi liberi accreditati a Servisa, nel senso che ha preso in considerazione tutti i dipendenti entrati a fare parte dell'istituto prima del 31 dicembre 1998, a condizione che il rapporto di lavoro non fosse stato disdetto entro la fine del 1999.
Il 30 dicembre 1999 e il 21 gennaio 2000 S._ ha chiesto delucidazioni alla Servisa, rispettivamente alla Commissione per la previdenza della W._ SA, in merito alle distribuzioni effettuate, facendo valere il diritto di partecipare a tutte le distribuzioni, da qualunque parte esse provenissero. Il 25 gennaio 2000 l'adita Commissione ha comunicato all'interessato ch'egli non poteva vantare alcun diritto sugli importi derivanti dal fondo padronale.
B. Con decisione del 6 luglio 2000 l'autorità di vigilanza sulle fondazioni del Cantone A._ ha ratificato la ripresa, da parte di PVS, di tutti i diritti e i doveri dell'AGVF, ordinando per il resto la radiazione dal registro di commercio di quest'ultimo fondo. Con comunicazione di stessa data all'AGVF, preso atto che i diritti acquisiti dei beneficiari non erano stati intaccati e che il competente organo di controllo aveva confermato l'avvenuta esecuzione della fusione (parziale) per il 30 settembre 1999, l'autorità di vigilanza ha inoltre dato il suo consenso all'avvenuto trasferimento dei fondi liberi di quest'ultimo alla Servisa, da una parte, e al fondo padronale della W._ SA, dall'altra.
C. Dopo vari scambi di corrispondenza e su indicazione della stessa autorità federale di vigilanza, il 23 gennaio 2001 S._ ha interposto reclamo all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) contro il piano di ripartizione deciso l'8 novembre 1999 dalla Commissione per la previdenza della W._ SA e avente per oggetto la distribuzione del patrimonio proveniente dalla liquidazione dell'AGVF. Con il reclamo ha postulato l'annullamento di questo piano di ripartizione poiché ritenuto in contrasto con la decisione del Consiglio di fondazione dell'AGVF. Secondo questa decisione, tutti i dipendenti attivi al 31 dicembre 1998 avrebbero dovuto infatti partecipare al piano di ripartizione. Egli ha quindi chiesto l'elaborazione di un nuovo piano di riparto che lo comprendesse fra i beneficiari. Infine ha ugualmente chiesto la ripartizione dell'importo di fr. 866'110.65 trattenuto (a suo modo di vedere illegittimamente) per la costituzione del fondo padronale della W._ SA.
D. L'interessato ha pure inoltrato, il 29 gennaio 2001, cinque petizioni al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendo in sostanza di essere ammesso a partecipare alla ripartizione dei fondi liberati con lo scioglimento e la liquidazione dell'AGVF.
Mediante giudizio del 25 marzo 2002 i giudici cantonali hanno constatato la loro incompetenza a pronunciarsi sulla ripartizione dei fondi liberi in oggetto ed hanno pertanto dichiarato irricevibili le petizioni. Contro tale pronuncia l'interessato si è aggravato al Tribunale federale delle assicurazioni.
E. Con decisione del 2 ottobre 2001 l'UFAS ha respinto il reclamo nella misura in cui lo ha ritenuto ricevibile. In via preliminare ha osservato di essere competente, in qualità di autorità di vigilanza della Servisa, unicamente per esaminare il piano di ripartizione deciso dalla Commissione per la previdenza della W._.SA
Ha inoltre ricordato che né l'autorità di vigilanza sulle fondazioni del Cantone A._ né il Consiglio di fondazione di AGVF avevano imposto particolari obblighi di ripartizione individuale per il gruppo degli assicurati della W._ SA, sicché la Commissione per la previdenza della W._ SA poteva di massima decidere liberamente in merito alla distribuzione dei fondi liberi dell'opera di previdenza W._ SA, anche perché tale ripartizione non era legata a una liquidazione (parziale o totale) del fondo di previdenza W._ SA.
Ha quindi ritenuto non censurabili i criteri fissati nel piano di ripartizione. Per quanto riguarda la sua data (1° gennaio 2000), l'UFAS ha ricordato che di regola gli assicurati già usciti di loro spontanea volontà dall'istituto di previdenza sono esclusi dalla distribuzione facoltativa dei fondi liberi. Quanto all'obiezione dell'interessato secondo cui, conformemente alla decisione del 1° settembre 1999 del Consiglio di fondazione dell'AGVF, avrebbero dovuto essere presi in considerazione tutti gli assicurati affiliati al 31 dicembre 1998, l'UFAS, oltre a evidenziare che il piano di riparto previsto il 1° settembre 1999 non era valido per i dipendenti della W._ SA- per essi essendo stato previsto un altro modo di procedere (cfr. cifra 5 del verbale relativo alla seduta straordinaria del Consiglio di fondazione AGVF di stessa data in relazione con lo scritto 2 settembre 1999 della sua consigliera L._) -, ha precisato che la data del 31 dicembre 1998 era stata fissata affinché anche i collettivi di assicurati che erano usciti dall'opera di previdenza del personale della Y._ potessero ricevere la loro parte. Con la decisione di ripartizione dei fondi dell'AGVF nessun obbligo sarebbe però stato imposto alla Servisa in merito ad un'eventuale ripartizione individuale e nemmeno in merito ad un termine per effettuarla.
F. Contro tale decisione S._ si è aggravato alla Commissione federale di ricorso in materia di previdenza professionale per la vecchiaia, i superstiti e l'invalidità. Oltre a riproporre le domande formulate con il reclamo, ha chiesto la restituzione in intero del termine per impugnare la decisione del 6 luglio 2000 dell'autorità di vigilanza del Cantone A._ facendo valere di non essere stato coinvolto nella procedura dinanzi a detta autorità.
La Commissione di ricorso (dal 1° gennaio 2007: Tribunale amministrativo federale) ha quindi sospeso la procedura in attesa che il Tribunale federale delle assicurazioni si pronunciasse sui ricorsi pendenti presso tale Corte.
G. Facendo notare che il tema di sapere se una persona soddisfi i criteri indicati da un piano di ripartizione cresciuto in giudicato è una questione che riguarda l'esecuzione del piano stesso e in quanto tale dev'essere esaminata nell'ambito di competenza dell'<ref-law>, con sentenza del 31 gennaio 2006 il Tribunale federale delle assicurazioni (dal 1° gennaio 2007: Tribunale federale) ha annullato il giudizio cantonale 25 marzo 2002 e rinviato la causa al Tribunale cantonale delle assicurazioni affinché si determinasse sulle petizioni di S._.
H. Dopo avere riattivato la procedura, il Tribunale amministrativo federale, nella misura in cui lo ha ritenuto ricevibile, ha respinto il ricorso di S._ contro la decisione su reclamo dell'UFAS (pronuncia del 18 dicembre 2007). In particolare ha osservato che la decisione 6 luglio 2000 dell'autorità di sorveglianza del Cantone A._, correttamente pubblicata nel registro di commercio e cresciuta in giudicato, non poteva - unitamente a quanto stabilito per le modalità di trasferimento collettivo dei fondi liberi a favore della Servisa e del neocostituito fondo padronale - essere rimessa in discussione dall'UFAS, non da ultimo per ragioni di competenza, visto che i due fondi padronali erano sottoposti a un'autorità di vigilanza cantonale. Ha quindi respinto la domanda di restituzione in intero per l'impugnazione della decisione del 6 luglio 2000 osservando tra l'altro che a fine 1999 l'interessato era verosimilmente già a conoscenza delle decisioni relative allo scioglimento dell'AGVF. Riguardo alla conformità alla legge del piano di ripartizione dell'8 novembre 1999, il Tribunale amministrativo federale ha confermato la valutazione dell'UFAS. Ha ricordato che il trasferimento della quota parte dei fondi provenienti dall'AGVF a favore della Servisa era avvenuto collettivamente e che solo in un secondo tempo si era proceduto alla ripartizione dei fondi accreditandoli individualmente agli assicurati della Servisa secondo la chiave adottata l'8 novembre 1999. Per il resto ha ritenuto che i criteri di ripartizione non erano di per sé arbitrari e non giustificavano pertanto un intervento dell'autorità di vigilanza.
I. Patrocinato dall'avv. Sandro Patuzzo, S._ si è aggravato al Tribunale federale, al quale chiede che il giudizio 18 dicembre 2007 del Tribunale amministrativo federale sia annullato e modificato nel senso che il suo ricorso contro la decisione 2 ottobre 2001 dell'UFAS venga accolto. Di conseguenza postula l'annullamento di quest'ultima decisione come pure di quella del 6 luglio 2000 dell'autorità di vigilanza sulle fondazioni del Cantone A._- nella misura in cui autorizza l'utilizzazione del "patrimonio liberato" dall'AGVF diversamente da quanto disposto dal Consiglio di fondazione di AGVF -, e del piano di ripartizione dell'8 novembre 1999 adottato dalla Commissione per la previdenza della W._ SA. Infine chiede che sia fatto obbligo a quest'ultima di allestire un nuovo piano di riparto che lo comprenda fra i beneficiari aventi diritto e di procedere alla ripartizione dell'intero importo ricevuto dalla liquidazione dell'AGVF, compreso l'importo di fr. 866'110.65 trattenuto per la costituzione del fondo padronale della W._ SA. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
L'UFAS come pure la Servisa hanno rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. 1.1 La seconda Corte di diritto sociale del Tribunale federale è competente a trattare i ricorsi in materia di diritto pubblico e i ricorsi sussidiari in materia costituzionale concernenti segnatamente la previdenza professionale (art. 35 del Regolamento del Tribunale federale [RS 173.110.131]). Essa Corte è pertanto competente, ratione temporis et materiae, a trattare il presente ricorso contro il giudizio che il Tribunale amministrativo federale ha reso in applicazione dell'<ref-law>, pronunciandosi sulla legalità di una decisione (del 2 ottobre 2001) che l'autorità di vigilanza (l'UFAS) ha adottato su denuncia del qui ricorrente in materia di approvazione/annullamento di un piano di ripartizione (più in generale sulla portata di tale rimedio giuridico in ambito LPP cfr. la sentenza 2A.185/1997 dell'11 febbraio 1998, consid. 2a, in Pra 1998 no. 70 pag. 435; HANS. J. PFITZMANN, Schutz der Destinatäre als eine der Aufgaben der Aufsichtsbehörden, die von der Rechtsprechung konkretisiert wurde, in Miscellanea per il 75° anniversario del Tribunale federale delle assicurazioni, 1992, pag. 490 seg.).
1.2 In tali condizioni, il ricorso è unicamente ricevibile nella misura in cui l'insorgente contesta il piano di ripartizione 8 novembre 1999 di W._ SA e chiede che venga ordinato l'allestimento di uno nuovo. Non possono per contro essere oggetto della presente procedura eventuali pretese individuali dell'assicurato che trovino il loro fondamento in un concreto rapporto di previdenza. Tali pretese sono infatti da decidere nell'ambito della procedura (tuttora pendente dinanzi all'autorità giudiziaria cantonale, in attesa della presente sentenza) ex <ref-law> (sui criteri di delimitazione tra le due procedure v. ad esempio <ref-ruling>, in cui si sottolinea peraltro l'opportunità di evitare una frammentazione delle vie giudiziarie; cfr. pure RSAS 2006 pag. 462 [B 41/03], 46 [B 6/05 e B 107/04]). In mancanza di un giudizio di un'autorità inferiore che si pronunci sul tema, ogni domanda diretta in questo senso è inammissibile (v. <ref-law>).
1.3 Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>; cfr. tuttavia l'eccezione del cpv. 2). Esso non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore. Per il resto, fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>).
2. 2.1 Giustamente, la pronuncia impugnata ha osservato che non si può rimettere in discussione la decisione - cresciuta in giudicato - del 6 luglio 2000 dell'autorità di vigilanza del Cantone A._ concernente la liquidazione di AGVF. Non solo infatti l'autorità giudiziaria di primo grado ha accertato in maniera vincolante - in quanto non manifestamente inesatta o comunque contraria al diritto - per la Corte giudicante che il ricorrente doveva essere verosimilmente a conoscenza della procedura di scioglimento di AGVF (v. a tal proposito lo scritto 30 dicembre 1999 a Servisa in cui al ricorrente risultava "che nel 1999 sono state distribuite delle eccedenze supplementari"). Essa ha pure ricordato che la decisione del 6 luglio 2000 è stata correttamente pubblicata a registro di commercio. Ora, l'iscrizione - pubblicata nel Foglio ufficiale svizzero di commercio del 12 settembre 2000 - relativa allo scioglimento e alla cancellazione di AGVF fa espresso riferimento alla decisione dell'autorità di vigilanza sulle fondazioni e partecipa all'effetto di pubblicità positiva del registro di commercio (v. l'<ref-law>; MANFRED KÜNG, Berner Kommentar, 2001, n. 38 segg. all'<ref-law>). Su questo punto, la pronuncia impugnata merita piena conferma e il ricorso, che contesta questa analisi, è infondato. Giustamente l'istanza precedente poteva respingere la domanda - comunque tardiva - di restituzione del termine.
2.2 Corretta risulta inoltre pure la valutazione dell'autorità giudiziaria di primo grado nella misura in cui, aderendo alla posizione dell'UFAS, ha confermato l'incompetenza di quest'ultimo a statuire sul trasferimento di fr. 866'110.65 da AGVF al fondo padronale della W._ SA. Come già l'UFAS, anche il Tribunale amministrativo federale ha giustamente rilevato che la questione esulava dalla sfera di competenza dell'Ufficio dal momento che i due fondi padronali erano sottoposti a un'autorità di vigilanza cantonale (v. <ref-law>; cfr. inoltre, su questo tema, anche la sentenza 2A.735/2005 del 19 giugno 2006, consid. 3.4, in cui si è stabilito che la verifica circa l'esecuzione di una liquidazione parziale e l'attuazione di un accordo di ripresa da parte dell'istituto assuntore non spetta di principio all'autorità di vigilanza dell'istituto cedente, bensì alle autorità presso la sede dell'istituto assuntore). Anche su questo punto il ricorso, che si oppone a tale valutazione, non può trovare accoglimento.
3. 3.1 Oggetto di disamina resta di conseguenza la questione di sapere se il piano adottato l'8 novembre 1999 dalla Commissione per la previdenza di W._ SA poteva, in conformità alla legge e alla Costituzione, fissare i criteri di ripartizione ivi stabiliti dopo che i fondi liberi provenienti dalla liquidazione di AGVF erano stati trasferiti collettivamente a favore del personale partente ("Abgangsbestand"; sui principi e le norme applicabili alla liquidazione di fondi padronali cfr. sentenza 2A.189/2002 del 10 ottobre 2002, consid. 3 con riferimenti; HERMANN WALSER, Gesamt- und Teilliquidation patronaler Stiftungen, in Hans Schmid [editore], Teilliquidationen von Vorsorgeeinrichtungen, 2000, pag. 101 segg.; JACQUES-A. SCHNEIDER, Fonds libres et liquidations de caisses de pensions, éléments de jurisprudence, in RSAS 2001 pag. 477 segg.; THOMAS GEISER, Teilliquidationen bei Pensionskassen, Anwendungsbereich, Vorgehen, Anspruch und Aufsicht, in Der Schweizer Treuhänder 2007/1-2, pag. 83 seg.).
3.2 In sintesi, il ricorrente fa valere che il piano di ripartizione stabilito con la liquidazione di AGVF sarebbe andato a beneficio di tutti i dipendenti del gruppo che erano tali al 31 dicembre 1998 e che vi avrebbero in particolare avuto diritto anche i dipendenti che - come lui - avevano lasciato l'impiego nel corso del 1999 purché entrati a far parte di PVS prima del 31 dicembre 1997. Ribadisce che la Commissione per la previdenza della W._ SA non aveva il diritto di distanziarsi dalla decisione presa dal Consiglio di fondazione di AGVF e di disporre liberamente del capitale ricevuto dalla liquidazione di quest'ultimo poiché i diritti sul patrimonio liquidato erano maturati in precedenza, in seguito agli anni di appartenenza al sistema di previdenza del gruppo Y._. Contrariamente a quanto ritenuto dai primi giudici, la destinazione di quel patrimonio non era più libera. Il fatto che, per una questione eminentemente tecnico-pratica, i fondi derivanti dalla liquidazione di AGVF fossero stati trasferiti collettivamente (e non individualmente) alla Servisa non poteva giustificare, a suo avviso, la soppressione di diritti sorti con lo scioglimento e la liquidazione di AGVF. L'esclusione di quei dipendenti che durante il 1999 avrebbero lasciato la W._ SA viene di conseguenza ritenuta discriminatoria e contraria alla buona fede, oltre che costitutiva di una crassa disparità di trattamento visto che gli stessi, al pari di quelli rimasti, avevano in ugual misura maturato il loro diritto con la partecipazione al sistema di previdenza del gruppo Y._.
4. 4.1 La legge istituisce un diritto individuale o collettivo ai fondi liberi - in aggiunta a quello alla prestazione d'uscita - soltanto in caso di liquidazione parziale o totale di un istituto di previdenza (<ref-law>, nel suo tenore applicabile in concreto, in vigore fino al 31 dicembre 2004 [v. ad esempio sentenza 2A.735/2005 del 19 giugno 2006, consid. 2.1]). Per giurisprudenza, l'<ref-law> si applica per analogia ai fondi padronali di carattere assistenziale - quale era l'AGVF -, che sono finanziati esclusivamente dal datore di lavoro e che offrono prestazioni al di fuori di ogni obbligo regolamentare. Questa disposizione non fa in effetti altro che formalizzare e precisare dei principi già conosciuti e ancorati nella giurisprudenza e nella dottrina precedenti sulla base dell'<ref-law> (cfr. sentenza citata 2A.189/2002, consid. 3 con riferimenti). Già prima della promulgazione dell'<ref-law>, il Tribunale federale aveva infatti avuto modo di affermare che, per il principio della buona fede, il patrimonio di una fondazione deve seguire il personale in favore del quale esso è stato costituito, mentre, per il principio della parità di trattamento, è vietato favorire un gruppo di destinatari a detrimento di un altro (cfr. <ref-ruling> consid. 4c pag. 54). Queste considerazioni sono quindi state trasposte anche alla liquidazione di fondi padronali (cfr. <ref-ruling> consid. 4 pag. 442), il fatto che i destinatari di questi fondi non abbiano un diritto a prestazioni, ma semplicemente delle aspettative, non essendo stato ritenuto decisivo (sentenza citata 2A.189/2002, consid. 3.2). Anche in caso di liquidazione di un fondo padronale, i fondi liberi seguono pertanto, di principio, le persone precedentemente destinatarie, le quali devono beneficiare dello stesso trattamento. Le partenze volontarie (così come anche un pensionamento) non danno tuttavia diritto a una parte dei fondi liberi, rispettivamente a una liquidazione parziale (<ref-ruling>).
4.2 Dal momento che si fondano su principi generali del diritto, queste regole concernenti la ripartizione dei fondi liberi di una fondazione non sono soltanto valide in caso di liquidazione parziale o totale di un istituto di previdenza; la loro validità è infatti anche stata estesa alle distribuzioni in generale, e questo anche trattandosi di prestazioni discrezionali provenienti dal patrimonio di un istituto di previdenza esclusivamente accumulato dal datore di lavoro e anche se i destinatari dispongono di mere aspettative (<ref-ruling> consid. 4.2.3 pag. 611).
5. 5.1 Nel caso di specie, se la liquidazione di AGVF - ormai cresciuta in giudicato e già posta in esecuzione (v. scritto 16 giugno 2000 di M._ AG al Consiglio di fondazione di AGVF con cui viene confermata l'avvenuta esecuzione conformemente a quanto deciso il 1° settembre 1999) - non può più essere messa in discussione per quanto detto in precedenza (consid. 2; sulla possibilità, prevista per legge [<ref-law>, nel tenore applicabile in concreto], e il margine di libertà spettante all'istituto cedente di decidere sul trasferimento individuale o collettivo dei fondi liberi, purché la decisione sia adeguata e rispettosa del principio della parità di trattamento cfr. tuttavia <ref-ruling> consid. 7.1 pag. 539 seg.; SCHNEIDER, op. cit., pag. 471 seg.; lo stesso, Restructurations économiques et fonds libres d'une institution de prévoyance, in Plädoyer 1995/5, pag. 53 segg.; CARL HELBLING, Zum Verfahren der Teil- und Gesamtliquidation von Personalvorsorgeeinrichtungen, in Hans Schmid [editore], op. cit., pag. 88]), resta da esaminare il comportamento della Commissione per la previdenza della W._ SA che ha proceduto a distribuire - volontariamente, al di fuori di una sua liquidazione - individualmente i fondi liberi provenienti dalla liquidazione di AGVF.
5.2 Una prestazione discrezionale, quale è la natura delle prestazioni generalmente offerte dalle istituzioni assistenziali o padronali, è caratterizzata dalla mancata definizione preliminare dei beneficiari individuali e/o dell'importo delle prestazioni. Il singolo beneficia in questi casi unicamente di una aspettativa, ma non di un diritto soggettivo a una prestazione. L'aspettativa può pure riguardare i fondi liberi di un istituto di previdenza, che si determinano sulla base della differenza tra il patrimonio figurante all'attivo di bilancio e le riserve figuranti al suo passivo (SCHNEIDER, in RSAS 2001, op. cit., pag. 454). Il consiglio di fondazione dispone in questi casi di un potere di apprezzamento che gli permette di decidere sull'assegnazione delle prestazioni in funzione delle specificità del caso concreto. L'aspettativa acquista valore di diritto soggettivo se l'istituto di previdenza assegna, nei limiti del suo potere di apprezzamento, il diritto a una prestazione. Dal momento in cui il diritto è accordato, esso beneficia della stessa protezione dei diritti regolamentari (SCHNEIDER, in Plädoyer 1995, op. cit., pag. 54).
5.3 Per giurisprudenza, se un nuovo datore di lavoro (in casu: W._ SA) riprende un'impresa esistente (in casu: Banca X._), i fondi liberi del precedente istituto di previdenza vengono trasferiti al nuovo istituto (ARMIN STRUB, Zur Teilliquidation nach Art. 23 FZG, PJA 12/94, pag. 1519 segg., 1526, 1531). In quest'ultimo confluiscono così degli attivi dalla liquidazione parziale e nella stessa misura nasce una pretesa corrispondente dei nuovi lavoratori, sicché i fondi liberi del nuovo istituto di previdenza non aumentano (sentenza citata 2A.185/1997, consid. 3c). Tuttavia, mentre in caso di trasferimento individuale la quota liquidata viene accreditata all'assicurato sul suo conto di previdenza personale oppure, se del caso, versata in contanti, il trasferimento collettivo non conferisce all'assicurato un diritto immediato sul patrimonio liquidato (HELBLING, op. cit., pag. 88 con riferimento).
6. 6.1 In caso di dissoluzione organizzativa di un istituto di previdenza, il consiglio di fondazione dispone di un importante potere di apprezzamento nella ripartizione dei fondi liberi. L'autorità di sorveglianza può di conseguenza intervenire solo in presenza di decisioni arbitrarie o abusive. Anche nella scelta della data determinante per la liquidazione è riconosciuto un ampio potere di apprezzamento dell'istituto di previdenza (SCHNEIDER, in RSAS 2001, pag. 472 seg.). Trattandosi di fondi padronali, il margine di apprezzamento per l'attribuzione e la ripartizione di fondi liberi è ancora maggiore (WALSER, op. cit., pag. 105).
L'applicazione di questi principi, elaborati per la liquidazione di un istituto di previdenza e per delimitare il potere di esame dell'autorità di vigilanza, si giustifica ugualmente nel presente caso di distribuzione volontaria di fondi, tanto più che il ricorrente non ha partecipato in alcun modo al loro finanziamento (cfr. in questo senso pure <ref-ruling> consid. 4.3 in fine pag. 612).
6.2 Come ha pertinentemente segnalato l'UFAS nella sua decisione del 2 ottobre 2001, né l'autorità di vigilanza sulle fondazioni del Cantone A._ né il Consiglio di fondazione AGVF avevano imposto particolari obblighi di ripartizione individuale per il gruppo degli assicurati della W._ SA, sicché la Commissione per la previdenza della W._ SA poteva di massima - entro i limiti legali - decidere liberamente in merito ai criteri e ai tempi di distribuzione individuale dei fondi ricevuti.
6.3 Il ricorrente non può - a sostegno della sua tesi - validamente contrapporre a questa constatazione il fatto che il piano di ripartizione deciso dal Consiglio di fondazione AGVF, prendendo in considerazione il capitale di risparmio esistente presso PVS al 31 dicembre 1998, comprendesse fra i beneficiari (collettivi) anche gli assicurati già usciti o che sarebbero usciti nel corso del 1999 purché entrati a fare parte di PVS prima del 31 dicembre 1997 (v. "memo" del 2 settembre 1999 della consigliera L._ all'indirizzo degli altri consiglieri di fondazione). A tal proposito, la decisione dell'UFAS ha ben spiegato che ci si era basati sulla data del 31 dicembre 1998 affinché anche i collettivi di assicurati che già avevano lasciato il gruppo Y._, e quindi PVS, partecipassero alla liquidazione e ai fondi liberi (nel senso di una ripartizione tra le singole società). Da tale circostanza non si può per contro desumere un diritto al trasferimento individuale per tutti gli assicurati che al 31 dicembre 1998 erano impiegati presso W._ SA.
6.4 L'ordinamento in materia impone una giusta ripartizione dei fondi liberi solo nel caso in cui i collaboratori sono involontariamente - a causa di eventi realizzatisi a livello aziendale, ma non di disdette per ragioni individuali - obbligati ad uscire da un istituto di previdenza. Per contro, non si realizza nessuna violazione del principio della parità di trattamento se una persona che lascia liberamente - come ha incontestatamente fatto il ricorrente nel caso di specie - la fondazione non viene considerata nel piano di ripartizione. Altrimenti, un collaboratore, che cambia più volte liberamente il datore di lavoro, potrebbe ogni volta che lascia la rispettiva fondazione di previdenza per il personale vantare un diritto sui fondi liberi; in questo modo però le disposizioni legali sul libero passaggio, rispettivamente le disposizioni regolamentari riguardanti le prestazioni di uscita statutarie, perderebbero il loro significato (<ref-ruling> consid. 5.6 pag. 402 seg. con riferimenti).
6.5 Il concetto è del resto stato recentemente esplicitato dal Tribunale federale in <ref-ruling> consid. 7.2 pag. 540. In tale sentenza, la II Corte di diritto pubblico ha chiaramente osservato che il diritto di un assicurato a partecipare ai fondi liberi che il personale partente ha ricevuto dall'istituto precedente nell'ambito della sua liquidazione parziale decade se, come in concreto, dopo il trasferimento collettivo, esce dal nuovo istituto di previdenza (<ref-ruling> consid. 7.2 pag. 540).
6.6 In esito a queste considerazioni si deve concludere che a ragione i primi giudici hanno negato gli estremi per intervenire a correzione del piano di riparto deciso l'8 novembre 1999 dalla Commissione per la previdenza di W._ SA. Il ricorrente è infatti uscito liberamente e individualmente dal nuovo istituto di previdenza dopo che alla Servisa erano stati trasferiti collettivamente i fondi provenienti dalla liquidazione di AGVF. Sebbene la ravvicinanza temporale tra il trasferimento collettivo dei fondi liberi di AGVF in favore di Servisa e la distribuzione individuale di questi fondi da parte della Commissione per la previdenza di W._ SA possa fare sembrare ingiusta la soluzione al ricorrente, essa non può dirsi arbitraria o abusiva perché si concilia con la giurisprudenza in materia.
7. Nella misura della sua ammissibilità, il ricorso va pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico del ricorrente (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3000.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale amministrativo federale,
Corte III, e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.