Sachverhalt:
A. Am 12. Juni 2006 schlossen A._ als Verkäufer (Beschwerdegegner) und die X._ AG als Käuferin (Beschwerdeführerin) einen Aktienkaufvertrag über sämtliche Namenaktien der Z._ AG mit damaligem Sitz in Y._. In Ziffer 8.4 (Standorterhaltung) des Aktienkaufvertrags sowie mit Zusatz vom 27. September 2006 bzw. 9. Oktober 2006 vereinbarten die Parteien das Folgende:
"Der Käufer sorgt dafür, dass für eine Dauer von 3 Jahren ab Vollzug dieses Vertrages der Sitz von Z._ AG im Kanton Y._ verbleibt sowie die Leistungserbringung in den Bereichen des Mail-Order (Detail/ArsLibri), Export, Wiederverkauf/Bibliotheken, Galerie der schönen Bücher, Verlag/ Herstellung und Finanz/Rechnungswesen (teilweise) nicht in wesentlichem Umfang an andere Standorte verlagert oder im Wesentlichen vollständig aufgegeben werden, vorbehalten bleiben wirtschaftliche Gründe.
Die Bereiche IT-Support, Fullfilment (Auftragsabwicklung bis Inkasso), Aussendienstadministration (wie z.B. Provisionsabrechnung), Adressmanagement, Auslieferung sowie Darstellung des Vertriebsgeschäfts in anderen gesellschaftsrechtlichen Einheiten zwecks Debitorenverkauf sind von der Standorterhaltungspflicht ausdrücklich nicht erfasst.
Im Fall des Verstosses gegen die Standorterhaltungspflicht kann der Verkäufer vom Käufer eine Konventionalstrafe von CHF 1'000'000 verlangen, deren Zahlung von der Einhaltung der Standorterhaltungspflicht entbindet.
Vorbehalten bleibt eine Verlegung des statutarischen Sitzes des Z._ nach Q._."
Vollzugstag des Vertrags war der 17. Juli 2006.
B. Am 4. Mai 2009 reichte der Beschwerdegegner beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage ein mit dem Rechtsbegehren, die Beschwerdeführerin sei zu verurteilen, dem Beschwerdegegner den Betrag von CHF 1'000'000 zuzüglich Zins zu 5 % p.a. seit 23. Januar 2009 zu bezahlen. Der Beschwerdegegner machte geltend, die Beschwerdeführerin habe innert der vereinbarten Schutzfrist von drei Jahren, d.h. bis zum 17. Juli 2009, die Standorterhaltungspflicht verletzt, indem Personal und Infrastruktur abgebaut und Organisationsstrukturen verlegt worden seien. Per 30. Juni 2009 sei der Standort Y._ vollständig aufgehoben worden. Die Beschwerdeführerin habe ihre Vertragspflicht schuldhaft verletzt, weshalb die Konventionalstrafe geschuldet sei.
Die Beschwerdeführerin begehrte, die Klage abzuweisen, eventualiter die Konventionalstrafe auf einen symbolischen Betrag von CHF 1.-- herabzusetzen.
Mit Urteil vom 28. Januar 2011 hiess das Handelsgericht die Klage teilweise gut und verpflichtete die Beschwerdeführerin, dem Beschwerdegegner CHF 670'000.-- nebst Zins zu 5 % seit dem 10. April 2010 zu bezahlen. Es kam zum Ergebnis, dass die Beschwerdeführerin die Standorterhaltungspflicht schuldhaft verletzt habe, weshalb die Konventionalstrafe verfallen sei. Allerdings erachtete es eine Herabsetzung der Konventionalstrafe um einen Drittel als angemessen.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Handelsgerichts aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen. Eventualiter sei das Verfahren zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten; eventualiter sei sie abzuweisen. Die Vorinstanz liess sich nicht vernehmen.
Die Parteien reichten eine Replik und eine Duplik ein, wobei der Beschwerdegegner beantragt, die Replik aus dem Recht zu weisen.

Erwägungen:
1. Vorab ist der Antrag des Beschwerdegegners zu behandeln, die Replik sei aus dem Recht zu weisen. Er begründet dies damit, dass vor Bundesgericht in der Regel nur ein Schriftenwechsel stattfinde und die Beschwerdeführerin keine hinreichenden Gründe vorbringe, die für ein Abweichen von diesem Grundsatz ausreichten. Sie mache nicht geltend, dass die Beschwerdeantwort neue Vorbringen enthalte, zu denen sie Stellung nehmen wolle.
Dem Antrag ist nicht stattzugeben. Das Bundesgericht ordnete mit Verfügung vom 31. Mai 2011 einen zweiten Schriftenwechsel an und setzte der Beschwerdeführerin Frist bis zum 17. Juni 2011, um zur Beschwerdeantwort Stellung zu nehmen. Die Beschwerdeführerin war demnach befugt, eine Replik einzureichen, was sie unter dem 15. Juni 2011 rechtzeitig tat. Von daher besteht kein Grund, die Replik aus dem Recht zu weisen.
Was die Berücksichtigung ihres Inhalts anbelangt, ist Folgendes festzuhalten: Die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig begründet einzureichen (Art. 42 Abs. 1 BGG). Eine Beschwerdeergänzung kommt einzig für Beschwerden auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen in Betracht (Art. 43 BGG). Eine Nachfrist zur Verbesserung einer ungenügenden Begründung wird nicht angesetzt (<ref-ruling> E. 2.4). Kommt es zu einem zweiten Schriftenwechsel, darf der Beschwerdeführer die Replik nicht dazu verwenden, seine Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.4; <ref-ruling> E. 1d/aa, je mit Hinweisen). Soweit die Beschwerdeführerin dies missachtet, können ihre Ausführungen in der Replik nicht berücksichtigt werden.
2. 2.1 Das angefochtene Urteil des Handelsgerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (Art. 90 BGG) einer letzten kantonalen Instanz im Sinne von Art. 75 Abs. 2 lit. b BGG. Sodann übersteigt der Streitwert die Grenze nach Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
2.2 Der Beschwerdegegner beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, weil diese das Gebot missachte, dass bei einer Mehrfachbegründung alle Begründungen angefochten werden müssen.
Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbständigen Begründungen, die je für sich den Ausgang des Rechtsstreits besiegeln, so hat der Beschwerdeführer darzulegen, dass jede von ihnen Recht verletzt; andernfalls kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (<ref-ruling> E. 6.3, mit Hinweisen).
Entgegen der Meinung des Beschwerdegegners beruht das angefochtene Urteil nicht in diesem Sinne auf einer Mehrfachbegründung. Die Vorinstanz verwarf lediglich die zahlreichen Einwände der Beschwerdeführerin je mit einer einschlägigen Begründung. Hingegen erfolgte die teilweise Gutheissung der Klage nicht auf Grund von zwei selbständigen Begründungen, die jede für sich den angefochtenen Entscheid zu stützen vermögen. Es bestand daher auch keine Pflicht zur Anfechtung einer Mehrfachbegründung, und es steht insofern dem Eintreten auf die Beschwerde nichts entgegen.
3. 3.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 3.2).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Die Begründung hat ferner in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen und der blosse Verweis auf Ausführungen in andern Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (<ref-ruling> E. 3.1 S. 400).
3.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (Art. 97 Abs. 1 BGG).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 511 f.; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4). Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Überdies ist in der Beschwerde darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 2.2.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3).
Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40). Inwiefern das kantonale Gericht sein Ermessen im dargelegten Sinn missbraucht haben soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. <ref-ruling> E. 2b).
4. 4.1 Wenn für den Fall der Nichterfüllung oder der nicht richtigen Erfüllung eines Vertrages eine Konventionalstrafe versprochen ist, so ist der Gläubiger mangels anderer Abrede nur berechtigt, entweder die Erfüllung oder die Strafe zu fordern (Art. 160 Abs. 1 OR). Die Geltendmachung der Konventionalstrafe setzt voraus, dass die Bedingung, d.h. die Nichterfüllung oder die nicht richtige Erfüllung der durch die Konventionalstrafe gesicherten Hauptverpflichtung, eingetreten ist. An der Nicht- oder Schlechterfüllung muss den Schuldner ein Verschulden treffen. Dabei hat der Schuldner zu beweisen, dass ihn an der Leistungsstörung kein Verschulden trifft (FELIX R. EHRAT, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, Bd. I, 4. Aufl. 2007, N. 14 zu Art. 160 OR; GAUCH/SCHLUEP/EMMENEGGER, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil, Bd. II, 9. Aufl. 2008, Rz. 3791).
4.2 Die Beschwerdeführerin brachte vor, die Geltendmachung der Konventionalstrafe setze Verzug (und nicht bloss Fälligkeit) der gesicherten Hauptverpflichtung voraus. Der Beschwerdegegner habe die Beschwerdeführerin aber nie in Verzug gesetzt. Die Vorinstanz erwog dazu, dass, soweit in der Lehre die Meinung vertreten werde, es sei Verzug erforderlich, dies nur bei Leistungspflichten, indessen nicht bei Unterlassungspflichten gelte. In der Standorterhaltungsklausel gemäss Ziffer 8.4 des Aktienkaufvertrags stehe zwar, dass der Käufer [für die Standorterhaltung] zu sorgen habe. Diese Formulierung enthalte aber keine aktive Verpflichtung der Beschwerdeführerin, sondern vielmehr eine echte Unterlassungspflicht, dass diese den Standort der Z._ AG nicht habe verlegen dürfen. Demnach sei vorliegend für die Geltendmachung der Konventionalstrafe keine In-Verzug-Setzung gefordert, sondern Fälligkeit [nämlich die Verletzung der Unterlassungspflicht] genüge.
4.3 Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Abrede, dass die Befürworter einer In-Verzug-Setzung dies nur bei positiven Leistungspflichten fordern. Sie ist jedoch der Meinung, bei der Standorterhaltungsklausel nach Ziffer 8.4 des Aktienkaufvertrags handle es sich entgegen der Vorinstanz um eine aktive Leistungspflicht. Die Vorinstanz habe in diesem Zusammenhang "diverse Rechtsfehler" begangen und den Sachverhalt offensichtlich unvollständig bzw. unrichtig festgestellt.
Sie wirft der Vorinstanz vor, bei der Sachverhaltsermittlung die Verhandlungsmaxime verletzt zu haben. Beide Parteien seien übereinstimmend zum Schluss gekommen, dass es sich bei der Standorterhaltungspflicht um eine positive Leistungspflicht handle. Sie zitiert zu dieser Behauptung einzelne Passagen aus der Klage und Replik des Beschwerdegegners, die angeblich zeigen sollen, dass auch er von einer Leistungspflicht ausgegangen sei. Zudem habe die Beschwerdeführerin in Ziffer 17 der Duplik ausdrücklich dargelegt, dass der Beschwerdegegner nie bestritten habe, dass es sich bei der Standorterhaltungspflicht um eine positive Vertragspflicht handle, weshalb er darauf zu behaften sei. Entgegen diesen klaren Äusserungen der Parteien habe die Vorinstanz die Standorterhaltungsklausel in Verletzung von § 133 aZPO/ZH als Unterlassungspflicht qualifiziert. Damit habe sie gegen die Verhandlungsmaxime und gegen Art. 8 ZGB verstossen.
4.4 Der vorliegende Prozess wickelte sich noch nach kantonalem Zivilprozessrecht ab (Art. 404 Abs. 1 ZPO). Bei der Verhandlungsmaxime handelte es sich unter dieser Verfahrensordnung nicht um einen bundesrechtlichen, sondern um einen kantonalrechtlichen Grundsatz (<ref-ruling> E. 1b S. 251; <ref-ruling> E. 2d S. 218; <ref-ruling> E. 3b), dessen Ausgestaltung von gewissen Ausnahmen abgesehen den Kantonen belassen war (vgl. KUMMER, Berner Kommentar, 3. Aufl. 1962, N. 12 f. zu Art. 8 ZGB). Als solchen kann ihn das Bundesgericht nur prüfen, wenn die Verletzung von diesbezüglichen kantonalen Normen mit einer rechtsgenüglich begründeten Willkürrüge geltend gemacht wird. Eine solche lässt die Beschwerdeführerin indes vermissen. Sie bringt bloss vor, die Vorinstanz habe sich in unhaltbarer Weise über die Vorbringen und das Verhalten des Beschwerdegegners im Prozess hinweggesetzt und damit § 133 aZPO/ZH willkürlich angewendet. Mit dieser pauschalen Behauptung ist nicht rechtsgenüglich aufgezeigt, dass die Vorinstanz § 133 aZPO/ZH qualifiziert unrichtig angewendet haben soll und inwiefern (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.3 S. 521 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 3 f.).
Vor allem verkennt die Beschwerdeführerin, dass es sich bei der Frage, ob die Standorterhaltungsklausel als Leistungs- oder als Unterlassungspflicht zu qualifizieren ist, um eine Rechtsfrage handelt, welche die Vorinstanz ohne Bindung an die Auffassung der Parteien zu entscheiden hatte (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1c S. 146; <ref-ruling> E. 2a; für das bundesgerichtliche Verfahren: <ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Da es sich dabei nicht um eine zu beweisende Tatsache handelte, konnte es von vornherein nicht darum gehen, ein diesbezügliches angebliches Zugeständnis des Beschwerdegegners zu berücksichtigen. Deshalb geht auch der Vorwurf ins Leere, die Vorinstanz habe den Sachverhalt unvollständig festgestellt, weil sie mit keinem Wort erwähne, dass der Beschwerdegegner anerkannt habe, dass die Standorterhaltungsgklausel eine positive Leistungspflicht darstelle. Betroffen ist gerade nicht die Sachverhaltsfeststellung.
4.5 Eventualiter rügt die Beschwerdeführerin denn auch eine "fehlerhafte rechtliche Würdigung von Tatsachen". Was sie unter diesem Titel vorbringt, ist indessen nicht sachdienlich. Sie beruft sich auf die "Tatsache", dass der Beschwerdegegner die Standorterhaltungsklausel angeblich selbst als positive Leistungspflicht betrachtet habe, welche die Vorinstanz fälschlicherweise für rechtsunerheblich gehalten habe. Die Vorinstanz hätte aufgrund der Ausführungen des Beschwerdegegners vielmehr selbst zum Schluss kommen müssen, es liege eine aktive Leistungspflicht vor. Damit zeigt die Beschwerdeführerin keine unzutreffende rechtliche Beurteilung der Vorinstanz auf, sondern verkennt wiederum, dass die Rechtsfrage, ob die Standorterhaltungsklausel als Leistungs- oder als Unterlassungspflicht zu qualifizieren ist, ohne Bindung an die Rechtsauffassung der Parteien zu beurteilen war. Mangels Relevanz kann damit offen bleiben, ob in den von der Beschwerdeführerin erwähnten Ausführungen des Beschwerdegegners effektiv ein solches Verständnis zum Ausdruck gebracht wurde, wie die Beschwerdeführerin behauptet, der Beschwerdegegner aber bestreitet.
4.6 Die Einwände der Beschwerdeführerin erheischen demnach keine andere Beurteilung als diejenige der Vorinstanz, wonach die Standorterhaltungspflicht als Unterlassungspflicht zu qualifizieren ist. Damit erübrigt es sich, auf den von der Beschwerdeführerin unter Berufung auf diverse Lehrmeinungen vertretenen Standpunkt einzugehen, dass die Geltendmachung der Konventionalstrafe Verzug voraussetze, da dies jedenfalls bei Unterlassungspflichten nicht gefordert wird.
4.7 Eventuell macht die Beschwerdeführerin geltend, dass Verzug, wenn nicht aufgrund von Art. 160 OR, so aufgrund der getroffenen Parteiabrede vorausgesetzt sei. Diesen Eventualstandpunkt bezog sie in der Beschwerde nur auf den Fall des Bestehens einer Leistungspflicht. Gemäss Replik will sie ihn auch auf den Fall angewendet haben, dass es sich um eine Unterlassungspflicht handle. Ob sie damit überhaupt zu hören ist, kann vorliegend offenbleiben (Erwägung 1 vorne). Denn was sie zu diesem Thema vorbringt, stellt jedenfalls keine Auseinandersetzung mit den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz dar, die in objektiver Vertragsauslegung eine Abmahnungspflicht aus Vertrag verneinte. Sie bekräftigt lediglich ihre eigene Auffassung, dass die Formulierung von Ziffer 8.4 des Vertrags so zu verstehen sei, dass der Beschwerdegegner die Verletzung der Standorterhaltungspflicht hätte abmahnen müssen. Sodann kritisiert sie die Interpretation der Klausel, die der Beschwerdegegner in seiner kantonalen Replik präsentiert hatte. Sie legt jedoch in keiner Weise dar, inwiefern die Vorinstanz mit ihrer Auslegung gegen das Vertrauensprinzip verstossen hätte. Solches ist auch nicht ersichtlich. Mangels hinlänglicher Begründung kann auf diesen Punkt nicht weiter eingegangen werden.
5. Die Vorinstanz bejahte, dass die Beschwerdeführerin die Standorterhaltungspflicht gemäss Ziffer 8.4 des Aktienkaufvertrags innerhalb der bis zum 17. Juli 2009 laufenden Schutzfrist verletzt hat. Damit sei die Bedingung für den Verfall der Konventionalstrafe eingetreten. Die Beschwerdeführerin bestreitet dies. Sie habe die Standorterhaltungspflicht nicht verletzt. Sie wirft der Vorinstanz in diesem Zusammenhang eine offensichtlich unrichtige und unvollständige Sachverhaltsfeststellung vor.
In ihren diesbezüglichen Ausführungen kann indessen keine hinlänglich begründete Sachverhaltsrüge erblickt werden (vgl. Erwägung 3.2). Sie benennt nicht klar, welche der vorinstanzlichen Feststellungen offensichtlich unrichtig sein soll. Sie bezieht sich lediglich auf ihre Ausführung in der Klageantwort, wonach der Bereich "Verlag/Herstellung" "bis Mitte 2009" aus Luzern heraus betrieben worden sei. Sie wirft der Vorinstanz vor, im Zusammenhang mit dieser Ausführung nicht berücksichtigt zu haben, dass die Beschwerdeführerin in allen Rechtsschriften vehement bestritten habe, die Standorterhaltungsklausel verletzt zu haben, dass zum Zeitpunkt der Klageantwort vom Beschwerdegegner noch nicht behauptet worden sei, sie habe die Standorterhaltungsklausel im Jahre 2009 verletzt und schliesslich dass die Formulierung "Mitte 2009" nicht gleichzusetzen sei mit "30. Juni 2009". Auch der Monat August 2009 zähle z.B. zu "Mitte 2009".
Damit wird die vorinstanzliche Würdigung nicht als willkürlich ausgewiesen. Die Vorinstanz verkannte nicht, dass die Beschwerdeführerin die Verletzung der Standorterhaltungspflicht bestritten hatte. Deshalb nahm sie dazu eine Beweiswürdigung vor. Dabei stützte sie sich keineswegs einzig auf die genannte Ausführung in der Klageantwort, sondern begründete einlässlich, weshalb auch aus den weiteren Darlegungen der Beschwerdeführerin und den von ihr eingereichten Unterlagen hervorgehe, dass der Standort Y._ spätestens per 30. Juni 2009 aufgegeben worden und nach diesem Zeitpunkt von Luzern aus nur noch Fertigstellungs- und Räumungsarbeiten erbracht worden seien. Mit diesen Erwägungen setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander und zeigt nicht auf, dass und inwiefern die vorinstanzliche Würdigung willkürlich sein soll.
Die Beschwerdeführerin hält die Sachverhaltsfeststellung auch deshalb für offensichtlich unrichtig, weil die Vorinstanz die Zeugen nicht angehört habe, die sie sowohl in der Klageantwort als auch in der Duplik genannt habe und die hätten beweisen können, dass sie die Standorterhaltungsklausel nicht verletzt habe. Mit diesem pauschalen Vorbringen ohne präzise Aktenhinweise genügt die Beschwerdeführerin den Begründungsanforderungen an eine Sachverhaltsrüge nicht. Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, in der Klageantwort und der Duplik danach zu suchen, wo die Beschwerdeführerin für welche konkreten und erheblichen Behauptungen welche tauglichen Zeugen genannt hat. Überdies begründet die Beschwerdeführerin die an diese Vorbringen anknüpfenden Rügen der willkürlichen antizipierten Beweiswürdigung und der Verletzung von Art. 8 ZGB nicht weiter. Auch in diesem Punkt kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
Der Schluss der Vorinstanz, die Beschwerdeführerin habe die Standorterhaltungspflicht gemäss Ziffer 8.4 des Aktienkaufvertrags innerhalb der Schutzfrist verletzt, ist demnach nicht zu beanstanden.
6. Im Eventualstandpunkt macht die Beschwerdeführerin geltend, die Vorinstanz habe die Konventionalstrafe in willkürlicher Art und Weise auf CHF 670'000.-- festgesetzt.
6.1 Gemäss Art. 163 Abs. 3 OR hat der Richter übermässig hohe Konventionalstrafen nach seinem Ermessen herabzusetzen. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts handelt es sich dabei um eine Norm des ordre public, mithin um eine zwingende Norm, die der Richter selbst dann anzuwenden hat, wenn der Schuldner die Herabsetzung nicht ausdrücklich verlangt hat (<ref-ruling> E. 5.2 S. 209, mit Hinweisen). Dabei ist aus Gründen der Vertragstreue und der Vertragsfreiheit Zurückhaltung geboten, denn die Strafe kann von den Parteien an sich in beliebiger Höhe festgesetzt werden (Art. 163 Abs. 1 OR). Ein richterlicher Eingriff in den Vertrag rechtfertigt sich nur, wenn der verabredete Betrag so hoch ist, dass er das vernünftige, mit Recht und Billigkeit noch vereinbare Mass übersteigt (<ref-ruling> E. 5.2 S. 209; <ref-ruling> E. 3.3.1 S. 48). Eine Herabsetzung der Konventionalstrafe rechtfertigt sich insbesondere, wenn zwischen dem vereinbarten Betrag und dem im Zeitpunkt der Vertragsverletzung bestehenden Interesse des Ansprechers, daran im vollen Umfang festzuhalten, ein krasses Missverhältnis besteht. Ob diese Voraussetzung gegeben ist, entscheidet sich nicht allgemein, sondern hängt von den Umständen des Einzelfalles ab. Dazu gehören insbesondere die Art und Dauer des Vertrags, die Schwere des Verschuldens und der Vertragsverletzung, das Interesse des Ansprechers an der Einhaltung des Verbots sowie die wirtschaftliche Lage der Beteiligten, namentlich des Verpflichteten. Zu berücksichtigen sind ferner allfällige Abhängigkeiten aus dem Vertragsverhältnis und die Geschäftserfahrungen der Beteiligten. Gegenüber einer wirtschaftlich schwachen Partei rechtfertigt sich eine Herabsetzung eher als unter wirtschaftlich gleichgestellten und geschäftskundigen Vertragspartnern (<ref-ruling> E. 5.2 S. 209 f.; <ref-ruling> E. 3.3.2 S. 48 f.; je mit Hinweisen). Die tatsächlichen Voraussetzungen einer Herabsetzung und damit auch das Missverhältnis zum Erfüllungsinteresse sind nicht vom Gläubiger, sondern vom Schuldner zu behaupten und nachzuweisen (Art. 8 ZGB; <ref-ruling> E. 5.2 S. 210; <ref-ruling> E. 4.1 S. 53 f.).
Das Ermessen des Richters (Art. 163 Abs. 3 OR; Art. 4 ZGB) bezieht sich sowohl auf die Frage der Übermässigkeit der Strafe als auch auf den Umfang der Herabsetzung. Beide Male hat der Richter nach Recht und Billigkeit zu entscheiden. Wenn er der Auffassung ist, die Strafe sei übermässig im vorstehend genannten Sinn, hat er sie bloss soweit zu reduzieren, dass sie nicht mehr in dieser Weise als übermässig erscheint (<ref-ruling> E. 5.2 S. 210).
Diesen Ermessensentscheid überprüft das Bundesgericht an sich frei. Es übt dabei aber Zurückhaltung und schreitet nur ein, wenn die Vorinstanz grundlos von in Lehre und Rechtsprechung anerkannten Grundsätzen abgegangen ist, wenn sie Tatsachen berücksichtigt hat, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle spielen dürfen, oder wenn sie umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die hätten beachtet werden müssen. Es greift ausserdem in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (<ref-ruling> E. 2 S. 123 f.; <ref-ruling> E. 5.4 S. 211 mit Hinweisen).
6.2 Die Vorinstanz gelangte gestützt auf diese Grundsätze zu einer Herabsetzung der vereinbarten Konventionalstrafe um einen Drittel. Sie berücksichtigte namentlich, dass einerseits von einer jedenfalls nicht schweren Vertragsverletzung und andererseits von einem nicht mehr grossen Interesse des Beschwerdegegners auszugehen sei, an der vereinbarten Konventionalstrafe gegen das nahe Ende der Schutzdauer in vollem Umfang festzuhalten. Die Beschwerdeführerin ist der Meinung, die Berücksichtigung eben dieser beiden Umstände hätte zu einer Herabsetzung um mindestens zwei Drittel führen müssen, stehe doch auch der reduzierte Strafbetrag in einem krassen Missverhältnis zum Interesse des Beschwerdegegners.
Allein diese nicht weiter begründete Meinungskundgabe der Beschwerdeführerin bildet für das Bundesgericht keinen hinlänglichen Anlass, in das Ermessen der Vorinstanz einzugreifen. Die Beschwerdeführerin bringt nichts vor, was eine Korrektur des vorinstanzlichen Ermessensentscheids rechtfertigen könnte. Es bleibt damit bei einer Herabsetzung um einen Drittel.
7. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 9'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Oktober 2011
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer