Genf-Thayngen(-Warszawa), hat sich ergeben:
A.- Mit Verfügung des Eidgenössischen Verkehrs- und Energiewirtschaftsdepartements vom 24. Dezember 1992 wurde der Einzelfirma Reisebüro A._, Inhaber B._, mit Wirkung ab 1. Januar 1993 eine bis zum 31. Dezember 1995 befristete Automobilkonzession I (Nr. 490) erteilt für die regelmässige gewerbsmässige Beförderung von Personen mit Motorfahrzeugen auf der Strecke Zürich-Thayngen(-Wroclaw) mit Absetzen bzw. Aufnahme von Reisenden auf dem schweizerischen Teilstück in Zürich. Am 15. April 1996 bewilligte das Bundesamt für Verkehr die Linienführung von Zürich bis Warszawa mit Aufnahme- bzw. Absetzmöglichkeit von Reisenden in Zürich (neu Bewilligung Nr. A 8) sowie am 15. März 1999 die Streckenführung von Genf bis Warszawa (Ausdehnung der Bewilligung Nr. A 8), je gültig bis 31. Dezember 2000.
B.- Im Zusammenhang mit einer von der Stadtpolizei Zürich (Gewerbepolizei/ARV-Kontrolle) beabsichtigten Überprüfung der Arbeits- und Ruhezeit berufsmässiger Motorfahrzeugführer erklärte B._ am 15. September 1999, er führe diese Kontrollen nicht selber durch, da das auf der Strecke Genf-Warszawa eingesetzte Fahrzeug der polnischen Stiftung X._, Warschau, vermietet werde. Nach einer ersten Orientierung am 1. Oktober 1999, dass damit die Voraussetzungen für die Bewilligung Nr. A 8 nicht mehr gegeben wären, sowie dem Eingang der angeforderten Fahrzeugausweiskopien stellte das Bundesamt für Verkehr am 3. November 1999 fest, dass von den vier dem Reisebüro zur Verfügung stehenden, als Mietfahrzeuge zugelassenen Wagen nebst einem 14-plätzigen Kleinbus lediglich das an die Stiftung X._ vermietete Fahrzeug auf der fraglichen Strecke einsetzbar war. Am 21. Januar 2000 forderte es das Reisebüro A._ unter Androhung des Bewilligungsentzugs auf, bis zum 18. Februar 2000 von der Vermietung der im Linienverkehr nach Polen eingesetzten Fahrzeuge abzusehen und die Kontrollschilder mit den in Art. 82 Abs. 1 lit. a der Verordnung vom 27. Oktober 1976 über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen im Strassenverkehr (VZV; SR 741. 51) beschriebenen Kennzeichen zu versehen.
Unter Hinweis darauf, dass wiederholt einschlägige Vorschriften verletzt und Anordnungen der Stadtpolizei Zürich sowie des Bundesamtes für Verkehr nicht eingehalten worden seien, entzog das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation dem Reisebüro A._ am 7. September 2000 die Bewilligung Nr. A 8 für regelmässige gewerbsmässige Beförderungen von Personen im grenzüberschreitenden Linienverkehr auf der Strecke Genf-Thayngen mit sofortiger Wirkung, ohne Entschädigung sowie mit sofortiger Einstellung des Verkehrs.
C.- Hiergegen hat B._ am 16. November 2000 beim Bundesrat Beschwerde eingereicht mit den Anträgen, den Widerruf der Bewilligung Nr. A 8 für den grenzüberschreitenden Verkehr auf der Strecke Genf-Thayngen(-Warszawa) aufzuheben und ihm den Weiterbetrieb der Personenbeförderung auf der genannten Linie zu bewilligen.
Das Bundesamt für Verkehr schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
D.- Das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement überwies die Eingabe am 28. November 2000 dem Bundesgericht, da entgegen der Rechtsmittelbelehrung im angefochtenen Entscheid die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offen stehe. Am 4. Dezember 2000 bestätigte der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung die Eröffnung eines entsprechenden Verfahrens. Mit Verfügung vom 21. Dezember 2000 wurde festgestellt, dass der Beschwerde in Bezug auf die Gebührenauferlegung gemäss angefochtenem Entscheid von Gesetzes wegen aufschiebende Wirkung zukomme; im Übrigen wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen auf öffentliches Recht des Bundes gestützte Verfügungen der Departemente (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit <ref-law> und Art. 98 lit. b OG), sofern nicht ein Ausschlussgrund nach Art. 99-102 OG vorliegt.
Gegenstand des angefochtenen Entscheides ist der Widerruf der dem Beschwerdeführer gestützt auf Art. 4 Abs. 1 und 2 des Bundesgesetzes vom 18. Juni 1993 über die Personenbeförderung und die Zulassung als Strassentransportunternehmung (Personenbeförderungsgesetz; PBG; SR 744. 10) in Verbindung mit Art. 40 Abs. 1 der Verordnung vom 25. November 1998 über die Personenbeförderungskonzession (VPK; SR 744. 11) eingeräumten Bewilligung Nr. A 8 für den grenzüberschreitenden Verkehr auf der Strecke Genf-Thayngen(-Warszawa) (Art. 4 Abs. 4 PBG in Verbindung mit Art. 45 VPK). Eine solche Bewilligung gilt als Konzession im Sinne von Art. 36 aBV bzw.
<ref-law> (vgl. BBl 1997 I 271; Art. 4 PBG in Verbindung mit Art. 6 und Art. 37 ff. VPK). Auf deren Erteilung besteht infolge des klaren Wortlauts von Art. 40 Abs. 1 VPK ein Rechtsanspruch, wenn die genannten Voraussetzungen erfüllt sind. Sowohl gegen die Erteilung, die Verweigerung wie auch gegen den Widerruf einer solchen Bewilligung steht demnach die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offen (vgl. auch Art. 99 Abs. 1 lit. d e contrario sowie Art. 101 lit. d OG; Urteil des Bundesgerichts vom 9. Juni 1997 in ZBl 99/1998 S. 272 E. 1a-c).
b) Der Beschwerdeführer kann vorliegend mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts rügen, nicht jedoch die Unangemessenheit des angefochtenen Entscheids (Art. 104 OG). Das Bundesgericht überprüft die Feststellung des Sachverhalts sowie die Anwendung des Bundesrechts von Amtes wegen (Art. 105 Abs. 1 und Art. 114 OG). Massgebend sind demnach grundsätzlich die aktuellen tatsächlichen und rechtlichen Umstände (vgl. auch Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Auflage, Zürich 1998, S. 333).
c) Die dem vorliegend streitigen Verfügungswiderruf zugrundeliegende Bewilligung Nr. A 8 war bis zum 31. Dezember 2000 befristet. Damit würde es dem Beschwerdeführer im heutigen Zeitpunkt grundsätzlich an einem aktuellen Rechtsschutzinteresse fehlen (vgl. Art. 103 lit. a OG). Die Beschwerde ist indessen dennoch anhandzunehmen, da die Umstände des Widerrufs in die Beurteilung eines Gesuchs um Erneuerung bzw. Wiedererteilung der Bewilligung einfliessen können (vgl. <ref-ruling> E. 6b S. 8; Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege,
2. Auflage, Bern 1983, S. 154 f.).
2.- Nach Art. 2 PBG hat der Bund, unter Vorbehalt von Art. 3 PBG (Ausnahmen) sowie Art. 6 PBG (grenzüberschreitender Verkehr), das ausschliessliche Recht, Reisende (gewerbsmässig) mit regelmässigen Fahrten zu befördern, soweit dieses Recht nicht durch andere Erlasse eingeschränkt ist. Das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation kann nach Anhören der betroffenen Kantone für die gewerbsmässige Beförderung von Reisenden mit regelmässigen Fahrten Konzessionen erteilen (Art. 4 Abs. 1 PBG). Nebst den in Art. 4 Abs. 2 PBG genannten Bedingungen muss für die Bewilligungserteilung im Bereich des grenzüberschreitenden Linienverkehrs insbesondere nachgewiesen werden, dass die Einhaltung der einschlägigen Bestimmungen gewährleistet ist und die Fahrten mit Fahrzeugen durchgeführt werden, die der Transportunternehmung unmittelbar zur Verfügung stehen (Art. 21 PBG in Verbindung mit Art. 40 Abs. 1 VPK). Das Departement kann die Konzession widerrufen, wenn ihre Voraussetzungen weggefallen sind, wenn die Unternehmung die ihr nach Gesetz und Konzession auferlegten Pflichten in schwerwiegender Weise verletzt oder öffentliche Interessen dies rechtfertigen (Art. 4 Abs. 4 PBG in Verbindung mit Art. 45 VPK).
Nach den Feststellungen der Vorinstanz sowie den Angaben des Beschwerdeführers vermietete das Reisebüro A._ im gewerbsmässigen Personenbeförderungsverkehr zwischen der Schweiz und Polen zumindest das grössere der hierbei benutzten Fahrzeuge seit Jahren an die Stiftung X._, welche bei diesen Fahrten polnische Chauffeure einsetzte. Mit Schreiben vom 1. Oktober bzw. vom 3. November 1999 machte das hierüber erst kurz zuvor informierte Bundesamt für Verkehr den Beschwerdeführer darauf aufmerksam, dass damit das gemäss Art. 40 Abs. 1 lit. e VPK festgelegte Konzessionserfordernis eines dem Bewilligungsinhaber unmittelbar zur Verfügung stehenden Fahrzeuges nicht erfüllt sei und setzte ihm mit Schreiben vom 21. Januar 2000 bis zum 18. Februar 2000 Frist an, um von der weiteren Vermietung abzusehen und entsprechend die Fahrzeugkontrollschilder zu wechseln. Gemäss Bestätigungen der Stadtpolizei Zürich vom 20. April 2000 bzw. der Police Cantonale Vaud vom 14. August 2000 kam der Beschwerdeführer dieser Aufforderung nicht nach und verstiess damit weiterhin gegen die Bestimmungen betreffend die Personenbeförderung. Sein Einwand, nicht gewusst zu haben, dass er sich mit der Fahrzeugvermietung gesetzes- und konzessionswidrig verhalte, vermag demnach nicht durchzudringen, umso weniger, als bereits mit den Verfügungen betreffend die Bewilligungserteilung ausdrücklich auf die massgeblichen Personenbeförderungsbestimmungen verwiesen wurde. Von einer treuwidrigen, unverhältnismässigen oder gar willkürlichen Vorgehensweise der Behörden (Art. 5 und Art. 9 BV) oder einer Verletzung der Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>) kann unter diesen Umständen nicht die Rede sein. Nichts zu ändern an den Gesetzesverstössen vermag auch, dass der Beschwerdeführer den grösseren der beiden eingesetzten Wagen mittlerweile offenbar verkauft und selber angemietet hat.
Wohl sind diese neuen Vorbringen an sich beachtlich (vgl.
Alfred Kölz/Isabelle Häner, a.a.O., S. 333), doch lassen sie noch nicht den Schluss zu, der Beschwerdeführer sehe von einer Weitervermietung ab und führe die fraglichen Fahrten nun mit eigenem Personal durch, zumal er dies lange Zeit als wirtschaftlich nicht tragbar dargestellt hat.
Hinzu kommt, dass der Beschwerdeführer, dadurch, dass der grenzüberschreitende Linienverkehr zwischen der Schweiz und Polen durch die polnische Fahrzeugmieterin mit polnischen Chauffeuren sichergestellt wurde, keine Kenntnis hatte, ob die Arbeits- und Ruhezeiten der berufsmässigen Motorfahrzeugführer nach den schweizerischen Bestimmungen eingehalten waren. Wird zu seinen Gunsten davon ausgegangen, dass er gegenüber diesen Fahrern jeweils nicht als Arbeitgeber im Sinne von Art. 2 lit. d der Verordnung vom 19. Juni 1995 über die Arbeits- und Ruhezeit der berufsmässigen Motorfahrzeugführer und -führerinnen (Chauffeurverordnung; ARV 1; SR 822. 221) auftrat, war er zwar aufgrund der Arbeitnehmerschutzbestimmungen nicht dazu verpflichtet, laufend selber anhand der verfügbaren Kontrollmittel zu überwachen, dass die Bestimmungen über die Arbeits-, Lenk- und Ruhezeit beachtet worden sind (Art. 16 Abs. 1 ARV 1). Er hatte aber als Konzessionsinhaber für deren Einhaltung Gewähr zu bieten und hätte sich entsprechend informieren müssen, um gegebenenfalls gegenüber den Vollzugsbehörden jederzeit Auskunft geben zu können (Art. 45 in Verbindung mit Art. 40 Abs. 1 VPK). Inwieweit allenfalls auch an nicht bewilligten schweizerischen Haltestellen Reisende aufgenommen bzw. abgesetzt wurden, hat vorliegend mangels abschliessender Abklärungen offen zu bleiben. Dessen ungeachtet steht fest, dass der Beschwerdeführer weder unmittelbar über die fraglichen Fahrzeuge verfügte noch im Übrigen die Einhaltung sämtlicher einschlägiger Bestimmungen gewährleistete, insbesondere der Normen betreffend die Personenbeförderung, den Strassenverkehr sowie den Arbeitnehmerschutz.
3.- Nach dem Gesagten ist das Vorgehen des Departementes bundesrechtlich nicht zu beanstanden und erweist sich die Verwaltungsgerichtsbeschwerde als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
Entsprechend dem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 21. März 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: