Kompostieranlage, hat sich ergeben:
A.- Am 26. März 1995 ersuchte Josef Röllin die Gemeinde Menzingen um die Baubewilligung für einen betonierten Kompostmietenplatz mit Naturklär- und Löschwasserteich. Das Bauamt Menzingen übermittelte die Gesuchsunterlagen am 24. April 1995 der Baudirektion des Kantons Zug zur Prüfung und erklärte, dass der Gemeinderat das Bauvorhaben befürworte.
Mit Verfügung vom 8. September 1995 erkannte die Baudirektion, dass der Erteilung der gemeindlichen Baubewilligung aus ihrer Sicht unter Berücksichtigung verschiedener, die Kompostmieten und die Abwasserbehandlung betreffenden Auflagen und Bedingungen, nichts entgegenstehe. Am 4. Juli 1997 führte das kantonale Amt für Umweltschutz eine Kontrolle des Teichs der Pflanzenkläranlage und des verwendeten Materials durch. Daraufhin teilte es am 10. Juli 1997 Josef Röllin mit, die in der Baubewilligung gemachten Auflagen Punkt 1.14 und 1.15 seien erfüllt. Eine zusätzliche Abdichtung sei somit nicht nötig. Nach einer Besichtigung der fertig erstellten Kompostieranlage bestätigte das Amt für Umweltschutz am 14. April 1998, dass diese den Vorgaben in der Baubewilligung entspreche und in Betrieb genommen werden könne. Die Anlage gelte damit als vom Amt abgenommen.
B.- Nach Inbetriebnahme der Kompostieranlage nahmen Franz-Xaver Nussbaum und seine Familie Phenolgeschmack aus ihren unterliegenden Quellen Nrn. 450 und 451 wahr. Daraufhin führte das Amt für Umweltschutz am 3. Juli 1998 einen Färbversuch durch. Dieser erbrachte den Nachweis, dass die Quellen durch kontaminiertes Wasser aus der Pflanzenkläranlage der Kompostieranlage verschmutzt wurden. Am 18. August 1998 gelangte Franz-Xaver Nussbaum an die Baudirektion des Kantons Zug und wies darauf hin, dass das Wasser nicht mehr geniessbar sei. Er ersuchte sie, die Betriebsbewilligung für den Klärteich zu entziehen bzw. die Sanierung des Teichs zu veranlassen. Daraufhin nahm Josef Röllin von sich aus um den
20. August 1998 Abdichtungsarbeiten am Klärteich vor. Nach den Ausführungen des Amtes für Umweltschutz konnte er jedoch zu keiner Zeit den Nachweis erbringen, dass die Abdichtungsarbeiten technisch korrekt und vollständig ausgeführt wurden.
Die Einwilligung zum Betreten des Hofes habe es erst am 25. August 1998 erhalten. Am 27. August 1998 einigte sich das Amt für Umweltschutz unter anderem mit der Schwester von Josef Röllin, Verena Röllin, welche die Kompostieranlage betreibt, über das weitere Vorgehen. Am 1. September 1998 kündigte das Amt Verena Röllin an, dass der obere Teich geleert und Profilaufnahmen mit dem Bohrstock gemacht würden. Dazu nehme es den Geologen Rudolf Bleiker mit. Nach Rücksprache mit ihrem Bruder teilte Verena Röllin am 2. September 1998 dem Amt telefonisch mit, dass dieses nicht mehr zum Teich gehen dürfe. Ihr Bruder wolle nicht mehr, dass etwas gemacht werde. Franz-Xaver Nussbaum könne bei ihm vorbeikommen, wenn er etwas wolle.
Daraufhin erliess die Baudirektion noch gleichentags folgende Verfügung:
"1. Die Massnahmen, welche das Amt für Umweltschutz
zur Abwendung der unmittelbaren Gefahren ergreift,
welche vom Pflanzenklärteich auf das
Grundwasser ausgehen, sind zu dulden.
2. Die Kosten, welche durch diese Massnahmen anfallen,
sind durch Sie zu tragen. Die Verrechnung
der Kosten wird in einer speziellen Verfügung
geregelt.
3. Dieser Verfügung wird die aufschiebende Wirkung
entzogen.
4. (Spruchgebühr)
5. (Rechtsmittelbelehrung).. "
Am 3. September 1998 wurde die Verfügung Josef Röllin im Beisein zweier Polizeibeamter eröffnet und mit den Sanierungsmassnahmen sogleich begonnen.
Am 10. September 1998 ordnete das Amt für Umweltschutz zusätzliche Massnahmen an. Zugleich teilte es Josef Röllin mit, dass das weitere Vorgehen von der Baudirektion in einer Sanierungsverfügung festgesetzt werde. Am 17. September 1998 stellte die Baudirektion Josef Röllin einen entsprechenden Verfügungsentwurf zur Stellungnahme zu.
C.- Am 1. Oktober 1998 erhob Josef Röllin gegen die Verfügung der Baudirektion vom 2. September 1998 Beschwerde beim Verwaltungsgericht mit dem Begehren, diese sei nich- tig zu erklären. Zudem beantragte er, die Baudirektion sei zur Übernahme verschiedener Kosten, die er teils nicht näher bezifferte, zu verpflichten. Am 4. November 1998 erstreckte das Verwaltungsgericht auf Gesuch der Baudirektion die Frist zur Vernehmlassung, nachdem die Parteien inzwischen über eine allfällige Sanierung der Anlage verhandelten. Am 3. November 1998 führte das Amt für Umweltschutz einen (zweiten) Färbversuch durch; die chemische Analyse der Wasserproben erfolgte im Labor von Dr. phil. nat. Heinz Otz, Hydrologe, in Bellwald. Auch bei diesem Markierversuch wurde die Fliessverbindung zwischen der Pflanzenkläranlage und den beiden Quellen nachgewiesen. Daraufhin unterbreitete die Baudirektion am 17. Dezember 1998 Josef Röllin einen Vergleichsvertrag, den dieser jedoch ausschlug, worauf das Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht fortgesetzt wurde.
Nach weiteren erfolglosen Verhandlungen mit Josef Röllin erliess die Baudirektion während des noch hängigen Beschwerdeverfahrens am 16. April 1999 eine weitere Verfügung über die vorläufige Stilllegung der Kompostieranlage, die Festlegung der Kosten der Ersatzvornahme sowie die Anforderungen an die Sanierung der Pflanzenkläranlage. Auch gegen diese Verfügung erhob Josef Röllin am 25. Mai 1999 Beschwerde beim Verwaltungsgericht mit dem Antrag, diese sei nichtig zu erklären. Zudem führte er aus, an seinen Anträgen in der Beschwerde vom 1. Oktober 1998, welche für die neuerliche Beschwerde als Grundlage dienen könnten, halte er weiterhin fest.
Nachdem das Verwaltungsgericht am 3. Mai 2000 einen Augenschein durchgeführt hatte, teilte ihm die Baudirektion am 16. August 2000 mit, das Amt für Umweltschutz habe in der Zwischenzeit unter notarieller Aufsicht und unter Anleitung des Labors der Ingenieurgeologie der ETH Zürich ein Experiment mit Markierstoff-Blindproben zur Festlegung der Nachweisgrenzen durchführen lassen, welche durch die beiden Laboratorien Dr. Otz und Naturaqua gemessen werden könnten.
Aufgrund des Resultats des Experiments habe keine Einigung zwischen den Gutachtern in Bezug auf die Nachweisgrenze erzielt werden können. Die Experten seien sich unter anderem aber insofern einig, als der Nachweis der Fliessverbindung zwischen den Klärteichen Ausserblack und der Quelle von Franz-Xaver Nussbaum gegeben sei. Josef Röllin beantragte in seiner Stellungnahme vom 5. Februar 2001, die angefochtene Verfügung sei aufzuheben, eventuell sei sie an die Vorinstanz zur ergänzenden Abklärung und Entscheidung zurückzuweisen.
Mit Urteil vom 1. März 2001 wies das Verwaltungsgericht die beiden Beschwerden vom 1. Oktober 1998 und
25. Mai 1999 ab, soweit es darauf eintrat.
D.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 2. April 2001 bittet Josef Röllin das Bundesgericht "um wohlwollende Bearbeitung dieser Streitsache und um Aufrechterhaltung meiner Anträge". Zudem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Der Gemeinderat Menzingen verzichtet auf Vernehmlassung.
Die Baudirektion des Kantons Zug beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sie abzuweisen.
Das Verwaltungsgericht stellt denselben Antrag und weist unter Beilage eines Kaufvertrags vom 5. April 2001 darauf hin, dass der Beschwerdeführer seine Grundstücke in Finstersee inzwischen seiner Schwester Verena Röllin verkauft habe. Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) führt ohne einen konkreten Antrag zu stellen aus, Streitgegenstand vor dem Bundesgericht sei lediglich die Stilllegung der Kompostieranlage. Unter Hinweis auf Art. 3 und 6 GSchG und gestützt auf die Verfahrensakten vertritt es die Auffassung, die Behörde habe mit der verfügten Stilllegung ihr Ermessen nicht überschritten. Im Hinblick auf eine allfällige Wiederaufnahme des Betriebs nennt es verschiedene Abklärungen, die vorzunehmen wären.
Mit Eingabe vom 28. August 2001 beantragt Josef Röllin die Durchführung eines gerichtlichen Augenscheins.
E.- Auf Aufforderung des Bundesgerichts vom 8. Mai 2001 hin teilt Josef Röllin mit, er habe seine Grundstücke an seine Schwester Verena Röllin für Fr. 425'000.-- verkauft.
Dies entspreche in etwa dem Betrag, der beim Betreibungsamt Menzingen zu seinen Ungunsten aufgelaufen sei. Eine genaue Abrechnung habe er von diesem Amt bis heute noch nicht erhalten.
Zudem bekräftigt er, an der Beschwerde festzuhalten.
Seine Schwester erteilt ihm auf diesem Brief die Vertretungsbefugnis.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob und inwieweit auf ein Rechtsmittel einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1; II 198 E. 2).
a) Nach Art. 103 lit. a OG ist zur Erhebung einer Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert, wer durch den angefochtenen Entscheid berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an seiner Aufhebung oder Änderung hat. Dieses Interesse kann rechtlicher oder auch bloss tatsächlicher Natur sein und braucht mit dem Interesse, das durch die vom Beschwerdeführer als verletzt bezeichneten Normen geschützt wird, nicht übereinzustimmen. Immerhin wird verlangt, dass ein Beschwerdeführer durch den angefochtenen Entscheid stärker als jedermann betroffen ist und in einer besonderen, beachtenswerten, nahen Beziehung zur Streitsache steht. Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 2a S. 177 f.; <ref-ruling> E. 4b S. 386, je mit Hinweisen).
Nachdem Josef Röllin am 2. April 2001 Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht erhoben hatte, veräusserte er am 5. April 2001 seine in Finstersee gelegenen Grundstücke samt der hier strittigen Kompostieranlage an seine Schwester Verena Röllin. Die Veräusserung der umstrittenen Kompostieranlage hat grundsätzlich keinen Einfluss auf die Legitimation in der Sache, hat er doch je nach Verfahrensausgang allenfalls Gewährleistungsansprüche der Käufe- rin oder behördliche Forderungen für Ersatzvornahmen zu gewärtigen (<ref-law> i.V.m. Art. 40 OG; <ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling>). Fraglich kann nur sein, ob auch die Erwerberin beschwerdelegitimiert ist. Das ist zu bejahen, weil sie als neue Eigentümerin der Kompostieranlage offensichtlich ein eigenes, schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung der angefochtenen Verfügung hat. So auch Isabelle Häner (Die Beteiligten im Verwaltungsverfahren und Verwaltungsprozess, Zürich 2000, Rz. 369 ff., insbesondere 374 f.), die in der Nicht-Zulassung des Rechtsnachfolgers, welcher ein eigenes schutzwürdiges Anfechtungsinteresse hat, eine Rechtsverweigerung sieht.
b) Das BUWAL hält in seiner Stellungnahme fest, Streitgegenstand im Verfahren vor Bundesgericht sei lediglich die am 16. April 1999 verfügte Stilllegung der Anlage.
Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Das Verwaltungsgericht hielt fest, dass der bedingt ausgesprochene Rückzug der Beschwerde vom 1. Oktober 1998 mit der Beschwerde vom 22. Mai 1999 "gegenstandslos" geworden war. Es beurteilte daher sowohl die Beschwerde gegen die Verfügung vom 2. September 1998 über die Duldung von Massnahmen als auch diejenige vom 16. April 1999 über die Stilllegung der Kompostieranlage.
Dementsprechend ist in seinem Urteilsdispositiv unter Ziffer 1 denn auch von Beschwerden die Rede.
Streitgegenstand vor dem Bundesgericht, bei dem das Urteil des Verwaltungsgerichts insgesamt angefochten wurde, bilden demnach beide Verfügungen.
c) Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens gerügt werden (Art. 104 lit. a OG).
Eine Kontrolle der Angemessenheit fällt hingegen, abgesehen von hier nicht zutreffenden Ausnahmen, ausser Betracht (Art. 104 lit. c OG). Zu dem im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde überprüfbaren Bundesrecht gehört auch das Bundesverfassungsrecht, soweit die Rüge eine Angelegenheit betrifft, die in die Sachzuständigkeit der eidgenössischen Verwaltungsrechtspflegeinstanzen fällt (<ref-ruling> E. 1 S. 519; <ref-ruling> E. 3 S. 388).
d) Gemäss <ref-law> richten sich die Zwangsmassnahmen zur Durchsetzung des Gewässerschutzgesetzes nach <ref-law>, soweit das kantonale Recht keine oder keine strengeren Vorschriften enthält. Die Beschwerdeführer bestreiten, dass die Voraussetzungen für die von der Behörde verfügte Ersatzvornahme und die vorläufige Schliessung des Betriebs gegeben waren, machen aber nicht geltend, dass kantonales Vollstreckungsrecht sei verfassungswidrig angewendet worden. Diese Rügen haben die Beschwerdeführer daher zu Recht in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben, zu- mal im übrigen auch die Konnexität zu bundesverwaltungsrechtlichen Fragen anzunehmen wäre. Da diese und die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2.- Die Beschwerdeführer machen geltend, die Phenolgeschmacksimmissionen seien entgegen den Ausführungen des Verwaltungsgerichts nie offiziell bestätigt worden. Dieses sei auch zu Unrecht von einer Fliessverbindung zwischen den Klärteichen und der Quelle Nr. 451 ausgegangen. Wenn das Amt für Umweltschutz die Experten über den genauen Ablauf des Färbversuchs vom 3. November 1998 informiert hätten, hätten diese eine Fliessverbindung garantiert verneint. Unzutreffend sei auch die weitere Feststellung des Verwaltungsgerichts, dass Josef Röllin keine Abklärungen geduldet habe.
Dem Bundesgericht steht grundsätzlich eine umfassende Sachverhaltskontrolle zu (Art. 104 lit. b in Verbindung mit Art. 105 Abs. 1 OG). Hat jedoch, wie hier, ein Gericht als Vorinstanz entschieden, so ist die Überprüfung eingeschränkt: Sie erfasst nur offensichtlich unrichtige, unvollständige oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen getroffene Feststellungen (Art. 104 lit. b in Verbindung mit Art. 105 Abs. 2 OG; <ref-ruling> E. 1 S. 519; <ref-ruling> E. 3 S. 388). Derart mangelhafte Feststellungen liegen hier nicht vor. Dem Entscheid des Verwaltungsgerichts ist zu entnehmen, dass es sich bei der Feststellung, nach Inbetriebnahme der Anlage sei die unterliegende Hauswasserquelle Nr. 451 durch Phenolgeschmacksimmissionen unbrauchbar geworden, nicht einzig auf die Aussagen des Quelleneigentümers abstützte. Der am gerichtlichen Augenschein anwesende Biologe Peter Keller vom Amt für Umweltschutz, führte aus, dass es sich beim sogenannten "Apothekergeruch" um phenolartige Verbindungen handle, welche beim Pflanzenabbau entstünden und nicht aus Hausabwässern stammten.
Sodann wies er daraufhin, dass ein Vertreter des Kantonslabors den typischen Geruch sofort erkannt habe. Der festgestellte Phenolgeschmack basiert demnach keineswegs allein auf der Wahrnehmung des Quelleneigentümers, sondern zudem auf den Feststellungen eines Fachmannes. Was den zweiten Färbversuch vom 3. November 1998 betrifft, so machte Josef Röllin bereits gegenüber dem Amt für Umweltschutz geltend, der eingefärbte Teich sei wegen der starken Niederschläge auf eine benachbarte Wiese übergelaufen und eine Fliessverbindung zu den Quellen sei nach der von ihm vorgenommenen Abdichtung der Klärteiche nur noch von der Wiese her möglich. Mit Schreiben vom 30. Mai 2000 unterbreitete das Amt für Umweltschutz diese Behauptungen dem von Josef Röllin beigezogenen Experten Toni Dervey. Dabei schlug es einen weiteren Markierversuch in Zusammenarbeit mit ihm und dem vom Amt beigezogenen Experten Heinz Ott vor. Die beiden Experten waren demnach sowohl über den Färbversuch vom 3. November 1998 als auch über die von Josef Röllin dagegen erhobenen Einwände im Bilde. Danach erfolgte im Juli 2000 ein sogenannter Blindversuch, worauf die beiden Experten am 4. August 2000 übereinstimmend feststellten, dass mit den beiden durchgeführten Markierversuchen die Fliessverbindung zwischen den Klärteichen "Usserblack" und der Quelle Nr. 451 nachgewiesen sei. Nicht einig waren sich die Experten über die Fliessverbindung zur Quelle Nr. 450. Wie dem Urteil des Verwaltungsgerichts zu entnehmen ist, legte es seinen Erwägungen diesen Sachverhalt zu Grunde. Von aktenwidrigen Feststellungen kann demnach keine Rede sein. Dasselbe trifft auch zu, soweit die Beschwerdeführer geltend machen, der gegenüber Josef Röllin erhobene Vorwurf mangelnder Bereitschaft zur Abklärung und Sanierung der Anlage sei unbegründet. Wohl geht aus dem von ihnen erwähnten Schreiben von Fredy Abächerli hervor, dass sich dieser und Verena Röllin um eine Zusammenarbeit mit den Behörden bemüht hatten. Zu- dem ist daraus aber auch zu entnehmen, dass Fredy Abächerli nicht mehr bereit war, seine Vermittlerrolle zwischen den Behörden und Josef Röllin weiterhin auszuüben, weil dieser während der vergangenen Wochen mit den Behörden kaum gesprochen und auch keine Abmachungen getroffen hatte.
Damit wird die mangelnde Sanierungsbereitschaft von Josef Röllin, wie sie auch von den Behörden vorgebracht wurde, bestätigt. Sein dagegen erhobener Einwand ist demnach unbegründet.
3.- a) Nach <ref-law> ist jedermann verpflichtet, alle nach den Umständen gebotene Sorgfalt anzuwenden, um nachteilige Einwirkungen auf die Gewässer zu vermeiden.
Es ist untersagt, Stoffe, die Wasser verunreinigen können, mittelbar oder unmittelbar in ein Gewässer einzubringen oder versickern zu lassen (<ref-law>). Stellt die Behörde fest, dass ein Gewässer die Anforderungen an die Wasserqualität nach Anhang 2 zur Gewässerschutzverordnung (GSchV) nicht erfüllt oder dass die besondere Nutzung des Gewässers nicht gewährleistet ist, so hat sie insbesondere die Art, das Ausmass und die Ursachen der Verunreinigung zu ermitteln und dafür zu sorgen, dass die erforderlichen Massnahmen getroffen werden (Art. 47 Abs. 1 GSchV). <ref-law> verleiht ihr die Kompetenz, die Massnahmen zwangsweise durchsetzen, wobei <ref-law> Anwendung findet, falls der Kanton keine oder keine strengeren Vorschriften enthält.
Der Vollzug der Gewässerschutzgesetzgebung obliegt, von hier nicht zutreffenden Ausnahmen abgesehen, den Kantonen (<ref-law>; Art. 45 Abs. 1 GSchV).
b) Es ist unbestritten, dass nach damals geltendem, zugerischem Recht (§ 126 GewG) die kantonale Baudirektion für den Vollzug der Gewässerschutzgesetzgebung zuständig war. Mit Verfügung vom 2. September 1998 verpflichtete sie Josef Röllin, die Massnahmen zu dulden, welche das Amt für Umweltschutz zur Abwendung der unmittelbaren Gefahren, die vom Pflanzenklärteich auf das Grundwasser ausgehen, ergreifen werde. Zugleich entzog sie der Verfügung die aufschiebende Wirkung. Die Beschwerdeführer ziehen die dazu vom Verwaltungsgericht angeführten gesetzlichen Grundlagen zu Recht nicht in Zweifel. Hingegen wenden sie sinngemäss ein, es sei keine Gefahr im Verzug gelegen und demzufolge sei eine antizipierte Ersatzvornahme nicht zulässig gewesen.
aa) Die Beschwerdeführer machen nicht geltend, die Ersatzvornahme habe gegen kantonales Recht verstossen, und das ist auch nicht ersichtlich. Die Frage ist daher im Lichte von <ref-law> zu prüfen (oben E. 1d und 3a). Nach Art. 41 Abs. 1 und 2 VwVG ist die Ersatzvornahme nur nach vorheriger Androhung unter Einräumung einer angemessenen Frist zulässig. Der Bürger muss die Möglichkeit haben, seine Pflicht selbst zu erfüllen, bevor der Staat an seiner Stelle und auf seine Kosten handelt. Wird auf die Androhung verzichtet, liegt eine sogenannte antizipierte Ersatzvornahme vor. Sie ist nur zulässig, wenn Gefahr im Verzug ist (<ref-law>). Diese Bestimmung entspricht der nach Lehre und Rechtsprechung für Ersatzvornahmen allgemein geltenden Regelung (Urteil des Bundesgerichts vom 23. Juni 1997 in:
ZBl 99/1998 S. 138 E. 1b und dortige Hinweise; Alfred Kölz/ Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Auflage, Zürich 1998, Rz. 388 S. 139; Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts,
3. Auflage, Zürich 1998, Rz. 934 S. 239; Christine Ackermann Schwendener, Die klassische Ersatzvornahme als Vollstreckungsmittel des Verwaltungsrechts, Diss.
Zürich 1999, S. 149).
bb) Das Amt für Umweltschutz überbrachte im Beisein von zwei Polizeibeamten am 3. September 1998 die tags zuvor erlassene Verfügung der Baudirektion und begann sogleich mit den Arbeiten zur unmittelbaren Schadenabwehr, indem es den Klärteich auspumpte. Für die von der Baudirektion verfügte Duldungspflicht und die gestützt darauf unmittelbar getroffenen Massnahmen des Amtes für Umweltschutz bestand hinreichender Grund. Der erste Färbversuch vom 3. Juli 1998 und der festgestellte Phenolgeschmack aus den Trinkwasserquellen Nr. 450 und Nr. 451 von Franz-Xaver Nussbaum legten den Verdacht nahe, dass die Wasserverschmutzung von der Kompostieranlage der Beschwerdeführer herrühren könnte. Daraufhin nahm Josef Röllin um den 20. August 1998 selbst und ohne Beizug der Fachstelle Abdichtungsarbeiten vor. Den Nachweis, dass diese Arbeiten technisch korrekt und vollständig erfolgten, erbrachte er nicht. Zudem weigerte er sich, selbst oder in Zusammenarbeit mit den Behörden weitere Abklärungen und allfällige Massnahmen zur Sanierung des Pflanzenklärteichs vorzunehmen.
Die Behörde war unter diesen Umständen verpflichtet, zum Schutz der Trinkwasserquellen die Ursachen der Gewässerverunreinigung unverzüglich zu ermitteln und die erforderlichen Sofortmassnahmen umgehend einzuleiten. Die Voraussetzungen für eine antizipierte Ersatzvornahme waren demnach gegeben. Soweit sich die Beschwerde auf die vom Verwaltungsgericht geschützte Verfügung der Baudirektion vom 2. September 1998 bezieht, ist sie unbegründet.
c) Die Beschwerdeführer kritisieren die im Rahmen der antizipierten Ersatzvornahme vom Amt für Umweltschutz getroffenen Abklärungen und Massnahmen. Für sie ist nicht nachvollziehbar, weshalb der Grund des Klärteichs untersucht wurde, nachdem dieser bereits mit Schreiben vom 10. Juli 1997 als gut und dicht befunden worden sei. Die beiden von Josef Röllin noch gefundenen undichten Stellen, die er vor der Ersatzvornahme nicht mehr habe reparieren können, lägen am Rohrsystem beim Kompostierplatz und nicht beim Teich.
aa) Bei der Überprüfung von Ermessensentscheiden ist das Bundesgericht an die Schranke von Art. 104 lit. a OG gebunden. Desgleichen hat es bei der Würdigung technischer Fragen, deren Beurteilung durch die zuständige Instanz im Grenzbereich zwischen Rechtsanwendung und Ermessensbetätigung liegt, Zurückhaltung walten zu lassen. In diesen Fällen hat das Bundesgericht primär zu prüfen, ob die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beurteilt und die erforderlichen Abklärungen sorgfältig und umfassend vorgenommen wurden (<ref-ruling> E. 4c S. 47; <ref-ruling> E. 1e/bb S. 384).
bb) Den Akten ist zu entnehmen, dass die Baudirektion und das Amt für Umweltschutz die unverzüglich zu treffenden Abklärungen und Massnahmen zur Abwendung der unmittelbaren Gefahr eingehend prüften und gestützt darauf die nach ihrer Beurteilung notwendigen Vorkehren trafen. Geht es wie vorliegend um die Beurteilung fachtechnischer Fragen, ist den hierfür zuständigen Behörden ein gewisser Beurteilungsspielraum zu gewähren. In diesem Rahmen ist keine Bundesverletzung im Sinne von Art. 104 lit. a OG zu erblicken.
Sodann liegen auch keine Anhaltspunkte vor, dass die vom Amt für Umweltschutz ausgeführten Arbeiten über das hinaus gingen, was für die unmittelbare Gefahrenabwehr und im Hinblick auf weitere Abklärungen notwendig war. Es ist daher auch keine Verletzung des Verhältnismässigkeitsgebots ersichtlich.
Soweit sich die Beschwerdeführer auf das Bestätigungsschreiben des Amtes für Umweltschutz vom 10. Juli 1997 berufen, verkennen sie, dass sich dieses zum Prüfungsergebnis vor Inbetriebnahme der Kompostieranlage äussert. Die anstehenden Probleme traten jedoch erst nachher ein. Die von den Beschwerdeführern in diesem Zusammenhang erhobenen Rügen erweisen sich demnach als unbegründet.
d) Die Beschwerdeführer bestreiten eine Fliessverbindung zwischen den Klärteichen und den Quellen Nrn. 450 und 451 von Franz-Xaver Nussbaum mit der Begründung, das Leck sei nach dem ersten Färbversuch vom 3. Juli 1998 von Josef Röllin sogleich saniert worden. Eine Sanierung stehe erst dann an, wenn ein Problem in oder an der Anlage bestätigt werde. Sie verlangen einen gerichtlichen Augenschein, um an Hand bestimmter Akten und Fakten (Färbresultate, Niederschlagsmengen) zu beweisen, dass der fragliche Teich in Ordnung sei. Damit scheinen die Beschwerdeführer geltend machen zu wollen, dass die weitere, von der Baudirektion am 16. April 1999 erlassene Verfügung über die vorläufige Stilllegung des Betriebs, bis der Pflanzenklärteich saniert und vom Amt für Umweltschutz abgenommen ist bzw. bis die gesetzeskonforme Abwasserentsorgung wieder nachgewiesen werden kann, rechtswidrig sei.
Die Behauptungen der Beschwerdeführer, die Fliessverbindung sei nicht nachgewiesen und Josef Röllin habe die Anlage ausreichend saniert, sind klar aktenwidrig. Dazu kann auf die vorstehenden Erwägungen verwiesen werden (vgl.
Erw. 2). Die Beschwerdeführer machen nicht geltend, der Sachverhalt habe sich inzwischen aufgrund weiterer Sanierungsmassnahmen oder aus andern Gründen wesentlich verändert.
Von einem Augenschein sind daher keine neuen, entscheidrelevanten Erkenntnisse zu erwarten, so dass der diesbezügliche Antrag abzuweisen ist. Ist die Fliessverbindung jedenfalls zwischen dem Klärteich und der Trinkwasserquelle Nr. 451 erstellt, lässt sich die vorläufige Stilllegung der Anlage, bis eine fachgerechte Sanierung nachgewiesen ist, auch nicht unter dem Gesichtspunkt der Verhältnismässigkeit beanstanden. Daran vermögen auch die Behauptungen der Beschwerdeführer nichts zu ändern, wonach die verwendete Silofolie für die Abdichtung geeignet sei und die Kapazität der Anlage ausreiche. Welche Massnahmen für eine fachgerechte Sanierung erforderlich und geeignet sind, ist hier nicht zu prüfen. Dies haben die Beschwerdeführer der Bewilligungsbehörde in einem Sanierungskonzept aufzuzeigen und nachzuweisen, wozu ihnen jederzeit die Möglichkeit offen steht. Eine Verletzung von Bundesrecht liegt somit auch nicht vor, soweit die Beschwerde die vom Verwaltungsgericht geschützte Verfügung der Baudirektion vom 16. April 1999 zum Gegenstand hat.
4.- Die Beschwerde erweist sich damit in allen Punkten als unbegründet und ist somit abzuweisen. Da sie zudem von Anfang an als aussichtslos erschien, kann dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht entsprochen werden (Art. 152 Abs. 1 OG). Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG).
Eine Parteientschädigung an die Gemeinde Menzingen entfällt gestützt auf Art. 159 Abs. 2 OG.

Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36 a OG:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Das Gesuch des Beschwerdeführers Josef Röllin um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'000.-- wird den Beschwerdeführern je zur Hälfte und unter solidarischer Haftbarkeit für den ganzen Betrag auferlegt.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Gemeinderat Menzingen, der Baudirektion sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Verwaltungsrechtliche Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 26. Oktober 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: