Faits:
A. Par jugement du 6 juin 2012, le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois a condamné X._ pour violation simple des règles de la circulation à une amende de 180 francs, convertible en deux jours de privation de liberté en cas de non-paiement fautif.
B. Par décisions des 17 juillet et 21 août 2012, la Présidente de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a refusé de désigner un défenseur d'office au prévenu. Par jugement du 5 septembre 2012, elle a rejeté l'appel formé par l'intéressé et a confirmé le jugement attaqué. Elle s'est fondée sur les principaux éléments de fait suivants:
Le jeudi 12 mai 2011, à 14h49, sur l'autoroute Vevey-Fribourg (A12), chaussée Veveyse, à la hauteur de la jonction "Châtel-St-Denis-Vevey", X._ a été contrôlé par un appareil de mesure stationnaire qui a enregistré une vitesse de 96 km/h, alors que la vitesse était limitée à 80 km/h sur ce tronçon. L'intéressé a admis être la personne qui figure sur la photographie de l'appareil. Le radar utilisé pour le contrôle de vitesse ce jour-là avait passé les contrôles annuels de l'Office fédéral de métrologie et pouvait être utilisé pour des mesures officielles. En outre, il n'y avait pas eu un taux anormalement élevé de contestations suite aux mesures effectuées avec ledit appareil.
C. X._ interjette un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral, concluant principalement à son acquittement ainsi qu'à une indemnité pour ses frais de défense. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de la décision du 21 août 2012 et au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouveau jugement. Il requiert en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échanges d'écritures.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recourant dénonce la violation de son droit à être assisté d'un avocat dès le début de la procédure alors qu'il n'était pas en mesure de se défendre seul dans le cadre d'une procédure écrite compte tenu de sa mauvaise maîtrise du français, étant d'origine italienne.
1.2 Dans le cadre de la défense facultative, seule en cause en l'espèce, le droit de bénéficier de l'assistance d'un défenseur d'office est soumis à deux conditions, à savoir que le prévenu soit indigent et que la sauvegarde de ses intérêts justifie une telle assistance (<ref-law>). Cette seconde condition s'interprète à l'aune des critères mentionnés à l'art. 132 al. 2 et 3 CPP. Ainsi, les intérêts du prévenu justifient une défense d'office lorsque la cause n'est pas de peu de gravité et qu'elle présente, sur le plan des faits ou du droit, des difficultés que le prévenu seul ne pourrait pas surmonter (<ref-law>). L'<ref-law> précise que ne sont pas de peu de gravité les cas dans lesquels le prévenu est passible d'une peine privative de liberté de plus de quatre mois, d'une peine pécuniaire de plus de 120 jours-amende ou d'un travail d'intérêt général de plus de 480 heures. Ces critères reprennent largement la jurisprudence du Tribunal fédéral en matière d'assistance judiciaire à laquelle il est renvoyé (<ref-ruling> consid. 2.5.2 p. 232 s.; <ref-ruling> consid. 2c/bb p. 51 s.; <ref-ruling> consid. 2a p. 44 s. et les références citées). Toutefois, lorsque l'infraction n'est manifestement qu'une bagatelle, en ce sens que son auteur ne s'expose qu'à une amende ou à une peine privative de liberté de courte durée, la jurisprudence considère que l'auteur n'a pas de droit constitutionnel à l'assistance judiciaire (<ref-ruling> consid. 2.5.2 p. 233; <ref-ruling> consid. 2c/bb p. 51; <ref-ruling> consid. 2a p. 45).
En l'espèce, la Présidente de la Cour d'appel était fondée à refuser la désignation d'un défenseur d'office au recourant, vu le peu de gravité du cas, puisque la condamnation portait sur une amende de 180 francs, convertible en deux jours de privation de liberté en cas de non-paiement fautif. Le recourant ne remet du reste pas en question l'appréciation cantonale selon laquelle il s'agit d'un cas bagatelle, pas davantage que la motivation complémentaire qui retient en outre que la cause ne présentait pas de difficultés particulières en fait ou en droit et que le recourant avait démontré être capable de se défendre efficacement (<ref-law>). Il en ressort qu'aucune des conditions pour mettre le recourant au bénéfice d'une défense d'office ne sont réunies. Au surplus, le recourant ne se plaint pas d'une autre violation des règles de procédure, en particulier pas du défaut de recours à un traducteur ou un interprète (<ref-law>). En conséquence, le grief est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2. Le recourant prétend qu'il ne se trouvait pas sur les lieux de l'infraction le 12 mai 2011 à 14h49, mais à l'hôpital de Riaz avec A._ et que les mesures effectuées par le radar n'étaient pas fiables.
2.1 La Présidente de la Cour d'appel a considéré que le tribunal de première instance pouvait sans arbitraire écarter le témoignage de A._ en retenant qu'elle s'était manifestement trompée au vu des indications probantes fournies par la police le 17 février 2012 selon lesquelles le radar litigieux avait fait l'objet des contrôles exigés par les normes fédérales topiques et qu'il était dès lors fiable lorsqu'il avait surpris le recourant en excès de vitesse. Les indications fournies par la gendarmerie concernaient bien le radar qui avait flashé l'appelant. Le recourant ne contestait du reste pas être la personne photographiée sur le radar. Tous ces éléments l'emportaient sur les indications fournies de mémoire par le témoin. Le tribunal pouvait dans ces circonstances considérer qu'il n'était pas nécessaire d'entendre une seconde fois le témoin A._, ni utile de requérir d'office une attestation de l'hôpital de Riaz. Au demeurant, le recourant, qui avait été invité à produire lui-même cette attestation, n'avait pas fait diligence.
2.2 Le recourant reproche à la Cour d'appel d'avoir mis à sa charge le fardeau de la preuve de son innocence en lui imputant de démontrer la véracité du témoignage de A._ par la production d'une attestation de l'hôpital de Riaz.
2.2.1 La présomption d'innocence, dont le principe in dubio pro reo est le corollaire, est garantie expressément par les art. 6 par. 2 CEDH, art. 32 al. 1 Cst. et 10 CPP. Elle concerne tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves. En tant que règle sur le fardeau de la preuve, la présomption d'innocence signifie, au stade du jugement, que le fardeau de la preuve incombe à l'accusation et que le doute doit profiter à l'accusé. Le juge ne peut retenir un fait défavorable à l'accusé que s'il est convaincu de la matérialité de ce fait, de sorte que le doute profite à l'accusé (<ref-ruling> consid. 2a p. 40; <ref-ruling> consid. 2c p. 37). En revanche, la présomption d'innocence n'est pas violée si le juge retient des faits sur la matérialité desquels il n'éprouve aucun doute. Il n'y a pas non plus de renversement du fardeau de la preuve lorsque l'accusé refuse sans raison plausible de fournir des explications rendues nécessaires par des preuves à charge. Son silence peut alors permettre, par un raisonnement de bon sens conduit dans le cadre de l'appréciation des preuves, de conclure qu'il n'existe pas d'explication à décharge et que l'accusé est coupable (cf. arrêt 6B_748/2009 du 2 novembre 2009 consid. 2.1; 6B_148/2011 du 17 mai 2011 consid. 1.1).
2.2.2 En l'espèce, il n'apparaît nullement que la cour cantonale aurait renversé le fardeau de la preuve ou qu'elle aurait condamné le recourant pour n'avoir pas apporté la preuve de son innocence. Au contraire, il résulte de ce qui précède qu'elle est clairement parvenue à une conviction sur la base des moyens de preuve apportés (consid. 2.1), qui infirmaient le témoignage de A._. Elle pouvait dès lors considérer qu'en ne donnant pas suite à l'invitation qui lui avait été faite de produire une attestation de l'hôpital de Riaz, le recourant, confronté aux divers éléments à charge parmi lesquels sa photographie prise par le radar ce jour-là, avait manqué une occasion de démontrer éventuellement la réalité de ses allégations. Il lui était loisible de produire une telle pièce. Une telle démarche ne procède pas d'un renversement inadmissible du fardeau de la preuve. Le grief doit être rejeté.
2.3 Le recourant invoque la violation de son droit d'être entendu pour ne pas avoir donné suite à ses réquisitions de preuve tendant à la production du journal d'installation du radar litigieux et du test effectué.
2.3.1 Le droit d'être entendu comporte notamment le droit à l'administration de preuves régulièrement offertes. Il n'y a toutefois pas violation de ce droit lorsque la mesure probatoire refusée est inapte à établir le fait à prouver, lorsque ce fait est sans pertinence ou lorsque, sur la base d'une appréciation non arbitraire des preuves dont elle dispose déjà, l'autorité parvient à la conclusion que les faits pertinents sont établis et que le résultat, même favorable au requérant, de la mesure probatoire sollicitée ne pourrait pas modifier sa conviction (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148).
A teneur de l'<ref-law>, lorsque seules des contraventions ont fait l'objet de la procédure de première instance, l'appel ne peut être formé que pour le grief que le jugement est juridiquement erroné ou que l'état de fait a été établi de manière manifestement inexacte ou en violation du droit. Le pouvoir d'examen de l'autorité d'appel est ainsi limité dans l'appréciation des faits à ce qui a été établi de manière arbitraire, la formulation de la disposition correspondant à celle de l'<ref-law> (arrêt 6B_362/2012 du 29 octobre 2012 consid. 5.2 et les références citées). En outre, aucune allégation ou preuve nouvelle ne peut être produite devant l'instance d'appel (art. 398 al. 4 deuxième phrase CPP). Il s'agit là d'une exception au principe du plein pouvoir de cognition de l'autorité de deuxième instance qui conduit à qualifier d'appel "restreint" cette voie de droit (arrêt 1B_768/2012 du 15 janvier 2013 consid. 2.1 et les références citées). En revanche, la partie appelante peut valablement renouveler en appel les réquisitions de preuve formulées devant le premier juge et qui ont été rejetées (arrêt 6B_362/2012 du 29 octobre 2012 consid. 8.4.1).
2.3.2 Le recourant a requis sans succès du tribunal de première instance l'accès au journal de sorties et d'emplacement du radar. Le renouvellement de la réquisition de ce moyen de preuve devant la Cour d'appel est donc admissible dès lors qu'il ne s'agit pas d'un moyen de preuve nouveau.
La cour d'appel n'a pas donné suite à sa requête pour le motif que, contrairement à ce qu'il soutenait, les indications fournies par la police concernaient bien le radar qui avait flashé le recourant. Ce dernier ne critique pas cette motivation (<ref-law>) et ne prétend plus que les pièces attestant que le radar avait passé les contrôles annuels ne correspondaient pas à l'appareil litigieux (art. 105 al. 1 et 106 al. 2 LTF). Il soutient que ces pièces lui sont nécessaires pour démontrer l'absence de fiabilité du radar du fait de son prétendu mauvais positionnement. La preuve en cause n'est certes pas nouvelle devant la cour de céans, mais la justification avancée, à savoir la volonté d'établir le mauvais positionnement de l'appareil, n'a pas été soumise à l'autorité précédente. Elle est en conséquence irrecevable (<ref-law>).
2.4 Le recourant invoque le principe de la présomption d'innocence et se plaint d'arbitraire. Il soutient en substance que la Cour d'appel a écarté arbitrairement le témoignage de A._ en préférant se fier aux indications fournies par la police quant à la fiabilité de l'instrument de mesure.
2.4.1 Lorsque l'appréciation des preuves est critiquée en référence au principe in dubio pro reo, celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2a p. 41). On peut renvoyer, sur cette notion, aux principes maintes fois exposés par le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560). Le Tribunal fédéral ne connaît de la violation des droits fondamentaux que si un tel moyen est invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.2.3; <ref-ruling> consid. 1.3.1), étant rappelé qu'il est lié par les constatations de fait de la décision entreprise (<ref-law>), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire. Le recourant qui se plaint d'arbitraire doit démontrer, par une argumentation claire et détaillée, que cette décision se fonde sur une constatation des faits ou une appréciation des preuves insoutenables (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 400). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid 5.1 p. 356 et les références citées).
Quand, comme en l'espèce (consid. 2.3.1), le pouvoir d'examen de l'autorité d'appel est limité en matière de constatations de fait à l'arbitraire (<ref-law>), l'examen du Tribunal fédéral porte concrètement sur l'arbitraire du jugement de l'autorité inférieure, à la lumière des griefs soulevés dans l'acte de recours. Cependant, pour se conformer aux exigences de motivation rappelées ci-dessus, le recourant ne peut pas simplement reprendre les critiques qu'il a formulées en instance cantonale, mais il doit exposer pourquoi la juridiction d'appel aurait refusé à tort de qualifier d'arbitraire l'appréciation des preuves faite par l'autorité de première instance, en exposant en quoi cette appréciation est critiquable (arrêt 6B_696/2011 du 6 mars 2012 consid. 2.1). Le Tribunal fédéral examine librement la manière dont l'autorité d'appel a fait usage de sa cognition limitée, c'est-à-dire si elle a, à tort, admis ou nié l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1a/cc p. 494; <ref-ruling> consid. 2b p. 71 s.).
2.4.2 Lorsque le recourant affirme que le radar litigieux n'était pas fiable, parce que mal installé ou positionné, il s'écarte de manière inadmissible du jugement attaqué qui ne contient aucune constatation de cet ordre. Son affirmation relève d'une pure hypothèse, qui ne repose sur aucun élément concret. Par sa critique, le recourant ne démontre pas en quoi l'appréciation de la fiabilité du radar fondée sur le vu des tests d'homologation et de vérification qu'il avait subis, ainsi que sur la constatation de l'absence d'un taux élevé de contestations suite aux mesures effectuées ce jour-là avec cet instrument, constatations qui lient la cour de céans (<ref-law>), serait insoutenable. Le recourant n'a du reste pas contesté, comme cela ressort du dossier, que l'appareil a été installé le 12 mai 2011 de 14h35 à 17h40, ce qui correspond à la date et l'heure indiquées (14h49) sur la photographie du véhicule du recourant et de l'intéressé lui-même. Le recourant tient également pour arbitraire d'avoir écarté le témoignage, pourtant clair, de A._. Par cette seule protestation, il n'expose cependant pas en quoi la motivation retenue pour écarter ce témoignage, à savoir que le témoin, qui parlait de mémoire, avait manifestement dû se tromper au vu des indications fournies par la police, est arbitraire.
La cour cantonale pouvait ainsi considérer, sans arbitraire, que les éléments invoqués pouvaient être tenus pour véridiques et devaient l'emporter sur les indications délivrées de mémoire par A._, laquelle avait de surcroît admis entretenir des liens particulièrement étroits avec le prévenu au moment des faits.
3. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Les conclusions du recourant étaient dénuées de chance de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (<ref-law>). Le recourant, qui succombe, supporte les frais de la procédure, qui seront arrêtés en tenant compte de sa situation économique qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Présidente de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 9 avril 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Rieben