Faits:
A. X._, domiciliée dans le canton de Vaud, est propriétaire de la parcelle xxx du registre foncier de Genève-A._, sise avenue B._, sur laquelle est érigé un bâtiment de 2'546 m2 abritant trois arcades commerciales et un parking souterrain de 214 places.
Le litige intervenu entre X._ et l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après l'Administration) au sujet de la valeur fiscale de cet immeuble pour l'impôt cantonal et communal 2002 a été tranché par arrêt du Tribunal fédéral du 23 avril 2009 dans la cause 2C_820/2008. Il a été retenu que la juridiction cantonale pouvait, sans violer la législation fédérale d'harmonisation fiscale ni tomber dans l'arbitraire, arrêter la valeur de l'immeuble de X._ à CHF 10'361'259.- pour 2002.
B. Dans sa déclaration relative à la période fiscale 2005, X._ a indiqué une valeur fiscale de CHF 7'800'000.- pour l'immeuble en cause. Le 22 janvier 2007, l'Administration a émis le bordereau d'impôt cantonal et communal 2005 et a fixé la valeur de ce bien immobilier à CHF 12'057'500.- correspondant à la capitalisation de l'état locatif de CHF 747'565.- au taux de 6.2 %.
X._ a élevé réclamation contre ce bordereau. Par décision du 1er juillet 2009, l'Administration a maintenu la taxation et l'estimation de l'immeuble en cause.
X._ a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après la Commission de recours), remplacée depuis le 1er janvier 2011 par le Tribunal administratif de première instance (ci-après le TAPI). Elle concluait à ce que la valeur de l'immeuble soit réduite à CHF 10'170'000.- au vu d'une estimation établie le 23 octobre 2003 par C._ SA.
Le 7 mars 2011, le TAPI a rejeté ce recours.
X._ a recouru contre la décision du 7 mars 2011 auprès de la Chambre administrative de la Cour de justice de Genève (ci-après la Cour de justice). Dans le cadre de cette procédure, elle a produit une expertise établie par le bureau D._ selon laquelle l'estimation de l'immeuble litigieux s'élevait au 1er janvier 2011 à CHF 12'550'000.- pour un état locatif total de CHF 904'492.-.
Par arrêt du 3 avril 2012, la Cour de justice a rejeté ce recours. Elle a retenu, en substance, que faute de pouvoir établir la valeur vénale de l'immeuble litigieux en 2005 par un autre moyen, l'Administration ne pouvait que capitaliser le revenu locatif - non contesté - au taux de 6.2 % fixé par la législation applicable pour l'année en question.
C. Par acte du 11 mai 2012, X._ dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral à l'encontre de l'arrêt du 3 avril 2012. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'Administration pour une nouvelle fixation de l'estimation fiscale de l'immeuble, mais au maximum à hauteur de CHF 8'584'940.-, le tout sous suite de frais et dépens. A titre de mesure d'instruction, elle prie en outre le Tribunal fédéral d'inviter l'Administration à indiquer si elle a déjà admis les valeurs de l'expert D._ dans d'autres cas.
L'Administration conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions requiert également le rejet du recours. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.
X._ a déposé une ultime détermination le 2 octobre 2012.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public (cf. <ref-law>), par une autorité judiciaire cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. aussi art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). La recourante a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteinte par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Elle a ainsi qualité pour recourir (cf. <ref-law>). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et <ref-law>), le recours est par conséquent recevable.
2. A titre de mesure d'instruction, la recourante demande au Tribunal fédéral d'inviter l'Administration à indiquer si elle a déjà admis les valeurs de l'expert D._ dans d'autres cas.
Des mesures probatoires devant le Tribunal fédéral ne sont qu'exceptionnellement ordonnées dans une procédure de recours (<ref-ruling> consid. 2 p. 104), dès lors que le Tribunal fédéral statue et conduit en principe son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. <ref-law>). Par ailleurs, l'Administration, dans sa réponse au recours, a reconnu que, dans un cas isolé, elle avait admis à titre tout à fait exceptionnel de s'écarter du principe de capitalisation pour prendre en compte la valeur d'un immeuble établie par expertise. Point n'est donc besoin de donner suite à la mesure d'instruction sollicitée.
3. D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, lorsque les dispositions de la LHID laissent une marge de manoeuvre aux cantons, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral se limite à l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.), dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'<ref-law>.
Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. Il ne suffit pas que la motivation de la décision critiquée soit insoutenable; encore faut-il que celle-ci se révèle arbitraire dans son résultat. En outre, il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution que celle adoptée par l'autorité intimée serait concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités).
4. Le litige porte sur l'estimation fiscale, au titre de l'impôt sur la fortune des personnes physiques de l'année 2005, d'un immeuble appartenant à la recourante.
4.1 Réglé aux art. 13 et 14 LHID, l'impôt sur la fortune des personnes physiques a pour objet l'ensemble de la fortune nette (<ref-law>) qui se détermine selon les règles d'évaluation prévues à l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, la fortune est estimée à la valeur vénale. Toutefois, la valeur de rendement peut être prise en considération de façon appropriée.
La jurisprudence a précisé que la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale ne prescrit pas au législateur cantonal une méthode d'évaluation précise pour établir la valeur déterminante selon l'<ref-law>. Les cantons disposent donc en la matière d'une marge de manoeuvre importante pour élaborer et appliquer leur réglementation, aussi bien dans le choix de la méthode de calcul applicable que pour déterminer, compte tenu du caractère potestatif de l'art. 14 al. 1, 2e phrase LHID, dans quelle mesure le rendement doit être pris en considération dans l'estimation. Il faut cependant préciser qu'à l'exception des immeubles affectés à l'agriculture ou à la sylviculture (cf. <ref-law>), l'évaluation ne saurait se faire à l'aune du seul critère du rendement, sans prise en compte de la valeur vénale du bien considéré. Par ailleurs, la valeur de rendement ne peut, le cas échéant, être prise en considération que de manière appropriée; elle ne saurait justifier n'importe quel écart avec la valeur vénale. Les cantons ne peuvent ainsi pas prévoir des règles d'évaluation tendant de manière générale à une sur- ou sous-estimation des immeubles, par exemple en instituant un abattement automatique de leur valeur vénale pour en déterminer la valeur fiscale, ou en fondant l'imposition sur un pour-cent de la valeur vénale (cf. <ref-ruling> consid. 3.6 p. 214).
4.2 Le canton de Genève a concrétisé ces principes dans la loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP; RS-GE D 3 08). L'art. 49 LIPP prévoit ainsi que la fortune mobilière et immobilière, établie au 31 décembre de l'année pour laquelle l'impôt est dû (al. 1), est en règle générale estimée à sa valeur vénale (al. 2). L'art. 50 let. a LIPP précise que la valeur des immeubles locatifs est calculée en capitalisant l'état locatif annuel aux taux fixés chaque année par le Conseil d'État, sur proposition d'une commission d'experts. Selon l'art. 25 al. 1 du Règlement d'application de la loi sur l'imposition des personnes physiques du 13 janvier 2010 (RIPP; RS-GE D 08.01), les taux de capitalisation servant à calculer la valeur fiscale des immeubles locatifs sont fixés sur la base des transactions constatées sur le marché immobilier entre le 1er janvier de l'année précédant l'année fiscale et le 30 juin de l'année fiscale, une période d'observation plus longue pouvant être prise en considération notamment lorsque le nombre de transactions constatées durant la période est très faible ou que certaines d'entre elles présentent un caractère exceptionnel. Enfin, l'art. 25 al. 3 RIPP mentionne les taux de capitalisation applicables en distinguant les immeubles de logements dont l'âge est inférieur à 20 ans, les immeubles de logements dont l'âge est égal ou supérieur à 20 ans, les immeubles HBM, HLM, HCM et HM, les immeubles commerciaux et autres immeubles locatifs situés dans les zones d'affectation du sol 1 et 2, et les immeubles commerciaux et autres immeubles locatifs situés dans les autres zones. Les zones d'affection du sol 1 et 2 comprennent les quartiers de la Ville de Genève qui se trouvent dans les limites des anciennes fortifications ainsi que les quartiers édifiés sur le territoire des anciennes fortifications et des quartiers nettement urbains qui leur sont contigus (cf. art. 19 al. 1 let. a et b de la loi d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987; LaLAT; RS-GE L 1 30).
4.3 En application de l'art. 72 al. 1 LIPP, c'est cependant l'ancienne loi du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune (aLIPP-III; RS-GE D 3 13), qui reste applicable à la présente affaire puisque les impôts relatifs aux périodes fiscales antérieures demeurent régis par les dispositions de l'ancien droit, même après l'entrée en vigueur de la LIPP. L'art. 4 aLIPP-III précisait que la fortune mobilière et immobilière, établie au 31 décembre de l'année pour laquelle l'impôt est dû (al. 1), est en règle générale estimée à sa valeur vénale (al. 2), sous réserve des biens immatériels et de la fortune mobilière (al. 3) ainsi que des marchandises (al. 4). Les immeubles situés dans le canton étaient estimés d'après l'art. 7 aLIPP-III, qui prévoyait ce qui suit pour les immeubles locatifs:
L'évaluation des immeubles situés dans le canton est faite d'après les principes suivants:
a) la valeur des immeubles locatifs est calculée en capitalisant l'état locatif annuel aux taux fixés chaque année par le Conseil d'État, sur proposition d'une commission d'experts, composée paritairement de représentants de l'administration fiscale et de personnes spécialement qualifiées en matière de propriétés immobilières et désignées par le département.
L'état locatif annuel se détermine d'après les loyers obtenus des locaux loués et des loyers qui pourraient être obtenus de ceux susceptibles d'être loués, y compris ceux occupés par le propriétaire et sa famille.
D'après l'art. 3 al. 1 de l'ancien Règlement d'application du 19 décembre 2001 de la loi sur l'imposition des personnes physiques - Impôt sur la fortune (aRIPP-III; RS-GE D 3 13.01), applicable à la présente cause, les taux de capitalisation étaient établis sur la base des transactions constatées sur le marché immobilier entre le 1er janvier de l'année précédent l'année fiscale et le 30 juin de l'année fiscale, sous réserve d'exceptions ne concernant pas le cas d'espèce (art. 3 al. 2 aRIPP-III). Les taux ainsi déterminés étaient énoncés à l'art. 4 aRIPP-III pour chaque catégorie d'immeubles visée. Pour l'année fiscale 2005, ces taux de capitalisation avaient été fixés comme suit:
a) 6.51 % pour les immeubles de logements dont l'âge est inférieur à 20 ans au 31 décembre ou à la fin de l'assujettissement;
b) 7.77 % pour les immeubles de logements dont l'âge est égal ou supérieur à 20 ans au 31 décembre ou à la fin de l'assujettissement;
c) 6.75 % pour les immeubles HBM, HLM, HCM et HM;
d) 6.20 % pour les immeubles commerciaux et les autres immeubles locatifs.
4.4 Dans plusieurs arrêts récents, le Tribunal fédéral a jugé que l'évaluation des immeubles locatifs sis dans le canton de Genève sur la base du critère de capitalisation de l'état locatif annuel au taux fixé par une commission d'experts est conforme aux exigences posées par l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 3.8 in fine p. 215 s.; arrêts 2C_316/2010 du 29 juillet 2010 et 2C_820/2008 du 23 avril 2009). La règle spécifique prévue par le droit cantonal pour évaluer les immeubles locatifs s'insère dans le cadre défini - largement - par l'<ref-law>: le principe de la capitalisation de l'état locatif inscrit à l'art. 7 let. a aLIPP-III renvoie à la valeur de rendement, tandis que la prise en considération, pour déterminer le taux de capitalisation applicable, des transactions constatées sur le marché ou, pour les immeubles de logements, de l'âge de ces derniers (cf. art. 7 let. a aLIPP-III en liaison avec l'art. 3 al. 1 et 4 let. a et b aRIPP-III), se réfère à des critères qui relèvent plus particulièrement de la valeur vénale (cf. arrêt 2C_820/2008 du 23 avril 2009 consid. 3.3). Le taux de capitalisation des immeubles locatifs au sens de l'art. 7 let. a aLIPP-III est ainsi calculé, non pas de manière abstraite, mais en fonction des transactions réalisées durant une période donnée (cf. arrêt 2C_820/2008 du 23 avril 2009 consid. 5.2). La fixation schématique de la valeur vénale et les règles pour l'élaboration desquelles les cantons disposent d'une large marge de manoeuvre, notamment en ce qui concerne la prise en considération de la valeur de rendement, n'ont cependant qu'une portée subsidiaire. Elles trouvent seulement application pour fixer la valeur vénale d'un immeuble qui n'a pas fait l'objet d'une vente récente. Bien que pratique et économique du point de vue procédural, la réglementation ne saurait en effet aller à l'encontre de la loi sur l'harmonisation fiscale et de la loi cantonale genevoise en vertu desquelles "la fortune est estimée à la valeur vénale" (<ref-law> et 4 al. 2 aLIPP-III). Ces dispositions instituent le principe général d'évaluation de la fortune à la valeur vénale, par quoi il faut entendre la valeur attribuée à un objet sur le marché des échanges économiques, lors d'un achat ou d'une vente dans des conditions normales. En d'autres termes, lorsque la valeur vénale d'un élément de fortune est donnée par le résultat d'une transaction ayant eu lieu sur le marché libre, la lettre claire de l'<ref-law> la désigne comme valeur imposable (cf. arrêt 2C_316/2010 du 29 juillet 2010 consid. 3.3).
Il découle de ce qui précède que le système, prévu dans le droit cantonal genevois pour évaluer les immeubles locatifs, qui a été appliqué à la recourante, n'est pas en lui-même arbitraire ou non conforme à la LHID. En principe, la valeur fiscale des immeubles dans le canton de Genève peut par conséquent être établie conformément aux règles que le législateur cantonal a édictées.
5. La recourante ne conteste pas la méthode choisie par le législateur genevois en elle-même, mais s'en prend à certains des critères utilisés, estimant que, compte tenu du lieu de situation de son immeuble et du fait qu'il s'agit d'un immeuble comprenant principalement des places de parc, ceux-ci aboutissent à un résultat arbitraire en ce qui la concerne.
5.1 La recourante allègue ainsi que l'on ignore le type d'immeubles pris en compte pour effectuer l'échantillonnage qui est à la base des taux de capitalisation fixés à l'art. 4 aRIPP-III en application de l'art. 3 al. 1 aRIPP-III ainsi que la pondération de ce résultat dans l'appréciation générale. Elle relève que le système mis en place à l'art. 3 al. 2 aRIPP-III parvient, par le biais d'un taux de capitalisation unique, à des estimations beaucoup trop élevées dès que l'on a affaire à des immeubles situés en dehors des zones d'affectation du sol 1 et 2 du centre de Genève, objet d'une spéculation intense poussant les prix de vente à la hausse. Elle en veut pour preuve la modification de système introduite dès l'année fiscale 2010 et prévoyant, depuis lors, un taux de capitalisation inférieur, soit 4.86 % en 2010, pour les immeubles situés dans les zones 1 et 2, que pour les immeubles des autres zones, soit 6.36 % en 2010, ce qui, à son avis, indique que les immeubles de ces autres zones étaient surévalués précédemment. Or, l'immeuble de la recourante dont l'évaluation fiscale est en cause se trouve précisément en zone 3, qui comprend les régions dont la transformation en quartiers urbains est fortement avancée (cf. art. 19 al. 1 let. c LaLAT).
La Cour de céans a eu l'occasion d'analyser la composition de l'échantillonnage à la base des taux de capitalisation de l'art. 4 aRIPP-III et elle en a conclu que cet échantillonnage et la méthode de fixation des taux étaient, en 2002, fondés sur des valeurs du marché effectivement constatées pour des objets comparables à celui de la recourante, de sorte qu'ils ne pouvaient être infirmés par une simple expertise de partie (cf. arrêt 2C_820/2008 du 23 avril 2009 consid. 6.3). Il a également été relevé que l'art. 4 aRIPP-III imposait à la Commission paritaire de distinguer, pour calculer le taux de capitalisation, entre immeubles de logements ou à prépondérance de logements, immeubles administratifs, commerciaux et immeubles HLM, afin de tenir compte de leur spécificité, de sorte que le caractère schématique du système mis en place restait admissible (cf. arrêt 2C_820/2008 du 23 avril 2009 consid. 6.2). Il n'y a pas lieu de revenir sur cette jurisprudence.
Depuis 2010, cette méthode a certes été affinée par le législateur cantonal (cf. supra consid. 4.2), mais ce simple fait ne rend pas automatiquement, de manière rétroactive, l'ancien système arbitraire. Il faut au contraire examiner concrètement ce qu'il en est. Afin de tenir compte de la différence de valeur liée au lieu de situation des immeubles, une distinction est faite depuis 2010 entre les immeubles du centre de Genève - à savoir les zones 1 et 2 - et les immeubles des autres zones. Pour les années fiscales 2010 et 2011, la réglementation applicable prévoit ainsi, pour les immeubles commerciaux et autres locatifs des zones 1 et 2 un taux de capitalisation de 4.86 % et de 4.45 %, alors qu'un taux de respectivement 6.36 % et 5.9 % s'applique aux immeubles des autres zones. Une telle différence de 1.5 / 1.45 points entre deux taux ne suffit pas à considérer que le système qui prévalait auparavant et qui se fondait sur un seul taux global pour les immeubles de toutes les zones signifierait que les immeubles situés hors des zones 1 et 2 souffraient d'une surévaluation arbitraire. A fortiori ne saurait-on tirer rétrospectivement une telle conclusion pour l'année 2005. Le fait que le législateur cantonal ait amélioré son système d'évaluation en le différenciant ne permet pas à la contribuable de bénéficier avec effet rétroactif d'une modification législative, même plus favorable. Le grief y relatif doit par conséquent être rejeté.
5.2 La recourante estime également que l'immeuble litigieux est atypique puisqu'il s'agit d'un immeuble comportant principalement des places de parc et ne bénéficiant donc pas de la même spirale spéculative que peuvent connaître d'autres immeubles à Genève. Or, cet argument avait déjà été traité lors de l'examen de l'évaluation de cet immeuble pour l'année fiscale 2002, la Cour de céans arrivant à la conclusion que les distinctions faites par l'art. 4 aRIPP-III étaient suffisantes pour éviter de tomber dans l'arbitraire (cf. arrêt 2C_820/2008 du 23 avril 2009 consid. 6). La recourante n'apportant pas d'argument supplémentaire à l'appui de sa critique, la Cour de céans se contentera de la renvoyer à l'arrêt précité.
5.3 La recourante fait par ailleurs valoir que l'art. 4 aRIPP-III viole le principe d'égalité de traitement et celui de légalité puisqu'il distingue entre immeubles de logements, d'une part, et immeubles commerciaux et autres locatifs d'autre part, les premiers connaissant des taux de capitalisation différenciés en fonction de leur âge alors qu'une telle différenciation est refusée aux seconds. Elle relève que l'art. 7 aLIPP-III ne prévoit aucune prise en compte de l'âge de l'immeuble ni pour les immeubles de logements ni pour les immeubles commerciaux et autres immeubles locatifs.
Ainsi que cela a déjà été relevé, (cf. supra consid. 4.1 et les arrêts cités), les cantons disposent d'une marge de manoeuvre importante pour élaborer et appliquer leur réglementation, notamment dans le choix de la méthode de calcul applicable. Rien ne leur interdit par conséquent de prévoir des taux différents en fonction de l'âge de l'immeuble pour les immeubles de logements et de renoncer à cette distinction pour les immeubles commerciaux et autres locatifs.
En ce qui concerne le principe de légalité, force est de constater que l'art. 7 aLIPP-III prescrit seulement que la valeur des immeubles locatifs est calculée en capitalisant l'état locatif annuel aux taux fixés chaque année par le Conseil d'État, sur proposition d'une commission d'experts. La jurisprudence en a déduit que la réglementation d'application pouvait introduire des différences entre les catégories d'immeubles, ajoutant même que celles-ci diminuaient le caractère schématique de la réglementation, ce qui était souhaitable (cf. arrêt 2C_820/2008 du 23 avril 2009, consid. 6.2). Dans ces conditions, l'introduction, à l'art. 4 aRIPP-III, d'une différence due à l'âge de l'immeuble pour une catégorie - les immeubles de logements - et non pour les autres, ne saurait être considérée comme arbitraire. Ce grief doit par conséquent être rejeté.
5.4 La recourante prétend enfin démontrer que l'application de la réglementation genevoise aboutit, dans son résultat et pour sa propre taxation 2005, à une valeur fiscale dont l'écart avec la valeur vénale est clairement exagéré et donc arbitraire. Il convient d'examiner si tel est le cas (cf. <ref-ruling> consid. 3.9 p. 216).
La recourante relève que, selon l'expertise qu'elle a fait exécuter par le bureau D._, son immeuble possédait une valeur vénale de CHF 12'550'000.- en 2010, alors que la valeur fiscale de cet immeuble, calculée sur la valeur capitalisée de l'état locatif de CHF 906'766.- au taux de 6.36 % applicable en 2010, était de CHF 14'257'330.-. Au terme d'une extrapolation arithmétique, elle en déduit que son immeuble avait une valeur vénale de CHF 8'584'940.- en 2005, largement inférieure à la valeur fiscale de CHF 12'057'500.- retenue par l'Administration. La recourante allègue qu'un tel écart ne saurait être admis sans violer le principe constitutionnel de l'imposition selon la capacité contributive.
Cette argumentation ne saurait être suivie. En effet, à la différence d'une vente effectivement réalisée, une expertise - même effectuée par un cabinet de conseils immobiliers renommé - ne peut aboutir qu'à une estimation. Or, une estimation comporte inévitablement des éléments d'appréciation de sorte que, lorsque le prix établi par expertise diverge de la valeur fiscale, on ne saurait en déduire d'emblée que cette dernière est arbitraire. Cette conclusion s'impose d'autant moins en l'espèce que la recourante entreprend un calcul rétroactif à partir d'une expertise effectuée en 2010 afin d'établir, au moyen d'une extrapolation basée sur l'état locatif, la valeur vénale de son immeuble en 2005. Cette méthode comprend un nombre important de variables, de sorte qu'elle ne saurait suffire à établir le caractère arbitraire de la valeur fiscale retenue pour 2005. Il convient par conséquent de s'en tenir à la méthode subsidiaire de calcul préconisée par le législateur genevois et basée sur la capitalisation du rendement locatif aux taux définis en application de la législation cantonale selon une méthode considérée comme compatible avec le droit fédéral.
5.5 La recourante se prévaut enfin d'égalité dans l'illégalité. Elle soutient que l'Administration a admis, dans certains cas, la prise en compte de la valeur établie par une expertise du même cabinet de conseils que celle qu'elle a présentée, plutôt que la valeur capitalisée fondée sur le rendement locatif.
Le principe de la légalité de l'activité administrative prévaut en principe sur celui de l'égalité de traitement. En conséquence, le justiciable ne peut généralement pas se prétendre victime d'une inégalité devant la loi lorsque celle-ci est correctement appliquée à son cas, alors qu'elle aurait été faussement, voire pas appliquée du tout, dans d'autres cas. Cela présuppose cependant, de la part de l'autorité dont la décision est attaquée, la volonté d'appliquer correctement à l'avenir les dispositions légales en question. Le citoyen ne peut prétendre à l'égalité dans l'illégalité que s'il y a lieu de prévoir que l'administration persévérera dans l'inobservation de la loi (arrêt 1C_482/2010 du 14 avril 2011 consid. 5.1; cf. <ref-ruling> consid. 5.6 p. 78). Or, ces conditions ne sont pas remplies en l'espèce, puisque l'Administration, si elle concède avoir procédé comme allégué dans un cas déterminé, isolé et extraordinaire, rappelle également que sa pratique constante est de s'en tenir aux dispositions réglementaires applicables en matière d'estimation d'immeubles locatifs qu'elle entend respecter strictement pour tous les cas futurs. Le grief est donc infondé.
6. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (<ref-law>). Il ne sera pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à CHF 2'500.-, sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale du canton de Genève, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre administrative, 2ème section, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 14 décembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti