Erwägungen:
1. Die Beschwerdeabteilung in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Nidwalden trat mit Beschluss vom 15. Dezember 2011 auf die von X._ am 30. August 2011 gegen die Nichtanhandnahmeverfügung der Staatsanwaltschaft Nidwalden vom 18. August 2011 (STA-Nr. A1 11 5651) erhobene Beschwerde nicht ein. Die Beschwerdeabteilung führte zur Begründung zusammenfassend aus, dass die Eingabe vom 30. August 2011 ungenügend begründet gewesen sei. Die Prozessleitung habe dem Beschwerdeführer zur Verbesserung seiner Beschwerde eine Nachfrist angesetzt und ihn auf die Säumnisfolgen aufmerksam gemacht. Die nach Ablauf der Nachfrist eingereichte "Antwort" habe den gesetzlichen Anforderungen nicht genügt, da sich der Beschwerdeführer nicht ansatzweise mit der angefochtenen Nichtanhandnahmeverfügung auseinandergesetzt habe.
2. X._ führt mit Eingabe vom 25. Januar 2012 Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss der Beschwerdeabteilung in Strafsachen des Obergerichts des Kantons Nidwalden. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Die Bestimmungen von <ref-law> nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer, der keinen zulässigen Beschwerdegrund nennt, setzt sich in seiner kaum verständlichen Eingabe mit der Begründung des angefochtenen Beschlusses nicht auseinander. Aus seiner Eingabe ergibt sich nicht, inwiefern die Begründung, die zum Nichteintreten auf seine Beschwerde führte, bzw. der Beschluss selber im Ergebnis rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Die Beschwerde genügt daher den gesetzlichen Formerfordernissen (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. in diesem Zusammenhang <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53, 65 E. 1.3.1 S. 68 mit Hinweisen) nicht, weshalb auf sie nicht einzutreten ist. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Beschwerdeabteilung in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Januar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli