Fatti:
A. Nella seduta del 10 novembre 2008, il Consiglio comunale di X._ ha proceduto alle nomine dei rappresentanti e dei delegati comunali in seno ai vari consorzi, enti e associazioni di cui il Comune è membro.
B. Con decisione del 27 gennaio 2009, il Consiglio di Stato ha respinto un ricorso presentato da A._ contro dette nomine. Adito dall'insorgente, con giudizio del 25 ottobre 2010, il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il gravame.
C. Avverso questa sentenza A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di accertare l'incostituzionalità e l'inapplicabilità in concreto dell'art. 13 cpv. 1 lett. p della legge organica comunale del 10 marzo 1987 (LOC), secondo cui la nomina proporzionale dei delegati del comune negli enti di diritto pubblico o privato di cui esso è membro spetta all'assemblea, rispettivamente al consiglio comunale. Al dire del ricorrente, tale facoltà dovrebbe competere per contro al municipio.
Il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale, la Corte cantonale si riconferma nel giudizio impugnato, mentre il Municipio di X._ propone di accogliere il ricorso.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza (art. 29 cpv. 1 LTF) e se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Il ricorso è diretto contro la risoluzione con la quale il Consiglio comunale di X._ ha nominato i suoi rappresentanti e delegati in seno a vari consorzi, enti e associazioni di cui il Comune è membro. Si è quindi in presenza di un' elezione indiretta. Il ricorrente, tenuto a dimostrare la propria legittimazione (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 1b pag. 175; <ref-ruling> consid. 1 inedito), si limita a rilevare d'essere cittadino attivo del Comune di X._ e d'aver partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore (art. 89 cpv. 1 lett. a LTF).
1.3 Certo, in materia di diritti politici (art. 82 lett. c LTF) la legittimazione a ricorrere spetta a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa. Il ricorrente non sostiene d'aver partecipato all'elezione litigiosa quale membro di un'autorità (ciò che non comporterebbe comunque la legittimazione a ricorrere, <ref-ruling> consid. 5 c/bb e c/ee). Egli disattende che nell'ambito di una votazione indiretta, vale a dire che si svolge in seno a un organo rappresentativo, come in concreto il consiglio comunale, il diritto di voto dei cittadini non può essere leso. Siffatte elezioni non possono quindi essere oggetto di un ricorso ai sensi dell'art. 82 lett. c LTF e, in precedenza, dell'art. 85 OG (<ref-ruling> consid. 2). Così, per esempio, la mancata nomina da parte del Gran Consiglio di un medico quale membro del Consiglio di amministrazione dell'ente ospedaliero cantonale, non poteva essere oggetto di un ricorso per violazione del diritto di voto, né, all'epoca, per carenza di legittimazione, di un ricorso per violazione dei diritti costituzionali del cittadino secondo l'art. 84 cpv. 1 lett. a OG (sentenza 1P.31/2004 del 17 marzo 2005 consid. 1 e 2, in RDAT 2005 II n. 33). Lo stesso esito ha avuto la criticata nomina dei rappresentanti dei comuni nel Consiglio ospedaliero (sentenza 1P.213/1997 del 20 giugno 1997 consid. 3, in RDAT 1997 II n. 18). Anche nel quadro della nomina dei delegati in un consorzio ripari e premunizioni, al presidente del consiglio comunale è stata negata la legittimazione a ricorrere, sia quale membro di detta autorità sia in relazione al diritto di voto sia, infine, come privato cittadino (sentenza 1P.680/1996 del 6 marzo 1997 consid. 1b).
1.4 Il ricorrente, che non adduce una lesione del suo diritto d'eleggibilità (<ref-ruling> consid. 1e) e che non ha presentato un ricorso concernente il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e le votazioni popolari (art. 82 lett. c LTF), asserisce d'essere particolarmente toccato dalla decisione impugnata, poiché un giorno potrebbe entrare in considerazione quale delegato del suo Comune in seno ai citati enti.
Con quest'argomentazione egli disattende che oggetto dell'impugnato giudizio è una decisione concreta di nomina e non la promulgazione di un atto normativo cantonale, nel quadro del quale sarebbe sufficiente essere toccato anche soltanto in maniera virtuale dallo stesso (<ref-ruling> consid. 2.1; sentenza 1C_184/2010 decisa in data odierna nei confronti del ricorrente, consid. 1.4).
2. 2.1 Il ricorrente fa valere che l'art. 13 cpv. 1 lett. p LOC, norma che fissa la competenza del consiglio comunale per la nomina dei delegati, violerebbe il principio della separazione dei poteri (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 2.2, 313 consid. 5.2; cfr. anche <ref-ruling> consid. 1.1), visto che secondo l'art. 17 cpv. 3 Cost./TI l'organo che amministra e rappresenta il comune è il municipio.
2.2 Secondo l'art. 89 cpv. 1 lett. b e c LTF, è legittimato a ricorrere unicamente chi è particolarmente toccato dalla decisione impugnata e ha un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica. L'interesse degno di protezione può essere di natura giuridica o fattuale (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 290). Questo interesse dev'essere diretto e concreto. In particolare, il ricorrente deve trovarsi in un rapporto sufficientemente stretto, speciale e degno di essere preso in considerazione con la criticata decisione: egli dev'essere toccato in misura e con un' intensità maggiore rispetto al resto dei cittadini e trarre un vantaggio pratico in caso d'accoglimento del ricorso (<ref-ruling> consid. 1.3.2), ciò ch'egli non dimostra. Il ricorso di una persona privata proposto a tutela dell'interesse generale o nell'asserito interessi di terzi, segnatamente in concreto di quelli del municipio, è quindi inammissibile. L'azione popolare è infatti esclusa nell'ambito della giurisdizione amministrativa federale, del resto anche nel quadro dell'impugnazione di atti normativi (<ref-ruling> consid. 6.1 pag. 150 e rinvii; AEMISEGGER/SCHERRER, in Bundesgerichtsgesetz, 2008, n. 55 e 57 ad art. 82). In siffatti casi, il ricorrente dinanzi al Tribunale federale può far valere soltanto la violazione di norme di procedura equivalenti a un diniego di giustizia (<ref-ruling> consid. 3.2 e rinvii). Il ricorrente non adduce del tutto la presenza di siffatti estremi. Al ricorrente, come privato, fa quindi difetto la legittimazione per impugnare la criticata legge, della quale non adduce una qualsiasi conseguenza diretta sui suoi obblighi o doveri (<ref-ruling> consid.1.4 pag. 47 seg.).
3. Da quanto esposto discende che il ricorso è inammissibile per carenza di legittimazione e pertanto non può essere esaminato nel merito. Le spese seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, al Municipio e al Consiglio comunale di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.