Sachverhalt:
A. Der Stadtrat von Thun (Gemeindeparlament) verabschiedete am 2. November 2006 eine Teilrevision des Ortspolizeireglementes der Stadt Thun vom 27. Juli 2002 (OPR). Die Revision ergänzte das Reglement u.a. mit Bestimmungen über Kundgebungen auf öffentlichem Grund (Art. 11b-11f OPR) und entsprechenden Strafbestimmungen (Art. 31 Abs. 1 OPR).
Diese neuen Bestimmungen des Ortspolizeireglementes haben folgenden Wortlaut:
Art. 11b - Kundgebungen auf öffentlichem Grund, 1. Bewilligungspflicht
1 Als Kundgebungen (wie z.B. Umzüge, Demonstrationen und Versammlungen) gelten Veranstaltungen mit ideellem Inhalt und einer Appellwirkung, welche von mehreren Personen getragen wird.
2 Kundgebungen auf öffentlichem Grund sind nur mit einer vorgängigen Bewilligung des zuständigen Organs erlaubt. Vorbehalten bleibt Art. 11d.
3 Eine Bewilligung wird erteilt, wenn ein geordneter Ablauf der Kundgebung gesichert und die Beeinträchtigung von andern Benutzern und Benutzerinnen des öffentlichen Grundes zumutbar erscheint.
4 Die Bewilligung ist mit geeigneten Auflagen wie z.B. betreffend Zeitpunkt und Dauer, Route, Ansprechperson, Ordnungs- und Sicherheitsdienst zu verbinden.
Art. 11c - 2. Bewilligungsgesuch
1 Das Gesuch muss insbesondere folgende Angaben enthalten:
a) Datum der Kundgebung,
b) Art der Kundgebung,
c) Thema der Kundgebung,
d) Veranstaltende Organisation(en),
e) Erwartete Anzahl Teilnehmer und Teilnehmerinnen,
f) Besammlungsort,
g) Umzugsroute,
h) Zeitlicher Ablauf,
i) Infrastruktur (Mittel, Einrichtungen),
j) Personalien der verantwortlichen Person.
2 Formulare werden von der zuständigen Abteilung zur Verfügung gestellt.
Art. 11d - 3. Meldepflicht für spontane Kundgebungen
1 Kundgebungen sind spontan, wenn sie als unmittelbare Reaktion auf ein unvorhergesehenes Ereignis spätestens am zweiten Tag nach Bekanntwerden dieses Ereignisses durchgeführt werden.
2 Sie müssen nicht bewilligt werden, sind aber meldepflichtig. Die Meldung muss alle Informationen nach Art. 11c Abs. 1 enthalten.
Art. 11e - 4. Pflichten der Organisierenden
1 Die Organisierenden von bewilligungspflichtigen Kundgebungen
a) holen vorgängig die Bewilligung nach Art. 11b ein und halten diese während der Kundgebung ein,
b) sind vom Einreichen des Gesuchs bis zum Ende der Kundgebung Ansprechpersonen für das zuständige Organ und halten den Kontakt mit diesem aufrecht,
c) stellen mit einem Organisationsdienst die Einhaltung der Bewilligung inklusive der Auflagen sicher.
2 Die Organisierenden von spontanen Kundgebungen
a) melden diese dem zuständigen Organ gleichzeitig mit dem Aufruf zur Kundgebung,
b) sind vom Einreichen der Meldung bis zum Ende der Kundgebung Ansprechpersonen für das zuständige Organ und halten den Kontakt mit diesem aufrecht,
c) stellen soweit wie möglich mit dem Organisationsdienst oder auf andere Weise einen geordneten Ablauf der Veranstaltung sicher.
Art. 11f - 5. Verhalten der teilnehmenden Personen
1 Die Teilnahme an einer unbewilligten Kundgebung nach Art. 11b ist untersagt. Das Erscheinen am Besammlungsort gilt bereits als Teilnahme.
2 Die Teilnehmenden bleiben straffrei, wenn die Kundgebung friedlich verläuft, wenn sie sich freiwillig von der Kundgebung entfernen oder wenn sie einer Aufforderung nach Abs. 3 folge leisten.
3 An einer Kundgebung teilnehmende Personen haben sich unverzüglich zu entfernen, wenn sie von den Polizeiorganen dazu aufgefordert werden.
Art. 11g - 6. Orientierung des Gemeinderates
Das für die Bewilligung zuständige Organ orientiert den Gemeinderat insbesondere rechtzeitig
a) über nicht bewilligungspflichtige Kundgebungen,
b) über seine allfällige Absicht, eine Bewilligung zu verweigern, eine Spontankundgebung zu verbieten oder das Kundgebungsrecht zeitlich und örtlich zu beschränken.
Ausserdem revidierte der Stadtrat Art. 31 Abs. 1 des Ortspolizeireglementes und ergänzte die Bestimmungen, deren Verletzung unter Strafe steht, mit den neu beschlossenen Art. 11a, Art. 11e Abs. 1 und Abs. 2 lit. a und b sowie Art. 11f Abs. 1 und 3.
Dieser Stadtratsbeschluss wurde im Amtsblatt vom 9. November 2006 publiziert. Er unterstand dem fakultativen Referendum.
B. Diesen Beschluss des Stadtrates fochten der Gewerkschaftsbund Thun und ein Mitbeteiligter beim Regierungsstatthalter Thun mit Gemeindebeschwerde an, mit dem Antrag auf gänzliche Aufhebung. Parallel dazu führten die Demokratischen Juristinnen und Juristen Bern DJB und weitere Mitbeteiligte beim Regierungsstatthalter Gemeindebeschwerde und verlangten im Wesentlichen die Aufhebung von Art. 11f Abs. 1 und 3 des Ortspolizeireglementes. Der Regierungsstatthalter von Thun wies die vereinigten Rechtsmittel am 23. Mai 2007 ab.
Die Beschwerdeführer gelangten mit getrennten Beschwerden und entsprechenden Anträgen an den Regierungsrat des Kantons Bern. Dieser fasste beide Beschwerden zusammen und wies sie mit Entscheid vom 13. Februar 2008 ab.
Er hielt im Wesentlichen fest, dass Art. 11b OPR im Einklang mit Art. 19 der Berner Kantonsverfassung stehe und die nach Art. 11c OPR geforderten Angaben erforderlich seien zur Beurteilung eines Ersuchens und für die Planung allfälliger begleitender Massnahmen. Mit Art. 11d OPR würden die Voraussetzungen für spontane Demonstrationen geschaffen. Eine Differenzierung zwischen eigentlichen Grossdemonstrationen und kleineren Umzügen sei entbehrlich. Unzulässig seien Demonstrationen gleichermassen, wenn eine Bewilligung verweigert oder gar nicht um eine solche ersucht wird, was zu einem behördlichen Handeln und zu allfälliger Verhinderung der Manifestation führen könne. Eine Verhinderung einer Kundgebung allein wegen der Umgehung der Bewilligungspflicht sei indes unverhältnismässig; diesfalls müssten die Bewilligungsvoraussetzungen nachträglich geprüft werden. Dies wirke sich auf die Strafbarkeit der Teilnehmer und Teilnehmerinnen von unbewilligten Kundgebungen aus; die Strafbarkeit entfalle, wenn die Kundgebung tatsächlich friedlich verläuft und sich die Teilnehmenden freiwillig oder auf Aufforderung der Polizei hin von der Kundgebung entfernen. Zur Durchsetzung der Regelung dürfe sich die Stadt Thun des Strafrechts bedienen. Dabei lasse sich der Begriff der Teilnahme in hinreichender Weise von zufälliger Anwesenheit abgrenzen. Den Kantonen und Gemeinden bleibe nach Art. 335 Abs. 1 StGB die Gesetzgebung über das Übertretungsstrafrecht vorbehalten. Dem stehe Art. 292 StGB nicht entgegen. Die Tatbestandsumschreibung im Ortspolizeireglement sei hinreichend klar umschrieben und lasse eine verfassungskonforme Handhabung zu.
C. Gegen diesen Entscheid des Regierungsrates haben die Demokratischen Juristinnen und Juristen DJB und die weitern Mitbeteiligten sowie der Gewerkschaftsbund Thun und ein weiterer Mitbeteiligter in einer gemeinsamen Eingabe vom 31. März 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie ersuchen um Aufhebung des angefochtenen Beschwerdeentscheides des Regierungsrates, der Bestimmungen von Art. 11d, Art. 11e Abs. 2 und Art. 11f des Ortspolizeireglementes sowie der entsprechenden Passagen in Art. 31 des Ortspolizeireglementes. Sie rügen hinsichtlich der Strafbestimmungen mit Blick auf Art. 260 StGB eine Verletzung des Vorrangs von Bundesrecht gemäss Art. 49 Abs. 1 BV. Die Gemeindeautonomie erachten sie als verletzt, weil den Gemeinden die Kompetenz zum Erlass von Strafbestimmungen fehle. Ferner rügen sie Verletzungen der Meinungsfreiheit gemäss Art. 19 Abs. 2 der Berner Kantonsverfassung. Diese erblicken sie einerseits im Umstand, dass bloss Teilnehmende in unverhältnismässiger Weise mit Strafe belegt werden könnten. Andererseits bemängeln sie, dass mit der vorgesehenen Meldepflicht spontane Kundgebungen verunmöglicht würden und sich die "Organisierenden" aufgrund der unverhältnismässigen Meldepflicht strafbar machten.
Die Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern für den Regierungsrat und die Stadt Thun beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführer stellen im Verfahren der abstrakten Normenkontrolle gemäss Art. 82 lit. b BGG die Verfassungsmässigkeit der Revision des Thuner Ortspolizeireglementes (ORP) in Frage. Soweit dieses kommunale Recht, wie im vorliegenden Fall, einem kantonalen Rechtsmittel untersteht, werden die Kantone nach Art. 87 Abs. 2 i.V.m. Art. 86 Abs. 2 BGG als Vorinstanz des Bundesgerichts wohl eine obere gerichtliche Instanz einzusetzen haben. Die Voraussetzungen von Art. 86 Abs. 3 BGG, wonach die Kantone für Entscheide mit vorwiegend politischem Charakter anstelle eines Gerichts eine andere Behörde als unmittelbare Vorinstanz des Bundesgerichts einsetzen können, dürften nicht erfüllt sein (Heinz Aemisegger/Karin Scherrer, in: Basler Kommentar zum BGG, Art. 87 N. 3 f., mit Hinweisen auf zustimmende und abweichende Lehrmeinungen; vgl. überdies Yves Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, Bern 2008, N. 3021). Das Bundesgerichtsgesetz räumt den Kantonen mit Art. 130 Abs. 3 eine Übergangsfrist von zwei Jahren für den Erlass von entsprechenden Bestimmungen ein (vgl. nunmehr Art. 74 Abs. 2 lit. b des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Bern in der auf den 1. Januar 2009 in Kraft gesetzten Fassung, welcher für die Anfechtung von kommunalen Erlassen anstelle des Regierungsrates das Verwaltungsgericht als zuständige Behörde vorsieht). Damit erweist sich die gegen den Entscheid des Regierungsrates gerichtete Beschwerde als zulässig.
Zur Anfechtung eines kantonalen oder kommunalen Erlasses ist gemäss Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG legitimiert, wer durch den Erlass aktuell oder virtuell besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Änderung oder Aufhebung hat; das schutzwürdige Interesse kann rechtlicher oder tatsächlicher Natur sein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 289). Die Legitimation der Beschwerdeführer, die am Verfahren vor dem Regierungsrat teilgenommen haben, ist im Grundsatz zu bejahen, ohne dass sie in Bezug auf jede einzelne Partei näher zu prüfen wäre.
Der angefochtene Entscheid des Regierungsrates ist teils am 15. Februar 2008, teils erst später in Empfang genommen worden. Damit erweist sich die Beschwerde vom 31. März 2008 als rechtzeitig.
1.2 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nach Art. 106 Abs. 2 BGG nur insoweit, als eine solche Rüge vorgebracht und begründet wird. Es ist im jeweiligen Sachzusammenhang zu prüfen, ob die Beschwerdeschrift diesen Anforderungen genügt.
2. Die Beschwerdeführer rügen hinsichtlich der im Ortspolizeireglement enthaltenen Strafbestimmungen eine Verletzung der Gemeindeautonomie. Hierfür verweisen sie zum einen auf Art. 19 Abs. 2 der bernischen Kantonsverfassung (KV/BE), wonach Kundgebungen auf öffentlichem Grund durch Gesetz bewilligungspflichtig erklärt werden können und zu gestatten sind, wenn ein geordneter Ablauf gesichert und die Beeinträchtigung der andern Benutzer zumutbar erscheint; zum andern auf Art. 58 Abs. 1 des bernischen Gemeindegesetzes (GG; BSV 170.11), welcher den Gemeinden erlaubt, zur Durchsetzung ihrer Erlasse Bussen anzudrohen, soweit nicht eidgenössische oder kantonale Strafvorschriften entgegenstehen. Mit diesen blossen Hinweisen und mangels Auseinandersetzung mit den Erwägungen des Regierungsrates, wonach die kommunalen Strafnormen mit Blick auf Art. 335 und Art. 292 StGB zulässig erscheinen (E. 9), begründen die Beschwerdeführer die Autonomierüge nicht in einer den Anforderungen von Art. 106 Abs. 2 BGG genügenden Weise. Eine Verletzung der Gemeindeautonomie ist überdies nicht ersichtlich, nachdem die im Reglement enthaltenen Strafnormen von den kantonalen Behörden nicht beanstandet worden sind. Demnach ist die Beschwerde in diesem Punkte abzuweisen, soweit darauf überhaupt einzutreten ist.
3. Bei der Prüfung der Verfassungsmässigkeit eines Erlasses im Rahmen der abstrakten Normkontrolle ist nach der Rechtsprechung massgebend, ob der betreffenden Norm nach anerkannten Auslegungsregeln ein Sinn zugemessen werden kann, der sie mit den angerufenen Verfassungs- oder EMRK-Garantien vereinbaren lässt. Das Bundesgericht hebt eine kantonale (oder kommunale) Norm nur auf, sofern sie sich jeglicher verfassungs- und konventionskonformen Auslegung entzieht, nicht jedoch, wenn sie einer solchen in vertretbarer Weise zugänglich bleibt. Dabei wird auf die Tragweite des Grundrechtseingriffs, die Möglichkeit, bei einer späteren Normkontrolle einen hinreichenden verfassungsrechtlichen Schutz zu erhalten, die konkreten Umstände, unter denen die Norm zur Anwendung kommt, sowie die Möglichkeit einer Korrektur und die Auswirkungen auf die Rechtssicherheit abgestellt. Der blosse Umstand, dass die angefochtene Norm in einzelnen Fällen auf eine verfassungswidrige Weise angewendet werden könnte, führt für sich allein noch nicht zu deren Aufhebung (<ref-ruling> E. 2 S. 79; <ref-ruling> E. 2.1 S. 31; <ref-ruling> E. 3.1 S. 334). Wie es sich damit verhält, ist nach Prüfung der vorgebrachten Rügen zu beurteilen (vgl. BGE 109 la 273 E. 2a S. 277).
4. Die Beschwerdeführer rügen vorerst hinsichtlich der im Ortspolizeireglement enthaltenen Strafbestimmungen eine Verletzung des Vorrangs von Bundesrecht nach Art. 49 Abs. 1 BV. Sie machen geltend, der Straftatbestand des Landfriedensbruchs gemäss Art. 260 StGB lasse der Stadt Thun keinen Raum zum Erlass von Strafbestimmungen im Zusammenhang mit (nicht friedlichen) Kundgebungen.
Der Grundsatz des Vorrangs von Bundesrecht nach Art. 49 Abs. 1 BV schliesst in Sachgebieten, welche die Bundesgesetzgebung abschliessend regelt, eine Rechtssetzung durch die Kantone aus. In Sachgebieten, die das Bundesrecht nicht abschliessend ordnet, dürfen die Kantone nur solche Vorschriften erlassen, die nicht gegen Sinn und Geist des Bundesrechts verstossen und dessen Zweck nicht beeinträchtigen oder vereiteln. Der Grundsatz der derogatorischen Kraft des Bundesrechts kann als verfassungsmässiges Individualrecht angerufen werden. Das Bundesgericht prüft mit freier Kognition, ob die kantonale Norm mit dem Bundesrecht in Einklang steht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 128; <ref-ruling> E. 3.1 S. 290, mit Hinweisen).
Gemäss Art. 123 Abs. 1 BV ist die Gesetzgebung auf dem Gebiet des Strafrechts Sache des Bundes. Der Bundesgesetzgeber ermächtigt indes die Kantone, aufgrund von Art. 335 StGB eigene strafrechtliche Bestimmungen zu erlassen. Der Regierungsrat hat dargelegt, dass die Stadt Thun unter dem Gesichtswinkel von Art. 335 Ziff. 1 Abs. 2 StGB und in Anbetracht der Delegation in Art. 58 GG grundsätzlich befugt ist, zur Durchsetzung des kommunalen Verwaltungsrechts Strafbestimmungen zu erlassen (vgl. hierzu <ref-ruling> E. 2.1 S. 279; <ref-ruling> E. 2b S. 476; <ref-ruling> E. 12c/cc S. 274). Die Beschwerdeführer stellen diese Auffassung nicht in Frage. Demnach ist von der grundsätzlichen Befugnis der Stadt Thun zum Erlass von Strafnormen auszugehen und daher einzig zu prüfen, ob die kommunalen Strafbestimmungen spezifisch im Widerspruch zu Art. 260 StGB stehen.
Der Regierungsrat (E. 9) hat, wie auch schon der Regierungsstatthalter (E. 15), dargelegt, dass die eidgenössische Ordnung im Strafgesetzbuch die strafbaren Handlungen gegen die öffentliche Ordnung (Art. 258 - Art. 264) nicht abschliessend ordnet. Dies trifft nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung auch auf Art. 260 StGB zu (BGE <ref-ruling> E. 2b S. 475). Daher wird Bundesrecht nicht verletzt, wenn Verstösse gegen das Ortspolizeireglement im Allgemeinen unter Strafe gestellt werden.
Nach dem Tatbestand des Landfriedensbruchs gemäss Art. 260 StGB wird bestraft, wer an einer öffentlichen Zusammenrottung teilnimmt, bei der mit vereinten Kräften gegen Menschen oder Sachen Gewalttätigkeiten begangen werden; die Teilnehmer bleiben straffrei, wenn sie sich auf behördliche Aufforderung hin entfernen und nicht selbst Gewalt anwenden oder zur Gewaltanwendung auffordern. Der Straftatbestand erfordert eine öffentliche Zusammenrottung und mit vereinten Kräften gegen Menschen und Sachen begangene Gewalttätigkeiten (<ref-ruling> E. 2b S. 270, mit Hinweisen).
Demgegenüber stellt Art. 31 Abs. 1 OPR zum einen Verletzungen von Art. 11e Abs. 1 und Abs. 2 lit. a und b OPR durch die Organisatoren unter Strafe. Zum andern ahndet Art. 31 Abs. 1 OPR Missachtungen von Art. 11f Abs. 1 und 3 OPR, wonach die Teilnahme an einer unbewilligten Kundgebung und das Erscheinen am Besammlungsort untersagt sind sowie die Teilnehmer auf polizeiliche Aufforderung hin zur Entfernung verpflichtet sind. Diese Pflichten und die Ahndung von Verletzungen weisen keinen spezifischen Zusammenhang mit Art. 260 StGB auf. Sie dienen in allgemeiner Weise der Durchsetzung der im Ortspolizeireglement enthaltenen Vorschriften über öffentliche Kundgebungen. Es soll die Durchführung von nicht bewilligten Kundgebungen verhindert werden (Art. 11f Abs. 1 und 3 OPR), und den Ordnungskräften soll die Möglichkeit eingeräumt werden, mit Entfernungsaufforderungen - bei unbewilligten Kundgebungen gleichermassen wie bei bewilligten - die öffentliche Ordnung und Sicherheit aufrechtzuerhalten. Damit greifen die entsprechenden Strafnormen des Ortspolizeireglementes nicht in den Straftatbestand des Landfriedensbruchs gemäss Art. 260 StGB ein.
Demnach ist die Rüge der Verletzung von Art. 49 Abs. 1 BV bzw. von Art. 260 StGB abzuweisen.
5. Die Beschwerdeführer berufen sich in der Hauptsache in allgemeiner Weise auf die Versammlungs- und Meinungsäusserungsfreiheit, ohne im Einzelnen darzutun, ob sie sich auf die Garantien von Art. 16 und Art. 22 BV stützen oder aber auf Art. 19 der Kantonsverfassung des Kantons Bern (KV/BE). Demgegenüber hat der Regierungsrat im angefochtenen Entscheid dargelegt, dass das Bundesverfassungsrecht mit den genannten Bestimmungen keine ausdrückliche Garantie der Demonstrationsfreiheit enthalte, hingegen Art. 19 Abs. 2 KV/BE einen bedingten Anspruch auf Erteilung einer Bewilligung zur Durchführung von Kundgebungen auf öffentlichem Grund vermittle und daher gegenüber der Bundesverfassung weiter gehe und einen eigenständigen Gehalt aufweise.
Unter dem Titel Versammlungs- und Vereinsfreiheit hält Art. 19 Abs. 2 KV/BE fest, dass Kundgebungen auf öffentlichem Grund durch Gesetz einer Bewilligungspflicht unterstellt werden können und dass solche zu gestatten sind, wenn ein geordneter Ablauf gesichert und die Beeinträchtigung der anderen Benutzerinnen und Benutzer zumutbar erscheint. Daraus folgt, dass bei gegebenen Voraussetzungen ein Rechtsanspruch auf Bewilligung einer Kundgebung besteht. Die Behörden haben zur effektiven Ermöglichung von Kundgebungen beizutragen und auch für den Schutz von Demonstrationen zu sorgen (vgl. Urs Bolz, in: Kälin/Bolz (Hrsg.), Handbuch des bernischen Verfassungsrechts, Bern 1995, S. 282 f.).
Das Bundesgericht hat sich in der neueren Rechtsprechung unter dem Gesichtswinkel von Art. 16 und Art. 22 BV eingehend zu Kundgebungen auf öffentlichem Grund geäussert. Es hat festgehalten, dass die Meinungs- und Versammlungsfreiheit im Zusammenhang mit Demonstrationen einen über reine Abwehrrechte hinausgehenden Charakter erhalten und ein gewisses Leistungselement aufweisen. Die angesprochenen Grundrechte gebieten in Grenzen, dass für Kundgebungen öffentlicher Grund zur Verfügung gestellt wird oder unter Umständen anderes als das in Aussicht genommene Areal bereit gestellt wird, das dem Publizitätsbedürfnis der Veranstalter Rechnung trägt. Ferner sind die Behörden verpflichtet, durch geeignete Massnahmen wie etwa durch Gewährung eines ausreichenden Polizeischutzes dafür zu sorgen, dass öffentliche Kundgebungen tatsächlich stattfinden können und nicht durch gegnerische Kreise gestört oder verhindert werden. Im Bewilligungsverfahren darf die Behörde die gegen eine Kundgebung sprechenden polizeilichen Gründe, die zweckmässige Nutzung der vorhandenen öffentlichen Anlagen im Interesse der Allgemeinheit und der Anwohner und die mit einer Kundgebung verursachte Beeinträchtigung von Freiheitsrechten unbeteiligter Dritter mitberücksichtigen. In diesem Sinne besteht gestützt auf die Meinungs- und Versammlungsfreiheit grundsätzlich ein bedingter Anspruch, für Kundgebungen mit Appellwirkung öffentlichen Grund zu benützen. Im Bewilligungsverfahren sind nicht nur Zulässigkeit bzw. Unzulässigkeit einer Kundgebung, sondern ebenso sehr die Randbedingungen, allfällige Auflagen und eventuelle Alternativen zu prüfen (<ref-ruling> E. 3 S. 258; <ref-ruling> E. 3b und 3c S. 168).
Vor dem Hintergrund dieser Rechtsprechung mag fraglich sein, kann indessen im vorliegenden Fall offen bleiben, ob Art. 19 Abs. 2 KV/BE tatsächlich weiter reicht als die Meinungs- und Versammlungsfreiheit gemäss Art. 16 und Art. 22 BV und ob die kantonale Bestimmung gegenüber dem Bundesverfassungsrecht (noch) eine eigenständige Bedeutung entfaltet. Die von den Beschwerdeführern erhobenen Rügen sind daher im Lichte der Meinungs- und Versammlungsfreiheit zu prüfen, wie sie sich aus Art. 19 Abs. 2 KV/BE sowie aus Art. 16 und Art. 22 BV ergeben.
6. Die von den Beschwerdeführern erhobenen Rügen der Verletzung der Meinungs- und Versammlungsfreiheit richten sich im Wesentlichen gegen zwei Aspekte des Ortspolizeireglementes: Zum einen beanstanden die Beschwerdeführer die Regelung der Durchführung von nicht bewilligten Kundgebungen und die Einführung von entsprechenden Strafnormen. Zum andern kritisieren sie den Bereich der spontanen Kundgebungen und rügen insbesondere die Pflicht zur Anmeldung von Spontankundgebungen und zur Meldung der im Einzelnen vorgesehenen Informationen sowie die entsprechenden Strafnormen. Für die Behandlung dieser beiden Bereiche rechtfertigt es sich, vorerst die Grundzüge des Ortspolizeireglementes nachzuzeichnen.
Das Ortspolizeireglement unterscheidet grundsätzlich zwischen bewilligungspflichtigen Kundgebungen einerseits und Spontankundgebungen andererseits. Damit trägt es unter dem Gesichtswinkel der Meinungs- und Versammlungsfreiheit dem Umstand Rechnung, dass im Voraus organisierte und einem Bewilligungsverfahren unterliegende Kundgebungen ebenso möglich sein müssen wie spontane Kundgebungen, für die aus zeitlichen Gründen keine Bewilligung eingeholt werden kann und muss. Die Unterscheidung führt dazu, dass für die beiden Bereiche unterschiedliche Normen gelten.
Ausgangspunkt der Regelung im Ortspolizeireglement bilden die ordentlichen Kundgebungen: Kundgebungen auf öffentlichem Grund unterliegen der Bewilligungspflicht; eine Bewilligung wird unter den genannten Voraussetzungen erteilt und unter Umständen an Auflagen geknüpft (Art. 11b). Es werden die Anforderungen an Gesuche sowie die Pflichten der Organisatoren umschrieben (Art. 11c und Art. 11e Abs. 1). Die Teilnahme an einer in diesem Sinne unbewilligten Kundgebung wird verboten und unter Strafe gestellt (Art. 11f Abs. 1 und Art. 31 Abs. 1).
Spontankundgebungen unterliegen keiner eigentlichen Bewilligungspflicht, indessen einer Meldepflicht. Die Anforderungen an die Meldung sowie die Pflichten der Organisierenden werden im Einzelnen umschrieben (Art. 11d und Art. 11e Abs. 2). Deren Verletzung ist unter Strafe gestellt (Art. 31 Abs. 1).
Allgemein wird festgehalten, dass die an einer Kundgebung Teilnehmenden straffrei bleiben, wenn die Manifestation friedlich verläuft oder sich die Teilnehmer freiwillig oder auf polizeiliche Anordnung hin entfernen; an einer Kundgebung Teilnehmende haben sich unverzüglich zu entfernen, wenn sie von den Polizeiorganen dazu aufgefordert werden (Art. 11f Abs. 2 und 3).
7. Die Beschwerdeführer machen vorerst insoweit Verletzungen der Meinungs- und Versammlungsfreiheit geltend, als die Teilnahme an nicht bewilligten Kundgebungen unter Strafe gestellt wird. Sie bringen vor, dass die Bestimmungen im Ortspolizeireglement zum Erfordernis einer Bewilligung für Kundgebungen blosse Ordnungsvorschriften darstellten. Durch die blosse Tatsache, dass keine Bewilligung vorliegt, werde keine konkrete Gefahr für die öffentliche Sicherheit und Ordnung geschaffen, welche ein polizeiliches Eingreifen und eine strafrechtliche Ahndung der Teilnahme an solchen rechtfertigen würde. Zudem genüge die Umschreibung der Teilnahme an solchen Kundgebungen in den Strafbestimmungen den verfassungsrechtlichen Bestimmtheitserfordernissen (Art. 36 BV) nicht.
7.1 Ordentliche Kundgebungen unterliegen - anders als die sog. Spontankundgebungen, die separat geregelt und nachfolgend zu prüfen sind - einer Bewilligungspflicht, was von den Beschwerdeführern zu Recht nicht in Frage gestellt wird. Zur Aufrechterhaltung der öffentlichen Ordnung und Sicherheit ist im Bewilligungsverfahren die Vereinbarkeit von Kundgebungen mit entgegenstehenden polizeilichen Gründen und Interessen Dritter zu prüfen. Die Durchführung und die Teilnahme an einer nicht bewilligten Kundgebung sind deshalb untersagt und unterliegen grundsätzlich den vorgesehenen Strafbestimmungen.
Hinsichtlich der Teilnahme an nicht bewilligten Kundgebungen unterscheidet der Regierungsrat zu Recht zwischen solchen, die in Abweisung von entsprechenden Gesuchen nicht bewilligt worden sind, und solchen, für die gar kein Gesuch gestellt worden ist. In Bezug auf die Ersteren stellen die Beschwerdeführer das Verbot der Durchführung und der Teilnahme sowie die entsprechenden Strafbestimmungen nicht in Frage. Insoweit handelt es sich um Kundgebungen, die - mittels anfechtbarem Entscheid in Abwägung der einander gegenüberstehenden Interessen - als unzulässig befunden worden sind. Es ist nicht zu beanstanden, dass diesfalls die Polizei nicht nur zum Handeln berechtigt ist, sondern dass darüber hinaus das Verhalten der Kundgebungsteilnehmer unter Strafe gestellt wird. Wie nachfolgend auszuführen ist, erfordern die Meinungs- und Versammlungsfreiheit auch in dieser Hinsicht ein verhältnismässiges Vorgehen und unterliegt die Strafbarkeit der Teilnahme gewissen Einschränkungen.
7.2 Zu prüfen sind die vorgebrachten Rügen daher in erster Linie hinsichtlich der zweiten Konstellation, also für Kundgebungen, für welche - in Missachtung der Bewilligungspflicht - gar nicht um Bewilligung ersucht worden ist. Mit dem Regierungsrat kann davon ausgegangen werden, dass auch diesfalls die Kundgebung nicht rechtmässig ist. Dabei ist nicht entscheidend, welcher Natur der Regelverstoss ist und ob eine Widerhandlung gegen eine blosse Ordnungsvorschrift vorliegt. Auch auf die in der Lehre geführte Kontroverse braucht nicht näher eingegangen zu werden. Entscheidend ist vielmehr, welche Folgerungen bei Vorliegen einer nicht bewilligten Kundgebung gestützt auf das Ortspolizeireglement und nach der Auslegung durch den Regierungsrat vor dem Hintergrund der Meinungs- und Versammlungsfreiheit gezogen werden dürfen.
Bei dieser Prüfung ist der Regierungsrat von der Unterscheidung zwischen formeller und materieller Rechtswidrigkeit ausgegangen und hat Bezug genommen auf die im Baurecht bekannte Konstellation, dass eine Baute, welche ohne Baubewilligung erstellt wird, nur beseitigt werden muss, wenn sie sich in einem nachträglichen Verfahren als materiell rechtswidrig erweist und die Beseitigung vor dem Verfassungsrecht standhält. Diese Betrachtung führt dazu, dass eine Kundgebung, für welche nicht förmlich um Bewilligung ersucht worden ist, nunmehr nachträglich einer summarischen Prüfung unterzogen wird. Es gilt diesfalls abzuklären, ob die Kundgebung, so wie sie durchgeführt wird, als bewilligungsfähig betrachtet werden kann oder ob - gewissermassen im Sinne einer Beseitigung - dagegen vorgegangen werden darf. Diese Abklärung ist vor dem Hintergrund des Verfassungsrechts vorzunehmen. Das Ortspolizeireglement zeigt hierfür den Weg auf. Nach Art. 11f Abs. 1 bleiben die Teilnehmer straffrei, wenn die Kundgebung friedlich verläuft. Insoweit wird die Kundgebung einer nachträglichen Prüfung auf deren Friedlichkeit hin unterzogen. Daraus hat der Regierungsrat geschlossen, dass eine derartige, nicht im Voraus bewilligte, indessen friedlich verlaufende Kundgebung sinngemäss nachträglich bewilligt werden müsse bzw. eben nicht aufgelöst werden dürfe. Er hat das Ortspolizeireglement verfassungsgemäss ausgelegt. Seine Auslegung bringt zum Ausdruck, dass eine friedlich verlaufende Kundgebung nicht allein wegen des Umstandes aufgelöst werden darf, dass hierfür keine Bewilligung eingeholt worden ist. Zudem hat der Regierungsrat in verfassungskonformer Auslegung festgehalten, dass die Teilnahme an derartigen Kundgebungen nicht nur im Sinne von Art. 11f Abs. 1 OPR straffrei sei, sondern diesfalls die Strafbarkeit grundsätzlich entfalle. Mit dieser Auslegung hat der Regierungsrat - in einer für die Stadt Thun verbindlichen Weise - der Meinungs- und Versammlungsfreiheit sowie dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit tatsächlich Rechnung getragen (vgl. Urteil EGMR Bukta und Mitbeteiligte gegen Ungarn vom 17. Juli 2007, Ziff. 31 ff.). Die Kritik der Beschwerdeführer, die von der Auslegung durch den Regierungsrat nicht Kenntnis nehmen, zielt daher ins Leere.
Dies bedeutet umgekehrt, dass eine Kundgebung, für die keine Bewilligung eingeholt worden ist, im Falle eines unfriedlichen Verlaufs sowohl formell als auch materiell als rechtswidrig betrachtet werden kann, mit der Folge, dass die Polizeiorgane dagegen einschreiten können und sich die Teilnehmer grundsätzlich strafbar machen.
Vor diesem Hintergrund lässt sich das Ortspolizeiregelement auf diese Weise verfassungsgemäss auslegen und anwenden. Damit erweist sich die Beschwerde in diesem Punkte als unbegründet.
7.3 Die Beschwerdeführer rügen, dass die Strafbestimmungen hinsichtlich der Teilnahme an nicht bewilligten Kundgebungen den verfassungsmässigen Anforderungen an die Normbestimmtheit nicht genügten. Sie beanstanden insbesondere, dass der Begriff der Teilnahme nicht klar sei, auch zufällig anwesende Personen einschliesse und mit dem Einbezug des Erscheinens am Besammlungsort (Art. 11f Abs. 1 Satz 2 OPR) zu weit sei.
Das Gebot hinreichender Normenbestimmtheit ergibt sich für Einschränkungen von Grundrechten aus Art. 36 Abs. 1 BV (vgl. <ref-ruling> E. 6.2 S. 58 mit Hinweisen). Das allgemeine Legalitätsprinzip gemäss Art. 5 Abs. 1 BV findet im Strafrecht Ausdruck im Grundsatz "nulla poena sine lege", welcher seinerseits eine hinreichend präzise Umschreibung der Straftatbestände verlangt. Soweit kantonales Recht in Frage steht, für das Art. 1 StGB nicht zur Anwendung kommt, wird der genannte Grundsatz unterschiedlichen Verfassungsbestimmungen, etwa Art. 9, 29 oder 32 BV, zugeordnet (vgl. Urteil 6B_385/2008 vom 21. Juli 2008 E. 3, mit zahlreichen Hinweisen; Häfelin/Haller/Keller, Schweizerisches Bundesstaatsrecht, 7. Aufl. 2008, Rz. 829; Regina Kiener, ZBJV 138/2002 S. 664 f.; Popp/Levante, Basler Kommentar zum Strafgesetzbuch, Art. 1 N. 8). Die Zuordnung im Einzelnen kann im vorliegenden Fall offen bleiben.
Der Regierungsrat hat ausführlich dargelegt, dass der Begriff der Teilnahme eine hinreichende Bestimmtheit aufweise. Art. 11f Abs. 1 OPR untersagt die Teilnahme an unbewilligten Kundgebungen und präzisiert in Satz 2, dass als Teilnahme bereits das Erscheinen am Besammlungsort gelte. Der Begriff der Teilnahme ist im Strafrecht allgemein gebräuchlich. Dass er im vorliegenden Zusammenhang ausgelegt werden muss, ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden. Es kann nicht gesagt werden, Art. 11f Abs. 1 OPR lasse sich im Einzelfall nicht verfassungskonform auslegen und verunmögliche es, die strafwürdige Teilnahme an einer unbewilligten Kundgebung von unbeabsichtigter und zufälliger Anwesenheit abzugrenzen. Es gilt die Bestimmung von Art. 11 Abs. 1 OPR vor dem Hintergrund von Art. 11f Abs. 2 und 3 OPR und den Ausführungen des Regierungsrates zu verstehen. Danach ist die Teilnahme an einer Kundgebung nicht strafbar und entfällt die Grundlage für die Anwendung der entsprechenden Strafbestimmung, wenn die - nicht bewilligte - Kundgebung friedlich verläuft, die Teilnehmer sich freiwillig von der Kundgebung oder auf polizeiliche Aufforderung hin entfernen. Soweit die nicht bewilligte Kundgebung friedlich verläuft, entfällt die Strafbarkeit von nur zufällig Anwesenden oder Zuschauern von vornherein. Insoweit erweist sich der Hinweis der Beschwerdeführer auf einen bei unterschiedlicher rechtlicher Grundlage getroffenen Entscheid des Gerichtspräsidenten 16 von Bern-Laupen als unerheblich. Verläuft eine nicht bewilligte Kundgebung indessen nicht friedlich, weshalb die Teilnahme untersagt ist, und fordern die Polizeiorgane zur Entfernung auf, erweist sich der Begriff der Teilnahme gemäss Art. 11f Abs. 1 OPR im Hinblick auf eine konkrete Beurteilung im Einzelfall als hinreichend bestimmt. Diesfalls ist kaum ersichtlich, dass die Strafnorm auf Personen angewendet werden könnte, die sich nur ganz zufällig im Umkreis einer nicht bewilligten, nicht friedlich verlaufenden Kundgebung aufhalten.
Im Lichte dieser Auslegung kann entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer nicht gesagt werden, die Strafbestimmungen seien insgesamt unverhältnismässig und daher verfassungswidrig. Der kommunale Gesetzgeber ist nicht gehalten, sich auf die Auflösung von Kundgebungen, die entweder nicht bewilligt sind und nunmehr nicht friedlich verlaufen oder für die eine Bewilligung verweigert worden ist, zu beschränken und vom Erlass von Strafnormen abzusehen. Es kann entgegen der Ansicht der Beschwerdeführer auch nicht gesagt werden, die Bestimmung von Art. 11f Abs. 3 OPR setze die Teilnehmer von Kundgebungen polizeilicher Willkür aus. Der Regierungsrat hat dazu ausgeführt, diese Norm trage zur Beurteilung bei, wann eine nicht bewilligte Kundgebung noch als friedlich betrachtet werden könne und wann nicht mehr. Im Übrigen weist diese Bestimmung einen eigenständigen Gehalt auf und ist bei jeder Kundgebung und somit auch bei bewilligten zu beachten.
Damit erweist sich die Beschwerde auch in diesem Punkte als unbegründet.
8. Im Weitern erheben die Beschwerdeführer verschiedene Rügen im Zusammenhang mit den sog. Spontankundgebungen, die im Wesentlichen in Art. 11d und Art. 11e Abs. 2 OPR sowie den entsprechenden Strafnormen geregelt sind. Sie beanstanden, dass die blosse Meldepflicht tatsächlich auf eine verfassungswidrige Bewilligungspflicht hinauslaufe und dass die den Organisatoren auferlegten Pflichten unverhältnismässig seien.
8. Im Weitern erheben die Beschwerdeführer verschiedene Rügen im Zusammenhang mit den sog. Spontankundgebungen, die im Wesentlichen in Art. 11d und Art. 11e Abs. 2 OPR sowie den entsprechenden Strafnormen geregelt sind. Sie beanstanden, dass die blosse Meldepflicht tatsächlich auf eine verfassungswidrige Bewilligungspflicht hinauslaufe und dass die den Organisatoren auferlegten Pflichten unverhältnismässig seien.
8.1 Wie oben dargetan (E. 5), lässt das Ortspolizeireglement sog. Spontankundgebungen zu und trägt damit der Meinungs- und Versammlungsfreiheit Rechnung, wonach auch unmittelbare Reaktionen auf besondere Ereignisse sollen öffentlich zum Ausdruck gebracht werden können, ohne ein Bewilligungsverfahren zu durchlaufen (vgl. Christoph Rohner, St. Galler Kommentar zur Bundesverfassung, 2. Aufl. 2008, Art. 22 N. 23; Jörg P. Müller/Markus Schefer, Grundrechte in der Schweiz, 4. Aufl. 2008, S. 433). Solche Kundgebungen unterliegen nach Art. 11d OPR einer Meldepflicht. Die Meldung muss die gemäss Art. 11c OPR umschriebenen Informationen enthalten und die Organisatoren haben die Pflichten gemäss Art. 11e Abs. 2 OPR einzuhalten.
8.2 Die Beschwerdeführer machen zu Recht nicht geltend, dass die Pflicht zur Anmeldung von Spontankundgebungen für sich gegen die Meinungs- und Versammlungsfreiheit verstossen würde. In Anbetracht der Benützung von öffentlichem Grund und der Möglichkeit der Beeinträchtigung von Rechten Dritter besteht ein gewichtiges Interesse daran, dass die Behörden über die Durchführung einer Spontankundgebung informiert werden und allenfalls situationsbezogen entsprechende Massnahmen treffen können. Umstritten ist indes das Ausmass von Informationen, welche gemeldet werden müssen, sowie die Pflichten der Organisatoren von Spontankundgebungen.
Hierfür ist ein Ausgleich zu finden zwischen den behördlichen Bedürfnissen einerseits und der Ermöglichung von Spontankundgebungen andererseits. Die Behörden haben ein gewichtiges Interesse daran, möglichst genau über die Art und Weise und den Ablauf einer Spontankundgebung informiert zu werden. Dies ermöglicht es ihr, die erforderlichen polizeilichen Sicherheitsmassnahmen zum Schutz von Drittinteressen sowie der Kundgebung selber adäquat anzuordnen. Umgekehrt wird die Information zuhanden der Behörden umso schwieriger, je spontaner die Kundgebung unmittelbar zustande kommt und nicht schon am Vortag (vgl. Art. 11d Abs. 1 OPR) in die Wege geleitet wird.
Daraus folgt, dass die Informationspflicht und dessen Ausmass im Einzelfall von den konkreten Gegebenheiten abhängt bzw. abhängig gemacht wird. Dem trägt der Regierungsrat mit dem angefochtenen Entscheid Rechnung. Er unterscheidet zwischen Spontankundgebungen, die in irgendeiner Weise organisiert werden, auf der einen Seite und Spontankundgebungen, die unvermittelt als Reaktion auf ein bestimmtes Ereignis zustande kommen, auf der andern Seite. In Bezug auf die Ersteren ist eine Meldung der von Art. 11c Abs. 1 OPR vorgesehenen Angaben im Grundsatz möglich und auch durchaus zumutbar. Dazu gehören namentlich die näheren Umstände der Kundgebung (wie etwa Thema, Art oder Örtlichkeiten). Daran ändert der Umstand nichts, dass einzelne Angaben nur vage erteilt werden und weitere Angaben möglicherweise gar nicht erteilt werden können. Die Liste der Angaben in Art. 11c Abs. 1 OPR, auf welche Art. 11d Abs. 2 OPR verweist, weist insoweit keinen zwingenden Charakter auf. Dies gilt erst recht bei Spontankundgebungen, welche ohne minimale Organisationsvorkehren unmittelbar auf ein Ergebnis hin zustande kommen. Der Regierungsrat nennt als Beispiel Reaktionen der Bevölkerung auf dem Bundesplatz auf Entscheidungen in den Eidg. Räten. Diesfalls entfällt, wie der Regierungsrat festhält, von vornherein eine Meldepflicht. Die Bestimmung von Art. 11d Abs. 2 OPR kann keine Wirkung entfalten, wenn keine verantwortlichen Personen oder Organisatoren auftreten. Das Ortspolizeireglement ist demnach hinsichtlich der Bestimmungen von Art. 11d und Art. 11c wie auch in Bezug auf die Strafbestimmungen von Art. 31 Abs. 1 OPR in diesem Sinne auszulegen und anzuwenden.
8.3 Mit dieser Sichtweise hat der Regierungsrat zum Ausdruck gebracht, wie das Ortspolizeireglement konkret zu verstehen und anzuwenden ist, um mit Blick auf mögliche Gegebenheiten und differenzierte Konstellationen vor der Meinungs- und Versammlungsfreiheit standzuhalten. Es fragt sich, ob diese Betrachtungsweise im Rahmen der verfassungskonformen Auslegung vorgenommen werden kann oder aber deren Grenzen sprengt, wie die Beschwerdeführer meinen.
Wie in E. 3 dargelegt, ist im Verfahren der abstrakten Normkontrolle massgeblich, ob der beanstandeten Norm nach anerkannten Auslegungsregeln ein Sinn zugemessen werden kann, der sie mit den angerufenen Verfassungs- oder EMRK-Garantien vereinbaren lässt; eine Norm wird nur aufgehoben, wenn sie sich jeglicher verfassungs- und konventionskonformen Auslegung entzieht, nicht jedoch, wenn sie einer solchen in vertretbarer Weise zugänglich ist. Dabei ist grundsätzlich vom Wortlaut der Gesetzesbestimmung auszugehen und deren Sinn nach den überkommenen Auslegungsmethoden zu bestimmen. Eine verfassungs- und konventionskonforme Auslegung ist namentlich zulässig, wenn der Normtext lückenhaft, zweideutig oder unklar ist (<ref-ruling> E. 12c S. 301; <ref-ruling> E. 2 S. 25; <ref-ruling> E. 2a S. 116). Der klare und eindeutige Wortsinn darf indes nicht durch eine verfassungskonforme Interpretation beiseite geschoben werden (<ref-ruling> E. 12c S. 301; <ref-ruling> E. 2a S. 116; 131 ll 697 E. 4.1 S. 703; vgl. zur Praxis etwa BGE 109 la 279 E. 12c S. 302 f.; 119 la 460 E. 11b S. 497 und E. 12e S. 502; vgl. zum Ganzen Häfelin/Haller/Keller, a.a.O., Rz. 148 ff. und 154 ff.).
Das Ortspolizeireglement sieht in Art. 11d die sog. spontanen Kundgebungen vor, welche aus zeitlichen Gründen keiner Bewilligungspflicht, sondern einer blossen Meldepflicht unterstehen. Dazu gehören nach dem Wortlaut von Art. 11d Abs. 1 Manifestationen, die als Reaktion auf ein besonderes Ereignis innert zwei Tagen durchgeführt werden, sich damit in bestimmtem Ausmasse organisieren lassen und dementsprechend gemeldet werden können. Je kürzer der Zeitraum zwischen dem Ereignis und der Kundgebung ausfällt, je weniger kann von einer meldepflichtigen Kundgebung gesprochen werden. Wie es sich im Falle einer unmittelbaren Spontankundgebung verhält, lässt das Ortspolizeireglement offen. Insoweit ist daher nicht zu beanstanden, dass der Regierungsrat das Ortspolizeireglement auf diese Konstellation ausgerichtet verfassungskonform auslegte und damit zwischen eigentlichen Spontankundgebungen und in minimaler Form organisierten und organisierbaren Spontankundgebungen unterschied. Die Differenzierung ist geeignet, unter Wahrung der öffentlichen Interessen im Sinne von Art. 16 und 22 BV sowie Art. 19 Abs. 2 KV/BE verschiedenartige Formen von Spontankundgebungen zu ermöglichen, die Pflichten der Organisatoren sachgerecht zu begrenzen und die Strafbarkeit einzugrenzen.
8.4 Damit erweist sich die Kritik der Beschwerdeführer als unbegründet. Insbesondere kann in Anbetracht der dargelegten verfassungsmässigen Auslegung nicht gesagt werden, die blosse Meldepflicht von Spontankundgebungen laufe auf eine eigentliche Bewilligungspflicht hinaus und die allfälligen Organisatoren unterstünden einer unverhältnismässigen Mitteilungspflicht.
9. Demnach ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten den Beschwerdeführern aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Stadt Thun und dem Regierungsrat des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann