Sachverhalt:
A. A.a A._ war vom 1. Oktober 2001 bis 28. Februar 2003 bei der Firma P._ angestellt, welche sich zur Durchführung der beruflichen Vorsorge für die von ihr beschäftigten Arbeitnehmer mit Anschlussvertrag vom 22. Dezember 1992 der Winterthur Columna Sammelstiftung 2. Säule (vormals VOSKA Schweizerische Kreditanstalt, Vorsorgestiftung 2. Säule; nachfolgend: Winterthur Columna) angeschlossen hatte. Nachdem die Winterthur Columna am 25. März 2003 eine Freizügigkeitsleistung per 28. Februar 2003 von Fr. 179'761.60 (zuzüglich Zins) an die neue Vorsorgeeinrichtung von A._ überwiesen hatte teilte sie ihm mit Schreiben vom 21. Mai 2003 im Wesentlichen Folgendes mit:
- Die Personalvorsorge-Kommission des Vorsorgewerks der Arbeitgeberfirma P._ habe am 5. Mai 2003 festgestellt, dass der Tatbestand der Teilliquidation gemäss Art. 23 FZG vermutungsweise erfüllt sei.
- Gleichzeitig habe die PVK festgestellt, dass beim Vorsorgewerk eine Unterdeckung vorliege. Der Fehlbetrag belaufe sich auf Fr. 168'241.70 und der Deckungsgrad noch auf 96,01%.
- Nach Massgabe des ausgearbeiteten Verteilplanes entfalle vom Fehlbetrag ein Anteil von Fr. 36'661.95 auf die ausgetretenen Versicherten, was zu einer Kürzung seiner Freizügigkeitsleistung um Fr. 7'152.50 auf Fr. 172'589.10 führe. Dieser Betrag (inkl. zuviel bezahlter Verzugszins) werde nach Ablauf der Einsprachefrist zurückgefordert.
- Die Kürzung der Freizügigkeitsleistung stehe unter Vorbehalt der Zustimmung durch das Bundesamt für Sozialversicherungen.
- Eine Einsprache sei innert 30 Tagen einzureichen.
- Nach Ablauf der Einsprachefrist würden alle eingegangenen Einsprachen an das Bundesamt für Sozialversicherungen weitergeleitet.
A._ liess am 23. Mai 2003 Einsprache mit dem Antrag erheben, auf die Kürzung seiner Freizügigkeitsleistung sowie deren teilweise Rückforderung sei zu verzichten. Ausserdem ersuchte er um Zustellung aller Akten, welche die Winterthur Columna der Aufsichtsbehörde einreichen werde.
A.b Am 31. August 2004 erliess das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) eine Verfügung, deren Dispositiv im Wesentlichen wie folgt lautete:
1. Der Tatbestand der Teilliquidation ist infolge erheblichen Personalabgangs per 13. Dezember 2002 erfüllt, wobei all jene Versicherte zu berücksichtigen sind, die im Zeitraum vom 13. Dezember 2002 bis 31. März 2003 aus dem Vorsorgewerk austraten.
2. Der Deckungsgrad des Vorsorgewerks liegt per 31. Dezember 2002 bei 96.01%.
3. Der Verteilplan gestützt auf den Beschluss der PVK vom 23. August 2004 wird genehmigt.
.. .......
5. Die Akten, welche der Verfügung zugrunde liegen, können auf Verlangen beim Bundesamt für Sozialversicherung eingesehen werden.
6. Die Stiftung wird angewiesen, den Verteilplan nach Eintritt der Rechtskraft im Sinne der Erwägungen zu vollziehen. Die Mitteilung über den Eintritt der Rechtskraft erfolgt durch das Bundesamt für Sozialversicherung.
.. .......
.. .......
.. .......
... .......
... ......."
Entsprechend Dispositiv Ziffer 5 dieser Verfügung gewährte das BSV dem Rechtsvertreter von A._ am 27. September 2004 Akteneinsicht.
B. A._ liess gegen diese Verfügung Beschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, das BSV sei anzuweisen, nach Gewährung der vollständigen Akteneinsicht und des rechtlichen Gehörs neu zu entscheiden. Die Eidgenössische Beschwerdekommission der beruflichen Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge führte einen doppelten Schriftenwechsel durch. Per 1. Januar 2007 übernahm das Bundesverwaltungsgericht die Beurteilung der Streitsache. Mit Urteil vom 4. Mai 2007 wies es die Beschwerde ab.
C. A._ lässt Beschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, der angefochtene Entscheid und die Verfügung des BSV vom 31. August 2004 seien aufzuheben und das BSV anzuweisen, nach Gewährung des rechtlichen Gehörs neu zu entscheiden; eventuell sei das BSV anzuweisen, nach erfolgten weiteren Abklärungen dem Beschwerdeführer das rechtliche Gehör zu gewähren und anschliessend in der Sache neu zu entscheiden.
Die Winterthur Columna hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das BSV schliesst in seiner Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Als Rechtsverletzung gemäss <ref-law> gilt dabei auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen (Urteil 9C_595/2007 vom 17. Oktober 2007 mit Hinweisen). Mit Bezug auf die zulässigen Sachverhaltsrügen sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht gerechtfertigt (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255). Es genügt nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen unter Verletzung einer Rechtsnorm im Sinne von <ref-law> zustande gekommen sind und die Behebung des gerügten Sachverhaltsmangels entscheidrelevant ist. Diese strengen Begründungsanforderungen gelten namentlich auch dann, wenn die Beweiswürdigung gerügt wird, auf welcher die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beruhen.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung seines Grundrechts auf rechtliches Gehör (<ref-law>) geltend, weil ihn das BSV vor Erlass der Verfügung vom 31. August 2004 nicht angehört habe und ihm erst nach Zustellung jener Verfügung während laufender Rechtsmittelfrist Akteneinsicht gewährt habe. Die Vorinstanz habe diese Gehörsverletzungen zu Unrecht als nicht besonders schwerwiegend und daher als durch das dem Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren gewährte Äusserungs- und Akteneinsichtsrecht geheilt erachtet.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung seines Grundrechts auf rechtliches Gehör (<ref-law>) geltend, weil ihn das BSV vor Erlass der Verfügung vom 31. August 2004 nicht angehört habe und ihm erst nach Zustellung jener Verfügung während laufender Rechtsmittelfrist Akteneinsicht gewährt habe. Die Vorinstanz habe diese Gehörsverletzungen zu Unrecht als nicht besonders schwerwiegend und daher als durch das dem Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren gewährte Äusserungs- und Akteneinsichtsrecht geheilt erachtet.
2.2 2.2.1 Nach der Rechtsprechung kann eine - nicht besonders schwerwiegende - Verletzung des rechtlichen Gehörs ausnahmsweise als geheilt gelten, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Beschwerdeinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie die Rechtslage frei überprüfen kann (<ref-ruling> E. 3d/aa S. 437). Von einer Rückweisung der Sache an die Verwaltung ist selbst bei einer schwerwiegenden Verletzung des rechtlichen Gehörs dann abzusehen, wenn und soweit die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem (der Anhörung gleichgestellten) Interesse der betroffenen Partei an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wären (<ref-ruling> E. 5.1 S. 390 mit Hinweis).
2.2.2 Im vorliegenden Fall ist unbekümmert um die Schwere der dem BSV vorgeworfenen Gehörsverletzung in keiner Weise ersichtlich, dass und inwiefern die Verwaltungsbehörde zu einem anderen als dem mit Verfügung vom 31. August 2004 gefällten, materiellen Entscheid gelangen würde, wenn dem Beschwerdeführer zuvor das Äusserungs- und Akteneinsichtsrecht nochmals zugestanden würde. Eine Rückweisung der Sache zu diesem Zweck an das BSV würde zu einer sinn- und zwecklosen Verfahrensverzögerung verbunden mit unnötigen Gerichts- und Anwaltskosten führen, weil klar abzusehen ist, dass sowohl BSV als auch Vorinstanz nach nochmaliger Wahrung der Gehörsrechte des Beschwerdeführers wieder gleich entscheiden würden wie mit Verfügung vom 31. August 2004 und im angefochtenen Urteil. Dass eine Heilung der geltend gemachten Gehörsverletzungen durch die Verwaltungsbehörde diese veranlassen könnte, materiell anders zu entscheiden, behauptet der Beschwerdeführer selbst nicht. Die Vorinstanz hat daher eine Aufhebung der Verfügung vom 31. August 2004 und Rückweisung der Sache an das BSV zu Recht als formalistischen Leerlauf erachtet und abgelehnt.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt ferner eine Verletzung seines Anspruches auf rechtliches Gehör, weil seinem Beweisantrag nicht stattgegeben wurde, die Winterthur Columna sei zur Edition jener Belege zu verpflichten, anhand derer überprüft werden könne, "welche konkreten Anlagen getätigt worden waren und ob darauf die behaupteten Verluste eingetreten seien".
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt ferner eine Verletzung seines Anspruches auf rechtliches Gehör, weil seinem Beweisantrag nicht stattgegeben wurde, die Winterthur Columna sei zur Edition jener Belege zu verpflichten, anhand derer überprüft werden könne, "welche konkreten Anlagen getätigt worden waren und ob darauf die behaupteten Verluste eingetreten seien".
3.2 3.2.1 Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) umfasst unter anderem das Recht, erhebliche Beweise beizubringen, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 370 mit Hinweisen). Verwaltung und Gericht dürfen aber auf die Abnahme von Beweisen verzichten, wenn sie bei pflichtgemässer Beweiswürdigung zur Überzeugung gelangen, ein bestimmter Sachverhalt sei als überwiegend wahrscheinlich zu betrachten und weitere Beweismassnahmen könnten an diesem feststehenden Ergebnis nichts mehr ändern. In einer solchen vorweggenommenen (antizipierten) Würdigung eines beantragten Beweismittels als unerheblich liegt kein Verstoss gegen den verfassungsmässigen Gehörsanspruch, es sei denn, sie erfolge willkürlich (<ref-ruling> E 3 S. 157, 124 I 208 E. 4a S. 211, je mit Hinweisen).
3.2.2 Der von der Winterthur Columna beauftragte Experte hat in seinem Bericht vom 25. August 2004 festgehalten, dass in der Liquidationsbilanz des Vorsorgewerks per 31. Dezember 2002 das Stiftungskapital zu Veräusserungswerten (Kurswerte resp. Geldforderungen zu Nominalwerten) eingesetzt und die Altersguthaben der aktiven Versicherten aus der kaufmännischen Bilanz übernommen worden seien. Aus dem so erstellten Teilliquidationsstatus resultiere (ohne Rückstellung für die Teilliquidationskosten) ein Fehlbetrag von Fr. 168'241.70 bzw. ein Deckungsgrad von 96,01%. Die KPMG Fides Peat, Zürich, hat als Revisionsstelle der Winterthur Columna diese Zahlen in ihrem Bericht vom 12. August 2005 über die Prüfung der Teilliquidationsbilanz per 31. Dezember 2002 grundsätzlich als richtig bestätigt und einzig darauf hingewiesen, dass für die Kosten der Teilliquidation "mit heutigem Informationsstand" eine zusätzliche Rückstellung von Fr. 11'000.-- einzusetzen sei, sodass die Unterdeckung per 31. Dezember 2002 Fr. 179'241.70 betrage. Gestützt darauf hat die Vorinstanz eine Unterdeckung des Vorsorgewerks per 31. Dezember 2002 in der Höhe von Fr. 168'241.70 bzw. Fr. 179'241.70 (inklusive Rückstellung von Fr. 11'000.-- für Teilliquidationskosten) als nachgewiesen erachtet.
3.2.3 Der Beschwerdeführer bringt keinerlei Anhaltspunkte vor, die Zweifel an der sachverständig festgestellten Unterdeckung und deren Höhe begründen könnten. Ebenso wenig hat er substantiiert, dass die Vorinstanz eine Rechtsverletzung begangen habe, indem sie seinen Beweisergänzungsantrag - im Ergebnis - antizipiert als unerheblich und ungeeignet erachtet hat, am Beweis einer Unterdeckung des Vorsorgewerks in Höhe von Fr. 168'241.70 bzw. Fr. 179'241.70 per 31. Dezember 2002 etwas zu ändern. Die Nichtabnahme der vom Beschwerdeführer beantragten Beweisergänzung stellt demgemäss keine Verletzung des verfassungsmässigen Gehörsanspruches dar.
4. 4.1 Als "Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes" rügt der Beschwerdeführer schliesslich, dass die Vorinstanz von einer zu engen Prüfungspflicht des BSV hinsichtlich des Teilliquidationsberichtes des Experten sowie der diesem zugrunde liegenden Unterlagen ausgegangen sei. Richtigerweise hätte der Experte zusammen mit seinem Bericht alle "vom Vorsorgewerk zur Verfügung gestellten Unterlagen der Aufsichtsbehörde" einreichen und das BSV hätte die "behauptete Unterdeckung" zumindest "anhand von Stichproben" überprüfen müssen.
4.2 Mit diesen Vorbringen macht der Beschwerdeführer keinerlei Rechtsverletzung, namentlich auch nicht eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (<ref-law>) geltend, sondern rügt einzig die Beweiswürdigung der Vorinstanz und der Aufsichtsbehörde, welche dem Teilliquidationsbericht des Experten volle Beweiskraft bezüglich der Unterdeckung des Vorsorgewerks per 31. Dezember 2002 beigemessen haben. Dabei geht es um eine vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung, an welche das Bundesgericht nur dann nicht gebunden wäre, wenn sie offensichtlich unrichtig bzw. in bundesrechtsverletzender Weise zustande gekommen wäre. Weshalb die Würdigung des Teilliquidationsberichtes vom 25. August 2004 als beweiskräftiger Sachverständigenbeweis für die per 31. Dezember 2002 gegebene Unterdeckung des Vorsorgewerks offensichtlich unrichtig oder bundesrechtsverletzend ist, wird vom Beschwerdeführer aber in keiner Weise dargelegt. Er übt in seiner Beschwerde lediglich appellatorische Kritik an der vorinstanzlichen und der Beweiswürdigung des BSV, womit die Anforderungen an eine gemäss <ref-law> zulässige Sachverhaltsrüge nicht erfüllt sind. Ebenso wenig hat der Beschwerdeführer dargelegt, dass und inwiefern die Behebung der von ihm gerügten Mängel der vorinstanzlichen Beweiswürdigung - fehlende stichprobeweise Überprüfung der Liquidationsbilanz des Experten - für den Verfahrensausgang relevant sind. In der vorliegenden Form ist der Beschwerdeführer mit seinen Sachverhaltsrügen im Verfahren vor Bundesgericht nicht zu hören.
5. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. März 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer