Sachverhalt:
A. Der bangladeschische Staatsangehörige X._ (***1976) reiste im Herbst 2003 in die Schweiz ein und stellte ein Asylgesuch. Nach erfolglosem Asylverfahren hätte er die Schweiz bis zum 25. März 2004 verlassen müssen. Er verblieb jedoch in der Schweiz und heiratete am 1. November 2004 eine ursprünglich aus Haiti stammende Schweizer Bürgerin (geb. 1967), deren zwei Kinder (geb. 1992 bzw. 1999) in Haiti leben. Aufgrund der Heirat wurde X._ eine Aufenthaltsbewilligung (letztmals verlängert bis zum 31. Oktober 2007) zum Verbleib bei der Ehefrau erteilt.
Ende August 2006 ist die Ehefrau von X._ nach Haiti gereist und ist seither nicht mehr in die Schweiz zurückgekehrt.
B. Mit Verfügung vom 19. Dezember 2007 lehnte die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich das Gesuch von X._ vom 11. Oktober 2007 um Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung wegen der mindestens seit August 2006 andauernden Abwesenheit der Ehefrau ab.
Dagegen beschwerte sich X._ erfolglos beim Regierungsrat und sodann beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 4. Mai 2009 bzw. mit Beschwerdeergänzung vom 15. Mai 2009 beantragt X._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. März 2009 aufzuheben und ihm die Aufenthaltsbewilligung zu verlängern. Zudem ersucht er, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen.
Das Bundesgericht hat die Akten der kantonalen Behörden beigezogen, jedoch keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Nach <ref-law> ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auf dem Gebiet des Ausländerrechts ausgeschlossen gegen die Erteilung oder Verweigerung von Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt.
1.2 Gemäss Art. 126 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20), welches am 1. Januar 2008 in Kraft getreten ist, bleibt für Gesuche, die vor diesem Zeitpunkt gestellt worden sind, das bisherige Recht anwendbar. Damit ist im vorliegenden Fall noch das Bundesgesetz vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG; BS 1 121) massgeblich.
1.3 Der Beschwerdeführer lebt zwar von seiner schweizerischen Ehefrau getrennt, die Ehe besteht aber formell weiterhin. Damit hat er grundsätzlich einen Rechtsanspruch auf eine Aufenthaltsbewilligung gemäss Art. 7 ANAG, weshalb das Rechtsmittel der öffentlich-rechtlichen Beschwerde zulässig ist. Die Frage, ob die Bewilligung verweigert werden durfte, weil einer der in Art. 7 ANAG vorgesehenen Ausnahmetatbestände oder ein Verstoss gegen das Rechtsmissbrauchsverbot gegeben ist, betrifft nicht das Eintreten, sondern bildet Gegenstand der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.1.2 bis 1.1.5 S. 148 ff. mit Hinweisen).
1.4 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
Eine qualifizierte Rügepflicht gilt u.a. hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246). Die vom Beschwerdeführer (beiläufig) gerügte Verletzung von Art. 9 und Art. 29 BV genügt diesen Anforderungen nicht, weshalb insoweit auf seine Eingabe nicht eingetreten werden kann.
1.5 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig erfolgt ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law> bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (<ref-law>), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels sich für den Ausgang des Verfahrens als entscheidend erweisen kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
2. 2.1 Gemäss Art. 7 Abs. 1 ANAG (in der Fassung vom 23. März 1990) hat der ausländische Ehegatte eines Schweizer Bürgers - wie erwähnt - grundsätzlich Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung (Satz 1). Kein Anspruch besteht, wenn die Ehe eingegangen worden ist, um die Vorschriften über Aufenthalt und Niederlassung von Ausländern zu umgehen (Art. 7 Abs. 2 ANAG). Hierunter fällt die sogenannte Scheinehe oder Ausländerrechtsehe, bei der die Ehegatten von vornherein keine echte eheliche Gemeinschaft beabsichtigen. Doch auch wenn eine Ehe nicht bloss zum Schein eingegangen worden ist, heisst das nicht zwingend, dass dem ausländischen Ehepartner der Aufenthalt ungeachtet der weiteren Entwicklung gestattet werden muss. Zu prüfen ist, ob sich die Berufung auf die Ehe nicht als rechtsmissbräuchlich erweist, weil die Ehe definitiv gescheitert ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 151 mit Hinweisen).
2.2 Nach gefestigter bundesgerichtlicher Rechtsprechung liegt Rechtsmissbrauch vor, wenn der Ausländer sich im fremdenpolizeilichen Verfahren auf eine Ehe beruft, welche nur (noch) formell besteht oder aufrecht erhalten wird, mit dem alleinigen Ziel, ihm eine Anwesenheitsberechtigung zu ermöglichen; dieses Ziel wird von Art. 7 ANAG nicht geschützt (<ref-ruling> E. 4.2 S. 267; <ref-ruling> E. 4.2 S. 117, je mit Hinweisen).
Dass die Ehe nur noch formell und ohne Aussicht auf Wiederaufnahme einer ehelichen Gemeinschaft besteht, entzieht sich in der Regel dem direkten Beweis und ist bloss durch Indizien zu erstellen (BGE <ref-ruling> E. 10.2 und 10.3 S. 135 f. mit Hinweis). Feststellungen über das bestehen solcher Indizien können äussere Gegebenheiten, aber auch innere, psychische Vorgänge betreffen (Wille der Ehegatten); es handelt sich so oder anders um tatsächliche Feststellungen, welche für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich sind (oben E. 1.5). Frei zu prüfen ist die Rechtsfrage, ob die festgestellten Tatsachen (Indizien) darauf schliessen lassen, die Berufung auf die Ehe bezwecke die Umgehung fremdenpolizeilicher Vorschriften und sei rechtsmissbräuchlich (<ref-ruling> E. 2.3 S. 152 mit Hinweisen).
2.3 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz ist die Ehe definitiv gescheitert. Hinweise darauf, dass die Feststellungen des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich zum Sachverhalt offensichtlich unrichtig wären, sind nicht ersichtlich und gehen namentlich auch nicht aus den Vorbringen des Beschwerdeführers hervor. Die Ehegatten heirateten am 1. November 2004. Nach weniger als zwei Jahre dauerndem ehelichen Zusammenleben reiste die Ehefrau im August 2006 nach Haiti, wo ihre beiden Kinder sowie ihre Mutter leben, und ist seither nicht mehr in die Schweiz zurückgekehrt. Entgegen seiner Eingabe an das Bundesgericht bestätigte der Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren als "richtig und unbestritten", dass die Eheleute seit August 2006 getrennt lebten und sich die Ehefrau seither in Haiti aufhielt. Die Frage des zivilrechtlichen Wohnsitzes der Ehefrau ist dabei nicht von Belang, weshalb auch auf die in diesem Zusammenhang behauptete Gehörsverletzung nicht einzugehen ist. Irgendwelche Anzeichen für eine erneute Annäherung der Ehegatten sind nicht ersichtlich und werden auch vom Beschwerdeführer nicht geltend gemacht. Er bringt zwar vor, er habe regelmässig telefonischen Kontakt zu seiner Ehefrau und unterstütze sie finanziell. Abgesehen davon, dass diese Vorbringen nicht belegt sind, vermögen sie ohnehin an der Würdigung der vorliegenden Sachlage nichts zu ändern. Der Beschwerdeführer hat sich mit seiner Ehefrau seit deren Ausreise nie mehr getroffen und zu der von ihm immer wieder in Aussicht gestellten baldigen Rückkehr der Ehegattin kam es bis heute nicht. Unter diesen Umständen musste auch für den Beschwerdeführer erkennbar sein, dass mit der Wiederaufnahme des gemeinsamen Haushaltes nicht mehr ernsthaft gerechnet werden konnte. Bezeichnenderweise wurde die Beschwerde gegen die Nichtverlängerung der Aufenthaltsbewilligung sodann allein vom Beschwerdeführer erhoben und nicht auch im Namen der Ehefrau, wie dies bei einer intakten Beziehung an sich zu erwarten wäre.
2.4 Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich geht im angefochtenen Entscheid von der dargelegten Rechtsprechung zur missbräuchlichen Berufung auf die Ehe aus. Bei gesamthafter Betrachtung aller Indizien musste sich der Schluss aufdrängen, dass keine Aussichten auf Wiederaufnahme einer echten ehelichen Gemeinschaft im Sinne von Art. 7 ANAG bestehen und die Ehe definitiv gescheitert ist. Dass bis anhin kein Eheschutz- bzw. Scheidungsverfahren eingeleitet wurde, ändert daran nichts. Zudem kommt es in diesem Zusammenhang auf die Gründe, die zum Scheitern der Ehe führten, nicht an. Wenn sich der Beschwerdeführer unter den dargelegten Umständen dennoch auf die Ehe beruft, um eine Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung zu erwirken, handelt er rechtsmissbräuchlich. Art. 7 ANAG bezweckt primär, das Familienleben in der Schweiz zu ermöglichen und abzusichern, und nicht, einem Ausländer, dessen schweizerische Ehefrau im Ausland wohnt, zu einem Anwesenheitsrecht in der Schweiz zu verhelfen (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 56 ff.). Weitere Ausführungen erübrigen sich. Es genügt, ergänzend auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid zu verweisen (<ref-law>).
3. 3.1 Aufgrund des Gesagten ist die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
3.2 Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Sicherheitsdirektion, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Müller Dubs