Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach der Rechtsprechung ist bei der Beurteilung der Anspruchsberechtigung im Sinne von <ref-law> auf die AHV-Gesetzgebung (<ref-law> in Verbindung mit Art. 6 Abs. 2 und Art. 7 AHVV) abzustellen. Daraus ergibt sich, dass auf dem massgebenden Lohn Beiträge zu entrichten sind und im Gegenzug die diesem Lohnwert entsprechende Ausfallzeit nicht zu entschädigen ist. Abgangsentschädigungen und freiwillige Vorsorgeleistungen gehören zum massgebenden Lohn, soweit ihnen nicht Sozialleistungs- oder Vorsorgecharakter zukommt (in BGE 126 V noch nicht veröffentlichtes Urteil L. vom 23. Oktober 2000, C 222/99 mit Hinweis).
2.- Die dem Beschwerdeführer ausgerichtete Zahlung von Fr. 50'000.- stellt eine Entschädigung für die Auflösung des Arbeitsverhältnisses und das damit verbundene Risiko eines Lohnausfalles wegen Arbeitslosigkeit dar. Vorsorgecharakter kommt dieser Leistung nicht zu, ist sie doch nicht zur Deckung der Risiken Alter, Invalidität oder Tod bestimmt. Folglich ist die diesem Lohn entsprechende Ausfallzeit von der Arbeitslosigkeit nicht zu entschädigen.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden, dem Kantonalen Arbeitsamt Obwalden und dem Staatssekretariat für Wirtschaft zugestellt.
Luzern, 9. April 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: