Fatti:
A. I fatti da cui trae spunto la presente causa giudiziaria possono essere riassunti come segue.
A.a Nel marzo 1997 i comproprietari della part. xxx RFD - vale a dire le società C._ AG, D._ AG, E._ AG, F._ AG, G._ AG, H._ AG, I._ AG e J._ AG nonché K.A._ - hanno affidato a M.A._ AG, in qualità di impresa generale, l'incarico di procedere all'edificazione, sul fondo di loro proprietà, del condominio denominato "Y._", costituito da dieci appartamenti e undici autorimesse. Il prezzo per ogni appartamento con autorimessa era di fr. 450'000.--, pagabili per fr. 90'000.-- con prestazioni proprie dei comproprietari, e per il resto in quattro rate esigibili a dipendenza dell'avanzamento dei lavori, la prima di fr. 100'000.-- e le altre tre di fr. 70'000.-- ciascuna, mentre la rimanenza sarebbe stata versata una volta presentata la liquidazione finale.
A.b Il 4 novembre 1997 G._ AG ha venduto a B._, per fr. 450'000.--, la sua quota PPP del condominio Y._, costituita dall'appartamento n. 7 (con posto auto), a quel momento ancora in costruzione. Le modalità di pagamento erano simili a quelle dell'appalto generale appena descritte, tranne che per l'ammontare delle prestazioni proprie, aumentato a fr. 100'000.--, e della quarta rata, ridotto a fr. 60'000.--.
A.c G._ AG è fallita con effetto al 25 maggio 1999.
B. Il 24 maggio 2000 M.A._ AG - nel frattempo divenuta A.A._ AG - ha convenuto B._ dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano, onde incassare fr. 96'145.20 oltre interessi e accessori. Questo importo si componeva del saldo della mercede per i lavori di edificazione dell'appartamento (fr. 90'711.45) e delle spese da lei anticipate per il convenuto, ovvero quella relativa al versamento effettuato a chi si era occupato di fargli ottenere il finanziamento necessario per procedere all'acquisto dell'appartamento, di fr. 3'993.75, e quella relativa agli interessi ipotecari da lui dovuti al 31 dicembre 1997, di fr. 1'440.--.
B._ si è opposto a ogni richiesta. Egli ha eccepito sia la carenza di legittimazione attiva della società sia la propria carenza di legittimazione passiva, non esistendo a suo modo di vedere nessuna relazione contrattuale fra lui e M.A._ AG. Da ultimo, ha posto in compensazione un danno di almeno fr. 150'000.--.
Statuendo il 22 settembre 2008, la Pretora ha disatteso gli argomenti di B._ e ha accolto la petizione, modificando unicamente la decorrenza degli interessi moratori, stabilita dal 1° luglio 1999. La giudice ha infatti considerato che con l'acquisto della quota PPP egli era divenuto comproprietario del condominio Y._, assumendosi anche i costi di costruzione a quel momento ancora scoperti.
C. Adita dal soccombente, con sentenza del 18 marzo 2010 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha riformato la pronunzia pretorile, accogliendo la petizione limitatamente a fr. 5'433.75 oltre interessi al 5 % dal 1° luglio 1999. A differenza della giudice di primo grado, la massima istanza cantonale ha escluso che B._ sia subentrato nelle obbligazioni assunte da G._ AG.
D. Prevalendosi di un accertamento dei fatti manifestamente inesatto e della violazione del diritto federale, il 10 maggio 2010 A.A._ AG è insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto in sostanza a ottenere la modifica della sentenza impugnata nel senso della reiezione dell'appello della controparte e, di conseguenza, della conferma della petizione.
Con risposta del 21 giugno 2010 B._ ha proposto di respingere il gravame, mentre il Tribunale d'appello non ha presentato osservazioni, riconfermandosi nelle motivazioni e nelle conclusioni esposte nel giudizio criticato.

Diritto:
1. Interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 72 e 74 cpv. 1 lett. b LTF), il ricorso in materia civile è ricevibile.
2. Dinanzi al Tribunale federale il litigio verte unicamente ancora sulla richiesta di pagamento del saldo della mercede per i lavori di edificazione dell'appartamento, di fr. 90'711.45, non avendo l'opponente impugnato la decisione con la quale la Corte d'appello lo ha condannato al pagamento di fr. 5'433.75 oltre interessi.
3. Occorre dunque stabilire se l'opponente è subentrato alle obbligazioni a suo tempo assunte dalla società che gli ha venduto l'appartamento, come asseverato dalla ricorrente e ammesso dalla giudice di prime cure, oppure no, come stabilito dalla II Camera civile del Tribunale d'appello, per le ragioni esposte qui di seguito.
3.1 Contrariamente a quanto ritenuto nella pronunzia pretorile - ha osservato in primo luogo la Corte cantonale - il solo fatto che con l'acquisto della quota di comproprietà di G._ AG l'opponente sia diventato un condomino del condominio Y._ non permette di riconoscergli la legittimazione passiva, giacché nessuna delle clausole contenute nel contratto di compravendita prevedeva l'assunzione delle obbligazioni derivanti dal contratto d'impresa generale del marzo 1997, vincolante solo nei confronti dei condomini che lo avevano concluso a quel tempo in qualità di committenti.
3.2 Quanto alla pretesa esistenza di un'identità economica, se non giuridica, fra G._ AG e l'opponente, tale da far apparire abusiva la distinzione tra la società e la persona fisica che la identifica (secondo il principio della trasparenza o Durchgriff) - proseguono i giudici della massima istanza ticinese - la stessa non è stata dimostrata dalla ricorrente, non bastando al proposito il solo fatto che il ricorrente fosse titolare del 100 % del pacchetto azionario della società e che ne fosse l'amministratore con diritto di firma individuale. Negli allegati preliminari non sono state evidenziate circostanze particolari (quale ad esempio l'esistenza di decisioni dell'azionista unico a scapito della società, la mescolanza degli affari o dei patrimoni sociali e personali, il mancato rispetto delle formalità esatte dal diritto societario) che permetterebbero di ritenere abusivo rispettivamente contrario al principio dell'affidamento o all'interesse legittimo di un terzo (in concreto la ricorrente) il richiamo all'autonomia giuridica dell'anonima da parte dell'opponente.
3.3 Infine - conclude la pronunzia impugnata - nemmeno il fatto che l'opponente abbia provveduto a pagare alla ricorrente alcune rate relative al contratto d'impresa generale può essere considerato una conferma del suo subingresso nelle obbligazioni a suo tempo assunte da G._ AG: ritenuto che le condizioni di pagamento contenute nel contratto d'impresa generale e quelle contenute nel contratto di compravendita della quota erano sostanzialmente identiche (nel senso che le somme da pagare in relazione alla compravendita corrispondevano perlopiù a quelle che G._ AG era a sua volta obbligata a versare alla ricorrente), si può ritenere che i pagamenti diretti dell'opponente alla ricorrente siano in realtà avvenuti con l'accordo di quella società, sua creditrice e debitrice della ricorrente. Oltretutto, ha concluso il Tribunale d'appello, la quarta rata versata dall'opponente ammontava a fr. 60'000.--, come previsto nel contratto di compravendita, e non a fr. 70'000.--, come invece avrebbe dovuto essere secondo il contratto d'impresa generale.
4. Dinanzi al Tribunale federale ciascuna di queste motivazioni viene contestata. Prima di chinarsi sulle censure formulate dalla ricorrente, il tenore del suo allegato fa apparire opportune le seguenti precisazioni in punto alle esigenze di motivazione del rimedio esperito.
4.1 In linea di principio, il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>). In qualità di corte suprema, al Tribunale federale compete infatti il riesame dell'applicazione del diritto (Messaggio del 28 febbraio 2001 concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, FF 2001 3764 segg., in particolare pag. 3893 ad art. 92).
È vero che la parte ricorrente può chiedere al Tribunale federale di rettificare o completare l'accertamento dei fatti dell'autorità inferiore se questo è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto - ovvero arbitrario (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.5 pag. 401) - e se l'eliminazione dell'asserito vizio può influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 2 LTF; cfr. <ref-ruling> consid. 1.5).
Questa eccezione alla regola secondo cui il Tribunale federale è vincolato alla fattispecie accertata nella sentenza impugnata, non autorizza tuttavia le parti a ridiscutere liberamente i fatti, come in una procedura d'appello dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale. L'arbitrio, giovi ricordarlo, non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata per violazione dell'<ref-law> solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 4; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 265 seg. con rinvii).
La parte che intende ottenere la rettifica o la completazione dell'accertamento dei fatti deve pertanto dimostrare, con un'argomentazione chiara e dettagliata, che la decisione impugnata si fonda su un apprezzamento delle prove manifestamente insostenibile (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 88; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 246), tenendo anche ben presente che l'allegazione di nuovi fatti e nuovi mezzi di prova dinanzi al Tribunale federale non è ammessa, riservato il caso in cui sia la decisione dell'autorità inferiore a darne motivo (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3).
4.2 In concreto, pur richiamandosi genericamente alla violazione del diritto federale, la ricorrente critica soprattutto l'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti eseguiti in sede cantonale. Come verrà meglio esposto nei successivi considerandi, i suoi argomenti disattendono tuttavia ampiamente i requisiti di motivazione appena descritti, ciò che rende il rimedio in larga misura inammissibile.
5. Nel quadro della censura che rivolge contro la considerazione della Corte cantonale qui riassunta al consid. 3.1, la ricorrente rimprovera ai giudici ticinesi di non aver tenuto debito conto del carattere particolare dell'operazione immobiliare in rassegna, posta in atto da un "consorzio di artigiani allo scopo di far lavorare gli operai in un momento di crisi e quindi preservare la loro situazione societaria.[...] I rapporti interni erano improntati alla necessità di portare a buon fine l'operazione". Fra le imprese coinvolte, spiega la ricorrente, vi era G._ AG, che però - vista la difficile situazione finanziaria in cui versava - non è riuscita a ottenere il finanziamento necessario per l'operazione; per questo motivo fu deciso che l'opponente, "titolare di G._ AG al 100 %, avrebbe assunto la quota di PPP del condominio Y._, privatamente". Il mutuo è stato quindi concesso personalmente all'opponente, grazie anche all'aiuto di K.A._, che ha pagato la persona che si è occupata di trovare tale finanziamento e che non avrebbe certo agito in tal modo se l'opponente "non fosse stato intenzionato a subentrare nell'operazione al posto della G._ AG assumendosene tutti gli oneri".
Nella misura in cui - conclude la ricorrente - esaminando gli atti di causa trae quale conclusione, contraria alla realtà, che l'opponente "non si sarebbe assunto gli oneri analogamente agli altri artigiani coinvolti", la Corte cantonale viola il diritto federale.
5.1 Ora, è di per sé vero che il Tribunale federale esamina d'ufficio l'applicazione del diritto federale (<ref-law>), senza essere vincolato agli argomenti sollevati nel ricorso né alle considerazioni dell'autorità inferiore. Ciononostante, tenuto conto dell'onere di allegazione e motivazione posto dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, la cui mancata ottemperanza conduce all'inammissibilità del gravame (<ref-law>), il Tribunale federale esamina di regola solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 1.1 pag. 104 seg.). Nell'allegato sottoposto al Tribunale federale è pertanto necessario spiegare in maniera concisa perché l'atto impugnato viola il diritto federale e la motivazione dev'essere riferita all'oggetto del litigio (DTF <ref-ruling> consid. 2.1). Ciò significa che la parte ricorrente deve confrontarsi criticamente con i considerandi della decisione impugnata che reputa lesivi del diritto (<ref-ruling> consid. 2a pag. 400; sentenza 4A_22/2008 del 10 aprile 2008 consid. 1).
5.2 In concreto, la ricorrente non indica quali sarebbero le norme di diritto violate né tantomeno si confronta criticamente con la decisione dei giudici ticinesi, per i quali, decisivo ai fini del giudizio sulla questione di sapere se l'opponente sia subentrato a G._ AG nel ruolo di comproprietario-committente, è innanzitutto il contenuto del contratto di compravendita della quota, che non prevedeva l'assunzione delle obbligazioni derivanti dal contratto d'impresa generale del marzo 1997.
L'ammissibilità della censura sotto il profilo della motivazione appare dunque quantomai dubbia. Si può comunque osservare che i fatti addotti dalla ricorrente, peraltro in buona parte inammissibili siccome privi di riscontro nella sentenza querelata (cfr. quanto esposto al consid. 4.1 a proposito dei fatti nuovi), concernenti le circostanze che hanno condotto alla vendita della quota PPP all'opponente, non sono suscettibili di rimettere in discussione la portata attribuita dalla Corte cantonale al contratto di compravendita. L'alienazione della quota ha infatti permesso a G._ AG di entrare in possesso del denaro necessario per finanziare l'operazione immobiliare e adempie-re così le obbligazioni assunte nel quadro del contratto d'impresa generale. Non si vede per quale motivo con l'acquisto della quota PPP il nuovo proprietario sarebbe automaticamente subentrato nel ruolo di committente al posto della società venditrice.
6. La ricorrente è dell'avviso che - indipendentemente dal contenuto del contratto di compravendita - l'opponente sia in ogni caso entrato nell'operazione immobiliare al posto della società in quanto titolare della stessa al 100 %. Contesta pertanto la seconda considerazione della Corte cantonale, qui riassunta al consid. 3.2, che ha negato la possibilità di applicare alla fattispecie in esame il principio della trasparenza (Durchgriff), in virtù del quale si può talvolta prescindere dall'indipendenza giuridica esistente tra la società anonima e il suo azionista.
6.1 Richiamandosi alla dottrina e alla prassi vigenti, i giudici d'appello hanno ricordato che quest'eventualità costituisce l'eccezione, ch'essa esige la riunione di condizioni estremamente restrittive quali l'identità economica tra l'azionista e la sua società nonché l'abuso di diritto, rispettivamente la lesione del principio dell'affidamento o dell'interesse legittimo di un terzo, in concreto della ricorrente, la quale non ha però dimostrato il sussistere di queste condizioni.
6.2 Dinanzi al Tribunale federale non vengono rimessi in discussione i principi giuridici a cui ha fatto capo la Corte cantonale (a ragione; sul principio della trasparenza cfr. anche la sentenza 4A_337/2009 del 16 ottobre 2009 consid. 1.2 e la sentenza 5A_404/2008 del 30 giugno 2009 consid. 5.2) bensì l'accertamento dei fatti.
Secondo la ricorrente è "fuori discussione" che, in quanto azionista unico e amministratore unico della G._ AG, l'opponente abbia agito mescolando chiaramente i suoi interessi personali e quelli della società. Inoltre, con l'acquisto della quota egli ha portato fuori dalla società "quello che con ogni verosimiglianza era l'unico attivo, al prezzo dell'effettiva costruzione", agendo così a scapito della stessa.
6.3 La censura è manifestamente inammissibile a causa della sua motivazione. La ricorrente nemmeno contesta l'accertamento dei giudici ticinesi secondo il quale negli allegati preliminari di causa essa non aveva evidenziato circostanze suscettibili di far apparire il comportamento dell'opponente abusivo o contrario al principio dell'affidamento o all'interesse legittimo del suo interesse (cfr. quanto esposto al consid. 3.2). Privi di ogni riscontro nella sentenza impugnata, i fatti addotti per la prima volta dinanzi al Tribunale federale sono nuovi e quindi inammissibili, non indicando la ricorrente per quale ragione si potrebbe eccezionalmente tenerne conto (cfr. quanto esposto al consid. 4.1).
7. Il rimedio è destinato all'insuccesso anche nella sua ultima parte, rivolta contro la considerazione della Corte cantonale qui riassunta al consid. 3.3.
7.1 Per la ricorrente, contrariamente a quanto ritenuto dai giudici d'appello, il pagamento di alcune rate relative al contratto d'impresa generale da parte dell'opponente è la prova più evidente che questi era a tutti gli effetti committente. Non sarebbe invece stata provata l'esistenza di un presunto accordo fra G._ AG e l'opponente, in virtù del quale quest'ultimo poteva versare la rata dovuta in relazione al contratto di compravendita alla ricorrente, alla quale G._ AG doveva una somma di uguale importo.
7.2 Come esposto al consid. 4.1, la censura di arbitrio dev'essere adeguatamente sostanziata; occorre dimostrare che il giudice ha pronunciato una decisione manifestamente insostenibile, manifestamente in contrasto con le risultanze istruttorie, non basta esporre la propria versione dei fatti e/o contrapporre la propria lettura del materiale probatorio a quella contenuta nella sentenza impugnata. Posto che la valutazione dei fatti operata dai giudici ticinesi appare sostenibile, il rimedio va respinto anche su questo punto.
8. In conclusione, il ricorso va respinto nella limitata misura in cui è ammissibile.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'500.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 5'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.