Faits:
A. Le 15 août 2003, le Procureur général de la Fédération de Russie a requis l'entraide judiciaire de la Suisse, dans le cadre d'une enquête dirigée contre les dénommés Goloubovitch et Lebedev, soupçonnés notamment d'escroquerie, d'abus de confiance et d'inexécution d'un jugement. Responsables de la banque Menatep, Lebedev et Goloubovitch se seraient emparés frauduleusement, en 1994, de 20% des actions de la société russe OAO Apatit (ci-après: Apatit, active dans le commerce d'apatite - phosphate de calcium utilisé comme engrais), par le biais de la société Volna. Ces actions appartenaient à l'Etat, et un jugement de restitution aurait été prononcé en 1998 par un tribunal de Moscou, mais n'aurait été exécuté que partiellement en 2002, par le versement de 20% de la valeur des actions. De 1994 à 2002, profitant de son contrôle sur Apatit, Goloubovitch aurait organisé l'exportation d'apatite, par le biais de sociétés russes qu'il contrôlait également, à destination des sociétés suisses B._ et C._, pour un prix de 30 USD la tonne alors que le prix moyen du marché était de 45 USD. Les sociétés suisses auraient revendu la marchandise pour un prix de 40 à 78,5 USD la tonne. Les bénéfices résultant de ces opérations auraient été déposés dans des banques suisses, puis blanchis "dans des affaires légales". Le Procureur russe demandait des documents concernant B._ et C._ (statuts, comptabilité, contrats de vente, rapports d'activités, documents bancaires), l'identification et l'audition de leurs dirigeants, ainsi que la détermination de la destination des fonds, le cas échéant leur blocage. Les comptes du groupe Menatep étaient en particulier visés.
Les 14 et 18 novembre 2003, l'autorité requérante précisa que l'enquête visait les fondateurs et dirigeants du groupe Menatep, soit en particulier Mikhail Khodorkovski et Platon Lebedev. La structure du groupe était précisée, ainsi que certains comptes bancaires. La société Yukos Universal Ltd, détenue à 100% par Menatep, aurait servi aux activités de blanchiment.
Des renseignements complémentaires ont été fournis le 22 janvier 2004. Il est fait état de remboursements indus d'impôts et de détournements de la vente de produits pétroliers. L'organisation dirigée par Khodorkovski bénéficiait d'appuis auprès des autorités politiques, et recourait à la corruption pour éliminer ses concurrents.
B. Par décisions du 20 février 2004, puis du 4 mars 2004, le Ministère public de la Confédération (MPC, chargé de l'exécution en vertu d'une décision du 31 octobre 2003 de l'Office fédéral de la justice) est entré en matière sur la demande et les compléments déposés jusque-là. Le MPC a notamment découvert l'existence d'un compte détenu par Khodorkovski auprès de la banque D._ de Zurich, récemment soldé. Des sommes importantes ont été bloquées à titre provisoire, et l'autorité requérante a été invitée à se déterminer à ce sujet. Le 12, puis le 19 mars 2004, l'autorité requérante produisit des ordonnances de séquestre émanant d'un juge moscovite. Elle expliqua en outre que l'organisation dirigée par Khodorkovski, après avoir pris le contrôle de la société Yukos, avait organisé la vente à bas prix de produits pétroliers et leur revente, depuis l'étranger, au cours du marché. Ces accusations ont été précisées par la suite, les 2, 13 et 23 avril, puis le 7 mai 2004. Le 25 mars 2004, le MPC a donné suite à la demande de blocage et a ordonné le séquestre de différents comptes bancaires. Les recours formés contre ces décisions ont été jugés irrecevables, faute de préjudice irréparable (arrêts 1A.84 et 85/2004 du 1er juin 2004; cf. également l'<ref-ruling> annulant un autre séquestre, faute de connexité et de proportionnalité).
C. Le 17 juin 2004, l'autorité requérante a récapitulé ses accusations, soit: la création du groupe Menatep, de sociétés off-shore et de sociétés russes prête-noms (notamment Volna); l'appropriation par escroquerie de 20% des actions Apatit mises au concours par l'Etat russe, en promettant un investissement de 283 millions d'USD et en produisant une lettre de garantie de Menatep; le refus de fournir l'investissement promis, et la tentative de faire croire que les actions avaient été revendues par Volna à des tiers; la prise de contrôle d'Apatit, la mise en place d'une équipe dirigeante; la tromperie des actionnaires en leur faisant croire, sur la base de faux, que l'apatite achetée 30 USD la tonne avait été revendue au même prix, et en les frustrant d'un droit au dividende; la répartition des fonds détournés entre les membres de l'organisation, par le recours à de nombreuses sociétés-écran, sous couvert de versements de commissions; le détournement du produit de la vente de pétrole par les filiales de la compagnie Yukos; l'appropriation d'actions d'autres compagnies par des échanges. Une nouvelle demande de blocage de fonds a été présentée le 22 juin 2004, selon une liste de personnes physiques et morales. Le 9 septembre 2004, l'autorité requérante fit savoir que les ordonnances de séquestre prononcées à Moscou avaient fait l'objet de recours, rejetés en juin et juillet 2004.
Dans un complément du 14 septembre 2004, le montant des détournements relatifs à la vente d'apatite est estimé à près de 500 millions d'USD, qui pourraient encore se trouver sur les comptes en Suisse, alors que les opérations pétrolières auraient rapporté 7,750 milliards d'USD. Le cheminement des fonds aurait déjà pu être retracé pour 5 milliards d'USD, les documents requis de la Suisse devant permettre de déterminer le sort du solde.
Dans un complément du 20 janvier 2005, l'autorité requérante a fait état de l'intervention du dénommé Maline président de la "Fédération russe des biens fédéraux" qui, en échange d'actions appartenant à B._, aurait permis de ne pas exécuter le jugement de restitution des actions Apatit.
Le 2 juin 2005, l'autorité requérante indiqua que les dirigeants du groupe Yukos pourraient aussi se voir reprocher des meurtres ou des tentatives de meurtre contre des personnes considérées comme gênantes. Le dommage global, pour l'Etat et les actionnaires de Yukos et Apatit, s'élèverait à 8 milliards d'USD. Il était encore précisé que Khodorkovski et Lebedev avaient été condamnés, le 21 mai 2005, à 9 ans de détention par un tribunal de Moscou, notamment pour détournements de fonds et appropriation des bénéfices de la vente d'apatite. L'autorité requérante estimait que les droits des prévenus avaient été respectés.
D. Le 24 juin 2005, l'OFJ s'est adressé à l'autorité requérante, en reprenant les griefs formulés à l'encontre de la procédure pénale russe dans un rapport du 29 novembre 2004 établi à l'attention de l'Assemblée parlementaire du Conseil de l'Europe, relatif à l'inculpation et à l'arrestation des hauts-dirigeants de Yukos. Sans prendre position sur ces reproches, il demandait à l'autorité russe de fournir les garanties suivantes: les autorités judiciaires devraient statuer en toute indépendance et en toute impartialité; elles devraient respecter les droits de la défense; la représentation diplomatique suisse pourrait s'enquérir de l'avancement de la procédure, assister aux débats et obtenir une copie du jugement. Le 6 juillet 2005, l'Ambassade de la Fédération de Russie a fourni ces garanties.
E. Par décision de clôture partielle du 15 juillet 2005, le MPC a prononcé la transmission à l'autorité requérante des renseignements recueillis. Les soupçons évoqués par l'autorité requérante étaient confirmés par les montants versés par les sociétés chargées du transport d'apatite, par l'importance des bénéfices réalisés par B._, ainsi que par les commissions considérables versées sur la base de la pratique fiscale 50/50 appliquée en Suisse pour ces sociétés (la moitié du bénéfice brut étant forfaitairement considérée comme charges justifiées). Sous l'angle de la double incrimination, l'appropriation par certains actionnaires des bénéfices réalisés par les sociétés Apatit et Yukos, de même que le versement de commissions fictives et les échanges d'actions, pourraient constituer en droit suisse des abus de confiance ou de la gestion déloyale. L'acquisition des actions d'Apatit par Volna et les restitutions frauduleuses d'impôts pouvaient être constitutives d'escroqueries au préjudice de l'Etat. La pratique des prix inférieurs au cours du marché et le détournement des profits avaient des incidences sur les bénéfices déclarés par les sociétés russes, la mise en place d'une structure particulièrement complexe de sociétés, ainsi que le recours à la pratique 50/50 était constitutive d'escroquerie fiscale. Les infractions de blanchiment d'argent, de corruption et d'homicide pourraient aussi être retenues. Les faits incriminés n'étaient de nature ni politique, ni fiscale.
Sous l'angle de l'<ref-law>, l'arrestation et l'inculpation des dirigeants de Yukos (soit en particulier Khodorkovski et Lebedev) avaient fait l'objet d'importantes réserves dans le rapport du 29 novembre 2004 à l'Assemblée parlementaire européenne. Il y avait lieu toutefois de réserver l'avis que la Cour européenne des droits de l'homme, déjà saisie, pourrait être amenée à émettre sur ces points. L'Etat requérant s'était d'ailleurs exprimé, dans son complément du 2 juin 2005, sur le respect des droits des prévenus durant le procès ayant abouti au jugement du 21 mai précédent; il avait aussi fourni les garanties exigées sur ces points. La question du respect de l'<ref-law> avait été soumise au Département fédéral de justice et police.
La condamnation de deux des prévenus (qui avaient d'ailleurs fait appel) ne remettait pas en cause l'utilité des documents. L'ensemble des documents, examinés par genre, apparaissait propre à faire progresser l'enquête en permettant de se faire une image de l'activité des sociétés, ainsi que de débuter une analyse des flux financiers. Les interrogatoires avaient été effectués sur la base d'un questionnaire fourni par l'autorité requérante.
F. Par arrêts du 4 janvier 2006 (1A.215-217/2005) et du 24 janvier 2006 (1A.249 et 257/2006), le Tribunal fédéral a admis les recours de droit administratif formés par les sociétés visées. La complexité et la confusion de l'état de fait, les réserves émises dans le cadre du Conseil de l'Europe à propos de la procédure ainsi que les soupçons d'ordre fiscal imposaient à l'autorité suisse de se départir de sa réserve habituelle dans l'examen de la demande d'entraide. Sous l'angle de la double incrimination, l'appropriation des bénéfices de la vente d'apatite ne paraissait pas constitutive de gestion déloyale, faute d'indication quant au préjudice subi par la société Apatit et ses actionnaires. Compte tenu des jugements déjà rendus en première instance et en appel, il y aurait lieu d'examiner les infractions retenues et les preuves utilisées, et de se livrer à un examen critique de la procédure suivie dans l'Etat requérant.
G. Le 12 mars 2006, le MPC s'est adressé au Procureur russe en rappelant la teneur des arrêts rendus par le Tribunal fédéral, demandant une synthèse de l'affaire Yukos et des personnes impliquées, et produisant la liste de questions suivantes. S'agissant d'Apatit: 1° Quelles sont les personnes poursuivies et les charges retenues? 2° Quelles sont les personnes condamnées à part Khodorkovski et Lebedev, et pour quelles infractions? 3° Quels éléments démontrent la nécessité d'obtenir de la documentation de la Suisse? 4° Quelles sont les personnes physiques et morales visées par les demandes de séquestre, et pour quel motif? 5° Des procédures de confiscation sont-elles en cours en Russie, et quels documents sont requis de la Suisse à ce sujet? 6° A quelles conditions le versement d'un dividende est-il décidé dans les sociétés russes telles qu'OAO Apatit? 7° Les actionnaires disposent-ils d'une prétention inconditionnelle à une participation aux bénéfices? 8° Quels effets ont eu les agissements décrits sur les sociétés lésées? 9° L'acquisition de 20% des actions d'Apatit a-t-elle été retenue à la charge de Khodorkovski et Lebedev dans le jugement définitif? D'autres personnes sont-elles concernées? Quel était l'intérêt de cette acquisition pour les inculpés qui semblaient contrôler déjà 80% de cette société? 10° Pour quelle période la pratique des prix inférieurs a-t-elle été retenue? 11° Y a-t-il des soupçons ou des condamnations portant sur des escroqueries fiscales, et quels sont les mécanismes de ces infractions? S'agissant de l'affaire Yukos, des questions similaires étaient posées. Le MPC demandait aussi des renseignements sur l'actualité des demandes d'entraide sur le vu des renseignements déjà en possession du Parquet russe, de la condamnation de Khodorkovski et Lebedev; l'identité des autres personnes poursuivies était notamment demandée. Enfin, le Parquet russe était invité à fournir toutes informations disponibles à propos des violations alléguées des droits de l'homme dans la procédure pénale.
Le 4 juillet 2006, le Parquet de la Fédération de Russie a apporté en substance les réponses suivantes: des poursuites étaient en cours contre les dénommés Gorbachev et Brudno, pour appropriation à grande échelle; Brudno s'occupait de la livraison de l'apatite aux clients finaux, alors que Gorbachev s'occupait de dissimuler le produit de l'infraction. L'entraide judiciaire avait été accordée par d'autres Etats, en dépit des réserves émises quant à la procédure en Russie. L'autorité requérante réfutait les griefs relatifs au déroulement de cette procédure.
Les 13 juillet et 24 août 2006, le MPC s'est encore adressé à l'autorité requérante. Il se référait à une rencontre qui avait eu lieu à Moscou du 17 au 19 mai 2006, et demandait des précisions sur le montant du dommage; il était indispensable d'apporter une réponse à l'intégralité des questions posées le 12 mars 2006.
Le 12 septembre 2006, le Procureur russe a fait parvenir sa réponse, point par point, aux questions du MPC. Il revenait sur les conditions d'acquisition des actions OAO Apatit par Goloubovitch et Tchernychova, et sur les détournements commis par Brudno au détriment du groupe Yukos. Dans l'affaire Apatit, Gorbachev, actuellement en fuite, était encore inculpé. L'ensemble des personnes et sociétés visées par la demande d'entraide était mentionné, en particulier les filiales du groupe Menatep, utilisées pour recycler les fonds. La possibilité de saisir le produit des infractions était évoquée. Le versement de dividendes de la société Apatit était décidé à la majorité des actionnaires, ce qui aurait privé les actionnaires minoritaires d'une part des bénéfices, et aurait empêché la société de réinvestir ou d'augmenter son capital. Khodorkovski et Lebedev avaient bénéficié de la prescription s'agissant de l'acquisition des 20% d'actions Apatit, mais l'instruction se poursuivait sur ce point à l'égard de Tchernychova et Goloubovitch, car le délai de prescription ne courait pas tant que les inculpés étaient en fuite. Aucune infraction fiscale n'avait été retenue dans l'affaire Apatit. Par jugement du 16 mai 2005, le Tribunal du district de Meschansky (Moscou) avait condamné Khodorkovski et Lebedev à 9 ans de prison, et Krainov à 5 ans de prison. Les peines avaient été réduites à 8 ans, respectivement 4 ans et 6 mois de détention, sur appel, par le Tribunal de Moscou. S'agissant de l'affaire Yukos, l'autorité précisait également les personnes visées; des sociétés-écran étaient intervenues pour falsifier les documents sur les transactions et récolter le produit des ventes de pétrole, privant les sociétés d'extraction de leur profit. Des escroqueries fiscales avaient été commises. Les demandes d'entraide étaient toujours d'actualité, dans le cadre de la poursuite des actes de blanchiment ainsi qu'à l'encontre de Goloubovitch, Tchernychova, Brudno et d'autres personnes. L'autorité requérante s'est enfin exprimée sur les appréciations émises à l'égard de la procédure en Russie, et a précisé que le montant total du préjudice financier s'élevait à plus de 8 milliards de dollars.
H. Le 21 décembre 2006, le MPC a rendu une nouvelle ordonnance de clôture partielle portant sur les documents d'ouverture du compte détenu par Mikhail Khodorkovski auprès de la banque D._ de Zurich, ainsi que les extraits, l'historique client et des justificatifs. Dans ses compléments des 4 juillet et 12 septembre 2006, l'autorité requérante distinguait clairement les affaires Apatit et Yukos. Selon le jugement du Tribunal de Meschansky du 16 mai 2005, Khodorkovski et Lebedev avaient été condamnés pour escroquerie, abus de confiance et fraude, ainsi que pour inexécution d'un jugement en rapport avec le commerce d'apatite; s'agissant de l'affaire Yukos, les mêmes accusés avaient été condamnés pour escroquerie fiscale (pour des avantages et des remboursements fiscaux indus obtenus entre 1998 et 2000), et pour s'être approprié les bénéfices de la revente de produits pétroliers au préjudice du groupe Yukos. Ce jugement a été en partie confirmé sur appel, à l'exception de l'accusation concernant l'acquisition des actions Apatit et l'inexécution d'un jugement de restitution des actions. Les faits concernant la vente d'apatite étaient prescrits pour les années 1997-1999, et l'application de l'<ref-law>/R a été écartée pour le surplus. Les accusations de nature fiscale et d'escroquerie avaient été confirmées en relation avec l'affaire Yukos. Sous l'angle de la double incrimination, les faits décrits constituaient, en droit suisse, des actes de gestion déloyale, d'abus de confiance et d'escroquerie, Apatit et ses actionnaires ayant été privés de 6 milliards de roubles de revenus en raison des agissements de Khodorkovski et de Lebedev. Le blanchiment d'argent pouvait aussi être retenu en raison de la structure financière mise en place pour faire transiter les fonds. L'escroquerie fiscale était réalisée par le fait que les sociétés suisses au bénéfice de la pratique 50/50 (jugée ultérieurement comme une pratique fiscale dommageable) avaient omis de remettre les bénéfices imposables aux sociétés russes.
Les objections concernant la régularité de la procédure pénale (appréciation des preuves, mesures de détention, droits de la défense) avaient été rejetées par la Cour d'appel de Moscou; l'autorité requérante s'était aussi exprimée à ce sujet dans ses compléments. Les 25 novembre 2004 et 18 mai 2006, la CourEDH s'était prononcée sur l'admissibilité de la plainte formée par Lebedev. Les griefs relatifs à la détention ont été jugés manifestement mal fondés, à l'exception de la période du 31 mars au 6 avril 2004 pour laquelle le requérant alléguait l'absence d'une décision judiciaire. La plainte a également été déclarée admissible en tant qu'elle portait sur différentes auditions (absence des avocats, absence de citation, temps excessif pour statuer sur la prolongation de la détention), sur un refus de visite opposé à un avocat. Le reste de la requête (état de santé et soins médicaux au détenu, motivation des décisions de détention, impartialité du tribunal d'appel contre la détention) avait été déclaré inadmissible. Les griefs relatif à l'art. 6 CEDH ont été jugés prématurés puisque le procès était alors toujours en cours. Quant aux requêtes déposées par Khodorkovski, elles étaient soumises à des restrictions de communication en raison des règles applicables devant la CourEDH. En définitive, un bon nombre des défauts dénoncés n'avaient donc pas été confirmés par la CourEDH. Les griefs relatifs aux perquisitions, saisies ou mises sur écoute des avocats n'avaient pas été soulevés en cassation. Les réserves émises par l'Assemblée du Conseil de l'Europe se trouvaient ainsi contredites. Les irrégularités avérées n'avaient pas une gravité suffisante pour conduire au refus de l'entraide judiciaire. L'existence d'un motif politique à la base de la procédure pénale n'était pas non plus démontrée. Les autres infractions fiscales retenues avaient un caractère pénal.
Sous l'angle de la proportionnalité, l'implication des sociétés suisses actives dans le domaine de l'apatite était confirmée, de même que l'implication de Khodorkovski et de Lebedev. Interpellée par le MPC, l'autorité requérante avait persisté dans sa demande, indiquant que la procédure se poursuivait notamment contre le dénommé Gorbachev; la documentation recueillie en Suisse devait permettre de définir le montant du préjudice et de développer l'instruction en matière de blanchiment: la condamnation était limitée à l'année 2002 alors que les plus importants transferts avaient été réalisés en 2003. Les investigations concernant les ventes de produits pétroliers nécessitaient également la documentation saisie en Suisse.
Le compte de Khodorkovski avait été ouvert en 1997, au moment de l'acquisition de B._ par Menatep et en même temps que d'autres comptes ouvert par les autres bénéficiaires de Menatep, gérés de manière identique et apparemment coordonnée, et clôturés à l'époque de l'arrestation de Khodorkovski et de Lebedev. Même si l'intéressé avait reçu l'autorisation de la Banque centrale de la Fédération de Russie pour disposer d'un tel compte, il n'expliquait pas la provenance des fonds. L'utilité potentielle de la documentation bancaire était ainsi démontrée.
I. Par acte du 26 janvier 2007, Mikhail Khodorkovski forme un recours de droit administratif contre la décision de clôture. Il demande préalablement la suspension de la procédure jusqu'à droit jugé par la CourEDH sur les requêtes n° 5829/04 et 11082/06. Principalement, il conclut à l'irrecevabilité de la demande d'entraide du 15 août 2003 et de ses compléments et à l'annulation de la décision de clôture du 21 décembre 2006.
Le MPC conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la justice conclut de même, en relevant notamment que la décision attaquée tient compte des renseignements disponibles s'agissant des procédures pendantes devant la CourEDH. La suspension de la cause irait à l'encontre de l'obligation de célérité (<ref-law>), ce d'autant qu'il ne s'agirait en l'occurrence que de transmission de renseignements et que, selon un contact informel avec les organes de Strasbourg, une décision ne serait pas attendue avant fin 2008.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Conformément aux <ref-law> et 110b EIMP, les procédures de recours contre des décisions rendues, comme en l'espèce, avant l'entrée en vigueur de la nouvelle réglementation sont soumises à l'ancien droit.
1.1 Le recours de droit administratif est interjeté en temps utile contre une décision prise par l'autorité fédérale d'exécution, relative à la clôture partielle de la procédure d'entraide judiciaire (art. 80g al. 1 de la loi fédérale sur l'entraide internationale en matière pénale - EIMP, RS 351.1).
1.2 Le recourant a qualité pour recourir dans la mesure où la décision attaquée ordonne la transmission de renseignements relatifs à un compte bancaire dont il est titulaire (<ref-law>).
1.3 Il n'y a pas lieu de donner suite à la requête de suspension. En effet, sur le vu des informations fournies par l'OFJ, une décision ne doit pas être attendue de la part de la CourEDH dans un proche avenir, de sorte qu'une suspension porterait une atteinte manifeste au principe de célérité (<ref-law>). En outre, il peut être statué sur le présent recours au vu des pièces du dossier, indépendamment du sort des démarches intentées auprès des organes de Strasbourg.
2. Sur le fond, le recourant reprend les motifs qui ont conduit à l'annulation des premières ordonnances de clôture. Il soutient que les procédures dont il est l'objet seraient en réalité motivées par des raisons politiques et économiques: le recourant se prétend poursuivi en raison de sa qualité d'"oligarche", considéré comme une menace pour le pouvoir en place en Russie, et en raison d'une politique de reprise par l'Etat du contrôle des ressources énergétiques du pays. Tel aurait déjà été le cas dans l'affaire Gusinskiy. Le Procureur russe aurait agi sur l'ordre du Président russe lui-même, après avoir dans un premier temps classé l'affaire. Le caractère discriminatoire de la procédure aurait conduit au rejet, par les autorités britanniques et du Liechtenstein, de demandes russes d'entraide et d'extradition. L'absence d'indépendance des juges serait particulièrement évidente dans le procès dirigé contre Khodorkovski et Lebedev, au cours duquel les droits de la défense auraient été systématiquement bafoués.
2.1 Dans son arrêt du 4 janvier 2006, le Tribunal fédéral a déjà relevé le contexte particulier dans lequel s'inscrivait la demande d'entraide: la complexité des faits, présentés dans une certaine confusion, les soupçons d'ordre fiscal fréquemment évoqués et les réserves émises dans le cadre du Conseil de l'Europe à propos des poursuites intentées contre les dirigeants du groupe Yukos imposaient à l'autorité suisse de se départir de sa réserve particulière dans l'examen de l'état de fait présenté par l'autorité requérante. Dans sa résolution 1416 (2005), l'Assemblée parlementaire du Conseil de l'Europe avait retenu que les circonstances ayant entouré l'arrestation et l'inculpation des dirigeants de Yukos (soit notamment Khodorkovski et Lebedev) suggéraient fortement qu'elles n'étaient pas en conformité avec le principe de l'Etat de droit et que ces personnes avaient été prises pour cibles par les autorités en violation du principle d'égalité. Cette résolution fait aussi référence à l'arrêt de la CourEDH du 19 mai 2004 dans la cause Gusinskiy, qui fait état d'une instrumentalisation de la procédure pénale à des fins d'intimidation. Cette résolution insistait sur la nécessité de garantir l'indépendance de la justice et le respect des garanties de procédure; elle reposait sur le constat de nombreuses violations des droits de la défense; l'accumulation de ces irrégularités, la dépossession des dirigeants de Yukos par des redressements massifs d'impôts, le soutien financier de Khodorkovski à des groupes d'opposition ainsi que la campagne d'intimidation menée par les organes de l'Etat permettaient de penser que l'action de celui-ci ne se limitait pas à la simple poursuite de la justice pénale, mais incluait des éléments tels que "l'affaiblissement d'un adversaire politique déclaré, l'intimidation d'autres personnes riches et la reprise du contrôle d'actifs économiques stratégiques". Dans son premier arrêt, le Tribunal fédéral a ainsi estimé que la connexité des faits présentés dans la demande d'entraide avec l'affaire Yukos justifiait que l'exposé des faits, ainsi que la procédure ayant abouti à la condamnation des prévenus fassent l'objet d'un "examen critique".
2.2 Les réserves exprimées dans cet arrêt tenaient essentiellement à l'arrière-plan politique de la procédure étrangère. En effet, si les infractions reprochées ne s'inscrivent pas directement dans le cadre de la lutte pour le pouvoir (<ref-law>), la demande d'entraide posait un problème évident sous l'angle de l'art. 2 let. b et c EIMP. Selon ces dispositions, la demande est irrecevable s'il y a lieu d'admettre que la procédure dans l'Etat requérant, apparemment motivée par des délits de droit commun, tend en réalité à poursuivre une personne en raison de ses opinions politiques, de son appartenance à un groupe social déterminé, de sa race, de sa confession ou de sa nationalité, ou lorsque la procédure risque d'aggraver la situation de la personne poursuivie pour l'une de ces raisons.
2.3 L'<ref-law> a pour but d'éviter que la Suisse ne prête son concours, par le biais de l'entraide judiciaire ou de l'extradition, à des procédures qui ne garantiraient pas à la personne poursuivie un standard de protection minimal correspondant à celui offert par le droit des Etats démocratiques, défini en particulier par la CEDH ou le Pacte ONU II, ou qui heurteraient des normes reconnues comme appartenant à l'ordre public international (<ref-ruling> consid. 8a p. 364; <ref-ruling> consid. 6a p. 166/167, 511 consid. 5a p. 517, 595 consid. 5c p. 608; <ref-ruling> consid. 5a p. 142). L'examen des conditions posées par l'<ref-law> implique un jugement de valeur sur les affaires internes de l'Etat requérant, en particulier sur son régime politique, sur ses institutions, sur sa conception des droits fondamentaux et leur respect effectif, et sur l'indépendance et l'impartialité du pouvoir judiciaire (<ref-ruling> consid. 4 p. 326; <ref-ruling> consid. 8a p. 364; <ref-ruling> consid. 6b p. 167, 511 consid. 5b p. 517; <ref-ruling> consid. 4 p. 142). Même s'il est douteux que l'<ref-law> soit directement applicable, comme tel, à l'égard d'un Etat partie à la CEEJ, la jurisprudence considère que les garanties de procédure offertes par la CEDH et le Pacte ONU II appartiennent à l'ordre public international et que la Suisse contreviendrait à ses obligations internationales en collaborant à une procédure pénale présentant un risque de traitement contraire à ces garanties, notamment un traitement discriminatoire (<ref-ruling> consid. 8.1 p. 227 et les arrêts cités; cf. aussi l'arrêt Olaechea Cahuas c/ Espagne du 10 août 2006, par. 59-61 et la référence à l'arrêt Soering c/ Royaume-Uni du 7 juillet 1989, série A n° 161, par. 89-91). Les motifs d'exclusion de la coopération énumérés à l'art. 2 let. a, b et c EIMP, ressortissent également à l'ordre public national, opposable à la coopération régie par le traité (bilatéral ou multilatéral), pour autant que celui-ci le prévoie (<ref-ruling> consid. 2d p. 379/380; <ref-ruling> consid. 2a p. 191; <ref-ruling> consid. 2 p. 176, et les arrêts cités). Or, tel est précisément le cas de l'art. 2 let. b CEEJ (<ref-ruling> consid. 4c p. 327).
2.4 La demande d'entraide doit donc être écartée lorsqu'est rendue vraisemblable l'existence d'un risque sérieux et objectif d'un traitement discriminatoire prohibé (ATF <ref-ruling> consid. 6b p. 167, 511 consid. 5b p. 517; <ref-ruling> consid. 2a p. 377, et les arrêts cités). Dans ce contexte, il ne suffit pas de prétendre que la procédure pénale ouverte à l'étranger s'inscrirait dans le cadre d'un règlement de comptes, tendant à éliminer le recourant de la scène politique (<ref-ruling> consid. 5a p. 85; <ref-ruling> consid. 16c p. 338/339). Il faut au contraire apporter des éléments concrets permettant de supposer qu'il serait poursuivi pour des motifs cachés, ayant trait notamment à ses opinions politiques (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 272).
2.5 De tels motifs existent dans le cas particulier, et les diverses prises de position de l'autorité requérante après les arrêts du mois de janvier 2006 n'apportent aucun démenti crédible sur ce point. La volonté du pouvoir en place en Russie de lutter contre la prééminence des riches oligarches est désormais attestée. Le MPC lui-même n'a pas méconnu cet aspect, puisqu'il relève dans sa décision que la démarche de l'Etat requérant a effectivement pour cadre la lutte contre le contrôle oligarchique résultant des privatisations survenues dans des circonstances obscures. La décision attaquée rappelle également que dans son rapport du 3 juin 2005, la Commission de suivi pour le respect des obligations et engagements des Etats membres du Conseil de l'Europe a salué les efforts déployés par les autorités russes pour lutter contre ces problèmes, tout en rappelant la nécessité d'adopter des solutions conformes aux normes et principes contraignants, juridiquement et politiquement, du Conseil de l'Europe. Dans sa résolution 1523 (2006) du 6 octobre 2006, l'Assemblée parlementaire du Conseil de l'Europe a rappelé ses résolutions et recommandations précédentes, en regrettant que les développements subséquents aient démontré tant le bien-fondé des critiques émises que leur absence de prises en compte par les autorités russes compétentes (n° 21).
Il n'appartient certes pas à l'autorité suisse d'entraide de se prononcer sur la légitimité des réformes entreprises dans l'Etat requérant. Toutefois, la collaboration doit être refusée lorsqu'il apparaît que la procédure pénale pour laquelle elle est requise présente un tel arrière-plan politique.
3. Le caractère politique et discriminatoire de la procédure suivie en Russie se trouve encore renforcé par les violations des garanties relatives aux droits de l'homme et de la défense qui ont apparemment été commises tout au long de la procédure, ainsi que par l'exposé des faits, qui demeure obscur en dépit même des jugements définitifs rendus dans l'Etat requérant.
3.1 Selon le rapport 2006 d'Amnesty International, l'instruction et le procès de Khodorkovski et Lebedev ont été entachés de diverses atteintes aux normes d'équité. Nombre d'observateurs estimaient que ce procès avait été avant tout politique. Cette affaire avait mis en évidence les graves problèmes que connaissait la justice russe: manque d'indépendance du pouvoir judiciaire, contacts limités entre les accusés et leurs avocats, mauvaises conditions de détention et recours à la torture ou aux mauvais traitements pour obtenir des aveux. Selon le rapport 2006 d'Human Rights Watch, Khodorkovski et Lebedev avaient été poursuivis essentiellement parce que le Kremlin les considérait comme une menace politique. International Helsinki Federation for Human Rights relève également, dans son rapport 2006, que le procès Yukos était politiquement motivé.
3.2 Une première requête a été déposée par Lebedev auprès de la CourEDH, concernant son arrestation et les conditions de sa détention préventive uniquement. Dans ses décisions des 25 novembre 2004 et 18 mai 2006, la Cour a considéré les griefs suivants comme recevables: absence de décision judiciaire relative à la période de détention du 31 mars au 6 avril 2004; absence de publicité des audiences du Tribunal de Basmanyi des 3 juillet et 26 décembre 2003; empêchement des avocats de participer à l'audience du 3 juillet 2003; examen tardif des recours formés contre les décisions des 23 décembre 2003 et 6 avril 2004; non-convocation à l'audience du 8 juin 2004; les griefs relatifs à l'équité du procès dans son ensemble ont été jugés prématurés, et ceux qui concernaient le harcèlement financier subi par Yukos ont été écartés pour défaut de légitimation. Cela étant, les griefs déclarés recevables apparaissent suffisamment nombreux, et ne portent pas sur des aspects accessoires de la procédure. L'on ne saurait donc considérer, comme l'a fait le MPC, que les dénonciations sur la nature discriminatoire de la procédure auraient été "mises à mal" par les décisions de la CourEDH.
3.3 D'autres requêtes, portant sur le procès lui-même, ont été formées par Khodorkovski et Lebedev. Ceux-ci s'y plaignent du manque de temps pour préparer leur défense, tant en première instance qu'en appel, des entraves à la communication avec leurs avocats, d'avoir comparu au procès en étant maintenus enfermés dans une cage, d'avoir été jugés par un Tribunal incompétent, de n'avoir pu interroger les experts et témoins de l'accusation, de n'avoir pu produire différents avis à décharge, d'avoir subi divers procédés déloyaux de la part de l'accusation, non sanctionnés par le tribunal; sont aussi invoqués les principes de légalité, de non-rétroactivité de la loi pénale et de non-discrimination. Ces requêtes n'ont pas été examinées, et ne le seront vraisemblablement pas avant plusieurs années. Interpellée par le MPC, l'autorité requérante a pour sa part estimé prématuré de s'exprimer à ce sujet. Cela étant, l'examen critique auquel le MPC était enjoint de procéder ne pouvait se fonder uniquement sur les réfutations de l'autorité requérante.
3.4 Aux griefs concernant la procédure proprement dite s'ajoutent les réserves concernant les conditions d'exécution de la peine. Khodorkovski et Lebedev ont en effet été envoyés dans des camps de prisonniers situés en Sibérie, alors que, selon le droit russe, le lieu de détention devrait se trouver à proximité du lieu de résidence ou de l'endroit où le procès s'est tenu. Ce choix du lieu de détention, dénué de motivation objective, ne peut être compris que comme une mesure d'éloignement (cf. la résolution du Parlement européen P6_TA(2006) 0270 du 15 juin 2006, relative au sommet UE-Russie du 25 mai 2006).
3.5 S'agissant des faits invoqués à l'appui de la demande d'entraide, force est d'admettre que même après le prononcé et la confirmation de la condamnation, et après avoir bénéficié de nombreuses occasions de préciser sa démarche, l'autorité requérante n'a pas été en mesure d'apporter les précisions exigées dans l'arrêt du Tribunal fédéral du 6 janvier 2006.
La prise de position du 4 juillet 2006 n'apporte que des réponses éparses et évasives aux questions posées par le MPC. Pour l'essentiel, l'autorité requérante y reprend largement ses précédents exposés. Le MPC a alors adressé à l'autorité requérante un catalogue de questions précises en insistant sur la nécessité de réponses exhaustives. Or, il apparaît que les réponses apportées par l'autorité requérante ne sont toujours pas satisfaisantes.
Ainsi, à la question de savoir si la société OAO Apatit ou ses actionnaires avaient pâti des détournements reprochés aux accusés, l'autorité requérante n'a pas fourni de réponse; elle explique - comme précédemment - que les actionnaires ont été frustrés d'un dividende, et la société privée de bénéfices qui auraient pu être réinvestis, sans apporter aucun élément permettant d'affirmer l'existence d'un droit à la distribution de dividendes; la décision à ce sujet était prise par la majorité des actionnaires, soit les inculpés, et on ignore toujours, par ailleurs, si la société OAO Apatit s'est trouvée en difficulté en raison des détournements allégués. S'agissant des personnes qui feraient encore l'objet d'une procédure pénale, l'autorité requérante mentionne Tchernychova et Goloubovitch (s'agissant de l'acquisition en 1994 de 20% des actions Apatit), alors que l'extradition de ces deux personnes a été refusée par le Royaume-Uni et l'Italie. L'autorité requérante mentionne aussi Brudno et Gorbachev, puis se limite à ce dernier, sans préciser que celui-ci s'est réfugié au Royaume-Uni et que son extradition a également été refusée en raison des motifs politiques de la procédure. L'autorité requérante prétend vouloir disposer des renseignements provenant de la Suisse pour établir le montant du dommage, mais il ressort du jugement rendu en Russie que ce montant a été considéré comme établi sur la base d'éléments de preuve jugés suffisants. S'agissant enfin du sort des avoirs séquestrés en Suisse, l'autorité requérante ne fournit aucune indication; elle ne mentionne ni procédure de confiscation (les condamnations déjà prononcées ne sont pas assorties d'une telle mesure en rapport avec le commerce d'apatite) ni procès civil, et précise que la législation russe ne prévoit pas de procédure de confiscation.
Les indications fournies ne répondent que très incomplètement aux questions, pourtant détaillées, formulées par le MPC. Elles ne permettent pas de lever les incertitudes relevées dans les arrêts du mois de janvier 2006.
4. L'ensemble de ces éléments corrobore clairement le soupçon selon lequel la procédure pénale serait en l'occurrence instrumentalisée par le pouvoir en place, dans le but de mettre au pas la classe des riches "oligarches" et d'écarter des adversaires politiques potentiels ou déclarés. Il s'ensuit que l'entraide judiciaire ne peut être accordée, conformément à l'<ref-law>, sans qu'il y ait à s'interroger sur les autres conditions d'octroi (double incrimination, proportionnalité, infractions fiscales), et sur les divers autres griefs soulevés.
5. Le recours de droit administratif est par conséquent admis, et la décision de clôture du 21 décembre 2006 est annulée. L'entraide judiciaire, selon la demande du 15 août 2003 et ses compléments, est refusée en ce qui concerne le recourant. Celui-ci a droit à l'allocation de dépens, mis à la charge du MPC (art. 159 OJ). Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire (art. 156 al. 2 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et la décision de clôture partielle du 21 décembre 2006 est annulée. L'entraide judiciaire est refusée en ce qui concerne le recourant.
2. Une indemnité de dépens de 4000 fr. est allouée au recourant, à la charge du MPC.
3. Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires du recourant et au Ministère public de la Confédération ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice (B 144 708).
Lausanne, le 13 août 2007
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: