Sachverhalt:
A. Das Strafgericht Basel-Landschaft verurteilte X._ und Y._ am 22. November 2006 wegen gewerbsmässigen Betrugs, banden- und gewerbsmässiger Geldwäscherei und der Widerhandlung gegen das Bankengesetz zu einer Zuchthausstrafe von 6 1⁄2 bzw. 3 Jahren, unter Anrechnung der erstandenen Untersuchungshaft, sowie zu einer Busse von je Fr. 1'000.--. Zahlreiche, in ausländischen Banken gesperrte, Vermögenswerte wurden eingezogen. Die Beurteilung der Forderungen der Zivilparteien verwies das Strafgericht in ein gesondertes Verfahren in analoger Anwendung von Art. 9 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über die Hilfe an Opfer von Straftaten (OHG; SR 312.5).
Dagegen appellierten sowohl X._ und Y._ als auch das Besondere Untersuchungsrichteramt des Kantons Basel-Landschaft (BUR) an das Kantonsgericht Basel-Landschaft.
B. Am 30. Januar 2008 reichte X._ ein Ausstandsbegehren gegen den Präsidenten der Abteilung Zivil- und Strafrecht des Kantonsgerichts Thomas Bauer ein und beantragte, der auf den 25. Februar 2008 angesetzte Verhandlungstermin sei bis zum Vorliegen eines rechtskräftigen Entscheids und bis zur ordentlichen Besetzung des Kantonsgerichts zu sistieren.
Er machte geltend, anlässlich der Akteneinsicht am 21. Januar 2008 habe er zahlreiche, der Verteidigung bislang vorenthaltene Verfahrens-Anträge von Geschädigten entdeckt, sowie ein Beschlussprotokoll über eine am 9. Januar 2007 stattgefundene "Geheimsitzung" des Präsidenten Thomas Bauer mit dem Präsidenten des Strafgerichts. An dieser Sitzung sei der Ablauf des bisherigen Verfahrens in formeller und materieller Sicht und die gemeinsame Planung des Strafverfahrens vor Kantonsgericht besprochen worden. Aufgrund dieser unerlaubten Kollaboration mit der Vorinstanz sei Präsident Thomas Bauer offensichtlich befangen und müsse in den Ausstand treten.
Gleichentags schloss sich Y._ diesem Ausstandsbegehren an.
Am 15. Februar 2008 wies das Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, die Ausstandsbegehren und das Gesuch um Sistierung des Verhandlungstermins ab.
C. Am 19. Februar 2008 erhob X._ Rechtsverzögerungsbeschwerde beim Bundesgericht. Nachdem ihm der Entscheid über das Ausstandsbegehren am 20. Februar 2008 zugestellt worden war, reichte X._ als "Nachtrag" zur Beschwerde vom 19. Februar 2008 "verfassungsrechtliche Beschwerde" beim Bundesgericht ein mit dem Antrag, der Beschluss des Kantonsgerichts vom 15. Februar 2008 sei aufzuheben. Zudem ersuchte er um die Erteilung der aufschiebenden Wirkung: Das Kantonsgericht sei anzuweisen, die auf den 25. Februar 2008 festgesetzte Verhandlung zu verschieben bis zum Vorliegen des bundesgerichtlichen Entscheids.
Y._ schloss sich mit separatem Schreiben den Anträgen und der Begründung der Beschwerde an.
D. Das BUR und das Eidgenössische Finanzdepartement haben auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Kantonsgericht und Thomas Bauer beantragen die Abweisung der Beschwerde.
In ihrer Replik halten die Beschwerdeführer an ihren Anträgen fest.
E. Mit Verfügung vom 22. Februar 2008 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab.
F. Am 3. März 2008 hiess das Kantonsgericht die Appellation des BUR wie auch der beiden Angeklagten teilweise gut. Es sprach die Angeklagten vom Vorwurf der Widerhandlung gegen das Bankengesetz zufolge Verjährung frei; die X._ auferlegte Busse wurde von Fr. 1000.-- auf Fr. 10'000.-- erhöht. Der Entscheid des Strafgerichts, die Forderungen der Zivilparteien in einem gesonderten Verfahren zu beurteilen, wurde aufgehoben und das Strafgericht angewiesen, die zu Gunsten der geschädigten Anleger eingezogenen Vermögenswerte der Eidgenössischen Bankenkommission zur Verfügung zu halten. Im Übrigen wurde das Urteil des Strafgerichts bestätigt.

Erwägungen:
1. Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Beschluss des Kantonsgerichts ist im Rahmen eines Strafverfahrens ergangen. Demnach fällt für die Anfechtung vor Bundesgericht die Beschwerde in Strafsachen gemäss <ref-law> in Betracht. Gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über Ausstandsbegehren ist die Beschwerde nach <ref-law> zulässig. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde (als Beschwerde in Strafsachen) einzutreten. Auszugehen ist dabei von den im "Nachtrag" vom 21. Februar 2008 enthaltenen aktualisierten Anträgen.
2. Das Kantonsgericht bestätigte in seinem Entscheid, dass sich der Präsident und der Gerichtsschreiber des Kantonsgerichts am 9. Januar 2007 mit dem Präsidenten und der Gerichtsschreiberin des Strafgerichts zu einer Informationssitzung im Fall "Bank Z._" getroffen haben, zu einem Zeitpunkt, als das Strafgericht die beiden Angeklagten (mit Urteil vom 22. November 2006) bereits verurteilt hatte und die Appellationen beim Kantonsgericht bereits anhängig gemacht worden waren (am 23. bzw. 24. November 2006), die schriftliche Urteilsbegründung jedoch noch nicht vorlag. Themen der Sitzung seien gemäss Beschlussprotokoll vom 9. Januar 2007 u.a. der "Ablauf des bisherigen Verfahrens in formeller und materieller Hinsicht" sowie die "Planung des Strafverfahrens vor dem Kantonsgericht" gewesen.
Gestützt auf die Vernehmlassung des Kantonsgerichtspräsidenten ging das Kantonsgericht davon aus, dass die Sitzung der logistischen Planung des Appellationsverfahrens gedient habe. Beim Fall "Bank Z._" handle es sich um den bisher grössten Straffall im Kanton Basel-Landschaft, mit einem Aktenumfang von über 260 Bundesordnern und einer angeklagten Schadensumme von ca. Fr. 80 Mio. Dazu kämen Besonderheiten wie beispielsweise die durch das Strafgericht vorgenommene Aufteilung des Verfahrens in ein Straf- und ein daran anschliessendes Verteilverfahren. Diese Besonderheiten und die bereits sehr lange Verfahrensdauer von ca. sieben Jahren hätten dazu geführt, dass das Kantonsgericht möglichst frühzeitig mit der Planung des Appellationsverfahrens beginnen wollte.
Zu diesem Zweck habe eine Koordination mit dem Strafgericht hinsichtlich der Fragen stattgefunden, bis wann mit dem Vorliegen des schriftlichen Urteils zu rechnen sei, wie die umfangreichen Akten zusammengesetzt seien, wann und wie die insgesamt über 260 Bundesordner vom Strafgericht zum Kantonsgericht zu transportieren seien, und welcher Teil der Akten beim Strafgericht für das vorgesehene Verteilverfahren verbleibe. Zudem habe ein Erfahrungsaustausch über die rechtzeitige Personalplanung auf den verschiedenen Ebenen (Präsidium, Richter, Gerichtsschreiber, Kanzlei) inklusive Aufstockung des Personalbestandes, Zeitplanung sowie Anzahl der Zivilkläger und Umfang der Zivilansprüche stattgefunden.
Unter dem Stichwort "Planung des Strafverfahrens vor dem Kantonsgericht" sei somit lediglich besprochen worden, welche organisatorischen Vorkehrungen, insbesondere auch unter Beachtung des Beschleunigungsgebots, für einen Fall dieser Grössenordnung zu treffen seien. Es gebe keine konkreten Hinweise, die objektiv den Anschein aufkommen liessen, dass irgendwelche Absprachen oder Beeinflussungen erfolgt seien.
Unter dem Stichwort "Ablauf des bisherigen Verfahrens in materieller Hinsicht" habe das Strafgericht den Kantonsgerichtspräsidenten über die Urteilsmotivation und die vorgesehene Aufteilung des Verfahrens in ein Strafverfahren und ein Verteilverfahren informiert, was in dieser Form ein Novum für den Kanton Basel-Landschaft dargestellt habe. Diese Informationen hätten der mündlichen Eröffnung des Urteils vor der Vorinstanz entsprochen bzw. die schriftlichen Urteilserwägungen zeitlich gesehen vorweggenommen. Es seien keine Informationen weitergegeben worden, die sich nicht auch im schriftlichen Urteil des Strafgerichts wiedergefunden hätten. Insofern habe die Information keinen Nachteil für die Appellanten und keine Beeinflussung des Kantonsgerichtspräsidenten bedeutet.
Insgesamt ging das Kantonsgericht davon aus, dass zu wenige objektivierbare Tatsachen vorlägen, die bei einem Aussenstehenden den Verdacht der Befangenheit entstehen lassen könnten und den Kantonsgerichtspräsidenten im Appellationsverfahren als voreingenommen erscheinen liessen.
3. Dagegen machen die Beschwerdeführer geltend, die Akten des Strafverfahrens hätten sich im Verwaltungsgebäude Gutsmatte, Rheinstrasse 27, befunden, wo auch die Appellationsverhandlung stattfinden sollte, weshalb kein Bedarf für logistische Planungen bestanden habe, schon gar nicht unter Mitwirkung des Präsidenten der Vorinstanz.
Die Geheimsitzung beider Präsidenten und ihrer Gerichtsschreiber habe laut Beschlussprotokoll 3 Stunden gedauert und die Themen "Ablauf des bisherigen Verfahrens in formeller und materieller Hinsicht" und "Planung des Strafverfahrens vor Kantonsgericht" umfasst; als Ergebnis sei die Überstellung der Akten "ohne Anlegerakten" beschlossen worden. Es sei rechtsstaatlich inakzeptabel, dass sich die Präsidenten hierarchisch getrennter Instanzen mit ihren Gerichtsschreibern im stillen Kämmerlein zusammensetzen und gemeinsam den Ablauf des bisherigen Verfahrens in formeller und materieller Hinsicht besprechen, unter Ausschluss der Verteidigung.
Die Beschwerdeführer rügen weiter, der an dieser Sitzung gemeinsam beschlossene Ablauf des Appellationsverfahrens ohne die Geschädigten-Akten und der darin enthaltenen entlastenden Aussagen sei eine massive Einschränkung der Verteidigungsrechte. Die Beschwerdeführer vermuten, dass der Präsident des Kantonsgerichts sich durch die willkürliche Aktenreduktion eine Verfahrensvereinfachung versprochen habe, während der Präsident des Strafgerichts an der Bestätigung des appellierten Urteils interessiert gewesen sei. Zudem liege der Verdacht nahe, dass die Vorinstanz die Gelegenheit genutzt habe, aufgrund der vertraulichen Besprechung Teile der Urteilsbegründung vor deren schriftlichen Verfassung anzupassen.
Dieses Vorgehen verletze den Anspruch der Angeklagten auf ein faires Strafverfahren und erzwinge den Ausstand des Kantonsgerichtspräsidenten.
4. Nach <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK hat jede Person Anspruch darauf, dass ihre Strafsache von einem unbefangenen, unvoreingenommenen und unparteiischen Richter beurteilt wird. Es soll garantiert werden, dass keine sachfremden Umstände, welche ausserhalb des Prozesses liegen, in sachwidriger Weise zugunsten oder zulasten einer Partei auf das Urteil einwirken. <ref-law> soll zu der für einen korrekten und fairen Prozess erforderlichen Offenheit des Verfahrens im Einzelfall beitragen und damit ein gerechtes Urteil ermöglichen (<ref-ruling> E. 3c S. 55).
Die Garantie des verfassungsmässigen Richters wird verletzt, wenn bei objektiver Betrachtung Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit oder die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Voreingenommenheit und Befangenheit in diesem Sinne werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn sich im Einzelfall anhand aller tatsächlichen und verfahrensrechtlichen Gegebenheiten Umstände ergeben, die bei objektiver Betrachtung geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters zu erwecken (<ref-ruling> E. 1.1. S. 25, 113 E. 3.4 S. 116; je mit Hinweisen).
5. Im Entscheid 1P.473/2000 vom 20. Oktober 2000 hatte das Bundesgericht einen Fall zu beurteilen, in dem Gerichtspräsidenten, Polizeibeamten, Untersuchungsrichter, Staatsanwälte und Kantonsrichter an einer Konferenz ein laufendes Strafverfahren besprochen und dazu Beschlüsse gefasst hatten. Das Bundesgericht entschied damals, dieses Vorgehen widerspreche grundlegenden rechtsstaatlichen Prinzipien und laufe auf eine Absprache zwischen einander über- und untergeordneten Strafverfolgungsbehörden hinaus, die einen effektiven Rechtsschutz für die Beschuldigten nicht mehr gewährleiste (E. 3a). Es befand damals, dass alle Teilnehmer der Konferenz objektiv als befangen erschienen und in den Ausstand treten müssten.
Im Verfahren 1P.466/2000 hatte der Beschwerdeführer geltend gemacht, die Unterbringung des Kantonsgerichts und des Gerichts erster Instanz im selben Gerichtsgebäude könne zu einer unzulässigen Beeinflussung der Richter der unteren durch die obere Instanz und umgekehrt führen, was dem Anspruch auf einen unabhängigen und unparteilichen Richter widerspreche. Das Bundesgericht trat auf die Beschwerde nicht ein, weil sie keinen Zusammenhang mit dem Anfechtungsobjekt - der Richterwahl - aufwies und der Beschwerdeführer nicht legitimiert war. Es hielt aber in den Erwägungen fest, dass jede Partei eines Verfahrens vor diesen Gerichten die Möglichkeit habe, aus den vom Beschwerdeführer genannten Gründen ein Ausstandsgesuch zu stellen (Entscheid vom 21. September 2000, E. 1d).
6. Der vorliegende Fall unterscheidet sich vom Fall 1P.473/2000 insofern, als keine für die Teilnehmer verbindlichen Beschlüsse über das hängige Straf- bzw. Appellationsverfahren getroffen wurden. Vereinbart wurden einzig Zeitpunkt und Umfang der Aktenübermittlung an das Kantonsgericht (vgl. Beschlussprotokoll, Ziff. 2). Der Zusatz "ohne Anlegerakten" bedeutete dabei (entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer) keinen endgültigen Ausschluss der Geschädigten-Akten vom Appellationsverfahren, konnte doch die Verteidigung in diese Akten Einsicht nehmen und deren Beizug zum Verfahren beantragen (vgl. dazu unten, E. 7).
Gewisse Bedenken im Hinblick auf die Unvoreingenommenheit der Teilnehmer könnte allerdings der Umstand erwecken, dass sich Präsidenten und Gerichtsschreiber einer unter- und einer übergeordneten Gerichtsinstanz über ein laufendes Strafverfahren unterhielten, ausserhalb der hierfür vorgesehenen Verfahren (schriftliche Urteilsbegründung, Vernehmlassung der Vorinstanz), ohne die Parteien hierüber zu informieren und ihnen Gelegenheit zur Äusserung zu geben.
Der Präsident des Kantonsgerichts hat jedoch glaubhaft dargelegt, dass die Sitzung einzig dem Zweck diente, das Appellationsverfahren umsichtig und rechtzeitig zu planen und eine übermässige Verfahrensdauer zu verhindern. Weder der Präsident des Strafgerichts noch die Gerichtsschreiber hätten auch nur ansatzweise versucht, Einfluss auf das Appellationsverfahren zu nehmen. Es habe auch keinerlei Einflussnahme auf die schriftliche Motivation des mündlich eröffneten Urteils des Strafgerichts stattgefunden; dafür hätte allein schon die Kenntnis der Sach- und Rechtslage gefehlt.
Das vom Präsidenten verfolgte Ziel - die Beschleunigung des bereits seit mehr als sieben Jahren hängigen Verfahrens - war anerkennenswert und lag auch im Interesse der Beschwerdeführer. Den Richtern der Appellationsinstanz musste genug Zeit zur Verfügung stehen, um sich in die umfangreichen Akten (über 260 Bundesordner) und die komplexe Materie einzuarbeiten. Insofern ist es verständlich, dass der Kantonsgerichtspräsident die Planung frühzeitig an die Hand nehmen wollte und sich zu diesem Zweck ein Bild von den sich stellenden materiell- und verfahrensrechtlichen Fragen verschaffte. Es gibt keinerlei Anhaltspunkte dafür, dass die Sitzung anderen als logistischen Zwecken gedient hätte.
Für die Beurteilung des vorliegenden Falles ist von entscheidender Bedeutung, dass das Urteil des Strafgerichts im Zeitpunkt der umstrittenen Sitzung vom 9. Januar 2007 bereits publikums- und damit presseöffentlich verkündet und vor allem mündlich begründet worden war. Damit war die von den Beschwerdeführern befürchtete Beeinflussung der Urteilsmotivation nicht mehr möglich.
Wichtig ist zudem, dass die beteiligten Behörden ihr Vorgehen dokumentierten und damit transparent machten. Neben den beiden Präsidenten waren auch die jeweiligen Gerichtsschreiber anwesend. Diese fertigten ein Protokoll an, in dem die Anwesenden, die Dauer der Sitzung, die besprochenen Themen und das Ergebnis schriftlich festgehalten wurden. Dieses Protokoll wurde in die Akten gelegt, wo die Beschwerdeführer es jederzeit einsehen konnten und auch eingesehen haben. Insofern erweist sich auch der Vorwurf der Beschwerdeführer, es habe sich um eine "Geheimsitzung" gehandelt, als unberechtigt.
Unter Berücksichtigung aller dieser Umstände liegt objektiv kein Anschein der Befangenheit vor, der den Ausstand des Kantonsgerichtspräsidenten erfordern würde.
7. Die Beschwerdeführer erheben weitere Rügen im Zusammenhang mit den nachträglich entdeckten Geschädigten-Eingaben. In diesem Zusammenhang ist nicht zu prüfen, ob diese Eingaben vom Kantonsgericht formell und materiell richtig behandelt wurden, sondern lediglich, ob sich daraus ein Ausstandsgrund für den Präsidenten des Kantonsgerichts ergibt. Das ist zu verneinen.
Aufgrund der vom Strafgericht vorgenommenen Aufteilung des Verfahrens in ein Straf- und ein anschliessendes Verteilverfahren war das Kantonsgericht nicht mit den Zivilforderungen der Geschädigten befasst, sondern musste nur über die grundsätzliche Zulässigkeit einer solchen Aufteilung entscheiden. Insofern ist es nachvollziehbar, dass es die bereits in erster Instanz gestellten Geschädigten-Anträge beim Strafgericht beliess und die neu eingehenden Anträge zur Bearbeitung an das Strafgericht überwies. Dabei wurden versehentlich auch Anträge ans Strafgericht geschickt, in denen Geschädigte die Zulassung zum Appellationsverfahren beantragt hatten. Dieses Versehen wurde jedoch behoben und die Anträge mit Verfügung vom 9. Januar 2008 abgewiesen.
Im Januar 2008 wurde den Beschwerdeführern Einsicht in sämtliche Geschädigten-Akten gewährt. Die Verteidigung hatte daher die Möglichkeit, im Appellationsverfahren den Beizug dieser Akten zu beantragen, darin enthaltene entlastende Aussagen zu verwerten und allfällige Verfahrensmängel im Zusammenhang mit den Geschädigten-Anträgen zu rügen.
Der Inhalt dieser Anträge war den Beschwerdeführern ohnehin bekannt, hatte doch X._ die Kunden der Bank Z._ mit Rundschreiben vom 3. September 2007 aufgefordert, die von ihm vorformulierten Anträge beim Kantonsgericht einzureichen.
8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Eidgenössischen Finanzdepartement, dem Besonderen Untersuchungsrichteramt und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Juni 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber