Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Kulm sprach X._ am 13. Januar 2004 unter anderem der vorsätzlichen Tötung (<ref-law>) schuldig und verurteilte ihn zu 13 Jahren Zuchthaus. Es ordnete eine vollzugsbegleitende ambulante psychotherapeutische Behandlung (Art. 43 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB) an. Auf Berufung der Staatsanwaltschaft hin verfügte das Obergericht des Kantons Aargau am 11. Mai 2005 die Verwahrung des Verurteilten (Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB) und schob zu diesem Zweck den Vollzug der Freiheitsstrafe auf. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil 6S.258/2005 vom 24. September 2005 gut und wies die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurück. Das Obergericht des Kantons Aargau ordnete am 30. November 2006 erneut die Verwahrung von X._ und den Aufschub des Strafvollzugs an. Das Bundesgericht wies die Beschwerde von X._ gegen diesen Entscheid am 30. Mai 2007 ab, soweit es darauf eintrat (Urteil 6P.16/2007).
B. Das Bezirksgericht Kulm bestätigte am 11. Dezember 2007 die ausgesprochene Verwahrung im Sinne von Ziff. 2 Abs. 2 der Schlussbestimmungen des revidierten Strafgesetzbuches (SchlBestStGB) und ordnete deren Weiterführung nach neuem Recht an. X._ gelangte an das Obergericht des Kantons Aargau, welches die Berufung am 17. Dezember 2009 abwies.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 29. Januar 2010 beantragt X._, das Urteil des Obergerichts vom 17. Dezember 2009 aufzuheben und eine stationäre therapeutische Massnahme nach <ref-law> anzuordnen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung und Einholung eines vollständigen psychiatrischen Gutachtens, welches sich speziell zur Behandlungsfähigkeit des Beschwerdeführers, zu den Erfolgsaussichten einer stationären therapeutischen Behandlung und zu den Möglichkeiten des Vollzugs einer solchen Massnahme unter Berücksichtigung der vom Beschwerdeführer ausgehenden Gefahr zu äussern habe, an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer wehrt sich gegen die Weiterführung der altrechtlichen Verwahrung nach neuem Recht.
1.1 Gemäss Ziff. 2 Abs. 2 SchlBestStGB überprüft das Gericht bis spätestens zwölf Monate nach Inkrafttreten des neuen Rechts, ob bei Personen, die nach den Art. 42 oder 43 Ziff. 1 Abs. 2 des bisherigen Rechts verwahrt sind, die Voraussetzungen für eine therapeutische Massnahme (Art. 59-61 oder <ref-law>) erfüllt sind. Trifft dies zu, so ordnet das Gericht die entsprechende Massnahme an. Andernfalls wird die Verwahrung nach neuem Recht weitergeführt.
1.2 Eine stationäre therapeutische Massnahme nach <ref-law> anstelle der Weiterführung einer Verwahrung ist anzuordnen, wenn im Zeitpunkt des Entscheids die hinreichende Wahrscheinlichkeit besteht, dass durch eine solche Massnahme über die Dauer von fünf Jahren die Gefahr von mit der psychischen Störung in Zusammenhang stehenden Straftaten im Sinne von <ref-law> deutlich verringert werden kann. Die bloss vage Möglichkeit einer Verringerung der Gefahr und die Erwartung einer lediglich minimalen Verringerung reichen nicht aus. Eine hinreichende Wahrscheinlichkeit, dass nach einer stationären Behandlung von fünf Jahren auch die Voraussetzungen für eine bedingte Entlassung aus der stationären Massnahme gemäss <ref-law> erfüllt sind, ist hingegen nicht erforderlich. Bei Bedarf besteht die Möglichkeit der (mehrmaligen) Verlängerung der stationären therapeutischen Massnahme nach <ref-law> um jeweils fünf Jahre (zum Ganzen <ref-ruling> E. 3.4.1). Beging der Täter eine Straftat im Sinne von <ref-law> und stellt sich nach Ablauf von fünf Jahren bzw. nach einer weiteren Verlängerung der stationären Massnahme heraus, dass dieser definitiv kein Erfolg beschieden ist, so bleibt die Möglichkeit erhalten, eine Verwahrung anzuordnen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.7).
2. Das Obergericht gab mit Beschluss vom 22. Januar 2009 bei A._ der Psychiatrischen Klinik Königsfelden ein Ergänzungsgutachten zum Gutachten vom 16. Mai 2003 sowie den dazu ergangenen Ergänzungsgutachten in Auftrag. Die Expertin führt im Gutachten vom 31. Juli 2009 zur generellen Therapierbarkeit aus, Persönlichkeitsstörungen seien grundsätzlich schwierig zu behandeln. Erfolgsversprechende Therapiekonzepte seien vorhanden, Zeit und Aufwand seien aber beträchtlich. Die beim Beschwerdeführer diagnostizierte emotional instabile Persönlichkeitsstörung vom erregbaren Typus sei besser behandelbar als eine narzisstische oder dissoziale Störung, aber schwerer zu therapieren als eine selbstunsichere, unreife oder abhängige Persönlichkeitsstörung. Betreffend die individuelle Therapierbarkeit gelangt die Gutachterin zum Schluss, diese sei schwierig zu beurteilen, es könne jedoch nicht von gänzlicher Unbehandelbarkeit gesprochen werden. Eine intensive und jahrelange forensisch-psychiatrische Behandlung wäre schwierig, aber nicht ganz aussichtslos. Aktuell könne man damit rechnen, dass eine stationäre therapeutische Massnahme in einem Zeitraum von mehreren Jahren zu einer gewissen Verringerung der Gefahr weiterer, mit der psychischen Störung des Verurteilten zusammenhängender Straftaten führen würde. Eine deutliche Verringerung dieser Gefahr in weniger als fünf Jahren sei nicht zu erwarten.
Gestützt auf das Gutachten vom 16. Mai 2003 und die Ergänzungsgutachten vom 31. Juli 2006, 2. Oktober 2006 sowie 31. Juli 2009 erkennt die Vorinstanz, dass eine stationäre therapeutische Massnahme anstelle der Verwahrung zurzeit nicht in Betracht komme.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, es fehle an einem rechtsgenüglichen psychiatrischen Gutachten im Sinne von <ref-law>. Beim Gutachten vom 31. Juli 2009 handle es sich nicht um ein eigenständiges Vollgutachten, sondern lediglich um ein Ergänzungsgutachten zum früheren Ergänzungsgutachten vom 31. Juli 2006. Neu sei lediglich ein exploratives Untersuchungsgespräch hinzugekommen. Dieses habe, entgegen den Angaben im Gutachten, maximal 90 Minuten gedauert, was ungenügend sei. Auch liege keine vollständige Dokumentation dieses Gesprächs vor. Abgesehen von der ungenügenden Exploration würden auch Laboruntersuchungen, Untersuchungen der Hirnstromkurve, ein MRI des Schädels sowie testpsychologische Untersuchungen fehlen. Dem letzten vollständigen psychiatrischen Gutachten vom 16. Mai 2003 mangle es offenkundig an der erforderlichen Aktualität. Dieses wie auch die Ergänzungsgutachten aus dem Jahre 2006 seien zudem noch unter altem Recht ergangen (Beschwerde Ziff. 2.2 - 2.4 S. 7 ff.). Die Vorinstanz werfe ihm zu Unrecht vor, nie eine massgebliche Veränderung seines Persönlichkeitsbildes seit dem Gutachten vom 16. Mai 2003 geltend gemacht zu haben, dies obschon er immer wieder auf sein Behandlungspotential hingewiesen und betont habe, dass bereits die (nicht fachärztlichen) Gesprächstherapien bei Psychologen nachweislich positive Auswirkungen zeigten (Beschwerde Ziff. 3.2 S. 14 f.). Sämtliche Gutachten seien von der gleichen Sachverständigen verfasst worden, dies obschon in Anbetracht der Tragweite des Entscheids ein unbefangener, nicht vorbefasster Gutachter hätte beigezogen werden müssen (Beschwerde Ziff. 2.2 S. 7 f.).
3.2 Eine sachverständige Begutachtung im Sinne von <ref-law> muss auch vorliegen, wenn das Gericht in Anwendung von Art. 2 Abs. 2 SchlBestStGB darüber zu befinden hat, ob gegenüber einem altrechtlich verwahrten Täter eine therapeutische Massnahme anzuordnen oder die Verwahrung nach neuem Recht weiterzuführen ist (<ref-ruling> E. 4.3.1).
3.3 Das Gutachten vom 31. Juli 2009 äussert sich zur Behandlungsfähigkeit des Beschwerdeführers, den Erfolgsaussichten einer stationären therapeutischen Massnahme sowie den Möglichkeiten des Vollzugs einer solchen Massnahme und erfüllt damit die rechtlichen Anforderungen (vgl. Art. 56 Abs. 3 lit. a - c StGB; <ref-ruling> E. 4.3.2). Für die Beantwortung dieser Fragen durfte die Sachverständige, im Sinne eines Ergänzungsgutachtens, auf frühere Begutachtungen Bezug nehmen. Der Beschwerdeführer hat Anspruch darauf, dass die Begutachtung durch einen Sachverständigen vorgenommen wird, der ihn weder behandelt noch in anderer Weise betreut hat (<ref-law>). Hingegen kann er nicht verlangen, dass der Gutachter nicht bereits früher als Sachverständiger für die Erstellung eines Gutachtens im Sinne von <ref-law> beigezogen wurde. Besondere Umstände, welche den Beizug eines neuen Sachverständigen als notwendig hätten erscheinen lassen können, liegen nicht vor. Insbesondere ergeben sich weder aus der Art der Begutachtung noch aus dem Gutachten selber Anzeichen für eine Voreingenommenheit der Gutachterin. Solche werden vom Beschwerdeführer auch nicht geltend gemacht. Der Umstand, dass sich diese als unabhängige Sachverständige bereits in den früheren Gutachten mit dem Beschwerdeführer befasste, lässt sie noch nicht als befangen erscheinen (vgl. <ref-ruling> E. 7.1; Urteil 9C_893/2009 vom 22. Dezember 2009).
Ebensowenig waren, mangels Anhaltspunkten für eine massgebliche Veränderung des Krankheitsbildes, im Zusammenhang mit dem Ergänzungsgutachten zwingend körperliche und testpsychologische Untersuchungen erforderlich. Auch musste das explorative Untersuchungsgespräch nicht im Gutachten selber bzw. im Anhang dazu vollständig dokumentiert werden. Dass dieses Gespräch lediglich 90 Minuten anstatt der im Gutachten vermerkten 135 Minuten dauerte, ist nicht belegt und vermag im Übrigen am Ergebnis, wonach das Ergänzungsgutachten in qualitativer und quantitativer Hinsicht den Anforderungen an die sachverständige Begutachtung genügt, nichts zu ändern (zur Dauer einer Untersuchung ausführlich Urteil des Bundesgerichts 6P.40/2001 vom 14. September 2001 E. 4d/dd). Die vom Beschwerdeführer dargelegte positive Entwicklung wird auch im Gutachten vom 31. Juli 2009 angedeutet, welches erwähnt, dass dieser im Vergleich zu früheren Gesprächen eher fähig sei, seine Schwierigkeiten, wenn auch nur in ersten Ansätzen, anzuerkennen (vgl. S. 12 f.). Hinweise auf massgebliche Veränderungen, weshalb auf das Gutachten aus dem Jahre 2003 selbst im Zusammenhang mit den später erfolgten Ergänzungsgutachten nicht mehr abgestellt werden dürfte, ergeben sich daraus jedoch nicht. Der Einwand des Beschwerdeführers, die Gefährlichkeitsprognose habe nur ein Jahr Gültigkeit, wird mit dem Gutachten vom 31. Juli 2009 obsolet.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz gehe von einem falschen Rechtsbegriff der Therapierbarkeit aus. Vorliegend könne die Frage der Therapierbarkeit nicht abschliessend aufgrund der mit <ref-ruling> begründeten eng gefassten zeitlichen Definition beurteilt werden, sondern es sei vielmehr den verschiedenen Besonderheiten Rechnung zu tragen. Er sei nun seit acht Jahren ununterbrochen in Untersuchungshaft bzw. im Straf- und Verwahrungsvollzug und habe trotzdem weder in diesem Rahmen noch je zuvor eine intensive fachärztliche Therapie genossen. Die Zeitlimite von fünf Jahren könne nicht strikte und in rein rechnerischem Sinne angewendet werden, ohne zusätzlich einen langfristig angesetzten Therapieversuch zu beginnen und dessen Ergebnisse in die Würdigung miteinzubeziehen (Beschwerde Ziff. 2.5 S. 9 f.).
4.2 Die Vorinstanz beurteilt die Anforderungen an die Therapierbarkeit richtigerweise anhand der in <ref-ruling> wiedergegebenen Kriterien, wonach eine stationäre therapeutische Massnahme nur anzuordnen ist, wenn die hinreichende Wahrscheinlichkeit besteht, dass die Gefahr weiterer Straftaten im Sinne von <ref-law> innert fünf Jahren deutlich verringert werden kann. Für die Beantwortung dieser Frage stützt sie sich, was ebenfalls nicht zu beanstanden ist, hauptsächlich auf das Gutachten vom 31. Juli 2009. Dieses berücksichtigt u.a., dass die Auffälligkeiten und das Ausmass einer Persönlichkeitsstörung im höheren Alter abnehmen können (S. 16) und sich die beim Beschwerdeführer diagnostizierte kognitive Beeinträchtigung nach jahrelanger Alkoholabstinenz zurückbilden kann (S. 17). Gegen die Therapierbarkeit spricht gemäss der Gutachterin hingegen das Alter des Beschwerdeführers, da seine schwierigen Verhaltensbereitschaften gefestigt und therapeutisch weniger beeinflussbar seien (S. 18). Entgegen den Ausführungen in der Beschwerde (Ziff. 2.5 S. 9) erschwert das fortgeschrittene Alter nach der Gutachterin nicht bloss die Beurteilung der Erfolgsaussichten, sondern die Therapierfähigkeit selber. Die Gutachterin lässt sodann nicht unberücksichtigt, dass der Beschwerdeführer bisher nie eine langjährige und intensive stationäre forensische Therapie mit Ausschöpfung und Kombination der verschiedenen Therapiekomponenten genoss, was die Prognose erschwere (S. 17). Die vom Beschwerdeführer geltend gemachten Besonderheiten sind damit in die psychiatrische Beurteilung miteingeflossen und berücksichtigt worden. Gründe für ein Abweichen von der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind nicht gegeben. Wie die Vorinstanz zutreffend erkennt (angefochtener Entscheid E. 3.1 S. 10), ist für die Überprüfung der Verwahrung auf die aktuellen Verhältnisse abzustellen, womit sich hypothetische Überlegungen, ob die Prognose bei einer früher einsetzenden Therapie anders ausgefallen wäre, grundsätzlich erübrigen. Die Rechtsprechung trägt schliesslich dem Umstand Rechnung, dass eine stationäre therapeutische Massnahme, deren Durch- oder Fortführung als aussichtslos erscheint, aufgehoben und stattdessen nachträglich eine Verwahrung angeordnet werden kann (<ref-ruling> E. 3.7, vgl. supra E. 1.2). Unbegründet ist daher auch der Einwand des Beschwerdeführers (Beschwerde Ziff. 2.5 S. 10), die in <ref-law> verankerte Möglichkeit der nachträglichen Umwandlung der Massnahme in eine Verwahrung sei unberücksichtigt geblieben.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, das Gutachten vom 31. Juli 2009 sei nicht schlüssig. Daraus gehe klarerweise hervor, dass er behandlungsbedürftig, behandlungswillig und auch therapierbar sei. Die Gutachterin stelle sodann klar, dass sie nicht in der Lage sei, die ihr von der Vorinstanz gestellte Frage nach der erforderlichen Zeitdauer einer Therapie bis zur Verringerung der Gefahr weiterer Straftaten zu beantworten. Sie bringe sinngemäss zum Ausdruck, diese Frage könne ohne vorherige Therapieversuche nicht zuverlässig beantwortet werden. Zwischen den Aussagen der Gutachterin und der von der Vorinstanz festgestellten Untherapierbarkeit bestehe daher eine offenkundige Diskrepanz. Willkürlich sei zudem die explizite Nichtberücksichtigung der Tatsache, dass er bisher nie intensiv fachärztlich therapiert wurde, dies obschon die Vorinstanz diesen Umstand zu einem wesentlichen Teil selber zu verantworten habe, da sie bekanntlich mehrere von ihm gestellte Anträge für eine fachärztliche Behandlung abgelehnt habe (Beschwerde Ziff. 3.1 S. 11 ff.).
5.2 Die Gutachterin erläutert, dass nicht von einer gänzlichen Untherapierbarkeit ausgegangen werden könne, wobei die Erfolgsaussichten und der zeitliche Horizont einer Heilung schwierig einschätzbar seien. Dabei betont sie, dass eine langjährige, intensive Behandlung notwendig wäre. Die Frage, ob innert fünf Jahren eine deutliche Verringerung der Gefahr weiterer, mit der psychischen Störung zusammenhängender Straftaten erreicht werden könnte, beantwortet sie mit einem klaren Nein. Das Gutachten ist insofern schlüssig. Soweit der Beschwerdeführer das Gegenteil behauptet, verkennt er die Anforderungen an die Therapierbarkeit im Sinne von <ref-law>.
6. Der Beschwerdeführer wendet ein, die Vorinstanz habe zu Unrecht das Gutachten des Forensisch-Psychiatrischen Dienstes (FPD) der Universität Bern vom 12. Juli 2001, bei welchem es sich ebenfalls um ein aufwändiges Vollgutachten handle, nicht miteinbezogen. Zum Zeitpunkt dieses Gutachtens habe er, mit Ausnahme der kurz darauf erfolgten Tötung seiner Ehefrau, bereits sämtliche anderen Straftaten begangen, für die er je verurteilt worden sei. Das Gutachten des FPD stütze sich somit auf 16 der heute insgesamt 17 Verurteilungen und könne daher nicht als weniger aktuell eingestuft werden als jenes der Klinik Königsfelden vom 16. Mai 2003 (Beschwerde Ziff. 3.3 S. 15 f.).
Dem kann nicht gefolgt werden. Die Vorinstanz weist richtigerweise darauf hin, dass für die Frage der Weiterführung einer Verwahrung nach neuem Recht auf die aktuellen Gutachten und Ergänzungsgutachten abzustellen ist, welche sich zur Frage der Therapierfähigkeit und der Wahrscheinlichkeit des Erfolgs einer stationären Massnahme klar äussern (angefochtener Entscheid E. 4 S. 11). Das Gutachten vom 12. Juli 2001 wurde vor dem Tötungsdelikt im Jahre 2002 erstellt und lässt somit die entscheidende Tat, welche Anlass zur Verwahrung gab, unberücksichtigt. Zuvor wurde der Beschwerdeführer wegen einfacher und versuchter schwerer Körperverletzung, Tätlichkeiten, Gewalt und Drohung gegen Behörden und Beamte sowie weiterer, im Vergleich zum Tötungsdelikt klarerweise minder schweren Straftaten verurteilt. Eine im Gutachten vom 12. Juli 2001 indirekt bejahte Therapierbarkeit kann daher für die heutige Beurteilung dieser Frage nicht entscheidend sein.
7. Die Beschwerde ist abzuweisen. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen, da die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war und die Bedürftigkeit des Beschwerdeführers erstellt scheint (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es sind keine Kosten zu erheben. Der Vertreter des Beschwerdeführers ist für das Verfahren vor Bundesgericht aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Rechtsanwalt Markus Weber wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. März 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Unseld