Mietvertrag, hat sich ergeben:
A.- Die CT Condor Treuhand AG vermietete vom 1. April 1987 bis 31. Dezember 1993 Büroräume an der Hinterbergstrasse 26 in Cham an Andreas Rohrer. Mit Vertrag vom 4. November 1993 schloss sie mit Andreas Rohrer und Thomas Ulrich einen neuen Mietvertrag auf unbestimmte Zeit über Büroräumlichkeiten an der selben Adresse. Mietbeginn war der 1. Januar 1994; der Mietzins betrug Fr. 3'060.-- monatlich inklusive Nebenkosten. Am 17. Januar 1995 ersetzten die Parteien diesen Vertrag per 1. Februar 1995 durch einen neuen Mietvertrag, worin u.a. der monatliche Mietzins neu auf Fr. 2'800.-- zuzüglich Mehrwertsteuer festgesetzt wurde. Dieses Mietverhältnis wurde per 31. Juli 1997 aufgelöst.
B.- Mit Klage vom 25. März 1998 beantragte die CT Condor Treuhand AG dem Kantonsgericht des Kantons Zug, Andreas Rohrer und Thomas Ulrich solidarisch zur Bezahlung von Mietzinsen im Betrag von Fr. 86'538.-- zuzüglich Verzugszinsen zu verurteilen. Das Kantonsgericht hiess die Klage mit Urteil vom 30. März 1999 im Umfang von Fr. 13'688. 55 nebst Zins zu 5 % seit 21. März 1998 gut. Beide Parteien reichten gegen dieses Urteil Berufung an das Obergericht ein; dieses wies die Berufung der Klägerin ab, hiess diejenige der Beklagten gut und wies die Klage vollumfänglich ab.
C.- Gegen das Urteil des Obergerichts hat die Klägerin sowohl Berufung als auch staatsrechtliche Beschwerde eingereicht.
Das Bundesgericht hat die Beschwerde mit Urteil vom heutigen Tag abgewiesen, soweit es darauf eintrat. Mit ihrer Berufung beantragt die Klägerin die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Gutheissung der Klage. Die Beklagten schliessen auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach Art. 55 Abs. 1 lit. c OG ist in der Berufungsschrift anzugeben, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie der angefochtene Entscheid verletzt. Fehl am Platz sind von den vorinstanzlichen Feststellungen abweichende Ausführungen zum Sachverhalt, soweit keine der Ausnahmen gemäss Art. 63 Abs. 2 und Art. 64 OG geltend gemacht wird (<ref-ruling> E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2 S. 93, 480 E. 3d S. 489, 745 E. 3 S. 749 mit Hinweisen). Auf die Berufung ist daher nicht einzutreten, soweit die Klägerin behauptet, die Beklagten verschiedentlich wegen Ausständen gemahnt zu haben, und für die Forderungen aus dem Mietvertrag vom 4. November 1993/17. Januar 1995 ein separates Mietzins-Debitorenkonto geführt zu haben. Ebenso wenig ist die Behauptung zulässig, die Beklagten hätten vom Bestehen des Kontokorrentverhältnisses bis im Sommer 1996 keine Kenntnis gehabt.
2.- Die Vorinstanz erwog, zwischen der Klägerin und dem Beklagten 1 habe ein Kontokorrentverhältnis bestanden, in welchem unter anderem die Forderungen aus dem per Ende 1993 aufgelösten Mietvertrag erfasst worden seien. Zwar hätten die Parteien zunächst einen Verrechnungsausschluss für die Zinsen aus dem neuen Mietverhältnis vereinbart, indem der Beklagte 1 im Begleitschreiben zum Mietvertrag vorschlug, "dass ab 1. Januar 1994 der Mietzins auch tatsächlich monatlich überwiesen wird und für den Mietzins keine Verrechnung mit dem Kontokorrent-Konto erfolgt"; mit der kommentarlosen Rücksendung des unterzeichneten Mietvertrages habe die Klägerin ihr Einverständnis mit dem Verrechnungsausschluss erklärt.
In der Folge seien im Januar und im März 1994 sowie ab 24. Februar 1995 wieder Überweisungen erfolgt; gesamthaft seien in diesen beiden Jahren neun Monatsbetreffnisse durch Überweisung beglichen worden. Erst ab 1996 sei der Mietzins regelmässig überwiesen worden. Die Beklagten seien aber nie wegen Säumnis gemahnt worden; die Klägerin habe sie lediglich ab und zu um Zahlung per Barüberweisung gebeten, um ihre Liquidität zu stärken. Zumal nicht erwiesen sei, dass die Klägerin ab Anfang 1994 für die Forderungen aus dem neuen Mietvertrag ein separates Debitorenkonto führte, sei davon auszugehen, dass der Verrechnungsausschluss durch konkludenten Aufhebungsvertrag wegbedungen und das Kontokorrentverhältnis im Rahmen des streitigen Mietverhältnisses weitergeführt worden sei.
a) Soweit die Klägerin die Verrechnungsbefugnis der Beklagten mit der Begründung bestreitet, für das ab Januar 1994 geltende Mietverhältnis sei keine Verrechnungsabrede getroffen bzw. die bisherige Verrechnungsbefugnis wegbedungen worden, kann auf ihre Rügen nicht eingetreten werden, nahm doch auch die Vorinstanz nichts Gegenteiliges an. Die Vorinstanz ging aber davon aus, die Parteien hätten den Verrechnungsausschluss nachträglich aufgehoben; auf die klägerischen Rügen ist einzutreten, soweit sie sich mit dieser Annahme auseinandersetzen.
b) Dass mit der Aufhebung des Verrechnungsverzichts und der damit einhergehenden Duldung der Verbuchung der Monatszinsen auf dem Kontokorrent die entsprechenden Änderungen in der Buchhaltung einhergingen, spricht nicht gegen die Auffassung der Vorinstanz. Entgegen der Ansicht der Klägerin war es ja gerade nicht nötig, ein neues Kontokorrentverhältnis einzugehen, da ein solches mit dem Beklagten 1 bereits bestand. Die Klägerin behauptet, dieses habe allein den übrigen Beziehungen der Klägerin zum Beklagten 1 gedient.
Die Vorinstanz hat aber keine tatsächlichen Feststellungen über das Bestehen einer entsprechenden Abrede getroffen; vielmehr durften die Beklagten, wie zu zeigen sein wird, aufgrund des Verhaltens der Klägerin nach Beginn des neuen Mietverhältnisses davon ausgehen, dass diese auf den vereinbarten Verrechnungsausschluss verzichte und sie berechtigt seien, die Mietzinsen wie unter dem alten Mietverhältnis zwischen der Klägerin und dem Beklagten 1 durch Verbuchung im fortbestehenden Kontokorrentverhältnis zu begleichen. Dem steht nicht entgegen, dass das Kontokorrent - was nach den Ausführungen der Klägerin bereits unter dem alten Mietverhältnis der Fall war - allenfalls noch anderen Zwecken diente.
c) Die Klägerin rügt, die Beklagten hätten nie einen Antrag auf Aufhebung des Verrechnungsausschlusses gestellt und hätten auch nicht geltend gemacht, dass ihr Verhalten in diesem Sinne zu deuten sei. Sie hätten - wenn auch unregelmässig - Überweisungen vorgenommen. Zudem dürfe hier, da sich der streitige Aufhebungsvertrag zu Lasten der Klägerin auswirke, deren Annahme einer Aufhebungsofferte nicht gemäss <ref-law> supponiert werden. Es sei im Übrigen auch nicht erkennbar, in welchem Zeitpunkt ein Aufhebungsvertrag zustandegekommen sein sollte; sicher dürfe nicht bereits nach dem Ausbleiben der ersten paar Mietzinszahlungen der Abschluss eines Aufhebungsvertrages angenommen werden.
aa) Ob bestimmte Verhaltensweisen der Parteien als Antrag und Annahme im Sinne von <ref-law> zu gelten haben, ist eine Rechtsfrage, welche das Bundesgericht im Berufungsverfahren mit freier Kognition würdigt (Art. 63 Abs. 3 OG). Ob die Beklagten die entsprechenden Rechtsbehauptungen aufstellten, ist damit unerheblich.
bb) Die Vorinstanz stützte ihre Annahme, ein Aufhebungsvertrag sei zustandegekommen, auf das Verhalten der Parteien, welche entgegen dem früher vereinbarten Verrechnungsausschluss Zahlungen mittels Verrechnung vornahmen bzw.
duldeten. Dass die Beklagten mit der Vornahme von Zahlungen auf dem Verrechnungswege die Nichteinhaltung des Verrechnungsausschlusses bezweckten und der Klägerin konkludent einen entsprechenden Antrag stellten, ist offensichtlich.
Fraglich ist damit noch, ob die Klägerin ihr Einverständis dazu gab. Lässt sich feststellen, dass die Klägerin in tatsächlicher Hinsicht mit der Duldung der verrechnungsweisen Zahlung ihr Einverständnis hiezu erklären wollte und ihr Verhalten von den Beklagten auch so verstanden wurde, liegt eine tatsächliche Willensübereinstimmung im Sinne von <ref-law> vor. An entsprechende Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz ist das Bundesgericht gebunden. Nur wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, ist zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens das Verhalten der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie es nach den gesamten Umständen verstanden werden durfte und musste. Diese sogenannte objektivierte Vertragsauslegung prüft das Bundesgericht als Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 4b/aa S. 123 mit Hinweisen).
Ob die Vorinstanz auf einen tatsächlichen Willen der Klägerin schloss, die Aufhebung des Verrechnungsausschlusses zu akzeptieren, oder ob sie lediglich annahm, die Beklagten hätten ihr Verhalten nach Treu und Glauben so verstehen dürfen, wird aus dem angefochtenen Urteil nicht restlos klar. Diese Frage kann hier aber offen bleiben, da, selbst wenn die Klägerin in tatsächlicher Hinsicht nicht gewillt war, den Beklagten ihr Einverständnis mit der Aufhebung des Verrechnungsausschlusses zu erklären, ihr Verhalten von den Beklagten doch in diesem Sinne interpretiert werden durfte. Wenn nämlich, wie die Vorinstanz verbindlich festgestellt hat, die Klägerin die Beklagten bei Ausbleiben einer Überweisung nie mahnte und diese im Gegenteil dann, wenn sie aus Liquiditätsgründen eine Barüberweisung wünschte, besonders darum bat, so durften die Beklagten nach Treu und Glauben annehmen, die Klägerin verzichte auf den Verrechnungsausschluss und akzeptiere, dass die Mietzinszahlungen auch durch Verbuchung auf dem Kontokorrent erfolgen könne, wenn nicht speziell um eine Überweisung gebeten werde. Da mithin die Beklagten das Verhalten der Klägerin als konkludente Annahmeerklärung verstehen durften, entfällt eine Anwendung von <ref-law>. Wann genau die Beklagten in diesem Vertrauen erstmals zu schützen gewesen wären, kann offen bleiben, denn dass dies im Zeitpunkt der Klageeinreichung der Fall war, steht ausser Zweifel, insbesondere wenn man bedenkt, dass bereits im Jahre 1994 nach zwei Zahlungen im Januar bzw. im März kein einziger Monatszins mehr mittels Überweisung beglichen worden war, und nie eine Mahnung erfolgte.
d) Zumal nach dem Gesagten aufgrund des feststehenden Sachverhalts geschlossen werden kann, dass selbst bei Fehlen einer tatsächlichen Willensübereinstimmung ein normativer Konsens bezüglich der Aufhebung des Verrechnungsausschlusses zu bejahen wäre, stösst die von der Klägerin erhobene Rüge der Verletzung von <ref-law> ins Leere. Soweit sich diese Rüge auf eine unrichtige Beweislastverteilung im Rahmen der Feststellung des tatsächlichen Willens der Klägerin bezieht, ist sie mangels Entscheiderheblichkeit nicht zu prüfen (<ref-ruling> E. 3c S. 63 mit Hinweisen). Soweit sie sich auf die Würdigung des klägerischen Verhaltens nach dem Vertrauensprinzip bezieht, ist die Frage der Beweislastverteilung gegenstandslos, da die Vorinstanz die dieser zugrunde liegenden Tatsachen als erwiesen erachtete, und daher keine Partei von den Folgen der Beweislosigkeit betroffen wurde (<ref-ruling> E. 3a S. 147; <ref-ruling> E. 2a S. 291; <ref-ruling> E. 5 S. 251 mit Hinweisen). Unerheblich ist im Lichte der Vertrauensauslegung namentlich, ob die Klägerin für die Zinsen aus dem im Januar 1994 beginnenden Mietverhältnis ein separates Debitorenkonto einrichtete, da nur die den Beklagten bei Vertragsschluss bekannten oder erkennbaren Umstände massgeblich sind (107 II 417 E. 6 S. 418). Dass die Beklagten von der Führung eines Mietzins-Debitorenkontos in den Jahren 1994 und 1995 Kenntnis gehabt hätten, wird aber von der Klägerin nicht vorgebracht.
3.- Nach dem Gesagten ist die Berufung abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang hat die Klägerin die Gerichts- und Parteikosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts (Zivilrechtliche Abteilung) des Kantons Zug vom 21. März 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Die Klägerin hat die Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht (Zivilrechtliche Abteilung) des Kantons Zug schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 1. September 2000
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: