Fatti:
A. A.a In data 14 agosto 1995, N._, nato nel 1962, all'epoca dei fatti alle dipendenze della T._ AG in qualità di manovale, e, in quanto tale, assicurato d'obbligo contro gli infortuni presso l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), è rimasto vittima di un incidente della circolazione, a seguito del quale ha riportato una contusione temporale destra, una contusione zigomatica destra e una ferita lacero-contusa al labbro inferiore. L'INSAI ha assunto il caso e ha corrisposto le prestazioni di legge.
Mediante decisione del 29 agosto 1997, sostanzialmente confermata l'11 marzo 1998 anche in seguito all'opposizione interposta dall'interessato, l'INSAI ha dichiarato N._ pienamente abile al lavoro e ha chiuso il caso con effetto all'8 settembre 1997, ritenendo che non ci fossero più postumi dell'infortunio che necessitassero di ulteriori cure mediche. Il provvedimento di soppressione delle prestazioni assicurative è stato confermato, in ultima istanza, dal Tribunale federale delle assicurazioni il 4 febbraio 2000.
Il 21 maggio 2002 il Tribunale federale delle assicurazioni ha respinto una domanda di revisione proposta dall'assicurato contro la predetta sentenza per carenza dei presupposti legali. La Corte ha tuttavia ammesso che in virtù dei nuovi rapporti medici allegati non si poteva escludere l'esistenza di postumi tardivi dell'incidente in oggetto.
A.b Alla luce di quest'ultima considerazione, l'11 febbraio 2003 l'assicurato ha fatto valere delle conseguenze tardive dell'evento infortunistico del 1995.
Mediante decisione del 18 gennaio 2005 l'INSAI ha negato ogni ulteriore obbligo prestativo a dipendenza dell'infortunio 14 agosto 1995, ritenendo i disturbi lamentati dall'assicurato non essere in nesso di causalità con l'evento in esame. Statuendo sull'opposizione dell'interessato, l'assicuratore ha il 9 settembre 2005 confermato il precedente provvedimento.
B. Adito con gravame dell'interessato, patrocinato dall'avv. Taborelli, il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, statuendo per giudice unico, ha sostanzialmente confermato l'operato dell'assicuratore infortuni (pronuncia del 30 novembre 2006).
C. Sempre patrocinato dall'avv. Taborelli, N._ ha interposto ricorso al Tribunale federale (fino al 31 dicembre 2006: Tribunale federale delle assicurazioni), al quale, in annullamento del giudizio cantonale, chiede di accertare l'esistenza di postumi tardivi in nesso causale con l'infortunio del 14 agosto 1995 e di retrocedere gli atti all'INSAI, affinché definisca il grado di incapacità lavorativa e di guadagno, protestando spese e ripetibili.
L'INSAI propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. La legge sul Tribunale federale del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110) è entrata in vigore il 1° gennaio 2007 (RU 2006 1205, 1241). Poiché il giudizio impugnato è stato pronunciato precedentemente a questa data, la procedura resta disciplinata dall'OG (art. 132 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 395).
2. Con l'entrata in vigore, il 1° gennaio 2003, della legge federale sulla parte generale del diritto delle assicurazioni sociali (LPGA) del 6 ottobre 2000 sono state apportate diverse modifiche all'ordinamento in materia di assicurazione contro gli infortuni (LAINF e OAINF). Nel caso in esame, essendo controverso il diritto a prestazioni per il periodo precedente - i primi atti medici che attestano eventuali sequele tardive risalgono al 2000/2001 - e successivo all'entrata in vigore della LPGA, risultano applicabili le norme in vigore fino al 31 dicembre 2002 per quanto concerne lo stato di fatto giuridicamente determinante realizzatosi fino a quel momento e quelle in vigore successivamente per il periodo posteriore (<ref-ruling>; RAMI 2004 no. U 529 pag. 572 [sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 192/03 del 22 giugno 2004]; cfr. pure sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 124/04 dell'8 novembre 2004, consid. 2).
3. Oggetto del contendere è la questione di sapere se può essere ammessa l'insorgenza di sequele tardive riconducibili all'incidente della circolazione del 1995, in particolare se i disturbi diagnosticati dal dott. R._ nel suo rapporto del 4 marzo 2004, rispettivamente quelli attestati dai medici M._, B._ e G._ nei referti prodotti dall'insorgente nell'ambito della procedura di revisione sfociata nella sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni del 21 maggio 2002, possono essere considerati tali.
4.1 Il diritto a prestazioni a dipendenza di un infortunio presuppone in primo luogo l'esistenza di un nesso di causalità naturale fra l'evento infortunistico e il danno alla salute. Questo presupposto è da considerarsi adempiuto qualora sia lecito ammettere che, senza l'evento infortunistico, il danno alla salute non si sarebbe potuto verificare del tutto o comunque non nel modo in cui si è prodotto. Non occorre, viceversa, che l'infortunio sia stato la sola o immediata causa del danno alla salute; è sufficiente che l'evento, se del caso unitamente ad altri fattori, abbia comunque provocato un danno all'integrità corporale o psichica dell'assicurato, vale a dire che l'evento appaia come una condizione sine qua non del danno. È questione di fatto lo stabilire se tra evento infortunistico e danno alla salute esista un nesso di causalità naturale; su detta questione amministrazione e giudice, fondandosi essenzialmente su indicazioni di natura medica, si determinano secondo il principio della probabilità preponderante applicabile generalmente nell'ambito dell'apprezzamento delle prove in materia di assicurazioni sociali. Ne discende che ove l'esistenza di un nesso di causalità tra infortunio e danno sembri possibile, ma essa non possa essere reputata probabile nel caso di specie, il diritto a prestazioni derivato dall'infortunio assicurato dev'essere negato (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 181, 402 consid. 4.3.1 pag. 406; <ref-ruling> consid. 1 pag. 337; <ref-ruling> consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
4.2 Il rifiuto, cresciuto in giudicato, dell'assicuratore infortuni di concedere ulteriori prestazioni non esclude di per sé l'insorgenza successiva di pretese che possano comunque essere ricondotte al medesimo evento. Nulla impedisce pertanto alla persona assicurata di fare valere una ricaduta o delle conseguenze tardive di un evento infortunistico esaminato con decisione cresciuta in giudicato (v. art. 11 OAINF) e di chiedere nuovamente prestazioni dell'assicurazione contro gli infortuni (RAMI 1994 no. U 189 pag. 138 consid. 3a). Secondo la giurisprudenza è data una ricaduta quando vi è recidiva di un danno alla salute ritenuto guarito, che necessita di un trattamento medico rispettivamente provoca una (nuova) incapacità lavorativa. Con conseguenze tardive si intende per contro un danno alla salute ritenuto guarito che causa, durante un lasso di tempo prolungato, delle modifiche organiche o psichiche, per cui si crea uno stato patologico differente. Le ricadute e le conseguenze tardive si riferiscono quindi per definizione ad un infortunio effettivo. Esse non giustificano perciò l'erogazione di prestazioni da parte dell'assicuratore infortuni se non esiste un nesso di causalità naturale e adeguata tra le nuove affezioni ed il danno alla salute causato all'epoca dall'infortunio (<ref-ruling> consid. 2c pag. 296 e riferimenti citati; RAMI 1994 no. U 206 pag. 327 consid. 2; sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 35/03 del 1° giugno 2004, consid. 2.2).
4.3 Ricadute e conseguenze tardive configurano dei casi particolari di revisione (<ref-ruling> consid. 4b pag. 457; <ref-ruling> consid. 2d pag. 297; SVR 2003 UV no. 14 pag. 43 [sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 86/02 del 20 marzo 2003] consid. 4.3). Ciò significa che un'eventuale ricaduta o conseguenza tardiva non può dare luogo a un riesame incondizionato. Partendo dalla situazione esistente alla crescita in giudicato del provvedimento originario, l'ammissione di una ricaduta o di conseguenze tardive presuppone una modifica successiva delle circostanze rilevanti per il riconoscimento del diritto invocato. Per contro il diverso apprezzamento di fatti essenzialmente rimasti invariati non costituisce motivo sufficiente per ammettere una ricaduta o delle conseguenze tardive (RAMI 2003 no. U 487 pag. 341 consid. 2; cfr. pure la sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 98/05 del 19 luglio 2005, consid. 2.2).
5. Nel ricorso a questo Tribunale l'insorgente sostiene che l'autorità giudiziaria cantonale si sarebbe a torto limitata ad esaminare se le vertigini di cui egli soffre fossero da considerare conseguenze tardive, omettendo di verificare se anche i disturbi diagnosticati dal dott. R._, di cui né il rapporto 17 settembre 1996 dell'Ospedale X._ né il successivo referto 12 giugno 1997 della clinica riabilitativa di Y._ fa menzione, andassero reputati tali.
Al riguardo, il giudice cantonale ha, contrariamente a quanto stabilito dal Tribunale federale delle assicurazioni nella sentenza pronunciata il 21 maggio 2002, in seguito alla domanda di revisione processuale dell'interessato, rilevato che le vertigini non potevano essere considerate sequele tardive, in quanto esistevano già al momento degli accertamenti eseguiti presso l'Ospedale X._, malgrado fossero state oggettivate solo in seguito, tramite gli esami eseguiti dal dott. M._.
6. Va preliminarmente osservato che con sentenza del 21 maggio 2002 il Tribunale federale della assicurazioni ha stabilito in via definitiva che i disturbi vertiginosi attestati nei rapporti medici dei dottori M._, B._ e G._, prodotti dal richiedente, non rappresentavano danni preesistenti.
Adducendo nel proprio giudizio che le affezioni citate non potevano essere considerate sequele tardive in quanto consistevano in danni alla salute preesistenti oggettivati solo in seguito, il giudice cantonale ha nuovamente, seppure indirettamente, statuito sul medesimo tema contravvenendo in tale modo al principio "ne bis in idem". La questione risulta tuttavia irrilevante, il ricorso di N._ dovendo in ogni caso essere respinto, per altri motivi.
7. 7.1 Per stabilire se le circostanze di fatto hanno subito una modifica essenziale, occorre confrontare la situazione esistente al momento della decisione su opposizione originaria dell'11 marzo 1998 con quella alla data del provvedimento su opposizione impugnato in questa sede, emanato il 9 settembre 2005.
7.2 Nel caso in esame dagli atti dell'incarto emerge che prima della pronuncia della decisione su opposizione dell'11 marzo 1998, con cui l'INSAI ha negato il diritto a prestazioni a partire dall'8 settembre 1997, persistevano, dopo le cure e gli interventi posti in atto, mal di testa, vertigini e parestesie, motivo per cui l'assicurato è stato sottoposto ad un esame neuro-otologico presso l'Ospedale X._ da cui è risultata una funzione cocleovestibolare normale e l'impossibilità di oggettivare i disturbi vertiginosi.
Dal rapporto della clinica riabilitativa di Y._ del 12 giugno 1997 risulta altresì che i disturbi residui consistevano in durevoli mal di testa leggeri, nervosismo, difficoltà di concentrazione, stanchezza, vertigini, dolori ai denti e disturbi della sensibilità alla guancia destra. Tuttavia i medici hanno escluso la presenza di concludenti deficit neurologici. Secondo loro, i disturbi vertiginosi lamentati dall'interessato erano solo in parte correlati ai risultati incostanti dei test dell'equilibrio. Una modesta lesione cerebrale traumatica era soltanto possibile.
7.3 Dai rapporti prodotti dapprima a titolo di revisione processuale ed in seguito a sostegno del riconoscimento di eventuali sequele tardive o di una ricaduta risulta che l'assicurato a cinque anni dall'incidente soffre in primo luogo di cervicocefalgie e di dolori alla parte destra del viso, ma anche di disturbi vertiginosi e dell'equilibrio nonché della sintomatica visuale, disturbi considerati cronicizzati. In particolare il dott. M._ ha diagnosticato una sindrome vertiginosa multisensoria posttraumatica dopo incidente della circolazione con frattura cranica e frattura-contusione facciale nonché modesta lesione cerebrale traumatica.
Il medico curante dott. R._ ha a sua volta diagnosticato sindrome cervico-cefalica e cervico-spondilogena cronica a destra più che a sinistra su stato dopo grave trauma cranico nel 1995 e stato dopo ricostruzione chirurgica della mascella, precisando tuttavia che si trattava di dolori non ben oggettivabili. Egli ha pure attestato una discreta discopatia a livello C5-C6 e dolori al braccio destro che sembravano avere origine spondilogena, sebbene l'intero quadro clinico fosse di difficile valutazione. Il medico curante ha quindi concluso che negli ultimi mesi il quadro clinico era tendenzialmente peggiorato e che la fisioterapia non aveva apportato alcun miglioramento.
Il dott. C._, specialista in chirurgia, infine, chiamato dall'INSAI a prendere posizione sull'eventualità di una recidiva, ha precisato che il dott. R._ parlava tutt'al più di un peggioramento tendenziale (mentre dovrebbe esserci un netto peggioramento, qualora venisse fatta valere una ricaduta formale); ma ancora più importante era che il curante affermava che i disturbi dell'assicurato non erano ben oggettivabili.
8. 8.1 Dalla documentazione medica sopra descritta emerge in primo luogo che la diagnosticata sindrome cervico-cefalica (detta anche cervicalgia), che provoca cefalea, vertigini, disturbi della vista e dell'udito, disturbi della deglutizione, era già ben presente nel 1997, sebbene denominata altrimenti, e corrisponde alla diagnosi posta nel 1996/1997 dagli specialisti interpellati. In tal caso non si può quindi parlare di peggioramento dello stato di salute. Lo stesso discorso vale per la diagnosi posta dal dott. M._, il quale si esprime del resto espressamente in termini di disturbi cronicizzati.
Nuova appare di primo acchito la diagnosi di sindrome cervico-spondilogena e discopatia C6-C5 con dolori al braccio destro. Tuttavia il medico curante ha attestato che i disturbi cronici non erano ben oggettivabili, che il quadro clinico era di difficile valutazione e che il peggioramento era tendenziale, precisando che la fisioterapia non era stata di alcun aiuto. Infine per i disturbi addotti non è stata attestata alcuna incapacità lavorativa.
In simili condizioni non può essere ritenuto provato con il grado della verosimiglianza preponderante, valido nelle assicurazioni sociali, che, dopo la decisione su opposizione del marzo 1998, sia subentrato un peggioramento dello stato di salute tale da giustificare nuovamente l'erogazione di prestazioni. Eventualmente gli atti indicano una cronicizzazione della situazione già accertata dai curanti nel 1997, che tuttavia non necessita né di cure (in quanto rivelatesi inefficaci) né provoca inabilità lavorativa.
Al riguardo va precisato che la manifestazione prevedibile di stati dolorosi recidivanti nell'ambito di una situazione di salute stazionaria non è sussumibile quale ricaduta (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 244/04 del 20 maggio 2005, consid. 3.2).
Va poi aggiunto che la giurisprudenza ha già avuto modo di affermare che se non è verosimile, da un punto di vista della prognosi, che una cura medica esplichi effetti durevoli, non si può parlare di un miglioramento della stato di salute così come lo presuppone il diritto alla cura medica (sentenza precitata U 244/04 del 20 maggio 2005, consid. 3.2). In concreto, come già accennato, oltre a non aver richiesto l'esecuzione di cure, il medico curante ha addirittura attestato che la fisioterapia non era stata di alcun aiuto. In simili circostanze, anche se si fosse in presenza di un peggioramento dello stato di salute dell'interessato, non vi sarebbe quindi alcun diritto all'esecuzione di nuove cure.
Ne consegue che, concludere diversamente, equivarrebbe ad apprezzare diversamente una situazione rimasta pressoché invariata.
8.2 In esito alle suesposte considerazioni, la pronunzia dell'autorità giudiziaria cantonale merita conferma, seppur per motivi diversi da quelli richiamati dal primo giudice.
9. Vertendo sull'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative, la procedura è gratuita (art. 134 OG).
In conformità all'art. 159 cpv. 2 in relazione con l'art. 135 OG, non si possono assegnare ripetibili in favore dell'INSAI, l'assicuratore essendo un organismo con compiti di diritto pubblico (<ref-ruling> consid. 7 pag. 169).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie né si assegnano ripetibili.
3. La presente sentenza sarà intimata alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.