A.- Die 1934 geborene S._ ist seit 1. März 1995 Mitglied der Krankenkasse Helvetia, nunmehr Helsana Versicherungen AG (nachfolgend: Helsana), und bei dieser obligatorisch für Krankenpflege versichert; überdies hat sie u.a. die Spitalzusatzversicherung HOSPITAL COMFORT CLASSICA abgeschlossen.
Die Versicherte leidet an einer koronaren Herzkrankheit (2-Gefässerkrankung) mit instabiler Angina pectoris, weshalb sie sich bereits im Jahre 1997 dreimal einer perkutanen transluminalen koronaren Angioplastie (PTCA) hatte unterziehen müssen. Am 2. Februar 1998 wurde sie notfallmässig im Herzzentrum der Klinik H._ hospitalisiert, wo gleichentags eine dreifache koronare Revaskularisation mittels AC-Bypass erfolgte. Nach ihrer Spitalentlassung hielt sie sich vom 11. Februar bis 10. März 1998 in der Klinik X._ auf. Die Helsana klärte die medizinischen Verhältnisse durch Beizug eines durch Dr. med. L._ ausgefüllten Einweisungsformulars vom 6. Februar 1998, von Berichten desselben Arztes vom 10. und 20. Februar 1998, eines Aufnahmeberichts des Dr. med. Z._, Leitender Arzt der Klinik S._ vom 11. Februar 1998 sowie einer vertrauensärztlichen Stellungnahme vom 26. Februar 1998 ab.
Gestützt darauf teilte sie der Klinik S._ (mit Kopie an die Versicherte) im Schreiben vom 27. Februar 1998 mit, an den Aufenthalt vom 11. Februar bis 10. März 1998 könnten mangels Spitalbedürftigkeit keine Leistungen für die Hospitalisation erbracht werden. Daran hielt die Krankenkasse, nachdem sie S._ am 2. März 1998 die Ausrichtung von Erholungskurbeiträgen in Höhe von Fr. 70.- pro Tag aus der Spitalzusatzversicherung und Leistungen an die Krankenpflege zugesichert hatte, mit Verfügung vom 10. März 1998 sowie auf Einsprache hin, welcher ein Bericht des Dr. med.
L._ vom 31. März 1998 beigelegen hatte, mit Einspracheentscheid vom 5. Juni 1998 fest. Zuvor hatte sie eine weiteren Bericht ihres Vertrauensarztes Dr. med. M._ vom 13. Mai 1998 eingeholt.
B.- Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit der Begründung gut, zur nachoperativen Betreuung und Rehabilitation der Versicherten sei eine stationäre Behandlung unter Spitalbedingungen erforderlich gewesen, weshalb die Helsana die beim Aufenthalt in der Klinik S._ vom 11. Februar bis 10. März 1998 angefallenen Spitalkosten im gesetzlichen Umfang zu übernehmen habe (Ziff. 1 des Entscheides vom 20.
September 2000).
C.- Die Helsana führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt, es sei Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und festzustellen, dass die Kosten für den besagten Klinikaufenthalt nicht vollumfänglich aus der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu entrichten seien.
Während S._ auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen lässt, soweit darauf einzutreten sei, hat sich das Bundesamt für Sozialversicherung nicht vernehmen lassen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Streitig und zu prüfen ist, ob die Helsana für die stationäre Behandlung in der Klinik S._ vom 11. Februar bis 10. März 1998 leistungspflichtig ist.
a) Die obligatorische Krankenversicherung übernimmt nach <ref-law> die Kosten für die Leistungen gemäss Art. 25-31 KVG nach Massgabe der in Art. 32-34 festgelegten Voraussetzungen. Die Leistungen umfassen u.a. die Untersuchungen, Behandlungen und Pflegemassnahmen, die ambulant, bei Hausbesuchen, stationär, teilstationär oder in einem Pflegeheim durchgeführt werden von Ärzten, Chiropraktoren und Personen, die im Auftrag eines Arztes oder einer Ärztin Leistungen erbringen (<ref-law>), die ärztlich durchgeführten oder angeordneten Massnahmen der medizinischen Rehabilitation (<ref-law>) und den Aufenthalt in der allgemeinen Abteilung eines Spitals (<ref-law>).
<ref-law> hält fest, dass die Leistungen wirksam, zweckmässig und wirtschaftlich sein müssen (Abs. 1), wobei die Wirksamkeit nach wissenschaftlichen Methoden nachgewiesen sein muss (Satz 2). Laut <ref-law> kann der Bundesrat die von Ärzten oder Ärztinnen erbrachten Leistungen bezeichnen, deren Kosten von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung nicht oder nur unter bestimmten Bedingungen übernommen werden. Das Eidgenössische Departement des Innern, an welches der Bundesrat diese Aufgabe übertrug (<ref-law> in Verbindung mit Art. 33 lit. a und c KVV), hat, gemäss <ref-law>, im Anhang 1 zur KLV die ärztlichen Leistungen aufgeführt, welche vorbehaltlos, unter gewissen Voraussetzungen oder überhaupt nicht zu Lasten der obligatorischen Krankenpflegeversicherung gehen. Nach Ziff. 2.2 des Anhangs 1 zur KLV stellt die ambulant oder stationär durchgeführte Rehabilitation für Patienten mit Herz-Kreislauferkrankungen, namentlich für Patienten mit Status nach Bypass-Operation, gemäss ausdrücklicher Verordnungsvorschrift unter bestimmten Voraussetzungen eine von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu übernehmende Leistung dar. Eher für eine stationäre Behandlung sprechen hienach die Faktoren erhöhtes kardiales Risiko, verminderte Leistung des Myokards und Komorbidität (Diabetes mellitus, COPD usw.).
b) Die Leistungspflicht für stationäre Behandlung setzt zunächst voraus, dass sich die versicherte Person in einem Spital, d.h. einer Anstalt oder deren Abteilung aufhält, das der stationären Behandlung akuter Krankheiten oder der stationären Durchführung von Massnahmen der medizinischen Rehabilitation dient (<ref-law>). Des Weiteren muss eine Krankheit vorliegen, welche eine Akutbehandlung oder medizinische Rehabilitation unter Spitalbedingungen erforderlich macht. Spitalbedürftigkeit in diesem Sinne ist einerseits dann gegeben, wenn die notwendigen diagnostischen und therapeutischen Massnahmen nur in einem Spital zweckmässig durchgeführt werden können, anderseits auch dann, wenn die Möglichkeiten ambulanter Behandlung erschöpft sind und nur noch im Rahmen eines Spitalaufenthaltes Aussicht auf einen Behandlungserfolg besteht. Dabei kann eine Leistungspflicht für den Spitalaufenthalt auch dann bestehen, wenn der Krankheitszustand der versicherten Person einen solchen nicht unbedingt erforderlich macht, die medizinische Behandlung jedoch wegen besonderer persönlicher Lebensumstände nicht anders als im Spital durchgeführt werden kann (<ref-ruling> Erw. 2b mit Hinweisen).
c) Im Gesetz nicht näher umschrieben wird der Begriff der medizinischen Rehabilitation im Sinne von <ref-law>. Nach Gebhard Eugster (Krankenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Bd. Soziale Sicherheit, Rz. 142 ff.) besteht das besondere Merkmal der medizinischen Rehabilitation darin, dass die Behandlung der Krankheit an sich abgeschlossen ist und Therapieformen zur Nachbehandlung von Krankheiten zur Anwendung gelangen. Die medizinische Rehabilitation schliesst an die eigentliche Krankheitsbehandlung an und bezweckt, die durch die Krankheit oder die Behandlung selbst bewirkte Beeinträchtigung der körperlichen oder geistigen Leistungsfähigkeit mit Hilfe medizinischer Massnahmen ganz oder teilweise zu beheben, oder sie dient insbesondere bei Chronischkranken der Erhaltung und allenfalls Verbesserung des verbliebenen Funktionsvermögens. Sie kann ambulant, teilstationär, in einer Kuranstalt, in einem Pflegeheim oder in einer spezialisierten Rehabilitationsklinik erfolgen, wobei im letztern Fall eine Spitalbedürftigkeit vorausgesetzt ist, welche nach der notwendigen Behandlungsintensität, dem Behinderungsgrad, der Pflegebedürftigkeit und der Schwere des Hauptleidens oder zusätzlich komplizierender Krankheiten zu beurteilen ist (<ref-ruling> f. Erw. 2c mit Hinweisen).
d) Im Gesetz nicht erwähnt sind die Erholungskuren, an welche die Krankenversicherer, wie nach dem früheren Recht (<ref-ruling> Erw. 4), keine Pflichtleistungen zu erbringen haben. Dies gilt auch für Anwendungen, welche einzig die Erholung oder Genesung fördern sollen, und diagnostische Massnahmen zur Klärung des dafür notwendigen Therapiebedarfs.
Von der blossen Erholung ist die Fortsetzung einer begonnenen Heilbehandlung unter Kurbedingungen zu unterscheiden.
Dient die Kur der Durchführung besonderer Therapien oder Therapieprogramme bei bestimmten Erkrankungen, hat der Krankenversicherer grundsätzlich die gleichen Leistungen zu erbringen wie bei der ambulanten Behandlung (Eugster, a.a.O., Rz. 146 f.). Für die Abgrenzung zwischen Erholungskuren und der medizinischen Rehabilitation ist auf die Zielsetzung der Massnahme abzustellen. Die medizinische Rehabilitation ist auf die Wiedererlangung verlorener oder die Verbesserung beeinträchtigter Funktionsfähigkeiten mit medizinischen Mitteln gerichtet. Erholungskuren dienen Versicherten ohne besondere Pflege- und Behandlungsbedürftigkeit zur Erholung und Genesung nach Erkrankungen, die eine wesentliche Verminderung des Allgemeinzustandes zur Folge hatten (Eugster, a.a.O., Rz. 144; <ref-ruling> Erw. 2d).
2.- Unbestritten ist, dass die im Anschluss an den Aufenthalt in der Klinik H._ durchgeführte Rehabilitation der Beschwerdegegnerin als Herz-Kreislaufpatientin mit Status nach dreifacher Bypass-Operation grundsätzlich eine Pflichtleistung im Sinne von Ziff. 2.2 des Anhangs 1 zur KLV darstellt. Uneinig sind sich die Parteien indes darüber, ob die Behandlung nicht auch ambulant unter Kurbedingungen hätte erfolgen können.
3.- a) Nach dem durch Dr. med. L._ ausgefüllten Einweisungsformular zur klinisch-stationären Behandlung/ Rehabilitation der Klinik S._ vom 6. Februar 1998 war nach der Herzoperation vom 2. Februar 1998 ein Aufenthalt im Spitalmilieu auf Grund der Notwendigkeit einer stationären medizinischen Nachbehandlung und Rehabilitation indiziert. Im Bericht desselben Arztes vom 10. Februar 1998 wurde der postoperative Verlauf - auch hinsichtlich der Wundheilung - als gut beschrieben, ohne Anhaltspunkte für einen perioperativen Myokardinfakt (normales Enzymverhalten, unverändertes EKG). Im Weiteren führte Dr. med.
L._ aus, unter Sotalol-Prophylaxe seien Rhythmusstörungen in Form eines intermittierenden normocarden Vorhofflimmerns aufgetreten, wobei im Austritts-EKG wiederum ein Sinusrhythmus bestanden habe. Im Übrigen hätte es mit Ausnahme der üblichen postoperativen Veränderungen sowie eines auf dem Thoraxbild zu erkennenden Restergusses links keine Besonderheiten gegeben. Dr. med. Z._ gab in seinem ärztlichen Aufnahmebericht vom 11. Februar 1998 als Grund für einen dreiwöchigen Aufenthalt im Spitalmilieu eine intensive kardiale Frührehabilitation an. Mit Bericht vom 20. Februar 1998 beurteilte Dr. med. L._ die Beschwerdegegnerin auch neun Tage postoperativ als noch zu schwach und leicht pflegebedürftig, weshalb sie sich im Alltag noch nicht selbst versorgen könne. Weitere leichte Pflege und eine gute kardiologische Betreuung - unter stationären Bedingungen - seien nötig, da einerseits eine ausgeprägte sowie lang andauernde Nausea, welche längere Zeit eine normale Ernährung ausgeschlossen habe, und anderseits ein intermittierendes tachykardes Vorhofflimmern, das schlecht vertragen werde, vorliege. Nachdem die Spitalbedürftigkeit von vertrauensärztlicher Seite am 26. Februar 1998 verneint worden war, begründete Dr. med. L._ diese gegenüber dem Rechtsvertreter der Beschwerdegegnerin im Schreiben vom 31. März 1998 damit, er habe die Patientin nach der notfallmässigen Herzoperation vom 2. Februar 1998 am 11. Februar zur kardiologischen Weiterbehandlung und Frührehabilitation in die Klinik S._ verlegt. Da die Herzrhythmusstörungen (intermittierendes Vorhofflimmern) so kurz nach der Operation kreislaufmässig sehr schlecht vertragen worden seien, habe aus medizinischen und pflegerischen Gründen weiterhin eine Spitalbedürftigkeit bestanden.
Zudem sei die Behandlung auf Grund der zeitweise eher tiefen Herzfrequenz sehr behutsam durchzuführen gewesen. Ferner habe eine Flüssigkeitsansammlung im Brustraum (Pleuraerguss) neben der medikamentösen Therapie auch eine Physiotherapie und Atemgymnastik sowie die Wundbehandlung noch ärztliche Kontrollen erfordert. Insgesamt sei die Beschwerdegegnerin über die übliche Kraftlosigkeit nach Herzoperationen hinaus zusätzlich stark geschwächt gewesen, zumal sie wegen Übelkeit und Erbrechen während mehr als einer Woche praktisch keine Nahrung habe zu sich nehmen können.
Im Zeitpunkt des Eintritts in die Klinik S._ sei sie deshalb für die normalen persönlichen Alltagsverrichtungen teilweise noch auf fremde Hilfe angewiesen und demnach in leichtem Ausmass pflegebedürftig gewesen. Der Vertrauensarzt Dr. med. M._ hielt demgegenüber mit Bericht vom 13. Mai 1998 dafür, besondere Risikofaktoren wie eine verminderte Herzleistung oder Komorbidität hätten bei Austritt aus der Klinik H._ nicht vorgelegen, weshalb es vertretbar gewesen wäre, wenn sich die Versicherte nach einer gewissen Erholungsphase einer ambulanten kardialen Rehabilitation unterzogen hätte. Der von Dr. med. L._ erwähnten Notwendigkeit einer leichten Pflege sowie einer guten kardiologischen Betreuung hätte auch unter den Bedingungen einer Erholungskur Genüge getan werden können, zumal ein einseitiger Pleuraerguss im beschriebenen Ausmass nach Thorakotomie sich in der Regel von selbst zurückbilde und auch die Kontrollen der Wundheilung bei dokumentiertem guten Verlauf keine Spitalbedürftigkeit begründeten.
b) Im Lichte der medizinischen Aktenklage und des Genesungsverlaufs ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass auf Grund der nur als leicht beschriebenen Pflegebedürftigkeit, der problemlosen Wundheilung sowie des bei Austritts aus der Klinik H._ vorliegenden, nicht pathologischen Sinusrhythmus eine stationäre Rehabilitation nicht erforderlich gewesen wäre. Wie das kantonale Gericht indes in einlässlicher und sorgfältiger Würdigung der ärztlichen Unterlagen zutreffend erkannt hat, gilt es in Anbetracht der Gesamtumstände - und nicht nur einzelner gesundheitlicher Kriterien - zu beurteilen, ob das Risiko erneut auftretender Herzrhythmusstörungen im massgeblichen Zeitpunkt des Eintritts in die Klinik S._ bestanden hat.
Angesichts der von Dr. med. L._ am 10. Februar 1998 zufolge des aufgetretenen Vorhofflimmerns verschriebenen dreiwöchigen Medikation mit dem der Antirhythmusprophylaxe dienenden Präparat Sotalex, der nachweislich hohen Rezidivgefahr des durch die Beschwerdegegnerin nur schlecht tolerierten Vorhofflimmerns, des eine zusätzliche Behandlungsbedürftigkeit nach sich ziehenden Pleuraergusses sowie der erheblichen Schwächung des Gesundheitszustandes durch mangelhafte Nahrungsaufnahme infolge tagelanger Nausea ist ein erhöhtes kardiales Risiko im Sinne von Ziff. 2.2 des Anhangs 1 zur KLV zu bejahen. Mit dieser Annahme wird auch der Tatsache Rechnung getragen, dass sich die 64-jährige Versicherte vor ihrer notfallmässigen Herzoperation am 2. Februar 1998 bereits 1997 dreimal einer PTCA des Ramus interventricularis anterior (RIVA) mit Stenteinlage hatte unterziehen müssen, was eine nunmehr intensive kardiologische Betreuung und Kontrolle ebenfalls indizierte.
Selbst wenn im Übrigen das Vorliegen eines erhöhten kardialen Risikos zu verneinen wäre, ist darauf hinzuweisen, dass Ziff. 2.2 des Anhangs 1 zur KLV ein "erhöhtes kardiales Risiko" als eines von mehreren Krankheitsmerkmalen nennt, welches "eher" für eine stationäre Rehabilitation spricht. Diese Formulierung bringt deutlich zum Ausdruck, dass die Grenzziehung zwischen einer ambulant oder stationär in einer ärztlich geleiteten, hierfür qualifizierten Institution durchzuführenden Rehabilitation fliessend ist. Die Frage, welche Therapieart sich im Einzelfall als die Wirksamste, Zweckmässigste und Wirtschaftlichste erweist - und deren Kosten deshalb von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung zu übernehmen sind -, ist nicht anhand einzelner Kriterien, sondern auf Grund des gesamten Gesundheitszustandes einer versicherten Person zu beantworten.
Die in Ziff. 2.2 aufgeführten Symptome müssen daher nicht zwingend vorhanden sein, damit bei Herz-Kreislaufpatienten stationäre Rehabilitationen durchgeführt und als Pflichtleistungen der Krankenkassen anerkannt werden. Vielmehr stellen sie Erfahrungswerte dar, bei deren Vorliegen - eher als in anderen Fällen - eine stationäre Therapie als die geeignetere und wirkungsvollere Form der Rehabilitation angesehen wird (vgl. zum Ganzen auch RKUV 2000 Nr. KV 138 S. 358 f. Erw. 2b und 3 mit Hinweisen).
c) Es ist somit davon auszugehen, dass die Beschwerdegegnerin im relevanten Zeitpunkt nicht nur einer Erholungskur nach dem in Erw. 1d hievor Gesagten bedurfte, sondern grundsätzlich stationär rehabilitationsbedürftig im Sinne von Art. 25 Abs. 2 lit. d und e KVG sowie der in Erw. 1b und c dargelegten Grundsätze gewesen ist.
Unklar bleibt auf Grund der ärztlichen Aussagen indessen die Dauer des medizinisch indizierten Rehabilitationsaufenthaltes.
Im angefochtenen Entscheid wurde die vierwöchige Behandlungsdauer unter Hinweis auf den in Ziff. 2.2 des Anhangs 1 zur KLV erwähnten Regelfall, wonach die Dauer der stationären Behandlung in der Regel vier Wochen beträgt, und im Lichte des Wirtschaftlichkeitsgebotes nicht beanstandet. Zu beachten gilt es indes, dass Dr. med.
L._ in seinem Bericht vom 10. Februar 1998 - mithin einen Tag vor Klinikeintritt - die Medikation mit dem Präparat Sotalex auf drei Wochen festlegte. Auch Dr. med.
Z._ ging in seinem Aufnahmebericht vom 11. Februar 1998 ausdrücklich von einer dreiwöchigen Aufenthaltsdauer (eine Woche als Spital-, zwei Wochen als spitalmässige Rehabilitationspatientin) aus. Den übrigen Unterlagen lassen sich keine weiteren Hinweise auf die - aus medizinischer Sicht für den Heilungserfolg erforderliche - Dauer des Klinikaufenthaltes entnehmen. In Anbetracht dieser Aktenlage, des Heilungsverlaufs sowie des Umstands, dass gemäss Ziff. 2.2 des Anhangs 1 zur KLV die Dauer einer stationären Behandlung in wenig komplexen Fällen auf zwei bis drei Wochen verkürzt werden kann, erscheint vorliegend eine auf drei Wochen beschränkte Rehabilitation unter Spitalbedingungen als dem Behandlungsziel angemessen. Der an diese Zeit anschliessende einwöchige Klinikaufenthalt (vom 4. bis
10. März 1998) ist als Fortsetzung einer begonnen Heilbehandlung unter Kurbedingungen zu sehen, die der Durchführung besonderer Therapien und Therapieprogramme diente und an welche die Beschwerdeführerin grundsätzlich die gleichen Leistungen wie bei einer ambulanten Behandlung zu erbringen hat (Erw. 1d hievor; RKUV 2000 Nr. KV 100 S. 6).
4.- Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens steht der anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnerin eine reduzierte Parteientschädigung zu (Art. 159 Abs. 3 in Verbindung mit Art. 135 OG).
Nach Art. 159 Abs. 2 OG darf im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde obsiegenden Behörden oder mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betrauten Organisationen in der Regel keine Parteientschädigung zugesprochen werden. In Anwendung dieser Bestimmung hat das Eidgenössische Versicherungsgericht der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt und den privaten UVG-Versicherern sowie - von Sonderfällen abgesehen - den Krankenkassen keine Parteientschädigungen zugesprochen, weil sie als Organisationen mit öffentlich-rechtlichten Aufgaben zu qualifizieren sind (<ref-ruling> Erw. 6 mit Hinweisen, letztmals bestätigt im zur Publikation in der Amtlichen Sammlung vorgesehenen Urteil B. vom 5. September 2001, K 10/98). Es besteht vorliegend kein Anlass, von diesem Grundsatz abzuweichen.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde
werden der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts
des Kantons Zürich vom 20. September 2000 und
der Einspracheentscheid der Helsana Versicherungen AG
vom 5. Juni 1998 aufgehoben, und es wird festgestellt,
dass die Helsana Versicherungen AG die während des
dreiwöchigen Aufenthalts der Beschwerdegegnerin in der
Klinik S._ vom 11. Februar bis 4. März 1998
angefallenen Spitalkosten in gesetzlichem Umfang zu
übernehmen und an den Aufenthalt vom 4. bis 10. März
1998 Leistungen an die ambulante Behandlung zu erbringen
hat.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die Helsana Versicherungen AG hat der Beschwerdegegnerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von
Fr. 1'000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Der Helsana Versicherungen AG wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
V.Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wird
über eine Neuverlegung der Parteikosten für das kantonale
Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen
Prozesses zu befinden haben.
VI.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 9. Oktober 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: