Faits:
A. Lors de la séance du Conseil communal de Sainte-Croix (ci-après: le Conseil communal) du 13 décembre 2010, les conseillers communaux, membres du parti libéral-radical (PLR), ont déposé une motion demandant une consultation de la population au sujet d'un projet de parc éolien à Sainte-Croix. Cette motion a été acceptée à une large majorité et transmise à la Municipalité de Sainte-Croix (ci-après: la Municipalité).
La Municipalité a rédigé un projet de règlement communal en faveur du développement de l'énergie éolienne sur le territoire de la commune de Sainte-Croix (ci-après: le règlement). Dans son préavis du 1er février 2011, elle a proposé au Conseil communal d'adopter son projet de règlement et de le soumettre au référendum spontané, en application de l'art. 107 al. 4 de la loi cantonale du 16 mai 1989 sur l'exercice des droits politiques (LEDP; RSV 160.01). Lors de la séance du 21 février 2011, le Conseil communal a suivi le préavis municipal: il a adopté le règlement et a décidé de le soumettre spontanément au vote du peuple.
B. Le 9 mars 2011, A._ et B._, conseillers communaux de Sainte-Croix et auteurs de la motion précitée, ont recouru auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) contre «la décision contenue dans le préavis du 1er février 2011, consistant à traiter une motion demandant que le principe de l'implantation d'éoliennes sur le territoire de la commune soit soumise à un scrutin populaire, en présentant au Conseil communal un projet de "règlement communal en faveur du développement de l'énergie éolienne sur le territoire de la commune de Sainte-Croix"». Ils se plaignent de la manière dont l'exécutif communal a traité la motion précitée et ils reprochent à la Municipalité d'avoir adopté un règlement communal en faveur du développement des éoliennes sur le territoire de la commune, au lieu de présenter un projet de consultation populaire portant sur le principe de la réalisation d'un parc éolien.
Par courrier du 11 mars 2011, le Président de la Cour de droit administratif et public a procédé à un échange de vues avec le Conseil d'Etat du canton de Vaud (ci-après: le Conseil d'Etat). Le 16 mars 2011, A._ et B._ ont précisé que le seul acte qui était attaqué était "le préavis municipal et la décision qu'il contient" et que la décision du Conseil communal de soumettre au référendum spontané le règlement susmentionné n'était pas contestée. Le 24 mars 2011, le Conseil d'Etat a estimé qu'il n'était pas compétent pour statuer sur le recours, dans la mesure où celui-ci n'était pas dirigé contre une décision du Conseil communal. Par arrêt du 14 avril 2011, le Tribunal cantonal a déclaré le recours irrecevable. Il a considéré en substance que le préavis municipal litigieux ne contenait que des projets de décisions soumis à approbation du Conseil communal et ne constituait pas une décision susceptible de recours au sens de l'art. 3 de la loi du 28 octobre 2008 sur la procédure administrative du canton de Vaud (LPA/VD; RSV 173.36).
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal et de lui renvoyer la cause pour qu'il statue sur le fond du recours déposé le 9 mars 2011.
Le Tribunal cantonal et la Municipalité de Sainte-Croix ont renoncé à se déterminer.
D. Par ordonnance du 1er juillet 2011, le Président de lre Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif, traitée comme une demande de mesures provisionnelles (tendant à la suspension de l'organisation du vote populaire sur le règlement), que les recourants avaient présentée.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours dont il est saisi (<ref-ruling> consid. 1 p. 142).
1.1 Formé contre un arrêt final (<ref-law>) pris en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) sur la base du droit public cantonal (<ref-law>), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public au sens des <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Les recourants sont directement touchés par le prononcé d'irrecevabilité de l'arrêt attaqué et ont un intérêt digne de protection à en obtenir l'annulation. Ils ont dès lors qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>.
1.2 La voie du recours concernant le droit de vote des citoyens ainsi que les élections et votations populaires au sens de l'art. 82 let. c LTF n'est pas ouverte, dans la mesure où la décision litigieuse ne porte pas d'atteinte directe aux droits politiques des citoyens de Sainte-Croix. En effet, la manière dont l'exécutif communal a traité la motion déposée par le législatif communal est une question relative à la procédure parlementaire communale, qui se rapporte au processus de décision au sein d'un autre organe que le corps électoral (cf. <ref-ruling> consid. 2.1; cf. arrêt 1P.571/2000 du 16 novembre 2000 consid. 1; arrêt 1C_547/2010 du 13 décembre 2010).
1.3 Le Tribunal cantonal a refusé d'entrer en matière sur le recours. Dès lors, seule la question de la recevabilité du recours cantonal peut être portée devant le Tribunal fédéral qui n'a, à ce stade, pas à examiner le fond de la contestation. En cas d'admission du recours, la cause devrait être renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il entre en matière sur le recours et statue au fond. Les conclusions des recourants tendant à l'annulation de l'arrêt attaqué et entendant obtenir du Tribunal cantonal qu'il statue matériellement sur le recours dont ils l'avaient saisi sont donc recevables (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 414; <ref-ruling> consid. 3.1).
1.4 Le prononcé d'irrecevabilité est fondé sur le droit cantonal de procédure. Or, sous réserve des cas visés à l'art. 95 let. c à e LTF, la violation du droit cantonal ne constitue pas un motif de recours. Il est néanmoins possible de faire valoir que l'application des dispositions cantonales consacre une violation du droit fédéral au sens de l'<ref-law>, telle que l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.). Le Tribunal fédéral n'examine cependant un tel moyen que s'il est formulé conformément aux exigences de motivation qualifiées prévues à l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 639 s.; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254).
2. Sans se plaindre explicitement d'arbitraire, les recourants reprochent au Tribunal cantonal d'avoir considéré que la décision de la Municipalité de traiter la motion de la manière dont elle l'a fait ne constituait pas une décision au sens de l'art. 3 al. 1 LPA/VD. Ils soutiennent en outre que l'instance précédente aurait fait une confusion entre le projet de décision ayant entraîné le vote du Conseil communal du 21 février 2011 et la décision contenue dans le préavis du 1er février 2011 de la manière de traiter la motion: ils se prévalent à cet égard d'un déni de justice formel.
2.1 Selon l'art. 3 al. 1 LPA/VD, est une décision toute mesure prise par une autorité dans un cas d'espèce, en application du droit public, et ayant pour objet de créer, de modifier ou d'annuler des droits et obligations (let. a), de constater l'existence, l'inexistence ou l'étendue de droits et obligations (let. b), de rejeter ou de déclarer irrecevables des demandes tendant à créer, modifier, annuler ou constater des droits et obligations (let. c). La notion de décision implique donc un rapport juridique obligatoire et contraignant entre l'autorité et l'administré (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 477).
2.2 L'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 318 s.; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 4; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 266; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 219, 57 consid. 2 p. 61; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 178).
2.3 En l'espèce, le Tribunal cantonal a considéré que le recours qui lui était soumis était dirigé contre le préavis de la Municipalité du 1er février 2011. L'instance précédente a estimé qu'un tel préavis ne remplissait aucune des conditions de l'art. 3 al. 1 LPA/VD permettant d'admettre l'existence d'une décision administrative. Ce raisonnement échappe à l'évidence à l'arbitraire, dès lors qu'un simple préavis à l'intention du législatif communal ne saurait avoir un quelconque effet contraignant. Il importe peu à cet égard que ledit préavis puisse être interprété comme une réponse implicite à une motion dudit législatif. C'est dès lors à juste titre que le Tribunal cantonal a refusé d'entrer en matière sur le recours. Le grief de déni de justice formel doit aussi être écarté, dans la mesure où l'instance précédente a indiqué les motifs qui l'ont conduite à ne pas entrer en matière.
Au demeurant, la façon dont l'exécutif communal a traité la motion précitée a par la suite été soumise au vote du législatif communal, qui a donné son aval, à une large majorité. Le législatif communal s'est en effet d'abord prononcé sur le règlement, puis sur la question de la soumission au référendum spontané dudit règlement. Il a accepté sur ces deux points le préavis de l'exécutif communal. Dès lors que le préavis de la Municipalité - qui comprend la décision relative à la manière de traiter la motion - a été adopté par le Conseil communal, seule la décision de celui-ci pouvait faire l'objet d'un recours au Conseil d'Etat sur la base de l'art. 145 de la loi vaudoise sur les communes du 28 février 1956 (LC; RSV 175.11).
Par ailleurs, les recourants ne peuvent être suivis lorsqu'ils se prévalent d'une application analogique de l'arrêt du Tribunal fédéral 1C_108/2011. Dans ce cas, la voie du recours au sens de l'art. 82 let. c LTF était ouverte, l'acte attaqué étant l'arrêté de convocation des électeurs, lequel concernait les droits politiques du corps électoral: en revanche, dans la présente cause, la manière dont une motion parlementaire a été traitée par l'exécutif communal relève de la procédure parlementaire communale et ne tombe pas dans le champ d'application de l'art. 82 let. c LTF (cf. consid. 1.2 supra).
Enfin, le recours paraît dénué de pertinence, dans la mesure où la solution retenue par le législatif communal permettra aux citoyens de Sainte-Croix, en votant sur le règlement, de se prononcer sur le principe de l'installation d'un parc éolien à Sainte-Croix, comme le voulaient initialement les recourants.
3. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté. Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais de la présente procédure (<ref-law>). Il n'est pas alloué de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 francs sont mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à la Municipalité de Sainte-Croix et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 21 juillet 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Aemisegger Tornay Schaller