Faits:
A. Né en 1951, X._ exerce une activité salariée de laborantin et est domicilié à A._ (VS).
En 1989, il a acquis la parcelle n° *** située sur sa commune de domicile. Il y a fait construire un immeuble de dix appartements constitué en propriété par étages (ci-après: la PPE). En cours de construction, il a vendu à des tiers quatre dixièmes de l'immeuble correspondant à quatre appartements. Le bénéfice de la vente de ces appartements, qui s'élevait à 12'700 fr., a été soumis à l'impôt sur le revenu, dans le cadre de la période de taxation 1991/1992.
Un des appartements de l'immeuble a été occupé par la famille X._. Les autres appartements qui n'avaient pas été vendus ont été loués à des tiers.
En 2003, X._ a racheté deux appartements vendus en 1989.
Par acte du 11 mai 2006, inscrit au Registre foncier le 23 juin 2006, X._ a vendu un appartement, ainsi que deux places de parc de la parcelle de base n° *** au prix de 250'000 fr. En 2006 également, X._ a reçu un montant de 100'000 fr. de la commune de A._ en vue de l'édification de deux murs par le contribuable en 1989 servant à maintenir la route communale.
Un autre appartement a été vendu en 2008.
B. Par décision de taxation du 13 novembre 2007 se rapportant à la période fiscale 2006, la Commission d'impôt de district pour la commune de A._ (ci-après: la Commission d'impôt) a pris en compte, pour l'impôt fédéral direct (ci-après: IFD), ainsi que pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) des époux X._, un montant de 61'000 fr. au titre de gains accessoires indépendants qui correspondait au bénéfice réalisé sur la vente de l'appartement et des places de parc en 2006. Un montant de 81'513 fr. sur les 100'000 fr. versés par la commune a aussi été soumis à imposition.
Le 10 novembre 2008, la Commission d'impôt a partiellement admis la réclamation formée par X._ et réduit le montant du bénéfice provenant de la vente de la PPE à 44'585 fr. et le montant imposable relatif aux 100'000 fr. versés par la commune à 32'605 fr. Compte tenu des autres revenus et des déductions ordinaires, le revenu net imposable des époux X._ était fixé à 175'421 fr. pour l'ICC et à 175'921 fr. pour l'IFD.
Le 11 décembre 2008, X._ et dame X._ ont recouru auprès de la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission de recours). Ils demandaient l'annulation de l'imposition des deux montants contestés, subsidiairement le renvoi de la cause à la Commission d'impôt et, plus subsidiairement encore, la révision de leurs impositions depuis 1989.
Par jugement du 19 janvier 2011, notifié le 21 avril 2011, la Commission de recours a admis partiellement le recours des époux X._ dans la mesure de sa recevabilité et a fixé le revenu net imposable pour l'année 2006 à 148'179 fr. en matière d'ICC et à 148'679 fr. en matière d'IFD. Ses membres ont tout d'abord déclaré irrecevables les conclusions se rapportant aux périodes de taxation antérieures, car la décision sur opposition attaquée ne concernait pas ces périodes. Ils ont ensuite considéré que la vente immobilière menée par les recourants en 2006 revêtait un caractère commercial dépassant la simple administration de la fortune privée, de sorte que le principe du prélèvement d'un impôt sur le revenu se rapportant au bénéfice réalisé devait être confirmé. Ils ont en revanche retenu que les 100'000 fr. versés par la commune ne pouvaient être considérés, même partiellement, comme un revenu. Ce montant devait en revanche être pris en compte dans le calcul du prix de revient de l'immeuble, ce qui entraînait une augmentation du bénéfice imposable retiré par les contribuables de la vente de 2006. Celui-ci a été fixé à 49'948 fr. au lieu des 44'585 fr. retenus par la Commission d'impôt.
C. A l'encontre de la décision de la Commission de recours du 19 janvier 2011, X._ et dame X._ forment un recours auprès du Tribunal fédéral. Ils concluent à l'annulation de la décision entreprise tant en ce qu'elle concerne l'IFD (cause 2C_456/2011) que l'ICC (cause 2C_455/2011), à ce qu'il soit dit que le gain immobilier et la participation de la commune de A._ relèvent de leur fortune privée et à ce qu'ils ne doivent aucun intérêt de retard sur les montants encore éventuellement dus à titre de contribution fiscale pour l'année 2006. Ils proposent aussi le renvoi de la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants. Subsidiairement, ils demandent à ce que l'autorité de taxation leur permette de corriger leur déclaration 2006 pour faire valoir toute déduction qu'ils jugeront utile et à ce qu'ordre soit donné à l'autorité de taxation de réviser les décisions de taxation depuis 1989 pour tenir compte de toute déduction autorisée par la réglementation applicable.
La Commission de recours a transmis son dossier et demandé, tardivement, une prolongation de délai pour déposer une réponse. Le Service cantonal des contributions a formé des observations et conclu au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions propose le rejet du recours, se ralliant au dispositif et aux considérants de la décision du 19 janvier 2011. Les recourants ont présenté des déterminations finales, tout en maintenant la position exprimée dans leur recours.

Considérant en droit:
I. Recevabilité
1. La Commission de recours a rendu une seule décision valant tant pour l'impôt fédéral direct (IFD) que pour l'impôt cantonal et communal (ICC), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 ss). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher aux recourants d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans leur recours au Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.3 p. 264). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C_456/2011), l'autre l'ICC (2C_455/2011). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (<ref-law> et 24 PCF).
2. 2.1 La décision attaquée porte sur le calcul du revenu imposable des époux recourants pour la période de taxation 2006 en matière d'IFD et d'ICC. Comme ces domaines relèvent du droit public et qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'est réalisée, la voie du recours en matière de droit public est ouverte sur la base de l'<ref-law>. L'<ref-law> confirme du reste expressément cette voie de droit pour l'IFD. L'art. 73 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) fait de même pour l'ICC, l'imposition du revenu étant une matière harmonisée au Titre 2, <ref-law>.
2.2 Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; voir également art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF/VS; RS/VS 642.1]). Il a en outre été déposé en temps utile compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. a et 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (<ref-law>) par les contribuables destinataires de l'acte attaqué, qui ont qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. Par conséquent, il convient d'entrer en matière.
3. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévues par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 187). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
En l'espèce, les recourants méconnaissent ces principes. En effet, reprochant à l'autorité cantonale de ne pas avoir pris en considération tous les éléments pertinents, ils présentent leur propre version des événements. Or, il leur appartenait en premier lieu de démontrer en quoi les constatations figurant dans l'arrêt entrepris seraient manifestement inexactes ou arbitraires. Il ne suffit pas de dire que l'autorité devait tenir compte de l'ensemble des circonstances, pour pouvoir présenter librement les faits que l'on tient pour déterminants. Le Tribunal fédéral n'étant pas une instance d'appel, une telle argumentation n'est pas admissible (cf. <ref-ruling> consid. 3 p. 104 s.; arrêt 2C_373/2011 du 7 septembre 2011 consid. 2.2). C'est donc sur la base des constatations cantonales qu'il examinera si la Commission de recours a correctement appliqué le droit. Si la Cour de céans arrive à la conclusion, comme le soutiennent les recourants, que les membres de la Commission de recours ne disposaient pas des éléments de fait suffisants pour en tirer les conclusions juridiques à l'appui de leur décision, alors elle renverra la cause à la Commission de recours afin qu'elle complète elle-même les faits en procédant aux mesures d'instruction nécessaires.
II. Griefs formels
4. Invoquant les art. 29 Cst et 6 par. 1 CEDH, les recourants se plaignent à plusieurs égards d'une violation de leur droit d'être entendus, de l'interdiction du déni de justice formel et d'un retard à statuer.
4.1 Compte tenu de la nature formelle de ces griefs, qui peuvent entraîner l'annulation de l'arrêt attaqué indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 3d/aa p. 437 s.; arrêt 8C_118/2011 du 9 novembre 2011 consid. 4.2.1), ceux-ci seront examinés en premier lieu (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 197). S'agissant de critiques de nature constitutionnelle, le Tribunal fédéral ne vérifiera toutefois que les aspects soulevés par les recourants d'une manière conforme à l'<ref-law>.
4.2 La présente procédure ne relevant pas du droit fiscal pénal (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 203 s.), l'art. 6 par. 1 CEDH n'est pas applicable (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 146 et les références citées). Les griefs fondés sur cette disposition ne sont donc pas recevables.
En outre, comme les recourants ne soutiennent pas que le droit cantonal de procédure offrirait une protection plus étendue que les garanties constitutionnelles, leurs critiques seront examinées exclusivement à la lumière de l'art. 29 Cst.
4.3 Selon les recourants, la Commission de recours a retenu l'existence d'un commerce professionnel d'immeubles, sans se prononcer sur l'argumentation, documentée, figurant dans leur recours démontrant que la vente litigieuse ne relevait pas d'une activité lucrative indépendante. Ils y voient un défaut de motivation.
Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Selon la jurisprudence, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui lui paraissent pertinents (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 270; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 236).
A la lecture de l'arrêt attaqué, on comprend sur quels éléments de fait l'autorité de recours cantonale s'est fondée pour retenir que la vente menée par les recourants en 2006 revêtait un caractère commercial. Ont ainsi été tenues pour déterminantes les circonstances ayant entouré l'achat du terrain et la construction de l'immeuble en 1989. Les membres de la Commission de recours ont ensuite expliqué pourquoi ils rejetaient les arguments des recourants. Une telle argumentation ne viole pas l'obligation de motiver. Du reste, les recourants ont suffisamment compris la position de l'autorité précédente pour pouvoir valablement la contester devant la Cour de céans, de sorte que l'on ne discerne aucune violation de l'art. 29 al. 2 Cst. Autre est la question de savoir si le raisonnement de la Commission de recours est conforme à la notion d'activité lucrative indépendante, ce qui relève du fond et sera examiné ci-après.
4.4 Sous l'angle du droit d'être entendu, les recourants soutiennent également que la Commission de recours ne s'est pas prononcée sur leurs conclusions tendant à ce que leur fortune et leur revenu soient révisés depuis l'année de taxation 1989. Ils y voient également un déni de justice formel.
Ce faisant, ils perdent de vue qu'au consid. 1b de l'arrêt attaqué, il est indiqué que ces conclusions sont irrecevables, car la décision sur réclamation ne portait pas sur ces périodes. La Commission de recours s'est donc prononcée sur le sort donné à la requête de révision en expliquant pourquoi elle n'entrait pas en matière. Une telle argumentation exclut toute violation de l'obligation de motiver garantie par l'art. 29 al. 2 Cst. et tout déni de justice formel (cf. sur cette notion, <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9). Déterminer si la Commission de recours pouvait à juste titre considérer ces conclusions comme irrecevables ou si elle aurait dû entrer en matière concerne en revanche le fond et non l'art. 29 Cst.
4.5 Ayant rempli leur déclaration 2006 en partant de la prémisse que leur immeuble faisait partie de leur fortune privée, les recourants estiment que le respect du droit d'être entendu imposait à l'autorité de les interpeller pour leur permettre de faire valoir leur position sur cette qualification inattendue et d'indiquer les déductions s'y rapportant.
Une telle critique confine à la témérité. En effet, dès la première taxation notifiée en novembre 2007, la Commission d'impôt a qualifié de gains accessoires indépendants le bénéfice tiré de la vente immobilière de 2006. Les recourants ont donc eu tout loisir de faire valoir leur position et les éventuelles déductions découlant de cette imposition dans le cadre de la procédure de réclamation, puis de recours sur le plan cantonal. On ne se trouve donc manifestement pas dans un cas où la jurisprudence exige de l'autorité qui entend se fonder sur des normes légales dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue par les parties, qu'elle interpelle celles-ci au préalable afin de sauvegarder leur droit d'être entendu (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.; arrêts 1C_436/2010 du 14 avril 2011 consid. 4.1; 2C_839/2010 du 25 février 2011 consid. 5.2).
Par ailleurs, les recourants ayant pu faire valoir leurs arguments et les éventuelles déductions liées à la taxation retenue dans leur réclamation et leur recours, ils ne sauraient se plaindre d'une inégalité de traitement par rapport à des contribuables qui, connaissant la position des autorités fiscales, auraient indiqué la transaction en tant qu'activité lucrative indépendante avec les déductions correspondantes déjà dans leur déclaration d'impôt.
4.6 Enfin les recourants se plaignent d'un retard injustifié à statuer, la Commission de recours ayant mis plus de deux ans avant de se prononcer, après interpellation de leur conseil.
L'art. 29 al. 1 Cst. garantit notamment à toute personne, dans une procédure judiciaire ou administrative, le droit à ce que sa cause soit traitée dans un délai raisonnable. Viole la garantie ainsi accordée, l'autorité qui ne rend pas une décision qu'il lui incombe de prendre dans le délai prescrit par la loi ou dans le délai que la nature de l'affaire et les circonstances font apparaître comme raisonnable. Le caractère raisonnable du délai s'apprécie selon les circonstances particulières de la cause, eu égard notamment à la complexité de l'affaire, au comportement du requérant et à celui des autorités compétentes, ainsi qu'à l'enjeu du litige pour l'intéressé (<ref-ruling> consid. 4.4 p. 277; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 331).
En l'occurrence, les recourants ont déposé leur recours le 11 décembre 2008 devant la Commission de recours, alors que l'arrêt attaqué date du 19 janvier 2011, de sorte que la procédure a duré un peu plus de deux ans. Durant cette période, la Commission de recours a procédé à un double échange d'écritures. Puis, l'autorité de recours a donné suite à la demande d'instruction formée par les recourants tendant à la production de toutes les décisions de taxation les concernant depuis 1991. Le Service cantonal des contributions n'ayant pas fourni les informations requises, la Commission de recours l'a relancé. Dès qu'elle a reçu les documents, elle a donné aux recourants la possibilité de se prononcer. Ceux-ci ont alors eux-mêmes demandé une prolongation de délai, puis fourni, le 10 décembre 2010, leurs observations finales tout en produisant des pièces complémentaires. Les recourants ont alors prié la Commission de recours de statuer rapidement, X._ devant planifier son départ à la retraite. L'arrêt attaqué a été rendu moins d'un mois après.
En pareilles circonstances, si la procédure aurait certes pu être menée plus rapidement notamment entre la fin de l'échange d'écritures et les mesures d'instruction, on ne voit pas encore que l'on puisse reprocher à la Commission de recours de ne pas avoir statué dans un délai raisonnable. Il ne faut en effet pas perdre de vue que le Service cantonal, qui n'a pas répondu au délai pour dupliquer et a dû être relancé pour fournir les pièces requises, n'a pas simplifié les choses. En outre, les recourants ont aussi demandé une prolongation. Enfin, dès que ceux-ci ont fait valoir l'urgence de la situation, liée au prochain départ à la retraite de X._, la Commission de recours a statué dans les semaines qui ont suivi. En l'absence de retard injustifié contraire à l'art. 29 Cst., il n'y a pas lieu de donner suite à la conclusion des recourants tendant, pour ce motif, à être libérés des intérêts moratoires sur leur dette d'impôt 2006.
4.7 En conclusion, les critiques de nature formelle doivent être rejetées, dans la mesure de leur recevabilité.
II. Impôt fédéral direct
5. Invoquant une violation de l'<ref-law>, les recourants contestent principalement que le bénéfice réalisé à la suite de la vente d'un appartement et de deux places de parc dont ils étaient propriétaires sur la parcelle n° *** soit imposé au titre d'activité accessoire indépendante.
5.1 En principe, l'impôt sur le revenu a pour objet tous les revenus du contribuable, qu'ils soient uniques ou périodiques (<ref-law>). Sont exonérés d'impôt, selon l'<ref-law>, les gains en capital réalisés lors de l'aliénation d'éléments de la fortune privée. L'<ref-law> prévoit que tous les revenus provenant de l'exploitation d'une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l'exercice d'une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante sont imposables. Font partie des revenus provenant de l'activité lucrative indépendante, selon l'<ref-law>, tous les bénéfices en capital provenant de l'aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d'éléments de la fortune commerciale. La notion d'activité lucrative indépendante s'interprète largement (cf. <ref-ruling> consid. 5e p. 122 s.; arrêts 2A.105/2007 du 3 septembre 2007 consid. 3.2, in: RDAF 2007 II 299; 2C_349/2009 du 16 novembre 2009 consid. 4.1.2; 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2, in: RF 64/2009 p. 892). Seuls sont considérés comme des gains privés en capital exonérés d'impôt ceux qui sont obtenus par un particulier de manière fortuite ou dans le cadre de la simple administration de sa fortune privée (<ref-ruling> consid. 5e p. 123; <ref-ruling> consid. 3 p. 448 ss). Dès que l'activité du contribuable excède ce cadre relativement étroit et est orientée dans son ensemble vers l'obtention d'un revenu, l'intéressé est réputé exercer une activité lucrative indépendante dont les bénéfices en capital sont imposables. Une telle qualification peut se justifier, selon les cas, même en l'absence d'une activité reconnaissable pour les tiers et/ou organisée sur le modèle d'une entreprise commerciale (ATF <ref-ruling> consid. 5a p. 452 s.) et même si l'activité n'est exercée que de manière accessoire ou temporaire (cf. <ref-ruling> consid. 5b p. 121), voire occasionnelle (arrêts 2C_349/2009 du 16 novembre 2009 consid. 4.1.2; 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2, in: RF 64/2009 p. 892; 2A.66/2002 du 17 septembre 2002 consid. 2.1, in: Archives 73 p. 308; RDAF 2003 II 209; StE 2003 B 23.1 n° 51; RF 58/2003 p. 122).
En matière de transactions immobilières, la jurisprudence admet depuis 1967 qu'il peut y avoir activité lucrative indépendante même si le contribuable n'a pas de lien initial avec le secteur de l'immobilier (cf. <ref-ruling> consid. 3b p. 288; YVES NOËL, ad <ref-law>, in: Commentaire LIFD, Bâle 2008, p. 243 N 17). Pour déterminer la frontière entre activité lucrative indépendante et gestion de patrimoine privé, la pratique a posé une série d'indices : le caractère systématique et/ou planifié des opérations, la fréquence élevée des transactions, la courte durée de possession des biens avant leur (re)vente, la relation étroite entre l'activité indépendante (accessoire) supposée et la formation et/ou la profession (principale) du contribuable, l'utilisation de connaissances spécialisées, l'engagement de fonds étrangers d'une certaine importance pour financer les opérations, le réinvestissement du bénéfice réalisé ou encore la constitution d'une société de personnes (<ref-ruling> consid. 6a p. 124; arrêts 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2; 2C_29/2008 du 28 mai 2008 consid. 3.3). On peut aussi mentionner l'utilisation effective du bien et le motif de son aliénation (arrêt 2A.677/2004 du 3 novembre 2005 consid. 2.2, in: RDAF 2006 II 221). Chacun de ces indices peut conduire, en concours avec les autres voire même - exceptionnellement - isolément s'il revêt une intensité particulière, à la reconnaissance d'une activité lucrative indépendante (cf. <ref-ruling> consid. 3c p. 118 et 6a p. 124; arrêt 2C_893/2008 du 10 août 2009 consid. 2.2). En tout état, les circonstances concrètes du cas sont déterminantes (cf. arrêts 2C_349/2009 du 16 novembre 2009 consid. 4.1.2; 2A.677/2004 précité, in: RDAF 2006 II 221 consid. 2.2; 2A.425/2001 du 12 novembre 2002 consid. 3.4, in: RDAF 2003 II 611; StE 2003 B 23.1 n° 53; Archives 73 p. 299), telles qu'elles se présentent au moment de l'aliénation (cf. arrêt 2C_29/2008 du 28 mai 2008 consid. 4.2).
5.2 En l'espèce, la Commission de recours a retenu qu'il apparaissait manifeste que l'opération en cause revêtait un caractère commercial dépassant la simple administration de la fortune privée. A l'appui de cette conclusion, elle a mentionné l'achat en 1989 d'un terrain en vue d'un projet de construction de dix appartements et la vente presque simultanée de quatre appartements dans le but de financer l'opération, le solde étant assuré principalement par des emprunts hypothécaires. Par ailleurs, la juridiction cantonale a relevé que le caractère commercial avait déjà été constaté, puisque les quatre premières ventes avaient été imposées en 1991/1992 à titre de revenu. Elle a ajouté que le but de prévoyance invoqué par les recourants n'excluait pas le caractère commercial de l'opération. Enfin, le fait que la vente intervenue en 2008 ait été soumise à l'impôt sur les gains immobiliers était sans pertinence.
5.3 C'est à juste titre que la Commission de recours a considéré que le but de prévoyance professionnelle ne suffisait pas à attribuer le caractère d'élément de la fortune privée à la transaction, car la prévoyance professionnelle peut être assurée par des actifs appartenant à la fortune commerciale (<ref-ruling> consid. 6b p. 124; confirmé in arrêt 2C_29/2008 du 28 mai 2008 consid. 4.2). Les membres de la juridiction cantonale ne pouvaient en revanche retenir en défaveur des recourants le fait que la vente des quatre premiers appartements avait fait l'objet d'une imposition sur le revenu en 1991/92, ce qui est contesté. En effet, même avéré, cet élément doit être relativisé puisque la vente d'un autre appartement intervenue en 2008 a pour sa part fait l'objet d'une imposition sur les gains immobiliers, les autorités fiscales estimant - sans qu'il ne soit ici besoin d'en examiner la pertinence - qu'il relevait de la fortune privée des recourants.
Quant aux indices considérés comme déterminants par la Commission de recours, force est d'admettre, à l'instar des recourants, qu'ils ne sont pas suffisants à eux seuls pour imposer en qualité d'activité lucrative indépendante la transaction immobilière litigieuse. En effet, les membres de la Commission de recours se sont focalisés sur la construction et le financement en 1989 de l'immeuble, mais n'ont pas analysé les circonstances dans leur ensemble telles qu'elles se présentaient en 2006, au moment de la transaction litigieuse.
Certes, le fait que les époux X._ aient acheté un terrain en 1989 pour y édifier un immeuble de dix appartements et que, ne disposant pas des fonds suffisants, ils aient vendu quatre appartements à des tiers et se soient financés essentiellement au moyen de prêts hypothécaires, plaide en faveur d'une opération commerciale. Cependant, il ne faut pas perdre de vue que l'engagement de fonds étrangers à lui seul ne suffit pas à qualifier l'opération de commerce professionnel d'immeubles, dès lors qu'il s'agit en principe de la règle dans tout investissement immobilier (cf. ATF <ref-ruling> consid. 5b p. 454). Il est aussi important de savoir quel était le montant total de l'opération, quels fonds propres les recourants ont eux-mêmes investis et quelles garanties ils ont dû donner pour obtenir les prêts. L'indication figurant dans l'arrêt attaqué selon laquelle le solde du financement a été assuré "principalement par des emprunts hypothécaires" n'est sur ce point pas assez précise.
Hormis l'engagement de fonds étrangers lors de la construction de l'immeuble en 1989, l'arrêt attaqué n'examine pas les autres critères développés par la jurisprudence (cf. consid. 5.1 supra). Si l'on peut admettre que les recourants ont planifié l'achat du terrain et la construction de l'immeuble, ainsi que la vente de quatre appartements, la fréquence des transactions immobilières a par la suite été très limitée. En plus de 15 ans, soit jusqu'à la vente de 2006, les recourants n'ont fait que racheter deux des appartements vendus, récupérant partiellement ce qu'ils avaient dû céder en 1989. Par ailleurs, X._ travaillait comme laborantin, de sorte qu'il n'y a aucune relation entre sa profession principale et une activité accessoire supposée dans l'immobilier. Aucun élément n'indique qu'il aurait disposé de connaissances spécialisées. Quant au bénéfice réalisé, qui a été établi à 49'948 fr., on ignore s'il a été réinvesti. L'immeuble en cause a servi partiellement de logement à la famille X._, mais aucune constatation n'a été effectuée au sujet de l'utilisation faite des loyers perçus sur les autres appartements. Les membres de la juridiction cantonale ne se sont pas non plus prononcés sur le motif qui a poussé les recourants à vendre l'appartement en 2006. Ceux-ci ont allégué l'état de santé de dame X._, qui, s'il était prouvé, contredirait la qualification d'opération commerciale.
Dans ces circonstances, le Tribunal fédéral ne dispose pas, à la lecture de l'arrêt attaqué, des éléments de fait suffisants lui permettant d'affirmer qu'il s'agit d'une opération commerciale ne relevant pas de la simple administration de la fortune privée. Il convient donc d'admettre le recours sur ce point, d'annuler l'arrêt attaqué en ce qu'il concerne l'imposition 2006 des recourants en matière d'IFD et de retourner l'affaire à la Commission de recours pour qu'elle complète les faits en ordonnant, si nécessaire, des mesures probatoires afin de qualifier la transaction de 2006 en fonction des critères posés par la jurisprudence.
6. Les recourants soutiennent également qu'en considérant comme irrecevable leur conclusion subsidiaire tendant à la révision des décisions de taxation de 1989 jusqu'en 2006, la Commission de recours a violé les <ref-law>.
C'est à tort que la Commission de recours n'a pas considéré la question de la révision comme objet du litige. Les recourants avaient en effet pris des conclusions dans ce sens en première instance. En revanche, on ne saurait critiquer dans son résultat le fait que la demande de révision n'a pas été traitée. La révision permet de revenir sur une décision de taxation entrée en force notamment en cas de découverte de faits importants (cf. <ref-law>). Sans préjuger de la question de savoir si un tel motif de révision serait ou non réalisé en l'espèce (voir arrêt 2A.4/2007 du 6 juillet 2007 cons. 3.4), il convient de relever que, tant que la procédure concernant la taxation 2006 des recourants, objet du présent recours, n'est pas définitivement tranchée, le point de savoir si la vente de 2006 doit être qualifiée d'opération commerciale reste incertain. Or, cet élément étant déterminant pour l'ouverture éventuelle d'une demande de révision, on ne voit pas que la Commission de recours ait en l'état violé les <ref-law> en refusant d'entrer en matière sur les conclusions en révision formées par les recourants. Sur ce point, le recours doit donc être rejeté.
7. Il convient enfin de préciser que, s'agissant des 100'000 fr. versés par la commune de A._ en 2006 pour l'édification de murs, les recourants concluent à ce qu'il soit dit que ce montant relève de leur fortune privée. Ce faisant, ils ne s'en prennent pas à l'arrêt attaqué, qui n'a précisément pas pris en compte les 100'000 fr. dans le calcul du revenu imposable. Les juges ont en revanche inclus ce montant dans le prix de revient de l'immeuble et ont procédé à un nouveau calcul de celui-ci. Dès lors que les recourants ne formulent aucun grief à cet égard (cf. <ref-law>), ce point n'a pas à être revu dans la présente procédure et peut être considéré comme acquis.
III. Impôt cantonal et communal
8. Comme l'art. 8 al. 1 et 2 LHID, repris à l'art. 14 LF/VS, correspond à l'<ref-law>, la jurisprudence applicable en matière de LIFD est également déterminante en ce qui concerne l'ICC (cf. arrêt 2C_276/2010 du 19 octobre 2010 consid. 5). Quant à l'<ref-law>, il trouve son pendant à l'<ref-law> et est repris à l'art. 154 al. 1 let. a et b LF/VS.
Il peut donc être renvoyé aux considérants relatifs à l'IFD, tant en ce qui concerne la qualification de la vente de 2006 qu'en ce qui se rapporte à la demande de révision. Le recours sera donc lui aussi partiellement admis en ce qui concerne l'ICC.
IV. Conséquences
9. 9.1 Compte tenu de ce qui précède, le recours sera partiellement admis dans la mesure où il conteste le caractère commercial de la vente de l'immeuble effectuée en 2006, tant en ce qui concerne l'IFD (2C_456/2011) que l'ICC (2C_455/2011). Il doit au surplus être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
La décision attaquée qui fixe le revenu net imposable des recourants en matière d'IFD et d'ICC pour 2006 en y incluant le bénéfice de la vente immobilière réalisée cette année-là doit donc être annulée. La cause sera ainsi renvoyée à la Commission de recours pour qu'elle statue à nouveau dans le sens des considérants (cf. <ref-law>). Il lui appartiendra d'examiner, en fonction des critères fixés par la jurisprudence et au besoin en procédant aux actes d'instruction nécessaires, si l'opération en cause relève d'une activité lucrative accessoire indépendante ou de la simple gestion de la fortune privée (cf. consid. 5.3 supra). En fonction de ses nouvelles conclusions, il lui appartiendra, le cas échéant, de répartir différemment les frais et dépens de la procédure cantonale.
9.2 Les recourants, qui succombent partiellement, supporteront la moitié des frais judiciaires, solidairement entre eux (art. 66 al. 1 et 5 LTF), l'autre moitié étant mise à la charge du canton du Valais dont l'intérêt patrimonial est en cause (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Les recourants auront par ailleurs droit à des dépens réduits supportés par le canton du Valais (<ref-law>) qui, pour sa part, ne peut prétendre à aucun dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_455/2011 et 2C_456/2011 sont jointes.
2. Le recours en matière de droit public est partiellement admis en ce qu'il concerne la prise en compte du bénéfice de la vente immobilière réalisée en 2006 s'agissant de l'IFD 2006. Il est rejeté dans la mesure de sa recevabilité pour le surplus (2C_456/2011).
3. Le recours en matière de droit public est partiellement admis en ce qu'il concerne la prise en compte du bénéfice de la vente immobilière réalisée en 2006 s'agissant de l'ICC 2006. Il est rejeté dans la mesure de sa recevabilité pour le surplus (2C_455/2011).
4. La décision attaquée est annulée et la cause est renvoyée à la Commission de recours en matière fiscale du canton du Valais pour qu'elle statue dans le sens des considérants.
5. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis pour 1'000 fr. à la charge des recourants, solidairement entre eux, et pour 1'000 fr. à la charge du canton du Valais.
6. Une indemnité de 1'500 fr., à payer à titre de dépens aux recourants, créanciers solidaires, est mise à la charge du canton du Valais.
7. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Service cantonal des contributions du canton du Valais, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 5 avril 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Chatton