Sachverhalt:
A. Die X._AG ist Eigentümerin der Parzellen Nr. 967 in Dagmersellen und Nr. 258 in Langnau. Auf Parzelle Nr. 967, wo sich verschiedene Gebäude und Industriebauten befinden, betreibt sie Handel mit Maschinen, Werkzeugen und Fahrzeugen. Parzelle Nr. 258 ist unüberbaut.
Mit Entscheid vom 14. Februar 2003 genehmigte der Regierungsrat des Kantons Luzern das Projekt "Verbauung der Wigger" in den Gemeinden Dagmersellen und Langnau, Abschnitt Wigerenmatte. Die von der X._AG gegen dieses Wasserbauprojekt eingelegte Einsprache wurde abgewiesen, soweit darauf eingetreten wurde. Mit der Projektgenehmigung wurde dem Kanton Luzern das Enteignungsrecht erteilt.
Am 22. Januar 2004 reichte der Kanton Luzern ein Gesuch um Durchführung des Schätzungsverfahrens ein und beantragte die vorzeitige Besitzeinweisung für die von den beiden Parzellen der X._AG benötigte Fläche. Mit Entscheid vom 30. Juni 2004 hiess die Schätzungskommission das Gesuch gut. Das Enteignungsverfahren wurde sistiert, bis die Bauarbeiten abgeschlossen waren und der Regierungsrat mit Entscheid vom 7. März 2006 die neuen Baulinien auf den Parzellen Nr. 967 und Nr. 258 genehmigt hatte. Mit Entscheid vom 19. August 2009 verpflichtete die Schätzungskommission den Kanton Luzern, der X._AG eine Enteignungsentschädigung von Fr. 42'502.-- und eine Inkonvenienzentschädigung von Fr. 2'300.-- auszurichten.
Eine gegen den Entscheid der Schätzungskommission erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 2. Mai 2011 teilweise gut. Es erhöhte den Betrag der Enteignungsentschädigung auf Fr. 57'902.-- und verfügte, dass die Forderung (Enteignungsentschädigung und Inkonvenienzentschädigung abzüglich der bereits geleisteten Akontozahlung von Fr. 50'000.--) ab dem 30. Juni 2004 zu 5 % zu verzinsen sei. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht vom 3. Juni 2011 beantragt die X._AG im Wesentlichen, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und die Vorinstanz sei anzuweisen, den Verkehrswert, den Minderwert und die weiteren Nachteile (Inkonvenienzen) neu zu bestimmen. Zudem habe der Enteigner der Enteigneten die Kosten für das Privatgutachten zurückzuerstatten, das sie hatte erstellen lassen.
Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde sei abzuweisen oder es sei darauf nicht einzutreten. Der Kanton Luzern hat sich nicht vernehmen lassen. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik im Wesentlichen an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG). Dieser stützt sich in erster Linie auf kantonales Enteignungsrecht, betrifft also eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Die Beschwerdeführerin ist Eigentümerin der teilenteigneten Grundstücke. Ihrem Entschädigungsbegehren wurde im vorinstanzlichen Urteil nicht vollumfänglich entsprochen, weshalb sie ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung hat. Sie ist zur Beschwerdeführung legitimiert (<ref-law>). Unter Vorbehalt der nachfolgenden Erwägungen ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 Die Beschwerdeführerin beantragt die Befragung eines Zeugen. Der rechtserhebliche Sachverhalt geht aus den Akten jedoch hinreichend hervor, sodass darauf verzichtet werden kann.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Soweit ein Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann er nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (<ref-law>). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach <ref-law> (BGE 135 III 127 E. 1.5 S. 129 f.; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; Urteil 1C_412/2008 vom 24. März 2009 E. 2.1, in: URP 2009 S. 188; je mit Hinweisen).
1.4 Die Beschwerdeführerin rügt, die Feststellung des Verwaltungsgerichts, wonach der Regierungsrat im Entscheid vom 14. Februar 2003 ausgeführt habe, dass bei den Grundstücken der Beschwerdeführerin die Wigger dem heutigen Wasserwiggernbord folge, sei falsch. Das Verwaltungsgericht selbst habe festgestellt, dass von der Parzelle Nr. 967 rund 1'380 m2 Land für die Gewässerkorrektion beansprucht werde. Das Verwaltungsgericht antwortete darauf in seiner Vernehmlassung zuhanden des Bundesgerichts, dass sich der betreffende Satz sehr wohl im Entscheid des Regierungsrats finde und dass es im angefochtenen Entscheid festgestellt habe, dass vom fraglichen Grundstück 1'294 m2 enteignet worden seien. Dies wird von der Beschwerdeführerin in ihrer Replik nicht mehr in Frage gestellt. Es ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht dargelegt, inwiefern der behauptete Mangel für das vorliegende Verfahren von Bedeutung sein sollte. Ein Abweichen vom Sachverhalt, wie ihn die Vorinstanz festgestellt hat, ist insofern nicht angezeigt.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, dass das Verwaltungsgericht die Angemessenheit des Entscheids der Schätzungskommission hätte überprüfen müssen. Es liege eine Verletzung des rechtlichen Gehörs bzw. eine formelle Rechtsverweigerung vor. Darüber hinaus kritisiert die Beschwerdeführerin, dass sich das Verwaltungsgericht Zurückhaltung bei der Überprüfung des Entscheids der Schätzungskommission auferlegt habe.
2.2 Die von der Beschwerdeführerin aufgeworfene Frage der Kognition betrifft die Rechtsweggarantie (<ref-law>). Diese wird in <ref-law> konkretisiert. Danach gewährleisten die Kantone, soweit sie nach dem Bundesgerichtsgesetz als letzte kantonale Instanz ein Gericht einzusetzen haben (vgl. <ref-law>), dass diese selbst oder eine vorgängig zuständige andere richterliche Behörde den Sachverhalt frei prüft und das massgebende Recht von Amtes wegen anwendet. <ref-law> und <ref-law> garantieren bei grundsätzlich allen Rechtsstreitigkeiten Zugang zu wenigstens einem Gericht, das Rechts- und Sachverhaltsfragen umfassend überprüfen kann. Grundsätzlich nicht gefordert ist dagegen eine Kontrolle der Angemessenheit der angefochtenen Entscheide (Urteil 1C_156/2011 vom 15. Juli 2011 E. 2.3 mit Hinweis). Insofern erweist sich die Rüge der Beschwerdeführerin als unbegründet. In Bezug auf ihre Kritik, das Verwaltungsgericht habe sich in unzulässiger Weise Zurückhaltung bei der Überprüfung des Entscheids der Schätzungskommission auferlegt, führt sie keine Erwägung des angefochtenen Entscheids an, um ihre Behauptung zu begründen. Darauf ist nicht einzutreten (<ref-law>).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin akzeptiert die Enteignungsentschädigung für die Parzelle Nr. 976 nicht und macht in diesem Zusammenhang eine Verletzung der Eigentumsgarantie geltend. Die Vorinstanz ging davon aus, dass von dieser Parzelle 504 m2 Landwirtschaftsland, 425 m2 Bauland und 365 m2 Gewässerfläche enteignet werden. Die Beschwerdeführerin beruft sich auf ein nicht ausgeführtes Wasserbauprojekt und eine Gesamtmelioration aus den 70er-Jahren und macht geltend, die damalige Landzuteilung müsse bei der Entschädigung berücksichtigt werden. Zudem ist sie der Ansicht, der im Bereich der Wigger gelegene Teil der Parzelle sei mittlerweile eingezont worden und müsse deshalb zu Baulandpreisen entschädigt werden.
3.2 Nach <ref-law> wie im Übrigen auch nach § 16 des Enteignungsgesetzes des Kantons Luzern vom 29. Juni 1970 (SRL 730; im Folgenden: EntG/LU) ist eine Enteignung voll zu entschädigen. Das Verwaltungsgericht hielt in dieser Hinsicht im Wesentlichen fest, wie das alte Wasserbauprojekt im Detail ausgesehen habe, gehe aus den vorliegenden Akten nicht hervor. Die Auffassung der Beschwerdeführerin werde aber verständlicher, wenn man den Entscheid der Kantonalen Meliorationskommission betreffend Neuzuteilung der Güterzusammenlegung Dagmersellen vom 8. August 1975 berücksichtige. Die Kommission habe erwogen, es sei zweckmässig und wünschenswert, den projektierten Wiggernkanal Richtung Südwesten zu verlegen. Ob in der Folge das Wasserbauprojekt im Bereich des Grundstücks der Beschwerdeführerin tatsächlich abgeändert und genehmigt worden sei sowie in Rechtskraft erwachsen sei, gehe aus den Unterlagen nicht hervor. Zudem habe es sich beim Land, welches die Beschwerdeführerin gemäss ihren Ausführungen gestützt auf das alte Wasserbauprojekt neu hätte überbauen können, um Böschung und Wasserfläche gehandelt. Dieses Land hätte die Beschwerdeführerin ohnehin nicht baulich nutzen können. Bei der Festlegung der Höhe der Enteignungsentschädigung könnten somit die Folgen des nicht realisierten alten Wasserbauprojekts nicht berücksichtigt werden. Auch wenn zutreffen sollte, dass die Güterzusammenlegung einen engen Zusammenhang mit dem Wasserbauprojekt gehabt hatte, wie dies die Beschwerdeführerin behauptete, würde sich daran nichts ändern.
Zur behaupteten Einzonung hielt das Verwaltungsgericht fest, der ungefähre Verlauf der Sonderbauzone, auf welche sich die Beschwerdeführerin beruft, gehe aus dem Plan vom 14. April 1997 hervor, welcher Grundlage für die Einzonung gewesen sei. Dieser mache deutlich, dass sich die Sonderbauzone lediglich auf den Bereich der bestehenden Gewerbebauten erstrecke. Die Gewässerfläche gehöre nicht dazu. Im Übrigen hätte eine solche Einzonung auch gegen Art. 15 bzw. Art. 16 RPG (SR 700) verstossen. Dass auch die Böschung nicht von der Sonderbauzone erfasst werde, gehe ebenfalls aus dem Plan vom 14. April 1997 hervor. Zudem sei die bauliche Nutzung der Böschung gemäss § 5 f. des Wasserbaugesetzes des Kantons Luzern vom 30. Januar 1979 (SRL 760) ausgeschlossen. Sie lasse sich auch nicht aus dem Zweck der Sonderbauzone ableiten, welche in der optimalen Nutzung der bestehenden Bauten im heutigen Umfang bestehe.
3.3 Die Beschwerdeführerin beruft sich zwar darauf, dass sie im Bereich der Wigger ebenes Land bis zur neuen Böschungskante erhalten hätte, wenn das Wasserbauprojekt von 1975 realisiert worden wäre. Auch macht sie geltend, dass die damalige Planung sehr weit fortgeschritten gewesen sei. Indessen behauptet sie nicht, dass infolge des Entscheids der Kantonalen Meliorationskommission betreffend Neuzuteilung der Güterzusammenlegung Dagmersellen vom 8. August 1975 das Wasserbauprojekt im strittigen Bereich tatsächlich abgeändert und genehmigt wurde sowie in Rechtskraft erwachsen ist. Das Verwaltungsgericht erwog, dies ergebe sich nicht aus den Unterlagen. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesem Aspekt nicht auseinander (<ref-law>). Auch macht sie nicht geltend, dass das damalige Verhalten der Behörden die Voraussetzungen des verfassungsmässigen Vertrauensschutzes erfüllt hätten (<ref-law>). In Bezug auf die Frage, ob auch Land im Bereich der Wigger eingezont worden sei, hält die Beschwerdeführerin den Ausführungen des Verwaltungsgerichts lediglich die Behauptung entgegen, dieses Land sei gemäss dem Plan "Sonderbauzone Rismüli" eingezont worden. Mit den nachvollziehbaren Ausführungen im angefochtenen Entscheid, welche sich anhand des Plans vom 14. April 1997 überprüfen lassen, setzt sie sich nicht auseinander. Auf ihre Rüge ist deshalb nicht einzutreten (<ref-law>).
3.4 Die Beschwerdeführerin rügt als Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>), dass der Projektleiter für die Gesamtmelioration Dagmersellen nicht als Zeuge einvernommen worden sei. Der aus dem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) abgeleitete Anspruch auf Abnahme rechtserheblicher Beweise ist indessen nicht absolut. Es liegt keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236 f. mit Hinweisen). Es ist nicht willkürlich anzunehmen, die beantragte Einvernahme würde am dargelegten Ergebnis nichts ändern. Die Beschwerdeführerin sagt denn auch nicht, was sie damit konkret aufzeigen will. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist unter diesen Umständen zu verneinen.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, dass für die Berechnung des Verkehrswertes des enteigneten Landes nicht auf ein einziges Vergleichsgrundstück abgestellt werden dürfe. Sie verweist auf <ref-ruling>. Zudem sei gerichtsnotorisch, dass im Kanton Luzern kein Gewerbeland zu Fr. 117.--/m2 gekauft werden könne. Schliesslich beanstandet die Beschwerdeführerin, dass das Verwaltungsgericht gegenüber dem Vergleichsgrundstück einen Abzug von 6 % wegen der ungünstigen Grundstücksform der Parzelle Nr. 967 vorgenommen hat, denn unter dem Titel des Minderwerts werde gesagt, dass das Grundstück keine ungünstige Form habe.
4.2 Die Vorinstanz ging von den Berechnungen der Schätzungskommission aus, welche sich ihrerseits auf die statistische Methode stützte. Sie verwies auf die geringe Zahl von Verkäufen von in der Industrie- und Gewerbezone der Gemeinde Dagmersellen und der Nachbargemeinde Langnau bei Reiden gelegener Grundstücke. Mit Ausnahme des Grundstücks Nr. 790, GB Langnau bei Reiden, handle es sich dabei um Arrondierungskäufe, welche sich nicht zum Vergleich eigneten (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3a S. 174). Das Verwaltungsgericht ging auf die bereits im vorinstanzlichen Verfahren erhobene Behauptung der Beschwerdeführerin ein, dass nicht auf ein einziges Vergleichsgrundstück abgestellt werden dürfe. Es legte in korrekter Wiedergabe von <ref-ruling> dar, dass sich in der Regel selbst aus vereinzelten Vergleichspreisen auf das allgemeine Preisniveau schliessen lasse. Seien nur wenige Kaufpreise bekannt, müssten diese besonders sorgfältig untersucht werden. Nur wenn überhaupt keine Vergleichspreise vorhanden seien, dürfte sich die Schätzungsbehörde auf die ausschliessliche Anwendung von Methoden beschränken, die - wie die Lageklassenmethode oder die Methode der Rückwärtsrechnung - auf blosse Hypothesen abstellten oder auf heute nicht mehr durchwegs geltenden Rentabilitätsüberlegungen beruhten und bei denen das Ergebnis selbst durch kleinere Erhöhungen oder Reduktionen der Ausgangswerte fast beliebig verändert werden könne (vgl. a.a.O., E. 3a S. 174 mit Hinweisen). Aus diesen Erwägungen folgt, dass die statistische Methode (Vergleichsmethode) auch zulässig ist, wenn nur ein einziges Vergleichsobjekt besteht. Vorausgesetzt ist, dass die Vergleichbarkeit besonders kritisch untersucht wird. Diesbezüglich bringt die Beschwerdeführerin zum einen vor, dass gerichtsnotorisch sei, dass im Kanton Luzern kein Gewerbeland zu Fr. 117.--/m2 mehr gekauft werden könne. Von Gerichtsnotorietät kann jedoch in dieser Hinsicht nicht gesprochen werden. Zum andern beanstandet sie unter Hinweis auf die Erwägungen des Verwaltungsgerichts zum Minderwert den Abzug von 6 % wegen der ungünstigen Grundstücksform. Auch diese Kritik geht ins Leere. Im angefochtenen Entscheid wird die Grundstücksform nicht unter verschiedenen Titeln verschieden bewertet, wie dies die Beschwerdeführerin andeutungsweise behauptet. Im Rahmen seiner Ausführungen zum Minderwert untersuchte das Verwaltungsgericht, ob die Bebaubarkeit der Parzelle Nr. 976 nach der Enteignung entscheidend eingeschränkt ist, was es verneinte. Ob die Parzelle Nr. 967 eine vergleichsweise ungünstige Form aufweist und ob die Bebaubarkeit durch die Abtrennung einer Teilfläche massgeblich eingeschränkt wird, sind zwei voneinander unabhängige Fragen. Ein Widerspruch in den betreffenden Erwägungen des angefochtenen Entscheids ist deshalb nicht zu erkennen.
Abgesehen von diesen beiden Punkten beanstandet die Beschwerdeführerin die Berechnung des Verkehrswerts des enteigneten Landes nicht. Insbesondere behauptet sie nicht, dass die Vorinstanzen ein weiteres geeignetes Vergleichsobjekt ignoriert hätten. Nach dem Gesagten durfte das Verwaltungsgericht die Berechnung anhand der Vergleichsmethode vornehmen. Im Übrigen legte es dar, dass die Schätzungskommission den Verkehrswert anhand der Lageklassenmethode verifiziert habe und wies darauf hin, dass die Beschwerdeführerin die dabei verwendeten Parameter nicht beanstandet habe.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin beanstandet weiter, die Ausführungen des Verwaltungsgerichts zum Minderwert seien widersprüchlich und somit willkürlich (<ref-law>). Beim Landpreis habe das Verwaltungsgericht wegen der ungünstigen Grundstücksform einen Abzug gemacht. Bezüglich des Minderwerts habe es dann aber festgestellt, dass durch das Wasserbauprojekt das Grundstück nicht verschmälert worden sei und dass deshalb kein Minderwert bestehe.
Wie bereits dargelegt wurde, setzte sich das Verwaltungsgericht im Rahmen seiner Ausführungen zum Minderwert mit der Frage auseinander, ob die Bebaubarkeit der Parzelle in entscheidendem Umfang beeinträchtigt worden sei. Es verneinte dies. Darin liegt kein Widerspruch zur Feststellung, dass die Parzelle im Verhältnis zur Vergleichsparzelle Nr 790, GB Langnau bei Reiden, eine ungünstigere Form besitzt. Die Rüge der Willkür ist unbegründet.
5.2 Die Beschwerdeführerin wiederholt ihren bereits im vorinstanzlichen Verfahren vorgetragenen Einwand, dass bei der Minderwertberechnung die am 7. März 2006 vom Regierungsrat des Kantons Luzern erlassenen Baulinien nicht berücksichtigt werden dürften. Das Verwaltungsgericht setzte sich mit diesem Vorbringen ausführlich auseinander. Es legte im Wesentlichen dar, dass die Beschwerdeführerin bei den Landerwerbsverhandlungen den Erlass von Baulinien gewünscht habe und dass dadurch die Bebaubarkeit des Grundstücks erleichtert worden sei. Es wies auf § 21 Abs. 1 Satz 1 EntG/LU hin, wonach bei einer Teilenteignung für den Minderwert des verbleibenden Teils und die weiteren Nachteile insoweit kein Ersatz zu leisten ist, als er durch besondere Vorteile aufgewogen wird, die dem Enteigneten aus dem Werk des Enteigners entstehen. Aus den Akten ergebe sich, dass ohne die vorliegende Enteignung wohl kaum ein Baulinienplan erlassen worden wäre. In ihrer Stellungnahme zur vorzeitigen Besitzeinweisung habe die Beschwerdeführerin festgehalten, sie sei mit dieser einverstanden, sofern der Kanton im Bereich ihrer Grundstücke eine von ihr vorgeschlagene Baulinie auflege und genehmige. In der Folge habe sich der Erlass der gewünschten Baulinien verzögert. Nach Abschluss der Bauarbeiten sei das Schätzungsverfahren im Einverständnis der Parteien deshalb bis zum Vorliegen des Baulinienplans sistiert worden. Aus alledem folge, dass die Schätzungskommission zu Recht festgehalten habe, dass die Bebaubarkeit des Grundstücks der Beschwerdeführerin sich anhand dieser neu erlassenen Baulinien bestimme.
Mit den Erwägungen im angefochtenen Entscheid setzt sich die Beschwerdeführerin nicht auseinander. Sie begnügt sich damit, sich auf die Eigentumsgarantie und die Wirtschaftsfreiheit zu berufen und ihre bereits im vorinstanzlichen Verfahren erhobene Rüge zu wiederholen, dass von einer falschen Fläche ausgegangen werde und der tatsächlich eingetretene Minderwert nicht wirklich erfasst werde, wenn auf die 2006 erlassene Baulinie abgestützt werde. Sie stellt aber nicht in Abrede, dass ohne die vorliegende Enteignung wohl kaum ein Baulinienplan erlassen worden wäre und dass ihr daraus ein besonderer Vorteil im Sinne von § 21 Abs. 1 Satz 1 EntG/LU erwächst (vgl. dazu HESS/WEIBEL, Das Enteignungsrecht des Bundes, 1986, N. 70 zu Art. 19 EntG und N. 8 ff. zu Art. 20 EntG). Ihre Beschwerdeschrift genügt insofern den Anforderungen von <ref-law> nicht. Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
5.3 Die Beschwerdeführerin hat im Verfahren vor Verwaltungsgericht ein Gutachten zur Berechnung des Minderwerts beantragt. Sie sieht sich in ihrem Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verletzt, weil ihr Antrag abgelehnt wurde. Sie begründet dies damit, dass die Aussagen der Schätzungskommission zum Gutachten, welches die Beschwerdeführerin selbst hatte erstellen lassen, nicht nachgeprüft werden könnten.
Der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) beinhaltet das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheides zur Sache zu äussern sowie das Recht auf Abnahme der rechtzeitig und formrichtig angebotenen rechtserheblichen Beweismittel. Indessen steht der Anspruch einer vorweggenommenen Beweiswürdigung nicht entgegen. Das Gericht kann auf die Abnahme von Beweisen verzichten, wenn es aufgrund bereits abgenommener Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür annehmen kann, seine Überzeugung werde durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert (<ref-ruling> E. 5.3 S. 236 f.; <ref-ruling> E. 5.2 f. S. 147 f.; je mit Hinweisen; Urteil des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte Perna gegen Italien vom 6. Mai 2003, Recueil CourEDH 2003-V S. 303 § 32).
Die Schätzungskommission zeigte nicht nur im Einzelnen auf, wie sie die Bebaubarkeit der Parzelle Nr. 967 nach der Enteignung berechnete, sondern auch, inwiefern das von der Beschwerdeführerin eingereichte Gutachten von unrichtigen Voraussetzungen ausging. Das Verwaltungsgericht bezeichnete die betreffenden Ausführungen als nachvollziehbar und ging ebenfalls auf die einzelnen Punkte ein. In Bezug auf die Kritik der Beschwerdeführerin hielt es fest, dass daraus nicht hervorgehe, was genau beanstandet werde. In ihrer Beschwerde an das Bundesgericht beschränkt sich die Beschwerdeführerin darauf, pauschal zu behaupten, die Aussagen der Schätzungskommission zu dem von ihr eingereichten Gutachten könnten nicht nachgeprüft werden, ohne konkret darzulegen, auf welche Aussagen sie sich bezieht. Unter diesen Voraussetzungen durfte das Verwaltungsgericht davon absehen, ein weiteres Gutachten einzuholen, ohne sich dem Vorwurf der Willkür auszusetzen. Die Rüge der Verletzung von <ref-law> ist unbegründet.
6. 6.1 Vor Verwaltungsgericht hatte die Beschwerdeführerin geltend gemacht, es sei für die Bäume, welche bei der Ausführung des Wasserbauprojekts gefällt wurden, eine Inkonvenienzentschädigung auszurichten (§ 18 lit. c EntG/LU). Das Verwaltungsgericht legte im angefochtenen Entscheid dar, es müsse eine Unterscheidung getroffen werden zwischen den Bäumen auf den enteigneten Grundstücksteilen und jenen auf den nicht enteigneten Grundstücksteilen. Bezüglich der Ersteren stellte sich die Frage, ob sie den Verkehrswert beeinflussten, bezüglich der Zweiteren, ob eine Inkonvenienzentschädigung geschuldet sei.
Grundlage für die Forderung der Beschwerdeführerin war zum einen ein Gutachten vom 2. Oktober 2003, welches die Schätzungskommission in Auftrag gegeben hatte und welches am 28. Mai 2004 ergänzt wurde, nachdem sich ergeben hatte, dass für das Wasserbauprojekt eine breitere Baupiste erforderlich sein würde als bisher vorgesehen. Zudem hatte die Beschwerdeführerin selbst ein Gutachten eingereicht. Während dieses Privatgutachten den Wert der anzupflanzenden Bäume und Sträucher auf Fr. 471'761.50 beziffert, weist das amtliche Gutachten den Wert des Baumbestands im gesamten Bereich des Wasserbauprojekts mit Fr. 91'814.-- aus.
Das Verwaltungsgericht kam zum Schluss, dass der Verkehrswert der enteigneten Grundstücksteile von der Bepflanzung nicht beeinflusst werde. Es gehe um ein Grundstück, dass sich in der Landwirtschafts- und Gewerbezone befinde. Potenzielle Käufer dürften nicht bereit sein, wegen der Bäume einen höheren Landwert zu bezahlen, da sie diese für die zonenkonforme Nutzung gar nicht benötigen würden.
Hinsichtlich der nicht enteigneten Grundstücksteile führte das Verwaltungsgericht aus, es könne nicht mit Sicherheit beantwortet werden, ob der Enteigner dort Ersatzanpflanzungen vorgenommen habe. Auf jeden Fall mache die Beschwerdeführerin nicht geltend, sie habe diese anstelle des Enteigners vorgenommen, und belege auch keine Auslagen. Somit sei nicht ersichtlich, inwiefern die Beschwerdeführerin (im heutigen Zeitpunkt) aufgrund der gefällten Bäume einen Vermögensschaden erlitten habe. Dass sie den Uferbereich im Zusammenhang mit einer Neuüberbauung neu gestalten werde, werde dabei nicht verkannt. Ein Entschädigungsanspruch könne aber nicht gestützt auf eine noch nicht eingetretene Vermögenseinbusse, deren Umfang im Übrigen unklar sei, festgesetzt werden.
6.2 Die Beschwerdeführerin rügt diese Erwägungen in mehrfacher Hinsicht. Sie bringt vor, das von der Schätzungskommission in Auftrag gegebene Gutachten belege, dass keine Ersatzbepflanzung erfolgt sei. Wenn das Verwaltungsgericht davon ausgehe, dieser Punkt sei trotzdem unklar, dann hätte es den beantragten Augenschein durchführen müssen. Zudem ist die Beschwerdeführerin der Ansicht, dass der Verkehrswert des enteigneten Landes durch die Bepflanzung erhöht worden sei. Sie weist darauf hin, dass die gefällten Bäume mehrheitlich in der Sonderbauzone "Rismüli" gestanden hätten. Zulässig sei dort auch die Nutzung als Wohnraum für den Eigentümer und das Personal. Sie weist weiter darauf hin, dass der amtlich beauftragte Experte in seinem Gutachten festgehalten habe, dass die Vegetation einen parkähnlichen Charakter habe. Schliesslich rügt sie als Verletzung des rechtlichen Gehörs, dass sich das Verwaltungsgericht mit ihren Ausführungen bezüglich der Unterschiede zwischen privatem Haftpflichtrecht und öffentlichem Enteignungsrecht nicht auseinandergesetzt habe.
6.3 Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist das Verwaltungsgericht auf den Unterschied zum privaten Haftpflichtrecht eingegangen. Im Übrigen stützt sich die Beschwerdeführerin ja gar nicht auf privates Haftpflichtrecht, sodass diese Frage für die Enteignungsentschädigung nicht direkt ausschlaggebend war. Die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) ist unbegründet.
6.4 Bei der Bestimmung des Verkehrswerts der enteigneten Grundstücksflächen, welche sich massgeblich auf eine Beurteilung der örtlichen Gegebenheiten stützt, kommt den kantonalen Behörden ein weiter Ermessensspielraum zu (Urteil 1A.28/2005 vom 29. Juli 2005 E. 2.3, in: RtiD 2006 I pag. 187). Die Vorinstanz ist diesbezüglich nicht von falschen Annahmen ausgegangen. Es trifft zwar zu, dass vorwiegend die Sonderbauzone "Rismüli" betroffen ist. Gemäss Art. 13 Abs. 2 Satz 1 des Bau- und Zonenreglements der Gemeinde Dagmersellen vom 14. April 1997 (im Folgenden: BZO) gelten indessen bezüglich der Zulässigkeit der Nutzungen die Bestimmungen der Gewerbezone. Auch wenn dort Wohnungen für Betriebsinhaber und für betrieblich an den Standort gebundenes Personal erstellt werden dürfen (Art. 9 Abs. 2 BZO), so kommt der Bepflanzung in Bezug auf den Verkehrswert dennoch nicht dieselbe Bedeutung zu wie in einer Wohnzone. Das Verwaltungsgericht hat den ihm zustehenden Ermessensspielraum nicht überschritten, wenn es angenommen hat, dass vor dem Hintergrund des Zonenzwecks potenzielle Käufer nicht bereit sein dürften, wegen der Bäume einen höheren Preis zu bezahlen (vgl. dazu HESS/WEIBEL, a.a.O., N. 90 zu Art. 19 EntG). Es war dem Verwaltungsgericht auch nicht verwehrt, von der Einschätzung des amtlichen Gutachters abzuweichen, wonach die Pflanzen den Wert der angrenzenden Gebäude erhöhen würden. Zu Recht weist das Verwaltungsgericht darauf hin, dass der Gutachter wohl besonders befähigt sei, den Ersatzwert der Bäume zu schätzen, nicht aber den Verkehrswert der Liegenschaft.
Zu Recht beanstandet die Beschwerdeführerin hingegen die Ausführungen des Verwaltungsgerichts zur Inkonvenienzentschädigung. Das Verwaltungsgericht hält für entscheidend, dass die Beschwerdeführerin keine Ersatzanpflanzung und keine entsprechenden Auslagen habe nachweisen können. Eine Vermögenseinbusse sei deshalb noch nicht eingetreten. Das Verwaltungsgericht verkennt, dass der Schaden mit dem Fällen der Bäume eingetreten ist. Ob, wann und in welcher Form die Beschwerdeführerin die Ersatzanpflanzungen vornimmt, ist in Bezug auf die Bestimmung des Schadens gleichgültig (siehe - weil vergleichbar - zur Unmassgeblichkeit einer Ersatzanschaffung für die Bestimmung des Verkehrswerts <ref-ruling> E. 2a S. 41 mit Hinweisen; Urteil 1E.16/1998 vom 6. Dezember 1999 E. 2a und HESS/WEIBEL, a.a.O., N. 66 zu Art. 19 EntG). Indem das Verwaltungsgericht diesen Schaden nicht anerkannt hat, hat es den Anspruch der Beschwerdeführerin auf volle Entschädigung verletzt (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid ist deshalb aufzuheben und die Angelegenheit zur neuen Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Es erübrigt sich damit auf die Rüge einzugehen, das Verwaltungsgericht hätte einen Augenschein durchführen müssen.
7. Gemäss dem Entscheid des Gemeinderats Langnau vom 2. Februar 2000 wurde die Beschwerdeführerin verpflichtet, einen Grundeigentümerbeitrag von Fr. 1'582.-- an die Kosten der Verbauung der Wigger in der Gemeinde Langnau zu bezahlen. Die Beschwerdeführerin fordert, dieser Betrag sei ihr zurückzuerstatten, weil er sich als nutzlos erwiesen habe. Weil das Verwaltungsgericht ihren diesbezüglichen Antrag abgewiesen habe, sei ihr Anspruch auf volle Entschädigung verletzt (<ref-law>).
Die Frage, ob und unter welchem Rechtstitel ein Grundeigentümerbeitrag, welcher sich aufgrund einer später erfolgten Enteignung teilweise als nutzlos erwiesen hat, allenfalls zurückgefordert werden kann, braucht vorliegend nicht allgemein beantwortet zu werden (vgl. dazu HESS/WEIBEL, a.a.O., N. 27 zu Art. 19 und den dortigen Hinweis auf <ref-ruling> E. 5b/cc S. 306). Im Schätzungsverfahren geht es einzig darum zu bestimmen, inwiefern die Enteignung beim Enteigneten einen Vermögensschaden bewirkt hat. Ein Grundeigentümerbeitrag bildet weder einen selbstständigen Bestandteil des Verkehrswerts noch des Minderwerts noch der Inkonvenienzen. Das Verwaltungsgericht hat deshalb <ref-law> nicht verletzt, indem es der Beschwerdeführerin keinen zusätzlichen Anspruch auf Rückerstattung des geleisteten Grundeigentümerbeitrags von Fr. 1'582.-- zugestanden hat.
8. Die Beschwerdeführerin beanstandet, dass sie das von ihr in Auftrag gegebene Gutachten der Y._AG vom 25. August 2006 selber tragen müsse. Das Verwaltungsgericht war auf den Antrag der Beschwerdeführerin um Kostenübernahme nicht eingetreten, weil dieser vor der Schätzungskommission nicht gestellt worden und deshalb neu sei. Im Übrigen seien die Voraussetzungen nicht erfüllt, unter welchen ausnahmsweise die Kosten einer Privatexpertise erstattet würden. Die Beschwerdeführerin hält dem entgegen, weder § 87 EntG/LU noch § 193 VRG würde eine Bestimmung darüber enthalten, wer im Schätzungsverfahren die Kosten eines Privatgutachtens zu tragen habe. Eine nachträgliche Geltendmachung der Kosten werde im Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege nicht ausgeschlossen. Der angefochtene Entscheid sei willkürlich und stehe im Widerspruch zum kantonalen Enteignungsgesetz und zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege. Das Enteignungsgesetz sehe die volle Kostenübernahme bei Schätzungsverfahren im Rahmen einer formellen Enteignung vor.
Mit ihrer Kritik zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf, welche Bestimmung des kantonalen Rechts willkürlich angewendet worden sein soll. Der pauschale Verweis auf das kantonale Enteignungsgesetz und das Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege sowie auch der Verweis auf die Bestimmungen von § 87 EntG/LU und § 193 VRG, deren Gegenstand die Frage der Zulässigkeit von neuen Anträgen im Rechtsmittelverfahren nicht umfasst, genügt den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht. Darauf ist nicht einzutreten.
9. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen und die Sache zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang nicht zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Luzern hat der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der angefochtene Entscheid aufgehoben. Die Angelegenheit wird zur neuen Beurteilung im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht Luzern zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Luzern hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kanton Luzern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Oktober 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold