Sachverhalt:
A. K._ (Beschwerdeführerin) und B._ (Beschwerdegegner) sind Eigentümer der benachbarten, am Hang über dem Zürichsee gelegenen, je mit einem Wohnhaus überbauten Grundstücke Nrn. 6426 und 9535 in F._. Die beiden sowie weitere Grundstücke in der näheren Umgebung sind aus einer am 2. November 1945 errichteten Dienstbarkeit berechtigt und verpflichtet, die im Grundbuch mit dem Stichwort "Gegenseitige Baubeschränkung" als Recht und Last eingetragen ist. Die Grunddienstbarkeit wird im Servitutenprotokoll, das von den damaligen Eigentümern unterzeichnet wurde, wie folgt beschrieben:
Baubeschränkung. (Gegenseitige)
Auf den Liegenschaften
alt Kat. No. 6580, sub neu Kat. Nr. 7077
im T._, des Dir. Dr. D._[,] und
Kat. No. 6177, 9182, 9524, 9525, 6426, 9535, 9536, 6579, 7108, 7107
im U._, des M._ und der Erben des N._, dürfen nur bessere Einfamilienhäuser zu Wohnzwecken mit maximal zwei Wohngeschossen erstellt werden.
Mansardendächer sind untersagt.
Gestattet ist überdies der Bau einer Garage, sowie eines Nebengebäudes (Schopf) zu jedem Haus.
Auf den bezeichneten Liegenschaften darf kein Gewerbe betrieben werden.
Die Beschwerdeparteien erwarben ihre Liegenschaften nach Begründung der Dienstbarkeit. Ihre Einfamilienhäuser umfassen ein Unter- bzw. Keller-, ein Erd- und ein Dachgeschoss. Bei der Beschwerdeführerin werden das Erd- und das Dachgeschoss bewohnt, während sich im Untergeschoss ein Bügelzimmer befindet. Im Haus des Beschwerdegegners dienen ein Vollgeschoss und darüber das Dachgeschoss dem Wohnen. Im Rahmen eines geplanten und am 12. Juli 2005 bewilligten Umbaus will der Beschwerdegegner sein Haus aufstocken, mit einem Satteldach versehen und neu ein Erd-, ein Ober- und ein Dachgeschoss zu Wohnzwecken nutzen. Er verfügt zusätzlich über eine im Sommer 2007 erteilte Baubewilligung. Danach ist ebenfalls die Aufstockung des Hauses auf zwei Vollgeschosse mit einem Satteldach geplant, doch wird der Dachaufbau anders gestaltet, insbesondere eine vorspringende Lukarne gegenüber dem Haus der Beschwerdeführerin durch Dachflächenfester und ein voll verglaster Giebel auf der Seeseite durch gleiche Fenster wie in den anderen Geschossen ersetzt.
B. Die Beschwerdeführerin und die Eigentümer dreier weiterer von der Dienstbarkeit erfasster Grundstücke sahen im Bauvorhaben des Beschwerdegegners eine Verletzung der Baubeschränkung. Sie erhoben im Dezember 2005 Klage auf Erlass eines Verbots. Für den Fall der Gutheissung der Klage verlangte der Beschwerdegegner widerklageweise, den Klägern ebenfalls unzulässige Nutzungen ihrer Liegenschaften zu verbieten. Die auf Seiten der Beschwerdeführerin beteiligten Eigentümer zogen ihre Klagen im Verlaufe des Verfahrens zurück. Das Bezirksgericht G._ hiess die Hauptklage und die Eventualwiderklage teilweise gut. Es verbot dem Beschwerdegegner die baubehördlich am 12. Juli 2005 bewilligte Aufstockung des Gebäudes einschliesslich der Errichtung einer Dachlukarne auf der westseitigen und eines Dacheinschnittes auf der ostseitigen Dachhälfte, des Einbaus von Fensterflächen von mehr als 5 % der Bodenfläche des Dachgeschosses an den nord- und südseitigen Giebelfassaden, einer Isolierung des Dachgeschosses und des Einbaus von Vorrichtungen zur Beheizung des Dachgeschosses. Der Beschwerdeführerin wurde verboten, in ihrem Wohngebäude das Untergeschoss - insbesondere das Bügelzimmer - zu Wohnzwecken zu nutzen. Das Bezirksgericht verband die Verbote mit der Androhung der Bestrafung wegen Ungehorsams gemäss Art. 292 StGB (Bestrafung mit Busse) und wies die Haupt- und die Widerklage im Übrigen ab (Urteil vom 24. August 2007).
C. Beide Parteien legten Berufung ein und beantragten je die vollumfängliche Abweisung der Haupt- bzw. der Widerklage. Im Eventualantrag verlangte der Beschwerdegegner, die Hauptklage insoweit abzuweisen, als ihm die baubehördlich bewilligte Aufstockung des Gebäudes verboten werde. Das Obergericht des Kantons Zürich wies die Hauptklage ab und trat in den Erwägungen auf die Eventualwiderklage nicht ein (Urteil vom 6. Juni 2008).
D. Die Beschwerdeführerin erhob Nichtigkeitsbeschwerde, die das Kassationsgericht des Kantons Zürich abwies, soweit es darauf eintrat (Zirkulationsbeschluss vom 31. Juli 2009).
E. Dem Bundesgericht beantragt die Beschwerdeführerin, das Urteil des Obergerichts und den kassationsgerichtlichen Zirkulationsbeschluss aufzuheben. Es sei (1.) dem Beschwerdegegner eine Nutzung des Dachgeschosses der mit Beschluss der Baukommission G._ vom 12. Juli 2005 auf dem Grundstück Kat.-Nr. 9535 bewilligten Aufstockung des Gebäudes Vers.-Nr. 2239 zu Wohnzwecken, einschliesslich der Errichtung einer Dachlukarne auf der westseitigen und eines Dacheinschnittes auf der ostseitigen Dachhälfte, des Einbaus von Fensterflächen von mehr als 5 % der Bodenfläche des Dachgeschosses an den nord- und südseitigen Giebelfassaden, einer Isolierung des Dachgeschosses und des Einbaus von Vorrichtungen zur Beheizung des Dachgeschosses, zu verbieten unter Androhung der Bestrafung wegen Ungehorsams gemäss Art. 292 StGB im Widerhandlungsfall, und (2.) die Widerklage des Beschwerdegegners vollumfänglich abzuweisen. Eventualiter seien das obergerichtliche Urteil und der Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanzen zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung. Die kantonalen Gerichte haben auf Vernehmlassungen verzichtet und die Akten mitgeteilt. Die Beschwerdeführerin hat zu den Stellungnahmen eine Vernehmlassung eingereicht, die dem Beschwerdegegner zur Kenntnisnahme mitgeteilt worden ist.

Erwägungen:
1. Streitig ist der Inhalt der Grunddienstbarkeit "Gegenseitige Baubeschränkung". Die Beschwerdeführerin vertritt die Meinung, die Dienstbarkeit beschränke das Wohnen auf zwei Geschosse, weshalb dem Beschwerdegegner, der ein Erd- und ein Obergeschoss bewohnen wolle, der Ausbau eines Dachgeschosses zu Wohnzwecken untersagt sei. Der Beschwerdegegner entgegnet, die Dienstbarkeit verbiete nur das Erstellen von mehr als zwei Wohngeschossen, sage hingegen nichts zur Nutzung anderer Geschosse, so dass Unter- oder Dachgeschosse (auch) zum Wohnen genutzt werden könnten. Gegen die gerichtliche Beurteilung der Streitfrage ist die Beschwerde gemäss Art. 72 ff. BGG grundsätzlich zulässig. Auf Einzelfragen wird im Sachzusammenhang zurückzukommen sein.
2. Gemäss Art. 738 ZGB ist für den Inhalt der Dienstbarkeit der Eintrag massgebend, soweit sich Rechte und Pflichten daraus deutlich ergeben (Abs. 1), und im Rahmen des Eintrages kann sich der Inhalt der Dienstbarkeit aus ihrem Erwerbsgrund oder aus der Art ergeben, wie sie während längerer Zeit unangefochten und in gutem Glauben ausgeübt worden ist (Abs. 2). Zu dieser Vorschrift ist fallbezogen hervorzuheben, was folgt:
2.1 Die Rechtsprechung leitet aus Art. 738 ZGB eine Stufenordnung ab. Ausgangspunkt ist der Grundbucheintrag. Soweit sich Rechte und Pflichten aus dem Eintrag deutlich ergeben, ist dieser für den Inhalt der Dienstbarkeit massgebend. Nur wenn sein Wortlaut unklar ist, darf im Rahmen des Eintrags auf den Erwerbsgrund zurückgegriffen werden, d.h. auf den Begründungsakt, der als Beleg beim Grundbuchamt aufbewahrt wird (Art. 948 Abs. 2 ZGB) und einen Bestandteil des Grundbuchs bildet (Art. 942 Abs. 2 ZGB). Ist auch der Erwerbsgrund nicht schlüssig, kann sich der Inhalt der Dienstbarkeit - im Rahmen des Eintrags - aus der Art ergeben, wie sie während längerer Zeit unangefochten und in gutem Glauben ausgeübt worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 172; <ref-ruling> E. 8 S. 655).
2.2 An dieser gesetzlichen Reihenfolge der für die Ermittlung des Dienstbarkeitsinhalts massgebenden Grundlage ändert die "Kann"-Formulierung in Art. 738 Abs. 2 ZGB nichts. Sie schafft keinen behördlichen Ermessensspielraum (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 508). Die Ausübung der Dienstbarkeit ist erst zuletzt massgebend. Der Grund für diese gesetzliche Regelung liegt darin, dass selbst eine langjährige Ausübung der Dienstbarkeit keine über den eindeutigen Eintrag oder den schlüssigen Erwerbsgrund hinausgehenden Rechte begründen und den Inhalt der Dienstbarkeit gegenüber Eintrag und Erwerbsgrund weder ändern noch erweitern kann (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 352). Entgegen der Annahme des Beschwerdegegners darf deshalb aus der späteren langjährigen Ausübung nicht auf ein rechtlich massgebendes Verständnis des Inhalts der Dienstbarkeit zurückgeschlossen werden, die hier zudem als "Baubeschränkung" in einem Zeitpunkt begründet wurde, wo die meisten belasteten und berechtigten Parzellen offenbar noch gar nicht überbaut waren. Auf die Ausübung der Dienstbarkeit und die entsprechenden Rügen der Beschwerdeführerin ist deshalb auch nur einzugehen, falls sich der Inhalt der Dienstbarkeit nicht auf Grund des Eintrags allein oder - in dessen Rahmen - anhand des Erwerbsgrundes feststellen lässt.
2.3 Eine Dienstbarkeit mit klarem Inhalt verstösst nicht gegen die Eigentumsfreiheit, die gemäss Art. 641 Abs. 1 ZGB ohnehin nur "in den Schranken der Rechtsordnung" besteht und insoweit auch rechtsgültig begründete beschränkte dingliche Rechte wie Dienstbarkeiten vorbehält (vgl. WIEGAND, Basler Kommentar, 2007, N. 38 zu Art. 641 ZGB). Ebenso wenig ergibt sich aus Art. 737 Abs. 2 ZGB, wonach der Dienstbarkeitsberechtigte verpflichtet ist, sein Recht in möglichst schonender Weise auszuüben. Diese Pflicht bedeutet keine inhaltliche oder umfangmässige Beschränkung des Dienstbarkeitsrechts, sondern regelt die Ausübung der Dienstbarkeit ("schonend") nach Massgabe ihres feststehenden Inhalts und Umfangs (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 153). Aus den genannten Vorschriften können die Parteien für die Ermittlung des Dienstbarkeitsinhalts somit nichts ableiten.
3. Der Eintrag im Grundbuch lautet "Gegenseitige Baubeschränkung" mit Hinweis auf "SP Art. 1671", d.h. auf das von den damaligen Eigentümern im Jahre 1945 unterzeichnete Servitutenprotokoll.
3.1 Einzelheiten zum Inhalt der Dienstbarkeit lassen sich dem Stichwort "Gegenseitige Baubeschränkung" nicht entnehmen, so dass gemäss Art. 738 Abs. 2 ZGB der Erwerbsgrund zu befragen ist. Der Beschwerdegegner und teilweise das Obergericht wollen aus dem Stichwort "Gegenseitige Baubeschränkung" offenbar ableiten, der Eintrag, in dessen Rahmen die Auslegung des Erwerbsgrundes bleiben müsse, schliesse es aus, die Dienstbarkeit inhaltlich als Nutzungsbeschränkung zu verstehen. Eine "Baubeschränkung" beschränke die baulichen Möglichkeiten auf einem Grundstück, hingegen nicht die Nutzung eines zulässig erstellten Baus zu Wohnzwecken. In dieser absoluten Form kann die Auffassung nicht geteilt werden.
3.2 Der Eintrag "Gegenseitige Baubeschränkung" bedeutet eine Grunddienstbarkeit, die zur Unterlassung und Duldung bestimmter baulicher Handlungen auf einem Grundstück verpflichtet. Objekt der Beschränkung ist das Bauen, d.h. die aus dem Grundeigentum fliessende Befugnis, ein Grundstück als Grundlage zum Bauen zu benutzen. Indirekt bewirkt die beschränkte bauliche Nutzbarkeit eines Grundstücks aber auch Einschränkungen anderer Nutzungsarten oder der Nutzungsintensität. Die Beschränkung auf den Bau von Einfamilienhäuser beispielsweise beinhaltet mittelbar, dass eine gewerblich industrielle Nutzung weitgehend ausgeschlossen ist, weil keine Fabriken gebaut werden dürfen, und dass die Wohndichte und das Bauvolumen tief gehalten ist, weil keine Mehrfamilienhäuser oder Wohnblöcke gebaut werden dürfen. Die Verwendung des Wortes "Bau" in Verbindung mit Beschränkung ist somit nicht isoliert zu betrachten. Berücksichtigt werden muss vielmehr auch der erkennbare oder vernünftigerweise beizulegende Zweck der Baubeschränkung (ausführlich: KARL ROBERT NAEGELI, Die Auslegung der Grunddienstbarkeiten, Diss. Zürich 1934, Druck Aarau 1935, S. 40 ff.; teilweise kritisch gegenüber der bundesgerichtlichen Praxis: JÜRG SCHMID, Dienstbarkeitsrecht im Wandel, ZBGR 84/2003 S. 269 ff., S. 280 f., und BEAT ESCHMANN, Auslegung und Ergänzung von Dienstbarkeiten, Diss. Zürich 2005, S. 26 ff., vorab S. 34 ff., und S. 57 f., je mit Hinweisen).
3.3 Der gute Glaube in den Eintrag hilft dem Dritterwerber nicht weiter, wenn der Eintrag wie hier "Gegenseitige Baubeschränkung" den Inhalt der Dienstbarkeit nicht ausreichend zu spezifizieren vermag und infolgedessen sich Rechte und Pflichten aus ihm nicht deutlich ergeben und auf den Erwerbsgrund abzustellen ist (vgl. <ref-ruling> E. 2 und E. 3a S. 172). Mit Bezug auf diesen Erwerbsgrund ist die Unterscheidung zwischen Grund- und Servitutenprotokoll kantonalen Rechts heute nicht mehr streitig (vgl. Urteil 5C.21/2001 vom 27. April 2001 E. 3). Das Bundesgericht behandelt das - hier von den Parteien unterzeichnete - Servitutenprotokoll praxisgemäss als Erwerbsgrund und legt es nach den für den Dienstbarkeitsvertrag massgebenden Regeln aus (vgl. <ref-ruling> Bst. A und E. 2 S. 507 f.; vgl. zum nicht unterzeichneten und zum unterzeichneten zürcherischen Servitutenprotokoll: ZR 60/1961 Nr. 128 E. 4 S. 324 ff.). Der wirkliche Parteiwille aus dem Jahre 1945 hat nicht festgestellt werden können. Weder die Beschwerdeführerin noch der Beschwerdegegner bringen Gegenteiliges vor. Sie gehen übereinstimmend davon aus, der Erwerbsgrund müsse nach dem Vertrauensgrundsatz (Art. 18 OR) so ausgelegt werden, wie er nach seinem Wortlaut und Zusammenhang sowie namentlich auf Grund der Bedürfnisse des herrschenden Grundstücks und mit Rücksicht auf Sinn und Zweck der Dienstbarkeit verstanden werden durfte und musste (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 267; <ref-ruling> E. 3 S. 556 ff.).
4. Die "Gegenseitige Baubeschränkung" regelt nach dem Wortlaut des Servitutenprotokolls im Wesentlichen die folgenden drei Punkte:
4.1 Eine Beschränkung ausschliesslich der baulichen Nutzung beinhaltet die Vorschrift "Mansardendächer sind untersagt". Derartige Dienstbarkeitsbestimmungen finden sich in der kantonalen Praxis häufig und werden um der äusseren Gestalt eines Hauses willen aufgestellt (z.B. ZR 64/1965 Nr. 138 S. 196 und S. 198: "weder Flach- noch Mansardendächer"). Darauf hat das Obergericht (S. 9) abgestellt und dafürgehalten, die besondere Dachform "Mansardendach" sei verboten, nicht hingegen das Einrichten von "Mansarden", d.h. von Wohnräumen z.B. unter einem Steildach. Dass das Dachgeschoss in keinem Fall bewohnt werden dürfe, leitet auch die Beschwerdeführerin aus der Baubeschränkung nicht ab. Ihrer Ansicht nach dürfen Wohnräume unter dem Dach eingerichtet werden, ausser es würden bereits zwei andere Geschosse bewohnt. Insoweit besteht Einigkeit und ist die Auslegung nicht zu beanstanden, dass das Verbot von Mansardendächern ausschliesslich eine Baubeschränkung darstellt und die Nutzung von Wohnräumen unter einer anderen Dachform nicht ausschliesst. Dass der Beschwerdegegner kein Mansardendach bauen will, ist ebenfalls unbestritten.
4.2 Mit einer Baubeschränkung unmittelbar nichts zu tun hat die Vorschrift "Auf den bezeichneten Liegenschaften darf kein Gewerbe betrieben werden". Sie ist indirekt die Folge der Baubeschränkung, wonach "nur bessere Einfamilienhäuser zu Wohnzwecken" erstellt werden dürfen, und bedeutet an sich lediglich eine Verdoppelung des eigentlichen Hauptzwecks der Dienstbarkeit gleichsam durch das kontradiktorische Gegenteil.
4.3 Vom Wortlaut her eine Baubeschränkung, die indirekt auch andere Nutzungen einschränkt, findet sich in der Regelung, wonach "nur bessere Einfamilienhäuser zu Wohnzwecken mit maximal zwei Wohngeschossen erstellt werden" dürfen und "überdies der Bau einer Garage, sowie eines Nebengebäudes (Schopf) zu jedem Haus" gestattet ist. Im Einzelnen ergibt sich Folgendes:
4.3.1 Die Baubeschränkung auf "bessere Einfamilienhäuser zu Wohnzwecken" ist der kantonalen Praxis geläufig. Sie bezweckt, eine dichte Bewohnung und damit eine flächenmässig grosse Überbauung zu verhindern und eine gehobenere Überbauung anzustreben (z.B. ZR 64/1965 Nr. 138 S. 196 f.: "Neu zu erstellende Gebäude sind als Ein- oder Zweifamilienhäuser zu bauen."). Unterstützt wird das Anliegen einer bestimmten räumlichen Gestaltung durch die Baubeschränkung betreffend Nebengebäude - eine Garage und ein Schopf zu jedem Haus - auf dem Grundstück. Dass nur "bessere" Einfamilienhäuser erstellt werden dürfen, dient nach damaligem und zeitgemässem Verständnis der gesellschaftlichen Abgrenzung, wie sie auf Grund und im Rahmen der Vertragsfreiheit weder verboten sein kann noch hinterfragt werden muss. Leitender Gedanke ist der Versuch, den gegenseitig berechtigten und belasteten Grundstücken den Charakter eines bürgerlichen Wohnquartiers, im Gegensatz zu einem Arbeiter- oder Industriequartier, zu gewährleisten (z.B. ZR 4/1905 Nr. 20 S. 26 f.: "nur bessere Privatbauten").
4.3.2 Die Baubeschränkung bezieht sich somit allgemein auf die Wohndichte, das Bauvolumen und den Charakter der Überbauung. Durch die Ergänzung der Beschränkung auf Einfamilienhäuser "mit maximal zwei Wohngeschossen" werden die Wohndichte und das Bauvolumen zusätzlich tief gehalten und wird indirekt bewirkt, dass weniger Bewohner beherbergt werden können, was wiederum weniger Immissionen nach sich ziehen und den erwünschten bürgerlichen Charakter verstärken dürfte (vgl. <ref-ruling> E. 8 S. 512: "Wohnhäuser mit maximal einer Wohnung pro Etage").
4.3.3 Der Wortlaut der Beschränkung ist auch insoweit klar, als "maximal" zwei Wohngeschosse zulässig sind und nicht etwa "zweigeschossige Einfamilienhäuser mit ausgebautem Dachstock" (z.B. Urteil 5C.240/2004 vom 21. Januar 2005 Bst. A, in: ZBGR 87/2006 S. 155). Die Umschreibung "mit maximal zwei Wohngeschossen" folgt der Beschränkung "bessere Einfamilienhäuser zu Wohnzwecken" und ist darauf bezogen. Sie bedeutet deshalb einerseits keine blosse Bauhöhenbeschränkung (wie z.B. in <ref-ruling> E. 3 S. 547: "lediglich ein Untergeschoss, ein Obergeschoss [= Parterre] und ein Dachgeschoss"). Andererseits verdeutlicht die Umschreibung "zu Wohnzwecken mit maximal zwei Wohngeschossen" zudem, dass hier keine Frage nach der baurechtlich zulässigen Wohngeschosszahl gestellt wird, sondern schlicht die tatsächliche Nutzung von Geschossen als Wohnraum gemeint ist, die auf maximal zwei Geschosse beschränkt sein soll. Es ist denn auch unbestritten, dass der Bau von Einfamilienhäusern mit Keller-, Erd-, Ober- und Dachgeschoss grundsätzlich zulässig ist. Davon aber dürfen nach dem Wortlaut der Dienstbarkeit - und deren Zweck (E. 4.3.1 und 4.3.2) - nur zwei Geschosse zum Wohnen genutzt werden.
4.4 Als Ergebnis der Auslegung kann festgehalten werden, dass die Baubeschränkung den jeweiligen Grundeigentümern verbietet, in ihren bestehenden oder geplanten Einfamilienhäusern mehr als zwei Geschosse baulich so auszugestalten, dass sie zum Wohnen geeignet sind und genutzt werden können. Indirekt ist damit eine Nutzung zu Wohnzwecken von maximal zwei Geschossen gestattet bzw. von mehr als zwei Geschossen verboten. Wie die Gestaltung eines Dachs über bzw. eines Kellers unter zwei bewohnten Geschossen im Einzelnen auszusehen hat, kann vorliegend dahin gestellt bleiben, zumal das im Klagebegehren erwähnte Bauvorhaben des Beschwerdegegners unstreitig darauf ausgerichtet ist, das Wohnen in drei Geschossen des Einfamilienhauses zu ermöglichen, und namentlich ein Dach vorsieht, wie es über Wohnräumen und nicht über einem Estrich oder Abstellraum gebaut zu werden pflegt.
4.5 Aus den dargelegten Gründen erweist sich der Standpunkt der Beschwerdeführerin mit Bezug auf den Inhalt der Dienstbarkeit als richtig. Gegen ihr Verbotsbegehren wendet der Beschwerdegegner in formeller Hinsicht nichts ein. Er macht lediglich geltend, das Bezirksgericht habe mit dem Verbot der Aufstockung statt dem beantragten Verbot der Nutzung zu Wohnzwecken die Dispositionsmaxime verletzt, was es in jedem Fall zu korrigieren gälte (S. 9 Ziff. 23). Da die Beschwerdeführerin nicht die Bestätigung des bezirksgerichtlichen Verbots beantragt, sondern ihr ursprüngliches Klagebegehren erneuert, besteht kein Korrekturbedarf. An das Begehren ist das Bundesgericht grundsätzlich gebunden (Art. 107 Abs. 1 BGG). Nicht gebunden ist das Bundesgericht dabei an die Formulierung, für den Fall einer Widerhandlung gegen das Verbot die Bestrafung gemäss Art. 292 StGB anzudrohen. Es kann die fehlende, in der Androhung aber notwendige genaue Bezeichnung der zu gewärtigenden Strafe "mit einer Busse" ergänzen (Art. 76 BZP i.V.m. Art. 71 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 460).
5. Die Beschwerdeführerin erneuert vor Bundesgericht ihren Antrag, die Widerklage des Beschwerdegegners vollumfänglich abzuweisen und nicht bloss teilweise, wie es das Bezirksgericht rechtskräftig getan hat. Das Obergericht ist davon ausgegangen, die nur eventuell, für den Fall der Gutheissung der Hauptklage formulierte Widerklage sei nicht zu beurteilen und darauf nicht einzutreten, da die Hauptklage abzuweisen sei (E. 2.4 S. 13). Die Voraussetzung der Klageabweisung hat sich nicht erfüllt (E. 2-4 hiervor). Ist das Obergericht insoweit zu Unrecht auf die Widerklage nicht eingetreten, muss die Sache zur materiellen Beurteilung an das Obergericht zurückgewiesen werden (vgl. Art. 107 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.5 S. 259; <ref-ruling> E. 1 S. 201). Für ein Abweichen von diesem Grundsatz sind die Voraussetzungen mit Rücksicht auf die Vorbringen der Parteien im kantonalen Berufungsverfahren nicht erfüllt (vgl. <ref-ruling> E. 2d S. 233; <ref-ruling> E. 3.2.2 S. 129/130). Es ist deshalb dem eventuell gestellten Beschwerdeantrag zu entsprechen und das obergerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung der Widerklage, d.h. des Berufungsbegehrens der Beschwerdeführerin, die Widerklage vollumfänglich abzuweisen, an das Obergericht zurückzuweisen.
6. Die Beschwerdeführerin verlangt in Verbindung mit ihren Sachanträgen förmlich die Aufhebung des kassationsgerichtlichen Zirkulationsbeschlusses und eventualiter dessen Aufhebung und die Rückweisung der Sache an das Kassationsgericht zur Neubeurteilung. Sie wirft dem Kassationsgericht Willkür (Art. 9 BV) und eine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor (Art. 29 Abs. 2 BV). Sie will vor Kassationsgericht die obergerichtliche Annahme als aktenwidrig und willkürlich gerügt haben, sie begründe ihre Klage damit, dass die bestehende Dienstbarkeit dem Beschwerdegegner das Wohnen im Dachgeschoss generell untersage. Das Wohnen in einem Dachgeschoss sei aber gemäss ihren Ausführungen in sämtlichen Rechtsschriften erst dann unzulässig, wenn schon in zwei anderen Geschossen gewohnt werde. Diesen Nichtigkeitsgrund habe das Kassationsgericht zu Unrecht verneint (S. 13 ff. Ziff. 3f der Beschwerdeschrift).
6.1 Das Verfahren der Nichtigkeitsbeschwerde als ausserordentlichem Rechtsmittel führt nicht den vorangegangenen Prozess in der Sache weiter, sondern stellt ein selbstständiges Verfahren dar (§§ 281 ff. ZPO/ZH), das der Überprüfung kantonaler Entscheide unter dem eingeschränkten Blickwinkel einzeln umschriebener Nichtigkeitsgründe (§ 281 Ziff. 1-3 ZPO/ZH) dient und in der Regel - wie hier - nicht mit einem Sachentscheid endet (§ 291 ZPO/ZH). Was das Urteil in der Sache angeht (E. 2-5), besteht an einer zusätzlichen Aufhebung des kassationsgerichtlichen Zirkulationsbeschlusses somit kein schutzwürdiges Interesse (Art. 76 Abs. 1 lit. b BGG; vgl. <ref-ruling> E. 7.2 S. 525). Gegeben ist die Beschwer aber mit Bezug auf die der Beschwerdeführerin auferlegten Kosten und Entschädigungen des Nichtigkeitsbeschwerdeverfahrens, so dass in diesem Punkt der Aufhebungsantrag zu beurteilen ist.
6.2 Die Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) erblickt die Beschwerdeführerin darin, dass das Kassationsgericht das obergerichtliche Urteil geschützt habe, das vom unzutreffenden Standpunkt ausgehe, sie erachte als Klägerin das Wohnen in Dachgeschossen generell als unzulässig (S. 16/17). Die Rüge formeller Rechtsverweigerung erschöpft sich damit in der Rüge materieller Rechtsverweigerung, d.h. in der Willkürrüge, das Kassationsgericht habe den Nichtigkeitsgrund einer aktenwidrigen oder willkürlichen tatsächlichen Annahme (§ 281 Ziff. 2 ZPO/ZH) verneint. Wie bis anhin prüft das Bundesgericht diesbezüglich, ob das Kassationsgericht Willkür zu Unrecht bejaht oder verneint hat (Urteil 4A_137/2007 vom 20. Juli 2007 E. 7.1, mit Hinweisen, insbesondere auf <ref-ruling> E. 1a/cc S. 494).
6.3 Das Kassationsgericht hat eingeräumt, das Obergericht habe sich zum Prozessstandpunkt der Beschwerdeführerin teilweise etwas missverständlich oder verkürzend geäussert. Die Äusserungen seien jedoch im Zusammenhang zu lesen, so dass eine aktenwidrige oder willkürliche Annahme des Obergerichts zum Prozessstandpunkt der Beschwerdeführerin zu verneinen sei (E. II/4d S. 8 f., E. II/6f S. 22 und E. II/6g S. 24 des Zirkulationsbeschlusses). Die Beurteilung trifft zu. Das Obergericht hat den Prozessstandpunkt der Beschwerdeführerin nicht willkürlich missverstanden, könnte es der Beschwerdeführerin doch andernfalls nicht entgegenhalten, wenn ausserhalb der zulässigen zwei Wohngeschosse nicht gewohnt werden dürfe, dann weder im Keller noch im Dach (E. 2.2 Abs. 2 S. 7), oder ausführen, unabhängig davon, dass bereits in zwei Geschossen gewohnt worden sei, hätten die Beteiligten akzeptiert, dass in einem weiteren Geschoss ebenfalls gewohnt worden sei, und festhalten, auch nach ihrer Auffassung wäre es nach der Dienstbarkeit zulässig, ein Einfamilienhaus zu erstellen, das aus zwei Wohn-(Voll-)Geschossen und einem nicht zum Wohnen ausgebauten Dachgeschoss bestünde (E. 2.3 Abs. 10 S. 12 des obergerichtlichen Urteils). Mit Blick auf die wiedergegebenen Stellen hat das Kassationsgericht eine aktenwidrige und willkürliche Annahme des Obergerichts zum Prozessstandpunkt der Beschwerdeführerin zu Recht verneint (Art. 9 BV; vgl. zum Begriff: <ref-ruling> E. 4.3 S. 62). Soweit sie sich gegen den Zirkulationsbeschluss des Kassationsgerichts richtet, erweist sich die Beschwerde deshalb als unbegründet.
7. Aus den dargelegten Gründen obsiegt die Beschwerdeführerin mit ihrer Hauptklage (E. 4), während der Ausgang des Prozesses über die Widerklage offen bleibt (E. 5). Die Beschwerdeführerin unterliegt in einem Nebenpunkt (E. 6 hiervor). Es rechtfertigt sich, die Gerichtskosten dem Beschwerdegegner zu zwei Dritteln und der Beschwerdeführerin zu einem Drittel aufzuerlegen und den Beschwerdegegner zu einer entsprechend herabgesetzten Parteientschädigung an die Beschwerdeführerin zu verpflichten (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 1 BGG). Im Neubeurteilungsverfahren wird das Obergericht über die gesamten Kosten- und Entschädigungsfolgen des erst- und zweitinstanzlichen Verfahrens neu zu entscheiden haben (Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, vom 6. Juni 2008 wird aufgehoben.
2. Die Klage der Beschwerdeführerin wird gutgeheissen, und dem Beschwerdegegner wird eine Nutzung des Dachgeschosses der mit Beschluss der Baukommission G._ vom 12. Juli 2005 auf dem Grundstück Kat.-Nr. 9535, GB G._, bewilligten Aufstockung des Gebäudes Vers.-Nr. 2239 zu Wohnzwecken, einschliesslich der Errichtung einer Dachlukarne auf der westseitigen und eines Dacheinschnittes auf der ostseitigen Dachhälfte, des Einbaus von Fensterflächen von mehr als 5 % der Bodenfläche des Dachgeschosses an den nord- und südseitigen Giebelfassaden, einer Isolierung des Dachgeschosses und des Einbaus von Vorrichtungen zur Beheizung des Dachgeschosses, verboten unter Androhung der Bestrafung mit einer Busse wegen Ungehorsams gemäss Art. 292 StGB im Widerhandlungsfall.
3. Die Sache wird zur Neubeurteilung des Berufungsantrags der Beschwerdeführerin, die Widerklage vollumfänglich abzuweisen, an das Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, zurückgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 6'000.-- werden im Betrag von Fr. 4'000.-- dem Beschwerdegegner und im Betrag von Fr. 2'000.-- der Beschwerdeführerin auferlegt.
5. Der Beschwerdegegner hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
6. Die Sache wird zur Verlegung der gesamten Kosten und Entschädigungen des erst- und zweitinstanzlichen Verfahrens an das Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, zurückgewiesen.
7. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kassationsgericht des Kantons Zürich und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Januar 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl von Roten