Sachverhalt:
A. Die X._ AG ist eine im Handelsregister des Kantons Basel-Landschaft eingetragene Aktiengesellschaft. Sie schliesst Finanzierungs- und Leasingverträge für Fahrzeuge, Schiffe und Industriegüter ab. Seit dem 1. Januar 1995 ist sie im Register für Mehrwertsteuerpflichtige eingetragen.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung führte in den Monaten Mai und Juni 1999 bei der Steuerpflichtigen eine Kontrolle durch, die erst im Juli 2000 beendet werden konnte. Aufgrund der dabei festgestellten Mängel forderte sie mit Ergänzungsabrechnung vom 14. Juli 2000 für die Zeit vom 1. Januar 1995 bis zum 31. März 2000 Mehrwertsteuern im Betrag von Fr. 423'725.-- zuzüglich Verzugszins von 5 % ab 1. Juli 1998 (mittlerer Verfall) nach.
B. Da die X._ AG die Ergänzungsabrechnung bestritt, traf die Eidgenössische Steuerverwaltung am 23. Oktober 2002 einen förmlichen Entscheid und bestätigte die Steuerforderung von Fr. 423'725.--. Dagegen erhob die X._ AG Einsprache, die am 11. Juni 2003 abgewiesen wurde; zugleich wurde festgestellt, dass der angefochtene Entscheid im nicht bestrittenen Betrag von Fr. 146'235.25 zuzüglich Verzugszins seit dem 1. Juli 1998 in Rechtskraft erwachsen sei. Gegen diesen Einspracheentscheid wandte sich die X._ AG an die Eidgenössische Steuerrekurskommission, die die Beschwerde am 16. Juni 2005 abwies.
C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 7. Juli 2005 beantragt die X._ AG dem Bundesgericht, den Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 16. Juni 2005 aufzuheben.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Die Eidgenössische Steuerrekurskommission hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Beschwerdeentscheide der Eidgenössischen Steuerrekurskommission können nach den Art. 97 ff. OG mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 66 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 2. September 1999 über die Mehrwertsteuer [MWSTG; SR 641.20]). Die Beschwerdeführerin ist nach Art. 103 lit. a OG zur Beschwerde legitimiert. Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist deshalb einzutreten.
1.2 Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann nach Art. 104 lit. a OG die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht von Amtes wegen an, ohne an die Begründung der Parteibegehren gebunden zu sein (vgl. Art. 114 Abs. 1 OG). Die Feststellung des Sachverhalts bindet das Bundesgericht, wenn - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 OG).
1.3 Da im vorliegenden Verfahren ausschliesslich vor dem 1. Januar 2001 verwirklichte Sachverhalte zu beurteilen sind, ist dabei noch auf die Bestimmungen der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV) abzustellen (<ref-law>).
2. 2.1 Der Mehrwertsteuer unterliegen u.a. alle durch Steuerpflichtige (<ref-law>) im Inland getätigten Umsätze, sofern diese nicht ausdrücklich von der Besteuerung ausgenommen sind. Steuerobjekt bilden neben den im Inland gegen Entgelt erbrachten Lieferungen auch alle Dienstleistungen, der Eigenverbrauch und Dienstleistungsbezüge aus dem Ausland (<ref-law>). Sind die in <ref-law> genannten Voraussetzungen erfüllt, kann der Vorsteuerabzug auf eingehenden Umsätzen beansprucht werden.
2.2 Die Mehrwertsteuer beruht auf dem System der Selbstveranlagung (<ref-law>). Danach hat der Steuerpflichtige über seine Umsätze und Vorsteuern unaufgefordert abzurechnen (Steuerdeklaration) und innerhalb von 60 Tagen nach Ablauf der Abrechnungsperiode den geschuldeten Steuerbetrag (Steuer vom Umsatz abzüglich Vorsteuern) an die Eidgenössische Steuerverwaltung abzuliefern (vgl. Kommentar des Eidgenössischen Finanzdepartements zur Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 [Kommentar EFD], S. 38; Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender; Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Auflage, Bern 2003, Rz. 1579 ff.; Xavier Oberson, in: OREF [éditeur], Les procédures en droit fiscal, 2e édition, complétée et actualisée, Bern 2005, S. 115).
2.3 Grundlage der Abrechnungspflicht bildet die kaufmännische Buchhaltung. Gemäss <ref-law> sind die Geschäftsbücher ordnungsgemäss zu führen und so einzurichten, dass sich aus ihnen die für die Feststellung der Steuerpflicht sowie für die Berechnung der Steuer und der abziehbaren Vorsteuern massgebenden Tatsachen leicht und zuverlässig ermitteln lassen. Die damit im Einzelnen verbundenen Anforderungen ergeben sich aus der Wegleitung der Eidgenössischen Steuerverwaltung für Mehrwertsteuerpflichtige, Ausgaben 1994/1997 (WL 1994 und 1997, Rz. 870 ff.). Danach sind alle Geschäftsfälle fortlaufend, chronologisch und lückenlos aufzuzeichnen. Zudem müssen sich alle Eintragungen auf entsprechende Belege stützen (Rz. 878 ff. der WL 1994 und 1997). Im Weiteren müssen die einzelnen Geschäftsvorfälle von der Eintragung in die Hilfs- und Grundbücher bis zur Steuerabrechnung und bis zum Jahresabschluss sowie umgekehrt leicht und genau nachverfolgt werden können (WL 1994, Rz. 879). Dies entspricht den von der Eidgenössischen Steuerverwaltung bereits zur Warenumsatzsteuer festgelegten und vom Bundesgericht in ständiger Praxis bestätigten Anforderungen. Sie gelten ohne weiteres auch für die Mehrwertsteuer (MWSTV bzw. MWSTG).
3. 3.1 Wenn keine oder unvollständige Aufzeichnungen vorliegen, oder wenn die ausgewiesenen Ergebnisse mit dem wirklichen Sachverhalt offensichtlich nicht übereinstimmen, hat die Eidgenössische Steuerverwaltung eine Schätzung nach pflichtgemässem Ermessen vorzunehmen (<ref-law>). Eine solche hat insbesondere auch dann zu erfolgen, wenn die Verstösse gegen die (formellen) Buchhaltungsregeln derart gravierend sind, dass die materielle Richtigkeit der Buchhaltung in Frage gestellt ist.
3.2 Die Ermessensveranlagung im Sinne von <ref-law> ist eine Schätzung, deren Ziel es ist, den tatsächlichen Gegebenheiten möglichst gerecht zu werden. Es haftet ihr deshalb eine gewisse Unsicherheit an, die der Steuerpflichtige aufgrund seiner Pflichtverletzung jedoch selber zu vertreten hat (Per Prod'hom, in: OREF, Les procédures en droit fiscal, a.a.O., S. 395; Pascal Mollard, TVA et taxation par estimation, in: ASA 69, 519). Zulässig ist die Umlage von einem oder mehreren Geschäftsjahren auf die übrige Kontrollperiode (vgl. dazu Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender , a.a.O., S. 571, Rz. 1684 und das dort zitierte Urteil des Bundesgerichts vom 30. November 1984 i.S. Garage R. S.A, in: ASA 56, 195).
3.3 Nachdem das Bundesgericht die Zweckmässigkeit des angefochtenen Entscheides nicht mehr überprüft (Art. 104 lit. Ziff. 1 OG) und an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz grundsätzlich gebunden ist (Art. 105 Abs. 2 OG), kann sich die Beschwerdeführerin bei der Anfechtung einer Ermessensveranlagung nicht auf das Vorbringen von allgemeiner Kritik gegen die bei der Ermessensveranlagung angewandten Kriterien und die beigezogenen Bemessungsgrundlagen beschränken. Sie muss vielmehr dartun, dass die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung vorgenommene Schätzung offensichtlich fehlerhaft ist und auch den Beweis für ihre vorgebrachten Behauptungen erbringen (Pascal Mollard, in: ASA 69, S. 559, und die dort zitierte Rechtsprechung). Zeugenbefragungen, wie sie von der Beschwerdeführerin verlangt werden, sind im Verfahren vor der Eidgenössischen Steuerrekurskommission grundsätzlich nicht zulässig (Art. 2 in Verbindung mit <ref-law>).
3.4 Der Vorsteuerabzug setzt voraus, dass die Lieferungen oder Dienstleistungen für Zwecke gemäss Art. 29 Abs. 2 lit. a - d MWSTV verwendet werden. Ein Abzug ist zudem nur dann möglich, wenn die von anderen Steuerpflichtigen gelieferten Gegenstände oder erbrachten Dienstleistungen mit Rechnungen belegt werden, die den Anforderungen von <ref-law> genügen (<ref-law>). Bei gemischter Verwendung der Leistungen sowohl für Zwecke, die zum Vorsteuerabzug berechtigen als auch für andere Zwecke, ist der Vorsteuerabzug im Verhältnis der Verwendung zu kürzen (<ref-law>). Der Vorsteuerabzug ist vollumfänglich oder teilweise ausgeschlossen, wenn einer der in <ref-law> genannten Tatbestände erfüllt ist.
4. 4.1 Im vorliegenden Fall hat die Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich festgestellt, dass die Buchführung der Beschwerdeführerin mit Bezug auf die Mehrwertsteuer erhebliche Mängel aufweist. So wurde unterlassen, die deklarierten Umsätze und Vorsteuern mit der Buchhaltung abzustimmen. Fehlende Unterlagen, Verträge und Nachweise, die von der Eidgenössische Steuerverwaltung in einer detaillierten Liste zusammengefasst und eingefordert worden waren, wurden nicht beigebracht. Es fehlte auch an einer detaillierten Auflistung zur Erfassung und Deklaration der Vorsteuer. Aus den Buchhaltungsunterlagen ist zudem nicht ersichtlich, ob und inwieweit die jeweils geltend gemachten Aufwendungen zum Vorsteuerabzug berechtigten. Teilweise fehlten Belege entweder ganz oder es waren die Anforderungen an die Abzugsfähigkeit der Belege nicht erfüllt bzw. es handelte sich um unberechtigte Vorsteuerabzüge.
Gestützt darauf ist davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin ihrer gesetzlichen Aufzeichnungs- und Buchführungspflicht im Sinne von <ref-law> nur ungenügend nachgekommen ist.
4.2 Die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung vorgenommene Ermessenseinschätzung ist daher nicht zu beanstanden. Dass und inwieweit diese offensichtlich unrichtig oder fehlerhaft ist, hat die Beschwerdeführerin darzulegen, was ihr mit blossen Behauptungen nicht gelingt. Es genügt auch nicht, wenn mit der Eingabe ans Bundesgericht versucht wird, mit einzelnen Feststellungen Zweifel an der Richtigkeit der vorgenommenen Veranlagung anzubringen. Die Beschwerdeführerin hat sich vielmehr mit allen Elementen der Veranlagung im Detail zu befassen und aufzuzeigen, inwiefern die Schätzung nicht auf haltbaren Grundlagen beruht. Soweit sie dies tut, sind ihre Feststellungen unzutreffend bzw. nicht mit den erforderlichen Beweismitteln versehen oder sie beziehen sich auf einzelne Punkte, die alleine nicht geeignet sind, die Ermessenstaxation als Ganzes als unhaltbar zu bezeichnen, wie nachfolgend dargelegt wird. Die Beschwerde ist deshalb abzuweisen.
4.2 Die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung vorgenommene Ermessenseinschätzung ist daher nicht zu beanstanden. Dass und inwieweit diese offensichtlich unrichtig oder fehlerhaft ist, hat die Beschwerdeführerin darzulegen, was ihr mit blossen Behauptungen nicht gelingt. Es genügt auch nicht, wenn mit der Eingabe ans Bundesgericht versucht wird, mit einzelnen Feststellungen Zweifel an der Richtigkeit der vorgenommenen Veranlagung anzubringen. Die Beschwerdeführerin hat sich vielmehr mit allen Elementen der Veranlagung im Detail zu befassen und aufzuzeigen, inwiefern die Schätzung nicht auf haltbaren Grundlagen beruht. Soweit sie dies tut, sind ihre Feststellungen unzutreffend bzw. nicht mit den erforderlichen Beweismitteln versehen oder sie beziehen sich auf einzelne Punkte, die alleine nicht geeignet sind, die Ermessenstaxation als Ganzes als unhaltbar zu bezeichnen, wie nachfolgend dargelegt wird. Die Beschwerde ist deshalb abzuweisen.
4.3 4.3.1 Dass die gesetzlichen Buchführungsvorgaben von der Beschwerdeführerin eingehalten wurden, trifft offensichtlich nicht zu. Daran ändern auch die von ihr eingereichten Geschäftsabschlüsse mit den entsprechenden Prüfberichten der Revisionsstelle nichts. Aus diesen geht weder hervor, dass die Jahresrechnung besonders auf Mehrwertsteuerkonformität geprüft wurde, noch ist dies üblich. Mit der im Zusammenhang mit der Prüfung der Jahresrechnung abgegebenen Bestätigung bezüglich Ordnungsmässigkeit der Buchhaltung, bzw. ordnungsmässiger Darstellung der Vermögenslage und des Geschäftsergebnisses entsprechend den gesetzlichen Bewertungsgrundsätzen, gibt die Revisionsstelle lediglich eine Bestätigung im Sinne von <ref-law> ab. Diese beinhaltet keine Aussage über die Einhaltung aller steuergesetzlichen Bestimmungen.
4.3.2 Sind die Voraussetzungen einer Ermessenstaxation erfüllt, muss die Beschwerdeführerin dartun, weshalb die von der Steuerbehörde angewandte Schätzmethode im Einzelnen nicht stimmt. Es genügt dazu nicht zu behaupten, dass sämtliche Belege vorliegen, und dass die vom Inspektor angewandte Schätzung durch Umlage aufgrund einer Prüfung für die Jahre 1995 bis 1997 nicht angehe. Die Schätzung durch Umlage, ist eine vom Bundesgericht in konstanter Rechtsprechung anerkannte Methode bei Ermessensveranlagungen.
4.3.3 Die Beschwerdeführerin beruft sich im Weiteren auf <ref-law>. Diese Bestimmung betrifft die Sicherstellung, die hier nicht zur Diskussion steht. Die von der Beschwerdeführerin gemeinte Bestimmung ist offensichtlich <ref-law> bzw. der gleich lautende <ref-law>. Diese besagen:
"Erwachsen dem Steuerpflichtigen aus der genauen Feststellung einzelner für die Bemessung der Steuer wesentlicher Tatsachen übermässige Umtriebe, so kann die Eidgenössische Steuerverwaltung unter den von ihr festzusetzenden Bedingungen Erleichterungen gewähren oder eine annäherungsweise Ermittlung der Steuer zulassen, sofern sich dadurch kein namhafter Steuerausfall oder -mehrertrag, keine beachtenswerte Verzerrung der Wettbewerbsverhältnisse und keine übermässige Erschwerung der Steuerabrechnung für andere Steuerpflichtige und der Steuerkontrolle ergeben."
4.3.3.1 Abgesehen davon, dass die Beschwerdeführerin weder nachgewiesen hat, dass und weshalb ihr bei der Feststellung einzelner für die Bemessung der Steuer wesentlicher Tatsachen übermässige Umtriebe erwachsen sind, erbringt sie auch keinen Nachweis dafür, dass sie über eine entsprechende Zustimmung der Eidgenössischen Steuerverwaltung für eine solche Erleichterung verfügt (vgl. Kommentar EFD, S. 43). Sinn und Zweck dieser Bestimmung bestehen im Übrigen nicht darin, den Steuerpflichtigen im Rahmen einer Prüfung Erleichterungen mit Bezug auf die Buchführung oder beim Abrechnungsverfahren zu gewähren. Es geht vielmehr darum, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung unter von ihr im Detail zu bezeichnenden Auflagen für ganze Branchen oder in besonderen Fällen Pauschalierungen oder annäherungsweise Ermittlungen wie z.B. Saldosteuersätze usw. zulassen kann (Alois Camenzind/Niklaus Honauer/Klaus A. Vallender, a.a.O., S. 567, Rz. 1674 ff.).
4.3.4 Was die Beschwerdeführerin bezüglich "relevanter Umsätze und Vorsteuern" sowie mit Bezug auf Debitorenverluste vorbringt, ist ebenfalls nicht geeignet, die vorliegende Ermessensveranlagung umzustossen. Debitorenverluste sind Entgeltsminderungen und als solche zu behandeln, wenn die hierfür genannten Voraussetzungen erfüllt sind (<ref-law>). Sie können in der Periode, in der die Entgeltsminderungen verbucht wurden, als Abzug vom steuerbaren Umsatz berücksichtigt werden. Eine Behandlung als vorsteuerabzugsberechtigter Aufwand, wie dies die Beschwerdeführerin in der von ihr eingereichten Zusammenstellung der MWST-relevanten Umsätze tut, ist deshalb schon systematisch falsch. Hinzu kommt, dass die Beschwerdeführerin mit dem Einreichen ihrer Aufstellung keinen Nachweis für die Uneinbringlichkeit der genannten Verluste erbringt. Soweit die Beschwerdeführerin den Nachweis für echte Verluste beibrachte, wurden diese von der Eidgenössischen Steuerverwaltung berücksichtigt (vgl. Einspracheentscheid vom 11. Juni 2003, Ziff. 5, Seite 4/7).
4.3.5 Unzutreffend sind auch die Feststellungen der Beschwerdeführerin bezüglich Beweislast und Prüfungspflicht der Eidgenössischen Steuerverwaltung. Die Berechtigung der Eidgenössischen Steuerverwaltung zu der bei der Beschwerdeführerin vorgenommenen Prüfung der Steuerabrechnungen ergibt sich aus <ref-law>. Die Steuerpflichtige wurde gestützt auf diese Prüfung mit einer detaillierten Mängelliste aufgefordert, die fehlenden Unterlagen und Beweismittel einzureichen. Dem ist sie offenbar nicht oder nur unvollständig nachgekommen, sodass zu Recht eine Ermessenseinschätzung vorgenommen wurde. Aus diesem Vorgehen kann nicht geschlossen werden, die Prüfung beruhe lediglich auf Hochrechnungen und sei deshalb mangelhaft. Die Beschwerdeführerin wäre überdies offensichtlich in der Lage gewesen, die verlangten Belege nachzureichen, was sie weder im Einspracheverfahren noch vor der Vorinstanz getan hat. Verfahrensfehler oder Mängel, welche die Aufhebung der Ermessensveranlagung rechtfertigen würden, liegen keine vor bzw. sind nicht dargetan.
4.3.6 Die Beschwerdeführerin geht im Weiteren davon aus, eine "Entwustung" des Fahrzeuglagers sei nie vorgenommen worden. <ref-law> sieht unter bestimmten Voraussetzungen eine Steuerentlastung für Warenvorräte vor, die mit der Warenumsatzsteuer belastet sind, wenn diese einem warenumsatzsteuerpflichtigen Lieferer nachweislich vergütet oder wenn sie bei der Einfuhr entrichtet wurde. Der Abzugsanspruch verjährt fünf Jahre nach Ablauf des Kalenderjahres, in dem er entstanden ist (<ref-law> in Verbindung mit Art. 29 und Art. 41 Abs. 1 MWSTV). Wenn ein solcher bestand, hätte er bis spätestens Ende Dezember 2000 geltend gemacht werden müssen, nachdem er im Jahre 1995 entstanden und demnach die Verjährung Ende 2000 eingetreten ist. Dem von der Vorinstanz verbindlich festgestellten Sachverhalt ist zu entnehmen, dass eine Steuerentlastung erstmals am 6. November 2002 verlangt wurde. Dass sie vor Ablauf der Verjährungsfrist ein Begehren im Sinne von <ref-law> gestellt hätte, ist von der Beschwerdeführerin weder dargetan noch ergibt sich dies aus den eingereichten Akten. Die Beschwerde ist demnach auch in diesem Punkt abzuweisen.
5. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich somit in allen Teilen als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 6'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und der Eidgenössischen Steuerrekurskommission schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Mai 2006
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber: