Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Bern erklärte im Appellationsverfahren am 6. August 2008 X._ schuldig der Vergewaltigung (mehrfach begangen in der Zeit ab 3. Dezember 1997 bis Frühling 2005), der sexuellen Nötigung (mehrfach begangen in der Zeit ab 3. Dezember 1997 bis Frühling 2005) und der sexuellen Handlungen mit Kindern (mehrfach begangen in der Zeit ab 3. Dezember 1997 bis 7. Mai 1999), jeweils zum Nachteil der 1983 geborenen Beschwerdegegnerin, sowie der mehrfach begangenen einfachen Körperverletzung. Es bestrafte ihn mit 4 1/2 Jahren Freiheitsstrafe.
B. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das obergerichtliche Urteil aufzuheben, ihn (mit Ausnahme der mehrfachen einfachen Körperverletzung) freizusprechen, eventuell ihn zu einer Freiheitsstrafe von maximal 20 Monaten, unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs, zu verurteilen. Es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.

Erwägungen:
1. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts prüft das Bundesgericht gemäss <ref-law> nur insoweit, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.4). Offensichtlich unrichtig bedeutet willkürlich im Sinne von <ref-law> (BGE <ref-ruling> E. 1.2.2).
Was der Beschwerdeführer gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung einwendet, erschöpft sich in einer appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil. Er beschränkt sich darauf, unter teils blosser Wiedergabe seiner im kantonalen Verfahren vertretenen Standpunkte die eigene Sicht der Dinge vorzutragen und darzulegen, wie seiner Auffassung nach die vorhandenen Beweise - das heisst seine eigenen Aussagen sowie die Aussagen der Beschwerdegegnerin, der Ehefrau und des Sohnes - richtigerweise zu würdigen gewesen wären. Eine solche Kritik ist nicht geeignet, offensichtlich erhebliche und schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung darzutun. Es wird in keiner Weise ersichtlich, dass die Unschuldsvermutung oder der Grundsatz in dubio pro reo verletzt sein sollten. Willkürlich ist ferner ein Entscheid nicht schon, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern wenn er offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 2b). Dies zeigt der Beschwerdeführer nicht auf. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 1.4, 396 E. 3.1). Massgebend ist der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt (<ref-law>).
2. Der Beschwerdeführer macht geltend, seine Liebesbeziehung mit der Beschwerdegegnerin sei erst für das Jahr 2000 erstellt, als sie bereits 17 Jahre alt und nicht mehr Kind im Sinne von <ref-law> gewesen sei.
Nach dem massgebenden Sachverhalt, wie er auch dem Urteilsdispositiv zu entnehmen ist, beging er diese Taten in der Zeit ab 3. Dezember 1997 bis 7. Mai 1999. In dieser Zeit war die Beschwerdegegnerin noch nicht 17 Jahre alt. Die Beschwerde ist unbegründet.
3. 3.1 Hinsichtlich sexueller Nötigung (<ref-law>) und Vergewaltigung (<ref-law>) bestreitet der Beschwerdeführer, die Beschwerdegegnerin unter psychischen Druck gesetzt zu haben. Die fast volljährige und später sogar volljährige Frau habe sich frei in seine Wohnung begeben, um ihre Sexualität mit ihrem Stiefvater auszuleben. Das Ausnützen allgemeiner Abhängigkeits- oder Freundschaftsverhältnisse genüge für sich genommen in der Regel nicht, um einen relevanten psychischen Druck zu begründen.
3.2 Sexuelle Nötigung (<ref-law>) und Vergewaltigung (<ref-law>) sind namentlich anzunehmen, wenn das Opfer unter psychischen Druck gesetzt wird. Dieses Nötigungsmittel wird in den beiden Tatbeständen gleich ausgelegt (vgl. <ref-ruling> E. 3b).
Die sexuellen Nötigungstatbestände verbieten den Angriff auf die sexuelle Freiheit. Sie gelten als Gewaltdelikte und sind damit prinzipiell als Akte der Aggression zu verstehen. Dabei stellt aber die Tatbestandsvariante des Unter-psychischen-Druck-Setzens klar, dass sich die tatbestandsmässige Ausweglosigkeit der Situation auch ergeben kann, ohne dass der Täter eigentliche Gewalt anwendet. Es kann vielmehr genügen, dass dem Opfer eine Widersetzung unter solchen Umständen aus anderen Gründen nicht zuzumuten ist. Diese Umstände müssen eine Qualität erreichen, die sie in ihrer Gesamtheit als instrumentalisierte sogenannte strukturelle Gewalt erscheinen lassen. Kognitive Unterlegenheit und emotionale wie soziale Abhängigkeit können - insbesondere bei Kindern und Jugendlichen - einen ausserordentlichen Druck erzeugen, der es ihnen verunmöglicht, sich gegen sexuelle Übergriffe zu wehren (<ref-ruling> E. 2.2). Eine sexuelle Nötigung ist um so wirksamer, je empfindlicher, wehr- und hilfloser insbesondere abhängige, verletzliche oder traumatisierte Opfer einem solchen Angriff ausgesetzt sind. Allerdings darf der Begriff der Instrumentalisierung struktureller Gewalt nicht als Ausnützung vorbestehender gesellschaftlicher oder privater Machtverhältnisse missverstanden werden. Die blosse Ausnützung ist keine Nötigung, und eine tatsächlich bestehende strukturelle Gewalt ist als solche noch keine zurechenbare Nötigungshandlung. Es muss für die Erfüllung des Tatbestands durch den Täter eine "tatsituative Zwangssituation" nachgewiesen sein. Das bedeutet nicht, dass der Täter diese jedes Mal wieder auf die gleiche Weise neu entstehen lassen muss. Es genügt, wenn das Opfer zunächst in dem ihm möglichen Rahmen Widerstand leistet und der Täter in der Folge den Zwang aktualisiert, so dass jede weitere sexuelle Ausbeutung nur aufgrund der strukturellen und aktualisierten Gewalterfahrung erfolgt (<ref-ruling> E. 2.4).
3.3 Die Vorinstanz führt gestützt auf die erstinstanzlichen Erwägungen aus, die Beschwerdegegnerin sei als zwölfjähriges Mädchen in eine für sie fremde Familie gekommen. Der Beschwerdeführer sei in dieser Familie der "Patriarch" gewesen. Er sei in einem kolumbianischen Dorf ein angesehener Mann in Richterposition und damit mit verstärkter Autorität gewesen. In der Familie habe er mit einem Gewaltregime geherrscht. Erniedrigungen hätten zur Tagesordnung gehört, und Widerspruch sei nicht geduldet worden. Hand und Gürtel seien locker gesessen. In dieser Familie habe es für die Beschwerdegegnerin weder eine Vertrauensperson noch eine Mutter gegeben. Die Beschwerdegegnerin sei dann in die Schweiz in eine fremde Kultur gekommen. Hier habe der Beschwerdeführer ihr verboten, über die sexuellen Handlungen zu sprechen. Er habe ihr ein Schweigegebot auferlegt und erklärt, wenn sie etwas erzähle, komme er ins Gefängnis, die Familie gehe kaputt, er könne nicht mehr für die Geschwister sorgen, und ohne ihn seien sie nichts. Er habe dies so oft wiederholt, bis die Familienmitglieder das mit der Zeit geglaubt hätten. Der Druck, der während Jahren auf der Beschwerdegegnerin gelastet habe, sei durch ihre ungewollte Schwangerschaft verstärkt worden. Nebst diesen bösartigen und erniedrigenden Druckmethoden habe der Beschwerdeführer ein perverses und perfides Verhalten gezeigt, um seine Stieftochter unter Druck zu setzen und für sich gefügig zu machen. Er habe ihr immer wieder vorgeworfen, sie habe eine Affäre mit ihrem Halbbruder und mit anderen Männern. Um ihm zu beweisen, dass das nicht stimme, habe sie gemeint, mit ihm schlafen zu müssen. Auch Auslandaufenthalte des Beschwerdeführers hätten an dieser Situation nichts geändert. Die Beschwerdegegnerin habe genau gewusst, was geschehen würde, wenn sie sich seinem Willen nicht unterordnen würde. Sie sei zu ihm gegangen, weil er ihr sonst "die Hölle heiss" gemacht hätte. Der Beschwerdeführer sei sich dieser von ihm geschaffenen Zwangssituation bewusst gewesen. Er habe seine sexuellen Bedürfnisse befriedigen wollen. Mit den Jahren habe sich daraus ein eingeschliffenes Ritual ergeben. Es sei der Beschwerdegegnerin nicht mehr zuzumuten gewesen, sich effektiv und effizient aufzulehnen. Auch in der Schweiz habe der Beschwerdeführer die Familie mit Gewalt und Beschimpfungen terrorisiert.
Unter diesen tatsächlichen Voraussetzungen nimmt die Vorinstanz zutreffend ein tatbestandsmässiges Unter-psychischen-Druck-Setzen im Sinne von Art. 189 und 190 StGB an. Die Beschwerde ist unbegründet.
4. Es ist aufgrund dieser massgeblichen vorinstanzlichen Feststellungen nicht nachvollziehbar, wie gegen die Strafzumessung eingewendet werden kann, es liege gar keine strafbare Tat vor, der Beschwerdeführer habe aus Liebe gehandelt. Und es wird aus der Beschwerde nicht plausibel, weshalb das Strafmass antragsgemäss tief angesetzt werden könnte. Er weist auf eine durch ein Massaker in Kolumbien verursachte posttraumatische Belastungsstörung hin (angefochtenes Urteil S. 73), auf seinen gesellschaftlichen Abstieg, die kulturelle Verschiedenheit in der Schweiz sowie dass das "Inzestuöse" weder erkannt noch thematisiert worden sei und ihm in Kolumbien weitere Bestrafung drohe. Die Vorinstanz geht indessen in ihrem Urteil von einer "normalen Strafempfindlichkeit" aus. Dabei stellt sie fest, weder der Bericht des Psychotherapeuten noch die Aussagen des Beschwerdeführers wiesen auf die geltend gemachte "sehr hohe paranoidiforme und depressive Empfindlichkeit auf Verurteilung" hin. Angesichts des sehr schweren Verschuldens ist das Strafmass bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit der Rechtsbegehren abzuweisen (<ref-law>). Der Beschwerdeführer hat die Gerichtskosten zu tragen. Seiner finanziellen Lage kann mit einer herabgesetzten Gerichtsgebühr Rechnung getragen werden (Art. 65 Abs. 2 und Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 3. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw