Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 31. Oktober 2006 erteilte das Bundesamt für Energie der Nordostschweizerischen Kraftwerke AG (NOK) die Teilplangenehmigung mit Auflagen für die 380/220-kV-Leitung Beznau-Birr, Teilstrecke Rüfenach (Mast Nr. 20) bis Habsburg ([Mast Nr. 37], Planvorlage L-165'461). Dagegen gelangten einerseits die Gemeinde Riniken mit weiteren Mitbeteiligten (im Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht als "Beschwerdeführende 1" bezeichnet) als auch ein Ehepaar aus Riniken ("Beschwerdeführende 2") an die Eidgenössische Rekurskommission für Infrastruktur und Umwelt (REKO/INUM). Neben verschiedenen Verletzungen des rechtlichen Gehörs rügten sie in inhaltlicher Hinsicht u.a. sinngemäss eine mangelhafte Interessenabwägung und verlangten die Verkabelung der Hochspannungsleitung. Zur Beurteilung ihrer Anträge forderten sie die Durchführung einer Beschwerdeverhandlung mit Augenschein vor Ort sowie die Einholung diverser Gutachten.
B. Per 1. Januar 2007 übernahm das Bundesverwaltungsgericht die bei der REKO/INUM anhängig gemachten Verfahren und vereinigte sie mit Verfügung vom 9. März 2007. Nach mehreren Schriftenwechseln und Stellungnahmen der Bundesämter für Energie (BFE), für Raumentwicklung (ARE) und für Umwelt (BAFU) wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde der Gemeinde Riniken und der weiteren Mitbeteiligten mit Urteil vom 2. Juli 2008 ab. Auch die Beschwerde der Beschwerdeführenden 2 wies es ab, soweit sie nicht gegenstandslos geworden war.
C. Die Gemeinde Riniken und zahlreiche Mitbeteiligte erheben mit Eingabe vom 8. September 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 2. Juli 2008 und die Teilplangenehmigung des BFE vom 31. Oktober 2006 aufzuheben. Das Verfahren sei im Sinne ihrer Ausführungen an das Bundesverwaltungsgericht, eventualiter an das BFE zurückzuweisen.
Die NOK schliesst auf vollumfängliche Abweisung der Rechtsbegehren, soweit darauf eingetreten werden könne, während das BFE auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil verweist. Das BAFU sieht seine Stellungnahme im Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vollumfänglich bestätigt und verzichtet auf weitere Bemerkungen. Das Bundesverwaltungsgericht äussert sich zur von den Beschwerdeführern aufgeworfenen Problematik einer öffentlichen Verhandlung und beantragt insgesamt die Abweisung der Beschwerde.
Im zweiten Schriftenwechsel halten die Beschwerdeführer grundsätzlich an ihren Begehren fest. Eventualiter fordern sie für den Fall, dass das Bundesgericht auf eine Rückweisung verzichten sollte, eine öffentliche Parteiverhandlung mit gleichzeitigem Augenschein vor Ort. Das BFE und die NOK äussern sich zu gewissen Einzelfragen und halten sinngemäss an ihren Standpunkten fest.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (<ref-law>) stützt sich in erster Linie auf Bundesverwaltungsrecht (Bundesgesetz betreffend die elektrischen Schwach- und Starkstromanlagen vom 24. Juni 1902, [Elektrizitätsgesetz, EleG; SR 734.0], USG, RPG etc.) und betrifft demzufolge eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Endentscheid i.S.v. <ref-law>. Mit dem Urteil hat das Bundesverwaltungsgericht die Teilplangenehmigung durch das BFE und damit die Linienführung der Starkstromleitung für rechtmässig befunden. Die Beschwerdeführer als in unmittelbarer Nähe der Hochspannungsleitung Wohnende und zum Teil formell Enteignete (vgl. Ziff. 6 des Dispositivs der Teilplangenehmigung vom 31. Oktober 2006) sind davon in besonderem Masse berührt und grundsätzlich zur Beschwerde legitimiert (zur Legitimation gemäss <ref-law> siehe <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 253 f.). Zu ihnen gehört auch die Gemeinde Riniken. Sie kann sich zudem auf <ref-law> i.V.m. <ref-law> berufen, wonach Gemeinden berechtigt sind, gegen Verfügungen der kantonalen und der Bundesbehörden in Anwendung dieses Gesetzes die Rechtsmittel des eidgenössischen und kantonalen Rechts zu ergreifen, sofern sie dadurch berührt werden und ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder Änderung haben. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass.
2. Die Beschwerdeführer rügen vorab, sie hätten in ihrer Stellungnahme vom 7. Januar 2008 ausdrücklich eine Beschwerdeverhandlung mit Augenschein vor Ort verlangt. Trotzdem habe das Bundesverwaltungsgericht sein Urteil vom 2. Juli 2008 ohne Durchführung einer öffentlichen Parteiverhandlung gefällt. Damit habe es nicht nur gegen die klare Anordnung von Art. 40 Abs. 1 lit. a des Verwaltungsgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005 (VGG; SR 173.32) verstossen, sondern auch den konventions- und verfassungsrechtlich geschützten Anspruch der Beschwerdeführer auf Durchführung einer öffentlichen Verhandlung (Art. 6 Ziff. 1 EMRK, <ref-law>) verletzt.
2.1 Nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK besteht in Verfahren über zivilrechtliche Streitigkeiten ein Anspruch auf öffentliche Verhandlung, sofern die Parteien nicht ausdrücklich oder stillschweigend darauf verzichten. Ein Entscheid über zivilrechtliche Ansprüche im Sinne von Art. 6 Ziff. 1 EMRK liegt unter anderem vor, wenn eine bau- oder planungsrechtliche Massnahme direkte Auswirkungen auf die Ausübung der Eigentumsrechte der Grundeigentümer hat (<ref-ruling> E. 2 S. 45; <ref-ruling> E. 3e S. 300; <ref-ruling> E. 5c S. 34 f.). Art. 40 Abs. 1 lit. a VGG bestimmt, dass der Instruktionsrichter bzw. die Instruktionsrichterin, soweit zivilrechtliche Ansprüche oder strafrechtliche Anklagen im Sinn von Art. 6 Ziff. 1 EMRK zu beurteilen sind, eine öffentliche Parteiverhandlung anordnet, wenn eine Partei es verlangt.
2.2 Das Verwaltungsgericht äussert sich in E. 15.5 des angefochtenen Urteils zur Problematik und zieht dazu in Erwägung, aufgrund der sich bei den Akten befindlichen Pläne erübrige sich die beantragte Durchführung eines Augenscheins und einer Instruktionsverhandlung mit Parteibefragung. Die Pläne würden die örtlichen Gegebenheiten in genügender Art und Weise zeigen. Folglich sei der diesbezügliche Beweisantrag der Beschwerdeführer abzuweisen. In seiner Vernehmlassung vor Bundesgericht führt es ergänzend aus, es habe diesen Beweisantrag im Rahmen der antizipierten Beweiswürdigung abgewiesen. Da die Beschwerdeführer anwaltlich vertreten gewesen seien, habe das Bundesverwaltungsgericht davon ausgehen dürfen, dass dem Rechtsvertreter der Unterschied zwischen einem Antrag auf Durchführung einer öffentlichen Verhandlung i.S.v. Art. 6 Ziff. 1 EMRK und einem Beweisantrag bekannt sei. Es habe darum den ausschliesslich im Rahmen der Beweiserhebung gestellten Antrag in keiner Weise als einen solchen auf Durchführung einer öffentlichen Verhandlung entgegen nehmen müssen.
2.2 Das Verwaltungsgericht äussert sich in E. 15.5 des angefochtenen Urteils zur Problematik und zieht dazu in Erwägung, aufgrund der sich bei den Akten befindlichen Pläne erübrige sich die beantragte Durchführung eines Augenscheins und einer Instruktionsverhandlung mit Parteibefragung. Die Pläne würden die örtlichen Gegebenheiten in genügender Art und Weise zeigen. Folglich sei der diesbezügliche Beweisantrag der Beschwerdeführer abzuweisen. In seiner Vernehmlassung vor Bundesgericht führt es ergänzend aus, es habe diesen Beweisantrag im Rahmen der antizipierten Beweiswürdigung abgewiesen. Da die Beschwerdeführer anwaltlich vertreten gewesen seien, habe das Bundesverwaltungsgericht davon ausgehen dürfen, dass dem Rechtsvertreter der Unterschied zwischen einem Antrag auf Durchführung einer öffentlichen Verhandlung i.S.v. Art. 6 Ziff. 1 EMRK und einem Beweisantrag bekannt sei. Es habe darum den ausschliesslich im Rahmen der Beweiserhebung gestellten Antrag in keiner Weise als einen solchen auf Durchführung einer öffentlichen Verhandlung entgegen nehmen müssen.
2.3 2.3.1 Die umstrittene Hochspannungsleitung betrifft die Beschwerdeführer als unmittelbare Anwohner. Sie machen einen Eingriff in ihre nachbarrechtlichen Abwehrrechte geltend, da sie erhebliche Wertverluste ihres Grundeigentums befürchten. Zudem machen sie auf die zu erwartenden Lärmimmissionen aufmerksam und bezweifeln die Einhaltung der gesetzlichen Grenzwerte für nichtionisierende Strahlung insgesamt und konkret auch bei einer explizit genannten Liegenschaft (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2a/cc S. 61 f.). Bei denjenigen Grundeigentümern, die gemäss Ziff. 6 des Dispositivs der Teilplangenehmigung des BFE direkt in ihrem Grundeigentum von einer formellen Enteignung betroffen sind, ergibt sich der Eingriff in die zivilrechtlichen Ansprüche aus dem Entscheiddispositiv selber. Art. 6 Ziff. 1 EMRK ist auf alle Streitsachen anwendbar, deren Ausgang das Eigentumsrecht sofort oder in Zukunft in einer für den Eigentümer nachteiligen oder auch vorteilhaften Weise berührt. Auch bei Streit über Nutzungsregelungen ist Art. 6 EMRK anwendbar, selbst wenn die Dispositionsfähigkeit des Eigentümers durch derartige Regelungen nicht in erheblicher Weise beeinträchtigt wird (Frowein/Peukert, EMRK-Kommentar, 2. Aufl. 1996, S. 187; vgl. BGE <ref-ruling> E. 3e S. 300; <ref-ruling> E. 5c S. 34 f.). Davon zu unterscheiden sind Drittinterventionen (z.B. von Nachbarn) gegen die Erteilung einer Bau- oder sonstigen behördlichen Genehmigung, die nur insoweit vom Anwendungsbereich des Art. 6 Abs. 1 EMRK erfasst werden, als auf das Eigentum gegründete Abwehrrechte geltend gemacht werden (vgl. <ref-ruling> E. 2a/bb S. 61; Urteil des Bundesgerichts 1A.151/2002 vom 22. Januar 2003 in URP 2003 S. 235 E. 2.1; Urteil des EGMR vom 10. April 2007 i.S. Stiftung Giessbach; zum Ganzen: FROWEIN/PEUKERT, a.a.O., S. 187 und 191; MARK E. VILLIGER, Handbuch der EMRK, 2. Auflage 1999 Rz. 380 und 384; RUTH HERZOG, Art. 6 EMRK und kantonale Verwaltungsrechtspflege, 1995, S. 153 ff.).
2.3.2 Dass die Beschwerdeführer im Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht ihre Eigentumsrechte an ihren Grundstücken verteidigten und sich in diesem Zusammenhang auf Art. 6 Ziff. 1 EMRK berufen konnten, bedurfte keiner ausführlichen Erörterung in der Beschwerde, sondern war aus den Akten klar ersichtlich und von der Vorinstanz im Rahmen der Rechtsanwendung von Amtes wegen zu beachten (vgl. Art. 37 VGG i.V.m. Art. 12 und 62 VwVG).
2.4 Die Rechtsprechung des Bundesgerichts und der Strassburger Organe anerkennt, dass auf die Durchführung einer öffentlichen Verhandlung verzichtet werden kann. Der Verzicht muss - ausdrücklich oder stillschweigend erfolgt - eindeutig und unmissverständlich sein. Ein Verzicht wird insbesondere angenommen, wenn kein Antrag auf Durchführung einer öffentlichen Verhandlung gestellt wird, obwohl das Gericht in der Regel nicht öffentlich verhandelt (vgl. <ref-ruling> E. 2e/aa S. 48; <ref-ruling> E. 2d S. 52 mit zahlreichen Hinweisen). Diese Konstellation liegt hier nicht vor, haben doch die Beschwerdeführer in ihrer Stellungnahme vom 7. Januar 2008 nicht bloss um einen Augenschein, sondern ausdrücklich um eine "Beschwerdeverhandlung mit Augenschein vor Ort" ersucht (vgl. <ref-law>). Das Bundesverwaltungsgericht vertritt in seiner Vernehmlassung den Standpunkt, die Durchführung einer öffentlichen Verhandlung könne nicht im Rahmen eines Beweisantrages verlangt werden. Gründe für eine solche Einschränkung sind nicht ersichtlich. Auch Art. 40 VGG macht diesbezüglich keine Vorbehalte. Ebensowenig liegen besondere Gründe vor oder wurden solche geltend gemacht, die einer öffentlichen Verhandlung entgegenstehen könnten (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3b S. 55 ff. mit Hinweisen). Mit Blick auf den Grundsatz von Treu und Glauben kann nicht angenommen werden, die Beschwerdeführer hätten durch ihr Verhalten im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht auf die Durchführung einer öffentlichen Verhandlung verzichtet.
2.5 Der Verzicht des Bundesverwaltungsgerichts auf eine öffentliche Verhandlung stellt einen Verfahrensmangel dar, der nicht im bundesgerichtlichen Verfahren behoben werden kann, sondern zur Rückweisung der Angelegenheit an die Vorinstanz zur Durchführung einer öffentlichen Verhandlung und zu neuer Entscheidung führt (<ref-law>). Unter diesen Umständen ist auf die übrigen Rügen der Beschwerdeführer im vorliegenden bundesgerichtlichen Verfahren nicht weiter einzugehen.
3. Es ergibt sich, dass die Beschwerde gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben ist. Die Sache ist an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen. Die NOK hat als private Beschwerdegegnerin die vollumfängliche Abweisung aller Rechtsbegehren der Beschwerdeführer verlangt. Angesichts des Ausgangs des bundesgerichtlichen Verfahrens sind ihr deshalb die Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Sie hat die anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer zudem für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 2. Juli 2008 aufgehoben. Die Angelegenheit wird an das Bundesverwaltungsgericht zur Durchführung einer öffentlichen Verhandlung und zu neuer Beurteilung zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Nordostschweizerischen Kraftwerke AG auferlegt.
3. Die Nordostschweizerische Kraftwerke AG hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Energie, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, sowie dem Bundesamt für Umwelt und dem Eidgenössischen Starkstrominspektorat schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer