Sachverhalt:
A. Mit Klageschrift vom 18. November 2008 klagte X._ (Beschwerdeführer) beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen Y._ (Beschwerdegegner) sowie eine Aktiengesellschaft und verlangte Fr. 397'096.50 nebst Zins und Kosten unter solidarischer Haftbarkeit. Da der Beschwerdegegner nicht im Handelsregister eingetragen war, setzte das Handelsgericht dem Beschwerdeführer Frist an, um beim Obergericht des Kantons Zürich eine Anweisung nach § 65 des Gerichtsverfassungsgesetzes vom 13. Juni 1976 (LS 211.1, GVG/ZH), mit welcher das Handelsgericht für sämtliche Streitgenossen zuständig erklärt werden kann, zu beantragen oder eine Vereinbarung über die Zuständigkeit des Handelsgerichts nach § 64 Ziff. 1 GVG/ZH nachzuweisen. Der Beschwerdeführer stellte dem Obergericht fristgemäss ein Gesuch nach § 65 GVG/ZH, welches dieses mit Beschluss vom 16. Februar 2009 abwies. Daraufhin trat das Handelsgericht mit Beschluss vom 6. April 2009 auf die Klage gegen den Beschwerdegegner nicht ein und überwies den Prozess diesbezüglich antragsgemäss an das Bezirksgericht Zürich. Die Gerichtsgebühr für diesen Beschluss setzte es auf Fr. 7'000.-- fest und auferlegte sie dem Beschwerdeführer.
B. Im Kostenpunkt beanstandet der Beschwerdeführer den Beschluss des Handelsgerichts mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde und beantragt dem Bundesgericht, die Gerichtsgebühr in Anwendung von § 2 und § 11 der Verordnung des Obergerichts über die Gerichtsgebühren vom 4. April 2007 (LS 211.11, GebV/ZH) dem zeitlichen Aufwand des Handelsgerichts entsprechend festzusetzen. Eventualiter sei die Sache zur Festsetzung einer angemessen reduzierten Gebühr an das Handelsgericht zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner und das Handelsgericht haben auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der vor Handelsgericht streitige Betrag erreicht den für eine Beschwerde in Zivilsachen notwendigen Streitwert (<ref-law>), so dass die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nicht zulässig ist (<ref-law>). Die falsche Bezeichnung schadet dem Beschwerdeführer indessen nicht, da in einer subsidiären Verfassungsbeschwerde zulässige hinreichend begründete Rügen auch im Rahmen der Beschwerde in Zivilsachen erhoben werden können.
1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft zwar die sachliche Zuständigkeit des angerufenen Gerichts. Der Entscheid über die sachliche Unzuständigkeit der Vorinstanz wird vom Beschwerdeführer aber nicht in Frage gestellt, so dass eine Anwendung der Bestimmungen nach <ref-law> schon aus diesem Grund ausser Betracht fällt. Um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law> handelt es sich nicht, da das Verfahren vor Handelsgericht dadurch nicht abgeschlossen wird, sondern gegenüber der miteingeklagten Aktiengesellschaft weiter läuft. Zu prüfen ist demgegenüber, ob ein Teilentscheid im Sinne von <ref-law> vorliegt, der das Verfahren für einen Streitgenossen abschliesst. Dies könnte zweifelhaft erscheinen, da die Streitsache für den Beschwerdegegner nicht erledigt ist, sondern vor den kantonalen Gerichten, in erster Instanz vor dem Bezirksgericht Zürich, ihren Fortgang findet. Die Prozessüberweisung nach § 112 der Zivilprozessordnung vom 13. Juni 1976 (LS 271, ZPO/ZH) ändert aber nichts an der Erledigungsart durch Nichteintreten (FRANK/STRÄULI/MESSMER, Kommentar zur zürcherischen Zivilprozessordnung, 3. Aufl. 1997, N. 3 zu <ref-law>/ZH). Dadurch wird das vor dem Handelsgericht angestrengte Verfahren abgeschlossen. Der Entscheid des Handelsgerichts erfolgt losgelöst vom Hauptverfahren, welches vor dem Bezirksgericht weitergeführt wird. Dies spricht dafür, den angefochtenen Entscheid als Teilentscheid im Sinne von <ref-law> zu behandeln (vgl. Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 S. 4331 f. Ziff. 4.1.4.1 zu Art. 85 EBGG, betreffend Schutzmassnahmen, die losgelöst vom Hauptverfahren angeordnet werden und als Endentscheide anzusehen sind). Der Frage kommt indessen keine massgebliche Bedeutung zu, da ohnehin nicht auf die Beschwerde einzutreten ist.
1.2 Ob der angefochtene Entscheid überhaupt letztinstanzlich ist (<ref-law>), erscheint fraglich. Der Beschwerdeführer weist zwar darauf hin, dass die kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht nicht gegeben ist, da die Bemessung der Gebühren und Kosten einen Teil der Justizverwaltung bildet (vgl. HAUSER/SCHWERI, Kommentar zum zürcherischen Gerichtsverfassungsgesetz, 2002, N. 29 zu § 206 GVG/ZH). Er äussert sich aber nicht zur Möglichkeit, Kostenbeschwerde nach § 206 GVG/ZH zu ergreifen (vgl. hiezu HAUSER/SCHWERI, a.a.O., N. 1, 14 und 24 ff. zu § 206 GVG/ZH). Auch diese Frage muss indessen nicht vertieft behandelt werden.
1.3 Die Rechtsbegehren an das Bundesgericht müssen beziffert sein (<ref-ruling> E. 2 S. 236 f. mit Hinweisen). Ein blosser Rückweisungsantrag ist nur ausreichend, wenn das Bundesgericht, sollte es der Rechtsauffassung des Beschwerdeführers folgen, in der Sache nicht selbst entscheiden könnte, sondern ein Rückweisungsentscheid ergehen müsste (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer hat seinen Hauptantrag nicht beziffert. Er geht aber selbst davon aus, das Bundesgericht könne die angemessene Gebühr selbst festsetzen, denn er hat die Rückweisung nur eventualiter beantragt. Selbst wenn man bezüglich der Kosten im kantonalen Verfahren einen unbezifferten Antrag oder den Rückweisungsantrag genügen lassen wollte, würde dies dem Beschwerdeführer, wie nachfolgend zu zeigen sein wird, nichts nützen.
2. Materiell wirft der Beschwerdeführer der Vorinstanz vor, den Kostenrahmen, den ihr § 11 GebV/ZH eröffnet, voll ausgeschöpft zu haben, was sich angesichts des geringen Aufwands und der wesentlich geringeren Kosten für den Entscheid des Obergerichts nicht rechtfertige. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, die hohe Gebühr wirke prohibitiv und verletze den kantonalrechtlichen Grundsatz der wohlfeilen Prozessführung. Er rügt diesbezüglich die Verletzung diverser verfassungsmässiger Rechte, insbesondere des Willkürverbots (<ref-law>), des rechtlichen Gehörs und von Art. 6 EMRK.
2.1 § 11 Abs. 1 GebV/ZH steht unter dem Randtitel "h. Einparteienverfahren" und lautet: "Fehlt nach der Natur des Verfahrens eine beklagte Partei oder ist sie nicht anzuhören, so beträgt die Gebühr Fr. 100 bis Fr. 7000." Er betrifft die nichtstreitige Gerichtsbarkeit, namentlich das Verfahren auf einseitiges Vorbringen nach <ref-law>/ZH (vgl. HAUSER/SCHWERI, a.a.O., N. 22 zu § 202 GVG/ZH, welche ausdrücklich auf § 6 Abs. 2 der Verordnung über die Gerichtsgebühren vom 30. Juni 1993 verweisen, dessen Wortlaut bis auf die Beträge der Gerichtsgebühr mit dem heute geltenden § 11 Abs. 1 GebV/ZH übereinstimmt). Es handelt sich um Verfahren, bei denen es an der für den Zivilrechtsstreit typischen Zweiparteiensituation fehlt (vgl. FRANK/STRÄULI/MESSMER, a.a.O., N. 1 zu <ref-law>/ZH).
2.2 Die Klage des Beschwerdeführers richtet sich gegen eine beklagte Partei, welche angehört werden müsste, bevor die Klage gutgeheissen werden könnte. Ob eine beklagte Partei vorhanden oder anzuhören ist (§ 11 Abs. 1 GebV/ZH), ergibt sich aus der Natur des Verfahrens, hängt also vom materiellen Recht und nicht von richterlichem Ermessen ab (vgl. FRANK/STRÄULI/MESSMER, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>/ZH). Daher ist nicht massgeblich, ob die Gegenpartei vor dem Nichteintretensentscheid Gelegenheit zur Vernehmlassung erhält. Es ist nicht nachvollziehbar, wie der Beschwerdeführer zur Auffassung gelangt, die Kostenregelung über das Einparteienverfahren (§ 11 GebV/ZH) komme bei einem Nichteintretensentscheid in einem streitigen Prozessverfahren zwischen zwei Parteien zur Anwendung. Die Prozessüberweisung nach <ref-law>/ZH ändert wie dargelegt nichts an der Erledigungsart durch Nichteintreten und führt nicht zu Besonderheiten bei der Verteilung der Parteikosten (FRANK/STRÄULI/ MESSMER, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>/ZH).
2.3 Damit steht die Argumentation des Beschwerdeführers auf einer falschen Grundlage. Er setzt sich nicht hinreichend mit dem angefochtenen Entscheid auseinander, der nicht auf § 11 GebV/ZH fusst. Er legt insbesondere nicht dar, inwiefern nach den einschlägigen Bestimmungen niedrigere Kosten hätten festgesetzt werden müssen. Den Begründungsanforderungen an eine Rüge der Verletzung verfassungsmässiger Rechte genügen die Vorbringen des Beschwerdeführers damit nicht (<ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Das gilt ebenso für den blossen Hinweis auf die Gebühr des Entscheides des Obergerichts, zumal sich der Beschwerdeführer weder mit den tatsächlich einschlägigen kantonalen Bestimmungen auseinandersetzt, noch der unterschiedlichen Natur der Entscheide Rechnung trägt. Auch die blosse Behauptung, die Gebühr sei prohibitiv hoch oder missachte den Grundsatz der wohlfeilen Rechtsprechung, genügt nicht, zumal es dem Beschwerdeführer frei gestanden hätte, beim Obergericht vorab eine Zuweisung zum Handelsgericht zu beantragen und so die Kosten des Nichteintretensentscheides zu vermeiden.
2.4 Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist ebenfalls nicht dargetan. Zwar nennt die Vorinstanz die einschlägigen Bestimmungen nicht, nach denen sie die Gerichtsgebühr festsetzt. Der anwaltlich vertretene Beschwerdeführer hätte indessen ohne Weiteres erkennen müssen, dass er einen klassischen Zivilprozess führte, in welchem die Gegenparteien anzuhören sein würden, so dass § 11 GebV/ZH nicht zur Anwendung gelangen konnte. Mit dem Vorwurf, die Vorinstanz habe nicht begründet, weshalb sie den in § 11 GebV/ZH vorgesehenen Kostenrahmen voll ausgeschöpft habe, vermag der Beschwerdeführer die Rüge einer Verletzung seiner verfassungsmässigen Rechte nicht hinreichend zu begründen (<ref-law>).
3. Nach dem Gesagten ist insgesamt auf die Beschwerde nicht einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig. Da der Beschwedegegner auf Vernehmlassung verzichtet hat, steht ihm keine Parteientschädigung zu.

Demnach erkennt Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Juli 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak