Sachverhalt:
A. A.a A._ und B._ sind Miteigentümer des Grundstücks Nr. 1 in G._. Am 30. März 2007 gelangten sie mit einer Eigentums- und Grenzscheidungsklage gegen C._, Eigentümer des Grundstückes Nr. 2, F._, Eigentümer des Grundstückes Nr. 3, und D._ sowie E._, Miteigentümer des Grundstücks Nr. 4, an den Kreispräsidenten Fünf Dörfer. Sie beanspruchten je eine Teilfläche der genannten Grundstücke ihrer Nachbarn - insgesamt 87 m2 - als zu ihrem Grundstück zugehörig. Mit Urteil vom 2. Juli 2008 wies das Bezirksgericht Landquart die Klage ab. Die dagegen eingereichte Berufung wurde vom Kantonsgericht Graubünden am 14. Mai 2009 abgewiesen. Die daraufhin beim Bundesgericht eingereichte Beschwerde in Zivilsachen ist noch hängig (Verfahren 5A_434/2009).
A.b Mit Schreiben vom 13. August 2008 forderten A._ und B._ C._, F._ und D._ sowie E._ auf, die Verbundsteine gemäss dem behaupteten Grenzverlauf sowie die Kirschlorbeersträuche, je gemäss zugehöriger Skizze, zu entfernen. Für den Unterlassungsfall drohten sie den Nachbarn entsprechende Handlungen an.
A.c Auf Ersuchen von C._, F._ und D._ sowie E._ wies der Kreispräsident Fünf Dörfer A._ und B._ mit Verfügung vom 23. Februar 2009 an, bis zum 31. März 2009 die auf dem Grundstück Nr. 4 entfernten Verbundsteine fachmännisch wieder einzubauen und die auf den Grundstücken Nr. 2, Nr. 3 und Nr. 4 angebrachten Markierungen zu entfernen. Sollten die genannten Arbeiten nicht fristgerecht ausgeführt werden, würden sie auf deren Kosten an einen Fachmann vergeben.
B. Der Einzelrichter des Kantonsgerichts von Graubünden wies die Beschwerde von A._ und B._ am 30. März 2009 ab und setzte ihnen eine neue Frist zur Wiederherstellung auf den 31. Mai 2009 an.
C. A._ und B._ sind mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde vom 27. Mai 2009 an das Bundesgericht gelangt. Die Beschwerdeführer beantragen die Aufhebung der einzelrichterlichen Verfügung und die Rückweisung der Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz.
Die Präsidentin der II. zivilrechtlichen Abteilung hat der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Es sind keine Vernehmlassungen in der Sache eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlich ergangener Entscheid über ein Ersuchen um Besitzesschutz, mithin ein Endentscheid in einer Zivilsache mit Vermögenswert (Art. 72 Abs. 1, Art. 90 und Art. 75 Abs. 1 BGG). Die gesetzliche Streitwertgrenze wird vorliegend nicht erreicht, womit die Beschwerde in Zivilsachen nicht gegeben ist (Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG).
1.2 Die vorliegend erhobene Verfassungsbeschwerde steht hingegen zur Verfügung (Art. 113 BGG). Die Beschwerdeführer machen die Missachtung einer Reihe verfassungsmässiger Rechte geltend, welche Rügen zulässig sind (Art. 116 BGG). Das Bundesgericht prüft deren Verletzung indes nicht von Amtes wegen, sondern nur soweit solche gerügt und insbesondere gehörig begründet werden (Art. 117 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG). Demnach haben die Beschwerdeführer klar und einlässlich darzulegen, worin die geltend gemachten Verletzungen bestehen sollen. Auf rein appellatorische Krititk wird nicht eingetreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261). Soweit vorgebracht wird, das Willkürverbot sei missachtet worden, ist überdies im Einzelnen anhand des angefochtenen Entscheides darzulegen, inwiefern er im Ergebnis an einem qualifizierten Mangel leiden soll (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
2. Die Beschwerdeführer werfen der Vorinstanz vor, sich nicht mit allen ihren Vorbringen auseinander gesetzt und dadurch ihr rechtliches Gehör verletzt zu haben. Insbesondere hätten sie im kantonalen Verfahren ausgeführt und belegt, dass die ihnen vorgeworfenen Handlungen sich auf einer Grundstücksfläche abgespielt haben, die nicht im Eigentum der Beschwerdegegner stehe und an der jene auch keine Dienstbarkeit hätten.
2.1 Aus dem Grundsatz des rechtlichen Gehörs leitet das Bundesgericht in ständiger Praxis die Pflicht der Behörden ab, ihre Verfügungen und Entscheide zu begründen. Zu diesem Zweck haben sie die Vorbringen des Betroffenen auch tatsächlich zu hören, sorgfältig und ernsthaft zu prüfen und in der Entscheidfindung zu berücksichtigen. Er soll wissen, von welchen Überlegungen sich die Behörde hat leiten lassen und worauf sie ihren Entscheid stützt. Nur so ist ihm eine sachgerechte Anfechtung möglich (<ref-ruling> E. 3.2 S. 236).
2.2 Die Erstinstanz stützte sich in der Frage des Grenzverlaufes auf die gültigen Grundbuchpläne der Gemeinde G._. In ihrer Beschwerde an die Vorinstanz vom 6. März 2009 wird die Frage nach der dinglichen Berechtigung an der von den strittigen Vorkehren betroffenen Fläche nicht aufgeworfen. Insoweit musste sich die Vorinstanz damit auch nicht befassen. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt damit nicht vor.
2.3 Weiter führen die Beschwerdeführer aus, ohne die Durchführung eines Augenscheins habe sich die Vorinstanz kein zutreffendes Bild der örtlichen Lage machen können. Soweit sie hier sinngemäss die Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend machen wollen, sind sie daran zu erinnern, dass die Erstinstanz einen Augenschein durchgeführt hatte, an welchen sie - nach Gutheissung ihres Verschiebungsgesuches - nicht teilgenommen haben. Im kantonalen Rechtsmittelverfahren haben sie keine Wiederholung des Augenscheins verlangt. Da die Beschwerdeführer keinen Beweismittelantrag gestellt haben, liegt auch keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148).
3. Die Beschwerdeführer machen zudem geltend, die Vorinstanz habe ohne hinreichende Beweise angenommen, dass sie die Markierung angebracht und die Verbundsteine entfernt hätten. Eine solche Beweiswürdigung verstosse gegen das in Art. 9 BV verankerte Willkürverbot und den Grundsatz von Treu und Glauben sowie die allgemeinen Verfahrensgarantien gemäss Art. 29 BV und Art. 30 BV.
3.1 Nach der bundesgerichtlichen Praxis liegt Willkür vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass ein anderes Ergebnis ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender ist, genügt nicht (<ref-ruling> E. 5.4 S. 148).
3.2 Die Vorinstanz gelangte zum Ergebnis, dass es die Beschwerdeführer waren, welche die strittigen Vorkehren auf den Grundstücken der Beschwerdegegner getroffen hätten. Auch wenn diese nicht gleichsam auf frischer Tat ertappt worden seien, so ergebe sich dies aufgrund der vorhandenen Hinweise. Dazu gehöre der Umstand, dass sich die strittigen Verbundsteine innerhalb der Markierung befanden, welche die von den Beschwerdeführern im Rahmen der hängigen Eigentums- und Grenzscheidungsklage beanspruchte Fläche betreffen. Niemand ausser sie habe zudem ein Interesse, die Markierungen anzubringen und die Verbundsteine zu entfernen. Insbesondere sei nicht einzusehen, welches Interesse die Gemeinde bzw. der Förster an diesen Veränderungen auf privatem Grundeigentum haben könnte. Die Würdigung der gesamten Umstände einschliesslich des bisherigen Verhaltens der Beschwerdeführer gegenüber ihren Nachbarn lasse den Nachweis zu, dass sie die Urheber der Besitzesstörung seien.
3.3 Demgegenüber beschränken sich die Beschwerdeführer darauf, die vorinstanzlichen Feststellungen zu bestreiten und ihre eigene Sicht der Dinge zu schildern. Dazu zitieren sie auszugsweise ihre Vorbringen im kantonalen Verfahren. Zudem verweisen sie auf die eingereichten Fotos, welche den Förster L._ im August 2008 beim Aufladen von Steinen zeigen soll. Hingegen fehlt jede ernsthafte Auseinandersetzung mit der Begründung der angefochtenen Verfügung. Damit genügen die Beschwerdeführer den Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge in keiner Weise (E. 1.2). Inwieweit dem ebenfalls angerufenen Grundsatz von Treu und Glauben sowie den allgemeinen Verfahrensgarantien gemäss Art. 29 BV und Art. 30 BV vorliegend eine selbständige Bedeutung zukommen soll und diese missachtet worden wären, wird mit keinem Wort ausgeführt.
4. Schliesslich bringen die Beschwerdeführer vor, sie hätten drei Tage vor Erlass der angefochtenen Verfügung den Ausstand des Einzelrichters verlangt. Es sei daher davon auszugehen, dass sich dieser bei der Urteilsfindung von einer gewissen Verärgerung habe leiten lassen. Bei der erwähnten Eingabe an den Kantonsgerichtspräsidenten, welcher vorliegend als Einzelrichter amtet, handelt es sich um ein Ablehnungsbegehren der Beschwerdeführer für ihre sämtlichen Fälle und gegenüber allen Mitgliedern der Bündner Justiz. Als Begründung für den Vorwurf, die Vorinstanz habe den massgeblichen Sachverhalt in wiIlkürlicher Weise oder in Verletzung des Beweisanspruchs nach Art. 8 ZGB festgestellt, genügen derartige Eingaben nicht. Soweit zudem geltend gemacht wird, dass sich der Einzelrichter im vorliegenden Fall hätte in den Ausstand begeben sollen, erweist sich das erst nach Abschluss des Schriftenwechsels erhobene Vorbringen als verspätet (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 21).
5. Insgesamt ist der Verfassungsbeschwerde nach dem Gesagten kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Da dem Gesuch um aufschiebende Wirkung stattgegeben wurde, ist die Frist zur Wiederherstellung gemäss Amtsbefehl vom 23. Februar 2009 neu anzusetzen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern gemeinsam auferlegt.
3. Den Beschwerdeführern wird eine Frist zur Wiederherstellung bis am 31. August 2009 angesetzt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden, Einzelrichter in Zivilsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juli 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Levante