Sachverhalt:
A. X._ und Y._ sind Eigentümer des in der Landwirtschaftszone gelegenen Hofs Z._ in Wädenswil. Ihr Sohn lebt zusammen mit seiner Ehefrau und drei Kindern im zum Hof gehörenden Gebäude Assek.-Nr. 4652 auf dem Grundstück Kat.-Nr. 12353. Mit Verfügung vom 16. August 2010 verweigerte die Baudirektion des Kantons Zürich die Bewilligung für verschiedene, teilweise bereits ausgeführte bauliche Massnahmen in bzw. an diesem Gebäude. Mit Beschluss vom 7. September 2010 ordnete die Baukommission Wädenswil an, X._ und Y._ hätten bis spätestens 30. April 2011 im Gebäude Assek.-Nr. 4652 auf dem Grundstück Kat.-Nr. 12353 den rechtmässigen Zustand wieder herzustellen, das heisst, die Küche im Erdgeschoss und die Wohnräume/Zimmer im Obergeschoss zurückzubauen.
B. Einen von X._ und Y._ gegen diese Entscheide erhobenen Rekurs wies das Baurekursgericht des Kantons Zürich am 1. Februar 2011 ab. Es setzte die Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands neu auf sechs Monate ab Rechtskraft seines Urteils an. Die von X._ und Y._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 26. Mai 2011 ab.
C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts haben X._ und Y._ am 23. August 2011 Beschwerde ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die mit Verfügung der Baudirektion vom 16. August 2010 sowie Beschluss der Baukommission vom 7. September 2010 verweigerte Nutzung des Gebäudes Assek.-Nr. 4652 zu bewilligen. Eventualiter sei die Sache zur weiteren Behandlung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Mit Verfügung vom 7. Oktober 2011 hat das Bundesgericht der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.
E. Die Vorinstanz beantragt unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Baudirektion unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid und (sinngemäss) die Baukommission beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das zur Stellungnahme eingeladene Bundesamt für Raumentwicklung weist auf die grundsätzliche Bedeutung hin, die der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands ausserhalb der Bauzonen von Bundesrechts wegen zukomme, und verzichtet ansonsten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit Urteil vom 26. Mai 2011 bestätigte das Verwaltungsgericht die Verweigerung einer Bewilligung im Sinne der Art. 24 ff. RPG (SR 700) sowie die Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands. Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d sowie Abs. 2 und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführer sind als Adressaten des angefochtenen Entscheids und als Eigentümer der betroffenen Liegenschaft zur Beschwerde legitimiert (vgl. <ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist vorbehältlich rechtsgenügender Rügen (vgl. Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) einzutreten.
2. Der rechtlich relevante Sachverhalt ergibt sich mit hinreichender Klarheit aus den Akten, weshalb der Antrag der Beschwerdeführer auf Durchführung eines Augenscheins abzuweisen ist.
3. Die Beschwerdeführer rügen nicht, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich festgestellt. In tatsächlicher Hinsicht ist somit auf die Feststellungen der Vorinstanz abzustellen (vgl. Art. 105 Abs. 1 und 2 i.V.m. <ref-law>). Demnach bildet das Ökonomiegebäude Assek.-Nr. 4652 auf dem in der Landwirtschaftszone gelegenen Grundstück Kat.-Nr. 12353 Bestandteil des im Jahr 1961 realisierten Hofs Z._. Die Beschwerdeführer haben den Hof im Jahr 2001 erworben. Sie wohnen im hofeigenen Wohnhaus und betreiben einen kleinen Futterbaubetrieb mit Pferdehaltung. Einen Teil des Ökonomiegebäudes bewohnt heute der Sohn der Beschwerdeführer zusammen mit seiner Familie. Im Erdgeschoss benutzt die Familie ein WC sowie eine ehemalige Sattelkammer als Aufenthaltsraum mit Kochnische. Im Obergeschoss des Gebäudes bestand die heute als Wohnung genutzte Fläche ursprünglich aus einem Abstellraum ohne Raumteilung und mit weitgehend geschlossenen Fassaden. Hier entstanden seit dem Jahr 2002 durch Wandeinbauten ein Vorplatz, zwei Kammern und ein Wohnraum. Ausserdem wurde eine Duschkabine eingebaut. Ausserhalb der Fläche, die heute als Wohnung genutzt wird, besteht oder bestand im Obergeschoss ein Knechtzimmer, welches nicht mehr benutzt wird.
Das Projekt zur Umnutzung des Ökonomiegebäudes zu einer Wohnung umfasst bauliche Massnahmen, die noch ausgeführt werden sollen. Es ist vorgesehen, ein bestehendes Fenster im Aufenthaltsraum im Erdgeschoss raumhoch zu vergrössern. Im Bereich des Knechtzimmers im Obergeschoss sollen durch neue Trennwände zwei Estrichräume sowie ein Bastel- und ein Hauswirtschaftsraum entstehen. Ausserdem sind im Obergeschoss mehrere Fensterausbrüche und Dachflächenfenster geplant, mit denen die Belichtung der bereits bestehenden und der weiteren geplanten Räume gewährleistet bzw. verbessert werden soll. Die im Baugesuch deklarierte Wohnnutzfläche beträgt insgesamt knapp 130 m2.
4. Die Nutzung des Ökonomiegebäudes als Wohnung ist in der Landwirtschaftszone unbestrittenerweise nicht zonenkonform, weshalb eine Baubewilligung nach Art. 22 Abs. 1 und 2 RPG für das Umnutzungsprojekt nicht erteilt werden kann. Die Beschwerdeführer beantragen indessen (sinngemäss), ihnen sei für die Wohnnutzung bzw. die im Hinblick darauf bereits vorgenommenen und weiteren geplanten Massnahmen eine Ausnahmebewilligung zu erteilen. Hierfür stützen sie sich vor Bundesgericht (nur noch) auf Art. 24a sowie 24c RPG. Die Vorinstanz kam im angefochtenen Entscheid zum Schluss, eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 ff. RPG sei zu Recht verweigert worden. Soweit sie neben der Erteilung einer Ausnahmebewilligung nach Art. 24a sowie 24c RPG auch eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24d Abs. 1 und 3 RPG i.V.m. <ref-law> (SR 700.1) ausgeschlossen hat, kann mangels einer entsprechenden Rüge der Beschwerdeführer auf die überzeugenden Ausführungen im angefochtenen Entscheid verwiesen werden (vgl. angefochtener Entscheid E. 3.4).
5. Die Beschwerdeführer machen geltend, sie hätten Anspruch auf eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24a RPG, soweit das Gebäude Assek.-Nr. 4652 schon heute als Wohnung genutzt werde und im Hinblick auf die Wohnnutzung verschiedene bauliche Massnahmen bereits getroffen worden seien.
5.1 Erfordert die Änderung des Zwecks einer Baute oder Anlage ausserhalb der Bauzonen keine baulichen Massnahmen im Sinne von Art. 22 Abs. 1 RPG, so ist gemäss Art. 24a Abs. 1 RPG die Bewilligung zu erteilen, wenn dadurch keine neuen Auswirkungen auf Raum, Erschliessung und Umwelt entstehen (lit. a) und sie nach keinem anderen Bundeserlass unzulässig ist (lit. b).
5.2 Die Beschwerdeführer bringen vor, dank des hohen Grundausbaustandards des Gebäudes hätte es für den Bezug der streitbetroffenen Räume als Wohnung keinerlei baulicher Massnahmen bedurft. Die trotzdem vorgenommenen baulichen Massnahmen hätten primär den Zweck gehabt, das Obergeschoss in einzelne Zimmer aufzuteilen und die Zimmer wohnlicher zu gestalten. Diese Ausbauten seien aber als Unterhaltsarbeiten, Renovationen oder kleinere Reparaturen zu qualifizieren und stellten keine bewilligungspflichtigen baulichen Massnahmen dar.
5.3 Mit dem Einbau von mehreren Trennwänden zur Unterteilung eines grossen Abstellraums in verschiedene Zimmer sowie der Errichtung einer Duschkabine wurden am Ökonomiegebäude bedeutsame bauliche Veränderungen vorgenommen, welche nicht als reine Unterhaltsarbeiten oder kleinere Reparaturen bezeichnet werden können. Auch wurde damit das übliche Mass einer Renovierung überschritten. Im Gegensatz zur Ansicht der Beschwerdeführer sind die bereits vorgenommenen baulichen Massnahmen nach Art. 22 Abs. 1 RPG bewilligungspflichtig, was die Erteilung einer Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24a Abs. 1 RPG ausschliesst. Die (teilweise) Umnutzung des ausserhalb der Bauzone gelegenen Ökonomiegebäudes zu einer Wohnung beeinflusst überdies die räumliche Ordnung. Wo zusätzlicher Wohnraum entsteht, sind sodann Auswirkungen auf die Erschliessungssituation und die Umwelt nicht auszuschliessen. Auch aus diesen Gründen kann eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24a RPG nicht erteilt werden.
Der Vorinstanz ist darin zuzustimmen, dass die Erteilung einer Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24a RPG ohnehin nicht möglich ist, wenn der neue Nutzungszweck nach kantonalem Baurecht (zusätzliche) bauliche Massnahmen voraussetzt, die ihrerseits im Sinne von Art. 22 Abs. 1 RPG bewilligungspflichtig sind. Soweit die Vorinstanz gestützt auf § 302 des Gesetzes über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht des Kantons Zürich vom 7. September 1957 (PBG, LS 700.1) ausgeführt hat, die Fläche der bestehenden Fenster erreichten nicht das für eine Wohnnutzung vorgeschriebene Mass und die Behebung dieses Mangels bedinge bewilligungspflichtige bauliche Massnahmen, kritisieren die Beschwerdeführer zwar die vorinstanzliche Anwendung kantonalen Rechts. Sie legen indessen nicht dar und es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz kantonales Recht geradezu willkürlich im Sinne von <ref-law> angewendet haben sollte (vgl. Art. 95 i.V.m. <ref-law>).
6. Die Beschwerdeführer machen sodann (sinngemäss) geltend, ihnen hätte für den Umbau des Gebäudes Assek.-Nr. 4652 eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24c Abs. 2 RPG erteilt werden müssen. Der Umbau sei als Erweiterung des ebenfalls zum Hof gehörenden Wohnhauses zu bewilligen. Bewilligungsfähig sei eine Erweiterung der Wohnnutzfläche um 51.5 m2.
6.1 Gemäss Art. 24c Abs. 1 RPG werden bestimmungsgemäss nutzbare Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzonen, die nicht mehr zonenkonform sind, in ihrem Bestand grundsätzlich geschützt (Abs. 1). Art. 24c RPG ist anwendbar auf Bauten und Anlagen, die seinerzeit in Übereinstimmung mit dem materiellen Recht erstellt oder geändert wurden, durch die nachträgliche Änderung von Erlassen oder Plänen jedoch zonenwidrig geworden sind (<ref-law>). "Seinerzeit" erstellte Bauten und Anlagen sind in erster Linie solche, die vor dem 1. Juli 1972 erstellt wurden (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 398). Solche Bauten und Anlagen können mit Bewilligung der zuständigen Behörde erneuert, teilweise geändert, massvoll erweitert oder wiederaufgebaut werden, sofern sie rechtmässig erstellt oder geändert worden sind. In jedem Fall bleibt die Vereinbarkeit mit den wichtigen Anliegen der Raumplanung vorbehalten (Abs. 2).
Der Bundesrat hat in <ref-law> die zulässigen Änderungen im Sinne von Art. 24c Abs. 2 RPG konkretisiert. Nach <ref-law> sind Änderungen zulässig, wenn die Identität der Baute oder Anlage einschliesslich ihrer Umgebung in den wesentlichen Zügen gewahrt bleibt. Verbesserungen gestalterischer Art sind zulässig. Ob die Identität der Baute im Wesentlichen gewahrt bleibt, ist gemäss Art. 42 Abs. 3 Satz 1 RPV unter Würdigung der gesamten Umstände zu beurteilen. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zu Art. 24 Abs. 2 aRPG, welche weiterhin anwendbar ist (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 219), ist darauf abzustellen, ob die Änderung bei einer Gesamtbetrachtung von untergeordneter Natur ist. Die Wesensgleichheit der Baute muss hinsichtlich Umfang, äusserer Erscheinung sowie Zweckbestimmung gewahrt werden und es dürfen keine wesentlichen neuen Auswirkungen auf die Nutzungsordnung, Erschliessung und Umwelt geschaffen werden (<ref-ruling> E. 3a S. 218 f. mit Hinweisen). Die Identität der Baute ist jedenfalls dann nicht mehr gewahrt, wenn die Bruttogeschossfläche innerhalb des bestehenden Gebäudevolumens um mehr als 60 % erweitert wird (<ref-law>). Ist eine Erweiterung innerhalb des bestehenden Gebäudevolumens nicht möglich oder nicht zumutbar, so kann sie ausserhalb erfolgen. Die gesamte Erweiterung darf in diesem Fall weder 30 % der zonenwidrig genutzten Fläche noch 100 m2 überschreiten, wobei die Erweiterungen innerhalb des bestehenden Gebäudevolumens nur halb angerechnet werden (<ref-law>).
6.2 In tatsächlicher Hinsicht ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass das von den Beschwerdeführern bewohnte Gebäude nicht durch die nachträgliche Änderung von Erlassen oder Plänen zonenwidrig geworden ist, sondern durch die Aufgabe des landwirtschaftlichen Betriebs. Zwar weisen die Beschwerdeführer darauf hin, dass die Baudirektion am 17. August 2001 einen Umbau dieses Wohngebäudes explizit gestützt auf Art. 24c RPG genehmigt habe. Die Prüfung der Frage, ob die Bewilligung für den Umbau des bestehenden Wohnhauses seinerzeit gestützt auf Art. 24c RPG zu Recht erteilt wurde, ist nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Jedenfalls geht aber auch aus der Verfügung der Baudirektion vom 17. August 2001 nicht hervor, dass das Wohnhaus durch die nachträgliche Änderung von Erlassen oder Plänen zonenwidrig geworden wäre, weshalb die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung jedenfalls nicht offensichtlich unrichtig (vgl. <ref-law>) ist.
6.3 Weil das bestehende Wohnhaus nicht durch die nachträgliche Änderung von Erlassen oder Plänen, sondern durch die Aufgabe des landwirtschaftlichen Betriebs zonenwidrig geworden ist, fällt es nicht unter den Bestandesschutz von Art. 24c RPG (vgl. Urteile 1C_157/2011 vom 21. Juli 2011 E. 4.1 sowie 1C_391/2010 vom 19. Januar 2011 E. 4.2). Die Erteilung einer Bewilligung für eine Erweiterung des Wohnhauses gestützt auf Art. 24c Abs. 2 RPG ist damit ausgeschlossen. Ausserdem könnte der Umbau eines Teils des Ökonomiegebäudes zu einem Wohngebäude auch nicht als zulässige massvolle Erweiterung des bestehenden Wohnhauses im Sinne von Art. 24c Abs. 2 RPG i.V.m. <ref-law> betrachtet werden, weil es sich beim umgenutzten Ökonomiegebäude um eine vom bestehenden Wohnhaus räumlich getrennte, zusätzliche und funktionell eigenständige Wohnbaute handeln würde und weil überdies schon die heute im Ökonomiegebäude genutzte Wohnfläche die nach <ref-law> ausserhalb des bestehenden Gebäudes maximal erlaubte Erweiterung der zonenwidrig genutzten Fläche überschreitet.
7. Die Vorinstanz bestätigte mit dem angefochtenen Entscheid auch die Anordnung, wonach die Beschwerdeführer die vorgenommenen baulichen Massnahmen, welche die Wohnnutzung ermöglichten, innert sechs Monaten ab Rechtskraft des Urteils des Baurekursgerichts rückgängig zu machen haben. Die Beschwerdeführer sind der Ansicht, diese Anordnung sei unverhältnismässig und verstosse gegen die Eigentumsgarantie (<ref-law>), weshalb darauf zu verzichten sei. Zumindest sei deren Vollzug auszusetzen, bis feststehe, ob eine Revision von Art. 24c RPG zustande komme, und die Wiederherstellungsfrist auf sechs Monate ab diesem Zeitpunkt festzusetzen.
7.1 Als Eigentumsbeschränkung ist die Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands nur zulässig, wenn sie auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist (<ref-law>). Das Verhältnismässigkeitsprinzip besagt, dass die Grundrechtseinschränkung zur Erreichung des angestrebten Ziels geeignet und erforderlich sein muss und dem Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung zumutbar ist. Das Vorliegen eines öffentlichen Interesses und die Verhältnismässigkeit prüft das Bundesgericht bei der Beschränkung von Grundrechten frei (<ref-ruling> E. 4.4.1 S. 204 mit Hinweisen).
Im Falle einer nicht den Bauvorschriften bzw. der Baubewilligung entsprechenden Baute kann die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands unterbleiben, wenn die Abweichung vom Erlaubten nur unbedeutend ist oder die Wiederherstellung nicht im öffentlichen Interesse liegt, ebenso, wenn der Bauherr in gutem Glauben angenommen hat, die von ihm ausgeübte Nutzung stehe mit der Baubewilligung im Einklang, und ihre Fortsetzung nicht schwerwiegenden öffentlichen Interessen widerspricht (<ref-ruling> E. 6 S. 35; <ref-ruling> E. 6 S. 221 mit Hinweisen). Auf die Verhältnismässigkeit berufen kann sich auch ein Bauherr, der nicht gutgläubig gehandelt hat. Er muss aber in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, namentlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baulichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands erhöhtes Gewicht beimessen und die dem Bauherrn allenfalls erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Masse berücksichtigen (<ref-ruling> E. 6.4 S. 39 f.; <ref-ruling> E. 6b S. 224).
7.2 Gesetzliche Grundlage für die von der Vorinstanz bestätigte Anordnung bildet § 341 PBG, wonach die zuständige Behörde ohne Rücksicht auf Strafverfahren und Bestrafung den rechtmässigen Zustand herbeizuführen hat. Der umstrittene Wiederherstellungsbefehl soll die rechtsgleiche Anwendung und Durchsetzung der Bauvorschriften sowie des Raumplanungsrechts sicherstellen. Er stellt eine im öffentlichen Interesse liegende, hierfür geeignete Massnahme dar. Eine für die Beschwerdeführer mildere Massnahme, welche im Hinblick auf den angestrebten Erfolg ebenso geeignet wäre, ist nicht ersichtlich.
Die von den Beschwerdeführern ausserhalb der Bauzone ohne die erforderlichen Bewilligungen vorgenommenen Bauarbeiten und die Umnutzung eines Teils des Ökonomiegebäudes als Wohnung verletzen den Grundsatz der Trennung des Baugebiets vom Nichtbaugebiet. Dabei handelt es sich um ein grundlegendes Prinzip des Raumplanungsrechts. Die Abweichung vom Gesetz kann nicht als geringfügig eingestuft werden (vgl. Urteil 1C_110/2010 vom 26. Oktober 2010 E. 4.2). Das öffentliche Interesse an der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands, nämlich die rechtsgleiche Anwendung und Durchsetzung der Bauvorschriften, des Raumplanungsrechts und insbesondere des Grundsatzes der Trennung des Baugebiets vom Nichtbaugebiet ist sehr stark zu gewichten (vgl. Stellungnahme des Bundesamts für Raumentwicklung vom 2. November 2011). Dem stehen Vermögensinteressen der Beschwerdeführer entgegen. Hinzu kommt das Interesse der Beschwerdeführer, dem Sohn und dessen Familie Wohnraum zur Verfügung stellen zu können. Diese privaten Interessen werden von den öffentlichen für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands sprechenden Interessen übertroffen, weshalb den Beschwerdeführern die mit der Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands verbundene Eigentumsbeschränkung zumutbar ist.
7.3 Die Beschwerdeführer bringen vor, zumindest sei die Frist für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands auf sechs Monate ab dem Zeitpunkt festzusetzen, ab dem feststehe, ob eine Revision von Art. 24c RPG zustande komme. Komme die Revision zustande, müsse die Bewilligung für ein dem eingereichten Erweiterungsbegehren entsprechendes Gesuch erteilt werden, was im Rahmen der Prüfung der Verhältnismässigkeit des Wiederherstellungsbefehls zu berücksichtigen sei.
Angesprochen ist damit eine inzwischen von der Bundesversammlung beschlossene Änderung des Raumplanungsgesetzes (vgl. Art. 24c Abs. 2-5 RPG in der Fassung vom 23. Dezember 2011, BBl 2012 59 f. [Ablauf der Referendumsfrist: 13. April 2012]). Demnach sollen künftig unter gewissen Voraussetzungen auch landwirtschaftliche Wohnbauten sowie angebaute Ökonomiebauten, die rechtmässig erstellt oder geändert worden sind, bevor das betreffende Grundstück Bestandteil des Nichtbaugebiets im Sinne des Bundesrechts wurde, mit Bewilligung der zuständigen Behörde erneuert, teilweise geändert, massvoll erweitert oder wiederaufgebaut werden können. Künftig sollen also für altrechtliche Wohnbauten sowie für solche mit angebauten Ökonomieteilen die gleichen Veränderungsmöglichkeiten bestehen, unabhängig davon, ob sie 1972 landwirtschaftlich oder nichtlandwirtschaftlich bewohnt beziehungsweise genutzt wurden (vgl. Bericht vom 22. August 2011 der Kommission für Umwelt, Raumplanung und Energie des Nationalrats zur Standesinitiative "Bauen ausserhalb der Bauzone", BBl 2011 7083 ff.).
Auch wenn das Wohnhaus der Beschwerdeführer nach Art. 24c RPG in der Fassung vom 23. Dezember 2011 künftig unter den Bestandesschutz von Art. 24c Abs. 1 RPG fallen sollte, ändert dies nichts daran, dass die mit baulichen Massnahmen verbundene Umnutzung eines Teils des Ökonomiegebäudes zu einer räumlich getrennten, zusätzlichen und funktionell eigenständigen Wohnung nicht als zulässige massvolle Erweiterung des bestehenden Wohnhauses betrachtet werden kann (vgl. E. 6.3 hiervor). Im Gegensatz zur Ansicht der Beschwerdeführer ist nicht absehbar, dass für die vorgenommenen Bauarbeiten und die Umnutzung des Gebäudes nach Inkrafttreten des revidierten Art. 24c RPG eine Ausnahmebewilligung erteilt werden könnte. Aus diesem Grund können die Beschwerdeführer aus dem Hinweis auf die Revision von Art. 24c RPG nichts zu ihren Gunsten ableiten.
7.4 Damit erweist sich die Anordnung, die vorgenommenen baulichen Veränderungen, welche die Wohnnutzung ermöglichten, innert sechs Monaten ab Rechtskraft des Urteils des Baurekursgerichts rückgängig zu machen, als verhältnismässig und die damit verbundene Eigentumsbeschränkung für die Beschwerdeführer als rechtmässig.
8. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kostenpflichtig (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Baukommission Wädenswil, der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. März 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle