Sachverhalt:
A. X._ wird gemäss der Anklageschrift der Staatsanwaltschaft des Kantons Luzern vom 2. Juli 2008 gewerbsmässiger Betrug nach <ref-law>, gewerbsmässiger betrügerischer Missbrauch einer Datenverarbeitungsanlage nach <ref-law>, Datenbeschädigung nach <ref-law>, mehrfache Urkundenfälschung nach <ref-law>, mehrfache Widerhandlung gegen <ref-law> (SR 812.121) und gewerbsmässige Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz vom 15. Dezember 2000 (HMG; SR 812.21) nach Art. 86 Abs. 1 lit. a-c i.V.m. Abs. 2 HMG vorgeworfen. Die Staatsanwaltschaft beantragt eine Freiheitsstrafe von sechseinhalb Jahren sowie - unter der Voraussetzung der Massnahmebereitschaft von X._ - eine stationäre Massnahme für junge Erwachsene nach <ref-law>.
X._ ist seit dem 28. Juni 2007 in Untersuchungshaft bzw. im vorzeitigen Strafvollzug. Im Rahmen des laufenden Strafverfahrens war er zuvor bereits vier Mal in Untersuchungshaft: vom 3. Juli bis 18. Juli 2001, vom 21. März bis 28. Juni 2002, vom 18. Februar bis 11. März 2004 und vom 14. Juni 2005 bis 21. März 2007. Am 21. März 2007 wurde er unter verschiedenen Auflagen aus der Haft entlassen, wurde jedoch am 28. Juni 2007 wegen des dringenden Verdachts der erneuten deliktischen Tätigkeit wieder festgenommen und in Untersuchungshaft gesetzt. Seit dem 31. August 2007 befindet sich X._ im vorzeitigen Strafvollzug. Mit Entscheid vom 29. Februar 2008 wurde der vorzeitige Vollzug einer Massnahme nach <ref-law> angeordnet. Die Aufnahme in eine geeignete Einrichtung scheiterte jedoch. Mit Entscheid vom 26. August 2008 entsprach der Präsident des Kriminalgerichts des Kantons Luzern dem Gesuch X._s um neuerliche Versetzung in den vorzeitigen Strafvollzug.
Mit Schreiben vom 19. Januar 2009 beantragte X._ die Entlassung aus dem vorzeitigen Strafvollzug. Mit Entscheid vom 21. Januar 2009 lehnte der Präsident des Kriminalgerichts das Gesuch ab. Ein dagegen erhobenes Rechtsmittel wurde vom Obergericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 5. Februar 2009 abgewiesen.
B. Mit Beschwerde an das Bundesgericht vom 16. Februar 2009 beantragt X._ im Wesentlichen die Entlassung aus dem vorzeitigen Strafantritt, eventuell unter Anordnung von Ersatzmassnahmen. Zudem sei das Strafverfahren einzustellen und sein amtlicher Verteidiger auszuwechseln.
Die Staatsanwaltschaft liess sich nicht vernehmen. Das Obergericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein strafprozessualer Haftprüfungsentscheid betreffend die Entlassung aus dem vorzeitigen Strafvollzug. Der Beschwerdeführer erhebt gegen diesen Entscheid "staatsrechtliche Beschwerde". Diese ist vorliegend als Beschwerde in Strafsachen entgegenzunehmen (vgl. Art. 78 Abs. 1 und Art. 113 BGG). Die Sachurteilsvoraussetzungen geben grundsätzlich zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass.
Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde allerdings insoweit, als der Beschwerdeführer das Bundesgericht ersucht, das Strafverfahren sei einzustellen und sein amtlicher Verteidiger sei auszuwechseln. Es handelt sich um neue, im vorangehenden kantonalen Verfahren nicht vorgebrachte Begehren, die unzulässig sind (<ref-law>).
2. 2.1 Die Untersuchungshaft schränkt die persönliche Freiheit des Beschwerdeführers ein (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>, Art. 5 EMRK). Eine Einschränkung dieses Grundrechts ist zulässig, wenn sie auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist; zudem darf sie den Kerngehalt des Grundrechts nicht beeinträchtigen (<ref-law>). Im vorliegenden Fall steht ein Freiheitsentzug und damit eine schwerwiegende Einschränkung der persönlichen Freiheit in Frage. Es bedarf deshalb sowohl nach <ref-law> als auch nach <ref-law> einer Grundlage im Gesetz selbst.
Im Hinblick auf die Schwere der Einschränkung prüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung der kantonalen Rechtsgrundlage frei. Soweit jedoch reine Sachverhaltsfragen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2.3 S. 24 mit Hinweisen).
Laut § 80 Abs. 2 des Gesetzes des Kantons Luzern vom 3. Juni 1957 über die Strafprozessordnung (StPO/LU; SRL 305) kann der Angeschuldigte in Haft gesetzt werden, wenn er eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtig ist und wenn ausserdem ein besonderer Haftgrund vorliegt. Gemäss vorinstanzlichem Entscheid besteht ein dringender Tatverdacht sowie als besonderer Haftgrund Wiederholungsgefahr im Sinne von <ref-law>/LU. Beide Voraussetzungen werden vom Beschwerdeführer bestritten.
3. 3.1 Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des allgemeinen Haftgrunds des dringenden Tatverdachts keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Macht ein Inhaftierter geltend, er befinde sich ohne ausreichenden Tatverdacht in strafprozessualer Haft, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers an dieser Tat vorliegen, die Justizbehörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Im Haftprüfungsverfahren genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 146). Das Beschleunigungsgebot in Haftsachen lässt dabei nur wenig Raum für ausgedehnte Beweismassnahmen. Zur Frage des dringenden Tatverdachts hat der Haftrichter weder ein eigentliches Beweisverfahren durchzuführen, noch dem erkennenden Strafrichter vorzugreifen. Vorbehalten bleibt allenfalls die Abnahme eines liquiden Alibibeweises (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 210 mit Hinweisen).
3. 3.1 Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des allgemeinen Haftgrunds des dringenden Tatverdachts keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Macht ein Inhaftierter geltend, er befinde sich ohne ausreichenden Tatverdacht in strafprozessualer Haft, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers an dieser Tat vorliegen, die Justizbehörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Im Haftprüfungsverfahren genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 146). Das Beschleunigungsgebot in Haftsachen lässt dabei nur wenig Raum für ausgedehnte Beweismassnahmen. Zur Frage des dringenden Tatverdachts hat der Haftrichter weder ein eigentliches Beweisverfahren durchzuführen, noch dem erkennenden Strafrichter vorzugreifen. Vorbehalten bleibt allenfalls die Abnahme eines liquiden Alibibeweises (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 210 mit Hinweisen).
3.2 3.2.1 Der Beschwerdeführer bestritt im vorinstanzlichen Verfahren den dringenden Tatverdacht nicht. Das Obergericht hält dafür, er sei klar gegeben und verweist auf die bisherigen Haftentlassungsentscheide und die Anklageschrift. Letztere setzt sich detailliert mit allen dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Delikten auseinander. Der Beschwerdeführer bestreitet im bundesgerichtlichen Verfahren den dringenden Tatverdacht bzw. die Schadenssumme dagegen lediglich in pauschaler Weise. Es sind indessen keine Anhaltspunkte ersichtlich, welche der Annahme des dringenden Tatverdachts der ihm in der Anklageschrift vorgeworfenen Delikte entgegenstehen würden.
3.2.2 In konkreterer Weise rügt der Beschwerdeführer, beim Betrug und bei der Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz fehle es an der Gewerbsmässigkeit.
Der Täter handelt gewerbsmässig, wenn sich aus der Zeit und den Mitteln, die er für die deliktische Tätigkeit aufwendet, aus der Häufigkeit der Einzelakte innerhalb eines bestimmten Zeitraums sowie aus den angestrebten und erzielten Einkünften ergibt, dass er die deliktische Tätigkeit nach der Art eines Berufes ausübt. Wesentlich ist, dass der Täter sich darauf eingerichtet hat, durch deliktische Handlungen relativ regelmässige Einnahmen zu erzielen, die einen namhaften Beitrag an die Kosten zur Finanzierung seiner Lebensgestaltung darstellen. Erforderlich ist mithin unter anderem, dass der Täter die Tat bereits mehrfach begangen hat (<ref-ruling> E. 3b und 4 S. 329 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 132 f.; je mit Hinweisen).
Der Anklageschrift ist zu entnehmen, dass der Angeschuldigte in den Jahren 2000 bis 2005 und 2007 via Internet über 2000 betrügerische Bestellungen im Gesamtbetrag von über 1,4 Millionen Franken veranlasst und von den dadurch ausgelösten 1533 Lieferungen grösstenteils auch profitiert habe. Angesichts der Tatsache, dass er lediglich vom Oktober 2004 bis zum Juni 2005 als Telefonist und sodann im Mai und Juni 2007 bei der Emmi AG einen Lohn erzielt habe, bezeichnet die Anklageschrift diese deliktische Tätigkeit als Haupteinkommensquelle. In <ref-ruling> bejahte das Bundesgericht die Gewerbsmässigkeit in Bezug auf Diebstahl bei einem monatlichen (legalen) Einkommen von rund Fr. 3'500.-- und bei einer Beute von Fr. 3'400.-- aus einer über sechsmonatigen Deliktsserie (a.a.O., E. 2b - c S. 116 f. mit Hinweisen). Vor dem Hintergrund dieser Rechtsprechung und dem vorliegend anzuwendenden Prüfungsmassstab kommt die Gewerbsmässigkeit nach <ref-law> in Frage.
Bei diesem Ergebnis kann im vorliegenden Verfahren offen bleiben, ob in Bezug auf das weniger schwere Delikt der Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz lediglich der dringende Tatverdacht des Grundtatbestands nach <ref-law> oder auch des qualifizierten Tatbestands der gewerbsmässigen Widerhandlung nach Abs. 2 dieser Bestimmung zu bejahen ist.
3.2.3 Der Beschwerdeführer bringt schliesslich vor, dass es sich bei den meisten Vorwürfen lediglich um Übertretungen handle, die bereits verjährt seien.
Dieser Ansicht des Beschwerdeführers kann nicht gefolgt werden. Bei den ihm vorgeworfenen Delikten handelt es sich ausschliesslich um Verbrechen und Vergehen (Art. 10 Abs. 2 und 3 StGB). Dass bezüglich der Vergehen, die sich auf den früheren Teil des Zeitraums der untersuchten deliktischen Tätigkeit beziehen, im Zeitpunkt der Beurteilung die Verjährung eingetreten sein könnte, fällt im Rahmen des vorliegenden Haftprüfungsverfahrens nicht entscheidend ins Gewicht (vgl. E. 5).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer bestreitet das Vorliegen von Wiederholungsgefahr im Wesentlichen mit dem Argument, dass er arbeiten wolle und dies auch bewiesen habe. Als er am 21. März 2007 aus der Untersuchungshaft entlassen worden sei, habe er die damit verbundenen Auflagen mit Bravour erfüllt. Er habe bei seiner Familie gewohnt und rasch eine Arbeitsstelle gefunden. Er sei überzeugt, er hätte innert kürzester Zeit eine erfolgreiche Karriere gemacht, wenn er nicht erneut verhaftet worden wäre.
4.2 Das Obergericht hält fest, der Angeschuldigte habe nach der erwähnten Entlassung aus der Untersuchungshaft gezeigt, dass ihn auch eine Erwerbstätigkeit nicht von seiner strafbaren Tätigkeit abhalte. Gemäss der Anklageschrift soll er bis zur erneuten Inhaftierung am 28. Juni 2007 zahlreiche Delikte (Betrug, betrügerischer Missbrauch einer Datenverarbeitungsanlage und Widerhandlung gegen das Heilmittelgesetz) begangen haben. Das Obergericht weist darauf hin, dass im vorliegenden Fall die Fortsetzung der Haft auch dazu diene, das aufwändige Strafverfahren abzuschliessen, weil es durch neue Delikte immer weiter in die Länge gezogen werden könnte.
4.3 Der Haftgrund der Wiederholungsgefahr verfolgt den Zweck, Verbrechen und Vergehen zu verhüten. Die Haft ist somit überwiegend Präventivhaft. Da die Präventivhaft einen schwerwiegenden Eingriff in das Recht der persönlichen Freiheit darstellt, ist sie nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nur verhältnismässig, wenn einerseits die Rückfallprognose sehr ungünstig und anderseits die zu befürchtenden Delikte schwer sind. Schliesslich gilt bei der Präventivhaft - wie bei den übrigen Haftarten - dass sie nur als ultima ratio angeordnet oder aufrecht erhalten werden darf. Wo sie durch mildere Massnahmen ersetzt werden kann, muss von der Anordnung oder Fortdauer der Haft abgesehen und an ihrer Stelle eine geeignete Ersatzmassnahme angeordnet werden (<ref-ruling> E. 2.2 S. 276 mit Hinweisen).
Was der Beschwerdeführer in diesem Punkt gegen den angefochtenen Entscheid vorbringt, überzeugt nicht. Seine Arbeitsmotivation steht der Annahme von Wiederholungsgefahr nicht entgegen. Dass letztere besteht, hat die Vorinstanz mit dem Hinweis auf den dringenden Verdacht zahlreicher Delikte nach der Haftentlassung des Angeschuldigten vom 21. März 2007 hinreichend dargelegt. Es handelte sich um die vierte Haftentlassung im laufenden Strafverfahren. Sie erfolgte unter den Auflagen, bei den Eltern zu wohnen und mit der Bewährungshilfe zu kooperieren. Es besteht der dringende Verdacht, dass der Beschwerdeführer trotz dieser Auflagen erneut straffällig wurde. Vor diesem Hintergrund ist auch nicht ersichtlich, inwiefern der Wiederholungsgefahr zum jetzigen Zeitpunkt mit Ersatzmassnahmen begegnet werden könnte.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer beanstandet die lange Dauer der strafprozessualen Haft und rügt damit sinngemäss eine Verletzung von <ref-law> bzw. Art. 5 Ziff. 3 EMRK. Er sei noch sehr jung und ein grosser Teil der ihm vorgeworfenen Delikte beträfen das Jugendalter. Schliesslich habe das Strafverfahren insgesamt zu lange gedauert.
5.2 Gemäss <ref-law> und Art. 5 Ziff. 3 EMRK hat eine in strafprozessualer Haft gehaltene Person Anspruch darauf, innerhalb einer angemessenen Frist richterlich beurteilt oder während des Strafverfahrens aus der Haft entlassen zu werden. Eine übermässige Haftdauer stellt eine unverhältnismässige Beschränkung dieses Grundrechts dar. Der Richter darf die Haft nur so lange erstrecken, als sie nicht in grosse zeitliche Nähe der (im Falle einer rechtskräftigen Verurteilung) konkret zu erwartenden Dauer der freiheitsentziehenden Sanktion rückt (<ref-ruling> E. 3.4.2 S. 281).
Die Rüge, das Strafverfahren werde nicht mit der verfassungs- und konventionsrechtlich gebotenen Beschleunigung geführt, ist im Haftprüfungsverfahren nur soweit zu beurteilen, als die Verfahrensverzögerung geeignet ist, die Rechtmässigkeit der Untersuchungshaft in Frage zu stellen und zu einer Haftentlassung zu führen. Dies ist nur der Fall, wenn sie besonders schwer wiegt und zudem die Strafverfolgungsbehörden, z.B. durch eine schleppende Ansetzung der Termine für die anstehenden Untersuchungshandlungen, erkennen lassen, dass sie nicht gewillt oder nicht in der Lage sind, das Verfahren nunmehr mit der für Haftfälle gebotenen Beschleunigung voranzutreiben und zum Abschluss zu bringen. Ist die gerügte Verzögerung des Verfahrens weniger gravierend, kann offenbleiben, ob eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes vorliegt. Es genügt, die zuständige Behörde zur besonders beförderlichen Weiterführung des Verfahrens anzuhalten und die Haft gegebenenfalls allein unter der Bedingung der Einhaltung bestimmter Fristen zu bestätigen. Ob eine Verletzung des Beschleunigungsgebots gegeben ist, kann in der Regel erst der Sachrichter beurteilen. Er hat auch darüber zu befinden, in welcher Weise - z.B. durch eine Strafreduktion - eine allfällige Verletzung des Beschleunigungsgebotes wieder gutzumachen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1 f. S. 151 f. mit Hinweis).
5.3 Das vorliegende Strafverfahren ist umfangreich. Die ungefähr 300 Seiten lange Anklageschrift wirft dem Beschwerdeführer rund 2'000 Tathandlungen vor. Die vorgeworfene deliktische Tätigkeit erstreckt sich auf einen Zeitraum von mehreren Jahren. Erstmals soll er im Jahre 2000 delinquiert haben, letztmals nach seiner Haftentlassung im Jahre 2007. Vor diesem Hintergrund bedeutet die bisherige Dauer des Strafverfahrens keine Verletzung des Beschleunigungsgebots (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 141 ff. mit Hinweisen).
Der Anklageschrift ist weiter zu entnehmen, dass in Bezug auf die Vorwürfe des gewerbsmässigen Betrugs und des gewerbsmässigen betrügerischen Missbrauchs einer Datenverarbeitungsanlage knapp 400 Tathandlungen vom Jugendstrafrecht erfasst werden. Indessen sei auf die späteren, gut 1'600 Tathandlungen das Erwachsenenstrafrecht anwendbar. Beide Tatbestände sehen eine Höchststrafe von zehn Jahren Freiheitsstrafe vor. Bei Konkurrenz droht zudem eine Strafschärfung (<ref-law>). In Bezug auf das Verschulden sind zudem die hohe Anzahl von Tathandlungen und der relativ hohe angestrebte bzw. angerichtete Schaden zu berücksichtigen (<ref-law>). Die Anklageschrift beziffert den angestrebten Schaden auf Fr. 1'400'000.-- und den angerichteten auf Fr. 760'000.--. Der Antrag einer Freiheitsstrafe von sechseinhalb Jahren erscheint insgesamt noch als vertretbar. Die Möglichkeit der bedingten Entlassung aus dem Strafvollzug nach <ref-law> ist dabei grundsätzlich ausser Acht zu lassen, wenn nicht bereits heute aufgrund der konkreten Umstände aller Wahrscheinlichkeit nach davon auszugehen ist, dass deren Voraussetzungen im massgebenden Zeitpunkt erfüllt sein werden (Urteil des Bundesgerichts 1B_280/2008 vom 6. November 2008 E. 2.5.1 mit Hinweisen). Eine derartige Ausnahme liegt hier nicht vor.
Vor diesem Hintergrund erscheint die bisherige Haftdauer von nahezu vier Jahren im jetzigen Zeitpunkt noch als verfassungskonform, auch wenn die Auffassung der Vorinstanz, dass die Haftdauer "noch für längere Zeit" nicht als unverhältnismässig betrachtet werden könne, nicht ohne Weiteres überzeugt. Ob die Anordnung einer stationären Massnahme zu erwarten ist, welche bei der Beurteilung der Haftdauer zusätzlich zu berücksichtigen wäre (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 176 ff. mit Hinweisen), kann deshalb offen bleiben. Indessen ist, um Überhaft zu vermeiden, das Strafverfahren nun beschleunigt voranzutreiben. Dauert wie im vorliegenden Fall das Untersuchungsverfahren lange, ist gemäss der Rechtsprechung eine besonders beförderliche Ansetzung der Hauptverhandlung durch das Gericht erforderlich (Urteil des Bundesgerichts 1B_295/2007 vom 22. Januar 2008 E. 2.3).
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Der nicht anwaltlich vertretene Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind, kann dem Gesuch entsprochen werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Luzern, II. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold