Fatti:
A. A.a Dopo avere accertato una massa salariale non notificata di fr. 974'202.-, con decisione 13 dicembre 1995 la Cassa di compensazione del Cantone Ticino ha chiesto a T._ SA l'importo di fr. 149'569.35 a titolo di contributi AVS/AI/IPG/AF non versati per gli anni dal 1990 al 1994.
Adito su ricorso della ditta interessata, il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino con giudizio 21 maggio 2001 ha parzialmente accolto l'impugnativa, nel senso che ha quantificato in fr. 795'660.80 la massa salariale per gli anni 1990-1993 e rinviato l'incarto all'amministrazione per verificare l'importo della ripresa per il 1994. Statuendo sul successivo gravame della Cassa, il Tribunale federale della assicurazioni ha annullato il giudizio cantonale nella misura in cui ordinava il rinvio all'amministrazione e ha ordinato ai primi giudici di procedere al complemento istruttorio necessario per stabilire l'entità della massa salariale non notificata per l'anno 1994 (sentenza del 13 maggio 2003 [H 218/01]).
A.b In seguito al rinvio decretato da questa Corte, il Tribunale cantonale, alla luce delle nuove risultanze processuali, ha accolto il gravame della società con giudizio del 17 ottobre 2003, stralciando la ripresa salariale eseguita dalla Cassa per l'anno in questione. Riguardo alla ripresa per gli anni 1990-1993, i primi giudici hanno per contro osservato che, essendo la stessa rimasta incontestata, su tale punto il giudizio del 21 maggio 2001 doveva ritenersi cresciuto in giudicato. Adito su ricorso dell'amministrazione, che chiedeva di confermare la ripresa salariale di fr. 178'543.- per l'anno 1994, il Tribunale federale delle assicurazioni (dal 1° gennaio 2007: Tribunale federale), ne ha respinto l'impugnativa (sentenza del 27 gennaio 2005 [H315/03]).
A.c Con decisione 27 aprile 2006, sostanzialmente confermata l'8 giugno seguente anche dopo l'opposizione della società interessata, la Cassa ha chiesto a T._ SA il pagamento di complessivi fr. 163'453.20 (fr. 107'527.90 per contributi AVS/AI/IPG/AF e fr. 55'925.30 per interessi di mora) a dipendenza della ripresa salariale di fr. 765'659.- per gli anni 1990-1993, così come era stato stabilito dalla Corte cantonale con giudizio 21 maggio 2001.
B. Patrocinata dall'avv. Rossano Bervini, la società è insorta al Tribunale cantonale delle assicurazioni chiedendo l'annullamento della decisione su opposizione a motivo del fatto che il diritto di riscuotere i contributi per gli anni 1990-1993 sarebbe definitivamente perento il 31 dicembre 2001, rispettivamente il 31 dicembre 2002.
Per pronuncia del 15 novembre 2006, i primi giudici hanno respinto il gravame, ritenendo non perenta la richiesta della Cassa.
C. Sempre rappresentata dall'avv. Bervini, T._ SA ha interposto ricorso al Tribunale federale, al quale, previo conferimento dell'effetto sospensivo al proprio ricorso, domanda l'annullamento del giudizio cantonale. Secondo l'insorgente la pretesa della Cassa sarebbe perenta perché l'amministrazione avrebbe omesso di avviare la procedura di incasso dei contributi paritetici, stabiliti per gli anni 1990-1993 con decisione del 13 dicembre 1995, entro i limiti temporali previsti dalla normativa applicabile. Dei motivi invocati si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
Facendo notare che il 12 dicembre 2006 ha fatto spiccare un precetto esecutivo nei confronti della ricorrente per il credito in questione, la Cassa propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. La legge sul Tribunale federale del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110) è entrata in vigore il 1° gennaio 2007 (RU 2006 1205, 1241). Poiché il giudizio impugnato è stato pronunciato precedentemente a questa data, la procedura resta disciplinata dall'OG (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 395).
2. Oggetto della vertenza è il tema della perenzione del diritto alla riscossione dei contributi paritetici dovuti per gli anni 1990-1993.
3. 3.1 Qualora, come in concreto, la lite non verta sull'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative, questa Corte deve limitarsi ad esaminare se il giudizio di primo grado abbia violato il diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso di potere d'apprezzamento, oppure se l'accertamento dei fatti sia manifestamente inesatto, incompleto o avvenuto violando norme essenziali di procedura (art. 132 OG in relazione agli art. 104 lett. a e b e 105 cpv. 2 OG). Si ricorda inoltre che in materia di contribuzioni pubbliche questo Tribunale non è vincolato dai motivi sollevati dalle parti e può scostarsi dalle conclusioni invocate a loro vantaggio o pregiudizio (art. 114 cpv. 1 OG).
Secondo la giurisprudenza, commette un abuso del potere di apprezzamento ai sensi dell'art. 104 lett. a OG l'autorità che, pur rispettando i limiti di tale suo potere, si lascia guidare da considerazioni non pertinenti, estranee allo scopo della normativa applicabile, oppure viola principi generali del diritto, quali in particolare il divieto di arbitrio e della disparità di trattamento nonché le regole della buona fede e della proporzionalità (<ref-ruling> consid. 2 pag. 152 con riferimenti; SVR 2002 AlV no. 3 pag. 6 consid. 4b con riferimenti [sentenza C 130/99 dell'11 giugno 2001]).
3.2 La lite ha per oggetto anche la richiesta di contributi per assegni familiari (AF). Poiché attengono alla legislazione cantonale, essi sfuggono al controllo giudiziario di questa Corte, la quale, in virtù dell'ordinamento applicabile in concreto, è legittimata a statuire unicamente circa gli oneri di diritto federale (<ref-ruling> consid. 1 pag. 146 e riferimento). Nella misura in cui riguarda simili contributi, il ricorso di diritto amministrativo è quindi irricevibile.
4. In via preliminare, la società ricorrente ha chiesto la concessione dell'effetto sospensivo al proprio gravame. Secondo l'art. 111 cpv. 1 OG, in relazione con l'art. 132 OG, il ricorso di diritto amministrativo contro una decisione che obbliga ad una prestazione pecuniaria ha effetto sospensivo. Trattandosi in concreto di un ricorso rivolto avverso una pronuncia cantonale che manifestamente obbliga la parte ricorrente a una siffatta prestazione, l'effetto sospensivo è dato ope legis, sicché la domanda si avvera priva di oggetto.
5. Come già in sede cantonale, facendo leva sulla distinzione tra oggetto impugnato e oggetto litigioso, la ricorrente sostiene di non avere a suo tempo impugnato la decisione del 13 dicembre 1995 (oggetto impugnato) nella sua integralità, bensì limitatamente ai contributi degli ultimi mesi del 1993 e dell'intero 1994 (unico oggetto litigioso). A tal proposito ricorda che lo stesso Tribunale federale delle assicurazioni, nelle sue due precedenti sentenze (H 218/01 e H 315/03), avrebbe dato atto di questa circostanza, avendo espressamente osservato nei fatti (sub B. [H 218/01], rispettivamente sub A.b [H 315/03]) che "Contro questo provvedimento (del 13 dicembre 1995, ndr) la datrice di lavoro è insorta presso il Tribunale delle assicurazioni del Canton Ticino, contestando la tassazione d'ufficio relativa agli ultimi mesi del 1993 e al 1994 [...]".
A mente della società ricorrente, quindi, il giudizio cantonale del 21 maggio 2001 non avrebbe fatto altro che accertare e riconfermare la congruità e validità della tassazione d'ufficio per gli anni 1990-1993, che non faceva parte dell'oggetto litigioso, pur essendo contenuta nell'oggetto impugnato. In tali condizioni, non ritiene possibile che la tassazione per gli anni 1990-1993 abbia potuto crescere in giudicato solo dopo la crescita in giudicato della pronuncia del 21 maggio 2001 del Tribunale cantonale. Dal che deduce che la pretesa creditoria della Cassa sarebbe perenta poiché l'amministrazione avrebbe omesso di avviare tempestivamente la procedura d'incasso dei contributi paritetici stabiliti con la decisione 13 dicembre 1995.
6. 6.1 Nei considerandi dell'impugnata pronuncia il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha già esaurientemente ricordato le disposizioni e i principi giurisprudenziali applicabili alla presente vertenza, per cui vi si può fare riferimento e prestare adesione (art. 36a cpv. 3 seconda frase OG). È quindi sufficiente rammentare che dall'istante in cui il credito per contributi è stato accertato tempestivamente mediante una decisione formale (<ref-law>), la perenzione del diritto di fissare i contributi non può più intervenire. Altra questione è quella, qui litigiosa, della perenzione per l'incasso del credito contributivo (<ref-law>). Ora, per l'art. 16 cpv. 2 prima fase LAVS, nel tenore applicabile in concreto, in vigore dal 1° gennaio 1997 (v. lett. b cpv. 2 Disposizione finale della 10a revisione AVS), il credito per contributi, fissato in una decisione notificata conformemente al cpv. 1, si estingue cinque anni dopo la fine dell'anno civile in cui la decisione è passata in giudicato. Contrariamente al testo letterale della norma, si tratta di un termine di perenzione e non di prescrizione (<ref-ruling> consid. 3b pag. 210; Greber/Duc/Scartazzini, Commentaire des articles 1 à 16 de la loi fédérale sur l'assurance-vieillesse er survivants [LAVS], no. 2 all'<ref-law>).
6.2 Dalla documentazione agli atti risulta che la ricorrente con ricorso 29 gennaio 1996 aveva contestato la tassazione d'ufficio ritenendola "iniqua, in particolare per quanto riguarda gli ultimi mesi del 1993 e l'intero anno del 1994". Tale vertenza è stata risolta dal giudizio cantonale del 21 maggio 2001 con il quale i primi giudici - dopo un'approfondita valutazione dei dati contabili, compresi quelli della perizia giudiziaria fatta allestire dal Ministero pubblico del Cantone Ticino - hanno concluso che la ripresa, per la determinazione degli oneri sociali, doveva effettuarsi su una massa salariale di fr. 795'660.80 per gli anni 1990-1993; per il resto essi hanno rinviato l'incarto alla Cassa affinché determinasse la massa salariale per il 1994.
L'amministrazione cantonale ha in seguito impugnato questo giudizio solo con riferimento all'anno 1994. Per contro, per quanto riguarda il periodo topico dal 1990 al 1993, la pronuncia 21 maggio 2001 non è stata impugnata ed è cresciuta in giudicato.
6.3 Come pertinentemente osservato dall'istanza precedente, alle cui considerazioni può essere senz'altro rinviato, con il giudizio del 21 maggio 2001 i giudici cantonali, in virtù del loro potere di riesaminare d'ufficio i fatti determinanti (<ref-ruling> consid. 2b/aa pag. 232; cfr. pure art. 85 cpv. 2 lett. c LAVS, abrogato in seguito all'entrata in vigore della LPGA), dopo avere verificato il calcolo relativo al periodo 1990-1994, hanno sottoposto ad attento esame l'intera decisione del 13 dicembre 1995. Avendo confermato i calcoli per gli anni 1990-1993 e avendo fissato nel dispositivo l'importo della massa salariale su cui la ricorrente avrebbe dovuto pagare i contributi sociali, essi hanno sostituito con il proprio giudizio la decisione amministrativa (v. <ref-ruling> consid. 4.2 pag. 142 seg.).
6.4 Nulla muta a tal giudizio il fatto che, nel suo atto ricorsuale del 29 gennaio 1996, la ricorrente si sarebbe aggravata "in particolare" per la ripresa degli ultimi mesi del 1993 e dell'anno 1994. A prescindere dall'irrilevanza, per quanto esposto in precedenza, di questa circostanza, si osserva che comunque, contrariamente a quanto pretende la ricorrente, il termine "in particolare" non può essere inteso in senso esclusivo. Avendo così i primi giudici ritenuto che l'impugnativa portava in particolare, e dunque non solo, sull'ammontare dei contributi degli ultimi mesi del 1993 e di tutto il 1994, essi non hanno commesso un accertamento manifestamente errato dei fatti né si sono tantomeno resi responsabili di una violazione del diritto federale. Gli stessi potevano pertanto rettamente concludere che i parametri per il computo dei contributi sono stati fissati il 21 maggio 2001 sulla base di una massa salariale stabilita in fr. 795'660.80.
6.5 Nulla di diverso in favore della tesi ricorsuale può infine essere inferito dai richiamati passaggi delle precedenti sentenze della Corte giudicante (v. consid. 5), non fosse altro perché lo stesso Tribunale ha anche chiaramente ricordato in quelle occasioni come il giudizio del 21 maggio 2001 abbia (solo) parzialmente accolto il gravame, "accertando per gli anni dal 1990 al 1993 una massa salariale di fr. 795'660.80 e rinviando gli atti alla Cassa per quanto riguardava il 1994" (v. H 315/03 sub A.b).
6.6 In tali condizioni, il dies a quo del termine di perenzione cadendo il 21 maggio 2001, la Cassa doveva provvedere al calcolo e alla riscossione dei contributi AVS dovuti dalla società ricorrente entro il 31 dicembre 2006, ossia entro i cinque anni dalla fine dell'anno civile in cui la decisione è cresciuta in giudicato (<ref-law>).
6.7 Con decisione del 27 aprile 2006 e successivo precetto esecutivo del ... (v. a tal proposito le Direttive UFAS sulla riscossione delle rendite, cifra 4033), l'amministrazione cantonale - sia pure in prossimità del termine di perenzione, ancorché ragioni di opportunità ne avrebbero consigliato una più sollecita attivazione - ha chiesto il pagamento di complessivi fr. 163'453.20 (di cui fr. 107'527.90 per contributi sociali e fr. 55'925.30 per interessi di mora) sulla base della massa salariale stabilita dai giudici cantonali nel pronunciato del 21 maggio 2001.
6.8 Stante quanto precede, la pretesa della Cassa volta all'incasso del credito per contributi non è perenta.
7. Non trattandosi in concreto di una lite avente per oggetto l'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative, la procedura è onerosa (art. 134 OG a contrario). Le spese processuali, che seguono la soccombenza, devono pertanto essere poste a carico della ricorrente.
Il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso di diritto amministrativo è respinto.
2. Le spese giudiziarie, fissate in fr. 6'000.-, sono poste a carico della ricorrente e saranno compensate con le garanzie prestate da quest'ultima.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.