Nichtwiederwahl, hat sich ergeben:
A.- A._, geb. 1953, ist Ingenieur HTL und trat am 1. April 1980 in den Bundesdienst ein. Er wurde anfänglich im Elektronikbetrieb Brunnen des (ehemaligen) Eidgenössischen Militärdepartements (EMD) - neu Eidgenössisches Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS; im Folgenden: Departement) - beschäftigt. Einige Jahre später wurde A._ damit beauftragt, als Projektleiter ein neues System zur Präsenzzeiterfassung und Türschliessung zu beschaffen und zu installieren.
Mit Verfügung vom 12. Januar 1998 wies das Heer A._ ab dem 1. Mai 1998 als neuen Dienstort Bern zu.
Die dagegen beim Departement und anschliessend bei der Eidgenössischen Personalrekurskommission erhobenen Beschwerden blieben erfolglos. Am 28. Juni 1999 wies die I. Zivilabteilung des Bundesgerichts die gegen den Entscheid der Eidgenössischen Personalrekurskommission erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ab.
B.- Am 13. September 2000 verfügte der Direktor des Bundesamtes für Betriebe des Heeres namens des Departements die Nichtwiederwahl von A._ für die Amtsperiode 2001 - 2004. Die dagegen erhobene Beschwerde wies die Eidgenössische Personalrekurskommission mit Entscheid vom 18. Dezember 2000 ab.
C.- Dagegen hat A._ am 22. Januar 2001 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Er beantragt, den Entscheid der Eidgenössischen Personalrekurskommission aufzuheben und ihn als wiedergewählt im Sinne von Art. 2 der Verordnung vom 3. Mai 2000 über die Wahl und die Wiederwahl der Beamtinnen und Beamten der allgemeinen Bundesverwaltung für die Amtsdauer 2001 - 2004 (Wahlverordnung; SR 172. 221.121. 1) zu bezeichnen; eventualiter seien die Akten zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport beantragt, die Beschwerde abzuweisen.
Die Eidgenössische Personalrekurskommission hat unter Hinweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen den Entscheid der Eidgenössischen Personalrekurskommission betreffend die Nichtwiederwahl ist zulässig (Art. 98 lit. e und Art. 100 Abs. 1 lit. e OG; Art. 58 Abs. 2 lit. d des Beamtengesetzes vom 30. Juni 1927, BtG; SR 172. 221.10). Der Beschwerdeführer ist als Adressat der Verfügung zur Beschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG). Auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist daher einzutreten.
b) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG). An die Feststellung des Sachverhalts ist das Bundesgericht jedoch gebunden, wenn - wie im vorliegenden Fall - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden hat, sofern der Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG). Das Bundesgericht wendet das Bundesrecht bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde von Amtes wegen an, ohne an die Begründung der Parteibegehren gebunden zu sein (Art. 114 Abs. 1 in fine OG). Es kann die Beschwerde daher auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder den Entscheid mit einer Begründung bestätigen, die von jener der Vorinstanz abweicht (<ref-ruling> E. 1b S. 477, 117 Ib 114 E. 4a S. 117, mit Hinweis).
2.- Nach Art. 57 Abs. 1 BtG entscheidet die Wahlbehörde nach Ablauf der Amtsdauer nach freiem Ermessen über die Erneuerung des Dienstverhältnisses. Sie darf und muss bei dieser Gelegenheit das gesamte verschuldete und unverschuldete Verhalten des Beamten in der Vergangenheit überprüfen, und sie hat aufgrund der Gesamtwürdigung der Persönlichkeit zu entscheiden, ob der Beamte hinsichtlich Tauglichkeit und Verhalten den Anforderungen des Amts weiterhin genügen wird (<ref-ruling> E. 1 S. 323). Sie soll auf eine Wiederwahl jedoch nur aus triftigen Gründen verzichten (<ref-ruling> E. 2a S. 101). Für die Nichtwiederwahl ist nicht erforderlich, dass dem Beamten ein Verhalten vorzuwerfen ist, das nach Art. 30 BtG Anlass zu einer disziplinarischen Massnahme geben könnte. Es genügt vielmehr, dass die wegen Beanstandung der Leistung oder des Verhaltens des Beamten verfügte Nichtwiederwahl nach den Umständen als eine sachlich haltbare, nicht willkürliche Massnahme erscheint (<ref-ruling> E. 1 S. 323; <ref-ruling> E. 3 S. 237).
3.- Die Personalrekurskommission hat am 18. Dezember 2000 eine mündliche und öffentliche Verhandlung durchgeführt.
Sie hat sich ausführlich mit den Vorbringen des Departements und des Beschwerdeführers auseinandergesetzt und ist zum Schluss gekommen, dass sowohl seine teilweise ungenügenden Leistungen als auch der Vertrauenverlust zwischen ihm und seinen Vorgesetzten je einen triftigen Grund für eine Nichtwiederwahl darstellen.
Der Beschwerdeführer macht geltend, die Personalrekurskommission habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt; dies einerseits durch die "Fiktion", wonach der Beschwerdeführer schon vor dem 1. April 2000 nur noch zu 20% im Bereich Präsenzzeiterfassung (PZE) tätig gewesen sei, als auch dadurch, dass sie die Mitarbeiterbeurteilung vom 10. Mai 1999 "gänzlich ignoriert" habe.
a) aa) Die Mitarbeiterbeurteilung vom 10. August 1998 kommt zu einem "ungenügend" in der Gesamtbeurteilung; gemäss Pflichtenheft vom 20. Mai 1997 war für den entsprechenden Zeitraum die Tätigkeit im Bereich Präsenzzeiterfassung (PZE) mit 45%, der Bereich Software - Anwendung - Produkte (SAP) mit 35% und der Bereich Schulungstätigkeit mit 20% veranschlagt. Der Beschwerdeführer wurde einzig im Bereich PZE als genügend eingestuft; hingegen wurde angemerkt, er lasse es "auf der ganzen Linie" an Engagement fehlen.
Die der Verwaltungsgerichtsbeschwerde beigelegte Mitarbeiterbeurteilung vom 10. Mai 1999 hat der Beschwerdeführer auch im Verfahren vor der Personalrekurskommission eingereicht. Das Departement führt in seiner Vernehmlassung zu dieser Mitarbeiterbeurteilung aus, es handle sich dabei um einen extrahierten Teilauszug der Gesamtbeurteilung des Jahres 1998, der auf Wunsch hin nur den Bereich PZE enthalten habe. Diese Teilbeurteilung sei notwendig geworden, da der Beschwerdeführer die Entgegennahme der ungenügenden Gesamtbeurteilung 1998 verweigert habe und man seitens der Vorgesetzten zumindest den Bereich PZE habe abhandeln wollen.
Wie es sich damit verhält, kann dahingestellt bleiben. Aus der Beurteilung vom 10. Mai 1999 kann der Beschwerdeführer ohnehin nichts zu seinen Gunsten ableiten, wird doch darin ausgeführt, seine Leistungen im Bereich PZE seien nur deswegen besser geworden, weil er im Bereich SAP nichts mehr getan habe.
Insgesamt ist festzuhalten, dass der Beschwerdeführer schon vor seinem Dienstortwechsel nach Bern in einem beträchtlichen Masse ungenügende Leistungen erbracht hat.
In der Mitarbeiterbeurteilung vom 31. Mai 2000 wird die Arbeitsleistung des Beschwerdeführers ebenfalls als ungenügend gewertet; es wird ihm vorgeworfen, es bestehe seinerseits keine Eigeninitiative, um neben dem Bereich PZE weitere Aufgaben zu erledigen.
bb) Gemäss dem Pflichtenheft vom 2. Dezember 1999 war der Bereich PZE mit 20% der Arbeitszeit vorgesehen.
Damit stösst die Argumentation des Beschwerdeführers ins Leere, wonach es "offensichtlich" sei, dass er den Bereich PZE erst seit dem 1. April 2000 stark abgebaut habe; auch wenn er - entgegen den Vorgaben des Pflichtenheftes vom 2. Dezember 1999 - mehr als 20% seiner Arbeitszeit für den Bereich PZE eingesetzt haben sollte, kann er daraus nichts zu seinen Gunsten ableiten, da er diesfalls gleichzeitig andere ihm vorgegebene Bereiche vernachlässigt hat.
Wie aus dem Führungsbericht seines Vorgesetzten B._ vom 7. Juli 2000 hervorgeht, sind aus "heutiger Sicht" die Zuverlässigkeit, die Selbständigkeit und der Arbeitseinsatz des Beschwerdeführers ungenügend; der Vorgesetzte ist sogar der Meinung, dass die Qualifikationen des Beschwerdeführers in der Mitarbeiterbeurteilung vom 29. Mai 2000 in verschiedenen Bereichen zu hoch ausgefallen sind.
cc) Insgesamt ist die Personalrekurskommission zu Recht zum Schluss gelangt, dass die ungenügenden Leistungen des Beschwerdeführers einen triftigen Grund für seine Nichtwiederwahl darstellen.
b) Die Personalrekurskommission hat zudem im Verhalten des Beschwerdeführers und im eingetretenen Vertrauensverlust zwischen diesem und seinen Vorgesetzten einen triftigen Grund für seine Nichtwiederwahl gesehen.
Der Beschwerdeführer hat anlässlich der Verhandlung vor der Personalrekurskommission selbst eingeräumt, in den letzten Monaten Probleme mit seinem direkten Vorgesetzten (Sektionschef B._) gehabt zu haben. Solche Probleme bestätigt insbesondere der Führungsbericht des Vorgesetzten B._ vom 7. Juli 2000. Dieser führt aus, das Verhalten des Beschwerdeführers, sowohl gegenüber seinen Arbeitskollegen als auch Vorgesetzten, sei durch seine misstrauische Art, sein Nörgeln oder "auf die Waagschale legen" von Äusserungen beruflicher Art oder seine Person im weitesten Sinne betreffend, sehr ausgeprägt und beengend; ein Vertrauenverhältnis zwischen ihm und seinen Vorgesetzten bestehe keines mehr. Der Beschwerdeführer versuche daher, den Kreis seiner Ansprechpartner weiter zu ziehen und kontaktiere für seine Probleme nur noch den Vizedirektor C._. Gemäss B._ ist unter diesen Gegebenheiten eine weitere Zusammenarbeit mit dem Beschwerdeführer nicht mehr tragbar. Zum gleichen Resultat gelangt Vizedirektor C._ in seinem Schreiben vom 6. November 2000. Er führt aus, der Beschwerdeführer stelle alles in Frage, sei es einen klaren Arbeitsauftrag, eine Regelung gemäss bestehenden Vorschriften oder nur eine belanglos gemachte Äusserung; das Hinterfragen erfolge auf eine unangenehme, sehr misstrauische und mitunter fast arrogante Art. Er sei, wie seine vielen schriftlichen Anträge und Beschwerden verdeutlichten, stets auf der Hut, aus seiner Sicht mögliche Unkorrektheiten anzugehen. Seine Kommunikation erfolge in solchen Fällen fast ausschliesslich per Brief, teilweise sogar eingeschrieben per Post; unter diesem Umständen sei eine produktive, erspriessliche und einigermassen friedliche Zusammenarbeit seit längerer Zeit nicht mehr möglich.
Die Personalrekurskommission ist zum Schluss gelangt, dass zwischen dem Beschwerdeführer und seinen Vorgesetzten ein irreversibler Vertrauensverlust bestehe und der Verwaltung daher eine weitere Zusammenarbeit mit dem Beschwerdeführer nicht zugemutet werden könne. Was der Beschwerdeführer dagegen vorbringt, ist nicht dazu geeignet, diese Schlussfolgerung als ungerechtfertigt erscheinen zu lassen: Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei durch die Beendigung des Projektes PZE verunsichert worden; dies habe bei ihm verschiedene Handlungen ausgelöst, die der Verwaltung "unangenehm" gewesen seien. Seine Vorgesetzten hätten ihm in Bezug auf seine künftige Funktion denn auch keine befriedigenden Perspektiven bieten können. Sie hätten ihn zudem mit schriftlichen Kleinaufträgen schikaniert; ihr teilweise provokatives Verhalten möge mit dazu geführt haben, dass er teilweise überreagiert habe. Der Beschwerdeführer wirft der Personalrekurskommission vor, sie habe namentlich ignoriert, dass mit der Zuordnung neuer Aufgaben und mit dem Dienstortwechsel auch für ihn eine Stresssituation geschaffen worden sei.
Es mag zutreffen, dass die neuen Vorgesetzten des Beschwerdeführers sich angesichts der für den Beschwerdeführer schwierigen Phase der Neuorientierung nicht in jeder Situation psychologisch geschickt verhalten haben. Dies ändert aber nichts daran, dass - was auch der Beschwerdeführer nicht bestreitet - das Vertrauensverhältnis zwischen ihm und den Vorgesetzten zerstört ist.
c) Im vorliegenden Fall lassen die ungenügenden Leistungen des Beschwerdeführers zusammen mit der Tatsache, dass das Vertrauensverhältnis zwischen ihm und seinen Vorgesetzten völlig zerstört ist, die verfügte Nichtwiederwahl als sachlich haltbare, nicht willkürliche Massnahme erscheinen.
4.- Das vom Departement zusammen mit der Vernehmlassung unverlangt neu eingereichte Papier vom 29. März 2000 ist im vorliegenden Verfahren nicht zu berücksichtigen; es erübrigt sich daher, dieses dem Beschwerdeführer zur Stellungnahme zuzustellen. Ebensowenig rechtfertigt es sich im vorliegenden Verfahren, ausnahmsweise einen zweiten Schriftenwechsel anzuordnen (vgl. Art. 110 Abs. 4 OG).
5.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Eidgenössischen Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) sowie der Eidgenössischen Personalrekurskommission schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 18. Mai 2001
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: