Sachverhalt:
A. Der 1957 geborene mazedonische Staatsangehörige S._ war von 1979 bis 2000 mit Unterbrüchen in der Schweiz erwerbstätig und meldete sich am 7. Februar 2005 über den mazedonischen Versicherungsträger bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle für Versicherte im Ausland stellte einen Invaliditätsgrad von 100% seit 27. August 2002 fest und sprach ihm nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens mit Verfügung vom 20. Februar 2007 zufolge verspäteter Anmeldung ab 1. Februar 2004 eine bis 30. September 2004 befristete ganze Rente zu, unter Hinweis, dass danach kein Rentenanspruch mehr bestehe, da die Erwerbseinbusse ab 29. Juni 2004 18% betrage.
B. Das Bundesverwaltungsgericht wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 14. Januar 2009 ab.
C. S._ führt Beschwerde ans Bundesgericht mit dem Antrag, es sei ihm unter Aufhebung der Verfügung vom 20. Februar 2007 eine unbefristete Rente gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 100% anstelle von 18% auszurichten.
D. Mit Zwischenverfügung vom 3. März 2009 wies das Bundesgericht das Gesuch von S._ um unentgeltliche Rechtspflege wegen Aussichtslosigkeit ab.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG; ohne Beschwerden gemäss Art. 97 Abs. 2 BGG und Art. 105 Abs. 3 BGG). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde an das Bundesgericht (Art. 107 Abs. 1 BGG) nur zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (unter anderem) Bundesrecht verletzt (Art. 95 lit. a BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Hiezu gehört insbesondere auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen und die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (Urteile 9C_534/2007 vom 27. Mai 2008, E. 1 mit Hinweis auf Ulrich Meyer, N 58-61 zu Art. 105, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008; Seiler/von Werdt/ Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N. 24 zu Art. 97).
2. Das Bundesverwaltungsgericht hat die gesetzlichen Bestimmungen und Grundsätze über den Umfang des Rentenanspruchs (Art. 28 Abs. 1 IVG in der vom 1. Januar 2004 bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassung), die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (Art. 28 Abs. 2 IVG [ebenfalls in der vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung] und Art. 16 ATSG; <ref-ruling> E. 3.4 S. 348; <ref-ruling> E. 1 S. 30; <ref-ruling> E. 2a und b S. 136) sowie zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis), zutreffend dargelegt. Ebenfalls richtig sind die Ausführungen zu den bei einer rückwirkenden Zusprechung einer abgestuften und/oder befristeten Invalidenrente geltenden Grundsätzen (analoge Anwendung von Art. 17 ATSG in Verbindung mit Art. 87 IVV [in der bis 31. Dezember 2003 und vom 1. Januar bis Ende Februar 2004 gültig gewesenen sowie in der seit 1. März 2004 geltenden Fassung]; <ref-ruling> E. 6b/dd S. 275, 109 V 125 E. 4a S. 127) und die Hinweise zu den anwendbaren Bestimmungen des Sozialversicherungsabkommens Schweiz-Mazedonien vom 1. Januar 2002 (SR 0.831.109.520.1). Hierauf wird verwiesen (Art. 109 Abs. 3 BGG).
3. Des Weitern hat die Vorinstanz - wobei es die hievor (E. 1) angeführte Kognitionsregelung zu beachten gilt - im Rahmen einer bundesrechtskonformen Beweiswürdigung (vgl. Art. 61 lit. c ATSG; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.1 S. 400) gestützt auf die medizinischen Unterlagen, insbesondere den Bericht der mazedonischen Invalidenkommission vom 8. Juli 2004, welche die Arbeitsunfähigkeit als Bauarbeiter auf 70% schätzte, sowie die Stellungnahme des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD), Dr. med. A._, vom 15. August 2006 zutreffend begründet, weshalb der Beschwerdeführer nach übereinstimmender Auffassung der Ärzte in seiner früher ausgeübten Tätigkeit als Bauarbeiter auf Grund seiner Lumboischialgie (bei Status nach Diskushernienoperation LWK4/5 im Jahr 2002/2003, bestehend neben einem postthrombotischen Syndrom des linken Beines und einem metabolischen Syndrom mit Diabetes mellitus sowie diabetischer Angiopathie) wesentlich eingeschränkt ist, für die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit in einer Verweisungstätigkeit indes die Einschätzung des Dr. med. A._ massgebend ist, wonach in einer leichten bis mittleren, wechselseitigen Tätigkeit seit 27. August 2002 eine Arbeitsfähigkeit von 50% und seit 29. Juni 2004 (dem Zeitpunkt, da der Versicherte den langwierigen Heilungsverlauf der beiden Rückenoperationen 2002 und 2003 überwunden hat) eine solche von 100% besteht.
Wenn die Vorinstanz gestützt darauf geschlossen hat, es sei seit dem 29. Juni 2004 eine Verbesserung des Gesundheitszustandes eingetreten, womit unter Berücksichtigung der Dreimonatsfrist von Art. 88a Abs. 1 Satz 2 IVV ab Oktober 2004 kein Rentenanspruch mehr besteht, ist dies weder offensichtlich unrichtig (vgl. Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG) noch sonstwie bundesrechtswidrig (Art. 95 lit. a BGG). Soweit der Beschwerdeführer erneut darauf verweist, dass ihn der behandelnde Arzt als 100% arbeitsunfähig erachtet, übersieht er, dass sich dieser zur Arbeitsfähigkeit in einer Verweisungstätigkeit ebensowenig äussert wie die mazedonische Invalidenkommission. Zudem beschlagen die erneut eingereichten medizinischen Berichte des Dr. B._ vom 15. November 2007 und des klinischen Zentrums X._ über den Aufenthalt vom 18. bis 29. Oktober 2007 nicht den sich bis 20. Februar 2007 erstreckenden gerichtlichen Prüfungszeitraum (<ref-ruling> E. 2.1.2.1 S. 412, 116 V 246 E. 1a S. 248) und sind die späteren Verhältnisse nicht Gegenstand der vorliegenden Beurteilung. Dies gilt auch für den neuen Bericht der Dr. C._ vom 27. Januar 2009, welcher als neues Beweismittel ohnehin prozessual unzulässig ist (Art. 99 Abs. 1 BGG; BGE 133 III E. 3 S. 395). Soweit schliesslich mit dem Hinweis auf den Anspruch auf eine sorgfältige Abklärung des Rentenanspruchs sinngemäss eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung oder eine Nichtbeachtung des Untersuchungsgrundsatzes geltend gemacht wird, fehlt es hierfür an einer Begründung und ist auch nicht ersichtlich, worin eine solche Verletzung von Bundesrecht bestehen soll, zumal der Arzt des RAD anforderungsgemäss (vgl. zur Funktion der internen Berichte des RAD nach Art. 49 Abs. 3 IVV Urteil I 143/07 vom 14. September 2007 E. 3.3) die vorhandenen Befunde (unter Einbezug von Röntgenbildern) gewürdigt und daraus eine Einschätzung der Arbeitsfähigkeit vorgenommen hat. Damit durfte die Vorinstanz in antizipierter Beweiswürdigung auf die Anordnung weiterer Beweismassnahmen verzichten (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 94; <ref-ruling> E. 1d S. 162), weshalb auch dem sinngemässen Antrag auf Rückweisung der Sache zu ergänzender Abklärung nicht stattzugeben ist.
Bleiben damit die vorinstanzlichen Feststellungen zur Arbeitsfähigkeit des Beschwerdeführers für das Bundesgericht verbindlich (E. 1), ist die im angefochtenen Entscheid bestätigte revisionsweise Aufhebung der Rente bundesrechtskonform, zumal sich der Versicherte mit dem von der IV-Stelle überzeugend vorgenommenen und von der Vorinstanz bestätigten Einkommensvergleich, der einen Invaliditätsgrad von 18 % ergab, nicht auseinandersetzt. Weiterungen dazu erübrigen sich.
4. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG). Wie eingangs erwähnt, wurde sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege mit Zwischenentscheid vom 3. März 2009 abgewiesen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung III, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Mai 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke