Sachverhalt:
A. Die Stiftung SWITCH (vormals: Stiftung SWITCH - Teleinformatikdienste für Lehre und Forschung) bezweckt gemäss Handelsregistereintrag, die nötigen Grundlagen für den wirksamen Gebrauch moderner Methoden der Teleinformatik im Dienste der Lehre und Forschung in der Schweiz zu schaffen, zu fördern, anzubieten, sich an solchen zu beteiligen und sie zu erhalten. Sie nimmt seit 1987 in der Schweiz die Zuteilung und Verwaltung von Domain-Namen der Domain ".ch" wahr. Mit Verträgen vom 24. Januar 2003 und 31. Januar 2007 wurde der SWITCH diese Aufgabe vom Bundesamt für Kommunikation (im Folgenden: BAKOM) übertragen.
Im Mai 2009 gründete die SWITCH die Tochtergesellschaft switchplus ag. Diese bezweckt gemäss Handelsregistereintrag den Verkauf und das Anbieten von Internetlösungen, wie insbesondere die Registrierung von Domain-Namen, Betrieb von E-Mail, Hosting von Webseiten und Softwarebetrieb sowie weitere Dienstleistungen rund ums Internet.
B. Im Zusammenhang mit der Gründung der switchplus ag eröffnete das BAKOM gegen die SWITCH am 16. März 2010 ein Aufsichtsverfahren und verfügte am 11. April 2011 wie folgt:
1. SWITCH wird verpflichtet, sämtliche Leistungen, die sie aufgrund ihrer Registrierungs- und Verwaltungstätigkeit von Domain-Namen zu erbringen in der Lage ist und switchplus ag anbietet, ab Rechtskraft dieser Verfügung allen Wholesale-Partnerinnen zu den gleichen Bedingungen anzubieten. Von der Offerierungspflicht ausgenommen sind Leistungen, die typischerweise nur zwischen verbundenen Unternehmen erbracht werden sowie Leistungen, die keinen direkten oder indirekten Bezug zur delegierten Tätigkeit der Registrierung und Verwaltung von Domain-Namen haben.
2. SWITCH erstellt eine Liste der Leistungen, die sie allen Wholesale-Partnerinnen inklusive switchplus ag zu gleichen Bedingungen anbieten will. Die Preise und die übrigen Konditionen der einzelnen Leistungen sind dabei verbindlich festzusetzen. SWITCH stellt diese Liste dem BAKOM sowie allen Wholesale-Partnerinnen innert 30 Tagen ab Rechtskraft dieser Verfügung zu. Der Leistungskatalog ist gleichzeitig zu veröffentlichen, unter Nachführung allfälliger Änderungen.
3. SWITCH hat sicherzustellen, dass switchplus ag innert 30 Tagen seit Eröffnung dieser Verfügung von keinen werbewirksamen Leistungen von SWITCH profitiert, die anderen Wholesale-Partnerinnen nicht zur Verfügung stehen. Diese Verpflichtung bezieht sich namentlich auch auf den Webauftritt.
4. SWITCH wird verpflichtet, dem BAKOM jeweils unaufgefordert sämtliche Verträge oder Vertragsänderungen zwischen ihr und switchplus ag innert 30 Tagen nach deren Abschluss zur Kenntnis zu bringen. Von der Mitteilungspflicht ausgenommen sind Verträge, die keinen direkten oder indirekten Bezug zur delegierten Tätigkeit der Registrierung und Verwaltung von Domain-Namen haben.
5. SWITCH wird verpflichtet, sämtliche mit ihren Leistungen an switchplus ag verbundenen Kosten sachgerecht und in einer getrennten Kostenrechnung gegenüber dem BAKOM auszuweisen. Diese Verpflichtung gilt erstmals für das Rechnungsjahr 2010.
6. Einer allfälligen Beschwerde gegen Ziff. 3 und Ziff. 5 wird die aufschiebende Wirkung entzogen.
7. Die Verwaltungsgebühren im Umfang von CHF 13'650.-- werden der Stiftung SWITCH-Teleinformatikdienste für Lehre und Forschung auferlegt. Sie werden mit Rechtskraft der Verfügung fällig. Die Zahlungsfrist beträgt 30 Tage.
8. Diese Verfügung wird der Stiftung SWITCH-Teleinformatikdienste für Lehre und Forschung schriftlich gegen Rückschein eröffnet.
9. Vom Ausgang dieses Verfahrens ist Hostpoint AG et al., vertreten durch (...), Kenntnis zu geben.
C. Mit Beschwerde vom 27. Mai 2011 gelangte die SWITCH an das Bundesverwaltungsgericht mit dem (Haupt-)Antrag, die Ziff. 1-4 sowie Ziff. 7 (betreffend Kostenauflage) der Verfügung vom 11. April 2011 aufzuheben. Weiter sei festzustellen, dass die Vorinstanz dadurch, dass sie die Hostpoint AG und deren Mitbeteiligte vor Eintritt der Rechtskraft der angefochtenen Verfügung über den Ausgang des Aufsichtsverfahrens informiert habe, Bundesrecht verletzt habe. Ferner verlangte sie Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung. Diesem Antrag gab das Bundesverwaltungsgericht mit Zwischenverfügung vom 10. Juni 2011 statt.
Mit Urteil vom 13. Februar 2012 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und stellte fest, dass die Vorinstanz die Anzeigerinnen rechtswidrigerweise vor Eintritt der Rechtskraft ihres Entscheids über den Verfahrensausgang in Kenntnis gesetzt habe. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab und verpflichtete die Beschwerdeführerin, die in Dispositivziffer 3 der vorinstanzlichen Verfügung vorgesehenen Vorkehren innert 30 Tagen ab Rechtskraft des Urteils zu treffen.
D. Die SWITCH erhebt hiegegen Beschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, das angefochtene Urteil sei insoweit aufzuheben, als dieses die Beschwerde gegen Ziff. 3 der Verfügung abweise und sie verpflichte, die darin vorgesehenen Vorkehren innert 30 Tagen ab Rechtskraft des Urteils zu treffen. Ziff. 3 der Verfügung vom 11. April 2011 sei aufzuheben.
Das BAKOM beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Die SWITCH hält in ihrer ergänzenden Stellungnahme an den gestellten Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG). Ein Ausschlussgrund (<ref-law>) liegt nicht vor.
1.2 Streitig ist vor Bundesgericht nur noch die vom Bundesverwaltungsgericht bestätigte Ziff. 3 der Verfügung des BAKOM, d.h. das Verbot, die switchplus ag von werbewirksamen Leistungen der SWITCH profitieren zu lassen, die anderen Wholesale-Partnerinnen nicht zur Verfügung stehen. Nicht mehr angefochten sind die in Ziff. 1, 2 und 4 der genannten Verfügung angeordneten Verpflichtungen.
2. 2.1 Gemäss Art. 28 Abs. 1 des Fernmeldegesetzes vom 30. April 1997 (FMG; SR 784.10) verwaltet das BAKOM die Adressierungselemente unter Beachtung der internationalen Normen. Es ergreift die geeigneten Massnahmen zur Gewährleistung einer genügenden Anzahl von Nummerierungselementen und Kommunikationsparametern. Es kann den Inhaberinnen und Inhabern von Basiselementen das Recht gewähren, untergeordnete Adressierungselemente zuzuteilen. Nach Abs. 2 kann das BAKOM in besonderen Fällen die Verwaltung und Zuteilung bestimmter Adressierungselemente Dritten übertragen. Der Bundesrat regelt die Einzelheiten, namentlich die Aufsicht durch das Bundesamt. Diese Einzelheiten werden geregelt in der Verordnung vom 6. Oktober 1997 über die Adressierungselemente im Fernmeldebereich (AEFV; SR 784.104). Die <ref-law> regeln die Übertragung der Verwaltung von Adressierungselementen an Dritte. Gemäss <ref-law> bezeichnet das BAKOM die Registerbetreiberin und schliesst mit ihr einen verwaltungsrechtlichen Vertrag ab. Darauf stützt sich der aktuell geltende verwaltungsrechtliche Vertrag vom 31. Januar 2007 (vgl. vorne lit. A, im Folgenden: Übertragungsvertrag), mit welchem das BAKOM der SWITCH die Verwaltung und Zuteilung der ".ch"-Domain-Namen übertragen hat, nachdem die SWITCH bereits vor Inkrafttreten einer einschlägigen gesetzlichen Regelung diese Aufgabe wahrgenommen hatte (UELI BURI, Domain-Namen, in: Roland von Büren/Lucas David [Hrsg.], Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, Bd. 3/2, 2005, S. 337 ff., 344 f., 350 f.; GALLUS JOLLER, Schweiz (.ch), in: Torsten Bettinger [Hrsg.], Handbuch des Domainrechts, 2008, S. 927 ff., 935 f.).
2.2 Aufgrund dieses Übertragungsvertrags erbringt die SWITCH alle in der AEFV definierten Aufgaben einer Registerbetreiberin (Art. 20 Übertragungsvertrag). Insbesondere teilt sie einzelnen Nutzern die Domain-Namen auf transparente und nicht-diskriminierende Weise mit privatrechtlichem Vertrag zu (Art. 13e Abs. 1 und Art. 14c Abs. 1 AEFV; Art. 9 Übertragungsvertrag; vgl. <ref-ruling> E. 2.2). Sie ist berechtigt, weitere Geschäftsaktivitäten zu entwickeln, wobei sie die damit verbundenen Kosten sachgerecht in einer getrennten Kostenrechnung ausweisen muss (Art. 37 Übertragungsvertrag). Sie ist sodann verpflichtet, allen Personen, welche Domain-Namen Dritten zuteilen und verwalten wollen und die entsprechenden Voraussetzungen erfüllen, ein Grosshandelsangebot zu unterbreiten (<ref-law>; Art. 17 Übertragungsvertrag). Diese sog. Wholsesale-Partner bieten den Nutzern als Wiederverwerter die Registrierung von Domain-Namen an, zugleich aber auch weitere Mail- und Hosting-Services. Die von der SWITCH gehaltene Tochtergesellschaft switchplus ag hat ebenfalls den Status einer Wholesale-Partnerin und steht in Konkurrenz zu den anderen Wholesale-Partnern. Die Tätigkeit der Beschwerdeführerin als Registerbetreiberin unterliegt der Aufsicht durch das BAKOM (<ref-law>; <ref-law>).
2.3 Wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, übt die Beschwerdeführerin als Registerbetreiberin für die Domain ".ch" eine öffentliche Aufgabe aus und ist insofern an die Grundrechte gebunden (<ref-law>); insbesondere muss sie alle ihre Wholesale-Partner, die untereinander in Konkurrenz stehen, gleich behandeln (Art. 27 sowie Art. 94 Abs. 1 und 4 BV; Gleichbehandlung direkter Konkurrenten), und zwar auch ihre Tochtergesellschaft. Das anerkennt ausdrücklich auch die Beschwerdeführerin, weshalb sie die in Ziff. 1, 2 und 4 der BAKOM-Verfügung enthaltenen Verpflichtungen nicht mehr anficht.
2.4 Umstritten ist aber die der Beschwerdeführerin auferlegte Pflicht sicherzustellen, dass ihre Tochtergesellschaft switchplus ag von keinen werbewirksamen Leistungen der SWITCH profitiert, die anderen Wholesale-Partnerinnen nicht zur Verfügung stehen. Nach den vorinstanzlichen Feststellungen geht es dabei hauptsächlich darum, dass die Beschwerdeführerin auf ihrer Webseite www.switch.ch einen Werbebalken prominent platziert hat, mittels dem der Nutzer direkt auf die Webseite www.switchplus.ch gelangt, während ein Hinweis auf andere Wholsesale-Anbieterinnen fehlt. Die Vorinstanz hat erwogen, durch die Verwendung der mit dem Firmennamen ihrer Mutter identischen Wortmarke einerseits sowie durch den auf www.switch.ch aufgeschalteten Link zur Homepage der Tochtergesellschaft andererseits profitiere diese vom Ruf bzw. Bekanntheitsgrad der Beschwerdeführerin. Die Tochtergesellschaft werde dadurch gegenüber anderen Wholesale-Partnern im Bereich der Verteilung und Verwaltung von Domain-Namen bevorzugt behandelt. Durch diese Ungleichbehandlung der direkten Konkurrentinnen greife die Beschwerdeführerin regelnd und wettbewerbsverzerrend in den ihr übertragenen öffentlichen Aufgabenbereich ein und verletze damit die Art. 27 und 94 Abs. 1 und 4 i.V.m. <ref-law>, weshalb die Aufsichtsmassnahme mit Recht verfügt worden sei.
2.5 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz vor, nicht genügend zwischen dem Wholesale-Bereich und dem Retail-Bereich zu unterscheiden: Während sie gegenüber den Endkunden eine öffentliche Aufgabe wahrnehme und dem Gleichbehandlungsgebot verpflichtet sei, habe sie im Retail-Bereich im Verhältnis zu den Wholesale-Partnern keine öffentliche Aufgabe, sondern stehe zu diesen im Wettbewerb. Die Voraussetzungen für die Anwendung des Gebots der Gleichbehandlung der Konkurrenten seien damit nicht gegeben. Sie dürfe in diesem Rahmen auch weitere Dienste ausserhalb der öffentlichen Tätigkeit betreiben, was ihr im verwaltungsrechtlichen Vertrag mit dem BAKOM ausdrücklich zugesichert worden sei und für sie als conditio sine qua non für den Abschluss des Vertrags gegolten habe. Es stehe ihr frei, diese Tätigkeiten auch über eine Tochtergesellschaft zu führen und diese werbemässig zu unterstützen, da sie auch für sich selbst im Retail-Bereich Werbung betreiben dürfe. Die streitige Verpflichtung stelle einen unzulässigen Eingriff in ihre Wirtschaftsfreiheit dar.
2.6 Das BAKOM führt aus, die beanstandeten Werbemassnahmen der Beschwerdeführer zugunsten ihrer Tochtergesellschaft würden dieser Wettbewerbsvorteile gegenüber anderen Wiederverkäuferinnen auf dem Endkundenmarkt verschaffen. Die Gesellschaft switchplus ag werde mit dem Bekanntheitsgrad der Beschwerdeführerin beworben.
2.7 Die dargestellte rechtliche Regelung macht die Zuteilung und Verwaltung von ".ch"-Domain-Namen zwar zu einer öffentlichen Aufgabe, will diese aber unter Wettbewerbsbedingungen durch mehrere Anbieter erfüllen lassen, nämlich einerseits durch die Beschwerdeführerin und andererseits durch Grosshandelsanbieter als Wholesale-Partner der Beschwerdeführerin (<ref-law>). Sämtliche Anbieter, sowohl die Beschwerdeführerin als auch ihre Wholesale-Partner, können daneben weitere Dienstleistungen anbieten, namentlich solche im Zusammenhang mit dem Internet. Diese weiteren Dienstleistungen werden ausschliesslich privatwirtschaftlich erbracht und unterstehen nicht der Aufsicht durch das BAKOM. Die Beschwerdeführerin hat dadurch gegenüber ihren Wholesale-Partnern eine durch die Rechtsordnung vorgegebene Doppelstellung: Einerseits nimmt sie diesen gegenüber als Registerbetreiberin eine öffentliche Aufgabe wahr und muss sie insoweit gleich behandeln. Andererseits ist sie im Verhältnis zu den Endkunden Konkurrentin ihrer Wholesale-Partner und steht zu ihnen im Wettbewerb, und zwar sowohl in Bezug auf die öffentliche Aufgabe der Zuteilung und Verwaltung der Domain-Namen als auch in Bezug auf die privatwirtschaftlich erbrachten übrigen Dienstleistungen (z.B. Web- und Mailhosting). Bezüglich dieser letztgenannten Dienstleistungen untersteht sie nicht der Aufsicht durch das BAKOM.
2.8 Wenn die Beschwerdeführerin ihrer Tochtergesellschaft erlaubt, den Firmenbestandteil "switch-" zu führen und auf ihrer Webseite auf die Tochter hinweist, ist plausibel, dass diese dadurch infolge des Bekanntheitsgrades der Beschwerdeführerin einen Wettbewerbsvorteil erlangt. Das bedeutet aber noch nicht, dass dieser Vorteil unrechtmässig ist:
2.8.1 Soweit die Beschwerdeführerin gegenüber den Wholesale-Partnern eine öffentliche Aufgabe wahrnimmt, kann sie sich nicht auf die Wirtschaftsfreiheit berufen, sondern ist umgekehrt an die Grundrechte gebunden und darf auch ihre Tochtergesellschaft nicht gegenüber den anderen Wholesale-Partnern bevorzugen. In Bezug auf ihre unter Wettbewerbsbedingungen erbrachte Tätigkeit gilt jedoch nicht die Grundrechtsbindung, sondern ist die Beschwerdeführerin den gleichen Regeln unterstellt wie ihre Konkurrentinnen; sie kann sich insoweit wie jede andere privatwirtschaftlich tätige Person auf die Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>) berufen und für ihre Tätigkeit Werbung betreiben (Urteil 2C_559/2011 vom 20. Januar 2012 E. 4.2, mit weiteren Hinweisen, sic! 6/2012 S. 399), so wie auch ihre Wholesale-Partner Werbung betreiben dürfen. Ebenso steht es ihr frei, eine Tochtergesellschaft zu gründen, welche diese Wettbewerbstätigkeiten ausübt. Dieser kommt ihrerseits die gleiche Rechtsstellung zu wie den übrigen Wholesale-Partnern. Wie diese darf sie ebenso für ihre Tätigkeit Werbung betreiben. Im Wettbewerbsbereich haben die Konkurrentinnen der Beschwerdeführerin keinen grundrechtlichen Anspruch auf Gleichbehandlung (<ref-ruling> E. 5.2; ELIANE SCHLATTER, Grundrechtsgeltung beim wirtschaftlichen Staatshandeln, 2009, S. 156 f., 174 f.). Allfälligen Wettbewerbsverzerrungen, die sich daraus ergeben könnten, dass die Beschwerdeführerin daneben eine öffentliche Aufgabe erfüllt, ist mit einer Trennung der Geschäftsbereiche und wettbewerbsrechtlichen Mitteln zu begegnen (Art. 2 Abs. 1 und Art. 3 Abs. 1 KG; <ref-ruling> E. 3.1, Urteil 2C_485/2010 E. 6.3 und 9, zur Publikation vorgesehen; <ref-law>).
2.8.2 Werbung richtet sich an die Endkunden und betrifft somit nicht das dem Gleichbehandlungsgebot unterstehende Verhältnis der Beschwerdeführerin zu ihren Wholesale-Partnern, sondern den Retail-Bereich, welcher der Wettbewerbsordnung untersteht. Es besteht daher kein Rechtsgrund, der Beschwerdeführerin zu untersagen, für die Retail-Tätigkeit ihrer Tochtergesellschaft Werbung zu betreiben. Der Werbevorteil ist für die Tochtergesellschaft nicht grösser als er für die Beschwerdeführerin selber wäre, wenn diese für ihre eigene Retail-Tätigkeit Werbung betriebe; auch in diesem Fall würde der Bekanntheitsgrad, den die Beschwerdeführerin durch ihre öffentliche Tätigkeit erworben hat, für sie werbewirksam und wäre es für die Endkunden erst recht schwierig, zwischen der öffentlichen Aufgabe der Beschwerdeführerin und ihren privatwirtschaftlichen Wettbewerbsaktivitäten zu unterscheiden. Diese Schwierigkeiten sind aber durch die rechtliche Konstruktion und die damit verbundene Doppelstellung der Beschwerdeführerin bedingt und somit zwangsläufig vorhanden. Mit der Argumentation der Vorinstanzen müsste konsequenterweise auch der Beschwerdeführerin selber verboten werden, für ihre eigene Retail-Tätigkeit Werbung zu betreiben. Dadurch würde die Beschwerdeführerin im Wettbewerbsbereich aber schlechter gestellt als die übrigen Wholesale-Partner, welche im Retail-Bereich uneingeschränkt Werbung betreiben dürfen und denen es ebenfalls erlaubt ist, Tochtergesellschaften zu gründen und für diese Werbung zu betreiben. Hat die Beschwerdeführerin - anstatt die betreffenden Retail-Tätigkeiten selber auszuüben - zu diesem Zweck eine Tochtergesellschaft gegründet, so wird das Anliegen, eine für die Endkunden erkennbare Trennung der beiden Tätigkeitsfelder zu erreichen, jedenfalls nicht schlechter erreicht, sondern eher besser. Soweit die Retail-Tätigkeit nicht in der Zuteilung von Domains, sondern in weiteren Dienstleistungen besteht, unterliegt das Verhalten sowohl der Beschwerdeführerin als auch ihrer Tochtergesellschaft ohnehin nicht der Aufsicht durch das BAKOM. Einem allfälligen Missbrauch einer marktbeherrschenden Stellung wäre durch das Wettbewerbsrecht zu begegnen, wobei sowohl die Konkurrenten als auch die Konsumentenschutzorganisationen Klage - bzw. Mitwirkungsmöglichkeiten haben (Art. 9 f. UWG; Art. 43 KG).
3. Die Beschwerde erweist sich damit als begründet. Es sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Die nicht anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 13. Februar 2012 wird insoweit aufgehoben, als es die Ziff. 3 der Verfügung des BAKOM vom 11. April 2011 bestätigt hat.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und keine Parteientschädigung zugesprochen.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. August 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Klopfenstein