Sachverhalt:
A. Die 1969 geborene N._ arbeitete als Reinigungshilfe in einem Privathaushalt und war dadurch bei der Zürich Versicherungs-Gesellschaft AG (nachfolgend: Zürich) obligatorisch gegen Unfallfolgen versichert, als sie am 1. Juli 2005 einen Unfall erlitt. Sie sass als Mitfahrerin auf dem Rücksitz eines Personenwagens, als dieser bei stockendem Verkehr auf der Autobahn von hinten angefahren und dadurch in das vordere Auto gestossen wurde. Die Versicherte wurde noch auf der Unfallstelle mit Schmerzmitteln behandelt und setzte in der Folge ihre Reise in die Ferien nach Portugal fort. Nach der Rückkehr nahm sie ihre Arbeit am 10. August 2005 wieder auf. Es trat eine Exazerbation der Beschwerden auf, weshalb sich N._ gleichentags in ärztliche Behandlung begab. Die Ärzte an der Klinik für Unfallchirurgie des Spitals X._ stellten die Diagnose eines Verdachtes auf eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS). Die Zürich gewährte Heilbehandlung - unter anderem in Form je eines Aufenthaltes in der Rehaklinik Z._ und in der Klinik A._ für kardiale und psychosomatische Rehabilitation - und richtete Taggeld aus. Im Weiteren liess die Unfallversicherung beim interdisziplinären Begutachtungsinstitut Y._ eine Expertise erstellten (Gutachten vom 15. Dezember 2007). Mit Verfügung vom 26. Juni 2009 stellte die Zürich ihre Leistungen auf den 30. Juni 2009 ein, da kein natürlicher Kausalzusammenhang zwischen den weiterhin geklagten Beschwerden und dem versicherten Unfall bestehe. Mit Einspracheentscheid vom 21. Oktober 2009 wurde die Leistungseinstellung bestätigt, wobei diese nunmehr zusätzlich damit begründet wurde, es sei auch kein adäquater Kausalzusammenhang gegeben.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 14. Oktober 2011 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt N._ in Aufhebung des kantonalen Entscheides die Weiterausrichtung der gesetzlichen Leistungen beantragen. Eventualiter sei der Sachverhalt insbesondere in Form einer biomechanischen Beurteilung sowie einer polydisziplinären medizinischen Begutachtung weiter abzuklären und hernach neu über den Leistungsanspruch zu entscheiden.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden.
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind.
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Zürich und die Vorinstanz zu Recht einen Anspruch auf weitere Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung verneint haben.
Im Einsprache- und im vorinstanzlichen Entscheid sind die Rechtsgrundlagen für die Beurteilung der Streitsache zutreffend dargelegt. Das betrifft namentlich den für einen Leistungsanspruch aus der obligatorischen Unfallversicherung erforderlichen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden im Allgemeinen sowie bei nicht organisch objektiv ausgewiesenen Beschwerden nach Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der HWS sowie Schädel-Hirntraumen (sog. Schleudertrauma-Praxis) im Besonderen mit den entsprechenden Beweisregeln. Darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz hat das Leistungsbegehren unter Offenlassung der Frage, ob ein natürlicher Kausalzusammenhang zwischen geltend gemachter gesundheitlicher Beeinträchtigung und Unfallereignis vorliegt, mit der Begründung abgewiesen, es fehle am adäquaten Kausalzusammenhang.
3.1 Im Sozialversicherungsrecht spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 mit Hinweisen). Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier ist bei der Adäquanzprüfung vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, wobei zwischen banalen bzw. leichten Unfällen einerseits, schweren Unfällen anderseits und schliesslich dem dazwischen liegenden mittleren Bereich unterschieden wird, und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen. Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (sog. Psycho-Praxis; <ref-ruling>), während bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der HWS sowie Schädel-Hirntraumen auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (sog. Schleudertrauma-Praxis; zum Ganzen: <ref-ruling> E. 2.1 S. 112 mit Hinweisen). In Fällen, in welchen die zum typischen Beschwerdebild eines Schleudertraumas der Halswirbelsäule gehörenden Beeinträchtigungen zwar teilweise gegeben sind, im Vergleich zur vorliegenden ausgeprägten psychischen Problematik aber ganz in den Hintergrund treten, ist die Beurteilung praxisgemäss unter dem Gesichtspunkt einer psychischen Fehlentwicklung nach Unfall vorzunehmen (<ref-ruling> E. 2a S. 99; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Sofern nicht von einem vielschichtigen somatisch-psychischen Beschwerdebild gesprochen werden kann, das einer Differenzierung kaum zugänglich ist, ist die Prüfung der adäquaten Kausalität unter dem Gesichtspunkt einer psychischen Fehlentwicklung nach Unfall gemäss <ref-ruling> vorzunehmen. Mit anderen Worten gelangt auch nach einer Distorsion der Halswirbelsäule die Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen zur Anwendung, sofern die im Anschluss an den Unfall aufgetretenen psychischen Störungen als eine selbstständige Gesundheitsschädigung zu qualifizieren sind, die insofern sekundären Charakter trägt, als sie sich von (Langzeit-)Symptomen der beim Unfall erlittenen Distorsion der Halswirbelsäule unterscheidet (Urteil U 238/05 vom 31. Mai 2006 E. 4.1).
3.2 Aufgrund der medizinischen Aktenlage, insbesondere des Gutachtens des interdisziplinären Begutachtungsinstituts Y._ vom 15. Dezember 2007, leidet die Beschwerdeführerin nicht an organisch ausgewiesenen Unfallfolgen. Hingegen ist mit dem kantonalen Gericht nicht anzuzweifeln, dass die Beschwerdeführerin eine HWS-Distorsion erlitten und in der Folge das bei solchen Verletzungen oftmals beobachtete und daher als typisch bezeichnete Beschwerdebild zumindest teilweise aufgetreten ist. Sowohl die Unfallversicherung als auch die Vorinstanz prüften die Adäquanz nach der Rechtsprechung zu psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall (sog. Psycho-Praxis; <ref-ruling>).
3.3 Die Beschwerdeführerin hat im kantonalen Verfahren neu einen Bericht der Dr. med. R._, stellvertretende Oberärztin an der orthopädischen Klinik B._, vom 19. September 2011 aufgelegt. Darin wird unter anderem angeführt, dorsomedial am proximalen Fibulaschaft befinde sich rechts eine Exostose, die möglicherweise durch eine Fraktur nach dem Autounfall im Jahre 2005 bedingt worden sei. Die Versicherte argumentierte bereits vorinstanzlich, die unfallbedingten Gesundheitsbeeinträchtigungen seien nicht vollständig erhoben worden und die neu entdeckte Exostose müsse gutachterlich abgeklärt werden. Solange die erforderlichen Abklärungen - insbesondere eine biomechanische Beurteilung des Unfallereignisses - nicht getätigt worden seien, könne nicht von einem Fehlen organischer Unfallfolgen und damit von einer fehlenden Adäquanz ausgegangen werden. Dieses Argument wiederholt sie auch letztinstanzlich.
4. 4.1 Gemäss interdisziplinärem Gutachten des Begutachtungsinstituts Y._ vom 15. Dezember 2007 leidet die Beschwerdeführerin an einem cervicocephalen und cervicobrachialen Syndrom mit degenerativen Veränderungen und einer linksskoliotischen Fehlhaltung der HWS, vorbestehenden Spannungstypkopfschmerzen und einem chronischen Analgetikaüberkonsum, an leichten bis mittelschweren kognitiven Funktionsstörungen, an einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung (ICD-10: F45.4) und an einzelnen Symptomen, nicht jedoch an einem Vollbild, einer PTSD (posttraumatische Stressstörung). Diese Diagnosen seien zumindest teilweise auf den Unfall zurückzuführen. Als unfallfremd werden eine rezidivierende depressive Störung (ICD-10: 33.4) und eine vorbestehende dissoziative Störung (ICD-10: 44.7), ein Asthma bronchiale und eine Hypertonie aufgelistet. Gemäss Bericht vom 19. September 2011 stellte die Ärztin an der Klinik B._ die Diagnosen von multilokulären myofascialen Beschwerden (Differenzialdiagnose: Fibromyalgiesyndrom), eines cervicocephalen Schmerzsyndroms, eines lumbovertebralen, intermittierend lumbospondylogenen Schmerzsyndroms, eines Vitaminmangels, einer Depression, einer arteriellen Hypertonie und einer asthmoiden Bronchitis. Zusätzlich wird in der Beurteilung der Untersuchungsbefunde die erwähnte Exostose am proximalen Fibulaschaft erwähnt, wobei angeführt wird, diese sei möglicherweise durch eine Fraktur nach dem Autounfall 2005 bedingt. Die Patientin gebe an, trotz starker Schmerzen sei dort (am rechten Knie) nie ein Röntgenbild veranlasst worden.
4.2 Die Diagnosen unterscheiden sich demnach mit Ausnahme des letztgenannten Befundes kaum. Entscheidend ist aber, dass auch Dr. med. R._ einen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen diesem Befund und dem Unfall nur als möglich und damit nicht als überwiegend wahrscheinlich erachtet. Selbst dies auch nur mit der ausdrücklichen Zusatzbemerkung, die Patientin habe "da" starke Schmerzen verspürt, die nicht untersucht worden seien. Indessen lassen sich den echtzeitlichen Akten keine Schmerzangaben im Bereich des rechten Knies entnehmen. Der Ärztin, welche sie am 10. August 2005 - und damit gut fünf Wochen nach dem Unfall - in der Klinik für Unfallchirurgie erstmal untersuchte, gab die Beschwerdeführerin an, sie verspüre am Ober- und Unterschenkel beidseits, ventral und dorsal Parästhesien oder sensible Defizite. Eine Fraktur am proximalen Fibulaschaft rechts ist damit nicht in Zusammenhang zu bringen. Im Austrittsbericht der Rehaklinik Z._ vom 6. April 2006 werden unter dem Stichwort "aktuelle Probleme" keine Knie- oder Wadenschmerzen erwähnt. Auch im Gutachten des interdisziplinären Begutachtungsinstituts Y._ werden keine Angaben über Bein- oder Knieschmerzen gemacht ("die Explorandin berichtet über drei Beschwerdebilder: Kopfschmerzen, Nackenschmerzen und Depression"). Offenbar hat der Gutachter die Beschwerdeführerin ausdrücklich über weitere gesundheitliche Probleme befragt. Solche seien von der Untersuchten verneint worden. Schliesslich ist dem kantonalen Gericht auch in seiner Feststellung beizupflichten, es fehle im Lichte des Unfallmechanismus jeder greifbare Anhaltspunkt, wie sich die Beschwerdeführerin, welche beim Auffahrunfall angegurtet auf dem Rücksitz eines Personenwagens sass, eine Fraktur am Wadenbein hätte zugezogen haben können, welche sie weder unmittelbar nach dem Unfall noch Wochen später, als sie in dieser Angelegenheit erstmals einen Arzt aufsuchte, bemerkt hatte. Damit haben weder die Unfallversicherung noch die Vorinstanz ihre Abklärungspflicht oder den Untersuchungsgrundsatz verletzt. Das kantonale Gericht ist damit in seiner Kausalitätsbeurteilung zu Recht von organisch nicht objektivierbaren Beschwerden ausgegangen.
5. 5.1 Das psychiatrische Krankheitsbild steht gemäss Gutachten des interdisziplinären Begutachtungsinstituts Y._ klar im Vordergrund. Dieses ist demgemäss auch hauptverantwortlich für die Arbeitsunfähigkeit der Beschwerdeführerin. Die Vorinstanz hat die Adäquanzbeurteilung folglich zu Recht in Anwendung der in <ref-ruling> begründeten Rechtsprechung vorgenommen. Indessen braucht die Frage nach der anwendbaren Rechtsprechung nicht abschliessend geklärt zu werden, wenn - wie hier - selbst die Anwendung der bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen der Halswirbelsäule sowie Schädel-Hirntraumen (sog. Schleudertrauma-Praxis; <ref-ruling>) einschliesslich der dort umschriebenen Adäquanzkriterien zu deren Verneinung und damit zum selben Ergebnis führt.
5.2 Die Schwere des Unfalles ist aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Einfache Auffahrunfälle werden rechtsprechungsgemäss in der Regel als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten Unfällen qualifiziert (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2 mit Hinweisen). Es liegen keine Umstände vor, die hier zu einer anderen Beurteilung Anlass zu geben vermöchten. Die Adäquanz wäre daher zu bejahen, falls ein einzelnes der unfallbezogenen Kriterien in besonders ausgeprägter Weise gegeben ist oder die zu berücksichtigenden Kriterien insgesamt in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sind (<ref-ruling> E. 6b S. 367 f.; bestätigt in <ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f.).
5.3 Klarerweise nicht erfüllt sind die Kriterien "besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls", "Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen", "ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert" sowie "schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen". Entsprechendes wird auch von der Beschwerdeführerin nicht behauptet. Dass es am 1. Juli 2005 zu einer Doppelkollision kam, indem das Fahrzeug der Versicherten nach dem Heckaufprall in das vor ihr stehende Auto gestossen wurde, vermag daran nichts zu ändern (Urteile 8C_43/2010 vom 8. Juni 2010 E. 9.2, 8C_304/2008 vom 1. April 2009 E. 5.2.1, 8C_252/2007 vom 16. Mai 2008 E. 7.2.2). Ebenso wenig ist der Umstand, dass sich die Beschwerdeführerin in der Rehaklinik Z._ und in der Klinik A._ über jeweils mehrere Wochen stationär behandeln lassen musste, als "fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung" zu qualifizieren. Schliesslich ist auch das Kriterium "erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen" zu verneinen, nachdem die Beschwerdeführerin ihre Tätigkeit zwar vom 17. Oktober 2005 bis zum 31. Januar 2006 im Umfang von 50 % wieder aufgenommen hatte, danach aber neben den im Rahmen des Case Managements während kürzerer Zeit getätigten Einsätze und besuchten Sprachkurse keine Anstrengungen zeigte, ihre angestammte oder eine andere angepasste berufliche Tätigkeit auszuüben. Daher kann höchstens das Kriterium der "erheblichen Beschwerden" bejaht werden, dieses jedoch nicht in besonders ausgeprägter oder auffallender Weise. Die Unfallversicherung und das kantonale Gericht haben den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und den nach dem 30. Juni 2009 geklagten Beschwerden daher zu Recht verneint.
6. Dem Ausgang der Verfahren entsprechend sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Juni 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer