Sachverhalt:
A. X._ und Y._ sind Eigentümer eines Einfamilienhauses in A._ (Baujahr 2003). Im Jahre 2006 liessen sie ihren offenen Sitzplatz verglasen und überdecken. Die Kosten hiefür (Fr. 38'644.--) brachten sie in ihrer Steuererklärung 2006 als Liegenschaftsunterhalt zum Abzug (Rechnungen der F._ AG [Fr. 37'444.--] und von G._ Balsthal [Fr. 1'200.--]. Insgesamt machten sie Fr. 41'149.-- an Liegenschaftskosten geltend.
In der definitiven Veranlagung vom 1. Oktober 2007 anerkannte die Veranlagungsbehörde R._ die Kosten für die Verglasung des Sitzplatzes nicht und gewährte bloss den Pauschalabzug. Für das Steuerjahr 2006 veranlagte sie die Eheleute X._ - Y._ auf ein steuerbares Einkommen von Fr. 104'910.-- (betreffend die Staatssteuer) bzw. Fr. 102'600.-- (betreffend die direkte Bundessteuer).
B. Gegen diese Veranlagung erhoben die Eheleute X._ - Y._ am 1. November 2007 Einsprache bei der Veranlagungsbehörde und beantragten, der Abzug für die Verglasung sei zu gewähren, da das verwendete System "Cover" eine Energiesparmassnahme darstelle.
Mit Einsprache-Entscheid vom 20. November 2007 wies die Veranlagungsbehörde R._ die Einsprache "im Sinne der Erwägungen" ab. Sie kam zum Schluss, die Verglasung von Balkonen und Freisitzen durch das "Cover-"System bezwecke allein die erweiterte Nutzung des abgeschlossenen Raumes. Dass die beheizte Raumhülle durch die Verglasung - bei korrektem Benutzerverhalten - vom solaren Energiegewinn auch profitieren könne, rechtfertige den Abzug der Verglasungskosten in keiner Weise.
C. Gegen diesen Einsprache-Entscheid erhoben die Eheleute X._ - Y._ Rekurs (betreffend die Staatssteuer) und Beschwerde (betreffend die direkte Bundessteuer) beim Steuergericht des Kantons Solothurn. Mit Urteil vom 16. Juni 2008 hiess dieses die beiden Rechtsmittel teilweise gut und liess "unter dem Titel Energiesparmassnahmen Fr. 19'322.-- zum Abzug" zu (50% von Fr. 38'644.--). Zur Begründung führte das Steuergericht im Wesentlichen aus, das hier zu beurteilende System "Cover" sei eine spezielle Art von Balkonverglasung, die dafür sorge, dass die beheizte Bauhülle von einem solaren Energiegewinn profitiere. Dies gehe aus einem Bericht der Fachhochschule Nordwestschweiz hervor, welche das System u.a. in energetischer Hinsicht geprüft habe. Das System könne daher als Massnahme zur rationellen Energieverwendung im Sinne des Gesetzes qualifiziert werden. Gemäss den einschlägigen Normen betrage die steuerliche Abzugsmöglichkeit bei solchen Massnahmen in den ersten fünf Jahren nach Anschaffung der Liegenschaft 50 % des aufgewendeten Betrages, so dass im vorliegenden Fall Fr. 19'322.-- zum Abzug zuzulassen seien.
D. Mit Eingabe vom 15. September 2008 führt das Steueramt des Kantons Solothurn Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht mit den Anträgen, das Urteil des Steuergerichts vom 16. Juni 2008 aufzuheben und das steuerbare Einkommen der Eheleute X._ - Y._ sowohl bei der Staatssteuer als auch bei der direkten Bundessteuer gemäss den Veranlagungen vom 1. Oktober 2007 und dem Einsprache-Entscheid vom 20. November 2007 festzusetzen.
Die Eheleute X._ - Y._ haben sich nicht vernehmen lassen. Das Steuergericht des Kantons Solothurn schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt, die Beschwerde gutzuheissen.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen den Entscheid des Kantonalen Steuergerichts Solothurn ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht sowohl hinsichtlich der kantonalen Steuern als auch der Bundessteuern zulässig (Art. 82 ff. des Bundesgesetzes über das Bundesgericht [Bundesgerichtsgesetz, BGG; SR 173.110]; Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14], vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 188 f.). Die Beschwerde ist unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von einer gemäss <ref-law> bzw. Art 73 Abs. 2 StHG in Verbindung mit <ref-law> legitimierten Behörde eingereicht worden. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Mit der Beschwerde kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Gemäss <ref-law> wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an. Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling>, E. 1.4 S. 140). Soweit sich die Besteuerung nach kantonalem Recht richtet, prüft es dessen Anwendung nur unter dem beschränkten Gesichtswinkel des verfassungsmässigen Willkürverbots (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn diese offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht.
II. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Bei Liegenschaften im Privatvermögen können die Unterhaltskosten, die Versicherungsprämien und die Kosten der Verwaltung durch Dritte von den steuerbaren Einkünften abgezogen werden (Art. 32 Abs. 2 erster Satz DBG). Nicht abziehbar sind die übrigen Kosten und Aufwendungen, insbesondere die Aufwendungen für die Anschaffung, Herstellung oder Wertvermehrung von Vermögensgegenständen (<ref-law>). Energiespar- und Umweltschutzmassnahmen werden jedoch den Unterhaltskosten gleichgestellt, auch soweit es sich dabei - regelmässig anteilig (vgl. Urteil 2A. 223/1997 vom 11. Juni 1999, E. 3g, in ASA 70 S. 155 ff. ) - um wertvermehrende Massnahmen handelt: Nach <ref-law> bestimmt das eidgenössische Finanzdepartement, wieweit solche Investitionen den Unterhaltskosten gleichgestellt werden. Gemäss Art. 5 der Verordnung des Bundesrates vom 24. August 1992 über den Abzug der Kosten von Liegenschaften des Privatvermögens bei der direkten Bundessteuer (SR 642.116) gelten als Investitionen, die dem Energiesparen und dem Umweltschutz dienen, Aufwendungen für Massnahmen, welche zur rationellen Energieverwendung oder zur Nutzung erneuerbarer Energien beitragen. Diese Massnahmen beziehen sich auf den Ersatz von veralteten und die erstmalige Anbringung von neuen Bauteilen oder Installationen in bestehenden Gebäuden. Gemäss Art. 7 der genannten Verordnung werden die Investitionen im Einzelnen vom Eidgenössischen Finanzdepartement festgelegt.
Die Verordnung des Finanzdepartementes vom 24. August 1992 über die Massnahmen zur rationellen Energieverwendung und zur Nutzung erneuerbarer Energien (SR 642.116.1) legt fest, was als abzugsfähige Energiesparmassnahme in Betracht fällt, darunter etwa die Wärmedämmung von Böden, Wänden, Dächern und Decken gegen Aussenklima, unbeheizte Räume oder Erdreich, der Ersatz von Fenstern durch energetisch bessere Fenster als vorbestehend, das Anbringen von Fugendichtungen, das Einrichten von unbeheizten Windfängen oder der Ersatz von Jalousie- bzw. Rolläden (Art. 1 lit. a Ziff. 1 - 5 der genannten Verordnung). Diese Aufzählung ist nicht abschliessend und es bleibt an sich Raum für die steuerliche Berücksichtigung weiterer Massnahmen in diesem Bereich, doch sind solche weiteren Massnahmen nur nach Rücksprache mit entsprechenden Fachbehörden zu beurteilen PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, Therwil/Basel 2001, Rz. 37 zu <ref-law>, NICOLAS MERLINO, Commentaire LIFD, Bâle 2008, N. 78 ad art. 32 LIFD). Als steuerbetragsmindernde Tatsache ist die Abzugsfähigkeit der Energiesparmassnahme vom Steuerpflichtigen mit den nötigen Unterlagen zu belegen (vgl. BERNHARD ZWAHLEN, in: MARTIN ZWEIFEL/PETER ATHANAS [HRSG], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2. Auflage 2008, Rz. 27 zu <ref-law>). Massnahmen, die nur sekundär auch gewisse energiesparende Effekte haben, aber in erster Linie dem Wohnkomfort dienen oder den Wohnraum erweitern, sprengen den von der genannten Verordnung gezogenen Rahmen (vgl. Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 10. Oktober 2007, E. 3.1).
2.2 Ob eine Massnahme energiesparende Wirkung hat, ist eine Frage des Sachverhalts. Rechtsfrage ist, ob die Kosten hierfür im Sinne von <ref-law> von den steuerbaren Einkünften abgezogen werden können. Dies prüft das Bundesgericht im Recht der direkten Bundessteuer frei.
2.3 Der Beschwerdeführer macht geltend, ein konkreter Nachweis, dass die von den Beschwerdegegnern erstellte Sitzplatzverglasung eine energiesparende Wirkung habe, liege nicht vor. Das Steuergericht stütze sein Urteil im Wesentlichen auf einen Bericht der Fachhochschule Nordwestschweiz, welche - nach Auffassung des Steuergerichts - das zu beurteilende System in energetischer Sicht geprüft habe. Diese Feststellungen indessen seien in mehrfacher Hinsicht offensichtlich unrichtig: Einerseits handle es sich bei diesem Bericht nicht um eine wissenschaftliche Untersuchung, sondern um eine Verkaufsdokumentation, andererseits werde ein dort angepriesener möglicher Energiegewinn ("Die beheizte Bauhülle kann vom solaren Energiegewinn profitieren") nicht einmal glaubhaft gemacht. Sodann stehe angesichts des Umstandes, dass das Wohnhaus der Beschwerdegegner bei Erstellung der Sitzplatzverglasung erst drei Jahre alt gewesen sei, nicht das Energiesparen, sondern der Raumgewinn im Vordergrund. Der steuerliche Abzug sei deshalb zu verweigern.
2.4 Diese Rügen sind begründet: Zunächst ist die Feststellung des Steuergerichts, es liege ein Bericht vor, der die Energieeffizienz der erstellten Sitzplatzverglasung ausweise, offensichtlich unrichtig (vgl. E. 1.2, am Ende). Bei diesem Bericht der Fachhochschule - für Wirtschaft - Nordwestschweiz vom 29. Juni 2006 handelt es sich, wie in der Beschwerdeschrift zutreffend ausgeführt wird, lediglich um eine Studie zu Marketingzwecken. Wie und in welchem Ausmass das hier zu beurteilende System "Cover" einen allfälligen Energiespareffekt herbeiführt, wird darin nicht belegt. Die Beschwerdegegner haben diesbezüglich auch keine anderen Beweismittel - wie etwa einen Bericht einer eidgenössischen oder kantonalen Energiefachstelle - angeboten. Der Steuerabzug hätte den Beschwerdegegnern mithin schon deshalb verweigert werden müssen, weil sie aufgrund der ihnen obliegenden Beweislast (vgl. vorne E. 2.1) die Folgen der Beweislosigkeit zu tragen haben. Hinzu kommt, dass die vorliegend erstellte Sitzplatzverglasung, wie aus den bei den Akten liegenden Bauplänen der neuwertigen Liegenschaft ersichtlich ist, bloss einen kleinen Teil der Fensterflächen und der Fassade abdeckt. Bei der gebotenen objektiv-technischen Betrachtungsweise erscheint damit offensichtlich, dass die streitige Sitzplatzverglasung im Sinne eines Wintergartens in erster Linie zur Wohnraumerweiterung - und nicht als Energiesparmassnahme - erstellt worden ist. Dies schliesst nach dem Gesagten eine Gleichstellung mit den steuerlich abzugsfähigen Unterhaltskosten aus. Daran ändert nichts, dass die Verglasung des Sitzplatzes - allerdings nur bei entsprechender Nutzung - sekundär auch einen gewissen Energiespareffekt mit sich bringen mag (vgl. E. 2.1, am Ende).
III. Kantonale Steuern
3. Die massgeblichen Bestimmungen im Steuerharmonisierungsgesetz (vgl. Art. 9 StHG) und im kantonalen Steuerrecht (vgl. insb. § 39 Abs. 3 u. § 41 Abs. 4 lit. e des Solothurner Gesetzes vom 1. Dezember 1985 über die Staats- und Gemeindesteuern, vgl. auch § 6 der regierungsrätlichen Verordnung vom 28. Januar 1986 zu den Unterhalts-, Betriebs- und Verwaltungskosten von Liegenschaften im Privatvermögen [Steuerverordnung Nr. 16]) stimmen mit der Regelung im Recht der direkten Bundessteuer überein. Die streitigen Aufwendungen für die Sitzplatzverglasung können somit auch bei den Staats- und Gemeindesteuern nicht vom steuerbaren Einkommen abgezogen werden.
IV. Kosten und Entschädigung
4. Sowohl hinsichtlich der Staatssteuer wie auch der direkten Bundessteuer ist die Beschwerde nach dem Gesagten gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und der Einspracheentscheid im Ergebnis zu bestätigen (<ref-law>, aufgrund dessen Art. 73 Abs. 3 StHG obsolet ist, vgl. <ref-ruling> E. 1.5.3).
Die Gerichtskosten sind den Beschwerdegegnern - unter solidarischer Haftung - aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 bzw. Abs. 5 BGG). Dass sie im bundesgerichtlichen Verfahren auf eine Vernehmlassung verzichtet und keinen Antrag zur Beschwerde des Steueramtes gestellt haben, ändert nichts (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 158). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (<ref-law>). Über die Kosten des vorinstanzlichen Verfahrens wird das Steuergericht in einem Zusatzentscheid zu diesem Entscheid zu befinden haben (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, das angefochtene Urteil des Steuergerichts des Kantons Solothurn vom 16. Juni 2008 aufgehoben und der Einsprache-Entscheid der Veranlagungsbehörde R._ vom 20. November 2007 sowie die diesem zugrunde liegenden Veranlagungsverfügungen vom 1. Oktober 2007 hinsichtlich der Staats- und Bundessteuer 2006 bestätigt.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdegegnern auferlegt, unter solidarischer Haftung.
3. Über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens hat das Kantonale Steuergericht Solothurn neu zu entscheiden.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonalen Steuergericht Solothurn und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Klopfenstein