Sachverhalt:
A. Der 1972 geborene K._ war von 1995 bis 2002 als Maschinenschlosser und ab 1. Januar 2003 als Chauffeur tätig. Am 22. November 2005 erlitt er einen Verkehrsunfall und am 13. Dezember 2006 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Bezug von Leistungen an. Durch die Medizinische Abklärungsstelle (MEDAS) wurde am 7. Juni 2007 im Auftrag des Unfallversicherers ein polydisziplinäres Gutachten erstellt. Auf Veranlassung der IV-Stelle des Kantons Thurgau unterzog sich der Versicherte einer polydisziplinären Untersuchung im medizinischen Begutachtungsinstitut X._. Im Gutachten vom 29. Mai 2008 wurden eine rezidivierende depressive Störung mit einer gegenwärtig leichten Episode, ein chronisches zervikozephales und zervikobrachiales Schmerzsyndrom rechts sowie ein chronisches lumbales Schmerzsyndrom mit pseudoradikulären Schmerzausstrahlungen in das rechte Bein diagnostiziert. Mit Verfügung vom 6. März 2009 sprach die IV-Stelle eine bis 31. März 2008 befristete halbe Invalidenrente mit Wirkung ab 1. November 2006 zu und verneinte einen weiteren Leistungsanspruch ab 1. April 2008 aufgrund eines Invaliditätsgrades von 20 %.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, soweit es darauf eintrat, mit Entscheid vom 23. September 2009 ab.
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache an die IV-Stelle zur weiteren Abklärung und anschliessenden Neuverfügung zurückzuweisen. Eventualiter seien ihm die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen.
Während IV-Stelle und Vorinstanz auf Abweisung der Beschwerde schliessen, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde an das Bundesgericht (<ref-law>) nur zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (unter anderem) Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>). Hiezu gehört insbesondere auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen und die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (Urteile 9C_534/2007 vom 27. Mai 2008, E. 1 mit Hinweis auf ULRICH MEYER, N. 58-61 zu Art. 105, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008; SEILER/VON WERDT/ GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, N. 24 zu Art. 97).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Voraussetzungen und den Umfang des Rentenanspruchs (<ref-law>) sowie die Invaliditätsbemessung nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Ebenfalls richtig sind die Ausführungen zu den bei einer rückwirkenden Zusprechung einer befristeten Invalidenrente geltenden Grundsätzen (analoge Anwendung von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) sowie zum Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten und zur Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.; <ref-ruling> E. 1c S. 160 ff., je mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.1 S. 400). Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist der Rentenanspruch des Versicherten ab 1. April 2008. Dabei steht insbesondere in Frage, ob Vorinstanz und Verwaltung bei der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit zu Recht auf das Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ vom 29. Mai 2008 abgestellt haben.
3.1 Das kantonale Gericht hat festgestellt, dass im April 2008 beim Versicherten sowohl aus somatischer wie auch aus psychiatrischer Sicht eine Verbesserung des Gesundheitszustandes und der Arbeitsfähigkeit von 50 % auf 80 % eingetreten war. Die Vorinstanz erwog, dem Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ komme volle Beweiskraft zu. Sie begründete dies insbesondere damit, dass die rechtsprechungsgemässen Kriterien an ein beweiskräftiges Gutachten erfüllt seien und die untersuchenden Gutachter zu den Diskrepanzen in früheren medizinischen Beurteilungen nachvollziehbar Stellung genommen hätten. Die Vorbringen des Beschwerdeführers, die lumbale Schmerzproblematik sei nicht ausreichend berücksichtigt und beurteilt worden, erachtete das Gericht als nicht massgeblich, weil der Gutachter Dr. med. S._ des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ aus neurologischer Sicht keine objektivierbaren Befunde zu erheben vermochte, welche die geklagten Beeinträchtigungen erklären würden. Auch weitere Abklärungen in rheumatologischer Hinsicht seien entbehrlich, da bereits im Rahmen der MEDAS-Begutachtung eine Beurteilung erfolgt war, aus welcher hervorgehe, dass beim Beschwerdeführer viele Zeichen für nicht organisches Krankheitsverhalten vorlägen, sodass auch keine Notwendigkeit bestanden habe, MRI-Aufnahmen der lumbalen Wirbelsäule durchführen zu lassen. Bezüglich der lumbosacralen Diskushernie sei im Austrittsbericht des Spitals Y._ vom 25. Januar 2005 festgestellt worden, dass damals unter konservativer Therapie eine Beschwerdefreiheit aufgetreten war und der Versicherte seine Arbeit wieder aufnehmen konnte. An dieser Beurteilung vermöge auch der nachträglich eingereichte Bericht des Spitals Y._ vom 15. Juni 2009 nichts zu ändern, weil aufgrund der MRT-Untersuchung vom 11. Juni 2009 die Nervenwurzel-Kompressionen im Bereich L5 und S1 lediglich als möglich bezeichnet wurden. Zudem sei diese neue Untersuchung über drei Monate nach dem Erlass der angefochtenen Verfügung vom 6. März 2009 erfolgt. Nicht zu beanstanden sei, dass im Rahmen der Begutachtung des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ keine neuropsychologische Teilbegutachtung stattgefunden hat, und schliesslich sei der Beschwerdeführer auch in psychiatrischer Hinsicht umfassend abgeklärt worden.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes und macht geltend, weder ein Rheumatologe noch ein Orthopäde habe eine Begutachtung vorgenommen. Im Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ sei einzig die Schleudertrauma-Problematik untersucht worden, obwohl der Beschwerdeführer vor dem Unfall aufgrund einer Diskushernie L5/S1 wiederholt arbeitsunfähig gewesen sei. Probleme bereite auch die in der MRT vom 11. Juni 2009 objektivierte mediane bis medio-lateral beidseitige Diskushernie L4/5, wobei zudem eine beidseitige Reizung der Nervenwurzel S1 möglich sei. Trotz angenommener Nervenwurzelkompressionen sei der radiologische Bericht des Spitals Y._ vom 15. Juni 2009 bisher keinem Arzt oder medizinischen Gutachter zur erneuten Arbeitsfähigkeitsschätzung vorgelegt worden. Auch wenn am 25. Januar 2005 eine Beschwerdefreiheit festgestellt worden war, sei im Bericht der Klinik des Spitals Y._ vom 8. Mai 2008 aber bereits wieder eine Wurzelirritation S1 aktenkundig. Schliesslich habe die Vorinstanz mit der Bestätigung des durch die Verwaltung festgesetzten Zeitpunktes der Rentenaufhebung eine Rechtsverletzung begangen, weil bei wesentlicher Verbesserung des Gesundheitszustandes seit April 2008 die Einstellung der Leistung erst ab 1. Juli 2008 zulässig sei.
3.3 Die vorinstanzlichen Feststellungen zur Arbeitsfähigkeit betreffen grundsätzlich eine Tatfrage, welche bloss unter dem eingeschränkten Blickwinkel von <ref-law> zu prüfen ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen beschlägt die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln eine Rechtsfrage (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil 8C_74/2008 vom 22. August 2008, E. 2.3).
3.4 Die Vorinstanz ist aufgrund der vorhandenen medizinischen Unterlagen zu Recht zum Schluss gelangt, dass die untersuchenden Gutachter des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ zu den verschiedenen Beurteilungen nachvollziehbar Stellung genommen hatten. Die chronische lumbale Schmerzproblematik sowie die stationäre Behandlung des Versicherten im Spital Y._ im Jahre 2005 wurden im Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._ zutreffend berücksichtigt. Richtig wurde aber auch festgehalten, dass im MEDAS-Gutachten vom 7. Juni 2007 die allgemeine Somatisierungstendenz des Versicherten und seine mangelnde Willensanstrengung mehrfach attestiert wurden. Dabei fällt auf, dass der Beschwerdeführer in seinen subjektiven Angaben und in den persönlichen Anamnesen die lumbalen Beschwerden nicht einmal selbst erwähnt hatte und dass auch im Arztbericht der Psychiatrischen Klinik des Spitals Y._ vom 8. Mai 2008 unter den "angegebenen Beschwerden zum Eintrittszeitpunkt am 26.11.07" von lumbalen Rückenbeschwerden überhaupt keine Rede ist. Der Beschwerdeführer stützt sich hauptsächlich auf den vorinstanzlich ins Recht gelegten Radiologiebericht des Spitals Y._ vom 15. Juni 2009 und macht geltend, das kantonale Gericht habe ihn nicht gewürdigt. Dies trifft nicht zu, hat sich die Vorinstanz in ihrem Entscheid doch auch mit diesem Bericht auseinandergesetzt (E. 3.3.3 S. 12 f.). Sie hat allerdings zutreffend festgestellt, dass der beurteilende Facharzt nur von einer möglichen Kompression der Nervenwurzel L5 beidseits gesprochen und eine solche bei der Nervenwurzel S1 ausdrücklich ausgeschlossen hat. Auch dieses Vorbringen stösst daher ins Leere, wobei der Verweis des Beschwerdeführers auf ähnliche Entscheide unbehelflich ist, weil der Sachverhalt in den angesprochenen Fällen mit dem vorliegenden nicht vergleichbar ist.
Indem die Vorinstanz unter diesen Umständen abschliessend auf das Gutachten des medizinischen Begutachtungsinstituts X._, das sich überdies in die gesamte medizinische Aktenlage schlüssig einfügt, abgestellt hat, hat sie weder den Sachverhalt unvollständig festgestellt noch den Untersuchungsgrundsatz verletzt (<ref-law>, Art. 43 Abs. 1 und <ref-law>; <ref-ruling> E. 5.2.5 S. 68 f.).
3.5 Was den Zeitpunkt der Rentenaufhebung anbelangt, ging das kantonale Gericht davon aus, der Gesundheitszustand habe sich ab April 2008 wesentlich verbessert (vorinstanzlicher Entscheid, E. 4, S. 17 unten f.). Daher fällt eine Befristung auf 31. März 2008 ausser Betracht. Vielmehr ist in Anwendung von <ref-law> zweiter Satz, wonach die anspruchsbeeinflussende Änderung spätestens von dem Zeitpunkt an zu berücksichtigen ist, in dem sie ohne wesentliche Unterbrechung drei Monate angedauert hat und voraussichtlich weiterhin andauern wird, die halbe Invalidenrente mit Wirkung ab 1. Juli 2008 aufzuheben.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten den Parteien anteilsmässig aufzuerlegen (<ref-law>). Die IV-Stelle hat dem Beschwerdeführer eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 23. September 2009 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 6. März 2009 werden dahingehend abgeändert, dass der Beschwerdeführer Anspruch auf eine halbe Invalidenrente bis 30. Juni 2008 hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer Fr. 400.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 100.- auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 600.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Gerichtskosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, der Ostschweizerische Ausgleichskasse für Handel und Industrie und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Februar 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Scartazzini