Faits:
A. A._ a été nommé aux fonctions de professeur ordinaire au département de prévention et pathologie buccale de la Faculté de médecine de l'Université de Genève le 30 janvier 1995.
Depuis cette date, il a été régulièrement renouvelé dans ses fonctions, et ceci, dernièrement, le 27 juillet 2005, pour la période universitaire 2005-2006 à 2009-2010.
B. Le 6 février 2007, le Recteur de l'Université de Genève (ci-après: le Recteur) a prononcé un avertissement à l'endroit de A._. Il s'est fondé sur un courrier du 26 octobre 2006 adressé par ce dernier à B._, lequel était chargé de mener une enquête générale sur l'Université. Il a relevé que A._ avait affirmé que C._ avait remis une "liasse de factures" concernant la section de médecine dentaire à B._ et qu'"il serait facile d'apporter d'autres éléments pour confirmer sa responsabilité dans les dysfonctionnements de l'école de médecine dentaire". A ce comportement qualifié d'inadmissible car ne reposant sur aucune preuve et dénué de tout fondement, le Recteur a précisé que s'ajoutait l'attitude tout aussi inadéquate de A._ à l'égard du service juridique du rectorat dans le cadre de la gestion d'un litige, pendant devant le Tribunal de première instance, opposant l'Université à une patiente. Il a relevé qu'en n'acceptant de collaborer avec ledit service qu'après y avoir été contraint par les autorités universitaires, A._ avait violé les devoirs de service qu'impliquait l'exercice de sa fonction. Il a souligné que les explications fournies lors de la réunion du 31 janvier 2007 ne sauraient justifier ces manquements.
La dénonciation au Ministère public s'est soldée par une ordonnance de classement le 21 février 2006.
Le 19 février 2007, A._ a recouru contre la décision du Recteur auprès du Conseiller d'Etat en charge du Département de l'instruction publique de la République et canton de Genève (ci-après: le Conseiller d'Etat).
Par décision du 10 janvier 2008, le Conseiller d'Etat a rejeté le recours au motif que les tergiversations de A._ dans la remise de son rapport au service juridique justifiaient la mesure disciplinaire prononcée. Il a en outre mentionné que, vu le prononcé de l'ordonnance de classement, il n'était plus question du courrier du 26 octobre 2006 sur lequel le Recteur s'était également fondé pour rendre sa décision.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, voire par celle du recours constitutionnel subsidiaire, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler la décision du Conseiller d'Etat du 10 janvier 2008. Il se plaint d'une violation de la garantie d'accès au juge, de la liberté personnelle et du droit au respect de la vie privée. Il invoque encore l'arbitraire et un défaut de motivation.
Le Conseiller d'Etat conclut à l'irrecevabilité du recours en matière de droit public et au rejet du recours constitutionnel subsidiaire dans la mesure de sa recevabilité. A._ persiste dans ses conclusions.

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, le recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral n'est ouvert que si un recours ordinaire est exclu.
1.1 En vertu de l'<ref-law>, le recours en matière de droit public est recevable contre les décisions rendues en matière de droit public. Le droit disciplinaire se rattache au droit administratif, car la mesure disciplinaire n'a pas en premier lieu pour but d'infliger une peine: elle tend au maintien de l'ordre, à l'exercice correct de l'activité en question et à la préservation de la confiance du public à l'égard des personnes qui l'exercent (<ref-ruling> consid. 2b p. 232, 316 consid. 5b p. 321).
1.2 Toutefois, selon la liste des exceptions figurant à l'<ref-law>, le recours n'est pas possible en matière de rapports de travail de droit public qui concernent une contestation non pécuniaire (let. g). La décision attaquée, soit un simple avertissement, n'a pas d'incidence directe sur le traitement du recourant. L'exception prévue à l'art. 83 let. g LTF s'applique donc et le recours constitutionnel subsidiaire est par conséquent ouvert.
1.3 Contrairement à ce qu'affirme le recourant, il n'a pas déposé deux recours dans un seul mémoire comme le lui permet l'<ref-law>. Il n'a au contraire formé qu'un seul recours, intitulé à la fois recours en matière de droit public et recours constitutionnel subsidiaire. Il résulte du considérant qui précède qu'en tant que recours en matière de droit public, le recours est irrecevable. A lui seul, l'intitulé erroné d'un recours ne nuit cependant pas à son auteur, pour autant que les conditions d'une conversion en la voie de droit adéquate soient réunies (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 296; <ref-ruling> consid. 1b p. 509 et les arrêts cités). C'est le cas en l'espèce, de sorte qu'il convient de traiter le présent recours comme un recours constitutionnel subsidiaire.
1.4 En tant que partie à la procédure cantonale, disposant de surcroît d'un intérêt juridique à l'annulation de la sanction disciplinaire prise à son encontre, le recourant a qualité pour agir au sens de l'<ref-law>. Le recours est en outre formé dans le délai mentionné à l'<ref-law> et dirigé contre une décision rendue en dernière instance cantonale (<ref-law>). Il y a donc lieu d'entrer en matière.
2. En vertu de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, les mémoires de recours destinés au Tribunal fédéral doivent être motivés et exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Le seul grief recevable, dans le cadre des <ref-law>, est la violation de droits constitutionnels (<ref-law>). L'<ref-law>, par renvoi de l'<ref-law>, prévoit alors pour la motivation du recours des exigences qualifiées, qui correspondent à celles prescrites par l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (<ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254). Le Tribunal fédéral, qui n'est pas une juridiction d'appel, n'examine pas d'office si la décision attaquée est conforme aux règles de droit applicables; il incombe donc au recourant d'expliquer de manière claire et précise en quoi cette décision pourrait être contraire aux droits fondamentaux invoqués.
3. Le recourant soutient qu'en n'ayant pas la possibilité de recourir auprès du Tribunal administratif, il se verrait privé de l'accès au juge garanti par l'art. 29a Cst.
3.1 L'art. 33 de la loi genevoise sur l'Université renvoie aux art. 128 à 132 de la loi genevoise sur l'instruction publique (LIP) s'agissant du droit de recours des membres du corps enseignant contre les décisions individuelles les concernant. Selon l'ancienne teneur de la LIP, le supérieur hiérarchique pouvait prononcer un avertissement à l'encontre des membres du personnel enseignant qui enfreignaient leurs devoirs de service ou de fonction (art. 130 LIP). Le membre du personnel qui avait fait l'objet d'un avertissement pouvait porter l'affaire devant le Conseiller d'Etat en charge du département de l'instruction publique.
La nouvelle LIP, entrée en vigueur le 31 mai 2007, a supprimé l'avertissement du catalogue des sanctions disciplinaires. Ce dernier constitue désormais une simple mesure de gestion du personnel. Le blâme devient dès lors la sanction la plus légère. Contrairement à l'ancien droit, le recours au Tribunal administratif est ouvert aux fonctionnaires blâmés, le Conseiller d'Etat restant l'instance de recours interne (art. 131 al. 5 LIP; cf. Exposé des motifs du projet de loi modifiant la loi générale relative au personnel de l'administration cantonale et des établissements publics médicaux (LPAC) (B 5 05), PL 9904, p. 32; Rapport de la Commission ad hoc sur le personnel de l'Etat chargée d'étudier le projet de loi du Conseil d'Etat modifiant la loi générale relative au personnel de l'administration cantonale et des établissements publics médicaux (LPAC) (B 5 05), PL 9904-A, p. 3).
3.2 Aux termes de l'art. 29a Cst., en vigueur depuis le 1er janvier 2007, toute personne a droit à ce que sa cause soit portée devant un tribunal établi par la loi, compétent, indépendant et impartial (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 284). Cette disposition prévoit donc désormais une garantie de l'accès au juge de caractère général. Au contraire de l'art. 6 par. 1 CEDH, elle ne contient aucune restriction quant à la nature du litige (Anne Benoît, Garantie de l'accès au juge: l'art. 29a Cst. et ses répercussions sur la révision de l'organisation judiciaire fédérale in Samantha Besson/Michel Hottelier/Franz Werro (éd.), Les Droits de l'Homme au Centre, Genève Zurich Bâle 2006, p. 159 ss, 171).
L'art. 29a Cst. est concrétisé par l'<ref-law>, selon lequel les cantons doivent instituer des tribunaux supérieurs qui statuent comme autorités précédant immédiatement le Tribunal fédéral, sauf dans les cas où une autre loi fédérale prévoit qu'une décision d'une autre autorité judiciaire peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral. Cela vaut également, en application de l'<ref-law>, dans les cas où, comme en l'espèce, seul le recours constitutionnel subsidiaire est ouvert (arrêt 2C_64/2007 du 29 mars 2007 consid. 3.1 publié in Pra 2007 n. 134 p. 920)
3.3 L'<ref-law> précise que les cantons doivent édicter, dans les deux ans à compter de l'entrée en vigueur de la LTF, les dispositions d'exécution relatives à la compétence, à l'organisation et à la procédure des autorités précédentes au sens de l'art. 86 al. 2, y compris celles qui sont nécessaires pour garantir l'accès au juge prévu à l'art. 29a Cst.
Les législations cantonales qui, jusqu'à l'échéance du délai fixé par l'<ref-law>, excluent un contrôle judiciaire, doivent être considérées comme des exceptions au sens de l'art. 29a 2ème phrase Cst. Avant l'expiration du délai, le grief lié à l'absence d'accès au juge n'est donc pas fondé (arrêt 2C_64/2007 précité consid. 3.2; Denise Brühl-Moser in Marcel Alexander Niggli/Peter Uebersax/Hans Wiprächtiger (éd.), Bundesgerichtsgesetz, Basler Kommentar, Bâle 2008, n. 5 ad <ref-law>).
4. Au surplus, dans le cadre du grief lié à l'art. 29a Cst., le recourant mentionne l'art. 6 CEDH. Pour autant qu'il ait voulu en faire un grief séparé de l'art. 29a Cst., son argumentation est irrecevable car elle ne répond à l'évidence pas aux exigences de motivation posées par l'<ref-law>.
5. Le recourant se plaint également d'un défaut de motivation de la décision attaquée. Il estime que le Conseiller d'Etat aurait dû démontrer en quoi chacun des deux motifs initialement retenus par le Recteur était suffisant en soi pour justifier la sanction. En outre, les nombreux points qu'il avait évoqués lors de son audition auraient dû être débattus.
5.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., confère à toute personne le droit d'exiger, en principe, qu'un jugement ou une décision défavorable à sa cause soit motivé. Cette garantie tend à donner à la personne touchée les moyens d'apprécier la portée du prononcé et de le contester efficacement, s'il y a lieu, devant une instance supérieure. Elle tend aussi à éviter que l'autorité ne se laisse guider par des considérations subjectives ou dépourvues de pertinence; elle contribue, par là, à prévenir une décision arbitraire. L'objet et la précision des indications à fournir dépend de la nature de l'affaire et des circonstances particulières du cas; néanmoins, en règle générale, il suffit que l'autorité mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidée (<ref-ruling> consid. 2b p. 109; voir aussi <ref-ruling> consid. 2b p. 102; <ref-ruling> consid. 2c p. 372; <ref-ruling> consid. 2a p. 149). L'autorité n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties; elle n'est pas davantage astreinte à statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 2a/aa p. 17; <ref-ruling> consid. 1a p. 181 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral examine librement si les exigences posées par l'art. 29 al. 2 Cst. ont été respectées (<ref-ruling> consid. 3a p. 51; <ref-ruling> consid. 3 p. 158 et les arrêts cités).
5.2 Contrairement à ce que prétend le recourant, il découle clairement de la décision attaquée que le Conseiller d'Etat a jugé que les tergiversations dans la remise du rapport étaient suffisantes pour le prononcé d'un avertissement, qui est la mesure disciplinaire la plus légère. Il n'était donc pas tenu d'apporter davantage d'explications sur ce point.
Par ailleurs, la partie "en fait" du prononcé entrepris se réfère expressément à l'audition du recourant du 24 avril 2007 et spécifie que ce dernier a, à cette occasion, rejeté le grief "d'absence totale de collaboration" et précisé que "dans la mesure où Mme D._ disposait déjà d'un rapport du 9 décembre 2003 (pièce n° 15), complété par de nombreux entretiens téléphoniques, ma réponse du 11 juin 2006 (pièce n° 24) me paraissait adaptée aux circonstances". Le recourant n'indique pas quels sont les autres éléments qu'il aurait évoqués et qui auraient dû être discutés. Au demeurant, il apparaît au contraire que le passage relaté est le seul qui soit relevant. Dans ces circonstances, le grief doit être rejeté.
6. Invoquant l'art. 10 al. 2 Cst., le recourant se plaint enfin d'une violation de la liberté personnelle et du droit au respect de sa vie privée. Il soutient que le second motif serait insuffisant à lui seul pour justifier une sanction disciplinaire, de sorte que son droit à l'honneur serait atteint, l'avertissement constituant une marque de réprobation publique. Selon lui, la décision litigieuse serait également arbitraire pour ce motif. Elle le serait d'ailleurs aussi car il n'aurait nullement violé son devoir de collaboration. Il ressortirait des faits de la cause et des décisions du Conseiller d'Etat et du Recteur qu'il aurait au contraire accepté de collaborer et qu'il s'y serait effectivement employé. Il insiste avoir fourni toutes les explications dont le service juridique avait besoin même avant d'avoir été interpellé par le Recteur. Enfin, il reproche à D._ d'avoir tardé à requérir ses observations.
6.1 L'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue en dernière instance cantonale que si elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou si elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de la décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 17; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 219, 57 consid. 2 p. 61; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 178).
6.2 L'art. 10 al. 2 Cst. n'a en l'espèce pas de portée propre par rapport au grief d'arbitraire, de sorte que les critiques soulevées par le recourant ne seront examinées que sous cet angle.
Le recourant ne conteste pas son devoir de collaborer avec le service juridique. Il estime cependant s'y être parfaitement conformé, de sorte que la sanction prononcée à son encontre serait illégale. Le recourant ne saurait être suivi lorsqu'il prétend que les décisions litigieuses établiraient sa bonne collaboration avec le service juridique. Ce faisant, il feint d'ignorer qu'il lui est non pas fait le reproche de ne pas avoir fourni les éclaircissements nécessaires au service juridique, mais d'avoir tergiversé à le faire et de n'y s'être soumis qu'après avoir dû y être contraint par le Recteur. En outre, dans son courrier du 8 janvier 2006, le Recteur reprochait précisément au recourant sa persistance à nier le besoin du service juridique d'obtenir des explications détaillées de sa part. Force est de constater que le recourant s'obstine dans cette voie devant la Cour de céans. A cet égard, peu importe que D._ ait tardé ou non à requérir ses observations puisque ce n'est pas le comportement de cette collaboratrice qui est en cause.
Pour le surplus, le recourant n'explique pas en quoi il serait arbitraire de prononcer un avertissement pour le motif d'une collaboration réticente et laborieuse. Se borner à soutenir que la sanction est disproportionnée ne saurait être suffisant au vu des exigences élevées posées par l'<ref-law>. Il s'ensuit que les griefs doivent être rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
7. Le recourant mentionne incidemment que le Conseiller d'Etat a déposé une dénonciation pénale pour détournement de fonds contre lui, ce qui l'aurait privé d'impartialité. Le grief, tel qu'il est exposé, ne répond à l'évidence pas aux exigences de motivation du recours constitutionnel subsidiaire et doit dès lors être déclaré irrecevable.
8. Il s'ensuit que le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours, traité comme recours constitutionnel subsidiaire, est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Recteur de l'Université de Genève ainsi qu'au Département de l'instruction publique de la République et canton de Genève.
Lausanne, le 10 juillet 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Aemisegger Truttmann