Sachverhalt:
A. Das Bundesstrafgericht erklärte X._ mit Entscheid vom 11. Juli 2008 der Gehilfenschaft zu qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 21 Monaten, mit bedingtem Strafvollzug bei einer Probezeit von 2 Jahren, sowie zu einer unbedingten Geldstrafe von 90 Tagessätzen à CHF 1'000.--. Von der Anklage der Geldwäscherei sprach es ihn frei. Ferner hiess es die Zivilforderung der Aeroflot Russian Airlines (Aeroflot) im Grundsatz gut und verpflichtete X._ zur Leistung von Schadenersatz an die Geschädigte. Zur Bemessung ihres Anspruchs verwies es diese auf den Zivilweg.
Mit Ergänzung vom 27. Oktober 2008 entschied das Bundesstrafgericht über die Einziehung der auf den beschlagnahmten Konten blockierten Vermögenswerte bzw. die Erhebung von Ersatzforderungen gegenüber X._ sowie verschiedenen Privatpersonen und Handelsgesellschaften.
B. Die Bundesanwaltschaft führt Beschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag auf Aufhebung des angefochtenen Urteils in Bezug auf den Freispruch von der Anklage der Geldwäscherei sowie im Strafpunkt. Sie beantragt ferner, X._ sei zusätzlich der qualifizierten Geldwäscherei im Sinne von <ref-law> schuldig zu sprechen und insgesamt zu einer Freiheitsstrafe von 4 Jahren sowie zu einer Busse von CHF 500'000.-- zu verurteilen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. X._ beantragt in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesstrafgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 BGG ist die Staatsanwaltschaft zur Beschwerde in Strafsachen berechtigt. Nach der neuen Ordnung für Verfahren vor Bundesgericht kann die Staatsanwaltschaft grundsätzlich jede Rechtsverletzung im Sinne der Art. 95 und 96 BGG geltend machen, die bei der Anwendung von materiellem Strafrecht oder Strafprozessrecht erfolgt. Sie ist mithin auch zur Rüge der Verletzung von Bundesverfassungsrecht befugt und kann gestützt auf den objektiv-rechtlichen Gehalt von <ref-law> oder anderen Grundrechtsnormen nunmehr vorbringen, die Vorinstanz habe deren Tragweite zu Gunsten oder zu Ungunsten der privaten Prozesspartei verkannt (<ref-ruling> E. 1.4).
1.2 Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.2.2), ist oder wenn sie auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts gemäss <ref-law> nur insoweit, als in der Beschwerde explizit vorgebracht und substantiiert dargelegt wird, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3 je mit Hinweisen).
1.3 Gemäss <ref-law> wird das Verfahren vor Bundesgericht in einer der Amtssprachen, in der Regel in der Sprache des angefochtenen Entscheids geführt. Im zu beurteilenden Fall ist das angefochtene Urteil in deutscher Sprache abgefasst, obwohl die Verfahrensakten in französischer Sprache geführt worden sind. Als Sprache im bundesgerichtlichen Verfahren wird daher Deutsch bestimmt und der bundesgerichtliche Entscheid in deutscher Sprache verfasst. Dass die Beschwerdeführerin ihre Beschwerdeschrift in französischer Sprache begründet hat, schadet nicht. Nach <ref-law> sind Rechtsschriften in einer Amtssprache abzufassen. In der Wahl der Amtssprache sind die Parteien indes frei (LAURENT MERZ, Bundesgerichtsgesetz, Basler Kommentar, Art. 42 N 3; PETER UEBERSAX, Bundesgerichtsgesetz, Basler Kommentar, Art. 54 N 14).
2. Dem angefochtenen Entscheid liegt im Wesentlichen folgender Sachverhalt zugrunde:
2.1 Der Beschwerdegegner trat zu Beginn der 90er Jahre in geschäftliche Beziehung zu A._ und dessen Geschäftspartner B._, in deren Verlauf anfangs 1994 die I._ SA in Lausanne gegründet wurde. Der Beschwerdegegner war zu diesem Zeitpunkt unter anderem als Anwalt und Vertreter von A._ bei dessen Geschäften in der Schweiz tätig.
Im Winter 1995/96 übernahm A._ die Stelle des stellvertretenden Generaldirektors der Aeroflot (im Folgenden Geschädigte), als welcher er insbesondere mit der Devisenverwaltung des Unternehmens betraut war. In der Folge richtete A._ - gemäss Urteil des Regionalgerichts Savelovskii der Stadt Moskau vom 3. Juli 2006 ohne über die erforderliche Autorisierung durch die russische Zentralbank zu verfügen (vgl. Untersuchungsakten, Ordner 48 act. 011605-349/465 f.) - bei der I._ SA ein Treasury Centre ein, bei welchem die ausserhalb Russlands bei den weltweit verstreuten Niederlassungen der Fluggesellschaft dezentral vorhandenen Guthaben an harten Währungen zusammengeführt wurden und der Zahlungsverkehr für in Devisen fakturierte Forderungen abgewickelt werden sollte.
Parallel zum Geschäftszweig Devisenverwaltung und Zahlungsabwicklung wurde in der ersten Hälfte 1996 ein zusätzlicher Geschäftsbereich aufgebaut, welcher den von der I._ SA erledigten Zahlungsverkehr im Verhältnis zu den Lieferanten der Geschädigten mit der Zentrale in Moskau in rechtlicher und buchhalterischer Hinsicht verknüpfte. Nach Auffassung der Beteiligten wurde mit dem Geschäftsmodell beabsichtigt, die Deviseneinnahmen der Geschädigten bei den Zahlungen an die westeuropäischen Lieferanten zusätzlich für Währungsabsicherungsgeschäfte bzw. für die Spekulation auf den Zerfall der russischen Währung einzusetzen. Zu diesem Zweck wurden die mit der I._ SA verbundenen Gesellschaften entsprechend ausgerichtet. Die I._-Gruppe setzte sich danach zusammen aus der I._ Holding SA, Luxemburg, der I._ Finance Ltd., der K._ Holdings Ltd., Dublin und der russischen Gesellschaft L._ Finance Corporation, Moskau, sowie der I._ SA. Hauptaktionäre der I._ Holding SA waren A._ und B._. A._ und der Beschwerdegegner waren Mitglieder des Verwaltungsrats der I._ SA, der I._ Holding SA und der I._ Finance Ltd..
Die Zahlungen der I._-Gruppe an die Lieferanten der Geschädigten, namentlich für den Bezug von Treibstoff, liefen in der Zeit von Juni 1996 bis Mai 1997 über diese Gesellschaften. Dabei übergab die Geschädigte die von ihr periodisch erstellten Zahlungslisten an die L._ Finance Corporation, welche sich jener gegenüber verpflichtete, die Rechnungen in harter Währung zu begleichen. Die Hartwährungsverpflichtungen der Geschädigten wurden zu diesem Zweck zum Tageskurs in Rubel umgerechnet. Die Geschädigte verpflichtete sich ihrerseits gegenüber der L._ Finance Corporation zur Rückzahlung des in der jeweiligen Zahlungsliste aufgeführten Gesamtbetrags in Rubeln zu einem späteren Zeitpunkt. Die L._ Finance Corporation gewährte der Geschädigten mithin im Umfang dieses Betrages Kredit. Die Verpflichtungen der Geschädigten wurden durch Wechsel (promissory notes) abgesichert. Die L._ Finance Corporation, welche selbst nicht über die nötigen Mittel verfügte, um die Gläubiger zu befriedigen, reichte die Listen in der Folge an die K._ Holding Ltd. bzw. später an die I._ Finance Ltd. weiter, der gegenüber sie sich in analoger Weise in harter Währung verpflichtete. Die K._ Holdings Ltd. wandte sich schliesslich an die I._ SA, welche die Forderung aus den für die Geschädigte verwalteten Geldern beglich. Gleichzeitig gewährte die Geschädigte der I._-Gruppe aus ihren bei der I._ SA verwalteten Devisen ein entsprechendes Darlehen in USD. Das Darlehen der Gesellschaften der I._-Gruppe an die Geschädigte stammte mithin im Grunde aus ihrem eigenem Vermögen.
Die Darlehen wurden nach einer Laufzeit von ca. 6 Monaten abgerechnet. Die Geschädigte bezahlte in der ersten Periode einen für russische Verhältnisse zu jener Zeit marktkonformen Darlehenszins von 65 % p.a (Mechanismus I) bzw. in der zweiten Periode eine Konventionalstrafe von 15 % auf den Darlehensbetrag (Mechanismus II). Diesen Kosten stand auf der anderen Seite der während der Laufzeit der Darlehen eingetretene Wertverlust des Rubels gegenüber. Aus der Zahlungsabwicklung nach diesem Modell resultierten für die Geschädigte insgesamt Kosten in der Höhe von rund CHF 53,4 Mio..
Der Beschwerdegegner wurde aufgrund dieses Sachverhalts der Gehilfenschaft zu qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung schuldig gesprochen. A._ und weitere Beteiligte waren am 3. Juli 2006 in Russland zweitinstanzlich wegen Betruges verurteilt worden (zu den Einzelheiten vgl. Parallelverfahren 6B_86/2009 i.S. X._).
2.2 Die Anklageschrift wirft dem Beschwerdegegner zusätzlich vor, er habe sich im Zeitraum November 1996 bis Mai 1998 der qualifizierten Geldwäscherei schuldig gemacht. So sei das Unterkonto des Beschwerdegegners bei der UBS mit dem Titel "Kundengelder II", das auf Geschäfte aus seiner Anwaltstätigkeit beschränkt war, als Durchgangskonto für Überweisungen von Geldern verwendet worden, welche aus den strafbaren Handlungen stammten. Ferner habe der Beschwerdegegner als Verwaltungsrat der I._ Finance Ltd. und der I._ Holding SA sowie als Vertreter der russischen Mehrheitsaktionäre die Überweisung eines teilweise aus den Vortaten stammenden Betrages von ca. CHF 41,5 Mio. auf ein Konto der UBS Bern zugunsten der N._ Trading Ltd. veranlasst, welche zur fraglichen Zeit von A._ und B._ beherrscht gewesen sei. Von diesem Konto seien in der Folge Einzelbeträge an die O._ Trading Ltd. und verschiedene Privatpersonen weiter verschoben worden. Schliesslich habe der Beschwerdegegner von einem Konto der I._ SA bei der UBS in Lausanne einen Betrag von USD 150'000.-- zugunsten eines Kontos bei der S._ Bank PLC in London lautend auf O._ Trading Ltd. veranlasst (vgl. Anklageschrift, act. 145100 025 ff.).
3. 3.1 Die Vorinstanz stellt in Bezug auf den Freispruch von der Anklage der qualifizierten Geldwäscherei fest, im zu beurteilenden Fall seien sämtliche Geschäftsvorgänge und Transaktionen buchhalterisch erfasst worden. Mit einer einzigen Ausnahme seien die Gelder ausschliesslich im Rahmen von Transaktionen zwischen identifizierten Bankkonten in der Schweiz - zum grössten Teil innerhalb ein- und derselben Bank - geflossen und hätten damit einen "paper trail" hinterlassen. Insoweit handle es sich nicht um Transaktionen, die geeignet gewesen wären, die Auffindung der Gelder zu vereiteln. Da die Anklageschrift keine Angaben zur allfälligen Vermischung legaler und illegaler Mittel auf den jeweiligen Empfängerkonten enthalte, lasse sich auch nicht feststellen, ob und gegebenenfalls in welchem Umfang die Einziehung der Vermögenswerte durch Vermischung vereitelt worden sei. Schliesslich trage die Anklageschrift dem Umstand keine Rechnung, dass bei den Gesellschaften der I._-Gruppe auch legal erwirtschaftete Gelder vorhanden gewesen seien. Der Anteil deliktischer und allenfalls tatbestandsmässiger Gelder lasse sich daher nicht in mit dem Anklagegrundsatz konformer Weise feststellen.
Im Weiteren nimmt die Vorinstanz an, der Nachweis gewerbsmässigen Handelns sei nicht erbracht. Die Honorarrechnungen des Beschwerdegegners beträfen ausschliesslich juristische Beratungen und Tätigkeiten als Verwaltungsrat, nicht jedoch operative Arbeiten. Andere Einkünfte seien nicht erstellt. Damit entfalle die Voraussetzung für die Annahme eines schweren Falles in der Form der gewerbsmässigen Tatbegehung bzw. der Erzielung eines erheblichen Gewinns im Sinne von <ref-law>. Allfällige als einfache Geldwäschereihandlungen zu qualifizierende Einzelhandlungen wären daher im Urteilszeitpunkt bereits verjährt gewesen.
In ihren ergänzenden Erwägungen zu den einzelnen Anklageziffern führt die Vorinstanz in Bezug auf die Anklageziffer 1.1 aus, die Formulierung, wonach das Darlehen an die N._ Trading Ltd. "zum grossen Teil" aus den deliktisch erlangten Geldern stamme, genüge dem Anklagegrundsatz nicht. Hinsichtlich der in Ziffer 1.2 der Anklageschrift genannten Überweisung des Gesamtbetrages von CHF 41,5 Mio. auf das Konto der N._ Trading Ltd. nimmt die Vorinstanz an, die Anklageschrift umschreibe nicht, durch welche konkreten, räumlich und zeitlich identifizierbaren Handlungen der Beschwerdegegner den Tatbestand erfüllt haben solle. Ob die Anklageschrift in diesem Punkt dem Anklagegrundsatz genüge, könne indes offen bleiben, da die Überweisungen von der I._ SA an die N._ Trading Ltd. jedenfalls als inländische Transaktionen den Tatbestand nicht erfüllten. Schliesslich gelangt die Vorinstanz bezüglich der beiden in den Anklageziffern 1.2 und 1.3 aufgeführten Überweisungen im Gesamtbetrag von USD 2,725 Mio. auf das Konto der O._ Trading Ltd. bei der S._ Bank PLC in London zum Schluss, diese Zahlungen stellten zwar tatbestandsmässige Auslandtransaktionen dar, doch sei in Anwendung des Grundsatzes "in dubio pro reo" davon auszugehen, dass die überwiesenen Beträge aus legal erwirtschafteten Geldern der I._-Gruppe stammten. Dies gelte umso mehr, als ein allfälliger Zusammenhang der Überweisungen an die O._ Trading Ltd. mit den deliktischen Vorgängen nicht nachgewiesen sei. Im Übrigen habe die N._ Trading Ltd. in zahlreichen Fällen Gelder an Dritte bezahlt, bevor die Gesellschaften der I._-Gruppe ihr Geld überwiesen hätten.
3.2 Die Beschwerdeführerin rügt zunächst eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts. Die Vorinstanz setze sich mit den in der Anklageschrift einzeln umschriebenen und dokumentierten finanziellen Operationen nicht auseinander, sondern beschränke sich darauf, deren Tatbestandsmässigkeit in allgemeiner Weise zu verneinen. In diesem Zusammenhang macht die Beschwerdeführerin auch eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör geltend.
Im Weiteren rügt die Beschwerdeführerin eine Verletzung von Bundesrecht. Der Beschwerdegegner habe mehrere Überweisungen vom Konto der I._ SA bei der UBS Lausanne auf das Konto der N._ Trading Ltd. bei der UBS Bern, dessen wirtschaftlich Berechtigte A._ und B._ gewesen seien, und hernach auf Konten von Drittpersonen bei der CS Lausanne und ins Ausland veranlasst. Zwar handle es sich mehrheitlich um identifizierte Konten, doch seien die wirtschaftlich Berechtigten nicht identisch. Die Analyse der Geldflüsse habe ergeben, dass das Konto der N._ Trading Ltd. lediglich als Durchgangskonto benutzt worden sei. Die Gesellschaft sei daher nur für kurze Dauer vorgeschoben gewesen. Die Zwischenschaltung der N._ Trading Ltd. bei den Transaktionen vom Konto der I._ SA habe die strafrechtliche Verfolgung der Verantwortlichen sowie die Einziehung der verbrecherisch erlangten Mittel erschwert. Dadurch habe sich der Beschwerdegegner der qualifizierten Geldwäscherei schuldig gemacht.
Ferner bringt die Beschwerdeführerin vor, die Anklageschrift präzisiere sowohl den Totalbetrag der auf den Konten der Gesellschaften der I._-Gruppe liegenden Gelder wie auch den Betrag der Gelder deliktischer Herkunft in ausreichendem Masse. Es sei nicht notwendig gewesen, bei der Anklage wegen Geldwäscherei den Umfang der Gelder deliktischer Herkunft im Einzelnen zu beziffern, zumal dieser bereits bei der Umschreibung der unrechtmässigen Bereicherung im Rahmen der als ungetreue Geschäftsbesorgung angeklagten Tathandlungen aufgelistet sei. Die Vorinstanz habe sich in ihrer Erwägung zur Einziehung selber auf diese Beträge gestützt und habe sowohl die Vermischung legaler und illegaler Mittel als auch den Anteil der Gelder illegaler Herkunft festgestellt. Beim Unter-Konto des Beschwerdegegners bei der UBS Bern habe es sich zudem um ein Konto mit der Rubrik Klientengelder gehandelt, für welches nach der damals geltenden Vereinbarung über die Standesregeln zur Sorgfaltspflicht der Banken (VSB 92) keine Verpflichtung zur Identifizierung des wirtschaftlich Berechtigten bestanden habe. Das Konto sei aber entgegen den Angaben des Beschwerdegegners nicht für seine Tätigkeit als Anwalt oder Notar, sondern für reine Finanzoperationen, namentlich für die Aufstockung des Aktienkapitals der M._ SA, verwendet worden, die vom Anwaltsgeheimnis nicht gedeckt gewesen seien.
Zuletzt macht die Beschwerdeführerin geltend, der berufsmässige Charakter der Machenschaften des Beschwerdegegners ergebe sich einerseits aus der Komplexität der entwickelten Mechanismen und andererseits aus dessen zentralen Rolle in der Bereitstellung der rechtlichen und finanziellen Strukturen der I._-Gruppe und der Umsetzung der betrügerischen Mechanismen. Der Beschwerdegegner sei als im Finanzbereich tätiger Anwalt, Verwaltungsrat, Verwaltungsratspräsident, Zeichnungsberechtigter und Vertreter der Interessen von B._ und A._ sowie aufgrund seiner Erfahrung im Geschäftsverkehr mit Russland als Einziger in der Lage gewesen, die Verhältnisse zu durchschauen und die abgezweigten Gelder in den legalen Kreislauf zu schleusen, ohne die Aufmerksamkeit der Banken zu wecken. Ausserdem habe er über sämtliche tatsächlichen und rechtlichen Vollmachten verfügt, um die Operationen zu lenken. Schliesslich habe das vom Beschwerdegegner bezogene Honorar zwar seine Arbeit als juristischer Berater abgegolten, darüber hinaus sei es aber auch eine Entschädigung für seine Mitwirkung im Rahmen der Geldwäschereihandlungen gewesen. Aus dem Umfang der durch den Beschwerdegegner gewaschenen Gelder lasse sich darauf schliessen, dass die von ihm bezogene Entschädigung für seinen Beitrag die von der Rechtsprechung gezogene minimale Grenze für die Annahme eines schweren Falles bei weitem überschreite. Der Beschwerdegegner habe daher gewerbsmässig gehandelt, so dass die ihm vorgeworfenen Handlungen nicht verjährt seien.
3.3 Der Beschwerdegegner bringt in seiner Vernehmlassung im Wesentlichen vor, die Verwendung von Vermögenswerten, die aus einem Verbrechen stammten, erfülle nicht in jedem Fall den Tatbestand der Geldwäscherei. Zur Beurteilung ständen im vorliegenden Fall praktisch ausschliesslich Transaktionen zwischen identifizierten Bankkonten in der Schweiz und zum grossen Teil innerhalb derselben Bank, die einen "paper trail" hinterlassen hätten. Soweit eine solche Papierspur vorhanden sei, liege keine Geldwäscherei vor. Es seien keine angeblich deliktisch erlangten Mittel verschleiert worden. Sämtliche Transaktionen bei den Firmen, bei welchen Konten beschlagnahmt wurden, seien aus den Buchhaltungen ersichtlich. Im Übrigen stellt sich der Beschwerdegegner auf den Standpunkt, die Anklageschrift genüge in diesem Punkt den Anforderungen des Anklagegrundsatzes nicht.
4. 4.1 Gemäss <ref-law> macht sich der Geldwäscherei schuldig, wer eine Handlung vornimmt, die geeignet ist, die Ermittlung der Herkunft, die Auffindung oder die Einziehung von Vermögenswerten zu vereiteln, die, wie er weiss oder annehmen muss, aus einem Verbrechen herrühren. Dabei genügt es, dass der Täter die Umstände kennt, die den Verdacht nahe legen, das Geld entstamme einer verbrecherischen Vortat. Auf das Wissen darf schon geschlossen werden, wenn es der Täter für möglich hält, dass die Vermögenswerte auf ein Verbrechen zurückgehen, er dies aber aus Gleichgültigkeit in Kauf nimmt (<ref-ruling> E. 2b; vgl. Jürg-Beat Ackermann, in: Kommentar Einziehung, organisiertes Verbrechen und Geldwäscherei, Bd. I, 1. Aufl. 1998 [zit. Kommentar], § 5/StGB 305bis N 397).
Strafbar ist die Vereitelungshandlung als solche, unbesehen eines Vereitelungserfolgs. Die Geldwäscherei ist mithin ein abstraktes Gefährdungsdelikt (<ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 2e; nicht publ. E. 1.2.3 von <ref-ruling>). Tatobjekt der Geldwäscherei sind alle Vermögenswerte, die aus einem Verbrechen herrühren (<ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 3b/aa; <ref-ruling> E. 2). Der Tatbestand verlangt aufgrund seines akzessorischen Charakters neben dem Nachweis der Geldwäschereihandlung sowohl den Nachweis der Vortat als auch den Nachweis, dass die Vermögenswerte aus eben dieser Vortat herrühren. Nach <ref-law> wird der Täter auch bestraft, wenn die Haupttat im Ausland begangen wurde und diese ebenfalls am Begehungsort strafbar ist. Ob die im Ausland begangene Vortat als Verbrechen zu qualifizieren ist, beurteilt sich nach schweizerischem Recht (<ref-ruling> E. 3b/aa).
4.2 Die strafbare Handlung beim Tatbestand der Geldwäscherei liegt in der Vereitelung der Herkunftsermittlung, der Auffindung oder der Einziehung von Vermögenswerten, die von einem Verbrechen herrühren. Charakteristisch ist das Bestreben des Täters, die deliktisch erworbenen Vermögenswerte durch Anonymisierung als legal erscheinen zu lassen, um sie von einer Beschlagnahme und Einziehung durch die Strafverfolgungsbehörden fernzuhalten und gleichzeitig durch die Verwischung des "paper trail", d.h. der zum Täter führenden dokumentarischen Spur, Rückschlüsse auf den Vortäter und den kriminellen Ursprung der Vermögenswerte zu verhindern (vgl. CHRISTINE EGGER TANNER, Die strafrechtliche Erfassung der Geldwäscherei, 1999, S. 13; vgl. auch Mark Pieth, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, Vor Art. 305bis N 6). Im Vordergrund steht dabei nach der Rechtsprechung die Einziehungsvereitelung. Den anderen beiden Tatvarianten kommt daneben keine eigenständige Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 3.3 mit Hinweisen). Vermögenswerte, die nicht (mehr) der Einziehung unterliegen, scheiden daher als taugliche Tatobjekte von <ref-law> aus (PIETH, a.a.O., Art. 305bis N 29; Ackermann, Kommentar, § 5/StGB 305bis N 242; Ursula Cassani, Commentaire du droit pénal suisse, partie spéciale, vol. 9 1996, Art. 305bis N 28; ANDREAS DONATSCH/WOLFGANG WOHLERS, Strafrecht IV, 3. Aufl. 2005, S. 400).
Die Handlung muss typischerweise geeignet sein, die Einziehung zu gefährden. Nach der Konzeption von <ref-law> stellt nicht jede Annahme oder Entgegennahme von Verbrechenserlös eine Geldwäschereihandlung dar (Ackermann, Kommentar, § 5/StGB 305bis N 250/261/267; Pieth, a.a.O., Art. 305bis N 35; Cassani, a.a.O., Art. 305bis N 32). Die Abgrenzung des strafbaren vom nicht strafbaren Verhalten erfolgt im Einzelfall und richtet sich danach, ob die konkrete Verhaltensweise geeignet ist, die Einziehung der Verbrechensbeute zu vereiteln. Dies setzt keine komplizierten Finanztransaktionen und keine erhebliche kriminelle Energie voraus. Nach der Rechtsprechung kommt selbst einfachsten Tathandlungen die Eignung zu, die Einziehung zu vereiteln (BGE <ref-ruling> E. 3b/aa; <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 7a).
4.3 Als Vereitelungshandlung qualifiziert hat die Rechtsprechung bislang u.a. das Verstecken von aus Betäubungsmittelhandel herrührenden Geldern (BGE <ref-ruling> E. 2e) bzw. das Zur-Verfügung-Stellen einer Wohnung als vorübergehendes Versteck für Drogengelder (Urteil des Kassationshofs 6S.702/2000 vom 4.8.2002 E. 2.2, zit. bei RENÉ SCHWAB/ERIC STUPP, in: Basler Kommentar, Börsengesetz, 2007, Art. 305bis N 26), das Umwechseln von Bargeld in kleiner Stückelung in grössere Banknoten der gleichen Währung oder den Umtausch in eine andere Währung, nicht jedoch der blosse Besitz oder die Aufbewahrung der deliktisch erlangten Vermögenswerte (BGE <ref-ruling> E. 2c; <ref-ruling> E. 3a mit Hinweisen).
In Bezug auf das Anlegen von Geldern verbrecherischer Herkunft folgt die Rechtsprechung einer differenzierten Betrachtungsweise. Danach stellt das blosse Einzahlen von Bargeld auf ein auf den Namen des Täters lautendes, dem üblichen Zahlungsverkehr dienendes persönliches Bankkonto am Wohnort noch keine Geldwäschereihandlung dar. Soweit sich indes das Anlegen von Geldern deliktischer Herkunft von der einfachen Einzahlung von Bargeld auf ein Konto unterscheidet, wird Geldwäscherei demgegenüber bejaht (<ref-ruling> E. 1d und e; <ref-ruling> E. 4a). Wesentlich ist in diesem Kontext, ob zusätzliche Kaschierungshandlungen, wie das Zwischenschieben von Strohmännern oder -gesellschaften, vorgenommen werden. So hat das Bundesgericht die Einzahlung auf das Konto einer Firma, von welcher mehrere Personen unauffällig Geld beziehen konnten, als Vereitelungshandlung im Sinne von <ref-law> gewürdigt (<ref-ruling> E. 3b; vgl. auch Ackermann, Kommentar, § 5/StGB 305bis N 309). In der Lehre wird in Übereinstimmung mit dieser Rechtsprechung bei Inlandtransaktionen, d.h. bei Überweisungen vom einen Konto des Vortäters auf ein anderes (eigenes) Konto oder dasjenige eines Dritten in der Schweiz, soweit er mit dem wirtschaftlich Berechtigten identisch ist, die Tatbestandsmässigkeit überwiegend verneint, da im Grunde die Papierspur lediglich verlängert werde, eine solche Verlängerung das Auffinden und die Einziehung aber nicht verunmögliche (STEFAN TRECHSEL/HEIDI AFFOLTER-EIJSTEN, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, Art. 305bis N 18; CASSANI, a.a.O., Art. 305bis N 38/41; EGGER TANNER, a.a.O., S. 125; vgl. auch Ackermann, Kommentar, § 5/StGB 305bis N 319; a.M. Niklaus Schmid, Anwendungsfragen der Straftatbestände gegen die Geldwäscherei, vor allem StGB Art. 305bis, in: Geldwäscherei und Sorgfaltspflicht, Schriftenreihe SAV, Band 8 1991, S. 122). Die Verlängerung des "paper trail" ist allerdings nur dann keine Geldwäscherei, wenn der Name des Berechtigten und der Name des Begünstigten ersichtlich bleiben. Treten zur "paper trail"-Verlängerung noch weitere Verschleierungsmerkmale hinzu, wie beim Verschieben von Geldern von Konto zu Konto mit wechselnden Kontoinhabern und/oder wirtschaftlich Berechtigten, liegt eine Geldwäschereihandlung vor (Ackermann, Kommentar, § 5/StGB 305bis N 265). Ebenso wird Geldwäscherei bejaht, wenn die Werte vom Drittkonto weiter verschoben werden (Ackermann, Kommentar, § 5/StGB 305bis N 266).
Die Überweisung von Konto zu Konto ins Ausland gilt demgegenüber stets als tatbestandsmässig, weil dadurch aufgrund der oftmals kaum überwindbaren örtlichen Distanz die Einziehung jedenfalls erschwert wird (vgl. <ref-ruling> E. 3b; PIETH, a.a.O., Art. 305bis N 41; STEFAN TRECHSEL/HEIDI AFFOLTER-EIJSTEN, a.a.O., Art. 305bis N 18; Ackermann, Kommentar, § 5/StGB 305bis N 253/274/315; Egger Tanner, a.a.O., S. 128). Dies gilt ungeachtet des Umstands, dass der "paper trail" auch bei dieser Konstellation nachvollziehbar bleibt (Ackermann, Kommentar, § 5/StGB 305bis N 294).
In jedem Fall erfüllt ist der Tatbestand bei der Unterbrechung der Papierspur, zumal bei der Barauszahlung von deliktisch erlangtem Geld oder etwa dem Einsatz von Durchlaufkonten, die nach Vollzug der Überweisungen saldiert werden (Ackermann, Kommentar, § 5/StGB 305bis N 265 a.E. und 304).
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin macht zunächst Willkür und eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend. In diesem Punkt erweist sich ihre Beschwerde als unbegründet. Die Vorinstanz begründet den Freispruch des Beschwerdegegners von der Anklage der Geldwäscherei zunächst in allgemeiner Weise und hernach für die einzelnen angeklagten Überweisungen gesondert in erster Linie damit, dass der Tatbestand der Geldwäscherei, soweit Gelder auf Konten in der Schweiz einbezahlt worden sind, nicht erfüllt sei. In Bezug auf die auf Konten im Ausland überwiesenen Gelder nimmt sie in Anwendung des Grundsatzes "in dubio pro reo" an, es sei nicht nachgewiesen, dass die überwiesenen Beträge nicht aus legal erwirtschafteten Geldern stammten. Ferner erblickt sie eine Verletzung des Anklagegrundsatzes darin, dass die Anklageschrift den Anteil deliktischer Vermögenswerte bei den Gesellschaften der I._-Gruppe nicht ausscheide. Schliesslich nimmt sie eventualiter an, die als Geldwäscherei angeklagten Handlungen seien verjährt. Damit hat die Vorinstanz einlässlich dargelegt, von welchen Überlegungen sie sich für den Freispruch des Beschwerdegegners von der Anklage der Geldwäscherei hat leiten lassen. Die Beschwerdeführerin konnte sich mithin über die Tragweite des Entscheides Rechenschaft geben und war ohne weiteres in der Lage, diesen sachgerecht anzufechten. Eine willkürliche Feststellung des Sachverhalts oder eine Verletzung des in <ref-law> garantierten Anspruchs auf eine Begründung des Entscheides (vgl. <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 3.3 je mit Hinweisen) ist nicht ersichtlich.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin macht zunächst Willkür und eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend. In diesem Punkt erweist sich ihre Beschwerde als unbegründet. Die Vorinstanz begründet den Freispruch des Beschwerdegegners von der Anklage der Geldwäscherei zunächst in allgemeiner Weise und hernach für die einzelnen angeklagten Überweisungen gesondert in erster Linie damit, dass der Tatbestand der Geldwäscherei, soweit Gelder auf Konten in der Schweiz einbezahlt worden sind, nicht erfüllt sei. In Bezug auf die auf Konten im Ausland überwiesenen Gelder nimmt sie in Anwendung des Grundsatzes "in dubio pro reo" an, es sei nicht nachgewiesen, dass die überwiesenen Beträge nicht aus legal erwirtschafteten Geldern stammten. Ferner erblickt sie eine Verletzung des Anklagegrundsatzes darin, dass die Anklageschrift den Anteil deliktischer Vermögenswerte bei den Gesellschaften der I._-Gruppe nicht ausscheide. Schliesslich nimmt sie eventualiter an, die als Geldwäscherei angeklagten Handlungen seien verjährt. Damit hat die Vorinstanz einlässlich dargelegt, von welchen Überlegungen sie sich für den Freispruch des Beschwerdegegners von der Anklage der Geldwäscherei hat leiten lassen. Die Beschwerdeführerin konnte sich mithin über die Tragweite des Entscheides Rechenschaft geben und war ohne weiteres in der Lage, diesen sachgerecht anzufechten. Eine willkürliche Feststellung des Sachverhalts oder eine Verletzung des in <ref-law> garantierten Anspruchs auf eine Begründung des Entscheides (vgl. <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 3.3 je mit Hinweisen) ist nicht ersichtlich.
5.2 5.2.1 Unbegründet ist die Beschwerde auch, soweit die Beschwerdeführerin eine Verletzung von <ref-law> rügt. Zwar bringt sie in diesem Zusammenhang zu Recht vor, der Umstand, dass der "paper trail" nachgezeichnet werden könne, schliesse den Tatbestand der Geldwäscherei nicht von vornherein aus. So stellt das Einschleusen von Geldern krimineller Herkunft in die legale Wirtschaft etwa über einen Strohmann oder eine vorgeschobene Gesellschaft durchaus eine Vereitelungshandlung im Sinne des Tatbestands der Geldwäscherei dar, weil der Bezug zum deliktischen Ursprung der Vermögenswerte verwischt wird. Hierunter fallen auch die Einzahlung und der Rückzug von Verbrechenserlös auf Durchgangskonten (vgl. oben E. 4.3). Ob die Verlängerung des "paper trail" durch die verschiedenen Überweisungen auf Konten im Inland im zu beurteilenden Fall den Tatbestand der Geldwäscherei erfüllt und ob in Bezug auf die Überweisungen auf Konten im Ausland die Anklageschrift den Anforderungen des Akkusationsprinzips genügt, kann indes offen bleiben. Denn wie die Vorinstanz zutreffend erkennt, wären die als Geldwäscherei angeklagten Handlungen in jedem Fall verjährt.
5.2.2 Die Strafdrohung gemäss Art. 305bis Ziff. 1 aStGB lautet auf Gefängnis oder Busse (nach neuem Recht nunmehr Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe). In schweren Fällen ist die Strafe Zuchthaus bis zu fünf Jahren oder Gefängnis, wobei mit der Freiheitsstrafe eine Busse bis zu 1 Million Franken verbunden wird (nach neuem Recht Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren, verbunden mit einer Geldstrafe bis zu 500 Tagessätzen, oder Geldstrafe). Nach Art. 9 Abs. 2 aStGB (<ref-law>) sind Taten, die mit Gefängnis als Höchststrafe (nach neuem Recht mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe) bedroht sind, Vergehen. Nach Art. 70 Abs. 1 lit. c aStGB (<ref-law>) verjährt die Strafverfolgung in diesen Fällen in sieben Jahren. Ist die Tat mit Gefängnis von mehr als drei Jahren oder mit Zuchthaus (bzw. mit Freiheitsstrafe von mehr als drei Jahren) bedroht, verjährt die Strafverfolgung gemäss Art. 70 Abs. 1 lit. b aStGB (<ref-law>) nach Ablauf von 15 Jahren.
Nach <ref-law> liegt ein schwerer Fall insbesondere vor, wenn der Täter durch gewerbsmässige Geldwäscherei einen grossen Umsatz oder einen erheblichen Gewinn erzielt. Die Qualifikation der Gewerbsmässigkeit beurteilt sich beim schweren Fall der Geldwäscherei nach den gleichen Kriterien wie beim qualifizierten Fall der Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von <ref-law> (BGE <ref-ruling> E. 2d). Nach der Rechtsprechung gilt ein mit gewerbsmässigem Drogenhandel bzw. mit gewerbsmässiger Geldwäscherei erzielter Umsatz von CHF 100'000.-- oder mehr als gross (<ref-ruling> E. 3.1.3). Der Gewinn ist im Sinne dieser Bestimmung erheblich, wenn er einen Betrag von CHF 10'000.-- übersteigt (<ref-ruling> E. 2.2). Der schwere Fall setzt darüber hinaus voraus, dass die von der Rechtsprechung entwickelten Bedingungen der Gewerbsmässigkeit erfüllt sind. Beide Bestimmungen erfordern mithin eine qualifizierte Gewerbsmässigkeit (<ref-ruling> E. 3.1.2).
Nach der Rechtsprechung handelt der Täter gewerbsmässig, wenn sich aus der Zeit und den Mitteln, die er für die deliktische Tätigkeit aufwendet, aus der Häufigkeit der Einzelakte innerhalb eines bestimmten Zeitraums sowie aus den angestrebten und erzielten Einkünften ergibt, dass er die deliktische Tätigkeit nach der Art eines Berufes ausübt. Wesentlich ist ausserdem, dass der Täter sich darauf einrichtet, durch sein deliktisches Handeln relativ regelmässige Einnahmen zu erzielen, die einen namhaften Beitrag an die Kosten seiner Lebensgestaltung darstellen, und dass er die Tat bereits mehrfach begangen hat (<ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3; vgl. auch Urteil des Kassationshofs 6P.125/2005 vom 23.1.2006 E. 12.2).
Diese Elemente des gewerbsmässigen Handelns sind hier nicht ersichtlich. Wie die Vorinstanz feststellt, wurde der Beschwerdegegner ausschliesslich für seine Tätigkeit als juristischer Berater und als Mitglied des Verwaltungsrats in verschiedenen Gesellschaften der I._-Gruppe, nicht aber für operative Arbeiten entschädigt. Dies wird von der Beschwerdeführerin im Grunde nicht in Frage gestellt. Sie bringt hingegen vor, das berufsmässige Handeln ergebe sich aus der Komplexität der entwickelten Geschäftsmechanismen und der bedeutenden Rolle des Beschwerdegegners beim Aufbau der finanziellen und rechtlichen Strukturen für die Umsetzung der betrügerischen Geschäftspraktiken. Aus dem als Beilhilfe zur ungetreuen Geschäftsbesorgung gewürdigten Beitrag des Beschwerdegegners bei den fraglichen Geschäftsmechanismen lässt sich indes nichts in Bezug auf die gewerbsmässige Begehung der Geldwäscherei ableiten. Das qualifizierende Merkmal des berufsmässigen Handelns bezieht sich allein auf die Geldwäschereihandlungen. In Bezug auf diese ist aber nicht zu erkennen, inwiefern der Beschwerdegegner sich darauf eingerichtet hätte, mehr oder minder regelmässige Einkünfte zu erzielen, die einen namhaften Beitrag an die Kosten seiner Lebensgestaltung darstellen. Es ist auch nicht ersichtlich, dass er einen namhaften Teil seiner beruflichen Tätigkeit auf die Verwaltung deliktischer Vermögenswerte und auf finanzielle Operationen zum Zweck der Geldwäscherei verwandt hätte. Dafür spricht entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin auch nicht der Umstand, dass der Beschwerdegegner aufgrund seiner Kenntnisse und Erfahrungen als Einziger in der Lage gewesen sein soll, die Verhältnisse zu durchschauen. Die Annahme, dass der Beschwerdegegner in Bezug auf die angeklagten Geldwäschereihandlungen nicht gewerbsmässig gehandelt hat, so dass die angeklagten Handlungen in jedem Fall verjährt sind, verletzt daher kein Bundesrecht.
6. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner ist eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat dem Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Boog