Sachverhalt:
A. Am 10. Mai 1999 meldete sich der 1970 geborene K._ unter Hinweis darauf, dass er wegen seiner "Bandscheiben und Nerven" nicht mehr arbeitsfähig sei, bei der liechtensteinischen Invalidenversicherung zum Bezug einer Invalidenrente an. Von September 2000 bis September 2001 war er bei der X._ AG, Zweigniederlassung Schweiz, angestellt und in dieser Eigenschaft bei der Personalvorsorgestiftung A._ AG berufsvorsorgeversichert, während die Anstalt "Liechtensteinische Invalidenversicherung" mit Verfügung vom 28. August 2001 einen Leistungsanspruch ablehnte. Auf ein erneutes Rentengesuch vom 10. September 2002 hin sprach sie ihm nach Erlass eines Vorbescheides vom 28. April 2003 mit Verfügung vom 23. Juni 2003 eine ganze Invalidenrente ab Oktober 2002 zu. Nach einer ursprünglichen Herabsetzungsverfügung vom 20. September 2004 bestätigte die IV mit Widerrufsverfügung vom 1. Dezember 2006 die ganze Rente.
Auf Gesuch hin lehnte die Personalvorsorgestiftung einen Anspruch aus BVG mit Schreiben vom 19. Dezember 2003 und 27. Januar 2004 ab.
B. Nachdem der Oberste Fürstliche Gerichtshof die örtliche Unzuständigkeit der Liechtensteiner Gerichte für die Klage vom 22. Juni 2006 mit Urteil vom 14. Juni 2007 in dritter Instanz festgestellt hatte, beantragte K._ mit Eingabe vom 22. April 2008 beim Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die Ausrichtung einer BVG-Invalidenrente rückwirkend ab 1. Oktober 2002. Das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen wies die Klage mit Entscheid vom 14. Juli 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt K._ die Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides beantragen. Zudem ersucht er um unentgeltliche Prozessführung.
Die Personalvorsorgestiftung A._ AG schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht prüft nach Art. 106 Abs. 1 BGG frei, ob der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzt, einschliesslich der von der Schweiz abgeschlossenen internationalen Verträge (<ref-ruling> E. 2; vgl. auch MARKUS SCHOTT, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, N. 50 ff. zu Art. 95 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
2. Im Streit steht der Anspruch des Beschwerdeführers auf eine Invalidenrente der beruflichen Vorsorge. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz war dieser als türkischer Staatsangehöriger mit Wohnsitz im Fürstentum Liechtenstein bei der X._ AG, Zweigniederlassung Schweiz, angestellt und im Werk der Arbeitgeberin in der Schweiz arbeitstätig. Angesichts dieses grenzüberschreitenden Sachverhalts stellt sich zunächst die Frage nach dem anwendbaren Recht.
2.1 Am 1. Juni 2002 ist das Abkommen vom 21. Juni 1999 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft einerseits und der Europäischen Gemeinschaft und ihren Mitgliedstaaten andererseits über die Freizügigkeit (FZA; SR 0.142.112.681) in Kraft getreten. Da der Versicherte nicht Staatsangehöriger eines Mitgliedstaates ist, sondern Angehöriger eines Drittstaates (Türkei), fällt er nicht in den persönlichen Geltungsbereich des FZA sowie der Verordnungen, auf welche das Abkommen verweist (vgl. Art. 2 Abs. 1 der Verordnung Nr. 1408/71), weshalb dieses nicht anwendbar ist. Die Verordnung (EG) Nr. 859/2003 des Rates vom 14. Mai 2003 zur Ausdehnung der Bestimmungen der Verordnung (EWG) Nr. 1408/71 und der Verordnung (EWG) Nr. 574/72 auf Drittstaatsangehörige ist für die Schweiz im Rahmen des FZA nicht erheblich (in BGE 136 V zu publizierendes Urteil 8C_994/2009 vom 16. April 2010 E. 6.4).
2.2 Auch das als Folge des FZA zwischen der Schweiz und der Europäischen Gemeinschaft sowie ihren Mitgliedstaaten angepasste und in dieser Fassung seit 1. Juni 2002 in Kraft stehende Übereinkommen vom 4. Januar 1960 zur Errichtung der Europäischen Freihandelsassoziation (EFTA-Übereinkommen; SR 0.632.31), das zur Koordinierung der Systeme der sozialen Sicherheit (vgl. Art. 21 des Übereinkommens) ebenfalls auf die Verordnung Nr. 1408/71 und die Verordnung Nr. 574/72 verweist (Art. 1 Abs. 1 Anhang K Anlage 2 in Verbindung mit Abschnitt A dieses Anhangs), ist nur auf Angehörige der Mitgliedstaaten (Island, Liechtenstein, Norwegen, Schweiz) anwendbar, weshalb auch hier der Versicherte nicht in den persönlichen Anwendungsbereich fällt.
2.3 Schliesslich ist das bilaterale Abkommen zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und dem Fürstentum Liechtenstein über Soziale Sicherheit vom 8. März 1989 (SR 0.831.109.514.1) zwar auf Drittstaatsangehörige teilweise anwendbar (vgl. dessen Art. 3 Abs. 3), enthält jedoch ebenso wie die Verwaltungsvereinbarung zur Durchführung des Abkommens (SR 0.831.109.514.12) abgesehen von Art. 20a des Schlussprotokolls, das den Transfer von Freizügigkeitsguthaben regelt, keine weiteren Bestimmungen über die berufliche Vorsorge.
2.4 Mangels zwischenstaatlicher Regelung zwischen der Schweiz und dem Fürstentum Liechtenstein ist deshalb für Ansprüche des Beschwerdeführers aus beruflicher Vorsorge schweizerisches Recht anwendbar. Auf Grund seiner Erwerbstätigkeit in der Schweiz war der Beschwerdeführer bei der schweizerischen Alters- und Hinterlassenenversicherung obligatorisch versichert (Art. 1a Abs. 1 lit. b AHVG) und deshalb dem Bundesgesetz über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge unterstellt (Art. 5 Abs. 1 BVG).
2.5 Diese Lösung entspricht im Übrigen auch derjenigen des Sozialversicherungsabkommens Schweiz-Türkei, wonach die Gesetzgebung jenes Landes massgeblich ist, in dem eine Tätigkeit ausgeübt wird (Art. 4 des Abkommens vom 1. Mai 1969, SR 0.831.109.763.1). Auch wenn das Abkommen keine Regelung über die berufliche Vorsorge enthält, sondern die grenzüberschreitenden Sachverhalte im Bereich der AHV und IV, der obligatorischen Unfallversicherung und der Familienzulagen regelt, kann die dort getroffene Lösung vorliegend analog herangezogen werden.
3. Nach Art. 23 BVG, in Kraft gestanden bis 31. Dezember 2004, haben Anspruch auf Invalidenleistungen Personen, die im Sinne der IV zu mindestens 50 Prozent invalid sind und bei Eintritt der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, versichert waren. Laut dem am 1. Januar 2005 in Kraft getretenen Art. 23 lit. a BVG besteht bereits bei einer Invalidität von mindestens 40 Prozent Anspruch auf Invalidenleistungen. Der Leistungsanspruch aus (obligatorischer) beruflicher Vorsorge wegen Invalidität setzt voraus, dass die Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, während der Dauer des Vorsorgeverhältnisses (einschliesslich der Nachdeckungsfrist nach Art. 10 Abs. 3 BVG) eingetreten ist (Art. 23 BVG in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Fassung und Art. 23 lit. b BVG in der ab 1. Januar 2005 gültigen Fassung). Das Gesetz knüpft mithin den Anspruch auf die Ausrichtung einer Invalidenleistung an das Bestehen eines Versicherungsverhältnisses im Zeitpunkt des Eintritts der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat. Unter Arbeitsunfähigkeit ist die Einbusse an funktionellem Leistungsvermögen im bisherigen Beruf oder Aufgabenbereich zu verstehen (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 23 mit Hinweisen). Sie muss mindestens 20 Prozent betragen (Urteil 9C_127/2008 vom 11. August 2008 E. 2.3, in: SVR 2008 BVG Nr. 34 mit Hinweisen).
Der Leistungsanspruch gegenüber einer Vorsorgeeinrichtung, der ein Arbeitnehmer beim Eintritt der Arbeitsunfähigkeit angeschlossen war, für das erst nach Beendigung des Vorsorgeverhältnisses eingetretene Invaliditätsrisiko setzt voraus, dass zwischen Arbeitsunfähigkeit (zum Begriff vgl. Urteil B 49/00 vom 7. Januar 2003 E. 3, in: SZS 2003 S. 521) und Invalidität ein enger sachlicher und zeitlicher Zusammenhang besteht. Die hinreichende sachliche Konnexität ist zu bejahen, wenn der Gesundheitsschaden, wie er der Invalidität zugrunde liegt, im Wesentlichen bereits Ursache der früheren Arbeitsunfähigkeit war (<ref-ruling> E. 3.2 S. 22; <ref-ruling> E. 1c S. 265; <ref-ruling> E. 2c/aa und bb S. 117 f.). Der zeitliche Zusammenhang zur später eingetretenen Invalidität als weitere Voraussetzung für den Anspruch auf Invalidenleistungen gegenüber der früheren Vorsorgeeinrichtung setzt voraus, dass die versicherte Person nach Eintritt der Arbeitsunfähigkeit nicht während längerer Zeit wieder arbeitsfähig geworden ist (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 22). Massgebend ist die Arbeitsfähigkeit in einer der gesundheitlichen Beeinträchtigung angepassten zumutbaren Tätigkeit; diese muss bezogen auf die angestammte Tätigkeit die Erzielung eines rentenausschliessenden Einkommens erlauben (<ref-ruling> E. 5.3 S. 27).
Die Bezeichnung des Zeitpunktes des Eintritts der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat (Art. 23 BVG), ist eine Tatfrage. Diesbezügliche Feststellungen der Vorinstanz sind daher vom Bundesgericht lediglich unter eingeschränktem Blickwinkel überprüfbar, soweit sie auf einer Würdigung konkreter Umstände beruhen (Art. 97 Abs. 1 BGG sowie Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG; Urteile 9C_339/2007 vom 5. März 2008, E. 5.2 mit Hinweis und 9C_182/2007 vom 7. Dezember 2007 E. 4.1.1). Dies gilt ebenso für Feststellungen der Vorinstanz, als Ergebnis der Beweiswürdigung, zum Gesundheitszustand (Befund, Diagnose etc.), zur Art des Gesundheitsschadens und zur Arbeitsfähigkeit. Rechtsfrage ist dagegen, nach welchen Gesichtspunkten die Entscheidung über den Zeitpunkt des Eintritts einer rechtserheblichen Arbeitsunfähigkeit erfolgt (Urteil 9C_127/2008 vom 11. August 2008 E. 2.2, in: SVR 2008 BVG Nr. 34).
4. Streitig und zu prüfen ist, ob die Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdeführers, die zur Invalidität geführt hat, während der Dauer des Vorsorgeverhältnisses von September 2000 bis Ende Oktober 2001 (einschliesslich der einmonatigen Nachdeckungsfrist nach Art. 10 Abs. 3 BVG) eingetreten ist. Dabei steht insbesondere in Frage, ob die Vorsorgeeinrichtung bei ihrer Anspruchsbeurteilung an den Entscheid der liechtensteinischen Invalidenversicherung gebunden ist, welche dem Versicherten mit Verfügung vom 23. Juni 2003 gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 100 % eine ganze Rente ab Oktober 2002 zugesprochen hatte, was den Beginn der einjährigen Wartezeit im Oktober 2001 impliziert.
Die Vorinstanz hat eine Bindungswirkung verneint, da die liechtensteinische Invalidenversicherung ihren Entscheid nicht gestützt auf schweizerische Rechtsnormen gefällt habe und soweit ersichtlich der Beschwerdegegnerin weder der Vorbescheid vom 28. April 2003 und die IV Verfügungen vom 28. August 2001 und 20. September 2004 noch die Widerrufsverfügung vom 1. Dezember 2006 zugestellt worden seien.
Demgegenüber stellt sich der Beschwerdeführer auf den Standpunkt, die Vorsorgeeinrichtung sei auf Grund ihrer Zusicherungen in Art. 12 Ziffer 2 des Reglements auch an die Verfügungen der liechtensteinischen IV gebunden, einerseits weil ansonsten diese Reglementsbestimmung toter Buchstabe würde, da die meisten Arbeitnehmer in Liechtenstein tätig seien und deshalb in den überwiegenden Fällen die IV-Ansprüche vor der liechtensteinischen IV geltend gemacht werden müssten, andererseits weil das liechtensteinische IVG eine Zustellung der Verfügung an die Vorsorgeeinrichtung und damit deren Miteinbezug ins IV-Verfahren gar nicht vorsehe.
4.1 Zunächst ist angesichts des grenzüberschreitenden Sachverhalts zu prüfen, ob sich aus einem zwischenstaatlichen Abkommen ergibt, dass der Entscheid der liechtensteinischen Invalidenversicherung bei der Beurteilung des BVG-Anspruchs zu berücksichtigen ist.
4.2 Wie bereits vorstehend ausgeführt (vgl. E. 2.1-2.4 hievor), ist weder das FZA noch das EFTA-Übereinkommen anwendbar, da der Beschwerdeführer Staatsangehöriger eines Drittstaates ist. Da das bilaterale Abkommen zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und dem Fürstentum Liechtenstein über Soziale Sicherheit vom 8. März 1989 (SR 0.831.109.514.1) wie erwähnt (E. 2.3) abgesehen von Art. 20a des Schlussprotokolls keine Bestimmungen über die berufliche Vorsorge enthält und sich auch zur Koordination von Entscheiden der Invalidenversicherungen mit Ansprüchen der beruflichen Vorsorge nicht äussert, kann für die Frage, inwieweit die liechtensteinische IV-Verfügung für die Beurteilung des Leistungsanspruchs nach BVG zu berücksichtigen ist, auf schweizerisches Recht und die entsprechende Rechtsprechung abgestellt werden.
5. 5.1 Nach der Rechtsprechung sind die Vorsorgeeinrichtungen im Bereich der gesetzlichen Mindestvorsorge (Art. 6 BVG) - und vorbehältlich eines gestützt auf Art. 6 und Art. 49 Abs. 2 BVG reglementarisch abweichend von Art. 23 BVG definierten Invaliditätsbegriffs und/oder versicherten Risikos auch im Bereich der weitergehenden Vorsorge - an die Feststellungen der IV-Organe gebunden. Dies gilt, soweit die invalidenversicherungsrechtliche Betrachtungsweise auf Grund der gesamthaften Prüfung der Akten nicht als offensichtlich unhaltbar erscheint. Eine Bindungswirkung entfällt ebenfalls, wenn die Vorsorgeeinrichtung nicht ins invalidenversicherungsrechtliche Verfahren einbezogen wird. Denn den Versicherern nach BVG steht in diesem Verfahren ein selbstständiges Beschwerderecht zu. Deshalb ist die IV-Stelle verpflichtet, eine Rentenverfügung allen in Betracht fallenden Vorsorgeeinrichtungen von Amtes wegen zu eröffnen. Unterbleibt ein solches Einbeziehen der Vorsorgeeinrichtung, ist die invalidenversicherungsrechtliche Festsetzung des Invaliditätsgrades berufsvorsorgerechtlich nicht verbindlich. Hält sich die Vorsorgeeinrichtung hingegen im Rahmen des von der IV-Stelle Verfügten, ja stützt sie sich sogar darauf, ist das Problem des Nichteinbezugs des Vorsorgeversicherers in das IV-Verfahren gegenstandslos. In diesem Fall muss sich die versicherte Person die Verbindlichkeit der Feststellungen der Invalidenversicherung selbst dann entgegenhalten lassen, wenn die Vorsorgeeinrichtung im IV-Verfahren nicht beteiligt war (SZS 2004 S. 451, B 39/03); auch hier bleibt die offensichtliche Unhaltbarkeit der Invaliditätsbemessung durch die IV-Stelle vorbehalten (SVR 2007 IV Nr. 3 S. 8 E. 3 mit Hinweisen, I 808/05 vom 9. Juni 2006; Urteil 9C_234/2009 vom 2. Juni 2010 E. 3.2). Eine Verfügung der Invalidenversicherung vermag namentlich dann keine Bindungswirkung für die Vorsorgeeinrichtungen zu entfalten, wenn der Beginn der Wartefrist gemäss Art. 29 Abs. 1 lit. b IVG (in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung) wegen der vorgängigen Durchführung von Eingliederungsmassnahmen nicht exakt festgelegt werden musste (vgl. Urteil B 79/99 vom 26. Januar 2001, E. 6) oder wenn die Invalidenrente auf Grund einer verspäteten Anmeldung im Sinne des bis 31. Dezember 2007 in Kraft gewesenen Art. 48 Abs. 2 IVG ausgerichtet wird, da auch diesfalls kein Anlass für die IV-Stelle besteht, den Beginn der Arbeitsunfähigkeit genau zu ermitteln (SVR 2009 BVG Nr. 27 S. 97, 8C_539/2008 E. 2.3; Urteil B 63/04 vom 28. Dezember 2004, E. 3.1 mit Hinweis; vgl. zum Ganzen auch HÜRZELER, Invaliditätsproblematiken in der beruflichen Vorsorge, Diss. 2005, Basel 2006, Rz. 546).
Ob die Vorsorgeeinrichtung an den Entscheid der Invalidenversicherung gebunden ist, ist eine Rechtsfrage, die vom Bundesgericht frei zu prüfen ist (Art. 95 lit. a BGG). Dasselbe gilt für die Frage, ob eine allfällige Unrichtigkeit offensichtlich ist und aus diesem Grund die Bindungswirkung entfällt (SZS 2008 S. 383 E. 4.1.1, 9C_182/2007).
5.2 Wie das kantonale Gericht verbindlich festgestellt hat (vgl. E. 4 hievor), wurden der Vorsorgeeinrichtung die Verfügungen der Invalidenversicherung nicht zugestellt und diese damit nicht in das invalidenversicherungsrechtliche Verfahren einbezogen, weshalb schon deshalb keine Bindung an die Feststellungen der liechtensteinischen Invalidenversicherung besteht. Sodann hat die Vorinstanz richtig dargetan, dass die liechtensteinische Invalidenversicherung den Beginn der Wartefrist offensichtlich mit dem Zeitpunkt der Beendigung des Arbeitsverhältnisses gleichgesetzt hatte, was ohne entsprechende beweiskräftige Arbeitsunfähigkeitszeugnisse nicht Basis für den Beginn der Arbeitsunfähigkeit bilden kann. Damit ist auch wegen offensichtlicher Unhaltbarkeit der Invaliditätsbemessung der Invalidenversicherung nicht auf diese abzustellen (SVR 2009 BVG Nr. 27 S. 97).
Daran ändern die Vorbringen des Beschwerdeführers zur Verschwiegenheitspflicht der liechtensteinischen Invalidenversicherung nichts.
5.3 Die Vorinstanz stellte bei der Beurteilung des Eintritts der massgebenden Arbeitsunfähigkeit auf das Gutachten der Klinik B._ vom 26. Februar 2001 ab und begründete dies damit, dass darin zwar eine Arbeitsfähigkeit für die angestammte schwere Tätigkeit verneint worden sei, nur eben nicht aus psychischen Gründen und auch nicht ab 1. Januar 2001, sondern rein rückenbedingt und bereits ab 4. Mai 1999. Das kantonale Gericht schloss daraus und aus den weiteren Arztberichten, eine psychiatrisch begründete Einschränkung der Arbeitsfähigkeit habe damals nicht bestanden, und hinsichtlich des psychiatrischen Gesundheitszustandes des Versicherten habe sich jedenfalls bis Ende 2001 auch keine veränderte Situation ergeben. Erst mit dem Suizidversuch Anfang 2002 und der anschliessenden Behandlung im Spital Y._ erscheine eine dauerhafte psychisch bedingte Arbeitsunfähigkeit mit überwiegender Wahrscheinlichkeit ausgewiesen. Mit anderen Worten habe beim Versicherten bezogen auf die angestammte schwere Tätigkeit schon relativ lange vor Eintritt bei der Beschwerdegegnerin eine relevante dauernde Arbeitsunfähigkeit auf Grund des bei ihm diagnostizierten Rückenleidens bestanden. Ein Eintritt einer dauerhaften psychisch begründeten Arbeitsunfähigkeit während der Dauer des streitigen Vorsorgeverhältnisses könne ebenfalls nicht als überwiegend wahrscheinlich belegt gelten. In diese Richtung gehe auch das Gutachten Z._ vom 28. August 2008.
5.4 Von einer unhaltbaren Beweiswürdigung durch die Vorinstanz kann nicht gesprochen werden. Eine Beweiswürdigung ist nicht bereits willkürlich, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation im Widerspruch steht oder auf einem offenkundigen Fehler beruht (<ref-ruling> E. 2b S. 56), was hier nicht der Fall ist. Der Beschwerdeführer legt auch nicht dar, inwiefern die Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sein sollten. Seine Ausführungen unter Verweis auf die verschiedenen Arztberichte erschöpfen sich im Wesentlichen in appellatorischer Kritik, die nicht zu hören ist. Wenn die Vorinstanz davon ausging, auf den Bericht des Dr. med. F._ vom 14. März 2003 könne für die Frage des Eintritts der Arbeitsunfähigkeit nicht abgestellt werden, weil dieser zunächst eine volle Arbeitsunfähigkeit ab 1. Januar 2001 angenommen habe, dieses Datum danach aber auf entsprechende Anfrage der Invalidenversicherung ohne weitere Begründung auf den 1. Oktober 2010 abgeändert habe, so ist dies weder offensichtlich unrichtig noch verletzt es die massgeblichen Beweisgrundsätze. Dies gilt ebenso für die Feststellung, dass der Eintritt der Arbeitsunfähigkeit bereits vor dem fraglichen Vorsorgeverhältnis eingetreten sein müsste, wenn auf den Arztbericht des Dr. med. W._ vom 26. September 2002 abgestellt würde, der den Versicherten (erst) seit 27. September 2001 behandelte und eine schwere Depression seit April 2000 diagnostizierte.
Daran ändert nichts, dass das Gutachten der Klinik B._ neun Monate vor Ende des Vorsorgeverhältnisses erging und die weiteren Arztberichte erst nach Beendigung des Vorsorgeverhältnisses datieren, betreffen doch die weiteren Arztberichte alles Behandlungen nach Beendigung des Vorsorgeverhältnisses und hat die Vorinstanz zutreffend dargetan, dass diese für die Dauer des Vorsorgeverhältnisses nicht beweiskräftig sind. Nicht zu beanstanden ist, wenn die Vorinstanz unter diesen Umständen von weiteren Abklärungen abgesehen hat.
Soweit der Beschwerdeführer schliesslich eine unrichtige Rechtsanwendung rügt, so trifft es zwar zu, dass für die Leistungspflicht der Vorsorgeeinrichtung nicht der Eintritt einer Arbeitsunfähigkeit von 100 % während des Vorsorgeverhältnisses gefordert ist, sondern die Erheblichkeitsschwelle lediglich 20 % beträgt. Doch ist hier nach Lage der Akten auch eine solche psychischer Natur für den massgeblichen Zeitraum nicht ausgewiesen. Die Verneinung eines Anspruchs auf Invalidenleistungen aus der obligatorischen Vorsorge verletzt deshalb Bundesrecht nicht.
5.5 Auch soweit die Vorinstanz davon ausging, der zeitliche Zusammenhang zwischen der im Mai 1999 eingetretenen rückenbedingten Arbeitsunfähigkeit und der per 1. Oktober 2002 anerkannten Invalidität sei durch die (von September 2000 bis September 2001 ausgeübte) Tätigkeit bei der X._ AG nicht unterbrochen worden, kann von einer qualifiziert unrichtigen Tatsachenentscheidung (Art. 105 Abs. 2 BGG) nicht gesprochen werden.
6. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer grundsätzlich die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann jedoch entsprochen werden, da die hierfür erforderlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 4a S. 202). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 64 Abs. 4 BGG hingewiesen, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Antonius Falkner wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. September 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke