Sachverhalt:
A.
Die D._ AG, in U._, strebte als Mehrheitsaktionärin der F._ Holding AG, in V._, deren vollständige Übernahme an und unterbreitete daher deren Minderheitsaktionären am 31. August 2006 ein öffentliches Kaufangebot über Fr. 150.-- für jede Namenaktie mit Fr. 20.-- Nennwert. Nach Vollzug des Angebots hielt die D._ AG direkt und indirekt insgesamt 92,8 % des Aktienkapitals und der Stimmrechte der F._ Holding AG.
Am 15. Dezember 2006 schloss die E.D._ AG, in U._, eine hundertprozentige Tochter der D._ AG, einen Fusionsvertrag mit der F._ Holding AG. Darin wurde vereinbart, dass die E.D._ AG im Rahmen einer Absorptionsfusion die F._ Holding AG übernimmt und deren Minderheitsaktionäre für jede Namenaktie mit Fr. 20.-- Nennwert eine Abfindung von Fr. 150.-- erhalten, welche die D._ AG bezahlt. Nachdem die Generalversammlungen der Vertragsparteien der Fusion zugestimmt hatten, wurde diese am 1. Februar 2007 im Schweizerischen Handelsamtsblatt veröffentlicht.
B.
B.a. Am 27. März 2007 klagten A._ (Kläger 1), B._ (Kläger 2), C._ (Kläger 3) und eine weitere Person beim Kantonsgericht Schaffhausen gegen die E.D._ AG (Beklagte 1) und die D._ AG (Beklagte 2) auf eine angemessene Erhöhung der Abfindung für ausgeschiedene Minderheitsaktionäre der früheren F._ Holding AG gemäss Art. 105 Abs. 1 des Bundesgesetzes über Fusion, Spaltung, Umwandlung und Vermögensübertragung vom 3. Oktober 2003 (Fusionsgesetz, FusG, SR 221.301). Als minimale Ausgleichszahlung verlangten die Kläger von den Beklagten pro entzogene Aktie Fr. 50.--, d.h. Fr. 44'600.-- für den Kläger 1, Fr. 43'150.-- für den Kläger 2 und Fr. 5'000.-- für den Kläger 3.
Das Kantonsgericht überwies die Klage an das Friedensrichteramt der Stadt Schaffhausen, welches nach erfolglosem Sühneverfahren am 29. August 2007 die Weisung an das Kantonsgericht ausstellte.
Mit Statutenänderung vom 30. März 2007 änderte die E.D._ AG ihre Firma in D._ Finanz AG.
B.b. Mit Verfügung vom 26. November 2007 verpflichtete der Vorsitzende der II. Zivilkammer des Kantonsgerichts die Kläger 1 und 2, je einen Gerichtskostenvorschuss von Fr. 4'000.-- zu leisten.
Einen gegen diese Verfügung erhobenen Rekurs der Kläger 1 und 2 wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Entscheid vom 23. Januar 2009 ab.
Mit Urteil 4A_100/2009 vom 15. September 2009 (<ref-ruling>) wies das Bundesgericht seinerseits eine Beschwerde gegen den obergerichtlichen Entscheid ab.
Die Kläger 1 und 2 leisteten ihre Vorschüsse hierauf fristgemäss.
Mit Vorurteil vom 28. Dezember 2011 wies das Kantonsgericht u.a. die Klage gegen die Beklagte 2 ab und auferlegte die Gerichts- und Parteikosten den Klägern.
B.c. Dagegen erhoben die Kläger 1 - 3 mit Eingabe vom 28. Dezember 2011 Berufung an das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit folgenden Begehren:
"1. Das Obergericht möge das Vorurteil in Ziffer 2 der Entscheidung, wonach die Klagen gegen die Beklagte 2 abgewiesen werden, aufheben.
2. Das Obergericht möge das Vorurteil in den Ziffern 3 und 4 des Vorurteils, wonach die Kläger zur anteiligen Tragung der Gerichtskosten und zur Ausrichtungeiner anteiligen Parteientschädigung verurteilt werden, aufheben.
3. Das Obergericht möge der Beklagten 2, hilfsweise den Beklagten gemeinsam in solidarischer Haftung, die Kosten des Verfahrens auferlegen, soweit diese Kosten durch das Vorurteil und die hiergegen eingelegte Berufung verursacht sind.
Eventualiter:
Das Obergericht möge den den Klägern auferlegten Anteil an den Gerichtskosten nach Massgabe ihres Anteils am Streitwert herabsetzen, wobei vom Gesamtstreitwert von 17'232'550 CHF auf den Kläger 1 ein Teilbetrag von 44'600 CHF, auf den Kläger 2 ein Teilbetrag von 43'150 CHF und auf den Kläger 3 ein Teilbetrag von 5'000 CHF entfällt.
4. Das Obergericht möge der Beklagten 2, hilfsweise den Beklagten gemeinsam in solidarischer Haftung, auferlegen, an die Kläger eine angemessene Parteientschädigung für Kosten und Umtriebe auszurichten.
Eventualiter:
a) Das Obergericht möge den den Klägern auferlegten Anteil an der Parteientschädigung nach Massgabe ihres Anteils am Streitwert herabsetzen, wobei vom Gesamtstreitwert von 17'232'550 CHF auf den Kläger 1 ein Teilbetrag von 44'600 CHF, auf den Kläger 2 ein Teilbetrag von 43'150 CHF und auf den Kläger 3 ein Teilbetrag von 5'000 CHF entfällt, und
b) das Obergericht möge die Höhe der Parteientschädigung, aus der sich die Anteile der Kläger gemäss vorstehendem Eventualantrag 4a berechnen, auf 322.80 Franken herabsetzen."
Mit Urteil vom 30. Dezember 2014 wies das Obergericht die Berufung ab und auferlegte die oberinstanzlichen Prozesskosten den Berufungsklägern.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen stellen die Kläger 1 - 3 dem Bundesgericht folgende Anträge:
"1. Das Bundesgericht möge das Urteil des Obergerichts in allen Punkten aufheben.
2. Das Bundesgericht möge der Beklagten 2, hilfsweise den Beklagten gemeinsam in solidarischer Haftung, die Kosten des Verfahrens auferlegen, soweit diese Kosten durch das angefochtene Urteil und das vorausgegangene
Vor-Urteil der Vorinstanz vom 28.11.2011 verursacht sind.
Eventualiter: Das Bundesgericht möge den den Klägern auferlegten Anteil an den Gerichtskosten nach Massgabe ihres Anteils am Streitwert herabsetzen, wobei vom Gesamtstreitwert von 17'232'550 CHF auf den Kläger 1 ein Teilbetrag von 44'600 CHF, auf den Kläger 2 ein Teilbetrag von 43'150 CHF und auf den Kläger 3 ein Teilbetrag von 5'000 CHF entfällt.
3. Das Bundesgericht möge der Beklagten 2, hilfsweise den Beklagten in solidarischer Haftung, auferlegen, an die Kläger eine angemessene Parteientschädigung für Kosten und Umtriebe in den vorausgegangenen Instanzen auszurichten.
Eventualiter:
a) Das Bundesgericht möge den den Klägern auferlegten Anteil an der Parteientschädigung nach Massgabe ihres Anteils am Streitwert herabsetzen, wobei vom Gesamtstreitwert von 17'232'550 CHF auf den Kläger 1 ein Teilbetrag von 44'600 CHF, auf den Kläger 2 ein Teilbetrag von 43'150 CHF und auf den Kläger 3 ein Teilbetrag von 5'000 CHF entfällt, und
b) das Bundesgericht möge die Höhe der vom Kantonsgericht für die erste Instanz festgesetzten Parteientschädigung, aus der sich die Anteile der Kläger gemäss vorstehendem Eventualantrag 3a berechnen, auf 322.80 Franken herabsetzen."
Die Beklagten beantragen in ihrer Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde, soweit Eintreten.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 133 mit Hinweisen).
1.1. Die Beschwerde in Zivilsachen ist zulässig gegen Endentscheide, mithin solche, die das Verfahren abschliessen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 216; <ref-ruling> E. 1.1 S. 428; <ref-ruling> E. 4 S. 396), sei es insgesamt (<ref-law>), sei es hinsichtlich eines Teils der gestellten, unabhängig von den anderen beurteilbaren Begehren oder für einen Teil der Streitgenossen (<ref-law>; dazu <ref-ruling> E. 1.2 S. 217 ff.).
Mit dem Vorurteil vom 28. Dezember 2011 wies das Kantonsgericht die Klage gegen die Beklagte 2 mangels Passivlegitimation ab. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen hat mit dem vorliegend angefochtenen und kantonal letztinstanzlichen Rechtsmittelentscheid (<ref-law>) die Berufung gegen das Vorurteil vollumfänglich abgewiesen und dieses bestätigt. Es handelt sich dabei um einen Teilentscheid i.S. von <ref-law>, mit dem das Verfahren nur für einen Teil der (passiven) Streitgenossen abgeschlossen wurde. Dagegen ist die von den mit ihren Rechtsbegehren unterlegenen Parteien (<ref-law>) fristgerecht eingereichte (<ref-law>) Beschwerde in Zivilsachen zulässig, zumal es sich bei der Streitsache um eine Zivilsache (<ref-law>) mit einem Streitwert von über Fr. 30'000.-- (<ref-law>) handelt.
Auf die Beschwerde in Zivilsachen ist unter Vorbehalt tauglicher Rügen und rechtsgenüglicher Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) einzutreten.
1.2. Mit der Beschwerde in Zivilsachen kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Bundesverfassungsrecht gerügt werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 382). Nicht zu den in <ref-law> vorgesehenen Rügegründen gehört hingegen die Anwendung und Auslegung kantonalen Rechts, dessen Anwendung und Auslegung das Bundesgericht einzig unter dem Blickwinkel eines Verstosses gegen Bundesrecht oder gegen Bundesverfassungsrecht beurteilen kann (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 4.3 S. 521; <ref-ruling> E. 1.2 S. 382 f.).
1.3. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Die beschwerdeführende Partei soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2 S. 89, 115 E. 2 S. 116). Die Begründung hat ferner in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen, und der blosse Verweis auf Ausführungen in anderen Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3.2 S. 399 f.). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 2.1/2.2; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444).
2.
Die Beschwerdeführer machen zunächst sinngemäss geltend, die Vorinstanz sei zu Unrecht zum Schluss gelangt, dass die Frage der Passivlegitimation der Beklagten 2 zum Gegenstand eines separaten Vor- bzw. Teilurteils habe gemacht werden dürfen.
2.1. Das erstinstanzliche Verfahren vor dem Kantonsgericht wurde noch vor Inkrafttreten der Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO; SR 272) eingeleitet. Das durch den angefochtenen Berufungsentscheid bestätigte Vorurteil des Kantonsgerichts erging noch gestützt auf die Zivilprozessordnung für den Kanton Schaffhausen vom 3. September 1951 (aZPO/SH). Gemäss deren Art. 251 Abs. 1 soll über "alle der Klage entgegengesetzten Einreden (...) im Endurteil entschieden werden". Nach Abs. 2 war es jedoch ausnahmsweise gestattet, "eine einzelne oder mehrere Einreden" - hier bezüglich der Passivlegitimation der Beklagten 2 - "zum Gegenstand eines besonderen Vorurteils zu machen, wenn jene für das Eintreten auf die andern entscheidend sind und dadurch Zeit und erhebliche Prozesskosten erspart werden können".
2.2. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass das Gericht gestützt auf die zitierten Normen der aZPO/SH nur berechtigt, nicht jedoch verpflichtet sei, ein Vorurteil zu erlassen. Das Gericht entscheide darüber unter Berücksichtigung der massgebenden prozessökonomischen Gesichtspunkte nach seinem pflichtgemässen Ermessen. In dieses Ermessen des erstinstanzlichen Richters greife das Obergericht im Rechtsmittelverfahren nicht ohne Not ein. Die Passivlegitimation der Beklagten 2 betreffe nun aber eine materiellrechtliche Frage, die prinzipiell Gegenstand eines Vorurteils bilden könne. Aufgrund der klägerischen Anträge stünden Ausgleichszahlungen von insgesamt Fr. 17'232'550.- zur Diskussion. Bei diesem Betrag bestehe ein erhebliches Interesse der Beklagten 2 daran, möglichst rasch zu wissen, ob sie (ebenfalls) passivlegitimiert sei und für die strittige Abfindung grundsätzlich ins Recht gefasst werden könne oder nicht. Es erscheine damit als durchaus prozessökonomisch, mit einer raschen Verneinung der Passivlegitimation der Beklagten 2 das gegen diese gerichtete Teilverfahren sogleich zu erledigen und die Angemessenheit der festgelegten und ausgerichteten Abfindung allein im verbleibenden Teilverfahren gegen die Beklagte 1 näher zu prüfen. In dieser Situation habe das Kantonsgericht sein diesbezügliches Ermessen nicht überschritten, wenn es die Verfahren gegen die beiden Beklagten im Ergebnis getrennt und über die Passivlegitimation der Beklagten 2 vorab entschieden habe. Es bestehe somit kein Anlass, den Entscheid des Kantonsgerichts über die Passivlegitimation der Beklagten 2 - und die daraus folgende Abweisung der gegen sie gerichteten Klage - aus prozessualen Gründen aufzuheben.
2.3. Die Beschwerdeführer tragen gegen diese Erwägungen zwar diverse Beanstandungen vor, verkennen dabei aber, dass das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung von Art. 251 aZPO/SH nicht frei, sondern nur unter dem Gesichtspunkt eines allfälligen Verstosses gegen Bundesrecht oder gegen Bundesverfassungsrecht beurteilen kann. Entsprechende Rügen tragen die Beschwerdeführer nicht vor, womit sie mit ihrer Kritik an der Anwendung des Schaffhauser Zivilprozessrechts nicht zu hören sind.
3.
Die Beschwerdeführer machen sodann sinngemäss geltend, die Vorinstanz habe die Passivlegitimation der Beklagten 2 zu Unrecht verneint.
3.1. Geht ein Gesellschafter eines an der Fusion beteiligten Rechtsträgers davon aus, das Umtauschverhältnis sei nicht angemessen, kann er innerhalb von zwei Monaten nach der Veröffentlichung des Fusionsbeschlusses verlangen, dass das Gericht eine angemessene Ausgleichszahlung festsetzt (<ref-law>). Diese so genannte Überprüfungsklage dient der wirtschaftlichen Korrektur einer Verletzung des Prinzips der Kontinuität der Mitgliedschaft. Aktivlegitimiert sind Personen, die durch einen den Grundsatz der mitgliedschaftlichen Kontinuität missachtenden Transaktionsbeschluss in ihrer Stellung als Gesellschafter beeinträchtigt wurden (<ref-ruling> E. 2.1.2).
3.2. Während sich die Aktivlegitimation hinsichtlich der Ausgleichszahlung direkt aus dem Wortlaut von <ref-law> ableiten lässt, ist die Passivlegitimation im Gesetz nicht ausdrücklich geregelt (statt aller DUBS/FREHNER, in: Basler Kommentar, 2. Aufl., 2015, N. 43 zu <ref-law>). Immerhin spricht die Kostentragungsregelung von <ref-law> dafür, dass grundsätzlich nur der übernehmende Rechtsträger passivlegitimiert ist. In der Lehre wird denn auch mehrheitlich vertreten, dass bei der Fusion der übernehmende Rechtsträger und nicht etwa die Gesellschafter einer der beteiligten Rechtsträger passivlegitimiert sind ( FELIX C. MEIER-DIETERLE, in: Frank Vischer [Hrsg.], Zürcher Kommentar zum Fusionsgesetz, 2. Aufl., 2012, N. 7 ff. zu <ref-law>; BÜRGI/GLANZMANN, in: Baker & McKenzie [Hrsg.], Fusionsgesetz, 2003, N. 15 zu <ref-law>; AMSTUTZ/MABILLARD, Fusionsgesetz (FusG), Kommentar, 2008, N. 22 ff. zu <ref-law>; DANIEL EMCH, System des Rechtsschutzes im Fusionsgesetz, Diss. Bern, 2006, 139; HOFFMANN-NOWOTNY/KURTH, in: Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, 2. Aufl., N. 7 zu <ref-law>; a.M. DUBS/FREHNER, a.a.O., N. 44 zu <ref-law>, die auch die Gesellschafter, die im Rahmen der fraglichen Transaktion zu viele Wertanteile erhalten haben, für passivlegitimiert halten). Die gegenteilige Auffassung vermag bei der Fusion von Aktiengesellschaften schon deshalb nicht zu überzeugen, weil die Passivlegitimation der Aktionäre eine Durchbrechung jenes aktienrechtlichen Grundsatzes bedeutete, wonach die einzige Pflicht des Aktionärs in der Liberierung seiner Anteile besteht ( EMCH, a.a.O., 139).
3.3. Die Vorinstanz hat sich zu Recht der Mehrheitsmeinung angeschlossen und damit die Passivlegitimation der Beklagten 2 als Aktionärin der übernehmenden Gesellschaft (Beklagte 2) zutreffend verneint. Die Beschwerdeführer bringen in ihrer Beschwerde keine Argumente vor, welche die Auffassung der Vorinstanz als unzutreffend ausweisen würden. Ihre Rüge ist unbegründet.
4.
Die Beschwerdeführer machen sodann geltend, die Vorinstanz habe gegen <ref-law> verstossen, indem sie ihnen die kantonalen Gerichts- und Parteikosten auferlegt hat.
4.1. Die Kosten des Überprüfungsverfahrens trägt grundsätzlich der übernehmende Rechtsträger (<ref-law>). Wenn besondere Umstände es rechtfertigen, kann das Gericht die Kosten ganz oder teilweise den Klägerinnen und Klägern auferlegen (<ref-law>). <ref-law> will Gesellschaftern, die ihre Gesellschafterstellung in Verletzung des Prinzips der Kontinuität der Mitgliedschaft verloren haben, zum wirtschaftlichen Ausgleich erlauben, die Angemessenheit der Abfindungszahlung grundsätzlich ohne Kostenrisiko gerichtlich überprüfen zu lassen. Der Schutzzweck dieser Regelung kommt damit nicht zum Tragen, wenn ein Kläger seine Aktien in Kenntnis der vorgesehenen Abfindung kauft, weil er dann wirtschaftlich betrachtet nur das Recht auf die Abfindung und nicht eine Gesellschafterstellung erwirbt, welche ihm durch die Fusion entzogen werden könnte (<ref-ruling> E. 2.4).
4.2. Das Bundesgericht hat bereits in seinem früheren Urteil 4A_100/2009 vom 15. September 2009 (<ref-ruling>) zum vorliegenden Streitfall erkannt, dass die Beschwerdeführer 1 und 2 ihre Aktien im Rahmen des Übernahmeverfahrens in Kenntnis der vom Mehrheitsaktionär festgelegten Abfindungszahlung gekauft haben, weshalb die Kostenregelung gemäss <ref-law> gemäss ihrem Zweck nicht zur Anwendung kommt (E. 2.4 des genannten Urteils). Nichts anderes gilt - wie die Vorinstanz zu Recht ausgeführt hat - im vorliegenden Fall, und zwar auch im Verhältnis zum Beschwerdeführer 3, der ausweislich der verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (<ref-law>) seine Aktien der absorbierten Gesellschaft ebenfalls erst während der Übernahmeverfahrens erworben hat. Die Vorinstanz hat damit zu Recht <ref-law> nicht angewendet und die Kosten stattdessen nach dem Unterliegerprinzip der aZPO/SH den Beschwerdeführern auferlegt.
5.
Schliesslich beanstanden die Beschwerdeführer die Höhe der ihnen für die kantonalen Verfahren auferlegten Kosten. Dabei verkennen sie, dass die Vorinstanz die Höhe sowohl der Gerichtskosten als auch der Parteientschädigungen nach den Regeln des anwendbaren Schaffhauser Prozessrechts beurteilt bzw. festgesetzt hat und das Bundesgericht deren Anwendung nicht frei überprüfen kann (oben E. 1.2). Die Beschwerdeführer werfen der Vorinstanz bei der Beurteilung bzw. Festsetzung dieser Prozesskosten zwar Willkür vor; dabei tun sie jedoch nicht in einer den Begründungsanforderungen von <ref-law> genügenden Weise dar, dass die vorinstanzlichen Erwägungen nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich sein sollen (<ref-ruling> E. 1.3 S. 4). Auf ihre Beanstandungen gegenüber der Höhe der ihnen auferlegten Prozesskosten ist damit nicht einzutreten.
6.
Die Beschwerde erweist sich als unbegründet, soweit sie überhaupt zulässig ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit insgesamt Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. August 2015
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Klett
Der Gerichtsschreiber: Hurni