Sachverhalt:
A.
Das Strafgericht Basel-Landschaft verurteilte Y._ am 15. April 2011 wegen mehrfacher, teilweise in Gehilfenschaft verübter qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung (Anklagepunkt 2.1) sowie Falschbeurkundung und Steuerbetrugs (Anklagepunkt 5.4) zu einer bedingten Geldstrafe von 270 Tagessätzen zu Fr. 290.--. Von den Vorwürfen der Urkundenfälschung sowie der Gehilfenschaft zum Steuerbetrug (Anklagepunkte 2.6.1 und 2.6.2), der banden- und gewerbsmässigen Geldwäscherei (Anklagepunkte 4.1 und 4.2), der gewerbsmässigen Geldwäscherei (Anklagepunkte 4.3 und 4.4), der Urkundenfälschung und des Steuerbetrugs betreffend die Steuererklärungen für die Jahre 2003 und 2004 (Anklagepunkte 5.1 bis 5.3), der qualifizierten ungetreuen Geschäftsbesorgung (Anklagepunkt 6.1) und der Unterdrückung von Urkunden (Anklagepunkt 7.1) sprach es ihn frei. Das Verfahren gegen Y._ wegen Geldwäscherei (Anklagepunkte 4.1 und 4.4) und ordnungswidriger Führung der Geschäftsbücher sowie Ungehorsams gegen amtliche Verfügungen (Anklagepunkt 7.1) stellte es zufolge Verjährung ein. Auf den Vorwurf des Steuerbetrugs betreffend die Steuererklärungen für die Jahre 2005 und 2006 (Anklagepunkte 5.1 bis 5.3) trat es nicht ein. Die Staatsanwaltschaft legte gegen dieses Urteil Berufung ein.
B.
B.a. Das Kantonsgericht Basel-Landschaft sprach Y._ am 29. Mai 2013 in teilweiser Gutheissung der Berufung der Staatsanwaltschaft wegen mehrfacher, teilweise in Gehilfenschaft verübter qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung, Urkundenfälschung und mehrfachen Steuerbetrugs hinsichtlich der kantonalen Steuern der Kantone Basel-Landschaft und Basel-Stadt schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 17 Monaten und einer Busse von Fr. 2'000.--, als Zusatzstrafe zu der vom Strafbefehlsrichter Basel-Stadt am 23. März 2005 ausgesprochenen Strafe. Es erklärte ihn zudem des mehrfachen Steuerbetrugs bei der direkten Bundessteuer schuldig und auferlegte ihm, als Zusatzstrafe zu der wegen der übrigen Delikte ausgesprochenen Strafe und der Vorstrafe vom 23. März 2005, eine bedingte Freiheitsstrafe von einem Monat und eine Busse von Fr. 1'000.--. Von den Vorwürfen der Gehilfenschaft zum Steuerbetrug (Anklagepunkt 2.6), der banden- und gewerbsmässigen Geldwäscherei (Anklagepunkte 4.1 und 4.2), der gewerbsmässigen Geldwäscherei (Anklagepunkte 4.3 und 4.4), des Steuerbetrugs betreffend das Steuerjahr 2006 (Anklagepunkt 5.1), des Steuerbetrugs (Anklagepunkte 5.2 und 5.3) und der Unterdrückung von Urkunden (Anklagepunkt 7.1) sprach es ihn frei. Auf die gegen Y._ erhobenen Vorwürfe der Urkundenfälschung (Anklagepunkte 2.6 und 5.1 bis 5.3) und des Steuerbetrugs hinsichtlich der Steuerperiode 2003 (Anklagepunkt 5.1) trat es nicht ein.
B.b. Den Schuldsprüchen liegt u.a. folgender Sachverhalt zugrunde (Anklagepunkt 5.1) :
Y._ war Mitglied der Geschäftsführung der C._ AG, welche ihren Sitz per 27. Januar 2005 vom Kanton Basel-Landschaft in den Kanton Basel-Stadt verlegte. Er war in den Jahren 2004 und 2005 u.a. für die Erstellung der Jahresrechnungen und Steuererklärungen der C._ AG zuständig. X._ war Arbeitnehmer und faktisches Organ der C._ AG, an welcher er mit 49,5% beteiligt war. Die Vorinstanz wirft Y._ vor, er habe den Steuerbehörden mit den Steuererklärungen der C._ AG für die Geschäftsjahre 2004 und 2005 inhaltlich unwahre Jahresrechnungen eingereicht, da er darin geschäftsmässig nicht begründeten Aufwand für anwaltliche Bemühungen im Zusammenhang mit dem gegen X._ wegen Straftaten zum Nachteil der A._ Holding (Schweiz) AG (nachfolgend A._) bzw. der B._ AG geführten Strafverfahren als Geschäftsaufwand verbucht habe.
C.
Y._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil vom 29. Mai 2013 aufzuheben und die ihm zustehende Entschädigung für die Kosten seiner Privatverteidigung auf Fr. 65'610.70, eventualiter Fr. 58'320.60 festzusetzen.
D.
Das Kantonsgericht und die Staatsanwaltschaft beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe zu Unrecht auch den Steuerbetrug zum Nachteil des Kantons Basel-Stadt beurteilt. Die C._ AG sei nach der Verlegung ihres Sitzes nach Basel für die Steuerjahre 2005 und 2006 vom Kanton Basel-Stadt zu veranlagen gewesen. Für die Verfolgung von kantonalen Steuerdelikten in diesen Steuerjahren sei daher ausschliesslich der Kanton Basel-Stadt zuständig gewesen. Es liege ein offensichtlicher Übergriff des Kantons Basel-Landschaft in den Zuständigkeitsbereich des Kantons Basel-Stadt und ein Verstoss gegen die von der Bundesverfassung garantierte Struktur des interkantonalen Steuerrechts vor. Die von der Vorinstanz angerufenen Bestimmungen des StGB und der StPO seien Regeln des Bundesrechts, die nicht zur Begründung der Zuständigkeit eines Kantons zur Ahndung von Steuerdelikten nach dem Recht eines anderen Kantons herangezogen werden könnten. Auch der Steuerbetrug bei der direkten Bundessteuer betreffend das Steuerjahr 2005 sei von den Behörden des Kantons Basel-Stadt zu verfolgen. Diesbezüglich richte sich die Zuständigkeit nach Art. 188 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) .
1.2.
1.2.1. Die Vorinstanz erwägt, die C._ AG habe per 27. Januar 2005 ihren Sitz in den Kanton Basel-Stadt verlegt, weshalb sie für die Steuerjahre 2005 und 2006 vom Kanton Basel-Stadt zu veranlagen war. Die Strafverfolgung von Steuerbetrügen bei der direkten Bundessteuer obliege den baselstädtischen Strafverfolgungsbehörden (<ref-law> i.V.m. § 226 des Gesetzes des Kantons Basel-Stadt vom 12. April 2000 über die direkten Steuern [StG/BS]). Gemäss <ref-law> richte sich das Steuerbetrugsverfahren nach den Vorschriften der StPO. Dies gelte aufgrund von <ref-law> auch für die vor dem Inkrafttreten der StPO verübten Steuerbetrüge. Da der Beschwerdeführer die schwersten Delikte im Kanton Basel-Landschaft verübt habe, sei gemäss <ref-law> dieser Kanton zur Beurteilung der Steuerbetrüge zuständig (Urteil E. 3.3 S. 9 und E. 3.5 S. 10).
Bei den kantonalen Steuern des Kantons Basel-Stadt verweise § 226 Abs. 2 StG/BS für das Steuerbetrugsverfahren auf die Strafprozessordnung des Kantons Basel-Stadt vom 8. Januar 1997 (aStPO/BS). Weil das letztgenannte Gesetz per 1. Januar 2011 durch § 46 des baselstädtischen Gesetzes über die Einführung der Schweizerischen Strafprozessordnung vom 13. Oktober 2010 per 1. Januar 2011 aufgehoben worden sei, führe der Verweis ins Leere. Das StG/BS sei insoweit lückenhaft. Das Gericht habe deshalb nach der Regel zu entscheiden, die es als Gesetzgeber aufstellen würde. Gemäss § 2 Abs. 1 aStPO/BS bestimme sich die örtliche Zuständigkeit der kantonalen Behörden nach den Vorschriften des StGB und des Übertretungsstrafgesetzes. Da es sich beim Steuerbetrug um ein Vergehen handle, seien vorliegend einzig die Vorschriften des StGB von Bedeutung. aArt. 350 StGB entspreche <ref-law>. Es sei davon auszugehen, dass der Gesetzgeber die fragliche Lücke in dem Sinne füllen würde, dass er für die Frage der Zuständigkeit bei einer Deliktsmehrheit auf <ref-law> verweisen würde (Urteil E. 3.4 S. 9 f.). Die Vorinstanz schliesst daraus, der Kanton Basel-Landschaft sei auch zur Beurteilung der Steuerbetrugsvorwürfe betreffend die kantonalen Steuern zuständig.
1.2.2. Die Staatsanwaltschaft schliesst sich in ihrer Vernehmlassung der Argumentation der Vorinstanz an.
1.2.3. Das Strafgericht trat auf die angeklagten Steuerbetrüge betreffend die Steuerjahre 2005 und 2006 mangels Zuständigkeit des Kantons Basel-Landschaft nicht ein (erstinstanzliches Urteil S. 53).
1.3.
1.3.1. Bestimmungen zur örtlichen Zuständigkeit für die Verfolgung von Widerhandlungen gegen die Straftatbestände in den Bundesgesetzen waren vor Inkrafttreten der StPO in aArt. 340 ff. StGB verankert. Seit dem 1. Januar 2011 ist die örtliche Zuständigkeit in <ref-law> betreffend den Gerichtsstand geregelt.
1.3.2. Das Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) ist ein Rahmengesetz (vgl. <ref-ruling> E. 3.3; <ref-ruling> E. 4b), das sich in erster Linie an den kantonalen Gesetzgeber richtet (vgl. Art. 1 und 72 StHG). Die Kantone sind verpflichtet, den in Art. 59 Abs. 1 StHG umschriebenen Tatbestand des Steuerbetrugs in der Sache unverändert zu übernehmen (Urteil 6B_453/2011 vom 20. Dezember 2011 E. 5.1 mit Hinweis). Daran ändert nichts, dass es sich bei den in Umsetzung von Art. 59 StHG ergangenen kantonalen Tatbeständen des Steuerbetrugs um kantonales Strafrecht handelt (vgl. Andreas Donatsch, in: Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, 2. Aufl. 2008, N. 63 zu Art. 59; siehe auch Art. 61 StHG).
1.3.3. Der Kanton Basel-Stadt stellt den Steuerbetrug in § 223 Abs. 1 StG/BS unter Strafe. Die Straftatbestände des kantonalen Rechts müssen von einem anderen Kanton nicht zur Verfolgung übernommen werden (vgl. BGE 71 IV 221; Schweri/Bänziger, Interkantonale Gerichtsstandsbestimmung in Strafsachen, 2. Aufl. 2004, N. 30 S. 12). Das Bundesgericht erwog vor Inkrafttreten des StHG, zur Verfolgung und Beurteilung von kantonalrechtlichen Steuerdelikten sei bei Fehlen abweichender Bestimmungen im Bundesrecht oder in einem interkantonalen Konkordat nur der Kanton zuständig, gegen dessen Gesetz sich die Widerhandlung richte, gleichgültig in welchem Kanton dieser gehandelt habe. Den Kantonen fehle die Gerichtsbarkeit für die Strafsachen eines andern Kantons (Urteil AK.32/1985 vom 13. August 1985 E. 1 mit Hinweis auf Schweri, ZStrR 1976/92, S. 118 und Hans Walder, Referat WS 1961/62, S. 3 und 46, publ. in: StR 41/1986 S. 582, StE 1986 B 102.4 Nr. 1, RDAF 1988 S. 98, ASA 55 S. 274). Nur der Kanton könne den Täter wegen des kantonalrechtlichen Steuervergehens verfolgen, gegen dessen Steuergesetz sich die Widerhandlung richte (Urteil AK.32/1985 vom 13. August 1985 E. 2a; in diesem Sinne auch <ref-ruling> E. 5). Diese Rechtsprechung hat weiterhin Gültigkeit, da es sich bei den Steuerbetrugstatbeständen auf dem Gebiet der Kantons- und Gemeindesteuern auch unter dem StHG um kantonales Recht handelt (oben E. 1.3.2). Vorliegend ist keine abweichende Zuständigkeitsregelung auszumachen. § 226 Abs. 1 StG/BS erklärt zur Ahndung von Steuervergehen nach dem StG/BS vielmehr die Strafverfolgungsbehörden im Sinne des baselstädtischen Gesetzes betreffend die Wahl und Organisation der Gerichte und der richterlichen Beamtungen (Gerichtsorganisationsgesetz [GOG/BS]), d.h. die kantonalen Strafverfolgungsbehörden und Gerichte, für zuständig.
An dieser Rechtslage hat sich mit Inkrafttreten der StPO nichts geändert. Die StPO ist auf die Verfolgung und Beurteilung der Straftaten nach kantonalem Recht nicht direkt anwendbar (vgl. <ref-law>). Selbst wenn der Kanton Basel-Stadt die StPO seit dem 1. Januar 2011 als rezipiertes (subsidiäres) Verfahrensrecht für anwendbar erklärt hätte, kann daraus nicht geschlossen werden, der Kanton Basel-Landschaft sei angesichts des von diesem Kanton geführten Strafverfahrens wegen schwererer Straftaten gestützt auf <ref-law> auch zur Verfolgung des Steuerbetrugs nach dem kantonalen Recht des Kantons Basel-Stadt zuständig. § 226 Abs. 1 StG/BS sieht im Gegenteil unverändert vor, dass der Steuerbetrug nach § 223 Abs. 1 StG/BS von den Strafverfolgungsbehörden im Sinne des kantonalen Gerichtsorganisationsgesetzes zu ahnden ist. Hinzu kommt, dass die Kantone einen anderen Kanton nicht zur Übernahme der Verfolgung seiner kantonalen Straftatbestände verpflichten können. Verweise des kantonalen Gesetzgebers auf die Gerichtsstandsbestimmungen des StGB bzw. der StPO betreffen daher in erster Linie den innerkantonalen Gerichtsstand (dazu <ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 2a; Trechsel/Lieber, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, N. 10 vor aArt. 340 StGB).
1.3.4. Gemäss <ref-law> verfolgt die für das kantonale Steuervergehen zuständige Behörde auch das Vergehen gegen die direkte Bundessteuer. Die Bestimmung entspricht dem früheren Art. 133bis Abs. 1 lit. a des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (aBdBSt). Der Kanton, der den Täter wegen des kantonalrechtlichen Steuerbetrugs verfolgt, hat demnach auch den konkurrierenden Steuerbetrug auf dem Gebiet der direkten Bundessteuer zu ahnden (vgl. Urteil AK.32/1985 vom 13. August 1985 E. 2a). <ref-law> ist damit eine eigentliche Gerichtsstandsregel, die den allgemeinen Bestimmungen von aArt. 340 ff. StGB (vgl. Nay/Thommen, Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 5 vor aArt. 340 StGB) bzw. <ref-law> vorgeht.
1.4. Die C._ AG verlegte ihren Sitz per 27. Januar 2005 vom Kanton Basel-Landschaft in den Kanton Basel-Stadt, weshalb sie für die Steuerperiode 2005 in diesen beiden Kantonen steuerpflichtig war (Art. 22 Abs. 1 StHG). Für die Veranlagung zuständig waren die Behörden des Kantons Basel-Stadt, da die C._ AG am Ende der Steuerperiode ihren Sitz in diesem Kanton hatte (Art. 22 Abs. 1 i.V.m. Art. 39 Abs. 2 StHG; Urteil 2P.212/2004 vom 23. November 2004 E. 3.2 und 3.3). Die juristische Person, die im Laufe der Steuerperiode ihren Sitz oder ihre tatsächliche Verwaltung in einen anderen Kanton verlegt, erfüllt ihre Deklarationspflicht mit der Einreichung einer einzigen Steuererklärung für die gesamte (ungeteilte) Steuerperiode im Zuzugskanton (Urteil 2P.212/2004 vom 23. November 2004 E. 3.2). Die tatbestandsmässige Handlung besteht beim Steuerbetrug im Gebrauch von gefälschten, verfälschten oder inhaltlich unwahren Urkunden gegenüber der Steuerbehörde (vgl. <ref-law>; Art. 59 Abs. 1 StHG). Die Vorinstanz brachte hinsichtlich des Steuerjahrs 2005 nebst dem Tatbestand von <ref-law> zu Unrecht sowohl § 148 Abs. 1 des Gesetzes des Kantons Basel-Landschaft vom 7. Februar 1974 über die Staats- und Gemeindesteuern (StG/BL) als auch <ref-law>/BS zur Anwendung (vgl. Urteil S. 98 und 100). Dass der Gesetzgeber bei der Sitzverlegung von juristischen Personen während der Steuerperiode - anders als beim Wohnsitzwechsel von natürlichen Personen (Art. 68 Abs. 1 StHG) - aus finanzpolitischen Gründen eine (in der Regel "pro rata temporis" vorzunehmende) Steuerausscheidung vorsieht, kann nicht zur Folge haben, dass sich der Beschwerdeführer für ein und dieselbe Handlung sowohl nach § 148 Abs. 1 StG/BL als auch nach <ref-law>/BS verantworten muss. Die Strafbarkeit wegen Steuerbetrugs richtet sich in solchen Fällen vielmehr ausschliesslich nach dem Recht des Veranlagungskantons, d.h. vorliegend nach demjenigen des Kantons Basel-Stadt. Unerheblich ist, dass die C._ AG die Steuererklärung 2005 gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen fälschlicherweise bei der Steuerverwaltung Basel-Landschaft einreichte, welche diese der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt weiterleitete (vgl. Urteil S. 93 und 98).
Ob sich der Beschwerdeführer bezüglich der Kantons- und Gemeindesteuern im Zusammenhang mit der Steuererklärung der C._ AG für das Geschäftsjahr 2005 des Steuerbetrugs strafbar machte, beurteilt sich einzig nach § 223 Abs. 1 StG/BS. Da der kantonale Steuerbetrug durch den betroffenen Kanton zu ahnden ist und sich die Zuständigkeit auf dem Gebiet der direkten Bundessteuer nach derjenigen bei den Kantons- und Gemeindesteuern richtet (<ref-law>), liegt die gesetzliche Zuständigkeit für die Beurteilung der Steuerbetrüge betreffend das Steuerjahr 2005 beim Kanton Basel-Stadt.
1.5. Für Streitigkeiten zur interkantonalen Zuständigkeit betreffend die Verfolgung von Straftaten nach Bundesrecht ist das Bundesstrafgericht zuständig (Art. 279 Abs. 1 und 2 aBStP; Art. 40 f. StPO). Das Gesuch um Bestimmung des Gerichtsstands kann bis zum Zeitpunkt des (erstinstanzlichen) Urteils grundsätzlich jederzeit gestellt werden. Doch muss es rechtzeitig, d.h. sobald dies nach den konkreten Umständen zumutbar ist, eingereicht werden (vgl. Art. 41 Abs. 1 und 2 StPO; <ref-ruling> E. 1; Urteil 6B_188/2013 vom 4. Juli 2013 E. 3.1). Die Zuständigkeit des Bundesstrafgerichts betrifft allerdings nur Bundesstrafsachen, die nach Bundesgesetzen von kantonalen Behörden zu beurteilen sind. Das Bundesstrafgericht kann nicht angerufen werden, wenn es um die Zuständigkeit auf dem Gebiet des kantonalen Strafrechts geht (vgl. <ref-ruling> E. 5; <ref-ruling> E. 1; Urteil AK.32/1985 vom 13. August 1985 E. 1 betreffend jeweils die Zuständigkeit bei Gerichtsstandskonflikten der früheren Anklagekammer des Bundesgerichts; Schweri/Bänziger, a.a.O., N. 30 S. 12). Das Strafgericht und die Vorinstanz prüften die interkantonale Zuständigkeit daher zu Recht im Hauptverfahren.
Zwar handelt es sich beim Steuerbetrug nach <ref-law> (direkte Bundessteuer) um Bundesrecht. Die interkantonale Zuständigkeit richtet sich allerdings nicht nach den allgemeinen Regeln von Art. 340 ff. aStGB bzw. <ref-law>, sondern nach der besonderen Bestimmung von <ref-law>. Da nur ein Kanton für die Veranlagung zuständig ist und getäuscht werden kann und dieser Kanton gemäss <ref-law> auch für die Strafverfolgung aufzukommen hat, sollte es an sich keine interkantonalen Kompetenzkonflikte geben (in diesem Sinne KÄNZIG/BEHNISCH, Die direkte Bundessteuer, III. Teil, 2. Aufl. 1992, N. 8 zu Art. 133 bis aBdBSt). Da <ref-law> ausdrücklich die Behörde für zuständig erklärt, die auch den kantonalen Steuerbetrug zu ahnden hat, und der Gesetzgeber demnach ein Auseinanderfallen der Zuständigkeit für die Beurteilung des Steuerbetrugs nach <ref-law> und des kantonalen Steuerbetrugs verhindern wollte, kann dem Beschwerdeführer nicht zum Vorwurf gemacht werden, dass er nicht wenigstens bezüglich des Steuerbetrugs auf dem Gebiet der direkten Bundessteuer das Bundesstrafgericht anrief. Ein Eintreten lediglich auf den Steuerbetrug nach <ref-law> mit der Begründung, der Beschwerdeführer habe die Zuständigkeit des Kantons Basel-Landschaft akzeptiert, würde Sinn und Zweck von <ref-law> widersprechen.
1.6. Ob sich der Kanton Basel-Landschaft allenfalls gestützt auf eine Gerichtsstandsvereinbarung (vgl. <ref-law>; dazu auch Schweri/Bänziger, a.a.O., N. 429 S. 147 und N. 437 ff. S. 149 f.) für zuständig erklären durfte, braucht nicht geprüft zu werden. Die Parteien machen nicht geltend, eine solche habe vorgelegen.
1.7. Da die Zuständigkeit für die Beurteilung des Steuerbetrugs nach § 223 Abs. 1 StG/BS und des Steuerbetrugs nach <ref-law> betreffend die Steuerjahre 2005 und 2006 beim Kanton Basel-Stadt lag, trat die Vorinstanz auf die Anklage in diesem Punkt zu Unrecht ein.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer ficht die Schuldsprüche wegen Steuerbetrugs (Kantons- und Gemeindesteuern sowie direkte Bundessteuer) an.
2.2. Bezüglich des Steuerjahrs 2004 erklärte sich die Vorinstanz für die Beurteilung des Steuerbetrugs zutreffend für zuständig. Sie erwägt, der Beschwerdeführer habe bei der C._ AG in der Jahresrechnung 2004 anwaltliche Aufwendungen für strafrechtliche Bemühungen erfolgswirksam verbucht. Diese Ausgaben würden nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (Urteil 2A.90/2001 und 2A.91/2001 vom 25. Januar 2002 E. 6.1) keine geschäftsmässig begründeten Gewinnungskosten darstellen. Sie beträfen primär die Person von X._ und nicht (oder nur mittelbar) dessen Berufstätigkeit, zumal sie nicht mit besonderen Berufsrisiken zusammenhängen würden. Selbst wenn man Strafverteidigungsaufwendungen eines Angestellten beim Arbeitgeber grundsätzlich als geschäftsmässig begründeten Aufwand betrachtete, müsste davon ausgegangen werden, dass der Strafverteidigungsaufwand von X._ in erheblichem Umfang nicht geschäftsmässig bedingt war. Die strafrechtliche Verteidigung sei für Handlungen und Unterlassungen erfolgt, die X._ als Angestellter der A._ bzw. B._ AG begangen habe. Zwischen der Ausübung der unternehmerischen Tätigkeit der C._ AG und diesen Aufwendungen bestehe kein unmittelbarer kausaler Zusammenhang (Urteil E. 4.2.4.1.3.2.2 S. 97). Durch die erfolgswirksame Verbuchung der nicht geschäftsmässig begründeten Strafverteidigungsaufwendungen sei der Reingewinn entsprechend zu tief ausgewiesen worden. Der Beschwerdeführer habe in der Folge den zu niedrigen Reingewinn in der Steuererklärung 2004 deklariert. Indem er die Steuererklärung 2004 zusammen mit der Jahresrechnung 2004 bei den Steuerbehörden eingereicht habe, habe er den objektiven Tatbestand des Steuerbetrugs gemäss <ref-law> und § 148 Abs. 1 StG/BL erfüllt (Urteil S. 97 f.). Er habe vorsätzlich und in der Absicht der Steuerhinterziehung gehandelt. Als Organ der C._ AG und für das Rechnungswesen verantwortliche Person habe er die Buchhaltungsgrundsätze kennen müssen. Es müsse ihm klar gewesen sein, dass die fraglichen Aufwendungen für die Strafverteidigung Auslagen waren, die X._ privat zu tragen gehabt hätte und die keinen Eingang in die Jahresrechnung 2004 der C._ AG hätten finden dürfen (Urteil E. 4.2.4.2.2 S. 99 f.).
2.3. Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, X._ habe die inkriminierten Handlungen und Unterlassungen als Zeichnungsberechtigter und Angestellter der C._ AG begangen. Insofern liege der von der bundesgerichtlichen Rechtsprechung geforderte direkte kausale Zusammenhang zwischen den inkriminierten Handlungen und Unterlassungen von X._ als Angestellter der C._ AG und der unternehmerischen Tätigkeit der C._ AG durchaus vor. Er habe mit der Übernahme und Verbuchung der Strafverteidigungskosten von X._ lediglich seine arbeitsrechtliche Fürsorgepflicht gegenüber dem Organ und leitenden Angestellten der C._ AG wahrgenommen. Zugleich habe er damit auch die berechtigten Interessen der C._ AG gewahrt, die durch die langwierige Strafuntersuchung schwer in Mitleidenschaft gezogen worden seien. Die C._ AG sei nicht nur von einigen Anklagepunkten direkt oder indirekt betroffen gewesen, sondern auch indirekt in das Verfahren hineingezogen worden. Ihr Geschäftsbetrieb sei durch die Untersuchungshandlungen über Jahre empfindlich beeinträchtigt gewesen. Es habe neben den ungewissen rechtlichen und personellen Konsequenzen für die C._ AG auch die Gefahr eines Reputationsschadens bestanden. Es habe daher sehr wohl ein Recht der C._ AG zur Ergreifung von Verteidigungsmassnahmen und zur direkten Übernahme der Strafverteidigungskosten bestanden, die die Gesellschaft und ihre Organe betrafen. Die Aussage des Revisors V._, für ihn sei "normal" gewesen, dass die C._ AG für X._ den Verteidigungsaufwand übernahm, soweit dieser die ihm zur Last gelegten Delikte als Angestellter der C._ AG begangen haben soll, verwundere nicht. Als einfacher Rheinschiffer ohne spezifische Fachkenntnisse im Buchführungs- und Unternehmenssteuerrecht habe er sich darauf verlassen dürfen, dass ihn der Revisor von einer unrechtmässigen Verbuchung der Strafverteidigungskosten abhalten würde.
2.4.
2.4.1. Den Tatbestand des Steuerbetrugs gemäss <ref-law> erfüllt, wer zum Zwecke einer Steuerhinterziehung gefälschte, verfälschte oder inhaltlich unwahre Urkunden wie Geschäftsbücher, Bilanzen, Erfolgsrechnungen oder Lohnausweise und andere Bescheinigungen Dritter zur Täuschung gebraucht. Eine Steuerhinterziehung begeht in objektiver Hinsicht u.a., wer als Steuerpflichtiger bewirkt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterbleibt oder dass eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist (<ref-law>). In subjektiver Hinsicht setzt der Steuerbetrug ein vorsätzliches Handeln voraus, wobei auch der Eventualvorsatz strafbar ist (Art. 333 Abs. 1 i.V.m. Art. 12 Abs. 1 und 2 StGB). Erforderlich ist zudem, dass der Täter die zumindest möglicherweise falsche Urkunde zum Zwecke, d.h. in der Absicht verwendet, die Steuerbehörde in einen Irrtum über die für die Veranlagung massgebenden Tatsachen zu versetzen (Urteil 6B_453/2011 vom 20. Dezember 2011 E. 5.2). Der Tatbestand des Steuerbetrugs ist bereits mit der Einreichung der unechten oder unwahren Urkunde beim Steueramt in der Absicht der Steuerhinterziehung vollendet. Der Eintritt eines Erfolgs etwa im Sinne einer unvollständigen Veranlagung ist nicht erforderlich (Urteile 6B_453/2011 vom 20. Dezember 2011 E. 5.2; 6S.147/2003 vom 30. April 2005 E. 2.4.1).
2.4.2. Einen Steuerbetrug nach § 148 Abs. 1 StG/BL begeht, wer zum Zwecke der Steuerhinterziehung gefälschte, verfälschte oder inhaltlich unwahre Urkunden wie Geschäftsbücher, Bilanzen, Erfolgsrechnungen oder Lohnausweise und andere Bescheinigungen Dritter zur Täuschung gebraucht. Art. 59 Abs. 1 StHG entspricht inhaltlich <ref-law>. Da die Kantone den in Art. 59 Abs. 1 StHG umschriebenen Tatbestand des Steuerbetrugs in der Sache unverändert übernehmen müssen, prüft das Bundesgericht die Anwendung von § 148 Abs. 1 StG/BL im Ergebnis ebenfalls mit voller Kognition (vgl. Urteil 6B_453/2011 vom 20. Dezember 2011 E. 5.1).
2.4.3.
2.4.3.1. Ob eine Jahresrechnung inhaltlich unwahr im Sinne von <ref-law> ist, beurteilt sich nach den gleichen Grundsätzen wie bei der Falschbeurkundung nach <ref-law> (Urteil 6B_755/2012 vom 4. Juli 2013 E. 2.2 mit Hinweisen). Eine falsche Buchung erfüllt den Tatbestand der Falschbeurkundung, wenn die zivilrechtlichen Buchungsvorschriften und -grundsätze verletzt werden, die errichtet worden sind, um die Wahrheit der Erklärung und damit die erhöhte Glaubwürdigkeit der Buchführung zu gewährleisten. Solche Grundsätze werden namentlich in den gesetzlichen Bestimmungen über die ordnungsgemässe Rechnungslegung des Aktienrechts und in den Vorschriften der <ref-law> aufgestellt, die den Inhalt bestimmter Schriftstücke näher festlegen (<ref-ruling> E. 8.1; <ref-ruling> E. 2b).
2.4.3.2. Die Erfolgsrechnung ist inhaltlich unwahr, wenn Einnahmen nicht verbucht werden (<ref-ruling> E. 2c). Gleiches gilt, wenn Auslagen, die privater Natur sind, als geschäftsbedingt ausgewiesen oder wenn Lohnzahlungen auf einem sachfremden Aufwandkonto verbucht werden (BGE <ref-ruling> E. 2c). Dies kann namentlich bei sog. verdeckten Gewinnausschüttungen (siehe dazu etwa <ref-ruling> E. 5; Urteil 2C_272/2011 vom 5. Dezember 2011 E. 3.2.1 m.w.H.) der Fall sein. Ob und in welchem Umfang eine Auslage angesichts des Gesellschaftszwecks noch geschäftsbedingt ist, kann in gewissen Grenzfällen diskutabel sein. Ist dies der Fall, führt die Aufrechnung von Auslagen, welche in der Buchhaltung als geschäftsbedingt, von der Steuerbehörde jedoch als privat qualifiziert wurden, nicht zu einem Schuldspruch wegen Steuerbetrugs. Anders verhält es sich, wenn offensichtlich private Aufwendungen Eingang in die Geschäftsbuchhaltung finden und als geschäftsbedingt verbucht werden (Urteil 6B_453/2011 vom 20. Dezember 2011 E. 5.6).
2.4.4. Die Verletzung der steuerrechtlichen Regeln geht nicht zwingend mit einer Falschbeurkundung einher (Urteil 6B_755/2012 vom 4. Juli 2013 E. 2.4.3). Ausgangspunkt und Grundlage für die steuerrechtliche Gewinnermittlung bildet der Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages aus dem Vorjahr (<ref-law>). Das Steuerrecht knüpft an die Handelsbilanz an. Für das Steuerrecht finden grundsätzlich die handelsrechtlichen Gewinnermittlungsvorschriften Anwendung. Gemäss dem Grundsatz der Massgeblichkeit der Handelsbilanz gelten die zwingenden Vorschriften des Buchführungsrechts grundsätzlich auch im Steuerrecht. Aus dem Massgeblichkeitsgrundsatz folgt, dass die Steuerverwaltungen auf die handelsrechtskonform erstellte Bilanz und Erfolgsrechnung abzustellen haben, soweit daneben nicht steuerrechtliche Vorschriften Abweichungen ermöglichen oder verlangen (zum Ganzen <ref-ruling> E. 6.3; <ref-ruling> E. 2.2; Urteil 2C_533/2012 vom 19. Februar 2013 E. 3.2.1 mit Hinweisen). Die Verbindlichkeit der Jahresrechnung entfällt nur insoweit, als diese gegen zwingende Vorschriften des Handelsrechts verstösst oder steuerrechtliche Korrekturvorschriften zu beachten sind (Urteil 2A.549/2005 vom 16. Juni 2006 E. 2.1 mit Hinweis). Die geltenden Bewertungsvorschriften des Handelsrechts sind Höchstbewertungsvorschriften, die primär zum Schutz der Gläubiger verhindern wollen, dass die Ertrags- und Vermögenslage zu günstig ausgewiesen wird. Die steuerrechtlichen Korrekturvorschriften dagegen wollen erreichen, dass die Ertrags- und Vermögenslage entsprechend der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (<ref-law>), d.h. nicht zu ungünstig ausgewiesen wird (Urteil 2C_515/2010 vom 13. September 2011 E. 2.3 mit Hinweis). Solche steuerrechtlichen Korrekturvorschriften sind in Art. 58 Abs. 1 lit. b und c DBG enthalten (Richner/Frei/Kaufmann/Meuter, Handkommentar zum DBG, 2. Aufl. 2009, N. 73 ff. zu <ref-law>).
2.5.
2.5.1. Die Vorinstanz stellt auf das Urteil 2A.90/2001 vom 25. Januar 2002 ab. Dieser Entscheid betraf einen selbständigerwerbenden Rechtsanwalt, der zu einer hohen Schadenersatzzahlung verurteilt wurde. Der Anwalt machte aufgrund des damals noch laufenden Haftpflichtverfahrens in seinen Steuererklärungen namhafte Rückstellungen sowie Anwalts- und Prozesskosten geltend, die von der Steuerbehörde und letztinstanzlich vom Bundesgericht jedoch nicht zum Abzug zugelassen wurden. Das Bundesgericht erwog, als geschäfts- und berufsmässig begründete Kosten, welche bei Selbständigerwerbenden gemäss <ref-law> von den steuerbaren Einkünften abzuziehen seien, gälten nur Aufwendungen, die unmittelbar für die Erzielung des Einkommens getätigt werden und hiermit in einem direkten ursächlichen Zusammenhang stehen (Urteil 2A.90/2001 vom 25. Januar 2002 E. 3.1). Ein solcher unmittelbarer Zusammenhang mit der geschäftlichen Tätigkeit sei bei grober Fahrlässigkeit oder gar Vorsatz zu verneinen. Eine Schadenersatzleistung zähle nur zu den Gewinnungskosten, wenn ein enger Zusammenhang zwischen ihr und dem aus der beruflichen Tätigkeit fliessenden Betriebsrisiko bestehe. Dies setze voraus, dass das Risiko, ersatzpflichtig zu werden, derart eng mit der Erwerbstätigkeit verbunden sei, dass es bei der betreffenden Art von Betätigung in Kauf genommen werden müsse und eine nicht ohne Weiteres vermeidbare Begleiterscheinung darstelle (Urteil, a.a.O., E. 5.1). Das Bundesgericht verneinte dies im damals zu beurteilenden Fall (Urteil, a.a.O., E. 5.2). Entsprechend bezeichnete es auch die Anwalts- und Prozesskosten zur Abwehr des Schadenersatzanspruchs als Auslagen für private Verfahren, die - wie grundsätzlich auch jene für Strafprozesse - nicht zu den Gewinnungskosten zählten (Urteil, a.a.O., E. 6.1). Diese Grundsätze gelangen nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung auch für die Beurteilung der abzugsfähigen Berufskosten bei der Besteuerung von unselbständigerwerbenden Personen (vgl. <ref-law>) zur Anwendung (vgl. etwa Urteil 2C_465/2011 vom 10. Februar 2012 E. 2.2 und 2.3 mit Hinweisen).
2.5.2. Die vom Bundesgericht im Urteil 2A.90/2001 vom 25. Januar 2002 dargelegten Grundsätze können entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht auf die Besteuerung von (buchführungspflichtigen) juristischen Personen übertragen werden. Insoweit gilt das Massgeblichkeitsprinzip (oben E. 2.4.4). Insbesondere sagen die steuerrechtlichen Vorschriften - um solche geht es in dem der Vorinstanz zitierten Urteil 2A.90/2001 vom 25. Januar 2002 - aber nichts darüber aus, welche (entsprechend zu verbuchenden) Leistungen eine Aktiengesellschaft ihren Arbeitnehmern erbringen darf und wann bei der Verbuchung solcher Leistungen handelsrechtliche Grundsätze verletzt werden.
2.6. Die Vorinstanz wirft dem Beschwerdeführer nicht vor, die Auslagen für die Strafverteidigung von X._ seien auf einem sachfremden Aufwandkonto verbucht worden. Streitig ist einzig, ob es sich dabei um offensichtlichen Privataufwand handelt, der mit der C._ AG in keinem Zusammenhang steht, und für welchen diese gar nicht hätte aufkommen dürfen bzw. der als Gewinnausschüttung an X._ zu verbuchen gewesen wäre. Inwiefern diese Voraussetzungen vorliegend erfüllt sind, legt die Vorinstanz nicht dar.
2.6.1. X._ war bis am 31. Dezember 2002 Prokurist bei der A._, dies als Arbeitnehmer. Ab dem 1. Januar 2003 war er Arbeitnehmer der C._ AG und gestützt auf einen zwischen der A._, der B._ AG und der C._ AG abgeschlossenen Managementvertrag vom 13. Dezember 2002 im Auftragsverhältnis für die B._ AG tätig. Das Strafverfahren gegen X._ betraf im Wesentlichen den Vorwurf der ungetreuen Geschäftsbesorgung zum Nachteil der A._ und der B._ AG. Die Staatsanwaltschaft warf ihm namentlich vor, er habe in Verletzung seiner arbeitsrechtlichen Treuepflicht bzw. seiner auftragsrechtlichen Ablieferungspflicht über die H._ AG und die C._ AG Vermittlungsprovisionen (sog. Kickback-Zahlungen) einvernahmt, welche der A._ bzw. der B._ AG zugestanden hätten. Zur Generierung der Provisionen habe er es unterlassen, für die Arbeit- bzw. Auftraggeberin Frachtverträge zu bestmöglichen Konditionen abzuschliessen (Fall H._, Anklageschrift Ziff. 2.1). Zwischen Juni und September 2003 soll er über vier von der F._ AG an die B._ AG adressierte Rechnungen Zahlungen an zwei Partikuliere ausgerichtet haben, auf welche diese keinen Anspruch gehabt hätten, wodurch er die B._ AG geschädigt habe (Fall F._, Anklageschrift Ziff. 3). In Verletzung des Managementvertrags vom 13. Dezember 2002, der direkt oder indirekt konkurrenzierende Tätigkeiten untersage, habe er zudem namens der C._ AG ein Schiff der I._ gechartert und damit für die J._ einen Frachtauftrag ausgeführt (Fall J._/I._, Anklageschrift Ziff. 6.1). In den Fällen F._ und J._/I._ kam es erstinstanzlich zu einem Freispruch von X._, zweitinstanzlich jedoch zu einem Schuldspruch. Der Fall F._ bildete zudem Gegenstand des Bundesgerichtsverfahrens 6B_642/2013. Aktenkundig ist überdies, dass bezüglich fünf weiterer von der A._ und der B._ AG zur Anzeige gebrachter Sachverhaltskomplexe betreffend Vorwürfe gegenüber X._ wegen Veruntreuung, ungetreuer Geschäftsbesorgung und ev. Betrugs am 2. Februar 2005 ein Einstellungsbeschluss erging.
2.6.2. Da X._ ab dem 1. Januar 2003 im Auftragsverhältnis gestützt auf den Managementvertrag vom 13. Dezember 2002 für die B._ AG im Einsatz war, wurde er nicht in eigenem Namen für die B._ AG tätig, sondern mittelbar durch die C._ AG. Er beging die angezeigten Taten grossmehrheitlich nach dem 1. Januar 2003, d.h. als Angestellter der C._ AG. Insofern bestand zwischen seiner Tätigkeit für die C._ AG und den strafrechtlichen Vorwürfen ein unmittelbarer Zusammenhang, wenn auch nicht im Sinne eines aus der beruflichen Tätigkeit fliessenden Betriebsrisikos, wie die bundesgerichtliche Rechtsprechung dies für die Annahme von abzugsfähigen Berufskosten bei natürlichen Personen verlangt (dazu oben E. 2.5.1). Die Vorinstanz anerkennt, dass die C._ AG aufgrund der X._ in der fraglichen Zeit vorgeworfenen Verfehlungen damit rechnen musste, zivilrechtlich in Anspruch genommen zu werden. Sie erachtet die hierfür in den Jahresrechnungen 2004 und 2005 erfolgten Rückstellungen daher als gerechtfertigt (Urteil E. 4.2.4.1.3.1.3 S. 96). Ebenso wenig macht sie dem Beschwerdeführer zum Vorwurf, dass er die Anwaltskosten betreffend die mit den Verfehlungen von X._ im Zusammenhang stehenden zivilrechtlichen Aspekte in der Geschäftsbuchhaltung der C._ AG als Aufwand verbuchte (Urteil S. 90-92). Die C._ AG hatte ein Interesse daran, eine Verurteilung von X._ zu verhindern, da ein Schuldspruch unmittelbaren Einfluss auf die Zivilforderungen ihr gegenüber hatte. Die erstinstanzlichen Freisprüche und der Einstellungsbeschluss vom 2. Februar 2005 zeigen zudem, dass dies nicht von vornherein aussichtslos war. Eine effiziente Strafverfolgung lag somit auch im Interesse der C._ AG. Unter diesen Umständen kann dem Beschwerdeführer nicht zum Vorwurf gemacht werden, er habe durch die Verbuchung der von der C._ AG übernommenen Strafverteidigungskosten deren Geschäftsbuchhaltung verfälscht.
Die Beschwerdegegnerin macht in ihrer Vernehmlassung geltend, X._ habe den ganzen Fall H._ nicht als Angestellter der C._ AG begangen (act. 14 S. 2). Damit widerspricht sie ihrer Anklageschrift. Der darin als "Fall H._" bezeichnete Anklagevorwurf betraf klarerweise auch die C._ AG und die Zeit nach dem 31. Dezember 2002.
2.6.3. Die Vorinstanz geht zu Unrecht davon aus, die Jahresrechnung 2004 der C._ AG sei inhaltlich unwahr gewesen.
3.
Da die Beschwerde im Strafpunkt gutzuheissen ist, erübrigt sich eine Behandlung der weiteren Rügen betreffend die fehlende Strafanzeige der Steuerverwaltungen (Beschwerde S. 12 f.), die Strafzumessung (Beschwerde S. 20-24) und die Entschädigungsfolgen (Beschwerde S. 24-28).
4.
Die Beschwerde ist gutzuheissen und das angefochtene Urteil im Anklagepunkt 5.1 bezüglich der Schuldsprüche wegen mehrfachen Steuerbetrugs (Steuerjahre 2004-2005) sowie des Freispruchs vom Vorwurf des Steuerbetrugs (Steuerjahr 2006) aufzuheben. Es sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, das Urteil des Kantonsgerichts Basel-Landschaft vom 29. Mai 2013 teilweise aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben.
3.
Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Februar 2014
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld