A.- Mit Verfügung vom 14. Januar 1999 wies die EL-Stelle des Amtes für AHV und IV des Kantons Thurgau das Gesuch der 1943 geborenen T._ um Ergänzungsleistungen zu ihrer Rente der Invalidenversicherung mit Wirkung ab 1. Juli 1997 ab, da das anrechenbare Einkommen die Ausgaben um Fr. 1'067. - übersteige. Dabei berücksichtigte sie unter anderem ein hypothetisches Erwerbseinkommen von Fr. 10'973. - und ein der Hälfte der Austrittsleistung der Pensionskasse des in der Türkei lebenden Ehemannes entsprechendes Vermögen von Fr. 67'002. -.
B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 9. August 1999 in dem Sinne teilweise gut, als sie die angefochtene Verfügung aufhob und die Sache an die EL-Stelle zurückwies, damit diese den Anspruch der Versicherten an der Kapitalauszahlung der Vorsorgeeinrichtung des Ehemannes neu berechne.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt T._ beantragen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei die Sache an die EL-Stelle zurückzuweisen, damit diese die Leistungen ohne Anrechnung eines hypothetischen Erwerbseinkommens und eines hypothetischen Vermögens neu festlege. Zudem ersucht sie um unentgeltliche Verbeiständung.
Die EL-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Das Bundesamt für Sozialversicherung hat sich nicht vernehmen lassen.
D.- Mit Urteil vom 8. November 1999 hat das Eidgenössische Versicherungsgericht die gegen die Zwischenverfügung der AHV/IV-Rekurskommission vom 22. März 1999 betreffend unentgeltliche Rechtspflege im kantonalen Verfahren gerichtete Verwaltungsgerichtsbeschwerde gutgeheissen und die Sache zur weiteren Abklärung und neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückgewiesen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Streitig auf Grund der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist zunächst die Frage, ob der Berechnung der
Ergänzungsleistung ein hypothetisches Erwerbseinkommen zu Grunde zu legen ist.
Die Vorinstanz hat die in diesem Zusammenhang massgebende Verordnungsbestimmung des Art. 14a Abs. 2 lit. c ELV über die Anrechnung von hypothetischen Erwerbseinkommen bei Teilinvaliden sowie die hiezu ergangene Rechtsprechung (<ref-ruling> Erw. 2c, 204 Erw. 2a, 115 V 92; ZAK 1992 S. 176 f. Erw. 2c, 1989 S. 571 Erw. 3b) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
2.- a) Die Vorinstanz ist davon ausgegangen, dass die Beschwerdeführerin mit Wirkung ab 1. Juli 1997 bei einem Invaliditätsgrad von 64 % eine halbe Rente der Invalidenversicherung bezieht. Gemäss Bericht des Dr. med. M._ könne der polymorbiden Versicherten eine 30 %ige bis maximal 50 %ige Arbeitsfähigkeit bei günstigem klinischem Verlauf zugemutet werden. Nach den ärztlichen Feststellungen sei die Patientin ungelernt, wobei lediglich äusserst leichte Arbeiten in Frage kämen, bei denen der rechte Arm nur begrenzt belastet werde; zudem müsse sie sich wegen der arthrotischen Beschwerden immer wieder hinsetzen können. Nach Auffassung der Rekurskommission sind somit sehr leichte industrielle Tätigkeiten oder leichte wechselbelastende Hausarbeiten zumutbar, welche regelmässig von ungelernten Arbeitskräften und auch solchen mit mangelnden Sprachkenntnissen ausgeübt werden könnten. Irgendwelche Hinweise darauf, dass sich die Beschwerdeführerin erfolglos um eine entsprechende invaliditätsangepasste Tätigkeit bemüht habe, liessen sich den Akten nicht entnehmen. Im Rahmen ihrer Restarbeitsfähigkeit könne die Versicherte ein Einkommen von rund Fr. 11'600. - erzielen.
b) In ihrer Verwaltungsgerichtsbeschwerde - wie bereits im vorinstanzlichen Verfahren - macht die Beschwerdeführerin geltend, sie habe sich nach ihrer Entlassung als Hilfsarbeiterin in der Firma X._ bei der Arbeitslosenversicherung angemeldet und ab Januar 1995 während zwei Jahren gestempelt. Trotz zahlreicher Bewerbungen habe sie keine Stelle in den Bereichen Reinigung und Bäckerei gefunden. Die Berufsberaterin der Invalidenversicherung habe in ihrem Bericht vom 25. November 1997 festgehalten, wegen der Fixierung auf die medizinisch nachgewiesenen Beschwerden sei die Versicherte einem wirtschaftlich denkenden Arbeitgeber nicht zumutbar. Eine Umschulung habe nicht nur aus gesundheitlichen, sondern auch aus invaliditätsfremden Gründen wie mangelnde Ausbildung und Deutschkenntnisse, Alter und Wirtschaftslage nicht durchgeführt werden können. Auch in einem Industriebetrieb könne sie keine Stelle finden, was die Bemühungen während der Arbeitslosigkeit klar bestätigt hätten. Zudem würden auf dem Arbeitsmarkt Beschäftigte mit 56 Jahren frühpensioniert und nicht neu eingestellt.
c) Damit bringt die Beschwerdeführerin gewichtige Gründe vor, welche geeignet sein könnten, die gesetzliche Vermutung des Art. 14a Abs. 2 ELV umzustossen. Weist eine versicherte Person während der Zeit des Taggeldbezuges bei der Arbeitslosenversicherung zahlreiche erfolglose Arbeitsbemühungen nach, stellt dies zumindest ein Indiz dafür dar, dass sie aus invaliditätsfremden Gründen ausserstande ist, die ihr verbliebene theoretische Restarbeitsfähigkeit tatsächlich zu verwerten bzw. wirtschaftlich zu nutzen. Ist eine Stellenlosigkeit auf schlechten Willen zurückzuführen, kommt es bei der Arbeitslosenversicherung zu Einstellungen oder gar zur Verneinung der Vermittlungsfähigkeit im Sinne der Vermittlungsbereitschaft. Ebenso können von der IV-Stelle veranlasste berufliche Abklärungen und Stellungnahmen von Berufsberatern Hinweise auf die Gründe der Erwerbslosigkeit geben. Nach der Rechtsprechung sind bei der Prüfung der Frage, ob die Ausübung einer Tätigkeit im Sinne der erwähnten Verordnungsbestimmung in grundsätzlicher wie masslicher Hinsicht möglich und zumutbar ist, entsprechend der Zielsetzung der EL sämtliche objektiven und subjektiven Verumständungen zu berücksichtigen, welche die Realisierung eines Einkommens verhindern oder erschweren. Bringt die versicherte Person vor, sie sei nicht in der Lage, ein entsprechendes Einkommen zu erzielen, hat die Verwaltung in Nachachtung des Untersuchungsgrundsatzes abzuklären, ob die angegebenen Gründe die Vermutungsfolge des Art. 14a ELV umzustossen vermögen (<ref-ruling> Erw. 2c, 3b und 204 Erw. 2a, b; ZAK 1989 S. 572 Erw. 3c). Wie es sich hinsichtlich der geltend gemachten invaliditätsfremden Gründe der Erwerbslosigkeit mit Blick auf die Beschwerdeführerin verhält, lässt sich auf Grund der zur Verfügung stehenden Unterlagen nicht abschliessend beurteilen. Die Sache ist daher an die Verwaltung zurückzuweisen, damit sie dazu ergänzende Abklärungen treffe und bezüglich des anrechenbaren Einkommens neu befinde.
3.- Es stellt sich die Frage, ob der Beschwerdeführerin im Rahmen der Ergänzungsleistungsberechnung ein Vermögenswert in Höhe von Fr. 67'002. - anzurechnen ist. Bei diesem Betrag handelt es sich um die Hälfte der Austrittsleistung von Fr. 134'004. 95, welche die Pensionskasse dem in die Türkei ausgereisten Ehemann beim Erreichen des Rentenalters per 30. Juni 1997 ausbezahlt hat.
a) Die Vorinstanz vertritt die Auffassung, die vom Ehemann bezogene Kapitalleistung gehöre zu seiner eherechtlichen Errungenschaft, weshalb der Beschwerdeführerin nicht zum Vornherein die Hälfte davon zustehe. Innerhalb der gesetzlichen Schranken könne jeder Ehegatte seine Errungenschaft und sein Eigengut verwalten, nutzen und darüber verfügen. Während der Dauer des Güterstandes habe die Beschwerdeführerin einen anwartschaftlichen Anspruch und im Zeitpunkt der Auflösung stehe ihr eine entsprechende Vorschlagsbeteiligung an den Vermögenswerten ihres Ehegatten zu. Da sich der anwartschaftliche Anspruch in einem entsprechenden Verfahren durchsetzen oder in eine Vorschlagsbeteiligung umwandeln lasse, müsse sich die Versicherte diesen Vermögenswert anrechnen lassen. In masslicher Hinsicht sei im Sinne von <ref-law> von der Kapitalleistung der beruflichen Vorsorge der Kapitalwert der Rente dem Eigengut des Ehemannes zuzurechnen, während der Beschwerdeführerin eine Vorschlagsteilung am Restbetrag zustehe. Die Rekurskommission wies die Verwaltung an, die anwartschaftliche Vorschlagsberechnung in diesem Sinne vorzunehmen, und hernach über den Anspruch auf Ergänzungsleistungen neu zu befinden.
b) Die Beschwerdeführerin bringt dagegen vor, ihr Ehemann habe mit dem Pensionskassengeld in der Türkei eine Eigentumswohnung gekauft und eingerichtet. Seither verfüge er über keine liquiden Mittel mehr, und er sei auf Grund seiner Einkommens- und Vermögenslage weder in der Lage noch gewillt, sie finanziell zu unterstützen. Hinzu komme, dass gestützt auf Art. 10 ELV und die vom Bundesamt für Sozialversicherung herausgegebene Wegleitung über die Ergänzungsleistungen zur AHV und IV (WEL) Einkommen und Vermögen von im Ausland lebenden Ehepartnern bei der Bemessung der Ergänzungsleistung unberücksichtigt zu bleiben hätten. Anzurechnen seien lediglich die familienrechtlichen Unterhaltsleistungen, zu denen der im Ausland lebende Ehegatte verpflichtet sei.
4.- a) Zu den nach Art. 3c Abs. 1 ELG anrechenbaren Einnahmen zählt unter anderem ein Fünfzehntel des Reinvermögens, soweit es bei Alleinstehenden Fr. 25'000. - übersteigt (lit. c). Da die Ergänzungsleistungen die Deckung der laufenden Lebensbedürfnisse bezwecken, gilt der Grundsatz, dass bei der Anspruchsberechnung nur tatsächlich vereinnahmte Einkünfte und vorhandene Vermögenswerte zu berücksichtigen sind, über die der Leistungsansprecher ungeschmälert verfügen kann; vorbehalten bleibt der Tatbestand des Vermögensverzichts (<ref-ruling> Erw. 5a mit Hinweisen; ZAK 1989 S. 329 Erw. 3b).
b) Leistungen zu Gunsten von Arbeitnehmern im Zusammenhang mit der beruflichen Vorsorge gehören gemäss
<ref-law> zur Errungenschaft. Ebenso gehören Ersatzanschaffungen für diese Leistungen dazu (<ref-law>). Jeder Ehegatte bleibt grundsätzlich frei, sein Eigentum selber zu verwalten und zu nutzen sowie darüber zu verfügen (<ref-law>). Vorbehalten bleibt allerdings die Pflicht, an den Unterhalt beizutragen (Art. 163 f. ZGB; Heinz Hausheer, in: Kommentar zum Schweizerischen Privatrecht, ZGB I, N 14 f. zu Art. 201). Der Güterstand der Errungenschaftsbeteiligung wird mit dem Tod eines Ehegatten oder mit der Vereinbarung eines anderen Güterstandes aufgelöst (<ref-law>). Bei Scheidung, Trennung, Ungültigerklärung der Ehe oder gerichtlicher Anordnung der Gütertrennung wird die Auflösung des Güterstandes auf den Tag zurückbezogen, an dem das Begehren eingereicht worden ist (<ref-law>). Errungenschaft und Eigengut jedes Ehegatten werden nach ihrem Bestand im Zeitpunkt der Auflösung des Güterstandes ausgeschieden (<ref-law>). Wird die Leistung in Form einer (einmaligen) Kapitalabfindung erbracht und enthält diese kapitalisierte Renten, die sich auf die Zeit nach der Auflösung des Güterstandes beziehen, ist dieser Kapitalanteil gemäss <ref-law> dem Eigengut anzurechnen (Marlies Näf-Hofmann, Schweizerisches Ehe- und Erbrecht, Zürich 1998, S. 432 f.; Heinz Hausheer, a.a.O., N 12 zu Art. 207). Was vom Gesamtwert der Errungenschaft, einschliesslich der hinzugerechneten Vermögenswerte und der Ersatzforderungen, nach Abzug der auf ihr lastenden Schulden verbleibt, bildet den Vorschlag (Art. 210 Abs. 1
ZGB).
c) Der Nettowert aller in der Errungenschaft zusammengefassten Vermögenswerte bildet demnach den Vorschlag eines Ehegatten. Im Hinblick auf deren ergänzungsleistungsrechtliche Behandlung stellt sich die Frage der Rechtsnatur dieser Beteiligungsforderung vor Auflösung des Güterstandes. Dabei gilt es zu berücksichtigen, dass die Vorschlagsberechnung erst bei der güterrechtlichen Auseinandersetzung stattfindet, nachdem ein Auflösungsgrund (z.B. Tod, Scheidung oder Vereinbarung eines andern Güterstandes) eingetreten ist. Vor diesem Zeitpunkt hat kein Gatte Anspruch auf eine Beteiligung am Vorschlag des andern. Von einer Vorschlagsbeteiligung kann nur im Sinne einer Anwartschaft in Form einer ungewissen Aussicht auf einen künftigen Rechtserwerb gesprochen werden. Auf Grund der gegenseitigen Beteiligung am Vorschlag mit gesetzlicher Verrechnung (<ref-law>) steht nicht einmal fest, welchem Ehegatten letztlich eine Beteiligungsforderung zustehen wird. Über die künftige Beteiligungsforderung kann zwar von Todes wegen verfügt werden, hingegen ist sie während der Dauer des Güterstandes weder abtretbar noch verpfändbar; ebensowenig entspricht sie einem Aktivum, das zur Konkursmasse gezogen werden könnte. Ein Anspruch auf vorzeitige Erfüllung der Beteiligungsforderung besteht vor Auflösung des Güterstandes auch dann nicht, wenn ein Ehegatte dringend auf Geld angewiesen ist. Während der Dauer der Errungenschaftsbeteiligung kann ein Ehegatte als eherechtliche Rechtsgrundlage für vermögensrechtliche Forderungen gegenüber dem andern lediglich Art. 163 ff. und Art. 176 ZGB anrufen (Hausheer/Reusser/Geiser, Berner Kommentar, N 17 zu <ref-law>; Näf-Hofmann, a.a.O., S. 245).
d) Im Lichte dieser Darlegungen erweist sich das Vorgehen von EL-Stelle und Vorinstanz als rechtlich nicht zulässig. Kann der Anspruch eines Ehegatten auf die ihm bei der Auflösung des Güterstandes zustehende Vorschlagsbeteiligung vor diesem Zeitpunkt nicht veräussert oder verwertet werden, stellt dieser Anteil keinen Vermögenswert dar, der im Rahmen der Ergänzungsleistungsberechnung zu berücksichtigen wäre. In den Akten weist nichts darauf hin, dass infolge Trennung eine güterrechtliche Auseinandersetzung stattgefunden hätte. In der Anmeldung zum Bezug von Ergänzungsleistungen vom 30. Juli 1998 gab die Beschwerdeführerin ihren Zivilstand mit "verheiratet" an und in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde führt sie aus, ihr Ehemann lebe aus finanziellen Gründen seit Juli 1997 getrennt von der Familie in der Türkei. Da für die Beurteilung die Verhältnisse im Zeitpunkt des Erlasses der Verfügung massgebend sind (<ref-ruling> Erw. 1b mit Hinweisen), braucht nicht geprüft zu werden, wie im Falle einer gerichtlichen Trennung zu urteilen wäre. Auch eine Prüfung der von der Beschwerdeführerin aufgeworfenen Frage, wonach es Art. 10 ELV im vorliegenden Fall verbiete, Anteile am Vermögen des im Ausland lebenden Ehegatten anzurechnen, erübrigt sich unter diesen Umständen.
5.- Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG). Dem Prozessausgang entsprechend steht der Versicherten eine Parteientschädigung zu (Art. 159 Erw. 2 in Verbindung mit Art. 135 OG). Das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung erweist sich damit als gegenstandslos.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau vom 9. August 1999 und die Verfügung der EL-Stelle des Kantons Thurgau vom 14. Januar 1999 aufgehoben werden und die Sache an die Verwaltung zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf Ergänzungsleistung neu befinde.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die EL-Stelle des Kantons Thurgau hat T._ für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500. - zu bezahlen.
IV. Die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
V. Dieses Urteil wird den Parteien, der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 5. Juni 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: