Sachverhalt:
A. Der serbische Staatsangehörige Y._, geb. 1966, heiratete 1991 die in der Schweiz niedergelassene Landsmännin X._, geb. 1972, worauf er 1992 in die Schweiz einreiste und die Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei der Ehefrau im Kanton Zürich erhielt, letztmals verlängert bis zum 23. Juni 1994. Aus der Ehe gingen die Söhne A._, geb. 1993, und B._, geb. 1999, hervor. A._ ist heute Schweizer Bürger und B._ im Besitz der Niederlassungsbewilligung.
Mit rechtskräftigem Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 9. Januar 1997 wurde Y._ wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu einer Zuchthausstrafe von sieben Jahren verurteilt.
Mit Verfügung vom 23. Oktober 1997 wies die Fremdenpolizei des Kantons Zürich ein Gesuch von Y._ um Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung ab und ordnete an, er habe das zürcherische Kantonsgebiet unverzüglich nach Entlassung aus dem Strafvollzug zu verlassen. Einen hiegegen erhobenen Rekurs wies der Regierungsrat des Kantons Zürich am 5. August 1998 ab. Am 14. Oktober 1998 dehnte das Bundesamt für Ausländerfragen (heute: Bundesamt für Migration) die Wegweisungsverfügung auf die ganze Schweiz aus und ordnete an, Y._ habe die Schweiz bis zum 8. November 1998 zu verlassen. Gleichzeitig verfügte das Bundesamt über Y._ eine Einreisesperre auf unbestimmte Zeit.
Nach seiner vorzeitigen Entlassung aus dem Strafvollzug anfangs November 1998 war Y._ nicht auffindbar, weshalb die auf den 10. Februar 1999 angesetzte Ausschaffung nicht erfolgen konnte. Nach seiner Verhaftung zur Sicherstellung des Ausweisungsvollzugs wurde Y._ schliesslich am 8. März 2000 ausgeschafft.
B. Nachdem das (heutige) Bundesamt für Migration die über Y._ verfügte Einreisesperre dreimal suspendiert hatte (um den Jahreswechsel 2004/05 und 2005/06 für jeweils rund einen halben Monat bzw. 2007/08 für maximal 30 Tage), um ihm den Besuch bei seinen Angehörigen in der Schweiz zu ermöglichen, hob es diese am 20. Dezember 2007 wiedererwägungsweise auf.
Mit Verfügung vom 14. Mai 2008 wies die Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich, Migrationsamt, das von X._ und Y._ am 1. Februar 2008 eingereichte Gesuch um Erteilung einer Einreisebewilligung für Letzteren zwecks Familiennachzugs ab. Hiegegen rekurrierte X._ erfolglos an den Regierungsrat des Kantons Zürich (Beschluss vom 13. August 2008).
C. Mit Entscheid vom 3. Dezember 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, die von X._ hiegegen eingereichte Beschwerde ab.
D. Mit Eingabe vom 19. Januar 2009 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, den "angefochtenen Beschluss" (Entscheid des Verwaltungsgerichts) aufzuheben und Y._ den Nachzug zu seiner Ehefrau und seinen beiden Kindern in die Schweiz zu bewilligen. Sodann ersucht sie für das bundesgerichtliche Verfahren um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung sowie um eine Parteientschädigung. Entsprechend seien die kantonalen Vorinstanzen anzuweisen, die unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung für die kantonalen Rechtsmittelverfahren zu bewilligen, bzw. die kantonalen Behörden anzuweisen, eine Parteientschädigung für die kantonalen Verfahrensabschnitte zuzusprechen.
Die Staatskanzlei (im Auftrag des Regierungsrates) des Kantons Zürich und das Bundesamt für Migration schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (4. Abteilung) verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 <ref-law> schliesst die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen Entscheide über ausländerrechtliche Bewilligungen aus, auf deren Erteilung weder nach dem Bundes- noch dem Völkerrecht ein Rechtsanspruch besteht.
1.2 Gemäss Art. 43 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20), welches vorliegend auf das am 1. Februar 2008 eingereichte Gesuch Anwendung findet (vgl. Art. 126 Abs. 1 AuG e contrario), haben ausländische Ehegatten von Personen mit Niederlassungsbewilligung Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung, wenn sie mit diesen zusammenwohnen.
Y._ ist mit der Beschwerdeführerin, welche über die Niederlassungsbewilligung verfügt, verheiratet und beabsichtigt, mit dieser (wieder) zusammenzuleben. Er hat damit einen grundsätzlichen Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung. Ein analoger Anspruch besteht zudem aufgrund des in Art. 8 EMRK bzw. <ref-law> garantierten Rechts auf Achtung des Familienlebens, wenn nahe Angehörige - wie hier die Ehefrau und die beiden (eingebürgerten bzw. niedergelassenen) minderjährigen Kinder - über ein gefestigtes Anwesenheitsrecht in der Schweiz verfügen und die familiäre Beziehung tatsächlich gelebt wird (statt vieler: <ref-ruling> E. 3.1 S. 285 f.; betreffend Nachzug eines Elternteils zu einem minderjährigen Kind mit gefestigtem Anwesenheitsrecht [sog. "umgekehrter Familiennachzug"]: <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 146; <ref-ruling> E. 1d und e S. 64 ff.; <ref-ruling> E. 1c S. 292 ff.).
Ob der Anspruch gemäss Art. 51 Abs. 2 lit. b AuG erloschen ist, weil - wie die Vorinstanzen angenommen haben - ein Widerrufsgrund nach Art. 62 AuG vorliegt, ist eine Frage der materiellen Beurteilung und nicht der Zulässigkeit des Rechtsmittels (Urteil 2C_793/2008 vom 27. März 2009, E. 1 mit Hinweis). Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist damit zulässig und die Beschwerdeführerin ist hiezu legitimiert (<ref-law>).
1.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
Eine qualifizierte Rügepflicht gilt u.a. hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten. Das Bundesgericht prüft solche Rügen nur, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden sind (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law> bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.5 S. 146 f.).
2. 2.1 Gemäss Art. 51 Abs. 2 AuG erlöschen die Ansprüche nach Art. 43 AuG (oben E. 1.2), wenn sie rechtsmissbräuchlich geltend gemacht werden (lit. a) oder Widerrufsgründe nach Art. 62 AuG vorliegen (lit. b). Einen derartigen Widerrufsgrund setzt ein Ausländer unter anderem dann, wenn er "zu einer längerfristigen Freiheitsstrafe verurteilt wurde" (Art. 62 lit. b AuG) oder "erheblich oder wiederholt gegen die öffentliche Sicherheit und Ordnung in der Schweiz oder im Ausland verstossen hat oder diese gefährdet" (Art. 62 lit. c AuG). Das ist unter anderem der Fall bei einer Missachtung von gesetzlichen Vorschriften und behördlichen Verfügungen (<ref-law> [SR142.201]); eine Gefährdung der öffentlichen Sicherheit und Ordnung liegt vor, wenn konkrete Anhaltspunkte dafür sprechen, dass der Aufenthalt der betroffenen Person in der Schweiz mit erheblicher Wahrscheinlichkeit zu einem Verstoss gegen die öffentliche Sicherheit und Ordnung führt (<ref-law>). Zu beachten ist dabei, dass die Voraussetzungen für einen Widerruf der Aufenthaltsbewilligung wegen Verstosses bzw. Gefährdung der öffentlichen Sicherheit und Ordnung beim ausländischen Ehegatten eines Niedergelassenen weniger streng sind als beim Ehegatten eines Schweizers, wo ein "schwerwiegender" Verstoss (bzw. eine entsprechende Gefährdung) vorliegen muss (Art. 51 Abs. 1 lit. b in Verbindung mit Art. 63 Abs. 1 lit. b AuG); im ersten Fall (Art. 62 Abs. 1 lit. c AuG) genügt demgegenüber alternativ ein erheblicher oder ein wiederholter Verstoss (bzw. eine entsprechende Gefährdung).
Bei gegebenen Voraussetzungen rechtfertigt sich der Widerruf bzw. die Verweigerung der Bewilligung zudem nur, wenn die jeweils im Einzelfall vorzunehmende Interessenabwägung die entsprechende Massnahme als verhältnismässig erscheinen lässt, wobei namentlich die Schwere des Verschuldens, die Dauer der Anwesenheit sowie die dem Betroffenen und seiner Familie drohenden Nachteile zu berücksichtigen sind (vgl. Art. 96 AuG; Urteil 2C_793/2008 vom 27. März 2009, E. 2.1 mit Hinweisen). Was das Fernhalteinteresse anbetrifft, so darf bei Ausländern, welche sich nicht auf das Freizügigkeitsabkommen (FZA; SR 0.142.112.681) berufen können, im Rahmen der Interessenabwägung abgesehen von der aktuellen Gefährdung der öffentlichen Ordnung und Sicherheit, die von der betroffenen Einzelperson ausgeht, namentlich auch generalpräventiven Gesichtspunkten Rechnung getragen werden.
2.2 Hat ein Ausländer nahe Verwandte mit einem gefestigten Anwesenheitsrecht in der Schweiz und wird die intakte familiäre Beziehung tatsächlich gelebt, kann es Art. 8 EMRK bzw. <ref-law> verletzen, wenn ihm die Anwesenheit in der Schweiz untersagt und damit sein Familienleben vereitelt wird (<ref-ruling> E. 3.1 S. 285 mit Hinweisen). Der betreffende Anspruch gilt indessen nicht absolut. Vielmehr ist nach Art. 8 Ziff. 2 EMRK ein Eingriff in das durch Ziff. 1 geschützte Rechtsgut statthaft, soweit er gesetzlich vorgesehen ist und eine Massnahme darstellt, die in einer demokratischen Gesellschaft für die nationale Sicherheit, die öffentliche Ruhe und Ordnung, das wirtschaftliche Wohl des Landes, die Verteidigung der Ordnung und zur Verhinderung von strafbaren Handlungen, zum Schutz der Gesellschaft und Moral sowie der Rechte und Freiheiten anderer notwendig ist. Die Konvention verlangt insofern eine Abwägung der sich gegenüberstehenden privaten Interessen an der Bewilligungserteilung und den öffentlichen Interessen an deren Verweigerung, wobei Letztere in dem Sinne überwiegen müssen, dass sich der Eingriff als notwendig erweist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 147, 153 E. 2.2.1 S. 156; <ref-ruling> E. 2 S. 6 mit Hinweisen). Als zulässiges öffentliches Interesse fällt dabei grundsätzlich auch das Durchsetzen einer restriktiven Einwanderungspolitik im Hinblick auf ein ausgewogenes Verhältnis zwischen schweizerischer und ausländischer Wohnbevölkerung, die Schaffung günstiger Rahmenbedingungen für die Eingliederung der in der Schweiz ansässigen Ausländer und die Verbesserung der Arbeitsmarktstruktur sowie eine möglichst ausgeglichene Beschäftigung in Betracht (<ref-ruling> E. 2.2 S. 147, 153 E. 2.2.1 S. 156). Soweit es um die Verweigerung des Anwesenheitsrechts eines ausländischen, sorgeberechtigten Elternteils eines schweizerischen Kindes geht, verlangt die neuere Rechtsprechung jedoch zusätzlich das Vorliegen von ordnungs- oder sicherheitspolizeilichen Gründen (<ref-ruling> E. 4 S. 150 ff., 153 E. 2.2.4 S. 158).
Bei der Interessenabwägung im Rahmen von Art. 8 Ziff. 2 EMRK sind die Schwere des begangenen Delikts, der seit der Tat vergangene Zeitraum, das Verhalten des Ausländers während dieser Periode, die Auswirkungen auf die betroffene Person sowie deren familiäre Situation zu berücksichtigen. Zudem sind die Dauer der ehelichen Beziehung und weitere Gesichtspunkte relevant, welche Rückschlüsse auf deren Intensität zulassen (Geburt und Alter allfälliger Kinder; Kenntnis der Tatsache, dass die Beziehung wegen der Straftat unter Umständen nicht in der Schweiz gelebt werden kann). Von Bedeutung sind auch die Nachteile, welche dem Ehepartner oder den Kindern erwachsen würden, müssten sie dem Betroffenen in dessen Heimatstaat folgen (Urteile 2C_793/2008 vom 27. März 2009, E. 2.1; 2A.65/2006 vom 23. Juni 2006, E. 2 mit Hinweis auf das Urteil des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte vom 2. August 2001 i.S. Boultif gegen die Schweiz, publ. in: VPB 65/2001 Nr. 138 S. 1392 Rz. 48 S. 1389 f.; vgl. auch die Urteile des EGMR vom 18. Oktober 2006 i.S. Üner gegen die Niederlande, Rz. 57, sowie vom 23. Juni 2008 i.S. Maslov gegen Österreich, Rz. 57 f.).
3. 3.1 Im vorliegenden Fall wurde Y._, welcher von 1992 bis 1994 über eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib bei seiner Ehefrau (Beschwerdeführerin) verfügte, diese Bewilligung mit Blick auf die Verurteilung zu einer langjährigen Freiheitsstrafe wegen schwerer Drogendelikte nicht mehr verlängert und gegen ihn eine zeitlich unbefristete Einreisesperre verfügt. Nach der wiedererwägungsweisen Aufhebung der Fernhaltemassnahme ersucht die Beschwerdeführerin, welche ihrem Ehemann nicht ins gemeinsame Heimatland gefolgt, sondern zusammen mit den Kindern in der Schweiz geblieben ist, nunmehr erneut um eine Aufenthaltsbewilligung für diesen im Rahmen des Familiennachzugs. Es stellt sich mithin die Frage, ob die strafrechtliche Verurteilung von Y._ im Januar 1997, nachdem sich dieser seit seiner Ausschaffung im Jahr 2000 - abgesehen von bewilligten Kurzaufenthalten - von der Schweiz fernzuhalten hatte, nach wie vor genügend Gewicht hat, um ihm den Aufenthalt bei seiner Ehefrau und den Kindern auch heute noch zu verwehren, wie dies die Vorinstanz im angefochtenen Urteil in Übereinstimmung mit der kantonalen Fremdenpolizeibehörde annimmt.
3.2 Unstreitig ist, dass Y._ mit seiner schweren Drogendelinquenz, derentwegen er mit einer Freiheitsstrafe von sieben Jahren verurteilt wurde, neurechtlich den Widerrufsgrund von Art. 62 lit. b AuG (Verurteilung zu einer "längerfristigen" Freiheitsstrafe) erfüllt.
Eine strafrechtliche Verurteilung verunmöglicht die Erteilung einer neuen Aufenthaltsbewilligung jedoch nicht zwingend ein für allemal. Soweit der Ausländer, gegen den Entfernungsmassnahmen ergriffen wurden, nach wie vor einen Rechtsanspruch auf Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung besitzt und es seinen hier anwesenden nahen Angehörigen nicht zumutbar ist, ihm ins Heimatland zu folgen und dort das Familienleben zu pflegen, kann eine Neubeurteilung angezeigt sein, wenn sich der Betroffene seit der Verurteilung bzw. Strafverbüssung bewährt und er sich über eine angemessene Dauer in seiner Heimat klaglos verhalten hat, so dass eine Integration in die hiesigen Verhältnisse absehbar und eine allfällige Rückfallgefahr vernachlässigbar erscheint (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 504; Urteil 2C_793/2008 vom 27. März 2009, E. 3.2). Auch verlieren generalpräventive Überlegungen (oben E. 2.1), soweit Entfernungs- bzw. Fernhaltemassnahmen gegen den Fehlbaren einmal ergriffen, durchgesetzt und für eine der Schwere der Tat angemessene Zeitdauer aufrecht erhalten worden sind, zunehmend an Bedeutung; hat sich der Betroffene zwischenzeitlich nichts mehr zuschulden kommen lassen und geht von ihm keine Gefahr mehr für die öffentliche Sicherheit und Ordnung aus, besitzen sie für sich allein in aller Regel nicht genügend Gewicht, um eine fortwährende Einschränkung des Rechts auf Familienleben weiterhin zu rechtfertigen. Der Zeitablauf, verbunden mit Deliktsfreiheit, kann mithin dazu führen, dass die Interessenabwägung anders ausfällt, als zum Zeitpunkt der strafrechtlichen Verurteilung oder der Entlassung aus dem Strafvollzug. Damit wird insbesondere dem aus dem konventions- und verfassungsrechtlichen Anspruch auf Achtung des Familienlebens folgenden Gesichtspunkt Rechnung getragen, wonach es auf die seit der Tat verflossene Zeit und das seitherige Verhalten des Ausländers ankommt (oben E. 2.2, mit Hinweisen auf die Strassburger Rechtsprechung). Bei der Beurteilung des Rückfallrisikos ist nach Art und Ausmass der möglichen Rechtsgüterverletzung zu differenzieren: Je schwerer die möglichen Rechtsgüterverletzungen sind, desto niedriger sind die Anforderungen an die in Kauf zu nehmende Rückfallgefahr. Je länger ein Straftäter aber deliktsfrei lebt, um so eher lässt sich ihm wieder Vertrauen entgegenbringen und kann sich die Annahme rechtfertigen, dass es zu keinen weiteren Straftaten kommt.
3.3 Ausgangspunkt bildet vorliegend die Verurteilung des Ehemannes der Beschwerdeführerin wegen schwerer Drogendelikte. Gemäss Strafurteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 9. Januar 1997, auf welches sich die Vorinstanz stützt, hat Y._ im Rahmen der Beteiligung an einem "sehr intensiven, international organisierten Drogenhandel" innert zehn Monaten gewerbsmässig eine sehr grosse Menge an Drogen umgesetzt, wobei er "hierarchisch auf einer sehr hohen Ebene" gehandelt und eine erhebliche Skrupellosigkeit gezeigt hat. Die Tathandlungen erfolgten aus freien Stücken bzw. aus Gewinnstreben; dabei hat Y._ selber keine Drogen konsumiert. Die deliktische Tätigkeit, in welche u.a. auch seine Ehefrau (Beschwerdeführerin) und sein Schwager verstrickt waren, nahm er "schon relativ bald nach seiner Einreise in die Schweiz" auf und dauerte im Wesentlichen bis zu seiner Verhaftung im März 1994 an, erstreckte sich mithin - abgesehen von der Zeit in Untersuchungshaft und im Strafvollzug - annähernd auf die gesamte Dauer seiner kurzen Anwesenheit. Angesichts der mit der grossen Drogenmenge verbundenen Gefährdung vieler Menschen (Überschreiten der Grenze zum schweren Fall um ein Vielfaches) sowie der Stellung von Y._ innerhalb der Organisation und seinem Vorgehen ist mit der Vorinstanz von einem auch in fremdenpolizeilicher Hinsicht sehr schweren Verschulden auszugehen. Dies umso mehr als das Bundesgericht im Zusammenhang mit derartigen Straftaten - in Übereinstimmung mit der in Europa herrschenden Rechtsüberzeugung (vgl. <ref-ruling> E. 6 u. E. 7 S. 220 ff.) - eine strenge Praxis verfolgt (<ref-ruling> E. 4a/aa S. 527). Dass vom Drogenhandel keine unmittelbare, konkrete Gefährdung für hochwertige Rechtsgüter wie Leib und Leben oder die sexuelle Integrität ausgeht, wie das Bundesgericht in strafrechtlichem Zusammenhang ausgeführt hat (<ref-ruling> E. 3.2 S. 206 mit Hinweis), ändert nichts daran, dass fremdenpolizeilich, wo dem Schutz der öffentlichen Sicherheit und Ordnung in der Schweiz besonderes Gewicht beigemessen wird, selbst ein relativ geringes Rückfallrisiko nicht hingenommen werden muss.
Auch kann aus dem nachträglichen Verhalten von Y._ bis zu seiner Ausschaffung aus der Schweiz nichts zu seinen Gunsten abgeleitet werden: Die ins Feld geführte bedingte Entlassung aus dem Strafvollzug bildet bei der Verbüssung von Freiheitsstrafen die Regel und deren Verweigerung die Ausnahme (vgl. mit Bezug auf <ref-law> in der Fassung gemäss dem neuen allgemeinen Teil des Strafgesetzbuches: <ref-ruling> E. 2.2 S. 203). Von einem Wohlverhalten im Strafvollzug lässt sich jedoch nicht ohne weiteres auf eine nachhaltige Läuterung schliessen. Dies muss umso mehr gelten, als sich aus dem Führungsbericht vom 19. Oktober 1998 ergibt, dass sich die Leistungen von Y._ bei der internen Arbeit in Grenzen hielten, er ständig kontrolliert werden musste und bisweilen Probleme mit Vorgesetzten hatte (insbesondere wenn er Aufträge von Frauen entgegennehmen musste). Hinzu kommt, dass Y._ nach Strafverbüssung nicht wie vorgesehen ausgeschafft werden konnte, da ihn die Behörden (vorerst) nicht zu Hause auffinden konnten. Ob er sich dabei bewusst durch Untertauchen der drohenden Ausschaffung entziehen wollte, was in der Beschwerde bestritten wird, lässt sich aufgrund der Aktenlage nicht mit letzter Sicherheit belegen. Es war ihm jedoch bekannt, dass und binnen welcher Frist er die Schweiz nach Entlassung aus dem Strafvollzug zu verlassen hatte, und er ist dieser behördlichen Anordnung nicht nachgekommen. Dieses Verhalten lässt gewisse Zweifel daran aufkommen, ob Y._ aus dem Strafvollzug seine Lehren gezogen hat und künftig bereit ist, sich vorbehaltlos an die Rechtsordnung zu halten, wie dies unter den gegebenen Umständen ohne weiteres erwartet werden darf.
3.4 Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin bedeutet der Umstand, dass das zuständige Bundesamt die über ihren Ehemann auf unbestimmte Zeit verfügte Einreisesperre im Dezember 2007 aufhob, nicht zwingend, dass ihm seitens der kantonalen Behörden nunmehr auch der Aufenthalt gestattet werden müsste. Bei der Einreisesperre (Art. 13 Abs. 1 ANAG, neurechtlich: Einreiseverbot gemäss Art. 67 Abs. 1 AuG) handelt es sich um eine Fernhaltemassnahme, welche es einem in der Schweiz unerwünschten Ausländer verwehrt, ohne besondere Ermächtigung (wieder) ins Land einzureisen. Das Vorliegen einer Einreisesperre steht gemäss der bundesgerichtlichen Praxis der Geltendmachung und allfälligen Anerkennung eines Rechtsanspruches auf Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung nicht entgegen (Urteil 2C_473/2008 vom 17. November 2008, E. 2.3 mit Hinweisen). Umgekehrt vermag aber auch das Auslaufen oder die wiedererwägungsweise Aufhebung einer Einreisesperre die Interessenabwägung bei der Erteilung einer neuen Aufenthaltsbewilligung nicht direkt zu beeinflussen (vgl. Urteil 2C_793/2008 vom 27. März 2009, E. 3.2). Es kann unter Umständen durchaus Sinn machen, einem vormals aufenthaltsberechtigten Ausländer mit nahen Angehörigen in der Schweiz, welcher das Land wegen strafrechtlicher Verurteilungen zu verlassen hatte, nach einer bestimmten Zeit durch Aufhebung der Einreisesperre zu ermöglichen, sich ohne besondere Erlaubnis zunächst lediglich im Rahmen von Besuchsaufenthalten von bis zu drei Monaten bewilligungsfrei (Art. 10 Abs. 1 AuG) in der Schweiz aufzuhalten, und ihm erst im Falle einer weiteren Bewährung und unter Berücksichtigung der dannzumaligen öffentlichen Interessen den Aufenthalt allenfalls wieder dauerhaft zu ermöglichen.
3.5 Zu berücksichtigen ist nach dem oben Gesagten (oben E. 3.2) indessen auch der Zeitablauf und das seitherige Verhalten des Ehemannes der Beschwerdeführerin. Vorliegend sind seit der Deliktsbegehung bis zum verwaltungsgerichtlichen Urteil knapp 15 Jahre vergangen, seit Entlassung aus dem Strafvollzug (November 1998) gut zehn Jahre. Y._ hat sich nach seiner Ausschaffung aus der Schweiz (Frühjahr 2000) während neun Jahren getrennt von seiner Familie in Serbien aufgehalten. Dabei wurde der Kontakt zwischen der Beschwerdeführerin, den Kindern und ihm telefonisch sowie durch jährliche, meist mehrwöchige Besuchsaufenthalte im Heimatstaat aufrechterhalten und gepflegt. Laut einem von der Beschwerdeführerin vor Bundesgericht eingereichten, aktuellen Leumundszeugnis des örtlichen Amtsgerichtes hat sich Y._ seit seiner Rückkehr in Serbien nichts zuschulden kommen lassen. Auch scheint er inzwischen beruflich Tritt gefasst zu haben, übt er doch offenbar seit 2007 in einem Möbelgeschäft die Tätigkeit eines Möbelkaufmanns aus. Angesichts der widersprüchlichen Angaben der Beteiligten zu diesem Punkt ist jedoch nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz vorerst von einer in beruflicher Hinsicht nicht nachhaltigen und seit längerem gelungenen Integration ausgeht. Nicht beurteilen lässt sich ferner das seitherige Verhalten von Y._ in der Schweiz: Von den ihm bewilligten drei Suspendierungen der Einreisesperre hat er tatsächlich nur eine für einen Besuch bei seiner Familie genutzt, wogegen die übrigen Aufenthalte angeblich am Fehlen eines Passes bzw. wegen einer kurzfristigen Erkrankung scheiterten. Bei der Beurteilung des Rückfallrisikos bzw. der Voraussetzungen einer Wiedereingliederung hierzulande durfte der angefochtene Entscheid dem Umstand Rechnung tragen, dass Y._ in der Schweiz keine konkrete Aussicht auf eine Arbeitsstelle vorzuweisen vermag; eine solche dürfte er angesichts der Lage auf dem Arbeitsmarkt auch dann nicht ohne weiteres finden, wenn er hierzulande über eine Anwesenheits- und Arbeitsberechtigung verfügt. Gleichzeitig erscheinen die finanziellen Verhältnisse der Familie nicht gefestigt. Zwar wurde der bis anhin fürsorgeabhängigen Beschwerdeführerin, welche aus gesundheitlichen Gründen derzeit keiner Arbeit mehr nachzugehen vermag, inzwischen offenbar eine ganze IV-Rente in Aussicht gestellt, doch bleibt ungewiss, ob diese allein ausreichen wird, um der ganzen Familie unter Einschluss von Y._ ein Auskommen ohne Sozialhilfe zu sichern. Ungünstig unter dem Gesichtswinkel des Rückfallrisikos erweist sich zudem der Umstand, dass die Beschwerdeführerin selber in die kriminellen Aktivitäten ihres Ehemannes verstrickt war, dieser mithin in ein Umfeld zurückkehren würde, welches ihn nicht von seiner Delinquenz abzuhalten vermochte bzw. ihn im Gegenteil sogar darin unterstützte. Auch wenn aufgrund der Aktenlage auf ein grundsätzliches Wohlverhalten in den vergangenen Jahren geschlossen und ihm seit seiner Ausschaffung nichts Negatives zur Last gelegt werden kann, erscheint es in Würdigung aller Umstände derzeit noch vertretbar, wenn das Verwaltungsgericht das öffentliche Interesse an einer Fernhaltung von Y._, welcher bei bloss kurzem Aufenthalt in der Schweiz durch Beteiligung am internationalen Drogenhandel in gravierender Weise gegen das Betäubungsmittelrecht verstossen hat, nach wie vor höher gewichtet, als dessen private Interessen an einer dauerhaften Anwesenheit im Land.
3.6 Daran vermag auch die miteinzubeziehende Interessenlage der Ehefrau und der beiden gemeinsamen Kinder nichts zu ändern. Mit dem Verwaltungsgericht ist davon auszugehen, dass sich die Ausreise für die aus dem gleichen Herkunftsland stammende Beschwerdeführerin und die beiden Kinder als im heutigen Zeitpunkt unzumutbar erweist. Während dies bei den beiden in der Schweiz aufgewachsenen und sozialisierten Kindern, von denen eines mittlerweile das Schweizer Bürgerrecht besitzt, nachvollziehbar erscheint, liegen die Dinge bei der Beschwerdeführerin etwas anders. Zwar befindet sie sich seit langem in der Schweiz, wo auch fünf ihrer Geschwister leben, doch verfügt sie über praktisch keine Kenntnisse einer Landessprache, ist weitgehend nicht integriert und gab aufgrund ihrer Gehilfenschaft am Drogenhandel ihres Gatten, weswegen sie im Jahr 1996 zu einer Gefängnisstrafe von 15 Monaten bedingt verurteilt worden war, ihrerseits zu Klagen Anlass. Auch hat die Beschwerdeführerin es vorgezogen, ihrem Ehemann, als dieser die Schweiz verlassen musste und ihr älterer Sohn erst im Kleinkindalter war, nicht ins gemeinsame Heimatland zu folgen; die Trennung der Familie geht mithin massgeblich auf einen Entscheid zurück, den die Beschwerdeführerin - unter bewusster Inkaufnahme des Verzichts auf ein gemeinsames Familienleben - selber getroffen und deren Konsequenzen sie nunmehr grundsätzlich auch selber zu tragen hat. Zu beachten ist andererseits, dass die Beschwerdeführerin heute unter chronischen Depressionen leidet und in ambulanter psychiatrischer Behandlung ist. Dass für sie als alleinerziehende Mutter eines 15- und eines 9-jährigen Sohnes angesichts ihrer gesundheitlich bedingt eingeschränkten Belastbarkeit die Anwesenheit und der erzieherische Beistand ihres Ehemannes wünschbar wäre, ist verständlich, lässt jedoch den angefochtenen Entscheid einstweilen noch nicht als unverhältnismässig erscheinen. Nachdem die Einreisesperre über Y._ aufgehoben wurde, kann das Familienleben mit Blick auf die nicht unüberwindbare räumliche Distanz zwischen den beiden Ländern in zumutbarer Weise im Rahmen gegenseitiger Besuchsaufenthalte gepflegt werden, wobei Y._ nunmehr sein Wohlverhalten auch in der Schweiz unter Beweis stellen kann, was sich im Hinblick auf einen allfälligen künftigen Wiederzulassungsentscheid zu seinen Gunsten auswirken kann.
3.7 Aus den im angefochtenen Urteil und zuvor im Rekursentscheid genannten Gründen kann die Beschwerdeführerin aus dem von ihr angerufenen, mit Regierungsratsbeschluss vom 24. Oktober 2007 (RRB Nr. 1530/2007) entschiedenen Fall, nichts zu ihren Gunsten ableiten. Abgesehen von einigen entscheidenden Abweichungen im Sachverhalt (Betäubungsmitteldelikte auf geringerer Hierarchiestufe, im Hinblick auf eine tadellose Integration günstiger beurteiltes familiäres Umfeld) unterscheidet sich die Konstellation im Vergleichsfall hauptsächlich auch dadurch, dass es sich bei der Ehefrau des straffälligen Ausländers um eine Schweizer Bürgerin handelte. Von einer rechtsungleichen Behandlung kann damit nicht die Rede sein.
3.8 Nach dem Gesagten erweist sich die im angefochtenen Entscheid geschützte Verweigerung der von der Beschwerdeführerin für ihren Ehemann anbegehrten Aufenthaltsbewilligung im Lichte der oben skizzierten Grundsätze (oben E. 3.2) als haltbar, verhältnismässig und damit gesetzes- und konventionskonform. Die Beschwerde ist mithin in der Hauptsache als unbegründet abzuweisen.
4. Die Beschwerdeführerin rügt abschliessend, die Vorinstanz habe ihr zu Unrecht die beantragte unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für die beiden kantonalen Rechtsmittelverfahren verweigert.
Das Verwaltungsgericht hat die Frage der Bedürftigkeit und die Notwendigkeit der Verbeiständung durch einen Anwalt offengelassen und das Gesuch (in Anwendung von § 70 in Verbindung mit § 16 des zürcherischen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959) wegen Aussichtslosigkeit abgewiesen. Dies jedoch zu Unrecht: Wie sich den vorstehenden Erwägungen entnehmen lässt, entbehrten die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin, welche für ihren infolge Straffälligkeit weggewiesenen Ehemann nach Aufhebung der Fernhaltemassnahme und langjähriger Landesabwesenheit bei seitherigem Wohlverhalten um eine neue Aufenthaltsbewilligung ersucht, auf deren Erteilung grundsätzlich nach wie vor ein landes- und konventionsrechtlicher Rechtsanspruch besteht, nicht zum Vornherein jeglicher Erfolgsaussicht. Die Bedürftigkeit der bis anhin sozialhilfeabhängigen Beschwerdeführerin kann gestützt auf die Akten als erstellt gelten. Zudem erwies sich für sie der Beizug eines Anwaltes für das fachkundige Geltendmachen ihrer Anträge als unabdingbar. Infolgedessen sind die Voraussetzungen für den aus <ref-law> folgenden Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung in den kantonalen Rechtsmittelverfahren vor Verwaltungsgericht wie auch dem Regierungsrat erfüllt. Es wird Sache des Verwaltungsgerichts sein, für die kantonalen Beschwerdeverfahren eine neue Regelung in Bezug auf die Kosten- und Entschädigungsfolgen zu treffen.
5. Demnach erweist sich die Beschwerde zur Hauptsache als unbegründet. Lediglich in Bezug auf die für das kantonale Rekurs- und Beschwerdeverfahren verweigerte unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist die Beschwerde begründet und gutzuheissen.
Bei diesem Ausgang würde es sich rechtfertigen, die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Ihrem Antrag auf unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für das Verfahren vor Bundesgericht ist indes stattzugeben, da ihre Rechtsbegehren nicht als zum Vornherein aussichtslos erschienen, sie nicht über die erforderlichen eigenen Mittel verfügt und ausserdem auf den Beizug eines Anwaltes angewiesen war (<ref-law>). Mithin sind keine Kosten zu erheben und ist ihr Anwalt aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen. Eine Parteientschädigung ist weder der bloss in einem Nebenpunkt obsiegenden Beschwerdeführerin noch dem Kanton zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 3. Dezember 2008 insoweit aufgehoben, als darin das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung für die Verfahren vor den kantonalen Rechtsmittelinstanzen abgewiesen wurde, und die Sache zu neuem Entscheid in diesem Punkt an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Dr. iur. Marc Spescha wird für das bundesgerichtliche Verfahren als unentgeltlicher Rechtsbeistand eingesetzt und aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 2'000.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Sicherheitsdirektion, dem Regierungsrat (Staatskanzlei) und dem Verwaltungsgericht (4. Kammer) des Kantons Zürich sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Oktober 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Moser