Sachverhalt:
A. Der 1945 geborene A._ verstarb am 31. Mai 2006. Er hinterliess als gesetzliche Erbinnen seine beiden volljährigen Töchter U._ und B._. Während rund sechs Jahren vor seinem Tod hatte er im Konkubinat mit G._ gelebt. Der Versicherte hatte bei der Stiftung Auffangeinrichtung BVG (nachfolgend: Auffangeinrichtung) ein Freizügigkeitskonto unterhalten. Nach seinem Tod ersuchten die beiden Töchter die Auffangeinrichtung, ihnen das Freizügigkeitsguthaben auszuzahlen. Diese stellte sich demgegenüber auf den Standpunkt, anspruchsberechtigt sei G._ als frühere Lebenspartnerin und verweigerte die Auszahlung an die Töchter.
B. Die von U._ und B._ gegen die Auffangeinrichtung erhobene Klage auf Herausgabe des Freizügigkeitsguthabens wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern nach Beiladung der G._ mit Entscheid vom 11. Juni 2008 ab.
C. U._ und B._ erheben Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheids sei G._ zu verpflichten, ihnen die Freizügigkeitsleistung aus dem bei der Auffangeinrichtung geführten Freizügigkeitskonto ihres verstorbenen Vaters auszurichten, nebst Zins ab 19. Juni 2007.
Die Auffangeinrichtung und G._ beantragen die Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen schliesst auf deren Gutheissung.

Erwägungen:
1. 1.1 Es ist unbestritten, dass der Verstorbene bei der Auffangeinrichtung ein Freizügigkeitskonto im Sinne von Art. 10 Abs. 1 FZV (SR 831.425) unterhalten hatte. Umstritten ist einzig die Rechtsfrage, ob das auf diesem Konto vorhandene Kapital den Töchtern des Verstorbenen oder seiner ehemaligen Lebenspartnerin zusteht.
1.2 Gestützt auf die Gesetzesdelegation von Art. 26 Abs. 1 FZG (SR 831.42) hat der Bundesrat in den Art. 10-19 FZV die Erhaltung des Vorsorgeschutzes geregelt, falls der Versicherte nicht in eine neue Vorsorgeeinrichtung eintritt (Art. 4 Abs. 1 und 2 FZG). Art. 15 Abs. 1 lit. b FZV (nebst dem - soweit hier von Interesse - gleichlautenden Art. 8 Abs. 2 des Reglements der Stiftung Auffangeinrichtung BVG über die Führung der Freizügigkeitskonten), bezeichnet die begünstigten Personen im Todesfall des Versicherten. Begünstigt sind in erster Linie die (hier nicht vorhandenen) Hinterlassenen im Sinne von Art. 19, 19a und 20 BVG (SR 831.40), in zweiter Linie u.a. die Person, die mit der versicherten Person in den letzten fünf Jahren bis zu ihrem Tod ununterbrochen eine Lebensgemeinschaft geführt hat (was unbestritten auf die Beschwerdegegnerin 2 zutrifft), und in dritter Linie u.a. die Kinder des Verstorbenen, welche die Voraussetzungen von Art. 20 BVG nicht erfüllen. Nach dem klaren Wortlaut von Art. 15 FZV hat somit die Beschwerdegegnerin 2 vor den Beschwerdeführerinnen Anspruch auf die Leistung.
1.3 Die Beschwerdeführerinnen berufen sich auf Art. 20a BVG, welcher die Begünstigung durch Hinterlassenenleistungen nach BVG regelt. Danach können u.a. die Person, die mit dem Versicherten in den letzten fünf Jahren bis zu seinem Tod ununterbrochen eine Lebensgemeinschaft geführt hat (Abs. 1 lit. a), beim Fehlen von in dieser Bestimmung genannten Personen u.a. die Kinder des Verstorbenen, welche die Voraussetzungen von Art. 20 BVG nicht erfüllen (Abs. 1 lit. b), als Begünstigte vorgesehen werden. Insoweit stimmt die Regelung in Art. 20a Abs. 1 BVG überein mit derjenigen in Art. 15 FZV. Indessen hat Art. 20a BVG noch einen zweiten Absatz mit folgendem Wortlaut: "Kein Anspruch auf Hinterlassenenleistungen nach Absatz 1 Buchstabe a besteht, wenn die begünstigte Person eine Witwer- oder Witwenrente bezieht." Es ist unbestritten, dass die Beschwerdegegnerin 2 eine Witwenrente der AHV sowie der beruflichen Vorsorge bezieht und somit nach Art. 20a Abs. 2 BVG keinen Anspruch auf Hinterlassenenleistungen hätte, mit der Konsequenz, dass dieser den Beschwerdeführerinnen zustünde. In Art. 15 FZV fehlt jedoch eine zu Art. 20a Abs. 2 BVG analoge Bestimmung. Die Beschwerdeführerinnen sind der Ansicht, dass Art. 20a Abs. 2 BVG direkt oder analog auch für die Begünstigung im Rahmen von Freizügigkeitseinrichtungen anwendbar sei.
2. 2.1 Art. 20a BVG und Art. 15 Abs. 1 lit. b FZV haben insofern das gleiche Regelungsthema, als es bei beiden Bestimmungen darum geht, diejenigen Personen zu bezeichnen, denen beim Tod einer versicherten Person die Mittel aus der beruflichen Vorsorge zukommen sollen. Auch die Freizügigkeitseinrichtungen gehören zur beruflichen Vorsorge im weiteren Sinne (vgl. Art. 1 Abs. 1 FZG; <ref-ruling> E. 3.3 S. 312). Das Bundesgericht hat denn auch im Zusammenhang mit Todesfallleistungen bisweilen gleichermassen die Bestimmungen von BVG und Reglement wie diejenigen von Art. 15 FZV herangezogen (B 92/04 E. 2.2 und 5.1), eine Parallelität zwischen Art. 20a BVG und Art. 15 FZV angenommen (<ref-ruling> E. 6.3 S. 376 ff., allerdings nicht mit Bezug auf den hier streitigen Abs. 2 von Art. 20a BVG) oder mit Rücksicht auf die ähnliche Zielsetzung von BVG-Hinterlassenenvorsorge und Erhaltung des Vorsorgeschutzes durch Freizügigkeitseinrichtungen beide Situationen gleich behandelt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 312). Trotzdem regeln die beiden Bestimmungen unterschiedliche Sachverhalte. Art. 20a Abs. 2 BVG kann deshalb nicht direkt auf die in Art. 15 FZV geregelte Begünstigung im Rahmen von Freizügigkeitskonten angewendet werden. Dass die eine Bestimmung in einem formellen Gesetz, die andere jedoch nur in einer Verordnung steht, ändert daran nichts, da die Regeln der Normenhierarchie nur zum Tragen kommen, wenn überhaupt eine Kollision zwischen zwei Normen vorliegt. Dies setzt voraus, dass beide Normen die gleiche Rechtsfrage unterschiedlich beantworten (HANSJÖRG SEILER, Einführung in das Recht, 2. Aufl. 2004, S. 135). Das ist hier aufgrund der unterschiedlichen geregelten Sachverhalte nicht der Fall. Dass die Auffangeinrichtung in Art. 60 Abs. 1 BVG als Vorsorgeeinrichtung bezeichnet wird, ist unerheblich: Das bezieht sich nur auf den Umstand, dass sie gemäss Art. 60 Abs. 2 BVG Aufgaben wahrnimmt, die grundsätzlich von Vorsorgeeinrichtungen wahrzunehmen sind; davon sind die ihr durch Art. 4 Abs. 2 FZG übertragenen Aufgaben zur Erhaltung des Vorsorgeschutzes zu unterscheiden. Insoweit ist die Auffangeinrichtung nicht als Vorsorge-, sondern als Freizügigkeitseinrichtung tätig (Art. 4 Abs. 3 FZG).
2.2 Vorliegend ist somit Art. 15 FZV anwendbar. Dessen Wortlaut ist in Bezug auf die Frage nach der Anspruchsberechtigung eindeutig (E. 1.2). Zutreffend hat die Vorinstanz auch erkannt, dass die Regelung von Art. 15 FZV diesbezüglich keine Lücke aufweist: Sie gibt auf die gestellte Frage eine klare Antwort, welche jedenfalls für sich allein nicht als sachlich unhaltbar betrachtet werden kann. Fragen kann sich höchstens, ob die Bestimmung - wie die Beschwerdeführerinnen und das Bundesamt für Sozialversicherungen annehmen - richterlicher Korrektur bedarf, weil sie inhaltlich von der in Art. 20a Abs. 2 BVG getroffenen Regelung abweicht.
2.3 Zu Recht stellen die Beschwerdeführerinnen die Kompetenz des Bundesrates zum Erlass von Art. 15 FZV nicht generell in Frage: Diese Zuständigkeit ergibt sich aus Art. 26 Abs. 1 FZG (E. 1.2), welcher eine hinreichende formellgesetzliche Grundlage für die in Art. 15 FZV getroffene Regelung bildet (<ref-ruling> E. 3.4 S. 313 f.). Fraglich ist, ob der Verordnungsgeber ermächtigt war, inhaltlich von derjenigen Regelung abzuweichen, welche der Gesetzgeber für die analoge Situation in Art. 20a Abs. 2 BVG getroffen hat. Wie ausgeführt, ist dies nicht schon deshalb zu verneinen, weil das Gesetz höherrangig ist als die Verordnung (E. 2.1). So ist es z.B. nicht zu beanstanden, dass die in Art. 15 FZV getroffene Begünstigungsregelung nicht mit der im formellen Gesetz enthaltenen erbrechtlichen Regelung übereinstimmt (<ref-ruling> E. 3.4 S. 314). Hingegen muss die Bestimmung von Art. 20a Abs. 2 BVG dann für den Verordnungsgeber massgebend sein, wenn aus ihrer Auslegung hervorgeht, dass sie in Wirklichkeit auch auf Freizügigkeitsleistungen anwendbar sein soll, oder wenn eine unterschiedliche Regelung dem verfassungsmässigen Rechtsgleichheitsgebot (<ref-law>) widerspricht.
3. Aus Entstehungsgeschichte und Systematik geht hervor, dass die Begünstigungsregelung nach BVG und diejenige nach FZV nicht völlig deckungsgleich waren und sind:
3.1 Das BVG kannte in seiner ursprünglichen Fassung im Obligatorium nur Witwen- und Waisenrenten (Art. 19 und 20 BVG in der ursprünglichen Fassung). Die aArt. 27 ff. BVG gewährten einen Freizügigkeitsanspruch im Rahmen des BVG-Obligatoriums. Nach aArt. 29 Abs. 3 BVG war der Vorsorgeschutz durch eine Freizügigkeitspolice oder in anderer gleichwertiger Form zu erhalten, wenn der Betrag weder einer neuen Vorsorgeeinrichtung überwiesen noch in der alten belassen werden konnte. Gemäss aArt. 29 Abs. 4 BVG hatte der Bundesrat die Kompetenz, die Errichtung, den Inhalt und die Rechtswirkungen der Freizügigkeitspolicen und anderer Formen der Erhaltung des Vorsorgeschutzes zu regeln. Gestützt darauf erliess er die Verordnung vom 12. November 1986 über die Erhaltung des Vorsorgeschutzes und die Freizügigkeit (aFZV; AS 1986 2008). Diese benannte in Art. 6 die begünstigten Personen, wozu im Todesfall des Versicherten nebst den Hinterlassenen gemäss den aArt. 18-22 BVG (Witwen und Waisen) auch weitere Personen gehörten, namentlich die übrigen Kinder sowie Personen, die vom Vorsorgenehmer in erheblichem Masse unterstützt worden sind (Abs. 1 lit. b Ziff. 2). Die Begünstigungsregelung bei Freizügigkeitsleistungen wich also erheblich von derjenigen nach BVG ab. Freilich konnten die Vorsorgeeinrichtungen reglementarisch auch Hinterlassenenleistungen an weitere Berechtigte vorsehen (vgl. <ref-ruling>), doch brauchten solche Regelungen nicht zwingend mit derjenigen von Art. 6 aFZV übereinzustimmen.
3.2 Mit dem Inkrafttreten des FZG am 1. Januar 1995 wurden die aArt. 27-30 BVG aufgehoben. Die (jetzt für obligatorische und weitergehende Vorsorge geltende) Erhaltung des Vorsorgeschutzes wurde nunmehr in Art. 4 FZG geregelt und die Kompetenz zur näheren Regelung mit Art. 26 Abs. 1 FZG an den Bundesrat delegiert. Gemäss Art. 15 FZV in der ursprünglichen Fassung wurden die Hinterlassenen nach BVG sowie der Witwer und im Nachgang dazu die natürlichen Personen, die von den Versicherten in erheblicher Weise unterstützt worden sind, sodann die übrigen gesetzlichen Erben unter Ausschluss des Gemeinwesens als begünstigt erklärt. Auch hier wich also die Begünstigungsregelung nach FZV wesentlich von derjenigen nach BVG-Obligatorium ab. Von Gesetzes wegen hatten Kinder ohne Anspruch auf Waisenrenten sowie Konkubinatspartner keine Berechtigung hinsichtlich berufsvorsorgerechtlicher Hinterlassenenleistungen, während sie in Bezug auf die Leistungen aus einer Freizügigkeitseinrichtung begünstigt waren. Das Eidg. Versicherungsgericht erkannte, dass sich diese unterschiedliche Regelung mit Blick auf das Gleichbehandlungsgebot nicht beanstanden lässt (RKUV 2004 Nr. U 531 S. 578, U 104/03 E. 3.4). Freilich konnten die Vorsorgeeinrichtungen im überobligatorischen Bereich den Kreis der durch Hinterlassenenleistungen Begünstigten ausdehnen, doch waren sie in der Bezeichnung dieser Personen in den allgemeinen Schranken frei (<ref-ruling> E. 3 und 4 S. 147 ff.; SZS 2006 S. 359, B 103/04 E. 3.1.2) und die reglementarische bzw. vertragliche Regelung brauchte nach wie vor nicht zwingend mit derjenigen von Art. 15 FZV übereinzustimmen (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 30; SZS 2007 S. 563, B 117/05 E. 4.1; SZS 2006 S. 358, B 92/04 E. 3.1; SZS 1998 S. 72, B 34/96 E. 2a).
3.3 Mit der 1. BVG-Revision wurde Art. 20a BVG eingeführt. Damit sollten im Bereich des Überobligatoriums die Hinterlassenenleistungen für nicht verheiratete Lebenspartner verbessert und der Kreis der begünstigten Personen vereinheitlicht werden (Botschaft vom 1. März 2000 zur Revision des BVG, BBl 2000 2683 f. Ziff. 2.9.6). In diesem Zusammenhang führte der Bundesrat in der Botschaft aus: "Der Kreis der begünstigten Personen wird neu im Artikel 20a BVG definiert. Diese Definition soll einheitlich für die überobligatorische berufliche Vorsorge und für den Freizügigkeitsbereich gelten" (BBl 2000 2684 Ziff. 2.9.6.3). Auf den Zeitpunkt des Inkrafttretens von Art. 20a BVG am 1. Januar 2005 setzte der Bundesrat auch die geänderte Fassung von Art. 15 FZV sowie eine entsprechend geänderte Fassung von Art. 2 Abs. 1 lit. b der Verordnung vom 13. November 1985 über die steuerliche Abzugsberechtigung für Beiträge an anerkannte Vorsorgeformen (BVV 3; SR 831.461.3) in Kraft (AS 2004 4649 f.).
3.4 Daraus lässt sich schliessen, dass eine Harmonisierung zwischen BVG und FZV angestrebt war (vgl. auch BRECHBÜHL/SCHNYDER, Änderungen bei den Leistungen der beruflichen Vorsorge, SZS 2005 S. 43). In diesem Lichte erschiene es in der Tat kohärenter, wenn der Bundesrat die Regelung von Art. 20a Abs. 2 BVG auch in Art. 15 FZV aufgenommen hätte. Dennoch erscheint es zweifelhaft, ob dies geradezu zwingend war. Trotz der angestrebten Harmonisierung unterscheidet sich nämlich die Begünstigungsregelung nach BVG nach wie vor in verschiedener Hinsicht gewollt von derjenigen nach FZV: So enthält Art. 20a Abs. 1 lit. c Ziff. 1 und 2 BVG eine betragsmässige Beschränkung, die in Art. 15 FZV weder in der bisherigen noch in der revidierten Fassung enthalten ist (vgl. MARKUS MOSER, Die Lebenspartnerschaft in der beruflichen Vorsorge nach geltendem und künftigem Recht, AJP 2004 S. 1510). Sodann betrifft die Begünstigungsregelung von Art. 20a BVG keine obligatorische BVG-Leistung (BBl 2000 2684 Ziff. 2.9.6.3; MOSER, a.a.O., S. 1510). Es ist den Vorsorgeeinrichtungen überlassen, ob sie eine solche Regelung vorsehen. Machen sie davon Gebrauch, ist zwar Art. 20a BVG insofern abschliessend, als der darin definierte Begünstigtenkreis nicht erweitert und ihre Reihenfolge nicht verändert werden kann (vgl. Art. 49 Abs. 2 Ziff. 3 BVG; <ref-law>), doch kann davon abgewichen werden, indem die Vorsorgeeinrichtung die Begünstigung auf einzelne der in Art. 20a Abs. 1 genannten Gruppen beschränken kann (WILLI LÖTSCHER, Die neuen Begünstigungsmöglichkeiten in der beruflichen Vorsorge nach der 1. BVG-Revision, HAVE 2005 S. 163; MOSER, a.a.O., S. 1511; RIEMER/RIEMER-KAFKA, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, 2. Aufl. 2006, S. 119 f.; HANS-ULRICH STAUFFER, Überblick über die wesentlichen Neuerungen im Hinblick auf die juristische Alltagsarbeit, in: Die 1. BVG-Revision, 2005, S. 38; ISABELLE VETTER, Berufliche Vorsorge, S. 81). Es ist also ohne weiteres möglich, dass nach Art. 15 FZV begünstigte Personen von Hinterlassenenleistungen der Vorsorgeeinrichtung ganz oder teilweise ausgeschlossen sind. Das trifft insbesondere auf volljährige Kinder - mithin auf den Fall der Beschwerdeführerinnen - zu. Dass solche überhaupt begünstigt sind, ist an sich vom Vorsorgegedanken der beruflichen Vorsorge her atypisch. Es lässt sich bei Freizügigkeitseinrichtungen dadurch rechtfertigen, dass diese im Unterschied zu den Vorsorgeeinrichtungen weder den Grundsätzen der Planmässigkeit und Angemessenheit noch dem Kollektivitätsprinzip unterstehen und insofern eine gewisse Nähe zur gebundenen Selbstvorsorge besteht, weshalb das Kapital beim Tod des Versicherten nicht bei der Freizügigkeitseinrichtung verbleibt (<ref-ruling> E. 3.2 S. 312). Soweit erwachsene Nachkommen begünstigt sind, sind sie dies in den meisten Konstellationen nachrangig gegenüber der überlebenden Konkubinatspartnerin, nämlich in den Fällen von Art. 15 FZV sowie von Art. 20a BVG, sofern die Lebenspartnerin keine Witwenrente bezieht. Der in Art. 20a Abs. 2 BVG geregelte Fall ist damit im ganzen System eine Ausnahme, welche eine Kumulation von Hinterlassenenleistungen verhindern will (BBl 2000 2691); dies ist wiederum eine spezifisch vorsorgerechtliche (im engeren Sinne) Überlegung und muss für die Leistungen von Freizügigkeitseinrichtungen nicht zwingend gleichermassen gelten.
Hinzu kommt, dass die Regelung von Art. 20a Abs. 2 BVG ihrerseits umstrittene Fragen aufwirft und unklar ist, wie weit sie überhaupt zwingend ist oder nicht doch gewisse Begünstigungen in Form einer Kapitalabfindung zulässt (REGINA AEBI-MÜLLER, Die optimale Begünstigung des überlebenden Ehegatten, 2. Aufl. 2007, S. 256; LÖTSCHER, a.a.O., S. 164; MOSER, a.a.O., S. 1509 ff.; GÄCHTER/SCHWENDENER, Nichteheliche Lebensgemeinschaften im Sozialversicherungsrecht, Fampra.ch 2005 S. 858; RIEMER/RIEMER-KAFKA, a.a.O., S. 120; Mitteilungen über die berufliche Vorsorge Nr. 79 des Bundesamtes für Sozialversicherungen vom 27. Januar 2005, S. 9). Dies spricht ebenfalls dagegen, Art. 20a Abs. 2 BVG entgegen dem klaren Wortlaut von Art. 15 FZV auch auf Freizügigkeitseinrichtungen anzuwenden. Die unterschiedliche Regelung verstösst nach dem Gesagten auch nicht gegen das Rechtsgleichheitsgebot (<ref-law>).
4. Die unterliegenden Beschwerdeführerinnen tragen die Kosten des Verfahrens (<ref-law>) und haben der Beschwerdegegnerin 2 eine dem Aufwand entsprechende Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin 1 hat keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerinnen haben die Beschwerdegegnerin 2 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 200.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und dem Amt für Sozialversicherung und Stiftungsaufsicht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Dezember 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Dormann