Sachverhalt:
A. M._, geboren 1961, war ab 1. April 1999 im Range eines "Mitgliedes der Direktion" in der Abteilung Private Banking als Leiter Europa 1 (Nordeuropa und Skandinavien) bei der Bank X._, angestellt. Am 25. Oktober 1999 wurde er in einem am Flughafen Zürich still stehenden Flugzeug von einem aus der Handgepäckablage herausgefallenen Laptop am Kopf getroffen. M._ litt in der Folge insbesondere unter chronischen, ausstrahlenden Nackenbeschwerden und Panikattacken (Bericht des Dr. med. P._ Innere Medizin/Rheumatologie FMH, vom 5. Dezember 2002). Die Bank X._ löste das Arbeitsverhältnis auf den 31. Dezember 2001 auf. Am 18. November 2002 meldete sich M._ unter Hinweis auf ein HWS-Trauma mit Cervicocephalgien und eine Schmerzverarbeitungsstörung, bestehend seit 25. Oktober 1999, bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich führte erwerbliche Abklärungen durch und holte Berichte ein des Dr. med. P._ vom 5. Dezember 2002 und des Dr. med. R._, FMH für Neurologie, vom 30. Dezember 2002 (dem Schreiben dieses Arztes vom 1. November 1999 und 20. November 2000 beilagen). Überdies zog sie die Akten der Unfallversicherung (Northern Assurance, Zürich; später: Axa Assurance, Genf) bei. In der Folge veranlasste sie einen Bericht bei Dr. med. K._, FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 20. Mai 2003. Mit Eingabe vom 12. August 2003 liess M._ ein zu Handen der Unfallversicherung erstelltes neurologisches Gutachten des Dr. med. S._, Neurologie FMH, Universitätsspital Y._, vom 17. Juli 2003, ins Recht legen. Am 13. August 2003 erging ein Verlaufsbericht des Dr. med. P._ und am 20. November 2003 ein von der IV-Stelle veranlasstes psychiatrisches Kurzgutachten des Universitätsspitals Y._ (Frau Dr. med. B._, Oberärztin an der Psychiatrischen Poliklinik des Universitätsspitals Y._).
Die Unfallversicherung verfügte am 14. Oktober 2004 die Einstellung der Leistungen mit Wirkung ab 1. April 2000; M._ liess hiegegen Einsprache erheben. Dr. med. S._ beantwortete die ihm von der IV-Stelle gestellten Zusatzfragen am 27. April 2005. Auf Anraten ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) veranlasste die IV-Stelle eine Begutachtung im Institut Z._, vom 22. Juni 2006. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren verfügte sie am 8. März 2007 bei einem Invaliditätsgrad von 60 % die Zusprechung einer halben Rente ab 1. August 2002 bis 31. Dezember 2003 sowie einer Dreiviertelsrente vom 1. Januar 2004 bis 31. Juli 2006. Ab 1. August 2006 verneinte sie mangels rentenbegründendem Invaliditätsgrad (von 36 %) den Leistungsanspruch.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde des M._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich nach Beizug einer ergänzenden Stellungnahme des Instituts Z._ vom 27. November 2007 mit Entscheid vom 21. November 2008 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente ab 1. August 2002 beantragen. Eventualiter sei ihm ab 1. August 2006 eine Rente der IV, basierend auf einem unveränderten Invaliditätsgrad von 60 %, zuzusprechen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Als Rechtsverletzung gemäss <ref-law> gilt auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen (<ref-ruling> E. 2 S. 25). Die Feststellung des Sachverhaltes durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Mit Bezug auf die zulässigen Sachverhaltsrügen sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht gerechtfertigt (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255). Es genügt nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen unter Verletzung einer Rechtsnorm im Sinne von <ref-law> zustande gekommen sind und die Behebung des gerügten Sachverhaltsmangels entscheidrelevant ist. Diese strengen Begründungsanforderungen gelten namentlich, wenn die Beweiswürdigung gerügt wird, auf welcher die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beruhen (Urteil 8C_510/2007 vom 3. Oktober 2008 E. 2, in: SVR 2009 UV Nr. 9 S. 35).
2. Im angefochtenen Entscheid und in der Verfügung der IV-Stelle werden die gesetzlichen Bestimmungen und Grundsätze zum Invaliditätsbegriff (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2003 gültig gewesenen sowie in der vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2007 anwendbar gewesenen Fassung) und zur Rentenrevision (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) zutreffend dargelegt. Richtig sind auch die Ausführungen zum Beweiswert und zur Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Die Vorinstanz gelangte nach sorgfältiger Würdigung der medizinischen Akten zum Ergebnis, gestützt auf das Gutachten des Instituts Z._, welchem voller Beweiswert zukomme, sei der Beschwerdeführer in seiner angestammten Tätigkeit seit August 2001 aus neurologischer und psychiatrischer Sicht insgesamt um 50 % eingeschränkt; seit Mai 2006 betrage die Einschränkung in der bisherigen Tätigkeit 20 %.
3.2 Der Beschwerdeführer rügt zunächst, soweit die Vorinstanz das Gutachten des Instituts Z._ für beweistauglich erachte, verstosse sie gegen die (bundesrechtlichen) Beweisregeln sowie gegen die aus dem Untersuchungsgrundsatz fliessende Pflicht zur richtigen und vollständigen Abklärung des rechtserheblichen Sachverhalts. Ebenfalls verletzt werde sein Anspruch auf rechtliches Gehör, weil das kantonale Gericht seine Argumente betreffend Unvollständigkeit und Widersprüchlichkeit des Gutachtens des Instituts Z._ nicht gewürdigt habe.
4. 4.1 Die vorinstanzliche Feststellung, wonach der Versicherte von August 2001 bis 25. April 2006 zu 50 % arbeitsunfähig und anschliessend zu 80 % arbeitsfähig in der angestammten Tätigkeit - und vollständig arbeitsfähig in einer angepassten Tätigkeit - ist, wäre für das Bundesgericht nur dann nicht verbindlich, wenn sie offensichtlich unrichtig oder sonst in bundesrechtsverletzender Weise zustande gekommen wäre (E. 1 hievor).
4. 4.1 Die vorinstanzliche Feststellung, wonach der Versicherte von August 2001 bis 25. April 2006 zu 50 % arbeitsunfähig und anschliessend zu 80 % arbeitsfähig in der angestammten Tätigkeit - und vollständig arbeitsfähig in einer angepassten Tätigkeit - ist, wäre für das Bundesgericht nur dann nicht verbindlich, wenn sie offensichtlich unrichtig oder sonst in bundesrechtsverletzender Weise zustande gekommen wäre (E. 1 hievor).
4.2 4.2.1 Die Vorinstanz hat zutreffend erwogen, dass das Gutachten des Instituts Z._ vom 22. Juni 2006 die für den Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten geltenden Anforderungen (<ref-ruling> 3a S. 352, 122 V 157 E. 1c S. 160) erfüllt. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung ist umso weniger zu beanstanden, als dessen Ergebnisse im Einklang stehen mit den Resultaten der neurologischen Untersuchungen durch PD Dr. med. S._, Oberarzt an der Neurologischen Klinik und Poliklinik des Universitätsspitals Y._ (neurologisches Gutachten vom 17. Juli 2003; Beantwortung von Zusatzfragen der IV-Stelle am 27. April 2004), wonach aus neurologischer Sicht eine 20 %ige Arbeitsunfähigkeit besteht (zusammengesetzt aus dem zervikozephalen Syndrom und den neurologischen Defiziten, wobei eine nicht neurologisch, sondern vorwiegend psychiatrisch zu erklärende vollständige Arbeitsunfähigkeit derzeit "offensichtlich" sei). Übereinstimmung herrscht ebenfalls mit den psychiatrischen Abklärungen der Frau Dr. med. B._ (psychiatrisches Kurzgutachten/erweiterter Arztbericht vom 20. November 2003; psychiatrisches Teilgutachten vom 8. Januar 2004), welche aufgrund der diagnostizierten Beeinträchtigungen (somatoforme Schmerzstörung; Hinweise auf narzisstische Persönlichkeitszüge; chronisches zervikozephales Syndrom nach Kopfanprall) "aktuell" eine 50 %ige Arbeitsunfähigkeit für die zuletzt ausgeübte Tätigkeit attestierte, wobei aus psychiatrischer Sicht keine Arbeitsunfähigkeit bestehe (zumal sich keine Hinweis für eine klinisch relevante Depression fänden) und "mittelfristig" in einer angepassten Tätigkeit wieder eine volle Arbeitsfähigkeit erreicht werden sollte.
4.2.2 Dass Dr. med. T._ im neurologischen Teilgutachten des Instituts Z._ unter Hinweis auf die "auffällige" Stimmung des Beschwerdeführers auf eine nochmalige neuropsychologische Abklärung verzichtete, weil angesichts der deprimierten, abgeschlagenen Stimmung - sowie den das neuropsychologische Testresultat ebenfalls beeinflussenden geklagten chronischen Schmerzen - von einer solchen keine neuen, aussagekräftigen Resultate zu erwarten wären, spricht entgegen den Vorbringen in der Beschwerde nicht gegen die Beweistauglichkeit des Gutachtens vom 22. Juni 2006. Das Absehen von einer nochmaligen neuropsychologischen Abklärung kann umso weniger als Mangel bezeichnet werden, als der Beschwerdeführer bereits im Jahre 2002 neuropsychologisch begutachtet worden war (Beurteilung des Psychologen H._ vom 27. Juli 2002), die entsprechenden Ergebnisse im neuropsychologischen Teilgutachten des Universitätsspitals Y._ vom 16. Dezember 2002 bestätigt wurden und der Versicherte selbst gegenüber Dr. med. T._ erklärte, es sei zwischenzeitlich zu keiner Veränderung der kognitiven Fähigkeiten gekommen. Dr. phil. O._, welche vom Versicherten mit einer weiteren neuropsychologischen Beurteilung vom 20. April 2007 beauftragt worden war, kam ebenfalls zum Schluss, es habe sich seit dem Jahre 2002 nichts verändert. Im Übrigen ist nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz bereits mit Blick auf die besondere Persönlichkeitsstruktur des Beschwerdeführers (mit vermuteter narzisstisch-depressiver Neurose bei fehlender narzisstischer Persönlichkeitsstörung) und den Umstand, dass er teilweise nachweislich nicht die Wahrheit gesagt hatte (so machte er im Rahmen eines im Universitätsspital Y._ am 26. Juni 2003 erfolgten Explorationsgesprächs gegenüber der dortigen Psychiaterin falsche Aussagen [vgl. neurologisches Gutachten des Dr. med. S._ vom 17. Juli 2003]) äusserst fraglich, ob eine nochmalige neuropsychologische Exploration aussagekräftige Resultate liefern könnte.
4.3 Soweit Frau Dr. phil. O._ und die den Versicherten behandelnden Dr. med. P._ und K._ eine deutlich höhere Arbeitsunfähigkeit attestierten als die Gutachter des Instituts Z._ und die mit neurologischen und psychiatrischen Abklärungen befassten Ärzte am Universitätsspital Y._, beruhen ihre Einschätzungen nach den nicht zu beanstandenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid massgeblich auf dem subjektiven Schmerzempfinden und der Krankheitsüberzeugung des Beschwerdeführers. Dieser klagte über multiple und schwere Beeinträchtigungen, welche zu diffusen Minderleistungen in der neuropsychologischen Abklärung führten, aber nicht durch ein (fachärztlich) diagnostiziertes, objektivierbares medizinisches Substrat hinreichend erklärbar waren (und ihn weder im privaten Bereich an der Ausübung konzentrationsbedürftiger Beschäftigungen wie Lesen oder Malen hinderten noch ihn dazu bewegen konnten, die ihm verordneten Antidepressiva einzunehmen). Aus invalidenversicherungsrechtlicher Sicht relevant wären die (kognitiven) Defizite indes einzig, wenn sie nachvollziehbar und überzeugend durch ein medizinisch-diagnostisch fassbares Leiden mit Krankheitswert erklärbar wären, das mit Blick auf Schweregrad, Dauer und Intensität zugleich als eine die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigende Krankheit im gesetzlichen Sinne gelten kann (Urteil 9F_9/2007 vom 15. September 2008 E. 4.2.4.3). Ein solches hat die Vorinstanz in nicht zu beanstandender Beweiswürdigung verneint.
4.4 Die weiteren Vorbringen gegen die vorinstanzlich festgestellte Restarbeitsfähigkeit erschöpfen sich weitgehend in einer letztinstanzlich unzulässigen appellatorischen Kritik an der Beweiswürdigung des kantonalen Gerichts, welche die Anforderungen an eine gemäss <ref-law> zulässige Sachverhaltsrüge nicht erfüllt (E. 1 hievor). Die Gutachter des Instituts Z._ haben entgegen den Vorbringen in der Beschwerde die im Rahmen der somatoformen Schmerzstörung zu sehenden somatischen Leiden (Übelkeit, Schwindel, Erbrechen, Tinnitus etc.) berücksichtigt (Gutachten S. 11 unten). Die von den Gutachtern des Instituts Z._ ab dem Zeitpunkt der Begutachtung (April 2006) bescheinigte höhere Arbeitsfähigkeit findet in der seit August 2001 zu verzeichnenden kontinuierlichen Verbesserung (vgl. hiezu etwa auch die Berichte des Dr. med. P._ vom 28. Oktober 2002 und der Frau Dr. med. B._ vom 20. November 2003) bei fehlender invalidisierender psychischer Erkrankung und (lediglich) 20 %iger Einschränkung aus neurologischer Sicht ihre hinreichende Erklärung, weshalb die Befristung der Rente bis Ende Juli 2006 bundesrechtskonform erfolgte. Nicht einzusehen ist, weshalb eine Teilarbeitsfähigkeit von 80 % in der bisherigen und eine uneingeschränkte Arbeitsfähigkeit in einer angepassten, leichteren kaufmännischen Tätigkeit im Widerspruch stehen soll zur Feststellung, der Versicherte habe Mühe mit der Einsicht, dass er den hohen Anforderungen der angestammten Tätigkeit nicht mehr gewachsen sei. Von einer Gehörsverletzung kann keine Rede sein.
5. 5.1 Soweit der Beschwerdeführer die vorinstanzliche Ermittlung des Valideneinkommens rügt, gilt es zu beachten, dass es sich dabei (ebenfalls) um eine letztinstanzlich nur eingeschränkt überprüfbare tatsächliche Feststellung handelt. Die in der Beschwerde vorgebrachte Argumentation, im Jahre 2004 wäre - unter Berücksichtigung der Lohnsteigerung im Bankbereich von 45 % innert vier Jahren - ein Valideneinkommen von Fr. 306'929.- zuzüglich eines "bedeutenden" Bonus erzielbar gewesen, käme der Unterstellung einer optimalen (Bank-) Karriere gleich, für welche keine hinreichend konkreten Anhaltspunkte bestehen. Zu beachten gilt es in diesem Zusammenhang, dass bei der Bestimmung des Valideneinkommens grundsätzlich darauf abzustellen ist, was die versicherte Person im massgebenden Zeitpunkt als Gesunde tatsächlich verdienen würde und nicht, was sie als voll Erwerbstätige bestenfalls verdienen könnte (<ref-ruling> E. 3.1 S. 59). Die vorinstanzlich geschützte Festsetzung des Valideneinkommens durch die IV-Stelle, welche ausgehend von den Angaben der ehemaligen Arbeitgeberfirma für das Jahr 2002 von Fr. 180'110.- und für das Jahr 2006 von Fr. 186'118.- ausgegangen ist, bleibt letztinstanzlich verbindlich.
5.2 Das Invalideneinkommen hat die Vorinstanz ausgehend von einer hälftigen Arbeitsfähigkeit bis April 2006 und einer anschliessenden 80 %igen Arbeitsfähigkeit in der angestammten Tätigkeit ebenfalls basierend auf den Auskünften der Bank X._ festgesetzt, wobei sie einen leidensbedingten Abzug von 20 % gewährte. Der Versicherte rügt eine Verletzung seines Gehörsanspruches, weil die Vorinstanz ohne Anhörung der von ihm anerbotenen Zeugin die Möglichkeit einer Teilzeittätigkeit im angestammten Bereich bejaht habe und damit die Ermittlung des Invalideneinkommens jedenfalls für die Zeit ab April 2006 (bundes-) rechtswidrig sei. Davon abgesehen, dass die Vorinstanz in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung von der Befragung einer Personalmitarbeitern der Credit Suisse, Zürich (bezogen auf ein Stelleninserat vom 10./11. März 2007 für einen Relationship Manager) abgesehen hat, da hievon keine relevanten Erkenntnisse bezogen auf die Verbreitung von Teilzeitstellen für die angestammte Tätigkeit als Kundenbetreuer im Bankbereich (hiezu Fragebogen für Arbeitgeber vom 9. Januar 2003) zu erwarten wären, stellte das kantonale Gericht mit Bezug auf die Angaben im Statistischen Jahrbuch der Schweiz 2008 (S. 86) bundesrechtskonform fest, dass Teilzeitstellen auch in anspruchsvollen Bereichen (mit Führungsaufgaben) zunehmend Verbreitung finden (was im Übrigen bestätigt wird durch die Zahlen im Statistischen Jahrbuch der Schweiz 2009 [S. 85], wonach innert eines Jahres die Zahl der Teilzeitarbeitenden mit Führungsaufgaben von 16 % auf 17 % gestiegen ist). Die vorinstanzliche Feststellung kann schliesslich umso weniger als offensichtlich unrichtig oder unvollständig bezeichnet werden, als der Versicherte seit April 2006 in der bisherigen Tätigkeit zu 80 %, und damit in vergleichsweise hohem Ausmass arbeitsfähig ist.
6. Nichts zu seinen Gunsten abzuleiten vermag der Beschwerdeführer nach den zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid aus der mit Blick auf ein eingestelltes Strafverfahren gegen Dr. med. L._ vorgetragenen Kritik am Institut Z._. Es ist kein konkreter Anhaltspunkt ersichtlich, der auf Voreingenommenheit oder Befangenheit des Dr. med. L._ oder Verfälschung der Abklärungsergebnisse durch diesen Arzt im vorliegenden Verfahren schliessen lässt, zumal er in der Schlussbeurteilung die von den Teilgutachtern Dres. med. T._ und G._ attestierten Einschränkungen von 20 % aus neurologischer Sicht und 20 % für anspruchsvolle Tätigkeiten bzw. 0 % in einfacheren Tätigkeiten aus psychiatrischen Gründen unverändert übernommen hatte. Ob die Unterschrift aller beteiligten Experten ein Formerfordernis ist, kann hier offenbleiben, nachdem der das neuropsychologische Teilgutachten verfassende Dr. med. T._ in der Stellungnahme vom 27. November 2007 die Schlussfolgerungen im Gutachten vom 22. Juni 2006 explizit bestätigt hatte und es in Anbetracht der übereinstimmenden psychiatrischen Beurteilungen der Dres. med. B._ (deren Einschätzung selbst der behandelnde Psychiater Dr. med. K._ am 25. Oktober 2004 teilte) und G._ unwahrscheinlich ist, dass Dr. med. L._ die Ergebnisse der psychiatrischen Teilbegutachtung durch Dr. med. G._ verfälschte.
7. Die zu erhebenden Gerichtskosten (<ref-law>) sind ausgangsgemäss vom Beschwerdeführer zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 15. Juni 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle