Sachverhalt:
A. A.a R._, geboren 1960, absolvierte eine landwirtschaftliche Ausbildung. Von April 1999 bis Mai 2002 war er bei der Z._ AG als Bauarbeiter für allgemeine Handlangerarbeiten Hochbau angestellt. Die Arbeitgeberfirma kündigte das Arbeitsverhältnis mit Schreiben vom 28. Mai 2002 fristlos unter Hinweis auf den Rückfall des R._ in die Alkoholsucht und Verletzung von Informationspflichten. Seither ging er in der freien Wirtschaft keiner Erwerbstätigkeit mehr nach. Am 23. Mai 2006 trat R._ direkt vom psychiatrischen Zentrum X._, wo er seit 26. Januar 2006 im Rahmen eines ärztlich angeordneten Fürsorgerischen Freiheitsentzuges hospitalisiert gewesen war, ins Wohnheim Y._ über. Am 15. Dezember 2006 meldete er sich unter Hinweis auf ein schweres Alkoholabhängigkeitssyndrom mit Verwahrlosung und Selbstgefährdung bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Die IV-Stelle Bern führte erwerbliche und medizinische Abklärungen durch. Mit Verfügung vom 2. Oktober 2007 wies sie das Leistungsbegehren ab, weil die Arbeitsunfähigkeit vor allem durch das Abhängigkeitsverhalten begründet sei und deshalb keine Invalidität im Sinne des Gesetzes vorliege.
A.b Am 25. Mai 2010 meldete sich R._ wegen "Rückenproblemen aus der Tätigkeit als Baumaschinenführer" und Depression, bestehend seit ca. 2003, erneut bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (berufliche Eingliederung/Umschulung) an. Er reichte eine Beurteilung des Dr. med. K._, Eidg. Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 26. Juli 2010, zu den Akten. Die IV-Stelle trat auf die Neuanmeldung ein und ersuchte Frau Dr. med. U._, Heimärztin im Wohnheim Y._, um einen Bericht vom 24. August 2010. Auf Veranlassung des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) fand am 28. März 2011 eine neuropsychologische Exploration durch lic. phil. D._ statt (Gutachten vom 18. April 2011). Am 15. Juni 2011 verfügte die IV-Stelle die Abweisung des Leistungsbegehrens, weil die medizinischen Abklärungen keine relevante Diagnose mit Krankheitswert im Sinne der Invalidenversicherung ergeben hätten.
B. Hiegegen liess R._ Beschwerde erheben und geltend machen, die neuropsychologische Abklärung sei nicht ausreichend gewesen, jedenfalls hätte ein Mahn- und Bedenkzeitverfahren durchgeführt werden müssen. Zu Unrecht seien auch weitere Abklärungen insbesondere hinsichtlich der Rückenproblematik und der diagnostizierten Anpassungsstörung unterblieben. Zudem beantragte er die Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern verfügte am 20. September 2011 die Abweisung dieses Gesuches wegen Aussichtslosigkeit und ersuchte R._ um Zahlung eines Kostenvorschusses von Fr. 700.- bis 10. Oktober 2011.
C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen. Er beantragt, die vorinstanzliche Verfügung vom 20. September 2011 sei aufzuheben und das kantonale Gericht anzuweisen, ihm die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren; es sei ihm auch für das Verfahren vor Bundesgericht die unentgeltliche Prozessführung zu bewilligen und es sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Die Vorinstanz verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Bei der angefochtenen Verfügung, welche den Anspruch des Beschwerdeführers auf unentgeltliche Rechtspflege für das vorinstanzlich hängige Verfahren betreffend Leistungen der Invalidenversicherung verneint und mit welcher ihm gleichzeitig die Leistung eines Kostenvorschusses auferlegt worden ist, handelt es sich um einen Zwischenentscheid nach <ref-law>, der einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von lit. a dieser Bestimmung bewirken kann (SVR 2009 UV Nr. 12 S. 49, 8C_530/2008 E. 2.3; Urteil 9C_654/2010 vom 29. September 2010). Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat, ausser wenn diese Feststellung offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Das Bundesgericht kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550).
3. 3.1 Jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, hat Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand (<ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege bezweckt, auch der bedürftigen Partei den Zugang zum Gericht und die Wahrung ihrer Parteirechte zu ermöglichen. Sie soll sicherstellen, dass jedermann unabhängig von seinen finanziellen Verhältnissen nicht aussichtslose Streitsachen zur gerichtlichen Entscheidung bringen und sich überdies im Prozess, sofern es sachlich geboten ist, durch einen Anwalt vertreten lassen kann (<ref-ruling> E. 7.1 S. 2). Für das sozialversicherungsrechtliche Beschwerdeverfahren findet der Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand in <ref-law> eine gesetzliche Grundlage.
3.2 Rechtsbegehren sind aussichtslos, wenn deren Gewinnaussichten im Zeitpunkt der Verfahrenseinleitung deutlich geringer sind als die Verlustgefahren. Entscheidend ist, ob eine nicht bedürftige Partei sich vernünftigerweise zu einem Prozess entschliessen würde (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 135 f.; <ref-ruling> E. 7.1 S. 2). Dabei ist auf die Hauptstreitsache Bezug zu nehmen. Das Bundesgericht prüft die Frage nach der Aussichtslosigkeit des Rechtsmittels frei (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 136; Urteil 9C_286/2009 vom 28. Mai 2009 E. 2.3 und 3.2.1-3.2.3 [publ. in: SZS 2009 S. 397]). Bei der prognostischen Beurteilung der Erfolgsaussichten steht dem Sachgericht ein Beurteilungsspielraum zu, in den das Bundesgericht auch bei freier Prüfung der Rechtsfragen nur mit Zurückhaltung eingreift. Erforderlich ist, dass das Sachgericht von anerkannten Rechtsgrundsätzen abgewichen ist, dass es Umstände berücksichtigt hat, die für die Prognose im Einzelfall keine Rolle spielen dürfen oder umgekehrt Umstände ausser Betracht gelassen hat, die hätten beachtet werden müssen (vgl. <ref-ruling> E. 5.4 S. 211; <ref-ruling> E. 12.2.2 S. 31; <ref-ruling> E. 3.1 S. 220). Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, dem Sachgericht vorgreifend zu prüfen, ob das vom Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren gestellte Begehren zu schützen sei oder nicht, sondern lediglich, ob der vom Bedürftigen verfolgte Rechtsstandpunkt im Rahmen des sachlich Vertretbaren liegt beziehungsweise nicht von vornherein unbegründet erscheint (<ref-ruling> E. 3a S. 115; vgl. auch Urteil 8C_551/2011 vom 29. September 2011 E. 4.4).
4. Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung des Rechts auf unentgeltliche Rechtspflege im Sinne von <ref-law> geltend. Das Verwaltungsgericht verweigerte ihm diese wegen Aussichtslosigkeit seines Rechtsbegehrens. Zu Begründung führte es das Verhalten des Versicherten während der neuropsychologischen Exploration an, welches den Schluss aufdränge, er habe die Untersuchungsergebnisse negativ zu beeinflussen versucht, um Leistungen der Invalidenversicherung zu erwirken. Gestützt auf <ref-law> sei die Beschwerdegegnerin deshalb berechtigt gewesen, ohne Mahn- und Bedenkzeitverfahren die Leistung zu verweigern.
5. 5.1 Soweit ärztliche und fachliche Untersuchungen für die Beurteilung notwendig und zumutbar sind, haben sich die versicherten Personen diesen zu unterziehen (<ref-law>; Erwin Murer, Invalidenversicherung: Prävention, Früherfassung und Integration, 2009, N. 96 zu Art. 7-7b IVG). Eine unentschuldbare Verletzung dieser Mitwirkungspflicht kann nach durchgeführtem Mahn- und Bedenkzeitverfahren einen Entscheid aufgrund der Akten oder Nichteintreten zur Folge haben (<ref-law>). Im Rahmen der 5. IVG-Revision wurde die bis dahin zersplittert gewesene Regelung der Schadenminderungspflicht im Eingliederungsbereich neu kodifiziert und die Sanktionen auch mit Bezug auf <ref-law> verschärft (<ref-law>; Hardy Landolt, Auswirkungen der 5. IVG-Revision auf die Schadenminderungspflicht, in: HAVE 2006 S. 261). Die Regelungen von <ref-law> (Nichteintreten oder Sachentscheid aufgrund der Akten) und <ref-law> (Kürzung oder Verweigerung der Leistung) sind nunmehr grundsätzlich nebeneinander anwendbar (Urs Müller, Das Verwaltungsverfahren in der Invalidenversicherung, 2010, Rz. 1228).
5.2 Ohne Mahn- und Bedenkzeitverfahren kann gemäss <ref-law> eine Kürzung oder Verweigerung erfolgen, wenn die versicherte Person Leistungen der Invalidenversicherung zu Unrecht erwirkt oder zu erwirken versucht hat. Beim entsprechenden Entscheid sind alle Umstände des Einzelfalles, insbesondere das Ausmass des Verschuldens und die wirtschaftliche Lage der versicherten Person zu berücksichtigen (<ref-law>). Renten können während längstens sechs Monaten um höchstens die Hälfte gekürzt werden (<ref-law>), in den Fällen nach Artikel 7b Absatz 2 Buchstaben a-d IVG wird die Rente während längstens drei Monaten um höchstens einen Viertel gekürzt (<ref-law>). Die Verweigerung der Rente ist auf besonders schwere Fälle beschränkt (<ref-law>). Die verschärfte Sanktionierung (deren Tatbestand sich terminologisch weitgehend mit <ref-law> deckt) bedeutet nicht, dass nunmehr jede mangelnde Kooperation im Abklärungsverfahren eine Leistungsverweigerung ohne vorgängiges Mahn- und Bedenkzeitverfahren rechtfertigen würde. Der als Ausnahmebestimmung konzipierte <ref-law> (vgl. Urteil 9C_816/2008 vom 12. März 2009 E. 3.3) lässt eine Rentenverweigerung nur bei qualifizierter Pflichtverletzung zu, was beispielsweise bei einer strafrechtlich relevanten Betrugshandlung zutrifft (z.B. Urteil 8C_325/2010 vom 27. September 2010) oder - zumindest - eine bewusste Verfälschung der medizinischen Untersuchungsergebnisse voraussetzt, etwa durch Vortäuschen eines beeinträchtigten Gesundheitszustandes mit dem Ziel, Versicherungsleistungen zu erschleichen (vgl. Urteil 8C_920/2009 vom 22. Juli 2010 E. 6.2). Die 5. IVG-Revision hat nichts daran geändert, dass in allen anderen Fällen selbst bei unentschuldbarer Verletzung der Mitwirkungspflicht, d.h. wenn kein Rechtfertigungsgrund erkennbar ist oder sich das Verhalten der versicherten Person als völlig unverständlich erweist, zunächst ein Mahn- und Bedenkzeitverfahren durchgeführt werden muss (so auch Urs Müller, a.a.O. Rz. 1154 f.; vgl.- zum alten Recht - etwa Urteil I 625/98 vom 26. Juni 1999 E. 2).
6. Ob der Beschwerdeführer die Versicherungsleistungen durch Simulation bzw. bewusstes Vortäuschen eines beeinträchtigten Gesundheitszustandes erschleichen wollte, lässt sich im Rahmen der für die Beurteilung der Aussichtslosigkeit gebotenen summarischen Prüfung in Anbetracht der medizinischen Unterlagen nicht ohne weiteres sagen. In der neuropsychologischen Exploration vom 28. März 2011 (Gutachten vom 18. April 2011) konstatierte lic. phil. D._ zwar eine neuropsychologisch unplausible Symptomproduktion, welche verlässliche Angaben aus neuropsychologischer Sicht verhindere und führte als Diagnose deutliche Hinweise für Aggravation bzw. Simulation an (ICD-10 Z76.5 bzw. Z76.8). Indes, Hinweise sind nur Indizien und bedürfen der Bestätigung, zumal eine bewusste Verfälschung der Tests bisher nicht bewiesen ist, woran der weitere Hinweis, dass "eine andere Interpretation als die der bewussten oder mindestens bewusstseinsnahen Selbstlimitierung nur im Rahmen schwerer psychiatrischer Störungen möglich" sei, nichts zu ändern vermag. Die vorinstanzliche Begründung der (prognostischen) Aussichtslosigkeit hält somit bereits aus diesem Grund vor Bundesrecht nicht stand, ohne dass weiter (kursorisch; E. 3.2 hievor) geprüft wird, ob namentlich der vom Sozialdienst am 13. August 2010 in Anbetracht der Stabilisierung (längere Alkoholabstinenz, psychische Verbesserung) für zumindest prüfenswert erscheinende Anspruch auf berufliche Eingliederungsmassnahmen zum Vornherein als aussichtslos erscheint.
7. Was die übrigen Voraussetzungen für die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung (E. 2.1) anbelangt, hat das kantonale Gericht keine Feststellungen getroffen. Diese lassen sich indes durch das Bundesgericht ergänzen (<ref-law>). Die finanzielle Bedürftigkeit des Beschwerdeführers ist mit den vorinstanzlich eingereichten Unterlagen ausgewiesen. Angesichts der Schwierigkeit der Sache und der Fähigkeiten des Versicherten ist auch dessen Vertretung durch einen Anwalt sachlich geboten.
8. Mit dem sofortigen Entscheid in der Sache ist die Frage der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde gegenstandslos (Urteil 9C_463/2011 vom 14. Juli 2011 E. 8 mit Hinweis).
9. Gerichtskosten sind keine zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Bern hat dem obsiegenden Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6.1 S. 235; Urteil 8C_679/2009 vom 22. Februar 2010 E. 5 [zusammengefasst u.a. in Anwaltsrevue 5/2010 S. 233]). Damit wird sein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das letztinstanzliche Verfahren gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Dispositiv-Ziffer 3 der Verfügung des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 20. September 2011, wird aufgehoben. Es wird festgestellt, dass der Beschwerdeführer für das kantonale Beschwerdeverfahren Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege hat. Fürsprecher Matthias Frey wird als sein unentgeltlicher Rechtsbeistand bestellt.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Sozialversicherungen und der IV-Stelle Bern schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. November 2011
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Bollinger Hammerle