Sachverhalt:
A.
A.a. Der 1957 geborene A._ war Hilfsglaser bei der Firma B._ AG und bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) obligatorisch unfallversichert. Am 27. Januar 2000 wurde er auf dem Fahrrad von einem Auto erfasst. Das Spital C._ diagnostizierte am 1. Februar 2000 eine Commotio Cerebri, eine HWS-Distorsion sowie Kontusionen der LWS und der rechten Schulter. Die SUVA kam für die Heilbehandlung und das Taggeld auf. Mit Verfügung vom 6. August 2001 bzw. Einspracheentscheid vom 10. Januar 2002 stellte sie die Leistungen per 20. August 2001 ein. Die Beschwerde des Versicherten hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern (heute Kantonsgericht Luzern) gut und wies die Sache an die SUVA zurück, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre (Entscheid vom 1. April 2003). Deren Beschwerde wies das Eidg. Versicherungsgericht (heute Bundesgericht) mit Urteil U 117/03 vom 19. Dezember 2003 ab.
A.b. Die SUVA holte diverse Arztberichte und ein interdisziplinäres Gutachten des Zentrums D._ vom 18. März 2008 ein. Mit Verfügung vom 11. August 2009 bzw. Einspracheentscheid vom 29. April 2010 sprach sie dem Versicherten ab 1. August 2009 eine Invalidenrente bei einer Erwerbsunfähigkeit von 51 % zu und verneinte den Anspruch auf eine Integritätsentschädigung. Auf Beschwerde des Versicherten hin hob das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern diesen Entscheid bezüglich der Invalidenrente auf und wies die Sache zur weiteren Abklärung im Sinne der Erwägungen an die SUVA zurück; im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Entscheid vom 7. September 2011).
A.c. Die SUVA zog das für die Vorinstanz im invalidenversicherungsrechtlichen Verfahren erstellte Gutachten des Psychiaters Dr. med. E._ vom 2. Oktober 2012 bei. Mit Verfügung vom 10. Juli 2013 bzw. Einspracheentscheid vom 9. Januar 2014 verneinte sie den Rentenanspruch; zudem forderte sie vom Versicherten die ihm vom 1. August 2009 bis 30. Juni 2013 ausgerichteten Renten im Umfang von Fr. 108'938.95 zurück.
B.
Die gegen den letzten Einspracheentscheid geführte Beschwerde wies das Kantonsgericht Luzern ab (Entscheid vom 29. April 2015).
C.
Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, in Aufhebung des kantonalen Entscheids seien ihm eine Invalidenrente und eine Integritätsentschädigung sowie die bisherigen gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung, Taggelder) zuzusprechen; das Gericht, eventuell die Vorinstanz oder die SUVA, hätten die Akten mit weiteren medizinisch-therapeutischen und/oder diagnostischen polydisziplinären Abklärungen (Begutachtung) zu ergänzen; die Rentenrückforderung von Fr. 108'938.95 sei zu erlassen resp. es sei festzuhalten, dass kein Rückforderungsanspruch bestehe; für das bundesgerichtliche Verfahren sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Ein Schriftenwechsel wurde nicht angeordnet.
Mit Verfügung vom 6. Juli 2015 gab das Bundesgericht dem Beschwerdeführer Gelegenheit, aufgrund des Grundsatzurteils <ref-ruling> vom 3. Juni 2015 im Bereich der invalidenversicherungsrechtlichen Rechtsprechung zu den anhaltenden somatoformen Schmerzstörungen und vergleichbaren psychosomatischen Leiden allfällige Ergänzungen anzubringen. Dies tat er am 7. September 2015.

Erwägungen:
1.
Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 f. BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Dennoch prüft es - offensichtliche Fehler vorbehalten - nur die in seinem Verfahren beanstandeten Rechtsmängel (Art. 42 Abs. 1 f. BGG; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2.
Der Versicherte legt neu Berichte des Dr. med. F._, Facharzt für Innere Medizin FMH, vom 26. September 2014 und 27. Oktober 2014 auf. Hierbei handelt es sich um sog. unechte Noven. Der Versicherte legt jedoch nicht dar, dass ihm deren vorinstanzliche Beibringung trotz hinreichender Sorgfalt prozessual unmöglich bzw. objektiv unzumutbar war. Diese Berichte sind somit unbeachtlich (<ref-law>; nicht publ. E. 1.3 des Urteils <ref-ruling>, in SVR 2012 FZ Nr. 3 S. 7 [8C_690/2011]; ARV 2014 S. 226 E. 4 [8C_211/2014]).
3.
Die Vorinstanz hat die Grundlagen über die Invalidität (<ref-law>) den Anspruch auf Rente (<ref-law>) und Integritätsentschädigung (<ref-law>; <ref-law>) sowie den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 4.4 S. 469, 134 V 231 E. 5.1 S. 232, 125 V 351) richtig dargelegt. Gleiches gilt bezüglich der bisherigen Rechtsprechung zur sozialversicherungsrechtlichen Relevanz anhaltender somatoformer Schmerzstörungen und vergleichbarer psychosomatischer Leiden (<ref-ruling>, 136 V 279, 130 V 352). Darauf wird verwiesen.
4.
Die Vorinstanz erwog, in somatischer Hinsicht sei auf ihren rechtskräftigen Entscheid vom 7. September 2011 zu verweisen, worin sie keine unfallbedingten organischen Befunde mehr als objektivierbar festgestellt habe. Dass sich hieran seither irgendwelche Änderungen ergeben hätten, lasse sich den Akten nicht entnehmen und werde nicht konkret geltend gemacht. Auch letztinstanzlich erhebt der Versicherte in diesem Punkt keine stichhaltigen Einwände; soweit er sich auf den Bericht des Dr. med. F._ vom 27. Oktober 20014 beruft, ist dies unzulässig (E. 2 hievor).
5.
Streitig ist weiter die psychische Problematik. Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, dem Gutachten des Dr. med. E._ vom 2. Oktober 2012 könne Beweiswert zuerkannt werden. Gestützt hierauf leide der Versicherte an einer somatoformen Schmerzstörung (ICD-10 F45.4), einer leichten bis höchstens mittelschweren depressiven Episode mit somatischem Syndrom (ICD-10 F32.11), einer hypochondrischen Entwicklung (ICD-10 F45.2) und Verhaltensstörungen nach Unfall (ICD-10 F68.8). In Anwendung der bisherigen Rechtsprechung zu den Schmerzstörungen (vgl. E. 3 hievor) kam die Vorinstanz zum Schluss, psychischerseits sei der Versicherte - entgegen der von Dr. med. E._ angegebenen 50%igen Arbeitsunfähigkeit - bis zum Einspracheentscheid vom 9. Januar 2014 nicht arbeitsunfähig gewesen.
Zum gleichen Ergebnis führt - wie die folgenden Erwägungen zeigen - auch die mit Urteil <ref-ruling> geänderte Rechtsprechung zu den psychosomatischen Leiden (zur Anwendbarkeit auf laufende Verfahren vgl. E. 8 desselben mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 6 S. 266; zur Geltung im Bereich der obligatorischen Unfallversicherung siehe BGE 8C_10/2015 vom 5. September 2015 E. 5).
6.
Die auf die Begrifflichkeit des medizinischen Klassifikationssystems abstellende Diagnose der anhaltenden somatoformen Schmerzstörung führt nur dann zur Feststellung einer invalidenversicherungsrechtlich erheblichen Gesundheitsbeeinträchtigung, wenn die Diagnose auch unter dem Gesichtspunkt der - in der Praxis zu wenig beachteten - Ausschlussgründe nach <ref-ruling> standhält. Danach liegt regelmässig keine versicherte Gesundheitsschädigung vor, soweit die Leistungseinschränkung auf Aggravation oder einer ähnlichen Erscheinung beruht. Hinweise auf solche und andere Äusserungen eines sekundären Krankheitsgewinns (dazu <ref-ruling> E. 3.3 S. 197) ergeben sich namentlich, wenn: eine erhebliche Diskrepanz zwischen den geschilderten Schmerzen und dem gezeigten Verhalten oder der Anamnese besteht; intensive Schmerzen angegeben werden, deren Charakterisierung jedoch vage bleibt; keine medizinische Behandlung und Therapie in Anspruch genommen wird; demonstrativ vorgetragene Klagen auf den Sachverständigen unglaubwürdig wirken; schwere Einschränkungen im Alltag behauptet werden, das psychosoziale Umfeld jedoch weitgehend intakt ist. Nicht per se auf Aggravation weist blosses verdeutlichendes Verhalten hin (<ref-ruling> E. 2.2 und 2.2.1 S. 288 mit weiteren Hinweisen). Besteht im Einzelfall Klarheit darüber, dass nach plausibler ärztlicher Beurteilung die Anhaltspunkte auf eine Aggravation eindeutig überwiegen und die Grenzen eines bloss verdeutlichenden Verhaltens klar überschritten sind, ohne dass das aggravatorische Verhalten auf eine verselbständigte, krankheitswertige psychische Störung (vgl. <ref-ruling> E. 5a S. 299) zurückzuführen wäre, fällt eine versicherte Gesundheitsschädigung ausser Betracht und ein Rentenanspruch ist ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 289; Urteil 9C_899/2014 vom 29. Juni 2015 E. 4.2.4, in SZS 2015 S. 385). Ob die ärztlichen Feststellungen auf einen Ausschlussgrund folgern lassen, ist als Rechtsfrage frei überprüfbar (Urteil 9C_899/2014 E. 4.1). Von einer medizinischen Einschätzung der Arbeitsunfähigkeit kann abgewichen werden, ohne dass diese ihren Beweiswert verliert (SVR 2015 IV Nr. 16 S. 45 E. 2.3 [9C_662/2013]; Urteil 8C_441/2015 vom 21. August 2015 E. 3).
7.
7.1. Der Psychiater Dr. med. G._, Versicherungspsychiatrischer Dienst, SUVA, legte im Bericht vom 5. September 2006 dar, auf der körperlichen Verhaltensebene gebe sich der Versicherte bei der klinischen Probe aufs Exempel mit grösstem Verdacht aggravatorisch: Im fliessenden Gespräch, wenn er ganz bei der Sache sich mit positiven Gefühlen mitteile, wirke seine Körperhaltung und Gestik völlig normal und symmetrisch. Wenn er sich - wie schon vom Neurologen Dr. med. H._ im Bericht vom 14. Februar 2001 beobachtet - bei keineswegs atrophierter Muskulatur am kräftigen rechten Oberarm über Kraftverlust beklage, würden ihm beide Hände gereicht; hierbei drücke er mit der linken Hand bis über die Schmerzgrenze, während er mit der rechten Hand eine kaum spürbare Kraft entfalte.
Im Gutachten des Zentrums D._ vom 20. März 2008 wurde ausgeführt, in rheumatologischer und neurologischer Hinsicht seien die angegebenen Beschwerden inklusive deren Auswirkungen im Alltag diskrepant zu den objektivierbaren Befunden.
Dr. med. E._ legte im Gutachten vom 2. Oktober 2012 unter anderem dar, es gelte die dramatisierenden und appellativen Schilderungen und Verhaltensweisen des Versicherten, die er auch anlässlich der aktuellen Untersuchung gezeigt habe, zu berücksichtigen. Die beklagten Beschwerden und seine Beeinträchtigung, insbesondere Ausmass und Dauer des Schlafmangels, seien nicht mit dem klinischen Zustand vereinbar. Wie schon andernorts sei auch aktuell eine deutliche Ablenkbarkeit des Versicherten zu beobachten. Habe er frei von sich, seiner Lebensgeschichte und seinen Leistungen erzählen können, sei er ein physisch praktisch unauffälliger akademischer Gesprächspartner gewesen; sei die Rede hingegen auf den Unfall und seine Folgen sowie die heutigen Lebensumstände gekommen, habe er sich halt- und fassungslos präsentiert, sei in permanentes Weinen und in einen appellativ-jammrigen Erregungszustand geraten, in den er sich förmlich hinein gesteigert habe. Beim Schildern von Beschwerden und subjektiver Behinderung sei aggravatorisch-dramatisierendes Verhalten festgestellt worden. Der Versicherte habe auf inadäquate Weise seine Selbstverantwortung und die Versorgungspflicht für seine Familie auf andere delegiert; er nehme eine regredierte Krankenrolle ein, die in keinem Verhältnis zu den medizinisch - auch psychiatrisch - erhebbaren pathologischen Befunden stehe. Das nach wie vor betriebene Krafttraining mit der im Aspekt symmetrisch erhaltenen Muskulatur ohne Anzeichen einer Inaktivitätsatrophie kontrastiere zum hilflosen und inaktiven Lebensstil. Er lasse keine adäquate antidepressive Behandlung zu. Das widerspreche der allgemeinen ärztlichen Erfahrung im Umgang mit depressiven Menschen. Spätestens ab einer ungefähr mittelschweren Depression sei der Krankheitsdruck so gross, dass in der Regel eine symptomlindernde und damit Leiden reduzierende Behandlung akzeptiert werde. Bei entsprechender Motivation wäre dem Versicherten eine partielle Überwindung seiner psychischen Krankheit möglich. Ein entsprechender Wunsch oder gar konkrete Bestrebungen in diese Richtung seien weder vorhanden noch spürbar. Bei Arbeitsversuchen sei eine Selbstlimitation mit Minimalbelastungen und raschem Abbruch dokumentiert, aber medizinisch nicht begründet. Dass er sich kaum an Haushaltsarbeiten beteiligen könne und beim Kochen die Speisen verbrenne, sei auch mit der Hypochondrie nicht erklärbar und auf ein Fehlverhalten mit bewusstseinsnahen Anteilen zurückzuführen.
7.2. Nach dem Gesagten sind aufgrund der medizinischen Akten (zur Zulässigkeit sachverhaltlicher Ergänzungen, soweit sie sich ohne weiteres aus den Akten ergeben, vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 366; Meyer/Dormann, in: Basler Kommentar, Bundesgesetzgebung, 2. Aufl. 2011, N. 25 zu <ref-law>) erhebliche Diskrepanzen im Verhalten des Versicherten dokumentiert. Weiter bestehen klare Hinweise auf aggravatorisches Verhalten. Hinzu kommt, dass der Beschwerdeführer keine adäquate antidepressive Therapie wahrnimmt. Die Schmerzstörung und die weiteren psychischen Leiden (vgl. E. 5 hievor) werden unter anderem durch sein passives, inadäquates Verhalten unterhalten. Der Gutachter Dr. med. E._ ging von mangelnder Motivation aus und stellte ausdrücklich fest, die Verhaltensweisen des Versicherten wären bei entsprechender Motivation ohne weiteres einer bewussten Verhaltensmodifikation zugänglich und damit korrigierbar. Bei diesen Gegebenheiten ist es überwiegend wahrscheinlich, dass er in der Lage wäre, durch eigenes aktives Tun (Tagesstruktur, Mithilfe im Haushalt) dem leidensverstärkenden regressiven Verhalten entgegenzuwirken. Sein passives Verhalten erscheint demnach nach Lage der Akten nicht ausschliesslich krankheitsbedingt.
Unter diesen Umständen kann auch nicht davon ausgegangen werden, die Diskrepanzen zwischen den beklagten Beschwerden und den erhobenen objektiven Befunden bewegten sich noch im Rahmen dessen, was als blosse Verdeutlichung zu bezeichnen wäre (zur Grenzziehung zwischen einer anspruchshindernden Aggravation und einer blossen Verdeutlichungstendenz vgl. Urteil 9C_899/2014 E. 4.2). Zwar konnte Dr. med. E._ nicht abschliessend beurteilen, ob aufgrund der Angaben des Versicherten wirklich eine soziale Isolation besteht. Eine solche kann ein Indiz sein, das gegen eine Aggravation spricht. Für sich allein vermag ein sozialer Rückzug diese aber nicht auszuschliessen. Auch wenn eine Aggravation mit Blick auf die einschneidenden Folgen einer Anspruchsverneinung nicht leichthin angenommen werden darf (Urteil 9C_899/2014. E. 4.4), bestehen hier hinreichend Hinweise für die Bejahung eines aggravatorischen Verhaltens. Somit kann letztlich offen bleiben, ob bzw. in welchem Ausmass ein sozialer Rückzug besteht.
Insgesamt überwiegen die Gründe, welche die Annahme einer leistungsauslösenden Gesundheitsbeeinträchtigung verbieten. Gegenteiliges zeigt der Versicherte auch in der ergänzenden Stellungnahme vom 7. September 2015 nicht auf. Unter diesen Umständen erübrigt sich die Durchführung eines strukturierten Beweisverfahrens nach den massgeblichen Standardindikatoren gemäss dem Urteil <ref-ruling> E. 2.2 S. 287.
8.
Hinsichtlich der vorinstanzlichen Verneinung des Anspruchs auf Integritätsentschädigung erhebt der Versicherte keine substanziierten Einwände, weshalb sich dazu Weiterungen erübrigen. Gleiches gilt betreffend die Rentenrückforderung für die Zeit vom 1. August 2009 bis 30. Juni 2013 im Umfang von Fr. 108'938.95.
9.
Bezüglich des beantragten Erlasses der Rückforderung ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, da diese Frage nicht Gegenstand des strittigen Einspracheentscheides war (<ref-ruling> E. 2.1).
10.
Der unterliegende Versicherte trägt die Gerichtskosten (<ref-law>). Die unentgeltliche Rechtspflege kann ihm gewährt werden (<ref-law>). Er hat indessen der Gerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn er später dazu in der Lage ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen. Rechtsanwalt Urs Schaffhauser wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers wird aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht Luzern, 3. Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 13. Oktober 2015
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Jancar