Sachverhalt:
A. Am 21. März 2000 hinterlegte die Schweizerische Post (Beschwerdeführerin) das Wortzeichen POST beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE) zum Schutz verschiedener Waren und Dienstleistungen.
Mit Verfügung vom 4. Juli 2001 sistierte das IGE das Markeneintragungsverfahren bis zum rechtskräftigen Abschluss des Beschwerdeverfahrens MA-AA 12/00 betreffend die Eintragung der schweizerischen Marke 496 219 (Farbe "Gelb").
Mit Schreiben vom 3. Juli 2003 nahm die Beschwerdeführerin Bezug auf ein Telefonat des IGE, gemäss dem die Sistierung vom 4. Juli 2001 aufgehoben sei, und reichte ein aktualisiertes und standardisiertes Waren- und Dienstleistungsverzeichnis nach. Der Schutz wurde für folgende Waren und Dienstleistungen beantragt:
Klasse 9
Programme für elektronische Datenverarbeitungsanlagen und -geräte; magnetische oder optische Datenträger; Verkaufsautomaten; mit Zahlungsmitteln betätigte Automaten; Automaten zur Tätigung von Geldgeschäften jeglicher Art und zu Informationszwecken.
14
Uhren, Wecker.
16
Druckerzeugnisse; einschliesslich Bücher, Zeitschriften, Broschüren, Prospekte und andere Publikationen; Handbücher im Zusammenhang mit Computerprogrammen; Papeteriewaren, Schreibwaren, Briefständer; Papierwaren für Verpackungszwecke, Verpackungsmaterialien (Pappe, Karton); Kunststoff-Verpackungsmaterialien in Form von Hüllen, Tüten, Folien; Briefmarken.
18
Leder und Waren daraus, soweit in Klasse 18 enthalten; Jutetaschen (Einkaufstaschen); Gepäckstücke (soweit in Klasse 18 enthalten) wie Reisetaschen, Reise- und Handkoffer, Rucksäcke.
20
Verpackungs-, Transport- und Lagerbehälter sowie Container, aus Kunststoff, Holz und anderen Materialien, soweit in Klasse 20 enthalten.
22
Verpackungsbeutel aus textilem Material.
28
Spiele; Spielzeug, insbesondere Postautomodelle oder Modell-Poststellen; Spielkarten.
35
Werbung- und Verkaufsförderung, Vermietung von Werbefläche, insbesondere auf einer Webseite; Vermietung von Räumlichkeiten zu Verkaufszwecken; Vermietung von Verkaufsautomaten; Marketing, Marktforschung; Unternehmensberatung, Beratung bei der Organisation und Führung von Unternehmen; betriebswirtschaftliche Beratung; Personalberatung; Geschäftsführung im Bereich elektronischer Marktplätze; Detailhandel über elektronische Kanäle (auch Internet); Verwaltung von Kundenadressdateien; Betrieb einer Agentur zum Import von Fahrzeugen; Vervielfältigung von Dokumenten; Sammeln und Systematisieren von Daten in einer Datenbank, nämlich elektronische Verarbeitung von Geschäfts- und Finanzabläufen; Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen; alle vorgenannten Dienstleistungen auch per elektronische Kanäle.
36
Finanz- und Rechnungswesen, Geldgeschäfte, Zahlungsverkehr; Inkassogeschäfte; Immobilienwesen, Versicherungswesen; finanzielle Beratung von Unternehmen sowie Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen; alle vorgenannten Dienstleistungen auch per elektronische Kanäle.
37
Reparaturwesen; Reinigung von Fahrzeugen.
38
Telekommunikation, insbesondere Sprach- und Datenübermittlung; Übermittlung von Daten und Informationen zwischen Kunden und Unternehmen per Telekommunikationsmittel, mittels Computer sowie über elektronische Kanäle; Auskünfte über elektronische Übermittlung von Daten und Informationen sowie auf dem Gebiet der Abwicklung von Kundenbeziehungen mittels Telekommunikation und über elektronische Kanäle; Vermitteln von Nachrichten; Telefondienst, nämlich Call-Center; Übermitteln von Daten aus einer Datenbank; Telefon-, Telekopier- und Bildschirmtextdienst, Mobilfunkdienst; Zurverfügungstellen von Zugriff auf globale Computernetzwerke und Computerdatenbanken; Beratung auf dem Gebiet der elektronischen Übermittlung von Dokumenten, Bildern, Daten und Informationen sowie auf dem Gebiet der Übermittlung von Informationen zwischen Kunden und Unternehmen per Telekommunikation, mittels Computer oder über elektronische Kanäle; Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen.
39
Lieferung, Lagerung, Verpackung, Beförderung und Verteilung von Waren, Beförderung von Briefen, Briefsendungen sowie von sonstigen beweglichen Sachen wie Dokumente, Wertsachen, Waren und andere Güter; Beförderung von Personen sowie beweglichen Sachen wie Dokumente, Wertsachen, Waren und sonstige Güter mit Kraftfahrzeugen, Schienenbahnen, Schiffen und Flugzeugen; Verpackung, Versand und Verteilung von Sendungen sowie Dokumenten, Wertsachen, Waren und anderen Gütern; Vermittlung von Beförderungsleistungen; Kurierdienste; Veranstaltung, Vermittlung, Management und Durchführung von Reisen; Lagerung von beweglichen Sachen wie Briefe, Briefsendungen, Dokumente, Wertsachen, Waren und andere Güter, Vermietung von Lagerraum für bewegliche Sachen wie Dokumente, Wertsachen, Waren, andere Güter und Fahrzeuge; Vermietung von Lagercontainern; Erteilung von Auskünften über Lagerhaltung; Autovermietung; Betrieb von Fahrzeugen auf gemeinschaftlicher Basis (Car-Sharing, Car-Pooling), Planung von Verkehrslösungen für Personen- und Güterverkehr; Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen.
40
Druckarbeiten.
41
Dienstleistungen im Zusammenhang mit Aus- und Weiterbildung, insbesondere auf dem Gebiet des Verkehrswesens, der Beförderung von Personen, Waren und Gütern sowie im Zusammenhang mit Finanz- und Geldgeschäften aller Art; sportliche und kulturelle Anlässe (Billettvorverkaufsstelle); Vermietung von Ausbildungsanlagen.
42
Erarbeiten von Datenverarbeitungsprogrammen; Beratung auf dem Gebiet der Datenverarbeitung; Vermietung von Betriebszeit auf Computer-Hardware (Service- und Access-Provider); Vermietung von Computersoftware; Lizenzvergabe von gewerblichen Schutzrechten und Verwertung von Patenten; Vermieten von Zugriff auf eine Datenbank; Design von Webstellen, Vermietung von Patenten; Vermieten von Zugriff auf eine Datenbank; Design von Webseiten, Vermietung und Wartung von Speicherplätzen zur Benutzung als Webseiten für Dritte (Hosting); Programmieren und instandhalten, einschliesslich optimieren, von Webseiten für Dritte; Entgeltliches und unentgeltliches Vermitteln von Zugriffszeit auf eine Datenbank, zum Ansehen oder Herunterladen von Daten, Informationen und Grafiken oder Bildern über elektronische Medien (Internet); Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen; Rechtsberatung.
45
Beratung auf dem Gebiet der Sicherheit.
A.a Mit Beanstandung vom 11. November 2003 erachtete das IGE das Zeichen POST für folgende Waren und Dienstleistungen als kennzeichnungskräftig:
Klasse 14
Uhren, Wecker.
Klasse 16
Handbücher im Zusammenhang mit Computerprogrammen.
Klasse 18
Leder und Waren daraus, Jutetaschen; Gepäck (soweit in Klasse 18 enthalten) wie Reisetaschen, Reise- und Handkoffer, Rucksäcke.
Klasse 37
Reparaturwesen; Reinigung von Fahrzeugen.
Klasse 39
Autovermietung; Betrieb von Fahrzeugen auf gemeinschaftlicher Basis (Car-Sharing, Car-Pooling); Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen.
Klasse 41
Sportliche Aktivitäten; Unterhaltung; Reservation von Billetten für sportliche und kulturelle Anlässe (Billettvorverkaufsstelle); Vermietung von Ausbildungsanlagen.
Mit Bezug auf die übrigen Waren und Dienstleistungen der Klassen 9, 16, 20, 22, 28, 35, 36, 38, 39, 40, 41, 42 und 45 stellte das IGE die Zurückweisung des Eintragungsgesuchs in Aussicht. Es führte an, das Zeichen POST gehöre zum Gemeingut, da es in direkter Weise wesentliche Eigenschaften, die Zweckbestimmung, den Inhalt oder den Verkaufs- bzw. Erbringungsort der so bezeichneten Produkte beschreibe. Zudem handle es sich bei der Bezeichnung POST um einen Begriff des allgemeinen Sprachgebrauchs, der keine konkrete Unterscheidungskraft besitze und der Allgemeinheit freigehalten werden müsse. Im Übrigen enthalte das am 3. Juli 2003 eingereichte Waren- und Dienstleistungsverzeichnis hinsichtlich der Klassen 35 und 42 weitere Dienstleistungen, die im ursprünglich eingereichten Gesuch nicht aufgeführt worden seien. Es stehe der Beschwerdeführerin frei, diese Dienstleistungen aus der Waren- und Dienstleistungsliste zu streichen, ansonsten das Hinterlegungsdatum auf den Tag der Mitteilungsänderung verschoben werde.
In der Stellungnahme zur Beanstandung vom 20. September 2004 teilte die Beschwerdeführerin mit, die gegenüber dem ursprünglichen Verzeichnis hinzugefügten Dienstleistungen in den Klassen 35 und 42 würden gestrichen. Im Übrigen beantragte sie die Eintragung für sämtliche beanspruchten Waren und Dienstleistungen.
Mit Schreiben vom 16. März 2006 hielt das IGE an der Zurückweisung gemäss Beanstandung vom 11. November 2003 fest. Auch beanstandete es das aktualisierte und standardisierte Waren- und Dienstleistungsverzeichnis, da mehrere Begriffe nicht der Klassifikation gemäss dem internationalen Abkommen von Nizza entsprächen.
Mit Schreiben vom 5. September 2006 hielt die Beschwerdeführerin an ihrem Standpunkt fest und beantragte die Eintragung des hinterlegten Zeichens als Marke für die beanspruchten Waren und Dienstleistungen.
Mit Schreiben vom 21. November 2006 teilte das IGE mit, dass die Dienstleistung "Reservation von Billetten für sportliche und kulturelle Anlässe" (Klasse 41) unter die im ursprünglichen Waren- und Dienstleistungsverzeichnis aufgeführte Dienstleistung "Betrieb einer Vorverkaufsstelle" in Klasse 35 subsumiert werden könne. Deshalb könne die Dienstleistung "Reservation von Billetten für sportliche und kulturelle Anlässe" ohne Verschiebung des Hinterlegungsdatums beibehalten werden. Sie stellte weiter fest, dass die Beschwerdeführerin zur Beanstandung des Waren- und Dienstleistungsverzeichnisses nicht Stellung genommen habe. Sie gewährte ihr deshalb die Möglichkeit, vor Erlass einer beschwerdefähigen Verfügung das Waren- und Dienstleistungsverzeichnis zu korrigieren.
Mit Schreiben vom 22. November 2006 erklärte die Beschwerdeführerin, mit den Korrekturvorschlägen des IGE bezüglich des Waren- und Dienstleistungsverzeichnisses einverstanden zu sein.
A.b Mit Verfügung vom 29. Dezember 2006 liess das IGE das Markeneintragungsgesuch für folgende Waren und Dienstleistungen zu (Ziffer 2 des Dispositivs):
Klasse 14
Uhren, Wecker.
Klasse 16
Handbücher im Zusammenhang mit Computerprogrammen.
Klasse 18
Leder und Waren daraus, Jutetaschen; Gepäck (soweit in Klasse 18 enthalten) wie Reisetaschen, Reise- und Handkoffer, Rucksäcke.
Klasse 37
Reparaturwesen; Reinigung von Fahrzeugen.
Klasse 39
Autovermietung; Betrieb von Fahrzeugen auf gemeinschaftlicher Basis (Car-Sharing, Car-Pooling); Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen.
Klasse 41
Sportliche Aktivitäten; Unterhaltung; Reservation von Billetten für sportliche und kulturelle Anlässe (Billettvorverkaufsstelle); Vermietung von Ausbildungsanlagen (Audiogeräte, Filmgeräte, Videokameras und Filmzubehör).
Für die weiteren beanspruchten Waren und Dienstleistungen wies das IGE das Gesuch zurück (Ziffer 1 des Dispositivs).
Zur Begründung führte das IGE an, beim Begriff POST handle es sich aufgrund der zahlreichen Einträge in einschlägigen Nachschlagwerken (www.wikipedia.de; http://post.know-library.net; Brockhaus Enzyklopädie; der Brockhaus in 10 Bänden -2005-; WAHRIG, Deutsches Wörterbuch, 7. Auflage 2005) um eine Sachbezeichnung. Demnach erschöpfe sich das Zeichen in Verbindung mit den fraglichen Waren und Dienstleistungen in einem direkten Hinweis bezüglich deren Art, Inhalt, Objekt, Zweckbestimmung, Erbringer, Art des Erbringers sowie Verkaufsort respektive Erbringungsort. Aufgrund des direkt beschreibenden Charakters werde der Konsument in der Bezeichnung POST keinen Hinweis auf eine betriebliche Herkunft erkennen. Es fehle dem Zeichen die vom Gesetz geforderte konkrete Unterscheidungskraft. Das Zeichen sei auch freihaltebedürftig bzw. für einen Teil der Dienstleistungen der Klasse 39 absolut freihaltebedürftig. Für diese Dienstleistungen könne sich das Zeichen nicht durchsetzen. Für die übrigen strittigen Waren und Dienstleistungen sei die Durchsetzung grundsätzlich möglich, aber aufgrund der eingereichten demoskopischen Umfrage und Belege nicht glaubhaft gemacht.
B. Gegen diese Verfügung erhob die Beschwerdeführerin am 2. Februar 2007 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte die Aufhebung von Ziffer 1 des Dispositivs der angefochtenen Verfügung und die Eintragung des Zeichens POST als Marke für alle beanspruchten Waren und Dienstleistungen im Markenregister, eventualiter die Rückweisung der Sache an das IGE.
Mit Urteil vom 9. Juni 2008 wies das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde ab und bestätigte die angefochtene Verfügung. Es folgte auch der Begründung des IGE für die Abweisung.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. Juni 2008 sei aufzuheben und das Zeichen POST als Marke für alle beanspruchten Waren und Dienstleistungen im Markenregister einzutragen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz, subeventualiter an das IGE, zurückzuweisen. Weiter beantragt die Beschwerdeführerin die Durchführung einer mündlichen Parteiverhandlung.
Das Bundesverwaltungsgericht verzichtete auf eine Vernehmlassung. Das IGE beantragt die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. In der vorliegenden Registersache ist nach Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG die Beschwerde in Zivilsachen das zulässige Rechtsmittel. Als Vorinstanz hat das Bundesverwaltungsgericht entschieden (<ref-law>). Der Entscheid erging nicht im Rahmen des Widerspruchsverfahrens (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Begehren vor der Vorinstanz unterlegen und damit formell zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Da sie den gewünschten Markenschutz für ihr Zeichen nicht für alle beanspruchten Waren und Dienstleistungen erhalten hat, ist sie auch materiell beschwert (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren betreffend das Markeneintragungsgesuch Nr. 3219/2000 ab und stellt demnach einen Endentscheid dar (<ref-law>). Die Beschwerdefrist von 30 Tagen (<ref-law>) wurde eingehalten. Der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert ist erreicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3). Auf die Beschwerde ist demnach einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin stellte in ihrer Beschwerde den Antrag, es sei eine mündliche Parteiverhandlung durchzuführen. Mit Schreiben vom 3. November 2008 erneuerte sie diesen Antrag. In der Beschwerde begründete sie ihren Antrag damit, dass das Bundesverwaltungsgericht seinen Entscheid offenbar wesentlich auf den nicht rechtskräftigen Beschluss des deutschen Bundespatentgerichts vom 10./11. April 2007 (GRUR 2007 S. 714 ff.) abgestützt habe. Dieses Verfahren sei vor dem Bundesgerichtshof in der Revision hängig, wobei die Verhandlung am 23. Oktober 2008 stattfinde. Die Beschwerdeführerin wünsche eine mündliche Parteiverhandlung, um Erkenntnisse aus der Beurteilung der vergleichbaren Fragestellung durch den Bundesgerichtshof in das vorliegende Verfahren einbringen zu können. Mit ihrem Schreiben vom 3. November 2008 reichte sie die Pressemitteilung des Bundesgerichtshofs vom 23. Oktober 2008 ein, wonach dieser den Beschluss des Bundespatentgerichts aufgehoben und die Sache zu neuer Verhandlung und Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen hat. Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie habe nach <ref-law> und Art. 6 Abs. 1 EMRK Anspruch, sich dazu zu äussern.
Die Vorinstanz verzichtete auf eine Stellungnahme zum Schreiben der Beschwerdeführerin vom 3. November 2008, bemerkt aber, dass es sich bei der Bezugnahme auf den Beschluss des Bundespatentgerichts nicht um ein Kernelement der Begründung des angefochtenen Entscheids handle. Die gleiche Meinung äusserte das IGE in seiner Stellungnahme vom 18. November 2008.
Vor Bundesgericht findet eine Parteiverhandlung nur ausnahmsweise statt (<ref-law>). Das Bundesverwaltungsgericht hat eine mündliche (öffentliche) Parteiverhandlung durchgeführt. Damit ist dem Anspruch auf Durchführung einer Verhandlung nach Art. 6 Abs. 1 EMRK Genüge getan. Eine nochmalige (öffentliche) Parteiverhandlung vor Bundesgericht, das als Rechtsmittelinstanz im Wesentlichen nur eine Rechtskontrolle ausübt, ist nicht erforderlich (Haefliger/Schürmann, Die EMRK und die Schweiz, 2. Aufl. 1999, S. 192). Die Anordnung einer mündlichen Parteiverhandlung vor Bundesgericht ist auch nicht durch <ref-law> indiziert, besteht doch im vorliegenden Rechtsmittelverfahren kein Anspruch auf mündliche Anhörung (HEIMGARTNER/WIPRÄCHTIGER, Basler Kommentar, N. 9-12 zu <ref-law>). Ohnehin ist weder der Entscheid des Bundespatentgerichts vom 10./11. April 2007 noch derjenige des Bundesgerichtshofs vom 23. Oktober 2008 für das vorliegende Urteil ausschlaggebend (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.2 S. 118 f.; <ref-ruling> E. 5.5; <ref-ruling> E. 2c), weshalb sich auch aus diesem Grund eine (mündliche) Anhörung dazu erübrigt. Der Antrag auf Durchführung einer Parteiverhandlung ist daher abzuweisen.
3. Materiell geht es um die Frage, ob das IGE das Wortzeichen POST auch für die von der Beschwerdeführerin beanspruchten Waren und Dienstleistungen eintragen muss, hinsichtlich derer es das Markeneintragungsgesuch abgelehnt hat.
Die Vorinstanz verneinte dies mit der Begründung, dass das Zeichen POST dem Gemeingut zuzurechnen und daher nach <ref-law> vom Markenschutz ausgeschlossen sei. Für einen Teil der Dienstleistungen der Klasse 39 bejahte sie ein absolutes Freihaltebedürfnis, das auch nicht durch Verkehrsdurchsetzung überwunden werden kann. Soweit kein absolutes Freihaltebedürfnis besteht und demnach die Erlangung der Schutzfähigkeit durch Verkehrsdurchsetzung möglich ist, erachtete sie den Nachweis derselben aufgrund der eingereichten demoskopischen Umfrage und Belege als nicht im erforderlichen Mass erbracht.
Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung der Art. 1, 2 lit. a und 30 MSchG sowie des Willkürverbots und "- soweit es sich dabei um Tatfragen handle - die unrichtige Feststellung des Sachverhalts".
4. Nach <ref-law> (SR 232.11) weist das IGE ein Eintragungsgesuch zurück, wenn absolute Ausschlussgründe vorliegen.
Vom Markenschutz absolut ausgeschlossen sind insbesondere Zeichen, die Gemeingut sind, es sei denn, dass sie sich als Marke für die Waren oder Dienstleistungen durchgesetzt haben, für die sie beansprucht werden (<ref-law>).
4.1 Als Gemeingut im Sinne von <ref-law> vom Markenschutz ausgeschlossen sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung namentlich Zeichen, die sich in Angaben über die Beschaffenheit der gekennzeichneten Waren oder Dienstleistungen erschöpfen und daher die zu deren Identifikation erforderliche Kennzeichnungs- und Unterscheidungskraft nicht aufweisen. Der beschreibende Charakter solcher Hinweise muss vom angesprochenen Publikum ohne besondere Denkarbeit und ohne Fantasieaufwand unmittelbar erkennbar sein. Dabei genügt, dass dies in einem Sprachgebiet der Schweiz zutrifft (<ref-ruling> E. 5 S. 503; <ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 1.5, je mit Hinweisen). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich als Rechtsfrage frei, wie der massgebende Adressatenkreis für die beanspruchten Waren oder Dienstleistungen abzugrenzen ist und wie die Adressaten aufgrund der erwarteten Aufmerksamkeit das Zeichen wahrnehmen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 551; <ref-ruling> E. 4 S. 347, je mit Hinweisen).
4.2 Die Vorinstanz befasste sich zunächst mit dem Sinngehalt des Begriffs "POST" und kam mit dem IGE zum Schluss, dass dieser zweierlei bedeute: Zum einen bezeichne "POST" ein beliebiges, im Postbereich tätiges Unternehmen, das Gegenstände und Nachrichten übermittelt sowie Zahlungs- und Geldverkehr abwickelt. Die Vorinstanz folgte der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht, wonach mit "POST" ein bestimmtes Unternehmen, nämlich die Schweizerische Post, gemeint sei. Der Begriff "POST" könne sowohl als Hinweis auf die Unternehmung "Die Schweizerische Post" als auch auf ein beliebiges Unternehmen verstanden werden, das Postgüter befördere. Da kein klarer Hinweis auf eine bestimmte Betriebsherkunft im Vordergrund stehe, habe das IGE das Wortzeichen "POST" mit Recht dem Gemeingut zugerechnet. Zum anderen bedeute "POST" das beförderte Gut (Briefe, Pakete etc.). In diesem Sinne komme dem Begriff ein beschreibender Charakter zu; es handle sich um eine Sachbezeichnung.
4.3 Was die Beschwerdeführerin gegen diese Beurteilung der Vorinstanz einwendet, verfängt nicht. Sie beharrt auf ihrem Standpunkt, dass der Begriff "POST" bei den schweizerischen Verkehrskreisen einzig auf die Unternehmung "Die Schweizerische Post" hinweise. Zur Untermauerung ihrer gegenteiligen Ansicht verweise die Vorinstanz auf eine Reihe von nicht für die Schweiz spezifische Lexika-Einträge (Brockhaus, Wikipedia, Deutsches Wörterbuch). Diese Belege könnten nicht als Nachweis des Verständnisses der schweizerischen Verkehrskreise dienen.
Beim Begriff "POST" handelt es sich um einen Begriff des allgemeinen Sprachgebrauchs, der vom schweizerischen Publikum ohne weiteres in einem doppelten Sinn verstanden wird, einerseits als das beförderte Postgut, andererseits als das Unternehmen, das die entsprechenden Dienstleistungen erbringt. Auf diesen Sinngehalt erkannte die Rekurskommission für geistiges Eigentum schon im Entscheid vom 2. Dezember 2004 betreffend das Zeichen "GlobalePost" (MA-AA 23/03 E. 3), was das Bundesgericht in seinem Urteil über die dagegen ergriffene Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht beanstandete (Urteil 4A.1/2005 vom 8. April 2005 E. 2, in: sic! 2005 S. 649 ff.).
Vorliegend durften die Vorinstanz bzw. das IGE die erwähnten Lexika-Einträge auch für das Verständnis des schweizerischen Publikums heranziehen, ergibt sich doch daraus der Sinngehalt des Ausdrucks "POST" in der deutschen Sprache. Gleichzeitig konnte daraus abgeleitet werden, dass "POST" in seiner Unternehmensbedeutung nicht mehr nur auf ein bestimmtes Unternehmen hinweist. Die Vorinstanz führte aus, das IGE habe in nachvollziehbarer Weise dargetan, dass der Begriff "POST" im Laufe der Zeit eine Wandlung in seiner Bedeutung als Unternehmen erfahren habe. Dies erkläre die allmähliche Abweichung vom Verständnis der Post als ein bestimmtes, meist staatlich geführtes Unternehmen zugunsten einer Auffassung, die nicht nur öffentlich-rechtliche Anstalten, sondern auch weitere private Anbieter von Postdienstleistungen miteinbeziehe.
Inwiefern diese Erwägung zu beanstanden wäre, ist nicht ersichtlich und wird von der Beschwerdeführerin auch nicht durch den Hinweis auf die Internet-Enzyklopädie Wikipedia entkräftet. Wenn sie darlegt, dieser Begriffserklärungsseite sei zu entnehmen, dass der Begriff "POST" einen Postdienstleister und dessen Beförderungsgüter bezeichne, insbesondere die Deutsche Post, die Österreichische Post und die Schweizerische Post, so geht auch daraus hervor, dass "POST" in seiner Unternehmensbedeutung nicht einzig das staatliche Postunternehmen, sondern irgendeinen Postdienstleister, darunter insbesondere bzw. speziell den staatlichen bezeichnet. Die von der Beschwerdeführerin im Weiteren eingereichten Ergebnisse einer auf die Schweiz beschränkten "Google-Suche" sind neu und hier nicht zu berücksichtigen (<ref-law>).
Schliesslich ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz aus der von der Beschwerdeführerin eingereichten demoskopischen Studie keine genügenden Anhaltspunkte dafür abzuleiten vermochte, dass die angefragten Unternehmen und Privatpersonen beim Wort "POST" vorwiegend an die Schweizerische Post denken, stand doch die Assoziation mit Postgütern klar im Vordergrund. So nannten nach den Feststellungen der Vorinstanz die befragten Unternehmen vor allem Pakete (47 %) und erst an zweiter Stelle die Unternehmung POST (44 %). Privatpersonen dachten meistens an Briefe (46 %), dann an Pakete (30 %) und schliesslich auch an die Unternehmung POST (29 %). Dass die Befragten dabei nicht irgendein Unternehmen, sondern die Schweizerische Post meinten, wie die Beschwerdeführerin behauptet, wird im angefochtenen Urteil nicht festgestellt. Doch auch wenn dem so wäre, belegte dies weniger die kennzeichnende Kraft des Zeichens, als dass dies dadurch erklärt werden könnte, dass es aufgrund der jahrelangen Monopolstellung der Schweizerischen Post gar keine anderen Postunternehmen gab, an welche die Befragten hätten denken können. Vor allem änderte dies nichts daran, dass die Befragten vorwiegend an "Post" im Sinne von Postgütern dachten. Bei Doppel- oder Mehrfachbedeutung eines Zeichens darf keine der Deutungen, jedenfalls nicht die nahe liegende, den Ausschlussgrund erfüllen. Liegt der beschreibende Sinn eines Zeichens offen auf der Hand, kann die Möglichkeit weiterer, weniger nahe liegender Deutungen den Gemeingutcharakter nicht aufheben (<ref-ruling> E. 2a; Urteil 4A.1/2005 vom 8. April 2005 E. 2.3, in: sic! 2005 S. 649 ff.). Vorliegend ist entscheidend, dass im Verständnis der schweizerischen Verkehrskreise der Begriff "POST" primär in seiner direkt beschreibenden Bedeutung für Postgüter wahrgenommen wird, auch wenn er in seiner Unternehmensbedeutung ebenfalls als Hinweis auf die Schweizerische Post aufgefasst werden mag.
Die Vorinstanz hat demnach den Sinngehalt des Begriffs "POST" zutreffend ermittelt. Gegen den Schluss der Vorinstanz, dass die Bezeichnung "POST" bezüglich der beanspruchten Waren und Dienstleistungen, für welche die Eintragung zurückgewiesen wurde, eine direkt beschreibende Angabe darstelle und daher dem Gemeingut zuzurechnen sei, erhebt die Beschwerdeführerin keine stichhaltigen Einwendungen. Sie hält zwar die Abgrenzung zwischen rechtskräftig eingetragenen und zurückgewiesenen Waren und/oder Dienstleistungen für "nicht wirklich nachvollziehbar" und daher willkürlich. Mit dieser Ausführung vermag sie jedoch Willkür nicht rechtsgenüglich aufzuzeigen (vgl. Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG).
4.4 Zusammenfassend hat die Vorinstanz das umstrittene Zeichen bezogen auf die zurückgewiesenen Waren und Dienstleistungen zutreffend dem Gemeingut zugeordnet. Sie hat demnach <ref-law> nicht verletzt, indem sie den Ausschlussgrund des Gemeingutcharakters bejahte.
5. Zeichen, die Gemeingut sind, können grundsätzlich nach <ref-law> mittels Durchsetzung im Verkehr Kennzeichnungskraft und markenrechtlichen Schutz erlangen, soweit im Einzelfall nicht ein absolutes Freihaltebedürfnis besteht (<ref-ruling> E. 2.3.2).
Das IGE (Ziffer 17 der Verfügung vom 29. Dezember 2006) bejahte für die Bezeichnung "POST" ein absolutes Freihaltebedürfnis für einen Teil der Dienstleistungen der Klasse 39, nämlich für:
Lieferung, Lagerung, Verpackung, Beförderung und Verteilung von Waren, Beförderung von Briefen, Briefsendungen sowie von sonstigen beweglichen Sachen wie Dokumente, Wertsachen, Waren und andere Güter; Beförderung von beweglichen Sachen wie Dokumente, Wertsachen, Waren und sonstige Güter mit Kraftfahrzeugen, Schienenbahnen, Schiffen und Flugzeugen; Verpackung, Versand und Verteilung von Sendungen sowie Dokumenten, Wertsachen, Waren und anderen Gütern; Kurierdienste; Lagerung von beweglichen Sachen wie Briefe, Briefsendungen, Dokumente, Wertsachen, Waren und andere Güter, Beratungsdienstleistungen bezüglich aller vorgenannten Dienstleistungen.
Zur Begründung wurde ausgeführt, einem Mitkonkurrenten, der diese Zustell- und Beförderungsdienstleistungen erbringen wolle, stünden keine zahlreichen gleichbedeutenden Alternativen zur Verfügung, weshalb er auf die Verwendung der Bezeichnung "POST" angewiesen sei. Die Vorinstanz teilte diese Sichtweise und schützte demnach die entsprechende Beurteilung.
5.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung darf von einem absoluten Freihaltebedürfnis, das eine Durchsetzung als Marke in jedem Fall ausschliesst, nur ausgegangen werden, wenn der Verkehr auf die Verwendung des Zeichens angewiesen ist, wobei diese Bedingung nicht allgemein, sondern im Hinblick auf die Waren oder Dienstleistungen zu prüfen ist, für die das Zeichen bestimmt ist. Ein Markenschutz infolge Verkehrsdurchsetzung kann für ein banal erscheinendes Zeichen nicht von vornherein ausgeschlossen werden, falls dieses in einem konkreten Zusammenhang im geschäftlichen Verkehr nicht erforderlich ist, da es nicht allgemein gebräuchlich ist und durch zahlreiche gleichwertige Zeichen ersetzt werden kann (<ref-ruling> E. 2.3.3 S. 321; <ref-ruling> E. 4.4 S. 130). Dass der Verkehr auf die Verwendung des Zeichens unbedingt angewiesen sein muss, wie es die Beschwerdeführerin behauptet, geht dagegen aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nicht hervor.
5.2 Vorliegend erkannte die Vorinstanz, dass die Mitkonkurrenten, die die fraglichen Dienstleistungen der Klasse 39 erbringen wollen, auf die Verwendung des Zeichens POST angewiesen seien, da ihnen keine zahlreichen gleichbedeutenden Alternativen zur Bezeichnung ihrer Dienstleistungen zur Verfügung stünden. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin trifft es nicht zu, dass die Vorinstanz den "Monopoleinwand" benutzt hätte, um ein absolutes Freihaltebedürfnis zu begründen. Sie führte den Umstand, dass die Beschwerdeführerin jahrzehntelang eine Monopolstellung inne hatte, lediglich an, um zu erläutern, weshalb die Konkurrenzunternehmen den Begriff "POST" allgemein nicht verwendeten und dies daher für eine Verneinung eines absoluten Freihaltebedürfnisses nicht genüge. Damit ist nichts zur Frage ausgesagt, ob eine Verkehrsdurchsetzung auch durch einen Gebrauch des Zeichens aufgrund einer Monopolstellung nachgewiesen werden kann. Die diesbezüglichen Ausführungen der Beschwerdeführerin gehen daher an der Sache vorbei und es ist nicht darauf einzugehen.
Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, ein absolutes Freihaltebedürfnis der Bezeichnung "POST" sei zu verneinen, weil zahlreiche gleichwertige Alternativen zur Verfügung stünden, wie die Bezeichnungen von Konkurrenzunternehmen (UPS, DHL, FedEx etc.) und von deren Dienstleistungen belegten. Dem kann nicht gefolgt werden. Anders als "POST" handelt es sich bei UPS, DHL und FedEx und bei den Bezeichnungen der von diesen Unternehmen erbrachten Dienstleistungen der Klasse 39 (UPS Express Plus, UPS Express, UPS Express Saver, UPS Expedited, Swisspack Night, Worldwide Parcel Express, Start Day Express, FedEX International Priority, FedEx International First etc.) um Fantasiebezeichnungen bzw. um fremdsprachige Ausdrücke, deren Sinngehalt nicht ohne weiteres klar ist. Diese sind mit dem Begriff "POST" der deutschen Sprache nicht gleichwertig, und es ist nicht ersichtlich, dass es diesem gleichwertige Begriffe gibt.
5.3 Die Beschwerdeführerin vertritt die Ansicht, um beurteilen zu können, ob dem Sprachgebrauch durch die markenrechtliche Registrierung eines bestimmten Begriffs ein unentbehrlicher Ausdruck entzogen werde, müsse auch der mutmassliche Schutzumfang eines Zeichens berücksichtigt werden. Nach <ref-law> sei dem Konkurrenten nur der kennzeichnungsmässige Gebrauch untersagt. Der beschreibende Gebrauch stehe aber weiterhin zur Verfügung.
Die Vorinstanz hat diese Auffassung zu Recht verworfen. Die Prüfung absoluter Ausschlussgründe im Eintragungsverfahren hat unabhängig vom Ausschliesslichkeitsrecht, das eine eingetragene Marke dem Inhaber verleiht, zu erfolgen. Den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz ist beizupflichten.
5.4 Die Vorinstanz hat mithin die Bezeichnung "POST" für die genannten Dienstleistungen der Klasse 39 zutreffend als absolut freihaltebedürftig betrachtet.
6. Soweit nicht ein absolutes Freihaltebedürfnis an der Bezeichnung "POST" angenommen wurde (vorstehende Erwägung 5) - mithin für Waren und Dienstleistungen, die nicht zum eigentlichen Kerngeschäft eines im Postbereich tätigen Unternehmens zählen - prüfte die Vorinstanz, ob der Begriff "POST" sich im Verkehr als Kennzeichen für die beanspruchten Waren und Dienstleistungen durchgesetzt und damit Schutzfähigkeit als Marke erlangt hat.
6.1 Die Verkehrsdurchsetzung als solche ist ein Rechtsbegriff, ob ihre Voraussetzungen im konkreten Fall erfüllt sind, dagegen Tatfrage, die das Bundesgericht nur nach Massgabe von <ref-law> überprüft. Eine Rechtsfrage ist wiederum, ob die entscheidende Behörde die Anforderungen an das Beweismass überspannt hat (vgl. BGE <ref-ruling> E. 5 S. 131; <ref-ruling> E. 3). Im Eintragungsverfahren genügt es, dass die Durchsetzung des Zeichens im Verkehr glaubhaft gemacht wird (BGE <ref-ruling> E. 3.2). Davon ging die Vorinstanz zutreffend aus.
6.2 Ein Zeichen hat sich im Verkehr durchgesetzt, wenn es von einem erheblichen Teil der Adressaten der betreffenden Waren oder Dienstleistungen im Wirtschaftsverkehr als individualisierender Hinweis auf ein bestimmtes Unternehmen verstanden wird (BGE <ref-ruling> E. 6 S. 131; <ref-ruling> E. E. 3.1; <ref-ruling> E. 1.2).
Die Verkehrsdurchsetzung eines Zeichens kann aus Tatsachen abgeleitet werden, die erfahrungsgemäss einen Rückschluss auf die Wahrnehmung des Zeichens durch das Publikum erlauben. Dazu gehören etwa langjährige bedeutsame Umsätze, die unter einem Zeichen getätigt worden sind, oder intensive Werbeanstrengungen. Möglich ist aber auch der direkte Nachweis durch eine repräsentative Befragung des massgebenden Publikums (BGE <ref-ruling> E. 6 S. 131; <ref-ruling> E. 3.1 S. 332, je mit Hinweisen).
6.3 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz zunächst eine Ermessensunterschreitung vor, weil sie die Notorietät der Verkehrsdurchsetzung abgelehnt bzw. gar nicht geprüft habe.
Entgegen diesem Vorwurf hat sich die Vorinstanz mit der Frage der Gerichtsnotorietät befasst (Urteil Erwägung 7.3.5). Es geht aus dem angefochtenen Entscheid nicht hervor, dass die Vorinstanz es grundsätzlich ausgeschlossen hätte, dass die Verkehrsdurchsetzung in einem konkreten Fall gerichtsnotorisch feststehen könnte. Die Beispiele, welche die Beschwerdeführerin anführt und die belegen sollen, dass auch schon richterliche Notorietät angenommen worden sei, tragen daher nichts zur Sache bei. Dass es vorliegend nicht als notorisch angesehen wurde, dass sich das Zeichen "POST" als Hinweis auf die Beschwerdeführerin im Verkehr durchgesetzt hat, ist nicht zu beanstanden, zumal die Verkehrsdurchsetzung nur noch hinsichtlich der Waren und Dienstleistungen zu prüfen war, betreffend die kein absolutes Freihaltebedürfnis bejaht wurde, mithin für Waren und Dienstleistungen, die nicht zum eigentlichen Kerngeschäft eines Postunternehmens zählen.
6.4 Die Vorinstanz erachtete mit dem IGE die Verkehrsdurchsetzung für die fraglichen Waren und Dienstleistungen sodann weder aufgrund der von der Beschwerdegegnerin eingereichten Studie noch der eingereichten Belege für glaubhaft gemacht. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, vermag nicht durchzudringen:
6.4.1 Im Verfahren vor dem IGE reichte die Beschwerdeführerin zur Glaubhaftmachung der Verkehrsdurchsetzung eine Studie ein, welche im Oktober/November 1999 von der IHA, GfM, Hergiswil, im Auftrag der Beschwerdeführerin durchgeführt worden war.
Wird die Verkehrsdurchsetzung mittels Demoskopie nachzuweisen versucht, muss die Umfrage bezüglich der befragten Personen und der verwendeten Methoden schlüssig sein (BGE <ref-ruling> E. 7.2 S. 133). Als prozentualen Richtwert nimmt das Bundesgericht zwei Drittel der repäsentativ Befragten an (BGE <ref-ruling> E. 1.2; vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 6 S. 132 und E. 7.4). In einem weiteren Entscheid, der allerdings die Frage einer notorisch bekannten Marke betraf, ging es von einem Richtwert von jedenfalls über 50 % aus (<ref-ruling> E. 4.7.3 S. 283).
Das IGE bewertete die von der Beschwerdeführerin eingereichte Umfrage von der Anlage und Methodik her für nicht geeignet, die Verkehrsdurchsetzung glaubhaft zu machen.
6.4.1.1 Die Vorinstanz erwog, in Bezug auf die Frage 1 ("Wenn Sie den Begriff "Post" hören, was kommt Ihnen dazu allgemein in den Sinn?") erreichten die Resultate den vom Bundesgericht verlangten Richtwert nicht, indem nur 44 % der befragten Unternehmen und 29 % der befragten Privatpersonen den Begriff "Post" mit der Schweizerischen Post assoziierten. Es könne damit offen bleiben, ob aus den entsprechenden Antworten angesichts des Umstands, dass der gestellten Frage jeglicher Bezug auf die entsprechenden Waren und Dienstleistungen fehle, überhaupt geschlossen werden könne, dass das Zeichen in Zusammenhang mit den beanspruchten Waren und/ oder Dienstleistungen als Herkunftshinweis verstanden werde.
Es ist unbehelflich und kann nicht gehört werden, wenn die Beschwerdeführerin der Feststellung der Vorinstanz über die erreichten Werte von 44 % und 29 % ohne jede Begründung die Behauptung gegenüberstellt, der Erkenntniswert, um den es gehe, betrage entgegen der Meinung der Vorinstanz 90 % (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
6.4.1.2 Die Frage 2 lautete: "Besteht ein Zusammenhang zwischen dem Begriff "Post" und dem vorgelesenen Ausdruck?". Dabei las der Interviewer den Befragten diverse Stichworte vor (A-Post, Briefe, DHL, Pakete, Postauto, Poststelle, Die Schweizerische Post, etc.), worauf die Befragten einen Zusammenhang mit der Bezeichnung "Post" bejahten oder verneinten.
Die Vorinstanz hielt diese Fragestellung zur Glaubhaftmachung der Verkehrsdurchsetzung für nicht geeignet und teilte die Zweifel des IGE. Dieses führte dazu aus, die Fragestellung lasse völlig offen, ob der Begriff "Post", nach dem gefragt worden sei, von den Befragten überhaupt als betrieblicher Herkunftshinweis oder nicht vielmehr als Hinweis auf ein beliebiges Unternehmen oder auf das beförderte Postgut verstanden worden sei. Zudem enthalte ein Grossteil der genannten Ausdrücke selber den Begriff "Post" (Poststelle, Postauto, A-Post, etc.), so dass es wenig erstaune, wenn die Befragten diesbezüglich einen Zusammenhang mit "Post" bejahten. Und schliesslich nehme die Befragung wiederum keinen Bezug auf die konkret beanspruchten Waren und Dienstleistungen.
Die Beschwerdeführerin will dies nicht gelten lassen und behauptet weiterhin, der Umfrage liege die richtige Fragestellung zugrunde; sie entspreche den Qualitätskriterien. Mit dieser blossen Meinungsäusserung kommt sie aber gegen die überzeugenden Erwägungen der Vorinstanz nicht auf.
6.4.1.3 Es ist damit kein Grund ersichtlich, von der vorinstanzlichen Bewertung der Umfrage abzuweichen.
6.4.2 Die Beschwerdeführerin reichte vor der Vorinstanz ferner diverse Durchsetzungsbelege ein, welche die Vorinstanz jedoch als nicht tauglich zur Glaubhaftmachung der Verkehrsdurchsetzung betrachtete. Einen Teil dieser Belege liess die Vorinstanz deshalb nicht genügen, weil sie das Zeichen nicht in der beanspruchten Form als Wortmarke, sondern mit vorangestelltem Artikel "Die" und in Kombination mit einer kennzeichnungskräftigen Grafik zeigten. Das Zeichen "Post" werde praktisch nie in Alleinstellung verwendet, also nicht in der Art und Weise, für welche die Eintragung des Zeichens beantragt werde.
Die Beschwerdeführerin wendet sich einzig gegen diese Begründung, mit der die betreffenden Belege als untauglich zurückgewiesen wurden. Sie vertritt die Auffassung, Wortmarken würden praktisch immer in einer grafischen Ausgestaltung verwendet. Dieser Gebrauch sei rechtserhaltend für die Wortmarke und damit auch zum Nachweis ihrer Verkehrsdurchsetzung geeignet. Im Übrigen sei bei allen in den Durchsetzungsbelegen enthaltenen Wort-/Bildmarken der Wortbestandteil POST der dominierende Bestandteil.
Dieser Auffassung kann nicht gefolgt werden. Zunächst kann aus der angerufenen Rechtsprechung zu den Anforderungen an einen rechtserhaltenden Gebrauch der Marke im Sinne von Art. 11 f. MSchG von vornherein nichts abgeleitet werden. Denn es geht vorliegend nicht darum, ob ein rechtserhaltender Gebrauch einer Marke vorliegt, die bereits als unterscheidungskräftige Marke in das Markenregister eingetragen wurde, sondern um die Frage, ob das streitbetroffene Zeichen POST als originär nicht unterscheidungskräftiges Zeichen infolge Verkehrsdurchsetzung Unterscheidungskraft erworben hat. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist für die Verkehrsdurchsetzung entscheidend, ob das Zeichen von den massgeblichen Verkehrskreisen in Alleinstellung als Marke erkannt und verstanden wird. Der Gebrauch des Zeichens zusammen mit anderen unterscheidungskräftigen Merkmalen genügt nicht (BGE <ref-ruling> E. 3.1 S. 331 und E. 3.5 S. 335). Die Vorinstanz stellte unangefochten fest, dass die bereits eingetragenen Zeichen (wie sie auf den Belegen verwendet werden) vom zur Eintragung angemeldeten Zeichen "POST" deutliche (verbale und grafische) Unterschiede aufwiesen, welche für die Eintragung dieser Zeichen den Ausschlag gegeben haben dürften. Nur schon der Begriff "Die Post" besitze in der Schweiz erheblich höhere Unterscheidungskraft als einfach nur "Post". Dem ist beizupflichten. Die Vorinstanz erachtete die betreffenden Belege daher zu Recht als nicht tauglich zur Glaubhaftmachung der Verkehrsdurchsetzung.
7. Aus den genannten Gründen ist die Beschwerde abzuweisen. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zu sprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Der Antrag der Beschwerdeführerin auf Durchführung einer mündlichen Parteiverhandlung wird abgewiesen.
2. Die Beschwerde wird abgewiesen.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Dezember 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Widmer