Gewässerschutz, Kostentragungspflicht, hat sich ergeben:
A.- Im Jahr 1991 war die A._ AG Eigentümerin einer Fabrikationshalle für Büromöbel in D._. Nachdem die Produktion an diesem Standort eingestellt worden war, sollte die Fabrikationshalle zu einer Lagerhalle umgebaut werden. Zu diesem Zweck mussten die verschiedenen sich in der Halle befindenden Maschinen und Anlagen demontiert werden.
Am 26. Juni 1991 nahm der für die Räumung der Halle zuständige Prokurist der A._ AG, B._, telefonisch eine Offerte der X._ AG zum Abbruch der Spritzanlage an. Zu dieser Anlage gehörte auch eine Einbrennkammer mit Ölbrenner. Dieser war über eine in den Kabelschächten (im Boden) verlegte Ölleitung mit dazwischen geschalteter Ölpumpe mit dem Heizöltank von 100'000 l Fassungsvermögen verbunden.
Am Montag, 22. Juli 1991 begannen Y._, Verwaltungsrat der X._ AG, und seine Mitarbeiter mit den Abbrucharbeiten. Dabei trennten sie die Ölleitung bei der Spritzanlage ebenerdig ab und verschlossen sie mit einem Holzzapfen.
B.-Am 1. August 1991 wurde in der Abwasserreinigungsanlage D._ Öl festgestellt. Die Ölspur konnte bis zur Fabrikationshalle der A._ AG zurückverfolgt werden.
Die Sachverhaltsabklärungen der Kantonspolizei und des Baudepartements (Abteilung Umweltschutz) ergaben, dass eine unbekannte Person am 31. Juli 1991 die in die Ölleitung zwischengeschaltete Ölpumpe in Betrieb gesetzt hatte. Der Holzzapfen konnte dem Überdruck nicht standhalten, worauf in den folgenden Stunden ca. 2'000 l Heizöl aus der Leitung ausflossen und über den Kabelkanal im Erdreich versickerten.
Mit den sofort eingeleiteten und bis zum 24. Juni 1993 fortgesetzten Sanierungsmassnahmen konnten insgesamt ca. 1'810 l Öl sichergestellt werden.
C.- Mit zwei Verfügungen vom 3. August 1992 verpflichtete das Baudepartement, Abteilung Umweltschutz, die X._ AG und die A._ AG als Mitverursacherinnen zur Übernahme der Kosten des Schadenfalls in D._ vom 1. August 1991; den Anteil der X._ AG bezifferte das Departement auf 30%, denjenigen der A._ AG auf 70%.
Das Departement ging davon aus, die A._ AG sei Zustandsstörerin und trage als solche einen Kostenanteil von 40%; darüber hinaus sei sie Verhaltensstörerin mit einem Kostenanteil von 20%, weil sie die notwendigen Sicherungsmassnahmen nicht durchgeführt bzw. nicht in Auftrag gegeben habe. Der A._ AG wurde überdies der Verursachungsanteil (10%) des unbekannten Dritten angerechnet, der unabsichtlich die Ölpumpe eingeschaltet habe, weil es sich vermutlich um einen mit Demontagearbeiten in der Umgebung der Pumpe beschäftigten Angestellten der A._ AG gehandelt habe. Y._ bzw. die X._ AG seien Verhaltensstörer mit einem Verursachungsanteil von 30%, weil die Ölleitung ungenügend abgedichtet und keine Nachkontrolle der Ölleitung vorgenommen worden sei.
D.- Hiergegen rekurrierten sowohl die A._ AG als auch die X._ AG an den Regierungsrat des Kantons Aargau. Dieser änderte am 17. Mai 1995 die Kostenverteilung insoweit ab, als er den Anteil der A._ AG auf 60% herabsetzte und denjenigen der X._ AG auf 40% erhöhte.
Der Regierungsrat wies das Baudepartement an, in einer ergänzenden Verfügung Schadenszins und Verzugszins zu berechnen und von den Rekurrentinnen einzufordern.
E.- Gegen den Entscheid des Regierungsrates erhoben die X._ AG und die A._ AG am 17. bzw. 25. August 1995 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau.
Sinngemäss beantragten beide Beschwerdeführerinnen, sie seien von jeglicher Kostentragungspflicht zu befreien und die Kosten seien von der jeweiligen Beschwerdegegnerin bzw.
vom Kanton Aargau zu tragen. Das Verwaltungsgericht führte am 24. November 1999 eine Verhandlung mit Augenschein durch und hörte die Beteiligten an. Gleichentags wies es die Beschwerde der A._ AG ab und hiess die Beschwerde der X._ AG gut. Es stellte fest, dass die Kosten der Sicherungs- und Behebungsmassnahmen des Schadenfalls vom 1. August 1991 Fr. 338'848. 95 betragen und zu 100% von der A._ AG zu ersetzen seien.
F.- Hiergegen erhob die A._ AG am 13. Juni 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben, und die Kosten der Sicherungs- und Behebungsmassnahmen des Schadenfalles seien vollumfänglich der X._ AG aufzuerlegen, eventuell seien dem Kanton Aargau und der A._ AG untergeordnete Kostenanteile und der X._ AG der überwiegende Kostenanteil aufzuerlegen. Es sei richterlich festzustellen, dass die Beschwerdeführerin für die Dauer des vorinstanzlichen Beschwerdeverfahrens vom 25. August 1995 bis zum 15. Mai 1999 keinen Schadenszins schuldet.
Darüber hinaus seien die Verfahrens- und Parteikosten der vorinstanzlichen Verfahren der X._ AG aufzuerlegen.
Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
G.- Das Verwaltungsgericht weist den von der Beschwerdeführerin erhobenen Vorwurf der Prozessverschleppung zurück, stellt aber keinen Antrag in der Sache. Das Baudepartement des Kantons Aargau, Abteilung Umweltschutz, beantragt, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei abzuweisen. Auch die X._ AG schliesst auf Abweisung der Beschwerde, mit Ausnahme des Antrags betreffend des Schadenszinses während der Dauer des Verwaltungsgerichtsverfahrens. Der Regierungsrat hat sich nicht vernehmen lassen.
Das BUWAL teilt die Auffassung des Verwaltungsgerichts, dass der Kanton Aargau nicht als Verhaltensstörer in Betracht komme und dass die Betätigung der Ölpumpe durch einen Unbekannten von der Beschwerdeführerin zu verantworten sei. Dagegen ist das BUWAL der Auffassung, auch die X._ AG falle als Verhaltensstörerin in Betracht. Auch wenn ihr Verursacheranteil kleiner sei als derjenige der Beschwerdeführerin, habe sie doch einen Teil der Kosten für die Sicherungs- und Behebungsmassnahmen zu übernehmen. Die Beteiligten erhielten Gelegenheit, sich zur Stellungnahme des BUWAL zu äussern.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid, der sich auf Art. 8 des Bundesgesetzes vom 8. Oktober 1971 über den Schutz der Gewässer gegen Verunreinigungen (aGSchG; AS 1972 950) und Art. 54 des Bundesgesetzes vom 24. Januar 1991 über den Schutz der Gewässer (GSchG; SR 814. 20; in Kraft getreten am 1. November 1992) stützt, mithin auf Bundesverwaltungsrecht. Hiergegen steht grundsätzlich die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht offen (Art. 97 Abs. 1, 98 lit. g OG). Die Beschwerdeführerin wurde vom Verwaltungsgericht verpflichtet, sämtliche Kosten der Sicherungs- und Behebungsmassnahmen des Ölunfalls vom 1. August 1991 zu tragen; sie hat somit ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Urteils und ist zur Beschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG). Auf die rechtzeitig erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten (vorbehältlich E. 8 zur Verzinsung).
2.- a) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht können die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - und die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG); die Angemessenheit des angefochtenen Entscheids prüft das Bundesgericht nur, soweit das Bundesrecht diese Rüge vorsieht.
b) Im vorliegenden Fall wandte das Verwaltungsgericht für die vor dem 1. November 1992 entstandenen Kosten Art. 8 aGSchG und für die Kosten der nach diesem Datum getroffenen Massnahmen <ref-law> an. Dies entspricht grundsätzliche der bundesgerichtlichen Rechtsprechung, wonach die Kostenüberbindung für Massnahmen der Behörden zum Schutz der Gewässer oder der Umwelt sich nach den Vorschriften bestimmt, die im Zeitpunkt der Sachverhaltsverwirklichung in Kraft waren (<ref-ruling> E. 3 S. 30). Auf Sachverhalte, die bis zum Inkrafttreten des neuen Gewässerschutzrechts am 1. November 1992 abgeschlossen waren, ist somit noch das alte Gewässerschutzgesetz von 1971 anwendbar, auch wenn die Kostenverfügung erst nach Inkrafttreten des neuen Gesetzes ergeht (Bundesgerichtsentscheid i.S. K. vom 15. Juni 1994 E. 2a, publ. in URP 1994 501).
Der vorliegende Fall liegt zeitlich auf der Grenze zwischen dem Anwendungsbereich des alten und des neuen Gewässerschutzrechts:
Das Schadensereignis (Auslaufen von Öl in den Boden und ins Grundwasser) trat am 31. Juli/1. August 1991 ein, die Sicherungs- und Sanierungsmassnahmen wurden aber erst 1993 abgeschlossen. Stellt man auf den Zeitpunkt der Sanierungsmassnahmen ab (so <ref-ruling> E. 2c/bb S. 52 und Bundesgerichtsentscheid i.S. K. vom 15. Juni 1994 E. 2a, publ. in URP 1994 501), wäre der Sachverhalt erst unter der Herrschaft des neuen Gewässerschutzrechts abgeschlossen worden, so dass sich auch eine einheitliche Beurteilung nach <ref-law> rechtfertigen liesse.
In materieller Hinsicht unterscheiden sich Art. 8 aGSchG und <ref-law> kaum (abgesehen davon, dass die Kostenüberbindung an den Verursacher früher fakultativ war und nach neuem Recht obligatorisch ist). Dagegen besteht ein Unterschied hinsichtlich der Kognition, weil Art. 10 aGSchG bestimmt, dass die zuständige Beschwerdeinstanz des Bundes in jedem Fall auch die Angemessenheit der angefochtenen Verfügung überprüfen kann, das neue Gewässerschutzgesetz dagegen keine richterliche Angemessenheitsprüfung mehr vorsieht.
Wäre Art. 10 aGSchG (für die bis zum 1. November 1992 entstandenen Kosten) anwendbar, könnte dies auch Auswirkungen auf die Sachverhaltsprüfung durch das Bundesgericht haben. In der Literatur wird die Auffassung vertreten, die Angemessenheitskontrolle schliesse immer eine freie Überprüfung des Sachverhaltes ein, auch wenn als Vorinstanz eine richterliche Behörde im Sinne von Art. 105 Abs. 2 OG entschieden habe (Peter Karlen, in: Thomas Geiser/Peter Münch, Prozessieren vor Bundesgericht, 2. Auflage, Rz 3.63 S. 111; André Grisel, Traité de droit administratif, vol. II, Neuchâtel 1984, S. 930); das Bundesgericht hat die Frage soweit ersichtlich noch nicht entschieden (vgl. <ref-ruling> E. 1b S. 451 ff., wo die Frage offen gelassen wurde). Die Frage kann auch im vorliegenden Fall offen bleiben, wenn die Sachverhaltsfeststellungen des Verwaltungsgerichts unstreitig sind oder - soweit sie gerügt sind - einer freien Prüfung standhalten:
3.- a) Das Verwaltungsgericht hat in E. 3a den Sachverhalt festgehalten, den es seinem Entscheid zugrunde gelegt hat: Danach erteilte der inzwischen verstorbene B._, damals Prokurist bei der A._ AG und für die Räumung der Halle zuständig, gestützt auf eine Offerte der X._ AG vom 13. Mai 1991 der X._ AG am 26. Juni 1991 telefonisch den Auftrag, die Spritzanlage samt Einbrennkammer abzubrechen. Die Vorbereitungsarbeiten für den Abbruch, insbesondere die Ausserbetriebsetzung sämtlicher Zuleitungen der Spritzanlage (Wasser, Strom, Luft und Öl), hätten der A._ AG oblegen. In der Folge habe B._ verschiedene Firmen mit der Unterbrechung der Stromzufuhr, der Wasserleitung und der Belüftung beauftragt. Ein Auftrag zur Ausserbetriebsetzung der Ölleitung sei jedoch unterblieben.
Am 22. Juli 1991 hätten Y._ und seine Mitarbeiter begonnen, die Spritzanlage abzubrechen. Dabei sei die Ölleitung ebenerdig abgetrennt und aus Sicherheitsgründen (Brandgefahr) mit einem Holzzapfen verschlossen worden; es sei kein Öl mehr geflossen. Am 31. Juli 1991 habe eine unbekannte Person den unbeschrifteten und nicht als solchen gekennzeichneten Ölpumpenschalter betätigt und die in die Ölleitung zwischengeschaltete Ölpumpe in Betrieb gesetzt. Der Holzzapfen in der abgetrennten Leitung habe dem Überdruck nicht standhalten können, so dass in der Folge rund 2'000 l Heizöl aus der Leitung ausgeflossen und über den Kabelkanal im Erdreich versickert seien.
b) Die Beschwerdeführerin wirft dem Verwaltungsgericht vor, den Sachverhalt zum Teil offensichtlich unrichtig und unvollständig festgestellt zu haben und einseitig die sie belastenden Aussagen berücksichtigt zu haben, nicht jedoch solche, welche die X._ AG belasten. Bei näherer Betrachtung betreffen die meisten Rügen jedoch die rechtliche Bewertung des festgestellten Sachverhalts und nicht die Feststellung selbst. Darüber hinaus zählt die Beschwerdeführerin gewisse Aussagen und Umstände auf, die das Verwaltungsgericht angeblich nicht oder nicht genügend berücksichtigt habe, unterlässt es aber darzulegen, welche Schlussfolgerung das Verwaltungsgericht daraus hätte ziehen sollen.
aa) So hält die Beschwerdeführerin die Aussage ihres ehemaligen Prokuristen B._, wonach das Wort Öl mit Sicherheit nicht gefallen sei (Aussage vom 18. Februar 1992 gegenüber der Kantonspolizei), für glaubwürdig, unter Hinweis darauf, dass weder in der Offerte der X._ AG vom 13. Mai 1991 noch im Telefongespräch vom 26. Juni 1991 die Ausserbetriebsetzung der Ölzuleitung von der X._ AG gefordert oder ihr zugesichert worden sei. Die zitierte Aussage von Herrn B._ bezieht sich jedoch nicht auf die Gespräche mit Herrn Y._ von der X._ AG, sondern auf das Gespräch mit dem ehemaligen Vorarbeiter und Verantwortlichen für die Spritzanlage C._ Ende Juni 1991. C._ bestätigte sowohl gegenüber der Kantonspolizei als auch gegenüber dem Bezirksgericht Baden, dass er mit Herrn B._ über den Abbruch gesprochen und ihn darauf aufmerksam gemacht habe, dass die Belüftung, die Wasser-, Strom- und die Ölzufuhr vor Beginn der Abbruchsarbeiten abzustellen seien; dabei habe er ihm auch den Verlauf der Ölleitung gezeigt. Diese Aussage ist - wie auch das Verwaltungsgericht angenommen hat - glaubwürdig. Dann aber stimmt die Aussage von Herrn B._, über Öl sei (mit Herrn C._) nie gesprochen worden, objektiv nicht.
bb) Auch das Verwaltungsgericht hat nicht angenommen, dass Herr B._ der X._ AG die Unterbrechung der Ölzufuhr ausdrücklich zugesichert habe. Es folgerte vielmehr aus dem Wortlaut der Offerte der X._ AG sowie der Auftragsbestätigung, dass die X._ AG nur mit den eigentlichen Abbrucharbeiten beauftragt worden sei und nicht mit der Ausserbetriebsetzung der Ölanlage (d.h. der Ölzufuhr von der Tankanlage zur Spritzanlage). In der Tat bezieht sich die Offerte vom 13. Mai 1991 nur auf "Abbrucharbeiten", d.h. auf die Entfernung aller auf dem Flur befindlichen Teile. Zwar wurde in der Auftragsbestätigung der X._ AG vom 22. Juli 1991 bemängelt, dass die Beschwerdeführerin nicht alle notwendigen Zusagen erfüllt habe, weshalb die Abkoppelung der elektrischen Anschlüsse und die Entsorgung des Heizungswassers von der X._ AG habe übernommen werden müssen; diese Bemerkung bezieht sich aber, wie das Verwaltungsgericht zu Recht angenommen hat, nur auf die Entsorgung des sich im internen Kreislaufs der Anlage befindlichen Heizungswassers und nicht auf die Ölzufuhr. Zudem stützte sich das Verwaltungsgericht auf die Aussage des ehemaligen Vorarbeiters C._, wonach er B._ ausdrücklich auf den notwendigen Unterbruch der Zuleitungen für Wasser, Luft, Strom und Öl aufmerksam gemacht habe. Die A._ AG hat denn auch die übrigen Zuleitungen (Wasser, Strom, Belüftung) ordnungsgemäss unterbrechen lassen; einzig die Unterbrechung der Ölzufuhr unterblieb. Aus diesen Umständen hat das Verwaltungsgericht in zutreffender Beweiswürdigung gefolgert, dass auch die Unterbrechung der Ölzufuhr der A._ AG oblag und diese Aufgabe nicht vertraglich der X._ AG übertragen worden war (die hierzu ohnehin nicht berechtigt gewesen wäre; vgl. unten, E. 5b).
c) Im Folgenden ist deshalb zu prüfen, ob das Verwaltungsgericht - auf der Grundlage des von ihm zutreffend festgestellten Sachverhalts - zu Recht die alleinige Kostentragungspflicht der Beschwerdeführerin bejaht hat.
4.- a) Als Verursacher i.S.v. Art. 8 aGSchG bzw. <ref-law> gelten nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung die Störer im polizeirechtlichen Sinn. Störer ist - wie das Verwaltungsgericht zutreffend dargelegt hat - derjenige, der den Schaden oder die Gefahr selbst oder durch das unter seiner Verantwortung erfolgende Verhalten Dritter verursacht hat (Verhaltensstörer), aber auch, wer über die Sache, die den ordungswidrigen Zustand bewirkt, rechtliche oder tatsächliche Gewalt hat (Zustandsstörer) (vgl. <ref-ruling> E. 4c S. 414 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 48, E. 2c/aa S. 50 f.
und E. 2c/bb S. 51; <ref-ruling> E. 2a S. 23; <ref-ruling> E. 3b S. 302; je mit Hinweisen).
b) Das Verwaltungsgericht (wie schon der Regierungsrat und das Departement) haben die Beschwerdeführerin als Verhaltens- und als Zustandsstörerin qualifiziert:
aa) Verhaltensstörerin sei die A._ AG zum einen, weil sie die Ölanlage nicht vorschriftsgemäss habe ausser Betrieb setzen lassen, wozu sie gemäss Art. 14 der damals geltenden Verordnung über die Anlagen für das Lagern und Umschlagen wassergefährdender Flüssigkeiten vom 21. Juni 1990 (Technische Tankvorschriften; [TTV; AS 1990 1202]) als Eigentümerin verpflichtet gewesen sei. Hierzu hätte die zur Spritzanlage führende Ölleitung durch ein gemäss Art. 26 Abs. 1 aGSchG konzessioniertes Unternehmen entleert und die Anlage vor unbefugter Wiederinbetriebnahme gesichert werden müssen. Diesen Ausführungen ist vollumfänglich zuzustimmen.
Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist diese Unterlassung auch kausal für den Ölunfall gewesen: Wäre die Ölzufuhr vor den Abbruchsarbeiten ordnungsgemäss unterbrochen worden, hätte das Betätigen der Ölpumpe nicht zum Auslaufen von Öl aus dem gekappten Leitungsende ins Erdreich geführt. Daran ändert der Umstand nichts, dass auch weitere Personen einen Verursachungsbeitrag geleistet oder durch rechtzeitiges Handeln den Schadenfall hätten verhindern können.
bb) Zudem wurde der Beschwerdeführerin die mangelnde Gesamtleitung und Koordination der Abbrucharbeiten vorgeworfen, da nach der Entlassung von C._ keine verantwortliche Person für die Spritzanlage bzw. für die Halle mehr bestimmt und niemand mit der Aufsichtspflicht betraut gewesen sei. Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, die X._ AG allein sei mit den Abbrucharbeiten befasst gewesen, so dass keine Koordination oder Aufsicht erforderlich gewesen sei. Dieser Einwand ist offensichtlich unzutreffend: Zum einen wäre eine Koordination zwischen den der Beschwerdeführerin obliegenden Vorbereitungsarbeiten (Unterbrechung der Flüssigkeitszufuhr) und den eigentlichen Abbrucharbeiten notwendig gewesen; zum anderen waren Mitarbeiter der Beschwerdeführerin in der gleichen Halle mit dem Abbruch eines Schweissroboters im Bereich des Ölpumpenschalters beschäftigt und haben dabei möglicherweise am Abend des 31. Juli 1991 den Ölpumpenschalter betätigt.
Schliesslich wurde auch die Schadensbehebung durch den Umstand erschwert, dass keine verantwortliche Person vorhanden war, die den Verlauf der Ölleitung und deren Funktionsweise kannte: So wurde die Ölpumpe erst am Nachmittag des 7. August 1991 - sieben Tage nach dem Schadenfall - aufgrund des Hinweises eines Arbeiters entdeckt und abgestellt.
cc) Schliesslich wird der Beschwerdeführerin vorgeworfen, sie habe es unterlassen, ihre 1964 installierte Tankanlage und die dazugehörigen Ölleitungen - eine Anlage zur Lagerung wassergefährdender Flüssigkeiten i.S.v. Art. 1 lit. a i.V.m. Art. 3 lit. b der damals geltenden Verordnung vom 28. September 1981 über den Schutz der Gewässer vor wassergefährdenden Flüssigkeiten (aVWF; AS 1981 1644) - an die damals geltenden Gewässerschutzvorschriften anzupassen:
Gemäss Art. 37 Abs. 1 TTV (in Kraft seit dem 1. August 1990) darf eine Ölpumpe mit einer Förderleistung von mehr als 10 Litern pro Stunde (im vorliegenden Fall betrug die Leistung der Pumpe rund 120 Liter pro Stunde) nur so lange in Betrieb sein, als dies für die Flüssigkeitsförderung nötig ist, d.h.
sie muss endverbrauchergesteuert sein. Derartige Pumpen dürfen mit einem manuellen Schalter höchstens aus-, nicht aber eingeschaltet werden. Zudem sei weder die Ölpumpe noch der Schalter als solche beschriftet gewesen; dies habe nicht nur gegen Art. 8 TTV verstossen (der sich primär an den Hersteller bzw. Ersteller der Anlage richtet), sondern auch gegen die allgemeine gewässerschutzrechtliche Sorgfaltspflicht (Art. 13 aGschG).
Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, sie sei von den kantonalen Behörden nie aufgefordert und ihr sei nie Frist gesetzt worden, um ihre Tankanlage zu sanieren.
Dabei verkennt sie jedoch, dass die Technischen Tankvorschriften den Eigentümer und Inhaber von Lageranlagen für wassergefährdende Flüssigkeiten unmittelbar verpflichten, die in ihnen bezeichneten Schutzmassnahmen zu treffen und insoweit die allgemeinen Handlungspflichten des Gewässerschutzgesetzes konkretisieren. Eine Übergangsfrist gewährte Art. 66 Abs. 1 TTV nur für Anlagen und Anlagenteile, die nach dem 1. Juli 1972 bewilligt wurden, nicht aber für Altanlagen i.S.v. Art. 10 aVWF. Somit wäre die Beschwerdeführerin seit dem 1. August 1990 verpflichtet gewesen, ihre Ölpumpe auszuwechseln. Dass sie auf diese Pflicht von der Behörde nicht hingewiesen wurde, kann bei der Bestimmung des Umfangs des Kostenanteils berücksichtigt werden, entlastet die Beschwerdeführerin jedoch nicht vollständig von ihrer Verhaltensverantwortlichkeit. Ohnehin haftet sie als Zustandsstörerin für die erhöhte Gefährlichkeit ihrer Ölanlage, wie im Folgenden darzulegen sein wird.
dd) Das Verwaltungsgericht hat die Beschwerdeführerin als einzige Zustandsstörerin qualifiziert, weil sie Eigentümerin der Fabrikationshalle und der darin fest montierten Tankanlage samt dazugehöriger Ölleitung gewesen sei und im Zeitpunkt des Unfalls die rechtliche und tatsächliche Herrschaft darüber ausgeübt habe. Der X._ AG sei einzig Verfügungsmacht über die von der Tankanlage der A._ AG abgetrennte und damit vom Heizsystem losgelöste Spritzanlage eingeräumt worden.
Dies bestreitet die Beschwerdeführerin: Massgebend für den ordnungswidrigen Zustand sei nicht die gesamte Tankanlage gewesen, sondern lediglich die zum Spritzwerk führende Ölleitung, über welche die X._ AG vertraglich verfügungsberechtigt gewesen sei und auch tatsächlich verfügt habe, indem sie die Ölleitung unterbrochen und mit einem Holzzapfen verschlossen habe.
Diese Argumentation verkennt jedoch, dass nicht allein die gekappte Ölleitung, sondern die gesamte Tankanlage samt den zur Spritzanlage führenden Rohrleitungen und der zwischengeschalteten Ölpumpe zum Schadensereignis führten:
Erst das Anstellen der Ölpumpe förderte Öl aus dem Tank durch die im Kabelschacht verlegte Leitung bis zur Unfallstelle.
Über die Anlage selbst hatte die X._ AG jedoch keine Verfügungsmacht: Sie war nur mit dem Abbruch der Spritzanlage beauftragt worden; zu Arbeiten an der Ölanlage selbst war die X._ AG weder beauftragt noch gewässerschutzrechtlich befugt. Das Abtrennen der Ölleitung beim Abbruch der Spritzanlage durch die X._ AG-Mitarbeiter ist daher unter dem Gesichtspunkt der Verhaltensstörereigenschaft zu erörtern (vgl. dazu unten, E. 5).
ee) Schliesslich hat das Verwaltungsgericht der Beschwerdeführerin auch den Verursachungsanteil des unbekannten Dritten angerechnet, der den Ölpumpenschalter betätigt und damit die letzte Ursache des Ölunfalls gesetzt hat. Dies rechtfertigte es mit der Lage des Ölpumpenschalters, der sich ausserhalb der Arbeitsflächen der X._ AG befunden habe und nicht frei zugänglich gewesen sei, sowie mit dem Umstand, dass Arbeiter der A._ AG den Schweissroboter in der Nähe des Ölpumpenschalters demontiert hätten und dabei vermutlich unabsichtlich den (nicht beschrifteten) Ölpumpenschalter betätigten. Diese Erwägungen lassen keinen Verstoss gegen Bundesrecht erkennen (vgl. Bundesgerichtsentscheid vom 7. Oktober 1981 E. 4e und 5, publ. in ZBl 83/1983 S. 541 ff.) und werden von der Beschwerdeführerin auch nicht mehr angegriffen.
c) Nach dem Gesagten hat das Verwaltungsgericht die Beschwerdeführerin zu Recht als Verhaltens- und als Zustandsstörerin qualifiziert. Fraglich ist jedoch, ob sie die einzige Verantwortliche ist, oder ob auch die X._ AG als Verhaltensstörerin zur Übernahme eines Teils der Kosten verpflichtet ist.
5.- a) Das Verwaltungsgericht verneinte eine Haftung der X._ AG als Verhaltensstörerin: Allein die Beschwerdeführerin sei für den Unterbruch und die Entsorgung der Zuleitungen verantwortlich gewesen. Y._ habe nur den Auftrag gehabt, die Spritzmaschine abzubrechen; dazu habe auch der über den Boden hinausragende Teil der Ölleitung entfernt werden müssen. B._ habe ihm am 26. Juni 1991 telefonisch mitgeteilt, dass er die Anlage abbrechen könne bzw. dass die Anlage zum Abbruch bereit sei.
Y._ habe zusätzlich kontrolliert, ob Strom, Wasser und Luft abgestellt waren und kein Öl mehr floss. Damit sei für ihn klar gewesen, dass sämtliche Zuleitungen abgestellt waren. Unter diesen Umständen habe für Y._ keine weitere Handlungspflicht bestanden: Er sei weder verpflichtet gewesen, das Rohrende mit einem Metallgewindezapfen druckfest abzudichten, noch habe er dafür sorgen müssen, dass die Ölleitung an anderer Stelle dauerhaft unterbrochen werde (z.B. durch Schliessung der Ventile). Insofern habe es genügt, das Rohrende mit einem Holzzapfen gegen Brandgefahr zu schützen.
b) Dem Verwaltungsgericht ist zuzustimmen, dass es nicht Aufgabe Y._s war, die Ölzufuhr selbst abzustellen:
Hiermit war die X._ AG nicht beauftragt worden und sie wäre zu solchen Arbeiten auch nicht befugt gewesen:
Gemäss Art. 58 Abs. 2 aVWF durften fachtechnische Arbeiten für die Ausserbetriebsetzung einer Altanlage nur von bewilligten Revisionsunternehmen ausgeführt werden. Überdies war Y._ und seinen Mitarbeitern die Existenz der Ölpumpe, der Verlauf der Ölleitung im Kabelkanal und die Position der Ventile unbekannt. Fraglich ist dagegen, ob er nicht verpflichtet gewesen wäre, sich über die dauerhafte Unterbrechung der Ölzufuhr zu vergewissern (sei es durch Rückfrage bei der A._ AG, sei es durch eigene Kontrollen).
Nach seinen Ausführungen am Augenschein vom 24. November 1999 (S. 9 f. Protokoll) demontierte Y._ zunächst den Brenner, der mit einem beweglichen Schlauch und einem Absperrhahn an die Ölleitung angeschlossen war. Der Absperrhahn sei offen gewesen, aber es sei kein Öl mehr geflossen.
Dann habe er die Leitung abgetrennt und schliesslich ebenerdig gekappt. Die Ölleitung sei voller Öl gewesen, ca. ein halber Deziliter sei auch ausgeflossen. Es sei jedoch kein Öl nachgeflossen.
Die Tatsache, dass kein Öl floss, bewies jedoch nur, dass kein Druck auf der Leitung war, d.h. die Pumpe nicht in Betrieb war, und nicht, dass die Ölzufuhr dauerhaft unterbrochen war. Gemäss Art. 14 TTV sind Anlageteile, die ausser Betrieb gesetzt werden, vollständig zu entleeren, zu reinigen und so zu sichern, dass eine nicht bewilligte Wiederinbetriebnahme ausgeschlossen ist. Im vorliegenden Fall musste Y._ beim Kappen der Ölleitung feststellen, dass diese nicht entleert und gereinigt worden war; er durfte daher nicht ohne weiteres davon ausgehen, dass sie gegen eine Wiederinbetriebnahme dauerhaft gesichert worden war.
Nach Anhang C Ziff. 31 der damals geltenden Richtlinien des Eidgenössischen Amtes für Umweltschutz vom 27. November 1975 über das Anpassen und die Ausserbetriebnahme von Altanlagen für wassergefährdende Flüssigkeiten erfolgt die Sicherung gegen eine Wiederinbetriebnahme, indem sämtliche Leitungen von und zum Tank entweder demontiert oder an beiden Enden unbrauchbar gemacht werden. Im vorliegenden Fall war jedoch die Ölleitung ersichtlich weder demontiert noch an beiden Enden unbrauchbar gemacht worden. Unter diesen Umständen hätte Y._ mit den Abbrucharbeiten gar nicht beginnen dürfen, sondern verlangen müssen, dass die Ölleitung zuvor von einem vom Kanton bewilligten Revisionsunternehmen fachgerecht demontiert bzw.
unbrauchbar gemacht wird.
Vorzuwerfen ist ihm daher in erster Linie, dass er die Ölleitung (als Teil einer noch nicht ausser Betrieb gesetzten Altanlage für wassergefährdende Flüssigkeiten) überhaupt abgetrennt hat, obwohl er hierzu gemäss Art. 58 Abs. 2 aVWF nicht befugt war. Erst in zweiter Linie ist ihm vorzuwerfen, dass er nach dem Kappen der Ölleitung keine Vorsorge für deren dauerhafte Sicherung getroffen hat, sei es durch Verständigung der Beschwerdeführerin, sei es durch eigene Massnahmen (z.B. Aufsetzen eines druckfesten Metallgewindezapfens).
c) Nach dem Gesagten ist auch die X._ AG, für die Y._ tätig war, als Verhaltensstörerin kostenpflichtig.
Entgegen der Auffassung des Verwaltungsgericht kann ihr Beitrag nicht als bloss mittelbare, für die Störerhaftung irrelevante Schadensursache qualifiziert werden:
Auch wenn schon die vorhergehenden Unterlassungen der Beschwerdeführerin (vgl. oben, E. 4) zu einer Gefahr im polizeirechtlichen Sinne geführt hatten, wurde diese Gefahr durch das Verhalten der X._ AG-Mitarbeiter wesentlich verschärft, da nunmehr das blosse Betätigen des (unbeschrifteten) Ölpumpenschalters zu einem ungehinderten Ausfliessen von Öl aus dem offenen Rohrende in das Erdreich und das Grundwasser führen konnte.
6.- Schliesslich ist zu prüfen, ob auch der Kanton als Verhaltensstörer einen Teil der Kosten tragen muss.
a) Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kann auch ein Gemeinwesen als Verhaltensstörer zur Kostentragung verpflichtet werden, wenn es eine Rechtspflicht zu sicherheits- oder ordnungswahrendem Handeln verletzt hat (<ref-ruling> E.2c/dd S. 53; <ref-ruling> E. 4b/bb S. 239 f.), so namentlich bei einer rechtswidrigen Verletzung seiner Aufsichtspflicht (vgl. Urteile des Bundesgericht vom 12. Oktober 1990 i.S. C., publ. in: ZBl 92/1991 212 E. 5; vom 26. Februar 1998 i.S. Gde Thalwil E. 4c/cc, publ. in: URP 1998 152). Eine solche ist aber nicht immer schon dann anzunehmen, wenn eine bestimmte Schädigung mit einer entsprechenden Aufsichtstätigkeit vermeidbar gewesen wäre, sondern erst dann, wenn eine wesentliche Amtspflicht verletzt, eine zwingend vorgeschriebene konkrete Aufsichtsmassnahme unterlassen oder der Ermessensspielraum fehlerhaft oder in Missachtung allgemeiner Rechtsgrundsätze ausgeübt wurde (Urteil des Bundesgerichts vom 27. September 2000 i.S. Schweizerische Eidgenossenschaft E. 2d, in: URP 2000 S. 785 ff. mit Hinweisen).
b) Im vorliegenden Fall hat das Verwaltungsgericht der zuständigen Behörde zu Recht vorgeworfen, die Öltankanlage der Beschwerdeführerin, eine Altanlage i.S.v.
Art. 10 Abs. 1 aVWF, nur alle sieben statt alle fünf Jahre (vgl. Art. 46 Abs. 1 lit. b aVWF) revidiert zu haben. Darüber hinaus sei bei der letzten Tankrevision vor dem Unfall am 16./17. Juli 1984 festgestellt worden, dass die Auffangwanne gerissen und schadhaft war; zudem hätten unbestrittenermassen Leckschutzeinrichtungen für die im Kabelkanal verlaufende Zufuhrleitung gefehlt. Der Kanton hätte daher die Beschwerdeführerin nach Eingang des Revisionsrapports am 10. August 1984, spätestens aber bis zum 1. Juli 1987 (vgl. Art. 57 Abs. 1 aVWF), zur Sanierung der Tankanlage auffordern müssen. Das Amt für Umweltschutz habe die Beschwerdeführerin aber erst nach dem Ölunfall mit Schreiben vom 8. August 1991 aufgefordert, die Tankanlage anlässlich der bevorstehenden Revision anzupassen, ansonsten die Sanierung später durch die kantonale Fachstelle verfügt werden würde.
c) Das Verwaltungsgericht hat jedoch die Kausalität dieses Unterlassens für den Schadenfall verneint - zu Recht: Das Ausfliessen des Öls aus der bei der Spritzanlage durchgetrennten Leitung wäre ebenso erfolgt, wenn die Mängel der Auffangwanne rechtzeitig behoben und die Zufuhrleitung sichtbar verlegt oder mit einer Leckschutzeinrichtung versehen worden wäre. Die Ausrüstung der Anlage mit einer endverbrauchergesteuerten Pumpe war erst mit Inkrafttreten von Art. 37 Abs. 1 TTV am 1. August 1990 geboten; die frühere TTV vom 27. Dezember 1967 (in der bis 1981 revidierten Fassung) enthielt noch keine derartige Anforderung. Weder bei der Revision der Tankanlage 1984 noch im Zeitpunkt, in dem die ordentliche Revision im fünfjährigen Turnus hätte stattfinden müssen, d.h. im Jahre 1989, hätte somit das Fehlen einer endverbrauchergesteuerten Ölpumpe bemängelt werden können.
d) Eine Verantwortlichkeit des Kantons könnte daher allenfalls noch mit der fehlenden Beschriftung der Ölpumpe bzw. von deren Schalter begründet werden, wenn dieser Umstand von den kantonalen Behörden wissentlich und amtspflichtwidrig geduldet worden wäre. Es gibt jedoch keinen Hinweis darauf, dass dieser Umstand den zuständigen kantonalen Stellen bekannt gewesen wäre; insbesondere enthält der Revisionsrapport von 1984 keinen diesbezüglichen Vermerk.
e) Nach dem Gesagten hat das Verwaltungsgericht eine Kostentragungspflicht des Kantons zu Recht verneint.
7.- Haften sowohl die Beschwerdeführerin als auch die X._ AG, ist deren jeweiliger Kostenanteil festzusetzen.
Hierbei handelt es sich um eine Rechtsfrage, auch wenn praxisgemäss den kantonalen Gerichten ein gewisser Spielraum bei der prozentualen Bezifferung der Kostenanteile eingeräumt wird. Erweist sich deren Festsetzung jedoch - wie im vorliegenden Fall - als bundesrechtswidrig, kann das Bundesgericht gestützt auf Art. 114 Abs. 2 OG einen eigenen Sachentscheid fällen, wenn der Sachverhalt geklärt ist und keine weiteren, bisher nicht berücksichtigten Personen als Kostenträger in Betracht fallen.
Das Baudepartement (Abteilung Umweltschutz) hatte den Anteil der Beschwerdeführerin auf 70% und denjenigen der X._ AG auf 30% beziffert; der Regierungsrat erlegte der Beschwerdeführerin 60% und der X._ AG 40% der Kosten auf. Das Verwaltungsgericht ging zu Recht davon aus, dass der Kostenanteil der X._ AG niedriger liege als von der Verwaltung angenommen; es ging aber zu Unrecht von der alleinigen Kostentragungspflicht der Beschwerdeführerin aus. Der Entscheid des Verwaltungsgericht ist daher abzuändern und es sind die Kostenanteile auf 80% (für die Beschwerdeführerin) und 20% (für die X._ AG) festzusetzen.
8.- a) Schliesslich bestreitet die Beschwerdeführerin die Verpflichtung, Zinsen für die Dauer des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens zahlen zu müssen. Von der Einreichung des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens am 25. August 1995 bis zur Zustellung des Urteils am 15. Mai 1999 seien fast fünf Jahre verstrichen; von Anfang 1996 bis Ende 1999 sei das Verfahrens faktisch sistiert gewesen. Diese übermässig lange Dauer des Rechtsmittelverfahrens verstosse gegen Art. 6 EMRK und <ref-law>.
b) Der Regierungsrat hatte in seinem Beschwerdeentscheid erstmals festgehalten, dass auch der Zinsausfall des Staates, der diesem durch die Vorfinanzierung der Gewässerschutzmassnahmen entstehe, zu den zu ersetzenden Kosten gehöre.
Der Regierungsrat wies daher das Baudepartement an, nach Rechtskraft des Entscheides anhand der einzelnen Rechnungen den zu ersetzenden Schadenszins zu berechnen und ihn in einer ergänzenden Verfügung auf die Kostenpflichtigen zu verteilen. Massgebend sei dabei der Zinssatz der Aargauischen Kantonalbank für bestehende Darlehen an öffentlichrechtliche Körperschaften (sog. "Oerk-Satz"). Diese Verzinsungspflicht war im verwaltungsgerichtlichen Verfahren nicht umstritten; das Verwaltungsgericht änderte den Entscheid des Regierungsrates daher nur insoweit ab, als es allein die Beschwerdeführerin für ersatzpflichtig und damit auch für verzinsungspflichtig hielt. Dementsprechend wies es das Departement an, in einer ergänzenden Verfügung den von der A._ AG zu ersetzenden Schadenszins und Verzugszins einzufordern. Diese Anweisung ist im vorliegenden Verfahren insoweit abzuändern, als auch die X._ AG einen Kostenanteil trägt, der grundsätzlich zu verzinsen ist.
c) Bisher ist jedoch über den Umfang der Zinsforderung des Kantons nicht verbindlich entschieden worden; die ergänzende Verfügung über den Schadens- und Verzugszins ist noch nicht erlassen worden. Insofern handelt es sich bei Disp.-Ziff. 2 des verwaltungsgerichtlichen Entscheides um einen blossen Zwischenentscheid. Dieser bestätigt zwar die grundsätzliche Verpflichtung der Beschwerdeführerin, Schadens- und Verzugszinsen zu zahlen, legt aber Dauer und Höhe der Zinspflicht nicht verbindlich fest und befasst sich insbesondere nicht mit dem - erst im bundesgerichtlichen Verfahren erhobenen - Einwand der Beschwerdeführerin, dass sie keine Zinsen für die ihres Erachtens unangemessen lange Dauer des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens schulde. Da die Beschwerdeführerin noch die Möglichkeit hat, die ergänzende Verfügung des Baudepartements über die Zinspflicht anzufechten, entsteht ihr durch die Zwischenverfügung des Verwaltungsgerichts kein nicht wieder gutzumachender Schaden i.S.v. <ref-law>. Auf den diesbezüglichen Teil der Beschwerde ist daher nicht einzutreten.
9.- Nach dem Gesagten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist: Das Urteil des Verwaltungsgerichts ist aufzuheben und der Kostenanteil der Beschwerdeführerin ist auf 80% herabzusetzen, während derjenige der X._ AG auf 20% festzusetzen ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführerin und die X._ AG einen ihrem Kostenanteil entsprechenden Teil der Gerichtskosten. Die Beschwerdeführerin ist verpflichtet, der Beschwerdegegnerin, d.h. der X._ AG, eine reduzierte Parteientschädigung zu zahlen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen, und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau (3. Kammer) vom 24. November 1999 wird aufgehoben.
Die Kosten der Sicherungs- und Behebungsmassnahmen des Schadenfalls 91/075 vom 1. August 1991 von insgesamt Fr. 338'848. 95 hat die Beschwerdeführerin zu acht Zehnteln und die Beschwerdegegnerin zu zwei Zehnteln zu tragen. Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Das Baudepartement des Kantons Aargau wird angewiesen, den von der Beschwerdeführerin zu acht Zehnteln und den von der Beschwerdegegnerin zu zwei Zehnteln zu ersetzenden Schadenszins und Verzugszins zu berechnen und in einer ergänzenden Verfügung einzufordern.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird zu acht Zehnteln, d.h. Fr. 3'200.--, der Beschwerdeführerin und zu zwei Zehnteln, d.h. Fr. 800.--, der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4.- Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des kantonalen Verfahrens an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen.
5.- Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
6.- Dieses Urteil wird den Parteien, dem Baudepartement, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, sowie dem BUWAL schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 12. Februar 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: