Faits:
A. Le 21 juillet 2004, vers 01 h 40, D._ circulait au guidon de sa moto sur la route secondaire Nyon-Trélex. Peu avant l'Asse, alors qu'il abordait une courbe, il a perdu la maîtrise de son véhicule, chuté et dévié sur la gauche. Il a alors été heurté par le taxi conduit par X._, qui venait en sens inverse, et est décédé des suites de ses blessures.
B. Par ordonnance du 31 août 2004, le Juge d'instruction de l'arrondissement de la Côte a prononcé un non-lieu suite à cette mort accidentelle. Cette décision n'a fait l'objet d'aucune communication.
Par lettre du 6 décembre 2004, A._, B._ et C._, respectivement veuve et enfants du défunt, ont demandé la réouverture de l'enquête. Ils ont invoqué une violation de l'art. 8 al. 1 LAVI, puisqu'ils n'ont pas pu intervenir comme parties dans la procédure pénale, ni obtenir de décision judiciaire.
Par ordonnance du 3 janvier 2005, le Juge d'instruction de l'arrondissement de la Côte a refusé la réouverture de cette enquête. En bref, il a estimé que même si les requérants n'avaient pas été avisés de la décision prise, cette informalité ne pouvait justifier à elle seule la réouverture du dossier, puisque leur intervention dans la procédure n'était pas de nature à influer sur la décision rendue. Il a jugé qu'on ne pouvait reprocher une quelconque négligence au chauffeur de taxi et a nié tout lien de causalité entre le comportement de ce dernier et le décès de D._.
C. Par arrêt du 25 janvier 2005, le Tribunal d'accusation vaudois a rejeté le recours de A._, B._ et C._ contre la décision précitée. Il a jugé que la procédure n'était pas viciée au motif que les victimes n'avaient pas pu y participer, faute d'avoir reçu les informations requises. Il a également relevé que l'ordonnance de non-lieu du 31 août 2004, fondée sur des motifs de droit, avait acquis l'autorité de chose jugée et s'opposait à toute poursuite ultérieure, l'action publique étant définitivement éteinte.
D. A._, B._ et C._ déposent un pourvoi en nullité auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt susmentionné. Ils invoquent une violation des droits accordés par la LAVI, et plus particulièrement des art. 6 et 8, et se plaignent d'un déni de justice formel. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué.
Le Ministère public du canton de Vaud renonce à se déterminer et se réfère à l'arrêt attaqué.
X._ conclut au rejet du recours. En substance, il soutient que les recourants n'ont pas démontré en quoi l'ordonnance de non-lieu pouvait influencer négativement l'action civile, que la législation ne prévoit aucune sanction contre la violation des devoirs imposés par la LAVI et que le droit des recourants à une décision judiciaire est épuisé, le Tribunal d'accusation s'étant prononcé sur la question de la réouverture de l'enquête.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Selon l'art. 270 let. e ch. 2 PPF, la victime peut se pourvoir en nullité si elle fait valoir une violation des droits que lui accorde la LAVI. Aux termes de l'art. 2 LAVI, toute personne qui a subi, du fait d'une infraction, une atteinte directe à son intégrité corporelle, sexuelle ou psychique, bénéficie des droits prévus par cette loi (al. 1). Le conjoint et les enfants de la victime sont assimilés à celle-ci, mais uniquement pour ce qui est des conseils, des droits dans la procédure, des prétentions civiles (art. 8 et 9), de l'indemnité et de la réparation morale (art. 11 à 17), et dans la mesure seulement où ils peuvent faire valoir des prétentions civiles contre l'auteur de l'infraction (al. 2 let. a à c).
Compte tenu de la mort de leur mari et père dans un accident de circulation et du fait qu'ils pourraient faire valoir des prétentions civiles contre l'auteur d'un homicide par négligence, les recourants ont qualité de victime et sont dès lors légitimés à invoquer une violation de l'art. 8 LAVI. Leur qualité étant donnée par l'art. 270 let. e ch. 2 PPF, il n'y a pas lieu d'examiner s'ils réalisent également les conditions plus restrictives du chiffre 1 de ladite norme, contrairement aux allégations de l'intimé.
Les recourants, en tant que personnes assimilées, ne sont en revanche pas habilités à se plaindre d'une violation de l'art. 6 LAVI dont seule la victime peut se prévaloir. Ils ne peuvent non plus invoquer une violation de droits en procédure qui iraient au-delà de ce que garantit l'art. 8 LAVI et qui relèvent du droit cantonal ou constitutionnel (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 109 s.).
2. Les recourants se plaignent d'une violation de l'art. 8 al. 1 let. a LAVI au motif qu'ils n'ont pas pu être parties à la procédure, ni faire valoir leurs prétentions civiles.
2.1 L'art. 8 al. 1 LAVI prévoit que la victime peut intervenir comme partie dans la procédure pénale, en particulier dans les hypothèses visées par les lettres a à c. Cette disposition ne lui octroie toutefois pas un droit général de participer à la procédure pénale. Dans ce sens, le Conseil fédéral précise, qu'en ce qui concerne les prétentions civiles, la loi n'accorde pas de manière générale à la victime le droit de participer aux actes de la procédure, de présenter des requêtes, de formuler des observations et d'obtenir des informations dans la même mesure que le prévenu (FF 1990 II p. 933). Le législateur réduit ainsi le droit d'intervenir de la victime aux hypothèses prévues par les lettres a à c de l'art. 8 al. 1 LAVI. La jurisprudence et les auteurs n'interprètent pas cette disposition plus largement, précisant que celle-ci cite de manière exhaustive les droits d'intervention de la victime dans la procédure pénale (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 109; P. Gomm/P. Stein/D. Zehntner, Kommentar zum Opferhilfegesetz, ad art. 8 p. 139, n° 3; E. Weishaupt, Die verfahrensrechtlichen Bestimmungen des Opferhilfegesetzes, p. 215; B. Corboz, Les droits procéduraux découlant de la LAVI, in SJ 1996 p. 72).
2.2 L'art. 8 al. 1 let. a LAVI dispose que la victime peut intervenir comme partie dans la procédure pénale pour faire valoir ses prétentions civiles. Ce droit est concrétisé à l'art. 9 al. 1 LAVI selon lequel le tribunal pénal doit en principe statuer sur les conclusions civiles. Ces dispositions visent à favoriser la réparation du dommage dans le cadre de l'action pénale (<ref-ruling> consid. 4 p. 51). Toutefois, elles ne contiennent aucune règle sur le moment à partir duquel la victime peut faire valoir ses prétentions et ne garantissent pas à cette dernière une intervention comme partie au stade de l'instruction. C'est en effet le droit cantonal de procédure qui régit les conditions formelles de cette participation et précise en particulier à quel stade de la procédure la victime peut formuler ses prétentions. Il ne doit cependant pas rendre si difficile l'invocation des prétentions civiles que cela aille contre le sens et le but de la LAVI (<ref-ruling> consid. 5 p. 55).
Certains cantons prévoient la constitution de partie civile en tout état de cause, soit dès l'ouverture de l'enquête et jusqu'aux débats ou à leur clôture. D'autres décident que celle-ci ne peut se faire que devant le juge du fond et l'excluent ainsi dans la phase d'instruction (E. Weishaupt, op. cit., p. 230; R. Roth/C. Kellerhals/D.Leroy/J. Mathey, La protection de la victime dans la procédure pénale, rapport d'évaluation rédigé sur mandat de l'Office fédéral de la justice, p. 36 s.). Les auteurs ont admis que cette dernière solution ne violait pas la LAVI (G. Kolly, Zu den Verfahrensrechten der Opfer von Straftaten (Art. 8 OHG) im freiburgischen Strafprozess, in RFJ 1994 p. 37; cf. R. Roth/C. Kellerhals/D.Leroy/J. Mathey, op. cit., p. 36 s.) et il n'y a pas lieu de s'écarter de cet avis. En effet, ce système correspond au sens et aux buts de la loi qui sont de permettre à la victime de mieux faire valoir ses prétentions civiles dans le procès pénal et de dissuader le juge pénal de la renvoyer devant le tribunal civil (<ref-ruling> consid. 2b p. 105). Il garantit qu'un tribunal pénal, soit en l'occurrence le juge du fond, statue simultanément, par un seul et même jugement, sur l'action pénale et les conclusions civiles. Par ailleurs, la LAVI permet aux cantons d'exclure ou de restreindre la constitution de partie civile des victimes en cas d'acquittement ou d'abandon de la procédure (art. 9 al. 1 LAVI) et en cas d'ordonnances pénales (art. 9 al. 4 LAVI). Il faut en déduire que cette loi n'exige en tout cas pas la constitution de partie civile au stade de l'instruction, antérieur au prononcé d'une ordonnance pénale.
2.3 Les griefs des recourants sont dès lors infondés, la LAVI ne leur accordant pas un droit général de participer à la procédure (cf. supra consid. 2.1), ni celui de se constituer partie civile au stade de l'instruction (cf. supra consid. 2.2).
3. Invoquant l'art. 8 al. 1 let. b LAVI, les recourants reprochent au Tribunal d'accusation de ne pas être entré en matière sur la question de l'homicide par négligence, alors que le Juge d'instruction n'est pas une autorité judiciaire au sens de cette disposition.
3. Invoquant l'art. 8 al. 1 let. b LAVI, les recourants reprochent au Tribunal d'accusation de ne pas être entré en matière sur la question de l'homicide par négligence, alors que le Juge d'instruction n'est pas une autorité judiciaire au sens de cette disposition.
3.1 3.1.1 Selon l'art. 8 al. 2 LAVI, les autorités informent la victime de ses droits à tous les stades de la procédure. Il faut donc lui indiquer en temps utile qu'elle peut se constituer partie civile ou qu'elle peut recourir selon l'art. 8 al. 1 let. b et c LAVI (G. Kolly, op. cit., p. 53 s.; B. Corboz, op .cit., p. 83 s.; E. Weishaupt, op. cit., p. 70). Il s'agit d'un renversement de la présomption selon laquelle nul n'est censé ignorer la loi (<ref-ruling> consid. 3e p. 244 et les références citées). Les modalités de ces informations sont fixées par le droit cantonal. La LAVI ne prévoit aucune sanction en cas de défaut d'information et on ne saurait dire que la procédure est viciée parce que la victime n'a pas pu y participer, faute d'avoir reçu les renseignements requis (B. Bovay/M. Dupuis/L. Moreillon/Ch. Piguet, Procédure pénale vaudoise, 2004, n. 4 ad art. 8 LAVI p. 586; B. Corboz, op. cit., p. 84; T. Maurer, Das Opferhilfegesetz und die kantonalen Strafprozessordnungen, in RPS 1993 p. 391). Toutefois, lorsque celle-ci dispose d'un droit de saisir une autorité (art. 8 al. 1 let. b LAVI) ou de recourir (art. 8 al. 1 let. c LAVI), elle ne doit subir aucun préjudice si l'information due selon la loi ne lui a pas été donnée et doit pouvoir agir même en l'absence de renseignements qui ne lui ont pas été communiqués en temps utile (B. Corboz, op. cit., in SJ 1996 p. 84; E. Weishaupt, op. cit., p. 76 s.; cf. <ref-ruling> consid. 1c p. 332 ss). En particulier, la jurisprudence a déjà admis qu'une décision non notifiée n'était pas opposable à son destinataire et n'avait donc aucun effet valable pour ce dernier (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 297 ss). Cependant, conformément au principe de la bonne foi, la personne à laquelle le jugement n'a pas été notifié doit s'en prévaloir en temps utile, dès que, d'une manière ou d'une autre, elle en a pris connaissance (cf. <ref-ruling> consid. 1c p. 334).
3.1.2 Le Juge d'instruction n'a pas fait intervenir les recourants à la procédure et ne leur a pas communiqué l'ordonnance de non-lieu du 31 août 2004. Ces derniers n'ont toutefois pas à subir de préjudice de ce fait. Il convient donc d'admettre que, pour eux, le délai de recours prévu par le droit cantonal n'a commencé à courir qu'une fois qu'ils ont eu connaissance de cette ordonnance. En l'espèce, il n'est pas constaté que les recourants n'auraient pas agi en temps utile après avoir pris connaissance de la décision litigieuse. Dans ces conditions et contrairement aux affirmations de l'intimé, le Tribunal d'accusation ne pouvait leur opposer le fait que cette ordonnance aurait acquis l'autorité de chose jugée et s'opposerait à toute poursuite ultérieure.
3.1.2 Le Juge d'instruction n'a pas fait intervenir les recourants à la procédure et ne leur a pas communiqué l'ordonnance de non-lieu du 31 août 2004. Ces derniers n'ont toutefois pas à subir de préjudice de ce fait. Il convient donc d'admettre que, pour eux, le délai de recours prévu par le droit cantonal n'a commencé à courir qu'une fois qu'ils ont eu connaissance de cette ordonnance. En l'espèce, il n'est pas constaté que les recourants n'auraient pas agi en temps utile après avoir pris connaissance de la décision litigieuse. Dans ces conditions et contrairement aux affirmations de l'intimé, le Tribunal d'accusation ne pouvait leur opposer le fait que cette ordonnance aurait acquis l'autorité de chose jugée et s'opposerait à toute poursuite ultérieure.
3.2 3.2.1 Aux termes de l'art. 8 al. 1 let. b LAVI, la victime peut demander qu'un tribunal statue sur le refus d'ouvrir l'action publique ou sur le non-lieu. Conformément au message du Conseil fédéral, les juges d'instruction et les procureurs ne sont pas des tribunaux au sens de cette disposition. Ainsi, si la décision est prise d'emblée par un tribunal, par exemple une chambre d'accusation, le droit prévu par l'art. 8 al. 1 let. b LAVI est immédiatement satisfait. En revanche, si la décision est rendue par un juge d'instruction ou un procureur, la victime doit pouvoir recourir devant un tribunal, normalement la chambre d'accusation (FF 1990 II p. 934). Le but de la loi est de garantir aux victimes un jugement sur le refus d'ouvrir l'action pénale ou sur le non-lieu qui soit rendu par une institution différente et indépendante des autorités d'instruction et des ministères publics. Les cantons ont par conséquent dû prévoir une voie de recours à une autorité judiciaire contre les décisions d'un juge d'instruction ou d'un procureur qui refuse d'ouvrir une enquête pénale ou la clôture par un non-lieu (cf. FF 1990 II p. 934; E. Weishaupt, op. cit., p. 271; P. Gomm/P. Stein/D. Zehntner, op. cit., ad art. 8 p. 140; B. Corboz, op. cit., in SJ 1996 p. 74; M. Ducrot, La qualité de partie du lésé en particulier sa qualité pour recourir contre les prononcés rendus sur l'action publique, in RVJ 1995 p. 341; T. Maurer, Das Opferhilfegesetz und die kantonalen Strafprozessordnungen, in RPS 1993 p. 389).
En définitive, dans tous les cas où la procédure ne suit pas son cours jusque devant l'autorité de jugement, la victime peut exiger une décision judiciaire sur le non-lieu. Ce droit ne suppose pas que la victime ait fait ou fera valoir des prétentions civiles, ni qu'elle ait participé à la procédure auparavant (cf. <ref-ruling> consid. 1a p. 81; FF 1990 II 934; P. Gomm/P. Stein/D. Zehntner, op. cit., n. 6 ad art. 8 p. 140 s.; B. Corboz, op. cit., in SJ 1996 p. 75).
3.2.2 Statuant sur recours contre la décision du juge d'instruction, qui n'est pas une autorité de jugement au sens de l'art. 8 al. 1 let. b LAVI, le Tribunal d'accusation a faussement relevé (cf. supra consid. 3.1) que l'ordonnance du 31 août 2004 avait acquis l'autorité de chose jugée et ne s'est en revanche pas prononcé sur les motifs de droit sur lesquels se fondait l'ordonnance attaquée. Or, contrairement aux allégations de l'intimé, le droit des recourants n'est pas épuisé par le fait que ce Tribunal se serait prononcé sur la question de la réouverture de l'enquête. Les victimes ont en effet le droit à ce qu'une autorité judiciaire statue sur le non-lieu et, dans le cas particulier, se prononce sur la question de l'homicide par négligence. En omettant d'examiner ces points, à savoir les conditions de réalisation de l'art. 117 CP, le Tribunal d'accusation a violé l'art. 8 al. 1 let. b LAVI.
4. En conclusion, le pourvoi est partiellement admis dans la mesure où il est recevable, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée au Tribunal d'accusation pour qu'il se prononce sur la question de l'homicide par négligence.
Vu l'issue du pourvoi, une indemnité de 2'000 fr. est versée aux recourants (art. 278 al. 3 PPF). Au vu des circonstances du cas particulier, il n'est pas perçu de frais.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le pourvoi est partiellement admis dans la mesure où il est recevable, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau.
2. Il n'est pas perçu de frais.
3. La caisse du Tribunal fédéral versera aux recourants une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Juge d'instruction du canton de Vaud, au Ministère public du canton de Vaud et au Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 26 août 2005
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: