Faits:
A. Par acte authentique du 19 juillet 2001, Y._, domicilié en France, a vendu à la SI X._, société anonyme ayant son siège à Genève, pour le prix de 1'050'000 fr., la totalité du capital-actions de la SI A._ SA (ci-après: SI A._), propriétaire d'un immeuble à Genève.
L'art. 4 de la convention prévoit:
"Le cédant déclare que la comptabilité de la société est en ordre au point de vue fiscal et il se porte fort de toutes réclamations qui pourraient être présentées tant par des tiers que par les administrations fiscales pour des faits antérieurs à la prise de possession."
L'art. 5 de la convention précise:
"Au cas où la société ferait l'objet de réclamations tant par les administrations fiscales que par des tiers pour des faits antérieurs à la prise de possession, le cessionnaire s'engage à les transmettre au cédant et à ne prendre aucune décision à ce sujet sans en avoir obtenu au préalable l'accord du cédant.
Il est bien entendu que toutes les sommes qui pourraient être dues par la société en raison de ces réclamations seront acquittées par les soins du cédant."
L'art. 6 de la convention indique que le cédant prend à sa charge tous les impôts fédéraux, cantonaux ou communaux, correspondant à l'exercice fiscal 2000, dus ou échus jusqu'au jour de la prise de possession, fixée au 26 décembre 2000, "c'est-à-dire aussi bien ceux qui jusqu'à cette date seront connus que ceux qui seront notifiés à la société après cette date pour la période précédant la prise de possession".
La SI A._ a été dissoute par décision de l'assemblée générale du 4 avril 2003 et radiée du registre du commerce le 27 janvier 2006.
Le 30 mai 2005, l'administration fédérale des contributions a réclamé à la SI A._ en liquidation le paiement d'un impôt anticipé de 199'940 fr. 35, correspondant à 35 % des 571'258 fr. 10 apparaissant dans le bilan au 31 décembre 2000 comme réserves (bénéfice reporté, réserve générale et réserves spéciales).
Le 17 novembre 2005, la SI X._ (unique actionnaire de la SI A._) a payé l'impôt anticipé de 199'940 fr. 35.
B. Le 8 novembre 2006, la SI X._ a déposé devant les tribunaux genevois une demande en paiement dirigée contre Y._, lui réclamant le remboursement de la somme de 199'940 fr. 35 avec intérêts à 5 % dès le 18 octobre 2005.
Par jugement du 3 avril 2008, le Tribunal de première instance du canton de Genève a condamné Y._, avec suite de dépens, à payer à la SI X._ la somme de 199'940 fr. 35 avec intérêts à 5 % dès le 8 novembre 2006.
Statuant sur appel de Y._ le 16 décembre 2008, la Cour de justice du canton de Genève a annulé le jugement attaqué et débouté la SI X._ de ses conclusions avec suite de dépens. La cour cantonale, procédant à une appréciation des preuves, est parvenue à la conviction que la perspective d'un impôt anticipé non recouvrable avait été prise en considération avant la conclusion de la vente et qu'il en avait été tenu compte dans la fixation du prix. Elle a estimé que l'acheteuse ne pouvait réclamer le remboursement de cet impôt ni sur la base d'une interprétation subjective de la convention, ni en procédant à une interprétation objective de celle-ci.
C. Ayant reçu cet arrêt en période de suspension des délais (après le 18 décembre 2008), la SI X._ a déposé, le lundi 2 février 2009, un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de l'<ref-law> et de l'<ref-law>, elle conclut, avec suite de dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à la condamnation de sa partie adverse à lui verser la somme de 199'940 fr. 35 avec intérêts à 5 % dès le 8 novembre 2006. Elle a sollicité l'octroi de l'effet suspensif, puis a retiré sa requête, ce dont il a été pris acte dans une ordonnance présidentielle du 26 février 2009.
L'intimé a conclu, avec suite de frais et dépens, au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions en paiement (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1, 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 105).
Il faut observer ici que l'arrêt attaqué est fondé sur une double motivation, la première sur une interprétation subjective de la convention et la seconde sur une interprétation objective. Se conformant à l'exigence de recevabilité posée par la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 6.3 p. 120 s.), la recourante a attaqué chacune de ces deux motivations alternatives.
Par exception à la règle selon laquelle il examine le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire: <ref-ruling> consid. 1.5 p. 130 - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). De surcroît, la partie recourante ne peut demander une modification de l'état de fait que si celle-ci est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
En l'espèce, la recourante, se plaignant de la manière dont les faits ont été établis, présente sa propre version des faits. Il lui incombait cependant d'invoquer l'arbitraire avec précision, de montrer, références à l'appui, en quoi ce grief serait réalisé et d'expliquer quelle en serait l'influence sur le sort de la cause. L'état de fait dressé par la recourante ne répond pas à ces exigences, de sorte qu'il n'est pas possible d'en tenir compte. Ce n'est que dans la partie "discussion et droit" de son écriture qu'elle présente des griefs concernant les faits qui sont suffisamment motivés et pourront être examinés.
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. 2.1 En raison du domicile en France de l'intimé, la cause revêt un caractère international.
Le Tribunal fédéral doit alors examiner d'office la question du droit applicable (<ref-ruling> consid. 4 p. 614, 626 consid. 2 p. 629; <ref-ruling> consid. 2 p. 515). Celle-ci doit être tranchée à la lumière du droit international privé du for (<ref-ruling> consid. 2 p. 663).
Le contrat conclu entre les parties, qui constitue l'objet du litige, doit être qualifié selon la loi du for (<ref-ruling> consid. 4 p. 615; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 515).
Il s'agit manifestement d'une vente mobilière (art. 184 al. 1 et 187 al. 1 CO) portant sur l'ensemble des actions d'une société anonyme immobilière.
L'arrêt cantonal mentionne une prorogation de for, mais pas une élection de droit. On peut donc penser que le contrat relève du droit français, en tant que droit de la résidence habituelle de l'aliénateur (art. 117 al. 1, 2 et 3 let. a LDIP), étant observé que les conventions internationales ne s'appliquent pas à la vente de papiers-valeurs (art. 1 al. 1 de la Convention de La Haye du 15 juin 1955 sur la loi applicable aux ventes à caractère international d'objets mobiliers corporels [RS 0.221.211.4] et art. 2 let. d de la Convention des Nations-Unies du 11 avril 1980 sur les contrats de vente internationale de marchandises [RS 0.221.211.1]) et que les actions d'une société anonyme sont en principe des papiers-valeurs (<ref-ruling> consid. 3 p. 20; <ref-ruling> consid. 2a p. 142).
Les deux parties, chacune représentée par un avocat, se réfèrent expressément au droit interne suisse, de même que les deux juridictions cantonales qui ont successivement examiné la cause; il est donc probable qu'il est intervenu, à un certain moment, une élection de droit (<ref-law>) dont l'état de fait cantonal ne parle pas. Compte tenu du sort qui doit de toute manière être réservé au recours, il ne se justifie pas de renvoyer la cause à la cour cantonale pour approfondir cette question.
2.2 Le litige porte sur l'interprétation du contrat. Il s'agit de déterminer si le vendeur s'était engagé à assumer la charge de l'impôt anticipé que la société pouvait être amenée à payer, en cas de dissolution, sur la part de liquidation afférente au bénéfice qui n'avait pas été distribué à l'actionnaire sous forme de dividende, mais qui avait été accumulé dans le patrimoine de la société sous forme de report à nouveau et de réserves.
En présence d'un litige sur l'interprétation de clauses contractuelles, le juge doit tout d'abord s'efforcer, en appréciant les preuves apportées, de déterminer la commune et réelle intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la nature véritable de la convention (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 611; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 667). S'il y parvient, il s'agit d'une constatation de fait qui lie le Tribunal fédéral, sous réserve des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 611).
Si le juge ne parvient pas à dégager une intention réelle commune ou s'il constate que les volontés, sans que les parties l'aient su, étaient divergentes, il doit interpréter les comportements et les déclarations des parties selon la théorie de la confiance, en recherchant comment une déclaration ou une attitude pouvait être comprise de bonne foi par le cocontractant en fonction de l'ensemble des circonstances (interprétation dite objective; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 611; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 424). Le principe de la confiance permet d'imputer à une partie le sens objectif de son comportement, même si celui-ci ne correspond pas à sa volonté intime (ATF <ref-ruling> consid. 3.2 p. 424 s.; <ref-ruling> consid. 2.5 p. 122). L'application de ce principe est une question de droit que le Tribunal fédéral peut revoir librement (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 611, 467 consid. 1.1 p. 469). Pour procéder à une interprétation selon le principe de la confiance, il faut se fonder sur le contenu des manifestations de volonté et sur les circonstances, lesquelles relèvent des constatations de fait (ATF <ref-ruling> consid. 3.2 p. 425; <ref-ruling> consid. 2.5 p. 123).
2.3 En l'espèce, la cour cantonale, procédant à l'appréciation des preuves recueillies, est parvenue à la conviction que l'éventualité de devoir payer un impôt anticipé avait été envisagée avant la conclusion du contrat, qu'il en a été tenu compte en diminuant le prix de vente, de sorte que les parties avaient exclu que l'acheteuse puisse réclamer le remboursement de cet impôt au vendeur. Elle a ainsi déterminé la réelle et commune intention des parties, ce qui relève des constatations de fait qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). La recourante soutient cependant que les faits ont été établis arbitrairement (art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF).
Il y a arbitraire dans l'appréciation des preuves et les constatations de fait qui en découlent, lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
Entendu comme témoin, le notaire qui a instrumenté l'acte de vente a affirmé qu'il avait évoqué, avant la conclusion du contrat, le risque de l'impôt anticipé. La recourante reproche à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte de l'ensemble de sa déposition. Il apparaît en effet que l'on a posé au notaire des questions sur sa compréhension de l'impôt anticipé et sur le sort qu'il faut donner au litige; il s'agit là cependant de questions de droit qui relèvent de la compétence du juge, et non du témoin. La cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en ne reproduisant pas les opinions juridiques du notaire. Le point de fait pertinent était de savoir si l'impôt anticipé avait ou non été évoqué avant la vente et le notaire, sur ce point, s'est exprimé d'une manière claire, qui contredit la thèse soutenue par la recourante.
La cour cantonale a relevé que la recourante n'avait pas cité comme témoin son comptable qui l'avait accompagnée lors des négociations, alors même qu'elle voulait prouver que le risque de l'impôt anticipé n'avait jamais été évoqué (il n'a pas été constaté, dans l'arrêt attaqué, que ce témoin était inatteignable). La cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en interprétant en défaveur de la recourante le fait qu'elle n'ait pas soumis ce témoin aux questions du juge et de la partie adverse. Il n'était pas davantage arbitraire d'écarter une lettre écrite par ce comptable qui, selon la recourante, vaudrait témoignage. Un témoin doit se soumettre aux questions du juge et de la partie adverse en vue de tester sa crédibilité, de délimiter la portée de ses affirmations et de déterminer s'il n'est pas en mesure d'apporter d'autres faits qui pourraient aller à l'encontre de la thèse soutenue par la partie qui le cite; le témoin qui comparaît s'expose au risque d'une poursuite pénale pour faux témoignage (<ref-law>). Il n'est pas arbitraire de considérer que le témoignage ne peut pas être remplacé par une déclaration fragmentaire dans une lettre et que cette dernière ne peut pas être considérée comme probante.
Outre le témoignage du notaire, la cour cantonale a fondé sa conviction sur la déposition du collaborateur de la fiduciaire qui a assisté l'intimé. Ce témoin a précisé que la charge fiscale latente avait été prise en considération et avait influencé le prix de vente. On ne voit pas en quoi il serait arbitraire de croire ce témoin et la recourante ne tente même pas d'en faire la démonstration. Elle s'efforce cependant de montrer que le prix de vente n'a pas été fixé en déduisant l'entier du montant de l'impôt anticipé. Cette argumentation est impropre à influencer l'issue du litige (<ref-law>). En effet, il n'a nullement été constaté que le prix de vente aurait été déterminé en déduisant totalement le montant de cet impôt; il a seulement été admis que le paiement d'un impôt anticipé après la dissolution de la société, dont la récupération était incertaine, avait influencé le prix de vente (arrêt attaqué p. 7). Le prix étant librement négocié entre les parties, peu importe l'influence que cet élément a eu exactement sur le chiffre. Ce qui compte, c'est que cet élément ait été pris en compte comme argument de négociation pour abaisser celui-ci, ce qui montre que l'impôt anticipé ne devait pas, selon la volonté concordante des parties, être assumé par le vendeur.
La recourante reproche à la cour cantonale d'avoir omis de constater que le vendeur avait fraudé le fisc de son pays. Dans le contrat de vente, le vendeur a affirmé que la société avait rempli ses obligations fiscales et que lui-même se portait fort de toutes réclamations qui pourraient être formulées pour des impôts arriérés. Il n'a en revanche fourni aucune garantie sur sa propre situation fiscale. Dès lors qu'il a été retenu - sans arbitraire - que l'on avait évoqué le risque de l'impôt anticipé en tant qu'argument pour diminuer le prix de la vente, il est évident que l'on envisageait le risque de ne pas pouvoir récupérer cet impôt; l'acheteuse n'a reçu aucune garantie du vendeur qu'elle pourrait le recouvrer intégralement. D'ailleurs, un impôt que l'on peut entièrement récupérer ne constitue qu'une charge temporaire et ce n'est manifestement pas cet argument qui a été invoqué pour influencer la détermination du prix.
La recourante a donc échoué à démontrer que la cour avait retenu arbitrairement que les parties avaient envisagé le risque qu'il y ait un impôt anticipé à payer après la dissolution de la société et que ce risque avait été pris en compte pour diminuer le prix, de sorte qu'il a été admis par les parties que le vendeur ne rembourserait pas cet impôt.
2.4 A titre superfétatoire, la cour cantonale a relevé que, même si elle n'était pas parvenue à établir que les parties avaient la volonté réelle de laisser un éventuel impôt anticipé à la charge de l'acheteuse, elle serait parvenue au même résultat par une interprétation objective des clauses contractuelles. S'il fallait entrer en matière sur cette argumentation subsidiaire, il faudrait constater qu'elle ne viole en rien les règles de droit fédéral sur l'interprétation des manifestations de volonté.
Des clauses contractuelles litigieuses, on comprend clairement que le vendeur s'était engagé à prendre à sa charge tous les impôts dus par la société vendue à la date du transfert de possession, fixée conventionnellement au 26 décembre 2000, même si les impôts ne sont notifiés que par la suite.
La Confédération perçoit un impôt anticipé sur les revenus des capitaux mobiliers (art. 1 al. 1 de la Loi fédérale du 13 octobre 1965 sur l'impôt anticipé (LIA; RS 642.21)). L'impôt anticipé sur les revenus de capitaux mobiliers a notamment pour objet les participations aux bénéfices et tous autres rendements des actions (<ref-law>). L'obligation fiscale incombe au débiteur de la prestation imposable (<ref-law>), c'est-à-dire à la société qui verse des revenus à ses actionnaires. La créance fiscale naît au moment où échoit la prestation imposable (<ref-law>), c'est-à-dire au moment où la société verse une part de son bénéfice à ses actionnaires. L'impôt anticipé, au taux de 35 % de la prestation imposable (<ref-law>), échoit 30 jours après la naissance de la créance fiscale (art. 16 al. 1 let. c LIA). En cas de dissolution d'une société anonyme, la société doit payer l'impôt spontanément, sur la base d'un relevé spécial, dans les 30 jours après chaque répartition d'une part de l'excédent de liquidation (art. 22 al. 3 de l'Ordonnance d'exécution du 19 décembre 1966 de la loi fédérale sur l'impôt anticipé (OIA; RS 642.211)).
Aussi longtemps que la société ne distribue pas ses bénéfices, mais les accumule, il n'y a aucun versement aux actionnaires, donc aucun revenu de leur fortune mobilière qui soit susceptible d'imposition. En revanche, lorsque la société décide de verser des parts de bénéfice aux actionnaires, que ce soit sous la forme d'un dividende ou - en cas de dissolution - d'une part de liquidation, il y a pour eux un revenu de la fortune mobilière, ce qui entraîne l'imposition. Cette dernière découle ainsi entièrement des décisions prises par l'acheteuse, en sa qualité d'actionnaire unique de la société. La créance fiscale est née lorsque la société, ayant prononcé sa dissolution, a décidé de verser à son actionnaire les bénéfices. Il s'agit donc clairement d'une créance fiscale qui est née après le transfert de la possession, ce qui exclut - selon les clauses contractuelles - qu'elle soit prise en charge par le vendeur.
2.5 Il faut encore relever que les bénéfices accumulés apparaissaient clairement dans les comptes de la société sous forme de report à nouveau et de réserves, de sorte que l'acheteuse ne saurait invoquer un défaut de la chose vendue (<ref-law>), à supposer que le moyen ne soit pas prescrit (<ref-law>).
Il est clair qu'un bénéfice accumulé allait provoquer un problème fiscal si l'acheteuse décidait, en sa qualité d'actionnaire unique, d'en obtenir le versement. Dès lors que l'acheteuse avait l'intention de liquider la société qu'elle achetait, c'était à elle de s'enquérir correctement des conséquences fiscales de l'opération dans laquelle elle se lançait.
La recourante a souligné que les comptes faisaient apparaître une dette de l'actionnaire à l'égard de sa société résultant d'un prêt. L'administration fiscale a considéré que ce prêt était réel et ne constituait pas une distribution déguisée de dividendes. Dès lors que la situation résultait clairement des comptes, la recourante ne saurait prétendre qu'elle a été trompée à cet égard. Qu'elle ait décidé de reprendre la dette de l'actionnaire relève de la libre négociation du prix de vente.
Pour terminer, la recourante soutient que l'administration fiscale n'aurait pas dû percevoir un impôt anticipé, mais considérer qu'il s'agissait d'une liquidation partielle indirecte. Cet argument est hors de propos. Si la recourante estimait que l'impôt anticipé n'était pas dû, elle devait recourir contre la décision de l'administration fiscale. On ne voit pas qu'elle puisse, sur la base du contrat de vente, réclamer au vendeur de lui rembourser un impôt qu'il ne fallait pas payer.
3. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimé une indemnité de 7'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 28 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget