Sachverhalt:
A. A.a Mit Verfügung vom 1. März 2002 verweigerte die Abteilung Landwirtschaft des Finanzdepartements Aargau die Bewilligung im Sinn von <ref-law> für den Erwerb der drei Grundstücke GB A._ Nrn. 1, 2 und 3 durch die Familienstiftung X._. Diese Verfügung ist unangefochten geblieben.
A.b X._ meldete am 31. August 2007 die Handänderung für diese drei Grundstücke beim Grundbuchamt Y._ an.
Mit Verfügung vom 3. September 2007 wies der Grundbuchverwalter-Stellvertreter diese Anmeldung ab. In der Begründung hielt er insbesondere fest, für die Übertragung fehle die Bewilligung durch die Abteilung Landwirtschaft des Finanzdepartements Aargau im Sinne des BGBB.
A.c Die dagegen erhobene Beschwerde von X._ wies die Justizabteilung des Departements Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau mit Verfügung vom 21. Oktober 2008 ab.
A.d X._ zog diese Verfügung mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau weiter und verlangte insbesondere die Feststellung, dass aufgrund der am 12. März 2002 errichteten Familienstiftungsurkunde ein ausreichender Rechtsgrund für einen bewilligungsfreien Erwerb der drei landwirtschaftlichen Grundstücke im Sinn von <ref-law> vorliege, weshalb es für seine Anmeldung vom 31. August 2007 beim Grundbuchamt Y._ auch keiner Bewilligung bedürfe.
Mit Urteil vom 30. Oktober 2009 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
B. X._ (fortan: Beschwerdeführer) ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 4. Dezember 2009 an das Bundesgericht gelangt. Er verlangt sinngemäss in Gutheissung seiner Beschwerde die Grundbucheintragungen der Handänderungen der drei Grundstücke beim Grundbuchamt Y._.
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Erwägungen:
1. Streitig ist vorliegend, ob die Übertragung von landwirtschaftlichen Grundstücken auf eine Familienstiftung nach <ref-law> dem Bundesgesetz über das bäuerliche Bodenrecht (BGBB; SR 211.412.11) unterstellt ist und demnach einer Bewilligung nach BGBB bedarf oder ob die Grundbucheintragung der Handänderungen auch ohne diese Bewilligung möglich ist. Dabei handelt es sich um eine Zivilsache mit Vermögenswert, wobei die Streitwertgrenze von Fr. 30'000.-- überschritten ist (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 i.V.m. <ref-law>). Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist als letztinstanzlicher Entscheid zu qualifizieren, der das Verfahren abschliesst (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Die - im Weiteren fristgerecht erhobene (<ref-law>) - Beschwerde in Zivilsachen ist somit grundsätzlich zulässig.
2. 2.1 Der Grundbuchverwalter-Stellvertreter begründete seine Verfügung vom 3. September 2007, mit welcher er die Eintragungen der drei landwirtschaftlichen Grundstücke in das Grundbuch verweigerte, unter anderem mit der fehlenden Zustimmung zur Übertragung durch die Abteilung Landwirtschaft des Finanzdepartements Aargau im Sinn von <ref-law>. Im kantonalen Beschwerdeverfahren teilen die Justizabteilung und das Verwaltungsgericht die Ansicht, dass der Grundbuchverwalter-Stellvertreter diese Handänderungen zu Recht nicht ins Grundbuch eingetragen habe. Die Bewilligung für den Erwerb durch die Familienstiftung sei von der Abteilung Landwirtschaft des Finanzdepartements Aargau verweigert worden und deren Verfügung sei mangels Anfechtung in Rechtskraft erwachsen.
2.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Verfügung der Abteilung Landwirtschaft des Finanzdepartements Aargau vom 1. März 2002 sei nichtig, da die grundbuchliche Übertragung von landwirtschaftlichen Grundstücken zu Handen einer Familienstiftung nach <ref-law> keiner Bewilligung im Sinn des BGBB bedürfe. Sinngemäss führt er präzisierend aus, der Erwerb durch einen Nachkommen, den Ehegatten, die Eltern, ein Geschwister oder Geschwisterkind des Veräusserers bedürfe gemäss <ref-law> keiner Bewilligung. In der Familienstiftungsurkunde seien seine Nachkommen erbvertraglich und somit als ihm nahestehende Personen im Sinn von <ref-law> wörtlich genannt. Es handle sich somit wie bei <ref-law> um ein familieninternes Rechtsgeschäft. Damit sei es unbestritten, dass die grundbuchlichen Eigentumsübertragungen der drei angemeldeten Grundstücke keiner Bewilligung bedürften. Im Lichte der eindeutigen aktenkundigen Fakten sei die Verfügung der Abteilung Landwirtschaft des Finanzdepartements Aargau unhaltbar und in materieller Hinsicht unmöglich, widerrechtlich und falsch. Hinzu komme, dass der Mangel im Sinn der Rechtsprechung zu den nichtigen Verfügungen besonders schwer, offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar sei. Somit sei die Nichtigkeit der Verfügung der Abteilung Landwirtschaft des Finanzdepartements Aargau jederzeit und von sämtlichen rechtsanwendenden Behörden von Amtes wegen zu beachten.
3. Fehlerhafte Entscheide sind nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nichtig, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer wiegt, wenn er offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist und wenn zudem die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel einer Entscheidung führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht. Die Nichtigkeit eines Entscheids ist von sämtlichen rechtsanwendenden Behörden jederzeit von Amtes wegen zu beachten (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 367; <ref-ruling> E. 2 S. 363 ff., mit Hinweisen auf die Rechtsprechung; Urteil 5A.45/2007 vom 6. Dezember 2007 E. 5.2.5).
3.1 Der Erwerb eines landwirtschaftlichen Grundstücks bedarf grundsätzlich einer Bewilligung (<ref-law>). Ausnahmen von der Bewilligungspflicht sind in <ref-law> vorgesehen. Demnach bedarf der Erwerb keiner Bewilligung durch Erbgang und durch erbrechtliche Zuweisung (lit. a); durch einen Nachkommen, den Ehegatten, die Eltern, ein Geschwister oder Geschwisterkind des Veräusserers (lit. b); durch einen Mit- oder Gesamteigentümer (lit. c); durch die Ausübung eines gesetzlichen Kaufs- oder Rückkaufsrechts (lit. d); im Rahmen einer Enteignung oder einer Bodenverbesserung, bei der eine Behörde mitwirkt (lit. e); zum Zweck der Grenzbereinigung (lit f.); oder beim Übergang von Eigentum durch Fusion oder Spaltung nach dem Fusionsgesetz, wenn die Aktiven des übertragenden oder des übernehmenden Rechtsträgers nicht zur Hauptsache aus einem landwirtschaftlichen Gewerbe oder aus landwirtschaftlichen Grundstücken bestehen (lit. g). Der Grundbuchverwalter hat die Grundbuchanmeldung abzuweisen, wenn offensichtlich eine Bewilligung benötigt wird, jedoch keine solche vorliegt. Wenn Ungewissheit darüber besteht, ob für das betreffende Geschäft eine Bewilligung notwendig ist, erfolgt eine Eintragung in das Tagebuch und der Entscheid über die Eintragung wird bis zum Entscheid über die Bewilligungspflicht und allenfalls über das Gesuch sistiert (Art. 81 Abs. 2 und 3 BGBB).
3.2 Die in Frage stehenden Übertragungen der drei landwirtschaftlichen Grundstücke unterstehen dem Anwendungsbereich des BGBB, wonach grundsätzlich eine Bewilligung vorausgesetzt wird. Der Beschwerdeführer führt vorliegend den Ausnahmegrund von <ref-law> an. Die Aufzählung der in dieser Bestimmung genannten nahestehenden Personen des Veräusserers ist abschliessend (vgl. Beat Stalder, in: Das bäuerliche Bodenrecht, Kommentar zum Bundesgesetz über das bäuerliche Bodenrecht, Brugg 1995, N. 10 zu <ref-law>), wobei darin die Familienstiftung nicht aufgeführt wird.
3.3 Die Abteilung Landwirtschaft des Finanzdepartements Aargau ist in ihrer Verfügung vom 1. März 2002 zur Ansicht gelangt, dass die Übertragungen der betreffenden drei Grundstücke gemäss <ref-law> der Bewilligungspflicht unterstehen. Weiter wurde entschieden, dass vorliegend die Bewilligung nicht erteilt werden könne, weil die Familienstiftung X._ nicht als Selbstbewirtschafterin im Sinn von <ref-law> zu beurteilen sei.
Mit Blick auf <ref-law>, wonach die Übertragung landwirtschaftlicher Grundstücke grundsätzlich der Bewilligungspflicht unterliegt sowie auf die Ausnahmegründe von <ref-law> ist diese Ansicht der Abteilung Landwirtschaft des Finanzdepartements Aargau durchaus vertretbar. Weshalb die Verfügung vom 1. März 2002 - wie vom Beschwerdeführer behauptet - nichtig sein sollte, ist weder ersichtlich noch in der Beschwerde in nachvollziehbarer Weise dargetan. Der Beschwerdeführer begnügt sich mit der pauschalen Behauptung, die betreffende Verfügung sei unhaltbar und in materieller Hinsicht unmöglich, widerrechtlich und falsch. Wie bereits ausgeführt, führen inhaltliche Mängel einer Entscheidung nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Dazu wäre erforderlich, dass der Mangel besonders schwer und offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar wäre. Vorliegend kann offen gelassen werden, ob die Verfügung vom 1. März 2002 überhaupt einen inhaltlichen Mangel aufweist. Läge ein solcher Mangel vor, wäre er aber zumindest weder besonders schwer, noch leicht zu erkennen. Auch klassische Nichtigkeitsgründe wie die Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler fallen nicht in Betracht.
Mit der zur Beurteilung stehenden Verfügung der Abteilung Landwirtschaft des Finanzdepartements Aargau vom 1. März 2002 liegt mithin ein rechtskräftiger Verwaltungsentscheid vor. Der Beschwerdeführer hat diese Verfügung trotz ausdrücklicher Rechtsmittelbelehrung nicht mit Beschwerde an die Landwirtschaftliche Rekurskommission weitergezogen. Vor diesem Hintergrund hat das Grundbuchamt Y._ gestützt auf die Verfügung vom 1. März 2002 die Eintragung der drei landwirtschaftlichen Grundstücke ins Grundbuch zu Recht verweigert.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit überhaupt darauf einzutreten ist. Ausgangsgemäss trägt der Beschwerdeführer die Verfahrenskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. Februar 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Hohl Gut Kägi