Faits:
A. Le 1er novembre 2004, X._ a été engagée, en qualité d'agente de sécurité privée, par Y._ SA (ci-après: Y._ SA), de siège à .... Le contrat initialement conclu a été modifié le 1er juin 2005, puis par avenant du 17 janvier 2006. Cet avenant prévoyait un salaire mensuel brut de 4'356 fr.15 pour 173 heures de travail par mois sur douze mois, tous types de primes inclus.
Le 20 novembre 2006, X._ a été licenciée avec effet au 31 janvier 2007. Préalablement, la société employeuse lui avait adressé un double avertissement pour deux erreurs qualifiées de graves.
Les 24 et 25 décembre 2006, X._ a été malade. Elle a repris le travail le 28 décembre 2006, après avoir bénéficié pendant deux jours, les 26 et 27 décembre 2006, d'un congé.
B. B.a Le 14 mai 2007, X._ a ouvert action devant la juridiction des prud'hommes. Elle réclamait à Y._ SA les montants de 5'465 fr.45 et de 540 fr.35, avec intérêts à 5% dès le 1er février 2007, à titre de salaire et d'indemnité de vacances pour le mois de février 2007.
La Caisse Z._ est intervenue dans la procédure.
Par jugement rendu le 29 avril 2008, le Tribunal de la juridiction des prud'hommes a condamné, d'une part, Y._ SA à payer à X._ la somme brute de 5'287 fr.10, avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er mars 2007, sous déduction des 2'016 fr.45 dus à la Caisse Z._, et, d'autre part, X._ à payer à Y._ SA la somme de 500 fr. qu'elle a reconnu lui devoir, la compensation de ces créances étant autorisée à due concurrence; Y._ SA a, en sus, été condamnée à payer à la Caisse Z._ la somme nette de 2'016 fr.45.
Faisant application de l'art. 336c al. 2 in fine et al. 3 CO, le Tribunal a considéré que le délai de congé a été suspendu durant les deux jours de maladie de la demanderesse, soit les 24 et 25 décembre 2006; ayant recommencé à courir du 26 décembre 2006 au 2 février 2007, il était prolongé au 28 de ce dernier mois. Dès lors que la demanderesse a proposé en vain ses services, les juges ont arrêté que le salaire du mois de février 2007 était dû.
B.b Statuant le 27 novembre 2008 sur appel de Y._ SA, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes a annulé le jugement précédent et condamné X._ à restituer à Y._ SA la somme de 955 fr.45, composée du montant reconnu par l'employée comme étant dû (500 fr.) et de la part de l'indemnité de vacances à laquelle elle a renoncé (455 fr.45). Les parties ont été déboutées de toutes autres conclusions.
La Cour d'appel a tout d'abord confirmé la réalité du bref épisode de maladie de l'employée; elle s'est ensuite référée à l'arrêt du Tribunal fédéral du 29 avril 2008, publié aux <ref-ruling>, qui permet, selon la cour, de trancher le litige sans faire de calcul de périodes. Pour les magistrats, l'application de « la ratio legis de cette jurisprudence » est suffisante; dans la mesure où les règles relatives à la suspension du délai du préavis reposent sur l'idée que l'employé doit pouvoir disposer de l'entier de ce délai pour chercher du travail, il est légitime de faire abstraction d'une période de maladie qui n'est de toute manière pas susceptible d'affecter ces recherches. Tel est le cas si la maladie ou l'état maladif tombe sur un dimanche ou un jour férié. Ainsi, les magistrats ont considéré que, comme les deux jours de maladie coïncidaient, l'un (le 25 décembre) avec un jour férié, l'autre (le 24 décembre) avec un jour « semi-férié, selon les usages locaux », il tombe sous le sens qu'aucune recherche de travail ne peut être effectuée durant une telle période de fêtes.
C. X._ exerce un recours constitutionnel subsidiaire. Elle invite le Tribunal fédéral à annuler l'arrêt attaqué, à confirmer le jugement du Tribunal des prud'hommes en tant qu'il condamne Y._ SA au paiement des sommes brutes de 4'460 fr. et de 371 fr.45, à annuler ce même jugement en tant qu'il condamne Y._ au paiement de la somme brute de 455 fr.45, à donner acte à X._ de ce qu'elle reconnaît devoir la somme de 500 fr. à Y._, à autoriser la compensation et à débouter Y._ de toutes autres, plus amples ou contraires conclusions. Subsidiairement, la recourante conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour statuer dans le sens des considérants.
Y._ SA et la Caisse Z._, partie intervenante, ne se sont pas déterminées sur le recours. La Cour d'appel s'est, pour sa part, référée à son arrêt du 27 novembre 2008, dans les termes duquel elle persiste, sans présenter d'observations particulières.

Considérant en droit:
1. Dans le cas d'espèce, la valeur litigieuse n'atteint pas le minimum légal de 15'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. a LTF) et aucun des cas de dispense prévus par la loi (<ref-law>) n'est évoqué par la recourante (cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 5). Dès lors, seul entre en ligne de compte le recours constitutionnel subsidiaire, au sens des <ref-law>, dont les conditions apparaissent remplies en l'espèce. En effet, le recours, interjeté par la partie demanderesse qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente et qui a donc qualité pour recourir (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 425 s.), est dirigé contre une décision finale (art. 117 et 90 al. 1 LTF) rendue par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 114 et 75 LTF). Déposé en temps utile (art. 117 et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prévues par la loi (<ref-law>), le recours constitutionnel subsidiaire est donc en principe recevable.
Le recours constitutionnel ne peut être exercé que pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral ne se saisit que des griefs soulevés et motivés de façon détaillée par la partie recourante (art. 106 al. 2 et 117 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444). Il doit statuer sur la base des faits constatés dans la décision attaquée; il ne peut rectifier ou compléter que les constatations de fait auxquelles l'autorité précédente est parvenue en violation des droits constitutionnels (<ref-law>).
2. La recourante se plaint d'arbitraire dans l'application du droit fédéral, en particulier de l'<ref-law>. Elle reproche à la cour cantonale de n'avoir pas suspendu le délai de congé, conformément à la disposition précitée, pendant les deux jours de maladie, soit les 24 et 25 décembre 2006; en refusant de reporter l'échéance du délai de congé au motif que les jours de maladie étaient des jours fériés, non susceptibles d'affecter les recherches de travail, les magistrats cantonaux ont, aux dires de la recourante, rendu une décision arbitraire, tant dans sa motivation que dans son résultat.
Selon la jurisprudence, l'arbitraire, prohibé par l'art. 9 Cst., ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17).
3. Selon l'<ref-law>, après le temps d'essai, l'employeur ne peut pas résilier le contrat de travail dans différents cas, en particulier pendant une incapacité de travail totale ou partielle résultant d'une maladie ou d'un accident non imputables à la faute du travailleur, et ce pour un certain nombre de jours (al. 1 let. b). Si le congé a été donné avant l'une des périodes de protection légales et que le délai de congé n'a pas expiré avant cette période, ce délai est suspendu et ne continue à courir qu'après la fin de la période (al. 2). Lorsque les rapports de travail doivent cesser à un terme et que ce terme ne coïncide pas avec la fin du délai de congé qui a recommencé à courir, ce délai est prolongé jusqu'au prochain terme (al. 3).
Le texte de la loi ne fait pas référence aux jours ouvrables et/ou fériés. Il n'indique pas que les périodes de protection ne couvrent que les jours ouvrables et que seuls de tels jours devraient donc être pris en considération.
Par ailleurs, le but poursuivi par l'<ref-law> est d'accorder au travailleur, même en cas de maladie ou d'accident ou dans l'une des autres éventualités prévues par la loi, un délai de congé complet pour lui permettre de chercher un autre emploi (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 359; <ref-ruling> consid. 2 p. 475 s. et les références citées). On ne saurait donc déduire de la ratio legis de l'<ref-law> que seule une incapacité survenue durant un jour ouvrable permettrait de suspendre le délai de congé. L'admettre irait à l'encontre de la volonté clairement exprimée du législateur, qui ne fait du reste l'objet d'aucune discussion en doctrine. Il sied en outre de relever que le processus de recherche d'emploi ne se résume pas à la prise de contact effective avec de potentiels futurs employeurs - comme le sous-entend l'autorité cantonale -, mais peut également comprendre la constitution de dossiers de candidature ou diverses recherches (par exemple, sur l'internet ou sur d'autres supports).
Cela étant, il est insoutenable pour la cour cantonale d'avoir fait abstraction des deux jours de maladie de la recourante, motif pris qu'ils coïncidaient pour le premier - le 24 décembre 2006 - avec un jour « semi-férié » et pour le second - le 25 décembre 2006 - avec un jour férié. De surcroît, le 24 décembre n'est pas un jour férié officiel et la notion de « jour semi-férié, selon les usages locaux », sur laquelle la cour cantonale prend appui pour fonder son raisonnement, ne ressort d'aucune prescription légale applicable en la matière (cf. art. 1 de la loi cantonale genevoise sur les jours fériés [LJF; RS J1 45]).
Enfin, les constatations de fait du jugement entrepris ne permettent pas d'inférer que le comportement de l'employée serait constitutif d'un abus de droit. Partant, il est arbitraire pour la cour cantonale de n'avoir pas suspendu le délai de congé durant les deux jours de maladie de la recourante et d'avoir retenu que le contrat de travail avait pris fin le 31 janvier 2007. Le grief y relatif est entièrement fondé.
4. La quotité des montants auxquels les parties ont été condamnées n'a fait l'objet d'aucune critique tant devant l'instance cantonale que devant la Cour de céans. Il n'y a donc en principe pas lieu de s'en distancer. La recourante a renoncé devant la Cour d'appel à l'allocation du montant de 455 fr.45, compris dans la somme brute de 5'287 fr.10 allouée par le Tribunal de la juridiction des prud'hommes et qui correspond à l'indemnité de vacances du mois de janvier 2007. Il convient donc de déduire ces 455 fr.45 de la somme brute susmentionnée, qui sera par ailleurs amputée des charges sociales usuelles et du montant de 500 fr. que la recourante a admis devoir à l'intimée.
L'intervenante n'a pas déposé de recours. Invitée à se prononcer dans la présente procédure, elle n'a pas formulé d'observation. Aux termes de l'art. 29 al. 2 de la loi sur l'assurance-chômage (LACI; RS 837.0), la caisse de chômage est subrogée à l'assuré dans tous ses droits jusqu'à concurrence de l'indemnité journalière versée; sauf exceptions, elle ne peut renoncer à faire valoir ses droits. En l'espèce, l'intervenante a conclu dans la procédure cantonale au paiement d'un montant de 2'016 fr.45, correspondant aux indemnités versées à la recourante pour le mois de février 2007. A titre de simplification et pour éviter une action récursoire contre la recourante, il convient d'accorder à l'intervenante le capital qu'elle a précédemment réclamé. Ainsi, le montant de 2'016 fr.45 sera également déduit de la créance de la recourante.
Par conséquent, le recours doit être admis et l'arrêt attaqué réformé en ce sens que l'intimée est condamnée à verser à la recourante la somme brute de 4'831 fr.65 (5'287 fr.10 - 455 fr.45), avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er mars 2007, sous déduction des charges sociales usuelles, du montant de 500 fr. que la recourante a reconnu devoir à l'intimée et du montant de 2'016 fr.45 dû à la Caisse Z._.
5. L'issue du litige commande de mettre les frais judiciaires et les dépens à la charge de l'intimée (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).
L'intervenante, qui n'est pas représentée par un avocat, n'est pas prise en considération dans la répartition des frais et dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que l'intimée est condamnée à verser:
- à la recourante la somme brute de 4'831 fr.65, avec intérêts moratoires au taux de 5% l'an dès le 1er mars 2007, sous déduction des charges sociales usuelles et de la somme de 2'516 fr.45;
- à l'intervenante la somme nette de 2'016 fr.45.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimée.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Caisse Z._ et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 7 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin