Sachverhalt:
A. Bei der eidgenössischen Schätzungskommission Kreis 10 (im Folgenden: ESchK 10) sind zahlreiche Entschädigungsforderungen zur Abgeltung übermässiger Einwirkungen aus dem Betrieb des Zürcher Flughafens hängig (Fluglärmfälle). In diesen Verfahren treten die Flughafen Zürich AG und der Kanton Zürich als Enteigner auf.
Mit Beschluss vom 11. März 2010 wies das Bundesverwaltungsgericht den damaligen Präsidenten der ESchK 10 Albert Staffelbach an, umgehend die zur beförderlichen Erledigung der Flughafenfälle benötigten Hilfskräfte einzustellen, so rasch als möglich geeignete Büroräumlichkeiten zu mieten sowie für die zeitgerechte Anschaffung der zweckmässigen Büroeinrichtung und die Einrichtung der Arbeitsplätze besorgt zu sein. Die rekrutierten Hilfskräfte und die zu errichtende Infrastruktur in den neuen Büroräumlichkeiten seien nur für die Bearbeitung der Flughafenfälle einzusetzen.
In Umsetzung dieses Beschlusses mietete der damalige Präsident der ESchK 10 per 1. Dezember 2010 neue Büroräumlichkeiten an der Minervastrasse 99, 8032 Zürich. Zugleich erwarb er Büromöbel und die für eine zweckmässige Geschäftsverwaltung erforderliche Hard- und Software. In personeller Hinsicht stockte er das Sekretariat zunächst um 130, ab dem 1. Juni 2010 um 140 Stellenprozent auf. Per 1. Februar 2011 stellte er ausserdem einen juristischen Mitarbeiter ein.
Lena Ruoss Fierz gab per 31. November 2010 ihre Anwaltskanzlei auf, um ab 1. Dezember 2010 als Aktuarin für die ESchK 10 zu arbeiten. Seit 1. Februar 2011 ist sie deren Präsidentin.
B. Die ESchK 10 verlangte mit Verfügung vom 27. Mai 2010 von der Flughafen Zürich AG einen Kostenvorschuss im Betrag von Fr. 150'000.--, der am 11. Juni 2010 bezahlt wurde.
Am 19. April 2011 traf die Präsidentin der ESchK 10 u.a. folgende Anordnung:
"2. Vom eingegangenen Kostenvorschuss von CHF 150'000.-- sind bis 31. März 2011 CHF 81'091.45 für Infrastrukturkosten eingesetzt worden. Der verbleibende Saldo von CHF 68'908.55 wird auf dem Konto vorgetragen. (...)"
C. Dagegen hat die Flughafen Zürich AG am 17. Mai 2011 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht eingereicht. Sie beantragte, die ihr auferlegten Infrastrukturkosten von Fr. 81'091.45 seien auf Fr. 38'731.90, evtl. auf Fr. 42'792.60 zu reduzieren.
Am 1. März 2012 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde im Sinne der Erwägungen gut und hob die Verfügung der ESchK 10 vom 19. April 2011 auf. Der Beschwerdeführerin wurden für den Zeitraum vom 1. Dezember 2010 bis zum 31. März 2011 für die Büromöbel Fr. 338.40 belastet. Im Übrigen wurde die Angelegenheit zur Ergänzung des entscheidrelevanten Sachverhalts und zur Neufestlegung der strittigen Auslagen im Sinne der Erwägungen an die ESchK 10 zurückgewiesen.
Am 15. März 2012 entschied das Bundesverwaltungsgericht über eine weitere Beschwerde der Flughafen Zürich AG gegen eine Kostenverfügung der ESchK 10.
D. Mit Eingabe vom 23. März 2012 wandte sich die Präsidentin der ESchK 10 an die Aufsichtsdelegation ESchK am Bundesverwaltungsgericht. Sie machte geltend, dass die Kosten, die gemäss den Urteilen vom 1. März 2012 und vom 15. März 2012 nicht der Flughafen Zürich AG verrechnet werden könnten, vom Bundesverwaltungsgericht oder von einer anderen Bundesbehörde getragen werden müssten. Diese Eingabe wurde vom Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, als Erläuterungsgesuch anhand genommen und mit Urteil vom 5. Juni 2012 abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden könne.
E. Gegen das Urteil vom 1. März 2012 hat die Flughafen Zürich AG am 30. April 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei insoweit aufzuheben, als ihr darin Grundinfrastrukturkosten auferlegt werden, d.h. Kosten für Büromiete, Informationstechnik (IT) und Büromöbel, die nicht ausschliesslich der Bearbeitung von Enteignungsfällen der Beschwerdeführerin dienen. Diese Kosten seien über Taggelder zu decken oder durch den Bund zu tragen.
F. Die Präsidentin der ESchK 10 kommt in ihrer Vernehmlassung zum Ergebnis, dass die Kosten der Grundausstattung von den Enteignern oder vom Bund zu tragen, nicht aber über die Taggelder zu finanzieren seien. Sie teilt mit, dass die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Zürich ihre Tätigkeit für die ESchK 10 am 22. Mai 2012 als unselbstständige Erwerbstätigkeit eingestuft habe.
Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik vom 9. Juli 2012 an ihren Anträgen fest.
G. Am 8. Mai 2012 erhob die Präsidentin der ESchK 10 Aufsichtsbeschwerde beim Bundesgericht, mit dem Ersuchen, geeignete Massnahmen einzuleiten, um die Funktionsfähigkeit der Kommission wieder herzustellen (Verfahren 12T_3/2012). Die Verwaltungskommission des Bundesgerichts entschied am 24. August 2012, der Aufsichtsanzeige keine Folge zu geben.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) können Endentscheide des Bundesverwaltungsgerichts angefochten werden (Art. 90 i.V.m. <ref-law>). Zwischenentscheide (die nicht Zuständigkeits- oder Ausstandsfragen i.S.v. <ref-law> betreffen) können dagegen nur ausnahmsweise unmittelbar angefochten werden (<ref-law>), wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
1.1 Die Vorinstanz ging davon aus, dass es sich bei der Kostenverfügung vom 19. April 2011 um eine Zwischenverfügung handle, auf die jederzeit wieder zurückgekommen werden könne. Sie bejahte jedoch einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil der Beschwerdeführerin, weil die ESchK 10 zu viel erhobene Kostenvorschüsse zwar zurückzahlen, nicht aber verzinsen müsse, und die Beschwerdeführerin einen Anspruch darauf habe, frühzeitig Gewissheit über die ungefähre Höhe der zu erwartenden Verfahrenskosten zu erhalten.
1.2 Die Beschwerdeführerin wie auch die ESchK 10 gehen dagegen davon aus, dass die angefochtene Kostenverfügung endgültig sei und einen Endentscheid darstelle. Praxisgemäss verweise die Schätzungskommission in ihren jeweiligen Endentscheiden bezüglich Kosten auf die separat erlassenen Kostenverfügungen und rechne die Verfahrenskosten in den Einzelfällen nicht mehr ab. Zwar habe das Bundesverwaltungsgericht nicht reformatorisch entschieden, sondern die Sache zu neuem Entscheid zurückgewiesen. Es habe jedoch die Grundsätze der Kostenverlegung klar vorgegeben; zu ermitteln bleibe einzig der Erwerbsstatus des ehemaligen Präsidenten und der aktuellen Präsidentin. Der ESchK 10 verbleibe somit keinerlei Entscheidungsspielraum mehr, weshalb der angefochtene Entscheid als Endentscheid zu qualifizieren sei.
1.3 Die Frage, ob der angefochtene Entscheid als End- oder als Zwischenentscheid zu qualifizieren ist, kann offenbleiben, weil ein nicht wieder gutzumachender Nachteil i.S.v. <ref-law> zu bejahen ist. Alle Beteiligten, insbesondere auch die Mitglieder der ESchK 10, haben ein berechtigtes tatsächliches Interesse, umgehend Klarheit darüber zu gewinnen, wer die Kosten der Grundinfrastruktur trägt, die für das Funktionieren der Schätzungskommission unerlässlich sind. Dauert die jetzige Rechtsunsicherheit an, wird die Funktionsfähigkeit der ESchK 10 ernsthaft in Frage gestellt und droht eine mit <ref-law> unvereinbare Rechtsverzögerung oder -verweigerung bei der Behandlung der hängigen Entschädigungsverfahren für den Fluglärm des Flughafens Zürich (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 170 ff.).
1.4 Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde einzutreten.
1.5 Das Bundesgericht ist an die Begehren der Parteien gebunden (<ref-law>) und kann den angefochtenen Entscheid deshalb nicht zu Ungunsten der Beschwerdeführerin abändern.
2. Vor Bundesverwaltungsgericht waren nur die Miet- und IT-Kosten sowie die Auslagen für den Kauf von Büromöbeln seit dem Umzug der ESchK an die Minervastrasse streitig. Nicht angefochten wurde die erstinstanzliche Verfügung in Bezug auf die übrigen Kosten (Porti, Büromaterial, Telefonkosten, Lohn eines juristischen Mitarbeiters).
2.1 Das Bundesverwaltungsgericht ging davon aus, dass die ESchK 10 eigens zur Bewältigung der Fluglärmfälle rund um den Zürcher Flughafen eine zweckmässige Arbeitsorganisation eingerichtet habe. Die dem vormaligen Präsidenten der ESchK 10 bzw. der jetzigen Präsidentin hierfür erwachsenen Zusatzkosten seien nach Art. 9a i.V.m. Art. 18 Abs. 1 der Verordnung vom 10. Juli 1968 über Gebühren und Entschädigungen im Enteignungsverfahren (SR 711.3; im Folgenden: Kostenverordnung) der Beschwerdeführerin zu verrechnen.
Auf dieser Grundlage könnten der Beschwerdeführerin die strittigen Mietkosten vollständig auferlegt werden, sofern der vormalige Präsident der ESchK 10 sowie deren derzeitige Präsidentin in der strittigen Zeitspanne als im Haupterwerb unselbstständig erwerbend einzustufen seien. Andernfalls könne der Beschwerdeführerin nur jener Anteil der Mietkosten überbunden werden, den diese Personen nicht ohnehin für ihre Anwaltsbüros oder die Beteiligung an einer Anwaltsgemeinschaft aufgewendet hätten. Ob das eine oder andere zutreffe, könne aufgrund der Akten nicht entschieden werden, weshalb die ESchK 10 der Beschwerdeführerin in der angefochtenen Verfügung zu Unrecht die gesamten Mietkosten von Fr. 28'326.00 belastet habe.
Auch die Verrechnung der IT-Kosten hänge vom Erwerbsstatus des vormaligen Präsidenten der ESchK 10 und deren aktuellen Präsidentin ab. Allerdings komme diesbezüglich lediglich eine Kostenüberbindung pro rata, in Höhe des Wertverlusts in der fraglichen Zeitspanne, in Betracht. Hierfür seien die maximal zulässigen Abschreibungssätze zugrunde zu legen. Diese betrügen für die IT-Kosten maximal Fr. 1'342.70.
Gleiches gelte für die Kosten der Anschaffung von Büromöbeln: Hier belaufe sich der von der Beschwerdeführerin zu tragende Kostenanteil für den streitigen Zeitraum (1. Dezember 2010 bis 31. März 2011) auf Fr. 338.40.
3. Die Beschwerdeführerin macht dagegen geltend, die Grundausstattung der Schätzungskommissionen (Büroräume, EDV-Material und Büromöbel) sei vom Bund unabhängig von konkreten Enteignungsfällen sicherzustellen. Die hierfür anfallenden Kosten könnten daher nicht als Auslagen den Enteignern auferlegt werden, sondern müssten über die von den Enteignern gezahlten Taggelder oder die vom Staat erhobenen Gebühren (Art. 5 Kostenverordnung) finanziert werden. Dementsprechend habe das Bundesgericht (als damalige Aufsichtsbehörde) die frühere Datenbank der ESchK 10 bezahlt.
Das Taggeld gemäss Art. 6 ff. Kostenverordnung vergüte nicht nur die Arbeitsleistung, sondern i.d.R. auch die Entschädigung für die Benützung der eigenen Büroinfrastruktur (<ref-ruling> E. 4 S. 351 f. und E. 7 S. 355). Die Anschaffung spezieller Infrastruktur sei nach Art. 9a lit. c Kostenverordnung nur dann separat zu vergüten, wenn dies zu einer entsprechenden Reduktion der Taggelder führe.
Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass Art. 9a lit. b Kostenverordnung eine gesetzliche Grundlage für die Verrechnung von Miet-, IT- und Büromöbelanschaffungskosten zulasten der Enteigner darstelle. Gemäss dieser Vorschrift könnten Auslagen nur insoweit verrechnet werden, als Einrichtungen oder Leistungen Dritter beansprucht werden. Sie sei damit von vornherein nicht auf Kaufverträge anwendbar. Zudem sei sie wegen der fehlenden Kostenobergrenze in einem formellen Gesetz auch nicht auf die Miete von Büroräumlichkeiten anwendbar, sondern nur auf die einmalige Zumietung eines Verhandlungslokals oder den Zugriff auf elektronische Grundbuchsysteme. Alles andere würde dem Kostendeckungsprinzip widersprechen.
Es verletze überdies das Äquivalenzprinzip, wenn die Beschwerdeführerin alle Miet-, IT- und Büromöbelkosten zu tragen habe, obwohl die Infrastruktur auch für andere, sie nicht betreffende Enteignungsverfahren verwendet werde.
Unhaltbar sei schliesslich die Differenzierung nach dem Erwerbsstatus des Schätzungskommissionspräsidenten bzw. der -präsidentin: Auch unselbstständig Erwerbenden sei es zuzumuten, die an ihrem Arbeitsplatz oder zu Hause vorhandene Infrastruktur für ihre Tätigkeit bei der ESchK 10 mitzubenützen.
Die Beschwerdeführerin ist zusammenfassend bereit, die Mehrkosten zu zahlen, die der ESchK 10 durch die zahlreichen Flughafenfälle entstehen, z.B. den Lohn für einen juristischen Mitarbeiter oder für einen zusätzlichen Archivraum zur Lagerung der umfangreichen Akten. Dagegen gehe es nicht an, ihr Kosten zu verrechnen, die ohnehin anfallen würden, und damit nicht in unmittelbarem Zusammenhang mit den sie betreffenden Enteignungsverfahren stünden. Diese Kosten seien gemäss Art. 5 i.V.m. Art. 10 Abs. 1 Kostenverordnung vom Bund zu tragen, soweit sie durch die Taggelder nicht gedeckt seien.
4. Die ESchK 10 teilt die Auffassung der Beschwerdeführerin, dass der Bund für die Kosten der Grundausstattung aufkommen müsse, wenn für die Kommissionstätigkeit nicht auf eine bereits vorhandene Grundinfrastruktur zurückgegriffen werden könne.
Die eidgenössischen Schätzungskommissionen seien im Milizsystem organisiert worden: Die Mitglieder (Präsident, zwei Vizepräsidenten, Aktuare, zehn Fachmitglieder) arbeiteten nebenamtlich für die Kommission, i.d.R. als selbstständig erwerbende Rechtsanwälte. Sie nutzten hierfür die bestehende Infrastruktur ihres Anwaltsbüros und bezögen dafür Taggelder (Art. 6 ff. i.V.m. Art. 18 Abs. 1 Kostenverordnung). Sofern ihnen (ausnahmsweise) Zusatzkosten entstehen, könnten sie diese den Enteignern als Auslagen berechnen (Art. 6 Abs. 2bis, 9 und 9a i.V.m. Art. 18 Abs. 1 Kostenverordnung).
Diese Kostenregelung sei jedoch auf die spezielle Situation der ESchK 10 nicht zugeschnitten. Schon deren früherer Präsident habe die Auffassung vertreten, dass die Kostenverordnung keine genügende gesetzliche Grundlage für den Ausbau der Kommission darstelle. Das Bundesverwaltungsgericht als Aufsichtsbehörde habe diese Bedenken nicht geteilt und ihn angewiesen, zur beförderlichen Erledigung der Fluglärmfälle die benötigten Hilfskräfte einzustellen sowie Büroräumlichkeiten zu mieten und einzurichten. Dabei sei ihm zugesichert worden, dass diese Massnahmen für ihn keine finanziellen Risiken zur Folge hätten, sondern die Kosten entweder von der Enteignerin oder vom Bund getragen würden (Beschluss vom 11. März 2010 E. 5 S. 13 ff).
Die getroffenen Ausbaumassnahmen seien weder von der Vorinstanz noch von der Beschwerdeführerin beanstandet worden. Der Wahlbehörde sei auch bekannt gewesen, dass die jetzige Präsidentin keine Anwaltskanzlei mehr führe, sondern ausschliesslich für die ESchK 10 tätig sei. Unter diesen Umständen müssten alle Kosten, die der Beschwerdeführerin nicht auferlegt werden könnten, vom Bund bzw. vom Bundesverwaltungsgericht übernommen werden. Es sei unannehmbar, wenn die Präsidentin der ESchK 10 persönlich für Arbeitsplatzkosten aufkommen müsse, weil der Beschwerdeführerin lediglich die Abschreibungskosten pro rata weiterverrechnet werden dürften. Weiter hafte sie als Arbeitgeberin persönlich für jene Lohnanteile der angestellten administrativen Hilfskraft, die keiner kostenpflichtigen Partei in Rechnung gestellt werden könnten. Noch stossender sei dieses Ergebnis, wenn berücksichtigt werde, dass ihr nach Auffassung des Bundesverwaltungsgerichts als unselbstständig Erwerbenden nur ein Taggeld von maximal Fr. 500.-- bzw. eine Stundenpauschale von Fr. 58.80 zustehe (Art. 6 Abs. 1 Kostenverordnung).
Schliesslich bestehe im Bereich der beruflichen Vorsorge eine schwerwiegende Versicherungslücke, da die Mitglieder der ESchK 10 nach wie vor nicht bei der PUBLICA versichert seien, weil sie keinen Arbeitgeber haben. Auch dies sei ein Indiz dafür, dass die geltenden gesetzlichen Grundlagen auf die Situation der ESchK 10 nicht zugeschnitten seien und die Anwendung derselben zu einem unhaltbaren Ergebnis führe. Die Kostenverordnung müsse so schnell als möglich revidiert werden.
5. Die eidgenössischen Schätzungskommissionen sind erstinstanzliche eidgenössische Fachgerichte in Enteignungssachen gemäss dem Bundesgesetz vom 20. Juni 1930 über die Enteignung (EntG; SR 711). Sie sind für die Durchführung der Einigungs- und für die Schätzungsverfahren zuständig (Art. 45 ff. und Art. 57 ff. EntG). Die Präsidenten, ihre Stellvertreter und die Mitglieder der Schätzungskommissionen werden auf die gleiche sechsjährige Amtsdauer wie die Mitglieder des Bundesverwaltungsgerichts gewählt und sind der Bundesgesetzgebung über die zivil- und die strafrechtliche Verantwortlichkeit der eidgenössischen Behörden und Beamten unterstellt (Art. 61 EntG). Die Geschäftsführung der Schätzungskommissionen und ihrer Präsidenten stand früher unter der Aufsicht des Bundesgerichts; seit dem 1. Januar 2007 ist das Bundesverwaltungsgericht an dessen Stelle getreten (Art. 63 Abs. 1 EntG).
Wie die ESchK 10 zutreffend dargelegt hat, beruht die Organisation der eidgenössischen Schätzungskommissionen und die geltende Kostenverordnung auf dem Milizsystem. Es ist unstreitig, dass dieses System nicht ausreicht, um Massenverfahren zu bewältigen, wie namentlich die Enteignungsverfahren rund um den Flughafen Zürich. Bis Ende 2008 wurden 19'000 Enteignungsbegehren wegen Fluglärm gegen den Kanton Zürich bzw. die Flughafen Zürich AG eingereicht. Die hierfür zuständige ESchK 10 musste daher mit einer eigenen Infrastruktur versehen werden (eigene Räume, IT- und Büroeinrichtung, Personal) und kann nicht mehr nebenamtlich geführt werden. Die heutige Präsidentin hat deshalb ihre Anwaltspraxis aufgegeben und ist ausschliesslich für die ESchK 10 tätig. Die Vizepräsidenten haben Arbeitspensen von durchschnittlich je 40 %.
Diese neue Organisationsstruktur kommt überwiegend der Beschwerdeführerin zugute; sie dient aber auch zur Bewältigung der übrigen Enteignungsfälle im Zuständigkeitsbereich der ESchK 10. Insofern ist eine klare Trennung zwischen der Grundausstattung (die über Taggelder abgedeckt wird) und Zusatzkosten für die Enteignungsfälle der Beschwerdeführerin (die über Auslagen gemäss Art. 9a Kostenverordnung gedeckt werden) nicht mehr möglich.
Mit der ESchK 10 ist davon auszugehen, dass die geltende Kostenverordnung auf diese Situation nicht zugeschnitten ist und dringend revidiert werden muss, zumal sie noch immer nicht an die am 1. Januar 2007 in Kraft getretene Totalrevision der Bundesrechtspflege angepasst worden ist. Dabei muss insbesondere eine angemessene Bezahlung und Versicherung der Personen gewährleistet werden, die hauptberuflich (oder mit erheblichen Teilpensen) für die eidgenössischen Schätzungskommissionen arbeiten. Die Baudirektion und die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Zürich haben bereits am 8. Juni 2012 beim Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) einen entsprechenden Vorstoss eingereicht.
Bis diese Anpassung erfolgt ist, muss das geltende Recht in einer Weise gehandhabt werden, die den Besonderheiten der ESchK 10 Rechnung trägt und deren ordnungsgemässes Funktionieren ermöglicht. Sie muss in die Lage versetzt werden, ihre Aufgaben nach dem Enteignungsgesetz seriös, unabhängig und korrekt wahrzunehmen und die hängigen Entschädigungsgesuche innert angemessener Frist zu beurteilen (<ref-law>); ansonsten droht eine Rechtsverweigerung und eine Verletzung der Eigentumsgarantie der Enteigneten im Kreis 10.
6. Gemäss Art. 114 Abs. 1 EntG trägt der Enteigner die aus der Geltendmachung des Enteignungsrechts entstehenden Kosten. Dementsprechend sieht die Kostenverordnung vor, dass dem Enteigner die mit seinen Verfahren zusammenhängenden Kosten in Form von Taggeldern, Auslagen und Gebühren auferlegt werden (Art. 18 Abs. 1 Kostenverordnung). Nur für die nicht mit einem Enteignungsfall zusammenhängenden Arbeiten und Auslagen (wie z.B. Rechenschaftsberichte, Konferenzen usw.) ist alljährlich der Kasse des Bundesgerichts bzw. (seit dem 1. Januar 2007) des Bundesverwaltungsgerichts Rechnung zu stellen (Art. 10 Kostenverordnung).
6.1 Die Kosten für die neuen Räumlichkeiten, IT-Einrichtungen und Büromöbel der ESchK 10 wurden durch die Entschädigungsbegehren gegen die Flughafen Zürich AG ausgelöst, was dafür spricht, sie der Beschwerdeführerin als in diesen Verfahren kostenpflichtigen Enteignerin aufzuerlegen.
Allerdings muss dem Umstand Rechnung getragen werden, dass die neue Infrastruktur auch für andere Enteignungsfälle genutzt wird. Hierfür muss ein Abzug vorgenommen werden, z.B. in Höhe des durchschnittlichen Anteils flughafenfremder Enteignungsfälle an der Arbeit der ESchK 10, oder in Höhe des üblicherweise (im Milizsystem) für die Schätzungskommission benötigten Anteils an den Infrastrukturkosten eines Anwaltsbüros. Mit dieser Massgabe wird sowohl dem Kostendeckungs- als auch dem Äquivalenzprinzip Genüge getan.
6.2 Die streitigen Anschaffungen (Büromöbel, EDV-Einrichtung) wurden alle auf Anordnung der Aufsichtsbehörde getätigt; ihre Notwendigkeit wird von der Beschwerdeführerin auch nicht substanziiert bestritten. Der allgemeine Hinweis auf die Möglichkeit der Heimarbeit genügt nicht, nachdem das Bundesverwaltungsgericht festgestellt hat, dass diese weder praktikabel noch zumutbar sei (E. 6.4.1 f. und E. 8.1 des angefochtenen Entscheids).
6.3 Eine Differenzierung nach dem Erwerbsstatus der Präsidenten, Vize-Präsidenten und Aktuare kann unterbleiben, wenn - wie im vorliegenden Fall - feststeht, dass die Infrastruktur ausschliesslich für die ESchK 10 genutzt wird. Dies ist spätestens seit Amtsantritt der jetzigen Präsidentin am 1. Februar 2011 der Fall. Ob der ehemalige Präsident der ESchK 10 in den zwei Monaten seiner Amtstätigkeit an der Minervastrasse (1. Dezember 2010 - 31. Januar 2011) noch selbstständig als Anwalt tätig war, kann offenbleiben, weil der Beschwerdeführerin keine Miet- und Infrastrukturkosten für dessen Büro verrechnet worden sind. Sein Erwerbsstatus könnte daher allenfalls für die Höhe des Taggelds relevant sein (vgl. Art. 6 Abs. 1 Satz 2 Kostenverordnung), das hier jedoch nicht Streitgegenstand ist.
7. Das Enteignungsgesetz und die bestehende Kostenregelung gehen davon aus, dass den Präsidenten und anderen Mitgliedern der Schätzungskommission durch ihre Tätigkeit für die Eidgenossenschaft keine Kosten und keine erheblichen finanziellen Risiken entstehen dürfen. Die mit einem Enteignungsfall zusammenhängenden Zusatzkosten können daher dem Enteigner als Auslagen auferlegt werden (Art. 6 Abs. 2bis, 9 und 9a i.V.m. Art. 18 Abs. 1 Kostenverordnung), soweit sie nicht über die Taggelder finanziert werden. Für die nicht mit einem Enteignungsfall zusammenhängenden Arbeiten und Auslagen ist der Kasse des Bundesgerichts bzw. (seit 1. Januar 2007) des Bundesverwaltungsgerichts Rechnung zu stellen (Art. 10 Kostenverordnung).
Im vorliegenden Fall ist zusätzlich zu berücksichtigen, dass dem ehemaligen Präsidenten der ESchK 10 von der Aufsichtsbehörde zugesichert wurde, dass die Kosten der Aufstockung der Schätzungskommission von den Enteignern oder vom Bund, nicht aber von ihm oder seiner Nachfolgerin getragen werden müssten (Beschluss vom 11. März 2010 E. 5, insbesondere E. 5.1.3). Im Vertrauen auf diese Zusicherung haben er und seine Nachfolgerin Miet- und Arbeitsverträge sowie Kaufverträge für Büromöbel und EDV-Einrichtung abgeschlossen. Es würde dem Grundsatz von Treu und Glauben und dem Vertrauensschutz (<ref-law>) widersprechen, wenn die dadurch entstandenen Kosten ganz oder teilweise vom ehemaligen Präsidenten oder der aktuellen Präsidentin der ESchK 10 getragen werden müssten.
Dies hat zur Folge, dass der Bund alle Kosten übernehmen muss, die den Enteignern (und namentlich der Beschwerdeführerin) nicht auferlegt werden können. Der Bund muss auch die Beträge vorfinanzieren, die den Enteignern erst später auferlegt werden können, wie die Anschaffungskosten für IT und Büromöbel, die der Beschwerdeführerin gemäss angefochtenem Entscheid nur pro rata in Höhe der Abschreibungskosten verrechnet werden dürfen.
Gemäss Art. 10 Abs. 1 Kostenverordnung i.V.m. Art. 63 Abs. 1 EntG ist hierfür in regelmässigen Abständen der Kasse des Bundesverwaltungsgerichts Rechnung zu stellen. Sofern diese die Zahlung (ganz oder teilweise) verweigert, kann die Präsidentin der ESchK 10 persönlich (bzw. ein anderes, mit Kosten belastetes Mitglied) eine anfechtbare Verfügung des Bundesverwaltungsgerichts verlangen. Ob dieses seinerseits die Möglichkeit hat, Rückgriff auf eine andere Bundesstelle zu nehmen, oder ob hierfür das Budget des Bundesverwaltungsgerichts aufgestockt werden muss, ist im vorliegenden Verfahren nicht zu prüfen.
8. Zusammenfassend ist die Beschwerde insoweit gutzuheissen, als die Kosten der Grundausstattung der ESchK 10, die auch von anderen Enteignern als der Beschwerdeführerin genutzt wird, dieser nicht vollständig auferlegt werden dürfen, sondern teilweise vom Bund zu tragen sind. Die Höhe des gebotenen Abzugs wird vom Bundesverwaltungsgericht festzulegen sein. Die verbleibenden Kosten, die der Beschwerdeführerin nicht oder noch nicht verrechnet werden können, sind vom Bund, d.h. vom Bundesverwaltungsgericht, zu tragen.
Die Sache ist daher ans Bundesverwaltungsgericht zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen zurückzuweisen. Es wird (als Aufsichtsbehörde und Kasse der ESchK 10) zugleich die gebotenen Massnahmen zur Entschädigung des ehemaligen Präsidenten und der aktuellen Präsidentin der ESchK 10 treffen müssen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens obsiegt die Beschwerdeführerin teilweise. Es rechtfertigt sich daher, ihr einen Teil der Kosten aufzuerlegen und ihr eine gekürzte Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 66 und 68 BGG). Der ESchK 10 sind keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts, Abteilung I, vom 1. März 2012 aufgehoben. Die Sache wird zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Der Bund (Kasse des Bundesverwaltungsgerichts) hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Eidgenössischen Schätzungskommission Kreis 10, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation , Generalsekretariat, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. September 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber