A.- Der 1948 geborene M._ arbeitete seit Mai 1982 bei der Firma F._ AG als angelernter Gipser und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen Unfälle versichert. Am 18. November 1992 zog sich der Versicherte während der Arbeit bei einem Sturz von einer Leiter und anschliessendem Kopfaufprall an einer Treppenkante gemäss ärztlicher Diagnose eine Commotio cerebri, eine Schädelkalottenfraktur occipital rechts sowie eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) zu; des weitern wurde der Befund eines cervico-vertebralen und cervico-cephalen Syndroms bei Status nach HWS-Distorsion erhoben.
In Anerkennung ihrer Leistungspflicht kam die SUVA für die Heilbehandlung auf und richtete Taggelder aus. Ab April 1993 konnte M._ seine bisherige Tätigkeit wieder zu 25 % aufnehmen mit Steigerung der Arbeitsfähigkeit in den kommenden Monaten; ab Januar 1994 bestritt er wieder ein volles Arbeitspensum, was ihm indessen nur durch Schonung seitens des Arbeitgebers gelang.
Am 13. Februar 1995 liess M._ der SUVA einen Rückfall melden, nachdem er während der Arbeit über Kopfhöhe einen Schwindelanfall erlitten hatte. In der Folge betrug seine Arbeitsunfähigkeit zunächst 100 %, reduzierte sich anschliessend auf 50 % und während kurzer Perioden auf 0 %; ab 1. September 1995 wurde er von ärztlicher Seite auf unbestimmte Zeit wiederum als voll arbeitsunfähig in seinem angestammten Beruf eingestuft. Gestützt auf umfangreiche medizinische Abklärungen, namentlich die Ergebnisse der kreisärztlichen Untersuchung vom 3. September 1996 durch Dr. med. J._, Spezialarzt FMH für Chirurgie, stellte die SUVA ihre Leistungen schliesslich mit Verfügung vom 19. September 1996 per sofort ein mit der Begründung, eine unfallbedingte Behandlung sei nicht mehr notwendig und der Versicherte sei in seiner bisherigen Tätigkeit seit 5. September 1996 wieder voll arbeitsfähig; daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 21. Oktober 1997 fest.
Am 28. November 1996 meldete die Gewerkschaft Bau & Industrie (GBI) der Schweizerischen Krankenkasse für das Bau- und Holzgewerbe (SKBH), Zürich, bei welcher M._ kollektiv für ein Krankentaggeld von 80 % des versicherten Lohnes ab dem 1. Tag versichert war, dessen Anspruch auf Krankentaggeld an. Die SKBH anerkannte ihre (Vor-)Leistungspflicht während des hängigen SUVA-Einspracheverfahrens, reduzierte jedoch ihre Taggelder mit Verfügung vom 19. Februar 1997 auf 50 % ab dem 1. Juni 1997, nachdem der Versicherte im Untersuchungsbericht des Dr. med.
B._ vom 7. Februar 1997 als mindestens 50 % arbeitsfähig für körperlich leichte Tätigkeiten eingeschätzt worden war; soweit der Versicherte aufgrund seiner schwierigen Vermittelbarkeit keine leidensangepasste 50 %-Erwerbstätigkeit aufnehmen könne, habe hiefür die Arbeitslosenversicherung aufzukommen. Diese Verfügung bestätigte die SKBH mit Einspracheentscheid vom 21. Mai 1997, worauf M._ ab Oktober 1997 ein Arbeitslosentaggeld von 50 % bezog.
B.- In der hiegegen erhobenen Beschwerde liess M._ beantragen, in Aufhebung des Einspracheentscheids vom 21. Mai 1997 sei die SKBH zur Ausrichtung von Taggeldern auf der Grundlage einer vollen Arbeitsunfähigkeit zu verpflichten. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies die Beschwerde mit Entscheid vom 19. April 2000 ab (Entscheid 1); gleichentags hiess es die von M._ und der SKBH erhobene Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der SUVA vom 21. Oktober 1997 teilweise gut und verpflichtete den Unfallversicherer unter Rückweisung der Sache an die Verwaltung zur Ausrichtung der gesetzlichen Leistungen über den 4. September 1996 hinaus (Entscheid 2).
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen den Entscheid des kantonalen Gerichts betreffend die verfügte Herabsetzung des Krankentaggeldes (Entscheid 1) lässt M._ sein vorinstanzlich gestelltes Rechtsbegehren erneuern.
Während die SKBH auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, hat sich das Bundesamt für Sozialversicherung nicht vernehmen lassen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Vorinstanz hat die massgebenden gesetzlichen Bestimmungen über die Entstehung des Krankentaggeldanspruchs (<ref-law>) sowie die Leistungskoordination zwischen Krankenversicherung und Unfallversicherung, insbesondere die Vorleistungspflicht des Krankenversicherers (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) richtig wiedergegeben. Ebenfalls zutreffend dargelegt hat das kantonale Gericht die Rechtsprechung zum Begriff der Arbeitsunfähigkeit (<ref-ruling> Erw. 3c, 111 V 239 Erw. 1b), zur Bestimmung des Grades der Einschränkung in der Arbeitsfähigkeit (<ref-ruling> Erw. 3c, 111 V 239 Erw. 1b) sowie zur Zumutbarkeit eines Berufswechsels bei dauernder Arbeitsunfähigkeit im bisherigen Tätigkeitsgebiet aufgrund des Gebotes der Schadenminderung (RKUV 2000 Nr. KV 112 S. 122; <ref-ruling> Erw. 1d und 285 Erw. 3a). Darauf kann verwiesen werden. Zu präzisieren ist, dass die freiwillige Taggeldversicherung gemäss <ref-law> weitgehend mit dem bisherigen Recht übereinstimmt und insbesondere die Definition der Arbeitsunfähigkeit im KVG die gleiche ist wie unter dem KUVG, weshalb die bisherige Rechtsprechung zu den einzelnen Begriffselementen auch unter dem neuen Recht Gültigkeit hat (RKUV 1998 Nr. KV 45 S. 430).
b) Gemäss <ref-law> ist Arbeitslosen bei einer Arbeitsunfähigkeit von mehr als 50 % das volle Taggeld und bei einer Arbeitsunfähigkeit von mehr als 25 %, aber höchstens 50 % das halbe Taggeld auszurichten, sofern die Versicherer aufgrund ihrer Versicherungsbedingungen oder vertraglicher Vereinbarungen bei einem entsprechenden Grad der Arbeitsunfähigkeit grundsätzlich Leistungen erbringen.
2.- Mit heutigem Urteil U 339/00 in Sachen des Beschwerdeführers hat das Eidgenössische Versicherungsgericht die von der SUVA erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen den Entscheid der Vorinstanz vom 19. April 2000 betreffend die Leistungspflicht des Unfallversicherers ab 5. September 1996 (Entscheid 2) abgewiesen, womit die Sache gemäss Ziff. 2 des Dispositivs des vorinstanzlichen Entscheids zur Festsetzung der gesetzlichen Leistungen an die Verwaltung zurückgewiesen wird. Da mithin über Umfang und Höhe der von der SUVA auszurichtenden Versicherungsleistungen nicht entschieden wurde, bleibt die SKBH gemäss <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> vorläufig leistungspflichtig, dies bei voller Wahrung ihres Rückerstattungsanspruchs nach Festsetzung der konkreten Leistungspflicht der SUVA. Entgegen der Auffassung der SKBH erweist sich die Verwaltungsgerichtsbeschwerde daher nicht als gegenstandslos.
3.- Streitig und zu prüfen ist der Umfang des von der SKBH ab 1. Juni 1997 auszurichtenden Krankentaggeldes.
a) Vorliegend steht nicht in Frage, dass der Beschwerdeführer in seiner angestammten Tätigkeit als angelernter Gipser zu 100 % arbeitsunfähig ist. Entsprechend bestimmt sich der Umfang des Krankentaggeldanspruchs danach, ob und in welchem Ausmass er über eine Restarbeitsfähigkeit in einem andern Berufs- bzw. Erwerbszweig verfügt, deren Verwertung ihm - in Berücksichtigung des Arbeitsmarktes und unter Einräumung einer angemessenen Anpassungszeit - zumutbar ist; sodann ist die Differenz zwischen dem Einkommen, das ohne Krankheit im bisherigen Beruf verdient werden könnte, und dem Einkommen, das im neuen Beruf im Rahmen der verbleibenden Leistungsfähigkeit zumutbarerweise erzielt werden könnte, zu ermitteln. Nach diesem Restschaden bemisst sich der Umfang der Entschädigungspflicht des Krankenversicherers (vgl. <ref-ruling> Erw. 3c; RKUV 1998 Nr. KV 45 S. 430; 1994 Nr. K 935 S. 113).
b) Der Vorinstanz ist darin beizupflichten, dass die SKBH gestützt auf die Berichte ihres Vertrauensarztes Dr. med. B._, Facharzt FMH für Innere Medizin, vom 7. Februar und 5. Mai 1997 zu Recht von einer Restarbeitsfähigkeit von 50 % für körperlich leichte Tätigkeiten ausgegangen ist. Wie das kantonale Gericht zutreffend ausführte, wird diese Einschätzung namentlich durch den Schlussbericht der Beruflichen Abklärungs- und Ausbildungsstätte (BEFAS) vom 12. November 1999 bestätigt, welcher auf einer eingehenden Prüfung der Arbeitsfähigkeit während 20 Tagen beruht: Gemäss BEFAS-Bericht ist dem Beschwerdeführer in Berücksichtigung der medizinischen Situation bei erhöhtem Zeitaufwand, unter Gewährung eines etwas verlangsamten Arbeitstempos und/oder allfällig nötigen Entlastungspausen die Realisierung einer 50 %-Arbeitsfähigkeit zumutbar, soweit es sich um körperlich leicht belastende Tätigkeiten handelt, welche die Möglichkeit zu Wechselpositionen bieten und nicht in HWS/Kopf-Reklinationsstellung (Vermeidung von Arbeitseinsätzen über Augenhöhe) ausgeführt werden müssen.
Günstig seien Aufgaben, die nicht mit grösseren Gewichtsbelastungen verbunden sind, nicht mit starker Kälteexposition einhergehen und überwiegend ebenerdig verrichtet werden können. Bei entsprechendem Aufbautraining in leidensangepasster Tätigkeit sei aus medizinischer Sicht längerfristig gar eine Arbeitsfähigkeit zwischen 70 und 80 % erreichbar.
Die BEFAS geht allerdings davon aus, dass der Versicherte aufgrund der während der Abklärungsphase gezeigten Leistungsfähigkeit "nicht direkt in der freien Wirtschaft eingliederbar" ist; auch entsprechende Umschulungsmassnahmen würden die Chancen einer Wiedereingliederung kaum positiv beeinflussen; ein Aufbautraining sei aber jedenfalls nützlich, um die Arbeitsentwöhnung zu kompensieren und die handwerklichen Fähigkeiten im Hinblick auf einen Einsatz vorzugsweise im mechanisch/elektronischen Bereich oder allenfalls im Rüst-, Sortier- oder Verpackungsbereich (ohne grosse Gewichte) zu verbessern.
Der Einwand des Beschwerdeführers, aufgrund der zahlreichen einschränkenden Bedingungen, welche die BEFAS an eine 50 %-Arbeitsfähigkeit knüpft, müsse eine im Rahmen des Zumutbaren verwertbare Resterwerbsfähigkeit überhaupt verneint werden, vermag nicht zu überzeugen. Vielmehr wird aus den diesbezüglichen Ausführungen der BEFAS ersichtlich, dass die Einschätzung der realisierbaren Restarbeitsfähigkeit auf einer sorgfältigen und differenzierten Abklärung beruht, welche den tatsächlichen Leiden des Versicherten umfassend Rechnung trägt. Namentlich kann aus der Tatsache, dass die Invalidenversicherung berufliche Massnahmen vom 3. April bis 3. Oktober 2000 zugesprochen hat, nicht auf das Fehlen einer verwertbaren Leistungsfähigkeit geschlossen werden; gerade weil eine solche als gegeben erachtet wird, erscheint die Durchführung entsprechender Massnahmen überhaupt als sinnvoll und - im Sinne der Schadenminderungspflicht - als geboten. Dabei sind berufliche Massnahmen nicht erst dann geschuldet, wenn und soweit es um die Erhaltung bzw. Verbesserung einer Restarbeitsfähigkeit von mehr als 50 % geht, wie der Beschwerdeführer sinngemäss geltend macht. Die Gewährung beruflicher Massnahmen macht zudem deutlich, dass dem Versicherten im Hinblick auf eine Wiedereingliederung in den Arbeitsmarkt trotz seiner anerkanntermassen schwierigen Situation durchaus noch reale Chancen eingeräumt werden; diesbezüglich hat die Vorinstanz denn auch zutreffend ausgeführt, bei einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt sei anzunehmen, dass für den Beschwerdeführer eine den Vorschlägen der BEFAS entsprechende leidensangepasste Tätigkeit gefunden werden könne.
c) Ausgehend von einer zumutbarerweise verwertbaren Restarbeitsfähigkeit von 50 % bei körperlich leichter Tätigkeit ist des weitern gestützt auf einen Einkommensvergleich die gesundheitsbedingt erlittene Lohneinbusse des Beschwerdeführers zu ermitteln (Erw. 3a hievor). Dem Schreiben der Ausgleichskasse des Kantons Thurgau vom 2. März 1998 ist zu entnehmen, dass der Versicherte bei der Firma F._ AG 1996 ohne Gesundheitsschaden einen Grundlohn von Fr. 24.80 pro Stunde erzielt hätte, was von den Parteien nicht in Frage gestellt wird. Gemäss Angaben des Arbeitgebers (Unfallmeldung vom 13. Februar 1995) beträgt die betriebsübliche Arbeitszeit 43,75 Stunden pro Woche. Entsprechend beläuft sich das ohne Einschränkung der Leistungsfähigkeit erzielbare Einkommen auf rund Fr. 61'000.- jährlich (24. 80 x 43.75 x 52 = 56'420.-; 56'420.- + 4701.- (= 13. Monatslohn) = 61'122.-).
Der im Sinne der Schadenminderungspflicht zumutbarerweise erzielbare Lohn überstieg jedenfalls den Tabellenlohn gemäss den vom Bundesamt für Statistik herausgegebenen Lohnstrukturerhebungen (LSE) für das Jahr 1996 nicht:
Gemäss TA1 beträgt der im (gesamten) privaten Sektor bei einfacher und repetitiver Tätigkeit durchschnittlich erzielbare Monatslohn Fr. 4'294.- (einschliesslich 1/12 des
13. Monatslohnes), was bei einer durchschnittlichen Arbeitszeit von 41,9 Stunden/Woche einem Jahreseinkommen von Fr. 53'976.- entspricht (4'294.- x 41.9/40 x 12 = 53'976.-); bei einer 50 % Restarbeitsfähigkeit resultiert hieraus ein Einkommen von Fr. 26'988.-. Aus der Gegenüberstellung dieses Betrags und des im bisherigen Beruf ohne Gesundheitsbeeinträchtigung erreichbaren Jahreseinkommens von rund Fr. 61'000.- folgt, dass der Beschwerdeführer nach einem Berufswechsel eine Lohneinbusse von mehr als 50 % erleidet. Dies gilt selbst dann, wenn von den spezifischeren, leicht höher liegenden Tabellenlöhnen für einfache und repetitive Tätigkeiten im Bereich der Metallbe- und -verarbeitung (TA1, Kategorie 27/28) bzw. der Herstellung von elektronischen Geräten/Feinmechanik (TA1, Kategorie 30-32) ausgegangen wird; zu beachten ist im Übrigen, dass das Lohnniveau von Versicherten, welche aufgrund ihrer gesundheitlichen Beeinträchtigung nur noch einfachste Hilfsarbeitertätigkeiten ausüben können, in der Regel deutlich unter dem durchschnittlichen Einkommen von gesunden Hilfsarbeitern liegt (unveröffentlichte Erw. 2c des Urteils C. vom 7. August 1998 [K 126/97], RKUV 1998 Nr. KV 45 S. 430).
4.- Da der Grad der Arbeitsunfähigkeit nach dem Gesagten über 50 % liegt, hat der Beschwerdeführer gemäss <ref-law> Anspruch auf ein volles Krankentaggeld (vgl. Erw. 1b hievor). Im Hinblick auf die konkrete Bemessung des Taggeldes ist zu berücksichtigen, dass der Versicherte im massgebenden Zeitraum arbeitslos war und Arbeitslosentaggelder bezog. Zur Vermeidung einer Überentschädigung infolge der gleichzeitigen Auszahlung von Arbeitslosengeldern wird die SKBH das Taggeld gemäss <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> kürzen (vgl. SJ 2000 II Nr. 440 mit Hinweis).
5.- Im vorliegenden Verfahren geht es um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen, weshalb von der Auferlegung von Gerichtskosten abzusehen ist (Art. 134 OG). Dem Prozessausgang entsprechend ist dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 135 in Verbindung mit Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden
der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons
Thurgau vom 19. April 2000 und der Einspracheentscheid
vom 21. Mai 1997 aufgehoben, und es wird die Sache an
die Schweizerische Krankenkasse für das Bau- und Holzgewerbe
zurückgewiesen, damit sie über den Anspruch
des Beschwerdeführers auf Krankentaggeld ab 1. Juni
1997 neu verfüge.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die Schweizerische Krankenkasse für das Bau- und Holzgewerbe hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung
von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer)
zu bezahlen.
IV. Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses
zu befinden haben.
V. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht
des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für
Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 28. März 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: