Sachverhalt:
A. X._ fuhr am 24. Oktober 1999 in Schaffhausen mit seinem Personenwagen in stark alkoholisiertem Zustand von seinem Wohnort zu einem Nachtclub. Das Kantonsgericht Schaffhausen verurteilte ihn deshalb am 22. November 2001 wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand sowie wegen verschiedener weiterer Delikte zu acht Monaten Gefängnis unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs. Dieser Entscheid ist rechtskräftig.
Nach seinem Umzug in den Kanton Schwyz ordnete das dortige Verkehrsamt eine medizinische Begutachtung der Fahreignung von X._ an. Das Institut für Rechtsmedizin der Universität Zürich stellte am 19. August 2002 fest, dass dieser zwar alkohol- und drogengefährdet sei, die Fahreignung derzeit aber medizinisch und verkehrspsychologisch befürwortet werden könne.
Gestützt auf diese Sachverhalte verfügte das Verkehrsamt des Kantons Schwyz am 13. Januar 2003 gegenüber X._ einen Führerausweisentzug von drei Monaten. Als Nebenbestimmung ordnete es eine ärztlich kontrollierte Alkohol- und Drogenabstinenz, die Kontrolle und Behandlung des Herz-Kreislaufsystems sowie das Einreichen eines Verlaufsberichts nach drei Monaten an. Das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz hiess am 28. Mai 2003 die gegen diesen Entscheid ergriffene Beschwerde im Sinne der Erwägungen gut und setzte die Dauer des Führerausweisentzugs auf zwei Monate herab.
B. X._ erhebt gegen den zuletzt genannten Entscheid Verwaltungsgerichtsbeschwerde und beantragt dessen Aufhebung, soweit darin die vom Verkehrsamt verfügten Auflagen bestätigt werden. Eventuell sei die Angelegenheit an das Verwaltungsgericht zu neuem Entscheid zurückzuweisen.
Das Verwaltungsgericht und das Bundesamt für Strassen beantragen die Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Der Führerausweisentzug, den das Verkehrsamt am 13. Januar 2003 gegenüber dem Beschwerdeführer angeordnet hat, enthält die folgenden vier Auflagen:
- ärztlich kontrollierte Alkoholabstinenz gemäss Vorgehen im Merkblatt;
- ärztlich kontrollierte Drogenabstinenz gemäss Vorgehen im Merkblatt;
- Kontrolle und Behandlung des Herz-Kreislaufsystems gemäss Vorschrift des Hausarztes;
- Einreichen eines Verlaufsberichts nach drei Monaten, gerechnet ab Beginn der kontrollierten Alkoholtotalabstinenz und Drogenabstinenz.
Aus der Begründung der Entzugsverfügung geht hervor, dass die genannten Auflagen den Empfehlungen des verkehrsmedizinischen Gutachtens entsprechen. Weiter hält das Verkehrsamt fest, dass eine Aushändigung des Führerausweises nach Ablauf der dreimonatigen Entzugsdauer nur erfolge, wenn die Auflagen erfüllt seien. Zum Nachweis sei ein Zeugnis einzusenden. Der Entzugsverfügung ist schliesslich zu entnehmen, dass ein vorsorglicher Sicherungsentzug verfügt werden müsste, sollte das gewünschte Zeugnis nicht eingereicht werden oder ungünstig lauten.
Der Beschwerdeführer rügt, das Verwaltungsgericht habe die Aufnahme der erwähnten Auflagen in die Entzugsverfügung geschützt, obwohl eine solche Nebenbestimmung bei einem Warnungsentzug dem Bundesrecht widerspreche. Diese Art des Entzugs sei im Gegensatz zum Sicherungsentzug auflagenfeindlich, und er habe bei Ablauf der Entzugsdauer Anspruch auf Wiederaushändigung des Führerausweises, ohne die Einhaltung von Auflagen nachweisen zu müssen.
2. Das Bundesgericht hat sich in einem Entscheid aus dem Jahre 1989, auf den sich der Beschwerdeführer beruft, zu der aufgeworfenen Frage geäussert. Danach ist es bundesrechtswidrig, einen Warnungsentzug mit der Verpflichtung des fehlbaren Lenkers zu verbinden, ärztliche Bescheinigungen über das Einhalten einer Drogenabstinenz vorzulegen. Denn eine solche Auflage diene dem Interesse der Verkehrssicherheit und sei allenfalls im Rahmen eines Sicherungsentzugs anzuordnen. Die beiden Arten des Führerausweisentzugs hätten jedoch unterschiedliche Funktionen, und ihre Vollzugsmodalitäten könnten deshalb nicht miteinander kombiniert werden (<ref-ruling> E. 3).
Im Lichte dieser Grundsätze erscheinen die angefochtenen Auflagen in der Entzugsverfügung nicht zulässig. Das Verkehrsamt hat gestützt auf <ref-law> einen Warnungsentzug ausgesprochen, diesen aber mit Auflagen verbunden, wie sie für den Sicherungsentzug typisch sind. Das Verwaltungsgericht übersieht diese Problematik nicht. Es führt in seiner Vernehmlassung aber aus, die dargestellte Rechtsprechung des Bundesgerichts werde der Lebensrealität in keiner Weise gerecht und bedürfe im Blick auf den vorliegenden Fall dringend einer Präzisierung. Den gleichen Standpunkt nimmt das Bundesamt für Strassen in seiner Vernehmlassung ein. Angesichts dieser Kritik ist <ref-ruling> zu überprüfen.
3. 3.1 Die Gesetzgebung zum Strassenverkehr unterscheidet zwischen Warnungs- und Sicherungsentzügen (so ausdrücklich z.B. in den Art. 30 und 33 der Verordnung vom 27. Oktober 1976 über die Zulassung von Personen und Fahrzeugen zum Strassenverkehr [VZV; SR 741.51]). Der Warnungsentzug bezweckt, den Fahrzeuglenker, der schuldhaft Verkehrsregeln verletzt hat, zu mehr Sorgfalt und Verantwortung zu erziehen und ihn dadurch von weiteren Verkehrsdelikten abzuhalten (Art. 16 Abs. 2 und 3 SVG; <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1). Demgegenüber dient der Sicherungsentzug dazu, den Verkehr von Fahrzeuglenkern, die aus medizinischen oder charakterlichen Gründen, wegen Trunksucht oder anderer Süchte oder wegen einer anderen Unfähigkeit zum Führen eines Motorfahrzeugs nicht geeignet sind, freizuhalten (Art. 16 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>; <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1).
3.2 Entsprechend seiner Funktion wird beim Sicherungsentzug der Führerausweis auf unbestimmte Zeit entzogen. Die Wiedererteilung kommt erst in Frage, wenn der Eignungsmangel behoben ist (vgl. <ref-law>; <ref-law>). Zum Nachweis der Heilung wird bei Suchtkrankheiten in der Regel eine mindestens einjährige kontrollierte Abstinenz verlangt (<ref-ruling> E. 2.2). Bestehen nach Ablauf der mindestens einjährigen Probezeit noch Bedenken, kann die Wiedererteilung des Führerausweises an Auflagen wie beispielsweise die Einhaltung einer befristeten und ärztlich kontrollierten Abstinenz geknüpft werden (<ref-ruling> E. 2b). Die Auflage, während einer bestimmten Zeit ganz abstinent zu leben, steht in diesen Fällen in unmittelbarem Zusammenhang mit der Überwindung einer Suchtkrankheit, welche die Fahreignung des Betroffenen beeinträchtigt. Der damit verbundene empfindliche Eingriff in den Persönlichkeitsbereich erscheint im Interesse der Verkehrssicherheit gerechtfertigt.
Der Warnungsentzug kommt demgegenüber nur in Betracht, wenn die Fahreignung des fehlbaren Lenkers noch zu bejahen ist. Diese Entzugsart wird im Gegensatz zum Sicherungsentzug für eine bestimmte Dauer ausgesprochen, die so zu bemessen ist, dass die angestrebte erzieherische Wirkung beim Verkehrsdelinquenten eintritt. Nach Ablauf der Entzugsdauer ist der Ausweis dem Fahrzeuglenker ohne weiteres wieder auszuhändigen. Die Gesetzgebung macht die Wiedererteilung nach dem Verstreichen der fraglichen Zeitspanne von keinerlei Bedingungen abhängig. Eine Ausnahme gilt einzig im Fall der vorzeitigen Wiedererteilung des Ausweises, wie er bei länger dauernden Entzügen in Betracht kommt. Eine solche vorzeitige Wiedererteilung kann an die Beachtung von Auflagen geknüpft werden bzw. unter Auflagen erfolgen, welche die Besserung des Fehlbaren sicherstellen sollen (vgl. <ref-law>). So ist es möglich, bei Lenkern, gegenüber denen wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand im Rückfall ein längerer Warnungsentzug verfügt wird, für die vorzeitige Wiedererteilung des Ausweises die Bestätigung einer ärztlich kontrollierten Alkoholabstinenz zu verlangen (André Bussy/Baptiste Rusconi, Code suisse de la circulation, 3. Aufl., 1996, S. 223 f.; René Schaffhauser, Grundriss des schweizerischen Strassenverkehrsrechts, Bd. III, 1995, N. 2471 ff.). Die Möglichkeit, die Wiedererteilung des zu Warnzwecken entzogenen Führerausweises an Bedingungen und Auflagen zu knüpfen, sieht das künftige Recht nach der Teilrevision des SVG vom 14. Dezember 2001 (vgl. AS 2002 S. 2767 ff.) ebenfalls nur bei einer vorzeitigen Wiedererteilung des Führerausweises - d.h. vor Ablauf der ganzen Entzugsdauer oder allfälliger Sperrfristen - vor (vgl. Art. 17 Abs. 2 und 3 SVG revidierte Fassung, AS 2002 S. 2773).
3.3 Aus der dargestellten gesetzlichen Ordnung ergibt sich, dass die Strassenverkehrsbehörden unter Vorbehalt der vorzeitigen Wiedererteilung einen Warnungsentzug nicht mit Auflagen versehen können (vgl. auch Schaffhauser, a.a.O., N. 2470; zum revidierten Recht ders., Die neuen Administrativmassnahmen des Strassenverkehrsgesetzes, in: René Schaffhauser [Hrsg.], Jahrbuch zum Strassenverkehrsrecht 2003, St. Gallen 2003, S. 213 ff.). Bei Zweifeln an der Fahreignung haben sie die Umstände so weit zu ermitteln, bis sie in der Lage sind, darüber einen zuverlässigen Entscheid zu treffen. Um den Verkehr in dieser Zeit zu schützen, sieht <ref-law> vor, dass der Führerausweis bis zur Abklärung von Ausschlussgründen sofort vorsorglich entzogen werden kann. Ein Warnungsentzug darf nur verfügt werden, wenn feststeht, dass die Fahreignung grundsätzlich zu bejahen (<ref-ruling> E. 4c und d) und somit kein Sicherungsentzug auszusprechen ist. Es ist deshalb unzulässig, Unsicherheiten über die Fahreignung dadurch aufzufangen, dass ein Warnungsentzug verfügt, dieser aber mit Auflagen versehen wird. Die Fahreignung ist entweder zu bejahen oder zu verneinen. Eine dritte Variante hat der Gesetzgeber nicht vorgesehen. An der oben angeführten Rechtsprechung ist festzuhalten.
4. In der vorliegenden Angelegenheit hat das Verkehrsamt Schwyz zwar die Notwendigkeit erkannt, die Fahreignung des Beschwerdeführers näher abzuklären. Das eingeholte rechtsmedizinische Gutachten vom 19. August 2002 gelangte allerdings nicht zu einem völlig eindeutigen Schluss. So bejahte es zwar die Fahreignung aus medizinischer und verkehrspsychologischer Sicht im Grundsatz, doch stellte es zugleich auf Grund der Vorgeschichte und erhöhter Laborwerte im März 2002 eine Alkohol- und Drogengefährdung sowie Probleme im Herz-Kreislaufsystem fest. Das Institut für Rechtsmedizin empfahl daher, den Beschwerdeführer zu ärztlich kontrollierter Alkohol- und Drogentotalabstinenz sowie zur Kontrolle und Behandlung des Herz-Kreislaufsystems und zur Einreichung eines Verlaufsberichts nach drei Monaten anzuhalten, damit es zur Fahreignung auf Grund dieser zusätzlichen Erkenntnisse erneut Stellung nehmen könne.
Bei dieser Sachlage hätte das Verkehrsamt die Ermittlungen entsprechend dem rechtsmedizinischen Gutachten ergänzen und erst nach Vorliegen der neuen Ergebnisse und der ergänzenden Stellungnahme des Instituts für Rechtsmedizin über die Notwendigkeit eines Sicherungsentzugs entscheiden dürfen. Stattdessen hat es einen Warnungsentzug verfügt, die noch erforderlichen Abklärungen dem Beschwerdeführer als Auflage überbunden und die Wiedererteilung des Ausweises nach Ablauf der Entzugsdauer von einem günstigen Ergebnis des zusätzlichen ärztlichen Verlaufsberichts abhängig gemacht. Das Verkehrsamt hat mit diesem Vorgehen entgegen der gesetzlichen Regelung einen Warnungsentzug mit Elementen des Sicherungsentzugsverfahrens kombiniert und damit gegen Bundesrecht verstossen.
Bei korrektem Vorgehen der Administrativbehörden erweist sich die vom Verwaltungsgericht geäusserte Befürchtung, gegenüber suchtgefährdeten Fahrzeuglenkern könnten nicht die im Interesse der Verkehrssicherheit gebotenen Massnahmen getroffen werden, als unbegründet. Die bundesgerichtliche Praxis verlangt ja gerade, dass die Fahreignung mit der nötigen Sorgfalt abgeklärt wird, damit im Blick auf die Sicherheit im Strassenverkehr ein zuverlässiger Entscheid ergehen kann. Ist jedoch auf Grund der Ermittlungen die Fahreignung zu bejahen, besteht kein Raum mehr für Anordnungen im Interesse der Verkehrssicherheit. Als Sanktion für die begangenen Verstösse gegen das Strassenverkehrsgesetz kommt diesfalls einzig der Warnungsentzug in Frage. Im umgekehrten Fall ist ein Sicherungsentzug anzuordnen. Lässt sich der Mangel mit geeigneten Auflagen beheben, kann anstelle eines Entzugs der Führerausweis mit entsprechenden Nebenbestimmungen versehen werden (<ref-law>; Art. 26 Abs. 2-4 VZV; vgl. auch <ref-ruling> E. 3a).
5. Aus diesen Erwägungen ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gutzuheissen. Obwohl sich das Rechtsmittel nur gegen die Auflagen richtet, ist der angefochtene Entscheid vollumfänglich aufzuheben. Denn die Unzulässigkeit der Auflagen ergibt sich aus ihrer Verknüpfung mit dem ausgesprochenen Warnungsentzug. Eine unzulässige Schlechterstellung des Beschwerdeführers (vgl. Art. 114 Abs. 1 OG) resultiert daraus nicht. Der angefochtene Entscheid behielt neben dem Warnungsentzug ebenfalls die Möglichkeit vor, bei fehlendem oder negativem ärztlichen Bericht einen Sicherungsentzug anzuordnen.
Mangels genügender Abklärungen kann das Bundesgericht in der Sache nicht selber entscheiden. Diese ist daher an den Kanton zurückzuweisen, und zwar - da die Voraussetzungen von Art. 114 Abs. 1 OG erfüllt sind - direkt an das Verkehrsamt Schwyz zu neuem materiellem Entscheid im Sinne der Erwägungen. Über die Kosten und Entschädigungsregelung im kantonalen Beschwerdeverfahren hat das Verwaltungsgericht neu zu befinden.
Bei diesem Ausgang sind für das bundesgerichtliche Verfahren keine Kosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Der Kanton Schwyz hat hingegen den Beschwerdeführer für das Verfahren vor Bundesgericht angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).
Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen.
Die Entscheide des Verwaltungsgerichts des Kantons Schwyz vom 28. Mai 2003 und des Verkehrsamts Schwyz vom 13. Januar 2003 werden aufgehoben.
Die Sache wird zu neuem materiellem Entscheid im Sinne der Erwägungen an das Verkehrsamt Schwyz und zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Beschwerdeverfahren an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Schwyz hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer III, sowie dem Verkehrsamt des Kantons Schwyz, Abt. Massnahmen, und dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. November 2003
Im Namen des Kassationshofes
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: