Sachverhalt:
A. Das Bezirksstrafgericht der Saane verurteilte X._ am 10. März 2006 wegen versuchter Anstiftung zum Mord zu 24 Monaten Gefängnis. Es hielt für erwiesen, dass er zwischen 1989 und 1991 versucht hatte, A._ zu beauftragen, den Ehemann seiner Geliebten, B._, umbringen zu lassen. Die Hauptverhandlung des Bezirksstrafgerichts fand in Abwesenheit des wegen Verhandlungsunfähigkeit dispensierten Angeklagten statt. Dieser wurde durch seinen Verteidiger vertreten, welcher die definitive Einstellung des Verfahrens gegen seinen Mandanten beantragte.
X._ legte gegen seine Verurteilung Berufung ein und beantragte, das Verfahren gegen ihn einzustellen, ihn eventuell freizusprechen oder subeventuell eine bedingte Freiheitsstrafe von 12 Monaten auszufällen.
In teilweiser Gutheissung der Berufung bestätigte der Strafappellationshof des Kantonsgerichts Freiburg am 6. November 2007 das erstinstanzliche Urteil im Schuldpunkt und verurteilte ihn zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 24 Monaten. An der Hauptverhandlung vom gleichen Tag war der weiterhin verhandlungsunfähige X._ durch seinen Verteidiger vertreten.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, dieses Urteil des Strafappellationshofs aufzuheben und das Strafverfahren gegen ihn einzustellen. Subsidiär sei er freizusprechen. Ausserdem ersucht er um eine angemessene Parteientschädigung.
Der Strafappellationshof verzichtet auf Vernehmlassung. Die Substitutin der Generalstaatsanwältin beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer war sowohl von der erst- als auch der zweitinstanzlichen Gerichtsverhandlung wegen Verhandlungsunfähigkeit dispensiert. Er ist der Auffassung, diese sei ein (in seinem Fall andauerndes) Prozesshindernis, weshalb das Strafverfahren gegen ihn definitiv hätte eingestellt werden müssen. Art. 6 Ziff. 1 EMRK, <ref-law> und Art. 14 UNO-Pakt II garantierten dem Beschuldigten, persönlich an der Hauptverhandlung teilzunehmen. Daraus ergebe sich, dass ein Strafverfahren eingestellt werden müsse, wenn dieser unverschuldet dauernd verhandlungsunfähig sei.
1.1 Der Strafappellationshof geht davon aus (S. 6 ff. E. 2), dass der Beschwerdeführer auf Dauer verhandlungsunfähig bleibt. Ein solcher Fall werde von der Freiburger Strafprozessordnung nicht geregelt und in der Lehre kontrovers diskutiert. Es werde einerseits die Auffassung vertreten, dauernde Verhandlungsunfähigkeit im Haupt- und Berufungsverfahren stelle ein Prozesshindernis dar, was zu einem Abschluss des Verfahrens durch Prozessurteil führen müsse (Robert Hauser/ Erhard Schweri/Karl Hartmann, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. A. 2005, § 41 N. 15). Demgegenüber werde auch die Auffassung vertreten, das Verfahren sei wegen Verhandlungsunfähigkeit des Angeklagten nur einzustellen, wenn dessen Mitwirkung am Verfahren unerlässlich sei, z.B. seine Einvernahme zur Klärung des Sachverhalts (Jörg Rehberg, Prozessfähigkeit des Beschuldigten im Strafverfahren, in Festschrift Walder, Zürich 1994, S. 243 ff.; Hauser/Schweri/Hartmann, a.a.O. § 39 N. 31). Sei dies nicht der Fall, gelte die Verhandlungsfähigkeit nicht als Prozessvoraussetzung, sodass die Vertretung der angeschuldigten Person durch einen Rechtsanwalt genüge.
Gestützt auf die Auffassung von Rehberg, wonach die Verhandlungsunfähigkeit des Angeklagten nur zur Einstellung des Verfahrens führen muss, wenn seine Mitwirkung an der Hauptverhandlung zur Ermittlung des Sachverhalts unerlässlich ist, hat der Strafappellationshof erwogen, der rechtserhebliche Sachverhalt stehe auf Grund des umfassenden Geständnisses des Beschwerdeführers fest. Dieser habe das Vorgefallene zweimal gegenüber der Polizei und zweimal gegenüber dem Untersuchungsrichter geschildert, wobei er vor der Schlusseinvernahme, an welcher er das Geständnis bestätigt habe, Kontakt mit seinem Verteidiger gehabt habe. Er sei in diesem Zeitpunkt im Vollbesitz seiner geistigen Gesundheit gewesen, die ihn heute einschränkenden psychischen Probleme seien erst später aufgetreten. Die Aussagen seien zwar nicht in einem kontradiktorischen Verfahren, aber nach den Vorschriften der damaligen Strafprozessordnung erfolgt und damit verwertbar. Nach <ref-ruling> E. 3.2 überwiege zudem bei einer schweren Straftat das öffentliche Interesse an der Wahrheitsfindung das private Interesse des Angeklagten an einem Verwertungsverbot. Aufgrund des Geständnisses des Beschwerdeführers sei daher der Sachverhalt ausreichend abgeklärt gewesen, um das Verfahren gegen ihn durchzuführen, auch wenn er in der Folge nicht mehr in der Lage gewesen sei, daran mitzuwirken.
1.2 <ref-law>, Art. 6 EMRK und ausdrücklich Art. 14 Abs. 3 lit. d UNO-Pakt II (SR 0.103.2) garantieren dem Angeklagten das Recht, an der gegen ihn geführten Hauptverhandlung teilzunehmen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 59 mit Hinweisen). Macht er von seinem Teilnahmerecht keinen Gebrauch - etwa indem er der gehörigen Vorladung keine Folge leistet oder sich schuldhaft in einen Zustand versetzt, in dem er nicht verhandlungsfähig ist - sind Abwesenheitsverfahren zwar zulässig, wobei dem Verurteilten grundsätzlich das Recht zusteht, eine Neubeurteilung zu verlangen (dazu <ref-ruling> E. 3a). Für die Wahrung der verfassungs- und konventionsrechtlichen Garantien und damit für die Durchführung eines rechtsstaatlichen Verfahrens ist indessen entscheidend, dass der Angeklagte effektiv die Möglichkeit hatte, an der gerichtlichen Hauptverhandlung teilzunehmen. Ist er (unverschuldet) nicht verhandlungsfähig, ist ihm eine Teilnahme am Prozess nicht möglich; diesfalls liegt ein Prozesshindernis vor, welches die Durchführung des Verfahrens bis zu dessen Wegfall grundsätzlich ausschliesst (so auch Art. 112 Abs. 3 des Entwurfs für eine Schweizerische Strafprozessordnung, Botschaft dazu in BBl 2006 1169).
1.3 Ob Verhandlungsfähigkeit vorliegt oder nicht, ist keine Sachverhalts-, sondern eine vom Richter - in der Regel gestützt auf ein ärztliches Gutachten - zu beantwortende Rechtsfrage. An die Verhandlungsfähigkeit dürfen keine hohen Anforderungen gestellt werden. Es ist grundsätzlich zulässig, ein Strafverfahren durchzuführen, auch wenn der Angeklagte nach zivilprozessualen Massstäben nicht oder nicht voll prozessfähig ist (dazu <ref-ruling> E. 3). Es genügt, wenn er körperlich und geistig in der Lage ist, der Verhandlung zu folgen und - allenfalls durch seinen Verteidiger - seine Verfahrensrechte auszuüben und seine Verfahrenspflichten zu erfüllen. Diese Voraussetzungen können auch erfüllt sein, wenn der Angeklagte weder handlungs- noch urteilsfähig ist. Andernfalls wären viele Verfahren gegen psychisch schwer gestörte Angeklagte nicht durchführbar. Verhandlungsunfähigkeit ist nur anzunehmen, wenn der Angeklagte wegen seiner Defizite ausserstande ist, die Bedeutung der Hauptverhandlung und seiner Teilnahme daran auch nur im Ansatz zu begreifen und deren Verlauf zu folgen, geschweige denn seine Rechte unmittelbar oder mittelbar durch seinen Verteidiger zu wahren, sodass seine Anwesenheit einer blossen Zurschaustellung gleichkäme. Da das öffentliche Interesse an der Durchführung der Strafverfolgung naturgemäss mit zunehmender Schwere der Rechtsbrüche steigt, ist bei Kapitalverbrechen Verhandlungsunfähigkeit mit grosser Zurückhaltung und einzig anzunehmen, wenn diese nicht mit geeigneten organisatorischen und technischen Vorkehren - beispielsweise der Videoübertragung der Verhandlung in einen Nebenraum, von dem aus der Angeklagte ohne physische Präsenz im Gerichtssaal an der Verhandlung teilnehmen könnte - gebannt werden kann. Im Zweifelsfall ist der Angeklagte vorzuladen, sodass das erkennende Gericht gestützt auf eigene Wahrnehmung an der Hauptverhandlung über das weitere Vorgehen befinden kann. Entscheidend ist in jedem Fall, dass die Defizite des Angeklagten durch eine gehörige Verteidigung wettgemacht werden (<ref-ruling> E. 3.2.2; Entscheid 1P_304/1995 vom 8. August 1995, E. 2a).
2. 2.1 Laut angefochtenem Entscheid (S. 4 lit. G) wurde der Beschwerdeführer am 18. September 2007 auf sein Gesuch hin von der Pflicht zum persönlichen Erscheinen an der Berufungsverhandlung befreit. Das "Dispensationsgesuch" vom 28. August 2007 war indessen mit der ärztlich bescheinigten Prozesserstehungsunfähigkeit begründet, und der Instruktionsrichter hat diese mit seiner Verfügung vom 18. September 2007 grundsätzlich anerkannt und den Beschwerdeführer angewiesen, vor der Berufungsverhandlung eine aktuelle Bestätigung des behandelnden Arztes beizubringen, dass er nach wie vor verhandlungsunfähig sei. Entgegen dem missverständlichen Wortlaut wurde mit der Verfügung vom 18. September 2007 daher nicht ein prozesserstehungsfähiger Angeklagter auf eigenen Wunsch vom persönlichen Erscheinen dispensiert, sondern vielmehr die Prozessunfähigkeit des Beschwerdeführers anerkannt.
2.2 Die Auffassung des Strafappellationshofs, der Beschwerdeführer sei definitiv verhandlungsunfähig, beruht im Wesentlichen auf den Gutachten Dr. C._ vom 10. September 1999, vom 9. April 2002 und vom 22. Februar 2005. In seinem Schreiben vom 26. September 2007 hält der behandelnde Arzt Dr. D._ lediglich fest, dass sich in Bezug auf die Prozesserstehungsfähigkeit des Beschwerdeführers keine Veränderung ergeben habe.
2.2.1 Am 10. September 1999 diagnostizierte Dr. C._ beim Beschwerdeführer eine narzisstische Persönlichkeit (ICD-10: F60.8), eine posttraumatische Belastungsstörung (ICD-10: F43.1) und eine rezidivierende, gegenwärtig durch Anti-Depressiva remittierte depressive Störung (F33.4). Er sei deswegen bis zum Abschluss der psychotherapeutischen Behandlung in rund zwei Jahren verhandlungsunfähig.
Im Bericht vom 9. April 2002 hält Dr. C._ fest, die posttraumatische Belastungsstörung bestehe unverändert fort, weshalb der Beschwerdeführer auf absehbare Zeit nicht vor Gericht erscheinen könne. Ergänzend führt er am 24. Mai 2002 aus, bei einer Teilnahme an der Gerichtsverhandlung würde beim Beschwerdeführer die posttraumatische Belastungsstörung vorübergehend - einige Wochen vor und nach der Verhandlung - wiederaufleben. Es wäre ihm zudem mit grösster Wahrscheinlichkeit unmöglich, an einer Gerichtsverhandlung Fragen zu seiner Person und zum Sachverhalt zu beantworten.
In seiner Zusatzexpertise vom 22. Februar 2005 führt Dr. C._ aus, dass sich der schwankende, subdepressive Zustand des Beschwerdeführers mit einem permanenten Ausweichverhalten noch verstärkt habe. Einziger positiver Punkt sei eine neue Liebesbeziehung zu einer Sängerin aus Bern, bei welcher er nunmehr offiziell Wohnsitz genommen habe. Er fahre jeden Tag mit dem Auto nach Freiburg. Seine Tätigkeit als Architekt habe er auf Null reduziert, er beschäftige sich lediglich noch mit Vermögensverwaltung, wobei ihm ein freier Mitarbeiter den Kontakt mit den Freiburger Behörden abnehme. Das Architekturbüro beschäftige eine Sekretärin zu 50 %. Deren Aussage, es würden 5 Mitarbeiter beschäftigt, stünden im Gegensatz zu den Angaben des Beschwerdeführers und seien fraglich. Dieser weiche weiterhin systematisch allen Begegnungen mit dem Staat Freiburg aus. Den klinischen Zustand des Beschwerdeführers am 9. Februar 2005 beschreibt der Gutachter als subdepressiv-verängstigt. Bei Vorlage von Protokollen mit dem Freiburger Wappen raste er völlig aus. Im Ergebnis kommt der Gutachter zum Schluss, der Beschwerdeführer sei definitiv verhandlungsunfähig, wäre vor Gericht völlig funktionsunfähig und nicht in der Lage, Fragen zu beantworten.
2.2.2 Die Gutachten Dr. C._ vermögen nicht zu überzeugen. Der Umstand allein, dass Dr. E._, der den Beschwerdeführer am 28. November 1996, d.h. am letzten Tag seiner 4 Tage dauernden Untersuchungshaft, keinerlei Anzeichen von akuten psychischen Störungen feststellen konnte, spricht zwar noch nicht gegen die Diagnose Dr. C._s, da posttraumatische Belastungsstörungen im Sinne von ICD-10: F43.1 nach einer Latenzzeit von bis zu 6 Monaten auftreten können. Hingegen erweckt die Dauer der Erkrankung Zweifel, da posttraumatische Belastungsstörungen mehrheitlich abheilen und nur in wenigen Fällen einen chronischen, über viele Jahre dauernden Verlauf nehmen. Diesfalls gehen sie in eine andauernde Persönlichkeitsänderung nach Extrembelastung im Sinne von ICD-10: F62.0 über, wie sie etwa bei ehemaligen Geiseln, Folteropfern oder Insassen von Konzentrationslagern zu erwarten ist. Auch wenn durchaus nachvollziehbar ist, dass eine polizeiliche Verhaftung und Inhaftierung ein schockierendes Erlebnis sein kann, so ist jedenfalls für den medizinischen Laien nicht verständlich, dass die gegen den Beschwerdeführer verhängten, angesichts des ihm vorgeworfenen Kapitalverbrechens höchst schonenden Zwangsmassnahmen - im Wesentlichen vier Tage Untersuchungshaft - eine ebenso tiefgreifende Persönlichkeitsveränderung zur Folge haben sollten wie die ungleich schlimmeren Traumatisierungen in den obgenannten Fällen. Abgesehen davon, dass Dr. C._ die Diagnose ICD-10: F62.0 nicht stellt, geht er gestützt auf die Aussagen des Beschwerdeführers davon aus, dass dieser faktisch arbeitsunfähig ist, dass es ihm gerade noch gelingt, den Anschein zu erwecken, ein Architekturbüro zu führen, er indessen in Wahrheit weitgehend untätig sei. Die nicht zu diesem Befund passende Aussage von Frau F._, die das Sekretariat des Architekturbüros führt, es seien 5 Mitarbeiter beschäftigt, wischt Dr. C._ als unglaubhaft vom Tisch. Er fliegt zudem sein Privatflugzeug, wenn auch nach seinen Angaben nur in Begleitung eines Fluglehrers. Dies verträgt sich schlecht mit der Annahme Dr. C._, der Beschwerdeführer begebe sich einzig ins Büro, um auf Anrufe zu warten, die nicht kämen. Dessen klinischen Zustand vom 9. Februar 2005 beschreibt der Gutachter mit "subdepressiv-verängstigt", was jedenfalls nach laienhaftem Verständnis nur heissen kann, dass die depressiven Tendenzen und Ängste des Beschwerdeführers nicht so ausgeprägt sind, dass ihnen Krankheitswert zukommt, sie mithin im normalpsychologischen Bereich liegen. Im krassen Gegensatz zu dieser positiven medizinischen Beurteilung steht dann der weitere Befund, dass der Beschwerdeführer beim blossen Anblick eines Freiburger Wappens augenblicklich völlig ausraste - eine derartige Reaktion ist offensichtlich krankhaft und nicht "normal".
2.2.3 Insgesamt halten damit die Gutachten Dr. C._s der vom Richter vorzunehmenden Plausibilitätskontrolle in keiner Weise stand. Es ergibt sich aus ihnen nicht in einer auch für Laien nachvollziehbaren Weise, weshalb der Beschwerdeführer, der, jedenfalls von aussen betrachtet, ein unauffälliges Leben führt, mit einer Lebenspartnerin zusammenlebt, in Freiburg einer Arbeit nachgeht und ein anspruchsvolles Hobby pflegt, eine krankhafte Aversion gegen den Kanton Freiburg hat, die ihn beim blossen Anblick von dessen Insignien, Funktionären oder Magistraten augenblicklich lahmlegt. Der Strafappellationshof ist in Willkür verfallen, indem er auf dieses inkohärente Gutachten abstellte. Offensichtlich war er von diesem auch selber nicht überzeugt, jedenfalls bezeichnet er dessen Folgerung, der Beschwerdeführer sei dauerhaft verhandlungsunfähig, als für Aussenstehende "schwierig nachvollziehbar"(angefochtenes Urteil S. 9). Umso weniger hätte er bei der von ihm vorzunehmenden Beurteilung der Verhandlungsfähigkeit des Beschwerdeführers unbesehen darauf abstellen dürfen.
2.3 Damit ist der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache an den Strafappellationshof zurückzuweisen. Da sich aus den Gutachten Dr. C._s nicht schlüssig ergibt, dass der psychische Zustand des Beschwerdeführers dessen Teilnahme an einer Verhandlung vor einem Freiburger Gericht absolut ausschliesst, wird er dessen Verhandlungsfähigkeit neu zu prüfen haben. Es liegt an ihm zu entscheiden, ob er dazu den Beschwerdeführer vorladen und versuchen will, die Appellationsverhandlung in seiner Anwesenheit durchzuführen, um dann kraft eigener Anschauung über das weitere Vorgehen zu befinden, wenn sich die Befürchtungen Dr. C._s bewahrheiten sollten. Das grosse öffentliche Interesse an der Durchführung eines Strafverfahrens bei einem Kapitalverbrechen rechtfertigt jedenfalls, die vom Gutachter als mögliche Folgen angeführten gesundheitlichen Beeinträchtigungen des Beschwerdeführers - ein vorübergehendes, einige Wochen dauerndes Wiederaufleben der posttraumatischen Störung - in Kauf zu nehmen. Im Übrigen ist nicht auszuschliessen, dass sich die Ängste des Beschwerdeführers in der Zwischenzeit etwas gelegt haben, nachdem er nach dem bisherigen Verfahrensverlauf nicht mehr mit einer unbedingten Freiheitsstrafe rechnen muss. Will der Strafappellationshof hingegen zunächst ein neues Gutachten über den Gesundheitszustand des Beschwerdeführers einholen, so hat er dieses einem Experten zu übertragen, der bisher nicht mit dem Fall befasst war. Bezüglich Dr. C._ ist festzuhalten, dass seine Unbefangenheit offensichtlich nicht mehr gegeben ist.
3. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Hingegen hat der Kanton Freiburg dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Strafappellationshofs des Kantons Freiburg vom 6. November 2007 aufgehoben und die Sache an diesen zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Freiburg hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Freiburg, Strafappellationshof, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. September 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi