Sachverhalt:
A. Am 10. Februar 2005 erteilte die Einwohnergemeinde Roggwil X._ eine Baubewilligung für die Sanierung und Erweiterung seines Wohnhauses Unterer Bündtenackerweg 7 in der Wohnzone W2 (Parzelle Nr. 786).
B. Mit Eingabe vom 18. April 2006 stellte X._ ein Projektänderungsgesuch und beantragte die Erteilung einer Ausnahmebewilligung für die Umnutzung eines Teils des Kellers in eine Zweizimmerwohnung. Diese sollte durch eine Abgrabung entlang der Westfassade erschlossen und belichtet werden. An ihrer Sitzung vom 19. April 2006 kam die Baukommission Roggwil zum Ergebnis, die Wohnnutzung im Untergeschoss könne nicht bewilligt werden. Es ist nicht mehr feststellbar, ob dieser Beschluss dem Baugesuchsteller mitgeteilt wurde; jedenfalls wurde nie eine Ausnahmebewilligung erteilt. Dennoch liess X._ im Untergeschoss ein Badezimmer einbauen und Arbeitsräume einrichten.
C. Seit dem 28. März 2008 besteht an den Wohneinheiten der Liegenschaft Stockwerkeigentum. X._ ist gemäss Grundbuch Eigentümer der Einheiten Nrn. 786-1 (Zweieinhalbzimmerwohnung im Untergeschoss, Keller 4 + 5) und Nr. 786-4 (Loft/Dachwohnung im Dachgeschoss, Keller 3).
Am 28. April 2008 reichte X._ ein Baugesuch für die Umnutzung eines Teils des Untergeschosses zum Wohnen und Arbeiten ein und stellte ein entsprechendes Ausnahmegesuch. Seit Mai 2008 bewohnt er die Räumlichkeiten im Untergeschoss.
Nachdem der Regierungsstatthalter von Aarwangen (heute: Regierungsstatthalteramt Oberaargau) mit Amtsbericht vom 29. August 2008 zum Schluss gekommen war, die Ausnahmebewilligung könne nicht erteilt werden, verweigerte die Gemeinde Roggwil dem Vorhaben am 21. April 2009 die Bau- und Ausnahmebewilligung. Sie forderte X._ auf, die widerrechtlich vorgenommenen Bauarbeiten im Untergeschoss bis zum 31. Juli 2009 rückgängig zu machen und die betreffenden Räume einer reinen Kellernutzung zuzuführen.
D. Hiergegen erhob X._ am 18. Mai 2009 Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE). Diese forderte ihn auf, neue Pläne für eine allfällige reine Gewerbenutzung der Räumlichkeiten einzureichen. Mit Entscheid vom 4. Januar 2010 hiess die BVE die Beschwerde teilweise gut und änderte die Verfügung der Gemeinde wie folgt ab:
"2 a) Für die nachgesuchte Umnutzung von Räumen im Untergeschoss des Gebäudes Unterer Bündtenacker 7 in Wohnräume wird der Bauabschlag erteilt.
b) Die Abgrabung auf der Westseite des Gebäudes ist auf eine maximale Breite von 5 m zurückzubauen. Diese maximale Breite gilt für die gesamte Höhe der Abgrabung.
c) Die Kücheneinrichtung im Untergeschoss ist vollständig zu entfernen.
3 a) Für die Umnutzung des auf dem Plan "Grundriss Untergeschoss" vom 19. Oktober 2009 als "Gewerbe Raum 1" bezeichneten Raumes im Untergeschoss des Gebäudes Unterer Bündtenacker 7 in einen gewerblichen Arbeitsraum wird gemäss Art. 63 Abs. 2 BauV die Baubewilligung unter der Auflage erteilt, dass die Eingangstüre des Kellers aus einem lichtdurchlässigen Material wie Glas besteht.
b) Der gefangene Raum neben dem Badezimmer sowie der im Plan "Grundriss Untergeschoss" vom 19. Oktober 2009 als "Gewerbe Raum 2" bezeichnete Raum, in dem sich bisher die Küche befand, dürfen nicht als gewerbliche Arbeitsräume sondern nur als Kellerräume benutzt werden."
Im Übrigen bestätigte sie die Verfügung der Gemeinde und setzte die Wiederherstellungsfrist neu auf vier Monate ab Rechtskraft ihres Entscheids fest.
E. Gegen diesen Entscheid erhob X._ am 2. Februar 2010 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses hiess die Beschwerde am 13. September 2010 teilweise gut und hob Ziff. 2b des Entscheids der BVE (Zurückbau der Abgrabung) auf. Im Übrigen wies es die Beschwerde ab.
F. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zu neuem Entscheid an die Gemeinde (Baubewilligungsbehörde) zurückzuweisen. Eventualiter sei die nachgesuchte Ausnahmebewilligung in Abänderung der vorinstanzlichen Entscheide zur Nutzung der Räume im Untergeschoss des Gebäudes Unterer Bündtenackerweg 7 als Wohnräume inkl. Küche zu erteilen. Subeventualiter sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts betreffend die Wiederherstellung des auf dem Plan "Grundriss Untergeschoss" vom 19. Oktober 2009 als "Gewerbe Raum 2" sowie als "Gewerbe Raum 3" bezeichneten Raums im Untergeschoss des Gebäudes Unterer Bündtenackerweg 7 aufzuheben und die Baubewilligung für die Nutzung dieser Räume als Arbeitsräume gemäss Art. 63 Abs. 2 der Berner Bauverordnung vom 6. März 1985 (BauV) zu erteilen.
G. Das Verwaltungsgericht beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die BVE hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die Gemeinde Roggwil beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen und der Entscheid der BVE vom 4. Januar 2010 sei zu bestätigen.
H. Nach mehrfacher Fristverlängerung reichte der Beschwerdeführer am 30. April 2011 die Stellungnahme des von ihm beauftragten Architekten und dipl. Bauinspektors Roland Sommer ein. Dieser stellte folgende Anträge:
"1. Das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 13. September 2010 sei aufzuheben, soweit es die Beschwerde abgewiesen hat.
2. Der Entscheid der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern vom 4. Januar sei bezüglich Ziff. 2 a-c) sowie bezüglich Ziff. 3b) aufzuheben.
3. Die Wiederherstellungsverfügung sei aufzuheben.
4. Die nachgesuchte Bau- und Ausnahmebewilligung (Nutzungsbewilligung für Wohnraum im Untergeschoss) sei zu erteilen und die notwendigen Ausnahmen seinen, soweit notwendig, zu gewähren (Ausnahme nach BauV Art. 64, Fensterfläche und BauV Art. 66, Fussboden unter dem fertigen Terrain).
Alternativantrag: Rückweisung des Geschäfts an die Erstinstanz, die Einwohnergemeinde Roggwil, zur erneuten Beurteilung aufgrund überarbeiteter Pläne und Präzisierungen bezüglich eventuell noch notwendiger Ausnahmen (neue Baueingabe)."
I. Mit Verfügung vom 30. November 2010 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer öffentlichen Bausache. Dagegen steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht offen (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG). Der Beschwerdeführer ist als Stockwerkeigentümer und Baugesuchsteller zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten, allerdings nur, soweit rechtsgenügend begründete Rügen erhoben werden.
1.1 Die Verletzung von Grundrechten - einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht - wird vom Bundesgericht nicht von Amtes wegen geprüft, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein.
1.2 Das Bundesgericht ist an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht (Art. 105 und Art. 97 Abs. 1 BGG). Neue Tatsachen und Beweismittel können nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
1.3 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen (<ref-law>), wobei die Beschwerdeschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten hat (<ref-law>). Nach Ablauf der Beschwerdefrist können die Begehren nicht mehr ausgeweitet, sondern nur noch eingeschränkt werden. Soweit der Beschwerdeführer daher in seiner Replik vom 2. Mai 2011 neue Anträge stellen, die über die Anträge seiner Beschwerdeschrift hinausgehen, ist darauf nicht einzutreten.
1.4 Nicht einzutreten ist auch auf den Antrag der Gemeinde Roggwil, es sei der Entscheid der BVE vom 4. Januar 2010 zu bestätigen. Die Gemeinde hat den verwaltungsgerichtlichen Entscheid, mit dem Ziff. 2b des Entscheids der BVE aufgehoben wurde, nicht angefochten. Da dieser Punkt auch vom Beschwerdeführer nicht beanstandet wird, kann er vom Bundesgericht nicht mehr überprüft werden (<ref-law>).
2. Umstritten ist in erster Linie, ob der Beschwerdeführer drei Räume im Untergeschoss zu Wohnzwecken nutzen darf. Dies wurde ihm unter Berufung auf Art. 66 Abs. 2 BauV versagt. Diese Bestimmung lautet:
Art. 66 BauV
3.3 Schutz vor Feuchtigkeit
1 Wohn- und Arbeitsräume sind zu unterkellern oder genügend gegen Feuchtigkeit zu isolieren.
2 In ebenem Gelände dürfen die Fussböden der Wohnräume nicht unter dem fertigen Terrain liegen; vom Gebäude ansteigende Böschungen dürfen nicht mehr als 10 Prozent Steigung aufweisen.
3 Am Hang sind Wohnräume in Untergeschossen zulässig, sofern
a. mindestens eine Aussenwand vollständig freiliegt,
b. die im Erdreich stehenden Mauern gegen eindringende und aufsteigende Feuchtigkeit genügend isoliert sind.
Wohn- und Arbeitsräume werden in der BauV wie folgt definiert:
Art. 63 BauV
2. Begriffe
1 Als Wohnräume gelten alle dauernd zum Aufenthalt von Menschen bestimmten Zimmer, wie Wohn- und Esszimmer, Schlafzimmer, Kinderzimmer, Zimmer für häusliche Arbeiten.
2 Unter Arbeitsräumen sind alle Räume mit festen gewerblichen Arbeitsplätzen verstanden, wie Büros, Praxisräume, Verkaufslokale, Werkstätten, Fabrikationsräume.
Art. 26 Abs. 1 des Berner Baugesetzes vom 9. Juni 1985 (BauG) be-stimmt, dass Ausnahmen von einzelnen Bauvorschriften gewährt werden können, "wenn besondere Verhältnisse es rechtfertigen und keine öffentlichen Interessen beeinträchtigt werden".
2.1 Das Verwaltungsgericht bestätigte die Auffassung der BVE, dass eine Wohnnutzung im Untergeschoss des Gebäudes nicht nachträglich bewilligt werden könne, weil die vom Beschwerdeführer geltend gemachten Umstände keine "besonderen Verhältnisse" im Sinne dieser Bestimmung darstellten. Soweit sich der Beschwerdeführer auf seine angeblich ungünstigen finanziellen Verhältnisse berufe, sei festzuhalten, dass rein fiskalische Interessen bzw. wirtschaftliche Gründe praktisch in jedem Fall angeführt werden könnten und für die Annahme eines Ausnahmegrundes von vornherein nicht genügten.
2.2 Der Beschwerdeführer rügt, die Verweigerung der Ausnahmebewilligung sei willkürlich und verletze die Eigentumsgarantie.
Da die Versagung der Wohnnutzung im Untergeschoss keine schwerwiegende Eigentumsbeschränkung darstellt, prüft das Bundesgericht die Gesetzmässigkeit der Beschränkung praxisgemäss nur unter dem Blickwinkel des Willkürverbots (<ref-ruling> E. 14.2 S. 362 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer macht geltend, der Ausbau erfolge zur Eigennutzung und nicht als Spekulationsobjekt; überdies seien alle wohnhygienischen Anforderungen wie Isolation, Belichtung, Raumgrössen und Raumhöhen erfüllt. Er legt aber nicht (genügend) dar, dass es sich dabei um "besondere Gründe" i.S.v. <ref-law> handelt, welche die Versagung der Ausnahmebewilligung als geradezu willkürlich erscheinen lassen. Dies ist auch nicht ersichtlich: Art. 66 Abs. 3 BauV lässt sich (e contrario) entnehmen, dass die Isolierung der Wände und Böden gegen Feuchtigkeit für sich allein nicht ausreicht, um in ebenem Gelände Wohnraum im Untergeschoss zu bewilligen. Auch die Tatsache, dass der Ausbau zur Eigennutzung erfolgte, ist per se kein Grund, Ausnahmen von baupolizeilichen Bestimmungen zu gewähren.
3. Der Beschwerdeführer macht erstmals vor Bundesgericht geltend, Art. 66 Abs. 2 BauV verletze die Eigentumsgarantie und sei willkürlich, weil es keine ernsthaften sachlichen Gründe für ein Verbot von Wohnräumen unterhalb des fertigen Terrains gebe. Wie die Überschrift zeige, sei es dem Verordnungsgeber einzig um den Schutz vor Feuchtigkeit gegangen. Dieser Schutz könne jedoch heutzutage durch bauliche Massnahmen erreicht werden. Zudem widerspreche das Verbot dem öffentlichen Interesse an der haushälterischen Nutzung des Bodens. Der Beschwerdeführer weist auf Regelungen in anderen Kantonen hin, die kein entsprechendes Verbot kennen würden. Jedenfalls sei es unverhältnismässig, Wohnräume im Untergeschoss generell zu verbieten; vielmehr müsse einzelfallweise geprüft werden, ob sich die Räume zum Wohnen eignen.
3.1 Diese Rüge ist neu: In seinen Beschwerden an die BVE und an das Verwaltungsgericht hatte der Beschwerdeführer lediglich beiläufig erwähnt, dass Art. 66 BauV nicht mehr zeitgemäss sei; er zog daraus einzig den Schluss, es sei wünschenswert, die Ausnahmebewilligung zu erteilen, ohne die grundsätzliche Anwendbarkeit von Art. 66 Abs. 2 BauV in Frage zu stellen.
Für die verfassungsrechtliche Überprüfung von kantonalem Recht gelten nach <ref-law> das Rügeprinzip und erhöhte Anforderungen an die Begründungspflicht (vgl. oben, E. 1.1). Dies entspricht der früheren Praxis des Bundesgerichts bei der staatsrechtlichen Beschwerde (vgl. Botschaft des Bundesrats vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 S. 4344). Wie bei der staatsrechtlichen Beschwerde sind auch im Anwendungsbereich von <ref-law> neue Vorbringen tatsächlicher und rechtlicher Art grundsätzlich unzulässig; vielmehr wird verlangt, dass der Instanzenzug nicht nur prozessual durchlaufen, sondern auch materiell erschöpft sein muss (<ref-ruling> E. 2 S. 640 mit Hinweisen zur früheren Rechtsprechung). Ausnahmen von diesem Grundsatz stehen unter dem Vorbehalt, dass mit den entsprechenden Rügen nicht in gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossender Weise zugewartet wurde (Botschaft, a.a.O., S. 4345); dies setzt voraus, dass der Beschwerdeführer den Mangel nicht gekannt hat (<ref-ruling> E. 2 S. 640).
Im vorliegenden Fall hatte der Beschwerdeführer im kantonalen Verfahren die Erteilung einer Ausnahmebewilligung verlangt, ohne die Gesetz- und Verfassungsmässigkeit der einschlägigen Baunorm (Art. 66 Abs. 2 BauV) in Frage zu stellen, obwohl er dies hätte tun können. Die kantonalen Instanzen hatten deshalb keine Veranlassung, sich mit der Frage zu befassen, ob das Verbot von Wohnraum in Untergeschossen im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist. Dementsprechend enthalten die vorinstanzlichen Entscheide keine Aussagen zum Schutzzweck von Art. 66 Abs. 2 BauV und zur Frage, ob und inwieweit dieser Zweck heutzutage mit bautechnischen Massnahmen genügend und dauerhaft erreicht werden kann.
3.2 Zu diesen Punkten enthält auch die Beschwerdeschrift vor Bundesgericht keine ausreichende Begründung. Darin verweist der Beschwerdeführer einzig auf einen Artikel der Zeitschrift "Hauseigentümer" vom 1. Februar 2010 S. 2 ("Vom muffigen Keller zum behaglichen Wohnraum"), in dem über den Ausbau eines Tiefparterreraums berichtet und gewisse generelle Aussagen zu modernen Abdichtungs- und Dämmverfahren getroffen werden. Als Replik hat der Beschwerdeführer die Stellungnahme des Architekten und dipl. Bauinspektors Roland Sommer eingereicht. Auch dieser beschränkt sich aber auf die pauschale Behauptung, dass "mit der heutigen Bautechnik (Isolation Fussböden/Wände) [...] die Bedenken bezüglich der Gesundheit stark gemindert [seien]" und "derartige isolierte Räume [...] durchaus dem Wohnen dienen [können], sofern die weiteren Vorschriften (Fläche nicht unter 8 m2, Fensterfläche mindestens 10 % und Raumhöhe von 2,30 m) eingehalten sind". Diese Ausführungen genügen nicht, um die Verfassungsmässigkeit von Art. 66 Abs. 2 BauV überprüfen zu können. Hinzu kommt, dass für zwei der drei Räumlichkeiten im Untergeschoss (Gewerbe Räume 2 und 3 gemäss Bauplänen vom 19. Oktober 2009) nach den Feststellungen der kantonalen Instanzen auch die Anforderungen an die Belichtung nicht eingehalten sind (vgl. dazu unten, E. 5.2 und 5.3).
3.3 Auf die Rüge der Verfassungswidrigkeit von Art. 66 Abs. 3 BauV ist damit nicht einzutreten.
4. Der Beschwerdeführer rügt weiter eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots, weil anderen Eigentümern in Roggwil die Nutzung des Untergeschosses zu Wohnzwecken bewilligt worden sei.
Das Verwaltungsgericht verneinte einen Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht. Dies bedinge neben dem Vorliegen vergleichbarer Fälle den Willen der Behörde, an ihrer gesetzwidrigen Praxis festzuhalten. Der Beschwerdeführer habe in seiner Beschwerdeschrift schon keine vergleichbaren Fälle aufgeführt. Im Übrigen erlaube eine abweichende Behandlung in einigen wenigen Fällen noch keine Rückschlüsse auf eine gesetzwidrige Praxis.
Der Beschwerdeführer beruft sich vor Bundesgericht erstmals auf die Verkaufsunterlagen für zwei Einfamilienhäusern in Roggwil, in denen ein Büroraum bzw. zusätzlicher Wohnraum im Untergeschoss erwähnt werden. Sofern es sich überhaupt um zulässige Noven i.S.v. <ref-law> handelt, belegen diese Eingaben lediglich, dass es in Roggwil Wohnräume in Untergeschossen gibt. Dagegen lässt sich den Unterlagen weder entnehmen, dass diese Wohnnutzung von der Gemeinde bewilligt wurde, noch dass diese Bewilligung rechtswidrig erfolgte, d.h. ohne Vorliegen besonderer Gründe i.S.v. Art. 26 BauG, noch dass die Gemeinde an dieser Praxis auch in Zukunft festhalten will.
5. Nach dem oben (E. 2-4) Gesagten ist nicht zu beanstanden, dass dem Beschwerdeführer die Ausnahmebewilligung für eine Wohnnutzung des Untergeschosses versagt wurde. Näher zu prüfen ist, ob das Verwaltungsgericht die gewerbliche Nutzung der Räumlichkeiten willkürlich verweigert hat. Dabei ist zwischen drei Räumen zu unterscheiden:
5.1 Für das grösste Zimmer ("Gewerbe Raum 1" gemäss Plan vom 19. Oktober 2009) wurde die gewerbliche Nutzung bereits von der BVE bewilligt. Diese Bewilligung umfasst auch das Badezimmer, das als Annex zum Büroraum betrachtet wurde.
5.2 Dagegen verweigerte die BVE die Bewilligung für die gewerbliche Nutzung des zweiten Raums ("Gewerbe Raum 2"), weil die Fensterfläche den Anforderungen von Art. 64 Abs. 1 i.V.m. Art. 68 Abs. 2 BauV nicht entspreche. Diese Bestimmungen lauten:
Art. 64 BauV
3. Vorschriften für Wohn- und Arbeitsräume
3.1 Belichtung, Besonnung und Belüftung
1 Wohn- und Arbeitsräume müssen unmittelbar von aussen genügend Licht und Luft erhalten. Die Fensterfläche soll mindestens einen Zehntel der Bodenfläche betragen und zu jeder Zeit zu einem genügend grossen Teil geöffnet werden können.
[...]
Art. 68 BauV
4. Küchen
1 [...]
2 Die Artikel 64 Absatz 1, 65, 66 und 67 Absätze 1 und 2 gelten auch für Küchen. Vorbehalten bleibt Absatz 3 hienach.
3 Küchen dürfen nicht als gefangene Räume ausgestaltet werden. Zurückversetzte Küchen müssen durch den vorgelagerten Raum genügend Tageslicht erhalten und sind künstlich gut zu entlüften; ihre Bodenfläche ist für die Berechnung der erforderlichen Fenstergrösse zur Fläche des vorgelagerten Raumes hinzuzurechnen.
Das Verwaltungsgericht schützte den Entscheid der BVE: Die Fensterfläche des Raums 2 betrage mit 0,97 m2 weniger als 10 % der Bodenfläche von 12,17 m2 und genüge somit den Anforderungen an die Belichtung nicht. Eine Ausnahme von Art. 64 BauV sei auch nicht beantragt worden.
Dies wird vom Beschwerdeführer nicht bestritten; er erachtet die Abweichung lediglich als unbedeutend und wehrt sich deshalb gegen die Wiederherstellungsverfügung (vgl. dazu unten, E. 6).
5.3 Strittig ist dagegen, ob der "Gewerbe Raum 3", in dem sich derzeit die Küche befindet, als gewerblicher Arbeitsraum genutzt werden darf.
5.3.1 Dies wurde von den Vorinstanzen verneint, weil es sich um einen "gefangenen Raum" handle, der nicht unmittelbar von aussen belichtet und belüftet werden könne. Daran ändere auch das zwischen Küche und Bad eingebaute Glasfenster nichts. Da die Fensterfläche des Badezimmers mit 0,61 m2 weniger als einen Zehntel der Bruttofläche von Badezimmer und Küche (zusammen insgesamt 12,02 m2) betrage, seien auch die in Art. 68 Abs. 3 BauV statuierten Vorgaben nicht erfüllt.
5.3.2 Der Beschwerdeführer bestreitet die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanzen. Er macht geltend, er habe mehrfach darauf hingewiesen, dass die im Plan "Grundriss Untergeschoss" vom 19. Oktober 2009 eingezeichneten Türen nicht realisiert worden seien, weshalb es sich bei der Küche (im Plan als "Gewerbe Raum 3" bezeichnet) nicht um einen gefangenen Raum handle. Sodann rügt er eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>), weil entgegen seinem Antrag kein Augenschein durchgeführt worden sei, an dem die genügende Belichtung und Belüftung hätten festgestellt werden können.
5.3.3 Die notwendige Belichtung ist in Art. 64 Abs. 1 i.V.m. Art. 68 Abs. 2 BauV und (für zurückversetzte Küchen) in Art. 68 Abs. 3 BauV präzise, als Verhältnis der Fenster- zur Bodenfläche, umschrieben (vgl. oben, E. 4.2). Diese Flächenangaben konnte das Verwaltungsgericht den vom Beschwerdeführer selbst eingereichten Plänen und den (insoweit nicht bestrittenen) Berechnungen der Vorinstanz entnehmen. Insofern bedurfte es keines Augenscheins, um die Belichtungsverhältnisse zu beurteilen.
Gleiches gilt für die Frage, ob es sich um einen "gefangenen Raum" handelt. Das Verwaltungsgericht durfte auch insoweit grundsätzlich auf die vom Beschwerdeführer im Verwaltungsbeschwerdeverfahren eingereichten Pläne abstellen. Dieser behauptet zwar, er habe mehrfach auf die Nichtrealisierung der Türen hingewiesen, belegt dies aber nicht mit Aktenhinweisen. Dies ist auch nicht ersichtlich (vgl. Beschwerdeschrift ans Verwaltungsgericht S. 9 ad. II Ziff. 5c). Auch in dieser Frage hatte das Verwaltungsgericht daher keine Veranlassung, einen Augenschein durchzuführen.
5.3.4 Raum 3 verfügt über keine Aussenfenster und -türen, sodass die Voraussetzungen gemäss Art. 64 Abs. 1 BauV offensichtlich nicht vorliegen.
Auch die Qualifikation als "gefangener Raum" i.S.v. Art. 68 Abs. 3 BauV kann nicht als willkürlich qualifiziert werden. Das Verwaltungsgericht durfte - wie oben dargelegt - grundsätzlich auf die Baupläne abstellen, in denen Türen eingezeichnet waren. Der Beschwerdeführer hätte bereits aufgrund des Entscheids der BVE Anlass gehabt, Ausführungen zu den fehlenden Türen zu machen, weshalb es sich insoweit um ein unzulässiges Novum i.S.v. <ref-law> handelt. Im Übrigen kann auch ein Raum, der nur durch Öffnungen in Türgrösse mit anderen Räumen kommuniziert, willkürfrei als "gefangen" qualifiziert werden, da der Lichteinfall aus den benachbarten Räumen gering ist und Türen ohne grossen Aufwand nachträglich eingesetzt werden können.
Unter diesen Umständen kann die Frage, ob die Voraussetzungen von Art. 68 Abs. 3 BauG für eine "zurückversetzte Küche" erfüllt wären, offen bleiben.
5.4 Nach dem Gesagten sind die weiteren Beweisanträge des Beschwerdeführers (Antrag auf Augenschein durch das Bundesgericht, Fristsetzung zur Einreichung weiterer Beweise zur Berichtigung des Sachverhalts und allenfalls zur Einholung eines gerichtlichen Gutachtens) mangels Entscheiderheblichkeit abzuweisen, soweit sie überhaupt nach <ref-law> zulässig sind.
6. Schliesslich wendet sich der Beschwerdeführer gegen den Befehl, die Räumlichkeiten, deren gewerbliche Nutzung nicht bewilligt wurde, einer reinen Kellernutzung zuzuführen, und hierfür insbesondere die Kücheneinrichtung zu entfernen.
6.1 Der Beschwerdeführer bestreitet in erster Linie, beim Ausbau der Räume im Untergeschoss bösgläubig gewesen zu sein. Er wirft den Behörden einen Verstoss gegen Treu und Glauben und das Beschleunigungsgebot vor, weil sie sein Umnutzungsgesuch während eines Jahres nicht behandelt und ihm 2006 mündlich zugesichert hätten, dass der Baubewilligung für die Umnutzung als Gewerberaum nichts im Wege stehe. Er sei davon ausgegangen, die Bewilligung sei reine Formsache.
Weiter rügt er, die Wiederherstellungsverfügung sei unverhältnismässig. Die Fensterfläche des Gewerberaums 2 sei mit 8,85 % der Bodenfläche nur unwesentlich kleiner als die in Art. 64 Abs. 1 BauV vorgeschriebenen 10 %. Dasselbe gelte für den als Gewerberaum 3 (Küche) bezeichneten Raum, der zudem durch den Gewerberaum 1 belichtet werde. Die angeordnete Wiederherstellung der Kellernutzung sei somit für den Gesundheitsschutz nicht erforderlich. Müsste er die Fensterflächen dieser Räume vergrössern, würden ihm Kosten von mehreren tausend Franken entstehen, ohne die Belichtung wesentlich zu verbessern.
6.2 Das Verwaltungsgericht führte hierzu aus, der Beschwerdeführer habe die Räumlichkeiten trotz negativen Bescheids bzw. ohne entsprechende Bewilligung zu Wohn- und Arbeitsräumen ausgebaut und bewohne diese seit Mai 2008, obwohl er hätte wissen müssen, dass er ohne Baubewilligung keine baubewilligungspflichtigen Arbeiten ausführen dürfe und die angebliche mündliche Zusage des Bauverwalters über die Bewilligungsfähigkeit der Gewerbenutzung die erforderliche Baubewilligung nicht zu ersetzen vermöge. Der Beschwerdeführer habe somit nicht jene Sorgfalt und Aufmerksamkeit walten lassen, die unter den gegebenen Umständen von ihm verlangt werden durften, und könne sich deshalb nicht auf seinen guten Glauben berufen, sondern gelte im baupolizeilichen Sinn als bösgläubig.
Die Einhaltung der baurechtlichen Nutzungsordnung und die konsequente Verhinderung von Bauten, die der baurechtlichen Ordnung widersprechen, liege generell im öffentlichen Interesse. Dies gelte in besonderem Masse für die Einhaltung gesundheitspolizeilicher Vorschriften, welche zum Schutz der Gesundheit namentlich der Bewohner aufgestellt worden seien. Die voraussichtlichen Kosten für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes wögen nicht besonders schwer. Gleiches gelte für die nutzlos bleibenden Investitionen, zumal die Gewerbenutzung des grössten Raums zulässig bleibe und das Badezimmer beibehalten werden könne. Die angeordneten Massnahmen seien dem Beschwerdeführer zuzumuten, da er bösgläubig gehandelt habe.
6.3 Diese Ausführungen sind aus verfassungsrechtlicher Sicht nicht zu beanstanden.
Der Beschwerdeführer wusste, dass er für den Umbau des Untergeschosses einer Baubewilligung und - für die Wohnnutzung - sogar einer Ausnahmebewilligung bedurfte; dennoch nahm er die Arbeiten vor und zog in die Wohnung ein, bevor eine solche Bewilligung vorlag. Damit hat er bösgläubig gehandelt. Wenn sein Gesuch von der Gemeinde nicht (rechtzeitig) behandelt wurde, hätte er nachfragen und allenfalls Rechtsverzögerungsbeschwerde erheben müssen; dagegen war er nicht berechtigt, eigenmächtig mit den Arbeiten zu beginnen.
Unbehelflich ist auch die Berufung auf die angebliche Zusicherung des damaligen Bauverwalters der Gemeinde. In der Replik (S. 2 Ziff. 3) räumt der Beschwerdeführer selbst ein, dass es sich um eine "nicht verbindliche mündliche Auskunft" gehandelt habe. Eine solche Auskunft ersetzt nicht die Baubewilligung, was auch dem Beschwerdeführer bekannt sein musste. Im Übrigen traf die Auskunft insoweit zu, als die gewerbliche Nutzung des Untergeschosses nach Art. 66 Abs. 1 BauV grundsätzlich bewilligungsfähig ist, allerdings unter der (an sich selbstverständlichen) Voraussetzung, dass die Anforderungen an die Belichtung und Belüftung von Arbeitsräumen erfüllt werden.
Die Vorinstanzen sind dem Beschwerdeführer bereits insoweit entgegengekommen, als sie auf einen Rückbau der Abgrabung verzichtet haben und ihm (neben der gewerblichen Nutzung von Gewerbe Raum 1) auch die Beibehaltung des Badezimmers gestattet haben. Die Rückwandlung der Räume 2 und 3 in Kellerräume ist nicht mit erheblichen Kosten verbunden. Es ist auch keine mildere Massnahme als die Entfernung der Kücheneinrichtung ersichtlich, da die tatsächliche Nutzung des Raums von der Gemeinde nicht effektiv kontrolliert werden kann. Die Wiederherstellungsverfügung ist somit verhältnismässig und verletzt die Eigentumsgarantie nicht.
7. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Einwohnergemeinde Roggwil sowie der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Mai 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Fonjallaz Gerber