Faits:
A. Par jugement du 21 juin 2010, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de la Côte a notamment déclaré X._ coupable d'abus de confiance, escroquerie, fraude dans la saisie, faux dans les certificats et infraction à la loi fédérale du 15 décembre 2000 sur les médicaments et les dispositifs médicaux (loi sur les produits thérapeutiques - LPTh; RS 812.21). Il l'a condamné à vingt-neuf mois et vingt-cinq jours de peine privative de liberté, sous déduction de seize jours de détention avant jugement, ainsi qu'à une amende de 10'000 francs, la peine privative de liberté de substitution en cas de non-paiement fautif de l'amende étant de cent jours. Cette peine est partiellement complémentaire à celles prononcées les 18 novembre 1998 par le Tribunal de division 1 de Lausanne, 11 mai 2001 par le Juge d'instruction de Lausanne et 16 juillet 2004 par la Cour de cassation pénale cantonale vaudoise. Le Tribunal correctionnel a accordé à l'accusé un sursis partiel de cinq ans sur une partie de la peine privative de liberté, soit sur quinze mois et vingt-cinq jours, le solde, quatorze mois étant ferme. Enfin, il a révoqué le sursis octroyé le 16 juillet 2004 par la Cour de cassation pénale vaudoise et ordonné l'exécution de cinq mois d'emprisonnement. Les faits à la base de cette condamnation sont en résumé les suivants.
A.a X._, pharmacien né en 1962, a créé en 1991 A._ SA, active dans le domaine pharmaceutique, dont il était président du conseil d'administration avec signature individuelle et actionnaire majoritaire. Cette société a été déclarée en faillite en avril 2002. En janvier 2000, à la suite de problèmes financiers, A._ SA avait été scindée en deux parties, soit B._ SA et C._ SA. B._ SA avait pour but toute activité en matière de recherche, enregistrement, commercialisation, diagnostic et traitement dans le domaine de l'immunologie. X._ était administrateur unique de cette société, qui a été fermée sur décision de Swissmedic, Institut suisse des produits thérapeutiques, en septembre 2004 et mise en faillite en novembre 2004. C._ SA avait pour but le commerce de tous biens, produits et services et toutes activités de services, de conseils et de développement dans les matières les plus variées, en particulier dans le domaine médico-pharmaceutique. X._ a été exclu du conseil d'administration en mars 2011.
A.b Le 1er janvier 1997, A._ SA, représentée par X._, et Z._ AG ont signé un contrat par lequel A._ SA s'engageait, moyennant une rémunération, à couvrir, sur une base mensuelle, les factures adressées par Z._ AG aux hôpitaux et aux grossistes. Ce contrat a été complété par un avenant du 1er janvier 1999. Il en découle que A._ SA acquérait mensuellement les factures émises par Z._ AG, adressées aux grossistes et aux hôpitaux, et devait en payer les montants dans un certain délai, au besoin en puisant sur sa ligne de crédit. Quant à Z._ AG, elle cédait à A._ SA tous ses droits sur ses créances et invitait l'ensemble de sa clientèle à effectuer les paiements directement sur le compte bancaire de A._ SA, ouvert à cette fin auprès du Crédit Lyonnais de Prague. Les relations contractuelles entre A._ SA et Z._ AG ont cessé le 31 décembre 1999. Toutefois, l'activité de recouvrement de créances a été reprise par C._ SA dès le 1er mars 2000 (jugement du Tribunal correctionnel du 21 juin 2010, p. 39).
En novembre 1999, à la suite d'un séquestre d'ampoules de D._ par la justice vaudoise, le Crédit Lyonnais a coupé les lignes de crédit, tout en saisissant tous les versements effectués sur le compte de A._ SA en provenance des clients. A._ SA continuait de recevoir les cessions de créances de Z._ AG, d'envoyer les factures et d'encaisser l'argent. L'argent était aussitôt prélevé par la banque qui se remboursait le découvert de A._ SA provenant des charges d'exploitation de l'entreprise, notamment d'importants frais de voyage et de représentation de X._, qui assurait son train de vie élevé par le biais de sa société, ou encore le remboursement de prêts octroyés à A._ SA par d'autres investisseurs. A._ SA n'a ainsi plus versé l'argent dû à Z._ AG. Pour ces faits, le recourant a été reconnu coupable d'abus de confiance.
A.c Le 3 novembre 2000, X._ a signé une reconnaissance de dette de 109'320'418,13 couronnes tchèques (KC), soit 4'852'431 francs suisses dont il ressort que la dette "dérive du contrat du 1er janvier 1997 et de son avenant du 1er janvier 1999" et qu'elle "est basée sur des paiements qui auraient dû être transmis à Z._ AG et qui ne l'ont pas été" (jugement du Tribunal correctionnel du 21 juin 2010, p. 41). A._ SA s'est vu notifier un commandement de payer portant sur ce montant et a fait opposition. Le 30 août 2001, A._ SA, représentée par X._, et Z._ AG ont conclu un contrat par lequel A._ SA s'est engagée à ouvrir un compte bancaire spécial devant être alimenté par les ventes d'ampoules de D._ et à payer chaque mois à Z._ AG le 75% des fonds qui seraient versés sur le compte spécial, mais au minimum 100'000 francs jusqu'au 15 octobre 2001, 300'000 francs jusqu'au 15 novembre 2001 et 600'000 francs jusqu'au 31 décembre 2001. En contrepartie, Z._ AG s'est engagée à ne pas requérir la faillite de A._ SA avant le 1er janvier 2002. X._ a dissimulé que la commercialisation d'ampoules de D._ n'était pas autorisée par l'Office intercantonal des médicaments (OICM, devenu Swissmedic), que la majorité des ampoules avait été séquestrée par le juge d'instruction, que la vente d'ampoules de D._, selon le procès-verbal de l'assemblée générale de A._ SA du 7 janvier 2000, n'était plus du ressort de cette société, mais de B._ SA, qu'au surplus, la date de péremption de ce produit arrivait à échéance en 2002 et qu'il ne pourrait plus être vendu, et qu'à fin 2001, le stock serait inscrit au bilan définitif 2001 de A._ SA pour un franc symbolique. Pour ces faits, le recourant a été condamné pour escroquerie.
A.d De 1998 au 4 mars 2004 à tout le moins, X._, par sa société B._ SA, a vendu des ampoules de D._ comme médicaments sans autorisation. Pour la période allant de 1998 au 30 octobre 2002, il a déjà été condamné en 2004. Pour la période subséquente, il a été déclaré coupable d'infraction au sens de l'art. 87 al. 1 let. f et al. 2 LPTh. S'agissant de la vente non autorisée, dans la période du 21 juin 2003 (les faits antérieurs étant prescrits) jusqu'en octobre 2004, de plusieurs dizaines d'autres produits considérés comme des médicaments, de produits de la gamme "E._" importés d'Afrique du Sud et de la prescription de tests sanguins, il a été déclaré coupable d'infractions par métier au sens de l'art. 87 al. 1 let. f et al. 2 LPTh. Tous ces produits ont été qualifiés de médicaments dans la mesure où leur emballage comportait des indications thérapeutiques. Les produits en question n'étaient pas autorisés à la vente, faute d'homologation par l'Institut suisse des produits thérapeutiques. X._, non titulaire d'une autorisation fédérale ou cantonale pour faire le commerce de médicaments, a vendu ces produits en Suisse et à l'étranger à des particuliers, pharmaciens et médecins.
B. Le 22 novembre 2010, statuant sur recours, la Cour de cassation pénale vaudoise a partiellement réformé le jugement de première instance en libérant notamment X._ du chef d'accusation de faux dans les certificats, en le condamnant, s'agissant de la vente d'ampoules de D._, pour infraction au sens de l'<ref-law> (et non pas 87 al. 1 let. f et al. 2 LPTh) et en réduisant la peine privative de liberté prononcée à 29 mois. Elle a confirmé le jugement pour le surplus.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt, concluant à sa réforme en ce sens qu'il soit libéré des chefs d'accusation d'escroquerie, d'abus de confiance, de contravention et, pro parte, de délit à la loi fédérale sur les produits thérapeutiques et condamné pour les autres infractions à une peine partiellement complémentaire et à une peine résiduelle, intégralement compatible avec le sursis, sans révocation de sursis. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale. Il demande à bénéficier de l'assistance judiciaire. Il invoque la violation des articles 9, 29 al. 2 et 32 al. 2 Cst., 6 par. 1 à 3 CEDH, 14 par. 1 et 2 Pacte ONU relatif aux droits civils et politiques (présomption d'innocence, interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et droit d'être entendu) et des articles 138 ch. 1 et 146 CP ainsi que 4, 8, 86 et 87 LPTh.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. 1.1 Dans le recours en matière pénale, les constatations de faits de l'arrêt entrepris lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). Il n'en va différemment que si le fait a été établi en violation du droit ou de manière manifestement inexacte au sens des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de façon arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; sur la notion d'arbitraire, v. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5). Ce dernier reproche se confond avec celui, déduit de la présomption d'innocence, de la violation du principe in dubio pro reo (art. 32 Cst.; art. 6 par. 2 CEDH, 14 ch. 2 Pacte ONU) au stade de l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2a p. 88). L'invocation de ces moyens ainsi que, de manière générale, de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel (<ref-law>), suppose une argumentation claire, détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287; <ref-ruling> consid. 6 p. 397; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254) et circonstanciée (<ref-ruling> consid. 3 p. 104). Aussi le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait-il se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en procédure d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition. Il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité précédente, mais il doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision se fonde sur une constatation des faits ou une appréciation des preuves insoutenables (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 400). Lorsque l'autorité cantonale avait sur les faits un pouvoir de cognition semblable à celui du Tribunal fédéral, l'examen de ce dernier porte sur l'arbitraire du jugement de l'autorité inférieure à la lumière des griefs soulevés dans l'acte de recours. Le recourant ne peut pas cependant simplement reprendre les critiques qu'il avait formulées devant l'autorité cantonale mais doit exposer pourquoi cette autorité a refusé à tort de qualifier d'arbitraire l'appréciation des preuves des premiers juges (<ref-ruling> consid. 1a/cc et 1b p. 494 s.).
1.2 Pour satisfaire à son obligation de motiver au sens de l'<ref-law>, le recourant doit discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit. Il n'est pas absolument indispensable qu'il indique expressément les dispositions légales - le numéro des articles de loi - ou qu'il désigne expressément les principes non écrits de droit qui auraient été violés. Il suffit qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 33 p. 60). Le Tribunal fédéral applique en effet d'office le droit (<ref-law>). Cependant, lorsque la motivation du recours formé devant le Tribunal fédéral est identique à celle qui était déjà présentée dans la procédure cantonale, le recours est en principe irrecevable (<ref-ruling> consid. 2.1-2.3 p. 245 ss).
2. Le recourant conteste sa condamnation pour abus de confiance. Il prétend tout d'abord n'avoir jamais détourné un quelconque avoir confié.
2.1 Selon la jurisprudence, une chose est confiée au sens de l'<ref-law> lorsqu'elle est remise ou laissée à l'auteur pour qu'il l'utilise de manière déterminée dans l'intérêt d'autrui, en particulier pour la garder, l'administrer ou la livrer selon des instructions qui peuvent être expresses ou tacites (<ref-ruling> consid. 2 p. 278; <ref-ruling> consid. 1 p. 259). Il y a emploi illicite d'une valeur patrimoniale confiée lorsque l'auteur l'utilise contrairement aux instructions reçues, en s'écartant de la destination fixée (<ref-ruling> consid. 1c p. 25; <ref-ruling> consid. 2 p. 128). L'alinéa 2 de l'<ref-law>, seul en cause ici, ce que ne conteste pas le recourant, ne protège pas la propriété, mais le droit de celui qui a confié la valeur patrimoniale à ce que celle-ci soit utilisée dans le but qu'il a assigné et conformément aux instructions qu'il a données. Est ainsi caractéristique de l'abus de confiance au sens de cette disposition le comportement par lequel l'auteur démontre clairement sa volonté de ne pas respecter les droits de celui qui lui fait confiance (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 259; <ref-ruling> consid. 1c p. 25; <ref-ruling> consid. 2 p. 128). La chose confiée peut avoir été remise matériellement à l'auteur non seulement par la victime, mais également par un tiers. Tel est le cas notamment lorsqu'un mandataire procède à un encaissement d'argent pour le compte du mandant (<ref-ruling> consid. 2a p. 33 et les références citées).
Pour interpréter un contrat, le juge doit commencer par rechercher la réelle et commune intention des parties, le cas échéant sur la base d'indices (cf. <ref-law>). Les circonstances survenues postérieurement à la conclusion du contrat, notamment le comportement des parties, constituent un indice de la volonté réelle des cocontractants (arrêt 5A_189/2010 du 12 mai 2010 consid. 4.2). Si la cour cantonale parvient à se convaincre, sur la base de l'appréciation des preuves, que les parties ont échangé des manifestations de volonté concordantes qui correspondaient à leur volonté intime, il s'agit d'une constatation de fait (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 681). Celle-ci ne peut être remise en question qu'aux conditions de l'<ref-law>, soit essentiellement au motif qu'elles sont arbitraires.
2.2 Il ressort des faits non contestés que C._ SA a repris en mars 2000 l'activité de recouvrement de créances de A._ SA. Un contrat a été conclu entre cette société et Z._ AG le 14 mars 2000. Complétant l'état de fait, la cour cantonale a constaté que l'art. 3 du contrat avait la teneur suivante:
«C._ s'engage par le présent contrat à acquérir chaque mois, et dans les conditions définies ci-après, les factures émises par Z._ et adressées par elles à des GR, HP et PH, la situation de tous les clients de Z._ se trouvant résumée dans l'Annexe 3. Par ledit contrat, Z._ cède à C._ tous droits qu'elle-même détient ou détiendra sur ces dettes.
C._ confirme par les présentes que les sommes recouvrées sur les dettes susmentionnées seront affectées exclusivement à des remboursements au compte bancaire de Z._ ou à des remboursements du crédit bancaire octroyé sur ces créances».
La cour cantonale, sur la base des faits constatés, a considéré que dans l'esprit des parties, la somme globale résultant des factures adressées aux grossistes et aux hôpitaux avait une destination précise et que ces montants, que A._ SA puis C._ SA recouvraient pour Z._ AG, devaient être affectés au paiement de Z._ AG ou au remboursement de la ligne de crédit ouverte pour le paiement de cette dernière. Elle a ainsi constaté de manière définitive la volonté réelle des parties, ce qui est une question de fait. Elle a appuyé sa conviction sur différents éléments. Tout d'abord, elle a considéré que la convention passée entre C._ SA et Z._ AG en 2000 n'avait rien changé au système existant, ce qu'avait admis le recourant, que ce système résultait également de l'avenant du 1er janvier 1999 conclu entre A._ SA et Z._ AG, duquel il ressort que le service spécifique offert par A._ SA assure Z._ AG du paiement, que C._ SA est issue de la scission de A._ SA, que le recourant est resté administrateur avec signature individuelle de C._ SA jusqu'au 12 mars 2001, que cette dernière a payé une partie des dettes de A._ SA vis-à-vis de Z._ AG et enfin que le recourant a signé une reconnaissance de dette au nom de A._ SA pour un montant de plus de 4,8 millions de francs suisses, trouvant sa cause dans le contrat du 1er janvier 1997 ainsi que son avenant du 1er janvier 1999, et qui est basée sur des paiements qui auraient dû être transmis à Z._ AG et qui ne l'ont pas été (arrêt attaqué, p. 26-27).
2.3 Le recourant ne prétend pas que la cour cantonale aurait fait une mauvaise application du principe de la confiance, question de droit que le Tribunal fédéral examine librement, mais conteste l'appréciation de la volonté réelle des parties par l'autorité précédente, ce qui est une question de fait. Les références au droit d'être entendu concernent la manière dont les circonstances du cas ont été établies et prises en compte et consistent en des critiques matérielles qui rejoignent celles d'arbitraire.
Pour motiver l'arbitraire de l'arrêt cantonal, le recourant reconnaît que le système adopté par C._ SA et Z._ AG était identique à celui mis sur pied entre A._ SA et Z._ AG, mais conteste avoir reconnu la préexistence de l'art. 3 du contrat passé entre ces sociétés dans les relations entre A._ SA et Z._ AG. Il soutient qu'il ne peut être tenu compte d'un contrat postérieur pour apprécier la volonté des parties au moment du contrat de 1997 et de son avenant. Il oppose enfin sa propre appréciation de la volonté des parties à celle de l'autorité cantonale, comme il l'avait fait devant l'instance précédente, qualifiant le contrat passé de contrat de facturage. Ce faisant, le recourant ne démontre pas, par une motivation topique, en quoi la cour cantonale aurait apprécié la volonté réelle des parties de façon arbitraire et son recours ne répond pas aux exigences accrues de motivation de l'<ref-law> (cf. consid. 1.1 ci-dessus). Au demeurant, il n'est en rien insoutenable de tenir compte d'éléments de faits postérieurs au premier contrat pour dégager la volonté réelle des parties. Il n'était de plus pas arbitraire d'admettre que le contrat subséquent entre C._ SA et Z._ AG n'était que la continuité du précédent, passé entre A._ SA et Z._ AG, ce que le recourant admet, sauf en ce qui concerne l'affectation des montants obtenus suite au recouvrement des créances. Il serait cependant pour le moins étonnant que ce dernier point ait été modifié si on admet que le système précédent avait été repris et il n'est en tous les cas pas insoutenable de nier que telle était la volonté des parties. En effet, C._ SA avait repris l'activité de A._ SA de recouvrement des créances pour Z._ AG, le recourant était administrateur de A._ SA puis de C._ SA au moment de la conclusion de ce nouveau contrat et de la reprise d'activité de recouvrement par cette nouvelle société et on ne voit pas, et le recourant n'en invoque pas, de raisons de modifier le système contractuel existant. Enfin, l'appréciation de l'autorité cantonale apparaît d'autant moins insoutenable que le recourant a signé au nom de A._ SA en novembre 2000 une reconnaissance de dette basée, selon les termes employés, sur des paiements qui auraient dus être transmis à Z._ AG. Par conséquent, même recevable, le grief du recourant ne pourrait qu'être rejeté.
2.4 Dans ces conditions, c'est sur la base des faits constatés dans l'arrêt cantonal, dont le recourant n'a pas démontré l'arbitraire et dont il n'est pas admis à s'écarter dans le présent recours, qu'il faut répondre à la question de savoir s'il y avait des avoirs confiés, ce que conteste le recourant. Or, il est établi que ce dernier ne pouvait pas utiliser les sommes recouvrées dans son propre intérêt ou celui d'un tiers, mais devait les affecter au remboursement de Z._ AG ou du crédit octroyé pour payer celle-ci ou à tout le moins tenir ces sommes à sa disposition. Il s'agissait donc bien d'avoirs confiés. L'infraction d'abus de confiance est réalisée par le fait que le recourant a disposé librement des sommes encaissées, ce qu'il ne conteste pas, de telle sorte que Z._ AG n'a pas obtenu le paiement des créances cédées.
3. Le recourant s'en prend également à sa condamnation pour escroquerie.
3.1 Il invoque tout d'abord une appréciation arbitraire des preuves.
Il est établi, et le recourant ne le conteste pas, que A._ SA s'est engagée par contrat du 30 août 2001 à ouvrir un compte bancaire spécial devant être alimenté par les ventes des ampoules de D._ et à verser à Z._ AG un pourcentage de ces ventes (art. 1), mais au minimum 100'000 francs jusqu'au 15 octobre 2001, 300'000 francs jusqu'au 15 novembre 2001 et 600'000 francs jusqu'au 31 décembre 2001 (art. 2). La cour cantonale a estimé que, dans l'esprit des parties, ces derniers montants devaient également provenir de la vente de D._.
Le recourant qualifie cette appréciation d'arbitraire. Il prétend que l'art. 2 souligne l'indifférence de la provenance des montants et qu'on aurait mal vu Z._ AG refuser des montants qui ne proviendraient pas de la vente d'ampoules de D._ et du compte spécial. Ce faisant, le recourant ne démontre pas l'arbitraire de l'appréciation cantonale, mais ne fait qu'opposer sa propre appréciation à cette dernière, ce qui ne suffit pas pour remplir les exigences accrues de motivation de l'<ref-law> et rend son grief irrecevable. Au demeurant, il n'était en rien insoutenable d'admettre que l'art. 2 du contrat du 30 août 2001 était en lien avec l'art. 1 de ce même contrat. Cette convention faisait en effet suite à une reconnaissance de dette par A._ SA d'un montant de plus de 4,8 millions de francs correspondant à des paiements qui n'ont pas été transmis à Z._ AG (cf. consid. 2.2 ci-dessus). La solvabilité du recourant était dès lors compromise et on comprendrait difficilement d'où Z._ AG pouvait espérer obtenir le paiement des montants minimaux prévus à l'art. 2, si ce n'est de la vente des ampoules de D._, dont le stock était estimé à plus de 4,8 millions de francs au bilan de A._ SA. Une telle interprétation n'est en tous les cas pas arbitraire et le recourant ne démontre pas le contraire.
3.2 Le recourant allègue que l'élément constitutif de l'astuce n'est pas réalisé en raison de l'absence de diligence dont a fait preuve Z._ AG. Selon lui, cette dernière aurait dû procéder à des vérifications quant à la capacité de A._ SA à exécuter le contrat du 30 août 2001 avant de le signer.
3.2.1 Il y a tromperie astucieuse, au sens de l'<ref-law>, lorsque l'auteur recourt à un édifice de mensonges, à des manoeuvres frauduleuses ou à une mise en scène, mais aussi lorsqu'il donne simplement de fausses informations, si leur vérification n'est pas possible, ne l'est que difficilement ou ne peut raisonnablement être exigée, de même que si l'auteur dissuade la dupe de vérifier ou prévoit, en fonction des circonstances, qu'elle renoncera à le faire en raison d'un rapport de confiance particulier (<ref-ruling> consid. 4.4.3 p. 264; <ref-ruling> consid. 3a p. 20). L'astuce n'est toutefois pas réalisée si la dupe pouvait se protéger avec un minimum d'attention ou éviter l'erreur avec le minimum de prudence que l'on pouvait attendre d'elle. Il n'est cependant pas nécessaire qu'elle ait fait preuve de la plus grande diligence ou qu'elle ait recouru à toutes les mesures possibles pour éviter d'être trompée. L'astuce n'est exclue que si elle n'a pas procédé aux vérifications élémentaires que l'on pouvait attendre d'elle au vu des circonstances. Une co-responsabilité de la dupe n'exclut toutefois l'astuce que dans des cas exceptionnels (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 81).
La jurisprudence admet l'astuce dans le cas où la dupe n'a pas la possibilité de vérifier les affirmations transmises ou si leur vérification se révélait très difficile. Ces hypothèses se rencontrent notamment lorsque la tromperie porte sur des faits internes, comme par exemple la volonté d'exécuter un contrat. Une telle volonté n'est cependant pas astucieuse dans tous les cas, mais seulement lorsque l'examen de la solvabilité n'est pas exigible ou est impossible et qu'il ne peut par conséquent être tiré aucune conclusion quant à la volonté de l'auteur de s'exécuter (<ref-ruling> consid. 3a p. 127). Finalement, la prise en considération de l'éventuelle responsabilité de la dupe connaît certaines limites. D'une part, elle ne doit pas avoir épuisé toutes les mesures de contrôles possibles et imaginables qui se trouvaient à sa portée (ATF <ref-ruling> consid. 3a p. 20) et, d'autre part, n'importe quelle négligence de sa part ne suffit pas à exclure l'astuce (<ref-ruling> consid. 2a p. 172). Il n'est donc pas nécessaire que la dupe soit exempte de la moindre faute (Corboz, Les infractions en droit suisse, vol. I, 3ème éd., 2010, n. 17 ad <ref-law>).
3.2.2 Il est établi que le recourant a amené Z._ AG à conclure la convention et à repousser la réquisition de faillite de A._ SA en la trompant. En effet, il a dissimulé à la dupe qu'il n'avait aucune intention d'exécuter le contrat du 30 août 2001. Au moment de sa signature, il a passé sous silence le fait que la commercialisation de D._ n'était pas autorisée, que la plupart des ampoules de ce produit avaient été séquestrées par le Juge d'instruction et que leur vente n'était plus du ressort de A._ SA, mais de B._ SA. Par ailleurs, bien que le bilan 2000 de A._ SA faisait état d'un stock de D._ pour un montant de plus de 4,8 millions de francs suisses, au bilan définitif 2001 de cette société, ce même stock n'allait plus avoir de valeur puisque la date de péremption du médicament arrivait à échéance en 2002. Cette tromperie doit par conséquent être qualifiée d'astucieuse, ce qui ne saurait être exclu par un comportement fautif de la dupe.
Il est vrai que la solvabilité de A._ SA était douteuse et que cela aurait dû amener Z._ AG à faire certaines vérifications avant de conclure le contrat en cause, spécialement s'agissant du remboursement d'une dette de plus de 4 millions de francs suisses. Toutefois, même si celle-ci avait exigé les comptes de A._ SA, il est établi que ces derniers étaient arrangés par le recourant et ne lui auraient pas permis de déceler la supercherie. La vérification de la volonté de A._ SA, par le biais de sa capacité à exécuter le contrat, était de toute manière impossible. Il n'était pas possible non plus pour Z._ AG de détecter les autres éléments de la tromperie et le recourant ne dit d'ailleurs pas à quel contrôle elle aurait dû procéder. Par conséquent, on doit admettre qu'en retenant l'astuce, l'arrêt cantonal ne viole pas le droit fédéral.
3.3 Toujours s'agissant de l'escroquerie, le recourant conteste également que l'élément constitutif du dommage soit réalisé.
3.3.1 Le dommage est une lésion du patrimoine sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif, mais aussi d'une mise en danger de celui-ci telle qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur du point de vue économique (<ref-ruling> consid. 2a p. 281; <ref-ruling> consid. 2c p. 107; <ref-ruling> consid. 6b/bb p. 135). Pour qu'il y ait un dommage, il doit exister une certaine connexité entre l'appauvrissement et l'enrichissement, de même que l'objet du dommage doit correspondre à l'enrichissement (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 213 s) et doit résulter directement de l'acte accompli sous l'effet de l'erreur (<ref-ruling> consid. 3a p. 117). Si l'acte implique le droit à une contre-prestation, il n'y a dommage que s'il en résulte un appauvrissement en considérant l'opération dans son ensemble (ATF <ref-ruling> consid. 6b/bb p. 134 s.). Il suffit que la prestation et la contre-prestation se trouvent dans un rapport défavorable par comparaison avec ce que pensait la dupe sur la base de la tromperie (<ref-ruling> consid. 3b p. 429; <ref-ruling> consid. 4d/bb p. 128 ss, 117 IV 139 consid. 3e p. 147, 111 IV 55 consid. 3 p. 59). Lorsque l'acte de la dupe consiste à conclure un contrat, il faut examiner si celui-ci comporte moins de droits ou plus de risques que ne le pensait la dupe sur la base de la tromperie (Corboz, op. cit., n 35 ad <ref-law>). Il suffit que l'auteur n'ait pas la volonté de fournir la contre-prestation (Stratenwerth/Jenny/Bommer, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil I, 7ème éd., 2010, §15 n. 50; Corboz, op. cit., n. 35 ad <ref-law>). Un dommage temporaire ou provisoire est suffisant. La jurisprudence a admis qu'une mise en danger entraînant une diminution de valeur d'un point de vue économique suffisait (<ref-ruling> consid. 2a p. 281, <ref-ruling> consid. 2c p. 107, <ref-ruling> consid. 6b/bb p. 135). La lésion des espérances ou le risque accru ne suffisent que s'ils sont d'une importance telle qu'ils impliquent une perte de valeur économique (Corboz, op. cit., n. 37 ad <ref-law> et les références citées).
3.3.2 Au cas particulier, le recourant ne conteste plus précisément que deux éléments du dommage en lien avec les honoraires d'avocat de Z._ AG admis par la cour cantonale. Il ne porte aucune critique circonstanciée contre les considérants de l'arrêt attaqué qui admettent qu'en vendant des ampoules de D._ pendant la période du contrat sans rien reverser à Z._ AG, mais en conservant les montants par-devers lui, cette dernière société a subi un préjudice financier au sens de l'<ref-law>. Par conséquent, même si on admettait que les deux éléments du dommage critiqués n'en constituaient pas, resterait le troisième, suffisant à lui seul pour réaliser l'élément constitutif de l'infraction. Dans ces conditions et faute d'être suffisamment motivé (<ref-law>), le recours n'est pas recevable.
Au demeurant, il ne pourrait qu'être rejeté. Certes, s'agissant tout d'abord des honoraires de l'avocat qui doit défendre la dupe sur le plan pénal, ils ne peuvent être un élément de l'infraction car ils ne découlent pas directement de l'acte accompli sous l'effet de l'erreur, mais ne sont qu'une conséquence subséquente de l'infraction. Quant aux frais de l'avocat mandaté pour conclure la convention litigieuse, sans trancher la question définitivement, on ne distingue pas de rapport de connexité entre cet éventuel appauvrissement de la dupe et un éventuel enrichissement du recourant. En revanche, il ressort des faits constatés que le recourant n'a jamais eu l'intention d'exécuter sa prestation tout en obtenant le report de la faillite de A._ SA, ce qui lui a permis d'arranger les comptes et de poursuivre sans discontinuer les ventes des ampoules de D._ dont les stocks figuraient en tant qu'actifs aux bilans 2000 et 2001 de A._ SA, tout en conservant le produit de ses ventes par devers lui, ce qui a porté atteinte aux intérêts pécuniaires de Z._ AG et fragilisé sa position de créancière. En effet, celle-ci n'avait accepté de reporter la faillite que parce qu'elle se croyait assurée du remboursement d'une partie de sa créance par les ventes des ampoules de D._ qui lui ont en réalité échappé. Dans ces conditions, on peut admettre que l'élément constitutif du dommage est aussi réalisé. Partant, la condamnation du recourant pour escroquerie ne viole pas le droit fédéral.
4. 4.1 Dans une motivation peu claire où les griefs ayant trait au rejet de différentes requêtes incidentes par les premiers juges sont mêlés, le recourant se plaint, s'agissant du rejet de sa requête incidente tendant à obtenir un délai substantiel, soit le renvoi de l'audience, pour plaider alors que l'accusation avait été aggravée, d'une violation de ses droits procéduraux, de son droit d'être entendu, du principe d'accusation et d'une éventuelle appréciation arbitraire des preuves, ou d'une violation de la présomption d'innocence, ce qui revient au même (cf. consid. 1.1 ci-dessus; recours p. 53 en relation avec p. 42). L'arrêt attaqué retient non seulement que les premiers juges pouvaient de bonne foi admettre que le recourant avait renoncé au renvoi de l'audience, mais expose les raisons pour lesquelles l'aggravation - qui avait été annoncée à l'avance - était admissible, conforme au droit de procédure cantonal et ne justifiait pas le renvoi de l'audience. Les droits de la défense avaient été respectés et la requête incidente rejetée à juste titre. Le recourant se contente d'affirmer qu'en demandant de pouvoir plaider l'après-midi du 16 juin 2010, il aurait simplement répondu au programme prévu par les premiers juges sans renoncer à ses droits et affirme qu'il ne lui appartenait pas, au vu de la difficulté de l'affaire, de se plaindre d'un éventuel oubli de ceux-ci de statuer sur sa requête en fin d'instruction. Ce faisant, il ne démontre pas conformément aux exigences accrues de l'<ref-law> que ses droits constitutionnels auraient été violés et ne motive pas en quoi l'arrêt attaqué aurait dénié à tort une violation de ceux-ci, ce qui rend son grief irrecevable (cf. consid. 1.1 et 1.2 ci-dessus).
4.2 Le recourant s'en prend au rejet de sa requête incidente présentée aux débats tendant à écarter du dossier le rapport du Dr F._ du 5 janvier 2007.
L'arrêt cantonal expose sur une page et demie le bien-fondé du rejet de cette requête par les premiers juges (arrêt cantonal p. 20 et 21). Pour satisfaire à son obligation de motivation, il appartenait au recourant de démontrer que c'était à tort que l'arrêt cantonal avait nié tout arbitraire et toute violation de ses droits constitutionnels à la décision rendue. Or, le recourant ne se réfère pas à l'arrêt attaqué, mais se limite à reprendre mot pour mot la motivation présentée en instance cantonale (recours p. 42 à 49), ce qui est insuffisant et conduit à l'irrecevabilité de son grief (cf. consid. 1.1 et 1.2 ci-dessus).
4.3 Le recourant semble encore se plaindre du rejet par les premiers juges de sa requête incidente tendant à la mise en oeuvre d'une expertise indépendante.
Le refus d'instruire ne viole le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a ainsi procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 236; <ref-ruling> consid. 3 p. 157; <ref-ruling> consid. 6c/cc in fine p. 135; <ref-ruling> consid. 4a p. 211). A nouveau, le recourant ne procède pas à une telle démonstration. Il se contente de reprendre mot pour mot la motivation présentée en instance cantonale, ce qui rend son grief irrecevable (cf. consid. 1.1 et 1.2 ci-dessus).
5. On trouve encore dans le recours à des endroits épars quelques phrases semblant suggérer, s'agissant de la vente de différents produits, une violation des art. 86 et 87 LPTh, faute pour les produits incriminés, mis à part les ampoules de D._, d'être des médicaments (ch. C/6/f, 4ème § p. 45, ch. C/6/t p. 51, C/6/w p. 53 et C/7/a p. 53).
La question de savoir si la condamnation du recourant violait le droit fédéral n'a pas été examinée dans l'arrêt de dernière instance cantonale, sauf s'agissant de la vente d'ampoules de D._ (cf. consid. 6.2. ci-dessous). En ce qui concerne tous les autres produits incriminés, les seules allusions à la loi sur les produits thérapeutiques et à la notion de médicaments ont été faites lors de l'examen sur recours en nullité du bien-fondé du rejet de la requête incidente tendant à la mise en oeuvre d'une expertise indépendante (p. 21 à 23). Par conséquent, faute de décision de dernière instance cantonale sur le grief soulevé par le recourant et faute pour lui de se plaindre d'une absence de décision sur cette question, le recours n'est pas recevable (<ref-law>). Il l'est d'autant moins que le recourant fonde son argumentation sur le fait que les produits incriminés seraient d'origine organique ou naturelle, ce qui ne ressort pas des faits constatés auxquels la cour de céans est liée (<ref-law>).
6. 6.1 Le recourant, comme il l'a fait en instance cantonale et également dans les mêmes termes, invoque la prescription des infractions à la loi sur les produits thérapeutiques dont il a été reconnu coupable.
Dans la mesure où le recourant s'écarte, dans la motivation de son grief, des faits constatés, dont il n'a pas démontré le caractère arbitraire, son grief ne peut pas être examiné (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288). Au surplus, le recourant ne s'en prend pas aux développements de l'arrêt attaqué, mais se limite à reprendre l'argumentation présentée en instance cantonale, de telle sorte qu'une fois de plus, son grief est irrecevable (consid. 1.2 ci-dessus).
Au demeurant, le recourant a été condamné pour des infractions à l'<ref-law> pour avoir avoir vendu par métier des ampoules de D._ sans autorisation à tout le moins jusqu'au 4 mars 2004 et à l'art. 87 al. 1 let. f et al. 2 LPTh pour avoir vendu par métier plusieurs dizaines d'autres produits jusqu'au 17 septembre 2004 au moins, ainsi que d'autres produits de la gamme "E._" jusqu'à octobre 2004. Aussi bien les délits que les contraventions à la loi sur les produits thérapeutiques se prescrivant par 7 ans (arrêt 6B_374/2008 du 27 novembre 2008 consid. 5.4), les infractions commises après le 21 juin 2003 n'étaient pas prescrites. Quant aux questions soulevées par le recourant quant à la prescription des contraventions au sens de l'<ref-law>, elles n'ont pas à être examinées puisque celui-ci a été condamné pour infractions commises par métier au sens des art. 86 al. 2 et 87 al. 2 LPTh, qui sont toutes des délits (<ref-law>).
6.2 Le recourant s'en prend à l'arrêt cantonal dans la mesure où il a partiellement admis le recours de Swissmedic et l'a condamné, s'agissant de la vente des ampoules de D._ sans autorisation jusqu'au 4 mars 2004, pour infraction commise par métier au sens de l'art. 86 et pas 87 LPTh, en admettant qu'il avait mis la santé de personnes en danger.
On peut se demander si le recourant a un intérêt juridique (<ref-law>) à invoquer ce grief dans la mesure où les deux infractions commises par métier sont des délits et que l'arrêt attaqué a nié toute incidence à cette qualification sur la peine.
On peut laisser cette question ouverte, car le grief du recourant doit de toute façon être rejeté. En effet, la condamnation du recourant fait suite à celle intervenue pour des faits semblables en 2004. Cette dernière était basée sur l'<ref-law> dans la mesure où il avait pu être établi une mise en danger concrète d'au moins une personne en 1999. Cependant, l'activité du recourant s'est déroulée de manière continue de 1998 à mars 2004. Si le comportement du recourant sur toute la période où il a vendu des ampoules de D._ avait été soumis au même tribunal, c'est bien pour l'ensemble de son activité que le recourant aurait été condamné pour infraction à l'<ref-law>. En réalité, l'arrêt attaqué ne fait que compléter la condamnation déjà prononcée (cf. notamment <ref-law> s'agissant de la peine). Dès lors, en condamnant le recourant pour infraction à l'<ref-law> pour le reste de son activité délictueuse, sur la base d'une mise en danger concrète reconnue (sur cette notion cf. <ref-ruling> consid. 2.4.1 p. 39-40 et arrêt 6B_374/2008 du 27 novembre 2008 consid. 3), quand bien même celle-ci n'aurait pas eu lieu dans la période considérée par le nouveau jugement, l'arrêt attaqué ne viole pas le droit fédéral. Une telle façon de procéder ne viole pas non plus le principe ne bis in idem, les faits à la base des condamnations étant différents sur le plan temporel. S'il est recevable, le grief du recourant ne peut qu'être rejeté.
7. Le recourant critique la peine qui lui a été infligée, la considérant comme exagérément sévère. Il reprend mot pour mot la motivation présentée devant l'autorité cantonale, sur laquelle celle-ci s'est prononcée largement (p. 34 et ss, plus particulièrement p. 38 et ss), sans articuler aucune critique spécifique contre l'arrêt attaqué, ni dire en quoi le droit fédéral aurait été violé dans le cas concret. Il en est de même lorsqu'il évoque la question du sursis et de la révocation du sursis qui lui avait été accordé en 2004. Ses griefs sont insuffisamment motivés et, partant, irrecevables (cf. consid. 1.2 ci-dessus).
8. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recours étant d'emblée dénué de chance de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (<ref-law> a contrario). Le recourant, qui succombe, devra supporter les frais, dont le montant sera réduit pour tenir compte de sa situation financière (art. 65 al. 2 et art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué d'indemnité aux intimés qui ne sont pas intervenus dans la procédure.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'600 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 27 octobre 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Rieben