Faits:
A. A.a La Société M._ SA (ci-après: M._), avec siège à ..., a pour but social la construction et l'exploitation de divers moyens de transport, de restaurants, ainsi que d'entreprises liés au développement touristique de la commune de .... Jusqu'au début de l'année 2006, son capital social était de 11'500'000 fr., réparti en 1'440 actions au porteur de 250 fr. chacune, et 22'280 actions au porteur de 500 fr. chacune.
A la fin de l'année 2001, le conseil d'administration de M._ était présidé par A._ et comptait dans ses rangs B._ (vice-présidente), Y._ (secrétaire), C._, D._ et E._.
A.b Le 18 décembre 2001, B._, X._, Y._, A.F._, B.F._ et A._ (ci-après: les membres du syndicat d'actionnaires), tous actionnaires de M._, ont signé la convention suivante:
"M._ SA
CONVENTION D'ACTIONNAIRES
Entre
- Monsieur Y._
- N._ SA et O._ Frères SA
- Monsieur X._, P._ SA
- Madame B._
- Monsieur A._
(...)
Article 1er
Les parties à la présente convention s'engagent à coopérer pour assurer un développement à long terme de la société et pour maintenir son orientation actuelle ainsi que l'alliance stratégique avec Q._.
Article 2ème
Dans ce but, les parties adoptent le budget et s'entendent avant tout[e] assemblée générale et [tout] Conseil d'Administration important sur le sens dans lequel elles s'engagent à voter, dont le choix des administrateurs, les options financières et stratégiques de la société et les relations avec les partenaires des ....
Les décisions se prennent à la double majorité du capital et des voix des membres présents ou représentés et du capital représenté. Une procuration ne peut être donnée qu'à un membre signataire de la présente convention.
A défaut d'une majorité, les parties s'engagent à voter dans le sens des propositions du Conseil d'Administration.
Ainsi, sous réserve d'une décision contraire prise à l'unanimité par toutes les parties à la présente convention, celles-ci s'engagent à exécuter leur droit de vote à l'assemblée générale de la même manière.
Article 3ème
Les parties s'engagent à élire un nombre d'administrateurs parmi elles équival[a]nt au minimum à la majorité du Conseil d'Administration (dès 1999).
Article 4ème
Les parties s'engagent à ne pas céder les droits sociaux attachés à leurs actions et à ne pas conclure entre elles ou avec des tiers, d'autres accords d'actionnaires que la présente convention.
Article 5ème
Les parties à la présente convention s'accordent réciproquement un droit préférentiel d'achat (droit de préemption) sur les actions dont elles sont ou seront respectivement propriétaires.
En conséquence, chacune des parties s'engage à ne pas réaliser des titres, sans les avoir préalablement offerts à chacune des autres parties.
(...)
Article 6ème
La partie souhaitant réaliser les actions dont elle est propriétaire s'engage à informer, par pli recommandé, chacune des autres parties de son intention et lui fixe un délai de 30 jours en indiquant son prix de vente pour exercer son droit d'emption.
(...)
Article 7ème
La présente convention entre en vigueur au jour de sa signature par toutes les parties et pour une durée de cinq ans.
Article 8ème
(...)
En cas de violation de la présente convention, la partie concernée s'engage à verser aux autres intervenants le double de la valeur nominale des actions qu'elle détient au titre d'indemnité.
(...)"
Au-delà du but inscrit à l'art. 1er de la convention, transparaissait la volonté des membres du syndicat de maintenir l'indépendance de M._ vis-à-vis de R._ SA (ci-après: R._).
A.c Dans le courant de l'année 2002, B._ a abandonné son siège au conseil d'administration. Elle a également décidé de se séparer de ses actions et de les vendre à X._. Lors d'une réunion du syndicat d'actionnaires du 14 juin 2002, le texte de la convention du 18 décembre 2001 a été modifié en conséquence: le nom de B._ a été biffé et les données concernant la répartition des actions inscrites comme suit:
"X._
et P._ SA
2'793 action de 500.-
et
9 actions de 250.-
N._ SA
O._ Frères SA
947 actions de 500.-
809 actions de 500.-
et
195 actions de 250.-
Y._
2'003 actions de 500.-
et
62 actions de 250.-
A._
1'035 actions de 500.-
et
10 actions de 250.-
Soit au total
7'587 actions de 500.-
et
276 actions de 250.-"
Au total, les membres du syndicat possédaient 7'863 voix sur 23'720, soit le 33,15 % des voix de la société.
Lors de la même séance, le syndicat a accepté à l'unanimité, malgré les réticences émises dans un premier temps par Y._, la proposition d'élire X._ au conseil d'administration de M._. L'entrée de ce dernier au conseil a été publiée dans la FOSC du 30 décembre 2002.
A.d Lors d'une séance du syndicat en date du 21 avril 2004, les frères F._ ont fait part de "leur grande déception par rapport à leur investissement pour la région". Ils ont alors offert leurs actions à tous les membres du syndicat, en échange d'un prix total de 800'000 fr.; X._ et Y._ ont exercé leur droit préférentiel d'achat (art. 5 et 6 de la convention).
A.e Les 17 et 30 juin 2005, les frères F._, agissant pour leur propre compte et pour celui de O._ Frères SA et N._ SA, X._, agissant pour son propre compte et celui de P._ SA, et A._ ont signé un "protocole d'accord" avec S._ SAS (ci-après: S._), société par actions simplifiée de droit français, avec siège à .... Les premiers nommés souhaitaient, par ce biais, s'associer avec "un opérateur de niveau international actif aussi bien dans le domaine de la gestion des remontées mécaniques que des lits touristiques", afin d'assurer le développement économique de M._.
Le protocole d'accord prévoyait, pour l'essentiel, la création de deux sociétés.
S._ s'engageait, dans un premier temps, à constituer T._ SA (ci-après: T._) (art. II du protocole d'accord). Cette dernière devait souscrire toutes les actions émises lors de la future augmentation du capital-actions de M._, que les parties au protocole entendaient obtenir de l'assemblée générale de cette société (art. V). Afin de s'assurer la majorité requise pour une telle décision, les parties sont convenues que X._ achèterait de G._, en fiducie pour le compte de T._, 2'000 actions de M._ (art. V) (finalement, seules 1'600 actions seront acquises par X._).
En parallèle, A._, les frères F._, X._ et leurs sociétés respectives s'obligeaient à créer la société U._ (ci-après: U._), dont le capital social serait libéré par l'apport des actions de M._ détenues par les fondateurs. L'apport devait intervenir au plus tard le 31 décembre 2006, X._ et consorts garantissant que les actions seraient libres de tout droit, eux-mêmes n'étant, à cette date, plus liés par la convention d'actionnaires du 18 décembre 2001 (art. IV). U._ était constituée dans le but de prendre une participation majoritaire au sein de M._ (art. IV).
Dans un second temps, S._ s'engageait, pour le compte de T._, à apporter à U._, contre la remise d'actions de cette société, toutes les actions de M._ que T._ était censée acquérir (lors de l'augmentation de capital de la société M._) (art. VI).
A.f Le 8 août 2005, les membres du syndicat se sont réunis pour discuter du projet de recapitalisation de M._ par S._ (selon le protocole d'accord des 17 et 30 juin 2005). Le procès-verbal de la séance s'ouvre par la mention du litige qui opposait les frères F._ à Y._ (très vraisemblablement au sujet de l'exercice par celui-ci de son droit préférentiel d'achat; cf. supra let. A.d). Y._ s'est opposé au projet de recapitalisation, exigeant que le litige qui l'oppose aux frères F._ soit réglé "avant de se prononcer sur une telle proposition". La décision d'ouvrir le capital de M._ en vue de la mise en oeuvre du projet précité a été prise par "5 voix contre une et à une large majorité des actions présentes".
Au cours d'une séance qui s'est tenue le même jour, le conseil d'administration de M._ a accepté le principe d'une ouverture du capital à S._.
A la demande du représentant de S._, Y._ a établi une ébauche de convention, portant la date du 27 octobre 2005, censée régir, dans la perspective de l'augmentation du capital social de M._, ses relations juridiques avec T._, S._ et une troisième société impliquée dans le projet; aux termes de ce document, Y._ déclarait renoncer à son droit de souscription préférentiel en échange de l'attribution, par les trois sociétés susvisées, de divers mandats exclusifs générés par le projet. En fin de compte, aucun arrangement n'a pu être conclu entre les divers protagonistes.
A.g Le 15 novembre 2005, certains membres du syndicat ont discuté de la composition du conseil d'administration de M._. Y._ a revendiqué son siège, plaidant que son éviction violerait l'art. 3 de la convention d'actionnaires du 18 décembre 2001. Aucune solution transactionnelle n'ayant pu être trouvée, il a été décidé, à la double majorité des voix et des actions, de ne pas retenir la candidature de Y._.
L'assemblée générale des actionnaires, qui s'est réunie le 16 décembre 2005, a renouvelé le mandat d'administrateur de A._, D._, X._ et E._ et a accepté la nouvelle candidature de H._. Le mandat de Y._ et celui de C._ n'ont pas été renouvelés. La cour cantonale a retenu que Y._, comme les autres membres du pool d'actionnaires, a voté pour son éviction.
A.h Le 12 janvier 2006, Y._ a conclu avec R._ une "convention d'emption" portant sur les actions qu'il possédait déjà et celles qu'il pourrait acquérir avant le 20 décembre 2006. L'accord avec R._ relève l'existence de la convention d'actionnaires du 18 décembre 2001 et précise que, compte tenu de cet accord, Y._ doit conserver les actions dont il est ou deviendrait propriétaire jusqu'à l'échéance de la convention, le 19 décembre 2006. Le prix de vente était déjà déterminé et la convention prévoyait, dans certaines hypothèses, le versement d'indemnités conventionnelles.
La cour cantonale retient que le transfert des actions à R._ n'est pas intervenu avant que la convention d'actionnaires soit venue à échéance.
A.i Le 24 juin 2006, T._ et X._ ont signé un "Protocole d'accord" déterminant les conditions de la vente, à T._ (acheteuse), des actions de M._ acquises par X._ (vendeur) auprès de G._ (cf. let. A.e).
Le 21 décembre 2006, T._ a signé un pacte d'actionnaires avec A._, X._, les frères F._ et les sociétés qu'ils représentaient. L'accord avait pour vocation de régler leurs relations dans le cadre de la société U._ (cf. let. A.e).
B. Par exploit du 20 juillet 2006, Y._ a requis du juge de la commune de ... la citation de X._ en conciliation. L'échec de celle-ci ayant été constaté, Y._ a ouvert action le 10 novembre 2006, concluant à ce que ce X._ soit condamné à lui verser, en raison de diverses violations de la convention d'actionnaires, une indemnité de 1'000'000 fr à titre de peine conventionnelle.
Le Tribunal cantonal valaisan a, par jugement du 1er décembre 2010, condamné le défendeur à verser la somme de 1'000'000 fr. au demandeur, sous suite de frais et dépens.
C. X._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre le jugement cantonal du 1er décembre 2010. Il conclut à son annulation et à ce que la demande de Y._ soit rejetée, sous suite de frais et dépens. Il tente de démontrer qu'il a toujours respecté la convention d'actionnaires du 18 décembre 2001, au contraire de l'intimé qui l'aurait transgressée à plusieurs reprises, que l'intimé a commis un abus de droit en réclamant une indemnité conventionnelle, qu'en tout état de cause la cour cantonale se devait de compenser les montants dus par les parties à titre de peines conventionnelles et qu'elle aurait dû, en application de l'<ref-law>, réduire le montant de la peine conventionnelle dont il doit s'acquitter.
L'intimé conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.
L'effet suspensif sollicité par le recourant a été rejeté par ordonnance présidentielle du 22 février 2011.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a été condamnée à paiement (<ref-law>) et dirigé contre un jugement final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse dépasse largement le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. c, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
On peut observer que la cour cantonale n'a pas statué sur recours comme le prévoit l'<ref-law>, mais cette constatation reste sans conséquence, puisque les cantons disposaient encore, lorsque la Cour civile a rendu sa décision, d'un délai d'adaptation (<ref-law>).
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 389).
Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5 p. 401; <ref-ruling> consid. 8.1 p. 153) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 187; <ref-ruling> consid. 1.4 et 6.2). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
En l'espèce, le recourant, aux pages 2 à 7 de son mémoire, présente les "faits litigieux en relation directe avec les éléments retenus à [sa] charge dans le jugement rendu par le Tribunal cantonal". Il introduit certains points de faits non établis par la juridiction précédente, sans toutefois se conformer aux réquisits des art. 105 al. 2 et 106 al. 2 LTF. Il n'y a donc pas lieu d'en tenir compte.
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. 2.1 Le recourant conteste la légitimation active de l'intimé. Ce dernier, ayant vendu à R._ ses actions de M._ au printemps 2007, aurait aliéné l'objet du litige et ne posséderait plus la qualité de partie à la procédure.
Le recourant se borne à invoquer deux dispositions cantonales de procédure. Or, le recours au Tribunal fédéral n'est pas ouvert pour se plaindre d'une mauvaise application du droit cantonal (cf. art. 95 et 96 LTF; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 466). Il appartenait au recourant de se plaindre d'arbitraire dans l'application de ce droit (art. 9 Cst.), soit d'une violation du droit fédéral (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 p. 203, 133 III 462 consid. 2.3 p. 466). Le recourant n'ayant pas valablement soulevé ce grief ni motivé de manière circonstanciée en quoi l'application des dispositions cantonales serait arbitraire, le moyen est irrecevable (cf. supra consid. 1.2).
L'inconsistance du grief est au demeurant patente. En l'espèce, la légitimation active ne découle pas de la titularité des actions en tant que telle, mais elle est fondée sur la qualité de partie à la convention d'actionnaires du 18 décembre 2001. Or, il n'est pas contesté qu'au moment où les violations contractuelles ont été commises par le recourant, l'intimé - qui était actionnaire de M._ - était partie à la convention, celle-ci n'étant pas encore arrivée à échéance.
3. Le recourant conteste avoir violé l'art. 3 de la convention d'actionnaires, aux termes de laquelle "les parties s'engagent à élire un nombre d'administrateurs parmi elles équival[a]nt au minimum à la majorité du Conseil d'administration (dès 1999)".
3.1 Selon les constatations cantonales, le syndicat d'actionnaires a pris la décision, lors d'une séance du 15 novembre 2005, de ne pas réélire l'intimé au sein du conseil d'administration de M._. A cette occasion, l'intimé a pourtant revendiqué son siège, plaidant que son éviction violerait l'art. 3 de la convention. Le conseil d'administration composé de cinq membres a été élu, par l'assemblée générale, le 16 décembre 2005. L'intimé ayant été écarté, seuls deux membres du syndicat siégeaient alors au sein de ce conseil.
Le recourant soutient que E._, administrateur de P._ SA et président de Q._ SA, élu au conseil d'administration de M._ depuis 1999 et réélu par l'assemblée générale le 16 décembre 2005, porterait à trois le nombre des membres du syndicat élus comme administrateurs.
La cour cantonale considère que si P._ SA a valablement pris part à la convention d'actionnaires du 18 décembre 2001, cette société n'était pas représentée par E._ au sein du conseil d'administration de M._; E._ y a été élu en 1999 dans le cadre d'un échange d'administrateurs qui avait été convenu avec Q._ SA (A._ prenant place au conseil d'administration de cette dernière société) et c'est donc en qualité de président de Q._ qu'il a été appelé à siéger au sein de l'organe exécutif de la société M._. Tous les témoignages recueillis ont montré que ce lien était parfaitement reconnu par les tiers intéressés par la gestion de M._ et E._ lui-même s'est exprimé en ce sens, précisant qu'il ne s'était jamais mêlé des affaires traitées par le syndicat d'actionnaires, soucieux de sauvegarder sa neutralité au sein du conseil d'administration de M._.
3.2 Le recourant ne distingue pas clairement les questions relevant de l'établissement des faits et de l'appréciation des preuves et celles ressortissant à la qualification juridique. Lorsqu'il tente de démontrer qu'il ressort des circonstances que E._ représentait bien P._ SA au sein du conseil d'administration de M._, il revient sur des faits constatés par la juridiction cantonale (cf. également infra consid. 3.3.2). A ce égard, il se borne à présenter sa version des faits, sans soulever le grief de l'arbitraire (art. 9 Cst.) et sans expliquer, de manière circonstanciée et en partant de la décision entreprise, en quoi les juges précédents auraient établi arbitrairement les faits (cf. arrêt 4A_215/2010 du 27 juillet 2010 consid. 2.1). Or, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 588 s., 589 consid. 2 p. 591).
Au demeurant, on voit mal que les faits exposés par le recourant soient propres à démontrer l'arbitraire. Le simple fait que A._, élu dans le cadre de l'échange d'administrateurs évoqué plus haut, ait quitté le conseil d'administration de Q._, alors que E._ est resté administrateur de M._, n'offre aucune assise permettant de conclure que le statut de E._ a été modifié et qu'il représentait alors P._ SA au sein de l'organe exécutif de la société M._.
Quant au constat selon lequel il ressortirait du jugement entrepris que, lors de la séance du 15 novembre 2005, les membres du syndicat d'actionnaires "ont également pris acte du fait que Monsieur E._ représentait P._ SA, en tant que représentant d'un conventionnaire au sein du conseil d'administration de M._", il est incorrect, la décision cantonale se limitant à relever une possibilité évoquée, dans le cadre d'une discussion, par le recourant (jugement entrepris consid. 11b p. 18).
Enfin, le recourant tente de tirer argument de sa "double casquette" (administrateur-délégué de Q._ et représentant du syndicat d'actionnaires au sein du conseil d'administration de M._), en soulignant que celle-ci n'a jamais été contestée par l'intimé. On voit mal la conclusion qu'il entend en tirer. Sa position n'est en rien comparable avec celle de E._, le premier, contrairement au second, étant, à titre personnel, actionnaire de M._ et membre de la convention d'actionnaires du 18 décembre 2001.
3.3 Il convient dès lors d'examiner, sur la base des faits établis par la cour cantonale (cf. supra consid. 3.1), les critiques soulevées par le recourant.
3.3.1 Dans un premier temps, il prétend que la convention d'actionnaires ne donnait aucun droit personnel et exclusif à l'intimé de siéger comme administrateur et que le fait que son mandat n'ait pas été renouvelé lors de l'assemblée générale du 16 décembre 2005 ne constitue à lui seul en aucun cas une violation de la convention.
D'emblée, il faut observer que la cour cantonale n'a pas considéré que l'intimé disposerait d'une quelconque prérogative qui l'autoriserait à siéger comme administrateur; elle a simplement rappelé que les membres du syndicat se sont engagés à élire, parmi eux, un nombre suffisant d'administrateurs pour rester majoritaires au sein du conseil d'administration (art. 3 de la convention). En l'espèce, après l'éviction de l'intimé, le syndicat ne disposait plus que de deux sièges, sur un total de cinq. Il est dès lors indéniable que la décision du 15 novembre 2005 a été prise en violation de l'art. 3 de la convention. Contrairement à ce que pense le recourant, l'intimé est le seul membre du syndicat à ne pas avoir transgressé l'art. 3 de la convention. Selon les constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>) -, l'intimé a certes voté lui-même contre le renouvellement de son mandat d'administrateur lors de l'assemblée générale du 16 décembre 2005. On ne saurait toutefois lui reprocher à ce titre une violation de la convention puisque le syndicat avait décidé, le 15 novembre 2005, de voter pour son éviction; l'intimé s'y est d'ailleurs opposé, rappelant même expressément que sa non-réélection violerait l'art. 3 de la convention; la décision a été prise à la double majorité (capital et voix) (art. 2 al. 2 de la convention) et l'intimé n'avait pas d'autre choix, pour éviter le risque de devoir s'acquitter de la peine conventionnelle, que de voter contre lui lors de l'assemblée générale (cf. art. 2 al. 4 et 8 de la convention). Par leur décision du 15 novembre 2005 (qui les a amenés à voter contre l'intimé lors de l'assemblée générale), les membres du syndicat ont, quant à eux, violé l'art. 3 de la convention.
En réalité, ce que le recourant semble reprocher à l'autorité précédente en rappelant que l'intimé n'avait aucun droit personnel à siéger comme administrateur, c'est d'avoir admis que ce dernier pouvait réclamer seul (c'est-à-dire sans qu'on puisse exiger de lui qu'il agisse avec le concours des autres participants) le paiement de la peine conventionnelle à l'encontre d'un autre associé.
Il n'est pas contesté que la convention d'actionnaires du 18 décembre 2001 doit être qualifiée de contrat de société simple; il n'y a pas lieu de revenir sur cette question (cf. supra consid. 1.2). Si l'une des parties à ce contrat (soit un des associés) subit un dommage direct, elle possède une action propre en réparation de son dommage qu'elle peut faire valoir contre les associés ayant violé leur obligation (Fellmann/Müller, in Berner Kommentar, 2006, nos 139 et 142 ss ad <ref-law>; Handschin/Vonzun, in Zürcher Kommentar, 4e éd. 2009, no 13 ad <ref-law>).
Logiquement, ce raisonnement vaut mutatis mutandis pour la mise en ?uvre de la clause pénale (cf. Fellmann/Müller, op. cit., nos 101 s. ad <ref-law>). Certes, lorsqu'une peine conventionnelle est prévue par les parties, le dédommagement n'est pas lié au dommage au sens strict, puisque la peine est encourue même en l'absence de tout dommage (<ref-law>; cf. infra consid. 3.3.3). Il n'en demeure pas moins que si la violation touche directement l'intérêt de l'associé à l'exécution de la convention (cf. Gaspard Couchepin, La clause pénale, thèse Fribourg 2008, p. 130 n. 629), cet associé possède également une créance personnelle qui lui permet de réclamer aux associés n'ayant pas exécuté (ou exécuté imparfaitement) leur obligation principale (soit celle contenue à l'art. 3 de la convention) le montant de la peine conventionnelle (en ce sens, expressément en rapport avec la convention d'actionnaires: Philippe Reymond, Quelques réflexions sur les conventions d'actionnaires, in Aspects actuels du droit de la société anonyme, 2005, p. 204 s. et 219 s.; Robert Patry, Les accords sur l'exercice des droits de l'actionnaire, RDS 1959 p. 118a).
L'associé dont l'intérêt à l'exécution est directement touché peut actionner en justice un ou plusieurs associés responsable(s) de l'inexécution (ou de l'exécution imparfaite) (cf. François Chaix, in Commentaire romand, Code des obligations I, no 11 ad <ref-law>; Andrea Taormina, Innenansprüche in der einfachen Gesellschaft und deren Durchsetzung, thèse Fribourg 2003, p. 112 n. 262).
En l'espèce, il n'est pas douteux que la décision du syndicat du 15 novembre 2005 (l'éviction du conseil d'administration) touchait directement les intérêts de l'intimé et l'on ne saurait donc reprocher à la cour cantonale d'avoir reconnu son droit à réclamer seul le paiement de la peine conventionnelle.
3.3.2 Le recourant prétend que la simple présence de E._ au sein du conseil d'administration de M._ était conforme à l'<ref-law> et qu'elle avait pour effet que P._ SA était valablement représentée au sein de ce conseil. Pour autant que l'on comprenne bien son raisonnement, le recourant semble soutenir que l'<ref-law> contiendrait une présomption qui, appliquée au cas d'espèce, s'exprimerait de la façon suivante: si E._, doté de la signature collective à deux pour P._ SA, siégeait au conseil d'administration de M._, il ne pouvait qu'y représenter P._ SA.
On ne peut rien déduire de tel de l'<ref-law> qui se limite à indiquer que si une personne morale est membre - c'est-à-dire actionnaire - d'une société elle peut, le cas échéant, être "représentée" au conseil d'administration par une personne physique (sur l'ensemble de la question: Emanuel Falkeisen, Die Vertretung juristischer Personen im Verwaltungsrat, thèse Zurich 1947, p. 72 ss). Cette règle ne permet pas de déterminer si, oui ou non, la personne morale a désigné un "représentant" au sein du conseil d'administration de la société en question.
Pour définir le statut de E._, il ne s'agit pas d'examiner si on peut le qualifier de représentant selon la signification juridique du terme, la personne concernée à l'<ref-law> n'étant pas un représentant au sens de l'<ref-law> (Peter/Cavadini, in Commentaire romand, Code des obligations I, no 17 ad <ref-law>); il faut simplement établir si, en l'espèce, P._ SA, membre de la convention d'actionnaires, a désigné E._ pour défendre ses intérêts (cf. Falkeisen, op. cit., p. 75) au sein du conseil d'administration de M._. Savoir si une telle désignation a eu lieu est une question de fait. Or, le recourant n'a jamais prétendu que P._ SA aurait conclu un accord avec M._, ou même avec d'autres actionnaires de cette société, qui viserait à garantir la désignation d'un homme de confiance de P._ SA ayant pour mandat de préserver ses intérêts au sein du conseil d'administration de la société M._ (sur ces cas de figure: Falkeisen, op. cit., p. 77) et il ressort clairement des constatations cantonales (<ref-law>) que P._ SA n'a jamais désigné E._ pour la "représenter".
3.3.3 Le recourant allègue que l'intimé n'a pas relevé dans les votes et décisions du conseil d'administration de M._ qui ont suivi sa non-réélection la moindre décision qui lui aurait porté préjudice directement ou indirectement. Il estime que la cour cantonale aurait dû observer une effective perte de contrôle des membres du syndicat au sein du conseil d'administration ou des décisions concrètes de ce conseil qui, ensuite de l'éviction de l'intimé, auraient été contraires au but figurant à l'art. 1 de la convention du 18 décembre 2001.
La critique du recourant revient à faire grief à la juridiction cantonale de le contraindre à s'acquitter de la peine conventionnelle alors même que la violation de l'art. 3 de la convention n'a causé aucun dommage au sens large (préjudice effectif causé à l'intimé ou perte de contrôle du syndicat).
L'argumentation tombe à faux puisque la peine conventionnelle constitue une obligation de nature autonome (cf. <ref-ruling> consid. 1a; Michel Mooser, in Commentaire romand, Code des obligations I, no 2 ad <ref-law>; Fernand Chappuis, Aspects théoriques et application pratique de la clause pénale dans les conventions d'actionnaires, RSDA 2/2003 p. 66); lorsqu'une clause pénale est prévue, le créancier (en l'espèce, l'intimé) a l'avantage de ne pas avoir besoin de prouver un dommage quelconque (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5 p. 539; Mooser, op. cit., no 2 ad <ref-law>; Von Tuhr/Escher, Allgemeiner Teil des schweizerischen Obligationenrechts, Bandn II, 3e éd. 1974, p. 283; Olivier Bloch, Les conventions d'actionnaires et le droit de la société anonyme, 2006, p. 109; Roger Secrétan, Etude sur la clause pénale en droit suisse, thèse Lausanne 1917, p. 89 s.; Walter Schoch, Begriff, Anwendung und Sicherung der Konventionalstrage, thèse Berne 1935, p. 38). L'étendue du dommage peut être prise en compte sous l'angle de l'<ref-law> (réduction d'une peine excessive par le juge), étant précisé que ce critère n'est à lui seul pas déterminant (<ref-ruling> s.). Il s'agit toutefois là d'une question différente (cf. infra consid. 6).
3.3.4 Le recourant tente de relativiser sa violation contractuelle en soulignant que la non-réélection de l'intimé fait suite à une décision du syndicat d'actionnaires, du conseil d'administration et de l'assemblée générale et qu'elle ne repose pas sur une décision unilatérale prise par lui.
L'argument ne convainc pas. Il est en particulier sans importance que la non-réélection de l'intimé soit le résultat d'une votation devant l'assemblée générale. La clause pénale ne tend pas à assurer un résultat, mais constitue un moyen de pression visant à pousser le débiteur à adopter un comportement déterminé (soit le fait d'exécuter une obligation principale) (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 439 s.; Von Tuhr/Escher, op. cit., p. 277; Chappuis, op. cit., p. 66; Theodor Lang, Die Durchsetzung des Aktionärbindungsvertrags, thèse Bâle 2003, p. 125). Dans les conventions d'actionnaires comportant une clause électorale, elle tend ainsi à faire pression sur l'associé pour qu'il adopte, le moment venu, le comportement promis dans cette clause (cf. Mehmet Erdem, La clause pénale, thèse Neuchâtel 2006, p. 63; Bloch, op. cit., p. 219). En cas d'inexécution, le débiteur doit s'acquitter de la peine prévue. En l'espèce, il est manifeste que le recourant, en prenant part à la décision du syndicat du 15 novembre 2005, n'a pas exécuté l'obligation principale prévue dans la clause électorale inscrite à l'art. 3 de la convention.
3.3.5 Le recourant revient à la charge en arguant que "c'est si le recourant avait voté contre l'éviction de [l'intimé] qu'il aurait violé la convention d'actionnaires en ne respectant pas la décision prise par les conventionnaires en date du 15 novembre 2005".
L'argument tombe à faux. Lors de l'assemblée générale, le recourant devait certes respecter - comme l'a fait l'intimé (cf. supra consid. 3.3.1) - la décision prise à la double majorité du syndicat d'actionnaires. Mais la violation a eu lieu "en amont", lors de la décision du 15 novembre 2005 (cf. supra consid. 3.3.1).
3.3.6 Enfin, le recourant considère que l'intimé a commis un abus de droit en votant lui-même pour son éviction à l'assemblée générale du 16 décembre 2005.
En l'espèce, on ne voit pas en quoi le comportement de l'intimé obligerait à appliquer le mécanisme correcteur de l'<ref-law>. L'intimé a toujours revendiqué son siège, notamment lors de la séance du syndicat du 15 novembre 2005. Il a expressément averti que sa non-réélection violerait l'art. 3 de la convention. Cela n'a pas empêché les autres membres du syndicat de décider son éviction. On ne discerne aucune attitude contradictoire de l'intimé. Peu importe que celui-ci ait ensuite voté, lors de l'assemblée générale, contre sa réélection (ce, par ailleurs, dans le but d'éviter de devoir s'acquitter de la peine conventionnelle).
Les critiques soulevées par le recourant sont par conséquent mal fondées et c'est à bon droit que la cour cantonale a retenu qu'il a transgressé l'art. 3 de la convention d'actionnaires du 18 décembre 2001.
4. Le recourant conteste avoir violé l'art. 4 de la convention d'actionnaires, aux termes de laquelle "les parties s'engagent à ne pas céder les droits sociaux attachés à leurs actions et à ne pas conclure entre elles ou avec des tiers, d'autres accords d'actionnaires que la présente convention".
4.1 Selon les constatations cantonales, il ressort du protocole d'accord signé les 17 et 30 juin 2005 que le recourant, agissant de concert avec A._ et les frères F._, s'est obligé à l'égard de la société S._ - à tout le moins implicitement - à voter en faveur d'une augmentation du capital-actions de M._. Pour garantir à ce projet la majorité requise lors de l'assemblée générale des actionnaires de la société précitée, il s'est engagé à procéder à l'achat des actions de G._ à titre fiduciaire (pour T._). Dans le même temps, il a promis de racheter ces actions à T._ dans l'hypothèse où l'augmentation de capital devait ne pas se concrétiser. Ses engagements sont intervenus avant que le syndicat ne se prononce sur l'opportunité de voter l'augmentation du capital de M._, la séance consacrée à cet objet ayant été tenue le 8 août 2005. La cour cantonale considère qu'il n'est pas établi que l'intimé a été informé des démarches contractuelles ayant débouché sur le protocole d'accord litigieux. Elle juge que le recourant s'est engagé à exercer les droits sociaux (attachés aux actions qu'il devait acquérir) dans le sens voulu par S._ (c'est-à-dire en faveur de l'augmentation du capital-actions de M._) et qu'il a ainsi consenti une restriction de sa liberté de vote. Considérant en sus que le protocole d'accord doit être regardé comme un pacte d'actionnaires, la cour cantonale conclut que le recourant a formellement enfreint l'interdiction inscrite à l'art. 4 de la convention d'actionnaires.
4.2 Le recourant ne conteste pas que, si l'on s'en tient strictement aux faits établis par la cour cantonale, il se serait effectivement lié, en signant le protocole d'accord des 17 et 30 juin 2005, quant à l'exercice de ses droits sociaux et que cela constituerait une violation de l'art. 4 de la convention. Il ne conteste pas non plus qu'en acquérant les actions à titre fiduciaire pour T._, il en était bien le propriétaire (jugement entrepris consid. 21/d/aa p. 32). Il tente toutefois de revenir sur les constatations de fait, afin de démontrer qu'il ne s'est "en rien limité dans sa liberté de vote" en signant ce protocole d'accord.
4.2.1 Il soutient premièrement que le protocole d'accord n'indique pas qu'il s'est engagé à voter en faveur d'une augmentation du capital-actions de M._ et que l'affirmation de la cour cantonale "est dès lors totalement arbitraire".
On peut douter de la recevabilité du moyen, le recourant ne motivant pas celui-ci de manière circonstanciée (cf. <ref-law>). Quoiqu'il en soit, le grief est mal fondé. Les engagements pris de part et d'autre dans le protocole d'accord litigieux n'avaient de toute évidence aucun sens en l'absence d'une augmentation du capital-actions de M._. Il ressort d'ailleurs de la clause V du protocole que les parties ont pris divers engagements, également vis-à-vis de S._, pour "s'assurer la majorité requise" pour la décision d'augmentation du capital. Cela étant, on ne saurait en tout cas pas dire qu'il était insoutenable de retenir que le recourant s'est obligé à l'égard de la société S._ - à tout le moins implicitement - à voter en faveur d'une augmentation du capital-actions de M._.
4.2.2 Le recourant reproche ensuite à l'autorité cantonale d'avoir passé sous silence "le fait avéré que les conventionnaires avaient non seulement discuté mais également accepté le principe d'une augmentation du capital-actions de M._ en 2002 déjà". Il se limite à reproduire un extrait du procès-verbal de la séance du syndicat d'actionnaires du 16 mai 2002, sans toutefois invoquer l'arbitraire (art. 9 Cst.). La recevabilité du moyen est donc douteuse.
Quoiqu'il en soit, on ne voit pas en quoi l'extrait reproduit aurait une incidence sur le sort de la cause (cf. <ref-law>). L'option envisagée (soit une augmentation autorisée de capital) par les membres du syndicat (sans que l'on sache toutefois si l'intimé l'a soutenue) dans cet extrait, devait être proposée à la prochaine assemblée générale ordinaire de M._. Il n'a nullement été question d'accepter sur le principe, comme le prétend le recourant, le montage financier - faisant intervenir la société S._ - prévu dans le protocole d'accord litigieux. D'ailleurs, il n'a pas été établi - et le recourant ne tente pas de démontrer le contraire - que des démarches contractuelles auraient été évoquées avec un futur partenaire avant la séance du syndicat du 8 août 2005. L'ordre du jour de la séance du 16 mai 2002, pièce au dossier à laquelle le recourant renvoie, n'apporte à cet égard aucun élément supplémentaire décisif.
4.2.3 Enfin, le recourant soutient qu'il ressort du jugement cantonal que l'intimé a, comme les autres membres du syndicat, approuvé l'augmentation du capital-actions de M._ lors d'une séance du 29 octobre 2005. On ne peut le suivre. Il ressort de la décision entreprise que, lors de cette séance, il a simplement "été décidé que les conventionnaires voteraient, lors de la prochaine assemblée générale, dans le sens des propositions formulées par le conseil d'administration". On ne saurait y voir l'accord de l'intimé sur le principe de l'augmentation du capital, ce d'autant plus que, lors de la séance, il a expressément émis des réserves quant à la légalité de la suppression, pour justes motifs, du droit de souscription préférentiel qui était envisagée.
4.3 Le rappel du contenu de l'<ref-law> n'est d'aucune aide au recourant. Cette norme est de droit dispositif et les parties ont ainsi la liberté d'étendre, dans leur convention, le nombre des actes proscrits (entre autres auteurs: Chaix, op. cit., no 2 ad <ref-law> et les références). C'est ce qu'ont fait les membres du syndicat à l'art. 4 de la convention, précisant ainsi l'obligation de fidélité des associés.
Il importe également peu que la majorité des membres du syndicat d'actionnaires aient pris la décision de signer le protocole d'accord litigieux et que la décision future sur l'augmentation du capital-actions de M._ fût ainsi prévisible. Il n'en demeure pas moins que la conclusion du protocole d'accord a été effectuée en violation de l'art. 4 de la convention.
Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir fait preuve d'une interprétation arbitraire en considérant que le protocole d'accord était une convention d'actionnaires. Selon lui, ce document n'est que la mise sur papier de la procédure à suivre pour concrétiser les objectifs des membres du syndicat d'actionnaires clairement fixés par eux dès l'origine de la convention du 18 décembre 2001. On ne peut se rallier à cette argumentation. Pour poursuivre leurs objectifs, les membres du syndicat sont convenus d'une obligation non équivoque à l'art. 4 de la convention d'actionnaires. Le protocole d'accord litigieux s'inscrit en violation de cette disposition et ne peut en aucun cas être considéré comme se limitant à concrétiser la convention d'actionnaires. Quant aux objectifs visés ultérieurement par la majorité des membres du syndicat, notamment ceux liés à l'intervention de S._, ils ne sauraient être opposés à l'intimé, celui-ci n'ayant - selon les constatations cantonales qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>) - même pas été averti des démarches contractuelles ayant débouché sur le protocole d'accord litigieux.
Quant au reproche selon lequel l'intimé aurait adopté une attitude abusive en tentant d'obtenir de S._, le 27 octobre 2005, des avantages indus dans la perspective de l'augmentation du capital-actions de M._, et en se plaignant ensuite du fait même de la décision d'augmenter ce capital-actions, sa recevabilité est douteuse, la motivation fournie permettant difficilement de comprendre en quoi la décision cantonale violerait l'<ref-law> (cf. <ref-law>). Au demeurant, il ressort des constatations cantonales, d'une part, que l'ébauche de convention portant la date du 27 octobre 2007 n'a pas été établie à l'initiative de l'intimé, mais du représentant de S._; d'autre part, aucun arrangement n'ayant été trouvé avec l'intimé, celui-ci restait libre de faire valoir que le protocole d'accord dont il n'était pas partie et auquel il n'avait pas consenti violait l'art. 4 de la convention. On ne voit pas en quoi son comportement serait abusif.
Aucune des critiques émises par le recourant n'est fondée et on ne saurait donc reprocher à la cour cantonale d'avoir retenu qu'il a violé l'art. 4 de la convention d'actionnaires du 18 décembre 2001. En tant qu'il se rapporte à cette violation, le grief est infondé.
5. Le recourant tente de démontrer que l'intimé a également transgressé à diverses reprises la convention d'actionnaires et il "invoque expressément l'application de la compensation des montants dus".
5.1 S'agissant de la prétendue violation par l'intimé de l'art. 3 de la convention, celle-ci a été écartée plus haut (cf. supra consid. 3.3.1) et c'est donc à tort que le recourant l'évoque pour opposer la compensation.
Quant au refus de l'intimé de donner procuration à l'un des membres du syndicat pour représenter l'ensemble des parties à la convention lors de l'assemblée générale du 16 décembre 2005 (qui constituerait une transgression de l'art. 2 de la convention), il s'agit d'un fait nouveau - car non allégué devant l'autorité précédente - qui ne peut être pris en compte par le Tribunal fédéral (<ref-law>).
5.2 Le recourant soutient qu'en paraphant une convention d'emption avec R._, l'intimé a violé la convention d'actionnaires du 18 décembre 2001. Il explique que le document signé par l'intimé et R._ prévoyait des indemnités conventionnelles de part et d'autre; en particulier, R._ s'engageait à s'acquitter d'une peine de 400'000 fr. en cas de non-exercice du droit d'emption. Il tente alors de démontrer que, sous le couvert d'une "convention d'emption", les parties avaient l'intention de conclure un contrat de vente avec livraison et paiement à terme. Il en conclut que l'intimé est tenu de payer la peine conventionnelle prévue à l'art. 8 de la convention d'actionnaires.
Il ressort du jugement entrepris qu'en procédure cantonale, le recourant s'est contenter d'alléguer, d'une façon toute générale, qu'à réitérées reprises, lors des assemblées générales de M._, l'intimé a refusé de suivre le mot d'ordre délivré par les membres du syndicat d'actionnaires, sans même préciser à quelles occasions ces obstructions ont eu lieu. La cour cantonale s'est néanmoins prononcée, sur la base des faits résultant des actes du dossier, jugeant qu'on ne saurait voir dans la convention d'emption une quelconque violation de la convention d'actionnaires, "si tant est que le [recourant] le prétende réellement".
La prétention du recourant trouve son fondement dans la conclusion, par l'intimé, d'une "convention d'emption" avec R._ et dans l'intention des parties à cet accord de convenir, selon la thèse du recourant, une vente à terme. Or, ces différents faits n'ont pas été expressément allégués, le recourant s'étant limité à émettre des considérations générales portant sur un autre contexte (le déroulement des assemblées générales de M._). Il supportait pourtant le fardeau de l'allégation (Spühler/Dolge/Gehri, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 9e éd. 2010, § 44 n. 69 s.; Fabienne Hohl, Procédure civile, Tome I, 2001, p. 152 n. 787 et p. 155 n. 798 ss); il a manqué à son obligation d'alléguer les faits générateurs de droit et l'action devait être rejetée, déjà pour ce motif, par les juges cantonaux.
En l'espèce, le recourant ne prétend pas que la cour cantonale n'aurait pas reproduit certains faits pertinents pourtant valablement allégués et qu'elle aurait ainsi sombré dans l'arbitraire (art. 9 Cst.). Il n'y a donc pas lieu d'examiner sa prétention.
6. 6.1 Le recourant estime que la cour cantonale auraient dû appliquer l'<ref-law> qui prévoit que le juge doit réduire les peines qu'il estime excessives.
L'autorité précédente a expliqué qu'en procédure cantonale le recourant n'a jamais prétendu, fût-ce au moyen d'une argumentation subsidiaire, que la peine fixée par la convention d'actionnaires serait excessive et que, pour ce motif déjà, une réduction était donc exclue. La cour cantonale a ensuite indiqué que, même si l'on examinait la question au fond (sur la base des éléments ressortant du dossier), le montant de la peine n'était pas manifestement déraisonnable.
La réduction des peines excessives s'impose au juge et il n'est pas nécessaire que le débiteur le demande expressément (Mooser, op. cit., no 6 ad <ref-law>; Gauch/Schluep/Schmid /Emmenegger, Schweizerisches Obligationenrecht, Allgemeiner Teil II, 9e éd. 2008, p. 318 n. 3833); lorsque le débiteur conteste la peine dans son principe et que cette conclusion est rejetée par le Tribunal fédéral, celui-ci peut décider de réduire la peine, même en l'absence d'un chef de conclusions spécifique (<ref-ruling> consid. 2b p. 122). Cela ne veut toutefois pas dire que le juge doit agir d'office. Le fardeau de l'allégation et celui de la preuve demeurent; il incombe toujours au débiteur d'alléguer des faits, prouvés ou non contestés, qui justifient une réduction (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 53 s.; <ref-ruling> consid. 1b p. 265; <ref-ruling> consid. 2b p. 122; <ref-ruling>; Couchepin, op. cit., p. 170 n. 849 ss; Mooser, op. cit., no 6 ad <ref-law>; Roland Bentele, Die Konventionalstrafe nach Art. 160-163 OR, thèse Fribourg 1994, p. 127).
En l'espèce, il résulte des constatations cantonales que le recourant "n'a allégué aucune circonstance personnelle ou matérielle" qui permettrait de conclure à la réduction de la peine conventionnelle réclamée par l'intimé. C'est donc à bon droit que la cour cantonale a exclu toute réduction. L'autorité précédente ayant adopté une argumentation alternative, il appartenait au recourant, devant la Cour de céans, d'attaquer cette partie de l'argumentation (sur l'exigence de recevabilité posée par la jurisprudence, cf. <ref-ruling> consid. 6.3 p. 120 s.), soit de démontrer qu'elle avait valablement allégué et prouvé les motifs de réduction dont elle se prévaut. Ne l'ayant pas fait, son grief est irrecevable et il n'y a pas lieu d'examiner le deuxième pan de la motivation alternative fournie par l'autorité précédente.
7. Enfin, le recourant tire moyen de l'établissement arbitraire des faits (art. 9 Cst.), reprochant à la cour cantonale d'avoir pris en compte, dans le cadre du calcul du nombre d'actions dont il était propriétaire, des titres détenus par P._ SA. Il se limite toutefois à affirmer que "P._ SA était titulaire d'un nombre beaucoup plus grand d'actions que le nombre retenu par le Tribunal cantonal". Sa critique, de nature purement appellatoire, est irrecevable (cf. infra consid. 1.2 et 1.3).
8. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le recourant versera à l'intimé une indemnité de 14'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour civile II.
Lausanne, le 1er avril 2011
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Le Greffier:
Corboz Piaget