Sachverhalt:
A. L._ meldete sich am 29. Oktober 2001 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle Bern sprach ihr mit Verfügung vom 2. Juni 2005 eine ganze Rente ab 1. April 2003, eine halbe Rente ab 1. August 2003 und eine Viertelsrente ab 1. März 2004 zu. Auf Einsprache der Versicherten hin setzte sie den Beginn der ganzen Rente auf 1. November 2001 fest und bejahte den Anspruch auf eine Zusatzrente für den Ehegatten (Entscheid vom 1. November 2005).
B. Dagegen liess L._ Beschwerde erheben mit dem Antrag, der Einspracheentscheid sei insoweit aufzuheben, als darin die ganze Rente mit Wirkung ab 1. August 2003 herabgesetzt werde, und die IV-Stelle sei zu verpflichten, ihr auch nach dem 31. Juli 2003 eine Rente bei einem 66 2/3 % übersteigenden Invaliditätsgrad auszurichten. Mit Entscheid vom 7. August 2008 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Beschwerde insoweit gut, als es feststellte, dass L._ für Januar und Februar 2004 Anspruch auf eine Dreiviertelsrente habe, und als es die per 1. März 2004 angeordnete Herabsetzung auf eine Viertelsrente aufhob und die Akten zur weiteren Abklärung im Sinne der Erwägungen und anschliessendem Erlass einer neuen Verfügung an die IV-Stelle zurückwies; weitergehend wies es die Beschwerde ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erneuert L._ das vorinstanzlich gestellte Rechtsbegehren.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen Endentscheide, das heisst gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>), und gegen Teilentscheide, die nur einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder die das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliessen (<ref-law>). Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist hingegen die Beschwerde nur zulässig, wenn sie die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen (<ref-law>), einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Rückweisungsentscheide, mit denen eine Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, sind Zwischenentscheide, die nur unter den genannten Voraussetzungen beim Bundesgericht angefochten werden können (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f.). Anders verhält es sich nur dann, wenn der unteren Instanz, an welche zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131, 9C_684/2007 E. 1.1).
1.2 Die IV-Stelle hat die bis 31. Juli 2003 zugesprochene ganze Rente auf den 1. August 2003 bei einem Invaliditätsgrad von 64 % auf eine halbe und auf den 1. März 2004 bei einem Invaliditätsgrad von 47 % auf eine Viertelsrente herabgesetzt. Die Vorinstanz hat im Ergebnis (bei einem etwas anders ermittelten Invaliditätsgrad von 60 %) die Reduktion auf eine halbe Rente für die Zeit von August bis Dezember 2003 bestätigt und der Versicherten für Januar und Februar 2004 infolge der 4. IV-Revision bei unverändertem Invaliditätsgrad eine Dreiviertelsrente zuerkannt. Sie begründet dies damit, dass bei der Versicherten gemäss dem beweiskräftigen Gutachten des Zentrums S._ vom 4. Dezember 2003/5. August 2004 ab Mai 2003 eine Verbesserung der Arbeitsfähigkeit eingetreten und ihr seither eine Tätigkeit von vier Stunden pro Tag zumutbar gewesen sei. In Bezug auf die Zeit ab 1. März 2004 hat sie die Sache an die IV-Stelle zurückgewiesen zur weiteren Abklärung im Sinne der Erwägungen. In den Erwägungen führt sie aus, die von der IV-Stelle angenommene weitere Verbesserung der Arbeitsfähigkeit ab Dezember 2003 sei nicht rechtsgenüglich ausgewiesen; es sei eine umfassende interdisziplinäre Abklärung angebracht, welche Aufschluss über die Entwicklung des Gesundheitszustands in somatischer und psychischer Hinsicht und damit über die Restarbeitsfähigkeit ab Januar 2004 gebe.
1.3 In Bezug auf den Rentenanspruch ab März 2004 ist der angefochtene Akt ein Zwischenentscheid, da er die Sache an die Verwaltung zurückweist.
1.4 In Bezug auf den Rentenanspruch für die Monate August 2003 bis Februar 2004 hat die Vorinstanz einen materiellen Entscheid getroffen und den Anspruch der Beschwerdeführerin auf eine halbe bzw. eine Dreiviertelsrente festgesetzt. Es stellt sich die Frage, ob der angefochtene Akt diesbezüglich ein selbständig anfechtbarer Teilentscheid ist.
1.4.1 Die Abgrenzung zwischen Teil- und Zwischenentscheid erfolgt auf der Ebene des Streitgegenstandes: Massgebend ist, ob der Entscheid ein Begehren behandelt, das unabhängig von anderen beurteilt werden kann (<ref-law>), d.h. auch Gegenstand eines selbständigen Verfahrens hätte bilden können (Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4332 Ziff. 4.1.4.1); solche Entscheide sind (anders als die Zwischenentscheide) der materiellen Rechtskraft selbständig zugänglich (<ref-ruling> E. 4a S. 194 f.; Seiler/von Werdt/Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], N. 6 zu Art. 91 und N. 2 zu <ref-law>).
Wird von mehreren an sich denkbaren, derart unabhängigen Begehren nur eines überhaupt prozessual thematisiert, so bildet einzig dieser Punkt Prozessgegenstand; der darüber ergehende Entscheid ist ein Endentscheid im Sinne von <ref-law>. Das zuständige Gericht kann aber auch zur Vereinfachung des Verfahrens von mehreren gleichzeitig gestellten Rechtsbegehren nur einen Teil beurteilen (vgl. Art. 123 lit. a des bundesrätlichen Entwurfs vom 28. Juni 2006 zu einer Schweizerischen Zivilprozessordnung [E-ZPO]; BBl 2006 7413); in diesem Fall handelt es sich um Teilentscheide im Sinne von <ref-law>, welche selbständig anfechtbar sind und später nicht mehr angefochten werden können (Hans Peter Walter, Neue Zivilrechtspflege, in: Pierre Tschannen [Hrsg.], Neue Bundesrechtspflege, Berner Tage für die juristische Praxis [BTJP], 2007, S. 113 ff., 132 f.; vgl. Urteil 5A_512/2007 vom 17. April 2008 E. 1.4, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_85/2007 vom 11. Juni 2007 E. 3.3). Unzulässig ist dies gemäss <ref-law> dann, wenn solche Teil-Rechtsansprüche nicht unabhängig von den anderen Begehren beurteilt werden können. Ob dies der Fall ist, richtet sich nach materiellrechtlichen Gesichtspunkten. Ist nach dem materiellen Recht eine unabhängige Beurteilung einzelner Punkte nicht möglich, so ist ein Entscheid, mit dem über diese Punkte befunden wird, ein Zwischenentscheid (<ref-ruling> E. 1.2 S. 428 f.).
1.4.2 Das Rentenverhältnis ist ein Dauerrechtsverhältnis, welches naturgemäss eine längere Zeitspanne beschlägt. Im Rahmen von Dauerrechtsverhältnissen ist es unter dem Vorbehalt des Rechtsmissbrauchs grundsätzlich möglich, Rechtsansprüche, welche bestimmte Teile der gesamten Dauer betreffen, je zum Gegenstand selbständiger Verfahren zu machen, die zu einem rechtskräftigen Entscheid nur in Bezug auf die betreffende Teilperiode führen. Im Zivilprozess spricht man dabei von einer (individualisierten oder unechten) Teilklage (vgl. Art. 84 E-ZPO; Sutter-Somm, Schweizerisches Zivilprozessrecht, 2007, S. 108 Rz. 526; Staehelin/Staehelin/Grolimund, Zivilprozessrecht, 2008, S. 199 f. Rz. 40; Leuch/Marbach/Kellerhals/Sterchi, Die Zivilprozessordnung für den Kanton Bern, 5. Aufl. 2000, N. 1 e zu Art. 138 und N. 12 c bb zu <ref-law>; vgl. Urteil 4C.204/1995 vom 22. Februar 1996 E. 2). Das ist auch im öffentlichen Recht, namentlich in der Sozialversicherung, der Fall: Im Klageverfahren wird der Streitgegenstand durch das klägerische Begehren bestimmt; beschränkt sich dieses beispielsweise im Rahmen einer Klage (Art. 73 BVG) auf Rentenleistungen der beruflichen Vorsorge auf einen bestimmten Teil-Zeitraum, so kann nur dieser beurteilt werden. Im Bereich der nachträglichen Verwaltungsgerichtsbarkeit bestimmt die angefochtene Verfügung den möglichen Streitgegenstand: Unter dem Vorbehalt einer ausnahmsweisen Ausdehnung des Streitgegenstands (<ref-ruling> E. 2.1 S. 140 f.) kann die Beschwerdeinstanz nur beurteilen, was verfügt worden ist; ist nur über einen Teil-Zeitraum verfügt worden, so kann auch nur dieser beurteilt werden (vgl. z.B. Urteil 9C_603/2007 vom 8. Januar 2008 E. 2).
1.4.3 Steht eine Dauerleistung während einer längeren Zeitperiode zur Diskussion und hat die Vorinstanz nur für einen Teil dieses Zeitraums in der Sache entschieden, so liegt nach dem Gesagten grundsätzlich ein Teilentscheid vor, der selbständig anfechtbar ist.
1.4.4 In der hier vorliegenden Konstellation einer rückwirkenden Zusprechung einer abgestuften und/oder befristeten Rente hat das Eidg. Versicherungsgericht in <ref-ruling> E. 2.3.3 S. 166 erkannt, dass ein zeitlich gestaffelter Verfügungserlass aus materiellrechtlichen Gründen unzulässig ist; die befristete und/oder abgestufte Rentenzusprechung hat aus einem einheitlichen Beschluss der IV-Stelle heraus zu erfolgen und ist zeitgleich zu eröffnen. Daran ist auf Verwaltungsstufe und im kantonalen Prozess mit Blick auf <ref-law> (reformatio in peius vel melius) festzuhalten.
Aus dieser Rechtsprechung könnte sich für das bundesgerichtliche Verfahren ergeben, dass der vom Beschwerdeführer angefochtene Entscheid gesamthaft als Zwischenentscheid zu betrachten wäre, also auch soweit er (für die Zeit vom 1. August 2003 bis 29. Februar 2004) über die Rentenberechtigung abschliessend befindet, was zur Folge hätte, dass auf die Beschwerde nur unter den Voraussetzungen des Art. 93 Abs. 1 lit. a oder b BGG eingetreten werden könnte. Diese Konsequenz steht allerdings im Widerspruch zu den bei anderen Dauerrechtsverhältnissen geltenden Grundsätzen (vgl. vorne E. 1.4.2). Zwar können nicht einzelne Teilfragen der Rentenbestimmung (z.B. der Grad der Arbeitsunfähigkeit, die Höhe der Vergleichseinkommen und dergleichen) zum Gegenstand gesonderter (Teil-)Endentscheide gemacht werden; solches sind Zwischenschritte auf dem Weg zu einem Endentscheid. Wird darüber in selbständig eröffneten Entscheiden befunden, so handelt es sich um materielle Zwischenentscheide im Sinne von Art. 92 oder 93 BGG. Wird darüber im Rahmen eines einheitlichen Endentscheids befunden und wird dieser angefochten, so gehören diese Teilfragen zwangsläufig zum Streitgegenstand und können im Rechtsmittelverfahren überprüft werden, auch wenn sie in der Beschwerde nicht in Frage gestellt worden sind (<ref-ruling>). Davon ist aber der Fall zu unterscheiden, dass eine Dauerleistung während einer längeren Zeitperiode zur Diskussion steht und für einen bestimmten Teil-Zeitraum dieses Dauersachverhalts (hier: für die Zeit vom 1. August 2003 bis 29. Februar 2004) entschieden wird. Ein solcher Teil-Zeitraum kann grundsätzlich unabhängig von einem anderen Teil-Zeitraum (hier: von der Zeit ab 1. März 2004) beurteilt werden und somit Gegenstand eines Teilentscheids im Sinne von <ref-law> bilden. Insofern steht einem Eintreten auf die Beschwerde nichts entgegen.
1.4.5 Freilich besteht in der Regel ein sachlicher Zusammenhang zwischen den Verhältnissen in den verschiedenen Teil-Zeiträumen eines Rentenverhältnisses, weshalb eine rückwirkende Rentenzusprechung in der Regel in ein und derselben Verfügung, jedenfalls aus einem einheitlichen Beschluss der IV-Stelle heraus zu erfolgen hat (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 166). Indessen schliesst ein solcher Sachzusammenhang die Zulässigkeit von Teilentscheiden im Sinne von <ref-law> nicht aus. Die Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege (BBl 2001 4332) nennt als Beispiel für solche Entscheide die Klage auf Beseitigung einer bestehenden oder das Verbot einer zukünftigen Störung einerseits, Schadenersatz oder Genugtuung andererseits, also Klagen, die zwangsläufig einen notwendigen Sachzusammenhang in der zugrundeliegenden Störung haben. Auch bei Dauerrechtsverhältnissen liegt es in der Natur der Sache, dass ein Sachzusammenhang zwischen den verschiedenen Perioden besteht. Eine gerichtliche Beurteilung derselben wird mit der Zulassung von Teilentscheiden nicht verunmöglicht, da ja auch diese anfechtbar sind, wobei die gerichtliche Überprüfung zu unterschiedlichen Zeitpunkten stattfindet. Das ist aber bei Dauersachverhalten ohnehin nicht vermeidbar und auch im Bereich der Rentenrevision in der Regel der Fall: Die Rechtsprechung zur gesetzlichen Rentenrevision gemäss <ref-law> beruht darauf, dass die Rente für den vorangehenden Zeitraum rechtskräftig festgelegt worden ist und im Revisionsverfahren nicht mehr (gegebenenfalls nur unter den erschwerten Voraussetzungen einer Wiedererwägung) überprüft werden kann (vgl. statt vieler <ref-ruling> E. 2 S. 369).
1.4.6 Nach dem Gesagten schliesst <ref-ruling> auf der Ebene der Bundesrechtspflege nicht aus, dass ein Entscheid, mit welchem eine Vorinstanz des Bundesgerichts eine bestimmte, vorangehende Teil-Periode des Rentenanspruchs materiell abschliessend beurteilt und für eine darauf folgende Teilperiode die Sache zu neuer Beurteilung an die Verwaltung zurückweist, in Bezug auf die materiell abschliessend beurteilte Phase als Teilentscheid im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren ist, der selbständig angefochten werden kann. Der Teilentscheid muss innert der Frist des <ref-law> angefochten werden, wenn der Eintritt der Rechtskraft verhindert werden soll (Urteil 1B_206/2007 vom 7. Januar 2008 E. 3.3; 1C_82/2007 vom 19. November 2007 E. 1.2).
1.4.7 In Bezug auf den Rentenanspruch für die Zeit vom 1. August 2003 bis 29. Februar 2004, über welchen die Vorinstanz materiell entschieden hat, ist der angefochtene Entscheid somit ein Teilentscheid; insoweit ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Soweit der angefochtene Entscheid ein Zwischenentscheid ist (in Bezug auf den Rentenanspruch für die Zeit ab 1. März 2004; vgl. vorne E. 1.3.), ist auf die Beschwerde nur unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. a oder b BGG einzutreten.
Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil (<ref-law>) liegt nicht vor: Die blosse Rückweisung zur näheren Abklärung (bezüglich des Rentenanspruchs für die Zeit ab 1. März 2004) stellt keinen solchen Nachteil dar, führt sie doch höchstens zu einer dieses Kriterium nicht erfüllenden Verlängerung des Verfahrens (<ref-ruling> E. 5.2.2 S. 483). Ebenso wenig liegt ein solcher Nachteil vor, wenn allenfalls während der Dauer des Verfahrens nur die Viertelsrente ausbezahlt wird; denn bei einer späteren Gutheissung der Beschwerde im Sinne der Versicherten wird der zu Unrecht nicht ausbezahlte Rentenbetrag nachzuzahlen sein.
Sodann ist die von der Vorinstanz angeordnete interdisziplinäre Abklärung kein weitläufiges Beweismittel, das zu einem bedeutenden Aufwand im Sinne von <ref-law> führen würde (Urteil 9C_36/2007 vom 26. Februar 2008 E. 2; 8C_482/2007 vom 25. Februar 2008 E. 2.3; 9C_30/2008 vom 11. Februar 2008 E. 2.2; 9C_446/2007 vom 5. Dezember 2007 E. 3).
Auf die Beschwerde kann somit nicht eingetreten werden, soweit sie sich auf den Rentenanspruch ab 1. März 2004 bezieht.
3. In Bezug auf den Zeitraum vom 1. August 2003 bis 29. Februar 2004 ist die Beschwerde materiell zu beurteilen.
3.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene kantonale Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (unter anderem) Bundesrecht verletzt (<ref-law>), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>).
3.2 Nach den gestützt auf das Gutachten des Zentrums S._ vom 4. Dezember 2003/5. August 2004 getroffenen Feststellungen der Vorinstanz war die Beschwerdeführerin von November 2001 bis Mai 2003 aus somatischer und psychiatrischer Sicht in der Arbeitsfähigkeit erheblich eingeschränkt, während ab Mai 2003 aus psychiatrischer Sicht keine wesentliche Arbeitsunfähigkeit und aus somatischer Sicht eine Arbeitsfähigkeit von mindestens vier Stunden pro Tag vorlag. Die Vorinstanz hat daraus geschlossen, es sei von einer Verbesserung der Arbeitsfähigkeit auszugehen. Diese Folgerung ist im Lichte der gutachterlichen Aussagen nicht offensichtlich unrichtig, auch wenn die Gutachter am 5. August 2004 ausführten, die Versicherte solle zunächst versuchen, vier Stunden täglich zu arbeiten.
3.3 Für den Einkommensvergleich ist die Vorinstanz (für das Jahr 2003) von einem Valideneinkommen von Fr. 52'226.- und einem hypothetischen Invalideneinkommen von Fr. 20'632.- ausgegangen, was einen Invaliditätsgrad von 60,4 % (recte 60,5 %) ergab. Die Beschwerdeführerin bestreitet das Invalideneinkommen nicht, rügt jedoch, die Vorinstanz habe das Valideneinkommen unter Verletzung des rechtlichen Gehörs ermittelt; das kantonale Gericht habe nicht berücksichtigt, dass sie während ihres Arbeitsverhältnisses in den Genuss einer stark verbilligten Wohnung gekommen sei, welchem Umstand im Sinne eines Naturallohnes bei der Ermittlung des Valideneinkommens Rechnung zu tragen sei.
3.4 In der Tat hat sich die Vorinstanz zu diesem von der Beschwerdeführerin mit Eingabe vom 29. Mai 2008 aufgeworfenen Aspekt nicht geäussert. Der Sachverhalt ist somit unter Verletzung des rechtlichen Gehörs und damit rechtsfehlerhaft festgestellt, so dass das Bundesgericht daran nicht gebunden ist (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Es kann indessen aufgrund der Akten selber den Sachverhalt feststellen.
3.5 Aus den von der Beschwerdeführerin im kantonalen Verfahren eingereichten Unterlagen geht hervor, dass nicht sie selber, sondern ihr Ehemann einen Hauswartvertrag mit dem Vermieter hatte. Dieser erhielt für die nebenberufliche Hauswartarbeit einen Barlohn in üblicher Höhe, so dass keineswegs überwiegend wahrscheinlich ist, dass zusätzlich eine Verbilligung des Mietzinses als Naturallohn anzurechnen wäre. Aber auch bei gegenteiliger Betrachtungsweise wäre dieser Naturallohn in erster Linie dem Einkommen des Ehegatten anzurechnen. Die Beschwerdeführerin hat für ihre in der gleichen Liegenschaft verrichteten Raumpflegearbeiten ihrerseits den bereits berücksichtigten Validenlohn erhalten, der einem üblichen Lohn für ein Vollpensum entspricht. Sie macht denn auch selber nicht geltend, mit der Beendigung ihres Arbeitsverhältnisses sei der Mietzins erhöht worden; dies spricht ebenfalls dagegen, dass im Mietzins eine Naturallohnkomponente für Hauswartungsarbeiten der Beschwerdeführerin enthalten war. Sodann ist der Mietzins von Fr. 635.- zwar günstig, aber für eine 3-Zimmer-Dachwohnung und zwei separate Zimmer im 4. Stock auch nicht so tief, dass daneben ein Naturallohn als zwingend erscheint. Schliesslich müsste das Valideneinkommen mindestens Fr. 61'900.- betragen, damit ein Invaliditätsgrad von 66 2/3 % erreicht würde, der für die Zeit bis Ende 2003 noch Anspruch auf eine ganze Rente ergäbe. Die behauptete, mit dem Arbeitsverhältnis in Verbindung stehende Mietzinsverbilligung müsste somit (ausgehend von dem von der Vorinstanz festgestellten und im Übrigen unbestrittenen Valideneinkommen von Fr. 52'226.-) mindestens Fr. 9'674.- pro Jahr oder rund Fr. 806.- pro Monat betragen. Dass der Mietzins einen Naturallohn der Beschwerdeführerin in dieser Höhe enthalten würde, erscheint nach dem Gesagten als höchst unwahrscheinlich.
3.6 Soweit auf die Beschwerde eingetreten werden kann (in Bezug auf den Zeitraum vom 1. August 2003 bis 29. Februar 2004), ist sie somit abzuweisen.
4. Die unterliegende Beschwerdeführerin trägt die Kosten des Verfahrens (<ref-law>).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. April 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Keel Baumann