Sachverhalt:
A. Gestützt auf einen Pfändungsauftrag des Betreibungsamtes B._ vom 7. September 2011 sowie für vom eigenen Amt geführte Betreibungen vollzog das Betreibungsamt A._ am 26. September 2011 bei X._ die Pfändung. Dieser gab zu Protokoll, als selbständiger Schreiner tätig zu sein. Das Betreibungsamt A._ pfändete in der Folge den das Existenzminimum von Fr. 5'397.05 übersteigenden Verdienst bis 26. September 2012, unter Verpflichtung des Schuldners, jeweils bis zum 10. Tag des Folgemonats eine detaillierte Verdienstabrechnung abzuliefern. Die Pfändungsurkunde wurde am 26. September 2011 versandt und von X._ am 29. September 2011 in Empfang genommen.
Aufgrund von weiteren Fortsetzungsbegehren wurde X._ auf den 19. Januar 2012 erneut vorgeladen. Er erklärte, nicht viele Aufträge zu haben. Er wurde gebeten, die Verdienstabrechnungen ab Oktober 2011, die Quittungen für die Krankenkassenprämien sowie die Bankauszüge von Januar bis Dezember 2011 beizubringen. Nachdem X._ in der Folge nur einen Teil der verlangten Bankauszüge einreichte, verlangte das Betreibungsamt A._ am 25. Januar 2012 direkt bei der Bank S._ und der Bank T._ die vollständigen Auszüge. Aus diesen wurde ersichtlich, dass X._ monatliche Einnahmen zwischen Fr. 8'000.-- und Fr. 15'000.-- seitens der Firma U._ AG erzielt hatte. Angesichts der Bankauszüge und der Tatsache der gänzlich fehlenden Ablieferungen seitens des Schuldners erliess das Betreibungsamt A._ gegenüber der U._ AG am 27. Januar 2012 die Verfügung, dass zukünftige Zahlungen an X._ nur noch an das Betreibungsamt zu leisten seien.
B. Gegen diese Verfügung reichte X._ am 8. Februar 2012 beim Bezirksgericht Münchwilen als untere Aufsichtsbehörde eine Beschwerde ein, in welcher er auch sonstige Kritik am Betreibungsamt äusserte.
Am 26. Februar 2012 erhob X._ beim Obergericht des Kantons Thurgau als obere Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs eine Beschwerde gegen das Betreibungsamt A._ und gegen das Bezirksgericht Münchwilen mit dem Anliegen, die Sperrung der Zahlungen bei der U._ AG durch das Betreibungsamt aufzuheben und das Bezirksgericht zu veranlassen, das Beschwerdeverfahren durchzuführen.
Am 29. Februar 2012 erging der Entscheid des Bezirksgerichts Münchwilen, gegen welchen X._ am 19. März 2012 wiederum eine Beschwerde beim Obergericht erhob.
In seinem Entscheid vom 18. April 2012 wies das Obergericht die beiden Beschwerden vom 26. Februar 2012 und 19. März 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
C. Dagegen hat X._ am 8. Mai 2012 Beschwerde beim Bundesgericht erhoben, mit welcher er die Rückweisung der Sache an das Obergericht zur Neubeurteilung und ferner die unentgeltliche Rechtspflege verlangt. Mit Verfügung des präsidierenden Mitgliedes vom 23. Mai 2012 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung bzw. vorsorgliche Massnahmen abgewiesen. Am 4. Juni 2012 reichte der Beschwerdeführer ein an das Betreibungsamt gerichtetes Schreiben nach. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Gegen den Entscheid der (oberen) Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen ist streitwertunabhängig die Beschwerde in Zivilsachen gegeben (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c BGG und <ref-law>). Die zehntägige Beschwerdefrist (<ref-law>) ist gewahrt. An sich wäre ein Antrag in der Sache und nicht ein blosser Rückweisungsantrag zu stellen, weil die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (siehe <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 490; <ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 1.2 S. 135). Indes ist der Beschwerdeführer nicht anwaltlich vertreten und es ist aufgrund der ausführlichen Beschwerdebegründung auch klar, was der Beschwerdeführer in der Sache will, so dass die Beschwerde grundsätzlich zu behandeln ist, wobei auf Einzelheiten des Eintretens im Sachzusammenhang zurückzukommen sein wird.
2. Mit Bezug auf die Beschwerde vom 26. Februar 2012 hat das Obergericht erwogen, dass diese erhoben worden sei, als das Beschwerdeverfahren noch vor dem Bezirksgericht Münchwilen pendent gewesen sei, weshalb sie sinngemäss als Rechtsverzögerungsbeschwerde entgegenzunehmen sei. Soweit sie sich direkt gegen das Betreibungsamt richte, könne auf sie nicht eingetreten werden. Soweit sie sich gegen das Bezirksgericht richte, sei sie abzuweisen, weil dieses inzwischen seinen Entscheid gefällt habe.
Aus der Beschwerde an das Bundesgericht geht nicht klar hervor, ob sich der Schuldner mit seiner allgemeinen Kritik auch gegen diesen Teil des angefochtenen Entscheides wendet. Weil diesbezüglich aber jedenfalls keine nachvollziehbare Beschwerdebegründung vorliegt (<ref-law>), wäre insoweit auf die Beschwerde nicht einzutreten.
3. Hinsichtlich der Beschwerde vom 19. März 2012 hat sich das Obergericht zuerst mit dem Vorbringen des Schuldners auseinander gesetzt, das Betreibungsamt A._ sei für "Rechtseingriffe" gegen ihn unzuständig gewesen, weil beim Betreibungsamt B._ noch laufende Pfändungen bestünden, welche vorrangig seien. Es hat erwogen, der Schuldner habe im Verlauf des Jahres 2011 seinen Wohnsitz von B._ nach C._ verlegt, womit das Betreibungsamt A._ ausschliesslich für die (gemäss obergerichtlichen Feststellungen am 26. September 2011, 26. Oktober 2011, 1. Dezember 2011 und 19. Januar 2012 erfolgten) Pfändungen zuständig geworden sei. Im Übrigen sei es für die in B._ angehobene Betreibung zuständig geworden, für welche dem Schuldner die Pfändung noch nicht angekündigt worden sei.
Diesbezüglich rügt der Beschwerdeführer eine Verletzung von <ref-law>, welche den allgemeinen <ref-law> unter bestimmten Bedingungen ausser Kraft setze. Eine Rechtsverletzung ist indes nicht ersichtlich. Soweit es um Betreibungen geht, in welchen die Pfändungsankündigung bis zur Verlegung des Wohnsitzes noch nicht angezeigt worden ist, werden diese am neuen Wohnsitz fortgesetzt (<ref-law>); solche Betreibungen waren fortan direkt durch das Betreibungsamt A._ zu führen. Soweit die Pfändungsankündigung vor dem Wohnsitzwechsel erfolgt ist, wird die Betreibung vom ursprünglichen Betreibungsamt fortgeführt, weil mit der Pfändungsankündigung gemäss <ref-law> der Betreibungsort fixiert wird. Dies ist vorliegend offenbar für bestimmte Betreibungen der Fall, welche noch durch das Betreibungsamt B._ geführt werden. Gemäss <ref-law> darf das Betreibungsamt aber ausserhalb seines Zuständigkeitsbereiches keine Pfändungen vollziehen, sondern hat es hierfür das Betreibungsamt am neuen Wohnsitz des Schuldner mit entsprechenden requisitorischen Handlungen zu betrauen (vgl. ROTH/ WALTHER, in: Basler Kommentar, N. 7 f. zu <ref-law>; MÖCKLI, in: Kurzkommentar SchKG, N. 7 zu <ref-law>). Indem dies vorliegend so gehandhabt worden ist, wurde kein Recht verletzt, zumal sowohl die Aufforderung zur periodischen Einreichung des Verdienstformulars und von Bankauszügen wie auch deren direkte Einholung bei den betroffenen Banken sowie die Anzeige an den Drittschuldner im Sinn von <ref-law> zu den Vollzugshandlungen bei einer Verdienstpfändung gehören, für welche ausschliesslich das requierte Amt zuständig ist.
4. In materieller Hinsicht hat das Obergericht festgehalten, dass die Anzeige an die U._ AG als Drittschuldnerin angesichts der konkreten Umstände als Sicherungsmassnahme angemessen gewesen sei und das Betreibungsamt A._ dem Beschwerdeführer das Existenzminimum und die notwendigen Gewinnungs- bzw. Gestehungskosten ausbezahlt hätte, womit dieser seinen laufenden Verpflichtungen hätte nachkommen können. Ferner hat es erwogen, dass der Beschwerdeführer, welcher geltend gemacht hatte, die Bargeldbezüge seiner Lebenspartnerin von Fr. 15'500.-- seien in seinem Auftrag erfolgt, den Verwendungszweck nicht dargelegt habe, dass er so oder anders erhebliche Einnahmen von der U._ AG erhalten habe, ohne diese gegenüber dem Betreibungsamt zu deklarieren, woran auch die neu eingereichte und als Verdienstabrechnung bezeichnete Aufstellung vom 8. März 2012 nichts ändere, zumal die darin behaupteten Betriebs- und Gewinnungskosten von angeblich Fr. 92'315.35 weder begründet noch belegt seien, und dass er sich nachträgliche AHV-Forderungen selbst zuzuschreiben hätte, da er den Abschluss eines ihm von der U._ AG angebotenen Arbeitsvertrages abgelehnt habe, um offenbar seinen Erwerb dem Zugriff des Betreibungsamtes zu entziehen.
Soweit der Beschwerdeführer vorbringt, er könne die Krankenkassenprämien nicht bezahlen, er habe für die Miete sogar das Sparschwein des Sohnes opfern müssen und er werde bald auf Sozialhilfe angewiesen sein, so ist auf die obergerichtliche Erwägung zu verweisen, dass das Betreibungsamt A._ dem Schuldner aus den Zahlungen seitens der U._ AG das Existenzminimum und die notwendigen Gewinnungskosten überlässt (bzw. überlassen würde, denn bislang hat die U._ AG keine Zahlungen überwiesen).
Wenn der Beschwerdeführer die Erwägungen zu den Bezügen seiner Lebenspartnerin und zur "Verdienstabrechnung" vom 8. März 2012 kritisiert, so betrifft dies den für das Bundesgericht verbindlich festgestellten Sachverhalt (<ref-law>). Daran ändert auch die Behauptung nichts, das Obergericht habe <ref-law> verletzt und es hätte ihn gemäss <ref-law> auf Fehler aufmerksam machen müssen. Gemäss Art. 20a Abs. 2 Ziff. 2 Satz 2 SchKG trifft den Beschwerdeführer eine Mitwirkungspflicht, in deren Rahmen er die Aufsichtsbehörde in seinen Beschwerden von sich aus über die wesentlichen Tatsachen hätte unterrichten und die ihm zugänglichen Beweismittel angeben müssen (COMETTA/MÖCKLI, in: Basler Kommentar, N. 9 zu <ref-law>), da ihm dies vorliegend offensichtlich ohne weiteres möglich und zumutbar gewesen wäre, so dass die Aufsichtsbehörde, zumal die obere, nicht verpflichtet war, ihn vor der Entscheidfällung anzuhalten, seine Behauptungen mit Unterlagen zu dokumentieren.
Wenn der Beschwerdeführer schliesslich die obergerichtlichen Ausführungen zur möglichen AHV-Nachzahlung als unwürdig und diejenigen im Zusammenhang mit dem angebotenen Arbeitsvertrag als Stimmungsmache kritisiert, so stellt dies eine allgemeine Urteilsschelte dar, welche in keinem konkreten Zusammenhang mit dem Verfahrensgegenstand steht. Nicht einzutreten ist sodann auf die allgemeine Kritik am Vorgehen des Betreibungsamtes, namentlich auch im Zusammenhang mit dem Schreiben vom 4. Juni 2012, denn Anfechtungsobjekt der Beschwerde in Zivilsachen kann ausschliesslich der Entscheid des Obergerichtes sein (<ref-law>).
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Wie die vorstehenden Erwägungen zeigen, muss sie als von Anfang an aussichtslos betrachtet werden, weshalb es dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege an den nötigen materiellen Voraussetzungen fehlt (<ref-law>) und dieses folglich abzuweisen ist. Die Gerichtskosten sind ausgangsgemäss dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Betreibungsamt A._ und dem Obergericht des Kantons Thurgau, als obere kantonale Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Juni 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Möckli