Sachverhalt:
A. Mit Eingabe vom 23. Juni 2004 ersuchte die Stadt Zürich, Verkehrsbetriebe (VBZ), um die Genehmigung der Pläne für eine eingleisige Dienstgleisverbindung ab der Haltestelle Sternen Oerlikon von der Schaffhauser- in die Wallisellenstrasse. Bestandteil des Projekts ist die Anpassung der Haltestelle Sternen Oerlikon (Fahrtrichtung Seebach) auf dem Albert-Näf-Platz. Die Haltestelleninfrastruktur, namentlich die Wartehalle, sollte gemäss Projekt 12 m in Richtung Stadt verschoben und behindertengerecht ausgestaltet werden.
B. Während der öffentlichen Planauflage wandte sich die X._ AG mit Eingabe vom 17. September 2004 gegen das Projekt. Zur Hauptsache beantragte sie, die Wartehalle sei zu verschieben oder zumindest mit einer offenen Rückwand auszugestalten bzw. in einer modernen, schmalen und transparenten Ausführung zu bewilligen.
Im Rahmen der Einspracheverhandlungen erklärten sich die VBZ bereit, einen Kompromissvorschlag für die Gestaltung der Wartehalle auszuarbeiten. Über den vorgelegten Vorschlag konnte jedoch keine Einigung erzielt werden.
C. Am 24. Juli 2006 unterbreiteten die VBZ der Genehmigungsbehörde eine Projektänderung. Vorgesehen war eine Wartehalle des bisher verwendeten Typs; allerdings sollte neu ausser im Bereich der Sitzbank keine Rückwand angebracht werden.
Die X._ AG hielt daraufhin mit Eingabe vom 18. September 2006 an ihrer Einsprache auch gegen das geänderte Projekt fest. Sie machte geltend, dieses entspreche nicht der im Rahmen der Einspracheverhandlung ausgearbeiteten Lösung.
D. Mit Verfügung vom 14. Februar 2007 genehmigte das Bundesamt für Verkehr (BAV) die Planvorlage mit Ausnahme der Wartehalle in Fahrtrichtung Seebach.
Dagegen gelangten die VBZ am 19. März 2007 an das Bundesverwaltungsgericht mit dem Antrag, die Erstellung der Tramwartehalle an der Haltestelle Sternen Oerlikon in Fahrtrichtung Seebach gemäss Projektänderung vom 24. Juli 2006 sei zu genehmigen.
Die Abteilung I des Bundesverwaltungsgerichts hat die Beschwerde mit Urteil vom 15. Januar 2008 gutgeheissen und die Planvorlage für die Errichtung der Wartehalle antragsgemäss genehmigt.
E. Die X._ AG erhebt mit Eingabe vom 8. Februar 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Urteils und die Bestätigung der Verfügung des Bundesamtes für Verkehr vom 14. Februar 2007. Eventualiter sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und die Angelegenheit an das Bundesamt für Verkehr zurückzuweisen. Gleichzeitig ersucht die Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Die VBZ schliessen auf vollumfängliche Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Verkehr beantragt, die Beschwerde sei gutzuheissen. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.
In ihrer unaufgefordert zugestellten Replik hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest.
Mit Verfügung vom 6. März 2008 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (<ref-law>) stützt sich in erster Linie auf Bundesverwaltungsrecht (Eisenbahngesetzgebung) und betrifft demzufolge eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Endentscheid i.S.v. <ref-law>. Mit dem Urteil hat das Bundesverwaltungsgericht den VBZ die Baubewilligung für die umstrittene Wartestation erteilt. Die Beschwerdeführerin als unmittelbare Anstösserin ist vom Bauvorhaben in besonderem Masse berührt und grundsätzlich zur Beschwerde legitimiert (zur Legitimation gemäss <ref-law> siehe <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 253 f.). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist - unter Vorbehalt gehörig begründeter Rügen (siehe E. 1.2 hienach) - einzutreten.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. <ref-law> nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe. Die Verletzung blossen kantonalen Rechts bildet keinen selbständigen Beschwerdegrund. Vielmehr hat die Beschwerdeführerin darzulegen, inwiefern der beanstandete Entscheid gegen verfassungsmässige Rechte, wie etwa das Willkürverbot verstossen soll. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in <ref-law> verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Es obliegt der Beschwerdeführerin namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
2. 2.1 Das BAV hat die Genehmigung der Wartestation mit der Argumentation verweigert, das private Interesse der heutigen Beschwerdeführerin überwiege dasjenige der Beschwerdegegnerin.
2.2 Demgegenüber vertritt das Bundesverwaltungsgericht die Auffassung, dem BAV stehe in diesem Bereich kein Ermessen zu. Eine Interessenabwägung sei im vorliegenden Plangenehmigungsverfahren nicht erforderlich gewesen. Massgeblich sei Art. 17 des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 (EBG; SR 742.101). Die Berücksichtigung nachbarlicher Interessen sei keine Voraussetzung für eine Bewilligung nach dieser Bestimmung. Andererseits würden die Interessen der Nachbarn durch die Eigentumsfreiheit geschützt. Würden die Eigentumsrechte der Nachbarn gewahrt, bestehe keine Verpflichtung, weitere rechtlich nicht geschützte nachbarliche Interessen zu berücksichtigen. In einem ersten Schritt gelangt das Bundesverwaltungsgericht zum Schluss, die Eigentumsrechte der Beschwerdeführerin würden durch die Tramwartehalle nicht tangiert. Auch einen Eingriff in die Wirtschaftsfreiheit der Beschwerdeführerin verneint das Bundesverwaltungsgericht.
2.3 Vorab gilt es demnach zu klären, ob dem BAV bei seinem Entscheid überhaupt ein Ermessen zustand, welches eine Interessenabwägung zuliess.
3. 3.1 Das BAV beruft sich in seinem Entscheid auf Art. 36 Abs. 2 der Verordnung vom 23. November 1983 über Bau und Betrieb der Eisenbahnen (Eisenbahnverordnung, EBV; SR 742.141.1). Nach dieser Bestimmung soll den Reisenden ein Warteraum zur Verfügung stehen. Bei Strassenbahnen und Bahnen mit einer dichten Zugfolge kann darauf verzichtet werden. Daraus hat das BAV geschlossen, es sei nicht zwingend erforderlich, dass für die gesetzlich vorgeschriebene Fahrgastinformation sowie für einen allfälligen Billettautomaten ein Raum zu schaffen sei, in dem diese Installationen untergebracht werden können. In Abwägung aller auf dem Spiele stehenden privaten und öffentlichen Interessen sei auf das Aufstellen einer Wartehalle zu verzichten. Die von der Beschwerdeführerin geltend gemachten erheblichen negativen Auswirkungen auf ihre Liegenschaft würden die öffentlichen Interessen an einem aus Komfortgründen erstellten Witterungsschutz überwiegen.
3.2 Das Bundesverwaltungsgericht hat demgegenüber zu Recht aus <ref-law> abgeleitet, grundsätzlich bestehe eine Pflicht zur Errichtung eines Warteraumes. Die zitierte Norm regelt den Ausnahmefall, bei dessen Vorliegen von dieser Pflicht entbunden werden kann. Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin kann aus dem Wortlaut nicht geschlossen werden, die Bewilligungsbehörde könne das Recht auf Erstellung eines Warteraums beschränken, wenn die gesetzlichen Anforderungen an die Baute erfüllt sind. Zwar ist auch gestützt auf <ref-law> eine Interessenabwägung vorzunehmen, wenn die Bahnbetreiberin bei dichter Zugfolge keinen Unterstand errichten will. Diese Interessenabwägung erfolgt dann aber nicht im Sinne der von der Beschwerdeführerin verlangten: Zu gewichten sind in diesem Fall einerseits die Interessen der Fahrgäste an einem gedeckten Unterstand und andererseits die Interessen der Bahnbetreiberin an einem Verzicht auf die Wartehalle.
3.3 In einem ersten Zwischenergebnis ist demzufolge der rechtlichen Würdigung des Bundesverwaltungsgerichts zu folgen, wonach <ref-law> dem BAV kein grundsätzliches Ermessen bezüglich der Bewilligungserteilung einräumt, sondern im Gegenteil der Bahnbetreiberin bei dichter Zugfolge die Möglichkeit gewährt, von der Erstellung eines Warteraums abzusehen, sofern die Interessen der Reisenden dem nicht entgegenstehen. Die Beschwerdeführerin als Nachbarin kann sich nicht auf diese Bestimmung berufen, um den Bau einer Wartehalle zu verhindern, wenn die gesetzlichen Vorschriften erfüllt sind. Zu den gesetzlichen Vorschriften ist das Folgende festzuhalten:
4. 4.1 Gegenstand des Plangenehmigungsverfahrens sind Pläne für Eisenbahnbauten und -anlagen (<ref-law>; <ref-law>). Mit der Plangenehmigung stellt das Bundesamt fest, dass die genehmigten Unterlagen die Erstellung einer vorschriftskonformen Baute oder Anlage erlauben (<ref-law>). Die Plangenehmigungsverfügung für Bauten und Anlagen gilt als Baubewilligung (<ref-law>). Sie stellt eine Polizeierlaubnis dar, welche einzig zum Ziel hat festzustellen, dass keine öffentlichen Interessen der Erstellung des Werkes in der geplanten Form entgegenstehen (<ref-ruling> E. 2d; <ref-ruling> E. 3a S. 152). Daraus lässt sich ableiten, dass allein das Auflageprojekt Gegenstand des Plangenehmigungsverfahrens ist und die Behörde ihm die Genehmigung nicht versagen darf, wenn das geplante Werk im Einklang mit den Vorschriften des Bundesrechts steht (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 152). Liegen nämlich die gesetzlich festgelegten Voraussetzungen für die Erteilung einer Polizeierlaubnis vor, hat die darum ersuchende Person Anspruch auf Erteilung derselben. Demzufolge liegt die Entscheidung darüber, ob die Erlaubnis erteilt wird oder nicht, in der Regel nicht im Ermessen der Bewilligungsbehörde. Indes werden die Anforderungen an die Erteilung einer Baubewilligung oft an unbestimmte Gesetzesbegriffe geknüpft, so dass die Bewilligungsbehörde über einen gewissen Beurteilungsspielraum verfügt (vgl. Ulrich Häfelin/Georg Müller/Felix Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Auflage, Zürich 2006, Rn. 2534).
4.2 Gemäss <ref-law> sind Bahnanlagen und Fahrzeuge nach den Anforderungen des Verkehrs, des Umweltschutzes und gemäss dem Stande der Technik zu erstellen, zu betreiben, zu unterhalten und zu erneuern. Die Bedürfnisse mobilitätsbehinderter Menschen sind angemessen zu berücksichtigen. Ob diese Voraussetzungen gegeben sind, wurde bis anhin noch nicht umfassend geprüft. Die Beschwerdeführerin beruft sich zudem auf <ref-law>, wonach das kantonale Recht zu berücksichtigen ist, soweit es die Bahnunternehmung in der Erfüllung ihrer Aufgabe nicht unverhältnismässig einschränkt. Dabei ist der Beschwerdeführerin darin zuzustimmen, dass die Bewilligungsbehörde in diesem Zusammenhang eine Wertung über die Verhältnismässigkeit allfälliger Einschränkungen vorzunehmen haben wird. Insofern verbleibt ihr ein gewisser Beurteilungsspielraum. Eine weitergehende Interessenabwägung ist aber in diesem Zusammenhang nicht angezeigt. Wenn die Wartehalle die von <ref-law> vorgegebenen Anforderungen erfüllt, ist die Bewilligung dafür zu erteilen.
5. Das Bundesverwaltungsgericht hat im angefochtenen Urteil als Beschwerdeinstanz selber die Bewilligung für das Projekt erteilt. Zwar wurde die geplante Wartehalle gemäss der Projektänderung vom 24. Juli 2006 lediglich redimensioniert, was rechtfertigt, von einer neuerlichen Planauflage abzusehen. Indes bestätigt das BAV, dass eine betrieblich-technische Prüfung des Bauvorhabens bis heute ausgeblieben ist. Die Angelegenheit ist darum an das BAV zur Prüfung der Bewilligungsvoraussetzungen im Sinne der vorstehenden Erwägungen zurückzuweisen.
6. 6.1 Eine eingehende Prüfung der weiteren Rügen erübrigt sich mit Verweis auf das angefochtene Urteil (<ref-law>). Im Ergebnis ist dem Bundesverwaltungsgericht darin zuzustimmen, dass die vom BAV vorgenommene Interessenabwägung nicht angezeigt war. Zudem hat das Bundesverwaltungsgericht einen Eingriff in die Eigentums- und Wirtschaftsfreiheit mit Recht verneint. In dieser Hinsicht vermögen die Rügen der Beschwerdeführerin vor Bundesgericht den gesetzlichen Anforderungen an die Begründungspflicht nicht zu genügen (vgl. E. 1.2 hievor). Auch den Ausführungen des Bundesverwaltungsgerichts zur geltend gemachten Verletzung des Gleichheitsgebotes ist vollumfänglich zu folgen.
6.2 Demnach ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen und die Angelegenheit zur Prüfung der Bewilligungsvoraussetzungen im Sinne der Erwägungen an das BAV zurückzuweisen. Zudem hat das Bundesverwaltungsgericht neu über die Kosten zu beschliessen. Bei diesem Verfahrensausgang hat die Beschwerdeführerin lediglich in reduziertem Umfang Verfahrenskosten zu tragen (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin in reduziertem Umfang für das Verfahren vor Bundesgericht zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der angefochtene Entscheid aufgehoben. Die Angelegenheit wird zur Prüfung der Bewilligungsvoraussetzungen im Sinne der Erwägungen an das Bundesamt für Verkehr zurückgewiesen. Im Kostenpunkt wird die Sache an das Bundesverwaltungsgericht zu neuem Entscheid zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Beschwerdeführerin hat Fr. 1'000.-- an die Gerichtskosten zu bezahlen.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Verkehr und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. September 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer