Sachverhalt:
A. Mit landwirtschaftlichem Pachtvertrag vom 19. September 1990 pachtete A.C._ von G.I._ für die Dauer vom 1. April 1991 bis 31. März 2001 die Liegenschaften K._, L._, M._ und N._ (Parzellen Nummern 131, 1326, 1327, 165, 166, 721, 722 und 147 Grundbuch O._).
Der Milchverband Luzern teilte A.C._ mit Entscheid vom 1. Mai 1991 zufolge Neuaufnahme der Verkehrsmilchproduktion ein Milchkontingent von 15'600 kg zu. Dieses Milchkontingent erhöhte die regionale Rekurskommission auf Beschwerde hin mit Entscheid vom 22. Mai 1991 auf 22'320 kg.
Nach der Kündigung seitens des Verpächters einigten sich A.C._ und B.C._ und G.I._ und H.I._ in einem gerichtlichen Vergleich vom 4. November 1998, das Pachtverhältnis bis 31. März 2005 zu erstrecken.
Nach dem Tod von G.I._ verkaufte dessen Ehefrau H.I._ mit Kaufvertrag vom 29. Dezember 2000 einen Teil der Pachtliegenschaften, nämlich die Parzellen Nr. 131, 1326 und 1327, sowie eine weitere Parzelle Nr. 1650, alle Grundbuch O._, an D.F._ und E.F._. Mit Kaufvertrag vom 21. März 2005 verkaufte H.I._ die restlichen verpachteten Parzellen (Nr. 165, 166, 721 und 147) an E.F._. In beiden Kaufverträgen sind die bis 31. März 2005 erstreckten Pachtverhältnisse und deren Übernahme durch die Käuferschaft ausdrücklich erwähnt.
Am 31. März 2005 beendeten A.C._ und B.C._ die Pacht und übergaben die Pachtliegenschaften D.F._ und E.F._. Das Milchkontingent von 22'320 kg übertrugen sie nicht auf D.F._ und E.F._.
B. B.a Am 24. Juni 2005 reichten D.F._ und E.F._ (Beschwerdegegner) beim Kantonsgerichtspräsidenten II von Obwalden gegen A.C._ und B.C._ (Beschwerdeführer) Klage ein. Sie beantragten, die Beschwerdeführer seien zu verpflichten, der Übertragung von 22'320 kg Milchkontingent auf die Beschwerdegegner zuzustimmen. In diesem Sinn hätten die Beschwerdeführer den Vertrag über die endgültige Übertragung von Milchkontingentsmengen zu unterzeichnen. Im Weigerungsfall sei gerichtlich zu verfügen, dass der richterliche Entscheid die Willenserklärung der Beschwerdeführer ersetze. Die Beschwerdeführer hätten den Beschwerdegegnern sämtliche seit dem 1. April 2005 aus dem zu übertragenden Milchkontingent erzielten Vorteile herauszugeben, zuzüglich Zins seit 22. Juni 2005, eventuell diesen für den in gleicher Höhe entstandenen Schaden Ersatz zu leisten, zuzüglich Zins zu 5 % seit 22. Juni 2005. Eine genaue Bezifferung des Betrags nach Abschluss des Beweisverfahrens bleibe ausdrücklich vorbehalten.
Mit Urteil vom 31. Januar 2006 verpflichtete der Kantonsgerichtspräsident II die Beschwerdeführer, der Übertragung von 22'320 kg Milchkontingent auf die Beschwerdegegner zuzustimmen. Sie hätten der zuständigen Administrationsstelle das Gesuch einzureichen, den Beschwerdegegnern das Milchkontingent von 22'320 kg sofort zu übertragen. Die Administrationsstelle sei nach Rechtskraft des Urteils ermächtigt bzw. beauftragt, das Milchkontingent von 22'320 kg auf die Beschwerdegegner zu übertragen, sofern die Beschwerdeführer das Gesuch nicht einreichten. Ferner verpflichtete er die Beschwerdeführer, den Beschwerdegegnern Schadenersatz im Betrag von Fr. 13'950.-- zu bezahlen, nebst Zins zu 5 % seit 22. Juni 2005.
Dagegen rekurrierten die Beschwerdeführer an die Obergerichtskommission des Kantons Obwalden. Diese wies am 20. Dezember 2006 den Rekurs ab, soweit er sich gegen die Verpflichtung zur Übertragung von 22'320 kg Milchkontingent auf die Beschwerdegegner richtete. Sie fasste jedoch die diesbezüglichen Dispositivziffern wie folgt neu:
"1. A.C._ und B.C._ sind verpflichtet, das Milchkontingent von 22'320 kg auf D.F._ und E.F._ übertragen zu lassen.
2. Die Administrationsstelle der Zentralschweizer Milchproduzenten ZMP(...) wird angewiesen, das Milchkontingent von A.C._ und B.C._ von 22'320 kg per Eintritt der Rechtskraft dieses Urteils auf D.F._ und E.F._ zu übertragen."
In Bezug auf die Zusprechung von Schadenersatz hiess die Obergerichtskommission den Rekurs gut, hob insofern den Entscheid des Kantonsgerichtspräsidenten II auf und wies die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an diesen zurück. In der Begründung hielt sie insbesondere fest, bezüglich Bestand und Umfang des geltend gemachten Schadens sei ein Beweisverfahren durchzuführen.
B.b Nachdem der Obergerichtspräsident die Administrationsstelle der Zentralschweizer Milchproduzenten zur Übertragung des Milchkontingentes an die Beschwerdegegner aufgefordert hatte, wurde festgestellt, dass die Beschwerdeführer bereits per 1. Mai 2006 vorzeitig aus der Milchkontingentierung ausgestiegen waren. Die Administrationsstelle Milchkontingentierung der Zentralschweizer Milchproduzenten lehnte demzufolge die Übertragung mit Entscheid vom 23. Februar 2007 ab. Dieser Entscheid wurde rechtskräftig.
B.c Der Kantonsgerichtspräsident II nahm das Verfahren betreffend Festlegung des Schadenersatzes wieder auf. Er liess beim Schweizerischen Bauernverband ein Gutachten erstellen, welches am 30. Juli 2007 erstattet wurde. Der Gutachter gelangte zum Schluss, den Beschwerdegegnern sei wegen der nicht rechtzeitigen Übertragung des Milchkontingentes bis Ende 2007 ein Schaden von Fr. 10'940.-- entstanden. Zusätzlich entstehe ihnen ein Schaden von Fr. 1'000.--, da sie zur Übernahme der dem Milchkontingent entsprechenden Basisvertragsmenge Milch Mitglied der Produzentenorganisation der Zentralschweizer Milchproduzenten (PO ZMP) werden müssten (Eintrittsgeld von Fr. 1'000.--).
Am 31. Dezember 2007 fällte der Kantonsgerichtspräsident II folgendes Urteil:
"1. Die Beklagten werden verpflichtet, den Klägern Fr. 11'940.-- zu bezahlen, nebst 5 % Zins von Fr. 10'940.-- seit 22. Juni 2005 und von Fr. 1'000.-- seit 27. Februar 2007.
2. Die Beklagten haben die Basisvertragsmenge (Milch) von 22'320 kg an die Kläger zu übertragen und die Administrationsstelle der Zentralschweizer Milchproduzenten (...) zu ermächtigen, die Basisvertragsmenge von 22'320 kg auf die Kläger zu übertragen. Die Kläger haben selbst besorgt zu sein, Mitglied der ZMP zu werden (soweit nicht bereits erfolgt)."
Dagegen rekurrierten die Beschwerdeführer an die Obergerichtskommission und beantragten die Aufhebung des angefochtenen Urteils sowie die Feststellung, dass den Beschwerdegegnern aus der Nichtübertragung des Milchkontingentes kein Schaden erwachsen sei und sie ihnen folglich keinen Schadenersatz schuldeten. Die Beschwerdegegner beantragten die Abweisung des Rekurses, soweit darauf einzutreten sei, und die Bestätigung des angefochtenen Entscheids. Die Obergerichtskommission habe die auf den vorinstanzlichen Urteilszeitpunkt terminierte Schadensberechnung bis zum Rekursentscheid weiterzuführen und zudem gerichtlich zu verfügen, dass der richterliche Entscheid die Willenserklärung der Beschwerdeführer zuhanden der für die Übertragung der eingeklagten Basisvertragsmenge (Milch) heute zuständigen Administrationsstelle ersetze.
Mit Urteil vom 27. Juni 2008 wies die Obergerichtskommission den Rekurs ab. Sie führte die Schadensberechnung bis zum 30. Juni 2008 weiter und verpflichtete die Beschwerdeführer, den Beschwerdegegnern Fr. 14'006.-- zu bezahlen, nebst 5 % Zins von Fr. 13'006.-- seit 22. Juni 2005 und von Fr. 1'000.-- seit 27. Februar 2007. Ferner ergänzte sie Ziffer 2 des Urteilsdispositivs des Kantonsgerichtspräsidenten II vom 31. Dezember 2007 dahingehend, dass die PO ZMP angewiesen werde, die Basisvertragsmenge der Beschwerdeführer von 22'320 kg per 30. Juni 2008 auf die Beschwerdegegner zu übertragen.
C. Die Beschwerdeführer erhoben Beschwerde in Zivilsachen und subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Sie beantragen, das Urteil der Obergerichtskommission vom 27. Juni 2008 aufzuheben und festzustellen, dass die Beschwerdeführer den Beschwerdegegnern keinen Schadenersatz schulden und keine Basisvertragsmenge der PO ZMP auf die Beschwerdegegner übertragen müssen. Eventuell sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegner beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei, und das angefochtene Urteil zu bestätigen. Die Vorinstanz schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Am 22. September 2008 reichten die Beschwerdeführer ein Schreiben der ZMP an die Beschwerdegegner ein, in dem die ZMP den Beschwerdegegnern mitteilte, nicht auf ihr Gesuch um Mitgliedschaft eintreten zu können bzw. dieses abzulehnen, da sie keine Milch "im Sinne der ZMP" produzierten und daher die Voraussetzungen für eine Mitgliedschaft bei der ZMP nicht erfüllten.
D. Mit Präsidialverfügung vom 25. September 2008 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 2).
1.1 Das angefochtene Urteil der Obergerichtskommission als der letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) schliesst das kantonale Verfahren ab und stellt demnach einen Endentscheid dar (<ref-law>).
Der vorliegende Fall beschlägt eine Streitigkeit aus einem landwirtschaftlichen Pachtvertrag, bei der es namentlich um die Leistung von Schadenersatz wegen nicht rechtzeitiger Übertragung des Milchkontingentes geht. Es handelt sich mithin um eine Zivilsache im Sinne von <ref-law> und überdies um eine vermögensrechtliche Angelegenheit.
1.2 In vermögensrechtlichen Angelegenheiten ist die Beschwerde in Zivilsachen nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens 30'000 Franken beträgt (<ref-law>). Die für mietrechtliche Fälle tiefere Streitwertgrenze von 15'000 Franken nach <ref-law> findet auf die Pacht keine Anwendung (BEAT RUDIN, Basler Kommentar, N. 12 zu <ref-law>).
Vorliegend beziffert die Vorinstanz den Streitwert auf Fr. 14'006.--, womit sie den zugesprochenen Schadenersatzbetrag im Auge hat. Die Beschwerdeführer sind der Meinung, es müsse auch der Wert der Basisvertragsmenge von 22'320 kg berücksichtigt werden. Sie vermögen diesen Wert aber nicht zu beziffern, sondern beantragen, die Administrationsstelle Milchkontingentierung der ZMP aufzufordern, Angaben zum aktuellen Wert von Milchkontingenten zu machen und die PO ZMP aufzufordern, Angaben zum aktuellen Wert von Basisvertragsmengen zu machen. Im Übrigen werde die Festlegung des Streitwerts in das Ermessen des Bundesgerichts gestellt.
Bei Beschwerden gegen Endentscheide bestimmt sich der Streitwert nach den Begehren, die vor der Vorinstanz streitig geblieben waren (<ref-law>). Vor der Vorinstanz hatten die Beschwerdeführer nebst der Aufhebung des erstinstanzlichen Urteils beantragt, es sei festzustellen, dass den Beschwerdegegnern aus der Nichtübertragung des Milchkontingentes kein Schaden erwachsen sei und sie ihnen folglich keinen Schadenersatz schuldeten. Betreffend Übertragung der Basisvertragsmenge stellten sie keinen materiellen Antrag, sondern vertraten die Ansicht, die Frage der Übertragung des Milchkontingentes sei mit dem Urteil der Obergerichtskommission vom 20. Dezember 2006 rechtskräftig entschieden worden. Dies spricht für die Annahme, dass - beurteilt nach den vor der Vorinstanz gestellten Begehren - die Übertragung des Milchkontingentes bzw. der Basisvertragsmenge nicht mehr streitig war und daher bei der Bestimmung des Streitwertes unberücksichtigt zu bleiben hat.
Demnach ist vorliegend der Streitwert von Fr. 30'000.-- nicht erreicht, weshalb sich die Beschwerde in Zivilsachen insofern als unzulässig erweist.
1.3 Erreicht der Streitwert den massgebenden Betrag nicht, ist die Beschwerde in Zivilsachen dennoch zulässig, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-law>). Die Beschwerdeführer berufen sich auf diese Bestimmung.
Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, so ist in der Beschwerdeschrift auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist (<ref-law>). Die Beschwerdeführer genügen dieser Begründungspflicht nur teilweise. Sie führen zunächst lediglich einige Fragen an, die sich ihres Erachtens im vorliegenden Fall als solche von grundsätzlicher Bedeutung stellen. Weitere Ausführungen zu deren Bedeutung machen sie nur hinsichtlich der Fragen im Zusammenhang mit der Verpflichtung bzw. der Anweisung zur Übertragung der Basisvertragsmenge (Milch) und mit der Beurteilung der Schadenersatzansprüche im summarischen Verfahren. Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen 6 und 7.6 ergibt, stellen sich diese Rechtsfragen indessen im vorliegenden Verfahren aus prozessualen Gründen gar nicht bzw. können nicht mehr aufgeworfen werden. Die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen kann daher von vornherein nicht mit deren Bedeutung begründet werden.
Die Beschwerde in Zivilsachen erweist sich somit auch insofern als unzulässig und es kann auf sie nicht eingetreten werden. Die Rügen, die im Rahmen der Beschwerde in Zivilsachen erhoben werden, sind demnach nicht zu prüfen.
2. Die Beschwerdeführer erheben auch subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Diese ist zulässig gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen, soweit keine Beschwerde nach den Artikeln 72-89 zulässig ist (<ref-law>). Nachdem vorliegend die Beschwerde in Zivilsachen unzulässig ist (Erwägung 1), erweist sich die subsidiäre Verfassungsbeschwerde als zulässig.
3. 3.1 Die Beschwerdeschrift hat ein Rechtsbegehren zu enthalten (<ref-law>). Da die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gleich wie die Beschwerde in Zivilsachen ein reformatorisches Rechtsmittel ist (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), darf sich der Beschwerdeführer grundsätzlich nicht darauf beschränken, die Aufhebung des angefochtenen Entscheids zu beantragen, sondern muss einen Antrag in der Sache stellen. Er muss demnach angeben, welche Punkte des Entscheids angefochten und welche Abänderungen beantragt werden (<ref-ruling> E. 1.3, 489 E. 3.1). Neue Begehren sind dabei unzulässig (<ref-law> i.V.m. <ref-law>).
3.2 Die Beschwerdeführer beantragen dem Bundesgericht nebst der Aufhebung des angefochtenen Urteils die Feststellung, dass sie den Beschwerdegegnern keinen Schadenersatz schulden.
Es erscheint fraglich, ob dieses Begehren rechtsgenüglich ist. Die Beschwerdegegner hatten ein Leistungsbegehren auf Vorteilsherausgabe bzw. Schadenersatz gestellt. Darauf ist mit dem Antrag auf (teilweise) Abweisung zu antworten und nicht mit einem Feststellungsbegehren. Mit Blick auf die Begründung der Beschwerde lässt sich das Begehren aber doch so auffassen, dass die Beschwerdeführer die Abweisung der Klage beantragen möchten.
3.3 Der Antrag, es sei festzustellen, dass die Beschwerdeführer keine Basisvertragsmenge der PO ZMP auf die Beschwerdegegner übertragen müssen, ist neu. Vor der Vorinstanz haben die Beschwerdeführer diesen Antrag nicht gestellt, obwohl der Kantonsgerichtspräsident II in seinem Urteil vom 31. Dezember 2007 (Ziffer 2) entschieden hatte, die Beschwerdeführer hätten die Basisvertragsmenge (Milch) von 22'320 kg an die Beschwerdegegner zu übertragen und die Administrationsstelle der Zentralschweizer Milchproduzenten zu ermächtigen, die Basisvertragsmenge von 22'320 kg auf die Beschwerdegegner zu übertragen. Die Beschwerdeführer hätten demnach allen Anlass gehabt, diesen Punkt mit einem entsprechenden Rechtsbegehren anzufechten, was sie aber vor der Vorinstanz nicht getan haben. Auf ihr erstmals vor Bundesgericht gestelltes Begehren ist daher nicht einzutreten.
4. Mit der Verfassungsbeschwerde kann nur die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss angeben welches verfassungsmässige Recht verletzt wurde und substantiiert darlegen, worin die Verletzung besteht (vgl. BGE 130 Ia 258 E. 1.3 S. 261). Das Bundesgericht prüft die Verletzung eines Grundrechts nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 117 und 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 6, 439 E. 3.2).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann davon nur abweichen, wenn die Sachverhaltsfeststellung unter Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts zustande kam (Art. 118 Abs. 2 und 116 BGG), was der Beschwerdeführer präzise geltend zu machen hat (Art. 117 und Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 3.2 S. 445).
5. Die Beschwerdeführer machen zunächst eine willkürliche Tatsachenfeststellung geltend, indem die Vorinstanz in klarem Widerspruch zur tatsächlichen Situation von einer "Miete" des Milchkontingents ausgehe und verschiedentlich von "Rückübertragung" spreche.
5.1 Mit der auf den 1. Mai 1999 erfolgten Aufhebung des Prinzips der Flächenbindung wurde die Möglichkeit der flächenunabhängigen Kontingentsübertragung geschaffen. Ein Milchproduzent kann einem anderen Produzenten sein Kontingent ganz oder teilweise endgültig oder nicht endgültig übertragen. Als "nicht endgültig" übertragen gilt diejenige Menge, die mit der Verpflichtung übertragen wird, dass sie dem Kontingentsabgeber rückübertragen werden muss (Art. 3 Abs. 5 der Verordnung vom 7. Dezember 1998 über die Kontingentierung der Milchproduktion, [MKV; SR 916.350.1]). Bei der endgültigen Übertragung spricht man auch von "Kauf", bei der nicht endgültigen von "Miete" (ROGER BRÄNDLI, Die Haftung des "Kontingentsmieters" beim Ausstieg aus der Milchkontingentierung, AJP 2006, S. 1009 ff., S. 1010 f.).
5.2 Vorliegend erhielt A.C._ das fragliche Milchkontingent seinerzeit selber zugeteilt. Es wurde den Beschwerdeführern nicht von den Beschwerdegegnern übertragen. Jedoch sind sie nach den Ausführungen der Vorinstanz vertraglich verpflichtet, bei Beendigung des Pachtverhältnisses das Milchkontingent dem Verpächter zu übertragen.
Es trifft demnach zu, dass vorliegend keine "Kontingentsmiete" gegeben ist und auch nicht von einer Rückübertragung gesprochen werden sollte. Dass die Vorinstanz sich dennoch in ihren Erwägungen gelegentlich dieser Terminologie bediente, bedeutet jedoch keine willkürliche Sachverhaltsfeststellung, die einen entscheidenden Einfluss auf ihr Urteil hätte und vom Bundesgericht daher korrigiert werden müsste. Die Vorinstanz hat in tatsächlicher Hinsicht korrekt festgehalten, das Milchkontingent sei 1991 A.C._ zugeteilt worden (Urteil S. 2). Sie stellt nirgends fest, die Beschwerdegegner hätten den Beschwerdeführern das Kontingent "vermietet". Indessen zeitigt die vorliegende Situation, bei der der Pächter das Kontingent selber erworben hat, jedoch vertraglich verpflichtet ist, dieses bei Pachtende dem Verpächter zu übertragen, teilweise ähnliche Wirkungen wie eine nicht endgültige Übertragung eines Milchkontingents. Beidesmal besitzt der Kontingentsinhaber das Milchkontingent nicht endgültig, sondern ist zur Übertragung bzw. Rückübertragung desselben verpflichtet. In diesem Sinn ist es ohne weiteres verständlich, wenn die Vorinstanz gelegentlich die entsprechende Terminologie verwendete. Daraus kann nicht abgeleitet werden, ihr Entscheid beruhe auf einer aktenwidrigen tatsächlichen Annahme einer "Kontingentsmiete".
6. Zivilrechtliche Klagen aus landwirtschaftlichen Pachtverträgen entscheidet der Zivilrichter (Art. 48 des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1985 über die landwirtschaftliche Pacht [LPG; SR 221.213.2]), wobei die Kantone ein einfaches und rasches Verfahren vorsehen müssen (Art. 47 Abs. 1 LPG). Die Urteile des Kantonsgerichtspräsidenten II und der Obergerichtskommission vom 31. Januar 2006, 20. Dezember 2006, 31. Dezember 2007 und 27. Juni 2008 ergingen im summarischen Verfahren, das im Kanton Obwalden zur Erledigung zivilrechtlicher Klagen aus landwirtschaftlichen Pachtverhältnissen Anwendung findet (Art. 34 Abs. 1 lit. d GOG/OW und <ref-law>/OW). Die Vorinstanz führte dazu aus, das summarische Verfahren sei auch betreffend den Schadenersatzanspruch anwendbar, da es sich hierbei um einen sekundären Leistungsanspruch handle, der an die Stelle des primären Leistungsanspruchs, d.h. der Kontingentsübertragung, trete, der mithin auf dasselbe Pachtvertragsverhältnis zurückgehe.
Die Beschwerdeführer machen eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) geltend. Durch die Anwendung des summarischen Verfahrens seien ihnen weniger Angriffs- und Verteidigungsmittel zur Verfügung gestanden als in einem ordentlichen Verfahren. Zudem sei <ref-law> (Anspruch auf den gesetzlichen Richter) verletzt, da im ordentlichen Verfahren nicht der Kantonsgerichtspräsident, sondern das Kantonsgericht zuständig gewesen wäre. Weil bei der Wahl des Verfahrens klare und "unumstössliche" Normen verletzt worden seien, liege Willkür vor.
Die Beschwerdeführer erheben diese Rügen nach Treu und Glauben zu spät, haben sie sich doch auf die vier kantonalen Verfahren eingelassen, ohne je die Verfahrensart zu beanstanden, so dass sie damit vorliegend nicht zu hören sind (<ref-ruling> E. 4.3). Im Übrigen erwiese sich die Beanstandung ohne weiteres als unbegründet. Die eingeklagten Ansprüche auf Übertragung des Milchkontingentes bzw. Leistung von Schadenersatz leiten sich aus dem Pachtvertrag bzw. aus der Verletzung der vertraglichen Übertragungspflicht ab. Bei dieser Sachlage ist es keineswegs willkürlich, wenn die Vorinstanzen von einer zivilrechtlichen Klage aus einem landwirtschaftlichen Pachtverhältnis ausgingen und dementsprechend das hierfür vorgesehene summarische Verfahren anwendeten. Somit können die Beschwerdeführer aus der Tatsache, dass das summarische Verfahren Anwendung fand, von vornherein keine Verletzung ihrer Ansprüche auf rechtliches Gehör oder auf den gesetzlichen Richter ableiten.
7. 7.1 Der Kantonsgerichtspräsident II hatte nach dem Rückweisungsentscheid der Obergerichtskommission vom 20. Dezember 2006 über Bestand und Umfang des geltend gemachten Schadens ein Beweisverfahren durchzuführen und in seinem zweiten Urteil vom 31. Dezember 2007 nur noch über den Schadenersatzanspruch erneut zu befinden. Die Frage der Pflicht zur Übertragung des Milchkontingentes war mit dem Urteil der Obergerichtskommission vom 20. Dezember 2006 entschieden. Trotzdem verpflichtete er in Ziffer 2 seines Urteils vom 31. Dezember 2007 die Beschwerdeführer, den Beschwerdegegnern die Basisvertragsmenge (Milch) von 22'320 kg zu übertragen und die Administrationsstelle der Zentralschweizer Milchproduzenten zu ermächtigen, die Basisvertragsmenge von 22'320 kg auf die Beschwerdegegner zu übertragen, wobei diese selbst dafür besorgt zu sein hätten, Mitglied der ZMP zu werden.
Die Obergerichtskommission bestätigte diese Anordnung im Urteil vom 27. Juni 2008 und ergänzte sie dahingehend, dass die PO ZMP angewiesen werde, die Basisvertragsmenge von 22'320 kg per 30. Juni 2008 auf die Beschwerdegegner zu übertragen (Dispositivziffer 3 des angefochtenen Urteils).
7.2 Die Beschwerdeführer erblicken darin einen Verstoss gegen das Verschlechterungsverbot und damit gegen das Willkürverbot. Ferner rügen sie eine Verletzung von <ref-law>. Mit dem nicht gebotenen und nicht einmal beantragten Vorgehen betreffend Übertragung der 22'320 kg Basisvertragsmenge zugunsten der Beschwerdegegner habe die Vorinstanz das Gebot der gleichen und gerechten Behandlung verletzt.
7.3 <ref-law>/OW bestimmt, dass einer Partei grundsätzlich weder mehr noch anderes zugesprochen werden darf, als sie selbst verlangt, noch weniger als die Gegenpartei anerkannt hat. Nach der damit statuierten Dispositionsmaxime (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 360; <ref-ruling> E. 3c und 4) bestimmt der Rechtsmittelkläger mit seinen Anträgen, in welchem Umfang das vorinstanzliche Urteil abgeändert werden darf; das Verbot der reformatio in peius verbietet der Rechtsmittelinstanz, über die Rechtsmittelanträge des Rechtsmittelklägers hinauszugehen, es sei denn, die Gegenpartei habe ihrerseits Anschlussrekurs ergriffen. Beim Verschlechterungsverbot handelt es sich um einen klaren und unumstrittenen Rechtsgrundsatz, dessen Missachtung gegen das Willkürverbot verstösst (<ref-ruling> E. 3.2 S. 158).
7.4 Vorliegend hatte der Kantonsgerichtspräsident II nach dem Rückweisungsentscheid der Obergerichtskommission vom 20. Dezember 2006 einzig über den Schadenersatz (und die Kosten) neu zu entscheiden, wie er selber in seinem Urteil vom 31. Dezember 2007 festhielt (S. 8 E. I.1). Die Frage der Pflicht zur Übertragung des Milchkontingents war mit dem Urteil der Obergerichtskommission vom 20. Dezember 2006 rechtskräftig entschieden.
Gleichwohl nahm der Kantonsgerichtspräsident II diese Frage wieder auf und ersetzte die mit dem Urteil der Obergerichtskommission vom 20. Dezember 2006 bereits rechtskräftig entschiedene, infolge des vorzeitigen Ausstiegs der Beschwerdeführer aus der Milchkontingentierung per 1. Mai 2006 aber nicht mehr erfüllbare Pflicht zur Übertragung des Milchkontingents von 22'320 kg durch die Pflicht zur Übertragung der Basisvertragsmenge (Milch) von 22'320 kg.
Die Obergerichtskommission schützte diesen Entscheid, wobei sie die PO ZMP direkt anwies, die Basisvertragsmenge der Beschwerdeführer von 22'320 kg per 30. Juni 2008 auf die Beschwerdegegner zu übertragen.
7.5 Damit haben die Vorinstanzen den Streitgegenstand in Verletzung der Dispositionsmaxime nach <ref-law>/OW und in Missachtung der Teilrechtskraft des Urteils der Obergerichtskommission vom 20. Dezember 2006 von sich aus erweitert. Die Beschwerdeführer machen in diesem Zusammenhang mit Recht eine Verletzung des Willkürverbots geltend, was in teilweiser Gutheissung der Beschwerde zur Aufhebung der entsprechenden Dispositivziffern der vorangehenden Urteile führen muss. Dies ist vom Antrag der Beschwerdeführer auf Aufhebung des angefochtenen Urteils gedeckt.
7.6 Damit bleibt es betreffend Übertragung des Milchkontingents beim Urteil der Obergerichtskommission vom 20. Dezember 2006. Welche Konsequenz der Umstand des vorzeitigen Ausstiegs aus der Milchkontingentierung auf die rechtskräftig angeordnete Pflicht zur Übertragung des Milchkontingents zeitigt, namentlich, ob die Beschwerdegegner stattdessen die Übertragung der entsprechenden Basisvertragsmenge verlangen können, ist im vorliegenden Verfahren nicht zu prüfen. Diese Frage bildet nicht Verfahrensgegenstand und hätte es - wie dargelegt - auch nicht im vorinstanzlichen Verfahren bilden dürfen. Auf die Rügen einer Verletzung von Art. 8, 9, 29 und 30 BV, welche die Beschwerdeführer gegen die vorinstanzlichen Erwägungen über die Verpflichtung bzw. die Anweisung zur Übertragung der Basisvertragsmenge (Milch) von 22'320 kg erheben, ist demnach nicht einzugehen, zumal auf das diesbezügliche Rechtsbegehren, es sei festzustellen, dass die Beschwerdeführer keine Basisvertragsmenge der PO ZMP auf die Beschwerdegegner übertragen müssen, zufolge Neuheit nicht eingetreten werden kann (Erwägung 3.3).
8. 8.1 Betreffend den vom Kantonsgerichtspräsidenten II den Beschwerdegegnern zugesprochenen Schadenersatz beriefen sich die Beschwerdeführer vor der Vorinstanz erstmals auf die Schadensminderungspflicht der Beschwerdegegner bzw. auf eine Schadensvermeidung durch die Milchverwertung seitens der Beschwerdegegner für die Kälbermast. Die Vorinstanz betrachtete die diesbezüglichen Behauptungen und Beweismittel als unzulässig, da sie es als grobes Verschulden wertete, dass diese nicht schon früher vorgebracht worden waren.
Im Sinne einer Eventualbegründung führte sie aus, selbst wenn die neuen Behauptungen und Beweismittel in Bezug auf die Schadensminderungspflicht zuzulassen wären, vermöchten die Beschwerdeführer daraus nichts zu ihren Gunsten abzuleiten. Eine auf <ref-law> i.V.m. <ref-law> gestützte Reduktion des Schadenersatzes trete nicht ein, wenn der Schuldner die Vertragsverletzung bzw. den Schaden absichtlich oder eventualvorsätzlich verursacht habe. Nach <ref-law> habe der Schuldner zu beweisen, dass ihm keinerlei Verschulden zur Last falle. Vorliegend hätten die Beschwerdeführer nicht bloss ihre vertragliche Übertragungspflicht in Bezug auf das Milchkontingent nicht eingehalten und damit eine Vertragsverletzung begangen. Sie seien zudem während des hängigen Zivilprozesses betreffend Übertragung des Milchkontingents unter Verstoss gegen das in <ref-law>/OW statuierte Verbot der Veränderung des Streitgegenstandes ohne Bewilligung des Gerichts per 1. Mai 2006 aus der Milchkontingentierung ausgestiegen, obwohl sie nach der damals herrschenden Auffassung davon hätten ausgehen müssen, dass durch einen solchen Ausstieg eine Übertragung des Milchkontingents an die Beschwerdegegner endgültig verunmöglicht und das Milchkontingent "vernichtet" würde, während sie die dem bisherigen Milchkontingent entsprechende Basisvertragsmenge Milch weiterhin für sich hätten nutzen können. Unter diesen Umständen sei davon auszugehen, dass die Beschwerdeführer den den Beschwerdegegnern aus diesem Verhalten allfällig entstehenden Schaden zumindest eventualvorsätzlich verursacht hätten. Den Nachweis, dass sie kein Verschulden treffe, hätten sie nicht angetreten. Es sei ihnen daher verwehrt, sich auf eine Schadensminderungspflicht zu berufen.
Ferner führte die Vorinstanz aus, der Einrede der Beschwerdeführer wäre auch insoweit kein Erfolg beschieden, als sie zu ihrer Stützung die Behauptung aufstellten, die Beschwerdegegner hätten einen "Ersatzkauf" für das vorenthaltene Kontingent tätigen können, da sie diese in keiner Weise substantiiert hätten und den Beschwerdegegnern ein Ersatzkauf nicht zuzumuten gewesen wäre. Auch hätten die Beschwerdeführer nicht substantiiert dargelegt, inwiefern die von ihnen bei der Berufung auf die Schadensminderungspflicht herangezogene "Bruttomarge" aus der Milchverwertung in der Kälbermast mit dem in der Expertise errechneten Nettoertrag pro Kilo Milch aus der Verkehrsmilchproduktion vergleichbar wäre. Sie zeigten nicht auf, inwiefern über die Milchverwertung in der Kälbermast für die Zeit vom 1. April 2005 bis 31. Dezember 2007 ein den Betrag von Fr. 10'940.-- übersteigender Nettoertrag hätte erzielt werden können.
8.2 Die Beschwerdeführer rügen in diesem Zusammenhang eine Verletzung von Art. 8, 9, 29 und 30 BV. Was sie dazu vorbringen, vermag den Anforderungen an die Begründung einer Verfassungsrüge (Erwägung 4 vorne) kaum zu genügen. Ihre Ausführungen sind überdies ohnehin nicht stichhaltig:
So können die Vorwürfe an die Adresse des Kantonsgerichtspräsidenten II bei der Fragestellung an den Experten im Verfahren vor Bundesgericht nicht mehr gehört werden. Es ist in keiner Weise dargetan, dass die Mitwirkungsrechte der Beschwerdeführer bei der Erstellung der Expertise nicht gewahrt worden wären und die Vorinstanz eine solche Verletzung von Parteirechten bei prozessrechtskonformer Rüge im Rekursverfahren geschützt hätte.
Sodann stimmt es zwar, dass die Vorinstanz sich unpräzis ausdrückt, wenn sie vom "von den Rekursgegnern gemieteten Milchkontingent" spricht. Für die Rechtsanwendung hat diese unzutreffende Ausdrucksweise aber keine Auswirkungen, da es ohne weiteres klar ist, dass es um die vertragliche Verpflichtung zur Übertragung des Milchkontingentes an die Beschwerdegegner geht (vgl. die vorstehende Erwägung 5).
Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs und des Willkürverbots, weil die Vorinstanz die Vorbringen der Beschwerdeführer betreffend Schadensvermeidung bzw. Schadensminderung zufolge Verspätung nicht berücksichtigt und aufgrund derselben <ref-law> nicht von Amtes wegen angewendet habe, ist nach den Ausführungen in der Beschwerde nicht nachvollziehbar, zumal die Vorinstanz eine Eventualbegründung für den Fall abgab, dass die Vorbringen nicht als verspätet zu betrachten wären.
Sodann kann den Beschwerdeführern auch nicht gefolgt werden, wenn sie im Vorwurf ungenügender Substantiierung einen Verstoss gegen das Verbot des überspitzten Formalismus erblicken. Sie zeigen nicht rechtsgenüglich auf, dass sie genügend substantiierte Darlegungen prozessrechtskonform vorgetragen hätten, welche die Vorinstanz nicht berücksichtigt hätte (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2b S. 368; <ref-ruling> E. 2d mit Hinweisen).
8.3 Zusammenfassend erweist sich die Beschwerde, soweit sie sich gegen den zugesprochenen Schadenersatz richtet, als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
9. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist teilweise gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Beschwerdeführer obsiegen lediglich insofern, als sie sich dagegen wehrten, dass die Vorinstanz (und der Kantonsgerichtspräsident II) den Streitgegenstand in Missachtung der Teilrechtskraft des Urteils der Obergerichtskommission vom 20. Dezember 2006 auf die Übertragung der Basisvertragsmenge von 22'320 kg erweiterten. Im eigentlichen Hauptstreitpunkt des vorliegenden Verfahrens, das heisst in Bezug auf den Schadenersatz, unterliegen sie demgegenüber vollumfänglich. Bei diesem Verfahrensausgang rechtfertigt es sich, die Kosten zu 9/10 den Beschwerdeführern und zu 1/10 den Beschwerdegegnern aufzuerlegen (<ref-law>). Im gleichen Verhältnis sind die Parteikosten aufzuteilen, womit eine reduzierte Parteientschädigung zugunsten der Beschwerdegegner von Fr. 2'000.-- resultiert (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Betreffend die Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens ist die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das Urteil der Obergerichtskommission vom 27. Juni 2008 wird in Ziffer 2 des Urteilsdispositivs bestätigt. In Ziffer 3 des Urteilsdispositivs wird es aufgehoben und wie folgt neu gefasst:
"Ziffer 2 des Urteilsdispositivs des Kantonsgerichtspräsidenten II vom 31. Dezember 2007 wird aufgehoben."
3. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden im Umfang von Fr. 1'800.-- den Beschwerdeführern, im Umfang von Fr. 200.-- den Beschwerdegegnern auferlegt, je unter solidarischer Haftbarkeit.
5. Die Beschwerdeführer haben den Beschwerdegegnern für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen, unter solidarischer Haftbarkeit.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und der Obergerichtskommission des Kantons Obwalden schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Oktober 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Widmer