Faits:
A.
Par jugement du 10 mars 2003, le Président du Tribunal de l'arrondissement de Lausanne a prononcé le divorce de A._ et de B._ et ratifié leur convention sur les effets du divorce prévoyant que l'autorité parentale et la garde de leurs deux enfants, C._ (1995) et D._ (1998), seraient attribuées à la mère et que le père contribuerait à l'entretien de chacun des enfants par le versement d'une pension mensuelle de 1'050 fr. jusqu'à ce que l'enfant ait atteint l'âge de 12 ans révolus, puis de 1'150 fr., jusqu'à l'âge de 16 ans révolus, et enfin de 1'300 fr. jusqu'à la majorité ou l'indépendance financière de l'enfant. Les motifs de ce jugement précisaient que le montant des contributions d'entretien avait été établi sur la base d'un revenu mensuel net, treizième salaire compris et hors allocations familiales, pour le père - alors médecin assistant - de 6'800 fr. et pour la mère - juriste et employée à 70% - de 4'850 fr.
Le 17 mai 2007, A._ est devenue la mère d'une fille, E._, née de son second mariage. La mère et son nouvel époux vivent séparés depuis septembre 2009 et sont actuellement en instance de divorce.
Au mois de février 2010, les parties sont convenues que l'enfant cadet, D._, vive chez son père pour un " temps d'essai ". Par la suite, la fille des parties, C._, a également manifesté son désir de vivre auprès de son père.
B.
Par demande du 30 août 2011 en modification du jugement de divorce, le père a conclu à ce que l'autorité parentale et la garde des enfants lui soient attribuées et à ce que la mère contribue à l'entretien de chaque enfant par le versement d'une pension mensuelle "fixée à dire de justice". Le 29 février 2012, la mère a conclu au rejet de la demande du père.
B.a. Le père a déposé le 21 juin 2012 une requête de mesures provisionnelles tendant à l'octroi de l'autorité parentale et de la garde des enfants et à ce que la mère contribue à l'entretien de chacun des enfant par le versement d'une pension mensuelle de 900 fr., allocations familiales en sus.
Lors de l'audience de mesures provisionnelles du 28 juin 2012, les parties sont convenues d'attribuer l'autorité parentale et la garde des enfants au père. Le Président du tribunal a ratifié cet accord sur le siège pour valoir jugement partiel définitif et exécutoire et a rayé la cause du rôle dans cette mesure.
Sur la question encore litigieuse de la contribution pécuniaire pour l'entretien des enfants, le père a, par mémoire du 24 août 2012, conclu au versement par la mère, pour l'enfant cadet, D._, d'une pension mensuelle de 1'050 fr., dès le 1er septembre 2011 et jusqu'à ce que l'enfant ait atteint l'âge de 16 ans révolus, puis de 1'150 fr., jusqu'à la majorité ou l'indépendance financière de cet enfant; et, pour l'enfant aînée, C._, d'une pension mensuelle de 1'150 fr., dès le 1er juillet 2012 et jusqu'à sa majorité ou son indépendance financière.
La mère a conclu le même jour au rejet des conclusions du demandeur en fixation d'une contribution d'entretien.
B.b. Par jugement du 17 octobre 2012, le Président du tribunal a d'abord constaté que les parties avaient signé une convention le 28 juin 2012, ratifiée par ce magistrat pour valoir jugement, attribuant l'autorité parentale et la garde des enfants au père, puis a astreint la mère à contribuer à l'entretien de sa fille C._, dès le 1er juillet 2012, par le versement d'une pension mensuelle de 835 fr., hors allocations familiales, jusqu'à la majorité de l'enfant ou au-delà jusqu'à l'achèvement d'une formation professionnelle, ainsi qu'à l'entretien de son fils D._, dès le 1er septembre 2011, par le versement d'une pension mensuelle de 835 fr., jusqu'à l'âge de 16 ans révolus, puis de 1'000 fr. dès lors et jusqu'à la majorité de l'enfant ou au-delà jusqu'à l'achèvement d'une formation professionnelle.
B.c. Statuant par arrêt du 14 janvier 2013, notifié aux parties le 25 février 2013, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté l'appel formé par la mère le 19 novembre 2012 tendant principalement à la suppression de son obligation d'entretien.
C.
Par acte du 28 mars 2013, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et principalement au renvoi de la cause à l'autorité précédente, subsidiairement à la réforme de la décision de première instance en ce sens qu'elle n'est la débitrice d'aucune contribution pour l'entretien des enfants et, plus subsidiairement encore, à la réforme de la décision de première instance en ce sens qu'elle contribuera, dans un délai de six mois suivant l'arrêt définitif et exécutoire, à l'entretien de ses deux enfants C._ et D._, par le versement d'une somme fixée à dire de justice mais qui ne saurait être supérieure à 300 fr. pour chacun. Au préalable, la recourante sollicite l'octroi de l'effet suspensif à son recours.
Faute de motivation sur cet aspect, la requête d'effet suspensif de la recourante a d'emblée été rejetée, par ordonnance du 2 avril 2013 du Président de la Cour de céans.
Des réponses n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1.
1.1. Le recours en matière civile, dirigé contre une décision finale (<ref-law>), rendue sur recours par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2 LTF), dans une affaire civile (<ref-law>), de nature pécuniaire dont la valeur litigieuse est supérieure à 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et al. 4, 74 al. 1 let. b LTF), a été interjeté en temps utile (<ref-law>) et en la forme prévue par la loi (<ref-law>), par une partie qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et qui a un intérêt à l'annulation ou à la modification de l'arrêt entrepris (art. 76 al. 1 let. a et b LTF); il y a donc lieu, en principe, d'entrer en matière sur le recours.
1.2. Dans le cadre d'un recours en matière civile des <ref-law>, qui est une voie de réforme, si le Tribunal fédéral admet le recours, il peut en principe statuer lui-même sur le fond (<ref-law>), en sorte que la partie recourante ne peut se borner à demander l'annulation de la décision attaquée, elle doit prendre des conclusions sur le fond du litige (arrêts 5A_140/2013 du 28 mai 2013 consid. 1.2 et 5A_461/2011 du 14 octobre 2011 consid. 2). Les conclusions réformatoires doivent donc être déterminées et précises, c'est-à-dire indiquer exactement quelles modifications sont demandées; ainsi, celles qui portent sur une somme d'argent doivent être chiffrées (<ref-ruling> consid. 2 p. 237). En l'occurrence, la recourante conclut principalement à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à l'autorité précédente, sans exposer en quoi la Cour de céans serait empêchée de réformer elle-même la décision querellée; la conclusion principale est ainsi irrecevable. Toutefois, à titre subsidiaire, la recourante conclut à ce que l'arrêt entrepris soit annulé et la décision du premier juge réformé en ce sens que l'on peut comprendre qu'elle requiert en réalité que son obligation d'entretien soit supprimée. Le présent recours est donc recevable eu égard à la conclusion subsidiaire, de nature réformatoire et chiffrée.
2.
Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, il n'examine en principe que les griefs soulevés; il n'est pas tenu de traiter, à l'instar d'une autorité de première instance, toutes les questions juridiques pouvant se poser, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 104). En outre, le Tribunal fédéral ne connaît de la violation de droits fondamentaux que si de tels griefs ont été invoqués et motivés par le recourant ("principe d'allégation", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 310 s.; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 234; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254).
3.
Le recours a pour objet la modification du jugement de divorce en ce qui concerne la fixation de la contribution due par la mère pour l'entretien de chacun des deux enfants des parties, à la suite de l'attribution du droit de garde au père.
S'agissant de la situation financière des parties, la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois a constaté que le père travaille en qualité de médecin chef de clinique et réalise un salaire mensuel net d'environ 12'000 fr., alors que la mère, qui occupe un emploi de directrice des ressources humaines, perçoit un salaire mensuel net de 10'046 fr. 60, hors allocations familiales de 365 fr. 30 pour sa fille E._.
Statuant sur l'appel de la mère qui soutenait que les contributions pour l'entretien des enfants C._ et D._, fixées en application de la méthode dite "des pourcentages", empiètent sur son minimum vital, la cour cantonale a considéré qu'il était correct que la mère consacre un montant correspondant à 25% de son revenu mensuel net, à savoir 2'511 fr. 65 (10'046 fr. 60 x 25%) pour l'entretien de ses trois enfants, ou 837 fr. 20 pour chacun. Relevant que plusieurs postes de charges allégués par la mère - notamment les arriérés d'impôts par 1'500 fr. par mois et les frais d'avocats par 1'000 fr. par mois - consistaient en des frais temporaires qui n'avaient pas à être pris en considération dans ce contexte au regard de la jurisprudence, et que le coût d'entretien de la fille E._ était en partie couvert par les allocations familiales perçues (365 fr. 30) non-comptabilisées dans son revenu net, l'autorité d'appel a nié que la mère supportait des charges mensuelles de 9'564 fr. 05, ainsi que celle-ci l'affirmait; partant, la cour cantonale a estimé que les montants fixés pour l'entretien des enfants étaient " parfaitement en rapport avec le niveau de vie et la capacité contributive " de la débirentière et n'avaient pas pour effet d'entamer le minimum vital de celle-ci.
4.
Dans un premier grief, la recourante se plaint de la violation de la maxime inquisitoire (<ref-law>), considérant que la cour cantonale devait instruire la cause de manière plus précise au sujet des ressources financières du père. Elle estime ainsi que les juges d'appel ne pouvaient pas se contenter de préciser la profession du père et le salaire qu'il perçoit, puis d'ajouter, sans mention du revenu tiré de ces activités, que celui-ci est en outre l'associé gérant d'un cabinet médical constitué en une société à responsabilité limitée et exerce un mandat de gérant d'une société française. Elle considère par ailleurs que l'autorité précédente a violé la maxime inquisitoire applicable en n'examinant pas davantage la question d'éventuels revenus tirés de la fortune. La recourante soutient que les éléments relatifs à la situation financière du parent gardien, en l'occurrence, devaient être connus pour déterminer la quotité de la contribution d'entretien des enfants.
4.1. En vertu de l'<ref-law>, la maxime inquisitoire s'applique lorsque le juge est saisi de questions relatives aux enfants dans les affaires de droit de la famille. Le juge a le devoir d'éclaircir les faits et de prendre en considération d'office tous les éléments qui peuvent être importants pour rendre une décision conforme à l'intérêt de l'enfant, même si ce sont les parties qui, en premier lieu, lui soumettent les faits déterminants et les offres de preuves. Il n'est lié ni par les faits allégués, ni par les faits admis, ni par les moyens de preuve invoqués par les parties; il ordonne d'office l'administration de tous les moyens de preuve propres et nécessaires à établir les faits pertinents. Cette obligation du juge d'établir d'office les faits n'est cependant pas sans limite. La maxime inquisitoire ne dispense pas, en effet, les parties de collaborer activement à la procédure et d'étayer leurs propres thèses; il leur incombe de renseigner le juge sur les faits de la cause et de lui indiquer les moyens de preuve disponibles (<ref-ruling> consid. 3.2.1 p. 413, arrêt 5A_442/2013 du 24 juillet 2013 consid. 5.1).
4.2. En l'occurrence, il ressort de la décision entreprise que l'autorité d'appel a déterminé le revenu mensuel net de chaque partie tiré de leur profession, sans examiner les éventuelles ressources annexes de chacune. La cour cantonale a ensuite statué selon la méthode "des pourcentages", tout en vérifiant que la capacité contributive de la débirentière lui permettait de s'acquitter des montants ainsi déterminés et que la quotité des contributions n'était pas en disproportion avec le train de vie du parent gardien. On ne voit donc pas - et la recourante ne l'expose au demeurant pas - la raison pour laquelle il aurait été nécessaire que l'autorité précédente examine précisément les ressources financières annexes du père, dès lors qu'elle a appliqué une méthode, que la recourante ne critique dorénavant plus, tendant à déterminer un pourcentage sur le revenu mensuel net du parent débiteur des contributions d'entretien et que le niveau de vie du parent gardien a été pris en considération.
Quoi qu'il en soit, la recourante, qui reproche à la cour cantonale de ne pas avoir instruit la cause conformément à la maxime inquisitoire, et en particulier se plaint du fait que l'autorité n'a pas administré de preuves sur le fait pertinent que constitue l'établissement des revenus accessoires du parent gardien, n'allègue pas non plus avoir invité la cour cantonale à instruire plus avant ce sujet ou offert de preuve sur cette question; cela ne ressort pas non plus de son mémoire d'appel, en sorte que le grief concernant l'établissement des revenus accessoires et de la fortune du parent gardien est un moyen nouveau dans le recours en matière civile. Or, le recours n'est ouvert qu'à l'encontre des décisions rendues par une autorité cantonale de dernière instance, ce qui suppose que la partie recourante ait épuisé les voies de droit quant aux griefs qu'elle entend soumettre au Tribunal fédéral, partant le grief relatif à l'établissement des revenus accessoires et de la fortune du père, qui n'a pas été présenté devant l'autorité précédente est irrecevable (principe de "l'épuisement des griefs", <ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 3 s. et 424 consid. 3.2 p. 429; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 527).
4.3. A titre subsidiaire, la recourante se plaint de la même prétendue lacune d'instruction au sujet des sources de revenus du père, mais sous couvert de la violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), en tant que trois allégués de son mémoire de droit déposé en première instance n'ont pas été pris en considération alors que, selon elle, ils démontrent que " la situation financière [ du père ]est nettement supérieure à la moyenne et lui permet de subvenir seul à l'entretien de ses deux enfants en leur offrant des conditions de vie dépassant largement leurs minimums vitaux ".
Ainsi qu'il a été exposé au considérant ci-dessus, la recourante n'a présenté devant la cour cantonale aucun moyen en relation avec l'instruction de la cause s'agissant des revenus accessoires et de la fortune du parent gardien, en sorte que le grief doit d'emblée être déclaré irrecevable, faute d'épuisement des griefs (<ref-law>, cf. supra consid. 4.2).
5.
La recourante critique, dans un deuxième grief, l'application de l'<ref-law>, précisant que les critères énoncés par cette norme pour déterminer la contribution pour l'entretien de l'enfant sont cumulatifs. Elle reproche aux juges d'appel d'avoir abusé de leur pouvoir d'appréciation et, concrètement, de ne pas avoir pris en considération l'entier des revenus et de la fortune du père, de ne pas avoir inclus à son minimum vital sa charge fiscale et enfin de ne pas avoir majoré son minimum vital d'un supplément forfaitaire de 20%.
5.1. A teneur de l'<ref-law>, la contribution d'entretien doit correspondre aux besoins de l'enfant ainsi qu'à la situation et aux ressources des père et mère. Les enfants ont le droit de recevoir une éducation et de bénéficier d'un niveau de vie qui corresponde à la situation des parents; leurs besoins doivent également être calculés de manière plus large lorsque les parents bénéficient d'un niveau de vie plus élevé (<ref-ruling> consid. 3a/cc p. 289 s.; arrêts 5A_234/2011 du 21 novembre 2011 consid. 4.4.1 et 5A_220/2010 du 20 août 2010 consid. 2.1). La loi ne prescrit pas toutefois de méthode de calcul particulière pour arrêter la contribution d'entretien (<ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 414 s.); sa fixation relève de l'appréciation du juge, qui jouit d'un large pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 3a p. 141; <ref-ruling> consid. 3b/bb p. 291; arrêt 5A_507/2007 du 23 avril 2008 consid. 5.1) et applique les règles du droit et de l'équité (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3a p. 141). Il n'y a violation du droit fédéral que si le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation en se référant à des critères dénués de pertinence, ou en ne tenant pas compte d'éléments essentiels, ou encore si, d'après l'expérience de la vie, le montant fixé apparaît manifestement inéquitable (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 183; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 576; <ref-ruling> consid. 2c/aa p. 162).
5.2. Pour déterminer si les contributions alimentaires étaient adéquates au regard des ressources de la recourante, la juridiction précédente s'est référée à la pratique vaudoise qui part, en principe, d'un pourcentage du revenu mensuel ou de la capacité de gain du débirentier, dont la proportion varie en fonction du nombre d'enfants à charge, tout en précisant qu'il s'agit là d'un taux approximatif qui doit être pondéré au vu des circonstances, selon l'équité; elle a ainsi considéré que le taux retenu par le premier juge, qui correspondait à 25% du revenu net de la recourante, hors allocations familiales (à savoir 2'511 fr. 60 par mois pour trois enfants), était correct. Selon la jurisprudence, la méthode abstraite dite "des pourcentages", qui consiste, en présence de revenus moyens, à calculer la contribution d'entretien sur la base d'un pourcentage de ce revenu - 15 à 17% pour un enfant, 25 à 27% pour deux enfants, 30 à 35% pour trois enfants - n'enfreint pas le droit fédéral, pour autant que la pension reste en rapport avec le niveau de vie et la capacité contributive du débiteur (<ref-ruling> consid. 3a p. 112; arrêt 5A_178/2008 du 23 avril 2008 consid. 3.3 et les références). En fixant une proportion nettement inférieure (25%) à ce qui est accepté pour l'entretien de trois enfants, correspondant même à la fourchette basse du pourcentage prévu pour deux enfants, alors que la débirentière dispose d'un revenu net supérieur à la moyenne, les juges cantonaux n'ont à tout le moins pas excédé leur marge d'appréciation.
S'agissant de la critique sous l'angle particulier de l'établissement des ressources financières du parent gardien, ainsi qu'il a déjà été exposé aux considérants précédents, le moyen est irrecevable, faute d'épuisement du grief devant l'autorité cantonale (art. 75 a. 1 LTF, cf. supra consid. 4.2 et 4.3). La critique portant sur la prise en considération des arriérés d'impôts de la recourante à hauteur de 1'500 fr. est également irrecevable, la critique ne satisfaisant pas à l'exigence minimale de motivation (<ref-law>, cf. supra consid. 2). La recourante se limite en effet à affirmer que "l'autorité de dernière instance n'a pas tenu compte, dans le minimum vital élargi de la recourante, de ses impôts", sans expliciter son reproche, en particulier sans s'en prendre à la motivation de la cour cantonale qui a refusé de tenir compte de ce poste de charges, jugeant qu'il s'agissait de frais temporaires. Il en va de même de la majoration forfaitaire de 20%, uniquement requise par la recourante, sans référence aux considérants de la décision querellée. Quoi qu'il en soit, concernant la majoration forfaitaire de 20%, opérée sous l'ancien droit du divorce en relation avec les pensions alimentaires au sens de l'art. 152 aCC, il convient de relever que ce supplément - qui ne porte au demeurant que sur la seule base mensuelle et non sur les autres postes du minimum vital (<ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 390 s.) - ne se justifie en principe plus en droit actuel (arrêt 5A_673/2011 du 11 avril 2012 consid. 2.3.2).
En définitive, les juges précédents n'ont pas abusé de leur pouvoir d'appréciation dans l'application de l'<ref-law> en statuant selon la méthode "des pourcentages" pour arrêter les contributions d'entretien et le grief, autant que recevable, doit être rejeté.
6.
Dans un troisième reproche, la recourante fait valoir que la cour précédente a commis un déni de justice formel (art. 29 al. 1 Cst.), en ne statuant pas sur sa conclusion subsidiaire d'appel consistant à lui impartir un délai de six mois suivant l'arrêt définitif et exécutoire pour débuter son obligation d'entretien, dans l'hypothèse où son loyer serait jugé excessif, vu les usages en matière de résiliation des baux à loyer.
6.1. Sous couvert de déni de justice, faute de trouver une réponse à sa conclusion subsidiaire, il apparaît que la recourante se plaint en réalité de la violation de son droit à une motivation découlant de la garantie du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.).
Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. implique notamment le devoir pour l'autorité de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre et la contester utilement s'il y a lieu, et que la juridiction de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision; il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les moyens invoqués par les parties; il n'y a violation du droit d'être entendu que si l'autorité n'a pas satisfait à son devoir minimum d'examiner et de traiter les problèmes pertinents (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 677).
6.2. En l'espèce, le grief de violation du droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.) de la recourante est infondé. L'autorité cantonale a motivé sa décision en constatant que le minimum vital de la débirentière n'était pas atteint par le montant des contributions d'entretien fixées, sans revoir le poste de charge consacré aux frais de logement. N'ayant pas modifié le montant retenu pour les frais de logement de la débirentière, la cour cantonale n'avait ainsi pas à statuer sur la conclusion en cause, pertinente uniquement dans l'hypothèse - non réalisée en l'espèce - d'une diminution de ses charges de logement.
Outre l'absence de pertinence de statuer sur une conclusion dénuée de fondement dans le cas d'espèce, il sied de rappeler que, en vertu de l'<ref-law>, la maxime d'office s'applique lorsque le juge est saisi de questions relatives aux enfants dans les affaires de droit de la famille. Or, l'application de dite maxime - qui s'étend à la procédure devant les deux instances cantonales - a pour conséquence que le juge n'est pas lié par les conclusions des parents (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1.2 p 420; <ref-ruling> consid. 3.2.2. p. 414), en sorte que l'autorité cantonale ne viole pas le droit d'être entendu de la recourante en statuant sur l'objet du litige, à savoir les contributions pour l'entretien des enfants, sans motiver en détail les motifs justifiant d'écarter les conclusions précises des parties.
7.
Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. La recourante, dont la requête d'effet suspensif a d'emblée été rejetée et qui succombe au fond, supportera les frais judiciaires (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité de dépens à l'intimé qui n'a été invité à déposer de réponse ni sur l'effet suspensif, ni au fond (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel civile au Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 25 septembre 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Gauron-Carlin