A.- B._, geboren 1961, leidet an Keratokonus rechts. Am 19. Juni 1995 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Mit Verfügung vom 21. September 1995, ersetzt durch Verfügung vom 20. Februar 1996 übernahm die IV-Stelle Basel-Stadt unter anderem eine Keratoplastik einschliesslich Nachbehandlung. Die medizinischen Massnahmen nach der Keratoplastik vom 2. Februar 1996 wurden mit Verfügung vom 28. August 1996 bis zum 21. Februar 1997 verlängert. Im Juni 1997 ersuchte B._ die IV-Stelle um Übernahme einer Keilexzision zur Astigmatismuskorrektur, die mit Verfügung vom 11. August 1997 bewilligt wurde. Der Eingriff erfolgte am 14. August 1997.
Das Gesuch vom März 1998 um Übernahme einer weiteren Operation (Astigmatismuskorrektur vom 21. April 1998) lehnte die IV-Stelle mit Verfügung vom 3. Mai 1999 ab, weil weder von einem stabilen noch annähernd stabilen Zustand gesprochen werden könne, sondern von einer ausgesprochen unsicheren gesundheitlichen Entwicklung ausgegangen werden müsse, sodass eindeutig Massnahmen zur Krankheitsbehandlung im Vordergrund stünden. Am 3. Dezember 1998 unterzog sich B._ einem weiteren operativen Eingriff (Keratoplastik).
B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde hiess die Kantonale Rekurskommission für die Ausgleichskassen und die IV-Stellen, Basel, mit Entscheid vom 31. August 2000 gut, hob die Verfügung vom 3. Mai 1999 auf und verpflichtete die Invalidenversicherung, auch die Kosten der Operationen vom 21. April und 3. Dezember 1998 zu übernehmen.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) die Aufhebung des kantonalen Entscheids.
Der Versicherte beantragt Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während sich die IV-Stelle den Ausführungen des BSV anschliesst.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das kantonale Gericht hat die massgebenden Gesetzesbestimmungen über den Anspruch auf Eingliederungsmassnahmen im Allgemeinen (<ref-law>) und auf medizinische Massnahmen im Besonderen (Art. 8 Abs. 3 lit. a in Verbindung mit <ref-law>) sowie die hiezu ergangene Rechtsprechung (<ref-ruling> Erw. 3a, 115 V 194 Erw. 3, 112 V 349 Erw. 2, 105 V 19 und 149 Erw. 2a, 104 V 81 f. Erw. 1, 102 V 41 f. Erw. 1) zutreffend dargelegt.
Darauf kann verwiesen werden.
b) Dauernd im Sinne von <ref-law> ist der von einer medizinischen Eingliederungsmassnahme zu erwartende Eingliederungserfolg, wenn die konkrete Aktivitätserwartung gegenüber dem statistischen Durchschnitt nicht wesentlich herabgesetzt ist. Diesbezüglich kann derzeit auf die Angaben in der 4. Auflage der Barwerttafeln Stauffer/Schaetzle (Zürich 1989) abgestellt werden, welche auf den tatsächlichen Erfahrungen der Invalidenversicherung beruhen (<ref-ruling> Erw. 3b mit Hinweisen; AHI 2000 S. 298 Erw. 1c).
Bei jüngeren Versicherten ist es unbillig und wirklichkeitsfremd, die erforderliche Dauerhaftigkeit des Eingliederungserfolges eng an die Aktivitätsperiode, mit welcher der Versicherte nach der statistischen Wahrscheinlichkeit rechnen kann, binden zu wollen. Denn es geht nicht an, einer medizinischen Massnahme die vom Gesetz verlangte Dauerhaftigkeit des Eingliederungserfolges nur deshalb abzusprechen, weil die statistische Aktivitätserwartung des Versicherten weit über die Zeitspanne hinausgeht, für die sich aus medizinischer Sicht selbst bei günstigen Voraussetzungen ein Dauererfolg überhaupt prognostizieren lässt.
Daher ist bei jüngeren Versicherten im Gegensatz zu kurz vor dem AHV-Rentenalter stehenden Versicherten der Eingliederungserfolg voraussichtlich dauernd, wenn er wahrscheinlich während eines bedeutenden Teils der Aktivitätserwartung erhalten bleiben wird (<ref-ruling> Erw. 3b mit Hinweisen; AHI 2000 S. 298 Erw. 1c).
2.- a) Nach der Rechtsprechung stellt der Keratokonus grundsätzlich labiles pathologisches Geschehen dar, weshalb eine wegen dieses Leidens erforderliche Hornhautübertragung nicht als medizinische Massnahme nach <ref-law> zu Lasten der Invalidenversicherung geht. Die Leistungspflicht der Invalidenversicherung fällt namentlich dann ausser Betracht, wenn die Keratoplastik durchgeführt wird, um einer in absehbarer Zeit drohenden Perforation der Hornhaut zuvorzukommen oder wenn damit eine frische Verletzung der Hornhaut angegangen wird. Die Keratoplastik gilt nur dann als ein medizinischen Massnahmen nach <ref-law> zugänglicher Eingriff, wenn damit eine narbig veränderte Hornhaut oder eine getrübte Keratokonusspitze ersetzt wird. In diesen Fällen rechtfertigt sich die Annahme eines stabilen oder relativ stabilisierten Defektzustandes, weshalb sie grundsätzlich eine medizinische Massnahme nach <ref-law> bilden kann (<ref-ruling>; ZAK 1963 S. 531).
b) Die Vorinstanz hat aufgrund der medizinischen Unterlagen zutreffend dargelegt, dass die erste Operation vom 2. Februar 1996 (Keratoplastik) der Korrektur eines stabilen oder zumindest relativ stabilisierten Defektzustandes diente, indem damals die narbig veränderte Hornhaut des Versicherten ersetzt worden war. Es wird denn auch von keiner Seite bestritten, dass die entsprechenden Leistungen nicht zu Recht erbracht worden seien.
3.- Streitig ist, ob die Invalidenversicherung die am 21. April und 3. Dezember 1998 am rechten Auge des Versicherten im Anschluss an den von der Invalidenversicherung als medizinische Massnahme gewährten Eingriff vom 2. Februar 1996 (Keratoplastik) vorgenommenen Operationen (Astigmatismuskorrektur und Keratoplastik) als medizinische Massnahmen gemäss <ref-law> zu übernehmen hat. Dabei ist zu prüfen, ob die Vorinstanz in Bezug auf die fraglichen Eingriffe zu Recht von einem zeitlich und sachlich eng zusammenhängenden Massnahmenkomplex mit deutlich überwiegendem Eingliederungscharakter ausgegangen ist, was vom BSV bestritten wird.
a) Muss sich eine versicherte Person mehreren medizinischen Vorkehren mit verschiedenem Zweck unterziehen, so beurteilt sich deren rechtlicher Charakter danach, in welchem Verhältnis sie zueinander stehen. Grundsätzlich sind alsdann Art und Ziel aller Vorkehren zusammen dafür ausschlaggebend, ob sie im Sinne der Rechtsprechung unter <ref-law> subsumiert werden können. Dies jedenfalls dann, wenn sich die einzelnen Vorkehren nicht voneinander trennen lassen, ohne dass dadurch die Erfolgsaussichten gefährdet würden, und die einen Vorkehren für sich allein nicht von solcher Bedeutung sind, dass die andern Vorkehren in den Hintergrund treten. Ist diese enge Konnexität zu bejahen, so ist die Invalidenversicherung nur dann leistungspflichtig, wenn die auf die Eingliederung gerichteten Vorkehren überwiegen (<ref-ruling> Erw. 5, 102 V 43 mit Hinweisen).
b) Der nach der Keratoplastik vom 2. Februar 1996 mit anschliessender Fadenentfernung am 11. Dezember 1996 aufgetretene Astigmatismus stellt einen medizinisch zu erwartenden Status nach diesem Eingriff dar (nicht veröffentlichtes Urteil S. vom 6. November 1995, I 51/95, Erw. 2b in fine).
Bei den notwendig werdenden Astigmatismuskorrekturen ist nach den zutreffenden Ausführungen des BSV jeweils zu prüfen, ob die Voraussetzungen des Anspruchs auf medizinische Massnahmen nach <ref-law> gegeben sind, und es darf nicht von einem Behandlungskomplex im Sinne der vorstehend zitierten Rechtsprechung ausgegangen werden. Insbesondere kann unter den Umständen des vorliegenden Falles nicht gesagt werden, die in der Folge der Keratoplastik vom 2. Februar 1996 durchgeführten Operationen stellten Nachbehandlungen dar, die zeitlich und sachlich einen eng zusammenhängenden Behandlungskomplex bilden würden.
c) Mit dem BSV ist vielmehr davon auszugehen, dass die im Anschluss an die Operation vom 2. Februar 1996 erfolgten Eingriffe sich nicht mehr gegen einen stabilen oder zumindest relativ stabilisierten Defektzustand, sondern gegen ein progredientes Leiden richteten. Da die Invalidenversicherung in der Regel nur solche medizinische Vorkehren übernimmt, die unmittelbar auf die Beseitigung oder Korrektur stabiler oder wenigstens relativ stabilisierter Defektzustände oder Funktionsausfälle hinzielen und welche die Wesentlichkeit und Beständigkeit des angestrebten Erfolges gemäss <ref-law> voraussehen lassen (vgl. <ref-ruling> Erw. 3a), hat die IV-Stelle im vorliegenden Falle die Leistungspflicht für die beiden letzten Eingriffe vom 21. April und 3. Dezember 1998 deshalb zu Recht verneint, weil diese sich gegen labiles pathologisches Geschehen richteten.
d) Steht demnach fest, dass in Bezug auf die fraglichen Eingriffe vom 21. April und 3. Dezember 1998 weder ein zeitlich und sachlich eng zusammenhängender Behandlungskomplex zum Grundleiden (Keratoplastik vom 2. Februar 1996) gegeben war, noch mit den genannten Massnahmen ein stabiler oder zumindest relativ stabilisierter Defektzustand korrigiert werden sollte, hat die IV-Stelle die Leistungspflicht nach <ref-law> zu Recht verneint. Bei diesem Ergebnis kann offen bleiben, ob die Dauerhaftigkeit des Eingliederungserfolges im vorliegenden Fall überhaupt gegeben war.
4.- Die Einwände des Versicherten vermögen an diesem Ergebnis nichts zu ändern.
Der Hinweis auf das Urteil K. vom 16. April 1998 (I 29/98 = Pra 1999 Nr. 78 S. 436) erweist sich als unbehelflich, da es im genannten Fall einerseits um die Versorgung mit Kontaktlinsen durch die Invalidenversicherung ging, und andererseits die angeführte Zitatstelle aus dem Sachverhalt des betreffenden Urteils stammt. Weiter trifft der Einwand nicht zu, das BSV stütze die Verwaltungsgerichtsbeschwerde auf die Argumentation ab, die Operationen hätten sich gegen ein labiles Grundleiden gerichtet. Die Keratoplastik vom 2. Februar 1996 erfolgte zum Zwecke der Behandlung des Keratokonus (Grundleiden), weshalb die diesbezügliche Leistungspflicht der Invalidenversicherung im Rahmen medizinischer Massnahmen nach <ref-law> auch zu Recht von keiner Seite bestritten wurde.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird
der Entscheid der Kantonalen Rekurskommission für die
Ausgleichskassen und die IV-Stellen, Basel, vom 31. August 2000 aufgehoben.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, der Kantonalen Rekurskommission für die Ausgleichskassen und die IV- Stellen, Basel, der IV-Stelle Basel-Stadt und der
Ausgleichskasse Basel-Stadt zugestellt.
Luzern, 22. Mai 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: