Sachverhalt:
A. Die X._ Radio/TV AG betrieb zwei Radios (Radio AX._ und Radio BX._) und eine Fernsehstation (Tele CX._). Die Radiobetriebe sind seit März 2009 in der X._ Radio AG zusammengefasst. Mit Verfügung vom 13. August 2008 legte das Bundesamt für Kommunikation (BAKOM) den für die Veranstaltung des Programms Radio AX._ zugewiesenen Anteil am Ertrag der Empfangsgebühren für das Jahr 2003 auf Fr. 302'519.--, für das Jahr 2004 auf Fr. 284'039.-- und für das Jahr 2005 auf Fr. 298'290.-- fest; gleichzeitig erklärte es in Konkretisierung eines Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 23. Januar 2008 (A-1570/2007) Rückerstattungsansprüche in der Höhe von Fr. 202'515.-- (2003) und von Fr. 124'439.-- (2004) für verjährt; für das Jahr 2005 machte es einen Rückerstattungsanspruch von Fr. 14'033.-- geltend.
B. Mit Urteil vom 26. August 2009 hiess das Bundesverwaltungsgericht die von der X._ Radio AG hiergegen eingereichte Beschwerde insofern teilweise gut, als es ihr einen Restbetrag für das Rechnungsjahr 2003 in der Höhe von Fr. 126'258.-- zuzüglich Mehrwertsteuern nebst Verzugszins von 5 % jährlich seit dem 1. April 2004 zusprach; im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Ziff. 1 des Dispositivs). Das BAKOM habe zudem "keinen Rückerstattungsanspruch im Zusammenhang mit dem [...] bereits bezahlten Betrag für das Rechnungsjahr 2005" (Ziff. 2 des Dispositivs). Das Bundesverwaltungsgericht begründete seinen Entscheid im Wesentlichen damit, dass die X._ Radio AG aufgrund der Verfügungen vom 27. November 2002, 13. November 2003 und 27. Dezember 2004, mit denen die jeweiligen provisorischen Höchstbeträge festgelegt worden seien, keinen Anspruch darauf erworben habe, dass ihr die noch nicht geleisteten Restbeträge (jeweils 20 % des provisorischen Maximalbetrags) noch ausbezahlt würden; das Recht des BAKOM, die entsprechenden Beträge zurückzubehalten, sei nicht verjährt. Da das BAKOM für das Geschäftsjahr 2003 am 27. November 2002 jedoch den Januar 2004 als Zahlungstermin für den Restbetrag vorgesehen und es die X._ Radio AG in der Folge monatelang über die festgestellten Probleme im Zusammenhang mit dem Gebührensplitting im Unklaren gelassen habe, habe diese davon ausgehen dürfen, dass sie den Restbetrag 2003 ausbezahlt erhalten werde, weshalb dieses Geld aufgrund ihres berechtigten Vertrauens geschuldet sei. Ab dem 30. Dezember 2004 sei sie über die Probleme im Zusammenhang mit der Festlegung der definitiven Gebührensplittingbeträge indessen informiert gewesen, weshalb sie nicht mehr darauf habe vertrauen dürfen, die jeweiligen Restbeträge noch zu erhalten. Nachdem das BAKOM seinen Rückerstattungsanspruch für das Jahr 2005 erst am 4. März 2008 geltend gemacht habe, sei dieser verjährt.
C. Die X._ Radio AG beantragt vor Bundesgericht, die Splittingbeträge von Radio AX._ für die Jahre 2004 bzw. 2005 vollumfänglich zu leisten und ihr die verbleibenden Restbeträge von jeweils noch 20 % (plus entsprechende Verzugszinsen) auszubezahlen (Fr. 102'120.-- [2004] bzw. Fr. 77'998.-- [2005]). Sie macht geltend, diese Gelder seien ihr verbindlich zugesichert worden.
Das Bundesverwaltungsgericht hat darauf verzichtet, sich vernehmen zu lassen. Das Bundesamt für Kommunikation beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist gegen Entscheide betreffend Subventionen ausgeschlossen, auf die kein Rechtsanspruch besteht (<ref-law>). Ob ein solcher gegeben ist, beurteilt sich hier noch nach dem Bundesgesetz vom 21. Juni 1991 über Radio und Fernsehen (aRTVG, AS 1992 601) bzw. nach der Radio- und Fernsehverordnung vom 6. Oktober 1997 (aRTVV, AS 1997 2903): Umstritten sind die Splittingbeträge für die Rechnungsjahre 2004 bzw. 2005 und damit Leistungen, die nach dem damals geltenden Recht zu berechnen waren, auch wenn aus verfahrenstechnischen Gründen die (Widerrufs-)Verfügung des BAKOM erst am 13. August 2008 und damit nach Inkrafttreten des neuen Rechts erging (vgl. Art. 113 des Bundesgesetzes vom 24. März 2006 über Radio und Fernsehen [RTVG, SR 784.40]).
1.2 Praxisgemäss räumten weder das aRTVG (Art. 17 Abs. 2 und 3) noch die aRTVV (Art. 10; AS 1997 2903, 2004 4531) lokalen und regionalen Veranstaltern einen Rechtsanspruch auf Gebührenanteile ein (VPB 67/2003 Nr. 26). Gegen solche Entscheide war deshalb die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht bereits bisher ausgeschlossen (Art. 99 Abs. 1 lit. h OG; vgl. den Entscheid des Bundesrats vom 20. Februar 2008 i.S. Radio AX._ [Gebührensplitting für das Rechnungsjahr 2005] E. 1.3). Das BAKOM hat in der beanstandeten Verfügung für die umstrittenen Rechnungsjahre die ursprünglich gewährten Gebührenanteile aufgrund einer Kontrolle der Buchhaltung um die noch nicht ausbezahlten Beträge reduziert, jedoch von Rückforderungen für die Jahre 2003 und 2004 abgesehen. Damit geht es in der Sache nicht um die erstmalige Festsetzung der jeweiligen Gebührenbeiträge, sondern um ein allfälliges Abweichen von den ursprünglichen Zusicherungen bzw. um einen entsprechenden (Teil-)Widerruf. In solchen Fällen ist wegen des damit verbundenen Eingriffs in die Rechtsstellung des Betroffenen die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht auch dann zulässig, wenn kein Anspruch auf die Ausrichtung des Staatsbeitrags besteht (Urteil 2C_266/2007 vom 21. Januar 2008 E. 1.1, publ. in: RtiD 2008 II S. 303 ff.; <ref-ruling> E. 1; vgl. auch Thomas Häberli, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], BSK BGG, 2008, N. 205 zu <ref-law>; Alain Wurzburger, in: Corboz et al. [Hrsg.], Commentaire de la LTF, 2009, N. 119 zu <ref-law>). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde der hierzu legitimierten Verfügungsadressatin ist grundsätzlich einzutreten.
1.3 Nach <ref-law> muss in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form dargelegt werden, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen im angefochtenen Entscheid auseinandersetzt. Genügt seine Beschwerdeschrift dieser Anforderung nicht, so ist auf die Eingabe nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); das bedingt jedoch, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt. Soweit die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht lediglich die bereits vor dem Bundesverwaltungsgericht erhobenen Rügen wiederholt, ohne darzulegen, inwiefern die Auffassung im angefochtenen Entscheid Bundesrecht verletzt, ist auf ihre Eingabe mangels sachbezogener Begründung nicht weiter einzugehen (<ref-ruling> E. 2.1).
2. 2.1 Der rundfunkrechtliche Gebührenanteil ist eine Subvention im Sinne des Bundesgesetzes vom 5. Oktober 1990 über Finanzhilfen und Abgeltungen (SuG, SR 616.1; Art. 3 Abs. 1 SuG; heute auch: <ref-law>; BBl 2003 1708; Rolf H. Weber, Rundfunkrecht, 2008, N. 12 zu <ref-law>). Das Subventionsgesetz kommt mangels Sonderregeln auf dessen Ausrichtung als Ganzes - einschliesslich seines dritten Kapitels (Allgemeine Bestimmungen für Finanzhilfen und Abgeltungen) - zur Anwendung. Finanzhilfen und Abgeltungen werden demnach in der Regel durch Verfügung gewährt (Art. 16 Abs. 1 SuG). Die zuständige Behörde bezeichnet darin die Rechtsgrundlage, die Art und den Betrag der Finanzhilfe oder Abgeltung. Kann der Betrag - wie bei den rundfunkrechtlichen Gebührenanteilen, bei denen die definitive Festlegung nach der Genehmigung der Vorjahresrechnung mit Blick auf die entsprechenden Verbreitungskosten erfolgt - nicht endgültig festgesetzt werden, bestimmt die Behörde aufgrund der vorgelegten Unterlagen die anrechenbaren Kosten, den Prozentsatz und den Höchstbetrag der Leistung (Art. 17 Abs. 1 SuG). Hat sie den endgültigen Betrag in der Finanzhilfe- oder Abgeltungsverfügung nicht festgesetzt "so legt sie ihn ohne neue Verfügung fest, sobald ihr die Abrechnung vorliegt" (Art. 18 Abs. 1 SuG). Vor der Festsetzung des endgültigen Betrages dürfen in der Regel höchstens 80 Prozent der Finanzhilfe oder Abgeltung ausbezahlt werden (Art. 23 Abs. 2 SuG). Die zuständige Behörde widerruft ihre Verfügung, wenn sie die Leistung in Verletzung von Rechtsvorschriften oder aufgrund eines unrichtigen oder unvollständigen Sachverhalts zu Unrecht gewährt hat (Art. 30 Abs. 1 SuG). Mit dem Widerruf fordert sie die bereits ausgerichteten Leistungen zurück (Art. 30 Abs. 3 SuG). Der Anspruch auf Rückerstattung von Finanzhilfen und Abgeltungen verjährt ein Jahr, nachdem die verfügende Behörde vom Rechtsgrund des Anspruchs Kenntnis erhalten hat, in jedem Fall aber zehn Jahre nach dessen Entstehung (Art. 32 Abs. 2 SuG). Die Verjährung wird durch jede schriftliche Zahlungsaufforderung unterbrochen; sie ruht, solange der Schuldner in der Schweiz nicht betrieben werden kann (Art. 33 SuG).
2. 2.1 Der rundfunkrechtliche Gebührenanteil ist eine Subvention im Sinne des Bundesgesetzes vom 5. Oktober 1990 über Finanzhilfen und Abgeltungen (SuG, SR 616.1; Art. 3 Abs. 1 SuG; heute auch: <ref-law>; BBl 2003 1708; Rolf H. Weber, Rundfunkrecht, 2008, N. 12 zu <ref-law>). Das Subventionsgesetz kommt mangels Sonderregeln auf dessen Ausrichtung als Ganzes - einschliesslich seines dritten Kapitels (Allgemeine Bestimmungen für Finanzhilfen und Abgeltungen) - zur Anwendung. Finanzhilfen und Abgeltungen werden demnach in der Regel durch Verfügung gewährt (Art. 16 Abs. 1 SuG). Die zuständige Behörde bezeichnet darin die Rechtsgrundlage, die Art und den Betrag der Finanzhilfe oder Abgeltung. Kann der Betrag - wie bei den rundfunkrechtlichen Gebührenanteilen, bei denen die definitive Festlegung nach der Genehmigung der Vorjahresrechnung mit Blick auf die entsprechenden Verbreitungskosten erfolgt - nicht endgültig festgesetzt werden, bestimmt die Behörde aufgrund der vorgelegten Unterlagen die anrechenbaren Kosten, den Prozentsatz und den Höchstbetrag der Leistung (Art. 17 Abs. 1 SuG). Hat sie den endgültigen Betrag in der Finanzhilfe- oder Abgeltungsverfügung nicht festgesetzt "so legt sie ihn ohne neue Verfügung fest, sobald ihr die Abrechnung vorliegt" (Art. 18 Abs. 1 SuG). Vor der Festsetzung des endgültigen Betrages dürfen in der Regel höchstens 80 Prozent der Finanzhilfe oder Abgeltung ausbezahlt werden (Art. 23 Abs. 2 SuG). Die zuständige Behörde widerruft ihre Verfügung, wenn sie die Leistung in Verletzung von Rechtsvorschriften oder aufgrund eines unrichtigen oder unvollständigen Sachverhalts zu Unrecht gewährt hat (Art. 30 Abs. 1 SuG). Mit dem Widerruf fordert sie die bereits ausgerichteten Leistungen zurück (Art. 30 Abs. 3 SuG). Der Anspruch auf Rückerstattung von Finanzhilfen und Abgeltungen verjährt ein Jahr, nachdem die verfügende Behörde vom Rechtsgrund des Anspruchs Kenntnis erhalten hat, in jedem Fall aber zehn Jahre nach dessen Entstehung (Art. 32 Abs. 2 SuG). Die Verjährung wird durch jede schriftliche Zahlungsaufforderung unterbrochen; sie ruht, solange der Schuldner in der Schweiz nicht betrieben werden kann (Art. 33 SuG).
2.2 Entgegen der Kritik der Beschwerdeführerin verstösst der angefochtene Entscheid - soweit er sie noch belastet - nicht gegen diese Regeln:
2.2.1 Das Bundesamt für Kommunikation setzte in seinen Verfügungen vom 27. November 2002 (Rechnungsjahr 2003: Fr. 631'292.--), 13. November 2003 (Rechnungsjahr 2004: Fr. 510'598.--) und 27. Dezember 2004 (Rechnungsjahr 2005: Fr. 389'992.--) die jeweiligen Maximalbeträge fest, wobei es in der Folge 80 % davon zur Auszahlung brachte und die definitive Festlegung des Beitrags von der Genehmigung der jeweiligen Vorjahresrechnung abhängig machte. Im Sommer 2004 liess das BAKOM - unter anderem auch bei der X._ Radio/TV AG - eine vertiefte Buchprüfung zur Jahresrechnung 2003 durchführen, die am 17. Februar 2005 zu Beanstandungen Anlass gab (PWC-Bericht) und am 26. Januar 2007 bezüglich der Tele CX._ zu einer Widerrufsverfügung im Sinne von Art. 30 SuG führte, wogegen die Beschwerdeführerin an das Bundesverwaltungsgericht gelangte, das zum Schluss kam, dass die Forderung des BAKOM verjährt sei. Spätestens aufgrund der Stellungnahme der Beschwerdeführerin vom 13. April 2005 sei es diesem möglich gewesen, die Korrektur der Jahresrechnung 2003 vorzunehmen und seinen Rückerstattungsanspruch geltend zu machen (Urteil A-1570/2007 vom 23. Januar 2008).
2.2.2 In der Folge war das BAKOM berechtigt, über die Beiträge für das Radio AX._ neu zu verfügen. Richtig ist, dass nach Art. 18 SuG der endgültige Betrag in der Regel ohne neue Verfügung festgelegt wird, sobald die Abrechnung vorliegt; anders verhält es sich aber, wenn die Finanzhilfe- oder Abgeltungsverfügung nicht alle Grundlagen enthält, die zur Festsetzung des endgültigen Betrags notwendig sind: In diesem Fall muss die Behörde von Gesetzes wegen die fehlenden oder neu zu beurteilenden Elemente in einer weiteren Verfügung festlegen (so Art. 18 Abs. 2 SuG). Dasselbe gilt, wenn die ursprüngliche Verfügung, wie hier, ganz oder teilweise widerrufen werden soll, weil die "Leistung in Verletzung von Rechtsvorschriften oder aufgrund eines unrichtigen oder unvollständigen Sachverhalts zu Unrecht gewährt" worden ist (Art. 30 Abs. 1 SuG). Der Einwand, das BAKOM habe gestützt auf Art. 18 Abs. 1 SuG gar nicht mehr neu verfügen dürfen, weshalb die ursprüngliche Verfügung zu vollziehen und der Beschwerdeführerin der dort festgelegte Maximalbetrag auszuzahlen sei, verkennt diese subventionsrechtlichen Zusammenhänge.
2.2.3 Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Frage, dass der Sachverhalt, welcher den Zusicherungsverfügungen zugrunde lag, nicht den Realitäten entsprach, sondern wendet ein, nicht nur die Rückerstattungsansprüche seien verjährt, sondern auch das Recht, die nicht ausbezahlten Beträge (jeweils 20 % der jeweiligen Maximalsumme) zurückzubehalten. Dem ist nicht so: Die jeweiligen Maximalbeträge wurden provisorisch zugesichert; gerade deshalb konnten in Anwendung von Art. 23 Abs. 2 SuG jeweils nur 80 % davon ausbezahlt werden. Zwar teilte das BAKOM für den Restbetrag der Beschwerdeführerin aus Planungsgründen mit, wann sie mit der Ausrichtung der jeweiligen Summe rechnen konnte. Der entsprechende Hinweis stand materiell indessen unter dem Vorbehalt von Art. 18 Abs. 2 bzw. Art. 30 SuG. Die Verjährungsregelung von Art. 32 Abs. 2 SuG ist ihrerseits <ref-law> nachgebildet (BBl 1987 I 415 f.). Nach <ref-law> kommt die einjährige Verjährungsfrist von Absatz 1 nicht zur Anwendung, wenn die Bereicherung in einer Forderung besteht; in diesem Fall kann die Erfüllung auch dann verweigert werden, wenn der Bereicherungsanspruch verjährt ist. Dies gilt auch hier: Zwar sind die Rückforderungsansprüche gegen die Beschwerdeführerin - wie das BAKOM in Konkretisierung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts (teilweise) selber festgestellt hat - verjährt, dies hinderte es jedoch nicht daran, auf die Auszahlung der restlichen 20 % der Maximalbeträge zu verzichten. Soweit das Bundesamt am 13. August 2008 für den Anteil am Ertrag der Empfangsgebühren 2005 einen Rückerstattungsanspruch von Fr. 14'033.-- geltend machte, erklärte das Bundesverwaltungsgericht diesen für verjährt. Da die Beschwerdeführerin insofern obsiegt hat, ist das angefochtene Urteil in diesem Punkt nicht weiter zu prüfen.
2.2.3 Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Frage, dass der Sachverhalt, welcher den Zusicherungsverfügungen zugrunde lag, nicht den Realitäten entsprach, sondern wendet ein, nicht nur die Rückerstattungsansprüche seien verjährt, sondern auch das Recht, die nicht ausbezahlten Beträge (jeweils 20 % der jeweiligen Maximalsumme) zurückzubehalten. Dem ist nicht so: Die jeweiligen Maximalbeträge wurden provisorisch zugesichert; gerade deshalb konnten in Anwendung von Art. 23 Abs. 2 SuG jeweils nur 80 % davon ausbezahlt werden. Zwar teilte das BAKOM für den Restbetrag der Beschwerdeführerin aus Planungsgründen mit, wann sie mit der Ausrichtung der jeweiligen Summe rechnen konnte. Der entsprechende Hinweis stand materiell indessen unter dem Vorbehalt von Art. 18 Abs. 2 bzw. Art. 30 SuG. Die Verjährungsregelung von Art. 32 Abs. 2 SuG ist ihrerseits <ref-law> nachgebildet (BBl 1987 I 415 f.). Nach <ref-law> kommt die einjährige Verjährungsfrist von Absatz 1 nicht zur Anwendung, wenn die Bereicherung in einer Forderung besteht; in diesem Fall kann die Erfüllung auch dann verweigert werden, wenn der Bereicherungsanspruch verjährt ist. Dies gilt auch hier: Zwar sind die Rückforderungsansprüche gegen die Beschwerdeführerin - wie das BAKOM in Konkretisierung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts (teilweise) selber festgestellt hat - verjährt, dies hinderte es jedoch nicht daran, auf die Auszahlung der restlichen 20 % der Maximalbeträge zu verzichten. Soweit das Bundesamt am 13. August 2008 für den Anteil am Ertrag der Empfangsgebühren 2005 einen Rückerstattungsanspruch von Fr. 14'033.-- geltend machte, erklärte das Bundesverwaltungsgericht diesen für verjährt. Da die Beschwerdeführerin insofern obsiegt hat, ist das angefochtene Urteil in diesem Punkt nicht weiter zu prüfen.
2.3 2.3.1 Das Bundesverwaltungsgericht verwarf schliesslich auch zu Recht den Einwand der Beschwerdeführerin, sie habe darauf vertrauen dürfen, die Restbeträge ausbezahlt zu erhalten, weil die Verfügungen des BAKOM zeitliche Angaben enthalten hätten und das BAKOM ihr erst im März bzw. im August 2008 mitgeteilt habe, dass die Restbeträge nicht ausbezahlt würden, bzw. die Budgets der Jahre 2004, 2005 und 2006 mit den gleichen Posten genehmigt worden seien. Nach Art. 30 Abs. 2 SuG ist auf den Widerruf und die damit verbundene Rückforderung - ausserhalb der Verjährungsregelung von Art. 32 Abs. 2 SuG - zu verzichten, wenn (a) der Empfänger aufgrund der Verfügung Massnahmen getroffen hat, die nicht ohne unzumutbare finanzielle Einbussen rückgängig gemacht werden können; (b) die Rechtsverletzung für ihn nicht leicht erkennbar war und (c) eine allfällige unrichtige oder unvollständige Feststellung des Sachverhalts nicht auf schuldhaftem Handeln seinerseits beruht. Diese Kriterien gelten kumulativ (Urteil 2A.301/1991 vom 26. November 1992 E. 5a unter Hinweis auf die Botschaft zum Subventionsgesetz: BBl 1987 I 415).
2.3.2 Sollte die Beschwerdeführerin gestützt auf die jeweiligen provisorischen Verfügungen Massnahmen getroffen haben, die sie nicht ohne unzumutbare Einbussen rückgängig machen konnte, war die Problematik einer möglichen Infragestellung des Umfangs der jeweiligen Leistungen ab Juni 2004 für sie doch erkennbar, als ihr mitgeteilt wurde, dass eine Rechnungsprüfung erfolgen würde. Zwar bezog sich dieses Schreiben auf die Fernsehbranche; am 30. Dezember 2004 hielt das BAKOM indessen fest, dass sich die entsprechende Revision auch auf den Gebührenanteil von Radio AX._ auswirken könnte. Da in der Verfügung vom 27. November 2002 für die Auszahlung des Restbetrags der Januar 2004 bezeichnet worden war und das BAKOM sie über die Probleme im Zusammenhang mit dem Splittingbetrag 2003 nicht informiert hatte, durfte sie zu diesem Zeitpunkt noch auf dessen Ausrichtung vertrauen - indessen nicht mehr in den Folgejahren: Am 13. November 2003 legte das BAKOM den provisorischen Höchstbetrag für das Jahr 2004 fest, wobei 80 % davon zur Auszahlung kamen; eine teilweise Rückforderung war, weil verjährt, in der Folge nicht mehr möglich, doch musste die Beschwerdeführerin ab Mitte 2004 bzw. aufgrund des Schreibens des BAKOM vom 30. Dezember 2004 wissen, dass der Restbetrag gefährdet sein könnte, nachdem die bezüglich der Rechnung 2003 umstrittenen Forderungsverzichte sich auch auf die definitive Festlegung der Splittingbeträge der Folgejahre auswirken konnten. Dies galt umso mehr für das Rechnungsjahr 2005, dessen provisorischer Höchstbetrag am 27. Dezember 2004 festgelegt wurde und den sie selber am 31. Januar 2005 als zu niedrig bis zum Bundesrat angefochten hat.
2.3.3 Soweit die Beschwerdeführerin geltend machte, sie habe auf die Genehmigung der einzelnen Budgets abstellen dürfen, verkennt sie, dass die Verfügungen jeweils die Genehmigung der Jahresrechnung vorbehielten und bei der Genehmigung des Budgets 2004 noch nicht bekannt war, dass für die Berechnung des Anteils an den Empfangsgebühren relevante Buchungen unzutreffend vorgenommen worden waren. Da die Kriterien für den Verzicht auf den Widerruf nach Art. 30 Abs. 2 SuG kumulativ erfüllt sein müssen, kann dahingestellt bleiben, ob sich die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang allenfalls entgegenhalten lassen muss, sie habe mit den unzutreffenden Buchungen die unrichtige oder unvollständige Feststellung des für die Berechnung relevanten Sachverhalts selber schuldhaft verursacht. Entgegen ihrer Kritik kann schliesslich auch nicht gesagt werden, das BAKOM habe rechtsmissbräuchlich gehandelt: Richtig ist, dass sich die verschiedenen Verfahren in die Länge gezogen haben und eine straffere Verfahrensführung seitens des BAKOM wünschenswert gewesen wäre. Die Beschwerdeführerin hat hiervon indessen insofern profitiert, als deswegen die Rückforderungsansprüche verjährten (Art. 32 Abs. 2 SuG), sodass es weder rechtsmissbräuchlich noch anderweitig stossend erscheint, wenn ihr die jeweils für die Jahre 2004 und 2005 zurückbehaltenen Beträge nicht auch noch ausgerichtet werden.
3. 3.1 Die vorliegende Beschwerde erweist sich als unbegründet, weshalb sie, soweit darauf eingetreten werden kann, abzuweisen und der angefochtene Entscheid in den noch umstrittenen Punkten zu bestätigen ist.
3.2 Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Es sind weder ihr noch dem Bundesamt Parteientschädigungen geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar