Sachverhalt:
A. D._ (geboren 1956) bezog vom 1. August bis 31. Dezember 2003 aufgrund eines Invaliditätsgrades von 64 % eine halbe Invalidenrente der Invalidenversicherung. Ab 1. Januar 2004 erhöhte sich die Rente aufgrund der 4. IV-Revision bei gleichbleibendem Invaliditätsgrad auf eine Dreiviertelsrente. Am 1. Oktober 2004 nahm D._ eine vollzeitige Erwerbstätigkeit auf, die er aus gesundheitlichen Gründen wieder aufgeben musste. Nachdem die IV-Stelle mit Verfügung vom 17. Oktober 2005 die Invalidenrente rückwirkend zum 30. September 2004 aufgehoben hatte, bejahte sie mit Einspracheentscheid vom 17. Oktober 2006 ab 1. Januar 2005 bei einem Invaliditätsgrad von 64 % wiederum einen Anspruch auf eine Dreiviertelsrente.
Mit Schreiben vom 4. Oktober 2007 teilte die Stiftung Auffangeinrichtung BVG D._ mit, dass sie ihm ab 1. August 2003 parallel zur IV eine halbe Invalidenrente von jährlich Fr. 3812.- sowie eine bis 31. Juli 2006 befristete halbe Kinderrente von jährlich Fr. 762.- gewähre.
B. Mit Eingabe vom 23. April 2008 liess D._ Klage gegen die Stiftung Auffangeinrichtung BVG einreichen mit dem Antrag, die Beklagte sei zu verpflichten, ihm ab 1. Januar 2007 eine Dreiviertels-Invalidenrente aus beruflicher Vorsorge auszurichten nebst Zins zu 5 % seit jeweiligem Verfall. Mit Entscheid vom 22. Dezember 2008 wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern die Klage ab.
C. D._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen unter Erneuerung der vorinstanzlichen Rechtsbegehren.
Die Stiftung Auffangeinrichtung BVG schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Kantonales Gericht und Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 2.2 S. 550; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> dar (SEILER/VON WERDT/GÜNGERICH, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007 N 24 zu Art. 97).
2. 2.1 Im Rahmen der 4. IV-Revision hat der Gesetzgeber die Rentenabstufung neu geregelt. Nach dem revidierten, am 1. Januar 2004 in Kraft getretenen <ref-law> besteht Anspruch auf eine ganze Rente ab einem Invaliditätsgrad von 70 % (bisher ab 66 2/3 %); ein IV-Grad zwischen 60 % bis 69 % berechtigt zum Bezug einer Dreiviertelsrente, ab einem IV-Grad von 50 % wird (wie bisher) eine halbe Rente und ab einem solchen von 40 % (ebenfalls unverändert gegenüber dem bis 31. Dezember 2003 gültig gewesenen Recht) eine Viertelsrente ausgerichtet.
2.2 Im obligatorischen Bereich der beruflichen Vorsorge richtet sich die Höhe der Invalidenrente - in Übereinstimmung mit dem IVG - nach der im Gesetz vorgesehenen Abstufung entsprechend dem Invaliditätsgrad. Gemäss Art. 24 Abs. 1 BVG in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Fassung hat die versicherte Person Anspruch auf eine volle Invalidenrente, wenn sie im Sinne der IV mindestens zu zwei Dritteln invalid ist, und auf eine halbe Rente, wenn sie mindestens zur Hälfte invalid ist. Nach der seit 1. Januar 2005 aufgrund der Änderung vom 3. Oktober 2003 (1. BVG-Revision) geltenden Fassung besteht Anspruch auf eine volle Invalidenrente, wenn die versicherte Person im Sinne der IV zu mindestens 70 Prozent invalid ist, auf eine Dreiviertelsrente, wenn sie zu mindestens 60 Prozent invalid ist, auf eine halbe Rente, wenn sie mindestens zur Hälfte invalid ist, auf eine Viertelsrente, wenn sie mindestens zu 40 Prozent invalid ist.
2.3 Die Übergangsbestimmungen der Änderung vom 3. Oktober 2003 (1. BVG-Revision) lauten in Bezug auf die Invalidenrenten in lit. f wie folgt:
"f. Invalidenrenten
1Die Invalidenrenten, die vor dem Inkrafttreten dieser Gesetzesänderung zu laufen begonnen haben, unterstehen dem bisherigen Recht.
2Während zwei Jahren ab dem Inkrafttreten dieser Gesetzesänderung unterstehen die Invalidenrenten noch dem Recht, das nach Artikel 24 in der Fassung vom 25. Juni 1982 galt.
3Sinkt der Invaliditätsgrad bei der Revision einer laufenden Rente, so ist auf diese noch das bisherige Recht anwendbar.
4Die Dreiviertels-Invalidenrenten werden erst nach dem Inkrafttreten der 4. IVG-Revision vom 21. März 2003 eingeführt.
5Renten, die nach dem Ablauf von zwei Jahren nach Inkrafttreten dieser Gesetzesänderung entstehen und die gestützt auf Absatz 4 noch als ganze Renten entstehen, werden bei Inkrafttreten der 4. IVG-Revision in dem Mass in Dreiviertelsrenten umgewandelt, als sie auch in der Invalidenversicherung zu Dreiviertelsrenten werden."
2.4 Die Auslegung des Gesetzes ist auf die Regelungsabsicht des Gesetzgebers und die von ihm erkennbar getroffenen Wertentscheidungen auszurichten (<ref-ruling> E. 3b S. 41). Ausgangspunkt der Auslegung einer Norm bildet ihr Wortlaut. Vom daraus abgeleiteten Sinne ist jedoch abzuweichen, wenn triftige Gründe dafür bestehen, dass der Gesetzgeber diesen nicht gewollt haben kann. Solche Gründe können sich insbesondere aus der Entstehungsgeschichte der Norm, aus ihrem Zweck oder aus dem Zusammenhang mit anderen Vorschriften ergeben. Insoweit wird vom historischen, teleologischen und systematischen Auslegungselement gesprochen. Bei der Auslegung einer Norm sind daher neben dem Wortlaut diese herkömmlichen Auslegungselemente zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 2.4 S. 265, mit Hinweisen).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer bezog aufgrund eines Invaliditätsgrades von 64 % vom 1. August bis 31. Dezember 2003 eine halbe Invalidenrente der IV und ab 1. Januar 2004 bei gleichbleibendem Invaliditätsgrad aufgrund der 4. IV-Revision eine Dreiviertelsrente. Aufgrund der am 1. Oktober 2004 aufgenommenen vollzeitlichen Erwerbstätigkeit, mit welcher er ein rentenausschliessendes Erwerbseinkommen erzielte, verneinte die IV-Stelle für die Zeit von Oktober bis Ende Dezember 2004 einen Rentenanspruch. Ab 1. Januar 2005 bejahte sie wiederum aufgrund eines Invaliditätsgrades von 64 % einen Anspruch auf eine Dreiviertelsrente der IV. Da eine BVG-Invalidenrente nach denselben materiellen Voraussetzungen wie eine Rente der Invalidenversicherung revisionsweise anzupassen oder aufzuheben ist (<ref-ruling>), hatte der Beschwerdeführer für die Zeit vom 1. Oktober bis Ende Dezember 2004 ebenfalls keinen Anspruch auf eine BVG-Invalidenrente. Daran ändert nichts, dass die Beschwerdegegnerin ihm in Kenntnis der IV-Entscheide gemäss Abrechnung vom 9. Oktober 2007 vom 1. August 2003 durchgehend, also auch für die Zeitspanne vom 1. Oktober bis 31. Dezember 2004, eine halbe Invalidenrente ausrichtete. Damit entstand für den Beschwerdeführer ab 1. Januar 2005 wieder ein Anspruch auf eine halbe BVG-Invalidenrente. Das kantonale Gericht ist daher zu Recht davon ausgegangen, dass in übergangsrechtlicher Hinsicht Absatz 2 von lit. f der Übergangsbestimmungen der 1. BVG-Revision vom 3. Oktober 2003 anzuwenden ist.
3.2 Wie das kantonale Gericht zutreffend ausführt, bezieht sich Absatz 2 von lit. f der Übergangsbestimmungen auf BVG-Rentenansprüche, die in der Zeit vom 1. Januar 2005 bis 31. Dezember 2006 entstanden sind. Anders als für altrechtlich begründete Leistungsansprüche ist für sie die Anwendbarkeit des neuen Rechts nicht ausgeschlossen, sondern intertemporalrechtlich für eine bestimmte Zeit suspendiert. Umstritten ist in diesem Zusammenhang letztlich, ob die während der zweijährigen Zeitspanne entstandenen BVG-Invalidenrenten nach Ablauf der Frist automatisch oder nur bei revisionsrechtlich erheblicher Veränderung des Invaliditätsgrades der neuen Rentenabstufung gemäss Art. 24 Abs. 1 BVG in der Fassung gemäss Ziff. I des BG vom 3. Oktober 2003 (1. BVG-Revision) anzupassen sind. Das kantonale Gericht hat in Übereinstimmung mit der Verwaltungspraxis (BSV-Mitteilungen über die berufliche Vorsorge Nr. 75 vom 2. Juli 2004 Nr. 75 Rz. 445) und der im Schrifttum geäusserten Auffassung (Jürg Brechbühl, 1. BVG-Revision - Änderungen bei Invalidenrenten, in: Schaffhauser/Kieser, Invalidität im Wandel, st. Gallen 2005 S. 73 und 75; Markus Moser, Die Anspruchsvoraussetzungen BVG-obligatorischer Invaliditäts- und Hinterbliebenenleistungen nach neuem Recht, in: SZS 2005 S. 157 und in: Schaffhauser/Stauffer [Hrsg.], Die 1. BVG-Revision, Neue Herausforderungen - Praxisgerechte Umsetzung, St. Gallen 2005, S. 89; Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, S. 276 Rz. 741; Isabelle Vetter-Schreiber, Aufrechterhaltung erworbener Rentenansprüche bei Invalidität, Schweizer Personalvorsorge 2004, Heft 11 S. 77) erwogen, nach dem 1. Januar 2005 invalid gewordene Versicherte, die nach neuem Recht in den Genuss einer Viertels- oder einer Dreiviertelsrente kämen, könnten die entsprechenden Leistungen bis auf weiteres nicht beanspruchen, es sei denn aufgrund einer nach dem 1. Januar 2007 revisionsweise zuerkannten Veränderung des rentenrelevanten Invaliditätsgrades. Indes begründen weder das BSV noch die Lehre ihre Auffassung, dass für die Unterstellung unter das neue Recht der Rentenabstufung das zusätzliche Erfordernis der Änderung des Invaliditätsgrades vorausgesetzt ist. Diese Auffassung findet im Gesetzeswortlaut von Abs. 2 lit. f der Übergangsbestimmungen keine Stütze (vgl. auch die französisch- und italienischsprachige Fassung: "Pendant une période de deux ans dès l'entrée en vigueur de la présente modification les rentes d'invalidité seront fondées sur le droit en vigueur selon l'art. 24 dans sa version du 25 juin 1982"; "Per un periodo di due anni dall'entrata in vigore della presente modifica le rendite d'invalidità saranno fondate sul diritto che era in vigore secondo l'articolo 24 nel tenore del 25 giugno 1982"). Sie widerspricht der Rechtsprechung, wonach sozialversicherungsrechtliche Dauerrechtsverhältnisse (wie Invalidenleistungen) unter Vorbehalt anders lautender Übergangsbestimmungen sowie allfälliger wohlerworbener Rechte grundsätzlich an Änderungen der Rechtslage anzupassen sind, welche aus einem Eingriff des Gesetzgebers resultieren (<ref-ruling> E. 4a S. 161 f.; zur Publikation in BGE 135 bestimmtes Urteil 8C_502/2007 vom 26. März 2009, E. 6.1.1). Absatz 2 ist zwar eine solche Übergangsbestimmung. Er bezieht sich auf Renten, die zwischen dem 1. Januar 2005 und 31. Dezember 2006 entstanden sind. Würde er sich auf die vorher entstandenen Renten beziehen, wäre er neben Absatz 1 überflüssig. Auf die ab 1. Januar 2005 entstandenen Invalidenrenten würde grundsätzlich das zu diesem Zeitpunkt in Kraft getretene neue Recht Anwendung finden. Dessen Anwendung wird mit der Übergangsregelung während zweier Jahre aufgeschoben. Nach Ablauf dieser zwei Jahre findet jedoch das neue Recht Anwendung, womit es bei einem Invaliditätsgrad von 64 % eine Dreiviertelsrente gibt. Absatz 3 von lit. f der Übergangsbestimmungen kann für das im Gesetzeswortlaut nicht enthaltene Erfordernis der Revision des Invaliditätsgrades ebenfalls nicht herangezogen werden; denn dieser bezieht sich auf die am 1. Januar 2005 bereits laufenden Renten. In diesem Zusammenhang ergibt sich aus der Entstehungsgeschichte nichts Entscheidendes (vgl. auch Brechbühl, a.a.O., S. 55). In systematischer Hinsicht ist zu berücksichtigen, dass der Gesetzgeber eine Parallele zum IV-Rentensystem schaffen wollte. In der IV wurden bei einem Invaliditätsgrad zwischen 60 und 66 2/3 % auf das Inkrafttreten der 4. IV-Revision am 1. Januar 2004 ohne weiteres die bisherigen halben Invalidenrenten auf Dreiviertelsrenten erhöht, ohne dass es einer revisionsrechtlich erheblichen Änderung des Invaliditätsgrades bedurfte (vgl. auch zur Besitzstandswahrung der Härtefallrenten und der laufenden ganzen Renten lit. d und f der Schlussbestimmungen der Änderung vom 21. März 2003 [4. IV-Revision]). Das Gleiche hat in der obligatorischen beruflichen Vorsorge zu gelten, mit dem Unterschied, dass die Anwendung der neuen Rentenabstufung um zwei Jahre hinausgeschoben wurde. Der vorinstanzliche Entscheid verletzt damit Bundesrecht. Der Beschwerdeführer hat ab 1. Januar 2007 bei einem unbestrittenen Invaliditätsgrad von 64 % Anspruch auf eine Dreiviertelsrente der Beschwerdegegnerin.
3.3 Mit seinem letztinstanzlich erneuertem Klagebegehren hat der Beschwerdeführer "Zins zu 5 % seit jeweiligem Verfall" eingeklagt. Gemäss der im Recht der beruflichen Vorsorge anwendbaren Regelung von <ref-law> haben Vorsorgeeinrichtungen auf fälligen Invalidenrenten einen Verzugszins von 5 % erst ab dem Zeitpunkt zu leisten, in dem die versicherte Person die Betreibung angehoben oder - wie vorliegend am 23. April 2008 - gerichtliche Klage eingereicht hat (E. 6 von <ref-ruling> mit Hinweis auf Urteil B 11/95 vom 28. Mai 1996, E. 4, publ. in: SZS 1997 S. 470; <ref-ruling>). Für zwischen der Klageeinreichung und dem Zeitpunkt der Eröffnung des vorliegenden Urteils fällig gewordene Rentenbetreffnisse läuft der Verzugszins ab dem Fälligkeitsdatum. Bei verspäteter Auszahlung künftiger Renten müsste der Beschwerdeführer für die Inverzugsetzung wieder gemäss <ref-law> vorgehen (erwähntes Urteil B 11/95 vom 28. Mai 1996, E. 4, publ. in: SZS 1997 S. 470).
4. Dem Prozessausgang entsprechend hat die Stiftung Auffangeinrichtung BVG die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>) und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Das Bundesgericht erkennt:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 22. Dezember 2008 aufgehoben und die Stiftung Auffangeinrichtung BVG verpflichtet, dem Beschwerdeführer ab 1. Januar 2007 eine Dreiviertelsrente zu bezahlen nebst Zins zu 5 % seit 23. April 2008 bzw. ab späterem Fälligkeitsdatum.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Stiftung Auffangeinrichtung BVG auferlegt.
3. Die Stiftung Auffangeinrichtung BVG hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern hat über die Parteientschädigung für das kantonale Verfahren neu zu befinden.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. August 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Nussbaumer