Faits:
A. A.a Par sentence du 12 novembre 2010, la Commission de police de la municipalité de Lausanne a condamné X._, pour contraventions à la LCR, à 270 fr. d'amende - la peine de substitution en cas de non-paiement étant fixée à 2 jours - ainsi qu'à 100 fr. de frais.
A.b Statuant par jugement du 4 juillet 2011, le Tribunal de police de l'arrondissement de Lausanne a rejeté l'appel formé par le prénommé contre la sentence municipale, déclaré celle-ci exécutoire et mis les frais de justice, par 705 fr., à la charge de X._.
B. Saisie d'un appel interjeté par ce dernier contre le jugement précité, la Présidente de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté par jugement du 26 novembre 2011 et mis les frais d'appel, par 1'260 fr., à la charge de l'appelant. En bref, il lui est reproché d'avoir commis quatre contraventions avec le véhicule Alfa Romeo immatriculé VS xxx dont son père Y._ est détenteur, soit deux stationnements abusifs les 7 et 9 décembre 2009 sur un parking de l'université, un stationnement sans ticket le 7 décembre 2009 à la place Z._ et un dépassement de la vitesse autorisée de 1 km/h le 15 janvier 2010.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre le jugement cantonal, concluant à son acquittement, sous suite de dépens.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Se plaignant d'une violation de la présomption d'innocence et du principe in dubio pro reo, le recourant fait valoir que l'autorité cantonale aurait procédé à un renversement du fardeau de la preuve et arbitrairement apprécié les preuves.
1.1 La présomption d'innocence, garantie par les art. 14 par. 2 Pacte ONU, 6 par. 2 CEDH, 32 al. 1 Cst. et 10 CPP, ainsi que son corollaire, le principe in dubio pro reo, concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2c p. 36).
En tant que règle relative au fardeau de la preuve, la présomption d'innocence signifie que toute personne prévenue d'une infraction pénale doit être présumée innocente jusqu'à ce que sa culpabilité soit légalement établie et, partant, qu'il appartient à l'accusation de prouver la culpabilité de l'intéressé. La présomption d'innocence est violée si le juge du fond condamne l'accusé au motif que son innocence n'est pas établie, s'il a tenu la culpabilité pour établie uniquement parce que le prévenu n'a pas apporté les preuves qui auraient permis de lever les doutes quant à son innocence ou à sa culpabilité ou encore s'il a condamné l'accusé au seul motif que sa culpabilité est plus vraisemblable que son innocence (<ref-ruling> consid. 2a p. 41; <ref-ruling> consid. 2a p. 88, <ref-ruling> consid. 2c p. 37). Cela étant, le juge du fond ne peut retenir un fait défavorable à l'accusé que s'il est convaincu de la matérialité de ce fait, de sorte que le doute profite à l'accusé (<ref-ruling> consid. 2c p. 37).
Comme principe présidant à l'appréciation des preuves, la présomption d'innocence est violée si le juge du fond se déclare convaincu de faits défavorables à l'accusé sur lesquels, compte tenu des éléments de preuve qui lui sont soumis, il aurait au contraire dû, objectivement, éprouver des doutes. A propos de l'appréciation des preuves, le principe in dubio pro reo se confond en définitive avec celui d'appréciation arbitraire des preuves (<ref-ruling> consid. 2 p. 40 ss; <ref-ruling> consid. 2a p. 87/88; <ref-ruling> consid. 2c-e p. 36 ss). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 234; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560).
1.2 Le Tribunal fédéral examine librement si la présomption d'innocence a été violée en tant que règle sur le fardeau de la preuve. Il examine uniquement sous l'angle de l'arbitraire la question de savoir si le juge aurait dû éprouver un doute, c'est-à-dire celle de l'appréciation des preuves (ATF <ref-ruling> consid. 2a p. 88). Sous peine d'irrecevabilité, l'arbitraire allégué doit être démontré conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 5; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
1.3 En l'espèce, la cour d'appel s'est livrée à une appréciation de l'ensemble des éléments de preuve à disposition et s'est ralliée à la solution du tribunal de police. Elle a procédé à un examen de la crédibilité de la version du recourant au regard des témoignages recueillis auprès des membres de la famille de celui-ci. En particulier, elle a relevé que le détenteur du véhicule avait déclaré mettre ce dernier à disposition de quatre membres de sa proche famille, soit sa fille, sa belle-fille, son ex-femme et le recourant. A l'issue de son appréciation des preuves, elle a exclu qu'un autre membre de la famille que le recourant ait conduit le véhicule au moment des infractions et est parvenue à la conviction que le recourant avait lui-même conduit le véhicule (cf. jugement attaqué p. 10 et 11). Elle n'a donc nullement procédé à un renversement du fardeau de la preuve, ni n'a éprouvé un doute qu'elle aurait interprété en défaveur du recourant. Le grief est infondé.
1.4 Reste la question de savoir si la cour d'appel aurait dû éprouver un doute, ce qui relève de l'appréciation des preuves et ne peut être examiné que sous l'angle de l'arbitraire.
Le recourant se contente d'affirmer que la cour cantonale aurait dû éprouver un doute dès lors que plusieurs membres de sa famille étaient susceptibles de conduire le véhicule. Ce faisant, il ne tient aucun compte de l'appréciation des preuves à laquelle s'est livré le tribunal de police et à sa suite la cour d'appel. Purement appellatoire, son argumentation ne respecte pas les exigences de motivation accrues déduites de l'<ref-law>. Ses critiques sur l'appréciation des preuves sont ainsi irrecevables. Il en va de même des critiques du recourant, tout aussi appellatoires, selon lesquelles les constats effectués par la société B._ ne disposeraient pas de force probante.
2. En référence notamment à des dispositions du CPP, le recourant se plaint d'une violation du principe accusatoire pour la procédure devant le tribunal de police.
La sentence municipale du 12 novembre 2010 a été rendue avant l'entrée en vigueur du CPP le 1er janvier 2011. Elle était régie par l'ancienne loi sur les sentences municipales vaudoise (aLSM/VD), abrogée le 1er janvier 2011. Cette loi prévoyait qu'une sentence municipale pouvait être contestée dans les dix jours par un appel auprès du tribunal de police, l'acte d'appel n'ayant pas à être motivé (cf. art. 41 et 43 aLSM/VD). Ce mécanisme procédural est similaire à celui de l'opposition qui peut être formée contre une ordonnance pénale et qui permet de porter la cause devant une instance judiciaire. En vertu du renvoi de l'art. 455 à l'art. 453 al. 1 CPP, la voie de droit contre une ordonnance pénale rendue avant l'entrée en vigueur du CPP reste régie par l'ancien droit. Cela vaut aussi pour les institutions comparables à l'ordonnance pénale (cf. NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, n. 1 ad art. 455 CPP), à l'instar de la sentence municipale du cas d'espèce. Il s'ensuit que la procédure devant le tribunal de police est restée régie par la procédure cantonale vaudoise. C'est donc en vain que le recourant se plaint d'une violation du CPP relativement à la procédure devant le tribunal de police. Pour le surplus, comme l'a relevé la cour d'appel, le recourant savait quels faits et quelles contraventions lui étaient reprochés (cf. jugement attaqué p. 12 consid. 3). Le recourant ne formule aucune critique à cet égard. Il ne démontre dès lors pas qu'il ait ignoré les faits qui lui étaient imputés et les peines auxquelles il s'exposait. Rien ne laisse par conséquent supposer qu'il n'ait pas été en mesure de préparer efficacement sa défense. Aucune violation du principe accusatoire n'est établie.
3. Invoquant une violation de l'art. 6 par. 1 CEDH, le recourant soutient n'avoir pas eu droit à un procès équitable. Selon lui, dans la mesure où le président de la commission de police avait participé à l'enquête pénale, il ne pouvait pas faire partie de la commission de police qui a rendu la sentence municipale.
L'argumentation du recourant ne fait aucun cas des explications données par la cour d'appel (cf. jugement attaqué p. 12 consid. 4). Elle est insuffisante au regard des exigences de l'<ref-law> et par conséquent irrecevable. Au demeurant, une sentence municipale rendue en application de l'ancienne LSM/VD n'émane pas d'une autorité judiciaire. Les exigences de l'art. 6 par. 1 CEDH sont néanmoins garanties par la faculté dont dispose le condamné de pouvoir porter la cause sans formalité devant le tribunal de police, soit une autorité judiciaire.
4. Le recourant prétend que le tribunal de police se serait comporté de manière arbitraire et contraire aux règles de la bonne foi en faisant comparaître le gendarme dénonciateur aux débats.
Le recourant n'expose pas clairement quel droit fondamental aurait été violé. Son argumentation est insuffisante au regard des exigences de l'<ref-law>. Il n'y a donc pas lieu d'entrer en matière. Quoi qu'il en soit, il ne ressort pas du procès-verbal des débats devant le tribunal de police que le recourant, assisté de son avocat, se serait opposé à l'interrogatoire du gendarme dénonciateur. Si le recourant estimait qu'une règle de procédure formelle était alors violée à son détriment, il ne pouvait laisser la procédure suivre son cours sans réagir, dans le but, par exemple, de se réserver un moyen de nullité pour le cas où le jugement à intervenir ne le satisferait pas. Les manoeuvres dilatoires de cette sorte sont inadmissibles (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 336).
5. Soutenant que les frais de procédure cantonale sont régis par le CPP, le recourant conteste ceux mis à sa charge.
Comme on l'a vu (cf. supra, consid. 2), la procédure devant le tribunal de police est restée soumise aux règles cantonales de procédure. Les frais de première instance ont donc été régis par la procédure cantonale alors applicable. Le recourant n'invoque pas, a fortiori ne démontre pas, qu'une règle cantonale relative aux frais aurait été arbitrairement appliquée. Son grief relatif à la fixation des frais par le tribunal de police, confirmée par la cour d'appel (cf. jugement attaqué p. 13/14 consid. 8.1), est donc irrecevable.
Les frais de deuxième instance cantonale devant la cour d'appel sont quant à eux régis par le CPP, le jugement du tribunal de police ayant été rendu en 2011, soit après l'entrée en vigueur du CPP (cf. art. 453 al. 1 CPP a contrario). C'est donc à juste titre que la cour d'appel s'est fondée sur l'art. 428 al. 1 CPP pour mettre les frais à la charge du recourant. Elle a refusé l'application de l'art. 425 CPP, relevant que le recourant était certes étudiant mais que ses charges et dépenses étaient assumées par ses parents et qu'il disposait d'un revenu de 1'000 fr. comme argent de poche (cf. jugement attaqué p. 14 consid. 10).
Le recourant invoque une violation de l'art. 425 CPP, qui prévoit notamment que l'autorité peut réduire ou remettre les frais compte tenu de la situation de la personne astreinte à les payer. Le recourant se limite toutefois à dire qu'il n'existe aucune pièce qui attesterait qu'il dispose d'un revenu mensuel de 1'000 francs. Un tel revenu a été mentionné par le tribunal de police, lequel a retenu que ce montant était versé par l'équipe de football de première ligue du C._ où le recourant jouait (cf. jugement de première instance p. 6). Purement appellatoire, la contestation du recourant quant au salaire touché est irrecevable. Au demeurant, dans un courrier du 10 septembre 2010 (cf. pièce 4/17), le recourant a lui-même évoqué toucher un salaire de l'équipe du C._. Au vu des éléments retenus sans arbitraire par la cour d'appel, le refus d'appliquer l'art. 425 CPP ne viole pas le droit fédéral. Le recourant n'articule aucun autre grief recevable relatif aux frais de la procédure d'appel.
6. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Présidente de la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 25 avril 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Schneider
La Greffière: Gehring