Sachverhalt:
A.
Das Bundesgericht hiess mit Urteil vom 22. Dezember 2010 (1C_58/2010, publiziert in <ref-ruling>) die Beschwerde der Flughafen Zürich AG betreffend Genehmigung vorläufiges Betriebsreglement (vBR) teilweise gut und änderte Dispositiv Ziff. 8.5 des Entscheids des Bundesverwaltungsgerichts vom 10. Dezember 2009 (A-1936/2006, publiziert in BVGE 2011/19) dahingehend ab, dass der Abdrehpunkt der Abflugroute ab Piste 28 soweit nach Westen zurückzuverschieben sei, dass die Siedlungsgebiete von Regensdorf und Dällikon entlastet und der Zustand vor 1999 möglichst wiederhergestellt werde. Die vom Bundesverwaltungsgericht in Dispositiv Ziff. 8.5 und 8.6 festgelegten Distanzangaben ("von 2.1 bzw. 2.3 auf 2.5 nautischen Meilen [NM]") hob das Bundesgericht auf.
B.
Mit Verfügung vom 28. Dezember 2011 hiess das Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) das Gesuch der Flughafen Zürich AG um Änderung des vBR gut und genehmigte die Verschiebung des Abdrehpunktes der Abflugroute ab Piste 28 von bislang 2.1 NM, gemessen vom Drehfunkfeuer Kloten (VOR KLO), auf neu 2.3 NM. In den Erwägungen führte das BAZL aus, mit der beantragten Rückversetzung des Abdrehpunktes erfülle die Gesuchstellerin eine Vorgabe des Bundesgerichtsurteils vom 22. Dezember 2010. In Anbetracht der durch den Bau des Docks E notwendigen Verschiebung des VOR KLO und der mit dem vBR erfolgten Verlegung der Warteräume komme die beantragte Änderung des Abflugverfahrens geografisch so nahe wie möglich an den ursprünglichen Abdrehpunkt zu liegen und entspreche so weitgehend dem zuletzt rechtskräftig genehmigten Zustand. Das BAZL eröffnete die Verfügung der Flughafen Zürich AG und stellte sie der Swiss International Air Lines AG und der Skyguide zur Kenntnis zu. Nach Publikation im Schweizerischen Luftfahrthandbuch (Aeronautical Information Publication, AIP) wurde die Änderung per 8. März 2012 implementiert.
C.
Am 4. September 2012 gelangte die Gemeinde Dällikon brieflich an die Flughafen Zürich AG mit der Forderung, es sei das Bundesgerichtsurteil vom 22. Dezember 2010 unverzüglich umzusetzen. Die im Februar und März 2012 vorgenommenen Lärmmessungen hätten gezeigt, dass auch mit der per 8. März 2012 erfolgten Rückversetzung des Abdrehpunktes ihr Gemeindegebiet nach wie vor direkt überflogen werde. Sie behalte sich daher rechtliche Schritte auf Vollzug des Bundesgerichtsurteils vor. Eine Kopie des Schreibens, welches an die Flughafen Zürich AG gerichtet war, wurde u.a. dem BAZL zugestellt.
Das BAZL führte in seinem Antwortschreiben vom 12. Oktober 2012 an die Gemeinde Dällikon aus, der Abdrehpunkt im Abflug ab Piste 28 sei bereits zurückversetzt worden, so wie es das Bundesgericht in seinem Urteil zur Genehmigung des vBR entschieden habe. Weitere Massnahmen zur Verbesserung der Fluglärmsituation der Gemeinden Regensdorf und Dällikon lägen nicht unmittelbar in seiner Kompetenz. In der Beilage wurde der Gemeinde Dällikon eine Kopie des Bewilligungsentscheids vom 28. Dezember 2011 zugestellt.
D.
Mit einer gemeinsamen Eingabe vom 14. November 2012 erhoben die Gemeinden Dällikon und Regensdorf beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde. Sie beantragten, die Verfügungen des BAZL vom 12. Oktober 2012 und vom 28. Dezember 2011 seien aufzuheben und das BAZL sei anzuhalten, Dispositiv Ziff. 1 des rubrizierten Urteils des Bundesgerichts zu vollziehen und dafür zu sorgen, dass im Abflug 28 unverzüglich sämtliche notwendigen Massnahmen ergriffen werden, um das Siedlungsgebiet der Beschwerdeführerinnen soweit technisch und betrieblich möglich von direkten Überflügen und vom übermässigen Fluglärm dauerhaft zu entlasten.
Am 9. April 2013 trat das Bundesverwaltungsgericht auf die Beschwerde nicht ein. Es ging davon aus, dass die Beschwerde gegen die Verfügung vom 28. Dezember 2011 verspätet sei; das Schreiben des BAZL vom 12. Oktober 2012 stelle keine anfechtbare Verfügung dar. Auf die gleichzeitig erhobene Rechtsverweigerungsbeschwerde sei mangels Rechtsschutzbedürfnis nicht einzutreten, weil das BAZL bereits mit Verfügung vom 28. Dezember 2011 über die von den Beschwerdeführerinnen angestrebte Rückversetzung des Abdrehpunktes ab Piste 28 entschieden habe und Mängel jener Verfügung auf dem ordentlichen Beschwerdeweg geltend gemacht werden müssten.
E.
Dagegen haben die Gemeinden Dällikon und Regensdorf (im Folgenden: die Beschwerdeführerinnen) am 13. Mai 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Bundesverwaltungsgericht sei anzuweisen, auf die Beschwerde vom 14. November 2012 einzutreten.
F.
Die Flughafen Zürich AG (im Folgenden: die Beschwerdegegnerin) beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das BAZL schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2.
Das Bundesverwaltungsgericht hielt fest, dass das BAZL verpflichtet gewesen wäre, den Beschwerdeführerinnen das rechtliche Gehör zu gewähren und ihnen die Verfügung vom 28. Dezember 2011 formell zu eröffnen. Insofern liege ein schwerwiegender Verfahrensfehler vor. Dieser führe jedoch nicht zur Nichtigkeit, sondern lediglich zur Anfechtbarkeit der Verfügung. Den Parteien dürfe aus der mangelhaften Eröffnung kein Nachteil erwachsen (<ref-law>). Dieser Grundsatz finde indes seine Grenze im Grundsatz von Treu und Glauben. Sobald die Parteien Kenntnis vom Eröffnungsmangel erlangten, hätten sie die für die Wahrung ihrer Rechte notwendigen Massnahmen zu ergreifen, d.h. die formelle und korrekte Eröffnung der Verfügung zu verlangen oder aber Beschwerde zu führen (E. 2.3.1 des angefochtenen Entscheids mit zahlreichen Hinweisen auf Literatur und Rechtsprechung).
Vorliegend seien die Beschwerdeführerinnen aufgrund des Schreibens der Beschwerdegegnerin vom 25. Januar 2012 über die bevorstehende Anpassung des Abdrehpunktes ab Piste 28 im Bilde gewesen und hätten wissen müssen, dass eine derartige Änderung des Betriebsreglements nicht ohne Genehmigung des BAZL erfolgen könne. Sie hätten daher bei der Vorinstanz die nötigen Informationen über die erfolgte Genehmigung einholen müssen, und zwar innert kürzester Zeit, da die Implementierung unmittelbar bevorstand. Stattdessen seien sie untätig geblieben. Auch an der gemeinsamen Sitzung mit der Beschwerdegegnerin vom 25. April 2012 hätten sie sich nicht nach der Rechtmässigkeit der Rückversetzung erkundigt. Sogar nachdem sie mit Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 19. Juli 2012 ausdrücklich über das Vorliegen der Genehmigungsverfügung informiert worden seien, hätten sie mit der Beschwerdeerhebung nochmals rund zwei Monate zugewartet. Unter diesen Umständen sei die Beschwerdeerhebung nicht rechtzeitig erfolgt (E. 2.3.2 und 2.3.3 des angefochtenen Entscheids).
Das Vorbringen der Beschwerdeführerinnen, sie hätten sich nicht veranlasst gesehen, gegen eine zu ihren Gunsten lautende Massnahme einzuschreiten, überzeugte das Bundesverwaltungsgericht nicht: Da das Bundesgericht der Vorinstanz bei der Rückversetzung des Abdrehpunktes einen gewissen Gestaltungsspielraum eingeräumt habe, hätten die Beschwerdeführerinnen zumindest damit rechnen müssen, dass ihren Interessen bei der Umsetzung allenfalls nicht im gewünschten Umfang Rechnung getragen werde.
Schliesslich hielt es das Bundesverwaltungsgericht auch nicht für ersichtlich, dass die Beschwerdeführerinnen durch die Vorinstanz bzw. durch die Beschwerdegegnerin in treuwidriger Art und Weise davon abgehalten worden seien, ihre Rechte geltend zu machen.
3.
Die Beschwerdeführerinnen wenden ein, selbst wenn die Verfügung des BAZL vom 28. Dezember 2011 ihnen korrekt eröffnet worden wäre, hätten sie darauf vertraut, dass damit dem bundesgerichtlichen Urteil entsprochen und sie vom Fluglärm entlastet würden. An der Sitzung vom 20. April 2012 seien sie erstmals darüber informiert worden, dass die Verschiebung des Abdrehpunktes nicht genüge, um die Verhältnisse vor 1999 wieder herzustellen; erst ab diesem Zeitpunkt seien sie daher im Besitz aller für die erfolgreiche Wahrung ihrer Rechte wesentlichen Elemente gewesen.
Die Beschwerdeführerinnen vermuten, dass dies den übrigen Beteiligten schon von Anfang an bekannt gewesen und die Verschiebung des Abdrehpunktes daher als reines Placebo und im vollen Wissen um dessen Unwirksamkeit für die Lärmentlastung der Siedlungsgebiete der Beschwerdeführerinnen Inszeniert worden sei. Das Bundesverwaltungsgericht habe die in diesem Zusammenhang gestellten Beweisanträge (insbesondere auf Beizug des Protokolls der relevanten Sitzung der Aviation Road Map) nicht einmal geprüft und ihnen damit das rechtliche Gehör verweigert.
Die Beschwerdeführerinnen bestreiten, dass sie untätig geblieben seien: Nachdem am 8. März 2012 keine Besserung eingetreten sei, hätten sie unverzüglich eine Sitzung verlangt, die auf den 20. April 2012 festgesetzt worden sei. Für die Gemeindevertreter habe damals nicht die Rechtmässigkeit der Rückversetzung im Zentrum des Interesses gestanden, sondern das Staunen darüber, dass die vorgenommene Verschiebung des Abdrehpunkts keine Verbesserung gebracht habe. Der Vertreter der Beschwerdegegnerin habe eine umfassende Auswertung in den nächsten zwei bis drei Monaten in Aussicht gestellt; die Plots der Flugspuren sollten den Beschwerdeführerinnen zugestellt werden. Der Vertreter von Skyguide habe erstmals konkret über das heute teilweise geflogene "S" über das Pächterried und Ost-Dällikon informiert, das auch flughafenseitig unerwünscht sei, weshalb man versuche, auf die Softwareprogrammierung der Flugautomaten Einfluss zu nehmen. Die Gemeindevertreter hätten somit den Eindruck gehabt, es werde an Lösungsmöglichkeiten gearbeitet und man werde im Gespräch bleiben. Am 19. Juli 2012 habe ihnen die Beschwerdeführerin die versprochenen Plots übermittelt und dabei erstmals geltend gemacht, das bundesgerichtliche Urteil sei bereits mit der Verfügung des BAZL vom 28. Dezember 2011 erfüllt worden. Mit Schreiben vom 4. September 2012 habe der Gemeinderat Dällikon zu den Unterlagen Stellung genommen und der Beschwerdegegnerin Frist gesetzt, um zu erklären, ob sie das Urteil tatsächlich als umgesetzt betrachte, bzw. welche konkreten Massnahmen sie in Zusammenarbeit mit dem BAZL und Skyguide treffen wolle. Mit Brief vom 12. Oktober 2012 habe das BAZL klar gemacht, dass es verfügt habe und das bundesgerichtliche Urteil als erfüllt erachte. Daraufhin hätten die Beschwerdeführerinnen anwaltlichen Rat eingeholt und innert 30 Tagen den Rechtsweg beschritten.
Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, in Anbetracht der Verhandlungskultur, die zwischen den Beteiligten etabliert gewesen sei, und den an der Sitzung vom 20. April 2012 in Aussicht gestellten Nachbesserungsmöglichkeiten, sei ihr Abwarten mit rechtlichen Schritten nicht als treuwidrig zu bezeichnen. Treuwidrig sei vielmehr das Verhalten der Beschwerdegegnerin, die ihnen Verbesserungen vorgegaukelt und sie damit davon abgehalten habe, den Rechtsweg rechtzeitig zu beschreiten.
4.
Dagegen macht die Beschwerdegegnerin geltend, dass sie bereits im Verfahren zum vorläufigen Betriebsreglement auf die unklaren Auswirkungen einer Verschiebung des Abdrehpunkts auf die effektiven Flugwege und damit auf den Fluglärm hingewiesen habe, insbesondere auf die Gefahr, dass eine Verschiebung des Abdrehpunkts nach Westen zu einer Lärmverlagerung nach Buchs führen könnte. Der bundesgerichtliche Hinweis (E. 10.3.5) zur notwendigen Beteiligung der betroffenen Anwohner und Gemeinwesen dürfte daher in erster Linie die Gemeinde Buchs im Auge gehabt haben, die auch im vorliegenden Verfahren nicht beteiligt sei.
5.
Das Bundesverwaltungsgericht hat ausführlich begründet, weshalb die Beschwerdeführerinnen bereits aufgrund des Schreibens der Beschwerdegegnerin vom 25. Januar 2012 über die kurz bevorstehende Verschiebung des Abdrehpunkts informiert waren, und damit auch von der Existenz einer entsprechenden Genehmigungsverfügung des BAZL wissen mussten. Dies wird von den Beschwerdeführerinnen nicht bestritten. Insofern wären sie nach Treu und Glauben verpflichtet gewesen, sich schon damals um die Zustellung der Verfügung des BAZL zu bemühen, um diese zu überprüfen und - im Falle von formellen oder materiellen Mängeln - anfechten zu können. Hierfür kann auf die zutreffenden Erwägungen des angefochtenen Entscheids verwiesen werden (E. 2.3.1-2.3.3).
5.1. Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, dass sie die Verfügung vom 28. Dezember 2011, wäre sie ihnen förmlich eröffnet worden, nicht angefochten hätten, weil sie im damaligen Zeitpunkt davon ausgingen, dass die angeordnete Verschiebung des Abdrehpunktes genügen würde, um die Verhältnisse von 1999 wiederherzustellen und ihre Siedlungsgebiete von Fluglärm zu entlasten. Damit bestätigen sie, dass sie durch die mangelhafte Eröffnung der Verfügung keinen Nachteil erlitten haben. Vielmehr wäre die Verfügung des BAZL auch bei korrekter Eröffnung an die Beschwerdeführerinnen mit ungenutztem Ablauf der Beschwerdefrist bestandeskräftig geworden, und zwar unabhängig davon, ob sich ihre Auswirkungen auf den Fluglärm zu diesem Zeitpunkt bereits hinreichend abschätzen liessen oder nicht.
5.2. Der Vorwurf der Beschwerdeführerinnen, sie seien über die Konsequenzen der Verfügung irregeführt worden, erscheint unberechtigt:
Die Beschwerdegegnerin hatte schon im Verfahren zum vBR vor Bundesverwaltungs- und Bundesgericht darauf hingewiesen, dass sich die Verhältnisse seit 1999 verändert hätten (Verlegung des Drehfunkfeuers Kloten, Flugverhalten, etc.), weshalb mit der Rückverschiebung des Abdrehpunkts der frühere Zustand nicht einfach wieder hergestellt werden könne und ungewiss sei, ob dies zu einer Entlastung der Siedlungsgebiete westlich des Flughafens von Fluglärm führen werde.
Den Beschwerdeführerinnen musste deshalb von Anfang an klar sein, dass die Rückversetzung des Drehpunkts nicht zwingend zu dem von ihnen gewünschten Ergebnis führen würde. Sie hätten die Möglichkeit gehabt, die ohne ihre Mitwirkung erlassene Verfügung des BAZL wegen Verlet1-10zung des rechtlichen Gehörs anzufechten; dies hätte ihnen die Möglichkeit eröffnet, vor Erlass einer neuen Verfügung weitere Abklärungen oder Auflagen (z.B. zu Auswertungs- und Nachbesserungsmassnahmen) zu beantragen. Wenn sie statt dessen die konkreten Auswirkungen der Rückversetzung des Abdrehpunkts abwarteten, nahmen sie in Kauf, dass die Verfügung bestandeskräftig werden und das BAZL den bundesgerichtlichen Auftrag als erfüllt erachten würde.
Unter diesen Umständen durfte die Vorinstanz auf den Beizug des Protokolls der Sitzung der Aviation Road Map und auf weitere Abklärungen zum Vorwurf der Irreführung verzichten, ohne das rechtliche Gehör der Beschwerdeführerinnen zu verletzen.
5.3. Eine Anpassung der Verfügung vom 28. Dezember 2011 an veränderte Verhältnisse bzw. neue Erkenntnisse ist zwar nicht ausgeschlossen; u.U. besteht darauf sogar ein Anspruch der Beschwerdeführerinnen. Dies ist im vorliegenden Verfahren allerdings nicht zu prüfen. Nachdem es die Beschwerdeführerinnen versäumt haben, rechtzeitig Rechtsmittel gegen die Verfügung vom 28. Dezember 2011 zu ergreifen, werden weitere Massnahmen zur Verminderung des Fluglärms bei Starts ab Piste 28 Gegenstand eines neuen erstinstanzlichen Verfahrens sein, in dem allen betroffenen Privaten und Gemeinden (namentlich auch der Gemeinde Buchs) das rechtliche Gehör gewährt werden; u.U. muss auch ein Auflageverfahren gemäss Art. 36d des Bundesgesetzes über die Luftfahrt vom 21. Dezember 1948 (Luftfahrtgesetz, LFG; SR 748.0 ) durchgeführt werden.
5.4. Fraglich kann daher allenfalls sein, ob das Schreiben des BAZL vom 12. Oktober 2012 insoweit eine Verfügung darstellt, als darin weitere Massnahmen, einschliesslich einer Anpassung der Verfügung vom 28. Dezember 2011, von vornherein abgelehnt werden. Dies ist aus den vom Bundesverwaltungsgericht genannten Gründen (E. 3 des angefochtenen Entscheids) - die von den Beschwerdeführerinnen nicht beanstandet werden - zu verneinen.
Zwar ging das BAZL davon aus, es habe mit der Verfügung vom 28. Dezember 2011 den vom Bundesverwaltungs- und Bundesgericht erteilten Auftrag erfüllt und es sei jetzt Sache der Beschwerdegegnerin, nach weiteren Massnahmen zur Verbesserung der Situation im Bereich der Gemeinden Regensdorf und Dällikon zu suchen. Darin kann jedoch keine rechtsverbindliche Abweisung von - noch gar nicht diskutierten, geschweige denn beantragten - weiteren Massnahmen gesehen werden.
6.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>; vgl. Urteil 1C_58/2010 vom 22. Dezember 2010 E. 14.2.1) und es sind keine Parteientschädigungen zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Es werden keine Kosten erhoben und keine Parteientschädigungen zugesprochen.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Zivilluftfahrt (BAZL) und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. September 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Die Gerichtsschreiberin: Gerber