Faits:
A. Par arrêt du 30 avril 2008, la Cour d'assises du canton de Genève a reconnu X._ coupable, sur ses deux filles A._ et B._, de contraintes sexuelles, tentatives de contraintes sexuelles, actes d'ordre sexuel avec une enfant, tentatives d'actes d'ordre sexuel avec une enfant et l'a acquitté de la prévention de tentative de viol sur sa fille A._. Partant, elle l'a condamné à six ans de peine privative de liberté, l'a astreint à suivre une psychothérapie et l'a condamné à payer à A._ 40'000 frs à titre d'indemnité pour tort moral et 6'330 frs à titre de frais médicaux.
Les faits retenus à la base de cette condamnation sont les suivants:
X._, titulaire d'un diplôme d'ingénieur et d'une licence en géographie, s'est marié quatre fois et a eu cinq filles, dont A._, née en 1983 et B._, née en 1984.
X._, né en 1948, impressionne notamment par sa taille, sa corpulence et sa voix. Il exerçait sur ses maisonnées successives un contrôle presque absolu, régnant en maître sur son épouse et ses enfants, se montrant invasif vis-à-vis de ses filles et spécialement curieux de leur sphère intime ainsi que de leur sexualité. Il adoptait par ailleurs un comportement parfois violent, tant verbalement que physiquement, exerçant sur son entourage familial de fortes pressions psychologiques. Il battait régulièrement ses filles, en particulier A._, les giflant, les fessant, en privé comme en public, toujours pour les humilier ou les rabaisser, tirant avantage de la crainte qu'il faisait régner par son caractère tyrannique et autoritaire. Il profitait de la constitution chétive de la jeune A._, née avant terme, et de son isolement scolaire et social. A plusieurs reprises, il lui a dit que sa mère ne l'aimait pas et qu'il était le seul à aimer sa fille. Ce faisant, il générait chez A._ une crainte constante, obtenant en retour une admiration, une loyauté, une intimité ainsi qu'une affection sans bornes et maintenait sur elle une emprise et une domination absolues, qui la rendaient totalement dépendante de lui.
En 1992 et pendant l'année suivante, X._ pratiqua des attouchements sur A._ et des masturbations sur ses parties intimes, une fois par semaine en moyenne. Dès 1993 et jusqu'en 1997, il persévéra dans ses attouchements et ses masturbations, disant à sa fille qu'elle était sa maîtresse. A plusieurs reprises, il exhiba son sexe en érection et se masturba devant sa fille jusqu'à éjaculation. Il a aussi demandé à sa fille de le masturber. En 1997 et 1998, X._ continua ses agissements. Il alla jusqu'à introduire son doigt dans le vagin de sa fille disant vouloir l'initier aux préliminaires de l'accouplement, de manière à ce qu'elle soit, le moment venu, une bonne partenaire pour un homme. Ce n'est que vers l'âge de 15 ans que A._ a repoussé son père, comprenant combien leur relation était malsaine. Ces abus, qu'elle n'est parvenue à révéler que lorsqu'elle a eu 19 ans, ont laissé de graves séquelles dans sa santé physique et mentale.
De 1992 à 2000, X._ a profité de soins qu'il prodiguait à sa fille B._ lorsqu'elle était malade pour la masser, nue ou presque, avec de la pommade, sur le cou, la poitrine puis sur le ventre, le bas-ventre et enfin sur le sexe et tenter de pratiquer des attouchements et des masturbations sur ses parties intimes. Il n'est toutefois pas parvenu à ses fins, B._ s'y soustrayant.
X._ a toujours nié les faits. Le verdict de culpabilité s'appuie essentiellement sur les déclarations de A._, de différents témoins, amis de A._, membres de la famille ou proches, médecins ou thérapeutes auxquels s'ajoutent les déclarations de B._ et de deux demi-s?urs des victimes qui ont dit avoir été elles-mêmes victimes d'abus de la part de leur père.
B. Par arrêt du 3 octobre 2008, la Cour de cassation du canton de Genève a rejeté le pourvoi déposé par X._ contre ce jugement.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué ainsi qu'à son acquittement et subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale, voire à celle de première instance, pour qu'elle rende une nouvelle décision.

Considérant en droit:
1. 1.1 Il se justifie d'examiner en premier lieu le grief du recourant relatif à une violation des règles de procédure et de la garantie d'un procès équitable (art. 6 CEDH).
Le recourant prétend tout d'abord que la conviction du jury repose essentiellement sur les déclarations des trois s?urs de la victime. Or, pour deux des s?urs les abus décrits sont prescrits, de telle sorte qu'en les tenant pour avérés, les juges cantonaux auraient violé la présomption d'innocence ainsi que l'art 283 CPP/GE.
Tout d'abord, le recourant n'expose pas en quoi cette dernière disposition aurait été appliquée arbitrairement par la cour cantonale, de telle sorte que, faute d'une motivation satisfaisant aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF, son grief n'a pas à être examiné.
Par ailleurs, la cour cantonale a relevé que les déclarations de la victime et de son entourage d'amis suffisaient à emporter sa conviction. Elle a ajouté que sur ces éléments de preuve se greffaient les déclarations des trois s?urs qui ont déclaré avoir subi des abus de la part de leur père. Deux d'entre elles ont fourni de nombreux détails mais, tout en confirmant leurs déclarations, ont refusé d'évoquer une nouvelle fois aux débats ces faits, au demeurant prescrits. La prescription, qui n'a pas été ignorée par les premiers juges, n'empêchait pas ceux-ci d'apprécier, en plus des autres éléments du dossier, les déclarations de ces deux filles et notamment la peur qu'elles éprouvent encore vis-à-vis de leur père. En l'admettant, la cour cantonale n'a pas violé la présomption d'innocence.
1.2 Le recourant voit dans la production d'extraits d'ouvrages scientifiques une violation des art. 6 CEDH, 118, 140 et 141 CPP/GE. Il n'expose cependant pas conformément aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF en quoi les règles de procédure cantonale auraient été arbitrairement appliquées ni en quoi la décision cantonale porterait atteinte à ses droit fondamentaux, mais se limite à reprendre l'argumentation de son pourvoi cantonal, ce qui ne constitue pas une motivation suffisante. Au demeurant, le recourant ne prétend pas ne pas avoir eu accès aux documents produits, mais il se plaint de ne pas avoir eu le temps de consulter l'entier des ouvrages pour prendre position sur ces extraits.
La cour cantonale relève à juste titre que l'arrêt querellé ne cite aucun de ces extraits et que cette documentation, outre qu'elle était à disposition du jury, ne constituait pas un moyen de preuve. Par conséquent, même recevable, le grief du recourant ne pourrait qu'être rejeté.
La cour cantonale relève à juste titre que l'arrêt querellé ne cite aucun de ces extraits et que cette documentation, outre qu'elle était à disposition du jury, ne constituait pas un moyen de preuve. Par conséquent, même recevable, le grief du recourant ne pourrait qu'être rejeté.
1.3 1.3.1 Le recourant voit une violation de son droit d'être entendu dans une insuffisance de motivation du verdict s'agissant de sa condamnation pour tentative d'abus sexuel au préjudice de sa fille B._.
Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., impose au juge l'obligation de motiver ses décisions afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient. Pour satisfaire cette exigence, il suffit que le juge mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision. Il n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 236; <ref-ruling> consid. 2b p. 102). Cette garantie tend à assurer une décision compréhensible pour son destinataire (CORBOZ, La motivation de la peine, RJB 131 (1995), p. 1 ss, spéc. p. 5).
Le recourant reprend pour l'essentiel les arguments qu'il a développés dans son mémoire cantonal et sur lesquels la cour cantonale s'est prononcée. Au surplus, contrairement à ce que prétend le recourant, cette autorité a exposé pourquoi les témoignages de la mère de la victime et les déclarations du pasteur ne constituaient pas des indices assez forts pour infirmer les dires des deux s?urs. Quant aux éléments retenus pour fonder la condamnation du recourant, ils sont également exposés dans la décision cantonale et sont suffisants pour permettre à ce dernier de la comprendre et de la contester.
1.3.2 Le recourant se plaint encore que certains arguments de son pourvoi n'ont pas été examinés. Cependant, il perd de vue que la cour cantonale a considéré en grande partie son pourvoi comme appellatoire. Elle a en effet estimé qu'en critiquant l'appréciation faite par les premiers juges de son caractère tyrannique et des abus poursuivis, le recourant s'était livré à une critique appellatoire du jugement, qui n'entrait pas dans sa cognition. Elle a ainsi uniquement rappelé que les premiers juges se sont basés sur des éléments convergents, qu'ils ont tirés du dossier et des témoignages recueillis, que le noyau de leur conviction s'appuie sur les déclarations de la victime en instruction et aux débats et que les révélations lentes et cahotantes de celle-ci au fil des ans se suivent depuis la cessation des abus, qu'elle ne parvenait pas encore bien à qualifier, jusqu'au moment où elle a fini par réaliser pleinement, au sortir de l'adolescence, que le comportement de son père n'était pas normal. L'autorité cantonale a admis qu'on ne saurait tirer un argument décisif des quelques incohérences chronologiques ou des imprécisions verbales qui émaillent la recension des souvenirs rapportés par les témoins auxquels la jeune victime s'est confiée par bribes ou qui ont connu des tiers à qui elle avait parlé. La cour cantonale a rappelé différents témoignages qui formaient un ensemble d'indices corroborant les accusations, jugeant le verdict non arbitraire et précisant clairement que la lecture faite par le recourant de l'ensemble des témoignages recueillis revenait à substituer sa propre appréciation des faits à celle du jury. Une telle motivation est suffisante pour permettre au recourant de comprendre les raisons pour lesquelles la cour cantonale n'est pas entrée en matière sur certains de ses griefs, notamment son appréciation des témoignages ou des raisons du mal-être de A._, et de saisir pourquoi les juges cantonaux considèrent le verdict comme non arbitraire. Le grief tiré d'une prétendue violation du droit d'être entendu du recourant ne peut dès lors qu'être rejeté.
2. Le recourant reproche aux autorités cantonales une appréciation arbitraire des preuves et une violation de la présomption d'innocence.
La présomption d'innocence est garantie par les art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH, qui ont la même portée. Elle a pour corollaire le principe « in dubio pro reo », qui concerne tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves. En tant que règle de l'appréciation des preuves, elle signifie que le juge ne peut se déclarer convaincu d'un état de fait défavorable à l'accusé lorsqu'une appréciation objective de l'ensemble des éléments de preuve laisse subsister un doute sérieux et insurmontable quant à l'existence de cet état de fait (<ref-ruling> consid. 2a p. 41 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral ne revoit les constatations de fait et l'appréciation des preuves que sous l'angle restreint de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2a p. 41; <ref-ruling> consid. 4 p. 211; <ref-ruling> consid. 2d p. 37 s.). Il examine en revanche librement la question de savoir si, sur la base du résultat d'une appréciation non arbitraire des preuves, le juge aurait dû éprouver un doute sérieux et insurmontable quant à la culpabilité de l'accusé. Dans cet examen, il s'impose toutefois une certaine retenue, le juge du fait, en vertu du principe de l'immédiateté, étant mieux à même de trancher cette question.
2.1 En ce qui concerne A._, le recourant reproche aux premiers juges d'avoir violé l'interdiction de l'arbitraire en renonçant à ordonner une expertise de crédibilité et à la cour cantonale d'avoir admis qu'il n'existait aucune indication militant en faveur du recours à une telle expertise.
2.1.1 Il revient au juge d'apprécier la crédibilité de déclarations. Exiger, sans nuance et quasi automatiquement, qu'une expertise de crédibilité soit ordonnée dès que des déclarations sont contestées, contiennent quelques imprécisions ou des contradictions mineures ou encore manquent de clarté sur des points secondaires serait contraire au principe de la libre appréciation des preuves par le juge (arrêt 1P.8/2002, du 5 mars 2002, consid. 4.3.1). Une expertise de crédibilité s'impose surtout lorsqu'il s'agit des déclarations d'un petit enfant qui sont fragmentaires ou difficilement interprétables, lorsqu'il existe des indices sérieux que l'auteur des déclarations présente des troubles psychiques ou lorsque des éléments concrets font penser que la personne interrogée a été influencée par un tiers (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 184 et les références citées).
La notion d'arbitraire a été rappelée dans divers arrêts récents, auxquels on peut donc se référer. En bref, il ne suffit pas, pour qu'il y ait arbitraire, que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable. Il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4/5; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148 et les arrêts cités).
2.1.2 Dans le cas particulier, le recourant soutient qu'une expertise aurait dû être ordonnée en raison des troubles psychiques dont souffrait la victime au moment de ses premières déclarations.
Les juges cantonaux ont considéré d'une part que le jury ne s'était pas contredit en retenant que la prise de conscience de la victime dès ses 15 ans avait été accompagnée par un mal-être croissant, A._ commençant à prendre différentes drogues, à faire des abus d'alcool ainsi qu'à adopter des comportements de type anorexique et se trouvant pour le surplus dans l'incapacité d'exercer une activité professionnelle quelconque, tout en exposant plus loin pourquoi ils ajoutaient foi aux déclarations subséquentes de la victime et aux témoignages qui les confortaient. D'autre part la cour cantonale est partie du point de vue que la victime avait déposé plainte à 23 ans, soit plus de six ans après la cessation des actes dénoncés et qu'il n'est pas obligatoire de soumettre une personne majeure à une expertise de crédibilité lorsque la prise de toxiques est postérieure aux événements incriminés et n'a pas atteint ses capacités mnésiques, ce qui est le cas en l'espèce, puisque le défaut d'influence des problèmes psychologiques sur le discours de A._ se déduit des constatations de son médecin en 2004 déjà et qu'elle a depuis lors mis un terme à sa consommation de drogues et d'alcool.
Le recourant ne motive pas l'arbitraire de l'appréciation de la cour cantonale de manière conforme aux exigences de l'art. 106 al. 2 LTF. En effet, l'argumentation du recourant revient à opposer son appréciation du dossier à celle retenue dans l'arrêt attaqué, ce qui n'est pas admissible. Au demeurant, la cour cantonale ne se limite pas à nier la nécessité d'une expertise de crédibilité parce que la prise de stupéfiants était postérieure aux faits incriminés, mais elle le fait surtout en raison de l'absence de troubles psychiques pouvant mettre en doute la crédibilité des déclarations cohérentes de la victime et le recourant ne démontre pas le contraire. Par conséquent, même recevable, son grief ne pourrait qu'être rejeté.
2.2 La cour cantonale n'est pas entrée en matière sur la critique que le recourant a faite devant elle de l'appréciation des témoignages par les premiers juges, au motif qu'elle considérait que celle-là était de nature appellatoire.
Devant l'autorité de céans, le recourant demande le réexamen de l'appréciation des témoignages par les premiers juges, s'en prenant ainsi directement au jugement de première instance. Il n'expose pas en quoi le refus d'entrer en matière de l'autorité cantonale aurait violé ses droits constitutionnels, de sorte que ce grief n'est pas recevable faute d'être dirigé contre la décision de dernière instance cantonale (art. 80 al. 1 LTF).
Au demeurant, on ne voit pas en quoi les premiers juges, suivis par la cour cantonale, auraient fait preuve d'arbitraire en admettant, sur la base des témoignages de toute la famille de X._ et de proches, que dans le cercle familial et intime le recourant se montrait tyrannique, alors qu'en société, en politique et dans son univers professionnel, il affichait un caractère affable et sympathique.
La version de faits retenue par l'autorité cantonale est fondée sur les déclarations de la victime et de témoins, desquelles il ressort que les révélations faites par celle-ci à des proches, lentes et cahotantes au fil des années, se suivent depuis qu'elle a repoussé son père et que les abus, qu'elle ne parvenait pas encore à bien qualifier, ont cessé alors qu'elle avait 15 ans. A cette époque elle a fini par réaliser pleinement que le comportement de son père n'était pas tout à fait normal, en particulier qu'il ne devait pas la considérer comme une petite « maîtresse » et qu'elle avait ainsi été sexuellement abusée par lui. Sa version apparaît convaincante et les quelques incohérences chronologiques et imprécisions verbales qui émaillent la recension des souvenirs rapportés au deuxième, voire au troisième degré par les témoins auxquels la jeune victime s'est confiée par bribes ou qui ont connu des tiers à qui elle avait parlé, ne suffisent pas à la rendre arbitraire. Ces déclarations forment un ensemble d'indices corroborant les accusations de la victime.
3. Le recourant conteste la réalité des abus sexuels subis par une autre de ses filles, B._. D'une part, il conteste qu'ils aient eu lieu, et d'autre part il estime que, si tel était le cas, il s'agirait non pas de tentatives mais d'infractions consommées, ce qui montrerait les contradictions contenues dans l'arrêt attaqué. Cependant, une nouvelle fois, le recourant se contente d'opposer son appréciation à celle retenue, de sorte que son grief ne répond pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. De plus, on comprend mal l'argumentation du recourant qui semble reprocher à la cour cantonale d'avoir admis que la victime avait subi des abus tout en ne retenant que la tentative et non l'infraction consommée. Au demeurant, il n'appartenait pas à la cour cantonale d'examiner si ces faits constituaient non pas une tentative mais une infraction consommée, car cette démarche aurait violé l'interdiction de la reformatio in peius.
4. Le recourant reproche en outre aux juges cantonaux de s'être écartés de l'expertise psychiatrique du Dr C._ en lui imposant de suivre une psychothérapie en milieu carcéral. Il estime qu'en ordonnant une telle mesure contre sa volonté, la décision attaquée viole l'art. 56 al. 3 CP.
Le 1er janvier 2007 est entrée en vigueur la partie générale révisée du code pénal. Selon le chiffre 2 des dispositions finales de la modification du 13 décembre 2002, les règles du nouveau droit relatives aux mesures (art. 56 à 65) et à leur exécution (art. 90) s'appliquent aussi aux auteurs d'actes commis ou jugés avant leur entrée en vigueur. Le nouveau droit en matière de mesures est ainsi applicable in casu. La question de l'application de la lex mitior selon l'art. 2 al. 2 CP ne se pose pas dans ce contexte.
Pour ordonner une mesure thérapeutique, le juge devra se fonder sur une expertise qui se prononce sur la nécessité et les chances de succès d'un traitement, sur la vraisemblance que l'auteur commette d'autres infractions et sur la nature de celles-ci ainsi que sur les possibilités de faire exécuter la mesure (art. 56 al. 3 CP).
La décision du juge doit respecter le principe constitutionnel de proportionnalité (art. 36 al. 3 Cst.), nouvellement inscrit dans la loi. Le prononcé d'une mesure suppose que l'atteinte aux droits de la personnalité qui en résulte pour l'auteur ne soit pas disproportionnée au regard de la vraisemblance qu'il commette de nouvelles infractions et de leur gravité. Cette disposition postule de la sorte la pesée à effectuer entre l'atteinte aux droits inhérente à la mesure ordonnée et la dangerosité de l'auteur.
Enfin, concernant plus particulièrement l'appréciation du résultat d'une expertise, le juge n'est en principe pas lié par celui-ci. Mais s'il entend s'en écarter, il doit motiver sa décision et ne saurait, sans motifs déterminants, substituer son appréciation à celle de l'expert, sous peine de verser dans l'arbitraire. En d'autres termes, le juge, qui ne suit pas les conclusions de l'expert, n'enfreint pas l'art. 9 Cst. lorsque des circonstances bien établies viennent en ébranler sérieusement la crédibilité (<ref-ruling> consid. 1c p. 160; <ref-ruling> consid. 8a p. 274).
Dans le cas particulier, il ressort de l'arrêt attaqué que les premiers juges ne se sont pas écartés de l'avis de l'expert en ordonnant une mesure de psychothérapie, mais qu'ils ont levé les doutes déontologiques de l'expert sur sa mise en ?uvre effective. Celui-ci a en effet posé un diagnostic de trouble psychologique chez le recourant et n'a pas exclu la nécessité d'un appui thérapeutique pendant l'exécution de la peine. Au contraire, il a relevé qu'une telle mesure pourrait être indiquée et serait susceptible de diminuer le risque de récidive, mais a émis une réserve à propos du résultat d'un traitement imposé, faute d'alliance thérapeutique. C'est sur la base de cette appréciation de l'expertise, dont le caractère arbitraire n'a pas été démontré par le recourant lequel ne saurait s'écarter de l'appréciation faite par les précédents juges, que ces derniers ont admis qu'il était prévisible qu'une psychothérapie le détourne de commettre de nouvelles infractions, pour autant qu'il adhère au traitement et que, nonobstant ses refus passés, il n'était pas exclu qu'une telle adhésion intervienne en milieu carcéral. Les juges cantonaux ont ainsi exposé pourquoi ils entendaient ordonner un traitement, malgré le scepticisme de l'expert. Or, le recourant, non seulement ne démontre pas en quoi cette appréciation serait arbitraire, mais se contente d'affirmer que les juges cantonaux ne pouvaient pas imposer une telle mesure contre sa volonté. Il n'est toutefois pas insoutenable d'admettre que le recourant pourrait se soumettre à un tel traitement une fois sa condamnation devenue définitive, d'ordonner une telle mesure et de la considérer comme une aide pour le recourant. Il y a lieu de rappeler par ailleurs qu'en plus de respecter le principe de proportionnalité, cette mesure pourra toujours être revue ultérieurement. La décision attaquée n'apparaît dès lors ni arbitraire ni contraire au droit fédéral.
5. Le recourant soutient que l'allocation d'une indemnité pour tort moral à la victime viole les art. 41 et 49 CO. Il prétend que la souffrance de sa fille A._ ne résultait pas exclusivement des actes qui lui sont imputés mais également des nombreux événements négatifs qu'elle a vécus et considère que le montant alloué ne devrait pas dépasser 20'000 fr.
5.1 L'ampleur de la réparation morale dépend avant tout de la gravité des souffrances physiques ou psychiques consécutives à l'atteinte subie par la victime et de la possibilité d'adoucir sensiblement, par le versement d'une somme d'argent, la douleur morale qui en résulte. Sa détermination relève du pouvoir d'appréciation du juge. En raison de sa nature, l'indemnité pour tort moral, destinée à réparer un dommage qui ne peut que difficilement être réduit à une simple somme d'argent, échappe à toute fixation selon des critères mathématiques, de sorte que son évaluation en chiffres ne saurait excéder certaines limites. L'indemnité allouée doit toutefois être équitable. Le juge en déterminera donc le montant en fonction de la gravité de l'atteinte subie et il évitera que la somme accordée n'apparaisse dérisoire à la victime. S'il s'inspire de certains précédents, il veillera à les adapter aux circonstances actuelles pour tenir compte de la dépréciation de la monnaie (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 704 s.; <ref-ruling> consid. 7.2 p. 37 et les arrêts cités).
La fixation de l'indemnité pour tort moral est une question d'application du droit fédéral, que le Tribunal fédéral examine donc librement. Dans la mesure où cette question relève pour une part importante de l'appréciation des circonstances, le Tribunal fédéral intervient, avec retenue, notamment si l'autorité cantonale a mésusé de son pouvoir d'appréciation en se fondant sur des considérations étrangères à la disposition applicable, en omettant de tenir compte d'éléments pertinents ou encore en fixant une indemnité inéquitable parce que manifestement trop faible ou trop élevée. Comme il s'agit cependant d'une question d'équité - et pas d'une question d'appréciation au sens strict, qui limiterait son pouvoir d'examen à l'abus ou à l'excès du pouvoir d'appréciation -, le Tribunal fédéral examine librement si la somme allouée tient suffisamment compte de la gravité de l'atteinte ou si elle est disproportionnée par rapport à l'intensité des souffrances morales causées à la victime (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 705 et les arrêts cités).
D'une manière générale, la jurisprudence tend, depuis quelques années, à accorder des montants plus importants en matière d'atteintes graves à l'intégrité d'une personne. Ainsi, le Tribunal fédéral a fixé à 100'000 fr. l'indemnité pour tort moral allouée à une jeune fille qui a dû subir pendant dix ans, à d'innombrables reprises, des atteintes particulièrement graves à son intégrité sexuelle, commises par son père, lesquelles lui ont causé un préjudice important et très probablement irréversible (<ref-ruling> consid. 2b p. 274 ss).
5.2 Il est établi que le recourant a perpétré sur sa fille A._, lorsqu'elle était mineure de graves actes attentatoires à son intégrité sexuelle qui, selon les certificats médicaux produits, ont causé chez elle des troubles psychiques qu'elle s'emploie à faire atténuer par une thérapie appropriée. En imputant ces traumatismes à d'autres causes, le recourant s'écarte des faits constatés, ce qui n'est pas recevable. Il ressort également de l'arrêt attaqué que A._ aura encore besoin de longues années de thérapie avant de recouvrer une santé psychique et une qualité de vie acceptables. La très grande gravité des actes retenus à la charge du recourant, de par leur nature, leur durée et les circonstances dans lesquelles ils ont été commis, justifie l'octroi de l'indemnité pour tort moral fixée à 40'000 fr., qui n'apparaît pas disproportionnée eu égard aux souffrances infligées à la victime.
6. Dès lors, le recours ne peut qu'être rejeté dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires doivent être mis à la charge du recourant qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué d'indemnité à l'intimée qui n'est pas intervenue dans la procédure devant le Tribunal fédéral.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 5 mars 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Paquier-Boinay