Sachverhalt:
A. X._ (geb. 1952) stammt aus der Türkei. Er war dort mit der türkischen Staatsangehörigen A._ (geb. 1955) verheiratet, mit der er vier gemeinsame Kinder (geb. 1980, 1981, 1986 und 1989) hat.
Mitte April 1990 reiste X._ in die Schweiz ein. Sein Asylgesuch wurde vom zuständigen Bundesamt und danach von der Asylrekurskommission mit Urteil vom 16. August 1993 abgewiesen. Am 30. Oktober 1993 liess sich X._ von seiner Ehefrau in der Türkei scheiden. Am 26. November 1993 reichte er ein erstes Gesuch um Revision des Asylentscheids ein, welches von der Asylrekurskommission am 11. März 1994 abgewiesen wurde. Ein zweites Revisionsgesuch vom 18. Juli 1994 zog er am 24. Mai 1996 zurück. Kurz zuvor, am 18. Mai 1996, hatte er im Kanton Nidwalden die Schweizer Bürgerin Y._(geb. 1950) geheiratet. Aufgrund dieser Heirat wurde X._ eine Aufenthaltsbewilligung erteilt.
B. Am 15. Juni 1999 ersuchte X._ um die erleichterte Einbürgerung. Im Rahmen des Einbürgerungsverfahrens unterzeichneten er und Y._ am 10. Juli 2000 gemeinsam eine Erklärung, wonach sie in einer tatsächlichen, ungetrennten und stabilen ehelichen Gemeinschaft an derselben Adresse zusammenlebten und weder Trennungs- noch Scheidungsabsichten hätten. Sie nahmen unterschriftlich zur Kenntnis, dass die erleichterte Einbürgerung nicht möglich ist, wenn vor oder während des Einbürgerungsverfahrens einer der Ehegatten die Trennung oder Scheidung beantragt hat oder keine tatsächliche eheliche Gemeinschaft mehr besteht. Ebenso bestätigten sie zu wissen, dass die Verheimlichung solcher Umstände zur Nichtigerklärung der Einbürgerung führen könne.
Am 10. August 2000 wurde X._ erleichtert eingebürgert. Nebst dem Schweizer Bürgerrecht erwarb er die Bürgerrechte des Kantons Obwalden und der Gemeinde Lungern.
C. Am 1. Februar 2001 meldete sich Y._ von der gemeinsamen Wohnadresse ab. Sie und X._ reichten am 14. September 2001 gemeinsam ein Scheidungsbegehren ein. Mit Urteil vom 27. März 2002 schied das Amtsgericht Hochdorf die Ehe.
Am 16. März 2003 stellte X._ im Kanton Luzern ein Gesuch um Nachzug seiner beiden jüngsten Kinder aus seiner ersten Ehe.
D. Vom Amt für Migration des Kantons Luzern auf die erwähnten Sachumstände aufmerksam gemacht, leitete das Bundesamt für Migration (BFM) am 22. April 2004 gegen X._ ein Verfahren betreffend Nichtigerklärung der erleichterten Einbürgerung ein.
E. Am 14. Juni 2005 erteilte der Heimatkanton Obwalden die Zustimmung zur Nichtigerklärung der erleichterten Einbürgerung. Mit Verfügung vom 24. Juni 2005 erklärte das Bundesamt die erleichterte Einbürgerung von X._ als nichtig.
F. X._ erhob am 26. Juli 2005 beim Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement (EJPD) Beschwerde gegen die Verfügung des BFM vom 24. Juni 2005 und beantragte deren vollumfängliche Aufhebung. Sodann ersuchte er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege samt Verbeiständung sowohl im laufenden als auch im erstinstanzlichen Verfahren. Das Bundesverwaltungsgericht, welches die beim EJPD am 1. Januar 2007 hängigen Beschwerden übernahm, wies die Beschwerde mit Urteil vom 31. März 2009 bezüglich der Nichtigerklärung der erleichterten Einbürgerung ab (Dispositiv-Ziffer 1). Hinsichtlich der unentgeltlichen Rechtspflege im Verfahren vor dem Bundesamt hiess es die Beschwerde teilweise gut und änderte die Verfügung des BFM dahingehend, dass dem Gesuch um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege im erstinstanzlichen Verfahren teilweise entsprochen und auf die Erhebung einer Gebühr verzichtet werde. Soweit das Gesuch auf die Bestellung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes gerichtet sei, werde es abgewiesen (Dispositiv-Ziffer 2). Sodann verpflichtete das Bundesverwaltungsgericht die Vorinstanz, X._ für das Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 500.-- auszurichten (Dispositiv-Ziffer 3) und entschädigte den unentgeltlichen Rechtsbeistand von X._ für das Rechtsmittelverfahren mit Fr. 2'000.-- (Dispositiv-Ziffer 4).
G. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, die Dispositiv-Ziffern 1 und 2 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 31. März 2009 sowie die Verfügung des Bundesamtes für Migration vom 24. Juni 2005 seien aufzuheben. Es sei festzustellen, dass die Vorinstanzen in schwerwiegender Weise das Beschleunigungsgebot und das rechtliche Gehör verletzt hätten, was im Ergebnis zu einer Aufhebung der angefochtenen Verfügungen, eventualiter zu einer zusätzlichen Entschädigung nach Ermessen des Gerichts führe. Dem Beschwerdeführer sei im erstinstanzlichen Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu erteilen. Im Verfahren vor Bundesgericht sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu gewähren und ebenfalls die unentgeltliche Rechtspflege und -verbeiständung zu bewilligen.
H. Das Bundesverwaltungsgericht und das BFM verzichten auf eine Vernehmlassung in der Sache.
I. Mit Präsidialverfügung vom 8. Juni 2009 wurde der Beschwerde im bundesgerichtlichen Verfahren die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil, ein Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts (Art. 86 Abs. 1 lit. a, Art. 90 BGG), betrifft eine Nichtigerklärung einer erleichterten Einbürgerung gestützt auf Art. 27 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 29. September 1952 über Erwerb und Verlust des Schweizer Bürgerrechts (Bürgerrechtsgesetz, BüG; SR 141.0), somit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinn von <ref-law>. Die Ausnahme der ordentlichen Einbürgerung gemäss <ref-law> erstreckt sich nicht auf die Nichtigerklärung der Einbürgerung.
1.2 Unzulässig ist der Antrag des Beschwerdeführers, die Verfügung des BFM vom 24. Juni 2005 sei aufzuheben. Diese ist durch das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 31. März 2009 ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gilt als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144 mit Hinweisen). Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Eine entsprechende Rüge, die rechtsgenüglich substanziiert vorzubringen ist (Art. 42 Abs. 2, Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. dazu <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 6.2 S. 288; je mit Hinweisen), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen gemäss <ref-law> nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Werden neue Tatsachen oder Beweismittel vorgebracht, ist in der Beschwerde darzutun, inwiefern erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gegeben hat (<ref-ruling> E. 3 S. 395).
Das vom Beschwerdeführer mit der Beschwerde an das Bundesgericht eingereichte Schreiben von B._ vom 1. Juni 2009 erfüllt diese Voraussetzungen nicht und ist somit unbeachtlich. Ebenfalls unzulässig ist der erst vor Bundesgericht eingereichte Auszug aus dem Personenregister betreffend Eintrag der Ehe von X._ und Y._ in der Türkei, zu dem das vorinstanzliche Urteil keinen Anlass gab.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst unter Berufung auf <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes. Im konkreten Fall seien bis zur Eröffnung des Verfahrens vier Jahre verstrichen. Am 24. Juni 2005, knapp fünf Jahre nach Abgabe der Erklärung der Ehegatten, habe das Bundesamt die Einbürgerung für nichtig erklärt. Das anschliessende Beschwerdeverfahren habe drei Jahre und acht Monate gedauert. Durch die ausschliesslich durch die Behörden verursachte Verzögerung sei dem Beschwerdeführer der Gegenbeweis betreffend das Bestehen einer stabilen ehelichen Gemeinschaft im Zeitpunkt der erleichterten Einbürgerung verunmöglicht worden bzw. er habe die Folgen der Beweisschwierigkeiten durch den Zeitablauf zu tragen. Die Folge davon sei ein Anspruch auf Feststellung der Verletzung des Beschleunigungsgebots. Sodann müsse bei einer massiven Verletzung des Beschleunigungsgebots davon ausgegangen werden, dass die Ehe stabil gewesen sei und es an der Behörde gelegen hätte, rechtzeitig gegenteilige Beweise für einen Rechtsmissbrauch beizubringen. Schliesslich seien die Verfahrenskosten vom Staat zu tragen und dem Beschwerdeführer eine Entschädigung nach Ermessen des Gerichts zuzusprechen.
Das Bundesverwaltungsgericht räumt ein, dass sowohl das Verfahren vor dem Bundesamt als auch das Rechtsmittelverfahren relativ viel Zeit in Anspruch genommen hätten. Andererseits habe sich der Beschwerdeführer, ausser in einer Anfrage vom 7. Juni 2004 (die zudem primär durch das parallel laufende Familiennachzugsverfahren motiviert gewesen sei), nie nach dem Stand des Verfahrens erkundigt oder um dessen Beschleunigung ersucht. Es sei weiter auch nicht ersichtlich, inwiefern sich eine raschere Abwicklung des Verfahrens zu Gunsten des Beschwerdeführers hätte auswirken können. Unter den gegebenen Umständen liege keine die Interessen des Beschwerdeführers beeinträchtigende Verfahrensverzögerung vor, und aus der langen Verfahrensdauer seien keine rechtlichen Konsequenzen zu ziehen.
2.2 Von vornherein nicht eingetreten werden kann auf den Vorwurf der Verletzung von Art. 6 EMRK, denn diese Konventionsbestimmung findet nur auf zivil- und strafrechtliche Verfahren Anwendung (<ref-ruling> E. 2 S. 347). Einbürgerungsangelegenheiten gehören nicht dazu (Urteile des Bundesgerichts 5A.20/2003 vom 22. Januar 2004 E. 2.4.1; 5A.23/2001 vom 11. Februar 2002 E. 2b/bb).
Nach <ref-law> hat in Verfahren vor Gerichts- und Verwaltungsinstanzen jedermann Anspruch auf Beurteilung seiner Sache innert angemessener Frist. Für die Rechtsuchenden ist es unerheblich, auf welche Gründe eine übermässige Verfahrensdauer zurückzuführen ist. Entscheidend ist ausschliesslich, dass die Behörde nicht oder nicht fristgerecht handelt. Bei der Feststellung einer übermässigen Verfahrensdauer ist daher zu prüfen, ob sich die Umstände, die zur Verlängerung des Verfahrens geführt haben, objektiv rechtfertigen lassen (Urteil des Bundesgerichts 6B_122/2007 vom 21. Juni 2007 E. 4.2, nicht publ. in <ref-ruling>). Zu prüfen ist im vorliegenden Fall sowohl das Verfahren vor dem Bundesamt und dem EJPD resp. dem Bundesverwaltungsgericht als auch die Gesamtheit der Verfahrensdauer.
2.3 Auf erstinstanzlicher Ebene sind den Akten folgende Verfahrensschritte zu entnehmen. Der Beschwerdeführer stellte am 14. April 2003 ein Familiennachzugsgesuch für seine beiden jüngsten Kinder, welches das Amt für Migration des Kantons Luzern am 6. April 2004 veranlasste, das Bundesamt für Migration um Überprüfung des Schweizer Bürgerrechts des Beschwerdeführers zu ersuchen. Am 22. April 2004 leitete das BFM ein Verfahren nach <ref-law> ein. Nach mehrmaligem Schriftenwechsel, dem Einholen diverser Akten und der Befragung der Ehefrau verfügte das Bundesamt am 24. Juni 2005 die Nichtigerklärung der erleichterten Einbürgerung. Das Verfahren vor dem Bundesamt für Migration dauerte somit etwas mehr als ein Jahr und zwei Monate. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers kann er aus dem Umstand, dass das erstinstanzlich zuständige Bundesamt seine Verfügung erst nach fast fünf Jahren seit der erleichterten Einbürgerung erlassen hat, nichts zu seinen Gunsten ableiten. Gemäss dem Wortlaut von <ref-law> ist die Nichtigerklärung des Bundesamts massgebend, nicht allfällige spätere Urteile der Rechtsmittelbehörde (Urteil des Bundesgerichts 5A.3/2002 vom 29. April 2002 E. 3b). Diese Frist ist vorliegend gewahrt, da die Nichtigerklärung innert der Fünf-Jahres-Frist gemäss <ref-law> erging. Insofern ist die Rüge des Beschwerdeführers unbegründet. Dies umso mehr, als erst sein Familiennachzugsgesuch vom 14. April 2003 Anlass zur genaueren Abklärung der Umstände seiner erleichterten Einbürgerung bot.
2.4 In Bezug auf das Rechtsmittelverfahren vor dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement resp. dem Bundesverwaltungsgericht kann Folgendes festgehalten werden: Am 26. Juli 2005 erhob der Beschwerdeführer gegen die Verfügung des BFM vom 24. Juni 2005 beim damals zuständigen Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement Verwaltungsbeschwerde. Am 11. August 2005 bestätigte das EJPD den Eingang der Beschwerde und gewährte dem Beschwerdeführer Akteneinsicht. Mit Schreiben vom 30. August 2005 ersuchte der Beschwerdeführer um Fristerstreckung bis Mitte September 2005 zur Stellungnahme und Einreichung von Beweismitteln. Mit Schreiben vom 2. September 2005 erstreckte das EJPD die Frist bis 23. September 2005. Am 21. September 2005 erfolgte eine Ergänzungseingabe des Beschwerdeführers. Am 29. September 2005 reichte der Beschwerdeführer weitere Unterlagen ein. Am 2. November 2005 verfügte das EJPD, dass das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung gutgeheissen werde. Gleichentags wurde das BFM zur Stellungnahme eingeladen. Am 3. November 2005 reichte der Beschwerdeführer eine weitere Eingabe sowie die Honorarnote des Vertreters im erstinstanzlichen Verfahren ein. Am 24. November 2005 liess sich das Bundesamt für Migration vernehmen. Mit Schreiben vom 25. November 2005 wurde dem Beschwerdeführer Gelegenheit geboten, sich dazu bis 2. Januar 2006 zu äussern. Der Beschwerdeführer ersuchte mit Schreiben vom 23. Dezember 2005 um Fristerstreckung bis 13. Januar 2006, welche am 30. Dezember 2005 gewährt wurde. Am 12. Januar 2006 reichte der Beschwerdeführer seine Stellungnahme ein.
Am 6. Juli 2006 erkundigte sich das Amt für Migration des Kantons Luzern beim EJPD nach dem Verfahrensstand. Mit Schreiben vom 4. August 2006 teilte das EJPD dem Amt für Migration mit, dass das Verfahren grundsätzlich spruchreif sei. Das Bundesamt werde sich im Rahmen der ihm gesetzten Prioritäten bemühen, das Verfahren im Laufe des vierten Quartals abzuschliessen. Am 29. November 2006 teilte das EJPD dem Beschwerdeführer mit, dass das Verfahren ab 1. Januar 2007 vom Bundesverwaltungsgericht weitergeführt werde. Am 15. Februar 2007 zeigte das Bundesverwaltungsgericht dem Beschwerdeführer den Spruchkörper an und setzte ihm bis 26. Februar 2007 Frist für allfällige Ausstandsbegehren. Mit Verfügung vom 2. Februar 2009 wurde der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers aufgefordert, dem Bundesverwaltungsgericht bis 16. Februar 2009 eine detaillierte Kostennote einzureichen. Mit Eingabe vom 12. Februar 2009 ersuchte der Beschwerdeführer um eine Fristerstreckung bis 20. Februar 2009, welche ihm am 16. Februar 2009 gewährt wurde. Am 19. Februar 2009 liess der Beschwerdeführer seine Kostennote dem Bundesverwaltungsgericht zukommen und rügte gleichzeitig eine Verletzung des Beschleunigungsgebots. Am 31. März 2009 entschied das Bundesverwaltungsgericht.
Das zweitinstanzliche Verfahren dauerte somit drei Jahre und acht Monate. Es kann festgehalten werden, dass der doppelte Schriftenwechsel zügig an die Hand genommen wurde und dass es aufgrund von Fristerstreckungsgesuchen des Beschwerdeführers zu kleineren Verfahrensverzögerungen kam. Nach Abschluss des Schriftenwechsels am 12. Januar 2006 wurden seitens des EJPD bis zum 29. November 2006 keine Instruktionshandlungen vorgenommen. Am 1. Januar 2007 wurde das Verfahren vom Bundesverwaltungsgericht übernommen, wobei am 15. Februar 2007 eine erste Instruktionshandlung erfolgte. Danach ruhte das Verfahren bis zum 2. Februar 2009 und fand seinen Abschluss am 31. März 2009.
Das Verfahren wurde somit vom EJPD während elf Monaten und sodann vom Bundesverwaltungsgericht während zwei Jahren nicht aktiv weitergeführt. Vor allem für diese letztere lange Periode der (materiellen) Untätigkeit ist kein objektiver Grund ersichtlich. Eine besondere Komplexität oder ein bedeutender Umfang des Falles ist aus den Akten nicht ersichtlich. Es ist zwar gerichtsnotorisch, dass das Bundesverwaltungsgericht eine grosse Zahl hängiger Verfahren zum Teil älteren Datums vom EJPD übernehmen musste. Dies entbindet es jedoch nicht von der Pflicht, innert angemessener Frist zu entscheiden. Die Rüge des Beschwerdeführers ist somit begründet.
2.5 Als Folge einer überlangen Verfahrensdauer fallen die Feststellung der Verletzung des Beschleunigungsgebots oder Geldleistungen als Schadenersatz oder Genugtuung in Betracht (vgl. Urteil des Bundesgerichts 5A.8/2005 vom 15. September 2005 E. 3). Die Verletzung kann im Dispositiv des Urteils des Bundesgerichts festgehalten werden. Vorliegend ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht dargelegt, inwiefern die übermässige Verfahrensdauer zu einer schweren Beeinträchtigung der persönlichen Verhältnisse geführt hätte, so dass die Zusprechung einer Geldleistung gerechtfertigt wäre. Es ist aber infolge der massiven Verfahrensverzögerung angebracht, die Verletzung von <ref-law> festzustellen und dem Beschwerdeführer auf diese Weise eine Genugtuung für die erlittene Rechtsverletzung zu verschaffen.
2.6 Soweit der Beschwerdeführer beantragt, es müsse aufgrund der überlangen Verfahrensdauer unbesehen vermutet werden, die Ehe sei im Moment der Einbürgerung ausreichend stabil gewesen, was im Ergebnis zu einer Aufhebung der angefochtenen Verfügung führe, ist ihm entgegenzuhalten, dass das Gesetz dies im Falle einer überlangen Verfahrensdauer nicht vorsieht (<ref-ruling> E. 5.3. S. 333; <ref-ruling> E. 1.3-1.4 S. 417 f. und E. 3.4 S. 422).
Der Beschwerdeführer macht geltend, dass diverse Personen nicht mehr zur ehelichen Beziehung des Beschwerdeführers im Zeitpunkt der erleichterten Einbürgerung hätten befragt werden können, da sie sich nicht mehr hätten erinnern können oder mittlerweile verstorben seien. Diese Beweisprobleme seien ausschliesslich auf die durch die Behörden verursachten zeitlichen Verhältnisse zurückzuführen. Die Beschwerde ist diesbezüglich unsubstanziiert, behauptet der Beschwerdeführer doch nicht, im Rahmen des vorangegangenen Verfahrens die Einvernahme der betreffenden Personen verlangt zu haben. Zudem hätte der Beschwerdeführer aufgrund seiner prozessualen Mitwirkungspflicht die urteilenden Behörden auf solche Umstände aufmerksam machen und um eine prioritäre Behandlung seines Falles ersuchen müssen (vgl. Entscheid des Bundesgerichts 12T_2/2007 vom 16. Oktober 2007 E. 4.3). Dies hat der Beschwerdeführer im vorliegenden Fall indessen nicht getan. Vielmehr hat er sich damit begnügt, erstmals im Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht, zu einem Zeitpunkt, als ersichtlich war, dass das Verfahren demnächst abgeschlossen sein würde, eine überlange Verfahrensdauer zu rügen. Dabei unterliess er es, auf besondere Umstände hinzuweisen, die eine prioritäre Behandlung gerechtfertigt hätten. Demzufolge kann nur eine Verfassungsverletzung festgestellt werden. Die Verfahrensverzögerung als solche hat keine weitergehenden Wirkungen.
2.7 Inwiefern wegen weiterer, bisher nicht behandelter Aspekte eine Grundrechtsverletzung gegeben sein soll, wird vom Beschwerdeführer nicht näher ausgeführt. Darauf ist deshalb nicht weiter einzugehen.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Voraussetzungen der Nichtigerklärung der erleichterten Einbürgerung nach <ref-law> seien nicht erfüllt. Die vorhandenen Akten würden belegen, dass im Moment der Einbürgerung eine echte und dauernde Beziehung bestanden habe. Die gegenteilige Annahme des Bundesverwaltungsgerichts sei nicht haltbar.
3.2 Gemäss <ref-law> kann ein Ausländer nach der Eheschliessung mit einer Schweizer Bürgerin ein Gesuch um erleichterte Einbürgerung stellen, wenn er insgesamt fünf Jahre in der Schweiz gewohnt hat, seit einem Jahr hier wohnt und seit drei Jahren in ehelicher Gemeinschaft mit der Schweizer Bürgerin lebt. Eine eheliche Gemeinschaft im Sinne von <ref-law> setzt nicht nur das formelle Bestehen einer Ehe, sondern eine tatsächliche Lebensgemeinschaft voraus. Eine solche Gemeinschaft kann nur bejaht werden, wenn der gemeinsame Wille zu einer ehelichen Gemeinschaft intakt ist (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 172). Gemäss konstanter Praxis muss sowohl im Zeitpunkt der Gesuchseinreichung als auch im Zeitpunkt des Einbürgerungsentscheids eine tatsächliche Lebensgemeinschaft bestehen, die Gewähr für die Stabilität der Ehe bietet. Zweifel bezüglich eines solchen Willens sind angebracht, wenn kurze Zeit nach der erleichterten Einbürgerung die Trennung erfolgt oder die Scheidung eingeleitet wird. Der Gesetzgeber wollte dem ausländischen Ehegatten einer Schweizer Bürgerin die erleichterte Einbürgerung ermöglichen, um die Einheit des Bürgerrechts der Ehegatten im Hinblick auf ihre gemeinsame Zukunft zu fördern (<ref-ruling> E. 2 S. 165; <ref-ruling> E. 2 S. 484).
3.3 Nach <ref-law> kann die Einbürgerung vom Bundesamt mit Zustimmung der Behörde des Heimatkantons innert fünf Jahren nichtig erklärt werden, wenn sie durch falsche Angaben oder Verheimlichung erheblicher Tatsachen erschlichen worden ist. Das blosse Fehlen der Einbürgerungsvoraussetzungen genügt nicht. Die Nichtigerklärung der Einbürgerung setzt vielmehr voraus, dass diese "erschlichen", d.h. mit einem unlauteren und täuschenden Verhalten erwirkt worden ist (<ref-ruling> E. 3.1 S. 115). Arglist im Sinne des strafrechtlichen Betrugstatbestands ist nicht erforderlich, wohl aber, dass der Betroffene bezüglich erheblicher Tatsachen bewusst falsche Angaben macht bzw. die Behörde bewusst in einem falschen Glauben lässt und so den Vorwurf auf sich zieht, es unterlassen zu haben, die Behörde über eine erhebliche Tatsache zu informieren (<ref-ruling> E. 2 S. 165; <ref-ruling> E. 3.1 S. 115 mit Hinweisen).
Bei der Nichtigerklärung einer erleichterten Einbürgerung ist deshalb von der Behörde zu untersuchen, ob die Ehe im massgeblichen Zeitpunkt der Gesuchseinreichung und der Einbürgerung tatsächlich gelebt wurde. Im Wesentlichen geht es dabei um innere Vorgänge, die der Behörde oft nicht bekannt und schwierig zu beweisen sind. Sie kann sich daher veranlasst sehen, von bekannten Tatsachen (Vermutungsbasis) auf unbekannte (Vermutungsfolge) zu schliessen. Es handelt sich dabei um Wahrscheinlichkeitsfolgerungen, die aufgrund der Lebenserfahrung gezogen werden (BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 485 f.). Der Betroffene ist bei der Sachverhaltsabklärung mitwirkungspflichtig (<ref-ruling> E. 2 S. 166; <ref-ruling> E. 3.2 S. 486).
3.4 Die tatsächliche Vermutung betrifft die Beweiswürdigung und bewirkt keine Umkehrung der Beweislast (BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 486). Begründet die kurze Zeitspanne zwischen der erleichterten Einbürgerung einerseits und der Trennung oder Einleitung einer Scheidung andererseits die tatsächliche Vermutung, es habe schon bei der Einbürgerung keine stabile eheliche Gemeinschaft mehr bestanden, so muss der Betroffene deshalb nicht das Gegenteil beweisen. Es genügt, wenn er einen Grund anführt, der es als plausibel erscheinen lässt, dass er bei der Erklärung, wonach er mit seiner Schweizer Ehepartnerin in einer stabilen ehelichen Gemeinschaft lebt, nicht gelogen hat. Bei diesem Grund kann es sich um ein ausserordentliches, nach der Einbürgerung eingetretenes Ereignis handeln, welches zum raschen Scheitern der Ehe führte, oder um das fehlende Bewusstsein des Gesuchstellers bezüglich bestehender Eheprobleme im Zeitpunkt der Einbürgerung (<ref-ruling> E. 2 S. 166 mit Hinweisen).
3.4 Die tatsächliche Vermutung betrifft die Beweiswürdigung und bewirkt keine Umkehrung der Beweislast (BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 486). Begründet die kurze Zeitspanne zwischen der erleichterten Einbürgerung einerseits und der Trennung oder Einleitung einer Scheidung andererseits die tatsächliche Vermutung, es habe schon bei der Einbürgerung keine stabile eheliche Gemeinschaft mehr bestanden, so muss der Betroffene deshalb nicht das Gegenteil beweisen. Es genügt, wenn er einen Grund anführt, der es als plausibel erscheinen lässt, dass er bei der Erklärung, wonach er mit seiner Schweizer Ehepartnerin in einer stabilen ehelichen Gemeinschaft lebt, nicht gelogen hat. Bei diesem Grund kann es sich um ein ausserordentliches, nach der Einbürgerung eingetretenes Ereignis handeln, welches zum raschen Scheitern der Ehe führte, oder um das fehlende Bewusstsein des Gesuchstellers bezüglich bestehender Eheprobleme im Zeitpunkt der Einbürgerung (<ref-ruling> E. 2 S. 166 mit Hinweisen).
3.5 3.5.1 Die Vorinstanz legt dar, dass der Beschwerdeführer als verheirateter Vater von vier Kindern im April 1990 ohne seine Familie in die Schweiz gelangt sei und ein Asylgesuch eingereicht habe. Nach definitiver Ablehnung am 16. August 1993 mit der Wegweisung konfrontiert, habe sich der Beschwerdeführer am 30. Oktober 1993 von seiner türkischen Ehefrau scheiden lassen und versucht, den letztinstanzlich negativen Asylentscheid (Revisionsgesuche vom 26. November 1993 und 18. Juli 1994) rückgängig zu machen. Während der Hängigkeit des zweiten Revisionsverfahrens habe er eine Schweizer Bürgerin (geschieden und Mutter zweier Kinder), die er nach deren Angaben zwei Monate zuvor kennen gelernt habe, geheiratet. In der Folge habe er das hängige Revisionsgesuch zurückgezogen und im Kanton Luzern eine Aufenthaltsbewilligung erwirkt. Am 15. Juni 1999 und damit schon innert Monatsfrist nach Erfüllung der zeitlichen Voraussetzungen gemäss <ref-law> habe der Beschwerdeführer Antrag auf erleichterte Einbürgerung gestellt. Am 10. Juli 2000 hätten die Ehegatten die gemeinsame Erklärung zur ehelichen Gemeinschaft abgegeben und am 10. August 2000 sei die erleichterte Einbürgerung gewährt worden. Bereits per Ende Januar 2001 und damit weniger als sechs Monate später sei die Ehefrau des Beschwerdeführers aus der ehelichen Wohnung ausgezogen. Ein Scheidungsbegehren sei von den Parteien am 11. September 2001 unterzeichnet worden. Nach Anhörung durch das Amtsgericht Hochdorf vom 29. November 2001 sei die Ehe mit Urteil vom 27. März 2002 geschieden worden.
Bis zur Gewährung der erleichterten Einbürgerung habe die Ehe immerhin vier Jahre und fast drei Monate gedauert. Die rasche Aufgabe der ehelichen Gemeinschaft weniger als sechs Monate später begründe die tatsächliche Vermutung, dass der Beschwerdeführer zum Zeitpunkt der gemeinsamen Erklärung und der erleichterten Einbürgerung nicht mehr in einer stabilen ehelichen Gemeinschaft gelebt habe. Diese Vermutung werde durch weitere Elemente gestützt. So sei auf die nicht weiter kommentierte, überraschend erscheinende Scheidung des Beschwerdeführers von der langjährigen Partnerin und Mutter seiner Kinder in der Türkei während seines Aufenthalts als Asylsuchender in der Schweiz, überhaupt auf seinen prekären ausländerrechtlichen Status vor der Heirat mit der Schweizerin und darauf zu verweisen, dass der Eheschluss mit einer geschiedenen Mutter westeuropäischer Herkunft mit seinem soziokulturellen Umfeld nur schwerlich zu vereinbaren gewesen sei.
Die Vorinstanz schloss, dass die Darstellung des Beschwerdeführers zu den Gründen des raschen Zerfalls der Ehe nicht zu überzeugen vermöge. Der Zuzug des ältesten Sohnes im November 2000 könne zwar beim von der Ehefrau gefällten Entscheid im Januar 2001, die Ehe aufzugeben, durchaus mitgespielt haben. Es sei aber geradezu auszuschliessen, dass ein solches Ereignis allein und dazu noch in einem Zeitraum von weniger als zwei Monaten dazu habe führen können, eine zuvor während Jahren gelebte, bis dahin intakte Ehe zu Fall zu bringen. Es gebe verschiedene Indizien, dass die Ehe schon lange vorher belastet gewesen sei. So habe sich die geschiedene Ehefrau dahingehend geäussert, dass die Ehe während etwa drei Jahren - bis Mai 1999 - gut verlaufen sei. Auf die ihrer Auffassung nach in diesem Zeitpunkt aufgetretenen Schwierigkeiten sei in der Einvernahme nicht eingegangen worden. Doch decke sich diese Darstellung mit einer vom Beschwerdeführer gelieferten Bestätigung einer Psychologin, wonach diese im Jahr 1999 zu einer kurzen "Krisenintervention" beigezogen worden sei, sowie der Bestätigung einer Bekannten, in der diese festgehalten habe, dass ihr beide Ehegatten von Schwierigkeiten, welche die finanziellen Verpflichtungen und den Umgang mit dem ältesten Sohn des Beschwerdeführers betrafen, erzählt hätten. Das Bundesverwaltungsgericht erwog, dass diese Bestätigung keine vernünftigen Zweifel daran offen lasse, dass die Ehe schon vor dem Zuzug des Sohnes belastet gewesen sein musste. Weiter habe die geschiedene Ehefrau in ihrer Einvernahme geäussert, dass es in der Ehe Schwierigkeiten gegeben habe. Sie habe in diesem Zusammenhang auf den Umstand verwiesen, dass der Beschwerdeführer lange arbeitslos gewesen sei und entsprechend wenig Geld zur Verfügung gehabt habe. Die geschiedene Ehefrau habe Wert auf die Feststellung gelegt, dass sich der Beschwerdeführer nach Erhalt der erleichterten Einbürgerung in seinem Wesen bzw. seinem Verhalten ihr gegenüber stark verändert habe. Sie habe das Bild einer eklatanten Respekt- und Rücksichtslosigkeit gezeichnet. Dem Beschwerdeführer sei es insgesamt nicht gelungen, die gegen ihn sprechende Vermutung überzeugend in Frage zu stellen, wonach spätestens zum Zeitpunkt seiner erleichterten Einbürgerung zwischen ihm und seiner schweizerischen Ehefrau keine stabile und auf Zukunft ausgerichtete eheliche Beziehung bestanden habe.
3.5.2 Demgegenüber macht der Beschwerdeführer geltend, die Sichtweise der Vorinstanz gehe an der Kernfrage vorbei. Jede Beziehung weise im Verlauf der Zeit gewisse Probleme auf. Das heisse in keiner Art und Weise, dass die Ehe deswegen nicht mehr auf die Zukunft gerichtet bzw. instabil gewesen sei. Die Krisenintervention der Psychologin zeige gerade, dass beiden Ehegatten daran gelegen gewesen sei, die Ehe fortzuführen, zumal es dabei offenkundig nicht um eine eigentliche Eheberatung gegangen sei. Die weiteren Bestätigungen von Dritten aus dieser Zeit (Sommer 2000) würden gerade keine Anzeichen dafür erkennen lassen, dass die Beziehung instabil oder nicht auf Dauer ausgelegt gewesen sei. Entscheidend sei die klare und unmissverständliche Aussage der Ehefrau, wonach die Erklärung zum damaligen Zeitpunkt (10. Juli 2000) noch der Wahrheit entsprochen habe und die Veränderungen erst nachher eingetreten seien. Bereits aus dieser Darstellung sei zumindest plausibel nachgewiesen, dass die Ehe im Moment der Einbürgerung noch Bestand gehabt habe. Es bestünden auch mehrere Hinweise, wonach die von der Ehefrau als Wesensveränderung wahrgenommene Situation auf den Zuzug des Sohnes, dessen Verbleib in der kleinen Wohnung und insbesondere auch auf die daraus resultierenden finanziellen Probleme zurückgehen würden. Dementsprechend sei der Beschwerdeführer in eine äusserst schwierige Situation geraten, die ihn zwischen der Ehefrau und dem Sohn hin- und hergerissen habe. Dieser Belastung sei er offensichtlich nicht gewachsen gewesen. Schliesslich würden auch die Folgen der Trennung auf Seiten des Beschwerdeführers zeigen, dass es sich nicht um eine pro forma geführte Ehe gehandelt haben könne. Der Beschwerdeführer hätte anschliessend nachweislich schwerwiegende psychische Probleme gehabt. Richtigerweise würden keine Anhaltspunkte für einen Missbrauch bestehen.
4. 4.1 Umstritten ist, ob der Beschwerdeführer im Zeitpunkt der Einbürgerung einen intakten Ehewillen besass. Da die Ehefrau lediglich fünfeinhalb Monate später den gemeinsamen Haushalt verliess und die Ehegatten sieben Monate später ein gemeinsames Scheidungsbegehren einreichten, ist zu vermuten, dass dies nicht zutraf. Es ist Sache des Betroffenen, Sachumstände aufzuzeigen, die es als nachvollziehbar erscheinen lassen, dass eine angeblich noch wenige Monate zuvor bestehende tatsächliche, ungetrennte eheliche Gemeinschaft in der Zwischenzeit dergestalt in die Brüche gegangen ist, dass es zur Scheidung kam (vgl. E. 3.4 hiervor).
4.2 Für die Beurteilung der Frage, ob im massgeblichen Zeitpunkt der Erklärung der Eheleute und der erleichterten Einbürgerung noch eine stabile eheliche Beziehung und ein echter Wille zur Aufrechterhaltung der Ehe bestanden hatten, ist in erster Linie der Blick auf den Zustand der Ehe zu diesem Zeitpunkt zu richten. Es ist unbestritten, dass die Ehe bis im Mai 1999 gut verlief. Vom Beschwerdeführer wird auch nicht in Frage gestellt, dass in der Ehe Schwierigkeiten auftraten. Entscheidend ist in diesem Zusammenhang aber, dass die geschiedene Ehefrau des Beschwerdeführers im Rahmen der rogatorischen Befragung präzisierte, dass es in ihrer Ehe zwar immer Schwierigkeiten gegeben habe. Sobald sich jedoch der Beschwerdeführer sicher gewesen sei, dass er das Schweizer Bürgerrecht erhalten werde, sei es von seiner Seite aus zu "Bosheiten" gekommen. Weiter sagte sie aus, dass er sich, nachdem er Schweizer geworden sei, stark verändert hätte. Es seien auf einmal Kollegen nach Hause gekommen, er habe "wüste" Worte für sie gebraucht, habe sie telefonisch belästigt und sei auch einmal gewalttätig geworden. Nach Auffassung der geschiedenen Ehefrau hat der Beschwerdeführer sie dazu bringen wollen, dass sie die Scheidung einreiche.
Diese Aussagen deuten darauf hin, dass die Ehe des Beschwerdeführers seit längerem, d.h. seit 1999, mit gewissen ehelichen Problemen belastet gewesen ist, die sich ab dem Zeitpunkt, als sich der Beschwerdeführer sicher war, dass er das Schweizer Bürgerrecht erhalten werde, massiv verschärften. Auffallend ist in diesem Zusammenhang, dass der Beschwerdeführer ausgerechnet ab dem Zeitpunkt der erleichterten Einbürgerung seine Einstellung zu seiner damaligen Gattin stark änderte, indem er ihr gegenüber ein von Respekt- und Rücksichtslosigkeit geprägtes Verhalten an den Tag legte. Dass diese Wesensänderung auf die Überforderung des Beschwerdeführers aufgrund des Nachzugs seines Sohnes und den damit verbundenen persönlichen und finanziellen Problemen zurückzuführen sei, vermag nicht zu überzeugen, zumal der Sohn erst im November 2000 in die Schweiz kam, d.h. rund drei Monate nach der Einbürgerung. Daran vermag auch die Aussage der geschiedenen Ehefrau, dass ihre am 10. Juli 2000 unterzeichnete Erklärung über den Zustand der Ehe im damaligen Zeitpunkt der Wahrheit entsprochen habe, nichts zu ändern. Ausschlaggebend war ja gerade der Umstand, dass das Desinteresse des Beschwerdeführers an der Ehe erst dann begann, als er sich sicher war, dass er erleichtert eingebürgert wurde.
Weiter fällt auf, dass der Beschwerdeführer die Gründe für das Scheitern der Ehe zunächst auf allgemeine Beziehungsprobleme nach sechs Jahren Ehe zurückführte und erst später die mit dem Nachzug seines Sohnes verbundene Überforderung dafür verantwortlich machte. Vor diesem Hintergrund kann nicht davon ausgegangen werden, dass es sich bei der Verschlimmerung der ehelichen Probleme ab Mitte Sommer 2000 um einen schlichten Zufall handelte. Vielmehr ist anzunehmen, dass sein Ehewille im Zeitpunkt der Einbürgerung nicht mehr intakt war und er auf eine rasche Scheidung nach der erleichterten Einbürgerung hin arbeitete. Die weiteren Vorbringen des Beschwerdeführers vermögen an dieser Einschätzung nichts zu ändern. Insgesamt ist es dem Beschwerdeführer nicht gelungen, die von der Vorinstanz beurteilten Indizien und die daraus abgeleitete Schlussfolgerung zu entkräften, wonach bei ihm spätestens im Zeitpunkt der erleichterten Einbürgerung kein auf die Zukunft gerichteter Ehewille mehr bestanden hat.
4.3 Aus den dargelegten Gründen ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer im Verfahren der erleichterten Einbürgerung bewusst wahrheitswidrig bestätigt hat, in einer stabilen ehelichen Gemeinschaft zu leben. Die Vorinstanz hat deshalb zu Recht festgestellt, dass die Einbürgerung durch falsche Angaben oder Verheimlichung erheblicher Tatsachen erschlichen worden ist.
5. Zu prüfen bleibt die Zulässigkeit der Verweigerung der unentgeltlichen Verbeiständung im Verfahren vor dem Bundesamt für Migration.
5.1 Gemäss <ref-law> haben Personen, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügen und deren Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege. Falls es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, haben sie ausserdem Anspruch auf unentgeltliche Rechtsverbeiständung. Ob eine solche sachlich notwendig ist, beurteilt sich nach den konkreten Umständen des Einzelfalles. Die Rechtsnatur des Verfahrens ist ohne Belang. Grundsätzlich fällt die unentgeltliche Verbeiständung für jedes staatliche Verfahren in Betracht, in das der Gesuchsteller einbezogen wird oder das zur Wahrung seiner Rechte notwendig ist (<ref-ruling> E. 2.3 S. 227 mit Hinweisen). Dies gilt selbst für Verfahren, die von der Untersuchungsmaxime beherrscht sind (<ref-ruling> E. 3.2 S. 183 f.).
Die bedürftige Partei hat Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung, wenn ihre Interessen in schwerwiegender Weise betroffen sind und der Fall in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht Schwierigkeiten bietet, die den Beizug eines Rechtsvertreters erforderlich machen. Droht das in Frage stehende Verfahren besonders stark in die Rechtsposition der betroffenen Person einzugreifen, ist die Bestellung eines unentgeltlichen Rechtsvertreters grundsätzlich geboten, sonst nur dann, wenn zur relativen Schwere des Falles besondere tatsächliche oder rechtliche Schwierigkeiten hinzukommen, denen der Gesuchsteller, auf sich alleine gestellt, nicht gewachsen wäre (<ref-ruling> E. 2.2 S. 182 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer ist unbestrittenermassen bedürftig. Zu prüfen ist somit nur die Notwendigkeit einer anwaltlichen Vertretung.
5.2 Die Vorinstanz hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Bundesamt für Migration die unentgeltliche Rechtspflege gewährt. Hingegen ist das Bundesverwaltungsgericht zum Schluss gekommen, dass für das Verfahren vor dem Bundesamt kein unentgeltlicher Rechtsbeistand zu bestellen sei. Es erwog, dass im Nichtigkeitsverfahren vor dem Bundesamt die persönlichen Sachverhaltsdarstellungen der Betroffenen im Mittelpunkt stehen würden. Das Verfahren werde vom Untersuchungsgrundsatz geprägt, und das Bundesamt wende das Recht von Amtes wegen an. In dem in Frage stehenden Verfahrensstadium habe sich der Beschwerdeführer darauf beschränken können, die Geschehnisse zu schildern, wie sie sich aus seiner Sicht zugetragen hätten. Besondere tatsächliche oder rechtliche Schwierigkeiten hätten sich nicht gestellt. Dem Beschwerdeführer sei zuzumuten gewesen, seine Interessen im Verfahren vor dem Bundesamt selbst wahrzunehmen. Eine anwaltliche Verbeiständung sei somit nicht notwendig gewesen.
Demgegenüber stellt sich der Beschwerdeführer auf den Standpunkt, dass er während des Verfahrens vor dem Bundesamt krank gewesen sei und grosse psychische Probleme gehabt habe. Bereits diese Umstände hätten eine Verbeiständung erforderlich gemacht. Darüber hinaus habe er sich nicht darauf beschränken dürfen, seine Sicht der Dinge zu schildern. Vielmehr sei er gezwungen gewesen, möglichst früh die geeigneten Beweismittel sicherzustellen, um beweisen zu können, dass und weshalb es erst nach der Einbürgerung zum Scheitern der Ehe gekommen sei. Dafür habe er entsprechende Kenntnisse der Rechtsprechung und des Beweisverfahrens benötigt, die ihm als Laien abgehen würden.
5.3 Die vom Bundesverwaltungsgericht erwähnte Untersuchungsmaxime lässt eine anwaltliche Vertretung der am Verfahren Beteiligten nicht ohne weiteres als unnötig erscheinen (vgl. E. 5.1 hiervor). Für den Beschwerdeführer, den eine Mitwirkungspflicht trifft (vgl. E. 3.4 hiervor), ist es von grosser Wichtigkeit, dass bereits im erstinstanzlichen Verfahrensstadium entscheidwesentliche Tatsachen vorgebracht und ins rechte Licht gerückt werden. In diesem Zusammenhang ist zu beachten, dass der Beschwerdeführer im fraglichen Verfahrensstadium gemäss den eingereichten ärztlichen Zeugnissen wiederholt über längere Zeit krank und teilweise auch in einer psychiatrischen Klinik hospitalisiert war. Insofern war seine Fähigkeit, sich im Verfahren zurecht zu finden, eingeschränkt, weshalb er als Laie zur Erfüllung seiner prozessualen Obliegenheiten auf eine fachkundige Unterstützung angewiesen war. Die Feststellung der Vorinstanz, der Beschwerdeführer sei fähig gewesen, seine Interessen vor dem Bundesamt selbst wahrzunehmen, was seine Eingaben zeigten, wird den gegebenen Umständen nicht gerecht. Das belegt nicht zuletzt auch die Tatsache, dass dem Beschwerdeführer im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht die unentgeltliche Rechtspflege für das Beschwerdeverfahren gewährt worden ist.
5.4 Insgesamt sind die Voraussetzungen für den Anspruch auf einen unentgeltlichen Rechtsbeistand im Verfahren vor dem Bundesamt für Migration erfüllt. Die Beschwerde ist deshalb in diesem Punkt gutzuheissen und der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts bezüglich der Verweigerung der Gewährung des unentgeltlichen Rechtsbeistandes vor dem Bundesamt aufzuheben. Die Angelegenheit wird an das Bundesverwaltungsgericht zu neuem Entscheid im Kosten- und Entschädigungspunkt zurückgewiesen (<ref-law>).
6. 6.1 Nach dem Gesagten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann, und Ziffer 2 des angefochtenen Entscheides ist insoweit aufzuheben, als dem Beschwerdeführer die Gewährung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes verweigert wurde. Zudem ist festzustellen, dass das Verfahren betreffend Nichtigerklärung der erleichterten Einbürgerung gesamthaft nicht innert der verfassungsrechtlich gebotenen Frist abgeschlossen worden ist. Indessen hat das Bundesverwaltungsgericht zu Recht auf eine Erschleichung der Einbürgerung im Sinne von <ref-law> geschlossen, weshalb sich der Entscheid im Hauptpunkt als bundesrechtskonform erweist.
6.2 Der Beschwerdeführer hat für das bundesgerichtliche Verfahren um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Er obsiegt teilweise, insofern wird das Gesuch gegenstandslos. Im Übrigen kann seinem Gesuch entsprochen werden, da die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht von vornherein als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung notwendig war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und die Ziffer 2 des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 31. März 2009 wird insoweit aufgehoben, als dem Beschwerdeführer die Gewährung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes verweigert wurde. Die Sache wird an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen zu neuem Entscheid im Kosten- und Entschädigungspunkt.
2. Es wird festgestellt, dass das Verfahren betreffend Nichtigerklärung der erleichterten Einbürgerung gesamthaft nicht innert der verfassungsrechtlich gebotenen Frist abgeschlossen worden ist.
3. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
5. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
6. Rechtsanwalt Peter Wicki wird als unentgeltlicher Rechtsvertreter eingesetzt und für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
7. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bundesamt für Migration und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung III, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. September 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder