Sachverhalt:
A. Das Eidgenössische Untersuchungsrichteramt führt eine Voruntersuchung gegen X._ insbesondere wegen mehrfacher Gefährdung durch Sprengstoffe in verbrecherischer Absicht. Es wirft ihm namentlich vor, am 1. August 2007 auf dem Rütli wenige Minuten nach Abschluss der Bundesfeier einen Sprengkörper zur Explosion gebracht zu haben.
Am 29. Januar 2008 nahm die Bundeskriminalpolizei X._ fest. Mit Entscheid vom 1. Februar 2008 ordnete der Leitende Eidgenössische Untersuchungsrichter die Untersuchungshaft an.
B. Am 19. Februar 2008 ersuchte X._ um Haftentlassung. Mit Entscheid vom 7. März 2008 wies der Eidgenössische Untersuchungsrichter das Gesuch ab. Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Bundesstrafgericht (I. Beschwerdekammer) am 16. April 2008 ab.
Ein weiteres Haftentlassungsgesuch wies der Eidgenössische Untersuchungsrichter am 24. Juni 2008 ab.
C. Am 28. August 2008 ersuchte X._ erneut um Haftentlassung.
Mit Entscheid vom 12./15. September 2008 wies der Eidgenössische Untersuchungsrichter das Haftentlassungsgesuch ab.
Die von X._ dagegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesstrafgericht (I. Beschwerdekammer) am 31. Oktober 2008 teilweise gut. Es verfügte die Entlassung von X._ aus der Untersuchungshaft unter Anordnung folgender Ersatzmassnahmen: Einer Sicherheitsleistung von Fr. 10'000.-- durch die Eltern, einer Passsperre und einer Meldepflicht.
D. Am 3. November 2008 erhob die Bundesanwaltschaft Beschwerde in Strafsachen mit dem Antrag, dieser sei aufschiebende Wirkung zu gewähren und X._ in Haft zu belassen; der Entscheid des Bundesstrafgerichts sei in Bezug auf Ziffer 1 (Haftentlassung) und Ziffer 2 (Ersatzmassnahmen) aufzuheben, das Haftentlassungsgesuch vom 28. August 2008 abzuweisen und die Untersuchungshaft zu bestätigen. Die Bundesanwaltschaft wies darauf hin, sie behalte sich vor, bis zum Ablauf der Beschwerdefrist (am 3. Dezember 2008) eine ergänzende Beschwerdebegründung einzureichen.
E. Der Leitende Eidgenössische Untersuchungsrichter verzichtete auf eine Vernehmlassung. Gegen die Gewährung der aufschiebenden Wirkung erhob er keine Einwände.
X._ liess sich vernehmen mit dem Antrag, der Beschwerde sei grundsätzlich keine aufschiebene Wirkung zu erteilen; eventualiter sei davon Kenntnis zu nehmen, dass er einverstanden wäre, eventualiter unter Auferlegung von richterlich zu bestimmenden Ersatzmassnahmen nach richterlich zu bestimmender Frist, aber spätestens am 30. November 2008, aus der Untersuchungshaft entlassen zu werden. In der Sache beantragt er, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei; der Entscheid des Bundesstrafgerichts sei grundsätzlich zu bestätigen und X._ unter Anordnung der im angefochtenen Entscheid verfügten Ersatzmassnahmen aus der Untersuchungshaft zu entlassen; die Regelung des Bundesstrafgerichts hinsichtlich der Verfahrenskosten und Entschädigungen sei zu bestätigen; eventualiter sei X._ unter Auferlegung von richterlich zu bestimmenden Ersatzmassnahmen nach richterlich zu bestimmender Frist, aber spätestens am 30. November 2008, aus der Untersuchungshaft zu entlassen.
Das Bundesstrafgericht hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.
F. Mit Verfügung vom 18. November 2008 erteilte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde aufschiebende Wirkung. Überdies lud er die Bundesanwaltschaft ein, dem Bundesgericht umgehend mitzuteilen, ob sie beabsichtige, eine ergänzende Beschwerdebegründung einzureichen.
G. Mit Schreiben vom 20. November 2008 teilte die Bundesanwaltschaft dem Bundesgericht mit, dass sie auf eine ergänzende Beschwerdebegründung verzichte.

Erwägungen:
1. Gegen den angefochtenen Entscheid ist gemäss <ref-law> die Beschwerde in Strafsachen gegeben.
Der angefochtene Entscheid ist ein solcher über eine Zwangsmassnahme (<ref-ruling> E. 2.2 S. 236). Die Beschwerde ist daher nach <ref-law> zulässig.
Die Bundesanwaltschaft beantragte vor Vorinstanz die Abweisung der Beschwerde. Sie hat somit nach <ref-law> vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen (vgl. Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege vom 28. Februar 2001, BBl 2001 S. 4317). Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 BGG ist die Staatsanwaltschaft zur Beschwerde berechtigt. Nach <ref-law> ist die Bundesanwaltschaft auch zur Beschwerde berechtigt, wenn das Bundesrecht vorsieht, dass ihr der Entscheid mitzuteilen ist oder wenn die Strafsache den kantonalen Behörden zur Beurteilung überwiesen worden ist. Wie aus dem in <ref-law> enthaltenen Wort "auch" zu schliessen ist, ist unter dem Begriff "Staatsanwaltschaft" gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 BGG auch die Bundesanwaltschaft zu verstehen. Die Beschwerdebefugnis der Bundesanwaltschaft ist somit gegeben. So verhielt es sich bereits nach dem früheren Recht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 237; <ref-ruling> E. 1.2 S. 155 f., 156 E. 1.1 S. 158).
Mit der Beschwerde nach <ref-law> kann namentlich die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (Urteil 1B_182/2007 vom 20. September 2007 E. 1.3, mit Hinweis). Die Bundesanwalschaft kann sämtliche nach dem Bundesgerichtsgesetz zulässige Rügen vorbringen (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 41).
2. 2.1 Die Vorinstanz bejaht den dringenden Tatverdacht. Sie verneint Kollusionsgefahr. Sie kommt sodann zum Schluss, es bestehe Fluchtgefahr. Diese sei jedoch von geringer Intensität, weshalb anstelle der Untersuchungshaft Ersatzmassnahmen möglich seien.
Die Bundesanwaltschaft wendet ein, es bestehe nach wie vor Kollusionsgefahr. Die Fluchtgefahr könne sodann mit den von der Vorinstanz angeordneten Ersatzmassnahmen nicht gebannt werden.
2.2 Gemäss Art. 44 BStP darf gegen den Beschuldigten ein Haftbefehl nur erlassen werden, wenn er eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt ist und ausserdem Flucht- oder Kollusionsgefahr besteht.
Der Beschuldigte, der wegen Fluchtverdachts verhaftet ist, kann in Freiheit gelassen werden gegen Bestellung einer Sicherheit dafür, dass er sich jederzeit vor der zuständigen Behörde oder zur Erstehung einer Strafe stellen werde (Art. 53 BStP).
2.3 Der dringende Tatverdacht ist entgegen den Vorbringen des Beschwerdegegners offensichtlich gegeben. Es kann dazu auf die überzeugenden Erwägungen der Vorinstanz (S. 5 ff. E. 2.1) verwiesen werden (vgl. <ref-law>).
2.3 Der dringende Tatverdacht ist entgegen den Vorbringen des Beschwerdegegners offensichtlich gegeben. Es kann dazu auf die überzeugenden Erwägungen der Vorinstanz (S. 5 ff. E. 2.1) verwiesen werden (vgl. <ref-law>).
2.4 2.4.1 Kollusion bedeutet nach der bundesgerichtlichen Praxis insbesondere, dass sich der Angeschuldigte mit Zeugen, Auskunftspersonen, Sachverständigen oder Mitangeschuldigten ins Einvernehmen setzt oder sie zu wahrheitswidrigen Aussagen veranlasst, oder dass er Spuren und Beweismittel beseitigt. Die strafprozessuale Haft wegen Kollusionsgefahr soll verhindern, dass der Angeschuldigte die Freiheit dazu missbrauchen würde, die wahrheitsgetreue Abklärung des Sachverhaltes zu vereiteln oder zu gefährden. Die theoretische Möglichkeit, dass der Angeschuldigte in Freiheit kolludieren könnte, genügt indessen nicht, um die Fortsetzung der Haft unter diesem Titel zu rechtfertigen. Es müssen vielmehr konkrete Indizien für die Annahme von Verdunkelungsgefahr sprechen. Das Vorliegen des Haftgrundes ist nach Massgabe der Umstände des jeweiligen Einzelfalles zu prüfen (<ref-ruling> E. 3.2, mit Hinweisen).
Konkrete Anhaltspunkte für Kollusionsgefahr können sich namentlich ergeben aus dem bisherigen Verhalten des Angeschuldigten im Strafprozess, aus seinen persönlichen Merkmalen, aus seiner Stellung und seinen Tatbeiträgen im Rahmen des untersuchten Sachverhaltes sowie aus den persönlichen Beziehungen zwischen ihm und den ihn belastenden Personen. Bei der Frage, ob im konkreten Fall eine massgebliche Beeinträchtigung des Strafverfahrens wegen Verdunkelung droht, ist auch der Art und Bedeutung der von Beeinflussung bedrohten Aussagen bzw. Beweismittel, der Schwere der untersuchten Straftaten sowie dem Stand des Verfahrens Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 3.2.1, mit Hinweisen). Je weiter das Strafverfahren vorangeschritten ist und je präziser der Sachverhalt bereits abgeklärt werden konnte, desto höhere Anforderungen sind grundsätzlich an den Nachweis von Verdunkelungsgefahr zu stellen (<ref-ruling> E. 3.2.2, mit Hinweisen).
2.4.2 Die aufgrund von Filmen identifizierten Kollegen des Beschwerdegegners sowie seine übrigen Kollegen und Bekannten wurden bereits mindestens einmal einvernommen. Auch der Beschwerdegegner selber macht nunmehr Aussagen und er hat zu den einzelnen Vorwürfen Stellung genommen. Die Beweismittel wurden überdies beim Beschwerdegegner, seinen Verwandten und Kollegen vollumfänglich sichergestellt. Dies spricht gegen Kollusionsgefahr.
Die Eltern und Geschwister des Beschwerdegegners haben sodann bereits zu seinen Gunsten ausgesagt. Insoweit verneint die Vorinstanz daher zu Recht Kollusionsgefahr.
Im Entscheid vom 16. April 2008, in welchem die Vorinstanz Kollusionsgefahr noch bejaht hatte, erwog sie, von der Auswertung des sichergestellten Materials seien weitere Anhaltspunkte auch bezüglich allfälliger Beteiligter zu erwarten. Gestützt darauf werde die Bundesanwaltschaft umgehend die nächsten konkreten Ermittlungen zu definieren und einzuleiten haben. Die Bejahung der Kollusionsgefahr rechtfertige sich grundsätzlich bis zu diesem Zeitpunkt, welcher sich aufgrund der Angaben der Bundesanwaltschaft auf Mitte Mai 2008 festlegen lasse.
Tatbeteiligte konnten bis Mitte Mai 2008 und auch seither nicht ermittelt werden. Die Vorinstanz erwägt dazu im angefochtenen Entscheid, Kollusionsgefahr könne im heutigen fortgeschrittenen Verfahrensstadium allein gestützt auf völlig unbestimmte, möglicherweise noch zu identifizierende Personen nicht mehr bejaht werden. Diese Auffassung ist im Lichte der angeführten Rechtsprechung, wonach die theoretische Möglichkeit der Kollusion nicht genügt und mit zunehmender Dauer des Strafverfahrens und entsprechend präziserer Abklärung des Sachverhaltes erhöhte Anforderungen an die Annahme dieses Haftgrundes zu stellen sind, nicht zu beanstanden.
Es verletzt deshalb kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz Kollusionsgefahr nunmehr verneint hat. Die Beschwerde ist im vorliegenden Punkt unbegründet.
Es verletzt deshalb kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz Kollusionsgefahr nunmehr verneint hat. Die Beschwerde ist im vorliegenden Punkt unbegründet.
2.5 2.5.1 Nach der Rechtsprechung genügt für die Annahme von Fluchtgefahr die Höhe der dem Angeschuldigten drohenden Freiheitsstrafe für sich allein nicht. Fluchtgefahr darf nicht schon angenommen werden, wenn die Möglichkeit der Flucht in abstrakter Weise besteht. Vielmehr müssen konkrete Gründe dargetan werden, die eine Flucht nicht nur als möglich, sondern als wahrscheinlich erscheinen lassen. Die Höhe der drohenden Freiheitsstrafe kann immer nur neben anderen, eine Flucht begünstigenden Tatsachen herangezogen werden (<ref-ruling> E. 3a mit Hinweisen).
Der nur wegen Fluchtgefahr inhaftierte Angeschuldigte ist freizulassen, wenn er hinreichende Garantien für seine Anwesenheit am Prozess leistet. Diese Garantien sind nicht auf die Hinterlegung einer Kaution beschränkt. Sie können ebenfalls aus gerichtlichen Kontrollmassnahmen wie Pass- oder Schriftensperre bestehen. Da solche Massnahmen die persönliche Freiheit weniger stark beschränken als die Untersuchungshaft, sind sie auch zu ergreifen, wenn dafür keine ausdrückliche gesetzliche Grundlage besteht. Ersatzmassnahmen für Untersuchungshaft sind nur zulässig, soweit ein Haftgrund weiterhin gegeben ist und die Massnahmen verhältnismässig sind. Sie können kumuliert werden. Bei Ersatzmassnahmen stellt die Rechtsprechung weniger hohe Anforderungen an die Annahme von Fluchtgefahr als bei der Anordnung von Untersuchungshaft (<ref-ruling> E. 3.2 ff. S. 29 ff., 270 E. 3.3.1 S. 279).
2.5.2 Im vorliegenden Fall sprechen verschiedene Gesichtspunkte für Fluchtgefahr. Der Beschwerdegegner besitzt die japanische, kanadische und irische Staatsbürgerschaft. Die Einbürgerung in der Schweiz wurde im zweimal verweigert. Der 1972 geborene Beschwerdegegner verbrachte einen Teil seiner Jugend (1987-1991) im Ausland, vorwiegend in Japan und Kanada. Später hielt er sich während sechs Monaten (1999) und neun Monaten (2004) aus beruflichen Gründen erneut im Ausland auf. Er hat gute Fremdsprachenkenntnisse. Seine Muttersprachen sind Deutsch und Englisch. In Japanisch und Französisch hat er mündliche Kenntnisse. Er diente zudem sechs Monate in der französischen Fremdenlegion und hat dort noch Kontakte. Nach einer Zeugenaussage reiste er überdies schon einmal nach England, weil ihm "der Boden in der Schweiz zu heiss" geworden sei. Der Beschwerdegegner benutzte in der Schweiz sodann verschiedene Namen. Seit 2000 hatte er keine feste Stelle mehr, sondern arbeitete an verschiedenen Orten temporär.
Anderseits gibt es auch Indizien, die gegen Fluchtgefahr sprechen. So ist der in der Schweiz geborene Beschwerdegegner überwiegend hier aufgewachsen und hat hier gelebt. Er verfügt über eine Aufenthaltsbewilligung C. Zudem hat er - wie mehrere Personen aus seinem Umfeld bestätigen - trotz der Scheidung von seiner Ehefrau weiterhin eine sehr enge Beziehung zu seiner kleinen Tochter. Ebenso ist er mit seinen in der Schweiz lebenden Eltern und Geschwistern eng verbunden. Abgesehen von der Zeit der Ehe lebte er bei den Eltern. Zu berücksichtigen ist ausserdem, dass beim Beschwerdegegner bereits am 11. Januar 2008 eine Hausdurchsuchung vorgenommen und er befragt wurde. Danach ist er nicht geflüchtet, weshalb er am 29. Januar 2008 in Zürich festgenommen werden konnte. Rechnung zu tragen ist ferner dem Umstand, dass der Beschwerdegegner heute rund 10 Monate Untersuchungshaft erstanden hat. Die Haftdauer wird im Falle einer Verurteilung auf die Strafe anzurechnen sein (<ref-law>). Wie sich aus der Vernehmlassung ergibt, hofft der Beschwerdegegner auf eine zumindest teilbedingte Freiheitsstrafe. Dem Urteil des Sachrichters darf hier in keiner Weise vorgegriffen werden. Völlig ausgeschlossen erscheint es aber nicht, dass dem Beschwerdegegner allenfalls noch eine teilbedingte Freiheitsstrafe auferlegt werden könnte. Mit Blick darauf dürfte für den Beschwerdegegner kein sehr starker Fluchtanreiz mehr gegeben sein.
Würdigt man diese Umstände gesamthaft, ist es nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz angenommen hat, es bestehe zwar Fluchtgefahr, diese sei jedoch in ihrer Intensität so reduziert, dass Ersatzmassnahmen möglich seien.
Als Ersatzmassnahme hat die Vorinstanz zunächst eine durch die Eltern des Beschwerdegegners zu leistende Kaution in Höhe von Fr. 10'000.-- festgesetzt. Die Eltern verfügten für das Jahr 2006 über ein steuerbares Einkommen von ca. Fr. 190'000.-- und ein Vermögen von Fr. 13'000.--. Das Einkommen hat sich seither offenbar aufgrund der Pensionierung des Vaters auf Fr. 160'000.-- verringert. Die Eltern bezahlen die monatlichen Alimente von Fr. 1'000.-- für die Tochter des Beschwerdegegners und die Krankenkasse sowie weitere Versicherungen für den Beschwerdegegner selber. Darüber hinaus unterstützen sie ihre eigene Tochter, die noch studiert, mit monatlich Fr. 3'000.--. Angesichts dieser finanziellen Verhältnisse stellt die Kaution von Fr. 10'000.-- für die Eltern einen namhaften Betrag dar. Er ginge den Eltern bei einer Flucht des Beschwerdegegners - wie dieser weiss - verlustig. Die Vorinstanz nimmt an, die Kaution sollte eine erhebliche Fluchthemmung darstellen. Dies ist insbesondere mit Blick auf die enge Beziehung des Beschwerdegegners zu seinen Eltern nicht zu beanstanden.
Die Vorinstanz erwägt sodann, die unter den gegebenen Umständen beschränkten Möglichkeiten für die Leistung einer Kaution machten es erforderlich, dem Beschwerdegegner weitere Ersatzmassnahmen aufzuerlegen. Angebracht sei eine Passsperre für sämtliche Pässe des Beschwerdegegners. Dieser habe seinen japanischen, kanadischen und irischen Pass dem Eidgenössischen Untersuchungsrichter abzugeben. Dieser werde die Notifikation an die jeweiligen Botschaften vorzunehmen haben mit der Auflage, kein Duplikat auszustellen. Dem Beschwerdegegner werde im Weiteren die Pflicht auferlegt, sich wöchentlich bei einem vom Eidgenössischen Untersuchungsrichter zu bestimmenden Polizeiposten zu melden.
Es verletzt kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz angenommen hat, dass die drei Ersatzmassnahmen (Kaution, Passsperre und Meldepflicht) jedenfalls in ihrer Verbindung geeignet sind, die bestehende, aber reduzierte Fluchtgefahr hinreichend zu bannen.
Die Beschwerde erweist sich damit auch insoweit als unbegründet.
3. Die Beschwerde ist abzuweisen.
Es werden keine Kosten erhoben (<ref-law>). Die Eidgenossenschaft hat dem Anwalt des Beschwerdegegners für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Schweizerische Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) hat dem Vertreter des Beschwerdegegners, Fürsprecher Alexander Feuz, eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Eidgenössischen Untersuchungsrichteramt und dem Bundesstrafgericht, I. Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Härri