Sachverhalt:
A. Der Gemeinderat Küsnacht beschloss am 25. Oktober 2001, das Kerngebäude (Villa Nager) der Klinik X._, Assek.-Nr. 1064 auf dem Grundstück Kat.-Nr. 4510, sei kein Schutzobjekt gemäss § 203 des kantonalen Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG/ZH; LS 700.1), und entliess dieses aus dem kommunalen Inventar der Objekte des Neuen Bauens. In seinen Erwägungen zu diesem Beschluss führte der Gemeinderat aus, die Güterabwägung zwischen dem öffentlichen Interesse am Erhalt des Gebäudes und dem öffentlichen Interesse an einem modernen und in betrieblicher wie wirtschaftlicher Hinsicht effizienten und leistungsfähigen Klinikbetrieb ergebe, dass die Weiterentwicklung der Klinik X._ zu einem modernen Spitalbetrieb der Spitzenklasse gegenüber dem Erhalt der Villa Nager Vorrang habe.
B. In einer Medienmitteilung vom 19. Januar 2009 gab der Verwaltungsrat der Klinik X._ AG bekannt, das Neubauprojekt werde nicht weiterverfolgt. Nachdem die Kapitalerhöhung nicht zustande gekommen sei und sich die Rahmenbedingungen insgesamt zu Ungunsten der neuen Klinik verändert hätten, verzichte der Verwaltungsrat auf den geplanten Neubau. Der Klinikbetrieb sei Ende Mai 2008 eingestellt worden. Die alte Klinik werde in Kürze abgebrochen und das Land verkauft.
C. Mit Verfügung vom 9. März 2009 beschloss hierauf die Baukommission der Gemeinde Küsnacht, die Schutzwürdigkeit der Villa Nager zu überprüfen und beauftragte den Architekten Peter Fässler, Zürich, mit der Überprüfung seines am 18. April 2001 erstellten Fachgutachtens. Nachdem der Bericht über die Neuüberprüfung der Schutzwürdigkeit am 5. April 2009 vorgelegt worden war, fasste der Gemeinderat am 16. September 2009 den Beschluss, seinen Entscheid vom 25. Oktober 2001 zu widerrufen und die Villa Nager unter Denkmalschutz zu stellen. Gleichzeitig untersagte er den Abbruch des Gebäudes.
D. Dagegen gelangte die Klinik X._ AG am 23. Oktober 2009 an die Baurekurskommission II, welche das Rechtsmittel am 9. November 2010 abwies.
Das hierauf angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich bestätigte den angefochtenen Rekursentscheid mit Urteil vom 4. Mai 2011. Es befand, der Gemeinderat habe aufgrund der wesentlich veränderten tatsächlichen Verhältnisse die Schutzwürdigkeit der Villa Nager neu beurteilen dürfen. Das Gebäude sei ein wichtiger Zeuge im Sinn von § 203 Abs. 1 lit. c PBG/ZH und sei zu Recht unter Schutz gestellt worden.
E. Mit ihrer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 1. Juli 2011 beantragt die Klink X._ AG dem Bundesgericht die Aufhebung des verwaltungsgerichtlichen Urteils. Das Kerngebäude der Klinik, die Villa Nager, sei nicht unter Schutz zu stellen. Sie wirft der Vorinstanz eine willkürliche Anwendung der im kantonalen Verfahrensrecht anerkannten Grundsätze über den Widerruf von Verfügungen vor sowie eine willkürliche Anwendung von § 203 Abs. 1 lit. c PBG/ZH. Weiter rügt sie die willkürliche Anwendung des Verhältnismässigkeitsprinzips.
Der Gemeinderat Küsnacht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Auch das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt unter Hinweis auf seinen Entscheid, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.
In einer weiteren Eingabe hält die Beschwerdeführerin sinngemäss an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Da die Sachurteilsvoraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vorliegen (<ref-law>), ist auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten, vorbehältlich nicht rechtsgenügend begründeter Rügen.
2. Die neuerliche Unterschutzstellungsverfügung stützt sich auf die §§ 203 ff. PBG/ZH, mithin auf kantonales Recht. Dessen Auslegung und Anwendung prüft das Bundesgericht grundsätzlich nur unter dem Blickwinkel des Verfassungsrechts, namentlich des Willkürverbots (<ref-law>; zur Kognition bei Eingriffen in die Eigentumsgarantie vgl. unten E. 5). Die Verletzung von Grundrechten - einschliesslich die willkürliche Anwendung von kantonalem Recht - wird vom Bundesgericht nicht von Amtes wegen geprüft, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
3. Am 25. Oktober 2001 hatte der Gemeinderat die Villa Nager aus dem Inventar der Objekte des Neuen Bauens entlassen. Die Beschwerdeführerin wirft dem Verwaltungsgericht vor, die Feststellung, wonach sich die Verhältnisse seither wesentlich geändert hätten, sei willkürlich. Entsprechend seien die Voraussetzungen für einen Widerruf dieses Beschlusses nicht gegeben.
3.1 Das zürcherische Recht regelt den Widerruf von Verfügungen nicht ausdrücklich. Das Bundesgericht hat dazu indes Kriterien entwickelt: Danach können Verwaltungsakte, die wegen wesentlicher Änderung der tatsächlichen oder rechtlichen Verhältnisse dem Gesetz nicht oder nicht mehr entsprechen, grundsätzlich widerrufen werden. Der Widerruf ist allerdings nur zulässig, wenn eine allgemeine Interessen- bzw. Wertabwägung ergibt, dass das Interesse an der richtigen Durchsetzung des objektiven Rechts dasjenige an der Wahrung der Rechtssicherheit bzw. am Vertrauensschutz überwiegt. Dem Postulat der Rechtssicherheit kommt in der Regel dann der Vorrang zu, wenn durch die frühere Verfügung ein subjektives Recht begründet worden oder die Verfügung in einem Verfahren ergangen ist, in welchem die sich gegenüberstehenden Interessen allseitig zu prüfen und gegeneinander abzuwägen waren, oder wenn der Private von einer ihm durch die fragliche Verfügung eingeräumten Befugnis bereits Gebrauch gemacht hat. Diese Regel gilt allerdings nicht absolut; ein Widerruf kann auch in einem der drei genannten Fälle in Frage kommen, wenn er durch ein besonders gewichtiges öffentliches Interesse geboten ist (<ref-ruling> E. 1a/aa S. 276; <ref-ruling> E. 4c S. 310; Urteil 1P.98/1998 des Bundesgerichts vom 28. April 1998 publ. in: ZBl 101/2000 S. 41 ff. E. 3b). Ob die kantonale Behörde diese im kantonalen Verfahrensrecht anerkannten Grundsätze richtig angewendet hat, prüft das Bundesgericht auf Willkür hin (BGE <ref-ruling> E. 4d S. 310). Verfügungen, die in Rechtskraft erwachsen sind, können jedoch nicht beliebig in Wiedererwägung gezogen werden. Die Wiedererwägung darf namentlich nicht dazu dienen, rechtskräftige Verwaltungsentscheide immer wieder in Frage zu stellen oder die Fristen für das Ergreifen von Rechtsmitteln zu umgehen (<ref-ruling> E. 2b S. 47 mit Hinweisen). Will das verfügende Gemeinwesen auf einen rechtskräftigen Verwaltungsakt wegen veränderter Verhältnisse zurückkommen, muss deshalb eine wesentliche Änderung vorausgesetzt werden (vgl. dazu auch § 213 Abs. 3 PBG/ZH, wonach Schutzmassnahmen nur noch "bei wesentlich veränderten Verhältnissen" angeordnet werden können, wenn die Frist zum Entscheid über die Schutzwürdigkeit unbenützt abgelaufen ist [zu dieser Problematik schon Urteil 1P.98/1998 des Bundesgerichts vom 28. April 1998 publ. in: ZBl 101/2000 S. 41 ff. E. 4c]).
3.2 Im zuletzt zitierten Fall hatte das Verwaltungsgericht eine spätere Aufhebung oder Änderung einer Schutzmassnahme nicht ausgeschlossen, wenn sie auf einer mindestens ebenso umfassenden und eingehenden Interessenermittlung und -abwägung beruhte wie die frühere Schutzanordnung. Das Bundesgericht hat diese Auffassung geschützt (Urteil des Bundesgerichts 1P.98/1998 vom 28. April 1998 publ. in: ZBl 101/2000 S. 41 ff.). Entsprechend hat sich die Vorinstanz im nun angefochtenen Entscheid dafür ausgesprochen, dass auch eine Nichtunterschutzstellung wieder aufgehoben werden könne, wenn die geschilderten Voraussetzungen erfüllt seien. Dies ist nicht zu beanstanden. In einem nächsten Schritt stellt sich die Frage, ob vorliegend eine solch einschneidende Änderung eingetreten ist.
3.3 Schutzobjekte gemäss § 203 Abs. 1 lit. c PBG/ZH sind Ortskerne, Quartiere, Strassen und Plätze, Gebäudegruppen, Gebäude und Teile sowie Zugehör von solchen, die als wichtige Zeugen einer politischen, wirtschaftlichen, sozialen oder baukünstlerischen Epoche erhaltenswürdig sind oder die Landschaften oder Siedlungen wesentlich mitprägen, samt der für ihre Wirkung wesentlichen Umgebung.
Das Verwaltungsgericht weist darauf hin, dass der Gemeinderat die Villa Nager bereits 2001 als grundsätzlich schutzwürdigen Zeugen im Sinne der zitierten Norm erachtet habe. Die Akten bestätigen dies: So hält der Gemeinderat im Beschluss vom 25. Oktober 2001 fest, eine Güterabwägung ergebe, dass der Weiterentwicklung der Klinik X._ zu einem modernen Spitalbetrieb der Spitzenklasse gegenüber dem Erhalt der Villa Nager der Vorrang einzuräumen sei. Ergänzend führt der Gemeinderat sodann aus, das hiesse, dass er das öffentliche Interesse am Spitalbetrieb höher gewichte als dasjenige am Erhalt der Villa Nager. Für sich alleine, in einer weiträumigen Umgebung, könne die Villa durchaus unter Schutz gestellt werden; im Zusammenhang mit der Weiterentwicklung der Klinik erachte dies der Gemeinderat aber als unzweckmässig, zumal in der Stadt Zürich eine Villa analoger Bauart der Gebrüder Pfister bestehe (act. VB.2010.707/7/4.1). Im gemeinderätlichen Beschluss werden denn das Gutachten von Peter Fässler vom 18. April 2001 und der gleich lautende Antrag der Natur- und Denkmalschutzkommission auch umfassend wiedergegeben und der Stellungnahme der Eigentümerin gegenüber gestellt. Die Interessenabwägung des Gemeinderats zugunsten des Klinikausbaus ergibt sich zweifelsfrei aus den damaligen Erwägungen.
Demzufolge durfte das Verwaltungsgericht davon ausgehen, dass sich mit der Aufgabe des Klinikprojekts eine wesentlich andere Ausgangslage präsentiert: Ausschlaggebend für den Entscheid des Gemeinderats gegen die Unterschutzstellung war der geplante Ausbau zu einem modernen medizinischen Zentrum. Den kantonalen Behörden ist darum nicht vorzuwerfen, dass sie nach dem Verzicht auf einen Klinikausbau eine wesentliche Änderung der tatsächlichen Verhältnisse bejaht und die Neubeurteilung der Schutzwürdigkeit für rechtens erachtet haben. Weshalb die entsprechenden Erwägungen des Verwaltungsgerichts willkürlich sein sollten, ist weder ersichtlich noch rechtsgenüglich dargetan. Bei der Beurteilung, ob sich die Verhältnisse seit Oktober 2001 wesentlich geändert haben, ist nicht nur auf das Dispositiv des damaligen Entscheids abzustellen, sondern auf die gesamten Beweggründe, welche den Gemeinderat - trotz anderslautendem Gutachten und entgegen dem Antrag der Fachstelle - zu seinem Beschluss bewogen haben. Es kann vollumfänglich auf die zutreffenden Erwägungen des angefochtenen Urteils verwiesen werden (<ref-law>).
4. Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, das Verwaltungsgericht habe die Interessenabwägung zwischen der richtigen Durchsetzung des objektiven Rechts und der Wahrung der Rechtssicherheit willkürlich vorgenommen. Sie, die Beschwerdeführerin, habe gestützt auf die Inventarentlassung erhebliche finanzielle und zeitliche Ressourcen in den Klinikneubau investiert. Das Neubauprojekt habe sie wegen zeitlicher Verzögerungen, der Finanzkrise und ungewissen Entwicklungen im Gesundheitswesen aufgegeben. Beim Entscheid, auf den Neubau zu verzichten, habe sie darauf vertraut, die Liegenschaft abbrechen und verkaufen zu können.
4.1 Der in <ref-law> verankerte Grundsatz von Treu und Glauben statuiert ein Verbot widersprüchlichen Verhaltens und verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden. Voraussetzung für eine Berufung auf Vertrauensschutz ist, dass die betroffene Person sich berechtigterweise auf die Vertrauensgrundlage verlassen durfte und gestützt darauf nachteilige Dispositionen getroffen hat, die sie nicht mehr rückgängig machen kann. Die Berufung auf Treu und Glauben scheitert sodann, wenn ihr überwiegende öffentliche Interessen entgegenstehen (<ref-ruling> E. 6 S. 636 ff.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 170; je mit Hinweisen).
4.2 Das Verwaltungsgericht stellt die Aufwendungen der Beschwerdeführerin nicht in Abrede, hält ihr aber zu Recht entgegen, ihre Investitionen seien mit dem Verzicht auf das Klinikprojekt aufgrund von Umständen nutzlos geworden, welche nicht der Gemeinderat zu verantworten habe. Im Übrigen ging der Gemeinderat, wie soeben ausgeführt, schon beim Entscheid über die Inventarentlassung davon aus, dass es sich bei der Villa Nager um ein Schutzobjekt handle. Einzig die Güterabwägung zu Gunsten des modernen Klinikbetriebs hatte den Ausschlag gegen die Unterschutzstellung gegeben. Dies geht aus dem damaligen Beschluss klar hervor, weshalb dieser auch nicht unbesehen als Vertrauensgrundlage für jedes beliebige Bauprojekt zitiert werden kann. Jedenfalls ist es den Behörden nicht vorzuwerfen, dass sie mit dem Verzicht auf das Klinikprojekt eine neue Interessenabwägung vorgenommen haben und dabei das öffentliche Interesse am Erhalt der Villa Nager (dazu sogleich auch E. 5 hiernach) höher gewichtet haben als private Interessen an einer noch ungewissen Überbauung.
5. Die Beschwerdeführerin rügt eine willkürliche Anwendung von § 203 Abs. 1 lit. c PBG/ZH. Das Verwaltungsgericht sei willkürlich zum Schluss gelangt, die Villa Nager sei der Epoche des Übergangs zuzuordnen. Selbst wenn dem so wäre, habe das Verwaltungsgericht willkürlich die Zeugeneigenschaft des fraglichen Gebäudes bejaht. Willkürlich sei in jedem Fall die Feststellung, dass es sich bei der Villa Nager um einen wichtigen Zeugen dieser Epoche handle.
5. Die Beschwerdeführerin rügt eine willkürliche Anwendung von § 203 Abs. 1 lit. c PBG/ZH. Das Verwaltungsgericht sei willkürlich zum Schluss gelangt, die Villa Nager sei der Epoche des Übergangs zuzuordnen. Selbst wenn dem so wäre, habe das Verwaltungsgericht willkürlich die Zeugeneigenschaft des fraglichen Gebäudes bejaht. Willkürlich sei in jedem Fall die Feststellung, dass es sich bei der Villa Nager um einen wichtigen Zeugen dieser Epoche handle.
5.1 5.1.1 Ob eine Eigentumsbeschränkung im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist, prüft das Bundesgericht frei. Insofern kommt der Rüge der willkürlichen Gesetzesauslegung keine selbständige Bedeutung zu. Das Bundesgericht auferlegt sich aber Zurückhaltung, soweit die Beurteilung von der Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser kennen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 344; <ref-ruling> E. 2c S. 222; <ref-ruling> E. 3a S. 366). Dies gilt insbesondere auf dem Gebiet des Denkmalschutzes und selbst dann, wenn das Bundesgericht einen Augenschein durchgeführt hat. Es ist in erster Linie Sache der Kantone, darüber zu befinden, welche Objekte schützenswert sind (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 275; <ref-ruling> E. 4b S. 388 mit Hinweisen; Urteile des Bundesgerichts 1P.79/2005 vom 13. September 2005 E. 4.1 und 1P.637/1997 vom 6. Mai 1998, publ. in: ZBl 101/2000 S. 99 E. 2).
5.1.2 Eigentumsbeschränkungen zum Schutz von Baudenkmälern liegen allgemein im öffentlichen Interesse. Wie weit dieses öffentliche Interesse reicht, insbesondere in welchem Ausmass ein Objekt denkmalpflegerischen Schutz verdient, ist im Einzelfall sorgfältig zu prüfen (<ref-ruling> E. 4a S. 275; <ref-ruling> E. 4b S. 309; <ref-ruling> E. 5a S. 388 f.; siehe zum Ganzen auch ANDREA F.G. RASCHÈR, Wann ist ein Interesse der Denkmalpflege ein öffentliches, was bedeutet Verhältnismässigkeit und wie spielen Gutachten hinein?, in: Aktuelle Rechtsfragen der Denkmalpflege, St. Gallen 2004, S. 41 ff.). Der Denkmalschutz erstreckt sich heute auch auf Objekte neuerer Zeit und auf Gebäude, welche für ihre Entstehungszeit charakteristisch sind. Bei der Prüfung der Frage, ob ein Objekt Schutz verdient, hat eine sachliche, auf wissenschaftliche Kriterien abgestützte Gesamtbeurteilung Platz zu greifen, welche den kulturellen, geschichtlichen, künstlerischen und städtebaulichen Zusammenhang eines Bauwerks mitberücksichtigt. Eine Baute soll als Zeuge und Ausdruck einer historischen, gesellschaftlichen, wirtschaftlichen und technischen Situation erhalten bleiben (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2e S. 223; Urteil des Bundesgerichts 1P.79/2005 vom 13. September 2005 E. 4.1). Da Denkmalschutzmassnahmen oftmals mit schwerwiegenden Eigentumseingriffen verbunden sind, dürfen sie aber nicht lediglich im Interesse eines begrenzten Kreises von Fachleuten erlassen werden. Sie müssen breiter, d.h. auf objektive und grundsätzliche Kriterien abgestützt sein und von einem grösseren Teil der Bevölkerung bejaht werden, um Anspruch auf eine gewisse Allgemeingültigkeit erheben zu können (<ref-ruling> E. 4a S. 275; <ref-ruling> E. 5a S. 389; je mit Hinweisen). Hinsichtlich der Frage, welche Gebäudeteile unter Schutz zu stellen sind, hat das Bundesgericht in seiner Rechtsprechung zum Denkmalschutz stets betont, ein Bauwerk werde nach den praktizierten Grundsätzen der Denkmalpflege grundsätzlich als Ganzes betrachtet, zu dem auch weniger bedeutungsvolle Räume gehören können (Urteil 1P.79/2005 vom 13. September 2005 E. 4.3).
5.2 Die Beschwerdeführerin weist zunächst auf den ihres Erachtens bestehenden Widerspruch zwischen den Erwägungen der Baurekurskommission II auf der einen Seite und die Beurteilung durch das Verwaltungsgericht (und den Gemeinderat) andererseits hin. Während erstere die Villa der Epoche des Landistils zugeordnet habe, zähle sie das Verwaltungsgericht zur Zeit des Umbruchs zwischen Historismus und Moderne.
5.2.1 Die Baurekurskommission II gibt in ihren detaillierten und sorgfältigen Ausführungen zu bedenken, eine formale und qualitative Stilbestimmung im engeren Sinn sei wegen der ausgesprochen heterogenen Erscheinungsweise der Bauten zwischen Historismus, Jugendstil und früher Moderne, zwischen regionalem Heimatschutz und internationaler Mode schwierig. Es folgt eine eingehende Schilderung des Streitobjekts, nachdem sich die Rekurskommission selber einen Eindruck vor Ort verschafft hatte. An der Villa lasse sich die Entwicklung einer Architektur im Sinne des Heimatschutzes hin zu der in der Schweiz vorherrschenden Strömung des im Baujahr zeittypischen Heimatstils (Landistils) ablesen, der sich in einer versachlichten, leichten und reduzierten Formung präsentiere (act. VB.2010.707/4).
5.2.2 Dass die Villa Nager mit Baujahr 1937/38 Elemente verschiedener Epochen in sich vereinigt, ergibt sich auch aus dem Gutachten vom 18. April 2001. Einerseits wird dort dargelegt, die Villa Nager sei ein wesentlicher Zeuge der prominentesten Architekten jener Zeit (Otto Pfister, 1880-1959 und Werner Pfister, 1884-1950). Im gesamten Schaffensbereich der Architekten finde sich kein vergleichbares Wohnhaus. Dieses sei ein einmaliger Repräsentant des herrschaftlichen Wohnens aus der Landizeit, sei aber auch ein wichtiges Glied in der Kette des Gesundheitswesens an diesem Ort einerseits und der Gebrüder Pfister andererseits. Die Architekten würden nicht das Neue Bauen vertreten, sondern seien eher dem rechtsufrigen "Landi-Dörfli" als der linksufrigen modernen Architekturauffassung von Professor Hans Hofmann zuzuordnen. Die Villa zeige aber an den Fassaden wesentliche Ansätze des zum Teil beinahe rustikal wirkenden Heimatstils (act. VB.2010.707/7/14.5).
5.2.3 Das Verwaltungsgericht schliesslich fasst die Ausführungen zusammen und gelangt zum Schluss, dass der zur Diskussion stehende Heimatstil (Reformarchitektur) eine auf lokalen und regionalen Bau- und Handwerkstraditionen fussende, Historismus und Jugendstil überwindende Baukunst auf dem Weg in die Moderne darstelle. Der Reformstil sei ein bedeutender und typischer Baustil in den Jahren des Umbruchs und habe sich um 1900 bis 1915 in der Schweiz unter dem Einfluss des Heimatschutzgedankens und des neu gegründeten Werkbundes parallel zum Jugendstil etabliert. Er sei in den 1930er- und -40er-Jahren als Landistil und bis in die Gegenwart (Regionalismus) in modifizierten Neuauflagen zurückgekehrt. Die Landi 1939 sei durch die Gleichzeitigkeit von Heimatstil und Modernem Bauen charakterisiert gewesen: Auf der rechten Seeuferseite sei das "Landi-Dörfli" aufgebaut worden, in dem Häuser der traditionellen Baustile verschiedener Kantone gruppiert gewesen seien, während im Kontrast zu diesem eher rückwärtsgewandte "Heimatverbundenheit" repräsentierenden Ausstellungsteil auf der linken Seeuferseite Pavillons gestanden hätten, welche die Vorstellung moderner Schweizer Architektur und Technik wiedergegeben hätten. Die Gemeinde zähle in ihrer Beschwerdeantwort darum jene Stilelement auf, welche typische Merkmale des Heimatstils seien und jene, welche dem Modernen Bauen zugeordnet werden könnten.
Das Verwaltungsgericht verweist weiter darauf, dass es schon mehrmals festgehalten habe, ein Denkmalschutzobjekt könne auch durchaus Zeuge für eine "Übergangsepoche" sein, in welcher eine Architekturform eine andere ablöse und Bauten Stilelemente beider Epochen enthielten. Gleiches gelte hier für jene Zeit, die durch die faschistische Bedrohung geprägt worden sei und im Zeichen der "geistigen Landesverteidigung" gestanden habe und während der sich im Architekturstil parallel "Heimatverbundenheit" bzw. die Vorstellung modernen Bauens und der Technik gezeigt hätten.
5.2.4 Diese (mit Literaturzitaten belegten) Einschätzungen stehen keineswegs im Widerspruch zueinander. Im Gegenteil, alle drei Instanzen sind sich einig darin, dass die Villa Nager Elemente verschiedener Epochen umfasst und gerade deswegen Zeugnis von einer Zeit des Umbruchs ablegt. Was darin willkürlich sein soll, ist weder ersichtlich noch rechtsgenüglich dargetan. Die Beschwerdeführerin übt weitgehend appellatorische Kritik, legt ihre Sicht der Dinge dar und behauptet, es gebe keine Mischarchitektur, bei der Stile verschiedener Epochen kombiniert würden. Solche Ausführungen genügen den Anforderungen von <ref-law> nicht. Hinzu kommt, dass sich die Erwägungen der Vorinstanzen durch die Fachliteratur belegen lassen. So ist der erwähnte Heimatstil gemäss dem (auch vom Verwaltungsgericht zitierten) historischen Lexikon der Schweiz - als Begriff in der Deutschschweiz seit 1910 bekannt und vom Kunsthistoriker Peter Meyer später als Stilbezeichnung verwendet - eine auf lokalen und regionalen Bautraditionen wurzelnde, Historismus und Jugendstil überwindende Baukunst auf dem Weg zur Moderne. Er erfasste 1905-14 alle Baugattungen, um in den 1920er Jahren (Zweiter Heimatstil), in den 1940er Jahren (Landistil) und bis in die Gegenwart (Regionalismus) in modifizierten Neuauflagen zurückzukehren. In jüngerer Zeit setzte sich auch in der Westschweiz und im Tessin für die nach 1900 entstandene Reformarchitektur der deutsche Begriff Heimatstil durch, während die ältere Literatur noch wahlweise "style national", "modern style" und "style suisse" verwendete. Ausserhalb der Schweiz sind für dasselbe Phänomen andere Bezeichnungen wie z.B. "Heimatschutzstil" oder "Le Régionalisme" gebräuchlich (ELISABETH CRETTAZ-STÜRZEL in: Historisches Lexikon der Schweiz, http://www.hls-dhs-dss.ch/textes/d/ D11186.php). Diese Ausführungen zeigen auf, dass sich die Architektur in der hier massgebenden Zeit in einem Umbruch befand, in welchem verschiedene Stilrichtungen in einander übergingen.
5.3 Weiter stellt die Beschwerdeführerin die Zeugeneigenschaft der Villa in Abrede. Wohnbauten der Gebrüder Pfister seien keine Zeugen der Baugeschichte, weil die beiden vor allem durch ihre Grossbauten bekannt geworden seien und damit die Zürcher Wirtschaftsstadt wesentlich geprägt hätten. Die Beschwerdeführerin wiederholt nochmals wörtlich die vor Verwaltungsgericht vorgebrachten Rügen. Für sie bleibt unklar, welche Zeugeneigenschaften der Gutachter und der Gemeinderat der Villa beimessen. Das Wohnhaus sei zu einem Zeitpunkt erstellt worden, in welchem der Bau von Wohnbauten im Werk der Gebrüder keine Rolle mehr gespielt habe. Bezeichnenderweise seien denn die seit 1920 erstellen Wohnbauten der Architekten in der Stadt Zürich grossmehrheitlich weder inventarisiert noch unter Schutz gestellt.
5.3.1 Das Verwaltungsgericht stützt sich auf das Gutachten vom 18. April 2001 (act. VB.2010.707/7/14.5) und hält fest, dass sich im Werkverzeichnis der Architekten eine Vielzahl von bekannten öffentlichen und privaten Geschäftshäusern, Spitälern, Schulbauten, Verwaltungs- sowie Industriebauten finden (Warenhaus St. Annahof, Geschäftshäuser Peterhof, SUVA-Gebäude in Luzern, Nationalbank in Zürich, Bahnhof Enge samt Tessinerplatz, Kantonsschule Im Lee Winterthur, Forschungsstation Jungfraujoch, Diakoniewerk Neumünster, Zollikerberg, Schweizerische Pflegerinnenschule mit Frauenspital Zürich, kantonale Verwaltung Walche, Rentenanstalt usw.). Auch eine Vielzahl von Wohnbauten hätten die Gebrüder Pfister verwirklicht, welche möglicherweise etwas weniger bekannt seien. Richtig sei, dass letztere zur Hauptsache in den 20er-Jahren des letzten Jahrhunderts gebaut worden seien. Dies schmälere den Zeugenwert der Villa Nager im Gesamtwerk der Architekten Pfister nicht. Gleiches gelte für den Umstand, dass das Streitobjekt zwei Stilrichtungen aufweise. Bis in die 20er-Jahre lasse sich der Baustil der Gebrüder der "nationalen Romantik" zuordnen, für welche die Rückbesinnung auf die schweizerisch heimische Bauweise in Verbindung mit Jugendstil-Ornamentik kennzeichnend sei. Im Zuge der Versachlichung hätten sich die Architekten seit Beginn der 1930er-Jahre einer moderaten Moderne angenähert. Im Lichte dieser Entwicklung sei die Villa Nager ein äusserst interessanter und wichtiger Zeuge dafür, dass die Architektenbrüder bei dieser Wohnbaute als "Spätwerk" und in jener Zeit der nationalen Bedrohung sowohl Elemente der "nationalen Romantik" als auch der Moderne verarbeitet hätten. Die Villa gebe sozusagen den Geist sowohl des rechtsufrigen "Landi-Dörflis" als auch der linksseitigen moderneren Architekturauffassung wieder.
5.3.2 Diese Darstellung ist nachvollziehbar und wird durch das Gutachten gestützt. Für das Verwaltungsgericht bestand kein Anlass, von der Einschätzung des Experten abzuweichen. Es ist nicht einzusehen, warum eine Baute, die erst gegen Ende einer Architektenlaufbahn erstellt wurde, per se keinen Zeugenwert haben soll. Und auch wenn die Gebrüder Pfister vor allem durch ihre Grossbauten Bekanntheit erlangten, lässt sich daraus nicht automatisch schliessen, ihre Wohnhäuser seien nicht schützenswert. Die fehlende Inventarisierung von Wohnbauten in der Stadt Zürich ist ebenfalls kein Beweis für eine mangelhafte Zeugeneigenschaft. Die Beschwerdeführerin setzt sich denn auch in diesem Punkt nicht rechtsgenüglich mit der Argumentation des Verwaltungsgerichts auseinander, sondern wiederholt nochmals ihre Vorbringen aus dem kantonalen Verfahren.
5.3.3 Was schliesslich die Rüge anbelangt, die Villa habe aufgrund ihrer langjährigen Nutzung im Klinikbetrieb keine Zeugeneigenschaft als Wohnbaute mehr, verweist das Verwaltungsgericht auf den zusätzlichen Bericht des Gutachters vom 5. April 2009 (act. VB.2010.707/7/14.4). Das Gebäudeäussere und die innere Gebäudestruktur, die Lage der Treppe im Wohntrakt, in der Eingangshalle der Belag mit Solnhoferplatten, die Treppe im Obergeschoss mit Natursteinstufen und geschmiedetem Geländer, die Türeinfassungen, im Damenzimmer wieder der Belag mit Solnhoferplatten, das Cheminée mit Steineinfassung, in der Obergeschoss-Halle der Solnhoferplattenbelag, die Türeinfassungen in Naturstein und die Türblätter in Naturholz, dies alles sei vom 2001 festgelegten Schutzumfang noch erhalten. Nicht mehr vorhanden seien die Nassräume mit Apparaten aus der Bauzeit und einzelne Vertäferungen. Die Ausstattungen mit Holz seien mindestens teilweise ausgebaut, aber erhalten.
Weiter nimmt die Vorinstanz Bezug auf den Eindruck, den sich die Baurekurskommission anlässlich des Augenscheins am 1. Juli 2010 verschafft hat. Danach sei die Bausubstanz in gut erhaltenem Zustand. Gewisse Zimmer seien zwar durch Unterteilungen mit Zwischenwänden verkleinert worden, die Struktur weise aber nur geringfügige Änderungen auf. Das Täfer und die alten Badezimmer seien grösstenteils entfernt worden. Die Fassaden, die Dachlandschaft und Bauteile wie Erker, Balkonuntersicht etc. seien in gutem baulichen Zustand. Die kantonalen Behörden gehen darum davon aus, dass die längere Nutzung der Villa als Spital für den Erhaltungswert des Streitobjekts als Wohnhaus keine Bedeutung habe. Die Zeugeneigenschaft der Villa Nager als Wohnbaute sei nach wie vor gegeben, da diese äusserlich keine wesentlichen Änderungen erfahren habe. Das Verwaltungsgericht gesteht der Beschwerdeführerin zu, dass im Innern Eingriffe stattgefunden haben, dies aber ohne Veränderung der wesentlichen inneren Gebäudestruktur. Die Schutzverfügung vom 16. September 2009 trage diesen Umständen denn auch bei der Umschreibung der unter Schutz gestellten Bauteile Rechnung. Da die beiden rückseitig angeordneten - nicht unter Schutz gestellten - Gebäudeflügel optisch klar vom Hauptgebäude abgetrennt seien, werde das Erscheinungsbild der Villa nicht tangiert.
5.3.4 Diesen stichhaltigen Erwägungen ist nichts Wesentliches beizufügen, zumal sie durch die Fotodokumentation der Natur- und Denkmalschutzkommission vom 14. Juli 2009 hinlänglich belegt werden (act. VB.2010.707/7/14.11). Unbehelflich ist auch der Einwand, es handle sich bei der Villa Nager um eine Kopie des Einfamilienhauses Klusweg 36 in Zürich. Selbst wenn dem so wäre, ist dem Verwaltungsgericht darin zuzustimmen, dass letzteres Objekt keinen relevanten lokalen Bezug zu Küsnacht aufweist. Und das Argument der Beschwerdeführerin, wonach das Einfamilienhaus Klusweg 36 weder inventarisiert noch geschützt sei, rechtfertigt erst recht die Unterschutzstellung der Villa Nager, bliebe doch sonst keines der beiden "Spätwerke" der Gebrüder Pfister erhalten. Auch diese Schlussfolgerung der Vorinstanz ist konsequent und überzeugend.
5.4 Die Beurteilung des Verwaltungsgerichts, wonach es sich bei der Villa Nager um einen wichtigen Zeitzeugen im Sinne von § 203 Abs. 1 lit. c PBG/ZH handelt, ist demnach nicht mit Erfolg zu beanstanden. Auch die langjährige anderweitige Nutzung im Zusammenhang mit dem Klinikbetrieb tut der Zeugeneigenschaft als Wohnbaute keinen Abbruch.
6. Letztendlich erachtet die Beschwerdeführerin die Unterschutzstellung als unverhältnismässig. Das Grundstück liege in der Zone für öffentliche Bauten, weshalb eine formell geschützte Villa für die Eigentümerin wertlos sei. Zwar dürfe dort weiterhin eine Klinik betrieben werden, ein moderner Klinikbetrieb nach wirtschaftlichen Gesichtspunkten sei jedoch nicht möglich.
6.1 Nach geltendem Zonenplan liegt die Villa Nager in der Zone für öffentliche Bauten und im Geltungsbereich des privaten Gestaltungsplans Areal Klinik X._. Durch nichts belegt ist die Behauptung der Beschwerdeführerin, der Gemeinderat wolle die Klinik in dieser Zone belassen. Im Gegenteil, auch vor Bundesgericht geht der Gemeinderat mit dem Verwaltungsgericht einig, dass sich mit dem Wegfall des Klinikneubaus die Verhältnisse wesentlich verändert haben und eine Überprüfung des Gestaltungsplans angezeigt sei. Das Risiko, dass die zuständige Gemeindeversammlung eine Änderung der Nutzungsplanung verweigert, besteht zwar. Aber es ist unbehelflich, wenn die Beschwerdeführerin geltend macht, der Bau und Betrieb einer modernen Klinik sei nur möglich, wenn die Villa nicht unter Schutz gestellt werde, nachdem sie selber den Klinikbetrieb 2008 eingestellt und 2009 von der Weiterverfolgung des Neubauprojekts abgesehen hat.
6.2 Es kommt hinzu, dass die 1959 erstellten Klinikanbauten vom Umgebungsschutz nicht betroffen sind. Angesichts der beträchtlichen Grösse des Grundstücks erscheint die mit der Unterschutzstellung vorgenommene Abgrenzung nicht unverhältnismässig. Eine sinnvolle und wirtschaftliche Nutzung des Restgrundstücks bleibt durchaus möglich. Rein finanzielle Interessen der Beschwerdeführerin an einer möglichst gewinnbringenden Nutzung der Liegenschaft vermögen das öffentliche Interesse an der (verhältnismässigen) Unterschutzstellung nicht zu überwiegen (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 221 f.).
7. Die Beschwerde ist darum abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Verfahrensausgang entsprechend hat die Beschwerdeführerin für die Kosten vor Bundesgericht aufzukommen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind in Anwendung von <ref-law> keine zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat Küsnacht und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Februar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Scherrer Reber