Fatti:
A. Nell'ambito della procedura di liquidazione aperta in seguito al fallimento, da essa pronunciato il 21 dicembre 2009, della B._ SA, l'Autorità di vigilanza sui mercati finanziari FINMA (di seguito: FINMA) ha, con circolare del 9 marzo 2012, informato i creditori delle misure che essa intendeva mettere in atto, segnatamente della sua intenzione di volere cedere le pretese di responsabilità nei confronti dei fondatori, degli organi e del revisore della banca.
B. Con scritti del 16 e del 28 marzo 2012 A._, direttore generale della banca ed azionista, ha chiesto il ritiro delle misure di liquidazione prospettate, in via subordinata l'emanazione di una decisione impugnabile ai sensi dell'art. 7 cpv. 3 OFB-FINMA (RU 2005 3539, 2008 5613, 2009 1769) e, in via ancora più subordinata, che egli sia ammesso come cessionario delle pretese in questione.
Il 7 giugno 2012 la FINMA giudicando, tra l'altro, che A._ non aveva la qualità di creditore ai sensi dell'art. 7 cpv. 3 OFB-FINMA ha deciso di non entrare in materia sulla sua richiesta.
C. Adito in tempo utile da A._, il Tribunale amministrativo federale ne ha, con sentenza del 12 marzo 2013, parzialmente accolto il ricorso nella misura in cui era ammissibile, ha annullato la decisione querelata e ha rinviato la causa all'autorità inferiore affinché statuisca nel merito sulla richiesta di ritiro della cessione delle pretese di responsabilità formulata dall'insorgente e, in via subordinata, sulla postulata cessione a quest'ultimo di dette pretese.
D. Il 26 aprile 2013 la FINMA ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui domanda che il giudizio del Tribunale federale amministrativo sia annullato e che venga confermata la propria decisione di non entrata in materia.
Non è stato ordinato uno scambio di allegati scritti.

Diritto:
1. 1.1 II Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 43).
1.2 Nel caso in esame, il ricorso in materia di diritto pubblico è tempestivo (<ref-law>) ed è diretto contro una decisione resa dal Tribunale amministrativo federale (<ref-law>) in una materia che non rientra nell'ambito delle eccezioni previste dall'<ref-law>. Esso viene inoltre presentato da un'autorità legittimata a ricorrere giusta i combinati artt. 89 cpv. 2 lett. d LTF e 52 cpv. 2 LFINMA (RS 956.1). Da questo profilo, l'impugnativa è pertanto di principio ammissibile.
1.3 La querelata sentenza non conclude tuttavia la procedura, iniziata con la messa in liquidazione della banca in seguito alla pronuncia del suo fallimento, ma riguarda atti di realizzazione decisi nell'ambito della stessa e rinvia la causa all'autorità di prime cure affinché esamini le questioni di merito sottopostole dall'opponente.
2. 2.1 Dal momento che l'istanza precedente ha rinviato la causa alla FINMA affinché si pronunci nel merito delle richieste sottopostole dall'opponente ed emani una nuova decisione e che il rinvio non implica la pura e semplice messa in atto di quanto ordinato, la sentenza impugnata non costituisce un giudizio finale, bensì una decisione incidentale ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.2 seg. pag. 481; sentenze 2C_258/2008 del 27 marzo 2009 consid. 3.3 e 2C_677/2007 del 31 ottobre 2008 consid. 3.3 con ulteriori rinvii). L'ammissibilità del gravame è di conseguenza subordinata al fatto che la pronuncia possa causare un pregiudizio irreparabile (cpv. 1 lett. a), oppure che l'accoglimento del ricorso possa comportare immediatamente una decisione finale, consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (cpv. 1 lett. b).
2.2 Queste condizioni di ammissibilità - il cui adempimento, nel caso non sia evidente, dev'essere dimostrato dal ricorrente (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 525) - mirano a sgravare il Tribunale federale, che deve di massima potersi esprimere sull'oggetto del litigio con un'unica decisione, evitando di pronunciarsi parzialmente, senza un esaustivo accertamento della fattispecie, nell'ambito di una prima fase della procedura (<ref-ruling> consid. 1.3.2 pag. 34 seg.).
2.3 Per quanto concerne la condizione posta dall'<ref-law>, va detto che con la nozione di pregiudizio irreparabile si intende un pregiudizio di natura giuridica a cui non possa venir posto rimedio successivamente, in particolare mediante una decisione finale favorevole alla parte ricorrente (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 190 seg.; <ref-ruling> consid. 4 pag. 141). Una decisione di rinvio per ulteriori accertamenti non comporta di regola un simile pregiudizio, poiché ha come conseguenza semplicemente un allungamento dei tempi della procedura (<ref-ruling> consid. 5.2.1 seg. pag. 483 seg.). Tuttavia se obbliga, mediante disposizioni di diritto sostanziale, l'autorità ricorrente di prima istanza a emanare un provvedimento che essa reputa contrario al diritto, la decisione di rinvio è considerata causarle un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5.2 pag. 483; sentenza 9C_562/2010 del 29 aprile 2011 consid. 1.3 con ulteriori rinvii).
2.4 Le condizioni per il riconoscimento di un simile pregiudizio nei confronti dell'autorità ricorrente non sono però date nella fattispecie. A differenza di quanto addotto dall'interessata, il giudizio reso dal Tribunale amministrativo federale non la priva affatto di ogni suo potere di apprezzamento e nemmeno la obbliga ad emanare una decisione che ritiene illegale. In effetti, dopo avere ricordato alcuni principi generali di diritto applicabili al caso di specie, la sentenza querelata impone certo alla ricorrente di trattare nel merito le richieste sottopostole dall'opponente. Essa non contiene tuttavia nessuna indicazione che possa in qualche modo limitare il potere decisionale della ricorrente.
Per i motivi che precedono, un'entrata in materia in base all'<ref-law> dev'essere pertanto esclusa.
2.5 Quanto all'eventuale ammissibilità del ricorso in ragione dell'<ref-law>, sia invece semplicemente constatato che il rispetto delle condizioni in essa previste non viene dimostrato dalla qui ricorrente e nemmeno può essere considerato manifesto (cfr. consid. 1.3).
In particolare, dato che il giudizio impugnato ricorda già i principi generali di diritto applicabili, il dovere pronunciarsi nel merito delle richieste litigiose non appare di primo acchito comportare nessuna procedura probatoria che possa essere considerata defatigante o dispendiosa.
L'impugnativa, priva di una qualsiasi motivazione topica in tal senso, risulta pertanto inammissibile anche in relazione all'<ref-law>.
3. 3.1 Per i motivi illustrati, il ricorso si avvera pertanto manifestamente inammissibile e va deciso secondo la procedura semplificata dell'<ref-law>.
3.2 Non si prelevano spese giudiziarie (<ref-law>). Non si accordano ripetibili ad autorità vincenti né all'opponente, che non è stato invitato ad esprimersi (art. 68 cpv. 1 e 3 LTF).

Per questi motivi, il Presidente pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Non vengono riscosse spese.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente al loro patrocinatore e al Tribunale amministrativo federale, Corte II.