Faits:
A. Le 4 avril 1986, le Ministre des affaires étrangères de la République d'Haïti a présenté à la Suisse une demande d'entraide judiciaire, dans le cadre d'une procédure pénale dirigée contre Jean-Claude Duvalier (ex-président de la République) et les membres de sa famille. Durant sa présidence, de 1971 jusqu'au 7 février 1986, Jean-Claude Duvalier et ses proches auraient détourné environ 900 millions de dollars au préjudice de l'Etat haïtien. La Confédération suisse était priée de prendre les mesures nécessaires pour geler les fonds de la famille Duvalier dans l'attente de l'issue de la procédure. En exécution de cette requête, divers comptes ont été saisis dans des établissements de Zurich, Vaud et Genève, notamment un compte détenu auprès d'UBS SA par la Fondation Brouilly (fondation de droit liechtensteinois, ci-après: la fondation), dont l'ayant droit était (jusqu'à son décès en 1997) Simone Ovide Duvalier, mère de Jean-Claude Duvalier. Les avoirs de la fondation s'élevaient alors à 2,4 millions d'USD. La demande d'entraide a été formellement complétée le 12 juin 1986, afin notamment d'obtenir la désignation des fonds déposés en Suisse.
Par ordonnance du 2 septembre 1986, le Juge d'instruction du canton de Genève, chargé de l'exécution de cette demande, est entré en matière. Le 2 août 1988, il ordonna la transmission de documents bancaires. Cette décision a été confirmée en substance par la Chambre d'accusation genevoise, puis par le Tribunal fédéral (arrêt 1A.58/1989 du 19 septembre 1989). L'autorité requérante devrait toutefois donner des assurances spécifiques et formelles quant à la régularité de la procédure pénale et à l'interdiction des tribunaux d'exception. L'autorité d'exécution devrait se prononcer à nouveau sur les garanties fournies.
Le Juge d'instruction a rendu une nouvelle ordonnance le 25 juillet 1991. Celle-ci a toutefois été annulée par la Chambre d'accusation. Au mois de septembre 1991, le Président Aristide, successeur de Duvalier, avait été destitué. Les garanties données le 27 août 1990 n'étaient donc plus d'actualité; de nouvelles garanties devaient être demandées de la part des autorités en place.
De nouvelles garanties ayant été données le 27 novembre 1996, l'Office fédéral de la justice (OFJ) s'est prononcé le 15 mai 2002 sur leur validité, conformément à l'art. 80p EIMP. L'engagement ne pouvait être considéré comme suffisant, compte tenu de l'instabilité des institutions en Haïti, notamment de la succession des gouvernements depuis 1996, des dénonciations faites par les organismes de protection des droits de l'homme et de l'absence de progrès dans le domaine des droits de l'homme depuis le début de la procédure d'entraide, seize ans auparavant. Les contacts établis avec l'Etat requérant n'avaient pas permis de constater une réelle volonté de mener à chef la procédure dirigée contre Jean-Claude Duvalier. On pouvait même douter de l'existence d'une telle procédure. Incidemment, l'OFJ a également constaté que les faits reprochés à Jean-Claude Duvalier remontaient à plus de quinze ans, de sorte que la prescription absolue était atteinte en droit suisse.
B. Le 14 juin 2002, le Conseil fédéral a ordonné le blocage, pour trois ans, des avoirs en Suisse de Jean-Claude Duvalier et de son entourage, et a chargé le Département fédéral des affaires étrangères d'assister les parties en vue de rechercher, dans un cadre approprié, une issue aussi satisfaisante que possible. Cette ordonnance se fondait sur l'art. 184 al. 3 Cst. Elle a été prolongée pour deux ans le 3 juin 2005, puis pour un an le 22 août 2007.
Le 28 janvier 2008, le Juge d'instruction genevois a définitivement déclaré irrecevable la demande d'entraide judiciaire du 12 juin 1986, en raison de la prescription: les faits décrits s'étaient déroulés plus de vingt ans auparavant. Ce refus entraînait notamment la levée de la saisie du compte de la Fondation Brouilly. Ces avoirs restaient toujours bloqués, jusqu'au 31 août 2008, en vertu de l'ordonnance du Conseil fédéral.
C. Le 23 mai 2008, la République d'Haïti, représentée par un avocat genevois, a présenté une demande de réexamen des précédentes décisions. Elle exposait que Jean-Claude Duvalier et ses complices faisaient l'objet d'une procédure pénale en Haïti pour des crimes contre l'humanité, des crimes financiers et des infractions de corruption et de détournements de fonds au préjudice de l'Etat. Etaient produits divers documents relatifs à la poursuite pénale, notamment une ordonnance de renvoi en jugement du 12 décembre 1999 (concernant des délits de détournement et de corruption), un réquisitoire d'informer du 29 avril 2008 et une déclaration du Ministre de la justice concernant la conformité de la procédure au Pacte ONU II. La situation institutionnelle s'était considérablement améliorée depuis 2002. Les détournements au préjudice de l'Etat avaient été accompagnés de crimes contre l'humanité (exécutions judiciaires et disparitions forcées des opposants du régime) destinés à maintenir l'organisation du clan Duvalier. Ces assassinats se prescrivaient par trente ans en droit suisse et n'étaient pas prescrits en droit haïtien. S'agissant d'une organisation criminelle, la provenance illicite des fonds était présumée.
Le 27 juin 2008, l'OFJ a considéré que les nouveaux éléments produits justifiaient un réexamen. La situation en Haïti s'était considérablement améliorée grâce aux mesures prises par le Président Préval depuis 2006. L'Etat requérant avait démontré l'existence d'une procédure pénale et la volonté de la mener à son terme. Les faits poursuivis pouvaient relever, en droit suisse, de l'organisation criminelle (art. 260ter CP). Les comptes et valeurs en mains de la famille Duvalier (notamment le compte de la fondation) ont été à nouveau bloqués, et leurs détenteurs étaient invités à en prouver la provenance licite.
Dans ses observations du 29 septembre 2008, la fondation relevait que les décisions de refus de l'entraide rendues par l'OFJ en 2002 et par le Juge d'instruction genevois en 2008 n'étaient pas contraires au droit et n'étaient, par conséquent, pas sujettes à un réexamen. La demande du 23 mai 2008 était donc une nouvelle requête, fondée sur des infractions différentes. La fondation affirmait que les fonds, déposés en 1971, étaient d'origine licite, que l'existence d'une organisation criminelle n'était pas démontrée et que l'infraction y relative serait prescrite. Aucune procédure de confiscation n'était ouverte en Haïti, ce qui empêchait une remise anticipée des fonds.
Par décision du 11 février 2009, l'OFJ a admis la demande d'entraide du 12 juin 1986, et ordonné notamment la remise à la République d'Haïti des avoirs détenus par la Fondation Brouilly, soit une somme d'environ 4,6 millions d'USD. La banque était invitée à transférer les fonds sur un compte que l'OFJ désignerait ultérieurement. Ceux-ci devraient être utilisés de façon transparente au bénéfice de la population haïtienne, par le biais de projets humanitaires ou sociaux. Le Département fédéral de justice et police veillerait au suivi de ces projets. Reprenant les motifs de sa décision d'entrée en matière, l'OFJ a en outre considéré que la prescription devait s'examiner au regard du seul droit de l'Etat requérant. Il serait insatisfaisant de ne pas tenir compte sous cet angle des dispositions du droit suisse en vigueur au moment où l'entraide est accordée. La fondation n'était d'ailleurs pas légitimée à soulever ce grief. Sur le vu des faits décrits, l'on pouvait admettre que Simone Ovide Duvalier avait au moins apporté son soutien à l'organisation dirigée par son mari, puis par son fils. La fondation n'avait pas réussi à renverser la présomption de provenance criminelle des fonds.
Par arrêt du 12 août 2009, la IIe Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral a rejeté le recours formé par la fondation. Les exactions commises par le régime Duvalier (purges et élimination des opposants) et le pillage systématique des caisses de l'Etat étaient des faits notoires. Jean-Claude Duvalier aurait retiré de ses agissements une fortune estimée entre 400 et 900 millions de dollars. La structure hiérarchique, le but criminel et le climat de terreur mis en place correspondaient en droit suisse à la notion d'organisation criminelle. Le principe de non-rétroactivité ne s'appliquait pas en matière de double incrimination. La qualification d'organisation criminelle permettait un renversement du fardeau de la preuve, s'agissant de l'origine délictueuse des fonds. Simone Duvalier ayant fait partie de l'organisation criminelle dirigée successivement par son mari et son fils, cette présomption d'appartenance n'avait pas été renversée. S'agissant de la prescription, la Cour des plaintes a considéré que la mesure de blocage s'était poursuivie sans interruption depuis avril 1986 et que, selon l'art. 33a OEIMP, la durée de la saisie de valeurs n'était limitée que par la prescription selon le droit étranger; la prescription selon le droit suisse ne faisait donc pas obstacle à l'octroi de l'entraide. En tant que personne morale, la recourante n'avait pas qualité pour se plaindre des défauts de la procédure à l'étranger. Au demeurant, la décision de l'OFJ prévoyait une utilisation transparente des fonds, ainsi que des processus de contrôle.
D. Par acte du 24 août 2009, la Fondation Brouilly forme un recours en matière de droit public. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt de la Cour des plaintes et de la décision de l'OFJ du 11 février 2009, et demande la levée de la saisie de son compte.
La Cour des plaintes se réfère à son arrêt. L'OFJ conclut au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité.

Considérant en droit:
1. Selon l'art. 84 LTF, le recours en matière de droit public est recevable, à l'encontre d'un arrêt du Tribunal pénal fédéral en matière d'entraide pénale internationale, s'il a pour objet notamment le transfert d'objets ou de valeurs, et pour autant qu'il s'agisse d'un cas particulièrement important (al. 1). Un cas est particulièrement important "notamment lorsqu'il y a des raisons de supposer que la procédure à l'étranger viole des principes fondamentaux ou comporte d'autres vices graves" (al. 2). Selon l'art. 42 al. 2 LTF, c'est au recourant qu'il appartient de démontrer que ces exigences sont satisfaites. Le but de l'art. 84 LTF n'est pas d'assurer systématiquement un double degré de juridiction, mais au contraire de limiter fortement l'accès au Tribunal fédéral dans les domaines de l'entraide judiciaire et de l'extradition, en ne permettant de recourir que dans un nombre limité de cas jugés particulièrement importants (<ref-ruling>, 129, 131, 132 et les références citées).
1.1 L'emploi de l'adverbe notamment indique que ces motifs d'entrée en matière, selon l'art. 84 al. 2 LTF, ne sont pas exhaustifs. Le Tribunal fédéral peut en effet être appelé à intervenir lorsqu'il s'agit de trancher une question juridique de principe, ou lorsque l'instance précédente s'est écartée de la jurisprudence suivie jusque-là (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 218 et les références).
1.2 En l'occurrence, le recours porte sur une décision de remise de fonds à un Etat étranger. La première condition de l'art. 84 LTF est réalisée. La seconde l'est également. En effet, le recours soulève certaines questions juridiques de principe (en particulier la qualification juridique des actes décrits dans la demande d'entraide et la prescription au sens de l'art. 5 EIMP), ce qui justifie l'intervention d'une seconde instance judiciaire. Par ailleurs, la décision de l'OFJ met fin à une procédure d'entraide qui a commencé en 1986 et dont le Tribunal fédéral a d'ailleurs déjà eu à s'occuper. Enfin, indépendamment des montants en jeu (la remise porte sur un montant d'environ 4,6 millions d'USD), les aspects politiques de l'affaire (remise de fonds d'un dictateur déchu) en font un cas particulièrement important.
1.3 La recourante a agi dans le délai de dix jours prévu à l'art. 100 al. 1 let. b LTF. En tant que détentrice des avoirs dont l'OFJ envisage la remise à l'étranger, elle a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF).
2. La Confédération suisse et la République d'Haïti ne sont pas liées par un traité d'entraide judiciaire en matière pénale. Cette matière est dès lors régie par le droit interne applicable (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 264; <ref-ruling> consid. 2 p. 141; <ref-ruling> consid. 2 p. 176, et les arrêts cités), soit en l'occurrence la loi fédérale sur l'entraide internationale en matière pénale (EIMP; RS 351.1) et son ordonnance d'exécution (OEIMP; RS 351.11).
3. La recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue. Elle reproche à la Cour des plaintes de ne pas s'être suffisamment prononcée sur les arguments relatifs au renversement du fardeau de la preuve, aux conditions d'une remise anticipée, à la non-rétroactivité, à la présomption d'innocence et à l'application de l'art. 2 EIMP. Elle aurait par ailleurs totalement ignoré les griefs relatifs à la durée de la procédure et au principe de la proportionnalité.
3.1 Conformément au droit d'être entendu, l'autorité doit indiquer dans son prononcé les motifs qui la conduisent à sa décision (<ref-ruling> consid. 2c p. 34; <ref-ruling> consid. 2b p. 109). Elle n'est pas tenue de discuter de manière détaillée tous les arguments soulevés par les parties, ni de statuer séparément sur chacune des conclusions qui lui sont présentées. Elle peut se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige; il suffit que le justiciable puisse apprécier correctement la portée de la décision et l'attaquer à bon escient (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 540; <ref-ruling> consid. 2b, et les arrêts cités).
3.2 L'arrêt attaqué traite largement de la question de la double incrimination et de la qualification d'organisation criminelle. La Cour des plaintes n'a toutefois pas omis de se prononcer sur les conditions posées à l'art. 74a EIMP, en rappelant que l'adoption de l'art. 260ter CP avait pour but de faciliter la remise de valeurs en renversant le fardeau de la preuve. Les questions relatives au principe de non-rétroactivité et à l'application de l'art. 2 EIMP ont elles aussi été traitées par référence à la jurisprudence actuelle, conformément à l'obligation minimale de motiver. La recourante a ainsi pu comprendre les raisons pour lesquelles ses arguments ont été rejetés, et son recours démontre qu'elle a été en mesure de contester cette appréciation.
3.3 La Cour des plaintes ne se prononce pas expressément sur l'argument relatif à la durée de la procédure et à la proportionnalité. Toutefois, cet argument ne faisait l'objet que de brèves remarques à la fin des observations de la recourante. Celles-ci se rapportaient d'ailleurs à l'application de l'art. 74a EIMP et il est douteux qu'ainsi soulevées, elles appelaient obligatoirement une réponse spécifique de la part de la Cour des plaintes. Quoi qu'il en soit, la recourante est à même de reprendre cette argumentation devant la cour de céans, et une violation éventuelle de l'obligation de motiver peut être réparée, le cas échéant, à ce stade de la procédure.
Les griefs d'ordre formel doivent par conséquent être écartés.
4. Sur le fond, la recourante conteste l'existence d'une organisation criminelle constituée par le clan Duvalier. Elle estime que les documents mentionnés par le TPF pour retenir une telle qualification juridique ne sauraient constituer des preuves judiciaires suffisantes au regard de la présomption d'innocence (art. 6 par. 1 CEDH et 32 al. 1 Cst.).
4.1 La recourante perd de vue que l'autorité suisse saisie d'une demande d'entraide judiciaire (que celle-ci tende à l'extradition d'une personne, à la transmission de renseignements ou à la remise d'objets ou de valeurs) n'a pas à se prononcer sur la réalité des faits évoqués dans la demande; elle ne peut que déterminer si, tels qu'ils sont présentés, ces faits constituent une infraction (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 4.1). Les indications fournies à ce titre doivent simplement suffire pour vérifier que la demande n'est pas d'emblée inadmissible (<ref-ruling> consid. 3a p. 101; <ref-ruling> consid. 3b/aa p. 77). Pour sa part, l'autorité requérante n'a pas à fournir de preuves à l'appui de ses accusations. Il suffit qu'elle présente un exposé suffisamment compréhensible et qui ne soit pas entaché d'invraisemblances, d'erreurs ou de lacunes manifestes (<ref-ruling> consid. 5b p. 121/122; <ref-ruling> consid. 5c p. 88 et les arrêts cités).
4.2 En l'occurrence, les demandes d'entraide judiciaire présentées le 12 juin 1986, puis le 23 mai 2008 par l'avocat de l'Etat requérant, satisfont à ces exigences d'allégation. La seconde demande expose en particulier dans quel contexte François Duvalier, puis son fils Jean-Claude Duvalier, ont organisé le pillage systématique de l'Etat haïtien par diverses méthodes de prélèvement (sur des comptes et organismes d'Etat "non fiscaux", oeuvres sociales fictives, prélèvement sur certains salaires), puis de conversion et d'exportation des fonds. Ces exactions avaient lieu dans un climat de terreur, de disparitions forcées et d'exécutions extrajudiciaires. Entre 1957 et 1986, le régime Duvalier aurait ainsi entraîné la mort de plusieurs dizaines de milliers de personnes. L'autorité requérante expose que Simone Duvalier faisait partie des bénéficiaires des détournements. Ces indications sont suffisantes pour permettre d'admettre que Simone Duvalier était intégrée dans l'organisation mise en place par son mari, puis par son fils.
4.3 La recourante invoque en vain le principe de la présomption d'innocence. La procédure de remise de valeurs à l'étranger - en particulier lorsque, comme en l'espèce, la remise n'est pas subordonnée à un jugement de confiscation dans l'Etat requérant - porte certes sur des prétentions de caractère civil (<ref-ruling> consid. 6.2 ss p. 238), ce qui justifie l'exigence d'un procès équitable au sens de l'art. 6 par. 1 CEDH (arrêt 1A.53/2007 du 11 février 2008). En revanche, le principe de la présomption d'innocence ne s'applique pas dans le cadre d'une procédure d'entraide judiciaire, dont la nature est administrative et dont le but n'est pas d'examiner la culpabilité des personnes mises en cause (<ref-ruling> consid. 2 p. 119 et les arrêts cités). L'autorité suisse d'entraide doit simplement contrôler que la procédure à l'étranger présente des garanties de procédure suffisantes, et exiger le cas échéant sur ce point des engagements spécifiques de l'autorité requérante. Elle n'a pas à s'interroger sur la crédibilité des accusations au regard de la présomption d'innocence.
5. Les griefs soulevés en rapport avec le renversement du fardeau de la preuve apparaissent eux aussi sans fondement.
Dans le cadre des présomptions instituées à l'art. 72 CP, la recourante prétend qu'elle devrait être admise à apporter la preuve non seulement que les fonds sont d'origine licite, mais aussi que l'organisation criminelle n'avait pas de pouvoir de disposition sur ses avoirs. La recourante relève que seule Simone Ovide Duvalier avait la disposition des fonds, ce qui constituerait une preuve libératoire suffisante.
La présomption d'appartenance posée à l'art. 72 CP - et applicable par analogie à la procédure de restitution prévue à l'art. 74a EIMP - peut être renversée. L'intéressé peut se libérer en démontrant l'origine licite des avoirs, mais aussi l'absence de pouvoir de disposition de l'organisation criminelle (cf. dans ce sens URSULA CASSANI, La confiscation de l'argent des potentats; à qui incombe la preuve ? in SJ 2009 II p. 229 ss, 249). S'agissant d'un fait négatif, cette dernière ne peut que difficilement être rapportée, par exemple lorsqu'il est démontré que l'organisation ne pourrait avoir accès aux valeurs qu'en commettant de nouvelles infractions (idem, note 124). L'affirmation de la recourante qu'elle serait la seule à disposer des fonds ne saurait en tout cas suffire, puisque selon la demande d'entraide, Simone Ovide Duvalier serait elle-même impliquée, en tant qu'épouse de François Duvalier et mère de Jean-Claude Duvalier, dans l'organisation criminelle. De ce point de vue également, l'arrêt attaqué ne prête pas le flanc à la critique.
6. La recourante invoque ensuite l'art. 5 al. 1 let. c EIMP relatif à la prescription selon le droit suisse. La Cour des plaintes a considéré que cette question devait être examinée au moment de l'entrée en matière, soit au moment où les avoirs de la recourante avaient été bloqués pour la première fois le 15 avril 1986. Le blocage s'était ensuite poursuivi sans interruption, compte tenu des mesures prises par le Conseil fédéral. Se fondant sur l'art. 33a OEIMP, la Cour des plaintes a estimé que la prescription selon le droit suisse ne pouvait pas faire échec à une saisie en vue de restitution.
La recourante soutient pour sa part que la mesure de contrainte au sens de l'art. 5 EIMP serait en l'occurrence la saisie ordonnée lors de la nouvelle décision d'entrée en matière du 27 juin 2008. La demande d'entraide du 23 mai 2008 ne constituerait en effet pas une demande de réexamen, mais une nouvelle demande. L'infraction d'organisation criminelle aurait pris fin à la destitution de Jean-Claude Duvalier, en février 1986, de sorte que la prescription absolue, de quinze ans, aurait été atteinte au mois de février 2001. Le droit de confisquer au sens de l'art. 72 CP serait prescrit dans la même mesure.
6.1 Selon la jurisprudence, seule a en principe qualité pour invoquer la prescription la personne poursuivie dans l'Etat requérant (ATF <ref-ruling> consid. 11.1 p. 234). Cela est vrai pour la prescription selon le droit de l'Etat requérant, car les règles y relatives sont destinées à la protection de la personne poursuivie et sont du ressort exclusif des autorités de poursuite de l'Etat requérant. L'art. 5 al. 1 let. c EIMP protège en revanche contre des mesures de contrainte ordonnées en Suisse après la survenance de la prescription absolue selon le droit Suisse (<ref-ruling> consid. 4c p. 465). Il est donc logique que les personnes touchées par les mesures en question puissent se prévaloir de cette disposition (cf. 126 II 462 consid. 4, entrant en matière sur un tel grief soulevé notamment par une fondation du Liechtenstein touchée par les mesures d'entraide).
6.2 Selon l'art. 5 al. 1 let. c EIMP, la demande d'entraide est irrecevable si son exécution implique des mesures de contrainte et que la prescription absolue empêche, en droit suisse, d'ouvrir une action pénale ou d'exécuter une sanction. Cette disposition s'applique à tous les types d'entraide judiciaire, et donc également à une remise au sens de l'art. 74a EIMP, cette dernière - et les mesures de blocage qui la précèdent - constituant indubitablement une mesure de contrainte (<ref-ruling> consid. 5b p. 467/468). S'agissant d'une cause d'irrecevabilité, celle-ci doit être examinée au moment de la réception de la demande d'entraide et de la décision d'entrée en matière (cf. art. 78 al. 2, 80 et 80a EIMP), et non au moment de la décision de clôture. Cela permet de favoriser l'entraide et d'éviter qu'une demande déclarée recevable dans un premier temps, ne devienne inadmissible par la suite en raison de la durée de la procédure d'entraide (<ref-ruling> consid. 4d p. 466; consid. 3 non publié de l'<ref-ruling>).
6.3 Lorsqu'il existe entre la Suisse et l'Etat requérant un traité de collaboration judiciaire qui ne prévoit pas la prise en compte de la prescription selon le droit suisse, cette réglementation, plus favorable à l'entraide, l'emporte sur l'EIMP (<ref-ruling> concernant le TEJUS; <ref-ruling> concernant la CEEJ). De même, si le traité laisse à l'Etat requis la possibilité de refuser l'entraide en raison de la prescription selon son propre droit, l'autorité suisse requise peut également y renoncer (arrêt 1A.184/2005 du 9 décembre 2005, consid. 2.6). En revanche, lorsque comme en l'espèce, les Etats requérant et requis ne sont pas liés par un traité d'entraide judiciaire, les motifs d'irrecevabilité prévus à l'art. 5 EIMP ne peuvent être ignorés.
6.4 Le compte de la recourante a été bloqué une première fois par l'OFJ le 15 avril 1986. Toutefois, le 28 janvier 2008, le Juge d'instruction genevois, tenant compte de la décision prise le 15 mai 2002 par l'OFJ, a définitivement déclaré irrecevable la demande d'entraide judiciaire du 12 juin 1986, en raison de la prescription. La première demande d'entraide a ainsi été définitivement rejetée, ce qui a mis fin à la procédure et à la saisie des avoirs de la fondation. Les blocages ordonnés à partir du 14 juin 2002 par le Conseil fédéral jusqu'au mois d'août 2008 n'ont pas eu pour effet de prolonger les mesures provisoires prises dans le cadre de la procédure d'entraide judiciaire: il s'agit de mesures d'une autre nature, prises sur la base de l'art. 184 al. 3 Cst. et destinées à la recherche d'une solution négociée, afin précisément de pallier l'échec de la procédure d'entraide.
Certes, les décisions relatives à l'exécution d'une demande d'entraide sont de nature administrative (<ref-ruling> consid. 3b p. 95, et les références citées) et ne sont pas, à l'instar d'un jugement civil ou pénal, revêtues de la force de chose jugée. Elles peuvent donc être réexaminées en tout temps (<ref-ruling> consid. 3b p. 96). L'Etat requérant ne peut pas revenir à la charge pour les mêmes faits et les motifs, en demandant les mêmes mesures (<ref-ruling> consid. 1b p. 157), mais rien ne l'empêche de compléter ou de réitérer sa demande en se fondant sur des faits nouveaux ou un changement de législation (<ref-ruling> consid. 4 p. 218; <ref-ruling> consid. 6 p. 251/252; <ref-ruling> consid. 3b p. 157/158), de requérir des mesures nouvelles ou encore de demander à l'Etat requis de statuer sur des points laissés indécis dans le cadre d'une décision précédente (arrêt 1A.110/1999 du 1er juillet 1999; <ref-ruling> consid. 4d). Il n'en demeure pas moins que, d'un point de vue procédural, la demande initiale a été formellement rejetée par une décision définitive et que la requête présentée le 23 mai 2008 constitue ainsi une demande d'entraide distincte de la précédente. Les nouvelles mesures ordonnées le 27 juin 2008 par l'OFJ doivent par conséquent être examinées pour elles-mêmes.
6.5 La décision de l'OFJ et l'arrêt attaqué retiennent, sous l'angle de la double incrimination, que les faits mentionnés dans la demande d'entraide seraient constitutifs de participation ou de soutien à une organisation criminelle au sens de l'art. 260ter CP. Cette appréciation est conforme à la jurisprudence qui considère comme tels les détournements systématiques des ressources de l'Etat, par un haut responsable et son entourage (<ref-ruling> consid. 9.1 p. 182). L'infraction étant passible de cinq ans de privation de liberté, la prescription est de quinze ans conformément à l'art. 97 al. 1 let. b CP. Quant au point de départ du délai de prescription, il doit être fixé au moment de la chute du régime Duvalier, au mois de février 1986, car l'organisation criminelle, telle qu'elle est décrite dans la demande, n'a pu se poursuivre au-delà de cette date (art. 98 let. c CP). La prescription est par conséquent intervenue en février 2001 pour l'infraction de participation à une organisation criminelle. C'est ce qu'avaient d'ailleurs déjà constaté l'OFJ dans sa décision du 15 mai 2002, et le Juge d'instruction genevois dans sa décision de clôture du 28 janvier 2008. Le droit de confisquer est, lui aussi, prescrit (art. 70 al. 3 CP).
L'arrêt attaqué retient que selon l'art. 33a OEIMP, la durée de la saisie de valeurs serait limitée par la prescription selon le droit de l'Etat requérant, et non selon le droit suisse. La Cour des plaintes en a déduit que la survenance de la prescription de la poursuite ou du droit de confisquer en droit suisse n'empêcherait pas le maintien des saisies.
Selon l'art. 33a OEIMP, les objets et valeurs dont la remise à l'Etat requérant est subordonnée à une décision définitive et exécutoire de ce dernier (art. 74a al. 3 EIMP) demeurent saisis jusqu'à réception de ladite décision ou jusqu'à ce que l'Etat requérant ait fait savoir à l'autorité d'exécution compétente qu'une telle décision ne pouvait plus être rendue selon son propre droit, notamment en raison de la prescription. Cette disposition ne concerne que les mesures conservatoires prises dans l'attente d'un jugement étranger de confiscation, ce qui n'est pas le cas en l'occurrence puisque la remise des fonds a été ordonnée à titre anticipé, indépendamment d'un tel jugement. Par ailleurs, l'art. 33a OEIMP ne saurait s'appliquer qu'aux saisies ordonnées avant la survenance de la prescription en droit suisse (<ref-ruling> consid. 5d) et ne saurait permettre le maintien d'un séquestre lorsqu'il apparaît qu'une remise des fonds ne peut plus être ordonnée (arrêt 1A.222/1999 du 4 novembre 1999 concernant déjà l'entraide à la République d'Haïti). Toute autre interprétation irait à l'encontre du texte clair de l'art. 5 al. 1 let. c EIMP.
6.6 La demande d'entraide relève que le clan Duvalier se serait aussi rendu coupable de nombreux assassinats. Ces infractions, qui ne sont pas mentionnées dans l'ordonnance de renvoi en jugement du 13 décembre 1999, feraient l'objet d'un réquisitoire d'informer du 29 avril 2008. L'autorité requérante estime que ces crimes seraient "indissociables" des délits financiers puisqu'ils permettaient la collaboration aveugle des fonctionnaires concernés, ainsi qu'une impunité totale. Il en résulterait que la prescription de trente ans, pour des délits passibles d'une peine de réclusion à vie, ne serait pas acquise (art. 97 al. 1 let. a CP).
Selon l'art. 70 CP, l'infraction doit être la cause essentielle de l'obtention des valeurs patrimoniales que l'on entend confisquer et celles-ci doivent typiquement provenir de l'infraction en cause. C'est dans le même sens qu'il y a lieu d'interpréter la notion de produit de l'infraction selon l'art. 74a al. 2 let. b EIMP. Autrement dit, il doit y avoir entre l'infraction et l'obtention de valeurs patrimoniales un lien de causalité tel que la seconde apparaît comme la conséquence directe et immédiate de la première (MADELEINE HIRSIG-VOUILLOZ, Code pénal 1, Commentaire Romand, p. 729 ss ad art. 70). En outre, selon le principe de la spécialité, seules les valeurs patrimoniales qui sont le résultat direct de l'infraction, ou leurs valeurs de remplacement, peuvent être confisquées en application de l'art. 70 CP (idem, p. 731).
Il apparaît que les avoirs de la recourante ne sont pas le fruit d'infractions contre la vie ou l'intégrité corporelle, mais uniquement des détournements opérés au préjudice de l'Etat Haïtien. L'Etat requérant soutient que le climat de terreur et les crimes de sang commis par le clan Duvalier auraient permis le maintien de l'organisation criminelle. Toutefois, les valeurs patrimoniales ne peuvent être considérées comme le fruit d'une infraction lorsque celle-ci n'a que facilité leur obtention ultérieure par un autre acte délictueux sans lien de connexité (arrêt 6S.667/2000 du 19 février 2001, publié in SJ 2001 330 et les références citées). C'est dès lors à juste titre que l'OFJ, puis la Cour des plaintes, n'ont pas retenu la qualification juridique d'assassinats dans l'examen de la double incrimination, et n'ont pas tenu compte du délai de prescription afférent à ces infractions.
6.7 L'autorité requérante expose aussi que le clan Duvalier se serait livré à des crimes contre l'humanité, pour avoir pratiqué de manière constante des assassinats politiques, des exécutions judiciaires, des arrestations ou détentions arbitraires, ainsi que la torture. Ces actes, imputables en particulier à la milice des "volontaires de la sécurité nationale" (plus connus sous le nom de "Tontons Macoutes") visaient particulièrement les personnes susceptibles d'exercer une influence sur l'opinion publique (syndicalistes, personnes liées à l'opposition). Ces infractions, non visées par le renvoi en jugement ordonné en 1999, ont fait elles aussi l'objet du réquisitoire d'informer du 29 avril 2008.
Point n'est besoin de rechercher de quelle manière les crimes contre l'humanité, tels que décrits dans la demande, seraient appréhendés en droit interne, ce qui les rendrait imprescriptibles (cf. art. 101 let. c CP et 59 let. c CPM). En effet, comme cela est rappelé ci-dessus, les mesures d'entraide requises ne se rapportent pas non plus à des fonds qui proviendraient directement de telles infractions. Au demeurant, la décision d'accorder l'entraide judiciaire appartiendrait, dans un tel cas, non pas à l'OFJ mais au Conseil fédéral, en application de l'art. 110 al. 3 EIMP.
6.8 La prescription étant intervenue avant le dépôt de la nouvelle demande d'entraide, celle-ci est manifestement irrecevable en application de l'art. 5 al. 1 let. c EIMP. L'arrêt attaqué doit être annulé pour cette raison, de même que la décision de l'OFJ du 11 février 2009.
6.9 La Cour des plaintes rappelle que la nécessité, pour la Suisse, de ne pas servir de refuge aux montants considérables détournés illégalement par les régimes dictatoriaux, constitue un intérêt essentiel du pays au sens de l'art. 1a EIMP (<ref-ruling> consid. 6). Cette disposition, conçue essentiellement comme une limite à la coopération - comme le montre son intitulé - peut certes trouver à s'appliquer lorsqu'il s'agit de décider d'une remise anticipée de fonds indépendamment d'un jugement de confiscation étranger (art. 74a al. 3 EIMP; <ref-ruling> consid. 5a p. 607). En aucun cas elle ne saurait permettre d'ignorer un motif clair d'irrecevabilité d'une demande d'entraide judiciaire.
7. La récupération des avoirs des dictateurs déchus se heurte à divers obstacles. Les Etats victimes de ce genre d'agissements sont confrontés à des problèmes particuliers: ils peuvent notamment connaître des relations ambiguës avec le régime déchu et ne disposent souvent pas d'un appareil judiciaire propre à assurer, de manière efficace et respectueuse des droits de l'homme, la poursuite des anciens responsables et la confiscation de leurs avoirs (URSULA CASSANI, op. cit. p. 229). Dans ce contexte, les conditions posées par l'EIMP apparaissent trop strictes pour ce genre d'affaires. La longueur des procédures, les difficultés de preuve peuvent constituer - comme en l'espèce - des obstacles insurmontables. C'est dès lors au législateur qu'il appartient d'apporter les corrections et allègements nécessaires pour tenir compte des particularités de ces procédures (<ref-ruling> consid. 5a p. 607; voir aussi les propositions de réformes mentionnées par URSULA CASSANI, op. cit. p. 240).
8. Il en résulte que la requête d'entraide judiciaire est irrecevable et que la remise des fonds à la République d'Haïti n'est pas possible sur la base des règles du droit suisse sur l'entraide judiciaire internationale. Le recours doit par conséquent être admis; l'arrêt du TPF du 12 août 2009 est annulé, de même que la décision de l'OFJ du 11 février 2009 en tant qu'elle concerne les avoirs de la recourante. Dès lors qu'elle est fondée sur l'EIMP, la saisie ordonnée le 27 juin 2008 par l'OFJ sur le compte de la recourante ne peut être maintenue. Il appartiendra donc à l'Office fédéral de la justice de lever cette mesure. Une indemnité de dépens est allouée à la recourante, conformément à l'art. 68 al. 2 LTF. Il n'est pas perçu de frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt du Tribunal pénal fédéral du 12 août 2009 est annulé, de même que la décision de l'Office fédéral de la justice du 11 février 2009 en tant qu'elle concerne les avoirs de la recourante. L'Office fédéral de la justice est invité à lever la saisie ordonnée le 27 juin 2008 sur le compte 0240-598124 FM auprès de l'UBS de Genève.
2. Une indemnité de dépens de 3000 fr. est allouée à la recourante, à la charge de la Confédération (Office fédéral de la justice).
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Office fédéral de la justice et au Tribunal pénal fédéral, IIe Cour des plaintes.
Lausanne, le 12 janvier 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz