Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) und B._ (Beschwerdegegnerin) haben am 22. Juni 1968 geheiratet. Am 25. Februar 1993 schlossen sie einen Ehevertrag und wechselten für die Zukunft vom ordentlichen Güterstand der Errungenschaftsbeteiligung zum Güterstand der Gütertrennung. Zur Ausgleichung des Anspruches auf hälftige Beteiligung an der Errungenschaft übertrug der Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin diverse Fahrzeuge zu Eigentum und verpflichtete sich zu einer Ausgleichszahlung von Fr. 5'000'000.--, welche gestundet wurde. Im Sommer 1995 zog der Beschwerdeführer aus der ehelichen Liegenschaft aus. Nachdem die Beschwerdegegnerin ein Eheschutzverfahren anhängig gemacht hatte, welches mit einem Vergleich endete, sowie zwei Ehescheidungsbegehren, welche sie nicht weiterverfolgte, reichte der Beschwerdeführer am 12. Dezember 1997 ein Begehren um Erlass vorsorglicher Massnahmen für die Dauer des Ehescheidungsverfahrens beziehungsweise von Eheschutzmassnahmen ein, mit welchem er unter Anderem ab 1. Dezember 1997 einen Unterhaltsbeitrag von Fr. 4'000.-- monatlich verlangte.
B. Am 14. April 1998, zwei Wochen nach Zustellung der Vorladung auf den 8. Mai 1998, unterzeichneten die Parteien ohne Mitwirkung ihrer Rechtsvertreter eine Vereinbarung, in der sich die Beschwerdegegnerin verpflichtete, dem Beschwerdeführer bis zu seinem Ableben monatlich Fr. 3'000.-- zu bezahlen, und zwar auch dann, wenn die Ehe auf Begehren der Beschwerdegegnerin geschieden werden sollte. Bei einer Scheidung auf Verlangen des Ehemannes sollte die Zahlung dagegen aufhören (Ziff. 1). Die Beschwerdegegnerin verzichtete auf ihre Forderung von Fr. 5'000'000.-- gemäss Ehevertrag, wogegen die "gemäss Ehevertrag vom 25. Februar 1993 vereinbarte Abtretung" der Erbansprüche an der zukünftigen Erbschaft der Mutter des Beschwerdeführers bestehen bleiben sollte (Ziff. 2). Die Parteien verzichteten gegenseitig auf jegliche weitere Forderungen (Ziff. 3), vereinbarten, dass der Ehemann die Klage zurückziehe und die Verhandlung vom 8. Mai 1998 abgesetzt werde (Ziff. 4), und regelten schliesslich die Tragung der Gerichts- und Parteikosten. Die Unterschriften unter dieser Vereinbarung wurden notariell beglaubigt. Mit Schreiben vom 16. April 1998 ersuchte der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers das zuständige Gerichtspräsidium, die Verhandlung abzusetzen und zufolge vergleichsweiser Erledigung des Verfahrens einen Abschreibungsbeschluss zu erlassen. Daraufhin genehmigte das Gerichtspräsidium am 27. April 1998 die Vereinbarung vom 14. April 1998 und schrieb das Verfahren als durch Vergleich erledigt ab. Für drei oder vier Monate bezahlte die Beschwerdegegnerin in der Folge den Betrag von Fr. 3'000.--. Ab Herbst 1998 lebte der Beschwerdeführer wieder in der ehelichen Liegenschaft und bezahlte der Beschwerdegegnerin monatlich durchschnittlich Fr. 1'000.-- bis Fr. 1'500.--. Im März/April 2001 zog der Beschwerdeführer wieder aus, was abermals zu einem Eheschutzverfahren führte.
C. Der Beschwerdeführer erhob am 2. Mai 2001 Betreibung und verlangte gestützt auf die Vereinbarung vom 14. April 1998 Fr. 99'000.-- nebst Zins und Kosten für ausstehende Unterhaltsbeiträge, worauf die Beschwerdegegnerin Rechtsvorschlag erhob. Dem Versuch, Rechtsöffnung zu erlangen, war kein Erfolg beschieden (Urteil des Bundesgerichts 5P.74/2002 vom 13. März 2002). Am 12. Oktober 2005 reichte der Beschwerdeführer beim Bezirksgericht Kulm Teilklage ein und verlangte Fr. 150'000.-- nebst Zins aus Ziff. 1 der Vereinbarung vom 14. April 1998, die eine vom Ehescheidungsverfahren unabhängige Leibrente im Sinne von <ref-law> darstelle. Während das Bezirksgericht Kulm die Klage guthiess, wies sie das Obergericht des Kantons Aargau am 2. April 2009 ab. Zwar erscheine der Anspruch des Beschwerdeführers nach dem Wortlaut der Vereinbarung ausgewiesen. Nachdem der Beschwerdeführer wieder in die eheliche Liegenschaft eingezogen sei, habe er aber der Beschwerdegegnerin erhebliche Beträge für Unterkunft, Wäschebesorgung etc. bezahlt, ohne seine jetzt behauptete höhere Forderung zur Verrechnung zu bringen. Aus diesem nachträglichen Verhalten schloss das Obergericht, beide Parteien seien davon ausgegangen, die Zahlungspflicht bestehe nur während der Dauer des Getrenntlebens.
D. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht im Wesentlichen die Gutheissung seiner Klage. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, die Vorinstanz habe diverse zivilprozessuale Bestimmungen willkürlich angewendet und dadurch seine verfassungsmässigen Rechte (<ref-law>) verletzt.
1.1 Die Vorinstanz halte zunächst fest, die Appellation der Beschwerdegegnerin genüge § 323 Abs. 2 lit. a des Zivilrechtspflegegesetzes vom 18. Dezember 1984 (Zivilprozessordnung; ZPO/AG; SAR 221.100) nicht. Danach muss die Appellation nicht nur genaue Angaben darüber enthalten, welche Punkte des Entscheides angefochten sind, sondern auch, welche Abänderungen beantragt werden. Die Vorinstanz "rette" die Appellation mit dem Hinweis, aus der Appellationsbegründung in Verbindung mit den vorinstanzlichen Akten ergebe sich, dass die Beschwerdegegnerin auch die Abweisung der Klage beantrage. Andernorts werfe sie dem Bezirksgericht aber vor, die Verhandlungsmaxime (<ref-law>/AG) verletzt zu haben, indem es auf Tatsachen abstelle, welche sich zwar aus den Akten ergäben, aber vom Beschwerdeführer im Behauptungsverfahren nicht rechtzeitig vorgebracht worden seien. Die Vorinstanz wende bezüglich der Verhandlungsmaxime unterschiedliche Massstäbe an und verfalle dadurch in Willkür.
Der Beschwerdeführer verkennt, dass die von den Parteien gestellten Rechtsbegehren (wie alle Prozesshandlungen) grundsätzlich nach dem Vertrauensprinzip auszulegen sind, wobei zur Auslegung die Begründung der Rechtsschrift herangezogen werden kann (vgl. VOGEL/SPÜHLER, Grundriss des schweizerischen Zivilprozessrechts, 8. Aufl. 2006, 7. Kapitel Rz. 8 S. 189). Es ist daher nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die gesamten Umstände bei Auslegung der Rechtsbegehren mit einbezieht. Die Verhandlungsmaxime wird dadurch nicht verletzt. Nur wenn die Vorinstanz Umstände berücksichtigt hätte, welche sich zwar aus den Akten ergeben, vor Bezirksgericht aber nicht prozesskonform behauptet worden wären, käme eine Verletzung der Verhandlungsmaxime, beziehungsweise die vom Beschwerdeführer gerügte Ungleichhandlung der Parteien in Betracht. Entsprechendes zeigt der Beschwerdeführer aber nicht auf, so dass seine Rüge der Verletzung verfassungsmässiger Rechte diesbezüglich nicht hinreichend begründet ist (<ref-law>).
1.2 Auch soweit der Beschwerdeführer verlangt, es habe bei der Beweiswürdigung des Bezirksgerichts zu bleiben, da sich die Beschwerdegegnerin in der Appellation nicht hinreichend mit dessen Entscheid auseinandergesetzt habe, ist der Beschwerde kein Erfolg beschieden. Die Beschwerdegegnerin hatte, wie die Vorinstanz festhält, zusammenfassend vorgebracht, die Umstände im Zeitpunkt des Vertragsschlusses und das nachträgliche Verhalten des Beschwerdeführers sprächen ganz klar gegen die Auffassung des Bezirksgerichts. Die Vorinstanz hielt zu Recht fest, die Beschwerdegegnerin habe die Erwägung des Bezirksgerichts, der Wortlaut und die Systematik der Vereinbarung sprächen für die Sicht des Beschwerdeführers, nicht angefochten. Wie die Formulierung "zusammenfassend" bereits erkennen lässt, hat die Beschwerdegegnerin demgegenüber bezüglich des nachträglichen Verhaltens des Beschwerdeführers im einzelnen dargelegt, inwiefern dieses der Sichtweise des Bezirksgerichts widerspreche. Daher ist mit Blick auf die kantonalrechtlichen Begründungsanforderungen an die Appellation nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz den Entscheid des Bezirksgerichts insoweit überprüfte. Von Willkür bei der Anwendung kantonalen Prozessrechts kann keine Rede sein.
2. Der Beschwerdeführer hält die Annahme der Vorinstanz, der Wille der Parteien sei nicht auf den Abschluss eines Leibrenten-, sondern lediglich eines Unterhaltsvertrags für die Dauer des Getrenntlebens gerichtet gewesen, für willkürlich.
2.1 Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere als die vom kantonalen Gericht gewählte Lösung ebenfalls vertretbar oder gar vorzuziehen wäre. Willkürlich ist ein Entscheid vielmehr erst, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, insbesondere mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2.1 S. 211 mit Hinweisen). Geht es um Beweiswürdigung, ist überdies zu beachten, dass dem Sachgericht darin nach ständiger Rechtsprechung ein weiter Ermessensspielraum zukommt (<ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift nur ein, wenn das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht hat, namentlich zu völlig unhaltbaren Schlüssen gelangt ist (<ref-ruling> E. 5 S. 306; <ref-ruling> E. 3a S. 142, mit Hinweisen) oder erhebliche Beweise übersehen oder willkürlich nicht berücksichtigt hat (<ref-ruling> E. 1b S. 30; <ref-ruling> E. 3 S. 371). Dabei rechtfertigt sich die Aufhebung eines Entscheides nur, wenn er nicht nur in einzelnen Punkten der Begründung, sondern auch im Ergebnis willkürlich ist (<ref-ruling> E. 4.1 S. 133).
2.2 Fest steht, dass das Eheschutzverfahren, mit welchem der Beschwerdeführer einen monatlichen Unterhalt von Fr. 4'000.-- verlangt hatte, gemäss Antrag seines Vertreters mit Blick auf die getroffene und vom Gericht genehmigte Vereinbarung abgeschrieben wurde. Fest steht weiter, dass der Beschwerdeführer für die Zeit, in der er wieder in der ehelichen Liegenschaft wohnte, monatlich rund Fr. 1'000.-- bis Fr. 1'500.-- als Beteiligung an den Wohnkosten an die Beschwerdegegnerin bezahlte. Wenn die Vorinstanz daraus schliesst, dem Beschwerdeführer sei bewusst gewesen, dass ihm in diesem Zeitpunkt kein Unterhalt, beziehungsweise keine Leibrente zustand, da er sonst seinen höheren Anspruch zur Verrechnung gebracht hätte, verfiel sie damit nicht in Willkür. Diesbezüglich kommt der Frage, ob in der Rückkehr des Beschwerdeführers eine Wiederaufnahme des Zusammenlebens im Sinne von <ref-law> zu erblicken ist und ob die Vorinstanz diese Bestimmung bundesrechtskonform angewendet hat, keine Bedeutung zu. Für den tatsächlichen Willen ist massgeblich, ob neben der Beschwerdegegnerin auch der Beschwerdeführer selbst davon ausging, die Voraussetzungen für den Erhalt der monatlichen Zahlungen von Fr. 3'000.-- seien nicht mehr gegeben. Dies dokumentierte er durch sein nachträgliches Verhalten. Der Rüge der Verletzung von <ref-law> oder der Frage, ob die Beschwerdegegnerin die geschuldeten Beträge wirklich bis zum Wiedereinzug bezahlt hat, kommt daher keine Bedeutung zu. Auch spielt entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers keine Rolle, ob die Beschwerdegegnerin im kantonalen Verfahren explizit behauptet hat, die Vereinbarung vom 14. April 2008 sei unter einer konkludent geschlossenen Bedingung zustandegekommen. Es genügt, dass die Beschwerdegegnerin behauptete, die vereinbarte Zahlungspflicht sei mit der Rückkehr des Beschwerdeführers in die eheliche Liegenschaft dahingefallen, und die Vorinstanz aus dem Verhalten des Beschwerdeführers ohne Willkür schliessen durfte, er selbst habe die Vereinbarung ebenfalls so verstanden. Damit konnte die Vorinstanz die Forderung des Beschwerdeführers trotz des Wortlauts und der Systematik der Vereinbarung bundesrechtskonform abweisen, da <ref-law> explizit den Vorrang des übereinstimmenden Parteiwillens vor dem Wortlaut der Vereinbarung statuiert.
2.3 An diesem Ergebnis ändert nichts, dass der Vertreter der Beschwerdegegnerin vom Beschwerdeführer eine Bestätigung verlangt hatte, die Unterhaltspflicht entfalle rückwirkend ab Oktober 1998, und dass der Beschwerdeführer diese Bestätigung verweigerte. Zwar könnte dies als Indiz für ein Fortbestehen der Zahlungspflicht gewertet werden. Indem die Vorinstanz diesem Indiz sowie dem Wortlaut und der Systematik der Vereinbarung weniger Gewicht zubilligt als dem Verhalten des Beschwerdeführers, der monatlich der Beschwerdegegnerin Geld zukommen liess, ohne sich auf die nun eingeklagten Ansprüche zu berufen, verstiess sie nicht gegen das Willkürverbot (<ref-law>).
2.4 Da die Vorinstanz willkürfrei davon ausgehen durfte, es sei tatsächlich keine Leibrente vereinbart, fällt die vom Beschwerdeführer gerügte Verletzung von <ref-law> ausser Betracht. Auch kann offen bleiben, ob die getroffene Vereinbarung im Lichte der Bestimmungen des Eherechts überhaupt zulässig wäre. Jedenfalls kann der Beschwerdeführer daraus bezüglich der geltend gemachten Ansprüche nichts zu seinen Gunsten ableiten.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Bescherdeführer kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Bescherdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. August 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak