Sachverhalt:
A. A.a Am 19. November 2009 beschloss der Grosse Rat des Kantons Bern eine Änderung des Gesetzes über die Besteuerung der Strassenfahrzeuge vom 12. März 1998 (BSFG; BSG 761.611). Inhaltlich bezweckt die auch als "ECOTAX-Vorlage" bezeichnete Gesetzesrevision, die Rahmenbedingungen für eine ökologischere Motorfahrzeugsteuer zu schaffen. Namentlich sollen besonders verbrauchs-, energie- und emissionseffiziente Fahrzeuge steuerlich begünstigt, ineffiziente hingegen mit einem Zuschlag belastet werden. Sodann soll durch eine moderate, generelle Senkung des Grundsteueransatzes dem Umstand Rechnung getragen werden, dass der Kanton Bern im gesamtschweizerischen Vergleich die höchsten Fahrzeugsteuern aufweist. Diese Gesetzesänderung hätte am 1. Januar 2011 in Kraft treten sollen.
A.b Am 16. April 2010 reichte ein von X._ organisiertes "Komitee für eine gerechte Strassenverkehrssteuer im Kanton Bern" einen Volksvorschlag (konstruktives Referendum) gemäss Art. 63 Abs. 3 der Verfassung des Kantons Bern vom 6. Juni 1993 (KV/BE; SR 131.212) ein, der unter Übernahme der Grundsätze der parlamentarischen Vorlage abweichende Vorschläge zu einzelnen Punkten vorsieht wie insbesondere eine stärkere generelle Steuersenkung, eine Halbierung der Gebühren für Garagenschilder, den Wegfall des Malus sowie eine modifizierte Regelung des Bonus.
A.c Der Grosse Rat erklärte den Volksvorschlag für gültig und unterbreitete ihn zusammen mit seiner eigenen Gesetzesvorlage am 13. Februar 2011 der Volksabstimmung. In dieser wurden, gemäss den entsprechenden Feststellungen des Regierungsrates vom 23. Februar 2011, sowohl die Vorlage des Grossen Rates (mit 172'427 Ja-Stimmen gegen 154'792 Nein-Stimmen) als auch der Volksvorschlag (mit 166'860 Ja-Stimmen gegen 164'325 Nein-Stimmen) angenommen. In der Stichfrage (vgl. Art. 63 Abs. 4 i.V.m. Art. 60 Abs. 2 KV/BE) erzielte der Volksvorschlag 165'977 Stimmen und die Vorlage des Grossen Rates 165'614 Stimmen; der Volksvorschlag obsiegte demnach mit einem Vorsprung von 363 Stimmen bzw. von 0,1 % (oder von einem Promille) aller Stimmen.
B. B.a Gegen die Abstimmung gingen beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern zwei Beschwerden ein. Im Wesentlichen wurde dabei beantragt, aufgrund des äusserst knappen Abstimmungsresultats seien die abgegebenen Stimmzettel nachzuzählen. Mit Urteil vom 22. Juni 2011 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerden gut und ordnete die Nachzählung der kantonalen Volksabstimmung an. Dieses Urteil blieb unangefochten und wurde rechtskräftig.
B.b In der Folge beauftragte der Regierungsrat des Kantons Bern am 6. Juli 2011 die Staatskanzlei, die Stimmzettel der kantonalen Volksabstimmung vom 13. Februar 2011 am 26. und 27. August 2011 nachzuzählen. Daraufhin wurden der Staatskanzlei bis zum 10. August 2011 30 Gemeinden gemeldet, die ihre Stimmzettel in der Zwischenzeit vernichtet hatten. Diese Handlungen hatten stattgefunden, obwohl Art. 42 Abs. 3 der Verordnung über die politischen Rechte vom 10. Dezember 1980 des Kantons Bern (VPR; BGS 141.112) die Gemeinden verpflichtet, Stimmzettel für jede Kategorie gesondert verpackt und versiegelt an einem sicheren Ort bei der Gemeindeverwaltung aufzubewahren und sie erst nach der rechtskräftigen Erledigung allfälliger Beschwerden zu vernichten.
B.c Am 17. August 2011 stellte der Regierungsrat gestützt auf einen entsprechenden Vortrag der Staatskanzlei fest, dass insgesamt 18'095 Stimmzettel fehlten, was 5,46 % aller Stimmzettel entspricht. Eine Gemeinde fand ihre Stimmzettel offenbar später wieder, womit sich die Zahl der fehlbaren Gemeinden auf 29 bzw. das Manko auf 5,37 % aller Stimmzettel reduzierte.
B.d Im gleichen Beschluss vom 17. August 2011 stellte der Regierungsrat fest, dass eine ordnungsgemässe Nachzählung der Stimmzettel, wie das Verwaltungsgericht dies in seinem Urteil vom 22. Juni 2011 gefordert hatte, wegen der beachtlichen Anzahl vernichteter Stimmzettel nicht mehr möglich sei. Der Regierungsrat hob daher in Ziffer 5 seines Beschlusses die Anweisung an die Staatskanzlei zur Nachzählung der Stimmen auf und verfügte stattdessen in Ziffer 6 seines Beschlusses, dass die Volksabstimmung über die Teilrevision des Gesetzes über die Besteuerung der Strassenfahrzeuge zu wiederholen sei, setzte in Ziffer 7 seines Beschlusses die Abstimmung über den Gesetzesentwurf mit Volksvorschlag auf den 11. März 2012 an und beauftragte die Staatskanzlei, die notwendigen Massnahmen zu ergreifen.
B.e Gegen diesen Beschluss des Regierungsrates sind beim Bundesgericht zwei Stimmrechtsbeschwerden hängig (Verfahren 1C_418/2011 und 1C_420/2011). Im Wesentlichen wird damit die Aufhebung der Ziffern 6 und 7 des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung der Sache an den Regierungsrat zwecks Erwahrung des Ergebnisses der Abstimmung vom 13. Februar 2011 gemäss den entsprechenden Feststellungen des Regierungsrates vom 23. Februar 2011 beantragt. Über diese beiden Beschwerden wird separat entschieden.
C. C.a Mit Urteil vom 1. Dezember 2011 trat das Verwaltungsgericht auf ein bei ihm eingereichtes Gesuch um Revision des Urteils vom 22. Juni 2011 nicht ein. Darin war im Wesentlichen beantragt worden, aufgrund der nicht mehr vollständigen Stimmzettel sei auf eine Nachzählung zu verzichten und die Ergebnisse der Volksabstimmung vom 13. Februar 2011 seien zu bestätigen.
C.b Gegen dieses Urteil wurde ebenfalls beim Bundesgericht Beschwerde erhoben, über die separat entschieden wird (Verfahren 1C_42/2012).
D. D.a Mit Beschluss vom 9. September 2010 revidierte der Grosse Rat des Kantons Bern das Datum des Inkrafttretens der Novelle des Gesetzes über die Besteuerung der Strassenfahrzeuge ein erstes Mal und passte die in den Vorlagen enthaltenen Einführungsdaten wegen der erfolgten Zeitverzögerung so an, dass die Gesetzesänderung am 1. Januar 2012 hätte in Kraft treten können. Am 21. November 2011 setzte er das Inkrafttreten in einem weiteren entsprechenden Beschluss auf den 1. Januar 2013 an. Dieser zweite Beschluss wurde im Amtsblatt des Kantons Bern vom 30. November 2011 publiziert.
D.b X._ führt mit Eingabe vom 6. Januar 2012 an das Bundesgericht ausdrücklich Stimmrechtsbeschwerde gegen die Gesetzesnovelle vom 21. November 2011, mit der das Inkrafttreten der BSFG-Revision zum zweiten Mal, diesmal auf den 1. Januar 2013, verschoben wurde. Die erste Verschiebung auf den 1. Januar 2012 wurde nicht angefochten, und sie wird auch ausdrücklich nicht in Frage gestellt. Unabhängig davon wird aber sinngemäss geltend gemacht, der Grosse Rat sei an den Text des Volksvorschlags gebunden und dürfe diesen inhaltlich nicht abändern, da der Volksvorschlag gemäss der gesetzlichen Regelung als Ganzes in der Form des ausgearbeiteten Entwurfs dem Entwurf der Grossratsvorlage gegenüberzustellen sei. Der Volksvorschlag sei von einer Einführung auf den 1. Januar 2011 ausgegangen und enthalte entsprechende Bestimmungen. Auch wenn die Verschiebung auf den 1. Januar 2012 von den Urhebern akzeptiert worden sei, wozu sie nicht verpflichtet gewesen wären, könnten sie sich nunmehr gegen eine erneute Änderung wehren. Der Beschwerdeführer zieht daraus die Folgerung, bei definitivem Obsiegen des Volksvorschlages sei die BSFG-Novelle (ECOTAX-Revision) rückwirkend eigentlich auf den 1. Januar 2011, jedenfalls aber auf den 1. Januar 2012 in Kraft zu setzen, was unproblematisch sei, da sie in jeder Hinsicht für die Steuerpflichtigen nur Erleichterungen bringe.
E. Am 8. Februar 2012 liess sich der Regierungsrat für den Grossen Rat zur Sache vernehmen. Er schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Im Wesentlichen macht er geltend, der Volksvorschlag sei nicht inhaltlich geändert worden, sondern habe nicht anders als die parlamentarische Vorlage im Hinblick auf die letztlich wie auch immer ausgestaltete Neuregelung und angesichts der Annuität der Motorfahrzeugsteuern technisch-rechtlich angepasst werden müssen. Das verletze die politischen Rechte der Urheber des Volksvorschlags nicht.
F. Am 24. Februar 2012 äusserte sich der Beschwerdeführer nochmals zur Sache.
G. Mit verfahrensleitender Verfügung vom 31. Januar 2012 erteilte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Damit konnte die Gesetzesrevision in der einen oder anderen Fassung vorläufig und längstens bis zum hier vorliegenden definitiven Entscheid des Bundesgerichts in der Sache nicht in Kraft treten.
H. Am 11. Januar 2012 beschloss der Regierungsrat des Kantons Bern mit Blick auf die hängigen Beschwerden, die Abstimmung vom 11. März 2012 abzusetzen, worüber die Öffentlichkeit entsprechend informiert wurde.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer erhebt ausdrücklich Stimmrechtsbeschwerde im Sinne von <ref-law> und nicht eine Erlassbeschwerde im Sinne der abstrakten Normenkontrolle gemäss <ref-law>. Darauf ist er zu behaften. Im Übrigen enthielte die Beschwerdeschrift auch gar nicht die für eine Erlassbeschwerde rechtsgenügliche Begründung, welche die dafür erforderlichen Voraussetzungen gemäss Art. 42 Abs. 2 bzw. <ref-law> erfüllen würde (vgl. E. 1.5).
1.2 Mit der Beschwerde nach <ref-law> kann die Verletzung von politischen Rechten beim Bundesgericht geltend gemacht werden. Von der Beschwerde werden sowohl eidgenössische als auch kantonale und kommunale Stimmrechtssachen erfasst (<ref-law>).
1.3 In kantonalen Angelegenheiten ist die Stimmrechtsbeschwerde gegen Akte letzter kantonaler Instanzen zulässig (<ref-law>). Die Pflicht der Kantone, gegen behördliche Entscheide, welche die politischen Rechte der Stimmberechtigten in kantonalen Angelegenheiten verletzen können, ein Rechtsmittel vorzusehen, erstreckt sich nicht auf Akte des Parlaments und der Regierung (<ref-law>). Da gemäss Art. 93 Abs. 2 des bernischen Gesetzes vom 5. Mai 1980 über die politischen Rechte (GPR; BSG 141.1) in kantonalen Angelegenheiten die Abstimmungsbeschwerde an das kantonale Verwaltungsgericht unzulässig ist gegen Akte (Handlungen und Beschlüsse) des Grossen Rates und des Regierungsrates, steht gegen den angefochtenen Beschluss des Grossen Rates des Kantons Bern vom 21. November 2011 kein kantonales Rechtsmittel, sondern nur direkt die Stimmrechtsbeschwerde an das Bundesgericht offen.
1.4 Das Beschwerderecht steht gemäss <ref-law> jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist. Ein besonderes (rechtliches) Interesse in der Sache selbst ist grundsätzlich nicht erforderlich (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 176). Es kann sich allerdings fragen, ob nicht doch ein engerer Zusammenhang zum Volksrecht zu verlangen ist, wenn wie hier die behauptete Verletzung der Garantie der politischen Rechte gerade in der inhaltlichen Ausgestaltung eines Volksrechts bzw. in dessen Wahrnehmung liegen soll. Ob der Beschwerdeführer bereits lediglich wegen seiner Stimmberechtigung im Kanton Bern zur Beschwerde legitimiert wäre, erscheint daher fraglich, kann aber offen bleiben, da ihm die Beschwerdeberechtigung jedenfalls als Miturheber des Volksvorschlages zusteht. Nach der Rechtsprechung gelten in Stimmrechtssachen nämlich ebenfalls als legitimiert die politischen Parteien, die im Gebiet des betreffenden Gemeinwesens tätig sind, sowie politische Vereinigungen, namentlich ad hoc gebildete, mit juristischer Persönlichkeit ausgestattete Initiativ- und Referendumskomitees (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 175; Urteil 1C_247/2008 vom 21. Januar 2009 E. 1.1, in: Pra 2009 Nr. 83 S. 564; je mit Hinweisen). Soweit es sich beim Referendumskomitee nicht um eine juristische Person mit eigener Rechtspersönlichkeit handelt, sind die Mitglieder des Komitees als im fraglichen Gemeinwesen Stimmberechtigte je einzeln zur Beschwerde berechtigt. Damit ist der Beschwerdeführer als Mitinitiator des Volksvorschlages zur Beschwerde grundsätzlich legitimiert (vgl. Urteil 1C_174/2010 vom 14. Dezember 2010 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; Urteil 1C_395/2010 vom 7. Februar 2011 E. 1.1). Fraglich kann einzig erscheinen, wieweit er im jetzigen Zeitpunkt über das erforderliche aktuelle praktische Interesse verfügt. Darauf wird unter materiellen Gesichtspunkten zurückzukommen sein (vgl. E. 3.2).
1.5 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Der Beschwerdeführer muss sich wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzen. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>). Das setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt. Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen (<ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
1.6 Gemäss Art. 95 lit. a, c und d BGG kann in Stimmrechtssachen die Verletzung von Bundesrecht, der kantonalen verfassungsmässigen Rechte sowie der kantonalen Bestimmungen über die politische Stimmberechtigung der Bürger und Bürgerinnen und derjenigen über Volkswahlen und -abstimmungen gerügt werden. Diese Rügen prüft das Bundesgericht frei (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 190; <ref-ruling> E. 2d/aa S. 178; je mit Hinweisen).
2. 2.1 <ref-law> gewährleistet in allgemeiner Weise die politischen Rechte auf Ebene des Bundes, der Kantone und der Gemeinden. Die Bestimmung bedarf der gesetzlichen Konkretisierung und ist damit der kantonalen Differenzierung zugänglich (<ref-ruling> E. 3c S. 251 mit Hinweisen; Urteil 1C_103/2010 vom 26. August 2010 E. 2.2 und 1C_11/2009 vom 3. Juni 2009 E. 3.1).
2.2 Stellt im Kanton Bern der Grosse Rat zu einer Abstimmungsvorlage keinen Eventualantrag, können gemäss Art. 63 Abs. 3 KV/BE 10'000 Stimmberechtigte innert drei Monaten seit Publikation eines Gesetzes oder eines Grundsatzbeschlusses einen Volksvorschlag einreichen; dieser gilt als Referendum (vgl. URS BOLZ, Teil I/Volksrechte, in: Kälin/Bolz [Hrsg.], Handbuch des bernischen Verfassungsrechts, 1995, 115 f.). Prozessual findet nach Art. 63 Abs. 4 KV/BE das gleiche Abstimmungsverfahren wie bei einem Gegenvorschlag zu einer Initiative Anwendung. Damit wird auf Art. 60 KV/BE verwiesen. In analoger Anwendung der Regeln für Initiative und Gegenvorschlag findet die Abstimmung über die Hauptvorlage und den Volksvorschlag gleichzeitig statt, wobei die Stimmberechtigten gültig beiden Vorlagen zustimmen und darüber befinden können, welcher sie im Falle der Annahme beider Vorlagen den Vorzug geben würden.
2.3 Der Volksvorschlag ist ein Volksrecht, das auch als konstruktives Referendum bezeichnet wird, und stellt das "direktdemokratische Spiegelbild des parlamentarischen Gegenvorschlags zu einer Volksinitiative" dar (so YVO HANGARTER/ANDREAS KLEY, Die demokratischen Rechte in Bund und Kantonen der Schweizerischen Eidgenossenschaft, 2000, Rz. 2181 f.). Er folgt im Wesentlichen denselben Rechtsregeln wie ein parlamentarischer Gegenvorschlag (vgl. Urteil 1C_103/2010 vom 26. August 2010, in: ZBl 112/2011 S. 279).
2.4 Art. 59a ff. GPR konkretisieren die verfassungsrechtliche Regelung des Volksvorschlages. Namentlich sieht Art. 59a GPR vor, dass der Volksvorschlag als Ganzes in der Form des ausgearbeiteten Entwurfs der Grossratsvorlage gegenübergestellt wird. Gibt es wie hier nur einen Volksvorschlag, gelangt nach Art. 59d GPR uneingeschränkt dasselbe Verfahren gemäss Art. 20 GPR wie bei einer Initiative mit Gegenvorschlag zur Anwendung.
2.5 Da der Volksvorschlag in der Form des ausgearbeiteten Entwurfs zu ergehen hat und dergestalt der Grossratsvorlage gegenübergestellt wird (vgl. Art. 59a Abs. 2 GPR), sind inhaltliche Änderungen durch den Grossen Rat grundsätzlich ausgeschlossen (THOMAS SÄGESSER, Das konstruktive Referendum, 2000, 80 und 112). Hingegen legt der Gesetzgeber, hier der Grosse Rat des Kantons Bern (vgl. Art. 74 KV/BE), das Inkrafttreten eines neuen Gesetzes fest. Diese Befugnis kann grundsätzlich unter Beachtung der entsprechenden verfassungsrechtlichen Voraussetzungen (vgl. Art. 69 KV/BE) an die Exekutive, hier den Regierungsrat des Kantons Bern, delegiert werden. Dafür braucht es insbesondere eine gesetzliche Grundlage.
3. 3.1 Im vorliegenden Fall ist strittig, ob der Grosse Rat die im Volksvorschlag vorgesehene zeitliche Regelung ändern durfte. Diese findet sich in Art. 12a des Gesetzesentwurfs sowie in dessen Übergangsbestimmung und in der Festsetzung des Inkrafttretens. Das Inkrafttreten war ursprünglich auf den 1. Januar 2011 angesetzt. Die neue Regelung war für die ab dem 1. Januar 2011 erstmals in Verkehr gesetzten Fahrzeuge vorgesehen, und für die zwischen dem 1. August und 31. Dezember 2010 in Verkehr gesetzten Fahrzeuge hätte eine Übergangsbestimmung gelten sollen. Der Volksvorschlag enthielt analoge Bestimmungen in zeitlicher Hinsicht. Wegen der Verzögerung, die sich durch die Probleme bei der Ermittlung des Abstimmungsergebnisses bzw. durch die vom Verwaltungsgericht angeordnete, aber nicht mehr durchführbare Nachzählung ergaben, verschob der Grosse Rat das Inkrafttreten zweimal. Der Beschwerdeführer focht die erstmalige Verschiebung auf den 1. Januar 2012 und die damit verbundenen Anpassungen nicht an, wendet sich nunmehr aber gegen die zweite Verschiebung auf den 1. Januar 2013 und die damit zusammenhängenden Änderungen von Art. 12a und der Übergangsbestimmung des Volksvorschlags. Dieses Vorgehen erscheint nicht ganz widerspruchsfrei; es kann aber offen bleiben, wieweit er dadurch allenfalls seiner Rechte verlustig gegangen sein könnte.
3.2 Grundsätzlich fragt es sich, ob der Beschwerdeführer zurzeit überhaupt ein aktuelles praktisches Interesse an seiner Beschwerde hat. Genau genommen hängt das vom Ausgang der Parallelverfahren vor Bundesgericht (1C_418/2011 und 1C_420/2011) sowie gegebenenfalls vom Ergebnis der eventuellen Wiederholung der Abstimmung ab. Das Interesse an der Beschwerde ist nämlich daran geknüpft, dass der Volksvorschlag auch obsiegt, was nur dann zutrifft, wenn die Wiederholung der Abstimmung wegfällt, d.h. die entsprechenden Beschwerden in diesem Sinne gutgeheissen werden und das ursprüngliche Abstimmungsresultat gültig ist, oder wenn in einer Abstimmungswiederholung erneut der Volksvorschlag die Mehrheit erzielt und in der allfälligen Stichfrage obsiegt. Dass der Grosse Rat seine eigene Vorlage nicht abändern dürfte, wird nicht geltend gemacht und könnte wohl auch nicht im Rahmen einer Stimmrechtsbeschwerde vorgetragen werden. In diesem Sinne ergeht das vorliegende Urteil unter Vorbehalt. Angesichts der damit verbundenen Gefahr weiterer Verzögerungen rechtfertigt es sich jedoch nicht, das vorliegende Verfahren auszusetzen und das Ergebnis der Parallelverfahren bzw. der wiederholten Volksabstimmung abzuwarten. Das würde nur neue prozessuale Fragen aufwerfen und zu einer zusätzlichen Verzögerung führen. Ein Sistierungsantrag wird denn auch von keiner Seite gestellt.
3.3 Mit der angefochtenen Gesetzesänderung sieht der Grosse Rat eine Anpassung der inhaltlichen Regelung des Gesetzes an den Termin seines Inkrafttretens vor. Es geht um die Besteuerung von nach oder kurz vor dem Inkrafttreten der ECOTAX-Bestimmungen neu in Verkehr gesetzten Fahrzeugen. Der Beschwerdeführer ist demgegenüber der Ansicht, die mit dem Volksvorschlag verbundenen Erleichterungen sollten so gelten, wie wenn die Gesetzesnovelle am 1. Januar 2012 in Kraft getreten wäre. Damit verlangt er die Rückwirkung der gesetzlichen Regelung, die darauf hinausliefe, die seit dem 1. Januar 2012 neu in Verkehr gesetzten Fahrzeuge und gemäss der Übergangsbestimmung teilweise auch die seit dem 1. Juni 2011 in Verkehr gesetzten Fahrzeuge bereits für das Jahr 2012 steuerlich zu begünstigen.
3.4 Die Rechtsprechung unterscheidet zwischen eigentlicher oder echter und unechter Rückwirkung. Eine echte Rückwirkung liegt vor, wenn ein Gesetz bei der Anwendung neuen Rechts an ein Ereignis anknüpft, das sich vor dessen Inkrafttreten ereignet hat und das im Zeitpunkt des Inkrafttretens der neuen Norm abgeschlossen ist. Diese echte Rückwirkung ist nur dann verfassungsrechtlich unbedenklich, wenn die Rückwirkung ausdrücklich in einem Gesetz vorgesehen ist oder sich daraus klar ergibt, in einem vernünftigen Rahmen zeitlich limitiert ist, nicht zu stossenden Ungleichheiten führt, einem schutzwürdigen öffentlichen Interesse dient und wohlerworbene Rechte respektiert. Bei der unechten Rückwirkung wird auf Verhältnisse abgestellt, die zwar unter der Herrschaft des alten Rechts entstanden sind, beim Inkrafttreten des neuen Rechts aber noch andauern. Auch diese Rückwirkung gilt nur dann als verfassungsrechtlich unbedenklich, wenn ihr nicht wohlerworbene Rechte entgegenstehen (<ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 3b/aa; <ref-ruling> E. 3a S. 8; je mit Hinweisen; Urteil 4A_6/2009 vom 11. März 2009 E. 2.6).
3.5 Die vom Beschwerdeführer angestrebte zeitliche Geltung des Gesetzes würde zu einer echten Rückwirkung führen, da die Neuregelung im Zeitpunkt ihres Inkrafttretens am 1. Januar 2013 bereits für das Steuerjahr 2012 gälte. Daran ändert nichts, dass ein Grossteil der Fahrzeuge auch noch im Jahr 2013 in Verkehr bleiben dürften. Einesteils gibt es offensichtlich solche, die 2013 nicht mehr im Gebrauch stehen, andernteils ist das Steuerjahr 2012 bei Inkrafttreten der Gesetzesnovelle abgelaufen, womit es sich um einen abgeschlossenen Sachverhalt handelt. Es findet sich im vorliegenden Fall indessen keine für eine echte Rückwirkung erforderliche gesetzliche Grundlage, die sich durch eine entsprechende ausdrückliche Anordnung manifestieren müsste. Eine solche Anordnung ist etwa in Ziffer II des Grossratsbeschlusses vom 21. November 2011 enthalten, wonach die Gesetzesnovelle rückwirkend auf den 12. März 2012, einen Tag nach der ursprünglich vorgesehenen, inzwischen aber abgesetzten Abstimmungswiederholung, in Kraft treten soll. Eine analoge Bestimmung über die Rückwirkung im Sinne des Anliegens des Beschwerdeführers findet sich hingegen nicht, auch nicht im Volksvorschlag selbst, weshalb es an einer entsprechenden genügenden gesetzlichen Grundlage fehlt.
3.6 Im Übrigen ist nicht von der Hand zu weisen, dass es sich bei der angefochtenen Gesetzesnovelle lediglich um eine technische Anpassung handelt, die durch die Verzögerung bedingt ist, welche sich aus der Anfechtung des Ergebnisses der Volksabstimmung vom 13. Februar 2011 und den damit verbundenen prozessualen Folgen ergab. Die Verschiebung des Inkrafttretens der Gesetzesnovelle ist angesichts der Unsicherheit darüber, welche Regelung denn dereinst gelten wird, sinnvoll, wenn nicht sogar unausweichlich. Klaffen nämlich Inkrafttreten und zeitliche Geltung der neuen Regelung auseinander, ergeben sich daraus etliche Probleme. Die vom Beschwerdeführer verlangte Rückwirkung würde nicht nur gesetzestechnische Fragen aufwerfen, sondern brächte auch kaum überschaubare Schwierigkeiten bei der Umsetzung der gesetzlichen Regelung mit sich. Insbesondere setzt die Einführung der neuen Regelung eine gewisse Vorlaufzeit in technisch-administrativer Hinsicht voraus. Die bereits getätigten Steuerveranlagungen müssten geändert werden, was aufwendig wäre und das Risiko von Veranlagungsfehlern mit sich brächte. Für diejenigen Personen, die im Hinblick auf eine allfällige Gesetzesrevision per 1. Januar 2012 ein umweltfreundlicheres Fahrzeug erworben haben, gilt überdies eine besondere Regelung, die eine Benachteiligung wegen der Verzögerung des Inkrafttretens vermeiden hilft. Die Folgen der zeitlichen Verzögerung werden dadurch abgemildert. Die Gesetzesnovelle beachtet damit auch die Anforderungen des Verhältnismässigkeitsprinzips. Insgesamt liegt eine Rückwirkung, wie sie vom Beschwerdeführer verlangt wird, selbst wenn sie sich als möglich erwiese, nicht im öffentlichen Interesse. Der Gesetzgeber hat mithin den Volksvorschlag nicht in einer Weise inhaltlich geändert, die ihm verboten wäre.
3.7 Demnach verletzt der angefochtene Erlass die politischen Rechte des Beschwerdeführers nicht.
4. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
Bei diesem Verfahrensausgang wird der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie dem Regierungsrat und dem Grossen Rat des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. April 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Uebersax