Sachverhalt:
A.
A.a. Das Bezirksgericht Kulm verurteilte X._ am 22. Februar 2011 wegen mehrfacher Urkundenfälschung (<ref-law>) und mehrfacher qualifizierter ungetreuer Geschäftsbesorgung (Art. 158 Ziff. 1 Abs. 2 und 3 StGB) zu einer Freiheitsstrafe von 13 Monaten, als Zusatzstrafe zum Urteil des Obergerichts Luzern vom 8. Mai 2007.
Das Obergericht des Kantons Aargau wies die Berufung von X._ am 8. November 2012 ab, soweit darauf einzutreten war.
A.b. Den Schuldsprüchen liegen folgende Sachverhalte zugrunde:
X._, handelnd für die A._ AG (Käuferin), und B._ (Verkäufer) liessen im öffentlich beurkundeten Grundstückkaufvertrag vom 19. Oktober 2005 wahrheitswidrig einen Kaufpreis von Fr. 650'000.-- und eine bereits geleistete Zahlung von Fr. 200'000.-- verurkunden. Der tatsächlich vereinbarte Kaufpreis betrug Fr. 550'000.--, wovon die A._ AG B._ gemäss dem Darlehensvertrag vom 18. Oktober 2005 am 30. Januar 2006 Fr. 40'000.-- und am 1. März 2006 Fr. 60'000.-- hätte zahlen müssen. X._ gab gegenüber dem externen Buchhalter der A._ AG an, er habe den angeblich geleisteten Betrag von Fr. 200'000.-- persönlich bezahlt. Entsprechend wurde in der Buchhaltung der A._ AG ein Aktionärsdarlehen von X._ über Fr. 200'000.-- verbucht, obschon dieser die Anzahlung an die von der A._ AG erworbene Liegenschaft nie vorgenommen und auch nie eine private Schuldverpflichtung übernommen hatte.
X._ liess in der Buchhaltung der A._ AG ein weiteres Aktionärsdarlehen von Fr. 54'723.80 verbuchen für die angebliche Bezahlung einer Rechnung von C._ für Maurerarbeiten, obschon hierfür im Umfang von Fr. 48'000.-- nicht er, sonder die A._ AG selbst aufgekommen war.
B.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen, das Urteil vom 8. November 2012 aufzuheben und die Strafsache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventuell sei er von Schuld und Strafe freizusprechen.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, der Vorwurf der Urkundenfälschung im Zusammenhang mit der Unterzeichnung des Grundstückkaufvertrags vom 19. Oktober 2005 lasse sich beweisrechtlich nicht erhärten. Die Vorinstanz würdige die Beweise einseitig und gehe fälschlicherweise davon aus, der effektive Kaufpreis für die Liegenschaft von B._ habe nicht Fr. 650'000.-- betragen. Sie lasse zudem unberücksichtigt, dass er diesem eine Bibel aus dem 15. Jahrhundert im Wert von Fr. 100'000.-- übereignete. Bezüglich weiterer Fr. 100'000.-- habe er sich diesem gegenüber im Sinne einer Schuldübernahme privat verpflichtet und von diesem Betrag aufgrund eines Vergleichs später auch Fr. 90'000.-- bezahlt. Nicht ersichtlich sei, wen er mit der Schuldübernahme habe täuschen wollen und welche Vorteile damit verbunden gewesen sein sollen. Er habe für seine Forderung gegenüber der A._ AG im Gegenteil Rangrücktritt erklärt.
Die Vorinstanz stelle auf die Aussagen von B._ ab, obschon nie eine Gegenüberstellung stattgefunden habe, da dieser noch vor der beantragten Konfrontationseinvernahme verstorben sei. Auch habe sie die von der Staatsanwaltschaft in Auftrag gegebene Finanzanalyse unkritisch übernommen und seinen Beweisantrag auf Einholung eines Obergutachtens abgelehnt.
1.2. Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 1.4.1).
Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht. Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt für die Annahme von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 2.4). Die Rüge der Willkür muss präzise vorgebracht und begründet werden (<ref-law>). Der Beschwerdeführer muss im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. Auf eine rein appellatorische Kritik am angefochtenen Urteil tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
1.3. Der angefochtene Entscheid ist sachlich begründet und nachvollziehbar. Die Vorinstanz führt aus, weder aus dem Kaufvertrag vom 19. Oktober 2005 noch aus dem Darlehensvertrag vom 18. Oktober 2005 ergäben sich Hinweise, dass der Beschwerdeführer am 19. Oktober 2005 eine (Teil-) Zahlung geleistet oder die Schuld übernommen hätte. Vielmehr würden beide Verträge als Schuldnerin die A._ AG nennen (Urteil E. 4.3.2 S. 19). Die Vorinstanz legt willkürfrei dar, weshalb die Aussagen von B._ als glaubhaft einzustufen sind. Dieser belastete sich damit selbst. Zudem verminderte er seine Forderung gegenüber der A._ AG um Fr. 100'000.-- (Urteil E. 4.3.3 S. 19 f.). Dessen Aussagen decken sich auch mit denjenigen des Beschwerdeführers, der anlässlich der Einvernahme vom 7. September 2006 ebenfalls angab, der effektive Kaufpreis habe Fr. 550'000.-- betragen und B._ habe der A._ AG ein Darlehen von Fr. 100'000.-- gewährt, das noch nicht zurückbezahlt worden sei (Urteil E. 4.3.4 S. 20). Die Vorinstanz verweist zudem auf die Vereinbarung zwischen der A._ AG und B._ vom 9. August 2007, welche nicht notwendig gewesen wäre, wenn der Beschwerdeführer bereits am 19. Oktober 2005 Fr. 200'000.-- bezahlt hätte (Urteil E. 4.3.5 S. 21). Gegen den Beschwerdeführer wertet sie weiter, dass er erst anlässlich der erstinstanzlichen Hauptverhandlung behauptete, B._ im Zeitpunkt des Vertragsabschlusses eine Bibel im Wert von Fr. 100'000.-- übergeben zu haben, und er zuvor noch von einem fiktiven Bibelgeschäft und einer Darlehensforderung von B._ über Fr. 200'000.-- sprach (Urteil E. 4.3.6 und 4.3.7 S. 21 f.). Sie begründet schliesslich, weshalb der Beschwerdeführer in Täuschungs- und Bereicherungsabsicht handelte, da er damit die Verbuchung einer Darlehensforderung gegenüber der A._ AG veranlassen wollte (Urteil E. 4.4.4 S. 23).
Der Beschwerdeführer setzt sich mit den vorinstanzlichen Erwägungen nicht auseinander. Er zeigt nicht auf, inwiefern diese offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich sein könnten. Seine Einwände erschöpfen sich in einer unzulässigen appellatorischen Kritik.
1.4. Den Antrag des Beschwerdeführers auf Einholung einer neuen Finanzanalyse durfte die Vorinstanz ohne Willkür abweisen, da daraus keine für die Beurteilung der angeklagten Delikte relevanten Erkenntnisse zu erwarten waren (Urteil E. 3 S. 17 f.). Der Beschwerdeführer begründet nicht, in welcher Hinsicht ihn ein Obergutachten hätte entlasten können. Sein Hinweis, es sei nicht auszuschliessen, dass aus den einbezogenen Unterlagen auch entlastende Folgerungen gezogen werden könnten (Beschwerde S. 6), genügt den Begründungsanforderungen nicht.
1.5.
1.5.1. Der Beschuldigte hat gemäss Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK Anspruch auf Befragung der Belastungszeugen (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.1 und 4.2; je mit Hinweisen). Dieser Anspruch gilt indes nicht uneingeschränkt. Die fehlende Befragung des Belastungszeugen verletzt die Garantie nicht, wenn der Zeuge berechtigterweise das Zeugnis verweigert, wenn er trotz angemessener Nachforschungen unauffindbar bleibt, dauernd oder für lange Zeit einvernahmeunfähig wird oder wenn er verstorben ist. Die Verwertbarkeit der Aussage erfordert allerdings, dass der Beschuldigte zu den belastenden Aussagen hinreichend Stellung nehmen konnte, die Aussagen sorgfältig geprüft wurden und ein Schuldspruch sich nicht allein darauf abstützt. Ausserdem darf der Umstand, dass der Angeschuldigte seine Rechte nicht (rechtzeitig) wahrnehmen konnte, nicht in der Verantwortung der Behörde liegen (BGE <ref-ruling> E. 2.2 und 2.3.4 mit Hinweisen). Nach der neueren Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte (EGMR) kann unter gewissen Umständen selbst ein streitiges Zeugnis von ausschlaggebender Bedeutung ("preuve unique ou déterminante") verwertbar sein, wenn eine Konfrontation nicht möglich ist, weil der Zeuge beispielsweise verstorben ist (Urteil EGMR i.S. Al-Khawaja und Tahery gegen Grossbritannien vom 15. Dezember 2011, §§ 118 ff.; vgl. auch Urteile 6B_75/2013 vom 10. Mai 2013 E. 3.3.1; 6B_251/2012 vom 2. Oktober 2012 E. 2.3.2; 6B_125/2012 vom 28. Juni 2012 E. 3.3.1).
Auf das Konfrontationsrecht kann verzichtet werden. Der Verzicht führt dazu, dass die in der Untersuchung gemachten Aussagen der Zeugen verwendet werden dürfen (<ref-ruling> E. 1b mit Hinweisen). Der Beschuldigte kann den Behörden grundsätzlich nicht vorwerfen, gewisse Zeugen zwecks Konfrontation nicht vorgeladen zu haben, wenn er es unterlässt, rechtzeitig und formgerecht entsprechende Anträge zu stellen (Urteil 6B_521/2008 vom 26. November 2008 E. 5.3.1 mit Hinweisen).
1.5.2. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, er habe die Konfrontation mit B._ rechtzeitig beantragt und es liege in der Verantwortung der Behörden, dass er diesen nicht mehr befragen konnte. Ebenso wenig setzt er sich mit der zu Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK ergangenen Rechtsprechung auseinander, wonach selbst ein streitiges Zeugnis von ausschlaggebender Bedeutung verwertbar sein kann, wenn eine Konfrontation mit dem zwischenzeitlich verstorbenen Belastungszeugen nicht mehr möglich ist. Ob es sich bei den Aussagen von B._ um ein ausschlaggebendes Beweismittel handelt, ist zudem fraglich, da die Vorinstanz auch auf weitere Beweise abstellt. Auf die ungenügend begründete Rüge ist nicht einzutreten.
2.
2.1. Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei Alleinaktionär der A._ AG gewesen. Selbst wenn dies rein formalrechtlich nicht zutreffen sollte, sei er zumindest faktisch Eigentümer dieser Gesellschaft gewesen. Als solcher habe er sich nicht der ungetreuen Geschäftsbesorgung strafbar machen können. Ein unzulässiger Eingriff in das Grundkapital und die gebundenen Reserven der A._ AG werde ihm nicht vorgeworfen.
2.2. Die Vorinstanz legt willkürfrei dar, weshalb der Beschwerdeführer nicht Alleinaktionär der A._ AG war (Urteil E. 5.2.2.3 S. 25). Was dieser dagegen einwendet, lässt die vorinstanzliche Würdigung nicht offensichtlich unhaltbar erscheinen. Damit kommt die bundesgerichtliche Rechtsprechung, wonach Vermögensdispositionen des einzigen Verwaltungsrats und Alleinaktionärs auf Kosten der Einmannaktiengesellschaft nach Belieben zulässig sind, solange die aktienrechtlichen Kapitalschutzbestimmungen dadurch nicht verletzt werden (<ref-ruling> E. 4 und 5), nicht zum Tragen. Der Beschwerdeführer kann sich auch nicht darauf berufen, er sei faktisch Alleineigentümer der A._ AG gewesen, da diese Frage umstritten war, wie dem Urteil des Handelsgerichts vom 1. Februar 2006 - auf welches die Vorinstanz verweist - entnommen werden kann.
3.
Der Beschwerdeführer anerkennt, dass die Verbuchung des Aktionärsdarlehens über Fr. 48'000.-- nicht korrekt war. Möglicherweise sei ihm ein Fehler unterlaufen, weil D._ und Konsorten die Geschäftsunterlagen entwendet hätten. Die Vorinstanz werte seine Erklärung zu Unrecht als Schutzbehauptung.
Der Einwand des Beschwerdeführers beschränkt sich erneut auf eine rein appellatorische Kritik. Dass die Vorinstanz die Beweise willkürlich gewürdigt hätte, macht er weder geltend noch begründet er dies. Auf die Rüge ist nicht einzutreten.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juni 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld