Fatti:
A. Il 23 febbraio 2009 l'Ufficio federale dei trasporti (UFT) ha aperto un procedimento penale contro B._, amministratore unico della C._SA (al riguardo vedi sentenza 6B_256/2007 del 15 ottobre 2007 in RtiD 2008 I pag. 735), ricordando che gli oggetti e i beni utilizzati per commettere un'infrazione possono essere sequestrati quando ciò appaia necessario per impedire la commissione di nuove infrazioni.
Il 9 marzo 2009 l'UFT ha ordinato alla Polizia cantonale ticinese di sequestrare con effetto immediato, per la durata di tre giorni, tutti i veicoli che in data 16 marzo 2009 sarebbero stati utilizzati dall'impresa C._SA per effettuare trasporti di passeggeri su una determinata tratta. Il 16 marzo seguente la polizia ha quindi sequestrato due autoveicoli adibiti a detto trasporto presso la sede della A._Sagl, sita in via X._.
B. Contro il sequestro questa società è insorta dinanzi all'UFT, che con decisione del 19 marzo 2009, rilevato che il sequestro era terminato il giorno stesso, ha dichiarato irricevibile il reclamo, poiché privo d'interesse attuale e pratico. Adita dall'interessata, con giudizio del 2 aprile 2009, la I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (I CRP) ha dichiarato irricevibile il reclamo per lo stesso motivo.
C. Avverso questa decisione la A._Sagl presenta un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Chiede di accertare la nullità del sequestro e, in via subordinata, di accertarne l'inadeguatezza.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso

Diritto:
1. 1.1 La ricorrente si diffonde su questioni inerenti alla legittimazione, alle particolarità della sua posizione, alla natura giuridica e all'impugnabilità, sotto il profilo dell'<ref-law>, della criticata decisione. Visto l'esito del gravame, questi quesiti non devono essere esaminati oltre.
1.2 La I CRP, come l'UFT, ha ritenuto che alla ricorrente fa difetto un interesse pratico e attuale alla disanima del reclamo, poiché il sequestro, della durata di tre giorni, era ormai terminato.
A titolo abbondanziale, essa ha nondimeno stabilito che il gravame sarebbe comunque stato infondato, poiché l'agire dell'UFT non configura alcuna violazione del diritto procedurale e materiale federale. L'istanza precedente ha ritenuto infatti pretestuoso l'argomento secondo cui sull'ordine di sequestro figurava la C._SA, fallita il 12 marzo 2009, e non la ricorrente, poiché quest'ultima "di fatto" ha recentemente rilevato, sia logisticamente sia fisicamente, tutte le strutture e le attività della C._SA. Ha aggiunto, che l'<ref-law> (RS 313.0) permette il sequestro diretto di beni o oggetti che hanno servito a commettere infrazioni, senza procedere a una perquisizione preventiva, ciò a maggiore ragione quando, come in concreto, gli oggetti da sequestrare sono già identificati e descritti nell'ordine di sequestro. La I CRP ha poi ritenuto proporzionato il provvedimento limitato a tre giorni e preceduto da un'esplicita comminatoria.
1.3 La ricorrente rileva che nei suoi specifici confronti non è pendente alcun procedimento penale ai sensi dell'art. 16 della legge federale sul trasporto di viaggiatori e l'accesso alle professioni di trasportatore su strada del 18 giugno 1993 (LTV; RS 744.10), secondo cui chiunque trasporti persone senza essere al beneficio di una concessione, di un'autorizzazione o in contrasto con le stesse è punito con la multa.
Riguardo alla motivazione principale dell'impugnata decisione, la ricorrente contesta l'accertata assenza di un interesse pratico e attuale alla disamina del reclamo, sostenendo che si sarebbe in presenza di un sequestro illegale di due suoi veicoli, visto ch'essa non era la destinataria dell'ordine di sequestro. Essa insiste sul fatto che il sequestro è stato ordinato per soli tre giorni, ciò che corrisponde al termine per decidere a disposizione dell'autorità di reclamo. Essa adduce che un eventuale uso sistematico e ripetitivo da parte dell'UFT di sequestri della durata di tre giorni potrebbe precluderle, in futuro, qualsiasi possibilità di far esaminare siffatte decisioni. Per i motivi di cui si dirà, la questione può rimanere aperta. Ricordato che di massima il Tribunale federale non si esprime su mere ipotesi ricorsuali (<ref-ruling> consid. 1b), giova comunque rilevare che, nel caso di futuri sequestri di breve durata, l'UFT e la I CRP non potranno reiteratamente esimersi di entrare nel merito di eventuali gravami, ritenuto che un sequestro può pregiudicare i diritti patrimoniali della ricorrente, impedendole di offrire i servizi alla sua clientela.
2. 2.1 Quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling>). Ora, indipendentemente dalla questione di sapere se la motivazione principale del criticato giudizio sia corretta, la ricorrente non dimostra che quella addotta in via abbondanziale sarebbe lesiva del diritto.
2.2 Essa sostiene infatti, tuttavia in maniera del tutto generica e appellatoria e quindi lesiva delle esigenze di motivazione imposte dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF (<ref-ruling> consid. 1.4), che, contrariamente a quanto accertato dalla I CRP, si sarebbe in presenza di due persone giuridiche distinte, dotate di organi direttivi societari differenti ed esercitanti attività di natura diversa fra loro, ciò che non permetterebbe di asserire che logisticamente la ricorrente ha rilevato l'attività della C._SA.
Essa non tenta di dimostrare che la criticata accertata identità, di fatto, tra le due società si fonderebbe su una valutazione arbitraria dei mezzi di prova (<ref-ruling> consid. 3.2). In effetti, questo accertamento si basa sull'ordine di esecuzione del sequestro della polizia cantonale del 18 marzo 2009, nel quale si precisa che la ricorrente "ha rilevato, sia logisticamente che fisicamente, tutte le strutture di Lugano/Massagno in via X._". Anche nel rapporto di esecuzione, del 16 marzo 2009, si indica che il sequestro è avvenuto a Lugano/Massagno, in via X._, presso la sede della C._SA, ora sede della ricorrente. Pure dagli estratti del sito Internet delle due società risulta che la ricorrente ha in sostanza ripreso le attività dell'altra società, né essa ha prodotto documenti idonei a provare il contrario. Ritenuto che non è dimostrata l'arbitrarietà della motivazione abbondanziale, non occorre esaminare oltre le contestate modalità dell'esecuzione del sequestro, riferite all'asserita diversità delle due società.
3. Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere quindi respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, all'Ufficio federale dei trasporti e alla I Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale.