Faits:
A. Par jugement du 18 août 2010, le juge de district de Sierre a reconnu X._ coupable d'homicide par négligence, de lésions corporelles graves par négligence et de violation par négligence des règles de l'art de construire. Il l'a condamné à une peine de 60 jours-amende à 260 fr. le jour avec sursis pendant 2 ans ainsi qu'à une amende de 2'000 fr., la peine privative de liberté de substitution étant de 7 jours. Les prétentions civiles ont été renvoyées au for civil.
B. Les faits à l'origine de cette condamnation sont en substance les suivants.
B.a En 2002, U.H._ a confié à X._ la construction d'un chalet. Les travaux ont débuté au printemps 2003 et ont été achevés en décembre de la même année.
Le chalet est raccordé au réseau de gaz naturel, utilisé pour les besoins du chauffage et de la production d'eau chaude sanitaire. C'est la société D._ SA, distributrice de gaz naturel, qui a exécuté l'installation destinée à amener le gaz de la conduite principale à la conduite secondaire, qui se trouve à l'intérieur du chalet. E._, employé de l'entreprise F._ SA adjudicataire des travaux de chauffage, a alors réalisé l'installation intérieure comprenant notamment la pose d'une chaudière acquise auprès de G._ SA. L'installation de chauffage a fait l'objet d'une mise en service provisoire.
Après l'achèvement, le 24 décembre 2003, des travaux de construction, X._ n'a, conformément à sa pratique, ni sollicité le permis d'habiter ni informé la commune de la fin du chantier. Il n'a pas non plus averti D._ SA, de sorte que l'installation de chauffage n'a plus été vérifiée et n'a pas fait l'objet d'une mise en service définitive, ce qui était au demeurant courant à l'époque.
En automne 2004, I._, qui fonctionnait comme concierge de l'habitation, a enclenché le chauffage en position anti-gel. Il a par la suite vérifié la température tous les deux ou trois jours et n'a pas constaté de panne, hormis le 8 janvier 2005. La fenêtre du local de chauffage a toujours été maintenue entrouverte.
Le 11 janvier 2005, U.H._ s'est rendu dans son chalet. Il a constaté que le chauffage ne fonctionnait pas. Le lendemain, I._ puis F._ ont en vain tenté de le faire fonctionner. Finalement un monteur a effectué la réparation nécessaire, remis l'installation en service et procédé aux vérifications, qui se sont révélées concluantes. Il n'a pas prêté attention à l'ouverture de la fenêtre.
Le 14 janvier 2005, U.H._ a été rejoint par son épouse V.H._, leurs trois enfants et leurs deux employées, T.B._ et C._. Cette dernière a occupé une chambre située au sous-sol alors que sa collègue dormait à l'étage dans la chambre des filles H._. Le lendemain T.B._ s'est levée vers 6 h. et s'est douchée dans la salle de bains du sous-sol. Après avoir effectué des tâches ménagères au rez-de-chaussée, elle s'est rendue, vers 7 h., dans la chambre de C._, à qui elle a déclaré qu'elle ne se sentait pas bien. Elle s'est plainte de maux de tête et s'est couchée. Sans quitter le sous-sol, C._ s'est rendue dans la salle de bains pour se préparer. Elle a éprouvé un malaise et a perdu connaissance. Entre 7 h. et 7 h. 30, V.H._, qui cherchait ses employées, est descendue au sous-sol où elle a découvert T.B._ allongée inanimée sur le lit et C._ inconsciente dans la salle de bains. Un médecin intervenu à 8 h. 20 a tenté sans succès de réanimer T.B._.
C._, également intoxiquée, a été hospitalisée mais n'a pas subi de séquelles. Les époux H._ ont aussi été exposés au monoxyde de carbone. Comme leur taux d'imprégnation était moindre, ils ont été gardés en observation quelques heures après quoi ils ont pu quitter l'hôpital. Enfin, les enfants, qui n'ont pas quitté les niveaux supérieurs de l'habitation, n'ont subi aucune intoxication.
B.b L'autopsie impute le décès de T.B._ à une intoxication au monoxyde de carbone.
L'installation de gaz du chalet a été soumise à une expertise. Il a ainsi été constaté qu'elle était conforme aux prescriptions de la société suisse de l'industrie du gaz et des eaux. Le local de chauffage, en revanche, ne répondait pas à celles-ci ni aux exigences de l'association des établissements cantonaux d'incendie, d'une part parce que la porte de communication entre le local et le reste du bâtiment n'était pas étanche en raison d'une fente sur le seuil et d'autre part parce que la fenêtre n'était pas en permanence bloquée en position ouverte.

Le 15 janvier 2005, plusieurs indices indiquaient un retour de produits de combustion dans la chaufferie, dont la fenêtre était fermée, puis une circulation de ces produits dans la zone habitée. L'expert n'est en revanche pas parvenu à reconstituer les circonstances qui ont conduit à la présence de monoxyde de carbone dans la partie habitée du sous-sol. Il considère toutefois que, quel que soit le scénario, le maintien d'une amenée d'air permanente dans le local de chauffage aurait permis d'éviter l'accident; il note que la fente sous la porte de celui-ci a permis la circulation de produits de combustion dans la zone habitée, mais estime qu'elle a joué un rôle de moindre importance dans le processus.
B.c X._ savait qu'une ouverture devait être aménagée dans un local de chauffage et que s'il s'agissait d'une fenêtre, celle-ci devait rester ouverte. Il considérait toutefois qu'il était aberrant d'imposer un système de fenêtre bloquée en position entrouverte dans des habitations individuelles qui étaient inoccupées pendant de nombreux mois. C'est la raison pour laquelle il a fait installer une fenêtre à bascule. Il a en outre admis avoir omis de contrôler la présence, nécessaire, d'un seuil sans fente sous la porte de la chaufferie.
C. Par jugement du 14 décembre 2011, la IIe Cour pénale du Tribunal cantonal valaisan a réformé le jugement de première instance en ce sens que X._ est libéré du chef d'accusation de lésions corporelles graves par négligence et que le nombre de jours-amende a été ramené à 45.
La cour cantonale a constaté que T.B._ et C._ ont été victimes d'une intoxication au monoxyde de carbone et que la chaudière a été la source des émissions de gaz toxique. Elle relève que la fenêtre de la chaufferie était fermée le jour de l'accident. S'il n'a pas été possible de déterminer avec certitude la cause des émanations de monoxyde de carbone, l'autorité admet d'une part que le défaut d'étanchéité de la porte du local de chauffage a permis au gaz toxique de se répandre dans l'habitation et d'autre part que le maintien d'une amenée d'air permanente, par l'ouverture de la fenêtre, aurait permis d'éviter le sinistre.
D. X._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement. Il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à son acquittement du chef d'accusation d'homicide par négligence ainsi qu'à sa libération de tout autre chef d'accusation.
Considérant en droit:
1. Le recourant soutient que sa condamnation pour homicide par négligence viole le droit fédéral d'une part en raison de l'absence de lien de causalité entre son comportement et le décès de la victime et d'autre part parce qu'aucune négligence ne lui est imputable.
Conformément à l'<ref-law>, celui qui, par négligence, aura causé la mort d'une personne sera puni d'une peine privative de liberté de 3 ans au plus ou d'une peine pécuniaire. La réalisation de l'infraction suppose la réunion de trois conditions: une négligence, le décès d'une personne ainsi qu'un lien de causalité naturelle et adéquate entre ces deux éléments.
1.1 L'homicide par négligence est une infraction de résultat qui suppose en général une action. Toutefois, conformément à l'<ref-law>, un crime ou un délit peut aussi être commis par le fait d'un comportement passif contraire à une obligation d'agir. Il n'est pas toujours facile de distinguer l'omission de la commission et on peut souvent se demander s'il faut reprocher à l'auteur d'avoir agi comme il ne devait pas le faire ou d'avoir omis d'agir comme il devait le faire. Pour apprécier, dans les cas limites, si un comportement constitue un acte ou le défaut d'accomplissement d'un acte, il faut s'inspirer du principe de la subsidiarité et retenir un délit de commission chaque fois que l'on peut imputer à l'auteur un comportement actif (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 121 s. et les références citées). Dès lors qu'il est reproché au recourant d'avoir établi les plans du chalet et choisi le type de fenêtre qui devait y être posé sans contrôler que le seuil du local de chauffage était suffisamment étanche ni avoir veillé à ce que la fenêtre soit munie d'un système qui la bloque en position entrouverte, c'est à juste titre que l'autorité cantonale lui a imputé un comportement actif.
1.2 L'<ref-law> prévoit qu'agit par négligence quiconque, par une imprévoyance coupable, commet un crime ou un délit sans se rendre compte des conséquences de son acte ou sans en tenir compte. L'imprévoyance est coupable quand l'auteur n'a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle.
Ainsi, pour qu'il y ait négligence, il faut d'une part que l'auteur ait violé les règles de la prudence, c'est-à-dire le devoir général de diligence institué par la loi pénale, qui interdit de mettre en danger les biens d'autrui pénalement protégés contre les atteintes involontaires. Un comportement dépassant les limites du risque admissible viole le devoir de prudence s'il apparaît qu'au moment des faits, son auteur aurait dû, compte tenu de ses connaissances et de ses capacités, se rendre compte de la mise en danger d'autrui (voir <ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 79). Pour déterminer le contenu du devoir de prudence, il faut se demander si une personne raisonnable dans la même situation et avec les mêmes aptitudes que l'auteur aurait pu prévoir, dans les grandes lignes, le déroulement des événements et, le cas échéant, quelles mesures elle pouvait prendre pour éviter la survenance du résultat dommageable (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 262 et les références citées).
Lorsque des prescriptions légales ou administratives ont été édictées dans un but de prévention des accidents, ou lorsque des règles analogues émanant d'associations spécialisées sont généralement reconnues, leur violation fait présumer la violation du devoir général de prudence (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 262 et la référence citée).
Par ailleurs, pour qu'il y ait négligence, il faut que la violation du devoir de prudence soit fautive, c'est-à-dire que l'on puisse reprocher à l'auteur, compte tenu de ses circonstances personnelles, une inattention ou un manque d'effort blâmable (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 262 et les arrêts cités).
Le recourant soutient que la responsabilité de la conformité du système incombe à l'installateur et que lui, en tant qu'architecte, ne pouvait que se fier aux rapports émis par les spécialistes du chauffage à gaz qu'il avait mandatés pour effectuer les travaux.
Le recourant était l'architecte responsable de l'édification du chalet dans lequel s'est déroulé l'accident. C'est en son nom qu'a été requise et obtenue l'autorisation de construire. Celle-ci relevait expressément que devaient être respectées non seulement les dispositions légales fédérales, cantonales et municipales en matière de police des constructions mais aussi les autres prescriptions y relatives, parmi lesquelles celles relatives au feu, à la salubrité et à la santé publique. Elle précisait en outre que le requérant était tenu d'informer le service technique municipal à divers stades de l'avancement des travaux, notamment à l'achèvement de ceux-ci, en sollicitant le permis d'habiter.
C'est le recourant qui a décidé de raccorder le chalet au réseau de gaz naturel pour les besoins du chauffage et de la production d'eau chaude sanitaire; c'est aussi lui qui a accepté l'offre de la société D._ SA, distributrice de gaz naturel et adjugé les travaux de chauffage à l'entreprise F._ SA.
Il ressort de l'expertise effectuée par le délégué romand de l'inspection technique de l'industrie gazière suisse que l'installation de chauffage était conforme aux prescriptions de la société suisse de l'industrie du gaz et des eaux. Le local de chauffage ne répondait en revanche pas à celles-ci ni aux prescriptions de l'association des établissements cantonaux d'assurance incendie, d'une part parce que la porte qui le séparait du reste du bâtiment n'était pas étanche en raison d'une fente sous le seuil et d'autre part parce que la fenêtre n'était pas en permanence bloquée en position ouverte. L'expert a précisé qu'il s'agissait de défauts techniques graves. Or, le recourant savait qu'une ouverture devait être aménagée dans le local de chauffage et que, s'il s'agissait d'une fenêtre, elle devait être ouverte en permanence. C'est par ailleurs lui qui a choisi et fait installer une fenêtre à bascule non pourvue d'un système de blocage. Il a en outre omis de contrôler la présence d'un seuil sans fente sous la porte reliant le local de chauffage au reste de l'habitation.
Ainsi, même en admettant, comme le soutient le recourant, que la responsabilité du bon fonctionnement de l'installation de chauffage incombe à l'installateur, qui dispose des connaissances techniques, on doit admettre, sur la base de l'expertise, que tout était conforme de ce point de vue. Les défauts qui ont été constatés concernent la fenêtre et le seuil du local de chauffage et ont trait au bâtiment lui-même, qui est de la responsabilité du recourant.
Compte tenu de ses connaissances professionnelle, le recourant ne pouvait ignorer l'importance du risque que génère le fonctionnement d'une installation de chauffage à gaz en l'absence d'une bonne ventilation et isolation du local, a fortiori lorsque celui-ci est situé à proximité d'une chambre à coucher. C'est donc sans violer le droit fédéral que l'autorité cantonale a imputé une négligence au recourant.
1.3 Il faut encore examiner si cette négligence est en relation de causalité avec le décès de la victime.
Un comportement est la cause naturelle d'un résultat s'il en constitue l'une des conditions sine qua non, c'est-à-dire si, sans lui, le résultat ne se serait pas produit. La constatation du rapport de causalité naturelle relève du fait (<ref-ruling> consid. 4.1.3 p. 61 et les arrêts cités). Il y a toutefois violation du droit fédéral si l'autorité cantonale méconnaît le concept même de causalité naturelle (<ref-ruling> consid. 2c/aa p. 23).
Le rapport de causalité est qualifié d'adéquat lorsque, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, le comportement était propre à entraîner un résultat du genre de celui qui s'est produit (<ref-ruling> consid. 4.1.3 p. 61 et l'arrêt cité). La causalité adéquate sera admise même si le comportement de l'auteur n'est pas la cause directe ou unique du résultat. Peu importe que le résultat soit dû à d'autres causes, notamment à l'état de la victime, à son comportement ou à celui de tiers (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 148). La causalité adéquate peut toutefois être exclue si une autre cause concomitante, par exemple une force naturelle, le comportement de la victime ou d'un tiers, constitue une circonstance tout à fait exceptionnelle ou apparaît si extraordinaire que l'on ne pouvait s'y attendre. L'imprévisibilité d'un acte concurrent ne suffit pas en soi à interrompre le rapport de causalité adéquate. Il faut encore que cet acte ait une importance telle qu'il s'impose comme la cause la plus probable et la plus immédiate de l'événement considéré, reléguant à l'arrière-plan tous les autres facteurs qui ont contribué à l'amener et notamment le comportement de l'auteur (<ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 265 s. et les arrêts cités). Il s'agit d'une question de droit que la cour de céans revoit librement (<ref-ruling> consid. 4.1.3 p. 61 et l'arrêt cité).
S'agissant de la causalité naturelle, il ressort de l'expertise que, quelles que soient les circonstances qui ont conduit à la présence de monoxyde de carbone dans la partie habitée du chalet, une amenée d'air permanente dans la chaufferie aurait permis d'éviter l'accident. Cela suffit à établir le rapport de causalité naturelle entre le comportement du recourant, qui n'a pas veillé à ce que le local en question soit ventilé en permanence, et le décès de la victime. Le recourant cherche à tirer argument du fait que la cause de la présence de gaz toxique n'a pas pu être établie. Peu importe que les différents essais effectués par l'expert n'aient pas abouti à une concentration mortelle de monoxyde de carbone. Une telle situation s'est effectivement produite et l'expert constate, sans que le recourant démontre le caractère arbitraire de cette affirmation, qu'une ouverture permanente de la fenêtre aurait permis d'éviter l'accident. La libre discussion par le recourant des éléments de l'expertise relève d'une démarche appellatoire, partant irrecevable (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 5).
Par ailleurs, l'absence de ventilation du local de chauffage était de toute évidence propre à générer un flux d'émanations toxiques vers les pièces situées à proximité, d'autant plus que le seuil de la porte de communication entre ces deux parties du chalet n'était pas correctement isolé. C'est également en vain que le recourant allègue que le déroulement des faits était imprévisible. Il est en effet notoire qu'un chauffage à gaz peut générer des émanations toxiques propres à causer un risque pour la vie des personnes qui les respirent. C'est au demeurant la raison pour laquelle des règles ont été édictées à propos de la ventilation de ces locaux. Sur ce point également, le recours est mal fondé.
2. Le recourant soutient que les conditions d'application de l'<ref-law>, qui réprime la violation par négligence des règles de l'art de construire, n'étaient pas réalisées. Selon lui, dès lors que plusieurs corps de métiers sont intervenus pour la réalisation de l'installation de chauffage, il y a eu une répartition horizontale du travail et le principe de la confiance doit être appliqué. Comme il s'est entouré de spécialistes, il estime qu'aucune négligence ne peut lui être imputée.
Pour les raisons qui ont été exposées au consid. 1.2 ci-dessus le recourant ne saurait se prévaloir de l'intervention de spécialistes chargés d'installer le chauffage. C'était à lui de veiller à ce que le bâtiment satisfasse aux exigences posées notamment par les directives de la société suisse de l'industrie du gaz et des eaux ainsi que de l'association des établissements cantonaux d'assurance incendie. Au même titre que pour la qualification d'homicide par négligence, son omission de respecter ces règles, qu'il connaissait ou était censé connaître, lui est imputable à faute. Sa négligence a non seulement causé la mort de la victime, ainsi que cela ressort du consid. 1 ci-dessus, mais elle a également généré une mise en danger des autres occupants du chalet, de sorte que c'est à juste titre que l'autorité cantonale a appliqué l'<ref-law> en concours avec l'<ref-law> (voir <ref-ruling> consid. 2 p. 128).
3. Le recourant se plaint d'une interprétation erronée des faits et des preuves en relation avec la date d'achèvement de la fenêtre du local de chauffage.
Contrairement à ce que soutient le recourant, il ne s'agit pas d'un élément pertinent pour le sort de la cause. En effet, même en admettant que cette fenêtre ait été posée avant la mise en service de la chaudière, le fait que la personne qui s'est chargée de cette opération n'ait pas signalé l'absence d'un dispositif assurant une ouverture permanente n'apparaîtrait pas suffisamment extraordinaire pour interrompre le lien de causalité entre la négligence du recourant et le décès de la victime, respectivement la mise en danger des autres occupants du chalet.
Il est à noter encore à ce propos que le recourant peut se voir imputer une autre négligence par le fait de n'avoir pas, comme l'exigeait le permis de construire, sollicité l'autorisation d'habiter. Or, s'il avait dûment effectué cette démarche, l'autorité aurait selon toute vraisemblance procédé à une visite des lieux, qui aurait le cas échéant permis de mettre en évidence les défauts présentés par la ventilation et l'isolation du local de chauffage et d'y remédier. De ce point de vue aussi, les manquements du recourant apparaissent comme la cause prépondérante de l'accident même si l'on devait admettre sa version des faits quant à la date de la pose de la fenêtre.
4. Le recourant invoque, enfin, une appréciation arbitraire des preuves. Il relève que l'expert n'est pas parvenu à recréer les circonstances ayant conduit à la présence de monoxyde de carbone dans la partie habitée du chalet et que c'est à tort que l'autorité cantonale considère qu'un dysfonctionnement de la chaudière ne trouve aucune assise dans le dossier alors qu'il s'agit selon lui incontestablement d'un événement extraordinaire impliquant une interruption du lien de causalité adéquate.
Cette opinion ne saurait être suivie. Il n'apparaît pas, et le recourant lui-même ne le prétend pas, que le monoxyde de carbone pourrait provenir d'une source autre que l'installation de chauffage. Par ailleurs, la présence de monoxyde de carbone dans une telle situation, fût-ce ensuite d'une défectuosité du système de chauffage, ne constitue pas un événement suffisamment exceptionnel ou extraordinaire pour que l'on doive considérer qu'on ne pouvait s'y attendre. Au contraire, c'est précisément parce que ce risque est bien connu avec des chauffages du type de celui qui a été installé en l'espèce que des prescriptions ont été adoptées pour imposer une amenée d'air permanente dans les locaux qui les abritent. Dès lors, les constatations contestées par le recourant ne sont pas pertinentes car une modification de l'appréciation des preuves ne permettrait de toute manière pas de considérer le lien de causalité comme rompu.
5. Mal fondé, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité et le recourant, qui succombe, supportera les frais de justice (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 4000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan.
Lausanne, le 17 août 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Paquier-Boinay