Sachverhalt:
A. A.a Im Jahre 1984 errichteten die Vera Bau- und Verwaltungs AG, Olten, die Vera-Sammelstiftung und die Zensor Treuhand AG, Olten, die Pevos-Sammelstiftung. In der Folge schlossen Arbeitgeber mit der Vera- bzw. der Pevos-Sammelstiftung Anschlussverträge zur Erfüllung der beruflichen Vorsorgepflicht ab. Die künftig zu erbringenden Leistungen wurden von beiden Stiftungen bei der VITA Lebensversicherungs-Gesellschaft (seit 1. Oktober 1993: Zürich Lebensversicherungs-Gesellschaft; im Folgenden: "Zürich") und bei der Genfer Lebensversicherungs-Gesellschaft durch den Abschluss von Kollektivversicherungsverträgen versichert. Auf den abgeschlossenen Kollektivversicherungsverträgen gewährten die beiden Versicherungsgesellschaften Policendarlehen. Die auf diese Weise beschafften Mittel wurden der Vera-Anlagestiftung, welche am 9. Oktober 1984 durch Umfirmierung aus der in Olten domizilierten Vera-Gemeinschaftsstiftung hervorgegangen war, und der Pevos-Anlagestiftung, welche am 20. März 1985 aus der ehemaligen Pevos Stiftung für die Koordination von Personalvorsorgeeinrichtungen errichtet worden war, gegen die Herausgabe von so genannten Varia-Anteilscheinen zur Verfügung gestellt. Beide Anlagestiftungen hatten zum Zweck, im Interesse der Förderung der Personalvorsorge die günstige und wirtschaftliche Anlage in Immobilien, Hypotheken sowie Wertschriften von ausschliesslich der Personalvorsorge gewidmeten Vermögen zu tätigen.
A.b Da sowohl die Vera- als auch die Pevos-Sammelstiftung zu Beginn des Jahres 1996 eine massive Überschuldung aufwiesen, stellte das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) als zuständige Aufsichtsbehörde mit Verfügung vom 16. Januar 1996 per 31. Januar 1996 die Aufhebung der beiden Sammel- sowie der Anlagestiftungen wegen Unerreichbarkeit ihres Zweckes fest und ordnete ihre Streichung aus dem Register für die berufliche Vorsorge an. Gleichzeitig wurden die Stiftungen in Liquidation versetzt und am 8. März 1996 die Stiftungsräte aufsichtsrechtlich neu besetzt. Bis am 12. Oktober 1998 bezahlte die Stiftung Sicherheitsfonds BVG in der Folge als Sicherstellung der gesetzlichen Leistungen für die Destinatäre der Vera-Sammelstiftung insgesamt Fr. 62,5 Mio. und für diejenigen der Pevos-Sammelstiftung Fr. 10,1 Mio.
B. B.a Am 20. April 2000 erhob die Stiftung Sicherheitsfonds BVG beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich Klage gegen die Zürich, mit welcher sie von dieser - gegen Abtretung eines entsprechenden Anteils am Liquidationsergebnis der Vera-Sammelstiftung in Liquidation - einen Betrag von Fr. 62,5 Mio. (zuzüglich Zinsen) forderte. Gleichentags reichte die Stiftung Sicherheitsfonds BVG beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich eine weitere Klage gegen die Zürich ein und beantragte, die Beklagte habe ihr - gegen Abtretung eines entsprechenden Anteils am Liquidationsergebnis der Pevos-Sammelstiftung in Liquidation - Fr. 10,1 Mio. (zuzüglich Zinsen) zu bezahlen.
Nach wiederholten Verfahrenssistierungen bejahte das Sozialversicherungsgericht mit zwei Beschlüssen vom 22. Dezember 2004 die Passivlegitimation der Zürich. Auf die dagegen von der Zürich erhobenen staatsrechtlichen Beschwerden und Verwaltungsgerichtsbeschwerden traten das Bundesgericht (Urteile 2P.27/2005 und 2P.28/2005 vom 25. Januar 2005) und das Eidg. Versicherungsgericht (Urteil B 10/05 vom 30. März 2006) nicht ein.
Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich vereinigte die beiden am 20. April 2000 eingeleiteten Klageverfahren und wies die Klage mit Entscheid vom 7. Februar 2007 ab.
B.b In der Zwischenzeit war eine von der Vera-Sammelstiftung in Liquidation am 28. Juli 2000 gegen die Zürich eingereichte Klage auf Leistung von Schadenersatz gemäss Art. 52 BVG rechtskräftig abgewiesen worden (Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 25. November 2004, bestätigt mit Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts B 15/05 vom 29. März 2006).
C. Die Stiftung Sicherheitsfonds BVG erhebt gegen den Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 7. Februar 2007 Beschwerde mit dem Antrag, es sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihr Fr. 72,6 Mio. (zuzüglich Zins) zu bezahlen, unter Vorbehalt der Nachklage für weitere noch zu erbringende Insolvenzleistungen und gegen Abtretung der entsprechenden Anteile der Beschwerdeführerin am Liquidationsergebnis der Pevos- und der Vera-Sammelstiftung in Liquidation. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Zürich beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das BSV schliesst sich den Ausführungen der Vorinstanz an.
D. Das Bundesgericht hat die Akten des vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich hängigen Verfahrens HG050059/Z02 (Vera-Sammelstiftung in Liquidation gegen Zürich Lebensversicherungs-Gesellschaft) beigezogen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin hat gestützt auf Art. 56 BVG die gesetzlichen Leistungen der Vera- und der Pevos-Sammelstiftung, welche beide zahlungsunfähig geworden sind, sichergestellt und verlangt nun dafür Ersatz von der Beschwerdegegnerin. Die Rechtsgrundlagen, auf welche sie ihren Anspruch stützt, haben im Laufe der Zeit geändert:
1.1.1 Nach der ursprünglichen, bis 31. Dezember 1996 in Kraft gewesenen Fassung von Art. 56 Abs. 1 lit. b Satz 2 BVG (AS 1983 797) regelte der Bundesrat die Voraussetzungen für die Leistungen des Sicherheitsfonds und das Rückgriffsrecht auf Organe zahlungsunfähiger Vorsorgeeinrichtungen. Gestützt darauf hatte der Bundesrat die Verordnung vom 7. Mai 1986 über die Verwaltung des Sicherheitsfonds BVG (SFV 2; AS 1986 867; in Kraft bis 30. Juni 1998, AS 1998 1662) erlassen. Nach deren Art. 11 hat der Sicherheitsfonds gegenüber den Personen, die für die Zahlungsunfähigkeit der Vorsorgeeinrichtung ein Verschulden trifft, ein Rückgriffsrecht im Umfang der sichergestellten Leistungen.
1.1.2 Am 1. Januar 1997 trat Art. 56a Abs. 1 BVG (in der bis 31. Dezember 2004 gültig gewesenen Fassung) in Kraft (AS 1996 3067), wonach der Sicherheitsfonds gegenüber Personen, die für die Zahlungsunfähigkeit der Vorsorgeeinrichtung oder des Versichertenkollektivs ein Verschulden trifft, ein Rückgriffsrecht im Umfang der sichergestellten Leistungen hat.
1.1.3 In der seit 1. Januar 2005 geltenden Fassung sieht Art. 56a Abs. 1 BVG vor, dass der Sicherheitsfonds gegenüber Personen, die für die Zahlungsunfähigkeit der Vorsorgeeinrichtung oder des Versichertenkollektivs ein Verschulden trifft, im Zeitpunkt der Sicherstellung im Umfang der sichergestellten Leistungen in die Ansprüche der Vorsorgeeinrichtung eintreten kann.
1.2 Die Beschwerdeführerin gründet ihren Anspruch auf Sachverhalte, die sich vor 1997 zugetragen haben. Materiellrechtlich anwendbar ist somit die bis Ende 1996 geltende, ursprüngliche Fassung von Art. 56 BVG. Nach dem Wortlaut dieser Bestimmung richtet sich der Rückgriff nur gegen die Organe zahlungsunfähiger Vorsorgeeinrichtungen. Art. 11 SFV 2 ging über den Wortlaut des Gesetzes hinaus, indem er den Kreis der Regresspflichtigen auf alle Personen, die für die Zahlungsunfähigkeit ein Verschulden trifft, ausdehnte, mithin auch auf Personen, welche keine Organstellung haben. In seinem Urteil B 10/05 vom 30. März 2006 (publ. in: SVR 2006 BVG Nr. 34 S. 131) trat das Eidg. Versicherungsgericht zwar auf die Beschwerden gegen die Beschlüsse der Vorinstanz vom 22. Dezember 2004 nicht ein, führte aber in den Erwägungen (E. 8.2.3 und 8.2.4) aus, Art. 11 SFV 2 sei nicht gesetzwidrig. Dementsprechend ist auch die Vorinstanz unter Bezugnahme auf diese Erwägungen des Eidg. Versicherungsgerichts davon ausgegangen, dass die Passivlegitimation der Beschwerdegegnerin auch zu bejahen ist, soweit intertemporalrechtlich die bis Ende 1996 in Kraft gewesene Fassung Anwendung findet, mithin unabhängig von einer Organstellung der Beschwerdegegnerin bei der Vera- und der Pevos-Sammelstiftung. Es besteht kein Anlass, von dem im Urteil B 10/05 vom 30. März 2006 Gesagten abzuweichen.
1.3 Die Haftung nach Art. 56a BVG bzw. Art. 11 SFV 2 setzt nach dem Wortlaut der Normen in der deutschen Fassung bloss voraus, dass die in Anspruch genommene Person an der Zahlungsunfähigkeit der Vorsorgeeinrichtung ein Verschulden trifft. In der französischen und italienischen Version richtet sich der Anspruch gegen "les personnes responsables de l'insolvabilité" (Art. 56a BVG und Art. 11 SFV 2) bzw. "persone a cui è imputabile l'insolvibilità" (Art. 56a BVG) oder "le persone responsabili dell'insolvenza" (Art. 11 SFV 2). Weitere Haftungsvoraussetzungen werden nicht genannt. Auch ist die dogmatische Natur des Anspruchs (eigenständiger Haftungstatbestand oder Subrogation des Sicherheitsfonds in die Ansprüche der Vorsorgeeinrichtung) in der Lehre umstritten (vgl. einerseits Thomas Geiser, Haftung für Schäden der Pensionskassen, in: Mélanges en l'honneur de Jean-Louis Duc, Lausanne 2001, S. 67 ff., 72 f.; Kristin M. Lüönd, Der Sicherheitsfonds BVG, Diss. Zürich 2004, S. 105 und 108; andererseits Rita Trigo Trindade, Fondations de prévoyance et responsabilité: développements récents, in: Trigo Trindade/Anderson [Hrsg.], Institutions de prévoyance: devoirs et responsabilité civile, Zürich 2006, S. 141 ff., 169). So oder so ist entsprechend allgemeinen Grundsätzen des Schadenersatzrechts ein widerrechtliches bzw. pflichtwidriges Verhalten vorauszusetzen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 283; Geiser, a.a.O., S. 73 f.), welches zudem gemäss der deutschsprachigen Gesetzesfassung schuldhaft sein muss; dabei genügt jedes Verschulden, mithin auch leichte Fahrlässigkeit (vgl. zu Art. 52 BVG: <ref-ruling> E. 4e S. 132). Vorauszusetzen ist ferner ein Schaden sowie ein natürlicher und adäquater Kausalzusammenhang zwischen der Pflichtverletzung und dem Schaden (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 127 f. und E. 4f S. 133 zur Haftung gemäss Art. 52 BVG). Der Schaden besteht darin, dass der Sicherheitsfonds für eine Leistung aufkommen muss, welche an sich durch die entsprechenden Vorsorgeeinrichtungen zu erbringen wäre.
1.4 Eine haftpflichtrechtlich massgebliche Widerrechtlichkeit setzt die Verletzung eines von der Rechtsordnung geschützten Gutes voraus, sei es, dass ein absolutes Recht des Geschädigten verletzt wird (Erfolgsunrecht), sei es, dass eine reine Vermögensschädigung durch Verstoss gegen eine einschlägige Schutznorm bewirkt wird (Verhaltensunrecht). Das Vermögen als solches ist kein Rechtsgut, seine Schädigung für sich allein somit nicht widerrechtlich. Vermögensschädigungen ohne Rechtsgutverletzung sind daher nur rechtswidrig, wenn sie auf ein Verhalten zurückgehen, das von der Rechtsordnung als solches, d.h. unabhängig von seiner Wirkung auf das Vermögen, verpönt wird. Vorausgesetzt wird, dass die verletzten Verhaltensnormen dem Schutz vor diesen Schädigungen dienen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 329 f.; <ref-ruling> E. 4.1 S. 317 f., 449 E. 3.3 S. 457; <ref-ruling> E. 4c S. 581). Das gesetzlich geforderte Verhalten kann aus einem Tun bestehen oder aus einem Unterlassen, wenn eine Handlungspflicht besteht, die das Interesse des Geschädigten verfolgt und sich aus einer Schutzvorschrift zu dessen Gunsten ergibt (Garantenstellung; BGE <ref-ruling> E. 4.1 S. 317 f.; <ref-ruling> E. 4d/ff S. 583 f.). Die Pflichten, die verletzt werden, ergeben sich in erster Linie aus dem Gesetz; für die Organe im Sinne von Art. 52 BVG sind ferner die statutarischen und reglementarischen Pflichten und Vorschriften massgebend, ferner die Weisungen der Aufsichtsbehörden und die Pflichten, die sich aus einem Vertrag ergeben (<ref-ruling> E. 4d S. 129).
2. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law> und Art. 6 EMRK) durch die Vorinstanz. Diese habe in ihrem Entscheid massgeblich auf das (in SVR 2006 BVG Nr. 26 S. 98 publizierte) Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts vom 29. März 2006 im Verfahren B 15/05 (an welchem die heutige Beschwerdeführerin nicht beteiligt war) abgestellt, ohne die beantragten Beweise abzunehmen oder darzulegen, weshalb sie diese als untauglich erachtete. Dadurch sei auch das Recht auf Beweis (<ref-law>) verletzt worden. Zudem habe die Vorinstanz aktenwidrige Sachverhaltsfeststellungen getroffen.
2.1 Die Vorinstanz hat für die Feststellung und Würdigung des Sachverhalts weitgehend auf die Erwägungen des Eidg. Versicherungsgerichts im Verfahren B 15/05 (Urteil vom 29. März 2006) abgestellt. In diesem Prozess, in welchem sich die Vera-Sammelstiftung in Liquidation und die heutige Beschwerdegegnerin gegenüberstanden, ging es freilich um eine Haftung gemäss Art. 52 BVG, welche sich nur gegen (rechtliche und faktische) Organe der Vorsorgeeinrichtung richten kann. Das Eidg. Versicherungsgericht hat im damaligen Urteil die Haftung der heutigen Beschwerdegegnerin verneint mit der Begründung, diese habe bei der Vera-Sammelstiftung zu keinem Zeitpunkt eine faktische Organstellung inne gehabt (E. 8.4.2). Da jedoch - wie dargelegt (E. 1.2) - der Kreis der nach Art. 56a BVG bzw. Art. 11 SFV 2 Haftbaren über den Kreis der nach Art. 52 BVG Haftbaren hinausgeht und auch Personen umfasst, welche nicht Organstellung bei der Vorsorgeeinrichtung haben, kann die Haftung der Beschwerdegegnerin nicht ohne weiteres mit der im Verfahren zwischen der Vera-Sammelstiftung und der Beschwerdegegnerin gültigen Argumentation verneint werden. Insoweit ist der Beschwerdeführerin beizupflichten, wenn sie kritisiert, dass die Vorinstanz in weiten Teilen auf die Erwägungen des Eidg. Versicherungsgerichts verwiesen hat.
2.2 Dies ändert allerdings nichts daran, dass die vorinstanzlichen Feststellungen, soweit sie Tatfragen betreffen, vom Bundesgericht nur im Rahmen von Art. 97 Abs. 1 bzw. Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG überprüft werden können, wobei es der Stiftung Sicherheitsfonds BVG obliegt, in der Beschwerde darzulegen, worin eine offensichtlich unrichtige oder auf einer Rechtsverletzung beruhende Sachverhaltsfeststellung liegen soll (Art. 42 Abs. 2 und 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 351 f., 462 E. 2.4 S. 466 f.; Urteil 4A_223/2007 vom 30. August 2007, E. 3.2). Eine solche Rechtsverletzung kann namentlich auch in einer Verletzung des rechtlichen Gehörs und des Rechts auf Beweis liegen; freilich kann ein solcher Mangel nur gerügt werden, wenn er für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2.3 Die Beschwerdeführerin rügt nur bezüglich dreier Aspekte rechtsgenüglich substanziiert, dass die Vorinstanz die von ihr vorgelegten Beweismittel nicht berücksichtigt bzw. gestellte Beweisanträge missachtet habe:
2.3.1 Die Beschwerdeführerin hatte im vorinstanzlichen Verfahren geltend gemacht, die Beschwerdegegnerin habe im Vera/Pevos-System ein möglichst grosses Prämienvolumen akquirieren wollen. Sie hatte in ihren Stellungnahmen vom 15. Dezember 2003 und 1. April 2004 die Einvernahme mehrerer Zeugen beantragt, welche hätten bestätigen können, dass Dr. X., der damals für die Beschwerdegegnerin tätig gewesen sei, an den Akquisitionsgesprächen teilgenommen habe und als deren Vertreter aufgetreten sei. Die Vorinstanz hat dazu - teilweise gestützt auf die Erwägungen des Eidg. Versicherungsgerichts im Urteil B 15/05 vom 29. März 2006 - festgestellt, eigene Akquisitionstätigkeiten der Beschwerdegegnerin könnten nicht nachgewiesen werden.
Ob diese Feststellung mangelhaft im Sinne von <ref-law> ist, kann offen bleiben, da der von der Beschwerdeführerin behauptete Sachverhalt nicht rechtserheblich ist: Es ist weder illegal noch verwerflich, sondern im Gegenteil normal und legitim, dass eine Versicherungsgesellschaft ein Interesse an einem hohen Prämienvolumen hat und aus diesem Grund den Anschluss von Arbeitgebern bei einer Vorsorgeeinrichtung fördert, deren Versicherung sie durchführt. Eine Haftung der Beschwerdegegnerin konnte sich aus den Tatsachen, welche die Beschwerdeführerin mit den genannten Beweisanträgen nachweisen wollte, von vornherein nicht ergeben, weshalb die Vorinstanz mit dem Verzicht auf die Abnahme der beantragten Beweise keine Rechtsverletzung begangen hat.
2.3.2 Die Beschwerdeführerin hatte ferner vorgebracht, die angeschlossenen Arbeitgeber hätten aufgrund einer Täuschung die Beschwerdegegnerin als Vorsorgeeinrichtung betrachtet; um dies zu beweisen, hatte sie mit den Stellungnahmen vom 15. Dezember 2003 und 1. April 2004 verschiedene Unterlagen eingereicht und Zeugeneinvernahmen beantragt. Zudem machte sie geltend, die Beschwerdegegnerin habe dies auch eingestanden. Die Vorinstanz führte dazu aus, es fehlten Hinweise dafür, dass die angeschlossenen Arbeitgeber im Irrglauben gelassen worden seien, die Beschwerdegegnerin sei ihre Vorsorgeeinrichtung. Die Arbeitgeber hätten sich primär aus gewerblichen Gründen - um Gegengeschäfte zu erhalten - für den Anschluss bei den Stiftungen entschieden.
Den eingereichten Unterlagen lässt sich entnehmen, dass die angeschlossenen Arbeitgeber von einer engen Verbindung zwischen den Stiftungen und der Beschwerdegegnerin ausgingen und sich auch als deren Kunden betrachteten. Indessen ist allgemein bekannt, dass Sammelstiftungen das Versicherungsgeschäft in der Regel nicht selber durchführen, sondern mittels Kollektivversicherungsverträgen durch eine Versicherungsgesellschaft durchführen lassen (Art. 67 Abs. 1 und Art. 68 BVG; Alfred Maurer, Schweizerisches Privatversicherungsrecht, 3. Aufl., Bern 1995, S. 470 f.). Dies ist auch den angeschlossenen Arbeitgebern in aller Regel bekannt und bewusst, weshalb sie sich - bei wirtschaftlicher Betrachtung durchaus zu Recht - als Kunde der Versicherungsgesellschaft betrachten mögen, mit denen sie häufig für die Abwicklung des Vorsorgegeschäfts auch in direkter Beziehung stehen. Aus den aktenkundigen Anschlussvereinbarungen geht aber klar hervor, dass die Anschlussverträge zwischen den Arbeitgebern und den Stiftungen abgeschlossen wurden, wobei in den Verträgen auch transparent dargelegt war, dass die Stiftungen zur Erfüllung des Vertrags einen Versicherungsvertrag mit den entsprechenden Versicherungsgesellschaften abschliessen. Eine Täuschung liegt darin nicht. Der Umstand, den die Beschwerdeführerin mit den angerufenen Beweismitteln nachweisen wollte, war von vornherein nicht geeignet, eine Haftung der Beschwerdegegnerin zu begründen.
2.3.3 Die Beschwerdeführerin hatte schliesslich geltend gemacht, die Beschwerdegegnerin habe auch auf die Anlagetätigkeit der Stiftungen Einfluss genommen. Sie hatte dazu mit den Stellungnahmen vom 15. Dezember 2003 und 29. November 2004 Unterlagen eingereicht und eine Zeugeneinvernahme beantragt. Die Vorinstanz erwog, eine Einflussnahme der Beschwerdegegnerin auf die konkrete Anlagepolitik der Stiftungen sei nicht nachgewiesen.
Aus den eingereichten Unterlagen geht hervor, dass die Beschwerdegegnerin enge geschäftliche Beziehungen zu den Stiftungen unterhielt, was aber für eine Versicherungsgesellschaft, die für eine Sammelstiftung die berufliche Vorsorge durchführt, üblich und notwendig ist. Ebenfalls normal ist, dass sich eine Versicherungsgesellschaft in dieser Situation sowohl zur Bonität angeschlossener Arbeitgeber äussert als auch sich im eigenen Interesse Überlegungen zur Solidität der Anlagetätigkeit der Vorsorgeeinrichtung macht. Hingegen lässt sich den angeführten Unterlagen kein Hinweis entnehmen, dass die Beschwerdegegnerin die Anlagetätigkeit der Stiftungen oder der Anlagestiftungen bestimmt hätte. Die Vorinstanz durfte angesichts dieser fehlenden Indizien willkürfrei auf die Einvernahme des beantragten Zeugen in antizipierter Beweiswürdigung (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 94) verzichten.
2.4 Insgesamt waren die angerufenen Beweismittel nicht geeignet, eine Haftung der Beschwerdegegnerin zu begründen. Die Vorinstanz war angesichts des überaus grossen Aktenumfangs auch nicht verpflichtet, zu jedem einzelnen der eingereichten bzw. beantragten Beweismittel eine Begründung anzugeben, weshalb sie darauf nicht abstellte bzw. auf die Abnahme verzichtete. Aus den vom zürcherischen Handelsgericht beigezogenen Akten ergibt sich im Übrigen nichts Neues, das für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens von Bedeutung wäre. Mangels Entscheiderheblichkeit der edierten Akten erübrigen sich verfahrensmässige Weiterungen und materielle Ausführungen dazu.
3. Die Beschwerdeführerin begründet ihren Anspruch mit einer Verletzung von aArt. 71 Abs. 2 BVG.
3.1 Die Beschwerdegegnerin hatte einerseits mit den Sammelstiftungen Kollektivlebensversicherungsverträge abgeschlossen, um die Leistungen der beruflichen Vorsorge zu versichern, andererseits den Stiftungen Darlehen gewährt ("Vorauszahlungen für Rechnung der abgeschlossenen Kollektivlebensversicherungsverträge", sog. Policendarlehen) und sich vertraglich vorbehalten, im Falle der Kündigung des Versicherungsvertrags ihre Darlehensrückzahlungs- und Zinsforderungen mit dem Rückkaufswert der Versicherungen zu verrechnen. Nach der Auflösung der Kollektivversicherungsverträge verrechnete die Beschwerdegegnerin (für beide Stiftungen zusammen) per 31. Januar 1996 Auflösungs- bzw. Rückkaufswerte von insgesamt Fr. 22'134'522.50 mit ihren Forderungen auf Darlehensrückzahlung und Zinsen.
3.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, aufgrund der Gewährung von Policendarlehen sei die Beschwerdegegnerin verpflichtet gewesen, die Gewährleistung der vorsorgerechtlichen Verpflichtungen der Sammelstiftungen zu überwachen bzw. für eine adäquate Anlage der Gelder zu sorgen. Die Verletzung dieser Sorgfaltspflicht begründe ihre Haftung.
3.3 Der Versicherer ist nach den versicherungsaufsichtsrechtlichen Regeln verantwortlich für die sichere Anlage seiner Gelder und damit auch der Deckungskapitalien aus den Kollektiv-Lebensversicherungen (Maurer, a.a.O., S. 471). Leiht er Geld aus, muss er deshalb auf eine angemessene Sicherheit seiner Darlehensforderung achten. Hingegen begründet der Darlehensvertrag nicht eine Garantenstellung des Darlehensgebers dafür, dass der Darlehensnehmer mit dem geliehenen Geld sorgfältig umgeht. Dafür bleibt der Darlehensnehmer, vorliegend die Vorsorgeeinrichtung, verantwortlich (vgl. Urteil 4C.405/1998 vom 11. Mai 1999, E. 2b/aa).
3.4 Fraglich ist einzig, ob aArt. 71 Abs. 2 BVG an dieser grundsätzlich geltenden privatrechtlichen Lage etwas ändert:
3.4.1 Die Bestimmung des aArt. 71 Abs. 2 BVG lautete in ihrer ursprünglichen, bis Ende 2004 in Kraft gewesenen Fassung: "Der Bundesrat bestimmt die Fälle, in denen die Verpfändung oder Belastung von Ansprüchen einer Vorsorgeeinrichtung aus Kollektivlebensversicherungsvertrag oder aus Rückversicherungsvertrag zulässig ist." Gestützt darauf hatte der Bundesrat die Verordnung vom 17. Februar 1988 über die Verpfändung von Ansprüchen einer Vorsorgeeinrichtung erlassen, die rückwirkend auf den 1. Januar 1988 in Kraft trat (VoVpf [AS 1988 382]; in Kraft bis 31. Dezember 2004 [vgl. Art. 60c Abs. 2 BVV2 in der Fassung vom 1. Juli 2004, AS 2004 4279]). Gemäss Art. 1 dieser Verordnung können zur Sicherstellung eines Darlehens, das der Vorsorgeeinrichtung von der Versicherungseinrichtung gewährt wird, die Ansprüche der Vorsorgeeinrichtung aus Kollektivlebens- bzw. Rückversicherungsvertrag zugunsten der Versicherungseinrichtung verpfändet werden (Abs. 1), doch darf die Verpfändung nur erfolgen, wenn durch die Verwendung des Darlehens die Erfüllung der gesetzlichen und reglementarischen Verpflichtungen der Vorsorgeeinrichtung nicht gefährdet ist (Abs. 2).
3.4.2 Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, nach dem Inkrafttreten des BVG bis zum Erlass der VoVpf seien Policendarlehen generell unzulässig und nach dem Inkrafttreten der VoVpf nur unter den darin enthaltenen Bedingungen zulässig gewesen; diese seien nicht eingehalten worden. Die Beschwerdegegnerin als Darlehensgeberin wäre verpflichtet gewesen, die Einhaltung der VoVpf zu überwachen und für eine adäquate Anlage besorgt zu sein. Sie habe durch ihre Darlehensgewährung die Anlagegeschäfte der Stiftungen erst ermöglicht und dadurch den Schaden verursacht.
3.4.3 Der von der Beschwerdeführerin geltend gemachte Schaden von Fr. 72,6 Mio. (soweit er überhaupt ausgewiesen ist, was von der Beschwerdegegnerin bestritten wird, aber mit Blick auf das Folgende offen bleiben kann) ist nicht unmittelbar durch die Darlehensgewährung entstanden, sondern durch die spekulativen Anlagen der Sammel- bzw. der Anlagestiftungen (vgl. dazu Martin Th. Maria Eisenring, Die Verantwortlichkeit für Vermögensanlagen von Vorsorgeeinrichtungen, Diss. Zürich 1999, S. 157; Carl Helbling, Personalvorsorge und BVG, 8. Aufl., Bern 2006, S. 626; S. N., Die Pleite ist schlimmer als angenommen, in: SPV 1996 S. 135 ff.). Eine allfällige Verletzung der in aArt. 71 BVG enthaltenen Anlagevorschriften wäre widerrechtlich im Sinne der Organhaftung (Art. 52 BVG; <ref-ruling> E. 4d S. 129 ff.). Indessen hat das Eidg. Versicherungsgericht im Urteil B 15/05 vom 29. März 2006, E. 8.2, festgehalten, dass die Beschwerdegegnerin bei den Sammelstiftungen keine Organstellung im Sinne von Art. 52 BVG hatte. Sie konnte deshalb nicht als Organ der Stiftungen für die allenfalls widerrechtliche Anlagetätigkeit haftbar sein.
3.4.4 Zutreffend ist, dass die Stiftungen ihre Anlagetätigkeit nicht oder jedenfalls nicht in diesem Ausmass hätten ausüben können, wenn sie nicht von der Beschwerdegegnerin Darlehen erhalten hätten. Das Eidg. Versicherungsgericht hat indessen bereits im Urteil B 15/05 vom 29. März 2006, E. 8.4, erwogen, die Beschwerdegegnerin sei auch im Lichte von aArt. 71 Abs. 2 BVG als Darlehensgeberin nicht verpflichtet gewesen, die Anlagetätigkeit der Stiftungen zu überprüfen, weil Policendarlehen damals grundsätzlich noch zulässig gewesen seien und die Verantwortung für die Einhaltung der VoVpf in erster Linie bei den Sammelstiftungen und nicht bei der Beschwerdegegnerin gelegen habe. Auf diese Erwägungen stützt sich auch die Vorinstanz.
3.4.5 Daran ist auch im Lichte der aktuellen Vorbringen der Beschwerdeführerin festzuhalten: aArt. 71 Abs. 2 BVG beschränkt nicht die Darlehensgewährung als solche, sondern nur die Verpfändung oder Belastung der Versicherungsansprüche. Er will sicherstellen, dass die Leistungen aus Kollektiv- oder Rückversicherungsverträgen, die eine Vorsorgeeinrichtung abgeschlossen hat, bei Eintritt eines Versicherungs- oder Freizügigkeitsfalls erbracht werden können (Botschaft des Bundesrates an die Bundesversammlung zum Bundesgesetz über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 19. Dezember 1975, BBl 1976 I S. 149 ff., 269). Zu diesem Zweck sollen Belastungen (namentlich Verpfändungen) dieser Versicherungsansprüche nur unter einschränkenden Voraussetzungen zulässig sein. Nur insoweit kann aArt. 71 Abs. 2 BVG als Schutznorm im haftpflichtrechtlichen Sinne (E. 1.4) betrachtet werden. Widerrechtlich kann daher von vornherein nicht die Darlehensgewährung als solche, sondern höchstens die Belastung der Versicherungsansprüche sein. Auch die VoVpf kann bei gesetzeskonformer Auslegung nur in diesem Sinne verstanden werden. Für den Schaden, der daraus entstanden ist, dass die geliehenen Gelder allenfalls unsorgfältig angelegt wurden, kann daher der Darlehensgeber nicht haften, selbst wenn man davon ausgeht, dass er auch Adressat von aArt. 71 Abs. 2 BVG bzw. der VoVpf ist. Die Beschwerdegegnerin kann damit von vornherein nicht für den ganzen von der Beschwerdeführerin eingeklagten Betrag haftbar sein.
3.5 Widerrechtlich kann allenfalls die Belastung der Versicherungsansprüche (als Sicherheit für die gewährten Darlehen) sein. Eine Haftung der Beschwerdegegnerin könnte sich somit ergeben für den Schaden, der daraus entstanden ist, dass allenfalls in Verletzung von aArt. 71 Abs. 2 BVG bzw. der VoVpf die Darlehen sichergestellt wurden bzw. die Rückkaufsschulden der Beschwerdegegnerin mit ihren Forderungen auf Rückzahlung der Darlehen verrechnet wurden. Der Schaden beliefe sich damit höchstens auf den verrechneten Betrag von Fr. 22'134'522.50 (vgl. vorne E. 3.1). Es ist somit zu prüfen, ob diese Verrechnung unzulässig war.
3.5.1 Es ist unbestritten, dass die beiden Forderungen fällig und gleichartig waren. Die Verrechnung war demnach gemäss <ref-law> grundsätzlich zulässig. Sie wird auch im Quantitativ nicht bestritten. Da sie zudem ausdrücklich vertraglich vereinbart war, könnte sie nur widerrechtlich sein, wenn sie einer zwingenden Gesetzesbestimmung widerspräche.
3.5.2 Im Unterschied zur Kollektiv-Unfall- oder -Krankenversicherung (<ref-law>) steht dem Versicherten bei der Kollektiv-Lebensversicherung kein direktes Forderungsrecht gegenüber dem Versicherer zu (<ref-ruling> E. 3a S. 98; Gerold Betschart, Das Verhältnis zwischen Versicherungsträger und den aus der Versicherung berechtigten Personen bei der Personalvorsorge mit Gruppenversicherung, Diss. Zürich 1976, S. 123 ff.; Hans-Kaspar Zulauf, Rechtsgrundsätze des Gruppenversicherungsvertrages unter besonderer Berücksichtigung der Personalgruppenversicherung, Diss. Zürich 1970, S. 103). Auch der Rückkaufswert bei Auflösung des Vertrags (<ref-law>; vgl. heute auch Art. 53e BVG) steht nur dem Versicherungsnehmer zu, nicht dem Versicherten (Zulauf, a.a.O., S. 122; Peter Richner, Die Anspruchsberechtigung innerhalb privater Personalversicherungs-Einrichtungen, Diss. Zürich 1962, S. 83). Das Verrechnungsverbot gemäss <ref-law> kommt daher nicht zum Tragen, ebenso wenig die entsprechende Bestimmung von <ref-law>. Aus dem gleichen Grund sind auch die Abtretungs- und Verrechnungsverbote gemäss <ref-law> (in der ab 1. Januar 1995 geltenden Fassung; bzw. <ref-law> in der bis 31. Dezember 1994 in Kraft gewesenen Fassung) und Art. 39 BVG nicht anwendbar; bei den verrechneten Forderungen handelte es sich nicht um solche der Versicherten, sondern der Sammelstiftungen. Im wirtschaftlichen Ergebnis wird freilich durch die hier streitige Verrechnung ein Ergebnis herbeigeführt, das die genannten Gesetzesbestimmungen vermeiden wollen: Die Ansprüche der Versicherten können nicht mehr gedeckt werden.
3.5.3 Die Praxis, die berufliche Vorsorge mittels Kollektivlebensversicherungen durchzuführen und auf den Rückkaufswerten Policendarlehen zu gewähren, war schon lange vor dem Erlass des BVG verbreitet (vgl. Antwort des Bundesrates auf die Interpellation 99.3604 Büttiker, AB S 2000 Beilagen S. 67). Dass dadurch der Vorsorgezweck gefährdet werden kann, wurde durchaus erkannt (Betschart, a.a.O., S. 84 f.; Ivo Furrer, Die Vermögensanlagevorschriften gemäss BVG und BVV 2, insbesondere unter dem Gesichtspunkt der Wohneigentumsförderung, Diss. Zürich 1985, S. 146). Umgekehrt entsprach diese Praxis einem Kreditbedürfnis der Versicherungsnehmer oder Arbeitgeber (Maurer, a.a.O., S. 447). In der vor Erlass des BVG erschienenen Lehre wurde zum Teil postuliert, die Kollektivversicherung sollte nicht oder nur mit bestimmten Einschränkungen als Kreditmittel verwendet werden, wenn dadurch die Ansprüche der Berechtigten gefährdet werden (Betschart, a.a.O., S. 85; Willy Koenig, Ist das Versicherungsvertragsgesetz revisionsbedürftig?, in: ZSR 1962 II 129 ff., 206 f.; Christoph Meier, Die staatliche Beaufsichtigung der Personalvorsorgestiftungen im geltenden und werdenden Recht, Diss. Basel 1978, S. 112 f.), dies aber eher de lege ferenda und ohne dass eine gesetzliche Grundlage für ein entsprechendes Verbot erwähnt wird. Stattdessen hatten die schweizerischen Lebensversicherer selber gewisse Einschränkungen für die Belehnung von Deckungskapitalien vereinbart (Meier, a.a.O., S. 113).
3.5.4 Beim Erlass des BVG war dem Gesetzgeber bewusst, dass diese Praxis (die berufliche Vorsorge mittels Kollektivlebensversicherungen durchzuführen und auf den Rückkaufswerten Policendarlehen zu gewähren) unter Umständen den Vorsorgeschutz gefährden kann; aus diesem Grunde strebte er eine Verstärkung desselben an (BBl 1976 I S. 269; Betschart, a.a.O., S. 85 und S. 127 Fn. 13). Zu diesem Zweck wurde denn auch aArt. 71 Abs. 2 BVG erlassen.
3.5.5 Die Bestimmung des aArt. 71 Abs. 2 BVG spricht nicht von Verrechnung, sondern nur von "Verpfändung oder Belastung". Eine Verpfändung liegt nach übereinstimmender Auffassung der Parteien nicht vor. Nach dem Gesetz sind aber auch andere Formen der Belastung erfasst. Der Begriff der Belastung (französisch "grever d'un engagement"; italienisch "gravare") ist nicht gesetzlich definiert und stellt auch keinen juristischen terminus technicus dar. Er kann jedoch im Lichte der gesetzlichen Zielsetzung nur so verstanden werden, dass damit diejenigen Rechtsgeschäfte gemeint sind, welche eine gleiche Wirkung haben wie eine Verpfändung. Auch die VoVpf bezieht sich nach ihrem Wortlaut nur auf die Verpfändung. In der Doktrin wird die Verrechnung teilweise einer Verpfändung gleichgesetzt (Eisenring, a.a.O., S. 155 ff.; anders freilich Carl Helbling, Personalvorsorge und BVG, 7. Aufl., Bern 2000, S. 547, wonach die VoVpf die Verrechnung bei Zahlungsunfähigkeit der Vorsorgeeinrichtung nicht regelt, sondern in diesem Fall <ref-law> gilt). Vom wirtschaftlichen Ergebnis her ist die Verrechnung eine Art der Belastung und kommt einer Verpfändung gleich.
3.5.6 Auf jeden Fall wollte aber aArt. 71 Abs. 2 BVG die Belastung bzw. Verrechnung nicht generell verbieten (Furrer, a.a.O., S. 147, schlägt für die Rechtslage nach Erlass des BVG, aber vor Erlass der VoVpf, bloss gewisse Anforderungen vor, aber offenbar ohne diese als geltendes Recht zu betrachten; unklar Betschart, a.a.O., S. 85, der einerseits erwähnt, dass der Gesetzesentwurf [der nachmals Gesetz wurde] gegenüber dem Vorentwurf eine abgeschwächte Version enthielt, aber dennoch die Verpfändung und Belastung grundsätzlich als ausgeschlossen betrachtet). Spätestens mit dem Erlass der VoVpf war klargestellt, dass die Verpfändung unter gewissen Voraussetzungen grundsätzlich zulässig war (Art. 1 Abs. 1 VoVpf; ebenso bereits das Eidg. Versicherungsgericht im Urteil B 15/05 vom 29. März 2006, E. 8.4.1). Selbst wenn man mit der Beschwerdeführerin davon ausgeht, dass die Verpflichtung, die Voraussetzungen gemäss Art. 1 Abs. 2 VoVpf zu beachten, sich an beide Vertragsparteien richtet, ergibt sich daraus aber nicht eine konkrete, klare Begrenzung (vgl. auch die vagen Ausführungen in den Mitteilungen über die berufliche Vorsorge Nr. 8 vom 30. März 1988, S. 14 f.). Der in der Botschaft zum BVG geäusserte Gedanke, die Policendarlehen sollten beispielsweise zur Überwindung von vorübergehenden Liquiditätsschwankungen zulässig sein (BBl 1976 I 269), ist jedenfalls nicht als Zulässigkeitsvoraussetzung in den Gesetzes- oder Verordnungstext eingeflossen. Er ergibt sich (entgegen Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Zürich 2005, S. 579 Rz. 1524) namentlich nicht aus Art. 2 VoVpf, wonach das Darlehen spätestens am Tag, auf den die Kündigung eines Kollektivlebens- oder Rückversicherungsvertrags erfolgt, zurückzubezahlen ist (was auch im hier zu beurteilenden Fall vereinbart war, wobei dann allerdings die Rückzahlung verrechnet wurde); im Gegenteil setzt diese Bestimmung voraus, dass ein Policendarlehen für die ganze Geltungsdauer eines Kollektivlebensversicherungsvertrags grundsätzlich zulässig ist. Nach dem Eintritt des hier zu beurteilenden Schadenfalls wurden in der Literatur kritische Auffassungen zur Zulässigkeit der Policendarlehen vertreten (Stauffer, a.a.O. [2005], S. 579 f., und a.a.O. [1997], S. 625 ff.; Martin Hubatka, Policendarlehen waren die Ursache der "verheerenden" Pleite, in: SPV 1999 S. 715 f.). Andere Stimmen forderten mit Blick auf die bisherige Rechtslage, aus diesen Ereignissen seien die Lehren zu ziehen, aber immer noch ohne ein vollständiges Verbot von Policendarlehen zu postulieren (Eisenring, a.a.O., S. 155 ff.; Helbling, a.a.O. [2000], S. 546 ff.). Der Gesetzgeber hat dann allerdings unter dem Eindruck des Falles der Vera- und Pevos-Stiftungen im Rahmen der 1. BVG-Revision mit der Neufassung von Art. 71 Abs. 2 BVG die Verpfändung und Belastung von Ansprüchen einer Vorsorgeeinrichtung aus Kollektivlebensversicherung oder Rückversicherung generell verboten (AB 2002 N 561 und 565, S 1052; vgl. Postulat 96.3098 Rechsteiner, AB 1996 N 1207 f., sowie Interpellation 99.3604 Büttiker, AB 2000 S 111 und Beilagen S. 67). Auch im Parlament wurde aber davon ausgegangen, dass die Policendarlehen zwar problematisch, nach bisherigem Recht aber grundsätzlich zulässig waren oder jedenfalls die Rechtslage unklar war (vgl. Protokoll der Sitzung der Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit des Nationalrates [SGK-N] vom 21./22. Februar 2002, S. 53 f., Protokoll der Sitzung der Kommission für soziale Sicherheit und Gesundheit des Ständerates [SGK-S] vom 4./5. November 2002, S. 39).
3.5.7 Schliesslich lässt sich auch der damaligen Aufsichtspraxis eine Unzulässigkeit der Verrechnungen nicht entnehmen. Vielmehr ging aus den Stiftungsstatuten der Sammelstiftungen bereits hervor, dass die Vorsorge durch Versicherungsverträge verwirklicht und diese belehnt würden, um Anteilscheine bei den Anlagestiftungen zu zeichnen (je Art. 2 der Statuten der Vera- und der Pevos-Sammelstiftung). Diese Statuten wurden von der Aufsichtsbehörde nicht beanstandet. Der blosse Umstand, dass aufgrund schlechter Erfahrungen im Nachhinein das Konzept kritischer beurteilt und schliesslich gesetzlich verboten wurde, reicht nicht aus, um für den massgeblichen Zeitraum eine Widerrechtlichkeit der Belehnungen oder Verrechnungen anzunehmen.
3.5.8 Insgesamt verstiess die hier streitige Verrechnung nicht gegen die im massgeblichen Zeitraum gültig gewesene Norm des aArt. 71 Abs. 2 BVG bzw. die VoVpf, weshalb diese Bestimmungen als Haftungsgrundlage ausscheiden.
4. Die Beschwerdeführerin rügt sodann eine Verletzung von <ref-law>.
4.1 Gemäss <ref-law> ist der Versicherer berechtigt, seine Forderung mit dem Rückkaufswert der Versicherung zu verrechnen, wenn der Anspruch aus dem Lebensversicherungsvertrag dem Versicherer verpfändet ist und nachdem er unter Androhung der Säumnisfolgen den Schuldner ohne Erfolg schriftlich aufgefordert hat, binnen sechs Monaten vom Empfang der Aufforderung an die Schuld zu bezahlen.
4.2 Die Beschwerdeführerin hatte bereits im vorinstanzlichen Verfahren argumentiert, die von der Beschwerdegegnerin vorgenommene Verrechnung der Rückkaufswerte aus dem Versicherungsvertrag mit ihren Darlehensforderungen habe gegen <ref-law> verstossen. Die Vorinstanz hat diese Argumentation mit der Begründung verworfen, es stehe kein Personenversicherungsvertrag im Sinne der <ref-law> im Streit.
4.3 Entgegen der Auffassung der Vorinstanz handelt es sich bei den Kollektivversicherungsverträgen, welche die Stiftungen mit der Beschwerdegegnerin abgeschlossen hatten, um Personenversicherungen im Sinne von <ref-law>, so dass <ref-law> grundsätzlich darauf anwendbar ist. Diese Bestimmung ist gerade auf die hier zur Diskussion stehende, sehr alte Praxis der Versicherungen zugeschnitten, Lebensversicherungspolicen zu belehnen, um sie als Kreditinstrument einzusetzen (vgl. Willy Koenig, Abtretung und Verpfändung von Personen-Versicherungsansprüchen nach schweizerischem Recht, Diss. Bern 1924, S. 1 ff., insbes. S. 7 ff. zur Entstehungsgeschichte von <ref-law>); dabei erhält der Versicherungsnehmer von der Versicherungsgesellschaft ein Darlehen und verpfändet dafür seine Ansprüche aus dem Versicherungsvertrag (vgl. Carl Jaeger, Kommentar zum Schweizerischen Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag vom 2. April 1908, Bd. 3, Bern 1933, N 1 ff. zu <ref-law> [S. 432 f.]; Willy Koenig, Schweizerisches Privatversicherungsrecht, 3. Aufl., Bern 1967, S. 419; Kuhn/Müller-Studer/Eckert, Privatversicherungsrecht, 2. Aufl., Zürich 2002, S. 215; Maurer, a.a.O., S. 447; Hans Friedrich Moser, Policendarlehen und Vorauszahlungen, in: SVZ 11/1943-44 S. 379 ff.; Bernard Viret, Privatversicherungsrecht, 3. Aufl., Zürich 1991, S. 172). <ref-law> gibt dem Versicherer, dem ein Anspruch aus der Personenversicherung verpfändet wurde (<ref-law>; Policendarlehen mit Pfandrecht an eigener Schuld, s. Jaeger, a.a.O., N 13 zu <ref-law> [S. 439]), das Recht, dieses Pfand auch ohne die sonst erforderliche Betreibung auf Pfandverwertung nach <ref-law> zu verwerten (Aebi, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, Basel 2001, N 1 zu <ref-law> [S. 1123]; Jaeger, a.a.O., N 17 zu <ref-law> [S. 440 f.]; Koenig, a.a.O. [1967], S. 421), und auch ohne dass eine entsprechende Vereinbarung oder eine Verrechnungserklärung erforderlich wäre (Jaeger, a.a.O., N 25 zu <ref-law> [S. 446]; Koenig, a.a.O. [1967], S. 420 f.).
4.4 Die Parteien sind sich einig, dass keine den Formerfordernissen von <ref-law> genügende Verpfändung der Versicherungsansprüche erfolgt war. Daraus leitet die Beschwerdeführerin ab, die Verrechnung sei nicht zulässig gewesen. Die Beschwerdegegnerin ist demgegenüber der Ansicht, dass mangels Vorliegen einer Verpfändung <ref-law> gar nicht anwendbar, die Verrechnung aber nach den allgemeinen Regeln von <ref-law> zulässig sei.
4.5 Das besondere Verwertungsrecht gemäss <ref-law> ist nur erforderlich, wenn überhaupt ein Pfandrecht verwertet werden soll. Dies ist vor allem dort von Bedeutung, wo die Rückerstattungsforderung des Versicherers noch nicht fällig ist: Mit dem Vorgehen nach <ref-law> kann vorzeitig die Fälligkeit herbeigeführt werden (Jaeger, a.a.O., N 20 zu <ref-law> [S. 443]; Koenig, a.a.O. [1924], S. 235). Sind jedoch sowohl die Forderung des Versicherungsnehmers auf Bezahlung des Rückkaufswerts (<ref-law>; vgl. Koenig, a.a.O. [1967], S. 415) als auch die Gegenforderung des Versicherers auf Darlehensrückzahlung ohnehin schon fällig (<ref-law>), ist eine Verrechnung nach den Regeln des OR möglich (Koenig, a.a.O. [1924], S. 235, und a.a.O. [1967], S. 420; Willy Koenig, Der Versicherungsvertrag, in: Schweizerisches Privatrecht, Bd. VII/2, Basel 1979, S. 479 ff., 714 f.; Jaeger, a.a.O., N 15 zu <ref-law> [S. 440]); ein Pfandrecht und die besondere, in <ref-law> vorgesehene Form für die Pfandverwertung sind entbehrlich. Die von der Beschwerdeführerin zitierte Aussage bei Jaeger, a.a.O., N 12 zu <ref-law> (S. 438), wonach eine Verrechnungsmöglichkeit nur durch Verpfändung des Versicherungsanspruchs bestehe, bezieht sich auf den Fall einer echten Vorauszahlung der Versicherungssumme (vgl. zu den beiden Varianten der Policenbeleihung, Darlehen und Vorauszahlung, Jaeger, a.a.O., N 7 zu <ref-law> (S. 435 f.); Koenig, a.a.O. [1967], S. 420 ff.; Moser, a.a.O., passim), bei welcher der Empfänger nicht rückerstattungspflichtig ist und demzufolge keine Rückerstattungsforderung fällig und damit verrechenbar werden kann. Vorliegend handelte es sich jedoch - wie aus den bei den Akten liegenden Verträgen hervorgeht - ungeachtet der bisweilen verwendeten Bezeichnung als Vorauszahlung um echte Darlehen, war doch im Falle einer Kündigung eine Rückzahlungspflicht der Stiftungen vertraglich vereinbart. Unter diesen Umständen steht <ref-law> einer Verrechnung nach den Regeln des OR (vorne E. 3.5.1) nicht entgegen.
5. Die Beschwerdeführerin begründet ihren Anspruch schliesslich mit einer Verletzung von <ref-law>, indem die Beschwerdegegnerin ihre vertraglichen Pflichten gegenüber den Stiftungen verletzt habe.
5.1 Die Verletzung eines zwischen der Beschwerdegegnerin und den Stiftungen geschlossenen Vertrags begründet Widerrechtlichkeit zunächst nur im Verhältnis zwischen diesen Vertragsparteien. Soweit die Beschwerdeführerin aber mit ihrem auf aArt. 56 bzw. Art. 56a BVG gestützten Ersatzanspruch nicht nur einen eigenen Schaden geltend macht, sondern in die Schadenersatzforderungen der Stiftungen eintritt (vgl. E. 1.3), kann sie sich auf diese Widerrechtlichkeit berufen.
5.2 Indessen ist die Rüge der Beschwerdeführerin unbegründet, die Beschwerdegegnerin wäre aufgrund des Kollektivversicherungsvertrags verpflichtet gewesen, die anlage- und versicherungstechnischen Risiken zu tragen, welcher Pflicht sie sich nicht durch Gewährung der Policendarlehen habe entziehen können. Denn diese Darlehensgewährung erfolgte nicht in vertragswidriger Weise, sondern im Gegenteil aufgrund und in Befolgung eines Vertrags zwischen der Beschwerdegegnerin und den Stiftungen und kann somit nicht vertragswidrig sein. Auch sonst ist keine Vertragsverletzung ersichtlich, nachdem eine vertragliche Garantenstellung der Beschwerdegegnerin für die Vermögensanlage der Stiftungen zu verneinen (E. 3.3 und 3.4) und die Verrechnung der unbestrittenen versicherungsvertraglichen Ansprüche mit der Darlehensforderung nicht widerrechtlich ist (E. 3.5 und 4).
6. Die unterliegende Beschwerdeführerin, die in ihrem Vermögensinteresse handelt, trägt die Kosten des Verfahrens (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG) und hat der obsiegenden Beschwerdegegnerin eine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 80'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 30'000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. April 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Keel Baumann