Fatti:
A.
All'inizio degli anni 80 è nata l'idea di costruire un porto regionale a Y._ la cui realizzazione è stata poi, tra l'altro, inclusa nel Piano direttore cantonale del 1989 (scheda di coordinamento 9.15). Senza rievocare qui nei dettagli l'iter che ha caratterizzato la progettazione di quest'opera, tutt'ora non costruita, si può rilevare che sin dal 1987 l'incarico di concepire il porto è stato conferito all'architetto C._ e all'ingegnere B._. Quest'ultimo ha quindi presentato nel 1992 un primo progetto di massima, il quale nel corso degli anni è stato più volte rielaborato e affinato. Nel 1996 è stata ottenuta la licenza edilizia per realizzare l'infrastruttura, ma i lavori non sono mai iniziati (costo elevato; sussidi negati). Il 16 agosto 2005 la D._SA ha confermato il mandato affidato all'ing. B._, con l'incarico tra l'altro di ristudiare il progetto, di costituire una comunità di progettazione e di continuare il mandato secondo tappe prestabilite e, nel 2006, un nuovo progetto ridotto è stato oggetto di una domanda di costruzione nonché di modifiche e adeguamenti da parte delle competenti autorità cantonali. Nel 2010 è nato per aggregazione il nuovo Comune di X._ e il 1° gennaio 2012 è entrata in vigore la legge sullo sviluppo territoriale del 21 giugno 2011 (Lst; RL/TI 7.1.1.1), ciò che ha accelerato la realizzazione del porto, siccome si è deciso di ricorrere alla procedura di piano particolareggiato quale autorizzazione a costruire (art. 53 Lst). Il 21 marzo 2013 la D._SA e la B._SA hanno sottoscritto un contratto di prestazioni globali SIA (progettazione, appalto e realizzazione del porto da parte di un gruppo interdisciplinare) per l'importo di fr. 1'244'035.--. Lo stesso anno, previa consultazione pubblica, è stato adottato il piano particolareggiato di D._, concesso un credito quadro di fr. 14'409'385.--, avviata la procedura di scioglimento della D._SA (con trasferimento del suo patrimonio e delle sue relazioni contrattuali al Comune) e approvato il regolamento d'esercizio del porto.
Tutti questi eventi, svoltisi nell'arco di 30 anni, sono stati, sopratutto i più recenti, ampiamente riportati dalla stampa, dai siti d'informazione online e, laddove necessario, pubblicati all'albo comunale e nel Foglio ufficiale.
B.
Il 15 ottobre 2013 l'ingegnere A._, titolare dell'omonimo studio con sede a Z._, ha scritto al Comune di X._ offrendo i propri servizi per la progettazione ingegneristica del porto, rispettivamente proponendo di essere coinvolto come ingegnere verificatore o consulente. Con scritto del 25 ottobre successivo il Municipio di X._ gli ha risposto che il mandato di progettazione era già stato assegnato, ma che a tempo debito sarebbe stato inserito tra i possibili canditati per il ruolo di verificatore.
C.
Il 5 novembre 2013 la A._SA si è rivolta al Tribunale cantonale amministrativo, chiedendo che fosse accertata la nullità del contratto del 21 marzo 2013. A suo avviso, la fattispecie avrebbe dovuto essere assoggettata al Concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RL/TI 7.1.4.1.3), motivo per cui non vi poteva essere incarico diretto, come avvenuto in concreto, ma doveva essere indetto un pubblico concorso.
D.
Il 28 maggio 2014 la Corte cantonale ha dichiarato il gravame inammissibile per tardività. Posto che il mandato non era stato attribuito né nel 1987 (tesi dei resistenti) né nel marzo 2013 (opinione dell'insorgente) bensì il 16 agosto 2005, detta autorità ha giudicato che, anche se la delibera non era stata pubblicata né comunicata a terzi, il conferimento del mandato era tuttavia indubitabilmente di dominio pubblico, siccome riportato da tutti i media che riferivano da anni delle vicende legate alla realizzazione del porto. A maggior ragione era noto all'insorgente, primario studio d'ingegneria, tenuto conto inoltre delle funzioni svolte dal suo titolare in diverse associazioni e commissioni attive nel ramo. Il gravame era quindi tardivo per rapporto alla conoscenza degli elementi utili per ricorrere. Essa ha poi osservato che sarebbe giunta alla medesima conclusione anche prendendo spunto dal contratto del 21 marzo 2013, visto l'ampio riscontro dato nel periodo immediatamente successivo dalla stampa e dai media in genere al piano particolareggiato e al progetto di porto. Infine, i giudici cantonali hanno concluso osservando che, quand'anche fosse stato giudicato tempestivo, il gravame sarebbe comunque stato respinto. Infatti sebbene ritenessero la delibera illegale (visto il valore dell'opera, l'aggiudicazione avrebbe dovuto avere luogo in esito ad un pubblico concorso invece che per incarico diretto), essi non avrebbero comunque dichiarato il contratto nullo perché, tenuto conto delle circostanze del caso, una simile sanzione avrebbe disatteso il principio della proporzionalità.
E.
Il 18 giugno 2014 la A._SA ha esperito dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico con cui, lamentata la violazione del diritto federale e intercantonale e del divieto dell'arbitrio, chiede di accertare la nullità del contratto concluso il 21 marzo 2013, di annullare l'aggiudicazione e di indire un pubblico concorso.
Chiamati ad esprimersi il Tribunale cantonale amministrativo, senza formulare osservazioni, si è rimesso al giudizio di questa Corte. La B._SA chiede che il gravame sia respinto così come il Comune di X._, alla cui risposta dichiara di aderire il Dipartimento del territorio, Ufficio dei lavori sussidiati e degli appalti.
F.
Con decreto presidenziale 28 luglio 2014 è stata respinta la richiesta di conferimento di misure supercautelari, rispettivamente cautelari, presentata dalla ricorrente.
G.
Dopo avere chiesto, il 31 luglio 2014, che il Comune fornisse determinati documenti concernenti il finanziamento delle opere litigiose, con ulteriore scritto del 19 settembre 2014 la ricorrente ha ribadito i propri argomenti e conclusioni.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 372 e rinvio). Ciononostante, incombe al ricorrente (<ref-law>) dimostrare l'adempimento, nel caso non sia evidente, delle condizioni di ammissibilità del gravame, pena l'inammissibilità dello stesso (<ref-ruling> consid. 1 pag. 372; <ref-ruling> consid. 1.3 pag. 525 e rispettivi rinvii).
2.
2.1. In materia di commesse pubbliche il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile solo se il valore stimato dell'appalto raggiunge i valori soglia previsti dall'art. 83 lett. f n. 1 LTF e, cumulativamente (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 194 seg.), se la fattispecie pone una questione di diritto d'importanza fondamentale, giusta l'art. 83 lett. f n. 2 LTF.
2.2. L'esistenza di una questione giuridica d'importanza fondamentale va valutata in maniera molto restrittiva. Per ritenere adempiuto il presupposto dell'art. 83 lett. f n. 2 LTF non è sufficiente che il Tribunale federale non abbia mai avuto modo di pronunciarsi sulla questione sottopostagli. Occorre piuttosto che il problema giuridico sollevato sia suscettibile di ripresentarsi nei medesimi termini in svariati casi analoghi, per cui la sua soluzione può fungere da riferimento per la prassi. Deve poi trattarsi di una questione aperta o controversa che per la sua portata richiede un chiarimento da parte della più alta istanza giudiziaria federale. Considerati il senso e lo scopo dell'art. 83 lett. f n. 2 LTF, detta questione deve inoltre riferirsi al contenuto della vertenza sottoposta al giudizio del Tribunale federale, ovvero deve riguardare un problema inerente al regime giuridico in materia di acquisti pubblici. Determinante è l'importanza generale dell'aspetto litigioso, non il suo significato o le sue ripercussioni per le parti coinvolte nel caso specifico (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 210; <ref-ruling> consid. 1.1.2 pag. 147; sentenza 2C_484/2008 del 9 gennaio 2009 consid. 1.3.2. non pubblicato in <ref-ruling>; sentenza 2C_559/2008 del 17 dicembre 2008 riassunta in RtiD 2009 II pag. 133 seg., consid. 1.2 pag. 135, tutte con rinvii giurisprudenziali e/o dottrinali).
2.3. Nella fattispecie è incontestato che la causa concerne prestazioni di servizi di un costo largamente superiore all'importo determinante per l'applicazione della legge sugli acquisti pubblici (cfr. l'art. 6 cpv. 1 lett. a della legge federale del 16 dicembre 1994 sugli acquisti pubblici [LAPub; RS 172.056.1] e l'art. 1 dell'ordinanza del DEFR del 22 dicembre 2013 sull'adeguamento dei valori soglia degli acquisti pubblici per gli anni 2014 e 2015 [RU 2013 4395]).
2.4. Quanto alla questione giuridica d'importanza fondamentale, la ricorrente la intravvede nel quesito di sapere quali siano le conseguenze giuridiche derivanti da un contratto perfezionato in violazione delle norme (procedurali) in materia di diritto sugli acquisti pubblici. Senonché la ricorrente dimentica che oggetto principale di giudizio è la pronuncia d'inammissibilità per tardività del gravame da lei esperito in sede cantonale. Ora una simile problematica non costituisce una questione giuridica d'importanza fondamentale, riferendosi a meri aspetti procedurali, elementi sui quali questa Corte si è già pronunciata a più riprese. Per quanto concerne poi l'argomentazione sussidiaria sviluppata dai giudici ticinesi secondo la quale, constatata l'illegalità della delibera, essi non avrebbero comunque dichiarato nullo il contratto poiché una simile conseguenza avrebbe leso il principio della proporzionalità, va ricordato che per prassi costante, quando il punto sollevato concerne l'applicazione di principi giurisprudenziali a una fattispecie particolare, essa non riguarda una questione giuridica d'importanza fondamentale (sentenza 2C_241/2012 del 28 giugno 2012 consid. 1.1.1 e 1.1.2 con rinvii). Ne deriva che gli argomenti avanzati dalla ricorrente sono inidonei per potere ammettere l'esistenza di un problema giuridico che, per la sua portata, richiede un chiarimento da parte della più alta istanza giudiziaria e la cui soluzione può fungere da riferimento per la prassi (sentenza 2C_116/2007 del 10 ottobre 2007 consid. 4.2, riassunta in: AJP 2008 pag. 238; cfr. pure DTF 127 I 289 consid. 3a pag. 292). Il ricorso in materia di diritto pubblico è di conseguenza inammissibile.
3.
3.1. Occorre ora appurare se il gravame sia proponibile quale ricorso sussidiario in materia costituzionale ai sensi degli art. 113 segg. LTF. L'errata denominazione del rimedio giuridico non comporta infatti alcun pregiudizio per la parte ricorrente (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 399), se il gravame adempie alle esigenze formali del tipo di ricorso effettivamente esperibile.
3.2. Interposta tempestivamente (art. 117 e 100 cpv. 1 LTF) contro una decisione finale (art. 117 e 90 OG) pronunciata da un'autorità cantonale di ultima istanza con natura di tribunale superiore (art. 114 e 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF) l'impugnativa risulta per contro, di principio, proponibile come ricorso sussidiario in materia costituzionale (art. 113 segg. LTF). La ricorrente appare inoltre legittimata ad agire ai sensi dell'<ref-law>, essendo adempiute le esigenze poste dalla prassi (vedasi sentenza impugnata consid. 1.2 pag. 8) per ammettere la qualità per ricorrere di un concorrente quando alla base del litigio non vi è una classica aggiudicazione, bensì un incarico diretto (sentenza 2C_134/2013 del 6 giugno 2014 consid. 2.8.2 a 2.8.5).
4. Con il ricorso sussidiario in materia costituzionale può venir censurata solo la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Il rispetto di tali diritti non è inoltre esaminato d'ufficio (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>). Ciò significa che il ricorrente deve spiegare in modo chiaro e dettagliato, alla luce dei considerandi della sentenza impugnata, quali diritti costituzionali sarebbero stati violati (cosiddetto principio dell'allegazione; vedasi <ref-ruling> consid. 1.4 pag. 176; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 234; <ref-ruling> consid. 6.1 pag. 31 seg.; <ref-ruling> consid. 6 pag. 397; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 9).
5.
5.1. La pronuncia impugnata è fondata su una tripla motivazione. Le due prime, principali, portano all'inammissibilità del gravame. L'ultima e terza motivazione, sussidiaria, conduce alla reiezione nel merito. In una simile fattispecie, quando la sentenza impugnata comporta più motivazioni indipendenti, alternative o sussidiarie e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, la parte ricorrente è tenuta, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (sentenza 6B_118/2009 e 6B_12/2011 del 20 dicembre 2011 consid. 4.1.4 non pubblicato in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2 pag. 535; <ref-ruling> consid. 6.3 pag. 120 con numerosi riferimenti). Inoltre se almeno una delle motivazioni poste a fondamento della decisione impugnata resiste alla critica, allora detto giudizio non viene annullato e il ricorso viene respinto (sentenza 2C_176/2012 del 18 ottobre 2012 consid. 2 non pubblicato in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 7 pag. 228; <ref-ruling> consid. 6 pag. 20).
5.2. La ricorrente contesta, sviluppando diverse censure, la prima delle motivazioni su cui poggia la sentenza querelata. Secondo lei integrerebbe infatti gli estremi dell'arbitrio considerare, come fatto dalla Corte cantonale, che il contratto alla base del contenzioso è stato perfezionato il 16 agosto 2005, a seguito della lettera d'ingaggio, e non invece il 23 marzo 2013, quando è stato firmato il contratto di prestazioni globali SIA, perché i contraenti non sarebbero gli stessi così come sarebbero nuove e non ancora onorate le prestazioni progettuali del secondo documento. Allo stesso modo considera insostenibili e, di riflesso, arbitrari gli elementi sui quali la Corte cantonale si è fondata per ammettere che da anni era a conoscenza del mandato conferito allo studio concorrente nonché rimprovera a detta autorità di avere una visione profana e distorta delle commesse pubbliche nel campo del genio civile. In seguito sostiene che è arbitrario affermare che poteva dedurre dagli articoli di stampa vaghi e inconcludenti citati dal Tribunale cantonale amministrativo che il mandato era già stato attribuito nella sua integralità. Contesta poi la terza motivazione formulata dai giudici cantonali, lamentando violazione del diritto federale e intercantonale sugli acquisti pubblici.
5.3. Nel caso concreto non occorre pronunciarsi sulle censure sopramenzionate. In effetti, in una seconda argomentazione il Tribunale cantonale amministrativo ha osservato che, quand'anche si volesse ritenere che l'aggiudicazione fosse avvenuta mediante la sottoscrizione del contratto del 23 marzo 2013, il ricorso sarebbe comunque stato giudicato tardivo, visto che nel periodo immediatamente susseguente, la stampa e i media in genere avevano dato ampio risalto al piano particolareggiato, che quale atto pianificatorio era stato oggetto di tutta la pubblicità imposta dalla legge, e al progetto del porto, fornendo numerosi dettagli riguardo in particolare alle persone coinvolte nell'operazione, come risultava tra l'altro da un articolo pubblicato il 14 giugno 2013 sul quotidiano E._. Ora di fronte a questo ragionamento la ricorrente si limita a rinviare alla censura secondo la quale il contenuto degli articoli di stampa richiamati dal Tribunale cantonale amministrativo era vago ed inconcludente e non riferiva in ogni caso dell'estensione del mandato conferito ad altro progettista. Essa non spiega e ancora meno dimostra in che sarebbe arbitrario, cioè manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso, oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (cfr. sulla nozione di arbitrio, <ref-ruling> consid. 1.3 pag. 4; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 265 seg.) ritenere, come fatto dai giudici cantonali sulla base in particolare del contenuto, dettagliato, del suddetto articolo di stampa ("del progetto si parla da quasi trent'anni" - "la procedura è stata costellata da balzi avanti, frenate e ripartenze" - "proprio in questi giorni sono in pubblicazione Piano particolareggiato e progetto [che avanzano parallelamente, approfittando dei cambiamenti introdotti dalla nuove legge cantonale in materia]" - "un nutrito numero di relatori [...], l'architetto progettista C._, il coordinatore del progetto, ingegnere B._" - "il rapporto di impatto ambientale" - "è l'iniziativa in fase più avanzata" - "dopo avere ripercorso la storia del progetto [i primi accenni risalgono al Piano regolatore del 1985] e avere illustrato gli aspetti pianificatori, i relatori hanno spiegato a grandi linee le caratteristiche del porto" - "ha poi affrontato gli aspetti finanziari" - "l'investimento di 14,2 milioni di franchi" - "dopo l'attuale pubblicazione sarà allestito il messaggio municipale") che in seguito alla pubblicazione del piano particolareggiato e del progetto, nei primi mesi del 2013, la vicenda era indubbiamente di dominio pubblico. Senza poi dimenticare che anche se, come rilevato dalla ricorrente, il solo fatto di apprendere dalla stampa o dai media che vi è stata una decisione di aggiudicazione o che un incarico è stato conferito a terzi non fa decorrere i termini per agire, nondimeno, come rammentato a giusto titolo dalla Corte cantonale, chi sospetta dell'esistenza di una risoluzione impugnabile non può rimanere inattivo e differire a piacimento il dies a quo di un termine ricorsuale, ma deve invece informarsi tempestivamente sul contenuto della stessa per poi potere agire in tempo debito (vedasi sentenza 2C_318/2009 del 10 dicembre 2009 consid. 3.3 e riferimenti pubblicata in: RDAT 2010 II pag. 303). Ne discende che anche se l'articolo di stampa richiamato non forniva spiegazioni dettagliate sull'esatto contenuto del mandato conferito all'ingegnere B._, coordinatore del progetto, spettava alla ricorrente in seguito a quanto pubblicato nei giornali informarsi in tempo utile in proposito, rivolgendosi ad esempio al committente per ottenere delucidazioni, senza aspettare mesi. È quindi senza arbitrio che la Corte cantonale è giunta alla conclusione che anche in tal caso il gravame era irricevibile poiché tardivo.
5.4. Poiché la seconda motivazione su cui poggia la pronuncia contestata resiste alla critica, ne discende che il ricorso sussidiario in materia costituzionale deve quindi essere respinto (sentenza 2C_176/2012 del 18 ottobre 2012 consid. 2 non pubblicato in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 7 pag. 228; <ref-ruling> consid. 6 pag. 20). In queste condizioni non occorre (più) pronunciarsi sulle censure formulate dalla ricorrente riguardo alle altre due motivazioni sviluppate dalla Corte ticinese (cfr. consid. 5.1).
6.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e vanno poste a carico della ricorrente (<ref-law>), la quale rifonderà inoltre alla B._SA, assistita da un avvocato, un'indennità a titolo di ripetibili della sede federale (<ref-law>). Non si assegnano invece ripetibili ad autorità (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile.
2.
Il ricorso sussidiario in materia costituzionale è respinto.
3.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale verserà alla B._SA fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Dipartimento del territorio, Ufficio dei lavori sussidiati e degli appalti e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.