Erwägungen:
1. Wie schon in den Jahren zuvor reichte X._, trotz Mahnung, die Steuererklärung für die Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer 2009 nicht ein. Die Steuerverwaltung des Kantons Schwyz büsste ihn deshalb mit Ordnungsbussenverfügung vom 2. Mai 2011 sowohl für die kantonalen Steuern wie auch für die direkte Bundessteuer je mit Fr. 3'200.--. Dagegen erhob X._ erfolglos Einsprache. Hierauf gelangte er an das Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz. Dieses erkannte mit Entscheid vom 25. September 2012, hinsichtlich der direkten Bundessteuer werde die Ordnungsbusse von Fr. 3'200.-- infolge Verfahrenspflichtverletzung bestätigt; hinsichtlich der kantonalen Steuern verurteilte es X._ infolge Verfahrenspflichtverletzung zu einer Busse von Fr. 3'200.--.
Mit als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegenzunehmender "Einsprache" vom 13. November (Postaufgabe 14. November) 2012 beantragt X._ dem Bundesgericht, die Ordnungsbusse gemäss der im Einspracheverfahren am 20. Oktober 2011eingereichten Steuererklärung 2009 festzusetzen; das steuerbare Einkommen betrage kantonal Fr. 14'601.-- bzw. für die direkte Bundessteuer Fr. 32'569.--.
Es ist weder ein Schriftenwechsel noch sind andere Instruktionsmassnahmen angeordnet worden.
2. Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt (schweizerisches) Recht verletze. Die Begründung hat sachbezogen zu sein; die Beschwerde führende Partei muss sich mit den für das Ergebnis des angefochtenen Entscheids massgeblichen Erwägungen der Vorinstanz auseinandersetzen.
Dass der Beschwerdeführer Verfahrenspflichten verletzt hat und damit zu büssen ist, wird nicht bestritten. Streitig ist allein die Bussenhöhe. Das Verwaltungsgericht hat die diesbezüglichen Kriterien dargelegt und dabei u.a. auf die Massgeblichkeit der Höhe des steuerbaren Einkommens hingewiesen (insbesondere E. 2.3 - 2.5 seines Entscheids). Es geht von einem steuerbaren Einkommen 2009 von Fr. 80'600.-- bei der kantonalen und von Fr. 90'000.-- bei der direkten Bundessteuer aus; die entsprechenden Veranlagungen vom 21. Juni 2011 seien nicht angefochten worden. Selbst für den Fall, dass auf die Einkommenszahlen abzustellen wäre, die der Beschwerdeführer in einer angeblich nachträglich produzierten Steuererklärung deklariert haben will, bliebe es nach Auffassung des Verwaltungsgerichts mit Blick auf den in den Weisungen der kantonalen Steuerverwaltung festgelegten Bussenrahmen bei der Festsetzung der Bussen auf je Fr. 3'200.--. Die Beschwerdebegründung des Beschwerdeführers erschöpft sich in folgenden Äusserungen: "Gemäss Weisung zur Bemessung von Ordnungsbussen vom 1. Juni 2001 (Schwyzer Steuerbuch 70.11) sind die Bussen am steuerbaren Einkommen festzusetzen. ... Die im Entscheid vom 25. September 2012 verwendeten Einkommenszahlen entsprechen nicht den Tatsachen. Des weiteren verweise ich darauf, dass ich am 20. Oktober 2011 eine komplette Steuererklärung 2009 eingereicht habe. Die ist aber angeblich nicht bei der Steuerverwaltung eingegangen." Damit lässt sich nicht aufzeigen, inwiefern die Erwägungen des angefochtenen Entscheids bzw. dieser im Ergebnis schweizerisches Recht verletzten.
Die Beschwerde enthält offensichtlich keine hinreichende Begründung (<ref-law>), sodass darauf mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten ist.
Die Gerichtskosten (<ref-law>) sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Schwyz, Kammer II, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. November 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller