Haftprüfung (Art. 5 Ziff. 4 EMRK), hat sich ergeben:
A.- I._ wurde vom Gerichtspräsidenten 15 des Gerichtskreises Bern-Laupen am 26. März 1999 wegen Drohung, Tätlichkeiten, Sachentziehung, einfacher Körperverletzung mit einem gefährlichen Gegenstand und unanständigen Benehmens zu zwei Monaten Gefängnis verurteilt. Gleichzeitig widerrief der Gerichtspräsident den bedingten Vollzug einer am 29. Januar 1998 wegen einfacher Körperverletzung mit einem gefährlichen Gegenstand ausgesprochenen Gefängnisstrafe von 18 Tagen. Den Vollzug beider Strafen schob er zugunsten der Einweisung in eine Heilanstalt gemäss <ref-law> auf.
Am 11. Januar 2000 ordnete die Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug der Polizei- und Militärdirektion des Kantons Bern formell den Massnahmenvollzug an, indem sie verfügte, die sich bis zum 17. Januar 2000 in fürsorgerischem Freiheitsentzug befindliche I._ habe für unbestimmte Zeit in Obhut der Universitären Psychiatrischen Dienste Bern zu verbleiben. Sie dürfe ohne Einverständnis der Vollzugsbehörde weder versetzt noch entlassen werden.
Die zuständige Ärzteschaft werde gebeten, der Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug die Änderung oder Aufhebung der Massnahme zu beantragen, sobald sie den Zeitpunkt hierfür als gegeben erachte.
B.- Mit Eingabe vom 23. bzw. vom 29. Februar 2000 gelangte I._ an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Sie beantragte die gerichtliche Haftprüfung und ihre sofortige Entlassung aus dem Massnahmenvollzug unter Aufhebung der Verfügung vom 11. Januar 2000. Ferner ersuchte sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege unter Bestellung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes.
Der Präsident der Verwaltungsrechtlichen Abteilung des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern trat mit Urteil vom 13. März 2000 auf die Eingabe von I._ nicht ein. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und unentgeltliche Rechtsverbeiständung wies er ab, erhob indessen keine Verfahrenskosten.
C.- I._ führt gegen dieses Urteil mit Eingabe vom 20. März 2000 staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung des Anspruchs auf raschestmögliche richterliche Haftprüfung gemäss Art. 5 Ziff. 4 EMRK. Gleichzeitig stellt sie das Gesuch, es sei ihr für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und ein unentgeltlicher Rechtsvertreter beizustellen.
D.- Das Verwaltungsgericht beantragt die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Polizei- und Militärdirektion hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hält mit Replik vom 31. März 2000 an ihren Standpunkten fest.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der Verwaltungsgerichtspräsident entschied im angefochtenen Urteil, dass das Verwaltungsgericht nicht zur Behandlung der Eingabe der Beschwerdeführerin vom 23./29. Februar 2000 zuständig sei und sich eine Weiterleitung der Eingabe erübrige. Es handelt sich dabei um einen kantonal letztinstanzlichen Nichteintretensentscheid, gegen den die staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung von Art. 5 Ziff. 4 EMRK grundsätzlich zulässig ist.
b) Die Beschwerdeführerin beantragt ausser der Aufhebung des angefochtenen Entscheids, der Kanton Bern sei anzuweisen, die Haft unverzüglich zu prüfen.
Die staatsrechtliche Beschwerde ist rein kassatorischer Natur (<ref-ruling> E. 5a S. 96 mit Hinweisen). Positive Anordnungen kommen nur in Betracht, wenn die von der Verfassung geforderte Lage nicht schon mit der Aufhebung des kantonalen Entscheids hergestellt werden könnte (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 3b; <ref-ruling> E. 1).
Der Verwaltungsgerichtspräsident erkannte im angefochten Entscheid, auf die Eingabe der Beschwerdeführerin sei nicht einzutreten, weil diese den kantonalen Instanzenzug nicht eingehalten habe. Dieser Fall ist nicht mit der in BGE <ref-ruling> E. 3b beurteilten Situation vergleichbar, in der das kantonale Verfahrensrecht die nach Art. 5 Ziff. 4 EMRK geforderte richterliche Überprüfung der Freiheitsentziehung überhaupt nicht vorsah, sich demnach sämtliche vom Beschwerdeführer angegangenen Stellen als unzuständig erklärt hatten und deshalb eine bundesgerichtliche Weisung an den Kanton erforderlich war. Sollte der Verwaltungsgerichtspräsident mit seinem Entscheid - wie die Beschwerdeführerin geltend macht - den aus Art. 5 Ziff. 4 EMRK fliessenden Anspruch auf raschestmögliche richterliche Prüfung der Haft verletzt haben, so wäre dies in den bundesgerichtlichen Erwägungen festzustellen und die Beschwerde unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides gutzuheissen. Eine formelle Weisung an den Kanton wäre zur Herstellung der verfassungsmässigen Lage nicht erforderlich (<ref-ruling> E. 4d S. 334 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 65; <ref-ruling> E. 5d S. 92; <ref-ruling> E. 1, je mit Hinweisen; vgl. hingegen Madeleine Camprubi, Kassation und positive Anordnungen bei der staatsrechtlichen Beschwerde, Diss. Zürich 1999, S. 202 sowie die Hinweise auf S. 183 ff.).
2.- a) Nach Art. 5 Ziff. 4 EMRK hat jedermann, dem seine Freiheit durch Festnahme oder Haft entzogen wird, das Recht, ein Verfahren zu beantragen, in dem von einem Gericht so rasch als möglich über die Rechtmässigkeit der Haft entschieden und im Falle der Widerrechtlichkeit seine Entlassung angeordnet wird. Ist die Entscheidung, mit der dem Betroffenen die Freiheit entzogen wird, von einem Verwaltungsorgan getroffen worden, kann dieser ohne weiteres eine gerichtliche Prüfung der Rechtmässigkeit der Haft verlangen; wenn ursprünglich der Entscheid über die Freiheitsentziehung von einem Gericht ausgeht, kann es angesichts der Natur des in Frage stehenden Freiheitsentzuges notwendig sein, dass die Rechtmässigkeit in vernünftigen Abständen überprüft wird (BGE <ref-ruling> E. 2, mit zahlreichen Hinweisen auf die Rechtsprechung der Strassburger Instanzen). Dies ist beispielsweise dann der Fall, wenn sich eine Person aufgrund von Art. 5 Ziff. 1 lit. e EMRK (z.B. wegen Geisteskrankheit, Alkoholismus oder Drogensucht) in Haft befindet. Da die Gründe, welche die Internierung erforderlich machten, wegfallen können, wäre es mit dem Sinn und Zweck von Art. 5 EMRK unvereinbar, wenn eine nachträgliche Überprüfung der Rechtmässigkeit des Freiheitsentzugs nicht verlangt werden könnte, weil dieser von einem Gericht angeordnet worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 3b/cc S. 303 mit zahlreichen Hinweisen; Arthur Haefliger/Frank Schürmann, Die Europäische Menschenrechtskonvention und die Schweiz, 2.A., Bern 1999, S. 119, 121; Mark E. Villiger, Handbuch der Europäischen Menschenrechtskonvention, 2.A., Zürich 1999, Rz. 369).
b) Wie der Verwaltungsgerichtspräsident im angefochtenen Entscheid ausführte und hier nicht bestritten ist, erfolgte die Einweisung der Beschwerdeführerin in eine Heilanstalt aufgrund eines rechtskräftigen Urteils des Strafrichters, von dessen Rechtmässigkeit grundsätzlich auszugehen ist. Auch die Verfügung der Abteilung für Straf- und Massnahmenvollzug, die lediglich den Vollzug des Strafurteils regelt, ist nach den unbestrittenen Feststellungen des Gerichtspräsidenten in Rechtskraft erwachsen.
Die Beschwerdeführerin befindet sich gestützt auf <ref-law> in einer stationären Massnahme, für die es keine gesetzliche Maximaldauer gibt. Die zuständige Behörde beschliesst deren Aufhebung, wenn der Massnahmengrund weggefallen ist (<ref-law>). Dass die Beschwerdeführerin demnach grundsätzlich einen Anspruch darauf hat, gemäss der vorstehend erwähnten Rechtsprechung die Erforderlichkeit des Freiheitsentzugs richterlich überprüfen zu lassen und ein Begehren um Haftentlassung zu stellen, ist vorliegend unbestritten. So führte der Verwaltungsgerichtspräsident aus, es stehe der Beschwerdeführerin frei, bei der Abteilung für Straf- und Massnahmenvollzug ein Gesuch um Überprüfung ihrer Einweisung zu stellen. Dass dies der vom Gesetz vorgezeichnete Weg sei, scheine auch der Beschwerdeführerin klar zu sein, verlange sie doch lediglich, dass das Verwaltungsgericht die Verfahrensleitung übernehme und den Vorinstanzen kurze Fristen ansetze, um die Beschwerdeführerin "entweder zu entlassen oder aber die weitere Internierung zu begründen". Eine solche übergeordnete Verfahrensleitung sehe aber das bernische Verfahrensrecht nicht vor und lasse sich weder aus dem Umstand, dass das Verwaltungsgericht allenfalls als Rechtsmittelinstanz über die Entlassung werde entscheiden müssen, noch aus übergeordnetem Recht ableiten.
c) Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss geltend, das Berner Verfahrensrecht trage dem aus Art. 5 Ziff. 4 EMRK fliessenden Beschleunigungsgebot nicht zureichend Rechnung, indem es zwei nichtgerichtliche Instanzen vorschalte, bevor eine richterliche Haftprüfung in einem Rechtsmittelverfahren stattfinde.
Art. 5 Ziff. 4 EMRK verpflichtet das Gericht zwar, über ein Haftentlassungsbegehren so rasch als möglich zu befinden. Indessen kann die Frage, innerhalb welcher Frist entschieden werden muss, nicht abstrakt beurteilt werden; der Entscheid hängt vielmehr von der Würdigung der konkreten Umstände des Einzelfalles ab. Der Anspruch auf einen raschestmöglichen Entscheid wird dann nicht verletzt, wenn der Behörde aufgrund der Umstände des Falles ein früherer Entscheid vernünftigerweise nicht möglich war (<ref-ruling> E. 2d S. 34; <ref-ruling> E. 3a S. 375; <ref-ruling> E. 5c S. 91). Allein aufgrund des gesetzlich vorgesehenen Verfahrensweges der Haftprüfung kann demnach nicht abstrakt darauf geschlossen werden, dass das Berner Verfahrensrecht hinsichtlich Verfahrensbeschleunigung den Anforderungen an Art. 5 Ziff. 4 EMRK nicht genüge. Es ist den Kantonen nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts und der Konventionsorgane insbesondere nicht verwehrt, das Haftprüfungsverfahren zweistufig auszugestalten und die richterliche Überprüfung erst der zweiten Instanz vorzubehalten, sofern die gesamte Verfahrensdauer von der Einreichung des Entlassungsgesuchs bis zum zweitinstanzlichen Entscheid mit dem Beschleunigungsgebot von Art. 5 Ziff. 4 EMRK vereinbar ist (<ref-ruling> E. 4b S. 300; Urteil des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte vom 21. Oktober 1986 i.S.
Sanchez-Reisse, Série A, vol. 107, Ziff. 44 f.; Mark E.
Villiger, a.a.O., Rz 370).
Im Kanton Bern ist dem Verwaltungsgericht, wie aus dessen Vernehmlassung im vorliegenden Verfahren hervorgeht, zwar nicht nur die Abteilung für Straf- und Massnahmenvollzug vorgeschaltet, sondern als erste Rechtsmittelinstanz bzw. zweite Verwaltungsinstanz auch die Polizei- und Militärdirektion.
Auch dies schliesst jedoch eine hinreichend rasche Behandlung eines Entlassungsgesuches nicht zum Vornherein aus. Das Bundesgericht hat denn auch die Verfahrensdauer in einem Fall, in dem zwei Verwaltungsbehörden aufgrund einer vergleichbaren Verfahrensregelung des Kantons Thurgau sehr rasch entschieden hatten, als mit Art. 5 Ziff. 4 EMRK vereinbar beurteilt (unveröffentl. Urteil vom 9. September 1994 i.S. B., E. 5b/cc).
Eine gerichtlich angeordnete Massnahme nach <ref-law>, erfolgt für unbestimmte Dauer und wird erst aufgehoben, wenn ihr Grund weggefallen ist (<ref-law>). Ob der Grund weiterbesteht, ist nach der obenerwähnten Rechtsprechung in vernünftigen Abständen zu prüfen, die im Falle der Unterbringung von Geisteskranken länger sein dürfen als beispielsweise bei Untersuchungshaft (<ref-ruling> E. 4c; Mark E. Villiger, a.a.O., Rz. 369). Zudem darf die Aufhebung einer Massnahme erst nach einer umfassenden Abklärung und Prüfung aller erforderlichen Entscheidgrundlagen erfolgen; psychiatrische Einweisungen werfen oftmals wesentlich schwierigere Fragen auf als Fälle der Untersuchungshaft, deren Abklärung nach der Praxis der Strassburger Organe auch einige Monate in Anspruch nehmen darf, wenn die Gerichte keine Zeit unnütz verstreichen lassen (Urteil des Bundesgerichts vom 12. Dezember 1991, E. 4a, publiziert in EuGRZ 1991 S. 526, mit Hinweisen auf die Rechtsprechung der Strassburger Organe). Unter Berücksichtigung dieser Umstände fällt eine Verzögerung von einigen Tagen wegen der Beurteilung durch eine zusätzliche interne Verwaltungsinstanz zum Vornherein nicht stark ins Gewicht.
Die Rüge der Verletzung von Art. 5 Ziff. 4 EMRK erweist sich insoweit als unbegründet.
d) Die Beschwerdeführerin kritisiert weiter, die Verfahrensregelung mit zwei vorgeschalteten Instanzen berge die Gefahr, dass der vom Freiheitsentzug Betroffene den Weg durch die Instanzen nicht finde und zu keiner richterlichen Beurteilung komme. Zumindest eine Verfahrensleitung durch das Verwaltungsgericht wäre deshalb erforderlich.
Das Rechtsmittel, das zur Haftprüfung führt, muss wirksam ergriffen werden können, somit hinreichend bestimmt und für den Inhaftierten zugänglich sein (Mark E. Villiger, a.a.O., Rz. 369). An das Gesuch um gerichtliche Überprüfung des Freiheitsentzuges dürfen keine besonderen formellen Anforderungen gestellt werden; auch rechtsunkundige Personen aus einfachen Verhältnissen sollten es einreichen können (Arthur Haefliger/Frank Schürmann, a.a.O., S. 122). So hat das Bundesgericht schon erkannt, das von Art. 5 Ziff. 4 EMRK eingeräumte Recht auf richterliche Haftprüfung lasse es als angezeigt erscheinen, die formellen Anforderungen für die Einleitung des gerichtlichen Verfahrens tief zu halten und beispielsweise von keinen besonderen Begründungserfordernissen abhängig zu machen (Urteil des Bundesgerichts vom 12. Dezember 1991, E. 4b/bb, publiziert in EuGRZ 1991 S. 526). Wenn eine Partei offensichtlich nicht in der Lage ist, ihre Sache selber gehörig zu führen, kann es sich als notwendig erweisen, ihr einen Beistand zu bestellen (vgl.
<ref-ruling> E. 2d S. 34). Allenfalls ist es auch denkbar, dass die Verwaltungsbehörden selber den Weg zur gerichtlichen Beurteilungsinstanz weisen.
Die Beschwerdeführerin nennt keine konkreten Gründe, weshalb das bernische Verfahren diesen Anforderungen nicht genügen soll. Allein aus dem Umstand, dass das Verfahren mehrstufig ausgestaltet ist, ergibt sich jedenfalls keine zwingende Notwendigkeit einer übergeordneten gerichtlichen Verfahrensleitung, wie sie die Beschwerdeführerin vom Verwaltungsgericht verlangt hat. Auch diese Rüge erweist sich demnach als unbegründet, soweit darauf angesichts der Begründungsanforderungen an eine staatsrechtliche Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann (vgl. Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; <ref-ruling> E. 1b; <ref-ruling> E. 1c; <ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. b, je mit Hinweisen).
e) Es bleibt zu prüfen, ob das Verwaltungsgericht - wie die Beschwerdeführerin rügt - aufgrund der konkreten, insbesondere zeitlichen Umstände den Anspruch auf rasche gerichtliche Beurteilung verletzt hat, weil es nicht auf die unter Überspringen des gesetzlichen Instanzenzuges direkt bei ihm eingereichte Eingabe der Beschwerdeführerin eingetreten ist oder die Verfahrensleitung übernommen hat.
Der Verwaltungsgerichtspräsident erwog, es bestehe kein Anspruch darauf, dass die Einweisung bereits zum jetzigen Zeitpunkt (direkt) von einem Gericht überprüft werde, nachdem bereits ein Gericht über die Einweisung in die Heilanstalt befunden habe und seit der strafrechtlichen Einweisung in die Anstalt erst kurze Zeit vergangen sei. Der Beschwerdeführerin stehe es indessen frei, bei der Abteilung für Straf- und Massnahmenvollzug ein Gesuch um Überprüfung ihrer Einweisung zu stellen.
Zu beachten ist, dass dem richterlichen Entscheid über die Einweisung vom 26. März 1999 zunächst eine fürsorgerische Freiheitsentziehung folgte, bevor die Vollzugsbehörde im Januar 2000 die strafrechtliche Einweisung in die Klinik verfügte. Die Zeitspanne, nach der die Beschwerdeführerin Anspruch auf die in vernünftigen Abständen vorzunehmende Haftprüfung hat, ist in diesem Fall ab dem Zeitpunkt der richterlichen Anordnung zu bemessen, nicht ab demjenigen der Einweisung durch die Vollzugsbehörde. Auch wenn davon ausgegangen wird, besteht im vorliegenden Fall aufgrund des zeitlichen Abstands seit der richterlichen Anordnung keine Dringlichkeit einer schon von Amtes wegen vorzunehmenden richterlichen Haftprüfung, die es dem Verwaltungsgericht geboten hätte, auf das unter Auslassung des Instanzenzuges direkt bei ihm eingereichte Gesuch einzutreten.
Es bestand demnach für die Beschwerdeführerin kein Anspruch, ihr Gesuch nicht bei der erstinstanzlich zuständigen Abteilung für Straf- und Massnahmenvollzug zu stellen.
Die Raschheit des Verfahrens ist alsdann dem klaren Wortlaut von Art. 5 Ziff. 4 EMRK entsprechend erst ab dem Antrag auf Haftprüfung zu beurteilen. Die Rüge der Verletzung von Art. 5 Ziff. 4 EMRK erweist sich demnach auch insoweit als unbegründet.
3.- Der Verwaltungsgerichtspräsident entschied, eine Weiterleitung der Sache an die zuständige Behörde falle ausser Betracht, weil im vorliegenden Fall keine Rechtsmittelfrist zu wahren sei und die Beschwerdeführerin ausdrücklich zu erkennen gegeben habe, dass sie die Angelegenheit durch das Verwaltungsgericht behandelt haben wolle.
Die Beschwerdeführerin rügt, der Verwaltungsgerichtspräsident habe damit die Vorschrift von Art. 4 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Bern vom 23. Mai 1989 (VRPG) in willkürlicher und gegen Art. 5 Ziff. 4 EMRK verstossender Weise angewendet. Sie macht geltend, eine Weiterleitung hätte unabhängig davon erfolgen müssen, dass keine Rechtsmittelfrist zu wahren sei, weil "die im Menschenrecht selbst gesetzte Frist die in der Verfahrensordnung festgelegten Rechtsmittelfristen qualitativ übertreffe".
Diese Kritik geht an der Sache vorbei und ist offensichtlich unbegründet. Eine Weiterleitung bei zu wahrenden Rechtsmittelfristen soll verhindern, dass der Rechtsuchende, der sich an eine unzuständige Behörde gewendet hat, einen Rechtsverlust erleidet (Merkli/Aeschlimann/Herzog, Kommentar zum bernischen VRPG, Bern 1997, N. 1 zu Art. 4).
Die Gefahr eines Rechtsverlustes bestand vorliegend nicht.
Mit der sofortigen Einreichung eines Haftentlassungsgesuchs bei der zuständigen Behörde im Anschluss an den angefochtenen Entscheid, wären der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin keine Nachteile, namentlich auch kein nennenswerter Zeitverlust entstanden. Mit der Begründung des Verwaltungsgerichtspräsidenten, wonach die Beschwerdeführerin die Angelegenheit ausdrücklich durch das Verwaltungsgericht habe behandelt haben wollen, setzt sie sich mit keinem Wort auseinander (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG; vgl. E. 2d oben).
4.- Der Verwaltungsgerichtspräsident wies das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung für das verwaltungsgerichtliche Verfahren ab, da auf die Eingabe offensichtlich nicht eingetreten werden könne und das Verfahren als zum Vornherein aussichtslos einzustufen sei. Die Beschwerdeführerin rügt, damit sei Art. 5 Ziff. 4 EMRK verletzt worden. Es ist fraglich, ob die Beschwerdeführerin diese Rüge in einer den Anforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG (vgl. dazu vorstehend, E. 3) genügenden Weise begründet hat. Dies kann indessen offen bleiben, da sie sich jedenfalls als unbegründet erweist, wie im Folgenden darzulegen ist.
Gemäss dem in <ref-law> garantierten Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, der hinsichtlich der Voraussetzungen dem aus Art. 4 aBV abgeleiteten Anspruch entspricht (vgl. Botschaft des Bundesrates vom 20. November 1996 über eine neue Bundesverfassung, BBl 1997 I, S. 182), hat eine bedürftige Partei in einem für sie nicht aussichtslosen Verfahren Anspruch auf unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung (<ref-ruling> E. 4 S. 274; <ref-ruling> E. 2a, 304 E. 2a, je mit Hinweisen). Als aussichtslos sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zu Art. 4 aBV Prozessbegehren anzusehen, bei denen die Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Verlustgefahren und die deshalb kaum als ernsthaft bezeichnet werden können (<ref-ruling> E. 4b S. 275 mit Hinweisen). Dagegen gilt ein Begehren nicht als aussichtslos, wenn sich Gewinnaussichten und Verlustgefahren ungefähr die Waage halten oder jene nur wenig geringer sind als diese. Massgebend ist, ob eine Partei, die über die nötigen finanziellen Mittel verfügt, sich bei vernünftiger Überlegung zu einem Prozess entschliessen würde; eine Partei soll einen Prozess, den sie auf eigene Rechnung oder Gefahr nicht führen würde, nicht deshalb anstrengen können, weil er sie nichts kostet (s. zum Ganzen sowie zur Kognition des Bundesgerichts: <ref-ruling> E. 2c; <ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführerin gelangte mit ihrer Eingabe vom 23./29. Februar 2000 unter bewusstem Überspringen der zuständigen Vorinstanzen direkt an das Verwaltungsgericht.
Nach dem in der vorstehenden Erwägung 2 Ausgeführten bestanden dafür keine zureichenden Gründe. Insbesondere fehlten der Beschwerdeführerin konkrete Anhaltspunkte dafür, dass die Haftprüfung bei Einhaltung des Instanzenzuges nicht innert verfassungsmässiger Frist erfolgen würde. Unter diesen Umständen ist es verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, dass der Präsident des Verwaltungsgerichts den Versuch, direkt beim Verwaltungsgericht um Haftprüfung bzw. um Verfahrensleitung nachzusuchen, als zum Vornherein aussichtslos beurteilte. Auch diese Rüge erweist sich als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
5.- Zusammenfassend erweist sich die staatsrechtliche Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Begehren der Beschwerdeführerin um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das Verfahren vor Bundesgericht ist zu entsprechen, da die entsprechenden Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 152 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
a) Es werden keine Kosten erhoben;
b) Rechtsanwalt Edmund Schönenberger, Rümlang, wird als unentgeltlicher Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 1'000.-- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Polizei- und Militärdirektion (Abteilung Straf- und Massnahmenvollzug) sowie dem Verwaltungsgericht (Präsident der Verwaltungsrechtlichen Abteilung als Einzelrichter) des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 10. April 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: