Sachverhalt:
A. C._ ist Alleinaktionär, Verwaltungsratspräsident und Geschäftsführer der Firma M._ AG (nachfolgend: Gesellschaft). In den Jahren 2003-2005 deklarierte er einen Lohn von Fr. 44'000.- und 2006 von Fr. 104'000.-. Zudem richtete die Gesellschaft C._ in dieser Zeit jährlich eine Dividende von Fr. 160'000.- aus. Mit Verfügungen vom 28. November 2008 forderte die Ausgleichskasse Obwalden (nachfolgend: Ausgleichskasse) von der Gesellschaft die Nachzahlung paritätischer AHV/IV/EO-, FAK- und ALV-Beiträge samt Verwaltungskosten und Verzugszinsen für die Jahre 2003-2006 im Gesamtbetrag von Fr. 25'054.60 (2003: Fr. 10'719.30; 2004: Fr. 10'430.30; 2005: Fr. 1'952.50; 2006: Fr. 1'952.50). Sie hielt daran mit Einspracheentscheid vom 4. September 2009 fest und begründete es damit, die bezogenen Dividenden seien offensichtlich überhöht, da sie einem Vermögensertrag zwischen 13,1 % und 36,3 % entsprächen; gleichzeitig bestehe ein offensichtliches Missverhältnis zwischen der Arbeitsleistung des C._ und seinem deklarierten Lohn. Darum sei ein Teil der ausgerichteten Dividenden als massgebender Lohn zu qualifizieren und diesem aufzurechnen.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden hiess die von der Gesellschaft erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 5. Juli 2011 gut und hob den Einspracheentscheid und die Verfügungen auf.
C. Die Ausgleichskasse erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt Aufhebung des kantonalen Entscheides.
Vorinstanz und Gesellschaft schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen beantragt deren Gutheissung.
D. Das Bundesgericht hat am 25. Oktober 2012 eine publikumsöffentliche Beratung durchgeführt.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2. Umstritten ist, ob ein Teil der in den Jahren 2003-2006 an C._ ausbezahlten Dividenden als beitragspflichtiges Einkommen zu qualifizieren sind, weil ein offensichtliches Missverhältnis zwischen der Arbeitsleistung und dem dafür bezogenen Lohn bzw. zwischen dem eingesetzten Vermögen und der ausgeschütteten Dividende besteht. Denn richtet eine Aktiengesellschaft Leistungen an Arbeitnehmer aus, die gleichzeitig Inhaber gesellschaftlicher Beteiligungsrechte sind (nachfolgend auch: "Unternehmeraktionäre") oder Inhabern solcher Rechte nahe stehen, stellt sich bei der Festsetzung sowohl der direkten Steuer als auch der Sozialversicherungsbeiträge die Frage, ob und inwieweit es sich um Arbeitsentgelt (massgebenden Lohn) oder aber um Gewinnausschüttung (Kapitalertrag) handelt. Letztere unterliegt beim Empfänger der direkten Bundessteuer im Sinne von <ref-law>, da sie ihren Grund in seiner Aktionärseigenschaft hat. Im vorliegenden Fall ist speziell die Frage aufgeworfen, ob auch eine an den Unternehmeraktionär ausgeschüttete sog. Substanzdividende beitragsrechtlich zu massgebendem Lohn umqualifiziert werden kann oder ob sie davon ausgenommen ist. Eine Substanzdividende wird nicht aus dem im Vorjahr erzielten Gewinn ausgeschüttet, sondern aus thesaurierten Gewinnen früherer Geschäftsperioden.
2.1 Gemäss Art. 4 und 5 AHVG werden Sozialversicherungsbeiträge nur vom Erwerbseinkommen erhoben, nicht aber vom Vermögensertrag (<ref-ruling> E. 3b S. 179 f.). Dividenden sind hingegen beitragsfreier Vermögensertrag (vgl. auch Rz. 2011 der Wegleitung des BSV über den massgebenden Lohn in der AHV, IV und EO [nachfolgend: WML]; Stand 1/01, 1/07 und 1/09). Weil auf Dividenden keine Sozialversicherungsabgaben geschuldet sind, mag es beitragspflichtigen Unternehmeraktionären als vorteilhaft erscheinen, hohe Dividenden und ein tiefes Salär auszuweisen.
2.2 Nach der Rechtsprechung gehören Vergütungen, die als reiner Kapitalertrag zu betrachten sind, nicht zum massgebenden Lohn. Ob dies zutrifft, ist nach dem Wesen und der Funktion einer Zuwendung zu beurteilen. Deren rechtliche oder wirtschaftliche Bezeichnung ist nicht entscheidend und höchstens als Indiz zu werten. Unter Umständen können auch Zuwendungen aus dem Reingewinn einer Aktiengesellschaft beitragsrechtlich massgebender Lohn sein; dies gilt laut <ref-law> namentlich für Tantiemen. Es handelt sich dabei um Vergütungen, die im Arbeitsverhältnis ihren Grund haben. Zuwendungen, die nicht durch das Arbeitsverhältnis gerechtfertigt werden, gehören nicht zum massgebenden Lohn, sondern sind Gewinnausschüttungen, welche eine Gesellschaft ihren Gesellschaftern ohne entsprechende Gegenleistung zuwendet, aber unbeteiligten Dritten unter den gleichen Umständen nicht erbringen würde (<ref-ruling> E. 2 S. 299 f. mit Hinweisen auf <ref-ruling> E. 2b S. 4; ZAK 1989 S. 147, E. 2b, H 131/86; Pra 86/1997 Nr. 96 S. 520 f., E. 4b, H 241/96; Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts H 49/02 vom 19. November 2002, E. 4.1; siehe auch PAUL CADOTSCH, Unternehmenssteuerreform II: Dividenden und AHV-Beiträge, in: Steuerrevue StR 1/2009, S. 47 ff.).
2.3 Dabei muss im Lichte der gesetzlichen Grundentscheidung, wonach nur Erwerbseinkommen, nicht aber Vermögensertrag beitragspflichtig ist, bei der Beurteilung von Leistungen, welche eine Aktiengesellschaft an Personen ausrichtet, die zugleich Arbeitnehmer und Aktionäre sind, einerseits eine angemessene Entschädigung für die geleistete Arbeit und andererseits ein angemessener Vermögensertrag zugrunde gelegt werden. Die Gesellschaft hat hier einen erheblichen Ermessensspielraum. Den Steuerbehörden steht nicht zu, die Angemessenheit des Lohnes bzw. der Dividende frei zu überprüfen. Von der durch die Gesellschaft gewählten Aufteilung ist nur dann abzuweichen, wenn ein offensichtliches Missverhältnis zwischen Arbeitsleistung und Lohn bzw. zwischen eingesetztem Vermögen und Dividende besteht. Wie im AHV-Recht (E. 2.2), aber mit umgekehrten Vorzeichen, ist dabei auf einen Drittvergleich abzustellen: Es ist zu prüfen, ob unter Berücksichtigung aller objektiven und subjektiven Faktoren die gleiche Leistung auch einem aussenstehenden Dritten erbracht worden wäre (dazu im Detail und mit zahlreichen Hinweisen: <ref-ruling> E. 2.2 S. 300 f.).
2.4 Hinsichtlich der Frage, ob ein offensichtliches Missverhältnis zwischen Arbeitsleistung und Lohn bzw. zwischen eingesetztem Vermögen und Dividende besteht, hat sich eine Praxis entwickelt, die laut <ref-ruling> in modifizierter Form bundesrechtskonform ist (sog. "Nidwaldner Praxis"). Demnach werden deklariertes AHV-Einkommen und branchenübliches Gehalt einerseits und Dividendenzahlung und Aktienwert anderseits zueinander in Beziehung gesetzt, um zu bestimmen, ob ein Teil der ausgeschütteten Dividende als beitragsrechtlich massgebendes Einkommen aufzurechnen ist. Vom Bundesgericht ist die genannte Praxis lediglich insofern korrigiert worden, als die Angemessenheit des (beitragsfreien) Vermögensertrags nicht in Relation zum Nennwert (Nominalwert), sondern zum effektiven wirtschaftlichen Wert der Aktien (Eigenkapital inkl. offene und stille Reserven) zu beurteilen ist (<ref-ruling> E. 2.8 S. 304).
2.5 Zur Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung von Inhabern gesellschaftlicher Beteiligungsrechte (durch eine volle Versteuerung von Dividenden einmal als Gewinn von den Unternehmen und ein zweites Mal bei der Ausschüttung als Einkommen von den Anteilseignern) wurde zunächst im Steuerrecht einiger Kantone (so auch der Kantone Ob- und Nidwalden) die Dividendenbesteuerung reduziert. Im Kanton Obwalden trat im Jahr 2001 die privilegierte Dividendenbesteuerung in Kraft: Demnach sind Dividenden aus Aktien nur im Umfang von 50 % steuerbar, wenn der Steuerpflichtige eine Beteiligungsquote von mindestens 10 % hält (Art. 22 Abs. 2 des Steuergesetzes des Kantons Obwalden; GDB 641.4). Mit dem auf den 1. Januar 2009 in Kraft getretenen Bundesgesetz über die Verbesserung der steuerlichen Rahmenbedingungen für unternehmerische Tätigkeiten und Investitionen (Unternehmenssteuerreformgesetz II) vom 23. März 2007 (AS 2008 2893) ist die privilegierte Dividendenbesteuerung auch bei der direkten Bundessteuer eingeführt worden (<ref-law>; SR 642.11).
2.6 Da die im Bundesrecht getroffene Regelung der privilegierten Dividendenbesteuerung vom Gehalt her mit der in den Kantonen Obwalden und Nidwalden (hier: Art. 40 Abs. 3 des kantonalen Steuergesetzes; NG 521.1) bereits früher eingeführten Regelung übereinstimmt, ist die vorne (E. 2.2-2.4) erörterte Rechtsprechung <ref-ruling> nach dem Inkrafttreten des Unternehmenssteuerreformgesetzes II weiterhin anwendbar.
2.7 Praxisgemäss ist es Sache der Ausgleichskassen, selbstständig zu beurteilen, ob ein Einkommensbestandteil als massgebender Lohn oder als Kapitalertrag qualifiziert werden muss. Der in <ref-law> enthaltenen Ordnung entspricht es, dass sich die Ausgleichskassen in der Regel jedoch an die bundessteuerrechtliche Betrachtungsweise halten. Soweit es vertretbar ist, soll eine verschiedene Betrachtungsweise der Steuerbehörde und der AHV-Verwaltung vermieden werden, dies um der Einheit und Widerspruchslosigkeit der gesamten Rechtsordnung willen (<ref-ruling> E. 2c S. 4; ZAK 1989 S. 148 E. 2c). Die Parallelität zwischen sozialversicherungs- und steuerrechtlicher Qualifikation ist nicht leichthin preiszugeben. Davon geht die Rechtsprechung aus, indem sie für den Schluss auf massgebenden Lohn bei Bezügen, die rechtskräftig der Reinertragssteuer unterworfen sind, ausschlaggebende Gründe verlangt (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts H 49/02 vom 19. November 2002 E. 4.2).
3.1 3.1.1 Die Vorinstanz stellte vorweg fest, dass das von der Beschwerdeführerin für C._ veranschlagte Gehalt von jährlich Fr. 120'000.- nicht als unüblich hoch zu beanstanden wäre und die in den Jahren 2003-2006 ausgerichteten wesentlich tieferen Löhne keine angemessene Entschädigung für seine geleistete Arbeit darstellten.
3.1.2 Kumulativ prüfte sie aufseiten des Vermögensertrags, ob von einem offensichtlichen Missverhältnis zwischen eingesetztem Vermögen und ausgerichteter Dividende auszugehen sei, was sie verneinte. Der massgebliche Steuerwert des von C._ gehaltenen Aktienpakets habe nach Auskunft der Steuerverwaltung für das Jahr 2003 Fr. 510'000.- betragen, für 2004 Fr. 480'000.-, für 2005 Fr. 440'000.- und für 2006 Fr. 1'220'000.-. Ausgehend von diesen Werten habe sich der Vermögensertrag bei einer Dividende von Fr. 160'000.- im Jahr 2003 auf 31,37 % (100 : 510'000 x 160'000), im Jahr 2004 auf 33,33 %, im Jahr 2005 auf 36,30 % und im Jahr 2006 auf 13,11 % belaufen. Das Bundesgericht habe sich zur Behandlung einer Substanzdividende im vorliegenden Kontext noch nicht geäussert, jedenfalls könne aus <ref-ruling> (und aus der WML) über die zeitliche Herkunft der Dividende nichts Entscheidwesentliches entnommen werden. Es bleibe fraglich, ob das Verhältnis zwischen eingesetztem Vermögen und ausgeschütteter Dividende unabhängig vom Reingewinn des vorangegangenen Geschäftsjahres massgebend sein könne. Die Vorinstanz kam hier zum Schluss, letztlich müsse stets auch beachtet werden, dass zwar die Beurteilung der Angemessenheit des Vermögensertrags bezogen auf das Erwerbseinkommen eines konkreten Jahres erfolge. Stehe aber fest, dass eine Dividende aus Erträgen bzw. Reingewinnen mehrerer Jahre ausgeschüttet werde, sei es sachfremd, die Angemessenheit gänzlich ungeachtet dieses Umstandes zu beurteilen. Denn wenn frühere Gewinne bei der damaligen Ausrichtung jeweils als angemessener beitragsfreier Vermögensertrag zu qualifizieren gewesen wären, würden nun im Zeitpunkt ihrer nachträglichen Ausschüttung darauf indirekt Beiträge erhoben.
3.1.3 Das kantonale Gericht stellte in dieser Hinsicht u.a. fest, der Lohn des C._ habe stark geschwankt und sei jeweils abhängig vom Geschäftsergebnis festgelegt worden. Zu beachten sei auch, dass der nun erfolgte Abbau betrieblich nicht benötigter Substanz in direktem Zusammenhang mit der Nachfolgeplanung des Unternehmens zu sehen sei. Insgesamt sei der Beweggrund für die Auszahlung der Substanzdividende aus gesellschaftsrechtlicher und nicht aus arbeitsrechtlicher Sicht zu werten. Es sei grundsätzlich fragwürdig, bei der Beurteilung der Angemessenheit einer Dividende Ausschüttungen aus der Substanz zu berücksichtigen. Insbesondere im vorliegenden Fall rechtfertige sich dies nicht und sei mithin nicht von einem offensichtlichen Missverhältnis zwischen dem eingesetzten Vermögen und der Dividende auszugehen.
3.2 Die Beschwerdeführerin betont, die Nachfolgeplanung einer Unternehmung sei eine steuerrechtliche Angelegenheit und nicht eine Frage der Abrechnung von Sozialversicherungsbeiträgen. Wann und wie die Dividende geäufnet worden sei, sei für die Beurteilung des sozialversicherungsrechtlichen Aspektes unbedeutend. Der vorinstanzliche Entscheid habe weitreichende Auswirkungen und schwerwiegende Konsequenzen für die Erhebung der Sozialversicherungsbeiträge. Es könne nicht an der Verwaltung als Massengeschäft liegen, zusätzlich zum gemeldeten Steuerwert des investierten Kapitals Abklärungen zu tätigen. Auch müsse sie die Dividendenzahlung nicht hinterfragen, denn es sei einerlei, ob diese aus dem Gewinn eines oder mehrerer Jahre stamme. Die Vorinstanz habe die Tragweite der Umgehung der Abrechnungspflicht nicht einbezogen. Denn wenn bei einem unangemessenen Verhältnis zwischen Lohn und Dividende nicht zusätzlicher massgebender Lohn zur Anrechnung gebracht werden könne, werde erfolgreich die Abrechnung paritätischer Beiträge verhindert.
3.3 Die Beschwerdegegnerin hält dagegen, die in den Jahren 2003-2006 ausgerichteten Substanzdividenden seien aus den offenen Reserven der Unternehmung entnommen worden. Die vorgetragenen Gewinne aus früheren Jahren stünden in einem direkten Zusammenhang mit der strategischen Neuausrichtung der Gesellschaft und seien mit der Steuerbehörde abgesprochen worden. Ein Unterstellen der Substanzdividenden unter die AHV-Beitragspflicht könne faktisch zu Ausschüttungssperren führen, bzw. dazu, dass liquide Mittel nicht mittels Dividende aus dem Unternehmen abgezogen werden könnten. Es dürfe nur der Reingewinn des betroffenen Geschäftsjahres der AHV-rechtlichen Überprüfung unterworfen werden. Würden Substanzdividenden aus Gewinnen früherer Jahre, in denen jeweils angemessene Löhne gezahlt worden seien, in die ahv-rechtliche Beurteilung miteinbezogen, würden ursprünglich (auch im Falle einer Ausschüttung) beitragsmässig irrelevante Gewinne wegen der nachträglichen Auszahlung in Form von Dividenden doch noch mit AHV-Beiträgen belegt.
4. 4.1 Das kantonale Gericht erwog zutreffend, dass Dividenden nicht nur aus dem Reingewinn des vorangehenden Geschäftsjahres ausgeschüttet werden können, sondern auch aus der Substanz bzw. aus den hiefür gebildeten offenen Reserven (<ref-law>). Die Gesellschaft kann zudem auch eine Dividende ausschütten, wenn ein Jahresverlust vorliegt, der Gewinnvortrag aber höher ist als dieser Verlust (PETER KURER/CHRISTIAN KURER, Basler Kommentar, Obligationenrecht II, 4. Auflage 2012, N. 14 zu Art. 675; JEAN-LUC CHENAUX, Commentaire romand, Code des obligations II, 2008, N. 9 zu Art. 675). Aktienrechtlich wird somit nicht nach der zeitlichen Herkunft der in Form einer Dividende ausgeschütteten Substanz unterschieden.
4.2 Wie die Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich feststellte (<ref-law>), war die in den Jahren 2003-2006 an C._ für dessen Tätigkeit ausgerichtete Entschädigung unangemessen tief. Der Vermögensertrag von 13-36 % (vorne E. 3.1.2) lag deutlich über der von den Ausgleichskassen zu beachtenden Grenze eines Eigenkapitalertrages von 10 %, ab dem eine Dividende vermutungsweise überhöht ist (WML Rz. 2011.7 [Stand 1/12]) und darum grundsätzlich beitragsrechtlich zum Teil zu massgebendem Lohn umqualifiziert werden kann (oben E. 2).
4.3 Eine solche Umqualifizierung der Dividenden oder Teilen davon rechtfertigt sich indessen im vorliegenden Fall aus folgenden Gründen nicht: In jenen Jahren, in denen die Gesellschaft die Reserven angelegt hatte (1993-1995 und 1998), liess sich C._ einen zumindest branchenüblichen Lohn auszahlen und rechnete diesen mit der Ausgleichskasse ab. Selbst wenn er also in jenen frühen Jahren einen übermässigen Kapitalertrag in Form von Dividenden erzielt hätte, wäre daher eine ahv-rechtliche Aufrechnung nicht in Frage gekommen. Zutreffend würdigte die Vorinstanz in diesem Zusammenhang, dass spätere Gewinnausschüttungen indirekt der Beitragspflicht unterstellt würden, nachdem diese früher erzielten Gewinne jeweils als angemessen und als beitragsfreier Vermögensertrag qualifiziert worden waren. Die Angemessenheit des Vermögensertrags stehe im Kontext mit derjenigen des Erwerbseinkommens aus einem konkreten Jahr. Der vorinstanzliche Entscheid steht im Einklang mit der Rechtsprechung (<ref-ruling>) und ist zu bestätigen.
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'800.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Obwalden und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. Oktober 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Schmutz