Faits:
A. X._ est propriétaire de la parcelle No 4427 de la commune de C._, sise 5 chemin du D._, 10 chemin de la E._. A.A._ et B.A._ sont copropriétaires de la parcelle no 4428 de cette même commune, sise 12 chemin du D._. Ces fonds sont notamment grevés de servitudes réciproques de non altius tollendi (no 23301) et de restrictions de plantations (no 23303). La servitude no 23301 comporte l'interdiction d'élever des bâtiments dont le faîte de toiture dépasserait l'altitude de 418,80 mètres. La servitude no 23303 comporte l'interdiction de toute plantation dont la hauteur excéderait 6 mètres au-dessus du niveau naturel du terrain. En 2004, X._ a requis et obtenu une autorisation de construire des panneaux solaires sur le toit de sa villa, lequel atteint l'altitude de 418,77 mètres. Dans le cadre d'un litige civil l'ayant opposé aux époux A._, X._ s'est engagé à respecter la servitude 23303 et à faire tailler au 30 juin 2005 au plus tard les arbres sis sur sa parcelle à une hauteur de 6 mètres au maximum, étant précisé que les arbres seraient régulièrement taillés de manière à ce qu'ils ne dépassent pas cette hauteur. Il s'est également engagé à respecter la servitude de non altius tollendi ainsi qu'à faire déplacer au 30 septembre 2005 au plus tard les deux panneaux solaires se trouvant sur le toit de sa maison afin qu'ils soient placés de manière conforme à l'autorisation de construire et « que leur hauteur ne dépasse pas l'altitude prescrite ». Par jugement du 2 juin 2005, le Tribunal de première instance du canton de Genève a donné acte de ces engagements à X._ et l'y a condamné en tant que de besoin.
A la requête des époux A._, le Procureur général du canton de Genève a signifié à X._ ce jugement sous la menace des peines de l'<ref-law>, le 1er décembre 2005. Après qu'une décision de classement de cette procédure eut été annulée par la Chambre d'accusation de la Cour de Justice genevoise, le Procureur général a rendu, le 26 décembre 2006, une ordonnance de condamnation contre X._, reconnaissant ce dernier coupable d'insoumission à une décision de l'autorité et le condamnant à une amende. Sur opposition du condamné, le Tribunal de police du canton de Genève a, par jugement du 13 mars 2008, reconnu X._ coupable d'insoumission à une décision de l'autorité et l'a condamné à une amende de 450 francs, avec peine de substitution de trois jours de privation de liberté, sous suite de frais et dépens en faveur des époux A._, qui s'étaient portés parties civiles.
B. Saisie d'un appel du condamné, la Chambre pénale de la Cour de justice l'a rejeté par arrêt du 22 septembre 2008. Le jugement de première instance a été confirmé et X._ condamné aux frais de la procédure de seconde instance cantonale. La cour cantonale n'a, en revanche, pas accordé de dépens pour la procédure d'appel, considérant que les époux A._ n'avaient pas qualité de partie civile.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut principalement à son annulation ainsi qu'à son acquittement et, à titre subsidiaire, au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision au sens des considérants.
Invités à déposer des observations, la Cour cantonale y a renoncé en se référant aux motifs de sa décision, cependant que le Procureur général a conclu à l'admission limitée du recours sur la seule question des dépens de première instance, au rejet pour le surplus. Les époux A._ ont conclu, avec suite de dépens, au rejet du recours y compris sur la question des dépens.

Considérant en droit:
1. Aux termes de l'<ref-law> (insoumission à une décision de l'autorité), celui qui ne se sera pas conformé à une décision à lui signifiée, sous la menace de la peine prévue au présent article, par une autorité ou un fonctionnaire compétents sera puni d'une amende. La norme pénale ne définit pas directement le comportement punissable, mais par renvoi au contenu d'une décision. La réalisation de l'infraction pénale suppose donc tout d'abord que le comportement ordonné par l'autorité soit décrit avec suffisamment de précision. Il faut que le destinataire sache clairement ce qu'il doit faire ou ce dont il doit s'abstenir, et partant quel comportement ou omission est susceptible d'entraîner une sanction pénale. Cette exigence de précision est une conséquence du principe nullum crimen sine lege de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2a p. 121). Elle ne s'oppose pas à toute interprétation du texte de la décision par le juge pénal. En particulier, lorsque le comportement en cause est défini par les termes d'une transaction judiciaire, la jurisprudence admet que le sens en soit déterminé conformément aux règles de la bonne foi (<ref-ruling> consid. 2b, p. 283; TRECHSEL et al., Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2008, art. 292 n. 13).
2. En l'espèce, il a été intimé au recourant, sous commination de la sanction prévue par l'<ref-law>, de respecter un jugement du 2 juin 2005, homologuant la transaction judiciaire intervenue entre les parties dans le cadre d'un litige civil, et dont le dispositif était restitué comme suit:
« 1. Donne acte à X._, propriétaire de la parcelle no 4427 sise sur la Commune de C._, de ce qu'il s'engage à respecter la servitude no 23303 inscrite le 3 mai 1978 au Registre foncier et faire tailler, au 30 juin 2005 au plus tard, les arbres sis sur sa parcelle à une hauteur de 6 mètres au maximum, étant précisé que ces arbres seront régulièrement taillés de manière à ce qu'ils ne dépassent pas la hauteur de 6 mètres.
2. Donne acte à X._ de ce qu'il s'engage à respecter la servitude de « non altius tollendi » no 23301 inscrite le 3 mai 1978 au Registre foncier et à faire déplacer, au 30 novembre 2005 au plus tard, les deux panneaux solaires se trouvant sur le toit de sa maison afin qu'ils soient placés de manière conforme à l'autorisation de construire et que leur hauteur ne dépasse pas l'altitude prescrite. »
2.1 Claire et précise en ce qui concerne la taille des arbres, l'injonction fixe tant la hauteur maximale (6 mètres) que l'obligation de procéder à des tailles régulières de manière à ce que cette hauteur ne soit pas dépassée. La cour cantonale en a déduit à juste titre que cette injonction était violée du seul fait que la hauteur de certains arbres était supérieure à six mètres en certains moment de l'année (arrêt entrepris, consid. 2, p. 4/6).
Le recourant ne conteste pas cette interprétation. A ses yeux, en revanche, il ne serait pas démontré qu'après le 15 août 2006 (dernier délai à lui imparti par le Procureur général), ses obligations n'auraient pas été respectées. Il ne serait pas démontré non plus, au plan subjectif, qu'il aurait intentionnellement décidé de ne pas couper ses arbres à une hauteur de 6 mètres. Le recourant souligne sur ce point que son épouse gérait seule la question du jardin et des arbres et qu'il avait lui-même donné des instructions conformes au respect du jugement. Il allègue enfin avoir ignoré que les bouleaux poussaient à une vitesse telle qu'il aurait dû ordonner de les couper à une hauteur inférieure à 5 mètres 80 ou 5 mètres 50.
2.2 En ce qui concerne la hauteur des arbres, la cour cantonale s'est référée au témoignage du jardinier du recourant qui, entendu le 5 février 2008 par l'autorité de première instance, a confirmé avoir reçu des instructions consistant à tailler les arbres à 5 mètres 80. Ce témoin a également déclaré avoir constaté une repousse d'environ 70 à 75 centimètres par an et, par conséquent, un dépassement de l'ordre de 50 centimètres de la hauteur de 6 mètres. La cour cantonale pouvait ainsi, sans arbitraire, déduire de ce témoignage que le recourant n'avait pas respecté ses engagements dès lors que la hauteur des arbres dépassait en certains moments de l'année la hauteur de 6 mètres. Elle pouvait, par ailleurs, déduire de la date à laquelle ce témoin a été entendu que cette situation avait perduré au-delà du 15 août 2006. Au demeurant, il ressort du dossier de la cause, notamment des relevés d'altitudes d'un panneau solaire et d'un bouleau effectués les 6 novembre 2006 et 27 août 2007 que la cime de cet arbre, dont le pied repose au sol à une altitude de 414 mètres 85, atteignait l'altitude de 421 mètres 62 au 6 novembre 2006 et 422 mètres 25 au 27 août 2007. A ces dates, la hauteur de l'arbre en cause excédait respectivement de plus de 70 centimètres et de près de 1 mètres 40 la hauteur prescrite. En tant que de besoin, on peut compléter sur ce point l'état de fait de l'arrêt cantonal (<ref-law>).
2.3 Le recourant ne peut rien déduire non plus en sa faveur de son allégation selon laquelle son épouse aurait géré la taille des arbres. Ce point ne ressort pas de l'état de fait de l'arrêt entrepris et le recourant n'indique pas pour quelles raisons le Tribunal fédéral devrait, sur ce point s'écarter des constatations de fait de l'arrêt entrepris (<ref-law>). Du reste, dans la mesure où c'est à lui qu'a été notifiée la commination fondée sur son propre engagement, il lui incombait de prendre les mesures nécessaires à en assurer le respect, indépendamment de la répartition des rôles convenue avec son épouse. Il lui appartenait également, le cas échéant, de se renseigner auprès de son jardinier sur la vitesse de croissance des espèces en cause afin que les arbres soient taillés de manière à ne pas dépasser la hauteur de 6 mètres, comme il s'y était engagé.
2.4 Il résulte de ce qui précède que la cour cantonale a constaté sans arbitraire la violation de ses obligations par le recourant en relation avec la hauteur des arbres. Par ailleurs, la transaction judiciaire ayant été conclue au mois de juin 2005, le recourant ne pouvait plus ignorer depuis l'automne 2006 au plus tard qu'une taille annuelle à 5 mètres 80 ne suffisait pas à compenser la repousse annuelle. La négligence est exclue. Les conditions d'application de l'<ref-law> sont donc réalisées sur ce point et l'arrêt entrepris ne prête pas le flanc à la critique.
3. La seconde injonction porte sur le respect de la servitude de non altius tollendi.
3.1 La cour cantonale a jugé que le toit de la villa du recourant avait été manifestement construit à l'altitude de 418,77 mètres en connaissance de la limite de 418,80 mètres fixée par la servitude. Par conséquent, toute construction en toiture dépassait fatalement la limite et violait le droit réel restreint constitué en 1978. Nonobstant l'autorisation de construire obtenue, le maintien des panneaux solaires sur le toit de la villa contrevenait à l'engagement (arrêt entrepris, consid. 2, p. 4/6).
Le recourant tente, pour l'essentiel, de démontrer que la transaction homologuée par la juridiction civile n'emportait pas l'obligation de ramener les panneaux solaires en-dessous de la limite de 418,80 mètres, mais uniquement de se conformer aux conditions de l'autorisation de construire et que, en tous les cas, si elle devait être interprétée dans le sens retenu par la cour cantonale, l'injonction était insuffisamment précise au regard de l'<ref-law>.
3.2 Telle qu'elle est formulée, l'injonction ne fixe pas la hauteur maximale que ne doivent pas dépasser les constructions sur le fonds du recourant. Elle se réfère en revanche précisément à une servitude déterminée par son numéro d'inscription au registre foncier. Selon la jurisprudence applicable en matière de restrictions au droit de bâtir, une servitude limitant la hauteur des constructions autorisée sur le fonds servant à une cote précise, doit se concevoir de façon absolue, conformément à son sens, ce qui ne laisse que peu de place à l'interprétation, respectivement à l'examen des intérêts réciproques des parties au maintien de la servitude (<ref-ruling> consid. 2c, p. 437). Au plan pénal, on peut ainsi admettre que la référence faite à une telle servitude respecte, dans la règle, l'exigence de précision précitée. Par ailleurs, sous l'angle de la bonne foi, l'engagement de respecter une telle servitude ne souffre guère d'être interprété dans un autre sens.
3.3 Le recourant objecte, en substance, qu'il faudrait déduire de la seconde partie de la transaction homologuée qu'en ce qui concerne les panneaux solaires en particulier, il n'avait pas l'intention de les déplacer en-deçà de l'altitude prescrite par la servitude, mais de manière à ce qu'ils respectent la hauteur prescrite par l'autorisation de construire. Il invoque sur ce point le contenu d'un procès-verbal de comparution personnelle du 31 mai 2005. Il allègue également dans ce contexte que l'engagement de respecter la servitude aurait été « impossible », le toit atteignant déjà la cote de 418 mètres 77. Il en déduit que l'injonction qui lui a été faite de respecter la transaction judiciaire sous commination des peines de l'<ref-law> était trop imprécise et qu'en tous les cas son intention de violer l'injonction ne serait pas établie.
3.3.1 Il s'agit tout d'abord de déterminer si, comme l'a implicitement retenu la cour cantonale, l'« altitude prescrite » au sens de cet engagement renvoyait à l'altitude maximale prescrite par la servitude ou à l'altitude fixée par l'autorisation de construire délivrée pour la pose des panneaux solaires, comme le soutient le recourant.
3.3.2 L'engagement du recourant de respecter la servitude de non altius tollendi a été pris afin de mettre un terme au litige qui l'opposait devant une juridiction civile à ses voisins au sujet de la hauteur de ces panneaux solaires (arrêt entrepris, consid. C.b, p. 2/6). Dans le contexte de ce litige civil, qui portait précisément sur l'exercice de la servitude, un engagement du recourant tendant uniquement à déplacer les panneaux solaires de manière à ce qu'ils soit disposés conformément à l'autorisation de construire, mais maintenus au-dessus de l'altitude prescrite par la servitude, aurait eu, en définitive, pour portée de mettre fin au litige en l'autorisant à maintenir un état de fait contraire à une servitude limitant justement la hauteur des constructions, qui doit être interprétée strictement (v. supra consid. 3.2). Il s'ensuit que, dans la perspective adoptée par le recourant, la transaction judiciaire aurait eu pour principal effet d'emporter renonciation de ses voisins à se prévaloir des droits que leur conférait la servitude. On doit cependant admettre que si la volonté des parties avait porté sur une telle renonciation, cette dernière aurait été exprimée clairement au moins par un engagement réciproque et non sous la forme de la déclaration unilatérale dont a pris acte le juge civil. Ce dernier doit en effet contrôler que le texte d'une transaction judiciaire correspond à la volonté des parties (cf. arrêt X. c. A. et B., du 26 octobre 2006, 4P.153/2006, consid. 4.2 et les références à POUDRET et al., Procédure civile vaudoise, 3e éd., n. 2 ad <ref-law> ainsi que FABIENNE HOHL, Procédure civile, Tome I, n. 1357 s. et n. 1363). Dans le cadre du litige pénal, la transaction judiciaire homologuée en l'espèce ne peut donc pas être interprétée de bonne foi dans le sens que voudrait lui donner le recourant. A cela s'ajoute que l'interprétation de ce point de la transaction proposée par le recourant aurait, dans le contexte du litige civil, réduit à une simple déclaration de principe, sans portée concrète, l'engagement exprimé de respecter la servitude de hauteur.
Pour le surplus, le procès-verbal de comparution personnelle du 31 mai 2005, qu'il invoque, ne figure pas au dossier, de sorte qu'il n'y a pas lieu de compléter ou de rectifier d'office (<ref-law>) l'état de fait de la décision cantonale sur ce point.
3.3.3 Le recourant souligne encore que l'engagement de placer les panneaux solaires conformément à l'autorisation de construire et en respectant la servitude aurait été « impossible », en ce sens que l'autorisation de construire portait sur l'installation des panneaux sur le toit, qui atteignait déjà l'altitude de 418,77 m, et fixait elle-même une hauteur au-dessus du toit, qui était nécessairement supérieure à l'altitude prescrite par la servitude.
Contrairement à l'avis du recourant, il n'y a cependant aucune impossibilité objective. La transaction peut, de bonne foi, être interprétée en ce sens que les panneaux solaires devaient, dans tous les cas, respecter la servitude. Il est vrai que l'architecte responsable entendu en première instance en qualité de témoin a déclaré que positionnés à plat sur le toit « ces panneaux solaires ne fonctionneraient que très mal, voire plus » (arrêt entrepris, consid. C.e, p. 4/6). Rien n'indique cependant que le recourant ait eu connaissance de ce problème au moment de conclure la transaction judiciaire, si bien que cet élément ne peut pas entrer en ligne de compte pour déterminer le sens que l'on peut, de bonne foi, attribuer à sa déclaration. On peut, par ailleurs, rappeler que l'erreur n'est pas un motif de nullité de plein droit (v. PIERRE ENGEL, Traité des obligations en droit suisse, 2e éd. 1997, p. 338) et seule est compétente pour réexaminer la validité d'une transaction judiciaire, notamment lorsqu'une partie invoque son erreur, l'autorité devant laquelle la cause était pendante avant la transaction (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 78, 108 Ib 374 consid. 2 p. 375). Il s'ensuit qu'avant que cette autorité soit saisie par la partie qui se prévaut de son erreur et qu'elle ait rendu son jugement, la transaction demeure en vigueur. Le recourant ne peut dès lors rien déduire en sa faveur d'une éventuelle erreur de sa part sur ce point.
3.4 Interprétée de bonne foi la transaction judiciaire en cause ne peut être comprise qu'en ce sens que le recourant s'engageait à respecter la servitude, y compris en ce qui concerne le positionnement des panneaux solaires. Le comportement imposé au recourant était, de la sorte, déterminé de manière suffisamment précise pour permettre l'application de l'<ref-law> et le non-respect de l'injonction par le recourant ne peut être imputé à une simple négligence. Le grief est infondé.
4. Le recourant invoque la violation de son droit d'être entendu, résultant d'une motivation insuffisante de la décision entreprise. Il allègue avoir soulevé, devant l'autorité cantonale, l'argumentation développée devant la cour de céans en relation avec l'interprétation de son engagement de respecter la servitude No 23303.
4.1 Tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu donne notamment à l'intéressé le droit de recevoir une décision suffisamment motivée pour qu'il puisse la comprendre et l'attaquer utilement, s'il le souhaite, et pour que l'autorité de recours soit en mesure, le cas échéant, d'exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, même brièvement, les raisons qui l'ont guidée et sur lesquelles elle a fondé sa décision, de façon que l'intéressé puisse en apprécier la portée et, éventuellement, l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 2c p. 14; <ref-ruling> consid. 2c p. 57). Il n'est donc pas nécessaire que les motifs portent sur tous les moyens des parties; ils peuvent être limités aux questions décisives (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 445 et les références).
4.2 En l'espèce, la cour cantonale a exposé, fût-ce de manière lapidaire, l'interprétation qu'elle donnait de l'engagement pris par le recourant de respecter la servitude de non altius tollendi. Elle a mentionné les raisons pour lesquelles elle considérait que cet engagement avait été violé. La cour cantonale s'est, partant, prononcée sur la question décisive, qu'elle a tranchée en optant pour une interprétation stricte de la servitude, conforme au droit fédéral (v. supra consid. 3.2), respectivement de l'engagement pris par le recourant de respecter cette servitude. Ce faisant, elle a, tout au moins implicitement, rejeté l'argumentation du recourant, qui ne serait pertinente que dans le cadre d'une interprétation moins stricte du droit réel restreint. Le grief est infondé.
5. Dans un dernier argument, le recourant reproche à l'autorité cantonale de dernière instance d'avoir appliqué arbitrairement le droit cantonal de procédure. Il relève que si l'autorité cantonale a nié à juste titre la qualité de partie civile aux époux A._, elle ne pouvait, sans arbitraire, confirmer purement et simplement le jugement de première instance, qui leur octroyait des dépens.
5.1 Sous réserve des exceptions visées par l'art. 95 let. c à e LTF, qui ne sont pas pertinentes en l'espèce, l'application du droit cantonal et communal ne peut être invoquée à l'appui d'un recours au Tribunal fédéral que s'il en résulte une violation du droit fédéral au sens de l'<ref-law>, soit notamment de la garantie constitutionnelle fédérale contre l'arbitraire (art. 9 Cst.; <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 251). Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable voire même préférable (<ref-ruling> consid. 5.4 et les arrêts cités, p. 148, 129 I 8 consid. 2.1 p. 9).
5.2 Conformément à l'<ref-law>/GE, devant les juridictions de jugement, les frais de l'Etat et les dépens de la partie civile sont mis à la charge du condamné. Par ailleurs, conformément à l'<ref-law>/GE, saisie d'un recours contre un jugement du Tribunal de police, la Chambre pénale de la Cour de justice statue en appel. La procédure est recommencée « ab ovo », la cour ayant toute latitude pour revoir la cause en fait et en droit (GRÉGOIRE REY, Procédure pénale genevoise, 2005, art. 246 n. 1.1).
En l'espèce, la cour cantonale a jugé que l'<ref-law> constituait une infraction contre l'autorité publique. Elle en a déduit qu'un particulier ne pouvait être titulaire du bien juridiquement protégé et avoir qualité de partie civile (arrêt entrepris, consid. 3, p. 5/6), ce qui l'a conduite à ne pas allouer de dépens de seconde instance.
5.3 Le défaut de qualité de partie civile des époux A._ dans la procédure d'appel cantonale n'est pas litigieux en instance fédérale, les intéressés n'ayant pas formé de recours contre l'arrêt cantonal sur ce point. Il s'agit donc uniquement de déterminer si la constatation du défaut de qualité de partie au stade de la procédure d'appel devait nécessairement conduire à la réforme de la décision de première instance en tant qu'elle allouait des dépens aux époux A._, considérés à tort comme partie civile par l'autorité de première instance. A cet égard, étant rappelé que l'autorité cantonale statuait en appel avec plein pouvoir d'examen en fait et en droit, force est de constater que le motif invoqué pour nier la qualité de partie civile, relatif à la titularité du bien juridiquement protégé, valait en première comme en seconde instance. Dans ces conditions, comme le relève à juste titre le recourant, la confirmation du jugement de première instance sur la question des dépens de cette instance apparaît en contradiction flagrante avec le refus des dépens en seconde instance et aboutit à l'allocation de dépens à un tiers non-partie au procès pénal. Pour le surplus, l'autorité cantonale n'a pas invoqué sur ce point la sanction des règles de la bonne foi en procédure et rien n'indique que le recourant ait délibérément renoncé à invoquer cet incident à un moment où l'informalité aurait encore pu être corrigée, ni qu'il ait attendu une issue défavorable de la procédure pour ce faire (cf. <ref-ruling> consid. 3). Il s'ensuit que la décision entreprise est arbitraire tant dans sa motivation que son résultat, en ce qu'elle confirme l'allocation de dépens de première instance.
6. Le recourant n'obtient que très partiellement gain de cause. Il succombe pour l'essentiel. Il supporte des frais de procédure légèrement réduits (<ref-law>). Une indemnité de dépens réduite doit lui être allouée à la charge du canton de Genève (<ref-law>). Les époux A._ n'étaient pas partie à la procédure cantonale et ne sont touchés dans leurs intérêts juridiques par la présente décision qu'en ce qui concerne la question des dépens de première instance. Succombant sur ce point, ils ne peuvent prétendre à l'allocation de dépens pour la procédure fédérale.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis.
2. L'arrêt entrepris est annulé en tant qu'il confirme la mise à la charge du recourant de dépens de première instance. Le recours est rejeté pour le surplus.
3. Les frais de justice, arrêtés à 3000 francs sont à la charge du recourant.
4. Le canton de Genève versera au conseil du recourant une indemnité de dépens arrêtée à 500 francs.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 5 mars 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat