Sachverhalt:
A. Im Jahre 1981 nahm X._ seine Lehrtätigkeit an der Zürcher Hochschule Winterthur (ZHW, damals noch Technikum Winterthur Ingenieurschule, seit Anfang 2008 Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften [ZHAW]) auf.
Die ZHW kündigte X._ mit Verfügung vom 9. Dezember 2005 auf den 30. September 2006. Ausgehändigt wurde dem Adressaten die Kündigung am 11. Januar 2006. Mit Verfügung vom 13. März 2006 erfolgte X._s Freistellung. Wegen dessen Krankheit wurde ihm der Lohn bis Ende März 2007 weiter gezahlt.
B. Sowohl gegen die Entlassung wie auch gegen die Freistellung gelangte X._ an die Rekurskommission der Zürcher Hochschulen. Seine Rechtsverzögerungs- bzw. -verweigerungsbeschwerde betreffend den Rekurs gegen die Entlassung wies das Verwaltungsgericht am 16. Mai 2007 ab, soweit es darauf eintrat.
Am 17. und 24. Mai 2006 hatte der Vorsitzende der Rekurskommission zuvor die Gesuche um Erteilung der aufschiebenden Rechtsmittelwirkung sowie um unentgeltlichen Rechtsbeistand des Rekurrenten abgewiesen und zudem die Begehren betreffend Sistierung sowie Ausstand verworfen. Dagegen von X._ erhobene Beschwerden ans Verwaltungsgericht blieben erfolglos.
Mit Beschluss vom 12. Juli 2007 vereinigte die Rekurskommission die Rekurse gegen die Entlassung und die Freistellung und wies sie im Wesentlichen ab, soweit sie darauf eintrat. Gleichzeitig verpflichtete sie die ZHW in Dispositiv-Ziff. II zur Bezahlung einer Entschädigung von vier Monatslöhnen wegen der Verletzung von Verfahrensvorschriften bei der Kündigung.
C. X._ erhob hierauf Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. In erster Linie verlangte er die Aufhebung der Entlassungsverfügung vom 9. Dezember 2005 bzw. die Feststellung von deren Nichtigkeit sowie die Weiterzahlung des Lohnes ab April 2007. Dabei seien seinem Stundenkontokorrent 1'143.98 Arbeitsstunden für das Sommersemester 2006, während welchem er zu Unrecht freigestellt gewesen sei, gutzuschreiben. Eventualiter seien ihm diese Stunden auszuzahlen. Im Weitern forderte er Schadenersatz von Fr. 100'000.-- und eine Pönale von sechs Monatslöhnen. Eventualiter, falls die Kündigung nicht als nichtig beurteilt werde, sei das Arbeitsverhältnis invaliditätshalber oder aus gesundheitlichen Gründen altershalber zu beenden. Zusätzlich seien die damit verbundenen Einkommenseinbussen und Verluste bei der Altersvorsorge wegen Mobbing auszugleichen. Subeventualiter wollte der Beschwerdeführer ein lebenslängliches Ruhegehalt oder eine Entschädigung von elf Jahresgehältern.
Gleichentags erhob auch die ZHW Beschwerde beim Verwaltungsgericht. Sie beantragte die Aufhebung von Dispositiv-Ziff. II des Rekursentscheides und die Feststellung, dass die Kündigung rechtmässig erfolgt sei.
Schliesslich ersuchte am 27./28. September 2007 die Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich um Eintritt ins Verfahren. Sie verlangte von der ZHW Ersatz für die an X._ bezahlte Arbeitslosenentschädigung von Fr. 33'560.10.
Mit Präsidialverfügung vom 4. Oktober 2007 wurden verschiedene prozessuale Begehren X._s abgewiesen. Zudem wies der Vorsitzende das Gesuch der Arbeitslosenkasse um Verfahrenseintritt ab, eröffnete allerdings für deren Forderung ein eigenes Geschäft.
D. Am 14. Mai 2008 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde von X._ teilweise gut und stellte fest, dass die Kündigung vom 9. Dezember 2005 nichtig sei. Die ZHAW wurde verpflichtet, X._ den Lohn mit Wirkung ab April 2007 im Sinne der Erwägungen fortzuzahlen. Bezüglich des Begehrens von X._ um Zuteilung eines 100%-Pensums wurde die Sache im Sinne der Erwägungen an die ZHAW zum Entscheid zurückgewiesen. Im Übrigen wies das Verwaltungsgericht X._s Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
Die Beschwerde der ZHAW wurde als gegenstandslos abgeschrieben, soweit darauf eingetreten wurde. Auf die Beschwerde der Arbeitslosenkasse trat das Verwaltungsgericht nicht ein. Die Gerichtskosten wurden X._ und seiner Arbeitgeberin zu je 7/15 und der Arbeitslosenkasse zu 1/15 auferlegt. Parteientschädigungen wurden keine zugesprochen.
E. Mit Eingabe vom 30. Juni 2008 (Verfahren 1C_296/2008) erhebt die ZHAW (nachfolgend Beschwerdeführerin 1) Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 14. Mai 2008. Sie beantragt die Aufhebung von Dispositiv-Ziff. 1, 2 sowie 4, 5 und 6 des angefochtenen Entscheids und die Feststellung, dass das Anstellungsverhältnis X._s mit der Entlassungsverfügung vom 9. Dezember 2005 aufgelöst worden sei. Das Verwaltungsgericht sei anzuweisen, die Beschwerde der ZHAW vom 19. September 2007 gegen Dispositiv-Ziff. II des Beschlusses der Rekurskommission vom 12. Juli 2007 zu behandeln. Eventualiter ersucht die Beschwerdeführerin um Rückweisung der Sache an das Verwaltungsgericht zur gehörigen Untersuchung des rechtserheblichen Sachverhalts.
X._ (nachfolgend Beschwerdeführer 2) ficht das Urteil des Verwaltungsgerichts am 5. Juli 2008 beim Bundesgericht an (Verfahren 1C_310/2008). Er stellt auf sieben Seiten diverse Anträge, sowohl in prozessualer als auch in materieller Hinsicht. Sinngemäss zusammengefasst fordert er eine Neuverteilung der Gerichtskosten im verwaltungsgerichtlichen Verfahren zu Lasten der Beschwerdeführerin 1 und der Arbeitslosenkasse und beansprucht eine vollumfängliche Parteientschädigung für seine Aufwendungen. Weiter verlangt er die Verpflichtung der Beschwerdeführerin 1 zur Zahlung einer Pönalen in der Höhe von mindestens einem Monatslohn und eine Genugtuung in der Höhe von zwei bis sechs Bruttojahresgehältern, zahlbar durch die Beschwerdeführerin 1. Die Beschwerdeführerin 1 soll zudem verpflichtet werden, rückwirkend auf die Einreichung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 19. September 2007 und neu ab Einreichung der Beschwerde vor Bundesgericht weiterhin Lohnnachzahlungen jeweils per 25. jeden Monats mit 5 % Verzugszins zu verzinsen. Schliesslich beantragt er die Aufhebung der Entlassungsverfügung vom 9. Dezember 2005 und der Mitarbeiterbeurteilung vom Mai 2005. Eventualiter sei die Sache zur korrekten Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
F. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich verzichtet in beiden Verfahren auf eine Stellungnahme. Die Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich hat sich nicht vernehmen lassen.
Der Beschwerdeführer 2 beantragt sinngemäss die Abweisung der Beschwerde 1C_296/2008, während die Beschwerdeführerin 1 ihrerseits auf Abweisung der Beschwerde 1C_310/2008 schliesst, soweit darauf eingetreten werden könne. Im weiteren Schriftenwechsel halten die Beschwerdeführenden sinngemäss an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Da die Beschwerden 1C_296/2008 und 1C_310/2008 denselben rechtserheblichen Sachverhalt und grundsätzlich dieselben Rechtsfragen betreffen, rechtfertigt es sich, die Verfahren zu vereinigen.
1.2 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts, ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG), betrifft ein öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis, d.h. eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinn von <ref-law>. Bei den Beschwerden geht es um die angebliche Nichtigkeit einer Kündigung, mithin um eine vermögensrechtliche Angelegenheit; ein Ausschlussgrund liegt nicht vor (<ref-law>). Die Höhe des Streitwerts ist umstritten, das Streitwerterfordernis von 15'000.-- Franken ist indes bei Weitem erfüllt (Art. 51 Abs. 1 lit. a, Art. 85 Abs. 1 lit. b BGG). Die Beschwerden sind somit zulässig. Die Beschwerdeführerin 1 als Arbeitgeberin und der Beschwerdeführer 2 als öffentlich-rechtlich Angestellter der ZHAW sind zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>; siehe dazu <ref-ruling> E. 2.3 S. 206 f.). Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerden ist darum - unter Vorbehalt von E. 1.3 ff. hiernach - grundsätzlich einzutreten.
1.3 Nach <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Soweit ein Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann er nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (E. 1.3 hiervor). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
2. Die Beschwerdeführerin 1 wirft dem Verwaltungsgericht in verschiedener Hinsicht Willkür vor. Sie stellt die Nichtigkeit der Kündigung in Abrede und macht geltend, die Vorinstanz habe <ref-law> willkürlich angewandt. Zudem vertritt sie den Standpunkt, sie sei aufgrund der konkreten Umstände nicht gehalten gewesen, dem Beschwerdeführer 2 nochmals zu kündigen. Ihre Eingabe vom 8. März 2006 zuhanden der Rekurskommission hätte als erneute Kündigung qualifiziert werden müssen. Weiter führt sie aus, es sei sinn- und zwecklos, bei einer sehr langen Kündigungsfrist von sechs Monaten und bei Anwendung der maximalen Sperrfrist von 180 Tagen auf Nichtigkeit einer Kündigung zu schliessen, welche gut neun Monate vor dem Ende des Anstellungsverhältnisses ausgesprochen worden sei. In Bezug auf die vom Beschwerdeführer 2 eingereichten Arztzeugnisse hält die Beschwerdeführerin 1 die Sachverhaltsermittlung des Verwaltungsgerichts für offensichtlich falsch bzw. dessen Beweiswürdigung für willkürlich.
2.1 Das Verwaltungsgericht nennt zu dieser Thematik zunächst die massgeblichen Gesetzesbestimmungen. Es zitiert § 2 der Personalverordnung der Zürcher Fachhochschulen vom 29. August 2000 (PV ZFH/ZH; LS 414.112), wonach das allgemeine kantonale Personalrecht anwendbar ist, soweit die Verordnung keine abweichenden Regelungen trifft. Nach § 20 Abs. 1 des Personalgesetzes vom 27. September 1998 (PG/ZH; LS 177.10) richten sich Tatbestand und Rechtsfolgen der Kündigung zur Unzeit nach den Bestimmungen des Obligationenrechts. Das Verwaltungsgericht stellt darum zu Recht auf <ref-law> ab, was auch von der Beschwerdeführerin 1 nicht bestritten wird.
Gemäss dieser Bestimmung darf der Arbeitgeber nach Ablauf der Probezeit das Arbeitsverhältnis nicht kündigen, während der Arbeitnehmer ohne eigenes Verschulden durch Krankheit oder Unfall ganz oder teilweise an der Arbeitsleistung verhindert ist. Ab dem sechsten Dienstjahr gilt diese Sperrfrist während 180 Tagen. Die Kündigung, die während einer solchen Frist erklärt wird, ist nichtig (<ref-law>). Ist ein Arbeitnehmer wegen Krankheiten oder Unfällen, die untereinander in keinem Zusammenhang stehen, arbeitsunfähig, so löst jede neue Krankheit oder jeder neue Unfall eine neue gesetzliche Schutzfrist aus, während welcher der Arbeitgeber den Arbeitsvertrag nicht gültig kündigen kann (<ref-ruling> E. 3 S. 125 ff.). Wer krankgeschrieben ist und dennoch arbeiten geht, ist durch die Sperrfrist trotzdem vor Kündigung geschützt, denn der gesetzliche Schutz setzt nicht voraus, dass der Arbeitnehmer um seine Krankheit weiss oder der Arbeitgeber darüber informiert ist (Ullin Streiff/Adrian von Kaenel, Arbeitsvertrag, Praxiskommentar, Zürich, 6. Auflage, Art. 336c N. 2 S. 717, mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 2c S. 216 f.). Das Gesetz unterscheidet in <ref-law> den Fall, dass eine Kündigung während der Sperrfrist ausgesprochen wird, vom Fall, dass sie schon vorher erfolgte. In der ersten Konstellation ist die Kündigung nichtig, d.h., sie bewirkt auch nach Ablauf der Sperrfrist keinerlei Wirkungen und muss wiederholt werden. Es muss neu gekündigt werden, eine blosse Bestätigung genügt nicht (Streiff/von Kaenel, a.a.O., Art. 336c N. 9 S. 727).
2.2 Unbestritten ist, dass die Kündigung dem Beschwerdeführer 2 am 11. Januar 2006 ausgehändigt wurde. Gemäss den nicht widerlegten Ausführungen des Verwaltungsgerichts erschien er an diesem Tag zur Arbeit, um Klausurprüfungen zu beaufsichtigen. Das Verwaltungsgericht stellt im Folgenden einmal auf zwei Zeugnisse ab, welche dem Beschwerdeführer 2 für den 11. Januar 2006 eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit bescheinigen. Einerseits handelt es sich um ein Zeugnis von C._, bei welchem der Beschwerdeführer 2 gemäss den ärztlichen Angaben seit dem 19. Oktober 2005 in Behandlung gewesen ist (act. 12/16 S. 1 der vorinstanzlichen Akten). Das Verwaltungsgericht führt dazu aus, der Arzt habe dem Beschwerdeführer 2 vom 21. Dezember 2005 bis 25. Januar 2006 gänzliche Arbeitsunfähigkeit attestiert. Laut den Ausführungen des Beschwerdeführers 2 sei diese Arbeitsunfähigkeit durch seine Herzbeschwerden bedingt gewesen. Zum zweiten bezieht sich das Verwaltungsgericht auf A._, welche dem Beschwerdeführer 2 wegen Unfalls eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit ab 9. Januar 2006 für jedenfalls drei Tage bescheinigt hat (act. 12/16 S. 3). Entgegen den Behauptungen der Beschwerdeführerin 1 setzt sich das Verwaltungsgericht mit der Würdigung dieser Zeugnisse durch die Rekurskommission auseinander und erachtet diese als nicht überzeugend (E. 6.4.3 des angefochtenen Urteils). Dass neben den erwähnten noch weitere ärztliche Atteste vorhanden sind, welche für den 11. Januar 2006 keine oder nur teilweise Arbeitsfähigkeit annehmen, spricht nach Meinung des Verwaltungsgerichts nicht gegen die Überzeugungskraft der Zeugnisse C._ und A._.
2.3 Diese Erwägungen des Verwaltungsgerichts werden durch die Akten vollumfänglich gestützt. Die Vorinstanz geht denn auch auf den Umstand ein, dass das Zeugnis von A._ nicht datiert ist resp. das Austellungsdatum verdeckt ist. Dies spreche wohl dafür, dass es erst im Nachhinein erstellt worden sei. Indessen liege auch ein Unfallschein UVG bei den Akten (act. 12/190): Darin habe B._ dem Beschwerdeführer 2 ab 9. Januar 2006 vollumfängliche Arbeitsunfähigkeit attestiert; A._ habe daran anschliessend ab 12. Januar 2006 die vollumfängliche Arbeitsunfähigkeit bestätigt. Es bestünden keine vernünftigen Zweifel daran, dass der Beschwerdeführer 2 am 11. Januar 2006 wegen seines Unfalls aus ärztlicher Sicht als nicht arbeitsfähig beurteilt worden sei. Gegenüber der Glaubwürdigkeit des Zeugnisses C._ könnte prima facie nach Meinung des Verwaltungsgerichts insoweit ein Vorbehalt angebracht werden, als die Arbeitsunfähigkeit erst am 25. Januar 2006 bescheinigt worden ist. Allerdings handle es sich nicht um eine retrospektive Beurteilung des Arztes auf den Zeitraum vor der ersten Konsultation; gemäss den Angaben auf dem Attest habe er den Beschwerdeführer 2 bereits seit dem 19. Oktober 2005 behandelt. Der Zeitpunkt der Ausstellung spreche darum nicht gegen die Überzeugungskraft des Zeugnisses.
2.4 Was die Beschwerdeführerin 1 dagegen vorbringt, ist weitgehend als appellatorische Kritik zu qualifizieren und vermag jedenfalls keine Willkür darzutun. Wohl zeigt die Beschwerdeführerin 1 gewisse Unstimmigkeiten zwischen den Zeugnissen auf. Dies genügt indes nicht, um dem Verwaltungsgericht eine offensichtlich falsche Sachverhaltsermittlung vorwerfen zu können. Die Schlussfolgerungen der Vorinstanz werden durch die Aktenlage gestützt. Auch kann sich die Beschwerdeführerin 1 nicht darauf berufen, es sei nicht vorhersehbar gewesen, dass das Verwaltungsgericht auf den Unfallschein UVG abstelle, weshalb es ihr rechtliches Gehör verletzt habe: Der Unfallschein befand sich in den Akten und die Beschwerdeführerin 1 hatte selber Kenntnis davon. Das Verwaltungsgericht war nicht gehalten, ihr im voraus mitzuteilen, dass es diesen bei der Beweiswürdigung beiziehen würde. Im Übrigen hat das Verwaltungsgericht seine Begründung nicht allein auf den Unfallschein gestützt, sondern diesen beigezogen, um seine Schlussfolgerungen aus den verschiedenen Arztzeugnissen zu untermauern. Die von der Beschwerdeführerin 1 nicht weiter begründeten Zweifel daran, dass die Angabe von B._ im Unfallschein tatsächlich von diesem stammten, zeigen ebenso wenig Willkür des Verwaltungsgerichts auf: Es handelt sich hierbei lediglich um vage, nicht belegte Vermutungen der Beschwerdeführerin 1. Ebenfalls nicht geeignet, die Sachverhaltsermittlung und daraus folgende Beweiswürdigung des Verwaltungsgerichts als willkürlich erscheinen zu lassen, ist der Einwand der Beschwerdeführerin 1, C._ sei Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, weshalb er den Beschwerdeführer 2 nicht wegen seiner Herzbeschwerden habe krank schreiben können. Es ist durchaus denkbar, dass der Beschwerdeführer 2 wegen seiner Herzbeschwerden auch in psychiatrischer resp. psychologischer Behandlung war. Weitere Mutmassungen dazu erübrigen sich. Willkürlich sind die Erhebungen des Verwaltungsgerichts jedenfalls nicht.
2.5 Dem Beschwerdeführer 2 gereicht weiter nicht zum Nachteil, dass er am 11. Januar 2006 zur Arbeit erschienen ist. Wie gesehen (E. 2.1 hiervor), ändert dies nichts an der durch Krankheit und Unfall begründeten Sperrfrist. Der Beschwerdeführer 2 erklärte sein Erscheinen in der Schule mit der ihm an diesem Tag obliegenden Prüfungsaufsicht, für welche er keinen Ersatz gefunden hatte. Daraus kann nicht geschlossen werden, dass er voll einsatzfähig gewesen wäre. Es handelte sich bei dem Unfall (einem Rippenbruch) denn auch kaum um eine Bagatelle, wurde der Beschwerdeführer 2 doch für mehrere Wochen krank geschrieben. Die anhaltende Beeinträchtigung wird durch die Angaben auf dem Unfallschein bestätigt. <ref-law> nennt überdies ausdrücklich auch die teilweise Verhinderung an der Arbeitsleistung als Grund für die Sperrfrist (siehe <ref-ruling> E. 2c S. 216 f.).
2.6 Ist dem Verwaltungsgericht aber darin zu folgen, dass die Kündigung während zweier Sperrfristen (eine wegen Krankheit und eine wegen Unfall) gemäss <ref-law> erfolgte und deshalb nichtig war, so ist die Argumentation der Beschwerdeführerin 1, ihre Eingabe vom 8. März 2006 an die Rekurskommission hätte als neue Kündigung gewertet werden müssen, unbehelflich. Wie in E. 2.1 hiervor dargelegt, zeigt die nichtige Kündigung keinerlei Wirkung und muss darum wiederholt werden. Eine Stellungnahme in einem Rechtsmittelverfahren genügt diesen Anforderungen nicht.
2.7 Zwar ist der Beschwerdeführerin 1 darin zuzustimmen, dass der Beschwerdeführer 2 im Zusammenhang mit dem Arbeitsverhältnis eine Vielzahl von verschiedenen Verfahren angestrengt hat. Jedoch fehlen Anhaltspunkte, um darin einen Rechtsmissbrauch zu erblicken.
2.8 Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde der Beschwerdeführerin 1 abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann.
3. 3.1 Was der Beschwerdeführer 2 gegen das angefochtene Urteil vorbringt, stellt über weite Teile keine rechtsgenügliche Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Entscheid dar, sondern appellatorische Kritik (vgl. auch die den Beschwerdeführer betreffenden Urteile 2P.302/2006 vom 29. März 2007, 1C_132/2008 vom 26. Juni 2008 und 1C_312/2008 vom 26. Februar 2009). Zudem äussert sich der Beschwerdeführer 2 zu etlichen anderen von ihm angestrengten Verfahren, welche vorliegend nicht Streitgegenstand sind.
3.2 Einmal mehr erachtet der Beschwerdeführer 2 zudem im Umstand, dass die Vorinstanzen den Sachverhalt rechtlich anders gewürdigt haben als er, einen Grund für deren Befangenheit. Das Bundesgericht hat ihm in den Urteilen 1C_132/2008 und 1C_312/2008 bereits dargelegt, dass diese Argumentation nicht zu überzeugen vermag. Auch sonst sind keine Anhaltspunkte ersichtlich, die auf Vorbefassung resp. Befangenheit des Verwaltungsgerichts oder der Rekurskommission schliessen lassen. Die diesbezüglichen Vorbringen des Beschwerdeführers 2 sind offensichtlich unbegründet.
3.3 Soweit der Beschwerdeführer 2 den Kosten- und Entschädigungsentscheid des Verwaltungsgerichts bemängelt, blendet er aus, dass er zwar im Hauptpunkt in Bezug auf die Nichtigkeit der Kündigung obsiegt hat, ansonsten aber mit seinen zahlreichen Begehren nicht durchdringen konnte. Insbesondere wurde u.a. sein Antrag auf Zusprechung von elf Jahresgehältern abgewiesen. Demzufolge hat das Verwaltungsgericht das Obsiegen und Unterliegen der Beschwerdeführerin 1 und des Beschwerdeführers 2 als ungefähr gleichmässig bewertet. Daraus ist ihm - unter Hinweis auf die zutreffende Erwägung 11 des angefochtenen Entscheids (<ref-law>) - kein Vorwurf der Rechtsverletzung zu machen.
3.4 Zusammenfassend ist auch die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4. Die Beschwerden 1C_296/2008 und 1C_310/2008 sind demzufolge abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind nur dem Beschwerdeführer 2 Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin 1 als öffentlich-rechtliche Arbeitgeberin trifft keine Kostenpflicht (<ref-law>; Urteil 1C_77/2007 vom 27. August 2007). Dem Beschwerdeführer 2 ist keine Parteientschädigung zuzusprechen, da er nicht anwaltlich vertreten war, während die Beschwerdeführerin 1 aufgrund von <ref-law> keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung hat.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerdeverfahren 1C_296/2008 und 1C_310/2008 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden 1C_296/2008 und 1C_310/2008 werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden X._ auferlegt.
4. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer