Faits:
A. Par jugement du 10 septembre 2007, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a condamné X._, à côté d'autres accusés, à la peine de douze mois de privation de liberté sous déduction de quatorze jours de détention avant jugement, avec sursis pendant quatre ans pour rixe. Ce jugement statuait en outre sur les aspects civils de la cause et sur les frais.
B. Saisie d'un recours en réforme de X._, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté par arrêt du 31 mars 2008. Statuant sur les frais de seconde instance, la cour cantonale a notamment mis à la charge de X._ l'indemnité allouée à son défenseur d'office, par 774 fr. 70. Cet arrêt repose, en résumé, sur l'état de fait suivant, en ce qui concerne X._.
B.a X._ est né en Turquie en 1960. Il est venu en Suisse en 1985 pour des motifs politiques. Jusqu'en 2005, X._ a été élu plusieurs fois président du Centre culturel Y._ à Lausanne. Son casier judiciaire comporte deux condamnations pour infraction à la LStup, en 1993 et 1996.
B.b A Lausanne, le 29 mai 2003, à la Place de la Riponne, vers 22h40, pour une raison peu claire, A._ s'est approché du stand de kebab où officiait B._ et une altercation a éclaté. A._ a donné un coup de tête à la face de B._ qui a saigné du nez. A cet instant, A._ a sorti un couteau pour frapper B._ à l'abdomen, selon les déclarations de celui-ci, contestées par celui-là. X._ et trois autres personnes ont séparé les deux protagonistes puis ont quitté les lieux avec A._.
B._ a ensuite déposé sa veste au stand avant de partir à la recherche de A._, couteau en main. Il a été rejoint par son frère C._ et D._, qui se trouvaient à l'intérieur du bar de la Riponne. B._ a rattrapé A._ au bas de l'avenue de l'Université où une bagarre a rapidement éclaté entre, d'une part, B._ et son frère C._ et, d'autre part, A._ et X._. Plusieurs coups de poing et coups de couteau ont été échangés, sans qu'il soit possible d'établir une version entièrement cohérente du déroulement des faits. Il est établi que B._ a asséné un coup de couteau au cou de X._. A._ a frappé B._ avec son couteau suisse à plusieurs reprises et C._ a frappé A._. Dans la bagarre, X._ a encore reçu un coup de couteau au niveau de l'omoplate et C._ un coup de poing au visage. D._, qui a tenté de s'interposer, a reçu un coup de couteau dans le ventre. A._ lui en a infligé un autre dans le dos.
Les raisons de cette altercation n'ont pu être établies avec précision, les uns invoquant des raisons politiques et les autres une histoire de dettes et de femmes.
B.c L'arrêt cantonal constate en outre que X._ a souffert d'une plaie cervicale gauche profonde avec lésion du rameau mentonnier du nerf facial. La blessure infligée n'a, objectivement, pas mis en danger sa vie, bien que ce résultat soit probablement dû au hasard (arrêt entrepris, consid. 1.2, p. 8 s.). Selon la cour cantonale, les lésions subies, qui n'avaient nécessité qu'une hospitalisation de vingt-quatre heures, sont de relativement peu d'importance. Les séquelles étaient uniquement esthétiques, mais constituent un dommage esthétique permanent (arrêt entrepris, consid. 3.2, p. 28).
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut à sa réforme en ce sens qu'il soit condamné à une peine privative de liberté d'un mois, sous déduction de quatorze jours de détention avant jugement, avec sursis pendant deux ans, les frais de justice mis à sa charge étant, par ailleurs, réduits à 7'000 francs en première instance et aucun frais n'étant mis à sa charge pour la seconde instance. Le recourant requiert en outre d'être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.
Bien qu'invitée à sa déterminer sur sa pratique en matière de frais de défense d'office dans le dossier 6B_471/2008, dans lequel ce point était également litigieux, la cour cantonale y a renoncé. Le Ministère public en a fait de même. Cela étant, il n'a pas été ordonné de nouvel échange d'écritures sur cette question.

Considérant en droit:
1. Le recourant invoque tout d'abord une violation de l'art. 54 CP. Il fait valoir, comme en procédure cantonale, qu'il subsiste un dommage permanent, qui justifierait une réduction de la peine qui lui a été infligée, la gravité des faits retenus à sa charge n'étant pas telle qu'elle exclurait l'application de cette disposition.
1.1 Conformément à l'art. 54 CP (Atteinte subie par l'auteur à la suite de son acte), si l'auteur a été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une peine serait inappropriée, l'autorité compétente renonce à le poursuivre, à le renvoyer devant le juge ou à lui infliger une peine. Cette disposition a été reprise sans modification de l'ancien art. 66bis CP, sous réserve du titre marginal, qui est nouveau (v. Message concernant la modification du code pénal suisse [dispositions générales, entrée en vigueur et application du code pénal] et du code pénal militaire ainsi qu'une loi fédérale régissant la condition pénale des mineurs; FF 1999, p. 1873). Il s'ensuit que la jurisprudence relative à l'art. 66bis CP demeure applicable malgré l'entrée en vigueur du nouveau droit.
1.2 Conformément aux principes dégagés en application de l'ancien droit, l'art. 54 CP est violé si cette règle n'est pas appliquée dans un cas où une faute légère a entraîné des conséquences directes très lourdes pour l'auteur ou, à l'inverse, si elle est appliquée dans un cas où une faute grave n'a entraîné que des conséquences légères pour l'auteur. Entre ces cas extrêmes, pour toute la variété des situations intermédiaires, le juge doit prendre sa décision en analysant les circonstances concrètes du cas d'espèce et il dispose d'un large pouvoir d'appréciation, de sorte que sa décision ne sera annulée que s'il en a abusé (cf. <ref-ruling> consid. 2d p. 175; <ref-ruling> consid. 2a p. 247 s.). Lorsque l'application de l'art. 54 CP n'est pas d'emblée exclue, le juge doit d'abord apprécier la culpabilité de l'auteur conformément à l'art. 47 CP, sans égard aux conséquences que l'acte a entraînées pour celui-ci, puis mettre en balance la faute commise et les conséquences subies. Si cet examen révèle que l'auteur a déjà été suffisamment puni par les conséquences de son acte et qu'une autre sanction ne se justifie plus, il renoncera à prononcer une peine. Il se peut toutefois qu'une exemption totale n'entre pas en considération, mais que l'importance de l'atteinte directe subie par l'auteur justifie de réduire la quotité de la peine, que le juge devra alors atténuer en faisant usage de son pouvoir d'appréciation (cf. <ref-ruling> consid. 2d p. 175; <ref-ruling> consid. 1 p. 281 ss). A cet égard, la jurisprudence avait également souligné que si cette disposition n'était pas conçue comme une règle d'exception, elle ne devait pas être interprétée extensivement, le texte légal exigeant d'ailleurs que l'auteur ait été directement atteint par les conséquences de son acte au point qu'une sanction serait inappropriée, ce qui implique qu'il ait été lourdement touché par celles-ci (cf. ATF <ref-ruling> consid. 1b p. 283).
1.3 En l'espèce, les premiers juges ont considéré que la culpabilité de X._ était loin d'être négligeable. Le Tribunal correctionnel a souligné, dans ce contexte, que le recourant avait opté pour la violence et s'était battu « comme un chiffonnier », alors qu'il avait tout loisir, comme membre important et président du Centre culturel Y._ de calmer le jeu et de faire en sorte que les esprits s'apaisent plutôt que de prendre une part active à la rixe (jugement de première instance, consid. 12, p. 28). Dans la mesure où le recourant conteste la gravité de sa faute en objectant que le déroulement des faits n'a pu être établi (hormis les blessures qu'il a lui-même subies), il s'écarte de manière inadmissible de l'état de fait de l'arrêt entrepris, qui renvoie sur ce point au jugement de première instance (arrêt entrepris, consid. B, p. 2). Il n'y a donc pas de raisons de revoir l'appréciation des autorités cantonales relative à la gravité de la faute du recourant.
Les lésions subies et leurs séquelles ont, par ailleurs, été qualifiées de « relativement peu d'importance » par la cour cantonale, qui a notamment relevé la brève durée de l'hospitalisation (24 heures), d'une part, et le fait que les lésions n'avaient pas mis la vie du recourant en danger et n'ont laissé que des séquelles esthétiques, que la cour cantonale a qualifiées « de peu de poids » eu égard à la personnalité du recourant (arrêt entrepris, consid. D.1.2, p. 25). Ce dernier ne conteste ni ces constatations de fait ni l'appréciation des autorités cantonales sur la gravité des lésions et des séquelles. Dans ces conditions, le recourant n'a pas été lourdement touché par les conséquences de son acte, si bien que la cour cantonale pouvait, sans abuser de son pouvoir d'appréciation, refuser d'atténuer la peine du recourant en application de l'art. 54 CP. Le grief est infondé.
2. Le recourant conteste ensuite la durée du sursis qui lui a été imposé. Il relève que les faits ont eu lieu en 2003 et que, partant, plus de cinq ans après, il conviendrait de réduire la durée du sursis de quatre à deux ans.
Il ressort cependant du jugement de première instance que le Tribunal correctionnel a déjà retenu le bon comportement du recourant depuis les faits qui lui sont reprochés pour écarter le pronostic négatif auquel aurait pu conduire la seule prise en considération de ses antécédents et des renseignements mitigés recueillis sur lui (jugement, consid. 12, p. 28 s.). Il n'y a dès lors pas lieu de tenir encore compte de ce facteur au stade de la fixation de la durée du sursis. Le grief est infondé.
3. Le recourant conclut encore à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens que les frais de justice mis à sa charge soient réduits à la somme de 7'000 francs en première instance, aucun frais n'étant mis à sa charge pour la deuxième instance.
3.1 Dans la mesure où ces conclusions sont motivées par les griefs du recourant qui ont été examinés ci-dessus, on peut se borner à renvoyer à ce qui vient d'être exposé.
Le recourant se prévaut cependant également des art. 29 al. 3 Cst. et 6 par. 3 let. c CEDH en relevant que ces deux dispositions garantissent expressément la gratuité de l'assistance d'un avocat. Il soutient que cette garantie ne serait pas respectée par la mise à sa charge des frais de sa défense d'office au terme de la procédure, soit 7'900 francs en première instance et 774 fr. 70 en seconde instance cantonale. Il soulève pour la première fois ces griefs.
3.1.1 Le recours en matière pénale peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est circonscrit par les art. 95 et 96 LTF, soit en particulier pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Dans ce cadre, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est pas lié par l'argumentation des parties et il apprécie librement la portée juridique des faits. Il ne peut cependant examiner l'argumentation juridique des parties que dans la mesure où elle porte sur un point qui constitue encore l'objet du litige en instance fédérale (art. 99 al. 2 et 107 al. 1 LTF) et pour autant qu'elle repose sur des constatations de fait de la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.3. in fine). Il s'en tient par ailleurs, en général, aux questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 2).
Suivant le principe de l'épuisement préalable des instances cantonales qui découle de l'art. 80 al. 1 LTF, il n'examine, dans la règle, que les griefs constitutionnels qui, pouvant l'être, ont été présentés à l'autorité cantonale de dernière instance et les questions qui constituaient l'objet du litige devant l'autorité précédente; il s'ensuit que le grief invoqué pour la première fois devant le Tribunal fédéral ne doit pas se confondre avec l'arbitraire. Par ailleurs, le comportement du recourant ne doit pas être contraire à la règle de la bonne foi en vertu de laquelle celui qui ne soulève pas devant l'autorité de dernière instance cantonale un grief lié à la conduite de la procédure ne peut plus en principe le soulever devant le Tribunal fédéral. Cette juridiction ne contrôle pas non plus d'office le respect des droits fondamentaux (art. 106 al. 2 LTF).
3.1.2 Le recourant a emprunté, devant l'autorité de dernière instance cantonale, la voie du recours en réforme prévue par l'art. 410 CPP/VD. La cour de céans a déjà eu l'occasion de constater que, dans cette hypothèse, lorsque le recourant n'a formulé même implicitement, en procédure de recours cantonale, ni grief quant à la mise à sa charge des frais de sa défense d'office de première instance ni conclusion sur ce point, il ne peut plus soulever ce moyen en instance fédérale, faute d'épuisement des voies de recours (arrêt X. c. Ministère public du canton de Vaud du 5 décembre 2008, 6B_611/2008 consid. 2.2 et 2.3, destiné à la publication aux ATF).
En l'espèce, le recourant a conclu, devant l'autorité cantonale, à l'exemption de toute peine en application de l'art. 54 CP ou à tout le moins à une réduction substantielle de sa peine pour ce motif ainsi qu'au versement d'une indemnité de 5'000 francs de tort moral à la charge de B._. Le recourant n'a donc formulé aucune conclusion spécifique sur la question des frais de première instance, notamment le principe de la mise à sa charge des frais de sa défense d'office. Il n'a, non plus, développé aucune argumentation sur ce point dans son mémoire. Aussi la cour cantonale, tenue d'examiner d'office l'application du droit matériel en relation avec les griefs développés et les conclusions au moins implicites prises dans les écritures de recours n'était-elle, en revanche, pas tenue d'examiner d'office les questions de procédure concernant les frais et l'assistance judiciaire en première instance, en l'absence de toute conclusion et de toute motivation spécifique sur ce point. Il s'ensuit que les griefs d'ordre constitutionnel et conventionnel soulevés par le recourant sur ce point sont irrecevables dans le recours en matière pénale.
3.2 Il convient, en revanche, d'examiner la question de l'indemnité du conseil d'office du recourant pour la procédure de seconde instance cantonale.
3.2.1 Aux termes du considérant E, premier alinéa, de l'arrêt cantonal, les frais de justice ont été mis à la charge de X._ pour un tiers, soit 2'268 fr. 40, dont l'indemnité allouée à son défenseur d'office par 774 fr. 70, TVA comprise, ainsi que la moitié de l'indemnité allouée au conseil d'office de D._ par 193 fr. 70, TVA comprise.
3.2.2 Dans un arrêt récent, la cour de céans, examinant cette même question, a jugé que ni l'art. 29 al. 3 Cst., ni l'art. 6 par. 3 let. c CEDH n'imposaient une renonciation définitive de l'Etat au remboursement par le bénéficiaire de l'assistance judiciaire des frais avancés au titre de la défense d'office. Ces dispositions ne s'opposent pas non plus à ce que le montant de ces frais soit fixé dans le dispositif de la décision et à ce que cette dernière statue sur le principe de l'obligation de rembourser. En revanche, la garantie constitutionnelle déduite de l'art. 29 al. 3 Cst. impose que le remboursement ne puisse être poursuivi par voie d'exécution forcée aussi longtemps que la situation économique de l'intéressé ne lui permet pas de s'en acquitter (arrêt X. c. Ministère public du canton de Vaud, du 5 décembre 2008, 6B_611/2008, consid. 2 destiné à la publication aux ATF).
3.2.3 En l'espèce, le chiffre III relatif au recourant du dispositif de la décision entreprise met inconditionnellement à la charge de ce dernier l'indemnité allouée à son défenseur d'office par 774 fr. 70. Ainsi formulé, ce point du dispositif permettrait donc en principe d'entreprendre le recouvrement de ce montant par voie d'exécution forcée, cependant que la motivation de l'arrêt entrepris ne permet pas de déterminer pour quelles raisons le recourant ne pourrait plus invoquer en sa faveur la garantie constitutionnelle de l'art. 29 al. 3 Cst. On ignore en effet concrètement qu'elle était, à l'issue de cette procédure, sa situation économique. On ignore de même si la pratique des autorités cantonales offre des garanties que l'exécution forcée des frais ainsi mis à charge ne soit pas entreprise tant qu'il n'est pas établi que l'intéressé dispose des moyens nécessaires. Il convient donc d'annuler l'arrêt cantonal sur ce point - mais non en ce qui concerne les autres frais de la procédure - et de renvoyer la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle examine à nouveau la question du sort de ces frais à l'aune des principes dégagés dans l'arrêt précité. Si la cour cantonale entend maintenir une condamnation inconditionnelle au paiement de ces frais, il lui incombera d'exposer les raisons justifiant de retirer au recourant le bénéfice de l'assistance judiciaire ou d'expliquer quelles garanties offertes par le droit cantonal permettraient d'exclure que le recouvrement soit effectivement entrepris malgré cette condamnation inconditionnelle aussi longtemps que la situation économique du recourant ne s'est pas améliorée. Hors de ces hypothèses, la cour cantonale examinera s'il y a lieu de renoncer purement et simplement à ces frais ou de soumettre l'obligation de rembourser statuée dans le dispositif à une condition (cf., par exemple, art. 64 al. 4 LTF).
4. Le recourant obtient très partiellement gain de cause. Il peut prétendre une indemnité de dépens réduite (art. 68 al. 1 LTF). La demande d'assistance judiciaire est sans objet dans cette mesure. Pour le surplus, en tant qu'il portait sur les questions relatives à l'application des art. 44 et 54 CP, le recours en matière pénale était d'emblée dénué de chances de succès. La demande d'assistance judiciaire est rejetée dans cette mesure (art. 64 al. 1 LTF). Le recourant supporte des frais réduits en raison de l'issue du recours et de sa situation financière qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis partiellement.
2. Le chiffre III du dispositif de l'arrêt entrepris relatif au recourant est annulé en ce qui concerne la somme de 774 fr. 70 correspondant à l'indemnité allouée au défenseur d'office du recourant et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle rende une nouvelle décision au sens des considérants qui précèdent. Le recours est rejeté pour le surplus dans la mesure où il est recevable.
3. La requête d'assistance judiciaire est rejetée dans la mesure où elle n'est pas sans objet.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge du recourant.
5. Le canton de Vaud versera au conseil du recourant une indemnité de dépens arrêtée à 1'000 francs.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 26 décembre 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Schneider Vallat