A.- B._, geboren 1947, kroatischer Staatsangehöriger, war nach seiner Einreise in die Schweiz in verschiedenen Bereichen tätig, hauptsächlich im Gastgewerbe.
Später erwarb er das Wirtepatent und führte als Pächter selbstständig Restaurants. Zuletzt betrieb er einen eigenen Imbisswagen. Am 25. März 1996 glitt er auf der Treppe desselben aus und stürzte rückwärts auf Rücken, Schultern und Kopf. Wegen der dadurch verursachten Gesundheitsprobleme wurde ein Arbeitsunterbruch notwendig. Überdies leidet B._ unter einer rechts verminderten und links bis an die Grenze zur Taubheit reduzierten Leistung des Gehörs.
Am 8. Dezember 1997 meldete sich B._ bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. Zur Klärung der Anspruchsberechtigung holte die IV-Stelle Bern nebst Arztberichten auch ein Gutachten des Zentrums für Medizinische Begutachtung (nachfolgend: ZMB) ein, welches am 24. August 1999 erstattet wurde. Davon ausgehend ermittelte der Abklärungsdienst der IV-Stelle in seinem Bericht vom 6. Dezember 1999 einen Invaliditätsgrad von 42 %. Gestützt darauf verfügte die IV-Stelle, nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens, am 6. Juni 2000 die Zusprechung einer Viertelsrente rückwirkend ab 1. März 1997.
B.- B._ liess dagegen beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern Beschwerde führen mit dem Begehren, der Invaliditätsgrad sei so festzulegen, dass eine volle Rente, eventualiter eine halbe Rente zugesprochen werden könne.
Ausserdem wurde vorbehältlich einer direkten Regelung zwischen den Parteien die Anwendung der Härtefallregelung nach Art. 28 Abs. 1bis IVG beantragt. Auf dieses letztgenannte Begehren trat das angerufene Gericht nicht ein und wies im Übrigen die Beschwerde mit Entscheid vom 12. Dezember 2000 ab.
C.- B._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, "der Invaliditätsgrad sei so festzulegen, dass eine volle Rente gesprochen werden kann".
Ausserdem wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersucht.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherung auf eine Vernehmlassung verzichtet.
D.- Zum Gutachten vom 24. August 1999 stellte das Eidgenössische Versicherungsgericht zwei Ergänzungsfragen an die Experten des ZMB. In einem Zusatzbericht vom 13. September 2001 präzisierten daraufhin die Dres. med.
R._ und W._, dass die Kardialbeschwerden bei der Beurteilung der Arbeitsfähigkeit von B._ nicht im Vordergrund gestanden hätten und dass ein allfälliger Einfluss bei der Gesamtbeurteilung der Arbeitsfähigkeit in Ziffer 5 und 6 des Gutachtens bereits berücksichtigt worden sei.
Der Zusatzbericht wurde den Parteien vorgelegt, und sie erhielten Gelegenheit, sich dazu zu äussern. B._ lässt sich nicht vernehmen, während die IV-Stelle auf eine Stellungnahme verzichtet.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach Art. 4 Abs. 1 IVG gilt als Invalidität die durch einen körperlichen oder geistigen Gesundheitsschaden als Folge von Geburtsgebrechen, Krankheit oder Unfall verursachte, voraussichtlich bleibende oder längere Zeit dauernde Erwerbsunfähigkeit.
Nach Art. 28 Abs. 1 IVG hat der Versicherte Anspruch auf eine ganze Rente, wenn er mindestens zu 66 2/3 %, auf eine halbe Rente, wenn er mindestens zu 50 % oder auf eine Viertelsrente, wenn er mindestens zu 40 % invalid ist; in Härtefällen hat der Versicherte nach Art. 28 Abs. 1bis IVG bereits bei einem Invaliditätsgrad von mindestens 40 % Anspruch auf eine halbe Rente.
2.- a) Verwaltung und Vorinstanz sind gestützt auf das Gutachten des ZMB vom 24. August 1999 von einer Arbeitsfähigkeit von maximal 40 % in einer leidensangepassten Tätigkeit ausgegangen. Das Gutachten gelangte zu folgender Diagnose:
-Chronisches lumbovertrebales/lumbospondylogenes Schmerzsyndrom
bei deutlichen degenerativen Veränderungen und
segmentaler Instabilität L4/5;-zervikogenes Schmerzsyndrom/Zervikocephalsyndrom bei
degenerativen Veränderungen der unteren HWS;-Impingementsyndrom der rechten Schulter;-ausgeprägte narzisstische Persönlichkeitsstörung mit
wahnhaften Tendenzen;-an Taubheit grenzende Schallempfindungsschwerhörigkeit
links und mittel- bis hochgradige Schallempfindungsschwerhörigkeit
rechts;-Chronische Bronchitis bei Nikotinabusus;-Verdacht auf koronare Herzkrankheit mit Angina pectoris
und Verdacht auf arterielle Hypertonie.
Basierend auf diesen Befunden und einer Würdigung der Vorgeschichte kommen die Gutachter zum Schluss, es bestehe eine Arbeitsfähigkeit von 30 % als Restaurateur (mit repetitivem Lastenheben und Bücken) und von maximal 40 % für körperlich adaptierte Tätigkeiten ohne repetitives Lastenheben, Bücken und körperliche Zwangshaltung, wobei die beiden letztgenannten Teildiagnosen als "ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit" beurteilt worden sind. Als medizinische Massnahme wird vor allem eine eingehende kardiologische Abklärung einschliesslich einer funktionellen Herzszintigraphie empfohlen.
b) In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird geltend gemacht, solange diese empfohlene Herzuntersuchung nicht erfolgt sei, habe die IV-Stelle ihre Abklärungspflicht nicht erfüllt und sei daher auch nicht zu einem Schluss betreffend Invaliditätsgrad berechtigt.
Das Bundesrecht schreibt nicht vor, wie die einzelnen Beweismittel zu würdigen sind. Für das gesamte Verwaltungs- und Verwaltungsgerichtsbeschwerdeverfahren gilt der Grundsatz der freien Beweiswürdigung (Art. 40 BZP in Verbindung mit Art. 19 VwVG; Art. 95 Abs. 2 OG in Verbindung mit Art. 113 und 132 OG). Danach haben Versicherungsträger und Sozialversicherungsrichter die Beweise frei, d.h. ohne Bindung an förmliche Beweisregeln, sowie umfassend und pflichtgemäss zu würdigen. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten oder der Expertin begründet sind (<ref-ruling> Erw. 3a mit Hinweis, AHI 2001 113 Erw. 3a).
Gemessen an diesen Anforderungen gibt das Gutachten des ZMB insofern zu Fragen Anlass, als es eine genauere Abklärung der Kardialbeschwerden empfiehlt, zugleich aber festhält, diese Beschwerden blieben ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit. Nachdem im Zusatzbericht vom 13. September 2001 klargestellt worden ist, dass der Verdachtsdiagnose auf koronare Herzkrankheit in erster Linie eine prognostische Bedeutung bezüglich der gesundheitlichen Situation des Exploranden zukommt, dass allfällig auftretende entsprechende Beschwerden medikamentös oder invasiv behandelt werden könnten und dass die Herzleiden des Beschwerdeführers in der Gesamtbeurteilung der Arbeitsfähigkeit mit berücksichtigt worden sind, sind die Unsicherheiten behoben.
Zusammen mit dem Zusatzbericht genügt das Gutachten den genannten Anforderungen an eine beweistaugliche ärztliche Expertise.
c) Die übrigen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde angeführten Vorbehalte gegenüber dem Bericht des ZMB vermögen dessen Schlüssigkeit nicht zu erschüttern. Die Kritik am orthopädischen und am internistischen Teil des Gutachtens konzentriert sich auf den Hinweis, im Gastgewerbe sei eine Tätigkeit ohne die medizinisch als problematisch erachteten Belastungen nicht denkbar. Damit wird, zu Unrecht, davon ausgegangen, dem Versicherten sei nur eine Tätigkeit in seiner angestammten Branche zumutbar. Die angebliche Widersprüchlichkeit des ORL-Teils, die darin bestehen soll, dass einerseits erhebliche Gehörminderungen attestiert werden, die aber andererseits kaum Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit zeitigen sollen, löst sich auf, sobald die Verbesserung der Kommunikationsfähigkeit mit Hilfsmitteln (von der IV-Stelle mit Verfügung vom 11. September 1998 abgegebener Hörapparat) und durch kompensatorische Leistungen (teilweises Lippenablesen) in die Betrachtung miteinbezogen wird.
3.- Die IV-Stelle hat, ausgehend von einer Restarbeitsfähigkeit von 40 %, einen Einkommensvergleich durchgeführt und dabei einen Invaliditätsgrad von 42 % ermittelt.
Für die Festlegung des Valideneinkommens hat sie das durchschnittliche Einkommen vor Eintritt des Versicherungsfalles herangezogen, wobei die Jahre 1991-1993, in denen wegen besonderer Verhältnisse nur geringe Einkommen realisiert werden konnten, ausser Betracht fielen. Das so ermittelte hypothetische Valideneinkommen von Fr. 25'000.- ist nicht zu beanstanden. Zur Bestimmung des hypothetischen Invalideneinkommens stellte die IV-Stelle auf die Lohnstrukturerhebung (LSE) des Bundesamtes für Statistik ab und legte den Tabellenlohn für eine dem Versicherten medizinisch zumutbare Erwerbstätigkeit (privater Sektor 3, Dienstleistungen, Anforderungsniveau 4, Männer) zugrunde, wobei sie noch den praxisgemäss höchstzulässigen leidensbedingten Abzug von 25 % vornahm (vgl. <ref-ruling> Erw. 5b/cc). Daraus resultierte ein Invalideneinkommen von Fr. 14'604.-, was zu keinerlei Beanstandungen Anlass gibt. Die in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde geltend gemachte Unzumutbarkeit gemäss Verwaltungspraxis, die eine Tätigkeit in offensichtlich untergeordneter Stellung für Behinderte, die früher in gehobener Position tätig waren, als unzumutbar erachte, besteht nicht, denn das angerufene Kreisschreiben über Invalidität und Hilflosigkeit (KSIH, herausgegeben vom Bundesamt für Sozialversicherung, gültig ab 1. Januar 2000) hält ausdrücklich fest, dass von Selbstständigerwerbenden die Aufnahme einer unselbstständigen Tätigkeit verlangt werden kann (ebd.).
Verwaltungsweisungen sind für das Sozialversicherungsgericht nicht verbindlich. Es soll sie bei seiner Entscheidung mit berücksichtigen, sofern sie eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulassen. Es weicht anderseits insoweit von Weisungen ab, als sie mit den anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen nicht vereinbar sind (<ref-ruling> Erw. 3a, 126 V 68 Erw. 4b, 427 Erw. 5a, 125 V 379 Erw. 1c, je mit Hinweisen). Vorliegend weist nichts auf eine Unvereinbarkeit der Verwaltungsanweisung mit der gesetzlichen Regelung in Art. 28 Abs. 2 IVG hin.
Zusammenfassend ist festzuhalten, dass der von der IV-Stelle ermittelte und vorinstanzlich bestätigte Invaliditätsgrad von 42 % richtig ist.
4.- Da es um Versicherungsleistungen geht, sind gemäss Art. 134 OG keine Gerichtskosten zu erheben. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten ist daher gegenstandslos. Die unentgeltliche Verbeiständung kann hingegen gewährt werden (Art. 152 in Verbindung mit Art. 135 OG), da die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung geboten war (<ref-ruling> Erw. 4a und 372 Erw. 5b, je mit Hinweisen). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 152 Abs. 3 OG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung wird Fürsprecher Urs Wolffers, Bern, für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht aus der
Gerichtskasse eine Entschädigung (einschliesslich
Mehrwertsteuer) von Fr. 1500.- ausgerichtet.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und
dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 14. Februar 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Vorsitzende der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: