Sachverhalt:
A. S._, geboren 1964, Serviceangestellte und Mutter eines 1999 geborenen Sohnes, hatte am 26. Oktober 1983 einen ersten Autounfall erlitten, bei dem sie in ein Tobel gestürzt war und sich eine Claviculafraktur links, eine Fraktur eines oder zweier Brustwirbelkörper, Nasenbeinfrakturen, eine Fraktur im Gesichtsschädel rechts, Rippenfrakturen sowie eine Fraktur im Bereich des rechten Handgelenks zugezogen hatte. 1985 war es zu einem zweiten Unfall gekommen, als ihr Auto ins Schleudern geraten, mit einem anderen Fahrzeug kollidiert und in der Folge an ein Bord geschleudert worden war; damals war es zu keinen schweren körperlichen Verletzungen gekommen. Bei einem dritten Unfall 1997 war ihr Auto wegen Aquaplanings ins Schleudern geraten, worauf sich das Auto überschlagen hatte und auf dem Dach gelandet war. Schliesslich erlitt sie als Beifahrerin auf dem Soziussitz des Motorrades ihres Ehemanns am 7. Mai 2000 einen vierten Unfall, als dieses auf die Gegenfahrbahn geriet und frontal mit einem entgegen kommenden Fahrzeug kollidierte. S._ wurde daraufhin durch die Luft geschleudert und zog sich durch den Sturz eine Fraktur der Basis der Metacarpalia IV und V rechts, eine nicht dislozierte Fibulaköpfchenfraktur subcapital links sowie eine Fraktur am Os naviculare des linken Fusses zu. Bezüglich der erlittenen Frakturen zeigte sich ein regelrechter Heilverlauf und waren in der Folge nur noch Restbeschwerden zu beklagen. Indessen leidet S._ seither an persistierenden Nackenbeschwerden, wobei später lumbale Beschwerden hinzutraten. Ihre Tätigkeit als Serviceangestellte konnte sie nach dem letzten Unfall nur noch etwa zu 30-40 % ausüben; ab dem 27. März 2003 wurde ihr eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert.
Die "Winterthur" Schweizerische Versicherungsgesellschaft, heute AXA Versicherungen AG, bei welcher S._ zum Zeitpunkt dieses letzten Unfalls für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, kam für die Heilbehandlung auf und entrichtete Taggelder. Nachdem sie die Versicherte durch Dr. med. R._, Rheuma- und Reha-Zentrum X._, hatte untersuchen lassen (Gutachten vom 17. Dezember 2003) und S._ im Auftrag der Invalidenversicherung durch die Medizinische Abklärungsstelle (MEDAS) begutachtet worden war (Gutachten vom 2. März 2006), sprach ihr die AXA Versicherungen AG mit Verfügung vom 12. April 2006 und Einspracheentscheid vom 3. April 2007 unter Annahme einer 50%igen Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit mit Wirkung ab 1. April 2006 eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 50 % sowie eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 25 % zu.
B. Dagegen liess S._ Beschwerde erheben und reichte mit ihrer Replik ein Gutachten des Prof. Dr. med. E._, Physikalische Medizin und Rehabilitation FMH, vom 9. Juli 2007 ein, welcher ihr eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit in jeglicher beruflicher Tätigkeit bescheinigte und sich auch zum Integritätsschaden äusserte. Mit Entscheid vom 10. Dezember 2007 wies das Versicherungsgericht des Kantons Nidwalden die Beschwerde ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihr eine Invalidenrente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 100 %, eine Integritätsentschädigung von 65 % sowie weitere Pflegeleistungen und Kostenvergütungen zuzusprechen, welche zur Aufrechterhaltung des Gesundheitszustandes dienten. Eventualiter sei die Sache zur interdisziplinären Begutachtung an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen.
Während die AXA Versicherungen AG auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zu den Voraussetzungen des Anspruchs auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung (<ref-law>) sowie zum Begriff der Invalidität (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Mit der Beschwerde wird zunächst gerügt, dass die Vorinstanz sich bezüglich der Arbeitsfähigkeit allein auf das MEDAS-Gutachten gestützt und sich mit der Einschätzung des Prof. Dr. med. E._ nur unzureichend auseinandergesetzt habe.
3.1 Wie das Bundesgericht in <ref-ruling> erkannt hat, haben Versicherungsträger und Sozialversicherungsrichter die Beweise frei, d.h. ohne Bindung an förmliche Beweisregeln, sowie umfassend und pflichtgemäss zu würdigen. Für das Beschwerdeverfahren bedeutet dies, dass das Sozialversicherungsgericht alle Beweismittel, unabhängig davon, von wem sie stammen, objektiv zu prüfen und danach zu entscheiden hat, ob die verfügbaren Unterlagen eine zuverlässige Beurteilung des streitigen Rechtsanspruches gestatten. Insbesondere darf es bei einander widersprechenden medizinischen Berichten den Prozess nicht erledigen, ohne das gesamte Beweismaterial zu würdigen und die Gründe anzugeben, warum es auf die eine und nicht auf die andere medizinische These abstellt. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind. Ausschlaggebend für den Beweiswert ist grundsätzlich somit weder die Herkunft eines Beweismittels noch die Bezeichnung der eingereichten oder in Auftrag gegebenen Stellungnahme als Bericht oder Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352).
3.2 Anlässlich der fünftägigen Begutachtung durch die MEDAS wurde eine ausführliche Anamnese (Dr. med. K._, Chefarzt-Stellvertreter MEDAS) sowie der Allgemeinstatus erhoben, es wurde ein rheumatologisches (Dr. med. J._, Chefarzt MEDAS), ein neurologisches (Dr. med. C._), ein neuropsychologisches (Frau lic. phil. O._/Frau lic. phil G._) sowie ein psychiatrisches Konsilium (Frau Dr. med. H._) veranlasst und schliesslich eine Schlussbesprechung (Dr. med. J._, Dr. med. K._) durchgeführt. Gestützt darauf wurde ein komplexes Beschwerdebild bei Status nach vier Unfällen mit Kopf- und Wirbelsäulenbeteiligung geschildert und es wurden folgende Diagnosen gestellt: Chronisches zervikozephales Syndrom, ausgeprägter myofaszialer Reizzustand in der Nacken-Schultergürtelregion, Periarthropathia humeroscapularis tendopathica bds., aktuell rechtsbetont, chronisches lumbales, intermittierend lumbospondylogenes Schmerzsyndrom links, residuelle Funktionseinschränkung der rechten Hand, residuelles sensibles Ulnarisdefizit im Bereiche der rechten Hand, somatoforme Schmerzstörung, leichte atypische depressive Störung, Hinweise auf emotional instabile Persönlichkeitszüge vom impulsiven Typ. In der früher ausgeübten Tätigkeit als Serviceangestellte sei die Versicherte nicht mehr arbeitsfähig. Eine körperlich leichte, wechselnd belastende Tätigkeit sei ihr zu 50 % zumutbar, wobei sie keine Lasten über 7kg heben oder tragen könne, die Tätigkeit nicht mit repetitivem Bücken einhergehen dürfe und keine Arbeiten über der Schulterebene in Frage kämen. Durch medizinische Massnahmen könne die Arbeitsfähigkeit nicht verbessert werden. Den Integritätsschaden am Bewegungsapparat schätzten die Gutachter auf 50 % ein, wobei die Hälfte auf den Unfall vom 7. Mai 2000 zurückzuführen sei.
3.3 Prof. Dr. med. E._ diagnostizierte (im Wesentlichen) eine ausgeprägte, schmerzhaft-irritierbare Segmentbewegungsstörung des cervikothorakalen Überganges im hypomobilen Sinne, Status nach Commotio cerebri am 26. Oktober 1983, ausgeprägteste Fibromyalgie in Form einer generalisierten Weichteil-Überempfindlichkeit, Status nach Handgelenksfraktur 1983 rechts sowie Status nach operativer Revision der Fraktur 1990. Es liege ein relativ typisches, ausgedehntes und inzwischen chronifiziertes weichteilrheumatisch verursachtes Befund- und Beschwerdebild einer viermal zum Teil recht heftig direkt und indirekt traumatisierten Halswirbelsäule einschliesslich des occipitocervikalen und des cervikothorakalen Überganges vor. Der primär als cervikogen-myofascial zu charakterisierende beidseitige Kopfschmerz werde derzeit ein- bis zweimal in der Woche von migränoiden Zusatzsymptomen vegetativer Art wie Übelkeit, Erbrechen und Überempfindlichkeiten begleitet. Die Arbeitsunfähigkeit habe nach dem ersten und schwersten Unfall 1983 in den Jahren bis zum 7. Mai 2000 nie auf 0 %, im Sinne einer groben retrospektiven Annahme wohl bis auf die minimale Grösse von ungefähr 40 % reduziert werden können. Der letzte Unfall vom 7. Mai 2000 habe zu einer nochmaligen Dekompensation der noch zur Verfügung gestandenen psychophysischen Kräfte zur Überwindung der Schmerzzustände und Belastbarkeitseinschränkungen geführt, sodass im Anschluss an diesen letzten Unfall während mehreren Jahren von keiner ökonomisch verwertbaren Arbeitsfähigkeit ausgegangen werden könne. Aus heutiger Sicht sei es nicht vorstellbar, dass die Belastbarkeit einmal derart gesteigert werden könne, dass eine ausserhäusliche Berufstätigkeit regelmässiger Art ausgeführt werden könne, sei dies als Servicefachangestellte oder in einer anderen beruflichen Tätigkeit. Prof. Dr. med. E._ bringt mehrere Therapievorschläge vor. Schliesslich äussert er sich auch zum Integritätsschaden. Er bemisst den Teilverlust der Funktionen der beiden Arme auf je 10 %, die sehr starken, schmerzhaften Funktionseinschränkungen der Wirbelsäule auf 25 % und die Beeinträchtigungen der psychischen Teilfunktionen wie Gedächtnis- und Konzentrationsfähigkeit auf 20 %; diese Prozentzahlen seien zu addieren und der Anteil des letzten Unfalles am gesamthaft entstandenen Integritätsschaden könne grob mit 50 % geschätzt werden.
3.4 Das kantonale Gericht ist zum Schluss gekommen, dass das MEDAS-Gutachten den rechtsprechungsgemässen Anforderungen an einen medizinischen Bericht vollumfänglich entspreche. Mit dem Gutachten des Prof. Dr. med. E._ setzt sich die Vorinstanz indessen nur rudimentär auseinander, obwohl es, wie das MEDAS-Gutachten, umfassend ist, auf eigenen Untersuchungen beruht, sich zu den gesundheitlichen Einschränkungen einlässlich äussert und auch die daraus gezogenen Schlussfolgerungen bezüglich der Arbeitsfähigkeit ausführlich begründet werden. Dass die Einschätzung des Prof. Dr. med. E._ nicht zu überzeugen vermöge, wie die Vorinstanz annimmt, ist daher nicht nachvollziehbar.
Angesichts der deutlich widersprüchlichen Einschätzungen lässt sich das Ausmass der Arbeitsfähigkeit der Versicherten nicht schlüssig bestimmen. Ergänzende Abklärungen sind unabdingbar, wobei die Beschwerdegegnerin den MEDAS-Ärzten das Gutachten des Prof. Dr. med. E._ zur Stellungnahme wird unterbreiten oder eine zusätzliche Begutachtung wird anordnen müssen.
3.5 Gleiches gilt, wie beschwerdeweise zu Recht geltend gemacht wird, für die Integritätsentschädigung, welche, jeweils gesamthaft, von den MEDAS-Gutachtern mit 50 %, von Prof. Dr. med. E._ mit 65 % beziffert wird. Auch diesbezüglich sind weitere Abklärungen, primär die Einholung einer Stellungnahme der MEDAS-Gutachter zur Einschätzung des Prof. Dr. med. E._, erforderlich.
4. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, es sei noch eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes möglich, weshalb die Rentenzusprechung verfrüht sei.
4.1 In <ref-ruling> hat sich das Bundesgericht auch zum Zeitpunkt des Fallabschlusses geäussert (E. 3 und 4 S. 112 ff.). Demnach sind Heilbehandlung und Taggeld solange zu gewähren, als von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes erwartet werden kann. Trifft dies nicht mehr zu, ist der Fall unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen mit gleichzeitiger Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und auf eine Integritätsentschädigung abzuschliessen (E. 4.1 S. 114). Ob eine namhafte Besserung noch möglich ist, bestimmt sich nach Massgabe der zu erwartenden Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit, soweit diese unfallbedingt beeinträchtigt ist. Dabei verdeutlicht die Verwendung des Begriffes "namhaft" durch den Gesetzgeber, dass die durch weitere Heilbehandlung zu erwartende Besserung ins Gewicht fallen muss. Unbedeutende Verbesserungen genügen nicht (E. 4.3 S. 115).
4.2 Dass eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes eintreten werde, die zu einer entsprechenden Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit führen wird, kann aufgrund der vorliegenden Gutachten nicht bestätigt werden. So merken die MEDAS-Gutachter ausdrücklich an, dass aus somatischer Sicht keine weitere passive Heilbehandlung mehr notwendig sei. Prof. Dr. med. E._ schlägt zwar verschiedene Therapieansätze vor und schliesst eine rehabilitativ zu erreichende Verbesserung der Schmerzzustände innerhalb des Bewegungsapparates und damit eine Verbesserung der Lebensqualität nicht aus. Dass damit indessen auch eine namhafte Steigerung der Arbeitsfähigkeit erreicht werden könne, lässt sich daraus nicht schliessen. Die Beschwerdegegnerin hat den Fall daher zu Recht abgeschlossen.
5. Die Beschwerdeführerin rügt zu Recht, dass sich die Vorinstanz nicht zur Frage äussert, ob die Beschwerdegegnerin als neuer Unfallversicherer auch für die früheren Unfälle leistungspflichtig sei.
Gemäss <ref-law> (vgl. zur Gesetzmässigkeit der Verordnungsbestimmung RKUV 2001 Nr. U 421 S. 10, U 186/00 E. 2d) erbringt der für den neuen Unfall leistungspflichtige Versicherer auch die Leistungen für die früheren Unfälle, wenn der Versicherte während der Heilungsdauer eines oder mehrerer Unfälle, aber nach der Wiederaufnahme einer versicherten Tätigkeit, erneut verunfallt und der neue Unfall Anspruch auf Taggeld auslöst (vgl. <ref-ruling> E. 5c S. 73). Diese Norm beruht auf dem Grundsatz, dass der zuletzt zuständige Unfallversicherer die vollen Leistungen zu erbringen hat. Es soll damit vermieden werden, dass mehrere Leistungsansprüche bestehen und der Versicherte seine Ansprüche bei verschiedenen Versicherern geltend zu machen hat (RKUV 2002 Nr. U 469 S. 522, U 417/01 E. 3c).
Der Sachverhalt ist diesbezüglich nur ungenügend abgeklärt. So lagen den Gutachtern keine medizinischen Unterlagen über die früheren Unfälle vor, weshalb sie nicht dazu Stellung genommen haben, ob die ärztliche Behandlung der daraus resultierenden gesundheitlichen Beschwerden abgeschlossen war. Prof. Dr. med. E._ äussert sich dazu lediglich vermutungsweise dahingehend, dass die Beschwerdeführerin seit dem ersten Unfall im Jahr 1983 nie wieder eine 100%ige Arbeitsfähigkeit habe erlangen können. Die Beschwerdegegnerin wird daher die entsprechenden Akten beiziehen und im Rahmen der ergänzenden Begutachtung abklären müssen, wie es sich mit der Heilungsdauer bezüglich der früher erlittenen Unfälle verhält.
6. Zu prüfen bleibt die erwerbliche Seite. Beschwerdeweise wird geltend gemacht, dass zu Unrecht keine Parallelisierung der Vergleichseinkommen vorgenommen worden sei; des Weiteren wird auf Seiten des Invalideneinkommens ein höherer leidensbedingter Abzug beantragt.
6.1 Was die Ermittlung des Valideneinkommens anbelangt, ist entscheidend, was die versicherte Person im Zeitpunkt des frühestmöglichen Rentenbeginns nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdient hätte. Dabei wird in der Regel am zuletzt erzielten, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Verdienst angeknüpft, da es empirischer Erfahrung entspricht, dass die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre. Ausnahmen müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein (<ref-ruling> E. 4.1 S. 325 f., 129 V 222 E. 4.3.1 S. 224). Im vorliegenden Fall waren die entsprechenden Angaben - mutmasslicher Lohn im Jahr 2006 - nicht erhältlich zu machen, da die ehemalige Arbeitgeberin ihr Restaurant im Jahr 2001 aufgegeben hatte und die Beschwerdeführerin seither nur noch aushilfsweise auf Abruf als Serviceangestellte tätig war. Die Beschwerdegegnerin hat daher auf die vom Bundesamt für Statistik herausgegebene Lohnstrukturerhebung (LSE) abgestellt und den Tabellenlohn für Frauen im Gastgewerbe herangezogen. Dies wird nicht gerügt und ist nicht zu beanstanden.
Dabei ist indessen der Einwand, dass das Valideneinkommen unterdurchschnittlich gewesen sei, nicht stichhaltig. Eine Parallelisierung der Vergleichseinkommen setzt rechtsprechungsgemäss (unter anderem) voraus, dass der tatsächlich erzielte Lohn unterdurchschnittlich gewesen ist, wobei zur Prüfung der Unterdurchschnittlichkeit der branchenübliche Tabellenlohn (und nicht etwa das Total im Privaten Sektor gemäss LSE-Tabelle TA1) heranzuziehen ist (BGE 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 6.1.2). Hier wurde beim Valideneinkommen bereits auf den Tabellenlohn in der angestammten Branche abgestellt, weshalb eine Parallelisierung von vornherein ausser Betracht fällt.
6.2 Über die Frage, ob und bejahendenfalls in welchem Umfang ein leidensbedingter Abzug von dem gestützt auf die LSE ermittelten Invalideneinkommen angebracht ist (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475 und E. 4.2.3 S. 481), kann erst nach rechtsgenüglicher Ermittlung der unfallbedingten Arbeits(un)fähigkeit befunden werden (vgl. Urteil U 303/06 vom 22. November 2006 E. 10.2 in fine mit Hinweis). Auf den Antrag, es sei ein höherer als der von Verwaltung und Vorinstanz gewährte 10%ige leidensbedingte Abzug vom Tabellenlohn vorzunehmen, ist hier daher nicht weiter einzugehen.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend der Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat sie der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden vom 10. Dezember 2007 und der Einspracheentscheid der AXA Versicherungen AG vom 3. April 2007 werden aufgehoben. Es wird die Sache an die Beschwerdegegnerin zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch der Beschwerdeführerin auf eine Invalidenrente ab dem 1. April 2006 sowie auf eine Integritätsentschädigung neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo