Faits:
A. A.a C._ a exercé diverses activités professionnelles, en Suisse et à l'étranger, notamment celles d'agent de sécurité et de portier de nuit. Du 1er septembre 2000 au 6 janvier 2001, il a travaillé comme chauffeur-livreur de nuit pour le compte de la X._ SA.
Le 16 novembre 2001, C._ a présenté une demande de rente de l'assurance-invalidité auprès de l'Office cantonal de l'assurance-invalidité de Genève (ci-après: l'OCAI). Dans un rapport du 31 janvier 2002, son médecin traitant, le docteur U._ (spécialiste FMH en Oto-Rhino-Laryngologie) a posé le diagnostic de maladie de Ménière à gauche depuis décembre 2000, laquelle rendait impossible le travail effectué par l'assuré. Il précisait qu'une activité dans un milieu ambiant silencieux était envisageable éventuellement à plein temps.
Se fondant sur le rapport précité, le Service médical régional de l'assurance-invalidité (SMR) a conclu que l'assuré présentait une capacité de travail nulle dans son activité habituelle mais de 100 % dans une activité adaptée (cf. rapport d'examen de la doctoresse M._ du 22 juillet 2002).
A.b Dans un rapport d'expertise du 8 avril 2003 diligentée par l'OCAI, le docteur A._ (spécialiste FMH en psychiatrie) a posé le diagnostic d'atteinte auditive, de maladie de Ménière, de trouble de l'humeur de type dépressif, réactionnel depuis décembre 2000. Il a attesté une incapacité de travail de 100 % dans toutes les activités exercées précédemment. En revanche, une activité de conciergerie paraissait encore possible à plein temps. L'OCAI a en outre confié une expertise au docteur I._ (spécialiste FMH en Oto-Rhino-Laryngologie) lequel a retenu, dans un rapport du 30 août 2004, un déficit cochléo-vestibulaire à gauche, une possible maladie de Ménière de l'oreille gauche et un probable état dépressif réactionnel. Seule une activité au sol, dans une ambiance calme pouvait être envisagée. L'expert indiquait que pour autant que l'on retînt le diagnostic de maladie de Ménière, il était très difficile de fixer une capacité de travail résiduelle. Il ajoutait qu'il était curieux que l'assuré n'ait jamais pu reprendre la moindre activité depuis le début de la maladie alors qu'il affirmait être resté jusqu'à un mois sans crises de vertiges.
Se fondant sur l'expertise du docteur I._, le SMR a conclu qu'un travail sans exposition au bruit, qui puisse se faire avec une certaine liberté était envisageable à 50 % (cf. avis du docteur L._ du 5 octobre 2004).
A.c Du 7 février au 6 mars 2005, l'assuré a effectué un stage au Centre d'intégration professionnelle de l'assurance-invalidité. Les maîtres de stage du COPAI ont indiqué que la capacité médicalement attestée de 50 % pouvait être mise en valeur dans divers domaines professionnels tels que le magasinage léger, le nettoyage en milieu hospitalier, en tant qu'employé dans la mise en rayon, aide-magasinier, agent des pompes funèbres, employé de station-service ainsi que dans le secteur administratif (saisie informatique, classement). Le docteur E._, interniste et médecin consultant du COPAI, a précisé pour sa part que l'assuré pouvait travailler à plein temps dans un environnement silencieux, mais de manière intermittente et aléatoire compte tenu des crises imprévisibles. Il devait ainsi avoir un employeur averti et parfaitement tolérant pour mettre pleinement en valeur sa capacité de travail (rapport du 19 mars 2005).
Dans un avis du 10 mai 2006, le SMR a indiqué que les crises de vertiges occasionnelles et l'aggravation des tests (lesquels étaient normaux auparavant) dont faisait état l'expertise ORL du docteur I._ du 30 août 2004, pouvaient justifier une baisse de la capacité de travail estimée alors à 50 %. Lors du stage COPAI en 2005, il n'y avait pas eu de crise de vertiges, de sorte que dans un poste adapté (peu bruyant et sans travail en hauteur), la capacité de travail était estimée à 100 % par le docteur E._. Selon le SMR, la situation s'était donc améliorée entre 2004 et 2005 avec une aggravation transitoire entre août 2004 et février 2005).
A.d Dans un projet d'acceptation de rente du 7 juin 2006, l'OCAI a constaté que l'assuré subissait une perte de gain de 2,7 % à l'issue du délai de carence en décembre 2001. A partir d'août 2004, une aggravation temporaire de son état de santé avait entraîné une perte de gain de 51 %. L'amélioration de sa capacité de travail dans un poste adapté, retenue à l'issue du stage COPAI en février 2005, avait ramené son taux d'invalidité à 2,7 %. Par conséquent, l'assuré avait droit à une demi-rente du 1er août 2004 au 1er mai 2005.
Par décision du 18 janvier 2007, l'OCAI a accordé à l'assuré une demi-rente d'invalidité du 1er août 2004 au 30 avril 2005, assortie d'une rente complémentaire pour enfant.
B. Par jugement du 20 juin 2007, le Tribunal des assurances sociales du canton de Genève a rejeté le recours interjeté par C._ contre la décision de l'OCAI du 18 janvier 2007.
C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation. Sous suite de dépens, il conclut principalement à l'octroi d'une demi-rente d'invalidité au-delà du 30 avril 2005; à titre subsidiaire, il requiert le renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouvelle décision ou nouvelle instruction. Il sollicite par ailleurs l'octroi de l'assistance judiciaire gratuite.
L'OCAI a conclu au rejet du recours tandis que l'Office fédéral des assurances sociales ne s'est pas déterminé.

Considérant en droit:
1. 1.1 Aux termes de l'<ref-law>, le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit fédéral qui comprend les droits fondamentaux des citoyens (cf. art. 106 al. 2 in initio LTF). Les autres motifs énoncés à l'art. 95 let. b à e LTF n'entrent pas en considération en l'espèce. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) et n'est pas limité par les arguments du recourant ni par la motivation de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Eu égard à l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, il n'examine en principe que les griefs invoqués. Conformément à l'<ref-law>, ce principe d'allégation vaut plus particulièrement pour la violation des droits constitutionnels qui doivent être expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée dans le mémoire de recours (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 31, 258 consid. 1.3 p. 261 s., 129 I 113 consid. 2.1 p. 120; Message, FF 2001 p. 4142). Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend s'en écarter doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.2 A l'appui de son recours, le recourant produit un rapport médical du docteur N._, spécialiste FMH ORL du 20 juin 2007. Il s'agit d'une preuve nouvelle au sens de l'<ref-law> qui n'est pas recevable.
2. Le litige porte sur le droit du recourant à une demi-rente d'invalidité au-delà du 30 avril 2005 (cf. <ref-law>), singulièrement sur le point de savoir si les pièces médicales produites permettaient de conclure à une amélioration de son état de santé justifiant la suppression de la rente servie depuis le 1er août 2004.
3. Selon la jurisprudence, une décision par laquelle l'assurance-invalidité accorde une rente avec effet rétroactif et, en même temps, prévoit la réduction ou la suppression de cette rente, correspond à une décision de révision au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2d p. 417 s. et les références; VSI 2001 p. 155 consid. 2 p. 157 [I 99/00]). Aux termes de cette disposition, si le taux d'invalidité du bénéficiaire de la rente subit une modification notable, la rente est, d'office ou sur demande, révisée pour l'avenir, à savoir augmentée ou réduite en conséquence, ou encore supprimée. Tout changement important des circonstances propre à influencer le degré d'invalidité, et donc le droit à la rente, peut motiver une révision selon l'<ref-law>. Le point de savoir si un tel changement s'est produit doit être tranché en comparant les faits tels qu'ils se présentaient au moment de la décision initiale de rente et les circonstances régnant à l'époque de la décision litigieuse (<ref-ruling> consid. 3.5.2, 125 V 369 consid. 2 et la référence; voir également <ref-ruling> consid. 2b et 390 consid. 1b).
4. 4.1 Selon les premiers juges, le stage au COPAI a permis de mettre en évidence, en février 2005, une capacité de travail entière du recourant dans une activité adaptée respectant ses limitations. Dès lors qu'en dépit de deux crises, le recourant avait manqué seulement deux jours de travail durant son stage, on devait en déduire sinon une amélioration, à tout le moins une stabilisation de son état de santé. La juridiction a en outre constaté que selon le docteur E._, le recourant pouvait travailler à plein temps dans une activité adaptée.
Au vu de ces éléments, la juridiction cantonale a considéré que la capacité de travail du recourant était de 100 % dans une activité adaptée, avec une diminution de rendement de 10 % pour tenir compte des crises, de la fatigabilité et de l'état dépressif.
4.2 Le recourant se plaint d'une appréciation arbitraire des preuves dans la mesure où il conteste toute valeur probante au rapport du stage COPAI sur lequel se sont fondés les premiers juges pour retenir une amélioration de son état de santé. En outre, le recourant invoque une violation de son droit d'être entendu en ce sens que malgré divers rapports de médecins et d'experts attestant une incapacité de travail de 50 %, la juridiction cantonale a rejeté son recours sans accomplir le moindre acte d'instruction ni entendre aucun témoin.
5. 5.1 La violation du droit d'être entendu (sur cette notion en relation avec l'administration de preuves, cf. notamment <ref-ruling> consid. 2.1 p. 429, 119 Ib 492 consid. 5b/bb p. 505 sv.) dans le sens invoqué par l'intéressé est une question qui n'a pas de portée propre par rapport au grief tiré d'une mauvaise appréciation des preuves. Le juge peut effectivement renoncer à accomplir certains actes d'instruction sans que cela n'entraîne une violation du droit d'être entendu (SVR 2001 IV n° 10 p. 28 consid. 4b) s'il est convaincu, en se fondant sur une appréciation consciencieuse des preuves, que certains faits présentent un degré de vraisemblance prépondérante et que d'autres mesures probatoires ne pourraient plus modifier cette appréciation (sur l'appréciation anticipée des preuves, cf. Kieser, Das Verwaltungsverfahren in der Sozialversicherung, p. 212 n° 450; Kölz/Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2e éd., p. 39, n° 111 et p. 117, n° 320; Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2e éd. p. 274). Le juge doit examiner objectivement tous les documents à disposition, quelle que soit la provenance, puis décider s'ils permettent de porter un jugement valable sur le droit litigieux. S'il existe des avis contradictoires, il ne peut trancher l'affaire sans indiquer les raisons pour lesquelles il se fonde sur une opinion plutôt qu'une autre (<ref-ruling> consid. 3a p. 352).
5.2 En l'espèce, le COPAI avait reçu le mandat de déterminer quelles étaient les activités compatibles avec l'atteinte à la santé du recourant, compte tenu d'une capacité de travail évaluée par le SMR à 50 % en octobre 2004 sur la base des pièce médicales au dossier. En mars 2005, à l'issue du stage, les responsables du COPAI ont confirmé la mise en valeur possible d'une telle capacité de travail dans diverses activités. Ils ont relevé cependant que les capacités d'adaptation et d'apprentissage du recourant étaient compatibles avec un emploi dans le circuit économique normal. Ils ont précisé également qu'ils n'avaient pas observé de "crise" limitant la réalisation des diverses tâches auxquelles le recourant avait été soumis, ce qui expliquait ses bons résultats. Le docteur E._ a pour sa part constaté qu'il était difficile de tirer des conclusions du stage car la capacité de travail observée, laquelle était excellente, restait dépendante d'un environnement silencieux et de l'absence de crises. Il a néanmoins conclu à une capacité de travail entière sur le plan physique, quelle que soit l'activité envisagée dans un environnement silencieux.
5.3 En retenant une capacité de travail totale dans une activité adaptée accompagnée toutefois d'une diminution de rendement de 10 % à partir du mois de février 2005, il n'apparaît pas que les premiers juges aient constaté une amélioration de la capacité de travail de manière manifestement inexacte ou procédé à une appréciation insoutenable des circonstances. Le recourant ne le démontre du reste pas. Quoi qu'il en dise, l'avis des médecins R._ et I._ n'y change rien. En effet, le docteur R._ a rendu son rapport le 6 novembre 2002, soit à une période antérieure à celle qui est déterminante sous l'angle des faits pertinents. Quant à l'aggravation de la surdité à gauche dans les fréquences aiguës attestée par le docteur I._ le 30 août 2004, elle a déjà été prise en compte puisqu'elle est à l'origine de l'allocation d'une demi-rente à l'assuré entre le 1er août 2004 et le 30 avril 2005, dont la suppression est actuellement litigieuse. Au regard des conclusions et des précisions apportées par les maîtres du stage sur la qualité et le travail effectif fournis par le recourant et compte tenu des difficultés relevées par de nombreux médecins pour déterminer de manière précise l'incidence de la pathologie du recourant sur sa capacité de travail, l'amélioration de celle-ci à partir de mars 2005 retenue par les premiers juges, comme par les médecins du SMR, ne procède pas d'une appréciation insoutenable de la situation médicale ou ne se révèle pas manifestement inexacte.
L'autorité cantonale n'a ainsi pas violé le droit fédéral et les principes posés par la jurisprudence du Tribunal fédéral en retenant, sur la base d'une appréciation complète et dûment motivée de l'ensemble des éléments figurant au dossier, que le recourant disposait d'une capacité de travail de 100 % dans une activité adaptée, avec une diminution de rendement de 10 % depuis février 2005. Cette constatation de fait lie dès lors le Tribunal fédéral. Mal fondé, le recours doit en conséquence être rejeté.
6. La procédure est onéreuse (<ref-law>). Le recourant, qui succombe, doit en supporter les frais (<ref-law>). Il ne saurait en outre prétendre à une indemnité de dépens (<ref-law>). Cependant, les conditions auxquelles l'<ref-law> subordonne l'octroi de l'assistance judiciaire gratuite étant réalisées, celle-ci lui est accordée. L'attention de l'intéressé est attirée sur le fait qu'il devra rembourser la caisse du Tribunal s'il devient en mesure de le faire ultérieurement (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. L'assistance judiciaire est accordée au recourant.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant. Ils sont toutefois supportés provisoirement par la caisse du Tribunal.
4. Les honoraires de Me Locciola sont fixés à 2'500 fr. (y compris la taxe à la valeur ajoutée). Ils sont provisoirement supportés par la caisse du Tribunal.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 29 avril 2008
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
p. le Président: La Greffière:
Borella Fretz