des Kantons Zürich vom 5. Dezember 2000), hat sich ergeben:
A.-Der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Zürich erklärte X._ mit Urteil vom 17. Mai 2000 der Unterlassung der Buchführung im Sinne von Art. 166 i.V. mit <ref-law> schuldig und verurteilte ihn zu drei Monaten Gefängnis (unbedingt) unter Anrechnung von einem Tag Untersuchungshaft als Zusatzstrafe zum Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 23. September 1996. Eine hiegegen vom Beurteilten geführte Berufung wies das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 5. Dezember 2000 ab und bestätigte das erstinstanzliche Urteil.
B.- X._ führt eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde, mit der er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C.- Das Obergericht des Kantons Zürich hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
D.- Das Kassationsgericht des Kantons Zürich hat mit Beschluss vom 1. Oktober 2001 eine kantonale Nichtigkeitsbeschwerde abgewiesen, soweit es darauf eintrat.
E.- Mit Entscheid vom heutigen Datum hat der Kassationshof eine in derselben Sache eingereichte staatsrechtliche Beschwerde abgewiesen, soweit er darauf eintrat.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz stellt für den Kassationshof verbindlich fest, der Beschwerdeführer sei als einziger Verwaltungsrat der Aktiengesellschaft Y._ Ltd. von 1993 bis zur Konkurseröffnung am 30. April 1996 für die Buchhaltung verantwortlich gewesen und habe es unterlassen, über den Geschäftsgang der genannten Aktiengesellschaft Buch zu führen, Bilanzen und Erfolgsrechnungen zu erstellen und die Geschäfts- und Buchhaltungsunterlagen der Gesellschaft aufzubewahren.
2.-a) Der Beschwerdeführer macht geltend, die Konkurseröffnung über die Y._ Ltd. sei unzulässig gewesen.
Aus der Verfügung des Bezirksgerichts Zürich vom 18. Januar 1996 ergebe sich, dass der Konkurs eröffnet worden sei, weil innert der vom Handelsregisteramt im Jahre 1995 angesetzten Frist keine Revisionsstelle ernannt worden sei. Diese Begründung sei unhaltbar und der gestützt darauf ergangene Entscheid nichtig. Die Nichternennung einer Revisionsstelle innert angesetzter Frist habe nach der massgeblichen Festlegung des Bundesrechts nicht die Konkurseröffnung zur Folge.
Dass die Anordnung der Konkurseröffnung wegen fehlender Ernennung der Revisionsstelle unzulässig gewesen sei, habe das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 30. April 1996 bestätigt. Es verletze Bundesrecht, wenn die auf diesem Wege zustande gekommene Konkurseröffnung als Erfüllung der objektiven Strafbarkeitsbedingung im Sinne von <ref-law> verstanden werde und an diese strafrechtliche Folgen geknüpft würden.
b) Die Vorinstanz räumt ein, dass wegen des Fehlens der Revisionsstelle der Konkurs über die Y._ Ltd.
nicht hätte eröffnet werden dürfen. Der Richter hätte vielmehr dem Antrag des Handelsregisteramtes folgen und selbst eine Revisionsstelle ernennen müssen. Dies bedeute hier aber nicht, dass der Beschwerdeführer nicht mit dem Konkurs hätte rechnen müssen. Er hätte vielmehr selbst den Konkursrichter einschalten müssen, denn die Y._ Ltd. sei überschuldet gewesen. Die ohne gesetzliche Grundlage erfolgte Konkurseröffnung sei lediglich anfechtbar gewesen. Nichtigkeit sei einzig gegeben, wenn eine Verfügung gegen zwingende, im öffentlichen Interesse oder im Interesse nicht verfahrensbeteiligter Dritter aufgestellte Vorschriften verstosse. Sie sei dann anzunehmen, wenn nach den gegebenen Umständen die blosse Anfechtbarkeit nicht den nötigen Schutz verleihe. Der Beschwerdeführer habe von der Konkurseröffnung Kenntnis gehabt, er sei vom Konkursamt auf deren Unzulässigkeit hingewiesen und zur Erhebung eines Rekurses ermuntert worden, habe sich aber in der Folge entschieden, davon abzusehen. Dies habe er wohl deshalb getan, weil er erkannt habe, dass ein Konkurs letztlich unumgänglich gewesen wäre. Unter diesen Umständen sei die Nichtigkeit der Konkurseröffnung zu verneinen, denn es sei auch nicht ersichtlich, inwiefern diese öffentliche Interessen oder solche unbeteiligter Dritter tangiert haben sollte. Wenn der Beschwerdeführer auf den vorhandenen Rechtsschutz bewusst verzichtet und die rechtlich mangelhafte Konkurseröffnung akzeptiert habe, handle er rechtsmissbräuchlich, wenn er nunmehr, da ihm die Konkurseröffnung als Strafbarkeitsbedingung entgegengehalten werde, deren Unzulässigkeit geltend mache.
c) Gemäss <ref-law> macht sich der Schuldner, der die ihm gesetzlich obliegende Pflicht zur ordnungsmässigen Führung und Aufbewahrung von Geschäftsbüchern oder zur Aufstellung einer Bilanz verletzt, so dass sein Vermögensstand nicht oder nicht vollständig ersichtlich ist, der Unterlassung der Buchführung schuldig, wenn über ihn der Konkurs eröffnet oder gegen ihn ein Verlustschein ausgestellt worden ist.
d) Bei <ref-law> bildet die Eröffnung des Konkurses oder die Ausstellung eines Verlustscheins, ebenso wie bei den Tatbeständen des betrügerischen Konkurses, des Pfändungsbetrugs, der Gläubigerschädigung, der Misswirtschaft und der Bevorzugung eines Gläubigers gemäss Art. 163 - 165 und <ref-law> objektive Strafbarkeitsbedingung. Der Konkurs muss rechtskräftig eröffnet sein, was der Strafrichter zu überprüfen hat (<ref-ruling> E. 11c/aa, S. 326). Mit anderen Worten darf die Konkurseröffnung weder anfechtbar noch nichtig sein (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling>). Ist sie nichtig, existiert sie rechtlich nicht, so dass die Strafbarkeitsbedingung nicht eingetreten ist (<ref-ruling> E. 1; 70 IV 76 E. 1; Albrecht, Kommentar Strafrecht, Bes. Teil,
2. Band, Art. 163 N 49). Andererseits bleibt die Stafbarkeitsbedingung grundsätzlich bestehen, auch wenn der Konkurs widerrufen wird (Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2. Aufl. , Zürich 1997, Art. 163 N 11; Albrecht, a.a.O., Art. 163 N 51; vgl. <ref-law>).
Wie die Vorinstanz zutreffend erkannt hat, ist der Konkurs wegen Fehlens der Revisionsstelle zu Unrecht eröffnet worden (vgl. <ref-law>). Ebenso zu Recht nimmt sie an, die ohne gesetzliche Grundlage erfolgte Konkurseröffnung sei lediglich anfechtbar, nicht aber nichtig gewesen (zur Nichtigkeit vgl. Commetta, in: Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, Band I, Basel/Genf/München 1998, Art. 22 N 8 ff.). Blosse Anfechtungsgründe stehen der Strafbarkeit jedoch nicht entgegen, sofern sie nicht in einem Beschwerdeverfahren bei der zuständigen Aufsichtsbehörde mit Erfolg geltend gemacht worden sind (<ref-ruling> E. 1; Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Bes. Teil I,
5. Aufl. , Bern 1995, § 23 N 13). Der Beschwerdeführer hat nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (Art. 277bis Abs. 1 BStP) gegen die Konkurseröffnung keinen Rekurs erhoben, obwohl er vom Konkursamt auf deren Unzulässigkeit hingewiesen worden war. Die objektive Strafbarkeitsbedingung ist daher erfüllt. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet.
3.-a) Der Beschwerdeführer rügt ferner die Annahme der Vorinstanz, er habe vorsätzlich gehandelt. Aus dem Umstand, dass er sich der Unterlassung der Buchführung bewusst gewesen sei, könne nicht auf den Willen geschlossen werden, den Vermögensstand der Gesellschaft zu verschleiern.
b) Die Vorinstanz nimmt an, die Y._ Ltd. sei überschuldet gewesen. Es sei offensichtlich gewesen, dass die Vermögenslage der Gesellschaft wegen des vollständigen Fehlens einer Buchhaltung für die letzten Geschäftsjahre nicht ohne weiteres ersichtlich sein würde. Der Beschwerdeführer habe daher hinsichtlich der Verschleierung des Vermögensstandes zumindest eventualvorsätzlich gehandelt.
c) Was der Täter wusste, wollte und in Kauf nahm, betrifft sogenannte innere Tatsachen, ist damit Tatfrage (<ref-ruling> E. 4; 25 IV 242 E. 3c S. 251 mit Hinweisen) und kann daher im Verfahren der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde nicht zur Entscheidung gestellt werden (Art. 273 Abs. 1 lit. b, 277bis BStP). Bundesrecht ist nur verletzt, wenn die kantonale Instanz ihrem Urteil einen unzutreffenden Vorsatzbegriff zugrunde gelegt hat.
d) Die Beschwerde ist auch in diesem Punkt unbegründet, soweit auf sie überhaupt eingetreten werden kann. Die Verschleierung des Vermögensstandes muss nicht eigentliches Handlungsziel der Unterlassung der Buchführung sein; Eventualvorsatz genügt (<ref-ruling> E. 2b und 449 E. 5b).
Dieser ist gegeben, wenn der Täter den Eintritt des Erfolgs bzw. die Tatbestandsverwirklichung für möglich hält, aber dennoch handelt, weil er den Erfolg für den Fall seines Eintritts in Kauf nimmt, sich mit ihm abfindet, mag er ihm auch unerwünscht sein (<ref-ruling> E. 3c). Nach den Feststellungen der Vorinstanz musste der Beschwerdeführer mit dem Konkurs rechnen, da die finanzielle Lage der Y._ Ltd.
desolat war. Unter diesen Umständen ist die Auffassung der Vorinstanz, es sei offensichtlich gewesen, dass die Vermögenslage der Gesellschaft wegen der fehlenden Buchhaltung für die letzten Geschäftsjahre nicht überblickbar gewesen sei, und der Beschwerdeführer habe dies in Kauf genommen, nicht zu beanstanden.
4.-a) Der Beschwerdeführer bringt im Weiteren vor, die Vorinstanz habe es unterlassen, die erforderliche Abgrenzung zu <ref-law> vorzunehmen. Bei diesem Tatbestand handle es sich um eine blosse Übertretung, die verjährt sei.
b) Gemäss <ref-law> wird mit Haft oder mit Busse bestraft, wer vorsätzlich oder fahrlässig der gesetzlichen Pflicht, Geschäftsbücher ordnungsmässig zu führen bzw. Geschäftsbücher, Geschäftsbriefe und Geschäftstelegramme aufzubewahren, nicht nachkommt.
<ref-law> erfordert weder Vorsatz noch den Eintritt einer objektiven Strafbarkeitsbedingung. Die Strafbestimmung ist demnach subsidiär zu <ref-law> (BGE 72 IV 17 S. 19; Albrecht, a.a.O., Art. 166 N 28). Da über die Y._ Ltd. der Konkurs rechtsgültig eröffnet wurde und der Beschwerdeführer zumindest in Kauf nahm, durch die Unterlassung der Buchführung den Vermögensstand der Gesellschaft zu verschleiern, fällt <ref-law> ausser Betracht. Die Beschwerde ist in diesem Punkt unbegründet.
5.-a) Der Beschwerdeführer macht schliesslich geltend, es sei ungeklärt geblieben, welches Motiv ihn im Zusammenhang mit einer unzulässigen Konkurseröffnung, mit der er auch nicht habe rechnen müssen, dazu hätte veranlassen sollen, die Buchhaltung nicht zu erstellen, die er während dreizehn Jahren unbestrittenermassen ordnungsgemäss erstellt habe. Er müsse hiezu nachträglich noch befragt werden.
b) Die Vorinstanz nimmt an, es erscheine durchaus logisch, dass der Beschwerdeführer in der Untersuchung nicht weiter zu seinen Motiven befragt worden sei, nachdem er den objektiven Tatbestand bestritten habe. Im Rahmen der Strafzumessung geht sie zu Gunsten des Beschwerdeführers davon aus, er habe die Geschäftsbücher lediglich aus Gleichgültigkeit nicht geführt.
c) Soweit sich der Beschwerdeführer gegen die tatsächlichen Feststellungen richtet und eine Verletzung der Unschuldsvermutung rügt, kann auf seine Beschwerde nicht eingetreten werden. Im Übrigen ist sie unbegründet. Die Beweggründe des Täters sind im Rahmen der Strafzumessung bei der Würdigung des Verschuldens zu berücksichtigen (<ref-law>). Die Vorinstanz hat das Verschulden als nicht leicht gewichtet und dabei in Betracht gezogen, dass der Beschwerdeführer aus Gleichgültigkeit gehandelt habe. Damit trägt sie der Motivation des Beschwerdeführers genügend Rechnung.
6.-a) Der Beschwerdeführer rügt zuletzt sinngemäss eine Verletzung des Beschleunigungsgebots. Er bringt vor, das erstinstanzliche Urteil sei ihm erst vier Monate nach der Hauptverhandlung vor dem Bezirksgericht Zürich vom 19. April 2000 eröffnet worden. Mindestens im Dispositiv hätte das Urteil nach der Hauptverhandlung sofort oder nach wenigen Tagen eröffnet werden müssen. Mit diesem Vorgehen sei für ihn eine grosse Belastung verbunden gewesen.
b) Die Vorinstanz führt aus, der Einzelrichter des Bezirksgerichts Zürich habe nach der Urteilsfällung offenbar kein Dispositiv versandt, sondern sogleich das vollständig schriftlich begründete Urteil zugestellt. Dass für die Begründung und Ausfertigung eines Urteils mehrere Monate benötigt würden - insbesondere während der Gerichtsferien -, liege noch im Rahmen des Üblichen und führe daher weder zu einem Freispruch noch zu einer relevanten Strafminderung.
c) Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des in <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK festgeschriebenen Beschleunigungsgebots. Die Frage, ob die kantonalen Instanzen das Beschleunigungsgebot missachtet haben, betrifft die unmittelbare Verletzung der Bundesverfassung bzw. der EMRK. Die entsprechenden Rügen sind mit staatsrechtlicher Beschwerde vorzubringen. Mit eidgenössischer Nichtigkeitsbeschwerde kann lediglich die mittelbare Verletzung von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK gerügt werden. Damit kann die Frage aufgeworfen werden, wie sich die Verletzung des Beschleunigungsgebotes auf die Auslegung und Anwendung des Strafrechts auswirkt (<ref-ruling> E. 1b). Die Vorinstanz hat keine Verletzung des Beschleunigungsgebots festgestellt. Damit bleibt kein Raum für die Rüge, das Bundesrecht sei nicht verfassungs- bzw. konventionsgemäss ausgelegt und angewendet worden.
Auf die Beschwerde kann insofern nicht eingetreten werden.
7.- Aus diesen Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (Art. 278 Abs. 1 BStP).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft sowie dem Obergericht (II. Strafkammer) des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 10. April 2002
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: