Faits:
A. La faillite de Y._, entrepreneur en construction, a été prononcée le 19 mars 1998. D'une indiscutable ampleur (productions de 84 millions de francs admises à concurrence de 42 millions de francs, en chiffres ronds), cette faillite est liquidée en la forme ordinaire.
L'administration de la faillite a d'abord été assumée par l'Office des faillites de La Chaux-de-Fonds. Le 22 février 1999, l'assemblée des créanciers a institué une administration spéciale et désigné Me X._, avocat, comme administrateur spécial; elle a, en outre, reconduit la commission de surveillance constituée auparavant.
B. B.a Suite à la parution dans la presse neuchâteloise, en septembre 2002, d'un article faisant état, à propos de la faillite en cause, d'actifs récupérés pour environ 5 millions de francs et de frais de la masse d'environ 2 millions de francs, dont près de la moitié représentait les frais et honoraires de l'administration spéciale, le président de l'autorité cantonale supérieure de surveillance (A._) a, dans une séance tenue le 1er octobre 2002, fait part des préoccupations de cette autorité, composée des trois juges cantonaux titulaires (A._, B._ et C._), au chef du service juridique de l'Etat (Me D._) et au chef du service des poursuites et faillites (E._).
Le 1er novembre 2002, l'autorité supérieure de surveillance a confirmé ses préoccupations à l'autorité cantonale inférieure de surveillance, soit le Département de la justice, de la santé et de la sécurité, par sa cheffe (Monika Dusong).
Du 18 octobre 2002 au 17 juillet 2003, l'autorité inférieure a demandé des renseignements à l'administrateur spécial, a requis de sa part la production de pièces, lui a donné des instructions et a tenu des séances avec lui. Par courrier du 14 mars 2003, elle lui a en particulier imparti un délai au 3 avril suivant pour déposer une demande d'homologation de ses honoraires d'administrateur spécial.
B.b Statuant sur cette demande le 22 mai 2003, l'autorité inférieure a fixé le tarif horaire de l'administrateur spécial à 150 fr. (290 fr. demandés), celui de ses collaborateurs avocats à 100 fr. (290 fr. demandés), celui de ses collaborateurs juristes à 60 fr. (160 fr. demandés) et celui de ses secrétaires à 30 fr. (50 fr. demandés). Elle a précisé que ce tarif n'emportait pas reconnaissance des heures effectuées, la question devant être examinée lors de la fixation de la rémunération définitive. En outre, elle a révoqué l'interdiction temporaire faite à l'administrateur spécial de facturer ses prestations, les tarifs horaires applicables étant dorénavant fixés.
B.c Contre cette décision, l'administrateur spécial a interjeté, le 2 juin 2003, un recours à l'autorité supérieure de surveillance, assorti d'une demande de récusation des membres titulaires de celle-ci. La récusation a été admise le 30 septembre 2003 par l'autorité supérieure statuant dans une composition différente (F._, G._ et H._).
Statuant le 26 février 2004, dans sa composition spéciale, l'autorité supérieure de surveillance a modifié le tarif et fixé les montants horaires à 200 fr. pour les activités essentielles au sens des considérants, à 140 fr. pour les activités spécialisées au sens des considérants et à 50 fr. pour les actes d'exécution, l'administrateur étant invité à soumettre à l'autorité inférieure "un décompte détaillé des activités de son étude, avec proposition de répartition dans les trois catégories de rémunération susmentionnées et totalisation de chacune d'elles, par note mensuelle".
C. Contre cet arrêt, communiqué aux parties le 5 mars 2004, l'administrateur spécial a interjeté auprès du Tribunal fédéral, le 18 mars 2004, un recours au sens de l'<ref-law> et un recours de droit public pour arbitraire (art. 9 Cst.).
Statuant tout d'abord sur le recours de droit public (art. 57 al. 5 et 81 OJ), le Tribunal fédéral l'a déclaré irrecevable par arrêt du 29 juin 2004.

La Chambre considère en droit:
1. 1.1 Aux termes de l'<ref-law>, toute décision de l'autorité cantonale supérieure de surveillance peut être déférée au Tribunal fédéral dans les dix jours dès sa notification pour violation du droit fédéral ou de traités internationaux conclus par la Confédération, ainsi que pour abus ou excès du pouvoir d'appréciation.
Par décision au sens de cette disposition, il faut entendre une décision finale, soit un prononcé matériel qui a pour objet une mesure de la procédure d'exécution forcée (Franco Lorandi, Betreibungsrechtliche Beschwerde und Nichtigkeit, Bâle 2000, n. 22 ad <ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 2.1, 400 consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1c).
La décision attaquée revêt un caractère incident dans la mesure où elle fixe simplement le tarif horaire applicable en attendant de pouvoir arrêter définitivement, selon l'<ref-law>, la rémunération sur la base du décompte détaillé à fournir par l'administrateur spécial. Elle n'en constitue pas moins une décision susceptible d'être déférée au Tribunal fédéral au sens de l'<ref-law>. Il s'agit en effet d'un prononcé matériel, partiel certes comme le sont de nombreuses décisions dans le déroulement d'une procédure d'exécution forcée, mais pas incident au sens où l'entend la jurisprudence relative à la recevabilité des recours LP. Seules sont considérées comme incidentes et donc inattaquables par la voie d'un recours selon l'<ref-law>, selon cette jurisprudence, les décisions de l'autorité cantonale supérieure de surveillance qui règlent le déroulement de la procédure (décisions statuant sur des avances de frais, la suspension de la procédure, l'effet suspensif ou ordonnant le renvoi de la cause à l'autorité cantonale inférieure pour complément d'instruction, sauf - dans ce dernier cas - si l'autorité supérieure ordonne en même temps des mesures d'exécution forcée (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling>; Pfleghard, in: Geiser/Münch, Prozessieren vor Bundesgericht, n. 5.26; Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 7e éd., Berne 2003, § 6 n. 8 et 88; Lorandi, op. cit., n. 23 ad <ref-law>; Flavio Cometta, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, n. 6 ss ad <ref-law>). L'art. 81 OJ ne déclare d'ailleurs pas applicable par analogie l'art. 50 OJ traitant des cas de recours contre des décisions préjudicielles ou incidentes (ATF <ref-ruling>).
Il suit de là que le recours de l'<ref-law> est ouvert contre la décision de l'autorité supérieure fixant la rémunération horaire des différents collaborateurs de l'administration spéciale sur la base de l'<ref-law>.
1.2 L'autorité cantonale de surveillance appelée à fixer l'indemnité due à l'administration spéciale en vertu de l'<ref-law> jouit d'un large pouvoir d'appréciation. L'autorité fédérale de surveillance ne peut statuer en opportunité, ni substituer sa propre appréciation à celle de l'autorité cantonale; elle doit se borner à intervenir en cas d'excès ou d'abus du pouvoir d'appréciation, c'est-à-dire, notamment, si l'autorité cantonale a retenu des critères inappropriés, n'a pas tenu compte de circonstances pertinentes, n'a pas procédé à un examen complet des circonstances pertinentes ou n'a pas usé de critères objectifs (<ref-ruling> consid. 1.2 et les références).
2. Le recourant reproche à l'autorité cantonale supérieure de surveillance de n'avoir pas pris en compte certains faits établis et d'avoir retenu des faits non établis.
2.1 Tout d'abord, l'autorité cantonale n'aurait pas tenu compte d'un accord préalable passé avec la commission de surveillance, prévoyant une rémunération horaire moyenne de 150 fr. pour l'ensemble des activités liées à l'administration de la faillite en cause, soit celles des avocats, des juristes (licenciés en droit) et des secrétaires, et non pas uniquement pour l'activité personnelle de l'administrateur spécial.
L'autorité supérieure n'a nullement ignoré l'existence dudit accord. Dans la partie "en fait" de son arrêt, elle constate (p. 2) que lors d'une réunion de la commission de surveillance en décembre 2001, l'administrateur spécial a rappelé que, au moment où sa désignation avait été envisagée, "il avait été convenu d'un tarif horaire forfaitaire, de régie, de CHF 150 l'heure ..., pondération [équivalant] à 60 % du tarif actuel recommandé par l'Ordre des Avocats Neuchâtelois". En droit, et toujours à propos de l'accord en question, l'autorité supérieure retient (consid. 2 p. 6 ss) que le recourant a été désigné administrateur spécial à titre personnel (malgré l'ambiguïté du procès-verbal de l'assemblée des créanciers du 22 janvier 1999: la commission de surveillance avait proposé "la nomination d'une administration spéciale en la personne de Me X._, avocat en ville de La Chaux-de-Fonds et de son étude"; une personne morale pouvait certes être nommée en cette qualité, mais l'étude du recourant était une raison individuelle), de sorte que le tarif convenu devait en premier lieu s'appliquer à son activité individuelle, sauf précision contraire; le recourant établissait d'ailleurs lui-même la comparaison du montant en question avec le tarif conseillé par l'Ordre des Avocats Neuchâtelois. L'autorité supérieure a concédé, en revanche, que ni les normes tarifaires de cette institution, ni l'accord intervenu, du moins tel qu'il ressortait du dossier, ne précisaient la rétribution des collaborateurs ou stagiaires que l'administrateur pourrait se substituer. Enfin, le "tarif moyen théorique" évoqué par le recourant n'avait guère de sens selon l'autorité supérieure, dès lors qu'il n'aurait pu correspondre à la réalité que si les différents intervenants de son étude avaient effectué un nombre d'heures équivalent, ce qui ne paraissait nullement avoir été le cas; de plus, l'examen des notes de frais et honoraires déposées révélait tout autre chose qu'un tarif de provisions appliqué de manière constante au long du mandat (moyenne de 187 fr. 60 le premier mois, 150 à 155 fr. de mars 1999 à avril 2000, 186 fr. 50 de mai 2000 à avril 2001, 160 fr. de mai 2001 à janvier 2002, puis un peu plus de 150 fr. dès août 2002), les variations constatées n'étant par ailleurs pas justifiées, de sorte que des explications supplémentaires devaient être requises.
Au vu de ce qui précède, le reproche fait à l'autorité supérieure de n'avoir pas compris le sens de l'accord préalable et de ne pas l'avoir pris en considération dans son véritable sens est manifestement mal fondé. A l'exposé très circonstancié de l'autorité cantonale sur la portée dudit accord, le recourant se contente en réalité d'opposer son propre point de vue, sans discuter les arguments pertinents qu'elle a développés.
2.2 En second lieu, selon le recourant, l'autorité supérieure aurait retenu à tort l'absence de décision de l'autorité inférieure quant au tarif horaire appliqué à l'administration spéciale de la faillite Electrocom E. + G. SA. Une simple lecture du considérant 5 de l'arrêt attaqué (p. 12) permet de constater que l'autorité supérieure a bel et bien reconnu l'existence d'une décision de l'autorité inférieure admettant une rémunération de 290 fr. dans la faillite en question. L'absence de décision dont elle fait état a trait - ce qui semble avoir totalement échappé au recourant - au grief d'inégalité de traitement soulevé par référence à ladite faillite et auquel elle a elle-même répondu en considérant que les mêmes critères ne pouvaient s'appliquer à une intervention urgente mais brève et à une activité de plusieurs années; de surcroît, a-t-elle conclu, l'administration provisoire instaurée dans la faillite en question, comme mesure conservatoire au sens de l'<ref-law>, n'avait pas la même nature juridique que l'administration spéciale et n'était pas visée par l'OELP.
2.3 Le premier grief du recourant concernant la prise en considération des faits susmentionnés, dans la mesure où il est recevable, est donc manifestement mal fondé.
3. Le recourant soutient que la décision attaquée est constitutive d'un abus ou d'un excès du pouvoir d'appréciation en ce qui concerne la méthode de calculation retenue.
3.1 La disposition de l'<ref-law> relative aux procédures complexes n'impose pas une méthode particulière pour fixer la rémunération de l'administration ordinaire ou spéciale; elle prescrit cependant de tenir compte, notamment, de la difficulté et de l'importance de l'affaire, du volume de travail fourni et du temps consacré. A cet effet, l'administration spéciale doit, avant de procéder à l'établissement du tableau de distribution définitif, soumettre à l'autorité de surveillance une liste détaillée de toutes ses vacations au sujet desquelles l'ordonnance sur les frais ne prévoit pas d'émolument spécial (art. 84 et 97 OAOF). En l'espèce, le litige porte exclusivement sur la fixation de divers tarifs horaires, la rémunération définitive étant renvoyée au dépôt par l'administration spéciale d'un décompte détaillé de ses activités.
Selon la jurisprudence, lorsqu'une procédure complexe n'entraîne pas que des travaux exigeants, il y a lieu de procéder à un décompte différencié. L'autorité de surveillance chargée de fixer la rémunération peut d'ailleurs tenir compte de tarifs, celui de la Chambre des sociétés fiduciaires par exemple, sans toutefois être liée par ces tarifs, mais l'indemnité accordée doit rester dans un rapport raisonnable avec les émoluments du tarif LP, vu l'obligation de tenir compte du caractère social de celui-ci. Ainsi, pour les activités d'avocat, il se justifie de rester en dessous du montant maximal admis par le tarif cantonal des avocats d'office (<ref-ruling> et les arrêts cités).
3.2 Se fondant sur ces principes, la décision attaquée retient qu'une fois la complexité globale de la liquidation admise, il ne saurait être question de rémunérer un administrateur chargé de tâches variées - simples ou très spécialisées - au tarif correspondant au maximum de ses capacités. Elle envisage dès lors deux méthodes, la première consistant à pondérer la rétribution de chaque intervenant en fonction des diverses tâches accomplies - avec comme inconvénients de devoir identifier chaque intervenant et de rétribuer des activités éventuellement improductives - et la seconde consistant à fixer une rétribution justifiée par chaque type d'intervention, prise de manière assez large, en présupposant qu'une personne adéquate - ni incompétente, ni surqualifiée - en aura été chargée. L'autorité supérieure opte en faveur de la seconde méthode qui, en dépit de la difficulté de définition des différentes catégories de rémunération, permet l'adoption d'un point de vue plus objectif, se rapproche plus du système voulu par l'OELP, où les émoluments sont en général prévus par acte déterminé, et s'avère moins dépendante des options prises par l'administrateur et ses collaborateurs.
Dans cette perspective et sous l'angle des intérêts de la masse, l'autorité supérieure distingue trois catégories de démarches: la première catégorie comprend les décisions fondamentales d'organisation d'un dossier complexe, la préparation et la prise des décisions stratégiques essentielles, la négociation des litiges les plus importants, ainsi que, dans le cas où l'administrateur est lui-même mandataire au procès, le choix des axes de défense ou d'attaque dans les procédures nécessaires; la deuxième catégorie recouvre les recherches juridiques et la correspondance ordinaires, la rédaction d'actes de procédure dans un cadre déterminé, la représentation lors de négociations limitées ou de réalisations ponctuelles et l'assistance à l'administrateur lors des réunions décisives; enfin, la troisième catégorie concerne les actes d'exécution au sens étroit, tels que la dactylographie, la fixation de rendez-vous, les renseignements donnés à des tiers intéressés sur le cours de la liquidation.
3.3 La prise en considération de ces activités et leur répartition en trois catégories, compte tenu de la complexité de la liquidation en cause, rentrent dans le large pouvoir d'appréciation reconnu à l'autorité cantonale de surveillance. Le recours à une telle méthode en vue de fixer le tarif horaire applicable à l'administration spéciale et, partant, la rémunération pour ses vacations au sens de l'<ref-law> n'apparaît pas en contradiction avec la jurisprudence rendue en application de l'<ref-law>, comme le soutient le recourant. La distinction des activités et, par conséquent, leur répartition en catégories sont en effet admises par la jurisprudence: ainsi, les activités d'un avocat peuvent se subdiviser en travaux de pure routine, tâches simples et activité exigeante; celles d'architecte et d'agent immobilier peuvent se limiter à une simple activité d'administration (<ref-ruling> consid. 3a in fine et 3c).
Selon le recourant, la méthode imposée par l'autorité supérieure, qui l'oblige en permanence à répartir en trois catégories les actes de liquidation accomplis par diverses personnes, constituerait une exigence totalement disproportionnée en raison du surcroît de travail qu'elle implique; elle serait particulièrement choquante en l'espèce parce qu'intervenant près de quatre ans après le début des activités de l'administration. L'autorité supérieure n'a pas ignoré l'ampleur de la tâche. Elle a suggéré, pour la rendre plus aisée, que l'administrateur reprenne ses diverses notes et propose des classifications, avec totalisation des différents résultats, effort qui ne paraissait pas disproportionné s'agissant d'une somme d'honoraires de l'ordre du million de francs. Le recourant n'avance aucun élément propre à fonder le reproche d'abus ou d'excès du pouvoir d'appréciation sur ce point.
Au demeurant, c'est manifestement en vain qu'il tente d'établir un parallèle avec l'activité des juges et greffiers du Tribunal fédéral, activité qui est totalement différente et soumise à un autre mode de rétribution que celui de l'administration spéciale de la faillite.
4. Le recourant fait valoir que la décision attaquée est également constitutive d'un abus ou d'un excès du pouvoir d'appréciation en ce qui concerne les tarifs horaires fixés.
4.1 L'autorité supérieure a retenu que les activités de la première catégorie (décisions fondamentales d'organisation, décisions stratégiques essentielles, négociation des litiges les plus importants) sont celles qui justifient en principe la désignation d'un administrateur spécial dans le cadre d'une faillite complexe. En pareil cas, l'administration est généralement confiée, vu les aspects commerciaux, comptables, fiscaux et pratiques de la liquidation d'une entreprise, à une fiduciaire, qui dispose de plus d'expérience et de savoir-faire qu'une étude d'avocats, laquelle court éventuellement le risque de voir la liquidation dans une perspective trop juridique ou judiciaire. En l'espèce, le recourant ne bénéficiait pas d'une expérience particulière en tant qu'administrateur spécial de faillite et ne se présentait pas non plus comme un spécialiste des problèmes juridiques de la faillite. Comparée à des situations examinées récemment par le Tribunal fédéral (<ref-ruling>) et par des tribunaux cantonaux, qui avaient admis des tarifs horaires allant de 120 fr. ("Leitende und qualifizierte Mitarbeiter"; SGGVP 1999, p. 180) à 220 fr. ("Mandatsleiter"; BlSchK 1999, p. 37), la situation du recourant était loin de justifier le taux de rétribution horaire auquel il prétendait, soit davantage que le tarif usuel de l'Ordre des Avocats Neuchâtelois, frais de secrétariat comptés de surcroît séparément. L'autorité supérieure a donc estimé légitime d'accorder au recourant une rémunération horaire de 200 fr. pour ses activités essentielles répondant à la définition de la première catégorie.
Pour celles de la deuxième catégorie, elle a admis une rétribution horaire de 140 fr., en relevant que si certaines tâches pouvaient être accomplies par une administration ordinaire, les démarches judiciaires appelleraient des débours plus élevés s'il fallait recourir à un avocat non administrateur. Aller plus haut, a estimé l'autorité cantonale, conduirait à dépasser très clairement, en moyenne et quelle que soit l'interprétation de l'accord préalable, le tarif qui avait été envisagé lors de la désignation du recourant et qui devait être pris en compte à côté des critères non exhaustifs de l'<ref-law>, car il reflétait l'idée que les uns et les autres se faisaient de la valeur de l'intervention de l'administrateur spécial au moment d'en décider.
4.2 Le recourant invoque le résultat choquant du mode de calculation de la rémunération horaire adopté en l'espèce. Au vu de l'ensemble des circonstances du cas particulier, notamment du caractère hors norme de la faillite en cause et des montants en jeu, ce mode de calculation tendrait à assurer à l'administration spéciale une rémunération largement inférieure aux chiffres retenus par la jurisprudence.
Par cette seule affirmation, le recourant ne démontre pas que l'autorité supérieure a commis un excès ou un abus de son large pouvoir d'appréciation. Outre que l'importance de la faillite et des montants en jeu n'a pas été omise dans l'examen de l'autorité cantonale, celle-ci a fixé, sur la base de critères à la fois pertinents, complets et objectifs, une rétribution horaire qui s'inscrit dans la fourchette des montants normalement admis par la jurisprudence et qui, partant, ne consacre aucun abus ou excès du pouvoir d'appréciation.
4.3 Le recourant se plaint enfin du résultat choquant de la rétribution horaire attribuée par comparaison avec celle accordée dans la faillite Electrocom.
L'autorité supérieure s'est exprimée sur la question et a donné les motifs d'un traitement différent des deux cas (cf. consid. 2.2 supra). Le recourant ne s'en prend pas à ces motifs et se contente d'affirmations toutes générales, de sorte que son grief est irrecevable (art. 79 al. 1 OJ).
5. Conformément aux <ref-law>, 61 al. 2 let. a et 62 al. 2 OELP, il n'y a pas lieu de percevoir d'émolument de justice, ni d'allouer des dépens.

Par ces motifs, la Chambre prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires du recourant et à l'Autorité cantonale supérieure de surveillance des offices des poursuites et des faillites du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 24 août 2004
Au nom de la Chambre des poursuites et des faillites
du Tribunal fédéral suisse
La présidente: Le greffier: