Sachverhalt:
A. Der 1960 geborene E._ meldete sich am 21. Oktober 2004 zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Nach Abklärungen in medizinischer und erwerblicher Hinsicht und nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens lehnte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen mit je einer Verfügung vom 15. Januar 2008 den Anspruch auf berufliche Massnahmen ab und verneinte einen Rentenanspruch.
B. In teilweiser Gutheissung der gegen die rentenablehnende Verfügung vom 15. Januar 2008 geführten Beschwerde hob das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen den angefochtenen Verwaltungsakt auf und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, damit sie im Sinne der Erwägungen weitere Abklärungen vornehme und anschliessend über den Rentenanspruch neu verfüge (Entscheid vom 26. August 2009).
C. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen erhebt Beschwerde in öffentlich- rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid des kantonalen Gerichts vom 26. August 2009 sei aufzuheben.
E._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat die Angelegenheit zur Vornahme weiterer Abklärungen und zum Erlass einer neuen Verfügung an die IV-Stelle zurückgewiesen. Den Erwägungen ist zu entnehmen, dass die Verwaltung - etwa mittels Beizugs der hausärztlichen Krankengeschichte oder der Akten der Krankentaggeldversicherung - noch abzuklären habe, ob der Beschwerdegegner bis zur Kenntnisnahme des Gutachtens der Klinik X._, Fachklinik für kardiale und psychosomatische Rehabilitation, vom 20. (recte: 13.) März 2007 in guten Treuen davon ausgehen durfte, in einer geeigneten Tätigkeit voll arbeitsunfähig zu sein. Werde diese Frage gestützt auf die Abklärungen bejaht, bestehe grundsätzlich nach Ablauf des Wartejahres ein befristeter Anspruch auf eine ganze Invalidenrente. Die durch den Versicherten schliesslich erlangte Kenntnis der Zumutbarkeit der Schmerzüberwindung stelle einen Revisionsgrund dar; allerdings sei auch ab jenem Zeitpunkt ein Teilrentenanspruch nicht ausgeschlossen, zumal im Rahmen der Invaliditätsbemessung ein Abzug von 18 % infolge vermehrten Pausenbedarfs sowie ein Leidensabzug angezeigt wären. Der von der IV-Stelle auf 10 % festgesetzte leidensbedingte Abzug erscheine nicht willkürlich, weshalb in das Ermessen der Verwaltung wohl nicht einzugreifen wäre. Weitere Abklärungen (beim Arbeitgeber und gegebenenfalls bei einem Mediziner bzw. beim Regionalen Ärztlichen Dienst [nachfolgend: RAD]) seien schliesslich auch zur Rentendauer angezeigt.
1.1 Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich, da das Verfahren noch nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (vgl. dazu Urteil 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007 E. 1.1 mit Hinweisen, in: SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131), um einen - selbstständig eröffneten - Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f. mit Hinweisen). Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit - alternativ - voraus, dass der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1.1 Beim angefochtenen Rückweisungsentscheid handelt es sich, da das Verfahren noch nicht abgeschlossen wird und die Rückweisung auch nicht einzig der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (vgl. dazu Urteil 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007 E. 1.1 mit Hinweisen, in: SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131), um einen - selbstständig eröffneten - Vor- oder Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f. mit Hinweisen). Die Zulässigkeit der Beschwerde setzt somit - alternativ - voraus, dass der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b).
1.2 1.2.1 Die IV-Stelle ist der Auffassung, das kantonale Gericht begründe die Rückweisung an die Verwaltung zur weiteren Abklärung und neuen Verfügung mit der (noch abzuklärenden) subjektiven Sichtweise des Versicherten, welche jedoch für einen Rentenanspruch nicht massgebend sei. Der Rentenanspruch könne nicht davon abhängen, ob der Beschwerdegegner gestützt auf die damaligen medizinischen Akten bis zur Kenntnisnahme des Gutachtens der Klinik X._ subjektiv davon ausgegangen sei, es sei ihm nicht zumutbar, seine Schmerzen zu überwinden und einer Erwerbstätigkeit nachzugehen. Ob ein Rentenanspruch bestehe, beurteile sich im dafür vorgesehenen Abklärungsverfahren. Bevor nicht eine entsprechende Rentenverfügung ergangen sei, könne eine versicherte Person von vornherein nicht davon ausgehen, dass ein solcher Anspruch gegeben sei. Der von der Vorinstanz eingenommene Standpunkt hätte zur Folge, dass eine versicherte Person bis zum Vorliegen eines voll beweiskräftigen Gutachtens gestützt auf Berichte von behandelnden Ärzten praktisch immer einen Rentenanspruch hätte. Die Rückweisung mit dem vorgegebenen "unsinnigen Beweisthema" sei offensichtlich unhaltbar und würde die Verwaltung mit grosser Wahrscheinlichkeit dazu zwingen, eine rechtswidrige neue Rentenverfügung zu erlassen. Zudem könnte mit einer Gutheissung der vorliegenden Beschwerde sofort ein Endentscheid herbeigeführt und damit ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden. Gemäss Anordnung des kantonalen Gerichts müssten nämlich Abklärungen beim Arbeitgeber, allenfalls bei einem Mediziner und vielleicht auch beim RAD veranlasst werden, obwohl aufgrund der vorhandenen Akten feststehe, dass der Versicherte in einer adaptierten Beschäftigung voll arbeitsfähig sei und demnach die Rentenvoraussetzungen nicht erfülle.
1.2.2 Der Beschwerdegegner lässt einwenden, es sei nicht nachvollziehbar, inwiefern die IV-Stelle durch den Entscheid des kantonalen Gerichts gezwungen sei, eine ihres Erachtens rechtswidrige neue Verfügung zu erlassen, da sie immer noch die Möglichkeit hätte, den Rentenanspruch wiederum abzulehnen, falls sie nach Durchführung der Abklärungen ein solches Ergebnis nachvollziehbar begründen könne, wovon er allerdings nicht ausgehe. Die vorzunehmenden Abklärungen seien vielleicht tatsächlich aufwendig. Dies sei allerdings kein Grund, deren Notwendigkeit von vornherein zu bestreiten. Die Verwaltung sei nämlich verpflichtet, den rechtserheblichen Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen. Folge man der Argumentation der IV-Stelle, so müsste das Bundesgericht grundsätzlich bei allen vorinstanzlichen Rückweisungsentscheiden kontrollieren, ob die darin angeordneten Abklärungen notwendig und sinnvoll seien. Damit würde faktisch eine Prüfung der Zwischenentscheide durchgeführt.
1.2.2 Der Beschwerdegegner lässt einwenden, es sei nicht nachvollziehbar, inwiefern die IV-Stelle durch den Entscheid des kantonalen Gerichts gezwungen sei, eine ihres Erachtens rechtswidrige neue Verfügung zu erlassen, da sie immer noch die Möglichkeit hätte, den Rentenanspruch wiederum abzulehnen, falls sie nach Durchführung der Abklärungen ein solches Ergebnis nachvollziehbar begründen könne, wovon er allerdings nicht ausgehe. Die vorzunehmenden Abklärungen seien vielleicht tatsächlich aufwendig. Dies sei allerdings kein Grund, deren Notwendigkeit von vornherein zu bestreiten. Die Verwaltung sei nämlich verpflichtet, den rechtserheblichen Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen. Folge man der Argumentation der IV-Stelle, so müsste das Bundesgericht grundsätzlich bei allen vorinstanzlichen Rückweisungsentscheiden kontrollieren, ob die darin angeordneten Abklärungen notwendig und sinnvoll seien. Damit würde faktisch eine Prüfung der Zwischenentscheide durchgeführt.
1.3 1.3.1 Rechtsprechungsgemäss bewirkt ein Rückweisungsentscheid in der Regel keinen irreversiblen Nachteil im Sinne von <ref-law>, da der Rechtsuchende ihn später zusammen mit dem neu zu fällenden Endentscheid wird anfechten können (vgl. <ref-law>). Anders verhält es sich allerdings für die Verwaltung bzw. den Versicherungsträger, wenn diese durch den Rückweisungsentscheid gezwungen werden, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu treffen. Diesfalls kann bereits dieser Entscheid angefochten werden, ohne dass der Endentscheid abgewartet werden müsste (<ref-ruling> E. 5.2, 5.2.1-5.2.4 S. 483 ff.; Urteil 8C_682/2007 vom 30. Juli 2008 E. 1.2.1, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2008 UV Nr. 31 S. 115). Die Erwägungen, auf welche das Rückweisungsurteil verweist, sind für die Verwaltung verbindlich (<ref-ruling>), woran sich mit dem Inkrafttreten des BGG am 1. Januar 2007 nichts geändert hat (Urteil 9C_703/2009 vom 30. Oktober 2009 E. 2.2).
1.3.2 Im vorliegenden Fall lässt sich das Argument der Beschwerdeführerin, wonach die subjektive Einschätzung der versicherten Person hinsichtlich des Ausmasses der verbleibenden Arbeitsfähigkeit im Rahmen der Prüfung des Rentenanspruchs nicht massgebend sei, nicht von der Hand weisen. Der Versicherte leidet unter anderem an einer anhaltenden somatoformen Schmerzstörung nach ICD-10 F 45.4. Die Annahme eines psychischen Gesundheitsschadens im Sinne von <ref-law> sowie Art. 3 Abs. 1 und Art. 6 ATSG setzt grundsätzlich eine lege artis auf die Vorgaben eines anerkannten Klassifikationssystems abgestützte psychiatrische Diagnose voraus (vgl. <ref-ruling>). Entscheidend ist, ob und inwiefern, allenfalls bei geeigneter therapeutischer Behandlung, bei objektiver Betrachtungsweise von der versicherten Person trotz des Leidens willensmässig erwartet werden kann zu arbeiten (<ref-ruling> E. 4b/cc in fine und E. 5a S. 297 ff.). Dies gilt insbesondere auch bei anhaltenden somatoformen Schmerzstörungen im Sinne von ICD-10 F45.4 (<ref-ruling> E. 4.2.2 S. 71; <ref-ruling> E 2.2.3 S. 353 ff.). Ob und allenfalls in welchem Ausmass sich die versicherte Person selber als arbeitsfähig einschätzt, ist demzufolge entgegen der Ansicht des kantonalen Gerichts nicht relevant. Die ärztlichen Stellungnahmen zum psychischen Gesundheitszustand und zu dem aus medizinischer Sicht (objektiv) vorhandenen Leistungspotential bilden unabdingbare Grundlage für die Beurteilung der Rechtsfrage, ob und gegebenenfalls inwieweit einer versicherten Person unter Aufbringung allen guten Willens die Überwindung ihrer Schmerzen und die Verwertung ihrer verbleibenden Arbeitskraft zumutbar ist (BGE <ref-ruling> E. 2.2.5 S. 355). Die Rückweisung an die IV-Stelle soll gemäss den vorinstanzlichen Erwägungen in erster Linie dazu dienen, zu ermitteln, ob und allenfalls in welchem Ausmass sich der Beschwerdegegner als arbeitsfähig hielt. Falls sich ergebe, dass er (bis zur Kenntnisnahme des Gutachtens der Klinik X._ vom 13. März 2007, welche wohl erst nach dem 6. Mai 2007 erfolgt sei) nicht von einer vollen Arbeitsfähigkeit habe ausgehen müssen, so sei der Anspruch auf eine befristete Rente ab Ablauf des Wartejahres im April 2005 grundsätzlich gegeben. Infolge der Verbindlichkeit des auf seine Motive verweisenden angefochtenen Rückweisungsentscheides (E. 1.3.1 hiervor) sind hier die Voraussetzungen, unter denen die Anfechtung eines kantonalen Zwischenentscheides durch die Verwaltung ausnahmsweise nach <ref-law> zulässig ist, erfüllt: Sollte sich nämlich gestützt auf die zusätzlich vorzunehmenden Abklärungen herausstellen, dass der Versicherte "subjektiv davon ausgehen durfte, nicht mehr arbeitsfähig zu sein" (E. 3.3 des angefochtenen Gerichtsentscheides), so wird die IV-Stelle durch den vorinstanzlichen Rückweisungsentscheid gezwungen, eine aus ihrer Sicht rechtswidrige Verfügung zu erlassen, indem sie daran gebunden ist, die subjektive Einschätzung der Arbeitsfähigkeit als massgebendes Kriterium bei der Prüfung der Rentenfrage zu berücksichtigen und gegebenenfalls auf der Basis der Selbsteinschätzung des Versicherten eine Invalidenrente zuzusprechen. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2. 2.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Gemäss <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>; Ausnahme: Beschwerden gemäss <ref-law> [<ref-law>]).
2.2 Sowohl das Verwaltungsverfahren wie auch der kantonale Sozialversicherungsprozess sind vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht (Art. 43 Abs. 1 und <ref-law>). Danach haben Verwaltung und Sozialversicherungsgericht den rechtserheblichen Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen. Diese Untersuchungspflicht dauert so lange, bis über die für die Beurteilung des streitigen Anspruchs erforderlichen Tatsachen hinreichende Klarheit besteht. Der Untersuchungsgrundsatz weist enge Bezüge zum - auf Verwaltungs- und Gerichtsstufe geltenden - Grundsatz der freien Beweiswürdigung auf. Führen die im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes von Amtes wegen vorzunehmenden Abklärungen den Versicherungsträger oder das Gericht bei umfassender, sorgfältiger, objektiver und inhaltsbezogener Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 4.1 S. 400) zur Überzeugung, ein bestimmter Sachverhalt sei als überwiegend wahrscheinlich (<ref-ruling> E. 5b S. 360; <ref-ruling> E. 2 S. 195, je mit Hinweisen) zu betrachten und es könnten weitere Beweismassnahmen an diesem feststehenden Ergebnis nichts mehr ändern, so liegt im Verzicht auf die Abnahme weiterer Beweise keine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 4b S. 94). Bleiben jedoch erhebliche Zweifel an Vollständigkeit und/oder Richtigkeit der bisher getroffenen Tatsachenfeststellung bestehen, ist weiter zu ermitteln, soweit von zusätzlichen Abklärungsmassnahmen noch neue wesentliche Erkenntnisse zu erwarten sind (Urteil 9C_167/2009 vom 28. Mai 2009 E. 3.1).
2.3 Der Untersuchungsgrundsatz zählt zu den in <ref-law> erwähnten bundesrechtlichen Vorschriften. Die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen (<ref-ruling> E. 2 S. 25 mit Hinweisen; ULRICH MEYER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 25, 36 und 58-61 zu <ref-law>; HANSJÖRG SEILER, in: Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 24 zu <ref-law>), die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (statt vieler: Urteil 9C_850/2008 vom 6. Februar 2009 E. 2.2 mit Hinweis; ULRICH MEYER, a.a.O., N. 60 zu <ref-law>; MARKUS SCHOTT, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 17 ff. zu <ref-law>) sowie die Pflicht zu inhaltsbezogener, umfassender, sorgfältiger und objektiver Beweiswürdigung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1 S. 400) stellen Rechtsverletzungen gemäss <ref-law> dar. Hat das kantonale Gericht die rechtserheblichen tatsächlichen Feststellungen in Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes getroffen, sind sie für das Bundesgericht nicht verbindlich (Urteil 8C_773/2008 vom 11. Februar 2009 E. 5.4, in: SVR 2009 EL Nr. 5 S. 17).
3. Streitig ist der Anspruch auf eine Invalidenrente. Das kantonale Gericht hat die massgeblichen Rechtsgrundlagen, unter Berücksichtigung der intertemporalrechtlichen Fragen, die sich aufgrund der am 1. Januar 2008 im Rahmen der 5. IV-Revision erfolgten Rechtsänderungen stellen (vgl. Urteil 8C_829/2008 vom 23. Dezember 2008 E. 2.1 mit Hinweisen), zutreffend dargelegt. Es betrifft dies insbesondere die Bestimmungen und Grundsätze zu den Begriffen Invalidität (<ref-law>) und Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), zur Regelung des Rentenanspruchs nach Massgabe des Invaliditätsgrades (<ref-law> in der bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassung), zur Invaliditätsbemessung nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law> in der vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung), zur Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 99 f.) sowie zum Beweiswert und zur Würdigung ärztlicher Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232; <ref-ruling> E. 3a S. 352).
4.1 4.1.1 Die Vorinstanz ist der Ansicht, der Anspruch auf eine ganze Rente ab Ablauf des Wartejahres im April 2005 sei zu bejahen, falls der Versicherte nicht davon habe ausgehen müssen, dass er seine Schmerzen weitestgehend überwinden und mit vermehrten Pausen einer vollen Arbeitstätigkeit nachgehen könnte. Auch ab Kenntnis der Zumutbarkeit der Schmerzüberwindung sei ein reduzierter Rentenanspruch nicht ausgeschlossen, da bei der Invaliditätsbemessung ein Abzug zufolge vermehrten Pausenbedarfs sowie ein Leidensabzug angezeigt wären. Zur Rentendauer seien ebenfalls weitere Abklärungen angezeigt. Zwar sei der Beschwerdegegner seit 1. Juli 2007 wieder bei der ehemaligen Arbeitgeberin beschäftigt, sollte er aber noch nicht den vollen Lohn erzielen, wäre ein weiterdauernder Rentenanspruch zu prüfen, wobei auch die Frage zu klären wäre, ob er die verbleibende Restarbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise ausschöpfe.
4.1.2 Die IV-Stelle geht demgegenüber vorwiegend gestützt auf die Gutachten des Zentrums Y._ für Arbeitsmedizin vom 17. August 2006 und der Klinik X._ vom 13. März 2007 (inklusive Bericht über die Konsenskonferenz vom 5. April 2007) sowie die Stellungnahme des RAD vom 25. Mai 2007 davon aus, eine Arbeitsunfähigkeit in einer den Leiden angepassten Tätigkeit sei nicht ausgewiesen. Demnach bestehe kein Anspruch auf eine Invalidenrente.
4.1.3 Der Beschwerdegegner äussert sich letztinstanzlich nicht zum Rentenanspruch, weil er davon ausgeht, das Bundesgericht könne auf die Beschwerde gegen den kantonalen Rückweisungsentscheid nicht eintreten.
4.2 Die im angefochtenen Gerichtsentscheid vorgeschlagenen Abklärungen zur subjektiven Einschätzung des Beschwerdegegners bezüglich seiner Arbeitskraft sind obsolet (E. 1.3.2 hiervor).
4.2 Die im angefochtenen Gerichtsentscheid vorgeschlagenen Abklärungen zur subjektiven Einschätzung des Beschwerdegegners bezüglich seiner Arbeitskraft sind obsolet (E. 1.3.2 hiervor).
4.3 4.3.1 Aus dem angefochtenen Gerichtsentscheid geht hervor, dass der Vorinstanz (und auch schon der Verwaltung) nicht alle medizinischen Akten zur Verfügung gestanden haben. Namentlich soll der Hausarzt im August 2006 eine Abklärung bei einem Wirbelsäulenchirurgen veranlasst haben, wie dem Gutachten des Zentrum Y._ für Arbeitsmedizin vom 17. August 2006 zu entnehmen ist. Eine entsprechende spezialärztliche Stellungnahme befindet sich nicht bei den medizinischen Unterlagen. Zur interdisziplinären Abklärung der chronifizierten Schmerzstörung war der Beschwerdegegner zudem vom 2. bis 24. April 2007 im Spital Z._ hospitalisiert, wie einem Kurzaustrittsbericht vom 24. April 2007 zu entnehmen ist. Ein ausführlicher Bericht wurde in Aussicht gestellt, liegt den Akten der IV-Stelle aber ebenfalls nicht bei und wurde auch zu einem späteren Zeitpunkt nicht nachgereicht.
4.3.2 Um den Sachverhalt feststellen und die Beweise frei würdigen zu können, müssen dem kantonalen Gericht sämtliche Akten vorliegen, damit es entscheiden kann, welche Unterlagen für die Beurteilung des streitigen Falles wesentlich und welche nicht wesentlich sind. Es liegt nicht im Belieben der Behörde, im Beschwerdeverfahren dem Gericht nur diejenigen Akten einzureichen, welche sie als notwendig und für die Beurteilung des Falles entscheidend betrachtet. Andernfalls würden die in Erwägung 2.2 hiervor dargelegten Beweisgrundsätze ihres Gehalts entleert (<ref-ruling> E. 3.1 S. 196; Urteil U 422/00 vom 10. Oktober 2001 E. 2a). Die vollständige Aktenlage ist zur Beurteilung des Rentenanspruchs sowohl für die Verwaltung als auch (im Beschwerdefall) für das Gericht unerlässlich. Da der vorinstanzliche Entscheid und auch die rentenablehnende Verfügung vom 15. Januar 2008 auf einer lückenhaften Beurteilungsgrundlage basieren, sind die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Gerichtsentscheid für das Bundesgericht zwar nicht verbindlich (E. 2.3 hiervor). Letztinstanzlich wurden jedoch nur die unvollständigen Belege eingereicht, welche bereits der Verwaltung und der Vorinstanz zur Verfügung standen, weshalb nicht abschliessend beurteilt werden kann, ob der Versicherte in der vorliegend relevanten Zeit einen Anspruch auf Rentenleistungen der Invalidenversicherung hat. Deshalb geht die Angelegenheit an die IV-Stelle zurück, damit sie - nach Vervollständigung der Akten sowie Einholung allfälliger weiterer wesentlicher Entscheidgrundlagen - über den Rentenanspruch neu verfüge.
5. Im Ergebnis wird der Rückweisungsentscheid der Vorinstanz zwar bestätigt. Allerdings kann an den Vorgaben des kantonalen Gerichts, wonach der Anspruch auf eine ganze Invalidenrente grundsätzlich zu bejahen sei, falls die weiteren - von der IV-Stelle noch vorzunehmenden - Abklärungen ergeben sollten, dass der Versicherte nicht davon habe ausgehen müssen, er sei voll arbeitsfähig, nicht festgehalten werden (E. 1.3.2 und 4.2 hiervor). Die Rückweisung erfolgt, damit die Verwaltung die entscheidwesentlichen Grundlagen vervollständigen und hernach gestützt auf eine lückenlose Aktenlage neu verfügen kann. Infolge des teilweisen Obsiegens der Beschwerdeführerin sind die Gerichtskosten von den Parteien anteilsmässig zu tragen (<ref-law>). Dem Versicherten steht eine im Verhältnis zum Ausgang des Verfahrens reduzierte Parteientschädigung zu (<ref-law>).
Von einer Neuverlegung der Gerichtskosten und der Parteientschädigung im vorinstanzlichen Verfahren kann bei diesem Ergebnis abgesehen werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 26. August 2009 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons St. Gallen vom 15. Januar 2008 werden aufgehoben und die Angelegenheit wird an die IV-Stelle des Kantons St. Gallen zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 250.- und dem Beschwerdegegner Fr. 250.- auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'400.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. Februar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Berger Götz