Vu:
la sentence arbitral rendue le 20 octobre 2008 par le Tribunal Arbitral du Sport (TAS) dans la cause précitée;
le recours en matière civile interjeté par X._ contre cette sentence;
les ordonnances présidentielles du 29 décembre 2008 invitant l'intimée et le TAS à déposer une éventuelle réponse au recours jusqu'au 2 février 2009;
l'ordonnance présidentielle du 28 janvier 2009 accordant sur requête une prolongation du délai au TAS jusqu'au 25 février 2009;
la réponse au recours de l'intimée du 30 janvier 2009;
la lettre datée du 30 janvier 2009, parvenue au Tribunal fédéral le 2 février 2009, par laquelle le mandataire de la recourante déclare retirer le recours;

considérant:
qu'il y a lieu de prendre acte du retrait du recours et de rayer la cause du rôle (<ref-law>);
que la recourante supporte les frais judiciaires réduits et verse à l'intimée une indemnité de dépens réduits (art. 66 al. 2 et 3, <ref-law>; art. 8 al. 3 du Règlement sur les dépens alloués à la partie adverse [SR 173.110.210.3]);

par ces motifs, la Présidente ordonne:
1. Il est pris acte du retrait du recours en matière civile.
2. La cause 4A_540/2008 est rayée du rôle.
3. L'ordonnance présidentielle du 28 janvier 2009 accordant au TAS une prolongation du délai pour déposer une éventuelle réponse au recours jusqu'au 25 février 2009 est annulée.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5. La recourante versera à l'intimée une indemnité de 8'000 fr. à titre de dépens.
6. La présente ordonnance est communiquée aux parties et au Tribunal Arbitral du Sport (TAS).
Lausanne, le 4 février 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Huguenin