Sachverhalt:
A. Die Städtischen Betriebe Olten (SBO) sind gemäss Statuten eine selbständige öffentlich-rechtliche Unternehmung der Einwohnergemeinde der Stadt Olten mit eigener Rechtspersönlichkeit. Auf den 1. Januar 2007 hin übernahm sie von der Einwohnergemeinde Trimbach die Aufgabe der öffentlichen Wasserversorgung auf deren Gebiet.
X._ wohnt in Trimbach. Am 25. Dezember 2007 rechnete die SBO die von ihm für das Jahr 2007 geschuldeten Wassergebühren ab. Letzterer erhob dagegen Rechtsmittel und machte unter anderem geltend, der Regierungsrat habe die von der SBO am 19. November 2004 beschlossene Tariferhöhung bisher nicht genehmigt, weshalb diese nicht angewendet werden dürfe. Der Verwaltungsrat der SBO, die Kantonale Schätzungskommission Solothurn und schliesslich das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn wiesen seine Rechtsmittel am 12. März, 28. März und 15. Dezember 2008 ab.
B. X._ beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 2. Februar 2009, das in dieser Sache zuletzt ergangene Urteil des Verwaltungsgerichts vom 15. Dezember 2008 aufzuheben und die Rechnung der SBO vom 25. Dezember 2007 auf Netto "Fr. 142.65 (Grundverbrauch) und Fr. 36.52 (Mehrverbrauch), total Fr. 179.18, statt Fr. 188.99" zu reduzieren. Eventualiter sei die Sache zur Neuberechnung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Die Städtischen Betriebe Olten beantragen, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sie abzuweisen. Das Verwaltungsgericht ersucht um Abweisung der Beschwerde, soweit auf sie einzutreten sei. Die Schätzungskommission hat sich nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts als letzter kantonaler Instanz ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gemäss Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG zulässig. Ein Ausschlussgrund nach Art. 83 BGG ist nicht gegeben. Entgegen den Ausführungen der Vorinstanz in ihrer Rechtsmittelbelehrung liegt der Streitgegenstand auch nicht im Anwendungsbereich von Art. 85 BGG, da es nicht um eine vermögensrechtliche Angelegenheit auf dem Gebiet der Staatshaftung oder der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse geht. Mithin kommt es trotz eines Streitwertes von weniger als Fr. 15'000.-- nicht darauf an, ob sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (vgl. Alain Wurzburger, in: Bernard Corboz et al., Commentaire de la LTF, 2009, N. 6 zu Art. 85; Beat Rudin, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 4 zu Art. 85).
2. Die Beschwerdegegnerin erhebt gemäss Art. 24 Ziff. 4 ihres Tarifreglements vom 9. November 1995 Konsumpreise pro Kubikmeter Wasserverbrauch. Beim Tarif wird danach unterschieden, ob es sich um Grund- oder Mehrverbrauch handelt. Als Grundverbrauch gelten die ersten 8.3 m3 Wasserbezug pro Monat und Verbrauchseinheit. Der diesen Betrag übersteigende Bezug gilt als Mehrverbrauch. Bis zum 1. Januar 2005 waren für den Grundverbrauch Fr. 1.5625 und für den Mehrverbrauch Fr. 1.953125 pro Kubikmeter zu bezahlen (Art. 24 Ziff. 4 des Tarifreglements). Der Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin beschloss am 19. November 2004, den Tarif pro Kubikmeter ab 1. Januar 2005 auf Fr. 1.65 für den Grundverbrauch und Fr. 2.05 für den Mehrverbrauch zu erhöhen.
3. Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, die erwähnte Tariferhöhung hätte vor ihrer Anwendung durch den Regierungsrat genehmigt werden müssen. Das sei bisher nicht erfolgt. Dadurch werde das Legalitätsprinzip im Sinne von Art. 127 Abs. 1 BV verletzt. Ausserdem werde kantonales Recht in willkürlicher Weise (Art. 9 BV) missachtet. Die Vorinstanz habe die Tarifänderung zu Unrecht als gültig behandelt.
4. Der Regierungsrat beaufsichtigt das Gemeindewesen und setzt hiebei unter anderem die Departemente ein (vgl. §§ 207 f. des Gemeindegesetzes des Kantons Solothurn vom 16. Februar 1992). Gemäss § 209 des Gemeindegesetzes sind die von der Gesetzgebung vorgeschriebenen rechtsetzenden Gemeindereglemente "nur gültig, wenn sie vom Departement, dessen Sachgebiet sie betreffen, genehmigt worden sind" (Abs. 1). Vorbehalten bleiben abweichende gesetzliche Regelungen (Abs. 2). Die Zweckverbände und die übrigen der Zusammenarbeit der Gemeinden dienenden öffentlich-rechtlichen Organisationen unterstehen wie die Gemeinden der Staatsaufsicht (§ 215 des Gemeindegesetzes).
Gemäss § 33 des Gesetzes des Kantons Solothurn vom 27. September 1959 über die Rechte am Wasser (Wasserrechtsgesetz) ist für die öffentlichen Wasserversorgungen "ein Wasserreglement zu erlassen, das der Genehmigung des Regierungsrates bedarf". Nach § 3 lit. b der kantonalen Verordnung vom 3. Juli 1978 über Grundeigentümerbeiträge und -gebühren (Grundeigentümerbeitragsverordnung) haben die Gemeinden in einem Reglement die Gebührenansätze für die Benützung der Anlagen der Abwasserbeseitigung und der Wasserversorgung zu regeln. Darin sind die wiederkehrenden Benützungsgebühren zur Deckung der Betriebs- und Unterhaltskosten für die öffentlichen Wasserversorgungsanlagen festzusetzen (§ 32 der Grundeigentümerbeitragsverordnung).
5. 5.1 Die Beschwerdegegnerin ist der Ansicht, das Genehmigungserfordernis erstrecke sich nicht auf die einzelnen Tarifbeträge. Im Übrigen sei Art. 24 des Tarifreglements am 30. Oktober 2006 Gegenstand einer regierungsrätlichen Überprüfung gewesen. Die dem Regierungsrat damals vorgelegte neue Fassung dieser Bestimmung habe auch die vom Beschwerdeführer beanstandeten Tarife enthalten.
5.2 Das Verwaltungsgericht lässt offen, ob die Tariferhöhungen genehmigungsbedürftig sind und ob sie der Regierungsrat am 30. Oktober 2006 bewilligt hat. Aus Rechtssicherheitsgründen sei von der Gültigkeit der Tarifänderung auszugehen (dazu nachfolgende E. 7).
6. Das Bundesgericht kann nicht die richtige Anwendung von einfachem kantonalem Recht überprüfen. Es untersucht insoweit nur, ob entsprechend den erhobenen Rügen Bundesrechtswidrigkeit gegeben ist, namentlich ob das Willkürverbot verletzt wurde (vgl. Art. 95 in Verbindung mit Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1 S. 203; <ref-ruling> E. 2.3 S. 466).
6.1 Nach dem klaren Wortlaut von § 209 des Gemeindegesetzes ist die Genehmigung konstitutiv. Ein zu genehmigendes Reglement wird "nur gültig, wenn" die vorgeschriebene Genehmigung erteilt worden ist. Das entspricht der vor Erlass des aktuellen Gemeindegesetzes im Kanton Solothurn bereits geltenden Praxis und wird auch in anderen Kantonen vergleichbar gehandhabt (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 205; <ref-ruling> E. 1.1 S. 159; Hans Flury, Probleme der Genehmigung kommunaler Erlasse nach solothurnischem Recht, in: Festgabe Hans Erzer, 1983, S. 368 f., 374 und 376). Es ist weder ersichtlich noch wurde behauptet, dass der kantonale Gesetzgeber hievon abweichen wollte. Es ist allerdings zu prüfen, ob die Wassertarifänderungen zu den genehmigungsbedürftigen Vorgängen zählen.
6.2 Nach §§ 3 lit. b und 32 der Grundeigentümerbeitragsverordnung sind die Tarife über den Wasserverbrauch in einem Reglement festzusetzen. Demnach ordnet die Gesetzgebung an, dass die streitigen Tarife in einem rechtsetzenden Reglement festzulegen sind, weshalb sie nach § 209 des Gemeindegesetzes auch genehmigungsbedürftig sind. Das gilt ebenso für spätere Tarifänderungen. Denn es ist ein allgemeines verfassungsrechtliches Prinzip, dass eine Rechtsnorm grundsätzlich nur im gleichen Verfahren abgeändert werden kann, in welchem sie ursprünglich erlassen worden ist (vgl. <ref-ruling> E. 6a S. 80 f. mit Hinweisen; Ivo Lorenzo Corvini, Kommunale Rechtsetzung, 1999, S. 154 f.; Flury, a.a.O., S. 376).
6.3 Die Beschwerdegegnerin weist aber darauf hin, dass die Tarif- und Preisgestaltung gemäss Statuten der Alleinkompetenz ihres Verwaltungsrates zugewiesen wurde. Durch die Genehmigung dieser Statuten habe der Regierungsrat darauf verzichtet, auch noch die einzelnen Tarifbeträge einem Genehmigungserfordernis zu unterwerfen. Zu genehmigen seien nur noch Änderungen der Grundzüge des Tarifreglements.
Die Argumentation der Beschwerdegegnerin greift zu kurz. Ziel des Genehmigungserfordernisses ist es namentlich, die Rechtmässigkeit und innere Widerspruchslosigkeit von Gemeindereglementen zu prüfen (vgl. Flury, a.a.O., S. 373 und 378). Sieht das Gesetz bei Rechtsetzungsakten der Gemeinden und der von ihnen gegründeten Zweckverbände eine umfassende Genehmigungspflicht vor, so besteht diese auch dann, wenn die entsprechenden Kompetenzen an eine Untereinheit - in casu an den Verwaltungsrat der Beschwerdegegnerin - delegiert werden. Andernfalls würde das Ziel der Aufsicht bzw. der Wille des Gesetzgebers zu einer effizienten Kontrolle unterlaufen. Der gegenteilige Schluss der Beschwerdegegnerin ist unhaltbar und damit willkürlich (vgl. allg. zum Willkürbegriff <ref-ruling> E. 3.1 S. 265 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 153 mit Hinweisen). Daran ändert nichts, dass der Regierungsrat die erwähnte Delegation genehmigt hatte. Dieser wäre ohnehin nicht befugt, die vom Gesetzgeber gewollte Rechtslage abzuändern. Es gilt somit das im Gesetz vorgesehene Genehmigungserfordernis.
Fehl geht auch die Ansicht der Beschwerdegegnerin, eine Genehmigung sei bezüglich der Tarife nur erforderlich, wenn "offensichtlich" gegen das Kostendeckungs- oder Äquivalenzprinzip verstossen werde. Es wäre sinnwidrig, einzig für die Fälle eine Pflicht zur Einholung der Genehmigung annehmen zu wollen, in denen von vornherein feststeht, dass diese nicht erteilt werden kann.
6.4 Es ist weiter zu untersuchen, ob der Regierungsrat die Tarifänderung entsprechend den Behauptungen der Beschwerdegegnerin am 30. Oktober 2006 genehmigt hat. Wohl werden in der Genehmigungsvorlage - dem Auszug aus dem Protokoll des Verwaltungsrates der SBO vom 23. Mai 2006 - die geänderten Tarife wiedergegeben. Die vorherigen Tarife sind dort hingegen nicht aufgeführt. Vielmehr wird in der synoptischen Darstellung der neue Tarif ("Konsumpreis") als der bisherige ausgegeben. Wie das Verwaltungsgericht richtig bemerkt, wurde die im vorliegenden Verfahren interessierende Tarifänderung damals somit nicht thematisiert, weder von der Beschwerdegegnerin noch vom Regierungsrat. In der Genehmigung vom 30. Oktober 2006 ging es um andere Punkte des Tarifreglements. Es fehlt jeglicher Hinweis, dass die kantonalen Stellen auf die streitige Tarifänderung aufmerksam gemacht wurden oder sich ihrer bewusst waren. Mithin hat der Regierungsrat die angefochtene Tariferhöhung weder ausdrücklich noch stillschweigend - sofern Letzteres überhaupt möglich ist (vgl. dazu Corvini, a.a.O., S. 157 mit Hinweisen) - genehmigt.
7. 7.1 Es bleibt zu klären, ob die Tariferhöhungen trotz fehlender Genehmigung gemäss den Ausführungen der Vorinstanz als gültig zu behandeln sind. Diese erklärt lapidar, die "Grundsätze über die Geltungsbedingungen von rechtsfehlerhaften Verfügungen" seien heranzuziehen. Demnach seien aus Gründen der Rechtssicherheit die Tarifänderung und die entsprechend höhere Gebührenrechnung weder nichtig noch ungültig.
7.2 Die Vorinstanz wendet verschiedene Rechtsgrundsätze nicht korrekt an. Es geht nicht um die Nichtigkeit der Gebührenrechnung (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.1 S. 27, 342 E. 2.1 S. 346; <ref-ruling> E. 2.1 S. 363 f., je mit Hinweisen), sondern um deren Anfechtbarkeit. Hat der Betroffene die Gebührenrechnung - wie hier - innert Frist angefochten, darf ihm nicht entgegengehalten werden, die erhöhte Forderung sowie die ihr zugrundeliegende Tarifänderung müssten aus Gründen der Rechtssicherheit als gültig behandelt werden. Jede Rechtsanwendungsbehörde ist zur Beachtung der Prinzipien der Bindung an das Gesetz und der Normenhierarchie verpflichtet (vgl. Urteil 1P.602/1999 vom 11. Juli 2000 E. 3 d/bb; Art. 88 Abs. 3 der Verfassung des Kantons Solothurn vom 8. Juni 1986 [SR 131.221]). Hinzu kommt, dass die Bemessungsgrundlagen für die Benützungsgebühren der öffentlichen Trinkwasserversorgung einer formellgesetzlichen Grundlage bedürfen (vgl. <ref-ruling> E. 3b und 4 S. 324 ff.). Deshalb verstösst es gegen das Willkürverbot und das Art. 127 Abs. 1 BV zugrundeliegende Legalitätsprinzip (dazu allg. <ref-ruling> E. 3.2 S. 739 mit Hinweisen), wenn vorliegend eine kommunale Norm zulasten eines Abgabepflichtigen angewendet wird, obwohl sie nach dem höherrangigen kantonalen Recht nicht rechtsgültig geworden ist (vgl. auch <ref-ruling> E. 6a S. 81). Keine Rolle spielt, dass allfällige Fristen zur selbständigen Anfechtung der Tarifänderung - als sog. abstrakte Normenkontrolle - verstrichen sein mögen; die vorfrageweise Überprüfung der streitigen kommunalen Regelung bleibt insoweit möglich (sog. konkrete, akzessorische oder inzidente Normenkontrolle). Demzufolge hätte die Vorinstanz der nicht genehmigten Tarifänderung die Anwendung versagen und die Beschwerde gegen die darauf beruhende höhere Tarifforderung gutheissen müssen.
8. Demnach erweist sich die Beschwerde als begründet; das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Beschwerdegegnerin anzuweisen, die vom Beschwerdeführer geschuldeten Wassergebühren für den Grund- und Mehrverbrauch in der hier streitigen Periode ohne die am 19. November 2004 beschlossene Tariferhöhung neu zu berechnen (vgl. Art. 107 Abs. 2 BGG).
Diesem Ausgang entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen, da es sich um ihr Vermögensinteresse handelt (Art. 65 und 66 Abs. 1 und 4 BGG). Ausserdem hat sie dem obsiegenden Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 BGG). Über die Kosten und Parteientschädigungen für das Verfahren bei der Vorinstanz wird diese neu zu befinden haben (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Solothurn vom 15. Dezember 2008 aufgehoben. Die Sache wird zur Neuberechnung der Wassergebühren (Grund- und Mehrverbrauch) im Sinne der Erwägungen an die Beschwerdegegnerin zurückgewiesen.
2. Das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn wird angewiesen, die Kosten und Parteientschädigungen für das kantonale Rechtsmittelverfahren neu festzusetzen.
3. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
4. Die Beschwerdegegnerin hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
5. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, der Schätzungskommission und dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. November 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Merz