Gutachtervertrag, hat sich ergeben:
A.- A._ (Kläger) und B._ liessen durch die X._ AG (Beklagte) im Rahmen eines zwischen ihnen geführten Erbteilungsprozesses eine Verkehrswertschätzung einer Liegenschaft in Z._ erstellen. Mit Gutachten vom 21. Juni 1994 schätzte die Beklagte den Verkehrswert der Liegenschaft auf Fr. 573'000.--. In der Folge stellten die mit der Erbteilung befassten Gerichtsinstanzen mit ausdrücklichem Einverständnis des Klägers auf diesen Wert ab und wiesen ihm die Liegenschaft unter Anrechnung eines Wertes von Fr. 573'000.-- zu Eigentum zu. Am 1. Juli 1999 verkaufte der Kläger die fragliche Liegenschaft für Fr. 440'000.--.
Bereits mit Schreiben vom 16. April 1999 hatte der Kläger der Beklagten vorgeworfen, ihre Verkehrswertschätzung sei wesentlich zu hoch ausgefallen und es sei ihm dadurch in der Erbteilung ein Schaden entstanden. Zur Begründung brachte er vor, die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau habe den Verkehrswert am 29. Oktober 1998 auf Fr. 361'000.-- und die Thurgauer Kantonalbank am 21. Mai 1999 auf Fr. 445'000.-- beziffert. Zudem habe ein weiteres Gutachten vom 22. Oktober 1999 einen Verkehrswert von Fr. 456'000.-- ergeben. Von diesem Gutachten ausgehend berechnete der Kläger einen Schaden von gesamthaft Fr. 32'483. 90, welcher ihm aufgrund der ungenauen Schätzung der Beklagten entstanden sei.
B.- Mit Klage vom 14. Dezember 1999 verlangte der Kläger von der Beklagten die Zahlung von Fr. 32'483. 90 nebst Zins. Das Bezirksgericht Münchwilen und das hierauf mit der Sache befasste Obergericht des Kantons Thurgau wiesen die Klage mit Urteilen vom 16. März 2000 bzw. 26. September 2000 ab.
C.-Der Kläger hat gegen das Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 26. September 2000 sowohl staatsrechtliche Beschwerde als auch eidgenössische Berufung erhoben.
Die staatsrechtliche Beschwerde wurde mit Urteil vom heutigen Tag abgewiesen, soweit darauf einzutreten war. In der Berufung beantragt der Kläger, das angefochtene Urteil sei aufzuheben und die Beklagte zur Zahlung von Fr. 32'483. 90 zu verurteilen. Eventualiter sei das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz qualifizierte den zwischen den Parteien geschlossenen Gutachtervertrag als Werkvertrag gemäss <ref-law>. Sie erwog, die Verkehrswertschätzung sei am 21. Juni 1994 erstellt und anschliessend den Parteien zugestellt worden. Der Kläger habe am 16. April 1999 erstmals die Mangelhaftigkeit des Gutachtens gerügt. Da die Mängelrüge im Lichte von <ref-law> i.V.m. <ref-law> zu spät erfolgt sei, seien die Ansprüche des Klägers verwirkt.
In einer Eventualbegründung kam die Vorinstanz sodann zum Schluss, dass die Klage auch bei Annahme eines Auftragsverhältnisses abzuweisen wäre, da der Beklagten keine Sorgfaltswidrigkeit vorzuwerfen sei. Der Kläger ficht sowohl die Haupt- als auch die Eventualbegründung als bundesrechtswidrig an.
2.- Zunächst stellt sich die Frage, nach welchen Regeln die Haftung der Beklagten zu beurteilen ist.
a) Während sich der Unternehmer durch den Werkvertrag zur Herstellung eines Werkes und der Besteller zur Leistung einer Vergütung verpflichtet (<ref-law>), hat der Beauftragte die ihm übertragenen Geschäfte vertragsgemäss zu besorgen (<ref-law>). Das Hauptabgrenzungskriterium zwischen Auftrag und Werkvertrag bildet der Arbeitserfolg, den der Unternehmer im Gegensatz zum Beauftragten schuldet (statt vieler Hofstetter, Der Auftrag und die Geschäftsführung ohne Auftrag, in: Schweizerisches Privatrecht, Bd.
VII/6, 2. Aufl. , S. 19; Gauch, Der Werkvertrag, 4. Aufl. , S. 7 f. Rz. 21 ff., je mit weiteren Hinweisen).
Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung können sowohl körperliche wie auch unkörperliche Arbeitsergebnisse Gegenstand eines Werkvertrages bilden (<ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 2e; <ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1a/aa S. 46).
Im vorliegenden Fall ist die Annahme eines Werkvertrages somit nicht bereits deshalb ausgeschlossen, weil es sich bei der vertraglich geschuldeten Verkehrswertschätzung um eine geistige Leistung handelt. Da das Gutachten überdies in schriftlicher Form vorliegt, kann offen bleiben, ob die Anwendbarkeit des Werkvertragsrechts voraussetzt, dass das unkörperliche Arbeitsergebnis eine gewisse Körperlichkeit erlangt (dazu Gauch, a.a.O., S. 14 Rz. 45 mit weiteren Hinweisen).
b) Im Schrifttum sind die Meinungen über die Einordnung des Gutachtervertrages geteilt. Ein beträchtlicher Teil der Lehre qualifiziert den Vertrag über die Erstellung eines Gutachtens grundsätzlich als Werkvertrag (Alfred Koller, Berner Kommentar, N. 233 zu <ref-law>; Bühler, Zürcher Kommentar, N. 175 zu Art. 363; Gauch, a.a.O., S. 99 f. Rz. 330 ff.; Zindel/Pulver, Basler Kommentar, N. 2 der Vorbemerkungen zu Art. 363-379 OR; Hürlimann, Der Architekt als Experte, in: Gauch/Tercier, Das Architektenrecht, S. 435 Rz. 1434; ZR 54 (1955) Nr. 183 S. 372). Andere Autoren unterstellen den Gutachtervertrag mit uneinheitlicher Begründung dem Auftragsrecht (Fellmann, Berner Kommentar, N. 330 zu <ref-law>; Kaiser, Die zivilrechtliche Haftung für Rat, Auskunft, Empfehlung und Gutachten, Diss. Bern 1987, S. 53; Corboz, SJK Nr. 458 S. 12; Gautschi, Berner Kommentar, N. 34a zu <ref-law>; vgl. auch Hofstetter, a.a.O., S. 22; Merz, in: ZBJV 127/1991 S. 253). Eine im Ergebnis vermittelnde Auffassung schliesslich erachtet die Anwendung der werkvertraglichen Gewährleistungsregeln trotz Vorliegens eines Werkvertrages als ausgeschlossen, wenn der Arbeitserfolg nicht objektiviert festgestellt werden kann (Werro, Le mandat et ses effets, S. 30/1 Rz. 87).
c) Gegenstand eines Gutachtervertrages können unterschiedlichste Fragestellungen sein. So kann sich ein Sachverständiger verpflichten, eine rein technische Frage zu beantworten oder zu einer Streitfrage auch nur seine subjektive Meinung zu äussern. Diese Vielfalt der möglichen Vertragsinhalte verlangt eine Differenzierung bei der rechtlichen Einordnung des Gutachtervertrages.
Namentlich technische Gutachten führen regelmässig zu einem Resultat, welches nach objektiven Kriterien überprüft und als richtig oder falsch qualifiziert werden kann.
Die Richtigkeit des Gutachtensergebnisses ist somit objektiv gewährleistungsfähig und kann als Erfolg versprochen werden.
In Bezug auf derartige Gutachten steht der Anwendbarkeit von Werkvertragsrecht grundsätzlich nichts entgegen.
Fehlen dagegen objektive Kriterien für die Beurteilung der Richtigkeit des Gutachtensergebnisses, kann diese weder vom Gutachter gewährleistet noch vom Auftraggeber überprüft werden. Die objektive Richtigkeit des Resultats kann diesfalls nicht als Werk versprochen werden (so mit Bezug auf das Rechtsgutachten etwa Hürlimann, Der Anwalt als Gutachter, in: Fellmann/Huguenin Jacobs/Poledna/Schwarz [Hrsg. ], Schweizerisches Anwaltsrecht, S. 398; Höchli, Das Anwaltshonorar, Diss. Zürich 1991, S. 13). Der Gutachter schuldet damit nicht einen Arbeitserfolg im Sinne der objektiven Richtigkeit des Resultats, sondern nur - aber immerhin - ein sorgfältiges Tätigwerden im Interesse des Vertragspartners und im Hinblick auf einen bestimmten Erfolg, dessen Eintritt jedoch nicht garantierbar ist. Der Vertrag erfüllt damit die Merkmale des Auftrages (vgl. statt vieler Weber, Basler Kommentar, N. 2 zu <ref-law> mit weiteren Hinweisen).
Es trifft zwar zu, dass die Vertragspflichten des Gutachters bei genügend weiter Definition des Begriffes des Arbeitserfolges auch als Werk qualifiziert werden könnten (vgl. Koller, Berner Kommentar, N. 68 zu <ref-law>). Die Anwendung der werkvertraglichen Gewährleistungsregeln mit den strengen Prüfungs- und Rügeobliegenheiten (Art. 367 ff.
OR) erscheint indessen nicht als sachgerecht, wenn das Ergebnis eines Gutachtens nicht objektiv gemessen und bewertet werden kann (Merz, a.a.O., S. 253; ähnlich Fellmann, Berner Kommentar, N. 329 zu <ref-law>). Ein Gutachtervertrag ist daher als Auftrag zu qualifizieren, wenn die Richtigkeit des Ergebnisses nicht objektiv garantiefähig ist. Inwiefern die Garantiefähigkeit des Arbeitserfolgs auch für die Qualifikation anderer als Gutachterverträge massgeblich sein könnte, braucht hier nicht geprüft zu werden.
d) Im vorliegenden Fall verpflichtete sich die Beklagte zur Erstellung einer Verkehrswertschätzung. Die Schätzung des Wertes einer Sache ist naturgemäss eine Ermessensfrage.
Das Resultat einer Verkehrswertschätzung kann deshalb nicht nach objektiven Kriterien als richtig oder falsch bewertet werden. Nach dem Gesagten untersteht ein derartiger Gutachtervertrag dem Auftragsrecht. Damit steht auch die bundesgerichtliche Rechtsprechung in Einklang, welche den Vertrag über die Schätzung eines Kunstgegenstandes (<ref-ruling>) sowie die Erstellung eines Kostenvoranschlages eines Architekten (<ref-ruling>; <ref-ruling>) nach den Regeln des Auftragsrechts beurteilt hat. Sind die Ansprüche des Klägers somit nach Auftragsrecht zu beurteilen, sind sie weder verjährt noch verwirkt (<ref-law>).
3.- Eine vertragliche Haftung der Beklagten ist zu bejahen, wenn sie bei der Erstellung des Gutachtens nicht mit der gehörigen Sorgfalt vorgegangen ist. Das Mass der Sorgfalt bestimmt sich dabei nach objektiven Kriterien. Erforderlich ist grundsätzlich die Sorgfalt, welche ein gewissenhafter Vertragspartner in der gleichen Lage bei der Erstellung einer Verkehrswertschätzung anzuwenden pflegt. Bestehen für eine Berufsart oder ein bestimmtes Gewerbe allgemein befolgte Verhaltensregeln und Usanzen, können sie bei der Bestimmung des Sorgfaltsmasses herangezogen werden (<ref-ruling> E. 3a S. 64 mit Hinweisen).
Das Obergericht erwog, die Beklagte habe sich bei der Erstellung des Verkehrswertgutachtens an Richtlinien der damaligen Schweizerischen Bankgesellschaft (SBG) vom 7. Juni 1993 gehalten. Dass oder weshalb diese Richtlinien im Zeitpunkt der Ausarbeitung des Gutachtens (Juni 1994) nicht dem neusten Stand der Wissenschaft entsprochen hätten, sei vom Kläger nicht behauptet worden, jedenfalls nicht genügend substanziiert. Das kantonale Prozessrecht lasse überdies eine "Suchexpertise" nicht zu. Deshalb sei von der Anordnung eines zusätzlichen Gutachtens abzusehen.
a) Der Kläger macht geltend, er habe unter Hinweis auf die Lageklassemethode von Nägeli bestritten, dass die Richtlinien der SBG dem neusten Stand der Wissenschaft entsprochen hätten. Soweit dieses Vorbringen sinngemäss als Versehensrüge zu verstehen sein sollte, kann darauf nicht eingetreten werden, denn der Kläger unterlässt die Angabe der Aktenstelle, mit welcher das angefochtene Urteil in Widerspruch stehen soll (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG). Im Übrigen geht aus dem angefochtenen Urteil hervor, dass sich die Vorinstanz mit dem Einwand des Klägers auseinander gesetzt hat, weshalb die Annahme eines Versehens ohnehin ausgeschlossen ist.
b) aa) Der Kläger stellt abgesehen von der erwähnten Versehensrüge nicht in Abrede, dass er sich im kantonalen Verfahren nicht mit der Frage auseinander gesetzt hat, ob die Richtlinien der SBG den neusten Stand der Wissenschaft wiedergaben. Vielmehr bestätigt er die vorinstanzliche Feststellung, indem er vorbringt, dass er dazu als Laie gar nicht in der Lage gewesen sei. Sodann macht er nicht geltend, die Vorinstanz habe die inhaltlichen Anforderungen an die Substanziierung bundesrechtlicher Ansprüche verkannt. Er vertritt aber die Auffassung, die Abweisung des Beweisantrages auf Erstellung eines Gutachtens durch das Obergericht verletze <ref-law>.
bb) Das Bundesgericht leitet aus <ref-law> als Korrelat zur Beweislast insbesondere das Recht der beweisbelasteten Partei ab, zum ihr obliegenden Beweis zugelassen zu werden. Dies gilt jedoch nur, soweit entsprechende Anträge im kantonalen Verfahren form- und fristgerecht gestellt worden sind (<ref-ruling> E. 4a S. 317 mit Hinweisen). Ob Letzteres der Fall war, bestimmt sich nach kantonalem Prozessrecht.
Zur Verhinderung von unzulässigen Ausforschungsbeweisen kann dieses vorschreiben, dass die Tatsachen, welche durch eine beantragte Beweismassnahme bewiesen werden sollen, genannt werden. Es verstösst entgegen der Auffassung, welche der Kläger zu vertreten scheint, namentlich nicht gegen Bundesrecht, wenn eine Ergänzung der Substanziierung aufgrund des Beweisverfahrens nicht mehr zugelassen wird (<ref-ruling> E. 3 S. 341/2; Brönnimann, Die Behauptungslast, in: Leuenberger [Hrsg. ], Der Beweis im Zivilprozess, S. 64/5). Wenn die Vorinstanz den Beweisantrag des Klägers auf Anordnung einer Expertise mit der Begründung ablehnte, eine "Suchexpertise" sei unzulässig, wendete sie nach dem Gesagten kantonales Recht an. Dessen Verletzung kann im Berufungsverfahren nicht überprüft werden (Art. 43 Abs. 1 und 55 Abs. 1 lit. c OG). Auf die Rüge des Klägers, welche sich auf die Abweisung des Beweisantrages auf Anordnung einer Expertise bezieht, ist daher nicht einzutreten.
Unzulässig ist im Übrigen auch das Vorbringen, die Ablehnung des Beweisantrages stelle eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs dar (Art. 43 Abs. 1 Satz 2 OG).
c) Das Bundesgericht ist somit an die Feststellung im angefochtenen Urteil gebunden, wonach der Kläger nicht behauptet habe, dass die Richtlinien der SBG im Zeitpunkt der Erstellung des Gutachtens nicht dem neusten Stand der Wissenschaft entsprochen hätten (Art. 63 Abs. 2 OG); ob die Vorinstanz die prozessrechtlichen Erklärungen des Klägers zutreffend ausgelegt hat, ist eine Frage des kantonalen Rechts, dessen Verletzung nicht mit der Berufung gerügt werden kann (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 3a S. 201 mit Hinweis). Demnach ist jedenfalls für das vorliegende Verfahren davon auszugehen, dass die erwähnten Richtlinien dem damaligen Stand der Schätzungspraxis entsprachen und als allgemein befolgte Verhaltensregeln den von Liegenschaftsschätzern zu beachtenden Sorgfaltsmassstab wiedergaben (vgl. oben E. 3a). Eine Sorgfaltswidrigkeit der Beklagten ist somit zu verneinen, sofern sie sich an die genannten Richtlinien gehalten hat.
4.-Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass die Beklagte die Richtlinien der SBG befolgt habe. Nach Auffassung des Klägers verstösst diese Beurteilung in verschiedener Hinsicht gegen <ref-law>.
a) Der Kläger macht geltend, die Vorinstanz habe festgehalten, der Einwand, wonach die Beklagte ihrem Gutachten einen zu hohen Quadratmeterpreis zugrunde gelegt habe, sei beweislos geblieben. Die Vorinstanz habe <ref-law> dadurch verletzt, dass sie den Antrag auf Einholung einer Expertise zum massgebenden Quadratmeterpreis abgelehnt habe.
aa) Die Vorinstanz ging davon aus, dass die Beklagte ortskundig und geübt gewesen sei, Verkehrswertschätzungen durchzuführen; es könne ihr daher die Vergleichsmöglichkeit mit anderen Objekten zugestanden werden. Soweit sich der Kläger gegen diese tatsächlichen Feststellungen wendet, kann auf seine Vorbringen nicht eingetreten werden, zumal eine Kritik an der Beweiswürdigung des Sachgerichtes von der Berufung ausgeschlossen ist (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 6a S. 81; <ref-ruling> E. 2b S. 12; <ref-ruling> E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3 S. 85; <ref-ruling> E. 2a S. 485/6 mit Hinweisen).
bb) Aus dem Gesamtzusammenhang erhellt, dass das Obergericht mit der Formulierung, der Kläger sei den Nachweis schuldig geblieben, dass der von der Beklagten angenommene Quadratmeterpreis zu hoch gewesen sei, nicht ausdrücken wollte, die Höhe des Quadratmeterpreises sei beweislos geblieben.
Aus den vorinstanzlichen Erwägungen geht vielmehr hervor, dass es den im Gutachten verwendeten Quadratmeterpreis aufgrund der Orts- und Fachkenntnissen der Beklagten als vertretbar erachtete. Zudem brachte die Vorinstanz zum Ausdruck, dass an ihrer Überzeugung auch weitere Expertisen nichts zu ändern vermöchten, da sich der Quadratmeterpreis aus der Retrospektive stets anders berechne. Damit beruht ihre Argumentation nicht auf der Annahme von Beweislosigkeit, sondern auf antizipierter Beweiswürdigung. Diese wird durch <ref-law> nicht ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 4a S. 317 mit Hinweisen). Die Rüge des Klägers erweist sich daher als unbegründet.
b) Der Kläger wirft der Vorinstanz weitere Verletzungen von <ref-law> vor. Soweit er dabei aus seinen Rechtsschriften im kantonalen Verfahren zitiert, ohne sich mit der Argumentation der Vorinstanz auseinander zu setzen, ist auf seine Vorbringen von vornherein nicht einzutreten, denn es ist unerlässlich, dass die Berufung auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingeht (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 3 S. 748/9 mit Hinweisen). Im Übrigen verkennt der Kläger, dass <ref-law> weder eine Handhabe für eine Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung bietet noch dem Sachgericht vorschreibt, mit welchen Mitteln der Sachverhalt abzuklären ist; <ref-law> kann zudem nicht verletzt sein, wenn kein offenes Beweisergebnis vorliegt (<ref-ruling> E. 3c S. 223; <ref-ruling> E. 4c S. 117; <ref-ruling> E. 3a S. 147, je mit Hinweisen). Aus diesem Grund kann die in Würdigung sämtlicher Umstände von der Vorinstanz getroffene Feststellung, die Beklagte habe die Richtlinien der SBG eingehalten, nicht unter Berufung auf <ref-law> angefochten werden. Nachdem diese Richtlinien im vorliegenden Verfahren als Ausdruck des von Liegenschaftsschätzern zu beachtenden Sorgfaltsstandards gelten dürfen, ist eine Sorgfaltspflichtverletzung der Beklagten zu verneinen.
5.- Damit erweisen sich die vom Kläger vorgebrachten Rügen als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Die Berufung ist deshalb abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Kläger kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist und das Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 26. September 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Kläger auferlegt.
3.- Der Kläger hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 11. Mai 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: