Sachverhalt:
A.
Die Y._ AG ist Eigentümerin des ehemaligen Lagerhauses an der Bürenstrasse 1 in Lyss. Im Januar 2009 reichte die X._ AG ein Baugesuch für die Umnutzung dieses Gebäudes in Büroräume ein. Nachdem die Baubewilligungsbehörde die Parkplatzsituation beanstandet hatte, zog die X._ AG das Gesuch zurück und stellte sich auf den Standpunkt, die Umnutzung benötige keine Bewilligung bzw. sei bereits früher bewilligt worden. Auf Ersuchen der Einwohnergemeinde Lyss verfügte das Regierungsstatthalteramt Seeland am 17. Mai 2011, dass die Umnutzung bewilligungspflichtig sei. Diese Verfügung wurde von der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) am 11. November 2011 bestätigt.
Am 28. Dezember 2012 erliess die Einwohnergemeinde Lyss eine Wiederherstellungsverfügung mit - soweit relevant - folgendem Inhalt:
"1. [Zweckentfremdungsverbot für die oberen Stockwerke]
2. [Zweckentfremdungsverbot für die unteren Stockwerke]
3. Der Vorplatz im Süden des Gebäudes Bürenstrasse 1 darf innert zweier Monate ab Eröffnung der vorliegenden Verfügung, das heisst ab 01. März 2013, nicht mehr für Zwecke der Zu- und Wegfahrt sowie der Parkierung genutzt werden (Zweckentfremdungs- und Benützungsverbot: Abstellen von Fahrzeugen verboten). Wird der Vorplatz nach Ablauf dieser Frist weiterhin als Zu- und Wegfahrt benutzt, wird die Baupolizeibehörde das Zweckentfremdungs- und Benützungsverbot durch das Anbringen eine[s] Stellstreifens, Natursteinquadern oder ähnlichem sowie einer entsprechenden Markierung auf Kosten der Verfügungsadressatin 1 (Grundeigentümerin) ersatzvornahmeweise durchsetzen.
4. Der Vorplatz im Norden des Gebäudes Bürenstrasse 1 darf innert zweier Monate ab Eröffnung der vorliegenden Verfügung nur zur Parkierung von Fahrzeugen benützt werden, die der bewilligten Nutzungen im Hauptgebäude oder der Nutzung durch die Verfügungsadressatin 3 dienen (Zweckentfremdungsverbot: Verbot der Fremdparkierung).
5. [Strafandrohung].
6. Die Benützungsverbote nach Ziffer 1 und 3 sowie die Zweckentfremdungsverbote nach Ziffern 1 bis 4 hiervor sind durch die Baupolizeibehörde im Grundbuch anzumerken (Art. 29 BauG).
7. Einer allfälligen Beschwerde gegen Ziffer 3 der vorliegenden Verfügung und der Anordnung die Zweckentfremdung im Grundbuch anzumerken (Ziffer 6 der Verfügung) wird die aufschiebende Wirkung entzogen.
8. [Hinweis auf nachträgliches Baugesuch]
9. -11. [Kosten, Rechtsmittelbelehrung und Mitteilung]"
Gegen die Verfügung erhoben die X._ AG und die Y._ AG Beschwerde an die BVE. Dabei stellten sie das Gesuch, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen, soweit diese entzogen worden sei. Mit Verfügung vom 1. März 2013 wies die BVE das Gesuch ab. Eine von der X._ AG und der Y._ AG dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Urteil vom 1. Oktober 2013 ab, soweit es darauf eintrat.
B.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 4. November 2013 beantragen die X._ AG und die Y._ AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben.
Die BVE hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Verwaltungsgericht und die Einwohnergemeinde Lyss beantragen in ihrer jeweiligen Stellungnahme die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Beschwerdeführerinnen halten in ihrer Stellungnahme dazu an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.
Mit Präsidialverfügung vom 2. Dezember 2013 hat das Bundesgericht das Gesuch der Beschwerdeführerinnen um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
1.1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts betrifft eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Es handelt sich um einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>. Danach ist die Beschwerde nur zulässig, wenn der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Das Verbot der Zu- und Wegfahrt sowie der Parkierung auf dem südlichen Vorplatz kann für die Beschwerdeführerinnen einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken. Die Voraussetzung von <ref-law> ist somit erfüllt.
Da die Streitsache eine vorsorgliche Massnahme betrifft, können die Beschwerdeführerinnen nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte rügen. Nach <ref-law> prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.6 S. 130; <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; je mit Hinweisen).
1.2. Das Verwaltungsgericht ist auf das Rechtsmittel der Beschwerdeführerinnen insofern nicht eingetreten, als sich diese gegen den sofortigen Eintrag der Zweckentfremdungs- und Benützungsverbote im Grundbuch wehrten (Ziff. 6 der Verfügung). Es ging davon aus, dass ein derartiger Eintrag keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirkt. Auch insoweit ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzutreten. Zu prüfen ist in dieser Hinsicht jedoch einzig, ob das Verwaltungsgericht zu Recht einen Nichteintretensentscheid fällte (<ref-ruling> E. 1.2 S. 41).
1.3. Die Beschwerdeführerinnen verweisen pauschal auf ihre Ausführungen in den vorinstanzlichen Verfahren und werfen dem Verwaltungsgericht vor, darauf nicht hinreichend eingegangen und insbesondere vorgebrachte Sachverhaltselemente nicht berücksichtigt zu haben. Mangels hinreichender Begründung ist auf diese Rüge nicht einzutreten (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 306 mit Hinweisen).
Ebenfalls nicht einzutreten ist auf die Beschwerde insofern, als die Beschwerdeführerinnen die Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts zwar hinreichend konkret kritisieren, jedoch nicht ersichtlich wird, weshalb ein allfälliger Mangel für den Verfahrensausgang entscheidend sein könnte (<ref-law>). Dies betrifft insbesondere die Fragen, in welchem Jahr die Baubewilligung für die Erstellung des Gebäudes erging, ob es während einer gewissen Zeit leer stand oder nicht, seit wann der Vorplatz als Parkfläche genutzt wird und ob das Trottoir abgesenkt ist. Die Beschwerdeführerinnen behaupten zwar, angesichts all dieser falschen Feststellungen habe die Vorinstanz nur einen rechtswidrigen Entscheid fällen können, zeigen aber nicht auf, wie sie zu dieser Annahme kommen (<ref-law>).
2.
Die Beschwerdeführerinnen kritisieren, das Verwaltungsgericht sei zu Unrecht davon ausgegangen, der Eintrag der Zweckentfremdungs- und Benützungsverbote im Grundbuch habe keinen nicht wieder gutzumachenden Nachteil zur Folge. Sie weisen auf die Wirkung des Eintrags in der Öffentlichkeit und auf die Möglichkeit hin, dass Dritte ihre Geschäftsbeziehungen zu ihnen einschränken oder abbrechen könnten. Diese Kritik vermag nicht zu überzeugen. Der Eintrag auferlegt den Beschwerdeführerinnen keine zusätzlichen Pflichten, sondern hat eine Publizitätsfunktion. Zudem haftet einem Eintrag eines Zweckentfremdungs- und Benützungsverbots in Bezug auf einen Vor- bzw. Parkplatz grundsätzlich nichts Rufschädigendes an. Es sind auch keine Anhaltspunkte ersichtlich, weshalb dies unter den gegebenen Umständen ausnahmsweise anders sein sollte. Das Verwaltungsgericht hat deshalb kein Bundesrecht verletzt, indem es auf die Beschwerde insoweit nicht eingetreten ist (<ref-law> i.V.m <ref-law>).
3.
3.1. Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, die fraglichen Parkplätze seien rechtskräftig bewilligt worden. Es gebe somit keinen rechtswidrigen Zustand, den es zu beseitigen gelte. Im Übrigen werde die Nutzung des Vorplatzes als Parkplatz auch im Rahmen der aktuellen kantonalen Verkehrsplanung vorgesehen. Selbst wenn eine Sicherheitsgefährdung zu bejahen wäre, was nicht der Fall sei, sei das Verbot unverhältnismässig, da für sperrige oder schwere Waren kein Zugang zum Lift bestehe. Dieser befinde sich mitten im Gebäude, beim südlichen Eingang. Die übrigen Zugänge in den anderen Stockwerken seien privat und in den entsprechenden Mieträumlichkeiten.
3.2. Das Verwaltungsgericht legt im angefochtenen Entscheid dar, eine Wiederherstellungsanordnung nach Art. 46 Abs. 2 des kantonalen Baugesetzes vom 9. Juni 1985 (BauG; BSG 721.0) könne gemäss Art. 68 Abs. 2 des kantonalen Gesetzes vom 23. Mai 1989 über die Verwaltungsrechtspflege (VRPG; BSG 155.21) als sofort vollstreckbar erklärt und einer allfälligen Beschwerde die aufschiebende Wirkung entzogen werden, wenn wichtige Gründe vorlägen. Ein derartiger wichtiger Grund stelle die Sicherheit oder Gesundheit von Menschen dar. Diese werde durch die Nutzung des südlichen Vorplatzes als Parkplatz gefährdet. Im Rahmen des von den Beschwerdeführerinnen erwähnten hängigen Strassenplanverfahrens solle deshalb die Bürenstrasse entlang des Grundstücks umgestaltet werden. Aufgrund von Zweifeln an der Verkehrssicherheit der südlichen Ein- und Ausfahrt habe das Verwaltungsgericht in jenem Verfahren die Sache im Übrigen mit Entscheid vom 13. Dezember 2011 zur Neubeurteilung an die BVE zurückgewiesen. Die Gefährdung der Sicherheit von Personen ergebe sich aus der Verkehrssituation. Aufgrund der Kurve und des Gebäudes sei die Sicht auf die Bürenstrasse in nördlicher Richtung stark eingeschränkt. Das Terrain falle von Norden her ab, sodass insbesondere Radfahrer Richtung Unterführung mit höherer Geschwindigkeit unterwegs seien. Sie würden durch Fahrzeuge, die aus dem südlichen Vorplatz ausfahren, gefährdet. Aus den in den Akten befindlichen Fotos sei ersichtlich, dass es in der gegenwärtigen Situation nicht möglich sei, die Strasse in beiden Richtungen vorwärts zu befahren, ohne die Strasse oder den Gehweg für Wendemanöver zu benutzen. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerinnen sei im erwähnten Entscheid vom 13. Dezember 2011 auch nicht entschieden worden, dass der südliche Vorplatz als Parkplatz genutzt werden dürfe. Schliesslich sei es den Beschwerdeführerinnen zumutbar, auf die Nutzung des südlichen Vorplatzes während der Dauer des Beschwerdeverfahrens zu verzichten, zumal für unaufschiebbare Lieferungen von sperrigen oder schweren Waren ein - wenn auch erschwerter - Zugang zum Lift vorm nördlichen Vorplatz her bestehe.
3.3. Aus den in den Akten befindlichen Plänen und Fotos geht hervor, dass unter den bestehenden Umständen die Verkehrssicherheit im Bereich des südlichen Vorplatzes unzureichend gewährleistet ist. Der Manövrierraum für Fahrzeuge ist gering und die Feststellung der Vorinstanz, es sei nicht möglich, die Strasse in beiden Richtungen vorwärts zu befahren, ohne die Strasse oder den Gehweg für Wendemanöver zu benutzen, ohne Weiteres nachvollziehbar. Aufgrund der eingeschränkten Sicht kann sich insbesondere für abwärts am Vorplatz vorbeifahrende Velofahrer eine erhebliche Gefährdung ergeben. Es ist deshalb keineswegs willkürlich, wenn die Vorinstanz von einem wichtigen Grund im Sinne von Art. 68 Abs. 2 VRPG ausging. Das öffentliche Interesse daran, die Gefahr zu beheben, ist gewichtig. Auch wenn durch die vorsorgliche Massnahme der Transport sperriger Gegenstände zum Lift im Innern des Gebäudes erschwert wird und derartige Gegenstände entweder um das Gebäude herum oder innen durch vermietete Räume hindurch geführt werden müssen, erscheint dies den Beschwerdeführerinnen während des beschränkten Zeitraums des Beschwerdeverfahrens als zumutbar. Eine willkürliche Auslegung der dem angefochtenen Entscheid zugrunde liegenden Bestimmungen über die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands (Art. 46 Abs. 2 BauG) und den Entzug der aufschiebenden Wirkung (Art. 68 Abs. 2 VRPG) ist deshalb zu verneinen.
An diesem Ergebnis ändert das erwähnte Strassenplanverfahren nichts. Zum einen ist dieses noch nicht abgeschlossen, zum andern können die Beschwerdeführerinnen daraus auch deshalb nichts für sich ableiten, weil in jenem Verfahren durch eine bauliche Umgestaltung der örtlichen Verkehrssituation die gefahrlose Nutzung des strittigen Vorplatzes überhaupt erst ermöglicht werden soll. Mithin lässt sich daraus nicht ableiten, dass unter den gegenwärtigen Umständen ein vorsorgliches Benutzungsverbot unzulässig wäre.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten den unterliegenden Beschwerdeführerinnen aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3.
Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, der Einwohnergemeinde Lyss, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Januar 2014
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Dold