A.- L._ war seit dem 1. Januar 1991 bei der X._ als Einkäufer tätig. Am 30. Juni 1997 kündigte die Arbeitgeberin die Anstellung auf den 31. Dezember 1997. Auf Grund einer krankheitsbedingten Arbeitsunfähigkeit während der Kündigungsfrist wurde diese auf den 31. Januar 1998 verlängert. Im Rahmen eines Sozialplanes richtete die Arbeitgeberin L._ eine Austrittsabfindung von Fr. 26'471. - aus.
Ab dem 1. Februar 1998 beanspruchte L._ Arbeitslosenentschädigung. Mit Verfügung vom 16. Februar 1998 verneinte die Öffentliche Arbeitslosenkasse Basel- Stadt die Anspruchsberechtigung bis zum 24. Mai 1998 mit der Begründung, die Austrittsentschädigung sei als Lohn zu qualifizieren und decke den Lohnausfall bis zum 24. Mai 1998. Am 15. Mai 1998 erliess das damalige Bundesamt für Wirtschaft und Arbeit (heute: Staatssekretariat für Wirtschaft [seco]) eine Weisung, wonach freiwillige Abgangsentschädigungen, welche in- oder ausserhalb eines Sozialplanes ausgerichtet werden, seitens der Arbeitslosenversicherung - unabhängig von der AHV-rechtlichen Qualifizierung - unberücksichtigt bleiben. Diese Weisung erfasste rückwirkend alle seit dem 18. März 1998 erlassenen Verfügungen. Mit Schreiben vom 1. Juli 1998 erklärte die Arbeitslosenkasse dem Versicherten auf dessen Begehren, diese Praxisänderung sei einzig auf Verfügungen anwendbar, die seit dem 18. März 1998 erlassen worden seien. Da die ihn betreffende Verfügung am 16. Februar 1998 erlassen worden und in Rechtskraft erwachsen sei, könne eine Wiedererwägung nicht in Betracht gezogen werden. Hingegen stehe der Weg der Beschwerde an die kantonale Schiedskommission offen.
B.- Dagegen liess L._ am 3. August 1998 bei der Schiedskommission für Arbeitslosenversicherung Basel-Stadt Beschwerde erheben. Er machte im Wesentlichen geltend, die eingeführte Praxisänderung sei nicht nur auf Verfügungen ab dem 18. März 1998, sondern auch auf solche früheren Datums anwendbar, weshalb die Arbeitslosenkasse zu verpflichten sei, ihre Verfügung vom 16. Februar 1998 in Wiedererwägung zu ziehen. Die Kantonale Schiedskommission für Arbeitslosenversicherung Basel-Stadt wies die Beschwerde mit Entscheid vom 6. Mai 1999 ab.
C.-MitVerwaltungsgerichtsbeschwerdelässtL. _dieAnpassungderVerfügungvom 16. Februar 1998 an die neue Verwaltungspraxis sowie die Ausrichtung von Taggeldern vom 1. Februar bis 24. Mai 1998 beantragen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Arbeitslosenkasse schliesst auf Nichteintreten auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das Staatssekretariat für Wirtschaft (seco) auf eine Stellungnahme verzichtet.
D.- Die Instruktionsrichterin holte eine Auskunft des seco vom 4. September 2000 ein, zu welcher die Parteien sich äussern konnten.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Gemäss Art. 128 OG beurteilt das Eidgenössische Versicherungsgericht letztinstanzlich Verwaltungsgerichtsbeschwerden gegen Verfügungen im Sinne von Art. 97, 98 lit. b-h und 98a OG auf dem Gebiet der Sozialversicherung. Hinsichtlich des Begriffs der mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbaren Verfügungen verweist Art. 97 OG auf <ref-law>. Nach <ref-law> gelten als Verfügungen Anordnungen der Behörden im Einzelfall, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen (oder richtigerweise hätten stützen sollen; <ref-ruling> Erw. 2a) und zum Gegenstand haben: Begründung, Änderung oder Aufhebung von Rechten oder Pflichten, Feststellung des Bestehens, Nichtbestehens oder Umfanges von Rechten oder Pflichten, Abweisung von Begehren auf Begründung, Änderung, Aufhebung oder Feststellung von Rechten oder Pflichten, oder Nichteintreten auf solche Begehren (<ref-ruling> Erw. 1, 123 V 296 Erw. 3a, je mit Hinweisen).
Ob es sich beim Schreiben der Arbeitslosenkasse vom 1. Juli 1998 um eine anfechtbare Verfügung handelt, ist von Amtes wegen zu prüfen (RKUV 1991 Nr. U 124 S. 157 Erw. 1, siehe auch <ref-ruling> f. Erw. 2b, 112 V 109 Erw. 1).
b) Mit diesem Schreiben hat die Kasse dem Beschwerdeführer auf dessen Wunsch hin schriftlich erklärt, eine Nachzahlung von Taggeldern in der Höhe der Abgangsentschädigung komme nicht in Frage, weil die entsprechende Weisung vom 15. Mai 1998 einzig auf Verfügungen Anwendung finde, die nach dem 18. März 1998 erlassen worden seien. Eine Wiedererwägung könne daher nicht in Betracht gezogen werden. Es bestehe aber die Möglichkeit, bei der kantonalen Schiedskommission für Arbeitslosenversicherung Beschwerde wegen Willkür (Ungleichbehandlung der versicherten Personen) zu führen. Eine Beschwerdefrist wurde nicht angegeben.
Dieses Schreiben stellt eine Verfügung dar, und zwar eine Ablehnung des als Wiedererwägungsgesuch interpretierten Begehrens des Beschwerdeführers, auf die rechtskräftige Verfügung vom 16. Februar 1998 zurückzukommen.
2.- Rechtskräftige Verfügungen können unter bestimmten Voraussetzungen abgeändert werden. In Frage kommen die Wiedererwägung wegen anfänglicher rechtlicher Unrichtigkeit, die sogenannte prozessuale Revision wegen anfänglicher tatsächlicher Unrichtigkeit sowie - bei Dauerverfügungen - die Anpassung an tatsächlich oder rechtlich veränderte Verhältnisse (<ref-ruling> Erw. 4a; Ulrich Meyer, Die Abänderung formell rechtskräftiger Verwaltungsverfügungen in der Sozialversicherung, in: ZBl 95 [1994], S. 348 ff.; Ueli Kieser, Die Abänderung der formell rechtskräftigen Verfügung nach der Rechtsprechung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts, Bemerkung zu Revision, Wiedererwägung und Anpassung, SZS 35 [1991] 132 ff.; Rudolf Rüedi, Allgemeine Rechtsgrundsätze des Sozialversicherungsprozesses, in: Walter R. Schluep [Hrsg. ], Recht, Staat und Politik am Ende des zweiten Jahrtausends, Festschrift zum 60. Geburtstag von Bundesrat Arnold Koller, in: St. Galler Studien zum Privat- Handels- und Wirtschaftsrecht 34/1993, S. 471 ff.; Alexandra Rumo-Jungo, Die Instrumente zur Korrektur der Sozialversicherungsverfügung, in: Verfahrensfragen in der Sozialversicherung, St. Gallen 1996, S. 263 ff.).
3.- a) Der Beschwerdeführer verlangt die Anwendung der am 15. Mai 1998 erlassenen Weisung des damaligen Bundesamtes für Wirtschaft und Arbeit auf die rechtskräftige Verfügung vom 16. Februar 1998. Streitig und zu prüfen ist daher, ob eine geänderte Rechtslage vorliegt, welche die Anpassung der Dauerverfügung rechtfertigt. Nicht zur Diskussion stehen hingegen die Anpassung der rechtskräftigen Verfügung an geänderte tatsächliche Verhältnisse oder die prozessuale Revision wegen anfänglicher tatsächlicher Unrichtigkeit. Entgegen der Annahme von Vorinstanz und Verwaltung ist ein Zurückkommen auf die rechtskräftige Verfügung vom 16. Februar 1998 auch nicht unter dem Titel der Wiedererwägung zu prüfen, stützte sich doch diese Verfügung auf die damals geltende Verwaltungspraxis sowie auf die Rechtsprechung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts (nicht veröffentlichtes Urteil B. vom 5. September 1996, C 267/95), so dass von anfänglicher zweifelloser Unrichtigkeit (<ref-ruling> Erw. 3a, 173 Erw. 4a, 271 Erw. 2, 368 Erw. 3, 121 V 4 Erw. 6, je mit Hinweisen) nicht die Rede sein kann.
b) Bei Änderung des objektiven Rechts kann die Verwaltung unter Umständen auf eine rechtskräftige und fehlerfreie Verfügung über ein Dauerrechtsverhältnis zurückkommen. Eine Änderung objektiven Rechts liegt vor, wenn der Gesetzgeber eine neue für den fraglichen Anspruch erhebliche Norm eingeführt hat. Diesfalls ist - unter Vorbehalt wohlerworbener Rechte - eine Anpassung der Verfügung nicht nur erlaubt, sondern gefordert. Besteht hingegen die Änderung des massgebenden Rechts lediglich in einer neuen gerichtlich bestätigten Verwaltungspraxis oder einer neuen Rechtsprechung, so darf die Verfügung über das Dauerrechtsverhältnis grundsätzlich nicht angetastet werden (<ref-ruling> f. Erw. 4a, 120 V 131 Erw. 3b; Meyer, a.a.O., S. 350; Kieser, a.a.O., S. 147 f.; Rumo-Jungo, a.a.O. S. 279 f.). Ausnahmsweise kann aber eine geänderte Verwaltungspraxis zur Abänderung einer rechtskräftigen Verfügung führen, wenn die neue Praxis eine derart grosse allgemeine Verbreitung erhält, dass deren Nichtbefolgung als Verstoss gegen das Gleichheitsgebot erschiene, insbesondere wenn die auf die alte Praxis gestützten Verfügungen nur mehr für einzelne wenige Versicherte gelten (<ref-ruling> Erw. 4a, 120 V 132 Erw. 3c; Meyer, a.a.O. S. 350; Kieser, a.a.O. S. 147 f.). Unter dieser Voraussetzung liegt im Ergebnis die gleiche Situation vor wie im Falle einer nachträglichen Änderung des objektiven Rechts, so dass eine Praxisänderung Anlass zur Umgestaltung eines Dauerrechtsverhältnisses geben kann (<ref-ruling> Erw. 4a; Meyer, a.a.O. S. 350). Diese restriktive Regelung gilt jedenfalls dann, wenn sich die neue Praxis zu Lasten der versicherten Person auswirken würde. Ist hingegen die neue Rechtspraxis günstiger als die alte, soll sie (mit Wirkung ex nunc et pro futuro) ohne weiteres auch auf Verfügungen angewendet werden, die unter der alten Praxis ergangen sind (<ref-ruling> Erw. 3c, mit Hinweis auf Blaise Knapp, Précis de droit administratif, 4e édition, S. 282, N 1346; zustimmend Rumo-Jungo, a.a.O., S. 280). In diesem Sinne hat das Eidgenössische Versicherungsgericht z. B. seine geänderte Rechtsprechung in Bezug auf die Leistungskürzungen bei Grobfahrlässigkeit (<ref-ruling> ff.) ab ihrer Einführung, d.h. ab dem Urteilsdatum vom 25. August 1993, auch auf bereits rechtskräftig beurteilte Verfügungen angewendet (<ref-ruling> Erw. 4d).
4.- Das damalige Bundesamt für Wirtschaft und Arbeit (BWA; ab 1. Juli 1999: Staatssekretariat für Wirtschaft [seco]) hatte gestützt auf die Rechtsprechung (nicht veröffentlichtes Urteil B. vom 5. September 1996) in einem Kreisschreiben vom 18. März 1998 festgehalten, freiwillige Abgangsentschädigungen seien in Übereinstimmung mit der AHV-rechtlichen Qualifikation als Lohn zu betrachten, mit der Folge, dass gegebenenfalls während einer diesem Lohn entsprechenden Zeitspanne kein Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung bestand. Dieses Kreisschreiben wurde nach Gesprächen mit den Sozialpartnern mit Weisung vom 15. Mai 1998 rückwirkend aufgehoben. Das hatte zur Folge, dass die seither gestützt auf das Kreisschreiben erlassenen Verfügungen aufzuheben und die Fälle im Lichte der neuen Praxis (gemäss Weisung vom 15. Mai 1998) zu beurteilen waren. Betroffen waren somit sämtliche am 18. März 1998 oder später hängigen Fälle, unabhängig davon, wann sich der ihnen zu Grunde liegende Sachverhalt ereignet hatte (<ref-ruling> Erw. 3a in initio). Die neue Verwaltungspraxis wurde mithin auf den 18. März 1998 eingeführt.
Nach dem in Erw. 3b Gesagten und im Sinne von <ref-ruling> Erw. 4d ist diese neue Praxis ab ihrer Einführung auch auf sämtliche rechtskräftig (und a fortiori noch gerade nicht rechtskräftig) entschiedenen Fälle anwendbar. Vor dem 18. März 1998 erlassene (rechtskräftige) Dauerverfügungen sind daher grundsätzlich ab diesem Zeitpunkt an die günstigere Rechtspraxis anzupassen.
5.- Voraussetzung für die Anwendung der neuen Rechtspraxis ist aber, dass sie gesetz- und verfassungsmässig ist.
a) Nach der Rechtsprechung ist bei der Beurteilung der Anspruchsberechtigung im Sinne von <ref-law> auf die AHV-Gesetzgebung (<ref-law> in Verbindung mit Art. 6 Abs. 2 und Art. 7 AHVV) abzustellen. Daraus ergibt sich, dass auf dem massgebenden Lohn Beiträge zu entrichten sind und im Gegenzug die diesem Lohnwert entsprechende Ausfallzeit nicht zu entschädigen ist (Erw. 2a des erwähnten nicht veröffentlichten Urteils B. vom 5. September 1996). Abgangsentschädigungen und freiwillige Vorsorgeleistungen gehören zum massgebenden Lohn, soweit ihnen nicht Sozialleistungs- oder Vorsorgecharakter zukommt (Erw. 2b des genannten Urteils B.). Die Weisung vom 15. Mai 1998 ist somit gesetzwidrig.
b) Die dem Beschwerdeführer ausgerichtete Zahlung von Fr. 26'471. - stellt eine Entschädigung für die Auflösung des Arbeitsverhältnisses und das damit verbundene Risiko eines Lohnausfalles wegen Arbeitslosigkeit dar. Vorsorgecharakter kommt dieser Leistung nicht zu, ist sie doch nicht zur Deckung der Risiken Alter, Invalidität oder Tod bestimmt. Gestützt auf das erwähnte Urteil B. ist folglich die diesem Lohn entsprechende Ausfallzeit von der Arbeitslosenversicherung nicht zu entschädigen.
6.- Zu prüfen bleibt, ob der Beschwerdeführer allenfalls unter dem Gesichtspunkt der Gleichbehandlung im Unrecht Anspruch auf die Anwendung der neuen Rechtspraxis hat.
a) Nach der Rechtsprechung geht der Grundsatz der Gesetzmässigkeit der Verwaltung in der Regel der Rücksicht auf die gleichmässige Rechtsanwendung vor. Der Umstand, dass das Gesetz in anderen Fällen nicht oder nicht richtig angewendet worden ist, gibt dem Bürger und der Bürgerin grundsätzlich keinen Anspruch darauf, ebenfalls abweichend vom Gesetz behandelt zu werden. Das gilt jedoch nur, wenn lediglich in einem einzigen oder in einigen wenigen Fällen eine abweichende Behandlung dargetan ist. Wenn dagegen die Behörde die Aufgabe der in anderen Fällen geübten gesetzwidrigen Praxis ablehnt, kann der Bürger oder die Bürgerin verlangen, dass die gesetzwidrige Begünstigung, die den Dritten zuteil wird, auch ihm bzw. ihr gewährt werde, soweit dies nicht andere legitime Interessen verletzt. Die Anwendung der Gleichbehandlung im Unrecht setzt als Vorbedingung voraus, dass die zu beurteilenden Sachverhalte identisch oder zumindest ähnlich sind (<ref-ruling> Erw. 4b, 115 V 238 Erw. 7b/bb f., je mit Hinweisen; <ref-ruling> Erw. 3; RKUV 1987 Nr. K 710 S. 27 Erw. 3b; Andreas Auer, L'égalité dans l'illégalité, in: ZBl 1978 S. 297; Arthur Häfliger, Alle Schweizer sind vordemGesetzegleich, Bern1985, S.73f. ;Meyer-Blaser, DieBedeutungvonArt. 4BVfürdasSozialversicherungsrecht, in:ZSR 1992, 2. Halbbd. , S. 417; Jörg-Paul Müller, Die Grundrechte der schweizerischen Bundesverfassung, Bern 1991, S. 223 f.).
b) Vorliegend hat das BWA das anders lautende Kreisschreiben vom 18. März 1998 gestützt auf Gespräche mit den Sozialpartnern widerrufen und mit der Weisung vom 15. Mai 1998 eine neue Praxis eingeführt. Diese wurde damit begründet, dass die Beibehaltung der alten, laut dem erwähnten nicht veröffentlichten Urteil B. gesetzmässigen Praxis die sozialpolitisch unerwünschte Folge haben könnte, dass in Zukunft bei Entlassungen weniger oder gar keine Sozialpläne ausgearbeitet werden. Die neue Praxis wurde daher im Interesse des Einvernehmens zwischen den Sozialpartnern und des für den sozialen Frieden wichtigen Instituts des Sozialplanes erlassen. Der Verwaltung schien bewusst zu sein, dass ihr Vorgehen vom Gesetz womöglich nicht gedeckt war. Daher kündigte sie zusammen mit dem Erlass der neuen Weisung an, im Rahmen der nächsten ordentlichen Gesetzesrevision werde diese Frage neu beurteilt und klar geregelt. Die auch in der Presse veröffentlichte neue Verwaltungspraxis fand in den nunmehr zweieinhalb Jahren ihrer Geltung auf zahlreiche Fälle, namentlich im Zusammenhang mit Restrukturierungsmassnahmen grosser Firmen, Anwendung. Somit liegt eine konstante gesetzeswidrige Praxis vor und besteht Grund zur Annahme, die Verwaltung sei nicht gewillt, in Zukunft anders zu entscheiden. Vielmehr will sie ihre Praxis bei nächster Gelegenheit (AVIG-Revision 2003) gesetzlich absichern. Dies hat das seco in der (im vorliegenden Verfahren eingeholten) Auskunft vom 4. September 2000 ausdrücklich bestätigt. Aus diesen Gründen ist vorliegend ausnahmsweise dem Grundsatz der Gleichbehandlung der Vorrang vor jenem der Gesetzmässigkeit des Verwaltungshandelns einzuräumen. Somit findet die Weisung vom 15. Mai 1998 ab ihrem Inkrafttreten am 18. März 1998 auf die hier zu beurteilende Verfügung vom 16. Februar 1998 Anwendung.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden der Entscheid der Kantonalen Schiedskommission für Arbeitslosenversicherung Basel- Stadt vom 6. Mai 1999 und die Verfügungen der Öffentlichen Arbeitslosenkasse Basel-Stadt vom 16. Februar 1998 und vom 1. Juli 1998 aufgehoben, und es wird festgestellt, dass der Beschwerdeführer vom 18. März bis 24. Mai 1998 Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung hat.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die Öffentliche Arbeitslosenkasse Basel-Stadt hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'500. - (inkl. Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, der Kantonalen Schiedskommission für Arbeitslosenversicherung Basel- Stadt, dem Kantonalen Amt für Industrie, Gewerbe und Arbeit Basel-Stadt und dem Staatssekretariat für Wirtschaft zugestellt.
Luzern, 23. Oktober 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: