Faits:
A. Le Syndicat X._ a saisi la Chambre des relations collectives de travail du canton de Genève (la Chambre) d'une action dans le cadre d'un litige en matière de licenciements collectifs l'opposant à diverses sociétés du secteur horloger, soit A._ SA, B._ SA, C._ SA, D._ SA, E._ SA et F._ SA. Ces dernières ont contesté la compétence de la Chambre au motif qu'en vertu d'une clause de la convention collective de travail applicable, la cause ressortirait à un tribunal arbitral. Par lettre du 15 septembre 2009 rédigée suite à une audience du même jour, le président de la Chambre a informé les parties que celle-ci, en application de l'art. 50 al. 1 de la loi genevoise du 25 février 1999 sur la juridiction des prud'hommes (juridiction du travail; LJP/GE; RSG E 3 10), avait examiné la question de sa compétence, laquelle avait été admise, et que la procédure suivait son cours.
B. Les six sociétés susmentionnées (les recourantes) ont interjeté un recours en matière civile et un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral contre la décision de la Chambre du 15 septembre 2009; elles ont également requis l'effet suspensif. Le Syndicat X._ (l'intimé) a proposé l'irrecevabilité, faute de décision attaquable.

Considérant en droit:
1. Les recours sont dirigés contre la décision de la Chambre d'admettre sa compétence pour connaître de l'action introduite par l'intimé. Une telle décision incidente sur la compétence est susceptible de recours au Tribunal fédéral si elle a été notifiée séparément (<ref-law>), c'est-à-dire si l'autorité précédente a rendu et notifié une décision formelle sur cette question préjudicielle (Message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, FF 2001 4131 ch. 4.1.4.1). Pour satisfaire à cette exigence, une décision doit en particulier contenir les motifs déterminants de fait et de droit, le dispositif et l'indication des voies de droit (<ref-law>; cf. Uhlmann, Basler Kommentar, n° 5 ad <ref-law> p. 907 s.). Le droit cantonal peut toutefois prévoir que l'autorité peut notifier sa décision sans la motiver; les parties peuvent alors en demander une expédition complète (<ref-law>).
La Chambre des relations collectives de travail du canton de Genève est un organe étatique indépendant de l'administration accomplissant diverses tâches dont celle de juger, à la demande des parties contractantes, certains litiges relatifs à l'interprétation ou à l'application de conventions collectives de travail (cf. art. 1 et 9 de la loi genevoise du 29 avril 1999 concernant la Chambre des relations collectives de travail [LCRCT/GE; RSG J 1 15]). Ses arrêts sont exécutoires sous réserve de recours au Tribunal fédéral (art. 9 al. 5 LCRCT/GE). La Chambre applique par analogie la procédure prévue par la LJP/GE (art. 9 al. 4 LCRCT/GE).
Selon celle-ci, le tribunal saisi d'une exception de litispendance ou d'incompétence doit au préalable statuer sur cette exception; s'il la rejette, il en fait mention au procès-verbal et aborde le fond immédiatement; les motifs à l'appui du rejet sont exposés dans le jugement sur le fond (art. 50 al. 1 LJP/GE). Le rejet d'une exception d'incompétence ou de litispendance n'est susceptible d'appel qu'au moment où le jugement sur le fond est rendu (art. 56 al. 3 LJP/GE). Le droit cantonal exclut ainsi expressément la faculté de rendre une décision incidente sur la compétence, susceptible de recours immédiat (cf. arrêt 4P.62/2003 du 12 juin 2003 consid. 3.3). La décision de la Chambre d'admettre sa compétence peut donc uniquement être mise en cause dans le cadre d'un recours contre l'arrêt au fond.
Cette exclusion du recours immédiat contre la décision par laquelle l'autorité saisie d'un litige du travail admet sa compétence répond à l'exigence d'une procédure simple et rapide prévue en la matière par le droit fédéral (cf. <ref-law>). On ne saurait dès lors en ce domaine déduire du droit fédéral un droit à obtenir une décision incidente formelle sur la compétence. Savoir si un tel droit peut éventuellement exister dans d'autres causes peut rester indécis (cf. Uhlmann, op. cit., n° 5 ad <ref-law> p. 908).
En l'espèce, une décision formelle de la Chambre notifiée séparément fait défaut, étant au demeurant relevé que les recourants n'ont pas essayé de demander d'expédition complète. Il n'y a dès lors pas de décision incidente sur la compétence susceptible de recours immédiat. Il s'ensuit l'irrecevabilité des recours. Cela étant, la requête d'effet suspensif devient sans objet.
2. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimé sont mis solidairement à la charge des recourantes, qui succombent (art. 66 al. 1 et 5 ainsi qu'art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours sont irrecevables.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourantes.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise solidairement à la charge des recourantes.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre des relations collectives de travail du canton de Genève.
Lausanne, le 8 décembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz