Sachverhalt:
A. Die Bank Y._ / Ukraine (Klägerin), eröffnete am 4. Oktober 2000 auf Anfrage ihrer Kundin A._ SA ein unwiderrufliches Akkreditiv zugunsten der B._ Ltd. / Irland als Begünstigte für eine Öl- bzw. Benzin-Lieferung. Der Akkreditivbetrag belief sich auf USD 3'235'000.- +/-10 %.
Die Bank X._, Zürich (Beklagte), wurde von der Klägerin als Korrespondenzbank beauftragt, das Akkreditiv der Begünstigten B._ Ltd. zu bestätigen sowie den Akkreditivbetrag bei Übereinstimmung der von der Begünstigten vorgewiesenen Dokumente mit den Akkreditivbedingungen auszuzahlen. Die Beklagte nahm den Auftrag an und bestätigte das Akkreditiv gegenüber der Begünstigten.
A.a Mit Swift-Mitteilung vom 25. Oktober 2000 liess die Beklagte der Klägerin Dokumente zukommen und bat die Klägerin, bei der Käuferin als Akkreditivstellerin abzuklären, ob diese genehmigt werden könnten, da sie von den geforderten Akkreditivdokumenten abwichen. Die Klägerin antwortete darauf, dass sie die Akkreditivstellerin so schnell wie möglich kontaktieren werde.
A.b Am 8. November 2000 gab die Beklagte der Klägerin bekannt, dass ihre Swift-Mitteilung vom 25. Oktober 2000 als gegenstandslos betrachtet werden könne, da nun die Dokumente in Übereinstimmung mit den Akkreditivbedingungen eingetroffen seien und der Betrag von USD 3'267'603.29 ausbezahlt worden sei. Gleichzeitig machte die Beklagte USD 8'366.71 für ihre eigenen Dienstleistungen geltend. Insgesamt belastete sie dem Konto der Klägerin den Betrag von USD 3'275'970.--.
A.c Die Klägerin beanstandete mit Swift vom 17. November 2000 mehrere Unvereinbarkeiten der von der Begünstigten vorgelegten Papiere mit den vereinbarten Akkreditivbedingungen. Sie forderte die Berichtigung des Saldos ihres Kontos bei der Beklagten mit der Begründung, diese habe die Summe des Akkreditivs in Höhe von USD 3'275'970.-- zu Unrecht belastet. Die Klägerin vertrat die Ansicht, die Beklagte habe Art. 13 lit. b der Einheitlichen Richtlinien für Dokumentenakkreditive (ERA) missachtet, wonach die Klägerin als das Akkreditiv eröffnende Bank die ihr von der Beklagten als bestätigender Zweitbank zugestellten Dokumente in angemessener Zeit prüfen und zurückweisen könne.
A.d Die Beklagte war nicht bereit, die Kontobelastung rückgängig zu machen. Sie vertrat die Auffassung, die vorgelegten Dokumente stimmten mit den Akkreditivbedingungen überein und die Belastung des Kontos der Klägerin mit dem Akkreditivbetrag zuzüglich Kosten sei gerechtfertigt. Die Abweichungen in den vorgelegten Dokumenten gegenüber den Akkreditivbedingungen hielt sie für geringfügig, weshalb die Bezahlung der Akkreditivsumme an die Begünstigte zu Recht erfolgt sei.
B. Mit Urteil vom 21. März 2005 hiess das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage vom 10. April 2002 gut und verpflichtete die Beklagte, den Betrag von USD 3'275'970.- zuzüglich 8 % Zins seit dem 8. November 2000 dem Konto der Klägerin, Nr. _, gutzuschreiben. Das Gericht hielt zunächst fest, dass die Parteien die Einheitlichen Richtlinien und Gebräuche für Dokumentenakkreditive gemäss Revision 1993, ICC-Publikation Nr. 500 Paris (ERA 500), im Eröffnungsauftrag zum Vertragsinhalt erklärt hatten. Da eine Rechtswahl nicht erfolgt war, ist nach der Erwägung des Handelsgerichts gemäss Art. 117 IPRG schweizerisches Recht anwendbar und finden daher ergänzend die Normen über die Anweisung (Art. 466 ff. OR) Anwendung. Danach gelten die Grundsätze der Dokumentenstrenge und der Abstraktheit und kann die Beklagte keinen Auslagenersatz verlangen, wenn sie formell nicht korrekte Dokumente honoriert hat, was das Handelsgericht vorliegend für das Erfordernis "Gum Existent" im Qualitätszertifikat - wofür tatsächlich "Existent Gum washed" erwähnt war - sowie für das Erfordernis "signed and stamped" bejahte, das beim "Sealing Report" nicht erfüllt war. Da die Abweichungen nicht geringfügig waren, hätte die Beklagte nach den Erwägungen des Handelsgerichts die Dokumente zurückweisen oder der Klägerin und der Akkreditivstellerin zur Genehmigung vorlegen müssen. Das Handelsgericht verneinte sodann den von der Beklagten behaupteten Verstoss gegen Treu und Glauben. Es folgte insbesondere der Ansicht der Beklagten nicht, dass aufgrund der Inempfangnahme der Ware ein rechtsmissbräuchliches Verhalten vorliege. Das Gericht sprach schliesslich den eingeklagten Verzugszins von 8 % mit der Begründung zu, die Forderung laute auf USD und der Zins sei unbestritten.
C. Mit Berufung vom 27. April 2005 beantragt die Beklagte, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 21. März 2005 sei aufzuheben und die Klage sei vollumfänglich abzuweisen, eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die Klägerin beantragt in der Antwort, die Berufung sei abzuweisen und das angefochtene Urteil in sämtlichen Punkten zu bestätigen.
E. Das Kassationsgericht wies die Nichtigkeitsbeschwerde der Beklagten gegen das Urteil des Handelsgerichts vom 21. März 2005 am 7. April 2006 ab, soweit darauf eingetreten werden konnte.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Berufung in der vorliegenden Zivilrechtsstreitigkeit richtet sich gegen einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (Art. 48 OG), der Streitwert ist überschritten (Art. 46 OG) und die Berufungsfrist eingehalten (Art. 54 OG). Das Rechtsmittel ist grundsätzlich zulässig.
1.1 Mit Berufung kann geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid beruhe auf Verletzung des Bundesrechts (Art. 43 Abs. 1 OG). In vermögensrechtlichen Zivilrechtsstreitigkeiten kann dagegen nicht gerügt werden, der angefochtene Entscheid wende das ausländische Recht nicht richtig an (Art. 43a OG e contrario). Die Vorinstanz hat festgestellt, dass in Bezug auf das anwendbare Recht keine Vereinbarung vorliegt. Sie hat zutreffend dargelegt, dass auf das vorliegende Vertragsverhältnis unter den Parteien das schweizerische Recht am Sitz der Beklagten als Korrespondenzbank anwendbar ist (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2; vgl. auch <ref-ruling> E. 4b/bb; <ref-ruling> E. 3a). Der Überprüfung des angefochtenen Entscheids steht insofern nichts entgegen.
1.2 Im Berufungsverfahren ist das Bundesgericht an die tatsächlichen Feststellungen der letzten kantonalen Instanz gebunden, wenn sie nicht offensichtlich auf Versehen beruhen, unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen (Art. 63 Abs. 2 OG) oder im Hinblick auf den Tatbestand einer anwendbaren Sachnorm ergänzungsbedürftig sind (Art. 64 OG). Werden solche Ausnahmen geltend gemacht, so hat die Partei, welche den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt wissen will, darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. c und d OG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 106 mit Hinweisen). Blosse Kritik an der vorinstanzlichen Beweiswürdigung ist im Berufungsverfahren unzulässig (<ref-ruling> E. 6a; <ref-ruling> E. 2b S. 13; <ref-ruling> E. 2b S. 99; <ref-ruling> E. 3, je mit Hinweisen).
1.3 Die Beklagte rügt als offensichtliches Versehen im Sinne von Art. 55 Abs. 1 lit. d OG, die Vorinstanz habe übersehen, dass sie auf Seite 19 der Klageantwort die Höhe des verlangten Verzugszinses bestritten habe. Ein offensichtliches Versehen liegt vor, wenn die Vorinstanz eine bestimmte Aktenstelle übersehen oder unrichtig, das heisst nicht in ihrer wahren Gestalt, insbesondere nicht in ihrem wirklichen Wortlaut wahrgenommen hat (<ref-ruling> E. 3b S. 74 mit Verweis). Ein offensichtliches Versehen im Sinne dieser Bestimmung ist auch gegeben, wenn das kantonale Gericht die Behauptung einer für die Anwendung des Bundesrechts erheblichen Tatsache versehentlich als unbestritten betrachtet (<ref-ruling> E. 3 S. 197 ff.).
1.4 Die Rüge der Beklagten ist begründet. Sie hat - wie sie zutreffend darlegt - auf Seite 19 ihrer Klageantwort Folgendes ausgeführt: "Nur der Vollständigkeit halber wird auch der geltend gemachte Zins von 8 % bestritten. Weder die Tatsache, dass es sich bei der Beklagten um eine im Akkreditivgeschäft erfahrene Bank handelt, noch die Abwicklung in USD könnte eine Abweichung vom gesetzlichen Verzugszins rechtfertigen." Die Feststellung der Vorinstanz, dass die Beklagte keine Einwendungen gegen die Höhe des Verzugszinses erhebe, kann nur auf einem Versehen beruhen. Die Bemessung des Verzugszinses mit 8 % ist unbegründet, soweit sie sich auf eine Anerkennung durch die Beklagte stützt.
1.5 Gemäss Art. 104 Abs. 1 OR beträgt der gesetzliche Verzugszins 5 %. Nach der insofern unbestrittenen Feststellung der Vorinstanz haben die Parteien keinen "festen" Zinssatz vereinbart. Die Klägerin hat sodann unbestritten keinen höheren Verzugsschaden nachgewiesen (<ref-ruling> E. 2b). Dem angefochtenen Urteil sind auch keine Feststellungen über den massgebenden Diskontkredit am Zahlungsort (Art. 74 OR) zu entnehmen. Es ist daher nicht nur unerheblich, dass das Geschäft in USD abgewickelt wurde, sondern auch, dass die Parteien Kaufleute sind und im kaufmännischen Verkehr gemäss Art. 104 Abs. 3 OR der höhere Bankdiskonto am Zahlungsorte gilt (<ref-ruling>; <ref-ruling> E. 4b S. 55). Die Berufung ist insoweit begründet, als eine allfällige Forderung nicht mit 8 %, sondern mit 5 % zu verzinsen ist.
2. Die Vorinstanz hat zwei Abweichungen zwischen den Bedingungen des Akkreditivs und den der Beklagten vorgelegten Dokumenten festgestellt, die sie weder als sinnentsprechend noch als geringfügig betrachtete, weshalb sie schloss, die Beklagte habe ihre Pflicht zur sorgfältigen Prüfung der Dokumente verletzt. Die Beklagte rügt diesen Schluss als Verstoss gegen das die Vertragsauslegung beherrschende Vertrauensprinzip.
2.1 Im internationalen Warenhandel hat das Dokumentenakkreditiv die Funktion, zum Schutze beider Kaufvertragsparteien die beidseitige ordnungsgemässe Vertragserfüllung sicherzustellen (<ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 2a je mit Verweisen). An die Stelle der Barzahlung tritt die Zahlung Zug um Zug gegen die Übergabe der Dokumente (<ref-ruling> E. 6a/cc; <ref-ruling> E. 3b/cc mit Verweisen). Der Käufer der Ware (Akkreditivsteller) setzt sich zu diesem Zweck mit einer Bank in Verbindung, die üblicherweise im selben Land ansässig ist wie er, und beauftragt sie, den Akkreditivbetrag gegen Vorweisung bestimmter Dokumente an den Verkäufer auszuzahlen. Die beauftragte Akkreditiv- oder eröffnende Bank gelangt regelmässig ihrerseits an eine am Sitz des Verkäufers ansässige Bank (Korrespondenzbank oder Avis-Bank), damit diese das Akkreditiv dem Begünstigten mitteile bzw. bestätige (<ref-ruling> E. 5.1 mit Verweis, vgl. zum Ganzen auch Koller, Basler Kommentar, Anhang zum 18. Titel OR, N 4 ff.). Bestätigt die Korrespondenzbank dem Begünstigten das Akkreditiv, so entsteht unter den Banken die gleiche Vertragsbeziehung wie zwischen dem (ursprünglichen) Akkreditivsteller und der eröffnenden Bank, die als Kombination von Auftrag und Anweisung zu qualifizieren ist. Die Korrespondenzbank (Angewiesene und Beauftragte), welche dem begünstigten Verkäufer den Akkreditivbetrag auszahlt, erwirbt gegen die eröffnende Bank (Akkreditivbank, Anweisende und Auftraggeberin) gestützt auf Art. 402 Abs. 1 OR einen Anspruch auf Auslagenersatz; sie subrogiert dagegen nicht in die Rechte des Begünstigten (<ref-ruling> E. 5.1 mit Verweisen).
2.2 Der Grundsatz der Dokumentenstrenge, der mit der Abstraktheit des Akkreditivs zusammenhängt, bedeutet, dass die eingereichten Dokumente von der Bank nur auf ihre formelle Ordnungsmässigkeit, das heisst auf ihre Übereinstimmung mit den Akkreditivbedingungen, nicht aber auf ihre materielle, inhaltliche Richtigkeit zu prüfen sind. Die Bank darf nur gegen solche Dokumente Zahlung leisten, die sich nach dieser Prüfung als akkreditivgerecht erweisen. Dokumenten- und Warengeschäft haben demgegenüber aus Sicht der Bank nichts miteinander zu tun. Wenn die Bank inhaltliche Unrichtigkeit vermutet, darf sie grundsätzlich akkreditiv-konforme Dokumente ebenso wenig ablehnen, wie sie beim Nachweis vollständiger und ordnungsgemässer Erfüllung des Warengeschäfts Dokumente aufnehmen darf, die den Akkreditivbedingungen nicht entsprechen (<ref-ruling> E. 2a mit Verweisen). Dies sehen auch die Einheitlichen Richtlinien und Gebräuche für Dokumenten-Akkreditive, Revision 1993, ICC-Publikation Nr. 500 vor ("ERA 500"; zitiert nach Schütze, Das Dokumentenakkreditiv im Internationalen Handelsverkehr, 5. Aufl. Heidelberg 1999, S. 273 ff.). Die ERA 500 sind nach den unbestrittenen Feststellungen der Vorinstanz von den Parteien als massgebend erklärt worden und bilden damit Vertragsinhalt (<ref-ruling> E. 4b/bb in fine; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.2). Art. 13 ERA 500 hält die Banken an, alle im Akkreditiv vorgeschriebenen Dokumente sorgfältig zu prüfen, um festzustellen, ob sie in ihrer äusseren Aufmachung den Akkreditivbedingungen zu entsprechen scheinen. Die Feststellung, ob vorgeschriebene Dokumente der äusseren Aufmachung nach den Akkreditiv-Bedingungen entsprechen, richtet sich dabei nach dem Standard internationaler Bankpraxis, wie er sich in den ERA (vgl. Art. 20 bis 38 zu verschiedenen Dokumenten) widerspiegelt.
2.3 Nach der Feststellung der Vorinstanz war in den Akkreditivbedingungen ein Qualitätszertifikat für das Kaufgegenstand bildende Benzin vorgeschrieben, welches das Merkmal "gum existent" bestätigen sollte, während das vorgelegte Qualitätszertifikat die Bezeichnung "existent gum washed" enthielt. Der - von der Klägerin bestrittenen - Behauptung der Beklagten, die Ausdrücke "gum existent" einerseits und "existent gum washed" anderseits hätten die identische Bedeutung, hielt die Vorinstanz Nr. 47A Ziff. 3 des Akkreditivs entgegen. Danach dürfen Tippfehler und Fehler aufgrund der Sprechweise nur dann als untergeordnete Abweichungen betrachtet werden, wenn es sich nicht um Quantitäts- oder Qualitätsbezeichnungen der Ware und andere Zahlen oder Buchstaben handelt. Die Beklagte hält zwar daran fest, dass es sich bei "gum existent" und "existent gum washed" um Synonyme handle und der Ausdruck "washed" ein pleonastischer Zusatz sei. Ihren Ausführungen lässt sich jedoch nicht entnehmen und es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz die zusätzlichen Akkreditivbedingungen in Nr. 47A Ziff. 3 bundesrechtswidrig ausgelegt haben könnte, wenn sie den Unterschied von "existent gum washed" gegenüber dem vorgeschriebenen Qualitätsmerkmal "gum existent" als Abweichung qualifizierte. Die Vorinstanz hat den bundesrechtlichen Vertrauensgrundsatz nicht verletzt mit dem Schluss, dass Qualitätsmerkmale mit anderer Bezeichnung jedenfalls dann nicht als identisch erachtet werden dürfen, wenn für solche Merkmale sogar Tipp- und Schreibfehler als beachtlich vereinbart werden. Mit der Vorinstanz dürfte grundsätzlich anzunehmen sein, dass auch nach Art. 13 ERA 500 sinnentsprechende Ausdrücke dann nicht als akkreditivkonform erscheinen, wenn sie wie hier fachtechnischer Natur sind, unbesehen darum, dass deren Bedeutung möglicherweise aus allgemein zugänglichen Quellen im Internet erschlossen werden kann (vgl. Lombardini, Droit bancaire suisse, Genf 2002, S. 351 ff/ 355 n. 127; Koller/Kissling, Anweisung und Dokumentenakkreditiv im Zahlungsverkehr, Berner Bankrechtstag 2000, S. 102 ff.). Wie es sich damit jedoch verhält, braucht angesichts der ausdrücklichen Erheblichkeit von Tipp- und Schreibfehlern nach den Akkreditivbedingungen nicht abschliessend geprüft zu werden.
2.4 Die Vorinstanz hat als Abweichung von den Akkreditivbedingungen ausserdem den Umstand aufgeführt, dass der 15-seitige "sealing report", der als einziges Dokument gemäss Ziffer 3 der Bedingungen die Nummern der "railway bills" (der Eisenbahnfrachtbriefe) zeige, nicht gestempelt war. Die Beklagte hält insoweit daran fest, dass ein "sealing report" in den Akkreditivbedingungen nicht verlangt war, gesteht jedoch zu, dass die im Akkreditiv vorgesehenen Nummern der Railway Bills nur im Sealing Report aufgeführt waren. Die Vorinstanz hat Bundesrecht nicht verletzt mit der Erwägung, dass der Stempel neben der Unterschrift für die Übereinstimmung der Dokumente erforderlich ist, wenn er in den Akkreditivbedingungen verlangt wird. Sie hat zutreffend auf eine Abweichung geschlossen, nachdem die Nummern der Frachtbriefe über 15 Seiten verteilt überhaupt nicht abgestempelt waren. Dieser Abweichung von den Akkreditivbedingungen kommt aber angesichts der formellen Abweichung in den Qualitätsmerkmalen keine entscheidende Bedeutung mehr zu, weshalb auch der Einwand des Rechtsmissbrauchs - der sich mindestens teilweise auf den Umstand stützt, dass die Klägerin die Dokumente an die Käuferin weitergegeben und dieser damit die Verfügung über die Ware verschafft habe - im vorliegenden Zusammenhang nicht geprüft werden muss. Die Vorinstanz hat bundesrechtskonform erkannt, dass die Beklagte ihre Pflicht zur sorgfältigen Prüfung der Dokumente verletzt hat.
3. Die Beklagte rügt, die Vorinstanz habe Art. 14e ERA 500 missachtet, indem sie das Vorbringen mangelnder Akkreditivkonformität der Klägerin geschützt habe.
3.1 Nach Art. 14e ERA 500 kann die eröffnende Bank nicht geltend machen, dass die Dokumente nicht den Akkreditiv-Bedingungen entsprechen, wenn sie die Dokumente weder zur Verfügung des Einreichers hält noch diesem zurücksendet. Diese Bestimmung beruht auf der Erwägung, dass sich die Akkreditivbank nach Erhalt der die Ware repräsentierenden Dokumente in Widerspruch zu sich selbst setzen würde, wenn sie die Dokumente zwar zurückweist, gleichzeitig aber auf die eine oder andere Weise über diese und damit über die Ware verfügt (Schütze, a.a.O., Rz. 417 S. 168 f. mit Hinweisen). Der Gebrauch der Dokumente zur Verfügung über die Ware ist auch nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts als Genehmigung der Dokumente zu qualifizieren, wobei diese gleichzeitig den Verzicht auf eine allenfalls zunächst ausgesprochene Beanstandung bedeutet (<ref-ruling>). Das Bundesgericht hat die grundsätzliche Bedeutung dieser Praxis für das Akkreditiv hervorgehoben. Denn das Akkreditiv erfüllt seinen Zweck zur Sicherung aller Parteien nur, wenn der Verkäufer auf die vollständige und unbeschwerte Rückgabe der Dokumente vertrauen kann, damit ihm die Verfügungsgewalt über die Ware erhalten bleibt, wenn die Akkreditivbank die Papiere aus irgend einem Grund nicht aufnimmt. Der Zweck des Akkreditivs verlangt daher auch, dass jedes Verhalten der Bank, die dem Verkäufer die Verfügungsgewalt über die Ware nimmt, die gleichen Folgen hat wie die vorbehaltlose Aufnahme der Dokumente (<ref-ruling> E. 5a; <ref-ruling> E. 3b/bb; vgl. auch <ref-ruling> E. 4e S. 51 unten). Diese Praxis hat in der Lehre Zustimmung gefunden (Lombardini, a.a.O., n 138 f. S. 358; Tevini Du Pasquier, Commentaire Romand, N. 11 Appendice aux art. 466-471 CO; Koller, a.a.O., N. 17 Anhang zum 18. Titel OR).
3.2 Die Vorinstanz hat letztlich offen gelassen, ob die bestrittene Behauptung der Beklagten zutreffe, dass die Ware aufgrund der Importbestimmungen der Ukraine vorgängig habe weiterverkauft werden müssen, damit sie in der Ukraine habe eingelagert werden können. Sie hat unter anderem erwogen, es fehlten konkrete Anhaltspunkte dafür, dass die Klägerin mit Swift vom 17. November 2000 in treuwidriger Weise bezweckt hätte, der Käuferin die Ware ohne Gegenleistung zu verschaffen. Die Klägerin sei vielmehr gewillt gewesen, die Dokumente zurückzugeben, womit eine Verfügung der Käuferin über die Ware ausgeschlossen gewesen wäre. Die Vorinstanz folgte der Beklagten nicht, die sich auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung berief und in der Beanstandung der Dokumente unter gleichzeitiger Inempfangnahme der Ware ein rechtsmissbräuchliches Verhalten sah. Einen Verstoss gegen Art. 14e ERA 500 verneinte die Vorinstanz mit der Begründung, die Beklagte sei nicht bereit gewesen, die Dokumente zurückzunehmen, weshalb nichts anderes übrig geblieben sei, als die Ware in der Ukraine einzulagern, zumal angesichts der enormen Kosten eine Rücksendung nicht zumutbar gewesen sei. Sie nahm an, mit der Verfügung über die Ware habe sich die Käuferin im vorliegenden Fall keine unredlichen Vorteile verschafft und es beständen insbesondere keine Anhaltspunkte dafür, dass sich die Klägerin bzw. die Käuferin weigern würde, die Dokumente gegen Rückerstattung des Akkreditivbetrages zurückzugeben. Als Unterschied des vorliegenden Falles gegenüber <ref-ruling> hebt sie hervor, die Auszahlung des Akkreditivbetrages sei im Präjudiz auf Weisung der Bank verweigert worden, welche später über die Dokumente und über die Ware verfügte, während hier die Beklagte den Akkreditivbetrag ausbezahlt habe.
3.3 Nach der Behauptung der Beklagten hat die Klägerin im vorliegenden Fall zwar die Aufnahme der Dokumente verweigert, aber gleichzeitig über diese und damit über die Ware verfügt. Trifft dies zu, so hat die Klägerin mit den Dokumenten über die Ware verfügt und damit auf ihre zunächst geäusserten Beanstandungen verzichtet, was nach der Rechtsprechung als Genehmigung der vorgelegten Dokumente zu qualifizieren ist. Dass die Klägerin im Swift vom 17. November 2000 zunächst erklärte, sie halte die Dokumente zur Verfügung der Beklagten, hindert die nachträgliche Genehmigung durch die behauptete Verfügung der Klägerin über die Dokumente entgegen der Ansicht der Vorinstanz nicht. Auch der Zweck des Gebrauchs, den die Klägerin - sollte die Behauptung der Beklagten zutreffen - von den zunächst beanstandeten Dokumenten für die Verfügung über die Ware gemacht hat, ist nicht erheblich. Der Vorinstanz kann nicht gefolgt werden, wenn sie der Klägerin zugute hält, es sei ihr nichts anderes übrig geblieben, als die Ware in der Ukraine einzulagern, und wenn sie für massgebend hält, ob "sich die Käuferin durch eine missbräuchliche Verfügung über die Ware unredliche Vorteile verschafft" habe. Auch im Streitfall, der dem amtlich publizierten <ref-ruling> zugrunde lag, benützte die Bank die formell von ihr zurückgewiesenen, aber mittlerweile bei ihr eingegangenen Dokumente, um die Schiffsladung von dem im Akkreditiv vorgeschriebenen englischen Bestimmungshafen Felixstowe nach Amsterdam umzuleiten und dort einzulagern (<ref-ruling> lit. A S. 304). Die Vorinstanz hätte die umstrittene Behauptung der Beklagten, dass die Klägerin die beanstandeten Dokumente gebraucht habe, um über die Ware zu verfügen, klären müssen. Denn sollte diese Behauptung zutreffen, so wäre das Verhalten der Klägerin entgegen ihrer erklärten Beanstandung als Genehmigung der vorgelegten Dokumente zu qualifizieren mit der Folge, dass der Beklagten Anspruch auf Auslagenersatz im Sinne von Art. 402 Abs. 1 OR zusteht und die Klage auf Gutschrift des entsprechenden Betrages auf dem Konto der Klägerin abgewiesen werden muss.
4. Die Streitsache ist zur Ergänzung des Sachverhalts und neuem Entscheid gestützt auf Art. 64 Abs. 1 OG an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Da der Ausgang des Verfahrens offen ist, rechtfertigt es sich praxisgemäss, die Gerichtsgebühr den Parteien je zur Hälfte aufzuerlegen und keine Parteientschädigungen zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 21. März 2005 wird aufgehoben und die Sache wird gestützt auf Art. 64 Abs. 1 OG an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 18'000.-- wird den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juli 2006
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: