Faits:
A. Le 1er novembre 2011, la société A._ a déposé plainte pénale contre B._, C._, D._ et E._ pour calomnie, subsidiairement diffamation. Elle dénonçait la campagne de presse orchestrée par les prénommés dont elle aurait été victime en août 2011 lorsque des médias avaient relayé des déclarations selon lesquelles elle ne respectait pas les horaires légaux de travail du personnel de ses magasins et des magasins eux-mêmes, au moyen d'un subterfuge consistant à conférer à ses gérants le statut de "fonction dirigeante élevée". Les quatre personnes mises en cause avaient été licenciées le 22 juillet 2011.
B. Par décision du 25 novembre 2011, le Ministère public de la République et canton de Genève a refusé d'entrer en matière sur la plainte en application des art. 8 al. 1 et 310 al. 1 let. c CPP. Il a considéré que le fait d'affirmer que la plaignante ne se conformait pas à la législation était de nature à l'atteindre dans son honneur, mais que les décisions administratives de l'Office cantonal de l'inspection et des relations du travail (OCIRT) et du Service du commerce du canton de Genève établissaient la véracité des accusations propagées.
Il ressort de la décision de l'OCIRT du 14 juillet 2011 - faisant suite à une visite d'entreprise - que les personnes visées par la plainte ont affirmé à l'OCIRT exercer une fonction dirigeante élevée de gérant dans les points de vente de A._ et avoir effectué en moyenne entre 55 et 60 heures par semaine, les heures supplémentaires n'étant pas rétribuées; or, l'OCIRT a estimé que les niveaux de salaire constaté, l'absence d'autonomie budgétaire, l'absence de signature étendue aux affaires générales de l'entreprise plaidaient contre la qualité de fonction dirigeante élevée. Elle a dès lors ordonné, avec effet immédiat, la soumission des gérants concernés à la loi sur le travail et exigé le respect de toutes les prescriptions pertinentes (interdiction d'occuper le personnel le dimanche; tenue de registres d'heures; respect des exigences relatives au travail supplémentaire et à leur indemnisation). Cette décision exécutoire a fait l'objet d'un recours de la plaignante.
Quant au Service du commerce du canton de Genève, il a, par décision du 27 juillet 2011, constaté la caducité des déclarations de fonction dirigeante élevée, ainsi que la soumission des magasins A._ aux prescriptions de la loi cantonale sur les heures d'ouverture des magasins (LHOM) s'agissant en particulier du respect des heures normales de fermeture des magasins et de l'obligation de fermeture le dimanche et les jours fériés.
C. Par arrêt du 2 février 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours formé par A._ contre cette ordonnance de non-entrée en matière. Elle a procédé à une substitution de motifs, considérant que les soupçons à l'appui d'une infraction étaient insuffisants au sens de l'art. 310 al. 1 let. a CPP. Elle a en substance estimé qu'il n'était pas possible de rattacher les citations dans les journaux à l'une ou l'autre des personnes visées par la plainte, sans mener d'investigation pénale laquelle se heurterait rapidement au secret des sources des médias. Les propos prêtés à l'une des personnes visées par la plainte - soit s'être fait imposer un horaire de travail pouvant dépasser soixante heures par semaine, exécuté de sept à dix jours d'affilée, sans rémunération ni compensation pour les dimanches - n'avaient pas pour effet de rendre méprisable la recourante, ni de lui imputer la commission d'actes pénalement qualifiés.
D. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et l'ordonnance du Ministère public et de renvoyer la cause au Ministère public afin qu'il ouvre une instruction. Elle se plaint notamment de la violation de son droit d'être entendue ainsi que de plusieurs violations du droit fédéral.
Le Ministère public a déposé des observations. La Cour de justice a renoncé à se déterminer et s'est référée aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué confirme la non-entrée en matière sur la plainte déposée par la recourante. Rendu en matière pénale (art. 78 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 80 al. 1 LTF), il met fin à la procédure pénale (art. 90 LTF). Partant, il peut faire l'objet d'un recours en matière pénale selon les art. 78 ss LTF.
2. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des art. 41 ss CO.
2.1 Selon l'art. 42 al. 1 LTF, il incombe notamment au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir lorsque ces faits ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251).
Lorsque le recours est dirigé contre une décision de classement de l'action pénale ou de non-entrée en matière, il n'est pas nécessaire que la partie plaignante ait déjà pris des conclusions civiles (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 248). En revanche, elle doit expliquer dans son mémoire quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé à moins que, compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée, l'on puisse déduire directement et sans ambiguïté quelles prétentions civiles pourraient être élevées et en quoi la décision attaquée pourrait influencer négativement leur jugement (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 222 et les arrêts cités).
Cette exigence vaut particulièrement lorsque la partie plaignante, invoquant une atteinte au droit de la personnalité au sens de l'art. 28 CC, pourrait obtenir une indemnité pour tort moral fondée sur l'art. 49 al. 1 CO. Cette disposition prévoit que celui qui subit une atteinte illicite à sa personnalité a droit à une somme d'argent à titre de réparation morale, pour autant que la gravité de l'atteinte le justifie et que l'auteur ne lui ait pas donné satisfaction autrement. N'importe quelle atteinte légère à la réputation professionnelle, économique ou sociale d'une personne ne justifie pas une réparation (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 704; <ref-ruling> consid. 3a p. 75). L'allocation d'une indemnité pour tort moral fondée sur l'art. 49 al. 1 CO suppose en effet que l'atteinte ait une certaine gravité objective et qu'elle ait été ressentie par la victime, subjectivement, comme une souffrance morale suffisamment forte pour qu'il apparaisse légitime qu'une personne, dans ces circonstances, s'adresse au juge pour obtenir réparation (cf. <ref-ruling> consid. 12.1 p. 29; arrêt 1B_119/2011 du 20 avril 2011 consid. 1.2.2; arrêt 4A_128/2007 du 9 juillet 2007 consid. 2.3).
2.2 En l'espèce, la recourante entend réclamer une indemnisation pour le tort moral subi du fait des agissements illicites des personnes visées par la plainte, qu'elle évalue au minimum à Fr. 5'000.-, ainsi que l'indemnisation de son dommage résultant de la diminution de son chiffre d'affaires due à l'impact négatif de la campagne de presse orchestrée par les personnes visées par la plainte.
L'argumentation présentée par la recourante concernant la diminution de son patrimoine se résume à la simple affirmation que son chiffre d'affaires s'est écroulé. L'intéressée ne cherche pas à établir la réalité de la perte de gain résultant des propos tenus à son encontre ni même à l'estimer, de sorte que sur ce point son recours ne satisfait pas aux exigences susmentionnées; en outre, une éventuelle diminution de son chiffre d'affaires résulterait en tout cas de l'obligation légale qui lui a été faite de respecter les horaires de ses magasins, et en particulier de ne pas ouvrir le dimanche. Enfin, vu les infractions alléguées par la recourante et l'état de fait tel qu'il ressort du dossier, notamment les décisions administratives de l'OCIRT et du Service du commerce - qui constate le non-respect de la législation sur le travail par la recourante -, il est douteux que la recourante ait subi un préjudice moral. A tout le moins, il n'est manifestement pas d'une importance suffisante pour justifier une indemnisation. Dans ces conditions, la qualité pour agir ne saurait lui être reconnue sur la base de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF. Il s'ensuit que le recours est irrecevable en tant qu'il porte sur le fond de la cause.
3. En revanche, elle peut se prévaloir en sa qualité de plaignante de la vocation pour recourir sur la base de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 6 LTF lorsque la contestation porte sur le droit de porter plainte. Cette disposition ne lui permet pas d'attaquer la décision sur le fond mais lui offre la possibilité d'invoquer une irrégularité quant à son droit de porter plainte. Sur cette base, la recourante est légitimée à se plaindre d'une violation de l'art. 32 CP (cf. PIERRE FERRARI, in Commentaire LTF, 2009, n. 41 ad art. 81 LTF; cf. arrêt 6S.159/2006 du 29 juin 2006 consid. 1 rendu sous l'empire de l'art. 270 let. f aPPF). En l'occurrence, elle fait grief à la Cour de justice de ne pas avoir étendu sa plainte à toutes les personnes impliquées dans la propagation des faits dénoncés conformément au principe de l'indivisibilité de la plainte, soit en particulier au Syndicat interprofessionnel de travailleuses et travailleurs (SIT).
Selon l'art. 32 CP si un ayant droit a porté plainte contre un des participants à l'infraction, tous les participants doivent être poursuivis. Le but de cette disposition est d'empêcher que le lésé puisse choisir arbitrairement de faire punir un participant à l'infraction à l'exclusion d'un autre (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 2). Lorsqu'il y a pluralité d'infractions et d'auteurs, l'art. 30 CP n'est pas applicable, même si elles ont entraîné un résultat commun, une lésion unique (ATF <ref-ruling> consid. 2 p. 275).
En l'espèce, la recourante a porté plainte contre quatre de ses ex-employés en raison des allégations que ces derniers auraient adressées aux médias ainsi qu'au Syndicat SIT. Dans sa plainte, elle ne s'en prend en revanche nullement à la propagation de ces allégations par la presse et par les syndicalistes. La recourante ne peut dès lors invoquer l'indivisibilité de la plainte pour exiger que celle-ci soit étendue aux syndicalistes qui ont diffusé les propos de tiers; ces faits constituent en effet des faits distincts. C'est donc à tort qu'elle se plaint d'une violation de l'art. 32 CP.
4. Enfin, selon la jurisprudence, le plaignant qui n'a pas la qualité pour recourir sur le fond peut se plaindre d'une violation des droits que la loi de procédure applicable ou le droit constitutionnel lui reconnaît comme partie à la procédure, lorsque cette violation équivaut à un déni de justice formel, pour autant qu'il ne s'agisse pas de moyens liés au fond (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 44, 29 consid. 1.9 p. 40; <ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 232 s. et les références citées).
4.1 A ce titre, la recourante se plaint d'une violation de son droit d'être entendue dès lors que la Cour de justice ne lui a pas donné l'occasion de se prononcer sur la substitution de motifs à laquelle elle envisageait de procéder.
4.2 Tel qu'il est garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, le droit de consulter le dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuve pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 293; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.; <ref-ruling> consid. 2b p. 56 et les arrêts cités). Le droit d'être entendu porte avant tout sur les questions de fait. Les parties doivent éventuellement aussi être entendues sur les questions de droit lorsque l'autorité concernée entend se fonder sur des normes légales dont la prise en compte ne pouvait pas être raisonnablement prévue par les parties, lorsque la situation juridique a changé ou lorsqu'il existe un pouvoir d'appréciation particulièrement large (ATF <ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.; <ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling> consid. 2c/aa p. 22; <ref-ruling> consid. 3c p. 52 et les références).
4.3 En l'occurrence, la Cour de justice n'avait pas à avertir la recourante de la substitution de motifs envisagée pour confirmer la décision de non-entrée en matière du Ministère public fondée sur l'art. 310 al. 1 let. c CPP. En effet, contrairement à ce qu'elle soutient, la recourante pouvait raisonnablement prévoir l'application de l'art. 310 al. 1 let. a CPP puisque cette disposition constitue également un des fondements possibles à une ordonnance de non-entrée en matière; selon cette disposition, il est possible de prononcer une non-entrée en matière lorsque les éléments constitutifs de l'infraction ou les conditions à l'ouverture de l'action pénale ne sont manifestement pas réunis. Il ne s'agit donc pas d'un argument juridique inédit que la cour cantonale aurait fait valoir de manière à surprendre les parties. En particulier, les articles de presse produits à l'appui de la plainte pénale ne désignent pas nommément les personnes ayant tenu les propos prétendument attentatoires à l'honneur, de sorte que la recourante ne pouvait ignorer qu'il serait nécessaire de déterminer si les propos litigieux pouvaient être attribués aux personnes visées par la plainte. L'instance précédente n'a dès lors nullement tenu un raisonnement inattendu ou inédit justifiant une information préalable de la recourante. Dans ces conditions, le grief soulevé doit être écarté.
5. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Conformément à l'art. 66 al. 1 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe. Il n'est pas alloué de dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 25 juillet 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Arn