Fatti:
A. A._ e B._ hanno contratto matrimonio nel 1989. Dall'unione sono nati i figli C._ (1993, divenuto maggiorenne nell'aprile 2011) e D._ (1997).
B. Il 14 dicembre 2010 A._ ha promosso un'istanza di misure a protezione dell'unione coniugale nei confronti del marito B._ chiedendo sia nel merito che in via supercautelare e cautelare la regolamentazione della vita separata.
Con decisione 24 giugno 2011 a protezione dell'unione coniugale il Pretore del Distretto di Lugano ha, tra l'altro, affidato il figlio D._ a A._ (dispositivo n. 2), ha condannato B._ a versare, a partire dalla crescita in giudicato della decisione pretorile, contributi alimentari a favore della moglie di fr. 4'800.-- mensili e a favore dei due figli di fr. 1'605.-- mensili (dispositivi n. 4, 5 e 7), ha attribuito l'abitazione coniugale in uso alla moglie ordinando al marito di lasciare tale alloggio entro dieci giorni dalla crescita in giudicato della decisione pretorile (dispositivo n. 9) e ha accollato le spese processuali al marito (dispositivo n. 10). Il Pretore non ha emesso alcun provvedimento cautelare.
C. A._ è insorta con appello 5 luglio 2011 alla I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino contro la decisione pretorile del 24 giugno 2011, chiedendo di riformare i dispositivi n. 4, 5, 7 e 9 togliendo dai medesimi la locuzione "a partire dalla crescita in giudicato della presente decisione", e postulando al contempo quale misura supercautelare e cautelare l'esecutività anticipata di tali dispositivi.
Con appello 11 luglio 2011 B._ ha a sua volta impugnato i dispositivi n. 7 (offrendo un contributo alimentare a favore della moglie di fr. 2'950.-- mensili) e 10 della decisione pretorile.
Con decreto 12 luglio 2011 il Presidente della I Camera civile del Tribunale d'appello ha respinto la richiesta di A._ intesa a ottenere l'esecutività anticipata dei dispositivi n. 4, 5, 7 e 9 della decisione pretorile. Egli ha osservato in sostanza che, limitatamente alle conclusioni, gli appelli delle parti hanno sospeso l'efficacia e l'esecutività della decisione pretorile (<ref-law>) e che decretare l'esecutività anticipata (<ref-law>) dei dispositivi n. 4, 5, 7 e 9 non procurerebbe a A._ alcun vantaggio atteso che la loro efficacia è stata esplicitamente fatta decorrere a partire dalla crescita in giudicato della decisione pretorile, di modo che l'esecutività anticipata presupporrebbe una riforma dei dispositivi stessi. Il Presidente ha inoltre sottolineato che il problema consiste in realtà nel fatto che il Pretore non ha statuito per il lasso di tempo precedente il passaggio in giudicato della propria decisione, nonostante A._ ne avesse fatto richiesta espressa.
D. Con ricorso in materia civile del 16 agosto 2011 A._ insorge al Tribunale federale chiedendo di annullare il predetto decreto presidenziale e di riformarlo nel senso che "alla sentenza di misure a protezione dell'unione coniugale del 24 giugno 2011 della Pretura di Lugano è tolto l'effetto sospensivo per cui è da considerare immediatamente esecutiva in tutti i suoi punti". La ricorrente lamenta in sostanza una violazione dell'<ref-law> e dell'<ref-law>.
Con scritto 6 febbraio 2012 la I Camera civile del Tribunale d'appello comunica di non avere nessuna osservazione da formulare. Con risposta 24 febbraio 2012 B._ postula la reiezione del ricorso in ordine e nel merito. Con osservazioni 29 febbraio 2012 la ricorrente conferma le richieste presentate con il ricorso in materia civile.

Diritto:
1. Nel gravame la ricorrente precisa di aver ritirato, in data 19 luglio 2011 (vale a dire dopo la pronuncia del decreto impugnato), il suo appello limitatamente al dispositivo n. 9 riferito all'attribuzione dell'abitazione coniugale. Ciò significa che sono da lei appellati unicamente i dispositivi concernenti i contributi alimentari (dispositivi n. 4, 5 e 7), mentre il dispositivo sull'attribuzione dell'abitazione coniugale - non più appellato - è in ogni modo già esecutivo (v. <ref-law>; REETZ/HILBER, Kommentar zur schweizerischen Zivilprozessordnung, 2010, n. 8 e n. 14 ad <ref-law>; FRANCESCO TREZZINI, in Commentario al Codice di diritto processuale civile svizzero, 2010, pag. 1384). Se ne deve pertanto concludere che la ricorrente contesta in realtà il decreto presidenziale unicamente nella misura in cui non concede l'esecutività anticipata dei dispositivi sui contributi di mantenimento.
2. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1).
2.1 Il decreto impugnato non pone fine al procedimento avanti all'autorità precedente, ma si limita a statuire sulla richiesta intesa ad ottenere l'esecutività anticipata di alcuni dispositivi della decisione pretorile a protezione dell'unione coniugale, respingendola. Esso costituisce pertanto una decisione incidentale.
La via d'impugnazione di decisioni incidentali segue essenzialmente quella della vertenza di fondo (<ref-ruling> consid. 1.4). In concreto il merito della controversia concerne una procedura di misure a protezione dell'unione coniugale, vale a dire una causa in materia civile (<ref-law>) a carattere pecuniario, atteso che, come visto, dinanzi alla I Camera civile del Tribunale d'appello, competente nel merito, sono controverse unicamente conclusioni su questioni di natura pecuniaria (art. 51 cpv. 1 lett. c LTF; v. sentenza 5D_41/2007 del 27 novembre 2007 consid. 2.3). Il decreto presidenziale non indica il valore di lite (art. 112 cpv. 1 lett. d LTF). Il valore litigioso minimo di fr. 30'000.-- previsto dall'<ref-law> appare tuttavia in concreto dato, con riferimento ai contributi di mantenimento, in virtù dell'art. 51 cpv. 4 seconda frase LTF. La via del ricorso in materia civile è pertanto aperta.
2.2 La decisione incidentale impugnata, notificata separatamente, non concerne la competenza o una domanda di ricusazione. Essa è pertanto unicamente suscettiva di un ricorso al Tribunale federale se può causare un pregiudizio irreparabile (<ref-law>; l'ipotesi di cui alla lett. b non entra in linea di conto, poiché data la natura provvisionale del decreto impugnato il Tribunale federale non può in nessun caso pronunciare una decisione finale, v. <ref-ruling> consid. 1.2.3; <ref-ruling> consid. 3.1; sulla natura provvisionale della decisione impugnata v. <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.5). Tale pregiudizio deve essere di natura giuridica e quindi non deve potere essere ulteriormente eliminato, perlomeno non completamente, nemmeno mediante l'emanazione di una decisione finale favorevole al ricorrente. Semplici inconvenienti di fatto, come ad esempio un prolungamento dei tempi procedurali o un aumento dei costi legati alla causa, non rappresentano un danno di natura irreparabile, poiché non si tratta di pregiudizi di natura giuridica (<ref-ruling> consid. 1.2.1 con rinvii). Incombe al ricorrente l'onere di allegare e dimostrare che la decisione incidentale sia suscettibile di causargli un danno irreparabile, a meno che tale eventualità appaia evidente di primo acchito (<ref-ruling> consid. 4 con rinvii).
La ricorrente non spende una parola per spiegare per quale motivo il decreto impugnato - che non concede l'esecutività anticipata dei dispositivi pretorili sui contributi alimentari - le possa causare un pregiudizio irreparabile.
Tale eventualità non è inoltre nemmeno riconoscibile. In effetti, se un danno potrebbe essere scorto nel fatto che a causa del decreto impugnato la ricorrente è privata dei contributi alimentari (per sé e per il figlio affidatole) durante la procedura di appello sulle misure a protezione dell'unione coniugale, va osservato che questo pregiudizio (puramente economico) potrà essere eliminato mediante l'emanazione di una decisione finale a suo favore e non costituisce pertanto un pregiudizio di natura giuridica.
3. Da quanto precede discende che il ricorso deve essere dichiarato inammissibile, facendo difetto il requisito di un pregiudizio irreparabile previsto dall'<ref-law>. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e al Presidente della I Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.