Fatti:
A. A._SA è proprietaria nel Comune di Losone del fondo part. n. 1773, situato nella frazione di Arcegno, in località Bedruscio. La particella, di complessivi 91'373 m2, presenta secondo l'estratto del registro fondiario una superficie boschiva di 58'242 m2 e prativa di 30'549 m2.
Il 27 giugno 2001 il Consiglio comunale di Losone ha adottato la revisione generale del piano regolatore, che prevedeva tra l'altro l'attribuzione alla zona residenziale estensiva R2 di una superficie prativa ampia circa 4'200 m2 ubicata nella parte est del fondo.
B. Con risoluzione del 28 giugno 2005 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha approvato il piano regolatore, negando tuttavia l'approvazione all'ampliamento, rispetto al previgente piano regolatore, della zona edificabile ad Arcegno e rinviando gli atti al Comune per l'elaborazione di una nuova destinazione mediante l'adozione di una variante.
C. A._SA ha impugnato la risoluzione governativa dinanzi all'allora Tribunale della pianificazione del territorio, postulando in via principale l'approvazione del parziale inserimento della sua particella nella zona residenziale estensiva come stabilito dal Comune. La Corte cantonale ha statuito sull'impugnativa con sentenza del 9 giugno 2006. Ha ritenuto che la superficie litigiosa non rientrava nel comprensorio già largamente edificato né rispondeva a una prevedibile necessità di terreni edificabili urbanizzati entro quindici anni, ma rivestiva anzi un'utilità agricola. Ha quindi respinto il gravame, ritenendo il diniego dell'attribuzione alla zona edificabile conforme al diritto federale e rispettoso dell'autonomia comunale. Con sentenza del 31 maggio 2007 il Tribunale federale ha dichiarato inammissibile un ricorso di diritto amministrativo e ha respinto in quanto ammissibile un ricorso di diritto pubblico presentati dalla proprietaria contro la decisione della Corte cantonale (sentenza 1A.160/2006 e 1P.502/2006 del 31 maggio 2007).
D. Nella seduta del 30 marzo 2009, il Consiglio comunale di Losone ha adottato alcune varianti del piano regolatore, dando in particolare seguito a quanto disposto nella decisione governativa del 28 giugno 2005. Una variante prevedeva l'attribuzione alla zona agricola anche della citata parte est del fondo part. n. 1173, oggetto del diniego dell'approvazione. Con risoluzione del 12 ottobre 2010 il Consiglio di Stato ha approvato la variante, respingendo nel contempo un ricorso di A._SA, che si era aggravata contro il provvedimento pianificatorio.
E. La proprietaria ha allora adito il Tribunale cantonale amministrativo che, con sentenza del 26 marzo 2012, ha respinto il ricorso. I giudici cantonali hanno rilevato che l'oggetto del litigio era circoscritto alla funzione agricola attribuita al terreno, partendo dal presupposto che un'attribuzione alla zona edificabile era in ogni caso esclusa. Fatta questa premessa, hanno confermato, siccome pertinente, la destinazione agricola.
F. La A._SA impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla e di rinviare gli atti all'autorità cantonale per una nuova decisione dopo l'assunzione di ulteriori prove, segnatamente dopo un aggiornamento del compendio dello stato dell'urbanizzazione e del rapporto di pianificazione. La ricorrente fa essenzialmente valere la violazione del divieto dell'arbitrio, dell'art. 21 cpv. 2 LPT, dell'autonomia comunale e del diritto di essere sentita.
G. La Corte cantonale si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato condivide il giudizio impugnato e comunica di non formulare ulteriori osservazioni. Il Comune di Losone aderisce alla domanda della ricorrente di rinviare gli atti all'autorità inferiore al fine di riesaminare la situazione pianificatoria. Con una replica del 16 agosto 2012, la ricorrente chiede di dichiarare inammissibili le risposte del Governo e della Corte cantonale e ribadisce le sue conclusioni.

Diritto:
1. 1.1 Presentato contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto pianificatorio, il ricorso in materia di diritto pubblico, tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>), è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 90 LTF (<ref-ruling> consid. 1.1). Giusta l'<ref-law>, la legittimazione della ricorrente, proprietaria del fondo interessato dal provvedimento pianificatorio, è pacifica.
1.2 Contrariamente all'opinione espressa dalla ricorrente nella replica, l'<ref-law> disciplina le esigenze di motivazione del ricorso e non anche quelle degli allegati presentati dalle autorità invitate dal Tribunale federale ad esprimersi sul gravame giusta l'<ref-law>. In questa sede, la Corte cantonale e il Consiglio di Stato, che del resto si devono esprimere attraverso le loro decisioni (cfr. <ref-law>), non erano quindi necessariamente tenuti ad esprimersi compiutamente sulle argomentazioni sollevate nel ricorso in materia di diritto pubblico. Le relative censure sono quindi palesemente inammissibili.
2. 2.1 La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di essere incorsa nell'arbitrio, per avere ritenuto che il principio secondo cui il fondo part. n. 1773 non poteva essere attribuito alla zona edificabile era già stato sancito definitivamente nell'ambito della precedente procedura.
2.2 La ricorrente prospetta in sostanza di rivedere l'inedificabilità del suo fondo nell'ambito della procedura in esame. A torto. Sul fatto che l'inserimento della particella nella zona edificabile non adempiva i requisiti dell'art. 15 LPT, ed era quindi contrario al diritto, è stato infatti statuito definitivamente nell'ambito della precedente procedura, conclusasi con la citata sentenza del 31 maggio 2007 di questa Corte, alla quale può essere qui rinviato (cfr. sentenza citata, consid. 4.3 e 4.4). La Corte cantonale ha quindi ritenuto a ragione che con la variante litigiosa si trattava unicamente di stabilire la funzione da attribuire a un terreno prativo, escluso dalla zona edificabile, confinante con una zona agricola ed a sua volta utile all'agricoltura. Rettamente l'oggetto del litigio è quindi stato circoscritto alla destinazione agricola attribuita formalmente al terreno, già escluso dalla zona edificabile. Anche in questa sede il gravame della ricorrente è volto essenzialmente a rimettere in discussione l'esclusione della sua proprietà dalla zona edificabile: esso esula quindi dall'oggetto del litigio e risulta di conseguenza per la maggior parte inammissibile.
2.3 Alla luce di questa premessa, alla Corte cantonale non può nemmeno essere rimproverato di avere violato il diritto di essere sentita della ricorrente per avere ritenuto superflue le prove indicate, segnatamente per quanto riguarda l'aggiornamento della relazione di pianificazione e dello stato dell'urbanizzazione. Si trattava infatti di elementi volti a rivedere il mancato inserimento del fondo nella zona edificabile e pertanto irrilevanti per l'esito della causa.
3. 3.1 La ricorrente sostiene che una nuova valutazione della situazione pianificatoria relativa al suo fondo si giustificherebbe, siccome sarebbe intervenuto un notevole cambiamento delle circostanze ai sensi dell'art. 21 cpv. 2 LPT. Al riguardo, si limita tuttavia ad addurre che la variante in esame poggerebbe sulle stesse basi della revisione del piano regolatore, antecedenti il 1998 in particolare per quanto concerne la sua contenibilità. Rileva che da allora sono trascorsi quattordici anni, che nel frattempo la Svizzera ha concluso accordi bilaterali con l'Unione europea ed ha aderito all'Accordo di Schengen e che recentemente sarebbe stata depositata un'iniziativa popolare cantonale destinata a promuovere delle aggregazioni comunali nelle regioni del Bellinzonese e del Locarnese. Si tratterebbe a suo dire di aspetti che potrebbero influire sui movimenti della popolazione e sullo sviluppo economico e che potrebbero quindi avere conseguenze a livello pianificatorio.
3.2 Ora, la revisione del piano regolatore è stata adottata dal Consiglio comunale il 27 giugno 2001 ed approvata dal Governo il 28 giugno 2005. Contrariamente al parere della ricorrente, la durata del piano regolatore non si avvicina quindi ancora all'orizzonte temporale quindicennale, che impone di massima una sua rielaborazione. D'altra parte, gli argomenti addotti sono generici e trascendono il comprensorio del Comune di Losone. Non dimostrano un cambiamento delle circostanze rilevante ai fini della modifica della pianificazione comunale e, sotto il profilo dell'art. 21 LPT, non sono pertanto sufficienti per mettere in dubbio la stabilità e la validità del piano regolatore vigente (cfr., sul principio della stabilità dei piani, sentenza 1A.217/2006 del 9 agosto 2007, in: RtiD I-2008, pag. 754).
4. 4.1 La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di avere violato l'autonomia del Comune di Losone negandogli la facoltà di procedere a una verifica della situazione pianificatoria, segnatamente per quanto riguarda l'aggiornamento dello stato dell'urbanizzazione.
4.2 Contrariamente a quanto addotto nel gravame, la Corte cantonale non ha tuttavia negato al Comune la possibilità di completare l'accertamento dei fatti rilevanti nell'ottica di una verifica del suo piano regolatore. Ha semplicemente ritenuto che non si giustificava di sospendere la procedura ricorsuale per permettere al Comune di eseguire accertamenti non necessari per il giudizio sull'oggetto del litigio, come visto limitato alla variante adottata dal legislativo comunale il 30 marzo 2009, che attribuiva alla zona agricola anche la porzione est del fondo part. n. 1773. Al riguardo, la ricorrente non fa valere che la destinazione agricola sarebbe in concreto contraria all'art. 16 LPT, né sostiene, tantomeno con una motivazione conforme alle esigenze dell'<ref-law>, che le autorità cantonali avrebbero violato l'autonomia comunale per non avere tenuto conto del margine di apprezzamento spettante al Comune di Losone nello stabilire un'altra destinazione non edificabile, quale potrebbe essere l'inserimento in una zona protetta ai sensi dell'art. 17 LPT o in un'altra zona inedificabile giusta l'art. 18 LPT.
5. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Municipio di Losone, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.