Sachverhalt:
A. Der 1965 geborene A._ reiste 1976 vom Libanon in die Schweiz ein. Seither war er zwei Monate im Jahr 1985 und je einen Monat in den Jahren 1986 und 1990 erwerbstätig. Am 17. März 2000 meldete er sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Umschulung, Rente) an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich verneinte mit Verfügungen vom 16. Januar und 31. Oktober 2002 den Anspruch auf berufliche Massnahmen und mit Verfügung vom 25. Juni 2004 denjenigen auf eine Invalidenrente, da die versicherungsmässigen Voraussetzungen nicht erfüllt seien. Die gegen die Verfügung vom 25. Juni 2004 erhobene Einsprache wies die IV-Stelle mit Einspracheentscheid vom 8. Oktober 2004 ab. Eine dagegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 28. Februar 2006 in dem Sinne gut, als es den Einspracheentscheid aufhob und die Sache mit der Feststellung, dass die versicherungsmässigen Voraussetzungen für den Bezug einer Invalidenrente erfüllt sind, zu weiteren Abklärungen bezüglich Vorliegens eines psychischen Gesundheitsschadens an die IV-Stelle zurückwies. Gestützt auf das daraufhin eingeholte Gutachten des Dr. med. B._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 7. April 2007 verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 26. November 2007 nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren einen Rentenanspruch wegen Fehlens eines invalidisierenden Gesundheitsschadens.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Mai 2008 ab. Es auferlegte dem Beschwerdeführer Gerichtskosten in der Höhe von Fr. 700.- und gewährte ihm antragsgemäss die unentgeltliche Verbeiständung.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt A._ unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheids die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente, eventualiter die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Einholung eines psychiatrischen Obergutachtens beantragen. Zudem ersucht er um Aufhebung von Ziff. 2 des vorinstanzlichen Entscheids, gemäss welcher ihm die Gerichtskosten von Fr. 700.- auferlegt worden sind, um Verpflichtung der Vorinstanz zur Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das kantonale Verfahren sowie um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und Verbeiständung für das vorliegende Verfahren.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist auf Grund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene kantonale Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht, Völkerrecht oder kantonale verfassungsmässige Rechte verletzt (Art. 95 lit. a-c BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>). Hingegen hat unter der Herrschaft des BGG eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheids in tatsächlicher Hinsicht zu unterbleiben, ausser wenn sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung richtet (<ref-law>).
2. Streitig ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung und dabei insbesondere die Frage, ob eine invaliditätsbegründende Gesundheitsschädigung vorliegt.
Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid, auf welchen verwiesen wird, die Bestimmungen und Grundsätze über die Invalidität (<ref-law>; <ref-law>), die Arbeitsunfähigkeit (<ref-law>), die Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), die Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 261) sowie den Beweiswert und die Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352) zutreffend wiedergegeben. Richtig sind auch die Ausführungen zur Rechtsprechung betreffend IV-rechtlicher Relevanz psychischer Gesundheitsschädigungen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50 mit Hinweisen) sowie betreffend Drogensucht, die - wie auch Alkoholismus und Medikamentenabhängigkeit - für sich allein betrachtet noch keinen invalidisierenden Gesundheitsschaden darstellt, sondern erst dann bedeutsam wird, wenn sie durch einen solchen Gesundheitsschaden bewirkt worden ist oder einen solchen zur Folge hat (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 268; AHI 2002 S. 28, I 454/99, und 2001 S. 227, I 138/98; Urteil 8C_582/2008 vom 14. Januar 2009 E. 2 mit Hinweisen). Wie die Vorinstanz ebenfalls zutreffend erwogen hat, sind die mit der 5. IV-Revision am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Rechtsänderungen intertemporalrechtlich nicht anwendbar (<ref-ruling> E. 1 S. 108 f., 133 E. 1 S. 136 und 242 E. 2.1 S. 243 f., je mit Hinweisen).
3. Mit in Rechtskraft erwachsenem Entscheid vom 28. Februar 2006 verneinte das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich das Bestehen einer psychischen Beeinträchtigung mit Krankheitswert bzw. einer invaliditätsbegründenden psychischen Beeinträchtigung vor 1998 mit überwiegender Wahrscheinlichkeit und stellte fest, dass die versicherungsmässigen Voraussetzungen zum Bezug einer Invalidenrente erfüllt seien. Bezüglich eines allfälligen Rentenanspruchs hielt es fest, dieser hange davon ab, ob und allenfalls in welchem Ausmass nicht nur die Drogensucht, sondern ein relevanter psychischer Gesundheitsschaden eine Minderung der Arbeitsfähigkeit bewirkt habe. Da die medizinischen Akten darüber nach Auffassung des Sozialversicherungsgerichts zu wenig Aufschluss gaben, wies es die Sache zu weiteren Abklärungen an die IV-Stelle zurück. Diese holte daraufhin das psychiatrische Gutachten des Dr. med. B._ vom 7. April 2007 ein und verneinte gestützt darauf mit Verfügung vom 26. November 2007 einen Rentenanspruch mangels Vorliegens eines invalidisierenden Gesundheitsschadens.
4. 4.1 Im Entscheid vom 30. Mai 2008 ist das kantonale Gericht in pflichtgemässer Würdigung der medizinischen Aktenlage, namentlich gestützt auf das psychiatrische Gutachten des Dr. med. B._ vom 7. April 2007, zum Schluss gelangt, dass beim Beschwerdeführer keine Arbeitsunfähigkeit im Rechtssinne und somit kein invalidisierender Gesundheitsschaden gegeben ist.
4.2 Die Feststellung des Gesundheitsschadens, d.h. die Befunderhebung und die gestützt darauf gestellte Diagnose, sowie die aufgrund von medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeitsunfähigkeit betreffen eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.) und sind mithin vom Bundesgericht nur auf ihre offensichtliche Unrichtigkeit hin überprüfbar (vgl. E. 1 hievor).
4.3 Der Beschwerdeführer rügt durch die Vorinstanz begangene Rechtsverletzungen in Form unrichtiger Anwendung des Begriffs "Arbeitsunfähigkeit", in Form unrichtiger Beweiswürdigung durch Beweiskraftzusprache an das Gutachten des Dr. med. B._ vom 7. April 2007 sowie in Form der Verletzung der Begründungspflicht bezüglich Schlüssigkeit des erwähnten Gutachtens. Er wiederholt dabei im Wesentlichen die bereits im kantonalen Verfahren vorgebrachten Argumente, mit welchen sich die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid einlässlich und überzeugend auseinandergesetzt hat. Auf die entsprechenden Erwägungen wird verwiesen.
5. 5.1 Ergänzend ist darauf hinzuweisen, dass eine psychiatrische Exploration von der Natur der Sache her nicht ermessensfrei erfolgen kann. Sie eröffnet dem begutachtenden Psychiater daher praktisch immer einen gewissen Spielraum, innerhalb dessen verschiedene medizinisch-psychiatrische Interpretationen möglich, zulässig und zu respektieren sind, sofern der Experte lege artis vorgegangen ist. Daher und unter Beachtung der Divergenz von medizinischem Behandlungs- und Abklärungsauftrag kann es nicht angehen, eine medizinische Administrativ- oder Gerichtsexpertise stets dann in Frage zu stellen und zum Anlass weiterer Abklärungen zu nehmen, wenn die behandelnden Ärzte nachher zu unterschiedlichen Einschätzungen gelangen oder an solchen vorgängig geäusserten abweichenden Auffassungen festhalten (Urteil 8C_79/2008 vom 19. August 2008 E. 4.1 mit Hinweis).
5.2 Wie das kantonale Gericht einlässlich und seiner Begründungspflicht ausreichend nachkommend dargelegt hat, erfüllt das Gutachten des Dr. med. B._ vom 7. April 2007 die rechtsprechungsgemässen formellen und materiellen Anforderungen. Es ist umfassend, beruht auf eigenen Untersuchungen des Experten, wurde in Kenntnis der Vorakten abgegeben und ergibt ein schlüssiges Gesamtbild. Dr. med. B._ diagnostizierte ein Abhängigkeitssyndrom durch Opioide bei gegenwärtiger Teilnahme an einem ärztlich überwachten Ersatzdrogenprogramm sowie einen schädlichen Gebrauch von Cannabinoiden bei paranoider Persönlichkeitsstörung. Er zeigte auf, dass er einen psychotischen Schub als Auslöser der Drogensucht für unwahrscheinlich und die (spontan spätestens nach zwei Monaten wieder abgeheilten) "psychotischen Episoden" späterer Jahre für Dekompensationen einer noch ungenügend stabilisierten Persönlichkeit und nicht für Psychosen im engeren Sinn hält, weshalb er die Drogenabhängigkeit als primär deutete. Die Persönlichkeitsentwicklung - so der Gutachter - habe sich stabilisiert, wobei ein paranoider Einschlag geblieben sei. Nach Dr. med. B._ ist es unwahrscheinlich, dass eine psychiatrische Grundkrankheit sekundär zum Drogenabusus geführt habe; vielmehr hätten primär sehr wahrscheinlich typische Merkmale wie Entwurzelung, fehlende Geborgenheit und innere Leere bestanden. Für ebenso unwahrscheinlich hält es der Experte, dass der Drogenabusus an der aktuell spezifisch paranoiden Persönlichkeitsausrichtung beteiligt sei. Eine bleibende Arbeitsunfähigkeit sei sodann aufgrund der diagnostizierten Störungen grundsätzlich nicht gerechtfertigt.
5.3 Soweit der Beschwerdeführer wiederum auf die Leitlinien der Schweizerischen Gesellschaft für Versicherungspsychiatrie für die Begutachtung psychischer Störungen hinweist, ist ihm insofern beizupflichten, als diese bezüglich Anforderungsprofil für die Fachdisziplin Psychiatrie als Standard herangezogen werden können (Urteil I 142/07 vom 20. November 2007, E. 3.2.4 mit Hinweisen). Sie haben nicht verbindlich-behördlichen Charakter, sondern formulieren den fachlich anerkannten Standard für eine sachgerechte, rechtsgleiche psychiatrische Begutachtungspraxis in der Schweiz. Die vom Beschwerdeführer angeführten Kritikpunkte am Gutachten des Dr. med. B._ vermögen nach Gesagtem keine Verletzung dieses Standards zu begründen. Wie bereits von der Vorinstanz dargelegt sind die Vorakten berücksichtigt, die eigene Untersuchung sowie das Gespräch mit dem Exploranden ausgewert und ergibt das Gutachten ein schlüssiges Gesamtbild.
5.4 Auch die vorinstanzlichen Feststellungen zur Arbeitsfähigkeit schliesslich sind im Rahmen der bundesgerichtlichen Überprüfungsbefugnis nicht zu beanstanden. Das kantonale Gericht hat gestützt auf das Gutachten des Dr. med. B._ überzeugend dargelegt, dass beim Beschwerdeführer keine Arbeitsunfähigkeit im Rechtssinne vorliegt. Der Umstand, dass der Beschwerdeführer mit Ausnahme von ein paar Monaten nie einer Erwerbstätigkeit nachgegangen ist und daher Schwierigkeiten haben wird, im Arbeitsmarkt Fuss zu fassen, beschlägt invaliditätsfremde Gründe. Wenn der Gutachter festhält, einen Einstieg in die Arbeit ohne spezifisch darauf fokussierte ambulante psychotherapeutische Hilfe halte er kaum für möglich, betrifft dies die Frage der Sozialrehabilitation, welche indes, von nicht gegebenen Ausnahmen abgesehen (Art. 8 Abs. 2 und 2bis IVG), nach geltendem Recht keine Aufgabe der Invalidenversicherung darstellt (<ref-ruling> E. 3b S. 127).
5.5 Zusammenfassend steht fest, dass die Tatsachenfeststellungen und Erwägungen des kantonalen Gerichts zum Gesundheitszustand des Versicherten und der damit vereinbaren Arbeitsfähigkeit im Lichte der Akten und der Parteivorbringen weder offensichtlich unrichtig noch rechtsfehlerhaft sind. Da sich im Rahmen der freien, pflichtgemässen Würdigung der Beweise durch die Vorinstanz ein stimmiges und vollständiges Bild des Gesundheitszustandes ergab, welches nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit hinreichende Klarheit über den rechtserheblichen Sachverhalt vermittelte, verletzt auch deren Verzicht auf Beweisweiterungen im Sinne einer antizipierten Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 4b S. 94) nicht Bundesrecht. Damit besteht keine Grundlage für ein Abweichen von der vorinstanzlichen Feststellung, es liege beim Beschwerdeführer kein invalidisierender Gesundheitsschaden vor.
6. 6.1 Das kantonale Gericht hat dem Beschwerdeführer im vorinstanzlichen Verfahren Gerichtskosten von Fr. 700.- auferlegt und seinem Antrag entsprechend die unentgeltliche Rechtsvertretung bewilligt. Der Beschwerdeführer sieht darin eine Rechtsverletzung in Form von überspitztem Formalismus und Verhalten wider Treu und Glauben.
6.2 In der Beschwerde gegen die Verfügung 26. November 2007 beantragte der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers, es sei letzterem in der Person des Unterzeichneten ein unentgeltlicher Rechtsbeistand beizugeben, alles unter Kosten- und Entschädigungsfolge. Zur Begründung verwies er auf die Fürsorgeabhängigkeit des Beschwerdeführers. Wenn die Vorinstanz unter Hinweis auf die rechtskundige Vertretung dem Antrag entsprach und nicht gestützt auf das Gesuch um Bewilligung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes auch die unentgeltliche Prozessführung bewilligte, kann darin weder überspitzter Formalismus noch ein Verhalten gegen Treu und Glauben erblickt werden. Die Argumentation des Rechtsvertreters, er habe übersehen, dass das IV-Verfahren als solches nunmehr ebenfalls kostenpflichtig sei, vermag daran nichts zu ändern. Von einem rechtskundigen Vertreter muss erwartet werden, dass er im Januar 2008 - mithin 1 1⁄2 Jahre nach Einführung der Kostenpflicht im IV-Verfahren - darum weiss. Aus dem Umstand, dass kein Kostenvorschuss erhoben wurde, kann der Beschwerdeführer mangels Pflicht des kantonalen Gerichts zur Einholung eines Kostenvorschusses ebenfalls nichts zu seinen Gunsten ableiten. Die Beschwerde ist somit auch in diesem Punkt abzuweisen.
7. Die Gerichtskosten werden dem unterliegenden Beschwerdeführer auferlegt (<ref-law>). Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der vorläufigen Befreiung von den Gerichtskosten und der unentgeltlichen Verbeiständung) kann entsprochen werden, da die Bedürftigkeit ausgewiesen ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung durch einen Rechtsanwalt geboten war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt David Husmann, wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. März 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Kopp Käch