Sachverhalt:
A. Der 1956 geborene S._ war seit 17. März 1997 als Temporärmitarbeiter der Firma X._ AG tätig und mit Pfahlarbeiten im Hafen Z._ am See Y._ beschäftigt, als Ende März 1997 eine akute Lumboischialgie bei linksseitiger Diskushernie L5/S1 auftrat. Die Diskushernie wurde am 18. April 1997 operiert. Die Invalidenversicherung sprach S._ mit Verfügung vom 11. Oktober 2005 rückwirkend ab 1. Juni 2002 eine ganze Invalidenrente zu. Als zuständiger Unfallversicherer lehnte die SUVA es mit Verfügung vom 25. Juli 2007 ab, die mit Schreiben vom 9. Oktober 2006 geltend gemachten Leistungen zu erbringen, da kein versichertes Unfallereignis vorliege. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 7. April 2008 fest.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 9. Februar 2009 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei die SUVA zu verpflichten, in Anerkennung eines Unfalls die gesetzlichen Leistungen zu erbringen. Eventualiter sie die Sache zur Durchführung weiterer Abklärungen an die SUVA zurückzuweisen. Ferner wird um unentgeltliche Rechtspflege ersucht.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft indessen grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Unfallbegriff nach <ref-law> sowie insbesondere zum Begriffsmerkmal der Ungewöhnlichkeit (vgl. die zu dem [mit Inkrafttreten des ATSG am 1. Januar 2003 ersatzlos aufgehobenen] <ref-law> ergangene, weiterhin geltende Rechtsprechung: <ref-ruling> E. 1 S. 233 mit Hinweisen; zu <ref-law>: RKUV 2004 Nr. U 530 S. 576, U 123/04 E.1.2) richtig dargelegt. Entsprechendes gilt bezüglich der vorinstanzlichen Erwägungen zur rechtsprechungsgemässen Bejahung eines ungewöhnlichen äusseren Faktors bei Vorliegen einer unkoordinierten Bewegung - d.h. einer Störung der körperlichen Bewegung durch etwas "Programmwidriges" wie Stolpern, Ausgleiten, Anstossen oder ein reflexartiges Abwehren eines Sturzes etc. (<ref-ruling> E. 2.1 S. 118; RKUV 2000 Nr. U 368S. 99, U 335/98 E. 2d; RKUV 1999 Nr. U 345 S. 420, U 114/97 E. 2b je mit Hinweisen; vgl. ALFRED MAURER, Schweizerisches Unfallversicherungsrecht, 2. Aufl., Bern 1989, S. 176 f.). Darauf wird verwiesen. Zu betonen ist, dass, wo sich die Schädigung auf das Körperinnere beschränkt und sie erfahrungsgemäss auch als alleinige Folge von Krankheiten, namentlich von degenerativen Veränderungen eines Körperteils innerhalb eines durchaus normalen Geschehensablaufs, auftreten kann, die unkoordinierte Bewegung als unmittelbare Ursache der Schädigung unter besonders sinnfälligen Umständen gesetzt worden sein muss (RKUV 1999 Nr. U 345 S. 420 E. 2b, U 114/97 mit Hinweisen).
3. Streitig ist, ob der Beschwerdeführer am 27. März 1997 einen Unfall im Rechtssinn erlitten hat, der die Leistungspflicht der SUVA begründet. SUVA und Vorinstanz haben die zur Erfüllung des Unfallbegriffes vorausgesetzte Ungewöhnlichkeit der äusseren Einwirkung anlässlich des geltend gemachten Ereignisses vom 27. März 1997 verneint. Der Beschwerdeführer stellt sich hingegen auf den Standpunkt, aufgrund des Ablaufs und des erheblichen Gewichts sowie Umfangs des Pfahls sei von einer mechanischen Einwirkung auszugehen, die zu einem Verhebetrauma geführt habe. Die Ungewöhnlichkeit sei aufgrund einer unkoordinierten Bewegung beim Richtigstellen des Pfahls zu bejahen, ebenso habe sich der Versicherte überanstrengt, weshalb ein leistungsbegründender Unfall vorliege.
3.1 Laut Sachverhaltsschilderung gegenüber dem SUVA-Aussendienstmitarbeiter am 15. November 2006 führte der Beschwerdeführer aus, am 26. oder 27. März 1997 sei er bei Bauarbeiten am Bootshafen Z._ zusammen mit einem Arbeitskollegen auf einer Flossplattform gestanden. Ein ca. 200 kg schwerer, an einem Kranseil hängender Rammpfahl habe sich nicht in richtiger Position befunden. Um diesen richtig zu stellen, habe er den Pfahl mit beiden Händen haltend gegen sich ziehen und anschliessend anheben müssen. Beim Ziehen und anschliessenden Anheben habe er einen einschiessenden Schmerz im unteren Rückenbereich verspürt, wobei er weder ausgerutscht noch hingefallen sei. Im schriftlichen Bericht vom 12. Dezember 2006 führte der Versicherte ergänzend aus, einer der Pfähle habe sich zwischen zwei Eisen verklemmt, als sie ihn hätten vertikal stellen wollen, um ihn danach in den Seegrund zu rammen. Er habe versucht, diesen gegen sich zu ziehen, was ihm nicht gelungen sei, weshalb er ihn auf die linke Schulter gestützt und gleichzeitig daran gezogen habe, um ihn freizubekommen. In diesem Augenblick habe er ein Knacken und einen akuten Schmerz in der Lendengegend verspürt.
3.2 Die vom Versicherten ausgeführte Bewegung (Ziehen am Pfahl und Anheben desselben, beziehungsweise das Abstützen des Pfahls mit der Schulter und Ziehen daran) ist als solche nicht ungewöhnlich. Der natürliche Ablauf der Körperbewegung wurde sodann - wie die Vorinstanz bereits zutreffend ausgeführt hat, worauf verwiesen wird - nicht durch etwas Programmwidriges oder Sinnfälliges wie Ausgleiten, Stolpern, oder reflexartiges Abwehren eines Sturzes beeinträchtigt (vgl. E. 2 hievor), sodass der ungewöhnliche äussere Faktor auch nicht aufgrund einer von aussen beeinflussten, unkoordinierten Bewegung, die als programmwidrig bezeichnet werden müsste, zu bejahen ist. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers wurde der natürliche Ablauf der Körperbewegung nicht bereits deshalb programmwidrig beeinflusst, weil sich der Pfahl zwischen zwei Eisen eingeklemmt hatte. Dass die Verkeilung zu einer unvorhersehbaren Beeinträchtigung des Bewegungsablaufs führte, welcher der Versicherte ausgesetzt war, ergibt sich aus dem geschilderten Geschehensablauf gerade nicht. Ein zusätzliches Indiz für die fehlende Ungewöhnlichkeit des äusseren Faktors bei dem beschriebenen Geschehen ist überdies darin zu sehen, dass von einer 2006 angeblich erinnerlichen, den üblichen Bewegungsablauf störenden Programmwidrigkeit oder einer unkoordinierten Bewegung, welche im März 1997 stattgefunden haben soll, bis dahin in den gesamten Akten nie die Rede war. Die Aussergewöhnlichkeit lässt sich ferner auch nicht durch einen ausserordentlichen Kraftaufwand im Sinne einer Überanstrengung begründen, zumal der Pfahl an einem Seil am Kran befestigt war. Der Beschwerdeführer konnte sich ohne Eile in die richtige Position bringen, um den Pfahl anzuheben. Auch kann nicht beim Bewegen von Lasten durch menschliche Kräfte generell und einzig deshalb, weil der Gegenstand ein bestimmtes Gewicht überschreitet, auf eine Überanstrengung geschlossen werden (<ref-ruling> E. 3b S. 139; RKUV 1994 Nr. 180 S. 38 E. 2, U 109/92; Urteil U 477/00 vom 6. Mai 2002 E. 3b). Die individuellen Fähigkeiten sind überdies nach der Lehre kein massgebendes Kriterium für die - sich nach objektiven Gesichtspunkten richtende - Bejahung oder Verneinung der Ungewöhnlichkeit (<ref-ruling> E. 4.2.3 S. 79 mit Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung). Damit ist der Unfallbegriff in Übereinstimmung mit der vorinstanzlichen Auffassung nicht erfüllt. Bei dieser Sach- und Rechtslage ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz auf weitere Beweismassnahmen verzichtet hat (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 4b S. 94; SVR 2007 IV Nr. 45 S. 149, I 9/07 E. 4).
4. Die Beschwerde ist offensichtlich unbegründet, weshalb sie im Verfahren nach <ref-law>, insbesondere ohne Durchführung eines Schriftenwechsels und mit summarischer Begründung, erledigt wird.
5. Die unentgeltliche Rechtspflege kann wegen Aussichtslosigkeit der Beschwerde nicht gewährt werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 135 mit Hinweisen). Der unterliegende Beschwerdeführer trägt die Gerichtskosten (<ref-law>).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla