Sachverhalt:
A. Am 29. Juli 2003 ging bei der Schweizerischen Bundesanwaltschaft ein Rechtshilfeersuchen einer niederländischen Staatsanwaltschaft ein, in welchem diese um den Einsatz eines verdeckten Ermittlers zur Aufdeckung einer kriminellen Organisation im Sinne von <ref-law> i.V.m. qualifiziertem Drogenhandel und Geldwäscherei nachsuchte.
Nach einer summarischen Prüfung kam das Bundesamt für Justiz mit Verfügung vom 26. August 2003 zum Schluss, das Gesuch entspreche den Formerfordernissen des Europäischen Übereinkommens über die Rechtshilfe in Strafsachen (EueR) und es bestehe kein Grund, die Rechtshilfeleistung als offensichtlich unzulässig zu erklären. Die Durchführung des Rechtshilfeverfahrens übertrug es in Anwendung von Art. 17 Abs. 4 und Art. 79 Abs. 2 IRSG der Bundesanwaltschaft.
Mit Eintretens- und Schlussverfügung vom 12. September 2003 entsprach die Bundesanwaltschaft dem Rechtshilfeersuchen und bewilligte den Einsatz niederländischer verdeckter Ermittler in der Schweiz unter verschiedenen Bedingungen und Auflagen bis zum 31. Dezember 2004. Gestützt darauf wurden im Rahmen der Operation "A._" verdeckte niederländische Ermittler in der Schweiz tätig.
B. Mit Eingabe vom 23. Dezember 2004 ersuchte die Bundesanwaltschaft den Präsidenten der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts, den Einsatz der verdeckten Ermittler bis zum 31. Dezember 2005 nach Art. 18 Abs. 1 des auf den 1. Januar 2005 in Kraft getretenen Bundesgesetzes über die verdeckte Ermittlung (BVE; SR 312.8) zu genehmigen.
Mit Entscheid vom 5. Januar 2005 trat der Präsident der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts auf das Gesuch der Bundesanwaltschaft zur Genehmigung eines verdeckten Ermittlers im Rahmen eines Rechtshilfeverfahrens nicht ein.
Mit Beschwerde nach Art. 33 Abs. 3 lit. a SGG ans Bundesgericht beantragte die Bundesanwaltschaft, diesen Entscheid aufzuheben und den Beschwerdekammerpräsidenten anzuweisen, auf das Genehmigungsersuchen einzutreten und einen materiellen Entscheid zu fällen.
Mit Entscheid 1S.12/2005 vom 7. Februar 2005 trat das Bundesgericht auf die Beschwerde der Schweizerischen Bundesanwaltschaft nicht ein.
Am 6. Juni 2005 wies der Präsident der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts das Gesuch der Bundesanwaltschaft ab, seinen Entscheid vom 5. Januar 2005 in Wiedererwägung zu ziehen.
Mit Schlussverfügung vom 28. Juni 2005 wies die Bundesanwaltschaft das Rechtshilfeersuchen einer niederländischen Staatsanwaltschaft im Strafverfahren gegen B._, C._ und andere wegen Verdachts der Mitgliedschaft einer kriminellen Organisation, des qualifizierten Betäubungsmittelhandels und der Geldwäscherei ab und verweigerte die Rechtshilfe.
C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 5. Juli 2005 beantragt das Bundesamt für Justiz, die Schlussverfügung der Bundesanwaltschaft vom 28. Juni 2005 sowie die Entscheide des Präsidenten der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts vom 5. Januar 2005 und vom 6. Juni 2005 aufzuheben. Zudem sei die Bundesanwaltschaft anzuweisen, dem Bundesstrafgericht erneut die Genehmigung des Einsatzes des im Rechtshilfeersuchen einer niederländischen Staatsanwaltschaft vom 29. Juli 2003 beantragten verdeckten Ermittlers zu beantragen.
Der Präsident der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts legt in seiner Vernehmlassung insbesondere dar, dass seine beiden in dieser Angelegenheit ergangenen Entscheide letztinstanzlich seien und nicht auf dem Umweg über eine Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach <ref-law> gegen die Schlussverfügung der Bundesanwaltschaft angefochten werden könnten.
Die Bundesanwaltschaft schliesst sich den Ausführungen des Bundesamtes für Justiz an und beantragt, dessen Beschwerde gutzuheissen und ihre Schlussverfügung aufzuheben.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Schlussverfügung der Bundesanwaltschaft ist mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbar (Art. 25 Abs. 1 und <ref-law>), und das Bundesamt für Justiz ist befugt, sie zu erheben (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde grundsätzlich einzutreten ist.
Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde allerdings insoweit, als beantragt wird, die Entscheide des Beschwerdekammerpräsidenten des Bundesstrafgerichts seien aufzuheben. Diese sind gemäss Gesetz und dem im ersten in dieser Angelegenheit ergangenen Urteil des Bundesgerichts (1S.12/2005) nicht anfechtbar.
2. 2.1 Das Bundesamt macht geltend, die Bundesanwaltschaft habe in ihrer Schlussverfügung vom 28. Juni 2005 gegen ihren Willen das Rechtshilfeersuchen der holländischen Staatsanwaltschaft abgewiesen. Sie sei faktisch dazu gezwungen gewesen, weil der Präsident der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts in seinem Entscheid vom 5. Januar 2005 die Gewährung von Rechtshilfe in diesem Fall als unzulässig beurteilt und dementsprechend den anbegehrten Einsatz verdeckter Ermittler nicht genehmigt habe. Der Präsident sei indessen klarerweise nicht befugt gewesen zu prüfen, ob Rechtshilfe zu gewähren sei oder nicht. Er hätte vielmehr ausschliesslich zu entscheiden gehabt, ob die Voraussetzungen des Bundesgesetzes über die verdeckte Ermittlung (BVE; SR 312.8) für den Einsatz eines verdeckten Ermittlers gegeben seien und hätte diesen, gegebenenfalls unter den erforderlichen Auflagen und Bedingungen, zu genehmigen oder nicht zu genehmigen gehabt. Die Schlussverfügung verstosse daher gegen Bundesrecht, da sie Rechtshilfe verweigere, obwohl die Voraussetzungen für deren Gewährung erfüllt seien.
2.2 Die Bundesanwaltschaft war am 12. September 2003 unbestrittenermassen befugt, über das niederländische Rechtshilfeersuchen zu befinden und den Einsatz verdeckter Ermittler zuzulassen, nachdem ihr die Durchführung des Verfahrens vom Bundesamt für Justiz nach <ref-law> übertragen worden war. Mit dem In-Kraft-Treten des BVE auf den 1. Januar 2005 hat sich die Rechtslage insoweit verändert, als der Einsatz eines verdeckten Ermittlers in der Schweiz einer richterlichen Genehmigung - vorliegend durch den Präsidenten der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts (Art. 8 Abs. 1 lit. a BVE i.V.m. Art. 33 Abs. 1 SGG) - bedarf. Folgerichtig ersuchte daher die Bundesanwaltschaft im Dezember 2004 den Beschwerdekammerpräsidenten, die verdeckte Ermittlung vom 1. Januar bis zum 31. Dezember 2005 zu bewilligen.
2.3 Der Beschwerdekammerpräsident prüfte im Entscheid vom 5. Januar 2005 dann allerdings nicht, ob die Voraussetzungen des BVE für den Einsatz von verdeckten Ermittlern gegeben seien. Er hat sich vielmehr auf den Standpunkt gestellt, die Gewährung von Rechtshilfe an die Niederlande sei vorliegend ausgeschlossen, da das IRSG den Einsatz verdeckter Ermittler nicht vorsehe und die Niederlande den Staatsvertrag, der ein solches Vorgehen ermöglichen würde, nicht ratifiziert hätten. Es dürfe den Niederlanden unter den vorliegenden Umständen keine Rechtshilfe gewährt werden, weshalb sich die Frage des Einsatzes eines verdeckten Ermittlers nicht stelle.
Über die Gewährung der Rechtshilfe hatte indessen die Bundesanwaltschaft als dafür zuständige Behörde bereits am 12. September 2003 entschieden, sie als zulässig betrachtet und bewilligt. Deren Entscheid werden die Betroffenen, denen er gemäss Dispositiv-Ziffer 8 eröffnet werden muss, sobald keine Verdunkelungsgefahr mehr besteht, beim Bundesgericht mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechten können (<ref-law>). Die abschliessende Beurteilung der Zulässigkeit der Gewährung der Rechtshilfe steht somit nach dieser unzweideutigen gesetzlichen Regelung dem Bundesgericht zu.
Diese Verfügung der Bundesanwaltschaft bindet den Präsidenten der Beschwerdekammer jedenfalls dann, wenn sie nicht offensichtlich unhaltbar ist (allgemein zur Bindungswirkung von Verwaltungsverfügungen: <ref-ruling> E. 3 S. 44; André Grisel, Traité de droit administratif, Neuchâtel 1984, vol. I, p. 188 ff.; Rhinow/Krähenmann, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, Basel und Frankfurt am Main 1990, S. 130). Eine vorfrageweise Überprüfung der Verfügung der Bundesanwaltschaft vom 12. September 2003 durch den Beschwerdekammerpräsidenten im Verfahren zur Genehmigung des Einsatzes verdeckter Ermittler nach Art. 18 BVE ist damit bloss in einem sehr engen Rahmen zulässig, indem dieser befugt ist, die Genehmigung ohne vorgängige Prüfung der Voraussetzungen des BVE zu verweigern, wenn die Bundesanwaltschaft ganz offensichtlich zu Unrecht Rechtshilfe gewährte. Im Übrigen ist er an deren Verfügung gebunden und nicht befugt, sie zu überprüfen.
Die Verfügung der Bundesanwaltschaft vom 12. September 2003 war keinesfalls offensichtlich unhaltbar (dazu unten E. 3) und damit für den Beschwerdekammerpräsidenten bindend; er hat seine sachliche Zuständigkeit klar überschritten, indem er sich über sie hinwegsetzte und befand, die Rechtshilfe an die Niederlande sei unrechtmässig erfolgt, anstatt allein zu prüfen, ob die Voraussetzungen des BVE erfüllt seien oder nicht. Ob sein Entscheid deswegen als nichtig und damit für die Bundesanwaltschaft unbeachtlich zu betrachten wäre - worauf die Beschwerde des Bundesamtes hinausläuft - kann hier offen bleiben. Im Ergebnis hat die Bundesanwaltschaft die von den Niederlanden anbegehrte Rechtshilfe zu Recht verweigert, weshalb die Beschwerde unbegründet ist.
3. 3.1 Rechtshilfe kann gewährt werden, wenn sie nach schweizerischem Recht zulässig oder staatsvertraglich vorgesehen ist. Die Aufzählung der Rechtshilfemassnahmen in <ref-law> ist nach klarem Wortlaut ("namentlich") und Sinn (BBl 1995 III 22) beispielhaft. Es genügt daher grundsätzlich, wenn die anbegehrte Massnahme nach Schweizerischem Recht zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 e contrario). Dies ist nach den Bestimmungen des seit dem 1. Januar 2005 in Kraft stehenden BVE für die verdeckte Ermittlung der Fall. Dass in Art. 2 BVE - anders als in <ref-law> - nicht ausdrücklich bestimmt ist, das Gesetz sei auf Rechtshilfeverfahren anwendbar, ändert daran an sich nichts. Ein derartiger Verweis ist überflüssig, was sich schon daraus ergibt, dass die kantonalen Strafprozessordnungen, auf deren Grundlage die Schweiz seit Jahrzehnten Rechtshilfe leistet, jedenfalls in der Regel keine ausdrückliche Bestimmung enthalten, wonach sich ihr Geltungsbereich auch auf den Vollzug von Rechtshilfeersuchen erstreckt.
3.2 Allerdings ist es bei dieser Ausgangslage gesetzgebungstechnisch merkwürdig, dass im BÜPF und im BVE, welche mit der Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs bzw. der verdeckten Ermittlung besonders einschneidende strafprozessuale Zwangsmassnahmen regeln und die wegen des engen Sachzusammenhangs vom Bundesrat in einer gemeinsamen Botschaft vom 1. Juli 1998 (BBl 1998 4241 ff.) ins Gesetzgebungsverfahren eingebracht wurden, der Geltungsbereich unterschiedlich geregelt wird, indem im BVE jeder Hinweis auf seine rechtshilfeweise Anwendbarkeit fehlt, währenddem im BÜPF in Art. 1 Abs. 1 nicht nur erwähnt wird, dass es für den Vollzug von Rechtshilfeersuchen anwendbar ist, sondern Art. 6 lit. b und c eine ausdrückliche Regelung für die rechtshilfeweise Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs enthält. Da sich der Botschaft dazu nichts Einschlägiges entnehmen lässt, kann daraus nicht abgeleitet werden, der Gesetzgeber habe die rechtshilfeweise Anwendung des BVE im Sinne eines qualifizierten Schweigens ausschliessen wollen. Dagegen spricht zudem, dass sie insbesondere im von der Schweiz ratifizierten Zweiten Zusatzprotokoll zum Europäischen Übereinkommen über die Rechtshilfe in Strafsachen (SR 0.351.12) ausdrücklich vorgesehen ist.
3.3 Der Einsatz verdeckter Ermittler stellt indessen bereits in einem inländischen Strafverfahren eine weit gehende, einschneidende Massnahme dar, die vor der Verfassung nur standhält, wenn sie unter den strengen Voraussetzungen des BVE durchgeführt wird. Der rechtshilfeweise Einsatz ausländischer Ermittler zu Gunsten eines ausländischen Strafverfahrens ist noch erheblich problematischer, weil es angesichts der heute bestehenden technischen Kommunikationsmittel schlechterdings unmöglich ist, den Informationsfluss zwischen dem (ausländischen) Ermittler und seinen (ausländischen) Auftraggebern in irgendeiner Weise effektiv zu kontrollieren. Mit der Genehmigung des Einsatzes eines verdeckten Ermittlers wird damit Rechtshilfe gewährt im Vertrauen darauf, dass sich der ersuchende Staat an die Auflagen und Bedingungen hält, unter denen sie erteilt wurde, und im Wissen darum, dass eine - auch nachträgliche - Kontrolle, welche Ermittlungsergebnisse der verdeckte Ermittler weiterleitet und in welcher Weise diese im Ausland verwertet werden, nicht gewährleistet ist. Dies stellt einen massiven Einbruch in ein Grundprinzip des Rechtshilferechts dar, wonach verwertbare Informationen dem ersuchenden Staat erst zukommen dürfen, nachdem die Schlussverfügung, mit welcher die Zulässigkeit der Rechtshilfeleistung abschliessend geprüft wird, in Rechtskraft erwachsen ist (<ref-law>, <ref-ruling> E. 2.4 in Bezug auf eine Zeugeneinvernahme in einer Videokonferenz, bei welcher Zeugenaussagen in der Schweiz ohne Verzug und ungefiltert an die ausländische Behörde hätten übermittelt werden sollen).
3.4 Diese Eigenheiten des rechtshilfeweisen Einsatzes verdeckter Ermittler rechtfertigen, diese Rechtshilfemassnahme nur zu Gunsten von Staaten zuzulassen, zu denen ein besonderes Vertrauensverhältnis besteht und die Gewähr bieten, sich trotz fehlender Kontrollmöglichkeiten der Schweiz an die Auflagen und Bedingungen zu halten, unter denen die Rechtshilfe gewährt wurde. Als Ausdruck eines solchen kann der Abschluss eines Staatsvertrages gesehen werden, in welchem der (gegenseitige) Einsatz verdeckter Ermittler ausdrücklich vorgesehen und geregelt wird. Es ergibt sich daher, dass für die verdeckte Ermittlung, anders als für die weniger weit gehenden Rechtshilfemassnahmen, für die eine Grundlage im internen Recht oder in einem Staatsvertrag genügt, prinzipiell eine staatsvertragliche Regelung notwendig ist.
3.5 Die verdeckte Ermittlung wird, wie ausgeführt, im von der Schweiz unterzeichneten und ratifizierten Zweiten Zusatzprotokoll zum Europäischen Übereinkommen über die Rechtshilfe in Strafsachen ausdrücklich geregelt. Die Niederlanden haben dieses zwar unterzeichnet, indessen (noch) nicht ratifiziert, weshalb es auf das hier strittige Rechtshilfeersuchen keine Anwendung finden kann. Somit fehlt es an der nach dem Gesagten für die rechtshilfeweise Zulassung einer verdeckten Ermittlung erforderlichen staatsvertraglichen Grundlage. Die Bundesanwaltschaft hat daher in ihrer Schlussverfügung vom 28. Juni 2005, mit welcher sie die anbegehrte Rechtshilfe verweigerte, kein Bundesrecht verletzt.
4. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Kosten sind keine zu erheben (Art. 156 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Bundesstrafgericht, Präsident der Beschwerdekammer und der Schweizerischen Bundesanwaltschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Oktober 2005
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: