Faits:
A.
Entre 2006 et 2008, X._, préposé à l'Office des poursuites et faillites du district d'Hérens, s'est rendu à huit reprises, dans le cadre de son activité de liquidateur d'une succession répudiée ouverte en Suisse, sur sol italien afin d'examiner, de déplacer et de vendre un bateau appartenant à cette succession.
B.
Par jugement du 29 janvier 2013, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a acquitté X._ du chef de violation de la souveraineté étrangère (<ref-law>). Elle lui a accordé une indemnité et a mis les frais de procédure à la charge de la Confédération.
En substance, cette autorité a estimé que les agissements de X._ sur sol italien n'étaient pas des actes officiels, que les voies de l'entraide ne devaient pas nécessairement être suivies et que l'Etat étranger avait consenti à ces actes. Elle a également nié la réalisation de l'élément subjectif de l'infraction.
C.
Le Ministère public de la Confédération forme un recours en matière pénale contre ce jugement auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à la condamnation de X._ pour violation de la souveraineté territoriale étrangère à une peine pécuniaire de 10 jours-amende, à 140 fr. le jour avec sursis pendant 2 ans, à ce qu'il soit renoncé à révoquer le sursis prononcé le 12 août 2005 et à ce que les frais de la procédure soient mis à la charge de X._. Alternativement, il sollicite l'annulation du jugement et le renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision.

Considérant en droit:
1.
1.1. L'<ref-law> appartient au titre 16 du Code pénal, qui sanctionne les crimes ou délits de nature à compromettre les relations avec l'étranger. En vertu de son ch. 1 al. 1, celui qui aura violé la souveraineté territoriale d'un Etat étranger, notamment en procédant indûment à des actes officiels sur le territoire de cet Etat, sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
La notion d'actes officiels au sens de l'<ref-law> correspond à celle d'actes qui relèvent des pouvoirs publics prévue par l'<ref-law> sanctionnant les actes exécutés sans droit pour un Etat étranger (Stratenwerth/Bommer, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil II, Straftaten gegen Gemeininteressen, 6e éd. 2008, § 49 n. 12; Trechsel/Pieth, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Praxiskommentar, 2e éd. 2013, n° 2 ad <ref-law>). La question de savoir si un acte doit être qualifié d'officiel se détermine donc selon la nature et le but de cet acte - et non son auteur (ATF 114 IV 128 consid. 2b p. 130 et les références citées) - et à la lumière du droit en vigueur dans le lieu où l'acte a été commis (cf. ATF 65 I 39 consid. 2 p. 44). Il s'agit par conséquent pour les actes visés par l'<ref-law> du droit de l'Etat étranger sur le territoire duquel ils ont été effectués. En effet, seule la commission d'actes officiels au sens du droit de cet Etat est susceptible de violer la souveraineté de ce dernier et de compromettre ainsi les relations de la Suisse avec l'étranger.
1.2. Le recours en matière pénale ne peut être formé, au sens de l'<ref-law>, que pour violation du droit suisse à l'exclusion du droit étranger (arrêts 6B_834/2011 du 11 janvier 2013 consid. 2.4; 6B_901/2009 du 3 novembre 2010 consid. 2.3.1). L'<ref-law> prévoit des exceptions où le droit étranger peut faire l'objet d'un recours. Celles-ci n'ont cependant aucune portée en matière pénale (arrêt 6B_221/2007 du 13 août 2007 consid. 1.1 et les références citées). Dans le cadre d'un recours en matière pénale, la cour de céans ne revoit ainsi pas librement l'application du droit étranger. Le recourant peut uniquement se plaindre d'arbitraire dans l'application de ce droit, grief qui doit être invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 69). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
1.3. Le recourant n'invoque ni ne démontre dans son mémoire aucune application arbitraire du droit italien afin d'appuyer son grief visant à ce que les actes litigieux soient qualifiés d'officiels. Il y a dès lors lieu de s'en tenir à la solution de la cour précédente qui a nié cette qualification.
1.4. Au surplus, l'acte officiel visé par l'<ref-law> doit violer la souveraineté étrangère. Un tel résultat implique que l'acte litigieux a été accompli sans droit. Tel n'est pas le cas s'il a été exécuté conformément à un traité international, si la législation étrangère l'autorisait ou si l'autorité étrangère compétente y a régulièrement consenti (cf. PAUL LOGOZ, Commentaire du Code pénal suisse, partie spéciale II, 1956, n. 3a dd ad <ref-law> et n. 2b ad <ref-law>; également BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol. II, 3e éd. 2010, n° 10 ad <ref-law>; ATF 65 I 39 consid. 2 p. 45 s'agissant de la dernière hypothèse).
La cour précédente a constaté, au vu des démarches entreprises par l'intimé et de la réaction des autorités italiennes interpellées, que l'Etat étranger avait consenti aux actes litigieux (jugement, ch. 2.9 p. 11).
Le recourant conteste cette appréciation et invoque la jurisprudence rendue à l'ATF 65 I 39 consid. 4. Cet arrêt traite de la punissabilité d'actes officiels commis sur le territoire suisse pour le compte d'un Etat étranger, sanctionnés à l'époque par l'art. 1 al. 1 de l'arrêté fédéral du 21 juin 1935 tendant à garantir la sûreté de la Confédération et renforçant le Ministère public fédéral. Contrairement à ce que le recourant soutient, cet arrêt retient uniquement que l'accord de la personne privée lésée par les actes litigieux - et non celui de l'Etat sur le territoire duquel ces actes ont eu lieu - n'exclut pas la condamnation. Il est sans portée sur la question ici examinée. Le recourant critique également l'argument du consentement des autorités italiennes contactées par l'intimé pour exclure le caractère indu de ses agissements, invoquant que ces autorités n'étaient pas compétentes (recours, p. 6). Ce faisant, il s'en prend à l'appréciation par l'autorité précédente de l'organisation interne d'un Etat étranger, qui ne peut être revue que sous l'angle de l'arbitraire. Il ne soulève toutefois pas un tel grief. Au demeurant, son argumentation ne convainc pas dès lors qu'il conteste la compétence des autorités contactées par l'intimé en invoquant qu'elles n'étaient pas celles désignées par des accords internationaux, accords qu'il estime, quelques lignes plus haut, inapplicables aux actes litigieux (recours, p. 6).
1.5. Il résulte de ce qui précède que deux des conditions objectives posées par l'<ref-law> n'étaient pas remplies. L'acquittement prononcé s'imposait. Dans ces circonstances, il n'est pas nécessaire d'analyser les autres griefs soulevés par le recourant, non susceptibles de modifier le sort du présent arrêt.
2.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Il est statué sans frais (<ref-law>) ni dépens, l'intimé n'ayant pas été invité à se déterminer.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Il est statué sans frais judiciaires ni dépens.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral.
Lausanne, le 22 juillet 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod