Sachverhalt:
A. A._, geboren 1959, ist verheiratet und Mutter von zwei Kindern (geboren 1985 und 1987). Nach dem Besuch der Schulen und dem Abschluss einer Verkäuferinnenlehre zog sie im 20. Lebensjahr aus dem Kosovo zu ihrem Vater in die Schweiz. Abgesehen von den Jahren 1985 bis 1988 war A._ seit ihrer Einwanderung in die Schweiz praktisch immer vollzeitlich erwerbstätig, zuletzt vom 29. Juli 2002 bis 30. Juni 2004 (letzter Arbeitstag) als Betriebsmitarbeiterin im Auslieferungslager der Firma X._ AG. Diese Arbeitsstelle verlor sie wegen seit Januar 2004 anhaltender Arbeitsunfähigkeit im Umfang von 50 bis 100 %. Am 16. November 2004 meldete sich die perfekt Schweizerdeutsch sprechende Versicherte bei der IV-Stelle des Kantons Thurgau infolge seit Dezember 2003 bestehender Beschwerden zum Bezug einer Invalidenrente an. Nach verschiedenen Abklärungen, insbesondere einer polydisziplinären Begutachtung in der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) Y._ (MEDAS-Gutachten vom 9. Januar 2006), sprach die IV-Stelle der Versicherten mit Verfügungen vom 13. Juni 2007 für die befristete Dauer vom 1. Januar bis 30. November 2005 eine ganze Invalidenrente zu.
B. Dagegen liess A._ beschwerdeweise beantragen, die Verfügungen vom 13. Juni 2007 seien insofern aufzuheben, als diese zeitlich bis zum 30. November 2005 befristet seien. Die IV-Stelle sei zu verpflichten, der Versicherten rückwirkend ab Dezember 2005 eine halbe Invalidenrente auszurichten.
Mit Schreiben vom 26. Februar 2008 drohte das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau A._ eine reformatio in peius an und bot ihr Gelegenheit zum Beschwerderückzug. Die Versicherte hielt an ihrer Beschwerde fest, worauf das kantonale Gericht androhungsgemäss die Verfügungen der IV-Stelle vom 13. Juni 2007 mit der Feststellung aufhob, dass A._ für die Zeit vom 1. Januar bis 30. November 2005 keinen Anspruch auf eine Invalidenrente habe. Im Übrigen wies die Vorinstanz die Beschwerde ab (Entscheid vom 16. April 2008).
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt A._ beantragen, ihr sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheids für die Dauer vom 1. Januar bis 30. November 2005 eine ganze Invalidenrente zu gewähren.
Die IV-Stelle und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (<ref-law>) und prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2. Die Beschwerdeführerin beantragt letztinstanzlich einzig, ihr sei unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheids für die Dauer vom 1. Januar bis 30. November 2005 eine ganze Invalidenrente zu gewähren. Nach der Bindungswirkung an das Rechtsbegehren der beschwerdeführenden Partei (<ref-law>) steht die Befristung der von der IV-Stelle ursprünglich für die Dauer vom 1. Januar bis 30. November 2005 zugesprochenen ganzen Invalidenrente nicht mehr zur Diskussion. Hatte die Versicherte im kantonalen Beschwerdeverfahren noch beantragt, die Verfügungen vom 13. Juni 2007 seien "insofern aufzuheben, als sie zeitlich bis zum 30. November 2005 befristet sind" (Rechtsbegehren Ziff. 1), und die IV-Stelle sei "zu verpflichten, der Beschwerdeführerin rückwirkend per 4. November 2005 (Auszahlung ab dem 1. Dezember 2005) eine halbe Invalidenrente zu gewähren" (Rechtsbegehren Ziff. 2), verzichtete sie im letztinstanzlichen Beschwerdeverfahren auf die Erneuerung dieser Anträge.
3. Strittig und hienach zu prüfen bleibt demnach einzig, ob die Vorinstanz zu Recht im Wege der reformatio in peius die von der Verwaltung verfügte befristete Invalidenrente ersatzlos aufgehoben hat.
4. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen zu den Begriffen der Arbeitsunfähigkeit (<ref-law>), der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) sowie zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>), zur Ermittlung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) und zum Zeitpunkt des Rentenbeginns nach Ablauf der einjährigen Wartefrist (<ref-law>) zutreffend dargelegt. Richtig sind auch die Ausführungen über den Beweiswert und die Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Darauf wird verwiesen.
5. 5.1 Die IV-Stelle ging gestützt auf die Ergebnisse der MEDAS-Begutachtung davon aus, seit der interdisziplinären Schlussbesprechung vom 4. November 2005 sei der Beschwerdeführerin die Ausübung einer wechselbelastenden, leichten bis mittelschweren Tätigkeit trotz gesundheitlicher Beeinträchtigungen ohne Einschränkungen zumutbar. Demzufolge hätte sie seither die gemäss den medizinischen Unterlagen als leidensangepasste Tätigkeit eingestufte, zuletzt ausgeübte Beschäftigung als Lageristin im Grosshandel der X._ AG bei voller Arbeitsfähigkeit verrichten können. Die ganze Invalidenrente sei somit nach Ablauf der einjährigen Wartezeit nur für die Dauer vom 1. Januar bis 30. November 2005 befristet auszurichten.
5.2 Demgegenüber verneinte das kantonale Gericht, dass es im November 2005 zu einer Verbesserung des Gesundheitszustandes gekommen sei. Zwar habe der behandelnde Hausarzt Dr. med. J._ der Versicherten in der angestammten Tätigkeit ab 20. Januar 2004 eine Arbeitsunfähigkeit im Ausmass zwischen 50 und 100 % attestiert (ab 11. Februar 2004 eine anhaltende volle Arbeitsunfähigkeit). Doch habe der Hausarzt keine vom MEDAS-Gutachten abweichende Diagnose zu stellen vermocht. Erste Anzeichen für eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes seien erst ab Ende 2006 erkennbar. Sei für den Zeitraum von Januar 2005 bis gegen Ende 2006 keine erhebliche Veränderung des Gesundheitszustandes ausgewiesen, so sei gestützt auf die Zumutbarkeitsbeurteilung des MEDAS-Gutachtens mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit davon auszugehen, dass der Beschwerdeführerin nicht erst ab 4. November 2005, sondern bereits ab Januar 2005 die Ausübung der als leidensangepasst geltenden angestammten Tätigkeit ohne Einschränkungen zumutbar gewesen war. Die IV-Stelle habe der Versicherten folglich zu Unrecht für die Dauer vom 1. Januar bis 30. November 2005 eine befristete ganze Invalidenrente zugesprochen.
5.3 Die Beschwerdeführerin rügt, das kantonale Gericht habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Gemäss abschliessender Beurteilung laut MEDAS-Gutachten (S. 24) sei der Versicherten "die zuletzt ausgeübte Tätigkeit als Lageristin im Grosshandel [...] voll zumutbar; es [habe] sich hier um eine wechselbelastende, vorwiegend stehend-gehende Tätigkeit ohne Heben von schweren Lasten gehandelt." Nach den anamnestischen Angaben der Beschwerdeführerin - wie sie im MEDAS-Gutachten (S. 13) und im psychiatrischen MEDAS-Teilgutachten (S. 2) des Dr. med. M._ korrekt erfasst und wiedergegeben worden seien - stehe jedoch fest, dass die angestammte Tätigkeit als "schwere Lagerarbeit" zu qualifizieren sei. Aufgabe der Versicherten sei es gewesen, die Grossbestellungen von Waren auf Paletten zusammen zu tragen und einzupacken. Dabei habe sie zwischen den Gestellen hin- und hergehen und sehr oft schwere Pakete tragen müssen. Sie habe bis zu zwanzig Kilogramm schwere Palette transportieren und zwischendurch auch noch Putzarbeiten verrichten müssen. Es habe sich um eine sehr anstrengende Tätigkeit gehandelt. Die zuletzt im Lager der X._ AG ausgeübte Beschäftigung sei entgegen dem MEDAS-Gutachten den leidensbedingten Einschränkungen nicht angepasst gewesen. Das kantonale Gericht habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt, soweit es betreffend Tätigkeit für die X._ AG auf die Zumutbarkeitsbeurteilung gemäss MEDAS-Gutachten abgestellt habe. Denn diese Beurteilung beruhe - tatsachenwidrig - auf der Annahme, die angestammte Arbeitsstelle habe sich durch ein angeblich leidensangepasstes Anforderungsprofil ausgezeichnet. Die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit des behandelnden Hausarztes stimme - nur, aber immerhin - insofern mit den Schlussfolgerungen der MEDAS-Gutachter vom 4. November 2005 überein, als auch er von einer vollen Arbeitsfähigkeit in Bezug auf eine - allerdings nur leichte - leidensangepasste Tätigkeit ausgehe. Er habe der Beschwerdeführerin jedoch hinsichtlich der schweren angestammten Tätigkeit ab 11. Februar 2004 eine anhaltende volle Arbeitsunfähigkeit attestiert.
6. 6.1 Zunächst ist festzuhalten, dass weder IV-Stelle noch Vorinstanz die dargelegten Einwände der Versicherten bestritten haben. Sodann steht fest, dass die Beschwerdeführerin die angestammte Tätigkeit im Lager des Grosshandelsbetriebes der X._ AG gemäss Kündigungsschreiben vom 26. April 2004 aus gesundheitlichen Gründen per 30. Juni 2004 verlor. Auf die Frage der IV-Stelle nach der zumutbaren Arbeitsfähigkeit in einer alternativen adaptierten Tätigkeit vertrat der behandelnde Dr. med. J._ laut Bericht vom 1. Dezember 2004 zwar die Auffassung, eine wechselbelastende leichte Arbeit ohne körperliche Anstrengungen könnte der Versicherten eventuell in einem späteren Zeitpunkt ganztags zumutbar sein. Doch attestierte er aktuell eine volle Arbeitsunfähigkeit im Hinblick auf die noch im Dezember 2004 bevorstehende operative Sanierung im proktologischen Bereich. Auch die behandelnden Ärzte des Kantonsspitals Z._ brachten mit Bericht vom 22. März 2005 angesichts des damals noch nicht erreichten Endzustandes der Erkrankung und der diagnostizierten sensiblen Hemisymptomatik rechts sowie des chronischen Schmerzsyndroms rechts mit Cerviko-Brachialgie, Lumboischialgie und Knieschmerzen zum Ausdruck, dass "die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit [...] nur im Rahmen eines multidisziplinären Gutachtens (MEDAS) möglich" sei. Aktenkundig fehlen Anhaltspunkte dafür, dass die von den MEDAS-Gutachtern anamnestisch erhobenen Angaben der Beschwerdeführerin zum Anforderungsprofil der angestammten Tätigkeit mit Blick auf ihre zuletzt ausgeübte Arbeit im Lager der X._ AG nicht den tatsächlichen Verhältnissen entsprachen. Die Aussage der MEDAS-Gutachter, wonach es sich bei der angestammten Tätigkeit um eine leidensangepasste Beschäftigung gehandelt habe, steht somit in einem unauflösbaren Widerspruch zu der von ihnen selber erhobenen Berufsanamnese, welcher zufolge die Versicherte sehr häufig schwere Pakete tragen und zwanzig Kilogramm schwere Palette transportieren musste. Soweit die Vorinstanz gestützt auf das MEDAS-Gutachten davon ausging, die angestammte, angeblich leidensangepasste Tätigkeit sei der Beschwerdeführerin nicht erst seit 4. November 2005, sondern schon ab 1. Januar 2005 uneingeschränkt zumutbar gewesen, hat sie den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Denn eine zuverlässige Feststellung der trotz gesundheitlicher Einschränkungen medizinisch begründeten Zumutbarkeit einer leidensangepassten Tätigkeit war erst ab dem Zeitpunkt der Schlussbesprechung der MEDAS-Gutachter vom 4. November 2005 möglich.
6.2 Unklar ist zudem, ob am angestammten Arbeitsplatz die gemäss MEDAS-Gutachten zusätzlich zu beachtenden einschränkenden Voraussetzungen erfüllt waren. Denn soweit der Beschwerdeführerin angesichts ihrer gesundheitlichen Beeinträchtigungen gemäss MEDAS-Gutachten (S. 24) - nur, aber immerhin - die Ausübung einer wechselbelastenden, körperlich leichten bis mittelschweren Tätigkeit voll zumutbar war, sollte der Anteil mittelschwerer Arbeiten aus medizinischen Gründen nicht mehr als 50 % des Gesamtpensums betragen. Zudem litt die Versicherte zeitweise bei körperlicher Anstrengung respektive Stress unter einer Stuhlinkontinenz. Ein zumutbarer Arbeitsplatz muss nach dem MEDAS-Gutachten demzufolge so gestaltet sein, dass die Beschwerdeführerin bei Bedarf rasch eine Toilette aufsuchen kann. Die Versicherte könne nicht in ein Team eingespannt werden, bei welchem plötzliche Pausen unmöglich seien.
6.3 Die zuletzt genannten einschränkenden Arbeitseinsatzbedingungen beruhen auf Restbeschwerden bei einem Status nach vierfacher Analfistelexzision (1988, im März und November 2003 sowie im März 2004), nach Hämorrhoidalleiden mit Beginn nach der Schwangerschaft 1985 mit mehreren Sklerosierungen, nach Harninkontinenzoperation (2000) sowie nach lateraler Levatorplastik beidseits und perinealer Levatorplastik am 15. Dezember 2004. Zwar konnten laut MEDAS-Gutachten die proktologischen und gynäkologisch-urologischen Probleme operativ recht erfolgreich angegangen werden, so dass organisch nur geringe Befunde zurück blieben. Immerhin litt die Versicherte seit der Operation vom 15. Dezember 2004 an Schmerzen im Perianalbereich. Stuhlinkontinenz war vermeidbar, sofern sie ihren Alltag geordnet, regelmässig und stressfrei einrichten konnte. Sie müsse eine Einlage tragen, da gelegentlich etwas Stuhl abgehe. Wenn sie zur Toilette müsse, müsse es rasch gehen, dann müsse eine Toilette in der Nähe sein. Dr. med. M._ hielt im psychiatrischen MEDAS-Teilgutachten fest, obwohl die Beschwerdeführerin weder depressiv noch ängstlich wirke, habe sie offenbar wegen der relativen Stuhlinkontinenz ein gewisses soziophobes Verhalten entwickelt, was bei der somatischen Beurteilung zu würdigen sei. Trotz dieser neben einem chronischen und therapierefraktären Schmerzzustand im Lumbal- und Gesässbereich verbleibenden Restbeschwerden nach zahlreichen operativen Eingriffen gelangten die MEDAS-Gutachter nachvollziehbar, schlüssig und überzeugend zur Auffassung, die relativ junge, intelligente und gut integrierte Versicherte verfüge über genügend Ressourcen, um unter den dargelegten Einschränkungen (E. 6.2 hievor) ab 4. November 2005 eine leidensangepasste Tätigkeit zumutbarerweise bei voller Leistungsfähigkeit ausüben zu können.
6.4 Diese Zumutbarkeitsbeurteilung stand gemäss MEDAS-Gutachten unter dem ausdrücklichen zeitlichen Vorbehalt der Gültigkeit ab 4. November 2005. Indem die Vorinstanz auch hinsichtlich der weiter zurück liegenden Zeit von einer unveränderten vollen Arbeitsfähigkeit bereits ab 1. Januar 2005 ausging, hat sie den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Denn erst am 15. Dezember 2004 war der operative Eingriff einer beidseitigen Levatorenplastik und eines Rektozelenverschlusses durchgeführt worden. Und obwohl anlässlich der Kontrolluntersuchung vom 25. Januar 2005 über ein grundsätzlich erfreuliches Ergebnis berichtet werden konnte, blieb im Bereich des operativen Eingriffes eine Schmerzhaftigkeit zurück. Zudem litt die Beschwerdeführerin darüber hinaus anhaltend an einer relativen situationsabhängigen Stuhlinkontinenz, welche aus medizinischer Sicht als einschränkender Faktor bei der Zumutbarkeit einer leidensangepassten Tätigkeit auch nach dem 25. Januar 2005 zu berücksichtigen war.
6.5 Soweit die IV-Stelle mit Verfügungen vom 13. Juni 2007 auf die ab 4. November 2005 gültige Zumutbarkeitsbeurteilung des MEDAS-Gutachtens in Bezug auf eine leidensangepasste Tätigkeit abgestellt und der Beschwerdeführerin für die befristete Dauer vom 1. Januar bis 30. November 2005 eine ganze Invalidenrente zugesprochen hat, ist dies im Rahmen der im letztinstanzlichen Verfahren zu beachtenden Bindungswirkung an die Rechtsbegehren der beschwerdeführenden Partei (E. 2 hievor) nicht zu beanstanden. Demgegenüber kann nach dem Gesagten an der auf einer offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung beruhenden reformatio in peius gemäss angefochtenem Entscheid nicht festgehalten werden.
7. 7.1 Die Beschwerdeführerin obsiegt vor Bundesgericht insoweit, als die vorinstanzliche reformatio in peius im Sinne der Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Entscheids aufzuheben ist. Damit bleibt es bei der von der IV-Stelle für die befristete Dauer vom 1. Januar bis 30. November 2005 ursprünglich zugesprochenen ganzen Invalidenrente, welche die Versicherte im vorinstanzlichen Verfahren nach Androhung der reformatio in peius durch Beschwerderückzug hätte beibehalten können. Das letztinstanzliche Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin beschränkt sich auf das, was ihr vor Beschwerdeerhebung im kantonalen Verfahren ohnehin bereits zustand. Mit Blick auf den - im Vergleich zum vorinstanzlichen Verfahren - vor Bundesgericht eingeschränkten Antrag in der Sache hätte das kantonale Gericht die Beschwerde abweisen müssen. Die Auferlegung der Gerichtskosten für das kantonale Beschwerdeverfahren gemäss Dispositiv-Ziffer 2 des angefochtenen Entscheids ist somit nicht zu beanstanden.
7.2 Vor Bundesgericht sind die Gerichtskosten in der Regel der unterliegenden Partei aufzuerlegen (<ref-law>), wobei unnötige Kosten zu bezahlen hat, wer sie verursacht (<ref-law>). Die Versicherte hat das vorliegende Verfahren und die damit verbundenen Kosten unnötig verursacht. Es wäre vermeidbar gewesen, hätte sich die Beschwerdeführerin schon nach Androhung der reformatio in peius im vorinstanzlichen Verfahren zum Beschwerderückzug entschlossen. Statt dessen verhielt sie sich widersprüchlich, indem sie zunächst vor kantonalem Gericht an ihrem weitergehenden Rechtsbegehren festhielt, dieses dann aber doch im letztinstanzlichen Verfahren einschränkte und nur noch diejenigen Rentenleistungen forderte, welche das kantonale Gericht zuvor im Wege der angedrohten reformatio in peius aufgehoben hatte. Aus diesen Gründen sind die Kosten des unnötigen letztinstanzlichen Beschwerdeverfahrens (vgl. THOMAS GEISER, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N 22 zu Art. 66) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, als Dispositiv-Ziffer 1 des Entscheides des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 16. April 2008 aufgehoben wird.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Eine Parteientschädigung wird nicht zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, der Ostschweizerischen AHV-Ausgleichskasse für Handel und Industrie und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. November 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
i.V. Widmer Hochuli