Güterregulierung, hat sich ergeben:
A.- Am 12. April 1991 beschlossen die Grundeigentümer der Gemeinde Metzerlen die Durchführung einer Güterregulierung. Im September 1997 lagen die Akten der Neuzuteilung öffentlich auf.
Die Schätzungskommission der Flurgenossenschaft Metzerlen-Mariastein hiess eine Einsprache A._s gegen die Neuzuteilung am 2. Februar 1998 teilweise gut. Sie wies sie ab, soweit A._ verlangt hatte, es sei ihm seine Hofparzelle gemäss altem Bestand zu belassen.
Die hiergegen beim Regierungsrat des Kantons Solothurn erhobene Beschwerde A._s blieb ohne Erfolg. Dieser zog die Angelegenheit an das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn weiter, das den Nachbarn B._ zum Verfahren beilud, einen Augenschein durchführte und die Beschwerde am 27. September 1999 abwies.
B.- A._ hat gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts am 22. November 1999 staatsrechtliche Beschwerde erhoben. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei aufzuheben. Er rügt die Verletzung der Eigentumsgarantie, der Rechtsgleichheit, des Willkürverbots und des Anspruchs auf einen unparteiischen Richter sowie die Missachtung von Art. 6 und 8 EMRK.
Das Verwaltungsgericht, die Schätzungskommission und B._ ersuchen um Abweisung der Beschwerde. Das Volkswirtschafts-Departement beantragt, es sei die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
C.- Am 23. Dezember 1999 erteilte der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde bezüglich der Nutzung der Obstbäume auf den alten Parzellen Nrn. 1.. und 2... die aufschiebende Wirkung.
D.- Am 31. März 2000 reichte der Vater des Beschwerdeführers unaufgefordert eine Stellungnahme zur Beschwerdeantwort ein.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen Endentscheid im Sinne von Art. 86 und 87 OG, gegen den die staatsrechtliche Beschwerde zulässig ist. Der Beschwerdeführer ist als vom Verwaltungsgerichtsurteil betroffener Grundeigentümer gemäss Art. 88 OG zur Beschwerde legitimiert.
b) In der Beschwerde wird unter anderem die Rüge erhoben, für die vorgenommene Güterregulierung fehle eine genügende Grundlage in einem formellen Gesetz. Sie stütze sich, obwohl es sich dabei um einen schweren Eingriff in das Eigentum handle, allein auf eine regierungsrätliche Verordnung und die Statuten der Flurgenossenschaft Metzerlen- Mariastein vom 12. April 1991.
Mit diesem Einwand bestreitet der Beschwerdeführer die grundsätzliche Zulässigkeit einer Güterregulierung. Über diese Frage wird im Kanton Solothurn indessen bereits mit dem Beschluss über die Gründung der Flurgenossenschaft entschieden (§§ 35 ff. der Verordnung über das Bodenverbesserungswesen vom 27. Dezember 1960 [BoV]). Der Beschwerdeführer hätte die Rüge der ungenügenden gesetzlichen Grundlage daher mit einer Beschwerde gegen den Gründungsbeschluss geltend machen müssen. Es besteht damit die gleiche Rechtslage wie in anderen Kantonen, wo die Einleitung der Landumlegung ein in sich geschlossenes selbständiges Verfahren bildet, in dem ein Art. 6 Ziff. 1 EMRK genügender Rechtsschutz zu gewähren ist (<ref-ruling> E. 5 S. 382 ff.) und Beschlüsse als Endentscheide mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten werden können (<ref-ruling> E. 1a S. 414). Da bei dieser Ordnung die grundsätzliche Zulässigkeit der Güterregulierung bei der Neuzuteilung nicht mehr in Frage gestellt werden kann, ist im vorliegenden Fall auf die Rüge der fehlenden gesetzlichen Grundlage nicht einzutreten.
c) Die unaufgefordert und nach Abschluss des Schriftenwechsels eingereichte Stellungnahme des Vaters des Beschwerdeführers ist unbeachtlich.
d) Die Akten vermitteln hinreichend Aufschluss über die tatsächlichen Verhältnisse. Auf den beantragten Augenschein ist zu verzichten.
2.- Der Beschwerdeführer macht geltend, der mit der Neuzuteilung verbundene Eingriff in sein Eigentum liege nicht im öffentlichen Interesse und sei unverhältnismässig. Ausserdem rügt er eine Verletzung der Rechtsgleichheit.
a) Das Verwaltungsgericht hat die (verfassungs)rechtlichen Grundsätze, welche bei Güterregulierungen zu beachten sind, unter Hinweis auf die einschlägige Praxis des Bundesgerichts (<ref-ruling> E. 1 S. 24 ff.; <ref-ruling> E. 2 S. 325 ff.; <ref-ruling> E. 2 S. 41 f.; siehe auch <ref-ruling> E. 5 S. 127 f.) zutreffend dargelegt. Auf diese Erwägungen, welche der Beschwerdeführer nicht in Frage stellt, kann grundsätzlich verwiesen werden (Art. 36a Abs. 3 OG).
Ergänzend ist daran zu erinnern, dass das Bundesgericht eine Güterzuteilung dann wegen Willkür aufhebt, wenn sich auf Grund eines Gesamtvergleichs von altem und neuem Bestand des Beschwerdeführers ergibt, dass dieser in eine Lage versetzt wurde, die sich schlechthin nicht rechtfertigen lässt und die nur in grober Missachtung der gesetzlichen Vorschriften oder elementarer Grundsätze des Güterzusammenlegungsverfahrens geschaffen werden konnte (BGE <ref-ruling> E. 2a und b S. 326). Das Bundesgericht prüft den angefochtenen Entscheid zudem unter dem Gesichtswinkel der Rechtsverweigerung und der rechtsungleichen Behandlung. Rechtsverweigerung liegt vor, wenn ein Grundeigentümer deshalb in eine völlig unbefriedigende Situation gerät, weil bei der Neuzuteilung wesentliche Gesichtspunkte (z.B. Besonderheiten des Betriebes oder der Bewirtschaftung) ausser Acht gelassen wurden oder es versäumt wurde, alle zur Verfügung stehenden technischen Mittel zur Verbesserung der unbefriedigenden Lage auszuschöpfen. Unter dem Gesichtswinkel des Gleichheitsprinzips kann eine offensichtlich einseitige Bevorteilung einzelner Grundeigentümer verfassungsrechtlich nicht geduldet werden. Allerdings darf die festgestellte Ungleichbehandlung nicht durch den Zweck der Güterzusammenlegung selbst gerechtfertigt erscheinen; zudem dürfen einer nachträglichen Änderung der Situation nicht unüberwindliche technische Schwierigkeiten entgegenstehen und die für den Beschwerdeführer wünschbaren Verbesserungen nicht zu einer ebenfalls ungerechtfertigten Schlechterstellung eines anderen Grundeigentümers führen (BGE <ref-ruling> E. 2c S. 326 f.).
Schliesslich ist zu betonen, dass sich das Bundesgericht gemäss feststehender Praxis bei der Kontrolle, die es anhand dieser Kriterien vornimmt, besondere Zurückhaltung auferlegt und damit namentlich den Ermessensspielraum der mit den örtlichen Verhältnissen vertrauten kantonalen Instanzen respektiert (<ref-ruling> E. 1c S. 26; <ref-ruling> E. 2e S. 327 f.).
b) aa) Ein Blick auf die Karte des Altbestandes lässt das erhebliche öffentliche Interesse, das dem Interesse der betroffenen Grundeigentümer entsprechen dürfte, an einer Arrondierung und zweckmässigeren Einteilung des überaus stark parzellierten Landwirtschaftslandes in Metzerlen erkennen. Im Besonderen besteht - wie das Verwaltungsgericht zutreffend erwogen hat - ein öffentliches Interesse daran, dass als Ergebnis der Güterregulierung (unter Respektierung der massgeblichen Grundsätze, namentlich des Realersatz- bzw. des Äquivalenzprinzips und des Grundsatzes der Gleichbehandlung) Verhältnisse geschaffen werden, die es den beteiligten Grundeigentümern wie auch allfälligen Rechtsnachfolgern ermöglichen, unter möglichst guten Rahmenbedingungen Landwirtschaft zu betreiben. In diesem Sinn kommt den derzeitigen Absichten der einzelnen Beteiligten nur beschränkte Bedeutung zu. Die Zuweisung der Parzelle Nr. 3... an den Beschwerdegegner erfolgte (unter Redimensionierung der Parzelle im Einsprache- und Beschwerdeverfahren), um diesem eine hofnahe Erweiterungsfläche zur Verfügung zu stellen und gleichzeitig ab dem Hofgrundstück einen Zugang zum Weide- und Wirtschaftsland (Parzelle Nr. 4...) zu schaffen, der nicht über die Hauptstrasse führt. Der Betrieb des Beschwerdegegners ist einer der grössten der Gemeinde und wird von den kantonalen Behörden übereinstimmend als auch in Zukunft überlebensfähig beurteilt. Die genannten Ziele erscheinen daher unabhängig von den konkreten Absichten des Beschwerdegegners als zweckmässig. Die vom Beschwerdeführer verlangte Behandlung der Parzelle Nr. 3... würde die Entwicklungsmöglichkeiten dieses Betriebs offenkundig und ohne sachlichen Grund stark beschränken. Die angefochtene Zuteilung hingegen entspricht den Zielen der Güterregulierung und steht insofern im öffentlichen Interesse.
bb) Die Zuweisung der Parzelle Nr. 3... zum Land des Beschwerdegegners verunmöglicht dem Beschwerdeführer die künftige Entwicklung seines Betriebs nicht. Denn nördlich an sein Hofgrundstück Nr. 9... schliesst das ihm selbst gehörende Grundstück Nr. 5.... an, das bereits in diesem Anschlussbereich, d.h. an der schmalsten Stelle, gut 60 Meter breit ist. Es trifft zwar zu, dass hinter dem Hof eine Erweiterung nach Nordwesten nicht mehr möglich ist. Dafür besteht aber eine Erweiterungsmöglichkeit in nordöstlicher Richtung. Ausserdem verliert der Beschwerdeführer die Parzelle Nr. 3... nicht ohne Ersatz, da ihm auf der Ostseite der Parzelle Nr. 5.... zusätzliches Land zugeteilt wurde. Auf dem südlichen Teil dieses Grundstücks sind ebenfalls Zwetschgenbäume vorhanden, was belegt, dass der Obstbau dort ebenfalls möglich ist. Wertdifferenzen bei den Obstbäumen sind mit der Obst- und Stangenschatzung auszugleichen. Es ergibt sich somit, dass dem Beschwerdeführer unmittelbar nördlich und nordöstlich seines Hofgrundstücks auf der Parzelle Nr. 5.... genügend Land sowohl für Erweiterungsbauten als auch für zusätzliche Obstanlagen zur Verfügung steht. Inwiefern die Abtrennung der Parzelle Nr. 3... zu Erschwerungen wegen Abstands- und Immissionsvorschriften führen sollte, legt der Beschwerdeführer nicht näher dar. Seine Rügen sind diesbezüglich ungenügend begründet (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG), so dass darauf nicht einzutreten ist. Ausserdem hat das Verwaltungsgericht zutreffend erwogen, dass ein Ausgleich für den Verlust der Parzelle Nr. 3... auch darin liege, dass dem Beschwerdeführer wunschgemäss die grosse, für den Obstbau geeignete Parzelle Nr. 6.... zugeteilt wurde.
Unter diesen Umständen ist die Rüge unbegründet, die Neuzuteilung bewirke einen unverhältnismässigen Eingriff in das Eigentum des Beschwerdeführers. Daran ändert auch der Einwand nichts, durch die Fällung der Zwetschgenbäume auf der Parzelle Nr. 3... werde die ehemals typische Obstbaumlandschaft von Metzerlen in einem weiteren Bereich zerstört. Denn auch der Beschwerdeführer käme nicht darum herum, die Pflanzungen zu beseitigen, wenn er an der fraglichen Stelle Erweiterungsbauten errichten wollte. Ferner hat der Beschwerdeführer an diesem Ort nicht die landschaftlich und ökologisch wertvollen Hochstammobstbäume gepflanzt, sondern eine Spindelanlage, welche kaum als besonders wertvolles Element der typischen örtlichen Obstbaumlandschaften gelten kann.
c) Der Beschwerdeführer macht ebenfalls geltend, dass der Beschwerdegegner mit der vorgesehenen Neuzuteilung ihm gegenüber ungerechtfertigt bevorzugt werde. Der Vergleich von altem und neuem Bestand zeigt, dass dem Beschwerdeführer an der Stelle zahlreicher, weit verstreuter Parzellen neu zwei Gebiete (plus eine separate Waldparzelle) zur Bewirtschaftung zur Verfügung stehen. Das eine dieser Gebiete besteht aus den einander benachbarten neuen Parzellen Nrn. 5...., 7.... und 8..... Die Parzelle Nr. 5.... stösst wie erwähnt unmittelbar an das Hofgrundstück Nr. 9.... Im Weiteren hat der Beschwerdeführer auf sein eigenes Betreiben hin das grosse Grundstück Nr. 6.... zugeteilt erhalten, das etwa 800 Meter von seinem Hof entfernt liegt und sich wie erwähnt für den Obstbau eignet. Der Beschwerdeführer behauptet nicht, der ihm zugeteilte Neubestand entspreche bonitätsmässig dem Altbestand nicht. Der Beschwerdegegner hat an Stelle seiner im Altbestand ebenfalls stark verstreuten Grundstücke neu die grosse Parzelle Nr. 4... in der Nähe seines Hofes sowie einige weitere Parzellen zugeteilt erhalten, darunter das weiter entfernt liegende Grundstück Nr. 10.. sowie das Grundstück Nr. 11.. am Dorfrand im Gebiet "Bitzi". Zur Zuweisung im "Bitzi" hat das Verwaltungsgericht festgestellt, dieses Gebiet habe sich früher in der Bauzone befunden, an die es angrenze, und sei voll erschlossen. Daher sei dort nach Möglichkeit der bisherige Besitzstand beibehalten worden.
Dieser Bestandesvergleich zeigt, dass der Beschwerdeführer mit der Neuzuteilung insgesamt in etwa gleicher Weise besser gestellt wird wie der Beschwerdegegner. Wohl trifft es zu, dass der Letztere von der Güterregulierung besonders profitiert, weil er beim Hof eine zuvor nicht vorhandene Erweiterungsmöglichkeit erhält. Dies entspricht indessen dem Zweck der Güterregulierung. Da auch den Bedürfnissen des Beschwerdeführers in objektiv ausreichender Weise Rechnung getragen wurde, liegt darin keine ungerechtfertigte Ungleichbehandlung. Unzutreffend ist namentlich der Einwand, die Neuzuteilung trage den besonderen betrieblichen Verhältnissen des Beschwerdeführers, d.h. dem Obstbau und dem Verkauf ab Hof, keine Rechnung. Wie erwähnt wurden dem Beschwerdeführer zwei Parzellen zugeteilt, die sich für Obstbau eignen, nämlich das Grundstück Nr. 5.... in Hofnähe (wobei der bisherige Besitz des Beschwerdeführers nach Osten erweitert wurde) und Nr. 6.... in einem Abstand von rund 800 Metern, welches Land sich der Beschwerdeführer ausdrücklich gewünscht hat. Der Verkauf ab Hof bleibt ihm damit mit zumutbarem Aufwand möglich.
Die vom Beschwerdeführer vorgeschlagene Alternative, nämlich die Einräumung eines Wegrechtes, wurde von den kantonalen Instanzen mit überzeugenden Erwägungen verworfen. Einerseits wird mit der Güterregulierung eine Klärung und Vereinfachung auch der Rechtsverhältnisse angestrebt, was wenn immer möglich die Aufhebung von Wegrechten und dergleichen einschliesst. Das erweist sich vorliegend angesichts des gespannten Verhältnisses der Parteien erst recht als zweckmässig. Vor allem aber würde allein das Wegrecht dem Beschwerdegegner zwar den Zugang zur Parzelle Nr. 4... eröffnen, nicht aber die bauliche Erweiterung des Hofes ermöglichen, womit ein wesentliches Ziel der Regulierung verfehlt würde.
Auch aus der Behandlung der Grundstücke im Gebiet "Bitzi" kann der Beschwerdeführer nichts für sich ableiten. Abgesehen davon, dass hier nicht zu beurteilen ist, ob allenfalls Dritte zu Unrecht auf Zuweisungen verzichten mussten, haben die kantonalen Instanzen mit sachlichen Erwägungen dargelegt, weshalb im Gebiet "Bitzi" nach Möglichkeit Veränderungen des Altbestandes vermieden wurden. Nachdem dieses Gebiet erschlossenes Bauerwartungsland darstellt, lässt es sich mit den Grundstücken des Beschwerdeführers und des Beschwerdegegners am Nordrand des Gemeindebaugebietes nicht vergleichen. Unzutreffend ist ferner die Behauptung des Beschwerdeführers, es bestehe ein Grundsatz, wonach hofnahe Grundstücke nicht in die Güterregulierung einzubeziehen seien. Ein solcher Grundsatz ist namentlich aus den Statuten der Güterregulierung Metzerlen nicht ersichtlich und konnte daher auch nicht verletzt werden.
3.- Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, der Beizug des mit dem Beschwerdegegner "offensichtlich befreundeten" C._ als Protokollführer und Berater habe gegen den in Art. 58 BV und Art. 6 EMRK gewährleisteten Anspruch auf den verfassungsmässigen Richter verstossen. An anderer Stelle verweist der Beschwerdeführer darauf, dass er wiederholt das offensichtlich gute und freundschaftliche Einvernehmen zwischen Herrn C._ und dem Beschwerdegegner beobachtet habe.
a) Es ist fraglich, ob in diesem Punkt die Beschwerde in rechtlicher wie in tatsächlicher Hinsicht ausreichend begründet ist.
C._ ist Kulturingenieur und als solcher Projektleiter für Güterzusammenlegungen im Volkswirtschaftsdepartement. In dieser Funktion begleitete er die Arbeit an der Güterzusammenlegung Metzerlen, ohne indessen an der Entscheidfindung der Schätzungskommission teilzunehmen. In tatsächlicher Hinsicht macht der Beschwerdegegner geltend, er habe Herrn C._ bis zum Güterzusammenlegungsverfahren nicht gekannt, und er sei mit ihm nicht befreundet. Mit seinen Vorbringen legt der Beschwerdeführer im Wesentlichen nur dar, dass er subjektiv Herrn C._ ein erhebliches Misstrauen entgegenbringt, ohne indessen sachliche Ablehnungsgründe zu nennen und vor allem Beweise für solche Gründe beizubringen. Auf diese Weise lässt sich ein Ablehnungsbegehren nicht begründen (<ref-ruling> E. 3a S. 122).
Was das Verfahren vor Schätzungskommission und Regierungsrat angeht, liegt auch keine rechtlich ausreichend begründete Kritik vor. Ein Anspruch auf eine unabhängige Beurteilung in diesen nicht-gerichtlichen Verfahren ergibt sich nach der Rechtsprechung aus Art. 4 aBV bzw. Art. 29 BV (<ref-ruling> E. 3b S. 123; vgl. auch Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3. Aufl. , Bern 1999, S. 581 f.). Der Beschwerdeführer bringt hierzu keine substanziierten
Rügen vor, so dass auf seine Beschwerde insoweit nicht einzutreten ist.
b) Entscheide über Güterzusammenlegungen sind Entscheide über sogenanntes Zivilrecht im Sinne von Art. 6 EMRK. In diesem Bereich haben die Kantone ein gerichtliches Verfahren vorzusehen (<ref-ruling> E. 4b S. 262). Dieser Anspruch war vorliegend durch die Möglichkeit, beim Verwaltungsgericht Beschwerde zu führen, erfüllt.
Herr C._ konnte am Entscheid des Verwaltungsgerichts nicht mitwirken und hat dies auch nicht getan. Daran ändert auch seine Teilnahme am verwaltungsgerichtlichen Augenschein nichts. Der Vorwurf, der Anspruch auf einen unbefangenen Richter sei missachtet worden, ist offensichtlich verfehlt.
4.- Der Beschwerdeführer rügt zudem, der Entzug der Parzelle Nr. 3... verletze das in Art. 8 EMRK gewährleistete Recht auf Achtung des Privat- und Familienlebens sowie der Wohnung des Beschwerdeführers.
Art. 8 EMRK schützt eine Reihe von Rechtsgütern wie das Verfügungsrecht über die eigene Person, die Achtung der Privatsphäre, des Familienlebens (der ehelichen und ausserehelichen Gemeinschaft sowie des Kindesverhältnisses), der Wohnung und des Briefverkehrs. Vorliegend ist zweifelhaft, dass Rechtsgüter tangiert werden, die nicht bereits durch die Eigentumsgarantie geschützt werden.
Zudem ist auch die auf Art. 8 EMRK gestützte Rüge des Beschwerdeführers nur rudimentär und somit ungenügend begründet. Offenbar will der Beschwerdeführer mit seinen Ausführungen geltend machen, die Zuweisung der Parzelle Nr. 3... an den Beschwerdegegner habe zur Folge, dass er seine Wohnung verliere bzw. nicht angemessen erweitern könnte, und scheint weiter zu befürchten, die angefochtene Massnahme führe zu einer Zerstörung seiner Existenzgrundlage und damit seines Familienlebens. Diese Befürchtungen sind haltlos, wie aus den vorstehenden Erwägungen hervorgeht (E. 2b und c). Es fehlt an einem eine hinreichende Intensität aufweisenden Eingriff in die durch Art. 8 EMRK gewährleisteten Rechte (vgl. zur Voraussetzung, dass ein Eingriff wesentlich sein muss, Mark E. Villiger, Handbuch der Europäischen Menschenrechtskonvention [EMRK], 2. Aufl. , Zürich 1999, N 542 und 555). Was der Beschwerdeführer aus den von ihm angeführten Urteilen des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte (Entscheid i.S. Buckley gegen Vereinigtes Königreich vom 25. September 1996, Recueil 1996 S. 1271; Entscheid i.S. Velosa Barreto gegen Portugal vom 21. November 1995, Serie A, Band 334) ableiten will, ist unklar. Im Fall Buckley erkannte der Europäische Gerichtshof, dass die zuständigen englischen Behörden Frau Buckley, einer Fahrenden, aus raumplanungsrechtlichen Gründen ohne Verletzung von Art. 8 EMRK verbieten konnten, sich mit drei Wohnwagen dauerhaft auf einem ihr gehörenden Grundstück in nicht erschlossenem, ländlichem Gebiet niederzulassen. Im anderen Fall versuchte Herr Barreto, einen Mietvertrag mit einem Dritten über eine von seinem Vater ererbte Liegenschaft aufzulösen, um selbst mit seiner Familie darin wohnen zu können. Die nationalen Gerichte lehnten dies ab, da Herr Barreto keinen den gesetzlichen Anforderungen entsprechenden Eigenbedarf ausweisen konnte. Der Europäische Gerichtshof erkannte darin keinen Verstoss gegen das Recht auf Wohnung. Beide Fälle sind mit dem vorliegenden nicht vergleichbar, und die in den Urteilen enthaltenen Erwägungen zu Art. 8 EMRK lassen sich darauf nicht übertragen.
Damit kann dahingestellt bleiben, ob die Voraussetzungen für einen Eingriff gemäss Art. 8 Ziff. 2 EMRK erfüllt sind.
5.- Auch sonst bringt der Beschwerdeführer nichts vor, was zur Gutheissung der Beschwerde führen könnte. Namentlich ist auch der Vorwurf der willkürlichen Sachverhaltsermittlung unbegründet.
Das Verwaltungsgericht hat nach Durchführung eines Augenscheins festgestellt, dass der Beschwerdegegner die Milchwirtschaft eingestellt habe, weil er die Tier- und Gewässerschutzauflagen nicht mehr einhalten konnte. Der Beschwerdeführer behauptet, der Beschwerdegegner habe die Milchwirtschaft freiwillig aufgegeben. An sich kann offen bleiben, welche dieser Behauptungen zutrifft, da, wie das Verwaltungsgericht zutreffend erwogen hat, dem Beschwerdegegner ohnehin Raum für eine bauliche Erweiterung seines Hofes zuzugestehen ist. Es sei aber doch festgehalten, dass die Aufstellung über den Platzbedarf für einen Rindviehstall für 15 Kühe sowie ein Merkblatt zur Tierschutzverordnung, welche der Beschwerdeführer als Beweismittel eingereicht hat, von vornherein nicht geeignet sind, die behauptete willkürliche Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts zu belegen.
Ebenfalls nicht willkürlich, sondern im Gegenteil durchaus zutreffend ist die Erwägung des Verwaltungsgerichts, dass sich bei Güterregulierungen jeder Grundeigentümer mit gewissen Unterschieden zwischen altem und neuem Besitzstand hinsichtlich Beschaffenheit und Lage abfinden muss. So verhält es sich auch im vorliegenden Fall.
6.- Die Beschwerde erweist sich demnach als unbegründet und ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG). Zudem hat er den Beschwerdegegner für dessen Aufwand im bundesgerichtlichen Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000. -- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Der Beschwerdeführer hat dem Beschwerdegegner eine Parteientschädigung von Fr. 2'500. -- zu bezahlen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien, der Schätzungskommission der Flurgenossenschaft Metzerlen-Mariastein, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 19. Mai 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: