Sachverhalt:
A. Die X._ AG erstattete am 3. Februar 2010 Strafanzeige und stellte gleichzeitig Strafantrag gegen A._ sowie die B._ AG wegen Verdachts auf Verletzung des Geschäftsgeheimnisses im Sinne von Art. 162 StGB. Die X._ AG - spezialisiert in der Kadervermittlung für zeitlich befristete Projekte - wirft A._ vor, als ehemaliger Branchen- und Marketingleiter bei ihr mehrere Tausend dem Geschäftsgeheimnis unterliegende Datensätze möglicher Kunden und Manager entwendet zu haben. Diese Informationen habe er in seiner neuen Funktion als Leiter Marketing und Vertrieb der direkten Konkurrentin B._ AG offengelegt und dort zur Abwerbung von Kunden und Managern der X._ AG benutzt.
B. B.a Mit Verfügung vom 5. September 2011 stellte die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug die Strafuntersuchung gegen A._ und die B._ AG mangels eines die Anklage rechtfertigenden Tatverdachts ein. Gleichzeitig trat es auf die von der X._ AG adhäsionsweise geltend gemachten Zivilforderungen nicht ein und verwies diese auf den Zivilweg.
B.b Am 18. September 2011 erhob die X._ AG beim Obergericht des Kantons Zug gegen die Einstellungsverfügung Beschwerde. Mit Eingabe vom 18. November 2011 ersuchte sie beim Obergericht zudem um Akteneinsicht in Kundendateien der B._ AG. Mit Verfügung vom 29. März 2012 wies das Obergericht das Akteneinsichtsgesuch ab. Mit Urteil gleichen Datums wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C. Die X._ AG führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht und beantragt zur Hauptsache, das Urteil sowie die Verfügung des Obergerichts aufzuheben und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, die Strafuntersuchung im Sinne der Erwägungen weiterzuführen. A._ und die B._ AG beantragen in getrennten Eingaben, die Beschwerde sei abzuweisen. Das Obergericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die X._ AG und A._ halten in einem weiteren Schriftenwechsel an ihren Begehren und Vorbringen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Urteil betreffend die Verfahrenseinstellung handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid im Sinne von Art. 90 BGG, der das Verfahren abschliesst. Gegen diesen steht die Beschwerde in Strafsachen offen (vgl. Art. 78 ff. BGG).
Entscheide, die dem Betroffenen - wie vorliegend die Abweisung des Akteneinsichtsgesuchs - zusammen mit dem Endentscheid eröffnet werden, sind keine selbstständig eröffneten Zwischenentscheide. Sie sind Teil des Endentscheids und können zusammen mit diesem angefochten werden, sofern sie sich auf dessen Inhalt auswirken (vgl. FELIX UHLMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2. Aufl. 2011, N. 5 zu Art. 92 BGG). Die in Frage stehende Abweisung des Akteneinsichtsgesuchs ist grundsätzlich geeignet, sich auf den Inhalt des Endentscheids auszuwirken. Somit steht die Beschwerde vor Bundesgericht auch gegen diesen Entscheid offen.
1.2 Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b).
1.2.1 Gemäss Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG besteht für die Privatklägerschaft dann ein rechtlich geschütztes Interesse zur Beschwerdeführung vor Bundesgericht, wenn sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann und die Zivilansprüche im Strafverfahren geltend gemacht werden. Im Falle einer Einstellung des Strafverfahrens reicht es aber aus, dass im Verfahren vor Bundesgericht gemäss den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG dargelegt wird, aus welchen Gründen und inwiefern sich der angefochtene Entscheid auf Zivilforderungen auswirken kann (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 247 f. mit Hinweisen).
1.2.2 Die Beschwerdeführerin war am Verfahren vor dem Obergericht beteiligt, ist vom angefochtenen Entscheid als Privatklägerin betroffen und macht aus der vorgeworfenen Straftat fliessende Zivilansprüche geltend. Dementsprechend ist sie zur Beschwerde gegen den vorinstanzlichen Entscheid legitimiert.
1.3 Auf die Beschwerde ist deshalb grundsätzlich einzutreten. Ob die Beschwerdeführerin das Begründungsgebot im Sinne von Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG hinreichend beachtet und das Novenverbot gemäss Art. 99 Abs. 1 BGG einhält, bleibt im jeweiligen Sachzusammenhang zu prüfen.
2. Die Beschwerdeführerin erhebt zunächst den Vorwurf, die Vorinstanz habe den Sachverhalt teilweise unrichtig und unvollständig festgestellt.
2.1 Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ist oder auf einer weiteren Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG). Der Vorwurf von Grundrechtsverletzungen, namentlich des Willkürverbots, bedarf besonderer Begründung. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene Rügen, inwiefern die Sachverhaltsfeststellung willkürlich zustande gekommen ist (vgl. Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
2.2 Gemäss vorinstanzlicher Sachverhaltsfeststellung hatte der Beschwerdegegner 1 in seiner ehemaligen Funktion als Branchen- und Marketingleiter der Beschwerdeführerin noch vor erfolgter Kündigung von der Geschäftsdatenbank rund 200 Kundendaten über einen mobilen Datenträger (USB-Stick) auf seinen Computer (persönliches Notebook) übertragen. Dabei handle es sich um Datensätze, welche während den Jahren 2001 bis 2005 erstellt und seither nicht mehr bearbeitet worden seien. Zum Zeitpunkt der Sicherstellung des Datenträgers durch die Strafverfolgungsbehörden seien die betreffenden Dateien gelöscht gewesen. Die Behörden hätten diese einzig aus einer Sicherungskopie wiederherstellen können (sog. Backup).
2.3 Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, der Beschwerdegegner 1 habe die fraglichen Kundendateien entgegen der Annahme des Obergerichts nicht "endgültig gelöscht". Diese von der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung abweichende Darstellung begründet die Beschwerdeführerin indes in keiner den erwähnten Voraussetzungen genügender Weise. Die Beschwerdeschrift begnügt sich diesbezüglich mit einem Verweis auf vorinstanzliche Aktenstücke, die als solche ungeeignet sind, den vorinstanzlich erstellten Sachverhalt in Frage zu stellen. Insoweit entspricht die Beschwerde den Anforderungen an eine qualifizierte Rügepflicht nicht. Der Einwand der offensichtlich unrichtigen Tatsachenerhebung ist folglich nicht genügend substantiiert, womit darauf nicht einzutreten ist.
2.4 Die Beschwerdeführerin legt im Weiteren erstmals vor Bundesgericht als Beweismittel die Personenangaben eines Kunden der Beschwerdeführerin aus der Internetquelle "Moneyhouse" sowie einen Bildschirmausdruck und eine Kundenliste des Beschwerdegegners 1 zusammen mit den von ihm bei der Beschwerdeführerin erwirtschafteten Umsätzen zu den Akten. Diese sind als unzulässige Noven im Sinne von Art. 99 Abs. 1 BGG aus dem Recht zu weisen. Die mit den erwähnten Dokumenten zu beweisenden Tatsachen betreffen den Wert der fraglichen Kundendaten und das daraus resultierende Geheimhaltungsinteresse. Der Tatbestand von Art. 162 StGB war bereits Gegenstand der Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft. Zur Beibringung entsprechender Beweismittel hat folglich nicht, wie gesetzlich vorgeschrieben, der Entscheid der Vorinstanz Anlass gegeben, sondern bereits das erstinstanzliche Verfahren. Die dem Bundesgericht eingereichten Beweismittel genügen damit den Anforderungen von Art. 99 Abs. 1 BGG nicht und sind unzulässig.
2.5 Die Beschwerdeführerin beanstandet im Weiteren, dass die Vorinstanz möglichen Übereinstimmungen zwischen den 200 Kundendaten und den vom Beschwerdegegner 1 im Rahmen seiner neuen Anstellung kontaktierten Personen nicht nachgegangen sei. Damit erhebt sie den Vorwurf, die Vorinstanz habe im Hinblick auf die Verletzung von Geschäftsgeheimnissen den Sachverhalt unvollständig festgestellt. Die Vorinstanz hat die Frage, ob vereinzelte Überschneidungen der betreffenden Kundenstämme vorliegen, wie zu erwägen sein wird (vgl. E. 4.3), im konkreten Fall indes zu Recht nicht als tatbestandsrelevant erachtet. Die Beschwerdeführerin beanstandet somit die Unvollständigkeit der Tatsachenerhebung in Bezug auf Tatbestandselemente, die für den Ausgang des Verfahrens nicht entscheidend sind. Damit erweist sich auch diese Sachverhaltsrüge als unzulässig.
3. Die Beschwerdeführerin rügt in formeller Hinsicht ferner die Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör, weil ihr die Vorinstanz die Akteneinsicht in Adressdaten der Beschwerdegegnerin 2 verweigert habe.
3.1 Als Privatklägerin hat die Beschwerdeführerin im Strafverfahren Parteistellung (Art. 104 Abs. 1 lit. b StPO). Eine Partei hat grundsätzlich Anspruch auf rechtliches Gehör und als Ausfluss davon Anspruch auf Akteneinsicht (Art. 3 Abs. 2 lit. c, Art. 101 Abs. 1 und Art. 107 Abs. 1 lit. a StPO). Die Strafbehörden können das rechtliche Gehör u.a. dann einschränken, wenn dies zur Wahrung privater Geheimhaltungsinteressen erforderlich ist (Art. 108 Abs. 1 lit. b StPO). Gegebenenfalls dürfen die Behörden ihren Entscheid nur so weit auf einer Partei nicht eröffnete Akten stützen, als ihr von deren wesentlichem Inhalt Kenntnis gegeben wurde (Art. 108 Abs. 4 StPO).
3.2 Das Akteneinsichtsgesuch der Beschwerdeführerin bezweckt den Einblick in Kundendateien der Beschwerdegegnerin 2, um allfällige Überschneidungen der von ihrer Konkurrentin angeworbenen Kundschaft mit den 200 eigenen Datensätzen zu belegen. Das Obergericht erachtete diesen Umstand, wie zu erwägen sein wird (vgl. E. 4.3), zu Recht nicht als entscheiderheblich. Wegen der fehlenden Relevanz der fraglichen Akten und der Tatsache, dass die Beschwerdeführerin Konkurrentin der Beschwerdegegnerin 2 ist, bewertete die Vorinstanz in nachvollziehbarer Abwägung der auf dem Spiel stehenden Rechtsgüter das Geheimhaltungsinteresse der Beschwerdegegnerin 2 an eigenen Kundendaten höher als dagegen stehende Offenlegungsinteressen der Beschwerdeführerin. Indem die Vorinstanz das Akteneinsichtsgesuch daher abwies, hat sie den Anspruch auf rechtliches Gehör nicht verletzt.
4. Die Beschwerdeführerin rügt in materieller Hinsicht, die Vorinstanz habe Art. 319 Abs. 1 StPO verletzt, weil sie die von der Staatsanwaltschaft verfügte Verfahrenseinstellung schützte.
4.1 Die Staatsanwaltschaft verfügt die Einstellung des Verfahrens u.a. dann, wenn kein Tatverdacht erhärtet ist, der eine Anklage rechtfertigt oder kein Straftatbestand erfüllt ist (Art. 319 Abs. 1 lit. a und b StPO). Der Entscheid über die Einstellung eines Verfahrens hat sich nach dem Grundsatz "in dubio pro duriore" zu richten. Dieser fliesst aus dem Legalitätsprinzip (Art. 5 Abs. 1 BV und Art. 2 Abs. 1 StPO i.V.m. Art. 319 Abs. 1 und Art. 324 Abs. 1 StPO; <ref-ruling> E. 4.2 S. 91). Er bedeutet, dass eine Einstellung durch die Staatsanwaltschaft grundsätzlich nur bei klarer Straflosigkeit bzw. offensichtlich fehlenden Prozessvoraussetzungen angeordnet werden darf. Bei der Beurteilung dieser Frage verfügen die Staatsanwaltschaft und die Vorinstanz über einen gewissen Spielraum, den das Bundesgericht mit Zurückhaltung überprüft. Hingegen ist (sofern die Erledigung mit einem Strafbefehl nicht in Frage kommt) Anklage zu erheben, wenn eine Verurteilung wahrscheinlicher erscheint als ein Freispruch (<ref-ruling> E. 4.1.1 S. 90 f.; <ref-ruling> E. 7.1-7.2 S. 226 f.). Falls sich die Wahrscheinlichkeiten eines Freispruchs oder einer Verurteilung in etwa die Waage halten, drängt sich in der Regel, insbesondere bei schweren Delikten, eine Anklageerhebung auf (<ref-ruling> E. 4.1.2 S. 91).
4.2 Gemäss Art. 162 StGB wird mit Freiheits- oder Geldstrafe bestraft, wer ein Fabrikations- oder Geschäftsgeheimnis, das er infolge einer gesetzlichen oder vertraglichen Pflicht bewahren sollte, verrät oder den Verrat für sich oder einen anderen ausnützt. In objektiver Hinsicht ist Art. 162 StGB dann erfüllt, wenn ein Geschäftsgeheimnis als eine Information, die nicht offenkundig oder allgemein zugänglich ist (<ref-ruling> E. 2a S. 27; <ref-ruling> E. 2a S. 284), trotz vertraglicher oder gesetzlicher Pflicht zur Geheimhaltung verraten wird. In subjektiver Hinsicht muss sich der Täter darüber im Klaren sein, dass ein Geheimnis und eine Geheimhaltungspflicht besteht und dass der fragliche Dritte nicht in das Geheimnis eingeweiht werden darf (vgl. AMSTUTZ/REINERT, in: Basler Kommentar, Strafrecht, 2. Aufl. 2007, N. 26 zu Art. 162 StGB).
4.3 Den Beschwerdegegner 1 trifft als ehemaligen Branchen- und Marketingleiter bei der Beschwerdeführerin gemäss Art. 321a Abs. 4 OR eine nachvertragliche Pflicht zur Geheimhaltung der Geschäftsgeheimnisse. Dateien über Kunden gehören zum Kreis von Informationen, die dem Geschäftsgeheimnis unterstehen können (vgl. GÜNTER STRATENWERTH UND ANDERE, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil I, 7. Aufl. 2010, S. 512).
Ein effektiver Verrat von Geschäftsgeheimnissen ist im gegebenen Fall aus folgenden Gründen nicht erhärtet: Von mehreren Tausend dem Beschwerdegegner 1 aus der Zeit als Angestellter bei der Beschwerdeführerin zugänglichen Kundendaten hat dieser lediglich deren 200 auf den mobilen Datenträger übertragen. Der Beschwerdegegner 1 führte diesen Datentransfer zudem zu einem Zeitpunkt aus, als er von einer bevorstehenden Kündigung durch die Beschwerdeführerin noch nichts wusste. Sämtliche dieser Kontaktdaten hatte er bereits in der ersten Hälfte seines rund neunjährigen Arbeitsverhältnisses bei der Beschwerdeführerin erarbeitet. Die fraglichen Kontaktangaben haben nach Erstellung keine Aktualisierung erfahren und waren zum Zeitpunkt der polizeilichen Sicherstellung gelöscht. Gegen eine strafrechtliche Geheimnisverletzung spricht somit, dass der Beschwerdegegner 1 lediglich einen kleinen Ausschnitt ihm zur Verfügung stehender Kundendaten auf den mobilen Datenträger übertragen hat, wobei es sich durchwegs um Informationen älteren Erstellungsdatums handelte, die danach im Wesentlichen unbearbeitet blieben und im Zeitpunkt der polizeilichen Wiederherstellung dem Beschwerdegegner 1 nicht zugänglich waren. Eine umfassende oder aber auf einer bewussten Auswahl beruhende Informationsbeschaffung von Daten aus dem Kundenstamm der Beschwerdeführerin im Sinne einer vorsätzlichen Geschäftsgeheimnisverletzung ist bei dieser Sachlage nicht ersichtlich. Allfällige Übereinstimmungen der fraglichen Kontaktdateien mit der Datenbank der Beschwerdegegnerin 2 ändern an dieser Beurteilung entgegen den beschwerdeführenden Vorbringen nichts. Der Beschwerdegegner 1 hat der Strafverfolgungsbehörde hierzu glaubhaft dargelegt, dass vereinzelte Berührungspunkte der Kontaktdaten seiner früheren und jetzigen Arbeitgeberin zwar möglich seien; dieser Umstand sei aber nicht auf einen strafbaren Rückgriff auf die Datenbank der Beschwerdeführerin zurückzuführen. Mögliche Kontaktangaben (wie Adresse und Funktion einer bestimmten Person) seien vielmehr das Ergebnis persönlicher Beziehungen mit Geschäftspartnern, die er über seine langjährige Berufserfahrung in der Vermittlungstätigkeit aufgebaut habe und die er ohne Schwierigkeiten über öffentlich zugängliche Informationsquellen, insbesondere das Internet, im Rahmen seiner neuen Anstellung habe wiederherstellen können.
In der Tat kann aus blossen Überschneidungen einzelner Kundendaten zwischen früherer und jetziger Arbeitgeberin nicht auf eine Geheimnisverletzung geschlossen werden.
4.4 Die Staatsanwaltschaft und die Vorinstanz haben kein Bundesrecht verletzt, wenn sie zum Schluss gekommen sind, es seien die Voraussetzungen eines die Anklage rechtfertigenden Tatverdachts offensichtlich nicht erfüllt. Mangels Vorliegens einer Anlasstat seitens des Beschwerdegegners 1 hat das Obergericht ebenso zutreffend entschieden, dass eine Unternehmensverantwortlichkeit der Beschwerdegegnerin 2 nach Art. 162 i.V.m. Art. 102 Abs. 1 StGB ausser Betracht falle.
5. 5.1 Bei diesem Ergebnis ist schliesslich die Rüge der Beschwerdeführerin unbegründet, die Vorinstanz habe ihren Antrag auf Einvernahme von Angestellten der Beschwerdegegnerin 2 in Verletzung des rechtlichen Gehörs abgewiesen.
5.2 Gemäss Art. 139 Abs. 2 StPO wird kein Beweis über Tatsachen geführt, die unerheblich oder bereits rechtsgenügend erwiesen sind. Die antizipierte Beweiswürdigung ist nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung unter der Voraussetzung zulässig, dass die Strafbehörde aufgrund bereits abgenommener Beweise ihre Überzeugung gebildet hat und die beantragte Beweiserhebung daran nichts zu ändern vermag (Urteil des Bundesgerichts 1B_653/2011 vom 19. März 2012 E. 5.3; <ref-ruling> E. 5.3 S. 148).
5.3 Die fraglichen Beweisanträge haben die Feststellung von Überschneidungen der Kundenkreise zwischen der Beschwerdeführerin und den Beschwerdegegnern zum Ziel, um damit vermögensschädigende Konkurrenzierungen durch die Beschwerdegegner zu belegen. Gestützt auf die vorstehenden Erwägungen (vgl. E. 4.3) durfte die Vorinstanz demgegenüber zu Recht davon ausgehen, dass aus dem Umstand übereinstimmender Kundendateien allein den Beschwerdegegnern kein strafbares Handeln im Sinne von Art. 162 StGB vorzuwerfen ist. Die konkret beantragten Beweiserhebungen vermögen an der Erkenntnis des fehlenden Tatverdachts folglich nichts zu ändern, womit die Abweisung der vor der Vorinstanz gestellten Beweisanträge nicht zu beanstanden ist.
6. 6.1 Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
6.2 Bei diesem Verfahrensausgang wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG). Überdies hat sie die Beschwerdegegner 1-2 für das bundesgerichtliche Verfahren je angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner 1 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- und die Beschwerdegegnerin 2 mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft des Kantons Zug, II. Abteilung, und dem Obergericht des Kantons Zug, I. Beschwerdeabteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Oktober 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Geisser