Sachverhalt:
A. Der am 22. Juli 1954 geborene Z._ war als Angestellter der Firma S._ AG, bei der Zürich Versicherungs-Gesellschaft (nachfolgend Zürich) obligatorisch gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 12. März 1998 verursachte er beim Einfahren in einen Kreisel eine Kollision zwischen seinem und einem sich darin befindlichen Fahrzeug (Rapport der Kantonspolizei Zürich vom 27. März 1998). Nach seinen Angaben schlug der Versicherte den Kopf an der Scheibe an und verletzte sich an der linken Schulter. Der erstbehandelnde Arzt diagnostizierte ein Schleudertrauma der Halswirbelsäule (HWS) und eine Kontusion der linken Schulter, wobei er Auftreten von Schwindel bei Reklination der HWS, Schmerzen in den Endstellungen bei sämtlichen Bewegungen in der HWS sowie eine diffuse leichte Druckdolenz feststellte (Arztzeugnis UVG des Dr. med. F._, Allgemeine Medizin FMH vom 11. April 1998). Die Zürich anerkannte ihre Leistungspflicht, übernahm die Heilkosten und richtete Taggelder aus. Nach dem Unfall bestand vollständige Arbeitsunfähigkeit (Zusatzfragebogen bei HWS-Verletzungen des Dr. med. F._ vom 16. Mai 1998).
Am 28. Juli 1998 - der Versicherte war nach wie vor bei der Zürich gegen die Folgen von Unfällen versichert - wurde er in X._ Opfer eines Auffahrunfalles, als er beim Linksabbiegen wegen des Gegenverkehrs anhielt, worauf ein nachfolgendes Fahrzeug in sein Fahrzeug prallte (Unfallmeldung UVG vom 13. August 1998). Es wurden ein erneutes HWS-Distorsionstrauma bei Status nach HWS-Distorsionstrauma diagnostiziert und eine Schmerzempfindlichkeit an der HWS, eine erhebliche Bewegungseinschränkung in allen Richtungen sowie schmerzhafte Dornfortsätze C2, C6 und C7 festgestellt (Arztzeugnis UVG des Dr. med. R._, Allgemeine Medizin FMH vom 21. August 1998). In der Folge entwickelte sich ein therapieresistentes zervikoradikuläres Syndrom C6 links (Arztbericht des Dr. med. U._, Spezialarzt für physikalische Medizin, spez. Rheumatologie, vom 13. November 1998). Radiologische Abklärungen zeigten Diskusprotrusionen C3/C4 und C5/C6 ohne Anhaltspunkte für das Vorliegen einer Wurzelkompression C7, weshalb eine neurochirurgische Ursache für die Cervicobrachialgie verneint und weitere konservative Therapiemassnahmen anstelle der vom behandelnden Arzt angeregten Operation empfohlen wurden (Bericht der Klinik für Neurochirurgie, Spital Y._, vom 28. Dezember 1998). Vom 12. Mai bis 23. Juni 1999 verbrachte der Versicherte einen stationären Rehabilitationsaufenthalt in der Klinik K._ (Austrittsbericht vom 28. Juni 1999). In der Folge liess die Zürich bei der "Rheumaklinik und Institut für Physikalische Medizin" des Spital W._ ein Gutachten zur Unfallkausalität erstellen (Gutachten der Dres. med. B._, Leitender Arzt, und Krebs, Oberarzt, vom 3. Januar 2000). Im Auftrag der IV-Stelle des Kantons Thurgau fand eine BEFAS-Abklärung in der Abklärungs- und Ausbildungsstätte P._ statt (BEFAS-Schlussbericht vom 16. Februar 2000). Nach neuropsychologischen und neurologischen Abklärungen gab die Zürich bei der Rehaklinik E._ ein interdisziplinäres Gutachten in Auftrag, das am 16. April 2003 erstattet wurde. Eine weitere Begutachtung zuhanden der IV-Stelle Thurgau erfolgte durch die MEDAS am 5. November 2003. Mit Verfügung vom 5. April 2004 stellte die Zürich sämtliche Leistungen per sofort ein. Zur Begründung wurde im Wesentlichen ausgeführt, das Vorliegen natürlich und adäquat kausaler Beschwerden sei nicht mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit erstellt. Der Versicherte liess dagegen Einsprache erheben, worauf die Zürich bei Prof. Dr. T._, Chefarzt, Spital A._, ein neurologisches Gutachten vom 10. August 2005 einholte. Im Weiteren beteiligte sich die Zürich mit Fragen an einem Gutachten, welches im Auftrag der IV-Stelle Thurgau beim Institut V._ am 25. Januar 2006 von Dr. med. I._, Neurologe, erstellt wurde. Am 27. September 2006 erging der abschlägige Einspracheentscheid der Zürich.
B. Die von Z._ gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 13. Februar und 16. April 2008 ab.
C. Mit Beschwerde lässt Z._ beantragen, in Aufhebung des kantonalen Entscheides sei die Zürich zu verpflichten, ihm weiterhin die gesetzlichen Leistungen nach UVG, basierend auf einem Invaliditätsgrad von mindestens 68.66 % und einer Integritätseinbusse von mindestens 20 % zu erbringen.
Die Zürich beantragt, auf die Beschwerde sei insofern nicht einzutreten, als damit die Ausrichtung einer Invalidenrente und einer Integritätsentschädigung verlangt werde; ansonsten schliesst sie auf Abweisung der Beschwerde. Während sich das Bundesamt für Gesundheit nicht vernehmen lässt, stellt die Vorinstanz Antrag auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren sind grundsätzlich nur Rechtsverhältnisse zu überprüfen bzw. zu beurteilen, zu denen die zuständige Verwaltungsbehörde vorgängig verbindlich - in Form einer Verfügung bzw. eines Einspracheentscheides - Stellung genommen hat. Insoweit bestimmt die Verfügung den beschwerdeweise weiterziehbaren Anfechtungsgegenstand. Umgekehrt fehlt es an einem Anfechtungsgegenstand und somit an einer Sachurteilsvoraussetzung, wenn und insoweit keine Verfügung bzw. kein Einspracheentscheid ergangen ist (<ref-ruling> E. 2.1, 125 V 412 E. 1a S. 414, 119 Ib 33 E. 1b S. 36, je mit Hinweisen).
Im vorliegenden Verfahren hat die Zürich am 5 April 2003 die Einstellung sämtlicher unfallversicherungsrechtlicher Leistungen verfügt und dies mit Einspracheentscheid vom 27. September 2006 bestätigt. Soweit der Beschwerdeführer die Ausrichtung der gesetzlichen Leistungen nach UVG verlangt, sind die Sachurteilsvoraussetzungen gegeben und es ist auf die Beschwerde ohne Weiteres einzutreten. Insofern als der Beschwerdeführer die Ausrichtung einer Invalidenrente und einer Integritätsentschädigung bestimmter Höhe beantragt, kann darauf nicht eingetreten werden, weil sich die Zürich zur Höhe allfälliger derartiger Leistungen nicht ausgesprochen hat.
2. 2.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3. 3.1 Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (<ref-law>). Der Unfallversichersicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch-objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber in diesem Sinne objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogenen Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden, anzuwenden (<ref-ruling> E. 2.1 und 6.1 S. 111 f. 116, 115 V 133 E. 6c/aa S. 140; vgl. auch Urteil 8C_583/2007 vom 10. Juni 2008 E. 2.2).
3.2 Mit <ref-ruling> hat das Bundesgericht die sog. Schleudertrauma-Praxis bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden präzisiert. Im genannten Urteil wurde zunächst der Grundsatz bestätigt, dass der Fallabschluss und damit verbunden die Adäquanzprüfung im Hinblick auf die Rentenleistungen in dem Zeitpunkt zu erfolgen hat, in dem von der Weiterführung der medizinischen Massnahmen keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten ist (E. 4). Hinsichtlich der Beurteilung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und den geklagten organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden wurde festgehalten, dass diese auf Grund einer eingehenden medizinischen Abklärung zu erfolgen hat (E. 9.4 f.). Schliesslich wurden in E. 10 die Kriterien, welche zur Beurteilung der Adäquanz bei mittelschweren Unfällen (vgl. dazu insbesondere SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.3.1 [U 2/07]) dienen, neu gefasst. Der Katalog der adäquanzrelevanten Kriterien lautet nunmehr:
besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls;
die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen;
fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung;
erhebliche Beschwerden;
ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert;
schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen;
erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen.
Weiterhin gilt, dass nicht in jedem Fall der Einbezug sämtlicher Kriterien in die Gesamtwürdigung erforderlich ist. Je nach den konkreten Umständen kann für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schweren Unfall zu qualifizieren ist. Anderseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes bzw. ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht wird. Diese Würdigung des Unfalles zusammen mit den objektiven Kriterien führt zur Bejahung oder Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 6b S. 367 f.).
3.3 Hat die versicherte Person mehr als einen Unfall mit Schleudertrauma der HWS oder gleichgestellter Verletzung erlitten, so ist die Adäquanz prinzipiell für jeden Unfall gesondert zu beurteilen. In diesem Rahmen ist es nach der Rechtsprechung jedoch nicht generell ausgeschlossen, die wiederholte Betroffenheit desselben Körperteils bei der Adäquanzbeurteilung zu berücksichtigen. Letzteres ist insbesondere dann denkbar, wenn die Auswirkungen der verschiedenen Ereignisse auf gewisse Beschwerden und/oder auf die Arbeitsunfähigkeit nicht von einander abgegrenzt werden können (SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1 [U 39/04], E. 3.3.2 mit Hinweisen).
4. Strittig und zu prüfen ist, ob die vom Beschwerdeführer über den 5. April 2004 hinaus geklagten Beschwerden noch in einem rechtsgenüglichen Kausalzusammenhang zu den Unfallereignissen vom 12. März und 28. Juli 1998 stehen.
5. 5.1 Aufgrund der medizinischen Aktenlage, insbesondere auch angesichts der ebenfalls vom Beschwerdeführer als massgeblich erklärten Ergebnisse des von Dr. med. I._ für das Institut V._ erstellten Gutachtens, kann ohne Weiteres davon ausgegangen werden, dass keine organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen bestehen, welche die persistierenden Beschwerden zu erklären vermöchten. Der Gutachter bezeichnet die festgestellten Beschwerden - Schulter- und Nackenschmerzen mit Bewegungseinschränkungen und Ausstrahlungen in die Arme sowie Tinnitus und Schwindel - als unspezifisch und stellt dazu ausdrücklich fest, dass aus der Art der Beschwerden deren Ursache nicht abgeleitet werden könne (Gutachten des Dr. med. I._ vom 25. Januar 2006). Demnach hat, anders als bei organisch klar ausgewiesenen Unfallfolgen, bei welchen der adäquate und natürliche Kausalzusammenhang in der Regel ohne Weiteres zusammen bejaht werden können, eine besondere Adäquanzprüfung zu erfolgen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112 mit Hinweisen). Der Beschwerdeführer stellt sich zu Recht denn auch nicht auf den Standpunkt, es hätte keine Adäquanzprüfung zu erfolgen; vielmehr beanstandet er das Ergebnis der von der Vorinstanz durchgeführten Adäquanzprüfung.
5.2 Die Beschwerdegegnerin vertritt die Auffassung, im Zeitpunkt der Leistungseinstellung am 5. April 2004 habe kein natürlicher Kausalzusammenhang zwischen den beiden Unfallereignissen im Jahre 1998 und den andauernden Beschwerden mit Auswirkungen auf die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit mehr bestanden. Sie gelangt zu dieser Meinung insbesondere aufgrund des von Prof. Dr. T._ vom Spital A._ erstellten neurologischen Gutachtens vom 10. August 2005, während sie das von der Vorinstanz als schlüssig betrachtete Gutachten von Dr. med. I._ vom 25. Januar 2006 als nicht überzeugend erachtet. Die Beschwerdegegnerin verneint im Weiteren das Vorliegen des sogenannten typischen Beschwerdebildes. Wie es sich mit dem natürlichen Kausalzusammenhang zwischen den beiden Unfällen vom 12. März sowie 28. Juli 1998 und den anhaltenden Beschwerden genau verhält, kann aber letztlich offen bleiben; es braucht auch nicht abschliessend geklärt zu werden, ob das typische Beschwerdebild gegeben ist. Selbst wenn man zugunsten des Versicherten das Vorliegen des natürlichen Kausalzusammenhangs bejaht und die Adäquanz des Kausalzusammenhangs nach der sogenannten "Schleudertrauma-Praxis" (<ref-ruling>) prüft, ist die Adäquanz - wie nachfolgend gezeigt wird - zu verneinen (vgl. zur Zulässigkeit dieser Vorgehensweise: Urteile 8C_468/2008 vom 25. September 2008 E. 5.3 und 8C_42/2007 vom 14. April 2008 E. 2).
6. 6.1 Für die Adäquanzprüfung ist an das (objektive erfassbare) Unfallereignis anzuknüpfen (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126). Massgebend für die Beurteilung der Unfallschwere ist der augenfällige Geschehensablauf mit den sich dabei entwickelnden Kräften (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26 E. 5.3.1). Das kantonale Gericht hat die beiden Unfälle vom 12. März und 28. Juli 1998 als mittelschwere Ereignisse im Grenzbereich zu den leichten Unfällen eingestuft. Dies ist im Lichte der Rechtsprechung, insbesondere auch zu derjenigen zur Unfallschwere bei Auffahrkollisionen auf ein (haltendes) Fahrzeug (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.1.2 mit Hinweisen [U 380/04]), nicht zu beanstanden und wird denn auch vom Beschwerdeführer zu Recht nicht in Frage gestellt. Die Adäquanz des Kausalzusammenhanges wäre somit dann zu bejahen, wenn eines der in E. 3.2 hievor aufgezählten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt wäre, oder wenn mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise gegeben wären.
6.2 Die Adäquanzkriterien wurden teilweise durch <ref-ruling> modifiziert. Das kantonale Gericht hat sie in der modifizierten Fassung geprüft und ist zum Schluss gelangt, es sei höchstens eines der sieben Kriterien, nämlich dasjenige "der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzung" gegeben, weshalb die Adäquanz des Kausalzusammenhanges zu verneinen sei. Der Beschwerdeführer erachtet demgegenüber neben dem vom kantonalen Gericht bejahten Kriterium im Weiteren auch die Kriterien der fortgesetzten spezifischen und belastenden ärztlichen Behandlung, der erheblichen Beschwerden, des schwierigen Heilungsverlaufes und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als gegeben, womit die Adäquanz durch das gehäufte Auftreten der Kriterien zu bejahen wäre.
6.3 Die beiden Unfälle waren weder besonders eindrücklich noch waren damit besonders dramatische Begleitumstände verbunden. Zu Recht macht denn auch der Beschwerdeführer nicht geltend, dieses Kriterium sei erfüllt.
6.4 Das Bundesgericht hat im erwähnten Urteil <ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f. seine Rechtsprechung bestätigt, wonach die Diagnose einer HWS-Distorsion für sich allein zur Bejahung des Kriteriums der Schwere und besonderen Art der erlittenen Verletzung nicht genügt. Es bedarf hierzu einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86 E. 5.3 [U 339/06]; RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236 E. 5.2.3 mit weiteren Hinweisen). Diese können beispielsweise in einer beim Unfall eingenommenen besonderen Körperhaltung und den dadurch bewirkten Komplikationen bestehen (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86 E. 5.3; RKUV 2003 Nr. U 489 S. 357 E. 4.3 mit Hinweisen [U 193/01]). Auch erhebliche Verletzungen, welche sich die versicherte Person neben dem Schleudertrauma, der äquivalenten Verletzung der HWS oder dem Schädelhirntrauma beim Unfall zugezogen hat, können bedeutsam sein (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 128). Daneben gilt es zu beachten, dass eine HWS-Distorsion, welche eine bereits erheblich vorgeschädigte Wirbelsäule trifft, speziell geeignet ist, die "typischen" Symptome hervorzurufen, weshalb sie in bestimmten Konstellationen als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren ist (siehe oben E. 3.3).
Der Beschwerdeführer erlitt innert knapp fünf Monaten zwei Unfälle, welche beide die HWS betrafen. Im Zeitpunkt des zweiten Unfalls war er gerade daran, sich von den Folgen des ersten Unfalls zu erholen und war offenbar weitgehend beschwerdefrei (Bericht des Dr. med. U._ vom 16. April 1999). Seit dem zweiten Unfall ist keine wesentliche Besserung des Beschwerdebildes mehr eingetreten. Die Auswirkungen der beiden Ereignisse auf die Beschwerden im Schulter- und Nackenbereich und die dadurch bewirkte Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit lassen sich nicht voneinander abgrenzen. Dr. med. I._ spricht im Gutachten vom 25. Januar 2006 von einer ungünstigen Interaktion der HWS-Distorsion beim Unfall vom 28. Juli 1998 mit dem Heilverlauf nach dem Unfall vom 12. März 1998. In Übereinstimmung mit dem kantonalen Gericht ist deshalb davon auszugehen, dass das Kriterium der besonderen Art der erlittenen Verletzung zu bejahen ist. Weil im Zeitpunkt des zweiten Unfalls die Folgen des ersten aber bereits weitgehend abgeheilt waren, ist dieses Kriterium jedoch nicht in besonders ausgeprägter Weise erfüllt. Es bleibt in diesem Zusammenhang auch zu vermerken, dass der Versicherte bei beiden Unfällen neben dem Schleudertrauma keine anderen erheblichen Verletzungen erlitten hat und auch nie die Rede davon war, er habe bei den Unfällen eine besondere Körperhaltung eingenommen, bei welcher sich besondere Komplikationen hätten ergeben können.
6.5 Neu gefasst wurde im erwähnten <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128 das Kriterium der ärztlichen Behandlung. Nunmehr ist zu seiner Bejahung erforderlich, dass nach dem Unfall fortgesetzt eine spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist dieses Kriterium hier nicht erfüllt. Die regelmässigen Hausarztbesuche, die tägliche Medikamenteneinnahme und auch die wöchentlichen, zeitweilig zweimal pro Woche stattfindenden Massagen sind nicht besonders belastend. Auch der sechswöchige Aufenthalt in der Klinik K._ vom 12. Mai bis 23. Juni 1999 kann nicht als belastende ärztliche Behandlung angesehen werden. Eine gewisse Belastung mögen die verschiedenen Begutachtungen dargestellt haben; diese erfolgten aber verteilt über einen längeren Zeitraum. Zudem sind die Gutachten des Prof. Dr. T._ vom 10. August 2005 und des Dr. med. I._ vom 25. Januar 2006 nach der Leistungseinstellung erstellt worden, weshalb nicht von einer fortgesetzten, belastenden ärztlichen Behandlung zwischen Unfall und Fallabschluss gesprochen werden kann. Hievon abgesehen sind Abklärungsmassnahmen und blosse ärztliche Kontrollen grundsätzlich nicht zu berücksichtigen (Urteil 8C_217/2008 vom 20. März 2009 E. 10.3 mit Hinweis).
6.6 Für die Adäquanzfrage von Belang können im Weiteren in der Zeit zwischen Unfall und dem Fallabschluss ohne wesentlichen Unterbruch bestehende erhebliche Beschwerden sein. Die Erheblichkeit beurteilt sich nach den glaubhaften Schmerzen und nach der Beeinträchtigung, welche die verunfallte Person durch die Beschwerden im Lebensalltag erfährt (<ref-ruling> E. 10.2.4 S. 128). Wie der Beschwerdeführer an sich zutreffend ausführen lässt, ergibt sich aus den Arztberichten und Gutachten im massgeblichen Zeitraum, dass er an belastungsverstärkten Dauerschmerzen an der ganzen Halswirbelsäule mit Ausstrahlung in den Kopf litt; daneben bestanden weitere Beschwerden wie Schwindel, Übelkeit oder Tinnitus (vgl. MEDAS-Gutachten vom 5. November 2003; Gutachten der Rehaklinik E._ vom 16. April 2003). Gleichzeitig wiesen die Gutachter aber jeweils daraufhin, dass ein spezieller Leidensdruck nicht spürbar sei, sie stellten vielmehr fest, dass der Versicherte nicht leidend wirke und auch nicht auf die Beschwerden fixiert sei (vgl. MEDAS-Gutachten vom 5. November 2003; Psychiatrisches Teilgutachten der Rehaklinik E._ vom 12. März 1998). Angesichts dieser übereinstimmenden Feststellungen ist eine Beeinträchtigung im Lebensalltag nicht auszumachen, weshalb das Kriterium der erheblichen Beschwerden nicht bejaht werden kann.
6.7 Das Kriterium des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen hat durch den erwähnten <ref-ruling> keine Änderung erfahren. Aus der blossen Dauer der ärztlichen Behandlung und der geklagten Beschwerden darf nicht schon auf einen schwierigen Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (vgl. Urteil 8C_554/2007 vom 20. Juni 2008 E. 6.6 mit Hinweis). Solche Gründe sind vorliegend nicht ersichtlich. Aus dem Umstand, dass trotz verschiedenster Therapien keine nachhaltige Besserung des Gesundheitszustandes erreicht werden konnte, darf noch nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf geschlossen werden. Die Beschwerdegegnerin weist in diesem Zusammenhang zu Recht darauf hin, dass der langwierige Heilungsverlauf auch mit der in den ärztlichen Berichten und Gutachten mehrfach beschriebenen Selbstlimitierung des Versicherten zu tun haben kann; er hat sich anscheinend damit abgefunden, dass keine ernsthafte Besserung mehr eintreten wird (vgl. z.B. Gutachten der Rehaklinik E._ vom 16. April 2003).
6.8 Auch das Kriterium der erheblichen Arbeitsunfähigkeit wurde durch den vorgenannten Bundesgerichtsentscheid präzisiert, insofern als das Kriterium nur dann erfüllt sein kann, wenn von der versicherten Person ernsthafte Anstrengungen unternommen wurden, die Arbeitsunfähigkeit zu überwinden (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129). Diese letztere Voraussetzung ist im vorliegenden Fall nicht gegeben. Es zieht sich wie ein roter Faden durch alle Gutachten und Berichte, dass der Versicherte aus medizinischer Sicht mehr zu tun in der Lage wäre, als er sich dies zutraut und auch tatsächlich macht. Aufschlussreich ist in diesem Zusammenhang die Tatsache, dass sich der Beschwerdeführer gegen die Beurteilung der Arbeitsfähigkeit durch die Ärzte der Klinik K._, welche eine Arbeitsfähigkeit von 50 % für leichte Arbeit im Monteurbereich "im Sinne eines Arbeitsversuches" bejahten, wehrte (Austrittsbericht der Klinik K._ vom 28. Juni 1999). Wenig überraschend kam es in der Folge dann auch nie zu einer Arbeitsaufnahme, obwohl nicht nur die Ärzte der Klinik K._, sondern auch die Gutachter der Rehaklinik E._ spätestens ab anfangs 2000 eine 50%ige Arbeitsfähigkeit annahmen (Gutachten der Rehaklinik E._ vom 16. April 2003). Die BEFAS-Abklärung in der Abklärungs- und Ausbildungsstätte P._ dauerte nur vom 24. bis 28. Januar 2000, einerseits weil weitere medizinische Abklärungen nötig erschienen, anderseits aber auch, weil der Versicherte gerne auf den Vorschlag, weitere medizinische Abklärungen durchzuführen und deshalb die BEFAS-Abklärung abzubrechen, einging (Schlussbericht der BEFAS vom 16. Februar 2000). Mangels ernsthafter Anstrengungen zur Überwindung der Arbeitsunfähigkeit ist das Kriterium somit nicht erfüllt.
6.9 Von den massgeblichen Adäquanzkriterien ist demnach lediglich eines - jenes der besonderen Art der Verletzung - erfüllt. Da somit keine Häufung der Adäquanzkriterien vorliegt, ist den Unfallereignissen vom 12. März und vom 28. Juli 1998 keine massgebende Bedeutung für die über den 5. April 2004 andauernden gesundheitlichen Beeinträchtigungen beizumessen. Einsprache- und kantonaler Gerichtsentscheid sind somit rechtens.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. Juni 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar