Sachverhalt:
A. X._ hat seinen steuerrechtlichen Wohnsitz in D._/LU. Seit 1. März 2006 arbeitet er bei der UBS AG in R._/GE und wohnt während der Woche als Wochenaufenthalter in U._. Dort bewohnt er eine 31⁄2-Zimmer-Wohnung, die seinen Grosseltern gehört, zu einem monatlichen Mietzins von Fr. 850.--.
B. In der Steuererklärung 2006 machte X._ unter anderem Mehrkosten bei auswärtigem Wochenaufenthalt geltend, nämlich Fr. 3'885.-- notwendige Mehrkosten der auswärtigen Verpflegung und Fr. 10'000.-- für die auswärtige Unterkunft. In der Veranlagungsverfügung vom 28. Februar 2008 anerkannte die Steuerbehörde nur Fr. 1'250.-- Mehrkosten für auswärtige Verpflegung sowie Fr. 2'429.-- für die Unterkunft am Wochenaufenthaltsort als berufsbedingte Mehrkosten. Die hiergegen erhobene Einsprache wies die Steuerkommission für Unselbständigerwerbende am 29. April 2008 ab.
Mit Urteil vom 21. November 2008 hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern die dagegen erhobene Beschwerde teilweise gut. Es bestätigte den Abzug für Mehrkosten für auswärtige Verpflegung, erhöhte dagegen den Abzug für auswärtige Unterkunft auf Fr. 3'484.--, und setzte das steuerbare Einkommen bei den Staats- und Gemeindesteuern neu auf Fr. 19'900.-- und bei der direkten Bundessteuer neu auf Fr. 20'400.-- sowie das steuerbare Vermögen auf Fr. 27'000.-- fest. Entgegen der Steuerbehörde stellte das Verwaltungsgericht nicht auf den tatsächlich bezahlten (Freundschafts)-Preis für die 31⁄2-Zimmerwohnung von Fr. 850.-- ab, sondern auf einen ortsüblichen Mietzins von Fr. 1'045.-- für eine 3-Zimmerwohnung in U._ und multiplizierte den Zimmerpreis (Fr. 348.40) mit der Anzahl Monate (März bis Dezember), ausmachend Fr. 3'484.--.
C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern erhebt X._ mit Eingabe vom 12. Januar 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht. Er stellt den Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 21. November 2008 sei aufzuheben und es seien Mehrkosten der Unterkunft bei auswärtigem Wochenaufenthalt für eine Einzimmerwohnung von monatlich Fr. 720.-- oder Fr. 7'200.-- für zehn Monate anzuerkennen. Gerügt wird die Verletzung von Bundesrecht.
D. Die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
I. Prozessuales
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid über die direkten Steuern des Kantons und des Bundes. Dagegen steht gemäss <ref-law> in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht offen. Der Beschwerdeführer ist gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten legitimiert. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten (Art. 42 und 100 BGG).
1.2 Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>).
1.3 Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten. Im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Dies setzt voraus, dass sich die Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinandersetzen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist in der vorliegenden Beschwerde nur teilweise zu erkennen. Soweit eine solche qualifizierte Begründung fehlt, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
II. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Der direkten Bundessteuer als Einkommenssteuer natürlicher Personen unterliegen unter anderem alle Einkünfte aus unselbständiger Erwerbstätigkeit (<ref-law>). Von den gesamten steuerbaren Einkünften sind die Aufwendungen und die allgemeinen Abzüge nach den Art. 26 - 33 DBG absetzbar (<ref-law>). Von den Einkünften aus unselbständiger Erwerbstätigkeit können als Gewinnungskosten unter anderem "die übrigen für die Ausübung des Berufes erforderlichen Kosten" abgezogen werden (<ref-law>). Näheres regelt die Verordnung des Eidgenössischen Finanzdepartementes über den Abzug von Berufskosten der unselbständigen Erwerbstätigkeit bei der direkten Bundessteuer vom 10. Februar 1993 (VBK; SR 642.118.1; vgl. auch das diesbezügliche Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung [KS der EStV] vom 22. September 1995, ASA 64 S. 692 ff.).
Gemäss Art. 9 Abs. 3 VBK sind als notwendige Mehrkosten der Unterkunft bei auswärtigem Wochenaufenthalt die "ortsüblichen Auslagen für ein Zimmer" abziehbar. Andererseits beträgt der gestützt auf Art. 9 Abs. 2 VBK in Verbindung mit Art. 3 VBK für die Steuerperiode 2006 festgelegte Pauschalansatz für Mehrkosten der Verpflegung bei auswärtigem Wochenaufenthalt im Jahr Fr. 6'000.-- (Anhang der VBK in der Fassung vom 23. September 2005 [AS 2005 4815 f.]; vgl. dazu auch das Rundschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 6. Dezember 2005, ASA 74 S. 584). Besitzt der Wochenaufenthalter am Übernachtungsort zudem eine Kochgelegenheit, sind zwar die Kosten für das "Studio" höher, dafür kann er den Pauschalabzug für die zweite Hauptmahlzeit nicht geltend machen (Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, Rz. 22 zu <ref-law>; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, 2003, N. 23 zu <ref-law>; noch weiter geht Bruno Knüsel, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a], 2. Aufl. 2008, Rz. 21 zu <ref-law>, wonach "die tatsächlich anfallenden Kosten einer realistischerweise nötigen Unterkunft" absetzbar seien).
Nach der bundesgerichtlichen Praxis gelten als Gewinnungskosten diejenigen Auslagen, deren Vermeidung der steuerpflichtigen Person nicht zumutbar ist (<ref-ruling> E. 3a S. 32) und die wesentlich durch die Erzielung von Einkommen verursacht bzw. veranlasst sind (Urteil 2A.224/2004 vom 26. Oktober 2004 E. 6.3, in: ASA 75 S. 257, mit Hinweisen; vgl. auch Urteil 2P.251/2006 vom 25. Januar 2007 E. 3.1, in: StE 2007 B 22.3 Nr. 93).
2.2 Im vorliegenden Fall berücksichtigte die Vorinstanz vom tatsächlich bezahlten Mietzins von Fr. 850.-- für eine von den Grosseltern dem Beschwerdeführer zur Nutzung überlassene 31⁄2-Zimmerwohnung einen Mietzins von Fr. 348.40 als "ortsübliche Auslage für ein Zimmer". Sie hält dafür, dass nicht vom offensichtlich gegebenen "Vorzugsmietzins", sondern von einem ortsüblichen Ansatz auszugehen sei. Damit verkennt aber die Vorinstanz die Tragweite dieser Präzisierung: Es soll zwar vermieden werden, dass Lebenshaltungskosten unter dem Titel "Gewinnungskosten" steuerlich abgesetzt werden können, nicht aber ermöglicht werden, "Soll-Kosten" anstelle von "Ist-Kosten" steuerlich zu anerkennen. Denn als Gewinnungskosten können - abgesehen von Pauschalen - nur tatsächlich getragene Auslagen steuerlich berücksichtigt werden. Nicht abziehbar sind die vom Arbeitgeber oder einem Dritten übernommenen Aufwendungen (Art. 1 Abs. 2 VBK). Falls etwa der Beschwerdeführer in der Wohnung seiner Grosseltern unentgeltlich wohnen dürfte, könnte er damit keinen ortsüblichen Mietzins absetzen, weil er diesfalls überhaupt keine Auslagen hätte.
Vor diesem Hintergrund ist der von der Vorinstanz für ein "Zimmer mit Kochgelegenheit" gewährte Abzug von Fr. 348.40 bei einem Mietzins von Fr. 850.-- für eine 31⁄2-Zimmerwohnung offensichtlich hinreichend und somit nicht zu beanstanden. Auf diese Weise wird mehr als ein Drittel der Gesamtkosten für die 31⁄2-Zimmerwohnung berücksichtigt.
3. Damit erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
III. Staats- und Gemeindesteuern
4. 4.1 § 24 sowie §§ 32 und 33 des Steuergesetzes [des Kantons Luzern] vom 22. November 1999 (StG/LU; SRL 620) entsprechen im Wesentlichen Art. 17 sowie Art. 25 und 26 DBG. § 11 der Steuerverordnung [des Kantons Luzern] vom 12. Dezember 2000 (StV/LU; SRL 621) verweist zudem für den Abzug der Berufskosten der unselbständigen Erwerbstätigkeit auf die VBK. Diese Bestimmungen harmonieren mit Art. 7 Abs. 1 sowie Art. 9 Abs. 1 StHG. Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer für die kantonalen Steuern analog massgebend sind. Damit ergibt sich für die Staats- und Gemeindesteuern dasselbe Ergebnis wie bei der direkten Bundessteuer.
4.2 Demnach erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern ebenfalls als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
IV. Kosten und Entschädigung
5. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Dienststelle Steuern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. April 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Winiger