Faits:
A. X._, né le 12 juillet 1958, et dame X._, née le 27 juillet 1961, se sont mariés le 15 mai 1986. Quatre enfants sont issus de cette union : A._, né le 3 avril 1988, B._ et C._, nés le 19 juin 1989 et D._, né le 26 octobre 1991.
B. Le 13 août 2002, dame X._ a ouvert contre son mari une action matrimoniale. Par jugement du 10 mai 2006, le Tribunal civil de l'arrondissement de la Gruyère a prononcé le divorce des parties, a confié l'autorité parentale et la garde de l'enfant D._ au père et celles de B._ et C._ à la mère en réglant le droit de visite respectif des parents. S'agissant de l'entretien des enfants, il a ordonné aux caisses de pension et de compensation de verser les montants de 783 fr. 95 et 618 fr. alloués pour chaque enfant au parent détenteur de la garde et a contraint dame X._ à verser à X._ les allocations familiales perçues pour D._. Il a astreint X._ à contribuer à l'entretien de son épouse par le versement d'une contribution mensuelle de 500 fr. jusqu'au 30 juin 2006, la rente complémentaire en faveur du conjoint, d'un montant de 562 fr. restant due à dame X._. Le Tribunal a liquidé le régime matrimonial en condamnant notamment X._ à verser à son épouse le montant de 150'000 fr. S'agissant des dépens, il a condamné le mari à verser à l'épouse 18'000 fr., dont à déduire la provisio ad litem de 9'000 fr., chaque partie devant supporter ses dépens pour le surplus. Les frais de justice ont été répartis à hauteur de deux tiers à la charge du mari et d'un tiers à la charge de l'épouse.
Par arrêt du 12 juillet 2007, la Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg a partiellement admis le recours formé par X._ contre le jugement de première instance en réduisant à 129'363 fr. 65 le montant dû par celui-ci à dame X._ au titre de la liquidation du régime matrimonial. Les frais d'appel ont été répartis à hauteur de deux tiers à la charge de X._ et d'un tiers à la charge de dame X._.
C. Le mari forme un recours en matière civile au Tribunal fédéral. A titre principal, il conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et au renvoi du dossier pour nouvelle décision dans le sens des considérants. A titre subsidiaire, il prend 21 conclusions en paiement.
D. Par ordonnances du 10 octobre et 26 novembre 2007, l'effet suspensif a été accordé au recours s'agissant du paiement des montants dus aux titres de la liquidation du régime matrimonial et des frais et dépens de la procédure cantonale.
Des observations n'ont pas été requises sur le fond.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 4).
La décision concernant le divorce et ses effets accessoires est une décision rendue en matière civile (art. 72 al. 1 LTF). Le litige soumis au Tribunal fédéral porte uniquement sur des questions pécuniaires dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF). S'agissant du délai de 30 jours (art. 100 al. 1 LTF), dès lors que le recourant a fait bloquer son courrier, l'arrêt attaqué, expédié le 13 juillet 2007 est censé avoir été reçu pendant les féries d'été (art. 46 LTF; <ref-ruling>). Le délai doit être calculé dès le premier jour suivant la fin des féries, soit dès le 16 août 2007 (<ref-ruling>). Mis à la poste le 14 septembre 2007, soit le jour de l'échéance du délai, le présent recours a été interjeté en temps utile. Dans son écriture, le recourant s'en prend longuement et à plusieurs reprises à la décision de première instance (ex. p. 24, 32, 37-38, 45 du recours). Le recours en matière civile n'étant recevable que contre les décisions des autorités cantonales de dernière instance, ces critiques ne seront pas examinées (art. 75 al. 1 LTF).
2. 2.1 Le mémoire de recours doit contenir les conclusions et les motifs à l'appui de celles-ci (art. 42 al. 1 LTF). Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit (art. 42 al. 2 LTF). Le recourant ne peut ainsi se borner à conclure à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi devant l'autorité précédente mais doit prendre des conclusions au fond (<ref-ruling> consid. 3.1).
Pour les griefs de violation du droit fédéral - à l'exclusion des droits constitutionnels - (art. 95 let. a LTF), l'exigence de motivation résultant de l'art. 42 al. 2 LTF correspond à celle qui valait pour le recours en réforme (cf. art. 55 al. 1 let. c OJ; <ref-ruling> consid. 1.4). Il ne suffit donc pas que le recours soit motivé, mais il faut qu'il comporte des motifs à l'appui de chacune des conclusions formulées. Même s'il n'est pas indispensable que le recourant indique expressément les dispositions légales - le numéro des articles de loi - ou qu'il désigne expressément les principes non écrits de droit qui auraient été violés, il suffit qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c OJ, les <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 3 et les arrêts cités).
En revanche, pour les griefs de violation des droits constitutionnels et du droit cantonal, les exigences de motivation sont accrues. Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, ceux-ci ne peuvent être examinés que s'ils sont invoqués et motivés par le recourant. Pour de tels griefs, l'exigence de motivation correspond à celle qui résultait de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (<ref-ruling> consid. 6; <ref-ruling> consid. 1.4). Il en découle notamment que les griefs mentionnés à l'art. 106 al. 2 LTF sont irrecevables, s'ils ne satisfont pas aux exigences accrues de motivation prévues par cette disposition.
2.2 En l'espèce, le recours est particulièrement confus, répétitif et prolixe. Il faut relever en premier lieu que les conclusions principales qui tendent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi devant l'instance précédente, sont irrecevables, dès lors que le recours doit contenir des conclusions au fond. Le nombre de celles-ci, prises à titre subsidiaire, et la longueur du recours (66 pages) dans lequel le recourant commente les paragraphes du jugement attaqué tout en se livrant à de longues digressions, rendent particulièrement difficile de discerner pour chacune des 21 conclusions quelles violations du droit il reproche à l'autorité précédente.
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Pour peu qu'on le comprenne, il apparaît qu'il se plaint de deux violations de son droit d'être entendu et, sur le fond, remet en question le versement des allocations familiales en faveur de l'enfant D._, la liquidation du régime matrimonial, la contribution d'entretien à D._ et à lui-même ainsi que la répartition des frais et dépens de la procédure cantonale. Quant au reste des conclusions, faute de pouvoir leur rattacher une motivation intelligible, elles doivent être déclarées irrecevables sans plus ample examen.
3. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), à moins que le recourant ne démontre que ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte, à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.4.3), ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'art. 105 al. 2 LTF seraient réalisées (art. 97 al. 1 LTF), faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 6.2).
4. Le recourant dénonce des violations de son droit d'être entendu, griefs d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu (<ref-ruling> consid. 3d/aa; <ref-ruling> consid. 2d/dd et les arrêts cités).
4.1 Il expose que la lettre du 2 février 2006 adressée par le curateur de représentation des enfants au Président du Tribunal civil de la Gruyère ne lui aurait pas été notifiée et qu'il n'en aurait pris connaissance qu'en consultant le dossier.
4.2 La jurisprudence a déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. le droit du particulier de s'expliquer avant qu'une décision ne soit prise à son détriment, de fournir des preuves quant aux faits de nature à influer sur la décision, d'avoir accès au dossier, de participer à l'administration des preuves, d'en prendre connaissance et de se déterminer à leur propos (<ref-ruling> consid. 2.2, 127 I 54 consid. 2b, 127 III 576 consid. 2c, 126 I 15 consid. 2a/aa et les arrêts cités). Le droit d'accès au dossier ne comprend, en règle générale, que le droit de consulter les pièces au siège de l'autorité, de prendre des notes (<ref-ruling> consid. 2b, 115 Ia 293 p. 302-303, 112 Ia 377 consid. 2b) et, pour autant que cela n'entraîne aucun inconvénient excessif pour l'administration, de faire des photocopies (<ref-ruling> consid. 28, 116 Ia 325 consid. 3d/aa). En revanche, il ne confère pas le droit de se voir notifier les pièces du dossier (<ref-ruling> consid. 2b; Michele Albertini, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, 2000, p. 249 ss).
En l'occurrence, le recourant méconnaît la portée du droit d'être entendu. Dès lors qu'il a eu l'occasion de consulter le dossier de la procédure au siège de l'autorité, ce qu'il ne conteste pas, son droit d'être entendu n'a pas été violé.
4.3 Il se plaint également de n'avoir jamais pu s'expliquer en détail à propos de la liquidation du régime matrimonial, notamment lors des audiences tenues en première instance durant lesquelles cette question aurait été «reléguée à l'arrière-plan même carrément oubliée ». En seconde instance, il prétend qu'il n'a pas pu s'exprimer à ce sujet car le Tribunal cantonal n'a pas tenu de débats.
Dans la mesure où ce grief vise l'autorité de première instance, il est irrecevable (cf. consid. 1.1 supra; art. 75 al. 1 LTF). Pour le reste, il doit être rejeté, l'art. 29 al. 2 Cst. ne conférant pas à lui seul le droit d'être entendu oralement (cf. <ref-ruling> consid. 9; <ref-ruling> consid. 4c). En l'espèce, le recourant a pu développer ses arguments dans son appel auprès du Tribunal cantonal. Il se prévaut certes également de l'art. 301 du Code de procédure civile du 28 avril 1953 du canton de Fribourg (BDLF 270.1; ci-après : CPC/FR) qui prévoit notamment que les parties ou leurs mandataires sont assignés à des débats lorsque l'appel est recevable (al. 1). Supposée recevable - la simple violation du droit cantonal ne constituant pas un motif de recours hormis les droits constitutionnels cantonaux (art. 95 let. c LTF) et le recourant ne dénonçant pas une application arbitraire du droit cantonal (art. 95 let. a LTF; <ref-ruling> consid. 2.3) - , cette critique devrait être rejetée car l'autorité précédente a statué en vertu de l'art. 300 al. 3 CPC/FR, qui lui donne la possibilité de statuer à l'unanimité et sans débats notamment lorsque, comme en l'espèce, elle n'entre pas en matière sur un recours irrecevable (let. a) ou lorsqu'elle admet un recours manifestement bien fondé (let. c).
5. Le recourant demande le remboursement des allocations familiales de 1'826 fr. 45 perçues par l'intimée en faveur de l'enfant D._ de mi-mai 2004 à janvier 2006.
L'autorité précédente a déclaré sans objet cette conclusion prise devant les deux instances cantonales car elle a constaté que le premier juge y avait fait droit en condamnant l'intimée à verser au recourant les allocations familiales perçues en faveur de D._, avec effet rétroactif à la date de leur réception. A l'appui de cette conclusion devant l'instance fédérale, le recourant affirme que l'intimée ne lui verse pas toutes les allocations qu'elle reçoit, qu'il avait requis dans le cadre des mesures provisionnelles des preuves afin de démontrer les montants exacts reçus à ce titre, mais que ces preuves lui ont toujours été refusées. Faute de discerner dans cette motivation quelle violation du droit il reproche à l'autorité précédente, il n'y a pas lieu d'entrer en matière sur ce grief (art. 42 al. 2 LTF; cf. consid. 2.1 supra), les questions soulevées semblant par ailleurs relever du juge de l'exécution.
6. Le recourant conteste le montant de 129'363 fr. 65 dû à son épouse selon les juges cantonaux à titre de liquidation du régime matrimonial. Il estime que le montant dû de ce chef s'élève à 92'111 fr. 15.
6.1 La cour cantonale aurait arbitrairement retenu une valeur de 600'000 fr. pour la maison, soit 360'000 fr. de dettes et 240'000 fr. de fonds propres. Le recourant prétend qu'elle n'aurait pas tenu compte du pré-contrat du 16 février 2000 et du contrat de crédit du 22 juin 2000 passés avec la banque F._ dans lesquels les fonds propres sont estimés à 220'000 fr. Il soutient qu'il faudrait encore déduire de ce montant 25'000 fr., soit les moins-values de construction, chiffre qui ressort du décompte final du 8 décembre 2000 de l'entreprise générale P._ SA que l'autorité précédente aurait ignoré.
Cette critique est irrecevable dans la mesure où le recourant s'en prend aux constatations de l'autorité précédente en se contentant d'exposer sa propre vision des faits et de renvoyer aux pièces déposées en annexe à son recours cantonal. De jurisprudence constante, il n'appartient pas au Tribunal fédéral de rechercher dans le volumineux dossier cantonal les pièces en question (<ref-ruling> consid. 4, 593 consid. 3 et les réf. citées).
6.2 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir fixé arbitrairement le montant de ses biens propres à 100'000 fr. alors qu'il les estime à 133'305 fr.
La cour cantonale a exposé que l'intimée avait reconnu que les biens propres du recourant s'élevaient à 100'000 fr. Celui-ci prétendait certes qu'ils étaient de 133'305 fr. mais à l'appui de ses allégations, il ne produisait que des attestations ou déclarations émanant de membres de sa famille. De ce fait, la cour a jugé qu'elles devaient être accueillies avec prudence. En outre, il apparaissait vraisemblable que les dons faits par exemple pour l'achat d'un sèche-linge, d'une voiture ou l'installation dans la nouvelle maison avaient été faits en faveur des deux conjoints. Dès lors que la critique du recourant revient à se plaindre d'une appréciation arbitraire des preuves par l'instance cantonale, il lui appartenait, pour répondre aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF (cf. supra consid. 2.1), de démontrer précisément comment les preuves administrées auraient dû être appréciées et en quoi leur appréciation par la cour cantonale est insoutenable (<ref-ruling> consid. 2.1). Or, il ne prétend même pas avoir prouvé le montant qu'il allègue; au contraire, il semble reprocher aux juges cantonaux de ne pas s'être contenté de ses simples déclarations et d'avoir exigé de lui qu'il apporte la preuve du montant de ses biens propres. Pour le surplus, il répète les allégations formulées devant l'instance précédente en affirmant que ses biens propres comprennent un montant de 41'200 fr. qui correspond à des « donations » versées par sa grand-mère et que le montant de 100'000 fr. admis par l'intimée, qui est de mauvaise foi, est inférieur à la réalité. Ces critiques ne sont pas recevables sous l'angle de l'art. 106 al. 2 LTF.
6.3 Selon le recourant, les biens propres de l'intimée s'élèvent à 19'000 fr. et non à 20'200 fr. tels que retenus par la cour cantonale. Bien qu'il ait admis précédemment le montant de 20'200 fr. dont il a déjà versé 19'000 fr. le 1er octobre 2002, il explique que le solde de 1'200 fr. correspond à une aide versée par le père de l'intimée pour aider le couple. Cette argumentation est irrecevable dans la mesure où elle est fondée sur des faits qui ne ressortent pas de l'arrêt attaqué et sont donc nouveaux, à savoir le don fait par le père de l'intimée en faveur du couple (art. 99 al. 1 LTF).
7. Le recourant demande le remboursement des contributions à l'entretien de son épouse qu'il a versées en application des décisions de mesures provisionnelles. Il estime que le juge du divorce est compétent pour revoir, dans le cadre du jugement de divorce, les contributions allouées en mesures provisionnelles.
Si le juge a ordonné le paiement d'une contribution d'entretien pendant la procédure de divorce par la voie des mesures provisoires de l'art. 137 CC - qui déploient leurs effets pour la durée du procès (Bühler/Spühler, Commentaire bernois, 1980, n. 53 ad art. 145 aCC) -, le jugement de divorce ne revient pas en principe rétroactivement sur ces mesures (<ref-ruling> consid. 3a/bb). Dans le cas d'espèce, on ne voit donc pas en quoi - et le recourant ne le précise pas - les juges précédents auraient violé le droit fédéral en considérant qu'il n'y avait pas lieu de modifier les contributions fixées par voie de mesures provisionnelles.
8. Le recourant réclame le paiement d'une contribution d'entretien de 1'500 fr. par mois en faveur de D._ et de lui-même avec effet rétroactif à la mi-mai 2004.
L'autorité cantonale, se référant à l'art. 294 al. 2 let. c CPC/FR en vertu duquel l'appelant doit exposer les motifs à l'appui des conclusions, notamment les nouvelles allégations et offres de preuve, a considéré que le chef de conclusions du recourant était irrecevable. Celui-ci se contentait en effet d'exposer sa propre version des faits, au demeurant non établis, sans critiquer les éléments retenus par le premier juge pour fixer les contributions d'entretien, ce qui ne satisfaisait pas aux exigences de motivation énoncées par l'art. 294 al. 2 let. c CPC/FR.
Il faut relever en premier lieu que la demande tendant à l'octroi de l'effet rétroactif à la mi-mai 2004 constitue une conclusion nouvelle et donc irrecevable (art. 99 LTF). En outre, une motivation répondant aux exigences de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF présupposait la critique des considérations retenues par l'autorité précédente (cf. consid. 2.1 supra), laquelle a débouté le recourant pour des motifs de procédure. Or, le recourant, qui invoque les art. 11 et 129 CC ainsi que 8 Cst., tente d'établir qu'il a droit matériellement à une contribution d'entretien. Sa critique est donc une nouvelle fois irrecevable dans la mesure où elle n'a aucun lien avec les motifs de l'arrêt attaqué (cf. ATF <ref-ruling> consid. 3, jurisprudence applicable à la motivation du recours en réforme; cf. consid. 2.1 supra).
9. Le recourant est d'avis que les juges cantonaux sont tombés dans l'arbitraire en le condamnant à verser les deux tiers des frais et dépens de première instance et d'appel. Il affirme que, contrairement aux constatations du premier juge, il n'a pas compliqué la procédure.
En l'occurrence, l'autorité cantonale a considéré que l'argumentation par laquelle le recourant s'attaquait à la répartition des frais et dépens de première instance était générale et ne satisfaisait pas à son obligation de motiver. En particulier, le recourant ne démontrait nullement que la complication de la procédure était imputable uniquement à l'intimée. Concernant les frais de seconde instance, elle a relevé que le recours qu'il avait formé n'avait été admis que partiellement, soit sur la question de la liquidation du régime matrimonial. Ce faisant, l'autorité précédente a statué en application du droit de procédure cantonale (Messmer/Imboden, Die Eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, 1992, ch. 30, p. 41). Le recours ne pouvait donc être formé que pour arbitraire dans l'application du droit cantonal ou pour violation d'autres droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 2.3), ce qui signifie que les exigences accrues de motivation s'appliquent (art. 106 al. 2 LTF; cf. consid. 2.1 supra). Or, le recourant se plaint certes d'arbitraire en présentant sur une dizaine de pages un historique de la procédure censé prouver que la complication de celle-ci doit être imputée à l'intimée ainsi qu'au juge de première instance; il ne démontre toutefois pas que l'autorité précédente aurait appliqué de manière arbitraire le droit de procédure cantonal - dont il ne mentionne aucune disposition - concernant les exigences de motivation de l'appel et la répartition des frais et dépens. Son grief est par conséquent irrecevable (art. 106 al. 2 LTF).
En l'occurrence, l'autorité cantonale a considéré que l'argumentation par laquelle le recourant s'attaquait à la répartition des frais et dépens de première instance était générale et ne satisfaisait pas à son obligation de motiver. En particulier, le recourant ne démontrait nullement que la complication de la procédure était imputable uniquement à l'intimée. Concernant les frais de seconde instance, elle a relevé que le recours qu'il avait formé n'avait été admis que partiellement, soit sur la question de la liquidation du régime matrimonial. Ce faisant, l'autorité précédente a statué en application du droit de procédure cantonale (Messmer/Imboden, Die Eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, 1992, ch. 30, p. 41). Le recours ne pouvait donc être formé que pour arbitraire dans l'application du droit cantonal ou pour violation d'autres droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 2.3), ce qui signifie que les exigences accrues de motivation s'appliquent (art. 106 al. 2 LTF; cf. consid. 2.1 supra). Or, le recourant se plaint certes d'arbitraire en présentant sur une dizaine de pages un historique de la procédure censé prouver que la complication de celle-ci doit être imputée à l'intimée ainsi qu'au juge de première instance; il ne démontre toutefois pas que l'autorité précédente aurait appliqué de manière arbitraire le droit de procédure cantonal - dont il ne mentionne aucune disposition - concernant les exigences de motivation de l'appel et la répartition des frais et dépens. Son grief est par conséquent irrecevable (art. 106 al. 2 LTF).
10. En conclusion, le recours se révèle mal fondé et doit être rejeté dans la mesure où il est recevable (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée qui n'a pas été invitée à répondre sur le fond et qui a conclu au rejet de la requête d'effet suspensif, alors que celle-ci a été partiellement admise.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Ie Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 11 janvier 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli Rey-Mermet