A.- Die 1957 geborene A._ war seit 15. August 1994 bei einer Versicherung im Verkauf tätig und bei der La Suisse Versicherungen (nachfolgend: La Suisse) obligatorisch gegen Unfälle und Berufskrankheiten versichert. Als sie am 31. Mai 1996 vor einem Lichtsignal anhielt, fuhr ein anderer Personenwagen von hinten auf den von ihr gelenkten auf. Dr. med. C._, Allgemeine Medizin FMH, welchen sie am folgenden Tag aufsuchte, diagnostizierte einen HWS-Beschleunigungsmechanismus und attestierte eine Arbeitsunfähigkeit von 100 % für voraussichtlich zwei Wochen. In der Folge erbrachte die La Suisse die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 15. April 1997 teilte sie der Versicherten mit, ab 1. Januar 1997 stehe ihre Arbeitsunfähigkeit nicht mehr in kausalem Zusammenhang mit dem Unfall vom 31. Mai 1996, sondern sei auf vorbestandene Beschwerden zurückzuführen, weshalb sie "ab 1. Januar 1997 den Zusammenhang mit dem Unfall" ablehne. Daran hielt sie auf Einsprache der Versicherten hin fest (Entscheid vom 3. November 1997).
B.- Die von A._ hiegegen mit dem Antrag auf Weiterausrichtung der gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung, Taggeld), eventualiter Einholung eines interdisziplinären Gutachtens zur Unfallkausalität erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 16. November 1999 ab.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt A._ das Rechtsbegehren stellen, es seien weiterhin die gesetzlichen Leistungen auszurichten, eventualiter sei die Sache an das kantonale Gericht zurückzuweisen.
Während die La Suisse auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, lässt sich das Bundesamt für Sozialversicherung nicht vernehmen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin Anspruch auf Übernahme der Heilbehandlungskosten und Ausrichtung eines Taggeldes durch den Unfallversicherer über den 1. Januar 1997 hinaus hat, welche Frage Vorinstanz und Unfallversicherer mit der Begründung fehlenden adäquaten Kausalzusammenhanges verneinten.
2.- a) Im angefochtenen Entscheid wird die Rechtsprechung zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang (<ref-ruling> Erw. 1, 118 V 289 Erw. 1b, je mit Hinweisen; vgl. bei Schleudertraumen der HWS oder äquivalenten Verletzungsmechanismen im Besonderen: <ref-ruling> Erw. 2b/aa; RKUV 2000 Nr. U 359 S. 29) zutreffend dargelegt. Entsprechendes gilt für die von der Judikatur entwickelten Grundsätze zum Erfordernis des adäquaten Kausalzusammenhanges im Allgemeinen (vgl. auch <ref-ruling> Erw. 5a mit Hinweisen) sowie insbesondere bei den Folgen eines Unfalles mit Schleudertrauma der HWS oder äquivalenten Verletzungen ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle (<ref-ruling>), soweit nicht eine ausgeprägte psychische Problematik vorliegt (<ref-ruling> Erw. 2a). Darauf wird verwiesen.
b) Gemäss <ref-law> hat der Versicherte Anspruch auf die zweckmässige Behandlung der Unfallfolgen. Dabei hat der Unfallversicherer die Pflegeleistungen nur so lange zu erbringen, als davon eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes erwartet werden kann (<ref-law>). Kommt die Versicherung zum Schluss, dass von einer Fortsetzung der Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr erwartet werden kann, oder hält sie eine vom Versicherten oder dessen Arzt vorgeschlagene Behandlung für unzweckmässig, so kann sie gestützt auf <ref-law> die Fortsetzung der Behandlung ablehnen (RKUV 1995 Nr. U 227 S. 190 Erw. 2a).
Ist der Versicherte infolge des Unfalles voll oder teilweise arbeitsunfähig, so hat er Anspruch auf ein Taggeld (<ref-law>). Der Anspruch auf Taggeld entsteht am dritten Tag nach dem Unfalltag. Er erlischt mit der Wiedererlangung der vollen Arbeitsfähigkeit, mit dem Beginn einer Rente oder mit dem Tod des Versicherten (<ref-law>).
3.- In seiner vertrauensärztlichen Beurteilung vom 3. September 1996 hielt Dr. med. Z._, Leitender Arzt an der Neurochirurgischen Abteilung des Spitals X._, fest, dass es nach dem empfohlenen einwöchigen Kuraufenthalt in der Klinik X._ möglich sein sollte, die angestammte berufliche Tätigkeit wieder zu 25 % aufzunehmen und danach monatlich um 25 % zu steigern, sodass - wie bei Unfällen dieser Art üblicherweise zu erwarten - mit einer siebenmonatigen zuerst ganzen und dann teilweisen Arbeitsunfähigkeit zu rechnen sei. Gestützt hierauf erbrachte die Beschwerdegegnerin Leistungen (Heilbehandlung, Taggeld).
Als sich diese vertrauensärztliche Einschätzung, bei der es sich - worauf in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu Recht hingewiesen wird - lediglich um eine Prognose handelte, nicht erfüllte, ging die Beschwerdegegnerin davon aus, dass eine Chronifizierung eingetreten sei, die nicht auf das Unfallereignis zurückgehe, sondern andere Ursachen habe, weshalb sie zu Beginn des Jahres 1997 - sieben Monate nach dem Unfall - eine Adäquanzprüfung vornahm. Damit verkannte sie, dass die Frage der Besserungserwartung bzw. Chronifizierung im Einzelfall zu prüfen ist und nicht für alle Versicherten, die eine bestimmte Verletzung erlitten haben, gleich beantwortet werden kann. Wie sich aus den medizinischen Akten, namentlich aus dem Bericht der Klinik W._ vom 17. November 1997 ergibt, war die Beschwerdeführerin im damaligen Zeitpunkt "sicher noch nicht austherapiert" und dauerte ihre Teilarbeitsunfähigkeit an (vgl. auch Zeugnis des Dr. med. C._ vom 24. Juni 1997), womit feststeht, dass von einer Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch immer eine Besserung erwartet werden konnte. Die Adäquanzbeurteilung erfolgte unter den gegebenen Umständen verfrüht (Urteil H. vom 29. März 2001, U 114/00; nicht veröffentlichtes Urteil D. vom 16. März 2000, U 127/99). Da somit ein Dahinfallen der Unfallkausalität bis zum massgebenden Zeitpunkt des Einspracheentscheides (<ref-ruling> Erw. 1b mit Hinweisen) nicht erstellt ist, hat die Beschwerdegegnerin über den 1. Januar 1997 hinaus die Kosten für die Heilbehandlung zu übernehmen und Taggeldleistungen zu erbringen, deren Umfang sie im einzelnen noch festzulegen haben wird.
4.- Da es im vorliegenden Verfahren um die Bewilli- gung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen geht, ist von der Auferlegung von Gerichtskosten abzusehen (Art. 134 OG). Dem Prozessausgang entsprechend ist der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 135 in Verbindung mit Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden
der Entscheid des Sozialversicherungsgerichtes des
Kantons Zürich vom 16. November 1999 und der Einspracheentscheid
vom 15. April 1997 aufgehoben, und es
wird die Sache an die La Suisse Versicherungen zurückgewiesen,
damit sie über den Anspruch der Beschwerdeführerin
auf Heilbehandlung und Taggeld im Sinne der
Erwägungen neu verfüge.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die La Suisse Versicherungen hat der Beschwerdeführerin
für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht
eine Parteientschädigung von
Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wird
über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren
entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen
Prozesses zu befinden haben.
V. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht
des Kantons Zürich und dem Bundesamt für
Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 6. November 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: