Sachverhalt:
A. X._ befindet sich seit dem 12. Mai 2007 in Haft. Er wird der versuchten vorsätzlichen oder eventualvorsätzlichen schweren Körperverletzung und des mehrfachen Betrugs verdächtigt. Der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich verlängerte die Untersuchungshaft mit Verfügungen vom 9. August 2007, 4. September 2007, 13. November 2007, 12. Februar 2008, 9. Mai 2008, 31. Juli 2008 und letztmals mit Verfügung vom 12. November 2008. Die Untersuchungshaft wird mit dringendem Tatverdacht sowie Flucht- und Kollusionsgefahr im Sinne von § 58 Abs. 1 Ziff. 1 und 2 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO/ZH; LS 321) begründet.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 10. Dezember 2008 beantragt X._ im Wesentlichen, die Verfügung des Haftrichters vom 12. November 2008 sei aufzuheben und er selbst sei aus der Haft zu entlassen. Eventualiter sei die Verfügung aufzuheben und die Sache zur Prüfung von Ersatzmassnahmen im Sinne der §§ 72 ff. StPO/ZH an den Haftrichter zurückzuweisen. Er rügt im Wesentlichen eine Verletzung der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>, Art. 5 EMRK).
Der Haftrichter beantragt in seiner Vernehmlassung vom 16. Dezember 2008 sinngemäss die Abweisung der Beschwerde. Mit Vernehmlassung vom 17. Dezember 2008 beantragt die Staatsanwaltschaft ebenfalls die Abweisung der Beschwerde. Der Beschwerdeführer hält in seiner Stellungnahme vom 22. Dezember 2008 an seinen Anträgen und Rechtsauffassungen fest.

Erwägungen:
1. Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Ein kantonales Rechtsmittel gegen den angefochtenen Entscheid steht nicht zur Verfügung. Die Beschwerde ist nach Art. 80 i.V.m. <ref-law> zulässig. Der Beschwerdeführer nahm vor der Vorinstanz am Verfahren teil und hat ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids. Er ist nach <ref-law> zur Beschwerde berechtigt. Das Bundesgericht kann nach <ref-law> bei Gutheissung der Beschwerde in der Sache selbst entscheiden. Deshalb ist der Antrag auf Haftentlassung zulässig. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Die Untersuchungshaft schränkt die persönliche Freiheit des Beschwerdeführers ein (Art. 10 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>, Art. 5 EMRK). Eine Einschränkung dieses Grundrechts ist zulässig, wenn sie auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist; zudem darf sie den Kerngehalt des Grundrechts nicht beeinträchtigen (<ref-law>). Im vorliegenden Fall steht ein Freiheitsentzug und damit eine schwerwiegende Einschränkung der persönlichen Freiheit in Frage. Es bedarf deshalb sowohl nach <ref-law> als auch nach <ref-law> einer Grundlage im Gesetz selbst.
Im Hinblick auf die Schwere der Einschränkung prüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung der kantonalen Rechtsgrundlage frei. Soweit reine Sachverhaltsfeststellungen und damit Fragen der Beweiswürdigung zu beurteilen sind, greift das Bundesgericht nur ein, wenn die tatsächlichen Feststellungen der kantonalen Instanz willkürlich sind (<ref-ruling> E. 2.1 S. 186 mit Hinweisen).
Die Untersuchungshaft darf nach Zürcher Strafprozessrecht nur angeordnet bzw. fortgesetzt werden, wenn der Angeschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird und ausserdem ein besonderer Haftgrund vorliegt (<ref-law>/ZH). Fluchtgefahr als besonderer Haftgrund liegt vor, wenn aufgrund bestimmter Anhaltspunkte ernsthaft befürchtet werden muss, der Angeschuldigte werde sich der Strafverfolgung oder der zu erwartenden Strafe durch Flucht entziehen (<ref-law>/ZH). Kollusionsgefahr als besonderer Haftgrund liegt vor, wenn aufgrund bestimmter Anhaltspunkte ernsthaft befürchtet werden muss, der Angeschuldigte werde Spuren oder Beweismittel beseitigen, Dritte zu falschen Aussagen zu verleiten suchen oder die Abklärung des Sachverhaltes auf andere Weise gefährden (<ref-law>/ZH).
Der Beschwerdeführer bestreitet sowohl den dringenden Tatverdacht als auch die Flucht- und Kollusionsgefahr.
3. 3.1 Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des allgemeinen Haftgrunds des dringenden Tatverdachts keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Macht ein Inhaftierter geltend, er befinde sich ohne ausreichenden Tatverdacht in strafprozessualer Haft, ist vielmehr zu prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers an dieser Tat vorliegen, die Justizbehörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften. Im Haftprüfungsverfahren genügt dabei der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 146). Das Beschleunigungsgebot in Haftsachen lässt dabei nur wenig Raum für ausgedehnte Beweismassnahmen. Zur Frage des dringenden Tatverdachts hat der Haftrichter weder ein eigentliches Beweisverfahren durchzuführen, noch dem erkennenden Strafrichter vorzugreifen. Vorbehalten bleibt allenfalls die Abnahme eines liquiden Alibibeweises (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 210 mit Hinweisen).
3.2 Laut angefochtenem Entscheid besteht zunächst der dringende Verdacht, dass sich der Angeschuldigte der versuchten vorsätzlichen oder eventualvorsätzlichen schweren Körperverletzung schuldig gemacht habe. Von einer Notwehrsituation sei nicht auszugehen. Der Haftrichter geht nach dem Antrag auf Fortsetzung der Untersuchungshaft der Staatsanwaltschaft und den in den Akten enthaltenen Einvernahmen und Gutachten davon aus, dass der Angeschuldigte nach dem Telefonanruf von seiner Freundin bei sich zu Hause eine Waffe mit eingesetztem und mit Patronen gefülltem Magazin an sich genommen habe. Damit sei er in den Club "Prestige" gegangen. Vor der Schussabgabe habe er die Waffe durchladen müssen. Das Sicherungssystem schliesse gemäss dem Schusswaffengutachten vom 2. Oktober 2007 eine ungewollte Schussabgabe infolge eines technischen Defekts oder einer falschen Waffenhandhabung aus. Das Gutachten lasse zudem darauf schliessen, dass die beiden Personen im Zeitpunkt der Schussabgabe immerhin etwa drei Meter voneinander entfernt standen. Gemäss der Aussage einer Zeugin habe sich der nachmals Geschädigte hinter Stühlen versteckt, als der Angeschuldigte seine Waffe auf ihn richtete. Auch dies spreche klar gegen Notwehr.
Diese Darstellung der Ereignisse ist aufgrund der Aktenlage nicht zu beanstanden. Was der Beschwerdeführer dagegen ausführt, überzeugt nicht. Zwar trifft zu, dass er selbst gemäss dem Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin vom 23. August 2007 eine stumpfe Gewalteinwirkung an der Brustvorderseite und eine Hautunterblutung am Oberschenkel erlitten habe. Dass die Schlägerei, von der die Verletzungen stammen, nicht von ihm selbst, sondern vom nachmals Geschädigten begonnen worden sein soll, lässt sich indessen mit den vorliegenden Akten nicht belegen. Wie sich die Auseinandersetzung, welche der Schussabgabe voranging, im Einzelnen genau abgespielt hat, ist aufgrund der gegenwärtigen Beweislage im Haftprüfungsverfahren nicht schlüssig zu beantworten. Jedenfalls vermag der Beschwerdeführer aus der Position der beteiligten Personen gemäss der Tatrekonstruktion vom 23. August 2007 nichts für sich abzuleiten. Ob bei der Schussabgabe der nachmals Geschädigte schon hinter den Stühlen oder erst in deren unmittelbarer Nähe stand, ist für die Frage der Notwehr zumindest im Rahmen eines Haftprüfungsverfahrens nicht massgebend. Diese Beurteilung ist Sache des Sachrichters. Das Bestehen eines dringenden Tatverdachts auf versuchte vorsätzliche oder eventualvorsätzliche schwere Körperverletzung konnte mit vertretbaren Gründen bejaht werden.
3.3 Weiter besteht gemäss dem vorinstanzlichen Entscheid der dringende Verdacht auf mehrfachen Betrug zulasten der Arbeitslosenkasse und von drei verschiedenen Gemeinden. Der Beschwerdeführer bestreitet in diesem Zusammenhang den dringenden Tatverdacht nicht. Er macht jedoch geltend, die Polizei und die Staatsanwaltschaft hätten den Sozialen Diensten Zürich mitgeteilt, dass bei ihm Fr. 108'990.-- sichergestellt worden seien. Nur wegen dieser Mitteilung hätten die Sozialen Dienste Zürich Strafanzeige erhoben. Es liege eine Amtsgeheimnisverletzung vor, welche alle darauf basierenden Beweiserhebungen unverwertbar mache.
Die Frage, ob absolute strafprozessuale Beweisverwertungsverbote vorliegen, ist grundsätzlich vom Strafrichter zu beurteilen. Im Haftprüfungsverfahren reicht es aus, wenn die Verwertbarkeit der Beweismittel, welche den Tatverdacht begründen, nicht zum Vornherein als ausgeschlossen erscheint (Urteil des Bundesgerichts 1B_123/2008 vom 2. Juni 2008 E. 2.4 mit Hinweis). Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist die Verwertbarkeit rechtswidrig erlangter Beweismittel verfassungsrechtlich zudem nicht in jedem Fall ausgeschlossen, sondern lediglich dem Grundsatz nach. Massgebend ist die Schwere des Delikts und die Frage, ob das Beweismittel an sich zulässig und auch auf gesetzmässigem Weg zu erlangen gewesen wäre. Es bedarf insoweit einer Güterabwägung zwischen dem öffentlichen Interesse an der Wahrheitsfindung und dem privaten Interesse der angeklagten Person, dass der fragliche Beweis unterbleibt (<ref-ruling> E. 4.4 S. 331; <ref-ruling> E. 3.2 S. 132; je mit Hinweisen). Folgebeweise, welche im Anschluss an die rechtswidrige Beschaffung eines primären Beweismittels an sich legal erhoben werden, sind verwertbar, wenn sie auch ohne das unverwertbare primäre Beweismittel hätten erlangt werden können (<ref-ruling> E. 4.5 S. 332 f. mit Hinweisen).
Es ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht geltend gemacht, dass die behauptete Amtsgeheimnisverletzung in direkter Weise zur Erhebung von ihn belastenden Beweisen geführt hätte. Zudem ist nicht dargetan, dass die im Untersuchungsverfahren erhobenen Beweise unabhängig von der behaupteten Amtsgeheimnisverletzung den Strafverfolgungsbehörden nicht zugänglich gewesen wären. Die Verwertbarkeit dieser Beweise ist damit entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers nicht zum Vornherein ausgeschlossen. Der Haftrichter durfte gestützt auf sie von einem dringenden Tatverdacht auf mehrfachen Betrug ausgehen.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer bestreitet, dass Kollusionsgefahr bestehe. Die Untersuchung sei grundsätzlich abgeschlossen. Zuständig zur Beurteilung des Tatvorwurfs sei das Bezirksgericht. Selbst wenn man von der Zuständigkeit des Geschworenengerichts ausgehe, so sei zu beachten, dass die damit einhergehende Anwendung des Unmittelbarkeitsprinzips allein nicht zur Annahme von Kollusionsgefahr genüge. Es bedürfe darüber hinaus konkreter Anhaltspunkte. Solche bestünden nicht.
4.2 Kollusion bedeutet insbesondere, dass sich der Angeschuldigte mit Zeugen, Auskunftspersonen, Sachverständigen oder Mitangeschuldigten ins Einvernehmen setzt oder sie zu wahrheitswidrigen Aussagen veranlasst, oder dass er Spuren und Beweismittel beseitigt. Die strafprozessuale Haft wegen Kollusionsgefahr soll verhindern, dass der Angeschuldigte die Freiheit dazu missbraucht, die wahrheitsgetreue Abklärung des Sachverhalts zu vereiteln oder zu gefährden. Die theoretische Möglichkeit, dass der Angeschuldigte in Freiheit kolludieren könnte, genügt indessen nicht, um die Fortsetzung der Haft unter diesem Titel zu rechtfertigen. Es müssen vielmehr konkrete Indizien für die Annahme von Kollusionsgefahr sprechen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 23; <ref-ruling> E. 2.1 S. 151; je mit Hinweisen).
Konkrete Anhaltspunkte für Kollusion können sich nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts namentlich ergeben aus dem bisherigen Verhalten des Angeschuldigten im Strafprozess (Aussageverhalten, Kooperationsbereitschaft, Neigung zu Kollusion usw.), aus seinen persönlichen Merkmalen (Leumund, allfällige Vorstrafen usw.), aus seiner Stellung und seinen Tatbeiträgen im Rahmen des untersuchten Sachverhalts sowie aus den persönlichen Beziehungen zwischen ihm und den ihn belastenden Personen (Art der beruflichen, freundschaftlichen, familiären oder sozialen Kontakte). Bei der Frage, ob im konkreten Fall eine massgebliche Beeinträchtigung des Strafverfahrens wegen Kollusionsgefahr droht, ist auch der Art und Bedeutung der von Beeinflussung bedrohten Aussagen bzw. Beweismittel, der Schwere der untersuchten Straftaten sowie dem Stand des Verfahrens Rechnung zu tragen. Je weiter das Strafverfahren vorangeschritten ist und je präziser der Sachverhalt bereits abgeklärt werden konnte, desto höhere Anforderungen sind grundsätzlich an den Nachweis von Kollusionsgefahr zu stellen (<ref-ruling> E. 3.2.1 und 3.2.2 S. 23 f.; Urteil 1P.90/2005 vom 23. Februar 2005 E. 3.3, in: Pra 2006 Nr. 1 S. 1; je mit Hinweisen).
Konkrete Anhaltspunkte für Kollusion können sich nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts namentlich ergeben aus dem bisherigen Verhalten des Angeschuldigten im Strafprozess (Aussageverhalten, Kooperationsbereitschaft, Neigung zu Kollusion usw.), aus seinen persönlichen Merkmalen (Leumund, allfällige Vorstrafen usw.), aus seiner Stellung und seinen Tatbeiträgen im Rahmen des untersuchten Sachverhalts sowie aus den persönlichen Beziehungen zwischen ihm und den ihn belastenden Personen (Art der beruflichen, freundschaftlichen, familiären oder sozialen Kontakte). Bei der Frage, ob im konkreten Fall eine massgebliche Beeinträchtigung des Strafverfahrens wegen Kollusionsgefahr droht, ist auch der Art und Bedeutung der von Beeinflussung bedrohten Aussagen bzw. Beweismittel, der Schwere der untersuchten Straftaten sowie dem Stand des Verfahrens Rechnung zu tragen. Je weiter das Strafverfahren vorangeschritten ist und je präziser der Sachverhalt bereits abgeklärt werden konnte, desto höhere Anforderungen sind grundsätzlich an den Nachweis von Kollusionsgefahr zu stellen (<ref-ruling> E. 3.2.1 und 3.2.2 S. 23 f.; Urteil 1P.90/2005 vom 23. Februar 2005 E. 3.3, in: Pra 2006 Nr. 1 S. 1; je mit Hinweisen).
4.3 4.3.1 Nach dem Gesagten bejahte der Haftrichter zu Recht den dringenden Verdacht (unter anderem) der versuchten vorsätzlichen oder eventualvorsätzlichen schweren Körperverletzung. Der Beschwerdeführer geht hingegen davon aus, dass allenfalls eine fahrlässige einfache Körperverletzung zur Diskussion stehe. Sachverhaltselemente, aus welchen die Staatsanwaltschaft auf den schwerwiegenderen Tatbestand schliesst, bestreitet er. Die kantonale Strafprozessordnung stellt für die Zuständigkeit des Geschworenengerichts darauf ab, ob der Angeklagte den eingeklagten Sachverhalt anerkennt oder nicht. Es erscheint vor dem Hintergrund der Bestimmungen von § 56 Ziff. 4 des Gerichtsverfassungsgesetzes des Kantons Zürich vom 13. Juni 1976 (GVG; LS 211.1) i.V.m. § 198a Ziff. 1 und Ziff. 2 lit. b StPO nicht willkürlich, dass die Vorinstanz von der Zuständigkeit des Geschworenengerichts ausging (vgl. zum alternativen Vorwurf des Versuchs NIKLAUS SCHMID, Strafprozessrecht, 4. Aufl. 2004, S. 139 f. Rz. 431).
Das Verfahren vor dem zürcherischen Geschworenengericht ist weitgehend unmittelbar, das heisst, das Gericht fällt seinen Entscheid gestützt auf das eigene Wahrnehmen der Urteilsgrundlagen. Dazu gehören insbesondere auch die Aussagen von Zeugen (vgl. §§ 232 ff. StPO/ZH; <ref-ruling> E. 3 S. 308 mit Hinweisen). Zwar ist es gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts nicht zulässig, allein deshalb Kollusionsgefahr anzunehmen, weil im kantonalen Strafverfahren das Unmittelbarkeitsprinzip gilt. Dies würde in Kantonen, nach deren Strafprozessrecht das Unmittelbarkeitsprinzip gilt, auf eine Vermutung der Kollusionsgefahr hinauslaufen (Urteil des Bundesgerichts 1P.528/1996 vom 14. Oktober 1996 E. 2b/bb). Die Vorinstanz schliesst jedoch nicht einzig aus der Geltung des Unmittelbarkeitsprinzips auf Kollusionsgefahr. Sie führt aus, der Angeschuldigte könnte im Falle seiner Freilassung insbesondere seine Freundin zu beeinflussen versuchen. Bei dieser handelt es sich um eine zentrale Zeugin. Ihre Aussage ist bedeutsam für die Frage, mit welchem Ziel der Angeschuldigte sich zum besagten Nachtclub begab. Aus ihrer Aussage können sich wichtige Hinweise auf den subjektiven Tatbestand ergeben. Die Staatsanwaltschaft merkt an, dass diese Zeugin selbst zahlreiche Mitarbeiterinnen des Nachtclubs kenne oder sogar mit ihnen befreundet sei. Dass jene allesamt die Schweiz wohl schon längst wieder verlassen hätten und nicht mit einer Einvernahme vor Geschworenengericht zu rechnen sei, wie dies der Beschwerdeführer einwendet, ist eine nicht belegte Vermutung. Die Vorinstanz weist schliesslich darauf hin, dass die Kollusionsgefahr nicht wegfalle, nur weil der Angeschuldigte von seiner Freundin schon mehrmals in der Haftanstalt besucht wurde. Den beiden sei verboten worden, über den Gegenstand der Untersuchung zu sprechen und ihre Gespräche seien überwacht worden. Insgesamt geht der vorinstanzliche Entscheid grundsätzlich berechtigterweise von Kollusionsgefahr aus.
4.3.2 Der Beschwerdeführer ist indessen der Ansicht, dass der Haftrichter selbst an anderer Stelle die Kollusionsgefahr wieder in Frage gestellt habe. Im Zusammenhang mit der Beurteilung der Fluchtgefahr sei der Haftrichter nämlich zum Schluss gekommen, "der Angeklagte könnte nur gegen eine höhere Kaution aus der Haft entlassen werden". Wenn aber eine höhere Kaution zur Haftentlassung führen könne, bedeute dies, dass aus Sicht des Haftrichters neben Fluchtgefahr keine weiteren besonderen Haftgründe bestünden. Im Kontext gelesen ist indessen klar, dass sich die zitierte Aussage auf die hypothetische Annahme bezieht, es bestünde keine Kollusionsgefahr mehr. Der Haftrichter legt dies in seiner Vernehmlassung vom 16. Dezember 2008 dar. Der Beschwerdeführer selbst hat sich denn auch mit den Ausführungen zur Kollusionsgefahr im angefochtenen Entscheid auseinandergesetzt. Sollte er die zitierte Stelle tatsächlich anders verstanden haben, so wäre ihm daraus kein Nachteil entstanden.
4.3.3 Die Vorinstanz durfte also davon ausgehen, dass Kollusionsgefahr bestehe. Damit muss der besondere Haftgrund der Fluchtgefahr nicht geprüft werden. Es erübrigt sich damit auch, auf die Rügen des Beschwerdeführers im Zusammenhang mit Ersatzanordnungen, mit welchen einer Fluchtgefahr allenfalls begegnet werden könnte, einzugehen. Bezüglich möglicher Ersatzmassnahmen im Zusammenhang mit der Kollusionsgefahr werden in der Beschwerdeschrift keine hinreichend substanziierten Rügen vorgetragen.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer rügt weiter eine Verletzung des in <ref-law> und Art. 5 Ziff. 3 EMRK verankerten Beschleunigungsgebots. Nach diesen Bestimmungen hat eine Person in strafprozessualer Haft Anspruch darauf, innerhalb einer angemessenen Frist richterlich beurteilt oder während des Strafverfahrens aus der Haft entlassen zu werden. Eine übermässige Haftdauer stellt eine unverhältnismässige Beschränkung dieses Grundrechts dar. Sie liegt dann vor, wenn die Haftfrist die mutmassliche Dauer der zu erwartenden freiheitsentziehenden Sanktion übersteigt. Der Richter darf die Haft nur so lange erstrecken, als sie nicht in grosse zeitliche Nähe der (im Falle einer Verurteilung) konkret zu erwartenden Dauer der freiheitsentziehenden Sanktion rückt. Im Weiteren kann eine Haft die zulässige Dauer auch dann überschreiten, wenn das Strafverfahren nicht genügend vorangetrieben wird, wobei sowohl das Verhalten der Justizbehörden als auch dasjenige des Inhaftierten in Betracht gezogen werden müssen (<ref-ruling> E. 5a S. 176 f.; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 274; je mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer macht geltend, die Haft sei in grosse zeitliche Nähe der allenfalls zu erwartenden Freiheitsstrafe gerückt oder übersteige diese bereits. Zudem hätten die kantonalen Behörden das Strafverfahren nicht ausreichend vorangetrieben.
5.2 Der Beschwerdeführer befindet sich seit knapp 20 Monaten in Untersuchungshaft. Ihm wird unter anderem versuchte vorsätzliche bzw. eventualvorsätzliche schwere Körperverletzung und mehrfacher Betrug vorgeworfen. Schwere Körperverletzung wird gemäss <ref-law> mit einer Freiheitsstrafe von bis zu zehn Jahren bedroht. Gemäss <ref-law> kann das Gericht die Strafe mildern, wenn das Verbrechen oder Vergehen lediglich versucht wurde. Betrug wird gemäss <ref-law> mit einer Freiheitsstrafe von bis zu fünf Jahren bedroht. Der Beschwerdeführer ist vorbestraft wegen grober Verletzung der Verkehrsregeln, begangen im Februar und August des Jahres 2003 (vgl. <ref-law>). Neben den Strafuntersuchungen wegen Körperverletzung und Betrug sind solche wegen Vergehens gegen das Betäubungsmittelgesetz und wegen Sachbeschädigung hängig. Auch wenn man diese weiteren Verfahren ausser Betracht lässt, muss der Beschwerdeführer in Anwendung des in <ref-law> verankerten Asperationsprinzips - im Falle einer Anklageerhebung und Verurteilung - mit einer Freiheitsstrafe rechnen, die über der bisherigen Haftdauer liegt.
5.2 Der Beschwerdeführer befindet sich seit knapp 20 Monaten in Untersuchungshaft. Ihm wird unter anderem versuchte vorsätzliche bzw. eventualvorsätzliche schwere Körperverletzung und mehrfacher Betrug vorgeworfen. Schwere Körperverletzung wird gemäss <ref-law> mit einer Freiheitsstrafe von bis zu zehn Jahren bedroht. Gemäss <ref-law> kann das Gericht die Strafe mildern, wenn das Verbrechen oder Vergehen lediglich versucht wurde. Betrug wird gemäss <ref-law> mit einer Freiheitsstrafe von bis zu fünf Jahren bedroht. Der Beschwerdeführer ist vorbestraft wegen grober Verletzung der Verkehrsregeln, begangen im Februar und August des Jahres 2003 (vgl. <ref-law>). Neben den Strafuntersuchungen wegen Körperverletzung und Betrug sind solche wegen Vergehens gegen das Betäubungsmittelgesetz und wegen Sachbeschädigung hängig. Auch wenn man diese weiteren Verfahren ausser Betracht lässt, muss der Beschwerdeführer in Anwendung des in <ref-law> verankerten Asperationsprinzips - im Falle einer Anklageerhebung und Verurteilung - mit einer Freiheitsstrafe rechnen, die über der bisherigen Haftdauer liegt.
5.3 5.3.1 Die Rüge, das Strafverfahren werde nicht mit der verfassungs- und konventionsrechtlich gebotenen Beschleunigung geführt, ist im Haftprüfungsverfahren nur soweit zu beurteilen, als die Verfahrensverzögerung geeignet ist, die Rechtmässigkeit der Untersuchungshaft in Frage zu stellen und zu einer Haftentlassung zu führen. Dies ist nur der Fall, wenn sie besonders schwer wiegt und zudem die Strafverfolgungsbehörden, z.B. durch eine schleppende Ansetzung der Termine für die anstehenden Untersuchungshandlungen, erkennen lassen, dass sie nicht gewillt oder nicht in der Lage sind, das Verfahren mit der für Haftfälle verfassungs- und konventionsrechtlich gebotenen Beschleunigung voranzutreiben und zum Abschluss zu bringen.
Ist die gerügte Verzögerung des Verfahrens weniger gravierend, kann offen bleiben, ob eine Verletzung des Beschleunigungsgebots vorliegt. Es genügt diesfalls, die zuständige Behörde zur besonders beförderlichen Weiterführung des Verfahrens anzuhalten und die Haft gegebenenfalls allein unter der Bedingung der Einhaltung bestimmter Fristen zu bestätigen. Ob eine Verletzung des Beschleunigungsgebots gegeben ist, kann oft erst der Sachrichter beurteilen, der auch darüber zu befinden hat, in welcher Weise - z.B. durch eine Strafreduktion - eine allfällige Verletzung des Beschleunigungsgebots wieder gutzumachen ist (BGE <ref-ruling> E. 2.2. S. 151 f. mit Hinweis).
5.3.2 Der Beschwerdeführer beanstandet, dass die Staatsanwaltschaft dem mit der Erstellung eines psychiatrischen Gutachtens beauftragten Arzt die notwendigen Akten nicht vor deren Vervollständigung zugestellt habe. Bereits im April 2008 hätten die zu jenem Zeitpunkt gesammelten Akten dem Gutachter übergeben und später entstandene Akten hätten nachgereicht werden können. Weil die Staatsanwaltschaft stattdessen bis zur vollständigen Sammlung der benötigten Unterlagen zugewartet habe, sei das Verfahren um mindestens vier Monate verzögert worden.
Der Ansicht des Beschwerdeführers kann nicht gefolgt werden. Es stellt grundsätzlich keine Verletzung des Beschleunigungsgebots dar, wenn die Untersuchungsbehörde die Vervollständigung der notwendigen Akten abwartet, bevor sie den Auftrag zum Gutachten erteilt. Ein anderes Vorgehen würde dessen Erstellung erschweren und ineffizient gestalten. Ein Zeitgewinn wäre in vielen Fällen fraglich. Zu berücksichtigen ist auch, dass der Beschwerdeführer am 30. September 2008 gegen die Beschlagnahme von ärztlichen Unterlagen und deren Weiterleitung an den Gutachter Rekurs erhob. Der Rekurs wurde mit Entscheid der Oberstaatsanwaltschaft vom 27. November 2008 teilweise als erledigt abgeschrieben und im Übrigen abgewiesen. Der Beschwerdeführer macht in diesem Zusammenhang keine Verletzung des Beschleunigungsgebots geltend. Wie die Staatsanwaltschaft darlegt, kann ihr die durch das Rekursverfahren entstandene Verzögerung nicht angelastet werden.
5.3.3 Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, dass drei Zeugeneinvernahmen zu einem früheren Zeitpunkt hätten stattfinden können. Auch beanstandet er, dass die Staatsanwaltschaft am 5. Mai 2008 für die Erstellung eines Ergänzungsgutachtens durch das Institut für Rechtsmedizin eine Fristerstreckung von rund vier Wochen und in der Folge eine weitere von fast einer Woche gewährte. Die Staatsanwaltschaft nahm in ihrer Vernehmlassung zu diesen Vorbringen keine Stellung. Der Haftrichter liess im angefochtenen Entscheid offen, ob die Staatsanwaltschaft gegen das Beschleunigungsgebot verstossen habe, weil eine der drei Zeugeneinvernahmen gegenwärtig immer noch ausstehend sei.
Die Erstreckung der Frist für die Erstellung des Ergänzungsgutachtens ist in Anbetracht des Zeitpunktes und ihrer nicht übermässigen Dauer nicht zu beanstanden. Mittlerweile dauert die Untersuchungshaft jedoch schon fast 20 Monate an. Dem Beschleunigungsgebot kommt mit zunehmender Haftdauer ein erhöhtes Gewicht zu (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1B_295/2007 vom 22. Januar 2008 E. 2.3). Nicht ersichtlich ist, weshalb die letzte vorgesehene Zeugeneinvernahme noch nicht durchgeführt wurde, ist die Untersuchung doch gemäss dem Antrag der Staatsanwaltschaft auf Fortsetzung der Untersuchungshaft vom 6. November 2008 im Übrigen, abgesehen vom ausstehenden psychiatrischen Gutachten, abgeschlossen. Indessen erweist sich dies nicht als derart gravierend, dass sie die Rechtmässigkeit der Untersuchungshaft in Frage stellen würde.
5.4 Nach dem Gesagten drängt sich ein umgehender Abschluss der Untersuchung auf. Auf Ende Januar wird das psychiatrische Gutachten erwartet. Der Haftrichter verfügte im angefochtenen Entscheid, die Untersuchungshaft sei bis zum 13. Februar 2008 fortzusetzen. Unmittelbar nach Abschluss der Untersuchung werden die Strafverfolgungsbehörden zu prüfen haben, ob entweder eine speditive Anklageerhebung oder eine Haftentlassung angezeigt ist. Dauert das Untersuchungsverfahren wie vorliegend verhältnismässig lange, ist schliesslich eine besonders beförderliche Ansetzung der Hauptverhandlung durch das Gericht erforderlich (Urteil des Bundesgerichts 1B_295/2007 vom 22. Januar 2008 E. 2.3). Von der Beachtung dieser Punkte wird das Fortbestehen der Rechtmässigkeit der Untersuchungshaft abhängen.
6. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind, kann dem Gesuch entsprochen werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Martin Tobler wird zum unentgeltlichen Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 2'000.-- entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold