Considérant en fait et en droit:
1. A._ fait l'objet d'une enquête pénale instruite par le Juge d'instruction du canton de Vaud pour délit contre la loi fédérale sur les étrangers, contravention à la loi fédérale sur l'agriculture et contravention à la loi fédérale sur les stupéfiants.
Par ordonnance du 22 juin 2009, le Juge d'instruction cantonal a ordonné le séquestre, en mains du prévenu, de 591 plants de chanvre et 13'324 boutures de chanvre.
Ayant constaté que A._ n'avait pas respecté cette décision, il a ordonné la destruction des plantes mères et des boutures de chanvre séquestrées au terme d'une ordonnance rendue le 22 juillet 2009 que le prévenu a déférée le 2 septembre 2009 auprès du Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal).
Statuant par arrêt du 11 septembre 2009, cette autorité a écarté le recours qu'elle a tenu pour tardif et par conséquent irrecevable.
Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue au fond sur le recours déposé contre l'ordonnance du Juge d'instruction du canton de Vaud du 22 juillet 2009. Il requiert l'assistance judiciaire.
Le Tribunal cantonal se réfère à son arrêt. Le Ministère public du canton de Vaud conclut au rejet du recours. Le Juge d'instruction du canton de Vaud n'a pas déposé d'observations.
2. Le recours en matière pénale est immédiatement ouvert contre les décisions incidentes prises en dernière instance cantonale ordonnant la destruction de plants de chanvre dans le cadre d'une procédure pénale pendante (cf. arrêt 1B_26/2008 du 15 février 2008 consid. 2). C'est également par cette voie qu'il convient de contester une décision d'irrecevabilité prise en la matière. Le recourant, dont le recours a été déclaré irrecevable pour cause de tardiveté, a qualité pour agir. Les autres conditions de recevabilité sont réunies de sorte qu'il y a lieu d'entrer en matière.
3. Le recourant reproche au Tribunal cantonal d'avoir arbitrairement jugé son recours tardif et de l'avoir déclaré irrecevable pour ce motif. Il soutient ne jamais avoir reçu l'ordonnance du juge d'instruction du 22 juillet 2009 qui ordonne la destruction des plantes mères et des boutures de chanvre séquestrées et n'en avoir pris connaissance que le 1er septembre 2009, date à laquelle les inspecteurs de police sont intervenus pour mettre cette décision à exécution et lui en ont remis un exemplaire en mains propres. En déposant son recours le lendemain, il aurait agi en temps utile.
Le Tribunal cantonal a jugé pour sa part que l'ordonnance de destruction du chanvre séquestré avait été valablement adressée au recourant et que celui-ci en avait eu connaissance dès lors qu'aucun pli n'était revenu en retour au greffe du magistrat. Cette appréciation n'est pas compatible avec le principe selon lequel le fardeau de la preuve de la notification incombe à l'autorité qui entend en tirer une conséquence juridique (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 10 et les arrêts cités). L'autorité supporte donc les conséquences de l'absence de preuve en ce sens que si la notification d'un acte envoyé sous pli simple ou sa date sont contestées et s'il existe effectivement un doute à ce sujet, il y a lieu de se fonder sur les déclarations du destinataire de l'envoi (<ref-ruling> consid. 2a p. 402; arrêt 2C_637/2007 du 4 avril 2008 consid. 2.4.1 in RDAF 2008 II p. 197). L'autorité qui entend se prémunir contre le risque d'échec de la preuve de la notification doit communiquer ses actes judiciaires sous pli recommandé avec accusé de réception (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 11; arrêt 1P.505/ 1998 du 28 octobre 1998 consid. 2b in SJ 1999 I p. 145). Au vu de cette jurisprudence, le Tribunal cantonal ne pouvait inférer du seul fait que le pli contenant l'ordonnance de destruction du chanvre séquestré, dont nul ne conteste qu'il a été notifié sous pli simple, n'a pas été retourné au greffe du juge d'instruction que le recourant l'aurait effectivement reçu. Le dossier cantonal ne contient aucune pièce qui permettrait de confirmer ce fait et de réfuter les allégations contraires du recourant.
En déclarant le recours irrecevable au motif que son auteur aurait agi tardivement sans procéder à de plus amples vérifications, le Tribunal cantonal est tombé dans l'arbitraire. L'arrêt attaqué doit par conséquent être annulé et la cause renvoyée au Tribunal cantonal pour qu'il statue à nouveau sur le recours déposé par A._ contre l'ordonnance du Juge d'instruction du canton de Vaud du 22 juillet 2009.
4. Le considérant qui précède conduit à l'admission du recours, ce qui rend sans objet la demande d'assistance judiciaire présentée par le recourant. Le canton de Vaud, qui succombe, est dispensé des frais judiciaires (<ref-law>). Il versera en revanche une indemnité de dépens au recourant, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 et 2 LTF).


Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée au Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 1'500 fr. à payer au recourant, à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Vaud.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Juge d'instruction cantonal, au Ministère public et au Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 26 novembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Parmelin