Faits:
A. Le 30 décembre 2009, les sociétés A._ et B._ ont déposé plainte pénale contre D._, C._ et la société E._ pour infractions aux art. 138, 158 et 292 CP. A titre de mesures d'instruction préliminaire, les plaignantes sollicitaient la perquisition des locaux de E._, ainsi que la saisie de la documentation bancaire relative aux trois mis en cause.
Dans le cadre de l'instruction, les autorités compétentes ont procédé aux auditions de D._ et C._ en qualité de témoins le 17 décembre 2010, respectivement de F._ et G._ pour les plaignantes le 21 décembre 2010. Diverses perquisitions et saisies ont également été effectuées.
B. Par ordonnance du 18 avril 2011, le Ministère public du canton de Genève (ci-après: le Ministère public) a refusé d'entrer en matière sur la plainte déposée par les deux sociétés. Saisie d'un recours de ces dernières, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a, par arrêt du 26 juillet 2011, annulé cette ordonnance de non-entrée en matière qui consacrait une violation de l'<ref-law>, les parties n'ayant pas été informées de la clôture prochaine de l'instruction ni invitées à présenter leurs réquisitions de preuve; en effet, au vu des mesures de contrainte ordonnées, seule entrait en considération une ordonnance de classement laquelle ne pouvait être rendue qu'après que les parties ont été, conformément à l'<ref-law>, informées par le Ministère public de son intention de rendre une telle ordonnance.
C. Par acte adressé au Ministère public le 24 juillet 2012 et transmis à la Cour de justice le 30 juillet 2012, les sociétés plaignantes ont demandé la récusation de la Procureure en charge du dossier. Elles invoquent notamment le fait que la magistrate refuse de donner suite à leurs demandes pertinentes d'instruction fondées sur le rapport d'expertise privée et qu'elle a versé au dossier cette expertise et leurs requêtes d'instruction (courriers des 26 mars, 16 avril et 4 juillet 2012), malgré leur opposition et sans les en avoir informées au préalable; son comportement démontrerait qu'elle serait incapable de reprendre la cause en faisant abstraction des opinions qu'elle a précédemment émises dans l'ordonnance de non-entrée en matière. La magistrate intimée et les plaignantes se sont exprimées.
Par arrêt du 24 septembre 2012, la Cour de justice a rejeté la demande de récusation. Elle a considéré en substance que les motifs avancés par les plaignantes ne permettaient pas de fonder une apparence de prévention de la Procureure à leur égard.
D. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ et B._ (ci-après: les recourantes ou les plaignantes) demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt, d'ordonner la récusation de la Procureure et de renvoyer la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision sur les frais et dépens. Elles invoquent une constatation manifestement inexacte, incomplète et arbitraire des faits, ainsi qu'une violation de l'art. 56 let. f CPP.
La Cour de justice renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. Au terme de leurs observations respectives, la Procureure et C._ concluent au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Les recourantes se sont prononcées sur ces déterminations.
Ayant été élue Juge au Tribunal civil du canton de Genève, l'intimée n'exercera plus ses fonctions de procureur dès le 1er avril 2013.

Considérant en droit:
1. Conformément aux art. 78 et 92 al. 1 LTF, une décision relative à la récusation d'un magistrat pénal peut faire immédiatement l'objet d'un recours en matière pénale. Les recourantes, auteurs de la demande de récusation rejetée, ont qualité pour agir (<ref-law>). Pour le surplus, interjeté en temps utile contre une décision prise en dernière instance cantonale, le recours est recevable au regard des art. 80 al. 1 et 100 al. 1 LTF.
2. Dans un premier grief, les recourantes se plaignent d'une constatation manifestement inexacte ou incomplète des faits pertinents.
2.1 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend contester les constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> sont réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.4.3).
2.2 Dans une argumentation prolixe, les recourantes contestent divers faits ressortant de l'arrêt entrepris et en exposent de nombreux qui n'y figurent pas. Les recourantes reprochent tout d'abord à l'instance précédente d'avoir retenu que la Procureure avait procédé à "diverses perquisitions et saisies", alors qu'en réalité s'il y avait bien eu deux perquisitions (dans les locaux de la banque X._ et de H._), il n'y aurait eu qu'une seule saisie; la perquisition opérée auprès de H._, société mandataire de E._, n'aurait donné lieu à aucune saisie, les pièces justificatives recherchées se trouvant auprès de E._. Les recourantes ne se réfèrent toutefois à aucune pièce pertinente du dossier qui confirmerait leurs allégations, en particulier lorsqu'elles affirment que la magistrate n'aurait pas perquisitionné les locaux de E._ alors que H._ lui aurait précisément indiqué que les pièces justificatives recherchées s'y trouvaient. Ces faits, nouvellement invoqués, sont dès lors irrecevables (<ref-law>). Par ailleurs, on ne voit pas en quoi une éventuelle précision de l'état de fait sur le nombre exact de saisies effectuées aurait permis d'arriver à une solution différente s'agissant du bien-fondé de la demande de récusation.
Les recourantes font également grief à la Cour de justice d'avoir indiqué que, sur la base du rapport d'expertise, elles avaient renouvelé leurs réquisitions de preuve alors qu'en réalité elles en avaient formulé de nouvelles visant spécifiquement certains documents. Cette critique tombe à faux. En effet, l'arrêt entrepris précise que les requérantes réclament depuis le mois de mars 2012 des mesures d'instruction, telles que des perquisitions et commissions rogatoires (cf. consid. 1.2 de l'arrêt entrepris). Il n'énumère certes pas en détail les nouvelles réquisitions de preuve figurant dans les courriers des recourantes des 26 mars, 16 avril et 4 juillet 2012. Ces requêtes ressortent toutefois de cette correspondance qui fait partie intégrante de l'état de fait de l'arrêt attaqué. Le Tribunal fédéral n'a donc pas à faire application de l'<ref-law> pour compléter l'état de fait critiqué. Il en va de même s'agissant de leur critique selon laquelle l'arrêt entrepris omettrait de mentionner qu'elles auraient demandé à plusieurs reprises l'édition du rapport OAR de l'Association suisse des gérants de fortune, ces faits ressortant de leurs courriers figurant au dossier.
Selon les recourantes, l'arrêt entrepris passerait également sous silence plusieurs contradictions et manquements de la Procureure: celle-ci aurait, en janvier 2011, refusé aux plaignantes l'accès au dossier au motif que les mis en cause avaient été entendus [en décembre 2010] en qualité de témoins et non de prévenus, avant d'indiquer, le 6 juillet 2012, que ceux-ci avaient le statut de prévenus depuis le 1er janvier 2011; la magistrate aurait entendu les parties de manière non contradictoire hors la présence de leurs avocats quelques jours avant que cette pratique ne soit rendue impossible en vertu du CPP entré en vigueur le 1er janvier 2011; enfin, l'intimée aurait rendu l'ordonnance de non-entrée en matière le 18 avril 2011 pendant les fêtes pascales, sans avoir répondu à leurs demandes d'information, sans les avoir autorisées à prendre connaissance du dossier et sans avoir rendu au préalable un avis de prochaine clôture d'instruction. Pour les motifs indiqués ci-après (cf. consid. 3.3 infra), ces éléments ne sont pas déterminants pour l'issue de la présente procédure, de sorte qu'il n'y a pas lieu de compléter l'état de fait sur ces points.
En outre, l'arrêt entrepris omettrait de préciser que l'ordonnance de non-entrée en matière du 18 avril 2011 tiendrait pour avérés des faits faux ou non établis, à dire d'experts. Dans leurs écritures, les plaignantes détaillent les faits contestés par l'expertise privée. Elles ne démontrent toutefois pas en quoi la rectification de l'état de fait litigieux sur ce point permettrait de trancher différemment la question du bien-fondé de leur demande de récusation. Faute d'avoir une influence déterminante sur l'issue du litige (cf. consid. 3.4 infra), cette critique doit être écartée.
Les recourantes font enfin grief à l'arrêt entrepris d'avoir retenu à tort que, "à la suite de l'arrêt du 26 juillet 2011 de la Cour de justice, celle-là [la Procureure] n'a pas, dans la foulée, rendu un avis de clôture indiquant son intention de mettre fin à la procédure". Contrairement à ce qu'indique l'arrêt entrepris, la magistrate a effectivement rendu un avis de clôture d'instruction le 2 août 2011, soit quelques jours seulement après la notification de l'arrêt de la Cour de justice du 26 juillet 2011. On ne voit cependant pas en quoi une éventuelle modification de l'état de fait en ce sens serait susceptible d'influer sur le sort de la cause, dès lors que la magistrate intimée a, par la suite, renoncé à clôturer l'instruction, procédant à l'administration de divers actes d'enquête sollicités par les plaignantes.
3. Les recourantes contestent le rejet de leur demande de récusation. Elles se plaignent essentiellement d'une violation de l'art. 56 let. f CPP et du principe de l'interdiction d'arbitraire.
3.1 Selon l'art. 56 let. f CPP, un magistrat est récusable "lorsque d'autres motifs, notamment un rapport d'amitié étroit ou d'inimitié avec une partie ou son conseil, sont de nature à le rendre suspect de prévention". Cette disposition a la portée d'une clause générale recouvrant tous les motifs de récusation non expressément prévus aux lettres précédentes. Elle correspond à la garantie d'un tribunal indépendant et impartial instituée par les art. 30 Cst. et 6 CEDH. Elle n'impose pas la récusation seulement lorsqu'une prévention effective du magistrat est établie, car une disposition interne de sa part ne peut guère être prouvée. Il suffit que les circonstances donnent l'apparence de la prévention et fassent redouter une activité partiale du magistrat. Seules les circonstances constatées objectivement doivent être prises en considération. Les impressions purement individuelles d'une des parties au procès ne sont pas décisives (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 144 et les arrêt cités).
3.2 Dans la phase de l'enquête préliminaire et de l'instruction, les principes applicables à la récusation du ministère public sont ceux qui ont été dégagés à l'égard des juges d'instruction avant l'introduction du CPP. Selon l'<ref-law>, le ministère public est l'autorité investie de la direction de la procédure jusqu'à la mise en accusation. A ce titre, il doit veiller au bon déroulement et à la légalité de la procédure (<ref-law>). Durant l'instruction, il doit établir, d'office et avec un soin égal, les faits à charge et à décharge (<ref-law>); il doit statuer sur les réquisitions de preuve et peut rendre des décisions quant à la suite de la procédure (classement ou mise en accusation), voire rendre une ordonnance pénale pour laquelle il assume une fonction juridictionnelle (<ref-ruling> consid. 2 p. 77 ss; <ref-ruling> consid. 2b p. 144 ss). Dans ce cadre, le ministère public est tenu à une certaine impartialité même s'il peut être amené, provisoirement du moins, à adopter une attitude plus orientée à l'égard du prévenu ou à faire état de ses convictions à un moment donné de l'enquête. Cela est en particulier le cas lorsqu'il décide de l'ouverture d'une instruction (qui suppose l'existence de soupçons suffisants au sens de l'<ref-law>) ou lorsqu'il ordonne des mesures de contrainte. Tout en disposant, dans le cadre de ses investigations, d'une certaine liberté, le magistrat reste tenu à un devoir de réserve. Il doit s'abstenir de tout procédé déloyal, instruire tant à charge qu'à décharge et ne point avantager une partie au détriment d'une autre (<ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 145 et les références citées).
3.3 Les recourantes font tout d'abord grief à la Cour de justice d'avoir arbitrairement considéré qu'elles étaient forcloses à invoquer le refus implicite opposé à leurs requêtes de preuve formulées entre 2010 et le printemps 2011. De plus, en refusant de prendre en considération les manquements et contradictions de la Procureure observés depuis le dépôt de la plainte pénale jusqu'à l'ordonnance de non-entrée en matière, l'instance précédente aurait versé dans l'arbitraire.
En l'occurrence, la Cour de justice n'a pas violé le droit en considérant que les recourantes étaient forcloses à critiquer la fin de non-recevoir implicite opposée à leurs demandes réitérées d'actes d'enquête formulées avant le prononcé de l'ordonnance de non-entrée en matière. En effet, le silence prolongé opposé à leurs réquisitions de preuve par la Procureure n'a alors fait l'objet d'aucune contestation par la voie ordinaire du recours, ni n'a suscité aucune demande de récusation à l'époque, même lorsque la magistrate a mis un terme à la procédure pénale. Quant aux faits invoqués par les recourantes fondant les prétendus manquements et contradictions de la Procureure antérieurs à l'ordonnance de non-entrée en matière (refus injustifiés de consulter le dossier en janvier 2011 et de donner des informations sur la procédure aux recourantes; notification d'une ordonnance de non-entrée en matière pendant les fêtes pascales), force est de constater qu'ils n'ont pas tous été allégués en procédure cantonale ou, s'il l'ont été, les recourantes n'en ont tiré aucune conséquence juridique à l'appui de leur demande de récusation. Par ailleurs, en se plaignant de ces éléments à ce stade de la procédure, elles agissent de manière contraire à la bonne foi. Contrairement à ce que soutiennent les recourantes, elles auraient dû assortir leur recours contre l'ordonnance de non-entrée en matière rendue le 26 juillet 2011 d'une demande de récusation contre la Procureure, si elles estimaient alors que cette dernière était prévenue en raison des faits invoqués. Les plaignantes sont ainsi réputées avoir tacitement renoncé à se prévaloir de ces éléments.
3.4 Les recourantes soutiennent ensuite qu'en refusant, sans raison et au risque de les rendre vaines, de donner suite aux réquisitions de preuve susceptibles d'établir la commission d'une infraction, la magistrate aurait manifesté sa partialité en faveur de la partie adverse et sa préconception de l'affaire. Elle traiterait ainsi de manière inégale les parties. Elles exposent en outre que le comportement adopté par la Procureure à la suite de l'annulation de l'ordonnance de non-entrée en matière jusqu'au courrier du 6 juillet 2012 révélerait la prévention de celle-ci à leur encontre.
Si la Procureure mise en cause a certes, peu après l'annulation de l'ordonnance de non-entrée en matière, rendu un avis de clôture indiquant son intention de mettre fin à la procédure, elle y a renoncé et a procédé ou entrepris de procéder à certains actes d'enquête sollicités par les recourantes, telles l'édition du rapport établi par la FINMA et la convocation à une audience de confrontation entre les prévenus et les plaignantes. Quant aux autres actes d'instruction sollicités par les recourantes, la Procureure a indiqué dans son courrier du 6 juillet 2012 qu'elle déciderait de l'opportunité de procéder à ceux-ci après l'audience de confrontation. Un tel procédé n'apparaît pas critiquable. Rien ne permet dès lors d'affirmer, comme le soutiennent les recourantes, que la magistrate instruit uniquement à décharge des prévenus et qu'elle a d'ores et déjà renoncé à effectuer les actes d'instruction requis.
Cela étant, un éventuel refus d'instruire opposé aux recourantes, qui révélerait une appréciation différente des faits dénoncés, ne saurait en soi être assimilé à un parti pris en défaveur des plaignantes. En effet, selon la jurisprudence, des erreurs de procédure ou d'appréciation commises par un magistrat ne suffisent pas à fonder objectivement un soupçon de prévention, à moins qu'elles soient particulièrement lourdes ou répétées et qu'elles constituent des violations graves de ses devoirs qui dénotent une intention de nuire (cf. <ref-ruling> consid. 3e p. 124; <ref-ruling> consid. 3a p. 138). La fonction judiciaire oblige le magistrat à se déterminer sur des éléments souvent contestés et délicats, si bien que, même si elles se révèlent viciées, des mesures inhérentes à l'exercice normal de sa charge ne permettent pas d'exiger sa récusation; il appartient aux juridictions de recours compétentes de constater et de redresser de telles erreurs si elles sont commises (cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 138; <ref-ruling> consid. 3b/bb p. 158). Pour cette raison, la prétendue irrégularité de procédure invoquée par les recourantes - à savoir que la magistrate entendait confronter les époux F._ en qualité de témoin séparément à tous les prévenus ensemble - devait faire l'objet d'un recours ordinaire et ne constitue pas un motif de récusation.
Les recourantes se prévalent également en vain du fait que la Procureure a versé au dossier certaines pièces qu'elles avaient produites alors qu'elles avaient exigé que, provisoirement, celles-ci n'y figurent pas; il s'agissait de l'expertise Fundtrail et des courriers des 26 mars, 16 avril et 4 juillet 2012 dans lesquels les intéressées sollicitaient des perquisitions et commissions rogatoires. En effet, avant de verser lesdites pièces au dossier, la magistrate avait invité les plaignantes à préciser pour quelle raison l'accès à ces documents devait être restreint dès lors que, selon elle, l'<ref-law> (restriction du droit d'être entendu, en particulier du droit de consulter le dossier) ne trouvait pas application en l'espèce; elle avait en particulier informé les plaignantes que, à leur demande, elle retirait du dossier les pièces litigieuses jusqu'au 12 juillet 2012 pour se déterminer sur ce point. Les recourantes n'ayant pas répondu à cette invitation, ni sollicité un délai pour le faire, la magistrate avait intégré les pièces litigieuses au dossier. On ne saurait déduire de cette démarche un indice de prévention de la part de l'intimée. Enfin, quoi qu'en pensent les recourantes, le contenu de la missive du 6 juillet 2012 ne permet pas de conclure que l'intimée est partiale et que l'issue de la procédure au fond n'apparaîtrait plus comme ouverte.
3.5 En définitive, que les éléments avancés par les recourantes soient pris individuellement ou dans leur ensemble, ils ne permettent pas d'admettre l'existence de circonstances exceptionnelles justifiant une récusation de la Procureure (<ref-ruling> consid. 2.3 in fine p. 146).
4. Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais des recourantes qui succombent (<ref-law>). C._ a droit à des dépens pour ses déterminations (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
3. Une indemnité de 1'500 fr. est allouée à C._ à titre de dépens, à la charge des recourantes, solidairement entre elles.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 1er mars 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Aemisegger
La Greffière: Arn