Faits:
A. Selon le plan d'aménagement local (PAL) de la ville de Fribourg, le secteur de l'avenue de la Gare est régi par le plan d'aménagement partiel (PAP) "Avenue de la Gare-Sud" et par le plan d'aménagement de détail (PAD) du même nom, approuvés par le Conseil d'Etat respectivement le 4 avril 1978 et le 1er octobre 1991.
Le PAP "Avenue de la Gare-Sud" prévoit la démolition de l'ensemble des bâtiments du secteur, la construction d'un nouvel axe routier et la prolongation de la rue St-Pierre en direction du début du boulevard de Pérolles. Il ne conserve pas la diagonale entre l'avenue de la Gare et le carrefour des Grand-Places.
Le PAD "Avenue de la Gare-Sud" régit le secteur délimité au nord par l'avenue de la Gare, au sud par l'esplanade des Grand-Places, le "NH Hôtel" (anciennement "Eurotel"), la Route-Neuve et l'art. 7210 du registre foncier de la ville de Fribourg, ainsi qu'à l'ouest par la Route-Neuve et les parcelles 7356, 7357 et 7359. Le PAD a, entre autres, permis la construction du bâtiment de Fribourg-Centre.
B. A._ et B._ sont copropriétaires de la parcelle 7376 du registre foncier de la ville de Fribourg, figurant dans la zone B2 du PAD "Avenue de la Gare-Sud". En 1992, ils ont déposé une demande de permis de construire un bâtiment sur leur parcelle.
Dans son préavis du 7 avril 1992, la ville de Fribourg a exigé un réexamen de l'aspect architectural du projet afin d'améliorer sa qualité dans le but de garantir une plus grande unité dans le secteur. Les propriétaires ont ainsi été contraints de prévoir une façade borgne, destinée à jouxter le futur bâtiment à ériger dans la zone B1 du PAD "Avenue de la Gare-Sud", avec mise en place d'une passerelle au rez-de-chaussée pour assurer le passage piétonnier entre les bâtiments B2 et B1, afin d'accéder aux Grand-Places et de garantir un chemin piétonnier allant jusqu'à la Place de la Gare. Pour atteindre ce résultat, qui entraînait la perte totale de l'usage d'une façade, ils ont dû organiser leur bâtiment en prévoyant des ouvertures sur les trois autres façades et en installant les locaux techniques et la cage d'escalier dans la partie affectée à la façade borgne.
Le 25 février 1993, le permis de construire requis a été délivré et le bâtiment a été construit. Il est situé au sud du bâtiment de Fribourg-Centre et dans le prolongement du "NH Hôtel".
C. En 1996, a été constituée la Communauté urbaine des transports de l'agglomération fribourgeoise (CUTAF), qui a pour but de gérer la mobilité dans l'agglomération. Les objectifs poursuivis sont définis dans le plan régional des transports, approuvé par le Conseil d'Etat le 5 janvier 1999. Ce plan prévoit notamment la mise à sens unique de l'avenue de la Gare, à Fribourg, avec maintien du sens de circulation Pérolles-Temple dans un premier temps. La deuxième étape du projet général de la CUTAF est liée à la réalisation du Pont de la Poya et prévoit la fermeture totale de l'avenue de la Gare, excepté pour les transports en commun, les vélos, les taxis et les deux-roues. Par ailleurs, le 9 juillet 2003, la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions (ci-après: le DAEC) a approuvé la zone d'intérêt général III, destinée à accueillir la salle de spectacles, le centre multiplexe et la galerie marchande.
Les objectifs fixés par la CUTAF, en particulier l'abandon du principe d'une route de transit dans le secteur des Grand-Places, étant contraire à ceux définis dans le PAP et le PAD "Avenue de la Gare-Sud", le Conseil communal de la ville de Fribourg a mis à l'enquête publique, dans la Feuille officielle du 19 mars 2004, l'abrogation du PAP "Avenue de la Gare-Sud" et adaptation du PAL, la modification du PAD "Avenue de la Gare-Sud", secteurs B1, D et E, avec création d'une zone piétonne et l'adaptation des aménagements routiers centre-ville / place Jean-Tinguely (avenue de Trivoli).
Les modifications du PAD "Avenue de la Gare-Sud" entraînent, entre autres, de nouvelles implantations de bâtiments, la création d'un nouveau parking de 296 places (sous les Grand-Places / Manor), l'aménagement d'une rampe d'accès hélicoïdale au haut de la Route-Neuve (sortie parking). Sont touchés par les modifications du PAD tous les articles inclus dans le PAD, à l'exception du bâtiment de Fribourg-Centre et de la parcelle 7376 dont sont copropriétaires A._ et B._. La nouvelle implantation des immeubles à bâtir, prévue dans le secteur B1 du PAD, place un premier bâtiment parallèle à la Roue-Neuve et un second perpendiculaire. Une aile de liaison basse relie ce dernier bâtiment à l'immeuble existant sur l'art. 7376.
D. Le 27 avril 2004, A._ et B._ ont formé opposition à l'encontre de l'abrogation du PAP, de l'adaptation du PAL ainsi que de la modification du PAD "Avenue de la Gare-Sud", secteurs B1, D et E avec création d'une zone piétonne. Le Conseil d'Etat de la ville de Fribourg a rejeté cette opposition le 25 juin 2004.
Le 14 février 2007, le DAEC a rejeté le recours de A._ et B._ contre la décision précitée et, par décision séparée, a approuvé la modification du PAD "Avenue de la Gare-Sud".
Par arrêt du 24 juin 2009, la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours de A._ et B._ contre la décision du DAEC du 17 février 2007. Elle a considéré en substance que les circonstances s'étaient sensiblement modifiées depuis l'approbation du PAD, au point que l'adaptation du PAL de la commune, et, partant, la modification de certains plans de détail (PAP et PAD) non seulement se justifiaient, mais s'imposaient. En outre, les mesures contestées répondaient à un intérêt public manifeste et n'affectaient pas l'immeuble des intéressés, situé en secteur B2.
E. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 24 juin 2009 et de renvoyer la cause aux juges cantonaux pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Ils concluent à ce que la modification du PAD "Avenue de la Gare-Sud" soit corrigée dans le souci du respect des contraintes qui leur ont été imposées en leur qualité de copropriétaires de la parcelle 7376, permettant ainsi de maintenir l'unité dans les secteurs B1 et B2, en ce sens que le futur bâtiment à ériger dans le secteur B1 sera maintenu dans une zone d'ordre contigu par rapport à leur immeuble construit sur la parcelle 7376. Subsidiairement, ils demandent le renvoi de la cause au juge de l'expropriation avec mission de déterminer une indemnisation d'expropriation matérielle portant sur la moins-value grevant l'immeuble B2 et la mise en oeuvre des travaux nécessaires pour le revêtement de la façade non aménagée. Les recourants se plaignent d'une appréciation arbitraire des faits et d'une mauvaise application du droit fédéral.
Le Tribunal cantonal se réfère au dispositif et aux considérants de son arrêt pour conclure au rejet du recours. La DAEC conclut également au rejet du recours ainsi que la ville de Fribourg, dans la mesure toutefois de sa recevabilité.
Le 7 octobre 2009, les recourants ont fait parvenir au Tribunal fédéral un courrier spontané accompagné d'un article de presse.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un arrêt rendu en dernière instance cantonale confirmant l'approbation de la modification du PAD "Avenue de la Gare-Sud". Dans la mesure où un plan d'aménagement de détail constitue une sous-catégorie de plan d'affectation au sens des art. 14 ss de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law> et 34 al. 1 LAT, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 24).
1.2 Les recourants sont copropriétaires de la parcelle 7376 du registre foncier de la ville de Fribourg, laquelle se situe à l'intérieur du périmètre du PAD "Avenue de la Gare-Sud". Ils font valoir une atteinte à leur droit de propriété, affirmant que les modifications litigieuses du PAD sont de nature à leur causer un préjudice de l'ordre de plusieurs centaines de milliers de francs. Leur immeuble B2 a été conçu avec une façade borgne qui n'a plus de raison d'être avec la planification nouvelle; or, cette façade ne pourrait plus être munie de fenêtres et devrait être protégée en utilisant des matériaux particuliers. Les recourants sont donc particulièrement touchés par la décision entreprise et disposent ainsi de la qualité pour recourir en vertu de l'<ref-law>.
1.3 La conclusion des recourants tendant au renvoi de la cause au juge de l'expropriation avec mission de déterminer une indemnisation d'expropriation matérielle est irrecevable, dans la mesure où elle sort du cadre du litige.
2. 2.1 Comme moyen de preuve à l'appui de leur motivation, les recourants proposent "éventuellement une inspection des lieux". Dans la mesure où il s'agirait d'une réquisition formelle d'instruction complémentaire, il n'y a pas lieu d'y donner suite, le Tribunal fédéral s'estimant suffisamment renseigné pour statuer en l'état du dossier, lequel comporte notamment de nombreux plans.
2.2 Les recourants ont annexé à leur mémoire de recours une "étude solaire" du 25 août 2009 sur l'impact du volume modifié du PAD. Cette pièce nouvelle ne peut pas être prise en considération au regard de l'<ref-law>. Il en va de même de l'article de presse que les intéressés ont fait parvenir au Tribunal fédéral avec leur écriture spontanée du 7 octobre 2009. Ils ne font au demeurant pas valoir que ces preuves nouvelles ou faits nouveaux résulteraient de l'arrêt attaqué (<ref-law> in fine).
3. Dans un premier grief, les recourants se plaignent d'une constatation inexacte des faits.
3.1 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Quant au recourant, il ne peut critiquer la constatation de faits, susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, que si ceux-ci ont été établis de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62; Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4135).
3.2 Les recourants font valoir que la zone verte des Grand-Places existe depuis des décennies. La création d'une zone verte d'intérêt général aux abords du NH Hôtel ne serait donc aucunement un fait nouveau au sens de l'art. 21 al. 2 LAT et ne remplirait pas les critères qui doivent dicter la modification du PAL et du PAD. Les intéressés n'indiquent toutefois pas en quoi le fait mentionné aurait été constaté de façon inexacte et on ne voit pas comment une éventuelle rectification aurait permis d'arriver à un résultat différent. Il ressort en effet de l'arrêt attaqué que le Tribunal cantonal n'a pas retenu cet unique élément pour justifier une modification du PAD, mais qu'il s'est fondé sur une série de changements intervenus dans le secteur, à savoir notamment l'abandon de la prolongation de la rue Saint-Pierre initialement prévue, la mise en sens unique de l'avenue de la Gare, la création d'un nouvel accès aux parkings souterrains du secteur ainsi que l'implantation d'une salle "multiplexe" et de la salle de spectacles de Fribourg.
Par ailleurs, le moyen relatif à l'absence d'amélioration de l'ensoleillement du périmètre des Grand-Places est irrecevable puisqu'il est basé sur des pièces nouvelles qui ne peuvent être prises en considération (cf. consid. 2.2 ci-dessus). Quoi qu'il en soit, contrairement à ce que soutiennent les recourants, l'importance de la surface de la pénétration de lumière n'est pas le seul argument avancé par les autorités pour justifier une modification des hauteurs de bâtiments (cf. consid. 4.4 ci-après).
Il résulte de ce qui précède que les juges cantonaux ont établi les faits de façon correcte et que le Tribunal fédéral est lié par ceux-ci conformément à l'<ref-law>. Le grief doit être écarté.
4. Sur le fond, les recourants reprochent au Tribunal cantonal d'avoir mal appliqué l'art. 21 al. 2 LAT. Ils ne contestent pas les différentes circonstances fondant la mise en oeuvre d'une révision du PAD mais critiquent l'un des aspects du nouveau plan, à savoir "la planification nouvelle de l'ordre contigu des bâtiments entre les zones B1 et B2". Ils font valoir que les modifications proposées ne respectent pas les principes de la bonne foi et de la proportionnalité et sont sans lien avec les circonstances invoquées par la commune.
4.1 En vertu de l'art. 21 al. 2 LAT, les plans d'affectation feront l'objet des adaptations nécessaires lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées. Cette disposition tend à assurer à la planification une certaine stabilité, sans laquelle les plans d'aménagement ne peuvent remplir leurs fonction. La stabilité des plans est un aspect du principe, plus général, de la sécurité du droit, qui doit permettre aux propriétaires fonciers, comme aux autorités chargées de mettre en oeuvre la planification, de compter sur la pérennité des plans d'affectation. Ceux-ci doivent toutefois être révisés lorsque les circonstances déterminantes se sont modifiées depuis leur adoption (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 198 et les arrêts cités). Pour apprécier l'évolution des circonstances et la nécessité d'adapter un plan d'affectation, une pesée des intérêts s'impose (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 733).
Quand la contestation porte sur la modification d'un plan d'affectation, les parties admises à se prévaloir de la garantie de la propriété (art. 26 al. 1 Cst.) peuvent se plaindre du fait que les nouvelles restrictions qui leur sont imposées ne sont pas justifiées par un intérêt public (cf. art. 36 al. 2 Cst.) ni conformes au principe de la proportionnalité (cf. art. 36 al. 3 Cst.). Elles peuvent en d'autres termes critiquer sous cet angle l'application des règles d'aménagement du territoire et le résultat de la pesée des intérêts. Le Tribunal fédéral examine en principe librement les questions de l'intérêt public et de la proportionnalité. Il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de trancher de pures questions d'appréciation ou tenir compte de circonstances locales, mieux connues des autorités cantonales; le Tribunal fédéral n'est pas l'autorité suprême de planification et doit respecter le pouvoir de détermination des autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 415 s.; <ref-ruling> consid. 3a p. 366 et la jurisprudence citée dans ces arrêts).
4.2 En l'espèce, il sied tout d'abord de préciser que le nouveau PAD ne modifie pas l'ordre des constructions dans le secteur B; les immeubles B1 et B2 sont en effet toujours soumis à l'ordre contigu. Seule subit un changement la hauteur de la toiture du bâtiment B1, limitée par le nouveau règlement à 627 m 30; selon l'ancien PAD, le gabarit admissible de ce bâtiment était de 636 m 90. L'immeuble B2 des recourants culmine à 634 m 40. Selon le PAD modifié, l'immeuble B1 ne viendra ainsi pas s'accoler à l'immeuble des recourants sur toute la hauteur de la façade, mais uniquement sur les niveaux en-dessous du rez-de-chaussée, tout le long du rez-de-chaussée et jusqu'à la plus grande partie du premier étage.
4.3 Invoquant le principe de la bonne foi, les recourants se plaignent de ce que la ville de Fribourg aurait violé des promesses particulières dont ils auraient bénéficié. Le permis de construire qui leur a été délivré en 1993 était assorti de l'exigence que l'immeuble B2 garantisse un ordre contigu avec le futur bâtiment B1. Ils ont ainsi dû soumettre leur construction à diverses contraintes, à savoir notamment la réalisation d'une façade borgne sur le futur immeuble B2 et l'organisation interne du bâtiment harmonisée avec les exigences liées à la façade. Ce faisant, les recourants soutiennent avoir acquiescé d'une manière concrète à la volonté de la ville de Fribourg qui, aujourd'hui, prend une décision violant la confiance qu'ils lui ont témoignée.
Comme le relève à juste titre le Tribunal cantonal, on voit mal ce qui pourrait être reproché à l'autorité communale qui, à l'époque, a exigé des recourants qu'ils construisent leur immeuble conformément aux règles du PAD de 1991. En l'occurrence, la ville de Fribourg n'a fait qu'imposer le respect des prescriptions communales en vigueur à ce moment-là. Certes, si le nouveau plan avait été en vigueur lors de la construction de leur immeuble, les recourants auraient peut-être pu le concevoir de façon différente. Une modification des règles de construction applicables dans le périmètre d'un PAD ne saurait toutefois constituer une violation du principe de la confiance et la délivrance d'un permis de construire ne constitue pas une promesse effective de la part des autorités qu'aucune règle de construction ne sera jamais modifiée; les plans doivent en effet être révisés lorsque les circonstances se sont sensiblement modifiées (cf. consid. 4.1 ci-dessus). Mal fondé, leur grief doit être rejeté.
4.4 Les recourants allèguent ensuite que les changements de circonstances qui justifient l'adaptation du PAD (constitution d'un nouvel axe routier, abandon du projet de la CUTAF, mise en sens unique de l'avenue de la Gare, implantation d'une salle "multiplexe" et de la salle de spectacles, etc.) n'auraient aucun lien avec la modification intervenue dans l'ordre contigu entre les immeubles du secteur B2 et celui envisagé du secteur B1. Par ailleurs, les deux motifs retenus par la ville de Fribourg à cet égard, à savoir la création d'une zone verte d'intérêt général et la mise en oeuvre d'une ouverture entre les immeubles B1 et B2 pour garantir une pénétration de la lumière, ne répondraient à aucun intérêt public prépondérant alors qu'ils pénaliseraient d'une manière grave leur immeuble.
La ville de Fribourg a indiqué que pour conserver la zone verte existante des Grand-Places, nouvellement classée en zone verte d'intérêt général, elle souhaitait maintenir, du côté ouest, une pénétrante de soleil qui, dans l'ancien PAD, pouvait se faire par le prolongement prévu de la rue St-Pierre. Or, le nouveau périmètre d'implantation des immeubles dans le secteur B1 obstruera une partie de ce dégagement. Ainsi, la création d'une ouverture entre les bâtiments, notamment entre celui des recourants et celui à ériger dans le secteur B1, évitera l'encastrement de l'espace public et de la zone verte. Par ailleurs, l'harmonie des bâtiments par la hauteur n'entrait plus dans le concept de planification du secteur B1 des Grand-Places.
En l'espèce, les intérêts publics invoqués par la commune méritent d'être pris en considération. Certes, comme l'ont mentionné le DAEC et le Tribunal cantonal, la juxtaposition des immeubles entre les secteurs B1 et B2 aurait pu être maintenue. La solution choisie, qui n'est pour autant ni illégale ni arbitraire, relève toutefois de la liberté d'appréciation reconnue à l'autorité communale en matière de planification de son territoire. Le Tribunal fédéral, qui doit faire preuve de retenue dans ce domaine, n'est pas habilité à trancher entre deux propositions défendables. Les recourants n'ont au demeurant soulevé aucun motif d'aménagement qui plaiderait contre la modification contestée du PAD.
Les recourants opposent un intérêt privé purement économique à celui, public, de la commune de planifier de façon harmonieuse le périmètre du PAD. Il n'apparaît toutefois pas que l'intérêt des recourants à ce qu'un autre immeuble viennent s'accoler au leur sur toute la hauteur de la façade serait prépondérant face à celui défendu par la commune. La nouvelle version du PAD n'apporte en outre aucun désavantage aux droits de propriété des recourants et ne les oblige pas à procéder à des travaux de revêtement de la façade - borgne depuis la construction de l'immeuble en 1993 -, comme ils le soutiennent. C'est donc en vain que les recourants se plaignent d'une violation du principe de la proportionnalité.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours. Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). La commune de Fribourg et la DAEC n'ont pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et de la Commune de Fribourg, ainsi qu'à la Direction de l'aménagement, de l'environnement et des constructions et au Tribunal cantonal du canton de Fribourg, IIe Cour administrative.
Lausanne, le 26 février 2010
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard