Sachverhalt:
A. Das Bundesstrafgericht sprach X._ am 9. Dezember 2008 der mehrfachen qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz im Sinne von Art. 19 Ziff. 1 i.V.m. Ziff. 2 lit. a BetmG schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 6 Jahren 11 Monaten und 20 Tagen unter Anrechnung von 678 Tagen Untersuchungshaft als Zusatzstrafe zum Strafbefehl des Bezirksamts Zurzach vom 5. Mai 2004.
B. Die Schweizerische Bundesanwaltschaft führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Sie beantragt, Ziff. I. 1-3 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung und Festsetzung des Strafmasses an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ferner stellte die Schweizerische Bundesanwaltschaft mit Bezug auf die Anklagepunkte A. 2, A. 4 und A. 7 verschiedene Eventualbegehren um Schuldigsprechung, die mit dem Hauptbegehren behandelt werden.
C. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Sachverhalt und Prozessverlauf:
Als Folge der Ergebnisse eines umfangreichen Strafverfahrens des Untersuchungsrichteramtes Berner Jura-Seeland eröffnete die Bundesanwaltschaft auf Antrag der Berner Strafverfolgungsbehörden am 17. Dezember 2003 das gerichtspolizeiliche Ermittlungsverfahren "LAURA PLUS" gegen den Beschwerdegegner sowie weitere Beschuldigte wegen Verdachts der qualifizierten Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz im Rahmen einer kriminellen Organisation.
Vom 20. August 2003 bis 26. März 2004 wurden zahlreiche Telefonkontrollen geschaltet und gestützt auf diese Ergebnisse der Beschwerdegegner sowie weitere Beschuldigte in Untersuchungshaft genommen. Anlässlich der Verhaftungen wurden in einem Fahrzeug 10 kg eingebautes Heroin und bei der Hausdurchsuchung des Beschwerdegegners 100 kg Streckmittel sichergestellt.
Der Beschwerdegegner befand sich vom 26. März 2004 bis 1. Februar 2006 in Untersuchungshaft und ab dem 2. Februar 2006 im vorzeitigen Strafvollzug. Er wurde hieraus von der Vorinstanz am 10. Dezember 2008 entlassen.
2.1 2.1.1 Die Beschwerdeführerin macht eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz geltend. Diese habe zwar dem Beschwerdegegner zutreffend vorgeworfen, einen Sammeltransport Heroingemisch für sich und einen weiteren Dealer geplant zu haben, wobei 32 kg Heroingemisch in zwei Etappen in die Schweiz hätten eingeführt werden sollen. Diese Transporte seien nicht zustande gekommen, hingegen ein späterer Transport von 9.904 kg Heroingemisch. Die Vorinstanz habe hieraus auf das Anstaltentreffen zum Erlangen von 9.904 kg Heroingemisch geschlossen. Sie verkenne dabei, dass die Anklage auf Anstaltentreffen zum Erlangen von 32 kg Heroingemisch durch den Beschwerdegegner laute. Es sei denn auch der ursprüngliche Plan von ihm und Y._ gewesen, 32 kg Heroingemisch in die Schweiz einzuführen. Y._ sei vom Bundesstrafgericht für das Anstaltentreffen zur Einfuhr dieser Drogenmenge verurteilt worden. Es sei deshalb offensichtlich falsch, beim Beschwerdegegner von einer Menge von lediglich 9.904 kg auszugehen. Die grössere Drogenmenge sei beim Verschulden des Beschwerdegegners mitzuberücksichtigen (Beschwerde, S. 4 f.).
2.1.2 Weiter führe die Vorinstanz unter dem Titel "Entwicklungsstufen der Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz" zu Unrecht aus, für einen Schuldspruch gemäss <ref-law> genüge es, wenn von mehreren eingeklagten Handlungen, die sich auf die gleiche Drogenart und -menge beziehen, eine Handlung tatsächlich erwiesen sei. Vorliegend würden sich die Tathandlungen aber gerade nicht auf dieselbe Drogenmenge beziehen, weshalb die Theorie der Entwicklungsstufen keine Anwendung finde (Beschwerde, S. 5 f.).
2.1.3 Entscheidend sei schliesslich, dass die Tatbestände des <ref-law> als abstrakte Gefährdungsdelikte konzipiert worden seien. Es komme daher nicht auf das Ergebnis der Planung an, nämlich die Einfuhr von 9.904 kg Heroingemisch, sondern auf die Planung selber (Sammeltransport von insgesamt 32 kg Heroingemisch). Die abstrakte Gefährdung sei deshalb viel höher zu gewichten (Beschwerde, S. 6 f.).
2.2 Die Vorinstanz erwägt, die angeklagte Beförderung von 9.904 kg Heroingemisch hänge mit den ursprünglichen Planungshandlungen zur Einfuhr von 32 kg Heroingemisch zusammen. Es handle sich bei der beförderten Menge um das Ergebnis der erwähnten Planung. Dasselbe gelte für das Anstaltentreffen zum Verkauf von 200-300g Heroin (angefochtenes Urteil, S. 50). Gestützt auf die Telefonüberwachung bestünden keine objektiven Anhaltspunkte, wonach die Betäubungsmittel für jemand anderen als für den Beschwerdegegner bestimmt gewesen seien. Dieser habe vorsätzliche Anstalten getroffen, 9.904 kg Heroingemisch zu erlangen (angefochtenes Urteil, S. 51 f.).
2.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Feststellung des Sachverhalts durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von <ref-law> ist (<ref-ruling> E. 1.2.2), oder wenn sie auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts und der Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht gemäss den Art. 105 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG nur insoweit, als in der Beschwerde explizit vorgebracht und substantiiert dargelegt wird, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3 mit Hinweisen).
2.4 Die Bestimmung von <ref-law> stellt sämtliche Formen einer Beteiligung am unbefugten Drogenverkehr, von der Produktion und der Verbreitung bis hin zum Erwerb, sowie blosse Vorbereitungshandlungen hiezu unter Strafe (PETER ALBRECHT, Die Strafbestimmungen des Betäubungsmittelgesetzes [Art. 19-28 BetmG], 2. Aufl. Bern 2007, Art. 19 N 3 f.). <ref-law> stellt verschiedene Entwicklungsstufen derselben deliktischen Tätigkeit dar (ALBRECHT, a.a.O., Art. 19 N 142; vgl. auch FINGERHUTH/TSCHURR, BetmG, Kommentar, 2. Aufl. Zürich 2007, Art. 19 N 126/128).
2.5 Wo das Gesetz zur Verstärkung des strafrechtlichen Schutzes vorbereitende Verhaltensweisen neben dem Vollendungstatbestand gesondert unter Strafe stellt, wie im Bereich der Drogendelikte, so dass verschiedene Entwicklungsstufen desselben deliktischen Angriffs vorliegen, geht auch der abgebrochene Vorbereitungstatbestand im späteren Vollendungstatbestand auf. Dies ist der Fall, wenn die Mehrheit der Einzelakte kraft ihres engen räumlichen und zeitlichen Zusammenhangs bei natürlicher Betrachtung als ein einheitliches Tun erscheinen und auf ein und demselben Willensentschluss beruhen sowie als ein einheitliches zusammengehörendes Geschehen wahrgenommen werden (<ref-ruling> E. 3 b). Eine natürliche Handlungseinheit fällt jedoch ausser Betracht, wenn zwischen den einzelnen Handlungen - selbst wenn diese aufeinander bezogen sind - ein längerer Zeitraum liegt (<ref-ruling> E. 2.4.5). Trifft dies zu, so ist die Tat als eine einzige zu verstehen, die alle vorbereitenden Handlungen mitumfasst.
2.6 Die Vorinstanz betrachtet die von der Beschwerdeführerin eingeklagten Planungshandlungen als unterschiedliche Entwicklungsstufen derselben deliktischen Tätigkeit (angefochtenes Urteil, S. 50). Diese Auffassung ist nicht zu beanstanden. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern die verschiedenen Vorbereitungshandlungen keinen engen räumlichen und zeitlichen Zusammenhang aufweisen sollten bzw. nicht als ein einheitliches Tun erscheinen würden. Die einzelnen Handlungen beruhen vielmehr auf demselben Willensentschluss und sind als einheitliches zusammengehörendes Geschehen zu betrachten.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts in Bezug auf Anklagepunkt 4 sowie eine Verletzung von Art. 19 Ziff. 1 Abs. 3, 5 und 6 BetmG, <ref-law> und Art. 179 BStP in Verbindung mit <ref-law>. Die Vorinstanz verkenne, dass die Anklage gegen den Beschwerdeführer auf Einfuhr von 9.956 kg Heroingemisch in der Zeit von Anfangs Dezember bis 7. Dezember 2003 gemeinsam mit drei anderen Mittätern laute (Beschwerde, S. 8).
Richtigerweise hätten bereits vor dem 5. Dezember 2003 Gespräche zwischen dem Beschwerdegegner und zwei Mittätern stattgefunden. Aus diesen gehe eindeutig hervor, dass er an der Organisation der Drogeneinfuhr von rund 10 kg Heroingemisch massgeblich beteiligt gewesen sei. Ein Schuldspruch hätte daher wegen Einfuhr von 10 kg statt 5 kg Heroingemisch erfolgen sollen (Beschwerde, S. 8 f.). Es treffe zwar zu, dass er von rund 10 kg Heroingemisch nur 5 kg erhalten wollte. Dies ändere nichts, dass er sich mittäterschaftlich an der Einfuhr von 10 kg Heroingemisch beteiligt habe (Beschwerde, S. 10).
3.2 Gemäss den vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen hat der Beschwerdegegner von Anfangs Dezember bis am 7. Dezember 2003 vorsätzlich 5 kg Heroingemisch mittels zweier Mittäter in die Schweiz eingeführt. Die Resultate der Telefonüberwachung ergaben, dass der Beschwerdegegner 5 kg Heroingemisch für sich erwartete. Das Anstaltentreffen zum Erlangen dieser Menge liege im gleichen Handlungsstrang und sei nicht gesondert zu bestrafen (angefochtenes Urteil, S. 44).
3.3 Die Mittäterschaft des Beschwerdegegners über die Einfuhr von 5 kg Heroingemisch wird von der Beschwerdeführerin nicht bestritten. Die Feststellung der Vorinstanz, aus den aufgezeichneten Telefongesprächen ergebe sich, dass der Beschwerdeführer 5 kg Heroingemisch für sich erwartete, ist denn auch nicht zu beanstanden. Dem Beschwerdegegner wurden am 6. Dezember 2003 per Telefon "so ca. 5 oder 6 [kg]" angeboten bzw. versprochen, "5 oder 6 [kg] kommen zu Dir". Der Beschwerdegegner bestätigte diese Ankündigung zweimal mit "Ja."(act. 14.04.138 der Vorakten).
Die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts betreffend die Einfuhr der weiteren 5 kg Heroingemisch genügt den Begründungsanforderungen nicht. In der Beschwerde wird nicht substantiiert dargelegt, inwiefern die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet. In der Beschwerdeschrift wird lediglich ausgeführt, dieser Umstand gehe aus den Akten klar hervor (Beschwerde, S. 10). Ein pauschaler Verweis auf die in der Klageschrift angeführten (zahlreichen) Beweismittel genügt nicht. Gleiches gilt für die gerügte Verletzung von <ref-law>. Die Beschwerdeführerin legt auch hier nicht substantiiert dar, inwiefern der vorinstanzliche Entscheid gegen diese Verfassungsbestimmung verstossen sollte. Auf die Beschwerde ist in diesem Punkt nicht einzutreten. Verletzungen von Art. 179 BStP (betreffend Begründungspflicht) sowie des von der Beschwerdeführerin nicht gerügten <ref-law> sind nicht ersichtlich.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine willkürliche Beweiswürdigung, wodurch <ref-law> verletzt worden sei. Sie wendet sich bei den Anklagepunkten A. 2. lit. j-p namentlich gegen die Nichtberücksichtigung von Agendanotizen des Beschwerdegegners, die verschiedene Verkäufe von insgesamt 3'090 g Heroingemisch an bekannte und unbekannte Abnehmer belegen sollen. Die Vorinstanz habe es unterlassen, im angefochtenen Entscheid darzulegen, warum und inwiefern sie dem Beweismittel der Agendanotizen entgegen den objektiven Gegebenheiten und tatsächlichen Feststellungen den wahren Beweischarakter abspreche. Eine sachgerechte Würdigung der Agendanotizen habe nie stattgefunden. Die Vorinstanz lasse nur den direkten Beweis für einen Schuldspruch gelten, obwohl der Indizienbeweis gleichwertig sei (Beschwerde, S. 14 und S. 17).
4.2 Die Vorinstanz hält bei den verschiedenen Anklagepunkten unter anderem fest, dass die Agendanotizen zwar auf eine Verbindung zu den einzelnen genannten Personen hinweisen würden, nicht aber belegten, dass ein Verkauf von Heroingemisch tatsächlich stattgefunden habe (angefochtenes Urteil, S. 34 ff.).
Die Beschwerdeführerin kann keine willkürliche Beweiswürdigung durch die Vorinstanz dartun. Die Vorinstanz legt bei den Anklagepunkten A. 2. lit. j-p gesondert und nachvollziehbar dar, weshalb die jeweiligen Agendanotizen für eine Verurteilung nicht ausreichen. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin kann vom Fehlen einer sachgerechten Würdigung dieser Notizen keine Rede sein. Die Vorinstanz verkennt auch die Tragweite der Agendanotizen als generelles Beweismittel nicht. Sie stellt diese in den Kontext der weiteren Beweismittel und nimmt eine entsprechende Würdigung vor. Diese weiteren Beweismittel (aufgezeichnete Telefongespräche, Aussagen der Beteiligten) konnten die Anklagepunkte nicht erhärten, weshalb die Freisprüche erfolgten. Die vorinstanzlichen Erwägungen sind daher weder in der Begründung noch im Ergebnis zu beanstanden.
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 19 Ziff. 2 lit. a, b und c BetmG in Verbindung mit <ref-law>, Art. 179 BStP sowie <ref-law>. Zwar sei es zutreffend, dass bei gegebenem Qualifikationsgrund nach <ref-law> nicht geprüft werden müsse, ob allenfalls noch ein weiterer Qualifikationsgrund vorliege. Der erhöhte Strafrahmen gemäss <ref-law> komme bereits bei einem Qualifikationsmerkmal zur Anwendung. Die Vorinstanz verkenne allerdings, dass die Annahme eines weiteren Qualifikationsgrundes sich innerhalb des verschärften Strafrahmens straferhöhend auszuwirken hätte, weshalb zusätzliche Qualifikationsgründe bei der Strafzumessung zu berücksichtigen seien. Da dies die Vorinstanz nicht getan habe, verletze sie Bundesrecht. Ebenfalls verstosse sie gegen die Begründungspflicht als Teil des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Beschwerde, S. 11 f.).
5.2 Die Vorinstanz spricht den Beschwerdegegner der mehrfachen qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz gemäss Art. 19 Ziff. 1 und 2 lit. a BetmG schuldig. Sie führt hinsichtlich der Strafzumessung des Beschwerdegegners aus, sein Verhalten wiege insgesamt schwer, habe er doch mit Heroinmengen gehandelt, die auf eine Händlerposition oberhalb der kleinen oder mittleren Hierarchiestufe hinweisen würden. Ausserdem habe er eine tragende Rolle in der Organisation eingenommen, zumal er sämtliche involvierten Personen sowie die Hintermänner aus dem Kosovo gekannt habe. Innerhalb einer kurzen Zeitspanne habe er mehrfach grössere Mengen Heroin umgesetzt bzw. Anstalten dazu getroffen (angefochtenes Urteil, S. 65).
5.3 Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin berücksichtigt die Vorinstanz bei der Strafzumessung sämtliche erfüllten Qualifizierungstatbestände gemäss <ref-law>. Sie erwähnt zwar die bandenmässige Begehung nicht explizit, führt jedoch aus, dass die Delikte im Rahmen einer Organisation verübt worden seien, was der Bandenmässigkeit zumindest nahekommt (vgl. zur Abgrenzung der kriminellen Organisation und der Bande <ref-ruling> E. 5.2. mit Hinweisen auf das Schrifttum). Auch die Gewerbsmässigkeit ergibt sich ohne weiteres aus den vorinstanzlichen Ausführungen. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz ihren Ermessensspielraum bei der Strafzumessung überschritten hätte. Jedenfalls ist diese nicht schlechterdings unhaltbar. Eine Verletzung des Art. 179 BStP liegt nicht vor. Die gerügte Verletzung von <ref-law> ist nicht genügend substantiiert, so dass in diesem Punkt auf die Beschwerde nicht einzutreten ist.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe bei der Strafzumessung nicht berücksichtigt, dass die kriminelle Energie und das Verschulden bei einem Anstaltentreffen von 32 kg Heroingemisch viel höher sei als bei einer Menge von 9.904 kg. Sie habe deshalb wesentliche Gesichtspunkte bei der Strafzumessung ausser Acht gelassen (Beschwerde, S. 7). Zudem hätte sie bei deren Begründung zumindest kurz ihre Überlegungen nennen müssen, von denen sie sich leiten liess. Sie habe daher die Grundsätze der Begründungspflicht nicht eingehalten und dadurch Art. 179 BStP sowie <ref-law> verletzt (Beschwerde, S. 8).
6.2 Die Vorinstanz führt hinsichtlich der Strafzumessung aus, das Verhalten des Beschwerdegegners wiege insgesamt schwer, habe er doch in einer höheren Händlerposition mehrfach und in kurzer Zeit mit grösseren Heroinmengen gehandelt. Zudem habe er aus eigennützigen finanziellen und profitorientierten Motiven gehandelt (angefochtenes Urteil, S. 65). Das Vorleben des Beschwerdegegners bewertet die Vorinstanz als neutral. In leichtem Masse strafmindernd habe sich sein Verhalten nach der Tat ausgewirkt. Zudem sei die lange Verfahrens- und somit Haftdauer in starkem Masse (strafmindernd) zu berücksichtigen (angefochtenes Urteil, S. 65 f.).
Bei der Strafzumessung steht dem Sachrichter nach konstanter bundesgerichtlicher Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 4.2; <ref-ruling> E. 6.1) ein erheblicher Spielraum des Ermessens zu. Das Bundesgericht greift in diesen Ermessensspielraum nur ein, wenn der Sachrichter von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist oder wenn er wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch seines Ermessens falsch gewichtet hat. Inwiefern dies vorliegend der Fall sein sollte, ist nicht ersichtlich. Die Zusammenfassung der verschiedenen Planungshandlungen als unterschiedliche Entwicklungsstufen derselben deliktischen Tätigkeit lässt die Strafzumessung nicht als unhaltbar erscheinen. Das Begehren der Beschwerdeführerin, den Beschwerdegegner zu einer Freiheitsstrafe von 10 Jahren zu verurteilen, erweist sich schon deshalb als gegenstandslos.
Eine Verletzung der Begründungspflicht gemäss Art. 179 BStP liegt nicht vor. Die gerügte Verletzung von <ref-law> ist auch hier nicht genügend substantiiert. Auf die Beschwerde ist daher in diesem Punkt nicht einzutreten.
7. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner ist keine Entschädigung zuzusprechen, da ihm im bundesgerichtlichen Verfahren keine Umtriebe entstanden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Januar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller