Erwägungen:
1. Beim Gerichtspräsidenten 1 des Gerichtskreises IV Aarwangen-Wangen ist eine Strafsache wegen Verleumdung und falscher Anschuldigung gegen X._ hängig. Mit Aufsichtsbeschwerde vom 18. Januar 2009 gelangte X._ an die Aufsichtskammer des Obergerichts des Kantons Bern und beantragte, es sei ein neutraler Richter im Gerichtskreis IV Aarwangen-Wangen zu suchen oder die Angelegenheit an den Gerichtskreis V Burgdorf-Fraubrunnen zu überweisen, es sei der Gerichtstermin vom 11. Februar 2009 vor dem Gerichtskreis IV Aarwangen- Wangen zu annullieren und ein neuer Termin anzusetzen mit einem neutralen und unbefangenen Gerichtspräsidenten, es seien aufsichtsrechtliche Massnahmen zu treffen, das Ablehnungsgesuch sei zu honorieren und zu bewilligen usw.
Die Aufsichtskammer des Obergerichts des Kantons Bern leitete die Eingabe der Beschwerdeführerin an die Anklagekammer des Kantons Bern weiter, soweit die Ablehnung des Gerichtspräsidenten 1 des Gerichtskreises IV Aarwangen-Wangen betreffend. Mit Entscheid vom 25. Februar 2009 wies die Aufsichtskammer des Obergerichts des Kantons Bern die Beschwerde ab. Sie führte zusammenfassend aus, dass im aktuellen strafrechtlichen Verfahren keine Rechtsverletzungen des Gerichtspräsidenten 1 ersichtlich seien. Auch bezüglich der genannten Zivilverfahren aus dem Jahre 2003 sei nicht ersichtlich, inwiefern sich der Gerichtspräsident 1 unkorrekt verhalten haben sollte. Zudem habe die Beschwerdeführerin in diesen Verfahren keine Rechtsmittel ergriffen und entsprechende Rügen seien heute verspätet. Widerrechtliche Amtsanhandlungen oder Unterlassungen des Gerichtspräsidenten 1 und damit eine Verletzung von Art. 18 GOG seien zu verneinen.
2. X._ führt mit Eingabe vom 30. März 2009 (Postaufgabe 1. April 2009) Beschwerde gegen den Entscheid der Aufsichtskammer des Obergerichts des Kantons Bern.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Die Frage, ob gegen den Gerichtspräsidenten 1 des Gerichtskreises IV Aarwangen-Wangen Ausstandsgründe vorliegen, ist nicht Gegenstand des angefochtenen Entscheids der Aufsichtskammer. Diese hat die Eingabe der Beschwerdeführerin, soweit die Ablehnung des Gerichtspräsidenten 1 des Gerichtskreises IV Aarwangen-Wangen betreffend, an die Anklagekammer des Kantons Bern weitergeleitet. Somit kann auf die Beschwerde von vornherein nicht eingetreten werden, soweit die Beschwerdeführerin den Ausstand des Gerichtspräsidenten 1 des Gerichtskreises IV Aarwangen-Wangen verlangt.
4. Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Art. 95 ff. BGG nennt die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Ist ein, wie hier, in Anwendung kantonalen Rechts ergangener Entscheid angefochten, bildet die Verletzung blossen kantonalen Rechts keinen selbständigen Beschwerdegrund. Vielmehr hat die Beschwerdeführerin darzulegen, inwiefern der beanstandete Entscheid gegen verfassungsmässige Rechte verstossen soll. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 315; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 ). Es obliegt der Beschwerdeführerin namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen.
Die Beschwerdeführerin geht vorliegend mit ihren appellatorischen Äusserungen nicht auf die Ausführungen der Aufsichtskammer ein. Sie vermag nicht darzulegen, inwiefern der Schluss der Aufsichtskammer verfassungswidrig sein soll, aus den Ausführungen der Beschwerdeführerin in der Aufsichtsbeschwerde sei keine widerrechtliche Amtsanhandlung oder Unterlassung des Gerichtspräsidenten 1 und damit keine Verletzung von Art. 18 GOG ersichtlich. Mangels einer genügenden Begründung im Sinne von Art. 42 Abs. 2 BGG ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG entschieden werden kann.
5. Bei diesem Verfahrensausgang kann offen bleiben, inwieweit die Beschwerdeführerin überhaupt berechtigt ist, den Aufsichtsbeschwerdeentscheid der Aufsichtskammer anzufechten.
6. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gerichtspräsidenten 1 des Gerichtskreises IV Aarwangen-Wangen und der Aufsichtskammer des Obergerichts des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. April 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli