Sachverhalt:
A. Die 1968 geborene K._ meldete sich am 16. Februar 2006 zum Leistungsbezug bei der IV-Stelle des Kantons Zürich an. Gestützt auf die medizinischen Abklärungen, insbesondere das psychiatrische Gutachten des Dr. med. S._ vom 2. Dezember 2006, sprach die IV-Stelle nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren ab 1. Februar 2005 bis 30. Juni 2006 eine ganze Rente der Invalidenversicherung zu, für die Zeit danach verneinte sie einen Anspruch (Verfügung vom 8. November 2007).
B. Die dagegen eingereichte Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. November 2008 in dem Sinne teilweise gut, als es die Renteneinstellung auf Ende März 2008 anordnete. Zudem wies es die Verwaltung an, den Anspruch auf berufliche Massnahmen zu prüfen.
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids, eine unbefristete ganze Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Sodann sei festzustellen, dass sich die gesundheitlichen Verhältnisse nicht verändert haben. Der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, derweil sich das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) nicht vernehmen lässt.
D. Mit Verfügung vom 4. März 2009 erteilte der Instruktionsrichter der Beschwerde die aufschiebende Wirkung, und er ersuchte Dr. med. S._, Unterlagen zur beruflichen Qualifikation - namentlich Diplome und Praxisbewilligungen - einzureichen, was dieser am 19. März 2009 befolgte. Mit Verfügung vom 7. April 2009 stellte der Instruktionsrichter einen Teil der eingereichten Unterlagen den Verfahrensbeteiligten zu und gab vom wesentlichen Inhalt der übrigen Unterlagen Kenntnis.
Die Beschwerdeführerin liess sich am 20. April 2009 zu den Unterlagen vernehmen.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung zu Unrecht nicht unverzüglich, sondern erst mit dem Endentscheid behandelt. Der Beschwerde komme von Gesetzes wegen aufschiebende Wirkung zu, weshalb das Bundesgericht die IV-Stelle zur Nachzahlung der zwischenzeitlich aufgelaufenen Rentenbeträge anzuhalten habe. Ferner beanstandet der Rechtsvertreter die Eröffnung des angefochtenen Entscheids im Zeitpunkt seiner gesundheitsbedingten Büroabwesenheit als verfassungswidrige Ungleichbehandlung, weil die Praxis der Zürcher Gerichte dahin gehe, diesfalls mit der Entscheideröffnung zuzuwarten. Diese Vorbringen sind formeller Natur und vorweg zu behandeln.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung zu Unrecht nicht unverzüglich, sondern erst mit dem Endentscheid behandelt. Der Beschwerde komme von Gesetzes wegen aufschiebende Wirkung zu, weshalb das Bundesgericht die IV-Stelle zur Nachzahlung der zwischenzeitlich aufgelaufenen Rentenbeträge anzuhalten habe. Ferner beanstandet der Rechtsvertreter die Eröffnung des angefochtenen Entscheids im Zeitpunkt seiner gesundheitsbedingten Büroabwesenheit als verfassungswidrige Ungleichbehandlung, weil die Praxis der Zürcher Gerichte dahin gehe, diesfalls mit der Entscheideröffnung zuzuwarten. Diese Vorbringen sind formeller Natur und vorweg zu behandeln.
2.2 2.2.1 Das Recht, nach <ref-law> Beschwerde zu führen, setzt voraus, dass die beschwerdeführende Partei vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder dazu keine Möglichkeit hatte (lit. a). Sie muss überdies durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt sein (lit. b) und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung haben (lit. c). Verlangt wird somit neben der formellen Beschwer nach lit. a, dass die beschwerdeführende Partei über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache verfügt und einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheides zieht (lit. b und c). Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (vgl. Botschaft zum BGG vom 28. Februar 2001, BBl 2001 S. 4329). Es gilt im Wesentlichen die bisherige Praxis zur Legitimation bei der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 103 lit. a des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege vom 16. Dezember 1943 (OG) auch für <ref-law> (<ref-ruling> E. 3 S. 409 E. 1.3).
2.2.2 Die aufschiebende Wirkung einer Beschwerde ist immer nur vorläufig und gilt für die Dauer des jeweiligen Verfahrens. Sie endet mit dem verfahrensabschliessenden Urteil in der Sache (VON WERDT, in: Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 2 zu <ref-law>). Damit treten die Rechtsfolgen gemäss Endentscheid an die Stelle der vorläufigen Wirkung der Zwischenverfügung über den Suspensiveffekt. Gemäss angefochtenem Urteil vom 20. November 2008 bestätigte die Vorinstanz den Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung bis Ende März 2008. Die Ausrichtung der Rente während der Hängigkeit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ordnete der Instruktionsrichter mit Verfügung vom 4. März 2009 an, und das endgültige Schicksal des Rentenanspruchs richtet sich nach dem heute ergehenden Endurteil. Ein Rechtsschutzinteresse, nachträglich über die aufschiebende Wirkung der vor kantonalem Gericht eingereichten Beschwerde zu entscheiden, besteht daher nicht, liesse sich doch damit für die Beschwerdeführerin weder tatsächlich noch rechtlich eine Änderung bewirken. Auf die Beschwerde ist insofern nicht einzutreten.
2.3 Der Rechtsvertreter rügt, die Vorinstanz habe den angefochtenen Entscheid während seiner krankheitsbedingten Büroabwesenheit eröffnet, weshalb ihm für die Ausarbeitung der Rechtsschrift nur ungenügend Zeit geblieben sei. Er war aber offensichtlich in der Lage, in der ordentlichen, durch den Fristenstillstand verlängerten Rechtsmittelfrist eine begründete Beschwerde zu verfassen. Eine Verlängerung der Frist wäre ohnehin nur mittels Wiederherstellungsgesuch möglich, das er nicht gestellt hat. Der Rechtsvertreter nimmt mithin selbst nicht an, eine Rechtshandlung versäumt zu haben (<ref-law>). Zwar behauptet der Rechtsvertreter eine rechtsungleiche Behandlung mit Blick auf eine bestehende kantonale Eröffnungspraxis, indes wird die Rüge nicht in qualifizierter Weise begründet (<ref-law>), weshalb darauf nicht einzutreten ist. Ein zweiter Schriftenwechsel - wie in der Beschwerde geltend gemacht - wird nur ausnahmsweise angeordnet (<ref-law>). Wäre trotz des Umstandes, dass die Gegenpartei ohne jegliche inhaltliche Bemerkung zur Beschwerde die Abweisung beantragt hat, ein nach Art. 6 Ziff. 1 EMRK bestehendes Recht auf Replik anzunehmen, hat die Versicherte von sich aus davon Gebrauch gemacht, weshalb Weiterungen entfallen.
3. Ohne den Antrag zu begründen, verlangt die Beschwerdeführerin die Durchführung einer öffentlichen Verhandlung. Indessen findet eine Parteiverhandlung (<ref-law>) nur ausnahmsweise statt, zumal das Bundesgericht im Wesentlichen bloss eine Rechtskontrolle durchführt (Urteil 4A_370/2008 vom 1. Dezember 2008 E. 2 mit Hinweisen). Dem Antrag ist daher nicht zu entsprechen. An den fehlenden Voraussetzungen ändert Art. 6 Ziff. 1 EMRK nichts; denn ein sich darauf abstützendes Begehren hätte unter der Gefahr der Verwirkung bereits im vorinstanzlichen Verfahren gestellt werden müssen, was nicht geschehen ist, obwohl rechtlich die Möglichkeit dazu bestand (§ 59 Abs. 1 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1954 [VRG]). Der erstmals vor Bundesgericht erhobene Antrag ist verspätet (<ref-ruling> E. 6a S. 40; Urteil 2P.83/1995 vom 19. Juli 1995 E. 1c). Ferner berät das Bundesgericht gemäss <ref-law> den Entscheid mündlich, wenn der Abteilungspräsident beziehungsweise die Abteilungspräsidentin dies anordnet oder ein Richter beziehungsweise eine Richterin es verlangt (lit. a) oder wenn sich keine Einstimmigkeit ergibt (lit. b). Die gesetzlichen Voraussetzungen für die Durchführung einer mündlichen Beratung sind gleichermassen nicht gegeben. Insgesamt ist weder eine öffentliche Parteiverhandlung noch eine mündliche Beratung anzuordnen.
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin trägt letztinstanzlich erneut vor, der im Verwaltungsverfahren beigezogene Experte, Dr. med. S._, verfüge nicht über die zur Erstellung eines psychiatrischen Gutachtens erforderliche fachliche Qualifikation. Namentlich besitze er nicht den entsprechenden Facharzttitel FMH - obwohl er sich diesen anmasse - und vermutungsweise auch nicht den Doktortitel. Das kantonale Gericht erwog, Dr. med. S._ könne nicht den Facharzttitel FMH für Psychiatrie und Psychotherapie vorweisen, jedoch verwende er ihn auch nicht, sondern bezeichne sich als "Spezialarzt Psychiatrie und Psychotherapie". Angesichts seiner langjährigen Tätigkeit und Ausbildung auf diesem Gebiet und als Bezeichnung der Spezialisierung sei dies nachvollziehbar.
4.2 Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung hängt der Beweiswert einer spezialärztlichen Expertise davon ab, ob der Gutachter über die entsprechende Fachausbildung verfügt. Hingegen ist der FMH-Facharzttitel nicht Voraussetzung (Urteil 9C_270/2008 vom 12. August 2008 E. 3.3). Die fachliche Qualifikation des Experten spielt für die richterliche Würdigung einer Expertise eine erhebliche Rolle. Bezüglich der medizinischen Stichhaltigkeit eines Gutachtens müssen sich Verwaltung und Gerichte auf die Fachkenntnisse des Experten verlassen können. Deshalb ist für die Eignung eines Arztes als Gutachter in einer bestimmten medizinischen Disziplin eine entsprechende nachgewiesene Fachkenntnis des berichtenden oder zumindest des den Bericht visierenden Arztes vorausgesetzt (Urteil I 142/07 vom 20. November 2007 E. 3.2.3 und I 178/00 vom 3. August 2000 E. 4a). Die Titelanmassung stellt den Beweiswert eines medizinischen Gutachtens erheblich in Frage (zit. Urteil vom 20. November 2007 E. 4.2).
4.3 Der Gutachter, Dr. med. S._, hat mit den vor Bundesgericht eingereichten Dokumenten (<ref-law>) die Ausbildung zum Arzt und die langjährige Spezialisierung auf dem Gebiet der Psychiatrie sowie den Titel "Dr. med." nachgewiesen. Die von der Beschwerdeführerin vorgetragenen Mutmassungen sind nicht geeignet, Zweifel an der Beweiskraft der Dokumente zu begründen: Weder ist die kyrillische Schrift des Arztdiploms noch der Zeitpunkt der Ausstellung Jahre nach Abschluss der Universitätsausbildung als Hinweis für eine Fehlerhaftigkeit des Diploms zu werten, und es erhellt nicht, weshalb die darauf angebrachte Bezeichnung "Doktor der Medizin" als Beweis für das rechtmässige Tragen des Titels ungenügend sein soll. Dr. med. S._ hat sich darüber hinaus keineswegs den Titel "Facharzt FMH" angemasst, sondern bezeichnet sich als "Spezialarzt Psychiatrie und Psychotherapie". Angesichts seiner nachgewiesenen Weiterbildung und langjährigen Assistenz- und oberärztlichen Tätigkeit auf dem Fachgebiet und der langjährigen gerichtsnotorischen Expertentätigkeit kann er sich mit Recht als Spezialarzt bezeichnen.
4.4 Die Beschwerdeführerin macht in sprachlicher Hinsicht geltend, Dr. med. S._ habe bloss Hochdeutsch gesprochen und Schweizerdeutsch verstehe er nicht. Sie selbst spreche und verstehe vergleichsweise gut Schweizerdeutsch, hingegen nur mit grösster Mühe Hochdeutsch, was insgesamt zu einer bloss rudimentären Kommunikation führe. Im Rahmen psychiatrischer Abklärungen kommt der Verständigung zwischen Experte und zu begutachtender Person besonderes Gewicht zu, weshalb der Beizug einer Übersetzungshilfe allenfalls geboten ist (Urteil I 642/01 vom 25. Juli 2003 E. 3.1). Die Beschwerdeführerin behauptet allein Verständigungsschwierigkeiten, ohne sich auf den Standpunkt zu stellen, der Gutachter und sie hätten sich nicht verstanden. In der Expertise selbst werden keine Schwierigkeiten mit der Verständigung erwähnt und die Beschwerdeführerin legt nicht dar, inwiefern sich die angeblichen Sprachschwierigkeiten auf die Qualität des Gutachtens niedergeschlagen hätten; insbesondere weist sie keine Stellen nach, worin das Gutachten von ihren Darlegungen abweicht.
Die Beweistauglichkeit der Expertise vom 2. Dezember 2006 ist formell weder mit Blick auf die Ausbildung des Experten noch wegen den sprachlichen Voraussetzungen beeinträchtigt.
5. 5.1 In leistungsrechtlicher Hinsicht hat das kantonale Gericht auf die Verfügung vom 8. November 2007 verwiesen, worin die IV-Stelle die gesetzlichen Bestimmungen zum Umfang des Rentenanspruches (<ref-law>) und zur Bemessung des Invaliditätsgrades nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) sowie zur Änderung des Anspruchs aufgrund einer Verbesserung der Erwerbsfähigkeit (<ref-law>) angeführt hat. Richtig erwähnt der angefochtene Entscheid zudem die Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 3a S. 352; <ref-ruling> E. 1c S. 160). Darauf kann verwiesen werden.
5.2 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Analoges gilt auch für die Frage, ob sich eine Arbeits(un)fähigkeit in einem bestimmten Zeitraum in einem revisionsrechtlich relevanten Sinne verändert hat (Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 4). Die konkrete Beweiswürdigung stellt eine Tatfrage dar. Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil 9C_270/2008 vom 12. August 2008 E. 2.2).
5.3 Das kantonale Gericht bejahte unter dem Gesichtswinkel von <ref-law> die Voraussetzungen der Rentenrevision und führte zur Begründung einen wesentlich verbesserten Gesundheitszustand an. Gemäss Gutachten des Dr. med. S._ vom 2. Dezember 2006 sei die Beschwerdeführerin im Stande, bei guter Betreuung und psychiatrischer Behandlung sowie nach Gewöhnung an einen normalen Tages- und Nachtrhythmus in 6 bis 12 Monaten ab Begutachtung die vorwiegend psychosozialen Probleme zu meistern und ganztags eine leichte Arbeit zu verrichten. Dagegen trägt die Versicherte vor, die Verbesserung des Gesundheitszustandes sei in keiner Weise durch Fakten gestützt oder bewiesen. Dr. med. S._ habe eine Depression mit Krankheitswert (recte: depressive Störung) in Remission erhoben, ohne für den Rückgang der Symptomatik Gründe anzugeben. Zudem habe er eine unverändert schlechte psychosoziale Belastungssituation festgehalten und die Zustandsbesserung werde bloss als Prognose postuliert.
5.4 Die Vorinstanz hat im Rahmen einer bundesrechtskonformen Beweiswürdigung dargelegt, dass Dr. med. S._ das Bestehen einer Psychose schlüssig verneint hat und von einer Verbesserung der depressiven Störung ausgegangen ist. Insbesondere trifft der Einwand der Beschwerdeführerin nicht zu, der Experte habe die Änderung des Gesundheitszustandes nicht mit Fakten untermauert. Neben Anamnese und Untersuchungsbefund legte Dr. med. S._ seiner Expertise die Berichte der Psychiatrischen Poliklinik des Spitals Y._ zu Grunde, wobei derjenige vom 22. November 2000 eine rezidivierende depressive Störung mit Angstäquivalenten festhält, wogegen die Berichterstattung der Klinik vom 14. Juli 2003 nurmehr eine leichte depressive Episode erwähnt. Im mehrjährigen Verlauf lässt sich die vorinstanzlich festgestellte Remission mithin ohne weiteres begründen, zumal sich die Beschwerdeführerin einer psychiatrischen Behandlung unterzogen hat und Änderungen im psychotischen Erleben festzustellen waren. Zusätzliche Gründe für eine Verbesserung lassen sich dem angefochtenen Entscheid entnehmen, welcher richtig auf den Bezug von Arbeitslosentaggeld sowie darauf hinweist, dass gemäss Angaben des Spitals Y._ vom April 2006 die Beschwerdeführerin dort seit mehr als zwei Jahren nicht mehr gesehen worden sei; hiemit befasst sich die Beschwerde nicht. An der bundesrechtskonform festgestellten Verbesserung des Gesundheitszustandes ändert die zur Überwindung der psychosozialen Probleme zugestandene Übergangsphase mit Betreuung und Therapie nichts; denn die Versicherte befand sich im massgeblichen Zeitpunkt in psychiatrischer Behandlung, und iv-rechtlich ist ihr die Angewöhnung an einen normalen Tages- und Nachtrhythmus zuzumuten (zur Schadenminderungspflicht vgl. <ref-ruling> E. 6b S. 373). Aus der Stellungnahmen des behandelnden Arztes, Dr. med. H._, ist beweisrechtlich schon deshalb nichts gegen das Gutachten vom 2. Dezember 2006 und damit den angefochtenen Entscheid einzuwenden, da dieser Arzt den Facharzttitel FMH für Allgemeinmedizin führt und nicht spezialärztliche Erfahrung in der Psychiatrie aufweist (vgl. E. 4.2 hievor). Zudem ist auf die im Rahmen der Beweiswürdigung relevante Verschiedenheit von Behandlungs-/Therapieauftrag einerseits und Begutachtungsauftrag andererseits hinzuweisen (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 175; Urteil 9C_801/2007 vom 7. Februar 2008 E. 3.2.2; Urteil 8C_286/2007 vom 3. Januar 2008 E. 4). Die anhand der Expertise getroffene tatsächliche Feststellung der Vorinstanz, wonach vom Zeitpunkt der Begutachtung an (Dezember 2006) in 6 bis 12 Monaten eine leichte Fabrikarbeit uneingeschränkt zumutbar sei, ist nicht offensichtlich unrichtig, weshalb sie das Bundesgericht bindet (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG).
5.5 Bei dieser Sachlage hat das kantonale Sozialversicherungsgericht mit Recht von Januar 2008 an auf eine volle Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit geschlossen, womit es der Versicherten eine Übergangsphase von 12 Monaten ab Begutachtung zugestand, und gestützt auf <ref-law> folgerichtig die Invalidenrente per Ende März 2008 terminierte.
6. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 Abs. 4 lit. a, Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen, sowie Dr. med. S._ schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Mai 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin