Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 23. März 2005 hatte das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau eine Beschwerde des Verkehrsclubs der Schweiz (VCS; handelnd durch die Sektionen Aargau und Zürich) gegen den Genehmigungsbeschluss des Grossen Rates und gegen den Entscheid des Regierungsrates zum Gestaltungsplan "Wille" teilweise gutgeheissen.
Die im Beschwerdeverfahren vom Regierungsrat der IKEA Immobilien AG zugesprochene Parteientschädigung hatte das Verwaltungsgericht in seinem Urteil auf Fr. 19'268.30 reduziert und den VCS verpflichtet, 4/5 dieser Parteikosten zu übernehmen. Die Parteientschädigung für die Reppisch-Werke AG und die Müller Martini Versand Systeme AG hatte das Verwaltungsgericht bei Fr. 38'617.10 belassen.
Für das Verfahren vor dem Verwaltungsgericht waren die Parteientschädigungen für die IKEA Immobilien AG mit Fr. 20'197.20 und für die Reppisch-Werke AG und die Müller Martini Versand Systeme AG mit Fr. 37'579.65 festgesetzt worden. Der VCS war verpflichtet worden, jeweils 9/10 dieser Parteientschädigungen zu bezahlen.
B. Das vom VCS angerufene Bundesgericht gelangte im Urteil 1A.125/2005 vom 21. September 2005 (in URP 2006 S. 151) u.a. zum Schluss, ein Prozessrisiko (bei vollständigem Unterliegen) von rund Fr. 160'000.-- wirke prohibitiv und verhindere die Ausübung des Verbandsbeschwerderechts nach Art. 55 des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG; SR 814.01). Das Bundesrecht enthalte zwar keine ausdrücklichen Bestimmungen zur Bemessung der Parteientschädigung im Nutzungsplan-Beschwerdeverfahren und verbiete in diesem Bereich auch nicht die Berücksichtigung des Streitwertes. Das Bundesgericht erwog aber, dass die Festsetzung der Parteientschädigung nach einem fiktiven Streitwert, wie sie die kantonalen Instanzen vorgenommen hatten, das Beschwerderecht aushöhlt. Eine Abschätzung des Prozessrisikos sei kaum möglich, da die Festlegung des Streitwertes beträchtlich variieren könne. Es hob deshalb Ziff. 2, 4a und 4b des Urteils vom 23. März 2005 auf und wies die Sache zu neuem Entscheid über die Parteientschädigung im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau zurück.
C. Am 16. März 2007 hat das Verwaltungsgericht die Parteientschädigungen neu bestimmt. Dem Antrag des VCS, diese in sinngemässer Anwendung von § 3 Abs. 1 lit. b des Dekrets über die Entschädigung der Anwälte (Anwaltstarif, AnwT/AG; SAR 291.150) pauschal auf je maximal Fr. 5'000.-- pro Instanz und Partei festzulegen, folgte es dabei nicht. Es verpflichtete den VCS neu, der IKEA Immobilien AG für das Verfahren vor dem Regierungsrat die auf Fr. 12'974.75 festgesetzten Kosten der anwaltlichen Vertretung zu 3/5, d.h. mit Fr. 7'784.85 zu ersetzen. Ebenfalls für das regierungsrätliche Verfahren soll der VCS der Reppisch-Werke AG und der Müller Martini Versand-Systeme AG eine auf Fr. 26'006.40 festgesetzte Parteientschädigung zu 3/5, also mit Fr. 15'603.85, bezahlen.
Für das Verfahren vor Verwaltungsgericht errechnete Letzteres eine Parteientschädigung von Fr. 13'778.70 für die IKEA Immobilien AG. Davon soll der VCS 9/10, also Fr. 12'400.85, übernehmen. Weiter wurde der VCS verpflichtet, für die Parteikosten der Reppisch-Werke AG und der Müller Martini Versand-Systeme AG im Umfang von Fr. 25'295.05 aufzukommen.
D. Der VCS, vertreten durch die VCS Sektion Aargau, beantragt mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 15. Mai 2007 die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils vom 16. März 2007. Des Weitern beantragt er, vom Bundesgericht sei in der Sache selbst wie folgt zu entscheiden:
Es seien die vollen Parteientschädigungen in sinngemässer Anwendung von § 3 Abs. 1 Bst. b AnwT/AG pauschal auf je maximal Fr. 5'000.-- pro Instanz und Partei festzulegen.
Es sei die Ziff. 4 des RRB vom 30. Juni 2004 (Art. NR. 2004-000976) aufzuheben und es sei der Beschwerdeführer zu verpflichten, für das regierungsrätliche Beschwerdeverfahren folgende Parteientschädigung zu bezahlen:
Der Beschwerdegegnerin 1 Fr. 3'000.-- (= 3/5 von Fr. 5'000.--).
Den Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 zusammen Fr. 3'000.-- (= 3/5 von Fr. 5'000).
Es sei festzustellen, dass der Beschwerdeführer im verwaltungsgerichtlichen Verfahren neu zu 1/5 obsiegt und es sei der Beschwerdeführer zu verpflichten, für das verwaltungsgerichtliche Beschwerdeverfahren folgende Parteientschädigungen zu bezahlen:
Der Beschwerdegegnerin 1 Fr. 4'000.-- (4/5 von Fr. 5'000.--).
Den Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 zusammen Fr. 4'000.-- (4/5 von Fr. 5'000.--).
Es seien die vorinstanzlichen Verfahrenskosten von gesamthaft Fr. 12'598.-- neu zu 4/5, also Fr. 10'078.40 dem Beschwerdeführer und zu je 1/15, also Fr. 839.90, den Beschwerdegegnerinnen 1, 2 und 3 aufzuerlegen."
Eventualiter fordert der VCS, die Sache zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
E. Die IKEA Immobilien AG als Beschwerdegegnerin 1 schliesst auf vollumfängliche Abweisung der Beschwerde. Desgleichen beantragen die Reppisch-Werke AG und die Müller Martini Versand-Systeme AG als Beschwerdegegnerinnen 2 und 3, die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen. Das Departement Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) des Kantons Aargau stellt ebenfalls Antrag auf Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht unter Verweis auf das angefochtene Urteil auf eine Vernehmlassung verzichtet.
F. Mit Verfügung vom 18. Juni 2007 hat das präsidierende Mitglied der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Am 1. Januar 2007 ist das Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG; SR 173.110) in Kraft getreten. Der angefochtene Entscheid erging später. Gemäss <ref-law> ist hier deshalb das Bundesgerichtsgesetz anwendbar.
1.2 Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts, einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>), betrifft die Zusprechung der Parteientschädigungen in einem öffentlich-rechtlichen Verfahren, d.h. ebenfalls eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinn von <ref-law>. Dabei handelt es sich um einen Endentscheid im Sinn von <ref-law>.
Der Beschwerdeführer ficht die Höhe der Parteientschädigungen an, zu welcher ihn das Verwaltungsgericht verpflichtet hat. Dazu ist er legitimiert (Art. 89 Abs. 1 und Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG). Die Beschwerde wurde rechtzeitig (<ref-law>) erhoben. Insoweit sind die Eintretensvoraussetzungen erfüllt.
2. Der Beschwerdeführer macht sinngemäss geltend, die vom Verwaltungsgericht neu bemessenen Parteientschädigungen hätten noch immer prohibitiven Charakter. Entgegen der Minderheitenmeinung des vorinstanzlichen Entscheidgremiums halte das Verwaltungsgericht an der Berechnung nach einem fiktiven Streitwert fest. Insgesamt belaufe sich das Prozessrisiko bei vollständigem Prozessverlust (inkl. Verfahrenskosten von insgesamt Fr. 14'428.00) noch immer auf Fr. 111'240.00. Als verfehlt erachtet der Beschwerdeführer zudem den Hinweis der Vorinstanz auf die Gesamtzahlen seines Jahresabschlusses. Die Bemessung der Parteientschädigung in Verbandsbeschwerderechtsfällen könne nicht von den finanziellen Verhältnissen einzelner Verbände abhängen, sondern müsse insbesondere auch für kleinere Verbände tragbar sein. Auch sei die Bundesrechtswidrigkeit der Parteientschädigungen nicht mit dem Hinweis auf die resultierenden Stundenansätze der Gegenanwälte zu rechtfertigen. Mit der vorinstanzlichen Minderheit sei deshalb festzuhalten, dass nur eine streitwertunabhängige Bemessung der Parteientschädigung die bundesgerichtlichen Vorgaben erfülle. In Anlehnung an die bundesgerichtliche Praxis beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht, die Parteientschädigung pro Instanz und Partei auf brutto maximal Fr. 5'000.-- festzusetzen. § 3 Abs. 1 lit. b AnwT/AG sei bundesrechtskonform auszulegen und der Rahmen von Fr. 1'210.-- bis Fr. 14'740.-- bei Weitem nicht auszuschöpfen, da für den Beschwerdeführer ansonsten ein durchschnittliches Entschädigungsrisiko von Fr. 60'000.-- pro Fall resultieren würde.
2.1 Das Bundesgericht hat sich bereits im Urteil 1A.125/2005 vom 21. September 2005 (in URP 2006 S. 151) eingehend zur Frage der Parteientschädigung geäussert. Es kann daher weitgehend auf E. 13 des zitierten Entscheides verwiesen werden. Entgegen der dortigen kritischen Ausführungen zur Berechnung der Parteientschädigungen im Nutzungsplanverfahren nach einem fiktiven Streitwert, hat die Mehrheit des Verwaltungsgerichts an dieser Methode festgehalten und lediglich eine Kürzung der jeweiligen Beträge um einen Drittel - gestützt auf § 12a AnwT/AG - vorgenommen. Obwohl das Bundesgericht dargelegt hat, dass dieses Vorgehen wenig transparent ist, da der Beschwerdeführer das Prozessrisiko im Voraus kaum abschätzen kann und trotz der Feststellung des Bundesgerichts, dass Parteientschädigungen in dieser Höhe das Verbandsbeschwerderecht nach <ref-law> aushöhlen (Urteil 1A.125/2005 vom 21. September 2005 E. 13.2), hat das Verwaltungsgericht an der streitwertbezogenen Berechnung festgehalten und sich auf den Standpunkt gestellt, mit der pauschalen Kürzung um einen Drittel seien die errechneten Parteientschädigungen bundesrechtskonform.
2.2 Das Bundesgericht hatte demgegenüber einen gangbaren Weg aufgezeigt und eine Berechnung angeregt, bei welcher gestützt auf § 5 Abs. 1 AnwT/AG, durch die sinngemässe Anwendung von § 3 Abs. 1 lit. b AnwT/AG, dem Umstand Rechnung getragen worden wäre, dass der VCS mit seiner Planbeschwerde ausschliesslich Umweltschutzanliegen und damit öffentliche Interessen verfolgt hat. Wie bereits in E. 13.2 des Urteils 1A.125/2005 festgestellt, sieht das kantonale Recht zudem ein Beschwerderecht der Umweltschutzorganisationen vor; der Regierungsrat hat denn den VCS auch als legitimiert betrachtet und die Beschwerde eingehend unter Umweltschutzgesichtspunkten materiell behandelt. Mit dieser Argumentation hat sich das Verwaltungsgericht kaum auseinandergesetzt. Nur die Kürzung um einen Drittel begründet es damit, dass der Beschwerdeführer - ähnlich wie das Gemeinwesen - öffentliche Interessen verfolge. Die Problematik einer streitwertabhängigen Entschädigungsberechnung im Nutzungsplanverfahren im Zusammenhang mit dem Verbandsbeschwerderecht hat es nicht weiter berücksichtigt, sondern lediglich in Erwägung gezogen, eine ausdrückliche Bestimmung fehle im Bundesrecht und <ref-law> enthalte keine Norm, welche die Berücksichtigung des Streitwerts untersage.
Der Beschwerdeführer zeigt zu Recht auf, dass er seiner Aufgabe zur Interessenwahrung des Umweltschutzes nicht mehr hinreichend nachkommen kann, wenn er mit derartigen Prozessrisiken zu rechnen hat. Nach der Bemessungsmethode des Verwaltungsgerichts hätte er - bei korrigierter Berechnung der Parteientschädigung für die Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 im regierungsrätlichen Verfahren - im Falle des vollständigen Unterliegens Parteientschädigungen und Kosten in der Höhe von insgesamt Fr. 111'240.-- zu gewärtigen. Auch ausgehend von der tatsächlich zugesprochenen und unangefochten gebliebenen Parteientschädigung an die Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 im Verwaltungsbeschwerdeverfahren beläuft sich das Prozessrisiko noch auf Fr. 92'483.--. Das Verbandsbeschwerderecht verkommt damit zum leeren Buchstaben.
2.3 Zu folgen ist der Minderheit des Verwaltungsgerichts, welche die Parteientschädigung in Anwendung von § 5 Abs. 1 Satz 2 i.V.m. § 3 Abs. 1 lit. b AnwT/AG festsetzen wollte, weil nur eine streitwertunabhängige Bemessung der Parteientschädigung die bundesgerichtlichen Vorgaben erfülle (vgl. E. 6 des angefochtenen Urteils). § 5 Abs. 1 AnwT/AG besagt, dass in Verwaltungssachen einschliesslich versicherungsgerichtlicher Streitigkeiten die §§ 3 und 4 sinngemäss gelten, soweit das Bundesrecht nichts anderes bestimmt. Soweit das Bundesrecht die Berücksichtigung des Streitwertes untersagt, gilt § 3 Abs. 1 lit. b sinngemäss. Gemäss § 3 Abs. 1 lit. b AnwT/AG beträgt die Grundentschädigung für die Vertretung und Verbeiständung einer Partei in Verfahren, die das Vermögen der Parteien weder direkt noch indirekt beeinflussen, je nach Bedeutung und Schwierigkeit des Falles Fr. 1'210.-- bis Fr. 14'470.--. Die bundesrechtskonforme Auslegung dieser kantonalen Normen lässt durchaus eine Entschädigungsbemessung zu, welche den Besonderheiten des Verbandsbeschwerderechts Rechnung trägt.
2.4 Nach <ref-law> wird der Entscheid der Vorinstanz über die Parteientschädigung vom Bundesgericht je nach Ausgang des Verfahrens bestätigt, aufgehoben oder geändert. Dabei kann das Gericht die Entschädigung nach Massgabe des anwendbaren eidgenössischen oder kantonalen Tarifs selbst festsetzen oder die Festsetzung der Vorinstanz übertragen. In Anbetracht des Ermessensspielraums, welcher den kantonalen Behörden grundsätzlich bei der Bemessung der Entschädigungen zusteht, rechtfertigt es sich, von einer Festsetzung durch das Bundesgericht abzusehen und die Angelegenheit erneut ans Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
3. Weiter rügt der Beschwerdeführer, die verwaltungsgerichtlichen Verfahrenskosten hätten angesichts seines Obsiegens im Entschädigungspunkt ebenfalls neu verteilt werden müssen. Indes hält ihm das Verwaltungsgericht zu Recht entgegen, dass das Bundesgericht in seinem Urteil 1A.125/2005 lediglich die Ziff. 2, 4a und 4b des angefochtenen Entscheids aufgehoben hat, welche die Parteientschädigung geregelt hatten. Die Kostenverteilung jedoch ist in Rechtskraft erwachsen. Dies rechtfertigt sich angesichts des Umstandes, dass der Beschwerdeführer lediglich in einem Nebenpunkt obsiegt hatte.
4. Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen und die Angelegenheit erneut an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen, welches in bundesrechtskonformer Anwendung der kantonalen Normen nochmals über die Parteientschädigungen zu befinden hat. Da erst das Verwaltungsgericht mit seinem Entscheid zur Beschwerdeführung Anlass gegeben hat, hat der Kanton die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (<ref-law>). Zudem hat der Kanton den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 4 i.V.m. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 16. März 2007 aufgehoben. Die Angelegenheit wird an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten in der Höhe von Fr. 2'000.-- werden dem Kanton Aargau auferlegt.
3. Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. September 2007
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: