Fatti:

A. Nella dichiarazione fiscale 2009 A._, di professione pilota di linea, ha chiesto la deduzione di fr. 20'000.-- a titolo di spese, corrispondenti al costo di due corsi frequentati per conseguire la licenza di istruttore di volo. Con decisione di tassazione del 22 dicembre 2010 l'Ufficio di tassazione di X._ ha negato la deduzione richiesta, considerando che i citati costi non andavano trattati come spese di perfezionamento professionale, ma quali spese legate ad una nuova formazione. Il rifiuto è stato confermato con decisione su reclamo del 23 febbraio 2011.
B. Adita dal contribuente, la Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ne ha accolto il gravame con sentenza del 28 settembre 2011, ha annullato la decisione su reclamo e rinviato la causa all'autorità di tassazione affinché, ottenuti i necessari giustificativi, determinasse l'entità delle spese deducibili. In primo luogo ha osservato che l'opinione dell'autorità di prime cure, secondo cui i due corsi andavano qualificati come nuova formazione, era conforme alla legge e senz'altro condivisibile. Richiamata tuttavia la prassi contraria adottata da diversi cantoni e tollerata a suo avviso perlomeno implicitamente dall'Amministrazione federale delle contribuzioni nella sua veste di autorità di vigilanza, la Corte cantonale ne ha dedotto che il contribuente poteva invocare il diritto alla parità di trattamento nell'illegalità, il quale in concreto prevaleva sul principio della legalità.
C. L'8 novembre 2011 il ricorso in materia di diritto pubblico esperito dall'Amministrazione federale delle contribuzioni il 3 novembre precedente contro la sentenza cantonale e relativo all'imposta federale diretta è stato dichiarato inammissibile dal Tribunale federale: il rimedio in questione era stato infatti presentato contro una decisione incidentale (di rinvio) che non cagionava alcun pregiudizio irreparabile alla ricorrente (causa 2C_905/2011).
D. Esperiti gli accertamenti richiesti dalla Camera di diritto tributario, l'Ufficio di tassazione di X._ ha notificato, il 29 dicembre 2011 ad A._ una nuova decisione su reclamo, nella quale è stata ammessa la deduzione delle spese in parola, per un importo pari a fr. 21'782.--.
La decisione è stata contestata, limitatamente all'imposta federale diretta, dall'Amministrazione federale delle contribuzioni dinanzi alla Camera di diritto tributario, che ne ha respinto il gravame in data 13 marzo 2012. Come già deciso nel suo precedente giudizio del 28 settembre 2011 la Corte ticinese, senza contestare il carattere non deducibile delle spese, è nuovamente giunta alla conclusione che le stesse andavano dedotte in virtù del principio della parità di trattamento nell'illegalità.
E. L'8 maggio 2012 l'Amministrazione federale delle contribuzioni ha presentato dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico relativo all'imposta federale diretta, nel quale chiede che la sentenza cantonale del 13 marzo 2012 e la decisione su reclamo del 29 dicembre 2011 siano riformate nel senso che la deduzione per spese di perfezionamento professionale ammontante a fr. 21'782.-- sia stralciata. Censura un'errata applicazione del principio della parità di trattamento nell'illegalità, con conseguente violazione dell'art. 34 lett. b della legge federale del 14 dicembre 1990 sull'imposta federale diretta (LIFD; RS 642.11).
Chiamati ad esprimersi la Camera di diritto tributario ha postulato la reiezione del gravame, mentre la Divisione delle contribuzioni e A._ non si sono pronunciati.
Diritto:
1. 1.1 II Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 43).
1.2 Il giudizio contestato è stato pronunciato in una causa di diritto pubblico (<ref-law>) dall'autorità cantonale di ultima istanza con carattere di tribunale superiore (art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF), la cui decisione in materia d'imposta federale diretta può essere impugnata dinanzi a questa Corte (cfr. <ref-law>).
1.3 In concreto non sono dati motivi di esclusione (<ref-law>) e il ricorso è tempestivo (<ref-law>). Inoltre è stato presentato da un'autorità legittimata ad agire (<ref-law> in relazione con gli art. 4 cpv. 1 e 12 dell'ordinanza del 17 febbraio 2010 sull'organizzazione del Dipartimento federale delle finanze [Org-DFF; RS 172.215.1]): il giudizio impugnato può infatti disattendere la legislazione federale che fa parte della sua sfera di competenza ed è sufficiente l'interesse ad un'applicazione uniforme e corretta del diritto federale tributario (cfr. <ref-ruling> consid. 2c pag. 329). Ne discende che il ricorso in materia di diritto pubblico è, di principio, ammissibile.
1.4 Con il ricorso in materia di diritto pubblico può tra l'altro essere censurata la violazione del diritto federale (<ref-law>), nozione che comprende i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 447 seg.). Rispettate le condizioni di cui all'<ref-law>, il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (<ref-law>) e può accogliere o respingere un ricorso anche per motivi diversi da quelli invocati o su cui si è fondata l'autorità precedente (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254). Esigenze più severe si applicano in relazione alla violazione di diritti fondamentali. Il Tribunale federale esamina infatti simili censure soltanto se l'insorgente le ha sollevate in modo preciso (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246; <ref-ruling> consid. 3.2 pag. 88).
1.5 Il ricorso risulta invece inammissibile laddove la ricorrente domanda che sia anche riformata la decisione su reclamo emessa dall'autorità fiscale. In virtù dell'effetto devolutivo della procedura ricorsuale la medesima è infatti stata sostituita dalla sentenza della Camera di diritto tributario. Soltanto quest'ultima pronuncia può quindi costituire l'oggetto dell'impugnativa (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 543; <ref-ruling> consid. 1. 3 pag. 474).
2. 2.1 In concreto è controversa la tesi secondo cui nel caso concreto sarebbero soddisfatte le condizioni poste dalla giurisprudenza affinché il contribuente possa beneficiare del diritto all'uguaglianza di trattamento nell'illegalità.
2.2 Per consolidata prassi, il principio della legalità dell'attività amministrativa prevale su quello della parità di trattamento. Il diritto all'uguaglianza di trattamento nell'illiceità può essere ammesso, eccezionalmente, soltanto quando, non in un caso isolato e neppure in alcuni casi, bensì secondo una prassi costante (<ref-ruling> consid. 8.6 pag. 510) un'autorità deroga alla legge e dà a divedere che anche in futuro non deciderà in modo conforme alla legge. Allora il cittadino ha diritto di esigere di beneficiare anch'egli dell'illegalità, sempre che ciò non leda altri interessi legittimi (causa 2C_149/2012 del 26 ottobre 2012 consid. 7.1 e rinvii, destinata alla pubblicazione). Qualora un'autorità esplicitamente riconosca l'illegittimità di una determinata prassi anteriore e affermi chiaramente di volersi in futuro conformare alla legge, il principio dell'uguaglianza di trattamento deve cedere il passo a quello della legalità (<ref-ruling> consid. 3.7 pag. 20; <ref-ruling> consid. 3a pag. 2 seg.; <ref-ruling> consid. 6a pag. 392; <ref-ruling> consid. 4a pag. 451, con riferimenti di giurisprudenza e dottrina). In ogni caso il Tribunale federale non è vincolato da una prassi cantonale in contrasto con il diritto federale, dato che deve garantire la corretta applicazione di quest'ultimo (DTF <ref-ruling> consid. 4a in fine pag. 452).
Per potersi appellare al principio della parità nell'illiceità occorre segnatamente che le decisioni siano emanate dalla medesima autorità; l'esistenza di una prassi contraria in altri Cantoni è in effetti irrilevante (<ref-ruling> consid. 2.9 pag. 305; <ref-ruling> consid. 3.7 pag. 20). La giurisprudenza prevede un'eccezione quando l'autorità federale di vigilanza applica sistematicamente una direttiva contraria alla legge. In tale caso il principio dell'uguaglianza di trattamento nell'illegalità prevale su quello della legalità dell'attività amministrativa e i cittadini di un Cantone possono allora appellarsi alla prassi amministrativa contraria alla legge applicata in un altro Cantone (DTF <ref-ruling> consid. 6a pag. 392).
3. 3.1 Malgrado fosse indiscusso che le spese litigiose non erano legalmente deducibili, giacché riferite ad una nuova formazione professionale, la Camera di diritto tributario ha ciononostante giudicato che andavano ammesse in deduzione in virtù del principio della parità di trattamento nell'illegalità. Infatti, dopo avere esposto i vari criteri cumulativi esatti dalla prassi e dalla dottrina per potere prevalersi di detto principio (cfr. sentenza impugnata consid. 2 pag. 3 a 7), la Corte cantonale è giunta alla conclusione che erano tutti adempiuti in concreto. In particolare ha considerato che si era in presenza dell'eccezione che permetteva di derogare all'esigenza della stessa autorità giudicante (non essendo per prassi ammessi paragoni intercantonali), ossia il caso in cui l'autorità federale di vigilanza applica sistematicamente una direttiva contraria alla legge. Al riguardo ha addotto in primo luogo che il contenuto della Circolare n. 26 del 22 settembre 1995 dell'Amministrazione federale delle contribuzioni, segnatamente gli esempi ivi figuranti, si scostava chiaramente dalla costante prassi del Tribunale federale. Ha poi aggiunto che mediante questa circolare l'Amministrazione federale delle contribuzioni, nella sua veste di autorità di vigilanza, non si era limitata a tollerare una prassi contraria al diritto federale ma l'aveva di fatto generata, estendendo la sfera delle spese professionali deducibili anche agli oneri finanziari sostenuti per avanzare in una funzione superiore.
3.2 La ricorrente contesta tale opinione ed, esponendo per ognuno dei criteri i propri argomenti, spiega perché a suo avviso il principio contestato non troverebbe applicazione in concreto. In particolare sottolinea che a causa della bassa densità normativa degli articoli della LIFD e del sistema fiscale federalistico, vi sono delle inevitabili differenze d'interpretazione tra i diversi Cantoni, le quali non sono per tal motivo illegali, ma rientrano nel loro margine interpretativo. Contesta inoltre di avere instaurato, quale autorità di vigilanza, una prassi illegale, rispettivamente di applicarla in modo costante. Ritiene invece di avere sempre agito conformemente alla legislazione e alla prassi federali, così come di avere promulgato una circolare che rispecchia la legge e la prassi. In proposito spiega che, al di là degli esempi ivi figuranti, è evidente che ogni caso dev'essere valutato singolarmente dato che dev'essere appurato per ogni singola fattispecie l'adempimento di tutte le condizioni poste. Per quanto concerne le discrepanze riscontrate nei diversi Cantoni, rammenta che essa può agire solo nei casi concreti, ricorrendo contro le decisioni delle autorità cantonali ricorsuali, mentre nulla può fare per annullare delle direttive cantonali potenzialmente contrarie al diritto federale. Non le si può pertanto rimproverare di non essere intervenuta per fare rispettare il diritto determinante. In proposito aggiunge infine che le è impossibile per ragioni pratiche partecipare a tutte le procedure di tassazione, in tutti i Cantoni, al fine di scovare eventuali pratiche illegali che non arrivano dinanzi alle autorità cantonali ricorsuali.
4. 4.1 Per ammettere che nella presente vertenza si applicava il principio della parità di trattamento nell'illegalità, la Camera di diritto tributario, come già rilevato, si è in particolare richiamata alla Circolare n. 26 dell'AFC la quale, a suo avviso, si scosta chiaramente dalla prassi federale, perlomeno nella misura in cui considera perfezionamento professionale il conseguimento della maestria professionale e del titolo di esperto contabile federale, senza esigere una valutazione del caso concreto.
Tale argomentazione non può essere tutelata. L'opinione della Corte cantonale poggia su degli esempi da lei definiti contrari alla prassi. I giudici ticinesi non devono tuttavia dimenticare che trattasi solo di esempi, i quali non possono in ogni caso né occultare né prevalere sul contenuto stesso della Circolare, indubbiamente conforme alla legislazione determinante. Tale documento, che disciplina la deducibilità delle spese professionali delle persone esercitanti un'attività lucrativa dipendente, spiega infatti in modo circostanziato cosa si deve intendere per spese di formazione (<ref-law>), non deducibili, e cosa va invece capito per spese di perfezionamento (art. 26 cpv. 1 lett. d LFID), le quali possono invece essere dedotte (per un esposto dettagliato su questa problematica cfr. sentenza 2C_70/2010 del 26 agosto 2010 consid. 3.2 e 3.3 con numerosi riferimenti giurisprudenziali e dottrinali). Premesse queste considerazioni il fatto che l'autorità precedente giudica che alcuni degli esempi ivi illustrati possano indurre in errore non è di per sé sufficiente per poterne dedurre che l'AFC, quale autorità di vigilanza, ha creato, rispettivamente tollera in modo costante e generalizzato una pratica illegale. In effetti, come rettamente rilevato dalla ricorrente nella sua impugnativa, oltre al fatto che le circolari non mirano ad una categorizzazione ma servono piuttosto a chiarire i concetti spesso astratti contenuti nelle norme fiscali, va ricordato che ogni caso dev'essere valutato singolarmente. Altrimenti detto occorre verificare se - nel singolo caso - le spese in esame servono a esercitare meglio, rispettivamente ad affrontare meglio le esigenze della professione attuale esercitata. È vero che questa verifica permette un certo margine nella valutazione oggettiva, ragione per cui può succedere che un Cantone con una prassi più liberale giudichi diversamente la stessa situazione rispetto ad un Cantone che è invece più restrittivo. Il fatto che ogni Cantone interpreti in modo più o meno ampio le singole definizioni e i singoli concetti non implica però che la definizione o la delimitazione del concetto (fornita dall'autorità federale di vigilanza nella sua circolare) sia di per sé illegale.
Indipendentemente da ciò va osservato che il fatto che l'autorità ricorrente abbia adito sia la Corte cantonale sia il Tribunale federale dimostra bene che la sua intenzione è di difendere un'applicazione corretta del diritto federale e che non mira invece a mantenere, rispettivamente a fare perdurare una sua (pretesa) prassi contraria alla legge. Tale proposito è peraltro confortato dalle spiegazioni fornite secondo le quali - ricordato che nella sua veste di autorità di vigilanza può intervenire unicamente nei casi concreti - essa impugna non appena le è possibile le decisioni delle autorità ricorsuali cantonali che ritiene contrarie alla legge, rispettivamente sostiene il gravame della competente autorità cantonale ricorrente, senza però dimenticare che, come addotto, per evidenti motivi pratici ed economici non le è possibile partecipare a tutte le procedure di tassazione in tutti i Cantoni per reperire eventuali pratiche illegali, le quali, essendo sin dall'inizio favorevoli al contribuente, non giungono dinanzi alle autorità cantonali ricorsuali (su questo aspetto, cfr. pure il Messaggio a sostegno delle leggi federali sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni e sull'imposta federale diretta del 25 maggio 1983 in FF 1983 III 1 segg., segnatamente pag. 94). In queste condizioni, considerato l'impegno dimostrato dall'autorità ricorrente di fare in modo che la legislazione federale venga applicata in modo conforme (<ref-ruling> consid. 9b pag. 121), scopo che potrebbe anche essere raggiunto, tra l'altro, fornendo ulteriori delucidazioni alle autorità cantonali interessate, il ricorso si rivela fondato e va accolto. Visto quanto precede non occorre esaminare ancora se le altre condizioni richieste per potersi appellare al principio in esame sono date in concreto, siccome l'applicazione del principio contestato richiede che siano adempiute cumulativamente.
4.2 A titolo abbondanziale si può ancora aggiungere che, contrariamente a quanto addotto dalla Corte cantonale, il fatto che la ricorrente abbia inoltrato un ricorso unicamente in merito all'imposta federale diretta, e non anche nei confronti dell'imposta cantonale (armonizzata), non significa ancora che essa condivide la sua opinione, rispettivamente che abbia ignorato il postulato costituzionale dell'armonizzazione verticale. Oltre al fatto che incombe in primo luogo all'autorità cantonale competente vegliare alla corretta applicazione della normativa cantonale (<ref-law>, vedasi pure art. 230 cpv. 3 della legge tributaria del 21 giugno 1994 [LT; RL/TI 10.2.1.1]), non va dimenticato che la funzione di autorità di vigilanza compete all'Amministrazione federale delle contribuzioni unicamente con riguardo all'imposta federale diretta (<ref-law>); la circostanza che essa sia chiamata a (anche) garantire l'osservanza del diritto cantonale armonizzato nulla cambia (sentenza 2C_565/2011 del 26 ottobre 2012 consid. 2.2, destinata alla pubblicazione). Non è pertanto criticabile il fatto che abbia ricorso unicamente per tutelare un'applicazione uniforme e corretta del diritto federale tributario.
4.3 Da quel che precede discende che il gravame, in quanto riferito all'imposta federale diretta e nella misura in cui è ammissibile, si rivela fondato e va pertanto accolto. In proposito la sentenza impugnata va annullata e viene sostituita dalla decisione su reclamo del 23 febbraio 2011.
4.4 Visto l'esito del giudizio non occorre ancora pronunciarsi sulle altre censure sollevate dalla ricorrente né esaminare gli altri temi trattati nella sentenza impugnata.
5. Le spese seguono la soccombenza e vanno poste a carico del contribuente (<ref-law>). Non si concedono ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. In quanto riferito all'imposta federale diretta e nella misura in cui è ammissibile il ricorso è accolto, la sentenza della Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino del 13 marzo 2012 è annullata in proposito ed è sostituita dalla decisione su reclamo del 23 febbraio 2011.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'200.-- sono poste a carico di A._.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente al loro rappresentante, alla Divisione delle contribuzioni e alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.