Sachverhalt:
A. Am 16. November 2007 erliess die Eidgenössische Bankenkommission (EBK; heute: Eidgenössische Finanzmarktaufsicht FINMA) mit superprovisorischer Verfügung eine vorsorgliche Massnahme (Einsetzung eines Untersuchungsbeauftragten) gegen X._ und seine Einzelfirma A._, Zug, sowie seine Gesellschaft B._ AG, Zug. Mit Verfügung vom 24. Januar 2008 stellte die EBK Verstösse gegen das Bankengesetz und das Börsengesetz sowie eine Überschuldung fest und eröffnete über die A._ sowie die B._ AG den Konkurs. Diese Verfügung erwuchs in Rechtskraft. Das gegen X._ eröffnete Verwaltungsstrafverfahren wegen Verdachts auf Widerhandlung gegen das Anlagefonds- und Börsengesetz sowie gegen das Bankengesetz wurde mit Entscheiden vom 21. September 2009 bzw. 27. April 2010 des Eidgenössischen Finanzdepartements (EFD) eingestellt, da ihm kein strafrechtlich relevantes Verhalten vorgeworfen werden konnte.
B. Mit Schreiben vom 31. März 2011 an das EFD verlangte X._ vom Bund Schadenersatz in der Höhe von Fr. 20'400'000.-- und Genugtuung in der Höhe von Fr. 300'000.--, da die Verfügungen der EBK zu Unrecht ergangen seien und ihn wirtschaftlich ruiniert hätten. Gegen den abweisenden Bescheid des EFD vom 29. August 2011 erhob X._ am 26. September 2011 Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht und beantragte die unentgeltliche Rechtspflege sowie einen unentgeltlichen Rechtsbeistand. Das Bundesverwaltungsgericht lehnte das Gesuch von X._ um Gewährung eines unentgeltlichen Rechtsbeistandes zunächst ab; mit Urteil 2C_179/2012 vom 17. April 2012 stellte das angerufene Bundesgericht fest, dass der Beschwerdeführer im Verfahren vor dem Bundesverwaltungsgericht Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung habe. In der Folge konkretisierte der nun vertretene X._ seine Anträge dahin gehend, der Bund sei zu verpflichten, ihm Schadenersatz von Fr. 6'287'390.-- zuzüglich Zinsen von 5 % von Fr. 4'854'000.-- seit dem 16. November 2007 oder einen höheren, nach gerichtlichem Ermessen festzusetzenden Betrag zu zahlen. Nach Durchführung einer öffentlichen Parteiverhandlung hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Urteil vom 7. Januar 2013 die Beschwerde in Bezug auf die Auferlegung einer Entscheidgebühr gut (Ziff. 1), wies im Übrigen aber die Beschwerde in der Hauptsache ab (Ziff. 2).
C. X._ erhebt mit Eingabe vom 11. Februar 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt, Ziff. 2 des angefochtenen Entscheides sei aufzuheben und die Angelegenheit zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem sei ihm im Sinne eines Zwischenentscheides die unentgeltliche Rechtspflege und -verbeiständung zu gewähren.
Auf die Anordnung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid der Vorinstanz auf dem Gebiet der Staatshaftung kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden, da der Streitwert mehr als Fr. 30'000.-- beträgt (Art. 10 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördemitglieder und Beamten [Verantwortlichkeitsgesetz, VG; SR 170.32] in Verbindung mit Art. 85 Abs. 1 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Der Beschwerdeführer hat ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheides (<ref-law>). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an, prüft die bei ihm angefochtenen Entscheide aber grundsätzlich nur auf Rechtsverletzungen hin, die vom Beschwerdeführer geltend gemacht werden (vgl. <ref-law>). Dabei gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, insbesondere des Willkürverbots, eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254, 396 E. 3.1 S. 399). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig bedeutet dabei willkürlich (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252).
1.3 Die Eingabe des Beschwerdeführers genügt den Begründungsanforderungen über weite Strecken nicht: Sie erschöpft sich im Wesentlichen in der Wiederholung seiner bisher eingenommenen Rechtsstandpunkte.
2. Der Beschwerdeführer rügt, mit Schwerpunkt auf die Beweiswürdigung durch das Bundesverwaltungsgericht, einzig die Verletzung von Art. 20 VG. Der Beschwerdeführer schildert sodann den Sachverhalt aus eigener Sicht. Er rügt indessen nicht, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich festgestellt. In tatsächlicher Hinsicht ist somit auf die Feststellungen der Vorinstanz abzustellen (vgl. Art. 105 Abs. 1 und 2 i.V.m. <ref-law>).
3. 3.1 Gemäss Art. 3 Abs. 1 VG haftet der Bund für den Schaden, den ein Beamter in Ausübung seiner amtlichen Tätigkeit Dritten widerrechtlich zufügt, ohne Rücksicht auf das Verschulden des Beamten. Die Haftung des Bundes erlischt, wenn der Geschädigte sein Begehren auf Schadenersatz oder Genugtuung nicht innert eines Jahres seit Kenntnis des Schadens einreicht, auf alle Fälle nach zehn Jahren seit dem Tage der schädigenden Handlung des Beamten (Art. 20 Abs. 1 VG).
3.2 Gegenstand des angefochtenen Entscheides bildete im Wesentlichen die Frage, ob die vom Beschwerdeführer geltend gemachten Ansprüche im Sinne von Art. 20 Abs. 1 VG verwirkt sind.
Die Vorinstanz hat dazu ausgeführt, dass die einjährige Verwirkungsfrist mit der tatsächlichen Kenntnis des Verletzten vom Schaden und von der Person des Haftpflichtigen zu laufen beginne; "Kennen-müssen" reiche dazu nicht aus. Dem Geschädigten müssten alle tatsächlichen Umstände bekannt sein, die geeignet seien, eine Klage zu veranlassen und zu begründen. Kenntnis vom Schaden habe demnach, wer die schädlichen Auswirkungen der unerlaubten Handlung so weit kenne, dass er in der Lage sei, für alle Schadensposten auf dem Prozessweg Ersatz zu verlangen; dazu müsse der Geschädigte die wichtigen Elemente seines Schadens kennen, die es ihm erlaubten, dessen Grössenordnung zu bestimmen. Generell ohne Bedeutung sei dagegen die Kenntnis der einschlägigen Rechtsnormen.
Diese grundsätzlichen Ausführungen entsprechen Lehre und Rechtsprechung und werden vom Beschwerdeführer nicht in Frage gestellt. Es kann damit auf die Ausführungen und Zitate im angefochtenen Urteil (E. 3.2) verwiesen werden.
3.3 Der Beschwerdeführer vertritt die Auffassung, es bestehe ein kausaler Zusammenhang zwischen dem verwaltungsstrafrechtlichen Verfahren des EFD und dem aufsichtsrechtlichen EBK-Verfahren. Erst mit der Einstellungsverfügung vom 27. April 2010 habe er um die Widerrechtlichkeit der EBK-Verfügungen gewusst; die Verwirkungsfrist habe deshalb erst am 27. April 2010 zu laufen begonnen.
3.4 Die Ausführungen des Beschwerdeführers überzeugen nicht: Die Vorinstanz hat dazu treffend erkannt, dass das aufsichtsrechtliche EBK-Verfahren und das verwaltungsstrafrechtliche EFD-Verfahren unabhängig voneinander geführt wurden; es waren zwei unterschiedliche Behörden involviert und auch inhaltlich unterscheiden sich die Verfahren offensichtlich: im ersteren ging es darum, ob die Vorschriften zur Bewilligungspflicht eingehalten wurden bzw. ob der Konkurs wegen Überschuldung eröffnet werden musste, im letzteren prüfte das EFD, ob dem Beschwerdeführer ein verwaltungsstrafrechtlich relevantes Vorgehen vorzuwerfen war. Es kann dazu auf die vorinstanzlichen Ausführungen (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.3) verwiesen werden.
3.5 Daraus durfte die Vorinstanz den Schluss ziehen, die Verwirkungsfrist nach Art. 20 Abs. 1 VG habe spätestens am 24. Januar 2008 zu laufen begonnen und sei daher im Moment der Gesuchseinreichung am 31. März 2011 bereits verwirkt gewesen (vgl. angefochtener Entscheid E. 4.4). Wie bereits erwähnt genügt es, dass der Geschädigte lediglich Kenntnis der wichtigen Elemente seines Schadens hat, die es ihm erlauben, dessen Grössenordnung zu bestimmen und sein Staatshaftungsbegehren in den wesentlichen Zügen zu begründen (vgl. Urteil 2C_640/2011 vom 1. Februar 2012 E. 2). Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers stand auch das damals noch gegen ihn laufende Verwaltungsstrafverfahren der rechtzeitigen Geltendmachung der in Frage stehenden Ansprüche nicht entgegen (vgl. Urteil 2C_956/2011 vom 2. April 2012 E. 3.4).
3.6 Die Vorinstanz durfte daher ohne Verletzung von Bundesrecht zum Schluss gelangen, die einjährige Frist sei mit Einreichung des Schadenersatzbegehrens am 31. März 2011 versäumt worden und allfällige Ansprüche seien demzufolge verwirkt.
4. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die unentgeltliche Rechtspflege (<ref-law>) kann dem Beschwerdeführer nicht gewährt werden, da seine Beschwerde an das Bundesgericht nach umfassender gerichtlicher Klärung der aufgeworfenen Fragen durch die Vorinstanz als aussichtslos erscheinen musste. Der Beschwerdeführer hat daher die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (<ref-law>). Seiner finanziellen Lage ist indessen bei der Bemessung der Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Eidgenössischen Finanzdepartement und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. April 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger