Sachverhalt:
A.
A._ (Arbeitnehmer, Beschwerdegegner) arbeitete ab dem 1. September 2006 als Senior Consultant, ab dem 1. August 2007 als Projekt Manager und ab dem 1. Januar 2009 als Senior Projekt Manager für die X._ AG (Arbeitgeberin, Beschwerdeführerin). Integrierender Bestandteil des schriftlichen Arbeitsvertrags vom 31. März 2006 war ein gleichentags von beiden Parteien unterzeichnetes "Honorarreglement". Der Arbeitsvertrag enthielt hinsichtlich der Entschädigung von A._ lediglich einen Verweis auf das Honorarreglement, das seinerseits folgende Regelung beinhaltet:
"1. Einkommen
Das Einkommen setzt sich wie folgt zusammen:
1.1 Grundgehalt
Das Grundgehalt beträgt CHF 100'000.00 p.a. / pro rata temporis.
1.2 Bonus
Der jährlich variable Bonus wird nach einem vom Verwaltungsrat verabschiedeten Beurteilungssystem im Rahmen der einmal jährlich stattfindenden Leistungsbeurteilung festgelegt. Er kann bei Zielerreichung bis 40% des Grundgehaltes betragen. Bei Übererfüllung der Ziele kann der Bonus erhöht werden.
Die Beurteilung der Zielerreichung erfolgt auf Basis der vereinbarten Jahresziele und Assignments. Das Beurteilungssystem basiert auf folgenden Zielfeldern: Wirtschaftliches Ergebnis, Akquisition/CG-Arbeit, Projektabwicklung/Projektqualität, Mitarbeiterführung/-entwicklung, Produktentwicklung/Innovation/PG-Arbeit sowie spezielle Assignments/ Beiträge zum Ganzen.
1.3 Zielgehalt
Das jährliche Zielgehalt setzt sich aus dem Grundgehalt und dem Bonus zusammen.
2. Zahlungs-/Abrechnungsmodus
Das Grundgehalt des Mitarbeiters von CHF 100'000.00 p.a. ist zahlbar in 13 Raten.
Die Auszahlung des Bonus erfolgt vierteljährlich in Form einer à-conto-Zahlung unter Berücksichtigung des Standes der Zielerreichung und Kundenzahlungen für die verantworteten Projekte. Die endgültige Schlussabrechnung des Bonus erfolgt einen Monat nach der jährlich stattfindenden Leistungsbeurteilung im Rahmen der Gehaltszahlung.
Die Zahlungen verstehen sich brutto, davon abgezogen werden die Personal-/Sozialversicherungsbeiträge.
3. Inkrafttreten / Bemerkungen
Dieses Reglement tritt am 1. September 2006 in Kraft.
Der Verwaltungsrat ist im Sinne des Unternehmenszweckes und dessen Entwicklung und Förderung berechtigt und gehalten, das Honorarreglement jährlich anzupassen."
Für die Monate September bis Dezember 2006 wurde A._ aufgrund der Leistungsbeurteilung mit dem Hinweis "Bonus bei Zielerreichung gem. Honorarreglement: CHF 13'333.35 (brutto) " ein Bonus von brutto Fr. 14'000.-- ausbezahlt. Per 1. April 2007 wurden sein Grundgehalt auf Fr. 105'000.-- und der "Bonus bei Zielerreichung" auf "max. 50 %" erhöht. Für das Jahr 2007 wurde A._ aufgrund der Leistungsbeurteilung mit dem Hinweis "Bonus bei Zielerreichung gem. Honorarreglement: CHF 46'687.50 (brutto) " ein Bonus von brutto Fr. 38'300.-- ausbezahlt. Per 1. Januar 2008 wurde das Grundgehalt von A._ auf Fr. 110'000.-- erhöht; per 1. Januar 2009 erfolgte eine weitere Erhöhung des Grundgehalts auf Fr. 121'000.--.
Am 26. Februar 2009 teilte die Arbeitgeberin A._ mit, der Verwaltungsrat habe am 23. Februar 2009 "nach den Richtlinien des neuen Honorierungssystems" die "Beschlüsse über die Gesamteinkommen 2008 getroffen". Danach betrage das "Gesamteinkommen" von A._ Fr. 165'436.--, wobei sich dieser Betrag aus dem Grundgehalt von Fr. 110'000.-- und einem Bonus von Fr. 55'436.-- zusammensetze.
Am 3. April 2009 beschloss der Verwaltungsrat der X._ AG eine sogenannte "Einkommensgestaltung", mit der er bezweckte, "eine Leistungsgemeinschaft zu etablieren, die im Dienste des OneFirm Konzeptes steht". Darin wurden für die "Bemessung und Zuteilung der Boni" sowie deren "Ermittlung und Auszahlung" die folgenden Grundsätze festgelegt:
"[...]
4.1. Die Bonifizierung erfolgt aus dem Jahresergebnis, aber nicht für das Jahresergebnis.
4.2. Die Höhe der zur Bonifizierung verfügbaren Summe entscheidet der VR in freier Würdigung der Gesamtleistung des Unternehmens gemäss unserer Central Performance Controls (CPCs) und aller dafür relevanten Umstände. Bonifizierungen können auch durch nicht-geldmässige Leistungen des Unternehmens erfolgen.
4.3. Die Gesamtbonussumme wird durch Entscheid des Verwaltungsrats funktionsgerecht aufgeteilt. Innerhalb einer Entwicklungskategorie werden zwei Drittel der jeweils verfügbaren Bonussumme im Sinne des OneFirm-Prinzips nach Funktionen verteilt. Das letzte Drittel dient der Würdigung individueller Sonderleistungen.
4.4. In der Probezeit und in den auf die Probezeit folgenden zwölf Kalendermonaten partizipiert der Mitarbeitende nicht am Bonus-System.
4.5. Bei Kündigung besteht für die vor der Kündigung liegenden zwölf Monate des Arbeitsverhältnisses ebenfalls kein Bonusanspruch.
4.6. In beiden Fällen liegt eine freiwillige Bonusvergabe abhängig von der erbrachten Leistung im Ermessen des Verwaltungsrates.
[...]
5. [...]
Die Ermittlung allfälliger Boni erfolgt durch den Verwaltungsrat nach Abnahme des Jahresabschlusses durch die Generalversammlung. Bis dahin bleibt die individuelle Bonussumme variabel und kann nicht im Voraus berechnet werden [...]"
Zugleich arbeitete die Arbeitgeberin ein diesen Bestimmungen entsprechendes neues "Honorarreglement" aus. Dieses sollte das bisherige Honorarreglement ersetzen und sah unter dem Passus "Zur Kenntnis genommen und akzeptiert" eine Rubrik für Namen und Unterschrift des jeweiligen Arbeitnehmers vor. In diesem Honorarreglement wurde der Bonus als solcher "im Sinne von <ref-law>" qualifiziert und unter anderem festgehalten, ein "grundsätzlicher Anspruch auf Bonifizierung" bestehe nicht. Das neue Honorarreglement wurde A._ nie zur Unterzeichnung unterbreitet.
Für das Jahr 2009 richtete die Arbeitgeberin A._ in den Monaten April bis September 2009 Bonus-Akontozahlungen von insgesamt Fr. 17'640.-- aus. Mit Brief vom 22. Februar 2010 teilte die Arbeitgeberin A._ mit, "aufgrund" seiner "ausserordentlichen Leistung" werde sein Grundgehalt per 1. Januar 2010 auf Fr. 125'000.-- erhöht.
Mit E-Mail vom 16. März 2010 teilte die Arbeitgeberin sodann den bonusberechtigten Mitarbeitern mit, der Verwaltungsrat habe aufgrund des schlechten Geschäftsergebnisses beschlossen, "für das Jahr 2009 keine Boni auszuschütten"; die bereits erfolgten Akontozahlungen würden jedoch nicht zurückgefordert. Als Bonus für das Jahr 2010 wurden A._ - vorerst akonto - insgesamt Fr. 19'000.-- ausbezahlt, wobei es in der Folge bei diesem Betrag blieb.
Am 14. September 2010 kündigte A._ das Arbeitsverhältnis per 31. Dezember 2010. Nach seinem Austritt forderte er von der Arbeitgeberin für die Jahre 2009 und 2010 einen Restbonus von Fr. 42'860.-- (entsprechend der Differenz zwischen Fr. 60'500.-- [50 % von Fr. 121'000.--] und den ausgerichteten Fr. 17'640.--) respektive Fr. 43'500.-- (Differenz zwischen Fr. 62'500.-- [50 % von Fr. 125'000.--] und den ausgerichteten Fr. 19'000.--). Die Arbeitgeberin wies diese Forderung zurück.
B.
Am 26. September 2011 erhob A._ beim Kreisgericht St. Gallen Klage mit dem Begehren, die X._ AG sei zu verpflichten, ihm Fr. 86'360.-- brutto zuzüglich Zins zu bezahlen. Das Kreisgericht hiess die Klage mit Entscheid vom 7. Juni 2012 gut.
Die von der X._ AG dagegen erhobene Berufung wies das Kantonsgericht St. Gallen mit Entscheid vom 26. Februar 2013 ab.
C.
Die X._ AG beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Kantonsgerichts aufzuheben und die Klage vollumfänglich abzuweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung, subeventualiter zur Beweisabnahme und Entscheidung an die Vorinstanz/-en zurückzuweisen. A._ begehrt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne, und der angefochtene Entscheid sei zu bestätigen. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Mit Präsidialverfügung vom 8. Mai 2013 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) über eine Forderung aus Arbeitsvertrag. Vor der Vorinstanz ist die gesamte Klageforderung in der Höhe von Fr. 86'360.-- streitig geblieben, womit der in arbeitsrechtlichen Streitigkeiten für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert erreicht ist (Art. 74 Abs. 1 lit. a i.V.m. <ref-law>). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist grundsätzlich auf die Beschwerde einzutreten. Vorbehalten bleibt eine rechtsgenügliche Begründung (Erwägung 2).
2.
2.1. Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2.2.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4). Soweit er den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_275/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3).
3.
Der Streit drehte sich im kantonalen Verfahren in erster Linie um die Frage, nach welchen Bestimmungen der Bonusanspruch des Beschwerdegegners zu beurteilen ist.
Die Vorinstanz legte in einem ersten Schritt das Honorarreglement vom 31. März 2006 aus. Sie befand, im Ergebnis liege der Schluss nahe, dass dem Beschwerdegegner "nach dem übereinstimmenden Parteiwillen bei Zielerreichung ein Bonus von 40 % des Grundgehalts (später erhöht auf 50 %) zustehen sollte". Aber auch wenn kein dahingehender übereinstimmender Wille vorgelegen hätte - so die Vorinstanz weiter -, wäre dem Beschwerdegegner jedenfalls zuzugestehen, dass er die Abrede vom 31. März 2006 nach dem Vertrauensprinzip in diesem Sinne habe verstehen dürfen und die Beschwerdeführerin sie so hätte verstehen müssen. In rechtlicher Hinsicht qualifizierte die Vorinstanz den Bonus als variablen Lohnbestandteil. Ausgehend von dieser Beurteilung erwog sie, mit der im Frühjahr 2009 vom Verwaltungsrat beschlossenen "Einkommensgestaltung" und dem entsprechenden neuen Honorarreglement sei eine grundlegende Abkehr vom bisherigen Entlöhnungs- und insbesondere Bonussystem verbunden gewesen, indem der Bonus neu keinen variablen Lohnbestandteil mehr dargestellt habe, sondern primär vom Gesamt-Jahresergebnis abhängig und - als Gratifikation im Sinn von <ref-law> - grundsätzlich freiwillig habe sein sollen. Für eine solche Änderung - so der Schluss der Vorinstanz - sei die Zustimmung des Beschwerdegegners notwendig gewesen. Das neue Honorarreglement sei von diesem jedoch nie unterzeichnet worden, und er habe die neue Bonusregelung auch nicht konkludent akzeptiert. Demnach gelangte die Vorinstanz zum Ergebnis, der Bonusanspruch des Beschwerdegegners für die Jahre 2009 und 2010 bestimme sich nach der Abrede vom 31. März 2006 und betrage 50 % des jeweiligen Grundgehaltes, wie von der Erstinstanz korrekt berechnet.
4.
Die Beschwerdeführerin rügt im Teil "I. Formelles" der Beschwerde, die Vorinstanz habe verschiedene in der Berufung vorgebrachte Behauptungen sowie Beweismittel zu Unrecht unter Berufung auf <ref-law> nicht zugelassen. Die Nichtabnahme der Beweise stelle einen Verstoss gegen <ref-law> und weiter eine Verletzung des rechtlichen Gehörs nach <ref-law> sowie Art. 6 EMRK dar.
Ihre Erörterungen zu diversen Aspekten des Prozessstoffs lassen jedoch über weite Strecken nicht erkennen, mit welchen konkreten prozesskonform eingebrachten Behauptungen und Beweisanträgen sie in der Berufung nicht gehört worden sein will. Vielmehr wird pauschal ausgeführt, tatsächlich habe es sich (bei ihren Ausführungen) nicht um neue Behauptungen gehandelt, sondern "um Differenzierungen und Erhärtungen der bereits vor erster Instanz geltend gemachten Behauptungen", die "klarerweise im Zusammenhang mit bereits eingebrachten Vorbringen" stünden oder erst durch die (fehlerhaften) Erwägungen des erstinstanzlichen Kreisgerichts motiviert worden und somit "ohne weiteres zulässig" seien, statt dass der Vorwurf auf einzelne Behauptungen bezogen und konkret belegt würde. Es folgen einige Hinweise auf einzelne Erwägungen der Erstinstanz, wobei diese allerdings aus dem Zusammenhang gerissen werden. Deshalb ist nicht nachvollziehbar, welche entscheiderheblichen Tatsachenbehauptungen vor dem Kantonsgericht nach Auffassung der Beschwerdeführerin zu Unrecht nicht berücksichtigt worden oder unbewiesen geblieben sein sollen. Darauf kann nicht eingetreten werden. Soweit die Beschwerdeführerin einzelne konkrete Parteibehauptungen vor dem Kantonsgericht nennt, verkennt sie überdies, dass <ref-law> ihr nicht die Befugnis gibt, im Berufungsverfahren die entscheiderheblichen Tatsachenfeststellungen der Erstinstanz nach Belieben mit neuen Behauptungen und Beweisanträgen richtigzustellen, zu präzisieren und zu ergänzen, konkret etwa mit Bezug auf den Zeitpunkt der Einführung des neuen Honorierungssystems. Erforderlich wäre vielmehr, dass die neuen Tatsachen und Beweismittel trotz zumutbarer Sorgfalt nicht schon vor erster Instanz vorgebracht werden konnten (<ref-law>). Dass dies vorliegend der Fall ist, tut die Beschwerdeführerin nicht dar und ist auch nicht ersichtlich.
5.
Die Beschwerdeführerin beanstandet in verschiedener Hinsicht die vorinstanzlichen Ausführungen zum Honorarreglement vom 31. März 2006.
5.1. Sie rügt die Interpretation, wonach dem Beschwerdegegner gemäss dem Honorarreglement bei Erreichung der Ziele ein grundsätzlicher Anspruch auf einen bestimmten Bonus (in der Höhe von zunächst 40 % bzw. dann 50 % des Grundgehalts) zugestanden habe. Sie moniert, die Vorinstanz sei zu diesem Ergebnis gelangt, indem sie ausschliesslich auf den Wortlaut des Honorarreglements abgestellt und dabei "die vielen anderen Dokumente wie persönliche Schreiben an den Beschwerdeführer [sic], die Bekanntmachungen des Verwaltungsrates der Beschwerdeführerin betr. Bonus-Entscheide, Geschäftsergebnis, Strategie und Unternehmenszweck und nicht zuletzt das Verhalten des Beschwerdegegners während der ganzen Dauer des Arbeitsverhältnisses" völlig unberücksichtigt gelassen habe.
Damit wendet sich die Beschwerdeführerin gegen die im angefochtenen Entscheid enthaltene Feststellung eines übereinstimmenden wirklichen Parteiwillens, auf welche die Vorinstanz zu Recht in erster Linie abstellte (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666; <ref-ruling> E. 3.2.1). Bei dieser sogenannten subjektiven Vertragsauslegung handelt es sich um Beweiswürdigung, die vorbehältlich der Ausnahmen von Art. 97 und 105 BGG der bundesgerichtlichen Überprüfung entzogen ist (<ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 3.3 S. 681). Die pauschalen Vorwürfe der Beschwerdeführerin werden den Anforderungen an eine Sachverhaltsrüge (Erwägung 2.2) indessen in keiner Weise gerecht. Soweit überhaupt eine konkrete Beanstandung ausgemacht werden kann, vermag die Beschwerdeführerin damit jedenfalls keine willkürliche Beweiswürdigung aufzuzeigen (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.1) : Es trifft insbesondere nicht zu, dass die Vorinstanz ihre tatsächliche Feststellung bloss auf den Wortlaut des Honorarreglements abgestützt hat. Im Gegenteil gab sie zu bedenken, dass der Vertragswortlaut zwar auf den ersten Blick eher für die Auslegung der Beschwerdeführerin spreche, jene des Beschwerdegegners aber nicht ausschliesse. Ihre Feststellung, wonach eine tatsächliche Willensübereinstimmung vorlag, stützte sie dann namentlich auf die Interessenlage der Parteien und deren Verhalten nach Vertragsabschluss, so insbesondere auf die tatsächlich geleisteten Bonuszahlungen.
Da es der Beschwerdeführerin somit nicht gelingt, die subjektive Vertragsauslegung aus den Angeln zu heben, kann dahingestellt bleiben, ob die auf einer objektiven Vertragsauslegung nach dem Vertrauensprinzip beruhende Eventualbegründung der Vorinstanz Bundesrecht verletzt, wie die Beschwerdeführerin behauptet, ohne ihren Standpunkt indessen zu begründen.
5.2. Die Beschwerdeführerin kritisiert weiter die vorinstanzlichen Ausführungen zur Zielerreichung als Voraussetzung der Ausrichtung eines Bonus. Sie argumentiert, ob überhaupt ein Bonus ausgerichtet werden könne, habe immer auf dem Gesamt-Ergebnis des Unternehmens basiert. Die Vorinstanz würdige zu Unrecht einzig das Kriterium "persönliche Zielerreichung". Sie verwechsle die individuelle Zielerreichung mit dem wirtschaftlichen (Gesamt-) Ergebnis des Unternehmens.
Wenn wie hier - in Bezug auf die Voraussetzungen der Bonusausrichtung - der tatsächliche Parteiwille nicht feststeht, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips (<ref-law>) so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 666; <ref-ruling> E. 4). Die Vorinstanz ging auf die Kriterien zur "Beurteilung der Zielerreichung" nach Ziffer 1.2 des Honorarreglements vom 31. März 2006 ein und schloss, der Bonus sei nach der individuellen Leistung gemäss vorgängiger Zielvereinbarung zu bemessen gewesen. Das Argument der Beschwerdeführerin, zusätzlich habe auch das Geschäftsergebnis respektive der "Deckungsbeitrag" den Bonus (mit-) bestimmt, erachtete sie demgegenüber als unzutreffend. Aus dem Sachzusammenhang ergebe sich näm lich ohne weiteres, dass mit dem wirtschaftlichen Ergebnis gemäss Ziffer 1.2 des Honorarreglements "nicht das wirtschaftliche Gesamtergebnis, sondern die individuelle Leistung aus wirtschaftlicher Sicht angesprochen" sei.
Die Beschwerdeführerin begründet ihren gegenteiligen Standpunkt nicht weiter, sondern begnügt sich mit dem Hinweis, die vorinstanzliche Interpretation sei "völlig absurd" und widerspreche "sowohl dem Wortlaut als auch dem angewendeten Bonussystem und gelebter Realität". Damit vermag sie die von der Vorinstanz vorgenommene objektive Vertragsauslegung nicht umzustossen, zumal sich diese auf den Vertragstext stützen lässt und sie überdies dem Sinn und Zweck des Vergütungssystems Rechnung trägt: So soll nach dem einleitenden Satz des Absatzes die Beurteilung der Zielerreichung "auf Basis der vereinbarten Jahresziele und Assignments" erfolgen. Es liegt in der Natur der Sache, dass individuell vereinbarte Ziele des Arbeitnehmers regelmässig auf Faktoren bezogen sind, die letzterer mit seinem Einsatz mehr oder weniger direkt beeinflussen kann, so namentlich den persönlichen Arbeitseinsatz und -erfolg. Dass dies auch vorliegend mutmasslich die Meinung der Parteien sein sollte, wird einerseits bestätigt durch den Umstand, dass der Bonus gemäss dem Honorarreglement im Rahmen der einmal jährlich stattfindenden Leistungsbeurteilung des Mitarbeiters festzulegen war, und andererseits durch die in Ziffer 1.2 neben dem wirtschaftlichen Ergebnis genannten Zielfelder, auf denen das Beurteilungssystem beruhte ("Akquisition/CG-Arbeit, Projektabwicklung/Projektqualität, Mitarbeiterführung/-entwicklung, Produktentwicklung/Innovation/PG-Arbeit sowie spezielle Assignments/Beiträge zum Ganzen"), die soweit ersichtlich alle die persönliche Leistung des Mitarbeiters betreffen. Die Vorinstanz ist somit zu Recht zum Schluss gelangt, dass sich das Kriterium "wirtschaftliches Ergebnis" auf die individuelle Leistung des Mitarbeiters bezog.
5.3. Die Beschwerdeführerin moniert sodann, die Vorinstanz habe bei der Qualifikation des Bonus als Lohnbestandteil die Gesamteinkommensentwicklung des Beschwerdegegners nicht berücksichtigt. Diese habe nämlich dazu geführt, dass der Bonus zu einer untergeordneten, akzessorischen Vergütung im Sinne der Praxis zur Abgrenzung Gratifikation/Lohnbestandteil geworden sei.
Die Rüge erweist sich als unbegründet: Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung darf eine Gratifikation, um den Charakter einer Sondervergütung zu wahren, neben dem Lohn nur eine zweitrangige Bedeutung haben. Die entsprechende Grenze kann nicht einfach in einer festen Verhältniszahl zwischen dem vereinbarten Lohn und der freiwilligen Gratifikation liegen. Vielmehr sind die Umstände des Einzelfalls zu berücksichtigen. So hat bei einem niedrigen Einkommen ein kleiner Einkommensunterschied mehr Bedeutung als bei einem hohen Einkommen. Entsprechend kann bei einem hohen Einkommen der als Gratifikation ausgerichtete Teil der Leistung prozentual zum Lohn grösser sein als bei einem niedrigen Einkommen (<ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 5.2. S. 621).
Mit dieser Rechtsprechung steht es im Einklang, wenn die Vorinstanz zur Begründung ihrer Auffassung, wonach es sich beim Bonus vorliegend um einen Lohnbestandteil und nicht um eine Gratifikation handelte, nebst anderen Elementen (so insbesondere dem Umstand, dass sich das jährliche Zielgehalt gemäss dem Honorarreglement "aus dem Grundgehalt und dem Bonus" zusammensetzt ) auf das ursprünglich vereinbarte Grundgehalt von Fr. 100'000.-- Bezug nahm und feststellte, dieses habe objektiv betrachtet im mittleren Lohnbereich gelegen und sei gemessen an der Funktion, den Aufgaben und der Verantwortung des Beschwerdegegners vergleichsweise bescheiden gewesen. In der Tat ist ein Bonus von 40 % angesichts der Höhe des Grundgehalts keine untergeordnete Sondervergütung. Entgegen der Beschwerdeführerin vermögen daran auch die von der Vorinstanz festgestellten Erhöhungen des Grundgehalts des Beschwerdegegners nichts zu ändern, zumal auch der Bonus (auf 50 %) angehoben wurde.
In diesem Zusammenhang vermag die Beschwerdeführerin sodann nichts aus dem von ihr zitierten <ref-ruling> für ihre Auffassung abzuleiten, gemäss dem die Höhe der Sondervergütung im Verhältnis zum Lohn kein Qualifikations-Kriterium mehr ist, wenn der eigentliche Lohn ein Mass erreicht, das die wirtschaftliche Existenz des Arbeitnehmers bei Weitem gewährleistet bzw. seine Lebenshaltungskosten erheblich übersteigt (E. 5.3). Dass letzteres bei einem Lohn in der vorliegenden Grössenordnung der Fall ist, behauptet auch die Beschwerdeführerin zu Recht nicht.
6.
Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die Erwägung der Vorinstanz, der Beschwerdegegner habe der im Frühjahr 2009 eingeführten neuen Bonusregelung nicht zugestimmt, weshalb sie für ihn nicht gelte.
6.1. Sie meint, Ziffer 3 des Honorarreglements, gemäss welcher der Verwaltungsrat "im Sinne des Unternehmenszweckes und dessen Entwicklung und Förderung berechtigt und gehalten" ist, "das Honorarreglement jährlich anzupassen", bedeute, dass sie die neue Bonusregelung ohne Zustimmung der Mitarbeiter habe einführen können. Denn vorliegend sei lediglich "im Rahmen der bestehenden Einkommensregelung" "eine Anpassung einzelner Komponenten innerhalb des für diese Anpassung definierten Spielraumes" vorgenommen worden.
Davon kann angesichts des eben Ausgeführten (Erwägung 5) keine Rede sein: Die Vorinstanz stellte vielmehr überzeugend fest, dass mit der vom Verwaltungsrat beschlossenen "Einkommensgestaltung" und dem entsprechenden neuen Honorarreglement eine grundlegende Abkehr vom bisherigen Entlöhnungs- und insbesondere Bonussystem verbunden gewesen sei, da der Bonus neu primär vom Gesamt-Jahresergebnis abhängig und - als Gratifikation im Sinne von <ref-law> - freiwillig habe sein sollen. Dies war denn offenbar auch die Auffassung der Beschwerdeführerin, die in einer an die Mitarbeiter gerichteten Mitteilung vom 13. November 2008 eine "radikal[e] Änderung" der Leistungsbeurteilung und Bonusbemessung ankündigte und ausführte: "Wir brechen damit in allen Bereichen mit unserem seit 1984 bestehenden Muster der individuellen Zielvereinbarung, die vorwiegend auf einer Zuordnung qualitativer Beiträge (Akquisitions- und Umsatzziele) zur Unternehmensgruppe basierte".
Eine derart bedeutende Änderung war vom Anpassungsvorbehalt in Ziffer 3 des Honorarreglements (welche die Überschrift "Inkrafttreten/Bemerkungen" trägt) nicht gedeckt: Nach dem vorinstanzlich in tatsächlicher Hinsicht festgestellten übereinstimmenden Parteiwillen sollte sich dieser nur auf Modifikationen innerhalb des grundsätzlich vereinbarten Entlöhnungssystems und damit in erster Linie auf das System zur Beurteilung der individuellen Leistungen beziehen. Die beschlossene Neuerung ändert das Entlöhnungssystem dagegen wie gesehen grundlegend, und die Beschwerdeführerin hatte dafür folglich die Zustimmung der einzelnen Arbeitnehmer einzuholen, wie sie es denn angesichts des Feldes für die Unterschrift auf dem neuen Honorarreglement offenbar zumindest auch in Erwägung gezogen hatte. Dies hat die Vorinstanz zutreffend erkannt.
Unbehelflich sind in diesem Zusammenhang die Ausführungen der Beschwerdeführerin, wonach das neue Entlöhnungssystem für den Beschwerdegegner entgegen der Vorinstanz insgesamt keine Lohnkürzung, sondern im Gegenteil erhebliche Erhöhungen des Grundgehaltes und damit auch der Gesamtentlöhnung bewirkt habe. Die Beschwerdeführerin verkennt, dass sie dem Beschwerdegegner nach dem Arbeitsvertrag nicht einfach eine Gesamtvergütung in bestimmter Höhe schuldete, sondern einerseits ein fixes Grundgehalt und andererseits einen nach bestimmten Kriterien festzulegenden Bonus. Für eine grundsätzliche Änderung dieser Vergütungsregelung benötigte sie die Zustimmung des Arbeitnehmers, unabhängig davon, ob dieser nach den neuen Regeln allenfalls in einem bestimmten Jahr insgesamt gleich viel oder gar mehr verdienen würde als vorher (vgl. auch Erwägung 6.3). Gegen das Argument der Beschwerdeführerin spricht überdies schon alleine der auf die neue Bonusregelung gestützte Beschluss des Verwaltungsrates, aufgrund des schlechten Geschäftsergebnisses für das Jahr 2009 keine Boni auszuschütten. Dies zeigt, dass sich die neue Regelung je nach Geschäftsgang durchaus zum Nachteil der betroffenen Arbeitnehmer auswirken konnte.
6.2. Die Beschwerdeführerin scheint sodann die Meinung der Vorinstanz rügen zu wollen, wonach der Beschwerdegegner durch das Anklicken des dafür vorgesehenen Links in der E-Mail vom 16. März 2010 lediglich den Empfang der E-Mail bestätigt, nicht aber deren Inhalt (d.h. die neue Bonusregelung) akzeptiert habe. An anderer Stelle führt die Beschwerdeführerin indessen selbst aus, durch das Anklicken sei der "Erhalt" der E-Mail durch den Beschwerdegegner bestätigt worden. Diese Interpretation erscheint denn auch angezeigt. Aus dem angefochtenen Urteil ergeben sich jedenfalls keine tatsächlichen Umstände, welche die Auffassung stützen würden, wonach die Beschwerdeführerin bereits aus dem Anwählen eines Links durch den Beschwerdegegners auf dessen inhaltliches Einverständnis mit der neuen Bonusregelung schliessen durfte.
6.3. Schliesslich kritisiert die Beschwerdeführerin ausführlich die Auffassung der Vorinstanz, wonach das Verhalten des Beschwerdegegners keine stillschweigende respektive konkludente Annahme der neuen Bonusregelung bedeute.
Gemäss <ref-law> gilt Stillschweigen als Zustimmung zu einem Antrag, wenn wegen der besonderen Natur des Geschäftes oder nach den Umständen eine ausdrückliche Annahme nicht zu erwarten ist und der Antrag nicht binnen angemessener Frist abgelehnt wird. Die besondere Natur des Geschäfts wird im Arbeitsrecht angenommen, wenn der Antrag für den Empfänger nur vorteilhaft ist (Urteil 4C.242/2005 vom 9. November 2005 E. 4.3). Dies trifft etwa bei einer vom Arbeitgeber angebotenen Lohnkürzung nicht zu (Urteil 4A_443/2010 vom 26. November 2010 E. 10.1.4; vgl. auch <ref-ruling> E. 3a; Urteil 4C.244/2004 vom 25. Oktober 2004 E. 3). Dasselbe gilt im hier vorliegenden Fall einer Änderung der bisherigen Bonusregelung, die sich zu Ungunsten des Arbeitnehmers auswirken kann (vgl. Erwägung 6.1). Demnach darf insoweit nur von einer stillschweigenden Zustimmung des Arbeitnehmers ausgegangen werden, wenn besondere Umstände vorliegen, unter denen der Arbeitnehmer nach Treu und Glauben gehalten ist, eine mögliche Ablehnung ausdrücklich zu erklären (<ref-ruling> E. 2b; Urteil 4A_443/2010 vom 26. November 2010 E. 10.1.4). Das Vorliegen solcher Umstände hat der Arbeitgeber zu beweisen (Urteil 4C.242/2005 vom 9. November 2005 E. 4.3).
Die Vorinstanz prüfte die Frage nach einer konkludenten Zustimmung des Beschwerdegegners einlässlich unter Berücksichtigung der gegebenen Umstände: Sie zog entgegen der Behauptung in der Beschwerde durchaus in Betracht, dass die Beschwerdeführerin die Mitarbeiter - und auch den Beschwerdegegner - mehrmals über die neue Bonusregelung informiert hatte. Indessen erwog sie, der Beschwerdegegner habe aus einer Kommunikation betreffend die neue Einkommensgestaltung vom 3. April 2009 sowie aus dem Hinweis auf die neue "Honorierungspolicy" in einem ihm kurz darauf zugestellten Brief vom 16. April 2009 betreffend eine Akonto-Bonusauszahlung nicht darauf schliessen müssen, die neue Regelung sei auf ihn unmittelbar anwendbar; denn er habe ja mit der Beschwerdeführerin vertraglich eine andere Regelung getroffen und daher davon ausgehen dürfen, es habe noch eine entsprechende Änderung des Arbeitsvertrags zu erfolgen. Folgerichtig prüfte die Vorinstanz, ob der Beschwerdegegner die neue Regelung allenfalls dadurch akzeptiert haben könnte, dass er gegen den für das Jahr 2009 ausgerichteten Bonus (vorerst) keine Einwendungen erhoben hat. Auch dies verneinte die Vorinstanz jedoch: Sie befand, dem Beschwerdegegner seien für das Jahr 2009 von April bis September akonto monatliche Bonusraten von je Fr. 2'940 (insgesamt Fr. 17'640.--) ausbezahlt worden. Nachdem die E-Mail vom 16. März 2010 soweit ersichtlich keine persönliche, sondern bloss eine generelle Mitteilung an alle grundsätzlich bonusberechtigten Mitarbeiter gewesen sei, der Beschwerdegegner bis dahin aber stets persönlich über den ihm zustehenden Bonus informiert worden sei, habe er nicht davon ausgehen müssen, die neue Regelung gelte auch ihm gegenüber und es bleibe für das Jahr 2009 bei einem Bonus von Fr. 17'640.--. Eine konkludente Annahme - so die Vorinstanz weiter - könnte erst bei erneutem Schweigen auf eine wiederholte Bemessung des Bonus nach der neuen Regelung angenommen werden. Dazu sei es jedoch nicht gekommen, da der Beschwerdegegner Mitte September 2010 die Kündigung ausgesprochen habe.
Dieser überzeugenden Würdigung vermag die Beschwerdeführerin mit ihren Ausführungen nicht beizukommen: Sie zitiert in unzulässiger Ergänzung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts aus dem Schreiben vom 16. April 2009, um zu belegen, dass der Beschwerdegegner die Anwendbarkeit der neuen Regeln für ihn persönlich habe erkennen müssen. Damit kann sie nicht gehört werden (Erwägung 2.2). Ohnehin wäre fraglich, ob eine individuelle Mitteilung an den Arbeitnehmer, der Bonus werde ihm gegenüber in Zukunft nach neuen, vom schriftlichen Arbeitsvertrag erheblich abweichenden Regeln bestimmt, einen genügenden Umstand darstellt, um die entsprechende Mitteilung als Antrag auf Vertragsänderung und das anschliessende blosse Schweigen des Arbeitnehmers als Zustimmung auszulegen. Sodann vermag die Beschwerdeführerin auch aus dem von ihr genannten Urteil 4C.242/2005 vom 9. November 2005 E. 4.1 und 4.2 nichts für ihren Standpunkt abzuleiten, da die dort gemachten Überlegungen nicht auf den vorliegenden Sachverhalt übertragen werden können: Während in jenem Fall dem Arbeitnehmer, der eine ihm von der Arbeitgeberin noch vor dem Stellenantritt vorgelegte entsprechende Vertragsänderung nicht unterzeichnet hatte, über die feste Vertragsdauer von zehn Monaten monatlich ein gegenüber dem schriftlichen Vertrag reduzierter Lohn ausbezahlt worden war, ohne dass der Arbeitnehmer in irgendeiner Form dagegen protestiert hätte, hat die Beschwerdeführerin dem Beschwerdegegner vorliegend unbestrittenermassen nicht (mehrmals) einen erkennbar nach den neuen Regeln bemessenen Bonus ausbezahlt. Vielmehr wurde dem Beschwerdegegner ungeachtet der Mitteilung vom 26. Februar 2009, die "Gesamteinkommen" würden für das Jahr 2008 "nach den Richtlinien des neuen Honorierungssystems" festgelegt, ein Bonus in der Höhe von annähernd 50 % zugesprochen, d.h. im Rahmen der bisherigen Regelung. Unter diesen Umständen durfte die Beschwerdeführerin nach Treu und Glauben jedenfalls nicht vom Schweigen des Beschwerdegegners auf dessen Zustimmung zu einer Bonusregelung schliessen, welche die Ausrichtung und Höhe des Bonus neu primär vom Gesamt-Jahresergebnis abhängig machte und grundsätzlich auf freiwillige Basis stellte. Da der Beschwerdegegner das Arbeitsverhältnis am 14. September 2010 kündigte, konnte die Beschwerdeführerin sodann ebenso wenig annehmen, sein Schweigen betreffend Bonus für das Jahr 2009 bedeute die Zustimmung zu einer Vertragsänderung.
Wie die Vorinstanz zutreffend erkannte, vermögen auch die vom Beschwerdegegner seit 2006 konkludent akzeptierten Erhöhungen seines Grundgehaltes nichts an diesem Resultat zu ändern, zumal diese mit wiederholten Beförderungen einhergingen respektive (im Fall der letzten Erhöhung per 1. Januar 2009) mit der ausserordentlichen Leistung des Beschwerdegegners begründet wurden. Unter diesen Umständen ist es entgegen der Beschwerdeführerin durchaus nicht unlogisch, widersprüchlich oder vertrauenswidrig, wenn der Beschwerdegegner die Erhöhungen des Grundgehalts stillschweigend akzeptierte, ohne im Gegenzug der neuen Bonusregelung zuzustimmen. Sollte auf Seiten der Beschwerdeführerin die Meinung bestanden haben, mit der Erhöhung des Grundlohns werde die Änderung der Bonusregelung kompensiert, hätte es ihr freigestanden, die Neuerungen erkennbar miteinander zu verknüpfen.
7.
Nach dem Gesagten hat die Vorinstanz den Bonusanspruch des Beschwerdegegners für die Jahre 2009 und 2010 zutreffend nach dem Honorarreglement vom 31. März 2006 beurteilt und auf 50 % des jeweiligen Grundgehalts festgelegt.
8.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Juli 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Kölz