Sachverhalt:
A. A.a Im Jahre 1986 trat in Grossbritannien erstmals der sog. Rinderwahnsinn (Bovine spongiforme Enzephalopathie; kurz: BSE) auf. Dabei handelt es sich um eine chronisch-degenerative Krankheit des Zentralnervensystems des Rinds, die stets tödlich ausgeht. In der Folge wurden in ganz Europa verschiedene Massnahmen zur Eindämmung und Ausrottung dieser übertragbaren Krankheit ergriffen. Unmittelbar nachdem am 2. November 1990 der erste BSE-Fall in der Schweiz aufgetreten war, hat das Bundesamt für Veterinärwesen die Verwendung jener Teile des Rinds für die menschliche Ernährung verboten, bei welchen ein Risiko besteht, dass sie infektiöses Gewebe enthalten (sog. spezifiziertes Risikomaterial: vorab Knochenmark, Gehirn und gewisse andere Organe; vgl. Art. 6 der Verordnung über Sofortmassnahmen gegen die spongiforme Enzephalopathie der Wiederkäuer [VSEW; AS 1990 S. 1921]). Weitere Massnahmen zielten darauf ab, infektiöses Material aus dem Futter der Rinder zu entfernen; insbesondere wurde die Verfütterung von Tiermehl an Wiederkäuer verboten (vgl. Art. 4 VSEW).
A.b Weil sich in der Zwischenzeit gezeigt hatte, dass auch eine äusserst geringe Menge an infektiösem Material für eine Ansteckung mit BSE ausreicht, wurde auf den 1. Mai 1996 jegliche Verwendung der risikobehafteten Rinderorgane untersagt; das spezifizierte Risikomaterial musste ab diesem Zeitpunkt systematisch vernichtet werden (vgl. Art. 181 Abs. 1 der Tierseuchenverordnung vom 27. Juni 1995 [TSV; SR 916.401] in der Fassung vom 17. April 1996 [AS 1996 S. 1215]) und durfte nicht mehr - wie bis anhin üblich - zu Schweine- oder Geflügelfutter verarbeitet werden. Durch diese Massnahme sollte vermieden werden, dass es in Tiermehlfabriken, die sowohl Futter für Wiederkäuer als auch solches für andere Tiere herstellen, zu Kreuzkontaminationen kommt. Aufgrund von wissenschaftlichen Studien, welche auf die Möglichkeit einer vertikalen Übertragung von BSE hinwiesen, wurde weiter die Tötung aller direkten Nachkommen von erkrankten Kühen angeordnet (Art. 178 Abs. 2 TSV in der Fassung vom 16. September 1996 [AS 1996 S. 2559]). Kurze Zeit später wurde zudem die jeweilige Schlachtung der gesamten Herde von erkrankten Tieren beschlossen (Bundesbeschluss vom 13. Dezember 1996 über befristete Sofortmassnahmen gegen die BSE im schweizerischen Rindviehbestand [AS 1996 S. 3485]; vgl. zum Ganzen: <ref-ruling> lit. C u. D S. 309 ff.). Aufgrund neuer wissenschaftlicher Erkenntnisse, welche eine verbesserte Identifizierung der Risikotiere innerhalb der betroffenen Herde erlaubten, wurde auf den 1. Juli 1999 von der Herden- zur Kohortenschlachtung übergegangen (Art. 178 Abs. 1 lit. d TSV in der Fassung vom 15. März 1999 [AS 1999 S. 1527]).
A.c In der Folge kam es jedoch weiterhin zu Neuansteckungen mit BSE: Im Oktober 2000 wurde die Krankheit auch bei zwei Rindern festgestellt, die nach dem 1. Mai 1996 - mithin nach dem Zeitpunkt, in welchem die verschärften Massnahmen zur Bekämpfung von BSE in Kraft getreten sind - geboren worden waren. Deshalb wurden weitere Vorkehren getroffen; insbesondere wurde ab 1. Januar 2001 gänzlich verboten, Mehle und Extraktionsfette tierischer Herkunft an Nutztiere zu verfüttern (Art. 183 TSV in der Fassung vom 20. Dezember 2000 [AS 2001 S. 259 f.]; für eine Übersicht über alle ergriffenen Massnahmen vgl. Lukas Perler, Bovine spongiforme Enzephalopathie [BSE]: Auftreten und Entwicklung in Europa, in: Schweizer Archiv für Neurologie und Psychiatrie 152/2001 S. 58, [www.sanp.ch/pdf/2001/2001-02/2001-02-011.PDF] sowie die detaillierte Chronologie des Bundesamts für Veterinärwesen [www.bvet.admin.ch/tiergesundheit/00199/ 00200/index.html?lang=de&download=01531_de.pdf]).
B. Im Kampf gegen BSE wurden Ende des Jahres 2000 auch die einschlägigen Bestimmungen über die in der Landwirtschaft zugelassenen Düngemittel revidiert. Dünger, die Mehle oder Extraktionsfette tierischer Herkunft enthielten und bis anhin bloss meldepflichtig gewesen waren, durften ab 1. Januar 2001 nicht mehr bewilligungsfrei in Verkehr gebracht werden (vgl. E. 2.4). Demzufolge ersuchte die Kommanditgesellschaft Y._ am 19. Januar 2001 für 41 Düngerprodukte mit Inhaltsstoffen tierischer Herkunft, die sie bisher bewilligungsfrei hatte abgeben können, um eine Bewilligung für das Inverkehrbringen. Jene zwölf ihrer Produkte, die als bewilligungspflichtiges Material einzig Hornmehl enthielten, wurden vom Bundesamt für Landwirtschaft zunächst provisorisch (Verfügungen vom 2. Februar 2001) und anschliessend definitiv bewilligt (Verfügungen vom 20. Juli 2001). Am 26. Februar 2001 zog die Y._ die Bewilligungsgesuche für die Dünger mit Fleisch- und Knochenmehl zurück, weil sie zur Auffassung gelangt war, dass für deren Abgabe gemäss den Übergangsbestimmungen der neuen Düngerverordnung (vgl. E. 2.4 u. E. 4.4) keine Bewilligung erforderlich sei.
C. In der Folge ersuchte die Y._ wiederholt um Erlass einer Feststellungsverfügung, wonach sie ihre Dünger mit Fleisch- oder Knochenmehl (gestützt auf das Übergangsrecht) bis zum 30. September 2003 weiterhin ohne Bewilligung abgeben dürfe. Am 25. Juni 2001 nahm das Bundesamt für Landwirtschaft abschlägig Stellung und betonte, nach dem 1. Januar 2001 dürften Dünger, die Tiermehl enthielten, nicht mehr ohne Bewilligung in Verkehr gebracht werden. Hiergegen gelangte die Y._ an die Rekurskommission des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements, welche die Rechtsmittelverfahren am 30. Dezember 2002 als gegenstandslos abschrieb, nachdem die gesamten streitbetroffenen Düngerbestände in der Zwischenzeit entweder vernichtet (fleisch- und knochenmehlhaltige Produkte) oder verkauft worden waren (hornmehlhaltige Produkte).
D. Bereits am 19. Dezember 2001 hatte die Y._ beim Eidgenössischen Finanzdepartement ein Schadenersatzbegehren über 2'225'434 Franken eingereicht, weil das Bundesamt für Landwirtschaft im Zusammenhang mit der Bewilligungspflicht für tiermehlhaltige Düngemittel rechtswidrig gehandelt habe. Sie rügte insbesondere, dass es bei Düngern für Zierpflanzen und Hausgärten sowie bei Kompostierungsmitteln an einer gesetzlichen Grundlage für entsprechende Massnahmen fehle (vgl. E. 4). Das Schadenersatzverfahren war sistiert worden, bis die bei der Rekurskommission des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements hängigen Beschwerdeverfahren abgeschlossen waren. Am 8. Oktober 2003 erstattete das Bundesamt für Veterinärwesen einen Amtsbericht zur Frage, wie die Gefährlichkeit von Düngemitteln mit Blick auf BSE Ende des Jahres 2000 zu beurteilen gewesen sei. Mit Verfügung vom 15. Oktober 2004 wies das Eidgenössische Finanzdepartement das Schadenersatzbegehren der Y._ ab.
E. Hiergegen beschwerte sich die neu gegründete X._ AG, in welche die Aktiven und Passiven der Y._ eingebracht worden waren, bei der Eidgenössischen Rekurskommission für die Staatshaftung. Mit Schreiben vom 28. Januar 2005 reduzierte sie ihre Schadenersatzforderung auf 2'215'244.80 Franken (nachdem sie von der Treuhandstelle der Schweizerischen Dünger-Pflichtlagerhalter für die vernichteten Düngerprodukte eine Rückerstattung von Beiträgen an den Garantiefonds in der Höhe von 10'189.20 Franken erhalten hatte).
Am 14. September 2005 führte die Eidgenössische Rekurskommission für die Staatshaftung eine Hauptverhandlung durch, anlässlich welcher Mitarbeiter der Bundesämter für Landwirtschaft und Veterinärwesen (teils unmittelbar mündlich, teils im Vorfeld der Verhandlung schriftlich) als Zeugen befragt wurden. Mit Entscheid vom 29. November 2005 wies die Rekurskommission die Beschwerde ab.
F. Am 16. Januar 2006 hat die X._ AG beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und ihr Schadenersatz in der Höhe von 2'215'244.80 Franken zuzusprechen (nebst 5 Prozent Zins seit dem 19. Dezember 2001).
Das Eidgenössische Finanzdepartement schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während die Eidgenössische Rekurskommission für die Staatshaftung auf Vernehmlassung verzichtet hat.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Entscheide der Eidgenössischen Rekurskommission für die Staatshaftung unterliegen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht (Art. 98 lit. e OG; Art. 10 Abs. 1 und Art. 19 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördemitglieder und Beamten [VG; SR 170.32]). Die Beschwerdeführerin ist als unterlegene Antragstellerin zur Beschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG). Auf ihre form- und fristgemäss eingereichte Eingabe ist einzutreten.
1.2 Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, gerügt werden (Art. 104 lit. a OG). Hat - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz gewirkt, ist das Bundesgericht jedoch an deren Sachverhaltsfeststellung gebunden, sofern diese nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen erfolgt ist (Art. 104 lit. b in Verbindung mit Art. 105 Abs. 2 OG).
2. 2.1 Art. 27 des Bundesgesetzes vom 24. Januar 1991 über den Schutz der Gewässer (GSchG; SR 814.20) schreibt eine Bodenbewirtschaftung vor, welche - entsprechend dem Stand der Technik - die Gewässer nicht beeinträchtigt. Insbesondere ist auf die Abschwemmung und Auswaschung von Düngern und Pflanzenbehandlungsmitteln zu achten, wobei die nähere Regelung dieses Problembereichs dem Bundesrat übertragen wird (vgl. auch <ref-law>). Auch das Bundesgesetz vom 7. Oktober 1983 über den Umweltschutz (USG; SR 814.01) ermächtigt den Bundesrat, Vorschriften über Düngemittel zu erlassen; es zählt diese zu den Stoffen, welche aufgrund ihrer Eigenschaften, Verwendungsart oder Verbrauchsmenge die Umwelt oder (mittelbar) den Menschen gefährden können (<ref-law>).
2.2 Gestützt auf diese Ermächtigungen erliess der Bundesrat die Verordnung vom 26. Januar 1994 über das Inverkehrbringen von Düngern und diesen gleichgestellten Erzeugnissen (Dünger-Verordnung, aDüV; AS 1994 S. 700 ff.). Diese Verordnung regelte das Inverkehrbringen von Düngern "zur Verwendung in der Landwirtschaft" (Art. 2 aDüV) und unterschied grundsätzlich zwischen Düngern, die ohne Bewilligung in Verkehr gebracht werden durften (Art. 8 ff. aDüV), und solchen, deren Abgabe bewilligungspflichtig war (Art. 11 ff. aDüV). Mit der Einteilung der einzelnen Dünger in eine der beiden Gruppen war das Eidgenössische Volkswirtschaftsdepartement betraut, welches zu diesem Zweck insbesondere eine Liste der nicht bewilligungspflichtigen Produkte zu erstellen hatte (Art. 8 Abs. 1 und Art. 11 Abs. 1 lit. a aDüV). Weiter hatte es die verschiedenen Dünger genau zu definieren und die Anforderung an deren Eigenschaften im Detail zu regeln (Art. 8 Abs. 2 aDüV). Diesem Rechtsetzungsauftrag ist das Departement durch Erlass der Verordnung vom 8. Mai 1995 über Dünger und diesen gleichgestellten Erzeugnisse (Düngerbuch-Verordnung, aDüBV; AS 1995 S. 2809 ff.) nachgekommen, welche einerseits ausführliche Vorschriften über die Zusammensetzung und die Kennzeichnung der Dünger sowie über Analyse und Toleranzen enthielt und andererseits in mehreren Anhängen die nicht bewilligungspflichtigen Dünger aufzählte (vgl. Art. 6 Abs. 1 aDüBV). Zur Erleichterung der amtlichen Kontrolle (vgl. Art. 10 aDüV) war für den Grossteil der nicht bewilligungspflichtigen Dünger ein Meldeverfahren vorgesehen (Art. 8 Abs. 1 aDüBV). Die meldepflichtigen Dünger waren bei der Eidgenössischen Forschungsanstalt für Agrikulturchemie und Umwelthygiene anzumelden, welche die eingereichten Unterlagen prüfte und - sofern diese zu keinen Bemerkungen Anlass gaben - die Anmeldung bestätigte (Art. 9 aDüBV).
2.3 Weitere Regelungen zum Schutz von Mensch und Umwelt vor schädlichen Einwirkungen durch Dünger hatte der Bundesrat in der Verordnung vom 9. Juni 1986 über umweltgefährdende Stoffe (Stoffverordnung, StoV; AS 1986 S. 1254 ff.) erlassen (in Kraft bis zum 1. August 2005; AS 2005 S. 2695). In deren Art. 21 wurden die nichtlandwirtschaftlich verwendeten Dünger einer Meldepflicht unterstellt, wobei sich das Anmeldeverfahren nach der alten Düngerverordnung richtete (Abs. 1 lit. c [Fassung vom 16. September 1992; AS 1992 S. 1749] und Abs. 4 [Fassung vom 26. Januar 1994; AS 1994 S. 678]). Von der Meldepflicht ausgenommen waren jene Erzeugnisse, welche gemäss der alten Dünger-Verordnung bzw. alten Düngerbuch-Verordnung ohne Anmeldung abgegeben werden konnten (Art. 21 Abs. 1bis StoV in der Fassung vom 26. Januar 1994; AS 1994 S. 678); eine Bewilligungspflicht war für nichtlandwirtschaftlich verwendete Dünger grundsätzlich nicht vorgesehen (Art. 22 StoV e contrario). Der Anhang 4.5 zur Stoffverordnung (Fassung vom 16. September 1992; AS 1992 S. 1752 ff.) enthielt weitere detaillierte Normen zur Düngerabgabe, unter anderem auch den Grundsatz, wonach nur Dünger abgegeben werden durften, welche weder Umwelt noch mittelbar den Menschen gefährden konnten (Ziff. 21 lit. a). Es war Sache des Bundesamts für Landwirtschaft, sicherzustellen, dass nur Erzeugnisse abgegeben werden, welche diesen (und den übrigen in Anhang 4.5 formulierten) Anforderungen genügten (Ziff. 25 Abs. 1 lit. f, Fassung vom 28. Oktober 1998; AS 1998 S. 2915).
2.4 Dünger, die Erzeugnisse aus tierischen Abfällen enthalten, zählten zu den Abfalldüngern (Art. 3 Abs. 1 lit. a Ziff. 2 aDüV) bzw. zu den organischen oder organisch-mineralischen Düngern (Art. 15 Abs. 1 lit. d aDüBV). Sowohl die landwirtschaftlich als auch die nichtlandwirtschaftlich verwendeten Produkte durften ohne Bewilligung in Verkehr gebracht werden, waren aber bei der Eidgenössischen Forschungsanstalt für Agrikulturchemie und Umwelthygiene (Art. 6 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 8 Abs. 1 aDüBV; vgl. Anhang 2 Ziff. 6.1 und Anhang 3 Ziff. 9.12-9.19 aDüBV) bzw. dem Bundesamt für Landwirtschaft (Art. 21 Abs. 1 lit. c Ziff. 2 StoV, Fassung vom 28. Oktober 1998; AS 1998 S. 2913) anzumelden. Auf den 1. Januar 2001 trat für die landwirtschaftlichen Dünger eine neue Regelung in Kraft (vgl. Sachverhalt, lit. B): Gemäss Art. 6 Abs. 2bis aDüBV (in die Verordnung eingefügt am 21. Dezember 2000; AS 2001 S. 170) konnten Dünger, welche Mehle oder Extraktionsfette tierischer Herkunft enthielten, nicht mehr bewilligungsfrei in Verkehr gebracht werden. Betroffen waren alle gängigen Erzeugnisse aus tierischen Abfällen: Blutmehl und andere Blutprodukte (lit. a), Gelatine aus Abfällen von Wiederkäuern (lit. b), Fleischmehl und Fleischknochenmehl (lit. c), Griebenmehl und Griebenkuchen (lit. d), Knochenschrot (lit. e), Fett, das aus nicht geniessbaren Teilen von Schlachtabfällen extrahiert wurde (lit. f), Horn- und Klauenmehl (lit. g), Produkte, die aus Erzeugnissen nach lit. a-g hergestellt wurden (lit. h) sowie Abfälle der Produkte nach lit. a-h (lit. i).
2.5 Diese Revision nahm letztlich bloss das kurz darauf erlassene neue, heute geltende Recht vorweg: In der Verordnung vom 10. Januar 2001 über das Inverkehrbringen von Düngern (Dünger-Verordnung, DüV; SR 916.171), welche am 1. März 2001 in Kraft getreten ist, hat der Bundesrat das bewilligungsfreie Inverkehrbringen von Düngern, welche tierische Abfälle enthalten, generell ausgeschlossen (Art. 8 Abs. 1 lit. c in Verbindung mit Art. 2 Abs. 1 und Abs. 2 lit. a und <ref-law>). Dementsprechend werden in der Verordnung des EVD vom 28. Februar 2001 über das Inverkehrbringen von Düngern (Düngerbuch-Verordnung EVD, DüBV; SR 916.171.1) die gleichen Inhaltsstoffe, welche bereits Gegenstand von Art. 6 Abs. 2bis aDüBV bildeten, ausdrücklich der Bewilligungspflicht unterstellt (Art. 1 Abs. 2 und Art. 3 in Verbindung mit dem Anhang 2 DüBV). Das geltende Recht unterscheidet dabei nicht mehr - wie zuvor Art. 2 aDüV - zwischen einer landwirtschaftlichen und einer nichtlandwirtschaftlichen Verwendung der Produkte. <ref-law> in der ursprünglichen Fassung (AS 2001 S. 522) definierte den Geltungsbereich zwar noch über eine Aufzählung der Verwendungsbereiche der Düngemittel; diese war aber derart weit gefasst, dass unbestrittenermassen alle hier interessierenden Produkte in den Geltungsbereich fielen. Die heute geltende (vom 18. Mai 2005 datierende) Fassung kennt (auch) vom Wortlaut her keine Einschränkungen mehr.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, das Bundesamt für Landwirtschaft habe widerrechtlich gehandelt, indem es ab dem 1. Januar 2001 tiermehlhaltige Dünger nicht nur in der Landwirtschaft, sondern auch für die "nichtlandwirtschaftliche Verwendung" bewilligungspflichtig erklärt habe. Diese Massnahme habe bei ihr zum eingeklagten Schaden von rund 2,2 Mio. Franken geführt: Weil sie ihren Jahresumsatz zu 75 Prozent in der ersten Jahreshälfte erziele, habe sie im Januar 2001, als die Bewilligungspflicht in Kraft getreten sei, über volle Lagerbestände verfügt, die sie nicht mehr habe verkaufen können. Jene Dünger, die Fleisch- oder Knochenmehl enthielten, habe sie schliesslich vernichten müssen, weil sie nicht mehr handelbar gewesen seien. Der hornmehlhaltige Dünger, für dessen Abgabe sie Bewilligungen erhalten habe, sei nur mit Schwierigkeiten und erst nach zusätzlichen Aufwendungen absetzbar gewesen. Eine schädigende Handlung sieht die Beschwerdeführerin sodann in der ihres Erachtens verunglückten Informationstätigkeit des Bundesamts. Schliesslich macht sie eine Verletzung von Treu und Glauben geltend, weil sie auf den Fortbestand der "Bewilligungen" für die Abgabe ihrer Produkte habe vertrauen dürfen.
3.2 Nach Art. 3 Abs. 1 VG haftet der Bund unabhängig von einem Verschulden für den Schaden, den seine Organe und seine Beamten Dritten in Ausübung ihrer amtlichen Tätigkeit widerrechtlich zufügen. Widerrechtlich ist eine Schadenzufügung dann, wenn die Rechtsordnung verletzt wurde, indem Organe oder Beamte Gebote missachtet bzw. gegen Verbote verstossen haben; allerdings müssen die verletzten Verhaltensnormen gerade dem Schutz vor solchen Schädigungen dienen. Die Rechtsprechung bejaht eine Widerrechtlichkeit des Verhaltens überdies dann, wenn Beamte gegen einen allgemeinen Rechtsgrundsatz verstossen oder das ihnen gesetzlich eingeräumte Ermessen - im Sinne eines qualifizierten Ermessensfehlers - überschreiten oder missbrauchen (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 317 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 476 f., je mit weiteren Hinweisen).
3.3 Liegt eine Verletzung absoluter Rechte (insb. Leben, Gesundheit, Eigentum) ohne Rechtfertigungsgrund vor, so ergibt sich die Rechtswidrigkeit der schädigenden Handlung grundsätzlich direkt aus diesem Erfolg, ohne dass es zusätzlich eines verpönten Verhaltens im dargestellten Sinne bedürfte (vgl. <ref-ruling> E. 4d S. 581 f.). Eine blosse Vermögensschädigung ohne gleichzeitigen Eingriff in ein absolutes Recht ist demgegenüber - wie gesehen - nur widerrechtlich, wenn sie auf der Verletzung einer Amtspflicht beruht, die dem Schutz vor solchen Schädigungen dient. Dabei stellt allerdings nicht jede noch so geringfügige Amtspflichtverletzung eine haftungsbegründende Widerrechtlichkeit dar; vielmehr ist erforderlich, dass eine für die Ausübung der amtlichen Funktion wesentliche Pflicht betroffen ist (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 318). Weiter reicht nicht aus, dass sich die schädigende Handlung im Nachhinein als gesetzwidrig erweist: Haftungsbegründend ist lediglich eine unentschuldbare Fehlleistung, die einem pflichtbewussten Beamten nicht unterlaufen wäre. Die Amtspflichten sollen vor Schädigungen durch fehlerhafte Rechtsakte bewahren, nicht aber die Normen des anzuwendenden materiellen Rechts selber schützen (vgl. <ref-ruling> E. 4d/dd S. 582).
3.4 Die Eidgenössische Rekurskommission für die Staatshaftung hat das Rechtsmittel der Beschwerdeführerin abgewiesen, weil sie die schädigende Massnahme nicht als widerrechtlich erachtete bzw. das Vorliegen einer Amtspflichtverletzung verneinte. Sie hat sich weder mit dem Kausalzusammenhang zwischen der Bewilligungspflicht für das Inverkehrbringen von Düngern und dem geltend gemachten Schaden noch mit der Schadenshöhe befasst. Das vorliegende Verfahren hat sich deshalb grundsätzlich auf die Frage der Widerrechtlichkeit zu beschränken.
4. Die Beschwerdeführerin erachtet als widerrechtlich, dass das Bundesamt für Landwirtschaft auf den 1. Januar 2001 auch die tiermehlhaltigen Dünger, die zur nichtlandwirtschaftlichen Verwendung für Zierpflanzen und in Hausgärten bestimmt waren, einer Bewilligungspflicht unterstellt hat; für eine entsprechende Massnahme habe es keine gesetzliche Grundlage gegeben. Zwar sei die alte Düngerbuch-Verordnung geändert und in Art. 6 Abs. 2bis aDüBV eine Bewilligungspflicht für Dünger mit Tiermehl statuiert worden. Diese Bestimmung habe aber lediglich die landwirtschaftlichen Dünger erfasst, weshalb die nichtlandwirtschaftlichen Dünger am 1. Januar 2001 - der unveränderten Regelung der Stoffverordnung entsprechend - weiterhin bewilligungsfrei hätten in Verkehr gebracht werden dürfen. Daran habe alsdann auch das Inkrafttreten des geltenden Rechts am 1. März 2001 nichts geändert, obschon dieses an sich das bewilligungsfreie Inverkehrbringen von Düngern mit tierischen Abfallprodukten generell ausschliesse: Die Übergangsregelung habe ausdrücklich vorgesehen, dass Dünger, die erst gestützt auf das neue Recht bewilligungspflichtig wurden, noch bis zum 30. September 2003 weiterhin ohne Bewilligung abgegeben werden durften (<ref-law>).
4.1 Das Bundesamt für Landwirtschaft hat im Verfahren vor der Rekurskommission des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements erklärt, mit Inkrafttreten von Art. 6 Abs. 2bis aDüBV habe es den Begriff "zur Verwendung in der Landwirtschaft" weit ausgelegt und sämtliche Dünger der alten Dünger-Verordnung und der alten Düngerbuch-Verordnung unterstellt. Mithin hat es die neue Regelung tatsächlich auch auf jene Dünger angewandt, welche es zuvor der Stoffverordnung unterstellt gehabt hatte. Nach seinen Angaben sah sich das Bundesamt zu diesem Vorgehen gezwungen, weil nur so die Wirkung der neuen Massnahmen im Kampf gegen BSE "auf ganzer Linie" hätten gewährleistet werden können; eine Revision der Stoffverordnung bis zum 1. Januar 2001 sei aus zeitlichen Gründen nicht machbar gewesen. Die Eidgenössische Rekurskommission für die Staatshaftung hat dem Bundesamt bei der Abgrenzung des Anwendungsbereichs der alten Düngerverordnung und der Stoffverordnung zwar "ein (gewisses) Ermessen" zugestanden. Letztlich hat die Vorinstanz aber offen gelassen, ob sich das beanstandete Vorgehen auf eine genügende gesetzliche Grundlage zu stützen vermochte bzw. ob es eine zulässige Praxisänderung darstellte. Sie hat es nämlich mit Blick auf die polizeiliche Generalklausel von vornherein als bundesrechtskonform betrachtet.
4.2 Die Kritik, welche die Beschwerdeführerin am angefochtenen Entscheid übt, erscheint insoweit nicht unberechtigt, als eine Berufung auf die polizeiliche Generalklausel als solche (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 340 f.; <ref-ruling> E. 4b S. 118) im vorliegenden Zusammenhang problematisch ist. Wieso allein bezüglich der nichtlandwirtschaftlichen Dünger ein Fall von zeitlicher Dringlichkeit hätte vorliegen sollen, leuchtet nicht ohne weiteres ein und wird von der Vorinstanz auch nicht näher begründet. Zwar wurde die Stoffverordnung vom Bundesrat erlassen, während es sich bei der am 21. Dezember 2000 geänderten alten Düngerbuch-Verordnung um einen Erlass des Eidgenössischen Volkswirtschaftsdepartements handelte. Es ist jedoch schwer einzusehen, wieso nur die eine, nicht aber die andere Verordnung kurzfristig hätte geändert werden können: Die vom Departement in Art. 6 Abs. 2bis aDüBV eingeführte Regelung stimmt wörtlich mit jener überein, welche der Bundesrat selber nur wenige Tage später (am 10. Januar 2001) als Teil der neuen Dünger-Verordnung erlassen hat. Hinzu kommt, dass die Änderung der einschlägigen Bestimmungen über die Abgabe von Düngern letztlich bloss die Regelung nachvollzog, welche Gegenstand der einen Tag früher erfolgten bundesrätlichen Revision der Vorschriften über die zulässigen Futtermittel bildete (Art. 183 TSV; vgl. Sachverhalt, lit. Ac). Unter diesen Voraussetzungen sollte es dem Bundesrat eigentlich möglich gewesen sein, gleichzeitig mit den übrigen Anpassungen auch die Stoffverordnung entsprechend zu revidieren. Wie es sich damit verhält, kann hier indessen offen bleiben, zumal das Vorgehen des Bundesamts für Landwirtschaft letztlich selbst ohne Revision der Stoffverordnung rechtmässig war.
4.3 Zwar wurden die einschlägigen Bestimmungen für nichtlandwirtschaftliche Dünger, welche an sich nur eine Anmeldepflicht vorsahen, nicht angepasst; das Einführen der streitigen Bewilligungspflicht auf den 1. Januar 2001 lässt sich dennoch auf eine genügende gesetzliche Grundlage stützen. Wie gesehen war es Sache des Bundesamts für Landwirtschaft, zu verhindern, dass für Mensch oder Umwelt gefährliche Dünger abgegeben werden (vgl. E. 2.3). Die einschlägigen Bestimmungen des Anhangs 4.5 zur Stoffverordnung, welche das Bundesamt mit dieser Aufgabe betrauten, beinhalteten nicht bloss eine (abstrakte) Umschreibung von dessen Aufgabenbereich. Vielmehr verschafften sie der Behörde die Kompetenz, gegebenenfalls die erforderlichen Massnahmen zu ergreifen. Das Bundesamt für Landwirtschaft war damit ermächtigt und verpflichtet, zum Schutz von Mensch und Umwelt in Bezug auf die Zulassung von Düngern auch dann geeignete Vorkehren zu treffen, wenn es die gebotene Massnahme nicht auf eine bestimmte, ausdrückliche Regelung in der Stoffverordnung stützen konnte. Unter welchen genauen Voraussetzungen sich das Bundesamt im Allgemeinen auf Ziff. 21 lit. a und Ziff. 25 Abs. 1 lit. f des Anhangs 4.5 zur Stoffverordnung berufen konnte, braucht hier nicht im Einzelnen untersucht zu werden; es steht ausser Frage, dass diese Regelung im vorliegenden Fall anwendbar war:
4.3.1 Als hoch ansteckende und äusserst hartnäckige Tierseuche stellt BSE klarerweise eine nicht unbedeutende Gefahr für die Umwelt dar. Zudem gilt seit Ende der 90er Jahre als sicher, dass auch die beim Menschen erstmals 1996 aufgetretene Variante der Creutzfeldt-Jakob-Krankheit (vCJD) durch eine Ansteckung mit BSE-Prionen ausgelöst wird (vgl. Rogivue/Gottwein/Aguzzi/Glatzel, Transmissible spongiforme Enzephalopathien beim Menschen, in: Schweizer Archiv für Tierheilkunde 144 H. 12 S. 688). Ende 2000 waren bereits zahlreiche Massnahmen zur Bekämpfung von BSE ergriffen worden, welche insbesondere die Vernichtung der Kadaver aller erkrankten Tiere, das Verbot der Verfütterung von Tiermehl an Wiederkäuer sowie - seit Mai 1996 - auch die Vernichtung der risikobehafteten Organe sämtlicher geschlachteter Rinder umfassten (vgl. Sachverhalt, lit. A). Als im Herbst 2000 erstmals bei zwei nach dem Mai 1996 geborenen Kühen BSE festgestellt wurde, erwiesen sich diese Vorkehren allerdings in ihrer Gesamtheit als unzureichend. Die Behörden hatten deshalb weiterführende Massnahmen zu ergreifen, welche zwangsläufig rigoros sein mussten; einerseits waren die naheliegenden Vorkehren schon getroffen worden und andererseits war bekannt, dass bereits eine äusserst geringe Menge an infektiösem Material für eine Ansteckung mit BSE ausreicht (offenbar genügt weniger als ein Gramm davon, vgl. Perler/Guidon/Schmidt, Die Bekämpfung der BSE: Ein Prüfstein für den Veterinärdienst, in: Schweizer Archiv für Tierheilkunde 144 H. 12 S. 695). Deshalb versuchten die Bundesbehörden, die Gefahr, dass Rinder mit ihrer Nahrung infektiöse Prionen aufnehmen, weiter zu reduzieren. Die wichtigste diesbezügliche Massnahme stellt klarerweise das generelle Verbot dar, Mehle und Extraktionsfette tierischer Herkunft an Nutztiere zu verfüttern. Die Einschränkungen betreffend das Inverkehrbringen von Düngern mit Tiermehl bildeten flankierende Massnahmen hierzu. Ihr Ziel war es, möglichst zu verhindern, dass Rinder auf gedüngten Weiden oder durch Kontamination der Futtermittel im Landwirtschaftsbetrieb versehentlich infektiöses Tiermehl einnahmen.
4.3.2 Gemäss den Auskünften der zuständigen Fachbehörde (Bundesamt für Veterinärwesen), auf welche die Vorinstanz zulässigerweise abstellen durfte, bestand eine - wenn auch geringe - Gefahr, dass sich Rinder über die orale Aufnahme von tiermehlhaltigem Dünger mit BSE ansteckten. Diese Gefahr war zudem nicht zum Vornherein auf Dünger beschränkt, welche für eine landwirtschaftliche Verwendung bestimmt waren und deshalb unter den Geltungsbereich der alten Düngerbuch-Verordnung fielen. Es war ohne weiteres vorstellbar, dass auch Düngerprodukte, die an sich für Zierpflanzen in Hausgärten bestimmt waren, den Weg auf eine Weide finden (sei es direkt oder indirekt) oder anderswie mit dem Futter von Rindern in Kontakt kommen würden. Angesichts der ausserordentlichen Widerstandsfähigkeit der infektiösen Prionen gegen hohe Temperaturen und gegen Umwelteinflüsse generell (vgl. Glatzel/Gottwein/Aguzzi, Prionen als Motor der transmissiblen spongiformen Enzephalopathien, in: Schweizer Archiv für Tierheilkunde 144 H. 12 S. 633, und Perler/Guidon/Schmidt, a.a.O., S. 697) galt es zudem, möglichst jede Kontamination von Erdreich und Wasser mit potentiell gefährlichem Material zu vermeiden. Das Ausdehnen der Bewilligungspflicht auf nichtlandwirtschaftliche Dünger, welche Tiermehl enthalten, drängte sich unter diesen Gesichtspunkten geradezu auf: So konnte vermieden werden, dass auch nach Einführung der Bewilligungspflicht für tiermehlhaltige landwirtschaftliche Dünger noch eine Lücke im Kampf gegen die Verbreitung von BSE-Prionen fortbestand. Zwar wäre nahe gelegen, dass der Verordnungsgeber diese Massnahme selber trifft. Nach dem Gesagten kam jedoch gestützt auf Ziff. 21 lit. a und Ziff. 25 Abs. 1 lit. f des Anhangs 4.5 zur Stoffverordnung die entsprechende Kompetenz (subsidiär) auch dem Bundesamt zu.
4.3.3 Die Bewilligungspflicht für nichtlandwirtschaftliche Dünger musste zudem lediglich bis zum Inkrafttreten des geltenden Rechts am 1. März 2001 - mithin bloss während zweier Monate - auf Ziff. 21 lit. a und Ziff. 25 Abs. 1 lit. f des Anhangs 4.5 zur Stoffverordnung gestützt werden. Die betreffende Massnahme hielt sich damit in einem engen zeitlichen Rahmen, der den Anwendungsbereich der fraglichen Regelung nicht strapaziert. Ob das Bundesamt die streitige Bewilligungspflicht allenfalls auch direkt auf Art. 9 des Tierseuchengesetzes vom 1. Juli 1966 (TSG; SR 916.40) hätte stützen können (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 318 f.), braucht hier nicht näher untersucht zu werden.
4.4 Angesichts dieser Gegebenheiten beruft sich die Beschwerdeführerin vergeblich auf das Übergangsrecht: Zwar durften gemäss <ref-law> jene Dünger, deren Inverkehrbringen zuvor keine Bewilligung erfordert hatte und die erst mit Inkrafttreten des neuen Rechts bewilligungspflichtig wurden, noch bis zum 30. September 2003 ohne Bewilligung abgegeben werden. Allerdings erfüllten die Produkte der Beschwerdeführerin diese Voraussetzung nicht. Wie gesehen konnten sowohl landwirtschaftliche als auch nichtlandwirtschaftliche Dünger bereits ab 1. Januar 2001 - und mithin schon unter Geltung des alten Rechts - nur noch gestützt auf eine Bewilligung in Verkehr gebracht werden. Dass sich dieser Rechtszustand für jene Dünger, die nicht in den Geltungsbereich der alten Dünger-Verordnung fielen, nicht unmittelbar aus einem Erlass ergab, sondern auf einer vom Bundesamt auf Ziff. 21 lit. a und Ziff. 25 Abs. 1 lit. f des Anhangs 4.5 zur Stoffverordnung gestützten Massnahme beruhte, ändert daran nichts. Im Übrigen steht der Wille des Verordnungsgebers fest, Produkte aus tierischen Abfallstoffen rasch aus den Düngern zu verbannen (bzw. die Abgabe von tiermehlhaltigen Düngern nur noch im Anschluss an eine individuelle Risikobeurteilung zu bewilligen; vgl. unten E. 5.1). Es ist deshalb ohne weiteres anzunehmen, dass er das Übergangsrecht entsprechend angepasst und <ref-law> anders formuliert hätte, wenn das bewilligungsfreie Inverkehrbringen von nichtlandwirtschaftlichen Düngern nicht schon nach dem alten Recht ausgeschlossen gewesen wäre.
5. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, die streitige Massnahme verletze den Verhältnismässigkeitsgrundsatz; davon kann nach dem Gesagten jedoch keine Rede sein.
5.1 Die Bewilligungspflicht für tiermehlhaltige Dünger diente gewichtigen öffentlichen Interessen (Bekämpfung der Tierseuche BSE einerseits sowie Reduktion der Gefahr einer Ansteckung von Menschen mit vCJD andererseits) und war zweckmässig. Sie ermöglichte, für jedes tiermehlhaltige Produkt einzeln das konkrete Gefährdungspotenzial abzuschätzen und gestützt auf das Ergebnis dieser Beurteilung zu entscheiden, welche Dünger zugelassen werden sollen. Es ist evident, dass sich durch diese Massnahme die Wahrscheinlichkeit verringern liess, dass BSE-Prionen in die Umwelt gelangen.
5.2 Die Bewilligungspflicht musste damals auch erforderlich erscheinen: Selbst nach der systematischen Vernichtung der risikobehafteten Rinderorgane war es noch zu Neuansteckungen von Kühen gekommen. Zudem war bekannt, dass die orale Aufnahme von infektiösem Material die Hauptursache für die Verbreitung von BSE bildete (Perler/ Guidon/Schmidt, a.a.O., S. 694), dass dabei bereits kleinste Mengen für eine Neuansteckung ausreichten (vgl. E. 4.3.1) und dass selbst die Aufbereitung tierischer Abfälle gemäss den strengen Schweizer Vorschriften (Sterilisation durch Erhitzung auf eine Kerntemperatur von mindestens 133° C bei einem Druck von 3 bar während 20 Minuten; vgl. Art. 5 Abs. 1 der Verordnung vom 3. Februar 1993 über die Entsorgung tierischer Abfälle [AS 1993 S. 922]; heute: Ziff. 12 des Anhangs 4 der Verordnung vom 23. Juni 2004 über die Entsorgung von tierischen Nebenprodukten [VTNP; SR 916.441.22]) keine vollständige Inaktivierung von Prionen erreichen konnte (vgl. Perler/Guidon/Schmidt, a.a.O., S. 697). Bei diesen Gegebenheiten galt es überhaupt zu verhindern, dass infektiöses Material freigesetzt wird, das alsdann von Rindern eingenommen werden und zu Neuinfektionen führen könnte. Auch wenn die Wahrscheinlichkeit einer Infektion mit BSE bei Düngern, die nicht zum Einsatz in der Landwirtschaft bestimmt sind, tatsächlich (noch) kleiner gewesen sein dürfte als bei landwirtschaftlichen Düngern, liess sie sich letztlich nicht gänzlich ausschliessen. Deshalb drängte es sich auf, alle Arten von Düngern gleich zu behandeln, umso mehr als die Unterscheidung zwischen landwirtschaftlichen und nichtlandwirtschaftlichen Düngern nur kurze Zeit später ohnehin aufgegeben wurde. Die Bewilligungspflicht war die schonendste Massnahme, mit welcher das Fortbestehen eines unnötigen Restrisikos ausgeschlossen werden konnte.
5.3 Mit Blick auf die Erforderlichkeit der Massnahme ist ebenso wenig zu beanstanden, dass das Bundesamt den Düngerproduzenten keine Übergangsfrist für den Abbau der Lagerbestände gewährt hat. Soweit unbedenkliche Produkte betroffen waren, konnten diese nämlich nach dem Einholen einer Bewilligung weiterhin abgegeben werden. Dies war unter anderem bei der Beschwerdeführerin der Fall, welcher das Inverkehrbringen ihrer hornmehlhaltigen Dünger innert kürzester Frist (am 2. Februar 2001) bewilligt worden ist (offenbar hatte sie nachzuweisen vermocht, ausschliesslich Hornmehl verwendet zu haben, bei welchem - aufgrund von Herkunft und Herstellungsverfahren - mit Sicherheit keine potentiell infektiösen Teile wie Hornzapfen oder Schädelknochen mitverarbeitet worden waren). Demgegenüber galt es jene Produkte, bei denen eine Kontamination mit BSE-Prionen nicht auszuschliessen war, möglichst rasch und konsequent aus dem Verkehr zu ziehen. Entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin wird die Validität dieser Interessenabwägung nicht durch den Umstand in Frage gestellt, dass der Einsatz tiermehlhaltiger Dünger noch bis zum 1. August 2001 erlaubt blieb (vgl. <ref-law>). Ein sofortiges Verwendungsverbot mag zwar wünschenswert gewesen sein, die Einhaltung dieser Massnahme wäre aber weder kontrollierbar noch durchsetzbar gewesen.
5.4 Im vorliegenden Zusammenhang fällt weiter ins Gewicht, dass der Kampf gegen BSE - stets unter grosser Publizität - bereits zehn Jahre lang geführt worden war. Dabei war seit einiger Zeit allgemein bekannt, dass die Verwendung von tierischen Abfallstoffen in Futtermitteln (bzw. die orale Aufnahme von infektiösem Material) die Hauptursache für die Verbreitung der Krankheit darstellt. Jeder, der im Jahre 2000 noch mit tiermehlhaltigen Produkten handelte, nahm daher letztlich einschränkende gesundheitspolizeiliche Massnahmen in Kauf. Zudem darf nicht übersehen werden, dass die Bekämpfung von neuen Tierseuchen naturgemäss mit Unsicherheiten behaftet ist. Eine Entschädigungspflicht des Staates kann sich deshalb von vornherein nicht einzig aus dem Umstand ergeben, dass die Behörden gewisse Abwehrmassnahmen unnötigerweise angeordnet oder die nachträglich als richtig erkannten Vorkehren nicht im bestmöglichen Zeitpunkt getroffen haben. Hinzu kommt, dass sich bei entsprechenden staatlichen Vorkehren regelmässig sowohl Kreise finden, für die eine schärfere Gangart vorteilhaft wäre, als auch solche, die ein möglichst schonendes Eingreifen wünschen (dies zeigt sich auch bei den hier interessierenden Massnahmen zur Bekämpfung von BSE: Die Landwirte stellten Schadenersatzansprüche gegen den Bund, weil dieser zu wenig schnell und zu wenig entschieden vorgegangen sei [vgl. <ref-ruling>], während die Beschwerdeführerin nunmehr geltend macht, die sie betreffenden Massnahmen seien zu weit gegangen). Letztlich liegt es in der Natur der Sache, dass nicht auf alle Interessen gleichermassen Rücksicht genommen werden kann und dass Private durch Anordnungen des Staates zur Seuchenbekämpfung in ihren persönlichen oder geschäftlichen Interessen beeinträchtigt werden können; soweit es sich dabei um rechtmässige und sachlich vertretbare Abwehrmassnahmen handelt, sind derartige Nachteile entschädigungslos hinzunehmen.
5.5 Entsprechendes ist hier der Fall: Die Änderungen bei den Zulassungsvorschriften für Dünger zeitigten ihre Auswirkungen primär im Bereich der professionellen Landwirtschaft. Sollte die streitige Massnahme die Beschwerdeführerin dennoch - wie behauptet - gerade ausserhalb dieses Bereichs besonders hart getroffen haben, so ist dies zwar bedauerlich, gehört nach dem Gesagten aber zu ihrem Unternehmerrisiko. Jedenfalls hat das Bundesamt mit dem Ergreifen der streitigen Massnahmen den Verhältnismässigkeitsgrundsatz nicht verletzt: Die privaten Geschäftsinteressen, welche beeinträchtigt wurden, vermögen die öffentlichen, welche neben den im Vordergrund stehenden Anliegen der Seuchenbekämpfung und des Gesundheitsschutzes auch - insbesondere im Bereich des inländischen Fleischmarkts und des Aussenhandels - solche volkswirtschaftlicher Natur umfassten, nicht aufzuwiegen. Das Vorgehen des Bundesamts ist deshalb auch mit Blick auf die Zweck-Mittel-Relation nicht zu beanstanden.
6. Die Beschwerdeführerin macht ferner geltend, für die Abgabe ihrer Dünger über "Bewilligungen" verfügt zu haben, auf deren Fortbestehen sie habe vertrauen dürfen. Die von ihr hergestellten Produkte unterlagen allerdings bis zur Revision der alten Düngerbuch-Verordnung gerade nicht der Bewilligungspflicht, sondern waren im Anmeldeverfahren zuzulassen. Die Beschwerdeführerin will sich mit diesen Vorbringen wohl auf den Verfügungscharakter berufen, welcher ihres Erachtens der Anmeldung bzw. deren Bestätigung durch die Eidgenössische Forschungsanstalt für Agrikulturchemie und Umwelthygiene (vgl. Art. 9 Abs. 3 aDüBV) zukommt.
6.1 Die Rechtsnatur der Anmeldung nach der alten Düngerbuch-Verordnung ist noch ungeklärt (für die heutige Regelung vgl. <ref-law>): Das Anmeldeverfahren umfasste einerseits eine gewisse (administrative) Prüfung, vor deren Abschluss das Produkt nicht als angemeldet galt (vgl. Art. 9 aDüBV, insb. Abs. 3). Die Anmeldung war damit jedenfalls nicht rein deklaratorischer Natur; dies ergibt sich auch aus Art. 10 aDüBV, welcher einige Fälle vorsah, in denen eine bestätigte Anmeldung von den Behörden förmlich zu "widerrufen" war. Andererseits wurde im Erlass aber deutlich zwischen der Anmeldung und der - eine Verfügung darstellenden - Bewilligung unterschieden. Letztlich kann die Frage nach der Rechtsnatur der Anmeldung offen bleiben, weil sie für den Ausgang des Verfahrens unerheblich ist. So oder anders war vorliegend keine Vertrauenslage geschaffen worden, auf welche sich der Beschwerdeführer berufen könnte.
6.2 Mit der Erkrankung zweier nach dem Mai 1996 geborener Rinder entstand im Herbst 2000 eine neue Sachlage, an welche die Regelung des Zulassungsverfahrens für Dünger angepasst wurde. Damit hatten sich seit dem Zeitpunkt, in dem die Produkte der Beschwerdeführerin ursprünglich zugelassen worden waren, sowohl die Sach- als auch die Rechtslage verändert. Diesen neuen Gegebenheiten waren die bestehenden Zulassungen anzupassen, unabhängig davon, ob sie in Verfügungsform gekleidet waren oder nicht (vgl. etwa <ref-ruling> E. 3b/cc S. 123). Zwar hätte die Beschwerdeführerin einen förmlichen Widerruf der Zulassung mit einem Rechtsmittel anfechten können. Dies hätte aber - entgegen ihren Vorbringen - keineswegs dazu geführt, dass sie ihre Produkte weiterhin hätte abgeben dürfen; die Annahme, es wäre ihr während der Dauer des Widerrufsverfahrens möglich gewesen, ihre Lagerbestände abzustossen, erscheint abwegig, weil ihrer Beschwerde unter den gegebenen Umständen mit Sicherheit die aufschiebende Wirkung entzogen worden wäre.
7. In ihren (insoweit nicht sehr klaren) Ausführungen kritisiert die Beschwerdeführerin das Informationsverhalten des Bundesamts in zweifacher Hinsicht:
7.1 Erstens macht sie geltend, selber nur ungenügend über die Tragweite der im Düngerbereich ergriffenen Massnahmen und die Bewilligungsmöglichkeit für die einzelnen Produkte informiert worden zu sein. Insbesondere habe das Bundesamt das "Verbot" der tiermehlhaltigen Dünger zu spät bekannt gegeben, so dass die betreffenden Produkte schon produziert gewesen seien.
7.1.1 Mit dieser Argumentation verkennt die Beschwerdeführerin, dass der Handlungsbedarf erst im Oktober 2000 mit Bekanntwerden der Erkrankung zweier nach dem Mai 1996 geborener Rinder entstanden ist. Alsdann mussten sich die verschiedenen betroffenen Bundesämter (für Veterinärwesen, für Gesundheit und für Landwirtschaft) zunächst über die veränderte Sachlage und die zu ergreifenden Massnahmen klar werden, was eine gewisse Zeit in Anspruch nahm. Erst am 11. Dezember 2000 fand die Ämterkonsultation statt, gestützt auf welche das Eidgenössische Volkswirtschaftsdepartement am 21. Dezember 2000 Art. 6 Abs. 2bis in die alte Düngerbuch-Verordnung einfügte.
7.1.2 Das Bundesamt für Landwirtschaft hat bereits am 15. Dezember 2000 eine Informationsveranstaltung durchgeführt, zu welcher auch die Beschwerdeführerin eingeladen war. Angesichts der geschilderten Abläufe ist nicht ersichtlich, inwiefern das Bundesamt früher hätte informieren können oder müssen. Es darf diesem nicht vorgeworfen werden, dass es mit der Information interessierter Kreise zugewartet hat, bis über das weitere Vorgehen Klarheit bestand; im Gegenteil, könnte es doch allenfalls eine Pflichtverletzung darstellen, wenn überstürzt Massnahmen angekündigt würden, die in der Folge gar nicht umgesetzt werden.
7.1.3 Ferner versteht sich von selbst, dass am Informationsanlass vom 15. Dezember 2000 noch keine Einzelheiten über die Voraussetzungen bekannt waren, unter denen hornmehlhaltige Produkte bewilligt werden würden, war doch die Bewilligungspflicht zu diesem Zeitpunkt noch nicht einmal formell statuiert. Immerhin wurde bereits damals kommuniziert, dass die Herkunft des Hornmehls bzw. die Art und Weise seiner Gewinnung für den Entscheid über die "Unbedenklichkeit" der Produkte entscheidend sein werde. Damit konnte sich die Beschwerdeführerin bereits ausrechnen, worauf es im Bewilligungsverfahren ankommen würde, und ihre Gesuche entsprechend vorbereiten. In der Folge erhielt sie denn auch blosse zwei Wochen nach der Gesuchseinreichung am 19. Januar 2001 (provisorische) Bewilligungen für die Abgabe ihrer hornmehlhaltigen Produkte. Auch insoweit ist ein pflichtwidriges Fehlverhalten des Bundesamts zu verneinen.
7.2 Zweitens sieht die Beschwerdeführerin eine schädigende Handlung des Bundesamts für Landwirtschaft in der ihres Erachtens unzureichenden bzw. falschen Information der Medien und der Öffentlichkeit. Das Bundesamt habe stets von einem "Verbot" aller tiermehlhaltigen Dünger gesprochen und zu wenig auf die Möglichkeit hingewiesen, dass individuelle Bewilligungen (insbesondere für hornmehlhaltige Produkte) eingeholt werden könnten.
7.2.1 Die Beschwerdeführerin stützt ihren dahingehenden Vorwurf lediglich auf ein einziges Schreiben des Bundesamts für Landwirtschaft vom 20. Dezember 2000. Darin wird in der Tat betont, das Inverkehrbringen von Düngern mit tierischen Abfallstoffen sei ab 1. Januar 2001 "untersagt", ohne gleichzeitig von der Bewilligungsmöglichkeit zu sprechen; dies, obschon unstreitig ist, dass eine solche zumindest für hornmehlhaltige Produkte schon damals konkret vorgesehen war. Das fragliche Schreiben war indessen - soweit ersichtlich - nicht an die Öffentlichkeit, sondern allein an die Düngerproduzenten gerichtet, welche aufgefordert wurden, ihre tiermehlhaltigen Dünger zu bezeichnen. Weil diese bereits zuvor korrekt informiert worden waren, kommt der Auslassung im Schreiben vom 20. Dezember 2000 keine besonders grosse Bedeutung zu. Weitere Beispiele von Fehlinformationen vermag die Beschwerdeführerin nicht anzuführen.
7.2.2 Sie beruft sich im vorliegenden Zusammenhang überhaupt vorab auf die Reaktion ihrer Kunden, welche keinerlei tiermehlhaltigen Dünger (auch nicht solche mit Hornmehl) mehr beziehen wollten; teilweise sandten die Kunden offenbar gar bereits bezogene Ware zurück, ungeachtet der Möglichkeit, dass die betreffenden Produkte bewilligt werden könnten. Die Beschwerdeführerin sieht das entsprechende Verhalten direkt in einer pflichtwidrigen Informationstätigkeit des Bundesamts für Landwirtschaft begründet. Mit ihrer Argumentation, welche offensichtlich zu kurz greift, vermag sie zwar darzutun, dass der Markt mit Verunsicherung auf die neuen Zulassungsvorschriften für Dünger reagiert hat. Sie unterschlägt jedoch, dass dies eine Vielzahl verschiedener Ursachen hatte und vorliegend - schon wegen der allgemeinen Implikationen - ohne weiteres in der Natur der Sache lag. Ein pflichtwidriges Informationsverhalten des Bundesamts lässt sich deshalb von vornherein nicht allein mit der Reaktion der Kunden der Beschwerdeführerin belegen.
7.2.3 Gesamthaft betrachtet ist der Beschwerdeführerin allerdings insoweit Recht zu geben, als wohl nicht alle Mitteilungen des Bundesamts für Landwirtschaft optimal formuliert waren; auch der Ausdruck "de facto Verbot", der verschiedentlich verwendet wurde, mag etwas ungeschickt erscheinen. Insgesamt waren die amtlichen Pressemitteilungen und Informationsschreiben aber genügend klar abgefasst und liessen insbesondere keinen Zweifel darüber, dass die Möglichkeit bestand, eine Bewilligung - vorab für die Abgabe von hornmehlhaltigen Düngerprodukten - zu beantragen; wie die Vorinstanz zutreffend dargelegt hat, wurde auf diese Möglichkeit denn auch in verschiedenen Zeitungsberichten ausdrücklich hingewiesen. Die Art und Weise, in welcher das Bundesamt die Öffentlichkeit informiert hat, erscheint damit nicht als pflichtwidrig.
8. Eine Haftung des Bundes fällt nach dem Gesagten schon mangels einer Amtspflichtverletzung bzw. mangels Widerrechtlichkeit des gerügten Verhaltens ausser Betracht. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet.
Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens werden die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Parteientschädigung ist keine auszurichten (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 15'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Eidgenössischen Finanzdepartement und der Eidgenössischen Rekurskommission für die Staatshaftung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. November 2006
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: