Werkvertrag, hat sich ergeben:
A.- Mit Werkvertrag vom 23. April 1997 übertrug die A._ AG die Erd- und Baumeisterarbeiten für die Erstellung einer Werkhalle auf ihrem Gelände in C._ der B._ AG zu einem Pauschalpreis von Fr. 220'000.--.
Mit der Bauleitung war das Architekturbüro D._ betraut.
B.- Das gesamte Gebäude wurde 20 bis 25 cm tiefer als geplant erstellt. Weil deshalb das Abwasser nicht abfliessen konnte, musste die B._ AG nachträglich einen Fäkalienschacht bauen, in welchem das Abwasser auf ein höheres Niveau gepumpt wird. Zwischen den Parteien ist streitig, ob die B._ AG dafür einen Werklohn von Fr. 14'527. 70 verlangen kann oder im Gegenteil der A._ AG die Kosten von Fr. 5'397. 20 für eine Schmutzwasserpumpe ersetzen muss.
Die B._ AG hat die Ausführung bestimmter Arbeiten E._ übertragen. Der von diesem in Homogenbeton erstellte Hallenboden wies Unebenheiten auf, die auch durch Abschleifen und Abfräsen nicht auf die SIA-Toleranzwerte ausgeglichen werden konnten. In einer Vereinbarung vom 7. Oktober 1997 verpflichtete sich die B._ AG, durch Anbringen einer Epoxidharzschicht die Mängel zu beseitigen.
Sollte der Hallenboden nicht bis zum 17. Oktober 1997 der Toleranz gemäss SIA-Norm entsprechen, hatte die B._ AG zudem vom 20. bis 27. Oktober 1997 eine Konventionalstrafe von Fr. 2'000.-- pro Tag und ab dem 28. Oktober 1997 sämtliche Folgekosten von ca. Fr. 150'000.-- pro Monat wie auch die Kosten der Hallenreinigung zu übernehmen.
Auch das Ausbessern mittels der Epoxidharzschicht brachte nicht das gewünschte Ergebnis. Am 30. Oktober 1997 vereinbarten die A._ AG und die B._ AG, dass auf dem Hallenboden ein Hartbetonbelag angebracht werde, wofür der B._ AG ein Mehrwert von Fr. 8'000.-- vergütet werden sollte. Diese von E._ ausgeführte Arbeit war am 17. November 1997 beendet.
In der Folge blieb zwischen der A._ AG und der B._ AG streitig, ob diese eine Konventionalstrafe von Fr. 16'000.-- sowie die Kosten der Hallenreinigung von Fr. 2'662. 50 zu zahlen und einen Minderwert des Werkes von Fr. 12'458. 25 zu ersetzen habe.
C.- E._ liess für Fr. 25'788. 35 ein Bauhandwerkerpfandrecht provisorisch eintragen, welches die A._ AG mit Vereinbarung vom 2./8. Juni 1998 ablöste. Daraus entstanden ihr Kosten von insgesamt Fr. 28'751. 75, die sie von der B._ AG erstattet haben wollte.
D.- Die B._ AG, die für Fr. 50'909. 20 nebst Zins den provisorischen Eintrag eines Bauhandwerkerpfandrechts erwirkt hatte, erhob am 27. November 1998 Klage gegen die A._ AG mit dem Begehren, die Beklagte zur Zahlung von Fr. 50'909. 20 nebst 5 % Zins seit 1. Januar 1998 zu verpflichten und das Grundbuchamt anzuweisen, das Bauhandwerkerpfandrecht definitiv einzutragen. Die Beklagte beantragte Abweisung der Klage und erhob Widerklage über Fr. 28'888. 85 nebst Zins.
Die Beklagte verkündete E._ den Streit und machte diesem gegenüber einen Rückgriffsanspruch im Umfang ihres eventuellen Unterliegens mit der Widerklage geltend, soweit diese aus der Ablösung des Bauhandwerkerpfandrechts des Streitberufenen resultierte. E._ schloss auf Abweisung der gegen ihn erhobenen Klage.
Das Bezirksgericht Imboden wies die Klage mit Urteil vom 25. Mai 2000 ab und ordnete die Löschung des vorläufig vorgemerkten Bauhandwerkerpfandrechts an. Die Widerklage hiess es teilweise gut und verpflichtete die Klägerin zur Zahlung von Fr. 12'238. 70 nebst 5 % Zins seit 29. Juni 1998. Schliesslich verpflichtete es E._, der Beklagten Fr. 13'101. 75 nebst 5 % Zins seit 29. Juni 1998 zu zahlen.
E.- Auf Berufung der Klägerin und Eventualberufung der Beklagten bestätigte das Kantonsgericht von Graubünden mit Urteil vom 22. Januar 2001 die Abweisung der Klage, hiess dagegen die Widerklage nur noch im Betrag von Fr. 2'276. 25 nebst Zins gut.
F.- Die Klägerin hat das Urteil des Kantonsgerichts mit Berufung und staatsrechtlicher Beschwerde, die Beklagte hat es mit staatsrechtlicher Beschwerde angefochten. Die Beschwerden sind mit Urteilen vom heutigen Tag vom Bundesgericht abgewiesen worden, soweit darauf einzutreten war.
Mit der Berufung beantragt die Klägerin, das Urteil des Kantonsgerichts aufzuheben, ihre Klage teilweise, im Betrag von Fr. 15'986. 25 nebst 5 % Zins seit 25. Januar 1998 gutzuheissen und das Grundbuchamt anzuweisen, für die entsprechende Pfandsumme das vorläufig vorgemerkte Bauhandwerkerpfandrecht definitiv einzutragen; sie verlangt zudem die Abweisung der Widerklage.
Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung, soweit auf sie einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Klägerin bringt in der Berufung vor, die Vorinstanz habe bundesrechtswidrig missachtet, dass die Beklagte am 28. Januar 1998 eine Abschlusszahlung von Fr. 34'171. 15 geleistet und dabei bereits Kürzungen von mindestens Fr. 15'828. 85 vorgenommen habe. Mit ihrer Widerklage vom 5. Januar 1999 fordere sie Fr. 28'888. 85 zurück, obwohl die meisten widerklageweise geltend gemachten Ansprüche im Zeitpunkt der Abschlusszahlung bereits bekannt gewesen seien. In diesem Umfang habe die Beklagte demnach mit der Abschlusszahlung aus ihrer Sicht eine Nichtschuld beglichen, weshalb die Vorinstanz die Widerklage unter dem Aspekt der ungerechtfertigten Bereicherung und nicht entsprechend dem Rechtsgrund der einzelnen Widerklageansprüche hätte beurteilen müssen.
In <ref-ruling> E. 3 hat das Bundesgericht im Sinne einer Klarstellung seiner Praxis bzw. einer Praxisänderung beschlossen, einer Tendenz der neueren Lehre und Rechtsprechung zu folgen und Rückforderungsansprüche vermehrt auf vertragliche denn auf bereicherungsrechtliche Grundlage zu stützen. Ein Kondiktionsanspruch ist nach dieser Auffassung solange ausgeschlossen, als ein Rückforderungsanspruch auf Vertrag gestützt werden kann, sei es durch Auslegung oder Lückenfüllung. Der Anwendungsbereich von Art. 62 ff. OR ist auf Fälle zu beschränken, in denen ein Rechtsgrund für die Zahlung entweder gänzlich fehlt oder nachträglich wegfiel. Wo aus einem gegenseitigen Schuldverhältnis Forderungen und Gegenforderungen entstehen, haben diese ihren Rechtsgrund im Vertrag. So verhält es sich auch, wenn im Rahmen eines Werkvertragsverhältnisses Teilzahlungen geleistet werden und Meinungsverschiedenheiten darüber bestehen, ob ein Werk mangelhaft ausgeführt worden ist und deswegen auch der Gesamtbetrag des Werklohns streitig ist. Die endgültige Auseinandersetzung folgt diesfalls den Regeln des Werkvertrags. Aus der Gesamtberechnung der Beklagten, wie sie im angefochtenen Urteil wiedergegeben wird, geht hervor, dass die Beklagte den Saldo zu ihren Gunsten aus der ihr zedierten Forderung von E._ und den damit zusammenhängenden Anwaltskosten ableitet. Dabei handelt es sich um Forderungen des Unterakkordanten der Klägerin, die mit der Erfüllung des Werkvertrages sowie der Wahrung der daraus entstandenen Rechte zusammenhängen. Die Vorinstanz hat somit kein Bundesrecht verletzt, wenn sie die Rückforderungsansprüche nach vertraglichen Regeln beurteilt hat.
2.- a) Gemäss Art. 55 Abs. 1 lit. c OG muss in der Berufungsschrift dargelegt werden, welche Bundesrechtssätze und inwiefern sie durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind. Zwar ist eine ausdrückliche Nennung bestimmter Gesetzesartikel nicht erforderlich, falls aus den Vorbringen hervorgeht, gegen welche Regeln des Bundesrechts die Vorinstanz verstossen haben soll. Unerlässlich ist aber, dass auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingegangen und im Einzelnen dargetan wird, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll (<ref-ruling> E. 3 S. 748 f.).
b) Im Zusammenhang mit der Frage, ob die Konventionalstrafe geschuldet sei, hat die Vorinstanz den Einwand der Klägerin verworfen, im Abschluss der Vereinbarung vom 30. Oktober 1997 liege ein Verzicht auf die Einforderung der Konventionalstrafe, denn in diesem Dokument werde klar gesagt, dass ausschliesslich die Fertigstellung des Hallenbodens und der daraus entstehende Mehrwert geregelt werde. Die Klägerin macht in der Berufung zwar geltend, es müsse ein Verzicht angenommen werden, weil am 30. Oktober 1997 keine neue Konventionalstrafe vereinbart worden sei. Mit der Vertragsauslegung der Vorinstanz setzt sie sich indessen auch nicht ansatzweise auseinander, weshalb insoweit auf die Berufung nicht eingetreten werden kann.
3.- a) Die Vorinstanz liess offen, ob in der Vereinbarung vom 30. Oktober 1997 ein hinsichtlich Art. 160 Abs. 2 OR rechtsgenügender Vorbehalt zu erblicken ist. Sie erwog unter Hinweis auf <ref-ruling>, dass unter der Ablieferung eines Werkes im Sinne von Art. 372 OR die Übergabe des vollendeten, dem Vertrag in allen Teilen entsprechenden Werkes zu verstehen sei. Die Beklagte habe aber noch am 17. März 1998 durch ihren Rechtsanwalt verschiedene noch bestehende Mängel bezeichnet, deren Existenz nach wie vor umstritten sei, und für den Fall einer gütlichen Einigung den Verzicht auf die Konventionalstrafe gemäss der Vereinbarung vom 7. Oktober 1997 in Aussicht gestellt. Am 17. März 1998 habe somit kein in allen Teilen dem Vertrag entsprechendes Werk vorgelegen, weshalb die Konventionalstrafe rechtzeitig geltend gemacht worden sei.
b) Die Klägerin vertritt in der Berufung den Standpunkt, die Beklagte habe ihre Forderung auf die Konventionalstrafe durch vorbehaltlose Annahme des Werkes verwirkt (Art. 160 Abs. 2 OR). Die Vorinstanz habe den Rechtsbegriff der Ablieferung im Sinne von Art. 372 OR verkannt. Das Werk sei am 17. November 1997 vollendet und am 1. Dezember 1997 gereinigt gewesen. Die Ablieferung sei spätestens am 27. Januar 1998 mit der Zahlung der letzten Rate von Fr. 34'171. 15 abgeschlossen gewesen.
c) Gemäss Art. 160 Abs. 2 OR kann die Konventionalstrafe nebst der Erfüllung des Vertrages gefordert werden, wenn sie für den Fall der Nichteinhaltung der Erfüllungszeit oder des Erfüllungsortes versprochen wurde, solange der Gläubiger nicht ausdrücklich Verzicht leistet oder die Erfüllung vorbehaltlos annimmt. Die Bestimmung kommt auch dann zur Anwendung, wenn die Vertragsparteien - wie im vorliegenden Fall - die Geltung der SIA-Norm 118 vereinbart haben (Gauch/Schumacher, Kommentar zur SIA-Norm 118, Art. 38-156, Zürich 1992, Anm. 12 zu Art. 98).
Der Vorinstanz ist zwar im Ergebnis, nicht aber in der Begründung beizustimmen. Sie hat nicht beachtet, dass sich die Vereinbarung vom 7. Oktober 1997 nicht auf das Werk als Ganzes - die Erd- und Baumeisterarbeiten für die Erstellung der Werkhalle -, sondern bloss den Hallenboden bzw.
dessen Oberfläche bezog. Die Unternehmerin hatte sich damit verpflichtet, die Oberfläche des Hallenbodens bis am 17. Oktober 1997 so zu verbessern, dass die Toleranz nach SIA-Norm eingehalten wurde. Die Zahlung der Konventionalstrafe von Fr. 2'000.-- pro Tag bis am 27. Oktober 1997 hatte sie für den Fall versprochen, dass diese Ausbesserungsarbeiten nicht rechtzeitig vorgenommen oder beendet werden konnten. In diesem Zusammenhang kommt es deshalb nicht darauf an, wann das Werk als Ganzes abgeliefert worden ist. Massgebend ist vielmehr die Frage, ob die Bestellerin die von der Unternehmerin angeordneten Ausbesserungsarbeiten im Sinne von Art. 160 Abs. 2 OR als Erfüllung angenommen oder ausdrücklich auf die Zahlung der Konventionalstrafe für den Fall der nicht rechtzeitigen Beendigung der Ausbesserungsarbeiten verzichtet hat.
Nachdem die Ausbesserungsarbeiten mittels Epoxidharzes abgebrochen worden waren, haben sich die Vertragsparteien in der Vereinbarung vom 30. Oktober 1997 darauf geeinigt, dass über den ganzen Boden ein Hartbetonbelag angebracht werde, wobei die Kosten der dafür nötigen Arbeiten in der Leistung der Unternehmerin inbegriffen sein sollten; zu Lasten der Bestellerin war dagegen ein fixer Mehrwert von Fr. 8'000.-- zu verrechnen. Mit dieser Absprache wurde der ursprüngliche Inhalt des Werkvertrags, nach welchem kein Hartbetonbelag vorgesehen war, in diesem Punkt aufgehoben und durch die Vereinbarung vom 30. Oktober 1997 ersetzt. Zugleich geht aus dieser Vereinbarung hervor, dass die Vertragsparteien übereinstimmend annahmen, der ursprüngliche Vertrag könne insoweit nicht mehr erfüllt werden. Damit scheidet aber eine vorbehaltlose Annahme der Erfüllung im Sinne von Art. 160 Abs. 2 OR von vornherein aus. Ein ausdrücklicher Verzicht der Bestellerin auf die Zahlung der Konventionalstrafe liegt ebenfalls nicht vor. Zum einen lässt sich ein solcher Verzicht nicht durch Auslegung aus der Vereinbarung vom 30. Oktober 1997 selbst ableiten (vgl.
oben E. 2b). Zum andern fehlen im angefochtenen Urteil jegliche Feststellungen, aus denen sich ein ausdrücklicher Verzicht der Bestellerin auf die Konventionalstrafe ergeben würde. Art. 160 Abs. 2 OR steht der Forderung der Beklagten auf Zahlung der Konventionalstrafe somit nicht entgegen.
4.- Im angefochtenen Urteil wird festgehalten, die Klägerin sei aufgrund der Vereinbarung vom 7. Oktober 1997 zur Reinigung der Halle verpflichtet gewesen, habe aber die entsprechenden Arbeiten nicht mit der zu erwartenden Gründlichkeit erledigt. Die Beklagte sei deshalb berechtigt gewesen, die Sache durch eine Drittfirma in Ordnung bringen zu lassen und habe Anspruch auf die daraus entstandenen Kosten von Fr. 2'662. 50.
Die Klägerin wirft dem Kantonsgericht in diesem Zusammenhang vor, Art. 8 ZGB verletzt zu haben. In Wirklichkeit kritisiert sie indessen die Beweiswürdigung der Vorinstanz.
Darauf ist nicht einzutreten (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 2b). Soweit sie sodann geltend macht, die Beklagte habe nicht behauptet, ihr vor der Ersatzvornahme der Reinigung eine Nachfrist gesetzt zu haben, wozu sie verpflichtet gewesen wäre, weist sie nicht nach, dass sie bereits im kantonalen Verfahren eingewendet hatte, dass keine Nachfristansetzung erfolgt sei. Ihr Vorbringen ist daher neu und deshalb gemäss Art. 55 Abs. 1 lit. c OG unzulässig.
5.- Aus diesen Gründen ist die Berufung abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann, und das angefochtene Urteil zu bestätigen.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend ist die Gerichtsgebühr der Klägerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG).
Diese hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Kantonsgerichts von Graubünden (Zivilkammer) vom 22. Januar 2001 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht von Graubünden (Zivilkammer) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 19. Dezember 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: