Sachverhalt:
A. Am 27. November 2004 brach in der Autoeinstellhalle der Überbauung Staldenacker in Gretzenbach/SO Feuer aus. Während der Löscharbeiten stürzte die Decke ein; dabei wurden sieben Feuerwehrleute getötet und drei weitere verletzt. Am 29. November 2004 eröffnete der Untersuchungsrichter ein Ermittlungsverfahren gegen Unbekannt wegen fahrlässiger Tötung etc..
Am 19. September 2006 eröffnete der Leitende Staatsanwalt gegen A._, B._, C._ und D._ sowie zwei weitere Personen eine Strafuntersuchung wegen fahrlässiger Tötung, fahrlässigen Verursachens eines Einsturzes und fahrlässiger Körperverletzung.
Am 4. November 2008 erhob der Leitende Staatsanwalt beim Richteramt Olten-Gösgen Anklage. Darin wirft er A._, B._, C._ und D._ vor, in verschiedenen Funktionen bei der Planung und Erstellung bzw. der Überschüttung der eingestürzten Autoeinstellhalle mitgewirkt und dabei "aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit die von ihnen geschaffene Gefahrenlage, bestehend in der Möglichkeit des Einsturzes der Decke der Einstellhalle", nicht beseitigt, respektive im Wissen um die bestehende Gefahrenlage die nötigen Abklärungen und Massnahmen zur Beseitigung der Gefahr unterlassen zu haben. "Infolgedessen" sei es am 27. November 2004 im Verlauf eines Brandes zum fatalen Einsturz der Decke am Südende der Einstellhalle gekommen.
B. Am 3. Dezember 2009 wies die Amtsgerichtspräsidentin den von A._, B._, C._ und D._ gestellten Antrag ab, durch einen neuen unabhängigen und unvoreingenommenen gerichtlichen Experten ein Gutachten über die Einsturzgefahr der Einstellhalle erstellen zu lassen. Ebenso lehnte sie es ab, Prof. Muttoni, Dr. Fürst und Dr. Hunkeler in den Ausstand zu versetzen und deren Vorbericht vom 30. Oktober/1. November/7. November 2005 sowie deren Beantwortung des Fragenkatalogs vom 30. Mai/1. Juni/2. Juni 2008 aus den Akten zu weisen.
Am 3. Februar 2010 wies die Beschwerdekammer des Obergerichts des Kantons Solothurn die Beschwerden von A._, B._, C._ und D._ ab, mit denen sie im Wesentlichen den Ausstand der drei Gutachter und die Nichtberücksichtigung ihrer Berichte und Beurteilungen sowie die Einholung eines neuen Gutachtens verlangten.
C. Mit Beschwerde 1B_61/2010 beantragen A._ und B._, dieses obergerichtliche Urteil aufzuheben und die Sache ans Obergericht, eventuell ans Amtsgericht zurückzuweisen. Eventuell sei das obergerichtliche Urteil aufzuheben, die drei Gutachter in den Ausstand zu versetzen und deren Berichte und Beurteilungen aus den Akten zu weisen und ein neues Gutachten einzuholen. Ausserdem ersuchen sie, ihrer Beschwerde aufschiebende Wirkung beizulegen.
Mit Beschwerde 1B_63/2010 beantragt C._ dasselbe.
Mit Beschwerde 1B_65/2010 stellt D._ ebenfalls die gleichen Anträge und ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Am 26. März 2010 wies der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung alle drei Gesuche um aufschiebende Wirkung ab.
E. Das Obergericht beantragt in seinen inhaltlich übereinstimmenden Vernehmlassungen, die Beschwerden abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Amtsgerichtspräsidentin beantragt mit gleichlautenden Vernehmlassungen, die Beschwerden abzuweisen.
In ihren Repliken halten A._, B._, C._ und D._ an ihren Beschwerden fest.

Erwägungen:
1. Die drei Beschwerden richten sich gegen denselben Entscheid und werfen dieselben Fragen auf. Die Verfahren sind daher zu vereinigen.
2. Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Entscheid des Obergerichts schliesst das Strafverfahren gegen die Beschwerdeführer nicht ab. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid über ein Ausstandsbegehren, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist (Art. 78 Abs. 1, Art. 80 Abs. 1, Art. 92 Abs. 1 BGG). Gegenstand des Verfahrens kann allerdings allein die Ausstandsfrage sein; soweit die Beschwerdeführer den Beweiswert bzw. die -eignung der gutachterlichen Ausführungen beanstanden, ist darauf nicht einzutreten. Als Angeklagte sind sie zur Beschwerde legitimiert (Art. 81 Abs. 1 lit. a und b BGG). Sie rügen die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (<ref-law>). Auf die Beschwerden ist grundsätzlich einzutreten.
3. 3.1 Das Obergericht hat im angefochtenen Entscheid erwogen (E. II. 3. S. 11), Ausstandsbegehren seien sofort nach Bekanntwerden des Ausstandsgrundes zu stellen. Vorliegend habe die Amtsgerichtspräsidentin über die Ablehnungsbegehren faktisch bereits in der Verfügung vom 30. Juni 2009 entschieden. In diesem Zeitpunkt sei die von den Beschwerdeführern beanstandete Publikation der Sachverständigen bereits bekannt gewesen. Die Beschwerdeführer hätten es in der Folge nicht nur unterlassen, diese Verfügung der Amtsgerichtspräsidentin anzufechten, sondern hätten vor der erneuten Einreichung von Ablehnungsbegehren auch beträchtliche Zeit verstreichen lassen. Die Amtsgerichtspräsidentin hätte in der Verfügung vom 3. Dezember 2009 auf die Begehren daher wegen Verspätung nicht eintreten sollen. Dass sie sie abgewiesen habe, ändere indessen nichts daran, dass die Beschwerden gegen ihren Entscheid unbegründet seien.
3.2 Die Beschwerdeführer 1 und 2 bringen vor, die Amtsgerichtspräsidentin habe ihnen am 24. November 2008 Frist angesetzt zur Einreichung von Beweisanträgen. Sie hätten daraufhin mit Eingabe vom 27. Februar 2009 die Rückweisung des Verfahrens an die Staatsanwaltschaft beantragt, was von der Amtsgerichtspräsidentin am 30. Juni 2009 abgelehnt worden sei. Bis zu diesem Zeitpunkt hätten weder sie noch die anderen Beschwerdeführer ein Ausstandsbegehren gestellt, und die Amtsgerichtspräsidentin habe in ihrer Verfügung vom 30. Juni 2009 entgegen der Darstellung des Obergerichts auch kein solches behandelt. Der Beschwerdeführer 3 (Beschwerde S. 6) und der Beschwerdeführer 4 (Beschwerde S. 7) machen ebenfalls geltend, vor dem 30. Juni 2009 sei die Frage des Ausstands der Sachverständigen nie Gegenstand des Verfahrens gewesen.
4. 4.1 Nach § 72 Abs. 2 der Strafprozessordnung des Kantons Solothurn vom 7. Juni 1970 (StPO) gelten die Ausstandsbestimmungen für Ge-richts-, Anklage- und Untersuchungsbehörden (§ 92 ff. des Gerichtsorganisationsgesetzes vom 13. Juli 1977, GOG) sinngemäss auch für Sachverständige. Dies entspricht der verfassungsrechtlichen Minimalgarantie von <ref-law>. Aus dem darin verankerten Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung in gerichtlichen Verfahren ergibt sich, dass gerichtlich bestellte Experten in Bezug auf ihre Unparteilichkeit und Unbefangenheit grundsätzlich den gleichen Anforderungen unterliegen wie Gerichtsmitglieder nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 4a zum alten Recht, Urteil des Bundesgerichts 1B_162/2008 vom 13. August 2008 E. 2.1).
4.2 Nach § 95 Abs. 1 GOG sind Ausstandsbegehren sofort nach Bekanntwerden des Ausstandsgrundes, spätestens zu Beginn der Hauptverhandlung zu stellen. Wer säumig ist, kann in die dadurch entstandenen Kosten verfällt werden (Abs. 2). Nach Treu und Glauben bzw. dem Verbot des Rechtsmissbrauchs von <ref-law> sind Ablehnungs- und Ausstandsgründe unverzüglich geltend zu machen; es geht nicht an, sich auf das Verfahren einzulassen und bei ungünstigem Verlauf im Nachhinein geltend zu machen, es habe ein befangener Richter bzw. Experte mitgewirkt (<ref-ruling> E. 4.3.1; <ref-ruling> E. 4.3; <ref-ruling> E. 2). Die kantonale Regelung liesse, wie die Beschwerdeführer vorbringen, für sich allein betrachtet wohl die Auslegung zu, dass das verspätete Einreichen eines Ausstandsbegehrens bloss die Überbindung der dadurch verursachten unnötigen Kosten, nicht aber eine Verwirkung des Ablehnungsrechts zur Folge hätte. Im Lichte des verfassungsrechtlichen Rechtsmissbrauchsverbots erweist sich indessen die Beurteilung des Obergerichts keineswegs als willkürlich, das Zuwarten mit der Geltendmachung erkannter Ausstandsgründe habe die Verwirkung des Ablehnungsrechts zur Folge, jedenfalls in einem dem Beschleunigungsgebot unterliegenden komplexen Strafverfahren, dem bei weiteren Verzögerungen eine Einstellung wegen Verjährung droht.
5. 5.1 Die Amtsgerichtspräsidentin setzte den Beschwerdeführern am 24. November 2008 Frist an zur Einreichung von Beweisanträgen. In ihren Eingaben haben die Beschwerdeführer allesamt die Rückweisung der Sache an die Staatsanwaltschaft zur Ergänzung der Untersuchung beantragt. Dabei wurde zwar teilweise die Unbefangenheit der Gutachter in Zweifel gezogen; insbesondere der Beschwerdeführer 3 rügte, Prof. Muttoni habe seine Erkenntnisse für eigene Publikationen verwendet und ihn dadurch vorverurteilt. Der Beschwerdeführer 4 beantragte ein "unabhängiges" Gutachten, woraus immerhin der Umkehrschluss gezogen werden könnte, dass er die bisher mit dem Fall befassten Gutachter nicht als unbefangen anerkennen wollte. Ein formelles Ausstandsgesuch hat indessen keiner der Beschwerdeführer gestellt, und in der Verfügung der Amtsgerichtspräsidentin vom 30. Juni 2009 findet sich kein Hinweis dafür, dass sie die Eingaben der Beschwerdeführer oder wenigstens eine von ihnen teilweise als Ausstandsbegehren entgegengenommen hätte. Die Auffassung des Obergerichts, sie habe mit dieser Verfügung faktisch die Ablehnungsbegehren der Beschwerdeführer stillschweigend abgewiesen, findet in den Akten keine Stütze und ist nicht haltbar.
5.2 Allerdings ergibt sich aus den Eingaben der Beschwerdeführer vom 27. Februar bzw. 20. März 2009, dass die Befangenheit der Gutachter wegen ihrer Teilnahme an den SIA-Tagungen für sie bereits in diesem Zeitpunkt ein Thema war bzw. hätte sein können. Die SIA-Tagungen zur Tragsicherheit von Einstellhallen bzw. zur Problematik des Durchstanzversagens, an welchen sich Prof. Muttoni unter anderem auf die aus seiner gutachterlichen Tätigkeit im Fall Gretzenbach gewonnenen Erkenntnisse stützte, fanden im Juni 2008 statt. Rechtsanwalt Liniger hat in seiner Eingabe vom 27. Februar 2009 auf diese Publikation verwiesen, womit dieser Umstand Eingang in die Akten des Verfahrens fand und ab diesem Zeitpunkt im Rahmen des Aktenstudiums auch von den Vertretern der anderen Beschwerdeführer hätte erkannt werden können und müssen. Am 11. September 2009, rund 6 Monate später, konnten sich die Beschwerdeführer jedenfalls nach Treu und Glauben zur Begründung ihrer Ausstandsbegehren nicht mehr auf diesen Umstand berufen.
5.3 Die Beschwerdeführer 1 und 2 begründeten ihr Ausstandsbegehren vom 11. September 2009 zudem mit dem Umstand, dass Prof. Muttoni ohne Notwendigkeit zumindest einmal mit dem Anwalt der Stockwerkeigentümergemeinschaft, Rechtsanwalt Läuffer, Kontakt gehabt habe, ohne dass die Beschuldigtenanwälte darüber informiert worden wären. Als Beleg für diese Behauptung verwiesen sie auf einen Brief Prof. Muttonis an Rechtsanwalt Läuffer vom 26. November 2007. Die Beschwerdeführer rügen, weder die Amtsgerichtspräsidentin noch das Obergericht im angefochtenen Entscheid hätten sich damit auseinandergesetzt und damit ihr rechtliches Gehör verletzt.
Dieser Brief Prof. Muttonis war am 24. November 2008, als die Amtsgerichtspräsidentin das Beweisverfahren eröffnete und die Beschwerdeführer damit Anlass hatten, die Akten vertieft zu sichten, Bestandteil der Akten. Auch mit diesem Umstand liess sich am 11. September 2009 ein Ablehnungsbegehren nach Treu und Glauben nicht mehr begründen. Es trifft zwar zu, dass jedenfalls die Beschwerdekammer verfassungsrechtlich verpflichtet gewesen wäre, sich dazu kurz zu äussern. Da das Vorbringen indessen offensichtlich verspätet und damit nicht geeignet war, den Ausgang des Beschwerdeverfahrens zu beeinflussen, käme eine Rückweisung der Sache ans Obergericht einer leeren Formalität gleich. Der beanstandete Brief bezieht sich zudem ausschliesslich auf das Verfahren, weshalb ohnehin nicht ersichtlich ist, weshalb sein Verfasser deswegen befangen erscheinen könnte.
Das Gleiche gilt im Übrigen für die Frage, ob am 6. Oktober 2008 Akten fehlten und sich diese allenfalls bei Prof. Muttoni befanden. Selbst wenn dieser die Akten verspätet und/oder versehentlich unvollständig zurückgegeben haben sollte, würde ihn das nicht als befangen erscheinen lassen.
5.4 Der angefochtene Entscheid ist somit im Ergebnis nicht zu beanstanden, da die Ausstandsbegehren der Beschwerdeführer vom 11. September 2009 verspätet waren.
Sie wären im Übrigen auch unbegründet. Aufgabe der Sachverständigen war, die Ursache des Deckeneinsturzes zu klären, nicht die allfälligen strafrechtlichen Verantwortlichkeiten. Ob und gegebenenfalls wen eine solche Verantwortung trifft, steht mit der Aufdeckung der (naturwissenschaftlichen) Unfallursache keineswegs bereits fest. Insofern stösst der Vorwurf der Beschwerdeführer, sie seien durch die beanstandete Publikation Prof. Muttonis vorverurteilt worden, ins Leere. Zudem besteht offensichtlich ein erhebliches öffentliches Interesse daran, dass die Unfallursache und die daraus zu ziehenden Lehren für den Bau neuer und die Beurteilung bzw. Sanierung bestehender Betonhallen den Baufachleuten so schnell wie möglich zur Kenntnis gebracht werden. Insofern war es angesichts der langen Verfahrensdauer vertretbar, dass sich Prof. Muttoni an den SIA-Tagungen auch auf seine Erkenntnisse aus dem Fall Gretzenbach bezog; dies lässt ihn und seine Kollegen jedenfalls nicht als befangen erscheinen.
6. Der Beschwerdeführer 4 rügt, im angefochtenen Entscheid seien ihm in verfassungswidriger Weise Kosten auferlegt worden.
Mit Verfügung vom 23. Dezember 2009 setzte die Präsidentin der Beschwerdekammer dem Beschwerdeführer 4 Frist an zur Bezahlung eines Kostenvorschusses. Dieser focht dies nicht an, sondern bezahlte den Vorschuss und ersuchte anschliessend um dessen Rückerstattung. Das lehnte die Präsidentin der Beschwerdekammer am 14. Januar 2010 unter Hinweis darauf ab, dass die Ehefrau über beträchtliches Vermögen verfüge und der Beschwerdeführer 4 deren eheliche Beistandspflicht beanspruchen könne und müsse. Diese Verfügung blieb unangefochten. Im angefochtenen Entscheid auferlegte die Beschwerdekammer dem Beschwerdeführer 4 ohne weitere Ausführungen unter Hinweis auf den Ausgang des Verfahrens Kosten.
Aufgrund der Verfügung der Präsidentin der Beschwerdekammer vom 14. Januar 2010 wusste der Beschwerdeführer 4, dass er wegen des Vermögens seiner Ehefrau nicht als bedürftig anerkannt wurde. Da er sich dagegen nicht zur Wehr setzte, konnte ihm das Obergericht im angefochtenen Entscheid die Verfahrenskosten auferlegen, ohne dies (erneut) zu begründen. Die Rüge, es habe dadurch seine Begründungspflicht sowie seinen Anspruch auf eine faires Verfahren bzw. auf unentgeltliche Rechtspflege verletzt, ist unbegründet.
7. Die Beschwerden sind somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>). Der Beschwerdeführer 4 hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches indessen abzuweisen ist, da er auch im bundesgerichtlichen Verfahren den Nachweis schuldig bleibt, dass er unter Beanspruchung der ehelichen Beistandspflicht nicht in der Lage ist, die Verfahrens- und Parteikosten zu tragen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 1B_61/2010, 1B_63/2010 und 1B_65/2010 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung des Beschwerdeführers 4 im Verfahren 1B_65/2010 wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten der Verfahren 1B_61/2010, 1B_63/2010 und 1B_65/2010 werden auf je Fr. 1'500.-- angesetzt und den jeweiligen Beschwerdeführern auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Amtsgerichtspräsidentin von Olten-Gösgen und dem Obergericht des Kantons Solothurn, Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Mai 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi