Faits:
A. Né le 5 janvier 1930, X._ exerce son activité de mécanicien de précision sous la forme indépendante depuis plus de quarante ans. Il exploite un atelier spécialisé dans l'injection, où il crée des moules et produit des pièces plastiques et métalliques.
Sa comptabilité durant les années 1999 à 2006 fait ressortir les montants suivants:
Exercices
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
Chiffre d'affaires brut
497'930
551'173
504'037
110'447
104'352
52'134
82'335
129'816
Bénéfice net
262'227
247'932
268'881
8'253
29'936
26'587
35'164
77'128
B. Dans sa déclaration d'impôts 2001/2002, X._ a déclaré un revenu imposable de 272'700 fr. Le 14 août 2002, il a demandé l'établissement d'une taxation intermédiaire au 1er janvier 2002 pour cessation d'activité principale indépendante; il estimait son revenu imposable à 0 fr.
Le 17 novembre 2003, l'Office d'impôts du district d'Yverdon (ci-après: l'Office d'impôt) a notifié à l'intéressé une décision de taxation, fixant à 272'700 fr. le revenu imposable pour l'impôt cantonal et communal de la période 2001/2002 et refusant ainsi sa demande de taxation intermédiaire.
X._ a déposé une réclamation contre cette décision. Il faisait valoir que son activité, fortement réduite, devait être considérée comme accessoire depuis le 1er janvier 2002, ce d'autant qu'il touchait les prestations de l'AVS depuis le 1er février 2000. Par ailleurs, en cas de cessation complète d'activité, les possibilités de remettre son exploitation étaient actuellement très restreintes; s'il maintenait un parc de machines bien actualisé, il pouvait toutefois espérer réaliser son parc avec plus-value.
Le 5 janvier 2004, l'Office d'impôt a notifié la taxation de l'impôt fédéral direct pour la même période, fixant le revenu imposable à 339'400 fr. et refusant également la taxation intermédiaire.
Le 7 septembre 2006, l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud (ci-après: l'Administration cantonale) a informé l'intéressé que la taxation litigieuse devait être maintenue. Elle a considéré que l'activité de ce dernier avait diminué en raison de la récession et que celui-ci ne prévoyait l'arrêt de son activité qu'à la remise de l'exploitation à un repreneur. Le contribuable avait par ailleurs fait l'acquisition, durant l'année 2000, d'une machine d'une valeur de 275'000 fr., ce qui semblait paradoxal pour quelqu'un qui déclarait avoir pratiquement cessé de travailler. En outre, l'activité de l'intéressé n'était pas devenue insignifiante depuis le 1er janvier 2002.
A la suite d'un entretien du 3 octobre 2006 entre X._ et des représentants de l'Administration cantonale, cette dernière a confirmé, le 1er novembre 2006, son refus d'établir une taxation intermédiaire pour fin d'activité lucrative de X._ au 1er janvier 2002.
Par décision formelle du 14 juin 2007, l'Administration cantonale a rejeté la réclamation de l'intéressé en tant qu'elle concernait les décisions de taxation définitives établies les 17 novembre 2003 et 5 janvier 2004 relatives à l'impôt cantonal et communal, respectivement à l'impôt fédéral direct, de la période fiscale 2001/2002.
C. Par arrêt du 6 décembre 2007, le Tribunal administratif du canton de Vaud (actuellement la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal; ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de X._ contre la décision de l'Administration cantonale du 14 juin 2007 en matière d'impôt fédéral direct et d'impôt cantonal et communal. Il a considéré en substance que les conditions d'une taxation intermédiaire n'étaient pas réalisées. Même si l'intéressé, contraint par l'âge et la conjoncture, avait réduit son activité depuis 2002, la modification de la base de son activité indépendante ne pouvait toutefois être tenue pour essentielle et durable au sens de la jurisprudence.
D. X._ a recouru contre l'arrêt précité auprès de l'Administration fédérale des contributions, qui a transmis le recours au Tribunal fédéral comme objet de sa compétence. L'intéressé reproche au Tribunal administratif d'avoir émis des considérations "injustes et contradictoires" et de n'avoir pas tenu compte de certains faits.
Le Tribunal administratif renonce à déposer une réponse au recours et se réfère à son arrêt. L'Administration cantonale conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions propose le rejet du recours, sous suite de frais.

Considérant en droit:
1. 1.1 Formellement, le recourant n'a déposé une réclamation que contre la décision de l'Office d'impôt du 17 novembre 2003 relative à l'impôt cantonal et communal 2001/2002; la décision de taxation du 5 janvier 2004, concernant l'impôt fédéral direct de la période litigieuse, n'a pas été attaquée. L'Administration cantonale a toutefois considéré que la réclamation se dirigeait contre les deux taxations précitées, dans la mesure où celles-ci rejetaient, pour les mêmes motifs, la demande de taxation intermédiaire de l'intéressé, et le Tribunal administratif a estimé que la procédure concernait aussi bien l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal. Faute de toute contestation des parties à ce sujet, il y a lieu de s'en tenir à l'objet du litige tel qu'il a été circonscrit par le Tribunal administratif.
1.2 Le recourant n'a pas indiqué par quelle voie de droit il procède auprès du Tribunal fédéral. Toutefois, cette imprécision ne saurait lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui est ouverte (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 314 et les références).
1.3 L'arrêt attaqué concerne aussi bien l'impôt fédéral direct que l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2001/2002. Il peut être entrepris devant le Tribunal fédéral par la voie du recours en matière de droit public pour l'impôt fédéral direct (art. 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11]), ainsi que pour l'impôt cantonal et communal. Le recours concerne en effet une taxation intermédiaire, réglée à l'art. 17 du titre 2ème, soit dans les matières harmonisées figurant aux titres 2 à 5 et 6, chapitre 1er, de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou la loi fédérale d'harmonisation; RS 642.14), et porte sur une période postérieure au délai de huit ans accordé aux cantons, à compter de l'entrée en vigueur de la loi fédérale sur l'harmonisation le 1er janvier 1993, pour adapter leur législation aux dispositions des titres deuxième à sixième de cette loi (art. 73 al. 1 LHID et art. 95 LTF).
1.4 Les tribunaux cantonaux doivent rendre deux décisions - qui peuvent toutefois figurer dans un seul acte - , l'une pour l'impôt fédéral direct et l'autre pour les impôts cantonal et communal, avec des motivations séparées - ce qui n'exclut pas des renvois - et des dispositifs distincts ou du moins un dispositif qui distingue expressément les deux impôts (<ref-ruling> consid. 8.3 p. 511), ce qui n'a pas été le cas dans l'arrêt entrepris. Deux recours différents, qui peuvent aussi être contenus dans la même écriture, doivent également être introduits devant le Tribunal fédéral avec des conclusions adaptées à chacun des impôts.
Dès lors, comme le recourant n'a pas distingué, dans son recours, l'impôt fédéral direct des impôts cantonal et communal, il est douteux que celui-ci remplisse les conditions de l'art. 42 LTF. Le Tribunal administratif a toutefois suscité la confusion, en rendant une seule décision pour l'impôt fédéral direct et l'impôt cantonal et communal et en confondant les motivations, de sorte qu'il y a lieu de ne pas être trop sévère quant à la forme du recours, ce d'autant que le recourant n'est pas représenté par un mandataire professionnellement qualifié.
1.5 Le recourant n'a pas pris de conclusion formelle. Il n'est toutefois pas nécessaire que les conclusions soient formulées explicitement pour qu'elles soient recevables; il suffit qu'elles ressortent clairement des motifs allégués (<ref-ruling> consid. 1 p. 488; <ref-ruling> consid. 2c p. 95). En l'espèce, la lecture du mémoire de recours permet de déduire sans équivoque que l'intéressé conteste le rejet de sa demande de taxation intermédiaire et conclut implicitement à l'annulation de l'arrêt attaqué. Son recours répond ainsi aux exigences de l'art. 42 al. 1 LTF.
Au surplus, déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le recours est recevable au regard des art. 82 ss LTF.
2. Le recourant reproche à l'autorité intimée d'avoir ignoré des faits qu'il avait invoqués oralement. Il ne précise toutefois pas de quels faits il s'agit et n'allègue pas en quoi leur prise en considération aurait permis d'aboutir à une solution différente de celle retenue par l'autorité intimée. Il se plaint aussi de ce que le Tribunal administratif n'aurait pas pris en compte un courrier de son précédent mandataire. En réalité, l'intéressé ne critique pas l'établissement des faits par l'autorité intimée, mais lui reproche plutôt de n'avoir pas jugé décisifs certains éléments du dossier et de les avoir appréciés de façon erronée. Il s'en prend dès lors à l'appréciation juridique des faits, ce qui relève de l'application du droit que le Tribunal fédéral examine d'office (cf. art. 106 al. 1 LTF).
I Impôt fédéral direct
3. 3.1 La loi sur l'impôt fédéral direct instaure une période fiscale de deux ans avec imposition praenumerando, sur la base des éléments imposables des deux années antérieures (art. 40 LIFD), tout en laissant aux cantons la faculté d'adopter un système d'imposition annuelle postnumerando (art. 41 LIFD).
Le canton de Vaud a maintenu le système d'imposition bisannuelle praenumerando jusqu'au terme de la période fiscale 2001/2002 pour l'impôt fédéral direct et pour les impôts cantonaux et communaux (cf. art. 271 de la loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux [LI/VD]).
3.2 Le système de l'imposition bisannuelle praenumerando repose sur la présomption que le revenu réalisé durant la période fiscale est identique à celui obtenu dans le courant de la période de calcul, de sorte que le principe de l'imposition selon la capacité contributive est en règle générale respecté malgré le décalage entre période fiscale et période de calcul (Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4ème éd., Berne 2002, p. 420).
Le principe de l'imposition sur la base des éléments des deux années antérieures subit toutefois une exception si l'un des motifs de taxation intermédiaire énumérés de manière exhaustive à l'art. 45 LIFD (soit le divorce et la séparation durable de droit ou de fait des époux [lettre a], la modification durable et essentielle des bases de l'activité lucrative par suite du début ou de la cessation de l'activité lucrative ou d'un changement de profession [lettre b] et la dévolution pour cause de mort [lettre c]) est réalisé. Cette disposition a pour but de parvenir à une taxation qui soit, pour la période fiscale en cours, adaptée aux conditions économiques du contribuable. Selon la jurisprudence, les motifs de taxation intermédiaire ne peuvent être acceptés qu'avec retenue (arrêt 2A.486/2002 du 31 mars 2003, RDAF 2003 II 599, consid. 4.1 et les références; cf. également arrêt 2A.552/1999 du 8 mars 2000, consid. 2a, qui précise que la jurisprudence rendue sous l'empire de l'ancien art. 96 al. 1 de l'arrêté du Conseil fédéral du 9 décembre 1940 concernant la perception d'un impôt fédéral direct [AIFD; RO 56 2021] conserve toute sa validité). Les conditions qualitatives, temporelles et personnelles de la taxation intermédiaire doivent être cumulativement remplies (Circulaire n° 11 de l'Administration fédérale des contributions du 17 décembre 1985, Archives 54, p. 445 ss, [ci-après: la circulaire n° 11], p. 446). Ainsi, à elle seule, une diminution du revenu n'est pas suffisante pour justifier une taxation intermédiaire lorsque les conditions objectives de l'art. 45 LIFD ne sont pas réalisées (cf. arrêt 2A.150/1998 du 12 avril 2000, où le Tribunal fédéral a estimé que la réduction d'activité d'un couple, représentant une diminution du revenu brut de 46 %, ne constituait pas un cas de taxation intermédiaire).
Selon l'art. 45 lettre b LIFD, une taxation intermédiaire ne peut intervenir que lorsque les bases de l'activité lucrative ont subi une modification non seulement durable, mais aussi essentielle (<ref-ruling> consid. 2 p. 12; <ref-ruling> consid. 2b p. 402 s.), soit que le montant du revenu total de l'activité se modifie de façon importante (<ref-ruling> consid. 2d p. 317) à la suite du début ou de la cessation de l'activité lucrative ou d'un changement de profession. En principe, il y a durabilité lorsque la modification subsiste au moins deux ans (arrêt 2A.486/2002 précité, consid. 4.1; circulaire n° 11, p. 451). Une taxation intermédiaire pour changement de profession ou cessation de l'activité lucrative suppose ainsi une modification structurelle profonde de la situation professionnelle dans son ensemble, de sorte que le maintien de la taxation ordinaire dans le cadre d'une période de taxation bisannuelle ne pourrait plus se justifier. Tel est notamment le cas lorsque le contribuable met un terme à son activité professionnelle principale, mais non pas lorsqu'il abandonne une ou plusieurs activités accessoires (<ref-ruling> consid. 2b p. 316; <ref-ruling> consid. 3a p. 13) ni lorsqu'il passe d'une activité à plein temps à une activité à temps partiel (arrêt 2A.150/1998 précité; arrêt 2A.265/1981 du 16 mars 1984, RDAF 1985 p. 281). Il y a en principe lieu d'établir une seule taxation intermédiaire lors de la cessation d'une activité indépendante (pour cause d'âge ou de maladie, par exemple; <ref-ruling> consid. 2a p. 315), et ce au moment où le revenu provenant de l'activité lucrative s'éteint (cf. circulaire n° 11 p. 447; Peter Locher, Kommentar zum DBG, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer I. Teil, n° 29 ad art. 45 LIFD, p. 976). L'activité et le revenu d'un indépendant étant typiquement soumis à des fluctuations, leur réduction passagère ne constitue pas un motif de taxation intermédiaire (Peter Locher, op. cit., n° 28 ad art. 45 LIFD, p. 975 s.).
4. 4.1 Il ressort de l'arrêt attaqué que le secteur d'activité du recourant connaît des difficultés depuis plusieurs années et que l'intéressé a perdu son plus gros client à la fin 2001; il n'a conservé que trois clients qui devraient vraisemblablement cesser leurs commandes sous peu. Le contribuable, qui employait trois personnes, n'a plus de personnel à l'heure actuelle. Il a poursuivi son activité afin de maintenir une certaine valeur à son entreprise en vue d'une remise ultérieure. De 1999 à 2001, son chiffre d'affaires brut a oscillé entre 497'930 fr. et 551'173 fr. et son bénéfice net entre 247'932 fr. et 268'881 fr. En 2002, son chiffre d'affaires brut s'est élevé à 110'447 fr. et son bénéfice net à 8'253 fr. Il apparaît ainsi que le recourant a fortement réduit son activité en 2002, son chiffre d'affaire ne représentant qu'environ 20 % de celui des années précédentes et son bénéfice ayant baissé de plus de 95 %. On ne peut dans ce cas parler de fluctuation caractéristique d'une activité indépendante. Par ailleurs, l'intéressé perçoit une rente AVS depuis février 2000. Vu l'ensemble des circonstances, la diminution de l'activité de l'intéressé s'apparente à une cessation d'activité liée à l'âge. Il importe peu que la réduction de ses affaires ait été précipitée par la conjoncture et soit également liée à des conditions économiques (cf. Marco Duss/Daniel Schär, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), n° 55 ad art. 45 LIFD p. 512).
4.2 Le Tribunal administratif estime que même si l'intéressé, contraint par l'âge et la conjoncture, a réduit son activité depuis 2002, la modification de la base de son activité indépendante ne peut être tenue pour essentielle et durable au sens de la jurisprudence.
Si l'on examine toutefois la comptabilité du recourant durant les années 1999 à 2006, la forte réduction de son activité, amorcée en 2002, ne saurait être considérée comme passagère. Son chiffre d'affaires brut a continué de baisser jusqu'en 2004, où il a atteint 52'134 fr. (ce qui représente environ 10 % du chiffre d'affaires moyen des années 1999 à 2001), puis une légère reprise l'a porté à 129'816 fr. en 2006 (soit à environ 25 % du chiffre d'affaires des années 1999 à 2001). Quant à son revenu, il a légèrement augmenté après 2002, mais il est resté faible par rapport à celui des années précédentes; le bénéfice des années 2003 à 2005 varie en effet entre 26'587 fr. (2004) et 35'164 fr. (2006), ce qui représente 10 à 13 % de la moyenne des revenus des années 1999 à 2001. En 2006, son bénéfice, quelque peu en hausse (77'128 fr.), est toutefois encore d'environ 70 % inférieur à celui réalisé entre 1999 et 2001. Il apparaît ainsi que la modification de revenu (tout comme celle du chiffre d'affaires) du recourant est essentielle et que son bénéfice est devenu accessoire par comparaison à celui qu'il obtenait précédemment. La modification est également durable puisqu'elle s'est prolongée en tous les cas jusqu'en 2005, soit bien au-delà des deux ans requis.
4.3 L'autorité intimée est parvenue à une solution différente en s'appuyant sur la pratique vaudoise, selon laquelle la réduction de l'activité de l'indépendant ne peut être considérée comme durable et essentielle que si les revenus retirés de cette activité n'excèdent pas 10 % de ceux réalisés auparavant. Cette différence de traitement par rapport aux contribuables salariés ne repose sur aucune base légale et elle est par ailleurs insoutenable, même s'il y a lieu de tenir compte dans une certaine mesure du fait que les indépendants peuvent aménager leur activité avec plus de souplesse. L'exigence d'une diminution durable de 90 % du revenu apparaît en effet excessivement sévère en tant qu'elle restreint de façon drastique l'application de l'art. 45 lettre b LIFD aux contribuables indépendants.
4.4 Il résulte de ce qui précède que les conditions objectives de l'art. 45 lettre b LIFD sont réalisées en l'espèce, et ce pour l'année 2002. Les bénéfices réalisés pendant les années suivantes sont imposables selon le système postnumerando, y compris les bénéfices en capital et de liquidation, puisque le canton de Vaud a adopté ce système dès le 1er janvier 2003 pour l'impôt fédéral direct comme pour l'impôt cantonal et communal. Partant, c'est en violation du droit fédéral que le Tribunal administratif a confirmé le refus opposé à la demande de taxation intermédiaire du contribuable. Le recours doit par conséquent être admis et l'arrêt attaqué annulé en ce qui concerne l'impôt fédéral direct de la période litigieuse.
II Impôts cantonal et communal
5. Comme la loi sur l'impôt fédéral direct, la loi fédérale d'harmonisation donne aux cantons le droit de conserver le système praenumerando bisannuel (art. 15 LHID) ou d'adopter le système d'imposition annuelle postnumerando (art. 16 LHID). L'art. 17 lettre b LHID prévoit également que le revenu peut faire l'objet d'une taxation intermédiaire en cas de "modification durable et essentielle des bases de l'activité lucrative par suite du début ou de la cessation de l'activité lucrative ou d'un changement de profession" (cf. art. 45 lettre b LIFD). L'art. 80 lettre b LI/VD, dans sa version en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002 (Recueil annuel 2000, p. 368), reprend les termes de l'art. 45 lettre b LIFD; la disposition cantonale est donc conforme à l'art. 17 LHID.
Il s'ensuit que les considérations développées ci-dessus relatives à la taxation intermédiaire pour l'impôt fédéral direct s'appliquent mutatis mutandis aux impôts cantonal et communal. Partant, le recours doit également être admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal et l'arrêt attaqué annulé sur ce point.
6. Dans le canton de Vaud, les années de calcul 2001-2002 tombent en principe dans la brèche de calcul liée au changement de système d'imposition dans le temps (cf. consid. 3.1 ci-dessus): les revenus acquis et les charges supportées durant ces années, sous réserve d'éléments extraordinaires au sens de l'art. 218 LIFD (art. 273 et 275 LI/VD), ne sont pris en considération dans aucune taxation ordinaire. Comme l'a relevé à juste titre le Tribunal administratif, ceci n'a toutefois aucune incidence dans le cas particulier (cf. consid. 1b de l'arrêt attaqué), la question à résoudre étant uniquement de savoir si le recourant peut bénéficier d'une taxation intermédiaire pour cessation d'activité au 1er janvier 2002. Par conséquent, comme le contribuable remplit les conditions des art. 45 lettre b LIFD et 80 lettre b LI/VD, de sorte que, par exception, son revenu commercial 2002 servira au calcul de l'impôt de cette période fiscale, il n'est pas nécessaire d'examiner si l'intéressé pouvait bénéficier des aménagements particuliers prévus par la directive du Grand Conseil du canton de Vaud du 7 octobre 2002, intitulée « passage à la taxation annuelle » et destinée à atténuer les effets du changement de système pour certains contribuables.
7. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours, tant en matière d'impôt fédéral direct que d'impôts cantonal et communal. L'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée au Tribunal administratif pour qu'il se prononce à nouveau sur les frais de la procédure devant lui. L'Administration cantonale devra procéder à de nouvelles taxations pour la période fiscale 2001/2002 (cf. art. 107 al. 2 LTF).
Succombant, l'Administration cantonale, dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 et art. 66 al. 4 LTF a contrario). Il n'y a pas lieu d'accorder de dépens au recourant qui n'en a pas fait la demande et qui s'est défendu sans l'assistance d'un avocat (<ref-ruling> consid. 4 p. 446).

Le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct.
2. Le recours est admis en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal.
3. L'arrêt attaqué est annulé. La cause est renvoyée au Tribunal administratif pour qu'il statue à nouveau sur les frais de la procédure devant lui et à l'Administration cantonale pour nouvelles décisions dans le sens des considérants.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'500 fr., sont mis à la charge de l'Administration cantonale des impôts du canton de Vaud.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie au recourant, à l'Administration cantonale des impôts et au Tribunal administratif du canton de Vaud ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique impôt fédéral direct.
Lausanne, le 22 mai 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Merkli Mabillard