Faits:
A. A.a Le 1er avril 2003, Y._ a été engagé par X._ SA en qualité d'ingénieur-conseil et de vente. Son salaire mensuel brut s'élevait à 10'750 fr., payable au plus tard le 5ème jour du mois suivant. S'y ajoutait une indemnité forfaitaire mensuelle de 1'500 fr. pour les frais relatifs au bureau que l'employé louait à A._ (500 fr.) et à son véhicule privé (1'000 fr.). Le contrat pouvait être résilié de part et d'autre pour la fin d'un mois moyennant un délai de congé de trois mois, courant dès la réception de la déclaration de résiliation par son destinataire.
Le 15 juillet 2003, X._ SA a constaté que la société n'avait toujours pas réussi à pénétrer le marché de la Suisse alémanique et a enjoint son employé de réagir au plus vite. Les 5 et 18 septembre 2003, la société a fait part à Y._ de certains griefs concernant son rythme de travail qui n'était pas suffisamment soutenu. Le 22 du même mois, l'employeur rappelait à son employé qu'il n'avait encore apporté aucun client à la société et relevait l'existence de « graves manquements ».
A.b Par lettre datée du 29 septembre 2003, expédiée le lendemain, Y._ a été licencié pour « raisons économiques » avec effet au 30 novembre 2003. Le 3 octobre 2003, celui-ci indiquait à son employeur que le délai de résiliation était de trois mois. De nombreux échanges de correspondances ont fait suite.
Y._ a perçu son salaire jusqu'au 13 novembre 2003. Le 15 de ce mois, un décompte récapitulatif des heures supplémentaires, des vacances non prises et des frais a été communiqué à X._ SA.
A.c Le 18 mars 2004, Y._ a fait notifier à X._ SA - qui s'y est opposée - un commandement de payer la somme de 70'039 fr.75 fr., avec intérêts à 5% dès le 29 février 2004.
B. Le 21 mars 2005, Y._ a ouvert action devant le juge des districts de Martigny et St-Maurice à l'encontre de X._ SA en vue d'obtenir le paiement de 6'155 fr.50, avec intérêts à 5% dès le 1er décembre 2003, sous déduction des charges sociales légales et contractuelles, à titre de salaire pour le mois de novembre 2003, de 10'750 fr., avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2004, sous déduction des charges sociales légales et contractuelles, à titre de salaire pour le mois de décembre 2003, de 33'928 fr.80 (9'000 fr. + 4'500 fr. + 14'124 fr.75 + 964 fr.25 + 2'030 fr.50 + 3'309 fr.30), avec intérêts à 5% dès le 15 août 2003, à titre de frais professionnels, et, enfin, de 3'830 fr.45, avec intérêts à 5% dès le 1er janvier 2004, à titre de salaire afférent aux vacances et aux heures supplémentaires non compensées. Le demandeur requérait aussi la mainlevée définitive de l'opposition faite au commandement de payer et réclamait la délivrance d'un certificat de travail attestant de la durée de son engagement, de la nature des activités exercées et de l'appréciation portée sur la qualité du travail fourni.
Après clôture de l'instruction devant le juge de district, la Cour civile II du Tribunal cantonal a statué par jugement du 13 mars 2008. Les juges cantonaux ont prononcé que la défenderesse versera au demandeur un montant net de 37'525 fr.45 avec intérêts à 5%, dès le 6 décembre 2003 sur 5'484 fr.05 et dès le 15 août 2003 sur 32'041 fr.40. Les magistrats ont levé à due concurrence l'opposition formée au commandement de payer et prononcé que la défenderesse acquittera aux organes concernés les charges sociales sur le montant brut de 6'155 fr.50. Les motifs du jugement seront exposés ci-après dans la mesure utile à l'examen des griefs soulevés.
C. C.a Contre ce prononcé, la défenderesse exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle requiert la réforme du jugement du 13 mars 2008 en ce sens que les prétentions du demandeur sont intégralement rejetées et, à titre subsidiaire, qu'elles sont intégralement compensées par la créance en dommages-intérêts reconnue à la défenderesse. A titre plus subsidiaire, la défenderesse conclut au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'il soit statué à nouveau dans le sens des considérants.
Le demandeur propose le rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité. Quant à l'autorité cantonale, elle se réfère aux considérants de son jugement.
C.b Par ordonnance présidentielle du 23 mai 2008, l'effet suspensif au recours a été rejeté.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF) et dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF) rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 75 LTF) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 francs (art. 74 al. 1 let. a LTF), le recours en matière civile est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 100 al. 1 LTF) et la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (art. 108 al. 1 let. b LTF), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1). Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2. La recourante fait grief à l'autorité cantonale d'avoir violé l'art. 18 CO en relation avec l'art. 320 CO.
Dans sa critique, la recourante ne démontre pas en quoi la cour cantonale aurait violé ces dispositions légales, en considérant que le salaire de l'intimé ne dépendait pas exclusivement des affaires qu'il négociait ou concluait. Elle se contente de rappeler que les courriers échangés entre les parties les 6 janvier, 2 et 24 février 2003 faisaient partie intégrante du contrat de travail, comme d'ailleurs retenu par l'autorité cantonale, et de reproduire une partie de leur contenu, avant de reprocher à la juridiction cantonale de n'avoir « pas établi en droit quelles étaient les obligations de l'employé telles que prévues par le contrat, avec pour conséquence, que l'Autorité intimée n'a même pas analysé les violations, par l'employé, desdites obligations, régulièrement alléguées par la Recourante ». Pareille démonstration est d'emblée irrecevable.
Au demeurant, le raisonnement de la cour cantonale est exempt de tout reproche. Se référant à l'art. 2 du contrat du 1er avril 2003 - qui prévoit un salaire mensuel brut de base de 10'750 fr., le versement d'une provision au sens de l'art. 322b CO en cas d'entente entre les parties et l'exclusion de toute rémunération liée au résultat de l'exploitation de l'entreprise -, les juges cantonaux ont estimé qu'il n'y avait pas lieu de s'écarter de son sens littéral, puisque rien ne permettait d'affirmer qu'il ne correspondait pas à la volonté des parties. La juridiction cantonale s'est notamment référée aux lettres des 2 et 24 février 2003, qui font état du volume d'affaires que l'employé pouvait amener à la société; elle a observé que ces titres ne permettaient pas de dire que la rémunération de l'intimé était liée, d'une quelconque manière, au résultat de son activité, faute d'indication allant dans ce sens. L'autorité cantonale a, de même, relevé que la lettre du 24 février 2003 faisait mention d'un « salaire de base » et que ce salaire a été versé intégralement pour les mois d'avril à octobre 2003.
Sur le vu des faits retenus - qui lient le Tribunal fédéral -, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en considérant que les parties étaient convenues du paiement d'un salaire mensuel de base de 10'750 francs.
3. La recourante reproche ensuite aux juges valaisans de ne s'être pas prononcés en droit sur la nature et la portée des injonctions et des reproches contenus dans les courriers des 15 juillet, 5, 18 et 22 septembre 2003 et d'avoir ainsi consacré une violation des art. 321a al. 1 et 321d al. 1 et 2 CO et, par voie de conséquence, des art. 321e CO et 120 CO.
La cour cantonale a écarté l'exception de compensation élevée devant elle par la recourante, qui faisait valoir l'existence d'une créance en réparation du dommage de 94'693 fr.40. La juridiction cantonale a relevé que le dommage allégué correspondait au montant des salaires bruts versés à l'intimé, pour la période du 1er avril au 13 novembre 2003; elle a rappelé que la rémunération de l'intimé ne dépendait pas des affaires qu'il négociait pour la recourante, tout en précisant qu'il n'était pas établi que l'intimé n'aurait pas exécuté personnellement les tâches qui lui étaient confiées ou aurait travaillé moins que la durée ordinaire du travail prescrite par le contrat du 1er avril 2003. Forts de ces considérations, les magistrats ont arrêté que le salaire de base mensuel prévu par l'art. 2 du contrat de travail était dû et que, par conséquent, son versement ne saurait constituer un dommage pour l'employeur. Au terme de leur examen, ils ont écarté l'exception de compensation, sans entrer en matière sur une éventuelle violation du devoir de diligence et de fidélité au sens de l'art. 321a al. 1 CO.
La recourante persiste à soutenir que le dommage subi consiste en une perte correspondant aux montants payés à titre de salaire à l'intimé. Dès lors qu'il a été arrêté que le contrat de travail liant les parties prévoyait un salaire de base mensuel, la diminution du patrimoine engendrée par le paiement du salaire ne saurait constituer un élément du dommage, tel que juridiquement reconnu (<ref-ruling> consid. 4.4.2). A cet égard, l'argumentation soutenue par la recourante est dénuée de fondement. Par ailleurs, comme l'existence de tout dommage - qui relève des faits (<ref-ruling> consid. 2b) - a été niée, c'est à bon droit que l'autorité cantonale a rejeté l'exception de compensation soulevée, sans examiner plus avant si l'intimé avait ou non violé son devoir de diligence et de fidélité. Le faisceau de griefs invoqués par la recourante tombe donc manifestement à faux.
4. Il résulte de cet examen que le recours en matière civile doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
5. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé, à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour civile II du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 20 juin 2008
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Corboz Crittin