Sachverhalt:
A. Am späteren Abend des 8. Dezember 2009 geriet X._ an seinem Arbeitsplatz, dem Restaurant Y._ in Zürich, in einen heftigen Streit mit seiner Ehefrau, wobei er diese, nach seiner Darstellung ohne Absicht, mit einem Glas am Kopf verletzte. Er wurde vorläufig festgenommen. Die von der Polizei durchgeführte Atemluftkontrolle ergab einen Blutalkoholwert von 1,99 Gewichtspromillen.
Am 10. Dezember 2009 entliess die Staatsanwaltschaft Zürich-Limmat X._ unter Anordnung einer Kontaktsperre zu seiner Ehefrau und eines Rayonverbots aus der Haft. Mit Verfügung vom gleichen Tag beschlagnahmte sie seinen Führerausweis und lud das Strassenverkehrsamt ein, die Frage eines Ausweisentzugs zu prüfen.
B. Das Strassenverkehrsamt ordnete am 22. Dezember 2009 eine verkehrsmedizinische Abklärung der Fahreignung X._s durch das Institut für Rechtsmedizin der Universität Zürich an. Den Führerausweis händigte es ihm wieder aus.
X._ rekurrierte am 7. Januar 2010 gegen diese Verfügung mit dem Antrag, sie aufzuheben und das Strassenverkehrsamt zu verpflichten, das Administrativverfahren gegen ihn einzustellen.
Der Regierungsrat wies den Rekurs am 7. Dezember 2010 ab, soweit er nicht gegenstandslos geworden war.
Das Verwaltungsgericht wies die von X._ gegen diesen Regierungsratsbeschluss erhobene Beschwerde am 6. April 2011 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, das verwaltungsgerichtliche Urteil aufzuheben und keine verkehrsmedizinische Abklärung anzuordnen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D. Das Verwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung und beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Strassenverkehrsamt beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Das ASTRA beantragt ohne Begründung, die Beschwerde abzuweisen.
X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Entscheid des Verwaltungsgerichts betrifft die Anordnung einer verkehrsmedizinischen Abklärung im Rahmen eines strassenverkehrsrechtlichen Administrativverfahrens und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit. Dagegen ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 Abs. 1 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG), und der Beschwerdeführer ist als zur verkehrsmedizinischen Abklärung Verpflichteter befugt, sie zu erheben (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Der Führerausweis darf nicht erteilt werden, wenn der Bewerber dem Trunke oder anderen die Fahrfähigkeit herabsetzenden Süchten ergeben ist (<ref-law>). Bestehen Bedenken über die Eignung des Führers, so ist er einer neuen Prüfung zu unterwerfen (<ref-law>). Der Führerausweis ist zu entziehen, wenn festgestellt wird, dass die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen (<ref-law>). Ein solcher Sicherungsentzug dient der Sicherung des Verkehrs vor Fahrzeuglenkern, die aus medizinischen oder charakterlichen Gründen, wegen Trunksucht oder anderen Süchten oder wegen einer anderen Unfähigkeit, zum Führen von Motorfahrzeugen nicht geeignet sind (<ref-law>). Bis zur Abklärung von Ausschlussgründen kann der Führerausweis sofort vorsorglich entzogen werden (<ref-law>).
2.2 Ein allfälliger Sicherungsentzug im Sinne von <ref-law> setzt das Vorliegen einer Sucht voraus. Trunksucht wird nach der Praxis des Bundesgerichts bejaht, wenn der Lenker regelmässig so viel Alkohol konsumiert, dass seine Fahrfähigkeit vermindert wird und er keine Gewähr bietet, den Alkoholkonsum zu kontrollieren und ihn ausreichend vom Strassenverkehr zu trennen, sodass die Gefahr nahe liegt, dass er im akuten Rauschzustand am motorisierten Strassenverkehr teilnimmt (<ref-ruling> E. 3c S. 126; <ref-ruling> E. 3d S. 564, E. 4e S. 567; je mit Hinweisen). Eine verkehrsmedizinische Abklärung darf nur angeordnet werden, wenn konkrete Anhaltspunkte vorliegen, die ernsthafte Zweifel an der Fahreignung des Betroffenen wecken. Sie ist nach der Praxis des Bundesgerichts namentlich dann angebracht, wenn die Blutalkoholkonzentration 2,5 Promille und mehr beträgt, auch wenn sich der Betroffene während der letzten fünf Jahre vor der aktuellen Trunkenheitsfahrt keine einschlägige Widerhandlung zu Schulde kommen liess. Wer sich mit einer derart hohen Blutalkoholkonzentration noch ans Steuer setzt, verfügt über eine so grosse Alkoholtoleranz, dass in aller Regel auf eine Alkoholabhängigkeit geschlossen werden muss. Dasselbe gilt für einen Lenker, der innerhalb eines Jahres zweimal in erheblich angetrunkenem Zustand - mit 1,74 bzw. 1,79 Promillen - ein Motorfahrzeug führte (<ref-ruling> E. 4.2 S. 87; <ref-ruling> E. 3c S. 125).
2.3 Der Beschwerdeführer wurde am 8. Dezember 2009 vorläufig festgenommen, weil er gegen seine Frau tätlich geworden war. Er gab an, an diesem Abend wegen familiärer Spannungen und des schlechten Geschäftsgangs des Restaurants zu viel getrunken und dann bei der Auseinandersetzung mit seiner Frau die Kontrolle über sich verloren zu haben; an deren Verlauf könne er sich nicht mehr erinnern. Das Verwaltungsgericht erwägt im angefochtenen Entscheid, bereits die gemessene Blutalkoholkonzentration von 1,99 Promillen erwecke Zweifel an der Fahreignung des Beschwerdeführers. Dazu kämen die unbestrittenen Belastungen wegen beruflicher und privater Probleme. Das erwecke den Verdacht, dass sich der Beschwerdeführer vor diesen nachhaltig in den Alkohol flüchte; jedenfalls bestünden entsprechende Bedenken. Dafür spreche auch der Streit mit der Ehefrau. Wie der geltend gemachte Gedächtnisverlust einzuordnen sei, sei Sache der verkehrsmedizinischen Untersuchung.
2.4 Der Beschwerdeführer hatte am fraglichen Abend unbestrittenermassen zu viel getrunken. Das Verwaltungsgericht verweist in diesem Zusammenhang an sich korrekt auf <ref-ruling> E. 5 und das dort zitierte Schrifttum, wonach Blutalkoholwerte von über 1,6 Gewichtspromillen namentlich bei Fehlen von adäquaten Ausfallserscheinungen auf eine bereits länger andauernde tägliche Aufnahme von wesentlich mehr als 80 Gramm Alkohol schliessen liesse, was die Fahreignung in Frage stelle. Allerdings hat der Beschwerdeführer am fraglichen Abend gerade die Kontrolle über sich verloren, und er hat zudem glaubhaft und unwiderlegt dargetan, sich an den Vorfall nicht mehr erinnern zu können. Das spricht jedenfalls nicht dafür, dass er über die Alkoholtoleranz (Giftfestigkeit) eines schweren Trinkers verfügt. Effektiv zu beurteilen war im soeben erwähnten Entscheid im Übrigen die Fahreignung eines wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand vorbestraften Lenkers, der bei Trinkende vor seiner erneuten Trunkenheitsfahrt einen Blutalkoholwert von maximal 3,5 Gewichtspromillen aufgewiesen hatte. Das Bundesgericht kam zum Schluss, dieser Rückfall lasse keinen zwingenden Schluss auf eine die Fahreignung ausschliessende Alkoholproblematik zu, auch wenn die Höhe der Alkoholisierung bei der zweiten Trunkenheitsfahrt durchaus auf normabweichende Trinkgewohnheiten mit Suchtproblematik hindeute (a.a.O. E. 6.2.2 S. 92).
2.5 Vorliegend belastet den Beschwerdeführer einzig der Umstand, dass er am fraglichen Abend zu viel trank und dabei die Kontrolle über sich verlor. Dass er seine privaten und beruflichen Probleme gewohnheitsmässig im Alkohol zu ertränken pflegte, ist eine reine Annahme des Verwaltungsgerichts, die durch keinerlei erhärtete Fakten gestützt wird. Der an diesem Abend erreichte Blutalkoholwert von 1,99 Promillen ist zwar erheblich, aber nicht extrem hoch und jedenfalls deutlich unter dem Wert von 2,5 Promillen, bei dessen Überschreitung das Bundesgericht eine verkehrsmedizinische Abklärung im Fall eines Lenkers, der zwei Trunkenheitsfahrten absolviert und damit den begründeten Verdacht erweckt hatte, auch in Zukunft Trinken und Fahren nicht zuverlässig trennen zu können, als angebracht beurteilte. Vorliegend bestehen indessen keine Hinweise dafür, dass der Beschwerdeführer dafür keine Gewähr bietet. Er verfügt im Gegenteil trotz jahrzehntelanger Fahrpraxis über einen ungetrübten automobilistischen Leumund, was für eine intakte Fahreignung spricht. Ernsthafte Zweifel daran, dass der Beschwerdeführer in der Lage ist, ein Motorfahrzeug sicher zu lenken, hatte im Übrigen offensichtlich auch das Strassenverkehrsamt keine, sonst hätte es ihm den beschlagnahmten Führerausweis nicht wenige Tage nach seinem verfahrensauslösenden Verhalten ohne Auflagen wieder zurückgeben dürfen. Die Anordnung einer verkehrsmedizinischen Abklärung erweist sich unter diesen Umständen als überzogen und ist bundesrechtswidrig, die Beschwerde ist begründet.
3. Die Beschwerde ist gutzuheissen und der angefochtene Entscheid aufzuheben, womit die vom Strassenverkehrsamt verfügte Anordnung einer verkehrsmedizinischen Abklärung ohne Weiteres entfällt. Die Sache ist zur Neubeurteilung der Kosten- und Entschädigungsregelung ans Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Damit wird das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 6. April 2011 aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung der Kosten- und Entschädigungsregelung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Sicherheitsdirektion des Kantons Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung 1. Kammer, und dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. September 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi