Sachverhalt:
A. Die Ehegatten S._ und T._ schlossen am 23. November 2001 einen Ehe- und Erbvertrag, welcher unter anderem eine Vereinbarung über die Enterbung des Sohnes Z._ enthält. In Ziff. 13 resp. 17 des Vertrages verfügten sie jeweils gleichlautend: "Ich enterbe meinen Sohn Z._ und entziehe ihm den Pflichtteil. Mein Sohn Z._ wird enterbt, weil er meine Tochter X._ mehrmals vorsätzlich in sehr grober Art und Weise tätlich angegriffen u.a. gewürgt und ihr mit dem Tod gedroht hat. Dieses Verhalten kann insbesondere nachgewiesen werden durch das Schreiben von Herrn Pfarrer Y._, in A._, vom 11. Juli 2001."
Am 10. Dezember 2003 verstarb S._ (nachfolgend Erblasser). Mit Schreiben des Erbschaftsamtes Basel-Stadt vom 16. Dezember 2003 wurde Z._ mitgeteilt, dass er gemäss Ehe- und Erbvertrag enterbt worden sei. Am 20. Januar 2004 wurde die letztwillige Verfügung formell eröffnet.
B. Mit Klage vom 14. Januar 2005 gegen X._ (Schwester) und T._ (Mutter) verlangte Z._ die Feststellung der Nichtigkeit des Erbvertrages (Ziff. 1), eventualiter dessen Ungültigkeit (Ziff. 1.1), subeventualiter die Herabsetzung der Enterbung auf das zulässige Mass (Ziff. 1.2), die Feststellung, dass die Beklagten erbunwürdig seien (Ziff. 2), die Feststellung des Nachlasses unter Hinzurechnung der lebzeitigen Zuwendungen (Ziff. 3) und der Anteile am Nachlass (Ziff. 4) sowie dessen Teilung (Ziff. 5); ferner wurde die unentgeltliche Rechtspflege verlangt (Ziff. 6).
Gestützt auf das entsprechende Begehren der beiden beklagten Damen wurde das Verfahren vorläufig auf die Begehren Ziff. 1-1.2 beschränkt und im Übrigen sistiert.
In Gutheissung des Begehrens Ziff. 1.2 erklärte das Zivilgericht mit Zwischenurteil vom 9. November 2007 die testamentarisch verfügte Enterbung für ungültig und setzte diese auf das zulässige Mass herab. Sodann wurde die teilweise Verfahrenssistierung aufgehoben und Frist zur Einreichung einer Klageantwort zu den Begehren Ziff. 2-6 angesetzt.
Auf die von beiden Seiten erhobenen Appellationen trat das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt mit Urteil vom 13. Oktober 2010 nicht ein.
C. Gegen diesen Nichteintretensentscheid hat X._ (Schwester) am 30. Dezember 2010 eine Beschwerde in Zivilsachen eingereicht mit dem Begehren um dessen Aufhebung und Rückweisung der Angelegenheit an das Appellationsgericht zur Entscheidung in der Sache. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Mit Bezug auf die Appellabilität des erstinstanzlichen Zwischenentscheides hat das Appellationsgericht auf den einschlägigen <ref-law>/BS verwiesen, wonach Zwischenentscheide nur unter eingeschränkten (vorliegend nicht gegebenen) Voraussetzungen appellabel sind. Sodann hat es ausgeführt, dass über den klaren Wortlaut von <ref-law>/BS hinaus nach der Praxis des Appellationsgerichts Zwischenentscheide auch dann appellabel sind, wenn die Voraussetzungen der Beschwerde in Zivilsachen an das Bundesgericht erfüllt wären. Diese sah das Appellationsgericht als nicht gegeben an.
2. Im Zusammenhang mit den Rechtsbegehren Ziff. 1-1.2 hatte der Beschwerdegegner (der klagende Bruder) geltend gemacht, die Beschwerdeführerin habe mit jahrelangen Erfindungen und Verleumdungen einen Enterbungsgrund zu konstruieren versucht; der völlig hilflose und unter Druck gesetzte Vater habe schliesslich den betreffenden Erbvertrag unterzeichnet.
Das Zivilgericht kam diesbezüglich zum Schluss, dass der Erblasser bis zuletzt einen starken und klaren Willen gehabt habe, er mithin verfügungsfähig gewesen sei, dass aber nur eine einmalige Ohrfeige des Beschwerdegegners an die Beschwerdeführerin nachgewiesen sei (vgl. 479 Abs. 2 ZGB) und damit keine schwere Straftat im Sinn von <ref-law>, weshalb dem Beschwerdegegner der Pflichtteil zustehe (<ref-law>).
3. Die Beschwerdeführerin erblickt im erstinstanzlichen Erkenntnis nicht einen Zwischenentscheid, sondern ein Teilurteil im Sinn von <ref-law>. Sie macht geltend, ein gegenteiliger Entscheid (d.h. die Abweisung sämtlicher Begehren Ziff. 1-1.2) würde die weiteren Anträge gegenstandslos machen. Im Übrigen sei die Beurteilung der Begehren 1-1.2 unabhängig von derjenigen des Begehrens Ziff. 2 möglich, weil selbst bei Gutheissung des Letzteren der Anspruch des Beschwerdegegners nicht grösser würde, sondern diesbezüglich vielmehr die gesetzliche Erbfolge einträte.
Aber auch wenn von einem Zwischenentscheid auszugehen wäre, würde sich nach Ansicht der Beschwerdeführerin an der selbständigen Anfechtbarkeit des erstinstanzlichen Entscheides nichts ändern, weil diesfalls mit einem gegenteiligen Appellationsentscheid in Bezug auf die Enterbung ein Endentscheid gefällt und ein weitläufiges Beweisverfahren in Bezug auf die übrigen Begehren gespart werden könnte, womit die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt seien.
Indem das Appellationsgericht auf die Appellation nicht eingetreten sei, habe es das bundesrechtskonform auszulegende kantonale Recht willkürlich angewandt und im Übrigen verschiedene Verfahrensgarantien verletzt (Rechtsverzögerungsverbot; Grundsatz der Verhältnismässigkeit).
4. Ein Teilentscheid ist eine Variante des Endentscheids. Mit ihm wird über eines oder einige von mehreren Rechtsbegehren (objektive oder subjektive Klagenhäufung) abschliessend befunden (<ref-ruling> E 1.1 S. 428; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 217; Botschaft zum BGG, BBl 2001 S. 4332). Es handelt sich dabei nicht um verschiedene materiell-rechtliche Teilfragen eines Rechtsbegehrens, sondern um verschiedene Rechtsbegehren (<ref-ruling> E. 4.1.2 S. 480). Ein Entscheid, der nur einen Teil der gestellten Begehren behandelt, ist jedoch nur dann ein vor Bundesgericht anfechtbarer Teilentscheid, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können (<ref-law>), d.h. wenn die gehäuften Begehren auch Gegenstand eines eigenen Prozesses hätten bilden können (BGE <ref-ruling> E. 1.2.1 und 1.2.2 S. 217).
Die Argumentationsstränge bezüglich der Begehren Ziff. 1-1.2 und Ziff. 2 überlappen sich und insbesondere sind die Begehren Ziff. 1.1 und 2 eng miteinander verknüpft (siehe E. 5), weshalb nach den zutreffenden Erwägungen des Appellationsgerichts auch die Gefahr sich widersprechender Entscheide bestünde (dazu BGE <ref-ruling> E. 1.2.3 S. 217). Demnach liegt mit Bezug auf die Begehren Ziff. 1-1.2 kein Teilentscheid i.S.v. <ref-law> vor, sondern ein Zwischenentscheid.
5. Zwischenentscheide sind gemäss BGG nur anfechtbar, wenn sie entweder die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen (<ref-law>) oder die Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 lit. a oder b BGG erfüllen.
Die Voraussetzungen von <ref-law> sind entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin nicht gegeben, weil auch mit der allfälligen Abweisung aller bislang materiell behandelten Begehren kein sofortiger Endentscheid herbeizuführen wäre: Im Zusammenhang mit dem Begehren Ziff. 2 könnte die Bejahung der Erbunwürdigkeit der Beschwerdeführerin wegen arglistiger Täuschung des Erblassers (<ref-law>) zur Ungültigkeit des Testamentes (vgl. <ref-law>) und damit zu einer grundsätzlichen Beseitigung der Enterbung (d.h. Eintritt der gesetzlichen Erbfolge) führen, wie das Appellationsgericht zutreffend festhält.
Dass sodann ein nicht wieder gutzumachender Nachteil bestünde und damit die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt wären, wird zu Recht nicht behauptet, können doch alle Vorbringen auch noch bei der Anfechtung des Endurteils geltend gemacht werden und wäre ein nicht wieder gutzumachender Nachteil i.S.v. <ref-law> nur dann gegeben, wenn er auch durch einen für die Beschwerdeführerin günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden könnte (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 190 f.).
6. Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen unzulässig ist. Vor diesem Hintergrund muss weder die Frage beantwortet werden, ob die ausserhalb des anwendbaren <ref-law>/BS stehenden Grundsätze aufgrund konstanter Praxis des Appellationshofes derart im kantonalen Prozessrecht inkorporiert wären, dass sie als willkürlich angewandt gerügt werden könnten, noch diejenige, inwiefern die Beschwerdeführerin in der vorliegenden Erbschaftsstreitigkeit (Gesamthandverhältnis i.S.v. <ref-law>) vor Bundesgericht allein auftreten kann. Gegenstandslos ist sodann - abgesehen davon, dass dem Beschleunigungsgebot mit der zügigen Durchführung des gesamten Verfahrens am besten entsprochen sein dürfte - der Vorwurf, der Nichteintretensentscheid bedeute eine Verfahrensverzögerung.
Gemäss dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen. Der Gegenseite ist im bundesgerichtlichen Verfahren kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. März 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli