Sachverhalt:
A. H._, geboren 1964, erlitt am 30. September 2003 auf der Autobahn (bei einem Tempo von ca. 80 km/h) einen Autounfall. Nachdem ein Lastwagen beim Fahrstreifenwechsel seitlich mit seinem Fahrzeug kollidiert war, wurde dieses um die eigene Achse geschleudert, kollidierte frontal mit einem weiteren Fahrzeug und wurde dadurch schliesslich nochmals in Richtung des unfallverursachenden Lastwagens geschleudert, wo es zu einer weiteren, seitlichen Kollision kam. H._ zog sich dabei gemäss Bericht des Notfallzentrums des Spitals X._, wo er eingeliefert wurde, eine Distorsion der Halswirbelsäule (HWS) sowie eine Kontusion an der Lendenwirbelsäule zu. Die Schweizerische Unfallversicherungsanstalt (SUVA) erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Nach zwei Aufenthalten in der Rehaklinik Y._ (vom 17. Dezember 2003 bis zum 21. Januar 2004 sowie vom 17. Oktober bis zum 12. November 2005) schloss sie den Fall mit Verfügung vom 12. Dezember 2005 und Einspracheentscheid vom 6. Juli 2006 per 31. Dezember 2005 ab mit der Begründung, dass die noch geklagten Beschwerden nicht mehr in adäquat-kausalem Zusammenhang mit dem erlittenen Unfall stünden.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 6. August 2008 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihm auch weiterhin die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen; eventualiter sei die Sache zu weiteren Abklärungen zurückzuweisen.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid die Bestimmung über die Leistungspflicht des obligatorischen Unfallversicherers bei Berufsunfällen, Nichtberufsunfällen und Berufskrankheiten (<ref-law>) richtig wiedergegeben. Gleiches gilt für die Grundsätze über den für einen Leistungsanspruch nebst anderem erforderlichen natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen). Ebenfalls zutreffend dargelegt ist die Rechtsprechung über den zusätzlich zum natürlichen Kausalzusammenhang erforderlichen adäquaten Kausalzusammenhang. Danach spielt im Sozialversicherungsrecht die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 mit Hinweisen). Anders verhält es sich bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden. Hier ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nachdem weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 6 S. 366 ff. und 369 E. 4 S. 382 ff., 115 V 133 E. 6 S. 138 ff.). Bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall werden diese Adäquanzkriterien unter Ausschluss psychischer Aspekte geprüft (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), während bei Schleudertraumen (<ref-ruling> E. 6a S. 367) und äquivalenten Verletzungen der HWS (SVR 1995 UV Nr. 23 S. 67 E. 2) sowie Schädel-Hirntraumen (<ref-ruling> E. 4b S. 383) auf eine Differenzierung zwischen physischen und psychischen Komponenten verzichtet wird (vgl. zum Ganzen auch <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 und SVR 2007 UV Nr. 8 S. 27, U 277/04, E. 2 ff., je mit Hinweisen).
Zutreffend dargelegt wurde auch, dass das Bundesgericht jüngst die sogenannte Schleudertrauma-Praxis in zweierlei Hinsicht präzisiert hat: Zum einen wurden die Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung dieser Praxis bei der Prüfung des adäquaten Kausalzusammenhangs rechtfertigt, erhöht. Zum anderen wurden die Kriterien, welche abhängig von der Unfallschwere gegebenenfalls in die Adäquanzbeurteilung einzubeziehen sind, teilweise modifiziert (<ref-ruling> E. 9 und 10 S. 121 ff.). Die bei psychischen Fehlentwicklungen nach Unfall geltenden Grundsätze liess das Bundesgericht hingegen unverändert bestehen (E. 6.1 des erwähnten Urteils [S. 116]).
2. Streitig ist, ob die vom Beschwerdeführer auch nach dem 31. Dezember 2005 geklagten Beschwerden adäquat-kausal auf den erlittenen Unfall zurückzuführen sind.
3. Zunächst besteht Einigkeit darin, dass der Beschwerdeführer beim Autounfall vom 30. September 2003 ein Schleudertrauma erlitten hat und objektiv ausgewiesene organische Unfallfolgen fehlen, weshalb zur Prüfung der adäquaten Kausalität die sogenannte Schleudertrauma-Praxis gemäss <ref-ruling> zur Anwendung zu gelangen hat.
4. 4.1 Gemäss <ref-ruling> E. 10.1 S. 126 f. ist auch weiterhin zu prüfen, ob, ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf, ein leichter, mittlerer oder schwerer Unfall vorliegt. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne Weiteres bejaht und bei leichten Unfällen verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht aufgrund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten. Es sind weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche unmittelbar mit dem Unfall in Zusammenhang stehen oder als direkte beziehungsweise indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Je nachdem, wo im mittleren Bereich der Unfall einzuordnen ist und abhängig davon, ob einzelne dieser Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind, genügt zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein Kriterium oder müssen mehrere herangezogen werden (<ref-ruling> E. 6 S. 366 ff., 369 E. 4b und c S. 383 f.).
4.2 Die Vorinstanz hat sich zur Schwere des Unfalls einlässlich geäussert und ist davon ausgegangen, es liege ein mittelschwerer Unfall im mittleren Bereich vor. Unter Berücksichtigung des augenfälligen Geschehensablaufs, welcher allein massgebend ist (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07, E. 5.3.1), und mit Blick auf das Urteil U 105/00 vom 15. Dezember 2000, welchem ein fast gleich gelagerter Fall zugrunde lag, ist indessen eher ein mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den schweren Unfällen anzunehmen.
4.3 Besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls liegen - objektiv betrachtet (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 209 E. 3b/cc; vgl. auch RKUV 2000 Nr. U 394 S. 313, U 248/98, E. 4 und 5) - nicht vor.
4.4 Beim Kriterium der Schwere der erlittenen Verletzungen oder der Verletzungen besonderer Art bedarf es bei Unfällen mit Schleudertrauma einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können (Urteile U 386/04 vom 28. April 2005, E. 5.2; U 371/02 vom 4. September 2003, E. 2.2.2; U 61/00 vom 6. Februar 2002, E. 3b; U 21/01 vom 16. August 2001, E. 3d). Dabei ist zu berücksichtigen, dass pathologische Zustände der Halswirbelsäule bei erneuter Traumatisierung ausserordentlich stark exazerbieren können (SVR 2007 UV Nr. 1, U 39/04, E. 3.4.2). Diesbezüglich geht aus dem Bericht des Dr. med. M._, Neurologie FMH, vom 15. August 2006, in welchem sich der Arzt zur allfälligen Notwendigkeit einer Begutachtung äussert, hervor, dass der Versicherte bereits 1995 einen Autounfall mit HWS-Distorsion sowie 1997 einen Auffahrunfall erlitten hat. Den vorliegenden medizinischen Akten kann nicht entnommen werden, ob diese Vorfälle und die dabei allenfalls erlittenen Verletzungen geeignet waren, eine derartige Exazerbation zu bewirken. Das Kriterium der Schwere der erlittenen Verletzungen kann hier daher nicht abschliessend beurteilt werden.
4.5 Für das Kriterium der ärztlichen Behandlung entscheidwesentlich ist (vgl. <ref-ruling> E. 10.2.3 S. 128), ob nach dem Unfall fortgesetzt spezifische, die versicherte Person belastende ärztliche Behandlung bis zum Fallabschluss notwendig war. Das kantonale Gericht hat sich dazu einlässlich und richtig dahingehend geäussert, dass sich die Bejahung des zu prüfenden Kriteriums nicht rechtfertigt, da aus den durchgeführten Therapien keine erhebliche - im Sinne einer sich allein daraus ergebenden zusätzlichen - Mehrbelastung resultiert.
4.6 Das präzisierte Kriterium der erheblichen Beschwerden ist nach Auffassung der Vorinstanz, wenn auch nicht in ausgeprägter Weise, erfüllt. Dem ist beizupflichten.
4.7 Eine ärztliche Fehlbehandlung oder ein schwieriger Heilungsverlauf liegen nicht vor.
4.8 Zu prüfen bleibt das Merkmal der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen.
Das kantonale Gericht hat dazu erwogen, dass der Beschwerdeführer zweifellos an einer wirksamen medizinischen Behandlung interessiert gewesen sei, indessen keine gezielten Anstrengungen unternommen habe, um seine Arbeitsunfähigkeit zu überwinden, und sich auch in der Folge - nach Aufnahme des 20-30%-Pensums in der angestammten Tätigkeit vier Monate nach dem Unfall - nicht um eine Steigerung bemüht habe.
Die Vorinstanz hat eine eingehende beweisrechtliche Würdigung der medizinischen Berichte ausdrücklich als nicht erforderlich erachtet. Indessen ist ärztlich nicht ausgewiesen, in welchem Umfang der Beschwerdeführer unfallbedingt bis zum massgeblichen Zeitpunkt des Einspracheentscheides (<ref-ruling> E. 1 S. 169) arbeitsfähig war. Auch nach dem zweiten Aufenthalt in der Rehaklinik Y._ wurde dem Beschwerdeführer am 11. November 2005 eine Arbeitsfähigkeit von lediglich 20-30% bescheinigt. Insbesondere bleibt nach Lage der Akten unklar, wodurch die unbestrittenerweise bestehenden neuropsychologischen Defizite verursacht sind und zu welchen Einschränkungen sie führen. Zwar wird dem Beschwerdeführer aus rheumatologischer wie auch aus psychiatrischer Sicht eine uneingeschränkte Arbeitsfähigkeit attestiert, wie sich aus den von der Invalidenversicherung veranlassten Gutachten der Frau Dr. med. L._ (vom 22. Dezember 2005) und des Dr. med. E._ (vom 23. Januar 2006) ergibt. Eine (weitere) neuropsychologische Untersuchung wurde durch den Regionalen Ärztlichen Dienst der IV-Stellen Bern/ Freiburg/Solothurn vorgenommen, welcher die Minderfunktionen auf die schmerzbedingte Leistungsverminderung zurückführte (Bericht des Dr. med. A._ vom 3. April 2006). Nach Einschätzung des Dr. med. M._ (vom 15. August 2006) besteht damit eine vollkommen widersprüchliche Aktenlage, indem gemäss Dr. med. A._ eine Schmerz- oder seelische Interferenz vorliegt, relevante Schmerz- oder seelische Faktoren von den Gutachtern L._ und E._ jedoch ausgeschlossen wurden. Fest steht einzig, dass der Versicherte seine angestammte Tätigkeit als IT-Manager zu einem kleinen Pensum wieder aufgenommen und - bis zur Kündigung durch den Arbeitgeber auf den 31. August 2006 - beibehalten hat, auch nach Angaben des Arbeitgebers jedoch nicht zu einer Steigerung seiner Leistungsfähigkeit in der Lage war.
4.9 Zusammenfassend kann somit mangels zuverlässiger Beurteilung zweier relevanter Kriterien - der schweren Verletzung oder Verletzung besonderer Art sowie der erheblichen Arbeitsunfähigkeit - und bei Vorliegen des Kriteriums der erheblichen Beschwerden die adäquate Kausalität zumindest nicht von vornherein ausgeschlossen werden. Es bedarf diesbezüglich weiterer Abklärungen.
5. Nachdem die Entwicklung der unfallbedingten Arbeitsunfähigkeit bis zum Zeitpunkt des Einspracheentscheides vom 6. Juli 2006 nicht geklärt ist und der Beschwerdeführer auch die Zusprechung von Heilbehandlung und Taggeld beantragt, wird auch zu prüfen sein, ob der Fall zu Recht per 31. Dezember 2005 abgeschlossen wurde.
Es ist in diesem Zusammenhang auf <ref-ruling> hinzuweisen, in welchem sich das Bundesgericht auch zum Zeitpunkt des Fallabschlusses geäussert hat (E. 3 und 4 S. 112 ff.). Demnach sind Heilbehandlung und Taggeld solange zu gewähren, als von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes erwartet werden kann. Trifft dies nicht mehr zu, ist der Fall unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen mit gleichzeitiger Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und auf eine Integritätsentschädigung abzuschliessen (E. 4.1 S. 114). Ob eine namhafte Besserung noch möglich ist, bestimmt sich nach Massgabe der zu erwartenden Steigerung oder Wiederherstellung der Arbeitsfähigkeit, soweit diese unfallbedingt beeinträchtigt ist. Dabei verdeutlicht die Verwendung des Begriffes "namhaft" durch den Gesetzgeber, dass die durch weitere Heilbehandlung zu erwartende Besserung ins Gewicht fallen muss. Unbedeutende Verbesserungen genügen nicht (E. 4.3 S. 115).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 6. August 2008 und der Einspracheentscheid der SUVA vom 6. Juli 2006 werden aufgehoben. Die Sache wird an die SUVA zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Leistungsanspruch des Beschwerdeführers ab 1. Januar 2006 neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 3. Dezember 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo