Sachverhalt:
A. Die Z._ AG (Beschwerdegegnerin) bezweckt die Produktion, Gestaltung, Anpassung, Entwicklung und den Handel mit Produkten und Geräten der Umwelttechnik und Abfallentsorgung. Zudem ist sie Inhaberin des Schweizer Designs 111._, das einen Abfallkübel darstellt. Ihre Produktereihe umfasst unter anderem versenkbare Abfallsysteme.
Die G._ AG (Beschwerdeführerin) bezweckt die Entwicklung, Herstellung und den Vertrieb von Parkiersystemen für Velos.
B. Mit Verfügung vom 21. März 2006 hiess der Handelsgerichtsvizepräsident des Kantons Aargau ein Gesuch der Beschwerdegegnerin um Erlass superprovisorischer Massnahmen gegenüber der Beschwerdeführerin teilweise gut. Das ausgesprochene Verbot in Bezug auf die zehn abgebildeten Abfallentsorgungsbehälter wurde mit Entscheid vom 29. Dezember 2006 aufrecht erhalten.
Zwecks Prosequierung des Massnahmeentscheids vom 29. Dezember 2006 reichte die Beschwerdegegnerin am 12. Februar 2007 beim Handelsgericht des Kantons Aargau Klage ein. Damit beantragte sie, der Beschwerdeführerin sei unter Strafandrohung zu verbieten, zehn durch Abbildungen näher bestimmte Abfallentsorgungsbehälter oder Teile davon herzustellen, anzubieten, in Verkehr zu bringen, ein- oder auszuführen oder durch die Schweiz zu führen. Ausserdem begehrte sie die Verpflichtung der Beschwerdeführerin zur Rechnungslegung hinsichtlich des im Zusammenhang mit ihren widerrechtlichen Handlungen gemäss dem Unterlassungsbegehren erzielten Umsatzes und Gewinns und wahlweise zur Schadenersatzleistung oder Gewinnherausgabe.
Die Beschwerdegegnerin begründete ihre Klage im Wesentlichen damit, die Beschwerdeführerin gehöre wie auch die X._ AG und die Y._ AG (Beschwerdeführerinnen 1 und 2 im Parallelverfahren 4A_509/2011) zur "Y._-Gruppe". Die Gruppe werde von Y._ (Beschwerdeführer 3 im Parallelverfahren 4A_509/2011) kontrolliert. Die Beschwerdegegnerin sei in der Zwischenzeit darauf aufmerksam geworden, dass Y._ die Beschwerdeführerin als weiteres Unternehmen der "Y._-Gruppe" zur Umgehung des im Parallelverfahren ausgesprochenen Verbots einsetze.
Nachdem die Beschwerdeführerin diverse Unterlagen zur Ermittlung des erzielten Umsatzes und Gewinns eingereicht hatte, quantifizierte die Beschwerdegegnerin ihre reparatorischen Ansprüche dahingehend, dass die Beschwerdeführerin zu verpflichten sei, ihr maximal Fr. 65'602.30 abzüglich einer der Beschwerdegegnerin zugesprochenen Prozessentschädigung als Schadenersatz (Ersatz von Anwaltskosten) und maximal EUR 2'579'745.80 sowie maximal Fr. 121'141.75 abzüglich abzugsfähiger Gewinnungskosten der Beschwerdeführerin als Gewinnherausgabe, je nebst Zins zu 5 % seit 3. Februar 2006 zu bezahlen.
Mit Urteil vom 9. Juni 2011 verbot das Handelsgericht der Beschwerdeführerin, die zehn im Urteil abgebildeten Abfallentsorgungsbehälter oder Teile davon herzustellen, anzubieten, in Verkehr zu bringen, ein- oder auszuführen oder durch die Schweiz zu führen. Das Verbot verband es mit der Strafandrohung gemäss <ref-law> im Widerhandlungsfall. Sodann verpflichtete das Handelsgericht die Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin den Gewinn in der Höhe von EUR 684'463.65 und Fr. 71'422.70 inkl. 5 % Zins seit dem 12. Februar 2007 herauszugeben.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Handelsgerichts vom 9. Juni 2011 vollumfänglich aufzuheben und die Klage vom 12. Februar 2007 abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Eventualiter sei die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz liess sich nicht vernehmen.
Mit Präsidialverfügung vom 29. September 2011 wurde das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Dagegen steht die Beschwerde in Zivilsachen offen. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinlänglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444).
Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1). Die Begründung hat ferner in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen, und der blosse Verweis auf Ausführungen in andern Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (<ref-ruling> E. 3.1).
Soweit die Beschwerdeführerin ergänzend auf die Vorakten, insbesondere auf ihre Ausführungen im vorinstanzlichen Verfahren, verweist, kann sie demnach nicht gehört werden. Der Verweis ist unbeachtlich.
Wie nachstehend im Zusammenhang mit den einzelnen Rügen einer Bundesrechtsverletzung zu zeigen sein wird, verfehlt die Beschwerdeführerin auch mit ihren Darlegungen in der Beschwerdeschrift teilweise die Begründungsanforderungen. Auf ungenügend begründete Rügen wird nicht einzutreten sein.
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substantiiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4 S. 466). Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Überdies ist in der Beschwerde darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3).
Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2, 467 E. 3.1). Die Beweiswürdigung ist mithin nicht schon dann willkürlich, wenn vom Sachrichter gezogene Schlüsse nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmen, sondern bloss, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 4.2.1; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; <ref-ruling> E. 2b). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Sachgericht offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b). Inwiefern die Beweiswürdigung willkürlich sein soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2b).
Die Beschwerdeführerin macht im Zusammenhang mit dem unterlassenen Abzug für Gestehungskosten, der Frage, von wem an wen die Pläne übergeben wurden, sowie der "Offerten" eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung geltend. Mit ihren pauschalen Ausführungen ohne Aktenhinweise verfehlt sie aber klarerweise die Anforderungen an eine substantiierte Sachverhaltsrüge. Darauf kann nicht abgestellt werden. Demnach ist durchwegs vom Sachverhalt auszugehen, wie ihn die Vorinstanz festgestellt hat.
3. Die Beschwerdeführerin bestreitet die Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerin.
Die Klageberechtigung zur Wahrung des lauteren und unverfälschten Wettbewerbs im Interesse aller Beteiligten (<ref-law> [SR 241]) wird in den Art. 9 und 10 UWG geregelt. Gemäss <ref-law> ist zur Unterlassungs-, Beseitigungs- oder Feststellungsklage berechtigt, wer durch unlauteren Wettbewerb in seiner Kundschaft, seinem Kredit oder beruflichen Ansehen, in seinem Geschäftsbetrieb oder sonst in seinen wirtschaftlichen Interessen bedroht oder verletzt wird. Aktivlegitimiert sind danach Rechtssubjekte, die selbst am wirtschaftlichen Wettbewerb beteiligt sind und eigene wirtschaftliche Interessen geltend machen können (<ref-ruling> E. 2a S. 399). Erforderlich ist ein unmittelbares Interesse daran, die eigene Stellung im Wettbewerb mit dem Erfolg der Klage abzusichern oder zu verbessern (<ref-ruling> E. 1a; Urteil 4A_39/2011 vom 8. August 2011 E. 13.1; LUCAS DAVID UND ANDERE, Der Rechtsschutz im Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, in: SIWR Bd. I/2, 3. Aufl. 2011, S. 89 Rz. 214; GEORG RAUBER, Klageberechtigung und prozessrechtliche Bestimmungen, in: Lauterkeitsrecht, in: SIWR Bd. V/I, 2. Aufl. 1998, S. 254 f.).
Die Beschwerdeführerin scheint in der Bejahung der Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerin eine Verletzung von <ref-law> und <ref-law> zu erblicken, unterbreitet dazu aber keine hinlängliche Begründung. Ihre Argumentation geht ohnehin von vornherein fehl. Sie stellt die Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerin nach <ref-law> in Abrede mit der Begründung, die Beschwerdegegnerin sei nicht in ihren Rechten betroffen, da die Beschwerdeführerin bestreite, dass ihr die Rechte an den Konstruktionsplänen zustünden und dass ihr Design schutzfähig sei. Die Aktivlegitimation der Beschwerdegegnerin ist nun aber nicht deshalb zu verneinen, weil die Beschwerdeführerin die Rechte, welche die Beschwerdegegnerin geltend macht, bestreitet. Für die Aktivlegitimation entscheidend ist vielmehr, dass die Beschwerdegegnerin mit ihrer Klage ihre Stellung im Wettbewerb verteidigen will bzw. als am Wettbewerb teilnehmende Person in ihren wirtschaftlichen Interessen bedroht bzw. geschädigt ist. Darüber hinaus ist die Beschwerdegegnerin als Geschäftsherrin auch ohne weiteres aktivlegitimiert, nach <ref-law> auf Gewinnherausgabe zu klagen. Der Vorwurf der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe die Aktivlegitimation im Hinblick auf <ref-law> nicht geprüft, entbehrt der Relevanz.
4. Die Vorinstanz gelangte zum Schluss, dass die Beschwerdeführerin im Sinne von <ref-law> unlauter gehandelt habe, weil sie die ihr unbefugterweise zugänglich gemachten Arbeitsergebnisse der Beschwerdegegnerin mindestens eventualvorsätzlich zu ihrem eigenen Nutzen verwertet habe. Ausserdem hielt die Vorinstanz der Beschwerdeführerin vor, unlauter im Sinne von <ref-law> zu handeln, indem sie die gesamte Produktelinie der Beschwerdegegnerin systematisch nachahme.
Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz in diesem Zusammenhang eine Verletzung des rechtlichen Gehörs sowie von <ref-law>, ferner des Schöpferprinzips nach <ref-law> (SR 231.1) und schliesslich eine falsche Anwendung von Art. 5 lit. b sowie von <ref-law> vor. Mit ihren unstrukturierten und weitgehend appellatorischen Ausführungen vemag sie indessen keine Bundesrechtsverletzung in genügender Weise aufzuzeigen. Darauf kann grösstenteils nicht eingetreten werden. Zu bemerken ist im Einzelnen lediglich was folgt:
4.1 Nach <ref-law> ist jedes täuschende oder in anderer Weise gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossende Verhalten oder Geschäftsgebaren, welches das Verhältnis zwischen Mitbewerbern oder zwischen Anbietern und Abnehmern beeinflusst, unlauter und widerrechtlich. Dieser Grundsatz wird insbesondere in <ref-law> konkretisiert, der Fälle nennt, in denen die Verwertung fremder Leistungen gegen Treu und Glauben verstösst. So handelt unlauter, wer ein Arbeitsergebnis eines Dritten wie Offerten, Berechnungen oder Pläne verwertet, obwohl er wissen muss, dass es ihm unbefugterweise überlassen oder zugänglich gemacht worden ist (<ref-law>).
4.2 Die Beschwerdeführerin rügt zwar eine "falsche Anwendung" von Art. 2 und <ref-law> durch die Vorinstanz, tut aber nicht dar, dass die Vorinstanz die genannten Bestimmungen in rechtlicher Hinsicht verkannt hätte. Sie beanstandet den vorinstanzlichen Schluss, dass die Arbeitsergebnisse der Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin mit Hilfe einer Mittelsperson zugänglich gemacht worden seien, und rügt in diesem Zusammenhang eine falsche Sachverhaltsfeststellung, ohne indessen die Anforderungen an eine substantiierte Sachverhaltsrüge zu erfüllen (vgl. Erwägung 2.2). Darauf kann nicht eingetreten werden. Ferner kritisiert die Beschwerdeführerin die vorinstanzliche Erwägung, dass die Beschwerdegegnerin der Y._ AG Pläne einzig im Zusammenhang mit der Produktion von Halbfabrikaten übergeben habe. Im Übrigen hätten die Pläne aber geheim bleiben sollen, was sich bereits daraus ergebe, dass sie mit einem Schutzvermerk versehen seien. Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, aus der Tatsache, dass die Pläne einen Schutzvermerk tragen, könne nicht auf eine Geheimhaltungspflicht geschlossen werden. Überdies sei nicht berücksichtigt worden, dass bereits im Rahmen der Übernahmeverhandlungen Einblick in die Pläne gewährt worden sei, ohne dass eine Geheimhaltung bzw. ein Konkurrenzverbot vereinbart worden sei. Diese letztere Behauptung ist im angefochtenen Urteil nicht festgestellt und kann mangels substantiierter Sachverhaltsrüge vom Bundesgericht nicht gehört werden. Zudem ist weder dargetan noch ersichtlich, dass die Vorinstanz in Willkür verfallen wäre, indem sie aus dem Umstand, dass die Pläne mit einem Schutzvermerk versehen sind, schloss, dass die Pläne geheim bleiben sollten. Im Gegenteil, bringt doch ein solcher Hinweis das Verwertungsverbot zum Ausdruck, und zwar unabhängig vom tatsächlichen Bestehen eines urheberrechtlichen Schutzes (PEDRAZZINI/ PEDRAZZINI, Unlauterer Wettbewerb, 2. Aufl. 2002, S. 191 f. Rz. 9.11 und 9.14; SIMONE BRAUCHBAR BIRKHÄUSER, in: Stämpflis Handkommentar, Bundesgesetz gegen den unlauteren Wettbewerb [UWG], 2010, N. 19 zu <ref-law>). Der aus dem Schutzvermerk gezogene Schluss der Vorinstanz, dass die Beschwerdegegnerin die Pläne vertraulich behandelt haben wollte, ist daher nicht zu beanstanden.
Unzureichend begründet ist auch die Rüge einer falschen Anwendung von <ref-law>. Die blosse Behauptung, aufgrund der eingereichten Belege hätte die Vorinstanz zum Schluss kommen müssen, dass auch die Produkte anderer Konkurrenten zum verwechseln ähnlich aussehen würden, genügt offensichtlich nicht, um eine Verletzung von <ref-law> darzutun.
4.3 Die Beschwerdeführerin hatte vor der Vorinstanz geltend gemacht, die Rechte an den Arbeitsergebnissen stünden nicht der Beschwerdegegnerin zu, sondern den fünf Arbeitnehmern, die ehemals bei der Beschwerdegegnerin angestellt gewesen seien. Die Vorinstanz liess die Frage offen, was gilt, wenn die Parteien des Arbeitsverhältnisses die Rechteübertragung nicht ausdrücklich regelten, und ebenso die Frage, ob und gegebenenfalls in welchem Umfang die Arbeitsergebnisse überhaupt urheberrechtlichen Schutz geniessen. Dies deshalb, weil die Beschwerdeführerin die Berechtigung der Beschwerdegegnerin an den Plänen, Produkten und Berechnungen usw. nicht genügend substantiiert bestritten habe. Da die Beschwerdegegnerin bis Ende März 2005 nicht nur aus den fünf Arbeitnehmern bestanden habe, hätte die Beschwerdeführerin darlegen müssen, welche der von ihr verwendeten Arbeitsergebnisse von welchen ehemaligen Mitarbeitern der Beschwerdegegnerin hervorgebracht worden seien. Die bloss pauschale Bestreitung der Berechtigung der Beschwerdegegnerin genüge nicht, ebenso wenig der pauschale Hinweis auf die Zeugenbefragung einzelner Arbeitnehmer, da auch deren Ergebnis die fehlenden Behauptungen nicht ersetzen würde.
Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, die Vorinstanz habe zu hohe Anforderungen an die Substantiierungslast gestellt und damit <ref-law> und <ref-law> verletzt. Es sei nicht nachvollziehbar, weshalb sie hätte dartun müssen, welches verwendete Arbeitserzeugnis von welchem Arbeitnehmer entwickelt worden sei. Die Vorinstanz hätte prüfen müssen, wem die Rechte an den Konstruktionsplänen zustanden. Dies habe sie nicht getan und damit das Schöpferprinzip nach <ref-law> verletzt.
Die Rügen sind nicht nur unzureichend begründet, sie sind auch nicht nachvollziehbar. Weder <ref-law> noch <ref-law> entbindet die Beschwerdeführerin von der Pflicht zur genügenden Substantiierung einer Bestreitung. Die Vorinstanz stellte keine überhöhten Anforderungen, wenn sie verlangte, dass die Beschwerdeführerin hätte darlegen müssen, welche der von ihr verwendeten Arbeitsergebnisse von welchen ehemaligen Mitarbeitern der Beschwerdegegnerin hervorgebracht worden seien. Gerade das Schöpferprinzip nach <ref-law>, auf welches sich die Beschwerdeführerin beruft, verlangt zu wissen, wer welches Werk geschaffen hat. Demnach durfte die Vorinstanz verlangen, dass die Beschwerdeführerin entsprechende Behauptungen aufstelle und demnach substantiiert vorbringe, wer welches Arbeitsergebnis geschaffen haben soll, zumal neben den fünf Arbeitnehmern auch weitere Personen bei der Beschwerdegegnerin beschäftigt waren und somit schon deshalb nicht einfach angenommen werden durfte, die fünf Arbeitnehmer hätten die betreffenden Arbeitsergebnisse hervorgebracht.
4.4 Auch auf die Rüge, die Vorinstanz habe den Eventualvorsatz der Beschwerdeführerin zu Unrecht bejaht, kann nicht eingetreten werden, da sie - in ungenügender Weise - einzig damit begründet wird, die Vorinstanz hätte die "besonderen Umstände des Einzelfalles" berücksichtigen müssen, und dabei bloss stichwortartig auf Sachverhaltselemente verwiesen wird, die überdies vorinstanzlich so nicht festgestellt wurden.
4.5 Zusammenfassend vermögen die Vorbringen der Beschwerdeführerin gegen die von der Vorinstanz erkannten Verstösse gegen Art. 2 und 5 lit. b UWG nicht durchzudringen, soweit darauf einzutreten ist.
5. Ein weiterer Rügekomplex betrifft die Berechnung des von der Beschwerdeführerin herauszugebenden Gewinns. Sie beanstandet, dass die Vorinstanz keine Gestehungskosten abgezogen habe. Darin erblickt sie Willkür und eine falsche Anwendung von <ref-law>. Sodann wirft sie der Vorinstanz vor, überhöhte Anforderungen an die Behauptungs- und Substantiierungslast gestellt zu haben, weshalb <ref-law> und <ref-law> verletzt seien. Überdies meint sie, <ref-law> sei verletzt, da die Vorinstanz die Gestehungskosten hätte schätzen müssen.
Die Vorinstanz hielt zutreffend fest, dass vom Bruttoerlös, der mit den verletzenden Produkten erzielt worden ist, die Kosten abzuziehen sind, die dem Verletzer für die Erzielung dieses Ertrags erwachsen sind (<ref-ruling> E. 4.1.1). Auch ging sie richtigerweise davon aus, dass die Beschwerdeführerin die Beweislast für die Gestehungskosten trägt, die sie vom Bruttoerlös abziehen will (vgl. <ref-ruling> E. 4.1.2 und E. 4.4). Die Vorinstanz prüfte die von der Beschwerdeführerin eingereichten Unterlagen und kam zum Schluss, dass sie damit keine produktespezifischen abzugsfähigen Gestehungskosten behauptet habe. Da sie ihrer Behauptungs- und Substantiierungslast nicht nachgekommen sei, könnten vom Bruttoerlös keine Herstellungskosten abgezogen werden.
Die Erwägungen der Vorinstanz sind nicht zu beanstanden. Die Beschwerdeführerin ficht sie nicht rechtsgenüglich an. Namentlich legt sie nicht dar, inwiefern die Vorinstanz überhöhte Substantiierungsanforderungen gestellt hätte. Vielmehr gesteht sie indirekt selber zu, ihrer Behauptungs- und Substantiierungslast nicht nachgekommen zu sein, wenn sie meint, die Vorinstanz hätte gestützt auf <ref-law> bzw. die richterliche Fragepflicht die Beschwerdeführerin darauf hinweisen müssen, ihre Gestehungskosten weiter darzulegen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör entbindet die Parteien nicht von ihrer Behauptungs- und Substantiierungspflicht. Die richterliche Fragepflicht gehörte im vorliegenden Verfahren dem kantonalen Prozessrecht an, dessen Anwendung das Bundesgericht nur unter dem Blickwinkel einer Verletzung von Bundesrecht, namentlich des Willkürverbots, prüfen kann (<ref-ruling> E. 2.3). Eine rechtsgenüglich begründete Willkürrüge präsentiert die Beschwerdeführerin aber nicht. Sodann kann ihr mit der Vorinstanz nicht gefolgt werden, wenn sie weiterhin meint, die notwendigen Behauptungen geliefert zu haben, indem sie vorgebracht habe, dass in den Jahren 2005 und 2006 keine Wertschöpfung erzielt worden sei, und weiter, dass die Gewinnungskosten nicht produktespezifisch eruiert werden könnten, aber dass diese schätzungsweise bei einem Drittel des Verkaufspreises liegen würden. Solche pauschalen Behauptungen genügen nicht (vgl. <ref-ruling> E. 4.1.2). Zudem geht auch die Berufung auf <ref-law> von vornherein fehl, zeigt die Beschwerdeführerin doch nicht auf, die Voraussetzungen einer Schätzung der Gestehungskosten in analoger Anwendung von <ref-law> dargetan zu haben (vgl. <ref-ruling> E. 4.4).
Schliesslich liegt auch keine Verletzung von <ref-law> vor, da die Vorinstanz die Abzugsfähigkeit der Gestehungskosten nicht grundsätzlich verneinte, sondern einen diesbezüglichen Abzug lediglich deshalb nicht vornahm, weil die Beschwerdeführerin ihre Gestehungskosten nicht genügend behauptet und substantiiert hatte.
Demnach erweisen sich die Einwände der Beschwerdeführerin gegen die Berechnung des herauszugebenden Gewinns als unbegründet, soweit darauf eingetreten werden kann.
6. In einem letzten Punkt wendet sich die Beschwerdeführerin dagegen, dass die Vorinstanz Bösgläubigkeit der Beschwerdeführerin annahm. Ein Schutzvermerk stelle noch keinen Vertraulichkeitsvermerk dar, dies umso mehr, als "Laien" involviert gewesen seien und im Rahmen der Übernahmeverhandlungen keine Vertraulichkeit vereinbart worden sei. Hinzu komme, dass die Beschwerdeführerin die Tochtergesellschaft der Beschwerdegegnerin (Z._ Sàrl Frankreich) beliefert und damit auch im Interesse der Beschwerdegegnerin gehandelt habe. Zudem sei der Sachverhalt offensichtlich falsch festgestellt worden, weil die Beschwerdegegnerin anlässlich der Parteibefragung angegeben habe, dass die Y._ AG nur Einzelzeichnungen und nie vollständige Zeichnungen erhalten habe und sie damit auch keine solchen Einzelzeichnungen habe weitergeben können.
Mit diesen appellatorischen Ausführungen vermag die Beschwerdeführerin die Erwägungen der Vorinstanz nicht zu entkräften, die überzeugend darlegte, dass die Beschwerdeführerin sich des Unrechts bewusst gewesen sein musste. Dies schloss sie daraus, dass Y._, der Verwaltungsratspräsident und Delegierter der vom gerichtlichen Verbot betroffenen X._ AG (heute in Liquidation) gewesen sowie einziges Mitglied des Verwaltungsrates der Beschwerdeführerin sei, gewusst habe oder hätte wissen müssen, dass er eigennützig ein fremdes Geschäft führe. Y._ habe die Produkte der Beschwerdegegnerin gekannt, da er im Jahr 2004 in Übernahmeverhandlungen mit dieser gestanden sei und überdies die Y._ AG früher für die Beschwerdegegnerin Halbfabrikate hergestellt habe. Die hierfür der Y._ AG übergebenen Konstruktionspläne seien zudem mit einem Urheberrechtsvermerk gekennzeichnet gewesen. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz kannte demnach die von Y._ beherrschte Beschwerdeführerin die Produkte der Beschwerdegegnerin. Dieses Wissen benutzte sie im eigenen Interesse. Unabhängig davon, ob die Konstruktionspläne der Beschwerdegegnerin urheberrechtlichen Schutz geniessen oder nicht, war aufgrund des Schutzvermerks klar, dass die Pläne zur Herstellung der Halbfabrikate und nicht zur Weitergabe an Dritte und zur Verwertung im eigenen Interesse übergeben worden waren (vgl. Erwägung 4.2 mit Hinweis auf PEDRAZZINI/PEDRAZZINI und BRAUCHBAR BIRKHÄUSER). Die Vorinstanz hat daher kein Bundesrecht verletzt, indem sie Bösgläubigkeit der Beschwerdeführerin annahm.
7. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Verfahrensausgang entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 25'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 20'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Kölz