A.- Durant l'année 1998, L._ a travaillé sur appel pour plusieurs associations dans le domaine des soins à domicile; elle a réalisé un revenu total de 37'897 fr. 50. Dans le courant du mois de décembre, elle a pris contact avec la Fondation institution supplétive LPP à Lausanne (FIS), en vue de s'y affilier. Après un échange de correspondance et d'entretiens téléphoniques, la FIS lui a signifié, par lettre du 25 mars 1999, son refus de procéder à une affiliation antérieurement au 1er janvier 1999.
B.- L._ a ouvert action contre la FIS devant le Tribunal des assurances du canton de Vaud en concluant, sous suite de frais et dépens, à ce que la FIS soit tenue de procéder à son affiliation pour l'année 1998. La FIS a conclu au rejet de la demande.
Par jugement du 21 mars 2000, la juridiction cantonale a rejeté la demande, en considérant qu'il ne pouvait être procédé à une affiliation rétroactive pour l'année 1998.
C.- L'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) interjette recours de droit administratif contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut à ce que la FIS soit tenue d'affilier L._ pour l'année 1998.
La FIS conclut au rejet du recours alors que L._ en propose l'admission.

Considérant en droit :
1.- Le litige porte sur l'obligation d'affilier l'assurée, à titre rétroactif, pour l'année 1998.
2.- a) La LPP règle aussi bien l'assurance obligatoire pour les salariés que l'assurance facultative pour les salariés non assujettis à l'assurance obligatoire et pour les personnes de condition indépendante, la possibilité étant donnée à certaines catégories de personnes indépendantes de demander à être assujetties à l'assurance obligatoire. Sont ainsi soumis à l'assurance obligatoire les salariés qui ont plus de 17 ans et reçoivent d'un même employeur un salaire annuel supérieur à 23'880 francs (art. 2 al. 1 LPP dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 1998). Les salariés qui ne sont pas soumis à l'assurance obligatoire peuvent se faire assurer à titre facultatif conformément à la LPP (art. 4 al. 1 LPP). C'est ainsi que tout salarié au service de plusieurs employeurs et dont le salaire annuel dépasse 23'880 francs peut, s'il n'est pas déjà obligatoirement assuré, se faire assurer à titre facultatif auprès de l'institution supplétive ou de l'institution de prévoyance à laquelle est affilié l'un de ses employeurs, si les dispositions réglementaires de celle-ci le prévoient (art. 46 al. 1 LPP). L'institution supplétive est tenue d'admettre les personnes qui demandent à se faire assurer à titre facultatif (art. 60 al. 2 let. c LPP).
Celui qui veut se faire assurer à titre facultatif, conformément à la LPP, doit en faire la demande à l'institution supplétive ou à une autre institution de prévoyance compétente (art. 28 OPP 2). Il s'agit d'une déclaration de volonté par laquelle le travailleur signifie son intention d'adhérer à la prévoyance du 2ème pilier. Comme l'art. 4 al. 2 LPP prescrit que les dispositions de l'assurance obligatoire s'appliquent par analogie à l'assurance facultative, les salariés assurés en vertu de l'art. 46 LPP ont, vis-à-vis de l'institution de prévoyance, les mêmes droits et obligations que les salariés assurés à titre obligatoire. Ainsi en va-t-il des prescriptions concernant les risques assurés, des conditions du droit aux prestations et de leur montant, du libre passage, étant rappelé que le caractère d'exigences minimales définies par la loi s'applique également à l'assurance facultative (art. 6 LPP). A ce sujet, le renvoi, à titre d'analogie, ne signifie pas que les dispositions précitées ne seraient applicables que comme droit supplétif, faute d'autre convention.
Toutefois, l'application par analogie des dispositions de la loi implique aussi que certaines dispositions de l'assurance obligatoire ne peuvent trouver application dans l'assurance facultative, en particulier dans les cas où subsistent des différences quant à leur mise en oeuvre respective. Par exemple, l'art. 10 al. 1 LPP, selon lequel le rapport d'assurance débute avec la relation de travail, ne peut pas être appliqué dans l'assurance facultative.
Dans le même sens, les dispositions sur les obligations de l'employeur en matière de prévoyance (art. 11 et 12 LPP) sont sans objet. En effet, dans l'assurance facultative, l'employeur n'a pas l'obligation d'assurer son personnel; c'est à l'employé de décider s'il entend ou non s'affilier à une institution, l'employeur étant simplement tenu de participer financièrement aux conditions des art. 46 al. 3 LPP et 30 à 32 OPP 2 (Jürg Brühwiler, Die betriebliche Personalvorsorge in der Schweiz, Berne 1989, p. 278 ss; Stefano Beros, Die Stellung des Arbeitnehmers im BVG:
Obligatorium und freiwillige berufliche Vorsorge, thèse Zurich 1992, p. 21 ss).
Le contrat de prévoyance est formé, selon les dispositions du code des obligations en matière de conclusion des contrats, par la déclaration de volonté du salarié de s'affilier et sa réception par l'institution de prévoyance, qui est obligée d'accepter la demande si les conditions personnelles sont réunies. La date du début du contrat peut toutefois ne pas correspondre avec celle du début de la couverture d'assurance, question laissée en principe à l'accord des parties, respectivement au règlement de l'institution supplétive.
b) Selon le règlement de la FIS, l'assurance entre en vigueur à la date prévue dans la demande d'affiliation, mais au plus tôt le jour où la demande d'affiliation parvient à l'institution supplétive (art. 2 al. 1).
Considérant que L._ a formulé sa demande en 1999, l'intimée soutient qu'au regard de son règlement, qui n'autorise pas l'octroi d'un effet rétroactif, elle ne peut accepter d'affilier avec effet au 1er janvier 1998 un assuré qui en a fait la demande en 1999.
c) La manifestation de volonté s'interprète dans le sens que le destinataire pouvait et devait lui donner, selon les règles de la bonne foi (art. 2 CC; <ref-ruling> consid. 2b; 436 consid. 2a/aa).
Dans le cas d'espèce, et quoi qu'en dise l'intimée, on ne peut que déduire de l'ensemble des pièces du dossier et notamment de la lettre du 16 décembre 1998 de L._ une volonté manifestée de s'assurer à titre facultatif et non une simple demande de renseignements ("mon affiliation à l'institution supplétive"). D'ailleurs les correspondances postérieures au 16 décembre 1998 n'ont pour but que de régler les modalités de l'affiliation, en particulier la répartition des cotisations à charge des employeurs et du travailleur (cf. art. 29 à 31 OPP 2). Quant à la lettre du 11 janvier 1999, elle ne constitue en réalité qu'un accord donné à la répartition des primes, et non une demande d'adhésion qui a déjà été faite.
Dès lors, il n'y a pas lieu d'examiner, sous l'angle de la légalité, si la FIS était fondée à refuser d'affilier pour l'année 1998 un assuré qui en avait fait la demande en 1999, la cause devant être tranchée selon un état de fait différent (art. 105 al. 2 OJ).
d) L'institution supplétive dispose d'une certaine liberté dans l'établissement de ses statuts ou règlements, sous réserve de dispositions légales impératives à raison notamment du renvoi de l'art. 4 al. 2 LPP. Comme on l'a vu, la disposition réglementaire litigieuse de la FIS exclut tout effet rétroactif à la demande d'adhésion (art. 2 al. 1 précité), y compris lorsque cette demande est faite pour l'année en cours.
La prévoyance professionnelle obligatoire est avant tout conçue pour les salariés occupés de façon régulière et prolongée dans une entreprise. Or il existe nombre de salariés dont le revenu total provenant de leur travail est certes supérieur à 23'880 francs, mais qui ne reçoivent pas d'un seul employeur un salaire supérieur à ce montant et qui ne remplissent pas, en conséquence, les conditions d'admission dans l'assurance obligatoire. Dans ces conditions, la seule solution praticable consiste à offrir à ces salariés-là le droit de s'assurer facultativement auprès d'une institution de prévoyance (cf. Message à l'appui d'un projet de loi sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité du 19 décembre 1975, FF 1976 I 166).
L'adhésion à la prévoyance facultative suppose en particulier que le travailleur réalise, pendant l'année, plusieurs salaires soumis à l'AVS, auprès de plusieurs employeurs, et représentant au total 23'880 francs au minimum (art. 8 al. 1 LPP dans sa teneur en vigueur en 1998). Lorsque des activités à temps partiel ou sur appel sont exercées simultanément ou successivement pour plusieurs employeurs pendant l'année, le travailleur n'est pas d'emblée en mesure de déterminer si la totalité des revenus qu'il pourra obtenir atteignent le minimum requis.
Or, en refusant dans ces cas toute rétroactivité, la disposition réglementaire en question ne permet pas à cette catégorie de salariés d'assurer leur prévoyance professionnelle comme la loi leur en confère le droit (cf.
aussi l'art. 34quater al. 3 let. b aCst dont la LPP assure la mise en oeuvre). Dans cette mesure, la disposition réglementaire qui exclut la rétroactivité pour l'année en cours a pour effet de paralyser l'application de la loi, avec laquelle elle n'est pas compatible.
Appliqué au cas d'espèce, cela conduit à ce que la demande d'adhésion à la FIS déposée par L._ en décembre 1998 doit être admise pour l'année 1998.
3.- S'agissant d'une procédure onéreuse (art. 134 OJ a contrario), la partie qui succombe doit en supporter les frais. La partie intéressée qui a été invitée à déposer une détermination et qui obtient en réalité gain de cause, a droit à une indemnité de dépens réduite, à la charge de l'intimée (art. 159 OJ).
Compte tenu de l'issue de la procédure cantonale, les premiers juges n'ont pas accordé des dépens à L._.
Il n'appartient pas au Tribunal fédéral des assurances d'inviter l'autorité cantonale à statuer à nouveau sur cette question, attendu qu'en matière de prévoyance professionnelle, il n'existe pas de droit aux dépens fondé sur la législation fédérale au sens de l'art. 104 let. a OJ (cf. l'art. 103 LACI). Mais celle-ci a la faculté de demander aux premiers juges de se prononcer à nouveau sur ce point, au regard de l'issue définitive du litige.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances
prononce :
I. Le recours est admis et le jugement du 21 mars 2000 du
Tribunal des assurances du canton de Vaud est annulé.
II. La demande d'adhésion de L._ à la Fondation institution supplétive pour l'année 1998 est admise.
III. Les frais de justice, consistant en un émolument de
500 fr., sont mis à la charge de la Fondation institution
supplétive.
IV. La Fondation institution supplétive versera à L._ la somme de 200 fr. (y compris la taxe à la valeur ajoutée) à titre de dépens pour l'instance
fédérale.
V. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au
Tribunal des assurances du canton de Vaud et à
L._.
Lucerne, le 15 mars 2001
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la Ière Chambre :
p. le Greffier :