Erwägungen:
1. Das Bundesstrafgericht verurteilte X._ mit Urteil vom 5. Juli 2006 wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu 6 1/2 Jahren Zuchthaus und einer Busse von Fr. 600'000.--. Dagegen erhoben sowohl die Bundesanwaltschaft als auch X._ eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde. Das Bundesgericht hiess mit Urteil vom 4. Juli 2007 die Nichtigkeitsbeschwerde der Bundesanwaltschaft teilweise gut, hob den Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 5. Juli 2006 auf und wies die Sache zur neuen Entscheidung an das Bundesstrafgericht zurück, wobei es in den Erwägungen ausführte, dass das Bundesstrafgericht auf die Einziehung von Vermögenswerten oder auf eine Ersatzforderung hätte erkennen müssen.
Die Strafkammer des Bundesstrafgerichts traf am 27. Juni 2008 folgende Verfügung:
Die Strafkammer des Bundesstrafgerichts traf am 27. Juni 2008 folgende Verfügung:
"I. 1. Sämtliche auf den Namen des Angeklagten lautenden Vermögenswerte bei der Credit Suisse sowie sämtliche Vermögenswerte bei der Credit Suisse, an denen der Angeklagte wirtschaftlich berechtigt oder an denen er beteiligt ist, werden - soweit diese nicht bereits aufgrund der Verfügung des Eidgenössischen Untersuchungsrichteramtes vom 12. Dezember 2003 gesperrt sind (Depot ....) - beschlagnahmt.
2. Die Credit Suisse hat dem Gericht aktuelle Ausweise über diese Vermögenswerte - einschliesslich der bereits früher beschlagnahmten Vermögenswerte - einzureichen.
Die Credit Suisse hat dem Gericht aktuelle Ausweise über sämtliche Konti und Depots von A._, geb. 21.2.1971, und B._, geb. 23.2.1981, beides Kinder des Angeklagten, sowie der Erbengemeinschaft C._ einzureichen.
Diese Unterlagen sind der Strafkammer umgehend zu senden und vorab per Fax zu übermitteln.
Diese Unterlagen sind der Strafkammer umgehend zu senden und vorab per Fax zu übermitteln.
II. 1. Über die in der Gemeinde Uezwil/AG gelegenen Grundstücke, bei denen der Angeklagte als Allein- oder Miteigentümer eingetragen oder an denen er im Gesamteigentum beteiligt ist, wird zur Sicherung einer allfälligen Ersatzforderung gemäss Art. 59 Ziff. 2 Abs. 3 aStGB eine Grundbuchsperre angeordnet.
...."
2. X._, vertreten durch seinen Rechtsanwalt, führt mit Eingabe vom 6. August 2008 Beschwerde in Strafsachen gegen die Verfügung der Strafkammer des Bundesstrafgerichts vom 27. Juni 2008. Am 9. September 2008 reichte X._ eine Beschwerdeergänzung ein.
Die Bundesanwaltschaft beantragt mit Vernehmlassung vom 8. September 2008 die Abweisung der Beschwerde.
3. Die Strafkammer des Bundesstrafgerichts verurteilte X._ mit Entscheid vom 16. September 2008 wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz zu 5 1/2 Jahren Freiheitsstrafe und zu einer Geldstrafe von 360 Tagessätzen zu je Fr. 350.--. Zulasten von X._ und zugunsten der Eidgenossenschaft begründete die Strafkammer eine Ersatzforderung von Fr. 500'000.--. Sie hob die Sperre der Konti und Depots bei der Credit Suisse auf, soweit nicht zur Begleichung der Ersatzforderung notwendig. Gleichzeitig hob sie auch die Grundbuchsperre über die in der Gemeinde Uezwil/AG gelegenen Grundstücke auf.
In der Folge stellte die Strafkammer des Bundesstrafgerichts mit Schreiben vom 18. September 2008 den Antrag, die Beschwerde sei als gegenstandslos abzuschreiben. Der Beschwerdeführer ist ebenfalls der Auffassung, dass das vorliegende Verfahren mit dem Entscheid der Strafkammer des Bundesstrafgerichts vom 16. September 2008 gegenstandslos geworden ist. Er beantragt die Ausrichtung einer Parteientschädigung.
4. Mit dem Entscheid der Strafkammer des Bundesstrafgerichts vom 16. September 2008 ist die vorliegende Beschwerde gegenstandslos geworden.
4.1 Wird ein Rechtsstreit gegenstandslos oder fällt er mangels rechtlichen Interesses dahin, entscheidet das Bundesgericht mit summarischer Begründung über die Prozesskosten aufgrund der Sachlage vor Eintritt des Erledigungsgrunds (Art. 71 BGG in Verbindung mit Art. 72 BZP). Dabei geht es nicht darum, die Prozessaussichten im Einzelnen zu vertiefen und dadurch weitere Umtriebe zu verursachen; vielmehr muss es bei einer knappen Beurteilung der Aktenlage sein Bewenden haben. Es soll auf dem Weg über den Kostenentscheid nicht ein materielles Urteil gefällt und unter Umständen der Entscheid in einer heiklen Rechtsfrage präjudiziert werden. Lässt sich der mutmassliche Ausgang eines Verfahrens im konkreten Fall nicht ohne weiteres bestimmen, gehen die Kosten zu Lasten jener Partei, die das gegenstandslos gewordene Verfahren veranlasst hat oder bei der die Gründe eingetreten sind, die zur Gegenstandslosigkeit des Prozesses geführt haben (<ref-ruling> E. 4a S. 494).
4.2 Gemäss Art. 98 BGG kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen - um einen solchen Entscheid handelt es sich vorliegend (<ref-ruling> E. 1c S. 102; vgl. auch Urteile des Bundesgerichts 6B_218/2007 vom 23. August 2007 E. 2.5; 1B_54/2007 vom 17. Juli 2007 E. 1) - nur die Verletzung verfasssungsmässiger Rechte gerügt werden. Der Beschwerdeführer hat daher darzulegen, inwiefern der beanstandete Entscheid gegen verfassungsmässige Rechte verstossen soll. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in Art. 106 Abs. 1 BGG verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2 S. 315; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 ). Es obliegt dem Beschwerdeführer namentlich darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid gegen die gerügten Grundrechte verstossen soll.
4.3 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung der Eigentumsgarantie, des Existenzminimums und des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes geltend, da ihm mit der Beschlagnahme seines Vermögens u.a. verunmöglicht werde, seinen Lebensunterhalt zu bestreiten und die Kosten seiner Verteidigung zu bezahlen. Dem hält die Bundesanwaltschaft entgegen, dass einzig über die in der Gemeinde Uezwil/AG gelegenen Grundstücke eine Grundbuchsperre angeordnet worden sei. Weitere Liegenschaften, an denen der Beschwerdeführer zumindest beteiligt ist, seien von dieser Massnahme nicht betroffen gewesen. Neben seiner AHV-Rente verfüge der Beschwerdeführer über Einkünfte aus Darlehen und Liegenschaften, was zu einem konstanten monatlichen Einkommen von Fr. 12'546.-- führe. Der vom Beschwerdeführer geltend gemachte Notbedarf sei mehr als gedeckt gewesen.
4.4 Bei einer bloss summarischen Prüfung, die das Bundesgericht vorliegend vorzunehmen hat, sind die vom Beschwerdeführer geltend gemachten Grundrechtsverletzungen mit Blick auf die ihm obliegende Begründungspflicht und die Ausführungen der Bundesanwaltschaft nicht ersichtlich. Die Beschwerde hätte deshalb wohl nicht gutgeheissen werden können. Es rechtfertigt sich somit, dem Beschwerdeführer die Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Er hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.

Demnach verfügt der Präsident:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Diese Verfügung wird dem Beschwerdeführer, der Bundesanwaltschaft und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli