Fatti:
A.
Con pubblicazione sul Foglio ufficiale del Cantone Ticino, la fondazione B._ ha indetto un pubblico concorso per l'aggiudicazione delle opere d'impianto sanitario relative al nuovo centro che sta costruendo a X._. Il capitolato d'appalto, allestito dallo studio d'ingegneria C._, contemplava anche alcune posizioni per prezzi speciali, che avrebbero dovuto essere calcolati a corpo su base percentuale, fissa o da determinare da parte dei concorrenti, in rapporto al quantitativo di tubi da installare indicato nel capitolato medesimo.
B.
Il 5 agosto 2009, il bando di concorso è stato oggetto di un ricorso davanti al Tribunale cantonale amministrativo presentato dalla ditta A._SA. A giudizio di quest'ultima, le posizioni suddette violavano le disposizioni che impongono ai committenti di allestire il capitolato in base alle norme professionali in vigore, secondo criteri standardizzati e riconosciuti dalle categorie professionali. Essa riteneva inoltre che, poiché sprovvisto dei necessari titoli di studio, il consulente scelto dalla committente non fosse abilitato ad allestire il capitolato d'appalto. Con decisione dell'8 settembre 2009 la Corte cantonale ha respinto il gravame.
C.
Il 7 ottobre 2009, detta decisione è stata impugnata con un ricorso in materia di diritto pubblico davanti al Tribunale federale. Con tale atto, la A._SA chiede l'annullamento della stessa, del bando di concorso e dei relativi documenti di gara.
Chiamato ad esprimersi, il Tribunale cantonale amministrativo domanda la reiezione del gravame. Ad analoga conclusione giunge pure, in via subordinata, la fondazione B._ che, in via principale, ne sostiene invece l'irricevibilità. La committente produce inoltre copia della decisione del 15 ottobre 2009 con cui i lavori sono stati attribuiti a terzi, rilevando che essa è nel frattempo cresciuta in giudicato.

Diritto:
1.
Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 188; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 251 con rinvii). Ciò nonostante, se non è manifesta, la dimostrazione dell'esistenza delle condizioni di ammissibilità incombe al ricorrente (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 pag. 356).
2.
2.1. Il litigio verte sui contenuti di un bando di concorso per l'aggiudicazione di una commessa pubblica. Il ricorso in materia di diritto pubblico è quindi ammissibile solo se il valore stimato della commessa raggiunge i valori soglia previsti dall'art. 83 lett. f n. 1 LTF e, cumulativamente (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 194 seg.), se la fattispecie pone una questione di diritto d'importanza fondamentale, giusta l'art. 83 lett. f n. 2 LTF.
2.2. Nell'evenienza concreta, la ricorrente non si avvede della clausola d'eccezione dell'art. 83 lett. f LTF. In effetti, l'allegato ricorsuale non menziona tale norma, non si sofferma sul valore della commessa né indica in alcun modo perché la fattispecie porrebbe una questione di diritto d'importanza fondamentale. Il ricorso in materia di diritto pubblico è perciò inammissibile già per difetto di motivazione (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 398 seg.).
3.
3.1. Nella misura in cui l'impugnativa adempie alle esigenze formali del tipo di ricorso effettivamente esperibile, l'errata denominazione del rimedio giuridico non comporta comunque alcun pregiudizio per la ricorrente (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 399). Occorre allora verificare se il gravame sia ricevibile quale ricorso sussidiario in materia costituzionale (<ref-law>).
3.2. Con tale ricorso può venir censurata unicamente la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). In ambito di commesse pubbliche, esclusa è quindi a priori la facoltà di denunciare autonomamente la lesione sia del concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 25 novembre 1994/15 marzo 2001 (CIAP; RU 2003 196; RL/TI 7.1.4.1.3) o di sue disposizioni di esecuzione, sia del principio della trasparenza o del divieto della discriminazione in esso ancorati (sentenza 2C_634/2008 dell'11 marzo 2009 consid. 2.3 con rinvii).
3.3. Il rispetto dei diritti costituzionali non è inoltre esaminato d'ufficio, ma soltanto se il ricorrente solleva e motiva le relative contestazioni (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>). Occorre che egli specifichi quali diritti costituzionali ritiene lesi ed esponga le sue censure in modo chiaro e circostanziato, accompagnandole da una motivazione esaustiva; in caso di asserita violazione del divieto d'arbitrio deve in particolare spiegare in che misura la decisione impugnata sia - non solo a livello di motivazione, ma anche di risultato - manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 6 pag. 397; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 9). Il Tribunale federale non entra per contro nel merito di critiche formulate in maniera puramente appellatoria (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246).
4.
4.1. Sennonché, a prescindere dall'adempimento degli ulteriori requisiti richiesti (cfr. art. 90 segg., <ref-law>), già poiché motivato in maniera insufficiente, il gravame risulta inammissibile anche quale ricorso sussidiario in materia costituzionale. In effetti, a sostegno delle proprie richieste, la ricorrente adduce da un lato motivi a priori irricevibili (<ref-law>), quali la lesione dell'art. 13 lett. d e lett. f CIAP rispettivamente degli art. 11 cpv. 1 e 34 cpv. 2 lett. b del regolamento d'applicazione del 12 settembre 2006 (RLCPubb/CIAP; RL/TI 7.1.4.1.6) e del principio della trasparenza. Essa denuncia d'altro lato una violazione del divieto d'arbitrio e del principio della parità di trattamento in maniera del tutto generica e appellatoria, senza cioè spiegare compiutamente in quale misura il giudizio impugnato sarebbe lesivo dei diritti costituzionali invocati.
4.2. In merito al divieto d'arbitrio, la ricorrente si limita a richiamare le già indicate violazioni del CIAP e del RLCPubb/CIAP, ritenendo che l'interpretazione datane dal Tribunale cantonale amministrativo sia "alquanto arbitraria", rispettivamente frutto di una "valutazione arbitraria" e di un eccesso del potere di apprezzamento. Non spende però una parola sui motivi per cui la decisione impugnata debba essere in conseguenza considerata manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso o in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità.
4.3. Per quel che invece attiene alla censura della violazione del principio dell'uguaglianza di trattamento, la ricorrente nemmeno sembra volerle conferire portata propria. La evoca in un solo passaggio, definendo detto principio, insieme a quello della trasparenza, un "criterio fondamentale in tema di commesse pubbliche"; anche in questo caso, non la accompagna però da una reale motivazione, tanto che neppure la riprende in conclusione dove, a sostegno della richiesta d'accoglimento del ricorso, ribadisce unicamente la violazione del divieto d'arbitrio e del principio della trasparenza.
5.
5.1. Per quanto precede, il gravame risulta inammissibile sia come ricorso in materia di diritto pubblico, sia come ricorso sussidiario in materia costituzionale e può essere deciso in procedura semplificata (<ref-law>).
5.2. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>). La ricorrente rifonderà alla fondazione B._ un'indennità di fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
La ricorrente rifonderà alla fondazione B._ un'indennità di fr. 2'500.-- a titolo di ripetibili per la sede federale.
4.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.