Sachverhalt:
A. Die Erbengemeinschaft X._ vermietete das Restaurant G._ in Rorschach samt Wirtewohng an H._ und Y._. Die Mieter renovierten das Mietobjekt im Einverständnis mit der Vermieterschaft.
B. Am 12. März 2010 klagte Y._ (Kläger) beim Kreisgericht Rorschach gegen die Mitglieder der Erbengemeinschaft X._ (Beklagte) auf Zahlung von Fr. 172'027.80. Damit forderte er aus einem Werk- bzw. Totalunternehmervertrag betreffend die Renovation des Mietobjekts insgesamt Fr. 291'587.80, welche die Beklagte bisher nur im Umfang von Fr. 119'560.-- getilgt habe. Im Einzelnen verlangte er Fr. 114'853.75 für Zahlungen an Dritte, Fr. 117'227.75 für Arbeitsleistungen nach Stundenrapporten und Fr. 59'506.30 für "Design und Bauführung etc.". Zudem beantragte er die definitive Eintragung des provisorischen Bauhandwerkerpfandrechts im Betrage von Fr. 87'027.65. Schliesslich ersuchte er um unentgeltliche Prozessführung und Rechtsverbeiständung. Dieses Gesuch wies das Kreisgericht mit Entscheid vom 30. September 2010 ab, da es die Klage als aussichtslos erachtete. Auf Rekurs des Klägers hin hob das Kantonsgericht St. Gallen diesen Entscheid am 12. November 2010 auf, erteilte dem Kläger für das Klageverfahren die unentgeltliche Rechtspflege, befreite ihn von Vorschüssen, Sicherheitsleistung und Gerichtskosten und bestellte ihm Rechtsanwältin Dr. Elisabeth Roth als Vertreterin. Diesen Entscheid hob das Bundesgericht auf Beschwerde der Beklagten hin am 7. April 2011 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an das Kantonsgericht zurück. Dieses hiess den Rekurs des Klägers am 10. Juni 2011 erneut gut und erteilte ihm die unentgeltliche Rechtspflege und befreite ihn namentlich von Sicherheitsleistung.
C. Die Beklagten (Beschwerdeführer) erheben Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, den Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen vom 10. Juni 2011 aufzuheben und das Gesuch des Klägers (Beschwerdegegner) um unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen, eventuell die Streitsache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Kläger (Beschwerdegegner) schliesst auf Abweisung der Beschwerde und ersucht für das bundesgerichtliche Verfahren um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Das Kantonsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. In einer Replik der Beschwerdeführer und einer Duplik des Beschwerdegegners stellten die Parteien keine neuen Rechtsbegehren.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob und inwiefern auf eine Beschwerde eingetreten werden kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 251 mit Hinweisen).
1.1 Der angefochtene Entscheid des Kantonsgerichts über die Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege ist im Rahmen eines Verfahrens betreffend eine Zivilsache mit einem Streitwert von über Fr. 30'000.-- (<ref-law>) ergangen, schliesst dieses jedoch nicht ab. Der angefochtene Entscheid ist daher als Zwischenentscheid zu qualifizieren. Dieser ist direkt anfechtbar, wenn er für die Beschwerdeführer einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>).
1.2 Der angefochtene Zwischenentscheid gewährt dem Beschwerdegegner ausdrücklich die Befreiung von Sicherheitsleistungen. Demnach können die Beschwerdeführer solche Leistungen, auf welche sie gemäss E. 6 des Entscheids des Kreisgerichts vom 30. September 2010 wegen ausstehender Gerichtsgebühren Anspruch hätten, grundsätzlich nicht mehr verlangen. Dies bewirkt für die Beschwerdeführer einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil, weil damit die eventuelle Rückvergütung ihrer Parteikosten selbst bei einer späteren Anfechtung des Zwischenentscheids ungesichert bleibt (Urteil 4A_681/2010 vom 7. April 2011 E. 1.7 mit Hinweis).
1.3 Da auch die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen gegeben sind, ist auf die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich einzutreten.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Der Begriff des Bundesrechts umfasst die von den Bundesorganen erlassenen Rechtsnormen aller Erlassstufen, insbesondere die Bundesverfassung und die Bundesgesetze (<ref-ruling> E. 1 S. 203).
2.2 Die Verletzung kantonalen Rechts kann - unter Vorbehalt von Art. 95 lit. c-e BGG - nicht gerügt werden. Soweit sich der angefochtene Entscheid auf kantonales Recht stützt, kann dagegen gerügt werden, die Anwendung des kantonalen Rechts führe zu einer Bundesrechtswidrigkeit. Im Vordergrund steht dabei eine Verletzung verfassungsmässiger Rechte, insbesondere des Willkürverbots nach <ref-law> (<ref-ruling> E. 1 S. 95; <ref-ruling> E. 1 S. 203 mit Hinweisen). Nach ständiger Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis verfassungswidrig ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar als zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 4.2 S. 560 mit Hinweisen).
2.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>), was wiederum näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 226 mit Hinweis). Das Vorbringen von Tatsachen, die sich erst nach Erlass des angefochtenen Entscheids ereigneten oder entstanden (echte Noven), ist vor Bundesgericht unzulässig (<ref-ruling> E. 2.1 S. 343 f. mit Hinweisen; vgl. auch Urteil 8C_80/2011 vom 14. Juni 2011 E. 1.2.1).
Der von den Beschwerdeführern in ihrer Replik angerufene Zessionsvertrag betreffend die Abtretung der eingeklagten Forderung an die Raiffeisenbank St. Georgen im Gailtal datiert vom 29. August 2011 und damit später als das angefochtene Urteil, weshalb er für das Bundesgericht ausser Acht zu bleiben hat. Hinzu kommt, dass eine Replik nicht dazu verwendet werden darf, die Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.4; <ref-ruling> E. 1d/aa, je mit Hinweisen). Entgegen der Annahme der Beschwerdeführer ist vorliegend eine Ausnahme vom Novenverbot insbesondere deshalb nicht gerechtfertigt, weil ein Zwischenentscheid angefochten wurde und das Novum im weiteren kantonalen Verfahren berücksichtigt werden kann.
3. 3.1 Das Kantonsgericht führte aus, mit der Aufhebung des Entscheides vom 12. November 2010 durch das Bundesgericht befinde sich das Rekursverfahren wieder im Status quo ante und sei daher gemäss Art. 404 Abs. 1 der Schweizerischen Zivilprozessordnung (ZPO) altrechtlich fortzusetzen. Das Kantonsgericht prüfte daher die Voraussetzungen der unentgeltlichen Rechtspflege nach Art. 281 Abs. 1 und Abs. 2 lit. a ZPO/SG und nicht nach <ref-law>.
3.2 Die Beschwerdeführer rügen, das Kantonsgericht habe im angefochtenen Entscheid zu Unrecht die früheren zivilprozessualen Vorschriften des Kantons St. Gallen zur Anwendung gebracht. In der Lehre würde zutreffend die Meinung vertreten, nach der Aufhebung eines Entscheids durch eine Rechtsmittelinstanz und der Rückweisung der Sache an die Vorinstanz sei grundsätzlich neues Recht anzuwenden.
3.3 Gemäss <ref-law> gilt für Verfahren, die bei Inkrafttreten dieses Gesetzes rechtshängig sind, das bisherige Verfahrensrecht bis zum Abschluss vor der betroffenen Instanz. Das Verfahren vor einer Instanz wird durch einen rechtskräftigen Endentscheid abgeschlossen. Wird ein Entscheid in einem Verfahren durch eine Rechtsmittelinstanz aufgehoben und zum Neuentscheid an die Vorinstanz zurückgewiesen, wird damit das Verfahren vor dieser Instanz nicht abgeschlossen, sondern in den Stand zurückversetzt, in welchem es sich vor der Ausfällung des angefochtenen Entscheids befunden hat (FREI/ WILLISEGGER, in: Basler Kommentar, ZPO, 2010, N. 13 zu <ref-law>; a.M. IVO SCHWANDER, in: Schweizerische Zivilprozessordnung, Alexander Brunner und andere [Hrsg.], 2011, N. 29 zu <ref-law>). Demnach muss gemäss dem Grundsatz der Einheit der Instanz bei der Wiederaufnahme des Verfahrens nach einem Rückweisungsentscheid das bisherige Verfahrensrecht weiterhin Anwendung finden (Urteil 4A_225/2011 vom 15. Juli 2011 E. 2.2; FRIDOLIN WALTER, Das Übergangsrecht zur neuen ZPO - offene Fragen und mögliche Antworten, SZZP 4/2010, S. 409 ff., 414; DENIS TAPPY, Le droit transitoire applicable lors de l'introduction de la nouvelle procédure civile unifiée, JdT 2010 III, S. S. 11 ff., 26; a.M. SCHWANDER, a.a.O., N. 29 zu <ref-law>; Beschluss des Obergerichts des Kantons Zürich NK 100014 vom 12. Januar 2011 E. 7, in: ZR 110/2011 S. 8 ff. Nr. 6, der insoweit <ref-law> auch bei Zivilverfahren analog anwenden will).
3.4 Das Rekursverfahren vor dem Kantonsgericht, das vor dem Inkrafttreten der ZPO am 1. Januar 2011 rechtshängig war, wurde mit dem Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts nicht abgeschlossen, sondern weitergeführt. Demnach war gemäss <ref-law> insoweit weiterhin das bisherige kantonale Verfahrensrecht anwendbar.
4. 4.1 Durch den Werkvertrag verpflichtet sich der Unternehmer zur Herstellung eines Werkes und der Besteller zur Leistung einer Vergütung (<ref-law>). Ist der Preis zum Voraus entweder gar nicht oder nur ungefähr bestimmt worden, so wird er nach Massgabe des Wertes der Arbeit und der Aufwendungen des Unternehmers festgesetzt (<ref-law>).
4.2 Gemäss Art. 281 des St. Galler Zivilprozessgesetzes vom 20. Dezember 1990 (ZPO/SG) hat eine Partei Anspruch auf Bewilligung der unentgeltlichen Prozessführung, wenn ihr die Mittel fehlen, um neben dem Lebensunterhalt für sich und die Familie die Prozesskosten aufzubringen und das Verfahren nicht aussichtslos erscheint.
4.3 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts zur unentgeltlichen Rechtspflege gemäss <ref-law> sind Begehren aussichtslos, bei denen die Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Verlustgefahren und die deshalb kaum als ernsthaft bezeichnet werden können. Dagegen gilt ein Begehren nicht als aussichtslos, wenn sich Gewinnaussichten und Verlustgefahren ungefähr die Waage halten oder jene nur wenig geringer sind als diese (<ref-ruling> E. 2.3.1). Ob im Einzelfall genügende Erfolgsaussichten bestehen, ist aufgrund einer summarischen Prüfung nach den Verhältnissen zur Zeit der Gesuchstellung zu prüfen (<ref-ruling> E. 5 S. 616; <ref-ruling> E. 2.3.1; je mit Hinweisen). Sind die Gewinnaussichten zu dieser Zeit zweifelhaft, weil sich z.B. erstmals zu beurteilende komplexe Rechtsfragen stellen, deren Beantwortung unsicher erscheint, ist die unentgeltliche Rechtspflege einstweilen zu gewähren (<ref-ruling> E. 4b S. 309; vgl. auch: Urteil 5A_590/2009 vom 6. Januar 2010 E. 3.4.3). Die tatsächlichen Voraussetzungen sind gestützt auf die Glaubhaftigkeit der Ausführungen des Gesuchstellers unter Berücksichtigung der Aktenlage zu prüfen, ohne dass gerichtliche Beweiserhebungen vorzunehmen sind (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 4a S. 6 f.).
4.4 Das Kantonsgericht bejahte die prozessuale Bedürftigkeit des Beschwerdegegners und kam zum Ergebnis, die Klage aus Werkvertrag sei nicht aussichtslos. Der Beschwerdegegner behaupte, für die Beschwerdeführer "praktisch als Totalunternehmer" tätig gewesen zu sein, wobei A._ als deren Vertreter ihm den "Auftrag", die Wohnung und das Restaurant umzubauen, mündlich erteilt habe. Zum Beweis berufe er sich auf Partei- und Zeugenaussagen sowie auf umfangreiches Aktenmaterial. Ob diese Beweismittel ausreichten, um die Begründetheit der eingeklagten Forderung darzutun, sei nicht in diesem Verfahren zu prüfen, da die Tatsachen, aus denen der geltend gemachte Anspruch abgeleitet werde, lediglich glaubhaft gemacht werden müssten. Abgesehen davon sei zu erwarten, dass die behaupteten Ansprüche mit anwaltlicher Hilfe - soweit notwendig - nach Verbesserung der Klageschrift gemäss <ref-law>/SG oder später in der Replik weiter substanziiert würden, was entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer nicht schon aufgrund der bisherigen Ausführungen des Beschwerdegegners "gar nicht wahrscheinlich" sei. Dass der geltend gemachte Fremdaufwand derzeit - weil noch nicht überprüft - noch nicht nachgewiesen sei, bedeute nicht, dass der erst im Hauptverfahren zu führende Nachweis scheitern werde.
4.5 Die Beschwerdeführer rügen, das Kantonsgericht habe mit der Verneinung der Aussichtslosigkeit der eingeklagten Werklohnforderung im Sinne von <ref-law>/SG das Willkürverbot gemäss <ref-law> verletzt. Mit der Darstellung, dass offenbar eine Substanziierung der Klage im weiteren Verlauf des Verfahrens nicht ausgeschlossen sei, gebe das Kantonsgericht zumindest implizit zu, dass zum heutigen Zeitpunkt eine rechtsgenügliche Beweisführung noch nicht ersichtlich sei. Damit habe das Kantonsgericht missachtet, dass sich die Beurteilung der Prozessaussichten nach den Umständen im Zeitpunkt der Gesuchseinreichung richte. Die Annahme des Kantonsgerichts würde dazu führen, dass nie Aussichtslosigkeit vorliege, da eine weitere Substanziierung im Verlauf des Verfahrens nie ausgeschlossen werden könne. Unbestritten sei, dass der Beschwerdegegner gewisse Investitionen getätigt, Material gekauft, Rechnungen bezahlt und Leistungen erbracht habe. Bestritten sei jedoch, dass Abmachungen über eine Entschädigung oder deren Höhe getroffen worden seien. Das Kantonsgericht habe zu Unrecht angenommen, der Beschwerdegegner habe diesbezüglich taugliche Zeugenanträge gestellt. In Bezug auf die Frage, ob überhaupt ein entgeltlicher Werkvertrag vereinbart worden sei, berufe sich der Beschwerdegegner in seiner Klageschrift lediglich auf seine Parteiaussage und auf die Parteiaussagen von A._ und seiner damaligen Lebenspartnerin H._. Damit stünde Parteiaussage gegen Parteiaussage, weshalb nicht anzunehmen sei, dass dem Beschwerdegegner ein Beweis betreffend Erteilung eines entgeltlichen Auftrags gelinge. Zudem ergebe sich aus mehreren an die Beschwerdeführer gerichteten E-Mails des Beschwerdegegners klar, dass er kein Honorar habe verlangen wollen. In einer E-Mail vom 10. Mai 2009 habe er beispielsweise ausgeführt, er und H._ hätten zwischenzeitlich 366 Stunden gearbeitet, die Beschwerdeführer sollten sich doch vorstellen, was dies bei einem Schweizer Mindestlohn von CHF 30.00 pro Stunde für ein Honorar ergeben würde. Man habe den Beschwerdeführern "wirklich sehr viel an Geld erspart". In einer E-Mail vom 12. Mai 2009 habe der Beschwerdegegner nochmals darauf hingewiesen, wie viel Geld die Erbengemeinschaft durch die von ihm und H._ vorgenommenen Arbeiten gespart habe, nachdem er vorgängig bereits in einer E-Mail vom 26. Februar 2009 ausgeführt habe, "Zahlen müssen wir und nicht IHR", weshalb man mit der Brauerei auch über einen Kredit verhandle. Zu einem entgeltlichen Werkvertrag passe auch schlecht, dass die Beschwerdeführer dem Beschwerdegegner für die Bauinvestitionen Darlehen gewährt hätten. Werkunternehmer würden vielleicht Abschlagszahlungen, nicht aber die Entrichtung rückzahlbarer Darlehen verlangen.
4.6 Der Beschwerdegegner hat zu seiner Behauptung, dass ein entgeltlicher Werkvertrag vereinbart worden war, seine ehemalige Partnerin, H._, als Zeugin angerufen. Inwiefern dieser Zeugenbeweis ausgeschlossen sein soll, legen die Beschwerdeführer nicht dar und ist auch nicht ersichtlich, da H._ im vorliegenden Verfahren nicht Partei ist. Auch die von den Beschwerdeführern angerufenen E-Mails belegen nicht, dass der Beschwerdegegner die Arbeiten für den Umbau des Restaurants unentgeltlich erbringen wollte. Dies ergibt sich auch nicht eindeutig aus den von den Beschwerdeführern angerufenen Darlehensverträgen über die Beträge von Fr. 40'000.-- und Fr. 20'000.--, zumal die Beschwerdeführer dem Beschwerdegegner für den Umbau unbestrittenermassen Fr. 119'560.-- bezahlt haben und in ihrer Vernehmlassung vom 2. Juli 2010 (S. 10 lit. h) angaben, sie hätten Handwerkerrechnungen übernommen und dem Beschwerdegegner kundgetan, einer gütlichen Einigung nicht grundsätzlich abgeneigt zu sein, sofern sie vorerst über eine genaue Zusammenstellung betreffend Art und Umfang der vom Beschwerdegegner vorgenommenen Arbeiten und eine Kostenzusammenstellung verfügt hätten. Unter diesen Umständen ist durchaus möglich, dass sich die Beschwerdeführer zur Entschädigung von Arbeitsleistungen des Beschwerdegegners verpflichteten. Damit ist das Kantonsgericht hinsichtlich der Beurteilung der Beweismöglichkeiten des Abschlusses eines entgeltlichen Werkvertrages nicht in Willkür verfallen.
Die Beschwerdeführer machen nicht geltend, das kantonale Prozessrecht schliesse nach der Einreichung der Klageschrift deren Verbesserung oder das Stellen neuer Beweisanträge aus. Im Hinblick darauf erscheint nicht nur vertretbar, sondern geboten, bei der Beurteilung der Prozessaussichten im Zeitpunkt der Klageeinreichung diese Möglichkeiten in Betracht zu ziehen und anzunehmen, die von juristischen Laien verfasste Klage werde mit Hilfe des dem Beschwerdegegner nun beigeordneten Rechtsbeistands verbessert bzw. durch weitere Beweisanträge ergänzt. Auch insoweit ist der Entscheid der Vorinstanz nicht zu beanstanden.
4.7 Weiter rügen die Beschwerdeführer zusammengefasst, der Beschwerdegegner habe den geltend gemachten Arbeitsaufwand nicht genügend substanziiert und diesbezüglich lediglich eigene Stundenrapporte vorgelegt. Wie bereits in der Vernehmlassung an das Kreisgericht Rorschach vom 2. Juli 2010 ausgeführt, seien die vom Beschwerdegegner behaupteten "Drittkosten" zum Teil nicht genügend substanziiert worden und zum Teil nicht als Vergütung des behaupteten Werkvertrages geschuldet, weil sie damit nichts zu tun hätten. Das Kantonsgericht bestätige denn auch, dass der Fremdaufwand noch nicht nachgewiesen sei, vertröste diesbezüglich aber auf weitere Beweismöglichkeiten im Hauptverfahren, was dem Grundsatz widerspreche, dass sich die Beurteilung über Prozesschancen nach den Umständen zum Zeitpunkt der Gesuchseinreichung richte. Auch bezüglich des gestützt auf die SIA-Norm Nr. 110 für "Design, Bauleitung etc." geltend gemachten Honorars von Fr. 59'506.60 werde kein Beweis ins Recht gelegt, der belege, dass überhaupt entsprechende Leistungen vereinbart und erbracht worden wären und dass eine Entgeltlichkeit nach SIA-Tarif verabredet gewesen wäre. In Bezug auf den Anspruch auf definitive Eintragung des Bauhandwerkerpfandrechts würden in der Klageschrift keine Beweismittel bezüglich der Fristeinhaltung etc. bezeichnet. Auch diesbezüglich liege somit die Aussichtslosigkeit auf der Hand.
4.8 Zwar trifft zu, dass im Zeitpunkt der Klageeinreichung bezüglich des Nachweises des vom Beschwerdegegner geltend gemachten Arbeitsaufwandes und des verlangten Aufwendungsersatzes Unsicherheiten bestanden, welche einer Klärung im Beweisverfahren bedürfen. Jedoch ist zu beachten, dass der Beschwerdegegner anerkanntermassen erhebliche Renovationsarbeiten am Mietobjekt und diesbezügliche Aufwendungen vorgenommen hat, wofür ergänzende Beweisanträge nicht ausgeschlossen sind. Unter diesen Umständen hat das Kantonsgericht das ihm bei der Abschätzung der Prozessaussichten zustehende Ermessen nicht überschritten, wenn es einen Nachweis der behaupteten Arbeitsleistungen und Aufwendungen nicht als aussichtslos erachtete. Gleiches gilt bezüglich der verlangten Vergütung der Aufwendungen für "Design und Bauleitung", zumal gemäss den Darlegungen der Beschwerdeführer in ihrer Vernehmlassung vom 2. Juli 2010 der Beschwerdegegner die grösseren Umbauarbeiten geplant und ein entsprechendes Konzept vorgelegt hat (S. 7 lit. d) und bei dessen Realisierung die Handwerkerleistungen Dritter im Umfang von Fr. 128'000.-- koordinierte (S. 10 lit. g und h). Somit erscheint ungeachtet der Frage der Anwendbarkeit der SIA-Tarife ein werkvertraglicher Anspruch auf Vergütung dieser Leistungen nicht ausgeschlossen, weshalb auch insoweit keine unhaltbare Einschätzung des Kantonsgerichts vorliegt. Dem Begehren auf definitive Eintragung des provisorischen Bauhandwerkerpfandrechts kommt neben der Geldforderung nur eine untergeordnete Bedeutung zu, weshalb es bei der Beurteilung der Prozessaussichten ausser Betracht bleiben konnte (vgl. STEFAN MEICHSSNER, Das Grundrecht auf unentgeltliche Rechtspflege, 2008, S. 100 f.). Der Vorwurf der Verletzung des Willkürverbots bezüglich der Beurteilung der Prozessaussichten der eingeklagten Forderung aus Werkvertrag erweist sich damit als unbegründet.
5. 5.1 Das Kantonsgericht hielt die Klage auch deshalb nicht für aussichtslos, weil es als glaubhaft erachtete, dass die vermietete Liegenschaft aufgrund der Umbau- und Renovationsarbeiten des Beschwerdegegners einen erheblichen Mehrwert erfahren habe, für den der Beschwerdeführer gemäss <ref-law> eine Entschädigung verlangen könne.
5.2 Da die Beschwerdeführer mit ihren Rügen gegen die Hauptbegründung nicht durchdrangen, ist diese Eventualbegründung nicht entscheiderheblich. Auf die dagegen gerichtete Kritik der Beschwerdeführer ist daher nicht einzutreten.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG). Damit wird das Gesuch des Beschwerdegegners um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren hinsichtlich der Gerichtskosten gegenstandslos. Dies gilt indessen nicht in Bezug auf die unentgeltliche Verbeiständung, weil der Rechtsvertreterin des Beschwerdegegners im Fall ihrer Bestellung als amtliche Vertreterin bei Uneinbringlichkeit der Parteientschädigung aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar bezahlt werden müsste (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3; Urteil 4A_224/2011 vom 27. Juli 2011 E. 3). Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG), ist das Gesuch insoweit gutzuheissen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung des Gesuchs um unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird Rechtsanwältin Dr. Elisabeth Roth zur unentgeltlichen Vertreterin des Beschwerdegegners bestellt.
2. Die Beschwerde wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
4. Die Beschwerdeführer haben den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen. Im Fall der Uneinbringlichkeit der Parteientschädigung wird der amtlichen Vertreterin des Beschwerdegegners aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 2'500.-- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Präsident der III. Zivilkammer als Einzelrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Januar 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Gelzer