Fatti:
A. A.a S._, nata nel 1985, al momento dei fatti impiegata quale apprendista pittore e, come tale, assicurata d'obbligo contro gli infortuni presso la Zurigo Assicurazioni (Zurigo), in data 4 settembre 2004 è rimasta vittima di un incidente della circolazione, in cui ha riportato una frattura/lussazione dell'anca destra, una frattura della patella del ginocchio destro e una ferita lacero-contusa al gomito sinistro. Il caso è stato assunto dall'assicuratore infortuni, che ha corrisposto le prestazioni previste dalla LAINF.
Nel corso del mese di giugno 2005 l'assicurata ha pure manifestato dolori al rachide lombare irradianti in entrambe le gambe.
A.b Dopo aver esperito i necessari accertamenti medici, con decisione del 7 aprile 2004, confermata il 3 ottobre 2006 in seguito all'opposizione presentata sia dall'interessata, patrocinata dal padre, che dalla CSS Assicurazione, la Zurigo ha negato la propria responsabilità per carenza di nesso causale naturale, per quanto concerneva le cure erogate in relazione alla spondilolistesi con spondilolisi istmica bilaterale rispettivamente a decorrere dal 30 settembre 2006, in ordine ai disturbi psichici.
B. Patrocinata dall'avvocato Pier Carlo Blotti, S._ si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendo la condanna della Zurigo all'assunzione dei costi di cura in relazione alla spondilolisi con spondilolistesi, così come di quelli relativi ai disturbi psichici.
Per giudizio del 2 marzo 2007 il Presidente del Tribunale delle assicurazioni ha parzialmente accolto il gravame, annullato la decisione su opposizione impugnata nella misura in cui la Zurigo aveva negato il diritto a prestazioni in relazione ai disturbi psichici a far tempo dal 1° ottobre 2006 e retrocesso la causa all'assicuratore infortuni affinché procedesse conformemente ai considerandi e pronunciasse una nuova decisione.
C. S._, ancora rappresentata dall'avvocato Blotti, interpone ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale delle assicurazioni (dal 1° gennaio 2007 Tribunale federale), al quale chiede l'annullamento della pronuncia cantonale, nella misura in cui nega il diritto a prestazioni in relazione alla spondilolisi con spondilolistesi L5-S1. Delle motivazioni si dirà, se necessario, nei considerandi di diritto.
Chiamati a pronunciarsi sul gravame, l'intimata ne ha proposto la reiezione, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. Unico oggetto del contendere è il diritto dell'assicurata all'assunzione, da parte della Zurigo, delle spese di cura relative all'intervento chirurgico eseguito presso la clinica universitaria X._ nel dicembre 2005 rispettivamente dei costi di fisioterapia in relazione alla spondilolisi con spondilosintesi L5-S1, e meglio l'esistenza o meno di un nesso causale naturale tra disturbi fisici e infortunio.
2. 2.1 Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto, così come determinato dagli art. 95 e 96 LTF. Poiché inoltre il ricorso non riguarda il rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni (<ref-law>; <ref-law>), bensì il riconoscimento di prestazioni in natura, e meglio il diritto a cure mediche (Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Berna 2007, n. 28 all'art. 97; U. Meyer, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basilea 2008, n. 42 e 43 all'art. 105), il ricorrente può censurare l'accertamento dei fatti soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 e l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>). In tale ipotesi il Tribunale federale fonda infatti la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>).
2.2 Se la parte ricorrente intende scostarsi dai fatti stabiliti dall'autorità precedente, deve spiegare in maniera circostanziata per quali motivi ritiene che le condizioni di una delle eccezioni previste dall'<ref-law> sarebbero realizzate; in caso contrario, non si può tener conto di uno stato di fatto diverso da quello posto a fondamento della decisione impugnata (<ref-law>; sentenza 1C_24/2007 del 15 marzo 2007, consid. 1.6; sentenza 6B_2/2007 del 14 marzo 2007, consid. 3).
In materia di apprezzamento delle prove e constatazione dei fatti l'autorità cade nell'arbitrio se non considera, senza motivi seri, un mezzo di prova atto a modificare la decisione, se si sbaglia chiaramente sul suo senso o la sua portata, o ancora se, fondandosi sugli elementi raccolti, trae delle conclusioni insostenibili (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 9).
Nell'ambito dell'accertamento dei fatti e della valutazione delle prove inoltre il giudice di merito dispone di un ampio potere di apprezzamento. Per censurare un asserito accertamento arbitrario dei fatti o un'asserita valutazione arbitraria delle prove non è sufficiente che il ricorrente critichi semplicemente la decisione impugnata o che contrapponga a quest'ultima un proprio accertamento o una propria valutazione, per quanto essi siano sostenibili o addirittura preferibili. Egli deve bensì dimostrare per quale motivo l'accertamento dei fatti o la valutazione delle prove da lui criticati sarebbero manifestamente insostenibili o in chiaro contrasto con la situazione di fatto, si fonderebbero su una svista manifesta o contraddirebbero in modo urtante il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 2a pag. 168; <ref-ruling> consid. 3a pag. 15; <ref-ruling> consid. 5a pag. 316; <ref-ruling> consid. 2b pag. 139 e riferimenti).
3. Il Presidente del Tribunale cantonale ha ritenuto non essere dato un nesso di causalità naturale tra spondilolisi con spondilolistesi e incidente basandosi fondamentalmente sul referto del dottor S._, secondo cui l'affezione sarebbe d'origine morbosa. Tale avviso troverebbe altresì conferma nella letteratura specialistica e nel fatto che il disturbo si è manifestato ben nove mesi dopo l'infortunio.
S._ ritiene per contro che la Corte cantonale ha interpretato in modo arbitrario la letteratura medica e che il rapporto del dottor S._, messo in discussione dalle dichiarazioni del dottor B._, non si basa su esami completi né risulta sufficientemente approfondito. Per risolvere la questione contestata, il Tribunale avrebbe pertanto dovuto ordinare l'esperimento di una perizia giudiziaria.
4. Nei considerandi del querelato giudizio, cui si rinvia, il primo giudice ha già correttamente ed esaustivamente indicato le disposizioni applicabili per stabilire il diritto all'erogazione di prestazioni da parte dell'assicurazione contro gli infortuni (segnatamente: art. 10 e 16 LAINF, <ref-law>).
È d'uopo inoltre ribadire che il diritto a prestazioni a dipendenza di un infortunio presuppone in primo luogo l'esistenza di un nesso di causalità naturale fra l'evento infortunistico e il danno alla salute. Questo presupposto è da considerarsi adempiuto qualora sia lecito ammettere che, senza l'evento infortunistico, il danno alla salute non si sarebbe potuto verificare del tutto o comunque non nel modo in cui si è prodotto. Non occorre, viceversa, che l'infortunio sia stato la sola o immediata causa del danno alla salute; è sufficiente che l'evento, se del caso unitamente ad altri fattori, abbia comunque provocato un danno all'integrità corporale o psichica dell'assicurato, vale a dire che l'evento appaia come una condizione sine qua non del danno. È questione di fatto stabilire se tra evento infortunistico e danno alla salute esista un nesso di causalità naturale; su detta questione amministrazione e giudice, fondandosi essenzialmente su indicazioni di natura medica, si determinano secondo il principio della probabilità preponderante applicabile generalmente nell'ambito dell'apprezzamento delle prove in materia di assicurazioni sociali. Ne discende che ove l'esistenza di un nesso di causalità tra infortunio e danno sembri possibile, ma essa non possa essere reputata probabile nel caso di specie, il diritto a prestazioni derivato dall'infortunio assicurato dev'essere negato (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 181, 402 consid. 4.3.1 pag. 406; <ref-ruling> consid. 1 pag. 337; <ref-ruling> consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
5. Per determinarsi sull'esistenza ed estinzione di un rapporto di causalità naturale il Tribunale deve ricorrere, in ambito medico, alle indicazioni del personale sanitario specializzato (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 181, 402 consid. 4.3.1 pag. 406; <ref-ruling> consid. 1 pag. 337; <ref-ruling> consid. 1b pag. 289 e sentenze ivi citate).
Quanto alla valenza probatoria di un rapporto medico, determinante, secondo la giurisprudenza, è che i punti litigiosi importanti siano stati oggetto di uno studio approfondito, che il rapporto si fondi su esami completi, che consideri parimenti le censure espresse, che sia stato approntato in piena conoscenza dell'incarto (anamnesi), che la descrizione del contesto medico sia chiara e che le conclusioni del perito siano ben motivate. Determinante quindi per stabilire se un rapporto medico ha valore di prova non è tanto né l'origine del mezzo di prova, né la denominazione, ad esempio, quale perizia o rapporto (<ref-ruling> consid. 3a pag. 352; <ref-ruling> consid. 1c pag. 160; Hans-Jakob Mosimann, Zum Stellenwert ärztlicher Beurteilungen, in: Aktuelles im Sozialversicherungsrecht, Zurigo 2001, pag. 266). Nella sentenza pubblicata in VSI 2001 pag. 106 segg. la Corte ha però ritenuto conforme al principio del libero apprezzamento delle prove (<ref-law> e <ref-law>, art. 95 cpv. 2, art. 113 e 132 vOG) definire delle direttive in relazione alla valutazione di determinate forme di rapporti e perizie.
6. 6.1 In concreto dai documenti medici versati agli atti emerge che nel corso del mese di giugno 2005 l'interessata ha manifestato per la prima volta dolori in sede lombo-sacrale irradiantisi in entrambe le gambe. Dall'esame radiografico eseguito è emersa una "netta accentuazione della lordosi fisiologica lombare con reperto suggestivo di una spondilolisi L5". Il 7 dicembre 2005 l'assicurata è quindi stata sottoposta a intervento chirurgico presso la clinica universitaria X._. In tale occasione i medici hanno diagnosticato tra l'altro "chronische Lumbalgien mit Instabilitätssymptomatik bei isthmischer Spondylolisthesis L5/S1 Grad I nach Verkehrsunfall" e nel rapporto operatorio hanno precisato che la spondilolistesi è divenuta sintomatica dopo l'incidente.
Il dottor S._, specialista in chirurgia e medicina infortunistica, che ha esaminato l'assicurata su richiesta della Zurigo, ha posto, tra l'altro, la diagnosi collaterale di "spondilolisi con spondilolistesi istmica di I. grado a livello L5-S1; esiti di spondilodesi posterolaterale e PLIF, laminectomia L5 e spondilodesi L5-S1, non di pertinenza post-infortunistica" precisando che l'affezione è di origine "congenita ad instabilità di questa sede resasi manifesta dopo la metà del 2005; in effetti la spondilolistesi con spondilolisi istmica bilaterale L5-S1 non può essere messa in relazione preponderante con l'infortunio che ci occupa e conseguentemente le cure vanno a carico della cassa malati".
6.2 Pendente causa di ricorso l'assicurata ha trasmesso dapprima un certificato del medico curante, dottoressa W._, la quale ha dichiarato che "sebbene l'origine della spondilolistesi istmica sia multifattoriale, tra i diversi fattori, quello meccanico-traumatico non ha un ruolo indifferente".
Successivamente è stato prodotto un certificato del dottor B._, il quale ha dichiarato in pratica che la spondilolistesi è una malattia, ma che a suo avviso i disturbi configurano una conseguenza indiretta dell'incidente.
Detti nuovi mezzi di prova sono di principio inammissibili in virtù dell'<ref-law> secondo cui possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Essi avrebbero infatti già potuto essere redatti e prodotti in sede cantonale (si confronti in proposito U. Meyer, op. cit., n. 22 e 40 all'art. 99). La questione può tuttavia restare indecisa in quanto il ricorso, per i motivi indicati nei considerandi che seguono, dev'essere in ogni caso accolto.
7. Tenuto conto del tenore dei succitati documenti specialistici questa Corte non può in alcun modo condividere le conclusioni cui è giunto il Tribunale di prima istanza, in quanto poggiano su un apprezzamento errato delle prove e quindi su un accertamento incompleto dei fatti, in violazione del principio indagatorio di cui all'art. 61 cpv. 1 lett. c LPGA. In effetti il giudice di prime cure ha fondato il proprio giudizio su un rapporto medico chiaramente incompleto alla luce della giurisprudenza in vigore, in quanto totalmente privo di motivazione. Il dottor S._ si è infatti limitato a ricondurre a malattia i disturbi al rachide lombare di cui soffre la ricorrente, negando qualsiasi origine infortunistica, senza tuttavia addurre alcuna motivazione in tal senso. Non è quindi dato di sapere, malgrado il grave infortunio, per quale motivo i disturbi non sarebbero riconducibili almeno in parte ad esso (si veda in proposito il rapporto del dottor B._ succitato), né per quali ragioni la malattia sarebbe l'unica causa.
Tale carenza non può inoltre venire in alcun modo sanata dai documenti pubblicati sul sito specializzato citato dalla Corte cantonale, in quanto da un lato il testo richiamato non esclude la possibilità in linea generale di un'origine infortunistica dell'affezione (si veda in proposito nel medesimo senso anche il sito http://www.neurochirurghi.com/rachialgie/spondilolistesi.htm). In simili condizioni non si può pertanto neppure affermare che le opinioni pubblicate in internet confermerebbero la tesi del perito incaricato dalla Zurigo.
Ne consegue che, senza procedere ad ulteriori accertamenti specialistici, la Corte cantonale non poteva concludere che era provata, con il grado della verosimiglianza preponderante valido nelle assicurazioni sociali, l'origine morbosa del disturbo.
Il ricorso in oggetto va pertanto accolto, mentre il giudizio e la decisione su opposizione impugnati devono essere annullati e l'incarto rinviato alla Zurigo affinché proceda ad ulteriori accertamenti specialistici e si pronunci nuovamente sul diritto a prestazioni dell'assicurata.
8. Visto l'esito della procedura le spese giudiziarie vanno poste a carico della Zurigo (art. 66 cpv. 1 e 4 LTF), che verserà alla ricorrente un importo a titolo di spese ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. In accoglimento del ricorso, il giudizio del 2 marzo 2007 e la decisione su opposizione del 3 ottobre 2006 sono annullati nella misura in cui rifiutano l'assunzione dei costi di cura in relazione alla spondilolisi con spondilolistesi, mentre l'incarto è rinviato alla Zurigo Assicurazioni per procedere agli accertamenti indicati nei considerandi e per nuova decisione.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico della Zurigo Assicurazioni.
3. La Zurigo Assicurazioni verserà a S._ fr. 2'500.- a titolo di spese ripetibili per la procedura federale.
4. Il Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino statuirà nuovamente sulla questione delle spese ripetibili di prima istanza, tenuto conto dell'esito del processo in questa sede.
5. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.