Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 5. Mai 2004 sprach die IV-Stelle Bern der 1968 geborenen J._ ab dem 1. März 2003 eine ganze Invalidenrente zu. Im Rahmen des im September 2006 angehobenen Rentenrevisionsverfahrens veranlasste die IV-Stelle eine neurochirurgische Begutachtung, welche am 11. Juni 2007 stattfand. Hierauf verfügte sie die Einstellung der Invalidenrente (Verfügung vom 17. Oktober 2007).
B. Die von J._, vertreten durch Berner Rechtsberatungsstelle für Menschen in Not, Fürsprecherin Katerina Baumann, hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, mit Entscheid vom 3. März 2008 unter Verweigerung der unentgeltlichen Verbeiständung ab.
C. J._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es seien, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides, die gesetzlichen Rentenleistungen, zuzüglich Verzugszins auf den nachzuzahlenden Rententreffnissen, zuzusprechen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung zurückzuweisen. Ihr sei für das vorinstanzliche Verfahren ihre Anwältin als unentgeltliche Rechtsvertreterin beizuordnen und vor Bundesgericht die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde und das Verwaltungsgericht des Kantons Bern stellt den Antrag, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten, soweit die unentgeltliche Verbeiständung für das Verfahren vor kantonalem Gericht beantragt werde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Die Vorinstanz hat die gesetzlichen Bestimmungen über die Begriffe der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und Invalidität erwerbstätiger Versicherter (<ref-law>) sowie den Umfang des Rentenanspruches (<ref-law> in der jeweils bis zum 31. Dezember 2003 und bis zum 31. Dezember 2007 gültigen Fassung) richtig dargelegt. Korrekt hat das kantonale Gericht <ref-law> erwähnt, woraus sich die Voraussetzungen für eine Rentenrevision ergeben, und es hat die Anforderungen an den Beweiswert von Arztberichten angeführt (<ref-ruling> E. 3a S. 352; <ref-ruling> E. 1c S. 160). Darauf kann verwiesen werden. Zu ergänzen ist, dass zeitlicher Ausgangspunkt für die Beurteilung einer anspruchserheblichen Änderung des Invaliditätsgrades die letzte rechtskräftige Verfügung ist, welche auf einer materiellen Prüfung des Rentenanspruchs beruht (<ref-ruling> E. 5.4 S. 114).
3. 3.1 Das vorinstanzliche Gericht erwog, es habe im Zeitpunkt der erstmaligen Rentenverfügung der Heilungsverlauf und damit die Arbeitsfähigkeit noch nicht abschliessend beurteilt werden können. Aus den damaligen Berichten der neurochirurgischen Klinik X._ gehe hervor, dass nach der Operation vom März 2003 weiterhin therapieresistente Beschwerden bestanden haben und die Verfügung vom 5. Mai 2004 unter dem Vorbehalt ergangen sei, später allenfalls berufliche Eingliederungsmassnahmen einzuleiten.
3.2 Nicht offensichtlich unrichtig - und daher für das Bundesgericht bindend (<ref-law>) - ist die Feststellung der Vorinstanz, die erstmalige Rentenfestsetzung beruhe bloss auf einer vorläufigen Grundlage. Insbesondere führt der angefochtene Entscheid in tatsächlicher Hinsicht korrekt an, dass der Heilungsverlauf und die Arbeitsfähigkeit im Zeitpunkt der erstmaligen Rentenfestsetzung nicht abschliessend eingeschätzt werden konnten, weshalb in der Verfügung vom 5. Mai 2004 eine spätere Prüfung der Eingliederungsfrage vorbehalten worden sei. Zwar genügt für eine revisionsweise Herabsetzung der Invalidenrente eine blosse Neubeurteilung der invaliditätsmässigen Voraussetzungen nach ständiger Rechtsprechung nicht (statt vieler Urteil 9C_114/2008 vom 30. April 2008 E. 2.1). Hingegen liegt dieser Konzeption die Voraussetzung zugrunde, dass die erstmalige Rentenfestsetzung auf der Basis einer umfassenden tatsächlichen Entscheidungsgrundlage ergangen ist. Hat die Verwaltung hingegen, z.B. mit Blick auf eine noch laufende medizinische Behandlung, eine nicht abschliessende Aktenlage für die Rentenzusprechung genügen lassen (vgl. E. 5.3 hernach), so schliesst <ref-law> nicht aus, zu einem späteren Zeitpunkt eine eingehendere Abklärung der Sache vorzunehmen und gestützt auf deren Ergebnisse tatsächlicher Natur über den laufenden Leistungsanspruch neu zu befinden.
4. 4.1 In beweismässiger Hinsicht gab das kantonale Gericht dem Gutachten des Dr. med. R._ vom 9. Juli 2007 gegenüber den Berichten des Dr. med. B._, Facharzt für Neurochirurgie, vom 23. März und vom 10. September 2007 mit einlässlicher Begründung den Vorzug. Dem angefochtenen Entscheid kann schlüssig und in allen Teilen überzeugend entnommen werden, dass Dr. med. B._ allein die subjektive Symptomatik in seine Beurteilung einfliessen liess, ohne Bezug zu den objektiven Verhältnissen zu nehmen, wogegen Dr. med. R._ das Schmerzverhalten den objektiven Befunden gegenübergestellt habe. Sodann seien die Schlussfolgerungen des Experten nachvollziehbar begründet. Der angefochtene Entscheid fusst mithin auf einer bundesrechtskonformen Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Darüber hinaus ist die gestützt auf das Gutachten vom 9. Juli 2007 getroffene Feststellung einer vollen Arbeitsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit nicht offensichtlich unrichtig, weshalb das Bundesgericht daran gebunden ist (<ref-law>). Da der rechtserhebliche Sachverhalt rechtsgenüglich abgeklärt worden ist, durfte die Vorinstanz ohne Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes auf die Anordnung weiterer Beweismassnahmen in antizipierter Beweiswürdigung verzichten (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 94; <ref-ruling> E. 1d S. 162). Dem Antrag, es sei die Sache zur Vornahme ergänzender Abklärungen zurückzuweisen, ist nicht stattzugeben.
4.2 Die IV-Stelle hat zur Ermittlung des Invaliditätsgrades die gemischte Methode angewandt. Demgegenüber zog das kantonale Gericht die Einkommensvergleichsmethode heran und begründete dies namentlich mit dem Umstand, dass der Lebenspartner der Versicherten in Z._ arbeite und oft nur an den Wochenenden zu Hause sei. Es könne demzufolge nicht davon ausgegangen werden, sie hätte zur Besorgung des Haushaltes das Arbeitspensum mit überwiegender Wahrscheinlichkeit reduziert. Ob die Wahl der Invaliditätsbemessungsmethode mit dieser Begründung korrekt vorgenommen worden ist, kann offen gelassen werden; denn wie zu zeigen ist, resultiert selbst dann kein leistungsbegründender Invaliditätsgrad von mindestens 40 %, falls die im Haushaltsbereich ermittelte krankheitsbedingte Einbusse von (gewichtet) 1,8 % nach der gemischten Methode Berücksichtigung fände.
4.3 Das kantonale Gericht stellte für das Jahr 2006 - ausgehend von einem Pensum von 80 % - den Validenlohn von Fr. 31'707.-- fest, weil es davon ausging, die Beschwerdeführerin habe sich auch ohne gesundheitliche Beeinträchtigung aus freien Stücken mit einem tiefen Einkommen begnügt. Die Beschwerdeführerin macht demgegenüber - wie schon im vorinstanzlichen Verfahren - geltend, die Einschränkung im Pensum sei aus gesundheitlichen Gründen erfolgt; sie würde als Gesunde zu 100 % arbeiten. Das ist aber im Ergebnis irrelevant, weil die Vorinstanz dafür auch das Invalideneinkommen auf 80 % umgerechnet hat. Würde stattdessen das effektiv erzielte Valideneinkommen auf 100 % umgerechnet, ergibt sich ein hypothetisches jährliches Einkommen von Fr. 39'633.75. Wird das Valideneinkommen mit der Beschwerdeführerin anhand der Zahlen der Lohnstrukturerhebung des Bundes (LSE 2006, Tabelle TA1, Anforderungsniveau 4, Sektor Dienstleistungen, Gastgewerbe, Frauen) ermittelt, so kommt der Jahreslohn auf Fr. 43'947.65 (12 x 3'513 : 40 x 41,7) zu liegen. Nicht offensichtlich unrichtig hat die Vorinstanz unter Beizug der LSE, Tabelle TA1 (Anforderungsniveau 4, Total Frauen) für das Pensum von 80 % sowie bei einem Leidensabzug von 15 % den Invalidenlohn von Fr. 34'189.-- festgestellt (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 399), was im Rahmen eines Vollpensums das Erzielen eines Invalidenlohnes von Fr. 42'736.-- erlaubt (12 x 4'019 : 40 x 41,7 x 0,85). Bei dieser Sachlage beträgt der Invaliditätsgrad 2,75 %. Selbst bei Einräumung des höchstmöglichen leidensbedingten Abzuges von 25 % (<ref-ruling> E. 5b/cc S. 80) liegt die Invalidität wesentlich unter dem anspruchsbegründenden Prozentsatz von 40 %. Im Ergebnis ist der vorinstanzliche Entscheid mithin zu bestätigen und es braucht nicht geprüft zu werden, ob das kantonale Gericht von der Annahme ausgehen durfte, die Versicherte hätte sich auch künftig mit dem als unterdurchschnittlich festgestellten Validenlohn aus freien Stücken abgefunden.
5. 5.1 Nach <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> und <ref-law> kann die IV-Stelle auf formell rechtskräftige Verfügungen oder Einspracheentscheide zurückkommen, wenn diese zweifellos unrichtig sind und wenn ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist. Die Wiedererwägung im Sinne dieser Bestimmung dient der Korrektur einer anfänglich unrichtigen Rechtsanwendung einschliesslich unrichtiger Feststellung im Sinne der Würdigung des Sachverhalts (<ref-ruling> E. 2c S. 17 mit Hinweis; Urteil 9C_215/2007 vom 2. Juli 2007 E. 3.1).
Die Wiedererwägung ist jederzeit möglich (vgl. <ref-law>), insbesondere auch wenn die Voraussetzungen der Revision nach <ref-law> nicht erfüllt sind. Wird die zweifellose Unrichtigkeit der ursprünglichen Rentenverfügung erst vom Gericht festgestellt, so kann es die im Revisionsverfahren verfügte Aufhebung der Rente mit dieser substituierten Begründung schützen (<ref-ruling> E. 2 S. 369; Urteil I 61/2007 vom 4. Mai 2007 E. 3).
5.2 Die gesetzlichen Definitionen von Arbeits- und Erwerbsunfähigkeit, Invalidität, Ermittlung des Invaliditätsgrades usw. stellen Rechtsbegriffe dar. Gerichtliche Schlussfolgerungen in ihrem Geltungsbereich, z.B. die Bejahung oder Verneinung einer erheblichen Arbeitsunfähigkeit oder einer rentenbegründenden Invalidität, sind daher Akte der Rechtsanwendung und nicht Schritte der Sachverhaltsfeststellung (<ref-ruling> E. 3.1 S. 397). Gemäss <ref-law> wendet das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen an. Ob die Verwaltung im Rahmen der erstmaligen Rentenfestsetzung von einem korrekten Invaliditätsbegriff ausgegangen ist, kann das Bundesgericht nach dem Gesagten als Rechtsfrage frei überprüfen (<ref-law>; vgl. ULRICH MEYER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 11 ff. zu <ref-law>).
5.3 Die Vorinstanz hat festgestellt, mit Verfügung vom 5. Mai 2004 sei von der Verwaltung ab 1. März 2003 eine ganze Invalidenrente zugesprochen worden, nachdem ab März 2002 eine vollständige Arbeitsunfähigkeit bescheinigt worden sei. Diese Feststellung ist als solche nicht offensichtlich unrichtig, lag doch bis zum Verfügungszeitpunkt keine Einschätzung der Leistungsfähigkeit in einer zumutbaren Verweistätigkeit vor und der Invaliditätsgrad ist allein nach Massgabe der Arbeitsfähigkeit festgelegt worden. Indem jedoch die IV-Stelle bei der erstmaligen Anspruchsprüfung die Invalidität der Arbeitsunfähigkeit gleichgestellt hat, ist sie von einem rechtlich falschen Invaliditätsbegriff ausgegangen. Ohne Zweifel wäre gestützt auf eine rechtlich korrekte Invaliditätsbemessung keine ganze Rente zugesprochen worden. Deswegen ist die Verfügung vom 5. Mai 2004 im Sinne von <ref-law> zweifellos unrichtig. Da die erhebliche Bedeutung der Berichtigung mit Blick auf den Charakter der Invalidenrente als periodischer Dauerleistung feststeht, sind die Voraussetzungen zur Vornahme der Wiedererwägung erfüllt (vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 480 mit Hinweisen; Urteil 9C_11/2008 vom 29. April 2008 E. 4.2.1). Die Rentenrevision wäre auch unter der substituierten Begründung der Wiedererwägung zu schützen.
6. Nicht zum Streitgegenstand gehört die Frage des Anspruchs auf Massnahmen beruflicher Art; denn weder die Revisionsverfügung vom 17. Oktober 2007 noch der angefochtene Entscheid befassen sich hiemit (vgl. Urteil I 961/06 vom 19. November 2007 E. 5). Immerhin ist anzuführen, dass die IV-Stelle Bern gemäss Mitteilung vom 14. November 2007 Beratung und Unterstützung bei der Stellensuche zugesagt hat.
7. 7.1 Gemäss <ref-law> bestimmt sich das Verfahren vor dem kantonalen Versicherungsgericht unter Vorbehalt von <ref-law> nach kantonalem Recht, das gewissen bundesrechtlichen Anforderungen zu genügen hat. So sieht lit. f von <ref-law> vor, dass das Recht, sich verbeiständen zu lassen, gewährleistet sein muss (erster Satz). Wo die Verhältnisse es rechtfertigen, wird der Beschwerde führenden Person ein unentgeltlicher Rechtsbeistand bewilligt (zweiter Satz). Gemäss <ref-law> bestellt das Bundesgericht der Partei einen Anwalt oder eine Anwältin, wenn es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist. Gemäss <ref-law> hat die bedürftige Partei in einem für sie nicht aussichtslosen Verfahren Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege; soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. Die unentgeltliche Rechtspflege bezweckt, auch der bedürftigen Partei den Zugang zum Gericht und die Wahrung ihrer Parteirechte zu ermöglichen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 355, 120 Ia 14 E. 3d S. 16; STEFAN MEICHSSNER, Das Grundrecht auf unentgeltliche Rechtspflege [<ref-law>], 2008, S. 5). <ref-law> will nur sicherstellen, dass jedermann unabhängig von seinen finanziellen Verhältnissen nicht aussichtslose Streitsachen zur gerichtlichen Entscheidung bringen und sich dabei im Prozess, sofern es sachlich geboten ist, durch einen Anwalt vertreten lassen kann; der verfassungsmässige Anspruch soll der bedürftigen Partei die Mittel zur Prozessführung in die Hand geben und nicht etwa allgemein ihre finanzielle Situation verbessern helfen (<ref-ruling> E. 2e S. 207 f.).
7.2 Die Vorinstanz hat die Gewährung der unentgeltlichen Rechtsverbeiständung mit der Begründung abgelehnt, die Beschwerdeführerin werde durch die Berner Rechtsberatungsstelle für Menschen in Not unentgeltlich vertreten, weshalb sie auf die Beiordnung von Fürsprecherin B._ im Rahmen der unentgeltlichen Rechtspflege nicht angewiesen sei. Die Beschwerdeführerin entgegnet dem, bei der Beratungsstelle handle es sich um ein Non-Profit-Projekt, das Menschen, die von Armut betroffen seien, ein kostenfreies Beratungsangebot u.a. auf den Gebieten des Sozialversicherungs- und Sozialhilferechts anbiete. Die Einnahmen aus Parteientschädigungen und amtlichen Honoraren seien hingegen Bestandteil des Jahresbudgets, da die Stelle einen Teil der Leistungen kostenlos oder à fonds perdu erbringe.
7.3 Die Frage der Bedürftigkeit der Beschwerdeführerin stellt sich bei der hier gegebenen Sachlage insofern unter einem besonderen Gesichtswinkel, als die Organisation Berner Rechtsberatungsstelle für Menschen in Not - anders als etwa Gewerkschaften oder Rechtsschutzversicherungen - weitgehend kostenlos Rechtsbeistand gewährt, ohne vorgängig Mitgliederbeiträge verlangt oder Prämien erhoben zu haben. Allerdings sind die Einnahmen aus Prozessentschädigungen und amtlichen Honoraren Teil ihrer Finanzierung. Damit befinden sich die für die Organisation tätigen Rechtsvertreter in einer mit freischaffenden Anwältinnen und Anwälten vergleichbaren Lage. Sind die Rechtsuchenden bedürftig und können sie nicht für die Anwaltskosten aufkommen, so sind die Aufwände der Anwältinnen und Anwälte der Rechtsberatungsstelle nicht gedeckt, falls die unentgeltliche Verbeiständung vorenthalten wird, es sei denn, sie könnten auf freiwillige Zuwendungen Dritter zurückgreifen. Es kommt hinzu, dass eine gemeinnützige Organisation, welche einer bedürftigen Person im Rahmen einer gerichtlichen Auseinandersetzung Rechtsbeistand leistet, ohne hiefür Beiträge, Prämien oder sonst eine Entschädigung zu verlangen, die verfassungsrechtliche Aufgabe des Staates übernimmt, den Mittellosen den Zugang zum gerichtlichen Rechtsschutz zu ermöglichen. Die Organisation steht anstelle des Staates gleichsam für die Bedürftigkeit ein. Dies vermag nichts daran zu ändern, dass es sich bei der Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung von Verfassungs wegen primär um eine staatliche Aufgabe handelt. Soweit die Organisation im Anwendungsbereich von <ref-law> tätig wird, sind ihre Leistungen zum Rechtsanspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand folglich subsidiär. Der Anspruch der rechtsuchenden Person gegen den Staat wird nicht durch den (mitunter zufälligen) Beizug einer gemeinnützigen Rechtsberatungsstelle konsumiert (vgl. <ref-ruling> E. 3e/aa S. 280). Die unentgeltliche Rechtsverbeiständung gemäss <ref-law> soll nicht schon deshalb entfallen, weil die von der Beschwerdeführerin beigezogene Anwältin für eine gemeinnützige Einrichtung arbeitet, die kostenfrei tätig ist.
7.3 Die Frage der Bedürftigkeit der Beschwerdeführerin stellt sich bei der hier gegebenen Sachlage insofern unter einem besonderen Gesichtswinkel, als die Organisation Berner Rechtsberatungsstelle für Menschen in Not - anders als etwa Gewerkschaften oder Rechtsschutzversicherungen - weitgehend kostenlos Rechtsbeistand gewährt, ohne vorgängig Mitgliederbeiträge verlangt oder Prämien erhoben zu haben. Allerdings sind die Einnahmen aus Prozessentschädigungen und amtlichen Honoraren Teil ihrer Finanzierung. Damit befinden sich die für die Organisation tätigen Rechtsvertreter in einer mit freischaffenden Anwältinnen und Anwälten vergleichbaren Lage. Sind die Rechtsuchenden bedürftig und können sie nicht für die Anwaltskosten aufkommen, so sind die Aufwände der Anwältinnen und Anwälte der Rechtsberatungsstelle nicht gedeckt, falls die unentgeltliche Verbeiständung vorenthalten wird, es sei denn, sie könnten auf freiwillige Zuwendungen Dritter zurückgreifen. Es kommt hinzu, dass eine gemeinnützige Organisation, welche einer bedürftigen Person im Rahmen einer gerichtlichen Auseinandersetzung Rechtsbeistand leistet, ohne hiefür Beiträge, Prämien oder sonst eine Entschädigung zu verlangen, die verfassungsrechtliche Aufgabe des Staates übernimmt, den Mittellosen den Zugang zum gerichtlichen Rechtsschutz zu ermöglichen. Die Organisation steht anstelle des Staates gleichsam für die Bedürftigkeit ein. Dies vermag nichts daran zu ändern, dass es sich bei der Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung von Verfassungs wegen primär um eine staatliche Aufgabe handelt. Soweit die Organisation im Anwendungsbereich von <ref-law> tätig wird, sind ihre Leistungen zum Rechtsanspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand folglich subsidiär. Der Anspruch der rechtsuchenden Person gegen den Staat wird nicht durch den (mitunter zufälligen) Beizug einer gemeinnützigen Rechtsberatungsstelle konsumiert (vgl. <ref-ruling> E. 3e/aa S. 280). Die unentgeltliche Rechtsverbeiständung gemäss <ref-law> soll nicht schon deshalb entfallen, weil die von der Beschwerdeführerin beigezogene Anwältin für eine gemeinnützige Einrichtung arbeitet, die kostenfrei tätig ist.
7.4 7.4.1 Die Subsidiarität des von einer Organisation gewährten Rechtsbeistandes kann hingegen im Verhältnis zum verfassungsrechtlich garantierten Anspruch auf unentgeltliche Rechtsverbeiständung nur nach Massgabe folgender Bedingungen angenommen werden: Die Organisation, in deren Dienst die patentierte Anwältin oder der patentierte Anwalt prozessiert, muss einen gemeinnützigen Zweck verfolgen; sie muss ihr Angebot ohne erheblichen Kostenersatz zur Verfügung stellen und schliesslich die spezifische Interessenwahrung im sozialrechtlichen Bereich bezwecken (Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge [1. und 2. Säule]; Sozialhilfe; Invaliden-, Kranken- und Unfallversicherung sowie Arbeitslosenversicherungsrecht usw.; vgl. Art. 34 f. BGerR). Ist sie hingegen allgemein in der Beratung und Interessenwahrung tätig, sei es beruflicher, sei es privater Richtung, fällt eine sozialrechtlich motivierte unentgeltliche Verbeiständung ausser Betracht. Hiebei bestimmt sich der Begriff der Gemeinnützigkeit nach <ref-law> bzw. <ref-law> (vgl. Hansjörg Seiler, in: Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, N. 33 zu <ref-law>; FELLMANN/ZINDEL, Kommentar zum Anwaltsgesetz, 2005, N. 57 zu <ref-law>). Die verfolgten Zwecke müssen aus gesellschaftlicher Gesamtsicht als fördernswert erscheinen, was auf sozialrechtliche Unterstützungsorganisationen regelmässig zutrifft (MARCO GRETER, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, 2008, 2. Aufl., N. 29 zu <ref-law>). Darüber hinaus können nur patentierte Anwälte von spezifisch sozialrechtlich tätigen Organisationen als unentgeltliche Rechtsbeistände bestellt werden, wobei sie die Bedingungen erfüllen müssen, um sich in das Anwaltsregister eintragen zu lassen (<ref-law>; Hansjörg Seiler, a.a.O., N. 32 f. zu <ref-law>).
7.4.2 Keine Subsidiarität ist gegeben, wenn die Organisation zwar im konkreten Einzelfall Rechtsbeistand anbietet, ohne eine Entschädigung zu verlangen, hingegen ihre Aufwände planmässig mittels zuvor erbrachter Beiträge oder Prämien derjenigen Personen deckt, die als Gegenleistung die Rechtsvertretung in Anspruch nehmen können, wie das etwa bei Rechtsschutzversicherungen, Berufsverbänden oder Gewerkschaften der Fall ist (Urteile U 66/04 vom 14. Oktober 2004 E. 8.3 und I 644/03 vom 24. Juni 2004 E. 4.2); denn diesfalls sind die Auslagen gedeckt und ein Eintreten für eine allenfalls bestehende Bedürftigkeit anstelle des Staates findet nicht statt. Zudem mangelt es am Erfordernis der Gemeinnützigkeit (MARCO GRETER, a.a.O., N. 31 zu <ref-law>; RICHNER/FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, 2003, N. 60 zu <ref-law>). Am gemeinnützigen Charakter ändert hingegen nichts, wenn die vertretene Person den Antrag auf unentgeltliche Verbeiständung stellt und das Tätigwerden der Organisation von Seiten des Staates unter diesem Titel nachträglich entschädigt wird. Es gilt namentlich zu beachten, dass die Beratungsstelle die Rechtsverbeiständung unabhängig davon anbietet, ob jeweils die Voraussetzungen gemäss <ref-law> erfüllt sind. Allerdings ist nicht schon auf Gemeinnützigkeit zu schliessen, wenn eine Einrichtung die Gewährleistung des unentgeltlichen Zugangs zum Gericht im Sinne von <ref-law> bezweckt. Es kommt zusätzlich darauf an, ob die gerichtliche Auseinandersetzung Rechtsgebiete beschlägt, die aus Sicht der Beratungsstelle gemeinnütziger Zweckverfolgung zugeordnet werden können, was bei sozialrechtlichen Verfahren der Fall ist (E. 7.4.1 hievor; MARCO GRETER, a.a.O., N. 29 zu <ref-law>).
8. Die Berner Rechtsberatungsstelle für Menschen in Not erfüllt sämtliche der angeführten Erfordernisse. Sie bietet in gemeinnütziger Weise rechtliche Beratung und Unterstützung in den Bereichen u.a. des Sozialversicherungsrechts und des Sozialhilferechts an. Sie verlangt weder Beiträge, noch erhebt sie Prämien. Sodann ist die für die Beratungsstelle tätige Fürsprecherin Katerina Baumann im kantonalen Anwaltsregister eingetragen (<ref-law>). Das kantonale Gericht hat die Bedürftigkeit der Beschwerdeführerin festgestellt und das angehobene Verfahren für nicht aussichtslos erklärt. Die vorinstanzliche Rechtsauffassung, wonach die durch die Beratungsstelle kostenlos erbrachte Rechtsvertretung der Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung entgegenstehe, hält nach dem Gesagten der Überprüfung nicht stand. Die Voraussetzungen zur Bewilligung der unentgeltlichen Rechtsverbeiständung im kantonalen Verfahren sind mit Blick auf <ref-law> und <ref-law> erfüllt.
9. Gestützt auf <ref-law> ist die unentgeltliche Rechtspflege (Befreiung von Gerichtskosten und Bezeichnung der Fürsprecherin Frau Katerina Baumann als amtliche Rechtsvertreterin) im Verfahren vor Bundesgericht zu gewähren. Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten hat, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird, soweit darauf einzutreten ist, teilweise gutgeheissen. Ziffer 3 des Entscheids des Verwaltungsgerichtes des Kantons Bern vom 3. März 2008 wird bezüglich der unentgeltlichen Rechtsverbeiständung aufgehoben. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Sache wird zur Ernennung der unentgeltlichen Rechtsbeiständin und zur Festsetzung ihrer Entschädigung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3. Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
5. Fürsprecherin Katerina Baumann, Bern, wird als unentgeltliche Anwältin der Beschwerdeführerin bestellt, und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'500.-- ausgerichtet.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. November 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin