Sachverhalt:
A. In der Betreibung Nr. 1 des Betreibungs- und Konkursamtes B._ stellte A._ am 23. Februar 2010 gegen die X._ GmbH das Konkursbegehren. Das Kreisgericht C._ setzte den Termin für die Konkursverhandlung auf den 6. Mai 2010 an.
B. In der betreffenden Betreibung leitete die X._ ein Verfahren im Sinn von <ref-law> ein, indem sie am 5. März 2010 zum Aussöhnungsversuch lud. Das Kreisgericht C._ setzte den Termin für den Aussöhnungsversuch betreffend die negative Feststellungsklage auf den 7. Mai 2010 fest.
Mit Schreiben vom 12. April 2010 machte die X._ das Kreisgericht darauf aufmerksam, dass die Konkursverhandlung bereits am 6. Mai 2010 stattfinde, und sie bat um Vorverlegung des Termins für den Aussöhnungsversuch betreffend die negative Feststellungsklage. Mit Verfügung vom 13. März 2010 wurde dieser auf den 5. Mai 2010 vorverlegt.
Nachdem der Aussöhnungsversuch am 5. Mai 2010 fruchtlos verlaufen war, übergab die X._ dem Kreisgericht noch gleichentags die vollständig ausformulierte negative Feststellungsklage, in welcher sie u.a. um Einstellung der Betreibung ersuchte.
Mit am frühen Morgen des 6. Mai 2010 erlassener Verfügung nahm das Kreisgericht C._ (a.o. Gerichtspräsident 1) vom Eingang der negativen Feststellungsklage Kenntnis (Ziff. 1) und wies den Antrag auf vorläufige Einstellung der Betreibung Nr. 1 ab (Ziff. 2) mit der Begründung, die Verhandlung für die Konkurseröffnung sei auf 09h15 angesetzt und es bleibe keine Zeit mehr, um im Verfahren der negativen Feststellungsklage vorgängig die Gegenpartei anzuhören; die Beschwerdeführerin hätte die Klage so rechtzeitig anhängig machen müssen, dass die Parteianhörung noch vor der Konkurseröffnung hätte stattfinden können.
Im Anschluss eröffnete das Kreisgericht C._ (Gerichtspräsident 3) über die X._ den Konkurs mit der Begründung, im Verfahren der negativen Feststellungsklage sei keine Einstellung der Betreibung verfügt worden.
C. Gegen den Gerichtspräsidenten Y., der die Einstellung der Betreibung verweigert hatte, erhob die X._ beim Obergericht des Kantons Bern am 17. Mai 2010 eine Beschwerde im Sinn von <ref-law>/BE; gegen die Konkurseröffnung ergriff sie die Appellation.
Mit Entscheid vom 25. Juni 2010 schrieb das Obergericht (2. Zivilkammer) die Beschwerde als gegenstandslos vom Protokoll ab mit der Begründung, zufolge Konkurseröffnung mache die Einstellung der Betreibung keinen Sinn mehr (APH 10/270).
Mit Entscheid gleichen Datums bestätigte das Obergericht (in identischer personeller Besetzung, jedoch als 1. Zivilkammer) die Konkurseröffnung mit der Begründung, die obere Instanz dürfe nur gerade die in <ref-law> genannten Aufhebungsgründe berücksichtigen (APH 10/274).
D. Gegen den Entscheid APH 10/270 hat die X._ am 25. September 2010 die vorliegend zu beurteilende Beschwerde in Zivilsachen eingereicht. Sodann hat sie am 27. September 2010 eine weitere Beschwerde in Zivilsachen gegen den Entscheid APH 10/274 eingereicht, welche Gegenstand des parallelen Verfahrens 5A_540/2010 bildet.
Mit Präsidialverfügung vom 8. September 2010 wurde die aufschiebende Wirkung erteilt. In seiner Vernehmlassung vom 28. September 2010 verlangt der Gläubiger die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die kantonalen Instanzen haben sich nicht vernehmen lassen bzw. auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid, der sich als kantonal letztinstanzlich erweist (<ref-law>), trägt über die verweigerte superprovisorische Einstellung der Betreibung Nr. 1. Im Gegensatz zum Urteil über die negative Feststellungsklage als solche, mit welchem materiell-rechtlich eine Zivilrechtsstreitigkeit entschieden wird (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 93), geht es vorliegend nicht um einen Endentscheid im Sinn von <ref-law>, sondern um einen Zwischenentscheid im Rahmen des erstinstanzlich hängigen Feststellungsverfahrens (vgl. Urteil 5A_712/2008, E. 1.1). Ein solcher Zwischenentscheid ist mit Beschwerde in Zivilsachen anfechtbar, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Normalerweise wird dieser bei einer superprovisorischen Verfügung verneint und ist diese vorerst im kantonalen Verfahren im Rahmen der kontradiktorischen einstweiligen Verfügung zu bestätigen oder aufzuheben. Wo jedoch der nicht wieder gutzumachende Nachteil bereits vorher eintreten würde, wie es vorliegend angesichts der Konkurseröffnung der Fall ist, wird die Beschwerde in Zivilsachen ausnahmsweise auch gegen verweigernde superprovisorische Verfügungen als zulässig angesehen (vgl. Urteile 5P.69/2003, E. 4.1; 5A_712/2008, E. 1.2; in beiden Fällen ging es ebenfalls um eine verweigerte superprovisorische Einstellung der Betreibung im Verfahren der negativen Feststellungsklage mit Blick auf die unmittelbar bevorstehende Konkursverhandlung).
Was die Beschwerdegründe anbelangt, kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden, weil eine vorsorgliche Massnahme im Sinn von <ref-law> zu beurteilen ist. Die Beschwerdeführerin macht eine falsche Anwendung von <ref-law>, einen Verstoss gegen das anwendbare Prozessrecht durch Verweigerung einer superprovisorischen Anordnung sowie eine Verletzung von Treu und Glauben und des rechtlichen Gehörs geltend. Mithin werden zulässige Rügen erhoben, soweit nicht bloss eine falsche Rechtsanwendung geltend gemacht wird.
2. Bereits Anfang März 2010 hatte die Beschwerdeführerin zu dem (nach bernischem Zivilprozessrecht unabdingbaren) Aussöhnungsversuch für die negative Feststellungsklage geladen. Das erstinstanzliche Gericht setzte den Termin für die Aussöhnungsverhandlung auf den 7. Mai 2010, denjenigen für die Konkursverhandlung aber bereits auf den 6. Mai 2010 fest. Nachdem die Beschwerdeführerin gegen diese im Gegensatz zur publizierten bundesgerichtlichen Rechtsprechung stehende (vgl. <ref-ruling> sowie im Einzelnen Parallelurteil 5A_540/2010 E. 3) Verhandlungsreihenfolge interveniert hatte, wurde der Termin für den Aussöhnungsversuch vorverschoben, allerdings nur um zwei Tage. Nachdem dieser fruchtlos verlaufen und der Beschwerdeführerin die Klagebewilligung erteilt worden war, reichte diese noch gleichentags, also am Vortag der Konkursverhandlung, die negative Feststellungsklage gemäss <ref-law> ein.
Es ist nicht frei von Zynismus, wenn das erstinstanzliche Gericht der Beschwerdeführerin am Folgetag beschied, sie hätte die negative Feststellungsklage rechtzeitig einreichen müssen, für eine Sistierung der Betreibung sei es nun zu spät, weil die Gegenpartei nicht mehr vor dem Konkurstermin zur negativen Feststellungsklage angehört werden könne, wenn die gleiche Instanz, nunmehr als Konkursgericht, unmittelbar darauf den Konkurs eröffnete mit der Begründung, es liege keine Sistierung im Sinn von Art. 85a Abs. 2 i.V.m. <ref-law> vor, und wenn schliesslich die obere Instanz festhielt, die Beschwerde gegen die verweigerte Sistierung sei gegenstandslos, nachdem der Konkurs eröffnet worden sei.
Wie die Beschwerdeführerin zutreffend festhält, verstösst ein solches Vorgehen gegen das von <ref-law> garantierte Vertrauensprinzip und den Grundsatz des fair trial. Nachdem das erstinstanzliche Gericht den Termin für den Aussöhnungsversuch auf den Vortag der Konkursverhandlung festgesetzt und die Beschwerdeführerin noch gleichentags die negative Feststellungsklage eingereicht hatte, durfte sie nach Treu und Glauben davon ausgehen, dass vor dem Konkurstermin wenigstens vorläufig über die Einstellung der Betreibung entschieden würde. Sie hat alles getan, was ihr aufgrund der allein vom erstinstanzlichen Gericht zu verantwortenden Terminplanung möglich war und sie muss sich nicht entgegenhalten lassen, sie hätte ihre Klage so spät eingereicht, dass keine Anhörung der Gegenpartei mehr habe stattfinden können. Umso weniger muss sie sich dies entgegenhalten lassen, als eine superprovisorische Einstellung vorliegend ohne weiteres möglich gewesen wäre:
Gemäss <ref-law> hört das Gericht die Parteien nach Eingang der Klage an und stellt anschliessend die Betreibung ein, soweit die negative Feststellungsklage als sehr wahrscheinlich begründet erscheint. In der Literatur wird teilweise die Meinung vertreten, dass das Gericht demnach von Bundesrechts wegen nicht superprovisorisch die Einstellung verfügen dürfe (namentlich Tenchio, Feststellungsklagen und Feststellungsprozess nach <ref-law>, Diss. Zürich 1999, S. 165 oben; missverständlich der im erstinstanzlichen Entscheid zitierte Bodmer, Basler Kommentar, N. 20 zu <ref-law>: dieser hält nicht etwa fest, dass ein Superprovisorium ausgeschlossen sei, vielmehr dass der endgültige Entscheid über die Einstellung nicht superprovisorisch im Sinn einer einseitigen Verfügung, sondern als kontradiktorische vorsorgliche Massnahme erlassen werde). Der Gesetzgeber wollte mit dem verabschiedeten Gesetzeswortlaut garantieren, dass die vorläufige Einstellung der Betreibung in einem kontradiktorischen Verfahren erfolgen soll und nicht, wie noch im Vorentwurf zur Änderung des SchKG vorgesehen, aufgrund einseitigen Begehrens seitens des Feststellungsklägers (zum Wortlaut des Vorentwurfes siehe BBl 1991 III 224). Daraus wird von einer anderen Lehrmeinung, welche die Beschwerdeführerin korrekt zitiert, zutreffend gefolgert, dass es selbstverständlich nicht ausgeschlossen ist, die vorläufige Einstellung, bei der es sich um eine vorsorgliche Massnahme handelt, bei dringender Gefahr nach den Modalitäten des kantonalen Verfahrensrechts vorab superprovisorisch zu verfügen und sodann nach Anhörung der Gegenpartei im Rahmen der vorsorglichen Massnahme zu bestätigen oder zurückzunehmen (BRÖNNIMANN, Kurzkommentar SchKG, N. 13 zu Art. 85a; von der Möglichkeit eines Superprovisoriums wird sodann auch im Urteil 5P.69/2003, E. 5.2.2, ausgegangen). Gemäss dem einschlägigen <ref-law>/BE kann der Richter in Fällen dringender Gefahr schon auf die Einreichung des Gesuches hin die vorläufigen Verfügungen treffen, welche er für notwendig erachtet, um die Ansprüche des Gesuchstellers bis zum Entscheid sicherzustellen. Nach dem klaren Wortlaut dieser Bestimmung ist die superprovisorische Anordnung nicht von einem entsprechenden Parteiantrag abhängig, sondern liegt sie vielmehr im pflichtgemässen Ermessen des Richters; etwas anderes wird jedenfalls vernehmlassungsweise nicht geltend gemacht. Das Superprovisorium erfordert eine dringende Gefahr, die insbesondere gegeben ist, wenn die angestrebte Rechtswahrung bei Zuwarten vereitelt oder hochgradig gefährdet würde (Leuch/Marbach/Kellerhals/Sterchi, Die Zivilprozessordnung für den Kanton Bern, 5. Aufl., N. 1a zu Art. 308a). Dass vorliegend genau dies gegeben war, braucht nicht weiter ausgeführt zu werden.
Inwieweit der Richter die Einstellung der Betreibung bei offensichtlich fehlenden Prozesschancen der negativen Feststellungsklage auch ohne Anhörung der Gegenpartei, d.h. gleich von Beginn weg verweigern darf (vgl. Urteil 5P.69/2003, E. 5.3.1), kann vorliegend mangels Liquidität des Sachverhaltes nicht geprüft werden, weil dies nie Thema war (über die Prozesschancen hat sich bislang keines der involvierten Gerichte geäussert), sondern die kantonalen Instanzen sich allein darauf berufen haben, die Einstellung sei aus Zeitgründen nicht möglich.
3. Aus dem Gesagten ergibt sich, dass der angefochtene Entscheid, mit welchem das erstinstanzliche Vorgehen im Ergebnis geschützt worden ist, gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstösst und deshalb aufzuheben ist. Das Obergericht hat das Kreisgericht anzuweisen, die nötigen Verkehrungen zu treffen, und es hat ausserdem die kantonalen Verfahrenskosten neu zu bestimmen bzw. zu verlegen (<ref-law>).
Im Gegensatz zum Konkursverfahren, bei dem der betreibende Gläubiger vor allen Instanzen Gegenpartei ist, geht es vorliegend um einen Entscheid in einer Beschwerdesache gemäss <ref-law>/BE, in welcher der erstinstanzlich entscheidende Gerichtspräsident Gegenpartei ist. Den Gläubiger als Gegenpartei im negativen Feststellungsverfahren kann deshalb keine Kostenpflicht treffen und dem Kanton werden grundsätzlich keine Gerichtskosten auferlegt (<ref-law>). Er müsste einzig für allfällige Parteikosten einstehen; Anwaltskosten sind indes nicht entstanden und für sich selbst verlangt die Beschwerdeführerin keine Entschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde in Zivilsachen wird der Beschwerdeentscheid des Obergerichtes des Kantons Bern, 2. Zivilkammer, vom 25. Juni 2010 aufgehoben und die Sache wird zur weiteren Behandlung im Sinn der Erwägungen an das Obergericht zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben oder gesprochen.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Bern, A._ und dem Betreibungsamt Bern-Mittelland, Dienststelle Mittelland, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Oktober 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli