Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach ständiger Rechtsprechung geht es bei der Frage des Erlasses zu Unrecht ausgerichteter Ergänzungsleistungen nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen im Sinne von Art. 132 OG (<ref-ruling> Erw. 2 und 136 Erw. 1 mit Hinweisen). Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat demnach lediglich zu prüfen, ob der vorinstanzliche Richter Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens (Art. 104 lit. a OG); die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig oder unvollständig ist oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen erfolgte (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. b und Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Die Vorinstanz hat die massgebenden Gesetzes- und Verordnungsbestimmungen über die Voraussetzungen für den Erlass der Rückerstattung zu Unrecht bezogener Ergänzungsleistungen (Art. 27 Abs. 1 ELV in Verbindung mit Art. 47 Abs. 1 AHVG und Art. 79 Abs. 1 AHVV) sowie die nach der Rechtsprechung für die Beurteilung des guten Glaubens der Leistungsbezügerin entscheidenden Kriterien (vgl. <ref-ruling> Erw. 2c, 110 V 180 Erw. 3c; ARV 1992 Nr. 7 S. 103 Erw. 2b) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
3.- In verbindlicher Weise (vgl. Erw. 1 hievor) hat die kantonale Rekurskommission festgestellt, dass die Beschwerdeführerin die Erhöhung der ihrem Ehemann im Jahre 1998 ausgerichteten Kinderzulagen nicht gemeldet hat, obwohl sie bereits bei der Antragstellung und in den jeweiligen Leistungsverfügungen auf die ihr obliegende Verpflichtung hingewiesen worden ist, jede Änderung in den persönlichen und wirtschaftlichen Verhältnissen sofort und unaufgefordert der Gemeindezweigstelle zu melden. Bei diesen Gegebenheiten hat die kantonale Rekurskommission zu Recht eine grobfahrlässige Verletzung der Meldepflicht angenommen.
In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird hiezu lediglich eingewendet, das kantonale Amt für AHV/IV habe an der Änderung des kantonalen Gesetzes, welche zu einer Erhöhung der Kinderzulagen geführt hatte, mitgewirkt. Diesem Amt und der bei ihm geführten Familienausgleichskasse sei damit die Änderung auf jeden Fall bekannt gewesen. Die Beschwerdeführerin habe in guten Treuen geglaubt, dass die Beschwerdegegnerin, in deren Hause die Kinderzulagen ausbezahlt werden, die gesetzliche Änderung von sich aus gekannt habe, weshalb sich eine Bestätigungsmeldung erübrigt habe.
Dieser Einwand ist nicht stichhaltig. Abgesehen davon, dass es sich bei der (Familien-)Ausgleichskasse und der EL-Stelle um zwei verschiedene Verwaltungsabteilungen innerhalb des kantonalen Amtes für AHV/IV handelt, vermag ein fehlerhaftes Verhalten der Verwaltung nach ständiger Rechtsprechung die Meldepflichtverletzung der versicherten Person nicht zu kompensieren (RDAT 1999 I Nr. 70 S. 275, AHI-Praxis 1994 S. 125). Schliesslich ist der Vorinstanz auch darin beizupflichten, dass es einer EL-Stelle im Rahmen der Massenverwaltung nicht möglich ist, in jedem Einzelfall nachzuprüfen, ob infolge einer von Gesetzes wegen vorgenommenen Erhöhung der Kinderzulage eine Änderung in der Leistungszusprechung vorzunehmen ist.
4.- Das Verfahren ist kostenpflichtig, weil es nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen geht (Art. 134 OG e contrario; Erw. 1 hievor).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Die Gerichtskosten von Fr. 900.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt und mit dem geleisteten Kostenvorschuss verrechnet.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, der AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 19. September 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: