Faits:
A. X._, domicilié à A._, a constitué la société Y._ Sàrl en 2001. Il en a été l'associé-gérant avec signature individuelle jusqu'en 2007.
Les taxations ordinaires de X._ ont été effectuées le 21 octobre 2006 pour l'année fiscale 2005 et le 19 octobre 2007 pour l'année fiscale 2006. Elles retenaient un revenu net imposable de respectivement CHF 208'692.- et CHF 156'565.- pour l'impôt cantonal et communal (ci-après l'ICC), et de CHF 208'222.- et CHF 156'365.- pour l'impôt fédéral direct (ci-après l'IFD).
En 2008, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après le Service cantonal) a procédé à une expertise des comptes de la société Y._ Sàrl pour les exercices 2005 et 2006 et à un contrôle des déclarations fiscales de X._ pour les années 2004 à 2007.
Le rapport d'expertise relatif à la société Y._ Sàrl proposait notamment d'opérer auprès de X._ les reprises suivantes:
2005
2006
Recettes non comptabilisées
3'102.-
15'459.-
Participation aux frais du véhicule
3'000.-
3'000.-
Forfait de représentation excessif
22'000.-
20'000.-
Total
28'102.-
38'459.-
En ce qui concernait la somme de CHF 15'459.- proposée à la reprise pour 2006, elle correspondait à la contre-valeur d'une facture "B._" dont l'expert estimait qu'elle avait bénéficié à l'amie de X._, de sorte qu'elle représentait une libéralité de la société Y._ Sàrl en faveur de ce dernier.
Dans le rapport consacré au contrôle des déclarations fiscales de X._, il était en outre proposé de procéder à une reprise de CHF 3'992.- pour 2005 et de CHF 14'018.- pour 2006 à d'autres titres.
B. Par décisions du 23 juin 2009, le Service cantonal a procédé au rappel d'impôt auprès de X._ et, suivant pour l'essentiel les propositions de l'expert, fixé le revenu net imposable pour les années 2005 et 2006 à respectivement CHF 240'624.- et CHF 209'663.- pour l'ICC et à CHF 240'154.- et CHF 209'463.- pour l'IFD. La réclamation du contribuable a été rejetée par le Service cantonal par décision du 30 août 2010.
X._ a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après la Commission de recours). Par décision du 28 mars 2012, celle-ci a rejeté le recours du contribuable et, procédant à une reformatio in pejus, a fixé le revenu net imposable pour les années 2005 et 2006 à respectivement CHF 268'726.- et CHF 248'122.- pour l'ICC et à CHF 268'256.- et CHF 247'922.- pour l'IFD. La Commission de recours a retenu, en substance, que le Service cantonal avait omis de procéder effectivement aux reprises annoncées, alors que celles-ci, dans la mesure où elles n'étaient pas déjà admises par le contribuable, étaient justifiées dès lors que ce dernier avait surévalué le forfait pour frais de représentation et omis de compter comme distribution de bénéfice le montant correspondant à la facture "B._".
C. Par acte du 22 juin 2012, X._ dépose un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral contre la décision du 28 mars 2012. Il prend les conclusions suivantes:
1. Le recours en matière de droit public est admis.
2. La décision du 28 mars 2012 de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais est annulée.
3. La Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais, respectivement le Service des contributions, procédera à la modification des taxations fiscales 2005 et 2006 de X._ en ce sens:
a) Elle retranchera des revenus déterminants sous chiffres 2600 et 2800, des taxations fiscales 2005 et 2006, les montants comptabilisés à tort de CHF 28'102.- et 38'459.-, de même qu'elle imputera sur le revenu déterminant des taxations fiscales 2005 et 2006, notifiées le 23 juin 2009, les frais de représentation à raison de CHF 22'000.- et 20'000.-, ainsi que le montant de CHF 15'459.- concernant la facture "B._".
4. Les frais sont mis à la charge de l'État, lequel versera une juste indemnité de CHF 5'000.- à X._ pour ses dépens.
Par ailleurs, à titre de moyens de preuve, le recourant requiert la production des dossiers de la Commission de recours et du Service cantonal ainsi que son audition.
Dans ses observations du 10 septembre 2012, la Commission de recours a admis partiellement les conclusions du recourant et demandé au Tribunal fédéral de modifier le prononcé attaqué en déduisant du revenu net imposable un montant de CHF 28'102.- pour l'année 2005 et de CHF 38'459.- pour l'année 2006, compté à tort à deux reprises. Elle a par ailleurs conclu à l'irrecevabilité du recours en ce qui concernait les frais de représentation et à son rejet pour le surplus.
L'Administration fédérale des contributions s'est ralliée aux conclusions de la Commission de recours.
Dans son ultime détermination du 20 novembre 2012, le recourant a pris acte des conclusions de la Commission de recours et demandé qu'il en soit tenu compte dans la répartition des frais et dépens.

Considérant en droit:
I. Recevabilité et procédure
1. La Commission de recours a rendu une seule décision valant pour les deux catégories d'impôts (ICC et IFD), ce qui est admissible, dès lors que la question juridique à trancher est réglée de la même façon en droit fédéral et dans le droit cantonal harmonisé (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 262 s.). Dans ces circonstances, on ne peut reprocher au recourant d'avoir formé les mêmes griefs et pris des conclusions valant pour les deux catégories d'impôts dans son recours devant le Tribunal fédéral (cf. <ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 263 s.). Par souci d'unification par rapport à d'autres cantons dans lesquels deux décisions sont rendues, la Cour de céans a toutefois ouvert deux dossiers, l'un concernant l'IFD (2C_611/2012), l'autre l'ICC (2C_610/2012). Comme l'état de fait est identique et que les questions juridiques se recoupent, les deux causes seront néanmoins jointes et il sera statué dans un seul arrêt (cf. <ref-law> et 24 PCF [RS 273]).
2. Le recours est dirigé contre une décision finale (cf. <ref-law>) rendue dans une cause de droit public (cf. <ref-law>), par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF/VS; RS-VS 642.1]) sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte (cf. aussi art. 73 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes [LHID; RS 642.14]). Le recourant a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteint par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il a ainsi qualité pour recourir (cf. <ref-law>). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et <ref-law>), le recours est en principe recevable.
3. Le recourant conclut à ce qu'il ne soit pas tenu compte de la reprise des montants de CHF 22'000.- pour 2005 et CHF 20'000.- pour 2006 au titre de frais de représentation excessifs. Dans son écriture de recours au Tribunal fédéral, il ne formule cependant aucune argumentation relative à cette question.
Selon l'<ref-law>, la motivation du recours doit exposer succinctement en quoi l'acte attaqué viole le droit. Cette disposition impose au recourant de discuter au moins brièvement les considérants de la décision attaquée. Si le mémoire de recours ne satisfait pas à cette exigence, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière. Certes, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), mais cela présuppose que les conclusions ne soient pas irrecevables et donc que le mémoire de recours remplisse les exigences minimales de motivation de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 245 s.).
Le recourant ayant omis d'étayer ses conclusions relatives aux frais de représentation, celles-ci sont par conséquent irrecevables tant en ce qui concerne l'IFD que l'ICC.
4. À titre de mesure probatoire, le recourant requiert la production des dossiers de la Commission de recours et du Service cantonal, ainsi que son audition, sans toutefois motiver sa demande.
Les deux premières requêtes sont sans objet, la Commission de recours ayant produit son dossier, qui comprend également le dossier du Service cantonal.
Conformément à l'<ref-law>, des mesures probatoires peuvent être ordonnées en vue d'élucider certains faits. Selon la jurisprudence, de telles mesures doivent toutefois conserver un caractère exceptionnel (<ref-ruling> consid. 2 p. 104), dès lors que le Tribunal fédéral statue et conduit en principe son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. <ref-law>); en effet, il n'appartient pas au Tribunal fédéral comme dernière instance d'instruire pour la première fois les faits pertinents (cf. arrêt 2C_427/2011 du 26 octobre 2011 consid. 2). En l'espèce, les faits de la cause sont suffisamment élucidés pour permettre au Tribunal fédéral de se prononcer et le recourant ne fait état d'aucun élément dont on pourrait conclure à la présence de circonstances exceptionnelles justifiant une mesure d'instruction. Il ne sera par conséquent pas donné suite à la demande d'audition du recourant.
5. D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, lorsque les dispositions de la LHID laissent une marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.), dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'<ref-law>.
En outre, saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (cf. pour cette notion <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560; arrêt 2C_122/2012 du 1er novembre 2012 consid. 3.1) - ou en violation du droit (<ref-law>). La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
II. Faits pertinents
6. 6.1 Dans un premier grief relatif aux faits, le recourant reproche à la Commission de recours d'avoir retenu à tort que le Service cantonal n'avait pas pris en compte à titre de reprises les montants de CHF 28'102.- pour 2005 et CHF 38'459.- retenus par l'expert pour 2006, lors de la détermination du revenu net imposable effectuée par décisions du 23 juin 2009, alors que ces décisions tiennent déjà compte de ces montants.
Dans ses observations, la Commission de recours admet ce reproche et reconnaît avoir doublement pris en compte ces montants dans la décision attaquée alors que le Service cantonal en avait déjà tenu compte dans ses propres décisions. Elle invite par conséquent le Tribunal fédéral à modifier le prononcé attaqué en conséquence.
Les procès-verbaux de taxation 2005 et 2006 contenus dans le dossier fiscal du recourant comportent effectivement des annotations manuscrites d'où il ressort que les montants de CHF 28'102.- pour 2005 et CHF 38'459.- pour 2006 devaient être ajoutés aux revenus déclarés. En outre, la comparaison des montants portés au compte du recourant dans les procès-verbaux établis lors de la taxation ordinaire avec ceux enregistrés le 15 juin 2009 lors de la procédure de rappel d'impôt permettent de constater que ces montants ont effectivement été ajoutés au revenu retenu à l'origine.
Dans ces conditions, le recours doit être admis sur ce point et la décision de la Commission de recours du 28 mars 2012 annulée en tant qu'elle porte sur la double prise en compte des montants de CHF 28'102.- pour 2005 et CHF 38'459.- pour 2006 lors de la détermination du revenu net imposable du recourant, tant en matière d'IFD que d'ICC.
6.2 Dans un second grief concernant les faits, le recourant se plaint de l'appréciation des preuves effectuée par la Commission de recours en relation avec une facture "B._" de CHF 15'459.-. Il reproche ainsi à l'instance précédente d'avoir retenu à tort le montant de cette facture au titre de recette non comptabilisée au motif qu'elle aurait été compensée avec des prestations effectuées en faveur de son amie, de sorte qu'il aurait ainsi bénéficié d'une prestation appréciable en argent imposable. Le recourant affirme d'abord que ce montant n'a pas été encaissé. Or, c'est également ce que retient la Commission de recours. Le grief d'appréciation inexacte des faits est donc infondé sur ce point. Quant à la question de savoir si, compte tenu de ces circonstances, le recourant a bénéficié d'une prestation appréciable en argent ou si, comme il le soutient, il n'y a pas eu de compensation, elle relève du droit et sera donc examinée sous ce titre (cf. infra consid. 8).
III. Impôt fédéral direct
7. Aux termes de l'<ref-law>, lorsque des moyens de preuve ou des faits jusque là inconnus de l'autorité fiscale lui permettent d'établir qu'une taxation n'a pas été effectuée, alors qu'elle aurait dû l'être, ou qu'une taxation entrée en force est incomplète ou qu'une taxation non effectuée ou incomplète est due à un crime ou à un délit commis contre l'autorité fiscale, cette dernière procède au rappel de l'impôt qui n'a pas été perçu, y compris les intérêts. Il y a ainsi motif à rappel d'impôt lorsque l'autorité découvre des faits ou des moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation (cf. arrêt 2C_724/2010 du 27 juillet 2011 consid. 8.1 et les arrêts cités, in RDAF 2012 II 37).
En l'espèce, les conditions du rappel d'impôt sont manifestement remplies. En effet, alors que les taxations ordinaires étaient définitives, c'est par l'expertise des comptes de la société Y._ Sàrl établie en 2008 que le Service cantonal a été informé des prestations non déclarées effectuées par cette société en faveur de son associé-gérant. Au demeurant, le recourant ne s'oppose pas au principe du rappel d'impôt qui a été effectué par le Service cantonal. Le litige porte seulement sur la prise en compte de certains montants à titre de revenu, dont il convient d'examiner le bien-fondé.
8. Le recourant conteste le montant de CHF 15'459.- ajouté à son revenu à titre de prestation appréciable en argent.
8.1 Aux termes de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD (RS 642.11), est imposable le rendement de la fortune mobilière, en particulier les dividendes, les parts de bénéfice, les excédents de liquidation et tous autres avantages appréciables en argent provenant de participations de tout genre. En font partie en particulier les distributions dissimulées de bénéfice, autrement dit, des attributions de la société aux détenteurs de parts auxquelles ne correspond aucune contre-prestation ou une contre-prestation insignifiante et qui ne seraient pas effectuées ou dans une bien moindre mesure en faveur d'un tiers non participant. L'évaluation de la prestation se mesure au regard d'une transaction comparable effectuée entre parties non liées, dans le cadre de laquelle toutes les circonstances concrètes de l'affaire doivent être prises en compte (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 59 s.).
Sont également des prestations appréciables en argent qui doivent être imputées sur le revenu du détenteur de participations en application de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD les prestations de la société en faveur d'un tiers qui lui est proche. Selon la théorie dite du triangle, une prestation appréciable en argent faite par une société directement à un tiers proche de son actionnaire doit ainsi être traitée comme si elle avait été octroyée à ce dernier. Elle passe en effet juridiquement par celui-ci qui seul peut en ordonner l'attribution audit tiers. Pour le tiers, cette attribution doit être traitée comme une prestation provenant, non pas de la société, mais de l'actionnaire de celle-ci (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 61 s.; arrêts 2A.73/2005 du 2 août 2005 consid. 2.2.1; 2A.160/1999 du 22 mars 2000 consid. 3b/bb et les références citées). Dans ce contexte aussi, il convient de faire une comparaison avec une transaction analogue effectuée entre parties non liées (cf. <ref-ruling> consid. 2.3 p. 60).
8.2 En l'espèce, l'arrêt attaqué confirme la décision du Service cantonal de considérer comme un revenu du recourant une somme de CHF 15'459.- correspondant à une facture de la société Y._ Sàrl. L'instance précédente retient à cet égard que ladite société a effectué des travaux en faveur de B._ et lui a facturé à ce titre la somme précitée. La facture de la société Y._ Sàrl a été déclarée acquittée sans qu'un montant correspondant n'ait été encaissé. Par ailleurs, l'amie du recourant devait elle-même un montant à B._ correspondant à des travaux effectués par ce dernier à des conditions comparables. La Commission de recours en a déduit que le montant de CHF 15'459.- représentait une libéralité en faveur du recourant, associé-gérant de la société Y._ Sàrl.
Le recourant n'a ni allégué ni a fortiori prouvé que son amie avait payé la contre-valeur des travaux effectués dans sa maison. Dans ces conditions, la conclusion de la Commission de recours, à savoir que ce sont les travaux effectués par la société Y._ Sàrl en faveur de B._ qui ont servi de contre-prestation, ne saurait être qualifiée d'insoutenable. L'amie du recourant doit par ailleurs être considérée comme une personne proche au sens de la jurisprudence. Les conditions requises pour considérer qu'il y a eu distribution dissimulée de bénéfice sont par conséquent réunies.
8.3 Le recourant se prévaut de l'<ref-law>, aux termes duquel la compensation est admissible lorsque deux personnes sont débitrices l'une envers l'autre de sommes d'argent ou d'autres prestations de même espèce, et fait valoir qu'en l'occurrence, l'identité des parties fait défaut. Il allègue que l'<ref-law> s'oppose à la compensation d'une créance de la société Y._ Sàrl envers B._ avec une créance de ce dernier envers l'amie du recourant. Or, la prise en compte, sous l'angle de l'art. 20 al. 1 let. c LIFD, de prestations de la société ayant bénéficié à un tiers proche du détenteur de participation, est sans lien avec les conditions de la compensation telles que définies par le droit civil (cf. supra consid. 8.1). Dans ces conditions, le recourant ne peut rien déduire en sa faveur de l'<ref-law> et de la jurisprudence y relative.
8.4 Au vu de ce qui précède, c'est donc à juste titre que la somme de CHF 15'459.- a été ajoutée au revenu du recourant pour l'année 2006.
8.5 En ce qui concerne l'IFD pour 2005 et 2006, le recours doit ainsi être admis en tant que la décision de la Commission de recours du 28 mars 2012 prend doublement en compte les montants de CHF 28'102.- pour 2005 et CHF 38'459.- pour 2006 pour fixer le revenu net du recourant déterminant pour calculer l'impôt dû (cf. supra consid. 6.1). Il doit par ailleurs être rejeté en ce qui concerne la somme de CHF 15'459.- ajoutée au revenu du recourant pour l'année 2006 (cf. supra consid. 8.4). Quant aux montants de CHF 22'000.- pour 2005 et CHF 20'000.- pour 2006, leur bien-fondé ne peut être revu, les conclusions y relatives étant irrecevables (cf. supra consid. 3). La décision de la Commission recours du 28 mars 2012 sera par conséquent annulée et la décision du Service cantonal du 30 août 2010 confirmée en ce qui concerne l'IFD 2005 et 2006.
IV. Impôts cantonal et communal
9. Les notions de rappel d'impôt et de prestation appréciable en argent au sens des art. 151 al. 1 et 20 al. 1 let. c LIFD sont identiques à celles prévues aux art. 158 al. 1 et 16 al. 1 let. c LF/VS. Partant, les considérations développées pour l'IFD trouvent à s'appliquer à l'ICC s'agissant des périodes fiscales sous examen (cf. arrêt 2C_123/2012 du 8 août 102 consid. 10 et les références citées).
Il suffit donc de renvoyer, s'agissant de l'ICC, aux considérants relatifs à l'IFD.
En ce qui concerne l'ICC pour 2005 et 2006, le recours doit ainsi être admis en tant que la décision de la Commission de recours du 28 mars 2012 prend doublement en compte les montants de CHF 28'102.- pour 2005 et CHF 38'459.- pour 2006 pour fixer le revenu net imposable du recourant (cf. supra consid. 6.1). Il doit par ailleurs être rejeté en ce qui concerne la somme de CHF 15'459.- ajoutée au revenu du recourant pour l'année 2006 (cf. supra consid. 8.4). Quant aux montants de CHF 22'000.- pour 2005 et CHF 20'000.- pour 2006, leur bien-fondé ne peut être revu, les conclusions y relatives étant irrecevables (cf. supra consid. 3). La décision de la Commission recours du 28 mars 2012 sera par conséquent annulée et la décision du Service cantonal du 30 août 2010 confirmée en ce qui concerne l'ICC 2005 et 2006.
V. Frais et dépens
10. Au vu de l'issue du litige, le recourant supportera la moitié des frais judiciaires (art. 66 al. 1 et 3 LTF). Le canton du Valais, dont l'intérêt pécuniaire est en cause (cf. arrêt 2C_482/2011 du 25 juillet 2012 consid. 6 non publié aux <ref-ruling>), supportera l'autre moitié des frais judiciaires (<ref-law>) et versera au recourant un indemnité réduite à titre de dépens (<ref-law>). Le canton du Valais ne peut prétendre à des dépens (<ref-law>).
Le Tribunal fédéral ne fera pas usage de la faculté prévue aux art. 67 et 68 al. 5 LTF et renverra la cause à l'autorité précédente pour qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure suivie devant elle.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 2C_610/2012 et 2C_611/2012 sont jointes.
2. En ce qui concerne l'impôt fédéral direct pour 2005 et 2006, le recours est admis partiellement dans la mesure où il est recevable. La décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais du 28 mars 2012 est annulée et la décision du Service cantonal des contributions du canton du Valais du 30 août 2010 confirmée.
3. En ce qui concerne les impôts cantonal et communal pour 2005 et 2006, le recours est admis partiellement dans la mesure où il est recevable. La décision de la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais du 28 mars 2012 est annulée et la décision du Service cantonal des contributions du canton du Valais du 30 août 2010 confirmée.
4. Les frais judiciaires, fixés à CHF 3'000.-, sont mis à la charge du recourant pour moitié et à la charge du canton du Valais pour l'autre moitié.
5. Le canton du Valais versera au recourant une indemnité réduite de CHF 1'500.- à titre de dépens.
6. La cause est renvoyée à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais pour qu'elle statue sur les frais et dépens de la procédure suivie devant elle.
7. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service cantonal des contributions du canton du Valais, section des personnes physiques, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 1er février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Beti