Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 13. Juni 2003 und Einspracheentscheid vom 16. März 2004 verneinte das Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Zürich (AWA) den Anspruch des 1949 geborenen H._ auf Arbeitslosenentschädigung ab 10. Mai 1999 und 3. Juni 2002. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich ab (Entscheid vom 13. Juli 2004). Mit Urteil vom 22. März 2005 hiess das Eidgenössische Versicherungsgericht (heute: Bundesgericht) die dagegen geführte Verwaltungsgerichtsbeschwerde teilweise gut, indem es den vorinstanzlichen Entscheid vom 13. Juli 2004 und den Einspracheentscheid vom 16. März 2004 insoweit aufhob, als darin die Vermittlungsfähigkeit ab 10. Mai 1999 verneint wurde. Daraufhin forderte die Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich mit Verfügung vom 7. Juni 2005 die ab 3. Juni 2002 zu Unrecht bezogenen Taggelder der Arbeitslosenversicherung in der Höhe von Fr. 54'375.70 zurück. Mit Verfügung vom 21. Dezember 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 12. April 2006, lehnte die Arbeitslosenkasse das Gesuch von H._ um Erlass der Rückerstattung im Betrag von Fr. 54'375.70 mangels guten Glaubens beim Leistungsbezug ab.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. Juni 2007 ab.
C. Mit Beschwerde lässt H._ sein Erlassgesuch erneuern; eventualiter sei die Sache zu neuem Entscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Staatssekretariat für Wirtschaft und AWA verzichten auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>). Diese kognitionsrechtliche Ordnung führt bei Streitigkeiten um den Erlass der Rückerstattung unrechtmässig bezogener Leistungen gegenüber der bis 31. Dezember 2006 unter der Herrschaft des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) geltenden Rechtslage zu keinen grundlegenden Neuerungen, war doch die Frage nach dem Erlass einer Rückerstattungsschuld schon nach damaligem Recht nur mit eingeschränkter Kognition überprüfbar (Art. 132 in Verbindung mit 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG; <ref-ruling> E. 2 S. 223, ARV 2006 S. 313 f. E. 1.2, SVR 2007 IV Nr. 13 S. 49 E. 1).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob dem Beschwerdeführer die rechtskräftig festgestellte Rückerstattungsschuld über Fr. 54'375.70 erlassen werden kann.
2.1 Wie das kantonale Gericht zutreffend darlegte, sind unrechtmässig bezogene Leistungen gemäss <ref-law>, auf welchen <ref-law> verweist, zurückzuerstatten (Satz 1); wer Leistungen in gutem Glauben empfangen hat, muss sie nicht zurückerstatten, wenn eine grosse Härte vorliegt (Satz 2).
Nach der vor Inkrafttreten des BGG ergangenen Rechtsprechung ist bei der Frage nach der Gutgläubigkeit beim Leistungsbezug hinsichtlich der Überprüfungsbefugnis des Gerichts zu unterscheiden zwischen dem guten Glauben als fehlendem Unrechtsbewusstsein und der Frage, ob sich jemand unter den gegebenen Umständen auf den guten Glauben berufen kann oder ob er bei zumutbarer Aufmerksamkeit den bestehenden Rechtsmangel hätte erkennen sollen. Die Frage nach dem Unrechtsbewusstsein gehört zum inneren Tatbestand und wird daher als Tatfrage von der Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich beurteilt. Demgegenüber gilt die Frage nach der gebotenen Aufmerksamkeit als frei überprüfbare Rechtsfrage, soweit es darum geht, festzustellen, ob sich jemand angesichts der jeweiligen tatsächlichen Verhältnisse auf den guten Glauben berufen kann (<ref-ruling> E. 3 S. 223, ARV 1998 Nr. 41 S. 234 E. 3, je mit Hinweisen).
2.2 Die Vorinstanz traf zum Vorliegen des Unrechtsbewusstseins keine ausdrücklichen Feststellungen. Es besteht jedoch kein Grund zur Annahme, der Beschwerdeführer hätte absichtlich die Ausrichtung von Arbeitslosenentschädigung erwirkt, auf welche kein Anspruch bestand. Der gute Glaube hängt unter diesen Umständen davon ab, ob eine grobfahrlässige Verletzung der Meldepflicht vorliegt. Wie in anderen Bereichen beurteilt sich die geforderte Sorgfalt nach einem objektiven Massstab, wobei jedoch das den Betroffenen in ihrer Subjektivität Mögliche und Zumutbare (Urteilsfähigkeit, Gesundheitszustand, Bildungsgrad usw.) nicht ausgeblendet werden darf (SVR 2007 IV Nr. 13 S. 49 E. 4.4, I 622/05; Urteil 9C_14/2007 vom 2. Mai 2007, E. 4.1).
2.3 Der Versicherte trat am 1. Juli 2001 die Stelle als Geschäftsführer bei der Firma X._ GmbH an, welche er im April 1997 mitgegründet hatte. Wegen schlechter Auftragslage wurde er als Geschäftsführer auf den 11. Mai 2002 entlassen und verlor seine Einzelzeichnungsberechtigung. Er blieb aber mit einer Stammeinlage von Fr. 12'000.- Gesellschafter der Firma, wobei die Meldung beim Handelsregisteramt ausweislich der Akten erst mit Fax vom 24. Februar 2003, mithin erst rund acht Monate nach seiner Anmeldung bei der Arbeitslosenversicherung, erfolgte. Wenn die Vorinstanz bei dieser Sachlage davon ausging, dass dem Beschwerdeführer mit seinem Bildungsgrad als diplomierter Ingenieur mit langjähriger Geschäftserfahrung hätte auffallen müssen, dass er als Gesellschafter und Geschäftsführer eine arbeitgeberähnliche Stellung innehatte, lässt sich dies nicht beanstanden.
2.4 Was in der Beschwerde hiegegen eingewendet wird, ist nicht geeignet, zu einem anderen Ergebnis zu führen. Zutreffend ist, dass sich im Antragsformular für Arbeitslosenentschädigung - im Gegensatz zum Meldeformular für Kurzarbeit - kein Hinweis darauf findet, dass Personen, denen eine arbeitgeberähnliche Stellung im Sinne der Aufzählung in <ref-law> zukommt, nicht anspruchsberechtigt sind. Der damit verbundene Einwand des Versicherten, lückenlose und wahre Angaben gemacht zu haben, ist jedoch insoweit irrelevant, als ihm nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz kein Unrechtsbewusstsein im Sinne einer absichtlichen Melde- oder Auskunftspflichtverletzung vorgeworfen wird (E. 2.2). Insofern ist auch der vom kantonalen Gericht zitierte Fall C 196/05 vom 8. Juni 2006, die Kurzarbeitsentschädigung betreffend, nicht mit dem Vorliegenden zu vergleichen, da sich hier auf dem Antragsformular kein klarer und unmissverständlicher Hinweis auf die arbeitgeberähnliche Position des Versicherten fand. Für die Frage, ob sich der Beschwerdeführer bei den konkreten tatsächlichen Gegebenheiten auf den guten Glauben berufen kann, ist sodann nicht von Bedeutung, dass die Arbeitslosenkasse selbst - gemäss dem Vorbringen des Beschwerdeführeres - den massgebenden Tatsachen nicht genügend Beachtung geschenkt habe, weshalb dies umso weniger von ihm verlangt werden könne. Richtig ist, dass er seine Stellung als Geschäftsführer der Unternehmung nicht verschwieg. In Beachtung der Tatsache, dass der Beschwerdeführer die Arbeitgeberbescheinigung vom 7. Mai 2002 augenscheinlich selber unterzeichnet hat und die Funktion als Geschäftsführer ebenfalls - im Sinne der Teilhabe an der Betriebsleitung - die arbeitgeberähnliche Stellung unter Umständen begründen kann (vgl. Thomas Nussbaumer, Arbeitslosenversicherung in: Ulrich Meyer, [Hrsg.], Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Band XIV, Soziale Sicherheit, 2. Aufl., Basel 2007, Rz. 463) sowie aufgrund der Publizitätswirkung des Handelsregisters mit der entsprechenden Publikation im Schweizerischen Handelsamtsblatt, welche sich die Verwaltung entgegenhalten lassen muss (Urteile 8C_527/2007 vom 5. März 2008 und C 267/01 vom 17. Juli 2002) hätte seitens der Verwaltung hinreichender Anlass bestanden, die Position des Versicherten in der Firma X._ GmbH anzusprechen und näher abzuklären. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers wiegt dies aber seine eigene Nachlässigkeit nicht auf und ist im Hinblick auf die zu beantwortende Frage der Gutgläubigkeit nicht ausschlaggebend. Ebenso verkennt der Versicherte, dass von ihm nicht verlangt wird, die genaue Rechtslage bezüglich arbeitgeberähnlicher Personen zu kennen, kann doch nicht gesagt werden, die Kenntnis der arbeitslosenversicherungsrechtlichen Praxis gemäss <ref-ruling> gehöre zum unternehmerischen Allgemeinwissen. Der als Umweltingenieur HTL ausgebildete Beschwerdeführer gilt aber als erfahrener Geschäftsmann und hochqualifizierter Unternehmer, der auch in verschiedenen Bereichen als Lehrkraft tätig gewesen war (Protokoll RAV-Beratungsgespräche vom 18. Dezember 2002). Der über das Datum seiner Anmeldung bei der Arbeitslosenversicherung am 3. Juni 2002 hinaus als einzelzeichnungsberechtigter Gesellschafter und Geschäftsführer im Handelsregister eingetragene Beschwerdeführer wurde nach seiner mit Fax vom 24. Februar 2003 veranlassten Löschung im Handelsregister als einzelzeichnungsberechtigter Geschäftsführer überdies von seinem damaligen Rechtsvertreter als Geschäftsführer abgelöst; seit 27. April 2006 steht er der Firma, dank besserem Geschäftsgang, wieder als einzelzeichnungsberechtigter Gesellschafter und Geschäftsführer vor. Mit diesem beruflichen Hintergrund muss er sich den Vorwurf gefallen lassen, nicht das Mindestmass an Aufmerksamkeit aufgewendet zu haben, welches von einem verständigen Menschen in gleicher Lage und unter den gleichen Umständen verlangt werden darf (vgl. SVR 2007 IV Nr. 13 S. 49 E. 4.4 [I 622/05], mit Hinweis auf <ref-ruling> E. 3d S. 181; Urteil 9C_14/2007 vom 2. Mai 2007, E. 5.2). Mit der von ihm zu erwartenden Umsicht hätte er als hochqualifizierter und erfahrener Geschäftsmann zumindest merken müssen, dass seine Stellung als Gesellschafter und Geschäftsführer Einfluss auf seine Anspruchsberechtigung haben könnte und dies entsprechend thematisieren müssen (Urteile C 229/01 vom 12. März 2002 und C 52/01 vom 11. Juli 2001), zumal entgegen dem Einwand in der Beschwerde auch nicht gesagt werden kann, bei einem Stammkapital von Fr. 20'000.- und einer Stammeinlage von Fr. 12'000.- habe es sich nur um eine geringe Beteiligung gehandelt, sodass sich der Versicherte nicht habe als Arbeitgeber fühlen können. Wenn er dies nicht erkannte, liegt darin nicht nur eine leichte Nachlässigkeit, sondern eine nicht leicht wiegende Pflichtwidrigkeit, weshalb Vorinstanz und Verwaltung die Gutgläubigkeit beim Leistungsbezug zu Recht verneint haben.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich und dem Staatssekretariat für Wirtschaft schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. Juni 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla