Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. Der Rechberggarten am Hirschengraben 40 in Zürich bildet zusammen mit dem Palais Rechberg und den teilweise später erstellten Nebengebäuden (Orangerie und Gewächshaus) die spätbarocke Rechberg-Gesamtanlage. Diese steht im Eigentum der Stadt Zürich und ist im Inventar der kantonalen Denkmalschutzobjekte und im schweizerischen Inventar der Kulturgüter von nationaler Bedeutung verzeichnet.
Aufgrund verschiedener Entwicklungen - unter anderem der Verlegung der Universitätsgärtnerei im Jahre 1984 - wurde 1989 ein gartendenkmalerisches Nutzungs- und Gestaltungskonzept zur Sanierung und Restaurierung des Rechberggartens entworfen. Nach längeren Vorarbeiten beauftragte das Hochbauamt des Kantons Zürich in der Folge 1998 einen Landschaftsarchitekten mit der Ausarbeitung eines Projektes, welches die Bausektion der Stadt Zürich am 1. Februar 2000 bewilligte, nachdem die Baudirektion mit Brief vom 15. Dezember 1999 die erforderliche Zustimmung erteilt hatte.
Aufgrund verschiedener Entwicklungen - unter anderem der Verlegung der Universitätsgärtnerei im Jahre 1984 - wurde 1989 ein gartendenkmalerisches Nutzungs- und Gestaltungskonzept zur Sanierung und Restaurierung des Rechberggartens entworfen. Nach längeren Vorarbeiten beauftragte das Hochbauamt des Kantons Zürich in der Folge 1998 einen Landschaftsarchitekten mit der Ausarbeitung eines Projektes, welches die Bausektion der Stadt Zürich am 1. Februar 2000 bewilligte, nachdem die Baudirektion mit Brief vom 15. Dezember 1999 die erforderliche Zustimmung erteilt hatte.
B. Einen von der Schweizerischen Gesellschaft für Gartenkultur (SGGK) dagegen erhobenen Rekurs wies die Baurekurskommission I des Kantons Zürich am 22. Dezember 2000 ab. Gegen diesen Entscheid gelangte die SGGK an das kantonale Verwaltungsgericht, welches die Beschwerde am 15. März 2003 wegen unzureichender Abklärung des massgeblichen Sachverhaltes teilweise guthiess und die Angelegenheit zur weiteren Untersuchung an die Baudirektion zurückwies. Das Verwaltungsgericht erachtete es insbesondere als unabdingbar, dass gestützt auf § 216 Abs. 2 des Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG/ZH; LS 700.1) ein Gutachten der Kantonalen Denkmalpflegekommission (KDK) eingeholt werde. Die Begutachtung sei geboten, da ein Schutzobjekt von überkommunaler Bedeutung erhebliche Veränderungen am Erscheinungsbild erfahren solle, welche unter "ernstzunehmenden Fachleuten" umstritten seien. Weiter führte das Verwaltungsgericht aus, welchen inhaltlichen Anforderungen das Gutachten zu genügen habe.
B. Einen von der Schweizerischen Gesellschaft für Gartenkultur (SGGK) dagegen erhobenen Rekurs wies die Baurekurskommission I des Kantons Zürich am 22. Dezember 2000 ab. Gegen diesen Entscheid gelangte die SGGK an das kantonale Verwaltungsgericht, welches die Beschwerde am 15. März 2003 wegen unzureichender Abklärung des massgeblichen Sachverhaltes teilweise guthiess und die Angelegenheit zur weiteren Untersuchung an die Baudirektion zurückwies. Das Verwaltungsgericht erachtete es insbesondere als unabdingbar, dass gestützt auf § 216 Abs. 2 des Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG/ZH; LS 700.1) ein Gutachten der Kantonalen Denkmalpflegekommission (KDK) eingeholt werde. Die Begutachtung sei geboten, da ein Schutzobjekt von überkommunaler Bedeutung erhebliche Veränderungen am Erscheinungsbild erfahren solle, welche unter "ernstzunehmenden Fachleuten" umstritten seien. Weiter führte das Verwaltungsgericht aus, welchen inhaltlichen Anforderungen das Gutachten zu genügen habe.
C. Am 27. Mai 2002 beauftragte die Baudirektion die KDK mit der Erstellung eines Gutachtens, woraufhin am 21. August 2002 eine Besichtigung an Ort und Stelle stattfand. Am Augenschein nahmen der Projektverfasser, der Projektleiter des kantonalen Hochbauamtes, ein Mitglied der kantonalen Denkmalpflege und der Referent der KDK teil. Die KDK erstattete das Gutachten am 29. Januar 2003. Gestützt darauf genehmigte die kantonale Baudirektion das Projekt am 16. Juni 2003, woraufhin die Bausektion der Stadt Zürich am 13. August 2003 die Baubewilligung erteilte.
C. Am 27. Mai 2002 beauftragte die Baudirektion die KDK mit der Erstellung eines Gutachtens, woraufhin am 21. August 2002 eine Besichtigung an Ort und Stelle stattfand. Am Augenschein nahmen der Projektverfasser, der Projektleiter des kantonalen Hochbauamtes, ein Mitglied der kantonalen Denkmalpflege und der Referent der KDK teil. Die KDK erstattete das Gutachten am 29. Januar 2003. Gestützt darauf genehmigte die kantonale Baudirektion das Projekt am 16. Juni 2003, woraufhin die Bausektion der Stadt Zürich am 13. August 2003 die Baubewilligung erteilte.
D. Gegen die Entscheide der Baudirektion und der Bausektion gelangten sowohl die SGGK als auch die Zürcherische Vereinigung für Heimatschutz (ZVH) an die Baurekurskommission I, welche die Verfahren vereinigte und die Rekurse am 19. November 2004 abwies. Das daraufhin von den Beschwerdeführerinnen angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schützte diesen Entscheid mit Urteil vom 4. Mai 2005.
D. Gegen die Entscheide der Baudirektion und der Bausektion gelangten sowohl die SGGK als auch die Zürcherische Vereinigung für Heimatschutz (ZVH) an die Baurekurskommission I, welche die Verfahren vereinigte und die Rekurse am 19. November 2004 abwies. Das daraufhin von den Beschwerdeführerinnen angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schützte diesen Entscheid mit Urteil vom 4. Mai 2005.
E. Mit Eingabe vom 16. Juni 2005 erhebt die Schweizerische Gesellschaft für Gartenkultur staatsrechtliche Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichtes. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides wegen willkürlicher Auslegung und Anwendung von § 6 Abs. 2 des Reglements für die Sachverständigenkommissionen gemäss § 216 PBG vom 31. August 1977 (LS 702.111) sowie Verletzung des rechtlichen Gehörs. Gleichzeitig ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hat keine Einwände gegen die Erteilung der aufschiebenden Wirkung. Im Übrigen schliesst es auf Abweisung der Beschwerde, unter Hinweis auf die Erwägungen des angefochtenen Urteils. Die Bausektion der Stadt Zürich verzichtet sowohl auf eine Stellungnahme zur aufschiebenden Wirkung als auch zur Beschwerde selber. Die Baudirektion des Kantons Zürich stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde.
Mit Verfügung vom 15. Juli 2005 hat der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichtes der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Beim angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (Art. 86 Abs. 1 OG). Die Beschwerdeführerin ist durch die Verneinung einer Anhörungspflicht zum Gutachten der KDK in ihren rechtlich geschützten Interessen berührt (Art. 88 OG). Sie macht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend, wozu sie als Beteiligte im kantonalen Verfahren legitimiert ist (Art. 84 Abs. 1 lit. a OG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, so dass auf die Beschwerde einzutreten ist.
1. Beim angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (Art. 86 Abs. 1 OG). Die Beschwerdeführerin ist durch die Verneinung einer Anhörungspflicht zum Gutachten der KDK in ihren rechtlich geschützten Interessen berührt (Art. 88 OG). Sie macht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend, wozu sie als Beteiligte im kantonalen Verfahren legitimiert ist (Art. 84 Abs. 1 lit. a OG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, so dass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. Die Beschwerdeführerin rügt, dass sie weder zur Begehung am 21. August 2002 eingeladen wurde noch Gelegenheit erhalten hat, zum Gutachten Stellung zu nehmen, dies ungeachtet von § 6 Abs. 2 des Reglements der Sachverständigenkommissionen gemäss § 216 PBG/ZH in der damals gültigen Fassung vom 31. August 1977.
2.1 <ref-law> gewährleistet den Anspruch auf rechtliches Gehör. Das rechtliche Gehör dient einerseits der Sachaufklärung, anderseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Dazu gehört insbesondere das Recht des Betroffenen, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 2b S. 56). Dem Mitwirkungsrecht entspricht die Pflicht der Behörde, die Argumente und Verfahrensanträge der Partei entgegenzunehmen und zu prüfen sowie die von ihr rechtzeitig und formrichtig angebotenen Beweismittel abzunehmen, es sei denn, diese beträfen eine nicht erhebliche Tatsache oder seien offensichtlich untauglich, über die streitige Tatsache Beweis zu erbringen (<ref-ruling> E. 2 S. 242 mit Hinweisen). Der Umfang des Anspruchs auf rechtliches Gehör wird zunächst durch die kantonalen Verfahrensvorschriften umschrieben. Das Bundesgericht prüft deren Auslegung und Anwendung auf staatsrechtliche Beschwerde hin nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbotes. Unabhängig vom kantonalen Recht greifen die aus <ref-law> folgenden Verfahrensregeln zur Sicherung des rechtlichen Gehörs Platz. Ob diese Grundsätze eingehalten wurden, prüft das Bundesgericht mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 2a S. 16; <ref-ruling> E. 2 S. 242 f., je mit Hinweisen).
2.2 Die Beschwerdeführerin macht vorab eine willkürliche Anwendung von § 6 Abs. 2 des Reglementes für die Sachverständigenkommissionen gemäss § 216 PBG (in der Fassung vom 31. August 1977) geltend. Dieses Reglement war im Zeitpunkt der hier interessierenden Begutachtung durch die KDK noch in Kraft und demnach im vorliegenden Fall massgeblich. Inzwischen wurde die Verordnung über die Sachverständigenkommissionen gemäss § 216 PBG/ZH vom 12. Januar 2005 erlassen.
2.3 Das Verwaltungsgericht hatte in seinem ersten Entscheid vom 15. März 2002 festgehalten, dass vorliegend ein Schutzobjekt von überkommunaler Bedeutung erhebliche Veränderungen im Erscheinungsbild erfahren solle, weshalb gestützt auf § 216 Abs. 2 PBG/ZH eine Begutachtung durch die KDK geboten sei (i.d.S. E. 4c S. 9 f. des Urteils vom 15. März 2002). Gemäss § 216 Abs. 1 PBG/ZH bestellt der Regierungsrat eine oder mehrere Kommissionen von Sachverständigen, die das Gemeinwesen in Fragen des Natur- und Heimatschutzes unentgeltlich beraten. Der Regierungsrat überweist ihnen alle Fragen von überkommunaler Bedeutung zur Begutachtung; es können ihnen auch weitere begutachtende Aufgaben zugewiesen werden (§ 216 Abs. 2 PBG/ZH). Das zitierte Sachverständigenreglement vom 31. August 1977 sah in § 3 namentlich vor, dass die Kommissionen Stellung nehmen zu Fragen der Schutzwürdigkeit überkommunaler Schutzobjekte. Für das Verfahren bestimmte § 6 Abs. 1, Gesuche von Behörden, Institutionen und Dritten um Begutachtung seien der Baudirektion, bei Naturschutzfragen der Volkswirtschaftsdirektion, einzureichen, die sie der zuständigen Kommission überweise. Nach Abs. 2 waren die privaten Vereinigungen für Natur- und Heimatschutz sowie die örtlichen Natur- und Heimatschutzkommissionen nach Möglichkeit in geeigneter Weise anzuhören.
2.4 Die Beschwerdeführerin vertritt den Standpunkt, der zitierte § 6 Abs. 2 des Reglementes über die Sachverständigenkommissionen statuiere eine Anhörungspflicht. Hiervon könne nach dem klaren Wortlaut der Vorschrift nur abgewichen werden, wenn es den Sachverständigenkommissionen im Einzelfall unmöglich sei, die Vereinigungen vor Erstattung des Gutachtens anzuhören (etwa wegen besonderer zeitlicher Dringlichkeit). Unbestritten sei, dass es sich bei ihr, der Beschwerdeführerin, um eine Vereinigung im Sinne von § 6 Abs. 2 des Sachverständigenreglementes handle. Zu Recht hätten weder die Bausektion noch die Baudirektion im kantonalen Verfahren je geltend gemacht, die Möglichkeit zur Anhörung habe nicht bestanden. Nach Auffassung der Beschwerdeführerin wäre es ein Leichtes gewesen, ihr beispielsweise den Entwurf des Gutachtens zur Stellungnahme zukommen zu lassen und ihr auf diese Weise die Gelegenheit zu geben, ihre Sichtweise einzubringen, Irrtümer und Fehler des Gutachtens frühzeitig auszuräumen oder ganz einfach die Meinung der Gutachter in ihrem Sinne zu beeinflussen. Hinzu komme, dass andere Verfahrensbeteiligte sehr wohl angehört worden seien. Bei der Begehung vom 21. August 2002 seien die geplanten Massnahmen von Vertretern des Kantons und dem Projektverfasser im Detail erklärt worden. Sodann habe die KDK der Bauherrschaft offensichtlich ermöglicht, Unterlagen und Pläne zu den Akten einzureichen und Begründungen vorzutragen. Die Beschwerdeführerin erachtet dieses Vorgehen als Verstoss gegen die Grundsätze des rechtlichen Gehörs und der Waffengleichheit. Die Begehung vom 21. August 2002 sei für die spätere Ausarbeitung des Gutachtens von zentraler Bedeutung gewesen. Der Verzicht auf eine Anhörung der Beschwerdeführerin im Allgemeinen und auf eine Einladung zum Augenschein im Besonderen wiege umso schwerer, als das Gutachten der KDK für die Frage der Bewilligungsfähigkeit des Projekts von ausschlaggebender Bedeutung sei.
2.5 Dieser Argumentation der Beschwerdeführerin ist vollumfänglich zuzustimmen. Wie das Verwaltungsgericht im ersten Entscheid vom 15. März 2002 in E. 4d festgehalten hat, soll das Gutachten "als wichtiges Element für die Beurteilung des Projektes durch die Baudirektion und die Bausektion der Stadt Zürich insbesondere Ziel, Zweck und Umfang des Schutzes konkretisieren, allenfalls näher differenzieren und gewichten. Es soll die Auswirkungen der geplanten Veränderungen auf die betroffenen Teilbereiche und die Gesamtheit des Schutzobjektes darlegen, den entscheidenden Behörden Anhaltspunkte für die von ihnen vorzunehmende Abwägung zwischen denkmalpflegerischem Interesse auf der einen Seite und der zeitgemässen Nutzung sowie teilweisen Neugestaltung des Schutzobjektes und seiner Umgebung auf der anderen Seite liefern" (Urteil VB.2001.00054 E. 4d S. 11). So betont denn das Verwaltungsgericht auch im angefochtenen Urteil vom 4. Mai 2005, dem Bericht der KDK komme bei der Entscheidfindung grosses Gewicht zu. Das gelte insbesondere für die dem Gutachten zugrunde liegenden tatsächlichen Feststellungen, von welchen nur aus triftigen Gründen abgewichen werden dürfe - etwa wenn das Gutachten Irrtümer, Lücken oder Widersprüche enthalte (VB.2005.00009/2005.00010, E. 2.1 S. 6). Umso wichtiger wäre der rechtzeitige Einbezug der Beschwerdeführerin in das Verfahren gewesen, zumal § 6 Abs. 2 des Reglements für die Sachverständigenkommissionen die grundsätzliche Anhörungspflicht unmissverständlich statuiert. Es ist nicht ersichtlich und wurde auch nicht dargetan, weshalb eine solche Anhörung im vorliegenden Fall nicht möglich gewesen wäre, hat doch ein Augenschein vor Ort stattgefunden, an welchem auch andere Verfahrensbeteiligte ihre Parteirechte wahrnehmen konnten. Wird eine solche Begehung durchgeführt, gebietet schon der Grundsatz der Waffengleichheit, sämtlichen Parteien die Möglichkeit zur Teilnahme einzuräumen, damit sie ihren Standpunkt darlegen und allfällige Bedenken gegen das im Streit liegende Vorhaben erläutern können. Nicht zu überzeugen vermag in diesem Zusammenhang die Erwägung des Verwaltungsgerichtes, die Beschwerdeführerin habe bereits im ersten Rechtsgang ihre Kritik am geplanten Projekt zum Ausdruck gebracht, war doch Gegenstand dieses ersten Verfahrens nachgerade die bis dahin strittige Frage, ob überhaupt ein Gutachten einzuholen sei. Hat das Verwaltungsgericht eine solche Pflicht bejaht, ist die Beschwerdeführerin anschliessend bei der Erhebung der noch fehlenden entscheidrelevanten Aspekte miteinzubeziehen. Indes wurde sie im vorliegenden Fall weder zur Begehung eingeladen, noch wurde ihr anschliessend Gelegenheit geboten, sich vor Erteilung der Baubewilligung zum Gutachten zu äussern. Eine etwaige Heilung des verletzten Anspruchs auf rechtliches Gehör im nachfolgenden Beschwerdeverfahren ist zu verneinen, soll doch § 6 Abs. 2 des Reglements über die Sachverständigenkommissionen gerade sicherstellen, dass die betroffenen Vereinigungen bereits bei Erstellung des Gutachtens mit ihren Anliegen angehört werden. Diese frühzeitige Einbindung sämtlicher Betroffener ins Verfahren rechtfertigt sich insbesondere durch den Umstand, dass die Rechtsmittelbehörden gemäss Erwägung des Verwaltungsgerichts regelmässig erst dann eingreifen, wenn das Gutachten qualifiziert falsch ist (VB.2005.00009/2005.00010 E. 2.1 und 5). So sieht auch die mittlerweile in Kraft getretene Verordnung über die Sachverständigenkommissionen gemäss § 216 PBG/ZH vom 12. Januar 2005 in § 6 Abs. 2 vor, dass die Gesuchsstellenden und weitere Betroffene sowie die beteiligten Gemeinden zu Augenscheinen eingeladen werden, sofern dies der Begutachtung dient. Die in Abs. 2 Genannten und örtliche Natur- und Heimatschutzkommissionen werden angehört, sofern sie darum ersuchen oder dies der Begutachtung dient (§ 6 Abs. 3 der zitierten Verordnung). Obwohl diese Verordnung im vorliegenden Fall keine Vorwirkung entfaltet, zeigt sie doch, dass der Wille des Regierungsrates zu Recht nach wie vor darauf ausgerichtet ist, sämtlichen Parteien rechtzeitig die Möglichkeit zu gewähren, ihre Vorbringen geltend zu machen.
2.6 Mit der Beschwerdeführerin ist darum davon auszugehen, dass das Vorgehen der kantonalen Behörden eine Verletzung des rechtlichen Gehörs darstellt, welche weder mit § 6 Abs. 2 des Reglements über die Sachverständigenkommissionen gemäss § 216 PBG/ZH noch mit <ref-law> verfassungsrechtlich zu vereinbaren ist.
2.6 Mit der Beschwerdeführerin ist darum davon auszugehen, dass das Vorgehen der kantonalen Behörden eine Verletzung des rechtlichen Gehörs darstellt, welche weder mit § 6 Abs. 2 des Reglements über die Sachverständigenkommissionen gemäss § 216 PBG/ZH noch mit <ref-law> verfassungsrechtlich zu vereinbaren ist.
3. Daraus ergibt sich, dass die staatsrechtliche Beschwerde gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Hingegen hat der Kanton Zürich die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, vom 4. Mai 2005 aufgehoben.
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, vom 4. Mai 2005 aufgehoben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Bausektion der Stadt Zürich, der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. November 2005
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: