Sachverhalt:
A. Mit Entscheid vom 30. Januar 2008 sprach die Strafkammer des Bundesstrafgerichts S._ der Urkundenfälschung (<ref-law>) und der Gehilfenschaft zu ungetreuer Amtsführung (<ref-law> i.V.m. Art. 25 und 26 StGB) schuldig und verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 180 Tagessätzen à Fr. 270.--. Den Vollzug der Geldstrafe schob es im Umfang von 150 Tagessätzen à Fr. 30.-- bei einer Probezeit von zwei Jahren auf. Gleichzeitig verpflichtete es S._, der SUVA den Betrag von Fr. 107'600.-- zuzüglich Zins zu 5% seit dem 2. März 2005 sowie eine Parteientschädigung von Fr. 4'260.95 zu bezahlen.
B. S._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, der Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 30. Januar 2008 sei aufzuheben, und die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei er vollumfänglich freizusprechen, und es sei ihm eine Parteientschädigung von Fr. 10'000.-- zuzusprechen sowie die Zivilforderung der SUVA abzuweisen, eventuell an den Zivilrichter zu verweisen. Des Weiteren stellt S._ den Antrag, das Beschwerdeverfahren sei bis zur Rechtskraft der Strafurteile in Sachen W._ und V._ zu sistieren.
Am 5. November 2008 sistierte das Bundesgericht das Verfahren bis zum Eingang allfälliger Beschwerden von W._ und V._ beim Bundesgericht beziehungsweise bis zum Ablauf der Beschwerdefrist gemäss BGG.
C. Die Vorinstanz beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die SUVA hat auf Anmerkungen zur Beschwerde verzichtet und stellt Antrag auf Bestätigung des angefochtenen Urteils. Die Bundesanwaltschaft hat auf Bemerkungen zur Beschwerde verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Vorinstanz geht zusammenfassend von folgendem Sachverhalt aus:
Die Beschwerdegegnerin 1 verfügte über ein Immobilien-Portefeuille im Wert von rund 3 Milliarden Franken. Ab dem Jahre 2000 setzte sie sich zum Ziel, die internen Verfahrensabläufe und Zuständigkeiten im Immobilienwesen neu zu definieren, das Immobilien-Anlage-Portefeuille aktiver zu bewirtschaften und suboptimale Immobilien zu verkaufen. Sie engagierte im Jahre 2002 W._ als Verantwortlichen für die Erarbeitung einer neuen Immobilienstrategie. Im Jahre 2003 wurde dieser zudem zum Bereichsleiter Immobilien innerhalb der Finanzabteilung ernannt. In dieser Funktion beantragte er unter anderem im Immobilien-Anlageausschuss (nachfolgend: IAA) den Kauf oder Verkauf von Liegenschaften. Im Zuge des Desinvestitionsprozesses im Immobilienbereich kam es zum Verkauf von diversen Liegenschaften der Beschwerdegegnerin 1. Wegen Verdachts auf Unregelmässigkeiten bildete der Verkauf von acht Immobilien, welche mehrheitlich im Kanton Tessin liegen, schliesslich Anlass zur Eröffnung einer Strafuntersuchung gegen mehrere Angestellte der Beschwerdegegnerin 1 und weitere Beteiligte.
1.2 Einer der inkriminierten Immobilienverkäufe betrifft die Wohn- und Geschäftsüberbauung Wichlernweg 12, 14, 16 in Kriens, Parzelle Nr. 4155 GB Kriens (nachfolgend: Liegenschaft Kriens). Der Beschwerdeführer trat im Zusammenhang mit dem Verkauf der Liegenschaft Kriens als Immobilienmakler in Erscheinung. W._ war als Bereichsleiter Immobilien und als direkter Vorgesetzter des zuständigen Portfoliomanagers V._ am Verkauf der Liegenschaft Kriens direkt beteiligt. T._ und W._ waren Miteigentümer der R._ AG, welche am 24. Februar 2005 die Liegenschaft Kriens käuflich erwarb.
Die Vorinstanz ist insoweit zusammenfassend zum Schluss gekommen, der Beschwerdeführer habe - nach mündlicher Absprache mit V._ und nachdem W._ als dessen Vorgesetzter diesem Vorgehen zugestimmt hatte - im Zusammenhang mit dem Verkauf der Liegenschaft Kriens von der Beschwerdegegnerin 1 an die R._ AG der Beschwerdegegnerin 1 eine Provisionsrechnung von Fr. 107'600.-- gestellt für in Tat und Wahrheit gar nicht erbrachte Vermittlungsbemühungen. W._ habe zusammen mit T._ im Herbst 2004 die R._ AG gegründet, sei aber selbst weiterhin als Immobilienverwalter bei der Beschwerdegegnerin 1 tätig gewesen. Diese Hintergründe seien dem Beschwerdeführer bekannt gewesen. Angesichts der Beteiligung von W._ auf der Käufer- und der Verkäuferseite habe bezüglich des Liegenschaftsgeschäfts Kriens von Anfang an gar kein Vermittlungsbedarf durch den Beschwerdeführer bestanden. V._ und W._ hätten schliesslich die Überweisung des Honorars von der Beschwerdegegnerin 1 an den Beschwerdeführer veranlasst.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz eine willkürliche Beweiswürdigung vor. Entgegen den Ausführungen im angefochtenen Urteil habe er nicht um die Beteiligung von W._ an der R._ AG gewusst, weshalb aus seiner Sicht sehr wohl Vermittlungsbedarf bestanden habe. Die gegenteilige Annahme der Vorinstanz verletze den Grundsatz "in dubio pro reo" (Beschwerde S. 4-8).
2.2 <ref-law> gewährleistet den Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Auf dem Gebiet der Beweiswürdigung ist die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür beschränkt. Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen (<ref-ruling> E. 5.4). Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (<ref-ruling> nicht publ. E. 4.1; <ref-ruling> E. 2b).
Gemäss der in <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK verankerten Maxime "in dubio pro reo" ist bis zum gesetzlichen Nachweis der Schuld zu vermuten, dass die einer strafbaren Handlung angeklagte Person unschuldig ist (<ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen). Als Beweiswürdigungsregel besagt die Maxime, dass sich das Strafgericht nicht von der Existenz eines für die beschuldigte Person ungünstigen Sachverhalts überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel bestehen, dass sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Inwiefern dieser Grundsatz verletzt sein soll, prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür, das heisst, es greift nur ein, wenn das Sachgericht die beschuldigte Person verurteilte, obgleich bei objektiver Würdigung des Beweisergebnisses offensichtlich erhebliche beziehungsweise schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel an deren Schuld fortbestehen (BGE <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2; Urteil des Bundesgerichts 6B_923/2008 vom 2. Februar 2009 E. 2).
Wird eine willkürliche Beweiswürdigung gerügt, reicht es nicht aus, wenn der Beschwerdeführer zum Beweisergebnis frei plädiert und darlegt, wie seiner Auffassung nach die vorhandenen Beweise richtigerweise zu würdigen gewesen wären, wie er dies in einem appellatorischen Verfahren mit freier Rechts- und Tatsachenüberprüfung tun könnte. Er muss gemäss ständiger Rechtsprechung vielmehr aufzeigen, inwiefern die angefochtene Beweiswürdigung die Verfassung dadurch verletzen sollte, dass sie im Ergebnis offensichtlich unhaltbar wäre (vgl. <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3c).
2.3 Die Vorinstanz hat insbesondere gestützt auf die Aussagen des Beschwerdeführers, wonach er W._ bereits seit der Gründung der R._ AG gekannt habe, geschlossen, er habe um dessen Beteiligung auf der Käuferseite des Liegenschaftsverkaufs gewusst. Aus den Aussagen von W._ und V._ wie auch jenen des Beschwerdeführers im Untersuchungsverfahren ergebe sich weiter, dass dieser von W._ dazu angehalten worden sei, sich bei V._ zwecks Ausrichtung einer Vermittlungsprovision zu melden (angefochtenes Urteil S. 9 f.).
2.4 Was der Beschwerdeführer hiergegen vorbringt, ist nicht geeignet, Willkür respektive eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" darzutun. Der Beschwerdeführer stellt der vorinstanzlichen Begründung lediglich seine eigene Sicht der Dinge gegenüber, ohne näher zu erörtern, inwiefern der Entscheid (auch) im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein sollte. Vielmehr hat die Vorinstanz willkürfrei begründet, weshalb sie aufgrund der Sachlage und gestützt auf die Aussagen der Beteiligten gefolgert hat, der Beschwerdeführer habe keinerlei Vermittlertätigkeit zwischen der Beschwerdegegnerin 1 und der R._ AG geleistet, so dass dessen Honorarnote jeder Grundlage entbehre.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer bestreitet die Zuständigkeit des Bundesstrafgerichts. Den beiden Haupttätern W._ und V._ komme keine Beamtenstellung zu, weshalb die Vorinstanz auch nicht zur Beurteilung der ihm vorgeworfenen Gehilfenschaft zuständig sei. Der Beschwerdeführer präzisiert, die Liegenschaftsverwaltung der Beschwerdegegnerin 1 sei reine Vermögensverwaltung und darum nicht hoheitlich, selbst wenn Versicherungsgelder angelegt würden. W._ und V._, welche beide bei der Beschwerdegegnerin 1 privatrechtlich angestellt gewesen seien, seien daher keine Beamten. Er könne daher auch nicht Gehilfe zu einem Amtsdelikt sein (Beschwerde S. 8).
3.2 Die Vorinstanz hat erwogen, die Beschwerdegegnerin 1 sei eine selbständige öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes, welche der Oberaufsicht des Bundesrates unterstehe. Der Beschwerdegegnerin 1 stehe im öffentlichen Aufgabenbereich der obligatorischen Unfallversicherung ein Teilmonopol zu. Zu den öffentlichen Aufgaben zählten auch Tätigkeiten der Beschwerdegegnerin 1, die der gesetzlich vorgeschriebenen Sicherung des Rentendeckungskapitals dienten, was insbesondere auf die Kapitalanlage in Liegenschaften und alle damit zusammenhängenden Tätigkeiten zutreffe. W._ als Bereichsleiter Immobilien der Finanzabteilung und V._ als Portfoliomanager für die Region Zentralschweiz und Graubünden hätten damit öffentliche Funktionen wahrgenommen und würden folglich vom funktionellen Beamtenbegriff erfasst (angefochtenes Urteil S. 5 f.).
3.2 Die Vorinstanz hat erwogen, die Beschwerdegegnerin 1 sei eine selbständige öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes, welche der Oberaufsicht des Bundesrates unterstehe. Der Beschwerdegegnerin 1 stehe im öffentlichen Aufgabenbereich der obligatorischen Unfallversicherung ein Teilmonopol zu. Zu den öffentlichen Aufgaben zählten auch Tätigkeiten der Beschwerdegegnerin 1, die der gesetzlich vorgeschriebenen Sicherung des Rentendeckungskapitals dienten, was insbesondere auf die Kapitalanlage in Liegenschaften und alle damit zusammenhängenden Tätigkeiten zutreffe. W._ als Bereichsleiter Immobilien der Finanzabteilung und V._ als Portfoliomanager für die Region Zentralschweiz und Graubünden hätten damit öffentliche Funktionen wahrgenommen und würden folglich vom funktionellen Beamtenbegriff erfasst (angefochtenes Urteil S. 5 f.).
3.3 3.3.1 In Frage steht die Gehilfenschaft des Beschwerdeführers zu ungetreuer Amtsführung sowie zu Urkundenfälschung im Amt, begangen durch W._ und V._. Die Beurteilung dieser Delikte untersteht der Bundesgerichtsbarkeit, wenn sie von Beamten des Bundes verübt wurden (<ref-law> i.V.m. Art. 314 und 317 StGB; Art. 26 lit. a SGG [Strafgerichtsgesetz; SR 173.71]). Aufgrund von <ref-law> obliegt die Verfolgung des Gehilfen derjenigen Behörde, welche für die Beurteilung der Haupttäter zuständig ist. Daher ist vorliegend die Zuständigkeit des Bundesstrafgerichts für die Behandlung der dem Beschwerdeführer vorgeworfenen Gehilfenschaft gegeben, falls den Haupttätern W._ und V._ Beamteneigenschaft zukommt.
3.3.2 Der strafrechtliche Beamtenbegriff im Sinne von <ref-law> erfasst sowohl institutionelle als auch funktionelle Beamte. Erstere sind die Beamten im öffentlichrechtlichen Sinn sowie Angestellte im öffentlichen Dienst. Bei Letzteren ist es nicht von Bedeutung, in welcher Rechtsform diese für das Gemeinwesen tätig sind. Das Verhältnis kann öffentlichrechtlich oder privatrechtlich sein. Entscheidend ist vielmehr die Funktion der Verrichtungen. Bestehen diese in der Erfüllung öffentlicher Aufgaben, so sind die Tätigkeiten amtlich und die sie verrichtenden Personen Beamte im Sinne des Strafrechts (Mark Pieth, Basler Kommentar, Strafgesetzbuch II, 2. Aufl., 2007, Art. 322ter N. 4; Daniel Jositsch, Das Schweizerische Korruptionsstrafrecht Art. 322ter bis <ref-law>, 2004, S. 314 f.; Marco Balmelli, Die Bestechungstatbestände des schweizerischen Strafgesetzbuches, 1996, S. 103; Rolf Kaiser, Die Bestechung von Beamten unter Berücksichtigung des Vorentwurfs zur Revision des schweizerischen Korruptionsstrafrechts, Diss. Zürich 1999, S. 92 ff.).
In der Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches und des Militärstrafgesetzes (Revision des Korruptionsstrafrechts) sowie über den Beitritt der Schweiz zum Übereinkommen über die Bekämpfung der Bestechung ausländischer Amtsträger im internationalen Geschäftsverkehr vom 19. April 1999 (BBl 1999 5497 ff.) wird zur Illustration des strafrechtlichen Beamtenbegriffs folgendes Beispiel angeführt (BBl 1999 5525): "Eine Beamtin der staatlichen Liegenschaftsverwaltung X nimmt ihr nicht gebührende Vorteile für Wohnungszuweisungen entgegen. Sie kontrahiert namens des Staates mit den jeweiligen Mietern privatrechtlich und unterscheidet sich in ihrer Tätigkeit an sich nicht vom Angestellten einer privaten Liegenschaftsverwaltung. Dennoch rechtfertigt die Tatsache, dass sie Angestellte der staatlichen Liegenschaftsverwaltung ist, den strafrechtlichen Schutz des Vertrauens der Allgemeinheit in die Objektivität ihrer Tätigkeit. Die Liegenschaftsverwalterin ist auf Grund ihrer eigenen institutionellen Einbindung in die staatliche Organisation in casu als Beamtin im Sinne von Artikel 110 Ziffer 4 Satz 1 StGB zu qualifizieren. Die privatrechtliche Natur der Kundenbeziehung ändert daran nichts."
3.4 Ausgehend von der dargestellten Rechtslage hat die Vorinstanz die (funktionelle) Beamteneigenschaft von W._ und V._ zutreffend bejaht. Entscheidend ist, dass die Beschwerdegegnerin 1 als selbständige öffentlich-rechtliche Anstalt des Bundes (vgl. Art. 61 des Bundesgesetzes vom 20. März 1981 über die Unfallversicherung [UVG]; SR 832.20), welcher im Bereich der Unfallversicherung ein Teilmonopol zukommt, öffentliche Aufgaben ausübt, so dass sich der strafrechtliche Schutz des Vertrauens der Allgemeinheit in die Objektivität der Tätigkeit der Beschwerdegegnerin 1 rechtfertigt. Dies gilt insbesondere auch für den Bereich der Immobilienverwaltung, da diese der Sicherung der Renten der Versicherten dient.
Des Weiteren hat die Vorinstanz zu Recht geschlossen, W._ als für den Immobilienbereich verantwortlicher Kaderangestellter der Beschwerdegegnerin 1 und V._ als Portfoliomanager hätten um die öffentlichen Aufgaben der Beschwerdegegnerin 1 als Sozialversicherung gewusst und seien sich folglich auch bewusst gewesen, mit der von ihnen getätigten Anlage der Prämiengelder in Immobilien als Beamte im strafrechtlichen Sinne zu handeln (vgl. zum Ganzen die Urteile des Bundesgerichts 6B_916/2008 in Sachen V._ und 6B_921/2008 in Sachen W._, beide vom 21. August 2009).
3.5 Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, selbst wenn die Beamtenstellung der beiden Haupttäter bejaht werde, so sei unter dem zum Tatzeitpunkt geltenden Recht keine Gehilfenschaft zu ungetreuer Amtsführung möglich gewesen, da diese ein Sonderdelikt darstellte (Beschwerde S. 9).
3.6 Die Vorinstanz vertritt demgegenüber die Auffassung, sowohl unter dem bis Ende 2006 geltenden als auch unter jetzigem Recht sei die Beamtenstellung des Täters dem Gehilfen, welcher die erforderliche Tätereigenschaft nicht erfülle, akzessorisch zuzurechnen (angefochtenes Urteil S. 12).
3.7 Die Ausführungen der Vorinstanz sind zutreffend: Zufolge des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen <ref-law> finden Straftatbestände, die Sonderdelikte darstellen, auch Anwendung auf die Teilnehmer. Diese Regelung deckt sich - entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers - mit der bisherigen Praxis zu Art. 26 aStGB, wonach die Beamtenstellung des Täters dem Teilnehmer, der die erforderliche Tätereigenschaft nicht in eigener Person erfüllt (sog. Extraneus), akzessorisch ebenfalls zuzurechnen ist. Der Strafgrund der Teilnahme liegt dabei in der Mitwirkung an dem vom Täter begangenen Unrecht begründet (Entscheid 6S.55/2006 vom 23. April 2006 E. 4; <ref-ruling> E. 5b). Die Gehilfenschaft zu einem Sonderdelikt ist demnach sowohl unter altem wie unter neuem Recht nach denselben Tatbestandskriterien strafbar. Hingegen war nach Art. 25 aStGB die Gehilfenschaft nur fakultativ strafmildernd zu berücksichtigen, während nach neuem Recht <ref-law> eine obligatorische Strafmilderung für den Gehilfen statuiert. Die Vorinstanz hat folglich das neue Recht zutreffend als das mildere qualifiziert.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung des Anklagegrundsatzes geltend. Die Anklage habe W._ und V._ in Zusammenhang mit dem Liegenschaftsverkauf Kriens primär Betrug zu Lasten der Beschwerdegegnerin 1 vorgeworfen. In diesem Anklagekonzept sei der Darlehensvertrag zwischen ihm und W._ als fingiert bezeichnet worden (Anklageschrift S. 54). Dieses Sachverhaltselement des angeblich bloss pro forma erstellten Darlehensvertrags sei vom Bundesstrafgericht, welches an Stelle von Betrug eine ungetreue Amtsführung der beiden Haupttäter angenommen habe, nicht übernommen worden. Damit liege dem Urteil ein anderer Sachverhalt zugrunde. Zudem habe er in jedem Fall einen Anspruch darauf, explizit vom Vorwurf der Gehilfenschaft zum Betrug freigesprochen zu werden (Beschwerde S. 9-10).
4.2 Die Vorinstanz hat erwogen, der Tatbestand des Betrugs setze neben der Täuschungshandlung des Täters einen Irrtum des Opfers voraus, welcher sich als kausal für eine schädigende Vermögensdisposition durch dasselbe erweise. W._ habe zwar die eigentliche Zahlung nicht ausgelöst, als Bereichsleiter Immobilien sei aber die Anweisung zur Auszahlung einer Vermittlungsprovision in seinen Verantwortungsbereich gefallen. Da W._ somit selbst der massgebend handelnde Exponent der Beschwerdegegnerin 1 gewesen sei, sei diese nicht getäuscht worden. Der Betrugstatbestand entfalle damit. Die Beschwerdegegnerin 2 habe jedoch sowohl dem Anklagepunkt der Gehilfenschaft zu Betrug (Anklagepunkt 3.10.1) als auch jenem der Gehilfenschaft zu ungetreuer Amtsführung (Anklagepunkt 3.10.2) denselben Lebenssachverhalt zugrunde gelegt. Betrug und ungetreue Amtsführung würden sich jedoch gegenseitig ausschliessen, soweit sie sich auf einen identischen Lebensvorgang beziehen würden. Die beiden Anklagepunkte seien damit als Eventualanklagen über denselben Sachverhalt entgegenzunehmen (angefochtenes Urteil S. 10 f.). Sowohl W._ als auch V._ erfüllten den Tatbestand der ungetreuen Amtsführung, da sie für die Auszahlung der nicht geschuldeten Provision durch die Beschwerdegegnerin 1 verantwortlich seien und hierdurch ihre Arbeitgeberin im Betrag von Fr. 107'600.-- geschädigt hätten. Der Beschwerdeführer habe mit dem Einreichen der Honorarnote und der damit manifestierten Behauptung, die Voraussetzungen zur Auszahlung der Provisionssumme seien erfüllt, das deliktische Handeln von W._ und V._ gefördert (angefochtenes Urteil S. 13).
4.3 Der Anklagegrundsatz dient dem Schutz der Verteidigungsrechte der beschuldigten Person und konkretisiert insofern das Prinzip der Gehörsgewährung (<ref-law> und Art. 6 EMRK; <ref-ruling> E. 2b). Nach diesem Grundsatz bestimmt die Anklage das Prozessthema. Gegenstand des gerichtlichen Verfahrens können nur Sachverhalte sein, die der beschuldigten Person in der Anklageschrift vorgeworfen werden. Diese muss die Person des Angeklagten sowie die ihm zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise umschreiben, dass die Vorwürfe im objektiven und subjektiven Bereich genügend konkretisiert sind (Umgrenzungsfunktion). An diese Anklage ist das Gericht gebunden. Die Anklage fixiert somit das Verfahrens- und Urteilsthema (Immutabilitätsprinzip). Zum anderen vermittelt sie der angeschuldigten Person die für die Durchführung des Verfahrens und die Verteidigung notwendigen Informationen (Informationsfunktion). Beiden Funktionen kommt gleiches Gewicht zu (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2b und c; Robert Hauser/Erhard Schweri/Karl Hartmann, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl., 2005, § 50 N. 6 ff.; Niklaus Schmid, Strafprozessrecht, 4. Aufl., 2004, N. 140 ff.).
4.3 Der Anklagegrundsatz dient dem Schutz der Verteidigungsrechte der beschuldigten Person und konkretisiert insofern das Prinzip der Gehörsgewährung (<ref-law> und Art. 6 EMRK; <ref-ruling> E. 2b). Nach diesem Grundsatz bestimmt die Anklage das Prozessthema. Gegenstand des gerichtlichen Verfahrens können nur Sachverhalte sein, die der beschuldigten Person in der Anklageschrift vorgeworfen werden. Diese muss die Person des Angeklagten sowie die ihm zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise umschreiben, dass die Vorwürfe im objektiven und subjektiven Bereich genügend konkretisiert sind (Umgrenzungsfunktion). An diese Anklage ist das Gericht gebunden. Die Anklage fixiert somit das Verfahrens- und Urteilsthema (Immutabilitätsprinzip). Zum anderen vermittelt sie der angeschuldigten Person die für die Durchführung des Verfahrens und die Verteidigung notwendigen Informationen (Informationsfunktion). Beiden Funktionen kommt gleiches Gewicht zu (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2b und c; Robert Hauser/Erhard Schweri/Karl Hartmann, Schweizerisches Strafprozessrecht, 6. Aufl., 2005, § 50 N. 6 ff.; Niklaus Schmid, Strafprozessrecht, 4. Aufl., 2004, N. 140 ff.).
4.4 4.4.1 Die Ausführungen der Vorinstanz, wonach die Anklagepunkte der Gehilfenschaft zu Betrug (Anklagepunkt 3.10.1) und jener der Gehilfenschaft zu ungetreuer Amtsführung (Anklagepunkt 3.10.2) auf demselben Lebenssachverhalt beruhten, sind zutreffend. Die Rügen des Beschwerdeführers zielen an der Sache vorbei. Der in der Anklage erwähnte (angeblich) zwischen W._ und dem Beschwerdeführer "pro forma" am 15. März 2005 geschlossene fiktive Darlehensvertrag betrifft den Anklagepunkt 3.10.3 "Urkundenfälschung und Gehilfenschaft zu Urkundenfälschung im Amt (beides Falschbeurkundungen)" und damit nicht den (Kern-)Sachverhalt der ungetreuen Amtsführung.
So wird dem Beschwerdeführer in der Anklageschrift im Anklagepunkt 3.10.2 vorgeworfen, sich der Gehilfenschaft zu ungetreuer Amtsführung, begangen in der Zeit vom 16. Januar bis zum 29. März 2005, schuldig gemacht zu haben, indem er, um W._ einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen, der Beschwerdegegnerin 1 am 24. Februar 2005 eine Honorarnote über Fr. 107'600.-- für effektiv nie geleistete Vermittlerdienste in Rechnung gestellt und dabei gewusst habe, dass W._ und V._ die Überweisung an ihn veranlassen würden. Den überwiesenen Betrag habe er alsdann umgehend an W._ weitergeleitet und dadurch dazu beigetragen, dass dieser und V._ als in amtlicher Tätigkeit handelnde Mitarbeitende der Beschwerdegegnerin 1, die von ihnen zu wahrenden öffentlichen Interessen schädigten.
Die Anklageschrift umschreibt damit den Sachverhaltskomplex und insbesondere die Tathandlungen des Beschwerdeführers präzise. Vorliegend war für den Beschwerdeführer ohne weiteres ersichtlich, dass ihm angelastet wird, der Beschwerdegegnerin 1 eine Honorarnote mit unwahrem Inhalt von Fr. 107'600.-- für effektiv nie geleistete Vermittlerdienste in Rechnung gestellt und gewusst zu haben, dass W._ und V._ die Überweisung dieses Betrags an ihn veranlassen würden.
4.4.2 Die Vorinstanz hat anlässlich der Hauptverhandlung in Anwendung von Art. 170 BStP ausdrücklich bekannt gegeben, der Anklagesachverhalt betreffend Gehilfenschaft zum Betrug zum Nachteil der Beschwerdegegnerin 1 werde insbesondere auch unter dem Gesichtspunkt der Gehilfenschaft zu ungetreuer Amtsführung gewürdigt.
Wo das Gericht aufgrund eines Würdigungsvorbehalts einer abweichenden tatbestandsmässigen oder rechtlichen Beurteilung seinem Entscheid einen andern als den zur Anklage gebrachten Straftatbestand zugrunde legt, lautet der Schuldspruch auf diesen; ein Freispruch vom angeklagten Delikt hat hingegen nicht zu erfolgen (Hauser/Schweri/Hartmann, a.a.O., § 50 N. 11a). Die Vorinstanz hat den Beschwerdeführer damit zu Recht nicht explizit vom Vorwurf des Betrugs freigesprochen.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht in Bezug auf seine Verurteilung wegen Urkundenfälschung geltend, die fragliche Provisionsrechnung sei nicht unwahr. Selbst wenn die Rechnung aber als objektiv unwahr eingestuft werden sollte, so liege eine blosse straflose schriftliche Lüge und keine strafbare Falschbeurkundung vor. Die Rechnung sei nicht als Bestandteil der Buchhaltung eingereicht worden, sondern erst nachträglich in diese aufgenommen worden. Entscheidend sei der Zeitpunkt der Verwendung des Schriftstücks, weshalb die spätere Verbuchung der Honorarrechnung an deren Charakter zum Zeitpunkt der Einreichung derselben bei der Beschwerdegegnerin 1 nichts habe ändern können. Der Beschwerdeführer betont, seine Auffassung lasse sich auf <ref-ruling> stützen (Beschwerde S. 11-14).
5.2 Die Vorinstanz hat erwogen, die vom Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin 1 gestellte Provisionsrechnung über Fr. 107'600.--, welche in Tat und Wahrheit nicht erbrachte Vermittlungsbemühungen ausgewiesen habe, sei in die Geschäftsbuchhaltung des Beschwerdeführers eingeflossen. Damit komme der Honorarnote eine erhöhte Glaubwürdigkeit und folglich Urkundenqualität zu. Der Beschwerdeführer habe vorsätzlich und in der Absicht, die Beschwerdegegnerin 1 zu schädigen, gehandelt. Zugleich habe er sich hierdurch einen unrechtmässigen Vermögensvorteil verschaffen wollen. Mit dem Verfassen und Verbuchen der unwahren Honorarnote habe der Beschwerdeführer somit den Tatbestand der Falschbeurkundung gemäss <ref-law> erfüllt.
Die Vorinstanz hält weiter fest, vorliegend werde dem Beschwerdeführer von der Beschwerdegegnerin 2 dieselbe Tathandlung auch als Gehilfenschaft zur Urkundenfälschung im Amt angelastet. Sei ein Einzeltäter im Sinne von <ref-law> infolge seines Tatbeitrags gleichzeitig Gehilfe zum Sonderdelikt von <ref-law>, weil ihm die Sondereigenschaft als Beamter fehle, sei er jedoch einzig wegen des Verstosses gegen <ref-law> zu bestrafen, da die Einzeltäterschaft die Gehilfenschaft konsumiere. Bei dieser Rechts- und Sachlage könne daher eine Prüfung des Vorwurfs der Gehilfenschaft zur Urkundenfälschung im Amt unterbleiben. Der Beschwerdeführer sei mithin einzig der Falschbeurkundung gemäss <ref-law> schuldig zu sprechen (angefochtenes Urteil S. 15-17).
Die Vorinstanz hält weiter fest, vorliegend werde dem Beschwerdeführer von der Beschwerdegegnerin 2 dieselbe Tathandlung auch als Gehilfenschaft zur Urkundenfälschung im Amt angelastet. Sei ein Einzeltäter im Sinne von <ref-law> infolge seines Tatbeitrags gleichzeitig Gehilfe zum Sonderdelikt von <ref-law>, weil ihm die Sondereigenschaft als Beamter fehle, sei er jedoch einzig wegen des Verstosses gegen <ref-law> zu bestrafen, da die Einzeltäterschaft die Gehilfenschaft konsumiere. Bei dieser Rechts- und Sachlage könne daher eine Prüfung des Vorwurfs der Gehilfenschaft zur Urkundenfälschung im Amt unterbleiben. Der Beschwerdeführer sei mithin einzig der Falschbeurkundung gemäss <ref-law> schuldig zu sprechen (angefochtenes Urteil S. 15-17).
5.3 5.3.1 Gemäss <ref-law> macht sich der Urkundenfälschung schuldig, wer in der Absicht, jemanden am Vermögen oder an andern Rechten zu schädigen oder sich oder einem andern einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen, eine Urkunde fälscht oder verfälscht, die echte Unterschrift oder das echte Handzeichen eines andern zur Herstellung einer unechten Urkunde benützt oder eine rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkundet oder beurkunden lässt.
Bei der Urkundenfälschung handelt es sich um ein abstraktes Gefährdungsdelikt. Geschütztes Rechtsgut von <ref-law> ist das besondere Vertrauen, welches im Rechtsverkehr einer Urkunde als Beweismittel entgegengebracht wird (<ref-ruling> E. 3.2).
Die Urkundenfälschung im engeren Sinn erfasst das Herstellen einer unechten Urkunde, deren wirklicher Aussteller mit dem aus ihr ersichtlichen Urheber nicht identisch ist. Demgegenüber betrifft die Falschbeurkundung die Errichtung einer echten, aber unwahren Urkunde, bei der also der wirkliche und der in der Urkunde enthaltene Sachverhalt nicht übereinstimmen. Die Falschbeurkundung erfordert eine qualifizierte schriftliche Lüge. Eine solche wird nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung angenommen, wenn der Urkunde eine erhöhte Glaubwürdigkeit zukommt und der Adressat ihr ein besonderes Vertrauen entgegenbringt. Dies ist der Fall, wenn allgemein gültige objektive Garantien die Wahrheit der Erklärung gegenüber Dritten gewährleisten, wie sie unter anderem in gesetzlichen Vorschriften wie etwa den Bilanzvorschriften der <ref-law> und <ref-law> liegen, die gerade den Inhalt bestimmter Schriftstücke näher festlegen (<ref-ruling> E. 8.1 und 129 IV 130 E. 2.1, je mit Hinweisen). Die kaufmännische Buchführung und ihre Bestandteile (Belege, Bücher, Buchhaltungsauszüge über Einzelkonten, Bilanzen oder Erfolgsrechnungen) sind mithin im Rahmen der Falschbeurkundung als Absichtsurkunden kraft Gesetzes (Art. 662a ff. und Art. 957 ff. OR) bestimmt und geeignet, Tatsachen von rechtlicher Bedeutung beziehungsweise die in ihr enthaltenen Tatsachen zu beweisen, wobei für ihren Urkundencharakter der mit der Buchführung verfolgte Zweck keine Rolle spielt (<ref-ruling> E. 8.1; <ref-ruling> E. 2b).
5.3.2 Der subjektive Tatbestand der Urkundenfälschung verlangt Vorsatz hinsichtlich aller objektiven Tatbestandsmerkmale, wobei Eventualvorsatz genügt. Verlangt wird des Weiteren ein Handeln in der Absicht, jemanden am Vermögen oder an anderen Rechten zu schädigen oder sich oder einem anderen einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen. Der erstrebte Vorteil beziehungsweise die Schädigung müssen sich aus der zumindest in Kauf genommenen Verwendung der unechten beziehungsweise unwahren Urkunde ergeben. Dies setzt eine Täuschungsabsicht voraus, die sich regelmässig aus dem Willen des Täters ergibt, die Urkunde als echt beziehungsweise wahr zu verwenden. Dass eine Person tatsächlich getäuscht wird, ist nicht erforderlich, denn es entspricht dem Wesen der abstrakten Gefährdungsdelikte, dass nicht von Anbeginn an ersichtlich ist, in welcher Weise - d.h. bei welchen Personen und in welchem konkreten Sachzusammenhang - sich die dem Delikt innewohnende Gefahr auswirken kann (vgl. <ref-ruling> E. 3.5).
5.4 Die Vorinstanz hat willkürfrei festgestellt, der Beschwerdeführer habe nicht erbrachte Vermittlungsleistungen in Rechnung gestellt, weshalb die Honorarnote objektiv unwahr sei.
Hingegen beruft sich der Beschwerdeführer vorliegend zu Recht auf <ref-ruling>. Diesem Urteil lag zusammengefasst der folgende Sachverhalt zugrunde: X reichte auf dem Briefpapier einer von ihm zum Schein geführten Firma verschiedenen Bundesstellen, bei welchen er selbst als Sachbearbeiter oder in leitender Stellung tätig war, fiktive Rechnungen ein. Auf den Rechnungen brachte er zu Prüfzwecken Kontierungsstempel beziehungsweise Kontierungszettel an, auf welchen er sein Visum setzte und zum Teil die Signatur einer weiteren Person fälschte.
Das Bundesgericht erwog, die Rechnungen seien inhaltlich unwahr, da mit ihnen in Wirklichkeit nicht erbrachte Leistungen in Rechnung gestellt worden seien. Rechnungen könne jedoch in der Regel keine erhöhte Glaubwürdigkeit zuerkannt werden. Dass die Rechnungen Eingang in die Buchhaltung gefunden hätten, ändere daran nichts, zumal sie nicht für die Buchhaltung bestimmt gewesen seien und X mit ihnen auch nicht in erster Linie die Buchhaltung habe fälschen wollen (E. 4.2). Allerdings - so führte das Bundesgericht weiter aus - sei durch den Aufdruck der Stempel beziehungsweise die Anheftung der Kontierungszettel und deren Visierung durch X eine zusammengesetzte Urkunde entstanden. Die Prüfvermerke von X bezögen sich dabei auf die inhaltliche Überprüfung der Rechnungen und mit seinem Visum habe er deren Richtigkeit bescheinigt, weshalb diesen zusammengesetzten Urkunden erhöhte Glaubwürdigkeit und damit Urkundenqualität zukomme (E. 4.5).
5.5 An dieser Rechtsprechung ist festzuhalten. Vorliegend kommt der Honorarnote des Beschwerdeführers als solcher keine erhöhte Glaubwürdigkeit zu, woran nach dem Gesagten auch die nachträgliche Verbuchung dieser Position nichts ändert.
Die Verurteilung des Beschwerdeführers wegen <ref-law> verletzt damit Bundesrecht.
5.6 In Bezug auf W._ und V._ hat die Vorinstanz erwogen, die beiden hätten mit der Visierung des Stempels beziehungsweise mit ihrer Unterschrift die Prüfung und damit die Echtheit der inhaltlich unwahren Honorarrechnung des Beschwerdeführers bestätigt. Der Honorarnote mit angebrachtem Stempel, Visum und Unterschrift komme erhöhte Glaubwürdigkeit zu. Im Ergebnis seien W._ und V._ daher der Urkundenfälschung im Amt (<ref-law>) schuldig zu sprechen (Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 30. Januar 2008 i.S. W._ und V._ und andere, SK.2007.6, S. 69 ff.).
Diese Ausführungen sind zutreffend. Da der Beschwerdeführer jedoch, wie dargelegt, den Tatbestand von <ref-law> nicht erfüllt, konnte es die Vorinstanz nicht offen lassen, ob er wegen Gehilfenschaft zur Urkundenfälschung im Amt, begangen durch W._ und V._, schuldig zu sprechen ist. Diese Prüfung ist nachzuholen.
6. Die Beschwerde ist daher gutzuheissen, soweit der Beschwerdeführer den Schuldspruch wegen <ref-law> anficht, und die Sache ist zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird im Rahmen ihrer Neubeurteilung zugleich auch die angemessene Strafe neu festzusetzen haben und allfällige Auswirkungen ihrer neuen Entscheidung auf den Zivilpunkt zu beurteilen haben, weshalb sich insoweit ein Eingehen auf die Rügen des Beschwerdeführers erübrigt.
Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig. Der Beschwerdegegnerin 1 sind keine Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>). Sie und die Schweizerische Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) haben jedoch den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, der Entscheid des Bundesstrafgerichts vom 30. Januar 2008 aufgehoben, soweit der Beschwerdeführer wegen Urkundenfälschung (<ref-law>) verurteilt worden ist, und die Sache im Sinne der Erwägungen zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer werden Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- auferlegt.
3. Die SUVA und die Schweizerische Eidgenossenschaft (Bundesanwaltschaft) haben den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren je mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesstrafgericht, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Stohner