Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach den Beschwerdeführer am 26. Oktober 2012 vom Vorwurf der mehrfachen Verletzung der Verkehrsregeln frei. Obwohl der Beschwerdeführer beantragt hatte, "alles unter Kosten- und Entschädigungsauflage für die Staatskasse", sprach ihm das Obergericht keine Entschädigung zu.
Der Beschwerdeführer beantragt vor Bundesgericht, es sei ihm eine angemessene Entschädigung für seine Aufwendungen zur Wahrung seiner Rechte im kantonalen Verfahren zu zahlen.
Das Obergericht und die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf eine Stellungnahme zur Beschwerde verzichtet.
2. Soweit sich der Beschwerdeführer auf <ref-law> bezieht, ist anzumerken, dass die Vorinstanz einen anfechtbaren Entscheid gefällt hat. Von einer Rechtsverweigerung oder Rechtsverzögerung kann nicht die Rede sein.
3. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von <ref-law>, da die Vorinstanz ihn nicht zur Bezifferung seiner Aufwendungen für die angemessene Ausübung seiner Verfahrensrechte aufgefordert habe. Zudem habe sie seinen Anspruch auf rechtliches Gehör missachtet, weil sie sich zur Frage der Entschädigung mit keinem Wort äussere.
Gemäss <ref-law> hat der freigesprochene Beschuldigte Anspruch auf Entschädigung seiner Aufwendungen für die angemessene Ausübung seiner Verfahrensrechte. Darunter fallen zum einen die Kosten der frei gewählten Verteidigung, sofern der Beizug eines Anwalts angesichts der tatsächlichen oder rechtlichen Komplexität des Falles geboten war. Zum anderen können bei besonderen Verhältnissen auch die eigenen Auslagen der Partei entschädigt werden. Gemäss <ref-law> muss die Strafbehörde den Entschädigungsanspruch von Amtes wegen prüfen. Daraus folgt, dass sie die Partei zu der Frage mindestens anzuhören und gegebenenfalls gemäss <ref-law> aufzufordern hat, ihre Ansprüche zu beziffern und zu belegen (Urteil 6B_472/2012 vom 13. November 2012, E. 2.1).
Obwohl der Beschwerdeführer ausdrücklich eine Entschädigung zu Lasten der Staatskasse verlangt hatte, äussert sich die Vorinstanz in der Begründung zu dieser Frage nicht und fällt dazu im Dispositiv auch keinen Entscheid. Da sie auf eine Stellungnahme zur Beschwerde verzichtete, ist unklar, ob sie die Frage der Entschädigung überhaupt geprüft hat, wie sie dies gemäss <ref-law> tun musste. Die Beschwerde ist begründet. Ob die Voraussetzungen für eine Entschädigung erfüllt sind, wird die Vorinstanz zu prüfen und ihren Entscheid entsprechend zu ergänzen haben. Es ist nicht Sache des Bundesgerichts, darüber erstmals zu befinden.
4. Die Beschwerde ist gutzuheissen und die Vorinstanz anzuweisen, das Entschädigungsbegehren des Beschwerdeführers zu beurteilen. Bei diesem Ausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben.
Der Beschwerdeführer verlangt auch für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung. Eine solche steht gemäss <ref-law> der obsiegenden Partei zu und umfasst neben den hier nicht in Betracht fallenden Anwaltskosten die allfälligen weiteren notwendigen Kosten und Umtriebe, die durch den Rechtsstreit verursacht wurden, sofern besondere Verhältnisse dies rechtfertigen (Art. 1 und 11 des Reglements über die Parteientschädigung und die Entschädigung für die amtliche Vertretung im Verfahren vor dem Bundesgericht vom 31. März 2006; SR 173.110.210.3). Aufgrund der Akten ist nicht ersichtlich, dass und inwieweit die besonderen Voraussetzungen für eine Entschädigung erfüllt wären. Der Beschwerdeführer äussert sich dazu nicht. Folglich ist für das bundesgerichtliche Verfahren keine Entschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und das Obergericht des Kantons Zürich angewiesen, das Entschädigungsbegehren des Beschwerdeführers zu behandeln.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben und keine Entschädigung ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Februar 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Monn