Sachverhalt:
A. Am 22. Dezember 2003 erteilte der Stadtrat Baden der Stadtcasino Baden AG die Baubewilligung für einen Annexbau zur Erweiterung des bestehenden Stadtcasinos im Kurpark der Stadt Baden.
Gegen die Baubewilligung erhoben X._, die Aktiengesellschaft A._ sowie (in einer gemeinsamen Eingabe) der Schweizer Heimatschutz, der Aargauer Heimatschutz und der Verband aargauischer Natur- und Vogelschutzvereine (VANV) Beschwerde an den Regierungsrat des Kantons Aargau.
Auch die Stadtcasino Baden AG gelangte mit Beschwerde an den Regierungsrat. X._, die Aktiengesellschaft A._ und die beschwerdeführenden Verbände verzichteten auf die Beteiligung an diesem Beschwerdeverfahren.
B. Am 8. Februar 2004 nahmen die Stimmbürger der Stadt Baden die "Kurpark-Initiative" an, die den Einwohnerrat aufforderte, die Gartenanlagen in öffentlichem Besitz, namentlich den Kurpark, unter umfassenderen Schutz zu stellen.
C. Am 24. November 2004 vereinigte der Regierungsrat die vier Beschwerdeverfahren. Auf die Beschwerde des Schweizer Heimatschutzes trat er nicht ein; die Beschwerden von X._, der Aktiengesellschaft A._ sowie des Aargauer Heimatschutzes und des VANV hiess er gut und erliess für alle Gartenanlagen in öffentlichem Besitz der Stadt Baden eine Planungszone für die Dauer von maximal 5 Jahren ab dem 8. Februar 2004. Der Regierungsrat hob die angefochtene Baubewilligung auf und stellte das Baugesuch bis zum Inkrafttreten der aufgrund der Kurpark-Initiative geänderten Bau- und Nutzungsordnung der Stadt Baden bzw. bis zum Ablauf der Planungszone zurück. Die Beschwerde der Stadtcasino Baden AG wurde abgeschrieben.
D. Am 13. Januar 2006 hiess das Verwaltungsgericht die dagegen gerichtete Beschwerde der Stadtcasino Baden AG teilweise gut. Es hob den Beschwerdeentscheid des Regierungsrats vom 24. November 2004 auf, soweit dieser die Baubewilligung aufgehoben und das Baugesuch zurückgestellt hatte. Es wies die Sache an den Regierungsrat zurück zur Prüfung, ob das Bauvorhaben mit der vorgesehenen Neuordnung der Teilrevision BNO Gartenanlagen in Widerspruch stehe und/oder unter dem geltenden Recht bewilligt werden könne.
E. Am 21. Mai 2006 nahmen die Stimmbürger der Stadt Baden die Teilrevision der BNO, Teil Gartenanlagen, an, mit einem "Standort A für Hochbaute im ausgeklammerten Bereich der Gartenanlage Kurpark". Die Teilrevision wurde am 16. August 2006 vom Regierungsrat genehmigt und erwuchs am 18. September 2006 in Rechtskraft.
F. Am 17. Januar 2007 wies der Regierungsrat die Beschwerden von X._, der Aktiengesellschaft A._ sowie der Verbände (Beschwerden 1-3) ab. In Gutheissung der Beschwerde der Stadtcasino Baden AG (Beschwerde 4) hob er Ziff. 64 und 70 der Baubewilligung des Stadtrates Baden vom 22. Dezember 2003 auf.
Die Verfahrenskosten betreffend die Beschwerdeverfahren 1-3 von insgesamt Fr. 7'593.90 wurden, nach Abzug des Kostenanteils des Schweizer Heimatschutzes (Fr. 1'140.--), unter den Einsprechern verteilt; auf X._ entfielen Fr. 2'420.20 (Disp.-Ziff. 5d). Von den Parteikosten der Stadtcasino AG in Höhe von insgesamt Fr. 55'375.90 wurden X._ Fr. 18'849.90 auferlegt (Disp.-Ziff. 7d).
Die Verfahrens- und Parteikosten des Beschwerdeverfahrens 4 (Stadtcasino AG) gingen zu Lasten der Staatskasse bzw. der Stadt Baden.
G. Gegen den Kostenentscheid des Regierungsrates erhob X._ am 8. Februar 2007 Beschwerde an das Verwaltungsgericht mit dem Antrag, Ziff. 5d und Ziff. 7d des angefochtenen Entscheides seien aufzuheben und es seien die vom Beschwerdeführer zu übernehmenden Verfahrenskosten auf einen Betrag von maximal Fr. 500.-- zu reduzieren und die von ihm zu tragenden Parteikosten auf maximal Fr. 3'000.-- herabzusetzen.
Am 29. November 2007 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut und änderte Disp.-Ziff. 7d des regierungsrätlichen Entscheids dahingehend ab, dass X._ insgesamt Fr. 11'569.45 Parteikosten zu tragen habe (Disp.-Ziff. 1). Im Übrigen wies es die Beschwerde ab (Disp.-Ziff. 2). Für das verwaltungsgerichtliche Verfahren wurden X._ die Verfahrenskosten von Fr. 2'002.-- zu 3⁄4 (Fr. 1'501.50) und die Parteikosten der Stadtcasino Baden AG in Höhe von Fr. 2'492.40 zu 1⁄2 (Fr. 1'246.20) auferlegt (Disp.-Ziff. 3 und 4).
H. Dagegen hat X._ am 29. Januar 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Er beantragt, Ziff. 1, 3 und 4 des angefochtenen Entscheids seien aufzuheben und die Sache sei zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter sei er zur Tragung einer Parteientschädigung von maximal Fr. 3'500.- zu verpflichten und die Sache sei zur Entscheidung über die vorinstanzlichen Kostenfolgen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
I. Die Stadtcasino Baden AG beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Verwaltungsgericht hat zur Beschwerdeschrift Stellung genommen, ohne formell einen Antrag zu stellen.

Erwägungen:
1. Da alle Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) - vorbehältlich rechtsgenügend begründeter Rügen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. Art. 106 Abs. 2 BGG) - einzutreten.
1.1 Der Beschwerdeführer wendet sich in erster Linie gegen die Berechnung der Parteikosten für das regierungsrätliche Verfahren; diese Rügen sind zunächst zu behandeln (E. 2). Anschliessend ist zu prüfen, ob der vom Regierungsrat angewandte und vom Verwaltungsgericht bestätigte Verteilschlüssel für die Parteikosten vor Regierungsrat verfassungsrechtlich haltbar ist (E. 3). Schliesslich sind die Rügen des Beschwerdeführers gegen den Kostenentscheid des Verwaltungsgerichts (Verwaltungs- und Parteikosten vor Verwaltungsgericht) zu überprüfen (E. 4). Nicht angefochten ist die vorinstanzliche Abweisung der Beschwerde hinsichtlich der regierungsrätlichen Verfahrenskosten.
2. Das Verwaltungsgericht berechnete die Parteikosten für das regierungsrätliche Verfahren neu auf Fr. 30'851.90 (statt Fr. 55'375.90). Dieser Betrag setzt sich zusammen aus dem Honorar des Anwalts der Beschwerdegegnerin in Höhe von Fr. 29'534.40 und Auslagen in Höhe von Fr. 1'317.50.
2.1 Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung müsse die Entschädigung des Anwalts immer in einem vernünftigen Verhältnis zu den von ihm erbrachten Leistungen stehen. Die Beschwerdegegnerin habe den zeitlichen Aufwand ihres Anwalts nie beziffert. Das Verwaltungsgericht hätte deshalb über den Aufwand des Anwalts der Beschwerdegegnerin Beweis erheben oder diesen zumindest schätzen müssen. Indem es dies unterliess, habe es den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör verletzt.
Zwar habe das Verwaltungsgericht den Honoraranspruch der Gegenpartei von Fr. 55'375.90 auf Fr. 29'534.40 herabgesetzt; auch dieser Betrag sei jedoch übersetzt: Bei einem maximal gerechtfertigen Stundensatz von Fr. 350.-- würde er einen Aufwand von rund 85 Stunden voraussetzen, der objektiv nicht mehr angemessen wäre. Der Beschwerdeführer schätzt den Aufwand des Anwalts der Beschwerdegegnerin auf maximal 30 Stunden.
2.1.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kommt den Kantonen bei der Bemessung der Parteientschädigung für den Rechtsvertreter ein weiter Ermessensspielraum zu (<ref-ruling> E. 2a S. 134; Entscheid 1P.444/2002 vom 23. Juli 2003 E. 2.1, publ. in ZBl 106/2005 S. 93; RDAF 2006 I S. 594). Das Bundesgericht kann nur eingreifen, wenn die kantonalen Bestimmungen, welche den Umfang der Entschädigung umschreiben, in verfassungswidriger Weise ausgelegt oder gehandhabt werden. Dabei fällt im Wesentlichen nur das Willkürverbot (Art. 9 BV) in Betracht.
Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst dann, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt sodann nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheides, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
2.1.2 Die Entschädigung des Anwalts für die Vertretung und Verbeiständung einer Partei in Verfahren vor aargauischen Gerichts- und Verwaltungsbehörden ist im Dekret über die Entschädigung der Anwälte vom 10. November 1987 (Anwaltstarif; AnwT) geregelt. Dieser Tarif wird auch für die Berechnung der Parteikostenentschädigung nach § 36 des Aargauer Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 9. Juli 1968 (VRPG) zugrunde gelegt.
Der Tarif sieht in Zivil- und Verwaltungssachen keine Bemessung der Parteientschädigung nach dem Zeitaufwand des Anwalts vor; vielmehr berechnet sich das Grundhonorar entweder nach dem Streitwert (§ 3 Abs. 1 lit. a AnwT) oder nach einer Pauschale (§ 3 Abs. 1 lit. b AnwT). In Baubewilligungssachen gehen die aargauischen Behörden praxisgemäss von einer vermögensrechtlichen Streitsache aus, wobei der Streitwert i.d.R. ein Zehntel der Bausumme beträgt. Im vorliegenden Fall wurde ein Streitwert von Fr. 1,3 Mio zugrundegelegt, was ein Grundhonorar von Fr. 52'740.-- ergibt. Dieses wird durch diverse ordentliche und ausserordentliche Zu- und Abschläge gemäss §§ 6 ff. AnwT modifiziert.
Bei hohen Streitwerten kann das Grundhonorar bis zur Hälfte gekürzt werden, sofern der Charakter des Verfahrens dies als gerechtfertigt erscheinen lässt (§ 5 Abs. 2 AnwT). Diese Möglichkeit wurde vom Verwaltungsgericht im vorliegenden Fall voll ausgeschöpft, welches das Grundhonorar um 50 % kürzte.
Nach der Praxis des Aargauer Verwaltungsgerichts ist - über den Wortlaut des Gesetzes hinaus - eine weitere Reduktion möglich, wenn die streitwertbezogene Honorarforderung, trotz des Abzugs gemäss § 5 Abs. 2 AnwT, in keinem zu rechtfertigenden Verhältnis mehr zum anwaltlichen Aufwand steht (vgl. zu dieser Praxis Urteil 1P.654/2005 vom 16. März 2006 E. 3.3-3.5). Dies trägt der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Rechnung, wonach die berechnete Entschädigung des Anwalts nicht völlig ausser Verhältnis zu der von ihm erbrachten Leistung stehen darf (<ref-ruling> E. 5a und b S. 122 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 134) und das Prozessrisiko nicht prohibitiv wirken darf (Entscheide 1A.125/2005 vom 21. September 2005 E. 13.2 und 1P.654/2005 vom 16. März 2006 E. 3.7).
2.1.3 Aus der im Gesetz vorgesehenen streitwertbezogenen Berechnung des Honorars ergibt sich, dass der Zeitaufwand grundsätzlich nicht ermittelt werden muss. Nur ausnahmsweise, wenn das tarifmässige Honorar völlig ausser Verhältnis zu der vom Anwalt der obsiegenden Partei erbrachten Leistung steht, kann eine Korrektur geboten sein. Hierzu besteht jedoch nur Anlass, wenn die Honorarforderung - trotz des Abzugs nach § 5 Abs. 2 AnwT - noch exorbitant erscheint. Im vorliegenden Fall hielt das Verwaltungsgericht eine solche Korrektur offensichtlich nicht für geboten, nachdem es das vom Regierungsrat berechnete Honorar um fast die Hälfte herabgesetzt hatte.
Diese Auffassung ist unter dem Blickwinkel des Willkürverbots nicht zu beanstanden. Selbst wenn der vom Beschwerdeführer für angemessen erachtete Stundensatz von Fr. 350.-- zugrunde gelegt wird (im Fall 1P.654/2005 hatte das Verwaltungsgericht einen Stundensatz von Fr. 500.-- für angemessen erachtet), ergibt dies einen Aufwand von ca. 84 Stunden. Ein solcher erscheint für ein mehrjähriges komplexes Verfahren mit mehreren Beschwerdeführern und unterschiedlichen Anträgen, das nach einem Rückweisungsentscheid des Verwaltungsgerichts fortgesetzt werden musste, nicht offensichtlich übersetzt. Der vom Beschwerdeführer berechnete maximal zulässige Aufwand von 30 Stunden ist dagegen unrealistisch knapp bemessen. Dies zeigt ein Vergleich mit dem bundesgerichtlichen Verfahren, für das der Beschwerdeführer - obwohl es ausschliesslich um den kantonalen Kostenentscheid geht - einen Aufwand von 18,5 Stunden geltend macht.
2.1.4 Nach dem Gesagten liegt diesbezüglich weder eine Verletzung des rechtlichen Gehörs noch des Willkürverbots vor.
2.2 Der Beschwerdeführer rügt ferner, die vom Verwaltungsgericht bestätigten Zuschläge für zusätzliche Eingaben der Beschwerdegegnerin gemäss § 6 Abs. 3 AnwT seien willkürlich, weil dabei auch Eingaben berücksichtigt worden seien, die der Anwalt der Beschwerdegegnerin zum eigenen Beschwerdeverfahren gemacht habe bzw. die überflüssig gewesen seien.
Zudem hätte der Aufwand für den regierungsrätlichen Augenschein vom 25. August 2004 nicht berechnet werden dürfen, was zu einem Abschlag gemäss § 6 Abs. 2 AnwT von praxisgemäss 20 % geführt hätte. Der Augenschein sei vom Regierungsrat ausschliesslich im Hinblick auf die Anordnung der Planungszone vorgenommen worden; insoweit habe der Regierungsrat erstinstanzlich entschieden. Für ein erstinstanzliches Verfahren dürften jedoch nach dem klaren Wortlaut von § 36 Abs. 1 und 2 VRPG keine Parteikosten ersetzt werden. Zu dieser Rüge des Beschwerdeführers habe sich das Verwaltungsgericht nicht geäussert, weshalb das rechtliche Gehör des Beschwerdeführers verletzt sei.
2.2.1 Gemäss § 6 AnwT werden durch die Grundentschädigung abgegolten: Instruktion, Aktenstudium, rechtliche Abklärungen, Korrespondenz und Telefongespräche sowie eine Rechtsschrift und die Teilnahme an einer behördlichen Verhandlung (Abs. 1). Wird das Verfahren nicht vollständig durchgeführt, so vermindert sich die Entschädigung gemäss den §§ 3-6 entsprechend den Minderleistungen des Anwalts (Abs. 2). Für zusätzliche Rechtsschriften und Verhandlungen erhöht sich die Grundentschädigung um je 5-30 %. Überflüssige Eingaben fallen nicht in Betracht (Abs. 3).
2.2.2 Das Verwaltungsgericht nahm einen Zuschlag für Rechtsschriften bis November 2004 gemäss § 6 Abs. 3 AnwT in Höhe von 30 % vor, sowie einen Zuschlag von 10 % nach § 6 Abs. 3 AnwT für Rechtsschriften/Bemühungen im Jahr 2006 (vgl. E. 5 S. 18 des angefochtenen Entscheids).
Es ging davon aus, dass der Beschwerdeführer aus den Synergien einer Verfahrensvereinigung bei der Verlegung der Kosten profitiere; dann aber müsse er auch in Kauf nehmen, dass ein zusätzlicher Aufwand rechnerisch zu seinen Lasten anfallen könne. Solange die Parteientschädigung insgesamt jene für ein gesondertes Verfahren des Beschwerdeführers im Ergebnis nicht wesentlich übersteige, bestehe kein Anlass für eine Korrektur. Insofern sei bei den Zuschlägen gemäss § 6 Abs. 1 AnwT nicht zu beanstanden, wenn die mehrfachen Beschwerdeantworten von der Vorinstanz mit einem Zuschlag von insgesamt 30 % berücksichtigt worden seien. Die Beschwerdegegnerin habe Beschwerdeantworten für drei Beschwerdeverfahren erstattet, was offensichtlich mit einem Mehraufwand verbunden gewesen sei. Dies gelte umso mehr, als das Beschwerdeverfahren der Verbände mit der Planungszonenthematik eine von den übrigen Beschwerden völlig verschiedene Thematik betroffen habe.
Diese Ausführungen lassen keine Willkür erkennen: Der Beschwerdeführer profitiert von der Verfahrensvereinigung kostenmässig, indem das Grundhonorar nur einmal berechnet und auf alle unterliegenden Parteien verteilt wird. Dann aber ist es nicht willkürlich, wenn der für den Anwalt der Beschwerdegegnerin durch die Mehrzahl von Beschwerden entstandene Mehraufwand durch Zuschläge gemäss § 6 Abs. 1 AnwT berücksichtigt wird. Auch die Höhe des Zuschlags von 30 % liegt im gesetzlichen Rahmen und kann nicht als willkürlich erachtet werden.
Insofern kann offen bleiben, ob die Eingaben der Beschwerdegegnerin vom 5. Juli 2004 einen weiteren Zuschlag von 10 % gerechtfertigt hätten weil das Verwaltungsgericht für den Zeitraum bis November 2004 einen Zuschlag von insgesamt nur 30 % vorgenommen hat, die weiteren 10 % im Ergebnis also nicht ins Gewicht fallen.
2.2.3 Unter dem Blickwinkel des Willkürverbots ist auch der Zuschlag von 10 % für Rechtsschriften/Bemühungen im Jahr 2006 nicht zu beanstanden, auch soweit dies mit dem Aufwand für das Aktenstudium begründet wird: Zwar deckt die Grundgebühr gemäss § 6 Abs. 1 AnwT grundsätzlich das Aktenstudium ab. Diese Bestimmung ist jedoch auf den Normalfall zugeschnitten, in dem nur ein einziges Beschwerdeverfahren durchgeführt wird. Im vorliegenden Fall wurden dagegen zwei Verfahren vor Regierungsrat durchgeführt: eines vor und eines nach dem Rückweisungsentscheid des Verwaltungsgerichts vom 13. Januar 2006. Dies war mit zusätzlichem anwaltlichem Aufwand verbunden. Es ist nicht offensichtlich unhaltbar, diesem zusätzlichen Aufwand durch einen Zuschlag von 10 % Rechnung zu tragen. Dies gilt unabhängig davon, ob einzelne, vom Beschwerdeführer beanstandete, Eingaben der Beschwerdegegnerin im Jahr 2006 überflüssig waren oder aus anderen Gründen nicht hätten berücksichtigt werden dürfen.
2.2.4 Analoges gilt für die Berücksichtigung des Aufwands des Augenscheins: Dieser wurde im Hinblick auf einen Zwischen- oder Endentscheid des Regierungsrates im Zusammenhang mit dem Erlass einer Planungszone angeordnet (vgl. Einladung zum Augenschein vom 28. Juli 2004). Dies war in der Beschwerde der Verbände sowie in der Beschwerdeergänzung der Aktiengesellschaft A._ beantragt worden, während der Beschwerdeführer "nur" die Aufhebung der Baubewilligung beantragt hatte. Nachdem die drei Beschwerden vereinigt worden waren, war der Antrag auf Erlass einer Planungszone einer von mehreren Beschwerdeanträgen. Auch wenn die Planungszone erstinstanzlich vom Regierungsrat angeordnet wurde, war über deren Konsequenzen für die angefochtene Baubewilligung bzw. das Baugesuch im Beschwerdeverfahren zu entscheiden. Insofern bestand ein enger Konnex zwischen dem Beschwerdeverfahren und dem Augenschein, zumal an ihm auch Sachverhaltsfragen zur Sprache kamen, die für die Beurteilung der Baubewilligung massgeblich waren (z.B. der optischen Auswirkungen des Bauvorhabens auf den Kurpark, vgl. Augenscheinsprotokoll S. 9;). Insofern war es jedenfalls nicht willkürlich, auch den Augenschein zum Aufwand des Beschwerdeverfahrens zu zählen. Die diesbezügliche knappe Begründung des Verwaltungsgerichts verletzt auch den Anspruch auf rechtliches Gehör nicht.
2.3 Der Beschwerdeführer rügt ferner eine Verletzung des rechtlichen Gehörs bei der verwaltungsgerichtlichen Überprüfung der vom Regierungsrat bewilligten Auslagen der Beschwerdegegnerin in Höhe von Fr. 2'100.--. Diese Auslagen habe der Beschwerdeführer vor Verwaltungsgericht als offensichtlich übersetzt und nicht nachvollziehbar gerügt. Daraufhin habe der Präsident des Verwaltungsgerichts die Beschwerdegegnerin aufgefordert, ihre Auslagen zu spezifizieren. Dieses Schreiben wie auch das Antwortschreiben der Beschwerdegegnerin vom 26. Oktober 2007 seien dem Beschwerdeführer erst zusammen mit dem angefochtenen Entscheid bekannt gegeben worden.
2.3.1 Aus den verwaltungsgerichtlichen Akten ergibt sich, dass das Gericht die Beschwerdegegnerin aufforderte, die vor Regierungsrat geltend gemachten Auslagen von Fr. 2'100.-- zu begründen. Hierfür reichte der Anwalt der Beschwerdegegnerin mit Schreiben vom 26. Oktober 2007 die Mandantenabrechnung für die Zeit vom 1. Januar 2004 bis 31. Dezember 2004 und vom 1. Februar 2006 bis 15. Januar 2007 ein.
Dieses Schreiben wurde dem Beschwerdeführer vor Erlass des angefochtenen Entscheids nicht zur Kenntnis gebracht. Dies wäre aber erforderlich gewesen, um ihm Gelegenheit zu geben, Einsicht in die Mandantenabrechnung zu nehmen und dazu Stellung zu nehmen. Der Anspruch auf rechtliches Gehör ist ein Teilaspekt des allgemeinen Grundsatzes des fairen Verfahrens von Art. 29 Abs. 1 BV bzw. Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Er umfasst das Recht, von jedem dem Gericht eingereichten Aktenstück bzw. jeder Stellungnahme Kenntnis zu nehmen und sich dazu äussern zu können, unabhängig davon, ob darin neue Tatsachen oder Argumente enthalten sind und ob sie das Gericht tatsächlich zu beeinflussen vermögen (<ref-ruling> E. 4.3-4.6 S. 102 ff.). Umso mehr hätte dies im vorliegenden Fall geschehen müssen, in welchem sich das Verwaltungsgericht auf die Mandantenabrechnung stützte, um den Auslagenersatz für das regierungsrätliche Verfahren neu festzusetzen.
2.3.2 Es liegt somit eine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor. Diese kann im bundesgerichtlichen Verfahren nicht geheilt werden, weil das Bundesgericht nur über eine Willkürkognition verfügt. Insofern ist die Beschwerde gutzuheissen und die Sache zur Neufestsetzung der im regierungsrätlichen Verfahren zu ersetzenden Auslagen an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Es erübrigt sich deshalb, die materiellen Rügen des Beschwerdeführers zum Auslagenentscheid zu prüfen.
3. Der Beschwerdeführer macht geltend, auch die ihm auferlegte Quote von 3/8 der Kosten für das regierungsrätliche Verfahren sei willkürlich.
3.1 Nach Auffassung des Beschwerdeführers hätten die Parteikosten des regierungsrätlichen Verfahrens nach Köpfen auf alle Beschwerdeführer (X._, Aktiengesellschaft A._, Schweizer Heimatschutz, Aargauer Heimatschutz, VANV) verteilt werden müssen, was zu einem Anteil von je 1/5 geführt hätte. Die Einreichung einer gemeinsamen Beschwerdeschrift durch den Schweizer Heimatschutz, den Aargauer Heimatschutz und den VANV rechtfertige keine Privilegierung in dem Sinne, dass sie nur gemeinsam einen Anteil bezahlen müssten.
3.1.1 Das Verwaltungsgericht nahm an, die Vereinigung der drei Beschwerdeverfahren habe zwischen den einzelnen Parteien keine Streitgenossenschaft begründet und führe auch nicht zu einem gemeinschaftlichen Kostenrisiko zwischen den Beschwerdeführenden. Entsprechend sei auch eine gemeinschaftliche Aufteilung von Kosten zwischen den Verfahrensbeteiligten der drei Beschwerdeverfahren nicht zulässig. Vielmehr seien die Kosten gleich zu verlegen, wie wenn der Regierungsrat die einzelnen Eingaben getrennt behandelt hätte. Würden die Kosten nach Köpfen aufgeteilt, wie vom Beschwerdeführer beantragt, würde der Schweizer und Aargauer Heimatschutz und der VANV durch die Vereinigung schlechter gestellt, als sie es bei getrennter Behandlung der Beschwerden wären.
3.1.2 Diese Ausführungen lassen keine Willkür erkennen. Dabei kann offen bleiben, ob die Verfahrensvereinigung nach Aargauer Prozessrecht eine einfache Streitgenossenschaft begründet (wie der Beschwerdeführer meint) und ob die vom Verwaltungsgericht zur Stützung seiner Auffassung zitierten Kommentarstellen einschlägig sind (was der Beschwerdeführer bestreitet). Unter dem Blickwinkel von Art. 9 BV genügt, dass die Verbände, die gemeinsam Beschwerde erhoben haben, zu dritt nicht mehr Aufwand verursacht haben, als wenn nur einer von ihnen Beschwerde geführt hätte. Wird nur eine gemeinsame Beschwerdeschrift mit einem gemeinsamen Antrag eingereicht, ist die Anzahl der Beschwerdeführer für den Aufwand der entscheidenden Behörde und für die Gegenpartei grundsätzlich ohne Belang. Zwar kann es sein, dass auf die Beschwerde einer der mehreren Parteien mangels Legitimation nicht eingetreten werden kann; materiell kann die gemeinsame Beschwerde aber nur einheitlich entschieden werden.
3.2 Weiter rügt der Beschwerdeführer, selbst wenn eine Parteikostenteilung nach drei Köpfen zulässig sein sollte, müsste er nur 1/3 anstatt 3/8 der Kosten tragen.
Der Regierungsrat erlegte den beschwerdeführenden Verbänden zusammen nur 1/4 der Kosten auf, weil diese lediglich einen Antrag auf Erlass einer Planungszone und keine weiteren materiellen Beschwerdeanträge gestellt hatten. Die verbleibenden Kosten (3/4) teilte er zwischen X._ und der Aktiengesellschaft A._, auf die somit je 3/8 der Kosten entfielen.
Das Verwaltungsgericht ging davon aus, diese Kostenverlegung begünstige den Beschwerdeführer und habe jedenfalls im Ermessen der Vorinstanz gelegen.
Wie sich aus den Akten ergibt, haben die beschwerdeführenden Verbände im zweiten Verfahren vor Regierungsrat erklärt, dass ihr Begehren (Erlass einer Planungszone) aufgrund der zwischenzeitlich erfolgten Rechtsänderung (Teilrevision BNO Gartenanlagen 2005/2006) gegenstandslos geworden sei und das Verfahren somit abgeschrieben werden könne. Sie haben sich somit nur am ersten regierungsrätlichen Verfahren aktiv beteiligt, wobei sie - im Gegensatz zu den übrigen Beschwerdeführern - nicht die Abweisung des Baugesuchs, sondern lediglich dessen Zurückstellung beantragt hatten. Diese Unterschiede in der Beschwerdeführung und der Antragstellung rechtfertigen eine Differenzierung in der Kostenquote, weshalb diese nicht willkürlich ist.
3.3 Weiter rügt der Beschwerdeführer, das Verwaltungsgericht habe sich nicht mit seinem Argument auseinandergesetzt, wonach es dem Verursacherprinzip widerspreche, ihm und den anderen Einsprechern die gesamten Kosten aufzuerlegen, weil das Baugesuch der Beschwerdegegnerin nach damaligem Recht nicht bewilligungsfähig gewesen sei und erst durch eine spätere Rechtsänderung (Teilrevision der BNO "Gartenanlagen" 2005/2006) "gerettet" worden sei. Dies verletze seinen Anspruch auf rechtliches Gehör.
Der Vorwurf des Beschwerdeführers ist unbegründet: Das Verwaltungsgericht hat in E. 3.3 S. 10 ausgeführt, dass nach der Regelung des VRPG und der verwaltungsgerichtlichen Praxis vom Prinzip, wonach der Unterliegende die Verfahrens- und Parteikosten trage, nur abzuweichen sei, wenn der obsiegende Private durch sein Verhalten das Verfahren ganz oder im Wesentlichen verursacht habe oder wenn die Vorinstanz einen formellen Fehler begangen habe, durch den das Verfahren ganz oder im Wesentlichen verursacht worden sei. Der Beschwerdeführer sei mit seinen Beschwerdeanträgen materiell vollständig unterlegen, sei aber im Ergebnis nur zur Bezahlung von 3/8 der Kosten verpflichtet worden. Diese Kostenverlegung habe den Beschwerdeführer auch unter dem Aspekt des Verursacherprinzips begünstigt und liege jedenfalls im Ermessen der Vorinstanz.
Diesen Ausführungen lässt sich entnehmen, dass das Verwaltungsgericht die Rechtsänderung im Rechtsmittelverfahren nicht als Umstand erachtete, der eine abweichende Kostenverlegung, zu Lasten des obsiegenden Privaten bzw. der Vorinstanz, rechtfertige, und dass es die Kostenquote des Beschwerdeführers (3/8) auch im Ergebnis als mit dem Verursacherprinzip vereinbar hielt. Dies genügte zur Wahrung des Anspruchs auf rechtliches Gehör.
3.4 Zuletzt macht der Beschwerdeführer geltend, die Beschwerdegegnerin habe bereits mehr als die ihr nach Ansicht des Verwaltungsgerichts zustehende Parteientschädigung von Fr. 29'534.40 von den übrigen Parteien erhalten, weshalb ihr gegenüber dem Beschwerdeführer maximal noch zustehe, was dieser im vorinstanzlichen Verfahren zugestanden habe, d.h. Fr. 3'000.--. Überdies sei Ziff. 7 des regierungsrätlichen Entscheids nach Abänderung durch das Verwaltungsgericht widersprüchlich, weil die Beträge gemäss lit. a-d nicht mehr das Total vor lit. a ergeben, das vom Verwaltungsgericht zu Unrecht nicht abgeändert worden sei.
Es ist allerdings nicht einzusehen, weshalb die Tatsache, dass andere Parteien den regierungsrätlichen Kostenentscheid akzeptiert und ihren Anteil bezahlt haben, dem Beschwerdeführer zugutekommen sollte. Dieser hat zwar im verwaltungsgerichtlichen Verfahren eine Herabsetzung der Parteikosten für das regierungsrätliche Verfahren erreicht; diese Herabsetzung kommt jedoch nur ihm zugute, indem die von ihm zu zahlende Parteientschädigung proportional gekürzt wird. Soweit der regierungsrätliche Entscheid von den anderen Parteien nicht angefochten worden ist, ist der Entscheid diesen gegenüber rechtskräftig geworden, weshalb ihre Zahlungen an die Beschwerdegegnerin einen Rechtsgrund aufweisen.
Ist für den Beschwerdeführer nur sein Anteil an der Parteientschädigung massgeblich, so genügte es, wenn das Verwaltungsgericht die ihn betreffende Ziff. 7 lit. d des regierungsrätlichen Entscheids anpasste. Die dadurch entstehende rechnerische Unstimmigkeit zwischen dem Gesamtbetrag und den Teilbeträgen belastet den Beschwerdeführer nicht. Er hat deshalb kein schutzwürdiges Interesse an der Korrektur des Gesamtbetrages.
4. Nachdem die Beschwerde in der Hauptsache (hinsichtlich der Auslagen für das regierungsrätliche Verfahren) teilweise gutzuheissen und an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen ist, wird dieses ohnehin über die Kosten des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens neu entscheiden müssen. Insofern erübrigt es sich, auf die materiellen Rügen des Beschwerdeführers gegen den Kostenentscheid einzugehen. Dagegen rechtfertigen sich aus verfahrensökonomischen Gründen folgende Hinweise zu den formellen Rügen:
4.1 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, sowohl im Verfahren vor dem Regierungsrat als auch vor Verwaltungsgericht, weil ihm die Kostennote der Beschwerdegegnerin nicht zugestellt worden sei. Im verwaltungsgerichtlichen Verfahren sei die Kostennote sogar erst nach Fällung des verwaltungsgerichtlichen Entscheids eingeholt worden und die Parteikosten der Beschwerdegegnerin ausschliesslich durch den Präsidenten (und nicht durch das Gesamtgericht) festgelegt worden, was den Anspruch auf den gesetzlichen Richter (Art. 30 Abs. 1 BV) verletzt habe.
Nach der Praxis des Verwaltungsgerichts besteht grundsätzlich kein Anspruch der Verfahrensbeteiligten, zur Kostennote der jeweiligen Gegenpartei Stellung zu nehmen, es sei denn, es liegen besondere Umstände vor, die das Bedürfnis zur Sachverhaltsabklärung begründen (vgl. E. 4.1 und 4.2, S. 11 f. des angefochtenen Entscheids). Solche besonderen Umstände verneinte das Verwaltungsgericht im vorliegenden Fall.
Die Beschwerdegegnerin teilt diese Auffassung. Sie weist darauf hin, dass es nach aargauischer Praxis üblich sei, dass das Gericht in einem ersten Schritt das Urteil fällt und erst in einem zweiten Schritt die Kostennote des Anwalts der obsiegenden Partei einholt, die nur vom Präsidenten genehmigt werde.
4.2 Wie bereits oben (E. 2.3.1) dargelegt wurde, umfasst der Anspruch auf rechtliches Gehör und auf ein faires Verfahren (Art. 29 Abs. 1 und 2 BV) das Recht, von jedem dem Gericht eingereichten Aktenstück bzw. jeder Stellungnahme Kenntnis zu nehmen und sich dazu äussern zu können, unabhängig davon, ob darin neue Tatsachen oder Argumente enthalten sind und ob sie das Gericht tatsächlich zu beeinflussen vermögen. Dies gilt auch für die von einer Partei eingereichte Kostennote, zumal diese nach aargauischer Praxis die Höhe der Parteientschädigung massgeblich beeinflusst. Insofern muss der Gegenpartei die Kostennote entweder zugestellt werden, oder es muss ihr zumindest mitgeteilt werden, dass eine solche eingereicht worden ist, um ihr Gelegenheit zu geben, diese einzusehen und gegebenenfalls dazu Stellung zu nehmen.
4.3 In seinem neuen Kostenentscheid wird das Verwaltungsgericht prüfen müssen, ob dieses Mindesterfordernis im regierungsrätlichen Verfahren erfüllt wurde. Nachdem der Beschwerdeführer vor Verwaltungsgericht ausdrücklich die Herabsetzung der Parteientschädigung und keine Rückweisung an den Regierungsrat beantragt hat, könnte die allfällige Verletzung des rechtlichen Gehörs vor Verwaltungsgericht geheilt werden. Dies kann zu einem für den Beschwerdeführer günstigeren Kostenentscheid im verwaltungsgerichtliche Verfahren führen.
4.4 Auch im verwaltungsgerichtlichen Verfahren wird der Beschwerdeführer Gelegenheit erhalten müssen, sich zur Kostennote der Beschwerdegegnerin zu äussern. Ob dies im Verfahren vor dem Gesamtgericht oder in einem gesonderten, nachträglichen Verfahren vor dem Präsidenten erfolgt, und ob für diese Zweiteilung des Verfahrens eine gesetzliche Grundlage besteht, wird vom Verwaltungsgericht zu prüfen sein.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen und die Sache zu neuem Entscheid über die Entschädigungspflicht des Beschwerdeführers für Auslagen der Beschwerdegegnerin im regierungsrätlichen Verfahren an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Im Übrigen, soweit der Beschwerdeführer die Honorarberechnung und seinen Kostenanteil im regierungsrätlichen Verfahren beanstandet, ist die Beschwerde abzuweisen.
Die Gerichtskosten sind daher überwiegend dem Beschwerdeführer aufzuerlegen und dieser ist zu verpflichten, der Beschwerdegegnerin eine leicht reduzierte Parteientschädigung zu zahlen (Art. 66 und 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 29. November 2007 wird in Bezug auf die vom Beschwerdeführer zu ersetzenden Auslagen der Beschwerdegegnerin im regierungsrätlichen Verfahren sowie im Kostenpunkt aufgehoben. Die Sache wird insoweit zu neuer Beurteilung an das Verwaltungsgericht zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer zu neun Zehnteln (Fr. 1'800.--) und der privaten Beschwerdegegnerin zu einem Zehntel (Fr. 200.--) auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die private Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'800.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber