Faits:
A. A.a A._ est propriétaire des parcelles n° 1, 2 et 3 du Registre foncier de D._. La parcelle n° 1, d'une surface de 34'200 m2, comprend des vignes sur une surface de 12'886 m2, le solde étant composé de prés et de champs. Deux bâtiments sont érigés sur ce bien-fonds: le premier abrite un poulailler de 2 m2; le second, construit vers 1850, est une maison d'habitation de 204 m2 au sol et de trois niveaux habitables. La parcelle n° 2 représente 1'612 m2 de vignes. La parcelle n° 3 de 3'166 m2 est occupée par une forêt. Ces terrains sont actuellement loués à des viticulteurs. Par acte du 26 novembre 2010, A._ a promis de vendre les parcelles n° 1, 2 et 3 à B._ et Dame B._, pour le prix de 2'000'000 fr. La vente était, notamment, subordonnée à l'octroi d'une autorisation d'acquérir selon le droit foncier rural.
Dans la Feuille des avis officiels du canton de Vaud, a été publié un appel d'offres, selon lequel les parcelles n° 1, 2 et 3 avaient trouvé un acquéreur qui n'était pas exploitant à titre personnel, pour un montant total de 2'000'000 fr. Le 19 janvier 2011, X._, diplômé de l'Ecole d'agriculture de Marcelin, qui exploite un domaine viticole à D._, a offert d'acquérir ces parcelles pour le prix de 2'001'000 fr.
A.b Le 12 avril 2011, A._ a déposé deux requêtes. La première tendait à obtenir l'autorisation de morceler la parcelle n° 1, en application de la loi vaudoise du 29 novembre 1961 sur les améliorations foncières (ci-après: la loi sur les améliorations foncières ou LAF; RS/VD 913.11). La seconde était adressée à la Commission foncière rurale, section I, du canton de Vaud (ci-après: la Commission foncière) pour demander la soustraction au droit foncier rural d'une surface de 2'902 m2 à détacher de la parcelle n° 1, et l'inscription d'une mention correspondante au registre foncier conformément à l'art. 86 al. 1 let. b de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural (ci-après: LDFR ou loi sur le droit foncier rural; RS 211.412.11). Cette surface correspondait à celle des deux bâtiments, ainsi que leurs abords immédiats. Dans une note interne à l'administration vaudoise du 21 juillet 2011, la Division "hors zone à bâtir" du Service du développement territorial du canton de Vaud a accordé "l'autorisation nécessaire, à teneur des art. 24a de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) et 4a de l'ordonnance fédérale du 4 octobre 1993 sur le droit foncier rural (ODFR; RS 211.412.110)". Le 18 août 2011, le Service du développement du canton de Vaud (ci-après: le Service du développement) a informé A._ de la transmission du dossier à la Commission foncière, en précisant qu'une fois la décision rendue par celle-ci, il statuerait au regard de la loi sur les améliorations foncières. Le 19 août 2011, la Commission foncière a autorisé A._ à requérir l'inscription de la mention sollicitée au registre foncier. Le Département de l'économie du canton de Vaud (ci-après: le Département) a, dans une seule décision du 13 septembre 2011, octroyé, d'une part, l'autorisation de morcellement et, d'autre part, l'autorisation spéciale "hors zone à bâtir" requise par les dispositions des art. 24a LAT et 4a ODFR.
Le 29 août 2011, A._ a demandé à la Commission foncière l'autorisation de vendre les parcelles n° 1, 2 et 3 à C._, viticulteur à D._ et exploitant personnel, pour le prix de 206'068 fr. La Commission foncière a délivré l'autorisation requise, le 1er septembre 2011. X._ a recouru contre cette décision, en concluant soit à sa nullité, soit à son annulation.
B. Le 2 septembre 2011, X._ s'est adressé à la Commission foncière pour réaffirmer son intention d'acquérir les parcelles n° 1, 2 et 3, et de s'opposer à tout morcellement de la parcelle n° 1 qui aurait pour but d'éluder les règles du droit foncier rural. X._ a invité la Commission foncière à, le cas échéant, considérer son courrier comme un recours. Le 15 septembre 2011, la Commission foncière a transmis le courrier du 2 septembre 2011 au Tribunal cantonal comme objet de sa compétence.
Par arrêt du 29 décembre 2011, le Tribunal cantonal a déclaré le recours de X._ irrecevable faute de qualité pour agir et l'a condamné aux frais et dépens. Il a tout d'abord relevé que la décision du 19 août 2011 formait l'unique objet du litige; X._ n'entrait dans aucune des catégories auxquelles l'art. 83 al. 3 LDFR reconnaissait la qualité pour recourir; dès lors, son recours était irrecevable. Par surabondance de droit, le Tribunal cantonal s'est prononcé sur les griefs au fond soulevés par le recourant pour arriver à la conclusion qu'ils étaient mal fondés.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ requiert le Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de réformer l'arrêt du 29 décembre 2011 en ce sens que le recours formé devant le Tribunal cantonal est déclaré recevable, de lui reconnaître la qualité pour recourir, d'annuler la décision de soustraction au droit foncier rural du 19 août 2011 et celle de morcellement du 13 septembre 2011, ainsi que de dire qu'il a droit à l'acquisition des parcelles n° 1, 2 et 3. Il demande aussi à être "autorisé à requérir une autorisation de vente en sa faveur". Subsidiairement, il sollicite le renvoi de la cause à l'instance précédente pour reprise de l'instruction dans le sens des considérants, plus subsidiairement pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
La Commission foncière et C._ concluent au rejet du recours. A._ s'en remet à justice quant au sort du recours au fond. B._ et Dame B._ concluent principalement à l'irrecevabilité du recours, subsidiairement à son rejet.
Le Président de la IIe Cour de droit public a, par ordonnance du 29 février 2012, rejeté la demande d'effet suspensif mais a admis la requête de mesures provisionnelles et interdit au Conservateur du Registre foncier de D._ d'inscrire toute mention de morcellement, de soustraction au régime du droit foncier et de transfert de propriété des parcelles en cause.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 3; <ref-ruling> consid. 1 p. 444).
1.1 En vertu de l'art. 89 al. 1 LTF, a qualité pour former un recours en matière de droit public quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a), est particulièrement atteint par la décision attaquée (let. b) et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (let. c).
En principe, le recourant a un intérêt digne de protection à demander l'annulation d'un arrêt d'irrecevabilité afin d'obtenir qu'il soit statué sur le fond de sa cause; cela indépendamment et sans préjudice du motif d'irrecevabilité retenu en procédure administrative, qui constitue l'objet de la contestation devant le Tribunal fédéral, à l'exclusion du fond de l'affaire (<ref-ruling> consid. 4 p. 241 et les arrêts cités). En l'espèce, on pourrait se demander si le recourant a qualité pour recourir au sens de la disposition susmentionnée puisque le Tribunal cantonal s'est aussi prononcé sur le fond de la cause. Il ne l'a toutefois fait que par surabondance de droit et le dispositif de l'arrêt ne rejette pas le recours mais le déclare irrecevable. Cette question peut cependant rester ouverte, le recours devant de toute façon être rejeté.
1.2 Pour le surplus, dirigé contre un arrêt rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d LTF), le recours ne tombe pas sous le coup d'une des exceptions mentionnées à l'art. 83 LTF. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et en la forme prévue (art. 42 LTF), il est en principe recevable comme recours en matière de droit public, étant mentionné que l'arrêt au fond de l'autorité intimée aurait pu être déféré au Tribunal fédéral par cette voie (cf. art. 89 LDFR et <ref-ruling> consid. 3.2 p. 149; <ref-ruling> consid. 1 p. 500).
1.3 Toutefois, les conclusions, et les griefs y relatifs, touchant au fond du litige excèdent l'objet de la contestation (cf. consid. 1.1) et sont donc irrecevables. Il en va de même de celles qui s'en prennent aux décisions de première instance qui, soit ne faisaient pas partie de l'objet de la contestation devant le Tribunal cantonal, soit ont été remplacées par l'arrêt cantonal au regard de l'effet dévolutif reconnu au recours devant le Tribunal cantonal.
2. Le recourant présente sa propre vision du déroulement des faits. C'est ignorer que le Tribunal fédéral est lié par les faits arrêtés par la dernière instance cantonale (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve d'une mise en oeuvre de l'art. 105 al. 2 LTF qui l'autorise à les rectifier ou les compléter dans la mesure où le Tribunal cantonal les aurait fixés de manière manifestement contraire au droit, c'est-à-dire arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 450). Celui qui se prévaut d'un tel vice se doit toutefois de l'alléguer et de le motiver dans les formes exigées par l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 3 p. 104; <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322). A défaut, aucun fait nouveau ne peut être présenté devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF), sous réserve d'exceptions qui ne sont pas réalisées en la cause. Dans la mesure où le recourant ne motive nullement un quelconque arbitraire dans l'appréciation des faits de manière conforme aux exigences strictes de l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral contrôlera l'application du droit fédéral en se fondant sur les faits retenus dans l'arrêt entrepris.
3. 3.1 Le recourant se plaint du fait que le Tribunal cantonal ne lui a pas reconnu la qualité pour agir à l'encontre de la décision du 19 août 2011 de la Commission foncière. Il soulève ainsi, indirectement, la question de l'application de l'art. 111 LTF, question que le Tribunal fédéral examine d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il convient donc de déterminer si le Tribunal cantonal aurait dû, tel que l'affirme le recourant, entrer en matière sur le recours.
3.2 Aux termes de l'art. 111 al. 1 LTF, la qualité de partie à la procédure devant toute autorité cantonale précédente doit être reconnue à quiconque a qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral. L'alinéa 3 précise que l'autorité qui précède immédiatement le Tribunal fédéral doit pouvoir examiner au moins les griefs visés aux art. 95 à 98 LTF, au nombre desquels figure la violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le principe de l'épuisement des instances est observé, au sens de l'art. 111 al. 3 LTF, lorsque le recourant est à même d'invoquer, devant la dernière autorité cantonale, tous les griefs qu'il pourra, par la suite, soulever devant le Tribunal fédéral, sans qu'il ne soit pour autant nécessaire que l'autorité analyse ces questions d'office.
Pour déterminer si le Tribunal cantonal était en droit de ne pas entrer en matière sur le recours de l'intéressé, il convient donc de vérifier de quelle manière, confronté à une situation similaire, le Tribunal fédéral l'aurait résolue. Dans l'hypothèse où le Tribunal de céans serait entré en matière, le Tribunal cantonal aurait dû, conformément à l'art. 111 al. 3 LTF, se prononcer sur le fond (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 299 et les références citées).
4. 4.1 En premier lieu, il s'agit de définir l'objet de la contestation au fond.
4.2 Il convient, pour cela, de distinguer les différentes procédures prévues par la loi sur le droit foncier rural en ce qui concerne les immeubles agricoles, tels que définis à l'art. 6 LDFR (cf., pour une description détaillée de ces procédures, <ref-ruling> consid. 3.3 p. 518 ss).
Il y a tout d'abord la procédure tendant à autoriser l'acquisition d'un immeuble agricole (art. 61 al. 1 LDFR). L'autorisation peut être accordée à un acquéreur qui n'est pas personnellement exploitant si celui-ci prouve qu'il existe, pour ce faire, un juste motif au sens de l'art. 64 al. 1 LDFR. Tel est notamment le cas lorsque, malgré une offre publique à un prix qui ne soit pas surfait (cf. art. 66 LDFR), aucune demande n'a été faite par un exploitant à titre personnel (art. 64 al. 1 let. f LDFR).
Une autre procédure tend à constater qu'un immeuble situé en dehors d'une zone à bâtir est exclu du champ d'application de la loi sur le droit foncier rural. Il s'agit de biens-fonds situés hors des zones à bâtir - et donc présumés agricoles - et qui ne sont en réalité d'aucune utilité à l'agriculture. En pareil cas, l'art. 84 LDFR permet de faire constater par l'autorité compétente que l'immeuble considéré n'est pas soumis au champ d'application de la loi sur le droit foncier rural (cf. <ref-ruling> consid. 2); le cas échéant, une mention sera inscrite au registre foncier (art. 86 LDFR).
Finalement, il existe une procédure encore distincte tendant à accorder une exception à l'interdiction de morcellement (cf. pour le canton de Vaud, cf. art. 5 al. 2 let. b de la loi vaudoise du 13 septembre 1993 d'application de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le droit foncier rural). En effet, les immeubles agricoles ne peuvent en principe pas être partagés en parcelles de moins de 25 ares (art. 58 al. 2 LDFR), mais l'autorité compétente en matière d'autorisation peut autoriser exceptionnellement le morcellement. Il en va en particulier ainsi quand l'immeuble agricole est divisé en une partie qui relève du champ d'application de la loi sur le droit foncier rural et une autre qui n'en relève pas (art. 60 al. 1 let. a LDFR). Comme le champ d'application de la loi sur le droit foncier rural s'étend aussi, à l'encontre du système, aux immeubles à usage mixte qui ne sont pas partagés en une partie agricole et une partie non agricole (art. 2 al. 2 let. d LDFR), la partie non agricole, que la loi n'a pas vocation à protéger, ne reste soumise à la loi sur le droit foncier rural que jusqu'au jour où elle est soustraite à l'interdiction de morcellement (art. 58 LDFR) par une autorisation exceptionnelle (art. 60 al. 1 let. a LDFR), à la délivrance de laquelle il existe un droit (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 518 ss; <ref-ruling> consid. 2c et les références citées).
Un usage mixte au sens de la loi résulte souvent du fait que les bâtiments d'habitation et d'exploitation utilisés initialement pour l'agriculture ne sont plus nécessaires à celle-ci ou servent à d'autres fins, notamment d'habitation, contrairement à leur destination; de tels bâtiments peuvent être exclus du champ d'application de la loi sur le droit foncier rural en vertu de l'art. 60 al. 1 let. a LDFR s'il s'avère qu'ils seront à l'avenir inutiles au maintien d'une exploitation agricole rentable et offrant de bons moyens d'existence (ATF <ref-ruling> consid. 2c). Ces critères ne jouent un rôle que si l'usage agricole a pris fin et que l'autorité compétente est requise de soustraire du champ d'application de la loi sur le droit foncier rural des bâtiments utilisés auparavant pour l'agriculture (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 518 ss; <ref-ruling> consid. 2b in fine).
4.3 Le 19 août 2011, la Commission foncière a autorisé A._ à requérir l'inscription d'une mention, au registre foncier, attestant qu'une surface déterminée de 2'902 m2 de la parcelle n° 1 n'était pas soumise au droit foncier rural. Dans son recours devant le Tribunal cantonal, le recourant a conclu à l'annulation de cette décision qui fait donc partie de l'objet de la contestation et du litige (sur ces notions, cf. arrêt 2C_777/2009 du 21 avril 2009 consid. 1.1 et ULRICH MEYER/ISABEL VON ZWEHL, L'objet du litige en procédure de droit administratif fédéral, in: Mélanges Pierre Moor, 2005, n° 4 ss, p. 446), ce qui a été retenu par le Tribunal cantonal. Il faut préciser, à propos de cette procédure, que, dans ses observations du 21 février 2012, la Commission foncière a mentionné que le morcellement de la parcelle n° 1 avait été autorisé par le Service du développement mais n'avait pas fait l'objet d'une décision formelle car "les fractions issues de cette opération étaient supérieures à 2'500 m2".
Le recourant a également attaqué, devant le Tribunal cantonal, la décision du 13 septembre 2011 octroyant l'autorisation de morcellement selon la loi sur les améliorations foncières, ainsi que l'autorisation spéciale "hors zone à bâtir" requise par les dispositions des art. 24a LAT et 4a ODFR. Cette décision étant postérieure au recours du 12 septembre 2011 devant le Tribunal cantonal, l'intéressé ne pouvait pas prendre de conclusion y relative dans cette écriture et il ne l'a fait que dans sa réplique. Le Tribunal cantonal a alors considéré que seule la décision du 19 août 2011 constituait l'objet de la contestation, à l'exclusion de celle du 13 septembre 2011. Bien que le recourant conteste que tel soit le cas, le Tribunal fédéral n'examinera pas plus avant cette question puisqu'elle n'a aucune influence sur la qualité pour recourir de l'intéressé, seule en cause à ce stade.
Finalement, contrairement ce que prétend le recourant, la procédure d'autorisation d'acquisition de l'art. 64 al. 1 let. f LDFR, ne fait pas non plus partie de l'objet de la contestation. Si, effectivement, dans un premier temps, une telle procédure a été entamée, et l'appel d'offres publié, elle n'est toutefois pas allée à son terme. Aucune autorisation n'a en effet été délivrée, A._ et les époux B._ ayant renoncé à procéder de la sorte.
5. 5.1 L'art. 83 al. 3 LDFR définit le cercle des personnes ayant qualité pour interjeter un recours au niveau cantonal. Il prévoit:
"Les parties contractantes peuvent interjeter un recours devant l'autorité cantonale de recours (art. 88) contre le refus d'autorisation, l'autorité cantonale de surveillance, le fermier et les titulaires du droit d'emption, du droit de préemption ou du droit à l'attribution, contre l'octroi de l'autorisation."
Cette disposition s'applique aussi dans le cadre du recours en matière de droit public devant le Tribunal fédéral (cf., sous l'OJ, <ref-ruling> consid. 1b p. 275).
5.2 Bien que, comme on l'a vu, la procédure d'autorisation d'acquérir ne fasse pas partie de l'objet de la contestation, il convient de rappeler la jurisprudence relative à la qualité pour recourir dans ce domaine; elle permet, en effet, de mieux cerner cette qualité telle que reconnue par l'art. 83 al. 3 LDFR et de répondre aux arguments développés dans le recours.
La jurisprudence du Tribunal fédéral a, à plusieurs reprises, pu rappeler que la formulation de l'art. 83 al. 3 LDFR résulte d'un compromis entre ceux qui voulaient voir la règle de l'art. 103 let. a OJ - qui prévoyait que la qualité pour recourir était reconnue à la personne pouvant se prévaloir d'un intérêt digne de protection, soit d'un intérêt juridique ou de fait actuel, pratique et particulier (pour plus de détails, cf. arrêt 5A.21/2005 du 17 novembre 2005 consid. 4.2) - appliquée également à la loi sur le droit foncier rural et ceux pour qui les décisions d'autorisation ne devaient pouvoir être attaquées que par les parties au contrat et non par un tiers quelconque. En adoptant l'art. 83 al. 3 LDFR, le législateur fédéral a délibérément cherché à limiter le cercle des personnes généralement habilitées à recourir en matière administrative (<ref-ruling> consid. 1b et c p. 275). Il s'avère ainsi que l'intention du législateur, en adoptant cette norme dans sa formulation définitive, était avant tout d'assurer un droit de recours au fermier ainsi qu'aux titulaires du droit d'emption, du droit de préemption ou du droit à l'attribution en mentionnant expressément ces personnes, tout en excluant du cercle des personnes ayant qualité pour recourir les voisins, les organisations de protection de la nature et de l'environnement ainsi que les organisations professionnelles comme les associations paysannes. Techniquement, le choix du législateur s'explique en ceci que les décisions prises en application de la loi sur le droit foncier rural produisant des effets formateurs sur les rapports de droit privé, elles ne doivent pas pouvoir être attaquées par un tiers quelconque (<ref-ruling> consid. 3.1; arrêt 5A.21/2005 du 17 novembre 2005 consid. 4.2). Même si, malgré sa formulation restrictive, l'art. 83 al. 3 LDFR n'est pas exhaustif dans l'énumération des personnes habilitées à recourir contre l'octroi d'une autorisation d'acquérir un bien agricole (<ref-ruling> consid. 1c p. 276; arrêt 5A.35/2006 du 5 juin 2007 consid. 2.2.2, non publié in <ref-ruling>), la jurisprudence du Tribunal fédéral est particulièrement stricte en ce domaine puisque, dans le cadre de la procédure d'autorisation d'acquérir, elle n'ouvre même pas la voie du recours au propriétaire ayant fait l'objet d'une réalisation forcée et qui, estimant le prix d'adjudication trop bas où invoquant l'absence d'activités agricoles de l'adjudicataire, s'en prend à l'autorisation d'acquérir octroyée à ce dernier (arrêt 5A.21/2005 du 17 novembre 2005).
5.3 Au terme de la procédure d'appel d'offres (art. 64 al. 1 let. f LDFR), l'exploitant à titre personnel n'a pas un droit à l'acquisition de l'entreprise ou de l'immeuble agricole (arrêt 5A.35/2006 du 5 juin 2007 consid. 2.2.2, non publié in <ref-ruling>; arrêt 5A.3/2006 du 28 avril 2006 consid. 1.3, non publié in <ref-ruling>); il ne peut potentiellement acquérir que si le propriétaire persiste dans son intention de vendre (cf. YVES DONZALLAZ, Commentaire de la loi fédérale du 4 octobre 1991 sur le nouveau droit foncier rural, 2003, ch. 606, p. 169). Le caractère aléatoire de ce droit d'acquérir est donné par plusieurs facteurs. Tout d'abord, il peut y avoir plusieurs offres d'exploitants à titre personnel. Dans ce cas, le propriétaire peut choisir l'une d'elles ou même vendre à un autre exploitant qui n'aurait pas formulé d'offres. Ensuite, le propriétaire ne pourrait être empêché de vendre à un non exploitant en cas d'offre manifestement trop basse d'un exploitant, au vu de la valeur des biens mis sur le marché. La doctrine met ainsi en évidence l'effet destructeur ("destruktive Wirkung", cf. BEAT STALDER/CHRISTOPH BANDLI, in Das bäuerliche Bodenrecht: Kommentar zum Bundesgesetz über das bäuerliche Bodenrecht vom 4. Oktober 1991, 2e éd., 2011, ch. 37 ad art. 64) ou de blocage de ce mécanisme, en ce sens qu'il interdit la vente à un non-exploitant mais ne fonde nullement une obligation (positive) du propriétaire de conclure avec l'exploitant ayant formulé une offre. Le Tribunal fédéral a déclaré que cette personne n'appartient pas au cercle des intéressés que le législateur avait l'intention d'exclure à l'art. 83 al. 3 LDFR (arrêts 5A.35/2006 du 5 juin 2007 consid. 2.2, non publié aux <ref-ruling>; 5A.3/2006 du 28 avril 2006 consid. 1.2, non publié aux <ref-ruling>). Force est toutefois de constater qu'elle ne fait pas plus partie de celles que le législateur entendait protéger, puisque le tiers n'est ni fermier, ni titulaire du droit d'emption, du droit de préemption ou du droit à l'attribution. Sa qualité pour agir ne peut donc être reconnue que de manière restrictive. Pour l'instant, la jurisprudence ne l'a admise que dans l'hypothèse où le contrat de vente a été conclu avec un tiers et que, en dépit de l'offre formulée par un exploitant à titre personnel, l'autorité administrative a octroyé le droit d'acquérir à l'acquéreur non exploitant (cf. références susmentionnées). Cette jurisprudence part de l'idée que l'exploitant à titre personnel qui a formulé une offre est mieux placé pour acquérir que celui qui n'a pas agi en ce sens, dans la mesure où, en cas d'offres identiques, il peut être indifférent au propriétaire de vendre à un exploitant ou à un non exploitant. Comme on le verra, il n'y a pas lieu, dans le cas d'espèce, de décider si ce lien est véritablement suffisant pour justifier du maintien de cette jurisprudence. L'art. 64 al. 1 let. f LDFR ne confère pas non plus à l'acquéreur potentiel non exploitant un intérêt digne de protection pour contester la décision d'octroi de l'autorisation d'acquérir un domaine à un exploitant agricole (arrêt 5A_228/2008 du 9 juin 2008 consid. 2.2).
En ce qui concerne l'autorisation de partage matériel et de morcellement de l'art. 60 LDFR, si ce partage est lié à l'aliénation de l'immeuble, l'aliénateur et l'acquéreur ont tous deux qualité pour recourir contre une décision négative, alors que, lorsque l'autorisation de soustraction à la loi sur le droit foncier rural est requise sans qu'il y ait simultanément aliénation, seul le propriétaire est concerné et habilité à recourir (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 586). Ainsi, dans cette procédure, la qualité pour recourir n'est jamais reconnue à un tiers.
Finalement, il faut encore mentionner que, dans le système de la loi fédérale sur le droit foncier rural, la défense de l'intérêt public au maintien de la propriété rurale foncière incombe, au plan cantonal, aux seules autorités cantonales de surveillance (cf. RNRF 92/2011 p. 378, 2C_127/2009 consid. 2.3; arrêt 5A.21/2005 du 17 novembre 2005).
5.4 En l'espèce, comme on l'a vu (consid. 4.3), la Commission foncière n'a pas eu à statuer sur la demande d'autorisation d'acquérir formulée par les époux B._ à la suite de l'appel d'offres. Ceux-ci, qui avaient conclu une promesse de vente avec A._ le 26 novembre 2010, ont renoncé à poursuivre sur cette voie, avec l'accord du propriétaire promettant-vendeur, préférant la procédure de soustraction à la loi sur le droit foncier rural et de mention au registre foncier pour la partie de la parcelle supportant la maison d'habitation. Comme le relève, à juste titre, le Tribunal cantonal, s'ils avaient finalisé le processus contractuel par la conclusion d'un contrat de vente et obtenu une autorisation d'acquérir, en dépit de l'offre supérieure formulée par un exploitant à titre personnel, ce dernier aurait eu, à teneur de la jurisprudence actuelle rappelée ci-dessus, qualité pour recourir contre cette autorisation. Tel n'est pourtant pas le cas dans la présente cause.
En effet, nous ne nous trouvons pas ici dans un cas d'autorisation de vente d'un bien qui, en tant que tel, a fait l'objet d'un appel d'offres, mais dans celui d'un partage, autorisé par l'autorité compétente, entre une partie d'immeuble relevant du champ d'application de la loi et une autre qui en est exclue. Que le propriétaire décide, au terme d'une procédure d'appel d'offres dont le résultat lui semble, pour des motifs qui lui appartiennent, insatisfaisant, de diviser l'un de ses immeubles conformément aux règles prévues par le droit foncier rural relève de son seul choix; le tiers, qu'il soit exploitant à titre personnel ou non, ne saurait interférer dans ce processus en s'en plaignant devant les autorités administratives puis judiciaires. Il en va de même lorsque, comme en l'espèce, le partage dûment autorisé est complété par des actes de vente distincts, le premier portant sur les terrains agricoles conclu avec un autre exploitant à titre personnel (la décision d'autorisation de vendre ces terrains fait l'objet d'une autre procédure [cf. arrêt attaqué consid. 1b]) et le second, relatif à la parcelle bénéficiant d'une mention de soustraction au champ d'application de la loi sur le droit foncier rural (art. 86 al. 1 let. b LDFR), passé avec un tiers non exploitant. Seule l'autorité de surveillance, désignée par les cantons en application de l'art. 90 al. 1 let. b LDFR, est habilitée à recourir contre de telles décisions, dont celle autorisant la mention de soustraction au registre foncier, à l'exclusion du tiers qui aurait désiré acquérir les immeubles en question. Dans une telle hypothèse, en effet, le lien entre l'exploitant à titre personnel qui a formulé une offre dans une procédure d'autorisation d'acquérir et la procédure ultérieure de partage puis de vente est trop ténu pour reconnaître à l'offrant la qualité pour recourir.
Finalement, le recourant se prévaut de l'arrêt 5A.14/2005 du 3 février 2006. Le Tribunal fédéral y a confirmé un arrêt du Tribunal administratif qui avait sanctionné le comportement abusif d'un propriétaire qui s'était fait céder une créance garantie par un immeuble bordant, en zone agricole, ceux dont il était déjà propriétaire en zone à bâtir. Cet arrêt ne saurait pourtant s'appliquer à la présente cause puisque, en l'espèce, seule est litigieuse la qualité pour recourir de l'intéressé, à l'exclusion du fond de l'affaire et que cet arrêt a trait à une autorisation d'acquérir et non à la procédure tendant à obtenir la soustraction au droit foncier rural d'une parcelle et l'inscription d'une mention correspondante au registre foncier.
5.5 En conclusion, c'est à juste titre que le Tribunal cantonal a nié la qualité pour recourir de X._ sur la base de l'art. 83 al. 3 LDFR. En conséquence, l'art. 111 LTF n'a pas été violé.
6. Le recourant n'ayant pas la qualité pour agir devant le Tribunal cantonal et cette autorité n'étant donc, à bon droit, pas entrée en matière sur le recours, il n'y a pas lieu de se prononcer sur les griefs relatifs aux différents vices de procédure invoqués par l'intéressé.
7. Le recours doit donc être rejeté dans la limite de sa recevabilité. Les mesures provisionnelles prononcées le 29 février 2012 sont rapportées.
Succombant, le recourant supportera les frais judiciaires, ainsi que les dépens des époux B._ et de C._. A._, dont le mandataire s'est contenté de s'en remettre à justice, n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 8'000 fr., à payer aux époux B._, et une seconde indemnité de 8'000 fr. également, à payer à C._, à titre de dépens, sont mises à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, à la Commission foncière rurale du canton de Vaud, Section I, au conservateur du Registre foncier de D._ et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 2 juillet 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Kurtoglu-Jolidon