Faits:
A. A._ et Dame A._ se sont mariés le 14 janvier 2002 à Z._. Le couple n'a pas d'enfants.
Les époux A._ vivent aujourd'hui séparés. Selon A._, cette séparation daterait du 1er décembre 2004, tandis qu'aux dires de son épouse, elle serait intervenue le 15 septembre 2004 déjà.
B. B.a Le 13 novembre 2006, Dame A._ a déposé, devant le Tribunal de première instance du canton de Genève, une première demande unilatérale en divorce fondée sur l'<ref-law>. Cette procédure est actuellement pendante devant la 18ème chambre de ce tribunal.
B.b En audience de comparution personnelle, A._ a soulevé l'exception d'incompétence ratione loci, invoquant avoir lui-même déposé une demande en divorce, le 4 décembre 2006, devant le Tribunal de Y._ (VS). Cette exception a été rejetée par jugement du Tribunal de première instance du canton de Genève le 22 février 2007, décision confirmée le 14 septembre 2007 par la Cour de justice. Il a en effet été jugé que A._ n'avait pas démontré s'être constitué un domicile légal en Valais lorsque son épouse avait introduit sa demande en divorce, le 13 novembre 2006.
Dans l'intervalle, le 12 mars 2007, A._ a retiré sa demande; le 14 mars 2007, il en a déposé une nouvelle, fondée sur l'<ref-law>, également devant le tribunal valaisan. Cette dernière juridiction a refusé d'entrer en matière, suite aux décisions précitées du Tribunal de première instance et de la Cour de justice du canton de Genève.
B.c Le 4 février 2008, Dame A._ a introduit, toujours devant le Tribunal de première instance de Genève, une seconde demande unilatérale en divorce, fondée cette fois sur l'<ref-law>. Elle y a préalablement conclu à la jonction de cette cause avec la procédure ouverte le 13 novembre 2006.
Dans ses écritures sur incident de jonction, A._ a soulevé l'exception de litispendance, concluant à l'irrecevabilité de la seconde demande en divorce déposée par son épouse. Celle-ci a déclaré s'en rapporter à justice sur la jonction et la suspension de la cause jusqu'à droit jugé sur sa première demande en divorce.
Par jugement du 25 septembre 2008, le Tribunal de première instance a rejeté l'exception de litispendance, estimant que la première requête, subsidiaire à la seconde, était devenue sans objet. Il a par ailleurs rejeté les conclusions de l'épouse tendant à la jonction des deux procédures, l'intérêt de procéder en application des art. 114 et 115 CC n'ayant pas été démontré.
Statuant sur appel de A._ le 15 mai 2009, la Cour de justice l'a rejeté, confirmant la décision du premier juge.
C. Le 19 juin 2009, A._ interjette devant le Tribunal fédéral un recours en matière civile contre l'arrêt rendu par la cour cantonale, demandant son annulation. Se plaignant de la violation des art. 2, 114 et 115 CC, le recourant conclut principalement à ce que soit prononcée l'incompétence des instances cantonales saisies par son épouse pour connaître de la demande en divorce fondée sur l'<ref-law> et conclut à l'irrecevabilité de celle-ci, voire à son rejet. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause aux instances cantonales.
L'intimée n'a pas été invitée à répondre.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 2, 629 consid. 2 et la jurisprudence citée).
1.1 Toute décision qui ne peut être qualifiée de finale ou de partielle au sens de l'art. 90, respectivement 91 LTF, doit en principe être considérée comme une décision préjudicielle ou incidente au sens des art. 92 et 93 LTF. Une décision est préjudicielle ou incidente lorsqu'elle est rendue en cours de procès et ne constitue qu'une étape vers la décision finale; elle peut avoir pour objet une question formelle ou matérielle, tranchée préalablement à la décision finale (<ref-ruling> consid. 2.2).
Confirmant le rejet de l'exception de litispendance soulevée par le recourant devant le Tribunal de première instance, l'arrêt entrepris revêt un caractère incident. En tant qu'elle statue sur une exception de litispendance, la décision attaquée doit par ailleurs être considérée comme une décision sur la compétence au sens de l'<ref-law> (BERNARD CORBOZ, Commentaire de la LTF, 2009, n. 12 ad <ref-law>; cf. pour l'ancien droit: <ref-ruling> consid. 4b). Notifiée séparément, elle peut faire l'objet d'un recours immédiat au Tribunal fédéral (<ref-law>).
1.2 La décision entreprise déboute le recourant de son exception de litispendance, soulevée dans le cadre de la procédure de divorce qui l'oppose à l'intimée - seconde procédure fondée sur l'<ref-law>. Il s'agit donc d'une décision prise en matière civile (<ref-law>), par un tribunal supérieur de dernière instance cantonale (<ref-law>), dans une affaire non pécuniaire. Déposé en temps utile (<ref-law>), le recours en matière civile est, dès lors, en principe recevable.
2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est lié ni par les motifs invoqués par les parties ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale (cf. <ref-ruling> consid. 3.1); iI peut donc admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 in fine, 297 consid. 3.1).
3. Seule demeure litigieuse l'exception de litispendance soulevée par le recourant.
3.1 Celui-ci affirme en effet que, faute pour l'intimée d'avoir retiré sa première demande en divorce (fondée sur l'<ref-law>), celle-ci serait toujours pendante, et que la seconde (fondée sur l'<ref-law>) devrait en conséquence être déclarée irrecevable. Il soutient également que l'intimée aurait fait un usage abusif de la procédure: en liant l'instance au for genevois par sa première demande, puis en déposant la seconde après avoir attendu l'écoulement de la durée légale de séparation instaurée par l'<ref-law>, l'intimée aurait ainsi lié le Tribunal sans interruption et empêché le recourant de lui-même saisir le tribunal valaisan de son domicile d'une demande fondée sur l'<ref-law>.
3.2 Après avoir souligné qu'aucune des parties ne contestait leur séparation effective et ininterrompue depuis au moins deux ans lors du dépôt, par l'épouse, de la seconde demande unilatérale de divorce fondée sur l'<ref-law>, la Cour de justice a jugé que l'intimée n'avait pas commis d'abus de droit en introduisant cette seconde demande. L'épouse avait non pas invoqué la nouvelle cause de divorce dans le cadre de la procédure déjà pendante, mais introduit une nouvelle demande, à l'issue du délai de deux ans. La demande fondée sur l'<ref-law>, devenue subsidiaire à celle fondée sur l'<ref-law>, avait ainsi perdu tout objet et devrait être retirée, le divorce des parties devant être prononcé au vu de la seule réalisation du critère objectif de la durée de séparation des époux. La cour cantonale a ainsi confirmé que le risque de jugements contradictoires était écarté, si bien que l'exception de litispendance soulevée par le recourant devait être rejetée. Celui-ci ne pouvait d'ailleurs s'opposer au principe du divorce fondé sur ce critère objectif dans la mesure où il avait lui-même déposé, devant le tribunal de son domicile allégué en Valais, une demande unilatérale en divorce fondée sur l'<ref-law> et sur laquelle cette dernière juridiction n'était pas entrée en matière, après que la Cour de justice du canton de Genève avait rejeté l'exception d'incompétence ratione loci invoquée par le recourant.
4. Il y a lieu avant tout d'examiner le bien-fondé de l'exception de "litispendance" soulevée par le recourant en relation avec l'action de l'art. 115 et celle de l'<ref-law>, toutes deux ouvertes par son épouse.
4.1 Le divorce sur demande unilatérale est régi par les art. 114 et 115 CC. Un époux peut demander unilatéralement le divorce lorsque, au début de la litispendance de la demande ou au jour du remplacement de la requête commune par une demande unilatérale, les conjoints ont vécu séparés pendant deux ans au moins (<ref-law>). Avant l'expiration de ce délai, chaque époux peut toutefois demander le divorce en invoquant que des motifs sérieux, qui ne lui sont pas imputables, rendent la continuation du mariage insupportable (<ref-law>).
Le divorce sur demande unilatérale après suspension de la vie commune pendant deux ans au moins (<ref-law>) constitue une cause absolue de divorce, en ce sens que la rupture du lien conjugal est présumée, de manière irréfragable, après l'écoulement d'un délai de deux ans (<ref-ruling> consid. 4a; notamment: ROLAND FRANKHAUSER, in INGEBORG SCHWENZER (éd.), Praxiskommentar Scheidungsrecht, 2005, n. 1 sv. ad <ref-law>; Jean-François Perrin, Les causes du divorce selon le nouveau droit, in Renate Pfister-Liechti (éd.), De l'ancien au nouveau droit du divorce, 1999, p. 25). La cause de divorce instaurée par l'<ref-law> est ainsi subsidiaire par rapport à celle de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4b et les nombreuses références doctrinales citées). Dès lors, lorsque le demandeur invoque les deux motifs de séparation - ce qui est admissible - le tribunal saisi doit avant tout examiner si les conditions de l'<ref-law> sont remplies. Dans l'affirmative, l'intérêt juridique à l'examen de la demande sous l'angle de l'<ref-law> disparaît (THOMAS SUTTER/DIETER FREIBURGHAUS, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, 1999, n. 7 ad <ref-law>). Lorsqu'en revanche le demandeur fonde sa demande exclusivement sur l'<ref-law> et que le délai de deux ans expire en cours de procédure, une transformation de la demande n'est pas envisageable et le tribunal ne pourra dès lors prononcer le divorce en se référant à l'<ref-law>. Il appartiendra au demandeur d'introduire une nouvelle action sur la base de cette dernière disposition, après avoir formellement retiré la première (RUTH REUSSER, Die Scheidungsgründe und die Ehetrennung, in Heinz Hauser (éd.), Vom alten zum neuen Scheidungsrecht, 1999, n. 1.67; Daniel Steck, in Basler Kommentar, 3e éd., 2007, n. 20 ad <ref-law>; PERRIN, op. cit., p. 30). Il pourra en faire de même si la demande fondée sur l'<ref-law> est rejetée, sans que le principe de l'autorité de la chose jugée puisse lui être opposé (arrêt 5C.221/2001 du 20 février 2002 consid. 4b publié in SJ 2002 I p. 276 et les références; arrêt 5C.18/2002 du 14 mai 2002 consid. 4.3). Il n'est cependant pas exclu que le conjoint demandeur conserve un intérêt juridique à faire examiner la cause de divorce fondée sur l'<ref-law>, ne serait-ce, par exemple, que pour des questions liées à la dissolution du régime matrimonial - qui rétroagit au jour du dépôt de la requête (<ref-law>) - ou pour maintenir le prononcé d'éventuelles mesures provisoires qu'il aurait obtenues et qu'il devrait en conséquence demander à nouveau dans le cadre de la nouvelle procédure.
4.2 L'exception de litispendance vise à éviter la coexistence de plusieurs procès, et le risque de jugements contradictoires que celle-ci entraîne, lorsque des actions, portant sur le même objet et opposant les mêmes parties, sont introduites devant différents tribunaux, à plusieurs endroits (cf. art. 35 LFors; <ref-ruling> consid. 3b/bb p. 288).
Tel n'est pas le cas en l'occurrence puisqu'il s'agit de deux actions, portant certes sur le même objet (le divorce), mais dont le fondement juridique est différent (art. 114 et 115 CC), et qui sont formées devant le même juge. La question de savoir si le juge saisi de la demande fondée sur l'<ref-law> pouvait déclarer sans objet celle fondée sur l'<ref-law>, sans avoir préalablement et formellement ordonné la jonction des deux procédures, peut rester indécise dans la mesure où l'épouse n'a pas recouru contre cette décision et que le recourant ne s'en plaint pas.
5. Autre est toutefois la question de savoir si, en l'espèce, le juge genevois pouvait décider d'entrer en matière sur la demande de l'épouse, fondée sur l'<ref-law>, alors que l'époux avait, de son côté, ouvert antérieurement une action fondée sur l'<ref-law> en Valais. Cette question peut néanmoins rester ouverte, faute pour le recourant de disposer d'un intérêt juridique à la voir tranchée.
L'<ref-law> subordonne en effet la recevabilité du recours en matière civile à l'existence d'un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. Contrairement à ce que soutient le recourant, rien ne l'empêchait, ni ne l'a d'ailleurs empêché, de déposer en Valais une demande en divorce fondée sur l'<ref-law>. Après avoir en effet introduit en Valais une première demande en divorce, finalement retirée, le recourant en a déposé une seconde, fondée sur l'<ref-law>. Cette dernière action, introduite en Valais le 14 mars 2007, à savoir antérieurement à celle qu'a déposée l'intimée à Genève, a été déclarée irrecevable par le juge valaisan. La cause a été radiée du rôle et le recourant n'a pas interjeté recours contre cette décision de non-entrée en matière. Dans ces conditions, il ne dispose d'aucun intérêt juridique à l'admission d'une exception de litispendance, faute de procédure pendante en Valais.
6. Vu ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant qui succombe (<ref-law>). Aucune indemnité de dépens n'est accordée à l'intimée qui n'a pas été invitée à répondre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 28 août 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret