A.- Der 1941 geborene D._ erlitt bei einem Arbeitsunfall im Jahre 1963 eine Beckenfraktur. In der Folge traten rezidivierende lumbovertebrale Schmerzschübe auf, die immer wieder Arbeitsunfähigkeit verursachten. Seit
6. Januar 1992 arbeitete er bei der Firma B._ AG als Sägereimitarbeiter. Nach einem Sturz am 26. Juli 1995 litt er an persistierenden Rückenschmerzen und Parästhesien im rechten Bein (Bericht des Dr. med. A._, Facharzt für Allgemeine Medizin, vom 26. September 1995). D._ konnte seine Arbeit bei anhaltenden Beschwerden zeitweilig zu 50 % aufnehmen. Die B._ AG kündigte ihm auf den
31. März 1996 aus wirtschaftlichen Gründen. In der Folge bezog D._ Arbeitslosenentschädigung. Mit Anmeldung vom 12. März 1996 ersuchte er um Leistungen der Invalidenversicherung.
Die Verfügung vom 24. April 1997, mit welcher sie jegliche Leistungen abgelehnt hatte, hob die IV-Stelle Bern im Rahmen des Beschwerdeverfahrens wieder auf und liess berufliche Abklärungen durchführen. Zudem holte sie ein polydisziplinäres Gutachten beim Spital Y._ vom 24. Mai 1998 ein. Gestützt auf diese Ergebnisse sprach sie D._ auf Grund eines Invaliditätsgrades von 61 % und der Viertelsrente seiner Ehefrau mit Wirkung ab 1. September 1996 die Hälfte einer halben Ehepaar-Invalidenrente zu (Verfügung vom 15. September 1999).
B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 14. Juni 2000 ab.
C.- D._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Antrag, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und ihm eine ganze Invalidenrente zuzusprechen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Das Bundesamt für Sozialversicherung hat sich nicht vernehmen lassen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über den Anspruch auf eine Invalidenrente (Art. 28 Abs. 1 und 1bis IVG) und die Ermittlung des Invaliditätsgrades bei Erwerbstätigen nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>) sowie die Begriffe der invaliditätsfremden Faktoren (AHI 1999 S. 238 Erw. 1 mit Hinweisen) und des massgebenden ausgeglichenen Arbeitsmarktes (AHI 1998 S. 290 Erw. 3b mit Hinweisen) zutreffend dargelegt.
Darauf kann verwiesen werden.
2.- Streitig ist der Anspruch auf eine Invalidenrente.
a) Im polydisziplinären Gutachten des Spitals Y._ vom 24. Mai 1998 werden als Leiden mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit eine Arthrose des Iliosakralgelenkes links bei Status nach Fraktur mit Verdacht auf Instabilität, ein reaktives lumbales Schmerzsyndrom bei Fehlform, Fehlhaltung sowie Fehlbelastung der Wirbelsäule und eine Periarthropathia humeroscapularis links festgehalten.
Es liege ein eindeutig somatisches Substrat für die Beschwerden vor. Auch bei weiterer Behandlung sei nicht mit einer Besserung zu rechnen. Für schwere sowie rein stehende oder sitzende Tätigkeiten betrage die Arbeitsunfähigkeit 70 %. Aus psychiatrischer Sicht lasse sich zwar eine psychosoziale Problematik ausmachen, doch verfüge der Versicherte über hinreichend gute Ressourcen, um damit fertig zu werden, und zeige auch keinerlei psychopathologische Symptomatik. Durch seine familiäre Situation habe sich zusammen mit den chronischen Rückenbeschwerden eine Überforderung des Versicherten eingestellt, wobei die invaliditätsfremden Faktoren etwa hälftig für die Arbeitsuntätigkeit des Beschwerdeführers verantwortlich seien. Er werde auf dem heutigen Arbeitsmarkt keine Stelle finden, die ihm nicht von einer Behörde vermittelt werde. Bei sorgfältiger Wiedereingliederung mit gleichzeitiger Führung wäre in einer leichteren Tätigkeit mit Wechselbelastung eine Arbeitsfähigkeit von 50 % möglich.
Die Anlehr- und Dauerwerkstätte Z._ hielt in ihrem Bericht vom 3. März 1999 fest, dass der Versicherte nach einem Wechsel in die mechanische Abteilung eine Präsenzzeit von 4,25 Stunden pro Tag aufwies, bei der Arbeit ein ständiger Haltungswechsel erforderlich sei und er keine Lasten heben könne sowie stets aufpassen müsse, keine Verrenkungen zu machen. Seine Leistung betrage deshalb nur 30 bis 40 %.
In seinem Bericht vom 23. August 1999 an die IV-Stelle hält Dr. med. F._, Facharzt für Innere Medizin, fest, dass auch in der Anlehr- und Dauerwerkstätte Z._ infolge starker Schmerzen wiederholt vollständige Arbeitsausfälle zu verzeichnen waren. Am 3. Mai 1999 sei erneut ein Computertomogramm angefertigt worden, welches eine Bandscheibenprotrusion L3/L4 und eine linksbetonte Gefügelockerung ergab. Zudem lasse sich eine Lockerung der Intervertebralgelenke und eine leichtgradige wahrscheinliche Progredienz der paramedian bis mediolateral rechtsbetonten Vorwölbung der Bandscheibe L4/L5 feststellen, wobei die unregelmässige Konturierung auf eine Rissbildung des Anulus fibrosus hinweise. Diese Angaben und die damit verbundene Verschlechterung des Gesundheitszustandes werden im Bericht vom 10. Juli 2000 bestätigt und präzisiert.
b) Nachdem bereits aus dem Gutachten vom 24. Mai 1998 hervorgeht, dass nur unter optimaler Wiedereingliederung eine Arbeitsfähigkeit von 50 % möglich sei, Dr. med.
F._ in seinem Bericht vom 23. August 1999 eine Verschlechterung des Gesundheitszustandes darlegt und sich auch aus dem Bericht der Anlehr- und Dauerwerkstätte Z._ ergibt, dass die Leistungsfähigkeit des Versicherten nicht das Niveau der geschätzten medizinisch-theoretischen Arbeitsfähigkeit erreicht, durfte die IV-Stelle im vorliegend massgeblichen Zeitpunkt, dem Verfügungserlass am 15. September 1999, nicht von einer Arbeitsfähigkeit von 50 % in einer leichten Tätigkeit ausgehen. Zwar trifft es zu, dass für die Ermittlung des Invaliditätsgrades nicht auf die konkret herrschenden Arbeitsmarktverhältnisse, sondern auf den ausgeglichenen Arbeitsmarkt abzustellen ist und auch das Alter und der Ausbildungsstand des Versicherten als invaliditätsfremde Faktoren keinen Einfluss auf das zumutbare Invalideneinkommen haben; dennoch darf nicht von idealsten Voraussetzungen ausgegangen und eine Arbeitsfähigkeit angenommen werden, welche im massgebenden Zeitpunkt nicht (mehr) vorlag. Die Sache wird an die IV-Stelle zurückgewiesen, damit sie abkläre, in welchem Ausmass der Versicherte in der Zeit zwischen 1. September 1996 und
15. September 1999 arbeitsfähig war bzw. seit wann sich die Verschlechterung seines Gesundheitszustandes auf die Arbeitsfähigkeit auswirkte sowie ob er mit seiner Tätigkeit in der Anlehr- und Dauerwerkstätte Z._ die ihm verbliebene Arbeitsfähigkeit in zumutbarem Umfang verwertet.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne
gutgeheissen, dass der Entscheid des Verwaltungsgerichts
des Kantons Bern vom 14. Juni 2000 und die Verfügung
der IV-Stelle Bern vom 15. September 1999 aufgehoben
werden und die Sache an die IV-Stelle zurückgewiesen
wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im
Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle Bern hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich
Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses
zu befinden haben.
V.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht
des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche
Abteilung, der Ausgleichskasse Gastrosuisse und dem
Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 21. August 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Die Gerichtsschreiberin: