Fatti:
A. Intenzionato a edificare una palazzina con appartamenti di lusso ad Ascona, su di un fondo di sua proprietà e due fondi confinanti che avrebbe ancora dovuto comperare, nell'estate 1999 B._ ha incaricato l'arch. A._ di allestire un progetto di costruzione e un preventivo.
Nel novembre 1999 l'architetto ha presentato un primo preventivo, che indicava un costo di costruzione, terreno escluso, di fr. 6'226'045.--; nel febbraio 2000 ne ha poi consegnato un secondo di fr. 6'696'358.--. Preso atto di questi importi, B._ ha acquistato le due particelle e si è attivato per ottenere i necessari crediti di costruzione e trovare degli acquirenti per gli appartamenti.
Prima ancora dell'inizio dei lavori, nel settembre 2000, egli ha scoperto che i preventivi contenevano un errore di somma di fr. 1'126'009.--, ciò che lo ha per finire indotto a rinunciare all'intera operazione e a rivendere le tre particelle destinate a tale progetto.
B. Il 10 novembre 2004 B._ ha adito la Pretura della Giurisdizione di Locarno-Campagna chiedendo la condanna dell'arch. A._ al pagamento di fr. 1'228'186.55, oltre interessi, a titolo di risarcimento del danno patito a causa del grave errore di calcolo commesso nell'elaborazione del preventivo. Il convenuto ha avversato la petizione. Egli ha tra l'altro sollevato l'eccezione di prescrizione, essendo trascorso più di un anno tra la consegna del preventivo difettoso (risalente al 26 novembre 1999) e l'introduzione della causa, rispettivamente tra la rescissione del contratto da parte di B._ (avvenuta al più tardi il 27 settembre 2001, quando ha rivenduto i fondi) e l'introduzione della causa.
Con il consenso delle parti la procedura è continuata limitatamente all'eccezione di prescrizione, giusta l'art. 181 CPC/TI.
Aderendo alla tesi del convenuto circa l'applicabilità delle norme sul contratto d'appalto e quindi, per la prescrizione, dell'art. 210 CO - applicabile in virtù del rinvio contenuto nell'art. 371 cpv. 1 CO - il 24 maggio 2006 il Pretore ha accolto l'eccezione di prescrizione e, di conseguenza, ha respinto la petizione.
C. Di diverso avviso la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone civile, la quale, a prescindere dalla qualificazione giuridica dell'accordo intervenuto fra le parti, ha ritenuto applicabile il termine di prescrizione decennale di cui all'art. 127 CO.
Con sentenza del 20 luglio 2007 la massima Corte ticinese ha quindi accolto l'appello di B._ e riformato il giudizio di primo grado nel senso della reiezione dell'eccezione di prescrizione.
D. Prevalendosi della violazione di varie norme del diritto federale, l'arch. A._ è tempestivamente insorto dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile volto a ottenere la modifica della sentenza impugnata nel senso di respingere l'appello e confermare la pronunzia pretorile.
Nelle osservazioni del 25 ottobre 2007 B._ ha proposto di dichiarare il gravame irricevibile.
L'autorità cantonale ha invece rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. L'opponente propone di dichiarare il ricorso irricevibile, siccome rivolto contro una decisione incidentale senza che siano adempiuti i requisiti posti dall'art. 93 cpv. 1 LTF.
1.1 Giusta l'art. 90 LTF il ricorso è di principio proponibile contro le decisioni che pongono fine al procedimento. Può essere inoltrato contro decisioni incidentali separate dal merito, che non riguardano la competenza o la ricusazione (cfr. art. 92 LTF) - com'è quella in rassegna, con cui la causa viene rinviata all'autorità inferiore a seguito della reiezione dell'eccezione di prescrizione - soltanto se "esse possono causare un pregiudizio irreparabile" (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF) oppure "se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa" (art. 93 cpv. 1 lett. b LTF).
1.2 In concreto il ricorrente si richiama in particolare all'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF.
Pacifico che l'accoglimento del ricorso e l'annullamento della sentenza impugnata per intervenuta prescrizione porrebbero fine definitivamente all'azione promossa dall'opponente, il ricorrente spiega che l'istruttoria sarà lunga e costosa: egli ha infatti praticamente contestato tutti i fatti addotti dalla controparte, agli atti vi sono oltre cento documenti che parti e giudici dovranno commentare, andranno sentiti vari testimoni per accertare la volontà delle parti, lo svolgimento delle trattative così come i motivi della rottura dei rapporti contrattuali e della vendita della proprietà da parte dell'opponente, infine dovranno anche venir ordinate delle perizie per determinare l'entità del risarcimento, contestato su tutta la linea, e l'attendibilità del preventivo.
A mente dell'opponente, il ricorrente enfatizza le difficoltà della procedura probatoria, che in realtà sarà rapida e poco costosa.
1.3 Ora, come osservato dal ricorrente, il tenore dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF corrisponde a quello dell'art. 50 OG, indi per cui ci si può riferire alla prassi sviluppata sotto l'egida di tale normativa (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 412). Ciò significa, tra l'altro, che il Tribunale federale decide "secondo il suo libero apprezzamento" se i presupposti per l'applicazione dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF sono adempiuti (cfr. art. 50 cpv. 2 OG; <ref-ruling> consid. 1a pag. 92).
In concreto, le circostanze addotte dal ricorrente fanno apparire giustificata, sotto il profilo dell'economia processuale, la richiesta di pronunciarsi sull'eccezione di prescrizione, che se accolta porrà fine alla lite. Va inoltre osservato come, pur asseverando che l'istruttoria sarà rapida, lo stesso opponente precisi di voler chiedere l'edizione di vari documenti da parte delle banche, l'edizione di altri documenti dalla controparte e una perizia sulla necessità o l'opportunità di effettuare lavori di adeguamento nella sua casa.
2. Per il resto, la ricevibilità del ricorso non pone problemi, siccome interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione emanata dalla Corte ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. b LTF).
3. Il Tribunale d'appello ha reputato superfluo stabilire la natura giuridica - contratto di appalto o di mandato - degli accordi intervenuti fra le parti, la questione della prescrizione essendo in realtà regolata dall'art. 371 CO, secondo cui l'azione del committente di una costruzione immobiliare contro l'architetto per i difetti dell'opera si prescrive con il decorso di cinque anni dalla consegna dell'opera (cpv. 2), rispettivamente, se non si tratta di un'opera immobiliare, entro il termine di un anno, così come vale nella compravendita (cpv. 1). Qualora invece la responsabilità dell'architetto non sia riconducibile alla difettosità dell'opera, ovvero se la violazione contrattuale a lui imputata non ha provocato alcun difetto ai sensi dell'art. 367 CO - hanno proseguito i giudici ticinesi - la prescrizione dell'azione del committente è soggetta al termine decennale di cui all'art. 127 CO.
Dato che in concreto all'architetto è stato rimproverato "unicamente un errore nell'allestimento del preventivo, violazione contrattuale che di per sé non era tale da provocare, e di fatto non ha provocato, alcun difetto nell'opera", la Corte cantonale ha concluso per l'applicazione del termine decennale di prescrizione. I giudici ticinesi hanno infatti ritenuto che la responsabilità imputata al ricorrente rientra nel concetto di "unrichtige Kosteninformation" ed è analoga a quella derivante dal superamento dei costi preventivati o dall'errata determinazione del prezzo, per le quali torna applicabile il termine di prescrizione di cui all'art. 127 CO.
4. A mente del ricorrente questa decisione viola gli art. 363 e 394 CO laddove omette di qualificare il contratto che legava le parti e non applica alla fattispecie le regole sull'appalto; lede inoltre gli art. 127, 210 cpv. 1 e 371 cpv. 1 e 2 CO perché applica il termine di prescrizione decennale, invece di quello annuale, a pretese di risarcimento derivanti da difetti di un'opera mobiliare.
Il ricorrente rimprovera alla massima istanza ticinese di non aver tenuto conto della giurisprudenza del Tribunale federale sul contratto d'architetto e, più in particolare, sulla prescrizione delle pretese di garanzia e risarcimento del committente. Secondo tale giurisprudenza l'architetto che allestisce solo piani e preventivi esegue un appalto, mentre quello che si occupa solo della direzione dei lavori svolge un mandato; se l'incarico comprende tutte queste mansioni il contratto è misto e si applicano alternativamente le regole del contratto d'appalto e quelle del mandato.
Le pretese di risarcimento rivolte contro l'architetto possono quindi prescriversi in modo differenziato - prosegue il ricorrente - a seconda del rapporto giuridico in gioco, del carattere mobiliare o immobiliare dell'opera e della natura della violazione contrattuale commessa. Poiché l'allestimento dei piani e dei preventivi da parte dell'architetto è retto dalle norme sul contratto d'appalto, i difetti che colpiscono esclusivamente queste opere mobiliari (piani e preventivi) - senza ripercuotersi sulla costruzione immobiliare - sono disciplinati dagli art. 367 segg. CO, di modo che la garanzia dell'architetto per i difetti di piani e preventivi si prescrive in un solo anno in forza degli art. 371 cpv. 1 e 210 cpv. 1 CO.
5. La critica ricorsuale è pertinente nella misura in cui verte sulla necessità di qualificare la relazione contrattuale instauratasi fra le parti.
5.1 La qualifica del contratto d'architetto - e, di conseguenza, la responsabilità per eventuali inadempienze - varia a dipendenza delle prestazioni affidate al professionista nel caso specifico, che portano a qualificarlo quale appalto, se gli viene affidata solo l'esecuzione dei piani, o quale mandato, se gli viene affidata solo la direzione dei lavori, oppure, se gli vengono affidate entrambe le mansioni, quale contratto di natura mista (cosiddetto contratto d'architetto globale), nel qual caso è possibile un'applicazione differenziata del diritto a seconda dell'oggetto del litigio (cfr. <ref-ruling> consid. 2a pag. 545 con rinvii).
5.2 E dalla qualifica del contratto dipende il termine di prescrizione applicabile alla responsabilità dell'architetto.
Come rettamente ricordato nel gravame, nella <ref-ruling> consid. 4.1 e 4.2 il Tribunale federale ha infatti per esempio già stabilito che, qualora l'architetto sia stato incaricato solo dell'elaborazione dei piani, la sua responsabilità per eventuali difetti si prescrive nel termine di un anno (art. 371 cpv. 1 CO, con rinvio all'art. 210 cpv. 1 CO). Diverso è il caso se a causa dei piani difettosi si è verificato un difetto nella costruzione immobiliare, poiché in tale eventualità la prescrizione è disciplinata dall'art. 371 cpv. 2 CO; se invece l'agire dell'architetto ha per altre ragioni delle ripercussioni negative sulla realizzazione della costruzione immobiliare (ad esempio per carente controllo dei lavori, superamento dei costi o ritardo nella consegna), la prescrizione è di regola quella decennale di cui all'art. 127 CO, come ben ricordato anche dalla Corte cantonale (cfr. <ref-ruling> consid. 3 pag. 418 seg.). Sennonché nella fattispecie in esame la costruzione immobiliare non è nemmeno iniziata.
6. A mente del ricorrente, il contratto avente per oggetto l'allestimento dei piani e/o del preventivo dev'essere qualificato come contratto d'appalto relativo a opere mobiliari, di modo che la sua responsabilità per eventuali difetti si prescrive in un anno (art. 371 cpv. 1 CO, con rinvio all'art. 210 cpv. 1 CO).
6.1 La sua affermazione può senz'altro essere condivisa in quanto riferita all'allestimento dei piani, trattandosi del risultato del lavoro intellettuale proprio dell'architetto, ch'egli è in grado di garantire (<ref-ruling> consid. 4.1 e 4.2; cfr. anche, fra tutti, Pierre Tercier, Les contrats spéciaux, 3a ed., Zurigo/Basilea/Ginevra 2003, n. 4849). In caso di difetti dei piani o, eventualmente, di un errore nel preventivo riconducibile esclusivamente ai difetti dei piani la prescrizione è dunque regolata dall'art. 371 CO.
6.2 In concreto, tuttavia, nessuno ha mai preteso che l'asserito errore nel preventivo sarebbe imputabile a un difetto di progettazione. Stando a quanto accertato nella sentenza impugnata, all'architetto viene rimproverato un "errore di somma". Il litigio è quindi limitato al contratto relativo all'allestimento del preventivo.
6.2.1 Il ricorrente sostiene che, come per i piani, anche all'elaborazione del preventivo tornano applicabili le norme sul contratto d'appalto e a sostegno di tale tesi cita Rolf H. Weber (in: Basler Kommentar, 4a ed., Basilea 2007, n. 31 ad art. 394 CO), Pierre Engel (Contrats de droit suisse, 2a ed., Berna 2000, n. 2a pag. 497) e Peter Gauch (Le contrat d'entreprise, adaptation française par Benoît Carron, Zurigo 1999, n. 52); richiama inoltre una sentenza del Tribunale federale del 12 giugno 1984 (<ref-ruling> consid. 2).
6.2.2 I richiami sono corretti. Il ricorrente trascura tuttavia il fatto che nella sua giurisprudenza più recente il Tribunale federale ha ripetutamente stabilito che la responsabilità dell'architetto per una valutazione sbagliata dei costi di costruzione soggiace di principio alle regole del mandato (<ref-ruling> consid. 2a pag. 545; <ref-ruling> consid. 3b; cfr. anche la sentenza non pubblicata del 15 marzo 2005, nella causa 4C.424/2004 consid. 2 e 3).
Poco importa che nelle sentenze citate l'esecuzione dell'opera fosse già iniziata o addirittura terminata: l'errore di valutazione dei costi di costruzione risale in ogni caso alla fase precedente l'inizio dei lavori, come nella fattispecie in esame.
6.2.3 L'elaborazione di un preventivo non può essere considerata alla stessa stregua dei piani, giacché il preventivo non è il prodotto del lavoro intellettuale dell'architetto. Con il preventivo egli fornisce al committente informazioni circa i presumibili costi della costruzione (Walter Fellmann, Haftung für falsche Kostenschätzung, in: Recht der Architekten und Ingenieure, San Gallo 2002, pag. 211-245, in particolare n. 1 pag. 215). Non si tratta dei costi derivanti dalla sua attività di architetto - ciò che differenzia questo preventivo dal "computo approssimativo" fornito dall'appaltatore (cfr. art. 375 CO) - bensì dei costi connessi all'attività dei terzi che interverranno sul cantiere (fornitori di materiali, artigiani, ecc.), indi per cui egli non è in grado di "garantire" un risultato misurabile secondo criteri oggettivi (cfr. Pierre Tercier, op. cit., n. 3856), rimane un certo margine di incertezza (Walter Fellmann, op. cit., n. 1 e 2 pag. 215). Questo impedisce di poter considerare il preventivo da lui allestito come un "opera", suscettibile di fare l'oggetto di un contratto d'appalto (Walter Fellmann, op. cit., n. 4 pag. 226 e 227). Il preventivo configura piuttosto un pronostico, una valutazione che l'architetto è tenuto ad eseguire con la massima diligenza, visto l'influsso che l'informazione da lui fornita avrà sulle successive scelte del committente (Walter Fellmann, op. cit., n. 2 pag. 215). Egli è quindi chiamato a garantire - non il risultato ma - la qualità del proprio lavoro (cfr. Pierre Tercier, op. cit., n. 3856), di modo che il margine d'incertezza accettabile è comunque limitato (Walter Fellmann, op. cit., n. 2 pag. 215).
6.2.4 L'attività svolta dall'architetto chiamato ad allestire un preventivo sui costi di una costruzione immobiliare può dunque essere equiparata a quella di un perito (Walter Fellmann, op. cit., n. 4 pag. 226 seg.).
Nella <ref-ruling> consid. 2, in cui si trattava di valutare la responsabilità di un perito incaricato di effettuare la stima di un immobile, il Tribunale federale, sulla base di considerazioni analoghe a quelle appena esposte, è giunto alla conclusione che poiché il perito non poteva garantire l'esattezza del risultato del suo lavoro, trattandosi di una questione di apprezzamento, la sua responsabilità andava giudicata secondo le regole del mandato (DTF citata consid. 2c).
Lo stesso vale per l'architetto incaricato di elaborare il preventivo sui costi presumibili di costruzione (DTF citata consid. 2d pag. 331).
6.3 Ne discende che le pretese di risarcimento nei confronti dell'architetto per l'errore commesso nell'allestimento del preventivo si prescrivono nel termine di dieci anni previsto dall'art. 127 CO.
7. La decisione dei giudici cantonali di respingere l'eccezione di prescrizione risulta quindi conforme al diritto federale. Ciò comporta la reiezione del gravame.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 10'000.-- sono poste a carico del ricorrente, il quale rifonderà all'opponente fr. 12'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile
del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.