Sachverhalt:
A. Die A._ AG ist Schuldnerin in den Betreibungen auf Grundpfandverwertung Nrn. xxxx und yyyy des Betreibungsamtes F._. Nachdem das Betreibungsamt die Schätzung der beiden betroffenen Grundstücke am 19. Januar 2011 angezeigt hatte, verlangte die Schuldnerin beim Bezirksgericht G._ als untere Aufsichtsbehörde eine neue Schätzung im Sinn von Art. 99 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>, welche am 15. Februar 2011 angeordnet wurde. Die Schuldnerin betrachtete den Experten als befangen, worauf am 12. September 2011 ein neuer Experte vorgeschlagen wurde. Auch dieser wurde als befangen abgelehnt, vom Bezirksgericht aber am 28. September 2011 dennoch eingesetzt. Dagegen wehrte sich die Schuldnerin bis zum Bundesgericht, welches die Sache mit Urteil vom 3. April 2012 zur weiteren Sachverhaltsabklärung und neuen Beurteilung an das Obergericht als obere Aufsichtsbehörde zurückwies (5A_864/2011).
B. In der Folge ernannte das Bezirksgericht G._ am 30. August 2012 einen neuen Experten in der Person von H._. Dagegen erhob die Schuldnerin wiederum Beschwerde, welche das Obergericht mit Urteil vom 9. Oktober 2012 abwies.
C. Gegen dieses Urteil erhob die A._ AG am 29. Oktober 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen, zusammengefasst mit den Begehren um dessen Aufhebung und Vorbereitung der neuen Schätzung in einem fairen Verfahren, namentlich mit schriftlicher Anfrage, unter Einbezug der Experten der Bank I._ und der Bank J._ und unter wiedererwägungsweiser Herabsetzung des Kostenvorschusses von Fr. 8'000.-- auf maximal Fr. 4'000.--. Mit Präsidialverfügung vom 13. Dezember 2012 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Entscheide der oberen kantonalen Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen streitwertunabhängig der Beschwerde in Zivilsachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 2 lit. c und Art. 75 Abs. 1 BGG). Diese steht mithin offen, wobei auf die einzelnen Eintretensvoraussetzungen im Sachzusammenhang zurückzukommen sein wird.
2. Das Obergericht hat für die Ausstandspflicht des beauftragten Liegenschaftsschätzers gestützt auf § 18 EG SchKG/ZH und § 83 Abs. 3 GOG/ZH auf <ref-law>/CH verwiesen; weil diese Bestimmung mithin als subsidiäres kantonales Recht zur Anwendung gelangen würde, könnte in dieser Hinsicht nur ein Verstoss gegen verfassungsmässige Rechte gerügt werden (vgl. Urteil 5A_864/2011 vom 16. März 2012 E. 4.2.1; LEVANTE, Basler Kommentar, N. 66 f. zu <ref-law>). Zwar gibt das Bezirksgericht das Gutachten in Auftrag; es tut dies aber in seiner Funktion als untere kantonale Aufsichtsbehörde und das Gutachten dient für die betreibungsamtliche Schätzung. Vor diesem Hintergrund fragt sich, ob für die Ausstandspflicht nicht vielmehr <ref-law> zum Tragen kommt, welcher grundsätzlich auch auf die hinzugezogenen Hilfspersonen des Betreibungsamtes Anwendung findet (vgl. Urteil 5A_81/2010 vom 29. April 2010 E. 5.1; MÖCKLI, Kurzkommentar SchKG, N. 2 zu <ref-law>). Der Beschwerdeführer erhebt aber keine entsprechenden Rügen; die Frage ist letztlich auch nicht entscheidrelevant, weil sich für die vorliegend interessierenden Fragen aus beiden Ausstandsregelungen und auch aus den für Gutachter geltenden verfassungsrechtlichen Minimalansprüchen gemäss <ref-law> (vgl. dazu Urteile 6B_299/2007 vom 11. Oktober 2007 E. 5.1.1; 5A_81/2010 vom 29. April 2010 E. 5.1) die gleichen Antworten ergeben.
2.1 In erster Linie beklagt sich die Beschwerdeführerin darüber, dass sie den Gutachter nicht selbst habe vorschlagen dürfen, weshalb nicht von einem fairen Verfahren im Sinn von Art. 6 EMRK gesprochen werden könne.
Der Beschwerdeführerin wurde bereits mit dem Urteil 5A_864/2011 in E. 4.1 beschieden, dass das Bezirksgericht nicht gehalten war, sie zur Einreichung von Expertenvorschlägen einzuladen. Umso weniger kommt ihr ein eigentliches Vorschlagsrecht zu, welches für das Gericht bindend wäre; vielmehr liegt die Auswahl bzw. Bezeichnung des Experten in der Kompetenz der das Gutachten anordnenden Behörde (WEIBEL, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, Zürich 2010, N. 15 zu <ref-law> m.w.H.; PERROULAZ, in: Baker & MacKenzie [Hrsg.], Schweizerische Zivilprozessordnung, N. 14 zu <ref-law> m.H.; DOLGE, in: Basler Kommentar, N. 29 zu <ref-law>).
2.2 Weiter macht die Beschwerdeführerin geltend, sie habe ein Recht darauf, dass der Experte in die zu erfüllenden Pflichten eingewiesen werde.
Das Obergericht hat festgehalten, dass der Gerichtsschreiber des Bezirksgerichts den Experten mit E-Mail angefragt habe, ob er bereit wäre, ein Schätzungsgutachten im Sinn von <ref-law> für ein Gastronomiegewerbe inkl. Wohnhaus zu erstellen. Dieser habe sich telefonisch gemeldet und habe mitgeteilt, bereits viele Gastronomiebetriebe bewertet zu haben. Nach Nennung der Parteien habe er bestätigt, keine der Parteien und auch das Objekt nicht zu kennen. Sodann hat das Obergericht darauf hingewiesen, dass die detaillierte Einweisung noch schriftlich erfolgen werde anlässlich der Erteilung des Gutachtensauftrages.
Was daran rechtsverletzend oder unfair im Sinn von Art. 6 EMRK sein soll, ist nicht ersichtlich. Insbesondere kann der Behauptung nicht gefolgt werden, mit der vorerst nur rudimentären mündlichen Orientierung des Experten werde alles "in einer Dunkelkammer versteckt". Es ist nicht ersichtlich, weshalb im Zusammenhang mit der Anfrage zur Bereitschaft der Übernahme eines Gutachterauftrages bereits eine detaillierte Unterrichtung über die Gutachterpflichten erforderlich sein sollte; diese macht erst im Rahmen der tatsächlichen Ernennung zum Gutachter Sinn. Nichts zur Sache tun sodann die - soweit sie überhaupt erstattet wurden, was unklar ist - in den kantonalen Akten nicht vorhandenen eventuellen Stellungnahmen der Bank I._ und der Bank J._, wurden doch gemäss den obergerichtlichen Feststellungen keine dortigen Mitarbeiter als Gutachter vorgeschlagen.
2.3 Dem nunmehr vorgesehenen Experten H._ wirft die Beschwerdeführerin - anders als bei K._ im Verfahren 5A_864/2011 - keine konkrete Befangenheit vor. Sie bemängelt aber, dass vor seiner Ernennung nicht abgeklärt worden sei, ob er irgendwelche Verbindungen zur Fluggruppe A._ habe, obwohl diese an der Ersteigerung der Liegenschaft und damit am Ausgang des Verfahrens interessiert sein könnte.
Das Obergericht hat dazu ausgeführt, dass der Fluggruppe A._ keine Parteistellung zukomme und nicht vorausgesagt werden könne, wer den Zuschlag erhalte. Über Beziehungen zu Aussenstehenden seien Experten ohne Vorliegen konkreter Ausstands- oder Ablehungsgründe nicht zu befragen.
Inwiefern in diesen Erwägungen ein Ermessensmissbrauch liegen soll, ist nicht ersichtlich. Aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ergibt sich, dass zum einen sich die öffentliche Steigerung im Sinn von Art. 125 Abs. 1 i.V.m. <ref-law> definitionsgemäss an jedermann richtet, mithin der Kreis der möglichen Teilnehmer offen ist, und zum anderen der tatsächliche Zuschlagspreis gegen unten wie gegen oben stark von der Schätzung abweichen kann (Urteil 5A_81/2010 vom 29. April 2010 E. 5.3). Zwar wurde im soeben zitierten Urteil offen gelassen, ob der Anschein von Befangenheit allenfalls auch bei einem Näheverhältnis zwischen dem Schätzungsexperten und einem Steigerungsteilnehmer gegeben sein könnte. Diese Frage kann indes weiterhin offen gelassen werden, weil nicht die geringsten Anhaltspunkte bestehen, dass zwischen dem vorgesehenen Liegenschaftsschätzer und der Fluggruppe A._ irgendwelche Verbindungen gegeben sein könnten, welche den Anschein von Befangenheit erwecken würden. Der pauschale Einwand der Beschwerdeführerin, solange der Experte darüber nicht befragt worden sei, müsse sie davon ausgehen, dass er befangen sei, ist offensichtlich vorgeschoben (siehe auch Nichteintretensurteil 5A_463/2011 vom 8. Juli 2011, in welchem der Beschwerdeführerin bereits Verfahrensverzögerung und missbräuchliches Prozessieren vorgehalten wurde).
3. Abschliessend macht die Beschwerdeführerin geltend, der einverlangte Kostenvorschuss von Fr. 8'000.-- sei wiedererwägungsweise auf maximal Fr. 4'000.-- herabzusetzen und die Differenz auszubezahlen.
Aus dem Rechtsbegehren geht nicht klar hervor, ob die Beschwerdeführerin dies direkt vom Bundesgericht oder ob sie es von den kantonalen Instanzen verlangt. Ersteres wäre a priori nicht möglich, weil das Bundesgericht den Kostenvorschuss nicht selbst verfügt hat und es ihn deshalb auch nicht in Wiedererwägung ziehen kann. Soweit die Beschwerdeführerin Entsprechendes von den kantonalen Instanzen und somit anfechtungsweise verlangt, ist zu beachten, dass das Bundesgericht die Frage der Höhe des Kostenvorschusses bereits mit Urteil 5A_864/2011 E. 4.3 beurteilt und in diesem Zusammenhang eine Verletzung des Willkürverbotes verneint hat. Die Garantie auf ein faires Verfahren ist nicht verletzt, wenn das Obergericht in der Folge zum Schluss gekommen ist, die Verfügung des Kostenvorschusses sei in Rechtskraft erwachsen und darauf könne nicht mehr zurückgekommen werden.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde in Zivilsachen abzuweisen ist, soweit auf sie eingetreten werden kann. Die Gerichtskosten sind somit dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Der Gegenpartei ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Betreibungsamt F._ und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, als obere kantonale Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Januar 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: Möckli