Faits:
A. A.a Titulaire d'un diplôme yougoslave d'infirmière en soins généraux délivré en 1968, X._ est autorisée à pratiquer dans le canton de Vaud en cette qualité. En novembre 2004, le Service de protection de la jeunesse du canton de Vaud (ci-après: le Service cantonal) l'a autorisée à ouvrir, à A._ (VD), une garderie d'enfants à l'enseigne "..." (ci-après: la garderie n° 1). Par ailleurs, X._ a sollicité en février 2007 l'autorisation d'ouvrir, à B._ (VD), une garderie à l'enseigne "..." (ci-après: la garderie n° 2), que le Service cantonal a accordée pour une durée limitée provisoire à compter du 1er mars 2007.
A.b Dès l'année 2007, les garderies nos 1 et 2 ont fait l'objet de plusieurs plaintes et rapports défavorables.
Ainsi, à la suite de dénonciations reçues en 2007 et critiquant la prise en charge des enfants au sein des deux garderies, le Service cantonal a procédé à des visites de surveillance impromptues. En mai 2007, il a constaté que le personnel (qualifié) et l'encadrement étaient insuffisants compte tenu du nombre et de l'âge des enfants présents. Il a adressé un avertissement à X._ et lui a demandé des informations. Face à une remise incomplète des documents requis et à de nouvelles critiques émanant de parents, le Service cantonal a, le 5 juillet 2007, mis en demeure X._ de remédier au manque de personnel et d'améliorer le concept pédagogique de la garderie n° 1 jusqu'à la rentrée scolaire 2007. Lors d'une visite de contrôle, effectuée en janvier 2008, le Service cantonal a constaté certaines améliorations; par courrier du 21 janvier 2008, il a néanmoins "maintenu" sa mise en demeure compte tenu de la persistance d'un taux d'encadrement insuffisant en personnel.
A.c En février 2008, le Service cantonal a ordonné l'ouverture d'une enquête approfondie sur le fonctionnement des institutions gérées par X._, dans le cadre de laquelle des visites de surveillance ont été effectuées et 19 parents ou couples de parents ainsi que 24 membres du personnel ont été questionnés. Plusieurs personnes interrogées ont entre autres reproché à X._ d'avoir infligé des châtiments corporels à ses propres petits-enfants qui fréquentaient aussi la garderie, voire à d'autres enfants désobéissants ou en pleurs avec lesquels elle avait perdu patience; d'avoir fait preuve de favoritisme et d'avoir tenu des propos dénigrants envers certains enfants. En outre, elle a été critiquée pour avoir imposé des tâches administratives et ménagères aux éducateurs tandis que ceux-ci étaient chargés d'encadrer les enfants, ainsi que d'être à l'origine, de par son comportement et son style de direction, des fréquents changements et du manque de personnel (qualifié).
A.d Après avoir constaté certaines améliorations relatives à l'encadrement au sein de la garderie n° 2, le Service cantonal a délivré à X._ une autorisation temporaire en août 2008.
Lors d'une nouvelle visite effectuée en septembre 2008 au sein de la garderie n° 1, le Service cantonal a conclu au non-respect par X._ de l'autorisation d'exploiter "en ce qui concerne les âges des enfants (6 bébés), du cadre de référence en ce qui concerne le taux d'encadrement des enfants les plus jeunes, ajoutés au groupe des enfants plus âgés, ainsi que l'absence de personnel au bénéfice des titres professionnels requis".
Dans un rapport du 10 octobre 2008, le Service cantonal a entre autres retenu que X._ avait des difficultés à gérer son personnel et à garantir une stabilité au sein des structures, que certaines de ses attitudes et recommandations pédagogiques étaient inadéquates, qu'elle n'avait fréquemment pas respecté son devoir d'information et qu'il lui était, depuis de nombreux mois, difficile de respecter les directives en matière d'accueil collectif de jour, notamment s'agissant du taux d'encadrement. Le Service cantonal a mis X._ en demeure, sous peine de retrait des autorisations d'exploitation, de remédier aux manquements relevés en modifiant l'organisation interne des deux institutions et en désignant, d'ici à fin février 2009, une responsable pédagogique pour chacune d'elles, de sorte à n'exercer elle-même plus que la fonction d'exploitante. Tout en contestant les constats du Service cantonal, l'intéressée a déclaré qu'elle exécuterait ces mesures "par gain de paix".
Les garderies nos 1 et 2 ont fait l'objet d'autres visites de surveillance, dont certaines ont révélé que les critères du nombre d'enfants autorisé et du taux d'encadrement par rapport à l'âge des enfants n'étaient pas respectés. En outre, un manque de personnel qualifié et des changements de personnel fréquents ont été relevés.
A la suite de mesures prises dans les garderies, notamment l'engagement d'une directrice pédagogique, le Service cantonal a levé la mise en demeure du 10 octobre 2008 en date du 3 avril 2009 et a délivré de nouvelles autorisations d'exploiter, en les conditionnant notamment à la transmission de grilles-horaires nominatives et détaillées de l'équipe éducative, à la clarification de la répartition des tâches et responsabilités entre la directrice éducative et l'exploitante administrative ainsi qu'à la mise en conformité de l'équipe d'encadrement.
Des contrôles effectués en automne et hiver 2009 dans la garderie n° 1 ont permis de constater une certaine amélioration de la situation, en particulier s'agissant de l'encadrement éducatif. Toutefois, le Service cantonal a, au cours de certaines de ses visites, relevé des défaillances persistantes, notamment par rapport à l'encadrement en personnel qualifié, à l'organisation inadéquate de l'espace et à la présence de bébés "visiblement perturbés"; il a également retenu des départs du personnel, en particulier la démission de la directrice pédagogique de la garderie n° 1.
B. Par décision du 23 novembre 2009, le Service cantonal a retiré les autorisations d'exploiter les garderies nos 1 et 2, ordonnant leur fermeture avec effet au 31 mars 2010, en raison de la démission de la directrice pédagogique, du non-respect des conditions auxquelles étaient soumises les autorisations, et des changements continuels de personnel au sein de l'équipe éducative.
Lors de sept visites de surveillance effectuées de janvier à mai 2010 dans les garderies nos 1 et 2, le Service cantonal a relevé des tensions et empiètements de compétences entre la nouvelle directrice pédagogique, entrée en fonction en janvier 2010, et X._, ayant conduit au licenciement suivi du réengagement de ladite directrice. Hormis quelques améliorations (par exemple, efforts d'aménagement des locaux), le Service cantonal a notamment relevé un manque de personnel encadrant qualifié, la poursuite des fluctuations en personnel, l'absence de direction pédagogique dans la garderie n° 2 et un dépassement du nombre autorisé d'enfants dans ce dernier établissement.
Saisie d'un recours contre la décision du 20 novembre 2009, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté celui-ci par arrêt du 16 janvier 2012, a confirmé la décision de retrait des autorisations d'exploiter précitée et a imparti à X._ un nouveau délai au 30 avril 2012 pour fermer les garderies nos 1 et 2.
C. Le 16 février 2012, X._ a interjeté un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire auprès du Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal cantonal du 16 janvier 2012. Dans chacun de ses deux recours, elle conclut à la réforme de l'arrêt entrepris en ce sens que les autorisations d'exploiter les deux garderies ne soient pas retirées, respectivement lui soient délivrées, ces garderies n'étant alors pas fermées; enfin, elle conclut à ce que l'arrêt attaqué soit annulé, "une nouvelle décision étant rendue selon les considérants, ensuite notamment de nouvelles mesures d'instruction".
Le Tribunal cantonal et l'Office fédéral de la justice ont renoncé à se déterminer. Le Service cantonal a conclu au rejet du recours et à la confirmation de sa décision du 20 novembre 2009. La recourante s'est encore déterminée par écrit le 27 avril 2012 et a persisté dans ses conclusions.
Par ordonnance présidentielle du 15 mars 2012, le Tribunal fédéral a accordé l'effet suspensif aux recours jusqu'au 30 juin 2012.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>) et contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 103).
1.1 La recourante a déposé à la fois un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire. Il convient de s'interroger sur la recevabilité du premier.
1.2 L'arrêt querellé porte sur le retrait des autorisations d'exploiter deux garderies d'enfants, en application de l'art. 20 de l'ordonnance fédérale du 19 octobre 1977 réglant le placement d'enfants à des fins d'entretien et en vue d'adoption (OPEE; RS 211.222.338). Relevant du domaine de la protection de l'enfant (cf. <ref-law>), la décision en cause doit être entreprise par le biais du recours en matière civile devant le Tribunal fédéral (art. 72 al. 2 let. b ch. 7 LTF; cf. arrêts 5A_904/2011 du 14 mai 2012 consid. 1.1; 5A_705/2010 du 14 mars 2011 consid. 1.1; 5A_619/2008 du 16 décembre 2008 consid. 1.1).
1.3 Conformément aux voies de droit mentionnées dans l'arrêt du 16 janvier 2012, la recourante a introduit un recours en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral. L'indication erronée de la voie de droit ne saurait cependant lui nuire, pour autant que son écriture remplisse l'ensemble des conditions formelles de la voie de droit en cause (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 499; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 382).
Tel est le cas en l'espèce, l'arrêt attaqué étant une décision finale (<ref-law>), rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 75 al. 1 et 2 LTF), qui concerne une affaire non pécuniaire (art. 74 a contrario LTF). La voie du recours en matière civile est donc en principe ouverte.
1.4 Par ailleurs, le recours a été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites (<ref-law>), par la personne qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, est particulièrement touchée par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (<ref-law>). Le recours en matière de droit public, traité comme recours en matière civile, doit en conséquence être déclaré recevable.
1.5 Il s'ensuit que le recours constitutionnel subsidiaire déposé en parallèle est irrecevable (art. 113 a contrario LTF; cf. arrêt 2C_505/200 du 29 mars 2010 consid. 1.2, non publié in <ref-ruling>). Il est pour ce motif inutile de traiter des conséquences du non-respect par la recourante de l'<ref-law>, d'après lequel le recours en matière de droit public et le recours constitutionnel subsidiaire auraient dû être déposés dans un seul mémoire.
1.6 En tant que les pièces qui accompagnent la détermination de la recourante du 27 avril 2012 ne ressortent pas déjà de la procédure cantonale, il s'agit de moyens nouveaux irrecevables (<ref-law>).
2. 2.1 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral contrôle librement le respect du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Aux termes de cet alinéa, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant. En ces matières, l'acte de recours doit, sous peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits ou principes constitutionnels violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 2.5 p. 314; <ref-ruling> consid. 2 p. 248). Par conséquent, la Cour de céans n'examinera pas les griefs d'ordre constitutionnel que la recourante a invoqués de manière confuse et non suffisamment motivée.
2.2 L'examen du Tribunal fédéral se fonde sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 560; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). Si les recourants entendent s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente (cf. <ref-law>), ils doivent expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. Sinon, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergeant de celui qui est contenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entrera pas en matière sur les critiques de type appellatoire de la recourante portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves et se fondera sur les faits ressortant de l'arrêt entrepris (cf. <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322).
2.3 En tant que la recourante renvoie le Tribunal fédéral à l'exposé des faits et des motifs qu'elle a présenté au Tribunal cantonal dans l'optique de contester l'appréciation des preuves faite par les autorités cantonales, et qu'elle se réserve, alternativement, la possibilité de compléter ses écritures si un "tel mode de faire n'était pas accepté", son recours doit être déclaré irrecevable. Un renvoi général à des écritures précédant la décision attaquée devant la Cour de céans ne satisfait en effet pas aux exigences de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 306 et les références citées); de même, il n'est pas possible, passé le délai de recours, de compléter son mémoire de recours devant le Tribunal fédéral (cf. art. 43 a contrario LTF; FLORENCE AUBRY GIRARDIN, ad <ref-law>, in: Commentaire de la LTF [Bernard Corboz et al. (éd.)], Berne 2009, p. 289 N 3), pas même au travers d'une réplique (cf. BERNARD CORBOZ, ad <ref-law>, in: ibidem, p. 998 N 45).
3. Le présent litige porte sur le retrait de l'autorisation d'exploiter les garderies nos 1 et 2, notamment en raison du défaut d'encadrement en personnel qualifié et du manque de stabilité dudit personnel constatés par les autorités vaudoises. A ce titre, la recourante se plaint en particulier d'une violation de son droit d'être entendue, de l'appréciation arbitraire des preuves, d'un abus du pouvoir d'appréciation, de la violation d'un "principe de la juridiction administrative" censé garantir l'égalité des armes entre l'administré et l'administration, ainsi que d'une violation de l'égalité de traitement.
3.1 Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 2.3 p. 282). Ce droit ne concerne toutefois que les éléments qui sont pertinents pour décider de l'issue du litige (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 277). Il ne s'oppose pas à ce que l'autorité mette un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 236 s.; <ref-ruling> consid. 5.3 p. 148).
Une décision est arbitraire (art. 9 Cst.) lorsqu'elle contredit clairement la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou qu'elle heurte d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une solution autre que celle de l'autorité cantonale semble concevable, voire préférable (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 211). Pour qu'une décision soit annulée, il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; il faut encore que cette décision soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 4 p. 560; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148).
L'inégalité de traitement (art. 8 al. 1 Cst.) apparaît comme une forme particulière d'arbitraire, consistant à traiter de manière inégale ce qui devrait l'être de manière semblable ou inversement (<ref-ruling> consid. 3.5 p. 175; <ref-ruling> consid. 6 p. 357).
3.2 La recourante reproche au Tribunal cantonal de ne pas avoir fait droit à sa demande portant sur la production par le Service cantonal de tout document ou statistique propre à établir les taux de roulement et de qualification du personnel dans l'ensemble des garderies du canton de Vaud, ainsi que toute pièce propre à établir la pénurie de personnel qualifié sévissant dans ce canton. D'après la recourante, ces informations auraient permis de démontrer le caractère inique et objectivement infondé de la décision de retrait de l'autorisation d'exploiter les garderies prononcée à son encontre.
3.3 Contrairement à ce que prétend la recourante, le Tribunal cantonal n'a pas versé dans l'arbitraire et n'a donc pas violé son droit d'être entendue, ni commis un abus de pouvoir ou une inégalité de traitement en écartant, sur la base d'une appréciation anticipée des preuves, les demandes d'instruction formées par celle-ci.
3.3.1 Comme il ressort de l'arrêt querellé, les juges cantonaux ont accrédité l'argument du Service cantonal selon lequel ce dernier, tout en ne disposant pas de chiffres exploitables d'un point de vue scientifique, possédait des données au sujet des garderies sises sur le territoire vaudois et procédait régulièrement à des visites de contrôle lui permettant d'affirmer que "la situation des garderies de la recourante était (...) extraordinaire en raison de l'instabilité de l'équipe et parce que les deux institutions étaient dépourvues de direction pédagogique". Les constats, en large partie négatifs, que le Service cantonal a effectués au cours de ses nombreuses visites de surveillance dans les garderies nos 1 et 2, de même que les plaintes de tiers qui lui ont été adressées, tendent à corroborer cette appréciation. Ainsi, le caractère hors du commun des dysfonctionnements ainsi relevés ne prête pas le flanc à la critique, en dépit de l'absence de statistiques comparatives du Service cantonal.
S'ajoute à cela que, pour confirmer la décision du 23 novembre 2009 retirant les autorisations d'exploiter à la recourante, l'arrêt litigieux s'est fondé, à l'instar de la décision précitée, sur plusieurs motifs alternatifs. Outre les fréquents changements de personnel, qu'il a imputés sans arbitraire - à l'aune des témoignages recueillis - à la personnalité et au style de direction "exigeant" de la recourante (selon son aveu), le Tribunal cantonal a notamment retenu l'absence prolongée de direction pédagogique, des infractions régulières au taux prescrit en personnel auxiliaire et d'encadrement qualifié, de même que les interventions déstabilisatrices de la recourante dans l'encadrement des enfants et des équipes éducatives.
3.3.2 En tant que la recourante espérait prouver, grâce à des statistiques et documents du Service cantonal, que cette autorité connaîtrait une pratique systématique - dérogeant à l'adage "pas d'égalité dans l'illégalité" (cf. <ref-ruling> consid. 5.6 p. 78; <ref-ruling> consid. 3.7 p. 20) - consistant à ne pas sanctionner le non-respect par une majorité des garderies des exigences relatives au taux d'encadrement et à la stabilité du personnel, son argument tombe à faux. La recourante n'apporte en effet aucun indice probant permettant de douter de la volonté de l'administration cantonale d'appliquer fidèlement la loi, dont le but primordial est de protéger le développement harmonieux des enfants en bas âge confiés à ces institutions, ni n'établit un quelconque acharnement discriminatoire du Service cantonal à son égard. En l'absence de tout élément faisant craindre un traitement inégalitaire des garderies nos 1 et 2 par rapport à d'autres garderies, les juges cantonaux étaient donc fondés à ne pas donner suite aux réquisitions de preuve de la recourante et à ne pas interpréter, comme le demande la recourante dans sa détermination du 27 avril 2012, le défaut de production des statistiques sollicitées en défaveur de l'administration.
3.4 De façon décousue, la recourante fait aussi grief au Tribunal cantonal de ne pas avoir tenu compte, dans son appréciation des preuves, du fait qu'elle avait entretemps engagé un directeur pédagogique et du personnel stable pour ses garderies; elle disposait de plus elle-même d'une formation d'infirmière en soins généraux et était partant "très soucieuse également de la sécurité des enfants qui lui sont confiés". D'après la recourante, ce serait par ailleurs à tort que les juges cantonaux auraient renoncé à entendre les "quelque centaines" de parents des enfants placés en garderie; tout en anticipant que ces témoignages de parents seraient favorables à l'intéressée, les juges cantonaux n'y auraient à tort pas attaché un poids particulier au motif que les parents n'auraient pas accès à l'intérieur des garderies et seraient absents durant la journée; or, si leurs enfants avaient été perturbés, les parents s'en seraient forcément aperçus. Enfin, les juges cantonaux n'auraient pas tenu compte de la volonté patente de l'administration vaudoise de favoriser les garderies étatiques au détriment des institutions privées.
3.4.1 Les facteurs de stabilisation du personnel que la recourante évoque en particulier dans sa détermination du 27 avril 2012 constituent en grande partie des faits nouveaux que le Tribunal fédéral n'est pas en mesure de prendre en considération dans le cadre de la présente procédure (art. 99 et 105 al. 1 LTF), étant précisé que l'arrêt attaqué a tenu compte en détail des allégués de fait des parties jusqu'en été 2011 et que les problèmes liés à la stabilité du personnel ont constitué un parmi d'autres motifs alternatifs justifiant le retrait des autorisations (cf. consid. 4 infra).
Pour le surplus, tels qu'ils sont formulés, sans être étayés ni motivés suffisamment, les griefs que développe la recourante s'avèrent appellatoires. Ils doivent donc être déclarés irrecevables (<ref-law>).
3.4.2 Il s'ensuit que l'arrêt attaqué n'a pas violé les principes de l'interdiction de l'arbitraire, de l'égalité de traitement et de l'égalité des armes, ni le droit d'être entendue de la recourante.
4. Sans autres explications, la recourante se plaint d'une fausse application de l'OPEE, de la loi vaudoise du 20 juin 2006 sur l'accueil de jour des enfants (LAJE/VD; RS/VD 211.22) et de son règlement d'application du 13 décembre 2006 (RLAJE/VD; RS/VD 211.22.1) régissant le placement d'enfants dans une garderie.
4.1 Le Tribunal fédéral n'examine pas librement l'application du droit cantonal (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 521 s.; arrêt 2C_982/2011 du 13 avril 2012 consid. 1.4). En tant que la recourante se limite à invoquer une application erronée du droit cantonal vaudois, sans motiver en quoi cette violation consisterait et conduirait à un résultat arbitraire ou serait contraire à d'autres droits constitutionnels, ses griefs tirés du droit cantonal sont irrecevables au regard des art. 95 et 106 al. 2 LTF (cf. consid. 2.1 supra).
4.2 En revanche, la Cour de céans examine librement si l'arrêt attaqué confirmant la décision du 23 novembre 2009 a été prise conformément au droit fédéral. A teneur de l'<ref-law>, le placement d'enfants auprès de parents nourriciers est soumis à l'autorisation et à la surveillance de l'autorité tutélaire ou d'un autre office du domicile des parents nourriciers, désigné par le droit cantonal (al. 1). Le Conseil fédéral édicte des prescriptions d'exécution (al. 2). Aux termes de l'art. 13 al. 1 let. b OPEE, sont soumises à autorisation officielle les institutions qui s'occupent d'accueillir (...) plusieurs enfants de moins de 12 ans, placés régulièrement à la journée (crèches, garderies et autres établissements analogues). L'art. 15 OPEE énonce les conditions minimales - vu la possibilité donnée aux cantons d'édicter des règles plus strictes (cf. art. 3 al. 1 OPEE) - qui gouvernent la délivrance d'une autorisation d'exploitation, à savoir:
"1 L'autorisation ne peut être délivrée que: a. si les conditions propres à favoriser le développement physique et mental des enfants semblent assurées; b. si les qualités personnelles, l'état de santé, les aptitudes éducatives et la formation du directeur de l'établissement et de ses collaborateurs leur permettent d'assumer leur tâche et si l'effectif du personnel est suffisant par rapport au nombre des pensionnaires; (...) d. si les installations satisfont aux exigences de l'hygiène et de la protection contre l'incendie; (...)".
L'art. 16 OPEE précise que l'autorisation d'exploitation, qui est délivrée au directeur de l'établissement (al. 1), détermine combien et quelle sorte de pensionnaires l'institution a le droit d'accueillir, qu'elle peut être délivrée à titre d'essai, limitée dans le temps ou assortie de charges et conditions (al. 2), et que tout changement de directeur exige le renouvellement de l'autorisation (al. 3). Selon l'art. 19 al. 1 OPEE, les établissements reçoivent la visite d'un représentant qualifié de l'autorité aussi souvent que cela est nécessaire, mais au moins une fois tous les deux ans (al. 1), ledit représentant veillant à ce que les conditions dont dépend l'autorisation soient remplies et que les charges et conditions s'y rapportant soient exécutées (al. 3). L'art. 20 OPEE prescrit les conditions auxquelles une autorisation peut être retirée:
"1 Lorsqu'il est impossible de corriger certains défauts, même après avoir chargé des personnes expérimentées de donner des conseils ou d'intervenir, l'autorité met le directeur de l'établissement en demeure de prendre sans retard les mesures nécessaires pour remédier aux manques constatés; elle en informe l'organisme ayant la charge de l'institution.
2 L'autorité peut soumettre l'établissement à une surveillance spéciale et arrêter à cet effet des prescriptions particulières.
3 Si ces mesures n'ont pas d'effet ou apparaissent d'emblée insuffisantes, l'autorité retire l'autorisation, prend en temps utile les dispositions nécessaires pour la fermeture de l'établissement (...)".
4.3 En l'occurrence, le Tribunal cantonal a retenu plusieurs éléments en défaveur de l'exploitation des garderies nos 1 et 2 par la recourante.
4.3.1 Les juges cantonaux ont premièrement relevé l'incapacité de la recourante d'engager et de conserver à son service une équipe d'éducateurs suffisamment stable et qualifiée; ils ont retenu sur ce point que les changements fréquents de personnel au sein des garderies représentaient un facteur de risque pour la maturation psychique et la sécurité affective des jeunes enfants accueillis, dès lors qu'en l'absence de stabilité et de cohérence dans son quotidien et son entourage, qui plus est marqué par un mauvais climat de travail, l'enfant ne pouvait intégrer des repères propices à son épanouissement. Ces constats, qui sont par ailleurs corroborés par des visites de contrôle et des témoignages, ainsi que leur appréciation juridique par le Tribunal cantonal ne sont pas critiquables. De plus, la recourante se contente d'y opposer, de façon appellatoire, l'argument que la stabilité du personnel serait beaucoup plus grande que ne le prétend l'administration cantonale et que ses garderies n'auraient connu "aucun accident ou incident significatif" au détriment des jeunes pensionnaires. On ne voit donc pas que l'on puisse reprocher aux juges cantonaux d'avoir retenu que les conditions propres à favoriser le développement mental des enfants n'étaient pas assurées, au sens de l'art. 15 al. 1 let. a OPEE.
4.3.2 Il ressort en outre de l'arrêt entrepris que les établissements exploités par la recourante ont, de manière répétitive, fait l'objet de plaintes et de rapports de visite défavorables, révélant l'absence d'un directeur pédagogique pendant plusieurs mois, une dotation insuffisante récurrente en personnel possédant les formations et qualifications prescrites par le droit cantonal, un excès de personnel auxiliaire, des problèmes liés à la délimitation des tâches et des responsabilités entre l'exploitante administrative, soit la recourante, et la direction pédagogique, ainsi que des relations conflictuelles générées par l'attitude et le style de direction de la recourante. Or, ces constats s'avèrent incompatibles avec les exigences fédérales prévues à l'art. 15 al. 1 let. b OPEE, en particulier avec les qualités personnelles, les aptitudes éducatives et la formation du directeur de l'établissement et de ses collaborateurs, et avec la nécessité d'une dotation suffisante en personnel par rapport au nombre des pensionnaires. De même, il résulte des faits constatés dans l'arrêt querellé que les interventions de la recourante dans les tâches propres de la direction pédagogique et du personnel éducatif étaient contraires aux conditions assortissant la délivrance (cf. art. 16 al. 2 OPEE), le 3 avril 2009, de deux nouvelles autorisations d'exploiter.
4.4 En conséquence, les juges cantonaux n'ont pas violé le droit fédéral en retenant que la recourante ne respectait pas les conditions régissant la délivrance et le maintien de l'autorisation d'exploiter les garderies nos 1 et 2. Dans la mesure où le grief de la recourante porte également sur le choix de la sanction prononcée à son encontre, à savoir le retrait de l'autorisation d'exploiter les deux garderies, son grief se recoupe avec l'invocation du principe de la proportionnalité qui sera abordé ci-après (cf. consid. 5).
5. La recourante invoque en outre une violation du principe de la proportionnalité au motif que les "quelques manquements aux exigences légales et réglementaires" retenus par les autorités cantonales ne justifieraient pas le retrait des autorisations d'exploiter les garderies nos 1 et 2.
5.1 Le principe de la proportionnalité est exprimé de manière générale à l'art. 5 al. 2 Cst. Il exige que la mesure prise par l'autorité soit raisonnable et nécessaire pour atteindre le but d'intérêt public ou privé poursuivi (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 91 s.). Bien qu'étant de rang constitutionnel, le principe de la proportionnalité n'est pas un droit ayant une portée propre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 251). A défaut d'acte entraînant une atteinte à un droit fondamental spécifique, le Tribunal fédéral n'intervient, en matière de contrôle du droit public cantonal sous l'angle de sa conformité à l'art. 5 al. 2 Cst., que si la décision attaquée est manifestement disproportionnée et qu'elle viole simultanément l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.2.1 et 4.3 p. 157 s.; arrêt 2C_910/2010 du 5 mai 2011 consid. 5.1).
5.2 L'art. 20 OPEE prévoit une gradation des mesures de surveillance que l'autorité administrative est en principe tenue de prendre afin d'obliger la personne au bénéfice d'une autorisation d'exploiter une garderie à se conformer au droit et à remédier aux défauts constatés. Ce faisant, l'art. 20 OPEE concrétise le principe de la proportionnalité dans le domaine du retrait de l'autorisation d'exploiter, en érigeant cette dernière mesure, la plus incisive, en une ultima ratio applicable une fois que les autres mesures prescrites auront échoué ou si elles apparaissent d'emblée insuffisantes.
5.3 En l'espèce, les griefs que la recourante tire du principe de la proportionnalité sont mal fondés. Avant de prononcer le retrait des autorisations d'exploitation, le Service cantonal a en effet multiplié les mesures moins incisives destinées à rétablir durablement une gestion conforme des garderies par la recourante.
Ainsi, de 2007 jusqu'en 2010, les autorités vaudoises ont procédé à de fréquentes visites de surveillance tant annoncées qu'impromptues, dans le cadre ou à la suite desquelles (entretiens et rapports) la recourante et son personnel ont été rendus attentifs à des dysfonctionnements persistants ainsi qu'invités à y remédier à brève échéance, voire dans les délais (parfois prolongés) fixés par le Service cantonal. Par ailleurs, la recourante s'est vu adresser, entre 2007 et 2010, un avertissement en mai 2007 et une mise en demeure avec instructions (cf. art. 20 al. 1 OPEE) le 5 juillet 2007, laquelle a été réitérée en janvier 2008; de surcroît, une nouvelle mise en demeure, désormais prononcée à peine de retrait des autorisations d'exploitation, a été notifiée à la recourante le 10 octobre 2008 dans le cadre d'une enquête approfondie et a été assortie de prescriptions particulières (cf. art. 20 al. 2 OPEE). En outre, le Service cantonal a accordé plusieurs chances à la recourante pour repartir sur des bases saines; c'est ainsi qu'il l'a autorisée à ouvrir, d'abord à l'essai puis sur une base temporaire (cf. art. 16 al. 2 OPEE), une seconde garderie à compter du 1er mars 2007; de même, le Service cantonal a levé, après avoir constaté certaines améliorations, la mise en demeure du 10 octobre 2008 en date du 3 avril 2009 et a délivré deux nouvelles autorisations d'exploiter à la recourante, en assortissant celles-ci de conditions claires.
Ce n'est donc qu'après avoir noté que la plupart des défaillances signalées au cours des années écoulées, subsistaient en dépit des mesures et sursis prononcés que le Service cantonal a, en dernier ressort, décidé de retirer les autorisations d'exploiter les deux garderies à la recourante. En pareilles circonstances, les juges cantonaux ont, à juste titre, estimé qu'aucune autre mesure moins contraignante que le retrait pur et simple de ces autorisations ne pouvait être envisagée (arrêt, p. 31), de sorte que l'arrêt attaqué est conforme au droit fédéral ainsi qu'au principe constitutionnel de la proportionnalité.
6. Au vu de ce qui précède, c'est à bon droit que le Tribunal cantonal a confirmé la décision du 23 novembre 2009 retirant à la recourante les autorisations d'exploiter les garderies nos 1 et 2. Le recours en matière de droit public, traité comme recours en matière civile, doit ainsi être rejeté dans la mesure de sa recevabilité; le recours constitutionnel subsidiaire est quant à lui irrecevable. Succombant, la recourante supporte les frais judiciaires (cf. <ref-law>). Aucun dépens ne sera alloué (cf. art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public, traité comme recours en matière civile, est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le recours constitutionnel subsidiaire est irrecevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service de protection de la jeunesse, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral de la justice.
Lausanne, le 14 mai 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
Le Greffier: Chatton