Sachverhalt:
A. A.a Der Schweizerische Baumeisterverband (SBV), die GBI Gewerkschaft Bau & Industrie (heute: Unia) sowie die Gewerkschaft SYNA schlossen am 12. November 2002 einen Gesamtarbeitsvertrag für den flexiblen Altersrücktritt im Bauhauptgewerbe (GAV FAR), mit dessen Vollzug die Stiftung für den flexiblen Altersrücktritt im Bauhauptgewerbe (Stiftung FAR) betraut ist. Durch Beschluss des Bundesrates vom 5. Juni 2003 wurde der GAV FAR teilweise allgemeinverbindlich erklärt.
A.b Die X._ AG ist Mitglied des SBV und entrichtete für ihre Abteilungen "Hochbau", "Tiefbau", "Umbau" sowie "Werkhof" der Stiftung FAR Beiträge gemäss GAV FAR. Hingegen bestritt sie eine Unterstellung der Bereiche "Holzbau" und "Gebäudehülle" unter den GAV FAR und verweigerte diesbezüglich die Beitragszahlung. Am 13. Juni 2008 erhob die Stiftung FAR Klage gegen die X._ AG und beantragte, diese sei zu verpflichten, ihr Beiträge in der Höhe von insgesamt Fr. 632'554.20 nebst Zinsen zu bezahlen. Mit Entscheid vom 22. März 2011 hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich die Klage teilweise - nämlich in Bezug auf den Bereich "Gebäudehülle" - gut und verpflichtete die X._ AG, der Stiftung FAR Fr. 315'597.30 zu bezahlen, zuzüglich Verzugszins von je 5 % auf Fr. 80'400.70 ab 1. Januar 2004, auf Fr. 105'623.60 ab 1. Januar 2005, auf Fr. 69'921.45 ab 1. Januar 2006 und auf Fr. 59'651.55 ab 1. Januar 2007; im Mehrbetrag wies es die Klage ab.
B. B.a Die Stiftung FAR lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erheben, das vorinstanzliche Rechtsbegehren erneuern und eventualiter um Rückweisung der Sache zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz ersuchen.
Die X._ AG beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Das Gesuch des SBV um Zulassung als Nebenintervenient auf Seiten der X._ AG hat das Bundesgericht mit Verfügung vom 22. September 2011 abgewiesen.
B.b Die X._ AG lässt ebenfalls Beschwerde führen mit dem Antrag, der Entscheid vom 22. März 2011 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen, eventuell sei die Sache zur Sachverhaltsergänzung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Stiftung FAR schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden kann. Das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten jeweils auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Da den beiden Beschwerden derselbe Sachverhalt zu Grunde liegt und ein auf einem gleichartigen tatsächlichen und rechtlichen Grund beruhender Anspruch Streitgegenstand bildet, rechtfertigt es sich, die beiden Verfahren zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu erledigen (<ref-ruling> E. 1 S. 126 mit Hinweisen; PHILIPP GELZER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 10 zu <ref-law>).
2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
3. Das kantonale Gericht durfte auf eine Beiladung der betroffenen (gegebenenfalls ehemaligen) Arbeitnehmer in den Bereichen "Holzbau" und "Gebäudehülle" verzichten, zumal sie im Einzelnen bisher nicht bekannt sind (vgl. Urteil H 312/01 vom 17. Dezember 2002 E. 3).
4. 4.1 Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der bei ihm erhobenen Rechtsmittel grundsätzlich von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 31).
4. 4.1 Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der bei ihm erhobenen Rechtsmittel grundsätzlich von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1 S. 31).
4.2 4.2.1 Die Frage nach der Beschwerdebefugnis der Stiftung FAR unter dem Gesichtswinkel von deren rechtsgenüglicher interner Willensbildung in Bezug auf die Ergreifung des Rechtsmittels ist zivilrechtlicher Natur. Zwar ist die vorfrageweise Prüfung von Fragen des materiellen Zivilrechts durch die II. sozialrechtliche Abteilung zulässig. Sie übt sich dabei aber in Zurückhaltung. Immerhin muss die zivilrechtliche Vorfrage liquid sein (vgl. Urteil 1C_237/2010 vom 30. August 2010 E. 2.4.2; ASA 79 863, 2C_188/2010 E. 4.4). Dies ist hier nicht der Fall.
4.2.2 Soweit die X._ AG auf die Ausführungen des SBV verweist, so stellt dies von vornherein keine hinreichende Begründung dar (BGE 9C_779/2010 vom 30. September 2011 E. 1.1.2 mit Hinweisen). Dies gilt umso mehr, als die Nebenintervention des SBV nicht zugelassen wurde. Ausserdem fehlt es ihren Behauptungen betreffend den Beschluss der Stiftung FAR über die Anfechtung des vorinstanzlichen Entscheides an der notwendigen Substanz, um darüber Beweis abnehmen zu können. Auch im Rahmen der Untersuchungsmaxime obliegt dem Rechtssuchenden die Pflicht, die rechtserheblichen Tatsachen zu behaupten und zu belegen (Urteil 9C_231/2011 vom 14. September 2011 E. 3.4 mit Hinweisen). Schliesslich sind die angeführten Beweismittel nicht von hinreichender Qualität: Einerseits sagt die E-Mail des Leiters des SBV-Rechtsdienstes vom 4. Mai 2011 nichts über das tatsächliche Abstimmungsverhalten an der Stiftungsratssitzung vom 13. Mai 2011 aus. Anderseits bleibt im Dunkeln, inwieweit der angerufene Zeuge infolge unmittelbarer Wahrnehmung Angaben darüber machen können soll.
4.2.3 Die X._ AG hat sich entgegenhalten zu lassen, dass sich die aufgeworfene Vorfrage in diesem Verfahren nach dem Gesagten nicht beantworten lässt. Ihrem Hauptantrag auf Nichteintreten kann daher nicht stattgegeben werden, zumal auch die zwischenzeitliche Einleitung eines entsprechenden, zivilrechtlichen Verfahrens nicht geltend gemacht wird (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> [SR 273]; PHILIPP GELZER, a.a.O., N. 5 zu <ref-law>).
4.3 Andere Anhaltspunkte für die Unzulässigkeit einer der Beschwerden sind nicht ersichtlich (vgl. insbesondere SZS 2008 S. 487, 9C_211/2008 E. 4.6). Es ist daher auf beide Rechtsmittel einzutreten.
5. 5.1 Es steht fest und ist unbestritten, dass es sich bei den Bereichen "Holzbau" und "Gebäudehülle" um selbstständige Betriebsteile (vgl. Urteil 4C.350/2000 vom 12. März 2001 E. 3d) der X._ AG handelt. Streitig und zu prüfen ist, ob sie in den betrieblichen Geltungsbereich des GAV FAR fallen.
5.2 Die Geltung des GAV FAR kann sich aus dem Bundesratsbeschluss vom 5. Juni 2003 über die Allgemeinverbindlicherklärung des GAV FAR (AVE GAV FAR; BBl 2003 4039) ergeben (vgl. <ref-ruling>; SZS 2008 S. 487, 9C_211/2008; Urteil 9C_614/2009 vom 28. Januar 2010), oder aber aus dem GAV FAR direkt. Für die dem GAV resp. dem SBV angeschlossenen Betriebe gilt er auch, soweit er nicht allgemein verbindlich erklärt ist (SZS 2010 S. 453, 9C_1033/2009 E. 2.1).
5.3 Die für den betrieblichen Geltungsbereich einschlägigen Bestimmungen von Art. 2 Abs. 1 GAV FAR und Art. 2 Abs. 4 AVE GAV FAR lauten wie folgt:
"Der GAV FAR gilt für alle inländischen und ausländischen in der Schweiz tätigen Betriebe bzw. für deren Betriebsteile sowie für Subunternehmer und selbstständige Akkordanten, die Arbeitnehmer beschäftigen, welche gewerblich tätig sind, insbesondere in folgenden Bereichen:
a. Hoch-, Tief-, Untertag- und Strassenbau (einschliesslich Belagseinbau)
b. Aushub, Abbruch, Deponie- und Recyclingbetriebe usw.
c. Zimmereigewerbe
d. Steinhauer- und Steinbruchgewerbe sowie Pflästereibetriebe
e. Fassadenbau- und Fassadenisolationsbetriebe, ausgenommen Betriebe, die in der Gebäudehülle tätig sind. Der Begriff «Gebäudehülle» schliesst ein: geneigte Dächer, Unterdächer, Flachdächer und Fassadenbekleidun- gen (mit dazugehörendem Unterbau und Wärmedämmung)
f. Abdichtungs- und Isolationsbetriebe für Arbeiten an der Gebäudehülle im weiteren Sinn und analoge Arbeiten im Tief- und Untertagbereich
g. Betoninjektions- und Betonsanierungsbetriebe, Betonbohr- und Beton- schneideunternehmen
h. Betriebe, die Asphaltierungen ausführen und Unterlagsböden erstellen
i. Betriebe, die gesamtbetrieblich mehrheitlich Geleisebau- und Bahnunter- haltsarbeiten ausführen, ausgenommen Betriebe, die Schienenschweiss- und Schienenschleifarbeiten, maschinellen Geleiseunterhalt sowie Fahr- leitungs- und Stromkreislaufarbeiten ausführen."
"Die allgemeinverbindlich erklärten Bestimmungen des im Anhang wiedergegebenen Gesamtarbeitsvertrages über den flexiblen Altersrücktritt (GAV FAR) gelten für die Betriebe, Betriebsteile und selbständigen Akkordanten der folgenden Bereiche:
a. Hoch-, Tief-, Untertag- und Strassenbau (einschliesslich Belagseinbau);
b. Aushub, Abbruch, Deponie- und Recyclingbetriebe;
c. Steinhauer- und Steinbruchgewerbe sowie Pflästereibetriebe;
d. Fassadenbau- und Fassadenisolationsbetriebe, ausgenommen Betriebe, die in der Gebäudehülle tätig sind. Der Begriff «Gebäudehülle» schliesst ein: geneigte Dächer, Unterdächer, Flachdächer und Fassadenbekleidun- gen (mit dazugehörendem Unterbau und Wärmedämmung);
e. Abdichtungs- und Isolationsbetriebe für Arbeiten an der Gebäudehülle im weiteren Sinn und analoge Arbeiten im Tief- und Untertagbereich;
f. Betoninjektions- und Betonsanierungsbetriebe;
g. Betriebe, die Asphaltierungen ausführen und Unterlagsböden erstellen;
h. Betriebe, die gesamtbetrieblich mehrheitlich Geleisebau- und Bahnunter- haltsarbeiten ausführen, ausgenommen Betriebe, die Schienenschweiss- und Schienenschleifarbeiten, maschinellen Geleiseunterhalt sowie Fahr- leitungs- und Stromkreislaufarbeiten ausführen."
6. 6.1 Das kantonale Gericht hat zutreffend erwogen, die Abteilung "Holzbau" sei dem Zimmereigewerbe zuzurechnen (E. 2) und werde somit von der Allgemeinverbindlichkeit nicht erfasst (vgl. Art. 2 Abs. 4 AVE GAV FAR). Es hat vereinsrechtlich argumentiert und angenommen, die X._ AG habe, was den Bereich "Holzbau" anbelangt, gegenüber dem SBV rechtsgültig auf die Mitgliedschaftsrechte und -pflichten verzichtet. Die solchermassen ausgeübte Verbandsautonomie könne durch den GAV FAR nicht eingeschränkt werden. Dieser Auffassung ist aus den folgenden Gründen beizupflichten.
6.2 Die vorinstanzliche Feststellung des tatsächlichen Konsenses zwischen der X._ AG und dem SBV betreffend den "Austritt" der Holzbauabteilung aus dem SBV wurde nicht angefochten. Sie ist, da nicht offensichtlich unrichtig, für das Bundesgericht verbindlich (E. 2). Dass die Vorinstanz - wie der Arbeitgeberverband und dessen Mitglied - die Austrittserklärung der X._ AG vom 6. Februar 2003 nicht als Auflösung der Mitgliedschaft als solche, sondern für den Bereich "Holzbau" als eine Befreiung von der Beitragspflicht bei gleichzeitigem Verlust jeglicher Ansprüche gemäss Art. 37.2-37.2.3 der Statuten 2003 des SBV aufgefasst hat, ist nicht zu beanstanden (falsa demonstratio non nocet). Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> mit Bezug auf den SBV den konsensualen Verzicht auf Mitgliedschaftsrechte und -pflichten eines als Aktiengesellschaft konstituierten Zimmereibetriebes für zulässig gehalten. Weshalb dies nicht auch für dieser Branche zugehörige selbstständige Betriebsteile gelten sollte, leuchtet nicht ein: Eine entsprechend ausgestaltete Sonderstellung von Vereinsmitgliedern ist nicht gesetzeswidrig (vgl. ANTON HEINI/URS SCHERRER, in: Basler Kommentar ZGB I, 4. Aufl. 2010, N. 3 zu <ref-law>; HANS MICHAEL RIEMER, in: Berner Kommentar, Die Vereine, 1990, N. 107 zu <ref-law>) und im konkreten Fall statutarisch vorgesehen. Liegt eine solche Konstellation vor, fällt auch eine (neue) gesamtarbeitsvertragliche Bindung des fraglichen Betriebsteiles durch den Arbeitgeberverband ausser Betracht. Der Verzicht auf Mitgliedschaftsrechte und -pflichten erfolgte auf den 31. März 2003. Der GAV FAR trat indessen erst am 1. Juli 2003 in Kraft. Er war somit für den Bereich "Holzbau" der X._ AG nie verbindlich (<ref-ruling> E. 3.8 S. 635).
6.2 Die vorinstanzliche Feststellung des tatsächlichen Konsenses zwischen der X._ AG und dem SBV betreffend den "Austritt" der Holzbauabteilung aus dem SBV wurde nicht angefochten. Sie ist, da nicht offensichtlich unrichtig, für das Bundesgericht verbindlich (E. 2). Dass die Vorinstanz - wie der Arbeitgeberverband und dessen Mitglied - die Austrittserklärung der X._ AG vom 6. Februar 2003 nicht als Auflösung der Mitgliedschaft als solche, sondern für den Bereich "Holzbau" als eine Befreiung von der Beitragspflicht bei gleichzeitigem Verlust jeglicher Ansprüche gemäss Art. 37.2-37.2.3 der Statuten 2003 des SBV aufgefasst hat, ist nicht zu beanstanden (falsa demonstratio non nocet). Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> mit Bezug auf den SBV den konsensualen Verzicht auf Mitgliedschaftsrechte und -pflichten eines als Aktiengesellschaft konstituierten Zimmereibetriebes für zulässig gehalten. Weshalb dies nicht auch für dieser Branche zugehörige selbstständige Betriebsteile gelten sollte, leuchtet nicht ein: Eine entsprechend ausgestaltete Sonderstellung von Vereinsmitgliedern ist nicht gesetzeswidrig (vgl. ANTON HEINI/URS SCHERRER, in: Basler Kommentar ZGB I, 4. Aufl. 2010, N. 3 zu <ref-law>; HANS MICHAEL RIEMER, in: Berner Kommentar, Die Vereine, 1990, N. 107 zu <ref-law>) und im konkreten Fall statutarisch vorgesehen. Liegt eine solche Konstellation vor, fällt auch eine (neue) gesamtarbeitsvertragliche Bindung des fraglichen Betriebsteiles durch den Arbeitgeberverband ausser Betracht. Der Verzicht auf Mitgliedschaftsrechte und -pflichten erfolgte auf den 31. März 2003. Der GAV FAR trat indessen erst am 1. Juli 2003 in Kraft. Er war somit für den Bereich "Holzbau" der X._ AG nie verbindlich (<ref-ruling> E. 3.8 S. 635).
6.3 6.3.1 Für eine Beurteilung nach kollektivem Arbeitsrecht (vgl. SJ 2001 I S. 49, 4C.7/1999 E. 4) verbleibt somit von vornherein kein Raum. Insbesondere kann im Zusammenhang mit dem vor dem Inkrafttreten des GAV FAR erfolgten Verzicht auf Mitgliedschaftsrechte und -pflichten nicht von einer Gesetzesumgehung gesprochen werden. Eine Bestimmung zur zeitlichen Rückwirkung des GAV FAR findet sich nicht. Ebenso wenig lässt sich eine gezielte "Tarifflucht" ausmachen, wurde doch der Austritt der Holzbauabteilung aus dem SBV mit dem Anschluss an den neu gegründeten Arbeitgeberverband "Holzbau Schweiz" begründet. Ausserdem verfängt auch das Konstrukt über die Unzulässigkeit eines Vertrags zu Lasten der Stiftung FAR nicht: Diese kann aus dem Umstand, dass eine potenziell beitragspflichtige Arbeitgeberin resp. ein solcher Betriebsteil im Zeitpunkt des Inkrafttretens des GAV FAR - mithin bei Entstehung allfälliger Beitragspflichten - gar nicht (mehr) dem Arbeitgeberverband angeschlossen ist, nichts für sich ableiten.
6.3.2 Wer als an einem GAV "beteiligter" Arbeitgeber im Sinne von Art. 356 Abs. 1 und 357 Abs. 1 OR gilt, erhellt aus Urteil 4C.74/2003 vom 2. Oktober 2003 E. 2.1 (nicht publiziert in <ref-ruling>); der Status eines Beteiligten sagt indessen noch nichts aus über den räumlichen, betrieblichen und persönlichen Geltungsbereich des GAV (vgl. Art. 1-3 GAV FAR; vgl. auch ULLIN STREIFF/ADRIAN VON KAENEL, Arbeitsvertrag, Praxiskommentar, 6. Aufl. 2006, N. 13 zu <ref-law>). Entsprechend können in einem Betrieb mit verschiedenen selbstständigen Betriebsteilen mehrere GAV nebeneinander zur Anwendung gelangen (STREIFF/VON KAENEL, a.a.O., N. 4 zu <ref-law>) oder kann ein im Unternehmen grundsätzlich anwendbarer GAV für bestimmte, branchenfremde Betriebsteile ausgeschlossen sein. Auch wenn die Abteilung "Holzbau" nach Art. 2 Abs. 1 lit. c GAV FAR grundsätzlich in den betrieblichen Geltungsbereich fällt, fehlt es für sie bei dessen Inkrafttreten an Mitgliedschaftsrechten und -pflichten beim SBV (E. 6.2), weshalb sie nicht als am GAV "beteiligt" gelten kann (vgl. <ref-ruling> E. 3.8 S. 635 f.).
6.3.3 Unterstehen die im Bereich "Holzbau" tätigen Arbeitnehmer nicht dem GAV FAR und wurden für sie folglich auch keine Beiträge bezahlt, ist nicht ersichtlich, weshalb die Stiftung FAR Gefahr laufen sollte, einem nicht berechtigten Arbeitnehmer Zahlungen zu leisten. Dies gilt im konkreten Fall umso mehr, als sie von der Arbeitgeberin im Rahmen der Selbstdeklaration des Eintrittsbetrages über die Nichtunterstellung informiert wurde.
6.4 Schliesslich liegt auch keine Verletzung des beruflichen Vorsorgerechts (Art. 1 Abs. 3 BVG; SR 831.40), insbesondere der Grundsätze der Kollektivität (Art. 1c der Verordnung vom 18. April 1984 über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge [BVV 2; SR 831.441.1]), der Gleichbehandlung (Art. 1f BVV 2) und der Planmässigkeit (Art. 1g BVV 2) vor (vgl. auch RF 62/2007 S. 636, 2A.554/2006 E. 5; StR 60/2005 S. 32, 2A.45/2003 E. 3). Die (im konkreten Fall fehlende) Zugehörigkeit zum Versichertenkollektiv deckt sich mit der Destinatärseigenschaft und richtet sich nach dem objektiven Kriterium der Unterstellung unter den GAV FAR. Daran ändert nichts, dass es grundsätzlich im Belieben des Arbeitgebers steht, ob er seinen Betrieb durch Mitgliedschaft beim Arbeitgeberverband einem GAV unterstellt und ob er sich an eine Vorsorgeeinrichtung anschliesst, die überobligatorische Leistungen erbringt. Weiter erstreckt sich der Grundsatz der Gleichbehandlung nicht auf Arbeitnehmer, die dem GAV FAR gar nicht unterstehen und für die daher auch keine Beiträge entrichtet werden. Schliesslich ist durch die reglementarische Festlegung der Leistungen, der Art ihrer Finanzierung, der Anspruchsvoraussetzungen, des Vorsorgeplanes und des Versichertenkollektivs der Planmässigkeit Genüge getan. Inwiefern sie durch die fehlende Unterstellung eines bestimmten Betriebes, für dessen Arbeitnehmer weder eine Beitragspflicht noch ein Leistungsanspruch besteht, beeinträchtigt sein soll, ist nicht ersichtlich.
7. 7.1 Was den Bereich "Gebäudehülle" der X._ AG anbelangt, ist die Bedeutung der in Art. 2 Abs. 1 lit. e GAV FAR resp. Art. 2 Abs. 4 lit. d AVE GAV FAR (E. 5.3) verwendeten Begriffe "Gebäudehülle" resp. "Fassadenbekleidung" streitig. Die Vorinstanz ist zum Schluss gelangt, dass der Fassadenbau im Sinne von verputzten Fassaden und Kompaktfassaden dem Betriebsteil "Gebäudehülle" das Gepräge gegeben habe und dieser daher dem GAV unterstellt sei.
7.2 7.2.1 Das kantonale Gericht hat zutreffend dargelegt, dass die fragliche gesamtarbeitsvertragliche - und in die AVE GAV FAR aufgenommene - Bestimmung nach den für Gesetze geltenden Regeln auszulegen ist (<ref-ruling> E. 2a S. 322; Urteil 4A_535/2009 vom 25. März 2010 E. 5.2; vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 21; <ref-ruling> E. 4.1 S. 174). Darauf wird verwiesen.
7.2.2 Der subjektive Wille einer Vertragspartei wie des SBV allein ist nicht Massstab für die Bedeutung einer Bestimmung. Ebenso wenig wird eine "allgemeine Betrachtung" lediglich durch einen Teil der Beteiligten definiert. Aus der Entstehungsgeschichte lässt sich daher für die Beantwortung der streitigen Frage nichts entnehmen.
7.2.3 Nach dem (deutschen, vgl. Art. 26 Abs. 2 GAV FAR) Wortlaut der fraglichen Bestimmung (E. 5.3) fallen Fassadenbau- und Fassadenisolationsbetriebe grundsätzlich in den sachlichen Geltungsbereich des GAV FAR, ausgenommen sind nur Betriebe, die in der "Gebäudehülle" tätig sind. Dieser Begriff wird im GAV FAR mittels Beispielen definiert und laut vorinstanzlicher Feststellung im Baugewerbe höchst unterschiedlich verwendet. Die "Fassadenbekleidung", welche unter den Begriff der "Gebäudehülle" fällt, wird nach verbindlicher Feststellung des kantonalen Gerichts (E. 2) jedoch einheitlich aufgefasst als vorgehängte, allenfalls hinterlüftete Fassade, deren Elemente von einer vom tragenden Gebäudeteil unabhängigen Konstruktion zusammengehalten werden. Diesbezüglich ist der Wortlaut klar.
7.2.4 Nach vorinstanzlicher Feststellung zeichnen unterschiedliche Branchen für die verschiedenen Konstruktionsarten von Fassaden verantwortlich: Während mit dem Bereich der "Gebäudehülle" resp. der vorgenannten "Fassadenbekleidung" (nebst Bauunternehmen) vorwiegend Dachdecker-, Spengler-, Holzbau-, Maler- und Gipserbetriebe befasst seien, zähle die Erstellung von verputzten und kompakten Fassaden zu den klassischen Baumeisterarbeiten. Diese Feststellungen sind, selbst wenn auch Maler-, Gipser- und Isolationsbetriebe Fassaden dieses Typs erstellen, nicht offensichtlich unrichtig und daher für das Bundesgericht verbindlich (E. 2). Insoweit ist die Art und Weise der Fassadengestaltung für den betrieblichen Geltungsbereich massgeblich. Dass das Resultat - nämlich eine am Mauerwerk befestigte Isolation - bei Vorhang- und Kompaktfassaden gleich sein kann, ist nicht entscheidend. Ziel des GAV FAR ist der Schutz der Arbeitnehmer im Bauhauptgewerbe, wobei deren grosser körperlicher Belastung Rechnung zu tragen ist (Präambel des GAV FAR; STEFAN KELLER, Der flexible Altersrücktritt im Bauhauptgewerbe, 2008, S. 344). Sinn und Zweck von Art. 2 Abs. 1 lit. e GAV FAR ist somit, Betriebe, die vornehmlich verputzte Fassaden und Kompaktfassaden erstellen und deswegen dem Baugewerbe zuzurechnen sind, dem Schutzbereich des GAV FAR zu unterstellen. Das Gegenteil würde dem Gerechtigkeitsgedanken und dem (auf das Baugewerbe bezogenen) Gebot der Gleichbehandlung (vgl. STEFAN KELLER, a.a.O., S. 305 f.) zuwider laufen. Dass die körperliche Belastung in der Branche der Dachdecker, Spengler oder Holzbauer (dazu vgl. STEFAN KELLER, a.a.O., S. 351 f.) im Allgemeinen gleich gross wie im Bauhauptgewerbe sein soll, wird nicht einmal ansatzweise dargetan.
7.2.5 Der Einschluss von geneigten Dächern, Unterdächern und Flachdächern - allesamt in erster Linie in Dackdecker- und Spenglerarbeit erstellt (http://www.berufsberatung.ch/dyn/1199.aspx?id= 7403 &searchsubmit=true&search=dachdecker, http://www.berufsberatung.ch/dyn/1199.aspx?id=2911&searchsubmit=true &search= spengler, besucht am 23. November 2011) - in den Beispielkatalog von Art. 2 Abs. 1 GAV FAR weist ebenfalls darauf hin, dass unter "Fassadenbekleidung" nur vorgehängte Fassaden, welche hauptsächlich in den Tätigkeitsbereich der gleichen Branche fallen, jedoch nicht verputzte Fassaden und Kompaktfassaden verstanden werden. Gleiches geht denn auch aus dem betrieblichen Geltungsbereich des GAV im Schweizerischen Dach- und Wandgewerbe hervor, wonach Betriebe der Bereiche "geneigte Dächer und Unterdächer", "Flachdächer" sowie "vorgehängte und hinterlüftete Fassaden" erfasst werden (Art. 2 Abs. 2 des Bundesratsbeschlusses vom 2. August 2010 über die Allgemeinverbindlicherklärung des genannten GAV; BBl 2010 5347). Da es sich bei der fraglichen Bestimmung nach GAV FAR resp. AVE GAV FAR nicht um ein (Bundes-)Gesetz handelt, tritt die verfassungkonforme Auslegung in den Hintergrund (vgl. <ref-ruling> E. 3.2.4 S. 320). Diese findet ohnehin im klaren Wortlaut und Sinn der auszulegenden (Gesetzes-)Bestimmung ihre Schranken (<ref-ruling> E. 3 S. 154; Urteil 1C_156/2011 vom 15. Juli 2011 E. 3.5.1). Im Übrigen macht die X._ AG Gleichbehandlung im Unrecht (Art. 8 Abs. 1 und <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.7 S. 20) geltend, was nur ausnahmsweise zugestanden werden kann und welche Voraussetzungen nicht dargelegt werden.
7.2.6 Nach dem Gesagten ergibt die Auslegung von Art. 2 Abs. 1 lit. e GAV FAR resp. Art. 2 Abs. 4 lit. d AVE GAV FAR klar, dass die darin verwendeten Begriffe "Fassadenbekleidungen" resp. "Gebäudehülle" nicht verputzte Fassaden und Kompaktfassaden umfassen. Betriebe oder Betriebsteile, die solche Fassaden erstellen, fallen als "Fassadenbau- und Fassadenisolationsbetriebe" in den Geltungsbereich des GAV FAR. Im Hinblick auf ein "befriedigendes, vernünftiges und praktikables Ergebnis" anders zu entscheiden, wie es die Arbeitgeberin verlangt, würde der individuellen Beliebigkeit und damit der Willkür Tür und Tor öffnen.
7.2.7 Bei diesem Ergebnis stellt es auch keine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 73 Abs. 2 BVG) dar, wenn die Vorinstanz die Frage nach der Bedeutung der vom Stiftungsrat am 16. Juni 2005 beschlossenen Präzisierung von Art. 2 Abs. 1 lit. e GAV FAR offengelassen hat, zumal durch diese der betriebliche Geltungsbereich nicht ausgeweitet wurde.
7.2.7 Bei diesem Ergebnis stellt es auch keine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (Art. 73 Abs. 2 BVG) dar, wenn die Vorinstanz die Frage nach der Bedeutung der vom Stiftungsrat am 16. Juni 2005 beschlossenen Präzisierung von Art. 2 Abs. 1 lit. e GAV FAR offengelassen hat, zumal durch diese der betriebliche Geltungsbereich nicht ausgeweitet wurde.
7.3 7.3.1 Tatfrage ist, welche Tätigkeiten in einem Betrieb oder selbstständigen Betriebsteil in welchem Ausmass vorkommen. Rechtsfrage ist, welche der festgestellten Tätigkeiten dem Betrieb das Gepräge geben (Urteil 4A_377/2009 vom 25. November 2009 E. 3.1 Abs. 1 in fine).
7.3.2 Es ist nicht ersichtlich und wird auch nicht geltend gemacht, dass die vorinstanzliche Feststellung, wonach Abdichtungs-, Asbestsanierungs- und Flachdacharbeiten kein besonderer Stellenwert zukam und die Erstellung von verputzten und kompakten Fassaden Kernaufgabe des Betriebsteils "Gebäudehülle" der X._ AG war, offensichtlich unrichtig sein oder auf einer Rechtsverletzung beruhen soll. Sie ist daher für das Bundesgericht verbindlich (E. 2). Nachdem auch die Folgerung, wonach diese Arbeiten für den Betriebsteil prägend waren, nicht bestritten wird, erübrigen sich diesbezügliche Weiterungen.
7.3.2 Es ist nicht ersichtlich und wird auch nicht geltend gemacht, dass die vorinstanzliche Feststellung, wonach Abdichtungs-, Asbestsanierungs- und Flachdacharbeiten kein besonderer Stellenwert zukam und die Erstellung von verputzten und kompakten Fassaden Kernaufgabe des Betriebsteils "Gebäudehülle" der X._ AG war, offensichtlich unrichtig sein oder auf einer Rechtsverletzung beruhen soll. Sie ist daher für das Bundesgericht verbindlich (E. 2). Nachdem auch die Folgerung, wonach diese Arbeiten für den Betriebsteil prägend waren, nicht bestritten wird, erübrigen sich diesbezügliche Weiterungen.
7.4 7.4.1 Für den Vertrauensschutz (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6.1 S. 636 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 36) wird u.a. vorausgesetzt, dass die Behörde in einer konkreten Situation mit Bezug auf bestimmte Personen gehandelt hat (<ref-ruling> E. 6.1 S. 636 f.; <ref-ruling> E. 8.1 S. 60, je mit Hinweisen; Urteil 1A.235/2006 vom 2. Juli 2007 E. 4.2, nicht publ. in: <ref-ruling>); eine generelle Praxis ist nicht geeignet, eine Vertrauensgrundlage zu schaffen (<ref-ruling> E. 4c S. 274 f.; <ref-ruling> E. 5b S. 170 f., Urteil 2C_762/2008 vom 8. Mai 2009 E. 2.3). Der Vertrauensschutz kommt ausserdem nur zum Tragen, soweit die Behörde gestützt auf eine verlässliche Sachverhaltsgrundlage gehandelt oder entschieden hat (SZS 2010 S. 453, 9C_1033/2009 E. 3.1). Unterbleibt eine Auskunft entgegen gesetzlicher Vorschrift oder obwohl sie nach den im Einzelfall gegebenen Umständen geboten war, ist dies der Erteilung einer unrichtigen Auskunft gleichgestellt (<ref-ruling> E. 5 S. 472).
7.4.2 Soweit sich die X._ AG auf Aussagen des SBV beruft, kann sie nichts für sich ableiten, handelt es sich doch dabei nicht um eine Behörde, sondern um ein privatrechtliches Subjekt, das lediglich als eine von mehreren Vertragsparteien seine eigene Auffassung vom Vertragsinhalt darlegen konnte (vgl. E. 7.2.2). Ob die Stiftung FAR, welche mit der Durchführung der beruflichen Vorsorge und insofern mit einer öffentlichen Aufgabe betraut ist, als Behörde aufzufassen ist, kann offenbleiben. Die Arbeitgeberin substanziiert nicht, welcher Sachverhalt genau vorgelegt worden sein soll; insbesondere ergibt sich die im Betriebsteil "Gebäudehülle" effektiv ausgeübte Tätigkeit nicht aus der der Stiftung FAR abgegebenen Selbstdeklaration des Eintrittsbeitrages vom 27. Juni 2003. Schliesslich ist der Stiftung FAR nicht vorzuwerfen, dass sie erst mit Beschluss vom 5. Juli 2006 konkrete Feststellungen zur Unterstellung des Bereichs "Gebäudehülle" traf; eine frühere Auskunftserteilung einzig infolge der Selbstdeklaration der Arbeitgeberin war insbesondere angesichts der Aufbauarbeiten in der erst im Frühjahr 2003 gegründeten Vorsorgeeinrichtung nicht geboten. Folglich bildet auch der vorläufige Verzicht auf die Einforderung der auf die Abteilung "Gebäudehülle" entfallenden Beiträge (vgl. auch Art. 41 Abs. 2 BVG) keine hinreichende Vertrauensgrundlage.
7.4.2 Soweit sich die X._ AG auf Aussagen des SBV beruft, kann sie nichts für sich ableiten, handelt es sich doch dabei nicht um eine Behörde, sondern um ein privatrechtliches Subjekt, das lediglich als eine von mehreren Vertragsparteien seine eigene Auffassung vom Vertragsinhalt darlegen konnte (vgl. E. 7.2.2). Ob die Stiftung FAR, welche mit der Durchführung der beruflichen Vorsorge und insofern mit einer öffentlichen Aufgabe betraut ist, als Behörde aufzufassen ist, kann offenbleiben. Die Arbeitgeberin substanziiert nicht, welcher Sachverhalt genau vorgelegt worden sein soll; insbesondere ergibt sich die im Betriebsteil "Gebäudehülle" effektiv ausgeübte Tätigkeit nicht aus der der Stiftung FAR abgegebenen Selbstdeklaration des Eintrittsbeitrages vom 27. Juni 2003. Schliesslich ist der Stiftung FAR nicht vorzuwerfen, dass sie erst mit Beschluss vom 5. Juli 2006 konkrete Feststellungen zur Unterstellung des Bereichs "Gebäudehülle" traf; eine frühere Auskunftserteilung einzig infolge der Selbstdeklaration der Arbeitgeberin war insbesondere angesichts der Aufbauarbeiten in der erst im Frühjahr 2003 gegründeten Vorsorgeeinrichtung nicht geboten. Folglich bildet auch der vorläufige Verzicht auf die Einforderung der auf die Abteilung "Gebäudehülle" entfallenden Beiträge (vgl. auch Art. 41 Abs. 2 BVG) keine hinreichende Vertrauensgrundlage.
7.5 7.5.1 Die Beitragspflicht ab Inkrafttreten des GAV FAR am 1. Juli 2003 ist rechtens. Dass die Beitragsforderungen verjährt sein sollen (vgl. Art. 41 Abs. 2 BVG), wurde nicht geltend gemacht und ist auch nicht ersichtlich. Da keine Beiträge für die vorangegangene Zeit streitig sind, kann auch nicht von einer (unzulässigen) Rückwirkung gesprochen werden.
7.5.2 Aufgrund des für die Stiftung FAR geltenden Rentenwert-Umlageverfahrens (Art. 7 Abs. 2 GAV FAR; STEFAN KELLER, a.a.O., S. 439 ff.) spielt auch keine Rolle, dass Arbeitnehmer grundsätzlich beitragspflichtig sind (Art. 8 Abs. 1 GAV FAR), auch wenn sie später - etwa wegen Auflösung des Arbeitsverhältnisses - keinen Rentenanspruch begründen (vgl. Art. 14 Abs. 1 lit. c und Abs. 2 GAV FAR). Im Übrigen ist die Arbeitgeberin Schuldnerin der gesamten Beiträge (Art. 9 Abs. 1 GAV FAR). Das Innenverhältnis zwischen der Arbeitgeberin und ihren (allenfalls ehemaligen) Arbeitnehmern und damit die Frage nach der Einbringlichkeit der Arbeitnehmerbeiträge ist hier nicht von Interesse (vgl. E. 3).
7.6 Gegen den Umfang der auf den Betriebsteil "Gebäudehülle" entfallenden Forderung, welche sich aus Eintrittspauschalen sowie Arbeitgeber- und Arbeitnehmerbeiträgen für die Zeit vom 1. Juni (recte: Juli) 2003 bis 31. Dezember 2006 zusammensetzt, wird nichts vorgebracht. Die entsprechende vorinstanzliche Feststellung ist für das Bundesgericht verbindlich (E. 2).
7.6 Gegen den Umfang der auf den Betriebsteil "Gebäudehülle" entfallenden Forderung, welche sich aus Eintrittspauschalen sowie Arbeitgeber- und Arbeitnehmerbeiträgen für die Zeit vom 1. Juni (recte: Juli) 2003 bis 31. Dezember 2006 zusammensetzt, wird nichts vorgebracht. Die entsprechende vorinstanzliche Feststellung ist für das Bundesgericht verbindlich (E. 2).
7.7 7.7.1 Der Arbeitgeber hat vierteljährlich Akontozahlungen abzuliefern, fällig 30 Tage nach der Rechnungsstellung, spätestens jedoch per Quartalsende (Art. 9 Abs. 2 GAV FAR). Die Stiftung stellt pro Mahnung Fr. 50.- sowie einen Verzugszins von 5 % ab Fälligkeit in Rechnung (Art. 9 Abs. 3 GAV FAR).
7.7.2 Die Vorinstanz hat zutreffend erwogen, dass aus dem Verhalten der Stiftung FAR nicht zu schliessen sei, dass diese auf die Beiträge verzichtet (vgl. E. 7.4) oder sie gestundet habe. Wie ein Lohnverzicht (<ref-ruling> E. 3.3 S. 452) ist auch ein Verzicht auf Vorsorgebeiträge nicht leichthin anzunehmen. Aus dem blossen Zuwarten mit der Geltendmachung der Forderung kann kein entsprechender, rechtsgeschäftlich fassbarer Wille abgeleitet werden (vgl. Urteil 8C_875/2009 vom 7. Dezember 2009 E. 5). Selbst wenn von einer Stundung der Beiträge auszugehen wäre, hätte dies - ebenso wie ein laufendes Verfahren zur Klärung der Beitragspflicht - keinen Einfluss auf Zinspflicht und Zinsenlauf (vgl. für andere Sozialversicherungen <ref-ruling> E. 4c S. 93 f.), wurden doch die Fälligkeit der Forderungen (vgl. <ref-law>), der Beginn der Zinspflicht und die Zinshöhe im Rahmen des GAV unmissverständlich festgelegt (vgl. auch Art. 66 Abs. 2 BVG). Aus dem blossen Umstand, dass eine Mahnung kostenpflichtig ist, lässt sich nicht zwingend schliessen, dass eine solche für den Eintritt der Verzugsfolgen erforderlich ist. Im Übrigen wäre im konkreten Fall angesichts der Selbstdeklaration der Arbeitgeberin (vgl. E. 7.4.2) eine Mahnung ohnehin überflüssig gewesen (vgl. WOLFGANG WIEGAND, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht I, 5. Aufl. 2011, N. 11 zu <ref-law>). Was die Höhe des Zinssatzes anbelangt, so entspricht sie den üblichen gesetzlichen Regelungen (vgl. <ref-law>; <ref-law> [SR 831.201]). Demzufolge stellt auch die durch das kantonale Gericht getroffene Verpflichtung der Arbeitgeberin betreffend die Verzugszinse keine Rechtsverletzung (E. 2) dar.
8. Beide Parteien unterliegen mit ihrer Beschwerde. Sie haben daher grundsätzlich die jeweiligen Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und der Gegenpartei eine Entschädigung zu entrichten (<ref-law>). Die Stiftung FAR als mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraute Organisation ist in ihren Vermögensinteressen betroffen; der Ausnahmetatbestand von <ref-law> findet demnach keine Anwendung (<ref-ruling>). Hingegen hat sie, auch wenn sie nicht von den Gerichtskosten befreit ist, keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>; Urteil 8C_594/2010 vom 25. August 2011 E. 9 mit Hinweisen).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 9C_378/2011 und 9C_389/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerden werden abgewiesen.
3. Den Parteien werden Gerichtskosten von je Fr. 4'000.- auferlegt.
4. Die Stiftung FAR hat die X._ AG für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. Dezember 2011
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Dormann