Sachverhalt:
A. Die 1978 geborene C._ war seit dem 1. Januar 2010 bei der X._ AG als "Store Managerin" tätig und bei der Basler Versicherung AG (nachstehend: Basler) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 28. Januar 2010 nachts bei verschneiter Strasse wegen nicht den Witterungsbedingungen angepasster Geschwindigkeit die Herrschaft über ihr Fahrzeug verlor, gegen eine Böschung sowie einen Grenzstein schleuderte und schliesslich auf dem Dach liegend zurück auf die Strasse gelangte. Es wurde ein Halswirbelsäulen-Beschleunigungstrauma (HWS-Trauma) mit einem posttraumatischen muskulären Cervico-Thoracovertebralsyndrom diagnostiziert. Die Unfallversicherung erbrachte Leistungen in Form von Heilbehandlung und richtete Taggeld aus. Mit Schreiben vom 31. Mai 2010 hielt die Basler fest, zur Beurteilung des aktuellen Gesundheitszustandes, der Möglichkeiten zur weiteren Verbesserung der Arbeitsfähigkeit durch medizinische sowie therapeutische Massnahmen werde eine Begutachtung bei der Y._ AG angeordnet. Die Y._ AG teilte der Versicherten am 7. Juni 2010 mit, es seien die Termine vom 8. und 9. Juli 2010 jeweils vormittags zur Begutachtung reserviert. Man bitte um telefonische Bestätigung. Am 6. Juli 2010 wurde auch die Basler Versicherung über die Begutachtungstermine in Kenntnis gesetzt. Bereits am 30. Juni 2010 informierte die Y._ AG die Unfallversicherung darüber, dass C._ die Termine abgesagt habe, weil sie dann arbeiten müsse. Darauf ersuchte die Basler den Rechtsvertreter der Versicherten gleichentags um Bestätigung, dass die vorgesehene Untersuchung an der Y._ AG wahrgenommen werde. Sie setzte dafür eine Frist bis zum 2. Juli 2010 und drohte an, aufgrund der vorhandenen Akten zu entscheiden, sollte C._ die Mitwirkung verweigern. Aufgrund einer Ferienabwesenheit des Rechtsvertreters wurde um eine Fristerstreckung zur verlangten Stellungnahme um wenige Tage ersucht. Am 7. Juli 2010 teilte dieser der Unfallversicherung schliesslich mit, dass seine Klientin die vorgeschlagenen Untersuchungstermine auf Grund ihrer Arbeitssituation nicht wahrnehmen könne. Es wurde um einen neuen Termin ab dem 9. August 2010 ersucht und darum gebeten, die Untersuchungen an einem einzigen Tag anstelle von zwei Halbtagen durchzuführen.
Mit Verfügung vom 16. Juli 2010 teilte die Basler der Versicherten mit, da sie die Untersuchungstermine vom 8. und 9. Juli 2010 abgesagt habe und ihr am 30. Juni 2010 eine Mahn- und Bedenkzeit gewährt worden sei, werde auf Grund der vorhandenen Akten entschieden. Die Leistungen würden ab dem 2. August 2010 mangels natürlichem und adäquatem Kausalzusammenhang eingestellt. Daran hielt die Unfallversicherung auch auf Einsprache hin fest (Entscheid vom 28. Januar 2011).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 14. März 2012 ab.
C. C._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihr die gesetzlichen Leistungen über den 2. August 2010 hinaus zu erbringen, eventualiter sei die Sache an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen, damit diese die weiteren notwendigen Abklärungen treffe.
Die Basler schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Versicherte aus dem Unfall vom 28. Januar 2010 über den 2. August 2010 hinaus Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung hat. Dabei ist einerseits der Zeitpunkt des Fallabschlusses, andererseits der rechtserhebliche Zusammenhang zwischen den noch geklagten Beschwerden und dem Unfallereignis umstritten. Es ist zu prüfen, ob die Basler ihrer Abklärungspflicht in genügender Weise nachgekommen ist und ob sie infolge Verletzung der Mitwirkungspflicht durch die Versicherte aufgrund der vorhandenen Akten hat entscheiden dürfen.
2.1 Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid die Bestimmungen über den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (<ref-law>) und namentlich die massgeblichen kausalrechtlichen Grundsätze zutreffend dargelegt. Hervorzuheben ist, dass die Leistungspflicht des Unfallversicherers einen natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden voraussetzt (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181).
2.2 Wer Versicherungsleistungen beansprucht, muss unentgeltlich alle Auskünfte erteilen, die zur Abklärung des Anspruchs und zur Festsetzung der Versicherungsleistungen erforderlich sind (<ref-law>). Laut <ref-law> prüft der Versicherungsträger die Begehren, nimmt die notwendigen Abklärungen von Amtes wegen vor und holt die erforderlichen Auskünfte ein. Soweit ärztliche oder fachliche Untersuchungen für die Beurteilung notwendig und zumutbar sind, hat sich die versicherte Person diesen zu unterziehen (<ref-law>). Kommen die versicherte Person oder andere Personen, die Leistungen beanspruchen, den Auskunfts- oder Mitwirkungspflichten in unentschuldbarer Weise nicht nach, so kann der Versicherungsträger auf Grund der Akten verfügen oder die Erhebungen einstellen und Nichteintreten beschliessen. Er muss diese Personen vorher schriftlich mahnen und auf die Rechtsfolgen hinweisen; ihnen ist eine angemessene Bedenkzeit einzuräumen (<ref-law>). Gegebenenfalls kann der Versicherungsträger das von der versicherten Person eingereichte Gesuch mit der Begründung abweisen, der Sachverhalt, aus dem diese ihre Rechte ableiten wolle, sei nicht erwiesen (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 264; SVR 2010 IV Nr. 30 S. 94, 9C_961/2008 E. 3.1; 8C_733/2010 E. 3.1).
3. Das kantonale Gericht hat erwogen, aus den Akten ergebe sich, dass organische Unfallfolgen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit nicht mehr vorlägen. Es verneinte in Anwendung der Rechtsprechung zu den psychischen Fehlentwicklungen den adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und den weiterhin bestehenden Beschwerden. Es liess die Frage, ob die Beschwerdeführerin ihrer Mitwirkungspflicht nachgekommen sei, an sich offen, hielt aber in Form eines obiter dictum fest, diese sei durch die Versicherte tatsächlich verletzt worden.
4. 4.1 Ein weiterer Anspruch auf die vorübergehenden Unfallversicherungsleistungen wie Heilbehandlung (<ref-law>) und Taggeld (Art. 16 f. UVG) setzt nach Gesetz und Praxis voraus, dass von einer Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung des unfallbedingt beeinträchtigten Gesundheitszustandes erwartet werden kann, oder dass noch Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung (IV) laufen. Trifft beides nicht (mehr) zu, hat der Versicherer den Fall unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen abzuschliessen und den Anspruch auf eine Invalidenrente und auf eine Integritätsentschädigung zu prüfen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4 S. 113 ff.). Der Taggeldanspruch erlischt auch beim Wegfall der Arbeitsunfähigkeit, somit im Zeitpunkt der vollen Wiedererlangung der Fähigkeit, im bisherigen oder in einem anderen Beruf zumutbare Arbeit zu leisten (Art. 16 Abs. 1 und 2 UVG i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 201 f.).
Die Verfahrensleitung liegt gemäss <ref-law> beim Versicherungsträger, dessen Ermessensspielraum in Bezug auf Notwendigkeit, Umfang und Zweckmässigkeit von medizinischen Erhebungen gross ist. Bei komplexen Fällen, wie sie länger andauernde Beschwerden nach Schleudertrauma der HWS häufig darstellen, ist in der Regel eine interdisziplinäre Abklärung und Beurteilung durch Fachärzte angezeigt (vgl. <ref-ruling> E. 9.3 S. 124).
4.2 Eingliederungsmassnahmen der IV standen im Zeitpunkt des Fallabschlusses nicht zur Diskussion. Massgebend ist somit, ob von weiterer ärztlicher Behandlung eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes erwartet werden konnte. Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Vorliegen eines medizinischen Endzustandes könne mangels rechtsgenüglicher Abklärung des relevanten medizinischen Sachverhaltes nicht abschliessend beurteilt werden. Dasselbe gelte auch für die Frage, ob im Zeitpunkt der Leistungseinstellung nur noch psychische Unfallfolgen vorlagen.
4.3 Im Zeitpunkt der Leistungseinstellung lagen nur der erste Arztbericht inklusive Röntgenbericht und Dokumentationsbogen für die Erstkonsultation nach kranio-zervikalem Beschleunigungstrauma vom Februar 2010 und ein Verlaufsbericht des Hausarztes vom 10. Mai 2010 vor. Obwohl Hausarzt Dr. med. M._ am 12. Juni 2010 prospektiv ab dem 2. August 2010 eine volle Arbeitsfähigkeit in Aussicht stellte, erlaubten die vorhandenen medizinischen Akten keinen Entscheid über einen möglichen Fallabschluss. Die Basler ordnete daher zur medizinischen und erwerblichen Standortbestimmung eine umfassende Begutachtung bei der Y._ AG an. Alle weiteren von der Vorinstanz ihrem Urteil zu Grunde gelegten Zeugnisse und Berichte über den Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin datieren nach dem Verfügungszeitpunkt und damit nach der Leistungseinstellung. Daraus lässt sich entnehmen, dass die Beschwerdeführerin nach einer anfänglichen Besserung und Arbeitsversuchen nach kurzer Zeit mit erheblichen Schmerzen im Nacken-Schultergürtel und Brustwirbelsäulenbereich reagierte und zusätzlich eine depressive Verstimmung aufgrund der Schmerzen zeigte (Zeugnisse des Dr. med. M._ vom 26. August und vom 4. Oktober 2010). Wegen letzterer wurde die Versicherte vom 11. Oktober bis 19. November 2010 stationär in der Klinik für Psychosomatik Z._ behandelt, worüber im Bericht vom 24. November 2010 informiert wird. Keiner der genannten Berichte spricht sich darüber aus, ob von einer Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung des unfallbedingt beeinträchtigten Gesundheitszustandes erwartet werden konnte, ob die Beschwerdeführerin nur noch an psychischen Beeinträchtigungen litt oder ob noch körperliche Beschwerden oder solche, die dem typischen Beschwerdebild nach einer HWS-Distorsion entsprechen, vorlagen.
4.4 Soweit die Basler letztinstanzlich argumentiert, eine Begutachtung, wie sie sie am 30. Mai 2010 selbst angeordnet hatte, wäre gar nicht nötig gewesen, verhält sie sich widersprüchlich. Es wird denn auch nicht nachvollziehbar begründet, warum sich eine solche nunmehr hätte erübrigen sollen. Wie dargelegt waren im Zeitpunkt der Leistungseinstellung entscheidende Fragen noch offen und konnten anhand der vorhandenen Akten nicht beantwortet werden. Daher gebot es die Abklärungspflicht des Unfallversicherers und der Untersuchungsgrundsatz der Vorinstanz, die angeführten Fragen mittels Gutachten zu klären. Davon kann nur abgesehen werden, falls eine Verletzung der Mitwirkungspflicht vorliegt und in Anwendung von <ref-law> auf Grund der Akten entschieden werden darf.
5. Im angefochtenen Entscheid wird in einem obiter dictum festgehalten, die Beschwerdeführerin habe ihre Mitwirkungspflicht verletzt, weshalb
die Unfallversicherung aufgrund der vorhandenen Akten habe entscheiden dürfen. Dem kann nicht gefolgt werden.
Eine Pflichtverletzung liegt schon darum nicht vor, weil sich die Beschwerdeführerin nie geweigert hat, an der angeordneten Begutachtung mitzuwirken. Sie hat zuerst der Begutachtungsstelle und später auch der Unfallversicherung lediglich mitgeteilt, dass ihr die vorgeschlagenen Untersuchungstermine nicht passten und um eine Verschiebung auf einen späteren Zeitpunkt gebeten. Eine Verletzung der Auskunfts- oder Mitwirkungspflicht ist nur relevant, wenn sie in unentschuldbarer Weise erfolgt. Es muss sich mithin jedenfalls um eine schuldhafte Verletzung handeln (vgl. BBl 1991 II 261), wobei das Verhalten der Person nicht mehr nachvollziehbar sein darf, was etwa dann gegeben ist, wenn ein Rechtfertigungsgrund nicht einmal ansatzweise erkennbar oder wenn das Verhalten schlechthin unverständlich ist (Kieser, ATSG-Kommentar, 2. Aufl. 2009, N. 51 zu <ref-law>).
Es ist auch zu berücksichtigen, dass die Beschwerdeführerin während der Probezeit verunfallte, weshalb sie ihr Stelle während der darauf folgenden Arbeitsunfähigkeit verlor. Sie war daher nach Wiedererlangung einer (Teil-)Arbeitsfähigkeit im Mai 2010 darauf angewiesen, sich eine neue Arbeitsstelle zu suchen. Dass ein persönliches Engagement diesbezüglich sehr wichtig ist, zeigt unter anderem auch die Rechtsprechung zur Adäquanzbeurteilung nach HWS-Distorsionen. Gemäss <ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f. wird die ernsthafte Anstrengung einer versicherten Person, sich wieder optimal in den Arbeitsprozess einzugliedern, als mitentscheidendes Kriterium gewürdigt, welches zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhanges führen kann. Darüber hinaus gebietet es auch die Schadenminderungspflicht, die Arbeitsfähigkeit möglichst umgehend zu verwerten. In diesem Sinne ist das blosse Ersuchen um Verschiebung eines Begutachtungstermins nicht als schuldhafte Verletzung der Mitwirkungspflicht zu werten. Abgesehen davon wäre auch die eingeräumte Bedenkzeit von wenigen Tagen nicht als "angemessen" zu qualifizieren.
6. Die Sache ist daher an die Unfallversicherung zurückzuweisen, damit sie die notwendigen Abklärungen trifft und über die weitere Leistungspflicht neu verfügt.
7. Ausgangsgemäss gehen die Gerichtskosten zu Lasten der Basler (<ref-law>). Diese ist gegenüber der Beschwerdeführerin entschädigungspflichtig (<ref-law>).
Deren Rechtsvertreter lässt mit Kostennote vom 27. August 2012 ein Honorar von Fr. 2'225.- sowie Auslagen und Ersatz der Mehrwertsteuer von zusammen Fr. 328.10, insgesamt also Fr. 2'553.10 geltend machen. Dies erscheint als angemessen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, als der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 14. März 2012 und der Einspracheentscheid der Basler Versicherung AG vom 28. Januar 2011 aufgehoben werden. Die Sache wird an die Basler Versicherung AG zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über den Anspruch auf weitere Leistungen der Unfallversicherung neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'553.10 zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. Oktober 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Die Gerichtsschreiberin: Schüpfer