Sachverhalt:
A. Die Kantonspolizei Aargau stellte am frühen Morgen des 7. August 2009 fest, dass X._ in angetrunkenem Zustand ein Auto gelenkt hatte und nahm ihm, nach positivem Atemlufttest, den Führerausweis ab. Nach dem Bericht des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Bern vom 13. August 2009 betrug die Blutalkoholkonzentration im Zeitpunkt der Fahrt zwischen 0,84 und 1,37 Gewichtspromillen.
Am 5. Oktober 2009 verfügte das Strassenverkehrsamt des Kantons Zug auf unbestimmte Zeit den vorsorglichen Entzug des Führerausweises aller Kategorien gegen X._. Zur Begründung führte es im Wesentlichen an, diesem sei der Führerausweis bereits zweimal wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand entzogen worden, nämlich am 18. Oktober 2000 für zwei Monate und am 25. Oktober 2002 für 14 Monate, wobei die ursprüngliche Entzugsdauer von 21 Monaten wegen der ärztlich kontrollierten Alkoholabstinenz verkürzt worden sei. Da er nun innert zehn Jahren ein drittes Mal in alkoholisiertem Zustand gefahren sei, bestehe der erhebliche Verdacht, dass bei ihm eine Alkoholproblematik vorliege, womit Zweifel an seiner Fahreignung bestünden. Diese sei vom Institut für Rechtsmedizin der Universität Zürich (IRMZ) abzuklären, worauf über einen allfälligen Sicherungsentzug zu entscheiden sei.
B. Am 15. Januar 2010 wies der Vorsitzende der Verwaltungsrechtlichen Kammer des Verwaltungsgerichts des Kantons Zug das Gesuch von X._ um sofortige Wiedererteilung des Führerausweises ab. Er erwog, einer Beschwerde gegen einen Sicherungsentzug sei, vorbehältlich besonderer, vorliegend nicht erfüllter Umstände, in der Regel die aufschiebende Wirkung zu verweigern. Es bestünden erhebliche Zweifel an der Fahreignung von X._, welche einer Wiedererteilung des Führerausweises diametral entgegenstünden.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, diesen verwaltungsgerichtlichen Entscheid aufzuheben und ihm den Führerausweis unverzüglich wieder auszuhändigen. Die Sache sei an das Strassenverkehrsamt zurückzuweisen mit der Anweisung, das Administrativerfahren bis zur rechtskräftigen Erledigung des Strafverfahrens zu sistieren. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung.
C. In seiner Vernehmlassung beantragt der Vorsitzende der Verwaltungsrechtlichen Kammer des Verwaltungsgerichts, die Beschwerde abzuweisen. Gegen die Sistierung des Administrativverfahrens sei nichts einzuwenden, nur könne dies nicht dazu führen, X._ den Führerausweis vor dessen Abschluss wieder auszuhändigen. Das Strassenverkehrsamt Zug und das ASTRA verzichten auf eigene Stellungnahmen und schliessen sich der verwaltungsgerichtlichen Vernehmlassung an.
X._ hält in der Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit, gegen den die Beschwerde nach Art. 82 ff. zulässig ist (vgl. Urteile 1C_233/2007 vom 4. Februar 2008 E. 1 und 1C_163/2007 vom 4. Juli 2007 E. 4). Die kantonalen Instanzen haben dem Beschwerdeführer den Führerausweis gestützt auf <ref-law> vorsorglich entzogen. Die Verfügung über den vorsorglichen Führerausweisentzug schliesst das Verfahren betreffend den Sicherungsentzug nicht ab. Sie stellt vielmehr einen Zwischenschritt auf dem Weg zum abschliessenden Entscheid über den Sicherungsentzug dar. Angefochten ist damit eine Zwischenverfügung, gegen die die Beschwerde nach <ref-law> unter anderem dann zulässig ist, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a). Ein solcher Nachteil ist bei einem vorsorglichen Führerausweisentzug zu bejahen (vgl. <ref-ruling> E. 1b S. 362; Urteil 1C_233/2007 vom 4. Februar 2008 E. 1.1). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist grundsätzlich einzutreten.
1.2 Der vorsorgliche Führerausweisentzug stellt eine vorsorgliche Massnahme zur Sicherstellung gefährdeter Interessen bis zum Abschluss des Hauptverfahrens dar (<ref-ruling> E. 3 S. 401; <ref-ruling> E. 1a S. 362). Gemäss <ref-law> kann der Beschwerdeführer somit nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte rügen.
2. Der Beschwerdeführer sieht durch den angefochtenen Entscheid das Willkürverbot von <ref-law>, die persönliche Freiheit (<ref-law>), die Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>) sowie das Recht auf ein ungestörtes Familienleben (<ref-law>) verletzt.
2.1 Nach <ref-law> sind Ausweise zu entziehen, wenn die gesetzlichen Voraussetzungen für ihre Erteilung nicht mehr gegeben sind. Grundvoraussetzung für die Erteilung des Führerausweises ist die Fahreignung. Ist sie nicht mehr gegeben, weil die körperliche und geistige Leistungsfähigkeit einer Person nicht oder nicht mehr ausreicht, ein Motorfahrzeug sicher zu führen (<ref-law>), weil sie an einer Sucht leidet, die die Fahreignung ausschliesst (lit. b), oder weil sie auf Grund ihres bisherigen Verhaltens nicht Gewähr bietet, dass sie künftig beim Führen eines Motorfahrzeugs die Vorschriften beachten und auf die Mitmenschen Rücksicht nehmen wird (lit. c), ist der Führerausweis auf unbestimmte Zeit zu entziehen. Nach dieser gesetzlichen Regelung muss ein Sicherungsentzug zwingend in jedem Fall angeordnet werden, bei dem die Fahreignung nicht mehr gegeben ist. Da der Sicherungsentzug einen schwerwiegenden Eingriff in den Persönlichkeitsbereich des Betroffenen bewirkt, setzt er eine sorgfältige Abklärung aller wesentlichen Gesichtspunkte voraus (<ref-ruling> E. 3.1). Vorsorglich kann der Führerausweis bereits entzogen werden, wenn ernsthafte Bedenken an der Fahreignung bestehen (<ref-law>).
2.2 Beim Vorfall, der Anlass zum hier zur Diskussion stehenden Administrativverfahren gab, handelt es sich um die dritte Trunkenheitsfahrt des Beschwerdeführers innert zehn Jahren mit Blutalkoholwerten von jeweils über 0,8 Gewichtspromillen. Das erweckt nach der zutreffenden Einschätzung des Vorsitzenden der Verwaltungsrechtlichen Kammer offensichtlich den Verdacht, dass der Beschwerdeführer an einer seine Fahreignung beeinträchtigenden Alkoholsucht leidet oder jedenfalls für die Zukunft keine Gewähr bietet, sich nach dem Genuss einer die Fahreignung beeinträchtigenden Menge Alkohols nicht mehr ans Steuer zu setzen.
2.2 Beim Vorfall, der Anlass zum hier zur Diskussion stehenden Administrativverfahren gab, handelt es sich um die dritte Trunkenheitsfahrt des Beschwerdeführers innert zehn Jahren mit Blutalkoholwerten von jeweils über 0,8 Gewichtspromillen. Das erweckt nach der zutreffenden Einschätzung des Vorsitzenden der Verwaltungsrechtlichen Kammer offensichtlich den Verdacht, dass der Beschwerdeführer an einer seine Fahreignung beeinträchtigenden Alkoholsucht leidet oder jedenfalls für die Zukunft keine Gewähr bietet, sich nach dem Genuss einer die Fahreignung beeinträchtigenden Menge Alkohols nicht mehr ans Steuer zu setzen.
2.3 Der Beschwerdeführer macht zwar geltend, er habe sich mit dieser Fahrt vor fremdenfeindlichen, betrunkenen Gästen des Restaurants "T._" in Sicherheit bringen müssen, die ihn bedroht hätten. Die Akten enthalten indessen keine schlüssigen Belege für das Vorliegen einer Notstandssituation, und bei der strafrechtlichen Beurteilung des Vorfalls durch das Bezirksamt Muri (Strafbefehl vom 23. Februar 2010, nicht rechtskräftig) wurde dem Beschwerdeführer eine solche nicht zugebilligt. Nach der vom Beschwerdeführer mit der Replik eingereichten polizeilichen Einvernahme von Y._, mit der er das Vorliegen einer Notstandssituation belegen will, hat er am Steuer seines Wagens vor dem Restaurant auf seine Kontrahenten gewartet, ist dann nach einem Wortwechsel mit Z._ weggefahren und nach einer Weile aus einer anderen Richtung zurückgekehrt. Jedenfalls für die Rückfahrt ist die Annahme einer Notstandssituation kaum denkbar. Der Vorsitzende der Verwaltungsrechtlichen Kammer konnte damit ohne Willkür davon ausgehen, dass diese dritte Trunkenheitsfahrt des Beschwerdeführers geeignet ist, erhebliche Zweifel an seiner Fahreignung zu erwecken. Angesichts der hohen Gefahr, die nicht fahrtaugliche Lenker für die Verkehrssicherheit darstellen, ist der vorsorgliche Entzug des Führerausweises bis zur abschliessenden Abklärung der Fahreignung durch das IRMZ ohne Weiteres gerechtfertigt, der Beschwerdeführer hat die dadurch verursachte, zeitlich begrenzte Einschränkung verschiedener Freiheitsrechte hinzunehmen.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat zwar ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches indessen abzuweisen ist, da die Beschwerde aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. 2.1 Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
2.2 Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zug, Verwaltungsrechtliche Kammer, sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Juli 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi