Sachverhalt:
A. Die X._AG ist seit dem 1. Januar 1995 mehrwertsteuerpflichtig. Nach einer Kontrolle bei der X._AG forderte die Eidgenössische Steuerverwaltung mit zwei Ergänzungsabrechnungen (EA) vom 9. Oktober 2003 die Nachzahlung von Mehrwertsteuern für die Steuerperioden 1. Quartal 1998 bis 4. Quartal 2000 in der Höhe von Fr. ... (EA 170'621) und für die Steuerperioden 1. Quartal 2001 bis 2. Quartal 2003 in der Höhe von Fr. ... (EA 170'622), je zuzüglich Verzugszins ab mittlerem Verfall. Die folgenden Positionen sind vorliegend noch umstritten:
EA 170'621
1. Umsatzsteuerkorrekturen
a) (...)
b) Nichtdeklaration der auf der Gutschrift der Y._AG
vom 17.12.1998 ausgewiesenen Mehrwertsteuer Fr. ...
2. (...)
3. Steuersatzerhöhung
Nichtdeklaration der Steuersatzerhöhung per 1.1.1999 von
6,5 % auf 7,5 % auf den Vorauszahlungen für den Transport von Energie (ab Schweizer Grenze) der Kernkraftwerke:
a) Cattenom Fr. ...
b) Bugey Fr. ...
EA 170'622
1. (...)
2. (...)
3. Steuersatzerhöhung
Nichtdeklaration der Steuersatzerhöhung per 1.1.2001 von
7,5 % auf 7,6 % auf der Vorauszahlung für den Transport
von Energie (ab Schweizer Grenze) des Kernkraftwerks:
a) Cattenom Fr. ...
b) (...)
Die X._AG bezahlte die Steuerforderungen zur Unterbrechung des Zinsenlaufes ohne Anerkennung einer Rechtspflicht.
Am 15. Juni 2004 erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung zwei Entscheide, mit denen sie die Steuerforderungen - soweit bestritten - im Umfang von Fr. ... (EA 170'621) und Fr. ... (EA 170'622), je zuzüglich Verzugszins, bestätigte. Auf Einsprache hin setzte die Eidgenössische Steuerverwaltung die Steuerforderung auf Fr. ... (EA 170'621) resp. Fr. ... (EA 170'622) herab.
Gegen die Einspracheentscheide führte die Steuerpflichtige Beschwerde bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission, welche zwei Verfahren eröffnete. Das Bundesverwaltungsgericht, welches die Verfahren von der Eidgenössischen Steuerrekurskommission übernommen hatte, erkannte mit Entscheid vom 9. Juli 2009:
"1. Die Verfahren A-1612/2006 und A-1613/2006 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, die angefochtenen Entscheide teilweise aufgehoben und die Sache zur allfälligen weiteren Untersuchung sowie zur Fällung eines neuen Einspracheentscheids im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen."
B. Gegen diesen Entscheid führt die X._AG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen:
"1.1 Es sei der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 9. Juli 2009 vollumfänglich aufzuheben und festzustellen, dass die Beschwerdeführerin für die Zeit vom 1. Januar 1998 bis 31. Dezember 2000 keine Steuer in der Höhe von Fr. ... und für die Zeit vom 1. Januar 2001 bis 30. Juni 2003 keine Steuer in der Höhe von Fr. ... schuldet.
1.2 Es sei festzustellen, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung auf dem von der Beschwerdeführerin unter Vorbehalt bezahlten Betrag im Umfang von Fr. ... Vergütungszins in der Höhe von 5 % seit dem 19. November 2003 schuldet.
2. Eventualantrag: Es sei festzustellen, dass die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit der (rechnungsersetzenden) Gutschrift der Y._AG vom 17. Dezember 1998 keine Steuer in der Höhe von Fr. ... geschuldet hätte, wenn darin keine Mehrwertsteuer ausgewiesen worden wäre, und somit die Gutschrift nachträglich berichtigt werden kann."
C. Die Eidgenössischen Steuerverwaltung stellt Antrag, die Beschwerde sei teilweise - im Umfang von Fr. ... - gutzuheissen; im Übrigen sei sie abzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde an das Bundesgericht steht offen gegen Entscheide, die das Verfahren abschliessen (<ref-law>). Gegen Teilentscheide, die nur einen Teil der gestellten Begehren behandeln, ist die Beschwerde zulässig, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können (<ref-law>). Nur unter beschränkten Voraussetzungen anfechtbar sind Vor- und Zwischenentscheide (Art. 92 und 93 BGG).
1.2 Beim angefochtenen Urteil des Bundesverwaltungsgerichts handelt es sich um einen Rückweisungsentscheid. Rückweisungsentscheide sind in der Regel Zwischenentscheide, auch wenn über materielle Teilaspekte der Streitsache entschieden worden ist; anders verhält es sich, wenn über Begehren befunden wird, die unabhängig von den anderen Fragen beurteilt werden können (<ref-ruling> E. 4.2 und 4.3; s. auch <ref-ruling> E. 1.3 S. 127).
Nach diesen Grundsätzen ist auch hier die Zulässigkeit der Beschwerde gegen den Rückweisungsentscheid des Bundesverwaltungsgerichts zu beurteilen.
2. 2.1 Streitig waren bei der Vorinstanz u.a. die Mehrwertsteuer (Nachbelastungen infolge der Steuersatzerhöhungen per 1. Januar 1999 und 1. Januar 2001) für Elektrizitätslieferungen aus den französischen Kernkraftwerken Cattenom und Bugey (vgl. EA 170'621 Ziff. 3a und b; EA 170'622 Ziff. 3a). Diese Elektrizität wurde durch die Electricité de France (nachfolgend: EDF) von den jeweiligen Kernkraftwerken auf französischem Boden bis zur Grenze geführt, wo sie von der Beschwerdeführerin übernommen und zur Schaltanlage A._ weitergeleitet wurde. In der Sache kam die Vorinstanz zum Schluss, dass es sich um Lieferungen und nicht um Beförderungsleistungen im mehrwertsteuerrechtlichen Sinn handelt. Zur Anwendung kämen daher die Normen über den Ort der Lieferung. Da der Ort der fraglichen Stromlieferungen im Ausland liege, unterstünden diese der Inlandumsatzsteuer nicht.
Die Vorinstanz prüfte auch die Frage, ob eine Einfuhrsteuer geschuldet sei, wobei sie dies grundsätzlich bejahte. Sie konnte allerdings aufgrund der verfügbaren Akten nicht definitiv entscheiden, ob hierfür die Steuer bereits entrichtet worden war und ob gegebenenfalls das Verlagerungsverfahren zur Anwendung kommt und die Zuständigkeit der Eidgenössischen Zollverwaltung begründet wäre. Sie wies daher die Sache in diesem Punkt an die Eidgenössische Steuerverwaltung zum Erlass einer neuen Verfügung, gegebenenfalls zur Überweisung der Streitsache an die Oberzolldirektion, zurück. Zurückgewiesen wurde die Sache auch mit Bezug auf die Frage des Vergütungszinses, die im Dispositiv des Einspracheentscheids nicht behandelt worden war.
2.2 Die Eidgenössische Steuerverwaltung wird daher weitere Abklärungen vornehmen und die erforderliche(n) Verfügung(en) treffen müssen; es obliegt ihr nicht bloss die rechnerische Umsetzung des von der oberen Instanz Angeordneten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 127). Es handelt sich mithin um einen Zwischenentscheid, der nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 und 93 BGG anfechtbar ist, namentlich wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) oder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit und Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>).
Es ist nicht ersichtlich und wird in der Beschwerde nicht dargelegt, inwiefern bedeutender Aufwand im Sinne von <ref-law> eingespart werden kann. Zwar hat die Eidgenössische Steuerverwaltung in der Vernehmlassung an das Bundesgericht in diesem Punkt ihre Ansicht über die Besteuerung aufgegeben und sich der Beschwerde unterzogen. Sie hat dennoch über die Rückleistung der vorsorglich unter Vorbehalt bezahlten Steuer und über den darauf geschuldeten Vergütungszins zu befinden. Soweit es um die Steuer auf dem Import von Elektrizität aus den beiden französischen Kernkraftwerken geht, kann daher auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
2.3 Anders verhält es sich in Bezug auf die abschliessend behandelte Frage der Mehrwertsteuer auf der Gutschrift der Y._AG vom 17. Dezember 1998 in der Höhe von Fr. ... (vgl. EA 170'621 Ziff. 1b). Bezüglich dieser Steuernachforderung wies die Vorinstanz die Beschwerde ab, wie der Begründung im angefochtenen Entscheid entnommen werden kann (vgl. S. 30 E. 7 letzter Satz: "Der angefochtene Entscheid ist in diesem Punkt zu bestätigen", und S. 31 E. 9 3. Absatz: "Im Übrigen ist die Beschwerde [E. 7] abzuweisen"). Das Urteil weist allerdings den Mangel auf, dass Ziffer 2 des Dispositivs die teilweise Abweisung der Beschwerde nicht ausdrücklich erwähnt. Aus dem Urteilsdispositiv in Verbindung mit den zitierten Stellen in den Erwägungen geht aber klar hervor, dass nach Meinung der Vorinstanz diesbezüglich die Beschwerde abgewiesen werden soll. Die teilweise Gutheissung der Beschwerde (vgl. Dispositiv Ziff. 2) macht sonst keinen Sinn.
Über diese Steuernachforderung ist im Folgenden daher zu befinden. Die Gutschrift betrifft Leistungen vor dem 1. Januar 2000, womit noch die Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994 (aMWSTV, AS 1994 1464) anwendbar ist (Art. 112 des Mehrwertsteuergesetzes [MWSTG] vom 12. Juni 2009 [SR 641.209] und Art. 93 des alten MWSTG [aMWSTG] vom 2. September 1999 [AS 2000 1300]).
3. Der erwähnten Gutschrift liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
Die Beschwerdeführerin gründete mit vier Partnerwerken am 1. März 1990 die Y._AG. Zweck dieser Gesellschaft ist die Abwicklung von zwei Energielieferungsverträgen, welche die Beschwerdeführerin mit der EDF in den Jahren 1999 und 2005 mit Laufzeiten von je 25 Jahren abgeschlossen hatte. Weil aus diesen Verträgen per 30. März 1990 eine Vorauszahlung fällig war, stellte die Beschwerdeführerin der Y._AG einen Betrag von rund Fr. ... in Form eines Darlehens zur Verfügung.
Im Jahre 1998 wechselte die Y._AG bei der Abschreibungs- und Amortisationsmethode von Annuität zu Linear. Weil bei der linearen Methode die Abschreibungen anfangs grösser sind als bei der Annuitätsmethode, stellte die Y._AG der Beschwerdeführerin am 17. Dezember 1998 für den höheren Abschreibungsbedarf Rechnung im Betrag von Fr. ... (inkl. 6,5 % Mehrwertsteuer). Die Rechnung trägt den Vermerk "Umstellung der Abschreibungs-Methode von Annuität auf Linear per 31.12.1998".
Gleichzeitig verrechnete die Y._AG die Rechnungsforderung mit der Darlehensforderung. Hierfür stellte sie der Beschwerdeführerin am 17. Dezember 1998 eine Gutschrift aus über den gleichen Betrag (inkl. 6,5 % Mehrwertsteuer).
Die Beschwerdeführerin nahm keine Verbuchung vor. Sie begründete dies damit, dass Rechnungsbetrag und Gutschrift gleich hoch seien und sich ausgleichen würden. Die Eidgenössische Steuerverwaltung belastete die in der Gutschrift ausgewiesene Mehrwertsteuer im Betrag von Fr. ... der Beschwerdeführerin mit der vorliegend streitigen EA 170'621 nach, weil die Gutschrift für die Y._AG einen Vorsteuerbeleg darstelle und die Mehrwertsteuer durch die Beschwerdeführerin zu Unrecht nicht abgerechnet worden sei; die Beschwerdeführerin könne aber die auf der Rechnung der Y._AG ausgewiesene Mehrwertsteuer in der nächsten Mehrwertsteuerabrechnung zum Vorsteuerabzug geltend machen.
4. 4.1 Der Rechnung kommt im Mehrwertsteuerrecht eine zentrale Bedeutung zu. Sie ist nicht nur Buchungsbeleg, sondern dient dem (steuerpflichtigen) Empfänger als Ausweis für den Vorsteuerabzug, den er im Rahmen seiner Mehrwertsteuerabrechnung geltend machen kann. Mit der Rechnung erklärt der Rechnungssteller zugleich, dass er die ausgewiesene Mehrwertsteuer der Eidgenössischen Steuerverwaltung abgeliefert hat oder noch abliefern wird. Die verschiedenen Funktionen und die Bedeutung der Rechnung sind sowohl in der Praxis der Steuerverwaltung als auch in Lehre und Rechtsprechung anerkannt (<ref-ruling> E. 5; Urteil vom 31. Mai 2002, ASA 72 S. 727 E. 5a). Ist der Kunde steuerpflichtig, sind deshalb bei der Rechnungsstellung die gesetzlichen Formvorschriften (Art. 28 aMWSTV; jetzt <ref-law>) einzuhalten, weil nur so die mit der Fakturierung im Mehrwertsteuerrecht verbundenen Zwecke erreicht und Missbräuche vermieden werden können. Fiktive Hinweise auf die Steuer oder auf Steuerbeträge sind unzulässig (Urteil vom 14. Juli 2005, ASA 75 S. 495 E. 4.2).
4.2 Die schweizerische Mehrwertsteuer ist als Selbstveranlagungssteuer ausgestaltet. Dies bedingt eine möglichst einfache Kontrolle durch die Eidgenössische Steuerverwaltung. Deshalb wurden in der Praxis auch besondere Regeln für die Korrektur von Rechnungen aufgestellt. Stellt sich im Nachhinein heraus, dass die fakturierte Mehrwertsteuer zu hoch oder zu niedrig berechnet wurde - z.B. infolge eines Rechnungsfehlers, der Anwendung eines falschen Steuersatzes oder einer unrichtigen Berechnungsgrundlage - so ist eine Korrektur durch die Erstellung einer berichtigten Rechnung oder Gutschrift vorzunehmen. Ist der Rechnungsempfänger eine steuerpflichtige Person, so hat er seinerseits den Vorsteuerabzug zu korrigieren. Mit der Korrektur von ungenügenden Rechnungen haben sich Lehre und Rechtsprechung eingehend auseinandergesetzt (Urteil vom 31. Mai 2002, ASA 72 S. 727 E. 5; grundlegend Camenzind/Honauer/Vallender, Handbuch zum Mehrwertsteuergesetz, 2. Aufl. 2003, Rz. 1336 f. S. 456 ff., mit weiteren Hinweisen).
Unterbleibt die Korrektur, so ist die allenfalls zu Unrecht oder zu viel berechnete Steuer in voller Höhe geschuldet und abzuliefern. Eine entsprechende Verwaltungspraxis bestand bereits unter der Herrschaft der Mehrwertsteuerverordnung aus dem Jahre 1994 (Wegleitung 1997, Rz. 779; jetzt Wegleitung 2008, Rz. 808). Es gilt der Grundsatz fakturierte Steuer gleich geschuldete Steuer. Das ist systemgerecht, weil bei der Mehrwertsteuer der Steuerpflichtige im Abrechnungsverfahren gegenüber dem Fiskus die Stelle des Steuerbezügers einnimmt und allenfalls zu Unrecht vereinnahmte Steuerbeträge nicht für sich beanspruchen kann. Wird in der Verwaltungspraxis verlangt, dass allenfalls zu Unrecht oder zu viel berechnete Steuern in voller Höhe geschuldet sind, wird damit vermieden, dass der Steuerpflichtige Steuern für sich beanspruchen kann, die ihm rechtlich nicht zustehen. Das Bundesgericht hat diese Praxis wiederholt bestätigt (<ref-ruling> E. 5 und 8; Urteil vom 14. Juli 2005, ASA 75 S. 495 E. 3.4 und 4.2 f.; s. auch StR 64/2009 S. 39 betr. das Urteil 2C_285/2008 vom 29. August 2008 E. 3.3). Sie gilt heute kraft ausdrücklicher gesetzlicher Vorschrift (<ref-law>).
4.3 Was für die Rechnungsstellung gilt, ist grundsätzlich auch bei der Ausstellung von Gutschriften zu beachten (Urteil vom 31. Mai 2002, ASA 72 S. 727 E. 5c). Eine Gutschrift liegt beispielsweise vor, wenn nicht der Leistende, sondern der Leistungsempfänger über die Leistung oder Lieferung abrechnet. Eine Gutschrift kann aber auch durch den leistenden Unternehmer ausgestellt werden etwa im Zusammenhang mit einer Entgeltsminderung oder einer Berichtigung der Mehrwertsteuer (vgl. auch Camenzind et al., a.a.O., Rz. 1354 ff. S. 462 f.; so bereits die Wegleitung 1997 Rz. 349b, 779, 828, 914). Da die Gutschrift beim Aussteller zu einer Minderung der Mehrwertsteuer auf dem Umsatz und beim Empfänger zu einer Minderung der Vorsteuer führt, sind grundsätzlich die gleichen Konten betroffen wie bei der Rechnungsstellung, allerdings mit umgekehrten Buchungsansätzen. Gutschriften sind daher nach der gleichen Methode wie die übrigen Geschäftsvorfälle zu verbuchen (Wegleitung 1997 Rz. 914; Wegleitung 2008 Rz. 930). Die für die Rechnungsstellung (Art. 28 aMWStV, jetzt <ref-law>) geltenden formellen Anforderungen sind folglich auch bei der Ausstellung von Gutschriften zu beachten. Die Gutschrift muss zudem nur dann mit der Mehrwertsteuer ausgewiesen werden, wenn der Leistungserbringer mehrwertsteuerpflichtig ist und es sich um einen steuerbaren Umsatz handelt (Camenzind et al., a.a.O., Rz. 1357 S. 463). Die Praxis, wonach fehlerhafte Rechnungen berichtigt werden können, gilt auch für Gutschriften. Das Gesetz ordnet dies für Gutschriften nunmehr ausdrücklich an (Art. 27 Abs. 2 und 3 MWSTG), doch galt eine entsprechende Verwaltungspraxis bereits unter der Herrschaft der Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994 (Urteil 31. Mai 2002, ASA 72 S. 727 E. 5c).
5. 5.1 Vorliegend brachte die Y._AG auf der Gutschrift vom 17. Dezember 1998 den Hinweis auf die Mehrwertsteuer an. Die Gutschrift gilt somit als Ausweis, dass die Mehrwertsteuer bezahlt ist oder noch bezahlt wird, und berechtigt die Y._AG zum Vorsteuerabzug. Nach dem Grundsatz fakturierte Steuer gleich geschuldete Steuer hat die Beschwerdeführerin die Mehrwertsteuer zu bezahlen. Da die Beschwerdeführerin die Gutschrift nicht steuerwirksam verbuchte, erfolgte die Nachbelastung durch die Eidgenössische Steuerverwaltung zu Recht. Die Mehrwertsteuer ist, wie erwähnt, auch dann geschuldet, wenn die Steuer fälschlicherweise fakturiert wird, es sich beim Leistungsempfänger oder Leistungserbringer nicht um steuerpflichtige Personen handelt oder die Leistung von der Steuer ausgenommen ist. Es ist daher auch nicht zu prüfen, ob die von der Y._AG ausgestellte Gutschrift im Zusammenhang mit der Lieferung von Energie steht oder ob es um die Rückzahlung des von der Beschwerdeführerin geleisteten Darlehens geht.
5.2 Die Beschwerdeführerin wendet ein, der bei der Mehrwertsteuer geltende Grundsatz fakturierte Steuer gleich geschuldete Steuer könne bei Gutschriften nicht zur Anwendung kommen; eine gesetzliche Grundlage sei diesbezüglich nicht gegeben. Der Einwand geht fehl. Der Grundsatz, wonach eine fakturierte Steuer unter dem Vorbehalt einer allfälligen Berichtigung geschuldet ist, kam bereits unter der Herrschaft der alten Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994 zur Anwendung (oben E. 4.3). Es handelte sich bei dieser um eine gesetzesvertretende Verordnung, welche der Bundesrat direkt gestützt auf die Ermächtigung in der Verfassung und die darin enthaltenen Prinzipien erlassen hatte. Der genannte Grundsatz fand in Art. 196 Ziff. 14 lit. f und g BV (Fassung vom 18. April 1999) bzw. in Art. 8 Abs. 1 und 2 der Übergangsbestimmungen zur alten Bundesverfassung (aBV) eine genügende verfassungsmässige Grundlage, wie das Bundesgericht in Bezug auf die damalige Verwaltungspraxis entschieden hat (Urteil vom 14. Juli 2005, ASA 75 S. 495 E. 4.3).
5.3 Eine Besonderheit von Gutschriften besteht darin, dass die Mehrwertsteuer nicht durch den Mehrwertsteuerschuldner sondern vom Aussteller der Gutschrift ausgewiesen wird. Die Beschwerdeführerin hätte daher umgehend prüfen müssen, ob die darauf ausgewiesene Mehrwertsteuer zu Recht vermerkt ist, und gegebenenfalls eine Korrektur verlangen müssen. Die Frage, ob die Mehrwertsteuer auf der Gutschrift richtig ausgewiesen war, stellt sich für die Beschwerdeführerin spätestens bei der Quartalsabrechnung über die laufende Steuerperiode. Dass die Beschwerdeführerin die Gutschrift (wie auch die Rechnung vom 17. Dezember 1998) offenbar nicht steuerwirksam verbuchte, ändert daran nichts; die Gutschrift bildete dennoch einen Vorsteuerbeleg für die Y._AG, und die Mehrwertsteuer ist geschuldet.
Die Beschwerdeführerin wendet ein, nach damaliger Auffassung der Eidgenössischen Steuerverwaltung habe es sich bei der von der Y._AG ausgestellten Gutschrift um ein Entgelt für künftige Stromlieferungen gehandelt; sie habe folglich gar keine Möglichkeit gehabt, die Gutschrift durch eine formell richtige Nachbelastung bzw. durch eine Gutschrift ohne einen Mehrwertsteuerausweis zu ersetzen. Richtig ist, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung sowohl in ihrem Entscheid wie auch im Einspracheentscheid die Meinung vertrat, dass die Darlehensvaluta die Vorauszahlung für künftige Stromlieferungen im Rahmen eines Pränumerandokaufs gewesen sei; diese Auffassung verficht die Verwaltung im vorliegenden Verfahren nicht mehr ausdrücklich. Darauf kommt es indessen nicht an. Sofern die Gutschrift als Vorauszahlung im Rahmen eines Pränumerandokaufs zu betrachten wäre, verkennt die Beschwerdeführerin, dass sie in keinem Falle steuerpflichtige Lieferantin der steuerbaren Leistung (Stromlieferungen) war. Wenn es sich demgegenüber um einen Darlehensvertrag handelte, wäre dieser als Kreditgeschäft nach Art. 14 Ziff. 15 aMWSTV (heute <ref-law>) von der Steuer ohnehin ausgenommen. In beiden Fällen hätte somit die Beschwerdeführerin die Berichtigung des Mehrwertsteuerausweises auf der Gutschrift anstreben können und auch müssen.
6. Für den Fall, dass das Bundesgericht die Nachbelastung der Mehrwertsteuer aufgrund des Steuerausweises auf der Gutschrift vom 17. Dezember 1998 bestätigen sollte, beantragt die Beschwerdeführerin eine Feststellung des Inhalts, dass die Gutschrift nachträglich berichtigt werden könne. Die Beschwerdeführerin übersieht, dass die Berichtigung durch die steuerpflichtige Person oder die Ausstellerin der Gutschrift vorgenommen werden muss und nicht durch das Gericht. Das Gericht kann nur entscheiden, welche Rechtsfolgen sich aufgrund des falschen Mehrwertsteuerausweises sowie aus einer allfälligen Berichtigung ergeben, es kann aber die Berichtigung nicht selbst vornehmen. Darauf läuft aber das Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin hinaus, auch wenn es lediglich in der Form eines Feststellungsbegehrens vorgebracht wird und nicht als Antrag, das Gericht habe die Berichtigung selbst vorzunehmen. Eine Feststellung der Art, wie sie die Beschwerdeführerin beantragt, würde vorliegend auch den Verfahrens- und Streitgegenstand sprengen, da eine Berichtigung offensichtlich nie erfolgt ist und daher auch nicht Gegenstand des Verfahrens sein kann. Auf den Eventualantrag ist daher nicht einzutreten.
7. Nach dem Gesagten ist auf die Beschwerde hinsichtlich der Steuersatzerhöhung auf den französischen Stromlieferungen nicht einzutreten, hinsichtlich der Nachbelastung auf der Gutschrift ist sie abzuweisen. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang vollumfänglich der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. März 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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