zieht das Bundesgericht in Erwägung:
1.- Wegen Verdachts auf Widerhandlung gegen das Atom- und Strahlenschutzgesetz reichten Greenpeace Schweiz, A._, F._ sowie weitere Personen 1997 und 1998 Strafanzeige ein gegen die Verantwortlichen der Nordostschweizerischen Kraftwerke AG, der Kernkraftwerk Leibstadt AG, der BKW FMB Energie AG, der Kernkraftwerk GösgenDäniken AG, des Bundesamtes für Energie (BFE) und der Hauptabteilung für Sicherheit der Kernanlagen (HSK). Die Anzeiger warfen den Angezeigten unter anderem vor, durch die Lieferung abgebrannter Brennelemente zur Wiederaufbereitung in die bestehenden Anlagen von Sellafield (GB) und La Hague (F) an der radioaktiven Umweltschädigung durch die Wiederaufbereitungsanlagen teilzunehmen und Art. 31 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 23. Dezember 1959 über die friedliche Verwendung der Atomenergie (Atomgesetz, AtG; SR 732. 0) sowie Art. 8 des Strahlenschutzgesetzes vom 22. März 1991 (StSG; SR 814. 50) zu verletzen. Mit Verfügung vom 13. Oktober 2000 übertrug die Bundesanwaltschaft die weitere Strafverfolgung und -beurteilung den Behörden des Kantons Aargau. Mit der Führung der Strafuntersuchung wurde am 18. Oktober 2000 das Untersuchungsamt des Kantons Aargau betraut.
Die Anzeiger stellten dem Untersuchungsamt des Kantons Aargau am 26. Mai 2001 den Antrag, es sei der für den nächsten geplanten Transport abgebrannter Brennelemente von Mühleberg (BE) nach Sellafield (UK) vorgesehene Behälter leer oder beladen zu beschlagnahmen. Eventualiter sei ein schriftliches Verfügungsverbot nebst Androhung von Straffolgen gemäss Art. 289 StGB zu erlassen. Das Untersuchungsamt wies den Antrag mit Verfügung vom 1. Juni 2001 ab. Das hiergegen angerufene Obergericht des Kantons Aargau wies die Beschwerde mit Entscheid vom 5. Juli 2001 ab, soweit es darauf eintrat.
Gegen diesen Entscheid führen A._ und F._ mit Eingabe vom 4. September 2001 staatsrechtliche Beschwerde ans Bundesgericht. Sie stellen folgende Anträge:
"1. Der Entscheid des Obergerichts des Kantons
Aargau vom 5. Juli 2001 betreffend Erlass einer
Beschlagnahmungsverfügung sei aufzuheben.
2. Es seien die erforderlichen präventiven Massnahmen,
namentlich die Beschlagnahme von Containern
für den Transport abgebrannter Brennelemente von
Mühleberg nach Sellafield, bzw. ein Verfügungsverbot
zu Lasten der Angeschuldigten anzuordnen.
3. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung im
Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
4. Es sei der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu
erteilen und als vorsorgliche Massnahme sei ein
Verbot der Ausfuhr abgebrannter Brennstäbe von
Mühleberg nach Sellafield (UK) zu erlassen.. "
Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung der persönlichen Freiheit (Art. 10 Abs. 2 BV, Art. 2 Abs. 1 EMRK) und eine Missachtung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) sowie des Willkürverbots (Art. 9BV).
Die Beschwerdegegnerin und das Obergericht des Kantons Aargau beantragen, das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung, den Antrag auf Erlass vorsorglicher Massnahmen sowie die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen.
Das Untersuchungsamt des Kantons Aargau verzichtet auf eine Vernehmlassung. Am 20. September 2001 weist der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts die Gesuche um Erteilung der aufschiebenden Wirkung und um Anordnung vorsorglicher Massnahmen ab.
2.- a) Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob und inwieweit auf eine staatsrechtliche Beschwerde einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1 S. 93, mit Hinweisen). Es fragt sich namentlich, ob die Beschwerde im Lichte von Art. 87 OG zulässig ist.
b) Der angefochtene Entscheid ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid (Art. 84 Abs. 1 und Art. 86 Abs. 1 OG). Er bestätigt die vom Untersuchungsamt verfügte Ablehnung der Beschlagnahme der für den Transport der abgebrannten Brennstäbe vorgesehenen Behälter. Es handelt sich um einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid. Die Verweigerung einer Beschlagnahme zur Sicherstellung einer allfälligen späteren Einziehung im Sinne von Art. 58 StGB bzw.
im Sinne des Atomgesetzes ist ein Entscheid über eine strafprozessuale Zwangsmassnahme. Er schliesst weder ein Einziehungsverfahren noch das Strafverfahren ab, sondern stellt bloss einen Schritt auf dem Weg zum Endentscheid dar (vgl.
<ref-ruling> E. 1b S. 100; zur Definition von End- und Zwischenentscheiden vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 327; <ref-ruling> E. 1a S. 253 mit Hinweisen).
Gemäss Art. 87 Abs. 2 OG in der am 1. März 2000 in Kraft getretenen Fassung (AS 2000 S. 417; BBl 1999 S. 7937) ist die staatsrechtliche Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid nur dann zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann. Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts muss der nicht wieder gutzumachende Nachteil rechtlicher Natur sein; eine bloss tatsächliche Beeinträchtigung wie beispielsweise eine Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens genügt nicht. Der Nachteil ist insbesondere dann rechtlicher Art, wenn er auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden könnte. Indessen muss die blosse Möglichkeit eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils rechtlicher Natur genügen (<ref-ruling> E. 1b S. 100 f. mit Hinweisen).
c) Die Beschwerdeführer bringen vor, jeder weitere Atomtransport zur Wiederaufbereitungsanlage von Sellafield trage zur Gefährdung der dort lebenden Menschen, zu denen auch sie - die Beschwerdeführer - gehörten, bei. Auch bei einem für sie günstigen Endentscheid seien die Folgen der Wiederaufbereitung der bis dahin zusätzlich ausgeführten Brennstäbe nicht abzuwenden. Sie hätten deshalb ein rechtlich geschütztes persönliches Interesse daran, dass eine Sicherungseinziehung zum Zweck der präventiven Gefahrenabwehr angeordnet werde.
d) Das Obergericht verweigerte im vorliegenden Fall die Beschlagnahme mutmasslicher Tatwerkzeuge, nämlich der Transportbehälter. Diese von den Beschwerdeführern beantragte vorläufige Zwangsmassnahme im Strafverfahren sollte eine allfällige spätere Einziehung im Sinne von Art. 58 StGB bzw. von Art. 36b AtG sicherstellen. Mit der Sicherungseinziehung gemäss Art. 58 StGB werden Gegenstände, die zur Begehung einer strafbaren Handlung gedient haben oder bestimmt waren und bei denen die Gefahr besteht, dass sie zu künftigen Rechtsgutverletzungen (wieder) verwendet werden, dem Verfügungsberechtigten entzogen und in die Verfügungsgewalt des Staates übertragen. Die Anordnung einer Sicherungseinziehung steht im öffentlichen Interesse. Sie dient dem Schutz der Allgemeinheit vor Gefährdungen durch Gegenstände, deren Gefährlichkeit anlässlich einer strafbaren Handlung offenbar geworden ist. Da es sich um künftige Gefährdungen handelt, kommt dem durch die Anlasstat mutmasslich Geschädigten im Falle einer Nichtanordnung einer Sicherungseinziehung im Hinblick auf seine eigene Sicherheit keine andere Stellung als jedem beliebigen Dritten zu. Eine Ausnahme kann sich höchstens ergeben, wenn Ansprüche des Geschädigten im Sinne von Art. 60 Abs. 1 lit. b StGB zur Diskussion stehen (vgl. zum Ganzen Niklaus Schmid, Kommentar Einziehung/Organisiertes Verbrechen/Geldwäscherei, Band I, Zürich 1998, § 1/StGB 58 N. 12 f., 96; siehe auch <ref-ruling> E. 1a und 1b S. 100 f.). Der mutmasslich Geschädigte besitzt folglich kein rechtlich geschütztes persönliches Interesse an der Anordnung einer Sicherungseinziehung. Entsprechend erleidet er auch keinen Nachteil rechtlicher Art, wenn im Strafverfahren eine Beschlagnahme zwecks allfällig späterer Sicherungseinziehung abgelehnt wird. Daran ändert auch eine Berufung auf den atomrechtlichen Einziehungstatbestand im Sinne von Art. 36b AtG nichts. Gemäss dieser Bestimmung verfügt der Richter ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer bestimmten Person die Einziehung der betreffenden Gegenstände, wenn keine Gewähr für eine rechtmässige weitere Verwendung geboten wird. Auch eine solche Einziehung erfolgt im öffentlichen Interesse. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde im Lichte von Art. 87 OG nicht zulässig ist. Unter diesen Umständen erübrigt sich eine Auseinandersetzung mit den weiteren Vorbringen der Beschwerdeführer.
3.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (Art. 156 Abs. 1 OG). Sie haben der Beschwerdegegnerin überdies eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 159 Abs. 2 OG), wofür sie zu gleichen Teilen solidarisch haften.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.- Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen. Sie haften solidarisch.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Untersuchungsamt und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 7. Dezember 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: