Markenrecht; UWG, hat sich ergeben:
A.- Jean-Pierre Egger setzte sich seit Beginn der 90-er Jahre zunächst als juristischer Berater und danach als Präsident des Vereins Schweizerischer Hanffreunde und Hanffreundinnen (VSHF) für den Wiederanbau und Vertrieb von einheimischem mitteleuropäischem Bauernhanf in der Schweiz ein.
Unter Verwendung des Zeichens "Hanfkuh" kandidierte er im November 1993 für den Staatsrat des Kantons Genf. Das Bildzeichen "Hanfkuh" (Kuh mit einem Hanfblatt im Maul vor rundem Logo mit Schweizer Kreuz) geht zurück auf eine Arbeit des Grafikers und VSHF-Mitglieds Alex Grob, welche dieser anfangs der 90-er Jahre im Auftrag des VSHF ausführte und wofür er mit 300 Franken bezahlt wurde. Im Jahre 1994 begann Jean-Pierre Egger mit dem Hanfanbau und dem Vertrieb von Hanfprodukten auf kommerzieller Basis. Zu diesem Zweck gründete er zusammen mit Shirin Patterson die Kollektivgesellschaft Swihtco Patterson & Cie. Am 19. Mai 1994 meldete Shirin Patterson das Zeichen "CannaBio" beim Bundesamt für Geistiges Eigentum an, worauf dieses als Wortmarke unter der Nummer CH 429'428 registriert wurde.
Jean-Pierre Egger beendete 1996 die Zusammenarbeit mit Shirin Patterson und schied aus der Swihtco aus. Im Mai 1996 verlangte er zunächst beim Handelsregisteramt und dann am 28. November 1996 gerichtlich die Auflösung der Gesellschaft, worauf diese mit Urteil des Bezirksgerichts des Pays d'Enhaut vom 11. Dezember 1997 ins Liquidationsstadium versetzt wurde. Am 27. Mai 1998 wurde über die Swihtco der Konkurs eröffnet. Auf Anfrage des Konkursamtes gaben sowohl Jean-Pierre Egger wie Shirin Patterson an, dass die Swihtco nach ihrem Wissen über keine Aktiven mehr verfüge. Das Konkursverfahren über die Swihtco wurde in der Folge mangels Aktiven eingestellt und am 28. Oktober 1998 geschlossen.
Jean-Pierre Egger liess am 12. November 1996 seine Einzelfirma "Canna Bio-Vertrieb Egger" ins Handelsregister des Kantons Thurgau eintragen und änderte die Firma am 11. März 1997 in "CannaBio-Vertrieb Egger" ab.
Seit 1994 arbeitete Jean-Pierre Egger auch mit Armin Käser zusammen. Auf dem landwirtschaftlichen Betrieb des Vaters von Armin Käser wurde damals begonnen, Hanf anzubauen, und es wurde ein "Hanf-Lehrpfad" eingerichtet, wo sich Interessierte über den Hanfanbau und Hanfprodukte informieren konnten. Mit Vertrag vom 10. März 1996 gründeten Jean-Pierre Egger und Armin Käser für die Anbau- und Vertriebssaison 1996/97 die einfache Gesellschaft "CannaBioland" mit dem Zweck des Anbaus und der Vermarktung von Naturhanf.
Armin Käser war verantwortlich "für den Anbau und für dessen Infrastruktur" und Jean-Pierre Egger "für die allgemeine Vermarktung und deren Gesetzeskonformität". Es wurde eine hälftige Gewinnverteilung vereinbart sowie festgehalten, dass der Name "CannaBio" ein geschütztes Rechtsgut sei und der einfachen Gesellschaft "CannaBioland" von Jean-Pierre Egger zur Verfügung gestellt werde. Im Vertrag war schliesslich die Möglichkeit vorgesehen, das Vertragsverhältnis für die Saison 1997/98 zu verlängern.
In der Folge kam es zum Streit zwischen den beiden Gesellschaftern. Armin Käser liess Jean-Pierre Egger am 15. Juli 1997 mitteilen, dass die einfache Gesellschaft "CannaBioland" aufgelöst und ihm damit die Vertretungsbefugnis entzogen sei. Jean-Pierre Egger erstattete Ende Juli 1997 Strafanzeige gegen Armin Käser und dessen Mitarbeiterin.
Ein von Jean-Pierre Egger in Auftrag gegebenes Gutachten stellte im August 1997 fest, dass die Buchhaltung der Gesellschaft nicht ordnungsgemäss geführt worden war.
Armin Käser liess mit Anmeldung vom 13. August 1997 die beiden Wort-Bildmarken CH 449 441 "CannaBioland Litzistorf" (fig. "Hanfkuh" vor Schweizerkreuz) und CH 451 113 "CannaBioland Litzistorf" (fig. "Hanfkuh" ohne Schweizerkreuz) registrieren. Shirin Patterson übertrug ihm mit Vereinbarung vom folgenden Tag "die Miteigentümerstellung am Namen CannaBio" und willigte ein, ihn in dieser Eigenschaft in das Markenschutzregister eintragen zu lassen. Dementsprechend wurde Armin Käser als Mitinhaber der Wortmarke CH 429 428 "CannaBio" im Register eingetragen. Anfangs Juli 1998 meldete Armin Käser zudem seine Einzelfirma "CannaBioland Armin Käser" beim Handelsregisteramt von Tafers an.
B.- Armin Käser reichte, nachdem er den Erlass vorsorglicher Massnahmen durchgesetzt hatte, am 10. Februar 1999 beim Handelsgericht des Kantons Bern Klage gegen Jean Pierre Egger ein mit folgenden Rechtsbegehren:
"1. Es sei dem Beklagten unter Androhung der Straffolgen
von <ref-law> und 403 ZPO gerichtlich zu
verbieten, die Bezeichnungen
- 'CannaBio'
- 'CannaBioland'
- 'CannaBio Vertrieb'
- fig. 'Kuh mit Hanfblatt vor Schweizerkreuz' mit
Schriftzügen 'CannaBioland' und 'Lizistorf'
(entsprechend der Wort-Bildmarke CH 449'411)
- fig. 'Kuh mit Hanfblatt ohne Schweizerkreuz' mit
Schriftzügen 'CannaBioland' und 'Litzistorf'
(entsprechend der Wort-Bildmarke CH 451'113).
im schweizerischen Geschäftsverkehr, namentlich zur
Kennzeichnung von Farben, Firnisse, Lacke, Naturharze
im Rohzustand, Seifen, Parfumerien, ätherische
Öle, Mittel zur Körper- und Schönheitspflege, Haarwasser,
technische Öle und Fette (biologisch abbaubar),
pharmazeutische Erzeugnisse, Präparate für die
Gesundheitspflege, diätetische Erzeugnisse, Druckereierzeugnisse,
Papier, Pappe (Karton) und Waren aus
diesen Materialien, Möbel, Seile, Bindfaden, Netze,
Zelte, Planen, Segel, Säcke, Garne und Fäden für
textile Zwecke, Webstoffe und Textilwaren, Bekleidungsstücke,
Schuhwaren, Kopfbedeckungen, Teppiche,
Fussmatten und Matten (alle vorgenannten Waren auf
Basis von Hanf aus biologischem Anbau), Hanföl, konservierte
Früchte und Gemüse, Kaffee, Tee, Mehle und
Getreidepräparate, Brot, auf der Basis von Hanf,
Hanfsamen, lebende Hanfpflanzen, Futtermittel auf
der Basis von Hanf, Hanfbier, Hanfwein, alkoholische
Getränke auf der Basis von Hanf (alle diese Waren
aus biologischem Anbau), Ausbildung, Dienstleistungen
auf dem Gebiet der Landwirtschaft die nicht
ausschliesslich vom Kläger stammen, zu gebrauchen.
2. Es sei dem Beklagten unter Androhung der Straffolgen
von <ref-law> und 403 ZPO gerichtlich zu
verbieten, gegenüber Dritten zu erklären, er sei der
Eigentümer der nachstehenden Marken bzw.
Bezeichnungen:
- 'Cannabio'
- 'CannaBioland'
- 'CannaBio Vertrieb'
- der Wort-Bildmarke CH 449'411 'CannaBioland
Litzistorf' (fig. Hanfkuh vor Schweizerkreuz)
- der Wort-Bildmarke CH 451'113 'CannaBioland
Litzistorf' (fig. Hanfkuh ohne Schweizerkreuz).
3. Es sei der Beklagte zu verurteilen, dem Kläger
Schadenersatz in richterlich zu bestimmender Höhe,
mindestens Fr. 20'000.-- zu bezahlen oder den von ihm
mit dem Verkauf der markenverletzenden Ware erzielten Gewinn herauszugeben.
4. Es sei das Urteil auf Kosten des Beklagten in
richterlich zu bestimmender Art und richterlich zu
bestimmendem Umfang, mindestens aber in einer
Freiburger, Berner und Bündner Tageszeitung zu
publizieren.. "
Der Beklagte schloss auf Abweisung der Klage und erhob Widerklage, wobei er in seinen Widerklagebegehren vom 15. November 2000 beantragte:
"1. Dem Widerbeklagten sei unter Androhung von Art. 291
StGB und 403 ZPO gerichtlich zu verbieten, die
Bezeichnungen 'CannaBio' und 'CannaBioland' im
schweizerischen und ausländischen Geschäftsverkehr,
namentlich zur Kennzeichnung von Waren der
internationalen Klassifikation 2-5, 15, 20, 22-25,
27, 29, 30-31, die nicht ausschliesslich vom
Widerkläger stammen, zu gebrauchen.
2. Dem Widerbeklagten sei unter Androhung der
Straffolgen von <ref-law> und 403 ZPO
gerichtlich zu verbieten, gegenüber Dritten zu
erklären, er sei Eigentümer der nachstehenden Marken
'CannaBio' (Nr. 429 428), 'CannaBioland' (449 411)
und 'CannaBioland' (451 113).
3. Es seien die vorsorglichen Massnahmen (Entscheid
Gerichtskreis VII Bern-Laupen vom 24. Juli 1998 &
Entscheid Appellationshof des Kantons Bern vom 15.
Oktober 1998) aufzuheben und der Widerbeklagte zur
Rückzahlung der vom Widerkläger bezahlten Kosten im
Gesamtbetrag von Fr. 20'846.-- (Parteikosten Fr.
16'796.--, Gerichtskosten Fr. 3'250.-- und
Appellationskosten Fr. 800.--) zu verurteilen.
4. Es sei das Urteil auf Kosten des Widerbeklagten in
richterlich zu bestimmendem Umfang in 13
Tageszeitungen (2mal im Kanton Fribourg, 2mal im
Kanton Bern, je einmal in den Kantonen Solothurn,
Basel-Stadt, Luzern, Aargau, Zürich, Graubünden,
Waadt, Neuenburg, Genf) zu publizieren.
5. Es sei die einfache Gesellschaft 'CannaBioland' zu
liquidieren.
6. Es sei der Widerbeklagte zu verurteilen, den
zwischen Juli 1997 bis heute mit dem Betrieb
'CannaBioland' (mitsamt den drei 'CannaBioland'-Verkaufsläden
in Zürich, Basel und Luzern) erwirtschafteten
Gewinn dem Widerkläger auszuhändigen.. "
An der Gerichtsverhandlung vom 17. November 2000 ergänzte der Kläger seine Rechtsbegehren, indem er die Herausgabe des vom Beklagten mit dem Verkauf der markenverletzenden Ware erzielten Gewinnes bzw. die Herausgabe der im Massnahmeverfahren erbrachten Sicherheitsleistung von Fr. 20'000.-- verlangte und ausserdem die Rückweisung des Rechtsbegehrens Ziffer 6 der Widerklage beantragte.
Der Beklagte beantragte zusätzlich, seine Widerklage sei - soweit notwendig - auch als Gestaltungsklage oder als Feststellungsklage zu beurteilen.
C.- Mit Urteil vom 17. November 2000 wies das Handelsgericht die Rechtsbegehren 5 und 6 der Widerklage zurück (Dispositivziffer 1). Es erklärte den klägerischen Anteil an der Marke "CannaBio" (CH Nr. 429 428) nichtig (Dispositivziffer 2) und verbot dem Kläger unter Strafandrohung, gegenüber Dritten zu erklären, er sei Inhaber der Marken "CannaBio" (CH Nr. 429 428) sowie "CannaBioland" (fig. CH Nrn. 449 411 und 451 113) (Dispositivziffer 3). Das Gericht verbot zudem dem Beklagten unter Strafandrohung, gegenüber Dritten zu erklären, er sei Inhaber der Marken bzw. Bezeichnungen "CannaBio" und "CannaBioland" (Dispositivziffer 4).
Soweit weitergehend, wurden Klage und Widerklage abgewiesen (Dispositivziffer 5). Schliesslich wurde dem Beklagten eine Frist von 30 Tagen ab Rechtskraft des Urteils gesetzt zur Anhebung einer Schadenersatzklage beim zuständigen Gericht, verbunden mit der Androhung, dass die im Massnahmeverfahren geleistete Sicherheit von Fr. 20'000.-- im Falle der nicht rechtzeitigen Einreichung der Schadenersatzklage dem Kläger zurückgegeben werde (Dispositivziffer 6).
Das Handelsgericht kam in seinem Urteil zum Schluss, dass die Swihtco bis zur Liquidation bzw. Konkurseröffnung Inhaberin der Wortmarke CH 429'428 "CannaBio" gewesen sei und daher Shirin Patterson den Kläger im August 1997 nicht zum Mitinhaber dieser Marke habe machen können.
Das Handelsgericht erkannte ausserdem, dass dem Beklagten ein Weiterbenützungsrecht im Sinne von <ref-law> an den Wort-Bildmarken CH Nr. 449 411 und CH Nr. 451 113 zustehe, da er das Bild der Hanfkuh nachweislich bereits vor dem Markeneintrag im Geschäftsverkehr benutzt habe.
D.- Der Kläger hat gegen das Urteil des Handelsgerichts Berufung eingereicht mit folgenden Begehren:
"1.Es seien Ziff. 2, 3, 5 soweit die Abweisung der
Klage (mit Ausnahme des Publikationsbegehrens gemäss
Rechtsbegehren 4 der Klage) betreffend, Ziff. 6, 7
und 8 des Urteils des Handelsgerichts des Kantons
Bern vom 17. November 2000 aufzuheben.
2. Es sei dem Beklagten unter Androhung der Straffolgen
von <ref-law> und 403 ZPO gerichtlich zu
verbieten, die nachstehenden Bezeichnungen
- CannaBio
- CannaBioland
- CannaBio Vertrieb
(fig. Hanfkuh mit und ohne Schweizerkreuz sowie
Schriftzug CannaBioland Litzistorf)
im schweizerischen Geschäftsverkehr, namentlich zur
Kennzeichnung von
Farben, Firnisse, Lacke, Naturharze im Rohzustand,
Seifen, Parfumerien, ätherische Öle, Mittel zur
Körper- und Schönheitspflege, Haarwasser, technische
Öle und Fette (biologisch abbaubar), pharmazeutische
Erzeugnisse, Präparate für die Gesundheitspflege,
diätetische Erzeugnisse, Druckereierzeugnisse,
Papier, Pappe (Karton) und Waren aus diesen Materialien,
Möbel, Seile, Bindfaden, Netze, Zelte, Planen,
Segel, Säcke, Garne und Fäden für textile Zwecke,
Webstoffe und Textilwaren, Bekleidungsstücke, Schuhwaren,
Kopfbedeckungen, Teppiche, Fussmatten und
Matten (alle vorgenannten Waren auf Basis von Hanf
aus biologischem Anbau), Hanföl, konservierte
Früchte und Gemüse, Kaffee, Tee, Mehle und Getreidepräparate,
Brot auf der Basis von Hanf, Hanfsamen,
lebende Hanfpflanzen, Futtermittel auf der Basis von
Hanf, Hanfbier, Hanfwein, alkoholische Getränke auf
der Basis von Hanf (alle diese Waren aus biologischem
Anbau), Ausbildung, Dienstleistungen auf dem
Gebiet der Landwirtschaft
die nicht ausschliesslich vom Kläger stammen, zu
gebrauchen.
3. Die Sache sei zur Durchführung des Beweisverfahrens
über den klägerischen Gewinnherausgabeanspruch
gemäss Rechtsbegehren 3 der Klage an die Vorinstanz
zurückzuweisen.
4. Es sei dem Kläger die im Massnahmeverfahren erbrachte
Sicherheitsleistung von Fr. 20'000.-- herauszugeben.. "
Der Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung.
Er hat ausserdem Anschlussberufung erhoben mit dem Antrag, es sei Punkt 4 des Urteils des Handelsgerichts aufzuheben.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Wer das Bundesgericht anruft, hat nach Anordnung des Präsidenten die mutmasslichen Gerichtskosten sicherzustellen (Art. 150 Abs. 1 OG). Bei fruchtlosem Ablauf der für die Sicherstellung gesetzten Frist wird auf die Rechtsvorkehr nicht eingetreten (Art. 150 Abs. 4 OG). Da der verfügte Kostenvorschuss für die Anschlussberufung nicht fristgerecht geleistet worden ist, wird androhungsgemäss auf die Anschlussberufung nicht eingetreten.
2.- a) Neue Begehren sind im Berufungsverfahren ausgeschlossen (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Das Rechtsbegehren 2 in den Berufungsanträgen des Klägers ist insoweit unzulässig, als dessen Formulierung die vor der Vorinstanz in Klagebegehren 1 gestellten Anträge erweitert.
b) Im Berufungsverfahren ist das Bundesgericht an die Feststellungen der letzten kantonalen Instanz über tatsächliche Verhältnisse gebunden, sofern sie nicht unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustande gekommen sind oder auf offensichtlichen Versehen beruhen (Art. 43 Abs. 3 und Art. 63 Abs. 2 OG). Zudem kommt eine Ergänzung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts gestützt auf Art. 64 OG nur in Frage, wenn sie für die richtige Anwendung der einschlägigen Bundesrechtsnormen erforderlich ist. Soweit der Kläger diese Vorschriften in seiner Berufungsschrift missachtet, ist er nicht zu hören.
3.- Nach dem angefochtenen Urteil stehen dem Kläger keine Rechte an der Wortmarke CH 429 428 "CannaBio" zu. Der Kläger rügt, mit dieser Beurteilung verletze die Vorinstanz <ref-law>, <ref-law> und <ref-law> sowie <ref-law>.
Das Markenrecht steht nach <ref-law> demjenigen zu, der die Marke zuerst hinterlegt. Der Kläger bestreitet die Feststellung der Vorinstanz nicht, dass die Marke CH 429 428 "CannaBio" im Mai 1994 von Shirin Patterson angemeldet wurde. Er wendet sich jedoch gegen den Schluss der Vorinstanz, dass Shirin Patterson diese Marke für die Kollektivgesellschaft Swihtco Patterson & Cie. und nicht für sich persönlich hinterlegt habe. Soweit er vorbringt, die Kollektivgesellschaft sei erst im Dezember 1994 ins Handelsregister eingetragen worden und habe somit im Mai 1994 noch gar nicht existiert, verkennt er, dass die Kollektivgesellschaft, die ein nach kaufmännischer Art geführtes Gewerbe betreibt, zu ihrer Entstehung keines Eintrags im Handelsregister bedarf (<ref-law>; <ref-ruling> E. II/2 S. 364).
Es war deshalb entgegen der Ansicht des Klägers rechtlich möglich, dass die Marke für die Kollektivgesellschaft eingetragen wurde. Soweit der Kläger im Übrigen behauptet, es hätten entgegen den Feststellungen des Handelsgerichts Umstände vorgelegen, welche dafür sprechen, dass Shirin Patterson persönlich als Markeninhaberin zu betrachten ist, wendet er sich in unzulässiger Weise gegen die vorinstanzliche Beweiswürdigung. Daran ändert auch die Versehensrüge nichts, liegt doch ein Versehen im Sinne von Art. 63 Abs. 2 OG nur vor, wenn eine bestimmte Aktenstelle übersehen oder unrichtig, das heisst nicht in ihrer wahren Gestalt, insbesondere nicht mit ihrem wirklichen Wortlaut wahrgenommen worden ist (<ref-ruling> E. 3b S. 74). Zudem muss das behauptete Versehen für die Beurteilung der gerügten Bundesrechtsverletzung erheblich sein (<ref-ruling> E. 2b S. 89).
Beide dieser Voraussetzungen treffen für den auf einer umfassenden Beweiswürdigung beruhenden Schluss der Vorinstanz nicht zu, wonach die Marke für die Kollektivgesellschaft hinterlegt worden ist. Soweit der Kläger schliesslich behauptet, aus dem Eintrag im Register gehe etwas Anderes hervor, ist die damit verbundene Rüge einer Verletzung von <ref-law> unbegründet. Aus <ref-law> ergibt sich keine Fiktion der Richtigkeit des Registerinhalts, sondern lediglich eine widerlegbare Vermutung, wie bereits der Wortlaut der Norm zeigt.
4.- Der Kläger rügt sodann eine Verletzung von <ref-law>. Nach dieser Bestimmung kann der Markeninhaber einem andern nicht verbieten, ein von diesem bereits vor der Hinterlegung gebrauchtes Zeichen im bisherigen Umfang weiter zu gebrauchen. Die Vorinstanz hat aus der dokumentierten Werbung des Beklagten mit einem Flugblatt für seine Vertriebs-Einzelfirma, aber auch aus dem engen Zusammenhang zwischen dem politisch-gesellschaftlichen Engagement des Beklagten für den Hanfanbau und dessen kommerzieller Nutzung geschlossen, dass der Beklagte das "Hanfkuh"-Bild vor der Eintragung der Wort-Bildmarken CH 449 411 und CH 451 113 durch den Kläger im August 1997 gebraucht hat.
Soweit der prioritäre Gebrauch eines Zeichens gegenüber einer später eingetragenen verwechselbaren Marke nicht bereits einen Anspruch aus dem Lauterkeitsrecht begründet, kann nach <ref-law> derjenige ein Weiterbenutzungsrecht beanspruchen, der vor der Eintragung der Drittmarke ein verwechselbares Zeichen verwendet hat. Der Gebrauch dieses Zeichens muss zwar ernsthaft, kann aber durchaus bloss lokal und im Rahmen eines reklamelosen Verkaufs über den Ladentisch erfolgen (David, Markenschutzgesetz, Muster- und Modellgesetz, Basler Kommentar, 2. Aufl. , N. 2 zu <ref-law>). Unter dieser Voraussetzung darf das Zeichen im sachlich und territorial gleichen Rahmen verwendet werden, wobei dieser Umfang in praktikabler Weise zu umschreiben ist (David, a.a.O., N. 3 zu <ref-law>).
Die Vorinstanz hat in Würdigung der Beweise festgestellt, dass der Beklagte mit dem "Hanfkuh"-Emblem für seine Vertriebs-Einzelfirma bzw. deren Produkte allgemein geworben hat. Sie hat keine Bundesrechtsnormen verletzt, wenn sie aufgrund der von ihr relevierten Indizien einen Gebrauch des Bildzeichens durch die Vertriebs-Einzelfirma des Beklagten in der ganzen Schweiz und für sämtliche vertriebenen biologisch angebauten Hanfprodukte als erwiesen erachtete. Da sie in tatsächlicher Hinsicht von einem umfassenden Gebrauch des Bildzeichens "Hanfkuh" durch den Beklagten vor der Registrierung dieses Bildzeichens durch den Kläger ausgegangen ist, hat sie entgegen der Ansicht des Klägers nicht unberücksichtigt gelassen, dass das Gebrauchsrecht im Sinne von <ref-law> nur im Umfang des bisherigen Gebrauchs gilt.
5.- Die Vorinstanz ist zum Ergebnis gelangt, der Kläger sei bezüglich des in den Marken CH 449 411 und CH 451 113 enthaltenen Wortelementes "CannaBioland" an die vertragliche Treuepflicht gegenüber dem Beklagten gebunden.
a) Der Kläger vertritt die Ansicht, das angefochtene Urteil widerspreche in diesem Punkt <ref-law>. Die Vorinstanz begründet die Abweisung der Unterlassungsklage in Bezug auf die Bezeichnung "CannaBioland" zwar auch mit der älteren Firma des Beklagten, legt jedoch ausserdem dar, dass die Kollision zweier Kennzeichen aufgrund lauterkeitsrechtlicher Kriterien zu beurteilen sei. Dem ist beizustimmen.
Inwiefern <ref-law> dadurch verletzt sein sollte, dass der Einzelfirma des Beklagten, deren Tätigkeit im - wohl kaum lokal beschränkten - Vertrieb von Hanfprodukten besteht, lauterkeitsrechtlich ein über den Eintragungsort hinausgehender Schutz gewährt wird, ist der Berufungsschrift nicht zu entnehmen.
b) Der Kläger hält weiter dafür, dass die Vorinstanz mit der Abweisung seiner Unterlassungsklage auch Art. 2 und Art. 536 ff. OR verletzt hat. Die Vorinstanz hat die Frage offen gelassen, ob mit dem Schreiben des Beklagten vom 28. April 1997 eine Verlängerung des Gesellschaftsvertrags vereinbart worden ist. Eine Verletzung von <ref-law> kommt deshalb nicht in Frage. Die Vorinstanz hat vielmehr angenommen, aus dem Gesellschaftsverhältnis der Parteien ergebe sich selbst für den Fall, dass dieses im Zeitpunkt der Eintragung der Marken durch den Kläger aufgelöst war, nach Treu und Glauben die Verpflichtung des Klägers, die Bezeichnung "CannaBioland" nicht ausschliesslich für sich zu verwenden, sondern auch die Verwendung durch den Beklagten zu dulden.
c) Diese Beurteilung ist im Ergebnis nicht zu beanstanden.
Soweit das Zeichen "CannaBioland" (ebenso wie "CannaBio") für Hanfprodukte aus biologischem Anbau nicht ohnehin als beschreibend und damit als gemeinfrei anzusehen ist (<ref-law>), haben die Gesellschafter dieses - damals nicht eingetragene - Zeichen im Rahmen ihres mindestens für die Saison 1996/97 eingehaltenen Gesellschaftsverhältnisses gebraucht und war die Gesellschaft auch ohne Verlängerung im Zeitpunkt der Eintragung der Marken durch den Kläger nicht liquidiert. Da auch nicht registrierte Zeichen einen gewissen, namentlich lauterkeitsrechtlichen Schutz geniessen können (vgl. Hilti, Rechtsschutz nicht registrierter Zeichen, in SIWR III, S. 485), wäre im Rahmen der Liquidation der Gesellschaft über den weiteren Gebrauch dieser Zeichen durch die Gesellschafter zu entscheiden (vgl. Art. 548 ff. und Art. 582 ff. OR). Die Vorinstanz hat daher bundesrechtskonform erkannt, dass der Kläger seine Pflichten aus dem Gesellschaftsvertrag mit dem Beklagten verletzte, als er die von der Gesellschaft verwendeten Zeichen eigenmächtig für sich registrieren liess.
6.- Aus diesen Gründen ist die Berufung des Klägers abzuweisen und auf die Anschlussberufung des Beklagten nicht einzutreten.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten zu 3/4 dem Kläger und zu 1/4 dem Beklagten aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 3 OG) und der Kläger hat dem Beklagten eine reduzierte Parteientschädigung zu zahlen (Art. 159 Abs. 1 und 3 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Auf die Anschlussberufung wird nicht eingetreten.
2.- Die Berufung wird abgewiesen und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 17. November 2000 bestätigt.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird zu 3/4 dem Kläger und zu 1/4 dem Beklagten auferlegt.
4.- Der Kläger hat dem Beklagten eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 4'000.-- zu bezahlen.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 7. Juni 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: