Sachverhalt:
A. Y._ reichte am 5. Mai 2011 bei der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl eine Strafanzeige bzw. einen Strafantrag gegen X._ ein wegen Nötigung und Sachentziehung.
Die Staatsanwaltschaft nahm das Verfahren am 12. Mai 2011 nicht an die Hand.
Y._ erhob Beschwerde ans Obergericht des Kantons Zürich mit den Anträgen, die Nichtanhandnahmeverfügung aufzuheben und die Staatsanwaltschaft anzuweisen, eine Strafuntersuchung durchzuführen.
Das Obergericht hob die Nichtanhandnahmeverfügung am 29. September 2011 auf und wies die Sache an die Staatsanwaltschaft zurück.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid des Obergerichts aufzuheben und die Nichtanhandnahmeverfügung der Staatsanwaltschaft zu bestätigen oder eventuell den obergerichtlichen Entscheid aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl verzichten auf Vernehmlassung. Y._ beantragt, auf die Beschwerde nicht einzutreten oder sie eventuell abzuweisen.
In ihrer unaufgeforderten Replik hält X._ an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Mit dem angefochtenen Beschluss des Obergerichts wurde kantonal letztinstanzlich entschieden, dass die Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl das vom Beschwerdegegner angestrebte Strafverfahren an die Hand nehmen muss. Dieser Entscheid schliesst das Verfahren nicht ab, es handelt sich um einen Zwischenentscheid. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach den <ref-law> zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur (<ref-ruling> E. 4) bewirken könnte (<ref-law>), oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
Die Durchführung eines Strafverfahrens begründet nach konstanter Rechtsprechung keinen Nachteil rechtlicher Natur, der mit einem für den Angeschuldigten günstigen Entscheid nicht behoben werden könnte (<ref-ruling> E. 4). Die Beschwerdeführerin beruft sich zu Recht nicht auf <ref-law>. Hingegen macht sie geltend, die Voraussetzungen von lit. b dieser Bestimmung seien erfüllt, da mit der Gutheissung der Beschwerde ein aufwändiges Strafverfahren vermieden werden könne.
Zu Unrecht. Der Strafprozess ist dem Legalitätsprinzip unterworfen. Besteht ein hinreichender Tatverdacht und sind die Prozessvoraussetzungen gegeben, muss das Verfahren ungeachtet der zu erwartenden, möglicherweise hohen Kosten durchgeführt werden. Zudem trägt die Kosten einer ungerechtfertigten Strafverfolgung ohnehin der Staat und nicht die zu Unrecht in ein solches Verfahren einbezogene Angeschuldigte. Da für sie selber durch die erfolglose Durchführung eines Strafverfahrens keine Kosten entstehen, sofern sie dieses nicht durch zivilrechtlich vorwerfbares Verhalten verursacht oder erschwert hat, ist sie auch nicht legitimiert, dessen Durchführung zwecks Kostenvermeidung anzufechten (Urteil des Bundesgerichts 6B_782/2008 vom 12. Mai 2009 E. 1.4 Pra 2009 Nr. 115 S. 787). Es ist jedenfalls nicht ersichtlich und wird auch nicht dargetan, inwiefern der auf den Zivilprozess zugeschnittene, im Strafprozess restriktiv anzuwendende <ref-law> (Urteile 1B_155/2011 vom 14. Juni 2011 E. 1.4 und 1B_314/2011 vom 20. September 2011 E. 4) vorliegend ein ausnahmsweises Eintreten auf den angefochtenen Zwischenentscheid rechtfertigen könnte.
2. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>). Sie hat ausserdem dem obsiegenden Beschwerdegegner eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat dem Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft Zürich-Sihl und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Januar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi