Erwägungen:
1. X._ und die Y._ GmbH erhoben mit Eingabe vom 13. Dezember 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 29. Oktober 2008. Die Beschwerdeführer wurden mit Verfügung vom 17. Dezember 2008 aufgefordert, bis spätestens am 16. Januar 2009 einen Kostenvorschuss von Fr. 3'000.-- einzuzahlen. Da der Kostenvorschuss bis dahin nicht eingegangen war, wurde den Beschwerdeführern mit neuer Verfügung vom 3. Februar 2009 eine nicht erstreckbare Nachfrist zur Vorschussleistung bis zum 13. Februar 2009 angesetzt; unter Hinweis auf <ref-law> wurden sie darauf aufmerksam gemacht, dass das Bundesgericht bei Säumnis auf das Rechtsmittel nicht eintreten würde. In der Folge wurde am 25. Februar 2009 der Zahlungsauftrag erteilt und der Vorschuss gleichentags dem Konto der Gerichtskasse gutgeschrieben.
2. Die Partei, die das Bundesgericht anruft, hat einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Gerichtskosten zu leisten (<ref-law>). Gemäss <ref-law> setzt ihr der Instruktionsrichter bzw. der Abteilungspräsident (vgl. <ref-law>) eine angemessene Frist zur Leistung des Vorschusses und bei deren unbenütztem Ablauf eine Nachfrist, wobei das Bundesgericht auf die Eingabe nicht eintritt, wenn der Vorschuss auch innert der Nachfrist nicht geleistet wird.
Vorliegend haben die Beschwerdeführer den Vorschuss erst nach Ablauf der - ausdrücklich als nicht erstreckbare Nachfrist bezeichneten - zweiten Frist bezahlt. Auf die Beschwerde ist somit, wie in der Verfügung vom 3. Februar 2009 für den Säumnisfall angedroht, gestützt auf <ref-law> im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
3. Die Gerichtskosten sind dem Ausgang des Verfahrens entsprechend den Beschwerdeführern aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das präsidierende Mitglied:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Bausektion der Stadt Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Februar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Aemisegger Pfäffli