Sachverhalt:
A.
A.a. Die A._ GmbH, St. Gallen (Klägerin, Beschwerdeführerin), bezweckt die Beratung, insbesondere die Unternehmensberatung im Bereich des Informationsmanagements und der Informationstechnologie, Softwareentwicklung, Vertragsgestaltung, Vergabe von Lizenzen, Erziehung und Ausbildung.
Am 28. Mai 2009 wurde B._ (Beklagter, Beschwerdegegner) als Geschäftsführer im Handelsregister eingetragen.
A.b. Mit Schreiben vom 25. Februar 2010 erklärte B._ die "fristlose/ausserordentliche Kündigung aus wichtigen Gründen". Die A._ GmbH bestritt wichtige Gründe für eine Kündigung und forderte B._ auf, ihr alle Kunden- und Vertriebsinformationen, Buchhaltungsunterlagen, Hardwareteile, Computer und alle sonstigen von ihr überlassenen Gebrauchsgegenstände auszuhändigen.
B._ erklärte mit Schreiben vom 14. März 2010, die Kündigung sei zu Recht erfolgt und eine Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses sei nicht zumutbar, da Vereinbarungen nicht eingehalten worden seien und ein Vertrauensverlust eingetreten sei.
Die A._ GmbH bestritt mit Schreiben vom 7. Mai 2010 wichtige Gründe für eine fristlose Kündigung erneut und forderte B._ auf, die verlangten Auskünfte zu erteilen. Sie beanspruchte aufgrund ungerechtfertigter fristloser Kündigung nach <ref-law> eine Entschädigung in Höhe von 25 % eines Monatslohnes und behauptete, es sei ihr weiterer Schaden entstanden. Für eine allenfalls noch bestehende Restforderung erklärte sie Verrechnung mit ihren Forderungen.
A.c. Am 3. August 2011 betrieb B._ die A._ GmbH für die Lohnzahlung Februar 2010 in Höhe von Fr. 10'000.-- zuzüglich einer Spesenentschädigung von Fr. 13'032.--.
B.
B.a. Mit Eingabe vom 14. Oktober 2011 stellte die A._ GmbH dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen folgende Begehren:
"1. Der Beklagte sei bei Strafandrohung im Ungehorsamsfall (<ref-law>) zu verpflichten, der Klägerin substantiierte Auskunft zu erteilen über
a) die Verwendung der von der Klägerin bezogenen Beträge, namentlich der Zahlungen vom 26.6.2009, 3.7.2009, 28.7.2009, 7.9.2009, 23.9.2009, 29.9.2009, 13.11.2009, 3.12.2009, 27.1.2010 und 4.2.2010;
b) den Erlös aus der von ihm verkauften Fahrnis, insbesondere Notebook, iPhone und weiteres Büromaterial;
c) die Gründe und Hintergründe der Rückforderung von EUR 12'559.68 an die C._ GmbH, insbesondere den Rechtsgrund und die eingegangenen Vertragsbeziehungen zwischen dem Beklagten und/oder der Klägerin einerseits und der C._ GmbH andererseits;
d) die von ihm den Kunden der Klägerin verrechneten Leistungen, detailliert nach Ort und Zeit, Kunde, Projektbezeichnung, Art der Leistung und verrechnetem Stundenansatz;
e) die von ihm erbrachten, nicht verrechenbaren Stunden, detailliert nach Ort, Zeit und Art der Arbeit,
sowie der Klägerin sämtliche diesbezügliche Belege in seinem unmittelbaren oder mittelbaren Besitz auszuhändigen.
2. Der Beklagte sei zur Zahlung von mindestens Fr. 10'000.-- nebst Zins zu 5 % seit 26. Februar 2010 zu verurteilen, unter Vorbehalt der Mehrforderung und unter Vorbehalt der Klageänderung nach Erteilung der Auskunft gemäss Ziff. 1 hiervor oder nach dem Ergebnis des Beweisverfahrens.
3. Es sei festzustellen, dass die Klägerin dem Beklagten nichts schuldet, und die Betreibung Nr. xxx des Betreibungsamtes St. Gallen aufzuheben.
4. [...]"
B.b. Nachdem der Beklagte die sachliche Zuständigkeit des Handelsgerichts sowie die Zulässigkeit der eingereichten Stufenklage bestritten hatte, beschränkte der Handelsgerichtspräsident das Verfahren auf die Vorfrage der Zuständigkeit.
B.c. Mit Vorfragereplik vom 25. Mai 2012 änderte die Klägerin Ziffer 3 ihres Rechtsbegehrens ab und fasste sie neu wie folgt: "Das Urteil sei dem Betreibungsamt St. Gallen mitzuteilen, und dieses anzuweisen, Dritten keine Kenntnis von der Betreibung Nr. xxx zu geben."
B.d. Mit Entscheid vom 21. Oktober 2013 trat das Handelsgericht des Kantons St. Gallen auf die Klage nicht ein. Das Gericht verneinte seine sachliche Zuständigkeit für das Auskunftsbegehren. Es erwog, dass sich aus der Sorgfalts- und Treuepflicht des Geschäftsführers nach <ref-law> keine eigenständige Rechenschafts- und Herausgabepflicht ableiten lasse; selbst wenn eine solche aber bestehen sollte, würde sie nur während des Geschäftsführermandates gelten. Aus den Bestimmungen zum Recht der Handelsgesellschaften und Genossenschaften ergibt sich deshalb nach den Erwägungen des Handelsgerichts kein materiellrechtlicher Auskunftsanspruch der Klägerin und besteht daher keine Zuständigkeit nach <ref-law>. Das Handelsgericht verneinte auch eine Zuständigkeit gestützt auf <ref-law>, da der Beklagte im Zeitpunkt der Klageeinreichung nicht als Firma im Handelsregister eingetragen gewesen sei. Da keine Zuständigkeit für den materiellen Auskunftsanspruch gegeben war, trat das Gericht auch auf die nach <ref-law> (im Sinne einer Stufenklage) verbundene Leistungsklage nicht ein.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin, es sei das Urteil des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 21. Oktober 2013 aufzuheben und es sei das Handelsgericht anzuweisen, auf die Klage einzutreten. Sie rügt eine Verletzung von <ref-law> und bringt vor, die geltend gemachten Auskunftsansprüche fänden ihre Grundlage entgegen der Ansicht der Vorinstanz in <ref-law> und das Handelsgericht sei zu deren Beurteilung daher sachlich zuständig. Schliesslich rügt sie, das Handelsgericht habe nicht geprüft, ob es zur Beurteilung der Leistungsklage gemäss Ziff. 2 ihrer Begehren sachlich zuständig sei, was zutreffe, weil es sich dabei um Verantwortlichkeitsansprüche handle.
Der Beklagte schliesst in der Vernehmlassung auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde richtet sich gegen einen zuständigkeitsverneinenden Endentscheid (<ref-law>) in einer Zivilsache (<ref-law>), der von einem oberen kantonalen Gericht erging, das als Fachgericht für handelsrechtliche Streitigkeiten und als einzige kantonale Instanz eingesetzt ist (<ref-law>). Sie ist innert der Beschwerdefrist (<ref-law>) von der mit ihren Rechtsbegehren unterlegenen Partei (<ref-law>) eingereicht worden. Eine Streitwertgrenze besteht für Beschwerden gegen Urteile kantonaler Handelsgerichte nicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 69). Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin stellt zu Recht nicht in Frage, dass die Vorinstanz ihre sachliche Zuständigkeit nach <ref-law> verneint hat, weil der Beschwerdegegner nur in seiner Eigenschaft als Organ, nicht jedoch als Unternehmer unter seiner Firma im Handelsregister eingetragen war (vgl. Bernhard Berger, in: Berner Kommentar, 2012, N. 10 zu <ref-law>; Dominik Vock/Christoph Nater, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2013, N. 12 zu <ref-law>; David Rüetschi, in: Sutter-Somm/Hasenböhler/Leuenberger [Hrsg.], Kommentar zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2013, N. 24 zu <ref-law>; Alexander Brunner, in: Brunner/Gasser/Schwander [Hrsg.], Schweizerische Zivilprozessordnung, Kommentar, 2011, N. 19 zu <ref-law>).
3.
Die Vorinstanz ist mit der Beschwerdeführerin davon ausgegangen, dass der Kanton St. Gallen das Handelsgericht für zuständig erklärt hat, "Streitigkeiten aus dem Recht der Handelsgesellschaften und Genossenschaften" zu beurteilen (<ref-law>). Sie hat jedoch verneint, dass die Auskunftsbegehren (Ziff. 1 der Klage) als Teil der Stufenklage unter diese Zuständigkeitsbestimmung fallen, da für diese Begehren keine gesellschaftsrechtliche Grundlage bestehe. Die Beschwerdeführerin beanstandet dies als bundesrechtswidrig.
3.1. Die sachliche Zuständigkeit gemäss <ref-law> bezieht sich auf Klagen, die ihre Grundlage in der dritten Abteilung des OR über "[d]ie Handelsgesellschaften und die Genossenschaft" (Art. 552-926 OR) haben, auf welche der Wortlaut verweist (Berger, a.a.O., N. 46 zu <ref-law>; Vock/Nater, a.a.O., N. 16 zu <ref-law>; Rüetschi, a.a.O., N. 36 zu <ref-law>). Die Beschwerdeführerin sucht denn auch, ihren Anspruch auf Auskunft gemäss Ziff. 1 ihrer Rechtsbegehren auf <ref-law> zu stützen. Danach müssen die Geschäftsführer sowie Dritte, die mit der Geschäftsführung befasst sind, ihre Aufgabe mit aller Sorgfalt erfüllen und die Interessen der Gesellschaft in guten Treuen wahren (Abs. 1). Sie unterstehen der gleichen Treuepflicht wie die Gesellschafter (Abs. 2) und dürfen grundsätzlich keine konkurrenzierenden Tätigkeiten ausüben (Abs. 3). Die Geschäftsführer einer GmbH stehen wie die Geschäftsführer einer AG in einem schuldrechtlichen und gesellschaftsrechtlichen Doppelverhältnis zur Gesellschaft mit der Folge, dass sich das in einem Anstellungsverhältnis stehende Organ sowohl an die Treuepflicht des Arbeitnehmers nach <ref-law> wie auch an die organschaftliche Treuepflicht nach <ref-law> halten muss (<ref-ruling> E. 2.1 S. 216 f. [zur AG]; Rolf Watter/Katja Roth Pellanda, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht, 4. Aufl. 2012, N. 9 zu <ref-law>; Brigitta Kratz, in: Handkommentar zum Schweizer Privatrecht, 2. Aufl. 2012, N. 3a zu <ref-law>).
3.2. Ein materiellrechtlicher Anspruch auf Auskunft oder Rechenschaft kann sich aus Gesetz oder Vertrag ergeben und kann selbständig eingeklagt werden (vgl. z.B. <ref-ruling> E. 3.4 S. 53; <ref-ruling> E. 2 S. 729 ff.; Urteil des Bundesgerichts 5A_136/2012 vom 17. Dezember 2012 E. 3; vgl. auch Yves Waldmann, Informationsbeschaffung durch Zivilprozess, 2009, S. 40 ff.; Alexander Markus, in: Berner Kommentar, 2012, N. 18 zu <ref-law>; Karl Spühler, in: Basler Kommentar, Schweizerische Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 2013, N. 14 zu <ref-law>). Fraglich ist, ob sich aus der allgemeinen Treuepflicht nach <ref-law> ein solcher materiellrechtlicher Auskunftsanspruch ableiten lässt.
3.2.1. Die Vorinstanz hat die Frage verneint. Die Beschwerdeführerin gesteht denn auch zu, dass <ref-law> eine Auskunfts- oder Rechenschaftspflicht nicht ausdrücklich vorsieht und dass eine solche "bisher in Lehre und Rechtsprechung, soweit ersichtlich, nicht thematisiert worden ist" (Beschwerde, S. 4). Sie macht jedoch geltend, die Rechenschaftspflicht sei Bestandteil der allgemeinen Treuepflicht und werde auch in Bezug auf den Geschäftsführer ohne Auftrag, den Willensvollstrecker und den amtlichen Erbschaftsverwalter bejaht, obwohl eine solche Pflicht weder in <ref-law> noch in Art. 518 bzw. <ref-law> ausdrücklich vorgesehen sei.
3.2.2. Die in Art. 812 Abs. 1 und 2 OR vorgesehene Treuepflicht der Geschäftsführer einer GmbH schreibt diesen vor, ihre eigenen Interessen und diejenigen von ihnen nahestehenden Personen hinter die Interessen der Gesellschaft zu stellen (Christophe Buchwalder, in: Commentaire romand, Code des obligations, 2008, N. 6 zu <ref-law>; Watter/Roth Pellanda, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>; Rino Siffert/Marc Pascal Fischer/Martin Petrin, in: GmbH-Recht, Revidiertes Recht der Gesellschaft mit beschränkter Haftung [Art. 772-827 OR], 2008, N. 5 zu <ref-law>; Manfred Küng/Raphaël Camp, GmbH-Recht, Das revidierte Recht zur Gesellschaft mit beschränkter Haftung, 2006, N. 5 zu <ref-law>). Insbesondere sind dem Geschäftsführer Insichgeschäfte grundsätzlich untersagt (Buchwalder, a.a.O., N. 7 zu <ref-law>; Watter/Roth Pellanda, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>; Siffert/Fischer/Petrin, a.a.O., N. 5 zu <ref-law>). Zudem ergibt sich aus der Treuepflicht die Pflicht zur Geheimhaltung (Buchwalder, a.a.O., N. 11 zu <ref-law>; Watter/Roth Pellanda, a.a.O., N. 7 zu <ref-law>; Siffert/Fischer/Petrin, a.a.O., N. 6 zu <ref-law>).
Ein materiellrechtlicher Anspruch auf Auskunftserteilung wurde in der Lehre und der Rechtsprechung aus dieser Norm bisher nicht abgeleitet. Ein solcher ergibt sich weder aus dem Wortlaut noch aus den Materialien (vgl. Botschaft vom 19. Dezember 2001 zur Revision des Obligationenrechts [GmbH-Recht sowie Anpassungen im Aktien-, Genossenschafts-, Handelsregister- und Firmenrecht], BBl 2002 3162 Ziff. 1.3.11, 3203 Ziff. 2.1.2.11). Systematisch und teleologisch ist zu berücksichtigen, dass in den von der Beschwerdeführerin angeführten Beispielen die Rechenschaftspflicht jeweils nicht aus den zitierten Artikeln abgeleitet, sondern Auftragsrecht (analog oder ergänzend) angewandt wird (zur Geschäftsführung ohne Auftrag: <ref-ruling> E. 5 S. 458; zum Willensvollstrecker: <ref-ruling> E. 2 S. 53; zum amtlichen Erbschaftsverwalter: vgl. nur Martin Karrer/Nedim Peter Vogt/Daniel Leu, in: Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch, 4. Aufl. 2011, N. 38 zu <ref-law>). Eine analoge Anwendung von <ref-law> auf das gesellschaftsrechtliche Verhältnis zwischen Gesellschaft und Organ ist indessen nicht am Platz. Dieses mag zwar auftragsähnliche Merkmale aufweisen. Daraus ergibt sich jedoch nicht, dass die eigenständige auftragsrechtliche Rechenschaftspflicht nach <ref-law> allgemein und ohne Rücksicht auf die konkreten vertraglichen Vereinbarungen auf das gesellschaftsrechtliche Verhältnis zwischen einer Gesellschaft und ihren Organen übertragen werden kann. Die gesellschaftsrechtliche Treuepflicht lässt sich insofern nicht zu einem eigentlichen Auftrag erweitern.
Schliesslich ist zu berücksichtigen, dass die Verneinung eines eigenständigen materiellrechtlichen Anspruchs gestützt auf das Gesellschaftsrecht nicht bedeutet, dass der Geschäftsführer einer GmbH keine Auskunftspflicht hat, wie die Beschwerdeführerin offenbar zu befürchten scheint. Den Gesellschaftern muss der Geschäftsführer als Organ für die Gesellschaft nach <ref-law> Auskunft erteilen (vgl. dazu Waldmann, a.a.O., S. 174 ff.). Dies ist gleichzeitig ein Indiz dafür, dass der Gesetzgeber Auskunftspflichten ausdrücklich geregelt hat, wo er Bedarf für solche sah. Hätte er weitere gesellschaftsrechtliche Auskunftspflichten eines Organs einführen wollen, so wäre auch zu bestimmen gewesen, welchen übrigen Organen die Auskunft geschuldet wäre (Gesellschafterversammlung [<ref-law>] oder Revisionsstelle [Art. 818 i.V.m. <ref-law>]). Auskunftspflichten hat der Geschäftsführer zudem aus dem mit der Gesellschaft in der Regel parallel bestehenden Arbeits- oder Auftragsverhältnis (dazu sogleich E. 3.2.3). Daraus ergibt sich insgesamt, dass sich aus <ref-law> kein materiellrechtlicher Anspruch auf Auskunftserteilung des Geschäftsführers ableiten lässt.
3.2.3. Für Ansprüche auf Auskunft oder Rechenschaft gestützt auf den zwischen den Parteien geschlossenen Arbeitsvertrag (vgl. <ref-law>) erachtete sich die Vorinstanz als nicht zuständig. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe gegen die Praxis zum Doppelverhältnis verstossen, indem sie ihren Auskunftsanspruch als arbeitsvertraglichen und damit nicht als gesellschaftsrechtlichen Anspruch qualifiziert habe. Dies trifft nicht zu. Die Vorinstanz ist im Gegenteil davon ausgegangen, dass sich ein Auskunftsanspruch theoretisch sowohl gesetzlich gestützt auf das Recht der Handelsgesellschaften als auch vertraglich begründen liesse. Erst nachdem sie einen gesetzlichen gesellschaftsrechtlichen Anspruch verneint hatte, führte die Vorinstanz zusätzlich aus, für einen arbeitsrechtlichen Auskunftsanspruch sei sie nicht zuständig. Denn die Geltendmachung eines solchen Anspruchs ist nicht als Streitigkeit aus dem Recht der Handelsgesellschaften und Genossenschaften i.S.v. <ref-law> zu beurteilen.
3.3. Die Vorinstanz hat somit zutreffend erkannt, dass sich aus den Bestimmungen zum Recht der Handelsgesellschaften und der Genossenschaft keine materielle Rechtsgrundlage für den geltend gemachten Anspruch der Klägerin auf Auskunftserteilung durch den Beklagten ergibt, der unabhängig und selbständig vom Vertragsverhältnis bestehen würde, das die Beschwerdeführerin mit ihrem ehemaligen Geschäftsführer eingegangen ist. Sie hat bundesrechtskonform verneint, dass die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin auf Auskunftserteilung in Ziff. 1 ihrer Klage ihre Grundlage im Recht der Gesellschaft mit beschränkter Haftung haben und damit in die sachliche Zuständigkeit des Handelsgerichts nach <ref-law> fallen.
4.
Die Vorinstanz hat aus ihrer fehlenden sachlichen Zuständigkeit zur Beurteilung der Auskunftsbegehren in Ziff. 1 der Klage abgeleitet, dass auch auf die Leistungsklage nach Ziff. 2 nicht einzutreten sei.
4.1. Die Beschwerdeführerin hat in der Klage erklärt, sie mache Ansprüche aus gesellschaftsrechtlicher Verantwortlichkeit gegen den Beschwerdegegner als ihren ehemaligen Geschäftsführer geltend (Art. 827 i.V.m. <ref-law>). Es sei ihr ein Schaden dadurch entstanden, dass der Beschwerdegegner Geld von ihr bezogen und darüber nicht abgerechnet und es nicht zurückerstattet habe. Verantwortlichkeitsklagen fallen unstreitig in den sachlichen Zuständigkeitsbereich des Handelsgerichts nach <ref-law> (Berger, a.a.O., N. 46 zu <ref-law>; Vock/Nater, a.a.O., N. 16 zu <ref-law>; Rüetschi, a.a.O., N. 36 zu <ref-law>; Brunner, a.a.O., N. 37 zu <ref-law>).
4.2. Die Vorinstanz ist auf das Schadenersatzbegehren mit der Begründung nicht eingetreten, eine objektive Klagenhäufung nach <ref-law> sei nur zulässig, wenn für alle Ansprüche die gleiche sachliche Zuständigkeit bestehe. Fehle es an der sachlichen Zuständigkeit des Handelsgerichts in Bezug auf den materiellen Auskunftsanspruch, so sei auf die Stufenklage insgesamt nicht einzutreten, da die zweite Klage auf der ersten aufbaue.
Die Beschwerdeführerin hält dafür, ihr Leistungsbegehren in Ziff. 2 der Klage dürfe mit dem Auskunftsbegehren in Ziff. 1 nicht derart verknüpft werden, dass dieser Leistungsanspruch mit dem Auskunftsbegehren geradezu stehe und falle. Sie rügt eine Verletzung von <ref-law>.
4.3. <ref-law> regelt sowohl die unbezifferte Forderungsklage im engeren Sinne einerseits wie die Stufenklage andererseits (Markus, a.a.O., N. 1 zu <ref-law>; Spühler, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>). Die Stufenklage ist dadurch charakterisiert, dass ein materiellrechtlicher Hilfsanspruch auf Rechnungslegung mit einer unbezifferten Forderungsklage verbunden wird (<ref-ruling> E. 2b S. 142; <ref-ruling> E. 4a S. 220). Eine Stufenklage liegt somit definitionsgemäss nicht vor, wenn kein selbständiger Hilfsanspruch auf Auskunftserteilung besteht, der mit der unbezifferten Forderungsklage verbunden werden kann. Zu prüfen bleibt hingegen, ob das Leistungsbegehren der Beschwerdeführerin in Ziff. 2 der Klage als unbezifferte Forderungsklage im engeren Sinne hätte behandelt werden müssen, wie sie behauptet.
4.3.1. Nach <ref-law> kann die klagende Partei eine unbezifferte Forderungsklage erheben, wenn es ihr unmöglich oder unzumutbar ist, ihre Forderung bereits zu Beginn des Prozesses zu beziffern. Sie muss dabei einen Mindeststreitwert angeben, der als vorläufiger Streitwert gilt. Nach der Botschaft des Bundesrates wird damit die klagende Partei von der Verpflichtung befreit, ihr Rechtsbegehren zu beziffern (Botschaft vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, BBl 2006 7287 zu Art. 83 Entwurf). Dies hat insbesondere dort zu gelten, wo erst das Beweisverfahren die Grundlage der Bezifferung der Forderung abgibt; hier ist dem Kläger zu gestatten, die Präzisierung erst nach Abschluss des Beweisverfahrens vorzunehmen (so bereits vor Inkrafttreten der ZPO: <ref-ruling> E. 5.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 219). Da die ZPO die Bezifferung von Forderungsklagen grundsätzlich verlangt (<ref-law>), ist jedoch der Anspruch soweit möglich und zumutbar zu substanziieren; so wird namentlich auch in Anwendungsfällen von <ref-law> verlangt, dass der Geschädigte alle Umstände, die für den Eintritt eines Schadens sprechen und dessen Abschätzung erlauben oder erleichtern, soweit möglich und zumutbar behauptet und beweist (<ref-ruling> E. 3a S. 221 mit Hinweisen; vgl. auch Urteil des Bundesgerichts 4A_463/2012 vom 19. Dezember 2012 E. 6).
4.3.2. Nach dem Gesagten genügt es entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin nicht, einzig unter Hinweis auf fehlende Informationen auf die an sich erforderliche Bezifferung zu verzichten. Vielmehr obliegt der Beschwerdeführerin der Nachweis, dass und inwieweit eine Bezifferung unmöglich oder unzumutbar ist. Nur soweit ein Beweisverfahren schon für schlüssige Behauptungen unabdingbar ist, fehlt es an der Möglichkeit oder Zumutbarkeit der Bezifferung. Ist diese Voraussetzung nicht erfüllt, ist die Forderung nach dem Grundsatz von <ref-law> zu beziffern. Dass es aber der Beschwerdeführerin aus objektiven Gründen unmöglich oder wenigstens unzumutbar gewesen wäre, die von ihr eingeklagten Schadenspositionen zu beziffern oder dass sie gegebenenfalls sämtliche Umstände für Eintritt und Höhe des Schadens soweit zumutbar behauptet hätte, bringt sie nicht vor.
Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin hätte die Vorinstanz sie auch nicht dazu auffordern müssen, ihr Leistungsbegehren zu beziffern. Insbesondere stellt die fehlende Bezifferung vorliegend keinen Mangel i.S.v. <ref-law> dar, zu dessen Verbesserung das Gericht eine Nachfrist einzuräumen hätte. Bei Einreichung einer unbezifferten Forderungsklage ist es vielmehr Aufgabe der klagenden Partei, ihr Begehren so weit wie möglich zu beziffern und wo dies nicht möglich ist aufzuzeigen, dass die erwähnten Bedingungen für eine unbezifferte Forderungsklage erfüllt sind. Es liegt somit keine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) vor.
4.4. Für eine unbezifferte Leistungsklage im engeren Sinne gemäss <ref-law> fehlt nach dem Gesagten der Nachweis seitens der Beschwerdeführerin, dass ihr eine Bezifferung der einzelnen Schadenspositionen nicht möglich bzw. nicht zumutbar war. Selbst wenn also das Leistungsbegehren in Ziff. 2 der Klage als unbezifferte Forderungsklage ausgelegt würde, die nach dem Willen der Beschwerdeführerin auch unabhängig vom Hilfsanspruch auf Rechnungslegung zu beurteilen sei, so ist auf diese mangels Bezifferung der Schadenersatzforderung nicht einzutreten (vgl. Nicolas Gut, Die unbezifferte Forderungsklage nach der Schweizerischen Zivilprozessordnung, 2014, N. 131 mit Hinweisen; Sabine Baumann Wey, Die unbezifferte Forderungsklage nach <ref-law>, Zürich/Basel/Genf 2013, N. 547 ff.). Damit kann offenbleiben, ob die Vorinstanz bei gehöriger Substanziierung auf die unbezifferte Forderungsklage im engeren Sinn auch dann hätte eintreten müssen, wenn die Beschwerdeführerin dieses Begehren ausdrücklich nur in Verbindung mit dem Auskunftsbegehren als Stufenklage hätte beurteilt haben wollen.
5.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Juli 2014
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Schreier