Faits:
A. La société X._ SA (ci-après: la société), dont le but est le ramassage de voirie, l'élimination de déchets spéciaux et le lavage, la désinfection, la réparation et la vente de conteneurs a été constituée, le 3 janvier 1995, par Y._, qui a transféré à la société une partie de son activité et de sa clientèle, tout en conservant pour lui-même une activité semblable en raison individuelle. Y._ était détenteur de la totalité du capital-actions de X._ SA jusqu'au 31 décembre 2001, date à laquelle il a vendu l'intégralité de ses actions à Z._ SA.
Pour l'année fiscale 1998, X._ SA a été taxée sur un bénéfice imposable de 116'432 fr. et un capital imposable de 540'538 fr. Pour l'année fiscale 1999, la taxation a porté sur un bénéfice imposable de 143'372 fr. et un capital imposable de 683'910 fr. Les bordereaux d'impôt pour l'impôt cantonal et communal (ci-après: ICC) s'élevaient ainsi à 39'637.80 fr. en 1998 et à 35'469.15 fr. en 1999. Ces taxations n'ont pas été contestées et sont entrées en force.
B. Le 6 septembre 2002, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a informé X._ SA de l'ouverture d'une procédure en soustraction d'impôt portant sur la période fiscale 1997-2000. La société était priée de mettre à disposition des personnes en charge du contrôle qui aurait lieu les 3 et 4 octobre 2002 tous ses documents comptables et pièces justificatives utiles. Ce contrôle était motivé par un document intitulé "résultats nets Voirie" portant sur les années fiscales 1998 et 1999, dont l'Administration fiscale était entrée en possession dans le cadre d'une procédure distincte. Outre les bénéfices déclarés de 116'432 et 143'372 fr., ce document faisait état de "Transfert de Ch. Aff." de 865'081 fr. pour 1998 et de 819'781 fr. pour 1999, ce qui portait les résultats de X._ SA à 981'153 fr. pour 1998 et à 963'153 fr. pour 1999. Au bas de ce document, Y._, administrateur de la société, avait indiqué de manière manuscrite: "Je soussigné certifie que les chiffres ci-dessus sont conformes à la réalité économique".
Après avoir requis les explications de X._ SA, l'Administration fiscale a, sur la base de ce document, ajouté au bénéfice déclaré un montant de 865'081 fr. en 1998 et de 819'781 fr. en 1999. Partant, le 10 décembre 2003, elle a notifié à X._ SA un bordereau "rappel d'impôt" en matière d'ICC d'un montant de 276'981 fr. 55, avec intérêts moratoires de 48'702 fr. 60, pour 1998. Tout en instruisant la réclamation de la contribuable contre cette taxation, l'Administration a, le 15 décembre 2004, notifié un second bordereau "rappel d'impôt" en matière d'ICC pour l'année 1999 d'un montant 188'284 fr. 35, avec intérêts moratoires de 30'930 fr. 95, qui se fondait sur le bénéfice non déclaré de 819'781 fr. et des intérêts sur prêt à l'actionnaire de 3'500 fr.
Le 29 mars 2005, l'Administration fiscale a rejeté les réclamations de X._ SA à l'encontre des bordereaux de rappel d'impôt précités, au motif que la contribuable n'avait donné aucune explication satisfaisante au sujet du document intitulé "résultats nets Voirie", dont Y._ avait certifié l'exactitude.
Par décision du 19 avril 2005, l'Administration fiscale a clôturé la procédure de contrôle relative aux années fiscales 2000 et 2001, dont les résultats n'ont pas été contestés par la contribuable. Elle a également notifié à X._ SA un bordereau "amende" de 483'752 fr. correspondant au montant de l'impôt soustrait pour les années fiscales 1998 à 2001.
C. Statuant sur le recours de X._ SA du 28 avril 2005, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt du canton de Genève a très partiellement admis celui-ci, par décision du 28 avril 2008, et a annulé une reprise de 3'500 fr. relative à des intérêts sur prêt à l'actionnaire qui, selon elle, auraient dû être prise en compte lors de la taxation ordinaire de l'année 1999. Au surplus, la Commission a confirmé les rappels d'impôt pour les années fiscales 1998 et 1999, ainsi que les intérêts moratoires, et a renvoyé la cause à l'Administration fiscale pour décision sur réclamation en ce qui concernait l'amende.
X._ SA a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève. Elle faisait notamment valoir que le document "résultats nets Voirie" avait été établi dans le cadre de négociations en vue d'un transfert, au 1er janvier 2000, du chiffre d'affaires de l'activité individuelle de Y._ à X._ SA. Ainsi, pour 1998, le montant de 865'081 fr. représentait la différence entre le chiffre d'affaires total de X._ SA et Y._ (3'985'037 fr.) et le chiffre d'affaires réalisé par la contribuable (3'119'956 fr.). Il en allait de même en 1999, le montant de 819'781 fr. résultant de la différence entre le chiffre d'affaires total X._ SA et Y._ (4'116'192 fr.) et celui de la contribuable (3'296'411 fr.). La société en déduisait que le document en cause ne permettait pas d'opérer un renversement du fardeau de la preuve en sa défaveur.
Le Tribunal administratif genevois a rejeté le recours, par arrêt du 16 juin 2009. Il a tout d'abord renoncé à la comparution personnelle des parties et à l'audition de témoins, en estimant que les pièces produites suffisaient à établir les éléments factuels pertinents pour trancher le litige. Considérant ensuite la procédure de rappel d'impôt justifiée dans son principe, il a retenu que la recourante n'était pas parvenue à infirmer les éléments établis par l'administration sur la base d'indices précis hautement vraisemblables, qui constituaient une preuve suffisante qu'il y avait eu soustraction d'impôt. Il a aussi constaté d'office que les créances en rappel d'impôt contestées n'étaient pas prescrites, les taxations étant intervenues dans les cinq ans suivant la fin de la période fiscale concernée.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ SA conclut à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 16 juin 2009, ainsi qu'à la décision sur réclamation de l'Administration fiscale du 29 mars 2005 et des bordereaux de rappel d'impôts des 10 décembre 2003 et 15 décembre 2004. A titre subsidiaire, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal administratif déclare persister dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale a déposé des observations au terme desquelles elle conclut au rejet du recours.
La Commission cantonale de recours en matière d'impôt, devenue Commission cantonale de recours en matière administrative depuis le 1er janvier 2009, a renoncé à se déterminer.
X._ SA a encore répondu aux observations présentées par l'Administration fiscale dans le délai au 4 décembre 2009 qui lui a été imparti à cette fin.

Considérant en droit:
1. 1.1 Déposé en temps utile (<ref-law>) contre la décision finale (<ref-law>) d'une autorité judiciaire supérieure de dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF) rendue en matière d'impôt cantonal et communal (<ref-law>), par la contribuable ayant un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 let. c), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
Les conclusions tendant à l'annulation des décisions des instances précédant le Tribunal administratif sont toutefois irrecevables en raison de l'effet dévolutif du recours déposé auprès de ce dernier (art. 54 de la loi genevoise de procédure fiscale du 4 octobre 2001; LPFisc; RSGE D 3 17; arrêt 2C_164/2009 du 13 août 2009 consid. 2, publié in RDAF 2009 II p. 531).
1.2 Le litige porte sur les taxations en matière d'impôt cantonal et communal 1998 et 1999, soit sur des exercices fiscaux où la loi générale sur les contributions publiques du canton de Genève du 9 novembre 1887 (LCP) était encore en vigueur et pendant la période transitoire laissée aux cantons pour adapter leur législation aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (<ref-law>; RS 642.14). Comme l'a relevé la juridiction cantonale, il doit donc être traité selon l'ancienne loi (aLCP), conformément à l'art. 85 LPFisc, prévoyant que les causes encore pendantes au moment de l'entrée en vigueur de la loi, le 1er janvier 2002, sont tranchées selon l'ancien droit, alors que les règles de procédure s'appliquent dès leur entrée en vigueur (art. 86 LPFisc). Le litige relève donc exclusivement de l'application du droit cantonal.
1.3 Le Tribunal fédéral fonde son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (cf. <ref-law>) qu'il ne peut rectifier ou compléter d'office que s'ils ont été constatés de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire, pour l'essentiel, que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst., doit démontrer, conformément aux exigences de l'<ref-law>, par une argumentation précise en quoi consiste la violation. A défaut d'une telle motivation, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui retenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.5 p. 68; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288).
1.4 D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral. Selon l'<ref-law>, en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux, ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal, sous réserve d'exceptions (cf. art. 95 let. c, d et e LTF) non réalisées en l'espèce, que si ces griefs ont été invoqués et motivés de façon suffisante par le recourant (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 30 s.; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 254; <ref-ruling> consid. 6 p. 397 et la jurisprudence citée).
2. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante reproche tout d'abord au Tribunal administratif d'avoir violé son droit d'être entendue en la privant de faire valoir ses moyens de preuve par l'audition de témoins, notamment son comptable et ses partenaires commerciaux ayant reçu le document intitulé "résultats nets Voirie", alors qu'il lui a précisément reproché de n'avoir pas prouvé que les chiffres et éléments retenus par l'Administration fiscale sur la base de ce document étaient infondés.
2.1 Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comprend le droit pour l'intéressé de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il y soit donné suite, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 277; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 494). Le juge n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités). La jurisprudence admet aussi que le droit d'être entendu n'empêche pas l'autorité de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 429).
2.2 En l'espèce, le Tribunal administratif a estimé que les pièces versées au dossier, ainsi que toutes les écritures produites au cours de la procédure, permettaient de trancher le litige et que l'audition des parties ou de témoins n'apporterait rien aux chiffres à prendre en considération, qui ressortent de comptes audités.
Cette argumentation part du principe qu'il résulte, tant des pièces que des écritures contenues dans le dossier, que le document "résultats nets Voirie" reflète la réalité de la situation économique de la recourante et que les explications données sur ce point par la contribuable ne suffisaient pas à mettre en doute les déductions que l'Administration fiscale et la Commission de recours avaient tirées de ce document. Il faut en effet constater que, depuis l'ouverture de la procédure de rappel d'impôt, la recourante n'a cessé d'être interpellée sur le document "résultats nets Voirie" et qu'elle n'a pas varié dans l'interprétation de ce dernier, qui n'était soi-disant qu'une projection en vue des négociations menées entre Y._ et des tiers pour le rachat de l'intégralité de X._ SA et de la raison individuelle. Les deux versions, soit celle de l'Administration fiscale et celle de la contribuable, quant à l'interprétation donnée aux chiffres figurant sur le document "résultats nets Voirie" ont été largement étayées par pièces, de sorte que les juges cantonaux pouvaient estimer inutile d'entendre encore des témoins sur des chiffres interprétés différemment de part et d'autre. A cet égard, la question de savoir dans quel but avait été établi le document "résultats nets Voirie" n'était pas pertinente, car seuls comptaient les chiffres précis qu'il indiquait, attestés comme étant conformes à la réalité économique par Y._. Dans ces circonstances, l'on ne voit pas en quoi une audition des parties ou de témoins aurait pu modifier l'appréciation des juges. Ces derniers pouvaient donc sans arbitraire considérer qu'ils étaient suffisamment renseignés sur la base du dossier en leur possession, sans devoir encore procéder à des auditions.
2.3 Le grief de violation du droit d'être entendu doit dès lors être rejeté en tant qu'il porte sur le refus d'entendre les parties et des témoins.
3. La recourante se plaint aussi d'une violation de son droit d'être entendue en relation avec l'absence de motivation de l'arrêt attaqué sur les indices permettant d'admettre une soustraction d'impôts de 865'081 fr. en 1998 et de 819'781 fr. en 1999, le Tribunal administratif s'étant limité à rappeler les motifs retenus par la Commission cantonale de recours sur ce point.
3.1 Le droit d'être entendu implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision. Il ne lui impose cependant pas d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties; l'autorité peut, au contraire, se limiter à ceux qui, sans arbitraire, lui paraissent pertinents (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 3.3 p. 445 et la jurisprudence citée). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté. Pour le reste, la motivation peut être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêt 2C_23/2009 du 25 mai 2009, consid. 3.1, publié in RDAF 2009 II p. 434 et les arrêts cités). En revanche, une autorité se rend coupable d'un déni de justice formel prohibé par l'art. 29 al. 2 Cst. si elle omet de se prononcer sur des griefs qui présentent une certaine pertinence ou de prendre en considération des allégués et arguments importants pour la décision à rendre (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 248; <ref-ruling> consid. 2b p. 102 s.; <ref-ruling> consid. 2a p. 441).
3.2 Appliquant les règles relatives au fardeau de la preuve, le Tribunal administratif a retenu que l'Administration fiscale avait recueilli de nombreux indices allant dans le sens d'une soustraction d'impôt, qui pouvaient être considérés comme constituant une preuve suffisante par la Commission cantonale de recours. Il appartenait ainsi à la recourante d'infirmer ces indices précis, ce qu'elle n'était pas parvenue à faire au vu des explications peu convaincantes qu'elle avait fournies devant les juges cantonaux comme devant les instances précédentes. Le Tribunal administratif a en effet constaté que les chiffres d'affaires totaux de X._ SA et de l'entreprise de Y._, tels que mentionnés dans le document "résultats nets Voirie", ne correspondaient pas aux chiffres d'affaires 1998 et 1999 réalisés par les deux entités; il en allait de même du cumul des bénéfices 1998 et 1999 de la recourante et de l'entreprise individuelle, qui n'étaient pas non plus semblables à ceux figurant dans le document en cause. Il a aussi retenu, comme absence de preuve permettant de renverser les indices probants de l'administration, le fait que la recourante n'avait pu donner d'explication valable sur l'absence de liste de clients et l'augmentation conséquente de sa valeur entre 1998 et 2001, de sorte qu'il n'avait aucun motif de se détacher de la solution retenue par la Commission cantonale de recours.
Ces éléments de motivation sont amplement suffisants pour permettre à la recourante de savoir sur quels indices le Tribunal administratif s'est fondé pour admettre qu'elle n'était pas parvenue à renverser le fardeau de la preuve. La juridiction cantonale a clairement relevé les lacunes et les invraisemblances des allégations de la recourante. Elle pouvait dès lors se référer, pour le surplus, aux motifs retenus par la Commission cantonale de recours qu'elle avait mentionnés dans son exposé des faits (arrêt attaqué ch. 17), sans être obligée par ailleurs de se prononcer de façon détaillée sur tableau produit par la recourante qui, selon cette dernière, retraçait la logique des montants retenus dans le document "résultats nets Voirie".
3.3 Il s'ensuit que, sur ce point également, le grief de violation du droit d'être entendu soulevé par la recourante est mal fondé et doit être rejeté.
4. En ce qui concerne la procédure suivie, la recourante se plaint d'une application arbitraire des art. 10A et 76 de la loi genevoise sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA; RSGE E 5 10).
4.1 Entré en vigueur le 4 avril 2006, l'art. 10A LPA prévoit que toute personne peut porter à la connaissance des autorités des faits susceptibles d'entraîner l'ouverture d'une procédure administrative. Toutefois, l'autorité ne donne aucune suite aux dénonciations anonymes.
Le Tribunal administratif a considéré qu'en vertu de l'art. 92 LPA, les nouvelles règles n'étaient pas applicables aux procédures pendantes devant les juridictions administratives au moment de leur entrée en vigueur, de sorte qu'une application de l'art. 10A LPA à une procédure en rappel d'impôt initiée le 6 septembre 2002 et ayant fait l'objet d'un recours à la Commission le 28 avril 2005 conférerait à cette disposition un effet rétroactif. Il n'a donc pas examiné la violation de l'art. 10A LPA alléguée par la recourante par rapport à la production du document "résultats nets Voirie" qui avait motivé la procédure en rappel d'impôt.
4.2 La question de savoir si, comme le soutient la recourante, l'art. 10A LPA devait s'appliquer à son cas en vertu de l'art. 76 LPA, selon lequel "les règles générales de procédure sont applicables à l'instruction du recours", peut toutefois demeurer indécise en l'espèce. Sur ce point, il y a lieu de compléter les faits en application de l'<ref-law>. Cette règle permet en effet, en évitant un formalisme excessif, de modifier l'état de fait lorsque le Tribunal fédéral constate une erreur qui saute aux yeux (ATF <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288), dès lors que la rectification ou le complément peuvent être fondés sur des faits qui ressortent sans doute possible des pièces du dossier, dans la mesure où ce processus ne contrevient pas à la garantie du droit d'être entendu des parties. En l'espèce, comme l'Administration fiscale l'a relevé dans ses observations, elle a eu connaissance du document "résultats nets Voirie" à l'occasion d'une autre procédure pendante devant le Tribunal de première instance, dans laquelle Y._ était mis en cause. Ce n'est donc pas par le biais d'une dénonciation anonyme que l'autorité fiscale est entrée en possession du document à l'origine de la procédure en rappel d'impôt, de sorte que la façon dont le Tribunal administratif a appliqué les art. 10A et 76 LPA n'a pas à être examinée, la question étant sans pertinence.
5. Sur le fond, la recourante invoque une application arbitraire de l'art. 340 aLCP qui subordonne le rappel d'impôt à l'existence de déclarations inexactes ou incomplètes, présentant un lien de causalité avec une insuffisance d'impôt. Il reproche au Tribunal administratif de n'avoir pas tenu compte du caractère projectif du document "résultats nets Voirie" établi dans le cadre de la vente de X._ SA et de l'entreprise individuelle de Y._ que ce dernier souhaitait réaliser. Pour le reste, la recourante reprend les explications fournies devant l'instance précédente afin de démontrer que ce document ne représente absolument pas les bénéfices réels qu'elle a réalisés en 1998 et 1999, mais constitue bien des projections à partir des données comptables dont les parties à la négociation étaient en possession.
5.1 Selon l'art. 340 al. 1 aLCP, "lorsqu'un contribuable, par suite de déclarations inexactes ou incomplètes, n'a pas payé les impôts qu'il aurait dû payer ou les a payés d'une manière insuffisante, il est tenu, ou ses héritiers, à son défaut, sont tenus de payer les impôts arriérés pour les années pendant lesquelles ils n'ont pas été payés, jusqu'à cinq ans en arrière non compris l'année courante."
Le rappel d'impôt n'est soumis qu'à des conditions objectives: il suppose qu'une taxation n'a, à tort, pas été établie ou est restée incomplète, de sorte que la collectivité publique a subi une perte fiscale, ainsi que l'existence d'un motif de rappel. Ce motif peut résider dans la découverte de faits ou de moyens de preuve inconnus jusque- là, soit des faits ou moyens de preuve qui ne ressortaient pas du dossier dont disposait l'autorité fiscale au moment de la taxation. Il n'est pas nécessaire que le contribuable ait commis une faute (arrêts 2C_879/2008 du 20 avril 2009 consid. 5.2, in RDAF 2009 II p. 386; 2C_104/2008 du 20 juin 2008, consid. 3.3 et les références citées).
Il est en l'espèce constant que la procédure en rappel d'impôt a été ouverte en raison des soupçons de soustraction d'impôt que l'Administration fiscale a eus lorsqu'elle est entrée en possession du document "résultats nets Voirie", lequel laissait supposer que les bénéfices réels de la recourante étaient supérieurs à ceux déclarés. Il paraissait probable que ce document, certifié "conforme à la réalité économique" par l'administrateur et actionnaire unique de la recourante, visait à faire comprendre aux acheteurs éventuels que les bénéfices de X._ SA étaient en réalité plus importants que ceux comptabilisés. Cette pièce suffisait dès lors à justifier la procédure de rappel d'impôt dans son principe. Reste à déterminer si, comme le prétend la recourante, une telle procédure ne pouvait se fonder sur le document précité. S'agissant d'un rappel d'impôt portant sur une période antérieure à la LHID, la question relève uniquement du droit cantonal, de sorte que le Tribunal fédéral n'intervient que si l'arrêt attaqué est sur ce point insoutenable.
5.2 En matière fiscale, les règles générales relatives au fardeau de la preuve impliquent que l'autorité compétente établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (<ref-ruling> consid. 2 p. 256/257; Xavier Oberson, Droit fiscal suisse, 3ème édition Bâle 2007, p. 442; Ernst Blumenstein/Peter Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 416 et les références citées). Il incombe ainsi à l'autorité fiscale d'apporter la preuve de l'existence d'éléments imposables qui n'ont pas été annoncés (arrêt 2C_199/2009 du 14 septembre 2009, consid. 3.1 et les références citées, in RDAF 2009 II p. 560). Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale fournissent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération (<ref-ruling> consid. 4c/aa p. 266; arrêts 2C_47/2009 du 26 mai 2009, consid. 5.4, in RDAF 2009 II p. 489 et 2A.105/2007 du 3 septembre 2007, consid. 4.4, in RDAF 2007 II p. 299).
Ces règles s'appliquent également à la procédure devant les autorités de recours en matière fiscale (arrêts 2C_76/2009, du 23 juillet 2009, consid. 2.3, in RF 64/2009 p. 834 et 2A.105/2007, précité, consid. 4.4).
5.3 En l'espèce, il est uniquement fait grief à la recourante d'avoir fourni des preuves et explications insuffisantes pour infirmer les indices ayant conduit à la procédure de rappel d'impôt. Dans la mesure où il ne lui est pas reproché un manque de collaboration et que celle-ci n'allègue pas non plus que le Tribunal administratif l'aurait contrainte à contribuer à sa propre incrimination, il n'y a pas lieu d'examiner si les liens entre la procédure de rappel et la procédure en soustraction fiscale permettaient à la contribuable de ne pas s'incriminer (question déjà laissée ouverte dans l'arrêt précité 2C_76/2009, consid. 2.2).
5.4 Le fait que X._ SA ait été en négociation avec d'éventuels repreneurs n'est pas contesté. En revanche, les explications de la recourante, selon lesquelles le document "résultats nets Voirie" ne constituait qu'une projection dans ce but n'ont pas été jugées crédibles, notamment au regard des chiffres indiqués, très précis, qu'il contient et de la déclaration manuscrite de Y._ certifiant que "les chiffres ci-dessus sont conformes à la réalité économique". Il a également été établi qu'en cumulant le bénéfice de X._ SA, soit 116'432 fr. en 1998 et 143'372 fr. en 1999 et le bénéfice réalisé par l'entreprise individuelle, soit 170'756 fr. en 1998 et 194'121 fr. en 1999, l'on parvient à un bénéfice total de 287'188 fr. en 1998 et de 337'493 fr. en 1999 et non à des résultats de 981'513 fr. pour 1998 et 963'153 fr. pour 1999, comme indiqués dans le document "résultats nets Voirie". La recourante prétend avoir obtenu le résultat de 981'513 fr. en 1998 en additionnant le bénéfice de X._ SA de 116'432 fr. avec la différence entre le chiffre d'affaires total X._ SA et Y._ (3'985'037 fr.) et le chiffres d'affaires de X._ SA (3'119'956 fr.), soit 865'081 fr. Il en va de même, selon elle, pour le résultat de 963'153 fr. en 1999, qui provient de l'addition du bénéfice de X._ SA de 143'372 fr. avec la différence entre le chiffre d'affaires total de Y._ 4'116'192 fr. et celui de 3'296'411 fr., soit 819'781 fr. Il a toutefois été démontré que la rubrique "Transfert de Ch. Aff." ne pouvait correspondre à la différence entre les chiffres d'affaires de la société et de la raison individuelle, dès lors que, pour l'année comptable 1998, le chiffre d'affaires de X._ SA était de 3'119'956 fr. et celui de Y._ de 968'979 fr. En 1999, le chiffre d'affaires de la société a été de 3'296'411 fr. et celui de Y._ de 1'083'466 fr. La différence entre les chiffres d'affaires des deux entités ne permet donc pas d'aboutir aux montants de 865'081 fr. et de 819'781 fr. retenus en 1998 et 1999, respectivement. En outre, selon le document "Chiffre d'affaires total X._ SA + Y._" produit par la recourante, les chiffres d'affaires cumulés des deux entreprises s'élèvent à 3'985'037 fr. en 1998 et à 4'116'192 fr. en 1999, ce qui, comme l'a relevé le Tribunal administratif, ne correspond pas aux chiffres d'affaires ressortant des déclarations d'impôt déposées par les deux contribuables, soit 4'088'753 fr. pour 1998 et 4'379'877 fr. pour 1999.
5.5 L'ensemble de ces éléments démontre qu'il n'était pas insoutenable d'admettre que la recourante n'était pas parvenue à expliquer de façon convaincante que le document "résultats nets Voirie" ne reflétait pas sa réalité économique, contrairement à ce qu'avait attesté son administrateur. A cela s'ajoutent les explications peu crédibles de la société au sujet de l'absence de liste de sa clientèle, qu'elle prétend n'avoir jamais tenue, alors que la convention de vente qu'elle a passée le 28 décembre 2001 avec Z._ SA mentionne expressément, à son art. 5 ch. 1, une "liste de clients actifs". La recourante n'a pas non plus été en mesure d'apporter des preuves permettant de justifier l'augmentation de sa valeur entre 1998 et 2001. Dans ces circonstances, la juridiction cantonale n'a pas appliqué arbitrairement l'art. 340 aLPC en estimant bien-fondées les reprises fiscales pour les années 1998 et 1999.
6. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, avec suite de frais à la charge de la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 6'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et au Tribunal administratif du canton de Genève, 2ème Section.
Lausanne, le 25 mars 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Rochat