Faits:
A. B._, né en 1957, travaille depuis le 1er septembre 1988 - à mi-temps depuis le 17 décembre 1997 - en qualité de conseiller en réadaptation pour le compte de X._. Souffrant de troubles anxio-dépressifs avec somatisations multiples, il bénéficie depuis le 1er novembre 1998 d'une demi-rente de l'assurance-invalidité (décision du 2 juillet 1999, confirmée après révision les 11 mai 2001 et 16 février 2004).
A l'occasion d'une nouvelle procédure de révision engagée au mois d'août 2005, l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Neuchâtel (ci-après: l'office AI) a confié la réalisation d'une expertise psychiatrique à la doctoresse V._. Dans son rapport du 22 mars 2006, ce médecin a retenu le diagnostic de trouble dépressif récurrent, épisode actuel léger sans syndrome somatique, et celui d'autres troubles anxieux mixtes. Au vu de l'évolution de la symptomatologie et de certaines facultés d'adaptation, la capacité de travail était de 70 % avec un rendement exigible de 60 % sur un plein temps. A la demande de l'office AI, la doctoresse V._ a précisé que son évaluation de la capacité résiduelle de travail correspondait à une incapacité de travail de 40 % (avis complémentaire du 10 avril 2006). Se fondant sur les conclusions de ce rapport, l'office AI a, par décision du 3 octobre 2006, supprimé la demi-rente d'invalidité versée jusqu'alors et l'a remplacée par un quart de rente avec effet au premier jour du deuxième mois suivant la notification de la décision.
B. Par jugement du 29 octobre 2008, la Cour des assurances sociales du Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel a rejeté le recours formé par l'assuré contre cette décision.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut principalement au maintien de son droit à une demi-rente d'invalidité et subsidiairement au renvoi de la cause à la juridiction cantonale, respectivement à l'office AI, pour complément d'instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
L'office AI et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération. Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.2 Le jugement entrepris expose correctement les dispositions légales et les principes jurisprudentiels applicables en matière de révision de la rente d'invalidité (<ref-law>), de sorte qu'il suffit d'y renvoyer.
2. Devant la Cour de céans, le recourant produit deux rapports médicaux des 19 février et 10 juin 2009 établis par les docteurs F._ et M._. Il s'agit cependant de preuves nouvelles au sens de l'<ref-law> qui ne sont pas recevables: établies postérieurement au jugement entrepris, elles ne peuvent par définition résulter du jugement entrepris (ULRICH MEYER, in Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, n° 43 ad <ref-law>).
3. 3.1 Se fondant sur les constatations et conclusions de la doctoresse V._, le Tribunal administratif a considéré que l'état de santé du recourant s'était amélioré à compter de l'année 2004 environ, soit depuis qu'il était traité par un nouveau médicament, l'Efexor. Cette amélioration avait des incidences sur le plan professionnel, puisque le recourant avait indiqué qu'il appréciait son travail varié et que ses relations avec ses collègues et ses supérieurs étaient bonnes, alors qu'en 1995, il se sentait incapable de faire face à ses charges professionnelles et l'exprimait à ses employeurs. Tel était également le cas sur le plan affectif, puisque le recourant, qui rencontrait des difficultés conjugales éprouvantes, était désormais séparé de son épouse depuis juin 2002, ce qui lui avait permis de s'épanouir dans d'autres relations. Il était d'ailleurs divorcé depuis le 6 octobre 2006. Le recourant ne rencontrait pas de problèmes particuliers avec son fils, alors que tel n'était pas le cas au moment de la décision d'octroi de la demi-rente. Enfin, sur le plan social, le recourant qui avait arrêté toutes activités extra-professionnelles en raison de ses malaises, a évoqué un réseau d'amis, ainsi que la pratique de la photographie artistique numérique, de la lecture portant sur la psychologie et la théologie et de la guitare acoustique. Le recourant avait donc pu mobiliser certaines ressources psychiques, malgré ses difficultés conjugales et professionnelles, et progressivement se reconstruire. Il s'adonnait également à la course à pied plusieurs fois par semaine et participait à des courses plusieurs week-ends durant l'année. Cette « thérapie » avait permis au recourant une certaine valorisation et un bien-être physique et psychique. En d'autres termes, la pratique sportive avait contribué à enrayer les angoisses et les soucis du recourant, ce qui avait permis d'améliorer son état de santé.
3.2 Le recourant fait grief au Tribunal administratif d'avoir violé le droit fédéral en considérant que les conditions d'une révision étaient en l'espèce données. Il se plaint en particulier d'une constatation manifestement inexacte des faits pertinents consécutive à une mauvaise appréciation des preuves. L'appréciation opérée par la juridiction cantonale reposerait trop unilatéralement sur le rapport d'expertise de la doctoresse V._, lequel contiendrait de nombreuses erreurs et ne tiendrait pas compte des éléments contradictoires relevés par ses médecins traitants, les docteurs F._ et M._.
4. La question qui se pose en l'espèce est de savoir si le rapport d'expertise établi par la doctoresse V._ permet d'établir à satisfaction de droit l'existence d'une modification sensible de l'état de santé du recourant propre à influencer le degré d'invalidité.
4.1 Sur le plan strictement médical, les considérations de la juridiction cantonale, qui se réfère en cela à l'expertise de la doctoresse V._, se limitent à souligner le caractère bénéfique d'une nouvelle médication, l'Efexor, qui aurait permis la stabilisation de la thymie et de l'anxiété à compter de l'année 2004. Or, comme le met en évidence le recourant, celui-ci bénéficie de ce traitement depuis le mois de mars 2000, selon une posologie variable au gré des protocoles thérapeutiques expérimentés (rapports du docteur F._ des 25 avril 2001 et 5 octobre 2005). Outre qu'elle repose sur une prémisse erronée, l'appréciation de l'experte n'explique par ailleurs pas en quoi consistent les signes objectifs attestant d'une évolution clinique notable. Il est vrai que la doctoresse V._ a relevé que les phobies présentes à une certaine époque avaient disparu et les attaques de panique nettement régressé. Il ressort toutefois du dossier que ces symptômes ont revêtu un caractère épisodique et qu'ils n'ont pas joué de rôle prépondérant dans la situation médicale du recourant et l'appréciation de sa capacité de travail (rapports des docteurs F._ du 23 juillet 1998 et M._ du 30 septembre 1998). En fait, le recourant souffre principalement d'un syndrome anxio-dépressif sévère, pathologie d'évolution généralement labile. Il ressort du dossier médical que la prise en charge thérapeutique a été constante depuis la fin des années nonante, sans qu'elle ne permette d'apporter une rémission durable de la symptomatologie. Selon les témoignages des médecins traitants, elle a tout au plus permis de stabiliser la situation en créant un équilibre qualifié de précaire (rapports des docteur F._ du 2 novembre 2006 et M._ du 2 novembre 2006).
4.2 Le caractère imprécis des informations sur lesquelles la doctoresse V._ s'est fondée et la nature sommaire de son analyse globale du cas ne permettaient pas d'accorder à son expertise une pleine valeur probante. A cet égard, il convient de partager le point de vue du recourant au sujet du caractère particulièrement confus de l'évaluation de la capacité résiduelle de travail opérée par l'experte, qui dénote un manque de rigueur de la part de ce médecin. Alors qu'elle avait conclu dans un premier temps à une « capacité de travail de 70 % avec un rendement exigible de 60 % sur un plein temps », ce qui laissait à penser que la capacité de travail ne s'élevait plus qu'à 42 %, elle a précisé ensuite, à la demande de l'office AI, que son évaluation correspondait « globalement à une incapacité de travail de 40 % ».
4.3 La juridiction cantonale a consacré l'essentiel de sa motivation à examiner des facteurs extra-médicaux (professionnel, affectif et social) dont on peine à voir en quoi ils permettaient d'établir l'existence d'une amélioration objective de l'état de santé du recourant. Le fait que celui-ci aurait dit apprécier son travail varié et entretenir de bonnes relations avec ses collègues et ses supérieurs n'est pas de nature à renseigner sur l'aptitude du recourant à accomplir les tâches qui lui sont confiées. Interpellé par l'experte, son supérieur hiérarchique a d'ailleurs déclaré que le rendement du recourant était plutôt insuffisant. De même, si des modifications sur les plans affectif et social peuvent théoriquement contribuer à une évolution clinique positive d'une symptomatologie psychiatrique, rien n'indique dans le cas d'espèce que les circonstances évoquées par la juridiction cantonale aient eu de tels effets sur le recourant. Quant au fait que celui-ci pratique la course à pied, il ressort de l'expertise qu'il s'adonne à ce sport depuis les années huitante, de sorte qu'on ne saurait y déceler une modification comportementale récente et significative.
4.4 Compte tenu de l'ensemble de ces éléments, les premiers juges ne pouvaient conclure, au degré de vraisemblance prépondérante requis, à l'existence d'une amélioration de l'état de santé du recourant. Les conditions d'une révision de la rente n'étant pas remplies, il convient par conséquent d'annuler le jugement entrepris ainsi que la décision du 3 octobre 2006.
5. Le recours se révèle bien fondé. Vu l'issue du litige, les frais de justice seront supportés par l'intimé qui succombe (art. 66 al. 1 en relation avec l'<ref-law>). Celui-ci est par ailleurs tenu de verser au recourant une indemnité de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement de la Cour des assurances sociales du Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel du 29 octobre 2008 et la décision de l'Office AI du canton de Neuchâtel 3 octobre 2006 sont annulés.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'intimé versera au recourant la somme de 2'800 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. La cause est renvoyée au Tribunal administratif du canton de Neuchâtel pour nouvelle décision sur les frais et les dépens de la procédure antérieure.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal administratif de la République et canton de Neuchâtel et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 19 août 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Le Greffier:
Borella Piguet