Faits:
A. B._ travaillait comme conducteur de machines au service de l'entreprise X._ & Cie SA. A titre accessoire, il exerçait une activité de nettoyeur pour le compte de la société Y._ SA. Dans le cadre de son activité professionnelle principale, il était assuré contre le risque d'accidents auprès de la Caisse nationale suisse d'assurance en cas d'accidents (CNA); il bénéficiait également d'une assurance pour une indemnité journalière en cas d'incapacité de travail conclue par son employeur auprès de Helsana Assurances SA (ci-après : Helsana).
Le 8 septembre 2000, alors qu'il se trouvait sur une pelleteuse à une hauteur de 1,6 mètres du sol pour en nettoyer les vitres, B._ a glissé et est tombé en se réceptionnant sur les pieds; dans sa chute, il a heurté sa tête (côté gauche) contre un poteau métallique et s'est cassé les lunettes. Il a continué à travailler jusqu'en janvier 2001, date à partir de laquelle il a présenté des périodes d'incapacité de travail variables. Dès le 14 janvier 2002, il a cessé toute activité lucrative.
La CNA a pris en charge le cas et versé des prestations jusqu'au 31 août 2006 (décision sur opposition du 5 janvier 2007, confirmée par jugement du 27 août 2008 du Tribunal administratif du canton de Berne). Parallèlement, l'assuré a présenté une demande de prestations de l'assurance-invalidité. Par décision du 5 octobre 2007, l'Office AI du canton de Berne a refusé de lui octroyer une rente, son degré d'invalidité atteignant 38 % (voir également l'arrêt de ce jour rendu par la Ière Cour de droit social du Tribunal fédéral dans la cause 8C_936/2008 opposant l'assuré à l'office AI précité).
Helsana, de son côté, a alloué des indemnités journalières à partir du 1er septembre 2006 sur la base d'une incapacité de travail de 100 % attestée par les médecins traitants de l'assuré, les docteurs R._ et E._. Par la suite, elle a mis en oeuvre deux expertises, l'une auprès du Centre Z._ SA, l'autre auprès de l'Institut W._ (rapports des 3 et 15 avril 2007). Par décision du 30 avril 2007, confirmée sur opposition le 9 août 2007, Helsana a mis un terme au versement de ses prestations avec effet au 1er août 2007, considérant que l'assuré était en mesure d'exercer à 100 % une activité appropriée à son état de santé; un délai de trois mois lui était accordé pour qu'il change de profession.
B. Saisi d'un recours de l'assuré contre la décision sur opposition du 9 août 2007 de Helsana, le Tribunal administratif du canton de Berne l'a partiellement admis. Il a annulé la décision litigieuse et "renvoyé la cause à l'intimée afin qu'elle procède au calcul des indemnités journalières partielles auxquels le recourant a droit dès le 1er août 2007, au sens des considérants, et au versement de celles-ci".
C. Helsana interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Elle conclut implicitement à la confirmation de sa décision sur opposition.
B._ conclut au rejet du recours. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à présenter une détermination.

Considérant en droit:
1. La décision attaquée est une décision incidente de renvoi qui peut, en l'espèce, faire l'objet d'un recours séparé (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 483).
2. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), n'examine en principe que les griefs invoqués (<ref-law>) et fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (<ref-law>).
3. Il ressort du jugement entrepris que les conditions générales de Helsana applicables au contrat prévoient le versement d'une indemnité journalière à partir d'une incapacité de travail d'au moins de 25 %.
Le degré de l'incapacité de travail doit être fixé sur la base de la profession exercée jusqu'alors, aussi longtemps qu'on ne peut raisonnablement exiger de l'assuré qu'il mette à profit sa capacité de travail résiduelle dans une autre branche professionnelle (obligation de diminuer le dommage; cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 463, 114 V 281 consid. 1d p. 283; voir également l'art. 6, deuxième phrase, LPGA). Si une activité de substitution est exigible, un laps de temps suffisant compris entre trois et cinq mois doit alors être imparti à l'assuré pour lui permettre de retrouver un emploi adapté à son état de santé (SJ 2000 II consid. 2b p. 440). A l'issue de ce délai, le droit à l'indemnité journalière dépend de l'existence d'une perte de gain éventuelle imputable au risque assuré. Celle-ci se détermine par la différence entre le revenu qui pourrait être obtenu sans la survenance de l'éventualité assurée dans la profession exercée jusqu'ici et le revenu qui est obtenu ou pourrait raisonnablement être réalisé dans la nouvelle profession (<ref-ruling> consid. 3c in fine p. 286). La perte de gain chiffrée en pour cent donne ainsi le taux de l'incapacité de travail résiduelle.
4. Il n'est plus contesté qu'il est désormais raisonnablement exigible de B._ - incapable de travailler dans sa profession de machiniste - qu'il exerce, à plein temps et sans diminution de rendement, une activité adaptée légère. Quant au caractère suffisant du délai de trois mois accordé par Helsana (du 1er mai au 31 juillet 2007), il n'est pas discutable au vu de la jurisprudence précitée (voir consid. 2 supra). Est uniquement litigieux le point de savoir si la recourante était fondée à considérer qu'à partir du 1er août 2007, l'assuré subirait une perte de gain inférieure à 25 % dans une activité de substitution.
5. Pour déterminer l'existence d'une éventuelle perte de gain, les juges cantonaux ont procédé à une comparaison des revenus comme pour la méthode ordinaire d'évaluation de l'invalidité en matière d'assurance-invalidité, mais sans tenir compte du salaire de l'activité accessoire de nettoyeur que gagnait l'assuré, ce revenu n'étant pas assuré auprès de Helsana. Bien qu'ils aient précisé qu'il convenait en principe de se placer au moment de la suppression du droit pour effectuer le calcul - soit l'année 2007 -, les juges cantonaux ont appliqué les valeurs afférentes à l'année 2006 parce que "les données statistiques pour 2007 [n'étaient] pas encore disponibles". En 2006, le revenu sans atteinte à la santé de B._ était de 67'730 fr.; quant au revenu réalisable dans une activité adaptée, il s'élevait à 50'317 fr., après une réduction du salaire statistique de 15 %. Il en résultait une perte de gain de 25,7 %, ce qui n'autorisait pas Helsana à supprimer entièrement les indemnités journalières.
6. Helsana fait valoir que les données statistiques nécessaires pour évaluer la perte de gain de l'assuré au moment déterminant étaient tout à fait disponibles. Il suffisait d'adapter les chiffres de la tabelle de l'Enquête suisse sur la structure des salaires de l'année 2006 à l'évolution des salaires nominaux pour 2007 (en l'occurrence : 1,6 %). Elle soutient également l'abattement de 15 % du salaire statistique est trop important et ne respecte pas la jurisprudence applicable en la matière. Force était ainsi de constater que B._ subissait une perte de gain, respectivement une incapacité de travail au sens de ses conditions générales, inférieure à 25 %, étant précisé que le salaire que le prénommé aurait pu percevoir auprès de son ancien employeur en 2006 (soit 67'730 fr.) serait resté inchangé en 2007.
7. 7.1 C'est à bon droit que la juridiction cantonale a appliqué par analogie la méthode générale de la comparaison des revenus dès lors qu'il faut évaluer une incapacité de gain (cf. consid. 2 supra). Par ailleurs, l'année déterminante pour ce faire est effectivement 2007 puisque c'est sur cette année-là que porte l'examen du droit aux prestations de l'intimé. Cela étant, on doit donner raison à la recourante lorsqu'elle soutient que cette comparaison des revenus peut et doit se faire avec les chiffres valables pour l'année 2007. Lorsque l'Enquête suisse sur la structure des salaires fait défaut pour l'année de référence en cause (sa périodicité est de tous les deux ans), on peut se baser sur l'indice suisse des salaires nominaux qui est publié chaque année. En l'occurrence, la variation par rapport à l'année 2006 est de 1,6 % à l'instar de ce qu'a mentionné la recourante, ce qui donne un revenu annuel réalisable dans l'activité de substitution de 60'144 fr. au lieu de 59'197 fr. comme l'ont retenu les premiers juges.
7.2 En ce qui concerne l'étendue de l'abattement du salaire statistique dans un cas concret, il s'agit d'une question typique relevant du pouvoir d'appréciation, qui est soumise à l'examen du juge de dernière instance uniquement si la juridiction cantonale a exercé son pouvoir d'appréciation de manière contraire au droit, soit a commis un excès positif ou négatif de son pouvoir d'appréciation ou a abusé de celui-ci (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 399; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 180). Pour B._, la juridiction cantonale a fixé cet abattement à 15 % en prenant appui sur la décision de l'Office AI du canton de Berne. S'il est vrai, comme argumente la recourante, que l'assuré est en dessous du seuil à partir duquel le Tribunal fédéral parle d'un âge avancé et que ses limitations fonctionnelles sont toutes relatives, d'autres facteurs sont présents et susceptibles d'avoir une influence sur son revenu. Ainsi, la juridiction cantonale a cité à juste titre la nationalité et les nombreuses années de service auprès du même employeur. Le résultat auquel ils sont parvenus n'apparaît donc pas insoutenable.
7.3 Quant au revenu sans atteinte à la santé, on peut s'en tenir au montant de 67'730 fr., l'intimé n'ayant pas contesté les affirmations de la recourante sur ce point. La perte de gain de B._ s'élève tout juste à 25 % (le taux de 24,52 % devant être arrondi au pour cent supérieur conformément à la jurisprudence; cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 122). Le jugement attaqué n'est dès lors pas critiquable en son résultat.
Le recours doit être rejeté.
8. Vu l'issue du litige, les frais de justice sont mis à la charge du recourant (<ref-law>). L'intimé a droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de justice, d'un montant de 750 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimé la somme de 1'800 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif du canton de Berne, Cour des affaires de langue française, et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 7 juillet 2009
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
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