Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Die Beschwerde richtet sich dagegen, dass das Obergericht des Kantons Zürich am 24. Mai 2008 ein Wiederaufnahmegesuch abwies und die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid auf eine dagegen gerichtete Nichtigkeitsbeschwerde nicht eintrat, weil sich der Beschwerdeführer in der kantonalen Beschwerde nicht mit den Erwägungen des Obergerichts auseinandergesetzt und nicht nachgewiesen habe, dass der Entscheid des Obergerichts an einem Nichtigkeitsgrund leide. Mit dieser Begründung des angefochtenen Entscheids befasst sich der Beschwerdeführer in seiner Eingabe vor Bundesgericht nicht. Statt dessen verlangt er eine Tatrekonstruktion. Da sich die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid indessen mit der Frage der Tatrekonstruktion nicht befasst hat, ist auf die Beschwerde im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist durch eine herabgesetzte Gerichtsgebühr Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kassationsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Monn