Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. A._ ha chiesto con petizione del 10 luglio 2007 al Pretore del distretto di Lugano di condannare la X._ SA a pagargli fr. 1'650'000.--, oltre accessori. Il Pretore ha nominato il 20 gennaio 2011 un perito giudiziario per determinare la natura e la correttezza della contestata gestione patrimoniale e il danno patito dall'attore. L'8 febbraio 2011 la convenuta ha chiesto la ricusa del perito, domanda che il Pretore ha respinto con decisione 24 maggio 2011.
2. Con sentenza 22 giugno 2011 la III Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha dichiarato irricevibile il reclamo 6 giugno 2011 presentato dalla X._ SA. I Giudici cantonali hanno ritenuto che alla fattispecie sia applicabile il diritto processuale cantonale, che non prevede la possibilità di impugnare una decisione pronunciata da un Pretore in merito alla ricusa di un perito. Essi hanno reputato che l'art. 405 cpv. 1 CPC (RS 272), norma che prevede che alle impugnazioni si applica il diritto in vigore al momento della comunicazione della decisione, sia unicamente applicabile alle decisioni che chiudono il procedimento, ma non anche a quelle incidentali come quella attaccata.
3. La X._ SA è insorta al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 5 settembre 2011 con cui postula, previo conferimento dell'effetto sospensivo al gravame, l'annullamento della decisione della Corte cantonale e il rinvio dell'incarto all'autorità inferiore per nuova decisione. In via subordinata chiede l'accoglimento della domanda di ricusa e la trasmissione dell'incarto al Pretore affinché nomini un nuovo perito. Afferma che, contrariamente a quanto indicato nella sentenza impugnata, alle domande di ricusa va applicato l'art. 405 cpv. 1 CPC. A sostegno della domanda subordinata ripropone i motivi per cui aveva chiesto la sostituzione del perito.
Con decreto 27 settembre 2011 la Presidente della Corte adita ha conferito effetto sospensivo al gravame.
A._ propone con risposta 7 ottobre 2011 in via principale che il ricorso sia dichiarato inammissibile, perché alla fattispecie sarebbe applicabile il Codice di procedura civile ticinese. In via subordinata conclude per la reiezione del gravame e la conferma della decisione del Pretore.
4. La sentenza impugnata concerne una decisione incidentale in materia di ricusa, motivo per cui essa può essere impugnata al Tribunale federale giusta l'art. 92 cpv. 1 LTF. La via d'impugnazione di decisioni incidentali segue essenzialmente quella della vertenza di fondo (<ref-ruling> consid. 1.4). Atteso che il merito della controversia concerne una causa civile con un valore di lite manifestamente superiore al limite di fr. 30'000.-- previsto dall'art. 74 cpv. 1 lett. b LTF, il tempestivo (combinati art. 45 cpv. 1, 46 cpv. 1 lett. b e 100 cpv. 1 LTF) ricorso in materia civile, inoltrato dalla parte soccombente (art. 76 cpv. 1 LTF) innanzi all'ultima autorità cantonale (art. 75 LTF), si rivela in linea di principio ammissibile.
5. In concreto è - a giusta ragione - incontestato che in base all'art. 405 cpv. 1 CPC alla fattispecie va applicata tale legge. Litigiosa è invece la questione a sapere se, come ritenuto da una parte della dottrina e dalla Corte cantonale, tale norma non sarebbe applicabile qualora si tratti di decisioni incidentali. La controversia è già stata risolta da questo Tribunale con la <ref-ruling> consid. 2.3.2 in cui la II Corte di diritto civile, dopo aver proceduto a uno scambio di opinioni con la I Corte di diritto civile, è giunta alla conclusione, in ragione del chiaro tenore della norma in discussione, che l'applicazione dell'art. 405 cpv. 1 CPC non è limitata alle sole decisioni finali. Ne segue che la sentenza impugnata, che dichiara irricevibile il reclamo perché ha ritenuto applicabile alla fattispecie il diritto cantonale, viola il diritto federale.
6. Da quanto precede discende che il ricorso si appalesa fondato e come tale va accolto e la sentenza impugnata annullata. La causa va rinviata all'autorità inferiore affinché decida in applicazione del CPC il reclamo interposto dalla ricorrente. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto, la sentenza impugnata è annullata e la causa è rinviata all'autorità inferiore affinché decida in applicazione del CPC (RS 272) il reclamo del 6 giugno 2011.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dell'opponente, che rifonderà alla ricorrente fr. 2'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla III Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.