Sachverhalt:
A. Die Sortenorganisation Emmentaler Switzerland reichte am 27. Juni 2001 beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum ein Gesuch ein um Eintragung des Wortes FELSENKELLER als Garantiemarke für Käse (Internationale Warenklasse 29). Nach einer Beanstandung des Instituts, wonach das Zeichen
- eine Herkunftsangabe sei, die auf den Ort der Herstellung oder Lagerung des so bezeichneten Käses hinweise,
- beschreibend sei,
- der Unterscheidungskraft entbehre,
- freihaltebedürftig sei,
- zum Gemeingut gehöre,
und nach einer brieflichen Auseinandersetzung mit der Gesuchstellerin wies das Institut das Eintragungsgesuch mit Verfügung vom 29. September 2003 gestützt auf Art. 2 lit. a in Verbindung mit Art. 30 Abs. 2 lit. c MSchG vollumfänglich zurück.
B. Die Sortenorganisation Emmentaler Switzerland erhob bei der Eidgenössischen Rekurskommission für Geistiges Eigentum Beschwerde mit den Anträgen, die Verfügung des Instituts aufzuheben und dieses anzuweisen, die Garantiemarke FELSENKELLER (Hinterlegungsgesuch Nr. 6348/2001) im schweizerischen Markenregister einzutragen, eventualiter die angefochtene Verfügung aufzuheben und das Institut anzuweisen, die Marke mit modifiziertem Reglement im Markenregister einzutragen.
Mit Entscheid vom 10. September 2004 hiess die Rekurskommission die Beschwerde in dem Sinne gut, dass die angefochtene Verfügung aufgehoben und die Sache zur weiteren Prüfung im Sinne der Erwägungen und zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wurde. Die Rekurskommission gelangte im Gegensatz zum Institut zum Ergebnis, dass FELSENKELLER als Garantiemarke ins Register eingetragen werden könne, wies die Sache indessen an das Institut zurück zur Prüfung der Frage, ob das Reglement den Vorschriften der Art. 21 und 23 MSchG sowie den einschlägigen lebensmittelrechtlichen Bestimmungen entspreche und ob es für alle von der hinterlegten Garantiemarke beanspruchten Käsesorten sinnvoll und anwendbar sei.
C. Gegen den Entscheid der Rekurskommission vom 10. September 2004 haben das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum (nachfolgend: das Institut) und das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement (abgekürzt: EJPD) Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit den Anträgen, diesen Entscheid aufzuheben und das Markeneintragungsgesuch vollumfänglich zurückzuweisen.
Das EJPD hat selbst keine Beschwerdeschrift eingereicht, jedoch das Institut "zur Beschwerdeführung im Namen des Departements ermächtigt" für den Fall, dass das Bundesgericht die Beschwerdelegitimation des Instituts verneint. Im Rubrum der Beschwerdeschrift wurden das Institut und "eventualiter" das EJPD als Beschwerdeführer aufgeführt. Auf Anfrage des Instruktionsrichters des Bundesgerichts vom 18. Februar 2005 bestätigte der Vorsteher des EJPD am 4. März 2005 schriftlich, dass dieses die vom Institut im Namen des EJPD eingereichte Verwaltungsgerichtsbeschwerde ausdrücklich zu seiner eigenen erkläre.
Sowohl die Eidgenössische Rekurskommission für Geistiges Eigentum wie auch die Sortenorganisation Emmentaler Switzerland haben sich zu den Verwaltungsgerichtsbeschwerden vernehmen lassen. Die Sortenorganisation beantragt die Abweisung der Beschwerden. Die Rekurskommission stellt den Antrag, auf die Beschwerde des Instituts nicht einzutreten und jene des EJPD abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist beim Bundesgericht innerhalb von dreissig Tagen, gegen eine Zwischenverfügung innerhalb von zehn Tagen seit Eröffnung der Verfügung einzureichen (Art. 106 Abs. 1 OG). Da sich die Beschwerden im vorliegenden Fall gegen einen Rückweisungsentscheid richten, ist zu prüfen, ob dieser als Zwischenverfügung im Sinne von Art. 106 Abs. 1 OG zu qualifizieren ist. Träfe dies zu, wäre die Frist von zehn Tagen von den Beschwerdeführern versäumt worden, womit auf die Beschwerden nicht einzutreten wäre.
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts stellt auch eine Verfügung, in der ein Grundsatzentscheid getroffen und die Sache im Sinne der Erwägungen an eine untere Instanz zurückgewiesen wird, eine Endverfügung dar, die selbständig mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 4.2 S. 291; <ref-ruling> E. 1b S. 198). Im vorliegenden Fall hat die Rekurskommission einen Grundsatzentscheid gefällt, indem sie die Frage verneint hat, ob auch für Garantiemarken gemäss Art. 21 MSchG gilt, dass Zeichen, die zum Gemeingut gehören, von der Eintragung im Markenregister ausgeschlossen sind (Art. 2 lit. a MSchG). Demzufolge war der Entscheid der Rekurskommission selbständig mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbar, die in Übereinstimmung mit der Rechtsmittelbelehrung innerhalb der dreissigtägigen Frist zu erheben war. Die Beschwerden sind somit rechtzeitig beim Bundesgericht eingereicht worden.
2. 2.1 Zur Erhebung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen den Entscheid einer eidgenössischen Rekurskommission ist gemäss Art. 103 lit. b OG das in der Sache zuständige Departement berechtigt oder, soweit es das Bundesrecht vorsieht, die in der Sache zuständige Dienstabteilung der Bundesverwaltung. Das Institut betrachtet sich gestützt auf Art. 28 Abs. 1 der Verordnung vom 3. Februar 1993 über Organisation und Verfahren eidgenössischer Rekurs- und Schiedskommissionen (VRSK; SR 173.31) als beschwerdeberechtigt. Es verweist zudem auf das Bundesgesetz vom 24. März 1995 über Statut und Aufgaben des Eidgenössischen Instituts für Geistiges Eigentum (IGEG; SR 172.010.31), nach dessen Art. 1 ihm die Stellung einer öffentlichrechtlichen Anstalt des Bundes mit eigener Rechtspersönlichkeit zukomme.
Nach Art. 28 Abs. 1 VRSK sind die Bundeskanzlei, das Generalsekretariat der Bundesversammlung und letzte Instanzen autonomer eidgenössischer Anstalten oder Betriebe zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen Entscheide von Kommissionen berechtigt, wenn sie Vorinstanz einer Rekurskommission oder am Verfahren vor einer Schiedskommission beteiligt waren. Ausschlaggebend ist im vorliegenden Fall die Frage, ob es sich beim Institut um eine autonome Anstalt im Sinne von Art. 28 Abs. 1 VRSK handelt. Dies ist auf Grund der Bestimmungen des vom Institut selbst angerufenen IGEG zu verneinen. In Absatz 1 von Art. 1 dieses Gesetzes wird das Institut zwar als Anstalt mit eigener Rechtspersönlichkeit bezeichnet, im folgenden zweiten Absatz indessen festgehalten, das Institut sei lediglich "in seiner Organisation und Betriebsführung selbständig". In der Botschaft des Bundesrates vom 30. Mai 1994 wird darauf hingewiesen, das Institut verfüge über eine differenzierte Autonomie in dem Sinne, dass die in Art. 1 Abs. 2 IGEG nicht erwähnten Tätigkeiten, die in den Aufgabenbereich des Instituts fallen - also in erster Linie die hoheitlichen -, von der inhaltlichen Autonomie des Instituts nicht erfasst werden. Hier ist vielmehr die Bindung an die Spezialgesetze (Art. 2 Abs. 1 lit. b IGEG) bzw. an die Weisungen des Bundesrates oder des zuständigen Departements (Art. 5 Abs. 1 IGEG) zu beachten. Im hoheitlichen Bereich besteht bloss eine beschränkte Autonomie des Instituts, bedingt durch dessen Einbettung in die Bundesverwaltung und das Weisungsrecht des Bundesrates (BBl 1994 III 964 ff., S. 977 unten und S. 990). Damit fehlt es dem Institut an der nötigen Autonomie im Sinne von Art. 28 Abs. 1 VRSK, weshalb es sich nicht auf Art. 103 lit. b OG berufen kann und nicht berechtigt ist, den Entscheid der Rekurskommission mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anzufechten. Auf seine Beschwerde ist nicht einzutreten. Unter diesen Umständen braucht die von der Rekurskommission aufgeworfene Frage, ob nicht ohnehin eine Ermächtigungsnorm auf Gesetzesstufe vorhanden sein müsste, nicht beantwortet zu werden.
2.2 Nun ist aber das EJPD als das in der Sache zuständige Departement gemäss Art. 103 lit. b OG zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde berechtigt. Das Departement führt indes nicht selbst Beschwerde. Der Generalsekretär des Departementes hat dem Institut mit Schreiben vom 8. Oktober 2004 im Wesentlichen nur mitgeteilt:
"Sollte das Bundesgericht wider Erwarten die eigene Beschwerdelegitimation des IGE verneinen, wird das Institut hiermit ausdrücklich zur Beschwerdeführung im Namen des Departementes ermächtigt. Gemäss departementsinterner Regelung ist der Unterzeichnende befugt, die entsprechende Zustimmung zu erteilen."
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wurde auf dem Geschäftspapier des Institutes mit Datum vom 11. Oktober 2004, das heisst nach dem Ermächtigungsschreiben des Generalsekretärs des Departementes vom 8. Oktober 2004 verfasst. Im Rubrum wird das Departement neben dem Institut nur "eventualiter" als Beschwerdeführer aufgeführt. Mit Brief an den Vorsteher des EJPD vom 18. Februar 2005 stellte der Instruktionsrichter des Bundesgerichts fest, dass das Schreiben des Generalsekretärs des Departementes vom 8. Oktober 2004 nicht genüge, um den klaren Willen des Departements zur Beschwerdeführung aufzuzeigen. Gleichzeitig wurde dem Departement eine Frist von zwanzig Tagen angesetzt zur Abgabe einer unmissverständlichen Verlautbarung. Am 4. März 2005 bestätigte der Vorsteher des EJPD schriftlich, dass das Departement die vom Institut in seinem Namen am 11. Oktober 2004 eingereichte Verwaltungsgerichtsbeschwerde in Sachen "Felsenkeller" ausdrücklich zu seiner eigenen erkläre. Somit ist auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des Departementes - als das in der Sache zuständige Departement gemäss Art. 103 lit. b OG - einzutreten.
3. 3.1 Die Rekurskommission hat in ihrem Entscheid vom 10. September 2004 im Wesentlichen erwogen, die Garantiemarke werde nicht zu Unterscheidungszwecken eingesetzt und deshalb sei das Vorhandensein von Unterscheidungskraft nicht unabdingbares Wesensmerkmal einer solchen Marke. In der Lehre seien die Meinungen darüber geteilt, ob der Ausschlussgrund des Gemeingutes auch auf Garantiemarken Anwendung finde. Nach der Botschaft des Bundesrates zum Markenschutzgesetz sei dieser Ausschlussgrund nur "dem Grundsatz nach" auf solche Marken anwendbar. Die Funktion der Garantiemarke bestehe darin, die im Reglement umschriebenen Produktemerkmale zu gewährleisten, und setze keine Unterscheidungskraft des Zeichens voraus. Deshalb könne es auch zum Gemeingut gehören und zum Beispiel in einer Herkunftsangabe bestehen. Nur das Freihaltebedürfnis zugunsten der Konkurrenz sei vorzubehalten. Für das Zeichen "Felsenkeller" sei jedoch kein Freihaltebedürfnis erkennbar. Mit dem Merkmal "höhlengereift" stehe ein anderer Ausdruck zur Verfügung, der auch tatsächlich gebraucht werde.
3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Rekurskommission habe Art. 2 und Art. 21 MSchG verletzt, indem sie das Zeichen "FELSENKELLER" für eine eintragungsfähige Garantiemarke gehalten habe.
Er bringt in diesem Zusammenhang vor, ein Zeichen ohne Unterscheidungskraft könne keinen Markenschutz beanspruchen, da die Marke ein Zeichen ist, das nach der Legaldefinition von Art. 1 Abs. 1 MSchG "geeignet ist, Waren oder Dienstleistungen eines Unternehmens von solchen anderer Unternehmen zu unterscheiden". Deshalb seien Zeichen, die zum Gemeingut gehören, vom Markenschutz ausgeschlossen, ausser wenn sie sich im Verkehr durchgesetzt haben (Art. 2 lit. a MSchG). Zum gleichen Ergebnis gelange man durch eine Auslegung von Art. 21 Abs. 1 MSchG. Die Bestimmung finde sich im 2. Kapitel des MSchG, das die Garantiemarke und die Kollektivmarke regle und dem das 1. Kapitel mit den Allgemeinen Bestimmungen vorangehe, die auch für das 2. Kapitel Geltung hätten und wovon die Begriffsdefinition von Art. 1 sowie der Schutzausschlussgrund von Art. 2 lit. a MSchG auch für die Garantiemarke gelte.
Nach dem Wortlaut von Art. 21 Abs. 1 MSchG diene die Garantiemarke dazu, "die Beschaffenheit, die geographische Herkunft, die Art der Herstellung oder andere gemeinsame Merkmale von Waren oder Dienstleistungen" der zum Gebrauch der Garantiemarke berechtigten Unternehmen zu gewährleisten, und insofern habe auch die Garantiemarke eine Unterscheidungsfunktion. Sie diene der Unterscheidung zwischen diesen Produkten und den Produkten aller Unternehmen, die zum Gebrauch der Garantiemarke nicht berechtigt sind. Selbst unter dem teleologischen Aspekt sei eine von der Garantiemarke zu erfüllende Unterscheidungsfunktion nicht zu bestreiten. Die Garantiemarke müsse zum Ausdruck bringen, für welche Produkte sie berechtigterweise gebraucht werde und für welche nicht. Rein beschreibende Zeichen könnten diese Aufgabe nicht erfüllen.
4. Die Garantiemarke ist nach der Legaldefinition von Art.21 Abs.1 MSchG ein Zeichen, das unter der Kontrolle des Markeninhabers von verschiedenen Unternehmen gebraucht wird und dazu dient, die Beschaffenheit, die geographische Herkunft, die Art der Herstellung oder andere gemeinsame Merkmale von Waren oder Dienstleistungen dieser Unternehmen zu gewährleisten. Die Gewährleistung der gemeinsamen, produktespezifischen Eigenschaften ist begriffswesentlich (Willi, Markenschutzgesetz: MSchG, Zürich 2002, N.1 zu Art.21 MSchG). Mit der Einführung der Garantiemarke im Rahmen des Markenschutzgesetzes vom 28.August 1992 wurde dem Bedürfnis nach einem eigentlichen markenrechtlich geschützten Gütezeichen entsprochen (Martin Thomann, Zur Garantiemarke nach schweizerischem Recht, SJZ92/1996 S.325ff., 326). In der Praxis sind es vielfach Güte- und Prüfzeichen für technische Vorrichtungen, Apparate und Geräte, welche die Funktion einer Garantiemarke erfüllen (Botschaft des Bundesrates vom 21.November 1990 zu einem Bundesgesetz über den Schutz von Marken und Herkunftsangaben, BBl 1991 I1ff., S.30).
In der Lehre ist umstritten, ob der Garantiemarke Unterscheidungsfunktion zukommt. Nach der einen, vereinzelt gebliebenen Meinung wird die Garantiemarke nicht zu Unterscheidungszwecken eingesetzt und braucht deshalb keine Unterscheidungs- oder Kennzeichnungskraft zu haben (Lucas David, Kommentar zum Markenschutzgesetz, Muster und Modellgesetz, 2.Auflage, N.7 zu Art.21 MSchG). Diese Meinung lässt sich jedoch nicht auf die Botschaft des Bundesrates stützen. Dort wird zwar festgehalten, die Garantiemarke sei nicht dazu bestimmt, Waren und Dienstleistungen voneinander zu unterscheiden (BBl 1991 I 30). Aus dem Zusammenhang des Textes geht indes deutlich hervor, dass die apodiktische Form der Aussage trügt und gemeint ist, dass die Garantiemarke nicht dazu bestimmt ist, wie die Individualmarke einzelne Waren oder Dienstleistungen voneinander zu unterscheiden, weil sie vor allem dazu dient, gemeinsame Produktemerkmale zu gewährleisten. Dabei muss aber als selbstverständlich vorausgesetzt werden, dass auch die Garantiemarke die Produkte kennzeichnen soll. Der Meinung von Lucas David ist somit entgegenzuhalten, dass die Garantiemarke als Gruppenzeichen zwar nicht das Angebot eines einzelnen Unternehmens, jedoch jenes einer Gruppe kennzeichnet und individualisiert. Abstrahiert man von dieser gruppenbezogenen Ausrichtung von Unterscheidungs- und Herkunftsfunktion, handelt es sich bei den Garantiemarken jedoch um vollwertige Marken. Für diese gelten grundsätzlich die Vorschriften des 1.Kapitels des MSchG, also die Art.1-20, soweit im 2.Kapitel nichts anderes vorgesehen ist (Eugen Marbach, Markenrecht, in: SIWRIII Kennzeichenrecht, S.225; Botschaft, BBl 1991 I 30). Darauf ist denn auch bereits in der Entstehungsphase des Markenschutzgesetzes vom 28.August 1992 hingewiesen worden (Schluep, Kollektiv- und Garantiemarken, in Marke und Marketing, Bern 1990, S.93).
Mit der überwiegend vertretenen Lehrmeinung ist somit davon auszugehen, dass auch der Garantiemarke Unterscheidungskraft eigen sein muss, selbst wenn wegen des Funktionsunterschieds im Vergleich zur Individualmarke herabgesetzte Anforderungen zu stellen sind (Willi, a.a.O., N.8 Vorbemerkungen zu Art.21-27 MSchG). Anders als die Individualmarke soll die Garantiemarke zwar nicht auf die Herkunft aus einem bestimmten Unternehmen, wohl aber aus einer Gruppe von Unternehmen hinweisen. Dieser Umstand sowie die bereits erwähnte systematische Stellung der Vorschriften über die Garantiemarke im Gesetz und das in der Botschaft des Bundesrates zum Ausdruck gebrachte Verständnis bei der Entstehung des Gesetzes sprechen dafür, dass die absoluten Ausschlussgründe von Art.2 MSchG auch auf die Garantiemarke anwendbar sind (so auch Thomann, a.a.O., S.326).
Bei der Beurteilung dieser Frage ist schliesslich auch die gesetzgeberische Konzeption der verschiedenen Markentypen zu beachten. Obschon die Legaldefinition von Art.1 Abs.1 MSchG auf die Individualmarke zugeschnitten ist, enthält sie mit dem Erfordernis der Unterscheidungskraft doch ein Element, das für das ganze Markenrecht Geltung beansprucht. Die beispielhafte Aufzählung der Markenformen in Art.1 Abs.2 MSchG ist als Hinweis darauf zu verstehen, dass die Allgemeinen Bestimmungen auf alle Markentypen anzuwenden sind. Diese können bei der Prüfung der Schutzfähigkeit zwar nicht über einen Leisten geschlagen werden, sondern es ist zu differenzieren, das heisst die allgemeinen Kriterien müssen gegebenenfalls entsprechend den Besonderheiten des Markentyps konkretisiert werden (vgl. Marbach, a.a.O., S. 28). Eine nach Markentyp differenzierte Prüfung wird beispielsweise in Art. 2 lit. b MSchG für Formmarken vorgesehen. Danach sind Formen, die das Wesen der Ware ausmachen und technisch notwendige Waren- oder Verpackungsformen vom Markenschutz ausgeschlossen. Für Formen, die sich insbesondere auf Grund der Art, Bestimmung oder Verwendung der Ware aufdrängen, soll damit ein absolutes Freihaltebedürfnis konkretisiert werden (<ref-ruling> E. 2.2). Für die Garantiemarke stellt das Gesetz dagegen keine besonderen Anforderungen an die Prüfung der Schutzfähigkeit. Es wird daher in Anlehnung an die Botschaft des Bundesrates (BBl 1991 I 30) in der Literatur mehrheitlich und zutreffend die Meinung vertreten, mangels einer gegenteiligen Vorschrift im zweiten Kapitel des MSchG müsse dessen Art. 2 lit. a auch auf die Garantiemarke Anwendung finden (vgl. neben der bereits zitierten Literatur auch Claudia Maradan, La marque de garantie au secours des indications de provenance suisses: fausse bonne idée?, sic! 1/2005 S. 4 ff., 5 und 10)
5. Als Gemeingut im Sinne von Art. 2 lit. a MSchG vom Markenschutz ausgeschlossen sind nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung namentlich Zeichen, die sich in Angaben über die Beschaffenheit der gekennzeichneten Waren oder Dienstleistungen erschöpfen und daher die zu deren Identifikation erforderliche Kennzeichnungs- und Unterscheidungskraft nicht aufweisen. Der beschreibende Charakter solcher Hinweise muss vom Publikum ohne besondere Denkarbeit und ohne Fantasieaufwand unmittelbar erkennbar sein (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen). Dabei genügt, dass das Zeichen in einem einzigen Sprachgebiet der Schweiz als beschreibend verstanden wird (<ref-ruling> E. 1.5 S. 451).
Das Wort "FELSENKELLER" weist im Zusammenhang mit dem Käse, den es als Garantiemarke kennzeichnen soll, darauf hin, dass der Käse in einem Felsenkeller gelagert worden ist. Der beschreibende Charakter des Zeichens ist für das deutschsprachige Durchschnittspublikum unmittelbar, ohne Denkarbeit oder Fantasieaufwand erkennbar. Der direkte Hinweis auf die Beschaffenheit der Ware führt dazu, dass dem Zeichen jegliche Unterscheidungskraft fehlt. Es ist deshalb gemäss Art. 2 lit. a MSchG vom Markenschutz auszuschliessen, selbst unter Berücksichtigung des Umstandes, dass bei einer Garantiemarke weniger strenge Anforderungen an die Unterscheidungskraft zu stellen sind als bei einer Individualmarke (vgl. vorne E. 4). Das Eintragungsgesuch der Beschwerdegegnerin ist somit vom Institut zu Recht gestützt auf Art. 30 Abs. 2 lit. c MSchG zurückgewiesen worden.
6. Als Verfahrensergebnis ist somit festzuhalten, dass auf die Beschwerde des Instituts nicht einzutreten ist. Die Beschwerde des Departementes ist dagegen gutzuheissen, der Entscheid der Rekurskommission vom 10. September 2004 ist aufzuheben und das Eintragungsgesuch der Beschwerdegegnerin zurückzuweisen.
Für das vom Institut eingeleitete Verfahren ist keine Gerichtsgebühr zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Das Institut hat indessen die obsiegende Beschwerdegegnerin Sortenorganisation Emmentaler Switzerland - nicht aber die Rekurskommission - für dieses Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG).
Für das vom Departement eingeleitete Verfahren ist die Gerichtsgebühr der unterliegenden Beschwerdegegnerin Sortenorganisation Emmentaler Switzerland aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung wird in diesem Verfahren nicht zugesprochen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des Eidgenössischen Instituts für Geistiges Eigentum wird nicht eingetreten.
2. Es werden in dem vom Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum eingeleiteten Verfahren keine Kosten erhoben.
3. Das Eidgenössische Institut für Geistiges Eigentum hat die Sortenorganisation Emmentaler Switzerland für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements wird gutgeheissen, der Entscheid der Eidgenössischen Rekurskommission für Geistiges Eigentum vom 10. September 2004 wird aufgehoben und das Markeneintragungsgesuch der Sortenorganisation Emmentaler Switzerland wird zurückgewiesen.
5. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500.-- wird der Sortenorganisation Emmentaler Switzerland auferlegt.
6. Dieses Urteil wird der Sortenorganisation Emmentaler Switzerland, der Eidgenössischen Rekurskommission für Geistiges Eigentum und dem Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum sowie dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juni 2005
Im Namen der I. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: