(Gemeindeautonomie), hat sich ergeben:
A.- Die Erziehungsdirektion des Kantons Bern erliess am 24. März 1997 Richtlinien und Grundsätze zum Spezialunterricht im Kindergarten und in der Volksschule. Diese bezwecken einen gewissen Ausgleich des Spezialunterrichts in den einzelnen Gemeinden und legen eine Kontingentierung des Spezialunterrichts fest.
Das regionale Schulinspektorat Bern-Mittelland beauftragte einen Berater damit, den zu hoch eingeschätzten Spezialunterricht in der Gemeinde Muri zu untersuchen. Der Berater unterbreitete Vorschläge für eine stufenweise Reduktion des Spezialunterrichts vom Stand im Schuljahr 1989/99 bis zum Beginn des Schuljahres 2002/03 im Ausmass von total 29 Lektionen.
Am 16. Juni 1999 erliess die Erziehungsdirektion gegenüber der Gemeinde Muri die Verfügung, den Spezialunterricht bis Ende des Schuljahres 2001/02 im Kindergarten und in der Volksschule schrittweise auf eine Quote von 0,062373 Lektion pro Schüler und Schülerin abzubauen. Sie ging dabei von einem Zielwert am Ende des Schuljahres 2001/02 von 1'125 Schüler/70, 2 Lektionen Spezialunterricht aus.
Auf Beschwerde der Einwohnergemeinde Muri hin bestätigte der Regierungsrat des Kantons Bern die vorinstanzliche Verfügung und wies das Rechtsmittel mit Beschluss vom 22. März 2000 ab. Er führte im Wesentlichen aus, die Verfügung der Erziehungsdirektion habe keine Beschränkung des Anspruchs des einzelnen Kindes auf eine den Fähigkeiten entsprechende Schulbildung und Spezialunterricht im Sinne von Art. 29 Abs. 2 KV/BE und Art. 17 des Volksschulgesetzes zur Folge. In Anbetracht der Kompetenz der Erziehungsdirektion zum Erlass von Richtlinien über den Spezialunterricht werde die Autonomie der Gemeinde Muri nicht verletzt. Schliesslich sei auch die auf einen kantonalen Durchschnittswert - nämlich die Quote von 0,062373 Lektion pro Kind - abgestützte Berechnungsweise nicht zu beanstanden.
B.- Gegen diesen Entscheid des Regierungsrates hat die Einwohnergemeinde Muri beim Bundesgericht am 8. Mai 2000 staatsrechtliche Beschwerde erhoben und dessen Aufhebung verlangt. Sie macht eine Verletzung der Gemeindeautonomie geltend und wirft dem Regierungsrat vor, das Gesetzesrecht willkürlich und das Verfassungsrecht unrichtig angewendet zu haben. Im Einzelnen führt sie aus, ihr komme im betroffenen Bereich Autonomie zu. Das Volksschulgesetz enthalte keine Grundlage für Beschränkungen des Spezialunterrichts, sodass sich weder die genannten Richtlinien noch die angefochtene Verfügung darauf abstützen könnten. Schliesslich würden <ref-law> sowie <ref-law> und Art. 29 Abs. 2 KV/BE verletzt.
Der Regierungsrat, vertreten durch die Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion, beantragt in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Eine Gemeinde ist zur Erhebung einer staatsrechtlichen Beschwerde wegen Verletzung ihrer Autonomie befugt, wenn sie durch den angefochtenen Entscheid in ihrer Eigenschaft als Trägerin hoheitlicher Gewalt berührt wird. Ob ihr im betreffenden Bereich tatsächlich Autonomie zusteht, ist keine Frage des Eintretens, sondern bildet Gegenstand der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 4a S. 294, mit Hinweisen).
Im vorliegenden Fall wird die Beschwerdeführerin durch den angefochtenen Entscheid angehalten, den Spezialunterricht einzuschränken und die Anzahl der Lektionen zu reduzieren. Sie wird insoweit in ihrer Eigenschaft als Trägerin hoheitlicher Gewalt betroffen und ist daher zur Autonomiebeschwerde legitimiert.
Die übrigen Eintretensvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass.
2.- Die Beschwerdeführerin beruft sich auf ihre Autonomie; sie begründet im Einzelnen unter Hinweis auf allgemeine Bestimmungen und solche der Schulgesetzgebung, weshalb ihr im Bereiche des Angebotes von Spezialunterricht Autonomie zukomme. Demgegenüber vertritt der Regierungsrat die Auffassung, die Gemeinden verfügten im vorliegend streitigen Bereich über keine Autonomie.
a) Nach der Rechtsprechung ist eine Gemeinde in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht dafür keine abschliessende Ordnung trifft, sondern diese ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann sich auf die Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften beziehen oder einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung des kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen. Der Schutz der Gemeindeautonomie setzt eine solche nicht in einem ganzen Aufgabengebiet, sondern lediglich im streitigen Bereich voraus (<ref-ruling> E. 2b S. 226, 119 Ia 285 E. 4b S. 294, mit Hinweisen).
b) In allgemeiner Weise gewährleistet Art. 109 Abs. 1 KV/BE den Gemeinden Autonomie im Rahmen des kantonalen und des eidgenössischen Rechts. Nach Art. 43 Abs. 1 KV/BE führen Kanton und Gemeinden öffentliche Kindergärten und Schulen. Unter dem Marginale "Träger" bestimmt Art. 5 Abs. 1 Volksschulgesetz (VSG, BSG 432. 210), dass das Volksschulwesen eine gemeinsame Aufgabe der Einwohner- und der gemischten Gemeinden sowie des Kantons ist. Im Einzelnen wird das Schulwesen durch das Volksschulgesetz geordnet.
Gemäss Art. 45 VSG ordnen die Gemeinden das Schulwesen im Rahmen der gesetzlichen Bestimmungen. Sie beschliessen nach Art. 47 Abs. 1 VSG u.a. über die Einführung und Aufhebung von Spezialunterricht. Solche Beschlüsse unterliegen der Genehmigung durch die zuständige Stelle der Erziehungsdirektion (Art. 47 Abs. 2 VSG). Zusätzlich kann der Regierungsrat dazu allgemein und insbesondere auch hinsichtlich der Schülerzahlen Richtlinien erlassen (Art. 47 Abs. 3 VSG). Im Übrigen wird der Spezialunterricht durch das Dekret über die besonderen Klassen und den Spezialunterricht der Volksschule näher umschrieben (Dekret, BSG 432. 271).
Nach Art. 2 Abs. 2 des Dekretes wird der Spezialunterricht durch Beschluss der Gemeinde eingeführt und muss durch die zuständige Stelle der Erziehungsdirektion genehmigt werden.
Die Erziehungsdirektion erlässt Lehrpläne oder Richtlinien für den Spezialunterricht (Art. 10 des Dekretes). Gestützt auf Art. 20 des Dekretes erliess der Regierungsrat die Verordnung über die besonderen Klassen und den Spezialunterricht der Volksschule (Verordnung, BSG 432. 271.1) und ordnete darin den Spezialunterricht.
c) Diese Ordnung zeigt gesamthaft, dass der Bereich des Spezialunterrichts auf kantonaler Ebene durch das Volksschulgesetz, das Dekret sowie die Verordnungen und Richtlinien des Regierungsrates weitgehend geregelt ist und den Gemeinden nur wenig Spielraum überlässt. Im Einzelnen ist diese Ordnung hauptsächlich auf die Art und Weise des Spezialunterrichts und damit auf qualitative Merkmale ausgerichtet.
Nach Art. 17 Abs. 2 VSG sollen die Bildungsziele u.a. durch den Spezialunterricht erreicht werden. Gemäss Art. 10 des Dekretes erlässt die Erziehungsdirektion Lehrpläne oder Richtlinien für den Spezialunterricht. Art. 19 der Verordnung bestimmt, dass der Spezialunterricht nach Möglichkeit im Rahmen des allgemeinen Unterrichts bzw. während der ordentlichen Unterrichtszeit ausserhalb der Schule und in Gruppen erfolgen soll. Demgegenüber bezieht sich, soweit ersichtlich, lediglich Art. 47 Abs. 2 und 3 VSG auf Schülerzahlen; der Regierungsrat wird ermächtigt, insbesondere auch hinsichtlich der Klassen- und Lektionenzahlen bzw.
Schülerzahlen Richtlinien zu erlassen.
Sowohl im Volksschulgesetz als auch im Dekret wird festgehalten, dass die Gemeinden über den Spezialunterricht Entscheidungen treffen dürfen: Nach Art. 2 Abs. 2 des Dekretes können die Gemeinden den Spezialunterricht - unter Vorbehalt der Genehmigung durch die zuständige Stelle in der Erziehungsdirektion - einführen. Denselben Grundsatz enthält Art. 47 Abs. 1 VSG, und nach Art. 47 Abs. 2 VSG fassen die Gemeinden innerhalb der regierungsrätlichen Rahmenbestimmungen ihre diesbezüglichen Entscheidungen selbständig.
Auch wenn die Handlungsfreiheit der Gemeinden stark begrenzt ist, verbleibt ihnen im Rahmen der kantonalen Bestimmungen doch ein Spielraum der Entscheidung. Die Bestimmung von Art. 47 Abs. 2 VSG spricht ausdrücklich von selbständiger Beschlussfassung der Gemeinden innerhalb der kantonalen Rahmenbestimmungen. Der Regierungsrat räumt in seiner Vernehmlassung denn auch ein, dass die Gemeinden darüber befinden könnten, wie sie den Spezialunterricht organisieren wollen. Damit kommt den Gemeinden ein nicht unerheblicher Handlungsspielraum zu. Daran vermag der Umstand, dass ihre Entscheidungen der Genehmigung durch die Erziehungsdirektion unterliegen (Art. 47 Abs. 2 VSG und Art. 2 Abs. 2 des Dekretes), grundsätzlich nichts zu ändern; solche Kontrollmöglichkeiten kann sich der Kanton auch in Gebieten vorbehalten, in denen ein Autonomiebereich offensichtlich besteht (vgl. ZBl 101/2000 S. 467 E. 2b). Gleich verhält es sich mit der Zuständigkeit der Erziehungsdirektion, nach Art. 47 Abs. 3 VSG anstelle der Gemeinde zu verfügen, sofern deren Beschlüsse nicht den Richtlinien entsprechen. Das führt gesamthaft gesehen dazu, der Beschwerdeführerin im Bereiche des Spezialunterrichts Autonomie zuzusprechen. Demnach kann sich die Beschwerdeführerin auf die Gemeindeautonomie berufen und eine Verletzung des einschlägigen Rechts von Bund und Kantonen rügen.
d) Kommt einer Gemeinde in einem bestimmten Sachbereich Autonomie zu, so kann sie sich mit staatsrechtlicher Beschwerde gegen eine Autonomieverletzung wehren und verlangen, dass die kantonale Behörde in formeller Hinsicht ihre Befugnisse nicht überschreitet und korrekt vorgeht und dass sie in materieller Hinsicht die kantonal- und bundesrechtlichen Vorschriften im autonomen Bereich nicht verletzt. Das Bundesgericht überprüft diesfalls den kantonalen Entscheid auf Willkür hin, soweit Gesetzes- oder Verordnungsrecht in Frage steht; mit freier Kognition entscheidet es, wenn es sich um Verfassungsrecht des Kantons oder des Bundes handelt (<ref-ruling> E. 8b und 8c S. 290 f., 119 Ia 285 E. 4c S. 295 f., ZBl 101/2000 S. 467 E. 1d).
3.- a) Als erstes zieht die Beschwerdeführerin die Zuständigkeit des Regierungsrates bzw. der Erziehungsdirektion in Zweifel, aus rein finanzpolitischen Überlegungen den Spezialunterricht zu beschränken und zu plafonieren. Die Volksschulgesetzgebung biete für eine derartige Zielrichtung keine Handhabe.
Wie dargelegt, kann der Regierungsrat nach Art. 47 Abs. 2 und 3 VSG Rahmenbestimmungen über Klassen- und Lektionenzahlen und Richtlinien erlassen, letztere insbesondere auch für Schülerzahlen. Aus der Systematik von Art. 47 VSG ergibt sich, dass sich solche allgemeine Anweisungen nicht nur auf Primar-, Real- und Sekundarklassen, sondern auch auf den Spezialunterricht beziehen. Im Einzelnen kann nicht gesagt werden, die Festlegung von Schülerzahlen beziehe sich ausschliesslich auf die Grösse der Klassen im Primar-, Real- und Sekundarschulbereich. Ebenso kann damit gemeint sein, dass die Anzahl der Schüler und Schülerinnen, welche in den Genuss von Spezialunterricht gelangen, in allgemeiner Weise soll festgelegt werden dürfen. Hinsichtlich des Erlasses von Rahmenbestimmungen über Klassen- und Lektionenzahlen kann weiter gemeint sein, dass über die Festlegung von Grösse und Lektionen im ordentlichen Unterricht auch der Bereich des Spezialunterrichts erfasst werden und in diesem Bereich die Lektionenzahlen sollen geregelt werden können. Über die Motive solcher quantitativer Beschränkungen enthält das Volksschulgesetz keine ausdrücklichen Angaben. Beschränkungen müssen sich zum einen im Rahmen des allgemeinen Bildungsauftrages halten, wie er sich aus Art. 29 Abs. 2 KV/BE sowie aus der Volksschulgesetzgebung ergibt. Zum andern schliesst Art. 47 VSG finanzpolitische Gesichtspunkte über den haushälterischen Umgang mit den öffentlichen Mitteln nicht aus.
Schliesslich ist es mit den Bildungszielen nicht unvereinbar, einen gewissen Ausgleich zwischen den Gemeinden anzustreben (vgl. ZBl 101/2000 S. 467 E. 2b).
Bei dieser Sachlage kann dem Regierungsrat keine Willkür bei der Auslegung des Volksschulgesetzes vorgeworfen werden, wenn er im vorliegenden Fall die Richtlinien der Erziehungsdirektion zur Plafonierung des Spezialunterrichts zur Anwendung brachte. Im Übrigen beanstandet die Beschwerdeführerin nicht, dass die dem vorliegenden Verfahren zu Grunde liegenden Richtlinien von der Erziehungsdirektion erlassen worden sind. Die Beschwerde erweist sich daher in diesem Punkte als unbegründet.
b) Die Beschwerdeführerin beruft sich ferner auf den verfassungsmässigen Anspruch auf ausreichenden und unentgeltlichen Schulunterricht.
<ref-law> gewährleistet einen Anspruch auf ausreichenden und unentgeltlichen Grundschulunterricht. Nach <ref-law> sorgen die für das Schulwesen zuständigen Kantone für den ausreichenden, allen Kindern offen stehenden Grundschulunterricht.
Die Entwürfe zur neuen Bundesverfassung wiesen keine <ref-law> entsprechende Bestimmung auf, enthielten indessen ein in die gleiche Richtung zielendes Sozialziel (vgl. Art. 33 VE-BV, BBl 1997 I 595). - Die Berner Kantonsverfassung verbürgt im Kapitel Sozialziele u.a. den Anspruch jedes Kindes auf eine seinen Fähigkeiten entsprechende, unentgeltliche Schulbildung (Art. 29 Abs. 2 KV/BE).
Diese Bestimmung geht insofern über <ref-law> hinaus, als sie sich nicht nur auf die Primarschule, sondern auf alle Schulen der obligatorischen Schulzeit bezieht (Walter Kälin/Urs Bolz, Handbuch des bernischen Verfassungsrechts, S. 318). Wie sich die beiden Bundes- bzw. Kantonsverfassungsbestimmungen im Übrigen zueinander verhalten, braucht im vorliegenden Fall nicht abstrakt bestimmt zu werden.
Es fällt nicht leicht, den angefochtenen Entscheid und die ihm zu Grunde liegende Begrenzung des Spezialunterrichts an den erwähnten verfassungsmässigen Ansprüchen auf ausreichenden Schulunterricht zu messen. Diese Ansprüche stellen keine Freiheitsrechte dar, die nach den traditionellen Voraussetzungen von <ref-law> beschränkt werden können (vgl. Beatrice Weber-Dürler, Grundrechtseingriffe, in: Die neue Bundesverfassung, Bern 1999, S. 151 f.). Es handelt sich vielmehr um soziale Grundrechte, die vorab der Umsetzung durch die zuständigen Organe der Kantone mittels Einrichtung eines hinreichenden Schulsystems bedürfen (vgl.
Auer/Malinverni/Hottelier, Droit constitutionnel suisse, Bern 2000, Bd. II, Rz 25 ff., insbes. 31, und Rz 1515 ff.).
Dabei kommt diesen im Rahmen der möglichen und vielfältigen Massnahmen naturgemäss ein weiter Spielraum zu. Die Volksschulgesetzgebung umschreibt und konkretisiert ihrerseits die Ziele der Volksschule, einerseits mit den Bestimmungen über die Volksschule und die Weiterbildungsklassen (vgl.
Art. 2 ff. und 21 VSG), andererseits mit denjenigen über die besonderen Abteilungen (Art. 17 ff. VSG). Zur Beurteilung der Frage, ob eine bestimmte schulische Massnahme aus verfassungsrechtlicher Sicht erforderlich oder angezeigt erscheint, muss diese zum gesamten schulischen Angebot in Beziehung gesetzt und aus einer gesamtheitlichen Sicht betrachtet werden. Es kann daher nicht leichthin gesagt werden, die Beschränkung des Spezialunterrichts stehe mit <ref-law> und Art. 29 Abs. 2 KV/BE im Widerspruch oder im Einklang.
Wie es sich damit in abstrakter Hinsicht verhält, braucht im vorliegenden Fall nicht abschliessend beurteilt zu werden. Der Regierungsrat hat sowohl im angefochtenen Entscheid als auch in der Vernehmlassung unterstrichen, dass die Beschränkung des Spezialunterrichts den Anspruch des einzelnen Kindes auf Schulung und speziell auf besondere Massnahmen nach Art. 17 VSG nicht beeinträchtigen darf. Die Richtlinien der Erziehungsdirektion sehen dies ausdrücklich vor (Ziff. 2.9). Der Regierungsrat schliesst daraus, dass im Einzelfall Spezialunterricht auch bei einer Überschreitung der Quote bewilligt werden müsste, wenn andernfalls eine Verletzung des Sozialrechts auf Schulbildung im Sinne von Art. 29 Abs. 2 KV/BE bzw. eine Einschränkung des Anspruchs auf Spezialunterricht resultieren würde. Gestützt darauf und im Hinblick auf den ausdrücklichen Vorbehalt in den Richtlinien der Erziehungsdirektion ergibt sich damit, dass das Sozialrecht auf ausreichende und den Fähigkeiten entsprechende Schulbildung im Einzelfall nicht verletzt wird und das einzelne Kind tatsächlich in den Genuss von Spezialunterricht gelangen kann. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass diesfalls die Prüfung entsprechender Gesuche durch die regionalen Schulinspektorate vorgenommen wird.
Demnach erweist sich die Rüge der Verletzung von <ref-law> und Art. 29 Abs. 2 KV/BE als unbegründet.
c) Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin einen Verstoss gegen das Rechtsgleichheitsgebot im Sinne von <ref-law>. Die Ungleichbehandlung der Kinder erblickt sie darin, dass die für die Gemeinden festgelegte Quote auf einem kantonalen Durchschnitt beruht und der tatsächlichen Anzahl von bedürftigen Kindern in einer bestimmten Gemeinde nicht Rechnung trägt. Damit würden die bedürftigen Kinder je nach Gemeinde ungleich behandelt.
Die Beschwerdeführerin beruft sich in diesem Zusammenhang ausdrücklich auf <ref-law> und macht keine Verletzung von <ref-law> geltend. Es ist daher nicht zu prüfen, ob das der Beschränkung des Spezialunterrichts zu Grunde liegende Kriterium der einheitlichen Quote sachgerecht ist und vor dem Willkürverbot nach <ref-law> standhält.
Angesichts des besonderen Charakters von <ref-law> und Art. 29 Abs. 2 KV/BE kommt dem Gleichheitsgebot nur eine abgeschwächte Bedeutung zu. Wie dargetan, hat jeder Schüler und jede Schülerin unabhängig von der verfügten Quote nach dem Verfassungsrecht und dem Volksschulgesetz Anspruch auf Spezialunterricht. Insoweit wird dem Gleichheitsgebot entsprechend den Bedürfnissen der Kinder Rechnung getragen. Die Rüge der Rechtsungleichheit erweist sich daher als unbegründet.
4.- Demnach ist die Beschwerde abzuweisen. Gemäss Art. 156 Abs. 2 OG sind der Beschwerdeführerin keine Kosten aufzuerlegen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Erziehungsdirektion und dem Regierungsrat des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 26. Oktober 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: