Faits:
A. A.a Le 5 mars 1981, les époux X._et A._ ont acquis, à raison de la moitié chacun, un appartement et ses dépendances sis à Genève, dans lequel ils vivent actuellement. Ce bien est soumis au régime de la copropriété par étages.
A.b Entre le 20 mai 1986 et le 21 août 1995, l'établissement bancaire B._ SA a accordé, soit conjointement aux deux époux, soit personnellement à A._, divers prêts, garantis par une cédule hypothécaire de 3'000'000 fr., grevant en 1er rang toute la part de copropriété par étage des époux.
Le 29 juin 1995, un créancier dont l'identité n'est pas établie a accordé un prêt à A._, garanti par une cédule hypothécaire de 300'000 fr., grevant en 2ème rang ce bien.
A.c En raison du retard des époux dans le paiement de leurs dettes, B._ SA a requis contre ceux-ci deux poursuites en réalisation de gage immobilier. En vue de la réalisation, une première évaluation du bien, à 1'700'000 fr., puis, sur plainte des époux, une seconde, à 2'020'000 fr., ont conduit l'Autorité de surveillance des Offices de poursuites et de faillites à arrêter, par décision du 28 mars 2001, à 2'020'000 fr. le prix d'estimation de l'immeuble.
Le 14 novembre 2001, les parties ont conclu un accord, donnant lieu au retrait des poursuites, aux termes duquel X._et A._, en qualité de codébiteurs solidaires, reconnaissaient devoir à B._ SA la somme de 2'533'261 fr. 60 plus intérêts. A._ admettait en outre être seul redevable d'un montant de 256'255 fr. 35, plus intérêts. Afin d'honorer leurs dettes, les époux s'engageaient à payer à B._ SA, pour solde de tout compte, 2'300'000 fr. le 15 novembre 2001 et 900'000 fr. d'ici le 31 décembre 2002 au plus tard, avec intérêts à 5% l'an.
X._et A._ se sont acquittés du premier de ces acomptes essentiellement au moyen d'un prêt de 2'000'000 fr. consenti par une de leurs connaissances. Le 31 décembre 2001, ils devaient encore à B._ SA 1'160'568 fr. 90 sur le prêt hypothécaire ainsi que 133'772 fr. 72 au titre d'intérêts divers, soit 1'294'341 fr. 62 au total.
A.d Par acte notarié du 19 juillet 2002, A._ a vendu à son épouse sa part de copropriété sur l'immeuble au prix de 1'250'000 fr. S'agissant du prêt bancaire, cet acte prévoyait qu'au moyen du produit de la vente, le notaire devait solder "la quote-part de prêt restant dus (sic!) par le vendeur à ses créanciers hypothécaires, de telle sorte que X._ rest[erait] seule débitrice du solde de la dette hypothécaire garantie par la cédule hypothécaire de 3'000'000 fr.".
Pour financer la vente, la banque C._ a, en juillet 2002, consenti un crédit de l'ordre de 1'290'000 fr., garanti par le bien immobilier. Il n'est pas établi si le débiteur de ce prêt est X._ ou les époux.
A._ a affecté le produit de la vente au paiement des dettes et frais suivants: 902'375 fr. en remboursement du prêt hypothécaire que B._ SA a consenti aux époux; 57'430 fr. en paiement de divers frais en relation avec la vente; 290'195 fr. en paiement de travaux de rénovation effectués dans l'appartement après la vente.
B. B.a Parallèlement à ces événements, A._ a, le 18 avril 2000, signé en faveur de Y._ un document aux termes duquel il reconnaissait lui devoir les sommes de 350'660,44 US$ et de 228'392,62 US$, avec intérêts à 7% l'an.
B.b Le 20 février 2002, Y._ a imparti à A._ un délai de six semaines pour lui rembourser les montants et intérêts reconnus dans le document du 18 avril 2000.
Par réquisition du 28 mai 2002, Y._ a fait notifier à A._ un commandement de payer la somme de 1'099'631 fr. A._ a fait une opposition, qui a été levée.
Par jugement du 6 novembre 2007, statuant sur l'action en libération de dette interjetée par A._ et sur la demande reconventionnelle en paiement de Y._, le Tribunal de première instance de Genève a débouté A._ de toutes ses conclusions et l'a condamné à payer à Y._ les sommes de 669'011 fr. 30 et de 431'764 fr. 80 - soit 1'100'776 fr. 10 au total -, avec intérêts à 7% l'an dès le 19 avril 2000.
B.c Le 4 février 2008, Y._ a requis la continuation de la poursuite. La procédure de saisie sur les biens du poursuivi n'a pas abouti, de sorte que ce créancier s'est vu délivrer, le 18 août 2008, un procès-verbal de saisie valant acte de défaut de biens pour l'intégralité de sa créance, soit 1'690'936 fr. 35, intérêts et frais compris.
C. C.a Le 16 décembre 2008, Y._ a intenté devant le Tribunal de première instance de Genève une action révocatoire à l'encontre de X._, concluant à ce que celle-ci soit condamnée à restituer la part de copropriété qu'elle avait acquise de son époux en 2002.
Par jugement du 12 mai 2011, le tribunal a ordonné la révocation de l'acte de vente conclu le 19 juillet 2002 entre A._et X._. En substance, s'appuyant sur une expertise judiciaire, il a estimé que la valeur de la part de copropriété de A._ était de 1'725'000 fr. et que le débiteur avait donc vendu ce bien à X._ à un prix notablement inférieur à sa valeur vénale, causant de ce fait un préjudice à Y._, au sens de l'art. 286 LP. De surcroît, A._, qui avait vendu son bien cinq mois après que Y._ avait dénoncé les prêts qu'il lui avait consentis, avait agi dans le but de soustraire ce bien de son patrimoine, intention qui était reconnaissable par X._, au sens de l'art. 288 LP. Le tribunal a alors considéré que la vente était révocable tant sur la base de l'art. 286 LP que sur celle de l'art. 288 LP.
C.b Par arrêt du 9 mars 2012, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté l'appel interjeté par X._, en retenant que la vente entre les époux était révocable en vertu de l'art. 288 LP.
D. Par acte du 30 avril 2012, X._ interjette un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut à sa réforme, en ce sens que Y._ est débouté des fins de son action révocatoire du 16 décembre 2008. En substance, elle se plaint de la violation de l'art. 288 LP et d'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'établissement des faits.
Invités à déposer leurs observations, l'intimé a conclu au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable, alors que l'autorité cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
E. Par ordonnance du 22 mai 2012, la requête d'effet suspensif déposée par X._ a été admise.

Considérant en droit:
1. Le recours a été déposé dans le délai légal (art. 100 al. 1 LTF) à l'encontre d'une décision finale (art. 90 LTF) rendue en matière de poursuite pour dettes et de faillite (art. 72 al. 2 let. a LTF) par une autorité cantonale de dernière instance statuant sur recours (art. 75 LTF), dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse est dans tous les cas supérieure à 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF), étant donné que la valeur litigieuse de l'action révocatoire en dehors de la faillite (ou du concordat par abandon d'actif) correspond au montant de la créance constatée dans l'acte de défaut de biens ou, si elle est inférieure, à la valeur du bien soustrait par l'acte révocable (arrêt 5A_58/2009 du 28 septembre 2009 consid. 1.2); la recourante, qui a été déboutée de ses conclusions par la juridiction précédente, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF). Le présent recours est donc recevable au regard de ces dispositions.
2. 2.1 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral, lequel comprend les droits constitutionnels (art. 95 let. a LTF; <ref-ruling> consid. 3.1; 462 consid. 2.3). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.1). Toutefois, compte tenu de l'obligation de motiver qui incombe au recourant en vertu de l'art. 42 al. 2 LTF, il n'examine pas toutes les questions juridiques qui peuvent se poser, mais seulement celles qui sont soulevées devant lui (ATF <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 12.3 et les références).
2. 2.1 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral, lequel comprend les droits constitutionnels (art. 95 let. a LTF; <ref-ruling> consid. 3.1; 462 consid. 2.3). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF), sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.1). Toutefois, compte tenu de l'obligation de motiver qui incombe au recourant en vertu de l'art. 42 al. 2 LTF, il n'examine pas toutes les questions juridiques qui peuvent se poser, mais seulement celles qui sont soulevées devant lui (ATF <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 12.3 et les références).
2.2 2.2.1 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que si ceux-ci ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF) et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (art. 97 al. 1 LTF), à savoir arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.4.1; <ref-ruling> consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation (art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 6, 638 consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Il ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une appréciation des preuves manifestement insoutenable. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2 et les références).
2.2.2 Au vu de ce qui précède, il sied de relever d'emblée que la partie "IV. Rappel des faits essentiels" du mémoire (p. 6 à 17), où la recourante se borne à présenter les faits est, soit inutile, dans la mesure où la recourante reprend l'état de fait de l'arrêt attaqué, soit irrecevable, dans la mesure où elle s'écarte de cet état de fait, sans exposer précisément en quoi celui-ci aurait été établi de manière arbitraire.
3. 3.1 L'autorité cantonale a examiné si la vente de la moitié de la part d'étage du poursuivi à la recourante constituait un acte révocable selon les art. 286 et 288 LP.
S'agissant du cas des libéralités prévu à l'art. 286 LP, elle a jugé en substance que, au vu du cercle restreint d'acheteurs susceptibles d'acquérir le bien en cause - la moitié d'une part de copropriété par étages d'un appartement -, le créancier n'avait pas établi que le prix de vente consenti par le poursuivi à la recourante était notablement inférieur à la valeur vénale réelle du bien au moment de l'aliénation, compte tenu du fait que le prix de vente de 1'250'000 fr. couvrait quasiment l'intégralité du solde des crédits hypothécaires dus par les époux à B._ SA.
S'agissant du cas du dol prévu à l'art. 288 LP, elle a tout d'abord relevé que, si l'aliénation du bien ne lésait pas les créanciers, l'affectation du produit de la vente était, en revanche, susceptible de le faire, puisque le poursuivi ne disposait plus, au moment de la saisie, de la somme de 1'250'000 fr. payée par la recourante, ni ne bénéficiait d'autres actifs d'une valeur correspondante dans son patrimoine. Elle a ensuite retenu que les époux avaient déclaré que la vente devait leur permettre de contracter un prêt pour rembourser l'intégralité du solde de la dette hypothécaire dont ils étaient codébiteurs solidaires envers B._ SA. Le poursuivi avait donc clairement l'intention d'utiliser une partie du produit de la vente au profit de la recourante. Par ailleurs, le poursuivi avait admis qu'il avait renoncé à exiger de son épouse qu'elle lui rembourse la part afférente à sa propre dette, de sorte que le paiement de cette somme constituait une libéralité. Or, au moment de la vente, le poursuivi savait qu'il ne disposait pas de liquidités suffisantes pour acquitter sa dette à l'égard de l'intimé. La cour cantonale a alors jugé qu'au moment de la vente, le poursuivi savait déjà qu'il utiliserait une partie au moins du produit de la vente en faveur de son épouse et qu'il causerait ainsi à ses créanciers un préjudice d'un montant équivalent. Enfin, la cour cantonale a retenu que la recourante savait que le paiement de sa dette envers B._ SA constituait une libéralité en sa faveur et connaissait aussi la situation précaire de son époux, de sorte qu'elle ne pouvait ignorer que la distraction du montant de la libéralité du patrimoine de son époux aurait pour conséquence de porter préjudice aux créanciers de celui-ci. La cour a donc retenu que, au moment de l'aliénation, la recourante savait que son époux utiliserait une partie au moins du produit de la vente en sa faveur causant ainsi un préjudice à ses créanciers. Considérant ainsi que les conditions de l'art. 288 LP étaient réunies, l'autorité cantonale a jugé que l'acte de vente devait être révoqué.
3.2 La recourante se plaint pêle-mêle de la violation de l'art. 288 LP et de l'arbitraire dans l'établissement des faits. Elle soutient tout d'abord que les créanciers n'ont subi aucun préjudice, car ni la vente, ni l'affectation du produit de celle-ci n'ont eu pour effet de diminuer le produit de l'exécution. Selon elle, si le poursuivi ne lui avait pas vendu sa part de copropriété, la banque C._ ne lui aurait pas octroyé de prêt et son époux n'aurait pas été en mesure de respecter la convention du 14 novembre 2001 signée avec B._ SA; cette banque aurait alors requis la réalisation forcée du bien immobilier. Tout en soutenant que la valeur vénale de la part d'étage des époux est de 2'020'000 fr., elle prétend que, au bénéfice d'un gage immobilier en 1er rang, la banque aurait alors obtenu l'entier du prix de la vente en paiement de sa créance hypothécaire. Elle ajoute que, en sa qualité de débiteur solidaire, le poursuivi était "individuellement débiteur pour le tout" et qu'il ne l'a dès lors pas favorisée en remboursant le prêt hypothécaire à B._ SA. Elle conclut donc qu'"il n'a pas été prouvé" que, si le paiement à B._ SA n'avait pas eu lieu, un montant équivalent se serait retrouvé dans la masse et aurait été réparti entre les créanciers. La recourante soutient ensuite que le poursuivi n'avait pas l'intention d'utiliser le prix de vente au détriment de ses créanciers. Elle répète que le poursuivi était débiteur solidaire de l'entier des montants prévus dans la convention du 14 novembre 2001 signée avec B._ SA, de sorte que, en payant la banque, il s'est acquitté de sa propre dette envers celle-ci sans faire de libéralité en faveur de son épouse. Répétant encore une fois que l'intention dolosive du poursuivi était inexistante, la recourante ajoute enfin que cette intention dolosive n'était dans tous les cas pas reconnaissable pour elle, étant donné qu'elle savait uniquement que le prix payé devait servir à rembourser B._ SA, faute de quoi le bien immobilier aurait été vendu aux enchères et le prix de vente attribué à la banque.
3.3 L'intimé soutient en substance, tout d'abord, que la recourante présente une critique irrecevable en tant qu'elle cherche à dénoncer l'arbitraire dans l'établissement des faits en se contentant d'alléguer son propre exposé des faits. Il soutient, ensuite, que les conditions de l'art. 288 LP sont remplies. En particulier, la vente litigieuse lui a causé un préjudice en tant que le poursuivi a utilisé le produit de la vente pour, premièrement, solder la quote-part de la dette auprès de la banque dont la recourante était personnellement responsable, deuxièmement, payer des frais en lien avec la vente et, troisièmement, payer des travaux de rénovation dans l'appartement dont la recourante est l'unique propriétaire. Par ailleurs, le poursuivi a renoncé à sa créance récursoire à l'encontre de la recourante. L'intimé conclut que la contre-prestation reçue par le poursuivi pour la vente de sa part de copropriété n'existait plus au moment de la poursuite et que la diminution de son patrimoine s'est répercutée sur le produit de l'exécution forcée et a entraîné l'aggravation de sa situation en tant que créancier. S'agissant des autres conditions de l'art. 288 LP, l'intimé expose que le poursuivi avait l'intention au moment de la vente d'en utiliser le produit au profit de la recourante en payant la quote-part de la dette dont celle-ci était personnellement redevable envers la banque en tant que débitrice solidaire; il a de plus admis avoir renoncé à son droit de recours à l'encontre de son épouse, de sorte que, dans la mesure où il savait ne pas disposer de liquidités suffisantes pour s'acquitter de sa dette envers lui, le poursuivi savait qu'il causerait un préjudice à ses créanciers en utilisant ainsi le produit de la vente. La recourante connaissait l'intention que le poursuivi avait d'utiliser le produit de vente de la façon sus-mentionnée, sans exiger d'elle le remboursement de la part afférente à sa propre dette; elle connaissait également la situation financière précaire du poursuivi.
4. La question litigieuse est de savoir si la vente à la recourante de la moitié de la part d'étage dont le poursuivi était propriétaire est révocable en vertu de l'art. 288 LP et, le cas échéant, quels sont les effets de cette révocation.
La révocation a pour but de soumettre à l'exécution forcée les biens qui lui ont été soustraits par suite d'un acte du débiteur mentionné aux art. 286 à 288 LP. Selon l'art. 288 LP, sont révocables tous actes faits par le débiteur dans l'intention reconnaissable par l'autre partie de porter préjudice à ses créanciers ou de favoriser certains créanciers au détriment des autres. Cette disposition suppose la réalisation de trois conditions: l'existence d'un préjudice causé au créancier, l'intention du débiteur de causer ce préjudice (intention dolosive) et la possibilité pour le bénéficiaire de l'acte de reconnaître cette intention (caractère reconnaissable de l'intention dolosive; <ref-ruling> consid. 4 in initio; <ref-ruling> consid. 5 et les références).
5. Il s'agit tout d'abord de déterminer si la condition objective du préjudice posée à l'art. 288 LP est réalisée.
5. Il s'agit tout d'abord de déterminer si la condition objective du préjudice posée à l'art. 288 LP est réalisée.
5.1 5.1.1 Le préjudice est présumé à l'égard du créancier porteur d'un acte de défaut de biens, de sorte que le demandeur n'a pas à prouver que l'acte a effectivement causé un préjudice à lui-même ou à plusieurs autres créanciers. Néanmoins, le défendeur à l'action révocatoire peut renverser cette présomption en établissant que l'acte n'a pas entraîné un tel préjudice dans le cas particulier, parce que le demandeur aurait subi une perte même si l'acte révocable n'avait pas été accompli (<ref-ruling> consid. 3). Le droit d'intenter une action révocatoire n'est en effet accordé qu'au créancier qui, dans la procédure d'exécution forcée, se trouve plus mal placé qu'il ne le serait si l'acte attaquable ne s'était pas produit. L'action révocatoire ne vise pas à punir le défendeur, mais à rétablir la situation dans laquelle se serait trouvé, sans l'acte incriminé, le patrimoine du débiteur lors de la saisie, et en tant qu'il aurait servi à désintéresser le créancier demandeur. L'action paulienne suppose une atteinte aux droits d'exécution du créancier demandeur à l'encontre de son débiteur, qui est la conséquence de l'acte attaqué; il appartient donc au défendeur à l'action de prouver que cet acte ne pouvait entraîner un préjudice de cette nature dans le cas concret (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 6.1.1 et les références).
5.1.2 L'acte révocable peut causer un préjudice effectif aux créanciers, ou à certains d'entre eux, en diminuant le produit de l'exécution forcée ou la part de ces créanciers à ce produit, ou encore en aggravant leur position dans la procédure d'exécution forcée (<ref-ruling> consid. 4.1).
En principe, il n'y a pas de diminution du produit, et donc de préjudice, en défaveur des créanciers lorsque l'acte juridique attaqué consiste en l'échange d'une prestation du débiteur et d'une contre-prestation de même valeur de l'autre partie (<ref-ruling> consid. 4.1). Il y a notamment échange de prestations équivalentes lorsque le prix de vente obtenu par le débiteur correspond à la valeur de la chose vendue. Pour déterminer si le prix de vente obtenu correspond à la valeur de l'immeuble, il faut partir de la valeur vénale, soit le produit qui aurait pu être tiré de sa vente à un tiers selon le mode de réalisation le plus favorable - enchères publiques ou vente de gré à gré. La valeur vénale étant une valeur brute qui ne tient pas compte des dettes qui grèvent le bien (arrêts 5C.201/2005 du 2 mars 2006 consid. 2.2 et 2.3, publié in FamPra.ch 2006 p. 693 et in ZBGR 2007 (88) p. 53; 5C.176/2003 du 5 février 2004 consid. 3.1, non publié in <ref-ruling>), il faut ensuite en déduire les dettes garanties par gage. En effet, les créanciers garantis par un droit de gage sur l'immeuble sont payés par préférence sur le produit du gage (art. 219 al. 1 LP par renvoi de l'art. 146 al. 2 LP; art. 816 CC).
Exceptionnellement, même si la prestation et la contre-prestation sont de même valeur, l'acte reste attaquable si le débiteur avait pour but, en commettant cet acte, de disposer de ses derniers actifs au détriment de ses créanciers. En effet, lorsqu'il avait déjà l'intention de soustraire de son actif la contre-prestation, il y a un lien de causalité entre l'acte et le préjudice subi par les créanciers (ATF <ref-ruling> consid. 6.1.2; <ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 4 ; 79 III 174 [175]; 65 III 142 consid. 5; 53 III 78 [79]).
5.2 En l'espèce, c'est à tort que l'autorité cantonale a considéré que le poursuivi avait disposé en violation des droits de ses créanciers du montant de 1'250'000 fr., montant correspondant à la valeur vénale de sa part de copropriété. Chacun des copropriétaires a les charges du propriétaire en raison de sa part (cf. art. 646 al. 3 CC), soit en l'occurrence la moitié de la dette hypothécaire de 1'294'341 fr. 62 grevant l'entier de la part d'étage au moment de la vente, à savoir 647'170 fr. C'est seulement en remboursant à la banque plus de la moitié de la dette hypothécaire, que le poursuivi a violé l'égalité de traitement entre les créanciers, et ce même s'il ressort de la convention conclue avec la banque que, dans ses rapports internes avec la recourante, il était tenu d'une dette supérieure de 256'255 fr. à celle de son épouse. En payant un tel montant alors qu'il se trouvait dans une situation financière obérée, il a avantagé la recourante en la dispensant de devoir le rechercher en paiement de sa créance récursoire (cf. art. 148 al. 2 CO), pour laquelle elle se serait trouvée en concurrence avec les autres créanciers du poursuivi, dont l'intimé. Compte tenu des autres paiements effectués par prélèvement sur le produit de la vente (frais liés à la vente [57'430 fr.] et travaux sur l'immeuble [290'195 fr.]), au sujet desquels la recourante ne soulève aucun grief pour en contester le caractère préjudiciable, c'est donc d'un montant de 602'830 fr. (1'250'000 fr. [valeur vénale] - 647'170 fr. [1⁄2 de la dette hypothécaire de 1'294'341 fr. 62]) dont le poursuivi a disposé au détriment de ses créanciers.
En tant que la recourante soutient que le poursuivi n'a causé aucun dommage à l'intimé en utilisant le produit de la vente pour désintéresser entièrement la créancière gagiste, B._ SA, son grief est infondé. S'il est possible que lors de la conclusion de la convention avec B._ SA le 14 novembre 2001, les créances hypothécaires de celle-ci fussent supérieures à la valeur vénale de la part d'étage, tel n'était manifestement pas le cas au moment de la conclusion de la vente de la part de copropriété du poursuivi le 19 juillet 2002, la dette hypothécaire de B._ SA s'élevant alors à 1'294'341 fr. 62 et la seule part de copropriété - dont la valeur est pourtant inférieure à la part d'étage - représentant déjà à elle seule 1'250'000 fr.
En conséquence, l'acte de vente du 19 juillet 2002 a bien causé un préjudice à l'intimé.
6. En ce qui concerne les conditions subjectives de l'action révocatoire - intention dolosive du débiteur et caractère reconnaissable de l'intention dolosive par le bénéficiaire (cf. supra consid. 4) -, la recourante ne s'en prend pas aux considérations de l'arrêt attaqué, se bornant à répéter ses arguments selon lesquels la condition objective de l'action révocatoire ne serait pas réalisée.
C'est donc à raison que la cour cantonale a considéré que toutes les conditions de la révocation de l'acte de vente de la part de copropriété du 19 juillet 2002 étaient remplies.
7. Il s'agit désormais de déterminer quels sont les effets de la révocation.
7.1 Selon l'art. 291 al. 1 LP, celui qui a profité d'un acte révocable doit restituer ce qu'il a reçu.
7.1.1 L'action révocatoire vise à rendre aux biens atteints par l'acte révocable du débiteur leur destination primitive, c'est-à-dire à les mettre en état de servir au désintéressement des créanciers, en les faisant retomber sous le droit d'exécution des créanciers (<ref-ruling> consid. 3; arrêt 5A_58/2009 du 28 septembre 2009 consid. 3.1, publié in Pra 2010 (115) p. 777 et in SJ 2010 I p. 127, et la référence). Ainsi, les biens litigieux doivent être restitués pour être saisis et réalisés en faveur des créanciers, comme s'ils appartenaient encore au débiteur (arrêt 5A_28/2012 du 13 mars 2012 consid. 2). En revanche, le jugement révoquant l'acte attaqué n'a pas d'incidence sur la validité du transfert de propriété au bénéficiaire (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 2a; arrêt 5A_58/2009 du 28 septembre 2009 consid. 3.1, publié in Pra 2010 (115) p. 777 et in SJ 2010 I p. 127). Le dispositif du jugement prononce donc uniquement la restitution des biens qui ont été soustraits à l'exécution à la suite de l'acte révocable (<ref-ruling> consid. 8.2).
7.1.2 La restitution des biens doit avoir principalement lieu en nature. Elle se fait par la remise des biens en mains de l'office qui les réalise alors comme s'ils étaient restés dans le patrimoine du poursuivi (WALTER A. STOFFEL/ISABELLE CHABLOZ, Voies d'exécution, 2ème éd., 2010, n°73 p. 221). Au vu du but de l'action révocatoire - soit de reconstituer le patrimoine soumis à l'exécution forcée, comme si l'acte attaqué n'avait pas existé -, l'étendue du devoir de restitution ne se détermine pas au moment de l'acte révocable mais tient compte de l'évolution postérieure de la valeur du bien; en particulier, l'augmentation (conjoncturelle) de la valeur de la chose du jour de la distraction à celui de la mise en demeure de restituer ne profite pas au bénéficiaire (<ref-ruling> consid. 3). Pour la même raison, le bénéficiaire doit également restituer les fruits et les produits perçus durant cette période (<ref-ruling> consid. 3.4). Si le bien en cause est un immeuble, les éventuelles dettes hypothécaires le grevant doivent être prises en considération dans l'état où elles se trouvaient au moment de la conclusion de l'acte révocable (ATF 26 III 204 consid. 8; arrêt 5C.176/2003 du 5 février 2004 consid. 3.3, non publié in <ref-ruling>). Si la restitution en nature est impossible, parce que les biens ne se trouvent plus dans le patrimoine du bénéficiaire, elle doit alors avoir lieu subsidiairement par équivalent, sous la forme de dommages-intérêts au sens des art. 97 ss CO, dont le montant correspond à la contre-valeur des biens à la date où l'impossibilité est survenue (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 9.3 et 9.6; <ref-ruling> consid. 3.3; dans la procédure de saisie, cf. arrêts 5A_28/2012 du 13 mars 2012 consid. 5; 5C.219/2006 du 16 avril 2007 consid. 4.2).
7.1.3 Dans une action faisant suite à une poursuite par voie saisie, l'étendue de la restitution est néanmoins limitée. En effet, le bénéficiaire ne doit tolérer la restitution que dans la mesure nécessaire à désintéresser le créancier, détenteur de l'acte de défaut de biens, qui peut faire réaliser à son seul profit les biens soumis à restitution, dans les mêmes conditions que celles dans lesquelles il aurait pu le faire si l'acte révocable n'avait pas été passé et si la chose était restée la propriété du poursuivi (ATF 26 III 204 consid. 5; THOMAS BAUER, in Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs II, Art. 159-352 SchKG, 2ème éd., 2010, n°25 ad art. 291 LP; PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 5ème éd., 2012, n°2970 s.).
7.2 C'est donc à juste titre que l'autorité cantonale a confirmé la révocation de l'acte de vente immobilière du 19 juillet 2002 de façon à permettre la "saisie" et la "réalisation" de la part de copropriété du poursuivi pour couvrir la créance de l'intimé constatée dans l'acte de défaut de biens après saisie du 18 août 2008, étant rappelé que le transfert de propriété reste néanmoins valable (cf. supra consid. 7.1.1).
8. En conclusion, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr., sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF). Celle-ci versera en outre à l'intimé la somme de 15'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral (art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 15'000 fr. sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimé la somme de 15'000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 5 février 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Achtari