Sachverhalt:
A. S._, geboren 1964, Serviceangestellte und Mutter eines 1999 geborenen Sohnes, hatte drei Autounfälle (1983, 1985 und 1997) und, am 7. Mai 2000, als Beifahrerin auf dem Soziussitz des Motorrades ihres Ehemanns einen vierten Unfall erlitten. In der Folge konnte sie ihre Tätigkeit als Serviceangestellte nur noch teilzeitlich ausüben; ab dem 27. März 2003 wurde ihr vom Hausarzt eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert. Am 13. Mai 2003 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Luzern beziehungsweise die nach dem Umzug der Versicherten zuständige IV-Stelle Nidwalden zog die Akten der "Winterthur" Schweizerische Versicherungsgesellschaft, heute AXA Versicherungen AG, bei welcher S._ zum Zeitpunkt des letzten Unfalls für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, bei, holte einen Bericht des Hausarztes Dr. med. B._, Allgemeine Medizin FMH, vom 24. Juli 2003 ein, liess die Versicherte durch die Medizinische Abklärungsstelle (MEDAS) untersuchen (Gutachten vom 2. März 2006) und klärte die erwerbliche Situation sowie die Einschränkung im Haushalt (Bericht vom 22. März 2006) ab.
Mit Verfügung vom 20. Juni 2006 sprach die IV-Stelle Nidwalden S._ mit Wirkung ab 1. Juli 2006 eine Viertelsrente zu. Dabei ging sie davon aus, dass die Versicherte zu 80 % erwerbstätig und in diesem Bereich zu 50 % arbeitsfähig wäre, im Erwerbsbereich somit ein Teilinvaliditätsgrad von 38,38 % bestehe. Die Einschränkung im Haushalt betrage 23 %, somit ein Teilinvaliditätsgrad von 4,6 % in diesem Bereich. Dies führte insgesamt zu einem Invaliditätsgrad von 43 %. Diese Verfügung blieb unangefochten.
Mit einer weiteren Verfügung vom 24. August 2006 wurde der Versicherten auf Basis der gleichen Grundlagen rückwirkend für die Zeit vom 1. März 2003 bis zum 30. Juni 2006 ebenfalls eine Viertelsrente zugesprochen. Diese Verfügung hob das Versicherungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 30. April 2007 wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs auf, weil das seit 1. Juli 2006 gesetzlich verankerte Vorbescheidverfahren nicht durchgeführt worden war. Dies holte die IV-Stelle Nidwalden in der Folge nach und sprach der Versicherten am 7. Mai 2008 für den Zeitraum vom 1. März 2003 bis zum 30. Juni 2006 wiederum eine Viertelsrente zu. Ein im Verfahren vor dem Versicherungsgericht eingereichtes Gutachten des Prof. Dr. med. E._, Physikalische Medizin und Rehabilitation FMH, vom 9. Juli 2007, welcher eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit in jeglicher beruflicher Tätigkeit bescheinigte, liess sie dabei unberücksichtigt.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 13. Oktober 2008 ab.
C. S._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Sache - entsprechend dem im Rechtsstreit gegen die AXA Versicherungen AG ergangenen Urteil des Bundesgerichts vom 16. Juni 2009 (8C_94/2009) - zur Ergänzung der medizinischen Akten und Neuverfügung an die IV-Stelle zurückzuweisen; eventualiter sei ihr eine ganze Invalidenrente zuzusprechen. Des Weiteren ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Während die IV-Stelle unter Hinweis auf das erwähnte Urteil des Bundesgerichts rein vorsorglich auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid betrifft Leistungen der Invalidenversicherung. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann daher gemäss Art. 95 und 96 BGG nur wegen Rechtsverletzung erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes durch die Vorinstanz kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Zu den in <ref-law> erwähnten bundesrechtlichen Vorschriften zählt der Untersuchungsgrundsatz. Hat das kantonale Gericht die rechtserheblichen tatsächlichen Feststellungen in Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes getroffen, sind sie für das Bundesgericht nicht verbindlich (Urteile I 828/06 vom 5. September 2007 E. 3.2.3, 8C_364/2007 vom 19. November 2007 E. 3.3).
1.2 Im Rahmen der Invaliditätsbemessung - insbesondere bei der Ermittlung von Gesundheitsschaden sowie Arbeitsfähigkeit und Zumutbarkeitsprofil - sind zwecks Abgrenzung der (für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlichen) Tatsachenfeststellungen vom (letztinstanzlich frei überprüfbaren) Rechtsanwendungsakt der Vorinstanz weiterhin die kognitionsrechtlichen Grundsätze heranzuziehen, wie sie in <ref-ruling> E. 3 S. 397 ff. für die ab 1. Juli bis 31. Dezember 2006 gültig gewesene Fassung von Art. 132 des nunmehr aufgehobenen OG entwickelt wurden (vgl. ferner Urteil 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 4, nicht publ. in: <ref-ruling>).
2. Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet der Rentenanspruch im Zeitraum vom 1. März 2003 bis zum 30. Juni 2006. Unbestritten ist dabei, dass die Versicherte als Gesunde zu 80 % erwerbs- und im Übrigen im Haushalt tätig wäre und dass im Haushalt gemäss Abklärungsbericht vom 22. März 2006 (vgl. dazu AHI 2000 S. 317 E. 2b; <ref-ruling>, 133 V 450 E. 11.1.1 S. 468) eine Einschränkung von 23 %, somit ein Teilinvaliditätsgrad in diesem Bereich von 4,6 % besteht.
3. 3.1 Nach <ref-law> in der bis 31. Dezember 2003 gültig gewesenen Fassung besteht Anspruch auf eine ganze Rente, wenn der Versicherte mindestens zu 66 2/3 %, auf eine halbe Rente, wenn er mindestens zu 50 % und auf eine Viertelsrente, wenn er mindestens zu 40 % invalid ist. Im Rahmen der 4. IV-Revision hat der Gesetzgeber die Rentenabstufung neu geregelt. Nach dem revidierten, am 1. Januar 2004 in Kraft getretenen <ref-law> besteht Anspruch auf eine ganze Rente ab einem Invaliditätsgrad von 70 %; ein IV-Grad zwischen 60 % bis 69 % berechtigt zum Bezug einer Dreiviertelsrente, ab einem IV-Grad von 50 % wird (wie bisher) eine halbe Rente und ab einem solchen von 40 % (ebenfalls unverändert gegenüber dem bis 31. Dezember 2003 gültig gewesenen Recht) eine Viertelsrente ausgerichtet.
3.2 Bei Teilerwerbstätigen (<ref-law> in der im Jahr 2003 gültigen Fassung; ab 1. Januar 2004 <ref-law>) wird zunächst der Anteil der Erwerbstätigkeit und derjenige der Tätigkeit im Aufgabenbereich (so u.a. im Haushalt) bestimmt, wobei sich die Frage, in welchem Ausmass die versicherte Person ohne gesundheitliche Beeinträchtigung erwerbstätig wäre, mit Rücksicht auf die gesamten Umstände, so die persönlichen, familiären, sozialen und erwerblichen Verhältnisse, beurteilt. Die Invalidität bestimmt sich in der Folge dadurch, dass im Erwerbsbereich ein Einkommens- und im Aufgabenbereich ein Betätigungsvergleich vorgenommen wird, wobei sich die Gesamtinvalidität aus der Addierung der in beiden Bereichen ermittelten und gewichteten Teilinvaliditäten ergibt (<ref-ruling> E. 3.3 S. 395 f.).
3.3 Wie das Bundesgericht in <ref-ruling> erkannt hat, haben Versicherungsträger und Sozialversicherungsgericht die Beweise frei, d.h. ohne Bindung an förmliche Beweisregeln, sowie umfassend und pflichtgemäss zu würdigen. Für das Beschwerdeverfahren bedeutet dies, dass das Sozialversicherungsgericht alle Beweismittel, unabhängig davon, von wem sie stammen, objektiv zu prüfen und danach zu entscheiden hat, ob die verfügbaren Unterlagen eine zuverlässige Beurteilung des streitigen Rechtsanspruches gestatten. Insbesondere darf es bei einander widersprechenden medizinischen Berichten den Prozess nicht erledigen, ohne das gesamte Beweismaterial zu würdigen und die Gründe anzugeben, warum es auf die eine und nicht auf die andere medizinische These abstellt. Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichtes ist entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind. Ausschlaggebend für den Beweiswert ist grundsätzlich somit weder die Herkunft eines Beweismittels noch die Bezeichnung der eingereichten oder in Auftrag gegebenen Stellungnahme als Bericht oder Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352).
4. Die Beschwerdeführerin stützt sich bezüglich des geltend gemachten Anspruchs auf eine ganze Invalidenrente auf das von ihr in Auftrag gegebene Gutachten des Prof. Dr. med. E._ vom 9. Juli 2007, welcher ihr eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit in jeglicher beruflicher Tätigkeit bescheinigte, und beruft sich bei ihrem Antrag auf Rückweisung der Sache auf das im Rechtsstreit gegen die AXA Versicherungen AG ergangene Urteil des Bundesgerichts vom 16. Juni 2009 (8C_94/2009).
4.1 Anlässlich der fünftägigen Begutachtung durch die MEDAS wurde eine ausführliche Anamnese (Dr. med. K._, Chefarzt-Stellvertreter MEDAS) sowie der Allgemeinstatus erhoben, es wurde ein rheumatologisches (Dr. med. J._, Chefarzt MEDAS), ein neurologisches (Dr. med. C._), ein neuropsychologisches (Frau lic. phil. O._/Frau lic. phil. G._) sowie ein psychiatrisches Konsilium (Frau Dr. med. H._) veranlasst und schliesslich eine Schlussbesprechung (Dr. med. J._, Dr. med. K._) durchgeführt. Gestützt darauf wurde ein komplexes Beschwerdebild bei Status nach vier Unfällen mit Kopf- und Wirbelsäulenbeteiligung geschildert und es wurden folgende Diagnosen gestellt: Chronisches zervikozephales Syndrom, ausgeprägter myofaszialer Reizzustand in der Nacken-Schultergürtelregion, Periarthropathia humeroscapularis tendopathica bds., aktuell rechtsbetont, chronisches lumbales, intermittierend lumbospondylogenes Schmerzsyndrom links, residuelle Funktionseinschränkung der rechten Hand, residuelles sensibles Ulnarisdefizit im Bereiche der rechten Hand, somatoforme Schmerzstörung, leichte atypische depressive Störung, Hinweise auf emotional instabile Persönlichkeitszüge vom impulsiven Typ. In der früher ausgeübten Tätigkeit als Serviceangestellte sei die Versicherte nicht mehr arbeitsfähig. Eine körperlich leichte, wechselnd belastende Tätigkeit sei ihr zu 50 % zumutbar, wobei sie keine Lasten über 7kg heben oder tragen könne, die Tätigkeit nicht mit repetitivem Bücken einhergehen dürfe und keine Arbeiten über der Schulterebene in Frage kämen.
4.2 Prof. Dr. med. E._ diagnostizierte (im Wesentlichen) eine ausgeprägte, schmerzhaft-irritierbare Segmentbewegungsstörung des cervikothorakalen Überganges im hypomobilen Sinne, Status nach Commotio cerebri am 26. Oktober 1983, ausgeprägteste Fibromyalgie in Form einer generalisierten Weichteil-Überempfindlichkeit, Status nach Handgelenksfraktur 1983 rechts sowie Status nach operativer Revision der Fraktur 1990. Es liege ein relativ typisches, ausgedehntes und inzwischen chronifiziertes weichteilrheumatisch verursachtes Befund- und Beschwerdebild einer viermal zum Teil recht heftig direkt und indirekt traumatisierten Halswirbelsäule einschliesslich des occipitocervikalen und des cervikothorakalen Überganges vor. Der primär als cervikogen-myofascial zu charakterisierende beidseitige Kopfschmerz werde derzeit ein- bis zweimal in der Woche von migränoiden Zusatzsymptomen vegetativer Art wie Übelkeit, Erbrechen und Überempfindlichkeiten begleitet. Die Arbeitsunfähigkeit habe nach dem ersten und schwersten Unfall 1983 in den Jahren bis zum 7. Mai 2000 nie auf 0 %, im Sinne einer groben retrospektiven Annahme wohl bis auf die minimale Grösse von ungefähr 40 % reduziert werden können. Der letzte Unfall vom 7. Mai 2000 habe zu einer nochmaligen Dekompensation der noch zur Verfügung gestandenen psychophysischen Kräfte zur Überwindung der Schmerzzustände und Belastbarkeitseinschränkungen geführt, sodass im Anschluss an diesen letzten Unfall während mehreren Jahren von keiner ökonomisch verwertbaren Arbeitsfähigkeit ausgegangen werden könne. Aus heutiger Sicht sei es nicht vorstellbar, dass die Belastbarkeit einmal derart gesteigert werden könne, dass eine ausserhäusliche Berufstätigkeit regelmässiger Art ausgeführt werden könne, sei dies als Servicefachangestellte oder in einer anderen beruflichen Tätigkeit.
4.3 Das kantonale Gericht ist zum Schluss gekommen, dass das MEDAS-Gutachten den rechtsprechungsgemässen Anforderungen an einen medizinischen Bericht vollumfänglich entspreche. Mit dem Gutachten des Prof. Dr. med. E._ setzt sich die Vorinstanz indessen nur rudimentär auseinander, obwohl es, wie das MEDAS-Gutachten, umfassend ist, auf eigenen Untersuchungen beruht, sich zu den gesundheitlichen Einschränkungen einlässlich äussert und auch die daraus gezogenen Schlussfolgerungen bezüglich der Arbeitsfähigkeit ausführlich begründet werden. Dass die Einschätzung des Prof. Dr. med. E._ nicht zu überzeugen vermöge, wie die Vorinstanz annimmt, ist daher nicht nachvollziehbar. Insbesondere hat sich Prof. Dr. med. E._ auch einlässlich zur Entwicklung des Gesundheitszustandes geäussert. Der Umstand, dass sein Gutachten ein Jahr später als dasjenige der MEDAS verfasst wurde, spricht daher nicht gegen dessen Berücksichtigung.
Wie das Bundesgericht im erwähnten Urteil 8C_94/2009 (E. 3.4) erkannt hat, lässt sich das Ausmass der Arbeitsfähigkeit der Versicherten angesichts der deutlich widersprüchlichen Einschätzungen nicht schlüssig bestimmen. Dass die Vorinstanz die Anordnung der unabdingbaren weiteren Beweismassnahmen unterlassen hat, stellt eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes dar. Die Beschwerdegegnerin wird den MEDAS-Ärzten das Gutachten des Prof. Dr. med. E._ zur Stellungnahme unterbreiten oder eine zusätzliche Begutachtung anordnen müssen.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden dem Prozessausgang entsprechend der Beschwerdegegnerin auferlegt (<ref-law>); des Weiteren hat sie der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>). Das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege (im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten und Verbeiständung) ist damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Nidwalden vom 13. Oktober 2008 und die Verfügung der IV-Stelle Nidwalden vom 7. Mai 2008 werden aufgehoben. Es wird die Sache an die Beschwerdegegnerin zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch der Beschwerdeführerin auf eine Invalidenrente für die Zeit vom 1. März 2003 bis zum 30. Juni 2006 neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. November 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo