Sachverhalt:
A.
Gegenüber der Z._ SA, B._, legte die Kantonale Steuerverwaltung Freiburg mit Verfügungen vom 17. Dezember 2009 und Einspracheentscheid vom 15. Dezember 2010 folgende Nachsteuern fest: Fr. 650.-- nebst Fr. 172.40 Verzugszins (Kantonssteuern der Steuerperiode 2002) und Fr. 7'100.80 Nachsteuer nebst Fr. 3'958.-- Verzugszins (direkte Bundessteuer 1995B, 1997, 1998 und 2002); gleichzeitig ergingen wegen vollzogener Steuerhinterziehung Bussen von Fr. 650.-- (Kantonssteuern) und Fr. 7'100.-- (direkte Bundessteuer).
B.
Die von der Z._ SA gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde hat der Steuergerichtshof des Kantonsgerichts Freiburg mit Urteil vom 28. September 2012 teilweise gutgeheissen. Er hat festgestellt, dass das Recht zur Festsetzung der Nachsteuer für die Perioden 1995 und 1997 verjährt und das Hinterziehungsverfahren bezüglich dieser Perioden einzustellen sei. Im Übrigen hat er die Beschwerde abgewiesen, soweit er darauf eingetreten ist.
C.
Am 7. November 2012 hat die Z._ SA gegen das Urteil des Steuergerichtshofs Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie stellt in Bezug auf die Staatssteuer 2002 (Verfahren 2C_1110/2012) sowie die direkte Bundessteuer 1998 und 2002 (2C_1111/2012) den Antrag, das kantonsgerichtliche Urteil vom 28. September 2012 ebenso wie die Verfügungen der kantonalen Steuerverwaltung vom 17. Dezember 2009 aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an den Steuergerichtshof bzw. an die kantonale Steuerverwaltung zurückzuweisen.
D.
Die Kantonale und die Eidgenössische Steuerverwaltung (für den Bereich der direkten Bundessteuer) sowie der Steuergerichtshof des Kantonsgerichts Freiburg schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
E.
Mit weiteren Eingaben halten die Z._ SA einerseits, die Kantonale Steuerverwaltung Freiburg, die Eidgenössische Steuerverwaltung und der Steuergerichtshof des Kantonsgerichts Freiburg andererseits an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
I. Prozessuales
1.
1.1. Die Vorinstanz hat die Verfahren betreffend Kantonssteuern und direkte Bundessteuer vereinigt und ein einziges Urteil gefällt. Die Beschwerdeführerin ficht dieses Urteil mit einer einzigen Beschwerdeeingabe an. Das ist zulässig, sofern in der Beschwerde zwischen den beiden Steuerarten unterschieden wird und aus den Anträgen hervorgeht, inwieweit diese angefochten sind und wie zu entscheiden ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 264 f.; <ref-ruling> E. 4.2). Das Bundesgericht seinerseits eröffnet grundsätzlich zwei Verfahren, wenn sowohl die kantonalen Steuern wie auch die direkte Bundessteuer streitig sind, um die Fälle aller Kantone einheitlich zu erfassen. Es behält sich aber vor, die beiden Verfahren zu vereinigen und nur ein Urteil zu fällen. Das rechtfertigt sich auch hier, weil es um den gleichen Sachverhalt geht, sich dieselben Parteien gegenüberstehen, die Materie steuerlich harmonisiert ist und sich identische Rechtsfragen stellen (vgl. Urteil 2C_603/2012, 2C_604/2012 vom 10. Dezember 2012 E. 1).
1.2. Die Beschwerde richtet sich gegen ein (End-) Urteil einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist grundsätzlich zulässig (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 2 lit. d und Art. 90 BGG i.V.m. Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.3. Nicht einzutreten ist auf das Rechtsmittel, soweit es sich gegen die Entscheide der kantonalen Steuerverwaltung richtet, da diese durch das Urteil des Steuergerichtshofs ersetzt worden sind (sog. Devolutiveffekt, vgl. u.a. <ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
1.4. Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.4.1. Unerlässlich ist dabei u.a., dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin Bundesrecht verletzt wird. Die Beschwerdeschrift soll vor Bundesgericht nicht bloss die Rechtsstandpunkte und Argumente wiederholen, wie sie im kantonalen Verfahren vorgebracht worden sind, sondern muss sich konkret und spezifisch mit den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz auseinandersetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749).
1.4.2. Eine den gesetzlichen Anforderungen genügende Begründung liegt hier nur in beschränktem Umfang vor, weil eine solche Auseinandersetzung mit den vorinstanzlichen Erwägungen nur am Rande erfolgt. Das gilt insbesondere dort, wo die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes geltend macht. Der Steuergerichtshof hat sich mit dieser bereits vor ihm erhobenen Rüge eingehend beschäftigt. Mit dessen Erwägungen dazu befasst sich die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht, sondern gibt - mit Ausnahme eines einzigen zusätzlich eingefügten Satzes - wörtlich das bereits in der Beschwerde an die Vorinstanz Ausgeführte wieder. Das vermag den Begründungserfordernissen nicht zu genügen.
2.
2.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Deren tatsächliche Feststellungen können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ermittelt worden sind (<ref-law> u. <ref-ruling> E. 5.1 S. 356; zum Willkürbegriff: <ref-ruling> E. 7.1 S. 51; <ref-ruling> E. 2.4 S. 5) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 234).
2.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine qualifiziert unrichtige Sachverhaltsfeststellung durch den Steuergerichtshof: Dieser habe ihre geprüfte und extern revidierte Buchhaltung in keiner Weise berücksichtigt, sondern sie pauschal und ohne Begründung als unerheblich qualifiziert; auch habe er weitere von ihr angebotene Beweismittel zu Unrecht ausser Acht gelassen; insgesamt habe er den Sachverhalt aktenwidrig und krass einseitig zu ihren Ungunsten festgestellt. Die Rüge erweist sich indessen in mehrfacher Hinsicht als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann:
2.2.1. Unzutreffend scheint die Beschwerdeführerin davon auszugehen, dass es dem Bundesgericht obliege, aufgrund eines Vergleichs des angefochtenen Urteils mit der vor dem Kantonsgericht eingereichten Beschwerde festzustellen, inwiefern der Steuergerichtshof den Sachverhalt allenfalls falsch ermittelt haben könnte. Gerade das hat indessen die Beschwerdeführerin im Einzelnen darzulegen. Soweit sie sich in ihren Vorbringen nicht differenziert mit den im angefochtenen Urteil enthaltenen tatsächlichen Feststellungen auseinandersetzt, vermag ihre Beschwerde den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht zu genügen (vgl. dazu schon oben E. 1.4).
2.2.2. Die Rüge erweist sich weiter überall dort als unbegründet, wo die Beschwerdeführerin sich damit begnügt, den Feststellungen der Vorinstanz bloss ihre eigene Auffassung in tatsächlicher Hinsicht entgegenzusetzen, statt konkret und spezifisch aufzuzeigen, dass der vom Steuergerichtshof ermittelte Sachverhalt geradezu offensichtlich unrichtig ist (vgl. oben E. 2.1).
Das Kantonsgericht hat im Einzelnen dargelegt, welche Aufwandpositionen als geschäftsmässig nicht begründet zu qualifizieren seien und hat sich eingehend mit den jeweiligen Vorbringen der Beschwerdeführerin auseinandergesetzt. Diese vermag nicht nachzuweisen, dass die fraglichen Aufwände entgegen den Feststellungen der Vorinstanz geschäftsmässig begründet waren. Sie reicht weder relevante Auszüge aus ihrer Buchhaltung ein, noch legt sie dar, inwiefern ihre Darlegungen durch einzelne Buchungsvorgänge belegt werden könnten. Sie unterlässt es, von den Steuerbehörden fälschlicherweise nicht berücksichtigte relevante Unterlagen konkret zu benennen. Ihre Ausführung, wonach es bei Unternehmensgruppen üblich sei, dass Kosten von Gruppengesellschaften in einem ersten Schritt von anderen Gruppengesellschaften übernommen würden, bevor diese effektiv oder über eine Umlage weiterverrechnet würden, vermag ihr ebenfalls nicht zu helfen. Massgebend ist, dass sie die behaupteten Abläufe vor Bundesgericht nicht belegt. Auch damit, dass sie ausführt, sie habe angeboten, Nachweis über alle effektiven Spesenabrechnungen der letzten 10 Jahre auf Verlangen zu erbringen, erbringt sie den erforderlichen Nachweis für qualifiziert unrichtige tatsächliche Feststellungen durch die Vorinstanz nicht.
2.3. Das Bundesgericht hat demnach vom Sachverhalt auszugehen, wie er von der Vorinstanz ermittelt worden ist.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs. Sie zeigt indessen nicht auf, welche von ihr genannten Argumente der Steuergerichtshof zu Unrecht nicht berücksichtigt haben soll. Ihrem Vorbringen, wonach es ihr nicht erlaubt worden sei, sich an der Sachverhaltsermittlung weiter zu beteiligen, fehlt jede Grundlage, hatte sie es doch während dem ganzen Verfahren in der Hand, die geschäftsmässige Begründetheit der aufgerechneten Aufwandpositionen zu belegen. Genauso wenig vermag sie darzutun, dass der allfällige Einsatz von Steuerkommissaren mit französischer Muttersprache zu Problemen geführt hätte.
II. Direkte Bundessteuer
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin rügt, es sei zu Unrecht ein Nachsteuerverfahren durchgeführt worden.
Der Steuergerichtshof hat jedoch die Anwendung von <ref-law> im Zusammenhang mit den spezifischen Einzelposten jeweils umfassend, sorgfältig und zutreffend geprüft (vgl. zu den von der Rechtsprechung aufgestellten Anforderungen in Bezug auf diese Bestimmung sowie u.a. <ref-law>, <ref-law>, <ref-law> und <ref-law>: Urteil 2C_494/2011 vom 6. Juli 2012 in: StE 2012 B 72.25 Nr. 2 mit weiteren Hinweisen). Die Beschwerdeführerin macht - abgesehen von der bereits geprüften und verworfenen Rüge, wonach der Sachverhalt falsch festgestellt worden sei (vgl. oben E. 2) - zu Recht nicht geltend, die Ausführungen der Vorinstanz seien rechtsfehlerhaft. Es kann daher ohne Weiterungen auf die kantonsgerichtlichen Feststellungen verwiesen werden, aus denen sich ergibt, dass zu Recht Nachsteuern erhoben wurden. Im Masslichen ist die Nachsteuerfestsetzung nicht bestritten.
4.2. Die Beschwerdeführerin beanstandet im Weiteren die Auferlegung einer Busse wegen Steuerhinterziehung gemäss <ref-law>.
Die Vorinstanz hat sich mit den einschlägigen Gesetzesbestimmungen, der dazu ergangenen Rechtsprechung (vgl. insb. die Urteile 2A.706/2006 vom 1. März 2007 E. 3.4; 2A.583/2004 vom 21. April 2005 E. 3.1; vgl. auch das Urteil 2C_223/2011 vom 13. September 2011 E. 3.3 zur Nachsteuer), deren Anwendung im vorliegenden Fall und sämtlichen Vorbringen der Beschwerdeführerin dazu eingehend auseinandergesetzt. Diese legt nicht dar, inwiefern die betreffenden Bestimmungen verletzt sein sollten. Ihre Ausführungen basieren im Wesentlichen darauf, dass es an der unvollständigen Veranlagung mangle. Damit geht sie, gemäss dem bereits Festgehaltenen, fehl. Das angefochtene Urteil erweist sich somit auch in Bezug auf die Busse als rechtskonform.
4.3. Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich, die Erhebung von Verzugszinsen sei rechtswidrig, da diese aufgrund der unverhältnismässig langen Verfahrensdauer Strafcharakter hätten.
Die Vorinstanz hat sich mit der gleichen Rüge bereits auseinandergesetzt und festgestellt, Verzugs- bzw. Ausgleichszinsen würden verschuldensunabhängig festgesetzt und stellten ihrer Rechtsnatur nach keine Strafsanktionen dar. Dem ist beizupflichten (vgl. auch Art. 151 Abs. 1 in fine DBG). Diese Zinsen gleichen bloss den Umstand aus, dass ein Pflichtiger geschuldete Steuern mit Verzögerung begleicht, was zur Folge hat, dass er einen entsprechenden Zinsvorteil und der Fiskus im gleichen Ausmass einen Nachteil erleidet. Das trifft auch hier zu, weshalb sich die Beschwerde hinsichtlich der Erhebung von Verzugszinsen ebenfalls als unbegründet erweist.
III. Kantonssteuern
5.
Die in Bezug auf die kantonalen Steuern anwendbaren Vorschriften entsprechen sowohl betreffend die Nachsteuern (Art. 192 des Freiburger Gesetzes vom 6. Juni 2000 über die Kantonssteuern [DStG; SGF 631.1] und Art. 53 Abs. 1 StHG) wie auch hinsichtlich der Steuerhinterziehung (Art. 220 DStG und Art. 56 StHG) denjenigen des DGB. Aus den zur direkten Bundessteuer dargelegten Gründen ist die Beschwerde daher auch für die Kantonssteuer abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
IV. Kosten- und Entschädigungsfolgen
6.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_1110/2012 und 2C_1111/2012 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die direkte Bundessteuer abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
3.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die Kantonssteuer abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung des Kantons Freiburg, dem Kantonsgericht Freiburg, Steuergerichtshof, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juni 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter