Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Gemäss Art. 128 OG beurteilt das Eidgenössische Versicherungsgericht letztinstanzlich Verwaltungsgerichtsbeschwerden gegen Verfügungen im Sinne von Art. 97, 98 lit. b-h und 98a OG auf dem Gebiet der Sozialversicherung.
Im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren sind grundsätzlich nur Rechtsverhältnisse zu überprüfen bzw. zu beurteilen, zu denen die zuständige Verwaltungsbehörde vorgängig verbindlich - in Form einer Verfügung - Stellung genommen hat. Insoweit bestimmt die Verfügung den beschwerdeweise weiterziehbaren Anfechtungsgegenstand. Umgekehrt fehlt es an einem Anfechtungsgegenstand und somit an einer Sachurteilsvoraussetzung, wenn und insoweit keine Verfügung ergangen ist (<ref-ruling> Erw. 1b, 118 V 313 Erw. 3b, je mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung kann das verwaltungsgerichtliche Verfahren aus prozessökonomischen Gründen auf eine ausserhalb des Anfechtungsgegenstandes, d.h. ausserhalb des durch die Verfügung bestimmten Rechtsverhältnisses liegende spruchreife Frage ausgedehnt werden, wenn diese mit dem bisherigen Streitgegenstand derart eng zusammenhängt, dass von einer Tatbestandsgesamtheit gesprochen werden kann, und wenn sich die Verwaltung zu dieser Streitfrage mindestens in Form einer Prozesserklärung geäussert hat (<ref-ruling> Erw. 2a mit Hinweisen).
b) Über einen allfälligen Erlass der streitigen Rückforderung hat sich die Verwaltung bisher weder durch eine Verfügung noch durch eine Prozesserklärung vernehmen lassen.
In diesem Punkt kann daher auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht eingetreten werden. Zu prüfen ist einzig, ob die Rückerstattungsforderung der Arbeitslosenkasse zu Recht ergangen ist.
2.- Die massgebenden gesetzlichen Bestimmungen über die Rückforderung von zu Unrecht erbrachten Leistungen (<ref-law>) sowie die dazu ergangene Rechtsprechung sind im kantonalen Entscheid richtig dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3.- a) Der Beschwerdeführer beantragte die Ausrichtung von Arbeitslosenentschädigung ab 1. Juli 1996. Demnach lief die zweijährige Rahmenfrist für den Leistungsbezug vom 1. Juli 1996 bis 30. Juni 1998. In dieser Zeit standen ihm kontrollfreie Bezugstage zu. Bei Beendigung der Rahmenfrist (30. Juni 1998) verblieben ihm noch 30 nicht bezogene Tage Stempelferien. Nach dem seit 1. Januar 1996 gültigen, vorliegend anwendbaren <ref-law> können nicht bezogene kontrollfreie Tage weder ausbezahlt noch auf die nächste Rahmenfrist übertragen werden (SVR 2000 AlV Nr. 8 S. 25; vgl. auch ARV 1999 Nr. 20 S. 108). Soweit der Beschwerdeführer Ende Juni 1998 kontrollfreie Tage noch nicht bezogen hatte, sind diese ersatzlos verfallen.
b) Der Versicherte macht hiegegen geltend, er habe sich vom zuständigen Sachbearbeiter der Verwaltung bestätigen lassen, dass er die verbliebenen Stempelferien ohne weiteres im Juli 1998 beziehen könne, in welchem Monat er eine neue zweijährige Rahmenfrist eröffnen konnte. Damit beruft er sich sinngemäss auf den Grundsatz von Treu und Glauben. In den Akten findet sich jedoch kein Hinweis darauf, dass dem Beschwerdeführer eine derartige Auskunft erteilt worden wäre. Angesichts des seitherigen Zeitablaufes erscheint es überdies wenig sinnvoll, hierüber Beweise abzunehmen. Es muss deshalb damit sein Bewenden haben, dass der Beschwerdeführer im Juli 1998, als er effektiv Ferien bezog, keinen Anspruch auf kontrollfreie Tage hatte, weshalb ihm für die Periode seines Urlaubs keine Arbeitslosenentschädigung zustand. Da er in diesem Monat insgesamt nur an 4 Tagen normal stempelte, hatte er also lediglich Anspruch auf 4 Taggelder.
c) Mit Abrechnung vom 31. Juli 1998 erhielt der Beschwerdeführer denn auch bloss 4 Taggelder für den Juli 1998 ausbezahlt. Nun war er in diesem Monat bei zwei Firmen auf Abruf angestellt, konnte jedoch wegen Betriebsferien nicht arbeiten. Die Verwaltung erliess am 10. August 1998 eine neue Abrechnung, mit welcher sie ihm erneut 4 normale Taggelder sowie irrtümlicherweise 19 kontrollfreie Bezugstage gewährte und hievon einen hypothetischen Zwischenverdienst abzog. Am 13. August 1998 zahlte die Kasse überdies weitere Fr. 7.- an zu Unrecht erhobenen BVG-Abzügen nach.
Dies alles korrigierte sie mit der Rückforderung vom 7. September 1998, laut welcher wiederum - wie ursprünglich - lediglich Anspruch auf 4 normale Taggelder bestand.
d) Nach dem Gesagten hatte der Beschwerdeführer im Juli 1998 Anspruch auf 4 Taggelder. Auf einen Abzug von diesem Betrag wegen eines Zwischenverdienstes ist zu verzichten, da der Versicherte die erwähnten beiden Anstellungen auf Abruf nach Ablauf der Betriebsferien nicht mehr beibehalten konnte. Es sind somit diejenigen Leistungen zurückzubezahlen, welche den Betrag von 4 Taggeldern zu Fr. 93.65 (abzüglich AHV/IV/EO und NBU) übersteigen.
Insgesamt wurden dem Beschwerdeführer für den Juli 1998 Fr. 1427. 90 ausbezahlt (Zusammenstellung gemäss Abrechnung vom 13. August 1998), während ihm in Wirklichkeit lediglich Fr. 344. 10 zustanden (Fr. 93.65 x 4 = Fr. 374. 60 ./. 5,05 % AHV/IV/EO und ./. 3,1 % NBU; vgl. Aufstellung in der Rückforderung vom 7. September 1998). Dies ergibt eine Differenz von Fr. 1083. 80, welche zurückzuerstatten ist. Damit erweist sich die streitige Rückforderung auch betragsmässig als korrekt.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit
darauf einzutreten ist.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, dem Amt für Arbeit, St. Gallen, und dem Staatssekretariat für Wirtschaft
zugestellt.
Luzern, 19. September 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: