Faits:
A. A.a P._ a travaillé en qualité de maçon. Victime le 7 mars 1994 d'un accident ayant entraîné des lésions oculaires, il s'est annoncé le 17 octobre 1995 auprès de l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après: l'office AI).
Par décisions des 17 février et 14 avril 1998, l'administration a alloué à l'assuré une rente entière d'invalidité à partir du 1er mars 1995. Le droit aux prestations a été maintenu au terme de deux procédures de révision ouvertes respectivement en 2004 et 2008 (communications des 20 août 2004 et 1er octobre 2008).
La Caisse nationale suisse en cas d'accidents (ci-après: la CNA) a, par décision sur opposition du 22 août 2005 confirmant une décision du 8 septembre 2000, mis l'intéressé au bénéfice d'une rente d'invalidité de l'assurance-accident fondée sur un taux d'invalidité de 25 % à partir du 1er mai 2000 ainsi que d'une indemnité pour atteinte à l'intégrité. Il ressort de ce document que la CNA a requis une appréciation ophtalmologique de sa division médicale (avis du docteur B._) et confié à la Clinique X._ le soin de réaliser une expertise sur la personne de P._ (rapport du professeur K._ et du docteur H._).
A.b Le 18 décembre 2008, l'office AI a reçu un rapport de contrôle de chantier établi par la Commission paritaire genevoise des métiers du bâtiment dont il ressortait que l'assuré avait effectué le 7 novembre précédent des travaux de serrurerie pour le compte d'une entreprise de finitions. Considérant que P._ avait repris l'exercice d'une activité lucrative, l'administration a suspendu le versement de la rente par décision incidente du 25 mars 2009.
L'office AI a fait alors réaliser deux expertises sur la personne de l'assuré: la première, ophtalmologique, confiée au docteur O._, spécialiste FMH en ophtalmologie (rapports des 11 septembre 2009 et 13 juillet 2010) et la seconde, neurologique, au docteur E._, spécialiste FMH en neurologie (rapport du 21 juin 2010). L'administration a supprimé par décision du 3 novembre 2010 la rente de l'assuré avec effet au 7 novembre 2008.
B. Par jugement du 31 janvier 2012, la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, a admis le recours de l'assuré et annulé cette décision.
C. L'office AI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont il demande l'annulation. Il conclut au maintien de sa décision du 3 novembre 2010.
L'intimé conclut au rejet du recours tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Toutefois, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, il n'examine en principe que les griefs invoqués et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération.
2. Le litige porte sur la suppression, par la voie de la révision (<ref-law>), du droit à la rente entière d'invalidité de l'intimé. Les premiers juges ont correctement exposé les conditions d'application de cette disposition légale ainsi que les principes jurisprudentiels relatifs à l'appréciation de la valeur probante des rapports médicaux. Il suffit donc d'y renvoyer.
3. 3.1 La Cour de justice a considéré que l'état de santé de l'intimé ne s'était pas amélioré entre le moment de l'octroi de la rente entière d'invalidité et celui de la suspension, respectivement de la suppression de celle-ci. Dans son rapport du 11 septembre 2009, le docteur O._ avait en effet attesté que les séquelles ophtalmologiques et neurologiques de l'accident subi en 1994 par l'intimé étaient à même d'entraîner une incapacité de travail totale et estimé que l'état de santé de l'intéressé était demeuré stationnaire depuis la survenance de cet événement. Il avait confirmé cette dernière conclusion en juillet 2010, après avoir été informé que l'intimé avait fait l'objet d'un contrôle sur un chantier, tout en précisant que la prise en charge de la douleur du point de vue neurologique pourrait avoir amélioré la situation. De son côté, le docteur E._ avait certes considéré que l'intimé avait présenté une pleine capacité de travail depuis mars 2000 au plus tard. Cet expert avait toutefois fondé son opinion sur le fait que l'intéressé avait pu effectuer des travaux de serrurerie et il n'avait pas fait état d'une atténuation des douleurs - qu'il avait qualifiées d'emblée de relativement modérées - grâce à un traitement des troubles neurologiques. L'avis de ce médecin ne constituait dès lors qu'une appréciation différente d'une situation médicale demeurée globalement inchangée depuis 1994. En outre, la seule présence de l'intimé sur un chantier ne signifiait pas qu'il avait repris une activité lucrative; on ne pouvait dès lors pas en déduire que les conséquences de ses atteintes à la santé avaient subi un changement important. Partant, les conditions d'une révision du droit à la rente n'étaient pas remplies.
3.2 Le recourant reproche à la juridiction cantonale d'avoir procédé à une constatation manifestement inexacte des faits pertinents consécutive à une mauvaise appréciation des preuves. Le rapport du docteur O._ ne revêtirait pas pleine valeur probante, contrairement à celui du docteur E._ dont il ressortirait une amélioration de l'état de santé de l'intimé justifiant une suppression de sa rente. Les premiers juges auraient en outre ignoré le contenu de certains documents médicaux versés au dossier de la CNA et n'auraient pas tiré les conséquences qui s'imposaient de la présence de l'intimé sur un chantier - soit l'existence d'une pleine capacité de travail dans une activité adaptée.
3.3 L'intimé soutient que les premiers juges ont procédé à une appréciation correcte des preuves.
4. En l'espèce, au regard du dossier et de la cause, la question essentielle à résoudre est celle de savoir si à fin 2008 (ouverture de la procédure de révision du droit à la rente consécutive à la dénonciation par la Commission paritaire genevoise des métiers du bâtiment), les conséquences de l'accident subi par l'intimé en 1994, telles qu'elles se présentaient au début de l'année 1998 (octroi de la rente initiale), s'étaient modifiées notablement de manière à influer sur son degré d'invalidité et, partant, son droit aux prestations.
4.1 Force est de constater en premier lieu que la juridiction cantonale a omis de procéder à toute description de l'état de santé de l'intimé au moment de l'octroi des prestations, se contentant d'examiner les rapports des experts mandatés postérieurement à la suspension de la rente en mars 2009. Dès lors que les premiers juges n'ont pas procédé à la comparaison des états de faits déterminants pour la révision du droit à la rente, la cause devrait leur être renvoyée sans autre pour examen de cette question et nouveau jugement. Il y a cependant lieu d'y renoncer pour les motifs qui suivent.
4.2 Les premiers juges ont considéré que les conditions d'une révision du droit n'étaient pas données en se fondant essentiellement sur le rapport d'expertise du docteur O._, aux termes duquel l'intimé présentait un état de santé stationnaire et des séquelles ophtalmologiques et neurologiques de l'accident à même d'entraîner une incapacité de travail totale; ils ont en revanche écarté l'avis du docteur E._ selon lequel l'intimé ne présentait du point de vue fonctionnel aucune limitation au plan neurologique et était apte à travailler à 100 % en tout cas depuis mars 2000, voire 1996.
Le rapport d'expertise du docteur O._ repose sur une anamnèse extrêmement succincte mais surtout ne mentionne aucun document établi par les médecins ayant examiné l'intimé - alors que l'accident dont l'expert devait apprécier les séquelles remontait à 1994 et avaient fait l'objet d'une importante prise en charge selon les documents de l'assureur accident au dossier et qu'il lui appartenait d'analyser ces documents, particulièrement ceux rédigés par les spécialistes et experts mandatés par la CNA dans le cadre de la procédure relative aux prestations de l'assurance-accidents -, ne fait pas de distinction, s'agissant de l'influence des troubles de l'intéressé sur sa capacité de travail entre l'activité habituelle et une autre activité; en plus l'ophtalmologue en question n'explique pas pourquoi il considère l'intimé comme incapable d'exercer toute activité lucrative d'un point de vue purement ophtalmologique. Enfin, la brève appréciation du cas à laquelle procède l'expert consiste en fait en une simple énumération d'éléments qui correspondent aux plaintes de l'intimé. Le rapport d'expertise du docteur O._ est dès lors dénué de valeur probante suffisante. De son côté, le docteur E._ a énuméré les pièces médicales figurant au dossier, exposé en détail les plaintes de l'intimé, procédé à un examen clinique complet - lequel a révélé la présence de callosités, en particulier à la main droite, compatibles avec un travail manuel (rapport du 21 juin 2010, p. 8) - et exclu l'existence de céphalée et de migraine. Ce spécialiste a en outre expliqué qu'en dépit de la sensation vertigineuse à caractère ébrieux décrite par l'intimé, il n'y avait pas d'éléments en faveur d'une vestibulopathie périphérique, d'un syndrome extrapyramidal, d'un signe médullaire, d'une atteinte proprioceptive ou d'une ataxie significative; en tout état de cause, ce tableau n'apparaissait subjectivement qu'à la marche après une ou deux heures si bien qu'il ne pouvait être considéré comme très invalidant (rapport du 21 juin 2010, p. 11). Les conclusions du rapport d'expertise établi par ce médecin, selon lesquelles l'intéressé est capable de travailler à plein temps dans l'activité habituelle en tout cas depuis 2000 (moment où il a été examiné sur le plan ophtalmologique à la demande de la CNA) sont convaincantes. Contrairement à ce qu'ont retenu les premiers juges, le docteur E._ n'a pas considéré que l'intimé était apte à travailler en se fondant uniquement sur le fait qu'il avait été contrôlé sur un chantier. Il s'ensuit que l'instance cantonale a procédé à une appréciation insoutenable des pièces médicales figurant au dossier.
4.3 Au vu de l'absence de valeur probante de l'expertise du docteur O._, la cause n'est pas encore en état d'être jugée. L'instruction doit être reprise au plan ophtalmologique avec l'apport des données médicales complètes de l'assureur accident et la mise en ?uvre d'une nouvelle expertise ophtalmologique au besoin complétée d'un consilium pluridisciplinaire avec l'expert neurologue.
5. Il découle de ce qui précède que le recours est bien fondé. La cause doit être renvoyée à l'office recourant pour qu'il rende une nouvelle décision au sens des considérants. Dans ces conditions, il n'y a pas lieu de se prononcer sur l'appréciation des preuves à laquelle s'est livrée l'instance cantonale s'agissant des circonstances entourant la présence de l'intimé sur un chantier - qui paraît pour le moins surprenante et peu compatible avec la jurisprudence relative aux déclarations de la première heure (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 47).
6. Vu l'issue du litige, l'intimé supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement de la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, du 31 janvier 2012 et la décision du recourant du 3 novembre 2010 sont annulés.
2. La cause est renvoyée au recourant pour instruction complémentaire et nouvelle décision.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 21 août 2012
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Meyer
Le Greffier: Bouverat