Sachverhalt:
A.
Die C._ AG ist Eigentümerin der Parzellen Nrn. 404 und 671 in Gossau. Der B._ Immobilien AG gehören die Parzellen Nrn. 409 und 411. Diese Parzellen liegen in der Wohn-Gewerbe-Zone WG3 und werden, mit Ausnahme der Parzelle Nr. 671, vom Gestaltungsplan St. Gallerstrasse 91 - 101 überlagert. Das rund eine Hektare umfassende Plangebiet wird im Wesentlichen von den in den 90er-Jahren bewilligten Betriebsgebäuden der B._ AG geprägt. Das Gebiet wird in ost-westlicher Richtung vom eingedolten Haldenbach durchquert.
Anfangs 2008 reichte die Gemeinde Gossau dem kantonalen Amt für Raumentwicklung den Entwurf für den Überbauungsplan St. Gallerstrasse 91 - 101 zur Vorprüfung ein. Mit dem neuen Sondernutzungsplan soll die Entwicklung des Garagenbetriebs sichergestellt werden. Die Parzelle Nr. 671 soll neu ins Plangebiet einbezogen werden.
Am 22. Oktober 2008 beschloss der Stadtrat den Überbauungsplan. Er wurde vom 3. November bis zum 3. Dezember 2010 aufgelegt. Während der Auflagefrist erhob die A._ Ltd., Eigentümerin der ans Plangebiet anstossenden Parzelle Nr. 647 Einsprache. Sie beantragte, auf den Überbauungsplan zu verzichten. Er widerspreche dem Zonenzweck und sei rechtswidrig, da er nicht vorsehe, das eingedolte Gewässer zu öffnen.
B.
Mit Eingabe vom 2. Februar 2011, ergänzt am 18. Juli 2011, erhob die A._ Ltd. Rekurs gegen die Baubewilligung des Gemeinderats Gossau vom 30. Mai 1996 in Sachen "Neubau Spenglerei/Malerei auf dem Grundstück Nr. 411, Sonnenbühlstrasse, Gossau; Verlegung und Wiedereindolung des Haldenbachs gemäss Bewilligung des Baudepartements und des Finanzdepartements vom 3. April 1996". Sie beantragte im Wesentlichen, diese Baubewilligung sowie alle seither ergangenen Baubewilligungen für Vorhaben im Bereich des 10-metrigen Gewässerabstands des Haldenbachs aufzuheben oder eventuell festzustellen, dass sie zu Unrecht erteilt worden seien. Zudem sei festzustellen, dass die Bewilligung vom 3. April 1996 verfallen sei; eventuell sei der Gemeinderat anzuweisen, das entsprechende Baubewilligungsverfahren nachträglich durchzuführen oder die Bewilligung subeventuell aufzuheben.
Am 2. Juli 2013 trat die Regierung des Kantons St. Gallen auf den Rekurs insoweit nicht ein, als mit diesem beantragt worden war, die Baubewilligung aufzuheben und festzustellen, die Departementalverfügung vom 3. April 1996 sei verfallen bzw. sie aufzuheben.
Am 21. Oktober 2014 wies das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen die Beschwerde der A._ Ltd. ab, soweit es darauf eintrat. Zur Begründung führte es an, die Verfügung des Bau- und des Finanzdepartements vom 3. April 1996 sei gültig und zusammen mit der Baubewilligung vom 30. Mai 1996 in Rechtskraft erwachsen. Der Rekurs dagegen sei verspätet erfolgt, weshalb die Regierung darauf zu Recht nicht eingetreten sei.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die A._ Ltd., diesen Entscheid des Verwaltungsgerichts, einschliesslich desjenigen der Regierung vom 2. Juli 2013, aufzuheben und gleichzeitig die Baubewilligung des Gemeinderats vom 30. Mai 1996 aufheben und festzustellen, dass die Bewilligung des Bau- und des Finanzdepartements vom 3. April 1996 nie rechtsgültig geworden sei bzw. sie aufzuheben. Eventuell sei der Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zu neuem Entscheid zurückzuweisen.
D.
Das Verwaltungsgericht beantragt in seiner Vernehmlassung unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. Die B._ AG beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) verzichtet auf Stellungnahme.
Die A._ Ltd. hält in ihrer Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Dagegen steht die Beschwerde nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Er schliesst das Verfahren ab, womit es sich um einen Endentscheid im Sinn von <ref-law> handelt, und die Beschwerdeführerin ist als dessen Adressatin befugt, ihn anzufechten. Sie rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist. (95 lit. a BGG).
Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde insoweit, als sie sich gegen die Entscheide der Vorinstanzen des Verwaltungsgerichts richtet. Diese sind im Rahmen des Streitgegenstands durch dessen Urteil ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mit angefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2.
Die Beschwerdeführerin verlangt im Wesentlichen die Aufhebung der Departementalverfügung vom 3. April 1996 und der Baubewilligung vom 30. Mai 1996. Dieser Antrag, gestellt rund 17 Jahre nach Eintritt der formellen Rechtskraft der Verfügungen, kann von vornherein nur Erfolg haben, wenn sich die beiden Verfügungen als nichtig oder zumindest als derart fehlerhaft herausstellen würden, dass ihr Widerruf in Betracht fiele.
2.1. Fehlerhafte Entscheide sind nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nichtig, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, wenn er offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist und wenn zudem die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel einer Entscheidung führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht. Die Nichtigkeit eines Entscheids ist von sämtlichen rechtsanwendenden Behörden jederzeit von Amtes wegen zu beachten (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 3.1 und 3.2; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2; je mit Hinweisen auf die Rechtsprechung).
2.2. Der Widerruf einer ursprünglich fehlerhaften Verfügung ist zulässig, wenn eine allgemeine Interessen- bzw. Wertabwägung ergibt, dass das Interesse an der richtigen Durchsetzung des objektiven Rechts dasjenige an der Wahrung der Rechtssicherheit bzw. am Vertrauensschutz überwiegt. Dem Postulat der Rechtssicherheit kommt in der Regel dann der Vorrang zu, wenn durch die frühere Verfügung ein subjektives Recht begründet worden oder die Verfügung in einem Verfahren ergangen ist, in welchem die sich gegenüberstehenden Interessen allseitig zu prüfen und gegeneinander abzuwägen waren, oder wenn der Private von einer ihm durch die fragliche Verfügung eingeräumten Befugnis bereits Gebrauch gemacht hat. Diese Regel gilt allerdings nicht absolut; ein Widerruf kann auch in einem der drei genannten Fälle in Frage kommen, wenn er durch ein besonders gewichtiges öffentliches Interesse geboten ist (<ref-ruling> E. 1a/aa S. 276; <ref-ruling> E. 4c S. 310; Urteile des Bundesgerichts 1C_300/2011 vom 3. Februar 2012, publ. in ZBl: 113/2012 S. 680 E. 3.1; 1P.98/1998 vom 28. April 1998, publ. in: ZBl 101/2000 S. 41 ff. E. 3b).
2.3. Vorliegend hat die Beschwerdegegnerin von den beiden umstrittenen Verfügungen längst Gebrauch gemacht und in die bewilligten Bauvorhaben erhebliche Investitionen getätigt. Der Rechtssicherheit bzw. dem Vertrauensschutz kommt somit eine vorrangige Bedeutung zu. Ihre Aufhebung bzw. ihr Widerruf fällt nur in Betracht, wenn die Verfügungen krass fehlerhaft - annähernd nichtig oder nichtig - sind und die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands im öffent-lichen Interesse zwingend geboten erscheint.
3.
Sowohl die Baubewilligung vom 30. Mai 1996 als auch die Bewilligung der Verlegung und Wiedereindolung des Haldenbachs im Bereich der Bauvorhaben vom 3. April 1996 wurden von den dafür zuständigen Instanzen erlassen. Das Vorgehen - das Bau- und das Finanzdepartement erteilten die erforderliche kantonale Bewilligung zur Verlegung und Wiedereindolung des Haldenbachs unter Vorbehalt der Erteilung der Baubewilligung, der Gemeinderat erteilte daraufhin die Baubewilligung und eröffnete sie zusammen mit der gewässerschutzrechtlichen Bewilligung - entsprach nach den unwiderlegten Ausführungen des Verwaltungsgerichts gängiger Praxis. Die gewässerschutzrechtliche Bewilligung des Bau- und des Finanzdepartements wurde im Übrigen klarerweise im Hinblick auf das hängige Baubewilligungsverfahren erteilt, welches mit der Bewilligung vom 30. Mai 1996 seinen Abschluss fand. Ob dies zulässig war oder ob, wie die Beschwerdeführerin behauptet, ein neues Auflageverfahren hätte durchgeführt werden müssen, weil das Gesuch um Verlegung und Wiedereindolung des Haldenbachs erst nach dem baurechtlichen Auflageverfahren gestellt worden sei, spielt heute keine Rolle mehr. So oder so läge jedenfalls kein besonders schwerer Verfahrensfehler vor, der die Departementalverfügung nichtig erscheinen lassen oder deren Widerruf rechtfertigen könnte. Dies gilt auch für den Umstand, dass das eingedolte Gewässer im Baubewilligungsverfahren offenbar stets als Meteorwasserkanal bezeichnet wurde. Selbst wenn dieser bzw. das eingedolte Gewässer in den aufgelegten Planunterlagen falsch bezeichnet gewesen wäre oder gar gefehlt hätte - dies kann nicht mehr sicher nachvollzogen werden, da in den Akten die öffentlich aufgelegten Pläne offenbar durch später erstellte Korrekturpläne für Baugesuchsänderungen ersetzt wurden - läge darin kein besonders schwerer Verfahrensfehler, der die beiden angefochtenen Verfügungen nichtig erscheinen liesse oder deren Widerruf zu rechtfertigen vermöchte.
In materieller Hinsicht macht die Beschwerdeführerin sinngemäss geltend, das am 1. November 1992 in Kraft getretene Gewässerschutzgesetz hätte zwingend eine Öffnung des eingedolten Haldenbachs vorgeschrieben, weshalb die Verfügung vom 3. April 1996 von vornherein bundesrechtswidrig sei. Der Einwand ist unbegründet. In der Departementalverfügung wird dazu erwogen, Untersuchungen hätten ergeben, dass keine Möglichkeit zur Verlegung des eingedolten Baches ausserhalb des Bauareals bestehe und innerhalb eine Offenlegung aufgrund der prekären Platzverhältnisse nicht möglich sei. Unter diesen Umständen lässt es <ref-law> zu, ausnahmsweise von der Offenlegung eines Fliessgewässers abzusehen. Das Gesetz bietet somit eine Handhabe, um Grundeigentümer von der Pflicht, Fliessgewässer offen zu legen, ausnahmsweise zu befreien. Es trifft daher nicht zu, dass die Departementalverfügung von Anfang an in einem krassen, unauflösbaren Widerspruch zum kurz vorher in Kraft getretenen Gewässerschutzgesetz gestanden hätte.
Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die Beschwerdeführerin nichts vorbringt, das geeignet wäre, die beiden Verfügungen vom 3. April bzw. 30. Mai 1996 nichtig oder widerrufbar erscheinen zu lassen. Die Rügen sind (offensichtlich) unbegründet.
4.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Kosten (<ref-law>). Sie hat der Beschwerdegegnerin zudem eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'500.-- zu bezahlen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, der Politischen Gemeinde Gossau, der Regierung des Kantons St. Gallen, dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2015
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi