Faits:
A.
A.a. Le 31 mars 2011, ratifiant l'accord auquel les parties étaient parvenues, le Tribunal arbitral de la Chambre de commerce de Zurich, saisi du litige conformément à une clause d'arbitrage prévue dans des contrats de garantie, a condamné B._ SA et A._ SA, conjointement et solidairement, à payer à X._ SA (ci-après: X._) la somme de xxxx fr., selon un échéancier.
A.b. Le 11 juillet 2012, X._ a fait notifier à B._ par l'office des poursuites de Genève un commandement de payer, poursuite n° xxxx, le montant de xxxx fr. avec intérêts à 2,9% dès le 12 avril 2012, le montant de xxxx fr. (représentant les intérêts à 2,9% sur xxxx fr. du 31 mars 2011 au 11 avril 2012), ainsi que les frais de poursuites.
La poursuivie a fait opposition.
B.
B.a. Statuant sur requête de X._, le Tribunal de première instance de Genève a, par jugement du 29 novembre 2012, prononcé la mainlevée définitive de l'opposition.
B.b. La poursuivie a interjeté un recours contre ce jugement auprès de la Cour de justice du canton de Genève, concluant au rejet de la requête de mainlevée définitive de l'opposition. Elle a également requis la suspension du caractère exécutoire de la décision attaquée, au sens de l'<ref-law>, au motif qu'elle était exposée à un préjudice irréparable, l'intimée pouvant requérir la continuation de la poursuite et ouvrir ainsi "un processus de faillite", sur la base d'une sentence qui sera ensuite déclarée non exécutoire par l'autorité cantonale. Elle a ajouté que la production de pièces nouvelles par l'intimée pour tenter de motiver le rejet de la requête devra être déclarée irrecevable, conformément à l'<ref-law>, notamment la production éventuelle du Règlement d'arbitrage de Zurich, lequel n'avait pas été produit et n'était pas un fait notoire.
B.c. Par décision du 18 décembre 2012, l'autorité cantonale a rejeté la requête de suspension au vu des faibles chances de succès du recours, de l'art. 38 § 3 du règlement d'arbitrage de la Chambre de commerce de Zurich applicable à l'arbitrage du cas d'espèce et du caractère déclaratoire de la déclaration de force exécutoire de l'art. 44 du Concordat sur l'arbitrage du 27 mars 1969.
C.
Par acte du 18 janvier 2013, la poursuivie a exercé un recours en matière civile contre cette décision. Elle a conclu, principalement, à sa réforme, en ce sens que la suspension immédiate de la force exécutoire du jugement rendu par le Tribunal de première instance de Genève soit prononcée sur tous les points de son dispositif, et, subsidiairement, à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau. En substance, elle a invoqué la violation de son droit d'être entendue (art. 29 al. 2 Cst.) et celle du droit à un procès équitable (art. 6 § 1 CEDH).
D.
Par arrêt du 14 mars 2013, communiqué aux parties par plis recommandés du 19 mars 2013, la Cour de justice du canton de Genève a statué sur le fond de la cause en admettant le recours de la poursuivie, au motif que la sentence arbitrale lui avait été notifiée de manière irrégulière.
E.
Par courrier du 27 mai 2013, la recourante a requis du Tribunal fédéral de rayer la cause du rôle sans frais, la procédure étant devenue sans objet, faute pour la poursuivante d'avoir interjeté un recours auprès de lui dans le délai. Elle a également requis la restitution de l'avance de frais de 10'000 fr.
Invitée à se déterminer sur la requête tendant à faire rayer la cause du rôle, l'intimée s'en est remise à la justice.

Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur le recours et le déclare irrecevable lorsque l'intérêt au recours fait défaut au moment du dépôt de celui-ci; en revanche, si cet intérêt disparaît en cours de procédure, le litige est déclaré sans objet et la cause est rayée du rôle. Dans la première hypothèse, le Tribunal fédéral statue en procédure ordinaire (<ref-law>) ou simplifiée (<ref-law>); dans la seconde, le juge instructeur statue comme juge unique sur la radiation du rôle, sans qu'un jugement d'irrecevabilité soit rendu (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2). L'<ref-law> vise les cas dans lesquels la disparition de l'intérêt au recours est relativement claire, de sorte qu'il ne reste guère matière à décision (cf. Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, in FF 2001 p. 4089; arrêts 5A_554/2012 du 14 décembre 2012 consid. 1; 5A_489/2011 du 29 août 2011 consid. 2; 1B_271/2010 consid. 2.3). Tel est le cas en l'espèce au vu de l'objet du recours.
2.
2.1. Selon l'<ref-law>, a qualité pour former un recours en matière civile quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et est particulièrement touché par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou sa modification (let. b). Il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir au Tribunal fédéral selon l'<ref-law>, lorsqu'ils ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 1.2).
L'intérêt digne de protection consiste en l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait au recourant en lui évitant de subir un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait (ATF <ref-ruling> consid. 1.2.2 et les références). L'intérêt à recourir doit être actuel. Il ne doit pas avoir disparu en raison de faits nouveaux. Le Tribunal fédéral renonce exceptionnellement à l'exigence d'un intérêt actuel si la situation qui a donné lieu aux griefs invoqués est susceptible de se répéter à n'importe quel moment de manière à rendre pour ainsi dire impossible un contrôle judiciaire en temps opportun dans un cas concret (intérêt dit «virtuel»; <ref-ruling> consid. 1.1 et les références; <ref-ruling> consid. 1.7). L'intérêt à recourir doit en outre être personnel, en ce sens qu'il n'est, sauf exceptions non réalisées en l'espèce, pas admis d'agir en justice pour faire valoir non pas son propre intérêt mais l'intérêt de tiers, voire même l'intérêt général ( KATHRIN KLETT, in Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2 ème éd., 2011, n° 4 s. ad <ref-law>).
2.2. En l'espèce, la décision entreprise portait uniquement sur l'effet suspensif durant la procédure de recours cantonale. Dans la mesure où la décision au fond a été rendue, la recourante n'a plus d'intérêt digne de protection à recourir contre la décision incidente, de sorte que la cause, devenue sans objet, doit être rayée du rôle.
3.
3.1.
3.1.1. Aux termes de l'<ref-law>, applicable en vertu du renvoi de l'<ref-law>, lorsqu'un procès devient sans objet, le Tribunal fédéral statue sur les frais du procès par une décision sommairement motivée, en tenant compte de l'état de choses existant avant le fait qui met fin au litige. Le Tribunal fédéral doit commencer par déterminer l'issue probable du litige. S'il n'est pas en mesure de le faire sur le vu du dossier, il doit appliquer les principes généraux du droit de procédure, lesquels commandent de mettre les frais et dépens à la charge de la partie qui a provoqué la procédure devenue sans objet ou chez qui résident les motifs pour lesquels elle a pris fin de la sorte (<ref-ruling> consid. 4a; arrêt 1B_271/2010 du 20 novembre 2010 consid. 2.5).
3.1.2. Conformément à l'<ref-law>, les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral sont notifiées par écrit et elles doivent contenir "les motifs déterminants de fait et de droit" (let. b). Ce n'est que si ces conditions sont remplies que le Tribunal fédéral peut vérifier si le droit a été appliqué correctement dans le cas concret (<ref-ruling> consid. 8.2; arrêt 5A_524/2010 du 9 février 2011 consid. 3.3). Si une décision attaquée ne satisfait pas à ces exigences, le Tribunal fédéral peut soit la renvoyer à l'autorité cantonale en invitant celle-ci à la parfaire, soit l'annuler (<ref-law>).
3.2. En l'espèce, l'autorité cantonale s'est bornée à refuser la requête d'effet suspensif "vu les faibles chances de succès du recours", en renvoyant seulement à l'art. 38 § 3 du règlement d'arbitrage de la Chambre de commerce de Zurich et à l'art. 44 CIA, mais sans préciser les motifs de sa subsomption, ce qui paraît insuffisant au regard de l'<ref-law>, violation que le Tribunal fédéral peut examiner d'office (cf. <ref-law>). Néanmoins, au vu de la décision rendue au fond, un renvoi de la décision attaquée à l'autorité cantonale en application de l'<ref-law> ne se justifie plus. Au vu de ces circonstances, il y a lieu de renoncer à percevoir des frais judiciaires (art. 66 al. 1 2 ème phr. LTF) et de compenser les dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Président prononce:
1.
La cause 5A_56/2013 est rayée du rôle.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Les dépens sont compensés.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre civile.
Lausanne, le 13 juin 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Achtari