Sachverhalt:
A. Die 1950 geborene L._ erhielt seit 1. März 2001 eine halbe Rente der Invalidenversicherung, nachdem sie am 4. März 2000 bei ihrer Tätigkeit als Pflegeassistentin im Spital M._ eine traumatische Kontusion des rechten Handrückens erlitt und seither an einem chronischen Schulter-Arm-Syndrom rechts und einem intervenierenden Lumbovertebralsyndrom leidet (Arztbericht des Dr. med. H._, Facharzt FMH für Allgemeine Medizin, vom 19. Juni 2007; Verfügung vom 18. März 2004). Gemäss Mitteilung der IV-Stelle des Kantons Thurgau vom 31. August 2004 ergab eine durchgeführte Rentenrevision bei einem Invaliditätsgrad von 51 % einen unveränderten Rentenanspruch. Nachdem die Basler Versicherungen als zuständiger Unfallversicherer mit Verfügung vom 28. Juni 2007 eine Rente basierend auf einem Invaliditätsgrad von 30 % zusprachen, stellte die IV-Stelle, damit übereinstimmend, im Rahmen einer erneuten Rentenrevision ihre Rentenleistungen mit Verfügung vom 25. Juli 2008 auf Ende des folgenden Monats ein, da sich der Gesundheitszustand von L._ verbessert habe und demnach bei einem Invaliditätsgrad von 30 % keine Rente der Invalidenversicherung mehr geschuldet sei.
B. Die hiegegen geführte Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau mit Entscheid vom 28. Januar 2009 ab.
C. L._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids sei ihr weiterhin eine halbe Rente der Invalidenversicherung zuzusprechen.
Kantonales Gericht und IV-Stelle beantragen die Abweisung der Beschwerde, das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Dabei legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen im Verfahren vor Bundesgericht nur so weit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
1.2 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen beschlägt die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln eine Rechtsfrage (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil 8C_74/2008 vom 22. August 2008 E. 2.3). Soweit hingegen die Beurteilung der Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird, geht es um eine Rechtsfrage (<ref-ruling>). Analoges gilt auch für die Frage, ob sich eine Arbeits(un)fähigkeit in einem bestimmten Zeitraum in einem rentenrevisionsrechtlich relevanten Sinne (<ref-law>; Art. 87 Abs. 3 und 4 IVV) verändert hat (Urteil I 692/06 vom 19. Dezember 2006 E. 3.1).
2. Das kantonale Gericht hat <ref-law> sowie die dazu ergangene Rechtsprechung, woraus sich die Voraussetzungen für eine Rentenrevision ergeben, richtig erwähnt. Weiter enthält der angefochtene Entscheid die Bestimmungen und Grundsätze über die Anpassung von Dauerrechtsverhältnissen auf dem Wege der Wiedererwägung (<ref-law>). Darauf kann verwiesen werden. Sodann ist es Aufgabe des Arztes, den Gesundheitszustand zu beurteilen sowie zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person Stellung zu nehmen (<ref-ruling> E. 4 S. 261). Der Beweiswert eines ärztlichen Berichtes beurteilt sich danach, ob er für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt und in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, sowie in der Beschreibung der medizinischen Situation und Zusammenhänge einleuchtet und die Schlussfolgerungen des Arztes begründet sind (<ref-ruling> E. 3a S. 352; Urteil 9C_55/2008 vom 26. Mai 2008 E. 4.2).
3. Strittig und zu prüfen ist, ob das kantonale Verwaltungsgericht zu Recht die von der IV-Stelle verfügte Einstellung der seit März 2001 gewährten Invalidenrente bestätigt hat, wobei die Beschwerdeführerin weder die Voraussetzungen der Wiedererwägung der ursprünglichen Rentenverfügung für gegeben hält, noch eine revisionsweise Leistungseinstellung als rechtmässig erachtet.
3. Strittig und zu prüfen ist, ob das kantonale Verwaltungsgericht zu Recht die von der IV-Stelle verfügte Einstellung der seit März 2001 gewährten Invalidenrente bestätigt hat, wobei die Beschwerdeführerin weder die Voraussetzungen der Wiedererwägung der ursprünglichen Rentenverfügung für gegeben hält, noch eine revisionsweise Leistungseinstellung als rechtmässig erachtet.
3.1 3.1.1 Gemäss vorinstanzlichem Entscheid ist seit der ursprünglichen, rechtskräftigen Rentenverfügung vom 18. März 2004 bis zur rentenaufhebenden Verfügung vom 25. Juli 2008 (vgl. zum revisionsrechtlich massgeblichen Vergleichszeitraum: <ref-ruling>) keine revisionsrechtlich erhebliche Änderung der Verhältnisse in gesundheitlicher Hinsicht eingetreten: Nach den Feststellungen des kantonalen Gerichts bestand bereits im März 2004 gestützt auf den Bericht des Zentrums Y._ vom 22. Januar 2003 eine zumutbare Arbeitsfähigkeit für leichte Tätigkeiten mit vermehrten Pausen im Rahmen von 70 %, was mit der Einschätzung der Klinik S._ übereinstimme, wo sich die Versicherte vom 26. Februar bis 24. März 2007 zu einer arbeitsspezifischen Rehabilitation aufhielt, wobei in beiden Berichten auf eine Symptomausweitung, eine muskuläre Dekonditionierung und eine Selbstlimitierung hingewiesen worden sei (Bericht vom 27. Februar 2007 [recte wohl: 27. März 2007]). Damit sei die ursprüngliche Verfügung, da ohne Berücksichtigung des Berichts des Zentrums Y._ ergangen, offensichtlich rechtsfehlerhaft und die Voraussetzungen einer Wiedererwägung erfüllt.
3.1.2 Weiter ging das kantonale Gericht davon aus, dass sich die tatsächlichen Verhältnisse in erwerblicher Hinsicht verändert hätten, da die Versicherte ihre bisherige Stelle als Schwesternhilfe im Spital M._ im Umfang von 50 % aus gesundheitlichen Gründen auf den 31. Dezember 2006 verloren habe und seit 16. April 2007 nurmehr 10 Stunden in der Woche in einer Privatklinik als Schwesternhilfe tätig sei. Damit sei der Invaliditätsgrad nicht mehr mittels Prozentvergleich, sondern durch Einkommensvergleich gestützt auf Tabellenlöhne zu ermitteln, was einen Invaliditätsgrad von 30 % ergäbe. Daher sei die Einstellung der Rentenleistungen auch unter revisionsrechtlichen Gesichtspunkten im Sinne von <ref-law> zu schützen.
3.2 Der Revisionsordnung nach <ref-law> geht der Grundsatz vor, dass die Verwaltung befugt ist, jederzeit von Amtes wegen auf eine formell rechtskräftige Verfügung, welche nicht Gegenstand materieller richterlicher Beurteilung gebildet hatte, zurückzukommen, wenn sich diese als zweifellos unrichtig erweist und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist. Unter diesen Voraussetzungen kann die Verwaltung eine Rentenverfügung auch dann abändern, wenn die Revisionsvoraussetzungen des <ref-law> nicht erfüllt sind. Wird die zweifellose Unrichtigkeit der ursprünglichen Rentenverfügung erst vom Gericht festgestellt, so kann es die auf <ref-law> gestützte Revisionsverfügung der Verwaltung mit dieser substituierten Begründung schützen (<ref-ruling> E. 2 S. 369; Urteil 9C_11/2008 vom 29. April 2008 E. 2 und 4.2 mit Hinweisen).
Eine voraussetzungslose Neubeurteilung der invaliditätsmässigen Voraussetzungen genügt nach ständiger Rechtsprechung nicht für eine wiedererwägungsweise Herabsetzung der Invalidenrente. Die Aufhebung der Rente mit der substituierten Begründung der Wiedererwägung kann nur bei Unvertretbarkeit der ursprünglichen Rentenzusprechung erfolgen (vgl. statt vieler Urteil 9C_114/2008 vom 30. April 2008 mit Hinweisen).
Eine voraussetzungslose Neubeurteilung der invaliditätsmässigen Voraussetzungen genügt nach ständiger Rechtsprechung nicht für eine wiedererwägungsweise Herabsetzung der Invalidenrente. Die Aufhebung der Rente mit der substituierten Begründung der Wiedererwägung kann nur bei Unvertretbarkeit der ursprünglichen Rentenzusprechung erfolgen (vgl. statt vieler Urteil 9C_114/2008 vom 30. April 2008 mit Hinweisen).
3.3 3.3.1 Der Zusprechung einer halben Rente lag hauptsächlich die Einschätzung der Arbeitsfähigkeit des Vertrauensarztes der IV-Stelle, Dr. med. B._, Spezialarzt FMH, für Innere Medizin, speziell Rheumaerkrankungen, gemäss Bericht vom 18. November 2002, zugrunde. Bezüglich der Arbeitsfähigkeit führte dieser aus, der Versicherten sei ein Halbtagspensum mit leichter Arbeit auf der Wöchnerinnenabteilung zumutbar, was ihrer damaligen Tätigkeit am Spital M._ entsprach. Für eine Ganztagsarbeit sei sie noch nicht einsatzfähig, da sie im rechten Arm vorzeitig ermüde, was zu zunehmenden Verspannungen führe. Die Einschätzung des Dr. med. B._ beruhte vornehmlich auf den subjektiven Angaben der Versicherten, ohne Auseinandersetzung mit den übrigen ärztlichen Aussagen und ohne eigentliche Diagnosestellung. Überdies ging Dr. med. B._ ausdrücklich von einem nicht abgeschlossenen Heilungsverlauf aus und hielt dementsprechend fest, dass in einem Jahr eine Verlaufskontrolle mit Neubeurteilung vorzunehmen sei. Daher hätte vor dem Entscheid über die Rente mehr als ein Jahr nach dieser Begutachtung die Arbeitsfähigkeit nochmals eingehend abgeklärt werden müssen, was indessen unterblieb. Sodann erging die Verfügung im März 2004 ohne Berücksichtung des Berichts des Zentrums Y._ vom 22. Januar 2003, wo die Versicherte im Auftrag der Unfallversicherung rund zwei Wochen nach der Begutachtung bei Dr. med. B._ eingehend in ihrer arbeitsbezogenen funktionellen Leistungsfähigkeit getestet wurde. Im Bericht wurde ausgeführt, es bestehe eine Schmerzfixierung, welche sich in einer zu niedrigen Selbsteinschätzung (PACT-Wert), in einem regelmässig hohen Schmerzniveau (NRS) mit geringer Bandbreite sowie in einer subjektiv fehlenden Zumutbarkeit der Steigerung der Belastbarkeit äussere. Die angestammte berufliche Tätigkeit als Schwesternhilfe sei ihr ganztag mit zusätzlichen zwei Stunden Pause, zumutbar. Der Verbleib am bisherigen Arbeitsplatz wurde, verbunden mit einer Steigerung des Arbeitspensums, empfohlen. Das Zentrum kam dementsprechend zum Schluss, aus rheumatologischer Sicht und gestützt auf die Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit sei eine leichte Tätigkeit (mit vermehrten Pausen) ganztags im Umfang von 70 % zumutbar. Aufgrund der Schmerzchronifizierung und einer möglichen somatoformen Schmerzstörung wurde ein Termin für eine psychiatrische Zusatzbeurteilung vereinbart, welchen die Versicherte aber - gemäss Bericht des Zentrums Y._ - mit der Bemerkung, es liege keine psychiatrische Störung vor, nicht wahrgenommen habe.
3.3.2 Damit erfolgte die Zusprechung einer halben Rente auf keiner schlüssigen, nachvollziehbaren fachärztlichen Einschätzung der Arbeitsfähigkeit. Die auf ungenügenden Grundlagen beruhende Invaliditätsbemessung ist in Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes nicht rechtskonform und die entsprechende Verfügung demzufolge zweifellos unrichtig im wiedererwägungsrechtlichen Sinn (Urteil 9C_562/2008 vom 3. November 2008 E. 6.2.1 und Urteil 9C_960/2008 vom 6. März 2009 E. 4.2). Das Gericht hat es indessen unterlassen, der Beschwerdeführerin vorgängig Gelegenheit zu geben, sich zur Substitution der Begründung zu äussern, was eine Verletzung des rechtlichen Gehörs darstellt (<ref-law>). Gegen eine Heilung des Mangels in diesem Verfahren spricht die eingeschränkte Kognition des Bundesgerichts in Bezug auf den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt (<ref-law> sowie Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG) sowie der grundsätzliche Anspruch auf Einhaltung des Instanzenzugs (<ref-ruling> E. 2c in fine S. 417). Dass die Behebung des Mangels jedoch für den Ausgang des Verfahrens von entscheidender Bedeutung sein könnte, wird in der Beschwerde nicht vorgebracht, sodass die Gehörsverletzung nicht zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids führt (Urteil 9C_562/2008 vom 3. November 2008 E. 6.1 mit Hinweisen). Damit bedarf die Frage, ob die Revisionsvoraussetzungen erfüllt sind, keiner abschliessenden Prüfung, da die Revisionsverfügung vom 25. Juli 2008 jedenfalls unter dem Blickwinkel der substituierten Begründung der Wiedererwägung zu schützen ist (vgl. E. 3.2 hievor).
3.4 Steht die zweifellose Unrichtigkeit der ursprünglichen Rentenverfügung fest und ist die Berichtigung von erheblicher Bedeutung, was auf periodische Dauerleistungen regelmässig zutrifft (vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 480 mit Hinweisen; Urteil 9C_655/2007 vom 4. Januar 2008 E. 2), sind die Anspruchsberechtigung und allenfalls der Umfang des Anspruchs pro futuro zu prüfen (Urteil 9C_215/2007 vom 2. Juli 2007 E. 6.1). Es ist wie bei einer materiellen Revision nach <ref-law> auf der Grundlage eines richtig und vollständig festgestellten Sachverhalts der Invaliditätsgrad bei Erlass der streitigen Verfügung zu ermitteln, woraus sich die Anspruchsberechtigung und allenfalls der Umfang des Anspruchs ergeben (Urteile 9C_960/2008 vom 6. März 2009 E. 1.2; 8C_339/2008 vom 11. November 2008 E. 3.3 und 9C_11/2008 vom 29. April 2008 E. 4.2.1).
3.5 In medizinischer Hinsicht hat die Vorinstanz erwogen, der Beschwerdeführerin sei im Wesentlichen gestützt auf die Berichte des Zentrums Y._ vom 22. Januar 2003 und der Klinik S._ vom 22. Februar 2007 [recte wohl: 22. März 2007] die angestammte Tätigkeit als Pflegehilfe wie auch eine adaptierte Tätigkeit im Umfang von 70 % zumutbar.
3.5.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, beide Berichte würden den beweisrechtlichen Vorgaben, wie sie sich aus der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 352) ergeben, nicht gerecht; sie seien weder schlüssig noch in sich widerspruchsfrei. Sie beanstandet somit letztlich die Bundesrechtskonformität der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung (<ref-law>; vgl. oben E. 1.3).
3.5.2 Entgegen den Vorbringen in der Beschwerde mangelt es dem Bericht des Zentrums Y._ nicht bereits deshalb an Beweiskraft, weil er sich nicht explizit mit den Vorakten auseinandersetzt, zumal er in Kenntnis derselben abgegeben wurde, in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und in den Schlussfolgerungen überzeugt (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Die Arbeitsfähigkeitsschätzung wurde aus rheumatologischer Sicht und abstützend auf die Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit abgegeben. Der Umstand, dass aufgrund der Schmerzchronifizierung und einer allfälligen somatoformen Schmerzsstörung eine psychiatrische Zusatzbeurteilung hätte erfolgen sollen, wozu die Versicherte offenbar nicht bereit war, schmälert den Beweiswert ebenso wenig. Die Beschwerdeführerin macht denn auch letztinstanzlich keine Beschwerden in psychischer Hinsicht geltend. Selbst wenn eine in den Akten erwähnte Schmerz- oder Anpassungsstörung vorliegen würde, besteht die Vermutung, dass eine solche in der Regel mit zumutbarer Willensanstrengung überwindbar (<ref-ruling> f. E. 4.2.1 S. 70; <ref-ruling> E. 1.2 S. 50; <ref-ruling> und 396) und nur ausnahmsweise invalidisierend ist. Nachdem keine Anhaltspunkte darauf hinweisen, dass ein Ausnahmefall vorliegt, ist der vorinstanzliche Schluss auf das Fehlen einer psychiatrischen Störung von Krankheitswert im invalidenversicherungsrechtlichen Sinne in antizipierter Beweiswürdigung (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 94; <ref-ruling> E. 1d S. 162) nicht offensichtlich unrichtig oder bundesrechtswidrig.
3.5.3 Ferner sind die gegen den Bericht der Klinik S._ vom 27. Februar 2007 vorgebrachten formellen und materiellen Einwände nicht geeignet, dessen Beweiswert zu schmälern. Richtig ist zwar, dass der Bericht mit 27. Februar 2007 datiert ist. Dabei handelt es sich aber um einen Verschrieb, da aufgrund des Berichtsinhalts offensichtlich ist, dass dieser nicht bereits einen Tag nach Klinikeintritt (26. Februar 2007) erstellt worden war, sondern vielmehr anzunehmen ist, dass der Bericht am 27. März 2007, mithin drei Tage nach dem Austritt (24. März 2007) abgefasst worden war. Ebenso wenig ist zu bemängeln, dass lediglich die ersten drei, jedoch entscheidrelevanten Berichtsseiten, mit den Inhalten "Diagnosen", "Beurteilung und Verlauf der Rehabilitation" sowie "Getroffene und vorgeschlagene Massnahmen", worin sich auch die relevanten Angaben zur medizinisch-theoretischen Arbeitsfähigkeit finden, durch einen Oberarzt, Assistenzarzt und einen Physiotherapeuten unterzeichnet wurden. Schliesslich vermag auch der Umstand, dass der mitunterzeichnende Assistenzarzt Dr. med. U._ im Schreiben vom 15. März und im Kurzbericht der Klinik S._ vom 22. März 2007 sowie im gleichentags abgefassten ärztlichen Zeugnis noch von einer 50%igen Arbeitsfähigkeit ausging, die vorinstanzliche Annahme einer 70%igen Restarbeitsfähigkeit in der angestammten sowie in einer leidensadaptierten Tätigkeit, nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen. Das kantonale Gericht hat demnach den massgebenden medizinischen Sachverhalt nicht fehlerhaft ermittelt, indem es der von Oberarzt Dr. med. I._ und Assistenzarzt Dr. med. U._ gemeinsam getroffenen und nachvollziehbaren Einschätzung gemäss Schlussbericht, zusammen mit den Angaben zur Leistungsfähigkeit im Bericht des Zentrums Y._ vom 22. Januar 2003 folgte und nicht auf die nicht näher begründeten Einschätzungen der Arbeitsfähigkeit des behandelnden Dr. med. R._, Leitender Arzt Handchirurgie, Spital M._, und des Hausarztes Dr. med. H._ sowie des Dr. med. T._, FMH Rheumatologie und Rehabilitation, abstellte. Wenn die Vorinstanz überdies ausführte, der Verweis im Bericht der Klinik S._, sofern die Arbeitsfähigkeit noch exakter bestimmt werden müsste, werde eine Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit (EFL) empfohlen, sei dahingehend zu verstehen, dass damit einzig noch genauere Angaben zu den Verweisungstätigkeiten möglich wären, lässt sich dies beweisrechtlich nicht beanstanden.
4. 4.1 Zu prüfen bleiben die erwerblichen Auswirkungen des Gesundheitsschadens, wobei die gesetzlichen und rechtsprechungsgemässen Regeln über die Durchführung des Einkommenvergleichs, einschliesslich derjenigen über die Anwendung der Schweizerischen Lohnstrukturerhebung, sich als Rechtsfragen (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399) charakterisieren, die im Rahmen der Kognitionsregelung (oben E. 2) frei überprüfbar sind.
4.2 Die Versicherte geht auch weiterhin einer Tätigkeit als Schwesternhilfe nach, wobei sie ihre verbliebene Arbeitsfähigkeit mit einem Pensum von 10 Stunden pro Woche nicht voll ausschöpft. Unter den gegebenen Umständen kann die Ermittlung der Einschränkung der Versicherten im erwerblichen Bereich durchaus aufgrund eines Prozentvergleichs erfolgen: Denn im Hinblick darauf, dass die Beschwerdeführerin in der bisherigen Tätigkeit als Pflegehilfe in einem Spital hinreichend eingegliedert ist, ist anzunehmen, dass sie an einem geeigneten anderen Arbeitsplatz in der Lage wäre, ein entsprechendes Einkommen zu erzielen, womit für beide hypothetischen Einkommen (mit und ohne Invalidität) der Lohn massgebend ist, den sie als Pflegehilfe erzielen könnte, sodass sich die Erwerbseinbusse anhand der in Prozenten angegebenen Arbeitsunfähigkeit festlegen lässt und sich ein Einkommensvergleich mittels Tabellenlöhnen erübrigt. Es ist davon auszugehen, dass die Versicherte, entsprechend ihrer Arbeitsfähigkeit, 70 % des Validenlohnes zu erzielen vermöchte (zur Zulässigkeit des Prozentvergleichs vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 312, 104 V 135 E. 2b S. 137), was einem Invaliditätsgrad von 30 % entspricht.
Im Übrigen hätte auch ein Einkommensvergleich mit den Zahlen, welche das kantonale Gericht korrekt verwendet hat, zu keinem anderen Ergebnis geführt. In Anbetracht ihrer Berufserfahrung ist es gerechtfertigt, bei der Festsetzung des Invalideneinkommens auf den Tabellenlohn abzustellen, welcher der bisherigen Tätigkeit entspricht (LSE 2006, TA1 Frauen im Gesundheits- und Sozialwesen, Anforderungsniveau 4). Gestützt hierauf und bei einer - unter wiedererwägungsrechtlichen (und nicht revisionsrechtlichen) Gesichtspunkten - zu berücksichtigenden gesundheitlich bedingten Einschränkung der Arbeitsfähigkeit um 30 %, ist das von der Vorinstanz trotz Gesundheitsschadens erzielbare Einkommen (Invalideneinkommen) zu bestätigen, welches sie unter Berücksichtigung einer betriebsüblichen Arbeitszeit von 41.5 Std./Woche mit Fr. 38'668.- beziffert hat. Nicht zu bemängeln ist, dass die Vorinstanz keinen leidensbedingten Abzug zugestanden hat. Der Abzug hat nicht automatisch zu erfolgen, sondern nur dann, wenn Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die versicherte Person wegen eines oder mehrerer Merkmale (leidensbedingte Einschränkung, Alter, Dienstjahre, Nationalität/Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad) die verbliebene Arbeitsfähigkeit nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann. Da bei der Beschwerdeführerin der gesundheitlichen Einschränkung mit der Reduktion des Pensums in der bisherigen Tätigkeit Rechnung getragen wird, rechtfertigt sich dafür kein zusätzlicher Abzug; für eine Berücksichtigung der übrigen Kriterien gibt es keinen Anlass. Es resultiert demnach ein Invalideneinkommen von Fr. 38'668.-. Aus der Gegenüberstellung mit dem unbestritten gebliebenen Valideneinkommen von Fr. 52'563.25 (2002), was angepasst an die Nominallohnentwicklung bis 2006 ein solches von Fr. 55'403.- ergab (vgl. Tabelle T1.2.93 Nominallohnindex Frauen 2002-2008, Gesundheits- und Sozialwesen; abrufbar unter: unter http://www.bfs.admin.ch), resultiert ein Invaliditätsgrad von (gerundet) 30 %, sodass der vorinstanzliche Entscheid im Ergebnis zu bestätigen ist.
5. Die Beschwerdeführerin hat als unterliegende Partei die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau, der Ausgleichskasse des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla