Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführer) liess im Jahre 2007 auf zwei Baustellen in Brugg und Villigen durch die X._ GmbH (Beschwerdegegnerin) Gipserarbeiten für den Grundputz ausführen. Er weigerte sich jedoch in der Folge, die dafür gestellte Rechnung zu begleichen. Zur Begründung führte er an, die Grundputzarbeiten seien mangelhaft ausgeführt worden und hätten durch aufwendige Spitz- und Handarbeiten nachgebessert werden müssen, weshalb er den Rechnungsbetrag mit dem Nachbesserungsaufwand verrechne.
B. Die Beschwerdegegnerin erhob am 18. Januar 2008 gegen den Beschwerdeführer Klage auf Zahlung von Fr. 53'316.-- nebst Zins und Kosten, welche das Bezirksgericht Brugg am 14. Oktober 2008 vollumfänglich schützte. Die gegen dieses Urteil erhobene Appellation des Beschwerdeführers wies das Obergericht des Kantons Aargau am 18. Mai 2010 ab.
C. Der Beschwerdeführer erhebt Beschwerde in Zivilsachen, mit der er dem Sinne nach beantragt, das Urteil des Obergerichts vom 18. Mai 2010 aufzuheben und das Verfahren zur Sachverhaltsergänzung betreffend die Mängel der Arbeit der Beschwerdegegnerin und die Kosten der Mängelbehebung und zur Neuentscheidung an das Bezirksgericht zurückweisen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252).
1.2 Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 466 f.).
2. 2.1 Die Vorinstanz qualifizierte den von den Parteien abgeschlossenen Vertrag als Werkvertrag und führte aus, es sei erstellt, dass es auf der Baustelle Villigen wegen schlechter Arbeit zu Problemen kam und dass der Grundputz Löcher aufwies, wogegen auf der Baustelle Brugg lediglich kleinere Mängel aufgetaucht seien, welche die Beschwerdegegnerin zum grossen Teil behoben habe. Der auf der Baustelle Villigen tätige Bauführer habe die dort nicht ordnungsgemäss ausgeführten Arbeiten dem Beschwerdeführer, mit dem er in einem eigenen Vertragsverhältnis gestanden sei, jeweils vor Ort oder persönlich mitgeteilt. Dass der Beschwerdeführer die betreffenden Rügen auch an die Beschwerdegegnerin weitergeleitet habe, sei damit jedoch nicht erstellt. Der Beschwerdeführer habe aufgrund des Zugeständnisses der Beschwerdegegnerin lediglich nachzuweisen vermocht, dass er die behaupteten Mängel erstmals zwei Monate nach Abschluss der Arbeiten gerügt habe. Selbst wenn die zu diesem Zeitpunkt erfolgte Mängelrüge hinreichend substanziiert gewesen sein sollte, wäre sie als verspätet zu betrachten. Da es somit am Nachweis einer rechtzeitigen, substanziierten Mängelrüge fehle, hätten die Arbeiten der Beschwerdegegnerin als genehmigt zu gelten und sei diese nach <ref-law> von der Mängelhaftung befreit. Die Werklohnforderung sei somit begründet.
2.2 Der Beschwerdeführer beanstandete die Anwendung der Bestimmungen über den Werkvertrag nicht und erhebt auch keine substanziierten Sachverhaltsrügen (vgl. E. 1 hiervor), rügt jedoch sinngemäss, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt, indem sie Verwirkung der Mängelrechte mangels rechtzeitiger Mängelrüge angenommen habe. Was er dazu ausführt, belegt indessen, dass er die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz missverstanden hat. Er bringt vor, die Vorinstanz vertrete den Standpunkt, es genüge nicht, wenn der Unternehmer rechtzeitig eine Mängelrüge erhalte und daraus entnehme, dass seine Arbeit vom Besteller nicht angenommen werde. Vielmehr müsse der Besteller selber diese Mängelrüge erstattet haben. Diese Rechtsauffassung lässt sich indessen dem angefochtenen Urteil nicht entnehmen. Vielmehr geht die Vorinstanz davon aus, die vom Bauführer bemerkten Mängel seien innerhalb der Rügefrist lediglich dem Besteller, nicht aber dem Unternehmer angezeigt worden. Inwiefern bei dieser Sachlage eine Bundesrechtsverletzung gegeben sein soll, zeigt der Beschwerdeführer nicht auf und ist nicht ersichtlich.
3. Aus den dargelegten Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin ist nicht anwaltlich vertreten, weshalb ihr keine Parteientschädigung zuzusprechen ist (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 4 S. 446 mit Hinweis).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. September 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Gelzer