hat sich ergeben:
A.- Die Gewerbehaus Seedamm AG (Klägerin) vermietete seit dem 1. April 1988 der GDS General Data Systems AG (Beklagte) diverse Räumlichkeiten an der Gwattstrasse in Pfäffikon. Der monatliche Mietzins betrug Fr. 2'500.--. Mit Schreiben vom 3. September 1998 setzte die Klägerin der Beklagten eine letzte Frist bis zum 13. September 1998 zur Bezahlung des Mietzinses für August 1998 und drohte die Kündigung an, falls die Zahlung nicht fristgerecht erfolge. Als die Beklagte dieser Zahlungsaufforderung nicht nachkam, kündigte die Klägerin das Mietverhältnis mit Formular vom 11. November 1998 auf den 31. Dezember 1998.
B.- Die Beklagte focht die Kündigung bei der zuständigen Schlichtungsbehörde Höfe fristgerecht an. Diese entschied am 4. Februar 1999, dass die Kündigung gültig und eine Erstreckung ausgeschlossen sei. Der Entscheid wurde am 8. Februar 1999 versandt und ging der Beklagten am 10. Februar 1999 zu. Am 17. Februar 1999 stellte die Klägerin beim Bezirksgericht Höfe das Begehren, die Beklagte aus dem Mietobjekt auszuweisen. Am 22. März 1999 verfügte der Einzelrichter des Bezirks Höfe diese Ausweisung. Gegen die Verfügung des Bezirksgerichts legte die Beklagte bei der 1. Rekurskammer des Kantonsgerichts Schwyz Rekurs ein. Dieses wies den Rekurs am 29. September 1999 ab.
C.- Gegen diesen Beschluss hat die Beklagte Berufung erhoben. Sie beantragt den angefochtenen Beschluss aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, auch über die Wirkung der Kündigung vom 11. November 1998 zu entscheiden bzw. das Ausweisungsbegehren der Klägerin abzuweisen. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Der Ausweisungsbefehl ist nach dem Recht des Kantons Schwyz mit unbeschränkter Rechtskraftwirkung ausgestattet. Es handelt sich um einen Endentscheid im Sinne von Art. 48 OG. Da die übrigen formellen Voraussetzungen ebenfalls erfüllt sind, ist auf die Berufung einzutreten.
2.- a) In ihrer Eingabe an das Bezirksgericht macht die Beklagte geltend, sie habe mit Schreiben vom 11. September 1998 den ausstehenden Mietzins durch Verrechnung getilgt. Daher sei die Kündigung ungültig. Das Bezirksgericht beurteilte diese Frage mangels Zuständigkeit nicht. Das Kantonsgericht schloss sich der Auffassung des Bezirksgerichts an. Nachdem die Schlichtungsstelle ihren Entscheid gefällt habe, sei das Verfahren nicht mehr bei dieser hängig. Daher habe die Schlichtungsbehörde das Verfahren nicht an den Ausweisungsrichter weiterleiten müssen. Die Beklagte habe den Entscheid der Schlichtungsbehörde nicht innert Frist angefochten. Somit sei er in Rechtskraft erwachsen und könne vom Bezirksgericht nicht überprüft werden.
b) Die Beklagte führt dagegen an, die Klägerin habe während laufender Anfechtungsfrist das Ausweisungsbegehren gestellt. Damit sei gemäss <ref-law> der Ausweisungsrichter bundesrechtlich verpflichtet, die Gültigkeit der Kündigung zu beurteilen.
3.- a) Nach <ref-law> entscheidet die für die Ausweisung zuständige Behörde auch über die Wirkung der Kündigung, wenn der Vermieter eine ausserordentliche Kündigung, namentlich wegen Zahlungsverzugs (lit. a), ausgesprochen hat und diese Kündigung angefochten worden ist. Dies macht die Durchführung mehrerer Verfahren überflüssig und dient der beförderlichen Erledigung von mietrechtlichen Auseinandersetzungen (<ref-ruling> E. 2c S. 95 mit Hinweis). Voraussetzung ist die Hängigkeit sowohl des Ausweisungs- als auch des Anfechtungsverfahrens. Hierbei ist unerheblich, ob das Anfechtungsverfahren vor der Schlichtungsbehörde oder vor dem Anfechtungsrichter hängig ist (<ref-ruling> E. 2c S. 558). Wird die Kündigung nicht fristgemäss angefochten, findet <ref-law> keine Anwendung, und der Ausweisungsrichter ist bundesrechtlich nicht zur Überprüfung der Kündigung auf mögliche Anfechtungsgründe zuständig.
b) Gemäss <ref-law> erlangt der Entscheid der Schlichtungsbehörde über die Gültigkeit der Kündigung Rechtskraft, wenn er nicht innert 30 Tagen angefochten wird. Innert dieser Frist hat die Beklagte weder gegenüber dem zuständigen Richter noch gegenüber dem Ausweisungsrichter oder einer anderen unzuständigen amtlichen Behörde erklärt, sie fechte den Entscheid der Schlichtungsstelle an. Damit erwuchs der Entscheid von Bundesrechts wegen in Rechtskraft und konnte vom Ausweisungsrichter nicht mehr überprüft werden. Als die Klägerin das Ausweisungsbegehren stellte, hatte die Schlichtungsbehörde ihren Entscheid bereits gefällt und den Parteien eröffnet. Damit war das Verfahren nicht mehr vor der Schlichtungsstelle hängig, sondern durch einen Entscheid abgeschlossen, auch wenn dieser Entscheid noch nicht in Rechtskraft erwachsen war. Die Schlichtungsstelle durfte das Verfahren nicht an den Ausweisungsrichter weiterleiten. Eine Überprüfung oder Abänderung des Entscheids der Schlichtungsstelle ist nur zulässig, sofern eine der Parteien innert der gesetzlichen Frist den getroffenen Entscheid anficht. Das hat die Beklagte nicht getan. Die Berufung erweist sich als offensichtlich unzulässig und ist daher abzuweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, und der Beschluss
des Kantonsgerichts des Kantons Schwyz (1. Rekurskammer) vom 29. September 1999 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beklagten auferlegt.
3.- Die Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht des Kantons Schwyz (1. Rekurskammer) schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 18. Januar 2000
LKC/bie
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: