Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zürich sprach X._ auf Berufung der Staatsanwaltschaft See/Oberland gegen den erstinstanzlichen Freispruch am 15. September 2008 des vorsätzlichen Fahrens in fahrunfähigem Zustand mit qualifizierter Blutalkoholkonzentration sowie des Nichtbeherrschens des Fahrzeugs schuldig. Es bestrafte ihn mit einer bedingten Geldstrafe von 45 Tagessätzen zu Fr. 160.-- bei einer Probezeit von zwei Jahren und mit einer Busse von Fr. 1'500.-- bzw. mit acht Tagen Haft im Falle der schuldhaften Nichtbezahlung der Busse. Die Untersuchungshaft von einem Tag rechnete es mit Fr. 160.-- an die Busse an.
B. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich erhebt gegen dieses Urteil Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Sie beantragt, das Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht des Kantons Zürich zurückzuweisen, damit es die Untersuchungshaft an die Geldstrafe anstatt an die Busse anrechne.
C. Das Obergericht des Kantons Zürich reichte mit Eingabe vom 9. Januar 2009 seine Vernehmlassung ein. Der Beschwerdegegner verzichtete auf eine Vernehmlassung zur Beschwerde.

Erwägungen:
1.1 Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft von einem Tag an die Busse verletze Bundesrecht. Die Untersuchungshaft sei an die Geldstrafe als Hauptstrafe anzurechnen. Bei der Busse handle es sich um eine Kombination von Verbindungsbusse nach <ref-law> und Übertretungsbusse nach <ref-law>.
Bei Übertretungen werde kaum je Untersuchungshaft angeordnet. Der Beschwerdeführer sei im vorliegenden Fall nicht wegen der Verletzung der Verkehrsregeln, sondern wegen des Verdachts des Fahrens in angetrunkenem Zustand in Untersuchungshaft versetzt worden. Bei der Anrechnung der Untersuchungshaft an die Übertretungsbusse fehle der Zusammenhang zwischen der Tat und der Haft. Eine Anrechnung an die Übertretungsbusse falle deshalb ausser Betracht.
Die Hauptstrafe sei im vorliegenden Fall auf die Geldstrafe anzurechnen, der Verbindungsbusse nach <ref-law> komme nur untergeordnete Bedeutung zu. Die Verbindungsbusse sei eingeführt worden, um durch den "spürbaren Denkzettel" eine generalpräventive Wirkung zu erzielen. Die Anrechnung der Untersuchungshaft an die Busse stehe der Zielsetzung der "Denkzettelfunktion" entgegen, bestehe diese doch gerade darin, dass die Busse bezahlt werden müsse.
In der Botschaft zum neuen Allgemeinen Teil des Strafgesetzbuches werde zudem davon ausgegangen, dass die Untersuchungshaft grundsätzlich an eine Freiheitsstrafe angerechnet werde. Gemäss <ref-law> werde die Untersuchungshaft an die Strafe angerechnet, wobei ein Tag Haft einem Tagessatz Geldstrafe oder vier Stunden gemeinnütziger Arbeit entspreche. Nicht erwähnt werde die Anrechnung der Untersuchungshaft an eine Verbindungsbusse, weshalb davon auszugehen sei, dass der Gesetzgeber diese Möglichkeit ausschliessen wollte.
Die Anrechnung der Untersuchungshaft auf die Hauptstrafe sei auch deswegen vorzuziehen, weil in Fällen, in welchen keine Geldstrafe ausgesprochen werde, unklar sei, zu welchem Umwandlungssatz sie an eine Busse anzurechnen sei.
1.2 Die Vorinstanz führt im Rahmen der Strafzumessung aus, die Untersuchungshaft von einem Tag sei gemäss <ref-law> in der Höhe eines Tagessatzes von Fr. 160.-- an die Busse anzurechnen, da die Busse sofort vollziehbar sei. In ihrer Vernehmlassung vom 9. Januar 2009 weist sie darauf hin, dass sie in der Zwischenzeit ihre Praxis geändert habe und die erstandene Untersuchungshaft nunmehr an die Hauptstrafe bzw. in der vorliegenden Konstellation nicht mehr an die Busse anrechne.
1.2 Die Vorinstanz führt im Rahmen der Strafzumessung aus, die Untersuchungshaft von einem Tag sei gemäss <ref-law> in der Höhe eines Tagessatzes von Fr. 160.-- an die Busse anzurechnen, da die Busse sofort vollziehbar sei. In ihrer Vernehmlassung vom 9. Januar 2009 weist sie darauf hin, dass sie in der Zwischenzeit ihre Praxis geändert habe und die erstandene Untersuchungshaft nunmehr an die Hauptstrafe bzw. in der vorliegenden Konstellation nicht mehr an die Busse anrechne.
1.3 1.3.1 Unter dem alten vor dem 1. Januar 2007 geltenden Recht war die Anrechnung von Untersuchungshaft an Bussen in aArt. 69 StGB ausdrücklich geregelt. Darin hielt der Gesetzgeber fest, dass "der Richter dem Verurteilten die Untersuchungshaft auf die Freiheitsstrafe anrechnet, soweit der Täter die Untersuchungshaft nicht durch sein Verhalten nach der Tat herbeigeführt oder verlängert hat. Lautet das Urteil nur auf Busse, so kann er die Dauer der Untersuchungshaft in angemessener Weise berücksichtigen." Gestützt auf den Wortlaut von aArt. 69 StGB war die Untersuchungshaft somit prioritär an die Freiheitsstrafe als Hauptstrafe anzurechnen.
1.3.2 Gemäss dem neuen <ref-law> rechnet das Gericht die Untersuchungshaft, die der Täter während dieses oder eines anderen Verfahrens ausgestanden hat, auf die "Strafe" an. Ein Tag Untersuchungshaft entspricht einem Tagessatz Geldstrafe oder vier Stunden gemeinnütziger Arbeit (Satz 2). Das Übertretungsstrafrecht in Artikel 103 ff. StGB regelt die Anrechnung von Untersuchungshaft an Bussen nicht, weshalb gestützt auf die Verweisung in <ref-law> die Bestimmungen des ersten Teils des Strafgesetzbuches - wozu auch <ref-law> zählt - anzuwenden sind.
<ref-law> spricht sich nicht darüber aus, auf welche "Strafen" die Untersuchungshaft anzurechnen ist, ob diese auch an eine Verbindungsbusse nach <ref-law> oder an eine Übertretungsbusse nach <ref-law> angerechnet werden kann bzw. welche Prioritätenordnung bei der Anrechnung an mehrere gleichzeitig ausgesprochene Strafarten gilt.
1.3.3 Das Gesetz muss in erster Linie aus sich selbst heraus, das heisst nach Wortlaut, Sinn und Zweck und den ihm zugrunde liegenden Wertungen auf der Basis einer teleologischen Verständnismethode ausgelegt werden. Auszurichten ist die Auslegung auf die ratio legis, die nicht nach den subjektiven Wertvorstellungen der Richter, sondern nach den Vorgaben des Gesetzgebers zu ermitteln ist (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 302 mit Hinweisen).
1.3.4 Die Botschaft vom 21. September 1998 zur Änderung des Strafgesetzbuches (BBl 1999 1979 ff., 2063) führt zu <ref-law> aus, "für Fälle, in denen keine Freiheitsstrafe ausgefällt wird, regelt Artikel 51 E die Anrechnung der Untersuchungshaft genauer als das geltende Recht. Die Regelung bezieht sich nicht nur auf die Geldstrafe, sondern auch auf die gemeinnützige Arbeit."
Weder in der Botschaft noch den parlamentarischen Beratungen zum neuen allgemeinen Teil des Strafgesetzbuches finden sich Hinweise, dass mit der neuen Fassung von <ref-law> eine Änderung in der Reihenfolge der Anrechnung von aArt. 69 StGB - wonach die Untersuchungshaft zunächst auf die Hauptstrafe anzurechnen ist - beabsichtigt gewesen wäre.
1.3.5 Die Literatur äussert sich - soweit ersichtlich - grösstenteils nicht zur Frage der Reihenfolge der Anrechnung von Untersuchungshaft an verschiedene gleichzeitig ausgesprochene Strafarten. Jeanneret spricht sich für eine Anrechnung der Untersuchungshaft an eine Busse als alleine ausgesprochene Strafe aus, wobei er vorschlägt, als Umrechnungssatz den Satz für die Umrechnung in die Ersatzfreiheitsstrafe bei schuldhafter Nichtbezahlung anzuwenden. Bei den nach <ref-law> kombiniert ausgesprochenen Strafen hält er eine Anrechnung auf die unbedingte Strafe dort als "akzeptierbar", wo die Strafen "gleicher Natur" sind, ohne sich darüber zu äussern, was er unter "gleicher Natur" versteht (Yvan Jeanneret, Les peines selon le nouveau code pénal, in: Partie générale du code pénal, 2007, S. 59 ff.). Stehen sich hingegen eine bedingte Freiheitsstrafe und eine unbedingte Geldstrafe oder Busse gegenüber, so befürwortet er eine Anrechnung an die Freiheitsstrafe. Zum Verhältnis der Anrechnung von Untersuchungshaft bei gleichzeitig ausgesprochener Geldstrafe und Übertretungsbusse äussert sich Jeanneret nicht (a.a.O.).
1.3.6 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum neuen Allgemeinen Teil des Strafgesetzbuches muss zu entziehende Freiheit wenn immer möglich mit bereits entzogener kompensiert werden (<ref-ruling> E. 5.1 S. 155 mit Hinweisen). Sowohl die Freiheitsstrafe als auch die Untersuchungshaft stellen einen Eingriff in die persönliche Freiheit dar. Die Untersuchungshaft als freiheitsentziehende Massnahme während des Strafverfahrens ist daher immer zuerst an eine Freiheitsstrafe anzurechnen, wie dies bereits unter dem alten Recht nach aArt. 69 StGB der Fall war, und zwar unabhängig davon, ob die Strafe bedingt oder unbedingt ausfällt. Dasselbe ergibt sich aus den Ausführungen in der Botschaft (vgl. E. 1.3.4, a.a.O.).
1.3.7 Bei gleichzeitiger Aussprechung einer Geldstrafe für ein Vergehen und einer Übertretungsbusse ist die Anrechnung der Untersuchungshaft an die Geldstrafe als Hauptstrafe vorzuziehen. Dies folgt aus dem Gesetzeswortlaut von <ref-law>, wonach der Gesetzgeber die Anrechnung von Untersuchungshaft an eine Geldstrafe im Gegensatz zur Anrechnung an eine Busse ausdrücklich vorsieht sowie aus der vorrangigen Anrechnung der Untersuchungshaft an die Freiheitsstrafe als Hauptstrafe (vgl. E. 1.3.6).
1.3.8 Zu klären bleibt die Frage der Priorität der Anrechnung von Untersuchungshaft an eine bedingten Geldstrafe in Kombination mit einer Busse nach <ref-law>.
In systematischer Hinsicht sind <ref-law> und <ref-law> im Teil des Strafgesetzbuches eingereiht, welcher "Verbrechen und Vergehen" betrifft. Der Gesetzgeber hat in <ref-law> den Anrechnungsfaktor von Untersuchungshaft an die Geldstrafe und die gemeinnützige Arbeit geregelt. Hätte der Gesetzgeber die Anrechnung von Untersuchungshaft an eine sofort vollziehbare Busse nach <ref-law> gegenüber der Anrechnung an die Geldstrafe bevorzugt, hätte diese Regelung in Artikel 51 StGB Eingang finden müssen, zumal die Anrechnung an die anderen nicht freiheitsentziehenden Strafen für Verbrechen und Vergehen ausdrücklich geregelt ist. Eine solche Regelung fehlt aber. Hinzu kommt, dass eine Busse nach <ref-law> akzessorisch zur Geldstrafe ausgefällt wird und ihr nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nur eine untergeordnete Bedeutung zukommen darf (<ref-ruling> E. 7.3.2 S. 75). Daher ist die Untersuchungshaft primär an die Geldstrafe als Hauptstrafe anzurechnen.
1.3.9 Übersteigt die Untersuchungshaft die Dauer der Freiheitsstrafe bzw. die Anzahl der Tagessätze, ist eine Anrechnung an die Busse grundsätzlich zulässig. Dies ergibt sich aus dem Verweis von <ref-law> auf <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>, wonach die Anrechnung von Untersuchungshaft an die anstelle einer Busse ausgefällte gemeinnützige Arbeit offen steht. Deshalb muss die Anrechnung auch an eine (Übertretungs-)Busse zulässig sein. Im Übrigen sieht der Gesetzgeber im Vergleich zum alten Recht die Anrechnung von Untersuchungshaft an Strafen neu voraussetzungslos vor. Sie ist gegenüber aArt. 69 StGB nicht mehr davon abhängig, dass die Untersuchungshaft im selben Verfahren ausgestanden wurde.
Der Anrechnungsfaktor, mit welchem die Untersuchungshaft an eine Busse anzurechnen ist, entspricht jenem Faktor, nach welchem der Richter die Ersatzfreiheitsstrafe bei schuldhafter Nichtbezahlung der Busse gemäss <ref-law> bestimmt.
1.4 Vorliegend wurde der Beschwerdeführer nebst der bedingten Geldstrafe von 45 Tagessätzen zu einer - unbedingt zu bezahlenden - Busse nach Art. 42 Abs. 4 und <ref-law> verurteilt. Der eine Tag Untersuchungshaft ist gemäss der in <ref-law> festgelegten Rangordnung an die Geldstrafe als Hauptstrafe anzurechnen. Die Anrechnung der Untersuchungshaft an die Busse durch die Vorinstanz verletzt insoweit <ref-law>. Es rechtfertigt sich, vorliegend im Sinne von <ref-law> in der Sache selbst zu entscheiden und das Urteilsdispositiv so anzupassen, dass die Untersuchungshaft von einem Tag im Umfang von einem Tagessatz an die Geldstrafe angerechnet wird. Als Folge der Anrechnung der Untersuchungshaft an die Geldstrafe ist die für die Busse auszufällende Ersatzfreiheitsstrafe von acht auf neun Tage zu erhöhen.
2. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden keine Kosten erhoben (<ref-law>). Die obsiegende beschwerdeführende Staatsanwaltschaft hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, die Ziffern 2 und 3 des Urteils des Obergerichts des Kantons Zürich vom 15. September 2008 aufgehoben und wie folgt neu gefasst:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, die Ziffern 2 und 3 des Urteils des Obergerichts des Kantons Zürich vom 15. September 2008 aufgehoben und wie folgt neu gefasst:
"2. Der Angeklagte wird bestraft mit einer Geldstrafe von 45 Tagessätzen zu Fr. 160.-- sowie mit einer Busse von Fr. 1'500.--. Die Untersuchungshaft von 1 Tag wird im Umfang von einem Tagessatz an die Geldstrafe angerechnet.
3. Der Vollzug der Geldstrafe wird aufgeschoben und die Probezeit auf 2 Jahre festgesetzt. Die Busse ist zu bezahlen.
Bezahlt der Angeklagte die Busse schuldhaft nicht, so tritt an deren Stelle eine Ersatzfreiheitsstrafe von 9 Tagen."
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch