Sachverhalt:
A. A.a X._ und Y._ stehen in einem Scheidungsprozess vor dem Einzelrichter des Bezirks A._. Der mit dem Prozess befasste Richter, Z._, entschied mit Verfügung vom 24. Oktober 2008 über ein Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen. Dabei wurde der Antrag um Erlass einer Verfügungsbeschränkung betreffend die Bankkonti des Ehemannes abgewiesen. Der Einzelrichter erwog sodann in dieser Verfügung, dass über die weiteren im Rahmen der vorsorglichen Massnahmen gestellten Anträge später zu entscheiden sein werde. Die beantragte Abänderung der Unterhaltsbeiträge setze sodann den Entscheid über ein von der Ehefrau gestelltes Revisionsbegehren bezüglich der Eheschutzverfügung vom 15. Juli 2005 voraus.
A.b Gegen die Verfügung vom 24. Oktober 2008 hat X._ Rekurs bei der 1. Zivilkammer des Obergerichts des Kantons Zürich erhoben. Das Rechtsmittelverfahren ist dort hängig.
A.c Auf das Revisionsbegehren gegen die Eheschutzverfügung vom 15. Juli 2005 trat der Vizepräsident des Bezirksgerichts A._ mit Verfügung vom 27. November 2008 nicht ein.
B. Mit Eingabe vom 22. Dezember 2008 reichte X._ beim Obergericht des Kantons Zürich eine Aufsichtsbeschwerde wegen Rechtsverweigerung und Rechtsverzögerung gegen den Revisionsentscheid des Bezirksgerichts A._ vom 27. November 2008 ein und beantragte ferner, "sämtliche Verfahren, die durch das Bezirksgericht A._ geführt werden, seien zur weiteren Behandlung an ein neutrales Bezirksgericht zu überweisen."
Mit Beschluss vom 27. Januar 2009 trat die Verwaltungskommission des Obergerichts des Kantons Zürich als Aufsichtsbehörde auf das Ablehnungsbegehren nicht ein (Dispositiv-Ziff. 1) und wies die Beschwerde wegen Rechtsverweigerung und Rechtsverzögerung ab (Dispositiv-Ziff. 2).
C.a Mit Eingabe vom 11. März 2009 hat X._ (nachfolgend Beschwerdeführerin) die Sache mit Beschwerde in Zivilsachen sowie mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht weiter gezogen. Sie beantragt:
"1. Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Beschlusses sei aufzuheben und das Ablehnungsbegehren sei gutzuheissen.
2. Dispositiv-Ziffer 2 des angefochtenen Beschlusses sei aufzuheben und die Beschwerde wegen Rechtsverweigerung und Rechtsverzögerung sei gutzuheissen.
3. Die Vorinstanz sei anzuweisen, einem Richter/einer Richterin eines anderen Gerichts (Bezirksgericht Zürich), das beim Bezirksgericht A._ hängige Scheidungsverfahren zur weiteren Führung zuzuteilen.
4. Die Vorinstanz sei anzuweisen, auch das beim Bezirksgericht A._ hängige Revisionsverfahren einem Richter/einer Richterin eines anderen Gerichts (Bezirksgericht Zürich) zur weiteren Führung zuzuteilen.
5. Es seien die Scheidungsakten... sowie die Akten des Revisionsverfahrens... am Obergericht als Beweismittel beizuziehen.
6. Es seien die Tonbandaufnahmen sämtlicher Verhandlungen des Bezirksgerichts A._... zu den Akten zu nehmen und der Beschwerdeführerin die Einsichtnahme zu gewähren."
Sodann ersucht die Beschwerdeführerin das Bundesgericht, die Vorinstanz im Sinne einer vorsorglichen Massnahme anzuweisen, für die Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens einen Richter/eine Richterin eines anderen Gerichts als das Bezirksgericht A._ (Bezirksgericht Zürich) zu bestimmen, der/die baldmöglichst einen vorsorglichen Massnahmeentscheid über die hängigen Begehren treffe bzw. dafür besorgt sei, dass die Beschwerdeführerin nicht weiterhin ohne Rechtsschutz verbleibe. Eventuell sei eine mündliche Verhandlung über die Festsetzung von Unterhaltsbeiträgen für die Dauer des vorliegenden Verfahrens vor Bundesgericht durchzuführen. Schliesslich ersucht die Beschwerdeführerin, ihr die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren und die unterzeichnende Rechtsanwältin zu ihrer unentgeltlichen Rechtsvertreterin zu bestimmen.
Es sind die Akten, aber keine Vernehmlassung eingeholt worden.
C.b Mit Eingabe vom 16. März 2009 hat die Beschwerdeführerin Ausführungen zu ihrer Wohnsituation gemacht.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht überprüft von Amtes wegen und mit freier Kognition seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit der ihm unterbreiteten Beschwerden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 117 mit Hinweisen).
1.1 Gemäss § 284 d Ziffer 2 ZPO/ZH ist die Nichtigkeitsbeschwerde nicht zulässig gegen Entscheide einer Aufsichtsbehörde. Der angefochtene Beschluss ist somit letztinstanzlich im Sinne von <ref-law>.
1.1.1 Der Entscheid, nicht auf das Ablehnungsbegehren einzutreten, ist ein Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>.
1.1.2 Der Entscheid, mit welchem eine Rechtsverweigerungs- bzw. Rechtsverzögerungsbeschwerde gegen eine Verfügung, wonach ein Entscheid über eine beantragte Abänderung von Unterhaltsbeiträgen bis zum Entscheid über ein von der Beschwerdeführerin selbst gestelltes Revisionsbegehren bezüglich der Eheschutzverfügung vom 15. Juli 2005 aufgeschoben werde, abgewiesen worden ist, schliesst das Verfahren nicht ab. Mithin handelt es sich nicht um einen Endentscheid (<ref-law>), sondern um einen Zwischenentscheid i.S.v. <ref-law>, gegen welche die Beschwerde in Zivilsachen - abgesehen vom hier nicht gegebenen Ausnahmefall gemäss <ref-law> - nur zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Für den Begriff des nicht wieder gutzumachenden Nachteils ist Art. 87 Abs. 2 OG und die hierzu ergangene Rechtsprechung heranzuziehen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 632). Danach ist bei einer Beschwerde gegen die faktische Suspendierung eines Verfahrens vom Erfordernis eines weiteren, nicht wieder gutzumachenden Nachteils abzusehen, wenn - wie hier - eine ungerechtfertigte Verfahrensverzögerung bzw. Rechtsverweigerung geltend gemacht wird (<ref-ruling> E. 1b S. 144).
1.1.3 Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsweg jenem der Hauptsache. Im vorliegenden Fall betrifft es vorsorgliche Massnahmen, namentlich eine Erhöhung der Unterhaltsleistungen im Scheidungsverfahren gemäss <ref-law>, mithin um eine Zivilsache, die als vermögensrechtliche Angelegenheit dem Streitwerterfordernis von <ref-law> unterliegt. Insofern ist die Auffassung der Beschwerdeführerin, es bestehe kein Streitwerterfordernis, unzutreffend. Im angefochtenen Beschluss wird der Streitwert entgegen <ref-law> nicht angegeben. Gemäss der Verfügung des Einzelrichters des Bezirksgerichts A._ vom 24. Oktober 2008 hat die Beschwerdeführerin einen Unterhaltsanspruch von Fr. 5'724.70 verlangt (E. 3.2.2 S. 5), also eine Erhöhung von Fr. 3'224.70 gegenüber dem seit dem 15. Juli 2005 bestehenden Unterhaltsbeitrag von Fr. 1'500.-- (Beschwerde vom 22. Dezember 2008 S. 2 Ziff. 2). Die Streitwertgrenze ist erreicht (<ref-law>). Damit ist die Beschwerde in Zivilsachen für die Hauptsache gegeben, womit sie auch gegen die vorliegenden Zwischenentscheide ergriffen werden kann.
1.1.4 Das bedeutet, dass vorliegend die subsidiäre Verfassungsbeschwerde unzulässig ist, und entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin nicht geprüft werden muss, ob sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung im Sinne von <ref-law> stellt.
1.2 Das Begehren um Erhöhung der Unterhaltsbeiträge wurde im Massnahmeverfahren gemäss <ref-law> gestellt. Nach <ref-law> kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-ruling> E. 5 und 6 S. 396/397).
1.3 Für die Geltendmachung der Verletzung verfassungsmässiger Rechte gilt das Rügeprinzip (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene Rügen, die soweit möglich zu belegen sind, während es auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid nicht eintritt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 2 S. 639).
Die Beschwerde genügt den Begründungsanforderungen über weite Strecken nicht. So wird beispielsweise - im Zusammenhang mit dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege - lediglich ausgeführt (S. 13), von der Beschwerdeführerin zu verlangen, beim Bezirksgericht A._ die Zusprechung eines Kostenvorschusses für das bundesgerichtliche Verfahren zu verlangen, verstosse gegen Art. 7, Art. 8 Abs. 2 und 3, Art. 9, 29 und 30 BV sowie Art. 6 Ziff. 1 EMRK, ohne dass die Beschwerdeführerin im Einzelnen aufzeigt, welche Ansprüche sie aus welcher Bestimmung ableitet und inwiefern diese verletzt sein sollen.
1.4 Nebst den vom Scheidungsrichter beurteilten Gesuchen hat die Beschwerdeführerin ein Begehren um Erhöhung der Unterhaltsbeiträge am 25. Februar 2008, ein weiteres vom 21. Mai 2008 betreffend eine Akonto-Zahlung, am 2. Juli 2008 wurde die Herausgabe des Personaldossiers des Ehemannes verlangt und am 7. November 2008 wurde ein Protokollberichtigungsbegehren gestellt, welche alle nicht Gegenstand des angefochtenen Beschlusses sind. Soweit die Beschwerdeführerin auf diese Gesuche Bezug nimmt bzw. diese beanstandet, ist dies unbeachtlich, denn die Beschwerde kann sich nur gegen den angefochtenen Entscheid richten. Im Übrigen sind im Beschwerdeverfahren betreffend vorsorgliche Massnahmen im Sinne von <ref-law> nicht nur neue tatsächliche, sondern auch neue rechtliche Vorbringen unzulässig (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 640).
1.5 Nicht entgegen genommen werden kann auch der Antrag, die kantonalen Akten beizuziehen, um abzuklären, ob der Ehemann einen Prozesskostenvorschuss leisten kann, denn dies hat die Beschwerdeführerin darzulegen (s. E. 4 nachfolgend).
1.6 Als unstatthaft erweist sich auch das Begehren der Beschwerdeführerin, für die Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens einen Richter/eine Richterin am Bezirksgericht Zürich zu bestimmen und Unterhaltsbeiträge für die Dauer des vorliegenden Verfahrens festzulegen. Der Entscheid, der vorsorgliche Massnahmen während des Scheidungsverfahrens anordnet, ist ein Endentscheid im Sinne von <ref-law>. Das Bundesgericht ist nicht zuständig, um solche Massnahmen im Sinne von <ref-law> anzuordnen oder abzuändern, selbst wenn es mit einer Beschwerde betreffend den Scheidungspunkt oder dessen Nebenfolgen befasst wäre (<ref-ruling> ff.). Vorliegend bildet nur der obergerichtliche Entscheid betreffend die Ablehnung eines Richters und die behauptete Rechtsverweigerung und Rechtsverzögerung Beschwerdegegenstand, weshalb vorsorgliche Massnahmen mit Bezug auf den Sachentscheid von vornherein ausgeschlossen sind. Unzulässig ist auch das Massnahmebegehren mit Bezug auf die Nennung eines Richters bzw. einer Richterin.
2. Würden, wie behauptet, Ausstandspflichten verletzt, führt dies zur Aufhebung des entsprechenden Entscheids (<ref-ruling> E. 4 S. 163), sodass diese Frage vorab zu untersuchen ist.
2.1 Im angefochtenen Beschluss wird ausgeführt, nach der ständigen Praxis der Verwaltungskommission werde auf Ablehnungs- bzw. Ausstandsbegehren dann nicht (mehr) eingetreten, wenn der abgelehnte Richter den Endentscheid in der Sache bereits gefällt habe. In solchen Fällen seien die Ablehnungs- und/oder Ausstandsgründe mit dem entsprechenden Rechtsmittel geltend zu machen (ZR 101 Nr. 98). Auf das Ablehnungsbegehren gegen Z._ gegen dessen Mitwirken im Revisionsverfahren (BR080001) sei daher nicht einzutreten bzw. habe die Gesuchstellerin die von ihr behaupteten Ausschlussgründe im Sinne von § 95 GVG/ZH mit dem Rechtsmittel gegen den Endentscheid über das Revisionsbegehren geltend zu machen.
Die Vorinstanz fährt fort, soweit die Gesuchstellerin ihr Ablehnungsbegehren (zumindest sinngemäss) auf die künftige Mitwirkung von Z._ im Scheidungsverfahren ausdehne und dieses damit begründe, der Abgelehnte habe sich nach Anhörung der Parteien mit dem Gegenanwalt zu einer geheimen Besprechung zurückgezogen, sei sie auf Folgendes hinzuweisen: Dem Grundsatz entsprechend, dass die Ausübung prozessualer Befugnisse nur innerhalb der Schranken von Treu und Glauben zulässig sei, müsse das Ablehnungsbegehren so früh wie möglich angebracht werden. Es verstosse daher gegen Treu und Glauben, einen Richter erst viel später abzulehnen, wenn der Mangel schon früher feststellbar oder sogar bekannt gewesen sei. Wer den Richter nicht unverzüglich ablehne, wenn er vom Ablehnungsgrund Kenntnis erhalten habe, sondern sich stillschweigend auf den Prozess einlasse, verwirke den Anspruch auf spätere Anrufung der Ablehnungsgründe (<ref-ruling>). Das behauptete Geheimgespräch soll angeblich am 26. Juni 2007, mithin vor mehr als eineinhalb Jahren stattgefunden haben. In der unübersichtlichen Begründung der Beschwerde werde überdies noch geltend gemacht, Z._ habe die Rechtsvertreterin der Gesuchstellerin in der Verhandlung vom 2. Juli 2008 mehrfach unterbrochen. Auch diese angeblichen Verfehlungen des Abgelehnten hätten im Zeitpunkt der Beschwerdeerhebung knapp 6 Monate zurückgelegen. Das Ablehnungsbegehren erweise sich daher im Sinne der vorstehenden allgemeinen Erwägungen insoweit als verspätet, weshalb darauf nicht eingetreten werden könne (E. 2 und E. 3 im angefochtenen Entscheid).
2.2 Wird mit einer Beschwerde eine Verletzung des Anspruchs auf den verfassungs- und konventionsmässigen Richter geltend gemacht, so prüft das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung des kantonalen Verfahrensrechts nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür. Mit freier Kognition prüft es dagegen, ob die als vertretbar erkannte Auslegung des kantonalen Prozessrechts mit den Garantien von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK vereinbar ist (<ref-ruling> E. 3.2 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin behauptet indessen nicht, dass das kantonale Recht über <ref-law> hinaus gehende Ansprüche gewährt, bzw. höhere Ansprüche an die Unabhängigkeit des Richters stellt, sodass die Prüfung vorliegend auf die aus <ref-law> fliessenden Ansprüche beschränkt bleiben kann.
2.2.1 Nach <ref-law> und der in Art. 6 Ziff. 1 EMRK enthaltenen Garantie des verfassungsmässigen Richters hat der Einzelne Anspruch darauf, dass seine Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. Liegen bei objektiver Betrachtungsweise Gegebenheiten vor, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen, so ist die Garantie verletzt (<ref-ruling> E. 3.4 S. 116 mit Hinweisen).
Voreingenommenheit und Befangenheit in diesem Sinne werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn sich im Einzelfall anhand aller tatsächlichen und verfahrensrechtlichen Umstände Gegebenheiten ergeben, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters zu erwecken. Diese können namentlich in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters begründet sein. Bei dessen Beurteilung ist nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abzustellen. Das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen. Für die Ablehnung wird nicht verlangt, dass der Richter tatsächlich befangen ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 240 mit zahlreichen Hinweisen).
2.2.2 Die hauptsächlich für den Strafprozess entwickelte Rechtsprechung kann nicht ohne weiteres auf das zivilprozessuale Verfahren übertragen werden (<ref-ruling> E. 3.6 S. 118, mit Hinweisen). Mehrfache Funktionen einer Gerichtsperson, die sich in demselben Verfahren wiederholt mit einer Streitsache zu befassen hat, begründen für sich allein nicht ohne weiteres einen Ausstandsgrund. Eine Gerichtsperson kann nur abgelehnt werden, wenn die vorhergehende Tätigkeit den objektiv begründeten Anschein der Befangenheit hervorruft; es müssen konkrete Anhaltspunkte dafür vorliegen, dass das Gericht einer anderen Bewertung der Sach- und Rechtslage nicht mehr zugänglich und der Verfahrensausgang deswegen nicht mehr offen erscheint.
2.2.2 Die hauptsächlich für den Strafprozess entwickelte Rechtsprechung kann nicht ohne weiteres auf das zivilprozessuale Verfahren übertragen werden (<ref-ruling> E. 3.6 S. 118, mit Hinweisen). Mehrfache Funktionen einer Gerichtsperson, die sich in demselben Verfahren wiederholt mit einer Streitsache zu befassen hat, begründen für sich allein nicht ohne weiteres einen Ausstandsgrund. Eine Gerichtsperson kann nur abgelehnt werden, wenn die vorhergehende Tätigkeit den objektiv begründeten Anschein der Befangenheit hervorruft; es müssen konkrete Anhaltspunkte dafür vorliegen, dass das Gericht einer anderen Bewertung der Sach- und Rechtslage nicht mehr zugänglich und der Verfahrensausgang deswegen nicht mehr offen erscheint.
2.3 2.3.1 Die Beschwerdeführerin rügt als Erstes eine unrichtige Sachverhaltsdarstellung der Vorinstanz, denn sie habe kein Ablehnungsbegehren für das Revisionsverfahren gestellt. Die Rüge entbehrt jeder Grundlage, wird doch in der Beschwerdeschrift vom 22. Dezember 2008 ausgeführt (S. 5 Abs. 1), Z._ erfülle die Voraussetzung des unparteilichen, unvoreingenommenen Richters für das Revisionsverfahren - wie auch für das Scheidungs- und Massnahmeverfahren - nicht. Auf diese Rüge ist nicht einzutreten.
2.3.2 Die Beschwerdeführerin macht mit Bezug auf die geheime Besprechung zwischen dem Richter und dem Gegenanwalt vom 26. Juni 2007 geltend, diese Unterredung habe für sich alleine noch keinen Ablehnungsgrund dargestellt, und es wäre möglich gewesen, dass der Richter dennoch nicht befangen gewesen wäre. Erst durch das nachfolgende Verhalten und nach Erhalt der Verfügung vom 27. November 2008 sei der Anschein der Befangenheit erweckt worden. Das Begehren sei demnach, sobald es möglich gewesen sei, eingereicht worden.
Diese Argumentation ist widersprüchlich und nicht nachvollziehbar. Die Beschwerdeführerin hat im kantonalen Verfahren den Vorfall vom 26. Juni 2007 als Befangenheitsgrund vorgebracht und zieht ihn nun teilweise wieder zurück. Damit scheint bezweckt zu werden, die Verwirkungsfolge für diesen Vorfall zu unterlaufen, denn auch gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung hätte diese Begebenheit nach Treu und Glauben unmittelbar nach der Verhandlung gerügt werden müssen (dazu <ref-ruling> E. 4.3 S. 496 f.; <ref-ruling> E. 4.3.1 S. 21; je mit Hinweisen). Da die Beschwerdeführerin dies auch nicht für die mehrfache Unterbrechung während der Verhandlung vom 2. Juli 2008 getan hat, hat das Obergericht nicht gegen <ref-law> verstossen, indem es die Rügen als verwirkt angesehen hat. Und inwiefern der Sachverhalt diesbezüglich nicht abgeklärt worden sein soll, wird von der Beschwerdeführerin nicht hinreichend begründet, weshalb darauf nicht eingetreten werden kann.
2.3.3 Betreffend das Mitwirken von Z._ im Revisionsverfahren hat die Vorinstanz darauf hingewiesen, die behaupteten Ausschlussgründe seien mit dem Rechtsmittel gegen den Entscheid über das Revisionsbegehren geltend zu machen, da der Entscheid bereits gefällt worden sei. Die Beschwerdeführerin setzt sich weder mit der Begründung im angefochtenen Entscheid noch mit dem zitierten kantonalen Präjudiz auseinander, weshalb auch darauf nicht eingetreten werden kann. Das Vorbringen, durch die Fällung eines Nichteintretensentscheids habe Z._ seine Befangenheit und Parteilichkeit vollumfänglich kundgetan, stellt lediglich appellatorische Kritik dar, die nicht gehört werden kann (E. 1.3. hiervor).
2.3.4 Sodann soll Z._ subjektiv befangen sein, weil er es als glaubhaft angesehen habe, dass der Ehemann in der Vergangenheit keine hohen Boni erhalten habe. Aus den Steuererklärungen 2005 und 2007 sei jedoch hervorgegangen, dass er ein beträchtlich höheres Einkommen erzielt habe. Dieses Nichterkennenwollen der Fakten sei ein spezifisches Verhalten des Richters, das auf seine subjektive Befangenheit hinweise.
Der Vorwurf der Befangenheit ist unbegründet. Z._ hat in seiner Verfügung vom 24. Oktober 2008 (E. 3.2.2 S. 5) unter anderem erwähnt, höchstwahrscheinlich habe der Ehemann die ihm zugestandenen Optionen betreffend Boni erst nach der Anordnung der Gütertrennung per 24. Juni 2005 ausgeübt. Ob die Beschwerdeführerin überhaupt einen güterrechtlichen Beteiligungsanspruch daran geltend gemacht habe und ob ihr ein solcher Anspruch zustehe, sei sehr fraglich, könne aber offen gelassen werden. Zudem ergebe sich aus <ref-law> kein Anspruch auf hälftige Teilung von derartigen Zusatzleistungen des Arbeitgebers. Daraus geht hervor, dass Z._ - in diesem Stadium des Scheidungsverfahrens - damit einen Rechtsstandpunkt zu Lasten der Beschwerdeführerin vertreten hat. Diese Meinungsäusserung ist untrennbar mit seiner Aufgabe als Richter verbunden und stellt keinen Grund zur Annahme einer Befangenheit dar. Denn selbst wenn sich im Rahmen der normalen Ausübung des Amtes getroffene Entscheide als falsch erweisen sollten, lässt das nicht an sich schon auf eine Parteilichkeit des Richters schliessen (<ref-ruling> E. 3b S. 404).
3. 3.1 Mit Bezug auf die beim Obergericht geltend gemachte Rechtsverweigerung und Rechtsverzögerung wird im Beschluss - zusammengefasst - ausgeführt, gemäss § 104 Abs. 1 GVG/ZH seien die Gerichte in der Rechtsprechung unabhängig und nur an das Gesetz gebunden. Sie hätten von den Oberbehörden über das was rechtens sei, keine Weisungen entgegenzunehmen. Dieser Grundsatz gelte auch für die dem erstinstanzlichen Richter zustehende Prozessleitung, welche einer Überprüfung durch die Aufsichtsbehörde ebenfalls grundsätzlich entzogen sei (HAUSER/SCHWERI, Kommentar GVG, N. 29 zu § 108). Nur ganz ausnahmsweise, nämlich in keinem Rechtsmittel unterliegenden Fällen von offenbar unhaltbaren prozessleitenden Anordnungen könne die Aufsichtsbehörde in die Geschäftsführung des erstinstanzlichen Richters eingreifen. Diese Voraussetzungen seien hier nicht gegeben. Die Beschwerdeführerin mache geltend, über das Begehren um Zusprechung eines höheren Unterhaltsbeitrages im Rahmen von vorsorglichen Massnahmen sei bis heute nicht entschieden worden. Tatsache sei jedoch, dass der Einzelrichter in der Verfügung vom 24. Oktober 2008 explizit erwogen habe, die beantragte Abänderung der Unterhaltsbeiträge setze den Entscheid über das Revisionsbegehren voraus. Wenn die Gesuchstellerin mit dieser Rechtsauffassung des Einzelrichters nicht einig gehe, dann habe sie dies auf dem ordentlichen Rechtsmittelweg dem Sachrichter vorzutragen. Nachdem der Einzelrichter in der Verfügung vom 24. Oktober 2008 sodann ausdrücklich erklärt habe, über die weiteren im Rahmen der vorsorglichen Massnahmen gestellten Anträge werde später zu entscheiden sein bzw. sei für die beantragten Beweiserhebungen das Hauptverfahren vorgesehen, könne jedenfalls nicht von einer von der Aufsichtsbehörde zu prüfenden formellen Rechtsverweigerung die Rede sein.
Dass der Einzelrichter die beantragte Kontosperrung abgewiesen und den gleichzeitig beantragten Beizug detaillierter Kontoauszüge (noch) nicht beurteilt habe, gehöre entweder in den Bereich der hier nicht zu überprüfenden Prozessleitungsgewalt des Einzelrichters, oder wäre - falls die Gesuchstellerin der Meinung sei, es handle sich um eine materielle Rechtsverweigerung bzw. eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs im Zusammenhang mit der beantragten Kontosperre - im hängigen Rekursverfahren bei der I. Zivilkammer des Obergerichts zu rügen. Abgesehen davon habe die Gesuchstellerin in ihrer Beschwerde mit keinem Wort dargetan, inwiefern für die Behandlung dieses Einzelantrages eine besondere zeitliche Dringlichkeit bestehe. Gleiches gelte für die Behauptung, der Einzelrichter habe über ein am 8. Oktober 2008 gestelltes Auskunftsbegehren noch nicht entschieden; auch hier fehle es an jeglichen Behauptungen, welche eine besondere zeitliche Dringlichkeit für einen entsprechenden raschen Entscheid des Einzelrichters begründen könnten, und eine relevante Verzögerung des Verfahrens sei damit nicht ersichtlich.
3.2 3.2.1 Von vornherein nicht eingetreten werden kann auf die Rüge, die Voraussetzungen für ein Eingreifen in die Anordnungen von Z._ durch die Verwaltungskommission des Obergerichts wären nicht nur gegeben gewesen, sondern es wäre auch angezeigt gewesen, sofort Vorkehren zu treffen und eine Umteilung der Verfahren vorzulegen. Die Beschwerdeführerin setzt sich in keiner Weise mit dem angefochtenen Beschluss und den Voraussetzungen für ein Einschreiten seitens der Aufsichtsbehörde auseinander.
3.2.2 Die Beschwerdeführerin rügt, es handle sich um überspitzten Formalismus, eine Rechtsverzögerungsbeschwerde mit dem Hinweis abzuweisen, der Einzelrichter habe in einer anderen Verfügung explizit erwogen (nicht verfügt), die beantragte Abänderung der Unterhaltsbeiträge setze den Entscheid über das Revisionsbegehren voraus. Der Einzelrichter habe in dieser Verfügung gerade nicht entschieden, denn es habe keine Dispositivziffer vorgelegen, die habe angefochten werden können.
Mit der Verfügung des Einzelrichters vom 27. November 2008 wurde verfügt, auf das Revisionsbegehren werde nicht eingetreten (Dispositiv-Ziffer 1). Die Beschwerdeführerin hatte unter anderem diesbezüglich das Rechtsbegehren gestellt, Ziffer 2 und Ziffer 3 der an der Eheschutzverhandlung vom 15. Juli 2005 abgeschlossenen Vereinbarung zwischen den Parteien seien aufzuheben. In Dispositiv-Ziffer 6 der einzelrichterlichen Verfügung wurde entschieden, die Verfügung erwachse in Rechtskraft, wenn nicht innert 10 Tagen von der Zustellung an von einer Partei schriftlich eine Begründung verlangt werde. Da davon ausgegangen werden kann, darin wären die Argumente für das Nichteintreten dargetan worden, und die Beschwerdeführerin nicht behauptet, sie habe eine schriftliche Begründung verlangt, stösst der Vorwurf des überspitzten Formalismus ins Leere.
3.2.3 Sodann macht die Beschwerdeführerin geltend, Z._ habe einen nach Bundesrecht unzulässigen Teilentscheid über die Abweisung der beantragten Kontosperren gefällt, indem er über das gleichzeitig gestellte Auskunftsgesuch nach <ref-law> nicht entschieden habe, obwohl dieses für die Feststellung und Beurteilung ihrer finanziellen Verhältnisse erforderlich wäre. Die Vorinstanz hat dazu erwogen, dieses Begehren hätte die Beschwerdeführerin im hängigen Rekursverfahren vorbringen müssen. Inwiefern diese Auffassung vor der Verfassung nicht Stand halten soll, wird nicht dargelegt, weshalb auch diese Einwände nicht gehört werden können (E. 1.3 hiervor).
3.2.4 Schliesslich trägt die Beschwerdeführerin vor, die Vorinstanz habe ausgeführt, es sei keine Dringlichkeit für einen raschen Entscheid geltend gemacht worden. Die Dringlichkeit eines Entscheides ergebe sich demgegenüber bereits aus der schlechten finanziellen Situation der Beschwerdeführerin, die aktenkundig sei. Die finanziellen Verhältnisse bedürften dringend einer Korrektur. Mit diesen bloss appellatorischen Bemerkungen kann keine willkürliche Tatsachenfeststellung belegt werden, weshalb auch darauf nicht einzutreten ist.
3.3 Abschliessend ist anzufügen, dass die Verfahrensverzögerung im Wesentlichen durch die zahlreichen von der Beschwerdeführerin beim Scheidungsrichter eingereichten Gesuche verursacht worden ist. Eine Verletzung von <ref-law> liegt somit nicht vor.
4. Nach dem Ausgeführten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann, und die Beschwerdeführerin wird damit kostenpflichtig (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat ein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege gestellt. Sie führt dabei gestützt auf THOMAS GEISER (Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, N. 16 zu <ref-law>) aus, für das Verfahren vor Bundesgericht habe die bedürftige Partei vor den kantonalen Gerichten den für die Kostenvorschüsse nötigen Betrag von der Gegenpartei zu erstreiten. Das Bundesgericht habe die Frist für den Kostenvorschuss gegebenenfalls so lange abzunehmen, bis der Gesuchsteller im kantonalen Verfahren die Mittel erstritten habe.
Diese Auffassung ist aus folgenden Gründen nicht stichhaltig: Wohl scheint die Bedürftigkeit der Beschwerdeführerin als erwiesen, doch hat sie nicht belegt, dass ihr Ehemann nicht in der Lage sei, ihr die notwendigen Mittel für das bundesgerichtliche Verfahren zur Verfügung zu stellen. Das hat zur Folge, dass der Beschwerdeführerin die unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren nicht gewährt werden kann (Urteil 5A_508/2007 vom 3. Juni 2008, E. 5; nicht publizierte E. 6 von <ref-ruling> vom 26. September 2002). Im Übrigen wurde der Ehemann bereits zur Leistung eines Prozesskostenvorschusses von Fr. 12'000.-- für das Revisionsverfahren verpflichtet (Verfügung vom 24. Oktober 2008, E. 1.2).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, Verwaltungskommission, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Schett