Faits:
A. Saisi à la suite d'une opposition formée contre une ordonnance de condamnation, le Juge de police de l'arrondissement de la Broye a, le 23 avril 2008, condamné X._ pour violation grave des règles de la circulation routière (excès de vitesse) à une peine pécuniaire de cinq jours-amende, le montant du jour-amende étant fixé à cinquante francs, avec sursis pendant trois ans, ainsi qu'à une amende de sept cents francs, la peine privative de liberté de substitution à défaut de paiement de l'amende étant de sept jours. Les frais ont été mis à la charge du condamné.
B. Statuant sur l'appel formé par X._, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal du canton de Fribourg l'a rejeté par arrêt du 5 février 2009.
Cet arrêt repose, pour l'essentiel, sur les faits suivants:
Le 11 mars 2007, à 16h09, X._, né en 1962, circulait au volant du véhicule AAA, sur la route de Lully, à Estavayer-le-Lac, à une vitesse de 80 km/h, alors que la vitesse maximale autorisée à cet endroit est limitée à 50 km/h. Il a ainsi commis un excès de vitesse de 25 km/h, marge de sécurité déduite de 5 km/h.
X._ a été photographié par le radar "Multanova 6F" dont le numéro est 11969. Selon le certificat de vérification, daté du 19 juillet 2006, l'appareil en question a été contrôlé en laboratoire par le Service suisse de vérification le 18 juillet 2006, et cette vérification est valable jusqu'au 31 juillet 2007.
C. Contre ce dernier arrêt, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de l'arrêt attaqué.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il ne revoit, en revanche, l'établissement des faits - sous réserve de l'allégation d'une violation du droit au sens de l'<ref-law> - que lorsqu'il est entaché d'inexactitude manifeste (<ref-law>), à savoir d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.4.1). Il n'examine le grief d'arbitraire que si celui-ci a été invoqué et est motivé par le recourant (<ref-law>). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 6 p. 397).
2. Le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits et de la violation du principe in dubio pro reo. Il expose que la photographie, sur laquelle repose sa condamnation, ne mentionne que la marque du radar "Multanova" et le modèle "6F", à l'exclusion du numéro de l'étalonnage de l'appareil P03: 07.06 selon le certificat du 19 juillet 2006. En conséquence, il ne peut être certain que l'appareil utilisé est bien celui qui a été étalonné le 18 juillet 2006.
2.1 Le recourant invoque la violation du principe in dubio pro reo comme règle de l'appréciation des preuves, de sorte que ce grief se confond avec celui d'appréciation arbitraire des preuves qu'il soulève également (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 40 ss; <ref-ruling> consid. 2a p. 87/88; <ref-ruling> consid. 2c-e p. 36 ss).
De jurisprudence constante, une décision n'est pas arbitraire du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable ou, autrement dit, absolument inadmissible, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités). L'arbitraire allégué doit par ailleurs être suffisamment démontré, sous peine d'irrecevabilité (cf. supra, consid. 1).
2.2 En l'espèce, la photographie indique la marque du radar "Multanova" et le modèle "6F". Le procès-verbal des mesures de vitesse, qui a été établi par la police cantonale et qui accompagne la photographie, mentionne que l'appareil utilisé est un appareil de la marque Multanova 6F dont le numéro est 11969. Or, il ressort du certificat de vérification daté du 19 juillet 2006 que cet appareil a été contrôlé en laboratoire par le Service suisse de vérification et que cette vérification était valable jusqu'au 31 juillet 2007. Au vu de ces éléments, il n'est pas arbitraire de retenir que la photographie litigieuse a été prise au moyen d'un radar contrôlé par le Service suisse de vérification, même si elle ne mentionne pas la marque officielle de vérification P03: 07.06, et que, partant, la vitesse de 80 km/h mesurée correspond à la réalité.
De l'avis du recourant, la cour cantonale aurait en outre versé dans l'arbitraire en constatant qu'un seul radar était en service le jour en question. Se fondant sur des renseignements donnés par téléphone par la société "In Ze Pocket", à Morges, le recourant relève que le radar aurait été posé à 15h15 à Estavayer-le-Lac, alors que, selon le rapport de gendarmerie du 14 avril 2008, l'appareil se trouvait à ce moment encore à Rueyres-les-Prés; le recourant en déduit qu'il devait exister deux radars. Cette argumentation tombe à faux. On ne saurait en effet reprocher à la cour cantonale d'être tombée dans l'arbitraire au motif qu'elle se serait fondée sur un rapport de la gendarmerie cantonale plutôt que sur de soi-disant informations orales d'un organisme non officiel. Or, selon le rapport cantonal, il y avait un seul radar mobile qui a été déplacé de Rueyres-les-Prés à Estavayer-le-lac entre 15h30 et 16h00.
Enfin, le recourant ne démontre pas en quoi l'examen de la carte-mémoire de l'appareil radar rendrait arbitraire l'établissement des faits. La cour de céans ne saurait donc entrer en matière sur cette argumentation, qui est ainsi irrecevable.
3. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
Le recourant qui succombe doit supporter les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 18 juin 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin