Faits:
A. A.a X._, ressortissant kosovar né le 8 septembre 1966, est entré en Suisse le 6 janvier 1992.
Le 31 décembre 1999, il a épousé dame X._, née le 6 février 1970, également originaire du Kosovo. Cette dernière a rejoint son mari en Suisse le 4 novembre 2000, au bénéfice d'une autorisation de séjour à titre de regroupement familial.
Le couple X._ a deux enfants: A._, né en 2000, et B._, née en 2009.
X._ a obtenu la nationalité suisse le 4 juin 2008.
A.b X._ est l'aîné d'une fratrie de cinq enfants. L'un de ses frères, C._, a trois filles, issues de son union avec D._: E._, née en 1993, F._, née en 1995, et G._, née en 1996.
C._ est décédé le 22 juin 1997. Son épouse a quitté le domicile familial quatre mois plus tard, abandonnant leurs trois filles, qui, depuis lors, ont été prises en charge par leur famille paternelle. Leur mère a quant à elle refait sa vie de son côté.
A.c Entre 2006 et 2007, les époux X._ ont initié, au Kosovo, une procédure d'adoption des trois filles de feu C._. Celle-ci a été prononcée le 13 juillet 2007 par le Tribunal municipal de Lipjan.
B. B.a Le 12 septembre 2007, X._ a déposé trois demandes de visa pour la Suisse en faveur des jeunes filles. La demande de reconnaissance du jugement d'adoption a été transmise à la Direction de l'état civil du canton de Vaud (ci-après la Direction).
Le 16 septembre 2008, la Direction a sollicité de la représentation suisse au Kosovo qu'elle lui communique différents renseignements et documents relatifs à l'adoption des trois enfants. Dans sa réponse, l'Ambassade suisse du Kosovo a précisé que "les autorités kosovares sembl[ai]ent excessivement libérales dans leur interprétation de la loi, qui elle-même [était] assez floue". Elle recommandait aux autorités suisses de refuser de reconnaître toute adoption prononcée au Kosovo.
La Direction a entendu X._ le 3 novembre 2008, et les époux X._ ont encore eu l'occasion de se déterminer avant que l'autorité ne statue.
B.b Par décision du 9 mars 2009, le Département de l'intérieur du canton de Vaud a déclaré irrecevable la demande de reconnaissance de l'adoption prononcée le 13 juillet 2007 par le Tribunal municipal de Lipjan, la rejetant pour le surplus. Il a, partant, refusé de transcrire cette décision d'adoption dans le registre informatisé de l'état civil.
Statuant le 12 août 2009 sur le recours des époux X._, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud l'a rejeté et a confirmé la décision du Département de l'intérieur.
C. Par acte du 14 septembre 2009, les époux X._ exercent un recours en matière civile devant le Tribunal fédéral. Soutenant que la décision attaquée violerait l'interdiction de l'arbitraire ainsi que les art. 25 ss LDIP, ils concluent à l'admission du recours et à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que l'adoption des enfants E._, F._ et G._ soit reconnue en Suisse.
L'autorité intimée n'a pas été invitée à répondre.
D. Par acte du 29 septembre 2009, les recourants ont requis l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. La décision attaquée confirme une décision de première instance déboutant les recourants d'une demande de reconnaissance d'une décision d'adoption prononcée à l'étranger et sa transcription, dans les registres suisses de l'état civil. Il s'agit ainsi d'une décision finale (art. 90 LTF), prise en matière civile (art. 72 al. 2 let. b LTF), par un tribunal supérieur de dernière instance cantonale (art. 75 LTF), dans une affaire non pécuniaire. Le recours a par ailleurs été interjeté en temps utile (art. 46 al. 1 let. b et 100 al. 1 LTF) par les parties qui ont succombé dans leurs conclusions devant l'autorité précédente (art. 76 al. 1 LTF), de sorte qu'il est en principe recevable.
2. Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique en principe le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'examine toutefois les griefs de violation des droits constitutionnels, et notamment la violation de l'interdiction de l'arbitraire, que s'ils sont invoqués et motivés par le recourant (art. 106 al. 2 LTF), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée. Pour de tels griefs, l'exigence de motivation correspond à celle qui résultait de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (<ref-ruling> consid. 6; 639 consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.4). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait dès lors se contenter d'opposer sa thèse à celle de la juridiction cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables. Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 1.3 et les arrêts cités).
De jurisprudence constante, le Tribunal fédéral se montre réservé en matière de constatation des faits et d'appréciation des preuves, vu le large pouvoir qu'il reconnaît en la matière aux autorités cantonales. Il n'intervient, pour violation de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs sérieux de tenir compte de preuves pertinentes ou a effectué, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1, p. 9; <ref-ruling> consid. 2a, p. 40 et les arrêts cités).
3. Le tribunal administratif a rejeté le recours interjeté par les recourants pour cause d'incompatibilité de l'adoption avec l'ordre public suisse: celle-ci ne répondait pas au bien de l'enfant et son caractère était abusif (consid. 4 et 5 infra).
4. 4.1 La cour cantonale a avant tout relevé qu'une comparaison des dispositions de droit interne avec celles prévues par les conventions internationales auxquelles la Suisse était partie - Convention relative aux droits de l'enfant (RS 0.107) et Convention sur la protection des enfants et la coopération en matière d'adoption internationale (RS 0.211.221.311) - tendait à démontrer que l'intérêt de l'enfant constituait la pierre angulaire de l'adoption. Celui-ci devait primer à tous les niveaux et guider les autorités à tous les stades, qu'il s'agît de prononcer une décision d'adoption en Suisse ou de reconnaître une décision d'adoption étrangère. A cette fin, toutes les autorités concernées devaient mettre en oeuvre les moyens nécessaires à déterminer si l'adoption requise répondait à l'intérêt supérieur de l'enfant, notamment en prenant tous les renseignements utiles auprès des institutions compétentes. Le consentement de toutes les personnes concernées ainsi que l'information de l'enfant visé par l'adoption étaient également primordiaux. Analysant les différentes pièces figurant dans le dossier d'adoption - à savoir le rapport rendu par le Centre de travail social de Lipjan, les rapports psychiatriques et les comptes rendus des auditions des parties concernées -, la juridiction cantonale est parvenue à la conclusion que le Tribunal municipal de Lipjan avait prononcé l'adoption en se fondant sur des considérations essentiellement économiques, au demeurant mal évaluées par rapport à la situation des recourants en Suisse. Les implications de l'adoption pour les enfants sur le plan personnel et sur leur développement, de même que leur compatibilité avec les personnes qui se proposaient de les adopter n'avaient en revanche pas du tout été examinées; les enfants adoptés n'avaient en outre pas totalement rompu leurs liens avec leur mère biologique. En tant que ces différents éléments heurtaient de façon choquante les principes appliqués par la Suisse en matière d'adoption, le tribunal administratif a jugé que la décision du tribunal kosovar était manifestement incompatible avec l'ordre public suisse.
4.2 Les recourants critiquent cette motivation sous deux angles distincts: ils reprochent d'abord au tribunal administratif d'avoir arbitrairement apprécié les pièces figurant dans le dossier d'adoption kosovar, lesquelles démontreraient pourtant que l'adoption prononcée à Lipjan l'avait été dans l'intérêt supérieur des trois jeunes filles (4.2.1), et soutiennent ensuite que la décision attaquée violerait les art. 25 ss LDIP (4.2.2).
4.2.1 Pour l'essentiel, les critiques formulées par les recourants quant à l'appréciation arbitraire des documents constituant le dossier d'adoption sont appellatoires ou ne s'en prennent pas directement à la motivation cantonale, de sorte qu'elles sont irrecevables (consid. 2 supra).
Il en est ainsi lorsqu'ils affirment que le tribunal administratif aurait arbitrairement retenu que le Centre de travail social de Lipjan n'avait à aucun moment enquêté auprès des enfants concernés, alors qu'il ressortait du rapport rendu le 5 juillet 2007 par cet organisme que les enfants avaient été auditionnés et que l'on pouvait observer que ceux-ci considéraient les recourants comme leurs propres parents. La décision attaquée relève à cet égard que l'enquête menée par le Centre de travail social s'était limitée à avaliser le fait qu'un lien affectif existait entre les enfants à adopter et les recourants et que ces derniers disposaient des moyens économiques pour leur offrir un avenir meilleur, mais souligne que les trois enfants concernés n'avaient toutefois pas été expressément informés des conséquences de leur adoption. Contrairement à ce que semblent croire les recourants, la cour cantonale ne prétend donc pas que les enfants n'auraient pas été entendus, ni qu'aucun lien affectif n'existerait entre eux-mêmes et leurs enfants adoptifs, mais critique en réalité la qualité de l'enquête menée par l'organisme.
De même, lorsque les recourants se plaignent de ce que les magistrats auraient dénié toute valeur scientifique aux rapports psychologiques les concernant, leurs critiques ne saisissent pas pleinement la motivation cantonale. Au contraire de ce qu'ils prétendent, la cour cantonale n'a en effet pas retenu que ces rapports auraient pu être établis par complaisance ou sans audition des personnes concernées, mais a néanmoins jugé que leur lecture ne permettait pas d'établir qu'une exploration psychologique avait été entreprise dans la perspective d'une adoption. En tant que les rapports établis par le psychologue avaient tous deux pour seule teneur: "L'exploration psychologique démontre la présence d'une maturité satisfaisante personnelle et une motivation adéquate pour réaliser le rôle parental par le biais d'une adoption des mineurs E._, F._ et G._", sans plus de précision ou investigation particulières, on ne saurait considérer que la cour cantonale aurait fait preuve d'arbitraire dans son appréciation.
Les critiques des recourants sont enfin irrecevables lorsque, en se fondant sur les divers entretiens menés avec eux-mêmes, ils reprochent à la cour cantonale d'avoir retenu qu'aucune investigation digne de ce nom n'avait été effectuée au sujet des parents adoptants, notamment au sujet de leur état de santé ou de leur capacité à intégrer les enfants dans leur famille. Ils se limitent en effet à observer qu'ils "[étaient] satisfait[s] et men[aient] une vie harmonieuse dans un respect mutuel conjugal", mais également qu'ils "vi[vaient] dans une harmonie complète de façon que les désirs et les besoins d'un conjoint [fussent] respectés par l'autre conjoint", sans que l'on comprenne en quoi ces passages permettent d'illustrer leurs critiques.
4.2.2 Dans un second grief, les recourants se plaignent de la violation des art. 25 ss LDIP. Se fondant sur le fait que la réserve de l'ordre public suisse doit s'interpréter de manière restrictive, spécialement en matière de reconnaissance et d'exécution des jugements étrangers, ils soutiennent qu'il serait clair, en l'espèce, que l'intérêt des enfants commanderait la reconnaissance de l'adoption. L'oncle paternel qui s'occupait des trois jeunes filles ne serait plus en mesure de continuer à assumer une telle charge et celles-ci auraient tissé des liens particulièrement étroits et intenses avec les recourants, qu'elles considéreraient comme leurs parents. De leur côté, ceux-ci formeraient un couple solide et harmonieux, qui aurait démontré se soucier sérieusement des trois enfants, cette prise en charge à distance n'étant toutefois plus suffisante aujourd'hui pour assurer leur bien-être. Leur parfaite intégration en Suisse faciliteraient par ailleurs celle des jeunes filles.
4.2.2.1 Il n'existe aucun traité bi- ou multilatéral liant la Suisse au Kosovo dans le domaine de l'adoption internationale, qu'il s'agisse de l'application du droit matériel ou de la reconnaissance et de l'exécution des décisions étrangères. Les conditions de la reconnaissance en Suisse d'une décision d'adoption rendue au Kosovo sont par conséquent exclusivement régies par la LDIP.
Conformément à l'art. 32 al. 1 et 2 LDIP, une décision ou un acte étranger concernant l'état civil peut être transcrit, moyennant une décision de l'autorité cantonale de surveillance, lorsqu'il satisfait aux conditions générales prévues aux art. 25 à 27 LDIP. Ces dispositions prévoient qu'une décision étrangère est reconnue en Suisse pour autant que les autorités judiciaires ou administratives de l'Etat dont émane la décision étaient compétentes, que la décision n'est plus susceptible de recours ordinaire et qu'elle n'est pas manifestement incompatible avec l'ordre public suisse (<ref-ruling> consid. 2; David Uwyler/Sonja Hauser, in Basler Kommentar, Internationales Privatrecht, 2e éd. 2007, n. 7 ad art. 78 LDIP), notamment avec l'ordre public matériel suisse (art. 27 al. 1 LDIP). La reconnaissance de la décision étrangère, en raison de son contenu, ne doit ainsi pas aboutir à un résultat fondamentalement opposé à la conception suisse du droit (notamment: <ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 2 c).
4.2.2.2 Dans le cas particulier d'une adoption, et eu égard aux conséquences de celle-ci, l'intérêt de l'enfant revêt une importance primordiale. Il est donc essentiel de s'assurer que l'autorité étrangère s'en soit véritablement inspirée lorsqu'elle a examiné les conditions de l'adoption, faute de quoi il faut considérer que celle-ci porte atteinte à l'ordre public suisse (arrêt 5A.20/2005 du 21 décembre 2005, consid. 3.3 publié in FamPra 2006 p. 467; Andreas Bucher, L'enfant en droit international privé, 2003, p. 106, n. 298; Bernard Dutoit, Droit international privé suisse, 4e éd., 2005, n. 3 ad art. 78 LDIP). Les conditions du droit suisse destinées à préserver l'intérêt de l'enfant (notamment le consentement des parents et, éventuellement de l'enfant, la différence d'âge entre adoptants et adopté, la période probatoire) doivent avoir été respectées à l'étranger, non pas nécessairement à la lettre, mais dans leur esprit (Dutoit, op. cit., n. 3 ad art. 78 LDIP; Bucher, op. cit., p. 106, n. 298). L'absence d'une période probatoire antérieure à l'adoption, respectivement d'un lien nourricier au sens de l'art. 264 CC, n'impliquent pas à eux seuls une contrariété à l'ordre public suisse (ATF 120 87 consid. 3a; arrêt 5A.20/2005 précité consid. 3.3.3), la prise en considération de la vie commune postérieure à l'adoption étant suffisante. Si toutefois les parents adoptifs et l'enfant adopté ne devaient pas avoir vécu ensemble après le prononcé de l'adoption, il y a alors lieu de s'en remettre à l'appréciation faite de l'intérêt de l'enfant par l'autorité étrangère qui a prononcé l'adoption (arrêt 5A.10/1992 du 20 janvier 1993, consid. 5b publié in Revue du droit de la tutelle (RDT) 1993 p. 147 ss, 156; 5A.20/2005 précité, consid. 3.3.3; Bucher, op. cit., p. 107, n. 300). Les périodes de vacances que l'adoptant passe auprès de l'adopté ne suffisent pas à retenir l'existence d'un lien nourricier (cf. notamment Cyril Hegnauer, Berner Kommentar, 4e éd., 1984, n. 30a et 33 ss ad art. 264 CC).
S'agissant plus particulièrement d'une adoption au sein même de la famille élargie de l'enfant à adopter, la doctrine souligne l'importance d'un examen attentif du bien de cet enfant. Il n'est en effet pas exclu que, dans une adoption de ce type, les parents biologiques de l'enfant vivent encore et soient en mesure de s'en occuper. Une adoption consiste en effet avant tout à permettre à un enfant de grandir et de se développer dans un cadre familial. Ainsi, lorsque d'autres objectifs entrent en ligne de compte, notamment la possibilité de suivre une formation ou un intérêt de nature économique, ces différents aspects doivent être appréciés au regard du bien de l'enfant, ce qui peut, le cas échéant, conduire à refuser la reconnaissance de l'adoption (Urwyler/Hauser, op. cit., n. 15 ad art. 78 LDIP). L'examen des motifs liés à l'adoption, le cadre socio-culturel et les relations psychosociales entre les personnes concernées revêt alors une importance particulière (Urwyler/Hauser, op. cit., n. 15 ad art. 78 LDIP). Pour servir le bien de l'enfant, la situation psychosociale doit correspondre d'une part, à une rupture avec la famille de sang, d'autre part, à la création d'un lien de filiation avec les parents adoptifs, lesquels deviennent les référents de la personne adoptée (Cyril Hegnauer, Adoption d'un requérant d'asile mineur?, RDT 1993 p. 105 ss, p. 106; Urwyler/Hauser, op. cit., n. 15 ad art. 78 LDIP;).
4.2.2.3 L'adoption dont la reconnaissance est demandée concerne les trois nièces des recourants, âgées de quatorze, douze et onze ans à l'époque du dépôt de la demande de reconnaissance. Depuis le décès de leur père, celles-ci ont toujours vécu au Kosovo, dans la famille d'un de leurs oncles paternels. Bien qu'abandonnées par leur mère biologique à la mort de leur père, elles sont en contact régulier avec cette dernière. Les trois jeunes filles n'ont jamais vécu avec leurs parents adoptifs, que ce soit avant ou après l'adoption prononcée au Kosovo. Si la recourante a certes vécu avec elles alors que son mari était déjà établi en Suisse, on ne saurait assimiler cette communauté de vie à une période probatoire: les trois enfants étaient âgées de cinq, trois et respectivement deux ans et se trouvaient alors sous la tutelle d'un de leurs oncles paternels; elles n'ont par ailleurs jamais partagé la vie du couple et de leurs enfants par la suite, les périodes de vacances passées ensemble au Kosovo ne permettant pas de considérer qu'un lien nourricier aurait été établi. En l'absence de période probatoire, l'appréciation de l'intérêt des enfants à l'adoption par l'autorité étrangère doit par conséquent faire l'objet d'une attention particulière. Se fondant sur les différents rapports figurant au dossier d'adoption, la cour cantonale a jugé que cet intérêt n'avait pas été suffisamment établi, que ce soit sur le plan personnel et social ou au regard de l'épanouissement des jeunes filles, de leur développement et de leurs relations avec les autres membres de leur famille; or, les recourants ne sont pas parvenus à démontrer l'abus du pouvoir d'appréciation des juges précédents (consid. 4.2 supra). De surcroît, les motivations d'ordre économique qui justifient également la demande d'adoption - prétendue situation financière plus favorable du recourant par rapport à la famille restée au Kosovo -, ne permettent pas de parvenir à une conclusion différente lorsqu'on les apprécie au regard du bien des enfants. La recourante ne travaillant pas, seul le recourant perçoit un revenu, d'un montant mensuel net de 4'500 fr. Cette somme ne permet pas, à l'évidence, d'assurer la subsistance d'une famille de sept membres. A cela s'ajoute que cette source de revenu est provisoire puisqu'il s'agit en réalité d'indemnités journalières versées par une caisse de compensation dans le cadre d'un reclassement professionnel. Dans ces circonstances, l'assurance d'un avenir supposé meilleur apparaît compromise.
5. 5.1 Examinant la violation de l'ordre public suisse sous l'angle de l'abus de droit, le tribunal administratif a considéré qu'il ressortait clairement du dossier que la décision dont la reconnaissance était demandée avait en réalité pour but d'obtenir une autorisation de séjour en faveur des trois enfants adoptés en invoquant l'existence d'un prétendu regroupement familial. Au vu de l'âge des enfants lors du jugement kosovar, il fallait en effet en conclure que cette dernière décision visait moins l'adoption de ceux-ci qu'à leur donner la possibilité de venir en Suisse. La démarche des recourants était ainsi constitutive d'un abus de droit, principe fondamental de l'ordre juridique suisse dont la violation heurtait manifestement l'ordre public.
5.2 Les recourants soutiennent qu'en affirmant que leur démarche serait abusive, le tribunal administratif aurait procédé à une appréciation arbitraire des preuves. Non seulement leurs prétendues intentions calculatrices et abusives ne ressortiraient aucunement du dossier, mais ce serait également manifestement à tort que les juges cantonaux auraient retenu qu'ils n'auraient jamais fait ménage commun avec les trois jeunes filles et que celles-ci seraient à un âge où une communauté de vie de type familial avec leurs parents biologiques ou adoptifs ne s'imposerait bientôt plus.
5.3 Il ressort de l'audition du recourant par la direction de l'état civil que seule son épouse aurait fait ménage commun avec les enfants: intégrée à la famille de son mari, elle aurait en effet vécu avec ceux-ci au sein de cette communauté familiale entre 1998 et 2000, alors que son époux était déjà établi en Suisse. La vie commune avait toutefois pris fin plus de six ans avant que la demande d'adoption n'ait été introduite et alors que les trois jeunes filles n'étaient encore que de jeunes enfants. Quant au recourant, il n'avait en revanche lui-même jamais vécu avec elles, ne les côtoyant que lorsqu'il retournait pendant les vacances au Kosovo. Au regard de ces éléments, ce n'est donc nullement à tort que la cour cantonale a retenu que les enfants n'avaient jamais fait ménage commun avec le couple, les séjours périodiques au Kosovo en leur compagnie ne pouvant y être assimilés (consid. 4.2.2.2 supra). S'agissant de l'appréciation cantonale liée au fait que la communauté familiale ne s'imposerait bientôt plus, elle est à mettre en relation avec le fait que la procédure d'adoption a été initiée plus de dix ans après le décès du père des enfants et leur abandon par leur mère, alors que ces derniers étaient déjà âgés de quatorze, douze et onze ans et qu'ils avaient toujours vécu au sein de leur famille paternelle, au Kosovo. Dans ce contexte, la considération cantonale ne paraît pas constitutive d'un abus de pouvoir d'appréciation, ce d'autant plus que la motivation des recourants est à cet égard des plus vagues.
6. En conclusion, le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les conclusions des recourants étant dépourvues de toutes chances de succès, leur requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 64 al. 1 LTF) et un émolument réduit est mis à leur charge (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire des recourants est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 9 novembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret