S.A.-B._,
Beschwerdeführerin,
M.A._,
gegen
Kantonales Steueramt Zürich,
Beschwerdegegner.
Gegenstand
Staats- und Gemeindesteuern 1999 und 2000,
Direkte Bundessteuer 1999 und 2000,
Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Abteilung, 2. Kammer, vom 12. März 2014.
Sachverhalt:
A.
M.A._ war in den Steuerperioden 1999 und 2000 selbstständig als Rechtsanwalt im Kanton Zürich tätig. Gestützt auf die Ergebnisse einer Buchprüfung vom August 2003 erliess das Kantonale Steueramt (nachfolgend: Steueramt) am 30. August 2005 einen Einschätzungsentscheid betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 1999 und 2000 sowie den Hinweis betreffend die direkte Bundessteuer 1999 und 2000. Dagegen erhoben die Eheleute A.-B._ am 30. September 2005 (Staats- und Gemeindesteuern) bzw. am 11. November 2005 (direkte Bundessteuer) Einsprache. Nachdem das Steueramt die Eheleute A.-B._ am 8. März 2012 aufgefordert hatte, Fragen zu beantworten und Unterlagen einzureichen, wurden die Einsprachen nicht weiter behandelt. Indessen wurde - im Nachgang eines Ausstandsbegehrens der Eheleute A.-B._ gegen den mit der Einschätzung befassten Steuerkommissär - die Zuständigkeit für die Einschätzung einem neuen Steuerkommissär übertragen.
B.
B.a. Mit dieser Begründung hob das Steueramt am 11. Mai 2012 die Veranlagung vom 30. August 2005 auf und erliess je einen neuen Einschätzungsentscheid für die Staats- und Gemeindesteuern (11. Mai 2012) und für die direkte Bundessteuer (23. Mai 2012), wobei es die Eheleute A.-B._ (wiederum) nach pflichtgemässem Ermessen veranlagte. Die dagegen erhobenen Einsprachen hiess das Steueramt am 22. November 2012 teilweise gut.
B.b. In teilweiser Gutheissung der dagegen erhobenen Rechtsmittel setzte das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich (nachfolgend: Steuerrekursgericht) die Steuerfaktoren am 18. April 2013 wie folgt fest:
Direkte Bundessteuer 1999: Einkommen Fr. 218'600.--.
Staats- und Gemeindesteuern 1999: Einkommen Fr. 216'800.--; Vermögen Fr. 541'000.--.
Direkte Bundessteuer 2000: Einkommen Fr. 386'500.
Staats- und Gemeindesteuern 2000: Einkommen Fr. 384'700.--; Vermögen Fr. 683'000.--.
B.c. Mit Beschwerde vom 30. Mai 2013 an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich (nachfolgend: Verwaltungsgericht) beantragte S.A.-B._ die Aufhebung des angefochtenen Entscheids, soweit die Einschätzung von der Selbstdeklaration abweiche. M.A._ wurde als Mitbeteiligter ins Verfahren einbezogen und nahm mit mehreren Eingaben Stellung. Weil die Eheleute eine Verletzung des Replikrechts im Verfahren vor dem Steuerrekursgericht gerügt hatten, ordnete das Verwaltungsgericht mit Präsidialverfügung vom 3. Februar 2014 die Zustellung der Rekurs- und Beschwerdeantwort des Steueramts vom 7. März 2013 an die Eheleute A.-B._ zur freigestellten Vernehmlassung an, unter Ansetzung einer nicht erstreckbaren Frist von 20 Tagen ab Zustellung der Verfügung (Zustellung am 11. Februar 2014).
Mit Eingaben an das Verwaltungsgericht vom 3. März 2014 verlangten die Eheleute A.-B._ Einsicht in die Verfahrensakten mit der Begründung, sie hätten erst durch die Beschwerdeantwort des Steueramts von der Existenz dieser Akten erfahren. Deswegen sei es ihnen unmöglich gewesen, vorher ein Akteneinsichtsgesuch zu stellen.
Am 5. und 6. März 2014 teilte der leitende Gerichtsschreiber der betreffenden Abteilung des Verwaltungsgerichts den Eheleuten A.-B._ mit, sie könnten nach Terminabsprache die Vorakten in der Gerichtskanzlei einsehen. Indessen werde ihnen keine neue Frist zur Stellungnahme eingeräumt und man werde mit der Urteilsfällung nicht zuwarten, bis die Akteneinsicht erfolgt sei.
Die Eheleute A.-B._ verzichteten in der Folge stillschweigend darauf, die Akten einzusehen.
Mit Urteil vom 12. März 2014 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerden ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 8. Mai 2014 beantragt S.A.-B._ dem Bundesgericht, das angefochtene Urteil vollumfänglich aufzuheben und die Sache zu neuer Entscheidung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Zudem ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde.
Das Verwaltungsgericht, das Steueramt und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. In Bezug auf die Staats- und Gemeindesteuern hat die Eidgenössische Steuerverwaltung auf eine Vernehmlassung verzichtet. M.A._ lässt sich mit Eingabe vom 26. Juni 2014 vernehmen und schliesst sich sinngemäss den Anträgen von S.A.-B._ an. Diese hält mit Replik vom 18. August 2014 an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Das angefochtene Urteil wurde von einer kantonal letztinstanzlich zuständigen Gerichtsbehörde erlassen. Es enthält zwei Endentscheide in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, welche unter keinen Ausschlussgrund nach <ref-law> fallen und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden können (<ref-law> i.V.m. <ref-law> [SR 642.11] und Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14], <ref-law>, <ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist als Steuerpflichtige zur Erhebung der Rechtsmittel legitimiert (<ref-law> und Art. 73 Abs. 2 StHG); ihr Ehemann wird ins Verfahren einbezogen und, nachdem er sinngemäss Anträge gestellt hat, als Partei behandelt. Auf die frist- und formgerecht eingereichten Beschwerden ist einzutreten.
1.2. Die streitige Ermessenstaxation fällt unter die harmonisierte Steuergesetzgebung (vgl. Art. 46 Abs. 3 StHG). Stehen sowohl die direkte Bundessteuer als auch die Kantons- und Gemeindesteuern zur Diskussion, so hat das Verwaltungsgericht grundsätzlich zwei Entscheide zu fällen, wobei beide im gleichen Akt ergehen können (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 262). Die steuerpflichtige Person hat ihrerseits grundsätzlich zwei Beschwerden an das Bundesgericht einzureichen, welche jedoch wiederum beide in der gleichen Rechtsschrift enthalten sein können.
Die Vorinstanz hat mit Urteil vom 12. März 2014 für die direkte Bundessteuer und die Staats- und Gemeindesteuern je einen Entscheid gefällt. Das Bundesgericht hat dementsprechend zwei Dossiers angelegt. Da beide Steuerarten auf demselben Sachverhalt beruhen und sich dieselben Rechtsfragen stellen, sind die beiden Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis, vgl. auch Urteil 2C_182/2014 vom 26. Juli 2014 E. 1).
2.
2.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und Art. 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die von der beschwerdeführenden Partei vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden (<ref-ruling> E. S. 415). In Bezug auf die Verletzung von Grundrechten, insbesondere des Willkürverbots, gilt eine qualifizierte Rüge- und Substanziierungspflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; <ref-ruling> E. 1.6 S. 280).
2.2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 2). Die beschwerdeführende Partei kann die Feststellung des Sachverhalts unter den gleichen Voraussetzungen beanstanden, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (vgl. E. 2.1 am Ende).
I. Formelle Rügen
3.
Die Steuerpflichtigen monieren, die Vorinstanz habe ihre verfassungsrechtliche Begründungspflicht verletzt, indem sie insgesamt sieben Mal auf den Entscheid des Steuerrekursgerichts verwiesen habe, anstatt sich selbst mit den Vorbringen der Steuerpflichtigen auseinanderzusetzen.
3.1. Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen der betroffenen Person hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich die betroffene Person über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinn müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 84; <ref-ruling> E. 5.2 S. 236; <ref-ruling> E. 4.2 S. 355; <ref-ruling> E. 2.4 S. 72; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445).
3.2. Der Verweis der Vorinstanz auf das (im Instanzenzug vorangegangene) Urteil des Steuerrekursgerichts betreffend das Beschleunigungsgebot ist unter dem Gesichtspunkt der Begründungspflicht zulässig (für eine Begründung mittels Verweis vgl. <ref-ruling> E. 6.2 S. 273 f.). Das Steuerrekursgericht hat einlässlich begründet, warum hier kein Verstoss gegen das Beschleunigungsgebot vorliege. Durch den Verweis auf die Erwägungen des Steuerrekursgerichts wurden die Steuerpflichtigen ohne weiteres in die Lage versetzt, die Begründung für die Würdigung des betreffenden Streitpunkts zu erfahren. Die Anforderungen der Rechtsprechung an die verfassungsrechtliche Begründungspflicht waren somit erfüllt.
Das Gleiche gilt für die Erwägung, mit der die Vorinstanz den Eintritt der Verjährung des Steueranspruchs unter Verweis auf das Urteil des Steuerrekursgerichts verneint. Die Vorinstanz begründet zudem selbst, warum ihrer Meinung nach die Verjährung bis anhin nicht eintreten konnte.
Hinsichtlich der Zulässigkeit der Ermessenstaxation kann entgegen dem Vorbringen der Steuerpflichtigen nicht gesagt werden, die vorinstanzliche Begründung erschöpfe sich im Verweis auf das Urteil des Steuerrekursgerichts. Die Vorinstanz ist dessen Erwägung gefolgt, hat jedoch diesen Standpunkt in ihrem Urteil selbst begründet.
Im Hinblick auf die materielle Beanstandung der Ermessenstaxation (Höhe der Einschätzung) hat sich die Vorinstanz wiederum mit einem Verweis auf das Urteil des Steuerrekursgerichts begnügt. Dies ist, wie dargelegt, zulässig.
Gleiches gilt für die Begründung, warum die Vorinstanz die Aufrechnung eines Teils der Erwerbsunfähigkeitsrente von M.A._ sowie von geldwerten Leistungen der Z._AG bestätigt hat.
3.3. Eine Verletzung der Begründungspflicht nach <ref-law> durch die Vorinstanz ist zu verneinen.
4.
Die Steuerpflichtigen monieren, die am Urteil des Steuerrekursgerichts vom 18. April 2013 beteiligten Richterpersonen seien befangen gewesen, was die Vorinstanz verkannt habe.
4.1. Gemäss Art. 30 Abs. 1 erster Satz BV hat jede Person, deren Sache in einem gerichtlichen Verfahren beurteilt werden muss, Anspruch auf ein durch Gesetz geschaffenes, zuständiges, unabhängiges und unparteiisches Gericht. Bei einer unzulässigen Vorbefassung mit der Streitsache durch eine Richterperson kann die Unparteilichkeit des Gerichts nicht mehr gewährleistet werden (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 2.6 S. 231 ff.).
4.2. Nach der Rechtsprechung verstösst es gegen Treu und Glauben, Ablehnungsgründe erst nach einem ungünstigen Entscheid im Rechtsmittelverfahren vorzubringen, wenn der Mangel schon vorher hätte festgestellt werden können. Diesfalls ist der Anspruch auf Anrufung der Garantie von <ref-law> verwirkt (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 124; <ref-ruling> E. 3.4 S. 211; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 4.3.1; <ref-ruling> E. 4.3 S. 496 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 85; <ref-ruling> E. 2 S. 122 f.).
Nach der Rechtsprechung ist das Gericht nicht verpflichtet, den Parteien die Zusammensetzung des Spruchkörpers vorgängig bekannt zu geben; es genügt, wenn die entsprechenden Namen aus einer leicht zugänglichen öffentlichen Quelle (etwa dem Staatskalender) hervorgehen. Die Parteien müssen (bzw. dürfen) damit rechnen, dass das Gericht in seiner ordentlichen Besetzung tagen wird (<ref-ruling> E. 3.2.1 S. 124). Bei einer von einem Anwalt vertretenen Partei ist jedenfalls zu vermuten, dass sie die reguläre Zusammensetzung des Gerichts kennt. Dies muss auch dann gelten, wenn die Partei - wie M.A._ im Verfahren vor dem Steuerrekursgericht - nicht vertreten, aber selbst Rechtsanwalt ist. Sofern also die Partei mit der Mitwirkung bestimmter (ordentlicher) Gerichtsmitglieder rechnen muss, hat sie allfällige Ausstandsgründe sofort zu erheben.
4.3. Die Steuerpflichtigen haben im Verfahren vor dem Steuerrekursgericht kein Ausstandsbegehren gestellt, auch dann nicht, als ihnen die prozessleitende Verfügung des Abteilungspräsidenten, dem sie nach Erhalt des Urteils Befangenheit vorwarfen, zugestellt wurde. Sie machen geltend, die (heutige und damalige) Beschwerdeführerin habe erst durch die Lektüre der "von Befangenheit zufolge Vorbefassung nur so strotzenden Ausführungen des Steuerrekusgerichts" von der Vorbefassung des Spruchkörpers erfahren.
Die Steuerpflichtigen übersehen, dass sie im Verfahren vor dem Steuerrekursgericht gemeinsam als Beschwerdeführende aufgetreten sind und dass M.A._ der Beschwerdeführerin allfällige Bedenken betreffend die Unvoreingenommenheit des Spruchkörpers hätte mitteilen können bzw. müssen. M.A._ hatte in der Vergangenheit Prozesse im Zusammenhang mit der Z._AG vor dem Steuerrekursgericht geführt. Er konnte und musste damit rechnen, dass bei einem weiteren Gerichtsverfahren zumindest ein Teil des Spruchkörpers identisch sein würde. Die Beteiligung des Abteilungspräsidenten wurde ihm sogar direkt mitgeteilt. M.A._ hätte eine allfällige Vorbefassung (wobei eine solche nicht zwingend unzulässig ist, vgl. Urteil 1C_914/2013 vom 26. Juni 2014 E. 5.1 mit Hinweisen) erkennen und geltend machen können. Da er dies unterliess und die Beschwerdeführerin sich sein Wissen anrechnen lassen musste, war das Recht auf Anrufung von <ref-law> im vorinstanzlichen Verfahren verwirkt.
5.
Die Steuerpflichtigen sehen eine Gehörsverletzung darin, dass die Vorinstanz ihnen die Beschwerdeantwort des Steueramts vom 17. März 2013 zugestellt hatte, anstatt das Urteil des Steuerrekursgerichts wegen Verletzung des Replikrechts aufzuheben.
Die Vorinstanz hat zutreffend erwogen, dass die Nichtzustellung der Beschwerdeantwort des Steueramts an die Steuerpflichtigen eine Verletzung des Replikrechts darstellt (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.3). Im Einklang mit der ständigen Rechtsprechung zur Heilung leichter Verfahrensmängel (vgl. <ref-ruling> E. 4) stellte sie den Steuerpflichtigen die Beschwerdeantwort des Steueramts zu und setzte ihnen eine Frist zur Stellungnahme. Da der Mangel nicht schwerwiegend war (in der Beschwerdeantwort wird die Abweisung der Rechtsmittel beantragt mit der Begründung, die Rekurrenten würden keine neuen Vorbringen vortragen, weshalb auf die Einspracheentscheide verwiesen werden könne) und die Vorinstanz sowohl in Rechts- als auch in Sachverhaltsfragen über die gleiche Kognition verfügt wie das Steuerrekursgericht, konnte er im vorinstanzlichen Verfahren geheilt werden. Die von den Steuerpflichtigen geltend gemachte Kognitionsbeschränkung des Verwaltungsgerichts, welche eine Heilung verbiete, bezieht sich nur auf die Rüge der Unangemessenheit (§ 50 Abs. 2 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 [VRG/ZH; LS 175.2]; § 153 Abs. 3 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 [StG/ZH]; LS 631.1). Diese ist jedoch im Streit um eine Ermessenseinschätzung nach <ref-law> bzw. § 139 Abs. 2 StG/ZH ohnehin unzulässig (<ref-law> bzw. § 140 Abs. 2 StG/ZH). Daraus ergibt sich, dass die Vorinstanz die Gehörsverletzung heilen durfte.
6.
Die Steuerpflichtigen monieren, die Vorinstanz habe das Recht auf Akteneinsicht und das damit einhergehende Recht auf Äusserung verletzt.
6.1. In der Beschwerdeantwort des Steueramts vom 7. März 2013 war unter "Beilagen" Folgendes vermerkt:
"Einschätzungsakten gemäss Verzeichnis
Unterlagen Buchprüfung gem. separatem Verzeichnis (zu Act. 59) ".
Die Steuerpflichtigen bringen vor, sie hätten von der Einreichung dieser offensichtlich umfangreichen, aufgrund der Bezeichnung mit Sicherheit zentralsten Akten an das Steuerrekursgericht bis anhin nichts gewusst. Es sei ihnen keine Gelegenheit geboten worden, Einsicht in diese Akten zu nehmen. Dadurch sei es ihnen verunmöglicht worden, ein Akteneinsichtsgesuch zu stellen und sich zum Inhalt der Akten zu äussern.
6.2. Bei den "Einschätzungsakten gemäss Verzeichnis" handelt es sich um die Einschätzungsakten des Steueramts, wie sie dem Steuerrekursgericht am 17. März 2013 eingereicht wurden. Das Aktenstück Nr. 59 figuriert im Aktenverzeichnis unter der Bezeichnung "Unterlagen zum Revisionsbericht gem. separatem Ordner und separatem Verzeichnis". Der Ordner selbst (act. 59) trägt den Vermerk "gehört zu Einschätzungsakten" und enthält ein Deckblatt mit dem Titel "Unterlagen zum Revisionsbericht 1999 und 2000 gem. separatem Ordner und Verzeichnis". Darauf folgt ein Aktenverzeichnis, welches den Inhalt des Ordners angibt. Dieser umfasst ausschliesslich Korrespondenz zwischen dem Steueramt und den Steuerpflichtigen zwischen dem 10. Februar 2004 und 6. Mai 2005.
Daraus ergibt sich klar, dass die erwähnten Akten (inkl. das vom Steueramt in der Beschwerdeantwort abweichend als "Unterlagen Buchprüfung" bezeichnete act. 59) bereits den Einspracheentscheiden vom 22. November 2012 zugrunde lagen. Es handelt sich somit nicht um "neu eingereichte Akten", wie die Steuerpflichtigen meinen, sondern (aus Sicht des Steuerrekursgerichts) um Vorakten, welche jeweils als Folge des Devolutiveffekts der Rechtsmittelinstanz übergeben werden. Die Vorinstanz hat zutreffend erwogen, dass eine Gerichtsbehörde den Beizug vorinstanzlicher Akten nicht anzukündigen braucht; eine Informationspflicht besteht nur in Bezug auf neue, entscheidwesentliche Akten, welche die Parteien nicht kennen und auch nicht kennen können (<ref-ruling> E. 6.2 S. 391 mit Hinweisen; Urteil 1C_363/2012 vom 1. Februar 2013 E. 3.1). Vom Beizug der Vorakten erfährt die betroffene Person im Normalfall dann, wenn das Gericht die jeweilige Vorinstanz zur Vernehmlassung einlädt und die Akten anfordert. Inwiefern es sich hier anders abgespielt haben könnte, ist nicht von Belang, nachdem die Vorinstanz den Steuerpflichtigen die Beschwerdeantwort des Steueramts nachträglich zugestellt und ihnen das Recht auf Stellungnahme eingeräumt hat. Die (erst) im Zug der Heilung des rechtlichen Gehörs erfolgte Gewährung des Replikrechts ändert nichts daran, dass das Akteneinsichtsrecht grundsätzlich nur auf entsprechendes Gesuch hin gewährt wird (<ref-ruling> E. 6.2 S. 391; Urteil 1C_482/2010 vom 14. April 2011 E. 3.1 mit Hinweisen). Die Steuerpflichtigen hätten es bereits vor der Einreichung der Beschwerden an das Steuerrekursgericht oder rechtzeitig im vorinstanzlichen Verfahren geltend machen können. Ihre Behauptung, sie hätten erst durch die Beschwerdeantwort des Steueramts von der Existenz dieser Akten erfahren, ist nicht glaubhaft, liegt es doch auf der Hand, dass in einem Veranlagungsverfahren Akten anfallen und dass die Einsicht verlangt werden muss. Indem die Steuerpflichtigen ohne Not am letzten Tag der von der Vorinstanz gesetzten, wegen der drohenden absoluten Verjährung nicht erstreckbaren Frist zur Stellungnahme Akteneinsicht verlangt haben und nun bemängeln, dass die Frist nicht erstreckt wurde, bewegen sie sich an der Grenze zum Rechtsmissbrauch. Die Vorinstanz hat das Akteneinsichtsrecht nicht verletzt.
7.
Nach Ansicht der Steuerpflichtigen hat die Vorinstanz das rechtliche Gehör verletzt, indem sie den Antrag auf Edition und Einsicht in die Akten betreffend "Funktionsenthebung" des bis dahin zuständigen Steuerkommissärs abwies.
7.1. Praxisgemäss kann das Recht auf Akteneinsicht auch ausserhalb eines hängigen Verfahrens geltend gemacht werden: Eine umfassende Wahrung der Rechte kann es gebieten, dass der Betroffene oder eine Drittperson Akten eines abgeschlossenen Verfahrens einsehe. Allerdings ist dieser Anspruch davon abhängig, dass der Rechtsuchende ein besonderes schutzwürdiges Interesse glaubhaft machen kann. Dieses kann sich aus der Betroffenheit in einem spezifischen Freiheitsrecht wie etwa der persönlichen Freiheit oder aus einer sonstigen besonderen Sachnähe ergeben (<ref-ruling> E. 3 S. 253).
7.2. Die Vorinstanz hat zu Recht darauf hingewiesen, dass der Beizug dieser Akten für die Festlegung der Steuerfaktoren nicht geboten ist. Die Steuerpflichtigen vermögen nicht darzulegen, worin das Interesse an deren Kenntnisnahme bestehen soll. Auch der Hinweis auf das "abgebrochene Auflageverfahren" geht fehl, nachdem dem Steuerkommissär der Fall entzogen worden war. Eine Gehörsverletzung ist nicht ersichtlich.
II. Verjährung
8.
Die Steuerpflichtigen machen geltend, die streitigen Steuerforderungen seien seit dem 1. Oktober 2010 verjährt, weil das Steueramt das Einschätzungsverfahren am 31. August 2005 "informell sistiert" und erst am 8. März 2012 wieder aufgenommen habe. Durch die Sistierung während mehr als sechseinhalb Jahren sei das in Art. 6 EMRK und <ref-law> verankerte Beschleunigungsgebot verletzt worden.
8.1. Die Anrufung des Beschleunigungsgebots erfolgt erstmals im bundesgerichtlichen Verfahren und damit verspätet (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 93; <ref-ruling> E. 5a am Ende S. 228), weshalb die Steuerpflichtigen aus der überlangen Verfahrensdauer nichts zu ihren Gunsten ableiten können. Es stand ihnen frei, mit einer Rechtsverzögerungsbeschwerde gegen die Untätigkeit des Steueramts vorzugehen.
8.2. In Bezug auf die direkte Bundessteuer verjährt das Recht, eine Steuer zu veranlagen - unter Vorbehalt hier nicht relevanter Ausnahmen - , fünf Jahre nach Ablauf der Steuerperiode (<ref-law>). Während eines Einsprache-, Beschwerde- oder Revisionsverfahrens beginnt die Verjährung nicht oder steht still (<ref-law>). Die Regelung betreffend die Staats- und Gemeindesteuern ist inhaltlich gleich (§ 130 Abs. 1 und Abs. 2 lit. a StG/ZH).
8.3. Die Steuerpflichtigen gehen wie die Vorinstanz davon aus, die Einspracheverfahren seien "informell" und ohne Mitteilung an sie - die Steuerpflichtigen - sistiert worden.
Die Sistierung eines Verfahrens ist ein Rechtsakt, der vom Willen der Behörde getragen sein muss (vgl. statt vieler JÜRG BICKEL, Auslegung von Verwaltungsrechtsakten, 2014, S. 13 f.); blosses Untätigsein der Behörde stellt keine Sistierung dar. Zwar ist auch eine formlose, d.h. mündliche Sistierung denkbar, sofern die Merkmale einer Verwaltungsverfügung vorliegen. In den Akten gibt es jedoch dafür keine Anhaltspunkte. Auf eine bestehende Sistierung wird nirgends Bezug genommen, auch nicht in der Verfügung vom 8. März 2012, mit der das Steueramt die Steuerpflichtigen aufforderte, Fragen zu beantworten und Unterlagen einzureichen. Wäre das Einspracheverfahren bis zu diesem Zeitpunkt (formell oder formlos) sistiert gewesen, hätte das Steueramt in dieser Verfügung die Wiederaufnahme des Verfahrens anzeigen bzw. die Sistierung aufheben müssen. Es spricht somit nichts dafür, dass die am 30. September 2005 bzw. am 11. November 2005 angehobenen Einspracheverfahren sistiert worden wären. Die Frage kann indessen offen bleiben: Der Stillstand der Verjährung wird von einer (allfälligen) Sistierung nicht berührt, da auch ein sistiertes Verfahren ein hängiges Verfahren darstellt.
8.4. Die Steuerpflichtigen bestreiten zu Unrecht, dass die Einsprachen hängig waren. Ob das Steueramt den Eingang aller Einsprachen bestätigt hat, ist unerheblich, nachdem aktenkundig ist, dass diese am 30. September 2005 bzw. am 11. November 2005 der Post übergeben wurden. Die relative Verjährung steht gemäss <ref-law> bzw. § 130 Abs. 2 lit. a StG/ZH seit dem jeweiligen Einreichungszeitpunkt still. Auch dass - den Steuerpflichtigen zufolge - keine Verfahrensnummer angelegt oder Untersuchungshandlungen durchgeführt wurden, ändert nichts an der Rechtshängigkeit der Einsprachen. Die Veranlagungsverjährung konnte somit nicht eintreten.
9.
Die Steuerpflichtigen beantragen für den Fall, dass die Veranlagungsverjährung verneint wird, den Beizug sowie die Einsicht in die Akten des Verfahrens betreffend Funktionsenthebung des Steuerkommissärs, welcher die Einschätzung vom 30. August 2005 vorgenommen hatte. Der Beizug dieser Akten ist, wie schon die Vorinstanz erwogen hat, für das vorliegende Beschwerdeverfahren nicht notwendig. Es ist zwar nicht ausgeschlossen, dass die Gründe für die Verschleppung des Verfahrens mit dem erwähnten Steuerkommissär zusammenhängen. Dies ist jedoch nicht rechtserheblich, weil die Steuerpflichtigen aus der langen Verfahrensdauer nichts zu ihren Gunsten ableiten können. Der Verfahrensantrag ist abzuweisen.
III. Ermessenseinschätzung
10.
Die Steuerpflichtigen machen geltend, die Voraussetzungen der Ermessensveranlagung seien nicht erfüllt gewesen.
10.1. Hat die steuerpflichtige Person trotz Mahnung ihre Verfahrenspflichten nicht erfüllt oder können die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden, so nimmt die Veranlagungsbehörde die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vor. Sie kann dabei Erfahrungszahlen, Vermögensentwicklung und Lebensaufwand des Steuerpflichtigen berücksichtigen (<ref-law> bzw. § 139 Abs. 2 StG/ZH).
10.2. Die Vorinstanz hat - wie bereits das Steuerrekursgericht - die Anwaltskanzlei von M.A._ als bargeldintensiven Betrieb qualifiziert, weil auf dem Kassakonto der Buchhaltung Aus- und Einlagen von rund Fr. 378'00.-- (1999) bzw. Fr. 410'000.-- (2000) in bar abgewickelt worden und zuweilen Habensaldi von weit über Fr. 100'000.--ausgewiesen gewesen seien. Deswegen hätten die Steuerpflichtigen ein ordnungsgemässes Kassabuch führen müssen.
Die Frage, ob die Qualifikation der Anwaltskanzlei als bargeldintensiver Betrieb korrekt ist, kann offen bleiben, wie sogleich darzulegen ist.
Die Steuerpflichtigen verweisen auf ihre kaufmännisch geführte Buchhaltung und machen geltend, die Richtigkeit der Jahresabschlüsse 1999 und 2000 sei weder vom Steueramt noch von den Vorinstanzen widerlegt worden. Demgegenüber weist die Vorinstanz darauf hin, dass das Kassakonto der Buchhaltung nicht näher spezifizierte Sammelbuchungen aufweise und über einen längeren Zeitraum einen negativen Saldo aufgewiesen habe. Der negative Kassasaldo könne nicht - wie dies die Steuerpflichtige versuche - mit Periodenverschiebungen erklärt werden, denn diese seien mittels transitorischen Aktiven und Passiven zu verbuchen. Es sei daher nicht möglich, dass der Bargeldbestand negativ sei. Somit würden zuverlässige Unterlagen betreffend das Kassakonto fehlen, weshalb die Buchhaltung als Ganzes angezweifelt werden müsse.
10.3. Die sachverhaltlichen Feststellungen der Vorinstanz, aus denen sich die Mangelhaftigkeit der Buchhaltung der Steuerpflichtigen ergibt, sind für das Bundesgericht verbindlich (vgl. E. 2.2). Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz eine Buchhaltung, die negative Kassensaldi aufweist, als mangelhaft qualifiziert hat. Die von der Vorinstanz bestätigten Feststellungen des Steuerrekursgerichts lassen sodann keinen Zweifel daran, dass die Steuerpflichtigen ihre Mitwirkungspflicht verletzt haben. Abgesehen von dem bereits erwähnten Kassakonto, welches Unstimmigkeiten enthielt, hätten die Steuerpflichtigen den Debitorenstand per Ende 1999 bzw. 2000 nur geschätzt bilanziert, anstatt ihn, wie von der Revisorin mit Auflage und Mahnung verlangt, einzeln nachzuweisen. Sodann fehlten in der Bilanz - trotz Auflage und Mahnung - ein vollständiges Inventar der mobilen Sachanlagen sowie die verlangten Details der Anlagezugänge von der Y._ AG. Insgesamt bilde die Buchhaltung der Steuerpflichtigen keine verlässliche Grundlage für die Veranlagung.
Der Einwand der Steuerpflichtigen, das Steueramt hätte die Mangelhaftigkeit der Jahresabschlüsse 1999 und 2000 belegen müssen, stösst ins Leere. Das Fehlen von Unterlagen ist nicht von der Steuerverwaltung zu beweisen, da negative Tatsachen generell nicht bewiesen werden können. Die Steuerverwaltung ist in hohem Mass auf die Mitwirkung der steuerpflichtigen Personen angewiesen, damit sie ihrer Untersuchungspflicht nachkommen kann.
Die Voraussetzungen für die Ermessenstaxation waren zweifelsfrei erfüllt, was die Vorinstanz zu Recht bestätigt hat.
11.
Die Steuerpflichtigen monieren, die Ermessenseinschätzung sei offensichtlich unrichtig.
11.1. Eine Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen kann die steuerpflichtige Person nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit anfechten. Die Einsprache ist zu begründen und muss allfällige Beweismittel nennen (<ref-law> bzw. § 140 Abs. 2 StG/ZH). Offensichtlich unrichtig ist eine Schätzung, die einen wesentlichen Gesichtspunkt übergangen oder falsch gewürdigt hat. Das Bundesgericht ist an die Ermessenseinschätzung gebunden, wenn sie auf einer richtigen und vollständigen Sachverhaltsermittlung und auf einer sachgerechten Abwägung der Gesamtheit der für die Veranlagung massgebenden Verhältnisse beruht, wobei den zuständigen Behörden ein gewisser Spielraum für die zahlenmässige Auswertung der Untersuchungsergebnisse zusteht; so lange sich ihre Schätzung im Rahmen des so gegebenen Spielraums hält, kann das Bundesgericht nicht eingreifen (Urteil 2C_441/2008 vom 30. Januar 2009 E. 2.3).
Wer als steuerpflichtige Person eine Ermessensveranlagung vor Bundesgericht anficht, muss sich mit deren Elementen im Einzelnen auseinandersetzen und zeigen, dass die Schätzung auf unhaltbaren Grundlagen oder auf offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellungen beruht. Es ist klar darzutun und im einzelnen zu belegen, dass und weshalb eine vorgenommene Schätzung offensichtlich falsch sein soll bzw. wesentliche Gesichtspunkte übergangen oder falsch gewürdigt worden sind (Urteil 2C_441/2008 vom 30. Januar 2009 E. 3.2).
11.2. Die Steuerpflichtigen monieren, es seien ihnen willkürlich für das Jahr 1999 Fr. 120'000.-- und für das Jahr 2000 Fr. 100'000.-- Erwerbseinkommen "angedichtet" worden. Sodann sei ein Teil der M.A._ ausgerichteten Erwerbsunfähigkeitsrente zu Unrecht als Einkommen aufgerechnet worden, obwohl die Zahlung klarerweise nicht bei ihnen - den Steuerpflichtigen - eingegangen sei. Auch die Anrechnung geldwerter Leistungen der Z._ AG sei willkürlich. Die Schätzung des Guthabens auf dem Postkonto auf Fr. 40'000.-- und des Ertrags von Fr. 400.-- entbehre jeglicher Grundlage, und schliesslich sei ein "angebliches" Darlehen der W._ von Fr. 281'500.-- zu Unrecht aufgerechnet worden.
11.3. Die Steuerpflichtigen substanziieren diese Vorbringen nicht, sondern wiederholen in appellatorischer Weise ihre bereits vor der Vorinstanz erhobenen Beanstandungen und Behauptungen, ohne sich mit dem angefochtenen Urteil auseinanderzusetzen. So erklären sie (wie schon im vorinstanzlichen Verfahren) nicht, warum die Meldung der X._ Versicherung an die Eidgenössische Steuerverwaltung vom 17. Dezember 2002 betreffend Zusprechung einer Erwerbsunfähigkeitsrente zugunsten von M.A._ von jährlich Fr. 90'000.--, zahlbar erstmals am 3. November 2000, nicht den Tatsachen entsprechen soll. Vielmehr machen sie selbst noch vor der dritten Gerichtsinstanz geltend, die Meldung der ESTV stelle keinen Zahlungsnachweis dar. In ähnlicher Weise bestreiten sie auch die Richtigkeit der übrigen Schätzungen, obwohl die Ermessensveranlagung schon ab dem Einspracheverfahren nur mit Willkürkognition überprüft werden kann. Die weitschweifigen, teilweise schwer lesbaren, grösstenteils appellatorischen Ausführungen der Steuerpflichtigen genügen den strengen Anforderungen an die Willkürrüge nicht (<ref-ruling> E. 10.1 S. 445). Es ist daher nicht im Einzelnen darauf einzugehen. Den Steuerpflichtigen gelingt der Nachweis der offensichtlichen Unrichtigkeit der Ermessenseinschätzung nicht.
12.
Aus dem Gesagten ergibt sich, dass die Ermessenseinschätzung zu Recht vorgenommen wurde und deren Höhe nicht zu beanstanden ist. Die Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer 1999/2000 sowie die Staats- und Gemeindesteuern 1999/2000 sind somit als unbegründet abzuweisen.
Das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde wird durch das vorliegende Urteil gegenstandslos.
IV. Kosten und Entschädigung
13.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens tragen die unterliegenden Steuerpflichtigen die Gerichtskosten, wobei sie untereinander solidarisch haften (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Es ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_440/2014 und 2C_441/2014 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 1999 und 2000 wird abgewiesen.
3.
Die Beschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 1999 und 2000 wird abgewiesen.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdeführerin und M.A._ unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, 2. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Oktober 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Genner