Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Der Versicherte arbeitete bis Ende März 1997 bei der Firma X._ AG und bezog einen Lohn von zuletzt Fr. 9666. 65 im Monat (x 13). Hierauf wurde er in den Vorruhestand versetzt. Ab April 1997 meldete er sich zum Bezug von Arbeitslosenentschädigung an. Vom 1. April 1997 bis Ende September 1998 erhielt er von der Firma X._ AG monatlich Fr. 5258. 25 als freiwillige Leistung. Der vorliegende Rechtsstreit dreht sich um die Frage, ob und auf welche Weise diese freiwilligen Zahlungen an die von der Arbeitslosenversicherung geschuldeten Taggelder anzurechnen sind.
2.- Der Vorinstanz ist insoweit beizupflichten, als sie die umstrittene Leistung der Firma X._ AG als freiwillige Zahlung der Arbeitgeberfirma und nicht etwa als Leistung der obligatorischen oder weitergehenden beruflichen Vorsorge qualifiziert hat. In der Tat ergibt sich aus der Vereinbarung des Versicherten mit der Firma X._ AG vom 12. Dezember 1996, dass Leistungen der 2. Säule erst ab 1. November 1998 bis zum Erreichen des AHV-Alters vorgesehen waren. Bis dahin erbrachte ausschliesslich die Firma X._ AG selbst Leistungen; sie übernahm zudem bis zum Beginn von Zahlungen der 2. Säule auch sämtliche Prämien an die berufliche Vorsorge. Es liegt daher eine in Rentenform ausgerichtete freiwillige Abgangsentschädigung der Arbeitgeberfirma vor. Diese deckt ausschliesslich die Folgen der mit der Versetzung in den Vorruhestand verursachten Arbeitslosigkeit ab, nicht jedoch die Risiken von Invalidität, Alter oder Tod. Ihr kommt damit kein Vorsorgecharakter zu (AHI-Praxis 1993 S. 133).
Nach dem Gesagten ist die Begründung in der Verfügung der Arbeitslosenkasse vom 9. Juli 1997, welche sich zur Ablehnung von Taggeldzahlungen auf Normen über Pensionskassenleistungen abstützt, nicht zutreffend.
3.- Damit ist jedoch die Frage noch nicht beantwortet, ob die freiwillige Leistung der Firma X._ AG unter einem andern Titel als demjenigen von Leistungen der beruflichen Vorsorge an die dem Versicherten zustehende Arbeitslosenentschädigung anzurechnen sei.
a) Die Vorinstanz bejahte diese Frage mit der Begründung, die Zahlung der Arbeitgeberfirma vermindere den Lohnausfall, welchen der Versicherte wegen der Versetzung in den Vorruhestand habe in Kauf nehmen müssen. Damit reduziere sich auch der anrechenbare Arbeitsausfall, was sich auf die Höhe der geschuldeten Arbeitslosenentschädigung auswirke.
Die Beschwerdeführerin hingegen macht geltend, gemäss einer Weisung des seco vom 15. Mai 1998 dürften freiwillige Abgangsentschädigungen der Arbeitgeberfirma nicht an die Leistungen der Arbeitslosenversicherung angerechnet werden.
Das seco bestätigt in seiner Vernehmlassung, dass diese Weisung nach wie vor in Kraft sei.
b) Die angefochtene Abrechnung vom 3. Juni 1997 und die Verfügung vom 9. Juli 1997 betrafen einzig den Anspruch des Versicherten auf Arbeitslosenentschädigung im April 1997. In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden die Betreffnisse der Monate April 1997 bis Januar 1998 geltend gemacht. Wohl hat der Ausgang des vorliegenden Streites, welcher sich allein auf die Leistungen für den April 1997 beschränkt, Auswirkungen auf die Berechnung der Taggelder für die nachfolgenden Monate. Grundsätzlich aber ist im vorliegenden Fall dasjenige Recht anwendbar, welches im April 1997 in Kraft stand.
c) Nach den in diesem Zeitpunkt gültig gewesenen gesetzlichen Bestimmungen und der dazu ergangenen Rechtsprechung (nicht veröffentlichtes Urteil B. vom 5. September 1996, C 267/95) waren die von der Firma X._ AG ausgerichteten freiwilligen Zahlungen als Lohn zu erfassen und auf den Anspruch des Versicherten auf Arbeitslosenentschädigung anzurechnen.
In <ref-ruling> jedoch hatte sich das Eidgenössische Versicherungsgericht erstmals zur erwähnten Weisung des seco vom 15. Mai 1998 zu äussern. Es erwog, dass zur Ermittlung der Anspruchsberechtigung gemäss <ref-law> auf die AHV-Gesetzgebung abzustellen sei. Abgangsentschädigungen und freiwillige Vorsorgeleistungen eines Arbeitgebers gehörten zum massgebenden Lohn, soweit ihnen nicht Sozialleistungs- und Vorsorgecharakter zukomme. Sie seien daher bei der Ermittlung des anrechenbaren Arbeitsausfalls zu berücksichtigen. Die erwähnte Weisung des seco, wonach solche Entschädigungen nicht mehr angerechnet werden sollten, sei daher an sich gesetzwidrig. Indessen habe sie seit ihrem Erlass in der ganzen Schweiz in nunmehr zweieinhalb Jahren namentlich im Zusammenhang mit Restrukturierungsmassnahmen grosser Firmen weit verbreitete Anwendung gefunden. Der Verwaltung sei beim Erlass der Weisung bewusst gewesen, dass ihr Vorgehen vom Gesetz möglicherweise nicht gedeckt war. Mit Rücksicht auf Absprachen mit den Sozialpartnern und im Interesse des für den sozialen Frieden wichtigen Instituts des Sozialplanes sei die streitige Weisung dennoch erlassen und durchgesetzt worden. Es bestehe kein Grund zur Annahme, dass die Verwaltung in nächster Zeit von ihrer konstant gesetzwidrigen Praxis abweichen werde. Vielmehr sei beabsichtigt, diese Regelung bei nächster Gelegenheit (AVIG-Revision 2003) gesetzlich abzusichern.
Daher sei ausnahmsweise dem Grundsatz der Gleichbehandlung im Unrecht Vorrang vor demjenigen des gesetzmässigen Verwaltungshandelns einzuräumen, womit die Weisung vom 15. Mai 1998 Anwendung finde.
d) Mit diesem Urteil hat das Eidgenössische Versicherungsgericht die bisherige Rechtsprechung (erwähntes Urteil B.) geändert. Eine neue Praxis ist rechtsprechungsgemäss (<ref-ruling> Erw. 3a, 108 V 3 Erw. 2a, je mit Hinweisen) auf alle im Zeitpunkt der Änderung noch nicht erledigten, z.B. vor einem Gericht hängigen, und auf künftige Fälle anwendbar. Da im vorliegenden Fall das Verfahren gegen die Abrechnung vom 3. Juni 1997 bzw. die Verfügung vom 9. Juli 1997 im Zeitpunkt des Erlasses von <ref-ruling> (23. Oktober 2000) noch hängig war, ist die Weisung des seco vom 15. Mai 1998 demnach im vorliegenden Fall anzuwenden, obwohl diese an sich zeitlich erst nach dem letzten der hier ausdrücklich eingeforderten Betreffnisse erging.
e) Vorliegend geht es wie in <ref-ruling> um die freiwillige Abgangsentschädigung einer Arbeitgeberfirma ohne Vorsorgecharakter. Sie müsste eigentlich an die dem Versicherten zustehende Arbeitslosenentschädigung angerechnet werden. Da der Grundsatz der Gleichbehandlung im Unrecht nach dem Gesagten jedoch vorgeht, ist davon abzusehen.
Die Sache wird deshalb an die Arbeitslosenkasse zurückgewiesen, welche die dem Versicherten zustehende Arbeitslosenentschädigung ohne Berücksichtigung der freiwilligen Leistungen der Firma X._ AG neu berechnen wird.
4.- Wie die Vorinstanz richtig erkannt hat, sind die Voraussetzungen sowohl für eine ausnahmsweise Zusprechung von Verzugszinsen (dazu <ref-ruling> Erw. 3) als auch für eine Parteientschädigung an die in eigener Sache prozessierende Beschwerdeführerin bzw. für deren Ehemann (im kantonalen Verfahren; zum Ganzen <ref-ruling> f. Erw. 4d) nicht erfüllt. Auf die zutreffenden Erwägungen im vorinstanzlichen Entscheid kann verwiesen werden.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde
werden der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts
des Kantons Zürich sowie die Abrechnung vom 3. Juni 1997 und die Verfügung vom 9. Juli der
Arbeitslosenkasse GBI aufgehoben, und die Sache wird
an die Arbeitslosenkasse zurückgewiesen, damit sie die
Arbeitslosenentschädigung des Versicherten im Sinne
der Erwägungen neu berechne. Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde
abgewiesen.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, dem Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons Zürich und dem Staatssekretariat
für Wirtschaft zugestellt.
Luzern, 8. Juni 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber:
i.V.