Fatti:
A.
Nell'ambito della revisione parziale della pianificazione locale, accettata dall'Assemblea comunale il 12 marzo 2012, il Comune di U._ ha proposto al Governo del Cantone dei Grigioni, tra l'altro, l'azzonamento in zona V._ di circa un ettaro (ha) di terreno edificabile, di cui 0,3 ha da assegnare alla zona ampliamento del nucleo 2 (AN2) e 0,7 ha alla zona residenziale 2 (R2C). Questo azzonamento, già proposto nell'ambito della revisione del 1995, era stato rifiutato dall'Esecutivo cantonale, poiché le zone edilizie erano già troppo estese. In occasione della revisione del 1998, il Comune lo riproponeva nuovamente: il Governo aveva sospeso la procedura di approvazione per motivi legati all'inquinamento fonico generato dallo stand di tiro, infrastruttura che cessava l'attività otto anni dopo.
B.
Con decreto del 17 dicembre 2013 il Governo cantonale, accertato il sovradimensionamento delle zone edificabili, non ha approvato l'ampliamento delle zone AN2 e R2C, stabilendo che finché il Comune non avrà deciso un nuovo piano delle zone, quelle litigiose dovevano essere attribuite all'altro territorio comunale.
C.
Il 31 gennaio 2014 D._, proprietario del fondo yyy (210 m2 ) sito in zona AN2, è insorto dinanzi al Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni. Con giudizio del 26 agosto 2014 (R 14 12) la Corte cantonale ha parzialmente accolto il gravame e modificato il decreto governativo nel senso che nella zona nucleo di V._ viene inclusa anche una parte della particella yyy.
D.
Contro questa decisione l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale presenta un ricorso al Tribunale federale. Chiede di annullarla e di confermare il decreto governativo.
D._ non ha presentato osservazioni. Il Dipartimento cantonale rinuncia a formulare conclusioni concrete, mentre la Corte cantonale propone di respingere il gravame, in quanto ammissibile.

Diritto:
1.
1.1. Impugnata è una decisione di un'autorità cantonale di ultima istanza pronunciata nell'ambito del diritto edilizio e pianificatorio (art. 82 lett. a e art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.1). Con il contestato giudizio la Corte cantonale ha direttamente attribuito alla zona edificabile una particella, per cui si è in presenza di una decisione finale (<ref-law>). La legittimazione dell'Ufficio federale è data (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>, RS 700.1) e il ricorso è tempestivo.
2.
2.1. Il ricorrente fa valere che l'azzonamento stabilito direttamente da parte della Corte cantonale violerebbe l'art. 38a cpv. 2 LPT (RS 700) in relazione all'<ref-law>, che lo concreta, poiché non ha imposto una compensazione dell'azzonamento effettuato.
2.2. Il Tribunale amministrativo, sebbene in seguito tratti la causa quale azzonamento, rileva dapprima, in maniera invero poco comprensibile, che la vertenza non concernerebbe tale fattispecie, poiché si tratterrebbe solo di sapere se sia o no giustificato di escludere dalla zona immediatamente adiacente al nucleo il fondo litigioso. Rettamente l'istanza precedente parla poi di azzonamento.
2.3. La Corte cantonale, rilevato che il decreto governativo è stato adottato il 17 dicembre 2013, ha ammesso che, qualora fosse applicabile l'art. 38a LPT, la richiesta di azzonamento del proprietario della particella in esame sarebbe a priori priva di possibilità di successo. Ha aggiunto che la vertenza riguarderebbe tuttavia una revisione locale della pianificazione non ancora cresciuta in giudicato, motivo per cui detta norma non sarebbe applicabile.
Al riguardo occorre rilevare che in concreto il proprietario ha interposto il ricorso contro il decreto governativo in data 31 gennaio 2014, motivo per cui, al momento dell'entrata in vigore della modifica del 2 aprile 2014, il gravame che tendeva a una correzione materiale della decisione di approvazione dei piani di utilizzazione da parte dell'autorità cantonale giusta l'art. 26 LPT, era pendente. Di conseguenza l'art. 38a cpv. 2 LPT è applicabile (cfr. al riguardo sentenza 1C_612/2014 del 26 agosto 2015 consid. 2.2 e 2.4). Ora, ritenuto che la Corte cantonale, invece di rinviare la causa al Comune, ha decretato direttamente l'azzonamento litigioso, essa avrebbe dovuto stabilire nella stessa decisione anche un dezonamento di almeno la stessa superficie.
2.4. Giova osservare che il Tribunale amministrativo, esprimendosi poi sul possibile affidamento che il proprietario poteva riporre nella revisione del 1999, rileva, rettamente, che l'azzonamento richiesto non sarebbe stato possibile senza previo esame della necessità futura di terreno edificabile. Al riguardo ha accertato che, come appurato dal Governo, era ed è evidente che le riserve edilizie esistenti sono chiaramente sovradimensionate e che il Comune né ha giustificato né spiegato le necessità per ampliare in maniera così notevole la zona edilizia, che andava e va per contro ridimensionata. Ha aggiunto che il negato azzonamento non lede il principio della parità di trattamento e ricordato, a ragione, che, secondo la giurisprudenza, nel contesto di un sovradimensionamento delle zone edificabili anche fondi di modeste dimensioni devono essere considerati (<ref-ruling> consid. 6e pag. 248; <ref-ruling>) e che sussiste un interesse pubblico alla riduzione di quelle troppo estese. Da tali accertamenti la Corte cantonale non ha tuttavia dedotto l'inevitabile e ovvia conseguenza della conferma del corretto rifiuto governativo di approvare l'azzonamento litigioso.
2.5. Essa si è infatti limitata a rilevare una pretesa insostenibilità del frastagliamento dei confini che delimitano l'attuale zona edilizia, ritenendo inspiegabile e illogica la mancata inclusione nella stessa della stalla sita sul fondo yyy, ubicata a ridosso dell'adiacente costruzione eretta su quello zzz, i cui rispettivi muri perimetrali distano meno di un metro. Ha ritenuto che, in termini spaziali, sarebbe estremamente difficile scorgere un motivo oggettivo per assegnare solo una delle due costruzioni alla zona del nucleo, sebbene quella sul fondo zzz non abbia carattere agricolo. Motivo quest'ultimo che poteva essere stato il criterio per giustificarne l'esclusione dalla zona nucleo. La mancata attribuzione a questa zona sarebbe pertanto inspiegabile e illogica, poiché la stalla dovrebbe essere considerata parte integrante del comparto edilizio che la circonda. Rilevato che di massima anche gli accessi veicolari devono essere inseriti nella zona edificabile, i giudici cantonali hanno decretato l'attribuzione della parte sovraedificata del fondo litigioso, segnatamente la stalla, un piccolo andito e l'accesso, alla zona del nucleo, ritenendo che le particolarità del caso richiedessero una minima rettifica dei confini dell'attuale zona edilizia, ampliamento non necessitante un rinvio della causa al Comune, soluzione adottata anche riguardo a due altre particelle limitrofe (vedi sentenza 1C_488/2014 decisa in data odierna).
3.
3.1. L'art. 38a LPT, in vigore dal 1° maggio 2014, dispone che i Cantoni adattano i propri piani direttori ai requisiti di cui agli articoli 8 e 8a capoverso 1 entro cinque anni dall'entrata in vigore della modifica del 15 giugno 2012 (cpv. 1). Fino all'approvazione dell'adattamento del piano direttore da parte del Consiglio federale non è consentito al Cantone interessato di aumentare la superficie complessiva delle zone edificabili delimitate con decisione passata in giudicato (cpv. 2).
Questa norma è concretata dall'<ref-law>, secondo cui se al momento dell'entrata in vigore della modifica del 2 aprile 2014 è pendente un ricorso contro la decisione dell'autorità cantonale secondo l'articolo 26 LPT concernente l'approvazione di un azzonamento, l'articolo 38a capoverso 2 LPT non si applica all'azzonamento quando il ricorso non porta né ad un riesame né ad una correzione materiale parziale della decisione di approvazione oppure se è stato intentato in modo temerario (cpv. 1). Durante il periodo transitorio di cui all'articolo 38a capoverso 2 LPT, possono essere approvati azzonamenti soltanto se dall'entrata in vigore di detta disposizione (ossia dal 1° maggio 2014), nel Cantone viene dezonata almeno la stessa superficie oppure il dezonamento è effettuato nel quadro della stessa decisione (cpv. 2 lett. a); sono ammesse agevolazioni per delimitare zone destinate a utilizzazioni pubbliche nelle quali il Cantone pianifica la realizzazione di infrastrutture molto importanti e urgenti (lett. b) o per altre zone d'importanza cantonale che si rivelano urgentemente necessarie. L'adempimento delle condizioni di cui alle lettere b e c dell'<ref-law> non è stato addotto nel caso in esame. È d'altra parte pacifico che la superficie azzonata non è stata compensata con un dezonamento di una superficie delle medesime dimensioni come imposto dall'<ref-law>.
3.2. A titolo abbondanziale si può rilevare che pure l'art. 15 LPT, nella versione in vigore fino al 30 aprile 2014, e la relativa prassi già imponevano la riduzione delle zone edificabili sovradimensionate (<ref-ruling> consid. 4.3 e rinvii pag. 31; <ref-ruling> consid. 7 pag. 211). L'art. 15 cpv. 2 LPT, in vigore dal 1° maggio 2014, che ha in sostanza codificato la giurisprudenza e ha inasprito la previgente legislazione, dispone espressamente che le zone edificabili sovradimensionate devono essere ridotte. Trattasi di norma direttamente applicabile (sentenza 1C_449/2014 del 7 ottobre 2015 consid. 2 e 2.2, destinata a pubblicazione).
3.3. Invero, nelle proprie osservazioni il Dipartimento dell'economia pubblica e socialità dei Grigioni, rileva che se, in linea di principio, dovrebbe chiedere l'accoglimento del ricorso, esso non può "approvare che, per una questione di un paio di metri quadrati di zona edificabile, un lontano Ufficio federale impugni dinanzi al Tribunale federale decisioni cantonali, indipendentemente dall'autorità cantonale che le ha emesse". Con questo rilievo, che suscita non poche perplessità, esso parrebbe disattendere che evidenti motivi di parità di trattamento impongono alle autorità cantonali di applicare e rispettare d'ufficio il diritto federale.
4.
4.1. Certo, il Tribunale federale ha già avuto occasione di stabilire che, se necessario, la pianificazione dev'essere adattata alla situazione effettiva, eliminando se del caso eventuali precedenti errori di pianificazione: l'attribuzione di un fondo alla zona edificabile entra tuttavia in considerazione unicamente se questa misura corrisponda ai principi e agli obiettivi della pianificazione locale, in concreto segnatamente mediante il dezonamento della stessa superficie in un'altra zona (cfr. <ref-ruling> consid. 6b pag. 247). Occorre ricordare d'altra parte che la conformità alle esigenze della LPT di una pianificazione territoriale, allestita prima dell'entrata in vigore di questa legge, non dev'essere valutata in maniera settoriale sulla base di singole particelle o quartieri, bensì riguardo al concetto pianificatorio globale del comune (<ref-ruling> consid. 5a e b pag. 330).
4.2. Per finire, nemmeno l'espediente della pretesa correzione dei confini può mutare l'esito della vertenza. Del resto, la Corte cantonale neppure ha richiamato e sostenuto che al riguardo sarebbe stata applicabile la procedura di ricomposizione particellare e rettifica dei confini, prevista dagli art. 65 segg. della legge sulla pianificazione territoriale del Cantone dei Grigioni del 6 dicembre 2004 e dagli art. 28 e segg. della relativa ordinanza del 24 maggio 2005.
4.3. Il ricorso dev'essere pertanto accolto e la decisione impugnata annullata. Visto che il proprietario del fondo interessato non ha partecipato alla procedura dinanzi al Tribunale federale, si può rinunciare a prelevare spese a suo carico (art. 66 cpv. 1 secondo periodo e cpv. 4 LTF). Non non si assegnano ripetibili all'autorità vincente (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è accolto e la decisione del 26 agosto 2014 del Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni (R 14 12) è annullata.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie e non si attribuiscono ripetibili della sede federale.
3.
Comunicazione alle parti, al Comune di U._, al Governo e al Tribunale amministrativo del Cantone dei Grigioni, 5a Camera.