Sachverhalt:
A. Am 23. November 2005 beschloss der Landrat des Kantons Glarus (Kantonsparlament) eine Änderung seines Beschlusses vom 2. Dezember 1987 über die Besoldungen der Behördenmitglieder. Diese führte ab Beginn der Amtsdauer 2006/2010 zu einer Reduktion des (maximalen) Jahresgehaltes der vollamtlichen Gerichtspräsidenten von bisher Fr. 190'615.-- auf neu Fr. 181'945.--. Die am 1. Juli 2006 in Kraft getretene Änderung wurde am 20. April 2006 im Amtsblatt des Kantons Glarus publiziert.
B. Mit staatsrechtlicher Beschwerde vom 22. Mai 2006 beantragen Peter Balmer, Präsident des Verwaltungsgerichts, und Marco Giovanoli, Präsident des Kantonsgerichts, dem Bundesgericht, Ziff. I/Art. 1 Abs. 1 und 2 sowie Ziff. II des Beschlusses des Landrates des Kantons Glarus vom 23. November 2005, gemäss welchen Bestimmungen ihre Besoldung ab dem 1. Juli 2006 gekürzt wird, aufzuheben.
Der Landrat des Kantons Glarus beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
In ihrer Beschwerdeergänzung vom 31. August 2006 haben die Beschwerdeführer an ihren Anträgen festgehalten. Auch der Landrat des Kantons Glarus hat seinen Antrag bestätigt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Zwar ist am 1. Januar 2007 das neue Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG; AS 2006 1205) in Kraft getreten. Gemäss <ref-law> ist hier allerdings noch das alte Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) anwendbar, da der angefochtene Entscheid vor Inkrafttreten des Bundesgerichtsgesetzes ergangen ist.
1.2 Gegen den angefochtenen Landratsbeschluss steht kein kantonales Rechtsmittel zur Verfügung. Die Beschwerdeführer, deren bisherige Besoldung durch die geänderte Regelung herabgesetzt wird, sind in ihrer Rechtsstellung betroffen und damit zur staatsrechtlichen Beschwerde gegen diesen Erlass legitimiert (Art. 88 OG). Auf die innert 30 Tagen seit Publikation der Änderung frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist somit grundsätzlich einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführer rügen vorab, der angefochtene Landratsbeschluss sei unter Verletzung des in Art. 86 Abs. 2 der Verfassung des Kantons Glarus vom 1. Mai 1988 (KV/GL) verankerten Erfordernisses einer zweiten Lesung zustande gekommen und schon aus diesem formellen Grund wegen Verletzung des Grundsatzes der Gewaltenteilung aufzuheben.
2.2 Der in Art. 73 KV/GL explizit verankerte Grundsatz der Gewaltentrennung schützt nach feststehender bundesgerichtlicher Rechtsprechung als verfassungsmässiges Individualrecht die Einhaltung der verfassungsmässigen Zuständigkeitsordnung (<ref-ruling> E. 3.1, mit Hinweisen). Er kommt insbesondere zum Zuge bei Streitigkeiten über die Zulässigkeit von Rechtsetzungsdelegationen. Vorliegend steht ausser Frage, dass die Kompetenz zum Erlass der streitigen Besoldungsregelung beim Landrat liegt (Art. 91 lit. f KV/GL). Der Einwand, die vorgeschriebene zweite Lesung sei unterblieben, betrifft nicht die Zuständigkeit zum Erlass dieser Besoldungsregelung, sondern die Frage, ob das zuständige Rechtsetzungsorgan das für den Erlass einer solchen Regelung vorgeschriebene Verfahren beachtet hat. Es handelt sich damit nicht um eine dem Grundsatz der Gewaltentrennung zuzuordnende Kompetenzstreitigkeit, sondern um die Geltendmachung eines ausserhalb dieses Problemkreises liegenden Mangels, der die Gültigkeit des angefochtenen Erlasses allenfalls in Frage stellen könnte. Die Beschwerdeführer können sich deshalb nicht auf den Grundsatz der Gewaltentrennung, sondern nur auf das allgemeine Willkürverbot (<ref-law>) berufen. Diese Rüge kann sich nicht nur auf den Inhalt der neuen Besoldungsordnung, sondern auch auf die Frage des gültigen Zustandekommens der angefochtenen neuen Normen beziehen.
3. 3.1 Der Landrat bereitet als Parlament des Kantons die Verfassungs- und Gesetzgebung sowie die übrigen Beschlüsse der Landsgemeinde vor; er erlässt sodann Verordnungen, Verwaltungs- und Finanzbeschlüsse und entscheidet über grundlegende oder allgemeinverbindliche Planungen (Art. 82 KV/GL).
Gemäss Art. 86 Abs. 1 KV/GL regelt der Landrat seine Organisation und sein Verfahren durch eine Verordnung. Art. 86 Abs. 2 KV/GL bestimmt: "Verfassungsänderungen, Gesetze und Verordnungen unterliegen einer zweiten Lesung". Diese verfassungsrechtliche Vorgabe wird in Art. 105 der Landratsverordnung vom 13. April 1994 näher ausgeführt:
1Verfassungsänderungen, Gesetze und Verordnungen unterliegen einer zweiten Lesung. Das Büro kann auch für andere Vorlagen eine zweimalige Lesung anordnen.
2Die zweite Lesung findet in der Regel frühestens 14 Tage nach der ersten Lesung statt. In dringenden Fällen kann der Rat beschliessen, dass die zweite Lesung eine Woche nach der ersten Lesung stattfindet. Ausnahmsweise kann er auch beschliessen, die zweite Lesung an demselben Tag wie die erste Lesung durchzuführen.
3Bei der zweiten Lesung entfällt die Eintretensfrage. Die Vorlage wird sogleich artikelweise beraten. Behandelt werden vorab diejenigen Bestimmungen, zu denen Anträge der vorberatenden Kommission, des Büros oder des Regierungsrates vorliegen.
4Erscheint dem Rat die Vorlage oder ein Antrag nicht entscheidungsreif, so setzt er die zweite Lesung für solange aus, bis die vorberatende Kommission, das Büro oder der Regierungsrat zu den noch offenen Fragen Stellung genommen haben.
Der Landrat erachtet in seiner Vernehmlassung das Erfordernis einer zweiten Lesung vorliegend als nicht anwendbar, weil es sich beim angefochtenen Erlass nicht um ein Gesetz oder eine Verordnung, sondern lediglich um einen "Beschluss" handle. Zudem habe diese Regelung lediglich den Charakter einer Ordnungsvorschrift, deren Verletzung nicht zur Aufhebung des betreffenden Erlasses führen könne.
3.2 Dass Verfassungs- und Gesetzesvorlagen im kantonalen Parlament einer zweimaligen (oder gar mehrfachen) Beratung bedürfen, entspricht einer seit dem 19. Jahrhundert üblichen und heute noch verbreiteten Regel (Jakob Dubs, Das Oeffentliche Recht der Schweizerischen Eidgenossenschaft, Zürich 1877, S. 74 f.; Z. Giacometti, Das Staatsrecht der schweizerischen Kantone, Zürich 1941, S. 359 f.; Urs Bolz, in: Handbuch des bernischen Verfassungsrechts, Hrsg. Walter Kälin/Urs Bolz, Bern 1995, S. 449; Kurt Eichenberger, Verfassung des Kantons Aargau, Textausgabe mit Kommentar, Aarau 1986, N. 31 zu § 78). Diese Regelung soll - was auf Bundesebene durch das Zweikammersystem gewährleistet ist - die gründliche Beratung einer Vorlage sicherstellen und das Risiko emotional bestimmter Spontanentscheidungen mindern (Kurt Eichenberger, a.a.O.; Z. Giacometti, a.a.O., S. 359). Das Parlament soll zudem, was dem Referendum unterliegende Vorlagen anbelangt, die Möglichkeit der Fühlungnahme mit dem Volk bzw. mit der öffentlichen Meinung erhalten, um eine Vorlage nach der ersten Beratung allenfalls entsprechend anpassen zu können (Z. Giacometti, a.a.O., S. 360).
3.3 Überlegungen dieser Art liegen auch der Vorschrift von Art. 86 Abs. 2 KV/GL zu Grunde (Rainer J. Schweizer, Verfassung des Kantons Glarus, Kommentar zum Entwurf, Bd. II, 1981, S. 351 f.): Mit dem Erfordernis einer zweiten Lesung werde die Hebung der Qualität des vorgesehenen Erlasses bezweckt; im Anschluss an die erste Lesung solle der Entwurf nach einer schöpferischen Pause nochmals studiert, zweifelhafte Punkte geklärt und wenig überlegte oder momentan bedingte Entschlüsse der ersten Beratung revidiert werden können; die Möglichkeit einer späteren nochmaligen (punktuellen) Beratung an der Landsgemeinde vermöge eine richtige Gesamtsichtung der Vorlage nicht zu gewährleisten (Rainer J. Schweizer, a.a.O., S. 353). Der Verfassungsentwurf sah das Erfordernis einer zweiten Lesung allerdings nur für Verfassungsänderungen und Gesetze vor (Rainer J. Schweizer, a.a.O., S. 348 und 352). In der landrätlichen Beratung wurde dieses Erfordernis auch auf "Verordnungen" ausgedehnt (vgl. Protokoll der Sitzungen des Landrates vom 6. November 1985 und 24. September 1986). Damit fallen nicht nur referendumspflichtige Verfassungsänderungen und Gesetze, sondern auch rechtsetzende Erlasse, welche der Landrat in eigener Kompetenz beschliessen kann, unter die in Art. 86 Abs. 2 KV/GL für das parlamentarische Rechtsetzungsverfahren statuierte Regel.
In denjenigen Kantonen, welche das Erfordernis der zweiten Lesung kennen, gilt diese Vorschrift meist nur für die Beratung von Gesetzen (vgl. etwa § 48 Abs. 2 KV/LU; § 44 KV/ZG; § 63 Abs. 2 KV/BL; § 78 Abs. 3 KV/AG; § 45 der Geschäftsordnung des Grossen Rates des Kantons Schaffhausen vom 20. Dezember 1999; Art. 35 Landratsgesetz/NW; Art. 49 der Geschäftsordnung des Kantonsrates des Kantons Appenzell A.Rh. vom 24. März 2003: Zweimalige Beratung von Vorlagen, die dem obligatorischen oder fakultativen Referendum unterstehen), doch finden sich auch weitergehende Regelungen (Art. 125 Loi sur le Grand Conseil du Canton de Vaud vom 3. Februar 1998: Zweite Lesung für Gesetze und Dekrete; § 49 KV/VS: Zweite Lesung für Gesetzes- und Dekretsentwürfe als Regel, von der abgewichen werden kann; § 83 Abs. 3 KV/JU: Zweite Lesung obligatorisch für Verfassungsbestimmungen, Gesetze und Dekrete; Art. 64 KV/TI: Zweite Lesung für Gesetze und Dekrete, denen der Regierungsrat nicht zugestimmt hat).
3.4 In der Vernehmlassung des Landrates wird ausgeführt, die Besoldungen der Behördenmitglieder von Exekutive und Judikative seien stets - und in neuerer Zeit nur mit einer einzigen Lesung - in Form von Beschlüssen geregelt worden. Dem ist entgegenzuhalten, dass es auf die Bezeichnung des Erlasses nicht ankommen kann. Wenn der Landrat gestützt auf Art. 91 lit. f KV/GL in generell-abstrakter Weise die Besoldungen der Behördenmitglieder und Angestellten des Kantons regelt, handelt es sich dabei um rechtsetzende Erlasse, die - weil in die abschliessende Kompetenz des Landrates fallend - als selbständige Verordnungen des Landrates im Sinne von Art. 89 lit. b KV/GL einzustufen sind (so auch Rainer J. Schweizer, a.a.O., S. 389 f.). Ein vom Landrat am 26. Juni 1996 gestützt auf Art. 91 lit. f KV/GL verabschiedeter Erlass "über die Besoldungen der Angestellten des Kantons" wird denn auch als "Verordnung" bezeichnet ("Besoldungsverordnung"). Wieso es sich bei der entsprechenden, auf der gleichen verfassungsrechtlichen Kompetenzzuweisung (Art. 91 lit. f KV/GL) beruhenden Regelung über die Besoldung von Behördenmitgliedern anders verhalten soll, ist nicht einzusehen. Auch wenn der Kreis der Adressaten dieses Erlasses kleiner sein mag, geht es hier ebenfalls um eine generell-abstrakt formulierte, zeitlich nicht limitierte Regelung, die, ungeachtet ihrer anderslautenden Bezeichnung ("Beschluss"), als rechtsetzende Verordnung des Landrates - bzw. als Änderung einer solchen - eingestuft werden muss und damit der Regel von Art. 86 Abs. 2 KV/GL unterworfen ist.
Entgegen der in der Vernehmlassung des Landrates vertretenen Auffassung handelt es sich beim Erfordernis der zweiten Lesung nicht um eine blosse Ordnungsvorschrift. Dagegen spricht schon der Umstand, dass diese Norm als wichtige Regel des parlamentarischen Rechtsetzungsverfahrens auf Verfassungsstufe verankert worden ist. In die gleiche Richtung gehen die Ausführungen im Verfassungskommentar: Ausnahmen seien selbst bei Zeitdruck nicht zulässig, doch könne das Landratsreglement vorsehen, dass in dringlichen Fällen die Frist zwischen den beiden Lesungen stark verkürzt werde (Rainer J. Schweizer, a.a.O., S. 352). Die geltende Landratsverordnung sieht denn auch in Art. 105 Abs. 2 für dringende Fälle die Möglichkeit der Verkürzung der ordentlichen Frist von 14 Tagen vor, wobei die zweite Lesung "ausnahmsweise" sogar an demselben Tag wie die erste Lesung stattfinden darf. Welche Schranken bei der Handhabung dieser Ausnahmeregelung zu beachten sind, bedarf hier keiner weiteren Prüfung, nachdem eine zweite Lesung des streitigen Besoldungserlasses zu Unrecht überhaupt nicht stattgefunden hat, weil sie nicht als notwendig erachtet wurde.
Der Einwand in der Vernehmlassung des Landrates, wonach auch die Durchführung einer zweiten Lesung am Ergebnis nichts geändert hätte, ist nicht geeignet, die vorstehenden Überlegungen in Frage zu stellen. Diese für das parlamentarische Rechtsetzungsverfahren geltende formelle Regel muss, ähnlich wie das Gebot der Gehörsgewährung vor Erlass belastender Verfügungen, unabhängig vom mutmasslichen Einfluss auf das Verfahrensergebnis befolgt werden.
3.5 Es fragt sich, welche rechtlichen Folgen die Missachtung der Regel von Art. 86 Abs. 2 KV/GL nach sich zieht. Formelle Unregelmässigkeiten bei der Abwicklung eines Geschäftes durch das Parlament lassen sich nie völlig vermeiden und vermögen die Gültigkeit einer vom Plenum getroffenen Schlussentscheidung grundsätzlich nicht in Frage zu stellen; das muss aus Gründen der Rechtssicherheit auch für rechtsetzende Akte des Parlamentes gelten. Der Beschlussfassung durch das Parlament können aber dennoch schwere Mängel anhaften, welche entweder - zum Beispiel bei nachgewiesener fehlender Beschlussfähigkeit - die Nichtigkeit des betreffenden Beschlusses oder aber wenigstens dessen Anfechtbarkeit zur Folge haben. Die Missachtung des Erfordernisses der zweiten Lesung erscheint als ein gravierender formeller Mangel des parlamentarischen Rechtsetzungsverfahrens, welcher zwar aus Gründen der Rechtssicherheit der Verbindlichkeit des betreffenden Erlasses nicht absolut entgegenstehen kann, aber doch - wenn er innert Frist mit einem zur Verfügung stehenden Rechtsmittel gerügt wird - zur Aufhebung desselben führen muss.
3.6 Indem sich der Landrat bei der Beschlussfassung über die streitige Besoldungsrevision offensichtlich über Art. 86 Abs. 2 KV/GL hinweggesetzt hat, verstiess er zugleich gegen das Willkürverbot. Die staatsrechtliche Beschwerde ist daher gutzuheissen und der angefochtene Erlass aufzuheben. Eine Behandlung der materiellen Verfassungsrügen erübrigt sich.
4. Da es sich um vermögensrechtliche Interessen handelt, sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Kanton Glarus aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 2 OG). Den nicht durch einen Anwalt vertretenen Beschwerdeführern wird praxisgemäss keine Parteientschädigung zugesprochen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen und Ziff. I/Art. 1 Abs. 1 und 2 sowie Ziff. II (soweit Ziff. I/Art. 1 Abs. 1 und 2 betreffend) des Beschlusses des Landrates des Kantons Glarus vom 23. November 2005 betreffend die Änderung des Beschlusses über die Besoldungen der Behördenmitglieder werden aufgehoben.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird dem Kanton Glarus auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern und dem Landrat des Kantons Glarus schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Januar 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: