Faits:
A. Le 16 décembre 1999, A.X._ a convoqué sa femme dans un café où il l'a rejointe. Il l'a rapidement pressée de le suivre et l'a fait monter dans la voiture que conduisait son frère, B.X._, qui les attendait à proximité. Les trois protagonistes se sont rendus à Villeneuve, au troisième étage d'un immeuble, dans l'appartement occupé par B.X._ et sa famille.
Sur place, A.X._ a entraîné son épouse dans une chambre et s'est mis à l'interroger au sujet d'une supposée relation extraconjugale. Devant les dénégations de sa femme, il a perdu son sang froid, l'a insultée, puis giflée avant de la flageller violemment avec une ceinture. Un appel sur son téléphone portable l'a interrompu. Avant de sortir de la pièce, il a encore injurié sa victime et a menacé de la tuer dès qu'il reviendrait, ajoutant qu'il la découperait en morceaux.
Y._ a entendu partir les frères X._. Elle est sortie de la chambre pour rejoindre sa belle-soeur, Z._, qui lui a affirmé ne pas avoir la clé de la porte d'entrée. Elle est alors allée dans une chambre et a cherché un moyen de fuir, craignant le retour de son mari. Pressée par le temps et l'angoisse, elle a finalement sauté par la fenêtre et a pu se réfugier chez sa soeur et son beau-frère, qui a appelé une ambulance. Elle a subi des hématomes au menton, sur la face droite du visage et autour des yeux, aux bras et au dos ainsi qu'un tassement de la vertèbre L1.
B. Par jugement du 9 novembre 2006, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a notamment condamné A.X._, pour lésions corporelles simples et séquestration, à vingt-deux mois d'emprisonnement, sous déduction de la détention préventive. Il a également révoqué le sursis qui lui avait été accordé le 16 avril 1999 par le Juge d'instruction de l'Est vaudois et a ordonné l'exécution de la peine de trente jours d'emprisonnement.
Par arrêt du 7 mai 2007, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté le recours de A.X._.
Par arrêt du 30 juin 2008 et statuant après renvoi de la cause par le Tribunal fédéral, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis le recours de A.X._, en ce sens qu'elle l'a condamné, pour lésions corporelles et séquestration, à une peine privative de liberté de vingt-deux mois, tout en suspendant l'exécution de la peine portant sur quatorze mois, avec un délai d'épreuve de quatre ans.
C. A.X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral.

Considérant en droit:
1. Invoquant une violation des art. 42 et 43 CP, le recourant soutient que les conditions du sursis total sont réunies ou alors que sa peine doit au moins être suspendue pour une durée de 16 mois.
1.1 La jurisprudence relative aux dispositions précitées a été rappelée dans l'ATF 6B_719/2007 du 4 mars 2008 qui concerne le recourant et auquel on peut donc se référer.
1.2 En affirmant avoir refait sa vie avec une nouvelle compagne et s'être excusé auprès de son ex-épouse, le recourant s'écarte des constatations cantonales sans toutefois invoquer d'arbitraire ni motiver ses critiques conformément aux exigences légales (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2). Partant, son argumentation est irrecevable sur ces points.
1.3 Certes, le recourant s'est bien comporté depuis la fin de l'année 1999. Il a fait des efforts d'intégration, puisqu'il parle et comprend le français et exerce une activité professionnelle. Reste que, selon les constatations cantonales, les renseignements recueillis sur l'intéressé sont mitigés. Il a des antécédents judiciaires, puisqu'il a déjà été condamné, le 23 avril 1998, à quinze jours d'emprisonnement avec sursis, pour faux dans les certificats et obtention d'une constatation fausse, puis, le 16 avril 1999, à trente jours d'emprisonnement avec sursis, pour escroquerie. Par ailleurs, s'il a exprimé des regrets pour les actes commis à l'encontre de son ex-épouse devant l'autorité, il ne s'est en revanche jamais excusé auprès de sa victime, ni ne lui a offert de compensation financière. Enfin, selon les experts, l'intéressé présente un risque de récidive.
Sur la base des éléments précités, les juges cantonaux n'ont pas violé le droit fédéral en estimant que le pronostic quant au comportement futur du recourant était très incertain et en ne lui octroyant par conséquent qu'un sursis partiel. Ils n'ont pas davantage abusé du large pouvoir d'appréciation qui leur est reconnu dans ce domaine en fixant la peine ferme à huit mois, au regard du pronostic posé et de la gravité des fautes commises telles que décrites sous le considérant A.
2. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais (<ref-law>). La demande d'effet suspensif devient ainsi sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de cassation pénale.
Lausanne, le 15 janvier 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani