Fatti:
A. Per pronuncia del 22 novembre 2007, cresciuta in giudicato il 13 dicembre seguente, il Pretore del Distretto di X._ ha sciolto, in seguito a divorzio, il matrimonio contratto il 17 febbraio 1989 da I._ e P._, nata V._. Tra le altre cose, il Pretore ha stabilito il diritto di ogni coniuge alla metà dell'avere di libero passaggio maturato dall'altro coniuge durante il matrimonio (cifra 6 del dispositivo).
Mediante atto del 17 dicembre 2007, il giudice del divorzio ha trasmesso l'incarto al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino per determinare l'importo esatto da accreditare.
B. Esperiti i propri accertamenti, statuendo per giudice unico, la Corte cantonale ha quantificato in fr. 121'336.70 gli averi di previdenza acquisiti dalla ex moglie durante il matrimonio e soggetti a divisione, e in fr. 60'449.- quelli dell'ex marito, ordinando di conseguenza alla Cassa pensione UBS di versare a favore di I._, presso la Helvetia Fondazione collettiva di previdenza del personale, l'importo di fr. 30'443.85, oltre a interessi compensativi dal 13 dicembre 2007, a saldo delle reciproche pretese (giudizio del 6 ottobre 2008).
C. Patrocinati dall'avv. Michela Ferrari-Testa, gli ex coniugi S._ hanno deferito quest'ultimo giudizio al Tribunale federale, al quale chiedono di annullarlo e di accertare che gli averi di previdenza acquisiti in corso di matrimonio non sono da suddividere. A sostegno della loro richiesta rilevano che il giudizio cantonale non terrebbe conto della chiara volontà delle parti - espressa sia nel corso della procedura di divorzio, sia dinanzi al Tribunale cantonale delle assicurazioni - di non procedere a un riparto dei rispettivi averi previdenziali.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Per il resto, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>).
2. Nei considerandi dell'impugnata prununcia, il giudice cantonale ha correttamente esposto le norme (art. 122, 123, 141 e 142 CC; art. 22 e 25a LFLP) e i principi disciplinanti la materia (<ref-ruling>). A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione, non senza tuttavia precisare che l'approvazione di un accordo sulla divisione delle prestazioni di uscita compete imperativamente al giudice del divorzio, dal momento che egli, in virtù dell'<ref-law>, in caso di rinuncia totale o parziale al diritto, deve verificare d'ufficio nell'ambito della procedura di divorzio se una corrispondente previdenza per la vecchiaia e per l'invalidità sia altrimenti garantita. Questo controllo può unicamente avvenire nell'ambito della liquidazione del regime matrimoniale (<ref-ruling> consid. 2.3 pag. 342). Per contro, nei limiti della chiave di ripartizione stabilita in maniera vincolante dal giudice del divorzio, le parti hanno la possibilità di accordarsi dinanzi al tribunale delle assicurazioni sull'esecuzione e le modalità di divisione (<ref-ruling> consid. 2.4 pag. 342).
3. Per quanto accertato, in conformità agli atti, dal giudice di prime cure, il Pretore ha trasmesso al Tribunale cantonale delle assicurazioni l'incarto per calcolare l'ammontare che andava accreditato ai rispettivi istituti previdenziali degli ex coniugi S._, nonostante le parti avessero proposto, già in sede di divorzio, di prescindere da ogni conguaglio in ragione di una (pretesa) sostanziale parità di valori delle prestazioni da dividere. Con lo scritto del 17 dicembre 2007, pur dando atto che sarebbe stato probabilmente più opportuno accertare il consenso del marito e, se del caso, formalizzare la rinuncia a qualsivoglia divisione LPP per l'esiguità dell'eventuale conguaglio, il Pretore ha infatti precisato che il conguaglio andava comunque calcolato.
Senza arbitrio, e pertanto in maniera vincolante per il Tribunale federale (consid. 1), l'autorità giudiziaria cantonale ha ugualmente constatato che il Pretore non ha ritenuto necessario rettificare la pronuncia di divorzio, che è così cresciuta in giudicato. Incontestati e peraltro risultanti dagli atti sono inoltre, in quanto tali, gli importi accertati dalla stessa autorità cantonale in merito agli averi di previdenza spettanti agli ex coniugi.
4. Orbene, sulla base degli accertamenti sopra esposti, l'operato del Tribunale cantonale delle assicurazioni non può dirsi contrario al diritto federale. Il primo giudice poteva infatti correttamente ritenersi vincolato da quanto stabilito alla cifra 6 del dispositivo del giudizio di divorzio. Pure in conformità ai principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, egli ha osservato che l'esame in merito a una rinuncia alla divisione poteva unicamente competere al giudice del divorzio, il quale, sempre nell'ambito di tale procedura, avrebbe dovuto verificare i presupposti di una simile rinuncia (v. l'<ref-law>). Ora, ciò non è manifestamente avvenuto. Il Pretore non ha compiuto particolari accertamenti sull'esistenza e sulla pretesa esiguità (poi comunque smentita dall'istruttoria messa in atto dal Tribunale cantonale delle assicurazioni) di un conguaglio peraltro semplicemente ritenuto eventuale. Egli non era pertanto in grado di omologare una rinuncia con cognizione di causa. Né, per quanto poc'anzi esposto, avrebbe potuto supplire a questa incombenza il giudice delle assicurazioni sociali, che pertanto ha giustamente proceduto al calcolo del conguaglio effettivamente esistente e - alla luce degli importi in gioco - per nulla inconsistente.
5. Ne segue che il ricorso dev'essere respinto siccome infondato. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico dei ricorrenti in misura di metà ciascuno con responsabilità solidale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, Cassa Pensione di UBS, alla Helvetia Fondazione collettiva di previdenza del personale e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.