Faits:
A. Par décision du 6 juin 2006, le président du tribunal du IIIème arrondissement pour le district de Martigny a accepté l'ajournement des débats jusqu'au résultat de l'expertise psychiatrique de X._, administrée dans les autres affaires en cours. Ce rapport a été versé en cause le 20 juillet 2006.
B. Par jugement du 2 novembre 2006, le tribunal du IIIème arrondissement pour le district de Martigny a acquitté X._ de l'accusation de gestion déloyale. Il l'a en revanche condamné, pour lésions corporelles simples, blanchiment d'argent, violation grave des règles de la circulation routière, violation grave de la loi fédérale sur les stupéfiants, violation de la loi fédérale sur l'assurance vieillesse et survivants, violation de la loi fédérale sur l'assurance-invalidité, violation de la loi fédérale sur les allocations pour perte de gain et violation de la loi fédérale sur l'assurance-accidents, à 5 ans et 8 mois de réclusion, peine partiellement complémentaire à celle infligée le 22 août 2000 par le Tribunal cantonal valaisan, sous déduction de la détention préventive. Il l'a également condamné à payer à l'Etat du Valais 500'000 fr. à titre de créance compensatrice. En garantie du paiement de cette créance, il a ordonné au registre foncier de Martigny d'annoter une restriction du droit d'aliéner sur les immeubles nos xxx et yyy de la commune de A._, propriété de X._, et a séquestré le CCP zzz (12'440 fr. 45 au 28 février 2005) au nom du prénommé.
C. Par jugement du 22 octobre 2008 et statuant notamment sur appels du condamné et du Ministère public, la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan a condamné X._, pour lésions corporelles simples, gestion déloyale aggravée, blanchiment d'argent, violation grave des règles de la circulation routière, violation grave de la loi fédérale sur les stupéfiants, violation de la loi fédérale sur l'assurance vieillesse et survivants, violation de la loi fédérale sur l'assurance-invalidité, violation de la loi fédérale sur les allocations pour perte de gain et violation de la loi fédérale sur l'assurance-accidents, à 5 ans et 8 mois de réclusion, peine partiellement complémentaire à celle infligée le 22 août 2000 par le Tribunal cantonal valaisan, sous déduction de la détention préventive. Il l'a également condamné à payer à l'Etat du Valais 220'000 fr. à titre de créance compensatrice. En garantie du paiement de celle-ci, il a ordonné au registre foncier de Martigny d'annoter une restriction du droit d'aliéner sur les immeubles nos xxx et yyy de la commune de A._, propriétés de l'intéressé, et a maintenu le séquestre du CCP zzz (12'440 fr. 45 au 28 février 2005) au nom de X._ et des espèces se trouvant dans la caissette rouge.
Cette décision retient, en substance, les éléments suivants.
C.a B._ a été constituée le 7 novembre 1995 par cinq personnes dont X._ qui détenait initialement une part sociale de 10'000 fr., les autres fondateurs se partageant le solde de 10'000 fr. Le but social de cette entreprise consistait à étudier, développer, fabriquer, commercialiser tous les produits dérivés directement ou indirectement du chanvre de manière compatible avec les dispositions légales suisses. De 1997 à 2001, cette société a cultivé ou fait cultiver par des agriculteurs sous contrat environ 6 à 8 hectares de chanvre chaque année.
X._ exploite personnellement la ferme C._ à A._ dont il est propriétaire. Dans ce cadre, il produisait et conditionnait également du chanvre pour le compte de B._ Sàrl. Il a indiqué que les gros clients de la société précitée se présentaient à la ferme C._ et payaient à cet endroit. Il admis n'avoir jamais différencié, sur le plan comptable, B._ Sàrl et sa ferme, hormis pour la production de fruits. Il était toutefois conscient que la récolte de chanvre et, partant, l'entier du produit des ventes effectuées à la ferme appartenaient à B._ Sàrl et que ce produit devait ainsi intégralement retourner dans les caisses de la société à responsabilité limitée. Or, entre 1997 et 2001, X._ a profité d'environ 2.8 millions de francs sur le total de 4.2 millions provenant des ventes de chanvre par la société commerciale.
C.b Dès 1998, X._ a pris des mesures en vue d'extraire la résine des résidus de chanvre émietté, obtenant ainsi 1'735 kg de résine de chanvre. A partir de juin 2000, il a fabriqué et fait fabriquer au moins 65 kg de haschich d'une teneur en THC supérieure à 0.3 %.
De 1997 à 2001, X._ a vendu, pour un usage exclusivement « récréatif », environ 3.75 tonnes de chanvre ou de dérivés de cette substance, pour un montant de l'ordre de 4.2 millions de francs.
En novembre 2001, soit lors des perquisitions effectuées par la police, X._ détenait environ 52 tonnes de chanvre ou produits dérivés dont la teneur en THC était toujours supérieure à 0.3 % et d'une valeur marchande de près de 35 millions de francs.
Dès 1999, le magasin B._ a également écoulé du chanvre dit « thérapeutique » sous différentes formes telles que fleurs séchées, résine, tisane, huile noire et teinture mère.
Entre le printemps et le mois de juillet 2003, X._ a remis à K._, en contrepartie de travaux à effectuer par ce dernier, un kilo de haschich qu'il avait fabriqué.
D. X._ dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation de son droit d'être entendu et des art. 13, 59 ch. 2 al. 2, 63 et 158 aCP, il conclut, principalement, à l'annulation de l'arrêt cantonal, et, subsidiairement, au prononcé d'une peine d'emprisonnement modérée assortie du sursis et à l'annulation de la créance compensatrice et des mesures prises en garantie du paiement de ladite créance. Il requiert également l'assistance judiciaire.
Invités à se déterminer sur le grief de violation de l'art. 59 aCP, le Tribunal cantonal n'a pas déposé d'observation et le Ministère public a conclu implicitement au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Les faits reprochés au recourant ont été commis avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, des nouvelles dispositions de la partie générale du CP. Les autorités cantonales, qui ont statué postérieurement à cette date, devaient donc examiner si, en vertu du principe de la lex mitior (<ref-law>), le nouveau droit n'était pas plus favorable au recourant. A juste titre, elles ont appliqué l'ancienne loi, puisque la seule sanction qui entre en ligne de compte, au vu de la culpabilité du recourant, dépasse largement trois ans et que tout sursis est par conséquent exclu. Par ailleurs, l'<ref-law> n'est pas plus favorable au recourant dans la mesure où il impose au juge de tenir compte de l'effet de la peine sur l'avenir du condamné. En effet, il ne s'agit pas d'un élément nouveau mais de la codification de la jurisprudence rendue sous l'art. 63 aCP, selon laquelle le juge devait éviter les sanctions qui pouvaient détourner l'intéressé de l'évolution souhaitable (<ref-ruling> consid. 4 p. 79).
2. Invoquant une violation de son droit d'être entendu au sens des art. 29 al. 2 Cst. et 6 ch. 3 let. d CEDH, le recourant conteste avoir eu la capacité de se déterminer d'après son appréciation du caractère illicite de ses actes et se plaint de l'absence de toute expertise à ce sujet.
2.1 Tel qu'il est garanti aux articles précités, le droit d'être entendu comprend celui de produire ou de faire administrer des preuves, mais à condition qu'elles soient pertinentes (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 504 s.). Le droit d'être entendu n'empêche pas le juge de mettre un terme à l'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de se forger une conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, il a la certitude qu'elles ne pourraient pas l'amener à modifier son opinion (<ref-ruling> consid. 3 p. 157).
L'appréciation des preuves n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis sans raison sérieuse de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
2.2 La Cour cantonale a rejeté la requête tendant à l'administration d'une expertise complémentaire. Elle a constaté que le dossier ne comportait pas d'éléments conduisant à douter de la capacité du recourant de se déterminer d'après son appréciation du caractère illicite de ses actes. Elle a admis, au contraire, que cette capacité n'était pas douteuse au vu de l'expertise psychiatrique du 4 juillet 2006, qui avait été administrée afin d'apprécier le risque de récidive de l'intéressé (cf. supra consid. A). Elle a relevé en particulier que, selon les psychiatres, il fallait signifier au recourant ce qui était légal de ce qui ne l'était pas, pour l'empêcher de s'immiscer « dans les éventuelles failles juridiques », que l'expertisé ne procédait pas d'une pathologie psychiatrique avérée, qu'il avait son discernement et qu'il pouvait être tenu pour responsable de ses faits et gestes.
Au regard de cette motivation, les juges cantonaux n'ont pas perdu de vue que l'expertise versée au dossier n'avait pas été ordonnée tout particulièrement pour déterminer la capacité de l'intéressé, mais dans le cadre de l'analyse des risques de récidive présentés par celui-ci. Ils ont toutefois considéré que les éléments figurant dans ce rapport permettaient de conclure à la pleine et entière responsabilité du recourant. Or, ce dernier ne démontre pas en quoi l'autorité cantonale aurait apprécié de manière insoutenable l'expertise judiciaire, quand bien même celle-ci n'a pas été ordonnée précisément pour l'examen de sa capacité pénale. En particulier, il n'explique pas en quoi les éléments retenus - qu'il ne conteste d'ailleurs pas - seraient insuffisants pour conclure à sa pleine responsabilité. Par conséquent, faute de motivation suffisante au sens de l'<ref-law>, le grief est irrecevable.
3. Invoquant une violation des art. 10 et 13 aCP, le recourant reproche aux autorités cantonales de ne pas avoir ordonné d'expertise psychiatrique relative à sa responsabilité pénale.
3.1 Selon l'art. 13 al. 1 aCP, l'autorité ordonne l'examen de l'auteur s'il y a doute quant à sa responsabilité. Le juge doit ordonner une expertise non seulement lorsqu'il éprouve effectivement des doutes quant à la responsabilité de l'auteur, mais aussi lorsque, d'après les circonstances du cas particulier, il aurait dû en éprouver, c'est-à-dire lorsqu'il se trouve en présence d'indices sérieux propres à faire douter de la responsabilité pleine et entière de l'auteur (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 147). A titre d'exemple de tels indices, la jurisprudence mentionne une contradiction manifeste entre l'acte et la personnalité de l'auteur, le comportement aberrant du prévenu, un séjour antérieur dans un hôpital psychiatrique, une interdiction prononcée en vertu du code civil, l'alcoolisme chronique, la dépendance aux stupéfiants, la possibilité que la culpabilité ait été influencée par un état affectif particulier ou encore l'existence de signes d'une faiblesse d'esprit ou d'un retard mental (<ref-ruling> consid. 4a p. 274; <ref-ruling> consid. 1b p. 75 s.).
Une capacité délictuelle diminuée ne doit pas être admise en présence de toute insuffisance du développement mental, mais seulement lorsque l'accusé se situe nettement en dehors des normes et que sa constitution mentale se distingue de façon essentielle non seulement de celle des personnes normales, mais aussi de celle des délinquants comparables (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 147).
3.2 A l'appui de son argumentation, le recourant se réfère à des passages de l'expertise psychiatrique pour procéder à sa propre appréciation des preuves et s'écarte des constatations cantonales. Or, une telle motivation est irrecevable, le Tribunal fédéral ne revoyant les faits que sous l'angle de l'arbitraire et pour autant que ce grief soit invoqué et motivé conformément aux exigences posées par l'<ref-law>, ce qui n'est clairement pas le cas en l'espèce.
3.3 Pour le reste, aucun élément ne permet de douter de la capacité du recourant. En effet, ce dernier ne consomme pas de stupéfiants. Les médecins n'ont décelé chez lui aucune pathologie psychiatrique. Ils ont au contraire affirmé que l'expertisé avait son discernement et qu'il pouvait être tenu pour responsable de ses faits et gestes. Le seul fait que le recourant ait commis les infractions de la présente cause (cf. supra consid. C), alors même qu'il se trouvait sous le coup d'une instruction pour violation de la LStup et nonobstant le jugement du 22 août 2000, ne suffit pas à faire douter de sa responsabilité pénale, sauf à considérer que toute personne qui commettrait de telles infractions ou se comporterait de la sorte serait suspecte d'une capacité délictuelle diminuée. Dans ces conditions, l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en renonçant à ordonner un complément d'expertise.
4. Le recourant conteste s'être rendu coupable de gestion déloyale au sens de l'<ref-law>, la condition du dommage n'étant pas réalisée.
4.1 L'<ref-law> punit celui qui, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, aura porté atteinte à ces intérêts ou aura permis qu'ils soient lésés (ch. 1 al. 1); le cas de la gestion déloyale aggravée est réalisé lorsque l'auteur a agi dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime (ch. 1 al. 3).
La notion de « dommage » au sens de cette disposition doit être comprise comme pour les autres infractions contre le patrimoine, en particulier l'escroquerie (<ref-ruling> consid. 2a p. 281). Ainsi, le dommage est une lésion du patrimoine sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif, mais aussi d'une mise en danger de celui-ci telle qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur du point de vue économique (<ref-ruling> consid. 2a p. 281; <ref-ruling> consid. 2c p. 107; <ref-ruling> consid. 6b/bb p. 135). Il n'est pas nécessaire que le dommage corresponde à l'enrichissement de l'auteur, ni qu'il soit chiffré; il suffit qu'il soit certain (cf. <ref-ruling> consid. 3d p. 22; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 2c p. 107). Il n'existe que lorsque la personne lésée a un droit protégé par le droit civil à la compensation du dommage subi. Tel est notamment le cas de l'acquéreur de stupéfiants trompé astucieusement sur la qualité de la marchandise qui peut faire valoir son droit à la réparation du préjudice fondé sur l'<ref-law>, même s'il est empêché par les art. 20 et 66 CO d'exiger le remplacement de la marchandise ou la restitution du prix payé (cf. <ref-ruling> consid. 3b p. 174; <ref-ruling> consid. 3 p. 148).
4.2 De 1997 à 2001, le recourant a mélangé volontairement les avoirs de B._ Sàrl à ceux de son entreprise individuelle, ce qui lui a permis de bénéficier des montants des ventes du chanvre produit par cette société commerciale. Il a ainsi affecté quelque 2.8 millions de francs au remboursement de certains de ses comptes bancaires personnels, au versement du salaire des ouvriers de la ferme C._ et de divers employés, à l'achat d'un garage et au paiement de factures et de poursuites concernant sa ferme et son propre entretien, alors que cet argent devait revenir à B._ Sàrl.
Certes, le contrat liant la société B._ et le recourant était nul en application de l'<ref-law> dès lors qu'il portait sur des produits stupéfiants et que les cocontractants poursuivaient en commun un but illicite. Reste que le fait d'employer à son profit ou au profit d'un tiers une valeur patrimoniale confiée constitue un acte illicite au sens de l'<ref-law> auquel le recourant ne saurait opposer l'exception de l'<ref-law>, l'exclusion de la répétition ne s'étendant pas à d'éventuelles prétentions de même contenu fondées sur l'<ref-law> (cf. ATF <ref-ruling> consid. 3d/dd p. 149; cf. G. PETITPIERRE, Commentaire romand du Code des obligations I, art. 66 n° 10). C'est donc à tort que le recourant soutient que le patrimoine de B._ Sàrl ne bénéficierait d'aucune protection de la part du droit privé dans les circonstances d'espèce. Que les biens de cette société eussent dû être confisqués par l'Etat n'y change rien. Le dommage est ainsi bien réalisé au sens défini ci-dessus.
Pour le surplus, la réalisation des autres conditions de l'infraction réprimée par l'<ref-law> n'est, à juste titre, pas contestée.
5. Invoquant une violation de l'art. 63 aCP, le recourant se plaint de la peine infligée.
5.1 Les éléments pertinents pour la fixation de la peine ont été rappelés à l'<ref-ruling> consid. 6.1 auquel on peut donc se référer. En matière d'infractions à la LStup, le Tribunal fédéral a souligné à maintes reprises que la quantité de drogue sur laquelle a porté le trafic, comme le degré de pureté de celle-ci, n'a pas une importance prépondérante pour la fixation de la peine. Il s'agit d'un élément pertinent pour apprécier la gravité de la faute, mais qui doit être apprécié conjointement avec les autres facteurs (<ref-ruling> consid. 2c p. 301; <ref-ruling> consid. 2b/aa p. 196).
Dans le domaine de la fixation de la peine, le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation. Il n'y a violation du droit fédéral que si la décision attaquée repose sur des considérations étrangères à la disposition applicable, si elle ne tient pas compte des critères découlant de cette disposition ou si le juge s'est montré à ce point sévère ou clément que l'on doive parler d'un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 21).
5.2 Selon le recourant, la formulation du jugement entrepris ne permet pas de comprendre comment la peine a été fixée.
5.2.1 D'après l'art. 68 ch. 2 aCP, si le juge doit prononcer une condamnation à raison d'une infraction punie d'une peine privative de liberté que le délinquant a commise avant d'avoir été condamné pour une autre infraction punie également d'une peine privative de liberté, il fixera la peine de telle sorte que le délinquant ne soit pas plus sévèrement puni que si les diverses infractions avaient fait l'objet d'un seul jugement. Cette disposition n'entre en considération que lorsqu'il s'agit de juger des infractions commises par l'auteur avant qu'une peine privative de liberté ait été prononcée contre lui pour d'autres actes délictueux. Si, dans ce cas, le juge dispose déjà d'un jugement entré en force relatif aux actes jugés en premier lieu, il doit prononcer une peine complémentaire (<ref-ruling> consid 1.3 p. 117 s.).
Lorsque le juge est en présence de deux infractions dont l'une a été commise avant une précédente condamnation et l'autre après celle-ci, il y a d'une part un concours rétrospectif, d'autre part une infraction nouvelle qui font l'objet du même jugement et c'est une peine d'ensemble qui doit être prononcée. Cependant, la quotité de cette peine sera fixée en tenant compte aussi de la règle de l'art. 68 ch. 2 aCP, dans la mesure suivante. Dans un premier temps, il faut déterminer l'infraction pour laquelle la loi prévoit la peine la plus grave, puis évaluer la sanction qu'elle mérite dans le cas concret. Il faut enfin l'augmenter en fonction de la peine évaluée pour l'autre infraction à juger. L'élément de la peine d'ensemble relatif à l'acte en concours rétrospectif sera déterminé comme une peine additionnelle. Cette méthode permet d'appliquer l'<ref-law> sans négliger l'<ref-law>. Sur le plan formel, la sanction est toujours une peine d'ensemble mais, sur celui de sa quotité, il est tenu compte du concours rétrospectif (<ref-ruling> consid. 2b p. 17).
5.2.2 Le Tribunal cantonal a précisé la date de toutes les infractions jugées, indiqué que celles-ci avaient été commises avant et après sa condamnation du 27 mai 1999 et appliqué l'art. 68 ch. 2 aCP dont il a correctement exposé la jurisprudence. Il n'a donc pas méconnu que la peine prononcée était complémentaire à la sanction de seize mois d'emprisonnement du 27 mai 1999, confirmée sur appel le 22 août 2000 (cf. arrêt attaqué p. 45). Il a mentionné que la peine méritée pour les agissements coupables perpétrés après le 27 mai 1999 constituait la peine de base, arrêtée à quatre ans et huit mois de réclusion. Il a ensuite ajouté une peine additionnelle de 12 mois de réclusion pour les actes antérieurs. Il a enfin fixé la peine d'ensemble à cinq ans et huit mois de réclusion, précisant que cette peine était partiellement complémentaire à celle prononcée le 22 août 2000. Cette motivation est suffisante, dès lors qu'elle permet de vérifier la mesure de la peine infligée.
5.3 Le recourant reproche à la Cour cantonale d'avoir ignoré ses mobiles dans le domaine du chanvre.
Aux débats, le recourant a déclaré avoir fait oeuvre de pionnier en matière de chanvre dont il a très tôt perçu l'intéressant potentiel commercial pour les agriculteurs. Il a été l'un des moteurs de la coordination suisse du chanvre qui cherchait la légalisation de ce produit. Il considère son combat comme politique. Il a indiqué avoir voulu, par son activité, ouvrir une voie aux agriculteurs et n'avoir jamais cherché de bénéfices maximaux. Sa marchandise était, selon ses dires, vendue presque au prix de revient.
La Cour cantonale a jugé que l'activité illicite du recourant avait généré des sommes d'argent très importantes et que celui-ci avait ainsi pu financer son entreprise et en vivre correctement. Elle a considéré que la constitution d'un stock de très grande valeur sur le marché « récréatif » et d'économies à hauteur de 181'130 fr. démontrait qu'il ne vendait pas ses produits « presque au prix de revient » mais entendait bien plutôt tirer un profit financier de son activité. Elle a également admis que son engagement pour la promotion du chanvre parlait, dans une certaine mesure, en sa faveur, mais ne justifiait cependant pas son activité délictuelle.
Ce faisant, la Cour cantonale a exposé les motifs du recourant, admettant, en bref, que ce dernier avait agi pour s'enrichir tout en lui reconnaissant un engagement parallèle pour la promotion du chanvre. La critique est donc vaine.
5.4 Le recourant reproche à l'autorité précédente de ne pas avoir pris en compte l'effet de la peine sur son avenir.
5.5 En l'occurrence, le recourant ne prétend, ni ne démontre en quoi la peine infligée le toucherait de manière excessive. Par ailleurs, la question d'une prise en compte de l'impact d'une peine de réclusion sur l'avenir du condamné se pose surtout si un sursis entre en considération. Or, tel n'est pas le cas en l'occurrence, l'importance de la faute commise, respectivement la durée de la peine qui la sanctionne, excluant cette possibilité et la sanction prononcée ne pouvant être qualifiée d'excessive au regard des éléments exposés aux pages 42 à 46 de l'arrêt entrepris.
6. Invoquant une violation de l'art. 59 ch. 2 al. 2 aCP, le recourant estime que la créance compensatrice est de nature à entraver sa réinsertion sociale.
6.1 Selon l'art. 59 aCP, le juge prononcera la confiscation des valeurs patrimoniales qui sont le résultat d'une infraction ou qui étaient destinées à décider ou à récompenser l'auteur d'une infraction, si elles ne doivent pas être restituées au lésé en rétablissement de ses droits (ch. 1 al. 1). Lorsque les valeurs patrimoniales ne sont plus disponibles, le juge ordonnera leur remplacement par une créance compensatrice de l'Etat d'un montant équivalent (ch. 2 al. 1). Le juge pourra renoncer totalement ou partiellement à la créance compensatrice s'il est à prévoir qu'elle ne serait pas recouvrable ou qu'elle entraverait sérieusement la réinsertion de l'intéressé (ch. 2 al. 2). L'autorité d'instruction pourra placer sous séquestre, en vue de l'exécution d'une créance compensatrice, des éléments du patrimoine de la personne concernée. Le séquestre ne crée pas de droit de préférence en faveur de l'Etat lors de l'exécution forcée de la créance compensatrice (ch. 2 al. 3).
6.1.1 Le but de la créance compensatrice est d'éviter que celui qui a disposé des objets ou valeurs à confisquer soit privilégié par rapport à celui qui les a conservés (<ref-ruling> consid. 4b/bb p.8 s.; <ref-ruling> consid. 3 p. 74).
En règle générale, le montant de la créance compensatrice doit être arrêté selon le principe des recettes brutes. Ainsi, celui qui vend des stupéfiants réalise par son acte un profit illicite équivalent à la totalité de la somme reçue. Certes, il a fourni de la drogue en échange de l'argent reçu, mais il s'agit d'une marchandise dangereuse dont la vente est interdite, de sorte qu'il n'avait aucun droit d'en tirer une somme quelconque et qu'il était même exposé en tout temps à ce que la drogue lui soit confisquée sans aucune contrepartie (<ref-law>, 58 al. 1 aCP). L'avantage illicite qui peut être confisqué est donc le prix total de la vente. Si l'intéressé ne détient plus les fonds, il doit être condamné à une créance compensatrice équivalente envers l'Etat. Il n'y a donc pas lieu de rechercher le bénéfice net ou de déduire des frais de production dans de tels cas (<ref-ruling> consid. 2a p. 20).
La règle des recettes brutes n'est cependant pas absolue; dans tous les cas, il y a lieu de respecter le principe de la proportionnalité. Ainsi, l'art. 59 ch. 2 al. 2 aCP prévoit que le juge peut renoncer totalement ou partiellement à une créance compensatrice s'il est à prévoir qu'elle ne serait pas recouvrable. Il s'agit d'épargner aux autorités des mesures qui ne conduiront à rien, voire même qui entraîneront des frais. Le juge doit renoncer ou réduire la créance compensatrice si la personne concernée est sans fortune ou même insolvable et que ses ressources ou sa situation personnelle ne laissent pas présager des mesures d'exécution forcée prometteuses dans un proche avenir. La créance peut être également réduite ou supprimée si elle entraverait sérieusement la réinsertion du condamné (art. 59 ch. 2 al. 2 in fine CP). Le juge doit procéder à une appréciation globale de la situation de l'intéressé. Le cas échéant, il devra tenir compte du fait que le délinquant a dû emprunter une somme importante pour se lancer dans le trafic de stupéfiants ou qu'il doit subir une lourde peine privative de liberté. Une réduction ou une suppression de la créance compensatrice n'est admissible que dans la mesure où l'on peut réellement penser que celle-ci mettrait concrètement en danger la situation sociale de l'intéressé et que des facilités de paiement ne permettraient pas d'y remédier (ATF 6S.302/2006 du 22 septembre 2006 consid. 5.2).
6.1.2 Le séquestre pénal de valeurs patrimoniales qui se laissent clairement déterminer comme étant des valeurs originales ou des valeurs de remplacement résultant de l'infraction au sens de l'art. 59 ch. 1 aCP a la priorité sur le séquestre en cas de faillite. De telles valeurs patrimoniales peuvent donc également être séquestrées en garantie de la confiscation lorsque l'auteur ou le bénéficiaire de l'infraction a été déclaré en faillite et que les valeurs patrimoniales font partie de la masse en faillite (<ref-ruling> consid. 3 d/dd p. 109 s.).
Si des valeurs patrimoniales qui ne peuvent être déterminées comme étant des valeurs originales ou des valeurs de remplacement résultant de l'infraction doivent être séquestrées pour garantir une créance compensatrice, alors le séquestre selon l'art. 59 ch. 2 al. 3, 2ème phrase, aCP ne crée pas un droit préférentiel lors de l'exécution forcée. De telles valeurs patrimoniales ne peuvent, par conséquent, plus être séquestrées en garantie d'une créance compensatrice de l'Etat ou du lésé si la faillite a été déclarée sur le patrimoine de l'auteur ou du bénéficiaire de l'infraction et que les valeurs patrimoniales font partie de la masse en faillite (<ref-ruling> consid. 3 d/dd p. 109 s.).
6.2 Le recourant est né le 18 février 1953. Il a exploité avec son père, puis seul, différentes parcelles près de la ferme C._, à A._. Sa faillite a été prononcée le 15 janvier 2007. Il occupe actuellement la ferme et exploite les immeubles de la masse en faillite, sans payer de loyer. Il y cultive des fruits et légumes et réalise, à ses dires, un revenu net entre 10'000 et 12'000 fr. par an. Il retire aussi des honoraires peu importants de sa collaboration occasionnelle avec L._ SA dont le but est le développement, la fabrication et la commercialisation de tous produits dérivés directement ou indirectement du chanvre, de manière compatible avec les dispositions légales suisses.
Le recourant a réalisé un chiffre d'affaires de plus de 4 millions de francs et profité, directement ou indirectement, de quelque 2.8 millions de francs. La valeur totale des immeubles nos xxx et yyy de la commune de A._ a été estimée à 385'000 fr. à l'inventaire de la faillite de l'intéressé. La parcelle n° xxx est grevée d'hypothèques constituées en 1983, garantissant des dettes de l'ordre de 190'000 fr. Le CCP saisi n° zzz au nom du recourant présentait un solde de 12'440 fr. 45 au 28 février 2005 et le montant séquestré détenu dans la caissette rouge s'élevait à quelque 2'800 fr. Sur la base de ces éléments, le Tribunal cantonal a arrêté le montant de la créance compensatrice à 220'000 fr.
6.3 Il résulte de la motivation précitée que la Cour pénale a fixé la créance compensatrice de 220'000 fr. en se basant sur la fortune du recourant, laquelle comprend des immeubles d'une valeur estimée à 385'000 fr., mais grevés d'hypothèques pour un montant de l'ordre de 190'000 fr., d'un compte dont le solde s'élève à 12'440 fr. 45 et d'une caissette contenant 2'800 fr. Reste que l'autorité cantonale n'a pas examiné si cette créance était réellement recouvrable, ni si elle était de nature ou non à entraver la réinsertion sociale du recourant. En effet, si la Cour a exposé les éléments de fortune de l'intéressé, elle n'a en revanche pas fait état du montant de ses dettes, alors que sa faillite a été prononcée le 15 janvier 2007 et qu'il a également été condamné au paiement de frais pénaux par 165'507 fr. 25, montant qui entre nécessairement dans ses passifs. De plus, les ressources du recourant telles qu'exposées ci-dessus (cf. supra consid. 6.2) ne permettent pas d'envisager que des mesures d'exécution forcée puissent être susceptibles de recouvrir la créance compensatrice prononcée, ce d'autant plus que l'intéressé s'est vu infliger une peine conséquente.
Par ailleurs, il convient de relever que les immeubles du recourant ne peuvent être séquestrés en garantie de la créance compensatrice de l'Etat, au regard de la jurisprudence précitée (cf. supra consid. 6.1.2), dès lors que ces objets ne constituent pas des valeurs originales ou de remplacement résultant des infractions commises et que la faillite du recourant a été prononcée en janvier 2007. Il en va de même pour la somme de 2'800 fr., déposée dans la caissette rouge, l'autorité cantonale ayant constaté que la provenance illicite de cet argent n'avait pas pu être démontrée (cf. arrêt p. 61). Enfin, s'agissant du compte du recourant, on ne sait rien de la provenance de cet argent, de sorte que les éléments sont insuffisants pour examiner la validité du séquestre prononcé.
Sur le vu de ce qui précède, le recours doit être admis sur la question de la créance compensatrice et des garanties ordonnées en vue de l'exécution de celle-ci et la cause renvoyée à la Cour pénale pour nouvel examen en application de l'art. 59 ch. 2 al. 2 et 3 aCP.
7. En conclusion, le recours doit être partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et l'affaire renvoyée à l'autorité précédente pour qu'elle statue à nouveau sur la question de la créance compensatrice et des garanties y relatives (<ref-law>).
Le recourant n'obtenant que partiellement gain de cause, sa requête d'assistance judiciaire ne peut être que partiellement admise (<ref-law>). Il y a donc lieu de laisser une partie des frais à sa charge et de lui allouer une indemnité de dépens réduite.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. La requête d'assistance judiciaire est partiellement admise.
3. Les frais judiciaires, d'un montant réduit arrêté à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le canton du Valais versera au mandataire du recourant une indemnité de 1'000 fr. à titre de dépens partiels.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour pénale II.
Lausanne, le 20 avril 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani