Sachverhalt:
A. A.a Am 22./24. Juli 2003 schlossen A._ (Kläger, Beschwerdeführer) und die X._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin) für die Umsetzung, Verwaltung und Überwachung des X._-Anlageplans "Y._" vom 9. Juli 2003 einen "Abschluss- und Verwaltungsauftrag" ab.
A.b Am 29. September 2003 legte die X._ AG bei der "Z._" EUR 500'000.-- in einem "Z._ Bond" an. Per 30. Januar 2008 wurde die Anlage im Betrag von nunmehr EUR 652'000.-- durch Vermittlung des englischen Brokers "Q._" bei der "R._ Limited" in Fondsanteile neu angelegt. Für diese "Switch-Aktion" bezahlte R._ dem Broker Q._ im Februar 2008 einmalig eine Kommission von EUR 44'010.-- (6.75 % von EUR 652'000.--) und schuldet zusätzlich 0.1 % des durchschnittlichen monatlichen Werts des Bonds während der nächsten 20 Jahre.
B. B.a Mit Klage vom 21. Juli 2009 beantragte A._ dem Bezirksgericht Frauenfeld, die X._ AG sei unter Strafandrohung zu verpflichten, ihm umfassend Rechenschaft abzulegen, insbesondere sämtliche Aufzeichnungen, Bücher und Belege herauszugeben, welche über die von der X._ AG vereinnahmten Honorare, Kommissionen, Provisionen, Retrozessionen und/oder sonstigen finanziellen Vergütungen im Zusammenhang mit der Anlage von EUR 652'000.-- bei R._ Aufschluss geben könnten (Ziff. 1). Sodann sei die X._ AG zu verpflichten, ihm den sich aus dieser Abrechnung ergebenden Betrag bzw. einen nach Abschluss des Beweisverfahrens durch A._ zu beziffernden Betrag, mindestens aber EUR 30'000.-- nebst Zins zu bezahlen (Ziff. 2). Die X._ AG verlangte widerklageweise im Hauptantrag die Zahlung von EUR 30'228.60 nebst Zins.
B.b Das Bezirksgericht Frauenfeld wies mit Urteil vom 19. April 2010 die Klage und Widerklage ab. Gegen dieses Urteil erhoben beide Parteien Berufung an das Obergericht des Kantons Thurgau. Dieses bestätigte mit Entscheid vom 10. Februar 2011 die Abweisung der Klage. Hingegen verpflichtete es den Kläger in teilweiser Gutheissung der Berufung der Beklagten zur Zahlung von Fr. 10'880.-- nebst Zins an die Beklagte. Im Übrigen wies es die Widerklage ab.
B.c Mit Urteil vom 29. November 2011 (4A_427/2011) hob das Bundesgericht in teilweiser Gutheissung der Beschwerde des Klägers, den Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 10. Februar 2011 mit Ausnahme der Dispositiv-Ziffern 2 und 4 betreffend die Widerklage auf, und wies die Sache zu neuer Entscheidung über die Klage und die Kostenfolge des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurück.
B.d Gestützt auf den Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts, wies das Obergericht des Kantons Thurgau seinerseits mit Entscheid vom 26. April 2012 die Streitsache zur Durchführung eines Beweisverfahrens an das Bezirksgericht Frauenfeld zurück.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt der Kläger dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 26. April 2012 sei aufzuheben und das Obergericht des Kantons Thurgau sei anzuweisen, das Begehren des Klägers gemäss Ziff. 1 seiner Klage vom 21. Juli 2009 gutzuheissen sowie über die Forderungsklage (Ziff. 2 der Klagebegehren) im Sinne der bundesgerichtlichen Erwägungen im Entscheid 4A_427/2011 zu entscheiden, nachdem der Kläger seinen Anspruch gestützt auf die Rechenschaftsablage der Beklagten oder das Ergebnis eines allfällig notwendigen Beweisverfahrens beziffert habe.
Die Beklagte beantragt auf die Beschwerde nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
2. 2.1 Mit Urteil 4A_427/2011 vom 29. November 2011 hat das Bundesgericht festgehalten, dass der Beschwerdeführer in Anwendung von <ref-law> Anspruch auf Herausgabe der Provision hat, welche die Beschwerdegegnerin im Zusammenhang mit der Switch-Aktion vereinnahmt hat, weshalb die Vorinstanz sein Begehren auf diesbezügliche Rechnungslegung durch die Beschwerdegegnerin hätte schützen müssen. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde hat das Bundesgericht in der Folge die Streitsache zu neuer Entscheidung über die Klage an die Vorinstanz zurückgewiesen.
Gestützt auf diesen Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts hat die Vorinstanz erwogen, dass die vom Bundesgericht verlangte Rechenschaftsablage durch die Beschwerdegegnerin ein aufwendiges Beweisverfahren benötige, weshalb sie mit angefochtenem Entscheid vom 26. April 2012 die Streitsache zur Durchführung eines Beweisverfahrens an das Bezirksgericht Frauenfeld zurückgewiesen hat.
2.2 Ein Rückweisungsentscheid schliesst das Verfahren nicht ab und ist somit nach der Regelung des BGG kein Endentscheid. Es handelt sich vielmehr um einen Zwischenentscheid, der nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> selbstständig angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 1.2 S. 216 mit Hinweisen).
Gegen einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid, der weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betrifft, ist die Beschwerde nur zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Die selbstständige Anfechtbarkeit von Zwischenentscheiden bildet aus prozessökonomischen Gründen eine Ausnahme vom Grundsatz, dass sich das Bundesgericht mit jeder Angelegenheit nur einmal befassen soll (<ref-ruling> E. 2.2 S. 191 mit Hinweisen). Die Ausnahme ist restriktiv zu handhaben. Dementsprechend obliegt es dem Beschwerdeführer darzutun, dass die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 429; zu den Begründungsanforderungen vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 292 mit Hinweisen).
2.3 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz räume dem Bezirksgericht im angefochtenen Rückweisungsentscheid keinen Entscheidungsspielraum ein, weshalb es sich beim angefochtenen Entscheid um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law> handle. Eventuell handle es sich um einen anfechtbaren Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>, da ihm mit der Rückweisung an das Bezirksgericht ein nicht wieder gutzumachender Nachteil drohe. Ein solcher Nachteil bestehe einerseits darin, dass das Bezirksgericht seinen Anspruch auf Rechenschaftsablage durch die Beschwerdegegnerin einschränken oder verneinen könne, obwohl ein solcher verbindlich durch das Bundesgericht festgehalten worden sei und andererseits, wenn der Beschwerdegegnerin im Beweisverfahren die Möglichkeit gegeben werde, bereits geltend gemachte Ansprüche nachzubessern.
2.4 Rückweisungsentscheide werden gemäss der Praxis des Bundesgerichts nur ausnahmsweise als Endentscheide behandelt. Dies ist dann der Fall, wenn der Rückweisungsentscheid der unteren Instanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der (rechnerischen) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (<ref-ruling> E. 1.3 S. 127; vgl. auch <ref-ruling> E. 1.1 S. 143).
Eine solche Konstellation liegt indessen nicht vor. Mit dem angefochtenen Entscheid wird das Bezirksgericht angewiesen, ein Beweisverfahren durchzuführen, so dass es nicht um eine blosse (etwa rechnerische) Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten geht. Damit stellt der Rückweisungsentscheid entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers keinen (Quasi-) Endentscheid, sondern einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> dar.
2.5 Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> muss nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung rechtlicher Natur sein, was voraussetzt, dass er sich auch mit einem späteren günstigen Endentscheid nicht oder nicht gänzlich beseitigen lässt (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 170; <ref-ruling> E. 1.2 S. 263; <ref-ruling> E. 1.3.4 S. 35 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 190; je mit Hinweisen). Die blosse Möglichkeit eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils rechtlicher Natur genügt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 191 mit Hinweis). Dagegen reichen rein tatsächliche Nachteile wie die Verfahrensverlängerung oder -verteuerung nicht aus (<ref-ruling> E. 2.2 S. 191; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 632; relativierend BGE <ref-ruling> E. 1.3.4 f. S. 36 ff.).
2.6 Inwiefern ein nicht wieder gutzumachender Nachteil drohen könnte, wie dies der Beschwerdeführer vorbringt, ist nicht ersichtlich. Allein die Tatsache, dass die Vorinstanz dem Bezirksgericht im Rückweisungsentscheid Anweisungen für die Durchführung des Beweisverfahrens gibt, ist nicht aussergewöhnlich. Dies führt nicht zu einem rechtlichen Nachteil, da der Rückweisungsentscheid in einem späteren Zeitpunkt noch mit dem Endentscheid angefochten werden kann, soweit er sich darauf auswirkt (<ref-law>). Daran ändert auch nichts, dass die untere Instanz, gestützt auf das noch anwendbare thurgauische Prozessrecht, an die Rechtsauffassung der oberen Instanz gebunden ist; die obere Instanz ihrerseits ist jedoch an den Rückweisungsentscheid des Bundesgerichts gebunden (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 335 f.). Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten.
3. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. November 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze