Sachverhalt:
A. Die X._ AG, L._, (Verpächterin, Beklagte, Beschwerdeführerin) schloss am 9. April 2002 mit der Y._ mbH (Pächterin, Klägerin, Beschwerdegegnerin) mit Sitz in L._ einen Pachtvertrag bezüglich der zwei an der Strasse K._ in L._ befindlichen Garni-Hotels A._ und B._ ab.
In Ziffer 16.8 des Pachtvertrags vereinbarten die Parteien unter der Überschrift "Verdienstgarantie für die Pächterin" Folgendes:
"In Anbetracht des langjährigen Pachtvertrages, die Wirtschaftslage und die Hotelsituation kann sich in dieser Zeit zu Ungunsten der Hotelbetriebe verändern, garantiert die Verpächterin für 10 Jahre einen durchschnittlichen Minimumverdienst 250'000 (zweihundertfünfzigtausend) Franken pro Jahr. Für die Berechnung dieser Summe gelten nur die effektiven Kosten der beiden Hotelbetriebe, die branchenüblich sind gemäss Erfa-Gruppen des Schweizer Hotelier-Vereins. In den Kosten dürfen Lohn und Sozialleistungen der Geschäftsleitung sowie alle nicht mit dem Pachtobjekt zusammenhängenden Aufwendungen der Pächterin nicht berücksichtigt werden. Die Pächterin muss die nötigen Anstrengungen unternehmen, dass dieser Minimumverdienst überschritten wird und muss diesen bei Nichterreichen schriftlich begründen und belegen."
Ziffer 15 des Pachtvertrags vom 9. April 2002 sieht sodann vor, dass bei Streitigkeiten über Fr. 20'000.-- ein "dreigliedriges Schiedsgericht das entsprechende Urteil zu fällen" hat.
B. Die Y._ mbH berief sich in der Folge darauf, der vertraglich vereinbarte Mindestverdienst sei nicht erreicht worden und leitete ein Schiedsverfahren ein. Dabei beantragte sie unter Vorbehalt der Mehrforderung die teilklageweise Verurteilung der X._ AG zur Zahlung von mindestens Fr. 400'000.--, zuzüglich Zins zu 6 % seit 13. Mai 2011.
Beide Parteien ernannten je einen Schiedsrichter; die beiden Schiedsrichter ernannten ihrerseits mit Zustimmung der Parteien den Präsidenten des Schiedsgerichts.
Mit Schiedsentscheid vom 12. Dezember 2012 hiess das Schiedsgericht die Klage im Wesentlichen gut und verurteilte die Beklagte zur teilklageweisen Zahlung von Fr. 400'000.--, zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 13. Mai 2011.
Das Schiedsgericht erwog, es handle sich beim vereinbarten Mindestverdienst gemäss Ziffer 16.8 des Pachtvertrags um eine Garantieabrede im Sinne von Art. 111 OR. Hinsichtlich der vereinbarten Grundsätze zur Berechnung des Mindestverdiensts müsse die Beklagte darauf vertrauen können, dass nur solche Kosten berücksichtigt werden, die einer gemäss Erfa-Gruppe der Hotelleriesuisse branchenüblichen Kategorie zugeordnet werden können. Unter Berücksichtigung der angewendeten Vergleichszahlen der Hotelleriesuisse sei bei den von der Klägerin in den Jahren 2003 bis 2009 veranschlagten Kosten jedoch kein übersetzter Aufwand festzustellen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, es sei der angefochtene Entscheid des Schiedsgerichts vom 12. Dezember 2012 aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das Schiedsgericht schliesst in seiner Vernehmlassung ebenfalls sinngemäss auf Abweisung der Beschwerde.
Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht am 4. März 2013 eine Replik, die Beschwerdegegnerin am 18. März 2013 eine Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch der Beschwerdeführerin um Erteilung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.
1.1 Angefochten ist ein Schiedsspruch über eine Streitigkeit zwischen zwei Parteien, die beide ihren Sitz in der Schweiz haben. Weder in der Schiedsverabredung noch später haben die Parteien vereinbart, dass die Bestimmungen über die internationale Schiedsgerichtsbarkeit (Art. 176 ff. IPRG) Anwendung finden sollen (vgl. Art. 353 Abs. 2 ZPO). Es gelten somit die Regeln über die interne Schiedsgerichtsbarkeit gemäss dem 3. Teil der Schweizerischen Zivilprozessordnung (Art. 353 ff. ZPO).
Die Parteien haben von der ihnen durch Art. 390 Abs. 1 ZPO eingeräumten Möglichkeit, als Rechtsmittelinstanz ein kantonales Gericht zu bezeichnen, nicht Gebrauch gemacht. Der Schiedsspruch unterliegt somit der Beschwerde an das Bundesgericht (Art. 389 Abs. 1 ZPO und Art. 77 Abs. 1 lit. b BGG).
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den das Schiedsgericht festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung des Schiedsgerichts weder berichtigen noch ergänzen, selbst wenn diese offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (vgl. Art. 77 Abs. 2 BGG, der die Anwendbarkeit von Art. 97 BGG sowie Art. 105 Abs. 2 BGG ausschliesst). Allerdings kann das Bundesgericht die tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Schiedsentscheids überprüfen, wenn gegenüber diesen Sachverhaltsfeststellungen zulässige Rügen im Sinne von Art. 393 ZPO vorgebracht oder ausnahmsweise Noven berücksichtigt werden (vgl. für die internationale Schiedsgerichtsbarkeit: <ref-ruling> E. 5 S. 141; <ref-ruling> E. 5.2.2 S. 733; je mit Hinweisen).
2. Die Beschwerdeführerin rügt, der angefochtene Schiedsspruch sei in verschiedener Hinsicht willkürlich.
2.1 Gegen den Schiedsspruch kann vorgebracht werden, er sei im Ergebnis willkürlich, weil er auf offensichtlich aktenwidrigen tatsächlichen Feststellungen oder auf einer offensichtlichen Verletzung des Rechts oder der Billigkeit beruht (Art. 393 lit. e ZPO); dieser Beschwerdegrund wurde aus dem früheren Konkordat (Art. 36 lit. f aKSG) übernommen (Botschaft vom 28. Juni 2006 zur Schweizerischen Zivilprozessordnung, Ziff. 5.25.8 zu Art. 391 E-ZPO, BBl 2006 7405).
Offensichtlich aktenwidrige tatsächliche Feststellungen im Sinne von Art. 393 lit. e ZPO trifft das Schiedsgericht dann, wenn es sich infolge Versehens mit den Akten in Widerspruch gesetzt hat, sei es, dass es Aktenstellen übersehen oder ihnen einen anderen als den wirklichen Inhalt beigemessen hat, sei es, dass es irrig davon ausgegangen ist, eine Tatsache sei aktenmässig belegt, während die Akten in Wirklichkeit darüber keinen Aufschluss geben. Offensichtliche Aktenwidrigkeit ist nicht mit willkürlicher Beweiswürdigung gleichzusetzen, sondern liegt nur vor, wenn das Gericht bei der Beweiswürdigung von unrichtigen tatsächlichen Prämissen ausgeht; nicht das Ergebnis der Beweiswürdigung und die darin liegenden Wertungen sind Gegenstand der Willkürrüge, sondern durch Akten unstreitig widerlegte Tatsachenfeststellungen (<ref-ruling> E. 3.6 mit Hinweisen).
Mit offensichtlicher Verletzung des Rechts ist nur eine Verletzung des materiellen Rechts gemeint und nicht eine solche des Verfahrensrechts (<ref-ruling> E. 3.4; <ref-ruling> E. 2b). Eine offensichtliche Verletzung der Billigkeit kann nur gerügt werden, wenn das Schiedsgericht befugt war, nach Billigkeit zu entscheiden, oder wenn es eine Norm angewendet hat, die auf Billigkeit verweist (<ref-ruling> E. 2).
2.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, das Schiedsgericht habe bei der Berechnung der anrechenbaren Betriebskosten richtigerweise die Tabellen der Erfa-Gruppen von Hotelleriesuisse angewendet; es habe aber die anrechenbaren Personalkosten zu einem offensichtlich unzutreffenden Prozentsatz eingesetzt, indem es den Durchschnittswert für Stadthotels mit voll ausgebauter Restauration angewendet habe, obwohl es sich im zu beurteilenden Fall unbestritten um reine Garni-Hotels handle, die ausser Getränken und Frühstück keine Restauration anbieten. Ein Hotel, das Voll- oder Halbpension anbiete, habe wegen des personalintensiven Küchen- und Servicebetriebs beträchtlich höhere Personalkosten als ein Garni-Betrieb. Die Anwendung des für Hotels mit voll ausgebauter Restauration geltenden Personalkosten-Prozentsatzes auf einen Garni-Betrieb sei deshalb offensichtlich unrichtig und führe zu einem willkürlichen Ergebnis.
Die Beschwerdeführerin zeigt mit ihren Vorbringen nicht auf, dass sich das Schiedsgericht infolge Versehens mit den Akten in Widerspruch gesetzt hätte, indem es Aktenstellen übersehen bzw. ihnen einen anderen als den wirklichen Inhalt beigemessen hätte oder irrig davon ausgegangen wäre, eine Tatsache sei aktenmässig belegt. Sie kritisiert vielmehr die vom Schiedsgericht verwendeten Berechnungsgrundlagen im Hinblick auf den vertraglichen Mindestverdienst nach Ziffer 16.8 des Pachtvertrags. Eine offensichtlich aktenwidrige tatsächliche Feststellung im Sinne von Art. 393 lit. e ZPO zeigt sie nicht auf. Ebenso wenig legt sie dar, inwiefern die Verwendung der von ihr beanstandeten Berechnungsgrundlagen eine offensichtliche Verletzung des materiellen Rechts bedeuten würde. Ihre Vorbringen stossen ins Leere.
Die Beschwerdeführerin kritisiert in ihrer weiteren Beschwerdebegründung lediglich in unzulässiger Weise den angefochtenen Entscheid und setzt den schiedsgerichtlichen Ausführungen ihre eigenen Berechnungen entgegen. Damit zeigt sie keinen gesetzlich vorgesehenen Beschwerdegrund auf.
Sie verkennt ausserdem mit ihrem Vorwurf, den vom Schiedsgericht zugestandenen Personalkosten liege eine willkürliche Beweiswürdigung zugrunde, dass der Beschwerdegrund der offensichtlichen Aktenwidrigkeit nicht mit willkürlicher Beweiswürdigung gleichzusetzen ist. Auch mit ihrer nicht weiter belegten Behauptung, eine vom Schiedsgericht vorgenommene Hinzurechnung bei der Berechnung der anrechenbaren Personalkosten widerspreche den Parteibehauptungen beider Parteien, zeigt sie keine offensichtliche Aktenwidrigkeit auf.
3. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Schiedsgericht Basel schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. April 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Leemann