Faits:
A. A._ et B._ sont propriétaires des parcelles 556 et 557 de la commune de St-Sulpice, à proximité immédiate du port des Pierrettes. Sur la première parcelle se trouve une villa alors que la seconde supporte huit anciens cabanons de pêcheurs. C._ et consorts sont propriétaires de ces cabanons. La parcelle 564, qui jouxte la parcelle 557, comporte sept cabanons de même type.
B. Le plan directeur de la commune de St-Sulpice du 26 septembre 1997 retient, dans les mesures d'aménagement relatives au Port des Pierrettes, ce qui suit: «A proximité du port, respecter l'esprit du "village de pêcheurs" par une implantation resserrée de bâtiments de petites dimensions dont les matériaux s'apparentent à ceux des constructions existantes» et «Encourager la mixité habitat - travail où les activités sont en relation avec les bateaux, les sports nautiques, la pêche ou le tourisme. Poursuivre l'ambiance du "village de pêcheur"» (Fiche 7.2.40, ch. 141 et 340). Sur cette base, la Municipalité de St-Sulpice a entrepris une réflexion en vue d'assurer une protection de l'ensemble des cabanons de pêcheurs situés sur les parcelles 564 et 557 et a commencé à élaborer un plan partiel d'affectation.
Dans ce contexte, une expertise a été requise de X._, conservatrice au Musée du Léman à Nyon. Dans un rapport du 15 décembre 1999, celle-ci a indiqué que l'ensemble de pêcheries du site du port des Pierrettes présentait un caractère suffisamment exceptionnel pour figurer à l'inventaire du patrimoine lémanique. Dans un préavis du 30 mars 2000, le conservateur cantonal des monuments historiques s'est rallié à l'appréciation faite dans le rapport précité. Le 28 septembre 2001, un rapport d'expertise émanant de Y._, expert de l'Office fédéral de la culture, a confirmé l'importance du site méritant sauvegarde. Il a exposé que, compte tenu de sa dimension, de sa situation par rapport au lac et de sa densité, ce quartier constituait un établissement unique sur les rives des lacs suisses.
C. A._ et B._ souhaitant construire une villa sur leurs parcelles, ils ont résilié les baux d'emplacement des cabanons sis sur la parcelle 557 avec effet au 31 décembre 2000. Par arrêt du 11 décembre 2001, le Tribunal fédéral a confirmé que les contrats de bail à loyer avaient été valablement résiliés. Il a notamment été constaté que l'objet des baux passés entre les parties avait exclusivement trait au terrain nu; les cabanons, constructions mobilières, n'appartenaient pas aux propriétaires du terrain mais aux locataires.
Depuis la résiliation des contrats, les cabanons sont inoccupés. A._ et B._ ont obtenu du Juge de paix une défense publique de pénétrer sur la parcelle 557.
En juillet 2000, ils ont déposé une demande de permis de construire tendant à la démolition d'un pavillon, au démontage de huit cabanons et à la construction d'une villa avec garage indépendant sur les deux parcelles 556 et 557 réunies.
La Municipalité de St-Sulpice a refusé le permis requis le 29 novembre 2000, en se référant notamment à l'opposition du Département cantonal des infrastructures du canton de Vaud (ci-après: le Département des infrastructures), lequel faisait valoir que les cabanons devaient être conservés et protégés au titre de témoignages de pratiques vivantes de l'époque en tant que cabanons de pêcheurs. Le recours de A._ et B._ contre cette décision a été rejeté par le Tribunal administratif du canton de Vaud (actuellement la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal; ci-après: le Tribunal cantonal) le 12 juillet 2006.
D. Par décision du 20 mars 2002, le Département des infrastructures a procédé au classement du site du port des Pierrettes, en vue d'en assurer la sauvegarde et la conservation. La mesure s'étendait au port traditionnel et aux anciens cabanons de pêcheurs qui le bordaient sur son flanc nord. A l'intérieur de ce périmètre, les cabanons devaient être conservés à leurs emplacements actuels. Ils devaient être entretenus et pouvaient être aménagés, dans la mesure où les travaux ne portaient pas atteinte au caractère des constructions et du site.
A._ et B._ ont recouru auprès du Département cantonal des institutions et des relations extérieures (actuellement et ci-après: le Département de l'intérieur), qui a admis leur recours. Par arrêt du 23 décembre 2005, le Tribunal cantonal a annulé la décision précitée et renvoyé la cause au Département de l'intérieur pour qu'il statue à nouveau.
Le 12 avril 2007, le Département de l'intérieur a admis le recours formé par A._ et B._ contre la décision de classement du 20 mars 2002. Il a considéré que, même si la notion de patrimoine était à prendre au sens large, la législation en matière de protection des monuments et des sites n'avait pas pour objectif de protéger des ambiances ou des atmosphères, tel l'esprit d'un village de pêcheurs. Au surplus, les mesures d'aménagement du territoire par le biais de la planification communale étaient plus efficaces et pertinentes dans le cas particulier.
La Municipalité de St-Sulpice ainsi que les propriétaires des cabanons ont recouru au Tribunal cantonal contre cette décision (référence AC.2007.0103).
E. Parallèlement à la procédure cantonale de classement, la commune de St-Sulpice a élaboré un plan partiel d'affectation "Aux Pierrettes - Les Champs du Lac", adopté par le Conseil communal le 18 septembre 2002. Celui-ci inclut notamment les parcelles 557 et 564, colloquées dans l'aire "des cabanons". Selon l'art. 2.2 du règlement du plan partiel d'affectation, cette aire a un statut de site protégé. Cette disposition a la teneur suivante :
"Surface correspondant aux terrains sur lesquels sont implantées des petites constructions, témoignage d'un ancien village de pêcheurs. Cette petite entité bâtie a un statut de site protégé, tant en ce qui concerne la destination des constructions que leurs caractéristiques architecturales et la nature de leurs prolongements.
Les constructions actuelles doivent être conservées et entretenues. Elles peuvent être modifiées et même reconstruites si des raisons objectivement fondées l'imposent. Lors de constructions nouvelles ou lors de transformations d'ouvrages existants, les travaux réalisés doivent respecter la nature du lieu et le caractère prédominant des constructions existantes, notamment leur forme, les matériaux utilisés et leurs aménagements extérieurs. La municipalité et le Service cantonal des bâtiments, section monuments historiques, sont habilités à imposer toute mesure propre à atteindre ces objectifs.
Les petites constructions type "cabanon" ne comprennent qu'un seul niveau (rez-de-chaussée). Leur destination est en relation directe avec l'usage du port de petite batellerie (pêche, navigation de plaisance), par exemple: dépôt de matériel, locaux de service, lieux de détente."
Quant à la parcelle 556, elle a été colloquée en aire de constructions, avec une possibilité de surface à bâtir allant jusqu'à 25 % de la superficie totale de la parcelle (art. 3.1 du règlement). La possibilité de bâtir a ainsi été augmentée de façon importante par rapport à celle autorisée dans la réglementation en vigueur, d'après laquelle la surface à bâtir de ladite parcelle ne pourrait excéder 1/10ème, soit 10 %, de la surface totale (cf. art. 28 du règlement communal du 12 septembre 1990 sur le plan d'affectation et la police des constructions).
Par décision du 12 avril 2007, le Département de l'intérieur a rejeté le recours de A._ et B._ contre le plan partiel d'affectation du 18 septembre 2002. Il a estimé que l'absence de pêcheurs occupant les cabanons n'enlevait pas aux constructions la caractéristique que le plan d'affectation entendait protéger. La balance des intérêts avait en outre été correctement effectuée, puisqu'il ressortait du rapport X._ que la protection envisagée par le plan partiel d'affectation était fondée et que les atteintes à la parcelles 557 étaient largement compensées par les droits accordés sur la parcelle 556.
A._ et B._ ont déféré cette décision au Tribunal cantonal (référence AC.2007.0107).
F. Le 23 mai 2007, le Tribunal cantonal a joint les causes AC.2007.0103 et AC.2007.0107, considérant que la question du classement était liée à celle de l'affectation.
Le 19 septembre 2008, le Tribunal cantonal a procédé à une vision locale en présence des parties. Par arrêt du 4 novembre 2008, il a admis les recours de C._ et consorts et de la Municipalité de St-Sulpice contre la décision relative à l'arrêté de classement; il a annulé la décision du Département de l'intérieur du 12 avril 2007 et confirmé la décision cantonale de classement du 22 mars 2002 classant le site du Port des Pierrettes (ch. I. du dispositif). Par ailleurs, il a très partiellement admis le recours de A._ et B._ et réformé la décision d'approbation préalable du Département de l'intérieur du 12 avril 2007 concernant le plan communal d'affectation "Aux Pierrettes - Les Champs du Lac" en ce sens que l'art. 2.2 du règlement est modifié de la manière suivante:
"Art. 2.2
Al. 1: inchangé.
Al. 2: Les constructions actuelles peuvent être reconstruites, en cas de nécessité ou en cas de destruction accidentelle, dans les gabarits existants au moment du classement et dans les limites fixées par la décision de classement.
Al. 3: supprimé."
(ch. II. du dispositif)
Le Tribunal cantonal a considéré pour l'essentiel qu'il existait un intérêt public à la préservation du site et que les mesures litigieuses respectaient le principe de la proportionnalité et ménageaient l'atteinte aux intérêts privés de A._ et B._.
G. Agissant par la voie du "recours de droit public", A._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal cantonal du 4 novembre 2008. Subsidiairement, ils concluent à ce que le chiffre I du dispositif de l'arrêt attaqué soit réformé en ce sens que «l'art. 2 al. 1 de la décision de classement est modifié et a la teneur suivante: "Le classement s'étend au port traditionnel des Pierrettes. Il a pour but de protéger les site du port" et en ce sens que l'art. 2 al. 3 est supprimé, le plan annexé à la décision étant modifié en conséquence, le périmètre excluant la parcelle 557, et, cas échéant, la parcelle 564». A titre subsidiaire également, ils demandent la réforme du chiffre II du dispositif de l'arrêt attaqué en ce sens que l'art. 2.2 du règlement du plan partiel d'affectation "Aux Pierrettes - Les Champs du Lac" est biffé et l'aire des cabanons supprimée du plan. En outre, ils concluent à ce que des dépens de première instance fixés à 6'000 fr. leur soient alloués, à la charge de la Municipalité de St-Sulpice, de C._ et consorts ainsi que de l'Etat de Vaud.
Le Tribunal cantonal a renoncé à déposer une réponse et se réfère aux considérants de son arrêt. La commune de St-Sulpice et le Département des infrastructures concluent au rejet du recours. C._ et consorts concluent également au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable.
Par ordonnance du 19 janvier 2009, le Président de la Ire Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.

Considérant en droit:
1. Les recourants ont indiqué déposer un "recours de droit public" auprès du Tribunal fédéral. L'intitulé erroné du recours ne saurait préjuger de la voie ouverte, ni porter préjudice aux recourants, pour autant que leur écriture remplisse les conditions formelles de la voie de droit en cause (au sujet d'une voie erronée de recours, <ref-ruling> consid. 1.2 p. 302 s., 308 consid. 4.1 p. 314).
La voie du recours en matière de droit public (<ref-law>) est ouverte contre une décision prise par une autorité cantonale de dernière instance dans une contestation portant sur l'application du droit de l'aménagement du territoire. Les recourants sont propriétaires de la parcelle 557 de la commune de St-Sulpice, où sont situés les cabanons litigieux; leur parcelle est incluse dans le périmètre de protection des mesures contestées, à savoir le plan partiel d'affectation "Aux Pierrettes - Les Champs du Lac" et le classement du site du port des Pierrettes. Ils ont donc manifestement qualité pour recourir au sens de l'<ref-law>. Au surplus, le recours ayant été déposé en temps utile (<ref-law>) et dans les formes prescrites par la loi (<ref-law>), il y a lieu d'entrer en matière.
2. En l'espèce, la contestation porte sur la protection du site du port des Pierrettes, plus particulièrement sur le maintien de l'ensemble des cabanons de pêcheurs à leur emplacement actuel. Le Tribunal cantonal a confirmé dans leur principe les deux mesures prises par les autorités cantonale et communale à cet effet.
Les recourants se plaignent d'une violation des art. 9 Cst. (interdiction de l'arbitraire et absence de base légale) et 26 Cst. (garantie de la propriété). Le Tribunal cantonal n'aurait pas tenu compte d'un élément d'appréciation essentiel, à savoir le fait qu'ils ne sont pas propriétaires des cabanons et que C._ et consorts, propriétaires de ces meubles, n'ont pas le droit d'accéder à une parcelle qui ne leur appartient pas; de ce fait, les mesures de protection seraient inapplicables. De plus, aucun élément objectif ne justifiait les mesures envisagées, les cabanons n'étant pas dignes de protection.
3. 3.1 L'art. 17 de la loi fédérale du 22 juin 1979 sur l'aménagement du territoire (LAT; RS 700) définit les zones à protéger. Celles-ci comprennent notamment les localités typiques, les lieux historiques, les monuments naturels ou culturels (art. 17 al. 1 let. c LAT). Pour ces objets, il appartient aux cantons de délimiter les zones de protection. Selon l'art. 17 al. 2 LAT, le droit cantonal peut cependant prescrire d'autres mesures adéquates.
L'adoption d'une zone de protection est la mesure que la LAT envisage en premier lieu. Non seulement elle permet d'établir clairement la protection, son but et son régime mais assure, si nécessaire, la coordination avec les autres intérêts à prendre en compte dans les procédures d'aménagement du territoire. Cette mesure n'exclut pas que d'autres moyens soient utilisés. La variété des situations est en effet telle que, parfois, le but de la protection ne serait pas suffisamment atteint par un zonage au sens de l'art. 17 LAT (Pierre Moor, Commentaire de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire, 1999, n. 74 et 80 ad art 17 LAT; Bernhard Waldmann/Peter Hänni, Raumplanungsgesetz, 2006, n. 27 ss ad art. 17 LAT). C'est ainsi qu'à côté d'obligations de s'abstenir, lesquelles peuvent résulter d'un plan de zone classique et du règlement qui l'accompagne, il peut être nécessaire de poser des obligations de faire (Moor, op. cit., n. 81).
Font notamment partie des autres mesures réservées par l'art. 17 al. 2 LAT les inventaires et classements, les clauses générales de protection et les clauses d'esthétiques, les contrats avec les particuliers, l'expropriation formelle ainsi que les mesures provisionnelles. Les procédures de classement débouchent sur des régimes de protection impératifs et définissent l'objet protégé ainsi que les obligations imposées aux propriétaires (Moor, op. cit., n. 83).
3.2 Dans le canton de Vaud, la loi du 4 décembre 1985 sur l'aménagement du territoire et des constructions (ci-après: LATC; RSV 700.11) définit les zones protégées au sens de l'art. 17 al. 1 LAT comme des zones destinées en particulier à la protection des sites, des paysages d'une beauté particulière, des rives de lac et de cours d'eau, des réserves naturelles ou des espaces de verdure; seules peuvent y être autorisées les constructions et les installations conformes au but assigné à la zone, ne portant pas préjudice à l'aménagement rationnel du territoire et au site ou imposées par leur destination, si aucun intérêt prépondérant ne s'y oppose (art. 54 al. 1 LATC). De façon plus générale, cette loi prévoit que les plans d'affectation cantonaux ou communaux peuvent contenir des dispositions relatives aux paysages, aux sites, aux rives de lacs et de cours d'eau, aux localités et aux ensembles ou aux bâtiments méritant protection, et elle réserve les mesures prises en application de loi cantonale sur la protection de la nature, des monuments et des sites (art. 45 al. 2 let. c et art. 47 al. 2 ch. 2 LATC).
La loi cantonale du 10 décembre 1969 sur la protection de la nature, des monuments et des sites (ci-après: LPNMS; RSV 450.11) met sur pied les autres mesures réservées par l'art. 17 al. 2 LAT. Aux termes de l'art. 4 al. 1 LPNMS, sont protégés, conformément à la loi, tous les objets, soit tous les territoires, paysages, sites, localités, immeubles, meubles, qui méritent d'être sauvegardés en raison de l'intérêt général, notamment esthétique, historique, scientifique ou éducatif qu'ils présentent. Pour assurer la protection d'un objet digne d'intérêt au sens de l'art. 4 précité, il peut être procédé à son classement (art. 20 LPNMS). La décision de classement définit l'objet classé et l'intérêt qu'il présente, les mesures de protection déjà prises et les mesures de protection prévues pour sa sauvegarde, sa restauration, son développement et son entretien (art. 21 LPNMS). Aucune atteinte ne peut être portée à un objet classé sans autorisation préalable du département compétent (art. 23 LPNMS). Selon l'art. 29 LPNMS, l'entretien d'un objet classé incombe à son propriétaire (al. 1); si besoin est, le département compétent lui fixe un délai convenable pour effectuer les travaux d'entretien nécessaires (al. 2). La décision de classement permet en outre à l'Etat de procéder par voie contractuelle ou par voie d'expropriation pour sauvegarder des sites (art. 44 LPNMS). L'Etat dispose également d'un droit de préemption légal sur les fonds et immeubles classés au sens de l'art. 20 ss LPNMS (art. 45 LPNMS).
3.3 Le choix des mesures de protection dépend des objectifs de planification ou de conservation recherchés et des caractéristiques propres à chaque objet. Il doit aussi tenir compte du principe de la proportionnalité: lorsque plusieurs mesures permettent d'atteindre l'objectif visé, l'autorité applique celle qui lèse le moins les intéressés (cf. art. 4 LATC). Ainsi, une décision de classement, qui peut entraîner des restrictions particulièrement lourdes au droit de propriété par sa durée illimitée (art. 27 LPNMS), par les obligations d'entretien à charge du propriétaire (art. 29 à 31 LPNMS) et par le droit de préemption et d'expropriation qu'elle implique en faveur de l'Etat (art. 44 et 45 LPNMS), ne s'impose-t-elle que si les mesures prévues par un plan et un règlement d'affectation ne permettent pas d'atteindre les objectifs de protection et de conservation recherchés. Il s'agit en définitive d'assurer la protection dont le principe est posé part l'art. 17 LAT le mieux possible, c'est-à-dire le plus adéquatement par rapport au but, tel qu'il ressort de la balance des intérêts et de la situation concrète de l'objet (Moor, op. cit., n. 82).
4. Quand le litige concerne l'adoption d'une mesure de protection au sens de l'art. 17 LAT, les parties admises à se prévaloir de la garantie de la propriété (art. 26 al. 1 Cst.) peuvent se plaindre du fait que les nouvelles restrictions qui leur sont imposées ne reposent pas sur une base légale, ne sont pas justifiées par un intérêt public ni conformes au principe de la proportionnalité (cf. art. 36 al. 1 à 3 Cst.; cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 221 et les arrêts cités).
5. Le grief des recourants concernant l'absence de base légale est manifestement mal fondé. En effet, tant l'art. 17 al. 1 et 2 LAT que les art. 54 LATC et 20 LPNMS permettent aux autorités compétentes de créer des zones à protéger comprenant le patrimoine bâti et de procéder au classement des monuments dignes de protection.
6. 6.1 D'après la jurisprudence, les restrictions de la propriété ordonnées pour protéger les monuments et les sites naturels ou bâtis sont en principe d'intérêt public (<ref-ruling> consid. 2c p. 221; <ref-ruling> consid. 4b p. 309 et les arrêts cités). Le Tribunal fédéral examine librement si une mesure de protection est justifiée par un intérêt public suffisant; il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il doit se prononcer sur de pures questions d'appréciation ou tenir compte de circonstances locales, dont les autorités cantonales ont une meilleure connaissance que lui, notamment en matière de protection des monuments ou des sites (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 416 et les arrêts cités). Il appartient en effet de façon prioritaire aux autorités des cantons de définir les objets méritant protection (<ref-ruling> consid. 2c p. 222; <ref-ruling> consid. 3b p. 275; <ref-ruling> consid. 5c/bb p. 96; <ref-ruling> consid. 2b p. 397; cf. aussi <ref-ruling> consid. 4.1 p. 344).
6.2 Tout objet ne méritant pas une protection, il faut procéder à un examen global, objectif et basé sur des critères scientifiques, qui prenne en compte le contexte culturel, historique, artistique et urbanistique du bâtiment concerné. Les constructions qui sont les témoins et l'expression d'une situation historique, sociale, économique et technique particulière, doivent être conservés. De plus, la mesure ne doit pas être destinée à satisfaire uniquement un cercle restreint de spécialistes; elle doit au contraire apparaître légitime aux yeux du public ou d'une grande partie de la population, pour avoir en quelque sorte une valeur générale (arrêt 1P.79/2005 du 3 septembre 2005, in ZBl 2007 p. 83; ATF <ref-ruling> consid. 4a p. 275; <ref-ruling> consid. 5a p. 389).
En ce qui concerne la protection du patrimoine bâti, l'art. 17 al. 1 let. c LAT mentionne tout d'abord les "localités typiques", lesquelles sont constituées par des sites qui groupent en une unité harmonieuse plusieurs constructions qui s'intègrent parfaitement à leur environnement (DFJP/OFAT, Erläuterungen zum Bundesgesetz über die Raumplanung, 1981, n. 20 ad art. 17). Il s'agit le plus souvent de parties d'agglomérations - places, rues - qui se distinguent par leur impression d'ensemble, leur identité de proportion, de style, d'époque. Quant aux "monuments culturels", ils sont les témoins de l'artisanat et de l'architecture d'autrefois (par exemple théâtres romains, châteaux, moulins, anciennes mines, ponts; DFJP/OFAT, op. cit., n. 23). Actuellement, la tendance est à la préservation des ensembles (Moor, op. cit., n. 59). Par ailleurs, le critère esthétique n'est pas le seul à être appliqué; est également protégé ce qui est typique d'une époque ou représentatif d'un style, même relativement récent, ce qui permet de sauvegarder des bâtiments industriels ou commerciaux de notre siècle et qui ne sont pas nécessairement des oeuvres d'art (cf. ATF <ref-ruling> consid. 5a p. 389; Moor, op. cit., n. 59; Bernhard Furrer, Motive und Objekte der heutigen Denkmalpflege, in Aktuelle Rechtsfragen der Denkmalpflege, 2004, p. 13 ss; Waldmann/Hänni, op. cit., n. 19; Walter Engeler, Das Baudenkmal im schweizerischen Recht, 2008, p. 18 ss).
Une mesure de protection peut aussi s'imposer pour une construction présentant un caractère symbolique, par exemple sur le plan typologique. Présentent une valeur typologique les bâtiments qui sont les rares témoins encore existants d'une manière de construire, la qualité des objets en question n'étant pas ici déterminante. Dans certaines circonstances, ce n'est pas un style de construction historique que le bâtiment représente, mais une certaine époque. Un édifice ou un ensemble d'édifices peut également devenir significatif du fait de l'évolution de la situation et d'une rareté qu'il aurait ainsi acquise (Philip Vogel, La protection des monuments historiques, 1982, p. 24; Dieter von Reding, Mesures de protection des sites construits et qualité du milieu bâti, in VLP-ASPAN Territoire & Environnement 2002, p. 50 s.; Walter Engeler, op. cit. p. 124 ss et 139 ss).
7. 7.1 Dans le cas particulier, les recourants contestent que les cabanons situés sur leur parcelle soient dignes de protection. Ils relèvent que ces constructions sont "de simples capites utilisées par des citadins essentiellement pour prendre un verre et faire une broche le week-end". Elles ressemblent aux capites que l'on trouve aux abords des villes, dans les jardins potagers, et n'ont plus rien à voir avec un village de pêcheurs. Par ailleurs, l'atmosphère et l'ambiance de ce "village de pêcheurs" sont des notions immatérielles et ne constituent pas des objets à protéger. Les recourants émettent en outre des critiques à l'encontre de l'expertise de X._, laquelle n'aurait aucune compétence en matière d'aménagement du territoire. Son rapport aurait été requis en violation de leur droit d'être entendus et, en tant qu'expertise privée, n'aurait aucune valeur probante.
7.2 S'agissant de la violation du droit d'être entendu, la motivation déficiente du grief au regard des exigences de l'<ref-law> le rend irrecevable. De toute façon, contrairement à l'avis des recourants, il n'existe pas un droit à prendre contact avec un expert avant qu'il ne rédige son rapport. Celui-ci n'est pas une autorité et son expertise n'a pas valeur de décision. En effet, le rôle de l'expert consiste en l'occurrence dans la description et la caractérisation des qualités des objets; le jugement global à prononcer sur le mérite de la protection reste du ressort des autorités administratives (cf. Moor, op. cit., n. 28). De même, on ne voit pas pourquoi une expertise privée serait dépourvue de valeur probante dans ce contexte; il s'agit d'une procédure non contentieuse et aucune forme particulière n'est imposée aux autorités pour arriver à la conclusion qu'un site mérite effectivement protection. Finalement, les critiques des recourants quant aux compétences de X._ sont de pures allégations qui ne permettent pas de mettre en doute la crédibilité du contenu de son rapport, lequel est du reste confirmé par deux autres expertises. Les recourants ont largement eu l'occasion de faire valoir leur point de vue quant au contenu de ces expertises ce qui, du point du vue du droit d'être entendu, apparaît suffisant.
7.3 Le Tribunal cantonal s'est basé sur les rapports d'expertise de X._, conservatrice du Musée du Léman, du conservateur cantonal des monuments historiques et d'un expert de l'Office fédéral de la culture, dont il a reproduit les principaux extraits, pour décréter qu'il existait un intérêt digne de protection à la sauvegarde des cabanons de pêcheurs du port des Pierrettes. Il a estimé n'avoir aucune raison de s'écarter de l'appréciation de ces expertises, lesquelles mettent en avant le caractère particulier digne de protection du site, en ce qu'il constitue l'un des derniers témoignages d'une activité typique de la région lacustre.
Il ressort des expertises que le site des Pierrettes, constitué du port ancien et d'un groupement compact de treize cabanons de pêcheurs, forme une unité fonctionnelle. Bien que peu de cabanons servent aujourd'hui encore de dépôt ou d'atelier aux pêcheurs, ils sont largement exploités par leurs propriétaires actuels pour de multiples activités liées à la proximité du lac. Compte tenu de sa dimension, de sa situation par rapport au lac et de sa densité, ce quartier constitue un site unique sur les rives des lacs suisses. Il a même été qualifié par l'expert de l'Office fédéral de la culture de "biotope humain" de grande qualité, quand bien même il ne relevait pas de critères esthétiques usuels. C'est la concentration exceptionnelle de petites constructions qui est remarquable à cet endroit, ainsi que l'agencement serré des cabanons sur deux petites parcelles en relation directe avec le port. Selon X._, diminuer le nombre de ces cabanes, ou ne les conserver que sur l'une des parcelles, conduirait à un appauvrissement certain du site. L'apparence modeste des constructions ne saurait être un critère valable pour leur démolition. En l'occurrence, les experts estiment que ce ne sont pas simplement des considérations historiques ou architecturales qui sont à prendre en compte mais bien le témoignage de pratiques vivantes ainsi que l'aspect culturel, et également pittoresque, du site. De plus, l'expert de l'Office fédéral de la culture souligne que les mesures de protection vont dans le sens d'un usage public des rives du lac et de la préservation pour les générations futures d'une situation unique sur le Léman.
Contrairement à ce que prétendent les recourants, il ne s'agit pas de conserver une atmosphère et une ambiance mais plutôt de protéger un site dans son ensemble, en tant qu'il constitue un témoignage important de pratiques passées, et qui mérite protection comme élément du patrimoine lacustre. Les recourants se trompent quand ils indiquent que le plan d'affectation prévoit que la destination des cabanons doit être en relation directe avec l'usage du port de petite batellerie, l'arrêt attaqué ayant supprimé ce point du règlement. Quoi qu'il en soit, l'utilisation actuelle des cabanons n'est pas à elle seule déterminante pour décider si ceux-ci méritent ou non protection. Le fait que l'activité initiale se soit modifiée n'altère en effet pas le caractère particulier du site et on peut relever que c'est précisément parce qu'il n'y a plus de pêcheurs professionnels au port des Pierrettes que le site est directement menacé. De plus, lorsque des pêcheurs y exerçaient encore leur activité, les cabanons comportaient déjà une fonction de résidence secondaire et de détente. Enfin, lors de la mise à l'enquête publique du plan communal d'affectation, du 25 janvier au 25 février 2002, celui-ci a fait l'objet de peu d'oppositions et a suscité des réactions positives de la part des citoyens; plusieurs observations indiquent en effet que la protection du site correspond aux voeux de la population en général (cf. préavis municipal no 8/02 du 24 juin 2002 relatif au plan partiel d'affectation "Aux Pierrettes - Les Champs du Lac", p. 6 ss).
Dans ces conditions, on peut admettre, avec les autorités cantonales, que le site du port des Pierrettes, et en particulier la concentration des petits cabanons de pêcheurs à proximité immédiate du lac, constitue un patrimoine digne de protection en tant que témoin d'une activité et d'une époque révolues et également en raison de ses particularités typologiques et de sa rareté. L'intérêt public à la sauvegarde du site prime l'intérêt privé des recourants à utiliser leur fonds pour construire une villa.
8. Les recourants estiment que les mesures de protection adoptées par les autorités cantonale et communale violent le principe de la proportionnalité. Il serait inutile et disproportionné d'imposer une mesure de classement alors que le plan partiel d'affectation serait plus adapté pour imposer l'entretien des cabanons. Par ailleurs, les mesures seraient inapplicables et inutiles en raison de la dissociation entre les droits de propriété sur la parcelle et les cabanons; les cabanistes ne peuvent pas utiliser une parcelle qui ne leur appartient pas et l'Etat ne peut ni y pénétrer, ni effectuer un entretien dont il n'obtiendrait de toute façon pas le remboursement.
8.1 Le principe de la proportionnalité exige qu'une mesure restrictive soit apte à produire les résultats escomptés (règle de l'aptitude) et que ceux-ci ne puissent être atteints par une mesure moins incisive (règle de la nécessité); en outre, il interdit toute limitation allant au-delà du but visé et il exige un rapport raisonnable entre celui-ci et les intérêts publics ou privés compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; <ref-ruling> consid. 2c et les arrêts cités). L'examen, par le Tribunal fédéral, de la proportionnalité d'une mesure de protection d'un bâtiment ou d'un site est en principe libre mais, comme pour l'intérêt public, il s'exerce avec une certaine retenue (cf. consid. 6.1 ci-dessus et la jurisprudence citée).
8.2 Le plan partiel d'affectation "Aux Pierrettes - Les Champs du Lac" classe la parcelle 557 en "aire des cabanons", qui a un statut de site protégé. Le règlement du plan partiel, modifié par l'arrêt attaqué, prévoit à quelles conditions les cabanons peuvent être reconstruits, en cas de nécessité ou de destruction. Cette mesure serait ainsi en principe propre à assurer le maintien des constructions à cet endroit et leur conservation à long terme. Cependant, dans les circonstances actuelles, le plan partiel d'affectation n'apparaît pas suffisamment efficace pour assurer la protection du site. Les constructions se trouvent en effet dans une situation précaire du fait que les recourants ont obtenu une interdiction civile d'accès à la parcelle 557; les propriétaires des cabanons ne peuvent donc plus les entretenir et ceux-ci risquent de tomber en ruine. Le plan partiel d'affectation ne peut de toute manière pas mettre une obligation de faire à la charge des cabanistes, ni à celle des recourants. Seule une décision de classement permettrait en revanche d'imposer aux propriétaires des objets classés une obligation d'entretien (art. 29 LPNMS) ainsi que de remise en l'état lorsque des modifications ont été apportées sans autorisation préalable (art. 30 LPNMS). La sauvegarde d'un "village de pêcheurs" n'a au demeurant de sens que si les cabanons sont occupés, ce qui est effectivement impossible en l'état, compte tenu des litiges qui opposent les propriétaires de la parcelle et ceux des cabanons. Si la situation actuelle de blocage résultant de l'interdiction civile d'accès n'est pas résolue, la mesure de classement permettra au besoin d'engager une procédure d'expropriation (art. 44 LPNMS), ce qui n'est pas le cas du plan partiel d'affectation. Il s'ensuit que les deux mesures de protection litigieuses sont nécessaires à la sauvegarde du site du port des Pierrettes.
Quant aux intérêts privés des recourants, ils ont été pris en compte par les autorités cantonale et communale. Le plan partiel d'affectation augmente dans une large mesure les possibilités de bâtir de leur parcelle 556 par rapport à la réglementation actuelle. De plus, comme ceux-ci peuvent continuer à louer les emplacements des cabanons, la mesure ne les prive pas de tout avantage financier. Finalement, la décision de classement, qui prévoit que les cabanons devront être conservés dans leur gabarit actuel, garantit aux recourants que la situation actuelle ne sera pas péjorée par d'éventuelles modifications ultérieures des constructions. Ces éléments constituent une compensation appréciable en contrepartie des restrictions apportées à leurs droits de propriété.
La confirmation des mesures litigieuses aboutit à une situation juridique complexe. L'entretien des cabanons classés ne peut pas être mis à la charge des recourants, qui n'en sont pas propriétaires; quant aux cabanistes, ils n'ont pas le droit d'accéder à la parcelle où se trouvent leurs meubles. Il serait dans l'intérêt des parties de trouver une solution à l'amiable qui permette de réhabiliter le site; dans le cas contraire, il semblerait que l'expropriation de la parcelle soit le seul moyen apte à assurer une mise en oeuvre efficace des mesures de protection.
9. Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, de même que la conclusion des recourants tendant à l'allocation de dépens de première instance. Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). En outre, ils verseront aux intimés C._ et consorts une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF). La commune de St-Sulpice et le Département des infrastructures n'ont pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
3. Une indemnité de 3'000 fr. est allouée à C._ et consorts, à titre de dépens, à la charge des recourants.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, de la Commune de St-Sulpice et du Département des infrastructures du canton de Vaud ainsi qu'à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 23 avril 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Mabillard