Sachverhalt:
A. B._, geboren 1965, war bei der Firma F._ SA als Chauffeur beschäftigt. Am 30. November 2000 rutschte er, als er Getränke auslieferte, auf einer Treppe aus und fiel dabei aufs Gesäss. In der Folge klagte er über Rückenbeschwerden. Die "Winterthur" Schweizerische Versicherungsgesellschaft, heute AXA Versicherungen AG, bei welcher B._ für die Folgen von Berufs- und Nichtberufsunfällen sowie Berufskrankheiten versichert war, anerkannte ihre Leistungspflicht dem Grundsatz nach. Mit Verfügung vom 21. Oktober 2002 und Einspracheentscheid vom 3. Juli 2007 stellte sie ihre Taggeldleistungen per 31. Dezember 2002 ein und lehnte den Anspruch auf eine Invalidenrente ab.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 4. Juni 2009 ab.
C. B._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides seien ihm die gesetzlichen Leistungen zuzusprechen. Des Weiteren ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Das kantonale Gericht hat die Rechtsprechung zu dem für die Leistungspflicht des Unfallversicherers gemäss <ref-law> vorausgesetzten natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 und 3.2 S. 181) zutreffend dargelegt. Gleiches gilt bezüglich der Rechtsprechung, wonach Diskushernien in der Regel degenerativ bedingt sind und nur ausnahmsweise als durch ein Unfallereignis verursacht gelten können (SZIER 2001 S. 346, U 4/00 E. 3b; RKUV 2000 Nr. U 379 S. 192, U 138/99 E. 2a). Darauf wird verwiesen.
3. Die Vorinstanz hat nach einlässlichen und zutreffenden Erwägungen, auf welche in allen Teilen verwiesen werden kann, erkannt, dass das Unfallereignis vom 30. November 2000 nicht besonders schwer gewesen sei. Der Beschwerdeführer sei nach dem Vorfall noch in der Lage gewesen, weitere Kommissionen zu erledigen, und die Symptome der Diskushernien seien erst Tage bis Wochen nach dem Ereignis aufgetreten, wobei am 4. Dezember 2000 mittels Computertomogramm (CT) eine mediane Protrusion L4/5 ohne Kompression der Wurzel und eine Diskusprotrusion L5/S1 rechts mit möglicher Wurzeltangierung, am 5. Januar 2001 mittels Magnetresonanztomographie (MRI) eine grosse, etwas paramedian linksbetonte Diskushernie mit konsekutiv Ausbildung einer vollständigen Spinalkanalstenose und Kompression der intradural verlaufenden Nervenwurzeln nachgewiesen wurden. Die Voraussetzungen für die ausnahmsweise Annahme einer Verursachung der Diskushernien durch den Unfall seien daher nicht erfüllt.
4. Demgegenüber macht der Beschwerdeführer geltend, dass er schon unmittelbar nach dem Sturz unter starken Schmerzen gelitten habe und die weiteren Auslieferungen nicht alleine habe bewerkstelligen können. Bereits am Tag nach dem Unfall sei ein leichtes sensibles Ausfallsyndrom festgestellt worden. Dabei stützt sich der Beschwerdeführer auf ein Aktengutachten des Dr. med. G._, Chirurgie FMH, vom 19. November 2001, welches zuhanden des Unfallversicherers erstellt worden war. Gestützt auf seine Äusserungen sei darauf zu schliessen, dass das Unfallereignis geeignet gewesen sei, eine Schädigung der Bandscheibe zu verursachen. Der Gutachter sei auch davon ausgegangen, dass die heutigen Beschwerden überwiegend wahrscheinlich auf den Unfall zurückzuführen seien.
5. 5.1 Zunächst ist dazu festzuhalten, dass die zusammenfassenden Angaben des Dr. med. G._ in hier relevanten Punkten nicht übereinstimmen mit denjenigen der behandelnden Ärzte. So geht aus dem Bericht des Dr. med. R._, welchen der Versicherte am 1. Dezember 2000, somit am Tag nach dem Unfall, konsultiert hatte, ausdrücklich hervor, dass damals lediglich eine Druckdolenz an der Lendenwirbelsäule bestand, während Sensibilität und Kraft intakt waren. Erst am 4. Dezember 2000, als sich der Beschwerdeführer notfallmässig ins Spital X._ begab, wurde eine Hypästhesie am Fuss und am lateralen Unterschenkel festgestellt. Dem Bericht der Frau Dr. med. E._ vom 28. März 2001 lässt sich entnehmen, dass der Versicherte erstmals am 17. März 2000 in ihrer Gruppenpraxis wegen einer Lumbalgie behandelt worden war, dass er sich am 1. Dezember 2000 in ihrer Sprechstunde gemeldet habe und damals von ihrem Kollegen Dr. med. R._ betreut worden sei und dass er sich seit dem 12. Dezember 2000 in ihrer Behandlung befinde. In ihrem Bericht vom 5. März 2001 hält sie ausdrücklich fest, dass sich erst Ende Dezember zunehmend neurologische Ausfälle gezeigt hätten, worauf eine Magnetresonanzuntersuchung veranlasst worden sei; diese fand am 5. Januar 2001 statt. Aus dem Operationsbericht vom 10. Januar 2001 über die durchgeführte mikrotechnische, bilaterale Fenestration L4/5 mit Diskektomie lässt sich nichts Genaueres schliessen. Frau Dr. med. L._, Neurochirurgie FMH, führte die auch im Januar 2002 noch geklagten lumbalen Beschwerden auf die degenerativen Veränderungen im unteren LWS-Bereich zurück, wie sich ihrem gutachtlichen Bericht vom 4. Januar 2002 zuhanden der Invalidenversicherung entnehmen lässt.
Damit steht fest, dass ein vertebrales oder radikuläres Syndrom nicht unverzüglich aufgetreten ist, was jedoch rechtsprechungsgemäss Voraussetzung wäre für die Annahme, dass die Diskushernien unfallbedingt sind.
5.2 Es wird weiter geltend gemacht, dass die Arbeitsunfähigkeit unverzüglich eingetreten sei. Anlässlich einer Besprechung vom 14. März 2001 gab der Beschwerdeführer jedoch an, dass er nach dem Vorfall zum Mittagessen in ein Restaurant gegangen sei und anschliessend noch zwei weitere Kommissionen in Biel - wo sich auch der Unfall ereignet hat - und Neuenburg gemacht habe. Gemäss den weiteren Abklärungen des Unfallversicherers konnte der Beschwerdeführer noch arbeiten; der Vorgesetzte sprach sogar von mehreren Tagen, was indessen nicht anhand von Arbeitsrapporten verifiziert wurde. Den weiteren Zeugenbefragungen ist diesbezüglich nichts Zuverlässiges zu entnehmen. Der Beschwerdeführer räumt immerhin ein, dass er zwar keine Gewichte mehr habe heben können, jedoch noch beträchtliche Autostrecken zurückgelegt habe.
5.3 Das Unfallereignis selber wird erst vor- und letztinstanzlich recht dramatisch beschrieben. Der Versicherte habe vier Harrassen auf einem Sackkarren rückwärts auf einer Treppe heraufgezogen, welche gerade erneuert wurde, nur armiert und mit zwei Holzbrettern bedeckt gewesen sei. Als er fast oben angelangt sei, sei er ausgerutscht, habe mit Rücken und Kopf auf den Brettern aufgeschlagen und der Karren sei auf ihn gefallen. Mit dem Karren auf der Brust sei er die Bretter hinunter gerutscht.
Dies widerspricht insofern den Akten, als in den anfänglichen Schilderungen nur von einem Sturz aufs Gesäss die Rede ist und in den ärztlichen Berichten auch keinerlei Verletzungen an der Brust erwähnt werden. Die Treppe wurde damals gemäss den Abklärungen des Unfallversicherers tatsächlich saniert, und wohl war darauf auch Baumaterial deponiert; indessen ist sie etwa 2m breit, sodass immer noch genügend Raum für den Harrassentransport bestand.
5.4 Damit sind die Voraussetzungen für die ausnahmsweise Annahme, dass die festgestellten Diskushernien durch das Unfallereignis vom 30. November 2000 verursacht worden seien, nicht erfüllt.
5.5 Ist die Diskushernie bei degenerativem Vorzustand durch den Unfall nur aktiviert, nicht aber verursacht worden, so hat die Unfallversicherung nur Leistungen für das unmittelbar im Zusammenhang mit dem Unfall stehende Schmerzsyndrom zu erbringen (ASS 2006 2 S. 14, U 351/04 E. 3.4). Solange der Status quo sine vel ante noch nicht wieder erreicht ist, hat der Unfallversicherer diesfalls gestützt auf <ref-law> in aller Regel neben den Taggeldern auch Pflegeleistungen und Kostenvergütungen zu übernehmen, worunter auch die Heilbehandlungskosten nach <ref-law> fallen (Urteil 8C_346/2008 vom 11. November 2008 E. 3.2.1). Nach derzeitigem medizinischen Wissensstand kann das Erreichen des Status quo sine bei posttraumatischen Lumbalgien und Lumboischialgien nach drei bis vier Monaten erwartet werden, wogegen eine allfällige richtunggebende Verschlimmerung röntgenologisch ausgewiesen sein und sich von der altersüblichen Progression abheben muss; eine traumatische Verschlimmerung eines klinisch stummen degenerativen Vorzustandes an der Wirbelsäule ist in der Regel nach sechs bis neun Monaten, spätestens aber nach einem Jahr als abgeschlossen zu betrachten (Urteile U 60/02 vom 18. September 2002 E. 2.2 und 3.2 mit Hinweisen auch auf die medizinische Literatur, 8C_523/2009 vom 1. Oktober 2009 E. 2.2).
Ein solcher Fall liegt hier vor, nachdem der Beschwerdeführer schon vor dem Unfall wegen einer Lumbalgie behandelt werden musste und die Diskushernien nach den rechtsprechungsgemäss zu prüfenden Kriterien nicht durch den Unfall verursacht wurden, sondern die Beschwerden gestützt auf das Gutachten der Frau Dr. med. L._ auf degenerative Veränderungen zurückzuführen sind. Da den ärztlichen Berichten keine Hinweise auf eine richtunggebende Verschlimmerung zu entnehmen sind, ist es nicht zu beanstanden, dass die AXA ihre Taggeldleistungen per 31. Dezember 2002, somit mehr als zwei Jahre nach dem Unfall, eingestellt und den Anspruch auf eine Invalidenrente abgelehnt hat.
6. Die unentgeltliche Rechtspflege im Sinne der Befreiung von den Verfahrenskosten (<ref-law>) wird bewilligt, da die entsprechenden Voraussetzungen erfüllt sind (<ref-ruling> E. 4a S. 202 und 371 E. 5b S. 372), nicht hingegen im Sinne der unentgeltlichen Verbeiständung, da es an einer rechtsanwaltlichen Vertretung fehlt (<ref-ruling>). Es sei indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Im Rahmen der unentgeltlichen Rechtspflege werden die Gerichtskosten von Fr. 750.- dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
3. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung wird abgewiesen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. Februar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Durizzo