Sachverhalt:
A. P._ begann am 13. Januar 2003 in der Eidgenössischen Zollverwaltung die damals auf sieben Jahre ausgelegte Ausbildung zum Zollexperten, bei der nach dem Erreichen gewisser Ausbildungsschritte eine Lohnerhöhung bzw. eine Anpassung der Lohnklasse erfolgte (Junior-/Seniorsystem). Er wurde in der 10. Lohnklasse angestellt und nach der einjährigen Grundausbildung in die Lohnklasse 13 befördert. Im 3. und 5. Ausbildungsjahr bestand er die mit den Kursen 3 und 4 verbundenen Fachprüfungen 1 und 2. Danach standen ihm noch der eine Seminararbeit beinhaltende Kurs 5 (Seminarkurs 5) und eine Prüfung bevor, mit deren Bestehen er die Ausbildung abgeschlossen hätte und per 1. Januar 2010 in die Lohnklasse 18 mit entsprechender Lohnanpassung befördert worden wäre. Am 22. August 2008 dispensierte der zuständige Zollinspektoratsleiter P._ wegen seines Gesundheitszustandes von der Erstellung der Seminararbeit und vom Besuch des folgenden Kurses 5A/2009; weiter führte er aus, im Rahmen der Richtlinien zum Zwang der beruflichen Fortbildung werde er sich 2009 zwingend für den Besuch des Kurses 5 anmelden. Am 10. Februar 2009 meldete sich P._ für den Kurs 5C-2010 an. Mit Information vom 10. Juli 2009 wurde das Personal der Zollverwaltung über die ab 1. Januar 2010 geltende Neugestaltung der Grund- und Fortbildung sowie die Übergangsregelungen aufgeklärt. Gestützt darauf wurde der Seminarkurs 5 nicht mehr durchgeführt und war die Ausbildung für P._ abgeschlossen. Mit Zirkular vom 22. Dezember 2009 informierte die Oberzolldirektion die Angestellten über die übergangsrechtliche Lohnentwicklung und -anpassung. Hierin wurde betreffend Repetenten und Kursverschieber mit Ausbildungsbeginn vor August 2003 statuiert, bei erfolgreich abgeschlossener Fachprüfung 2 (Stand am 1. Juli 2010) werde ein neuer Arbeitsvertrag mit Lohnklasse 18 (ohne Lohnanpassung) auf den 1. Juli 2012 ausgestellt. Diese Regelung wandte die Zollkreisdirektion auf P._ an (Verfügung vom 30. August 2010).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 22. März 2011 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt P._, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei er per 1. Januar 2011 von der 13. in die 18. Lohnklasse zu befördern; sein Jahreslohn sei auf dieses Datum um Fr. 3'911.- zu erhöhen.
Die Eidgenössische Zollverwaltung schliesst auf Beschwerdeabweisung.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Endentscheid (<ref-law>) des Bundesverwaltungsgerichts (<ref-law>), welcher ein öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis und damit eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts betrifft (<ref-law>) sowie infolge seiner Auswirkungen auf Lohnansprüche vermögensrechtlicher Natur ist (<ref-law>). Das Streitwerterfordernis (<ref-law>) ist erfüllt, was unbestritten ist. Gleiches gilt betreffend die übrigen Voraussetzungen für das Eintreten auf die Beschwerde.
1.2 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Pflicht zur Begründung der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; Urteil 8C_934/2008 vom 17. März 2009 E. 1 mit Hinweisen, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2009 UV Nr. 35 S. 120; siehe auch <ref-ruling> E. 2.5 S. 314). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rügepflicht (vgl. <ref-law>). Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 53; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.5 S. 314).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG; Urteil 8C_229/2011 vom 10. August 2011 E. 2.2).
2. 2.1 Der Grundsatz der Rechtsgleichheit (<ref-law>) ist verletzt, wenn im öffentlichen Dienstverhältnis gleichwertige Arbeit ungleich entlöhnt wird. Darunter fällt auch eine Ungleichbehandlung aus sachlich nicht gerechtfertigter unterschiedlicher Anrechnung der Berufserfahrung. Den Behörden steht bei der Ausgestaltung der Besoldungsordnung allerdings ein grosser Spielraum zu. Ob verschiedene Tätigkeiten als gleichwertig zu betrachten sind, hängt von Beurteilungen ab, die unterschiedlich ausfallen können. Innerhalb der Grenzen des Willkürverbots und des Rechtsgleichheitsgebots sind die Behörden befugt, diejenigen Kriterien auszuwählen, die für die Besoldung des Personals massgeblich sein sollen. Verfassungsrechtlich wird verlangt, dass sich die für die Besoldungshöhe relevanten Anknüpfungspunkte vernünftig begründen lassen. Neben der Qualität der geleisteten Arbeit werden in der Gerichtspraxis Motive wie Alter, Dienstalter, Erfahrung, Familienlasten, Qualifikation, Art und Dauer der Ausbildung, Arbeitszeit, Leistung, Aufgabenbereich oder übernommene Verantwortlichkeit als sachliche Kriterien zur Festlegung der Besoldungsordnung erachtet (<ref-ruling> E. 3.1 S. 107; Urteil 8C_199/2010 vom 23. März 2011 E. 6.2).
2.2 Die Entscheidung hängt einerseits von Sachverhaltsfragen ab, beispielsweise der Frage, was für Tätigkeiten im Rahmen einer bestimmten Funktion ausgeführt werden, welche ausbildungsmässigen Anforderungen dafür verlangt werden, unter welchen Umständen die Tätigkeit ausgeübt wird usw.. Andererseits hängt sie ab von der relativen Gewichtung, welche diesen einzelnen Elementen beigemessen wird. Diese Gewichtung ist bundesrechtlich nicht vorgegeben, sondern liegt im Ermessen der Behörden. Bundesrechtlich vorgegeben sind jedoch die Schranken des behördlichen Spielraums: Die Bewertung darf nicht rechtsungleich oder willkürlich erfolgen (<ref-ruling> E. 5d S. 391). Das Bundesgericht legt sich in Besoldungsfragen Zurückhaltung auf und greift von Verfassungs wegen nur ein, wenn sachlich nicht begründete Unterscheidungen getroffen werden (<ref-ruling> E. 3.2 S. 165; Urteil 8C_199/2010 E. 6.3).
3. 3.1 Nach der bis Ende 2009 geltenden Regelung dauerte die Ausbildung des technischen Zollpersonals sieben Jahre. Sie umfasste unter anderem die im 3. und 5. Jahr im Rahmen der Kurse 3 und 4 zu absolvierenden Fachprüfungen 1 und 2 sowie im 7. Jahr den Besuch des letzten Seminarkurses 5 mit Abfassung einer Seminararbeit und Absolvierung einer Prüfung. Wer die Ausbildung im Januar 2003 begann und ohne Repetition oder Kursverschiebung durchlief, schloss sie bis Ende 2009 ab und wurde per 1. Januar 2010 in die Lohnklasse 18 mit entsprechender Lohnanpassung befördert.
3.2 Die ab 1. Januar 2010 geltende Neuregelung der Grund- und Fortbildung sieht unter anderem Folgendes vor:
3.2.1 Die Ausbildungsdauer wird von sieben auf zwei Jahre reduziert und das Junior-/Seniorsystem abgeschafft. Die Ausbildung ist mit dem Bestehen der Fachprüfung 2 für Zollfachleute (ZF) abgeschlossen. Mitarbeitende, welche diese Fachprüfung noch nicht absolviert haben, besuchen Weiterbildungsmodule und absolvieren eine entsprechende Prüfung (sogenannte 18-er Prüfung). Die bisherigen Fortbildungskurse der Monopollaufbahn werden ab 2010 nicht mehr weitergeführt (Information vom 10. Juli 2009 S. 1 Grundsätze 1-3).
3.2.2 Die Klassen August 2003 (Wahldatum ZF 1. Juli 2004) bzw. 2004 (Wahldatum ZF 1. Juli 2005) erhielten eine Lohnanpassung für den ausgefallenen Seminarkurs auf den 1. Juli 2010 bzw. 1. Juli 2011 von Fr. 3'911.-, wobei Zeitpunkt und Betrag der heutigen Laufbahn entsprachen. Die Klasse August 2005 (Wahldatum ZF 1. Juli 2006) erhielt für die Fachprüfung 2 (die in der ersten Hälfte 2010 stattfand) auf den 1. Juli 2010 eine Honorierung von Fr. 3'911.- und auf den 1. Juli 2011 eine Lohnanpassung für den ausgefallenen Seminarkurs von Fr. 2'750.- (Zirkular der Beschwerdegegnerin vom 22. Dezember 2009 S. 1 Ziff. 1.2).
3.2.3 Für "Repetenten und Kursverschieber" beinhaltet das Zirkular vom 22. Dezember 2009 S. 2 f. Ziff. 1.4 folgende Regelung:
3.2.3.1 Ausbildungsbeginn als Zollaspirant vor August 2003 (Wahldatum ZF 1. Juli 2004 oder früher):
- Mitarbeitende mit erfolgreich abgeschlossener Fachprüfung 1 (Stand am 1. Oktober 2010): Honorierung der Fachprüfung Lohnklasse 18 mit Fr. 5'750.- (analog Übergangsregelung Klasse 2006). Der Zeitpunkt der Honorierung und die Ausstellung des neuen Arbeitsvertrages 18. Lohnklasse erfolgt auf den nächsten 1. Januar oder 1. Juli nach der Fachprüfung Lohnklasse 18.
- Mitarbeitende mit erfolgreich abgeschlossener Fachprüfung 2 (Stand am 1. Oktober 2010): Neuer Arbeitsvertrag mit 18. Lohnklasse auf den 1. Juli 2012 (ohne Lohnanpassung).
3.2.3.2 Ausbildungsbeginn als Zollaspirant ab August 2003 (Wahldatum ZF 1. Juli 2004 oder später):
- Diese Mitarbeitenden werden für die Festlegung von Höhe und Zeitpunkt der Lohnanpassung und des neuen Arbeitsvertrages in die entsprechende Jahresklasse "zurückversetzt". Z.B. Ausbildungsbeginn Klasse August 2006, Wahldatum ZF 1. Juli 2007, Nichtbestehen der 1. Fachprüfung im Jahr 2009. Fiktiver Ausbildungsbeginn für die Festlegung der anzuwendenden Übergangsregelung = Jahresklasse August 2007 mit Wahldatum ZF am 1. Juli 2008.
- Mitarbeitende mit einer verkürzten Laufbahn können dagegen um eine Klasse "vorrücken".
4. 4.1 Der Beschwerdeführer konnte seine im Januar 2003 begonnene Ausbildung bis Ende 2009 nicht abschliessen, weil er im Jahre 2008 den Seminarkurs 5 verschoben hatte und auf den 1. Januar 2010 das neue System in Kraft trat. Deshalb wurde auf ihn die Übergangsregelung für Repetenten und Kursverschieber mit Ausbildungsbeginn vor August 2003 und erfolgreich abgeschlossener Fachprüfung 2 angewandt, was zu einer Beförderung in die 18. Lohnklasse erst auf den 1. Juli 2012 ohne Lohnanpassung führt (E. 3.2.3.1 in fine hievor).
4.2 Erstellt und unbestritten ist, dass der Beschwerdeführer gegenüber den Angestellten mit ebenfalls abgeschlossener Fachprüfung 2, welche die Ausbildung im August der Jahre 2003, 2004 und 2005 begannen, weder Repetenten noch Kursverschieber waren, aber die Ausbildung wegen der ab 1. Januar 2010 geltenden Neuregelung ebenfalls nicht beenden konnten (die Klasse August 2005 holte in der ersten Hälfte 2010 einzig noch die Fachprüfung 2 nach), lohnmässig schlechter gestellt ist; denn sie erreichen die Lohnklasse 18 früher als er und erhalten zudem die ihm nicht gewährte Jahreslohnanpassung von Fr. 3'911.- (vgl. E. 3.2.2 hievor). Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung von <ref-law> geltend.
4.3 Die Vorinstanz erwog im Wesentlichen, im Gegensatz zu den Mitarbeitern mit Ausbildungsbeginn im Januar 2003 sei denjenigen mit Ausbildungsbeginn ab August 2003 der Abschluss der zolltechnischen Laufbahn nach dem alten System nicht möglich gewesen. Damit bestehe zwischen den beiden Mitarbeiterkategorien ein wesentlicher Unterschied, der eine ungleiche Behandlung nicht als unhaltbar erscheinen lasse. Hieran ändere nichts, dass trotz des gleichen Ausbildungsstandes eine unterschiedliche Behandlung erfolge, da der Beschwerdegegnerin angesichts der Vielzahl denkbarer Anknüpfungspunkte ein grosses Ermessen zustehe. Es sei das ganze System der Übergangsregelung im Auge zu behalten. Mit einer Änderung im Hinblick auf die Gleichheit zweier Kategorien würde die Gefahr neuer Ungleichheiten geschaffen. Mit der Beseitigung der Ungleichheit zwischen dem Beschwerdeführer und den Mitarbeitern mit Ausbildungsbeginn ab August 2003 würde die Gleichbehandlung mit denjenigen, welche die Ausbildung noch nach dem alten System absolviert hätten, in Frage gestellt. Zudem sei der Beschwerdeführer kein Einzelfall, sondern es fielen ca. 55 Mitarbeiter unter die auf ihn angewandte Regelung; zwischen diesen und den Mitarbeitern mit Ausbildungsbeginn ab August 2003 bestehe ein sachlich begründbarer Unterschied. Weiter knüpfe die Übergangsregelung nicht an den Krankheitsfall des Beschwerdeführers, sondern an den Ausbildungsbeginn und - unbesehen ihrer Gründe - die Kursverschiebung an, weshalb keine Verletzung von Art. 8 Abs. 2 vorliege. Zudem liege kein wohlerwobenes Recht und damit kein Anspruch auf Ausbildungsbeendigung bzw. Beförderung nach dem alten System vor. Die streitige Verfügung sei damit rechtens.
Die Beschwerdegegnerin bringt letztinstanzlich vor, die Verunmöglichung des Abschlusses der Ausbildung nach dem alten System bei denjenigen Personen, welche sie im August 2003 oder später begonnen hätten, beruhe ausschliesslich auf dem Systemwechsel ab 1. Januar 2010. Demgegenüber habe der Beschwerdeführer die Ausbildung nach dem alten System nicht beenden können, weil er den Seminarkurs 5 aus eigenem Antrieb bzw. aus Gründen, die in seiner Person lägen und für die er die (Selbst-)Verantwortung trage, verschoben habe. Deshalb erhalte er keine Lohnanpassung. Zudem wäre es stossend und rechtsungleich, wenn er als Kursverschieber trotz Nichtabsolvierung dieses Kurses mit anschliessender Prüfung dieselbe Lohnanpassung beanspruchen könnte, wie diejenigen Personen, welche die Ausbildung mit ihm begonnen und bis Ende 2009 erfolgreich abgeschlossen hätten. Von einer pönalen Komponente der Regelung könne keine Rede sein.
5. Bezüglich der als Vergleichsgruppe in Frage stehenden Angestellten, welche die Ausbildung im August 2003 oder später begannen und weder Repetenten noch Kursverschieber waren (E. 3.2.2 hievor und 4.2 hievor), basiert die Übergangsregelung im Grunde auf der Überlegung, dass sie die Ausbildung nach der alten Regelung wegen der ab 1. Januar 2010 in Kraft getretenen Neuordnung und damit systembedingt nicht abschliessen konnten.
Indessen ist festzuhalten, dass für die Unterscheidung zwischen einerseits den Personen, welche die Ausbildung später begonnen haben, und anderseits den Repetenten oder Kursverschiebern kein sachlich erheblicher Grund ersichtlich ist. Denn auch bei den zwei letztgenannten Personengruppen war die Beendigung der Ausbildung nach der alten Ordnung nicht aus persönlichen Gründen, sondern wegen der Systemänderung nicht mehr möglich. Die Kursverschiebung kann dem Beschwerdeführer daher ebenso wenig angelastet werden wie den als Vergleichsgruppe in Frage stehenden Angestellten mit prüfungsmässig gleichem Ausbildungsstand die Tatsache, dass sie die Ausbildung erst im August 2003 oder später begonnen haben. Hinzu kommt, dass der Beschwerdeführer lohnmässig schlechter gestellt wird als Letztere, obwohl er die Ausbildung vor ihnen begonnen und damit eine längere Berufserfahrung hat. Weder die Vorinstanz noch die Beschwerdegegnerin waren in der Lage, eine Begründung für diese Ungleichbehandlung vorzutragen. Dies wäre umso notwendiger gewesen, als es logischer gewesen wäre, die Zollangestellten, welche bei gleichem Ausbildungsstand über eine - zum Teil mehrere Jahre - längere Berufserfahrung verfügen, früher zu befördern.
Nicht stichhaltig ist die Argumentation der Beschwerdegegnerin, es wäre stossend und rechtsungleich, wenn der Beschwerdeführer dieselbe Lohnanpassung beanspruchen könnte wie diejenigen Personen, die mit ihm die Ausbildung begonnen und nach dem alten System erfolgreich beendet hätten. Eine solche Gleichstellung beansprucht er gar nicht (vgl. E. 7 hienach).
Nach dem Gesagten liegt eine sachlich unbegründete lohnmässige Ungleichbehandlung des Beschwerdeführers gegenüber der Vergleichsgruppe vor, weshalb <ref-law> verletzt ist (E. 2 hievor; vgl. auch Urteil 8C_1074/2009 vom 2. Dezember 2010 E. 4.3.6 Abs. 2 i.f.). An diesem Ergebnis ändert der Umstand nichts, dass von dieser Regelung allenfalls noch weitere Personen betroffen sein können.
6. Nach dem Gesagten kann offenbleiben, ob der Beschwerdeführer - wie er geltend macht - auch innerhalb der Gruppe der Repetenten und Kursverschieber (E. 3.2.3 hievor) lohnmässig benachteiligt wird, was die Beschwerdegegnerin verneint.
7. Der Beschwerdeführer bestreitet nicht, dass er lohnmässig nicht gleichgestellt werden kann wie die Mitarbeitenden, welche die Ausbildung mit ihm im Januar 2003 in Angriff nahmen und bis Ende 2009 nach dem alten System erfolgreich abgeschlossen haben. Sie wurden per 1. Januar 2010 in die Lohnklasse 18 mit der entsprechenden Jahreslohnanpassung befördert. Der Beschwerdeführer verlangt dies vielmehr erst ab 1. Januar 2011. Dies ist ihm zu gewähren, zumal den zur Vergleichsgruppe gehörenden Mitarbeitenden mit gleichem Ausbildungsstand, welche die Ausbildung erst im August 2003 begannen, die Beförderung in die Lohnklasse 18 und die Lohnanpassung von Fr. 3'911.- bereits auf den 1. Juli 2010 gewährt wurde (Klasse August 2003; E. 3.2.2. hievor).
8. Die unterliegende Beschwerdegegnerin trägt die Verfahrenskosten (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG), ist sie doch als Arbeitgeberin in ihren Vermögensinteressen betroffen, weshalb der Ausnahmetatbestand von <ref-law> keine Anwendung findet (<ref-ruling> E. 8.1 S. 40 f.).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts vom 22. März 2011 und die Verfügung der Beschwerdegegnerin vom 30. August 2010 werden aufgehoben. Die Beschwerdegegnerin wird verpflichtet, den Beschwerdeführer ab 1. Januar 2011 von der 13. in die 18. Lohnklasse zu befördern und seinen Jahreslohn ab diesem Datum um Fr. 3'911.- zu erhöhen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 25. November 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Jancar