Sachverhalt:
A. X._ und Y._ wurden vom Steueramt Ebikon/LU mit Verfügung vom 19. Juli 2007 für die Staats- und Gemeindesteuern 2006 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 129'500.-- sowie für die direkte Bundessteuer mit einem solchen von Fr. 127'500.-- veranlagt. Mit Entscheid vom 17. Januar 2008 wurden die Einsprache der Steuerpflichtigen von der Steuerkommission für Unselbständigerwerbende des Kantons Luzern abgewiesen und die Steuerfaktoren der Veranlagung bestätigt.
Nachdem die Steuerpflichtigen beim Verwaltungsgericht des Kantons Luzern am 12. Februar 2008 gegen den Einspracheentscheid Beschwerde erhoben hatten, hob die Steuerkommission im Vernehmlassungsverfahren ihren Einspracheentscheid (wegen unterlassener Durchführung der beantragten Einspracheverhandlung) am 7. Oktober 2008 auf und teilte den Steuerpflichtigen mit, sie würden wunschgemäss zu einem späteren Zeitpunkt zu einer Einspracheverhandlung eingeladen. Gestützt darauf verfügte der Präsident des Verwaltungsgerichts, das Beschwerdeverfahren werde als erledigt erklärt; die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern wurde verpflichtet, den Steuerpflichtigen eine Parteientschädigung von pauschal Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten stellen X._ und Y._ verschiedene Anträge; sie beantragen hauptsächlich, die Erledigungsverfügung des Verwaltungsgerichtspräsidenten aufzuheben und das Verwaltungsgericht anzuweisen, nach Wahrung des rechtlichen Gehörs und Durchführung einer öffentlichen Verhandlung einen neuen Entscheid zu fällen; zudem sei die zugesprochene Parteientschädigung neu festzusetzen.
Das Verwaltungsgericht und die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern stellen den Antrag, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt die Abweisung der Beschwerde.
C. Am 16. Januar 2009 haben die Beschwerdeführer eine Replik eingereicht. Ein zweiter Schriftenwechsel wurde nicht angeordnet.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> (SR 642.11) wird die direkte Bundessteuer von den Kantonen veranlagt und bezogen. Die kantonale Verordnung vom 6. Dezember 1994 zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (VODBG/LU) bezeichnet als für die Veranlagung zuständige kantonale Behörde die für die Veranlagung der Staatssteuern zuständige Behörde, d.h. die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern (§ 124 f. des kantonalen Steuergesetzes vom 22. November 1999 [StG/LU] in Verbindung mit § 25 der kantonalen Steuerverordnung vom 12. Dezember 2000). Das Verfahren richtet sich nach dem kantonalen Recht, soweit Bundesrecht nichts anderes bestimmt (<ref-law>, § 9 VODBG/LU). Dabei sind die §§ 11 - 30 (unter Vorbehalt von § 133) des kantonalen Gesetz vom 3. Juli 1972 (VRG/LU) über die Verwaltungsrechtspflege anwendbar; für Beweiserhebungen und das Beschwerdeverfahren gelten dessen Bestimmungen, soweit das Steuergesetz nichts Abweichendes vorschreibt (§ 132 Abs. 1 und 2 StG/LU).
1.2 Die Beschwerdeführer haben gestützt auf § 154 StG/LU und <ref-law> gegen die Veranlagung der Staats- und Gemeindesteuern und der direkten Bundessteuer für das Jahr 2006 Einsprache erhoben. Die kantonale Steuerkommision hat diese mit Einspracheentscheid vom 17. Januar 2008 abgewiesen.
1.3 Gemäss § 164 StG/LU und § 1 lit. d VODBG/LU kann gegen den Einspracheentscheid beim Verwaltungsgericht Beschwerde erhoben werden. Nach dem gemäss § 132 Abs. 2 StG/LU und § 9 VODBG/LU im Beschwerdeverfahren anwendbaren § 138 VRG/LU kann die Vorinstanz den angefochtenen Entscheid bis zum Rechtsmittelentscheid ändern oder aufheben.
Von dieser gesetzlichen Befugnis hat die Steuerkommission - nach durchgeführtem Schriftenwechsel - mit ihrer Eingabe vom 7. Oktober 2008 an das Verwaltungsgericht Gebrauch gemacht und ihren angefochtenen Einspracheentscheid vollumfänglich aufgehoben.
2. Die Beschwerdeführer gehen offensichtlich davon aus, dass die ihres Erachtens viel zu hohe Veranlagung für das Jahr 2006 durch die blosse Aufhebung des Einspracheentscheides rechtskräftig geworden sei (Beschwerde S. 13, Ziff. 5).
Dies trifft indessen nicht zu. Während es sich bei der Beschwerde um ein ordentliches Rechtsmittel im engeren Sinn der Verwaltungsrechtspflege handelt, das Devolutiveffekt hat, ist die Einsprache rechtsmittelmässige Anfechtung der Verfügung, wobei jedoch die nämliche Verwaltungsbehörde für die nochmalige Prüfung der Verfügung zuständig ist und nicht eine übergeordnete Rechtsmittelinstanz. Die Einsprache gegen die Veranlagung hat indessen verhindert, dass diese in Rechtskraft erwachsen ist. Der reformatorische Einspracheentscheid - bei welchem die Veranlagungsbehörde alle Steuerfaktoren neu festsetzen kann und die Veranlagung nach Anhörung des Steuerpflichtigen auch zu dessen Nachteil abändern kann (Art. 134 und 135 DBG; § 157 StG/LU) - ersetzt die Veranlagung in ihrer Gesamtheit, d.h. er tritt an die Stelle der Veranlagungsverfügung (FELIX RICHNER UND ANDERE, Handkommentar zum DGB, 2003, N. 2 zu Art. 132 DGB). Wird der Einspracheentscheid der Veranlagungsbehörde von dieser selber aufgehoben, so wird das Veranlagungsverfahren in den Stand zurückversetzt, in dem es sich vor dem aufgehobenen Entscheid befunden hat. Der Veranlagungsentscheid ist zufolge der aufschiebenden Wirkung der nach wie vor hängigen Einsprache daher nicht rechtskräftig, bis die Veranlagungsbehörde einen neuen Einspracheentscheid getroffen hat.
Dass die Steuern, auch wenn gegen die Veranlagung Einsprache oder Beschwerde erhoben worden ist, am Fälligkeitstermin zu bezahlen sind (§ 191 Abs. 4 StG/LU), hat nichts mit der Rechtskraft der Veranlagung zu tun.
3. 3.1 § 107 Abs. 3 VRG/LU hält fest, dass die Behörde auf die Sache nicht eintritt, wenn die verfahrensrechtlichen Voraussetzungen für einen Sachentscheid fehlen (vgl. § 108 Abs. 1 VRG/LU). Ein Sachentscheid der Beschwerdeinstanz setzt einen anfechtbaren vorinstanzlichen Entscheid voraus; diese Voraussetzung fehlt im vorliegenden Fall nach der Aufhebung des angefochtenen Einspracheentscheides offensichtlich.
3.2 Die Rüge, die Vorinstanz habe den Sachverhalt unrichtig bzw. aktenwidrig festgestellt (Art. 97 und 105 BGG), indem sie die Gegenstandslosigkeit der Beschwerde festgestellt habe, erweist sich demnach als unbegründet. Die Bestimmung von § 138 VRG/LU erfasst sowohl die Änderung als auch die Aufhebung des bei der Rechtsmittelinstanz angefochtenen Entscheides. Eine Fortsetzung des Verfahrens ist nach dem Wortlaut der Norm nur möglich, wenn die Vorinstanz den angefochtenen Entscheid nicht aufhebt, sondern lediglich ändert und damit sofort einen neuen (materiellen bzw. Sach-)Entscheid fällt; dies ist mit der blossen Aufhebung des angefochtenen Entscheides nicht gegeben.
Das Verwaltungsgericht hat demzufolge zu Recht das Beschwerdeverfahren als gegenstandslos geworden und damit erledigt erklärt. Eine willkürliche Auslegung bzw. Anwendung von kantonalem Recht oder eine Verletzung von Bundesrecht liegt offensichtlich nicht vor.
4. 4.1 Die Beschwerdeführer rügen eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK und <ref-law>. Diese erblicken sie darin, dass die Vorinstanz keine öffentliche Verhandlung durchgeführt und den angefochtenen Entscheid auch nicht öffentlich verkündet habe.
4.2 Artikel 6 Ziff. 1 EMRK findet in Steuerverfahren keine Anwendung (<ref-ruling> E. 2 S. 146). Auch <ref-law> verleiht dem Rechtsuchenden keinen Anspruch auf eine öffentliche Verhandlung; die Bestimmung garantiert einzig, dass, wenn eine Verhandlung stattzufinden hat, diese öffentlich sein muss, abgesehen von den im Gesetz vorgesehenen Ausnahmen (<ref-ruling> E. 2.3 - 2.6; FELIX RICHNER UND ANDERE, a.a.O., N. 10 zu <ref-law>). Diese Voraussetzung ist im vorliegenden Fall nicht erfüllt, bestimmt doch § 38 Abs. 3 VRG/LU, dass die Behörden unter Ausschluss der Parteien und der Öffentlichkeit verhandeln und beraten. Es kommt hinzu, dass es sich bei der Erledigungsverfügung infolge Gegenstandslosigkeit um einen rein prozessualen Entscheid handelt, der nach den von den Beschwerdeführern angerufenen Bestimmungen ohnehin keine öffentliche Verhandlung erfordert (Urteil 1P.428/2001 vom 14. Dezember 2001 E. 2).
4.3 Die Praxis des Luzerner Verwaltungsgerichts genügt auch den Anforderungen, die sich aus <ref-law> hinsichtlich der öffentlichen Urteilsverkündung ergeben (Urteil C7/03 vom 31. August 2004 E. 2.2, publ. in: ARV 2005 S. 135). Es kann auf dieses Urteil verwiesen werden.
5. 5.1 Eine Gehörsverletzung bzw. eine Verletzung von <ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK, § 138 Abs. 2 VRG/LU, Art. 114 Abs. 3 und <ref-law> rügen die Beschwerdeführer insoweit, als ihnen keine Gelegenheit gegeben worden sei, zum Aufhebungsentscheid der Steuerkommission Stellung zu nehmen.
5.2 Auch diese Rüge ist unbegründet. Die Beschwerdeführer berufen sich auf § 138 Abs. 2 VRG/LU. Diese Bestimmung ist nach ihrem klaren Wortlaut dahingehend zu verstehen, dass den Parteien nur dann Gelegenheit zur Vernehmlassung zu geben ist, wenn es ihre Interessen erfordern.
Die zu Gunsten der Beschwerdeführer zur Durchführung einer Einspracheverhandlung erfolgte - mit ihrer Beschwerde beantragte - Aufhebung des für die Beschwerdeführer negativen Einspracheentscheides beschwert diese offensichtlich nicht; es wird in keiner Weise in ihre Rechte eingegriffen. Damit durfte die Vorinstanz ohne Verletzung der angerufenen Bestimmungen von einer Anhörung zur Gegenstandsloserklärung absehen (vgl. insb. § 46 Abs. 2 lit. c VRG/LU); Artikel 114 Abs. 3 DBG ist hier ohnehin nicht einschlägig, da er die Akteneinsicht betrifft. Was <ref-law> angelangt, so ist davon auszugehen, dass die Bestimmung gewährleisten soll, dass der aus <ref-law> fliessende Gehörsanspruch gewahrt wird; eine Verpflichtung zur Anordnung eines zweiten Schriftenwechsels (oder einer mündlichen Verhandlung) besteht demnach nur zur Wahrung des rechtlichen Gehörs (vgl. FELIX RICHNER UND ANDERE, a.a.O., N. 8 und 10 zu <ref-law>).
5.3 Damit erübrigte sich auch eine Abnahme der von den Beschwerdeführern beantragten Beweise. Eine Gehörsverweigerung liegt auch in dieser Hinsicht nicht vor.
5.4 Da § 138 VRG/LU als allgemeiner Verfahrensgrundsatz (vgl. Titel vor § 132 StG/LU) auch für das Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht gilt, kann von einer willkürlichen (<ref-law>) Nichtanwendung von § 166 StG/LU, welcher nach seinem Wortlaut nur den Sachentscheid über die Veranlagung erfasst, keine Rede sein. Diese Bestimmung vermag offensichtlich im Falle der Aufhebung des angefochtenen Entscheides keinen Anspruch auf ein Sachurteil der Beschwerdeinstanz zu vermitteln.
5.5 Unter diesen Umständen kann von einer Rechtsverweigerung bzw. von einem Nichtbefassen mit den vorgebrachten Beschwerdegründen in der Sache selber nicht die Rede sein.
6. 6.1 Die Beschwerdeführer machen eine weitere Missachtung ihres Anspruches auf rechtliches Gehör (<ref-law>) geltend. Diese Bestimmung sei auch dadurch verletzt worden, dass sie vor dem Entscheid über die Parteientschädigung keine Kostennote hätten einreichen können. Sie beanstanden auch die ihnen mit dem angefochtenen Entscheid zugesprochene Parteientschädigung von Fr. 2'000.--.
6.2 Laut der von den Beschwerdeführern im vorliegenden Verfahren eingereichten (offensichtlich erst nach dem angefochtenen Entscheid ausgefertigten) Kostennote ihres Anwalts stellt ihnen dieser einen gesamten Aufwand für das Beschwerdeverfahren von Fr. 6'547.70 in Rechnung.
In ihrer Verwaltungsgerichtsbeschwerde hatten die Beschwerdeführer eine bis und mit Beschwerdeeinreichung ("... bis jetzt ...") entstandene Anwaltshonorarforderung von Fr. 2'640.-- geltend gemacht.
6.3 In Bezug auf die Festsetzung von Anwaltshonoraren existiert aufgrund von <ref-law> unter bestimmten Umständen ein Anspruch auf Begründung, namentlich wenn das Gericht die Parteientschädigung abweichend von der Kostennote auf einen bestimmten, nicht der üblichen, praxisgemäss gewährten Entschädigung entsprechenden Betrag festsetzt. Hingegen besteht nach der Praxis des Bundesgerichts mangels anderslautender kantonaler Vorschrift kein verfassungsmässiger Anspruch, von der entscheidenden Behörde zur beabsichtigten Honorarkürzung angehört zu werden (Urteil 9C_84/2008 vom 8. Mai 2008 E. 2.1.1).
6.4 Im Zusammenhang mit der Änderung oder Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sieht § 138 Abs. 2 VRG/LU demgegenüber vor, dass die Parteien Gelegenheit zur Vernehmlassung erhalten, wenn die Wahrung ihrer Interessen dies erfordert.
Da die Beschwerdeführer im Beschwerdeverfahren durch einen Anwalt vertreten waren, verlangt die Wahrung ihrer Interessen, dass sie die ihnen dadurch entstandenen Kosten vor der Verfahrenserledigung geltend machen können. So verhält es sich insbesondere dann, wenn wie hier die Beschwerdeinstanz selber davon ausgeht, dass die anwaltliche Vertretung zur sachgerechten und wirksamen Interessenwahrung "unerlässlich" erschien.
Im Zusammenhang mit § 19 Abs. 3 des Zürcher Gesetzes vom 7. März 1993 über das Sozialversicherungsgericht und unter Hinweis auf § 58 des zürcherischen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959, nach welchen Bestimmungen im Beschwerdeverfahren ein weiterer Schriftenwechsel angeordnet werden kann, hat das Bundesgericht denn auch erkannt, dass bezüglich der Parteikostenentschädigung ein solcher Schriftenwechsel anzuordnen ist, wenn die Vorinstanz ihre eigene Verfügung lite pendente aufhebt (Urteil I 822/02 vom 20. Mai 2003 E. 4 f.; vgl. auch THOMAS MERKLI UND ANDERE, Kommentar zum Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, 1997, N. 13 zu Art. 21 und N. 10 zu Art. 71 VRPG).
Da die Aufhebung des angefochtenen Entscheides eine neue Tatsache ist, ist den Beschwerdeführern auch von Bundesrechts wegen Gelegenheit zur Äusserung hinsichtlich der Parteientschädigung zu geben, da sie insoweit belastet sind (vgl. <ref-law>).
6.5 Es kommt hinzu, dass die Vorinstanz den Beschwerdeführern vorwirft, sie hätten das massgebende Beweismittel, d.h. ihr Gesuch um Durchführung einer Einspracheverhandlung, nicht rechtzeitig vorgelegt. Hätten sie dies bereits mit der Beschwerde getan, hätte ein zweiter Schriftenwechsel vermieden werden können.
Dieser Grund für die Herabsetzung des nach Ansicht der Vorinstanz grundsätzlich berechtigten Honorars für die als notwendig erachtete anwaltliche Vertretung der Beschwerdeführer auf Fr. 2'000.-- kann aber allenfalls für den nach der Beschwerdeeinreichung entstandenen Aufwand gelten, nicht aber vorher. Auch wenn die Vorinstanz zusätzlich den Streitwert, ohne ihn zahlenmässig zu bestimmen, erwähnt, verletzt es den Anspruch der Beschwerdeführer auf rechtliches Gehör, ihnen vor der Erledigung des Beschwerdeverfahrens keine Gelegenheit zur Geltendmachung des bis zu diesem Zeitpunkt geleisteten gesamten anwaltlichen Aufwandes zu geben.
Die Kostennote für den gesamten Aufwand des Anwalts hat der Vorinstanz nach ihren eigenen Angaben nicht vorgelegen. Da die Aufhebung der angefochtenen Verfügung nicht voraussehbar war, hätte die Vorinstanz den Beschwerdeführern Gelegenheit bieten müssen, zur ausserordentlichen Erledigung des Beschwerdeverfahrens zufolge dessen Gegenstandslosigkeit Stellung zu nehmen und jedenfalls ihren Entschädigungsanspruch geltend zu machen.
6.6 Ziffer 3 des Dispositivs des angefochtenen Entscheides ist daher aufzuheben und die Sache zur neuen Begründung und Festsetzung der Parteientschädigung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
7. Da die Vorinstanz keine Kosten erhoben und den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung zugesprochen hat, ist das Gesuch der Beschwerdeführer, ihnen im vorinstanzlichen Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren, gegenstandslos geworden. Die Vorinstanz hat demnach keine Rechtsverweigerung begangen bzw. <ref-law> verletzt, indem sie über das Gesuch nicht förmlich entschieden hat.
8. 8.1 Die Beschwerde ist aus diesen Gründen teilweise - soweit die Parteientschädigung betreffend - gutzuheissen; im Übrigen ist sie abzuweisen.
8.2 Hinsichtlich dem Hauptpunkt der Erledigung des vorinstanzlichen Beschwerdeverfahrens sind die Begehren der Beschwerdeführer als von vornherein aussichtslos zu bezeichnen, weshalb ihnen soweit weder eine Kostenbefreiung noch eine Parteientschädigung zusteht (<ref-law>). Zufolge ihres Unterliegens im Hauptpunkt haben sie zwei Drittel der Gerichtsgebühr zu tragen; ein Drittel wird dem Kanton Luzern auferlegt (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Für das Obsiegen im Nebenpunkt des Anwaltshonorars ist ihnen eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten. Angesichts des dafür erforderlichen geringen Aufwandes erachtet das Gericht einen Betrag von Fr. 800.-- als angemessen. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ist in diesem Umfang gegenstandslos geworden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und Ziffer 3 der Verfügung des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 10. Oktober 2008 aufgehoben. Die Sache wird zum neuen Entscheid über die Parteientschädigung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden zu zwei Dritteln, d.h. im Betrag von Fr. 2'000.--, den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung und zu einem Drittel, d.h. im Betrag von Fr. 1'000.--, dem Kanton Luzern auferlegt.
4. Der Kanton Luzern hat die Beschwerdeführer für das Verfahren vor Bundesgericht mit Fr. 800.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Dienststelle Steuern des Kantons Luzern, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng