Sachverhalt:
A. Die B._ SA (Beschwerdegegnerin) mit Sitz in X._ ist im Stahlhandel als Einkäuferin für verschiedene Stahlverarbeiter tätig.
Die A._ GmbH (Beschwerdeführerin) mit Sitz in Y._, Deutschland, gehört zur A._-Gruppe. Sie ist Hauptvertriebsfirma in Europa für Stahlprodukte der A._-Gruppe.
Die Beschwerdegegnerin gab bei der Beschwerdeführerin vier Bestellungen (nachfolgend "Contracts" bzw. "Verträge") über insgesamt 25'000 Tonnen Stahlblooms auf, datierend vom 20. Februar, 12. März, 31. März und 8. April 2008 mit Lieferfrist zwischen März 2008 und Juli 2008. Produziert werden sollten die bestellten Blooms im Stahlwerk der Beschwerdeführerin in Z._, Rumänien. Nach Aufnahme der Produktion und Lieferung von 1.360 Tonnen kam es am 15. April 2008 im Stahlwerk in Z._ zu einer Explosion. Die Produktion musste vorübergehend gänzlich eingestellt werden. Dies bedeutete für die Beschwerdeführerin eine Force Majeure-Situation, aufgrund derer sie für eine Periode bis zunächst 30. Mai 2008 für Lieferverzögerungen nicht verantwortlich wurde. Die Periode wurde verlängert bis 29. Juni 2008. Die Force Majeure-Situation führte zu einer Ungewissheit über den Lieferzeitpunkt. Zudem kam es zwischen den Parteien zu Preisdiskussionen. In der Folge machte die Beschwerdegegnerin geltend, die Beschwerdeführerin habe ihr zu verstehen gegeben, dass sie die Verträge nicht erfüllen werde, es sei denn, die Beschwerdegegnerin erkläre sich mit einer erheblichen Preiserhöhung einverstanden. Darin erblickte die Beschwerdegegnerin eine vorweggenommene Vertragsverletzung im Sinne von Art. 72 des Übereinkommens der Vereinten Nationen über Verträge über den internationalen Warenkauf, abgeschlossen in Wien am 11. April 1980 (CISG; SR 0.221.211.1). Mit Schreiben vom 12. Juni 2008 bzw. vom 24. Juni 2008 hob sie die Verträge mit der Beschwerdeführerin auf. Am 23. Juni 2008 leitete die Beschwerdegegnerin bei der C._ Deckungskäufe ein.
B. Die Verträge enthielten eine Schiedsklausel, gestützt auf welche die Beschwerdegegnerin mit Eingabe vom 1. August 2008 an die Genfer Handels- und Industriekammer gegen die Beschwerdeführerin ein Schiedsverfahren anhängig machte. Die Genfer Handels- und Industriekammer ernannte in der Folge Prof. Dr. Ingeborg Schwenzer, LLM., als Einzelschiedsrichterin.
Die Beschwerdegegnerin beantragte die Feststellung, dass die Beschwerdeführerin eine Vertragsverletzung begangen habe, und dass die Verträge von der Beschwerdegegnerin infolge des antizipierten Vertragsbruchs der Beschwerdeführerin gültig aufgehoben worden seien. Ferner beantragte sie Schadenersatz im Betrag von Euro 3'915'875.44 nebst Zins. Die Beschwerdeführerin schloss auf Abweisung der Klage. Mit Entscheid (Final Award) vom 5. Oktober 2009 hiess die Einzelschiedsrichterin die Klage im Wesentlichen gut und stellte fest, dass die Beschwerdeführerin die Verträge verletzt und die Beschwerdegegnerin die Verträge infolge des vorweggenommenen Vertragsbruchs der Beschwerdeführerin gültig aufgehoben hat. Sie verpflichtete die Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin Schadenersatz im Betrag von Euro 3'787'344.44 nebst Zins zu 5 % über dem Deutschen Basiszinssatz (base rate) seit verschiedenen Betreffnissen zu bezahlen.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, das Schiedsurteil vom 5. Oktober 2009 aufzuheben und die Klage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich abzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Einzelschiedsrichterin liess sich mit Eingabe vom 11. Dezember 2009 vernehmen.
Am 22. Dezember 2009 reichte die Beschwerdeführerin unaufgefordert eine Replik ein. Die Beschwerdegegnerin nahm darauf mit Eingabe vom 12. Januar 2010 Bezug.
D. Mit Präsidialverfügung vom 12. Januar 2010 wurde eine Präsidialverfügung vom 13. November 2009, mit welcher der Beschwerde superprovisorisch die aufschiebende Wirkung erteilt worden war, aufgehoben, nachdem die Beschwerdeführerin ihren Antrag auf Erteilung des Suspensiveffekts zurückgezogen hatte.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Schiedsurteil ist in englischer Sprache verfasst. Die Parteien bedienen sich im bundesgerichtlichen Verfahren der deutschen Sprache. Da die Sprache des angefochtenen Entscheids keine Amtssprache ist, ergeht das Bundesgerichtsurteil praxisgemäss in der Sprache der Beschwerde (vgl. <ref-law>).
2. Unter den Voraussetzungen der Art. 190-192 IPRG ist gegen Entscheide von Schiedsgerichten die Beschwerde in Zivilsachen zulässig (<ref-law>).
Der Sitz des Schiedsgerichts befindet sich vorliegend in Genf. Die Beschwerdeführerin hat ihren Sitz nicht in der Schweiz. Da die Parteien die Bestimmungen des 12. Kapitels des IPRG nicht schriftlich ausgeschlossen haben, gelangen diese zur Anwendung (Art. 176 Abs. 1 und 2 IPRG).
Zulässig sind allein die Rügen, die in <ref-law> abschliessend aufgezählt sind (<ref-ruling> E. 5; <ref-ruling> E. 1a S. 53; <ref-ruling> E. 1a S. 282). Nach <ref-law> prüft das Bundesgericht nur die Rügen, die in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden sind; dies entspricht der in <ref-law> für die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht vorgesehenen Rügepflicht (<ref-ruling> E. 5 mit Hinweis). Bei Rügen nach <ref-law> ist die Unvereinbarkeit des angefochtenen Schiedsentscheids mit dem Ordre public im Einzelnen aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 3 S. 606). Appellatorische Kritik ist unzulässig (<ref-ruling> E. 3b).
3. Die Beschwerde in Zivilsachen gegen internationale Schiedsentscheide ist grundsätzlich (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1b S. 282; <ref-ruling> E. 4 S. 95 f.) rein kassatorischer Natur (vgl. <ref-law>, der die Anwendbarkeit von <ref-law> ausschliesst, soweit dieser dem Bundesgericht erlaubt, in der Sache selbst zu entscheiden). Dies verkennt die Beschwerdeführerin, wenn sie dem Bundesgericht die vollumfängliche Abweisung der Klage der Beschwerdegegnerin beantragt. Darauf kann nicht eingetreten werden.
4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den das Schiedsgericht festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung des Schiedsgerichts weder berichtigen noch ergänzen, selbst wenn diese offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>, der die Anwendbarkeit von Art. 105 Abs. 2 sowie Art. 97 BGG ausschliesst). Allerdings kann das Bundesgericht die tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Schiedsentscheids überprüfen, wenn gegenüber diesen Sachverhaltsfeststellungen zulässige Rügen im Sinne von <ref-law> vorgebracht oder ausnahmsweise Noven berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 5 S. 141; <ref-ruling> E. 5.2.2 S. 733, je mit Hinweisen).
5. Die Beschwerdeführerin macht zwei formelle Rechtsverweigerungen beim Streit um den Vertragsbruch und eine formelle Rechtsverweigerung beim Streit um die Anerkennung der C._ Transaktionen als Deckungskäufe geltend.
5.1 Nach ständiger Rechtsprechung umfasst der Grundsatz des rechtlichen Gehörs nach Art. 182 Abs. 3 und 190 Abs. 2 lit. d IPRG nicht auch den Anspruch auf Begründung des Entscheids (<ref-ruling> E. 6.1 S. 187; <ref-ruling> E. 5.2. S. 248). Immerhin anerkennt das Bundesgericht auch für das Verfahren der Internationalen Schiedsgerichtsbarkeit die minimale Pflicht des Schiedsgerichts, die rechtserheblichen Vorbringen der Parteien tatsächlich zu hören und zu prüfen. Das bedeutet jedoch nicht, dass sich das Schiedsgericht ausdrücklich mit jedem Argument der Parteien auseinandersetzen muss (BGE <ref-ruling> E. 5.2 S. 248 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 333).
Der Anspruch auf rechtliches Gehör enthält keinen Anspruch auf einen materiell richtigen Entscheid. Daher ist es nicht Sache des Bundesgerichts zu überprüfen, ob das Schiedsgericht sämtliche Aktenstellen berücksichtigt und richtig verstanden hat. Erforderlich ist eine formelle Rechtsverweigerung in dem Sinne, dass das rechtliche Gehör der Partei durch das offensichtliche Versehen faktisch ausgehöhlt wurde und die Partei im Ergebnis nicht besser dasteht, als wenn ihr das rechtliche Gehör zu einer entscheidwesentlichen Frage überhaupt nicht gewährt worden wäre. Wer aus einem offensichtlichen Versehen eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ableiten will, hat demnach aufzuzeigen, dass ihm das richterliche Versehen verunmöglichte, seinen Standpunkt in Bezug auf ein prozessrelevantes Thema in den Prozess einzubringen und zu beweisen (BGE <ref-ruling> E. 5.2; <ref-ruling> E. 2b-f).
5.2 Dies ist der Beschwerdeführerin nicht gelungen:
5.2.1 Sie rügt die Argumentation der Einzelschiedsrichterin, wonach die Beschwerdegegnerin aufgrund der gegebenen Unsicherheitssituation berechtigt war, von der Beschwerdeführerin eine Bestätigung ihrer Lieferbereitschaft zu Vertragspreisen zu verlangen, als "aus verschiedenen Gründen falsch". Zudem habe sich die Einzelschiedsrichterin nicht mit den Argumenten der Beschwerdeführerin auseinandergesetzt. So zum einen mit dem Argument, dass die Beschwerdegegnerin der Beschwerdeführerin das Lieferrecht nur hätte wegnehmen können, wenn es für sie unzumutbar gewesen wäre, die Unsicherheit auszuhalten. Zum anderen mit dem Argument, dass, wenn der Beschwerdegegnerin eventualiter das Recht auf eine vertragszerstörende Fristansetzung zugebilligt würde, es ihr gar nicht um eine Klärung der aus der Preisdiskussion entstandenen Unklarheit, sondern um die Generierung eines Schadenersatzanspruchs gegangen sei.
Die Einzelschiedsrichterin hat sich mit dem entscheidwesentlichen Thema des Vorliegens einer vorweggenommenen Vertragsverletzung im Sinne von Art. 72 CISG durch die Beschwerdeführerin eingehend befasst (Award Rz. 78 ff.) und sich dabei namentlich auch mit der von der Beschwerdeführerin aufgebrachten Frage auseinandergesetzt, ob die Beschwerdegegnerin die Unsicherheit weiter auszuhalten und untätig abzuwarten hatte. Schliesslich verneinte sie diese Frage in Rz. 94 des Entscheids. Auch wenn sie ihren Erwägungen nicht eigentlich den Begriff der "Unzumutbarkeit" zugrunde legte, sondern davon sprach, dass von der Beschwerdegegnerin unter den gegebenen Umständen vernünftigerweise nicht erwartet werden konnte, untätig zu bleiben ("... under the given circumstances Claimant could not be reasonably expected to stay inactive..."; Award Rz. 94), hat sie inhaltlich das Argument der Beschwerdeführerin hinlänglich gehört. Eine formelle Rechtsverweigerung liegt nicht vor. Unzutreffend ist auch der Vorwurf, die Einzelschiedsrichterin habe Teile der Korrespondenz nicht beachtet, wie vor allem das Schreiben der Beschwerdeführerin vom 30. Mai 2008. Dieses wird im Gegenteil in Rz. 124 des Entscheids erwähnt. Dass die Einzelschiedsrichterin die Korrespondenz nicht im Sinne der Beschwerdeführerin würdigte, bedeutet keine Verletzung des rechtlichen Gehörs.
5.2.2 Sodann hat die Einzelschiedsrichterin eingehend geprüft, ob die Beschwerdegegnerin berechtigt war, von der Beschwerdeführerin eine Bestätigung der Lieferung zu Vertragspreisen zu verlangen (Award Rz. 89 ff.), was sie unter ausdrücklicher Beachtung des gegenteiligen Standpunkts der Beschwerdeführerin bejahte (Award Rz. 89 f.). Indem sie das Recht der Beschwerdegegnerin, eine Bestätigung zu verlangen, anerkannte, verwarf sie implizite auch den Einwand der Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegnerin habe die Fristansetzung "missbräuchlich", bloss zur Generierung eines Schadenersatzanspruchs, vorgenommen. Die Einzelschiedsrichterin brauchte sich damit nicht mit jedem von der Beschwerdeführerin dafür vorgebrachten Anhaltspunkt explizit auseinanderzusetzen, zumal sie das Vorliegen eines vorweggenommenen Vertragsbruchs feststellte und es bei dieser Rechtslage nicht ersichtlich war, inwiefern die Geltendmachung eines Schadenersatzanspruchs missbräuchlich bzw. der Missbrauchseinwand der Beschwerdeführerin rechtserheblich sein könnte.
5.2.3 Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz als formelle Rechtsverweigerung sodann vor, nicht auf das Argument eingegangen zu sein, wonach die von der Beschwerdegegnerin als Deckungskäufe ausgegebenen C._ Transaktionen hinsichtlich Grösse, Qualität und Lieferzeitpunkt dermassen von den Purchase Orders abwichen, dass sie unmöglich als deren Ersatz angesehen werden könnten.
Der Vorwurf ist unbegründet. Die Einzelschiedsrichterin befasste sich ausführlich mit der Frage, ob die Beschwerdegegnerin einen Deckungskauf "in angemessener Weise" im Sinne von Art. 75 CISG vorgenommen habe, was sie schliesslich bejahte (Award Rz. 101 ff.). Auf die unterschiedliche Qualität der Waren der C._ Transaktionen und der Verträge zwischen den Parteien ging sie zudem ausdrücklich ein (Award Rz. 112 f.). Dass sie aufgrund ihres Verständnisses der Bedeutung von Art. 75 CISG die von der Beschwerdeführerin behaupteten Abweichungen der C._ Ware bezüglich Grösse und Lieferzeitpunkt nicht speziell erwähnte bzw. als nicht wesentlich betrachtete (Award Rz. 115), beschlägt die materiellrechtliche Würdigung der streitigen Frage, ob die Beschwerdegegnerin ihren Schaden nach Art. 75 CISG berechnen konnte oder nicht. Ob die Beurteilung der Einzelschiedsrichterin rechtlich zutreffend ist, kann vom Bundesgericht nicht überprüft werden. Eine formelle Rechtsverweigerung ist auch unter diesem Titel nicht dargetan.
6. Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des Ordre public nach <ref-law>. Zum einen sieht sie den materiellen Ordre public verletzt beim Streit um die effektive Durchführung der C._ Transaktionen, zum andern beim Streit um den Beginn des Zinsenlaufs.
6.1 Die materiellrechtliche Überprüfung eines internationalen Schiedsentscheids durch das Bundesgericht ist auf die Frage beschränkt, ob der Schiedsspruch mit dem Ordre public vereinbar ist (BGE <ref-ruling> E. 3a S. 333). Gegen den Ordre public verstösst die materielle Beurteilung eines streitigen Anspruchs nur, wenn sie fundamentale Rechtsgrundsätze verkennt und daher mit der wesentlichen, weitgehend anerkannten Wertordnung schlechthin unvereinbar ist, die nach in der Schweiz herrschender Auffassung Grundlage jeder Rechtsordnung bilden sollte. Zu diesen Prinzipien gehören die Vertragstreue (pacta sunt servanda), das Rechtsmissbrauchsverbot, der Grundsatz von Treu und Glauben, das Verbot der entschädigungslosen Enteignung, das Diskriminierungsverbot und der Schutz von Handlungsunfähigen. Zur Aufhebung des angefochtenen Schiedsentscheids kommt es nur, wenn dieser nicht nur in der Begründung, sondern auch im Ergebnis dem Ordre public widerspricht (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 6b; <ref-ruling> E. 6a S. 166 f.).
6.2 Die Beschwerdeführerin bringt vor, sie habe die effektive Durchführung der C._ Transaktionen bestritten. Dennoch habe die Einzelschiedsrichterin von der Abnahme entsprechender Beweise (namentlich der Edition der Transportdokumente) abgesehen und zwar deshalb, weil die Frage, ob die Lieferung aufgrund der Deckungskäufe effektiv stattgefunden habe, nicht entscheidend sei. Die Beschwerdeführerin hält diese Ansicht in einem Umfang für falsch, dass sie als dem materiellen Ordre public widersprechend aufgehoben werden müsse. Es könne nicht sein, dass gar nie stattgefundene Deckungskäufe für die Schadenersatzberechnung verwendet werden könnten. Das Verständnis von Schaden als einer effektiv erlittenen finanziellen Einbusse würde sonst über den Haufen geworfen.
Auf diese Rüge kann nicht eingetreten werden. Die Beschwerdeführerin zeigt nicht rechtsgenüglich auf (vgl. Erwägung 2), dass der angefochtene Schiedsentscheid dem materiellen Ordre public widerspricht. Sie nennt keinen darunter fallenden fundamentalen Rechtsgrundsatz, der verletzt worden sein soll. Richtig besehen kritisiert sie die von der Einzelschiedsrichterin vorgenommene Auslegung und Anwendung von Art. 75 CISG. Ob die Rechtsauffassung der Einzelschiedsrichterin zutreffend ist oder nicht, kann vom Bundesgericht vorliegend nicht überprüft werden. Selbst eine falsche oder gar willkürliche Rechtsanwendung bedeutete noch keinen Verstoss gegen den Ordre public (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2b S. 578; <ref-ruling> E. 3a, je mit Hinweisen).
6.3 Dies gilt auch betreffend die weitere Rüge der Beschwerdeführerin, die Rechtsauffassung der Einzelschiedsrichterin, die den Zinsenlauf entgegen den Payment Conditions nicht ab den eigentlichen Zahlungen der Beschwerdegegnerin, sondern schon ab Abschluss der entsprechenden Transaktionen festgelegt habe, sei dermassen falsch, dass sie mit dem Verständnis von Schaden als effektive Vermögenseinbusse nicht zu vereinbaren sei. Auch mit dieser Rüge wird keine Verletzung des materiellen Ordre public aufgezeigt, sondern in unzulässiger Weise die materiellrechtliche Beurteilung der Einzelschiedsrichterin kritisiert.
7. Die Beschwerdeführerin wirft der Einzelschiedsrichterin vor, beim Erlass der Verfügung vom 1. Februar 2009 betreffend Auferlegung einer Geheimhaltungspflicht über die C._ Transaktionen ihr rechtliches Gehör verletzt zu haben (<ref-law>). Diese Verfügung habe jeder Grundlage entbehrt und sei von vornherein falsch gewesen. Mit Schreiben vom 28. Januar 2009 habe sie festgehalten, dass die Einzelschiedsrichterin, wenn überhaupt, ihr erst dann eine Pflicht zur Vertraulichkeit auferlegen könne, wenn die Beschwerdegegnerin ein begründetes Massnahmebegehren stellen würde und sie Gelegenheit erhalte, sich dazu zu äussern. Einen Tag später habe die Beschwerdegegnerin denn auch einen entsprechenden Antrag gestellt. Die Beschwerdeführerin habe aber keine Gelegenheit erhalten, dazu Stellung zu nehmen. Im Gegenteil habe die Einzelschiedsrichterin die Verfügung vom 1. Februar 2009 ohne jede Rücksprache mit ihr erlassen. Dadurch sei ihr das rechtliche Gehör verweigert worden. Durch die ihr auferlegte Geheimhaltungspflicht sei sie in der Ausübung ihrer Verteidigungsrechte massiv beindert gewesen, indem sie keine eigenen Abklärungen über C._ LLC und/oder zu den C._ Transaktionen habe vornehmen können. Es sei ihr nichts anderes übrig geblieben, als entsprechende Beweisanträge zu stellen, die die Einzelschiedsrichterin aber abgelehnt habe. Weil die Beschwerdeführerin sich damit nicht korrekt habe verteidigen können, sei der angefochtene Entscheid wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs aufzuheben.
7.1 Mit dieser Rüge ficht die Beschwerdeführerin die Verfügung vom 1. Februar 2009 betreffend Auferlegung einer Geheimhaltungspflicht über die C._ Transaktionen an, indem sie geltend macht, diese Verfügung sei in Verletzung ihres rechtlichen Gehörs erlassen worden. Einen Antrag auf Aufhebung derselben stellt sie allerdings nicht. Bei dieser Verfügung handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der zusammen mit dem Endentscheid nur angefochten werden könnte, soweit er sich auf dessen Inhalt auswirkt (<ref-law>). Dass dies vorliegend zutreffen würde, zeigt die Beschwerdeführerin indessen nicht auf. Insoweit kann daher auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
Gleichwohl ist festzuhalten, dass die Beschwerdeführerin im Vorfeld des Erlasses der Verfügung vom 1. Februar 2009 ausreichend Gelegenheit hatte, sich zum Thema der Verfügung vom 1. Februar 2009, also zur Auferlegung einer Geheimhaltungspflicht über die C._ Transaktionen, zu äussern. So hat sie mit Schreiben vom 26. Januar 2009 dazu Stellung genommen. Sodann teilte die Einzelschiedsrichterin den Parteien am 27. Januar 2009 den Inhalt einer möglichen Verfügung mit, wozu sich die Beschwerdeführerin mit ihrem Schreiben vom 28. Januar 2009 vernehmen liess (Award Rz. 23). Von einer Gehörsverweigerung kann daher nicht die Rede sein. Ebenso wenig bedeutet es eine formelle Rechtsverweigerung, dass die Einzelschiedsrichterin die Auferlegung einer Geheimhaltungspflicht entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin für berechtigt hielt.
7.2 Fehl geht auch der Einwand der Beschwerdeführerin, dass ihre Verteidigungsrechte wegen der ihr mit der Verfügung vom 1. Februar 2009 auferlegten Geheimhaltungspflicht über die C._ Transaktionen behindert gewesen seien, was eine Verletzung ihres Gehörsanspruchs in Bezug auf den Endentscheid bedeute. Damit begründet sie keine Verletzung des Gehörsanspruchs, sondern kritisiert - richtig besehen - den Inhalt der Verfügung vom 1. Februar 2009, also die auferlegte Geheimhaltungspflicht, die die angebliche Verunmöglichung von eigenen Abklärungen zur Folge gehabt haben soll. Mit solcher Kritik kann sie im vorliegenden Verfahren nicht gehört werden. Soweit sie schliesslich die Verletzung des Gehörsanspruchs mit der Ablehnung ihrer Beweisanträge motiviert, genügt sie der Begründungspflicht nicht. Sie legt nicht hinlänglich klar dar und zeigt nicht mit Aktenhinweisen auf, welche Beweisanträge sie im Schiedsverfahren prozesskonform eingebracht hat und von der Einzelschiedsrichterin abgewiesen worden sind. Sie erwähnt lediglich beispielhaft und ohne Angabe von Belegstellen "die Vorlage der Transportdokumente zu den C._ Transaktionen und/oder Einvernahme der zuständigen Personen bei D._ und C._ LLC". Das Bundesgericht ist daher nicht in der Lage zu prüfen, ob eine Verletzung des Gehörsanspruchs durch Verweigerung bestimmter Beweisanträge zu rechtserheblichen Vorbringen vorliegt oder nicht. Immerhin ist darauf hinzuweisen, dass die Einzelschiedsrichterin es im Rahmen der Schadensberechnung nach Art. 75 CISG nicht für relevant hielt, ob die C._ Transaktionen effektiv ausgeführt wurden (Award Rz. 114 und 115). Die Ablehnung von Beweisanträgen zu nicht entscheidwesentlichen Fragen, stellt aber keine Verletzung des rechtlichen Gehörs dar (vgl. <ref-ruling> E. 4c S. 644).
8. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 25'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 30'000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Schiedsgericht mit Sitz in Genf schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Januar 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer