Faits:
A. Le 16 août 2004, l'Administration fiscale cantonale a notifié à X._ (ci-après: l'intéressée) une décision de taxation pour l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2003. Le 25 août 2004, l'intéressée a déposé une réclamation contre la décision du 16 août 2004. Elle contestait faire ménage commun avec le père de ses deux enfants au 31 décembre 2003 et demandait la déduction des frais de garde de ces derniers. Par décision du 11 avril 2005, l'Administration fiscale a rejeté la réclamation.
Le 9 mai 2005, l'intéressée a interjeté recours contre la décision sur réclamation du 11 avril 2005 auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt (devenue Commission cantonale de recours en matière administrative depuis le 1er janvier 2009; ci-après: la Commission de recours). Ce recours a été complété le 9 mai 2005 par l'intermédiaire d'un mandataire professionnel. L'intéressée a maintenu sa position et contesté en outre la déduction pour assurance-maladie, le montant du rabais d'impôt et l'application du barème A.
Par décision du 22 janvier 2007, la Commission de recours a admis le recours. Elle a accordé à l'intéressée l'application du barème B, un rabais d'impôt de 27'500 fr. ainsi que la déduction des frais de garde effectifs et renvoyé la cause à l'Administration fiscale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Cette décision n'a pas fait l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif.
Le 17 avril 2007, l'Administration fiscale a envoyé un bordereau rectificatif pour l'impôt cantonal et communal 2003.
Le 7 mai 2007, l'intéressée, par l'intermédiaire de son mandataire professionnel, a déposé une réclamation à l'encontre du bordereau du 17 avril 2007 au motif que l'Administration fiscale avait oublié de modifier les montants erronés d'assurance-maladie, des frais médicaux ainsi que les primes d'assurance-vie et intérêts d'épargne.
Par courrier du 30 mai 2007, l'Administration fiscale a précisé qu'elle avait statué sur la réclamation le 11 avril 2005 et que le bordereau du 17 avril 2007 constituait une simple mesure d'exécution de la décision de la Commission de recours du 22 janvier 2007, qui était entrée en force. Elle a ajouté que la voie de la révision n'était pas ouverte.
Par courrier du 4 juin 2007, l'intéressée a demandé à l'Administration fiscale que son courrier du 7 mai 2007 soit considéré comme une demande en révision de la décision rendue le 22 janvier 2007 par la Commission de recours et que le bordereau du 17 avril 2007 soit rectifié dans le sens de la réclamation du 7 mai 2007.
B. Par décision du 25 août 2008, la Commission de recours, à qui la cause avait été transmise par l'Administration fiscale, a déclaré la demande en révision irrecevable. Le courrier du 7 mai se limitait à contester le bordereau rectificatif, sans mentionner la décision rendue le 22 janvier 2007 par la Commission de recours. Les manquements reprochés à la Commission de recours auraient dû être relevés dans le délai de recours contre la décision du 22 janvier 2007 notifiée le 5 février 2007. Le délai de nonante jours pour déposer une demande en révision avait couru du 6 février au 7 mai 2007. Postée le 5 juin 2007, la demande était irrecevable.
Le 8 octobre 2008, l'intéressée a déposé un recours contre la décision d'irrecevabilité auprès du Tribunal administratif.
C. Par arrêt du 13 janvier 2009, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Le recours n'était pas recevable contre les décisions d'exécution comme l'était le bordereau rectificatif du 17 avril 2007. En raison de la qualité de mandataire professionnel en matière fiscale de son auteur, la réclamation du 7 mai 2007 dirigée contre le bordereau du 17 avril 2007 ne pouvait être considérée comme une demande en révision de la décision du 22 janvier 2007. Elle ne pouvait être considérée comme telle qu'au moment où la demande en révision a été formulée soit le 4 juin 2007, soit en dehors du délai de nonante jours.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens d'annuler l'arrêt rendu le 13 janvier 2009 par le Tribunal administratif et de renvoyer la cause à ce dernier pour qu'il statue sur le fond. Elle se plaint de la violation de l'art. 51 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14), du principe de la légalité, de l'interdiction du formalisme excessif ainsi que de l'arbitraire.
Le Tribunal administratif se réfère à son arrêt. Les Administrations fiscales cantonale et fédérale concluent au rejet du recours.

Considérant en droit:
1.1 Le recours est dirigé contre un jugement final (cf. <ref-law>) rendu dans une cause de droit public (cf. <ref-law>) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (cf. art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF) qui n'est pas concernée par les exceptions de l'<ref-law>. Déposé dans le délai et la forme prévus par la loi (cf. art. 42 et 100 al. 1 LTF) par la destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (<ref-law>), le recours est donc en principe recevable. La voie du recours en matière de droit public est également ouverte en vertu de l'<ref-law>, puisque le recours porte sur la modification des décisions et des prononcés entrés en force de l'impôt cantonal et communal de la période 2003 régie par l'<ref-law> (sur le rapport entre l'<ref-law> et la loi sur le Tribunal fédéral, cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 189).
1.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui invoque que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire, pour l'essentiel, que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 39), doit démontrer par une argumentation précise en quoi consiste la violation (<ref-law>). Les faits sont constatés de manière arbitraire lorsqu'ils se trouvent clairement en contradiction avec la situation réelle, qu'ils reposent sur une erreur manifeste ou que rien ne peut les justifier objectivement (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398 et les références). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature purement appellatoire (<ref-ruling> consid. 6 p. 397).
1.3 D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale. Selon l'<ref-law>, en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons sur l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.). En pareil cas, l'<ref-law> exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation.
2. Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a considéré que la qualité de mandataire professionnel "expert en fiscalité" de l'auteur de la réclamation du 7 mai 2007 contre le bordereau rectificatif du 17 avril 2007 empêchait de qualifier cette réclamation de demande en révision dirigée contre la décision rendue le 22 janvier 2007 et notifiée à la recourante le 7 février 2007 par la Commission de recours. La demande en révision n'avait été expressément formulée que par courrier du 4 juin 2007, de sorte qu'elle était tardive et irrecevable. La recourante qualifie de formalisme excessif le refus du Tribunal administratif de convertir sa réclamation du 7 mai 2007 en une demande en révision.
2.1 Le formalisme excessif est un aspect particulier du déni de justice prohibé par l'art. 29 al. 1 Cst. Il est réalisé lorsque la stricte application des règles de procédure ne se justifie par aucun intérêt digne de protection, devient une fin en soi, complique de manière insoutenable la réalisation du droit matériel ou entrave de manière inadmissible l'accès aux tribunaux (<ref-ruling> consid. 5.4.1 p. 183; <ref-ruling> consid. 2a p. 142; <ref-ruling> consid. 2a/bb p. 34). Les formes procédurales sont nécessaires à la mise en oeuvre des voies de droit pour assurer le déroulement de la procédure conformément au principe de l'égalité de traitement, ainsi que pour garantir l'application du droit matériel; toutes les exigences formelles ne se trouvent donc pas en contradiction avec la prohibition du formalisme excessif découlant de l'art. 29 al. 1 Cst. (arrêt 4P.228/2003 du 19 janvier 2003, consid. 3.3.1; <ref-ruling> consid. 3 et les références). Selon la jurisprudence en outre, l'avocat est non seulement représentant mais encore le collaborateur de la justice, de sorte que le juge est en droit d'admettre qu'il agit en pleine connaissance de cause: l'avocat est présumé capable, en raison de sa formation particulière, de représenter utilement la partie; il se justifie dès lors de se montrer plus rigoureux en présence de ses procédés qu'en présence d'un plaideur ignorant du droit (<ref-ruling> consid. 3d p. 90 et les références citées; Y. Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, Berne 2008, n° 751, p. 356 s.).
Le Tribunal fédéral examine librement si l'on se trouve en présence d'un formalisme excessif (ATF <ref-ruling> consid. 2a p. 142; <ref-ruling> consid. 2a/bb p. 34; <ref-ruling> consid. 3a p. 170, et les arrêts cités). Il n'examine cependant que sous l'angle restreint de l'arbitraire l'interprétation et l'application du droit cantonal déterminant (<ref-ruling> consid. 1 p. 87; <ref-ruling> consid. 1 p. 290).
2.2 En procédure fiscale genevoise, selon l'art. 6 de la loi du 4 octobre 2001 de procédure fiscale du canton de Genève (LPFisc; RSGE D 3 17), l'autorité compétente pour instruire une réclamation est l'autorité dont la décision est contestée, de même, la révision d'une décision ou d'un prononcé est de la compétence de l'autorité qui a rendu cette décision ou ce prononcé (art. 57 al. 1 LPFisc). Le délai pour déposer une réclamation est de trente jours dès la notification de la décision de taxation (art. 39 LPFisc), tandis que la demande en révision doit être déposée dans les 90 jours qui suivent la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les dix ans qui suivent la notification de la décision ou du prononcé (art. 56 LPFisc). Enfin, la décision de la Commission de recours peut faire l'objet d'un recours auprès du Tribunal administratif dans les trente jours (art. 7 al. 2 LPFisc; art. 56 A de la loi genevoise du 22 novembre 1941 sur l'organisation judiciaire [LOJ, RSGE E 2 05] et art. 63 al. 1 lettre a de la loi genevoise du 12 septembre 1985 sur la procédure administrative [LPA, RSGE E 5 10]). Enfin, une réclamation adressée à une autorité incompétente doit être transmise sans retard au département. Le délai de réclamation est considéré comme respecté lorsque la réclamation a été remise à une autorité incompétente ou à un office de poste suisse le dernier jour ouvrable du délai au plus tard (art. 41 al. 1 LPFisc).
2.3 En l'espèce, il convient de rappeler que la décision rendue le 22 janvier 2007 par la Commission de recours a été notifiée à l'avocat de la recourante et que cette dernière, sous la signature de ce même avocat, a expressément déposé le 7 mai 2007 une réclamation à l'adresse de l'Administration fiscale cantonale contre le bordereau rectificatif d'impôt cantonal et communal pour la période fiscale 2003 daté du 17 avril 2007. C'est à bon droit que le Tribunal administratif a constaté que cette démarche était précise tant dans l'exposé des conclusions, dans la dénomination de la voie de droit choisie et l'acte attaqué que dans l'autorité saisie. Emanant d'un avocat, elle n'avait pas à être convertie, comme le voudrait la recourante, en demande en révision de la décision du 22 janvier 2007, qui n'était du reste pas même mentionnée dans la réclamation.
C'est en vain qu'elle soutient, sans exposer dans les formes requises par l'<ref-law>, que la position du Tribunal administratif entrerait en totale contradiction avec l'art. 41 al. 2 LPFisc. A supposer que ce grief soit recevable, il devrait être rejeté puisque la réclamation du 7 mai 2007 a bien été adressée à l'autorité fiscale dont émanait le bordereau rectificatif, conformément à l'art. 6 LPFisc. Il ne s'agissait donc pas d'une autorité incompétente au sens de l'art. 41 al. 2 LPFisc, qui ne trouve pas d'application en pareille hypothèse. On ne saurait enfin suivre la recourante qui estime que l'Administration fiscale cantonale a considéré sa réclamation comme une demande en révision. Il est vrai que le courrier du 30 mai 2007 affirme que la voie de la révision n'est pas ouverte. Mais elle ne précise pas quel est l'objet d'une éventuelle révision, de sorte que les affirmations de la recourante s'épuisent en conjectures dont elle ne saurait tirer avantage.
En refusant de considérer la réclamation du 7 mai 2007 comme une demande en révision de la décision rendue le 22 janvier 2007 par la Commission de recours, le Tribunal administratif n'a pas violé l'interdiction du formalisme excessif ni appliqué de manière arbitraire le droit cantonal de procédure, dans la mesure où ce grief est recevable.
3. La recourante se plaint de la violation des <ref-law> et 55 LPFisc.
3.1 Conformément à l'<ref-law>, l'art. 55 de la loi du 4 octobre 2001 de procédure fiscale du canton de Genève (LPFisc; RSGE D 3 17) prévoit qu'une décision ou un prononcé entré en force peut être révisé en faveur du contribuable, à sa demande ou d'office, lorsque des faits importants ou des preuves concluantes sont découverts (lettre a), lorsque l'autorité qui a statué n'a pas tenu compte de faits importants ou de preuves concluantes qu'elle connaissait ou devait connaître ou qu'elle a violé de quelque autre manière l'une des règles essentielles de la procédure (lettre b), lorsqu'un crime ou un délit a influé sur la décision ou le prononcé (lettre c). La révision est exclue lorsque le requérant a invoqué des motifs qu'il aurait déjà pu faire valoir au cours de la procédure ordinaire s'il avait fait preuve de toute la diligence qui pouvait raisonnablement être exigée de lui (art. 55 al. 2 LPFisc). La demande de révision doit être déposée dans les 90 jours qui suivent la découverte du motif de révision, mais au plus tard dans les dix ans qui suivent la notification de la décision ou du prononcé (art. 56 LPFisc). La révision d'une décision ou d'un prononcé est de la compétence de l'autorité qui a rendu cette décision ou ce prononcé (art. 57 al. 1 LPFisc).
3.2 En l'espèce, après avoir fait en vain l'objet d'une réclamation, la décision de taxation du 16 août 2004 a été modifiée par la décision rendue le 22 janvier 2007 par la Commission de recours. La Commission de recours a en effet admis le recours qui lui avait été adressé le 9 mai 2005 et dont le contenu avait été complété par le mandataire de la recourante le 9 mai 2005. La Commission de recours a admis le recours et renvoyé la cause pour nouvelle décision de taxation au sens des considérants. Il ressort des motifs de la décision du 22 janvier 2007 que, pour la période fiscale 2003, la recourante devait être imposée selon la barème B, que le rabais d'impôt devait être porté à 27'500 fr. et que les frais de garde effectifs devaient être déduits du revenu imposable. La décision de la Commission de recours n'a en revanche pas tranché les questions relatives aux déductions pour assurance-maladie et frais médicaux ni celles concernant les primes d'assurance-vie et les intérêts d'épargne. Dès le 5 février 2007, date de la notification de cette dernière, la recourante et son mandataire professionnel auraient pu et dû constater, s'ils avaient fait preuve de toute la diligence requise par les circonstances, que la Commission de recours n'avait pas tranché ces questions et s'en plaindre par la voie de droit ordinaire à leur disposition, ce qu'il n'ont pas fait. En application de l'art. 55 al. 2 LPFisc, la voie de la révision contre la décision rendue le 22 janvier 2007 par la Commission de recours était par conséquent exclue, ce que le Tribunal fédéral peut constater par substitution de motifs (<ref-law>).
Au surplus, comme la réclamation du 7 mai 2007 contre le bordereau rectificatif du 17 avril 2007 ne constituait pas une demande en révision de la décision du 22 janvier 2007 (cf. consid. 2 ci-dessus), le Tribunal administratif pouvait aussi juger que la demande en révision formulée le 4 juin 2009 était irrecevable parce qu'elle avait été déposée après le 7 mai 2007, soit après l'échéance du délai de nonante jours dès la notification de la décision du 22 janvier 2007.
En jugeant que la demande en révision était irrecevable, le Tribunal administratif a correctement appliqué le droit fédéral ainsi que le droit cantonal harmonisé.
3.3 La recourante se plaint enfin de la violation de l'art. 9 Cst. Du moment que l'<ref-law> a été correctement appliqué en l'espèce (cf. consid. 4.2 ci-dessus), le grief d'application arbitraire du droit fédéral et du droit cantonal harmonisé n'a pas de portée propre et doit être rejeté.
4. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). ElIe n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 24 juillet 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey