Sachverhalt:
A. Die EnergieVersorgung Talschaft Lötschen AG (EVTL) wurde anfangs 2006 gegründet und übernahm von den Forces Motrices Valaisannes (FMV) die Elektrizitätsverteilnetze (Netzebenen 6 und 7) in den Gemeinden Ferden, Kippel und Wiler (Lötschental, Kanton Wallis). Die FMV hatte die Anlagen ihrerseits 1987 von der Lonza AG gekauft. Am 29. Januar 2009 reichte die EVTL bei der ELCom ein Gesuch ein mit dem Antrag, es sei ihr für die Bestimmung der anrechenbaren Kapitalkosten im Rahmen der Berechnung der Netznutzungstarife für das Jahr 2009 das Recht einzuräumen, für ihre vor dem 1. Januar 2004 in Betrieb genommenen Anlagen den Zinssatz ohne den vorgesehenen Abzug von einem Prozentpunkt anzuwenden. Mit Verfügung vom 27. August 2009 wies die ElCom das Gesuch der EVTL ab.
B. Die EVTL erhob dagegen Beschwerde an das Bundesverwaltungsgericht, welches das Rechtsmittel mit Urteil vom 3. Februar 2011 abwies.
C. Mit Eingabe vom 10. März 2011 führt die EVTL Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie stellt den Antrag, es sei das angefochtene Urteil aufzuheben und ihr Gesuch um Verwendung des Zinssatzes ohne Reduktion für die betriebsnotwendigen Vermögenswerte vollumfänglich gutzuheissen.
D. Das Bundesverwaltungsgericht verzichtet auf Vernehmlassung. Die ElCom verweist auf ihre bisherigen Eingaben und verzichtet ebenfalls auf eine erneute Stellungnahme.

Erwägungen:
1. 1.1 Die frist- und formgerechte Beschwerde gegen den Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit ist zulässig (Art. 42, Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a, Art. 90 und Art. 100 BGG). Die Beschwerdeführerin ist als Adressatin des angefochtenen Entscheids in der Bemessung ihrer Netztarife berührt und zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf das Rechtsmittel ist somit einzutreten.
1.2 Die richtige Anwendung von Bundesrecht überprüft das Bundesgericht mit freier Kognition (<ref-law>). Es ist an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden, ausser wenn dieser offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung beruht (<ref-law>).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin kann als Verteilnetzbetreiberin von ihren Abnehmern ein Netznutzungsentgelt erheben, welches die anrechenbaren Kosten sowie die Abgaben und Leistungen an Gemeinwesen nicht übersteigen darf (Art. 14 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 23. März 2007 über die Stromversorgung [Stromversorgungsgesetz, StromVG; SR 734.7]). Als anrechenbare Kosten gelten die Betriebs- und Kapitalkosten eines sicheren, leistungsfähigen und effizienten Netzes unter Einschluss eines angemessenen Betriebsgewinns (Art. 15 Abs. 1 StromVG). Zu den anrechenbaren Kapitalkosten gehören u.a. die kalkulatorischen Zinsen auf den für den Betrieb der Netze notwendigen Vermögenswerten (Art. 15 Abs. 3 lit. b StromVG). Der Bundesrat legt die Grundlagen fest zur Berechnung der Betriebs- und Kapitalkosten (Art. 15 Abs. 4 lit. a StromVG). In Art. 13 Abs. 3 lit. b der Stromversorgungsverordnung vom 14. März 2008 (StromVV; SR 734.71) hat der Bundesrat den kalkulatorischen Zinssatz für die betriebsnotwendigen Vermögenswerte festgelegt: Er entspricht der durchschnittlichen Rendite von Bundesobligationen mit einer Laufzeit von zehn Jahren während der letzten Monate in Prozent, zuzüglich einer risikogerechten Entschädigung. Für das hier zur Diskussion stehende Jahr 2009 beträgt diese 1,93 Prozentpunkte.
2.2 Am 12. Dezember 2008 beschloss der Bundesrat eine Abänderung der Stromversorgungsverordnung mit Wirkung ab 1. Januar 2009 (AS 2008 6467). Dabei wurde u.a. ein neuer Art. 31a eingefügt, welcher den folgenden Wortlaut hat:
Art. 31a Zinssatz für die betriebsnotwendigen Vermögenswerte und Korrekturfaktor
1 Der Zinssatz für die betriebsnotwendigen Vermögenswerte für Anlagen, die vor dem 1. Januar 2004 in Betrieb genommen wurden, ist in den Jahren 2009-2013 um einen Prozentpunkt tiefer als der Zinssatz nach Artikel 13 Absatz 3 Buchstabe b. Für Investitionen, die nach dem 31. Dezember 2003 in solche Anlagen getätigt wurden, gilt der Zinssatz nach Artikel 13 Absatz 3 Buchstabe b.
2 Betreiber von Anlagen nach Absatz 1, für die keine Neubewertung vollzogen wurde, oder die über eine nach Artikel 13 Absatz 1 festgelegte, einheitliche und sachgerechte Nutzungsdauer oder über einen längeren Zeitraum linear abgeschrieben wurden, können bei der ElCom beantragen, dass für diese Anlagen der Zinssatz ohne die Reduktion nach Absatz 1 verrechnet werden darf.
3 Ist das Netznutzungsentgelt für das Jahr 2009 kleiner als das ausgewiesene Netznutzungsentgelt für das Jahr 2008, so kann die ElCom für das Jahr 2009 die Anwendung des Netznutzungsentgelts des Jahres 2008 genehmigen.
2.3 In Anwendung dieser Bestimmung haben die Vorinstanzen das Gesuch der Beschwerdeführerin um Verwendung des höheren Zinssatzes für die vor dem 1. Januar 2004 in Betrieb genommenen Anlagen abgewiesen. Streitgegenstand ist also die Frage, ob die Beschwerdeführerin berechtigt ist, für die Berechnung ihrer Netztarife den höheren Zinssatz nach Art. 13 Abs. 3 lit. b und <ref-law> zu verwenden, oder ob sie den tieferen Zinssatz gemäss <ref-law> verwenden muss.
3. Die Beschwerdeführerin rügt formelle Rechtsmängel. Sie stellt aber ausdrücklich den Antrag, das Bundesgericht solle trotz dieser Mängel reformatorisch entscheiden, soweit der Sachverhalt hinreichend liquid sei. Auf die formellen Aspekte ist daher nur insoweit einzugehen, als sie einen Einfluss auf die materielle Beurteilung haben, was im Zusammenhang mit dieser zu prüfen ist.
4. 4.1 Wie bereits ausgeführt, ist gemäss <ref-law> der Zinssatz für die betriebsnotwendigen Vermögenswerte für Anlagen, die vor dem 1. Januar 2004 in Betrieb genommen wurden, in den Jahren 2009 - 2013 um einen Prozentpunkt tiefer als der Zinssatz nach <ref-law>. Die ElCom hat erwogen, <ref-law> wolle verhindern, dass Endverbraucher mit dem Netznutzungsentgelt Netze, die bereits einmal bezahlt wurden, über eine Aufwertung ein zweites Mal bezahlen müssten. Der Verordnungsgeber sei davon ausgegangen, dass für viele Netze, die vor dem 1. Januar 2004 in Betrieb genommen worden seien, eine Neubewertung vollzogen worden sei; in diesen Fällen sei der angemessene Betriebsgewinn bereits über die Neubewertung erzielt worden, so dass der Zinssatz um einen Prozentpunkt gesenkt werde. Diese Reduktion könne zwar mit einem Nachweis gemäss Art. 31a Abs. 2 vermieden werden, doch habe die Beschwerdeführerin die entsprechenden Nachweise nicht erbracht.
4.2 Die Vorinstanz hat präzisiert, dass nicht jede Neubewertung bereits zur Anwendung des reduzierten Zinssatzes führe, sondern nur eine Neubewertung, die zu einem Aufwertungsgewinn führe. Entgegen der Auffassung der ElCom führe die Anwendung der synthetischen Methode gemäss <ref-law> nicht zwingend zu einem Aufwertungsgewinn. Ein solcher liege nur vor, wenn die Werte, die sich nach <ref-law> errechnen, höher liegen als die zuletzt in der Buchhaltung aufgeführten Werte. Die Netzbetreiber hätten jedoch die Voraussetzungen nach <ref-law> für die Verwendung des höheren Zinssatzes nachzuweisen, was die Beschwerdeführerin nicht getan habe.
4.3 Die Beschwerdeführerin rügt, <ref-law> sei gesetzeswidrig: Der Bundesrat sei nicht ermächtigt, allgemeine Regelungen über den anwendbaren Zinssatz zu erlassen oder differenzierte Zinssätze festzulegen. Die Zinsreduktion habe keine gesetzliche Grundlage, weil es sich dabei um einen zusätzlichen Malus handle, mit dem die Anwendung der synthetischen Methode verhindert werden soll; dies sei eine repressive Verwaltungssanktion, die einer gesetzlichen Grundlage bedürfte. Zudem entbehre das in <ref-law> eingeführte Gesuchsverfahren einer gesetzlichen Grundlage; dadurch werde auch die Untersuchungspflicht verletzt und die Beweislast in Verletzung des rechtlichen Gehörs umgekehrt; es werde damit den Netzeigentümern ein unzulässiger Negativbeweis auferlegt. Sodann beinhalte <ref-law> auch eine unzulässige Rückwirkung.
4.4 Gemäss Art. 15 Abs. 4 lit. a StromVG legt der Bundesrat die Grundlagen fest zur Berechnung der Betriebs- und Kapitalkosten. Da sich die Kapitalkosten u.a. aus der kalkulatorischen Verzinsung der betriebsnotwendigen Vermögenswerte ergeben (Art. 15 Abs. 3 lit. b StromVG), muss in der Kompetenz, die Grundlage zur Berechnung der Kapitalkosten festzulegen, zwangsläufig auch die Kompetenz enthalten sein, den für die Kalkulation massgebenden Zinssatz festzulegen. Die Beschwerdeführerin bestreitet denn auch nicht die Gesetzmässigkeit des vom Bundesrat in <ref-law> festgelegten Zinssatzes, sondern nur die Gesetzmässigkeit der in <ref-law> angeordneten Zinsreduktion. Hierbei geht es aber nicht um die Kompetenz des Bundesrates zur Zinsfestsetzung, sondern um die materielle Gesetzmässigkeit des reduzierten Zinssatzes.
4.4 Gemäss Art. 15 Abs. 4 lit. a StromVG legt der Bundesrat die Grundlagen fest zur Berechnung der Betriebs- und Kapitalkosten. Da sich die Kapitalkosten u.a. aus der kalkulatorischen Verzinsung der betriebsnotwendigen Vermögenswerte ergeben (Art. 15 Abs. 3 lit. b StromVG), muss in der Kompetenz, die Grundlage zur Berechnung der Kapitalkosten festzulegen, zwangsläufig auch die Kompetenz enthalten sein, den für die Kalkulation massgebenden Zinssatz festzulegen. Die Beschwerdeführerin bestreitet denn auch nicht die Gesetzmässigkeit des vom Bundesrat in <ref-law> festgelegten Zinssatzes, sondern nur die Gesetzmässigkeit der in <ref-law> angeordneten Zinsreduktion. Hierbei geht es aber nicht um die Kompetenz des Bundesrates zur Zinsfestsetzung, sondern um die materielle Gesetzmässigkeit des reduzierten Zinssatzes.
4.5 4.5.1 Zum Argument der Beschwerdeführerin, <ref-law> pönalisiere die Verwendung der synthetischen Methode, ist zu bemerken, dass diese Norm nicht nur bei Verwendung der synthetischen Methode anwendbar ist. Auch wenn die Restwerte auf der Basis von historisch ermittelten ursprünglichen Herstellkosten festgesetzt worden sind, ist es möglich, dass sie höher sind als die Buchwerte, sei es weil die Anlagen in der Vergangenheit stärker abgeschrieben wurden als mit den kalkulatorischen Abschreibungssätzen gemäss <ref-law>, sei es dass sie gar nie aktiviert wurden. Auch in diesen Fällen erfolgt für die Ermittlung des anrechenbaren Anlagevermögens eine Aufwertung gegenüber den Buchwerten. <ref-law> sanktioniert also nicht spezifisch die Verwendung der synthetischen Methode mit einem (zusätzlichen) Malus.
4.5.2 Die Argumentation der Vorinstanzen geht davon aus, dass Aufwertungsgewinne ausgeglichen werden sollen. Das war offenbar auch die bundesrätliche Motivation für die Einführung von <ref-law> (vgl. Antwort des Bundesrates auf Motionen 08.3558 Jenny, 08.3655 Rechsteiner, 08.3750 UREK-N, Postulat 08.3757 UREK-N; Geschäftsdatenbank Curia Vista, http://www.parlament.ch). Dem steht allerdings gegenüber, dass - wie das Bundesgericht im Urteil 2C_25/2011 bzw. 2C_58/2011 vom heutigen Tag eingehend begründet hat - nach der gesetzlichen Regelung Aufwertungen zulässig sind (BBl 2005 1654). Daran ändert auch <ref-law> nichts, wonach "bereits in Rechnung gestellte" Kapitalkosten in Abzug zu bringen sind, woraus die ElCom ableitet, dass nicht aktivierte oder bereits abgeschriebene Anlagekosten nicht berücksichtigt werden dürften, da sie bereits den Stromkunden in Rechnung gestellt worden seien: Zum einen gilt dieser Satz nur bei Verwendung der synthetischen Methode, während Aufwertungen auch sonst möglich sind (E. 4.5.1). Zum andern hätte die Auffassung der ElCom zur Konsequenz, dass Aufwertungen nie zulässig wären, da sie zwangsläufig Werte betreffen, die finanzbuchhalterisch bereits früher über die Betriebsrechnung verbucht und damit durch den Stromkonsumenten bezahlt worden sind. Diese Konsequenz stünde im Widerspruch zur gesetzlichen Lage.
4.6 Trotzdem kann <ref-law> nicht als gesetzwidrig betrachtet werden, wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen:
4.6.1 Die Bestimmung schliesst nämlich die aufgewerteten Werte nicht von den anrechenbaren Herstellkosten aus, sondern reduziert bloss den Satz für ihre Verzinsung. Das Gesetz sagt, dass die kalkulatorischen Zinsen auf den notwendigen Vermögenswerten zu berechnen seien (Art. 15 Abs. 3 lit. b StromVG), enthält aber keine näheren Vorgaben zur Höhe des Zinssatzes. Dieser muss so hoch angesetzt sein, dass die Kosten eines sicheren, leistungsfähigen und effizienten Netzes mit Einschluss eines angemessenen Betriebsgewinns gedeckt sind (Art. 15 Abs. 1 StromVG). Das Gesetz verbietet aber nicht, für verschiedene Vermögenswerte unterschiedliche Zinssätze festzulegen, wenn sich dies mit sachlichen Gründen rechtfertigen lässt. Der Bundesrat hat diesbezüglich einen erheblichen Ermessensspielraum, in den die Gerichte nicht einzugreifen haben.
4.6.2 Der vom Bundesrat festgelegte Normalzinssatz entspricht der durchschnittlichen Rendite von Bundesobligationen zuzüglich einer risikogerechten Entschädigung von 1,93 Prozentpunkten (für das Jahr 2009; <ref-law>). Die Bemessung dieses Risikozuschlags geht auf eine Studie der Preisüberwachung vom Dezember 2006 zurück, welche dabei die sog. "Weighted Average Cost of Capital"-Methode (WACC) anwandte (vgl. D'ARCY/BURRI, Das Rechnungswesen von Elektrizitätsversorgungsunternehmen [EVU] aus regulatorischer Sicht, in: Meyer/Pfaff, Finanz- und Rechnungswesen Jahrbuch 2009, S. 138 f.). Damit wird der marktgewichtete Durchschnitt aus Eigen- und Fremdkapitalkosten ermittelt. Die risikogerechte Entschädigung soll sicherstellen, dass die Unternehmen genügend Eigen- und Fremdkapital einsetzen, um die erforderlichen Investitionen in die Netze tätigen zu können, wobei gemäss Botschaft zum Stromversorgungsgesetz bei der Ermittlung der Risikoprämie zu berücksichtigen ist, dass die Risiken der Verteilungs- und Übertragungsnetze erheblich niedriger einzustufen sind als die Risiken im Zusammenhang mit Elektrizitätshandel oder -produktion (BBl 2005 1654). Der als Basis für die kalkulatorische Verzinsung dienende Anschaffungsrestwert stimmt nicht mit dem finanzbuchhalterischen Wert der Anlagen überein (BBl 2005 1654). Ist der Buchwert tiefer, so muss dieser Wertunterschied zwangsläufig in der Vergangenheit über die Erfolgsrechnung finanziert worden sein, sei es dass Werte in der Vergangenheit bereits abgeschrieben, sei es dass sie gar nie aktiviert wurden. Das gilt auch dann, wenn die Strompreise in der Vergangenheit aufgrund einer Kostenrechnung kalkuliert wurden. Eine kalkulatorische Aufwertung vom tieferen Buchwert auf den höheren Anschaffungsrestwert ist zwar zulässig, doch besteht insoweit kein Kapitalisierungsbedarf und es muss dafür grundsätzlich weder Eigen- noch Fremdkapital eingesetzt werden. Der von der Beschwerdeführerin hervorgehobene Aspekt, dass das Stromversorgungsgesetz vor allem eine sichere Elektrizitätsversorgung anstrebe (vgl. Art. 1 Abs. 1 StromVG) und zu diesem Zweck genügend Mittel für Investitionen zur Verfügung gestellt werden müssten, ist deshalb nicht massgebend. Wohl sind nach der gesetzlichen Regelung auch diejenigen Anschaffungsrestwerte, die über dem Buchwert liegen, zu verzinsen, doch ist es sachlich haltbar, dafür einen geringeren Risikozuschlag (von immerhin noch 0,93 Prozentpunkten) festzusetzen. Die Beschwerdeführerin legt auch nicht konkret dar, inwiefern dieser reduzierte Zinssatz bei ihr zu Deckungslücken oder zu einer Unterdeckung führen soll. Auch wird dadurch nicht das gesetzliche Recht auf historische Anschaffungswerte verletzt: Die Werte bleiben erhalten und werden bloss zu einem etwas reduzierten Satz verzinst. Ein angemessener Betriebsgewinn im Sinne von Art. 15 Abs. 1 StromVG kann auch so noch erzielt werden.
4.6.3 Die Beschwerdeführerin erachtet es als rechtsungleich, dass <ref-law> nur auf Anlagen Anwendung findet, die vor dem 1. Januar 2004 in Betrieb genommen worden sind. Diese Grenze wird von der ElCom damit begründet, dass die Möglichkeit einer Aufwertung umso grösser sei, je älter die Anlage ist. Dies leuchtet ohne Weiteres ein: Bei jüngeren Anlagen kann der Unterschied zwischen den kalkulatorischen Abschreibungen im Sinne von <ref-law> und allenfalls höheren buchhalterischen Abschreibungen naturgemäss nur relativ gering sein. In der Festlegung einer zeitlichen Grenze liegt zwar ein gewisser Schematismus, ebenso im Umstand, dass derjenige Netzeigentümer, der nur wenig Aufwertungsgewinne gemacht hat, gleichermassen auf dem ganzen Anlagewert den ganzen Prozentpunkt weniger Zins hat wie derjenige, der stärker aufgewertet hat. Doch sind solche Schematisierungen aus praktischen und veranlagungsökonomischen Gründen unvermeidlich und in einem gewissen Ausmass zulässig, auch wenn dabei die rechtsgleiche Behandlung nicht restlos gewährleistet wird (<ref-ruling> E. 3.2.2 S. 307 f.).
4.6.4 Das Stromversorgungsgesetz sieht zwar für die Netznutzungstarife und -entgelte keine präventive Genehmigungspflicht vor (BRIGITTA KRATZ, Der Strommarkt wird liberalisiert - und die neue Regulierungsbehörde ElCom tritt auf den Plan, in: Wirtschaftsrecht in Bewegung - Festgabe zum 65. Geburtstag von Peter Forstmoser, 2008, S. 423 ff., 436 f.); die ElCom ist aber zuständig, die von den Netzeigentümern festgesetzten Tarife zu überprüfen und gegebenenfalls abzusenken (Art. 22 Abs. 2 lit. a und lit. b StromVG). Wenn der Bundesrat zuständig ist, den Zinssatz festzulegen (E. 4.4) und dabei je nach den Umständen auch unterschiedliche Zinssätze festsetzen darf (E. 4.6.2), dann muss die ElCom im Rahmen ihrer Überprüfungszuständigkeit auch zur Prüfung befugt sein, ob diese Umstände vorliegen. Die ElCom trägt grundsätzlich die Untersuchungspflicht (<ref-law>) und die Begründungs- und Beweislast für die Rechtfertigung ihrer Anordnungen. Die Untersuchungspflicht der Behörde wird jedoch ergänzt durch die Mitwirkungspflichten der Parteien, soweit sie selbständige Begehren stellen (<ref-law>) oder soweit ihnen eine besondere Auskunfts- oder Offenbarungspflicht obliegt (<ref-law>), was für die Unternehmen der Elektrizitätswirtschaft in Bezug auf die Anwendung des StromVG zutrifft (Art. 25 Abs. 1 StromVG). Diese Mitwirkungspflicht der Parteien erstreckt sich insbesondere auf Tatsachen, welche eine Partei besser kennt als die Behörden und welche diese ohne Mitwirkung der Betroffenen gar nicht oder nicht mit vernünftigem Aufwand erheben können (<ref-ruling> E. 3.2 S. 486; <ref-ruling> E. 2e S. 101 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 365), wie namentlich Buchhaltungsunterlagen. Die von <ref-law> eingeführte Regelung, wonach die Betreiber bei der ElCom die Berechnung des höheren Zinssatzes beantragen dürfen, ist eine Konkretisierung dieser Mitwirkungspflicht im Rahmen des gesetzlich vorgesehenen Überprüfungsverfahrens und ist nicht gesetzwidrig. Sie verletzt auch nicht das rechtliche Gehör der Netzbetreiber, sofern diesen im Verfahren die Möglichkeit geboten wird, zweckdienliche Unterlagen einzureichen und ihrer Mitwirkungspflicht nachzukommen. Die Verletzung dieser Mitwirkungspflicht führt sodann dazu, dass die Behörde davon ausgehen kann, der von der Partei darzulegende Sachverhalt sei nicht erfüllt (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 und E. 3.3 S. 485 ff.; Urteile 2C_397/2010 vom 6. Dezember 2010 E. 2.3 und E. 2.4 in: StE 2011 A. 24.21 Nr. 22; 2C_557/2010 vom 4. November 2010 E. 2.3 in: StR 66/2011 S. 62; 9C_961/2008 vom 30. November 2009 E. 6.3 in: SVR 2010 IV Nr. 30). Auch kann keine Rede sein von einem unzulässigen Negativbeweis: Ob für die Tarifermittlung die Anlagen aufgewertet worden sind, kann jedenfalls für denjenigen Zeitraum, für welchen die handelsrechtliche Buchaufbewahrungspflicht gilt, ohne Weiteres durch einen Vergleich zwischen den nach <ref-law> ermittelten Anlagerestwerten und den Buchwerten festgestellt werden.
4.6.5 Schliesslich verletzt <ref-law> auch nicht das Rückwirkungsverbot: Die Verordnungsänderung wurde am 24. Dezember 2008 in der Amtlichen Sammlung publiziert, trat am 1. Januar 2009 in Kraft und findet Anwendung auf die Netznutzungstarife und -entgelte ab dem Jahre 2009. Dass die Regeln für die Tarifbemessung pro futuro teilweise an Sachverhalte anknüpfen, die sich in der Vergangenheit ereignet haben, aber andauernde Auswirkungen haben (wie das für früher vorgenommene Bewertungen und Abschreibungen der Fall ist), ist keine unzulässige Rückwirkung (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 101 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 135 f.; Urteile B 72/05 vom 24. Oktober 2006 E. 4.1 in: SVR 2007 BVG Nr. 23; 2P.45/2003 vom 28. August 2003 E. 5.2 in: ZBl 105/2004 S. 263).
4.6.6 Erweist sich <ref-law> aus den genannten Gründen als gesetzmässig, so ist die von der Beschwerdeführerin kritisierte Erwägung 5.4.3 des vorinstanzlichen Entscheids unerheblich; gemäss dieser Erwägung wäre die Verordnungsänderung selbst dann nicht zu beanstanden, wenn der Grund darin läge, die offensichtlich immer noch zu hohe Attraktivität des synthetischen Verfahrens zu vermindern.
5. Zu prüfen bleibt, ob die Voraussetzungen nach <ref-law> für die Verwendung des höheren Zinssatzes erfüllt sind.
5.1 Die einzelnen Voraussetzungen nach Art. 31a Abs. 2 müssen nach dem Wortlaut der Verordnung nicht kumulativ, sondern alternativ erfüllt sein. Wird aber die erste Voraussetzung mit der Vorinstanz so verstanden, dass nur Neubewertungen gemeint sind, welche eine Aufwertung enthalten (vorne E. 4.2), so überlagern sich die Voraussetzungen weitgehend: Wenn nämlich eine Aufwertung vorgenommen wurde und in der Folge nach den gleichen Grundsätzen wie vorher, aber jetzt von den aufgewerteten Werten abgeschrieben wird, so sind die jährlichen Abschreibungen nach der Aufwertung höher als vorher. Es kann alsdann nicht mehr von einer linearen Abschreibung vor und nach dem Aufwertungszeitpunkt gesprochen werden.
5.2 Vorliegend hat die Beschwerdeführerin im Verfahren vor den Vorinstanzen ihre Jahresrechnungen für die Jahre 2006 und 2007 eingereicht. Die Vorinstanz edierte sodann von den Rechtsvorgängerinnen der Beschwerdeführerin die einschlägigen Unterlagen, doch waren diese nur bis ins Jahr 2000 zurück vorhanden. Gestützt auf diese Unterlagen hat die Vorinstanz festgestellt, die Anlagen der Beschwerdeführerin seien per Ende 2006 insgesamt höher bewertet worden als per Ende 2005. Sodann seien den Jahresrechnungen der Beschwerdeführerin für die Jahre 2006 und 2007 sowie dem Jahresbericht 2008 wesentlich höhere Abschreibungssätze zu entnehmen, als sie die FMV verwendet habe.
5.3 Diese Sachverhaltsfeststellung wird von der Beschwerdeführerin nicht in Frage gestellt und ist auch sonst nicht offensichtlich unrichtig. Sie ist somit für das Bundesgericht verbindlich (E. 1.2).
5.4 Auf dieser Sachverhaltsgrundlage sind die Voraussetzungen für die Verwendung des höheren Zinssatzes gemäss <ref-law> nicht erfüllt, weil die Anlagen aufgewertet wurden und die Abschreibungen bereits im Zeitraum ab 2000 nicht linear waren. Dass die Beschwerdeführerin seit dem Erwerb linear abschreibt und auch die Rechtsvorgängerin ihrerseits nach eigenen Aussagen linear abgeschrieben hat, ändert daran nichts, da die Ausgangswerte für die Abschreibungen und damit auch die Abschreibungssätze inzwischen erhöht wurden (vgl. E. 5.1). Es kann zwar plausibel sein, dass die Beschwerdeführerin ihre Anlagen zu einem höheren Wert bewertet hat als die Rechtsvorgängerin, möglicherweise weil dieser höhere Wert dem Übernahmepreis entspricht. In diesem Fall mag die Überlegung, welche den reduzierten Zinssatz für Aufwertungsgewinne rechtfertigt (vorne E. 4.6.2), aus betriebswirtschaftlicher Optik unzutreffend sein, weil das Unternehmen, welches das Netz kauft, dazu Fremd- und Eigenkapital in der Höhe des Kaufpreises benötigt. Das ändert aber nichts daran, dass das Gesetz nicht auf den Kaufpreis abstellt, welchen ein Netzbetreiber bezahlt hat, sondern auf die ursprünglichen Anschaffungskosten unter Abzug der kalkulatorischen Abschreibungen (Art. 15 Abs. 3 StromVG; <ref-law>). Dieser Grundsatz würde unterlaufen, wenn im Falle von Handänderungen jeweils der Kaufpreis als Kalkulationsbasis genommen würde, könnten doch dadurch die anrechenbaren Kosten beliebig in die Höhe getrieben werden.
5.5 Ist bereits für den Zeitraum ab 2000 erstellt, dass die Voraussetzungen nach <ref-law> nicht erfüllt sind, ist das Argument der Beschwerdeführerin unerheblich, sie könne für einen länger dauernden Zeitraum den Nachweis der Nichtaufwertung oder der linearen Abschreibung gar nicht erbringen, weil die Unterlagen für die Zeit vor 2000 nicht mehr vorhanden seien.
6. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet. Die Beschwerdeführerin trägt die Kosten des Verfahrens (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Eidgenössischen Elektrizitätskommission ElCom und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juli 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Zähndler