Nach Einsicht
in die Verfassungsbeschwerde gegen den Beschluss vom 16. September 2009 des Bezirksgerichts Zürich, das ein Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege (wegen Aussichtslosigkeit) abgewiesen hat und auf dessen Nichtigkeitsbeschwerde gegen die unter Kostenauflage (Fr. 300.--) erfolgte Ausstellung einer Weisung (für eine Klage des Beschwerdeführers aus Persönlichkeitsverletzung) nicht eingetreten ist,
in die - das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege wegen Aussichtslosigkeit der Verfassungsbeschwerde abweisende - Verfügung vom 30. Oktober 2009 samt Aufforderung an den Beschwerdeführer zur Leistung eines Kostenvorschusses von Fr. 300.--,
in die Bestätigung der Kasse, wonach der Vorschuss fristgerecht geleistet worden ist,

in Erwägung,
dass gegen den in einer vermögensrechtlichen Angelegenheit ergangenen Beschluss des Bezirksgerichts Zürich mangels Erreichens der Streitwertgrenze (<ref-law>) und mangels Vorliegens einer Ausnahme gemäss <ref-law> allein die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nach <ref-law> offen steht, weshalb die Eingabe des Beschwerdeführers als solche entgegengenommen worden ist,
dass in einer subsidiären Verfassungsbeschwerde die Rüge der Verletzung verfassungsmässiger Rechte vorzubringen und zu begründen (Art. 117 i.V.m. <ref-law> sowie <ref-law>), d.h. anhand der Erwägungen des kantonalen Entscheids klar und detailliert darzulegen ist, welche verfassungsmässigen Rechte und inwiefern sie durch diesen Entscheid verletzt sein sollen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 399), ansonst auf die Beschwerde nicht eingetreten wird (Art. 117 i.V.m. <ref-law>),
dass das Bezirksgericht im angefochtenen Beschluss erwog, der Beschwerdeführer (welcher die Weisung entgegen seiner Ankündigung weder auf der Kanzlei des Friedensrichteramtes abgeholt noch die Gerichtsurkunden innerhalb der ihm zwei Mal angesetzten Frist abgeholt habe, die Anschrift der Sendungen nicht als unkorrekt beanstande und auch keine sein passives Verhalten entschuldigenden Gründe vorbringe) habe eine schuldhafte Zustellungsvereitelung im Sinne von § 179 Abs. 2 GVG/ZH begangen, folglich gelte die Zustellung als am letzten Tag der 7-tägigen Abholfrist (die mit dem zweiten Zustellversuch am 10. März 2009 ausgelöst worden sei) erfolgt, die 30-tägige Rechtsmittelfrist habe somit am 18. März 2009 begonnen und sei am 17. April 2009 abgelaufen, weshalb die erst am 21. Juli 2009 eingereichte Nichtigkeitsbeschwerde verspätet sei,
dass sich der Beschwerdeführer in seiner Eingabe an das Bundesgericht nicht nach den gesetzlichen Anforderungen mit den entscheidenden Erwägungen des Bezirksgerichts auseinandersetzt,
dass er erst recht nicht anhand dieser Erwägungen nach den erwähnten Anforderungen klar und detailliert aufzeigt, inwiefern der Beschluss des Bezirksgerichts vom 16. September 2009 verfassungswidrig sein soll,
dass es insbesondere nicht genügt, den Sachverhalt (ohne nach Art. 105 Abs. 2 i.V.m. <ref-law> substantiierte Rügen zu erheben) aus eigener Sicht zu schildern und die Zürcher Behörden zu kritisieren,
dass somit auf die - offensichtlich keine hinreichende Begründung enthaltende - Verfassungsbeschwerde in Anwendung von Art. 117 i.V.m. <ref-law> nicht einzutreten ist,
dass das sinngemässe Gesuch um Wiedererwägung der abweisenden Armenrechtsverfügung vom 30. Oktober 2009 abzuweisen ist, weil der Beschwerdeführer nichts vorbringt, was die Richtigkeit dieser Verfügung, auf die verwiesen werden kann, in Frage zu stellen vermöchte, zumal eine Ergänzung der Beschwerdeschrift nach Ablauf der nicht erstreckbaren Beschwerdefrist ohnehin ausgeschlossen ist,
dass der unterliegende Beschwerdeführer kostenpflichtig wird (<ref-law>) und keine Parteientschädigung zugesprochen erhält,
dass in den Fällen des Art. 117 i.V.m. <ref-law> das vereinfachte Verfahren zum Zuge kommt und die Abteilungspräsidentin zuständig ist,

erkennt die Präsidentin:
1. Auf die Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Wiedererwägungsgesuch wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dem Beschwerdeführer wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bezirksgericht Zürich, 3. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. November 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Füllemann