Faits:
A. A.a Par acte fait à Paris le 30 juin 1999, C._ Sàrl, immatriculée au Registre du commerce et des sociétés de Tours sous le n° xxxx, dont le siège social est à St-Avertin, d'une part, et D._ SA, dont le siège social se trouve à Paris, d'autre part, ont reconnu que la première avait fait à la seconde sept avances, totalisant 3'239'000 FF, inscrites au crédit du compte courant du prêteur ouvert dans les livres de l'emprunteur. Les parties ont en outre défini les conditions de remboursement, selon un échéancier, et de rémunération des avances.
Dans ce même acte, A._ s'est déclaré personnellement caution solidaire et indivisible en garantie des obligations de la société qu'il dirigeait, pour le remboursement de toutes sommes qui pourraient être dues par l'emprunteur au prêteur, en principal, intérêts, frais et accessoires. Cet engagement devenait exécutoire de plein droit et sans mise en demeure, dès que la créance du bénéficiaire serait elle-même exigible.
A.b Le 20 juin 2003, la société E._ Sàrl, nouvelle dénomination sociale de C._ Sàrl, d'une part, et D._ SA, d'autre part, ont rédigé un avenant à leur premier contrat, qu'elles ont expressément qualifié de "contrat de prêt". Après avoir rappelé que la première avait consenti à la seconde un prêt de 3'254'000 FF, elles ont reconnu que la créance principale du prêteur s'élevait, au 20 juin 2003, à 442'833 euros 75 avant paiement de l'échéance du même jour. Le remboursement du solde au 20 juin 2003 serait effectué, dès cette date, en 120 mensualités de 4'696 euros 94 chacune, intérêt compris, la dernière mensualité intervenant le 20 mai 2013. La durée de validité de la caution était prorogée au 20 juin 2013. L'avenant portait la signature de A._ ainsi que la mention manuscrite et dactylographiée "lu et approuvé, bon pour caution solidaire pour la somme de quatre cent quarante-deux mille cent trente trois euros et 75 cts".
A.c En octobre 2006, la mensualité de 4'696 euros 94 n'a pas été payée, le chèque tiré par la débitrice ayant été rejeté pour défaut ou insuffisance de provision, selon le certification délivré par la banque. Par courrier du 14 novembre 2006, la créancière a alors mis en demeure la débitrice de s'exécuter.
A.d E._ Sàrl a modifié sa dénomination sociale en F._ SAS, changeant alors également de forme juridique. F._ SAS a ensuite pris la dénomination sociale B._ SAS. Ces sociétés ont toutes été immatriculées au Registre du commerce et des sociétés de Tours, sous le n° xxxx.
B. B.a Sur réquisition de B._ SAS, l'Office des poursuites de l'arrondissement de Lausanne-Ouest a notifié à la caution A._ un commandement de payer portant sur la somme de 542'712 fr. 50, plus intérêts à 5% l'an, le 16 septembre 2009. Ce document indiquait, comme cause de l'obligation "Défaut de remboursement d'un prêt selon contrat du 30 juin 1999 et d'un avenant au contrat de prêt du 20 juin 2003, conclu avec la société anonyme D._ et avec le poursuivi A._ en tant que caution ou garant". A._ a formé opposition totale.
B.b Le 10 juin 2010, le Juge de Paix du district de l'Ouest lausannois a prononcé la mainlevée provisoire de cette opposition à concurrence de 542'712 fr. 50, plus intérêt à 5% l'an dès le 14 septembre 2006.
B.c Statuant le 3 février 2011, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal de l'Etat de Vaud a partiellement admis le recours de A._, en ce sens que l'opposition formée par A._ est provisoirement levée à concurrence de 518'184 fr. 80, plus intérêt à 5% l'an dès le 14 septembre 2006, et de 14'537 fr. 95 sans intérêt.
C. Par mémoire posté le 11 juillet 2011, A._ exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Il conclut à la réforme de l'arrêt attaqué, en ce sens que la requête de mainlevée provisoire est rejetée. Il invoque la violation de l'<ref-law> et de l'art. 1690 du Code civil français. Par acte séparé du 9 août 2011, le recourant a requis d'être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.
Aucune observation n'a été requise.
D. Par ordonnance du 11 août 2011, la Présidente de la Cour de céans a accordé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. Le recours est déposé en temps utile (<ref-law>) contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>) par une juridiction cantonale de dernière instance ayant statué sur recours (<ref-law>); la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>); le recourant, qui a succombé devant l'autorité précédente, a qualité pour recourir (<ref-law>).
2. 2.1 Le jugement de mainlevée n'est pas assimilé à des mesures provisionnelles. Tous les griefs des art. 95 et 96 LTF sont donc recevables à son encontre (<ref-ruling> consid. 1.5.). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) et n'est lié ni par les motifs invoqués par les parties ni par l'argumentation juridique retenue par l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 3.1). Compte tenu de l'obligation de motiver qui incombe au recourant en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.4), il n'examine cependant pas toutes les questions juridiques qui peuvent se poser, mais seulement celles qui sont soulevées devant lui (<ref-ruling> consid. 2.2).
En outre, par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur la violation de droits constitutionnels que si un tel grief a été invoqué et motivé par la partie recourante (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé d'une manière claire et détaillée conformément au principe d'allégation (<ref-ruling> consid. 3 et les arrêts cités). De même, dans les contestations de nature pécuniaire, le Tribunal fédéral corrige l'application du droit étranger uniquement si celle-ci est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., et si le recourant invoque ce grief conformément aux exigences précitées (art. 96 let. b a contrario LTF; <ref-ruling> consid. 3.1). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2 et les arrêts cités).
2.2 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les constatations de l'autorité précédente ont été établies de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.5, 397 consid. 1.5; <ref-ruling> consid. 8.1) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend s'écarter des constatations de fait de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> sont réalisées, étant rappelé que l'appréciation des preuves n'est arbitraire que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, s'il a omis, sans raison sérieuse, de tenir compte d'un moyen important propre à modifier la décision attaquée ou encore si, sur la base des éléments recueillis, il a fait des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.1.2; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 2.1). Pour le surplus, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 3 et les arrêts cités).
3. Dans un premier grief, le recourant se plaint de la violation de l'<ref-law>. Il reproche à l'autorité cantonale d'avoir admis à tort l'identité entre le créancier et le poursuivant.
3.1 Dans la procédure de mainlevée provisoire, le juge vérifie d'office, notamment, l'identité entre le poursuivant et le créancier désigné dans le titre, l'identité entre le poursuivi et le débiteur désigné et l'identité entre la prétention déduite en poursuite et la dette reconnue (arrêt 5A_696/2007 du 4 février 2008 consid. 2; PIERRE-ROBERT GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, Art. 1-88, 1999, n°73 s. ad <ref-law>).
3.2 L'autorité cantonale a retenu que la société poursuivante, B._ SAS, avait succédé à C._ Sàrl, dont la dénomination sociale s'était modifiée en E._ Sàrl, puis en F._ SAS. Pour parvenir à cette constatation, elle a relevé que les extraits du Registre du commerce et des sociétés produits se référaient tous à la société référencée sous le n° xxxx, qui figurait également sous la forme xxxx dans le contrat de prêt du 30 juin 1999 et sous la forme xxxx dans l'avenant du 20 juin 2003. Malgré le changement de forme juridique et de dénomination sociale, il n'y avait, selon elle, aucun doute sur l'identité entre la créancière désignée dans le titre et la poursuivante.
3.3 Le recourant soutient qu'on ignore tout de la vocation du numéro de référence qui figure dans les extraits du Registre français du commerce et des sociétés et que l'intimée n'a pas cherché à établir qu'en France, chaque société serait dotée d'un seul numéro de référence qui permettrait son identification facilitée. Elle conclut qu'il n'est pas vraisemblable que la poursuivante soit la même société que la créancière.
3.4 Bien que le recourant invoque l'<ref-law> à cet égard, il se plaint en réalité de la violation de l'art. 9 Cst., soit de l'appréciation arbitraire des extraits du Registre du commerce français, sur lesquels l'autorité cantonale s'est fondée pour admettre l'identité du créancier et du poursuivant. Or, le recourant n'expose pas les règles du droit français sur le fonctionnement du Registre du commerce et des sociétés français, ni celles sur les conséquences du passage d'une forme juridique de société à une autre. Il ne démontre pas en quoi il serait arbitraire, de la part de l'autorité cantonale, de retenir, sur la base du même numéro d'immatriculation au Registre du commerce et des sociétés de Tours, que la poursuivante est identique à la créancière, B._ SAS ayant succédé à E._ Sàrl suite à un changement de forme juridique et de raison sociale. Outre le fait que le recourant n'a même pas soulevé le droit constitutionnel pertinent, soit l'art. 9 Cst., son argumentation lapidaire est appellatoire, partant irrecevable (cf. supra consid. 2.1).
4. Dans un second grief, le recourant se plaint de la violation de l'<ref-law> au motif que l'autorité cantonale a admis que l'intimée était au bénéfice d'une reconnaissance de dette concernant le prêt garanti.
4.1 L'autorité cantonale a jugé que les actes des 30 juin 1999 et 20 juin 2003 constituaient une reconnaissance de la dette principale. Elle a qualifié la convention liant les parties de contrat de prêt, en retenant que les avances versées au débiteur étaient fermes et d'un montant déterminé. Elle a aussi précisé que le recourant, caution du prêt et représentant de la débitrice, avait expressément reconnu que l'entier du prêt avait été versé.
4.2 Le recourant ne conteste pas la qualification de prêt du contrat liant la débitrice principale et la créancière; il ne soulève en outre pas de grief selon lequel l'autorité précédente aurait appliqué de manière arbitraire le droit français, régissant les contrats. Toutefois, pour peu qu'on comprenne sa motivation, il semble dire que l'acte de 1999 ne constitue pas une reconnaissance de la dette principale. A l'appui de son propos, le recourant relève que l'intimée avait admis, dans le contrat de juin 2003, que l'emprunteur avait remboursé une partie de la créance après la signature des contrats de 1999 et 2003. En conséquence, pour obtenir la mainlevée, la poursuivante aurait dû, selon lui, produire une reconnaissance de dette pour le solde de la créance principale qui reste effectivement dû au moment de la poursuite, conformément à l'<ref-ruling>.
4.2 Le recourant ne conteste pas la qualification de prêt du contrat liant la débitrice principale et la créancière; il ne soulève en outre pas de grief selon lequel l'autorité précédente aurait appliqué de manière arbitraire le droit français, régissant les contrats. Toutefois, pour peu qu'on comprenne sa motivation, il semble dire que l'acte de 1999 ne constitue pas une reconnaissance de la dette principale. A l'appui de son propos, le recourant relève que l'intimée avait admis, dans le contrat de juin 2003, que l'emprunteur avait remboursé une partie de la créance après la signature des contrats de 1999 et 2003. En conséquence, pour obtenir la mainlevée, la poursuivante aurait dû, selon lui, produire une reconnaissance de dette pour le solde de la créance principale qui reste effectivement dû au moment de la poursuite, conformément à l'<ref-ruling>.
4.3 4.3.1 Dans la poursuite contre la caution solidaire, le poursuivant ne peut obtenir la mainlevée provisoire de l'opposition que si l'acte de cautionnement est accompagné d'une reconnaissance de dette signée du débiteur principal (<ref-ruling> consid. 2b; arrêt 5A_42/2007 du 25 janvier 2008 consid. 4, non publié in <ref-ruling>) et si la dette principale est exigible (GILLIÉRON, op. cit., n° 53 ad <ref-law>; DOMINIK VOCK, Kurzkommentar, Schuldbetreibungs- und Konkursgesetz, 2009, n° 29 ad <ref-law>).
4.3.2 Constitue une reconnaissance de dette, au sens de l'<ref-law>, l'acte authentique ou sous seing privé signé par le poursuivi, d'où ressort sa volonté de payer au poursuivant, sans réserve ni condition, une somme d'argent déterminée, ou aisément déterminable, et échue (<ref-ruling> consid. 4.2.2 et 627 consid. 2 et les arrêts cités).
4.3.3 Le contrat de prêt d'une somme déterminée constitue une reconnaissance de dette pour le remboursement du prêt, pour autant que le débiteur ne conteste pas avoir reçu la somme prêtée (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4.2). En revanche, le contrat d'ouverture de crédit en compte courant ne constitue une reconnaissance de dette ni pour la limite du crédit, ni pour le solde passif du compte. En effet, le montant de la dette n'est ni déterminé ni déterminable au moment de la conclusion du contrat, mais, au contraire, évolutif (ATF <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4; arrêt 4A_127/2010 du 7 février 2010 consid. 5). Il est déterminé par le preneur de crédit, qui peut, dans la limite qui lui est fixée, effectuer, selon ses besoins, des retraits et devenir débiteur de la banque. Les retraits et remboursements sont comptabilisés en compte courant; ces prétentions et contre-prétentions s'éteignent par compensation, si bien qu'une nouvelle créance prend naissance à concurrence du solde (<ref-ruling> consid. 2.2.1 et 2.2.2; DANIEL GUGGENHEIM, Les contrats de la pratique bancaire suisse, 4ème éd., 2000, 255). C'est pourquoi, le créancier du solde du crédit en compte courant qui veut obtenir la mainlevée provisoire de l'opposition doit être au bénéfice d'un bien-trouvé ("Richtigbefund") signé par le débiteur, c'est-à-dire une reconnaissance d'exactitude du solde (ANDRÉ PANCHAUD/MARCEL CAPREZ, La mainlevée de l'opposition, 1980, §79 n° 1; VOCK, op. cit., n° 25 ad <ref-law>). C'est cette règle qu'a confirmée le Tribunal fédéral à l'<ref-ruling>, en précisant en outre que le bien-trouvé signé par le débiteur principal du compte courant vaut aussi reconnaissance de dette à l'égard de la caution, la signature du bien-trouvé par celle-ci n'étant en revanche pas nécessaire.
L'obligation de remboursement par acomptes ou annuités dans un délai déterminé à l'avance constitue une caractéristique du contrat de prêt. De par sa nature, le crédit en compte courant exclut, lui, tout amortissement: après chaque opération naît une créance correspondant au solde, du fait de la compensation constante des divers postes du compte (arrêt 5P.137/1993 du 11 août 1993 consid. 2).
Lorsque le créancier procède à des avances fermes en faveur du débiteur, même placées sur un compte courant, il s'agit d'un prêt, et non d'un crédit en compte courant (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2c; arrêt 5P.183/1994 du 8 septembre 1994 consid. 3c; GUGGENHEIM, op. cit., 255 s.). Le contrat sur la base duquel les avances ont été effectuées, signé par le débiteur, vaut donc reconnaissance de dette dans la poursuite en remboursement de ces avances, pour autant que le débiteur ne conteste pas que les versements ont été effectués.
4.3.4 En l'espèce, la cour cantonale a retenu que les contrats passés en 1999 et 2003 étaient régis par le droit français. Elle a ensuite qualifié de prêt la relation contractuelle liant les parties principales, le crédit ayant été versé sous la forme d'avances fermes, déterminées, et remboursables par mensualités dans un délai déterminé. Le recourant ne conteste pas cette qualification. Il se méprend donc lorsqu'il entend déduire de l'<ref-ruling> précité que, pour obtenir la mainlevée provisoire, l'intimée aurait dû produire, outre les contrats de prêt et de cautionnement, une reconnaissance du solde du compte "à une date proche de la poursuite". La règle selon laquelle le poursuivant doit être au bénéfice d'un bien-trouvé signé s'applique lorsque la dette en cause a pour fondement un crédit en compte courant, et non, comme en l'espèce, un prêt. Le contrat de 1999 et son avenant du 20 juin 2003 constituent donc bien, à eux seuls, une reconnaissance de la dette principale.
5. Se fondant sur l'<ref-law>, le recourant semble aussi invoquer l'extinction de la dette principale, à titre de moyen libératoire. Il relève qu'on peut penser que la débitrice a effectué d'autres versements depuis le 20 novembre 2006 et que, de ce fait, il n'est pas établi que la débitrice est encore redevable d'un montant envers la créancière.
5.1 Constatant que le recourant n'avait établi aucun paiement postérieur au mois de mars 2006, la cour cantonale a retenu que le capital restant dû était de 342'171 euros.
5.1 Constatant que le recourant n'avait établi aucun paiement postérieur au mois de mars 2006, la cour cantonale a retenu que le capital restant dû était de 342'171 euros.
5.2 5.2.1 Conformément à l'<ref-law>, le poursuivi peut faire échec à la mainlevée provisoire en rendant immédiatement vraisemblable, en principe par titre, sa libération. Lorsque le juge statue sous l'angle de la simple vraisemblance, il doit, en se fondant sur des éléments objectifs, avoir l'impression que les faits allégués se sont produits, sans exclure pour autant la possibilité qu'ils se soient déroulés autrement (<ref-ruling> consid. 4.1.2). Le poursuivi peut notamment se prévaloir de tous les moyens de droit civil qui infirment la reconnaissance de dette (arrêt 5A_905/2010 du 10 août 2011 consid. 2.1), tels que des exceptions concernant la validité de la reconnaissance de dette ou la naissance de l'engagement, la portée de l'engagement, ou encore de l'extinction de l'engagement, par exemple par le paiement de la dette (DANIEL STAEHELIN, Basler Kommentar, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs I, 2ème éd., 2010, n°91 ad <ref-law>; WALTER A. STOFFEL/ISABELLE CHABLOZ, Voies d'exécution, 2ème éd., 2010, 120).
Lorsqu'une poursuite est engagée contre la caution, celle-ci peut rendre vraisemblables ses exceptions tenant à l'existence et au montant de la dette principale à titre de moyen libératoire au sens de l'<ref-law> (STAEHELIN, op. cit., n° 134 ad <ref-law>; VOCK, op. cit., n° 30 ad <ref-law>). En effet, la garantie étant l'accessoire de la dette principale, la caution doit être autorisée à faire valoir ses moyens concernant tant sa dette que la dette principale.
5.2.2 En l'espèce, en affirmant qu'il n'est pas établi que la société D._ SA serait encore débitrice du prêt, en raison d'éventuels versements qu'elle aurait pu faire, le recourant entend soulever un moyen libératoire tiré de l'extinction de la dette principale par le paiement. Or, il reconnaît lui-même que ces paiements ne sont pas établis. Il n'invoque même pas avoir tenté de rendre immédiatement vraisemblable cet argument durant la procédure cantonale. Le recourant supporte donc l'échec de la preuve du moyen libératoire et son grief doit être rejeté.
6. Dans un dernier grief, le recourant invoque la violation de l'art. 1690 du Code civil français. Il prétend que le prêt n'a pas été effectué par C._ Sàrl mais par G._ personnellement, sans qu'aucune cession de créance ne soit intervenue, conformément à l'art. 1690 précité. A cet égard, il explique que, de l'art. 1 du contrat du 1er février 1999 [recte: 30 juin 1999], il ressort que l'essentiel des versements a été effectué par ce dernier personnellement et que le contrat prévoit à ce sujet qu'"il est entendu que ces avances ont été faites par M. G._ pour le compte de la société C._, et que celui-ci fait son affaire personnelle de la régularisation de cette situation dans les livres du prêteur".
En d'autres termes, le recourant prétend que G._ serait en réalité le créancier de la dette de prêt, faute de cession de créance entre ce dernier et la société à responsabilité limitée. Or, le recourant a lui-même admis, dans son mémoire, que la société C._ Sàrl figurait comme créancière dans les documents contractuels et la question de l'identité de cette société avec l'intimée, suite à la transformation de la forme juridique, a déjà été tranchée (cf. supra consid. 3.4). Au demeurant, pour critiquer l'application du droit étranger dans une affaire de nature patrimoniale, le recourant doit invoquer l'art. 9 Cst. et expliquer de façon motivée en quoi l'arrêt attaqué est arbitraire sur ce point (cf. supra consid. 2.1). En l'espèce, le recourant ne présente pas une telle motivation. Son grief, purement appellatoire, est irrecevable.
7. En conclusion, le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable. Les frais de justice, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge du recourant, qui succombe (<ref-law>). La requête d'assistance judiciaire déposée par ce dernier est rejetée, faute de chances de succès (<ref-law>). Aucune indemnité n'est due à l'intimée, qui n'a pas été invitée à se déterminer au fond et qui a succombé à la requête d'effet suspensif (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire du recourant est rejetée.
3. Les frais de justice, arrêtés à 3'000 fr., sont mit à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 10 octobre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Achtari