Faits:
A. L'Etat de Genève, par le Département des constructions et des technologies de l'information (ci-après: le Département), a initié un concours d'architecture pour la réalisation d'un collège et d'un parking P+R de trois cents places sur le plateau de C._, selon publication dans la Feuille d'Avis Officielle de la République et Canton de Genève (ci-après: FAO) du 26 janvier 2009. Il s'agissait d'un concours à un degré en procédure ouverte sur des avant-projets en conformité avec le règlement SIA 142, édition 1998. La procédure était soumise à l'accord intercantonal sur les marchés publics du 25 novembre 1994 (AIMP; RSGE L 6 05), au règlement sur la passation des marchés publics du 17 décembre 2007 (RMP; RSGE L 6 05.01),à la loi fédérale du 6 octobre 1995 sur le marché intérieur (LMI; RS 943.02), ainsi qu'à l'Accord OMC sur les marchés publics.
Le Département a élaboré un programme de concours contenant les clauses relatives à la procédure, les prescriptions du cahier des charges et différentes annexes.
B. En juin 2009, le jury du concours a rendu son rapport final. A l'unanimité, il a attribué le premier rang et le premier prix au projet "D._" du bureau Z._ Architectes SA (ci-après: l'adjudicataire). Le jury a toutefois précisé qu'un point de ce projet devait notamment être affiné en rapport avec les recommandations de l'Office de la mobilité du canton de Genève, à savoir le positionnement et la disposition de la rampe d'accès au parking. L'adaptation de ce point n'aurait aucune incidence sur la qualité générale du projet.
Le deuxième rang et le deuxième prix a été obtenu par le projet "E._" du bureau X._ Architectes, A._ et B._ (ci-après: les intéressés).
Le résultat du concours a fait l'objet d'une publication dans la FAO du 15 juin 2009 avec la précision que l'avis de résultat d'un concours ne représentait pas une décision d'adjudication et n'était pas sujette à recours, sauf auprès de la Commission des concours de la SIA.
Le 29 septembre 2009, les intéressés ont déposé une plainte au sens de l'art. 23 du programme du concours en mains de la SIA au motif que le jury avait attribué le premier prix au projet "D._" qui ne respectait pas le cahier des charges impératif du concours, en particulier le chiffre 33, en tant qu'il prescrivait que la rampe d'accès du parking devait être située à au moins 80 mètres du chemin de la F._.
Par décision publiée dans la FAO du 11 janvier 2010, le Département a adjugé le mandat à la lauréate du concours. Par mémoire du 20 janvier 2010, X._ Architectes, A._ et B._ ont déposé auprès du Tribunal administratif du canton de Genève un recours contre la décision du 11 janvier 2010. Après avoir entendu les parties, le Tribunal administratif a rejeté la demande de restitution de l'effet suspensif. Le 18 février 2010, le Département a demandé à l'adjudicataire de se mettre au travail. La SIA a confirmé que la plainte déposée le 29 septembre 2009 par les intéressés contre la décision du jury était irrecevable, parce qu'elle n'avait pas été déposée en temps utile. La décision du jury était entrée en force de chose jugée.
C. Par arrêt du 4 mai 2010, le Tribunal administratif a rejeté le recours. Il a en particulier retenu qu'il n'y avait pas eu de violation du droit d'être entendu, qu'il n'était pas compétent pour revoir une décision du jury de concours et que le recours n'avait nullement mis en cause la décision d'adjudication en tant que telle mais uniquement la décision du jury.
D. Par écriture parvenue au Tribunal fédéral le 21 juin 2010, X._ Architectes SA, composé de A._ et B._, ont formé un "recours de droit public" contre l'arrêt du Tribunal administratif du 4 mai 2010. En substance, ils font valoir une violation du droit d'être entendu, la constatation manifestement erronée des faits, une décision arbitraire et invoquent en bloc toutes les dispositions de la LTF, de la LMI, de l'AIMP, les art. 1 ss de la Constitution fédérale, notamment les art. 5 al. 1 et 3, 9, 27, 29, 35, 49, 94, 96, 164 al. 1, 188 ss.
Appelés à se déterminer, l'adjudicataire et le Département des constructions et des technologies de l'information du canton de Genève, par son Conseiller d'Etat, concluent principalement à l'irrecevabilité du recours et subsidiairement à son rejet, sous suite de frais et dépens, conclusions également adoptées par. Le Tribunal administratif s'en rapporte à la justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF); il revoit donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 3 et les arrêts cités).
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (art. 29 al. 1 LTF); il revoit donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 3 et les arrêts cités).
1.1 1.1.1 La cause relève du droit des marchés public (art. 82 let. a et 83 let. f LTF). L'arrêt attaqué, qui a été rendu par un tribunal cantonal supérieur statuant en dernière instance, sans qu'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral ne soit ouvert (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), peut en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral, aux conditions prévues par l'art. 83 let. f LTF. Selon cette disposition, le recours en matière de droit public n'est recevable contre les décisions en matière de marchés publics qu'à la double condition que la valeur du mandat à attribuer soit supérieure ou égale aux seuils déterminants prévus à cet effet et que la décision attaquée soulève une question juridique de principe (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 194 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 398). Il incombe à la partie recourante, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer la réalisation de ces deux conditions (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 398 s.).
1.1.2 En dépit de l'entrée en vigueur de la LTF depuis bientôt quatre ans, les recourants semblent encore ignorer que le recours de droit public n'existe plus et qu'il a été remplacé par le recours en matière de droit public et le recours constitutionnel subsidiaire. Le Tribunal fédéral convertit néanmoins les recours mal intitulés dans la mesure où ils répondent aux conditions de recevabilité de l'un des recours prévus par la LTF.
En l'espèce, les recourants n'ont pas dit un mot sur la recevabilité du recours en matière de droit public au regard des exigences de l'art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF qu'ils ne citent même pas. De ce seul fait, le recours en matière de droit public est irrecevable. Seul reste ouvert le recours constitutionnel subsidiaire.
1.1.3 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par la partie recourante (art. 106 al. 2 LTF par renvoi de l'art. 117 LTF). Cette dernière disposition reprend le principe d'allégation (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254). En application de ce principe, la partie recourante ne peut, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit au contraire préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 399 s. et les arrêts cités).
Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 118 al. 1 LTF). Il peut néanmoins rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis en violation d'un droit constitutionnel (art. 118 al. 2 LTF en relation avec l'art. 116 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer d'une manière circonstanciée et précise, conformément aux exigences de motivation posées à l'art. 106 al. 2 LTF (par renvoi de l'art. 117 LTF; cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444 s.).
1.1.4 La conclusion invitant le Tribunal fédéral "à dire que l'adjudication n'a pas lieu d'être tant qu'une décision finale n'aura pas été prise sur la validité du choix du jury dont in casu doit découler l'adjudication des travaux" est irrecevable du moment que l'adjudication a déjà eu lieu, comme cela ressort des faits retenus par le Tribunal administratif.
2. En l'espèce, qu'il s'en prenne aux faits retenus par le Tribunal administratif ou à l'application du droit, le recours est rédigé de manière appellatoire.
2.1 Les recourants se plaignent de la violation de leur droit d'être entendus. A cet effet, ils se contentent d'affirmer qu'"en laissant entendre que le droit d'être entendu consiste en Suisse, pour le justiciable, en le devoir de recevoir des leçons d'autorités souveraines, tout au long d'un parcours tracé d'avance et qui le conduirait de la première instance au Tribunal fédéral, le Tribunal administratif, méconnaît gravement le droit, au point de commettre un arbitraire". Cette formulation ne répond pas aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Le grief est irrecevable.
2.2 Sous le titre "Distorsion de la concurrence et violation du droit", les recourants reproduisent in extenso le texte d'un de leurs recours antérieurs, ce qui est inadmissible eu égard aux exigences de motiva- tion prévues par les art. 42 (arrêt 4A_180/2009 du 20.5.2009; arrêt 5A_578/2008 du 1.10.2008) et 106 al. 2 LTF. Pour ce dernier article, il est évidemment insuffisant de déclarer que "l'entorse à tous les principes fondamentaux du droit suisse est si grosse que la doctrine n'a probablement pas encore eu à traiter le cas!" Et plus loin: "il appert que le meilleur moyen de fausser, volontairement ou non, le jeu de la libre concurrence consiste à piper les règles du jeu, certains candidats devant parcourir le 100 mètres avec des chaussures de plomb et d'autres avec des chaussures de sprinter!" Cette formulation ne répond pas non plus aux exigences de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF. Le grief est irrecevable.
2.3 Les recourants s'en prennent ensuite au "constat manifestement erroné des faits et à la décision objectivement arbitraire". A cet effet, ils se bornent à affirmer que c'est à tort que le Tribunal administratif a considéré que la plainte déposée par leurs soins auprès de la commission SIA était entrée en force. Ignorant à nouveau complètement les règles régissant la procédure devant le Tribunal fédéral, ils se prévalent d'une pièce adressée le 31 mai 2010 à la SIA, qui est postérieure à la date de l'arrêt attaqué. Il s'agit là de nova irrecevables devant le Tribunal fédéral (art. 99 al. 1 LTF). A cela s'ajoute que l'arbitraire dans l'appréciation des faits implique que la correction du vice relatif au fait retenu à tort soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF), ce que la partie recourante doit démontrer. Or, c'est à nouveau en vain que l'on cherche un début d'argumentation sur ce point. Le grief est irrecevable.
2.4 A l'appui de leur dernier grief intitulé "de la critique de la décision d'adjudication des travaux", les recourants s'en tiennent à la présentation d'une simple copie du texte du recours déposé devant le Tribunal administratif, ce qui est irrecevable, comme cela a déjà été rappelé. En aucun moment, les recourants n'invoquent une norme de droit cantonal qui aurait été, le cas échéant, appliquée de manière arbitraire. Plus encore, en page 17 in fine, ils s'en prennent au contenu du prononcé du Tribunal arbitral, qui ne saurait faire l'objet du présent recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 LTF). Ce grief est aussi irrecevable.
2.5 Enfin, en page 18 de leur mémoire, les recourants citent en vrac toute une série de dispositions de droit constitutionnel, fédéral et intercantonal qui auraient été violées par le Tribunal administratif, ainsi "les art. 1 ss Cst., notamment les articles 5 al. 1 et 3 (Etat de droit, intérêt public, proportionnalité, bonne foi), 9 (contre l'arbitraire; protection de la bonne foi), 27 (liberté économique) etc, ou encore 1 et suivants LMI, 1 et suivants AIMP". Un tel mode de faire ne correspond à nouveau en rien aux obligations de motivation qui s'imposent aux recourants en application des art. 42 et 106 al. 2 LTF.
2.6 Le recours constitutionnel subsidiaire est par conséquent irrecevable.
3. Les considérants qui précèdent conduisent l'irrecevabilité du recours. Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'ont pas droit à des dépens (art. 68 al. 1 LTF). Ils verseront une indemnité à titre de dépens à l'adjudicataire, qui obtient gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 8'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants
3. Une indemnité de dépens de 8'000 fr. à charge des recourants solidairement est allouée à Z._ Architectes SA.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants et de Z._ Architectes SA, au Département des constructions et des technologies de l'information et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 6 novembre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey