Ritenuto in fatto :
A.- A._ è proprietaria dei fondi n. XXX e YYY di Monteggio e la B._ SA della particella confinante n. ZZZ, situata fuori della zona edificabile. Nel corso del 1995 la B._ SA ha trasformato senza autorizzazione il fabbricato che sorge sul suo fondo; il 26 aprile 1996 il Municipio di Monteggio le ha quindi rilasciato una licenza edilizia in sanatoria, respingendo un' opposizione della vicina. A._ ha presentato ricorso al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, il quale ha confermato la licenza con decisione dell'11 settembre 1996.
Nel frattempo, il 30 maggio 1996, il Presidente del Governo aveva revocato l'effetto sospensivo al ricorso, autorizzando in via provvisionale la B._ SA a continuare l'attività nell'edificio trasformato senza licenza.
Questa decisione presidenziale è stata annullata il 19 luglio 1996 dal Tribunale cantonale amministrativo, adito da A._.
B.- Ritenuto che, malgrado la decisione del 19 luglio 1996, la B._ SA avrebbe continuato l'attività e che il Consiglio di Stato, in particolare il suo Presidente, non sarebbero intervenuti per far rispettare la decisione, il 3 settembre 1996 A._ ha nuovamente adito il Tribunale amministrativo. Censurava l'inattività del
Consiglio di Stato, rispettivamente del suo Presidente, e chiedeva l'adozione di provvedimenti cautelari volti a far sospendere, con effetto immediato, l'attività svolta sulla particella n. ZZZ.
Il 30 settembre 1996 A._ ha impugnato dinanzi al Tribunale amministrativo la decisione governativa dell'11 settembre precedente, che confermava la licenza edilizia; la procedura è rimasta sospesa dal 30 ottobre 1996 al 13 maggio 1998, in vista di un accordo transattivo tra le parti.
Riattivata la causa, con sentenza del 30 settembre 1999, il Tribunale amministrativo ha annullato sia la licenza edilizia sia la decisione del Consiglio di Stato che la confermava, ritenendo la trasformazione litigiosa eccedente i limiti dell'art. 24 cpv. 2 LPT.
C.- Il 27 ottobre 1999 A._ si è aggravata dinanzi al Consiglio di Stato per un'asserita inattività del Comune di Monteggio, al quale pure aveva chiesto di intervenire per ripristinare la situazione di legalità. L'insorgente rilevava che, qualora il Consiglio di Stato non avesse ordinato l'immediata sospensione dell'attività della B._ SA entro 5 giorni, tale inazione sarebbe stata considerata un diniego di giustizia. Il Governo ha trattato lo scritto di A._ quale istanza di intervento all'autorità di vigilanza e lo ha trasmesso alla Sezione degli enti locali, che lo ha intimato al Municipio di Monteggio, invitandolo a presentare le osservazioni entro il termine di 7 giorni.
Il 10 novembre 1999 A._ ha quindi presentato un ricorso con istanza di provvedimenti cautelari urgenti al Tribunale amministrativo contro l'inattività del Municipio di Monteggio e del Consiglio di Stato. La Corte cantonale ha intimato l'atto alle parti, assegnando loro un termine di 15 giorni per rispondervi.
D.- Con un ricorso di diritto amministrativo del 5 dicembre 1999 A._ insorge contro l'inattività del Tribunale amministrativo: esso non avrebbe infatti dato seguito alla richiesta di emanare un ordine di ripristino e, in particolare, un provvedimento cautelare volto a far sospendere l'attività della B._ SA entro il termine di 5 giorni, ma si sarebbe limitato a chiedere una risposta alle parti. La ricorrente fa valere una violazione dell' art. 4 vCost. e chiede di ordinare, in via cautelare, l'immediata sospensione dell'attività produttiva della ditta e, nel merito, il ripristino dell'edificio sito sulla particella n. ZZZ nella situazione precedente alle modifiche eseguite senza autorizzazione, così da impedirvi qualsiasi attività lavorativa.
La B._ SA, il Municipio di Monteggio e il Consiglio di Stato postulano la reiezione del ricorso. Il Tribunale cantonale amministrativo e la Sezione della protezione dell'aria e dell'acqua non hanno formulato particolari osservazioni, mentre l'Ufficio giuridico del Dipartimento del territorio si è rimesso al giudizio del Tribunale federale.
E.- Il 3 dicembre 1999 il Tribunale amministrativo ha statuito sul ricorso 3 settembre 1996 - la cui trattazione era stata sospesa per oltre 18 mesi nelle viste di un accordo tra le parti - e lo ha ritenuto privo di oggetto: con l'emanazione del giudizio di merito dell'11 settembre 1996 sarebbe in effetti venuta a cadere la competenza del Presidente del Consiglio di Stato di adottare provvedimenti cautelari.
F.- Il 19 gennaio 2000 il Presidente della I Corte di diritto pubblico ha respinto l'istanza di provvedimenti cautelari urgenti contenuta nel ricorso.

Considerando in diritto :
1.- Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti, senza essere vincolato, in tale ambito, dagli argomenti delle parti o dalle loro conclusioni (<ref-ruling> consid. 1a, 125 I 14 consid. 2a, 253 consid. 1a).
a) L'art. 34 cpv. 1 LPT dispone che il ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale secondo l'art. 97 OG è ammesso contro le decisioni cantonali di ultima istanza concernenti indennità per restrizioni della proprietà (art. 5 LPT) e autorizzazioni giusta l'art. 24 LPT (<ref-ruling> consid. 1). In quest'ultimo caso è irrilevante che con l'impugnata decisione si sia rilasciata oppure negata l'autorizzazione stessa (<ref-ruling> consid. 1a); inoltre, il ricorso di diritto amministrativo è ammissibile contro le decisioni su costruzioni e impianti sottoposti a un'autorizzazione eccezionale, ma per le quali a torto l'art. 24 LPT non è stato applicato (<ref-ruling> consid. 1a). L'ingiustificato rifiuto o ritardo di statuire è assimilato a una decisione (art. 97 cpv. 2 OG).
La ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di essersi rifiutata di emanare sia un ordine di demolizione del fabbricato sia, in via cautelare, un ordine di sospensione dell'attività produttiva.
L'eventuale eliminazione di costruzioni vietate dalla LPT può essere ordinata sulla base dell'art. 24 LPT, senza che sia necessaria un'ulteriore disposizione esplicita (<ref-ruling> consid. 6c, 105 Ib 272 consid. 1b; decisione inedita del 20 dicembre 1995 in re M., consid. 5a, apparsa in RDAT II-1996, n. 30, pag. 102). In concreto, la richiesta formulata dalla ricorrente dinanzi all'ultima istanza cantonale di intervenire per ripristinare una situazione di legalità, segnatamente ordinando la demolizione di una costruzione non conforme alla zona, si fonda sull' art. 24 LPT. Poiché la controversia riguarda l'applicazione di quest'ultima norma, il cui controllo può avvenire con il ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale, la censura dell'asserito diniego di giustizia formale da parte della Corte cantonale deve pure essere presentata con questo rimedio (art. 34 cpv. 1 LPT, art. 97 segg. OG; cfr. anche <ref-ruling> consid. 2b). Considerato l'esito del ricorso, può invece rimanere indecisa la questione a sapere se anche eventuali provvedimenti cautelari avrebbero potuto essere ordinati direttamente sulla base dell'art. 24 LPT.
b) Secondo l'art. 104 lett. a OG, nell'ambito di un ricorso di diritto amministrativo il ricorrente può far valere la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento. Il diritto federale ai sensi di tale disposizione comprende pure i diritti costituzionali dei cittadini e in tale contesto il potere d'esame del Tribunale federale è analogo a quello di cui esso beneficia nell'ambito di un ricorso di diritto pubblico (<ref-ruling> consid. 2a, 123 II 385 consid. 3a, 122 IV 8 consid. 1b, 120 Ib 224 consid. 2a).
c) La ricorrente, proprietaria del fondo confinante e parte nella procedura cantonale, ha un interesse degno di protezione a ottenere dal Tribunale amministrativo, entro un termine ragionevole, una decisione sul suo gravame. Essa è pertanto legittimata, secondo l'art. 103 lett. a OG, a impugnare l'asserito rifiuto di decidere dell'ultima istanza cantonale.
d) In data 3 dicembre 1999 il Tribunale amministrativo ha statuito sul ricorso del 3 settembre 1996 inoltrato dalla ricorrente contro l'inattività del Consiglio di Stato e del suo Presidente, dichiarandolo privo di oggetto. Secondo la giurisprudenza è esclusa la possibilità di fare valere il ritardo o diniego di giustizia quando una decisione, fosse pure illegale o irregolare, è stata emanata (<ref-ruling> consid. 5a). Nella misura in cui viene censurato il ritardo della Corte cantonale nell'evadere quel gravame, il presente ricorso è pertanto privo di oggetto.
e) Il ricorso di diritto amministrativo è ammissibile contro le decisioni delle ultime istanze cantonali (art. 34 cpv. 1 LPT, 98 lett. g OG). In quanto la ricorrente censura l'inattività del Municipio di Monteggio e del Consiglio di Stato, il gravame è inammissibile; gli eventuali ritardi delle precedenti autorità devono infatti essere censurati, come del resto è avvenuto, davanti alle competenti istanze di ricorso giusta l'art. 45 della legge ticinese di procedura per le cause amministrative del 16 aprile 1966.
In questa sede l'asserita denegata giustizia va quindi esaminata limitatamente alla lamentata tempestiva evasione del ricorso del 10 novembre 1999 da parte del Tribunale amministrativo.
2.- Secondo l'<ref-law> , in procedimenti dinanzi ad autorità giudiziarie o amministrative ognuno ha diritto alla parità ed equità di trattamento, nonché ad essere giudicato entro un termine ragionevole. La giurisprudenza desumeva il divieto del diniego di giustizia formale e della ritardata giustizia già dall'art. 4 vCost. , per cui la prassi relativa alla disposizione previgente può essere applicata anche a questa fattispecie (FF 1997 I 169 segg. ). Nel caso di denegata giustizia, l'autorità competente rimane del tutto inattiva o esamina l'istanza in misura insufficiente; in quello di ritardata giustizia essa non si pronuncia entro un termine adeguato (FF 1997 I 170; <ref-ruling> consid. 3b e c; Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, Berna 1999, pag. 504).
L'obbligo di pronunciarsi entro una scadenza ragionevole impone all'autorità competente di statuire entro un limite che risulti giustificato dalla natura del litigio e dall'insieme delle circostanze del caso (<ref-ruling> consid. 1c, 107 Ib 160 consid. 3b e c; decisione inedita del 26 aprile 1994 in re S., consid. 2, apparsa in ZBl 96/1995, pag. 174). Determinante in proposito è sapere se i motivi che hanno condotto a ritardare la procedura o a negare il giudizio di merito sono obiettivamente fondati; poco importa che la mora sia cagionata da una negligenza dell'autorità o da altri fattori (<ref-ruling> consid. 3 e 5). In particolare devono essere considerati l'ampiezza e le difficoltà del caso, il modo con il quale è stato trattato dall'autorità, l'interesse delle parti e il loro comportamento nella procedura (sentenza inedita del 26 aprile 1994, citata).
Il divieto del diniego di giustizia è pure sancito dall'art. 6 n. 1 CEDU e ha, in linea di principio, la stessa portata di quella dell'<ref-law> (art. 4 vCost. ; <ref-ruling> consid. 2a, 117 Ia 193 consid. 1b). Anche secondo la giurisprudenza della Corte europea dei diritti dell'uomo il carattere ragionevole della durata di un procedimento si valuta secondo le circostanze della causa e tenuto conto in particolare della complessità del caso, del comportamento dell'interessato e di quello delle autorità competenti (sentenze della Corte europea dei diritti dell' uomo dell'8 giugno 1999 in re Numes Violante c. Portogallo e del 12 maggio 1999 in re Ledonne c. Italia, apparse in: Rivista internazionale dei diritti dell'uomo 3/1999, pag. 902, n.25, rispettivamentepag. 860,n.21).
3.- La ricorrente sostiene che il Tribunale amministrativo, non pronunciandosi sulla sua richiesta del 10 novembre 1999 di emanare un ordine di ripristino e provvedimenti cautelari, e non statuendo comunque prima dell' inoltro del suo ricorso, avrebbe commesso un diniego di giustizia formale.
La censura non regge. Benché la ricorrente faccia valere esplicitamente un diniego di giustizia formale, di fatto essa si duole dell'asserito ritardo del Tribunale amministrativo nello statuire sul ricorso del 10 novembre 1999. Non risulta in effetti dagli atti una completa inattività della Corte cantonale: già l'11 novembre 1999 essa intimava l'atto ricorsuale alle parti, assegnando loro un termine di 15 giorni per la risposta; tale termine non è quindi scaduto prima del 27 novembre 1999, laddove il ricorso di diritto amministrativo lamentante il ritardo è stato presentato al Tribunale federale già il 5 dicembre 1999. La ricorrente, al di là della mancanza di una licenza edilizia a favore della B._ SA, non ha addotto dinanzi alla Corte cantonale i motivi impellenti e inderogabili per i quali questa autorità avrebbe dovuto statuire con urgenza, emanando misure provvisionali inaudita parte. La causa comportava l'esame di questioni giuridiche, per cui non si può rimproverare alla Corte cantonale di aver voluto rispettare il diritto di essere sentito delle altre parti. Sia in questa sede come davanti alla Corte cantonale, la ricorrente non ha esposto specificatamente i motivi giustificanti l'adozione di tali misure, segnatamente la minaccia di un danno irreparabile o di un pregiudizio irreversibile dei suoi interessi (cfr. Marco Borghi/Guido Corti, Compendio di procedura amministrativa ticinese, Lugano 1997, pag. 111). Le censure sollevate sembrerebbero mirare più alla tutela dell'interesse generale che alla protezione di quello della ricorrente. Né va dimenticato che la procedura è rimasta sospesa per oltre 18 mesi con l'accordo delle parti stesse, per cui l'improvvisa celerità postulata dalla ricorrente poteva non apparire giustificata. Tenuto conto delle particolarità del caso e dell'insieme delle circostanze, alla Corte cantonale non è ancora imputabile un ritardo inammissibile riguardo all'emanazione del giudizio sui provvedimenti cautelari e quindi, a maggior ragione, sull'ordine di ripristino. Ciò, a questo stadio della lite: è evidente che ulteriori ritardi non potrebbero più essere compatibili con gli obblighi imposti dall'<ref-law> e 6 n. 1 CEDU.
4.- La ricorrente chiede, al fine di evitare ulteriori ritardi, che sia lo stesso Tribunale federale a giudicare nel merito, secondo l'art. 114 cpv. 2 OG. Alla luce di quanto esposto, considerato che la procedura non ha subito sinora ritardi inammissibili, la richiesta non si giustifica; il giudizio di merito deve pertanto essere lasciato alla competente Corte cantonale.
5.- Il ricorso, in quanto non divenuto privo di oggetto, deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1 OG). La ricorrente rifonderà alla B._ SA un'indennità a titolo di ripetibili della sede federale (art. 159 cpv. 1 OG). Non si assegnano invece ripetibili ad autorità vincenti (art. 159 cpv. 2 OG).

Per questi motivi
il Tribunale federale
pronuncia :
1. Nella misura in cui è ammissibile e non è divenuto privo di oggetto, il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 2000. -- è posta a carico della ricorrente, la quale rifonderà alla B._ SA un'indennità di fr. 1500. -- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Monteggio, alla Divisione dell'ambiente, Sezione della protezione dell'aria e dell'acqua, all'Ufficio giuridico del Dipartimento del territorio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.