Faits:
A. Le 6 juin 2008, à la requête de X._ SA, l'Office des poursuites de Genève a fait notifier à Y._ un commandement de payer la somme de 488 fr. avec intérêts à 5 % l'an dès le 1er février 2007, sous déduction de 100 fr. versés le 12 mars 2007 et de 100 fr. versés le 2 mai 2007 (poursuite n° xxx). Le titre de la créance invoquée était: « reconnaissance de dette du 9 mars 2007, cession: factures du cabinet du Dr Z._ cédée au créancier par acte de cession du 24.7.06 ».
La débitrice ayant fait opposition au commandement de payer, la créancière a requis la mainlevée de cette opposition. Par jugement du 6 octobre 2008, le Tribunal de première instance de Genève a rejeté la requête de la créancière parce que, en substance, la lecture du document du 9 mars 2007 ne permettait pas de déterminer la somme restant due, faute en particulier de préciser quels montants avaient été versés.
B. Statuant le 8 janvier 2009 sur appel de la créancière, la Cour de justice du canton de Genève a jugé arbitraire, parce que contraire aux pièces du dossier, la constatation du jugement de première instance selon laquelle le document du 9 mars 2007 ne permettait pas de déterminer la quotité de la dette. N'arrêtant toutefois pas là son examen, elle a vérifié d'office si les documents produits remplissaient toutes les conditions pour valoir reconnaissance de dette et a estimé que tel n'était pas le cas: en effet, la signature figurant sur le document du 9 mars 2007 était très sensiblement dissemblable de la « signature de la débitrice » figurant sous la rubrique « opposition » du commandement de payer; on ne pouvait ainsi retenir, même au stade de la vraisemblance, que la signature sur le document du 9 mars 2007 avait été apposée par la débitrice; or, en l'absence d'une signature émanant de cette dernière, le document en question ne pouvait valoir reconnaissance de dette au sens de l'art. 82 LP. La cour cantonale a par conséquent jugé que la requête de mainlevée avait été écartée avec raison; partant, elle a rejeté l'appel de la créancière.
C. Contre l'arrêt de la cour cantonale, qui lui a été notifié le 13 janvier 2009, la créancière a interjeté un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral le 9 février 2009. Invoquant la violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.), elle conclut principalement à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants, subsidiairement au prononcé de la mainlevée provisoire.
Dans ses observations du 20 février 2009, la cour cantonale précise que dans son arrêt elle a constaté non seulement la différence des signatures figurant sur la reconnaissance de dette et le commandement de payer, mais « également et surtout » l'illisibilité de la signature apposée sur la reconnaissance de dette.
La débitrice n'a pas déposé d'observations.

Considérant en droit:
1. Selon la jurisprudence (<ref-ruling> consid. 1.1, 141 consid. 2), la décision rendue en matière de mainlevée - définitive ou provisoire - de l'opposition est une décision finale au sens de l'art. 90 LTF puisqu'elle met fin à l'instance; elle peut faire l'objet du recours en matière civile (art. 72 al. 2 let. a LTF) lorsque la valeur litigieuse atteint au moins 30'000 fr. (art. 74 al. 1 let. b LTF; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 399/400) ou, exceptionnellement et pour autant que cela soit démontré (art. 42 al. 2 LTF), lorsqu'elle soulève une question juridique de principe (art. 74 al. 2 let. a LTF). Ces deux conditions n'étant pas remplies, c'est à juste titre que la recourante à choisi la voie du recours constitutionnel subsidiaire (art. 113 LTF).
Déposé en temps utile (art. 117 et 100 al. 1 LTF) et dans les formes prévues par la loi (art. 42 LTF), pour violation de l'interdiction de l'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (art. 116 LTF), à l'encontre d'une décision prise par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 114 et 75 LTF), le recours est recevable en principe.
2. Lorsqu'il admet un recours constitutionnel, le Tribunal fédéral peut statuer lui-même sur le fond (art. 107 al. 2 par renvoi de 117 LTF) et donc prononcer la mainlevée de l'opposition, s'il dispose de tous les faits nécessaires; en effet, contrairement à l'ancien recours de droit public, ni le recours en matière civile ni le recours constitutionnel ne sont purement cassatoires (FF 2001, p. 4143).
3. Une décision est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. notamment lorsqu'elle est manifestement insoutenable ou qu'elle méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 2.1).
3.1 L'opposition n'est soumise à aucune forme spéciale. Elle peut être orale ou écrite. L'opposition écrite s'opère soit par lettre adressée à l'office des poursuites, soit par simple mention directe sur le commandement de payer ou par une déclaration à l'agent notificateur qui reproduit la déclaration dans le procès-verbal de notification (art. 74 al. 1 LP; Form. 3; P.-R. GILLIÉRON, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 4e éd. 2005, n. 674; BALTHASAR BESSENICH, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, n. 13 s. ad art. 74 LP). Si le débiteur déclare son opposition au moment de la notification, son opposition est donc consignée sur chaque exemplaire du commandement de payer et le fonctionnaire qui procède à la notification en donne acte en apposant sa signature. Dans cette hypothèse, la loi n'exige pas que le débiteur appose également sa signature.
C'est ce cas de figure qui s'est produit en l'espèce, ainsi que cela ressort clairement de l'exemplaire du commandement de payer versé au dossier, qui ne comporte pas de mention directe de la débitrice, mais uniquement la signature de l'agent notificateur donnant acte de la déclaration d'opposition de celle-ci lors de la notification du 6 juin 2008, la seconde signature figurant sous la rubrique « opposition » étant celle apposée par le préposé le 13 juin 2008 pour l'envoi à la créancière de l'exemplaire qui lui était destiné.
3.2 Au vu de ce qui précède, c'est à juste titre que la recourante reproche à la cour cantonale d'avoir comparé et confondu deux signatures qui, par la force des choses, ne pouvaient qu'être dissemblables, celle de la débitrice apposée sur le document du 9 mars 2007 et celle de l'agent notificateur figurant sous la rubrique « opposition » du commandement de payer.
La cour cantonale s'est fondée exclusivement sur cette dissemblance dans sa décision (consid. 3.2) et non pas, comme elle le prétend dans ses observations, « également et surtout » sur l'illisibilité de la signature figurant sur le document du 9 mars 2007, qu'elle a simplement évoquée « en fait » (consid. B in fine).
En retenant que le document du 9 mars 2007 ne valait pas titre de mainlevée du fait - uniquement - de la dissemblance desdites signatures, la cour cantonale a donc rendu une décision manifestement insoutenable, partant arbitraire au sens de l'art. 9 Cst.
4. Le recours doit par conséquent être admis et la décision attaquée annulée. Le Tribunal fédéral ne disposant pas de tous les faits nécessaires, la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens de ce qui précède.
Les frais de l'instance fédérale doivent être mis à la charge de l'intimée, qui succombe (art. 66 al. 1 LTF).
Ayant agi sans le concours d'un avocat, la recourante n'a pas droit à des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, la décision attaquée annulée et la cause renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 300 fr., sont mis à la charge de l'intimée.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 7 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Fellay