Sachverhalt:
A. Y._, Eigentümer des in A._ gelegenen Grundstücks Nr. 1, und die X._ SA vereinbarten mit Dienstbarkeitsvertrag vom 11./26. Oktober 2007, dass der jeweilige Eigentümer des genannten Grundstücks zu Gunsten der X._ SA eine unbefristete und übertragbare (Personal-)Dienstbarkeit zur Beschränkung der gewerblichen Tätigkeit einräume, wonach auf dem Grundstück kein Handel mit Treibstoffen, Schmiermitteln oder ähnlichen Produkten betrieben werden dürfe. Unter den weiteren Bestimmungen wurde festgehalten, dass die Gegenleistung für die Errichtung der Dienstbarkeit in dem vom 30. Mai/6. Juni 2007 zwischen der X._ SA und der Garage Y._ geschlossenen Liefervertrag geregelt sei.
Mit Grundbuchanmeldung vom 26. Oktober 2007 ersuchte die X._ SA darum, die Dienstbarkeit im Grundbuch einzutragen.
Das Grundbuchamt B._ wies das Begehren am 5. November 2007 ab.
Am 30. Januar 2008 wies das Obergericht (Justizkommission) des Kantons Luzern seinerseits die von der X._ SA gegen die grundbuchamtliche Verfügung erhobene Beschwerde ab.
B. Mit Eingabe vom 12. März 2008 führt die X._ SA Beschwerde in Zivilsachen. Sie verlangt, den obergerichtlichen Entscheid und die Verfügung des Grundbuchamtes B._ vom 5. November 2007 aufzuheben und dieses anzuweisen, die Dienstbarkeit einzutragen; allenfalls sei die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Obergericht beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Der Beschwerde in Zivilsachen unterliegen auch öffentlich-rechtliche Entscheide, die in unmittelbarem Zusammenhang mit Zivilrecht stehen, so unter anderem Entscheide über die Führung des Grundbuches (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG). Dem angefochtenen Entscheid liegt eine vermögensrechtliche Angelegenheit zugrunde. Für eine solche steht in einem Fall der vorliegenden Art die Beschwerde in Zivilsachen nur offen, wenn der Streitwert mindestens 30'000 Franken beträgt (<ref-law>). Trotz der Bestimmung von <ref-law> fehlt im angefochtenen Entscheid die Angabe des Streitwertes. Das Bundesgericht hat diesen deshalb nach Ermessen festzusetzen (<ref-law>). In Anbetracht des Interesses der Beschwerdeführerin an der mit der Dienstbarkeit sicherzustellenden Erfüllung des Liefervertrags, des von der Beschwerdeführerin genannten Umsatzes (593'753 Liter Treibstoff bzw. 5 Mio. Franken für das Jahr 2007) und des geltend gemachten Aufwands von Fr. 42'000.-- für die Ausstattung der Tankstelle ist davon auszugehen, dass der erforderliche Streitwert ohne weiteres erreicht ist.
2. Das Obergericht erklärt unter Berufung auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung, für die Zulässigkeit einer Dienstbarkeit sei erforderlich, dass diese die Beschränkung des Eigentums am belasteten Grundstück beinhalte und nicht einzig zu einer Beschränkung der persönlichen Handlungsfähigkeit des Eigentümers oder anderer Interessierter führe. Dieser Grundsatz ergebe sich aus <ref-law> und gelte auch für die irregulären Dienstbarkeiten im Sinne von <ref-law>, was bei sogenannten negativen Dienstbarkeiten von besonderer Bedeutung sei. Eine solche sei zulässig, wenn sie eine Tätigkeit verbiete, die den körperlichen Zustand, die äussere Erscheinung und den wirtschaftlichen oder sozialen Charakter des Grundstücks bestimme.
Sodann weist die Vorinstanz darauf hin, dass der Wortlaut des hier in Frage stehenden Dienstbarkeitsvertrags, wonach auf dem belasteten Grundstück kein Handel mit Treibstoffen, Schmiermitteln oder ähnlichen Produkten betrieben werden dürfe, wohl umschreibe, welche gewerbliche Tätigkeit nicht ausgeübt werden dürfe, indessen offen lasse, ob und inwieweit dadurch die Grundstücknutzung effektiv eingeschränkt werde. Es seien deshalb die weiteren Vertragsbestimmungen und die bekannten Umstände heranzuziehen. Gemäss Ziffer 2 (der "Weitere[n] Bestimmungen") des Dienstbarkeitsvertrags werde die Gegenleistung für die Errichtung der Dienstbarkeit im Liefervertrag zwischen der Beschwerdeführerin und der Garage Y._ geregelt. Auch bezüglich der Dauer des Dienstbarkeitsvertrags werde auf diese Vereinbarung verwiesen. Wie sich aus dem Grundbuchauszug ergebe, sei zu Lasten des fraglichen Grundstücks und zu Gunsten der Beschwerdeführerin ein bis zum 31. Dezember 2007 befristetes Bau- und Betriebsrecht für eine Tankstelle eingetragen. Die Dienstbarkeit, deren Eintragung verlangt werde, sei demnach dazu bestimmt, zusammen mit dem Liefervertrag das abgelaufene Tankstellenservitut zu ersetzen. Aus der Verknüpfung des Dienstbarkeitsvertrags mit dem Liefervertrag gehe klar hervor, dass nach dem Willen der Vertragsparteien entgegen dem Wortlaut der Gewerbebeschränkung auf dem belasteten Grundstück an der bereits errichteten Tankstelle mit Treibstoff, Schmiermitteln und ähnlichen Produkten gehandelt werden solle. Daran habe auch die Beschwerdeführerin ein Interesse, was von ihr nicht bestritten werde. Abschliessend hält das Obergericht dafür, dass die vertragliche Gesamtregelung auf eine reine Beschränkung der persönlichen Handlungsfreiheit des Eigentümers des fraglichen Grundstücks bezüglich der Wahl seiner Lieferanten abziele, nicht aber auf eine Einschränkung der Grundstücknutzung, was als Inhalt einer Dienstbarkeit unzulässig sei.
3. 3.1 Richtigerweise geht die Vorinstanz nicht davon aus, das Verbot, auf dem belasteten Grundstück mit Treibstoffen, Schmiermitteln und ähnlichen Produkten zu handeln, könne als solches nicht Gegenstand einer Dienstbarkeit bilden. Das Bundesgericht hat verschiedentlich ähnliche Gewerbebeschränkungen als zulässig erachtet, so etwa das Verbot, eine Bäckerei und Konditorei zu betreiben (<ref-ruling> ff.) oder ein anderes Gewerbe als eine Zimmerei einzurichten (<ref-ruling> ff.). Wie die Beschwerdeführerin mit Recht geltend macht, geht es hingegen nicht an, die Zulässigkeit der Eintragung einer Dienstbarkeit von mit dieser verbundenen obligatorischen Abmachungen zwischen den Vertragsparteien abhängig zu machen: Aus der bundesgerichtlichen Praxis ergibt sich, dass dingliche und obligatorische Vereinbarungen unabhängig voneinander zu würdigen sind. Das Bundesgericht hat beispielsweise festgehalten, für ein als Dienstbarkeit eingetragenes Verbot, auf dem belasteten Grundstück ein anderes Gewerbe zu betreiben als eine Zimmerei, sei ohne Bedeutung, dass der Eigentümer des berechtigten Grundstücks die vom ursprünglichen Eigentümer des belasteten Grundstücks in einem separaten obligationenrechtlichen Vertrag eingegangene Verpflichtung, das Holz für den Zimmereibetrieb bei ihm zu beziehen, dessen Rechtsnachfolger gegenüber nicht durchsetzen könne (<ref-ruling> E. 2c/cc S. 343; vgl. auch das Urteil des Bundesgerichts vom 11. November 1999, veröffentlicht in: ZBGR 81/2000 S. 272 ff., wo es um das Verhältnis zwischen einem im Grundbuch eingetragenen Wegrecht und der von den Grundeigentümern separat [schuldrechtlich] vereinbarten Einschränkung der Dienstbarkeit gegangen war). Auch nach Auffassung der Lehre sind dingliche Vereinbarungen unabhängig von allfälligen schuldrechtlichen Zusatzabmachungen zu beurteilen: So erklärt Heinz Rey (Berner Kommentar, N. 98 zu <ref-law>) beispielsweise, eine Dienstbarkeit, nach der auf dem belasteten Grundstück der Verkauf von Bier oder das Betreiben eines Gastgewerbes untersagt sei, die jedoch mit der rein schuldrechtlichen Gestattung des Bierausschanks verbunden werde, sei grundsätzlich nicht unzulässig (vgl. auch Peter Liver, Zürcher Kommentar, N. 73 ff. zu <ref-law> zu obligatorisch begründeten Resolutivbedingungen bezüglich eines Dienstbarkeitsverhältnisses).
3.2 Hinsichtlich der Gegenleistung für die Errichtung der Dienstbarkeit wird im Vertrag vom 11./26. Oktober 2007 lediglich auf den Liefervertrag verwiesen, der am 30. Mai und 6. Juni 2007 zwischen der Beschwerdeführerin und der Garage Y._ geschlossen worden war. Die Vereinbarung über die Gegenleistung ist indessen nicht notwendiger Bestandteil eines Dienstbarkeitsvertrags (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 157 f.; <ref-ruling> E. 4 S. 615; Liver, a.a.O., N. 44 zu <ref-law>). Sodann bedarf ein Dienstbarkeitsvertrag der vorliegenden Art zu seiner Gültigkeit der Schriftform (Art. 781 Abs. 3 in Verbindung mit <ref-law>), der öffentlichen Beurkundung zusätzlich dann, wenn die Dienstbarkeit unentgeltlich bzw. durch Schenkung eingeräumt wird (<ref-law>; Hans Michael Riemer, Die beschränkten dinglichen Rechte, 2. Auflage, Bern 2000, § 11 N. 5). Aus dem Hinweis auf die im Liefervertrag geregelte Gegenleistung ergibt sich, dass Letzteres hier nicht der Fall ist. Die Voraussetzungen für eine Eintragung der strittigen Dienstbarkeit sind somit auch aus formeller Sicht erfüllt. In Gutheissung der Beschwerde ist das Grundbuchamt B._ daher anzuweisen, dem Eintragungsbegehren der Beschwerdeführerin stattzugeben.
4. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Indessen ist der Kanton Luzern zu verpflichten, die Beschwerdeführerin für ihre Umtriebe im bundesgerichtlichen Verfahren zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG). Ausserdem ist die Sache zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen für das kantonale Verfahren an das Obergericht zurückzuweisen (Art. 67 und 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Obergerichts (Justizkommission) des Kantons Luzern vom 30. Januar 2008 aufgehoben und das Grundbuchamt B._ angewiesen, die Dienstbarkeit gemäss Anmeldung vom 11./26. Oktober 2007 auf dem Grundstück Nr. 1 des Grundbuchs A._ einzutragen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Luzern wird verpflichtet, die Beschwerdeführerin für ihre Umtriebe im bundesgerichtlichen Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Bezüglich der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens wird die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht (Justizkommission) des Kantons Luzern zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Grundbuchamt B._ und dem Obergericht (Justizkommission) des Kantons Luzern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Mai 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Gysel