Faits:
A. Par jugement du 17 mars 2006, le Tribunal de police de Genève a condamné Z._ pour infraction à l'art. 11f al. 1 de la loi fédérale encourageant la gymnastique et les sports (LGS; RS 415.0), faux dans les titres (<ref-law>), délit manqué d'escroquerie et escroquerie par métier (art. 22 et 146 CP) à la peine de huit mois d'emprisonnement, cette peine étant complémentaire à celle de quatre mois d'emprisonnement avec sursis prononcée le 30 mai 2005 par le Procureur général de Genève pour escroquerie et infraction à la loi fédérale sur les stupéfiants.
Le Tribunal de police a retenu les faits suivants en relation avec l'infraction d'escroquerie (jugement p. 31):
A.a De concert avec le pharmacien Y._, Z._ a souscrit une assurance-maladie au nom d'une personne inexistante, à savoir A._, dans le but de se faire rembourser par ladite assurance des produits anabolisants et dopants qui lui avaient été prescrits à des fins de culturisme. Il a obtenu les produits en question auprès du pharmacien Y._, qui a adressé les ordonnances avec les factures à la coopérative professionnelle des pharmaciens suisses, puis à l'assurance-maladie, dans le but d'obtenir le remboursement de ces produits. L'assurance n'en a pas remboursé le prix (environ 170'000 fr.), car Z._ avait omis de payer les primes de l'assurance à la suite d'une inadvertance.
Pour ces faits, le Tribunal de police a retenu, à l'encontre de Z._, le délit manqué d'escroquerie.
A.b En outre, Z._ a utilisé l'assurance de E._ pour obtenir des produits anabolisants et dopants. Le médecin X._ avait établi des ordonnances au nom de E._ et les avait remises à Z._ qui s'était procuré ces substances anabolisantes et dopantes auprès du pharmacien Y._. Celles-ci avaient été remboursées par l'assurance-maladie de E._ dans les limites du contrat.
Pour ces faits, le Tribunal de police a condamné Z._ pour escroquerie consommée.
A.c Le Tribunal de police a retenu que, grâce au « système A._ » notamment, Z._ avait obtenu, pendant une période relativement longue, des quantités importantes de produits dopants (pour près de 200'000 francs), sans bourse délier. Une partie de ces substances avait été vendue à des tiers, et le produit avait été restitué en espèces au pharmacien Y._. Compte tenu des quantités et des montants en cause ainsi que de la période de l'activité délictueuse, le Tribunal de police a retenu, à l'encontre de Z._, la circonstance aggravante du métier.
B. Statuant le 13 décembre 2006, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a admis partiellement l'appel de Z._ et modifié le jugement de première instance en ce sens qu'elle l'a « libéré des fins de la poursuite pénale s'agissant de l'escroquerie par métier ». Pour le surplus, elle a confirmé le jugement du Tribunal de police (arrêt p. 38).
Dans les motifs, elle a expliqué que le recourant avait réalisé les éléments constitutifs de l'escroquerie en s'affiliant à une caisse-maladie sous un nom d'emprunt (A._) et en tentant de se faire rembourser le prix de produits dopants qui lui avaient été prescrits à des fins de culturisme. Comme la tromperie avait échoué et que l'assurance n'avait finalement pas eu à rembourser à l'assuré le prix des produits délivrés, seul le délit manqué devait être retenu. Les juges cantonaux ont ajouté que la circonstance aggravante du métier était réalisée tant pour Z._ que pour le pharmacien vu le montant sur lequel avait porté le trafic (arrêt attaqué p. 33 s.). En revanche, la Chambre pénale a considéré que Z._ et le pharmacien devaient être acquittés pour les faits relatifs à E._, puisque ceux-ci ne figuraient pas dans la feuille d'envoi (arrêt p. 34).
C. Dans son arrêt du 4 mai 2007, la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral a admis partiellement le pourvoi en nullité, en application de l'ancien art. 277 PPF, annulé l'arrêt attaqué et renvoyé la cause à la cour cantonale, à charge pour celle-ci de se prononcer à nouveau sur la peine.
En effet, à la lecture de l'arrêt cantonal, il était impossible de savoir pour quels faits le recourant avait été condamné et pour lesquels il avait été libéré, de sorte que la Cour de cassation pénale du Tribunal fédéral ne pouvait juger si la peine prononcée était adéquate. Dans le dispositif de son arrêt, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève avait libéré le recourant des fins de la poursuite pénale s'agissant de l'escroquerie par métier et maintenu le jugement de première instance pour le surplus. Dans la motivation de son arrêt, elle avait confirmé la condamnation du recourant du chef du délit manqué d'escroquerie par métier, mais l'avait acquitté des chefs d'accusation d'escroquerie consommée et de faux dans les titres pour les faits relatifs à E._.
D. Dans son arrêt du 3 mars 2008, la Chambre pénale de la Cour de justice genevoise a confirmé l'arrêt du 13 décembre 2006, notamment du point de vue de la peine de huit mois d'emprisonnement et du sort des frais et dépens.
En relation avec les faits concernant E._, elle a expliqué ce qui suit (arrêt attqué p. 9):
« Dans la mesure où la libération de Z._ de ce chef [condamnation pour escroquerie consommée en relation avec E._] n'a pas été mentionnée dans le dispositif de l'arrêt du 13 décembre 2006, il ne se justifie pas d'examiner plus avant les faits concernant E._. En effet, par rapport à l'autorité de la chose jugée et au principe « ne bis in idem », c'est le dispositif de la décision définitive rendue en premier lieu qui est déterminant (<ref-ruling> consid. 2b). »
« En conséquence, sur la base de ces éléments, il n'est pas possible d'en arriver à la détermination d'un montant précis, de sorte qu'il faudrait reprendre l'examen du dossier ab ovo, ce qui n'est donc plus possible, la Chambre pénale étant liée par son état de fait antérieur. »
« Comme seule la peine est en cause, la Cour, par rapport à cette question, se limitera à considérer que, du point de vue des actes constitutifs d'escroquerie et de délit manqué de cette infraction, l'intention délictueuse de l'appelant a été de causer un dommage d'au moins 170'000 fr., l'appelant étant mis au bénéfice du principe « in dubio pro reo ».
En ce qui concerne la fixation de la peine, elle a déclaré, après avoir mentionné les éléments relatifs à l'infraction et à l'auteur, ce qui suit (arrêt attaqué, p. 11):
« Face à de tels éléments, le fait que Z._ a été libéré des fins de la poursuite pénale du chef d'escroquerie par métier fondée sur l'art. 68 ch. 2 aCP ne doit pas entraîner une diminution de peine».
E. Contre cet arrêt cantonal, Z._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et à ce que la cour de céans ordonne à la cour cantonale (1) de réduire la peine qui lui a été infligée compte tenu de la libération des préventions d'escroquerie par métier et (2) de ne pas le condamner au tiers des frais d'appel.
En outre, il sollicite l'assistance judiciaire et l'effet suspensif.
F. Le Ministère public a conclu au rejet du recours avec suite de frais et dépens alors que la Cour de Justice a renoncé à des observations.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente. Il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui. Il ne peut pas entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal si le grief n'a pas été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
Saisi d'un recours en matière pénale, le Tribunal fédéral ne réexamine l'établissement des faits - sous réserve de l'allégation d'une violation du droit au sens de l'<ref-law> - que lorsqu'il est entaché d'inexactitude manifeste (<ref-law>), à savoir d'arbitraire (<ref-ruling>, consid. 1.4.1). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 6 p. 397).
2. Selon l'<ref-law>, le recours en matière pénale a un effet suspensif lorsqu'il est dirigé contre une décision qui prononce une peine ferme ou une mesure privative de liberté.
3. 3.1 Le 1er janvier 2007 sont entrées en vigueur les nouvelles dispositions de la partie générale du code pénal. Celles-ci ne sont, en principe, applicables qu'aux faits commis après son entrée en vigueur (<ref-law>). La loi réserve toutefois la possibilité d'appliquer le nouveau droit à des crimes et délits commis avant cette date si l'auteur n'est mis en jugement qu'après et que le nouveau droit lui soit plus favorable que la loi en vigueur au moment où a été commise l'infraction (<ref-law>). Il s'agit dès lors d'examiner si le recourant peut être considéré comme n'ayant été mis en jugement qu'après l'entrée en vigueur du nouveau droit.
Saisi d'un pourvoi en nullité contre un jugement cantonal de dernière instance rendu sous l'empire de l'ancien droit, la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral ne peut pas appliquer elle-même le nouveau droit qui serait entré en vigueur dans l'intervalle. Mais si elle casse la décision cantonale, le juge auquel la cause est renvoyée pour nouvelle décision devra alors, le cas échéant, tenir compte de la nouvelle loi, entrée en vigueur entre le moment où le jugement cassé est intervenu et le moment où il prononce la nouvelle sentence (<ref-ruling> consid. 2 p. 235; Moreillon, De l'ancien au nouveau droit des sanctions: quelle lex mitior ?, in: Kuhn/Moreillon/Viredaz/Willy-Jayet, Droit des sanctions - De l'ancien au nouveau droit, Berne 2004, p. 301; José Hurtado Pozo, Droit pénal, Partie générale, 2008, p. 113 s.). En l'espèce, l'arrêt attaqué a été rendu après le 1er janvier 2007 à la suite de l'admission partielle d'un pourvoi. Il appartenait donc à la cour cantonale, qui exerce un pouvoir réformateur, de déterminer si le nouveau droit était plus favorable.
3.2 Pour déterminer quel est le droit le plus favorable, il y a lieu d'examiner l'ancien et le nouveau droit dans leur ensemble et de comparer les résultats auxquels ils conduisent dans le cas concret (<ref-ruling> consid. 3b p. 82). Le nouveau droit ne doit être appliqué que s'il conduit effectivement à un résultat plus favorable au condamné. Par ailleurs, l'ancien et le nouveau droit ne peuvent être combinés. Ainsi, on ne saurait, à raison d'un seul et même état de fait, appliquer l'ancien droit pour déterminer quelle infraction a été commise et le nouveau droit pour décider si et comment l'auteur doit être puni. Si l'un et l'autre droit conduisent au même résultat, c'est l'ancien droit qui est applicable (cf. arrêt 6B_14/2007 du 17 avril 2007 consid. 4.2).
En l'occurrence, le recourant a été condamné à une peine d'ensemble de douze mois. La libération de la prévention d'escroquerie par métier ne devrait pas entraîner une réduction de plus de six mois par rapport aux autres infractions à prendre en compte, de sorte que seule une peine privative de liberté entre en ligne de compte. Or, la peine privative de liberté du nouveau droit ne présente aucune différence matérielle d'avec la réclusion et l'emprisonnement de l'ancien droit, et les nouvelles règles sur la fixation de la peine n'apportent pas de changements significatifs par rapport aux règles que la jurisprudence a établies pour l'application de l'ancien <ref-law> (<ref-ruling> consid. 7.2.1 p. 89). Il a en outre été jugé que le recourant présentait un pronostic défavorable, de sorte que les nouvelles dispositions sur le sursis et le sursis partiel (art. 42 et 43 CP) ne sont pas pertinentes dans le cas concret. Il s'ensuit que le nouveau droit ne paraît pas plus favorable que l'ancien et qu'il faut appliquer ce dernier conformément au principe de la non-rétroactivité de la loi pénale (<ref-law>).
4. Le recourant fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir réduit la peine qui lui est infligée, dès lors qu'il a été libéré des fins de la poursuite pénale d'escroquerie par métier.
4.1 Il appartient au juge de motiver, de manière complète, la peine prononcée, afin de permettre à l'autorité de recours de vérifier si les critères de fixation de la peine prévus par le droit fédéral ont été respectés et si le juge a abusé ou non de son pouvoir d'appréciation. Le juge doit ainsi exposer, dans sa décision, les éléments essentiels relatifs à l'acte ou à l'auteur qu'il prend en compte, de manière à ce que l'on puisse constater que tous les éléments pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, dans un sens aggravant ou atténuant (<ref-ruling> consid. 1c/aa p. 20).
En particulier, si une part importante de l'accusation est abandonnée en seconde instance cantonale, l'autorité ne peut maintenir la peine inchangée sans le justifier dans sa motivation (Corboz, La motivation de la peine, RJB 131 (1995), p. 1 ss, 22; <ref-ruling> consid. 4 p. 397; <ref-ruling> consid. 1c/bb p. 21). Cette règle s'impose comme la conséquence du lien qui doit exister entre la motivation présentée et la peine infligée. Elle tend aussi à ne pas rendre illusoire l'exercice des voies de recours. Sauf justification spéciale, on ne saurait admettre que la peine reste de toute manière inchangée, quelle que soit la qualification juridique des infractions ou les critères retenus dans la fixation de la peine.
4.2 La cour cantonale a considéré que la faute du recourant était grave, voire très grave. Elle a relevé que celui-ci s'était livré, pendant environ deux ans, sur une grande échelle, au commerce illicite des médicaments et qu'il avait souscrit une assurance-maladie sous une fausse identité dans la perspective de se faire rembourser des frais médicaux injustifiés, son activité délictueuse ayant porté, sur ce point, sur 170'000 francs au moins. Les juges cantonaux ont insisté encore sur l'organisation mise sur pied par les trois acolytes, les antécédents peu favorables du recourant et sur le fait que celui-ci avait réitéré dans ses agissements coupables alors qu'il était déjà inquiété par rapport à la présente procédure. Dans ces conditions, ils ont estimé que, « la peine de huit mois d'emprisonnement [...] était en soi modérée et [qu'] elle tenait largement compte de sa bonne collaboration dans la présente procédure et du temps qui s'était écoulé depuis la commission des infractions » et ont conclu que « face à de tels éléments, le fait que [le recourant] avait été libéré des fins de la poursuite pénale du chef d'escroquerie par métier ne devait pas entraîner une diminution de peine ». Ils ont en conséquence jugé que « par rapport à la condamnation du 30 mai 2005, une peine totale de douze mois d'emprisonnement fondée sur l'art. 68 ch. 2 aCP ne souffrait en soi aucune critique » (arrêt attaqué p. 10 et 11).
4.3 Bien qu'elle ait abandonné la prévention d'escroquerie par métier, la cour cantonale a ainsi maintenu la peine prononcée initialement, pour le motif que les infractions finalement retenues présentaient encore un degré de gravité tel qu'une peine d'ensemble de douze mois d'emprisonnement constituait toujours la sanction adéquate des fautes du recourant. L'infraction d'escroquerie par métier, dont le recourant a été libéré, représente cependant un crime et est puni, selon l'ancien droit, de la réclusion pour dix ans au plus ou de l'emprisonnement pour trois mois au moins. Aussi, incombait-il à la cour cantonale de mieux exposer sur quelles circonstances elle se fondait pour justifier le maintien de la peine à son niveau initial. Or, on cherche en vain dans l'arrêt attaqué la démonstration selon laquelle, par exemple, les premiers juges auraient mal apprécié les faits en fixant une peine trop basse qu'il n'y aurait pas lieu de réduire encore.
5. Le recours doit donc être admis.
Le recourant obtient gain de cause. Il ne supporte pas de frais (<ref-law>) et peut prétendre à une indemnité de dépens à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 1 et 2 LTF), ce qui rend sans objet sa requête d'assistance judiciaire.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt entrepris est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale afin qu'elle rende un nouveau jugement.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le canton de Genève versera au recourant une indemnité de 3000 francs à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale.
Lausanne, le 7 août 2008
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Favre Kistler Vianin