Sachverhalt:
A.
Das Einzelgericht am Bezirksgericht Uster sprach A.A._ und C._ am 24. Januar 2013 des mehrfachen Diebstahls, der mehrfachen Sachbeschädigung und des mehrfachen Hausfriedensbruchs schuldig und verurteilte sie zu einer bedingten Geldstrafe von 180 bzw. 150 Tagessätzen. Zugleich verfügte es die Einstellung des Verfahrens in Bezug auf einige Nebendossiers betreffend Sachbeschädigung und Hausfriedensbruch mangels gültigem Strafantrag. Urteil und Einstellungsverfügung ergingen im gleichen Entscheid.
B.
Die Staatsanwaltschaft See/Oberland erhob Berufung, mit welcher sie die Verurteilung wegen banden- und gewerbsmässigen Diebstahls, Schuldsprüche hinsichtlich der Mehrzahl der eingestellten Verfahren sowie die Ausfällung höherer Strafen beantragte. Das Obergericht des Kantons Zürich trat mit Beschluss vom 6. September 2013 auf die Berufung nicht ein, soweit sich diese gegen die teilweise Einstellung des Verfahrens richtete.
C.
Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich erhebt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Vorinstanz und der Beschwerdegegner 2 verzichten auf eine Stellungnahme. Der Beschwerdegegner 1 beantragt die Abweisung der Beschwerde, das Absehen von einer Kostenauferlegung auch im Fall seines Unterliegens sowie die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Vorinstanz begründet ihr Nichteintreten damit, dass die angefochtene Teileinstellung des Verfahrens in Form einer Verfügung und nicht eines Urteils ergangen sei. Gegen verfahrenserledigende Entscheide ohne Urteilscharakter stehe allein die Beschwerde und nicht die Berufung offen.
1.2. Die Beschwerdeführerin wendet ein, dass eine Teileinstellung des Verfahrens zusammen mit dem Urteil in der Sache ergehen kann. Erfolge in Bezug auf einzelne Anklagesachverhalte eine Verurteilung, hinsichtlich anderer aber eine Verfahrenseinstellung, müsse es aus Gründen der Verfahrensökonomie möglich sein, dass auch die Anfechtung der Einstellung mittels Berufung erfolgen kann.
2.
2.1. Entscheide, in denen über Straf- und Zivilfragen materiell befunden wird, ergehen in Form eines Urteils, die anderen Entscheide, insbesondere die Einstellung des Verfahrens, in Form eines Beschlusses bzw. einer Verfügung (<ref-law>). Soll das Verfahren nach Anklageerhebung nur in einzelnen Anklagepunkten eingestellt werden, kann die Einstellung zusammen mit dem Urteil erfolgen (<ref-law>).
Beschlüsse und Verfügungen u.a. der erstinstanzlichen Gerichte unterliegen der Beschwerde (<ref-law>). Gegen Urteile erstinstanzlicher Gerichte, mit denen das Verfahren ganz oder teilweise abgeschlossen wurde, ist die Berufung gegeben (<ref-law>).
2.2. Das Bezirksgericht Uster hat in seinem Entscheid vom 24. Januar 2013 die Anklage unter formellen und materiellen Gesichtspunkten beurteilt. Es hat Schuld- und Freisprüche ausgefällt, Sanktionen ausgesprochen, die Herausgabe von beschlagnahmten Gegenständen angeordnet, über Zivilforderungen entschieden, die Kosten verlegt und das Verfahren bezüglich einzelner Antragsdelikte mangels gültigem Strafantrag eingestellt. Die Staatsanwaltschaft See/Oberland hat frist- und formgerecht Berufung erhoben und diese ausdrücklich nicht auf einzelne Teile des angefochtenen Entscheids beschränkt. Erst im Verlauf des Berufungsverfahrens erfolgte eine Beschränkung auf die Fragen der partiellen Verfahrenseinstellung und der Strafzumessung. Es steht somit fest, dass die Vorinstanz mit dem angefochtenen Beschluss das Rechtsmittelverfahren nicht abgeschlossen hat und ohnehin noch über die gegen die Strafzumessung gerichtete Berufung zu entscheiden haben wird.
2.3. Die allgemeinen Bestimmungen über die Einstellung (<ref-law>) sind in erster Linie auf das staatsanwaltschaftliche Untersuchungsverfahren ausgerichtet. Gegen die von der Staatsanwaltschaft verfügte Einstellung ist das Rechtsmittel der Beschwerde gegeben (<ref-law>). Dies gilt selbst dann, wenn in der Einstellungsverfügung - wie etwa im Fall des nicht erhärteten Tatverdachts (<ref-law>), der Nichterfüllung eines Straftatbestands (lit. b), des Vorliegens eines Rechtfertigungsgrunds (lit c) oder der Einziehung von Gegenständen und Vermögenswerten (<ref-law>) - über Straffragen materiell entschieden wird, was nach der allgemeinen gesetzlichen Terminologie (<ref-law>) in Form eines Urteils und nicht einer Verfügung erfolgen müsste. Wird zusätzlich berücksichtigt, dass die Einstellungsverfügung einem freisprechenden Endentscheid - und damit wiederum einem Urteil - gleichkommt (<ref-law>), wird deutlich, dass die vom Gesetz getroffene Differenzierung zwischen Urteil einerseits und Beschluss bzw. Verfügung andererseits wenig geeignet ist, die Rechtsnatur der Verfahrenseinstellung abschliessend zu erfassen und den Rechtsmittelweg zu bestimmen.
Die Einstellung kann nicht nur von der Staatsanwaltschaft, sondern nach der Anklageerhebung auch vom Gericht angeordnet werden. Da das Gericht aber bei nicht nachgewiesener Tatbegehung, bei fehlender Tatbestandsmässigkeit oder beim Vorliegen von Rechtfertigungsgründen freisprechen muss (<ref-law>), scheiden die Einstellungsgründe nach Art. 319 Abs. 1 lit. a - c StPO aus. Ebenso ist es dem Gericht verwehrt, das Verfahren aus Opportunitätsgründen (lit. e) einzustellen (<ref-ruling> E. 3.4). Es verbleibt im gerichtlichen Hauptverfahren somit nur noch die Möglichkeit, das Verfahren wegen fehlender Prozessvoraussetzungen oder vorhandener Prozesshindernisse (<ref-law>) einzustellen.
2.4.
2.4.1. Ordnet das Gericht die Einstellung des Verfahrens an, sind zwei Konstellationen möglich. Kann über die Anklage definitiv nicht entschieden werden, stellt das Gericht das Verfahren (als Ganzes) ein (<ref-law>). Soll das Verfahren nur in einzelnen Anklagepunkten eingestellt werden, kann die Einstellung zusammen mit dem Urteil ergehen (<ref-law>).
Ob eine solche partielle Einstellung Teil des Urteils wird (und als solcher mit Berufung anzufechten ist), oder ob sie eine separate Verfügung bzw. einen separaten Beschluss darstellt (und somit der Beschwerde unterliegt), ist im Gesetz nicht ausdrücklich geregelt und in der Lehre strittig.
2.4.2. Im Schrifttum wird hauptsächlich die Auffassung vertreten, der gerichtliche Teileinstellungsentscheid werde - unabhängig, in welcher Form er erlassen wird - zum Bestandteil des Urteils und sei folglich mittels Berufung, allenfalls mit Revision anfechtbar (vgl. Franz Riklin, Schweizerische Strafprozessordnung, Kommentar, 2010, N. 5 der Vorbemerkungen zu Art. 80 - 83, N. 13 zu Art. 329 und N. 1 zu Art. 393; Markus Hug, in: Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, Donatsch/Hansjakob/Lieber [Hrsg.], 2010, N. 8 f. zu Art. 398; Goldschmid/Maurer/Sollberger, Kommentierte Textausgabe zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2008, zu Art. 398; Luzius Eugster, in: Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, N. 2 zu Art. 398). Die gegenteilige Meinung, dass die gerichtliche Teileinstellung als separate Verfügung mit Beschwerde, das restliche Urteil aber mit Berufung anzufechten ist, wird - soweit ersichtlich - allein von Niklaus Schmid (Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2. Aufl. 2013, N. 21 zu Art. 329; Handbuch des Schweizerischen Strafprozessrechts, 2. Aufl. 2013, N. 1287) vertreten.
2.4.3. Das Gesetz ist in erster Linie aus sich selbst heraus auszulegen, das heisst nach dem Wortlaut, Sinn und Zweck und den ihm zugrunde liegenden Wertungen auf der Basis einer teleologischen Verständnismethode. Die Gesetzesauslegung hat sich vom Gedanken leiten zu lassen, dass nicht schon der Wortlaut die Norm darstellt, sondern erst das an Sachverhalten verstandene und konkretisierte Gesetz. Gefordert ist die sachlich richtige Entscheidung im normativen Gefüge, ausgerichtet auf ein befriedigendes Ergebnis der ratio legis. Dabei befolgt das Bundesgericht einen pragmatischen Methodenpluralismus und lehnt es namentlich ab, die einzelnen Auslegungselemente einer hierarchischen Ordnung zu unterstellen. Insbesondere bei jüngeren Gesetzen sind auch die Gesetzesmaterialien zu beachten, wenn sie auf die streitige Frage eine klare Antwort geben und dem Gericht damit weiterhelfen (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 4.3.1; <ref-ruling> E. 4.1; je mit Hinweisen).
2.4.4. Dem Wortlaut ist wie erwähnt keine Antwort auf die umstrittene Frage zu entnehmen, und auch die systematische Auslegung bringt keinen Aufschluss. Hingegen ist dem historischen Auslegungsmoment im vorliegenden Kontext erhöhter Stellenwert beizumessen, da die StPO erst per 1. Januar 2011 in Kraft trat (vgl. <ref-ruling> E. 5.3.1; <ref-ruling> E. 4.1. mit Hinweisen).
In Bezug auf <ref-law> hält die Botschaft fest, dass diese Bestimmung es "aus Gründen der Prozessökonomie" erlaube, die Einstellung erst zusammen mit dem Urteil in den andern Anklagepunkten zu verfügen (Botschaft des Bundesrates vom 21. Dezember 2005 [Botschaft StPO] zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1279). Zum Begriff des Urteils ist der Botschaft unter dem Titel "Urteilsfällung und Urteilseröffnung" (<ref-law>) zu entnehmen, dass dieser "hier in einem weiten Sinn zu verstehen" sei und nicht nur das Sachurteil umfasse, "sondern auch ein Prozessurteil, mit dem das Verfahren eingestellt wird" (Botschaft StPO, BBl 2006 1288). Die Botschaft verweist an dieser Stelle zwar auf Abs. 4 von <ref-law>. Gleichwohl muss die Teileinstellung nach Abs. 5 gemeint sein, ansonsten die fragliche Aussage keinen Sinn ergäbe. Denn bei einer umfassenden Einstellung des Verfahrens käme es gerade nicht zur "Urteilsfällung" nach <ref-law> (vgl. Art. 329 Abs. 4 i.V.m. <ref-law>).
Damit spricht bereits das gesetzgeberische Verständnis des Urteilsbegriffs dafür, eine zusammen mit dem Sachurteil erfolgte partielle Einstellung des Verfahrens als Teil des Urteils zu behandeln (vgl. auch FRANZ Riklin, a.a.O., N. 1 zu <ref-law> und N. 5 der Vorbemerkungen zu Art. 80 - 83 StPO).
Darüber hinaus hat der Gesetzgeber mit der erwähnten Prozessökonomie auch Sinn und Zweck von <ref-law> klar definiert. Als mit diesem unvereinbar erweist sich die Auffassung, wonach eine Teileinstellungsverfügung zwar gemeinsam mit dem Sachurteil ergehen kann, ihre Anfechtung hingegen separat mit Beschwerde erfolgen muss. Eine Aufsplittung des Rechtsmittelwegs im Fall der teilweisen Verfahrenseinstellung führt zu einem unnötigen Formalismus, der durch keine sachlichen Gründe gerechtfertigt erscheint. Eine getrennte Beurteilung des auf der gleichen Anklage beruhenden und vom erstinstanzlichen Gericht in der gleichen Hauptverhandlung gefällten Teilentscheids bewirkt nicht nur einen unnötigen Aufwand, sondern führt auch zu einer Verfahrensverzögerung, ohne dass damit irgendein Vorteil tatsächlicher oder rechtlicher Art ersichtlich wäre.
2.4.5. Ein schützenswertes Interesse der Parteien oder auch der Strafbehörden, dass die im Rahmen eines einheitlichen Hauptverfahrens ergangenen, zwar auf unterschiedlichen Beurteilungskriterien beruhenden, aber Bestandteil eines einheitlichen Entscheidungsprozesses bildenden Teilentscheide von zwei verschiedenen Rechtsmittelinstanzen in zwei unterschiedlichen Verfahren beurteilt werden, ist nicht ersichtlich. Dem vom Beschwerdegegner 1 vorgebrachten Argument der fehlenden Rechtssicherheit (Vernehmlassung, S. 6) ist entgegenzuhalten, dass gerade in dieser Hinsicht letztlich auch ein Beschuldigter davon profitiert, wenn die Teileinstellungsverfügung im Sinne von <ref-law> im Rahmen eines Urteils als solches rechtskräftig wird. Denn diesfalls unterliegt die Wiederaufnahme des Verfahrens den strengen Voraussetzungen der Revision (vgl. <ref-law>). Die Wiederaufnahme eines durch Einstellungsverfügung rechtskräftig beendeten Verfahrens ist demgegenüber unter weit weniger einschränkenden Bedingungen möglich (vgl. <ref-law>).
2.5. Zusammenfassend ist festzuhalten, dass sowohl die historische als auch die teleologische Auslegung von <ref-law> dafür sprechen, eine im Rahmen eines Sachurteils verfügte teilweise Einstellung des Verfahrens als Teil des Urteils zu behandeln. Stellt das Gericht das Verfahren nur in einzelnen Anklagepunkten ein und ergeht der Einstellungsentscheid zusammen mit dem Urteil, ist als Rechtsmittel deshalb auch hinsichtlich der Einstellung die Berufung gegeben.
2.6. Die Beschwerde ist gutzuheissen und der angefochtene Entscheid zur materiellen Beurteilung der von der Staatsanwaltschaft See/Oberland gegen das Urteil des Bezirksgerichts Uster vom 24. Januar 2013 erhobenen Berufung zurückzuweisen.
3.
Der Beschwerdegegner 1 unterliegt mit seinem Antrag auf Abweisung der Beschwerde, weshalb er grundsätzlich kostenpflichtig wird (<ref-law>). Jedoch ist sein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege im bundesgerichtlichen Verfahren gutzuheissen, da er zur Wahrnehmung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör eines Rechtsbeistands bedurfte und seine Bedürftigkeit erstellt scheint. Sein Antrag auf Abweisung der Beschwerde kann nicht als aussichtslos bezeichnet werden (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Seinem Rechtsvertreter ist eine angemessene Entschädigung auszurichten.
Der obsiegenden Beschwerdeführerin ist keine Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>). Dem Beschwerdegegner 2 sind im bundesgerichtlichen Verfahren keine Kosten der Rechtsvertretung erwachsen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Obergerichts des Kantons Zürich, I. Strafkammer, vom 6. September 2013 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Das Gesuch des Beschwerdegegners 1 um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird gutgeheissen.
4.
Rechtsanwalt Manuel Duss wird für die Rechtsvertretung des Beschwerdegegners 1 für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. April 2014
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Siegenthaler