Sachverhalt:
A. Der 1973 geborene V._ war Service-Mitarbeiter bei der M._ AG und damit bei den Winterthur-Versicherungen, heute AXA Versicherungen AG (nachfolgend AXA), obligatorisch unfallversichert. Am 4. März 1996 erlitt er mit seinem Personenwagen auf der Autobahn bei ca. 120-125 km/h einen Schleuderunfall. Er war danach bis 29. März 1996 im Spital X._ hospitalisiert, wo eine komplexe Fussfraktur links mit Pilon-, Talus- und Calcaneusfraktur diagnostiziert wurde. Am 12. März 1996 wurde er daselbst operiert (Osteosynthese von Pilon, Talus und Calcaneus mit Spongiosaplastik im Calcaneus). Die AXA erbrachte die gesetzlichen Leistungen (Heilbehandlung und Taggeld). Am 29. Mai 1997 erfolgte im Spital X._ die operative Materialentfernung (vier Schrauben) am linken Fuss. Wegen einer oberen und vorab schmerzhaften unteren Sprunggelenks-Arthrose links posttraumatisch wurde am 2. Mai 2000 in der Klinik Y._ eine weitere Operation durchgeführt (Talo-calcaneare Interpositions-Arthrodese). Postoperativ kam es zu einem tiefen Wundinfekt, der wiederholte Débridements und eine länger dauernde stationäre Wundbehandlung in der Klinik Y._ notwendig machte. Vom 22. August bis 11. September 2000 war der Versicherte im Spital Z._ hospitalisiert, wo eine Algodystrophie am Fuss links diagnostiziert wurde. Am 21. März 2001 wurde er in der Klinik A._ operiert (Entfernung der von ventro-cranial nach dorso-caudal eingeführten 6,5-Titanzugschraube kanüliert links). Vom 4. bis 25. Mai 2001 war er im Spital Z._ hospitalisiert, das ein chronisches Schmerzsyndrom am Fuss links sowie ein chronisches Lumbovertebralsyndrom diagnostizierte. Die AXA liess den Versicherten detektivisch überwachen und zog weitere medizinische Berichte, ein für die Invalidenversicherung (IV) erstelltes orthopädisches Gutachten der Klinik A._ vom 25. Oktober 2002 sowie ein Aktengutachten des Dr. med. S._, Orthopädische Chirurgie FMH/FMS, vom 30. April 2004 bei. Mit Verfügung vom 4. Januar 2005 eröffnete sie dem Versicherten, bis zum Vorliegen des vorgesehenen Gutachtens würden die Heilkosten durch die Krankenkasse erbracht. Die Taggelder seien auf den 30. September 2003 eingestellt worden. Bei einem unpräjudiziell festgestellten Invaliditätsgrad von 40 % per 1. Oktober 2003 bestehe Anspruch auf monatliche Renten-à-Konto-Zahlungen von Fr. 1306.- bzw. ab 1. Januar 2005 von Fr. 1325.-. Nach Eingang des Gutachtens würden der Invaliditätsgrad bzw. die monatlichen Leistungen definitiv festgelegt. Der Integritätsschaden für den linken Fuss werde vergleichsweise auf 30 % festgesetzt. In der Folge zog die AXA ein zuhanden der IV erstelltes Gutachten der Dres. med. W._, FMH Innere Medizin/Rheumatologie, und K._, FMH physikalische Medizin und Rehabilitation/Rheumatologie, Zentrum E._, vom 27. Juli 2005 bei, in dessen Rahmen der Psychiater Dr. med. Dr. phil. B._, ein Teilgutachten vom 5. Juni 2005 erstattete. Mit Berichten vom 21. Januar bzw. 14. Februar 2006 beantworteten Dr. med. Dr. phil. B._ und das Zentrum E._ Zusatzfragen der AXA. Diese eröffnete dem Versicherten mit Verfügung vom 24. Mai 2006, die natürliche Kausalität der psychischen und körperlichen Beschwerden, ausgenommen die Fussverletzung, sei nicht überwiegend wahrscheinlich. Per 31. März 2006 werde die Rente revisionsweise eingestellt, da der Invaliditätsgrad betreffend die Fussproblematik 0 % betrage. Es resultiere eine Überentschädigung von Fr. 37'461.05. Betreffend die Fussproblematik werde sie ein Viertel der im IV-Gutachten erwähnten Kosten - MTT-Therapie während vier bis sechs Monaten, anschliessend Kräftigungstherapien während zwei Jahren, bis 31. März 2008 - übernehmen. Unfallbedingt notwendige Schuh- bzw. Schuheinlagenanpassungen werde sie bis auf Weiteres ungekürzt bezahlen. Die dagegen erhobene Einsprache hiess sie teilweise gut, indem sie feststellte, dass für die Zeit vom 7. März bis 30. September 2003 keine Überentschädigung bestehe, weshalb dem Versicherten ein Betrag von Fr. 37'461.05 auszuzahlen sei. Im Übrigen wies sie die Einsprache ab (Entscheid vom 13. März 2007).
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen ab, soweit es darauf eintrat (Entscheid vom 3. Juni 2008).
C. Mit Beschwerde beantragt der Versicherte, der Invaliditätsgrad sei auf 60 % festzusetzen; für die gesundheitlichen Beeinträchtigungen am Rücken sowie die psychische Beeinträchtigung sei ihm eine angemessene Integritätsentschädigung zuzusprechen; die AXA sei zu verpflichten, die Kosten für die Behandlung der Rückenbeschwerden und der psychischen Beeinträchtigung zu übernehmen.
Die AXA schliesst auf Beschwerdeabweisung, soweit darauf einzutreten sei. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. Die Vorinstanz hat erwogen, die Integritätsentschädigung betreffend die Beeinträchtigung des Rückens und der Psyche sei nicht Gegenstand des streitigen Einspracheentscheides und könne mithin nicht Streitgegenstand des Beschwerdeverfahrens sein. Sie ist deshalb auf das diesbezügliche Rechtsbegehren nicht eingetreten. Der Versicherte setzt sich letztinstanzlich mit diesem Nichteintretensentscheid nicht auseinander, weshalb insofern auf die Beschwerde mangels sachbezogener Begründung nicht einzutreten ist, als damit die Zusprechung der entsprechenden Integritätsentschädigung beantragt wird (<ref-ruling>; Urteil 8C_263/2008 vom 20. August 2008, E. 1). Andere Nichteintretensgründe liegen entgegen der AXA nicht vor.
3. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Invalidität (Art. 8 Abs. 1 ATSG), den Rentenanspruch (Art. 18 Abs. 1 UVG), die Invaliditätsbemessung nach dem Einkommensvergleich (Art. 16 ATSG), den für die Leistungspflicht des Unfallversicherers vorausgesetzten natürlichen Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen), die vorausgesetzte Adäquanz des Kausalzusammenhangs im Allgemeinen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweisen) und bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116, 115 V 133) richtig dargelegt. Gleiches gilt zur Ermittlung der beiden hypothetischen Vergleichseinkommen im Rahmen des Einkommensvergleichs (<ref-ruling> E. 4.2.1 und 4.2.3 S. 475 und 481, 222 E. 4.3.1 S. 224) und zum Grundsatz der freien Beweiswürdigung und zum Beweiswert eines Arztberichts (<ref-ruling> E. 5.1 S. 232). Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 Im Gutachten des Zentrums E._ vom 27. Juli 2005 wurden folgende Diagnosen mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit gestellt: Status nach komplexer Verletzung des linken Fusses mit Fraktur des vorderen Teils des Pilon tibial, einer Talushalsfraktur und einer Trümmerfraktur des Calcaneus am 4. März 1996; thorako- und lumbovertebrales Schmerzsyndrom mit Ausstrahlung linksseitig bei Wirbelsäulenfehlform (Hohl-/Rundrücken), Haltungsdysfunktion und Zeichen der allgemeinen Dekonditionierung, Auswirkungen durch die veränderte Statik bei Funktionsstörungen im Bereich des linken Fusses, intermittierend linksseitigen Kniebeschwerden, DD: arthrotische Veränderungen bei typischem Schmerzcharakter (Anlaufschmerzen, belastungsabhängige Beschwerden), Überlastung; prolongierte gemischte Anpassungsstörung mit Störung der Gefühle und des Sozialverhaltens (ICD-10: F43.25) mittelschweren Ausprägungsgrades und andauernder Persönlichkeitsveränderung nach psychischer Erkrankung (ICD-10: F62.1).
Das Zentrum F._ diagnostizierte im Bericht vom 12. Juni 2006 ein chronifiziertes CRPS-Syndrom am linken Fuss nach Unfall vom 4. März 1996 (ICDE-10: M89.0), ein chronisches Lumbovertebralsyndrom (rechtsbetont) unter Beteiligung der Iliosakralgelenke (ICD-10: M54.5) und eine begleitende Unterschenkel- und Oberschenkelatrophie links (ICD-10: M62.5).
4.2 Erstellt und unbestritten ist, dass die Fussbeschwerden links natürlich kausal auf den Unfall vom 4. März 1996 zurückzuführen sind. Streitig ist auf Grund der Beschwerde, ob das thorako- und lumbovertebrale Schmerzsyndrom, die linksseitigen Kniebeschwerden sowie das psychische Leiden überwiegend wahrscheinlich zumindest im Sinne einer Teilursache (<ref-ruling> E. 9.5 S. 125 f. mit Hinweisen) auf den Unfall zurückzuführen sind, was AXA und Vorinstanz verneint haben.
5. 5.1 Unfallbedingte Fehlbelastungen wegen Fuss- und Beinverletzungen, Beinlängenverkürzung usw. können später im Sinne indirekter Unfallfolgen zu Rückenbeschwerden führen (RKUV 2003 Nr. U 487 S. 337, U 38/01; Urteil U 522/06 vom 12. Oktober 2007, E. 5.1). Ein Schonhinken ist nicht geeignet, eine Fehlbelastung der Wirbelsäule zu verursachen, wenn nicht zusätzlich schwerwiegende Deformationen (wie Beinlängendifferenz oder Hüftarthrose) vorliegen (Urteil 8C_248/2008 vom 4. Juli 2008, E. 3.2 mit Hinweis).
5.2 Im Zusatzbericht vom 14. Februar 2006 (zum Gutachten vom 27. Juli 2005) legte das Zentrum E._ dar, hinsichtlich des thorako- und lumbovertebralen Schmerzsyndroms ausstrahlend linksseitig bestehe vordergründig ein Kausalzusammenhang mit der Wirbelsäulenfehlform (Hohl-/Rundrücken) und der Haltungsinsuffizienz. Anderseits bestünden durch die Funktionsstörungen des linken Fusses Auswirkungen auf die Statik mit schmerzhaften Triggerpunkten im Bereich der Gluteal- und der Hüftmuskulatur, was zumindest teilweise auch Ausstrahlungen bei Schmerzen erklären könnte. Insgesamt bestehe jedoch nicht überwiegend wahrscheinlich eine Unfallkausalität. Diese Schlussfolgerung steht jedoch im Widerspruch zur Tatsache, dass das Zentrum E._ an anderer Stelle dieses Berichts die Frage verneinte, ob sich die Wirbelsäulenfehlform/-fehlhaltung mit überwiegender Wahrscheinlichkeit auch ohne den Unfall aus eigener Dynamik heraus auf die Arbeitsfähigkeit ausgewirkt hätte. Die Verneinung der Unfallkausalität divergiert auch mit der diagnostischen Aussage des Zentrums E._ im Gutachten vom 27. Juli 2005, bezüglich der Rückenproblematik bestünden Auswirkungen durch die veränderte Statik bei Funktionsstörungen im Bereich des linken Fusses.
Hinsichtlich der Knieschmerzen links führte das Zentrum E._ im Bericht vom 14. Februar 2006 aus, diese imponierten als Überlastungssymptomatik. Ursächlich scheine die verminderte Kraftausdauer im gesamten linken Bein mitzuspielen, wahrscheinlich im Rahmen einer ungenügenden Stabilisationsfähigkeit (im Sinne eines möglichen Zusammenhangs) mit dem Unfall. Weitere spezifische Abklärungen hinsichtlich der Knieschmerzen zum Ausschluss relevanter struktureller Ursachen mit Bezug auf die Unfallkausalität erübrigten sich auf Grund fehlender Brückensymptome und eines lediglich möglichen indirekten Zusammenhangs. Auch diese Schlussfolgerung überzeugt nicht. Soweit das Zentrum E._ auf das Fehlen von Brückensymptomen verweist, ist dem entgegenzuhalten, dass gerade bei Fehlbelastungen die Symptome im Sinne indirekter Unfallfolgen erst später auftreten können (Urteil U 303/06 vom 22. November 2006, E. 6.2.1 mit Hinweisen).
Weiter ist hinsichtlich des thorako- und lumbovertebralen Schmerzsyndroms sowie der linken Knieproblematik zu bemängeln, dass das Zentrum E._ keine bildgebende Untersuchung vornahm, sondern hiezu auf die Anamnese verwies. Die letzte röntgenologische LWS-Untersuchung datiert auf Grund der Akten vom 26. April 2002; im April 2004 wurde die HWS geröntgt. Auf Grund des LWS-Röntgenbefundes vom 26. April 2002 führte die Klinik A._ im Bericht vom 5. Dezember 2002 einzig aus, der direkte Zusammenhang der lumbalen Rückenschmerzen zum Unfall sei nicht sicher; verneint wurde er damals mithin nicht. Eine bildgebende Untersuchung des linken Knies ist den Akten nicht zu entnehmen. Ohne aktuelle bildgebende Untersuchung von Rücken und linkem Knie kann aber die natürliche indirekte Unfallkausalität der entsprechenden gesundheitlichen Beschwerden im massgebenden Zeitpunkt des Einspracheentscheides vom 13. März 2007 (<ref-ruling> E. 1 S. 169) nicht rechtsgenüglich beurteilt werden. Zudem drängt sich angesichts der in Frage stehenden Rücken- und Kniebeschwerden zusätzlich eine aktuelle orthopädische Beurteilung auf, die im Rahmen der Begutachtung des Zentrums E._ nicht stattfand (vgl. auch Urteil U 246/06 vom 5. Januar 2007, E. 4.3).
Der Versicherte beruft sich auf den Bericht des Zentrums F._ vom 12. Juni 2006, worin entgegen der Einschätzung des Zentrums E._ nicht von einem links-, sondern von einem rechtsbetonten Lumbovertebralsyndrom ausgegangen wurde; weiter wurde ausgeführt, die aus dem chronifizierten CRPS-Syndrom folgende Immobilisation und das jahrelange Gehen an Stöcken hätten durch die statische Imbalance die LWS-Beschwerden provoziert. Es hätten sich muskuläre Dysfunktionen entwickelt, die sich durch das multiple Triggerpunktsystem des oberen Rückens und der Brustmuskulatur darstellten. Aus diesem Bericht kann der Versicherte nichts zu seinen Gunsten ableiten, zumal auch darin gesagt wurde, (eventuell) sei eine aktuelle bildgebende Diagnostik der BWS/LWS (Röntgen und MRI) erforderlich.
Nach dem Gesagten kann auf die Beurteilung der (indirekten) Unfallkausalität der Rücken- und linken Kniebeschwerden durch die Ärzte des Zentrums E._ nicht abgestellt werden. Unter den gegebenen Umständen rechtfertigt es sich insgesamt auch nicht, ihrer Einschätzung der Arbeits(un)fähigkeit in somatischer Hinsicht zu folgen.
6. Die Vorinstanz verneinte in Anwendung der Rechtsprechung zu den psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 116, 115 V 133) die adäquate Kausalität zwischen dem Unfall vom 4. März 1996 und den psychischen Beschwerden des Versicherten. Zur natürlichen Kausalität nahm sie nicht Stellung; entgegen der Auffassung des Versicherten hat sie diese mithin nicht bejaht. Die AXA verneinte im Einspracheentscheid die natürliche Kausalität.
6.1 Im Zusatzbericht vom 21. Januar 2006 (zum Teilgutachten vom 5. Juni 2005) legte der Psychiater Dr. med. Dr. phil. B._ unter anderem dar, die Fragen zum Kausalzusammenhang seien bereits im Rahmen der Diagnosestellung (vgl. E. 4.1 hievor) und Ausführungen zu Anpassungsstörungen beantwortet worden; sie gälten als mehrheitlich unfallfremd. Unter Einschluss aller heute zur Verfügung stehenden Befunde und Berichte müsse der Aspekt der "krankheitsspezifischen Chronifizierung" auf dem Boden der aktuellen Symptomatik bzw. des Krankheitsverlaufs als gegeben veranschlagt werden. Allgemein werde sowohl für posttraumatische Belastungsstörungen als auch für Anpassungsstörungen angenommen, dass das belastenden Ereignis oder die andauernde unangenehme Situation der primäre und ausschlaggebende Kausalfaktor seien; d.h. die Störung wäre ohne seine Einwirkung nicht entstanden. Bei Anpassungsstörungen spiele die individuelle Disposition oder sog. Vulnerabilität mit der multifaktoriellen Genese eine grosse Rolle. Somit erscheine insgesamt eine IV-Renten begründete Konsolidierung des beruflichen Leistungspensums im weiteren zeitlichen Längsverlauf von theoretisch 100 % nicht durchzuhalten, eine graduelle Steigerung der Leistungsfähigkeit auf 100 % zumutbar und wahrscheinlich: (40)-50 % AUF/EUF - langfristig. D.h.: Eine zunehmende (unfallfremde) depressive Chronifizierung (mit Dekonditionierung) sei im weiteren Verlauf zwar per se anzunehmen, bzw. sei bereits vorliegend, medizinisch-theoretisch sei aber das Störungsbild insgesamt nicht dazu angetan, eine vollständige IV-relevante Arbeitsunfähigkeit zu begründen. Im Explorations-Zeitpunkt sei der Versicherte zu 40 bis 50 % arbeitsunfähig gewesen.
6.2 Die Ausführungen des Dr. med. Dr. phil. B._ im Zusatzbericht vom 21. Januar 2006 sind insgesamt nicht schlüssig hinsichtlich der Frage, ob der Unfall vom 4. März 1996 im Zeitpunkt des Einspracheentscheides überwiegend wahrscheinlich zumindest eine natürliche Teilursache der psychischen Beschwerden war oder nicht. Der beratende Psychiater der AXA, Dr. med. R._, konnte denn auch erst auf Grund eines Telefonats mit Dr. B._ vom 22. Februar 2006 in einer Aktenotiz festhalten, gemäss diesem sei das psychische Beschwerdebild nicht durch den Unfall bzw. seine Folgen bedingt. Auf diese Aktennotiz zur wesentlichen Frage der natürlichen Unfallkausalität kann indes nicht abgestellt werden (vgl. <ref-ruling> E. 4c S. 285 mit Hinweis; Urteil U 11/07 vom 27. Februar 2008, E. 9.4), zumal Dr. med. R._ zu dieser Frage nicht Stellung nahm. Weiter ist zu beachten, dass der behandelnde Psychiater Dr. med. P._ eine längere depressive Reaktion bei Immigration aus dem Kosovo und Verkehrsunfall im März 1996 diagnostizierte (Bericht vom 25. Oktober 2005). Der Psychiater Dr. med. U._ gab an, infolge der chronischen Schmerzen und anderer körperlicher Beeinträchtigungen sowie psychosozialer Belastungen leide der Versicherte an chronisch depressiver Entwicklung mit ungünstiger Prognose, solange die auslösenden Faktoren weiter bestünden (Bericht vom 3. April 2006). Auf Grund der Berichte der Dres. med. P._ und U._ ist mithin eine teilweise natürliche Unfallkausalität der psychischen Beschwerden nicht auszuschliessen. Diese Frage bedarf jedoch angesichts der insgesamt unklaren Aktenlage weiterer Prüfung.
7. Dem Prozessausgang gemäss sind die Gerichtskosten zu einem Drittel dem Versicherten und zu zwei Dritteln der AXA aufzuerlegen. Dem Versicherten steht eine entsprechend reduzierte Parteientschädigung zu (Art. 66 Abs. 1, Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird - soweit darauf einzutreten ist - in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 3. Juni 2008 und der Einspracheentscheid der AXA vom 13. März 2007 aufgehoben werden und die Sache an die AXA zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Leistungsanspruch neu verfüge.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer Fr. 250.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 500.- auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1867.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Januar 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Jancar