Sachverhalt:
A. Am 14. September 2006 erteilte der Bauausschuss der Stadt Winterthur der Z._ GmbH die baurechtliche Bewilligung zur Errichtung einer Wein- und Tapas-Bar mit Vinothek im Erdgeschoss des Gebäudes Vers.Nr. 5089 an der Neustadtgasse 1a in Winterthur. Gegen die Baubewilligung gelangten X._ und Y._ mit einer gemeinsamen Rekurseingabe an die Baurekurskommission IV mit dem Antrag, die Baubewilligung sei aufzuheben, eventuell sei die angefochtene Bewilligung mit Auflagen zu ergänzen. Zudem sei festzustellen, dass eine Aussenbewirtschaftung einer baurechtlichen Bewilligung bedürfe.
B. Der Bauausschuss eröffnete den bisherigen Verfahrensbeteiligten am 22. Dezember 2006 "formell" ein von der Bauherrschaft nachträglich eingereichtes Betriebskonzept. Inhaltlich wurde im Beschluss des Bauausschusses unter anderem von der Absicht der Gesuchsteller Vormerk genommen, eine Aussengastwirtschaft auf öffentlichem Grund mit 25 Aussensitzplätzen zu betreiben. In Ziff. II des Beschluss-Dispositivs wurde die gewerbepolizeiliche Bewilligung für die vorgesehene Aussengastwirtschaft gemäss provisorischem Plan ausdrücklich vorbehalten. Auch diesen Beschluss fochten die vorerwähnten Rekurrierenden bei der Baurekurskommission IV an.
C. Die Baurekurskommission IV vereinigte die beiden Rekursverfahren und hiess diese mit Entscheid vom 21. Juni 2007 insoweit teilweise gut, als sie Dispositiv Ziff. II des Beschlusses des Bauausschusses vom 22. Dezember 2006 neu fasste und für die vorgesehene Aussengastwirtschaft auch die baupolizeiliche Bewilligung ausdrücklich vorbehielt.
D. Dagegen erhob die Stadt Winterthur am 27. August 2007 Beschwerde beim kantonalen Verwaltungsgericht mit dem Antrag, der Rekursentscheid sei im Umfang der teilweisen Gutheissung aufzuheben und es sei festzustellen, dass für eine Aussengastwirtschaft auf öffentlichem Grund keine baupolizeiliche Bewilligung erforderlich sei.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde mit Urteil vom 21. November 2007 ab.
E. Die Stadt Winterthur erhebt am 31. Januar 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und wiederum die Feststellung, dass für Aussengastwirtschaften auf öffentlichem Grund keine baupolizeiliche Bewilligung erforderlich sei. Gleichzeitig ersucht sie um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Die Baurekurskommission IV schliesst auf Abweisung der Beschwerde, ohne sich inhaltlich nochmals zur Angelegenheit zu äussern. Sowohl Y._ und X._ als private Beschwerdegegner als auch das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich stellen Antrag auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Mit Verfügung vom 28. Februar 2008 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts, einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>), betrifft die Baubewilligungspflicht einer Aussengastwirtschaft, mithin eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> steht auch auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG, SR 700) in der Fassung nach Ziff. 64 des Anhangs zum Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251, 400 E. 2.1 S. 404). Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Es handelt sich um einen Endentscheid, mit welchem in grundsätzlicher und allgemeiner Weise über die Baubewilligungspflicht von Lokalen auf öffentlichem Grund befunden wird (<ref-law>).
1.2 Die Gemeinde ist - wie das Verwaltungsgericht richtig ausgeführt hat - als Eigentümerin des öffentlichen Grundes vom angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schützenswertes Interesse an dessen Aufhebung, da sie einerseits wie eine private Grundeigentümerin, andererseits auch als Bewilligungsbehörde von der Frage der Baubewilligungspflicht betroffen ist. Sie hat am Verfahren vor Verwaltungsgericht teilgenommen, weshalb sie gemäss <ref-law> zur Beschwerde legitimiert ist. Ob sie, wie sie geltend macht, auch in ihrer Gemeindeautonomie verletzt ist, kann dahingestellt bleiben, respektive ist anschliessend im Rahmen der vorgebrachten Rügen zu prüfen.
2.1 2.1.1 Das Verwaltungsgericht hatte sich einzig zur Baubewilligungspflicht der Aussengastwirtschaft auf öffentlichem Grund zu äussern. Es stützt sich bei seiner Argumentation zunächst auf Art. 22 RPG i.V.m. § 309 Abs. 1 lit. b des Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG/ZH; LS 700.1) und führt aus, die baurechtliche Bewilligungspflicht erstrecke sich grundsätzlich auf sämtliche Nutzungsänderungen bei Räumlichkeiten und Flächen, denen baurechtliche Bedeutung zukomme. Entscheidend sei nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts, ob mit der fraglichen Massnahme nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge so wichtige räumliche Folgen verbunden seien, dass ein Interesse der Öffentlichkeit oder der Nachbarn an einer vorgängigen Kontrolle bestehe. Unter Zitierung von § 309 Abs. 3 PBG/ZH in Verbindung mit § 1 der Bauverfahrensverordnung vom 3. Dezember 1997 (BVV/ZH; LS 700.6) hält das Verwaltungsgericht fest, dass Massnahmen von lediglich geringfügiger Bedeutung aus Gründen der Verhältnismässigkeit von der Bewilligungspflicht befreit sind. Das bedeute, dass Nutzungsänderungen dann bewilligungspflichtig seien, wenn die mit der neuen Nutzung verbundenen Auswirkungen in irgendeiner Hinsicht intensiver seien als die bisherigen oder wenn sie sonst ein planungs- und baurechtlich geschütztes Rechtsgut berührten.
2.1.2 Sodann folgt das Verwaltungsgericht der Einschätzung der Baurekurskommission, wonach der Betrieb einer Aussengastwirtschaft mit 25 Plätzen mit nicht unerheblichen Lärmimmissionen verbunden sei. Dementsprechend sei der Vorinstanz auch darin beizupflichten, dass ein solcher Betrieb baurechtlich geschützte Rechtsgüter berühre und somit ein bewilligungspflichtiger Tatbestand vorliege. Die mit dem Betrieb einer Aussengastwirtschaft verbundenen Immissionen seien - unabhängig davon, ob sie vom öffentlichen oder privaten Grund ausgingen - dieselben. Unerheblich sei in diesem Zusammenhang auch der beschwerdeführerische Einwand, Bewilligungen für den gesteigerten Gemeingebrauch des öffentlichen Grundes würden jeweils nur für eine Saison (März bis Oktober) erteilt. Zum einen liege es in der Natur der Sache, dass der Betrieb einer Aussengastwirtschaft in jedem Fall saisonalen Beschränkungen unterliege. Zum anderen sei davon auszugehen, dass die Bewilligung/Konzession für die Nutzung des öffentlichen Grundes in der Regel jährlich wieder erteilt werde.
2.1.3 Das Verwaltungsgericht stimmt der Beschwerdeführerin darin zu, dass die Bewilligungspflicht trotz Vorliegens eines baubewilligungspflichtigen Tatbestands ausnahmsweise entfallen könne. Dabei handle es sich jedoch regelmässig um Tatbestände, bei denen die Funktion der Baubewilligung durch ein anderes (bundes- oder kantonalrechtliches) Verfahren übernommen werde. Dies bedürfe einer besonderen gesetzlichen Grundlage, welche hier fehle und sich entgegen der beschwerdeführerischen Meinung auch nicht aus der Herrschaft über den öffentlichen Grund ergebe. Auch die öffentliche Hand sei mit ihren Bauvorhaben an die Bestimmungen von Raumplanungs- und Baurecht gebunden, unabhängig davon, ob sie diese Vorhaben selber realisiere oder dafür lediglich ihren Grund zur Verfügung stelle.
2.2 In der Folge setzt sich das Verwaltungsgericht mit der Argumentation der Beschwerdeführerin auseinander, wonach die verwaltungspolizeiliche Bewilligung zur Benützung des öffentlichen Grundes im vorliegenden Fall die baurechtliche Bewilligung ersetze. Die Beschwerdeführerin vertritt den Standpunkt, da bei der verwaltungspolizeilichen Benützungsbewilligung für den öffentlichen Grund unter anderem auch gestalterische Gesichtspunkte und andere polizeiliche Güter, namentlich umwelt- bzw. lärmschutzrechtliche Aspekte, geprüft würden, bestehe weder eine Grundlage noch eine Veranlassung für eine gleichzeitige respektive parallele Prüfung derselben Punkte in einem baurechtlichen Verfahren.
2.2.1 Dem hält das Verwaltungsgericht entgegen, die baurechtliche Bewilligungspflicht schliesse zugleich das zur Erteilung der Bewilligung notwendige Verfahren ein, dem sich der Gesuchsteller nach der gesetzlichen Ordnung zwingend zu unterziehen habe. Die örtliche Baubehörde entscheide über Baugesuche (§ 318 PBG/ZH), soweit durch Verordnung nichts anderes bestimmt werde oder ein Ausnahmetatbestand gemäss § 7 BVV oder Bundesrecht vorgehe. Für die in Frage stehenden Verfahren zur Benützung des öffentlichen Grundes existiere keine Ausnahmeregelung.
2.2.2 Weiter äussert sich das Verwaltungsgericht zu von der Beschwerdeführerin angeführten Beispielen und zeigt auf, dass diese sich nicht mit dem vorliegend zu beurteilenden Fall vergleichen lassen bzw. durchaus Gegenstand eines baurechtlichen Bewilligungsverfahrens sein könnten. Auf die zutreffenden Erwägungen (E. 7.1.1, 7.1.2 und 7.1.3 des angefochtenen Entscheids) kann verwiesen werden (<ref-law>).
2.2.2 Weiter äussert sich das Verwaltungsgericht zu von der Beschwerdeführerin angeführten Beispielen und zeigt auf, dass diese sich nicht mit dem vorliegend zu beurteilenden Fall vergleichen lassen bzw. durchaus Gegenstand eines baurechtlichen Bewilligungsverfahrens sein könnten. Auf die zutreffenden Erwägungen (E. 7.1.1, 7.1.2 und 7.1.3 des angefochtenen Entscheids) kann verwiesen werden (<ref-law>).
2.3 2.3.1 Schliesslich hebt das Verwaltungsgericht die Unterschiede der in Frage stehenden Bewilligungsverfahren und der damit zusammenhängenden Rechtsfragen hervor. Das Baubewilligungsverfahren diene der Überprüfung des Bauvorhabens auf dessen Übereinstimmung mit den einschlägigen baurechtlichen Vorschriften. Das Mitberücksichtigen von bau- und umweltschutzrechtlichen Vorgaben beim Entscheid über die Benützungsbewilligung vermöge die intensivere und umfassendere Prüfung im Baubewilligungsverfahren nicht zu ersetzen. Es bleibe der Beschwerdeführerin aber unbenommen, im verwaltungspolizeilichen Verfahren über den baurechtlichen Aspekt hinausgehende schutzwürdige gestalterische Interessen zu verfolgen.
2.3.2 Das Verwaltungsgericht macht zudem auf die unterschiedlichen Verfahrensvorschriften aufmerksam: Das verwaltungspolizeiliche Verfahren genüge den Anforderungen des Baubewilligungsverfahrens nicht, fehlten doch insbesondere die in den §§ 314 ff. und 338a Abs. 1 PBG/ZH definierten Instrumente zur Anspruchswahrung durch Drittbetroffene. Ein ohne entsprechende Ausschreibung ergangener Entscheid sei bundesrechtswidrig. Nicht überzeugend sei in diesem Zusammenhang der Hinweis der Beschwerdeführerin auf Art. 25 Abs. 2 der Vorschriften der Stadt Winterthur über die Benützung des öffentlichen Grundes zu Sonderzwecken vom 8. Juni 1979. Danach dürften "die Anordnung der Bestuhlung und allfällige Abschrankungen die Interessen der Nachbarschaft und Verkehrsteilnehmer nicht beeinträchtigen". Das Polizeiamt entscheide nach Anhörung der Nachbarschaft über die Ausmasse der Anordnung. Die Anhörung zu weiteren Fragen, wie beispielsweise zur Immissionsproblematik, sei nicht vorgesehen. Das Verwaltungsgericht hält eine Anhörungspflicht, die nur auf den Aspekt "Ausmass und Anordnung der Bestuhlung" beschränkt ist, als nicht mit den Instrumenten des Drittrechtsschutzes im Baubewilligungsverfahren vergleichbar. Verfehlt sei auch der Einwand der Beschwerdeführerin, im Vergleich zum Baubewilligungsverfahren sei die Anspruchswahrung im verwaltungspolizeilichen Verfahren erheblich direkter und effizienter. Dazu präzisiert die Beschwerdeführerin, zuständig für den Vollzug sei nämlich die Stadtpolizei, welche mit ihrem 24-Stunden Bereitschaftsdienst umgehend auf Lärmbelastungsanzeigen von Anwohnern reagieren und direkt vor Ort die erforderlichen Massnahmen treffen könne, was der für den Vollzug von baurechtlichen Entscheiden zuständigen Baupolizei so nicht möglich sei. Das Verwaltungsgericht widerspricht dem mit dem Hinweis, die Beschwerdeführerin verwechsle die präventive Anspruchswahrung durch Drittbetroffene mit der Möglichkeit zur Intervention gegen spätere Störungen. Für letztere könne in jedem Fall die Polizei eingeschaltet werden, ob es sich nun um eine Aussengastwirtschaft auf öffentlichem oder privatem Grund handle.
2.4 Unklar ist dem Verwaltungsgericht, inwiefern der Beschwerdeführerin aus der von ihr geltend gemachten "Parallelität" des bau- und des verwaltungspolizeilichen Verfahrens ein Koordinationsproblem erwachsen soll. Es zitiert Art. 25a RPG und nennt die örtliche Baubehörde als im Kanton Zürich im Regelfall für die Koordination verantwortliche Stelle (§ 9 Abs. 1 lit. a BVV/ZH). Grundsätzlich lasse sich festhalten, dass dem Baubewilligungsverfahren insofern primäre Bedeutung zukomme, als das Vorliegen einer baurechtlichen Bewilligung Voraussetzung und Obergrenze für die Bewilligung des gesteigerten Gemeingebrauchs bilde. Der Beschwerdeführerin bleibe es unbenommen, diese baurechtlich bewilligte Nutzung im Rahmen ihres Ermessens mit dem Entscheid über die Bewilligung des gesteigerten Gemeingebrauchs weitergehend einzuschränken, sei dies mit gestalterisch motivierten Einschränkungen, einer saisonalen Beschränkung oder anderweitigen betrieblichen Auflagen. Wenn sie eine saisonale Befristung der verwaltungspolizeilichen Bewilligung wähle, müsse dies nicht auch für die Baubewilligung gelten. Grundsätzlich bleibe die Stamm-Bewilligung bestehen, es sei denn, das bewilligte Projekt solle erweitert werden. Eine solche Projektänderung sei dann wiederum baubewilligungspflichtig.
2.4 Unklar ist dem Verwaltungsgericht, inwiefern der Beschwerdeführerin aus der von ihr geltend gemachten "Parallelität" des bau- und des verwaltungspolizeilichen Verfahrens ein Koordinationsproblem erwachsen soll. Es zitiert Art. 25a RPG und nennt die örtliche Baubehörde als im Kanton Zürich im Regelfall für die Koordination verantwortliche Stelle (§ 9 Abs. 1 lit. a BVV/ZH). Grundsätzlich lasse sich festhalten, dass dem Baubewilligungsverfahren insofern primäre Bedeutung zukomme, als das Vorliegen einer baurechtlichen Bewilligung Voraussetzung und Obergrenze für die Bewilligung des gesteigerten Gemeingebrauchs bilde. Der Beschwerdeführerin bleibe es unbenommen, diese baurechtlich bewilligte Nutzung im Rahmen ihres Ermessens mit dem Entscheid über die Bewilligung des gesteigerten Gemeingebrauchs weitergehend einzuschränken, sei dies mit gestalterisch motivierten Einschränkungen, einer saisonalen Beschränkung oder anderweitigen betrieblichen Auflagen. Wenn sie eine saisonale Befristung der verwaltungspolizeilichen Bewilligung wähle, müsse dies nicht auch für die Baubewilligung gelten. Grundsätzlich bleibe die Stamm-Bewilligung bestehen, es sei denn, das bewilligte Projekt solle erweitert werden. Eine solche Projektänderung sei dann wiederum baubewilligungspflichtig.
2.5 2.5.1 Diese Ausführungen sind vollständig und rechtlich in keiner Hinsicht zu beanstanden. Es kann ihnen vollumfänglich gefolgt werden (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin bringt in ihrer Eingabe ans Bundesgericht keine anderen Argumente vor als im kantonalen Verfahren. Ihre Einwände überzeugen im Lichte von Art. 22 Abs. 1 RPG und der dazu bestehenden Rechtsprechung des Bundesgerichtes nicht. Von Bundesrechts wegen sind gestützt auf Art. 22 Abs. 1 RPG nämlich Neubauten, Wiederaufbauten, Ersatzbauten, Umbauten, Anbauten, Zweckänderungen und Sanierungen, die über das übliche Mass einer Renovation hinausgehen, bewilligungspflichtig. Den Kantonen bleibt es vorbehalten, über den bundesrechtlichen Mindeststandard hinauszugehen und weitere Vorgänge der Bewilligungspflicht zu unterstellen. Zudem dürfen sie für bestimmte Bauvorhaben ein vereinfachtes Verfahren vorsehen (sog. kleine Baubewilligung) sowie Kleinstbauten einer blossen Anzeigepflicht unterstellen oder überhaupt von der Bewilligungspflicht ausnehmen, sofern sie keine nennenswerten Einflüsse auf Raum, Erschliessung und Umwelt bewirken (EJPD/BRP, Erläuterungen RPG, N. 7 f. zu Art. 22 RPG). Hingegen können die Kantone nicht von der Bewilligungspflicht ausnehmen, was nach Art. 22 RPG einer Bewilligung bedarf. Der Ausschluss der Bewilligungspflicht ist Gegenstand der Regelung von Art. 22 RPG und damit bundesrechtlich geordnet (Alexander Ruch, Kommentar RPG, Zürich 1999, Art. 22 Rz. 4; Urteil 1C_12/2007 des Bundesgerichts vom 8. Januar 2008 E. 2.2; grundlegend <ref-ruling> E. 2b S. 315 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 259; <ref-ruling> E. 3c S. 383 f.). Art. 22 Abs. 1 RPG umschreibt nicht näher, unter welchen Voraussetzungen die Änderung einer Baute oder Anlage bewilligungspflichtig ist. Nach der Rechtsprechung ist eine bauliche Massnahme dann dem Baubewilligungsverfahren zu unterwerfen, wenn mit der Realisierung der Baute oder Anlage im Allgemeinen, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge, so wichtige räumliche Folgen verbunden sind, dass ein Interesse der Öffentlichkeit oder der Nachbarn an einer vorgängigen Kontrolle besteht (BGE <ref-ruling> E. 3c S. 383 f. mit Hinweisen). Wenn diese Voraussetzung erfüllt ist, unterstehen auch reine Umnutzungen der Baubewilligungspflicht (<ref-ruling> E. 3a S. 226 mit Hinweisen; Urteil 1A.216/2003 vom 16. März 2004, E. 2.1, erwähnt in: URP 2004 S. 349).
2.5.2 Das Verwaltungsgericht hält dafür, es handle sich bei der Frage nach der Baubewilligungspflicht für Aussengastwirtschaften um eine Rechtsfrage, welche im ganzen Kanton einheitlich beurteilt werden müsse. Dies nicht zu beanstanden. Daraus wird aber auch deutlich, dass der Beschwerdeführerin - wie das Verwaltungsgericht ebenfalls zu Recht festgestellt hat - in dieser Hinsicht kein weiterer Entscheidungs- und Ermessensspielraum zukommt, weshalb sie auch nicht in ihrer Autonomie verletzt ist. Auch den "kaum abschätzbaren Mehraufwand" kann die Beschwerdeführerin nicht als Argument gegen die Baubewilligungspflicht ins Feld führen. Zum dazu als Beispiel angeführten "Marronistand" kann wiederum auf die zutreffenden Ausführungen des Verwaltungsgerichts in E. 7.1.3 des angefochtenen Urteils verwiesen werden.
2.6 Weitere Erwägungen hierzu erübrigen sich, zumal sich das Verwaltungsgericht sorgfältig und in Übereinstimmung mit dem Bundesrecht mit der Problematik auseinandergesetzt hat.
3. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Bei diesem Verfahrensausgang sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat aber die privaten Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Beschwerdeführerin hat die privaten Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Baurekurskommission IV und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. August 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer