Faits:
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A. Aspida, Fondation collective pour la réalisation des mesures de prévoyance conformes à la LPP (ci-après: Aspida), est une fondation au sens des <ref-law>, créée par Y._, Société d'assurances sur la vie (ci-après: Y._). Dans le but notamment d'offrir aux affiliés et à leurs ayants droit une protection contre les conséquences économiques de la vieillesse, du décès et de l'invalidité, Aspida a fondé une caisse de prévoyance.
La société A._ SA (ci-après: A._ SA) a passé une convention avec Aspida lui donnant mandat de conclure, en faveur de ses employés, les contrats nécessaires auprès de Y._. Aspida est preneur d'assurance de ces contrats.
R._, né en 1966, a été engagé par A._ à partir du 7 septembre 1998. Le même jour, il a rempli et signé une demande, adressée à Y._, d'affiliation à l'assurance-vie collective à partir du 1er septembre 1998. Dans le questionnaire sur la santé annexé à cette demande, il a répondu négativement à la question de savoir s'il jouissait d'une pleine capacité de travail et a indiqué qu'il souffrait de crises d'épilepsie occasionnelles et qu'une opération était planifiée.
Le 2 octobre 1998, le prénommé a subi une opération consistant en une amygdalo-hippocampectomie gauche sélective. Depuis cette opération, il souffre de troubles neuropsychologiques.
Par lettre du 2 novembre 1998, Y._ a indiqué à l'intéressé qu'elle l'acceptait pour la couverture intégrale des prestations avec toutefois la réserve suivante:
« En cas de décès ou d'incapacité de gain consécutif (sic) aux affections du système nerveux central (épilepsie) et à leurs suites, les prestations assurées sont limitées aux prestations LPP ».
Cette réserve avait toutefois une validité de cinq ans, de sorte que la couverture intégrale des prestations serait garantie dès le 1er septembre 2003, si aucune incapacité de gain n'intervenait jusqu'à cette date. R._ a accepté cette réserve le 18 novembre 1998.
Par décision du 24 novembre 2000, l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Vaud a alloué à l'assuré, à partir du 1er septembre 1999, une rente entière fondée sur un taux d'invalidité de 80 %. De son côté, Y._ lui a accordé, pour le compte d'Aspida, une rente de la prévoyance obligatoire à partir du 2 octobre 2000.
Par décision du 24 novembre 2000, l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Vaud a alloué à l'assuré, à partir du 1er septembre 1999, une rente entière fondée sur un taux d'invalidité de 80 %. De son côté, Y._ lui a accordé, pour le compte d'Aspida, une rente de la prévoyance obligatoire à partir du 2 octobre 2000.
B. Le 7 juin 2004, R._ a saisi le Tribunal des assurances du canton de Vaud d'une action dirigée contre Aspida, d'une part, et Y._, d'autre part, en concluant au paiement, dès le 2 octobre 2000, d'une rente d'invalidité d'un montant annuel de 37'884 fr., correspondant aux prestations de la prévoyance obligatoire et de la prévoyance plus étendue.
Par jugement sur partie du 20 décembre 2004, la juridiction cantonale a rejeté les conclusions formées contre Y._ et constaté que les conclusions prises contre Aspida étaient recevables.
Statuant le 2 juin 2005, elle a admis dans son principe la demande formée contre Aspida, en ce sens que R._ a droit à une rente d'invalidité de la prévoyance plus étendue, la cause étant renvoyée à Aspida pour qu'elle calcule la rente à servir et ses arrérages, et fixe le point de départ de celle-ci.
Statuant le 2 juin 2005, elle a admis dans son principe la demande formée contre Aspida, en ce sens que R._ a droit à une rente d'invalidité de la prévoyance plus étendue, la cause étant renvoyée à Aspida pour qu'elle calcule la rente à servir et ses arrérages, et fixe le point de départ de celle-ci.
C. Aspida interjette recours de droit administratif contre ce jugement, dont elle demande l'annulation, en demandant au Tribunal fédéral des assurances de confirmer que l'intimé n'a pas droit à des prestations d'invalidité LPP de nature surobligatoire.
L'intimé conclut au rejet du recours, sous suite de dépens.
L'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à présenter des déterminations.

Considérant en droit:
Considérant en droit:
1. La contestation ici en cause relève des autorités juridictionnelles mentionnées à l'<ref-law>, tant du point de vue de la compétence ratione temporis que de celui de la compétence ratione materiae (<ref-ruling> consid. 1.1, 112 consid. 3.1.2, 128 II 389 consid. 2.1.1, 128 V 258 consid. 2a, 120 V 18 consid. 1a et les références), et le recours de droit administratif est recevable de ce chef.
1. La contestation ici en cause relève des autorités juridictionnelles mentionnées à l'<ref-law>, tant du point de vue de la compétence ratione temporis que de celui de la compétence ratione materiae (<ref-ruling> consid. 1.1, 112 consid. 3.1.2, 128 II 389 consid. 2.1.1, 128 V 258 consid. 2a, 120 V 18 consid. 1a et les références), et le recours de droit administratif est recevable de ce chef.
2. Le droit de l'intimé à des prestations d'invalidité de la prévoyance professionnelle obligatoire n'est pas contesté par la recourante. Aussi, le litige porte-t-il sur le point de savoir si l'intéressé peut prétendre une rente d'invalidité pour la partie surobligatoire en dépit de la réserve grevant la couverture plus étendue, instituée le 2 novembre 1998.
2. Le droit de l'intimé à des prestations d'invalidité de la prévoyance professionnelle obligatoire n'est pas contesté par la recourante. Aussi, le litige porte-t-il sur le point de savoir si l'intéressé peut prétendre une rente d'invalidité pour la partie surobligatoire en dépit de la réserve grevant la couverture plus étendue, instituée le 2 novembre 1998.
3. Dans les limites de la LPP, les institutions de prévoyance sont libres d'adopter le régime de prestations, le mode de financement et l'organisation qui leur conviennent (<ref-law>). En ce qui concerne la prévoyance plus étendue, elles doivent tenir compte des dispositions de la LPP expressément réservées à l'<ref-law>. Les institutions de prévoyance doivent également se conformer aux principes de l'égalité de traitement, de l'interdiction de l'arbitraire et de la proportionnalité (<ref-ruling> consid. 4b).
3. Dans les limites de la LPP, les institutions de prévoyance sont libres d'adopter le régime de prestations, le mode de financement et l'organisation qui leur conviennent (<ref-law>). En ce qui concerne la prévoyance plus étendue, elles doivent tenir compte des dispositions de la LPP expressément réservées à l'<ref-law>. Les institutions de prévoyance doivent également se conformer aux principes de l'égalité de traitement, de l'interdiction de l'arbitraire et de la proportionnalité (<ref-ruling> consid. 4b).
4. 4.1 Jusqu'à la fin de l'année 1994, les institutions de prévoyance étaient autorisées, dans le domaine de la prévoyance plus étendue, à introduire des réserves limitées ou non dans le temps. Selon l'<ref-law>, dans sa nouvelle teneur selon le ch. 2 de l'Annexe à la loi du 17 décembre 1993 sur le libre passage, en vigueur depuis le 1er janvier 1995, les institutions de prévoyance peuvent faire des réserves pour raisons de santé en relation avec les risques d'invalidité et de décès. La durée de ces réserves est de cinq ans au plus. En adoptant cette disposition, le législateur a atténué l'obstacle au maintien de la prévoyance que constituaient des réserves non limitées dans le temps, en restreignant leur validité à cinq ans au maximum (cf. Christiane Brunner / Jean-Michel Bühler / Jean-Bernard Waeber / Christian Bruchez, Commentaire du contrat de travail, 3ème éd., n. 1 ad art. 331c).
4.2 Sous ch. 2.2 (admission dans la caisse de prévoyance), le règlement de prévoyance de la caisse de prévoyance en faveur du personnel de A._ du 16 octobre 1997 (ci-après: le règlement) prévoit les règles suivantes:
2.2.1 L'admission dans la caisse de prévoyance a lieu sans examen de santé, pour la part des prestations à assurer prescrites par la LPP. Cependant, les affiliés qui, au moment de l'entrée en fonction, ne sont pas entièrement capables de travailler sans être invalides au sens de l'AI, ne seront admis que proportionnellement à leur capacité de travail. Cette restriction est valable jusqu'au moment où l'affilié retrouve sa pleine capacité de travail.
Si la personne à assurer est déjà partiellement invalide au sens de l'AI, elle ne sera admise que proportionnellement à sa capacité de gain restante.
2.2.2 Lorsque le montant des prestations à assurer dépasse les minimums prescrits par la LPP, la part excédentaire n'est prise en charge que si la personne intéressée jouit de sa pleine capacité de travail. L'assurance des prestations excédentaires peut dépendre du résultat d'un examen médical et être assortie de conditions particulières.
2.2.3 En dérogation aux dispositions ci-dessus et pour la part de prestations financée par sa prestation de libre passage, l'affilié est admis dans la caisse de prévoyance aux mêmes conditions que celles qu'il avait dans sa précédente institution de prévoyance. Une réserve de santé sera reprise mais au maximum pour cinq ans en tenant compte de la durée déjà écoulée.
2.2.3 En dérogation aux dispositions ci-dessus et pour la part de prestations financée par sa prestation de libre passage, l'affilié est admis dans la caisse de prévoyance aux mêmes conditions que celles qu'il avait dans sa précédente institution de prévoyance. Une réserve de santé sera reprise mais au maximum pour cinq ans en tenant compte de la durée déjà écoulée.
5. 5.1 La lettre de Y._ du 2 novembre 1998 n'a pas pour objet une admission partielle dans la caisse de prévoyance, mais porte sur l'instauration d'une réserve uniquement pour la partie surobligatoire. Dès lors, contrairement au point de vue de la juridiction cantonale, cette réserve ne repose pas sur le ch. 2.2.1 mais bien sur le ch. 2.2.2 du règlement.
Sur le vu de cette disposition réglementaire, une réserve peut être instaurée pour la partie surobligatoire non seulement en cas de diminution de la capacité de travail (1ère phrase), mais également pour raisons de santé, sans que la capacité de travail soit réduite au moment de l'admission (seconde phrase). Cette réglementation est conforme à l'<ref-law>.
5.2 Une réserve constitue une restriction individuelle, concrète et limitée dans le temps de la couverture d'assurance dans un cas particulier (<ref-ruling> consid. 2c). La réserve pour raisons de santé doit être formulée de manière explicite, indiquer la période durant laquelle elle s'applique et être communiquée à l'intéressé avec l'admission dans l'institution de prévoyance (SVR 2004 BVG n. 13 p. 41 consid. 4.3).
5.3 En l'espèce, la formulation et l'indication de la durée de validité de la réserve communiquées le 2 novembre 1998 satisfont aux conditions de la jurisprudence. Il convient toutefois d'examiner si cette réserve est conforme auxdites exigences, dans la mesure où elle a été communiquée à l'intéressé le 2 novembre 1998, soit deux mois seulement après le 1er septembre 1998, date de l'admission dans la caisse de prévoyance.
5.3.1 La juridiction cantonale n'a pas examiné ce point, motif pris que cette réserve ne justifiait de toute façon pas le refus d'une rente d'invalidité pour la partie surobligatoire. Elle a considéré que l'affection neuropsychologique qui a entraîné l'invalidité est due exclusivement à l'intervention chirurgicale du 2 octobre 1998 et qu'elle est donc distincte de l'affection faisant l'objet de la réserve.
De son côté, la recourante soutient que ladite réserve n'est pas critiquable dans la mesure où elle a été instaurée le 2 novembre 1998 seulement. Elle allègue qu'à réception de la demande d'affiliation et du questionnaire de santé, elle a requis, le 22 septembre 1998, l'avis du professeur D._, médecin au service de neurologie de l'Hôpital X._. Dans son rapport du 23 octobre 1998, ce médecin a posé le diagnostic d'épilepsie pharmaco-résistante et indiqué qu'une amélioration considérable était prévisible à l'issue de l'intervention chirurgicale effectuée le 2 octobre 1998. Ainsi, en communiquant la réserve litigieuse le 2 novembre 1998, la recourante soutient qu'elle a dûment satisfait à son obligation d'instruire le cas sur le plan médical, conformément au ch. 2.2.2 de son règlement.
Quant à l'intimé, il conteste que la réserve communiquée le 2 novembre 1998 puisse avoir des effets pour la période courant de l'admission dans la caisse de prévoyance au moment de la communication. En effet, si l'institution de prévoyance avait voulu exclure ses prestations pour la partie surobligatoire en cas d'atteinte à la santé ou de décès survenus durant cette période, elle aurait dû le prévoir expressément dans son règlement, en proposant, par exemple, une couverture provisoire jusqu'à concurrence d'un certain montant. A défaut d'une telle réglementation, l'institution de prévoyance devait offrir, durant la période litigieuse, une couverture provisoire dépourvue de toute réserve.
5.3.2 Le point de vue de l'intimé est mal fondé. Le ch. 2.2.2 du règlement prévoit, en effet, que l'assurance des prestations excédentaires (ce par quoi il faut entendre les prestations de la partie surobligatoire) peut dépendre du résultat d'un examen médical, ce qui permettait naturellement à la recourante de mettre en oeuvre toutes les mesures d'instruction nécessaires afin de connaître précisément l'état de santé de l'intimé. Or, en requérant, le 22 septembre 1998, l'avis du professeur D._ et en communiquant la réserve le 2 novembre suivant, soit 8 jours à compter de la réception du rapport du médecin prénommé, la recourante n'a pas failli aux exigences de la jurisprudence relatives à la communication d'une réserve à la personne intéressée.
Vu ce qui précède, la réserve instaurée par la recourante pour la partie surobligatoire n'est pas critiquable.
Vu ce qui précède, la réserve instaurée par la recourante pour la partie surobligatoire n'est pas critiquable.
6. 6.1 La juridiction cantonale a considéré que l'intimé a droit à une rente d'invalidité pour la partie surobligatoire, motif pris que l'affection qui a entraîné l'invalidité était distincte de l'affection faisant l'objet de la réserve. Elle s'est fondée pour cela sur un rapport du professeur D._ (du 19 avril 2001), ainsi que sur un rapport (non daté) d'examen neuropsychologique de la Division autonome de neuro-psychologie de l'Hôpital X._. Dans son rapport précité, le professeur D._ a attesté que l'épilepsie était désormais contrôlée, preuve en est le fait que l'intéressé n'avait été victime d'aucune crise depuis l'opération effectuée le 2 octobre 1998. Cependant, celle-ci avait provoqué un hématome intracérébral qui, malgré une évolution favorable, avait entraîné des troubles au niveau du langage et de la compréhension, une certaine faiblesse de l'hémicorps droit, ainsi qu'une amputation du champ visuel vers la partie supérieure droite. Selon le professeur D._, l'invalidité n'était pas due à l'épilepsie, mais apparaissait comme une conséquence de l'intervention chirurgicale. De son côté, la psychologue associée à la Division autonome de neuropsychologie de l'Hôpital X._, a relevé la présence, avant l'opération, d'un défaut du mot ponctuel (apparaissant en langage spontané mais pas à la dénomination), de difficultés au calcul, témoignant d'un dysfonctionnement hémisphérique gauche. Selon la psychologue, l'examen postictal avait révélé une chute nette des fonctions langagières et un déficit marqué à une épreuve mnésique verbale.
De son côté, la recourante conteste que les atteintes neuropsychologiques qui ont entraîné l'invalidité puissent être dues exclusivement à l'intervention chirurgicale et, partant, être indépendantes des troubles antérieurs à ladite opération. Elle se fonde pour cela sur une attestation du professeur V._, chef du Service de neurologie de l'Hôpital X._ (du 31 octobre 2000). Ce médecin atteste que l'hématome intracérébral survenu lors de l'opération de l'épilepsie s'est résorbé spontanément, sans laisser aucune séquelle chez un patient maintenant guéri de son épilepsie. Selon ce praticien, il est d'ailleurs impossible de dissocier la chirurgie de l'épilepsie de l'hématome intra-cérébral survenu au cours de l'opération. Au demeurant, la recourante est d'avis que la réserve relative « aux affections du système nerveux central (épilepsie) et à leurs suites » recouvre toutes les affections du système nerveux central, y compris les troubles invalidants actuels, décrits par le professeur D._ dans son rapport du 19 avril 2001 (troubles au niveau du langage, de la compréhension, une certaine faiblesse de l'hémicorps droit, amputation du champ visuel vers la partie supérieure droite). Si l'on devait toutefois admettre que la réserve concerne exclusivement l'épilepsie, la recourante soutient que ladite réserve englobe néanmoins tout le tableau spécifique de ce type d'atteinte, y compris toutes les conséquences directes et indirectes de son traitement, comme une intervention chirurgicale.
Dans sa réponse, l'intimé conteste le point de vue de la recourante - fondé sur l'attestation du professeur V._ du 31 octobre 2000 - d'après lequel les troubles invalidants découlant de l'hématome intra-cérébral sont indissociables de l'épilepsie. L'intéressé reproche en effet à la recourante de ne pas tenir compte d'une autre attestation du professeur V._ (du 28 novembre 2000) selon laquelle l'opération « s'est compliquée d'un hématome intracérébral survenu au moment de la chirurgie et qui a évolué favorablement par la suite; il s'en est suivi toutefois, en relation avec cette chirurgie, des troubles au niveau du langage, de la compréhension, une certaine faiblesse de l'hémicorps droit ainsi qu'une amputation du champ visuel vers la partie supérieure droite », entraînant une incapacité de travail. En outre, l'intimé s'en prend à l'interprétation de la réserve par la recourante, selon laquelle ladite réserve recouvre toutes les affections du système nerveux central, y compris les troubles invalidants actuels. Certes, l'expression « affections du système nerveux central » englobe une multitude d'atteintes très différentes du point de vue tant de l'origine que des effets. Toutefois, en ajoutant, entre parenthèses, la précision « épilepsie », l'institution de prévoyance a sciemment restreint la réserve aux affections de ce type. Quoi qu'il en soit, l'hématome intracérébral est apparu à l'occasion de l'opération, ce qui ne suffit pas pour soutenir qu'il est une suite de l'épilepsie.
6.2 En l'occurrence, on ne peut partager l'opinion de la recourante, selon laquelle les atteintes neuropsychologiques qui ont entraîné l'invalidité sont étroitement liées à l'affection constatée avant l'opération chirurgicale. Cette opinion repose uniquement sur l'attestation du professeur V._ du 31 octobre 2000, selon laquelle il est impossible de dissocier la chirurgie de l'épilepsie de l'hématome intracérébral qui était associé à cette chirurgie. On peut toutefois sérieusement mettre en doute la force probante de cette appréciation médicale. En effet, d'une part, ce médecin affirme, dans l'attestation susmentionnée, que cet hématome s'est résorbé spontanément, sans laisser « aucune séquelle », chez un patient actuellement guéri de son épilepsie, ce qui revient à nier l'existence des troubles invalidants pourtant dûment attestée par l'ensemble des médecins qui se sont exprimés sur le cas. D'autre part, cette attestation du 31 octobre 2000 est contredite par l'attestation du même médecin, du 28 novembre 2000, selon laquelle les troubles actuels sont dus non pas à l'épilepsie qui ne s'est plus manifestée, mais à l'hématome survenu au cours de l'opération. Cela étant, force est de considérer que les troubles invalidants sont indépendants de l'épilepsie constatée avant l'opération.
Par ailleurs, la réserve concerne les « affections du système nerveux central (épilepsie) ». Comme le fait valoir l'intimé, les affections du système nerveux central englobent une grande diversité de maladies (encéphalite, méningite bactérienne, sclérose en plaques, etc.; cf. à ce sujet la Classification statistique internationale des maladies et des problèmes de santé connexes [CIM-10]). C'est pourquoi, si l'on faisait abstraction de l'épilepsie mentionnée entre parenthèses ou que l'on donnait à celle-ci simplement un caractère exemplatif, la réserve n'apparaîtrait pas suffisamment précise au regard de la jurisprudence exposée au consid. 5.2. Aussi, doit-on considérer que la réserve ne peut pas être invoquée en présence de toute affection du système nerveux central, mais uniquement en cas d'épilepsie et ses suites. Or, du moment qu'en l'occurrence, les troubles qui ont entraîné l'invalidité sont indépendants de l'épilepsie diagnostiquée avant l'opération - en effet, il ne s'agit pas à proprement parler des suites spécifiques d'une épilepsie mais des conséquences d'un risque opératoire -, l'intimé pouvait prétendre une rente d'invalidité de la prévoyance professionnelle pour la partie surobligatoire.
Le jugement entrepris n'est dès lors pas critiquable et le recours se révèle ainsi mal fondé.
Le jugement entrepris n'est dès lors pas critiquable et le recours se révèle ainsi mal fondé.
7. L'intimé, qui obtient gain de cause, est représenté par un avocat. Il a droit à une indemnité de dépens pour la procédure fédérale (art. 159 al. 1 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances prononce:
1. Le recours est rejeté.
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais de justice.
2. Il n'est pas perçu de frais de justice.
3. La recourante versera à l'intimé la somme de 1'800 fr. (y compris la taxe sur la valeur ajoutée) à titre de dépens pour l'instance fédérale.
3. La recourante versera à l'intimé la somme de 1'800 fr. (y compris la taxe sur la valeur ajoutée) à titre de dépens pour l'instance fédérale.
4. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 6 novembre 2006
Au nom du Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la IIIe Chambre: Le Greffier: