Sachverhalt:
A. H._, geboren 1954, leidet seit vielen Jahren an Multipler Sklerose (MS). Mit Verfügung vom 24. Mai 2011 lehnte die Supra eine Kostenübernahme für eine stationäre Rehabilitation in L._ im Rahmen der obligatorischen Krankenpflegeversicherung ab. Nachdem H._ hiegegen hatte Einsprache erheben lassen, holte die Supra Beurteilungen ihrer Vertrauensärzte Dr. med. B._, Allgemeine Medizin FMH, vom 19. August 2011, sowie Dr. med. S._, FMH für Rechtsmedizin, vom 22. August 2011, ein. Mit Entscheid vom 23. August 2011 wies sie die Einsprache ab, soweit sie darauf eintrat.
B. H._ liess beschwerdeweise die Aufhebung des Einspracheentscheides vom 23. August 2011 sowie die Zusprechung der "gesetzlichen KVG-Leistungen", namentlich Kostenübernahme für einen vierwöchigen stationären Rehabilitationsaufenthalt in L._ beantragen. Eventuell sei unter Aufhebung des Einspracheentscheides die Sache zur weiteren Abklärung an die Supra zurückzuweisen und gestützt darauf über ihren Leistungsanspruch neu zu verfügen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die Beschwerde mit Entscheid vom 28. März 2012 ab.
C. H._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides die Zusprechung der gesetzlichen Leistungen, namentlich Kostengutsprache für einen vierwöchigen stationären Rehabilitationsaufenthalt im Rahmen der obligatorischen Krankenpflegeversicherung beantragen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Im angefochtenen Entscheid werden die gesetzlichen Bestimmungen betreffend den Umfang der Leistungen in der obligatorischen Krankenpflegeversicherung im Grundsatz (Art. 24 in Verbindung mit Art. 32-34 KVG) und insbesondere bei ärztlich durchgeführten oder angeordneten Massnahmen der medizinischen Rehabilitation (<ref-law>) und bei stationärem Spitalaufenthalt (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) sowie die Rechtsprechung zu den Voraussetzungen der Leistungspflicht für die stationäre Durchführung von Massnahmen der medizinischen Rehabilitation zutreffend dargelegt (<ref-ruling> E. 2c und d S. 326, 120 V 200 E. 6a S. 206).
3. Streitig ist, ob das kantonale Gericht zu Recht einen Anspruch der Beschwerdeführerin auf Vergütung der Kosten für eine stationäre vierwöchige Rehabilitation in L._ verneint hat.
3.1 Die Vorinstanz erwog, gestützt auf die beweiskräftigen vertrauensärztlichen Beurteilungen der Dres. med. S._ und B._ sei davon auszugehen, dass die Versicherte nur erholungs-, nicht aber stationär rehabilitationsbedürftig sei. Das Gericht stellte fest, bereits die stationäre Rehabilitation im Jahre 2008 habe keine wesentliche Verbesserung der Funktionsfähigkeiten mehr erzielen können, die objektiven Befunde seien beim Austritt praktisch unverändert gewesen. Gleiches gelte für eine stationäre Behandlung im Spital M._ (vom 18. Juli bis 13. August 2011). In Anbetracht der weit fortgeschrittenen MS-Erkrankung sei überwiegend wahrscheinlich auch im Rahmen eines weiteren stationären Aufenthaltes keine Verbesserung oder Wiedererlangung der Funktionsfähigkeiten mehr zu erwarten, weshalb ein Rehabilitationspotenzial und damit eine Zweckmässigkeit im Sinne von <ref-law> zu verneinen sei (was auch Dr. med. P._, Facharzt FMH für Neurologie, bestätige). Die Vertrauensärzte hätten nachvollziehbar dargelegt, dass ein Reha-Aufenthalt einen MS-Schub nicht verhindern oder aufschieben könne. Subjektive Wahrnehmungen und Erfolgserlebnisse seien für die Beurteilung des Rehabilitationspotenzials nicht zu berücksichtigen. Auch das Erörtern von therapeutischen Massnahmen bzw. das blosse Erarbeiten eines Behandlungskonzepts vermöge kein Rehabilitationspotenzial zu begründen. Die grundlegenden Anspruchsvoraussetzungen der Wirksamkeit, der nach medizinischen Kriterien zu beurteilenden Zweckmässigkeit und der Wirtschaftlichkeit gälten auch für schwer MS-Kranke.
3.2 Die Versicherte rügt, das kantonale Gericht habe "unterschlagen"; dass die medizinische Rehabilitation bei Chronischkranken insbesondere der Erhaltung und lediglich allenfalls der Verbesserung des verbliebenen Funktionsvermögens diene. Gestützt auf die Beurteilung des Dr. med. O._, Facharzt für Neurologie FMH, sei ein Rehabilitationspotenzial zu bejahen. Dr. med. N._, Innere Medizin FMH, habe deutlich dargelegt, dass die bisherigen Rehabilitationsaufenthalte starken Einfluss auf den Gesundheitszustand gehabt hätten. Seit ihr diese verwehrt würden - und zusätzlich die (ambulante) Therapie gekürzt worden sei -, sei ihr Gesundheitszustand deutlich instabiler geworden und sie habe vermehrt ambulante sowie stationäre ärztliche Leistungen in Anspruch nehmen müssen. Den ärztlichen Beurteilungen, namentlich auch des Dr. med. P._ vom 13. September und 14. November 2011 sei zu entnehmen, dass die bisherigen Reha-Aufenthalte (mit Ausnahme des Aufenthaltes im Spital M._, wo lediglich eine medikamentöse Therapie stattgefunden habe, die wegen Medikamentenunverträglichkeit erfolglos geblieben sei) eine Erhaltung und Verbesserung des verbliebenen Funktionsvermögens bewirkten, weshalb ein Rehabilitationspotenzial klar ausgewiesen sei. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung verletze die bundesrechtlichen Vorgaben und sei willkürlich.
4. 4.1 Wie das kantonale Gericht zutreffend erwog, wird der Begriff der medizinischen Rehabilitation im Sinne von <ref-law> im Gesetz nicht näher umschrieben (<ref-ruling> E. 2c S. 326 f.). Nach Lehre (Gebhard Eugster. Krankenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Bd. XIV Soziale Sicherheit, 2. A., 2007, Rz. 403 ff. S. 530) und Rechtsprechung (RKUV 2001 Nr. KV 173 S. 286 E. 3c, Urteil 9C_824/2007 vom 3. April 2008 E. 3.3.1) besteht das besondere Merkmal der medizinischen Rehabilitation darin, dass die Behandlung der Krankheit an sich abgeschlossen ist und Therapieformen zur Nachbehandlung von Krankheiten zur Anwendung gelangen. Die medizinische Rehabilitation im Sinne von <ref-law> schliesst an die eigentliche Krankheitsbehandlung an und bezweckt, die durch die Krankheit oder die Behandlung selbst bewirkte Beeinträchtigung der körperlichen oder geistigen Leistungsfähigkeit mit Hilfe medizinischer Massnahmen ganz oder teilweise zu beheben, sie ist also auf die Wiedererlangung verlorener oder die Verbesserung beeinträchtigter Funktionsfähigkeiten mit medizinischen Mitteln gerichtet (Urteile K 190/00 vom 22. August 2001 und K 184/00 vom 9. Oktober 2001, je E. 1d mit Hinweisen). Bei Chronischkranken dient sie insbesondere der Erhaltung und allenfalls Verbesserung des verbliebenen Funktionsvermögens (z.B. Urteil 9C_193/2007 vom 11. Januar 2008 E. 3). Ein Rehabilitationspotenzial setzt somit voraus, dass nach wissenschaftlich begründeten Erfahrungen mit einer Verbesserung des Funktionsvermögens unter vernünftigem Therapieaufwand gerechnet werden kann bzw. bei progredienten Erkrankungen - wenigstens - mit einer Stabilisierung.
4.2 Eine medizinische Rehabilitation kann ambulant, teilstationär, in einer Kuranstalt, in einem Pflegeheim oder in einer spezialisierten Rehabilitationsklinik erfolgen. Im letzten Fall ist eine Spitalbedürftigkeit vorausgesetzt, welche nach der notwendigen Behandlungsintensität, dem Behinderungsgrad, der Pflegebedürftigkeit und der Schwere des Hauptleidens oder zusätzlich komplizierender Krankheiten zu beurteilen ist (<ref-ruling> E. 2c S. 327a, Urteil K 180/00 vom 22. August 2001 E. 1b). Spitalbedürftigkeit ist gegeben, wenn die notwendigen diagnostischen und therapeutischen Massnahmen nur in einem Spital (d.h. unter Inanspruchnahme eines Spitalbettes) zweckmässig durchgeführt werden können, weil sie zwingend der dortigen apparativen und personellen Voraussetzungen bedürfen, oder sofern die Möglichkeiten ambulanter Behandlung erschöpft sind und nur noch im Rahmen eines Spitalaufenthaltes Aussicht auf einen Behandlungserfolg besteht (Urteil 9C_107/2011 vom 28. Februar 2011 E. 2.2 mit Hinweisen auf <ref-ruling> und Kieser, Die ärztliche Anordnung der Spitalbehandlung aus rechtlicher Sicht, in: Schaffhauser/Schlauri, Medizin und Sozialversicherung im Gespräch, 2006, N. 7 und 28). Ziel ist die Sicherstellung einer notwendigen medizinischen Behandlung, die sonst nicht durchführbar wäre, und zwar auch nicht mit den Mitteln der Krankenpflege zu Hause oder in einem Kurhaus (Urteil K 180/00 vom 22. August 2001 E. 2b; Eugster, a.a.O., Rz. 405 S. 531).
5. 5.1 Die Versicherte leidet an MS und damit an einer (schubweise verlaufenden) chronisch-progredienten Krankheit. Eine solche schliesst nicht grundsätzlich ein Rehabilitationspotenzial oder eine Spitalbedürftigkeit aus (letztere ist namentlich dann gegeben, wenn eine schubweise Verschlimmerung des Leidens vorübergehend wieder eine Spitalbedürftigkeit bewirkt; Urteil K 20/06 vom 20. Oktober 2006 E. 3.1; vgl. aber auch Urteile K 44/05 vom 20. Oktober 2005 E. 2.3 und K 20/06 vom 20. Oktober 2006 E. 3.2.1, wo die Notwendigkeit einer "spitalmässigen Infrastruktur" verneint wurde). In keiner Weise wird in Abrede gestellt, dass sich (auch) der letzte stationäre Reha-Aufenthalt insbesondere in psychischer und sozialer Hinsicht positiv ausgewirkt hat. Dass - namentlich bei chronischen Krankheiten - die psychische Dimension die allgemeine Befindlichkeit beeinflussen kann, wie dies Dr. med. N._ am 8. Dezember 2011 einleuchtend darlegte, ist nachvollziehbar. Gleichwohl vermochte die im Jahr 2008 erfolgte stationäre Rehabilitation unbestritten lediglich eine leichte Verbesserung der motorischen Leistungen und eine leichte Verminderung des spastischen Muskeltonus zu bewirken; in den Tätigkeiten des täglichen Lebens (Activities of Daily Living [ADL]) war die Beschwerdeführerin auch bei Austritt auf Fremdhilfe angewiesen (Austrittsbericht der Klinik Z._ vom 22. Juli 2008). Es besteht kein Zweifel, dass eine stationäre Rehabilitation der Progredienz der Krankheit nicht entgegenwirken und insbesondere auch keinen weiteren Schub verhindern könnte (hiezu ausführlich das Schreiben des Dr. med. P._ vom 14. November 2011). Mit Blick auf die seit 2008 weiter vorangeschrittene Krankheit ist plausibel, dass eine neuerliche stationäre Rehabilitation hinsichtlich Wiedererlangen verlorener oder Verbesserung beeinträchtigter Funktionsfähigkeiten schlechtere Erfolgsaussichten hätte als die letzte Behandlung in der Klinik Z._ (vgl. Schreiben des Dr. med. B._ vom 3. Februar 2011). Zu Recht weist die Beschwerdeführerin allerdings darauf hin, dass bei chronischen und progredient verlaufenden Krankheiten ein Rehabilitationspotenzial bereits dann besteht, wenn medizinische Massnahmen das Funktionsvermögen erhalten oder den Gesundheitszustand zu stabilisieren vermögen (vorangehende E. 4.1). Vor diesem Hintergrund darf auch bei (weit) fortgeschrittenem Krankheitsverlauf ein Rehabilitationspotenzial nicht ohne weiteres verneint werden.
5.2 Indes vermögen ein vorhandenes Rehabilitationspotenzial und die ärztliche Indikation für eine Rehabilitation - welche grundsätzlich die Notwendigkeit rehabilitativer Massnahmen bezeugen - allein nicht zu belegen, dass solche nur stationär erfolgen können (Urteil 9C_193/2007 vom 11. Januar 2008 E. 5). Eine stationäre Rehabilitation geht nur dann zu Lasten der obligatorischen Krankenpflegeversicherung, wenn die Massnahmen ausschliesslich stationär erfolgen können und das ambulante Behandlungspotenzial nachgewiesenermassen hinreichend ausgeschöpft worden ist (E. 4.2 hievor; Urteil K 53/04 vom 26. August 2004 E. 4.3.3). Daran fehlt es hier. Zum einen geht aus den medizinischen Akten nicht hervor, die erforderlichen Therapien, die Behandlungsintensität, der Grad der Behinderungen, die Pflegebedürftigkeit oder zusätzlich komplizierende Krankheiten (namentlich die von Dr. med. N._ am 4. Februar und 14. Juni 2011 angeführten Infekte sowie das Asthma) bedingten den stationären Aufenthalt in einem Rehabilitationszentrum. Dass das ambulante Rehabilitationspotenzial ausgeschöpft wurde, erscheint nicht schon deshalb zweifelhaft, weil nach den unbestritten gebliebenen Ausführungen der Beschwerdeführerin die Beschwerdegegnerin - zusätzlich zur Verneinung des Anspruches auf stationäre Rehabilitation - die Kostenübernahme für die ambulanten (Physio-) Therapien gekürzt hat. Ob dies zu Recht erfolgte, ist hier nicht zu beurteilen. Immerhin ist aber festzuhalten, dass fehlende Spitalbedürftigkeit die Übernahme der Kosten von einzelnen, während des stationären Aufenthaltes beabsichtigten Massnahmen nicht ausschliesst, sondern solche als ambulante Behandlungen nach Massgabe des Art. 41 Abs. 1 zweiter Satz KVG zu übernehmen sind, wenn und soweit sie medizinisch indiziert und die Voraussetzungen der Wirksamkeit, Zweckmässigkeit und Wirtschaftlichkeit der Leistungen nach <ref-law> erfüllt sind (vgl. Urteil K 180/00 vom 22. August 2001 E. 2b; RKUV 2000 Nr. KV 100 S. 6). Auch mit Blick auf die von Dr. med. N._ bestätigte grössere gesundheitliche Labilität der Beschwerdeführerin mit vermehrter Inanspruchnahme ärztlicher Leistungen seit dem Wegfall der jährlichen stationären Rehabilitationsaufenthalte wird die Beschwerdegegnerin die Indikation für ambulante Rehabilitationsmassnahmen sorgfältig zu prüfen haben.
5.3 Damit bleibt es dabei, dass die vorinstanzlich bestätigte Verneinung des Anspruchs der Beschwerdeführerin im Ergebnis nicht als bundesrechtswidrig bezeichnet werden kann. Dies führt zur Abweisung der Beschwerde.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. Februar 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Die Gerichtsschreiberin: Bollinger Hammerle