Faits:
A. D._ a travaillé à temps partiel durant les années 2004 et 2005 en qualité de nettoyeur auprès de l'entreprise X._ SA, à raison de 10 heures hebdomadaires en moyenne.
En incapacité de travail depuis lors pour des douleurs rachidiennes, l'assuré a déposé, le 23 janvier 2008, une demande de prestations de l'assurance-invalidité tendant à une orientation professionnelle, un reclassement ou une rééducation dans la même profession.
Dans le cadre de l'instruction de cette demande, l'Office cantonal de l'assurance-invalidité du canton de Genève (ci-après: OAI) a recueilli les renseignements médicaux usuels auprès des docteurs P._, médecin traitant de l'assuré (rapport du 2 juin 2008), et E._, neurologue (rapport du 20 juin 2008).
Sur la base de ces éléments, l'OAI a soumis l'assuré à une expertise confiée au docteur O._, neurologue, qui a diagnostiqué un syndrome médullaire sous-lésionnel sur myélopathie cervicale secondaire à une cyanose C5-C6 et C6-C7 avec tétraspasticité séquellaire et syndrome douloureux. Selon ce médecin, la capacité de travail de l'assuré avait été de 80 % dans le courant de l'année 2005, nulle du 27 février 2006 au 2 septembre 2007, de 50 % du 3 septembre à la fin de l'année 2007 et de 80 % depuis le début de l'année 2008 (rapport du 10 mars 2009).
Se fondant sur cette expertise, l'OAI a octroyé à l'assuré une rente d'invalidité entière pour la période courant du mois de février 2007 à celui d'avril 2008 (décision du 20 octobre 2009).
B. Par jugement du 27 octobre 2010, le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève (aujourd'hui: la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales) a partiellement admis le recours formé par l'assuré, annulé la décision du 20 octobre 2009 et alloué à D._ une rente entière d'invalidité du mois d'avril 2006 au mois d'avril 2008 ainsi qu'une mesure de reclassement.
C. L'OAI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation en ce qu'il octroie à l'assuré une rente entière d'invalidité dès avril 2006. Il requiert l'octroi d'une telle rente depuis le mois de février 2007 jusqu'au mois d'avril 2008 et la confirmation du jugement pour le surplus.
D._ et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Le recourant qui entend s'écarter des faits constatés doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> sont réalisées sinon un état de fait divergent ne peut être pris en considération.
2. Le litige porte sur la question de savoir si l'assuré a droit à des prestations de l'assurance-invalidité sous forme d'une rente entière pour la période courant du mois d'avril 2006 au mois de janvier 2007.
2.1 Les premiers juges ont considéré que le droit à la rente avait pris naissance le 1er avril 2006. L'intimé avait en effet présenté une incapacité de travail de 20 % pendant la période antérieure 1er février 2006 et de 100 % à compter de cette date. C'était donc en date du 1er avril 2006 que l'intimé avait présenté pendant une année une incapacité de travail moyenne de 40 % au sens de l'<ref-law> (9 mois à 20 % et 3 mois à 100 %).
2.2 Le recourant reproche aux premiers juges d'avoir violé le droit fédéral. Selon lui, pour déterminer le moment de la naissance du droit à la rente, il n'aurait pas fallu prendre en considération la période durant laquelle l'intimé présentait une incapacité de travail de 20 %; un tel taux ne devrait être pris en compte dans ce contexte que lorsque l'incapacité serait indiscutable, ce qui ne serait pas le cas en l'espèce. Dès lors, la fin du délai de carence se situerait en février 2007, soit un an après le début de l'incapacité totale de travail. En outre, même si, par extraordinaire, le moment de la fin du délai de carence correspondait à celui déterminé par l'instance cantonale, l'application du délai de douze mois de l'<ref-law> empêcherait le versement de la rente antérieurement au mois de janvier 2007, dans la mesure où la demande de rente a été déposée le 23 janvier 2008.
3. 3.1 Conformément au principe général de droit transitoire, selon lequel les règles applicables sont celles en vigueur au moment où les faits juridiquement déterminants se sont produits, il y a lieu d'examiner le droit à une rente à l'aune des dispositions légales en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007 (cf. <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 447).
3.2 Selon l'<ref-law>, l'invalidité est réputée survenue dès qu'elle est, par sa nature et sa gravité, propre à ouvrir droit aux prestations entrant en considération. Ce moment doit être déterminé objectivement, d'après l'état de santé; des facteurs externes fortuits n'ont pas d'importance. Il ne dépend en particulier ni de la date à laquelle une demande a été présentée, ni de celle à partir de laquelle une prestation a été requise, et ne coïncide pas non plus nécessairement avec le moment où l'assuré apprend, pour la première fois, que l'atteinte à sa santé peut ouvrir droit à des prestations d'assurance (<ref-ruling> consid. 2b p. 9, <ref-ruling> consid. 3a p. 160, <ref-ruling> consid. 3a p. 82 et les références). Selon l'<ref-law>, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007 (l'éventualité prévue à la let. a n'étant pas pertinente ici), le droit à la rente prend naissance au plus tôt à la date à partir de laquelle l'assuré a présenté, en moyenne, une incapacité de travail de 40 % au moins pendant une année sans interruption notable. Aux fins du calcul de l'incapacité de travail moyenne au sens de cette disposition, on considère que le délai d'attente d'un an commence à courir au moment où l'on constate une diminution sensible de la capacité de travail. Un taux d'incapacité de 20 % est déjà considéré comme pertinent en ce sens (arrêt I 411/96 du 16 octobre 1997 consid. 3c, in VSI 1998 p. 126).
3.3 Aux termes de l'<ref-law>, dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2007, si l'assuré présente sa demande plus de douze mois après la naissance du droit, les prestations ne sont allouées que pour les douze mois précédant le dépôt de la demande, sauf si l'assuré ne pouvait pas connaître les faits ouvrant droit à prestation et présente sa demande dans les douze mois dès le moment où il en a eu connaissance.
4. 4.1 Les premiers juges n'ont pas violé le droit fédéral ni constaté les faits de manière manifestement inexacte en retenant, sur la base des éléments versés au dossier, une incapacité de travail de 20 % pour la période antérieure au 1er février 2006. Certes, comme le relève le recourant, l'intimé n'a pas cessé de travailler durant cette période, ni même réduit son temps de travail. Une activité ne dépassant pas 10 heures hebdomadaires n'est toutefois pas incompatible avec l'incapacité de travail constatée par le corps médical. Il n'y a dès lors pas lieu de remettre en question le calcul auquel ont procédé les premiers juges (cf. supra consid. 2.1), lequel est conforme à la pratique développée en la matière (voir par exemple les arrêts I 632/05 du 26 octobre 2006 consid. 4.4 et I 179/01 du 10 décembre 2001 consid. 3a). Il en résulte que c'est à juste titre que le moment de la naissance du droit à la rente a été fixé au 1er avril 2006.
4.2 Cependant, l'instance cantonale a violé le droit fédéral en n'appliquant pas l'<ref-law>. Compte tenu du fait que la demande de prestations a été déposée le 23 janvier 2008, le versement de la rente ne pouvait débuter qu'à compter du 1er janvier 2007. L'intimé ne peut pas se prévaloir de l'exception figurant à l'art. 48 al. 2 in fine LAI puisqu'il a appris qu'il souffrait de myélopathie au plus tard au milieu de l'année 2006, au moment où il a subi une opération chirurgicale visant à traiter cette affection.
4.3 Il découle de ce qui précède que le recours doit être partiellement admis en ce sens que l'intimé ne peut prétendre au versement d'une rente entière d'invalidité que pour la période courant du 1er janvier 2007 au 30 avril 2008.
5. Vu l'issue du litige, les frais de justice seront répartis entre les parties (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. Le chiffre 4 du dispositif du jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève du 27 octobre 2010 est modifié en ce sens que D._ a droit à une rente entière d'invalidité pour la période courant du mois de janvier 2007 au mois d'avril 2008. Le recours est rejeté pour le surplus.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis pour 100 fr. à la charge du recourant et pour 400 fr. à la charge de l'intimé.
3. La cause est renvoyée à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure antérieure.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre des assurances sociales, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 12 mai 2011
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Bouverat