Faits:
A. A.a Le 20 juin 2008, X._ a déposé plainte contre Y._ et Z._.
Il a expliqué que Y._, un des copropriétaires de l'immeuble dans lequel il travaillait, l'avait interpellé et lui avait demandé ce qu'il faisait là. Il lui avait répondu qu'il oeuvrait pour l'un de ses clients dont il avait refusé de donner l'identité. La tension était montée et Y._ avait été cherché son ami Z._. Ces derniers avaient alors empêché le plaignant et son épouse de partir. Y._ avait saisi le lésé par le bras pendant que son acolyte l'avait étranglé tout en le frappant de l'autre main. Z._ l'avait ensuite menacé à l'aide d'une barre de fer.
A.b Entendus le même jour par la police, Y._ et Z._ ont contesté la version du plaignant. Ils ont expliqué que ce dernier s'était dirigé vers sa moto afin de quitter les lieux, mais que la porte ne s'était pas ouverte. Le lésé avait alors enlevé son casque et s'était dirigé, d'un air menaçant, en direction de Y._. Z._ s'était interposé et avait saisi X._, qui s'était débattu, ce qui lui avait causé ses différentes blessures. Les compères ont soutenu qu'il n'y avait pas eu d'échange de coups. Concernant la menace à l'aide d'une barre de fer, Z._ a déclaré avoir voulu déplacer cet objet afin que le plaignant ne pût s'en servir. Enfin, il a nié avoir voulu étrangler X._.
B. Par décision du 19 août 2008, le Procureur général du canton de Genève a classé la plainte de X._.
Par arrêt du 24 juin 2009, la Chambre d'accusation genevoise a rejeté le recours interjeté par ce dernier et confirmé la décision entreprise.
C. X._ dépose un recours en matière pénale contre l'arrêt précité, dont il requiert, principalement, l'annulation. Il invoque une violation des art. 116, 190A et 198 CPP/GE en relation avec les art. 123, 126 et 181 CP et la violation du principe de l'interdiction de l'arbitraire, du droit d'être entendu et du droit à un procès équitable.

Considérant en droit:
1. L'<ref-law> confère la qualité pour former un recours en matière pénale à quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, ou a été privé de la possibilité de le faire, et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée, notamment la victime, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (ch. 5).
1.1 Le lésé a ainsi qualité pour contester le bien-fondé du refus de suivre, du non-lieu ou de l'acquittement s'il allègue, de manière recevable au regard des art. 97 al. 1, 105 al. 2 et 106 al. 2 LTF, que l'infraction dénoncée l'a directement atteint dans son intégrité corporelle, sexuelle ou psychique et démontre que le refus de suivre litigieux peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles (<ref-law> dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2009 ainsi que l'ancien <ref-law> dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2008; art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF). En principe, cette dernière condition n'est remplie que si le plaignant a pris des conclusions civiles. En cas contraire, il lui incombe d'expliquer quelles prétentions il entend faire valoir, dans quelle mesure le refus de suivre attaqué a une incidence sur leur jugement et pourquoi il n'a pas été en mesure de les exercer dans le cadre de la procédure pénale. Mais il peut s'en dispenser dans les cas évidents (<ref-ruling> consid. 1a p. 187).
La doctrine et la jurisprudence exigent que l'atteinte justifiant la qualité de victime ait une certaine gravité. Les délits de peu de gravité, tels que les voies de fait, qui ne causent pas de lésions, sont en principe exclus du champ d'application de la LAVI. Il ne suffit pas que la victime ait subi des désagréments, qu'elle ait eu peur ou qu'elle ait eu quelque mal. La notion de victime ne dépend toutefois pas de la qualification de l'infraction, mais exclusivement de ses effets sur le lésé. Des voies de fait peuvent ainsi suffire à fonder la qualité de victime si elles causent une atteinte notable à l'intégrité psychique du lésé, mais il est aussi possible que des lésions corporelles simples n'entraînent, au contraire, qu'une altération insignifiante de l'intégrité physique et psychique. En définitive, il faut déterminer si, au regard des conséquences de l'infraction en cause, le lésé pouvait légitimement invoquer le besoin de la protection prévue par la loi fédérale (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 218).
1.2 Le recourant a déjà participé à la procédure, dès lors qu'il a déposé une plainte pénale et qu'il a provoqué, par son recours, la décision attaquée. On ne saurait lui reprocher de ne pas avoir pris de conclusions civiles sur le fond, puisque la procédure n'a pas été menée jusqu'à un stade qui aurait permis de le faire. Reste à examiner si l'atteinte à l'intégrité corporelle qu'il a subie présente un degré de gravité suffisant pour fonder la qualité de victime au sens de la LAVI.
Selon les faits retenus, le recourant a subi des dermabrasions et des griffures au niveau du menton et du coude droit, une contracture du muscle trapèze gauche et des douleurs à la base du pouce gauche, maux ressentis suite aux palpations du médecin. Ces blessures lui ont causé une incapacité de travail de 100 % durant deux jours. Au regard de ces éléments, l'affaire n'apparaît pas particulièrement grave, de sorte qu'on peut sérieusement se demander si elle a causé une atteinte d'une gravité suffisante au bien-être du recourant pour fonder la qualité de victime, ce malgré l'arrêt de travail de deux jours qui lui a été accordé par le médecin. Cette question peut toutefois rester indécise vu le sort du recours.
2. L'art. 116 al. 1 CPP/GE permet au procureur général de classer l'affaire, sous réserve de faits nouveaux, lorsqu'il estime que les faits ne sont pas constitutifs d'une infraction ou que les circonstances ne justifient pas l'exercice de l'action publique. Le classement fondé sur cette disposition a pour effet d'empêcher la mise en oeuvre de l'action pénale dans l'intérêt de la personne mise en cause, dans les cas où, sur la base des premières investigations menées, il apparaît que les faits sont insuffisamment vraisemblables, qu'ils ne sont pas constitutifs d'une infraction ou que l'action publique ne se justifie pas pour des motifs d'opportunité (PIERRE DINICHERT/BERNARD BERTOSSA/LOUIS GAILLARD, Procédure pénale genevoise, in SJ 1986 p. 464 ss, notamment p. 469 ss).
2.1 Ainsi, le droit cantonal de procédure autorise le classement lorsque les faits ne sont pas constitutifs d'une infraction. La Chambre d'accusation a admis que cette condition était réalisée en ce qui concerne les infractions de lésions corporelles simples et de contrainte (cf. infra consid. 3 et 4).
2.2 La procédure genevoise permet également le classement lorsque les circonstances ne justifient pas l'exercice de l'action publique. Des décisions de cette nature sont compatibles avec le droit fédéral, mais dans certaines limites. Ainsi, un classement en opportunité viole le droit fédéral lorsqu'il en résulte que l'autorité compétente se refuse par principe à appliquer une disposition du droit pénal, qu'elle en modifie le contenu, notamment en ajoutant des éléments constitutifs de l'infraction, qu'elle l'applique ou l'interprète faussement ou encore que son refus dans le cas d'espèce ne repose sur aucun motif raisonnable, de telle sorte qu'il équivaut à un refus d'appliquer le droit fédéral (<ref-ruling> consid. 3 p. 42; <ref-ruling> consid. 3b p. 101). En revanche, le Tribunal fédéral a jugé qu'un classement en opportunité ne violait pas le droit fédéral lorsque les versions des parties divergeaient quant au déroulement exact des faits, que les faits étaient peu graves et que les conséquences pour la victime étaient limitées.
En l'espèce, l'autorité cantonale a considéré qu'un tel classement se justifiait pour l'infraction de voies de fait (cf. infra consid. 5).
3. Le recourant reproche à la Chambre d'accusation d'avoir exclu l'application de l'<ref-law> et de s'être ainsi substituée à l'autorité de jugement.
3. Le recourant reproche à la Chambre d'accusation d'avoir exclu l'application de l'<ref-law> et de s'être ainsi substituée à l'autorité de jugement.
3.1 3.1.1 L'<ref-law> réprime les lésions du corps humain ou de la santé qui ne peuvent être qualifiées de graves au sens de l'<ref-law>. Cette disposition protège l'intégrité corporelle et la santé tant physique que psychique. Elle implique une atteinte importante aux biens juridiques ainsi protégés. A titre d'exemples, la jurisprudence cite l'administration d'injections, la tonsure totale et tout acte qui provoque un état maladif, l'aggrave ou en retarde la guérison, comme les blessures, les meurtrissures, les écorchures ou les griffures, sauf si ces lésions n'ont pas d'autres conséquences qu'un trouble passager et sans importance du sentiment de bien-être (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 191; <ref-ruling> consid. 2a p. 26).
Les voies de fait, réprimées par l'<ref-law>, se définissent comme des atteintes physiques qui excèdent ce qui est socialement toléré et qui ne causent ni lésions corporelles, ni dommage à la santé. Une telle atteinte peut exister même si elle n'a causé aucune douleur physique (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 191; <ref-ruling> consid. 2a p. 26).
3.1.2 La distinction entre lésions corporelles et voies de fait peut s'avérer délicate, notamment lorsque l'atteinte s'est limitée à des meurtrissures, des écorchures, des griffures ou des contusions. Ainsi, une éraflure au nez avec contusion a été considérée comme une voie de fait; de même une meurtrissure au bras et une douleur à la mâchoire sans contusion. En revanche, un coup de poing au visage donné avec une violence brutale propre à provoquer d'importantes meurtrissures, voire une fracture de la mâchoire, des dents ou de l'os nasal, a été qualifié de lésion corporelle; de même de nombreux coups de poing et de pied provoquant chez l'une des victimes des marques dans la région de l'oeil et une meurtrissure de la lèvre inférieure et chez l'autre une meurtrissure de la mâchoire inférieure, une contusion des côtes, des écorchures de l'avant-bras et de la main. La question peut parfois être résolue de manière satisfaisante par l'application de l'<ref-law>, qui permet une atténuation libre de la peine dans les cas de peu de gravité (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 191 s.; <ref-ruling> consid. 2a p. 27).
Dans les cas limites, il faut tenir compte de l'importance de la douleur provoquée, afin de déterminer s'il s'agit de lésions corporelles simples ou de voies de fait. Comme les notions de voies de fait et d'atteinte à l'intégrité corporelle, qui sont décisives pour l'application des art. 123 et 126 CP, sont des notions juridiques indéterminées, la jurisprudence reconnaît, dans ces cas, une certaine marge d'appréciation au juge du fait car l'établissement des faits et l'interprétation de la notion juridique indéterminée sont étroitement liés. Dans ces circonstances, le Tribunal fédéral s'impose une certaine réserve dans la critique de l'interprétation faite par l'autorité cantonale, dont il ne s'écarte que si cela s'avère nécessaire (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 192; <ref-ruling> consid. 2a p. 27).
3.2 Selon le certificat délivré par le Groupe Médical d'Onex, le recourant a souffert de dermabrasions et de griffures au niveau du menton et du coude droit, d'une contracture du muscle trapèze gauche et des douleurs à la base du pouce gauche. Il a ressenti ces douleurs suites à des palpations du médecin. Ces blessures lui ont causé une incapacité de travail complète du 20 au 22 juin 2008.
La Cour cantonale a fait un usage correct de son pouvoir d'appréciation en considérant que ces blessures ne constituaient pas une atteinte importante à l'intégrité corporelle du recourant et ne pouvaient être considérées comme des lésions corporelles simples. En effet, les blessures n'ont pas entraîné d'autres conséquences qu'un trouble passager et sans importance du sentiment de bien-être de l'intéressé. Les juges n'ont donc pas violé le droit fédéral en excluant l'application de l'<ref-law> et pouvaient donc classer la procédure sur cette question pour défaut de prévention pénale. Le grief est donc rejeté.
4. Le recourant reproche à la Chambre d'accusation d'avoir écarté l'application de l'<ref-law>.
4.1 Aux termes de cette disposition, celui qui, en usant de violence envers une personne ou en la menaçant d'un dommage sérieux, ou en l'entravant de quelque autre manière dans sa liberté d'action, l'aura obligée à faire, à ne pas faire ou à laisser faire un acte sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
Le moyen de contrainte illicite doit amener le destinataire à adopter un comportement qu'il n'aurait pas eu s'il avait eu toute sa liberté de décision (<ref-ruling> consid. 2a p. 19).
4.2 Selon les faits retenus, le recourant a certes été quelque peu violenté et entravé dans sa liberté d'action; toutefois, ses assaillants n'avaient pas pour but de le contraindre à faire, ne pas faire ou laisser faire un acte. Au regard de ces constatations cantonales, au sujet desquelles aucun arbitraire n'est ni allégué, ni démontré conformément aux exigences posées par l'<ref-law>, on ne saurait reprocher à la Chambre d'accusation d'avoir jugé qu'il n'existait pas de prévention pénale suffisante quant à l'infraction de contrainte. Le grief est donc rejeté.
5. Invoquant l'arbitraire et une violation du droit d'être entendu, le recourant conteste le classement en opportunité opéré par la Chambre d'accusation.
En l'espèce, les versions des protagonistes de l'affaire divergent quant au déroulement des événements (cf. supra consid. A.a et A.b). En effet, le recourant soutient avoir été frappé, étranglé et menacé au moyen d'une barre de fer, alors que les intimés affirment qu'il n'y a pas eu d'échanges de coups, le plaignant s'étant simplement blessé alors qu'il se débattait. A ce propos, le recourant se contente d'ailleurs, dans son argumentation, de rappeler sa thèse relative à l'agression et de contester celle des intimés, sans démontrer de manière convaincante et en tout cas suffisante au regard de l'<ref-law>, en quoi sa version des faits devrait l'emporter sur les déclarations des dénoncés. Par ailleurs, les atteintes subies par le lésé, constituées de dermabrasions, de griffures et de douleurs à la palpation, elles ne présentent aucune gravité particulière. Les conséquences des actes en cause sont par conséquent limitées. Dans ces conditions, le classement repose sur des motifs raisonnables et ne viole donc ni les droits constitutionnels du recourant, ni le droit fédéral. Pour le reste, aucun élément ne permet d'affirmer, comme le soutient le plaignant, que les autorités genevoises auraient décidé de ne poursuivre que les infractions les plus graves du CP et refuseraient systématiquement d'appliquer la loi pénale dans des situations qui représenteraient une gravité moindre. Le grief est donc infondé.
6. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de la procédure (cf. <ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 13 novembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani