Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer richtet sich mit Beschwerde in Zivilsachen vom 14. Mai 2009 gegen den Entscheid vom 2. April 2009, mit dem der Präsident der III. Zivilkammer des Kantonsgerichts St. Gallen die im Zusammenhang mit einer Aberkennungsklage erhobene Rechtsverweigerungsbeschwerde abwies, soweit darauf einzutreten war und sie nicht gegenstandslos geworden war. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und stellt den Antrag, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuzuerkennen.
2. 2.1 Bezüglich der Beschwerde im Zusammenhang mit der Aberkennungsklage hat der Präsident erwogen, in dieser Angelegenheit habe das Kreisgericht das Verfahren am 19. Februar 2009 in Bestätigung des präsidialen Abschreibungsbeschlusses vom 9. Oktober 2009 als erledigt abgeschrieben. Allfällige Beanstandungen könnten mit dem gegen diesen Entscheid zur Verfügung stehenden Rechtsmittel geltend gemacht werden. Insoweit sei die Rechtsverzögerungsbeschwerde gegenstandslos geworden.
Bezüglich der Beschwerde gemäss Schreiben des Beschwerdeführers an das O/NTogg Kreisgericht "98.00.802100.0315357421gr (18./20.1.09)" und des Schreibens an das Kantonsgericht SG "98.00.400200.031186658, 12.1.09" hat der Präsident erwogen, bei dem der Rechtsverweigerungsbeschwerde beigefügten Schreiben handle es sich um das bei den vorinstanzlichen Akten im neu eingeschriebenen Aberkennungsverfahren abgelegte Aktenstück act. 8, worin der Beschwerdeführer verschiedene Begehren stelle. Es bestehe kein Grund zur Annahme, dass dieselben nicht behandelt würden, wenn das vom Beschwerdeführer auf trölerische Art und Weise immer wieder blockierte Verfahren endlich seinen Fortgang nehmen könne. Insoweit sei die Rechtsverweigerungsbeschwerde unbegründet. Auf die mit Schreiben vom 12. Januar 2009 an das Kantonsgericht gestellten Begehren sei am 14. Januar 2009 wie erwähnt nicht eingetreten worden. Dabei bleibe es, nachdem das Bundesgericht auf eine dagegen erhobene Beschwerde vom 11. Februar 2009 nicht eingetreten sei. Darauf sei nicht einzutreten.
Soweit der Beschwerdeführer schliesslich geltend mache, dass die Staatsanwaltschaft auf eine gegen Z._ erhobene Strafklage nicht reagiere, so habe die Vorinstanz darauf mangels Zuständigkeit nicht eintreten müssen und sei die Rechtsverweigerungsbeschwerde unbegründet.
2.2 Der Beschwerdeführer setzt sich in seiner Eingabe überhaupt nicht mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinander und zeigt nicht anhand der Erwägungen auf, inwiefern die Vorinstanz Bundesrecht, insbesonderere Verfassungsrecht verletzt haben könnte. Die Begründung der Beschwerde entspricht den Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG bzw. von <ref-law> (<ref-ruling> E. 3.2. S. 88 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287 f) nicht.
2.3 Auf die offensichtlich unzulässige Beschwerde ist somit im vereinfachten Verfahren (<ref-law>) durch die Präsidentin der Abteilung unter Kostenfolge für den Beschwerdeführer (<ref-law>) nicht einzutreten.
3. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.
4. Die Beschwerde hat sich von Anfang an als aussichtlos erwiesen, weshalb dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht entsprochen werden kann (<ref-law>).

Demnach erkennt die Präsidentin:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 700.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Präsident der III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden