Sachverhalt:
A. Die Kantonspolizei Zürich verfügte am 12. März 2008 gegenüber A.X._ Gewaltschutzmassnahmen gemäss § 3 Abs. 2 lit. a-c des kantonalen Gewaltschutzgesetzes (GSG; Gesetzessammlung 351). Sie verfügte insbesondere die Wegweisung aus der ehelichen Liegenschaft an der T._strasse in L._, ein Verbot der Kontaktnahme mit der Ehefrau B.X._ und den gemeinsamen Kindern sowie ein Verbot des Betretens der Wohnung von C._ an der H._strasse in S._.
A.X._ ersuchte um gerichtliche Beurteilung. Nach Anhörung von A.X._ und B.X._ hob der Haftrichter am Bezirksgericht Hinwil mit Entscheid vom 19. März 2008 die Wegweisung aus der Liegenschaft in L._ auf und bestätigte im Übrigen die beiden von der Kantonspolizei angeordneten Massnahmen. Zum einen erwog der Haftrichter, dass B.X._ die Wohnung in L._ verlassen hatte, zu ihrer Schwester in S._ gezogen war und vorderhand an eine Rückkehr nicht denke und dass die eheliche Liegenschaft durch die Eheschutzrichterin am 28. August 2007 einstweilen B.X._ zur alleinigen Benützung zugewiesen worden ist. Zum andern nahm er an, dass von Seiten von A.X._ ein eigenmächtiges Vorgehen befürchtet werden müsse.
B. Auf Ersuchen von B.X._ um Verlängerung der Gewaltschutzmassnahmen hin traf der Haftrichter des Bezirksgerichts Hinwil am 1. April 2008 einen neuen Entscheid. Er verlängerte die beiden genannten Massnahmen bis zum 12. Juni 2008 und schrieb das Verfahren im Übrigen als gegenstandslos geworden ab. Er hielt dafür, dass der Fortbestand einer Gefährdung von B.X._ und der gemeinsamen Kinder angesichts des Verhaltens von A.X._ glaubhaft sei und die Verlängerung der Massnahmen verhältnismässig sei.
C. Vorgängig zu diesen Verfahren wurden Eheschutzmassnahmen betreffend die Eheleute X._ getroffen: Mit Verfügung der Einzelrichterin im summarischen Verfahren des Bezirkes Hinwil vom 28. August 2007 wurden die beiden minderjährigen Kinder einstweilen unter die Obhut von B.X._ gestellt, wurde A.X._ verboten, die Kinder zusammen oder einzeln ins Ausland zu nehmen, und wurde die Liegenschaft in L._ einstweilen B.X._ zur alleinigen Benützung zugewiesen. Auf eine dagegen gerichtete Nichtigkeitsbeschwerde trat das Obergericht am 15. Oktober 2007 nicht ein. Gleichermassen trat die Verwaltungskommission des Obergerichts am 28. November 2007 auf ein Ausstandsbegehren nicht ein. Mit Beschluss vom 30. November 2007 trat die Anklagekammer des Obergerichts auf eine Strafanzeige nicht ein.
Am 20. Dezember 2007 stellte die Einzelrichterin des Bezirksgerichts Hinwil fest, dass die Eheleute X._ getrennt leben, und ordnete für die Zeit des Getrenntlebens u.a. an, dass die Kinder unter die elterliche Obhut von B.X._ gestellt sind, dass A.X._ vorerst ein näher umschriebenes begleitetes Besuchsrecht und später erweitertes Besuchsrecht zusteht, dass dieser die Kinder weder zusammen noch einzeln ins Ausland nehmen darf und dass die eheliche Liegenschaft in L._ B.X._ zur alleinigen Benützung zugewiesen wird. Dagegen hat A.X._ beim Obergericht Rekurs eingelegt (vgl. die Verfügung des Obergerichts vom 22. Februar 2008). Den Akten kann der Ausgang dieses Verfahrens nicht entnommen werden.
D. A.X._ hat den Entscheid des Haftrichters vom 19. März 2008 beim Bundesgericht am 31. März 2008 mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten. Er verlangt die Aufhebung des haftrichterlichen Entscheides und die Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Eventualiter ersucht er darum, es sei ihm der Zugang zur ehelichen Wohnung, evt. zur Garage und Werkstatt zu ermöglichen, es seien ihm die Kinder sofort zu übergeben, es sei ihm ein Besuchsrecht von zwei Tagen pro Woche zu gewähren und ihm Reiseferien im EU-Raum mit den Kindern zu ermöglichen (Verfahren 1C_142/2008).
Mit Eingabe vom 17. April 2008 hat er seine erste Eingabe ergänzt und zudem den Haftrichterentscheid vom 1. April 2008 angefochten (Verfahren 1C_174/2008). Er verlangt dessen Aufhebung und ersucht um Feststellung, dass die Verfügung der Eheschutzrichterin vom 28. August 2008 nicht rechtswirksam sei. Eventualiter ersucht er um uneingeschränkten Zugang zu seinem Büro. Schliesslich stellt er das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Am 5. Mai 2008 hat der Beschwerdeführer dem Bundesgericht eine ergänzende Eingabe eingereicht.
Sowohl der Haftrichter wie auch B.X._ als Beschwerdegegnerin haben in beiden Verfahren auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Eingaben des Beschwerdeführers richten sich gegen zwei verschiedene Entscheide des Haftrichters. Diese stehen in einem unmittelbaren sachlichen und prozessualen Zusammenhang. Es rechtfertigt sich, die Verfahren zusammenzufassen und in einem einzigen Urteil zu beurteilen.
Verfügungen betreffend Massnahmen gemäss Gewaltschutzgesetz können beim Bundesgericht mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden (Urteil 1C_407/2007 und 1C_409/2007 vom 31. Januar 2008, E. 1). Da es sich beim Gewaltschutzgesetz um kantonales Recht handelt, fällt einzig die Rüge der Verletzung von Verfassungsrecht in Betracht (Art. 95 lit. a und c BGG). Es ist in der Beschwerdeschrift darzulegen und zu begründen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt oder mit Verfassungsrecht im Widerspruch steht (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) bzw. in welcher Hinsicht der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung beruht (<ref-law>).
Die Verfügungen des Haftrichters stellen Endentscheide im Sinne von <ref-law> dar und gelten als kantonal letztinstanzlich (<ref-law> in Verbindung mit der Übergangsfrist von <ref-law>).
Damit erweisen sich die Beschwerden im Grundsatz als zulässig. Dem Eintreten steht der Umstand nicht entgegen, dass die Verfügung vom 19. März 2008 durch jene vom 1. April 2008 ersetzt worden ist. Über die Zulässigkeit der einzelnen Anträge sowie die Befolgung der Begründungsanforderungen ist nachfolgend im entsprechenden Sachzusammenhang zu befinden.
2. Das kantonale Gewaltschutzgesetz bezweckt den Schutz, die Sicherheit und die Unterstützung von Personen, die durch häusliche Gewalt betroffen sind, und sieht hierfür verschiedene Massnahmen vor (§ 1 und 2 GSG). Diese können parallel zu eheschutzrechtlichen Anordnungen ergehen. Eheschutzrechtliche Anordnungen gehen indes vor. Diese können auf dem dafür vorgesehenen Rechtsmittelweg angefochten werden (vgl. Rechtsmittelbelehrung im eheschutzrechtlichen Entscheid vom 20. Dezember 2007). Dies bedeutet insbesondere, dass eheschutzrechtliche Anordnungen im gewaltschutzrechtlichen Verfahren nicht in Frage gestellt oder abgeändert werden können.
Der Haftrichter hat in den angefochtenen Verfügungen auf den eheschutzrechtlichen Entscheid der Einzelrichterin vom 28. August 2007 verwiesen. Der Beschwerdeführer bestreitet die Wirksamkeit dieses Entscheides. Die Frage kann offen gelassen werden. In materieller Hinsicht ist vom eheschutzrechtlichen Entscheid vom 20. Dezember 2007 auszugehen, mit dem die Eheschutzmassnahmen für die Zeit des Getrenntlebens im Einzelnen umschrieben sind. Im Übrigen zeigt sich, dass die für den vorliegenden Fall massgeblichen Anordnungen in den beiden Entscheiden vom 28. August und 20. Dezember 2007 weitgehend übereinstimmen. Inskünftig wird der Entscheid des Obergerichts betreffend die Eheschutzmassnahmen zu berücksichtigen sein.
Für die Behandlung der vorliegenden Beschwerden ist von den drei Gewaltschutzmassnahmen auszugehen, die Gegenstand der polizeilichen Verfügung und der angefochtenen Haftrichterentscheide bildeten.
2.1 Der Haftrichter bestätigte das Verbot, die Wohnung von C._ in S._ zu betreten. Mit seinen Aufhebungsanträgen ficht der Beschwerdeführer auch diese Massnahme an. Er unterlässt es indessen, im Einzelnen zu begründen, inwiefern diese Massnahme gegen Verfassungsrecht verstossen oder auf einem offensichtlich unrichtigen Sachverhalt beruhen soll. Er begnügt sich mit dem Hinweis, gar nie versucht zu haben, in die Wohnung von C._ zu gelangen. Angesichts des Umstandes, dass sich die Beschwerdegegnerin mit ihren Kindern bei C._ aufhalten, erweist sich die Massnahme im Ergebnis nicht als willkürlich. Bei dieser Sachlage ist die Beschwerde in diesem Punkt abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
2.2 Der Haftrichter hat im Entscheid vom 19. März 2008 die Wegweisung aus der ehelichen Liegenschaft in L._ aufgehoben und im Entscheid vom 1. Apri 2008 ein entsprechendes Ersuchen der Beschwerdegegnerin als gegenstandslos betrachtet. Demnach liegt in Bezug auf die Liegenschaft in L._ keine gewaltschutzrechtliche Anordnung vor. Es fehlt demnach an einem Anfechtungsobjekt, weshalb in diesem Punkt auf die Beschwerde nicht einzutreten ist. Das gilt auch für die Eventualbegehren des Beschwerdeführers, ihm zumindest Zugang zu Werkstatt und Garage, evt. zu seinem Büro zu ermöglichen. In Bezug auf die Liegenschaft in L._ ist daher ausschliesslich der eheschutzrechtliche Entscheid vom 20. Dezember 2007 massgebend. Darin ist die Liegenschaft samt Mobiliar und Hausrat der Beschwerdegegnerin zur alleinigen Benützung zugewiesen worden. Diese hat dem Beschwerdeführer unter den dort genannten Bedingungen die Gegenstände gemäss einer Liste herauszugeben. Auch die Benützung der Autos ist darin geregelt.
2.3 Schliesslich hat der Haftrichter mit beiden angefochtenen Entscheiden das Verbot, mit der Beschwerdegegnerin und den gemeinsamen Kindern Kontakt aufzunehmen, bestätigt.
In dieser Hinsicht ist vom Entscheid vom 20. Dezember 2007 auszugehen, mit dem die Einzelrichterin die Nebenfolgen des Getrenntlebens regelte. Die Kinder sind unter die elterliche Obhut der Beschwerdegegnerin gestellt worden. Dem Beschwerdeführer ist für die ersten vier Monate ein begleitetes Besuchsrecht, für die Zeit danach in Absprache mit dem Besuchsrechtsbeistand ein unbegleitetes Besuchsrecht eingeräumt worden. Es ist ihm verboten worden, die Kinder zusammen oder einzeln mit sich ins Ausland zu nehmen. Schliesslich sind die Parteien verpflichtet worden, sich auf erstes Verlangen hin gegenseitig Gegenstände gemäss einer Liste herauszugeben.
Der Vollzug dieser Massnahmen setzt eine Kontaktnahme des Beschwerdeführers mit der Beschwerdegegnerin voraus und ermöglicht dem Beschwerdeführer im umschriebenen Rahmen den Kontakt mit seinen Kindern. Da die eheschutzrechtlichen Massnahmen, wie dargelegt, den gewaltschutzrechtlichen Anordnungen vorgehen, ist der angefochtene Entscheid von vornherein im Sinne und unter Vorbehalt der für das Getrenntleben umschriebenen Anordnungen zu verstehen. Davon ist auch für die Beurteilung der vorliegenden Beschwerden auszugehen.
Angesichts der eheschutzrechtlichen Massnahmen gemäss Entscheid vom 20. Dezember 2007, kann auf den Antrag des Beschwerdeführers, es sei ihm ein Besuchsrecht mit der Möglichkeit von Ferien im Ausland einzuräumen, von vornherein nicht eingetreten werden.
Der Haftrichter hat im Entscheid vom 1. April 2008 ausgeführt, dass der Fortbestand einer Gefährdung der Beschwerdegegnerin und der Kinder aufgrund des Verhaltens, verschiedener Äusserungen und der Aussagen des Beschwerdeführers anlässlich der Anhörung nach wie vor glaubhaft erscheine. Dieser beteuert mit seinen Beschwerden zwar, weder gegenüber der Beschwerdegegnerin noch gegenüber den Kindern je Drohungen ausgesprochen zu haben. Er zieht die vom Haftrichter zitierten Äusserungen nicht in Frage, macht hingegen geltend, dass auf seine Eingaben an das Obergericht nicht abgestellt werden könne. Für die Beurteilung einer Bedrohungslage kann indes jegliche Äusserung sowie das ganze Verhalten berücksichtigt werden. In dieser Hinsicht vermag der Beschwerdeführer nicht darzulegen, dass die Annahmen des Haftrichters geradezu willkürlich seien und die getroffene Massnahme nicht zu stützen vermöchten. Damit erweisen sich die Beschwerden auch in diesem Punkte als unbegründet und sind abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
3. Gesamthaft sind die Beschwerden im Sinne der Erwägungen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
In Anbetracht der gesamten Umstände rechtfertigt es sich, keine Kosten zu erheben. Damit wird das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege gegenstanslos. Dem nicht anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer steht keine Parteientschädigung zu. Die anwaltlich vertretene Beschwerdegegnerin hat in beiden Verfahren auf eine Vernehmlassung verzichtet und stellt folgerichtig keinen Antrag auf Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerden werden im Sinne der Erwägungen abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bezirksgericht Hinwil, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann