Sachverhalt:
A. H._, geboren 1954, war von Mitte Juni 2002 bis 31. August 2004 bei der Genossenschaft Y._ als Fachleiterin Kundendienst angestellt und dadurch bei der Pensionskasse X._ (nachfolgend Pensionskasse) obligatorisch berufsvorsorgeversichert. Im Rahmen der Wiederaufnahme in diese Versicherung (sie war bereits 1988 bis Ende Juni 2001 bei der das Vorsorgeverhältnis mit der Pensionskasse begründenden Genossenschaft tätig gewesen) verneinte H._ am 18. Juni 2002 in der Gesundheitserklärung unter anderem die Frage nach dem Bestehen einer chronischen Krankheit. Mit Verfügung vom 6. Januar 2005 sprach ihr die IV-Stelle des Kantons Zürich basierend auf einem Invaliditätsgrad von 100 % ab 1. November 2004 eine ganze Rente der Invalidenversicherung zu. In der Folge ersuchte H._ die Pensionskasse um Ausrichtung der ihr zustehenden berufsvorsorgerechtlichen Leistungen. Die Pensionskasse anerkannte mit Schreiben vom 13. September 2005 zwar ihre Leistungspflicht im obligatorischen Bereich, trat aber gleichzeitig im überobligatorischen Bereich vom Versicherungsvertrag zurück, weil H._ in der Gesundheitserklärung die Frage nach dem Bestehen chronischer Krankheiten nicht korrekt beantwortet habe, da sie das seit 1992 bestehende Rückenleiden verschwiegen habe.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich hiess die Klage von H._ mit Entscheid vom 14. September 2007 teilweise gut und verpflichtete die Pensionskasse, der Versicherten ab 1. November 2004 basierend auf einem Invaliditätsgrad von 100 % die Invalidenleistungen der obligatorischen beruflichen Vorsorge (zuzüglich Zins) auszurichten. Im Übrigen wies es die Klage ab (Dispositiv-Ziffer 1). Dies betraf einerseits die den überobligatorischen Bereich beschlagenden Einwendungen zur Anzeigepflichtverletzung und anderseits das Begehren, die Pensionskasse habe die H._ nach ihrem ersten Austritt im Jahre 2001 ausgerichtete Freizügigkeitsleistung von Fr. 70'238.- entgegenzunehmen. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sprach das Gericht H._ eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 1300.- zu (Dispositiv-Ziffer 3).
C. H._ lässt Beschwerde führen und beantragen, Ziff. 1 des angefochtenen Entscheids sei insofern abzuändern, als die Pensionskasse zu verpflichten sei, ihr ab 1. November 2004 eine Invalidenrente in der Höhe von mindestens Fr. 20'114.- sowie eine Kinderrente von Fr. 6825.60 pro Jahr zu bezahlen. Weiter sei Ziff. 3 des angefochtenen Entscheids aufzuheben und die Sache zwecks Zusprechung einer dem Verfahrensausgang entsprechenden Parteientschädigung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Pensionskasse schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann deren Sachverhaltsdarstellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Die Parteien sind sich darüber einig, dass die Beschwerdeführerin zu 100 % invalid ist und daher ab 1. November 2004 Anspruch auf Leistungen der obligatorischen beruflichen Vorsorge hat. Umstritten ist hingegen zunächst die Leistungspflicht im überobligatorischen Bereich. Diese hängt von der Frage ab, ob die Pensionskasse berechtigt war, vom Versicherungsvertrag zurückzutreten, weil die Beschwerdeführerin die Rückenbeschwerden, die im Februar 1992 erstmals zu einer medizinischen Behandlung geführt hatten, im Rahmen der Gesundheitserklärung nicht erwähnte.
3. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung dieser Streitfrage einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt. Ergänzend ist auf die Rechtsprechung hinzuweisen, wonach sich die Anzeigepflicht nicht danach bestimmt, ob und wie bedeutsam der Antragsteller eine Krankheit oder einen krankheitsverdächtigen Sachverhalt subjektiv einschätzt. Vielmehr ist die Beurteilung der Frage, ob und unter welchen Voraussetzungen eine Krankheit oder Krankheitsanlage von Belang oder anzeigepflichtig ist, ausschliesslich Sache der Versicherung. Wird in einer Gesundheitserklärung nach bestehenden Krankheiten und bestimmten Krankheitsanlagen gefragt, ist daher ohne Rücksicht auf die persönlichen Wertungen des Aufnahmebewerbers jede vorhandene Gesundheitsstörung anzuzeigen und - nach Massgabe des Fragenkataloges - ebenso jedes irreguläre gesundheitliche Geschehen, das auf eine möglicherweise bestehende oder künftige Erkrankung hinweist. Von diesem Grundsatz hat die Rechtsprechung lediglich vereinzelt aufgetretene Unpässlichkeiten ausgenommen, die der Antragsteller in guten Treuen als belanglose, vorübergehende Beeinträchtigungen des körperlichen Wohlbefindens betrachten darf und bei der gebotenen Sorgfalt nicht als Erscheinungen eines ernsthafteren Leidens beurteilen muss (<ref-ruling> E. 1b S. 38, 106 V 170 E. 3b S. 174). Gemeint sind damit beispielsweise und in der Hauptsache gelegentlich erlittene Erkältungskrankheiten oder grippale Infekte, die jeweils als abgeschlossenes Geschehen ohne bleibende gesundheitliche Beeinträchtigungen angesehen werden dürfen. Stehen jedoch die erwähnten geringfügigen Beschwerden im Verdacht, Symptome einer möglicherweise erst zum Ausbruch gelangenden oder noch nicht überwundenen Erkrankung zu sein, so hat sie der Antragsteller in der Gesundheitserklärung anzugeben (RKUV 1989 Nr. K 825 S. 406 E. 2c).
4. 4.1 Das kantonale Gericht hat in Würdigung der medizinischen Berichte und sonstigen Akten festgestellt, dass die Beschwerdeführerin seit 1992 an wiederkehrenden Rückenbeschwerden leidet. Die Versicherte bringt dagegen im Wesentlichen vor, sie sei nach 1992 und vor der Neuaufnahme bei der Pensionskasse wegen dem Rückenleiden nie arbeitsunfähig gewesen und habe deswegen - mit Ausnahme einer Arztkonsultation im Jahre 1999 nach einer Überbelastung - keiner andauernden oder regelmässig wiederkehrenden Behandlung bedurft. Diese Kritik vermag die vorinstanzliche Feststellung jedoch nicht als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen. Im Bericht des Dr. med. B._, Spezialarzt FMH für Orthopädische Chirurgie, vom 10. März 1992, wurden die erhobenen Befunde zwar nicht als "gewaltig" dargestellt. Bereits wurde aber eine Zunahme der Spondylarthrose prognostiziert und gar die Frage einer Spondylodese (Versteifung von Wirbelsäulensegmenten) aufgeworfen. Dr. med. K._, Facharzt FMH für Orthopädische Chirurgie, hielt in seinem Bericht vom 5. Mai 2003 in der Anamnese fest, dass die Patientin bereits 1992 in Abklärung wegen einer Lumbago gewesen sei und sich "während dann 10 Jahren mit gelegentlichen Physiotherapien knapp über Wasser gehalten" habe. Auch Dr. med. B._, Facharzt FMH für Physikalische Medizin und Rehabilitation speziell Rheumaerkrankungen, berichtete am 7. Mai 2004, dass die Beschwerdeführerin schon seit über zehn Jahren an wiederkehrenden Rückenproblemen leidet, die sich in den letzten Jahren massiv verschlechtert haben. Schliesslich gab sie in der Anmeldung zum Bezug von IV-Leistungen am 14. November 2003 selbst an, dass die Behinderung seit Jahren bestehe. Ohne Bundesrecht zu verletzen durfte die Vorinstanz aus diesen (und weiteren) Akten schliessen, die Beschwerdeführerin leide seit Jahren 1992 an wiederkehrenden Rückenbeschwerden, weshalb diese Feststellung für das Bundesgericht verbindlich bleibt (E. 1). Auch eine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt nicht vor, hat doch die Vorinstanz die späteren Berichte der Dres. med. U._ und B._ gewürdigt.
4.2 Wie in E. 3 dargestellt, sind von der Anzeigepflicht lediglich vereinzelt aufgetretene Unpässlichkeiten ausgenommen, die der Antragsteller in guten Treuen als belanglose, vorübergehende Beeinträchtigungen des körperlichen Wohlbefindens betrachten darf. Davon kann bei jahrelangen wiederkehrenden Rückenschmerzen nicht die Rede sein, weshalb das kantonale Gericht zu Recht eine Verletzung der Anzeigepflicht bejaht hat.
4.3 Daran ändert auch der Hinweis auf das Urteil B 106/04 vom 16. Mai 2006 nichts. Daraus kann die Beschwerdeführerin nichts zu ihren Gunsten ableiten, ging es doch in jenem Fall um Rückenschmerzen, die innert Tagen unter Einnahme von Medikamenten wieder abgeklungen und nicht wieder aufgetaucht waren. Solche sind - im Gegensatz zu jahrelangen wiederkehrenden Rückenschmerzen - klar als belanglose, vorübergehende Beeinträchtigungen des körperlichen Wohlbefindens zu betrachten. Aus dem Umstand, dass in einem anderen Fall (Urteil B 48/04 vom 14. März 2006) eine Verletzung der Anzeigepflicht verneint wurde, da der dortige Versicherte in den letzten fünf Jahren seiner Erwerbstätigkeit ohne Leistungsabfall nachgehen konnte und in dieser Zeit auch keine ärztliche Behandlung benötigte, kann nicht gefolgert werden, dies sei immer zu verneinen, wenn kein Leistungsabfall und keine ärztliche Behandlung ausgewiesen sei. Diese Aussage in E. 4.2 jenes Urteils ist vielmehr im Zusammenhang mit dem dort zu beurteilenden Einzelfall zu verstehen, wo es um psychische Beschwerden ging, die erst retrospektiv festgestellt wurden. Im hier zu beurteilenden Fall liegt hingegen ein den Beginn der Krankheit dokumentierender Arztbericht aus dem Jahre 1992 vor.
5. Weiter ist strittig, ob die Pensionskasse die der Beschwerdeführerin nach ihrem ersten Austritt im Jahre 2001 ausgerichtete Freizügigkeitsleistung von Fr. 70'238.- (die zuerst bei der Stiftung Auffangeinrichtung BVG und dann auf ein Freizügigkeitskonto bei der Bank Z._ überwiesen wurde) entgegenzunehmen und damit in die Berechnung der Leistungen miteinzubeziehen hat.
5.1 Das kantonale Gericht hat die Rechtslage und die Rechtsprechung zu dieser Frage im Grundsatz richtig dargestellt: Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat in <ref-ruling> entschieden, dass die in Art. 3 Abs. 1 FZG statuierte Verpflichtung, die Austrittsleistung an die neue Vorsorgeeinrichtung zu übertragen, solange bestehen bleibt, als weder ein Freizügigkeitskonto noch eine -police errichtet worden sind noch eine Übertragung an die Stiftung Auffangeinrichtung erfolgt ist, selbst wenn in der Zwischenzeit ein Vorsorgefall eingetreten ist und der Versicherte pflichtwidrig nichts vorgekehrt hat, die Übertragung rechtzeitig zu erwirken. Es hielt fest, dass die neue Vorsorgeeinrichtung unter diesen Voraussetzungen verpflichtet bleibt, die Austrittsleistung gutzuschreiben (Art. 9 Abs. 1 FZG), selbst wenn deren Überweisung verspätet erfolgt (SVR 2005 BVG Nr. 15 S. 47 E. 5.2). Daraus folgte umgekehrt, dass eine solche Verpflichtung nicht mehr besteht, nachdem die Überweisung an ein Freizügigkeitskonto erfolgt ist (SVR 2005 BVG Nr. 15 S. 47 E. 5.3).
5.2 Die in E. 5.1 genannten Urteile betrafen indessen Sachverhalte, die sich vor dem 1. Januar 2001 ereigneten, weshalb das bis damals geltende Recht anwendbar war. Auf 1. Januar 2001 sind aber der neue Art. 4 Abs. 2bis FZG und die geänderte Fassung des Art. 11 Abs. 2 FZG in Kraft getreten:
Treten die Versicherten in eine neue Vorsorgeeinrichtung ein, so müssen die Freizügigkeitseinrichtungen das Vorsorgekapital für die Erhaltung des Vorsorgeschutzes der neuen Vorsorgeeinrichtung überweisen. Die Versicherten melden: a. der Freizügigkeitseinrichtung den Eintritt in die neue Vorsorgeeinrichtung; b. der neuen Vorsorgeeinrichtung die bisherige Freizügigkeitseinrichtung sowie die Form des Vorsorgeschutzes (Art. 4 Abs. 2bis FZG).
Die Versicherten haben der Vorsorgeeinrichtung Einsicht in die Abrechnungen über die Austrittsleistung aus dem früheren Vorsorgeverhältnis zu gewähren (Art. 11 Abs. 1 FZG). Die Vorsorgeeinrichtung kann die Austrittsleistung aus dem früheren Vorsorgeverhältnis sowie das Vorsorgekapital aus einer Form der Vorsorgeschutzerhaltung für Rechnung der Versicherten einfordern (Art. 11 Abs. 2 FZG).
5.3 Diese neuen Bestimmungen sind hier intertemporalrechtlich anwendbar. In der Botschaft vom 28. September 1998 zum Stabilisierungsprogramm 1998 hielt der Bundesrat zu Art. 4 FZG fest, in einem zusätzlichen Absatz 2bis solle sichergestellt werden, dass bei einem Eintritt in eine Vorsorgeeinrichtung alle bei Freizügigkeitseinrichtungen vorhandenen Vorsorgekapitalien tatsächlich auf die neue Vorsorgeeinrichtung übertragen werden. Zu Art. 11 FZG wurde erläutert, die Vorsorgeeinrichtung solle auch die aus den früheren Vorsorgeverhältnissen zugunsten der Versicherten bestehende Austrittsleistung und auch das Vorsorgekapital aus einer Form der Vorsorgeschutzerhaltung (Freizügigkeitseinrichtung) einfordern können (BBl 1999 S. 95). Im Lichte dieser Ausführungen und des Sinnes und Zweckes der Freizügigkeitsguthaben (Erhaltung des Vorsorgeschutzes) ist es nicht mehr gerechtfertigt, die Überweisung der Austrittsleistung an eine Vorsorgeeinrichtung einerseits und an eine Freizügigkeitseinrichtung anderseits unterschiedlich zu behandeln.
5.4 Dazu kommt, dass die Pensionskasse gemäss der Mutationsmeldung vom 28. August 2002 um das Konto bei der Freizügigkeitsstiftung der Bank Z._ wusste. Die Beschwerdeführerin ist also ihrer Meldepflicht nach Art. 4 Abs. 2bis FZG offenbar nachgekommen. Dass sie davon ausging, dieses Guthaben würde unter Schwesterinstitutionen automatisch überwiesen, erscheint plausibel, zumal auch das ihr angeblich abgegebene Formular sie nur aufforderte, den Einzahlungsschein dem letzten Arbeitgeber oder dessen Kasse zukommen zu lassen. Ein allfälliges Freizügigkeitskonto wurde jedoch nicht erwähnt.
5.5 Nach dem Gesagten hat die Pensionskasse die Austrittsleistung von Fr. 70'238.- entgegenzunehmen bzw. einzufordern und in die Berechnung der Leistungen miteinzubeziehen. Da eine betraglich bezifferte Leistungsklage vorliegt, ist die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese über die Klage neu entscheide und insbesondere die Höhe der der Beschwerdeführerin zustehenden Invalidenleistungen aus der obligatorischen beruflichen Vorsorge betraglich beziffere (<ref-ruling> E. 3.3 S. 453).
6. Die Gerichtskosten werden den Parteien anteilsmässig auferlegt (<ref-law>). Im Gegensatz zur Beschwerdeführerin (<ref-law>) hat die Vorsorgeeinrichtung als eine mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraute Institution keinen Anspruch auf Parteientschädigung (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4a S. 150 mit Hinweisen).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 14. September 2007 wird aufgehoben. Es wird die Sache an das Sozialversicherungsgericht zurückgewiesen, damit es über die Klage der Beschwerdeführerin im Sinne der Erwägungen neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin Fr. 300.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 200.- auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Juni 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Maillard