A.- Gestützt auf Ergebnisse der vom Bundesamt für Wirtschaft und Arbeit (ab 1. Juli 1999 Staatssekretariat für Wirtschaft, nachfolgend seco) am 7. Oktober 1998 durchgeführten Arbeitgeberkontrolle verpflichtete die Arbeitslosenkasse des Kantons St. Gallen die Firma D._ AG (im Folgenden Firma), St. Gallen, mit Verfügung vom 25. November 1998, die für die Zeit von Anfang September bis Ende Dezember 1997 sowie Mai bis und mit August 1998 bereits ausbezahlten Kurzarbeitsentschädigungen im Betrag von Fr. 10'775. 05 zurückzuerstatten.
B.- Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen teilweise gut und wies die Sache unter Aufhebung der Verfügung vom 25. November 1998 an die Kasse zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen zurück (Entscheid vom 15. Juni 2000). Dabei erwog das kantonale Gericht, der Arbeitszeitausfall sei gestützt auf die von der Firma im Nachgang zur Arbeitgeberkontrolle dem seco am 30. Oktober 1998 eingereichten Angaben über die täglich verrichtete Arbeitszeit der von der Kurzarbeit betroffenen Arbeitnehmer neu zu berechnen.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt das seco die Aufhebung des angefochtenen Entscheids.
Die Arbeitslosenkasse verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Die Firma hat sich nicht vernehmen lassen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Nach <ref-law> muss die Kasse Leistungen der Versicherung, auf die der Empfänger keinen Anspruch hatte, zurückfordern. Gemäss einem allgemeinen Grundsatz des Sozialversicherungsrechts kann die Verwaltung eine formell rechtskräftige Verfügung, welche nicht Gegenstand materieller richterlicher Beurteilung gebildet hat, in Wiedererwägung ziehen, wenn sie zweifellos unrichtig und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (<ref-ruling> Erw. 3a, 173 Erw. 4a, 271 Erw. 2, 368 Erw. 3, 119 V 183 Erw. 3a, 477 Erw. 1, je mit Hinweisen). Die für die Wiedererwägung formell rechtskräftiger Verfügungen massgebenden Voraussetzungen gelten auch mit Bezug auf die Rückerstattung zu Unrecht bezogener Geldleistungen der Arbeitslosenversicherung gemäss <ref-law> (<ref-ruling> Erw. 2, 110 V 179 Erw. 2a mit Hinweisen; SVR 1995 ALV Nr. 53 S. 162 Erw. 3a), und zwar unbesehen darum, ob sie förmlich oder formlos zugesprochen worden sind (<ref-ruling> oben, 111 V 332 Erw. 1; ARV 1995 Nr. 12 S. 64 Erw. 2b). Eine zweifellose Unrichtigkeit liegt nicht nur vor, wenn die in Wiedererwägung zu ziehende Verfügung auf Grund falscher oder unzutreffender Rechtsregeln erlassen wurde, sondern auch, wenn massgebliche Bestimmungen nicht oder unrichtig angewandt wurden (ARV 1996/1997 Nr. 28 S. 158 Erw. 3c).
b) Laut <ref-law> haben Arbeitnehmer, deren normale Arbeitszeit verkürzt oder deren Arbeit eingestellt ist, unter den in der Bestimmung aufgeführten Voraussetzungen Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung. Keinen Anspruch auf Kurzarbeitsentschädigung haben nach <ref-law> Arbeitnehmer, deren Arbeitsausfall nicht bestimmbar oder deren Arbeitszeit nicht ausreichend kontrollierbar ist. Ein geltend gemachter Arbeitsausfall ist erst dann genügend kontrollierbar, wenn für jeden einzelnen Tag die geleistete Arbeitszeit überprüfbar ist. Nur auf diese Weise ist Gewähr geboten, dass die an gewissen Tagen geleistete Überzeit, welche innerhalb der Abrechnungsperiode auszugleichen ist (vgl. Gerhards, Kommentar zum AVIG, Bd. I, N 5 zu Art. 31), bei der Feststellung des monatlichen Arbeitsausfalls Berücksichtigung findet. Fehlen geeignete Unterlagen zum Arbeitszeitnachweis, können diese weder durch die nachträgliche Befragung der betroffenen Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer noch anderer Personen ersetzt werden, da nicht anzunehmen ist, dass diese aus dem Gedächtnis detailliert Auskunft zu den fraglichen Arbeitszeiten geben können. Entsprechend hält <ref-law>, fest, dass für die genügende Kontrollierbarkeit des Arbeitsausfalles eine betriebliche Arbeitszeitkontrolle vorausgesetzt ist (Abs. 1), die der Arbeitgeber zudem während fünf Jahren aufzubewahren hat (Abs. 2).
2.- Streitig ist im Wesentlichen, ob die Arbeitszeit ausreichend kontrollierbar im Sinne von <ref-law> ist.
a) Die Firma verfügte in der fraglichen Zeit unbestrittenermassen nicht über ein Gerät zur Erfassung der Arbeitszeit.
Trotzdem erachtete die Vorinstanz den Arbeitszeitausfall als kontrollierbar. Dies mit Hinweis auf die von der Firma im Anschluss an die am 7. Oktober 1998 erfolgte Arbeitskontrolle dem seco eingereichten Monatsblätter über die täglich verrichtete Arbeitszeit der von der Kurzarbeit betroffenen beiden Arbeitnehmer. Da diese Dokumente unbestrittenermassen erst nachträglich erstellt worden sind und somit nicht einer täglich fortlaufenden Arbeitszeiterfassung entsprechen (Erw. 1b hievor), stellen sie für sich gesehen kein geeignetes Instrument dar, um die effektiv geleisteten täglichen Arbeitszeiten im fraglichen Zeitraum nachzuweisen. Insoweit ist dem seco, welches die Monatsblätter als untaugliches Mittel für die Arbeitszeitkontrolle bezeichnet, zu folgen. Diese Feststellung führt nun aber nicht einfach zur Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Denn nicht unbeachtet bleiben darf, was die Firma bezüglich der Monatsblätter im dazugehörigen Begleitschreiben vom 30. Oktober 1998 ausgeführt hat. Darin erklärt sie, die tatsächlich geleisteten Arbeitsstunden aus den Einträgen der handgeführten bzw. elektronischen Agenden der von der Kurzarbeit betroffenen Arbeitnehmer eruiert zu haben. Damit drängt sich die Frage auf, ob nicht allenfalls diese Angestellten täglich (umfassende) Rapporte über die von ihnen geleistete Arbeitszeit geführt haben, was einem Arbeitszeitnachweis im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> zu genügen vermöchte.
Denn zumindest in einem Betrieb in der Art der Beschwerdegegnerin, wo ein ansehnlicher Teil der Arbeitszeit ausser Haus zu leisten ist und damit der Betrieb bei der Arbeitszeitkontrolle ohnehin auf die Mitwirkung der Arbeitnehmer angewiesen ist, ist nicht einzusehen, weshalb nicht auch derartige Aufzeichnungen ein taugliches Instrument für die nachträgliche Kontrolle der tatsächlich geleisteten Arbeitszeit durch das seco darstellen sollen.
Allein der Umstand, dass die Firma im Rahmen der Arbeitgeberkontrolle noch nicht an diese Möglichkeit des Arbeitszeitnachweises gedacht hat, ändert daran nichts. Ob die von der Kurzarbeitszeit betroffenen Arbeitnehmer tatsächlich fortlaufend täglich ihre effektiv geleisteten Arbeitszeiten in den handgeführten bzw. elektronischen Agenden umfassend rapportiert haben, ist indessen unklar.
b) Als zusätzliche Beweiserhebung bedarf es der Einholung der Agenden der von der Kurzarbeit betroffenen Arbeitnehmer.
Darüber hinaus ist von der Verwaltung, der die Angelegenheit zurückzuweisen ist, auch abzuklären, ob die Beschwerdegegnerin im Anschluss an die Unterredung vom 28. Juli 1998 mit Herrn Ganz und Frau Baumann vom Amt für Arbeit, St. Gallen, in guten Treuen davon ausgehen durfte - wie von ihr bereits vor Erlass der Rückforderungsverfügung geltend gemacht -, dass auch inskünftig eine pauschale Rapportierung von vier Stunden täglich dem Anspruchserfordernis nach <ref-law> genügt, was unter Umständen eine vom materiellen Recht abweichende Behandlung der Firma für die Abrechnungsperiode August 1998 gebieten kann (<ref-ruling> Erw. 2a mit Hinweisen; RKUV 2000 Nr. KV 126 S. 223). Was die Auszahlungen der vorangehenden Abrechnungsperioden anbelangt, so wäre eine allfällig falsche Auskunft am 28. Juli 1998 mangels Ursächlichkeit für das Erfassen des diesen Zeitraum betreffenden Arbeitszeitausfalles ohne Belang (Urteil X. AG vom 5. Juni 2001, C 132/00).
3.- Sollten die von der Kurzarbeit betroffenen beiden Arbeitnehmer die tatsächlich geleisteten Arbeitsstunden nicht fortlaufend täglich und detailliert in den Agenden erfasst haben, erweisen sich diese Dokumente als für die Arbeitszeitkontrolle ungeeignet und die Auszahlung der Kurzarbeitsentschädigung ist zweifellos unrichtig (Erw. 1a in fine). Da die Berichtigung angesichts des in Frage stehenden Betrages ferner von erheblicher Bedeutung ist, wären sodann die Voraussetzungen für die Rückforderung erfüllt und zwar ungeachtet dessen, ob der Firma wegen guten Glaubens der die Abrechnungsperiode August 1998 betreffende Betrag zu belassen ist oder nicht. Gesagtes gilt auch, falls sich die Agenden nicht mehr beibringen liessen (vgl. <ref-law>). Ergibt sich dagegen, dass diese Dokumente zur Kontrolle geeignet waren, entfällt der Rückforderungsanspruch.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.In teilweiser Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde
werden der Entscheid das Versicherungsgerichts
des Kantons St. Gallen vom 15. Juni 2000 sowie
die Verfügung der Arbeitslosenkasse des Kantons
St. Gallen vom 25. November 1998 aufgehoben und die
Sache an die Arbeitslosenkasse zurückgewiesen, damit
sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen,
gegebenenfalls neu verfüge.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, dem Amt für Arbeit, St. Gallen, und der Arbeitslosenkasse St. Gallen zugestellt.
Luzern, 30. Juli 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: