Fatti:
A. A.a O._ svolge l'attività di fisioterapista indipendente dal 1° settembre 2000.
Con decisione definitiva del 25 aprile 2005 la Cassa di compensazione del Cantone Ticino (in seguito Cassa) ha fissato i contributi AVS/AI/IPG dovuti dall'assicurata per l'attività svolta nel 2002 sulla base di un reddito aziendale annuo di fr. 76'761.-.
In data 22 giugno 2005 l'interessata ha comunicato all'amministrazione che, in vista della prossima sospensione dell'attività per gravidanza e congedo maternità, il reddito da lei presumibilmente percepito nel 2005 sarebbe ammontato a circa fr. 40'000.-. Con decisione provvisoria del 27 giugno 2005 la Cassa ha così fissato i contributi per il 2005 in base al reddito presumibile di fr. 40'000.-.
A.b Con la nascita della figlia A._ il 26 luglio 2005, O._ ha chiesto alla Cassa il versamento di indennità di maternità.
Mediante decisione del 28 settembre 2005, confermata il 2 novembre 2005 anche in seguito all'opposizione dell'assicurata, l'amministrazione, dopo aver assunto alcune informazioni presso l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS), ha stabilito in fr. 89.60 l'importo dell'indennità giornaliera dovuta all'interessata dal 26 luglio fino al 31 ottobre 2005. Per il calcolo dell'indennità, la Cassa si è fondata sul reddito aziendale presumibilmente realizzabile nel 2005, pari a fr. 40'000.-, notificatole dall'assicurata stessa.
B. O._ si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino. Opponendosi a che il calcolo per l'indennità potesse (anche) tener conto di entrate percepite successivamente al parto, come sarebbe stato se ci si fosse basati sul reddito conseguibile nel 2005, l'assicurata ha sostanzialmente chiesto che le indennità di maternità fossero fissate sulla base del reddito di riferimento considerato per l'ultima decisione definitiva di fissazione dei contributi cresciuta in giudicato, rispettivamente sulla base di quello conseguito negli ultimi nove mesi prima del parto.
Per giudizio del 12 aprile 2006 il Tribunale cantonale delle assicurazioni ha respinto il gravame rilevando essenzialmente che la soluzione adottata dalla Cassa era conforme alla legge.
C. O._ ha interposto ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale delle assicurazioni (dal 1° gennaio 2007: Tribunale federale). Facendo segnatamente valere una ingiustificata disparità di trattamento per rapporto alla situazione prevista per legge e ordinanza per le madri salariate, le cui indennità sarebbero esclusivamente determinate sulla base del salario conseguito prima del parto, la ricorrente chiede che anche le indennità di maternità a lei spettanti vengano stabilite in questo modo, e più precisamente sulla base dei redditi effettivamente realizzati nei nove mesi precedenti il parto oppure di quello di riferimento per l'ultima decisione definitiva di fissazione dei contributi.
Chiamati a pronunciarsi sul gravame, la Cassa e l'UFAS hanno proposto di respingerlo.

Diritto:
1. Oggetto del contendere è l'importo delle indennità di maternità assegnate (provvisoriamente) a O._ in seguito alla nascita della figlia A._ il 26 luglio 2005 e più precisamente il reddito di riferimento posto alla base di tale calcolo.
2. La legge federale sul Tribunale federale del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110) è entrata in vigore il 1° gennaio 2007 (RU 2006 1205, 1241). Poiché la decisione impugnata è stata pronunciata precedentemente a questa data, la procedura resta disciplinata dall'OG (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 395).
3. Nella misura in cui - come si avvera in concreto - la procedura di ricorso concerne l'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative, l'ambito del potere cognitivo di questo Tribunale non è limitato all'esame della violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento, ma si estende anche all'esame dell'adeguatezza della decisione impugnata; la Corte in tal caso non è vincolata dall'accertamento di fatto operato dai primi giudici e può scostarsi dalle conclusioni delle parti, a loro vantaggio o pregiudizio (art. 132 OG, nella versione in vigore fino al 30 giugno 2006).
4. Il 1° luglio 2005 (RU 2005 1429 1437), in forza del mandato costituzionale di cui all'<ref-law>, sono entrati in vigore i nuovi art. 16b-h della legge federale sulle indennità di perdita di guadagno per chi presta servizio e in caso di maternità (LIPG). Con l'introduzione delle nuove norme è pure stata sottoposta a revisione totale la relativa ordinanza federale, anch'essa entrata in vigore il 1° luglio 2005, che agli art. 23-35 OIPG disciplina il diritto a indennità giornaliere in caso di maternità (cfr. pure <ref-ruling> consid. 1 pag. 75 per quanto concerne la competenza di questa Corte a statuire in merito).
4.1 Secondo l'<ref-law> ha diritto all'indennità la donna che:
a. era assicurata obbligatoriamente ai sensi della legge sull'AVS durante i nove mesi immediatamente precedenti il parto;
b. durante tale periodo ha esercitato un'attività lucrativa per almeno cinque mesi;
c. al momento del parto:
1. è una salariata ai sensi dell'articolo 10 della LPGA;
2. è un'indipendente ai sensi dell'articolo 12 LPGA; o
3. collabora nell'azienda del marito percependo un salario in contanti.
Il diritto all'indennità inizia il giorno del parto (<ref-law>) e si estingue normalmente 98 giorni dopo il suo inizio (<ref-law>).
Per l'<ref-law> l'indennità di maternità è versata sotto forma di indennità giornaliera. Quest'ultima ammonta all'80% del reddito medio conseguito prima dell'inizio del diritto all'indennità. All'accertamento di tale reddito è applicabile per analogia l'articolo 11 capoverso 1 (cpv. 2).
Secondo quest'ultima disposizione, per l'accertamento del reddito medio conseguito prima del servizio è determinante il reddito da cui sono prelevati i contributi secondo la LAVS. Il Consiglio federale emana prescrizioni sul calcolo dell'indennità e incarica l'UFAS di allestire tabelle vincolanti con importi arrotondati (cpv. 1).
4.2 Per l'<ref-law> l'indennità in caso di maternità per lavoratrici salariate è calcolata sulla base dell'ultimo salario indicativo percepito prima del parto, convertito in salario giornaliero medio. Per la conversione non si tiene conto dei giorni in cui la madre non ha percepito o ha percepito solo parzialmente un salario a causa di:
a. malattia;
b. infortunio;
c. disoccupazione;
d. servizio ai sensi dell'articolo 1a LIPG;
e. altri motivi indipendenti dalla sua volontà.
Per quanto riguarda il calcolo delle indennità per le lavoratrici indipendenti, si applica per analogia l'articolo 7 capoverso 1 OIPG (<ref-law>).
Secondo l'<ref-law> l'indennità è calcolata sulla base del reddito determinante per l'ultimo contributo AVS prima dell'entrata in servizio, convertito in salario giornaliero medio. Se in seguito viene stabilito un altro contributo AVS per l'anno del servizio, può essere richiesto un nuovo calcolo dell'indennità.
4.3 La procedura di calcolo delle indennità di maternità è stata disciplinata dall'UFAS anche nella circolare sull'indennità di maternità in vigore dal 1° luglio 2005 (consultabile, finora, solo in lingua tedesca e francese), in cui alla cifra 1084 viene in particolare ribadito il principio, valido sia per le indipendenti che per le dipendenti, previsto all'<ref-law> per cui l'importo dell'indennità ammonta all'80% del reddito determinante realizzato dalla madre immediatamente prima del parto.
Per quanto riguarda le lavoratrici dipendenti la cifra 1088 ribadisce il principio suesposto, precisando che il reddito determinante è quello di cui all'<ref-law>.
Per le lavoratrici indipendenti viene per contro precisato che determinante è il reddito, convertito in guadagno giornaliero, che è stato ritenuto per fissare l'ultimo contributo AVS prima del parto (cifra 1089). Viene per il resto rinviato, per analogia, alle cifre 5043 a 5046 delle Direttive, sempre dell'UFAS, sull'ordinamento delle indennità di perdita di guadagno (DIPG; sulla portata, non vincolante per il giudice delle assicurazioni sociali, delle direttive amministrative cfr. <ref-ruling> consid. 4.4 pag. 125 e sentenze ivi citate).
4.4 Per la cifra 5043 DIPG, l'indennità per i lavoratori indipendenti è calcolata in base al reddito, convertito in guadagno giornaliero, preso in considerazione per fissare l'ultimo contributo AVS prima dell'entrata in servizio. Non si tiene conto di eventuali decisioni di riduzione o di condono relative a questo contributo.
Secondo la cifra 5045 DIPG, se, al momento dell'entrata in servizio, i contributi dovuti per l'anno in questione non sono stati ancora oggetto di una decisione passata in giudicato, l'indennità è calcolata secondo il reddito preso in considerazione dalla cassa di compensazione per fissare gli acconti dei contributi per quell'anno.
Giusta la cifra 5046 DIPG, infine, se, in seguito, la cassa di compensazione, basandosi sulla comunicazione fiscale, fissa un contributo più elevato per l'anno in questione, la persona prestante servizio può pretendere che l'indennità sia adeguata al nuovo reddito e che la differenza sia versata retroattivamente. La cassa di compensazione deve informare in modo adeguato la persona prestante servizio di questa possibilità. Se il contributo fissato ulteriormente risulta essere più basso, le indennità pagate in più non devono essere restituite.
5. 5.1 Il Tribunale di prime cure, confermando l'operato dell'amministrazione e sostenendo la compatibilità delle direttive dell'UFAS con le norme di legge e di ordinanza, ha osservato che, essendo le madri state parificate a coloro che prestano servizio, le modalità di calcolo delle prestazioni devono essere le medesime. Trattandosi dell'interpretazione dell'<ref-law>, e più precisamente della nozione di reddito determinante per l'ultimo contributo AVS prima dell'entrata in servizio, rispettivamente prima del parto, i primi giudici hanno precisato che esso sarebbe comprensivo anche del reddito di cui è stato tenuto conto per fissare provvisoriamente i contributi per l'anno in corso, e quindi per l'anno del parto, atteso che la connotazione temporale "prima dell'entrata in servizio, rispettivamente prima del parto", si riferirebbe al momento dell'emanazione della decisione provvisoria o definitiva dei contributi, non al periodo in cui è stato conseguito il reddito.
5.2 Con il ricorso di diritto amministrativo l'interessata chiede di fissare l'indennità di maternità in base al reddito da lei esposto relativo ai nove mesi precedenti il parto oppure fondandosi sull'ultima decisione definitiva emessa prima dell'evento assicurato e meglio su quella relativa ai contributi dovuti per l'anno 2002. Tenendo conto del reddito provvisorio da lei notificato per il 2005, anno del parto, che considera pure il reddito conseguito posteriormente ad esso, verrebbe per contro a crearsi una disparità di trattamento ingiustificata, segnatamente tra madri dipendenti e indipendenti.
6. 6.1 Contrariamente a quanto sembrano lasciare intendere la pronuncia impugnata e le prese di posizione dell'amministrazione, visto il chiaro tenore degli articoli 16e cpv. 2 e 11 cpv. 1 LIPG, va precisato che per la determinazione (definitiva) dell'indennità in caso di maternità può unicamente fare stato il reddito conseguito prima dell'evento assicurato (in casu: la nascita della figlia), e non anche quello realizzato successivamente. Diversamente, infatti, una lavoratrice indipendente che partorisce a inizio anno e che magari, oltre a ciò, pianifica di rimanere a casa per occuparsi del figlio oltre il periodo legale assicurato, rischierebbe di vedersi fortemente ridotto se non addirittura negato (nell'ipotesi in cui la madre si prendesse un anno di pausa) il diritto all'indennità, pur avendo essa normalmente lavorato fino al momento dell'evento assicurato. Tale soluzione, oltre a creare effettivi problemi di disparità di trattamento per rapporto alla situazione valida per le lavoratrici dipendenti, contrasterebbe con il chiaro senso della legge e del mandato costituzionale (cfr. pure <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 77 seg. con riferimenti, per cui non è nemmeno indispensabile che la madre riprenda un'attività lucrativa dopo la nascita, decisivo essendo lo statuto professionale della madre al momento in cui partorisce; v. inoltre il Rapporto della Commissione della sicurezza sociale e della sanità del Consiglio nazionale del 3 ottobre 2002 relativo all'iniziativa parlamentare di modifica della LIPG e di estensione del suo campo applicativo alle madri che esercitano un'attività lucrativa, FF 2002 6713 segg., segnatamente 6739; cfr. infine pure Pascal Mahon, Le régime des allocations pour perte de gain, in: Ulrich Meyer-Blaser [editore], Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Soziale Sicherheit, 2a ed., 2006, pag. 1922 seg.).
6.2 Per quanto concerne invece il solo aspetto qui in lite, ovvero quello della determinazione (provvisoria) dell'indennità sulla base del reddito notificato - peraltro conformemente all'<ref-law> - alla Cassa dalla ricorrente, esso può e deve essere risolto secondo le indicazioni fornite dalla legge e dall'ordinanza.
6.2.1 Posta la premessa che il reddito determinante per il diritto all'indennità (definitiva) dovrà essere quello conseguito prima del parto, va ancora precisato che l'<ref-law>, pur rimandando alla disciplina prevista all'<ref-law> per i lavoratori indipendenti che prestano servizio, vi rinvia solo per analogia ("sinngemäss"; l'aggiunta manca, a dire il vero nel testo francese, tuttavia, vista la diversità delle situazioni da esaminare, può senz'altro accordarsi la precedenza alle versioni tedesca e italiana). Il che significa che nell'interpretazione dell'art. 7 cpv. 1 OPIG può essere tenuto conto, nella misura in cui ciò risulti necessario, delle particolarità proprie alle madri indipendenti.
6.2.2 Fatte queste premesse, va osservato che il testo dell'<ref-law> non appare del tutto chiaro a una sua prima lettura. In particolare, non è del tutto chiaro se per "ultimo contributo AVS prima dell'entrata in servizio", rispettivamente del parto ("Einkommen, das für den letzten [vor dem Einrücken] verfügten AHV-Beitrag massgebend war", "revenu qui a servi de base à la dernière décision de cotisation à l'AVS"), debba intendersi l'anno (civile) contributivo prima dell'entrata in servizio, rispettivamente del parto (in casu: l'anno 2004), oppure l'anno (civile) contributivo stesso dell'entrata in servizio, rispettivamente del parto (in casu: l'anno 2005).
Anche in considerazione della precisazione di cui alla seconda frase del cpv. 1, che altrimenti non farebbe alcun senso, è tuttavia chiaro che per "ultimo contributo AVS prima" del parto non può intendersi in casu quello desumibile dall'ultima decisione definitiva di fissazione dei contributi relativa a un periodo, l'anno 2002, troppo distante dall'evento assicurato. Pertanto, in ragione anche della mancanza di un accertamento definitivo dei contributi per l'anno 2004, il fatto che l'amministrazione abbia fissato (provvisoriamente) l'indennità giornaliera sulla base del reddito di fr. 40'000.- annui non è censurabile.
6.2.3 Né, contrariamente a quanto sembra far valere la ricorrente, la norma di ordinanza in esame è contraria alla legge o comunque al principio di parità di trattamento (<ref-law>). Infatti, il rinvio dell'<ref-law> ("per analogia"; cfr. <ref-ruling> consid. 3.2.1 pag. 75; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 30 con riferimenti) - che permette di tenere conto della particolare situazione delle partorienti, che, a differenza di coloro che normalmente prestano servizio militare o civile, dopo l'evento assicurato necessariamente subiscono una perdita di guadagno e ciò anche oltre il periodo assicurato se al loro rientro riducono, come spesso accade, il loro pensum lavorativo - permette senz'altro di interpretare l'<ref-law> conformemente alla legge e alla Costituzione. A tal proposito giova ricordare che la seconda frase dell'<ref-law> prevede la possibilità di adattare, in via definitiva, l'indennità se per l'anno in questione viene stabilito un altro contributo AVS. Orbene, se in tale ambito, per la definizione dell'indennità definitiva, si prenderà, come prescritto dalla legge, in considerazione unicamente il reddito realizzato prima della nascita del figlio - l'amministrazione potendo per il resto, a dipendenza delle circostanze concrete da esaminare, determinare liberamente se ad esempio considerare a tal fine il reddito conseguito l'anno precedente il parto oppure quello realizzato, fino alla nascita del figlio, l'anno del parto debitamente rivalutato sui 12 mesi -, la soluzione proposta dall'ordinanza si concilia con le esigenze superiori di carattere legale e costituzionale.
6.2.4 Spetterà pertanto all'amministrazione, al momento opportuno, stabilire le indennità definitive facendo attenzione di non considerare il reddito posteriore al parto.
6.2.5 Se è pur vero che questa soluzione presenta lo svantaggio pratico per l'assicurata, che al momento topico successivo alla nascita si vede riconoscere (in via provvisoria) un'indennità con ogni verosimiglianza ridotta, non va d'altro lato dimenticato che è proprio la ricorrente ad avere determinato questa situazione nella misura in cui ha segnalato alla Cassa la modifica presumibile del reddito per il 2005 beneficiando così peraltro di una riduzione contributiva e degli acconti per l'anno in questione.
6.2.6 Vanamente l'insorgente pretende che non avendo ancora restituito due acconti di fr. 1'535.05, pagati prima del parto sulla base della decisione definitiva relativa ai contributi per il 2002, la Cassa avrebbe accettato di ritenere determinante il reddito desumibile da quest'ultima decisione. Questa conclusione non può di certo essere tratta, anche se va da sé, come peraltro espressamente previsto dalla decisione provvisoria dei contributi del 27 giugno 2005, che il conguaglio, rispettivamente la restituzione di contributi eventualmente pagati in eccesso, dovrà essere onorato (in appropriata sede) dalla Cassa.
6.3 Stante quanto precede, la pronuncia impugnata dev'essere confermata nel suo risultato, anche se non nelle sue motivazioni.
7. Vertendo sull'assegnazione o il rifiuto di prestazioni assicurative, la procedura è gratuita (art. 134 OG, nella versione in vigore fino al 30 giugno 2006).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso di diritto amministrativo è respinto nel senso dei considerandi.
2. Non si percepiscono spese giudiziarie.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale delle assicurazioni sociali.