Faits:
A. Par jugement du 22 juillet 2011, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a condamné B._ et A._ pour faux dans les titres à une peine pécuniaire respectivement de 180 jours-amende à 400 fr. et 120 jours-amende à 260 fr., les peines étant assorties du sursis pendant deux ans, ainsi qu'au paiement chacun d'un cinquième des frais de la procédure (soit 641'918 fr. 25) et les a acquittés du chef d'accusation de gestion déloyale aggravée et partiellement du chef d'accusation de faux dans les titres. Le tribunal a en outre acquitté C._, D._ et E._ du chef d'accusation de faux dans les titres, ainsi que pour le premier nommé de gestion déloyale aggravée et pour les autres de complicité de cette infraction.
B. Par arrêt du 10 mai 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise a partiellement admis l'appel du Ministère public, de l'Etat de Genève et de la BCGe. Elle a rejeté ceux formés par B._ et A._, sauf sous l'angle des frais. Elle les a condamnés pour faux dans les titres à des peines correspondant à celles infligées en première instance et a fixé les frais pour la procédure de première instance et d'appel respectivement à 300'000 fr. et 250'000 francs.
En bref, il ressort les éléments suivants de cet arrêt.
B.a La Banque cantonale de Genève (ci-après : BCGe ou la banque) a été fondée sous la forme d'une société anonyme de droit public le 1er janvier 1994. Elle est le fruit de la fusion de la Caisse d'éparque de la République et canton de Genève et de la Banque hypothécaire du canton de Genève. Jusqu'en juin 2000, les organes principaux de la banque étaient l'assemblée générale des actionnaires, le conseil d'administration, le conseil de banque et la direction générale. Depuis le 1er janvier 1997, l'activité de la banque a été organisée en trois départements principaux dont le département « gestion des risques et logistique ». Ce dernier comportait notamment les sous-départements « affaires spécifiques » (ci-après : AS), qui s'occupait des dossiers, essentiellement immobiliers, posant problème, « soutien PME » (ci-après : PME) qui s'occupait des dossiers commerciaux en difficultés, et « juridique » (ci-après : SJ), lequel était chargé de la gestion des dossiers pour lesquels toutes les démarches nécessaires en vue d'obtenir d'un client qu'il régularisât sa situation étaient restées vaines.
Du 1er janvier 1994 au 31 décembre 1999, C._ était président du conseil d'administration de la BCGe. B._ occupait le poste de directeur général et président du comité des risques. A._ occupait, quant à lui, celui de directeur adjoint, d'abord en charge de la division « planification et contrôle de gestion », puis dès 1997 de la division « gestion des risques et logistique ». Il était également membre du comité des risques. I._ (devenu J._) exerçait le mandat de réviseur externe.
B._, en qualité de directeur général, signait les comptes établis sur la base des chiffres communiqués par A._, directeur adjoint et responsable de la gestion des risques.
B.b Pour calculer les provisions nécessaires s'agissant des crédits garantis par gages immobiliers, la banque avait recours à la méthode du « blanc technique » (ou méthode I._). Le montant du risque, soit le blanc technique, était déterminé par la différence entre le montant des engagements du débiteur et la valeur du gage remis par ce dernier. Le blanc technique devait être provisionné à hauteur de 50% dès lors que plusieurs éléments incertains rendaient une évaluation de la perte potentielle difficile sur les crédits, dans l'optique d'une reprise progressive du marché immobilier. Dans le même but, les gages n'étaient pas estimés à leur valeur vénale au jour du bouclement des comptes, mais en fin de procédure de réalisation, à réception des certificats d'insuffisance de gage ou des actes de défaut de biens. Lorsqu'un certificat d'insuffisance de gage (ci-après : CIG) ou un acte de défaut de bien (ci-après : ADB) était délivré le montant y relatif devait être provisionné à 100%. Il en allait de même des reliquats sur vente, soit du solde du crédit non couvert par la vente d'un gage.
La banque disposait d'un outil informatique de suivi de la clientèle et des risques (MAGIC) qui couvrait les départements AS et SJ. MAGIC a été élargi progressivement au fil des années à divers départements (PME dès mi-1998) mais sans jamais couvrir l'ensemble de la banque pendant les exercices concernés (1996-1998). L'alimentation de MAGIC se faisait par saisie manuelle des collaborateurs d'au moins une partie des informations et uniquement sur la base des dossiers identifiés comme à risques par le comité des crédits et/ou le comité des risques.
B.c Pour l'exercice comptable 1996, A._ a établi un tableau daté du 3 décembre 1996, ayant servi à l'établissement des comptes annuels, qui présentait l'évaluation des risques potentiels et des besoins de provisions de la banque au 31 octobre 1996. Ce tableau mentionnait, s'agissant du département AS, un besoin de provisions de 320'000'000 fr., celui pour l'ensemble de la banque s'élevant à 960'000'000 de francs. La banque disposant de provisions constituées pour 1'009'000'000 fr., il lui restait, selon ce tableau, par rapport aux risques à couvrir, un solde de provisions de 49'000'000 de francs. Toutefois, une récapitulation MAGIC du 6 décembre 1996 relative au département AS laissait apparaître des risques sur des ADB et des CIG pour 10'000'000 fr. et des risques à hauteur de 1'518'000'000 fr. sur d'autres positions. En application des règles de provisionnement de la banque, le besoin réel de provisions pour le département AS s'élevait à 754'000'000 fr. (50% du blanc technique pour les 1'518'000'000 fr. et 100% pour les ADB et CIG). Les provisions ont ainsi été, pour l'exercice 1996, sous-évaluées à hauteur de 395'000'000 fr. (besoin réel de provisions de 754'000'000 fr. sous déduction des provisions constituées de 320'000'000 fr. et de l'excédent de provisions de 49'000'000 fr.).
Pour l'exercice comptable 1997, le tableau établi par A._ daté du 6 novembre 1997 qui présentait l'évaluation des risques potentiels et des besoins de provisions de la banque au 30 septembre 1997, mentionnait, s'agissant du département AS, un besoin de provisions de 300'000'000 fr., celui pour l'ensemble de la banque s'élevant à 992'000'000 de francs. Toutefois, une récapitulation MAGIC du 5 août 1997 relative au département AS laissait apparaître des risques sur des ADB, des CIG et reliquats sur ventes de gage pour 299'000'000 fr. (à provisionner à 100%) et des risques à hauteur de 1'126'000'000 fr. sur d'autres positions (à provisionner à 50%). Le besoin réel de provisions pour le département AS s'élevait à 862'000'000 de francs. Les provisions ont ainsi été, pour l'exercice 1997, sous-évaluées à hauteur de 562'000'000 fr. (besoin réel de provisions de 862'000'000 fr. sous déduction des provisions constituées de 300'000'000 fr.).
Pour l'exercice comptable 1998, une évaluation des risques potentiels et des besoins en provision à fin 1998, établie par A._, mentionnait, pour les trois départements AS, SJ et PME un besoin de provisions de 758'000'000 fr. auquel avait été ajouté un complément de provisions de 150'000'000 fr., soit un total de 909'000'000 de francs. Ce montant correspondait au provisionnement à 100% des risques en blanc, mais ne tenait pas compte du provisionnement du 50% du blanc technique qui s'élevait à 731'000'000 de francs. En outre, un changement dans la méthode d'évaluation des risques avait conduit à diminuer fictivement le besoin de provisions de 328'000'000 de francs. Ainsi, pour l'exercice 1998, les provisions ont été sous-évaluées à hauteur de 909'000'000 fr. (besoin de provisions pour le blanc technique de 731'000'000 fr. et pour la neutralisation des risques de 328'000'000 fr. sous déduction du complément de provisions de 150'000'000 fr.).
En résumé, si la méthode I._ avait été correctement appliquée, les comptes auraient fait apparaître un manque de provisions de 395'000'000 fr. pour l'exercice 1996, de 562'000'000 fr. pour l'exercice 1997 et de 909'000'000 fr. pour l'exercice 1998. Une perte aurait dû figurer dans les comptes alors qu'ils indiquaient la réalisation d'un bénéfice chaque année (27'000'000 fr. en 1996, 30'000'000 fr. en 1997 et 26'000'000 fr. en 1998) qui a permis la distribution d'un dividende. Les comptes pour les exercices 1996, 1997 et 1998 établis par A._ et signés par B._ ne reflétaient ainsi pas la réelle situation financière de la banque.
B.d Dans le contexte de la crise du marché immobilier des années 1990, la banque a eu recours au mécanisme des sociétés de portage (ou opération de portage).
La méthode consistait à transférer des immeubles appartenant à des débiteurs obérés ou récalcitrants dans les mains de sociétés de portage, collaborantes, gérées par des professionnels de l'immobilier. Le but était d'éviter que l'immeuble, dont la valeur avait chuté en raison de la crise immobilière, soit vendu à un prix inférieur au montant du crédit hypothécaire et que la banque doive ainsi enregistrer des pertes. Les sociétés de portage rachetaient donc des immeubles à un prix fixé par le comité des risques de la banque supérieur à la valeur du marché, proche ou égal au montant du crédit hypothécaire additionné des éventuels intérêts de retard.
La banque concluait avec la société de portage un contrat de prêt partiaire. Elle finançait en général à près de 100% le total des investissements de la société de portage. Ce contrat prévoyait notamment que le résultat annuel de la société de portage devait servir à payer les intérêts hypothécaires dont le taux était fixé en fonction de ce résultat, le rendement de ces sociétés étant toutefois extrêmement faible. En cas de vente de l'immeuble, pour laquelle la société de portage devait obtenir l'accord préalable de la banque, la perte était supportée par la banque alors qu'en cas de gain, celui-ci était partagé avec la société de portage. Afin de garantir la survie juridique de la société de portage qui était généralement surendettée au sens de l'<ref-law>, la banque acceptait de postposer sa créance.
Au fil des années, les opérations de portage ont été utilisées de plus en plus fréquemment pour concerner 1'900'000'000 fr. de crédit en 1999.
L'estimation des gages immobiliers des sociétés de portage était faite en privilégiant la valeur de rendement, méthode qui menait généralement à des valeurs correspondant mieux à la structure du marché dans la période 1996 à 1998, à condition de se baser sur un taux de capitalisation adéquat et justifiable. Un tel taux se situait entre 6% (en 1996) et 5,2% à fin 1998. Or, la banque avait fait application de taux variant entre 3% et 4%, méthode qui menait à une surestimation des valeurs vénales des gages entre 13% et 50%. Une telle réduction des taux en raison des portages n'était pas justifiée et menait à une valeur des gages supérieure à la valeur vénale.
Les actifs immobiliers des sociétés de portage étaient généralement surévalués au moment de l'acquisition. Ces biens ayant été financés à près de 100% par un crédit de la banque, il existait une partie non couverte, ou blanc technique, sur ces crédits. En raison de la solvabilité limitée des sociétés de portage et leur caractère non significatif au regard de l'engagement, la banque aurait dû provisionner ces crédits. Le manque de provisions nécessaires à couvrir 50% du blanc technique, estimé au minimum à 175'000'000 fr. en 1997 et 183'000'000 fr. en 1998, menait à une surévaluation des fonds propres de la banque, ce qui conduisait à la présentation d'un résultat surévalué. Les comptes pour les exercices 1997 et 1998 établis par A._ et signés par B._ ne reflétaient ainsi pas la réelle situation financière de la banque.
En raison des conditions du prêt partiaire (prix fixé par la banque, financement à près de 100%, répartition des pertes et des gains, accord préalable de la banque en cas de vente, postposition de la créance etc.), la banque occupait une position d'administrateur de fait des sociétés de portage et exerçait une influence non négligeable sur la politique d'entreprise. Elle se trouvait, au moins pour une part de son engagement, dans une position qui était économiquement comparable à celle d'un actionnaire des sociétés de portage et donc à celle de copropriétaire des immeubles. Les crédits octroyés aux sociétés de portage étaient toutefois comptabilisés par la banque comme des créances, qui figuraient à l'actif de son bilan, sous la rubrique « créances sur la clientèle » ou « créances hypothécaires ». En réalité, leur financement aurait dû être traité comme des fonds propres dissimulés, de sorte que le capital et le financement fussent comptabilisés comme des opérations liées à des participations. Les comptes pour les exercices 1997 et 1998 établis par A._ et signés par B._ ne reflétaient pas la vérité sur le point de l'influence économique de la banque sur les sociétés de portage ainsi que sur l'obligation de consolider les comptes de ces dernières. Les comptes consolidés de la banque étaient ainsi lacunaires.
B.e En 2000, le capital-actions de la BCGe a été augmenté de 225'000'000 à 360'000'000 de francs. L'Etat de Genève a emprunté 246'000'000 fr. pour financer l'acquisition d'actions nominatives au porteur de la banque. Il a également financé la création de la Fondation de valorisation, dont le but était de gérer, valoriser et réaliser les actifs « pourris » de la BCGe. Selon la convention passée entre l'Etat de Genève, la fondation et la BCGe, cette dernière cédait à la fondation les crédits présentant des risques, mais garantis par des biens immobiliers, au prix de 5'067'000'000 fr., correspondant aux créances en capital, commissions, frais et intérêts contre les débiteurs concernés. Cette reprise d'actifs a été financée par un prêt du même montant accordé par la BCGe, à un taux d'intérêts initial de 3,57%, à la fondation et garanti par l'Etat.
Les pertes liées à la vente des actifs transférés à la fondation entre 2000 et 2011 se sont élevées à environ 1'900'000'000 fr., le taux de perte moyen sur l'ensemble des actifs réalisés au 31 décembre 2010 étant de 36,92%. Ces pertes ont été supportées par l'Etat de Genève.
C. B._ et A._ forment tous deux un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre l'arrêt de la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise du 10 mai 2012. Ils concluent, sous suite de frais et dépens, principalement à leur acquittement, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision au sens des considérants.
Invités à déposer des observations sur les recours, la cour cantonale y a renoncé en se référant aux considérants de son arrêt, alors que le Ministère public, la Banque cantonale de Genève et l'Etat de Genève ont conclu à leur rejet. B._ et A._ se sont déterminés sur ces écritures par courriers des 12 et 15 mars 2013, lesquels ont été communiqués à titre de renseignement au Ministère public, à la Banque cantonale de Genève et à l'Etat de Genève.

Considérant en droit:
1. Les deux recours ont pour objet la même décision. Ils ont trait au même complexe de faits, les arguments développés par les recourants sont, en substance, les mêmes et tendent à leur acquittement. Il y a lieu de joindre les causes et de les traiter dans un seul arrêt (<ref-law> et 71 LTF).
2. 2.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). La partie recourante ne peut ainsi critiquer ces faits que s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 313; sur la notion d'arbitraire, v. : <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'examine, en général, que les questions juridiques que la partie recourante soulève conformément aux exigences légales relatives à la motivation du recours (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 93). De plus, il n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise (<ref-law>). L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 68 et les références citées). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 et les références citées).
2.2 Au début de leurs mémoires de recours, les recourants formulent plusieurs remarques préliminaires générales, sans toutefois formuler de griefs précis. En particulier, s'agissant des remarques sur les faits, ils ne démontrent pas en quoi ils auraient été établis de manière arbitraire par la cour cantonale. Ces critiques sont irrecevables.
3. Les recourants invoquent une violation des art. 8 al. 1 Cst., 3 CPP et 32 CP. Selon eux, dès lors que le ministère public a retiré les appels qu'il avait déposés contre les acquittements de D._ et E._, la cour cantonale aurait dû considérer que ce retrait profitait également aux recourants.
3.1 L'égalité de traitement, consacrée par l'art. 8 Cst., implique que le juge traite de la même manière des situations semblables et de manière différente des situations dissemblables (<ref-ruling> consid. 3.6.1 p. 229 s. et les références citées). S'agissant d'un grief d'ordre constitutionnel (<ref-law>), il suppose une argumentation claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287), circonstanciée (<ref-ruling> consid. 3 p. 105).
L'<ref-law> prévoit que les autorités pénales respectent outre l'égalité de traitement, les principes de la bonne foi et de l'interdiction de l'abus de droit.
Quant à l'<ref-law>, il consacre le principe de l'indivisibilité de la plainte, qui a pour but d'empêcher que le lésé puisse arbitrairement choisir de faire punir un participant à l'infraction à l'exclusion d'un autre (<ref-ruling> consid. 3.3.1 p. 99 et l'arrêt cité).
3.2 Sous l'angle de l'égalité de traitement, les recourants ne démontrent pas en quoi leur situation serait semblable à celle de D._ et E._. Comme l'a retenu la cour cantonale, ces derniers étaient les réviseurs de la BCGe_ alors que les recourants occupaient respectivement les postes de directeur et sous-directeur. En outre, les susnommés ont été acquittés parce que leur comportement a été qualifié de négligence, l'intention étant nécessaire pour la poursuite des infractions en cause. Ainsi, la situation des recourants étaient dissemblables de celle de D._ et E._. Dès lors que le ministère public avait la faculté d'appeler de la décision (<ref-law>), il était également libre de retirer son appel (<ref-law>) à l'égard de ceux-ci.
Les recourants ne démontrent pas non plus en quoi le ministère public aurait violé les principes de la bonne foi et de l'interdiction de l'abus de droit. Ils se contentent d'invoquer, à l'appui de leur grief, une décision cantonale genevoise dans le cadre de laquelle la cour cantonale avait considéré que le ministère public avait violé les principes de l'égalité de traitement, de la bonne foi, de l'interdiction de l'abus de droit et de l'indivisibilité de la plainte en autorisant une partie plaignante à demander la reprise de la procédure, qui avait été suspendue, contre l'un des participants et pas l'autre, alors qu'aucun des deux n'avait satisfait aux exigences de retrait de plainte. Cette jurisprudence n'est toutefois d'aucun secours aux recourants puisqu'elle traite d'une situation différente. En l'espèce, le ministère public n'a pas permis aux parties plaignantes de choisir lesquels des participants seraient punis, mais les a tous renvoyés devant le tribunal qui a valablement statué sur le sort de chacun. C'est à bon droit que la cour cantonale a considéré que les appels déposés par le ministère public contre les acquittements partiels des recourants n'avaient pas été retirés. Mal fondé, le grief des recourants doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable.
4.1 Les recourants invoquent une violation des art. 9 Cst. et 382 CPP. Ils soutiennent que l'Etat de Genève et la BCGe seraient déchus de leur droit de faire appel dès lors qu'ils n'ont pas déposé de conclusions civiles. A l'appui de leur grief, ils citent une décision de la cour cantonale genevoise qui a refusé d'entrer en matière sur un appel déposé par une partie plaignante qui n'avait pas formulé de conclusions civiles, la cour estimant que celle-ci n'avait pas d'intérêt juridiquement protégé à recourir. La cour cantonale serait tombée dans l'arbitraire en ne faisant pas application de sa propre jurisprudence.
4.2 Comme la cour cantonale le relève, la décision à laquelle se réfèrent les recourants n'était pas une décision définitive. Elle a fait l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral qui l'a annulée (arrêt 6B_261/2012 du 22 octobre 2012). En substance, le Tribunal fédéral a considéré que le lésé qui s'est constitué partie plaignante en se déclarant demandeur au pénal a qualité pour former appel au plan pénal, indépendamment de la prise effective de conclusions civiles dans la procédure pénale (arrêt 6B_261/2012 du 22 octobre 2012 consid. 3 destiné à la publication). Mal fondé, le grief des recourants doit être rejeté.
5. Les recourants font grief à la cour cantonale d'avoir violé les art. 115 et 118 CPP en retenant que l'Etat de Genève était un lésé et pouvait se porter partie plaignante.
5.1 Selon l'<ref-law>, on entend par partie plaignante le lésé qui déclare expressément vouloir participer à la procédure pénale comme demandeur au pénal ou au civil. La notion de lésé est définie à l'<ref-law>. Il s'agit de toute personne dont les droits ont été touchés directement par une infraction. L'<ref-law> prévoit aussi que sont considérées comme des lésés les personnes qui ont qualité pour déposer plainte pénale. Cette disposition vise les représentants et les héritiers du lésé, ainsi que les autorités et organisations habilitées à porter plainte (CAMILLE PERRIER, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, no 15 ad <ref-law>).
En règle générale, seul peut se prévaloir d'une atteinte directe le titulaire du bien juridique protégé par la disposition pénale qui a été enfreinte (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 98 s. et les références citées). Les droits touchés sont les biens juridiques individuels tels que la vie et l'intégrité corporelle, la propriété, l'honneur, etc. (Message relatif à l'unification du droit de la procédure pénale du 21 décembre 2005, FF 2006 p. 1148). En revanche, lorsque l'infraction protège en première ligne l'intérêt collectif, les particuliers ne sont considérés comme lésés que si leurs intérêts privés ont été effectivement touchés par les actes en cause, de sorte que leur dommage apparaît comme la conséquence directe de l'acte dénoncé (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 99 et les références citées).
5.2 L'<ref-law> protège, en tant que bien juridique, d'une part la confiance particulière placée dans un titre ayant valeur probante dans les rapports juridiques et, d'autre part, la loyauté dans les relations commerciales (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 58). Cette disposition vise d'abord un bien juridique collectif. Toutefois, le faux dans les titres peut également porter atteinte à des intérêts individuels. Une personne peut être considérée comme lésée par un faux dans les titres lorsque le faux vise précisément à lui nuire (<ref-ruling> consid. 2b p. 346 s. et les références citées).
5.3 En substance, la cour cantonale a retenu que l'Etat de Genève était dans l'obligation de participer à l'assainissement de la BCGe, sans que son intervention ne procède d'un choix de sa part. Son obligation était notamment fondée sur l'art. 4 de la loi sur la Banque cantonale de Genève (LBCGe; RSG D 2 05) qui prévoit que l'Etat de Genève garantit le remboursement en capital et intérêts des dépôts d'épargne et de prévoyance auprès de la banque. Se référant à l'avis de droit du Prof. L._ et divers avis de la doctrine, la cour a estimé que l'Etat avait également une obligation d'intervenir. Dès lors que sa participation à l'assainissement était obligatoire, l'Etat de Genève avait subi un dommage personnel et direct en relation de causalité avec l'infraction de faux dans les titres poursuivie. Il était, à ce titre, un lésé et pouvait donc se porter partie plaignante.
5.4 Les recourants soutiennent que l'Etat de Genève n'a pas établi avoir dû rembourser des épargnants ou des avoirs de prévoyance. Il n'aurait ainsi pas subi de dommage direct, mais uniquement un dommage en lien avec sa qualité d'actionnaire. En tant que tel, il aurait tout aussi bien pu décider de vendre sa participation majoritaire dans la BCGe ou de participer à une recapitalisation de la banque. L'avis du Prof. L._ sur l'obligation d'intervenir de l'Etat serait sujet à caution et ne serait étayé par aucun arrêt en matière pénale ou avis d'auteurs reconnus en matière de procédure pénale. En outre, dans l'une de ses décisions concernant cette affaire, le Département fédéral des finances aurait retenu que l'Etat de Genève ne faisait pas partie du cercle des personnes que la loi sur les banques (LB; RS 952.0) entendait protéger, car il était un organe de fait de la banque, à laquelle il devait être assimilé.
5.5 Le point de savoir si l'Etat a subi un dommage patrimonial direct du fait de la recapitalisation de la banque à laquelle il a dû procéder n'a pas à être résolu en l'espèce. S'il est exact que l'actionnaire ne subit, en principe, qu'un dommage patrimonial indirect, par ricochet, lorsqu'il est porté atteinte au patrimoine de la société dont il est actionnaire, le faux dans les titres peut porter atteinte à un autre bien juridique que le patrimoine. En effet, selon la jurisprudence, l'associé d'une société simple qui a été amené à approuver des prélèvements indus grâce à des faux bilans et des fausses quittances est directement lésé par ces faux dès lors qu'il a notamment été privé de son droit de se renseigner sur les affaires de la société au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2b p. 347). Cette jurisprudence est transposable à la société anonyme et au droit à l'information des actionnaires prévu à l'<ref-law>. Selon cette disposition, le rapport de gestion, qui contient les comptes annuels, soit le compte de profits et pertes, le bilan et l'annexe (ancien <ref-law> abrogé le 1er janvier 2013; nouvel <ref-law>), est mis à disposition de l'actionnaire au plus tard 20 jours avant l'assemblée générale ordinaire. Ainsi, un actionnaire, en tant que destinataire principal du rapport de gestion, est directement lésé au sens de l'<ref-law> lorsque les comptes qui lui sont présentés constituent un faux dans les titres. Par le renvoi de l'art. 6 LBCGe, les dispositions du Code des obligations sont applicables à titre supplétif à la BCGe. L'Etat de Genève, en qualité d'actionnaire principal de la BCGe, a ainsi été directement lésé par les faux dans les titres reprochés aux recourants qui ont violé son droit à l'information. A suivre l'argument des recourants selon lequel l'Etat aurait été un organe de fait de la banque, il était également lésé en cette qualité, comme l'associé de la société simple (cf. <ref-ruling> précité). La cour cantonale a en outre retenu, de manière non critiquable (cf. infra consid. 10), que les recourants avaient commis les faux dans les titres reprochés avec l'intention de tromper les destinataires des comptes. Les faux reprochés aux recourants visaient ainsi précisément à nuire à l'Etat de Genève que ce soit en sa qualité d'actionnaire ou de prétendu organe de fait. Que le Département fédéral des finances ait retenu que l'Etat de Genève ne faisait pas partie du cercle des personnes que la LB entendait protéger n'y change rien, le caractère de lésé devant s'examiner au regard de l'<ref-law> et non de la LB. Les recourants invoquent également la jurisprudence fédérale rendue sous l'empire de l'OJ (<ref-ruling> consid. 3 p. 164), selon laquelle la victime LAVI n'avait pas qualité pour former un pourvoi en nullité au Tribunal fédéral dans le cas d'une infraction commise à son encontre par un fonctionnaire si la loi prévoyait que le lésé n'avait pas de prétention directe contre ce dernier mais uniquement contre l'Etat. Cette jurisprudence est sans pertinence dès lors qu'elle ne concerne pas la qualité même de lésé ou de victime, mais la qualité pour recourir devant le Tribunal fédéral. La cour cantonale n'a par conséquent pas violé le droit fédéral en reconnaissant la qualité de lésé et de partie plaignante à l'Etat de Genève s'agissant de l'infraction de faux dans les titres.
6. Les recourants invoquent une violation de l'<ref-law>.
6.1 Selon l'<ref-law>, la procédure de recours se fonde sur les preuves administrées pendant la procédure préliminaire et la procédure de première instance. L'<ref-law> règle les preuves complémentaires. Ainsi, la juridiction de recours peut administrer, d'office ou à la demande d'une partie, les preuves complémentaires nécessaires au traitement du recours. Conformément à l'<ref-law>, il n'y a pas lieu d'administrer des preuves sur des faits non pertinents, notoires, connus de l'autorité ou déjà suffisamment prouvés. Cette disposition codifie, pour la procédure pénale, la règle jurisprudentielle déduite de l'art. 29 al. 2 Cst. en matière d'appréciation anticipée des preuves (arrêt 1B_112/2012 du 6 décembre 2012 consid. 2.1). Le refus d'instruire ne viole ainsi le droit d'être entendu des parties que si l'appréciation anticipée de la pertinence du moyen de preuve offert, à laquelle le juge a procédé, est entachée d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 236 s.).
6.2 Les recourants se plaignent de ce que la cour cantonale n'a pas ordonné la production de l'ensemble des accords passés entre l'Etat de Genève, la BCGe, la Ville de Genève d'une part, et J._ d'autre part.
6.2.1 Selon les recourants, ces documents constitueraient une preuve importante pour établir les droits résiduels sur la plan civil que les parties plaignantes pourraient émettre contre les recourants. En l'absence de tels droits, les parties plaignantes auraient perdu le droit de plaider en appel.
Il ressort de l'arrêt entrepris que les parties plaignantes n'ont émis aucune prétention civile dans le cadre de la procédure pénale contre les recourants. En outre, comme cela ressort du consid. 4 supra, l'absence de conclusions civiles n'a pas d'influence sur la qualité de partie des parties plaignantes en appel. Par conséquent, les faits que les recourants entendent démontrer par la production des pièces requises ne sont pas pertinents pour l'issue du litige et c'est à bon droit que la cour cantonale a refusé d'ordonner la production des pièces requises à cet égard.
6.2.2 Les recourants soutiennent que les documents requis seraient également importants pour la question de la répartition des frais de la procédure mis à leur charge. En effet, le montant relatif à l'expertise judiciaire (soit 3'000'000 fr.) serait compris dans le montant global de 110'000'000 fr. que J._ s'est engagé à payer en faveur notamment de l'Etat de Genève.
Les frais d'expertise font partie des débours (<ref-law>) qui sont en principe mis à la charge du prévenu condamné (<ref-law>). La personne condamnée doit rembourser à l'Etat les frais que ce dernier a avancés dans la procédure (JOËLLE CHAPPUIS, in Commentaire romand, Code de procédure pénale, 2011, no 1 ad <ref-law>). Cette disposition a pour but que l'Etat ne supporte pas les frais afférents à la procédure pénale en cause. L'éventuel accord par lequel une partie plaignante aurait convenu avec un tiers de se faire payer par ce dernier un montant équivalent à celui de l'expertise n'a pas d'influence sur ce point. Les recourants ne démontrent ainsi pas que les documents dont ils requièrent la production permettraient de prouver un fait pertinent pour la présente cause. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
7. Le recourant 2 se plaint de la violation du principe ne bis in idem.
7.1 Le principe ne bis in idem est ancré dans la Constitution fédérale (art. 8 al. 1 Cst.) ainsi qu'à l'art. 4 al. 1 du Protocole n° 7 à la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales (RS 0.101.07) et à l'art. 14 al. 7 du Pacte international du 16 décembre 1966 relatif aux droits civils et politiques (RS 0.103.2). Il figure également, depuis le 1er janvier 2011, à l'<ref-law>. Ce principe, qui est un corollaire de l'autorité de chose jugée, interdit qu'une personne soit pénalement poursuivie deux fois pour les mêmes faits. L'interdiction de la double poursuite suppose la présence de deux procédures : une première, par laquelle l'intéressé a été condamné ou acquitté par un jugement définitif, doté à ce titre de l'autorité de la chose jugée et non passible de remise en cause selon les voies de recours ordinaires, et une seconde, ultérieure, au cours de laquelle il aura été à nouveau poursuivi ou puni (MICHEL HOTTELIER, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, no 6 ad <ref-law>; PIQUEREZ/MACALUSO, Procédure pénale suisse, 3e éd. 2011, no 580 ss; BRIGITTE TAG, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, no 11 ss ad <ref-law>).
7.2 Aux termes de l'<ref-law>, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Cette exclusion vaut notamment pour les faits et moyens de preuve postérieurs à la décision attaquée, lesquels ne peuvent être présentés dans le cadre d'un recours au Tribunal fédéral. La tâche de ce dernier est en effet de vérifier si l'autorité précédente a respecté le droit sur la base de la situation existant au moment où elle a rendu sa décision. Des faits ou moyens de preuve postérieurs à la décision attaquée peuvent en revanche faire l'objet d'une demande de révision si les conditions de celle-ci sont réunies (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 343 s.). Une exception rendant les faits et moyens de preuve nouveaux recevables n'est admise que dans les cas où c'est la décision de l'autorité précédente qui justifie, pour la première fois, de les invoquer. Tel est par exemple le cas de l'allégation des faits de procédure nécessaires pour établir que l'autorité précédente a violé le droit d'être entendu du recourant (cf. arrêt 6B_462/2010 du 11 janvier 2011 consid. 3; 6B_52/2007 du 17 mai 2007 consid. 2.1).
7.3 Le recourant 2 prétend avoir déjà été jugé pour des faits identiques à ceux objet de la présente affaire dans le cadre d'une procédure séparée (P/12481/2011) ayant abouti à un jugement d'acquittement du Tribunal de police genevois le 10 février 2012. A cet égard, la cour cantonale a retenu que le principe ne bis in idem n'était pas applicable dès lors que le jugement du 10 février 2012 n'était pas définitif en raison des appels qui avaient été déposés à son encontre. Le recourant 2 allègue que ces appels ont été retirés les 31 mai et 1er juin 2012. Il soutient que le jugement du 10 février 2012 est par conséquent entré en force, cette entrée en force rétro-agissant au jour où ledit jugement a été rendu, soit antérieurement à l'arrêt ici entrepris.
7.4 Le retrait des appels des 31 mai et 1er juin 2012 est postérieur à l'arrêt entrepris du 10 mai 2012. Il s'agit donc de faits nouveaux au sens de l'<ref-law> qui sont irrecevables devant le Tribunal fédéral. Par ailleurs, le recourant ne soutient ni ne démontre que c'est la décision de l'autorité précédente qui justifie, pour la première fois, d'invoquer ces faits. Par conséquent, au moment où la cour cantonale a statué, la décision du 10 février 2012 n'était pas entrée en force et c'est à bon droit que la cour cantonale a considéré que le principe ne bis in idem ne s'appliquait pas en l'absence d'une décision entrée en force.
8. Les recourants font grief à la cour cantonale d'avoir violé les art. 2 et 389 CP. Ils soutiennent que l'infraction de faux dans les titres relative à l'exercice comptable 1996 serait prescrite.
8.1 Selon l'<ref-law>, la loi pénale ne s'applique qu'aux faits commis après son entrée en vigueur (principe de la non-rétroactivité de la loi pénale). Cependant, en vertu de l'<ref-law>, une loi nouvelle s'applique aux faits qui lui sont antérieurs si, d'une part, l'auteur est mis en jugement après son entrée en vigueur et si, d'autre part, elle est plus favorable à l'auteur que l'ancienne (exception de la lex mitior). Il en découle que l'on applique en principe la loi en vigueur au moment où l'acte a été commis, à moins que la nouvelle loi ne soit plus favorable à l'auteur. La règle de la lex mitior constitue une exception au principe de non-rétroactivité. Elle se justifie par le fait qu'en raison d'une conception juridique modifiée le comportement considéré n'apparaît plus ou apparaît moins punissable pénalement (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 86 s.).
8.2 L'<ref-law> est une concrétisation du principe de la lex mitior s'agissant de la prescription. Selon cet article (qui correspond à l'ancien <ref-law>), les dispositions du nouveau droit concernant la prescription de l'action pénale sont applicables aux infractions commises avant l'entrée en vigueur du nouveau droit si elles sont plus favorables à l'auteur que celles de la loi ancienne (principe de la lex mitior). Si, au contraire, la loi nouvelle fixe un délai de prescription plus long, on appliquera la loi ancienne à une infraction commise sous son empire (principe de la non-rétroactivité; cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 51).
8.3 La détermination du droit le plus favorable s'effectue par une comparaison concrète de la situation de l'auteur, suivant qu'il est jugé à l'aune de l'ancien ou du nouveau droit. Doivent en principe être examinées au premier chef les conditions légales de l'infraction litigieuse. Lorsque le comportement est punissable tant en vertu de l'ancien que du nouveau droit, il y a lieu de procéder à une comparaison d'ensemble des sanctions encourues. L'importance de la peine maximale joue un rôle décisif. Toutes les règles applicables doivent cependant être prises en compte, notamment celles relatives à la prescription et, le cas échéant, au droit de porter plainte (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 114; <ref-ruling> consid. 6.2.1 p. 87 s. et les références citées).
Par ailleurs, l'ancien et le nouveau droit ne peuvent être combinés. Ainsi, on ne saurait, à raison d'un seul et même état de fait, appliquer l'ancien droit pour déterminer quelle infraction a été commise et le nouveau droit pour décider si et comment l'auteur doit être puni. En revanche, si l'auteur a commis plusieurs infractions indépendantes qui sont punissables pénalement, il convient d'examiner séparément, en relation avec chacune des infractions, lequel de l'ancien ou du nouveau droit est le plus favorable (<ref-ruling> consid. 6.2.3 p. 88 s. et l'arrêt cité).
8.4 Les dispositions en matière de prescription ont été modifiées par la loi du 5 octobre 2001, entrée en vigueur le 1er octobre 2002 (RO 2002 2993 2996). Avec la révision de la partie générale du code pénal, en vigueur depuis le 1er janvier 2007 (RO 2006 3459), les dispositions sur la prescription figurent désormais, sans nouvelle modification, aux <ref-law>.
8.4.1 Sous l'ancien droit, l'action pénale se prescrivait par dix ans si l'infraction était passible - comme en l'espèce le faux dans les titres - de l'emprisonnement pour plus de trois ans ou de la réclusion (prescription relative; ancien <ref-law>). Ce délai était toutefois interrompu par tout acte d'instruction d'une autorité chargée de la poursuite ou par toute décision du juge dirigée contre l'auteur (ancien <ref-law>). A chaque interruption, un nouveau délai commençait à courir. Néanmoins, l'action pénale était en tout cas prescrite lorsque le délai ordinaire était dépassé de moitié, soit au bout de quinze ans (prescription absolue; ancien <ref-law>).
Selon la jurisprudence, la prescription de l'action pénale cessait de courir après le prononcé d'un jugement de condamnation si celui-ci était exécutoire et ne pouvait plus faire l'objet que d'une voie de recours extraordinaire analogue au pourvoi en nullité fédéral (<ref-ruling> consid. 2 p. 224; <ref-ruling> consid. 2 p. 65 et les références citées).
8.4.2 Les nouvelles dispositions sur la prescription, entrées en vigueur le 1er octobre 2002, ont supprimé la suspension et l'interruption de la prescription et, en contrepartie, allongé les délais de prescription. Pour les infractions punissables d'une peine privative de liberté de plus de trois ans - telles que le faux dans les titres - le délai de prescription est de quinze ans. En outre, la prescription ne court plus si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu.
8.4.3 Aux termes de l'<ref-law> (ancien art. 71 al. 2, puis 71 let. b CP), la prescription court dès le jour du dernier acte si l'activité coupable de l'auteur s'est exercée à plusieurs reprises. La jurisprudence au sujet de cette disposition a évolué au fil du temps, le Tribunal fédéral abandonnant la notion de délit successif au profit de celle d'unité du point de vue de la prescription. Cette dernière notion a ensuite été remplacée par la figure de l'unité juridique ou naturelle d'actions (cf. <ref-ruling> consid. 2.4.3 à 2.4.5 p. 92 ss).
L'unité juridique d'actions existe lorsque le comportement défini par la norme présuppose, par définition, la commission d'actes séparés, tel le brigandage (<ref-law>), mais aussi lorsque la norme définit un comportement durable se composant de plusieurs actes, par exemple les délits de gestion fautive (<ref-law>), ou de services de renseignements politiques ou économiques (art. 272 et 273 CP; <ref-ruling> consid. 3.1.1.3 p. 54; <ref-ruling> consid. 2.4.5 p. 93 s.).
L'unité naturelle d'actions existe lorsque des actes séparés procèdent d'une décision unique et apparaissent objectivement comme des événements formant un ensemble en raison de leur relation étroite dans le temps et dans l'espace. Elle vise ainsi la commission répétée d'infractions - par exemple, une volée de coups - ou la commission d'une infraction par étapes successives - par exemple, le sprayage d'un mur avec des graffitis pendant plusieurs nuits successives - une unité naturelle étant cependant exclue si un laps de temps assez long s'est écoulé entre les différents actes, quand bien même ceux-ci seraient liés entre eux (<ref-ruling> consid. 3.1.1.3 p. 54; <ref-ruling> consid. 2.4.5 p. 94).
8.5 La question de la prescription ne se pose en l'espèce que pour les faits relatifs à l'exercice comptable 1996 pour lesquels les recourants ont été condamnés par la cour cantonale. La cour cantonale a retenu comme date déterminante pour ces faits le 29 avril 1997, date à laquelle l'assemblée générale ordinaire des actionnaires a approuvé le rapport annuel pour l'exercice comptable 1996, ce qui n'est pas contesté par les recourants. L'infraction de faux dans les titres se prescrit par 15 ans que ce soit sous le nouveau droit ou la prescription absolue de l'ancien droit dès lors qu'il n'est pas contesté que le délai de prescription relatif a été régulièrement interrompu.
8.6 La cour cantonale a retenu que, de manière globale, le nouveau droit était plus favorable aux recourants et qu'il était par conséquent applicable à l'ensemble des faits. On comprend de sa motivation, qu'elle a estimé qu'en application de l'ancien droit, la prescription n'aurait pas été interrompue par le jugement de première instance dès lors que ce dernier pouvait faire l'objet d'un appel, soit d'une voie de recours ordinaire, avec plein pouvoir d'examen. Les faits relatifs à l'exercice comptable 1996 pouvaient ainsi potentiellement être prescrits au moment où elle statuait le 10 mai 2012. Toutefois, la figure jurisprudentielle du délit successif se serait appliquée et la prescription n'aurait ainsi commencé à courir qu'à la fin de l'activité coupable des recourants, soit en 1999. Les faits relatifs à l'exercice comptable 1996 n'auraient ainsi pas été prescrits. En application du nouveau droit, la prescription ne courait plus après le jugement de première instance, les faits relatifs à l'exercice comptable 1996 n'étaient ainsi pas prescrits. En revanche, le nouveau droit était plus favorable dès lors qu'il permettait la condamnation à des jours- amende. Il s'appliquait donc à l'ensemble des faits.
8.7 Le raisonnement de la cour cantonale ne peut être suivi.
Sous l'angle de l'ancien droit, les faits relatifs à l'exercice comptable 1996 n'étaient pas prescrits lorsque le jugement de première instance a été rendu le 22 juillet 2011, dès lors que moins de 15 ans s'étaient écoulés depuis le 27 avril 1997. La prescription n'a toutefois pas cessé de courir à ce moment-là. En effet, le jugement était susceptible d'un appel selon le CPP (cf. <ref-law>), lequel constitue une voie de recours ordinaire, l'autorité d'appel disposant d'un plein pouvoir d'examen. Le jugement de première instance n'était ainsi pas exécutoire et le délai de prescription a continué à courir. Lorsque la cour cantonale a statué le 10 mai 2012, plus de 15 ans s'étaient écoulés depuis le 29 avril 1997 et l'infraction de faux dans les titres relative à l'exercice comptable 1996 était prescrite. Contrairement à ce qu'affirme la cour cantonale, la jurisprudence relative au délit successif qui se fondait sur l'ancien <ref-law> (actuel <ref-law>) - si tant est que les conditions en soient remplies - n'entre pas en ligne de compte. L'autorité qui est amenée à faire application de l'ancien droit n'a pas à appliquer la jurisprudence en vigueur au moment de la commission des infractions, mais la jurisprudence actuelle. En effet, une nouvelle jurisprudence est en règle générale applicable immédiatement à toutes les procédures pendantes ou futures (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 85; cf. <ref-ruling> consid. 1.2.2 p. 274). Ainsi, la cour cantonale aurait-elle pu tout au plus examiner si les faits reprochés aux recourants constituaient une unité naturelle ou juridique d'actions selon l'interprétation jurisprudentielle la plus récente de l'<ref-law>. Tel n'est pas le cas. Il est reproché aux recourants d'avoir établi des fausses comptabilités pour trois exercices comptables successifs. Une année sépare à chaque fois les faits reprochés aux recourants qui ont, pour chaque exercice, pris la décision de sous-évaluer les provisions et de ne pas intégrer les sociétés de portage dans le compte de participations. Leur comportement ne constitue pas une unité juridique ou naturelle d'actions. Par conséquent, les faits relatifs à chaque année comptable constituent une infraction distincte pour laquelle la cour cantonale aurait dû examiner la question de la lex mitior.
8.8 Au vu de ce qui précède, l'application du principe de la lex mitior impliquait de retenir que l'ancien droit était plus favorable aux recourants pour les faits relatifs à l'exercice comptable 1996 dès lors que la prescription de l'action pénale était atteinte.
S'agissant des exercices comptables 1997 et 1998, la cour cantonale a retenu que les faits reprochés aux recourants étaient postérieurs au 10 mai 1997, ce que ne contestent pas ces derniers. Ils ont ainsi été commis moins de 15 ans avant l'arrêt entrepris et la prescription n'était pas atteinte que ce soit sous l'angle de l'ancien ou du nouveau droit. En revanche, le nouveau droit des sanctions est plus favorable aux recourants. En effet, il prévoit que le faux dans les titres est punissable d'une peine privative de liberté de cinq ans ou d'une peine pécuniaire, contre la réclusion pour cinq ans au plus ou l'emprisonnement selon l'ancien droit. Dès lors que la peine pécuniaire est plus favorable à la peine privative de liberté (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 251; <ref-ruling> consid. 7.2.2 p. 90), c'est à bon droit que la cour cantonale a retenu que le nouveau droit était applicable aux faits relatifs aux exercices comptables 1997 et 1998.
8.9 Au vu de ce qui précède, le dossier sera renvoyé à la cour cantonale pour qu'elle fixe à nouveau la peine en tenant compte de la prescription pour l'exercice comptable 1996. Elle se prononcera également à nouveau sur les frais.
9. Les recourants contestent s'être rendus coupables de faux dans les titres.
9.1 Dans la première partie de leurs exposés consacrés à la violation de l'<ref-law> (recours 1 no 60 à 66; recours 2 no 78 à 84), les recourants ne font que reprendre certains faits. Dans la mesure où ils s'écartent des faits constatés par la cour cantonale sans démontrer que ceux-ci auraient été établis de manière arbitraire, leurs exposés sont appellatoires, partant irrecevables (cf. supra consid. 2.1).
9.2 Selon l'<ref-law>, se rend coupable de faux dans les titres celui qui, dans le dessein de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui, ou de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite, aura créé un titre faux, falsifié un titre, abusé de la signature ou de la marque à la main réelles d'autrui pour fabriquer un titre supposé, ou constaté ou fait constater faussement, dans un titre, un fait ayant une portée juridique, ou aura, pour tromper autrui, fait usage d'un tel titre.
L'<ref-law> vise non seulement un titre faux ou la falsification d'un titre (faux matériel), mais aussi un titre mensonger (faux intellectuel). Il y a faux matériel lorsque l'auteur réel du document ne correspond pas à l'auteur apparent, alors que le faux intellectuel vise un titre qui émane de son auteur apparent, mais dont le contenu ne correspond pas à la réalité (<ref-ruling> consid. 2a p. 67).
9.3 Un simple mensonge écrit ne constitue pas un faux intellectuel. La confiance que l'on peut avoir à ne pas être trompé sur la personne de l'auteur est plus grande que celle que l'on peut avoir à ce que l'auteur ne mente pas par écrit; pour cette raison, la jurisprudence exige, dans le cas du faux intellectuel, que le document ait une crédibilité accrue et que son destinataire puisse s'y fier raisonnablement. Une simple allégation, par nature sujette à vérification ou discussion, ne suffit pas; il doit résulter des circonstances concrètes ou de la loi que le document est digne de confiance, de telle sorte qu'une vérification par le destinataire n'est pas nécessaire et ne saurait être exigée (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 134; <ref-ruling> consid. 8.1 p. 14 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 133 s.; <ref-ruling> consid. 2a p. 67 s.). Tel est le cas lorsque certaines assurances objectives garantissent aux tiers la véracité de la déclaration. Il peut s'agir, par exemple, d'un devoir de vérification qui incombe à l'auteur du document ou encore de l'existence de dispositions légales comme les anciens <ref-law> relatifs au bilan, qui définissent le contenu du document en question (ATF <ref-ruling> consid. 8.1 p. 15; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 134; <ref-ruling> consid. 2a p. 68).
9.4 De jurisprudence constante, la comptabilité commerciale et ses éléments (pièces justificatives, livres, extraits de compte, bilans ou comptes de résultat) sont, en vertu de la loi (anciens <ref-law>; nouveaux <ref-law> en vigueur dès le 1er janvier 2013), propres et destinés à prouver des faits ayant une portée juridique. Ils doivent permettre aux personnes qui entrent en rapport avec une entreprise de se faire une juste idée de la situation financière de celle-ci et font donc preuve, de par la loi, de la situation et des opérations qu'ils présentent. Ils ont ainsi une valeur probante accrue ou, autrement dit, offrent une garantie spéciale de véracité (ATF <ref-ruling> consid. 8.1 p. 15; <ref-ruling> consid. 2.2 et 2.3 p. 134 ss; arrêt 6B_367/2007 du 10 octobre 2007 consid. 4.2 non publié in <ref-ruling>; arrêt 6S.156/2006 du 24 novembre 2006 consid. 4.1 non publié in <ref-ruling>). De tels documents dont le contenu est faux doivent dès lors être qualifiés de faux intellectuels. Il y a donc faux dans les titres lorsque la comptabilité ne satisfait pas aux exigences légales requises pour assurer sa véracité et la confiance en celle-ci. Cela vaut même si la comptabilité n'a pas encore été soumise à l'organe de révision et à l'assemblée générale (arrêt 6B_541/2011 du 18 octobre 2011 consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 2a p. 33).
9.5 La comptabilité doit fournir une image exacte et complète de la situation économique réelle de la société. Le bilan doit rendre correctement compte des rapports financiers d'une entreprise à une date déterminée (ATF <ref-ruling> consid. 8.1 p. 15; ATF <ref-ruling> consid. 2.3 p. 135). Une fausse écriture constitue un faux dans les titres lorsqu'elle donne une fausse image globale de la comptabilité et viole de cette manière les règles et les principes de comptabilité qui ont été institués pour garantir la véracité de la déclaration et la crédibilité accrue de la comptabilité. Des violations minimes des règles civiles en matière de comptabilité ne suffisent cependant pas. De tels principes ont été expressément prévus dans les dispositions légales relatives à l'établissement régulier des comptes annuels du droit de la SA aux anciens <ref-law> applicables au moment des faits reprochés (ATF <ref-ruling> consid. 8.1 p. 15; arrêt 6B_778/2011 du 3 avril 2012 consid. 5.2.3). Les règles figurent désormais dans les nouveaux <ref-law>, en vigueur au 1er janvier 2013.
La comptabilité doit, conformément à son but (cf. ancien <ref-law>; nouvel <ref-law>), refléter la situation financière réelle de l'entreprise. Elle doit par conséquent être exacte tant du point de vue formel que matériel (<ref-ruling> consid. 2a p. 55). Elle se fonde souvent sur des décisions comportant une marge de man?uvre notamment en matière d'estimation des actifs et passifs. Le bilan est faux, lorsque l'état de la fortune et des bénéfices est présenté de manière plus favorable qu'en réalité, ou lorsque les actifs sont nettement surévalués ou les passifs clairement sous-évalués et qu'ainsi l'évaluation dépasse la marge d'appréciation (arrêt 6B_778/2011 du 3 avril 2012 consid. 5.2.4 et les références citées). Lorsqu'un poste suppose une évaluation, la comptabilité ne peut être considérée comme fausse qu'en cas d'abus du pouvoir d'appréciation (BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, vol II, 3e éd. 2010, no 40 ad <ref-law>; v. aussi MARKUS BOOG, in Basler Kommentar, Strafrecht II, 2e éd 2007, no 54 ad <ref-law> et les références citées).
9.6 Selon l'ancien <ref-law>, des amortissements, corrections de valeur et provisions pour risques et charges sont effectués dans la mesure où ils sont nécessaires selon les principes généralement admis dans le commerce (1ère phrase). Des provisions pour risques et charges sont notamment constituées pour couvrir les engagements incertains et les risques de pertes sur les affaires en cours (2e phrase). L'ancien <ref-law> (cf. nouvel art. 960 et 960e CO en vigueur au 1er janvier 2013) vise à assurer que lors de l'établissement du bilan les corrections nécessaires sont faites afin que la présentation de la situation financière de la société soit correcte et conforme au principe de prudence. Cette disposition s'applique à tous les engagements futurs attendus ou à tout le moins craints, dont la survenance, l'ampleur ou l'échéance est inconnue. En raison de l'incertitude de l'engagement, la direction de la société dispose au sujet de la décision concrète de savoir si et à hauteur de combien des provisions doivent être constituées d'un certain pouvoir d'appréciation. Elle doit toutefois l'exercer de manière consciencieuse, c'est-à-dire selon les principes reconnus dans le commerce (arrêt 6B_778/2011 du 3 avril 2012 consid. 5.4.2 et les références citées). La loi n'indique pas à partir de quelle probabilité des provisions doivent être constituées pour des sorties de capitaux futures qui sont encore inconnues tant dans leur survenance que dans leur ampleur. Une partie de la doctrine soutient, en référence aux « International Financial Reporting Standards » (IFRS), qu'en deçà de 50% de probabilité, une provision ne devrait pas impérativement être constituée et il pourrait suffire de mentionner dans l'appendice, de manière reconnaissable, le passif éventuel. Selon une autre partie de la doctrine, il peut être nécessaire de constituer des provisions en dessous de 50% de probabilité; dans ce cas, il est tenu compte de la probabilité de réalisation du risque pour estimer le montant des provisions. Selon la jurisprudence, vu l'ancien <ref-law>, des provisions (à hauteur du versement partiel estimé selon le pire des scénarios possibles) peuvent éventuellement être constituées déjà à 50% de probabilité ou en dessous (arrêt 6B_778/2011 précité consid. 5.4.2 et les références citées; v. aussi LUKAS HANDSCHIN, Rechnungslegung im Gesellschaftsrecht, 2013, no 774 p. 356 s.).
9.7 Se référant à un arrêt du Tribunal fédéral (arrêt 6S.835/1999 du 5 avril 2000) ainsi qu'à une décision cantonale vaudoise se fondant sur cet arrêt, les recourants soutiennent que l'omission de comptabiliser des provisions ne constitue pas un faux dans les titres.
Comme l'a relevé la cour cantonale, l'arrêt fédéral, non publié, ne saurait signifier de manière générale que le fait de ne pas constituer les provisions nécessaires ne serait pas constitutif d'un faux intellectuel. Bien plutôt, il ressort de la jurisprudence postérieure citée supra (cf. consid. 9.5) que la comptabilité doit refléter la situation financière réelle de la société et qu'un faux dans les titres est envisageable lorsque l'image globale de la situation financière de la société est faussée. En présence d'un poste du bilan sujet à estimation, tel que les provisions, un faux dans les titres est réalisé lorsque ledit poste est grossièrement faussé (cf. supra consid. 9.6). En application de cette jurisprudence, il n'est ainsi pas exclu, contrairement à ce que prétendent les recourants, qu'une sous-estimation caractérisée des provisions constitue un faux dans les titres. En l'espèce, les recourants ne remettent pas en cause l'existence d'un risque, ni la nécessité de former des provisions. Il leur est reproché un sous-provisionnement de 562'000'000 fr. pour l'exercice comptable 1997 et de 909'000'000 fr. pour 1998. Ces montants vont bien au-delà de la marge de man?uvre laissée à la direction en matière de poste comptable sujet à estimation. Le sous-provisionnement a pour conséquence une image grossièrement faussée de la situation financière réelle de la société dès lors que si les provisions nécessaires avaient été constituées la banque n'aurait pas présenté un bénéfice de 30'000'000 fr. en 1997 et de 26'000'000 fr. en 1998 mais respectivement une perte de 332'000'000 fr. et de 883'000'000 fr. (sans même tenir compte du sous-provisionnement relatif aux opérations de portage). La cour cantonale a retenu, de manière non critiquable (cf. infra consid. 11), que le but visé par les recourants était précisément de fausser le résultat afin d'éviter les mesures d'assainissement (arrêt p. 75). De plus, les montants retenus par la cour cantonale à titre de sous-provisionnement ont été obtenus en application de la méthode de provisionnement (blanc technique) choisie par la banque - et déjà qualifiée de minimaliste par les experts (arrêt p. 71). Cela met en lumière que pour calculer les provisions figurant dans les comptes, les recourants n'ont pas appliqué la méthode du blanc technique choisie par la banque. Ainsi, non seulement les provisions insuffisantes constituées par les recourants sont fausses car clairement au-delà de la marge de man?uvre laissée à la direction, mais également parce qu'elles ne résultent pas de l'application de la méthode de calcul de provisionnement choisie par la banque. Par conséquent, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en retenant que les éléments constitutifs objectifs du faux dans les titres étaient réalisés s'agissant du sous-provisionnement. Le même raisonnement peut être tenu s'agissant du sous-provisionnement des opérations de portage.
Quant à l'enregistrement des opérations de portage dans le compte « créances sur la clientèle - créances hypothécaires » au lieu du compte de participations, au moins pour une partie des créances, les recourants ne contestent pas en tant que telle la réalisation des éléments constitutifs objectifs du faux dans les titres. Comme l'a relevé la cour cantonale, les comptes ne reflétaient pas la vérité sur le point de l'influence économique de la banque sur les sociétés de portage. On se bornera à rappeler que l'enregistrement d'une opération dans un mauvais compte est constitutif d'un faux dans les titres lorsqu'il est de nature à tromper les tiers notamment sur leur appréciation de la situation de l'entreprise, de sa santé économique, de ses perspectives d'avenir et de sa solvabilité (cf. <ref-ruling> consid. 2b i.f. p. 29 s.).
La cour cantonale n'a ainsi pas violé le droit fédéral en retenant que les éléments objectifs de l'infraction de faux dans les titres étaient réalisés.
10. Les recourants contestent la réalisation de l'élément subjectif de l'infraction de faux dans les titres.
10.1 Du point de vue subjectif, le faux dans les titres est une infraction intentionnelle. L'intention doit porter sur tous les éléments constitutifs de l'infraction, le dol éventuel étant suffisant. Ainsi, l'auteur doit être conscient que le document est un titre. Il doit également savoir que le contenu ne correspond pas à la vérité. L'auteur doit avoir voulu (faire) utiliser le titre en le faisant passer pour véridique, ce qui présuppose l'intention de tromper autrui. Bien que l'<ref-law> ne le mentionne qu'au sujet de l'usage de faux, l'intention de tromper est requise dans tous les cas d'espèce visés par la disposition. En revanche, point n'est besoin que l'auteur ait eu l'intention d'utiliser lui-même le titre. Il suffit qu'il ait su (au sens d'un dol éventuel) qu'un tiers allait l'utiliser de façon trompeuse pour amener autrui à avoir un comportement ayant une portée juridique (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 15). Il n'est pas non plus requis que la tromperie réussisse (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 223; cf. MARKUS BOOG, in Basler Kommentar, Strafgesetzbuch, 2e éd. 2007, no 87 ad <ref-law>). De surcroît, l'<ref-law> exige un dessein spécial, à savoir que l'auteur agisse afin de porter atteinte aux intérêts pécuniaires ou aux droits d'autrui ou de se procurer ou de procurer à un tiers un avantage illicite.
10.2 Déterminer ce qu'une personne a su, voulu, envisagé ou accepté relève de l'établissement des faits. Est en revanche une question de droit, celle de savoir si l'autorité cantonale s'est fondée sur une juste conception de la notion d'intention, notamment de dol éventuel, et si elle l'a correctement appliquée sur la base des faits retenus et des éléments à prendre en considération (<ref-ruling> consid. 4.1 i.f. p. 4).
10.3 S'agissant de l'élément subjectif, la cour cantonale a retenu qu'au vu de leur formation professionnelle respective, les recourants connaissaient les règles applicables à la tenue de la comptabilité commerciale. Ils avaient en outre une information complète sur la clientèle, la solvabilité des débiteurs, l'évaluation des risques et les chiffres relatifs aux besoins en provision. Même s'ils avaient agi dans ce qu'ils pensaient être l'intérêt de la banque, compte tenu des circonstances, encouragés en cela par les manquements des réviseurs, il n'en restait pas moins qu'ils avaient une pleine connaissance de la mauvaise situation de l'établissement, notamment que de nombreux artifices comptables devaient être utilisés pour masquer la réalité, soit qu'en application des règles, la banque était très endettée. Ils avaient aussi fait en sorte que l'information relative à la situation réelle de la banque, en particulier celle ayant trait à la gestion des risques et aux provisions, reste dans leurs seules mains, ce qui ne se comprenait que par la volonté de rester libres de fixer le montant des provisions de façon compatible avec les capacités de la banque et non dans le respect des règles. L'absence, au sein de la banque, de la documentation qui aurait permis de savoir comment les provisions étaient calculées et ce que permettait réellement de garantir la provision d'un milliard allait dans le même sens. Il apparaissait évident que les deux recourants avaient agi intentionnellement, tant il était vrai qu'ils devaient éviter que les destinataires des comptes ne connaissent la vérité, ce qui aurait empêché la banque de poursuivre ses activités sans un assainissement immédiat. En cela, ils avaient trompé les administrateurs, les actionnaires, la CFB, même si cette dernière avait une vision assez réaliste de la situation, mais aussi le public, en particulier les investisseurs potentiels.
10.4 Les recourants relèvent que la cour cantonale n'a pas retenu qu'ils avaient voulu tromper le réviseur de la banque. Ils n'exposent toutefois pas en quoi cela pourrait avoir une influence sur l'élément subjectif et on ne voit pas que tel serait le cas dès lors que la cour cantonale a retenu qu'ils avaient voulu tromper les administrateurs, les actionnaires, la CFB, le public, en particulier les investisseurs potentiels. Cela suffit pour admettre la réalisation du dessein de tromper autrui. Mal fondé le grief doit être rejeté.
10.5 Les recourants reprochent à la cour cantonale de ne pas avoir indiqué sur quels faits elle se fondait pour retenir qu'ils avaient l'intention de cacher la réalité aux fins d'éviter les mesures d'assainissement de la banque.
Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., implique notamment pour l'autorité l'obligation de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse la comprendre, l'attaquer utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Pour répondre à ces exigences, il suffit que l'autorité mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 237; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 355; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 88).
Quoiqu'il soit douteux que le grief des recourants soit suffisamment motivé au regard des exigences accrues de l'<ref-law>, il est de toute manière mal fondé. La cour cantonale a exposé de manière détaillée (cf. supra consid. 10.3) les éléments qui l'ont amenée à retenir que les recourants savaient que les comptes étaient faux. S'agissant de l'intention de tromper autrui, la cour cantonale l'a déduit du but poursuivi par les recourants. Elle a en effet retenu, sans arbitraire (cf. infra consid. 11.2), que ces derniers avaient agi dans l'intention de protéger les intérêts de la banque. A cet égard, elle a renvoyé à la motivation du jugement de première instance qui repose sur les déclarations mêmes des recourants qui ont toujours dit avoir agi dans le seul intérêt de la banque. La cour cantonale a retenu que pour atteindre ce but, les recourants devaient éviter que les destinataires des comptes ne connaissent la vérité sur la situation de la banque. La motivation de la cour cantonale est ainsi suffisante. On comprend en effet qu'elle a considéré qu'à tout le moins par dol éventuel, les recourants se sont accommodés du fait que les destinataires des comptes devaient être trompés afin de protéger ce qu'ils pensaient être l'intérêt de la banque. Mal fondé, le grief des recourants doit être rejeté.
10.6 Les recourants soutiennent à diverses reprises dans leurs recours qu'il serait contradictoire et inconciliable de retenir, d'une part, qu'ils avaient la volonté de tromper autrui et de commettre une infraction et, d'autre part, qu'ils avaient agi dans ce qu'ils pensaient être l'intérêt de la banque et que leurs motivations et buts étaient peu répréhensibles. A aucun moment ils n'exposent toutefois en quoi un tel raisonnement serait contradictoire et on peine à le comprendre. En effet, rien n'empêche un auteur de commettre une infraction avec conscience et volonté dans le but de protéger les intérêts d'un tiers. L'infraction de faux dans les titres prévoit précisément que l'auteur peut agir dans le dessein de procurer à un tiers un avantage illicite. En outre, le fait que ses motivations et buts apparaissent compréhensibles au juge n'empêche pas l'auteur d'avoir agi avec la conscience et la volonté de commettre une infraction. Le juge devra en tenir compte lors de la fixation de la peine (<ref-law>), ce que la cour cantonale a fait en l'espèce (arrêt p. 85 s.). Mal fondé, le grief doit être rejeté.
10.7 Les recourants soutiennent que le recours aux sociétés de portage était connu de tous et admis.
10.7.1 Concernant les opérations de portage, la cour cantonale a retenu que, sur le plan subjectif, comme pour le sous-provisionnement général, il apparaissait évident que les deux recourants avaient agi intentionnellement, tant il était vrai qu'ils devaient éviter que les destinataires des comptes ne connaissent la vérité, ce qui aurait empêché la banque de poursuivre ses activités sans un assainissement immédiat. Les recourants avaient trompé les administrateurs, les actionnaires, la CFB, mais aussi le public, en particulier les investisseurs potentiels. Les opérations de portage étaient artificielles et avaient grandement contribué au sous-provisionnement de la banque. Au fil des années, elles avaient été utilisées de plus en plus fréquemment, pour concerner 1,9 milliard de francs de crédits en 1999, pour lesquels aucune provision n'était constituée. Ces opérations comprenaient de nombreux éléments qui ne correspondaient pas à la réalité, en particulier des cessions à des prix surfaits, des valeurs de gages exagérées, des taux de capitalisation inférieurs à ceux du marché, appliqués à des états locatifs potentiels et un rendement moyen très inférieur au taux de 4% en deçà duquel l'organe de révision lui-même considérait qu'il était nécessaire de constituer des provisions. Cet organe avait aussi considéré que, dans le cadre des opérations de portage, le risque en capital était atténué, mais pas supprimé. Au vu de ces éléments, les recourants ne pouvaient bénéficier d'un avis émis de manière théorique et générale selon lequel ces opérations étaient en soi licites. C'était bien la manière dont elles avaient été utilisées par les organes de la banque qui pouvait leur être imputée sur le plan pénal.
10.7.2 Les recourants ne discutent pas les faits tels qu'établis par la cour cantonale s'agissant de l'élément subjectif. Ils ne prétendent, ni ne démontrent que ceux-ci auraient été établis de manière arbitraire. Ils se contentent de soutenir que tant le conseil d'administration, le conseil de banque, la CFB, les gestionnaires du département AS, l'inspectorat interne de la banque que l'organe de révision étaient au courant du recours aux sociétés de portage. Toutefois, les recourants n'expliquent pas en quoi cette affirmation pourrait avoir une influence sur les éléments subjectifs de l'infraction. Insuffisamment motivé, le grief est irrecevable.
A supposer que les recourants entendaient soutenir que la volonté de tromper autrui n'était pas réalisée dès lors que les organes de la banque et la CFB connaissaient la situation s'agissant des sociétés de portage, leur raisonnement tomberait à faux. En effet, les actionnaires et les investisseurs potentiels, également destinataires des comptes, n'étaient eux pas au courant et pouvaient être trompés sur la situation financière réelle de la banque par les fausses écritures comptables relatives aux sociétés de portage reprochées aux recourants.
Si, par leur argumentation, les recourants entendaient invoquer une erreur, on ne comprend pas ce qu'ils visaient en droit. Leur grief est également irrecevable sous cet angle.
Enfin, c'est avec raison que la cour cantonale a souligné que l'avis selon lequel les opérations de portage étaient en soi licites ne bénéficiait pas aux recourants. En effet, c'est bien la manière dont ces derniers ont utilisé les opérations en l'espèce qui nécessitait de constituer des provisions et d'intégrer les opérations dans le compte de participations, à tout le moins partiellement.
10.8 Les recourants soutiennent que la validation des chiffres par l'organe de révision et l'acquittement des réviseurs rendraient impossible leur condamnation.
L'argumentation des recourants tombe à faux. Tout d'abord, il convient de relever que les juges de première instance ont retenu que les éléments objectifs de l'infraction de faux dans les titres étaient réalisés s'agissant du comportement des réviseurs, mais qu'il restait compatible avec une négligence, raison pour laquelle ils étaient acquittés dès lors que le faux dans les titres était une infraction intentionnelle. Ainsi, l'acquittement des réviseurs en raison de l'absence d'élément subjectif n'enlève rien au caractère objectivement faux des chiffres figurant dans les comptes. Le fait que les réviseurs aient indiqué dans leurs rapports de révision qu'ils estimaient que les provisions étaient suffisantes pour couvrir les risques n'y change rien. Ces chiffres restent objectivement faux et leur validation par les réviseurs ne les rend pas exacts. On ne comprend en outre pas en quoi le fait que l'Etat de Genève ait, d'une part, soutenu dans une procédure civile contre l'organe de révision que ce dernier avait gravement failli à ses devoirs de réviseur et, d'autre part, retiré son appel contre l'acquittement des réviseurs empêcherait la condamnation des recourants. Les conditions pour engager la responsabilité civile et la responsabilité pénale sont différentes et l'acquittement des réviseurs n'empêche pas que la responsabilité civile de l'organe de révision puisse être engagée en raison de leur négligence. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
10.9 Les recourants soutiennent qu'ils ont régulièrement informé leur hiérarchie sur les risques et leur couverture et qu'ils ne pouvaient ainsi pas avoir la volonté de la tromper.
En tant que les recourants prétendent que leur hiérarchie était informée des risques et de leur couverture et que la place financière genevoise avait une vision claire de l'état de la BCGe, ils s'écartent de manière irrecevable des faits constatés par la cour cantonale qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>). En effet, la cour cantonale a retenu que les recourants avaient fait en sorte que l'information relative à la situation réelle de la banque, en particulier celle ayant trait à la gestion des risques et aux provisions, reste dans leurs seules mains. Elle a souligné que les administrateurs et les membres du conseil de banque disposaient des rapports de solvabilité du réviseur, au contenu pour le moins discutable, des comptes de la banque, audités de manière tout aussi discutable, ainsi que des informations fournies par la direction générale, laquelle ne transmettait toutefois que des chiffres globaux et faux, calculés de manière telle qu'il était possible d'annoncer un bénéfice et de distribuer un dividende. Les recourants ne prétendent, ni ne démontrent que ces éléments auraient été retenus de manière arbitraire par la cour cantonale. Il en va de même lorsqu'ils affirment que C._ était particulièrement au fait de la situation. A cet égard, la cour cantonale a retenu que C._ n'avait pas eu connaissance du détail des chiffres relatifs aux provisions, les recourants ne l'ayant par ailleurs pas mis en cause sur ce point. Insuffisamment motivé et appellatoire, leur grief est irrecevable.
10.10 Les recourants affirment que si les organes de la banque et la CFB avaient été trompés, ils l'auraient été par les rapports de solvabilité établis par l'organe de révision et non pas par les comptes. Le jugement de première instance n'aurait pas retenu que ces rapports étaient faux. Pour juger s'il y a faux dans les titres, il faudrait se placer dans la peau d'un destinataire normalement vigilant en faisant abstraction des circonstances concrètes extérieures à la pièce, et se demander si, en prenant connaissance de la pièce, celui-ci pouvait, en respectant les devoirs de prudence, considérer que le fait faux était ainsi prouvé. Les seuls documents qui auraient pu inspirer confiance aux destinataires des comptes seraient les comptes révisés.
Contrairement à ce que prétendent les recourants, il a bien été retenu que les rapports de révision étaient objectivement des faux (jugement 1ère instance p. 73 ss, en particulier 81). Quoi qu'il en soit, par leur argumentation, les recourants tentent de remettre en cause non pas l'aspect subjectif de l'infraction, mais le caractère de titre ayant une valeur probante accrue de la comptabilité. Cette remise en cause est infondée (cf. supra consid. 9.4). La fausse comptabilité établie par les recourants était propre à tromper les destinataires des comptes, indépendamment de l'existence des faux rapports de révision, étant rappelé qu'il n'est pas nécessaire que les comptes soient révisés pour qu'ils constituent des faux dans les titres (cf. supra consid. 9.4 i.f.). Mal fondé, le grief doit être rejeté.
10.11 Le recourant 1 soutient qu'une activité criminelle ne serait pas compatible avec sa personnalité, se référant à différents témoignages qui relèveraient son caractère honnête. La description du recourant faite par les témoins serait incompatible avec un trait de caractère d'une personne qui serait prête à accepter la tromperie à l'égard de sa hiérarchie. En tant que l'argumentation du recourant consiste à opposer une nouvelle fois sa propre appréciation des faits à celle de la cour cantonale, elle est appellatoire, partant irrecevable. La cour cantonale a en outre exposé les motifs pour lesquels elle retenait que le recourant avait voulu tromper notamment sa hiérarchie (cf. supra consid. 10.3). Le recourant ne prétend, ni ne démontre que les faits retenus par la cour cantonale à cet égard seraient arbitraires. Le grief est irrecevable.
10.12 Les recourants contestent que la condition du dessein spécial soit réalisée.
La cour cantonale a retenu, s'agissant du dessein spécial, que les recourants avaient agi illicitement dans l'unique but d'éviter à la banque les conséquences de sa mauvaise situation, soit un audit spécial et ses conséquences prévisibles, voire un retrait de l'autorisation d'exercer, ce qui entrait dans la notion très large d'avantage illicite procuré à un tiers. A cet égard, elle a renvoyé à la motivation du jugement de première instance fondée sur les déclarations mêmes des recourants qui ont toujours dit avoir agi dans le seul intérêt de la banque.
Les recourants prétendent que le même dessein, soit la survie de la banque, aurait été imputé par la cour cantonale à l'Etat de Genève. Ils en déduisent que la cour cantonale reconnaîtrait de cette manière qu'ils n'ont fait qu'appliquer une décision prise par les organes de la banque dans lesquels l'Etat de Genève détenait la majorité. On peine à comprendre l'argument des recourants. Quoi qu'il en soit, à supposer que l'Etat de Genève ait poursuivi ce but, on ne voit pas en quoi il serait insoutenable de retenir que les recourants poursuivaient ce même but. Au demeurant, pour autant que l'on comprenne le raisonnement des recourants, ceux-ci semblent sous-entendre que la décision de falsifier les comptes serait imputable à l'Etat de Genève. Si l'on devait suivre ce raisonnement - qui se fonde toutefois sur des éléments étrangers à l'état de fait retenu par la cour cantonale - il n'en demeure pas moins que les faux dans les titres leur resteraient imputables. Ils étaient les seuls à avoir connaissance des chiffres exacts, ils étaient responsables d'établir les comptes et pour le recourant 2 de les signer. Ce sont donc bien eux qui ont établi les fausses comptabilités.
Contrairement à ce qu'affirment les recourants, la cour cantonale ne leur a pas imputé un dessein de vouloir nuire, mais le dessein de fournir un avantage illicite à un tiers. Ce dernier dessein n'est donc pas contradictoire avec le fait d'avoir retenu que les recourants avaient agi de manière illicite, alors qu'ils voulaient bien faire, soit sauver la banque (cf. supra consid. 10.6).
Les recourants soutiennent qu'ils n'avaient rien à craindre d'un audit spécial de la CFB qui pouvait tout au plus redonner au canton de Genève la responsabilité de la surveillance de la banque. Ce faisant, les recourants s'écartent de manière irrecevable des faits retenus par la cour cantonale qui ne leur a pas seulement imputé le dessein d'éviter un audit de la CFB mais bien d'éviter toutes les conséquences qu'auraient impliquées des comptes exacts, soit les mesures immédiates d'assainissement, voire la fermeture de la banque.
Les recourants ne démontrent pas que les faits retenus par la cour cantonale s'agissant du dessein spécial auraient été établis de manière arbitraire. Sur la base des faits retenus par la cour cantonale, c'est-à-dire que les recourants avaient agi dans le but d'éviter à la banque les conséquences de sa mauvaise situation, la cour cantonale n'a pas violé le droit fédéral en retenant que cela entrait dans la conception d'avantage procuré à un tiers. Dans la mesure où il est recevable, le grief des recourants doit être rejeté.
11. Les recourants obtiennent partiellement gain de cause (cf. supra consid. 8.8 et 8.9). Les intimés succombent dans la même mesure. Pour le surplus, les recours sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables. Au regard de l'ampleur du dossier, les frais judiciaires sont arrêtés, pour les deux recours, à 12'000 fr. en application de l'art. 65 al. 3 et 5 LTF. Vu le sort des recours, deux tiers des frais seront supportés par les recourants, par moitié chacun, le tiers restant étant mis à la charge des intimés, par moitié chacun (66 al. 1 LTF). Les dépens sont compensés (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les causes 6B_496/2012 et 6B_503/2012 sont jointes.
2. Les recours sont partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle décision. Pour le surplus, les recours sont rejetés dans la mesure où ils sont recevables.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 12'000 fr., sont mis pour 8000 fr. à la charge des recourants, par moitié chacun, et pour 4000 fr. à la charge des intimés, par moitié chacun.
4. Les dépens sont compensés.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 18 avril 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet