A.- Mit Verfügungen vom 18. Februar 1998 verpflichtete die Ausgleichskasse des Schweizerischen Baumeisterverbandes F._, E._ und D._, ehemalige Mitglieder des Verwaltungsrates der Firma Y._ AG, über die am 16. September 1996 der Konkurs eröffnet worden war, zur Bezahlung von Schadenersatz für entgangene Beiträge im Betrag von Fr. 324'070. 15 in solidarischer Haftung.
B.- Nachdem die Belangten Einspruch erhoben hatten, reichte die Ausgleichskasse beim Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich gegen F._, E._ und D._ Klage ein mit dem Antrag, die Beklagten seien zur Bezahlung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 304'050. 50, unter solidarischer Haftung, zu verpflichten. Im Rahmen eines am 9./10. April 1999 zwischen den Parteien geschlossenen Vergleichs reduzierte die Ausgleichskasse ihre Forderung auf Fr. 45'600. -, in welchem Umfang diese von den Beklagten anerkannt wurde. Gestützt auf diese Vereinbarung schrieb das Sozialversicherungsgericht den Prozess mit Verfügung vom 15. April 1999 als durch Vergleich erledigt ab.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV), die vorinstanzliche Abschreibungsverfügung sei aufzuheben, soweit sie Schadenersatz für bundesrechtlich geschuldete Beiträge betrifft, und die Sache sei zu neuer Beurteilung an das kantonale Gericht zurückzuweisen.
Mit Schreiben vom 29. Juni 1999 teilte Rechtsanwalt Dr. Schweizer dem Gericht mit, sein Klient F._ sei am 11. April 1999 verstorben. Seine gesetzlichen Erben, die Ehefrau C._ geb. B._ und der Sohn A._ schlugen den Nachlass aus, worauf das Bezirksgericht Z._ über den Nachlass von F._ mit Verfügung vom 22. September 1999 die konkursamtliche Nachlassliquidation anordnete. Das Konkursamt X._ als Vertreter des Nachlasses des Verstorbenen verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D._ und E._ lassen auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen, während die Ausgleichskasse auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Da es sich bei der angefochtenen Verfügung nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen handelt, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Nach der Rechtsprechung zum Vergleich im Verwaltungsgerichtsverfahren hat das Sozialversicherungsgericht die Einigung der Parteien im Rahmen der jeweiligen Kognition auf ihre Übereinstimmung mit Tatbestand und Gesetz zu prüfen. Das Resultat der richterlichen Genehmigung ist nicht ein begründetes Urteil, sondern ein Abschreibungsbeschluss. Dieser Beschluss, der nicht begründet, jedoch mit einer Rechtsmittelbelehrung versehen sein muss, kann von den Parteien, die an der Einigung beteiligt gewesen sind, nur wegen Verfahrens- oder Willensmängeln angefochten werden, wogegen eine materielle Anfechtung gegen das Vertrauensprinzip verstossen würde. An der Einigung nicht beteiligte Dritte (z.B. die nach Art. 103 lit. b OG legitimierte Bundesbehörde) können den Vergleich auch materiell durch Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechten. Schliesslich wird dem gerichtlichen Abschreibungsbeschluss die gleiche Wirkung zuerkannt wie einem Urteil (AHI 1999 S. 208 Erw. 2b; SVR 1996 AHV Nr. 74 S. 223).
An dieser Rechtsprechung ist festzuhalten. Soweit das BSV die mangelnde gesetzliche Grundlage für Vergleiche in Schadenersatzprozessen nach <ref-law> beanstandet, geht seine Rüge fehl.
3.- Die vom Bundesamt überdies erhobenen materiellen Einwendungen erweisen sich als unbehelflich. Richtig ist, dass der Schadenersatzprozess von der Offizialmaxime beherrscht ist und der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen gilt. Dies schliesst jedoch eine vergleichsweise Einigung nicht aus (Erw. 2 hievor). Ebenso trifft es zu, dass sich das Gericht nicht damit begnügen darf, das Verfahren auf Grund der gemeinsamen Parteierklärung abzuschreiben, sondern der Vergleich ist vom Gericht zu genehmigen, was bedeutet, dass es mit der Genehmigung das Ergebnis seiner Prüfung im Entscheid festhält. Entgegen der Auffassung des BSV hat sich die Vorinstanz jedoch nicht darauf beschränkt, das Verfahren auf Grund der ihr von den Parteien vorgelegten gemeinsamen Erklärung abzuschreiben. Vielmehr hat sie erwogen, dass der Vergleich den Interessen der Parteien angemessen Rechnung trägt und im Einklang mit der Akten- und Rechtslage steht, womit zum Ausdruck kommt, dass die von der Rechtsprechung geforderte richterliche Prüfung erfolgte. Schliesslich ist der Einwand des Bundesamtes, die Parteien machten keinerlei Fehler seitens der Verwaltung geltend, die eine Reduktion der Schadenersatzpflicht im Sinne der Rechtsprechung begründen könnten, nicht stichhaltig. Das Mitverschulden der Kasse an der Entstehung des Schadens wurde im Verfahren vor dem Sozialversicherungsgericht sehr wohl im Hinblick auf eine Herabsetzung der Schadenersatzforderung thematisiert, wie die Beschwerdegegner 2 und 3 zu Recht einwenden. Dass sodann die Schadenersatzpflicht des Arbeitgebers nach <ref-ruling> in Fällen, in welchen eine grobe Pflichtverletzung der Verwaltung für die Entstehung oder Verschlimmerung des Schadens adäquat kausal gewesen ist, herabgesetzt werden kann, bedeutet entgegen der Ansicht des BSV nicht, die Zulässigkeit eines Vergleichs in einem Schadenersatzprozess nach <ref-law> setze ein solches Mitverschulden der Ausgleichskasse voraus (vgl. AHI 1999 S. 208 Erw. 2b in fine). Gegenteils dürfte eine vergleichsweise Lösung insbesondere bei umstrittenen Forderungen und Beweisschwierigkeiten - ungeachtet eines allfälligen schuldhaften Verhaltens der Kasse - angestrebt werden (in diesem Sinne nicht publiziertes Urteil G. vom 16. Februar 2000, H 155/99). Weitere materielle Einwendungen, welche geeignet wären, den Vergleich als mit der Akten- oder Rechtslage unvereinbar erscheinen zu lassen, führt das Bundesamt nicht ins Feld.
4.- Dem im letztinstanzlichen Verfahren unterliegenden BSV können keine Gerichtskosten auferlegt werden, weil das Amt bzw. der von ihm vertretene Bund am Verfahrensausgang kein eigenes Vermögensinteresse hat (Art. 156 Abs. 2 OG). Hingegen hat das BSV die Parteikosten der Beschwerdegegner 2 und 3 zu tragen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat den Beschwerdegegnern 2 und 3 für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von je Fr. 2500. - (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und der Ausgleichskasse des Schweizerischen Baumeisterverbandes zugestellt.
Luzern, 3. November 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: