Sachverhalt:
A. Die Y1._ SA (Beschwerdegegnerin 1) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in A._. Sie ist eine Tochtergesellschaft der Y._-Gruppe.
Die Y2._ AG (Beschwerdegegnerin 2) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in B._. Sie bezweckt den Handel, den Vertrieb und die Fabrikation von pharmazeutischen, diagnostischen und biotechnologischen Produkten, den Erwerb und die Vergabe von Vertriebsrechten, Patenten und anderen Schutzrechten sowie Know-how und Lizenzen. Sie ist ebenfalls eine Tochtergesellschaft der Y._-Gruppe und ausschliessliche Unterlizenznehmerin des Arzneimittels V._® für die Schweiz.
Die X._ AG (Beschwerdeführerin) ist eine Aktiengesellschaft mit Sitz in C._. Sie bezweckt die Fabrikation von und den Handel mit medizinischen, chemischen und pharmazeutischen Bedarfsartikeln sowie Medikamenten aller Art. Sie ist eine Gesellschaft der X._-Gruppe, welche die weltweit umsatzstärkste Generikaherstellerin ist.
Das wichtigste Produkt der Y._-Gruppe ist das Arzneimittel V._®, das den Wirkstoff W._ enthält. Inhaberin des ergänzenden Schutzzertifikats für W._ ist Z._ mit Sitz in D._. Sie vergibt Lizenzen für die Herstellung und den Vertrieb des Arzneimittels V._®. In der Schweiz wird das Arzneimittel V._R ausschliesslich durch die Beschwerdegegnerin 2 vertrieben. Gemäss Erklärung vom 26. Oktober 2009 hat Z._ den Beschwerdegegnerinnen alle erforderlichen Rechte für die Einreichung des nachstehend erwähnten Gesuchs eingeräumt.
Das Schutzzertifikat für W._ bildet Gegenstand von Auseinandersetzungen vor Gerichten und Patentämtern in verschiedenen Staaten, so auch in der Schweiz. Die Beschwerdeführerin reichte am 17. Juni 2009 beim Handelsgericht des Kantons Zürich Klage gegen die Z._ auf Nichtigerklärung des Schutzzertifikats CH-Nr. 000 000 für W._ ein.
B. Mit Eingabe vom 27. Oktober 2009 stellten die Beschwerdegegnerinnen beim Handelsgericht des Kantons Aargau folgendes Begehren:
"Es sei der Gesuchsgegnerin (Beschwerdeführerin) unter Androhung der Bestrafung ihrer verantwortlichen Organe gemäss <ref-law> bis zu einem Entscheid im Hauptprozess, längstens aber bis zum 25. Februar 2013, mit sofortiger Wirkung vorsorglich zu verbieten, in der Schweiz ein W._-Generikum, insbesondere den Betarezeptorenblocker mit der Bezeichnung W._-X._® herzustellen, anzubieten, zu vertreiben, zu lagern, sonstwie in Verkehr zu bringen oder zu diesen Zwecken in die Schweiz einzuführen."
Sie ersuchten darum, das Verbot superprovisorisch ohne Anhörung der Gegenpartei zu erlassen.
Zur Begründung machten sie im Wesentlichen geltend, die Beschwerdeführerin habe in der Ausgabe vom 22. Oktober 2009 des pharmaJournal ein Inserat erscheinen lassen, worin sie ankündige, ein Arzneimittel mit dem Wirkstoff W._ in der Schweiz ab dem 1. November 2009 in Verkehr zu bringen. Mit der vorzeitigen Markteinführung des Generikums W._-X._® mit dem Wirkstoff W._ verletze die Beschwerdeführerin das ergänzende Schutzzertifikat CH-Nr. 000 000 für W._.
Am 29. Oktober 2009 wies der Vizepräsident des Handelsgerichts das Gesuch um Erlass superprovisorischer Massnahmen ab und setzte der Beschwerdeführerin Frist zur Erhebung von Einwendungen. Die Beschwerdeführerin beantragte in der Folge, auf das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen sei nicht einzutreten. Eventuell sei der Prozess an das Handelsgericht des Kantons Zürich zu überweisen. Im Übrigen sei das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen abzuweisen. Zur Begründung trug sie unter anderem vor, dass vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich eine Nichtigkeitsklage betreffend das ergänzende Schutzzertifikat CH-Nr. 000 000 für W._ hängig sei. Um widersprüchliche Entscheidungen zu vermeiden, müsse das vorliegende Verfahren an das Handelsgericht des Kantons Zürich überwiesen werden, da ein enger Sachzusammenhang bestehe. Ohnehin sei das Gesuch materiell unbegründet. Das im Streit liegende ergänzende Schutzzertifikat sei nichtig, weshalb keine vorsorglichen Massnahmen erlassen werden könnten.
Mit Vorentscheid vom 2. Februar 2010 erkannte der Vizepräsident, dass die Prozessvoraussetzungen zur Beurteilung der Streitsache gegeben seien. Auf das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen vom 27. Oktober 2009 sei einzutreten und das Verfahren sei nicht zu überweisen.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Vorentscheid des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 2. Februar 2010 aufzuheben. Auf das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen sei nicht einzutreten. Eventuell sei das Verfahren an das Handelsgericht des Kantons Zürich zu überweisen. Subeventuell sei das Verfahren zur Vervollständigung der Akten an das Handelsgericht des Kantons Aargau zurückzuweisen, insbesondere um die Bereitschaft zur Übernahme des Verfahrens durch das Handelsgericht des Kantons Zürich abzuklären.
Die Beschwerdegegnerinnen beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 216 mit Hinweisen).
Mit dem angefochtenen Vorentscheid vom 2. Februar 2010 bejahte die Vorinstanz zum einen, dass die Prozessvoraussetzungen zur Beurteilung der Streitsache gegeben seien und demzufolge auf das Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen einzutreten sei. Auch wenn im Vorentscheid allgemein von den Prozessvoraussetzungen die Rede ist, hat die Vorinstanz explizit über die strittige Frage der örtlichen Zuständigkeit entschieden und diese bejaht. Sie fällte damit insoweit einen Vor- bzw. Zwischenentscheid über die Zuständigkeit, den sie selbständig eröffnete.
Zum anderen lehnte es die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid ab, das Verfahren im Sinne von Art. 36 Abs. 2 GestG (SR 272) an das Handelsgericht des Kantons Zürich zu überweisen. Art. 36 GestG statuiert keinen eigenen Gerichtsstand, sondern regelt die "gerichtsstandsnahe" Frage der Koordination von mehreren in Zusammenhang stehenden Verfahren. Wegen der Auswirkungen der Überweisung auf die örtliche Zuständigkeit, indem das überweisende Gericht nicht mehr mit der Klage befasst ist, qualifiziert das Bundesgericht Überweisungsentscheide als Zwischenentscheide über die örtliche Zuständigkeit (<ref-ruling> E. 1.2 S. 181 m.H.; Urteil 4P.302/2006 vom 16. Februar 2007 E. 3.2). Die gleiche Qualifikation muss gelten, wenn - wie hier - eine Überweisung nach Art. 36 Abs. 2 GestG abgelehnt wird. Auch ein solcher Entscheid betrifft die örtliche Zuständigkeit, indem das Verfahren vor dem Gericht, das ihn trifft, weitergeführt wird und das Gericht, an welches das Verfahren nach dem Antrag der unterlegenen Partei hätte überwiesen werden sollen, nicht mit der Klage befasst wird. Auch insoweit ist der angefochtene Entscheid ein selbständig eröffneter Vor- bzw. Zwischenentscheid über die Zuständigkeit.
Gegen den angefochtenen Entscheid ist somit die Beschwerde zulässig. Seine spätere Anfechtung wäre ausgeschlossen (<ref-law>).
Bei Zwischenentscheiden folgt der Rechtsmittelweg demjenigen in der Hauptsache (<ref-ruling> E. 2.2 S. 647 f.). Vorliegend ist demnach die Beschwerde in Zivilsachen zulässig, da es in der Hauptsache um eine vermögensrechtliche Zivilsache mit einem Streitwert von über Fr. 30'000.-- geht (<ref-law>).
2. Der angefochtene Zwischenentscheid über die örtliche Zuständigkeit erging im Rahmen eines Gesuchsverfahrens um Erlass vorsorglicher Massnahmen.
Mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>).
Diese Einschränkung der Kognition wendet das Bundesgericht auch an, wenn es um die Zuständigkeit zum Erlass der anbegehrten vorsorglichen Massnahme geht (Urteil 5A_552/2008 vom 27. Januar 2009 E. 2; stillschweigend Urteil 5A_95/2008 vom 20. August 2008 E. 1.4, FamPra.ch 2009 S. 221; allgemeiner: Urteil 5A_108/2007 vom 11. Mai 2007 E. 1.2). Mit der Beschwerde gegen den Entscheid über die vorsorgliche Massnahme kann auch in Bezug auf die Zuständigkeit lediglich die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden.
Nichts anderes gilt, wenn - wie vorliegend - das Gericht im Massnahmeverfahren seine Zuständigkeit vorab in einem selbständig eröffneten Zwischenentscheid bejaht. Dieser ist zwar selbständig anfechtbar. Das ändert aber nichts daran, dass er im Hinblick auf den Entscheid über vorsorgliche Massnahmen erging, weshalb die Beschränkung der Beschwerdegründe nach <ref-law> greift.
3. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3.1; <ref-ruling> E. 3.2). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung des Willkürverbots von <ref-law> geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieser offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352).
4. Die Vorinstanz bejahte ihre Zuständigkeit mit folgender Begründung:
4.1 Bezüglich der Beschwerdegegnerin 1, die ihren Sitz in A._ habe, liege ein internationaler Sachverhalt vor, nachdem die Beschwerdeführerin ihren Sitz in der Schweiz habe. Die Zuständigkeit der schweizerischen Gerichte für eine Klage gegen die Beschwerdeführerin sei aufgrund von <ref-law> gegeben. Die nationale örtliche Zuständigkeit werde nach dem IPRG bestimmt. Da es sich um eine Immaterialgüterrechtsstreitigkeit handle, seien die <ref-law> massgebend. Nach <ref-law> seien für Klagen betreffend Verletzung von Immaterialgüterrechten die Gerichte am Wohnsitz bzw. Sitz (<ref-law>) der Beklagten (Beschwerdeführerin) oder am Handlungs- und Erfolgsort zuständig. Dieselben Gerichte seien für den Erlass vorsorglicher Massnahmen zuständig. Gestützt auf die Behauptung der Beschwerdegegnerin 1, die Beschwerdeführerin bereite den Verkauf des streitgegenständlichen "W._-Generikums" in der ganzen Schweiz vor und führe ihn seit Anfang November 2009 u.a. im Kanton Aargau durch, erkannte die Vorinstanz, dass ein Erfolgsort im Kanton Aargau liege, weshalb die aargauischen Gerichte örtlich zuständig seien.
4.2 Bezüglich der Beschwerdegegnerin 2, die ihren Sitz wie die Beschwerdeführerin in der Schweiz hat, ging die Vorinstanz von einem Binnensachverhalt aus, auf den das GestG anwendbar sei. Art. 33 GestG erkläre für den Erlass vorsorglicher Massnahmen das Gericht am Ort, an dem die Zuständigkeit für die Hauptsache gegeben sei, oder am Ort, an dem die Massnahme vollstreckt werden solle, als zwingend zuständig. Nach Art. 25 GestG sei für Klagen aus unerlaubter Handlung das Gericht am Wohnsitz oder Sitz der beklagten Partei oder am Handlungs- oder Erfolgsort zuständig. Unter Art. 25 GestG fielen alle Verletzungstatbestände des Immaterialgüterrechts. In diesem Bereich seien Handlungsorte dort anzunehmen, wo patentrechtlich geschützte Waren in Verkehr gebracht oder feilgehalten würden. Die Beschwerdegegnerin 2 behaupte schlüssig, dass die Beschwerdeführerin den Verkauf des streitgegenständlichen "W._-Generikums" in der ganzen Schweiz vorbereite und seit Anfang November 2009 u.a. im Kanton Aargau durchführe. Somit liege ein Handlungs- bzw. Erfolgsort im Kanton Aargau. Ein Verfahren in der Hauptsache zwischen der Beschwerdegegnerin 2 und der Beschwerdeführerin sei nicht rechtshängig. Die örtliche Zuständigkeit der aargauischen Gerichte für die beantragte vorsorgliche Massnahme ergebe sich demnach gestützt auf Art. 33 i.V.m. Art. 25 GestG.
4.3 Die Beschwerdeführerin bringt gegen diese Erwägungen der Vorinstanz nichts vor, was eine Verletzung ihrer verfassungsmässigen Rechte aufzeigen würde.
4.3.1 Sie behauptet, die vorinstanzliche Annahme, wonach im Kanton Aargau ein Vollstreckungsort liege, sei willkürlich und aktenwidrig. Die Rüge geht ins Leere, da die Vorinstanz ihre Zuständigkeit nicht auf das Vorliegen eines Vollstreckungsortes im Kanton Aargau sondern eines Handlungs- bzw. Erfolgsortes stützte.
4.3.2 Die Beschwerdeführerin bestreitet sodann die Zuständigkeit der aargauischen Gerichte für die Hauptsache. Einer allfälligen Unterlassungsklage im ordentlichen Prozess stehe die Einrede der Rechtshängigkeit, jedenfalls aber die Einrede des Sachzusammenhangs entgegen, da beim Handelsgericht Zürich seit dem 17. Juni 2009 bereits eine Nichtigkeitsklage hängig sei. Die Ausführungen der Beschwerdeführerin vermögen zur Begründung einer willkürlichen Rechtsanwendung, welche Rüge vorliegend einzig zulässig wäre (vgl. Erwägung 2), nicht zu genügen (vgl. Erwägung 3). Ohnehin wird nicht dargelegt, dass die zwischen anderen Parteien anhängig gemachte Nichtigkeitsklage vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich überhaupt die Einrede der Rechtshängigkeit rechtfertigen könnte. Ebenso wenig würde ein allfällig bestehender Koordinationsbedarf wegen sachlichen Zusammenhangs per se die Zuständigkeit der aargauischen Gerichte für die Hauptsache aufheben. Vielmehr stellt sich die Frage nach einer Koordination konnexer Verfahren erst, wenn die Zuständigkeit gegeben ist (KELLERHALS/GÜNGERICH, in: Kellerhals/von Werdt/Güngerich [Hrsg.], Gerichtsstandsgesetz, 2. Aufl. 2005, N. 9 zu Art. 36 GestG). Aus dem von der Beschwerdeführerin angerufenen Entscheid des Handelsgerichts Zürich vom 22. März 2007 in: sic! 2007, S. 646 ff., ergibt sich nichts anderes. Ohnehin liegt diesem Entscheid eine vom vorliegenden Fall abweichende Konstellation zugrunde, indem dort zwischen den nämlichen Parteien anhängig gemachte Verletzungs- und Nichtigkeitsklagen zu koordinieren waren.
4.4 Zusammenfassend wird nichts geltend gemacht, was die Bejahung der örtlichen Zuständigkeit der Vorinstanz für den Erlass der beantragten vorsorglichen Massnahmen als willkürlich ausweisen würde.
5. Werden bei mehreren Gerichten Klagen rechtshängig gemacht, die miteinander in sachlichem Zusammenhang stehen, so kann jedes später angerufene Gericht das Verfahren aussetzen, bis das zuerst angerufene entschieden hat (Art. 36 Abs. 1 GestG). Das später angerufene Gericht kann die Klage an das zuerst angerufene Gericht überweisen, wenn dieses mit der Übernahme einverstanden ist (Art. 36 Abs. 2 GestG).
5.1 Die Vorinstanz nahm einen Zusammenhang des vorliegenden Massnahmeverfahrens und des Nichtigkeitsverfahrens vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich zwar an, lehnte eine Überweisung aber dennoch ab. Sie führte aus, ob Art. 36 Abs. 2 GestG auf vorsorgliche Massnahmeverfahren im Verhältnis mit einer ordentlichen Klage Anwendung finde, sei umstritten, werde aber in der Lehre mehrheitlich abgelehnt. Jedenfalls wäre sie nur in Ausnahmefällen gerechtfertigt. Ein solcher Ausnahmefall liege nicht vor. Der Nachteil des Zeitverlusts durch die Koordination sei höher zu werten als die Gefahr eines Widerspruchs verschiedener Urteile. Da im vorsorglichen Verfahren ein anderes Beweismass gelte und dieses einen Sachverhalt lediglich für eine beschränkte Zeit regle, sei die Gefahr widersprechender Urteile tiefer zu gewichten. Ein dauernder Widerspruch wäre ohnehin nicht zu erwarten. Denn wenn die vorsorgliche Massnahme und später die Nichtigkeitsklage ebenfalls gutgeheissen werden würden, wäre aufgrund der jederzeitigen Abänderbarkeit vorsorglicher Massnahmen ein allfälliger Widerspruch einfach und rasch zu beseitigen. Daher sei die Anwendung von Art. 36 Abs. 2 GestG abzulehnen.
5.2 Soweit sich die Beschwerde gegen die Ablehnung einer Überweisung richtet, kann nicht auf sie eingetreten werden, weil die Beschwerdeführerin keine zulässigen Beschwerdegründe erhebt:
5.2.1 Sie legt zunächst dar, weshalb nach ihrer Auffassung die Voraussetzungen für eine Anwendung von Art. 36 Abs. 2 GestG erfüllt seien, zeigt aber in keiner Weise auf, dass und inwiefern die Vorinstanz das ihr nach Art. 36 GestG zustehende Ermessen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 183) in unhaltbarer Weise ausgeübt hätte und in Willkür verfallen wäre. Bei dieser Sachlage braucht auch nicht entschieden zu werden, ob Art. 36 Abs. 2 GestG auf vorsorgliche Massnahmeverfahren im Verhältnis mit einer ordentlichen Klage anwendbar ist, was die Vorinstanz nicht a priori ausgeschlossen hat.
5.2.2 Sodann bestreitet die Beschwerdeführerin ein schutzwürdiges Interesse der Beschwerdegegnerinnen am Verfahren um Erlass vorsorglicher Massnahmen vor der Vorinstanz und rügt demzufolge den Verzicht auf die Überweisung als Verstoss gegen das Verhältnismässigkeitsprinzip. Das Verhältnismässigkeitsprinzip ist ein allgemeiner Verfassungsgrundsatz (<ref-law>), aber kein verfassungsmässiges Recht (<ref-ruling> E. 4.1 S. 156; SCHOTT, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 22 zu <ref-law>). Im Rahmen der hier anwendbaren Beschränkung der Beschwerdegründe auf die Verletzung verfassungsmässiger Rechte nach <ref-law> kann sich die Beschwerdeführerin nicht auf die Verletzung des Verhältnismässigkeitsprinzips berufen.
5.3 Mangels zulässiger Beschwerdegründe ist demnach auf die Beschwerde nicht einzutreten, soweit sie sich gegen die Ablehnung einer Überweisung nach Art. 36 Abs. 2 GestG richtet.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Juni 2010
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer