Sachverhalt:
A.
Am 3. April 2014 beschloss der Gemeinderat der Politischen Gemeinde Wagenhausen eine "geringfügige Zonenplanänderung". Diese sah vor, Teilflächen der Parzellen Gbbl. Nrn. 892 und 896, die bisher als Flurweg genutzt und keiner Bauzone zugewiesen waren, neu dem Baugebiet zuzuweisen und mit der Bezeichnung "Strassen und Wege innerhalb von Bauzonen" zu versehen. Mit der Zonenplanänderung sollte die Erschliessung für ein Geothermiekraftwerk-Projekt sichergestellt werden. Der Beschluss lag vom 4. bis 23. April 2014 öffentlich auf.
Gegen diese Zonenplanänderung erhob unter anderen Magdalena Rinderer am 22. April 2014 Einsprache. Gleichentags wurde beim Gemeinderat ein "Referendum gegen die Zonenplanänderung" eingereicht, welches mit 251 Unterschriften rechtsgültig zustanden gekommen war.
Am 1. Mai 2014 traten die revidierten Art. 8 und 8a RPG (SR 700) in Kraft (Mindestinhalt der Richtpläne / Richtplaninhalt im Bereich Siedlung). Nach der Übergangsbestimmung von Art. 38a RPG haben die Kantone innert fünf Jahren ihre Richtpläne an das geänderte Bundesrecht anzupassen. Bis zur Genehmigung dieser Richtplananpassung durch den Bundesrat darf im betreffenden Kanton die Fläche der Bauzonen insgesamt nicht vergrössert werden. Im Kanton Thurgau setzten die kantonalen Behörden per 1. Mai 2014 ein Moratorium in Kraft, nach welchem Einzonungen nur dann zulässig sind, wenn seit Inkrafttreten der erwähnten RPG-Bestimmungen mindestens die gleiche Fläche ausgezont wurde oder eine derartige Auszonung mit dem gleichen Entscheid erfolgt.
Da der mit der Zonenplanänderung vom 3. April 2014 verbundenen Einzonung von Bauland keine Auszonung im gleichen Umfang gegenübersteht, entschied der Gemeinderat am 11. August 2014, den Beschluss vom 3. April 2014 zu widerrufen. Zugleich schrieb er die gegen die Änderung des Zonenplans erhobenen Einsprachen und das Referendum als gegenstandslos geworden am Protokoll ab.
Diesen Beschluss focht Magdalena Rinderer am 20. September 2014 mit Rekurs sowohl beim kantonalen Departement für Inneres und Volkswirtschaft (DVI/TG) als auch beim kantonalen Departement für Bau und Umwelt (DBU/TG) an.
Mit Entscheid vom 18. November 2014 wies das DVI/TG den Rekurs ab. Dagegen erhob Magdalena Rinderer mit Eingabe vom 5. Dezember 2014 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau.
Mit Entscheid vom 10. Dezember 2014 trat das DBU/TG auf den Rekurs von Magdalena Rinderer nicht ein. Dieser Entscheid ist unangefochten in Rechtskraft erwachsen.
Mit Entscheid vom 8. Juli 2015 wies das Verwaltungsgericht die von Magdalena Rinderer gegen den Entscheid des DVI/TG vom 18. November 2014 erhobene Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
B.
Mit Beschwerde an das Bundesgericht vom 4. August 2015 beantragt Magdalena Rinderer, der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 8. Juli 2015 sei aufzuheben, und es sei über die "geringfügige Zonenplanänderung" mit dem zustande gekommenen Referendum eine Volksabstimmung durchzuführen.
Das Verwaltungsgericht und die Politische Gemeinde Wagenhausen stellen Antrag auf Beschwerdeabweisung. Die Beschwerdeführerin hält an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
1.1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen kantonal letztinstanzlichen Endentscheid, gegen den beim Bundesgericht gestützt auf Art. 82 lit. c i.V.m. Art. 86 Abs. 1 lit. d sowie Art. 90 BGG Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten in Form der Stimmrechtsbeschwerde erhoben werden kann. Von der Stimmrechtsbeschwerde werden sowohl eidgenössische als auch kantonale und - wie im zu beurteilenden Fall - kommunale Stimmrechtssachen erfasst (<ref-law>). Das Beschwerderecht steht gemäss <ref-law> jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist; ein besonderes (rechtliches) Interesse in der Sache selbst ist nicht erforderlich (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 176). Die Beschwerdeführerin ist in der Politischen Gemeinde Wagenhausen stimmberechtigt. Ihre Rüge, es sei zu Unrecht keine Abstimmung über ein zustande gekommenes Referendum durchgeführt worden, ist zulässig. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
1.2. Mit Blick auf die politischen Rechte prüft das Bundesgericht nicht nur die Auslegung von Bundesrecht und kantonalem Verfassungsrecht frei, sondern auch diejenige anderer kantonaler Vorschriften, die den Inhalt des Stimm- und Wahlrechts normieren oder mit diesem in engem Zusammenhang stehen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2 S. 190). Die Anwendung anderer kantonaler Vorschriften unter Einschluss von kommunalen Bestimmungen und die Feststellung des Sachverhalts sowie die Beweiswürdigung prüft das Bundesgericht hingegen nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 394).
2.
2.1. Die Beschwerdeführerin macht geltend, ein zustande gekommenes Referendum ermögliche den Stimmberechtigten in einer Volksabstimmung über eine von der gewählten politischen Vertretung zuvor beschlossene Sachvorlage abzustimmen. Eine Aufhebung oder ein Widerruf eines Beschlusses nach zustande gekommenem Referendum sei unzulässig und verletze ihre politischen Rechte, konkret ihr Recht auf eine Volksabstimmung.
2.2. Die Vorinstanz hat unter Verweis auf § 23 des kantonalen Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. Februar 1981 (VRG/ TG; RB 170.1), welcher die Änderung und den Widerruf von Entscheiden regelt, erwogen, der Beschluss vom 3. April 2014 sei aufgrund von Einsprachen (und des ergriffenen Referendums) nicht in Rechtskraft erwachsen und mit der Revision des RPG habe sich die Rechtslage geändert. Der Widerruf der Zonenplanänderung sei deshalb zulässig gewesen. Mit diesem Widerruf habe die Beschwerdeführerin im Ergebnis ihre Ziele erreicht, denn sowohl die Einsprache als auch das Referendum hätten sich gegen die Zonenplanänderung gerichtet. Aus der Abschreibung des Referendums habe die Beschwerdeführerin keinerlei Rechtsnachteile erlitten. Bei einer erneuten Zonenplanänderung würden wiederum die gleichen Rechtsmittel und die Möglichkeit eines Referendums offen stehen. Eine Verletzung des Stimmrechts sei nicht ersichtlich. Gemäss <ref-law> schütze die Garantie der politischen Rechte die freie Willensbildung und die unverfälschte Stimmabgabe. Diese Garantie werde nicht verletzt, wenn mangels Sachvorlage auf die Durchführung einer Referendumsabstimmung verzichtet werde.
2.3. Die Ausführungen der Vorinstanz sind zutreffend.
Aufgrund der erwähnten Revision des RPG hat sich die Rechtslage wesentlich geändert, sodass der Widerruf der nicht in Rechtskraft erwachsenen Zonenplanänderung sachlich begründet und rechtmässig war. Dies wird von der Beschwerdeführerin auch nicht substanziiert in Frage gestellt; insbesondere rügt sie keine willkürliche Anwendung von § 23 VRG/TG, welcher die Änderung und den Widerruf von Entscheiden regelt. Dass der Gemeinderat die Zonenplanänderung am 3. April 2014 überhaupt (noch) beschlossen hat, ist aus rechtlicher Sicht nicht zu beanstanden. Wären während der Auflagefrist keine Einsprachen erhoben worden, hätte die Zonenplanänderung unter Umständen noch vor dem Inkrafttreten der revidierten Bestimmungen des RPG am 1. Mai 2014 vom Kanton genehmigt werden können.
Mit dem zulässigen Widerruf der Zonenplanänderung ist die Sachvorlage weggefallen, über die aufgrund des zustande gekommenen Referendums hätte abgestimmt werden sollen. Damit hat der Gemeinderat das Referendum zu Recht als gegenstandslos geworden abgeschrieben. Die Durchführung einer Abstimmung ergäbe auch keinen Sinn. Würde abgestimmt und die widerrufene Zonenplanänderung angenommen, so könnte diese wegen Verstosses gegen das revidierte RPG respektive das kantonale Moratorium nicht umgesetzt werden. Es ist mit der Garantie der politischen Rechte nicht zu vereinbaren, eine Abstimmung über eine hinfällig gewordene und nicht umsetzbare Vorlage durchzuführen.
Der Beschwerdeführerin erwächst hieraus auch kein Rechtsnachteil; vielmehr wurde ihrem ursprünglichen Antrag entsprochen. An dieser Beurteilung ändert nichts, dass gegen einen allfälligen künftigen Beschluss einer Zonenplanänderung erneut das Referendum ergriffen werden müsste, denn die politischen Rechte der Beschwerdeführerin und der Stimmbürgerschaft bleiben hierdurch gewahrt.
3.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1-3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Politischen Gemeinde Wagenhausen, dem Departement für Inneres und Volkswirtschaft des Kantons Thurgau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. November 2015
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Stohner