Sachverhalt:
A. Am 17. August 2000 eröffnete die Eidgenössische Spielbankenkommission aufgrund einer Strafanzeige der Stadtpolizei gestützt auf das Bundesgesetz vom 18. Dezember 1998 über Glücksspiele und Spielbanken (Spielbankengesetz, SBG; SR 935.52) eine Strafuntersuchung gegen B._ bzw. gegen den Verantwortlichen des Spielsalons X._ in R._. Am 5. September 2000 nahm die Eidgenössische Spielbankenkommission beim Spielsalon X._ eine Hausdurchsuchung vor, wobei sie zahlreiche Spielautomaten beschlagnahmte; dies in der Annahme, es handle sich dabei um Glücksspielautomaten. In der Folge wurde das Untersuchungsverfahren auf den Spielsalon Y._ in S._ sowie auf die A._ AG als Betreiberin der beiden Spielsalons ausgedehnt. Am 13. September 2000 führte die Eidgenössische Spielbankenkommission auch Hausdurchsuchungen in den Geschäftsräumlichkeiten der A._ AG und im Spielsalon Y._ durch, wo sie weitere Spielautomaten beschlagnahmte.
Am 9. Oktober 2000 trat B._ als einziges Verwaltungsratsmitglied der A._ AG zurück, worauf die Sozialbehörde der Gemeinde S._ am 18. Januar 2001 eine Vertretungsbeistandschaft über die A._ AG (<ref-law>) errichtete.
Am 3. Dezember 2002 verkaufte B._ seine Inhaberaktien an der A._ AG für Fr. 361'620.-- an die C._ GmbH. Dabei wurde auf das laufende Untersuchungsverfahren hingewiesen. Am 10. Juni 2003 wurde die A._ AG (gestützt auf Art. 89 aHRegV [BS 2 684 ff.]) von Amtes wegen im Handelsregister gelöscht (Publikation im Schweizerischen Handelsamtsblatt vom 16. Juni 2003).
Am 19. Dezember 2003 erstellte die Eidgenössische Spielbankenkommission die Schlussprotokolle gegen B._ und die C._ GmbH als Aktionärin/Eigentümerin der A._ AG im Sinn von Art. 61 des Bundesgesetzes vom 22. März 1974 über das Verwaltungsstrafrecht (VStrR; SR 313.0); am 23. April 2004 überwies sie das Verfahren an das Bezirksgericht Dielsdorf, welches mit Urteil vom 22. November 2004 B._ unter anderem der Übertretung im Sinne von Art. 56 Abs. 1 lit. a, c und d SBG schuldig erklärte und ihn zu einer Gefängnisstrafe und zu einer Busse verurteilte. Des Weiteren beschloss das Bezirksgericht die Einziehung und Vernichtung der in den Spielsalons X._ in R._ und Y._ in S._ beschlagnahmten und im Eigentum der A._ AG stehenden 41 Spielautomaten; einen Spielautomaten gab es frei und verfügte, dass dieser nach Rechtskraft des Urteils der berechtigten A._ AG auszuhändigen sei. Zudem verfügte es die Einziehung der Kassainhalte der beschlagnahmten Spielautomaten im Betrag von Fr. 21'471.-- und Fr. 20'573.-- sowie der in den Kassen und Schliessfächern des Spielsalons X._ in R._ sichergestellten Barwerte in der Höhe von Fr. 25'634.15 und deren Verwendung zur Deckung der Verfahrenskosten. Weiter verfügte es die Freigabe des beschlagnahmten Stockgelds (Bargeld, das vom Arbeitgeber in die Kasse gelegt wird und den Mitarbeitern als Wechselgeld dient) in der Höhe von Fr. 8'000.-- an die Berechtigten der A._ AG und hielt fest, dem Staat stehe eine Ersatzforderung gegenüber der A._ AG in der Höhe des illegalen Gewinns von Fr. 123'974.-- zu.
Mit Urteil vom 21. Oktober 2005 bestätigte das Obergericht des Kantons Zürich das Urteil des Bezirksgerichts Dielsdorf vom 22. November 2004 gegen B._ bezüglich des Schuldspruchs wegen Übertretung im Sinne von Art. 56 Abs. 1 lit. a und c SBG. Auf den Rekurs der C._ GmbH gegen die Einziehung und Vernichtung der 41 im Zeitpunkt der Beschlagnahme im Eigentum der A._ AG stehenden Spielautomaten trat das Obergericht nicht ein und bestätigte den Beschluss des Bezirksgerichts Dielsdorf vollumfänglich, da dieser seitens der A._ AG unangefochten geblieben ist. Der A._ AG wurde der Beschluss durch Veröffentlichung im Amtsblatt des Kantons Zürich eröffnet.
Gegen dieses Urteil erhob B._ staatsrechtliche Beschwerde und eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde beim Bundesgericht.
Die C._ GmbH ihrerseits erhob gegen den Beschluss betreffend die Einziehung und Vernichtung der Spielautomaten und die Einziehung der Gelder eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde beim Bundesgericht, auf welche das Gericht mit Urteil vom 29. März 2006 nicht eintrat.
Mit Urteil vom 14. Dezember 2006 hob das Bundesgericht das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich vom 21. Oktober 2005 gegenüber B._ wegen Verletzung des Anklagegrundsatzes (insbesondere ungenügende Unterscheidung zwischen Glücks- und Geldspielautomaten) auf und wies es zur neuen Beurteilung ans Obergericht des Kantons Zürich zurück. Dieses verfügte die Rückweisung des Verfahrens an die Eidgenössische Spielbankenkommission, welche am 25. April 2007 einen Strafbescheid gegen B._ erliess. Dagegen erhob B._ Einsprache und beantragte die gerichtliche Beurteilung. Mit Urteil vom 14. November 2008 trat das Bezirksgericht Dielsdorf wegen Eintritts der Verfolgungsverjährung nicht auf die Anklage ein. Es sprach B._ Fr. 45'000.-- Parteientschädigung, Fr. 135'000.-- (nebst Zins zu 5% seit dem 1. Januar 2005) Schadenersatz sowie Fr. 15'000.-- Genugtuung zu Lasten des Bundes zu; auf das Schadenersatzbegehren für die A._ AG trat das Bezirksgericht nicht ein.
Auf Rekurs der Eidgenössischen Spielbankenkommission reduzierte das Obergericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 12. März 2010 den Schadenersatz für Erwerbsausfall auf Fr. 34'110.20 (nebst Zins zu 5% seit 1. Januar 2003) und die Entschädigung für Anwaltskosten auf Fr. 34'889.80; die Genugtuungssumme wurde bestätigt.
Am 14. Dezember 2009 stellte B._ beim Bezirksgericht Dielsdorf ein Gesuch um Wiedereintragung der A._ AG ins Handelsregister, welchem entsprochen wurde; die A._ AG wurde am 19. Februar 2010 unter der Firma A._ AG in Liquidation wieder ins Handelsregister eingetragen und B._ als Liquidator mit Einzelunterschrift eingesetzt.
B._ machte am 3. Januar 2008 beim Eidgenössischen Finanzdepartement Schadenersatz im Betrag vom Fr. 3'430'754.10 (nebst Zins zu 5% seit dem 5. September 2000) wegen angeblicher Widerhandlungen durch die Eidgenössische Spielbankenkommission geltend.
Mit Schreiben vom 20. Februar 2010 reichte auch die A._ AG in Liquidation, vertreten durch den Liquidator B._, ein Schadenersatzbegehren in der Höhe von Fr. 6'008'007.20 ein.
Mit Verfügung vom 17. Januar 2011 wies das Eidgenössische Finanzdepartement die Begehren ab, soweit es darauf eintrat.
Die von B._ und der A._ AG in Liquidation dagegen gerichteten Beschwerden wies das Bundesverwaltungsgericht am 17. Oktober 2011 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die A._ AG in Liquidation dem Bundesgericht im Hauptantrag, das erwähnte Urteil des Bundesverwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache an das zuständige Gericht zur Beurteilung zurückzuweisen.
Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Antrag der Beschwerdeführerin auf Aufhebung des Urteils der Vorinstanz umfasst dieses lediglich in dem Umfang, als es die A._ AG bzw. deren Schadenersatzbegehren vom 20. Februar 2010 betrifft.
1.2 Der angefochtene Entscheid der Vorinstanz auf dem Gebiet der Staatshaftung kann mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht angefochten werden, da der Streitwert mehr als Fr. 30'000.-- beträgt (Art. 10 Abs. 1 VG in Verbindung mit Art. 85 Abs. 1 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin hat ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheides (<ref-law>). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung. Diese erblickt sie darin, dass die Vorinstanz (in Erwägung 3.1) übersehen habe, dass ihr das Stockgeld herauszugeben sei.
2.2 Der Einwand ist unbegründet. Denn die Vorinstanz nimmt einzig Bezug auf die eingezogenen Vermögenswerte (Spielautomaten und Barwerte). Zu diesen zählt indessen das Stockgeld nicht, denn dieses wurde nicht eingezogen, sondern ist - unter dem Vorbehalt der Verrechnung mit der Ersatzforderung - der Berechtigten A._ AG nach Eintritt der Rechtskraft herauszugeben. Das Urteil des Obergerichts vom 21. Oktober 2005 ist insoweit in Rechtskraft erwachsen, denn dieses ist mit dem Urteil des Bundesgerichts vom 14. Dezember 2006 nur "im angefochtenen Umfang" - d.h. soweit es B._ betraf - aufgehoben worden. Gleichzeitig wurde auf die Nichtigkeitsbeschwerde der C._ GmbH bzw. von D._ als deren Gesellschafter nicht eingetreten; auf deren Rechtsmittel war das Obergericht mangels Beschwer nicht eingetreten, da es diese nicht als Eigentümer der Geräte und Vermögenswerte erachtete.
Auf Grund des fehlenden Bezugs zur Hauptsache kann auf den Eventualantrag auf Herausgabe des Stockgeldes (Anträge Ziff. 4) nicht eingetreten werden.
3. 3.1 Die Vorinstanz hat offen gelassen, ob auf das Schadenersatzbegehren der Beschwerdeführerin Art. 99 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 100 Abs. 2 VStrR oder das Bundesgesetz vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördemitglieder und Beamten (Verantwortlichkeitsgesetz, VG; SR 170.32) anwendbar sei, da der Anspruch in jedem Fall verwirkt sei.
3.2 Die Vorinstanz hat zunächst zutreffend erkannt, dass das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich betreffend die Einziehung mit der Abweisung der Nichtigkeitsbeschwerde der C._ GmbH in Rechtskraft erwachsen sei und somit gemäss Art. 12 VG nicht mehr durch ein später angehobenes Schadenersatz- oder Verantwortlichkeitsverfahren auf seine Rechtmässigkeit überprüft werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 2a).
3.3 Der Vorinstanz ist auch darin zu folgen, als sie zum Schluss gelangt ist, dass die einjährige Frist zur Geltendmachung eines Schadens (Art. 100 Abs. 2 VStrR) spätestens mit Eintritt der Rechtskraft des Einziehungsentscheids vom 21. Oktober 2005 am 29. März 2006 (Datum des Nichteintretensentscheides des Bundesgerichts gegenüber der C._ GmbH) zu laufen begonnen habe und damit im Zeitpunkt der Gesuchseinreichung im Februar 2010 ohnehin bereits verwirkt gewesen sei. Es kann auf ihre Ausführungen verwiesen werden (angefochtenes Urteil E. 3.2).
3.4 Ebenso zutreffend hat die Vorinstanz erkannt, auch die Verwirkungsfrist nach Art. 20 VG habe betreffend die eingezogenen Gegenstände und Barwerte somit spätestens am 29. März 2006 zu laufen begonnen und sei daher im Moment der Gesuchseinreichung bereits verwirkt gewesen (angefochtenes Urteil E. 3.3). Es ist hier beizufügen, dass der Geschädigte lediglich Kenntnis der wichtigen Elemente seines Schadens haben muss, die es ihm erlauben, dessen Grössenordnung zu bestimmen und sein Staatshaftungsbegehren in den wesentlichen Zügen zu begründen (vgl. Urteil 2C_640/2011 vom 1. Februar 2012 E. 2).
Die Vorinstanz verweist in diesem Zusammenhang zu Recht darauf, dass die Einziehung im Rahmen des Verwaltungsstrafverfahrens gegenüber der A._ AG als Verfügungsadressatin erfolgt und ihr mittels Publikation im Amtsblatt des Kantons Zürich eröffnet worden sei. Sie hätte folglich in eigenem Namen ein Rechtsmittel dagegen ergreifen können und müssen. Dass sie die dazu erforderliche Wiedereintragung ins Handelsregister und die Bezeichnung einer zeichnungsberechtigten Person versäumt hat, hat sie sich selber zuzuschreiben. Die Vorinstanz brauchte daher auch die Frage der Nichtigkeit der Einziehung nicht zu prüfen. Auch das noch laufende Verwaltungsstrafverfahren gegen B._ stand der rechtzeitigen Geltendmachung der in Frage stehenden Ansprüche nicht entgegen; falls dies erforderlich gewesen wäre, hätte das Verfahren der Beschwerdeführerin ohne weiteres sistiert werden können.
3.5 Auch was die nicht direkt aus der Einziehung resultierenden, von der Beschwerdeführerin vor der Vorinstanz geltend gemachten Schadensposten (namentlich "Ausfall des Geschäftserlöses", Umbaukosten, Restrukturierung, Verkaufsgeschäft Y._, Spielbetrieb X._) anbelangt, ist der Vorinstanz darin zu folgen, dass diese behaupteten Schäden bereits mit der Löschung der A._ AG im Handelsregister am 10. Juni 2003, spätestens aber mit Eintritt der Rechtskraft der Einziehung der Spielautomaten und Barbeträge am 29. März 2006 bestimmbar gewesen waren.
3.6 Die Vorinstanz durfte daher ohne Verletzung von Bundesrecht zum Schluss gelangen, die einjährige Frist sei mit Einreichung des Schadenersatzbegehrens am 20. Februar 2010 versäumt worden und allfällige Ansprüche seien demzufolge verwirkt.
4. In Bezug auf die Verfahrenskosten vor dem Finanzdepartement verweist die Beschwerdeführerin unzulässigerweise lediglich auf ihre Ausführungen vor der Vorinstanz. Was sie dazu in der vorliegenden Beschwerde ausführt, lässt die von der Vorinstanz begründete und geschützte Kostenverteilung nicht als willkürlich erscheinen.
5. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Da sich die Rechtsbegehren als von vornherein aussichtslos erwiesen, kann der Beschwerdeführerin die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung nicht gewährt werden (<ref-law>). Entsprechend dem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. April 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Küng