Fatti:
A.
A._ SA è locataria di un vasto terreno di proprietà del Comune del X._, situato in una zona AP-EP, sul quale sorge un centro commerciale. Con decisione del 25 aprile 2013 il Municipio, accertato che sul terreno annesso al centro commerciale erano depositati numerosi veicoli a motore in parte privi di targhe, posteggiati anche fuori dagli appositi stalli destinati ai clienti, ha ordinato alla società di allontanare quelli non targati, vietandole altresì di utilizzare il terreno non adibito a posteggio per parcheggiare i veicoli dei clienti del centro. Il provvedimento è stato annullato dal Consiglio di Stato il 12 giugno 2013. Contemporaneamente il Municipio aveva disdetto il contratto di locazione e richiesto lo sfratto immediato, decisioni dichiarate per finire inammissibili dalla Seconda Camera civile del Tribunale d'appello.
B.
Constatato che il terreno annesso al centro commerciale era ulteriormente utilizzato da sublocatari di A._ SA per posteggiarvi automobili non targate e che uno degli spazi interni era stato trasformato senza permesso in garage-carrozzeria, con decisione del 13 marzo 2014 il Municipio ha ordinato alla società di sospendere o far sospendere immediatamente tali attività, indicando che contro il provvedimento era dato ricorso al Consiglio di Stato nel termine di trenta giorni. La decisione è stata notificata il 17 marzo 2014 direttamente alla società, che l'ha poi trasmessa al suo legale. Questi, avutane conoscenza il 31 marzo dopo essere stato dimesso dall'ospedale dov'era stato ricoverato il 24 marzo, l'ha impugnata con ricorso del 9 aprile 2014. Il 29 aprile 2014 il Consiglio di Stato ha dichiarato irricevibile siccome tardivo il gravame, poiché, trattandosi di un provvedimento cautelare, avrebbe dovuto essere impugnato entro 15 giorni. Con giudizio del 17 marzo 2015 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso della società.
C.
Avverso questa decisione A._ SA presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede di annullare il provvedimento municipale, la decisione governativa, nonché quella della Corte cantonale: subordinatamente di rinviare l'incarto alle autorità amministrative cantonali per nuovo giudizio e di considerare tempestiva la procedura ricorsuale.
Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2. La legittimazione della ricorrente è pacifica. Essa, invocando la sospensione dei termini per le ferie pasquali (<ref-law>), disattende che la richiamata disposizione non si applica nei procedimenti concernenti l'effetto sospensivo e le altre misure provvisionali (<ref-law>; cfr. al riguardo <ref-ruling> consid. 1.2 e 1.3). Come si vedrà, sebbene contestato dalla ricorrente ma come rettamente ritenuto dai giudici cantonali, è infatti manifesto che il criticato provvedimento di sospensione costituisce una misura provvisionale, alla quale le ferie giudiziarie non si applicano (<ref-law>; sentenza 1C_283/2007 del 20 febbraio 2008 consid. 2.1, 2.3 e 2.4). In concreto tuttavia oggetto dell'impugnativa non è tanto il provvedimento cautelare litigioso, quanto la decisione con la quale la Corte cantonale ha stabilito la tardività del gravame proposto contro lo stesso.
Presentato contro una decisione dell'ultima istanza cantonale nell'ambito del diritto edilizio, non vi sono altri impedimenti per esaminare il ricorso in materia di diritto pubblico.
1.3. Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il gravame dev'essere motivato in modo sufficiente, spiegando nei motivi perché l'atto impugnato viola il diritto. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 309). Per di più, quando la ricorrente invoca, come in concreto (tutela della buona fede), la violazione di diritti costituzionali, il Tribunale federale, in applicazione dell'<ref-law>, esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 41).
1.4. Chiamato a esaminare l'applicazione di norme del diritto cantonale o comunale sotto il profilo dell'arbitrio, il Tribunale federale si scosta dalla soluzione ritenuta dall'ultima istanza cantonale solo se appaia manifestamente insostenibile, in palese contraddizione con la situazione effettiva, non sorretta da ragioni oggettive e lesiva di un diritto certo. Non basta, inoltre, che la decisione impugnata sia insostenibile nella motivazione, ma occorre che lo sia anche nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 6.1), ciò che spetta alla ricorrente dimostrare (<ref-ruling> consid. 3.2).
2.
2.1. La Corte cantonale ha ritenuto che l'ordine di cessare immediatamente l'utilizzazione non autorizzata di un edificio o di un fondo configura un provvedimento di natura cautelare, fondato sulla normativa edilizia e volto a inibire una fruizione non conforme alla destinazione permessa fintanto che non verrà semmai stabilito, nell'ambito di un procedimento di rilascio del permesso in sanatoria, se l'uso litigioso sia conforme al diritto materiale applicabile. Questa misura sarebbe paragonabile all'ordine di sospendere i lavori di costruzione dell'art. 42 della Legge edilizia cantonale del 13 marzo 1991 (LE) e, quale provvedimento cautelare, è immediatamente esecutivo, con un termine per impugnarlo di 15 giorni (art. 68 cpv. 2 della Legge sulla procedura amministrativa del 24 settembre 2013, LPAmm). La natura provvisionale del provvedimento risulterebbe dalla sua motivazione ( "adozione di urgenti provvedimenti cautelari" ), dalle invocate norme di leggi (art. 42 e 45 LE) e dal genere della prestazione richiesta ("sospensione" e non "cessazione" delle attività abusive).
Ha poi ritenuto che l'erronea indicazione del termine di ricorso da parte del Municipio (30 giorni invece di 15), di per sé non sarebbe atta ad indurre la destinataria, e ancor meno il suo legale, a ravvisarvi un provvedimento di merito, considerato che la sua natura cautelare, espressamente indicata come tale, non poteva sfuggirgli. La misura, intimata alla ricorrente il 17 marzo 2014, non contestata entro il termine di 15 giorni, ossia entro il 1° aprile 2014, è stata impugnata soltanto con ricorso del 9 aprile e quindi tardivamente.
2.2. La ricorrente censura in maniera del tutto generica queste conclusioni, limitandosi ad asserire, senza confrontarsi con i predetti argomenti, che il criticato provvedimento costituirebbe una decisione di merito, impugnata pertanto tempestivamente. Non dimostra tuttavia l'arbitrarietà, nei motivi e nel risultato, della criticata conclusione.
Ora, secondo costante giurisprudenza, quando l'ultima autorità cantonale dichiara un ricorso inammissibile per ragioni formali o conferma una siffatta decisione presa da un'istanza precedente e non procede all'esame di merito, la ricorrente deve addurre perché la stessa avrebbe accertato in modo arbitrario l'assenza dei presupposti formali e si sarebbe a torto rifiutata di procedere all'esame di merito (<ref-ruling> consid. 2b). In effetti, quando un'autorità non si pronuncia sul merito del ricorso, avverso un tale giudizio sono ammissibili soltanto le conclusioni ricorsuali tendenti all'annullamento e al rinvio della causa: sono per converso inammissibili quelle di merito, le quali presuppongono che l'autorità precedente abbia vagliato nel merito il ricorso (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 48; <ref-ruling> consid. 3 e 4).
Ne segue che le questioni di merito sulle quali si diffonde la ricorrente, in particolare quelle inerenti alla natura delle attività asseritamente lecite svolte sul fondo litigioso, ai contestati accertamenti di fatto, al principio della proporzionalità in relazione ai contratti di locazione, alle asserite questioni di diritto privato e alla procedura di sfratto, non esaminate dalle istanze cantonali, nemmeno possono essere esaminate in questa sede. L 'unica questione litigiosa è infatti quella di sapere se il gravame della ricorrente era tempestivo.
2.3. La Corte cantonale ha ricordato che secondo l'art. 46 cpv. 2 LPAmm la decisione deve menzionare il rimedio giuridico ordinario ammissibile e il termine per interporlo. Ha nondimeno osservato che, se questa istruzione è errata, l'interessato non può prevalersi del principio della buona fede, dovendo dare prova della diligenza processuale esigibile nelle circostanze concrete quando l'inesattezza gli era nota o era facilmente riconoscibile, richiamando al proposito la prassi del Tribunale federale relativa all'analogo <ref-law> e la dottrina cantonale, per la quale quando, come in concreto, l'errata indicazione poteva essere rilevata dal suo patrocinatore con la semplice consultazione dei testi di legge, senza dover esaminare la giurisprudenza e la dottrina (<ref-ruling> consid. 1.2.2.1 pag. 376; <ref-ruling> consid. 1.3.1 pag. 202 seg.; Jean-Maurice Frésard, in Commentaire de la LTF, n. 11 ad art. 49).
2.3.1. La ricorrente, richiamando il principio della buona fede e sostenendo che sarebbe notorio che un patrocinatore confidi nella correttezza delle autorità, non si confronta con detta giurisprudenza, né dimostra che la relativa conclusione dei giudici cantonali sarebbe insostenibile e quindi arbitraria. Si limita a rilevare che la decisione municipale del 13 marzo 2014 non è stata intimata direttamente al suo legale, ma ad essa medesima, che l'ha trasmessa senza particolare urgenza al patrocinatore, il quale dal 24 al 28 marzo 2014 era degente in ospedale, per cui ne ha preso conoscenza solo il 31 marzo successivo. Poiché detta degenza costituiva un motivo di restituzione dei termini, ne deduce che il ricorso, presentato entro 15 giorni dalla data di dimissione dall'ospedale, sarebbe tempestivo: al suo dire, una domanda di restituzione in intero non sarebbe quindi stata necessaria.
2.3.2. L'assunto chiaramente non regge. Al riguardo la Corte cantonale ha infatti rettamente ritenuto che secondo l'art. 15 cpv. 2 LPAmm la domanda di restituzione in intero doveva essere presentata al Consiglio di Stato entro 10 giorni dalla cessazione dell'impedimento, ciò che non è avvenuto. A torto la ricorrente sostiene che l'ospedalizzazione del patrocinatore non sarebbe stata riconosciuta per la restituzione dei termini: decisivo al riguardo è il fatto che una tale domanda non è stata presentata tempestivamente.
2.4. L'istanza precedente ha poi osservato che pure difettosa è una notifica intimata direttamente alla parte e non al suo rappresentante legale (art. 20 LPAmm; cfr. <ref-ruling> consid. 6 pag. 253). Ha tuttavia ritenuto che, nella fattispecie, la comunicazione non è irrita, poiché i procedimenti anteriori avviati dinanzi al Governo e alle autorità giudiziarie civili si erano conclusi da tempo: nulla imponeva quindi al Municipio di ritenere che il legale rappresentasse ulteriormente la ricorrente anche nell'ambito della nuova procedura da esso promossa dopo la conclusione di quelle precedenti. La ricorrente nemmeno tenta di dimostrare l'insostenibilità e quindi l'arbitrarietà di questa conclusione. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, la ricorrente è tenuta, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling> consid. 4.1.4; <ref-ruling> consid. 6.3 pag. 121).
3.
Il ricorso, in quanto ammissibile, dev'essere pertanto respinto. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3.
Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Municipio di X._, al Dipartimento del territorio, Servizi generali, Ufficio delle domande di costruzioni, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.