Sachverhalt:
A. Das Strafgericht des Kantons Basel-Stadt sprach mit Urteil vom 10. Februar 2006 X._, Y._ sowie Z._ des gewerbsmässigen Betrugs und der mehrfachen Urkundenfälschung schuldig und verurteilte sie zu Zuchthausstrafen von 3 ? (X._), 3 ? (Y._) und 2 ? Jahren (Z._). In einigen Anklagepunkten sprach das Strafgericht die Angeklagten vom Vorwurf des Betrugs sowie von der Anklage der Geldwäscherei, ferner X._ in einem Fall vom Vorwurf der Urkundenfälschung frei. Im Anklagepunkt der mehrfachen Geldwäscherei, begangen vor dem 10. Februar 1999, stellte es das Verfahren wegen Eintritts der Verfolgungsverjährung ein. Die Zivilforderungen der A._Bank, der B._Bank sowie der C._Bank verwies es auf den Zivilweg.
B. X._, Y._ und Z._ appellierten gegen dieses Urteil beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt. Dieses stellte in Nebenpunkten der Anklage den Verjährungseintritt fest und sprach Z._ in einem weiteren Nebenpunkt vom Betrugsvorwurf frei. Ansonsten bestätigte das Appellationsgericht die vorinstanzlichen Schuldsprüche. Es bestrafte X._ mit einer Freiheitsstrafe von 3 ? Jahren, Y._ mit einer Freiheitsstrafe von 2 Jahren und 10 Monaten, wovon 2 Jahre unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs, bei einer Probezeit von 2 Jahren, sowie Z._ mit einer Freiheitsstrafe von 2 Jahren und 3 Monaten, wovon 1 ? Jahre unter Gewährung des bedingten Strafvollzugs, bei einer Probezeit von 2 Jahren.
C. Y._ erhebt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Er beantragt, das vorinstanzliche Urteil sei aufzuheben, und er sei vom Vorwurf des mehrfachen Betrugs und der mehrfachen Urkundenfälschung kostenlos freizusprechen. Ferner sei zum Urteilszeitpunkt die Frage der etwaig neu eingetretenen Verjährung einzelner Fälle zu prüfen und zu berücksichtigen.
Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen und diese anzuweisen, Sachverständigengutachten zur Frage der Sorgfaltsstandards bei der Vergabe von Immobiliarkrediten sowie zur Frage des korrekten und sorgfältigen Vorgehens bei der Bewertung einer Immobilie einzuholen.
D. Die von X._ und Z._ beim Bundesgericht eingereichte Beschwerde in Strafsachen bildet Gegenstand des Verfahrens 6B_18/2010.
E. Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus:
X._ war in den Achtziger- und Neunzigerjahren als Liegenschaftenhändler auf dem Platz Basel tätig und 1989 als Immobilienspekulant in die Presseschlagzeilen geraten. Nach Einbruch des Immobilienmarktes in der Schweiz zu Beginn der Neunzigerjahre und einer starken Zurückhaltung der Banken bei der Kreditvergabe konnte er seine bei diversen Liegenschaften angewandte Strategie sogenannter "Überfinanzierungen" nicht mehr weiterführen. Hierbei beantragte er bei der jeweiligen Bank Kredite, welche die zu bezahlenden Immobilienkaufpreise deutlich überstiegen. Um solche Geschäfte künftig besser getarnt abwickeln zu können, setzte er einen Strohmann ein. Später tat er sich mit dem Beschwerdeführer zusammen. Die beiden verfolgten das Konzept, schlecht bewirtschaftete Mehrfamilienhäuser möglichst günstig zu erwerben, zu sanieren und mit Gewinn weiterzuverkaufen. Die Kosten für die angestrebte Wertvermehrung sollten jeweils mit einem Überschusskredit abgedeckt werden, der bei der Finanzierung des Liegenschaftenerwerbs zu Lasten des Kreditgebers erhältlich zu machen war.
Der Beschwerdeführer und X._ gingen hierbei arbeitsteilig vor. Der Beschwerdeführer suchte die passenden Immobilien aus, verhandelte mit den Verkäufern, fertigte Mieterspiegel mit unzutreffenden Angaben über die jeweils aktuellen Mietzins-Einnahmen an und sorgte für die Erstellung von Verkehrswertschatzungen, die sich auf zu hohe Verkehrswerte der Liegenschaften bezogen. X._ kümmerte sich um die Herstellung der benötigten Unterlagen (Kopien von Kaufverträgen und Kaufvertragsentwürfen), die er auf die Mieterspiegel und Verkehrswertschatzungen abstimmte. Weiter wickelte er den Zahlungsverkehr sowie die Bewirtschaftung der erworbenen Immobilien ab.
Spätestens ab Herbst 1996 beteiligte sich auch Z._ partnerschaftlich am System der Mittelbeschaffung durch Überfinanzierung von Liegenschaften. Er war seit Jahren im Immobiliensektor tätig und verfügte als ehemaliger Bankmitarbeiter in Kaderposition über Kontakte zu den Banken. Mit zunehmender Dauer der Zusammenarbeit wuchs der Einfluss von Z._ in der Dreiergruppe X._/ Z._/Beschwerdeführer stetig. Die erworbenen Liegenschaften wurden von einer durch den Beschwerdeführer geführten Immobilien-Verwaltungsgesellschaft verwaltet. Die Überschüsse aus den Finanzierungen und den Mietzinseinnahmen flossen in den gemeinsamen Topf der Gruppe und wurden nach Gutdünken auf Konten von Drittfirmen und Stiftungen im In- und Ausland verschoben.
Die Schuldzinsen konnten mit steigender Anzahl überhöhter Finanzierungen immer weniger bezahlt werden. Die Banken kündigten in der Folge die Hypothekarverträge wegen nicht bezahlter Zinsen und verlangten im Frühjahr bzw. Herbst 1999 die Rückzahlung der Kredite. Als die Überfinanzierungen der zahlreichen Liegenschaften aufflogen, erstatteten die Banken Strafanzeige.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer erhebt die Verjährungseinrede. Da ein Fall vorliege, der nach altem Verjährungsrecht zu beurteilen sei, laufe die Verjährung mangels rechtskräftigen Entscheids bis zum Urteil des Bundesgerichts weiter. Etwaigen zwischenzeitlich absolut verjährten Straftaten sei deshalb von Amtes wegen keine weitere Folge zu geben (Beschwerde, S. 34).
2.2 Anders als unter dem geltenden Verjährungsrecht, wonach nach ergangenem erstinstanzlichen Urteil die Verjährung nicht mehr eintreten kann (<ref-law>), endete die Verfolgungsverjährung unter dem bis zum 30. September 2002 geltenden Recht gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung mit der Ausfällung des in Rechtskraft erwachsenen letztinstanzlichen kantonalen Entscheids, durch den die Beschuldigten verurteilt werden (<ref-ruling> E. 9.3.1 und 129 IV 305 E. 6.2.1). Das Inkrafttreten des Bundesgesetzes über das Bundesgericht (BGG) am 1. Januar 2007 hat entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht zu einer verbesserten Rechtsstellung der beschuldigten Person in Form einer Änderung des bis zum 30. September 2002 geltenden Verjährungsrechts in dem Sinne geführt, dass die absolute Verjährung nunmehr erst mit Erlass des bundesgerichtlichen Urteils eintreten würde. Die Kognition des Bundesgerichts ist auch im Verfahren der Beschwerde in Strafsachen vielmehr auf eine blosse Rechtskontrolle beschränkt. Das Bundesgericht überprüft mithin, ob die Vorinstanz das zum Zeitpunkt ihres Entscheids geltende Bundesrecht richtig angewendet hat. Die Rechtsprechung zum Lauf der altrechtlichen Verfolgungsverjährung im Verfahren der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde hat für das Verfahren der Beschwerde in Strafsachen weiterhin Bestand, auch wenn dieses Rechtsmittel nicht mehr einzig kassatorischer Natur ist (Urteil 6B_94/2010 vom 23. April 2010 E. 2.5 mit Hinweisen auf die diesbezügliche bundesgerichtliche Rechtsprechung). Die Verfolgungsverjährung unter dem bis zum 30. September 2002 geltenden Recht endete daher mit der Ausfällung des Entscheids der Vorinstanz.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, dass er zu Beginn der gegen ihn geführten Untersuchung, d.h. vom 14. Juni 2000 bis zum 19. Oktober 2001, ohne Verteidiger gewesen sei. Die <ref-law> und <ref-law> betreffend richterlicher Fürsorge- und Aufklärungspflicht verpflichteten die mit der Strafverfolgung betrauten Behörden, für die Voraussetzungen eines fairen Strafverfahrens zu sorgen. Er sei mit sehr komplexen und gewichtigen Vorhalten konfrontiert worden und habe von X._ stets die Information erhalten, dass ihr Vorgehen strafrechtlich nicht relevant sei. Die Mitangeschuldigten seien allesamt anwaltlich vertreten gewesen. Wenn die Strafverfolgungsbehörden ihrer Fürsorgepflicht nachgekommen wären, hätten sie ihm einen Verteidiger beigegeben. Die Beweismassnahmen seien daher für den erwähnten Zeitraum unverwertbar. Durch ihr Vorgehen habe die Vorinstanz die <ref-law> und <ref-law> verletzt (Beschwerde, S. 19 f.).
3.2 Die Vorinstanz erwägt, dass nach kantonalem Prozessrecht keine Notwendigkeit bestanden habe, dem Beschwerdeführer für die Zeit vor dem 19. Oktober 2001 einen Verteidiger beizugeben. Eine notwendige Verteidigung käme nach <ref-law>/BS unter dem Gesichtspunkt der schwierigen Sach- oder Rechtslage in Betracht. Die erste Instanz habe hierzu mit zutreffender Begründung festgehalten, dass der Beschwerdeführer sowie X._ und Z._ bei den Einvernahmen stets durch Sachkenntnis, Informiertheit und Schlagfertigkeit imponiert hätten. Betreffend Schwere des Tatvorwurfs, die nach <ref-law> ebenfalls die Notwendigkeit eines Verteidigers rechtfertigen würde, habe diese zu Beginn der Ermittlungen, um welchen Zeitraum es hier gehe, noch keinesfalls festgestanden, zumal eine Freiheitsstrafe von mehr als zwei Jahren nicht zu erwarten gewesen sei (angefochtenes Urteil, S. 17 ff.).
Auch gestützt auf höherrangiges Recht sowie die bundesgerichtliche Rechtsprechung sei für den vorliegenden Fall kein Anspruch auf eine notwendige Verteidigung abzuleiten, weshalb durch die Befragungen im Ermittlungsverfahren ohne anwaltliche Verteidigung der Anspruch des Beschwerdeführers auf ein faires Verfahren nicht verletzt worden sei (angefochtenes Urteil, S. 20).
3.3 Die Argumentation des Beschwerdeführers, ihm hätte durch die Vorinstanz ein Verteidiger beigeordnet werden müssen, geht fehl. Das Bundesgericht hat mit ausführlicher Begründung dargelegt, dass weder aus der Bundesverfassung noch der EMRK ein Anspruch auf obligatorische Verbeiständung abgeleitet werden kann (<ref-ruling> E. 3.1. und E. 3.2 mit zahlreichen Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung). Ein allfälliger Anspruch auf notwendige Verteidigung ergibt sich daher einzig gestützt auf kantonales Recht (Urteil des Bundesgerichts 6B_578/2009 vom 28. September 2009 E. 1.2). Nach <ref-law> kann mit Beschwerde an das Bundesgericht die Anwendung kantonalen Rechts grundsätzlich nicht überprüft werden. Soweit nicht die Verletzung kantonaler verfassungsmässiger Rechte, politischer Rechte oder interkantonalen Rechts gerügt wird, kann die Verletzung kantonalen Rechts nur geltend gemacht werden, wenn darin gleichzeitig eine unrichtige Anwendung von Bundesrecht liegt.
3.4 Im Gegensatz zur notwendigen Verteidigung leitete sich der Anspruch auf Aufklärung über die Rechte und Pflichten des Beschuldigten gemäss Rechtsprechung des Bundesgerichts aus Art. 4 aBV und Art. 6 Ziff. 1 EMRK (Anspruch auf ein faires Verfahren) ab. Eine entsprechende richterliche Fürsorge- und Aufklärungspflicht ergibt sich aus Art. 31 und 32 BV. Für den Richter besteht hierbei die Pflicht, rechtsungewohnte, nicht anwaltlich vertretene Verfahrensbeteiligte über ihre prozessualen Rechte im Allgemeinen aufzuklären und sie insbesondere frühzeitig auf ihr Recht hinzuweisen, jederzeit einen Verteidiger beiziehen zu können. In allgemeiner Weise garantiert <ref-law> einen Anspruch auf ein faires Strafverfahren und verpflichtet die Behörde zu entsprechendem Verhalten. Gemäss <ref-law> muss die angeklagte Person insbesondere die Möglichkeit haben, die ihr zustehenden Verteidigungsrechte tatsächlich, d.h. konkret und wirksam, wahrzunehmen. Nach <ref-law> sind Beschuldigte im Falle von Freiheitsentzug in wirksamer Weise über ihre Rechte zu unterrichten. Diese müssen die Möglichkeit haben, ihre Rechte effektiv geltend zu machen. In diesem Sinne haben die mit der Strafverfolgung betrauten Behörden aufgrund ihrer Fürsorge- und Aufklärungspflicht nach Art. 32 Abs. 2 und <ref-law> für die Voraussetzungen eines fairen Strafverfahrens zu sorgen und allenfalls auch ohne entsprechendes Zutun des Betroffenen für eine hinreichende Rechtsvertretung zu sorgen (<ref-ruling> E. 4.1 und 4.2 mit zahlreichen Hinweisen).
3.5 Wie die Vorinstanz mit Bezug auf die erstinstanzlichen Ausführungen darlegt, wurde der Beschwerdeführer über seine Rechte, insbesondere über seinen Anspruch auf Beizug eines Verteidigers orientiert, was er nicht bestreitet. Den Behörden kann daher bei gesamthafter Würdigung der Umstände kein Verstoss gegen die Aufklärungs- und Fürsorgepflichten im Sinne von Art. 32 Abs. 2 und <ref-law> sowie von Art. 6 Ziff. 1 EMRK vorgeworfen werden. Es gibt keine Anzeichen dafür, dass der Beschwerdeführer die entsprechenden Hinweise nicht verstanden hätte. Damit kann davon ausgegangen werden, dass er zum damaligen Zeitpunkt auf die Bestellung eines Rechtsvertreters verzichtet hat.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer erblickt im vorinstanzlichen Urteil einen Verstoss gegen die Unschuldsvermutung gemäss <ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK. Die Vorinstanz sei in verschiedenen Punkten von Sachverhalten ausgegangen, bei denen bei objektiver Würdigung der gesamten Umstände erhebliche, nicht zu unterdrückende Zweifel an deren rechtsgenüglichen Nachweis bestanden hätten. Das Urteil sei diesbezüglich zu korrigieren, weshalb hier Freisprüche erfolgen müssten (Beschwerde, S. 30 f.).
4.2 Der Beschwerdeführer beschränkt sich auf eine appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid. Dies betrifft die Vorbringen betreffend fehlender Besichtigung der in Basel an der D._Strasse und der E._Strasse gelegenen Liegenschaften. In letzterem Fall etwa führt der Beschwerdeführer aus, der Mietertrag sei mit Fr. 795'000.-- beziffert worden, habe aber in Wirklichkeit bloss Fr. 625'000.-- betragen. Der Beschwerdeführer stellt hierzu lediglich die Gegenbehauptung zur vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung, wonach die Erkennbarkeit der Abweichung zu verneinen sei, auf, dass der zu hoch angegebene Mietertrag von einem Fachmann bei einer Begehung ohne weiteres erkennbar gewesen wäre (Beschwerde, S. 32).
Als appellatorisch zu werten ist auch die Kritik betreffend zu geringer Eigenmitteleinzahlung bei der Liegenschaft an der F._Strasse, der G._Strasse wegen fehlenden Mieterspiegels, der H._Strasse wegen fehlender Tatbeteiligung sowie der I._Strasse wegen fehlender kausaler Täuschung (Beschwerde, S. 31 ff.).
Diese Vorbringen können die von der Vorinstanz vorgenommene Sachverhaltsfeststellung im Sinne von <ref-law> nicht in Frage stellen. Inwiefern diese offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Entsprechend ist hierin auch keine Verletzung der Unschuldsvermutung zu erkennen.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs sowie die Verletzung des Anspruchs auf ein faires Verfahren (Art. 29 Abs. 2 und <ref-law> sowie Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK) geltend. Die Vorinstanz habe zu Unrecht auf die Einholung von zwei Sachverständigengutachten zur Frage der Sorgfaltsstandards bei der Vergabe von Immobiliarkrediten sowie zur Frage des korrekten und sorgfältigen Vorgehens bei der Bewertung einer Immobilie verzichtet.
Relevant sei die Frage, ob die kreditgewährenden Finanzinstitute bei gebührender Aufmerksamkeit den angeblichen Irrtum bezüglich der gewährten Sicherheiten hätten vermeiden können. Daher sei zuerst abzuklären, welche Sorgfaltsmassstäbe und Vorkehren im Bankwesen bei der Vergabe von Krediten gegolten hätten. Die objektiv geltenden Sorgfaltsstandards bei der Vergabe von Immobilienkrediten seien nie ermittelt worden (Beschwerde, S. 10 ff.).
Er akzeptiere, dass er unrichtig gehandelt und möglicherweise gegen zivilrechtliche Normen verstossen habe, nicht jedoch gegen Normen des Strafrechts. Die Voraussetzungen einer antizipierten Beweiswürdigung seien jedoch bezüglich der anbegehrten Gutachten nicht gegeben (Beschwerde, S. 13 f. und S. 18).
5.2 Die Vorinstanz erwägt, das Einholen von Gutachten erweise sich nicht als erforderlich, würden damit doch keine neuen Erkenntnisse zu Tage gefördert, die eine andere rechtliche Beurteilung nach sich ziehen würden. Entscheidend sei nicht die theoretische Verhinderung eines Irrtums bei der Kreditvergabe, sondern ob die Banken bzw. deren Organe die fundamentalsten Sorgfaltsmassnahmen in geradezu leichtfertiger Weise unterlassen hätten. Dies zu beurteilen sei auch ohne zusätzliches Gutachten zur Frage der Sorgfaltsstandards bei der Vergabe von Immobiliarkrediten möglich. Gleiches gelte bei der Bewertung einer Immobilie. Für den Nachweis eines leichtfertigen Vorgehens, das Voraussetzung für die Verneinung von Arglist sei, erscheine ein diesbezügliches Gutachten nicht als notwendig, zumal es sich hierbei um eine Rechts- und nicht um eine Tatfrage handle.
5.3 Für die Bejahung oder Verneinung der Opfermitverantwortung sind allgemeine Sorgfaltsmassstäbe und Vorkehren bei der Kreditvergabe nicht entscheidend. Wie in den Erwägungen zur Opfermitverantwortung ausgeführt wird (vgl. unten E. 7.5), ist nur (aber immerhin) zu prüfen, ob das Opfer die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet und sich entsprechend leichtfertig verhalten hat. Diese Frage hat die Vorinstanz im Einklang mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung verneint. Sie war daher im Sinne einer antizipierten Beweiswürdigung nicht gehalten, die vom Beschwerdeführer anbegehrten Gutachten einzuholen. Verletzungen des rechtlichen Gehörs sowie des Anspruchs auf ein faires Verfahren sind somit nicht gegeben.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer macht einen Verbotsirrtum geltend. Die Vorinstanz habe <ref-law> unrichtig angewandt. Dem hier zu beurteilenden Fall liege im Wesentlichen der gleiche Sachverhalt zugrunde wie dem 1993 eingestellten Verfahren wegen angeblich überhöhter Hypothekarkredite gegen X._ und vier weitere Angeschuldigte. Der Beschwerdeführer vermutet, dass die Banken im eingestellten Verfahren auf den Beizug eines eigenen Schatzungsberichts genauso verzichtet hätten wie im jetzigen Verfahren. Der einzige Unterschied liege darin, dass die Angaben vor Auszahlung der Kredite nicht nur mündlich, sondern auch schriftlich gemacht worden seien. Er habe aufgrund des Einstellungsbeschlusses aus dem Jahre 1993 gemeint, sein Verhalten sei strafrechtlich nicht relevant, obwohl ihm stets klar gewesen sei, dass er mit den geschönten Mieterspiegeln geschummelt habe. Wäre das Verfahren 1993 nicht eingestellt worden, wäre es nicht zu den inkriminierten Geschäften gekommen. Es sei nie seine Absicht gewesen, eine Bank zu schädigen. Ziel sei es gewesen, die Liegenschaften zu bewirtschaften und mit Gewinn zu verkaufen. Er betrachte sein Verhalten heute als grossen Fehler (Beschwerde, S. 28 ff.).
6.2 Ein früherer Freispruch durch den zuständigen Richter bei gleichem Sachverhalt ist gemäss Vorinstanz ausreichend, um einen Rechtsirrtum zu bejahen. Gleich zu behandeln sei ein Einstellungsbeschluss, was jedoch vorliegend offenbleiben könne, da sich die Sachverhalte der beiden Verfahren grundlegend unterscheiden würden. Im früheren Verfahren von 1993 hätten die Beschuldigten zur Täuschung einzig Kaufvertragskopien verwendet, während vorliegend die Täuschung wesentlich weiter gegangen sei, indem gefälschte Mieterspiegel und darauf aufbauende Schatzungen eingereicht sowie unrichtige Angaben zu den Nettowohnflächen gemacht worden seien. Zudem sei im Einstellungsbeschluss von einer "im damaligen Zeitpunkt gehandhabten Praxis der Hypothekengewährung" ausgegangen worden, die sich gegenüber derjenigen im vorliegenden Verfahren - etwa in Bezug auf die Handhabung vorgelegter Kaufvertragskopien - unterscheide (angefochtenes Urteil, S. 72 f.).
Für den Ausschluss eines Rechtsirrtums genüge schon das unbestimmte Empfinden, wonach das Verhalten gegen das verstösst, was rechtens ist. Der Beschwerdeführer habe eingeräumt, "geschummelt" zu haben, weshalb nicht nur ein bloss unbestimmtes, sondern ein konkretes Unrechtsempfinden vorliege (angefochtenes Urteil, S. 72 und 74).
6.3 Wer bei der Begehung der Tat nicht weiss und nicht wissen kann, dass er sich rechtswidrig verhält, handelt nicht schuldhaft. War der Irrtum vermeidbar, so mildert das Gericht die Strafe (<ref-law>). Im Falle des Rechtsirrtums handelt der Täter in Kenntnis aller Tatumstände, d.h. vorsätzlich, er hält aber sein Tun versehentlich für erlaubt. Der Irrtum bezieht sich auf die Rechtswidrigkeit der konkreten Tat (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen). Für das Bewusstsein um die Rechtswidrigkeit genügt es, wenn der Täter den Tatbestand so versteht, wie es der landläufigen Anschauung eines Laien entspricht (sog. Parallelwertung in der Laiensphäre; vgl. <ref-ruling> E. 3.2.2 mit Hinweisen). Was der Täter weiss, will und in Kauf nimmt, betrifft sogenannte innere Tatsachen und ist damit Tatfrage (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 3.1; je mit Hinweisen). Keine Tat-, sondern Rechtsfrage ist hingegen, ob die kantonale Instanz auf der Grundlage der verbindlich festgestellten subjektiven Vorstellungen des Täters zu Recht einen Rechtsirrtum bejaht oder verneint.
6.4 Der Beschwerdeführer räumt in seiner Beschwerde, wie schon im vorinstanzlichen Verfahren, ein, dass ihm klar gewesen sei, mit den geschönten Mieterspiegeln "geschummelt" zu haben. Die Vorinstanz schloss hieraus, dass ein konkretes Unrechtsempfinden vorgelegen habe, was nicht zu beanstanden ist. Was der Beschwerdeführer hinsichtlich seiner subjektiven Vorstellungen vorbringt, kann die Feststellungen der Vorinstanz nicht dergestalt in Frage stellen, dass sie als willkürlich erscheinen würden, weshalb sie für das Bundesgericht verbindlich sind (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Gleiches gilt für die vorinstanzlichen Ausführungen betreffend fehlender Identität der Sachverhalte der beiden in Frage stehenden Verfahren.
Die Vorinstanz verneint zu Recht einen Rechtsirrtum im Sinne von <ref-law> beim Beschwerdeführer. Dieser hat, wie erwähnt, gewusst und auch wissen können, dass er sich rechtswidrig verhält. Da kein diesbezüglicher Irrtum vorliegt, ist nicht zu prüfen, ob ein solcher vermeidbar gewesen wäre. Das angefochtene Urteil verletzt kein Bundesrecht.
7. 7.1 Der Beschwerdeführer rügt eine unrichtige Anwendung von <ref-law> (Betrug) bezüglich Bejahung des Tatbestandsmerkmals der Arglist. Einerseits seien vielfach keine gefälschten Urkunden verwendet worden, sondern einzig geschönte Liegenschaftsbewertungen mit unwahren Angaben zum Mietertrag im Sinne von Parteigutachten. Andererseits hätten sich die Banken einzig auf die eingereichten Unterlagen verlassen und sich in keiner Art und Weise darum bemüht, die angebotene Sicherheit (in Form von Liegenschaften) selber zu bewerten. Den Parteigutachten hätten die Banken keine unabhängige Bewertung gegenübergestellt. Diese hätten daher leichtfertig gehandelt. Zwar müsse man nicht von Vornherein mit der Unrichtigkeit der eingereichten Unterlagen rechnen, trotzdem sei man gehalten, deren Inhalt sorgfältig zu prüfen, zumal bei Liegenschaftsschatzungen ein grosser Interpretationsspielraum bestehe und die eingereichten Schatzungen im Vergleich mit professionellen Schatzungsberichten dilettantisch erscheinen würden (Beschwerde, S. 21 f.). Die Mitverantwortung der Banken müsste deshalb zwangsläufig zur Verneinung der Arglist und zu einem Freispruch führen. Der Beschwerdeführer verdeutlicht und konkretisiert seine Argumentation bei einigen näher ausgeführten Fällen, in denen die involvierten Finanzinstitute nicht die grundlegenden Sorgfaltsregeln eingehalten hätten (Beschwerde, S. 23 ff.).
7.2 Die Vorinstanz führt aus, dass der Beschwerdeführer zusammen mit X._ und Z._ zur Erhältlichmachung der Hypothekarkredite gefälschte Urkunden verwendet habe. Schon deshalb liege Arglist im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung vor. Es werde nicht behauptet und sei auch nicht ersichtlich, dass sich für die Banken ernsthafte Anhaltspunkte für die Unechtheit der ihnen vorgelegten Urkunden ergeben hätten. Unerheblich sei, dass eine Überprüfung der vorgelegten Unterlagen durch die Finanzinstitute möglich und zumutbar gewesen wäre. Eine Bank dürfe von der Echtheit der ihr vorgelegten Urkunden ausgehen. Die Unterlagen seien zudem so raffiniert aufeinander abgestimmt gewesen, dass die gefälschten Mieterspiegel sowie die manipulierten Kaufvertragskopien den Kaufpreis als plausibel hätten erscheinen lassen. Sie hätten zudem die Notare in einigen Fällen angewiesen, keine Kaufvertragskopien herauszugeben, und hätten dafür gesorgt, dass die jeweiligen Notariatsklientengeldkonti, auf welche die Darlehen zu überweisen waren, nicht bei der darlehensgebenden Bank geführt worden seien. Es sei im Übrigen offensichtlich, dass die drei Angeschuldigten an die Selbstverantwortung von Betrugsopfern überhöhte Anforderungen stellten. Weder sei eine Besichtigung der Liegenschaften vor der Kreditvergabe ein Garant, die vorgegebenen Täuschungen zu durchschauen. Ebensowenig wäre es praktikabel und zumutbar, die einzelnen Mieter nach den bezahlten Mietzinsen zu befragen sowie sich zum Grundbuchamt zu begeben, um sich die Pläne der fraglichen Liegenschaft zur Einsichtnahme und Prüfung vorlegen zu lassen (angefochtenes Urteil, S. 30 f.).
7.2 Die Vorinstanz führt aus, dass der Beschwerdeführer zusammen mit X._ und Z._ zur Erhältlichmachung der Hypothekarkredite gefälschte Urkunden verwendet habe. Schon deshalb liege Arglist im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung vor. Es werde nicht behauptet und sei auch nicht ersichtlich, dass sich für die Banken ernsthafte Anhaltspunkte für die Unechtheit der ihnen vorgelegten Urkunden ergeben hätten. Unerheblich sei, dass eine Überprüfung der vorgelegten Unterlagen durch die Finanzinstitute möglich und zumutbar gewesen wäre. Eine Bank dürfe von der Echtheit der ihr vorgelegten Urkunden ausgehen. Die Unterlagen seien zudem so raffiniert aufeinander abgestimmt gewesen, dass die gefälschten Mieterspiegel sowie die manipulierten Kaufvertragskopien den Kaufpreis als plausibel hätten erscheinen lassen. Sie hätten zudem die Notare in einigen Fällen angewiesen, keine Kaufvertragskopien herauszugeben, und hätten dafür gesorgt, dass die jeweiligen Notariatsklientengeldkonti, auf welche die Darlehen zu überweisen waren, nicht bei der darlehensgebenden Bank geführt worden seien. Es sei im Übrigen offensichtlich, dass die drei Angeschuldigten an die Selbstverantwortung von Betrugsopfern überhöhte Anforderungen stellten. Weder sei eine Besichtigung der Liegenschaften vor der Kreditvergabe ein Garant, die vorgegebenen Täuschungen zu durchschauen. Ebensowenig wäre es praktikabel und zumutbar, die einzelnen Mieter nach den bezahlten Mietzinsen zu befragen sowie sich zum Grundbuchamt zu begeben, um sich die Pläne der fraglichen Liegenschaft zur Einsichtnahme und Prüfung vorlegen zu lassen (angefochtenes Urteil, S. 30 f.).
7.3 7.3.1 Gemäss <ref-law> macht sich des Betrugs u.a. schuldig, wer in der Absicht, sich oder einen andern unrechtmässig zu bereichern, jemanden durch Vorspiegelung oder Unterdrückung von Tatsachen arglistig irreführt und so den Irrenden zu einem Verhalten bestimmt, wodurch dieser sich selbst oder einen andern am Vermögen schädigt.
7.3.2 Der Tatbestand des Betruges fusst auf dem Gedanken, dass nicht jegliches täuschende Verhalten im Geschäftsverkehr strafrechtliche Folgen nach sich ziehen soll. Dem Tatbestandsmerkmal der Arglist kommt mithin die Funktion zu, legitimes Gewinnstreben durch Ausnutzung von Informationsvorsprüngen von der strafrechtlich relevanten verbotenen Täuschung abzugrenzen und den Betrugstatbestand insoweit einzuschränken (<ref-ruling> E. 5.2 mit Hinweisen). Betrügerisches Verhalten ist strafrechtlich erst relevant, wenn der Täter mit einer gewissen Raffinesse oder Durchtriebenheit täuscht. Arglist wird aber auch schon bei einfachen falschen Angaben bejaht, wenn deren Überprüfung nicht oder nur mit besonderer Mühe möglich oder nicht zumutbar ist, und wenn der Täter das Opfer von der möglichen Überprüfung abhält oder nach den Umständen voraussieht, dass dieses die Überprüfung der Angaben auf Grund eines besonderen Vertrauensverhältnisses unterlassen werde.
7.3.3 Einerseits muss sich somit aus der Art und Intensität der angewendeten Täuschungsmittel eine erhöhte Gefährlichkeit ergeben (betrügerische Machenschaften, Lügengebäude). Andererseits erfolgt die Eingrenzung des Betrugstatbestands über die Berücksichtigung der Eigenverantwortlichkeit des Opfers. Danach ist zu prüfen, ob das Opfer den Irrtum bei Inanspruchnahme der ihm zur Verfügung stehenden Selbstschutzmöglichkeiten hätte vermeiden können. Wer sich mithin mit einem Mindestmass an Aufmerksamkeit selbst hätte schützen beziehungsweise den Irrtum durch ein Minimum zumutbarer Vorsicht hätte vermeiden können, wird strafrechtlich nicht geschützt. Dabei ist die jeweilige Lage und Schutzbedürftigkeit des Betroffenen im Einzelfall entscheidend und nicht aufgrund einer rein objektiven Betrachtungsweise darauf abzustellen, wie ein durchschnittlich vorsichtiger und erfahrener Dritter auf die Täuschung reagiert hätte. Das Mass der vom Opfer erwarteten Aufmerksamkeit richtet sich daher nach einem individuellen Massstab. Besondere Fachkenntnis und Geschäftserfahrung des Opfers sind in Rechnung zu stellen, wie sie etwa im Rahmen von Kreditvergaben den Banken beigemessen wird (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 mit Hinweis).
7.3.4 Auch unter dem Gesichtspunkt der Opfermitverantwortung erfordert die Erfüllung des Tatbestands indes nicht, dass das Täuschungsopfer die grösstmögliche Sorgfalt walten lässt und alle erdenklichen Vorkehren trifft. Arglist scheidet lediglich aus, wenn es die grundlegendsten Vorsichtsmassnahmen nicht beachtet. Entsprechend entfällt der strafrechtliche Schutz nicht bei jeder Fahrlässigkeit des Opfers, sondern nur bei Leichtfertigkeit (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 5.2 mit zahlreichen Hinweisen).
7.4 Im zu beurteilenden Fall verneint der Beschwerdeführer die durchgehende Urkundenqualität der eingereichten Unterlagen, da vielfach nur "geschönte Liegenschaftsbewertungen" Verwendung gefunden hätten. Er legt mit Ausnahme eines Vergleichs zum Einstellungsbeschluss wegen angeblich überhöhter Hypothekarkredite aus dem Jahre 1993, der X._ und vier weitere Angeschuldigte betraf (vgl. Beschwerde, S. 27), nicht weiter dar, inwiefern diesen Dokumenten die Urkundenqualität abgehen sollte, was auch nicht ersichtlich ist. Die Vorinstanz geht daher zu Recht von gefälschten Urkunden aus, die zur Erhältlichmachung der Hypothekarkredite verwendet worden seien. Sie verneint zudem ernsthafte Anhaltspunkte für die Unechtheit der vorgelegten Urkunden, was der Beschwerdeführer denn auch nicht rügt.
Ein solches Verhalten ist als besondere Machenschaft im Sinne der Rechtsprechung und daher als arglistige Täuschung zu qualifizieren. Das Kriterium der Überprüfbarkeit ist zwar auch bei Lügengebäuden und besonderen Machenschaften von Bedeutung. Dennoch ist das Merkmal der Arglist grundsätzlich (und auch vorliegend) erfüllt, wenn der Täter seine falschen Angaben mit gefälschten Urkunden im Sinne von <ref-law> stützt, da im geschäftlichen Verkehr, wie die Vorinstanz zu Recht ausführt, grundsätzlich auf die Echtheit von Urkunden vertraut werden darf (Urteil des Bundesgerichts 6S.74/2006 vom 3. Juli 2006 E. 2.4.2 mit Hinweis). Daher ist es unerheblich, ob eine Überprüfung der vorgelegten Unterlagen durch die Finanzinstitute möglich und zumutbar gewesen wäre.
Ein solches Verhalten ist als besondere Machenschaft im Sinne der Rechtsprechung und daher als arglistige Täuschung zu qualifizieren. Das Kriterium der Überprüfbarkeit ist zwar auch bei Lügengebäuden und besonderen Machenschaften von Bedeutung. Dennoch ist das Merkmal der Arglist grundsätzlich (und auch vorliegend) erfüllt, wenn der Täter seine falschen Angaben mit gefälschten Urkunden im Sinne von <ref-law> stützt, da im geschäftlichen Verkehr, wie die Vorinstanz zu Recht ausführt, grundsätzlich auf die Echtheit von Urkunden vertraut werden darf (Urteil des Bundesgerichts 6S.74/2006 vom 3. Juli 2006 E. 2.4.2 mit Hinweis). Daher ist es unerheblich, ob eine Überprüfung der vorgelegten Unterlagen durch die Finanzinstitute möglich und zumutbar gewesen wäre.
7.5 7.5.1 Zu prüfen ist im Weiteren, ob die von der Vorinstanz bejahte Arglist gestützt auf die vom Beschwerdeführer ausführlich geltend gemachte Opfermitverantwortung der Banken entfällt. Nach der angeführten Rechtsprechung des Bundesgerichts dürfen besondere Fachkenntnisse und Geschäftserfahrung des Opfers berücksichtigt werden. Auch bei Banken ist jedoch nicht ein derart hoher Massstab anzulegen, dass diese alle erdenklichen Vorsichtsmassnahmen zu treffen haben. Damit Arglist des Betrügers zu verneinen ist, bedarf es auch bei Banken einer geradezu leichtfertigen Verhaltensweise, wie etwa die Akzeptanz einer offensichtlich abgeänderten Urkunde (z.B. eine handschriftliche Abänderung von Zahlen einer in Maschinenschrift gehaltenen Urkunde). Einen höheren Sorgfaltsmassstab der Banken zu verlangen, hätte die kaum wünschbare Folge, dass es für potentielle Betrüger aufgrund der erhöhten Chancen eines Freispruchs infolge Selbstverschuldens der Bank interessanter wäre, eine Bank zu betrügen als eine Privatperson (vgl. MARC THOMMEN, Opfermitverantwortung beim Betrug, in: ZStrR 2008, S. 30).
7.5.2 Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers waren die Banken nicht gehalten, die eingereichten Liegenschaftsbewertungen und Mieterspiegel zu überprüfen. Eine geradezu leichtfertige Verhaltensweise ist hierin nicht zu erblicken. Der Beschwerdeführer widerspricht sich überdies selbst, wenn er betont, dass die Schatzungen grossen Spielraum für Interpretationen gelassen hätten und gleichzeitig die überhöhten Beträge leicht erkennbar gewesen sein sollten. Die Vorinstanz verweist in diesem Zusammenhang zutreffend auf die abgestimmten Manipulationen der in den Kaufverträgen und Mieterspiegeln eingesetzten Zahlen sowie die Anweisungen betreffend Führung der Notariatsklientengeldkonti. Der Vorinstanz ist auch beizupflichten, wenn sie die Praktikabilität und Zumutbarkeit von Objektbesichtigungen, Befragungen betreffend bezahlter Mietzinsen sowie die Nachprüfung der Liegenschaftspläne auf dem Grundbuchamt verneint.
Den involvierten Finanzunternehmen ist somit keine Opfermitverantwortung anzulasten, welche zur Verneinung des Tatbestandselements der Arglist führen würde.
8. 8.1 Der Beschwerdeführer sieht <ref-law> im Weiteren deshalb verletzt, weil sich der Täter bei der vorausgesetzten Bereicherungsabsicht um denjenigen Schaden bereichern wollen müsse, den er dem Opfer zufügen möchte. Die angestrebte Bereicherung stelle im Sinne der Stoffgleichheit somit die Kehrseite des Schadens dar. Eventualdolus genüge nicht, vielmehr sei bei der vorliegenden Konstellation zu verlangen, dass der Täter mit konkreter Gefährdungsabsicht gehandelt habe. Es stehe keineswegs fest, dass er das Ziel gehabt habe, sich unrechtmässig zu bereichern. Das Ziel habe darin bestanden, möglichst hohe Kredite für das Liegenschaftengeschäft zu erhalten. Er habe nie die Rückzahlung gefährden, sondern die Zinsen pünktlich bezahlen wollen. Die Vorinstanz sei zu Unrecht von einem Betrugsvorsatz ausgegangen (Beschwerde, S. 26 f.).
8.2 Die Vorinstanz bezeichnet das Vorbringen des Beschwerdeführers als abwegig. Vorsatz und Absicht der ungerechtfertigten Bereicherung seien ernstlich nicht in Abrede zu stellen. Dass hierfür auch Eventualvorsatz genüge, sei unbestritten (angefochtenes Urteil, S. 34).
8.3 Nicht zu beanstanden ist die Annahme einer Bereicherungsabsicht beim Beschwerdeführer. Sein Einwand, Eventualvorsatz sei hierfür nicht ausreichend, geht fehl. Die Vorinstanz geht zu Recht davon aus, dass der Betrugsvorsatz insofern gegeben ist, als die Banken dem Beschwerdeführer sowie X._ und Z._ überhöhte Kredite gewährt und diese damit eine Schädigung, gestützt auf die erwirkte Vermögensverfügung, in Kauf genommen hätten. Der Grundsatz der Stoffgleichheit wird damit nicht verletzt. Es ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht näher dargelegt, weshalb eine eventualvorsätzliche Bereicherungsabsicht nicht möglich und die Vorinstanz von den für das Bundesgericht verbindlich festgestellten Tatumständen nicht auf eine eventualvorsätzliche Vorgehensweise hätte schliessen dürfen.
9. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten des Verfahrens (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juni 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller