Sachverhalt:
A. Die moldawische Staatsangehörige X._ (geb. 28. September 1974) reiste im November 1998 in die Schweiz ein, wo sie in den folgenden Jahren aufgrund von Kurzaufenthaltsbewilligungen als Tänzerin in verschiedenen Cabarets tätig war. Am 16. Dezember 2002 heiratete sie einen Schweizer Bürger (geb.1971), den sie im November 2001 in einem Cabaret in Burgdorf, wo sie als Tänzerin arbeitete, kennen gelernt hatte. Gestützt auf die Heirat wurde ihr eine Aufenthaltsbewilligung zum Verbleib beim Ehemann erteilt. Seit der Eheschliessung haben sich die Eheleute insgesamt dreimal getrennt, wobei der Richter jedes Mal Eheschutzmassnahmen anordnete. Die dritte Trennung erfolgte am 1. März 2007.
B. Mit Verfügung vom 2. April 2008 wies das Amt für Bevölkerung und Migration des Kantons Freiburg das Gesuch von X._ vom 5. November 2007 um Verlängerung ihrer Aufenthaltsbewilligung ab und setzte ihr eine Frist von 30 Tagen zum Verlassen des Landes. Zur Begründung führte es aus, die Ehe bestehe nur noch formell und diene einzig dazu, X._ den Aufenthalt in der Schweiz zu ermöglichen. X._ beschwerte sich dagegen erfolglos beim Kantonsgericht Freiburg.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 10. Januar 2009 beantragt X._, das Urteil des Kantonsgerichts Freiburg vom 25. November 2008 aufzuheben, das Gesuch um Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung gutzuheissen, eventualiter die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz bzw. an die erste Instanz zurückzuweisen.
Das Bundesgericht hat die kantonalen Akten beigezogen, jedoch keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Nach <ref-law> ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten auf dem Gebiet des Ausländerrechts ausgeschlossen gegen die Erteilung oder Verweigerung von Bewilligungen, auf die weder das Bundesrecht noch das Völkerrecht einen Anspruch einräumt.
1.2 Gemäss Art. 126 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (AuG; SR 142.20), welches am 1. Januar 2008 in Kraft getreten ist, bleibt für Gesuche, die vor diesem Zeitpunkt gestellt worden sind, das bisherige Recht anwendbar. Damit ist im vorliegenden Fall noch das Bundesgesetz vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG; BS 1 121) massgeblich. Da die Regel über das anwendbare Recht beim Übergang zum neuen Ausländergesetz in einem Bundesgesetz enthalten und für das Bundesgericht verbindlich ist (<ref-law>), fällt eine Mitberücksichtigung von Art. 50 AuG ausser Betracht.
1.3 Die Beschwerdeführerin lebt zwar von ihrem schweizerischen Ehemann getrennt, die Ehe besteht aber formell weiterhin. Damit hat die Beschwerdeführerin grundsätzlich einen Rechtsanspruch auf eine Aufenthaltsbewilligung gemäss Art. 7 ANAG, weshalb das Rechtsmittel der öffentlich-rechtlichen Beschwerde zulässig ist. Die Frage, ob die Bewilligung verweigert werden durfte, weil einer der in Art. 7 ANAG vorgesehenen Ausnahmetatbestände oder ein Verstoss gegen das Rechtsmissbrauchsverbot gegeben ist, betrifft nicht das Eintreten, sondern bildet Gegenstand der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.1.2 bis 1.1.5 S. 148 ff. mit Hinweisen).
1.4 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig erfolgt ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law> bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (<ref-law>), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels sich für den Ausgang des Verfahrens als entscheidend erweisen kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
Diese Voraussetzung ist vorliegend nicht erfüllt, weshalb das Arbeitszeugnis vom 20. Juli 2008 und der Arbeitsvertrag vom 14. November 2008 unbeachtlich sind; sie wären ohnehin nicht geeignet, am Ausgang des Verfahrens etwas zu ändern.
2. 2.1 Gemäss Art. 7 Abs. 1 ANAG (in der Fassung vom 23. März 1990) hat der ausländische Ehegatte eines Schweizer Bürgers - wie erwähnt - grundsätzlich Anspruch auf Erteilung und Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung (Satz 1) sowie nach einem ordnungsgemässen und ununterbrochenen Aufenthalt von fünf Jahren auf Erteilung der Niederlassungsbewilligung (Satz 2). Kein Anspruch besteht, wenn die Ehe eingegangen worden ist, um die Vorschriften über Aufenthalt und Niederlassung von Ausländern zu umgehen (Art. 7 Abs. 2 ANAG). Hierunter fällt die sogenannte Scheinehe oder Ausländerrechtsehe, bei der die Ehegatten von vornherein keine echte eheliche Gemeinschaft beabsichtigen. Der Beschwerdeführerin wird nicht vorgeworfen, eine derartige Ehe geschlossen zu haben, weshalb kein Anlass bestand, ihr dazu das rechtliche Gehör zu gewähren. Doch auch wenn eine Ehe nicht bloss zum Schein eingegangen worden ist, heisst das nicht zwingend, dass dem ausländischen Ehepartner der Aufenthalt ungeachtet der weiteren Entwicklung gestattet werden muss. Zu prüfen ist, ob sich die Berufung auf die Ehe nicht als rechtsmissbräuchlich erweist, weil die Ehe definitiv gescheitert ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 151 mit Hinweisen.
2.2 Nach gefestigter bundesgerichtlicher Rechtsprechung liegt Rechtsmissbrauch vor, wenn der Ausländer sich im fremdenpolizeilichen Verfahren auf eine Ehe beruft, welche nur (noch) formell besteht oder aufrecht erhalten wird, mit dem alleinigen Ziel, ihm eine Anwesenheitsberechtigung zu ermöglichen; dieses Ziel wird von Art. 7 ANAG nicht geschützt (<ref-ruling> E. 4.2 S. 267; <ref-ruling> E. 4.2 S. 117, je mit Hinweisen).
Dass die Ehe nur noch formell und ohne Aussicht auf Wiederaufnahme einer ehelichen Gemeinschaft besteht, entzieht sich in der Regel dem direkten Beweis und ist bloss durch Indizien zu erstellen (BGE <ref-ruling> E. 10.2 und 10.3 S. 135 f. mit Hinweis). Feststellungen über das bestehen solcher Indizien können äussere Gegebenheiten, aber auch innere, psychische Vorgänge betreffen (Wille der Ehegatten); es handelt sich so oder anders um tatsächliche Feststellungen, welche für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich sind (oben E. 1.4). Frei zu prüfen ist die Rechtsfrage, ob die festgestellten Tatsachen (Indizien) darauf schliessen lassen, die Berufung auf die Ehe bezwecke die Umgehung fremdenpolizeilicher Vorschriften und sei rechtsmissbräuchlich (<ref-ruling> E. 2.3 S. 152 mit Hinweisen).
2.3 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz ist die Ehe definitiv gescheitert. Hinweise darauf, dass die Feststellungen des Kantonsgerichts Freiburg zum Sachverhalt offensichtlich unrichtig wären, sind nicht ersichtlich und gehen namentlich auch nicht aus den Vorbringen der Beschwerdeführerin hervor. Bereits im Dezember 2003, d.h. ein Jahr nach der Heirat, trennten sich die Ehegatten zum ersten Mal und nahmen das eheliche Zusammenleben erst im Februar 2005 wieder auf. Nur sechs Monate später kam es zur zweiten Trennung, die von August 2005 bis August 2006 dauerte. Am 1. März 2007 folgte dann die dritte Trennung. Bei jeder Trennung wurden Eheschutzmassnahmen angeordnet. Dass das jeweilige Getrenntleben nach Angabe der Beschwerdeführerin etwas weniger lange gedauert haben soll, ändert nichts an der Tatsache, dass die Ehegatten insgesamt länger getrennt als in ehelicher Gemeinschaft gelebt haben und das Zusammenleben durch Ausschreitungen geprägt war, die polizeiliche Interventionen erforderlich machten und Strafanzeigen seitens der Ehegatten zur Folge hatten. Seit dem 1. März 2007 leben die Ehegatten getrennt, ohne dass irgendwelche Anzeichen für eine erneute Annäherung ersichtlich wären oder geltend gemacht würden. Der Ehemann hat mit Schreiben vom 28. März 2007 an das Amt für Bevölkerung und Migration klar zum Ausdruck gebracht, dass ihm jeglicher Wille zum Führen einer ehelichen Gemeinschaft mit der Beschwerdeführerin fehlte. Zudem wird bereits im Urteil vom 12. Juli 2007 betreffend Eheschutzmassnahmen festgestellt, dass mit der Wiederaufnahme des gemeinsamen Haushaltes nicht mehr ernsthaft gerechnet werden könne. Nach den Tätlichkeiten im Februar 2007, die zur strafrechtlichen Verurteilung beider Ehepartner führten, musste somit auch für die Beschwerdeführerin erkennbar sein, dass eine Versöhnung nicht mehr möglich war. Zudem hat der Ehemann mit der am 3. Dezember 2007 gegen die Beschwerdeführerin erhobenen Strafanzeige wegen Belästigung durch Telefonanrufe und SMS erneut deutlich gezeigt, dass er keinen Kontakt mehr mit seiner Ehegattin wünschte.
2.4 Das Kantonsgericht geht in seinem Urteil von der dargelegten Rechtsprechung zur missbräuchlichen Berufung auf die Ehe aus. Bei gesamthafter Betrachtung aller Indizien musste sich der Schluss aufdrängen, dass keine Aussichten auf Wiederaufnahme einer echten ehelichen Gemeinschaft im Sinne von Art. 7 ANAG bestehen und die Ehe im Übrigen bereits definitiv gescheitert war, bevor ein Anspruch auf Niederlassungsbewilligung entstehen konnte. Wenn sich die Beschwerdeführerin unter den dargelegten Umständen dennoch auf die Ehe beruft, um eine Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung zu erwirken, handelt sie rechtsmissbräuchlich. Weitere Ausführungen dazu erübrigen sich. Es genügt, ergänzend auf die Erwägungen im angefochtenen Urteil zu verweisen (<ref-law>).
3. Sind die Voraussetzungen für einen Anwesenheitsanspruch nach Art. 7 ANAG dahingefallen, bedarf es keiner Prüfung, ob der Beschwerdeführerin die Rückreise ins Heimatland zumutbar ist. Auf die Darlegungen betreffend ihre Integration bzw. die Schwierigkeiten einer Wiedereingliederung in Moldawien ist daher nicht einzugehen. Diese Vorbringen könnten allenfalls bei der Prüfung der Erteilung einer Aufenthaltsbewilligung gestützt auf Art. 4 ANAG, der eine Bewilligung ins freie Ermessen der Behörden stellt, berücksichtigt werden. Diesbezüglich ist jedoch die Beschwerde ans Bundesgericht ausgeschlossen.
Kein Bewilligungsanspruch ergibt sich ferner aus der Härtefallregelung nach Art. 13 lit. f der Verordnung vom 6. Oktober 1986 über die Begrenzung der Zahl der Ausländer (BVO; vgl. <ref-ruling> E. 2.2. S. 284 mit Hinweisen; s. zudem <ref-law>). Insoweit kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
4. 4.1 Aufgrund des Gesagten ist die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Gerichtskosten (<ref-law>) der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Amt für Bevölkerung und Migration des Kantons Freiburg, dem Kantonsgericht Freiburg, I. Verwaltungsgerichtshof, und dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. März 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Müller Dubs