Sachverhalt:
A. Am 18. März 2005 erlitt X._, Polier, einen Arbeitsunfall. Er baute mit einem Raupenbagger (Gewicht 1200 kg) Kies auf dem Flachdach eines Abbruchobjektes ab, worauf die Dachplatten unter dem Bagger durchbrachen und er mit dem Bagger durch die Bruchstelle auf den ca. 6 Meter tiefer liegenden Boden stürzte. Dabei zog er sich ein schweres Schädel-Hirntrauma, Beckenfrakturen und Luxationen am Handgelenk bzw. der Handwurzel zu und er war in unmittelbarer Lebensgefahr.
B. Die Staatsanwaltschaft Winterthur/Unterland eröffnete gegen den Bauführer Y._ und den verletzten Polier X._ ein Ermittlungsverfahren. Mit Verfügung vom 4. Dezember 2007 stellte die Staatsanwaltschaft die Strafuntersuchung gegen Y._ wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung, Gefährdung durch Verletzung der Regeln der Baukunde und Vergehen gegen das Unfallversicherungsgesetz sowie gegen X._ wegen Gefährdung durch Verletzung der Regeln der Baukunde und Vergehen gegen das Unfallversicherungsgesetz ein.
C. Das Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, wies den Rekurs von X._ gegen die Einstellung der Strafuntersuchung gegen Y._ mit Beschluss vom 12. November 2008 ab.
D. X._ erhebt gegen diesen Beschluss Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht. Er beantragt, das Verfahren gegen Y._ sei dem Strafrichter zur Beurteilung der Delikte der fahrlässigen schweren Körperverletzung nach <ref-law>, der Gefährdung durch Verletzung der Regeln der Baukunde nach <ref-law> und der Verletzung von <ref-law> zu überweisen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer hat seine Beschwerde frist- und formgerecht eingereicht. Er ist Opfer im Sinne von <ref-law> (SR 312.5) und daher gestützt auf <ref-law> zur Beschwerde gegen den letztinstanzlichen kantonalen Einstellungsbeschluss legitimiert. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. 2.1 Die Vorinstanz stellt in tatsächlicher Hinsicht aufgrund der übereinstimmenden Zeugenaussagen des Baggerführers A._, des Bauführers B._ und des Maschinisten C._ zum Abbauplan fest, sowohl die Art als auch der Zeitpunkt des Kiesabbaus seien vereinbart gewesen (Beschluss der Vorinstanz S. 12). Der Beschwerdeführer und der Beschwerdegegner hätten abgemacht, die gefrorene, an der Wand liegende Kiesschicht zu einem späteren Zeitpunkt vom Boden her mit einem Grossbagger wegzuschaffen. Der Beschwerdeführer sei am Unfalltag, einem Freitag, entgegen der Absprache mit dem Beschwerdegegner vorgegangen und habe den Kies mit dem Kleinbagger vom Dach durch ein in der Decke extra geschaffenes Loch auf den Boden befördert (Beschluss der Vorinstanz S. 9 f.). Dabei sei der Beschwerdeführer mit dem Bagger unmittelbar neben dem ihm bekannten Loch gefahren (Beschluss der Vorinstanz S. 12). Es sei vorgesehen gewesen, die Arbeiten nicht am Freitag durch den Beschwerdeführer, sondern am Montag durch den Einsatz des Baggerführers A._ zu beenden (Beschluss der Vorinstanz S. 12).
Die Vorinstanz stellt fest, es habe zwischen dem Beschwerdeführer und dem Beschwerdegegner keine Abmachungen bezüglich der Erstellung bzw. der Vergrösserung eines Lochs in der Decke gegeben. Das Loch habe der Zeuge A._ in Absprache mit dem Beschwerdeführer in der Grösse von zwei Betonplatten geschlagen. Die Vorinstanz geht aufgrund der Aussagen der Zeugen A._ und D._ - welche diese nach Einsicht in die Unfallfotos gemacht haben - von einer nachträglichen Vergrösserung des Lochs um eine Betonplatte aus. Es lasse sich aber nicht mehr feststellen, zu welchem genauen Zeitpunkt das Loch erstellt bzw. vergrössert worden sei (Beschluss der Vorinstanz S. 11 und S. 12, worin auf die Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft S. 9 verwiesen wird). Gestützt darauf hält die Vorinstanz fest, der Beschwerdegegner hätte die "Lochvergrösserung" anlässlich einer Dachbesichtigung nicht sehen können (Beschluss der Vorinstanz S. 11).
Zur Frage der Unfallursache stellt die Vorinstanz im Wesentlichen auf zwei Gutachten von Dr. E._ bzw. der Firma F._ AG ab. Gemäss dem Gutachten von Dr. E._ liege die Unfallursache im Umstand, dass der Beschwerdeführer die Kiesanhäufungen im Randbereich zum höheren Hallenteil mit dem Minibagger durch das Loch im Dach weggeschafft habe. Die Arbeiten mit dem Minibagger hätten den Unfall zwar ausgelöst, ursächlich für die Überbeanspruchung der Deckenplatten sei aber nicht das Baggergewicht, sondern das Anhäufen und Verschieben der Kieslasten gegen das bestehende Loch gewesen. Das Gutachten der Firma F._ AG führt zum Unfallhergang aus, das Loch in der Decke habe ein Abgleiten der Betonplatten vom Stahlträger begünstigt bzw. ermöglicht. Die Vorinstanz kommt zum Schluss, die Tragfähigkeit der Decke sei hinsichtlich des Einsatzes des Kleinbaggers gemäss beiden Gutachten gewährleistet gewesen (Beschluss der Vorinstanz S. 8, worin auf die Einstellungsverfügung der Staatsanwaltschaft, S. 2 Ziff. III verwiesen wird).
2.2 Die Vorinstanz erwägt in rechtlicher Hinsicht, zwar seien dem Beschwerdegegner Sorgfaltspflichtverletzungen vorzuwerfen, indem er weder das Dach selbst besichtigt habe, noch eine statische Berechnung der zulässigen Belastung des Dachs für den Baggereinsatz habe vornehmen lassen (Beschluss der Vorinstanz S. 10).
Nach der Auffassung der Vorinstanz sind diese Sorgfaltspflichtverletzungen jedoch nicht adäquat kausal für den Eintritt des tatbestandsmässigen Erfolgs. Der Erfolg sei aufgrund des absprachewidrigen unvorsichtigen Verhaltens des Beschwerdeführers auf dem Dach eingetreten, indem er mit dem Bagger unmittelbar neben dem Loch gefahren sei und Kies durch das extra geschaffene Loch vom Dach auf den Boden befördert habe. Mit einem solchen absprachewidrigen Verhalten habe der Beschwerdegegner nicht rechnen müssen. Der Unfall sei für den Beschwerdegegner auch bei ordentlicher Wahrnehmung seiner Pflichten (Beizug einer Fachperson zur Frage der Belastungsfähigkeit der Decke, persönlicher Augenschein auf dem Dach) weder voraussehbar noch vermeidbar gewesen.
3. 3.1 Wer fahrlässig einen Menschen am Körper verletzt, wird nach <ref-law> auf Antrag, mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft. Ist die Schädigung schwer, wird der Täter gemäss <ref-law> von Amtes wegen verfolgt. Wer bei der Leitung oder Ausführung eines Abbruches vorsätzlich oder fahrlässig die anerkannten Regeln der Baukunde ausser acht lässt und dadurch Leib und Leben von Mitmenschen gefährdet, macht sich nach <ref-law> strafbar. Fahrlässig handelt, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt. Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist (<ref-law>). Sorgfaltspflichten ergeben sich aus Gesetz, allgemeinen Verhaltensregeln oder dem Gefahrensatz (<ref-ruling> E. 7 S. 203 ff.). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist eine Sorgfaltspflichtverletzung nur anzunehmen, wenn der Täter eine Gefährdung der Rechtsgüter des Opfers hätte voraussehen bzw. erkennen können und müssen. Für die Beantwortung dieser Frage gilt der Massstab der Adäquanz. Danach muss das Verhalten des Täters geeignet sein, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge und den Erfahrungen des Lebens einen Erfolg wie den eingetretenen herbeizuführen oder mindestens zu begünstigen (<ref-ruling> E. 6.1 S. 168; <ref-ruling> E. 5.1 S. 147 f.) Damit der Eintritt des Erfolgs dem Täter zuzurechnen ist, genügt seine blosse Vorhersehbarkeit nicht. Vielmehr stellt sich die Frage, ob er auch vermeidbar war. Dazu wird ein hypothetischer Kausalverlauf untersucht und geprüft, ob der Erfolg bei pflichtgemässem Verhalten des Täters ausgeblieben wäre. Dabei genügt es für die Zurechnung des Erfolgs, wenn das Verhalten des Täters mindestens mit einem hohen Grad der Wahrscheinlichkeit oder mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit die Ursache des Erfolgs bildete (<ref-ruling> E. 7 S. 203 ff.; <ref-ruling> E. 3.2 S. 10 f., mit Hinweisen). Am erforderlichen rechtserheblichen Kausalzusammenhang fehlt es hingegen, wenn die Folge so weit ausserhalb der normalen Lebenserfahrung liegt, dass sie nicht zu erwarten war, bzw. wenn ganz aussergewöhnliche Umstände, wie das Mitverschulden eines Dritten oder Material- oder Konstruktionsfehler, hinzutreten, mit denen schlechthin nicht gerechnet werden musste und die derart schwer wiegen, dass sie als wahrscheinlichste und unmittelbarste Ursache alle anderen mitverursachenden Faktoren in den Hintergrund drängen (BGE <ref-ruling> E. 3.2 S. 10 f.).
3.2 Die Sorgfaltspflichten für Bauarbeiten auf Dächern sind in der Verordnung vom 29. Juni 2005 über die Sicherheit und den Gesundheitsschutz der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer bei Bauarbeiten (Bauarbeitenverordnung, BauAV; SR.832.311.141) geregelt. Danach ist vor Beginn der Arbeiten abzuklären, ob ein Dach durchbruchsicher ist (Art. 33 Abs. 1 lit. a BauAV). Je nach Ergebnis der Durchbruchsicherheit sind Sicherheitsmassnahmen zu ergreifen (Art. 34 f. und Art. 60 Abs. 2 lit. a BauAV). Weitere Sorgfaltspflichten statuiert die Verordnung vom 19. Dezember 1983 über die Verhütung von Unfällen und Berufskrankheiten (Verordnung über die Unfallverhütung, VUV; SR 832.30). Gemäss Artikel 12 VUV müssen Gebäude und andere Konstruktionen so gestaltet sein, dass sie bei ihrer bestimmungsgemässen Nutzung den auftretenden Belastungen standhalten; die Tragfähigkeit ist, wenn nötig gut sichtbar anzuschreiben (<ref-law>). Dächer, die betreten werden müssen, sind so zu gestalten, dass sie von den Arbeitnehmern sicher begangen werden können (<ref-law>). Es dürfen nur Arbeitsmittel eingesetzt werden, die bei ihrer bestimmungsgemässen Verwendung die Sicherheit der Arbeitnehmer nicht gefährden (<ref-law>).
3.3 Zum Aufgabenbereich der Bauleitung gehört die Realisierung eines Bauprojektes bis und mit Abschlussphase, die Aufsicht über die Ausführung der Arbeiten und die Koordination der verschiedenen Unternehmer (Peter Gauch, Die Bauleitung - ihr Verhältnis zum Bauherrn und Unternehmer, in: Baurechtstagung 1985 Tagungsunterlagen Band 1, S. 5). Der Aufgabenbereich der Bauleitung ist bezüglich der Bauausführung umfassend, ihr kommt die Funktion zu, die Baustelle zu organisieren und zu überwachen (Patrick Krauskopf-Forero/Thomas Siegenthaler, in: Handbücher für die Anwaltspraxis, Band IV, Beraten und Prozessieren in Bausachen, 1. Aufl., N. 8.39 f. zu § 8; Peter Engeler, Rechtsaspekte beim Planen und Bauen, 1. Aufl., S. 38). Es gehört zu den Pflichten eines Bauleiters, sich regelmässig persönlich ein Bild über den Zustand der Baustelle und den Fortschritt der Bauarbeiten zu machen (vgl. SIA-Norm 118 Art. 114 Abs. 2) und gegebenenfalls Anordnungen, auch im Sicherheitsbereich, zu treffen (Corinne Jeanprêtre, La responsabilité contractuelle du directeur des travaux de construction, 1. Aufl., Ziff. 3 S. 58).
4. Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss, die Vorinstanz habe das Willkürverbot bei der Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung nach <ref-law> verletzt, indem sie festgestellt habe, es sei nicht geplant gewesen, den an der Wand liegenden Kies mit dem Kleinbagger durch das im Dach geschlagene Loch abzubauen. Der Zeuge D._ habe ausgeführt, der Maschinist A._ habe bereits am Vortag des Unfalls Kies vom Gebäuderand in Richtung Loch gefahren. Der Zeuge A._ habe zudem widersprüchliche Aussagen gemacht, indem er zuerst von einem Abbau des an der Wand liegenden Kieses von unten her mit einem Grossbagger gesprochen, andererseits aber festgehalten habe, dass er ebenfalls versucht habe, mit dem Raupenbagger auf dem Dach Kies an der Wand abzubauen, was nur gescheitert sei, weil der Kies angefroren gewesen sei.
Der Beschwerdeführer rügt überdies sinngemäss, die Feststellungen der Vorinstanz zur Vergrösserung des Lochs seien willkürlich. Es sei nicht erstellt, ob bzw. wann das Loch im Dach vergrössert worden sei. Das Loch sei gemäss den Aussagen der Zeugen A._ und D._ bereits am Mittwoch oder Donnerstag vor den Unfall in der Grösse von zwei Betonelementen erstellt worden.
4.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung liegt Willkür in der Beweiswürdigung nach <ref-law> vor, wenn der angefochtene Entscheid auf einer schlechterdings unhaltbaren oder widersprüchlichen Beweiswürdigung beruht bzw. im Ergebnis offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Für die Annahme von Willkür genügt es nicht, wenn eine andere Lösung auch als vertretbar oder sogar zutreffender erscheint (<ref-ruling> E. 1.2 S. 177; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
4.2 Die Vorinstanz hat sich ausführlich mit den Aussagen der verschiedenen auf der Baustelle tätigen Zeugen (A._, B._, C._, D._) auseinandergesetzt, welche unabhängig voneinander bestätigt haben, dass vorgesehen gewesen sei, den an der Wand liegenden Kies mittels eines Grossbaggers zu einem späteren Zeitpunkt vom Boden her abzubauen. Auf diese im Kern bezüglich des Abbaukonzeptes übereinstimmenden, unabhängigen Aussagen mehrerer Personen durfte die Vorinstanz willkürfrei abstellen. Daran vermag nichts zu ändern, dass der Zeuge A._ gemäss seinen Aussagen selbst versucht habe, den angefrorenen Kies an der Wand mit der Baggerschaufel zu lösen und einige wenige Male Kies durch das Loch in der Decke herunterbefördert habe. Aus dieser Aussage ergibt sich lediglich, dass sich nebst dem Beschwerdeführer auch der Zeuge A._ über das mit dem Beschwerdegegner vereinbarte Abbaukonzept hinweggesetzt hat.
4.3 Die Feststellung der Vorinstanz, wonach das Loch im Dach um eine Betonplatte vergrössert worden sei, erweist sich ebenfalls nicht als willkürlich, zumal die Zeugen A._ und D._ eine Vergrösserung des Lochs anhand der Unfallfotos unabhängig voneinander bestätigt haben. Nicht willkürlich ist auch die Feststellung, dass der exakte Zeitpunkt der Erweiterung des Lochs nicht mehr eruiert werden kann, zumal darüber keine einheitlichen Zeugenaussagen existieren (Aussage des Zeugen D._, das Loch sei am Donnerstag vergrössert worden [act. 20/4 S. 6 oben], Aussage des Zeugen A._: Vergrösserung nach seinem Arbeitsende ab Donnerstagabend [act. 20/7 S. 6], Aussage des Beschwerdeführers, er wisse nicht mehr, was am Unfalltag genau geschah und ob das Loch vergrössert worden sei [act. 18 S. 9, 11]).
5. 5.1 Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem sie erkannt habe, dass der Kausalzusammenhang zwischen dem Verhalten des Beschwerdegegners und dem eingetretenen Erfolg durch sein (des Beschwerdeführers) Verhalten unterbrochen worden sei. Entgegen der Auffassung der Vorinstanz liege die Verantwortung für den Unfall nicht alleine in seinem Fehlverhalten, sondern auch im sorgfaltswidrigen Verhalten des Beschwerdegegners, welcher das Abbaukonzept des Beschwerdeführers und des Bauarbeiters A._ nicht geprüft, keine Kontrolle auf dem Dach durchgeführt und keine Berechnung der Tragfähigkeit des Daches für den Baggereinsatz vorgenommen habe.
5.2 Indem der Beschwerdegegner eine Dachbesichtigung unterliess und keine Tragfähigkeitsberechnung vor dem Baggereinsatz anordnete, hat er in Anbetracht der geltenden Normen der Bauarbeitenverordnung sowie der Verordnung über die Unfallverhütung nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz seine Sorgfaltspflichten verletzt. Das Unterlassen einer Tragfähigkeitsberechnung war indessen für den Eintritt des tatbestandsmässigen Erfolgs nicht relevant, da gemäss den willkürfreien Feststellungen der Vorinstanz eine Berechnung ergeben hätte, dass die Tragfähigkeit des Dachs für den Baggereinsatz gegeben war. Auch die Unterlassung einer Dachinspektion war für den Eintritt des tatbestandsmässigen Erfolgs nicht relevant. Gemäss den willkürfreien Feststellungen der Vorinstanz lässt sich nicht mehr feststellen, wann genau das Loch in das Dach geschlagen und vergrössert wurde. Die Vorinstanz ging daher willkürfrei davon aus, dass der Beschwerdegegner im Zeitpunkt, in dem die Dachinspektion hätte stattfinden sollen, ein Loch gar nicht hätte sehen können. Der tatbestandsmässige Erfolg wurde gemäss der willkürfreien Feststellung der Vorinstanz dadurch herbeigeführt, dass der Beschwerdeführer beim Kiesabbau absprachewidrig mit dem Bagger neben dem Loch gefahren ist und Kies durch das extra geschaffene Loch vom Dach auf den Boden befördert hat. Dieses absprachewidrige Vorgehen war nach der zutreffenden Auffassung der Vorinstanz derart aussergewöhnlich, dass der Beschwerdegegner es nicht voraussehen konnte. Die Vorinstanz hat daher kein Bundesrecht verletzt, wenn sie einen adäquaten Kausalzusammenhang zwischen dem Verhalten des Beschwerdegegners und dem tatbestandsmässigen Verletzungserfolg im Sinne von <ref-law> respektive dem tatbestandsmässigen Gefährdungserfolg im Sinne von <ref-law> verneint hat.
6. Wer als Arbeitnehmer oder als Arbeitgeber den Vorschriften über die Verhütung von Unfällen und Berufskrankheiten vorsätzlich oder fahrlässig zuwiderhandelt, macht sich gemäss <ref-law> (SR 832.20) strafbar.
Nach <ref-law> ist in der Begründung der Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
Der Beschwerdeführer rügt in seiner Rechtsschrift lediglich die falsche Anwendung des Fahrlässigkeitsbegriffs in Bezug auf Erfolgsdelikte. Er setzt sich hingegen nicht mit <ref-law> als Tätigkeitsdelikt und den diesbezüglichen Ausführungen der Vorinstanz auseinander. Soweit sich seine Beschwerde gegen die Einstellung des Strafverfahrens wegen der Widerhandlung im Sinne von <ref-law> richtet, ist darauf nicht einzutreten.
7. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Kosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Februar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch