Faits:
A. V._, domicilié à Y._, a un kératocône bilatéral. Il a été hospitalisé entre les 20 et 24 octobre 2008 dans le Service d'ophtalmologie de l'Hôpital X._ à cause d'un abcès cornéen de l'oeil gauche à germe indéterminé nécessitant une antibiothérapie intensive.
Le Service vaudois de la santé publique (ci-après : le service) a refusé d'octroyer sa garantie de paiement au traitement entrepris auprès de l'Hôpital X._ dans la mesure où celui-ci était réalisable dans le canton de résidence du patient et ne présentait pas un caractère urgent (décision du 22 octobre 2008, confirmée sur opposition du docteur B._, Service d'ophtalmologie de l'Hôpital X._, le 4 décembre suivant).
B. Le docteur B._ a adressé un recours contre la décision sur opposition au Tribunal des assurances du canton de Vaud (aujourd'hui, Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois), qui l'a déclaré irrecevable faute de qualité pour recourir et de procuration attestant de pouvoirs de représentation (jugement du 27 mars 2009) malgré l'octroi d'un délai échéant le 26 janvier 2009 pour présenter le document mentionné (ordonnance du 12 décembre 2008).
C. V._, dûment représenté par le docteur B._, interjette un recours en matière de droit public à l'encontre de ce jugement, dont il requiert l'annulation, concluant au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour qu'elle entre en matière et statue sur le fond du litige.
Prenant position uniquement sur le fond du litige, le service a conclu à la confirmation de sa décision sur opposition, sous suite de frais et dépens. L'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), n'examine en principe que les griefs motivés (<ref-law>) et fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (<ref-law>). Le recourant ne peut critiquer la constatation des faits importants pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été constatés en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de façon manifestement inexacte (<ref-law>).
2. Est litigieux le point de savoir si l'ordonnance du 12 décembre 2008 a été effectivement notifiée.
3. Le représentant du recourant conteste l'avoir reçue. La juridiction cantonale affirme l'avoir expédiée sous pli simple. Selon la jurisprudence, le fardeau de la preuve de la notification d'un acte - et de la date à laquelle cette notification a eu lieu - incombe en principe à l'autorité qui entend en tirer une conséquence juridique. Cette autorité supporte dès lors les conséquences de l'absence de preuve en ce sens que si la notification - ou sa date - sont contestées et qu'il existe effectivement un doute à ce sujet, il y a lieu de se fonder sur les déclarations du destinataire de l'envoi (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 10, 124 V 400 consid. 2a p. 402 et les références). Le seul fait que le courrier contenant l'ordonnance du 12 décembre 2008 n'ait pas été renvoyé à son expéditeur en tant que pli non distribué ne constitue pas une preuve de la notification dans la mesure où il n'exclut pas - au degré de vraisemblance requis en matière d'assurance sociale (<ref-ruling> consid. 3b p. 6) - la possibilité que ledit courrier non inscrit se soit égaré lors de son envoi par le tribunal ou de sa distribution par la Poste Suisse.
Au regard de ce qui précède, il revient aux premiers juges de supporter les conséquences de l'absence de preuve de la notification de l'ordonnance du 12 décembre 2008, de sorte que leur jugement doit être annulé et que la cause doit leur être retournée pour qu'ils entrent en matière sur le fond du litige, une procuration attestant des pouvoirs de représentation du docteur B._ ayant été déposée céans.
4. Compte tenu des circonstances particulières du cas d'espèce, il est renoncé à la perception de frais judiciaires (art. 66 al. 1 seconde phrase LTF). Bien que représenté par un médecin, le recourant n'a pas droit à des dépens (art. 9 du Règlement sur les dépens alloués à la partie adverse et sur l'indemnité pour la représentation d'office dans les causes portées devant le Tribunal fédéral [RS 173.110.210.3], voir également arrêts I 389/04 du 23 mai 2005 consid. 3 et U 184/93 du 23 mai 1996 consid. 7 non publié in <ref-ruling>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement rendu le 27 mars 2009 par la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois est annulé. La cause lui est renvoyée pour qu'il entre en matière sur le fond du litige.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois ainsi qu'à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 9 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Cretton