Faits:
A. B._, ressortissante espagnole, a travaillé en Suisse en 1973 puis entre 1976 et 1990, périodes pendant lesquelles elle a cotisé à l'assurance-invalidité. De retour dans son pays d'origine, elle y a exercé différentes activités professionnelles jusqu'en décembre 2006. En novembre 2007, elle a été mise au bénéfice d'une rente d'invalidité espagnole.
Le 29 avril 2011, l'intéressée a déposé une demande de prestations auprès de l'Office de l'assurance-invalidité pour les assurés résidant à l'étranger (OAIE). Celui-ci a recueilli des renseignements auprès du docteur A._ et de la doctoresse R._. Le premier a considéré que B._ devait éviter les mouvements répétitifs nécessitant la flexion, l'extension, la rotation ou la latéralisation des colonnes cervicale et lombaire, la rotation externe ou en antépulsion de l'épaule gauche ainsi que le port de poids avec le membre supérieur gauche; le pronostic concernant la reprise du travail était mauvais (rapport du 13 janvier 2009). La seconde a estimé que la prénommée ne pouvait pas exercer des activités comportant un risque de chute ou nécessitant l'abduction complète de l'épaule gauche, le port répété de charges ou la montée/descente d'escaliers (rapport du 19 avril 2011). L'OAIE a encore sollicité l'avis de son service médical. Selon le docteur L._, spécialiste FMH en médecine interne générale, l'assurée disposait d'une pleine capacité de travail dans une activité administrative ou de bureau simple (avis du 18 novembre 2011). Par décision du 15 mars 2012 confirmant un projet du 25 novembre 2011, l'OAIE a nié le droit de B._ à une rente d'invalidité, motif pris d'un taux d'invalidité insuffisant pour ouvrir le droit à une telle prestation.
B. L'assurée a déféré cette décision devant le Tribunal administratif fédéral qui l'a déboutée par jugement du 9 novembre 2012.
C. B._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut à l'octroi d'une rente d'invalidité fondée sur une incapacité de travail de 60 %.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne s'en écarte que s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 450) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Il n'entre pas en matière sur des critiques appellatoires concernant l'appréciation des preuves opérée par l'autorité précédente ou l'établissement des faits; il appartient au recourant de démontrer précisément en quoi ceux-ci ont été constatés de manière arbitraire et en quoi la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 511; <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322 et les arrêts cités).
2. Le litige porte sur le droit de la recourante à une rente de l'assurance-invalidité, singulièrement sur son taux d'invalidité et plus particulièrement sur sa capacité de travail. L'acte attaqué expose correctement les règles légales et jurisprudentielles applicables à la résolution du cas, de sorte qu'il suffit d'y renvoyer.
3. 3.1 Les premiers juges ont retenu en se fondant sur l'avis de la doctoresse R._ et de son confrère L._ - lequel devait être préféré à celui, insuffisamment motivé, du docteur A._ - que la recourante présentait une capacité de travail entière dans une activité sédentaire. Compte tenu d'un abattement de 20 % sur le revenu d'invalide en raison des limitations fonctionnelles et de l'âge de l'intéressée, le taux d'invalidité résultant de la comparaison des revenus déterminants s'élevait à 25.32 %, insuffisant pour lui ouvrir le droit à une rente de l'assurance-invalidité. La recourante, qui était en mesure d'exercer à temps complet de nombreuses activités sédentaires légères - pour lesquelles l'offre de main d'oeuvre n'était en principe pas influencée de façon déterminante par l'âge des demandeurs d'emploi -, pouvait en outre mettre en valeur sa capacité de travail sur un marché de l'emploi équilibré.
3.2 La recourante estime qu'elle présente, compte tenu de l'ensemble de ses atteintes à la santé, une incapacité de travail de 60 % au moins et qu'elle a droit à une rente correspondant à ce taux.
4. En soutenant qu'elle présente une incapacité de travail propre à lui ouvrir le droit à une rente de l'assurance-invalidité, la recourante s'en prend aux constatations de la juridiction cantonale. Elle se limite cependant à leur opposer sa propre appréciation des faits, sans exposer en quoi celle des premiers juges serait arbitraire. Elle n'avance aucun élément propre à démontrer que le rapport de la doctoresse R._ ne satisferait pas aux exigences jurisprudentielles sur la valeur probante d'un tel document et ne critique pas le raisonnement adopté par la juridiction cantonale pour privilégier l'avis de ce médecin, respectivement du docteur L._, au détriment de celui du docteur A._. Il s'ensuit que l'argumentation de la recourante, de nature appellatoire, n'a pas à être examinée plus avant.
5. Il résulte de ce qui précède que le recours est manifestement mal fondé et doit être rejeté selon la procédure simplifiée de l'<ref-law>.
6. Vu l'issue du recours, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal administratif fédéral, Cour III, et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 1er mai 2013
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Kernen
Le Greffier: Bouverat