Faits:
A. La société X._ Sàrl (ci-après: la Société), qui est active dans le commerce en gros et la distribution d'antennes, de matériel et d'accessoires s'y rapportant, est inscrite au registre du commerce de Genève depuis le 26 janvier 1999. Son capital-actions, entièrement libéré, s'élève à 20'000 fr. La Société comptait, comme associé gérant, Y._, pour une part de 10'000 fr., et deux autres associés gérants détenant chacun une part de 5'000 fr. Y._ exploite en outre une entreprise individuelle, dont le but est le commerce, la location et la réparation d'appareils de radio, de télévisions et de chaînes Hi-Fi.
Le 21 août 2003, l'Administration fiscale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale) a informé la Société de l'ouverture d'une procédure de vérification portant sur les périodes fiscales 1999 à 2001. Cette procédure a débouché sur la notification, le 15 avril 2004, de deux bordereaux « rappel d'impôt » s'élevant à 16'267 fr. 95 pour 2000 et à 21'623 fr. 15 pour 2001. Ces montants correspondaient à des reprises concernant le versement du salaire de Y._ et la prise en charge de frais privés d'un véhicule. Un bordereau d'amende de 17'229 fr., correspondant à la moitié de l'impôt soustrait, a également été notifié à la Société.
Par décision du 18 juin 2007, la Commission cantonale de recours en matière d'impôt a admis le recours de la Société et annulé les bordereaux d'impôts précités, ainsi que l'amende.
Statuant sur recours de l'Administration fiscale, le Tribunal administratif du canton de Genève l'a rejeté, par arrêt du 11 décembre 2007, en retenant que les conditions préalables à l'ouverture d'une procédure en rappel d'impôt n'étaient pas réunies.
B. Par arrêt du 20 juin 2008 (2C_104/2008), le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours de l'Administration fiscale cantonale ayant trait à l'année fiscale 2000, mais l'a admis en ce qui concernait l'année fiscale 2001 et a annulé l'arrêt du 11 décembre 2007 en tant qu'il portait sur cette année fiscale. Après avoir constaté que les conditions pour procéder à l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt en 2001 étaient remplies, il a renvoyé la cause au Tribunal administratif pour qu'il complète les faits, en particulier sur l'activité déployée par Y._ dans la Société, afin de déterminer si le poste contesté dans la procédure de rappel d'impôt représentait un salaire ou une distribution de bénéfices et de statuer sur le bien-fondé matériel de la reprise.
Le Tribunal administratif a repris l'instruction de la cause et a invité les parties à se déterminer.
Par arrêt du 2 décembre 2008, le Tribunal administratif a admis le recours de l'Administration fiscale en tant qu'il portait sur l'exercice fiscal 2001. Partant du fait qu'il était établi que Y._ était l'un des fondateurs de la Société et qu'il était à la tête de sa propre entreprise individuelle, la juridiction cantonale a retenu qu'aucune des pièces produites n'établissait que l'intéressé facturerait un loyer à la Société ou était au bénéfice d'un contrat de travail. Elle en a déduit que la reprise effectuée par l'Administration fiscale pour l'année 2001 était fondée, dès lors que la Société avait « échoué dans la preuve de démontrer que les sommes versées à Y._ étaient bel et bien un salaire et non pas une distribution de bénéfices dissimulée ». Le Tribunal administratif a également confirmé la quotité de l'amende fixée à la moitié de l'impôt soustrait.
C. Agissant par la voie du recours de droit public (recte: recours en matière de droit public), X._ Sàrl conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt du Tribunal administratif du 2 décembre 2008 et à l'annulation des décisions en rappel d'impôt portant sur l'exercice 2001, ainsi que du bordereau d'amende y relatif.
Le Tribunal administratif persiste dans le dispositif et les considérants de son arrêt.
L'Administration fiscale a déposé des observations au terme desquelles elle conclut au rejet du recours, sous suite de frais.
Il en va de même de l'Administration fédérale des contributions.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le litige concerne les impôts cantonaux et communaux pour la période fiscale 2001 et porte sur le bien-fondé d'une reprise d'impôt et d'une amende fiscale prononcées à l'encontre d'une société à responsabilité limitée. La question relève donc de l'imposition des personnes morales et de la procédure de rappel d'impôt, soit de domaines couverts par les titres 3, 5 et 6 chap. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14). La voie du recours en matière de droit public est donc ouverte, tant en vertu des <ref-law> que de l'<ref-law> (<ref-ruling> ss).
1.2 Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Déposé en temps utile, compte tenu des féries judiciaires (art. 46 al. 1 let. c et 100 al. 1 LTF) par la recourante, qui est particulièrement atteinte par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (art. 89 al. 1 let. b et c LTF), le présent recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public.
1.3 Le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (<ref-law>). Il peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires aux termes de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.1.2 p. 252), ou établies en violation du droit (<ref-law>). La partie recourante est autorisée à attaquer des constatations de fait ainsi irrégulières si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Elle ne peut toutefois pas se borner à contredire les constatations litigieuses par ses propres allégations ou par l'exposé de sa propre appréciation des preuves, mais doit indiquer de façon précise en quoi ces constatations sont contraires au droit ou entachées d'une erreur indiscutable; une critique qui ne satisfait pas à cette exigence est irrecevable (<ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254; voir aussi <ref-ruling> consid. 1.3 p. 261/262; <ref-ruling> consid. 1b p. 495).
1.4 La décision attaquée a été rendue à la suite d'un arrêt de renvoi. Dans un tel cas, l'autorité est liée par les considérants de droit contenus dans l'arrêt de renvoi et ne peut en aucun cas s'en écarter (cf. Bernard Corboz, Commentaire de la LTF, Berne 2009, n. 27 ad art. 107). Dans son arrêt du 20 juin 2008 (2C_104/2008), le Tribunal fédéral a déjà admis que les conditions de l'<ref-law>, permettant de procéder à l'ouverture d'une procédure de rappel d'impôt à l'encontre de la recourante pour l'année fiscale 2001, étaient remplies. Le Tribunal administratif ne pouvait donc pas remettre en cause cette question, mais devait uniquement se prononcer sur le bien-fondé matériel de la reprise d'impôt, ce qui supposait de compléter les faits afin de déterminer si l'activité exercée par Y._ au sein de la Société en 2001 était un salaire, comme l'alléguait la recourante, ou une distribution cachée de bénéfices, comme le soutenait l'Administration fiscale .
2. La recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir inversé le fardeau de la preuve en admettant a priori le bien-fondé du rappel d'impôt au motif que Y._ n'aurait pas démontré l'existence d'un contrat de travail, ni le paiement du loyer. Par ailleurs, l'autorité judiciaire aurait privilégié arbitrairement une interprétation insoutenable des pièces du dossier, au détriment du témoignage clair de la comptable de la Société, A._, qui a confirmé la réalité de l'activité déployée par Y._ en faveur de la Société.
2.1 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal administratif a présenté la version des faits de chacune des parties, sans prendre position ni indiquer quels faits étaient tenus pour établis. La recourante soutenait principalement que Y._ menait de front deux activités à partir de son domicile de Vésenaz, soit la direction de son entreprise individuelle, qu'il exploitait avec plusieurs employés, d'une part, et la contribution au développement de la Société, d'autre part. De son côté, l'Administration fiscale affirmait toujours que les salaires versés à Y._ en 2001 représentaient un dividende déguisé en remerciement de l'aide financière apportée à la création de la Société, car l'intéressé n'avait exercé aucune activité au sein de la recourante au cours de la période fiscale litigieuse et n'était pas lié par un contrat de travail; il ne possédait pas davantage de bureau au sein de la Société et ne lui avait pas non plus facturé de loyer. Or, dans son arrêt du 20 juin 2008, le Tribunal fédéral avait renvoyé la cause au Tribunal administratif, qui avait déjà reproduit la version des faits des parties, pour qu'il complète les faits, en particulier sur l'activité déployée par Y._ dans la Société (consid. 3.4.2 i.f.). Il semble donc qu'il n'ait pas été possible de trouver des éléments nouveaux qui auraient pu accréditer la version de la recourante plutôt que celle de l'Administration fiscale. La juridiction cantonale s'en est ainsi tenue à l'absence de pièces produites par Y._ pour en déduire que la Société avait échoué dans la preuve de démontrer que les sommes versées à ce dernier étaient bien un salaire et non une distribution dissimulée de bénéfices. Elle en a conclu que la reprise effectuée par l'Administration fiscale pour l'exercice 2001 était fondée. Il s'agit donc de déterminer si ce raisonnement est soutenable au regard des règles sur le fardeau de la preuve en droit fiscal.
2.2 En matière fiscale, les règles générales relatives au fardeau de la preuve impliquent que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (<ref-ruling> consid. 2 p. 256/257; ERNST BLUMENSTEIN/PETER LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6e éd., Zurich 2002, p. 416 et les références citées). Par ailleurs, le contribuable doit prouver l'exactitude de sa déclaration d'impôt et de ses explications ultérieures; on ne peut pas demander au contribuable de prouver un fait négatif, par exemple qu'il n'a pas d'autres revenus que ceux annoncés (JEAN-MARC RIVIER, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., Lausanne 1998, p. 138). Il incombe en effet à l'autorité fiscale d'apporter la preuve de l'existence d'éléments imposables qui n'ont pas été annoncés. Si les preuves recueillies par l'autorité fiscale apportent suffisamment d'indices révélant l'existence d'éléments imposables, il appartient à nouveau au contribuable d'établir l'exactitude de ses allégations et de supporter le fardeau de la preuve du fait qui justifie son exonération, sauf s'il s'agit d'un fait qui, après instruction, demeure incertain (arrêts 2C_47/2009 du 26 mai 2009, consid. 5.4 et 2A.105/2007 du 3 septembre 2007, consid. 4.4, in RDAF 2007 II p. 299; voir également DANIEL SCHÄR, Normentheorie und mitwirkungsorientierte Beweislastverteilung in gemischten Steuerverfahren, Archives 67 p. 433 ss, en particulier p. 448). En ce qui concerne les prestations appréciables en argent faites par la société, sans contre-prestation, à ses actionnaires, c'est en principe à l'autorité fiscale qu'il appartient de les prouver. Le contribuable n'a donc pas à supporter les conséquences d'un manque de preuves, à moins qu'on ne puisse lui reprocher une violation de ses devoirs de collaboration (arrêt A.145/1983 du 21 juin 1986, consid. 8b, in ZBl 87/1986 p. 375 ss).
A cela s'ajoute que, dans une procédure de rappel d'impôt, l'autorité fiscale est tenue de démontrer non seulement les éléments justifiant l'ouverture d'une telle procédure, mais aussi l'existence de circonstances fondant le prononcé d'une nouvelle taxation en défaveur du contribuable. Certes, il appartient en principe au contribuable de collaborer, conformément aux principes généraux précités (cf. arrêt 2P.432/1996 du 22 mai 1997 consid. 10a in RDAF 1998 II p. 179). Toutefois, la question est plus délicate lorsque, comme en l'espèce, le rappel est lié à une procédure de soustraction d'impôts dans laquelle, selon la CourEDH, le contribuable a le droit de ne pas s'incriminer (voir arrêt J.B. c. Suisse du 3 mai 2001, Recueil 2001 III p. 457 ss et RDAF 2001 II 1). Dans un <ref-ruling>, rendu antérieurement à l'arrêt de la CourEDH précité, la jurisprudence avait notamment constaté que le contribuable restait tenu de collaborer dans le cadre d'une procédure en soustraction d'impôt, même couplée à une procédure de nature pénale. Depuis lors, le Tribunal fédéral a confirmé que l'art. 6 CEDH ne trouve pas d'application dans les procédures fiscales qui n'ont pas un caractère pénal (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 146 et les références citées), y compris les procédures en rappel d'impôt (RF 61/2006 p. 372 consid. 2.2), mais n'a pas vraiment examiné les liens entre une procédure de rappel et une procédure en soustraction fiscale (arrêts 2P.177/2007 du 23 août 2007 consid. 4.2. et 4.3; 2A.67/2004 du 17 février 2005 consid. 4.2; sur cette problématique, voir HUGO CASANOVA, Commentaire romand, Bâle 2008, n. 10 ad <ref-law>; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse 3ème éd. Bâle 2007, § 24, n. 10 p. 487). Il n'y a cependant pas lieu d'entrer plus avant sur ce point, dès lors que, de toute manière, il n'est pas reproché en l'espèce à la recourante un manque de collaboration et que celle-ci ne fait pas grief au Tribunal administratif de l'avoir contrainte à contribuer à sa propre incrimination (arrêt 2P.4/2007 du 23 août 2007, consid. 4.3).
A cela s'ajoute que, dans une procédure de rappel d'impôt, l'autorité fiscale est tenue de démontrer non seulement les éléments justifiant l'ouverture d'une telle procédure, mais aussi l'existence de circonstances fondant le prononcé d'une nouvelle taxation en défaveur du contribuable. Certes, il appartient en principe au contribuable de collaborer, conformément aux principes généraux précités (cf. arrêt 2P.432/1996 du 22 mai 1997 consid. 10a in RDAF 1998 II p. 179). Toutefois, la question est plus délicate lorsque, comme en l'espèce, le rappel est lié à une procédure de soustraction d'impôts dans laquelle, selon la CourEDH, le contribuable a le droit de ne pas s'incriminer (voir arrêt J.B. c. Suisse du 3 mai 2001, Recueil 2001 III p. 457 ss et RDAF 2001 II 1). Dans un <ref-ruling>, rendu antérieurement à l'arrêt de la CourEDH précité, la jurisprudence avait notamment constaté que le contribuable restait tenu de collaborer dans le cadre d'une procédure en soustraction d'impôt, même couplée à une procédure de nature pénale. Depuis lors, le Tribunal fédéral a confirmé que l'art. 6 CEDH ne trouve pas d'application dans les procédures fiscales qui n'ont pas un caractère pénal (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 146 et les références citées), y compris les procédures en rappel d'impôt (RF 61/2006 p. 372 consid. 2.2), mais n'a pas vraiment examiné les liens entre une procédure de rappel et une procédure en soustraction fiscale (arrêts 2P.177/2007 du 23 août 2007 consid. 4.2. et 4.3; 2A.67/2004 du 17 février 2005 consid. 4.2; sur cette problématique, voir HUGO CASANOVA, Commentaire romand, Bâle 2008, n. 10 ad <ref-law>; XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse 3ème éd. Bâle 2007, § 24, n. 10 p. 487). Il n'y a cependant pas lieu d'entrer plus avant sur ce point, dès lors que, de toute manière, il n'est pas reproché en l'espèce à la recourante un manque de collaboration et que celle-ci ne fait pas grief au Tribunal administratif de l'avoir contrainte à contribuer à sa propre incrimination (arrêt 2P.4/2007 du 23 août 2007, consid. 4.3).
2.3 Les règles sur le fardeau de la preuve s'appliquent également à la procédure devant les autorités de recours en matière fiscale (<ref-law>; arrêt 2A.105/2007 du 3 septembre 2007, consid. 4.4 in RDAF 2007 II p. 299).
2.4 Dans le cas particulier, le Tribunal administratif a constaté que la recourante n'avait pas pu établir que les sommes versées à Y._ étaient un salaire, mais ne dit pas qu'elle aurait manqué à ses devoirs de collaboration. Celle-ci a, au contraire, fourni tous les éléments dont elle disposait pour justifier son point de vue. Il n'était en effet pas possible que la Société établisse, après coup, un contrat de travail à Y._. Quant au loyer que ce dernier aurait dû facturer à la recourante pour les activités qu'il a exercées depuis son domicile de Vésenaz, il n'était nullement obligatoire. La juridiction cantonale n'a pas non plus expliqué pourquoi elle avait écarté le témoignage de la comptable de la Société, dont les compétences ont été reconnues par l'Administration fiscale, laquelle avait confirmé l'activité salariée de Y._ en 2001. Or, comme on l'a vu (supra consid. 2.2), il appartenait d'abord à l'Administration fiscale d'établir que les sommes versées étaient une distribution dissimulée de bénéfices. En considérant que la reprise était bien-fondée, car la recourante n'était pas parvenue à démontrer que les sommes versées à Y._ étaient bel et bien un salaire et non une distribution de bénéfices dissimulée, l'autorité attaquée a méconnu les règles sur le fardeau de la preuve, et partant, violé le droit fédéral.
2.5 Dès lors que le Tribunal fédéral n'est pas lié par la motivation retenue par l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 252), il y a lieu de se demander si les faits constatés par le Tribunal administratif permettent de tenir pour établi que les montants comptabilisés par la société à titre de salaires de Y._ constituent en réalité une distribution cachée de dividendes, ce qui justifierait la décision attaquée.
Dans son arrêt du 20 juin 2008, le Tribunal fédéral avait renvoyé la cause au Tribunal administratif afin qu'il complète les faits au sujet de l'activité déployée par Y._ dans la Société. Celui-ci devait ainsi déterminer si le poste contesté représentait un salaire ou une distribution dissimulée de bénéfices. Or, dans l'arrêt attaqué, les juges cantonaux n'ont pas fait de constatations à ce sujet. Ils présentent les versions des deux parties, mais sans procéder à une subsomption en indiquant quels faits, parmi les éléments invoqués, ils tiendraient pour établis. En revanche, comme on l'a vu (supra consid. 2.4), le Tribunal administratif a raisonné en appliquant les règles du fardeau de la preuve et a admis le bien-fondé de la reprise d'impôt, en faisant supporter à tort les conséquences d'une absence de preuves à la recourante. Il faut donc en conclure que les juges cantonaux ne sont pas parvenus à établir les faits déterminants, comme le Tribunal fédéral les invitait à le faire dans son arrêt du 28 juin 2008. En pareilles circonstances, il n'est pas justifié de renvoyer une nouvelle fois la cause à l'instance cantonale pour qu'elle établisse les faits pertinents sur ce point. Les conséquences de l'absence d'éléments déterminants justifiant la reprise d'impôt litigieuse doivent ainsi être supportées par l'Administration fiscale.
3. Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis et l'arrêt attaqué annulé, ce qui a pour conséquence de mettre fin à la procédure de rappel d'impôt litigieuse et de soustraction fiscale. Le canton de Genève, dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 4 a contrario LTF). Il devra également verser à la recourante une indemnité à titre de dépens (<ref-law>). L'affaire sera en outre renvoyée au Tribunal administratif pour qu'il statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est annulé.
2. La cause est renvoyée au Tribunal administratif pour qu'il statue sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr. sont mis à la charge du canton de Genève.
4. Le canton de Genève versera au mandataire de la recourante une indemnité de 3'000 fr. à titre de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale genevoise, au Tribunal administratif du canton de Genève et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 23 juillet 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Müller Rochat