Sachverhalt:
Die Zentralschweizer BVG- und Stiftungsaufsicht (ZBSA) stellte mit Verfügung vom 1. Mai 2012 fest, dass die von der PensFlex - Sammelstiftung für die ausserobligatorische berufliche Vorsorge (nachfolgend Sammelstiftung) im Rahmen von Art. 1e BVV2 angebotenen individuellen Anlagestrategien vorgängig durch den Experten für berufliche Vorsorge auf deren Angemessenheit hin zu überprüfen seien.
Mit Eingabe vom 31. Mai 2012 erhob die Sammelstiftung Beschwerde und beantragte unter anderem, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen. In der Vernehmlassung vom 13. August 2012 beantragte die ZBSA nebst der Abweisung der Beschwerde in der Hauptsache die Ablehnung des Antrags auf aufschiebende Wirkung.
Mit Zwischenverfügung vom 6. September 2012 wies das Bundesverwaltungsgericht das Gesuch um Erteilung der aufschiebenden Wirkung der Beschwerde ab.
Die Sammelstiftung lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, in Aufhebung der Zwischenverfügung sei der vorinstanzlichen Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen. Für das letztinstanzliche Verfahren wird ebenfalls die aufschiebende Wirkung der Beschwerde und die Anordnung einer mündlichen Parteiverhandlung beantragt.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht überprüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob eine Beschwerde zulässig ist (<ref-ruling> E. 1 S. 216; <ref-ruling> E. 1 S. 117, je mit Hinweisen).
1.2 Verfügungen über aufschiebende Wirkung sind Zwischenverfügungen, gegen welche die Beschwerde an das Bundesgericht nur unter den Voraussetzungen von <ref-law> zulässig ist. Die Frage, ob im vorliegenden Fall ein nicht wieder gutzumachender Nachteil (<ref-law>) rechtsgenüglich dargetan worden und gegeben ist, kann offenbleiben. Verfügungen über die aufschiebende Wirkung stellen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen im Sinne von <ref-law> dar. Gemäss der in <ref-law> enthaltenen Vorschrift kann mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden. Auch eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen kommt nur in Frage, wenn die Vorinstanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat (vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 588). Für alle Vorbringen betreffend die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gilt das strenge Rügeprinzip. Das bedeutet, dass die rechtsuchende Partei präzise angeben muss, welches verfassungsmässige Recht durch den angefochtenen vorinstanzlichen Entscheid verletzt wurde, und im Einzelnen darzulegen hat, worin die Verletzung besteht (<ref-ruling> E. 3.2 S. 444). Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 3.1 S. 399 f.; SVR 2007 IV Nr. 43 S. 143, 9C_191/2007).
2. In der Beschwerde wird nicht dargelegt, dass und inwiefern der angefochtene Entscheid verfassungsmässige Rechte verletzt. Die umfangreiche Beschwerde enthält bezüglich der Voraussetzungen, auf denen die verfügte Abweisung der aufschiebenden Wirkung beruht, keine nach <ref-law> zulässigen Rügen, befasst sie sich doch mit der materiellen Seite des Falles und enthält sie mit Bezug auf die Frage der aufschiebenden Wirkung nur materiellrechtliche und nicht verfassungsrechtliche Kritik. Es wird einzig in verfahrensrechtlicher Hinsicht die Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) gerügt und geltend gemacht, die Vorinstanz habe der Beschwerdeführerin erst auf die dritte Aufforderung hin die Vernehmlassungsantwort der Beschwerdegegnerin vom 13. August 2012 zugestellt. Zum einen ist in diesem Zusammenhang <ref-law> klar nicht erfüllt, zum andern erfolgten die Aufforderungen am 10., 14. und 18. September 2012 und mithin nach Zustellung der angefochtenen Zwischenverfügung am 7. September 2012. Es wird denn auch nicht dargelegt, inwiefern beim Entscheid über die aufschiebende Wirkung ein Anspruch auf Replik bestehen sollte.
3. Mit diesem Entscheid wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung der Beschwerde im letztinstanzlichen Verfahren, soweit eine solche überhaupt möglich wäre, gegenstandslos. Für die Anordnung einer mündlichen Parteiverhandlung besteht kein Raum.
4. Nach <ref-law> hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesverwaltungsgericht und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 26. Oktober 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Nussbaumer