Sachverhalt:
A.
Die CSL Behring Recombinant Facility AG (nachfolgend: CSL) beabsichtigt, auf den Parzellen Nrn. 2912 und 3257 in Lengnau eine Produktionsanlage zur Herstellung von Blutgerinnungsfaktoren zu erstellen. Die Parzellen befinden sich im Eigentum der Burgergemeinde Lengnau und liegen im kantonalen Entwicklungsschwerpunkt Arbeiten (ESP-A) Lengnaumoos gemäss kantonalem Richtplan. Die planungsrechtlichen Grundlagen sollen mittels einer kantonalen Überbauungsordnung (KÜO) geschaffen werden. Mit Beschluss vom 24. Juni 2014 bezeichnete der Regierungsrat den Erlass der KÜO als prioritäres Verfahren im Sinne von Art. 2a des Berner Koordinationsgesetzes vom 21. März 1994 (KoG; BSG 724.1).
Am 3. November 2014 reichte die CSL ein Baugesuch ein für den Neubau einer Produktionsanlage inklusive dazugehörender Administrations-, Lager- und Logistikgebäude. Die Burgergemeinde Lengnau stellte am 4. November 2014 ein Baugesuch für die Detailerschliessung des KÜO-Areals. Die ehemaligen Städtischen Werke Grenchen (SWG) ersuchten am 19. September 2014 um die Bewilligung für die Umlegung der Gashochdruckleitung. Diese Bewilligungsverfahren wurden von der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern (JGK) mit dem Planerlassverfahren koordiniert.
Gegen das Vorhaben erhob A._ am 9. Februar 2015 Einsprache. Mit Verfügung vom 30. April 2015 beschloss die JGK die KÜO "CSL Lengnau", erteilte die beantragten Bewilligungen und entschied über die Einsprachen; auf diejenige von A._ trat sie nicht ein.
B.
Gegen diese Verfügung erhoben A._ und weitere Einsprecher am 1. Juni 2015 je einzeln Beschwerde an den Regierungsrat des Kantons Bern. Dieser vereinigte die Beschwerdeverfahren und wies die Rechtsmittel am 29. Juni 2015 ab.
C.
Dagegen erhob A._ am 30. Juli 2015 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil der Einzelrichterin vom 23. September 2015 ab, soweit es darauf eintrat.
D.
Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat A._ am 26. Oktober 2015 (Poststempel), mit Ergänzung vom 30. Oktober 2015, Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die JGK zurückzuweisen.
E.
Die CSL, die Burgergemeinde Lengnau und das Verwaltungsgericht beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die JGK und die Einwohnergemeinde Lengnau schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
Am 16. November 2015 reichte die Beschwerdeführerin eine weitere Beschwerdeergänzung und zusätzliche Unterlagen zu den Akten.
In ihrer Replik vom 3. Dezember 2015 hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest und reicht weitere Unterlagen ein.
F.
Mit Verfügung vom 16. November 2015 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid des Verwaltungsgerichts (Art. 86 Abs. 1 lit. d und 90 BGG), der eine Nichteintretensverfügung der JGK in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (<ref-law>) bestätigt. Die Beschwerdeführerin ist als Partei des kantonalen Verfahrens zur Beschwerde befugt, soweit sie geltend macht, ihr sei die Einsprachebefugnis zu Unrecht abgesprochen und ihr das rechtliche Gehör verweigert worden (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde ist daher grundsätzlich einzutreten.
Soweit die Beschwerdeführerin materielle Kritik am Bauvorhaben und an dessen Behandlung im prioritären Verfahrens äussert, liegt dies ausserhalb des Streitgegenstands, weshalb darauf nicht einzutreten ist.
Die Beschwerdeschrift muss die Begehren und deren Begründung mit Angabe der Beweismittel enthalten (<ref-law>). Spätere Ergänzungen der Beschwerdeschrift sind nur ausnahmsweise zulässig, unter den besonderen Voraussetzungen nach <ref-law>, die hier nicht vorliegen. Die Beschwerdeergänzungen vom 30. Oktober und 16. November 2015 können daher nicht berücksichtigt werden.
2.
Zunächst ist die von der Beschwerdeführerin gerügte Verletzung des rechtlichen Gehörs vor dem Regierungsrat zu prüfen.
2.1. Der damalige Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin verfasste am 26. Juni 2015 eine Replik zu den Vernehmlassungen der Gegenseite und der Vorinstanzen, die aufgrund eines Versehens der Post erst am 30. Juni 2015 der instruierenden Behörde (Rechtsamt der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion) zugestellt wurde. Diese fragte aber am 29. Juni 2015 telefonisch beim Rechtsvertreter nach, woraufhin ihr die Replik per E-Mail zugestellt wurde. Der Entscheid des Regierungsrats erging noch am selben Tag.
Das Verwaltungsgericht hielt fest, dass nach kantonaler Praxis im Verfahren vor dem Regierungsrat grundsätzlich ein Replikrecht bestehe, d.h. das Recht, zu allen von der Vorinstanz und den Gegenparteien eingereichten Eingaben Stellung zu nehmen, unabhängig von deren Entscheidrelevanz. Allerdings habe die Beschwerdeführerin in ihrer Replik im Wesentlichen nochmals die Argumente ihrer Beschwerde vom 1. Juni 2015 wiederholt; diese seien vom Regierungsrat im angefochtenen Entscheid geprüft worden. Soweit in der Replik erstmals die Höhe der Kostennoten der Beschwerdegegnerinnen gerügt worden sei, habe sich der Regierungsrat damit auseinandergesetzt und den Parteikostenersatz gekürzt. Insofern habe er die Replik nicht nur tatsächlich erhalten, sondern sie auch rechtsgenüglich berücksichtigt. Er sei daher nicht verpflichtet gewesen, mit seinem Entscheid länger zuzuwarten.
2.2. Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, der Regierungsrat habe sich nicht mit sämtlichen Vorbringen der Replik auseinandergesetzt, insbesondere nicht mit dem Argument, die KÜO lasse weithin sichtbare Bauten in Höhe von 40 m zu.
Dieser Vorwurf trifft nicht zu: Das Argument der Beschwerdeführerin, die KÜO lasse Hochhäuser zu, die in einer von Niedrigbauten geprägten Gemeinde wie Lnegnau weithin sichtbar seien, wurde vom Regierungsrat in seinen Erwägungen zur Einsprachelegitimation der Beschwerdeführerin ausdrücklich erwähnt (E. 2a S. 6) und behandelt (E. 2d S. 9 oben) : Der Regierungsrat ging davon aus, dass kein direkter Sichtkontakt zwischen den Grundstücken der Beschwerdeführerin und dem Standort der KÜO bestehe, weshalb auch die ästhetische Gestaltung des Bauvorhabens keine hinreichende Beziehungsnähe begründe.
Damit hat sich der Regierungsrat mit den in der Replik enthaltenen Vorbringen auseinandergesetzt, und zwar nicht nur im Kostenpunkt (vgl. E. 13c S. 45), sondern auch hinsichtlich der Einsprachelegitimation der Beschwerdeführerin. Das Verwaltungsgericht hat daher eine Verletzung des rechtlichen Gehörs zu Recht verneint.
3.
Streitig ist in erster Linie die Einsprachebefugnis der Beschwerdeführerin. Diese richtet sich nach kantonalem Recht (hier: Art. 35 Abs. 2 lit. a, 60 Abs. 2 und 61a Abs. 2 lit. a des Berner Baugesetzes vom 9. Juni 1985 [BauG; BSG 721.0]). Dieses muss die Legitimation aber mindestens im gleichen Umfang wie für die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gewährleisten (Art. 33 Abs. 3 lit. a RPG; <ref-law>). Vorliegend beruft sich die Beschwerdeführerin auf die Verletzung dieser bundesrechtlichen Mindestanforderungen. Diese sind daher nachfolgend zu prüfen.
3.1. Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht ist berechtigt, wer durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung besitzt (<ref-law>). Verlangt wird, dass der Beschwerdeführer über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache verfügt (lit. b) und einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids zieht (lit. c). Die Nähe der Beziehung zum Streitgegenstand muss bei Bauprojekten insbesondere in räumlicher Hinsicht gegeben sein. Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann (<ref-ruling> E. 1.3 S. 413 mit Hinweisen).
Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts sind Nachbarn von Bauprojekten zur Beschwerdeführung legitimiert, wenn sie mit Sicherheit oder zumindest grosser Wahrscheinlichkeit durch Immissionen (Lärm, Staub, Erschütterungen, Licht oder andere Einwirkungen) betroffen werden, die der Bau oder Betrieb der fraglichen Anlage hervorruft. Sind solche Beeinträchtigungen zu erwarten, kann ein grosser Kreis von Personen zur Beschwerdeführung legitimiert sein, etwa beim Betrieb eines Flughafens oder einer Schiessanlage (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 285 mit Hinweisen).
Als wichtiges Kriterium zur Beurteilung der Betroffenheit dient die räumliche Distanz zum umstrittenen Bauvorhaben. Die Rechtsprechung bejaht in der Regel die Legitimation von Nachbarn, deren Liegenschaften sich in einem Umkreis von bis zu rund 100 m befinden. Bei grösseren Entfernungen muss eine Beeinträchtigung aufgrund der konkreten Gegebenheiten glaubhaft gemacht werden. Dabei darf nicht schematisch auf einzelne Kriterien (insbesondere Distanzwerte) abgestellt werden, sondern ist eine Gesamtwürdigung anhand der konkreten Verhältnisse erforderlich (<ref-ruling> E. 2.3 S. 219 f. mit Hinweisen).
Schliesslich kann sich die besondere Betroffenheit daraus ergeben, dass durch die streitige Anlage ein besonderer Gefahrenherd geschaffen wird und sich die Anwohner einem erhöhten Risiko ausgesetzt sehen. Insbesondere für Beschwerden im Bereich der Störfallvorsorge ist dem Gefährdungspotenzial einer Anlage Rechnung zu tragen: Jedermann, der innerhalb eines Bereichs lebt, der von einem Störfall besonders betroffen wäre, hat ein schutzwürdiges Interesse daran, dass der Eigenart und der Grösse der Gefahr angemessene und geeignete Schutzmassnahmen ergriffen werden (<ref-ruling> E. 4d S. 388 mit Hinweisen). Der besonders betroffene Personenkreis lässt sich hier über den potenziellen Einwirkungskreis des Störfalls bestimmen und abgrenzen (<ref-ruling> E. 4.6 und 4.7 S. 328 f. mit Hinweisen).
Im Urteil <ref-ruling>, in dem es ebenfalls um eine Anlage zur Herstellung von Blutgerinnungsmitteln ging, wurde eine erhöhte Gefahr für die Anwohner bejaht, die von den Auswirkungen eines Störfalls am unmittelbarsten betroffen wären. Das Bundesgericht ging damals davon aus, dass zumindest einige der Beschwerdeführer, die wenige hundert Meter um die Anlage herum wohnten, stärker betroffen wären als jedermann (E. 4e S. 389).
3.2. Nach den insoweit unstreitigen Feststellungen der Vorinstanz ist die Beschwerdeführerin Eigentümerin der Liegenschaft N._ in Lengnau und Mieterin der benachbarten Liegenschaft O._. Diese liegen im nördlichen Teil von Lengnau, rund 1 km nordöstlich des Areals der KÜO, das sich am südöstlichen Dorfrand befindet. Die Entfernung der geplanten Bauten zur Parzelle der Beschwerdeführerin beträgt mehr als 1 km. Dazwischen liegen grosse Teile des Dorfs Lengnau (mehrheitlich Wohngebiete), das von mehreren Strassen und der Bahnlinie unterteilt wird.
Unter diesen Umständen ist die Würdigung der Vorinstanzen, dass die Beschwerdeführerin keine besondere räumliche Beziehungsnähe zum Bau aufweist und von deren Emissionen im Normalbetrieb nicht besonders betroffen ist, nicht zu beanstanden. Dies gilt selbst dann, wenn sie von ihren Liegenschaften aus Sichtkontakt zu den geplanten Industriebauten haben sollte (was vom Verwaltungsgericht offen gelassen wurde) : Aufgrund der grossen Entfernung wäre sie von deren Anblick nicht mehr als die Allgemeinheit betroffen.
Gleiches gilt für die von der Beschwerdeführerin befürchtete Trinkwasserknappheit bei Trockenheit, aufgrund des hohen Wasserverbrauchs der Anlage: Auch diese betrifft sie in gleicher Weise wie alle Trinkwasserbezüger in der Umgebung. Auch die von ihr befürchtete Verschmutzung des Abwassers und die Beeinträchtigung des Naherholungsgebiets Lengnaumoos berühren sie nicht spezifisch und vermögen daher keine Legitimation zu begründen.
3.3. Zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin bei einem Störfall einer erhöhten Gefährdung ausgesetzt wäre und aufgrund dessen zur Beschwerde befugt ist.
3.3.1. Dies wurde vom Regierungsrat verneint, gestützt auf den in den Baugesuchsakten liegenden Kurzbericht gemäss Störfallverordnung vom 27. Februar 1991 (StFV; SR 814.012) für stationäre Betriebe mit chemischen Gefahrenstoffen. Das Projekt fällt aufgrund der deklarierten Mengen an Salpetersäure und Natronlauge in den Geltungsbereich der Störfallverordnung. Der Regierungsrat gelangte zum Ergebnis, dass auch die schlimmstmöglichen Störfallszenarien (Havarie eines Tank-LKW mit stark wassergefährdender Natronlauge; Explosion des Ethanollagers mit Trümmerwurf) höchstens den unmittelbaren Umkreis der Anlage betreffen würden, nicht aber die in rund 1 km Entfernung wohnende Beschwerdeführerin. Das Verwaltungsgericht erachtete diese Ausführungen als überzeugend. Soweit die Beschwerdeführerin im Explosionsfall einen Unterbruch der Stromversorgung befürchte, wären alle Strombezüger davon in gleicher Weise betroffen.
Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Erwägungen nicht substanziiert auseinander und legt nicht dar, inwiefern sie in tatsächlicher Hinsicht offensichtlich unrichtig oder in rechtlicher Hinsicht bundesrechtswidrig wären; dies ist auch nicht ersichtlich.
3.3.2. Sie macht dagegen geltend, dass es weitere Gefahren geben könnte, die noch nicht analysiert und berechnet worden seien; ohnehin sei ledigilich die erste Bauetappe berücksichtigt worden.
Der Entscheid der JGK enthält die Auflage, vor Rohbaubeginn mit den verantwortlichen Stellen eine Gefahrenanalyse zu erstellen, in welcher insbesondere darzulegen sei, ob und wie sich mögliche Ereignisse der Bahn oder Gasleitung auf störfallrelevante Anlagen der CSL auswirkten und ob weitere Auswirkungen, ausgehend von der CSL, möglich seien. Diese Auflage erfolgte in Berücksichtigung des Fachberichts des kantonalen Laboratoriums vom 17. Dezember 2014. Daraus ergibt sich zwar, dass weitere Störfallszenarien möglich sind, insbesondere im Zusammenhang mit Bahn- oder Gasleitungsunfällen im Umfeld der geplanten Anlage. Dagegen ist weder ersichtlich noch wird dargelegt, inwiefern diese gravierendere Folgen haben könnten als die vom Regierungsrat untersuchten worst-case -Szenarien und die über 1 km entfernte Beschwerdeführerin besonders betreffen würden.
Sofern - wie die Beschwerdeführerin befürchtet - zu einem späteren Zeitpunkt zusätzliche Anlagen im Perimeter der KÜO errichtet werden, müssten diese im ordentlichen Verfahren bewilligt werden. In diesem Rahmen müsste das Gefährdungspotenzial der Gesamtanlage neu ermittelt und allenfalls neu über die Einsprachebefugnis der Beschwerdeführerin entschieden werden.
4.
Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 und 68 BGG). Die Burgergemeinde Lengnau ist als Grundeigentümerin am Verfahren beteiligt und hat daher - wie die CSL - Anspruch auf eine Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit je Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kanton Bern, der Einwohnergemeinde Lengnau und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, Einzelrichterin, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Dezember 2015
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Gerber