Fatti:
A. Nel gennaio del 2003 la Procura della Repubblica italiana presso il Tribunale di Milano ha aperto un procedimento penale nei confronti, tra gli altri, di A._, amministratore delegato di D.X._S.p.A., di E._, vicepresidente di D.X._S.p.A., di F._, amministratore delegato di B.X._S.p.A. e di altri dirigenti di società del gruppo X._, siccome sospettati di corruzione aggravata, riciclaggio di denaro, partecipazione ad associazione a delinquere, appropriazione indebita aggravata ed altri reati ai danni delle società del gruppo.
Gli indagati erano in particolare sospettati di essersi appropriati illecitamente, tra il 1999 e il 2002, di parte del patrimonio della D.X._S.p.A. mediante la stipulazione di contratti di consulenza e di fornitura di manodopera specializzata con società di comodo da loro controllate o messe a disposizione da persone compiacenti, segnatamente da G._, per attività in tutto o in parte inesistenti. Avrebbero inoltre corrotto funzionari italiani e stranieri allo scopo di ottenere l'aggiudicazione di appalti nel settore degli impianti per l'energia elettrica e per opere di desalinizzazione, facendosi poi retrocedere parte degli importi pagati illecitamente. Il denaro provento dei reati sarebbe poi stato trasferito su conti bancari svizzeri di spettanza degli indagati o di loro familiari o su altri conti esteri messi a disposizione da terzi, segnatamente da H._.
B. Con sentenza del 4 ottobre 2006 del Giudice per le indagini preliminari presso il Tribunale di Milano, emanata secondo il rito del patteggiamento, H._ è stato condannato a una pena di un anno e quattro mesi di reclusione, sospesa condizionalmente, in particolare per essersi associato, tra gli altri, con i suddetti dirigenti del gruppo X._ e con G._ al fine di appropriarsi indebitamente di fondi della D.X._S.p.A., nonché per avere partecipato a un disegno criminoso volto a favorire le società I._ e J._ nell'aggiudicazione di commesse, concordando compensi illeciti con i dirigenti delle stesse.
Il 27 luglio 2007 la Procura della Repubblica ha chiesto il rinvio a giudizio, tra gli altri, di G._, A._, E._ e F._. Il 27 aprile 2009 il Giudice per le indagini preliminari ha emanato il decreto che dispone il giudizio nei confronti segnatamente di A._, E._ e F._. Con una sentenza di patteggiamento di stessa data ha in particolare condannato G._ alla pena di due anni e sei mesi di reclusione e disposto la confisca di EUR 5'000.--. Il 9 febbraio 2010 è stato aperto il dibattimento dinanzi al Tribunale di Milano.
C. Frattanto, con atto di accusa del 15 giugno 2009, il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha messo in stato di accusa dinanzi al Tribunale penale federale (TPF) G._, A._, E._ e la di lui moglie K._, F._ e la di lui moglie L._, nonché il consulente bancario M._ per riciclaggio di denaro giusta l'art. 305bis CP, in parte aggravato. In sostanza, il MPC rimprovera loro di avere compiuto in Svizzera atti suscettibili di vanificare l'accertamento dell'origine, il ritrovamento o la confisca di valori patrimoniali provento dei reati commessi all'estero ai danni di società del gruppo X._, riconducibili segnatamente a tangenti per l'ottenimento di commesse pubbliche e alla stipulazione di contratti di consulenza e di outsourcing fittizi.
D. Con sentenza del 18 marzo 2010 la Corte penale del TPF ha riconosciuto G._ autore colpevole di riciclaggio di denaro aggravato limitatamente a determinati capi di accusa, per complessivi USD 840'404.59, e lo ha condannato alla pena pecuniaria di 180 aliquote giornaliere di fr. 10.-- ciascuna, a valere quale pena complementare alla pena di due anni e sei mesi di reclusione inflittagli mediante la sentenza 27 aprile 2009 del giudice italiano. Ha inoltre riconosciuto E._ autore colpevole di riciclaggio di denaro aggravato, nonché di ripetuto riciclaggio di denaro limitatamente a determinati capi di accusa, per complessivi USD 840'404.59, condannandolo alla pena detentiva di 14 mesi e alla pena pecuniaria di 30 aliquote giornaliere di fr. 100.-- ciascuna, sospese condizionalmente per un periodo di prova di due anni. La Corte penale del TPF ha pure riconosciuto A._ autore colpevole di ripetuto riciclaggio di denaro limitatamente ad alcuni capi di accusa, per complessivi EUR 3'276'221.-- e USD 242'000.-- e lo ha condannato alla pena detentiva di 17 mesi, sospesa condizionalmente per un periodo di prova di due anni. Gli accusati sono stati prosciolti dai capi di accusa che non sono stati oggetto di condanna.
La Corte penale del TPF ha per contro prosciolto da tutte le imputazioni K._, F._, L._, nonché M._ ed ha dichiarato irricevibili per incompetenza giurisdizionale le pretese delle parti civili C.X._S.p.A., D.X._S.p.A. e B.X._S.p.A. Ha inoltre ordinato la confisca di USD 840'404.59 depositati sulla relazione yyy intestata a zzz presso la banca N._ di Chiasso e di EUR 3'276'221.-- e USD 242'000.-- depositati sulla relazione vvv www intestata a A._ presso la banca O._ di Singapore, già oggetto di sequestro. Per i restanti beni e valori è stato ordinato il dissequestro.
E. C.X._S.p.A., D.X._S.p.A. e B.X._S.p.A. impugnano questa sentenza con un ricorso in materia penale al Tribunale federale, chiedendo di riformare i punti del dispositivo sull'irricevibilità delle pretese di parte civile e sulla confisca, nel senso di ammettere tali pretese e di assegnare loro gli importi oggetto di confisca. Le ricorrenti fanno valere segnatamente la violazione del diritto federale e del diritto internazionale.
Non sono state chieste osservazioni sul merito del gravame.
F. La sentenza della Corte penale del TPF è stata impugnata con ricorsi in materia penale anche dal MPC (causa 6B_735/2010), da E._ (causa 6B_727/2010) e da A._ (causa 6B_718/2010). I rispettivi ricorsi sono oggetto di giudizi distinti.
G. Con decreto presidenziale del 14 ottobre 2010 è stato conferito effetto sospensivo al dispositivo della sentenza impugnata concernente la confisca e il dissequestro dei valori patrimoniali.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (cfr. art. 29 cpv. 1 LTF) e l'ammissibilità del ricorso (<ref-ruling> consid. 3 e rinvii).
1.1 Il ricorso, tempestivo e diretto contro una decisione finale, resa in materia penale, dalla Corte penale del TPF, è ammissibile sotto il profilo degli art. 78 cpv. 1, 80 cpv. 1, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.1 Il ricorso, tempestivo e diretto contro una decisione finale, resa in materia penale, dalla Corte penale del TPF, è ammissibile sotto il profilo degli art. 78 cpv. 1, 80 cpv. 1, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.2 1.2.1 Le ricorrenti fondano la loro legittimazione a ricorrere sull'art. 81 cpv. 1 lett. a LTF e sull'art. 89 cpv. 1 lett. b e c LTF. Quest'ultima disposizione riguarda tuttavia il ricorso in materia di diritto pubblico e non entra pertanto in considerazione. Determinante è unicamente l'art. 81 cpv. 1 LTF, secondo cui ha diritto di interporre ricorso in materia penale chi ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a) e ha un interesse giuridicamente protetto all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (lett. b).
Poiché sia la decisione impugnata sia il ricorso sono precedenti alla modifica dell'art. 81 LTF entrata in vigore il 1° gennaio 2011 contestualmente all'entrata in vigore del Codice di diritto processuale penale svizzero (RU 2010 2017 e 3293), la legittimazione ricorsuale delle ricorrenti deve essere esaminata alla luce del tenore previgente della norma (cfr. art. 132 cpv. 1 LTF). In particolare, il precedente art. 81 cpv. 1 lett. b n. 5 LTF riconosceva un interesse giuridicamente protetto alla vittima, se la decisione poteva influire sul giudizio delle sue pretese civili. La nozione di vittima ai sensi di questa disposizione corrisponde a quella dell'art. 1 cpv. 1 LAV (RS 312.5) e concerne quindi le persone lese direttamente nella loro integrità fisica, psichica o sessuale a causa di un reato.
Le ricorrenti, quali persone giuridiche che sarebbero state danneggiate essenzialmente nel loro patrimonio dai reati imputati agli accusati, non rivestono manifestamente la qualità di vittima ai sensi della LAV.
1.2.2 Secondo la giurisprudenza, il danneggiato che non è vittima ai sensi della LAV non è legittimato a interporre un ricorso in materia penale sul principio della colpevolezza penale. Egli non è quindi abilitato a contestare il merito di una decisione di abbandono o di proscioglimento. La pretesa punitiva spetta infatti unicamente allo Stato e il danneggiato non può prevalersi di un interesse giuridico ai sensi dell'art. 81 cpv. 1 lett. b LTF. Nemmeno può rimproverare all'autorità cantonale di aver violato la Costituzione, segnatamente il divieto dell'arbitrio nell'applicare la legge, nell'accertare i fatti, nel valutare le prove o nell'apprezzarne la rilevanza (<ref-ruling> consid. 1.1, 29 consid. 1.7.2; <ref-ruling> consid. 2).
Il danneggiato, come pure il denunciante, la parte lesa o la parte civile, può ricorrere al Tribunale federale solo per dolersi di un diniego di giustizia formale, ossia della violazione di norme di procedura che gli accordano determinati diritti di parte. Il danneggiato può pertanto far valere, per esempio, che a torto il ricorso non sarebbe stato esaminato nel merito, ch'egli non sarebbe stato sentito, che gli sarebbe stata negata la possibilità di consultare gli atti o che non gli sarebbe stata riconosciuta, a torto, la qualità di danneggiato (<ref-ruling> consid. 1.1). In tal caso, l'interesse giuridicamente protetto non si fonda su aspetti di merito, bensì sul diritto di essere parte nella procedura, conformemente alle norme processuali o a quelle sgorganti dalla Costituzione federale o dalla CEDU (<ref-ruling>). Al danneggiato è inoltre riconosciuta la legittimazione ricorsuale in relazione alle sue pretese civili, ma unicamente laddove l'autorità cantonale di ultima istanza era chiamata a pronunciarsi sia sulle questioni di rilevanza penale sia su quelle di rilevanza civile (cfr. art. 78 cpv. 2 lett. a LTF; <ref-ruling> consid. 1.9).
In concreto, le ricorrenti sono quindi abilitate unicamente a fare valere che la precedente istanza, si sarebbe rifiutata a torto di entrare nel merito della loro domanda di risarcimento e di esaminare le loro pretese civili.
2. 2.1 Le ricorrenti lamentano la violazione degli art. 70 cpv. 1 CP, 210 e 211 PP, sostenendo essenzialmente che quali parti civili nel procedimento svizzero per riciclaggio, esse sarebbero abilitate a fare valere le loro pretese civili, le quali si fonderebbero innanzitutto sull'art. 41 CO.
Giusta l'art. 210 cpv. 1 PP, le pretese civili derivanti da un reato possono essere fatte valere nella procedura penale federale. Esse sono giudicate dai tribunali penali federali nella misura in cui l'imputato non sia stato assolto o il procedimento abbandonato. Secondo l'art. 211 PP, l'azione civile deve essere prodotta al più tardi all'apertura del dibattimento. L'art. 70 cpv. 1 CP prevede in particolare che il giudice ordina la confisca dei valori patrimoniali che costituiscono il prodotto di reato, a meno che debbano essere restituiti alla persona lesa allo scopo di ripristinare la situazione legale.
Le disposizioni invocate dalle ricorrenti presuppongono tuttavia la competenza del giudice svizzero a statuire sulla loro domanda di risarcimento dei danni. Ora, trattandosi in concreto di un ambito internazionale, la competenza in materia di azione adesiva è innanzitutto disciplinata dalla LDIP (RS 291) e in particolare dalla CL (RS 0.275.11), normative che di principio sono quindi state richiamate a ragione dalla precedente istanza (cfr. <ref-ruling> consid. 9.2). Quest'ultima al riguardo ha rilevato che in precedenza, il 16 gennaio 2008, le ricorrenti si erano già costituite parti civili nel procedimento dinanzi al giudice italiano, il cui dibattimento si è aperto il 9 febbraio 2010. Le richieste presentate in quella sede perseguivano il medesimo titolo di quelle formulate dinanzi al TPF nei confronti di G._, E._, A._ e F._. La precedente istanza ha ritenuto indiscussa la competenza del giudice italiano, in quanto foro naturale sia penale sia civile del reato a monte e, siccome adita successivamente, si è dichiarata incompetente a statuire sulle stesse richieste formulate dinanzi ad essa.
2.2 La Svizzera e l'Italia sono entrambe parti alla CL. Secondo l'art. 5 n. 4 CL, il convenuto domiciliato nel territorio di uno Stato contraente può essere citato in un altro Stato contraente qualora si tratti di un'azione di risarcimento di danni o di restituzione, nascente da reato, davanti al giudice davanti al quale l'azione penale è esercitata, sempreché secondo la propria legge questo possa conoscere dell'azione civile. Si tratta al riguardo di un foro alternativo, in cui il danneggiato può proporre un'azione adesiva (cfr. JÜRG-BEAT ACKERMANN, Geldwäschereinormen - taugliche Vehikel für den privaten Geschädigten?, in: Niklaus Schmid/Jürg-Beat Ackermann, Wiedererlangung widerrechtlich entzogener Vermögenswerte mit Instrumenten des Straf-, Zivil-, Vollstreckungs- und internationalen Rechts, 1999, pag. 44 e nota n. 43). In materia di litispendenza, l'art. 21 CL prevede poi che qualora davanti a giudici di Stati contraenti differenti e tra le stesse parti siano state proposte domande aventi il medesimo titolo, il giudice successivamente adito sospende d'ufficio il procedimento finché sia stata accertata la competenza del giudice preventivamente adito (cpv. 1). Se la competenza del giudice preventivamente adito è stata accertata, il giudice successivamente adito dichiara la propria incompetenza a favore del giudice preventivamente adito (cpv. 2). La nozione di "medesimo titolo" ai sensi della norma convenzionale non deve essere interpretata in modo restrittivo, bensì concentrandosi sul punto centrale delle procedure, considerando che due domande hanno il medesimo titolo se hanno fondamento e oggetto identici. Per fondamento si intendono fattispecie e base legale, mentre per oggetto si intende lo scopo dell'azione. Nella sostanza, l'art. 21 CL mira ad evitare l'emanazione di sentenze esecutive contraddittorie da parte degli Stati contraenti, il cui riconoscimento sarebbe peraltro impedito dall'art. 27 n. 3 CL. Per raggiungere questo obiettivo, occorre applicare la disposizione a tutte le procedure nelle quali un conflitto simile appaia possibile (cfr. <ref-ruling> consid. 5; sentenze 4A_538/2010 del 20 dicembre 2010 consid. 2.2 e 4C.351/2005 del 28 febbraio 2006 consid. 4.3).
2.3 Le ricorrenti non contestano che il giudice italiano sia stato adito preventivamente e ch'egli sia competente a statuire sulle loro pretese civili. Adducono essenzialmente che non vi sarebbe identità tra le pretese fatte valere nel procedimento italiano, che peraltro non sarebbero state quantificate e si riferirebbero ai fatti oggetto dei reati a monte, e quelle fatte valere nel procedimento svizzero, che sarebbero invece dedotte dalle fattispecie oggetto dei reati di riciclaggio. Secondo le ricorrenti, in tali circostanze non si sarebbe in presenza di domande aventi il medesimo titolo ai sensi dell'art. 21 cpv. 1 CL.
Risulta tuttavia dagli atti, segnatamente dall'istanza di risarcimento del 19 febbraio 2010 dinanzi al TPF, che le pretese formulate dalle ricorrenti sia nel procedimento italiano sia in quello svizzero concernono in sostanza il risarcimento del danno patrimoniale causato dalle appropriazioni indebite e dai comportamenti abusivi e contrari agli interessi societari commessi soprattutto dai suoi organi dirigenti. Le malversazioni degli accusati e i pregiudizi provocati al patrimonio delle ricorrenti sono essenzialmente riconducibili ai reati a monte, oggetto della procedura in Italia. Le stesse ricorrenti vi fanno del resto ampiamente riferimento nell'istanza del 19 febbraio 2010, esponendo in particolare i motivi della loro costituzione di parte civile nel procedimento estero e l'ammontare del danno subito. Il fatto che i successivi atti di riciclaggio costituiscano la perpetuazione dell'illecito trasferimento patrimoniale derivante dal reato principale e che l'art. 305bis CP tutela anche gli interessi patrimoniali delle ricorrenti in quanto danneggiate da reati contro interessi individuali (cfr. <ref-ruling> consid. 2.2.4), non è rilevante sotto il profilo della questione qui litigiosa della litispendenza giusta l'art. 21 CL. In concreto è infatti determinante che le pretese proposte nell'ambito dei procedimenti italiano e svizzero hanno fondamento ed oggetto identici, siccome riguardano in entrambi i casi il risarcimento dei danni subiti dalle ricorrenti e si fondano sulle stesse basi, ossia sui comportamenti illeciti commessi principalmente dai suoi organi che ne hanno danneggiato il patrimonio. Un giudizio su tali aspetti da parte del giudice successivamente adito potrebbe d'altra parte comportare il rischio di emanare una decisione contraddittoria rispetto a quella che verrà pronunciata dal giudice italiano, ciò che occorre evitare.
2.4 La Corte penale del TPF si è dichiarata incompetente per quanto concerne le pretese formulate nei confronti di G._, E._, A._ e F._. Riguardo a K._, L._ e M._ ha rilevato che, siccome non toccati dal procedimento italiano, sarebbe occorso svolgere un discorso a parte; non ha comunque approfondito la questione in considerazione del loro proscioglimento. Le ricorrenti non sollevano al riguardo censure specifiche conformemente all'art. 42 cpv. 2 LTF, sicché non occorre qui esaminare oltre questo aspetto.
2.5 Nelle esposte circostanze, rifiutando di entrare nel merito della domanda di risarcimento delle ricorrenti, la precedente istanza non ha quindi violato il diritto.
3. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico delle ricorrenti (art. 66 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 4'000.-- sono poste a carico delle ricorrenti.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Ministero pubblico della Confederazione e alla Corte penale del Tribunale penale federale.