Sachverhalt:
A. Am 30. Juni 2003 ersuchten die Schweizerischen Bundesbahnen (SBB AG) das Bundesamt für Verkehr (BAV) um Durchführung des ordentlichen Plangenehmigungsverfahrens betreffend Lärmsanierungsmassnahmen in der Gemeinde Gelterkinden mit einem integrierten Gemeindeprojekt über die Erschliessung von Bauland. Dabei beantragte die SBB AG den Bau von Lärmschutzwänden mit einer Wandhöhe von 1-2 m ab Schienenoberkante, den Einbau von Schallschutzfenstern und Schalldämmlüftern sowie Erleichterungen, wo trotz der vorgesehenen Massnahmen weiterhin Immissionsgrenzwertüberschreitungen vorliegen würden.
Das in das Lärmsanierungsprojekt integrierte kommunale Erschliessungsprojekt sah vor, die im Gebiet "Rütschacher" geplante Lärmschutzwand zu verlängern und von 2 m auf 4 m zu erhöhen. Beabsichtigt war, die Wand bis zur Höhe von 2 m über den Fonds für die Eisenbahngrossprojekte (FinöV-Fonds) und darüber hinaus aufgrund bahnbetriebsfremder Interessen durch Dritte zu finanzieren. Die SBB AG wies im Plangenehmigungsverfahren ausserdem darauf hin, dass parallel zum vorliegenden Dossier ein Projekt "Lärmschutzwall Rütschacher" eines privaten Konsortiums aufliege (ARGE Rütschacher). Dieses Projekt sehe im Gebiet Rütschacher/Bodenacher vor, statt der Lärmschutzwände aus Beton 3 bzw. 4 m hohe Steinkorbmauern zu errichten und die Mulde hinter diesen Steinkörben mit Aushubmaterial zu einem Wall aufzufüllen. Dieses Projekt werde im kantonalen Verfahren behandelt; ein entsprechendes Baugesuch sei eingereicht worden. Durch diese Variante sei der Eisenbahndamm optisch weitgehend nicht mehr sichtbar. Die Realisierung des Lärmsanierungsprojektes müsse bis zum kantonalen Entscheid zu diesem Baugesuch ausgesetzt werden.
Im Rahmen eines ersten Einspracheverfahrens waren die baulichen Massnahmen zur Lärmsanierung (Lärmschutzwand bis 2 m Höhe) im Gebiet Rütschacher nicht strittig. Gegen eine höhere Wand wehrten sich hingegen sowohl Anwohnende vorab aus Gründen des Orts- und Landschaftsschutzes wie auch Grundeigentümer von nicht erschlossenem Bauland aufgrund der Absicht der Gemeinde, ihnen die Mehrkosten der Lärmschutzwand als Vorzugslast aufzuerlegen.
B. Das Bauinspektorat des Kantons Basel-Landschaft wies das Gesuch um Auffüllung (Teil des Gesuchs der ARGE Rütschacher) bis zur rechtskräftigen Erledigung der neuen Zonenzuteilung im betroffenen Baugebiet 2. Etappe ab und hiess die entsprechenden Einsprachen gut. Auf die Einsprachen gegen die Lärmschutzwände trat es mangels Zuständigkeit nicht ein, weil es das Baugesuch hinsichtlich der Lärmschutzwände an das BAV weitergeleitet habe.
Gegen diesen Entscheid führte die ARGE Rütschacher Beschwerde bei der kantonalen Rekurskommission. Weil das Bauinspektorat ankündigte, seinen Entscheid in Wiedererwägung zu ziehen, wurde das Verfahren vor der Rekurskommission am 24. Juni 2004 als erledigt abgeschrieben.
Die Bau- und Umweltdirektion des Kantons Basel-Landschaft erteilte der ARGE Rütschacher am 6. September 2004 eine "Ausnahmebewilligung für die Geländeauffüllung" unter der Voraussetzung, dass die SBB AG die Variante der ARGE Rütschacher wähle und ausführe. Die gegen das Baugesuch erhobenen Einsprachen wurden abgewiesen, soweit sie nicht durch die entsprechenden Auflagen in der Baubewilligung erfüllt wurden.
Diejenigen Anwohner, welche in erster Instanz unterlagen, erhoben gegen die "Geländeauffüllung" Einsprache beim Regierungsrat des Kantons Basel-Landschaft. Zwecks Einigung zwischen den Parteien wurde das Verfahren sistiert.
Mit Zwischenentscheid vom 10. April 2006 verfügte das BAV, dass das Plangenehmigungsverfahren Gelterkinden in zwei Etappen weitergeführt werde. Die erste Etappe umfasse dabei die Teilbereiche L1-L3 und R1-R5, die zweite Etappe den Teilbereich L4 (Rütschacher); das Verfahren betreffend L4 werde bis zum rechtskräftigen Entscheid über die Beschwerden gegen die am 6. September 2004 ergangene Verfügung der Bau- und Umweltschutzdirektion sistiert.
Am 5. Januar 2007 erteilte das BAV die Plangenehmigung hinsichtlich der Lärmsanierung in den Teilbereichen L1-L3 und R1-R5. Dieser Entscheid erwuchs in Rechtskraft.
Nachdem die ARGE Rütschacher am 14. März 2007 ihr Baugesuch betreffend die Geländeauffüllung zurückgezogen hatte, wurde das kantonale Verfahren mit Verfügung vom 10. Mai 2007 als gegenstandslos geworden abgeschrieben.
C. Am 10. August 2007 reichte die SBB AG beim BAV ein geändertes Plangenehmigungsgesuch betreffend Lärmsanierungsmassnahmen im Teilbereich L4 ein. Das Projekt sieht den Bau von Lärmschutzwänden mit einer Gesamtlänge von 827 m und einer Höhe von (unverändert) 2 m ab Schienenoberkante vor (wogegen das Gemeindeprojekt eine Höhe von 3 bzw. 4 m vorgesehen hatte). Ausserdem wurde um Genehmigung von Erleichterungen in Bezug auf rund 60 Liegenschaften ersucht, bei denen trotz Rollmaterialsanierung und baulicher Massnahmen die Immissionsgrenzwerte nicht eingehalten werden könnten.
Mit Verfügung vom 8. Dezember 2008 schrieb das BAV das ursprüngliche Plangenehmigungsgesuch vom 30. Juni 2003 als gegenstandslos geworden ab und genehmigte die Projektänderung vom 10. August 2007 mit Auflagen und Vorbehalten.
Gegen diese Plangenehmigung des BAV gelangten die Einwohnergemeinde Gelterkinden und verschiedene Private an das Bundesverwaltungsgericht, welches die Beschwerden mit Urteil vom 4. November 2009 abwies.
D. Mit Eingabe vom 9. Dezember 2009 führt die Einwohnergemeinde Gelterkinden Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie verlangt eine teilweise Aufhebung bzw. Änderung des Urteils vom 4. November 2009. Dabei beantragt sie (u.a.), die SBB AG sei zu verpflichten, die Lärmsanierungsmassnahmen mit dem kommunalen Erschliessungsprojekt in konstruktiver und zeitlicher Hinsicht zu koordinieren. Mit Blick darauf stellt sie zudem das Gesuch, der Beschwerde sei aufschiebende Wirkung beizulegen.
E. Die SBB AG und das BAV beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, während das Bundesverwaltungsgericht auf eine Stellungnahme verzichtet.
Das Bundesamt für Raumentwicklung hat sich ebenfalls zur Angelegenheit vernehmen lassen und kann im Vorgehen des BAV keine Verletzung von Art. 25a RPG erkennen.
Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung hat das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung mit Verfügung vom 3. Februar 2010 abgewiesen.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts (<ref-law>) stützt sich in erster Linie auf Bundesverwaltungsrecht (eidgenössisches Eisenbahn- resp. Umweltrecht) und betrifft demzufolge eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law>. Die Beschwerdeführerin ist durch die Ausgestaltung der baulichen Lärmschutzmassnahmen auf Gemeindegebiet und das vorgegebene Zeitprogramm zur Vollendung der Erschliessungsbauten in ihren hoheitlichen Befugnissen und Aufgaben betroffen. Sie ist durch den abweisenden Entscheid der Vorinstanz in besonderem Masse berührt, zumal das Bundesverwaltungsgericht die Rechtmässigkeit der geplanten Lärmsanierung bestätigt hat. Entsprechend ist die Beschwerdeführerin zur Beschwerde im Sinne von <ref-law> legitimiert (<ref-ruling> E. 1.2 S. 139; <ref-ruling> E. 4.3.3 S. 759; Urteil 1C_101/2007 vom 26. Februar 2008 E. 1.3). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde unter Vorbehalt von E. 1.2 hiernach einzutreten ist.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (<ref-law>); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von <ref-law> erfüllt.
Strengere Anforderungen gelten, wenn die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem oder kommunalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
2. Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen geltend, das angefochtene Urteil verletze <ref-law> und Art. 25a RPG, weil das umstrittene eisenbahnrechtliche Lärmsanierungsprojekt ungenügend mit dem kommunalen Projekt zur Erschliessung der Bauzone im Gebiet Rütschacher koordiniert sei.
2.1 Das Gebot der Koordination von raumplanerischen und umweltrechtlichen Verfahren verlangt in materieller Hinsicht, dass die Rechtsanwendung inhaltlich abgestimmt wird, wenn für die Verwirklichung eines Projekts verschiedene materiellrechtliche Vorschriften anzuwenden sind und zwischen diesen Vorschriften ein derart enger Sachzusammenhang besteht, dass sie nicht getrennt und unabhängig voneinander angewendet werden dürfen (<ref-ruling> E. 6d/aa S. 87 mit Hinweisen). In formeller Hinsicht folgt aus der Koordinationspflicht, dass dort, wo für die Errichtung oder Änderung einer Baute Verfügungen mehrerer Behörden nötig sind, eine Behörde zu bezeichnen ist, die für ausreichende Koordination zu sorgen hat (vgl. Art. 25a Abs. 1 RPG in der Fassung vom 6. Oktober 1995; Bundesgesetz über die Koordination und Vereinfachung von Entscheidverfahren vom 18. Juni 1999, AS 1999 S. 3071 ff.). So sind unter anderem die Gesuchsunterlagen gemeinsam öffentlich aufzulegen und dürfen die Verfügungen keine Widersprüche enthalten (Art. 25a Abs. 2 lit. b und Abs. 3 RPG). Zur formellen Koordination gehört grundsätzlich auch, dass anschliessend an die verfahrensrechtlich und zeitlich verbundene Eröffnung der Bewilligungen ein einheitliches Rechtsmittelverfahren durchgeführt wird. Ein solches ist indessen - wie schon in <ref-ruling> E. 6d/aa S. 88 festgehalten worden ist - dann nicht möglich, wenn die zur Bewilligung eines Vorhabens massgeblichen Rechtsfragen teils durch Bundes- und teils durch kantonale Behörden zu beurteilen sind. Ein einheitliches Rechtsmittelverfahren fällt demnach ebenfalls ausser Betracht, wenn die projektierte Baute oder Anlage nach der gesetzlichen Regelung aus einem dem kantonalen und einem dem eidgenössischen Recht unterliegenden Teil besteht und eine Ausdehnung der einen oder anderen Kompetenz nicht möglich ist. In diesen Fällen beschränkt sich die Koordination auf eine inhaltlich abgestimmte Rechtsanwendung.
2.2 Gemäss Art. 18 Abs. 1 und 2 EBG dürfen Eisenbahnanlagen nur mit einer Plangenehmigung erstellt oder geändert werden, wobei mit Ausnahme gewisser im Anhang zum EBG definierter Grossprojekte das BAV Genehmigungsinstanz ist. Mit der Plangenehmigung werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt. Kantonale Bewilligungen und Pläne sind nicht erforderlich. Das kantonale Recht ist zu berücksichtigen, soweit es die Bahnunternehmung in der Erfüllung ihrer Aufgaben nicht unverhältnismässig einschränkt (Art. 18 Abs. 3 und 4 EBG). Dem kantonalen Recht unterstehen demgegenüber die Erstellung und Änderung von Bauten und Anlagen, die nicht ganz oder überwiegend dem Bahnbetrieb dienen (<ref-law>).
2.3 Um vorliegend zu beurteilen, ob das Koordinationsgebot beachtet wurde, ist zunächst die Ausgangslage detaillierter zu schildern. Das Bundesverwaltungsgericht hat dies in E. 10 getan:
Demnach besprachen im August 2001 Vertreter der Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegnerin, des BAV und des Kantons Basel-Landschaft offene Fragen zur ausstehenden Eisenbahnlärmsanierung im Hinblick darauf, dass die Beschwerdeführerin beabsichtigte, das Bauland im Rütschacher zu erschliessen. Die Beschwerdegegnerin erklärte sich gemäss unbestrittener Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz bereit, das kommunale Erschliessungsprojekt in ihr Lärmsanierungsprojekt mit Kostenteiler zu integrieren. Zu diesem Zweck sah die ARGE Rütschacher (siehe lit. A hiervor) den Bau von 3 bzw. 4 m hohen Steinkörben und die Auffüllung der Geländemulde zwischen der bestehenden Wohnzone und der geplanten Lärmschutzwand vor, damit die Wandhöhe nicht übermässig in Erscheinung trete. Nachdem die Baubewilligung für das kommunale Projekt der Geländeauffüllung schliesslich erteilt worden war, zog die ARGE Rütschacher im März 2007 das Baugesuch zurück, weil niemand von privater, kommunaler oder kantonaler Seite gegenüber der Beschwerdegegnerin die geforderte Stabilität des Bahndamms nach der Aufschüttung garantieren wollte. Um die Erschliessung von Bauland im Rütschacher zu ermöglichen, blieb allein das kommunale Vorhaben, die Lärmschutzwände mit einer Höhe von 3 bzw. 4 m Höhe auszuführen, gegen welches verschiedene Einsprachen vorlagen. Angesichts dieser Umstände entschied sich die Beschwerdegegnerin, das Plangenehmigungsgesuch auf ihr Projekt der Lärmsanierung zu beschränken, weil für die höhere Wand ohne Aufschüttung keine raumplanungsrechtliche Auseinandersetzung erfolgt war, sich das Erschliessungsprojekt mit dem Wegfall der Aufschüttung als ungenügend erwiesen hatte und die höhere Wand umstritten war. Die Beschwerdegegnerin als sanierungspflichtige Bahnunternehmung wollte dadurch eine Verzögerung um weitere Jahre vermeiden. Zudem war die Frage der kommunalen Erschliessungsfinanzierung in absehbarer Zeit nicht geklärt.
2.4 Das Bundesverwaltungsgericht qualifiziert zunächst das ursprüngliche Projekt, die kombinierte Wand gemäss dem Plangenehmigungsgesuch vom 30. Juni 2003, als eine Mischbaute, welche überwiegend dem Bahnbetrieb dienen sollte und für die ebenfalls <ref-law> zur Anwendung gelangt wäre. Das eisenbahnrechtliche Plangenehmigungsverfahren werde von der Dispositionsmaxime beherrscht. Demnach leite die Infrastrukturbetreiberin das Verfahren ein und nur sie könne über den Inhalt des Gesuchs bestimmen. Nachdem niemand die Stabilität des Bahndamms nach der projektierten Aufschüttung habe garantieren können und gegen die kommunal vorgesehenen Lärmschutzwände verschiedene Einsprachen vorgelegen hätten, habe sich die Beschwerdegegnerin aus guten Gründen veranlasst gesehen, ihr Projekt zu ändern. Denn sie sei verpflichtet, ihr Eisenbahnnetz bis 2015 in lärmrechtlicher Hinsicht zu sanieren. Das Einreichen einer Projektänderung sei dann zulässig, wenn dem Koordinationsgebot weiterhin ausreichend Beachtung geschenkt werde. In seiner weiteren Prüfung gelangt das Bundesverwaltungsgericht zum Schluss, dass dem so sei.
2.5 Das ARE führt zur Rüge der Beschwerdeführerin aus, Art. 25a RPG beziehe sich auf Situationen, in denen für ein bestimmtes Vorhaben Verfügungen mehrerer Behörden nötig seien. Damit solle beispielsweise verhindert werden, dass zuerst die eine Behörde die Baubewilligung für ein Vorhaben erteile, später eine andere die dafür notwendige Rodungsbewilligung verweigere. Die Koordination mehrerer Bau- bzw. Ausbauetappen sei jedoch nicht Gegenstand von Art. 25a RPG. Diese sei Sache der Bauherrschaft bzw. der Bauherrschaften. Würden verschiedene Vorhaben, welche die gleichen Gebiete beträfen, in die Zuständigkeit verschiedener Behörden fallen, so hätten diese ihre Planungen aufeinander abzustimmen. Diese Abstimmungspflicht betreffe allerdings primär das räumliche Ergebnis: Es sei eine räumliche Situation anzustreben, mit welcher die räumlichen Anliegen der verschiedenen planenden Gemeinwesen möglichst gut berücksichtigt würden. Über die Frage, wer welchen Aufwand und welche Kosten zu tragen habe, sei damit nichts gesagt. Wenn die Beschwerdeführerin anstrebe, die Realisierung der eisenbahn- und umweltschutzrechtlich notwendigen Lärmschutzwände aufzuschieben, um aus kommunaler Sicht erwünschte zusätzliche Lärmschutzmassnahmen kostengünstiger zu verwirklichen, könne sie diese Forderung aus Sicht des ARE nicht auf Art. 25a RPG stützen.
2.6 Diese Argumentationen stehen in Übereinstimmung mit der Rechtslage. Zunächst setzt Art. 3 des Bundesgesetzes über die Lärmsanierung von Eisenbahnen vom 24. März 2000 (BGLE; SR 742.144) die Frist für die Durchführung der baulichen Massnahmen an bestehenden ortsfesten Eisenbahnanlagen und die Schallschutzmassnahmen an bestehenden Gebäuden auf den 31. Dezember 2015 fest. Nach Art. 22 Abs. 1 der Verordnung über die Lärmsanierung von Eisenbahnen vom 14. November 2001 (VLE; SR 742.144.1) sind die baulichen Lärmschutzmassnahmen auf den Strecken der Huckepackkorridore Gotthard (Basel - Brugg - Rotkreuz - Chiasso, Giubiasco - Caviano, Thayngen - Zürich - Brugg, Killwangen - Othmarsingen) und Lötschberg (Basel - Olten - Bern - Thun - Brig), sowie auf der Strecke Olten - Lenzburg vor den Massnahmen auf den übrigen Sanierungsstrecken durchzuführen. Gelterkinden liegt an der wichtigen Achse Basel - Olten. Bereits am 28. Mai 2001 veranlasste das BAV darum die Beschwerdegegnerin, die Auflageprojekte zur Strecke Frenkendorf - Trimbach bis Ende Juni 2003 aufzulegen. Die entsprechenden Plangenehmigungsverfahren konnten - mit Ausnahme des hier strittigen - seit längerem abgeschlossen werden. Bauarbeiten sind einzig noch im Raum Liestal im Gange. Es kann nicht angehen, dass die Beschwerdeführerin mit ihrem Projekt zur Bauzonenerschliessung die der Beschwerdegegnerin obliegende Lärmsanierung auf ungewisse Zeit hin verzögert. Zudem haben die Anwohner einen Anspruch auf rasche Re-duktion des übermässigen Bahnlärms. Wie das BAV zu Recht zu bedenken gibt, ist auch ein Scheitern des kommunalen Erschliessungsprojekts nicht auszuschliessen, zumal die Beschwerdeführerin selber einräumt, es könne noch mehrere Jahre dauern bis zur Baureife ihres Erschliessungsprojekts. Einzig deswegen die umweltschutz- und eisenbahnrechtlich gebotene Lärmsanierung hinauszuschieben, sprengt den Rahmen des Koordinationsgebots. Mit den Auflagen, welche das BAV für die Fundamente und die Stahlprofile der Lärmschutzwand 1 gemacht hat, ist der Koordination Genüge getan: Die Fundamente sind für 4 m hohe Lärmschutzwände ausgelegt und wurden vom FinöV-Fonds finanziert. Weiter verfügte das BAV, die Stahlprofile mit Schrauben auf den Fundamenten zu befestigen, sodass sie allenfalls ohne unverhältnismässigen Aufwand durch längere ersetzt und mit zusätzlichen Wandelementen ergänzt werden könnten. Dadurch sollten spätere Erdarbeiten bahnseitig der Lärmschutzwände vermieden werden. Zudem wurde ermöglicht, die Fundamente gleichzeitig mit den übrigen Lärmschutzwänden in Gelterkinden zu erstellen, sodass eine erneute Baustelleneinrichtung vermieden werden kann. Solange die Finanzierung des kommunalen Erschliessungsprojekts nicht gesichert ist, ist eine weiter gehende Koordination gar nicht möglich. Die Beschwerdeführerin begründet denn auch nicht rechtsgenüglich, worin die Verletzung des Koordinationsgebots bestehen soll, sondern nennt lediglich Probleme, welche sich ihr bei der fraglichen Baulanderschliessung stellen. Finanzielle Beweggründe auf ihrer Seite vermögen ein weiteres Zuwarten mit der Lärmsanierung der Eisenbahnstrecke aber nicht zu rechtfertigen. Derart eng ist der Sachzusammenhang zwischen dem Sanierungsprojekt und der Erschliessung des Baulands nicht. Hinzu kommt, dass die Beschwerdeführerin zwar Mehrkosten in unermesslicher Höhe geltend macht, dazu aber keinerlei konkrete Zahlen vorlegt. Schon die Vorinstanz hat festgehalten, entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin sei nicht mit erheblichen Mehrkosten bei einer allfälligen späteren Erhöhung der Lärmschutzwände zu rechnen. Hingegen seien weiter gehende bauliche Massnahmen zulasten des Kredits FinöV nicht zulässig, zumal ein konkretes und finanziell abgesichertes kommunales Erschliessungsprojekt nicht vorliege. Damit setzt sich die Beschwerdeführerin nicht substanziiert auseinander, sondern beharrt auf ihrem Standpunkt.
2.7 Dem Bundesverwaltungsgericht ist demnach keine Verletzung von Verfassungs- oder Bundesrecht vorzuwerfen. Was die Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit ihrer hängigen Baulanderschliessung verlangt, lässt sich nicht mit dem Koordinationsgebot begründen.
3. Ebenfalls nicht zu hören ist die Beschwerdeführerin mit ihrer Rüge, das vom BAV gesetzte Zeitprogramm sei zu knapp bemessen. In der von der Beschwerdeführerin bemängelten Auflage (Ziff. 4.6.3 Abs. 2 des Genehmigungs-Dispositivs) legt das BAV fest, die baulichen Massnahmen seien innert zwei Jahren ab Rechtskraft der Plangenehmigungsverfügung fertig zu stellen. Vorbehalten werde eine Erstreckung dieser Frist um ein Jahr, falls für das Erschliessungsprojekt innert einem Jahr ab Rechtskraft der Plangenehmigungsverfügung eine rechtskräftige Baubewilligung sowie eine gesicherte Finanzierung vorlägen. Das Bundesverwaltungsgericht stimmt der Beschwerdeführerin sinngemäss darin zu, dass die kommunale Entscheidfindung langwierig sein kann, stellt aber die Wichtigkeit der Lärmsanierung und den Zeithorizont bis 2015 in den Vordergrund. Es zieht zu Recht in Erwägung, dass nicht prognostiziert werden könne, wie lange sich die Prozesse auf Gemeindeebene hinzögen. Mit Blick auf die Lärmsanierung wäre es aus Sicht der Vorinstanz darum unverantwortlich und mit <ref-law> nicht vereinbar, die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, die rechtskräftige Erledigung des kommunalen Baugesuchsverfahrens abzuwarten. Diese Ausführungen treffen zu, und es ist nichts beizufügen (<ref-law>).
4. Zusammenfassend ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Gerichtskosten sind keine zu erheben (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen, da die Beschwerdegegnerin nicht anwaltlich vertreten ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bundesamt für Verkehr, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, sowie dem Bundesamt für Umwelt und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juni 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer Reber