Sachverhalt:
A. Der 1954 geborene W._ arbeitet seit 1987 für das Eidgenössische Departement für auswärtige Angelegenheiten (nachstehend: EDA), seit August 2005 als Konsul, Kanzleichef und stellvertretender Chef des Konsulats in X._. Im September 2008 bewarb er sich als Postenchef in K._, P._ oder F._. Während eines Standortgespräches wurde W._ von seinem Arbeitgeber am 4. Mai 2009 darüber informiert, dass seine Bewerbung für eine Versetzung in eine Postencheffunktion nicht berücksichtigt werden könne. Dies wurde ihm in einer E-Mail einer Vertreterin der Direktion für Ressourcen des EDA noch einmal bestätigt.
B. Gegen diese E-Mail erhob W._, soweit es sich dabei um eine Verfügung handle, am 3. Juli 2009 Beschwerde beim EDA. Eventuell beantragte er, es sei ihm eine beschwerdefähige Verfügung über seine Nicht-Versetzung als Postenchef nach K._, P._ oder F._ zu eröffnen. Mit Entscheid vom 13. September 2010 wies das EDA diese Beschwerde ab, soweit es auf sie eintrat, da über die Nichtberücksichtigung eines versetzbaren Mitarbeiters für einen bestimmten neuen Posten oder Einsatzort nicht zu verfügen sei.
C. Die von W._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Bundesverwaltungsgericht mit Entscheid vom 7. April 2011 in dem Sinne gut, als es unter Aufhebung des Entscheides des EDA die Sache an die zuständige Stelle zurückwies, damit sie eine beschwerdefähige Verfügung erlasse.
D. Mit Beschwerde beantragt das EDA, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben.
Während W._ den Antrag stellt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen, schliesst das Bundesverwaltungsgericht auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 3).
1.1 Ein Rückweisungsentscheid schliesst das Verfahren nicht ab und ist nach der Regelung des BGG kein Endentscheid, selbst wenn darin eine materielle Grundsatzfrage entschieden wird. Er stellt somit einen Zwischenentscheid dar, der unter den Voraussetzungen von Art. 93 Abs. 1 BGG selbstständig angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f.). Erforderlich ist dabei alternativ, dass der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
1.2 Die Gutheissung der Beschwerde würde zwar einen sofortigen Endentscheid herbeiführen. Der Beschwerdeführer macht indessen zu Recht nicht geltend, dass damit ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden könnte. An das Erfüllen dieses Erfordernisses werden deutlich strengere Anforderungen gestellt (vgl. Urteil 9C_329/2011 vom 27. September 2011 E. 3.3 mit weiteren Hinweisen). Somit ist die Beschwerde nicht nach Art. 93 Abs. 1 lit. b BGG zulässig.
1.3 Massgebend für das Vorliegen eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils ist, ob der Nachteil auch mit einem günstigen Entscheid in Zukunft nicht behoben werden kann. Rechtsprechungsgemäss bewirkt ein Rückweisungsentscheid in der Regel keinen irreversiblen Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG, da der Rechtsuchende ihn später zusammen mit dem neu zu fällenden Endentscheid anfechten kann (vgl. Art. 93 Abs. 3 BGG). Anders verhält es sich allerdings für die Verwaltung, wenn diese durch den Rückweisungsentscheid gezwungen wird, eine ihres Erachtens rechtswidrige Verfügung zu treffen. Diesfalls kann bereits dieser Entscheid angefochten und muss nicht der Endentscheid abgewartet werden (<ref-ruling> E. 5.2, 5.2.1-5.2.4 S. 483 ff.; auch vgl. Urteil 9C_329/2011 vom 27. September 2011 E. 3.2 mit weiteren Hinweisen). Dies gilt indessen nur dann, wenn der Rückweisungsentscheid materiell-rechtliche Vorgaben enthält (vgl. etwa Urteil 8C_750/2007 vom 20. Juni 2008 E. 2). Wird demgegenüber die Verwaltung lediglich verpflichtet, gegen ihren Willen ein Verfahren zu eröffnen (Urteil 1B_265/2011 vom 22. Juli 2011 E. 1) oder über eine Frage eine anfechtbare Verfügung zu erlassen (Urteil 9C_825/2008 vom 6. November 2008 E. 3), so führt dies in der Regel noch nicht zu einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil für die Verwaltung.
Mit Entscheid vom 7. April 2011 wies das Bundesverwaltungsgericht die Sache an die zuständige Stelle zurück, damit sie über den Streitgegenstand eine anfechtbare Verfügung erlasse. Materielle Vorgaben über den Inhalt dieser Verfügung wurden von der Vorinstanz keine gemacht. Somit läuft die Verwaltung nicht Gefahr, eine ihres Erachtens inhaltlich rechtswidrige Verfügung erlassen zu müssen, welche sie hernach nicht anfechten kann. Sollte der Beschwerdegegner die zu erlassende Verfügung anfechten und die Verwaltung vor Bundesverwaltungsgericht unterliegen, so wird das Bundesgericht - soweit dannzumal die übrigen Eintretensvoraussetzungen erfüllt sein werden - auf Beschwerde der Verwaltung hin vorfrageweise überprüfen können, ob das Bundesverwaltungsgericht sie zu Recht dazu verhalten hat, eine anfechtbare Verfügung zu erlassen.
1.4 Ist die Beschwerde demnach weder nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG noch nach lit. b desselben Absatzes zulässig, so ist auf sie nicht einzutreten. Nicht geprüft zu werden braucht somit, ob die übrigen Eintretensvoraussetzungen erfüllt gewesen wären.
2. Das Verfahren ist kostenpflichtig (Art. 65 BGG). Als unterliegende Partei hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 8.1.4 S. 41). Er hat dem Beschwerdegegner überdies eine Parteientschädigung zu entrichten (Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. März 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Holzer