Sachverhalt:
A. Im September 2001 erwarb X._ eine Eigentumswohnung zur Selbstnutzung in der Zürcher Gemeinde Y._ zum Preis von Fr. 892'477.--. Ihre bis dahin in der Stadt Uster selbst bewohnte Liegenschaft veräusserte sie im folgenden Monat für Fr. 1'165'000.--. Aus diesem Geschäft ermittelte die Kommission für Grundsteuern der Stadt Uster durch Anrechnung von Anlagekosten in der Höhe von knapp Fr. 950'700.-- einen Gewinn von Fr. 214'300.-- und forderte von X._ eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 53'335.--. Dies bestätigte sie mit Einspracheentscheid vom 12. März 2002.
Den von X._ dagegen erhobenen Rekurs hiess die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich (im Folgenden: Steuerrekurskommission) am 29. Oktober 2002 gut und setzte die zu leistende Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 12'475.05 herab.
Auf Beschwerde der Stadt Uster hin setzte das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Urteil vom 21. Mai 2003 die von X._ geschuldete Grundstückgewinnsteuer wieder auf Fr. 53'335.-- fest.
B. X._ hat am 26. Juni 2003 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit dem Begehren, das Urteil des Verwaltungsgerichts "aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen".
C. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie das Kantonale Steueramt Zürich beantragen, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Stadt Uster sowie die Steuerrekurskommission haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Nach Art. 73 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz; StHG; SR 642.14) unterliegen Entscheide der letzten kantonalen Instanz, die eine in den Titeln 2-5 und 6 in Kapitel 1 geregelte Materie betreffen, der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht. Die Grundstückgewinnsteuer, um die es im vorliegenden Fall geht, ist im zweiten Titel dieses Gesetzes geregelt (Art. 12 StHG). Die interessierende Veräusserung mit Gewinnerzielung fand im Herbst 2001 statt; mithin ist der Gewinn im Jahre 2001 steuerbar (Art. 19 StHG), d.h. nach Ablauf der den Kantonen gemäss Art. 72 Abs. 1 StHG zur Anpassung ihrer Gesetze eingeräumten Frist. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich daher als zulässig, obwohl sich der angefochtene Entscheid unmittelbar auf kantonales Recht stützt. Es spielt in diesem Zusammenhang keine Rolle, ob sich die Streitsache auf den Bereich abschliessender bundesrechtlicher Regelungen bezieht oder den Kantonen im Rahmen des harmonisierten Rechts Freiräume verblieben sind (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 1 S. 58 f.; Urteil 2A.349/2002 vom 6. März 2003, publ. in: StR 58/2003 S. 432, E. 1.1.1; Ulrich Cavelti, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/1, 2. Aufl., 2002, N. 5-10 zu Art. 73 StHG; Danielle Yersin, Harmonisation fiscale: procédure, interprétation et droit transitoire, RDAF 2003 II S. 2-4; dies., Harmonisation fiscale: La dernière ligne droite, ASA 69 S. 316-322 Rz. 21-25; Adrian Kneubühler, Durchsetzung der Steuerharmonisierung, ASA 69 S. 226 f.; Thomas Meister, Rechtsmittelsystem der Steuerharmonisierung, Diss. St. Gallen 1994/95, S. 292-296; Markus Reich, Gedanken zur Umsetzung des Steuerharmonisierungsgesetzes, ASA 62 S. 601; Paul Richli, Schlussbestimmungen, ASA 61 S. 487).
2. Zwischen den Beteiligten sind die Anlagekosten für das Grundstück in Uster, der bei dessen Veräusserung erzielte Gewinn sowie der Aufwand für die Ersatzbeschaffung nicht umstritten. Sämtliche Beteiligten beanstanden auch nicht, dass die Ersatzliegenschaft schon rund einen Monat vor der interessierenden Veräusserung gekauft worden ist. Uneinig sind sie sich aber, wie ein etwaiger Steueraufschub nach § 216 Abs. 3 lit. i des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (StG/ZH), der im Wesentlichen gleich formuliert ist wie Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG, zu ermitteln ist.
2.1 Das Verwaltungsgericht ist - ebenso wie zuvor die Kommission für Grundsteuern der Stadt Uster - von der sog. absoluten Methode ausgegangen. Danach wird ein Steueraufschub nur gewährt, wenn der in das Ersatzgrundstück reinvestierte Erlös höher ist als die Anlagekosten der ursprünglichen Liegenschaft. Da der von der Beschwerdeführerin für den Erwerb der Ersatzliegenschaft verwendete Betrag niedriger ist als die Anlagekosten des veräusserten Grundstücks in Uster, haben das Verwaltungsgericht und die Kommission für Grundsteuern der Stadt Uster den Steueraufschub verweigert.
2.2 Die Steuerrekurskommission sowie die Beschwerdeführerin sind hingegen der Ansicht, die Anwendung der absoluten Methode sei gesetzwidrig. Vielmehr sei ein Steueraufschub gemäss § 216 Abs. 3 lit. i StG/ZH nach dem Verhältnis des reinvestierten Erlöses zum Gesamterlös zu gewähren (auch als relative oder proportionale Methode bezeichnet). Dabei gehen sie wie folgt vor: Vom Gesamterlös von Fr. 1'165'000.-- für das in Uster veräusserte Grundstück wurde ein Betrag in der Höhe von 76.61 % (nämlich Fr. 892'477.--) für die Anschaffung der Ersatzliegenschaft benötigt. Bei einem Gesamtgewinn von Fr. 214'300.-- würde an sich nach den Zürcher Steuersätzen (vgl. § 225 StG/ZH) eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 53'335.-- anfallen. Allerdings soll - nach Ansicht der Steuerrekurskommission und der Beschwerdeführerin - für 76.61 % dieses Steuerbetrages (d.h. für Fr. 40'859.95) die Steuer aufgeschoben werden, so dass nurmehr ein Steuerbetrag von Fr. 12'475.05 (= Fr. 53'335.-- abzüglich Fr. 40'859.95) geschuldet ist.
3. 3.1 Seit dem 1. Januar 2001 ist die den Kantonen zur Anpassung ihrer Gesetzgebung an das Steuerharmonisierungsgesetz eingeräumte Frist abgelaufen (vgl. Art. 72 Abs. 1 StHG und AS 1991 S. 1286). Auf Steuersachverhalte, die ab 2001 steuerbar sind, findet das Bundesrecht direkt Anwendung, wenn ihm das kantonale Steuerrecht widerspricht (vgl. Art. 72 Abs. 2 StHG). Damit ist zunächst zu klären, ob und inwieweit das Steuerharmonisierungsgesetz verbindliche Regelungen enthält. Das Bundesgericht kann sodann mit freier Kognition prüfen, ob das kantonale Recht und dessen Anwendung durch die kantonalen Instanzen mit den Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes übereinstimmen. Soweit der Bundesgesetzgeber dem kantonalen Gesetzgeber einen Gestaltungsspielraum einräumt, richtet sich die Prüfungsbefugnis des Bundesgerichts allerdings nach den für die staatsrechtliche Beschwerde geltenden Grundsätzen, auch wenn die Verwaltungsgerichtsbeschwerde das richtige Rechtsmittel ist (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 60; Thomas Meister, a.a.O., S. 293, 315 f. und 331; Danielle Yersin, a.a.O., RDAF 2003 II S. 4; dies., a.a.O., ASA 69 S. 322 Rz. 25; Andreas Kley-Struller, Die Beschwerde an das Bundesgericht gemäss Art. 73 StHG, in: Francis Cagianut/Klaus A. Vallender [Hrsg.], Steuerrecht, Festschrift zum 65. Geburtstag von Ernst Höhn, 1995, S. 129-131; Markus Reich, a.a.O., ASA 62 S. 601; Ulrich Cavelti, a.a.O., N. 10 zu Art. 73 StHG; ders., Die Durchsetzung der Steuerharmonisierungsgrundsätze, ASA 62 S. 366).
3.2 Gemäss Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG wird die Besteuerung aufgeschoben bei "Veräusserung einer dauernd und ausschliesslich selbstgenutzten Wohnliegenschaft (Einfamilienhaus oder Eigentumswohnung), soweit der dabei erzielte Erlös innert angemessener Frist zum Erwerb oder zum Bau einer gleichgenutzten Ersatzliegenschaft in der Schweiz verwendet wird".
Mit den Vorinstanzen ist festzuhalten, dass der Wortlaut dieser Bestimmung noch keinen Schluss auf die Anwendung einer bestimmten Methode zur Ermittlung der aufzuschiebenden Steuer bei bloss teilweiser Reinvestition des Erlöses in eine Ersatzliegenschaft erlaubt. Der Wortlaut ist so offen, dass sich beide erwähnten Betrachtungsweisen auf ihn abstützen lassen. Daraus kann jedoch nicht ohne weiteres abgeleitet werden, dass den Kantonen überlassen sei, wie sie den Steueraufschub in Fällen der teilweisen Reinvestition ermitteln wollen (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 62; <ref-ruling> E. 4.1 S. 70). Ein Teil der Doktrin bemerkt zwar, das Steuerharmonisierungsgesetz enthalte bei der Grundstückgewinnsteuer zu etlichen Fragen keine oder zumindest keine präzisen Regelungen. Daraus folgert sie entsprechend Art. 1 Abs. 3 StHG, dass den kantonalen Gesetzgebern in diesem Bereich ein grosser Spielraum eingeräumt worden sei (Bernhard Zwahlen, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], a.a.O., Bd. I/1, N. 2 zu Art. 12 StHG). Das macht auch die Steuerrekurskommission geltend.
Dieser Schluss kann indes nicht unbesehen auf die hier interessierende Problematik übertragen werden. Der Bundesgesetzgeber hat nicht nur verbindlich festgelegt, dass die Kantone den Mehrwert, welcher bei Veräusserungen von Grundstücken realisiert wird, zu besteuern haben. Er hat unter anderem auch entschieden, dass insoweit nur ein Aufschub der Besteuerung in Frage kommt und die zuvor von einigen Kantonen vorgesehenen Steuerbefreiungen nicht mehr zulässig sind (Bernhard Zwahlen, a.a.O., N. 61 zu Art. 12 StHG). Zwar hat der Bundesgesetzgeber den Kantonen freigestellt, ob sie Grundstückgewinne auf Geschäftsvermögen wie die übrigen Grundstückgewinne mit der Grundstückgewinnsteuer (als besonderer Einkommensteuer in der Form einer Objektsteuer) oder mit der ordentlichen Einkommens- und Gewinnsteuer (als Subjektsteuer) erfassen wollen. Diese Freiheit der Kantone hat er aber im Gesetz ausdrücklich vorgesehen (vgl. Art. 12 Abs. 4 StHG; monistisches und dualistisches System, siehe dazu Urteil 2P.439/1997 vom 27. Oktober 1999, Pra 89/2000 Nr. 25 S. 143, E. 3c). Ausserdem hat er trotz dieser den Kantonen eingeräumten Wahlmöglichkeit vorgeschrieben, dass gewisse Steueraufschubstatbestände sowohl im monistischen als auch im dualistischen System zu gelten haben (vgl. Art. 12 Abs. 4 StHG; Bernhard Zwahlen, a.a.O., N. 10 f. zu Art. 12 StHG; Paul Scherer/Priska Rösli, Die Harmonisierung der steuerneutralen Ersatzbeschaffung, Der Schweizer Treuhänder [ST] 2001 S. 262). Im Weiteren hat er für die Steueraufschubstatbestände einen abschliessenden Katalog aufgestellt (Botschaft zur Steuerharmonisierung, BBl 1983 III 102; AB 1986 S 141; Bernhard Zwahlen, a.a.O., N. 61 zu Art. 12 StHG; Ferdinand Zuppinger, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuer, ASA 61 S. 318). Ausserdem stellt der in Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG vorgesehene Aufschubstatbestand für etliche Kantone, die bis anhin bei der Ersatzbeschaffung von Wohnliegenschaften keine Steuerprivilegierung vorsahen, eine Neuerung dar. Der Bundesgesetzgeber hat dabei - entgegen den ursprünglichen Vorstellungen des Ständerats (AB 1986 S 141) - im Sinne einer gesamtschweizerischen Lösung davon abgesehen, den Kantonen zu überlassen, ob sie diesen Aufschiebungsgrund einführen wollen, und deshalb eine "verbindliche Bundeslösung" angestrebt (vgl. AB 1989 N 50 und AB 1990 N 442; Gabriel Rumo, Die Liegenschaftsgewinn- und die Mehrwertsteuer des Kantons Freiburg, Diss. Freiburg 1993, S. 372 f.). Die Kantone müssen demnach bei Erfüllung der in Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG vorgesehenen Voraussetzungen den Steueraufschub gewähren. Damit hat der Bundesgesetzgeber zu erkennen gegeben, dass er insoweit eine Harmonisierung der kantonalen Regelungen anstrebt. Dem würde es widersprechen, den Kantonen bei Fragen, die die Wiederverwendung des Gewinns und damit das Prinzip des Steueraufschubs betreffen, einen weiten Spielraum einzuräumen (ebenso Kreisschreiben Nr. 19 des Vorstandes der Schweizerischen Steuerkonferenz vom 31. August 2001 über die Ersatzbeschaffung mit nur teilweiser Reinvestition [im Folgenden: Kreisschreiben Nr. 19], Ziff. 1, publ. im Zürcher Steuerbuch Teil II Nr. 51/130). Wie ein Blick auf die sehr unterschiedlichen Ergebnisse der verschiedenen Methoden aufzeigt (siehe auch E. 4 hiernach), würde eine von Kanton zu Kanton divergierende Handhabung des Begriffs der Reinvestition dem beabsichtigten Ziel der Harmonisierung zuwiderlaufen. Die Anwendung einer in der ganzen Schweiz einheitlichen Methode drängt sich umso mehr auf, als die Ersatzbeschaffung kraft des Steuerharmonisierungsgesetzes auch über die Kantonsgrenzen hinweg zulässig ist (mit entsprechenden doppelbesteuerungsrechtlichen Fragestellungen) und nicht mehr - wie zuvor - nur dann berücksichtigt werden kann, wenn sie innerhalb eines Kantons vorgenommen wird (vgl. zu Letzterem AB 1989 N 49; dem Eidgenössischen Finanzdepartement erstatteter Bericht der Expertenkommission zur Prüfung des Einsatzes des Steuerrechts für wohnungs- und bodenpolitische Ziele, Bern 1994 [im Folgenden: Bericht der Expertenkommission 1994], S. 143). Gewiss soll gemäss Art. 1 Abs. 3 Satz 2 StHG die Bestimmung der Steuertarife, Steuersätze und Steuerfreibeträge Sache der Kantone bleiben (vgl. zudem <ref-law>). Auch wenn sich die - allenfalls teilweise - Anerkennung einer privilegierten Wiederverwendung auf die Höhe der einstweilen geschuldeten Grundstückgewinnsteuer auswirkt, geht es hierbei jedoch nicht um den Steuersatz oder -tarif, geschweige denn um (bei Ersatzbeschaffung von Wohneigentum nicht mehr vorgesehene) Steuerfreibeträge, sondern um die für die Steuerpflicht bedeutsame Grundsatzfrage der Gewährung eines Steueraufschubs (vgl. <ref-law>).
4. Nach dem Gesagten ist somit nach einem für die ganze Schweiz einheitlichen Massstab zu prüfen, wann und in welchem Umfang eine Reinvestition in ein Ersatzobjekt im Sinne von Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG vorliegt. In Erwägung 3.2 ist bereits festgehalten worden, der Wortlaut dieser Bestimmung allein lasse noch keinen Schluss auf eine bestimmte Methode zu. Abgesehen von den beiden in Erwägung 2 aufgezeichneten Vorgehensweisen werden in Lehre und Praxis noch weitere Modelle vertreten bzw. angewendet. Weder in der Doktrin noch in der Rechtsprechung findet sich eine umfassende Auseinandersetzung mit den verschiedenen Methoden.
4.1 Eine Ansicht geht davon aus, aus dem Erlös für die ursprüngliche Liegenschaft werde für die Ersatzliegenschaft zuerst der Gewinn und erst danach der auf die Anlagekosten entfallende Teil eingesetzt (Jürg Baur/Marianne Klöti-Weber/Walter Koch/Bernhard Meier/Urs Ursprung, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 1991, S. 728 f., N. 10 zu § 70; Michael Leysinger, Aktuelle Entscheide des Solothurnischen Kantonalen Steuergerichts, ST 1990 S. 322). Sie geht demnach spiegelbildlich - d.h. umgekehrt - vor wie das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, das zunächst den Einsatz des auf die Anlagekosten entfallenden Teils des Erlöses und erst, wenn dieser vollständig benötigt worden ist, den Einsatz des Gewinns annimmt (vgl. E. 4.3 hiernach). Auf den vorliegenden Fall bezogen hätte die Beschwerdeführerin mit dieser Methode den gesamten Gewinn für das Ersatzobjekt eingesetzt. Denn dessen Anschaffungskosten liegen über dem Gewinn, der aus der Veräusserung der Liegenschaft in Uster erzielt wurde. Der Beschwerdeführerin wäre mithin ein Steueraufschub für den gesamten Gewinn zu gewähren.
4.2 Als relative bzw. proportionale Methode wird nicht nur der von der Steuerrekurskommission des Kantons Zürich und der Beschwerdeführerin vertretene Lösungsansatz (E. 2.2) bezeichnet, sondern auch eine weitere, davon abweichende Vorgehensweise. Diesen Ansätzen ist gemeinsam, dass sie bei teilweiser Reinvestition auf das Verhältnis zwischen dem Veräusserungserlös und dem Aufwand für das Ersatzobjekt abstellen. Die Ansichten gehen aber auseinander, wo bzw. wie die sich daraus ergebende Quote (vorliegend 76.61 %) auswirken soll:
Die Steuerrekurskommission ermittelt zunächst die ohne Reinvestition geschuldete Grundstückgewinnsteuer und schiebt alsdann die Steuer in Höhe der erwähnten Quote auf.
Eine andere Betrachtungsweise setzt mit der Quote nicht erst am Steuerbetrag an, sondern bereits am Gewinn. Danach wäre hier für 76.61 % des Gewinns von Fr. 214'300.-- (mithin für Fr. 164'175.23) die Steuer aufgeschoben; zu versteuern bliebe der restliche Gewinn von Fr. 50'124.77 (so Guido Jud, Anwendungsfälle zur Ersatzbeschaffung von Eigenheimen, StR 55/2000 S. 604; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 1999, N. 38 zu § 219; Kurt Weibel, Die steuerliche Behandlung der Ersatzbeschaffung in der Schweiz, Diss. Zürich 1988, S. 125-127; wohl ebenso Bernhard Madörin [Hrsg.], Basler Steuerrecht, Materialiensammlung zum neuen baselstädtischen Steuergesetz 2001, 2001, S. 231; vgl. auch die im erwähnten Kreisschreiben Nr. 19 in Ziff. 4 dargestellte Berechnung). Dabei bleibt aber offen, nach welchem Steuertarif der (sofort) zu versteuernde Gewinn erfasst werden soll, wenn der Tarif je nach Höhe des Gewinns variiert (so in den Kantonen Zürich gemäss § 225 Abs. 1 StG/ZH, Uri, Schwyz, Obwalden, Bern, Luzern, Glarus, Basel-Landschaft, Schaffhausen, Appenzell I. Rh., Graubünden, St. Gallen, Wallis, Neuenburg und Jura): Ist der dem Gesamtgewinn entsprechende Tarif massgebend, resultiert trotz unterschiedlichem Vorgehen dasselbe Ergebnis wie nach der Berechnungsweise der Steuerrekurskommission. In Frage kommt aber auch der der Höhe des sofort zu versteuernden (niedrigeren) Betrages entsprechende Tarif.
Nach ihren gesetzlichen Regelungen stellen insbesondere die Kantone Neuenburg, Nidwalden, Appenzell A. Rh. und Basel-Stadt auf die relative Methode ab (vgl. Art. 33 Abs. 3 des règlement général d'application de la loi sur les contributions directes des Kantons Neuenburg; § 69 Abs. 1 Satz 1 der Nidwaldner Steuerverordnung vom 19. Dezember 2000; Art. 52 Abs. 3 der Steuerverordnung des Kantons Appenzell A. Rh. vom 8. August 2000 und § 105 Abs. 2 Satz 1 des baselstädtischen Steuergesetzes vom 12. April 2000). Dieser Methode zuzuneigen scheint im Weiteren auch der Kanton Basel-Landschaft (vgl. Basellandschaftliche und Baselstädtische Steuerpraxis Bd. XIV [1998/99] S. 151; Peter Christen, Die Grundstückgewinnsteuer des Kantons Basel-Landschaft, 1998, S. 157).
4.3 Nach der - vom Verwaltungsgericht vertretenen - absoluten Methode (auch Abschöpfungsmethode genannt) wird der Steueraufschub nur für denjenigen Teil des Gewinns gewährt, der nach Wiederverwendung der Anlagekosten des veräusserten Objekts (und allfälliger Drittleistungen) zusätzlich in den Erwerb des Ersatzobjekts investiert wird (so ausdrücklich Art. 85 Abs. 3 des Genfer loi générale sur les contributions publiques vom 9. November 1887; § 191 Abs. 2 des Zuger Steuergesetzes vom 25. Mai 2000 [StG/ZG]; Art. 135 Abs. 1 des bernischen Steuergesetzes vom 21. Mai 2000; zuvor schon die Praxis im Kanton Bern bei einer dem Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG vom Wortlaut her vergleichbaren Regelung: Entscheid der Steuerrekurskommission Bern vom 6. April 1993, publ. in: StR 48/1993 S. 431 und Die neue Steuerpraxis [NStP] 1993 S. 91; Praxisfestlegung der bernischen Steuerverwaltung, in: NStP 1993 S. 123 f. Ziff. 4 und NStP 1995 S. 2 ff.; Steuerverwaltung des Kantons Jura - in ausdrücklicher Aufgabe der von ihr zuvor angewendeten relativen Methode - gemäss ihrer Direktive vom 29. Juni 1992, publ. in: Revue Jurassienne de Jurisprudence 2/1992 S. 169). Dahin gehen auch verschiedene Erläuterungen und Lehrmeinungen (Samuel Bussmann, Die Grundstückgewinnsteuer nach dem Zuger Steuergesetz vom 25. Mai 2000, Diss. Freiburg 2002, S. 149 f.; Markus Langenegger, Handbuch zur bernischen Grundstückgewinnsteuer 2001, 2002, N. 3 und 4 zu Art. 134 und N. 1 und 2 zu Art. 135, S. 95 und 108; ders., Ersatzbeschaffung im Privatvermögen nach bernischem Steuerrecht, Der bernische Notar 1993 S. 85 f.; Paul Scherer/Priska Rösli, a.a.O., ST 2001 S. 257 ff., insbes. S. 261; Alessandro Soldini/Andrea Pedroli, L'imposizione degli utili immobiliari delle persone fisiche e giuridiche, in: Marco Bernasconi/Andrea Pedroli [Hrsg.], Lezioni di diritto fiscale svizzero, 1999, S. 518 f.; dies., L'imposizione degli utili immobiliari, 1996, S. 134-137; Peter von Rechenberg/Andrea von Rechenberg, Bündner Grundstückgewinnsteuern, 1999, N. 9 zu Art. 44, S. 45 f., allerdings mit dem Hinweis, dass die Bündner Praxis wohl nach der relativen Methode verfährt; erwähntes Kreisschreiben Nr. 19, insbes. Ziff. 5; eher in diesem Sinne auch Hans Ulrich Meuter, Ersatzbeschaffung, Zürcher Steuerpraxis 10/2001 S. 262). Welcher Steuersatz im Falle eines progressiven Steuertarifs für den ohne Aufschub steuerbaren Betrag gelten soll - derjenige nach dem Gesamtgewinn oder nur derjenige für den Betrag des nicht reinvestierten Gewinns - wird teilweise offen gelassen (für die Versteuerung zum Steuersatz des Gesamtgewinns: § 191 Abs. 2 StG/ZG; Samuel Bussmann, a.a.O., S. 149 f.).
5. 5.1 Ausgangspunkt jeder Auslegung ist der Wortlaut der Bestimmung. Ist der Text - wie hier - nicht ganz klar und sind verschiedene Interpretationen möglich, so muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente; dabei kommt es namentlich auf den Zweck der Regelung, die dem Text zu Grunde liegenden Wertungen sowie auf den Sinnzusammenhang an, in dem die Norm steht. Die Gesetzesmaterialien sind zwar nicht unmittelbar entscheidend, dienen aber als Hilfsmittel, den Sinn der Norm zu erkennen (<ref-ruling> E. 4 S. 62; <ref-ruling> E. 3a S. 196; <ref-ruling> E. 4.2 S. 71, je mit Hinweisen).
5.2 Der Regelung des Art. 12 StHG liegt zunächst der Gedanke zugrunde, dass alle Gewinne aus der Veräusserung eines Grundstücks besteuert werden sollen (vgl. auch Bericht der Expertenkommission 1994, S. 145). Als Gewinn wird die Differenz zwischen dem Veräusserungserlös und den Anlagekosten verstanden; dabei setzen sich die Anlagekosten aus dem Erwerbspreis oder dem Ersatzwert zuzüglich den Aufwendungen zusammen (Art. 12 Abs. 1 StHG). Entgegen der Absicht des Bundesrats, der sich grundsätzlich gegen jeden Aufschub aussprach (BBl 1983 III 102 f. und AB 1989 N 51), hat die Bundesversammlung nebst anderen den Aufschubstatbestand von Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG in das Gesetz aufgenommen (vgl. Bernhard Zwahlen, Privatvermögen, Vermögensertrag, Vermögensgewinn, in: Ernst Höhn/Peter Athanas [Hrsg.], Das neue Bundesrecht über die direkten Steuern, 1993, S. 105). Dem Steuerpflichtigen soll dank dem Steueraufschub wenn nötig der gesamte Verkaufserlös für die Finanzierung eines Ersatzobjekts zur Verfügung stehen. Ungeachtet der Gründe für einen Wohnortwechsel wollte der Gesetzgeber damit die Mobilität der Steuerpflichtigen fördern oder zumindest in keiner Weise hemmen (AB 1989 N 50 f.; AB 1990 N 442). Weitere Motive - wie die Entschärfung der Wohnmarktsituation oder die Wohneigentumsförderung - fanden in der parlamentarischen Beratung keine mehrheitliche Unterstützung. Der vorliegende Steueraufschubstatbestand wirkt sich somit allenfalls indirekt positiv auf die Wohneigentumsförderung aus (Bericht der Expertenkommission 1994, S. 143); er dient jedoch nicht ausdrücklich diesem Ziel. Ein zusätzlicher, vom Nationalrat gewünschter Aufschubstatbestand, der mit wohnbaupolitischen Motiven begründet wurde (vgl. AB 1990 N 441-444), fand bezeichnenderweise keinen Eingang ins Gesetz.
5.3 Der Grundsatz, dass Grundstückgewinne zu versteuern sind, wird damit insofern durchbrochen, als der Steuerpflichtige im Interesse der Mobilität nicht durch Steuern daran gehindert werden soll, den vollen Veräusserungserlös für eine Ersatzliegenschaft einzusetzen. Übersteigen die für das Ersatzobjekt eingesetzten Mittel - wie hier - jedoch die Anlagekosten der veräusserten Liegenschaft nicht, so steht die vollständige Besteuerung des Grundstückgewinns dem Erwerb des Ersatzobjekts und damit der Mobilität nicht entgegen. Die Besteuerung des Veräusserungsgewinns ohne Steueraufschub verringert die zur Ersatzbeschaffung benötigten Mittel in diesem Fall nicht. Zusätzlich zum Ersatzobjekt steht dem Steuerpflichtigen noch der volle Veräusserungsgewinn zur Verfügung; er ist nicht im Ersatzobjekt gebunden. Der Gewinn muss insoweit - wie das Verwaltungsgericht richtig bemerkt - als realisiert gelten. Somit entfällt in einem solchen Fall der Grund für den Steueraufschub. Die vom Gesetz vorgesehene Besteuerung des Grundstückgewinns ist nach dem Sinn und Zweck von Art. 12 StHG sofort vorzunehmen, was auch dem Leistungsfähigkeitsprinzip entspricht.
Das bedeutet, dass sich nur die vom Verwaltungsgericht angewandte absolute Methode (vgl. oben E. 4.3) als harmonisierungskonform erweist. Die relativen Berechnungsweisen und die in Erwägung 4.1 hiervor dargestellte Betrachtungsweise führen zu einer ungerechtfertigten, durch Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG nicht gedeckten Privilegierung (vgl. auch Xaver Mettler, Die Grundstückgewinnsteuer des Kantons Schwyz, Diss. Zürich 1989/90, S. 139). Die gleichen Überlegungen gelten sinngemäss auch, wenn das Ersatzobjekt nicht bereits aus den frei gewordenen Anlagekosten des früheren Eigenheims bezahlt werden kann, sondern zusätzlich ein Teil des Liegenschaftsgewinns reinvestiert werden muss. In solchen Fällen erfordert das Steuerharmonisierungsgesetz ebenso die Anwendung der absoluten Methode. Im Übrigen entspricht diese der üblichen Betrachtungsweise bei Ersatzbeschaffungen von betriebsnotwendigem Anlagevermögen im Unternehmenssteuerrecht (hiezu erwähntes Kreisschreiben Nr. 19, Ziff. 3.1 in fine; Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, Kommission Steuerharmonisierung, Harmonisierung des Unternehmenssteuerrechts, 1995, S. 49; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, 2003, N. 4 zu <ref-law>; Paul Scherer/Priska Rösli, a.a.O., S. 257 ff.; Peter Locher, Kommentar zum DBG, 2001, N. 18 zu <ref-law>; Markus Reich/Marina Züger, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/2a, 2000, N. 1 ff., insbes. N. 24 zu <ref-law>; Peter Agner/Beat Jung/Gotthard Steinmann, Kommentar zum Gesetz über die direkte Bundessteuer, N. 6 zu <ref-law>, S. 273 f.; Kurt Weibel, a.a.O., S. 122 f.; Peter Gurtner, Ersatzbeschaffung, ST 1985 S. 155 ff., insbes. S. 157; vgl. auch Art. 12 Abs. 4 StHG). Schliesslich steht die absolute Methode auch nicht im Widerspruch zum Konzept der Steuerharmonisierung, wonach diese sich auf Steuerpflicht, Gegenstand und zeitliche Bemessung der Steuern erstreckt, während die Bestimmung der Steuertarife und -sätze Sache der Kantone bleibt (vgl. <ref-law>, Art. 1 Abs. 3 Satz 2 StHG).
5.4 Demnach erweist sich der Entscheid des Verwaltungsgerichts - im Gegensatz zu demjenigen der Steuerrekurskommission und den in E. 4.1 und 4.2 dargestellten Vorgehensweisen - als bundesrechtmässig. Die Anwendung von § 216 Abs. 3 lit. i StG/ZH durch das Verwaltungsgericht entspricht der für die Kantone verbindlichen Regelung in Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG. Ob und gegebenenfalls wie lange vor der steuerauslösenden Veräusserung eine Ersatzbeschaffung stattfinden darf, um in den Genuss des Steueraufschubs gemäss Art. 12 Abs. 3 lit. e StHG zu gelangen, kann hier nach dem Gesagten offen bleiben.
6. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist damit abzuweisen. Dementsprechend hat die Beschwerdeführerin die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu übernehmen (Art. 156 in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG). Parteientschädigungen werden nicht geschuldet (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Stadt Uster, der Finanzdirektion des Kantons Zürich (handelnd durch das Kantonale Steueramt, Rechtsdienst), der Steuerrekurskommission III und dem Verwaltungsgericht (2. Abteilung) des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. März 2004
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: