Sachverhalt:
A. Mit Beschluss vom 23. April 2007 verweigerte der Gemeinderat Oetwil an der Limmat (im Folgenden: Oetwil) der X._ die baurechtliche Bewilligung für das Erstellen von zwei Plakatwerbestellen im Format F200 (171 x 128 cm) und einer Plakatwerbestelle im Format F12 (130 x 284 cm) an der Limmattalstrasse auf dem Grundstück Kat.-Nr. 00911 in Oetwil. Er stützte sich auf die allgemeine Ästhetikklausel gemäss § 238 Abs. 1 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG) sowie auf den vom Gemeinderat am 6. April 1998 genehmigten "Plan Konzentrationsabschnitte für Reklametafeln an der Limmattalstrasse" (im Folgenden: Plakatierungskonzept).
Dieses sieht vor, dass Werbeanlagen ausschliesslich in vier Konzentrationsabschnitten oberhalb der Limmattalstrasse bewilligt werden. In den dazugehörigen generellen Bewilligungskriterien wird festgehalten, dass Plakatstellen grundsätzlich ausschliesslich auf der Bergseite bewilligt werden, weil sie in der Böschung weniger störend in Erscheinung treten als talseitig der Strasse, wo sie in das freie Blickfeld hineinragen.
B. Die X._ akzeptierte diesen Entscheid für die Plakatstelle im Format F12, rekurrierte aber gegen die Versagung der baurechtlichen Bewilligung für die zwei Plakatstellen im Format F200. Nach Durchführung eines Augenscheins hiess die Baurekurskommission I des Kantons Zürich am 2. November 2007 den Rekurs gut und lud den Gemeinderat Oetwil ein, die nachgesuchte Baubewilligung für die zwei Plakatwerbestellen zu erteilen, sofern das Vorhaben auch im Übrigen den einschlägigen Vorschriften entspreche.
C. Dagegen führte die Gemeinde Oetwil Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde am 13. Februar 2008 gut, hob den Entscheid der Baurekurskommission auf und stellte den baurechtlichen Entscheid des Gemeinderates Oetwil vom 23. April 2007 wieder her.
D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die X._ am 10. April 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei festzustellen, dass die Plakatstellen bewilligungsfähig seien. Eventualiter sie die Vorinstanz anzuweisen, die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen des Bundesgerichts nochmals zu beurteilen.
E. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Der Gemeinderat Oetwil beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. In ihrer Replik hält die Beschwerdeführerin an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid steht grundsätzlich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 ff. BGG). Vorbehältlich genügend begründeter Rügen (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 BGG) ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin rügt zunächst, das Verwaltungsgericht habe sich nicht auf eine Rechtskontrolle des Entscheides der Baurekurskommission beschränkt, sondern habe unerlaubterweise das Ermessen ihrer Vorinstanz überprüft.
2.1 Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass der kommunalen Baubehörde bei der Anwendung von § 238 Abs. 1 PBG eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit bzw. ein besonderer Beurteilungsspielraum zustehe, den die Baurekurskommission zu respektieren habe. Diese dürfe - trotz umfassender Überprüfungsbefugnis - nur einschreiten, wenn die ästhetische Würdigung der kommunalen Behörde sachlich nicht mehr vertretbar sei.
Da es vorab Sache der Gemeindebehörde sei, die Zulässigkeit der streitigen Plakatstellen in ästhetischer Sicht zu beurteilen, habe es diese in der Hand, das Anbringen von Plakatstellen auf der Grundlage eines Plakatierungskonzepts den gebotenen ästhetischen Schranken zu unterwerfen. Nach der bisherigen Praxis entbinde ein solches Gesamtkonzept allerdings nicht von einer Einzelfallbeurteilung. Das Verwaltungsgericht liess offen, ob an dieser Praxis festzuhalten sei (mit Hinweis auf den bundesgerichtlichen Entscheid 1C_12/2007 vom 8. Januar 2008 E. 5.6). Diese Frage könne im vorliegenden Fall jedoch offen bleiben, weil die Gemeinde auch eine sachlich vertretbare Einzelfallbeurteilung der streitigen Plakatstellen vorgenommen habe.
2.2 Der Gemeinderat hatte die Auffassung vertreten, die beiden Plakatstellen F200 seien stark störend. Sie stünden solitär im Grünstreifen zwischen dem Gehweg und dem durchgehenden Geländer der Personenunterführung. Letzteres werde in auffallender Weise durch die Plakatstellen visuell unterbrochen. Der von der Eschenbachstrasse bis zu den Liegenschaften Rebackerstrasse 9/11 durchgehende Grünstreifen verenge sich im Bereich der Personenunterführung; genau in diesem Bereich seien die beiden freistehenden Plakatstellen vorgesehen, ohne jeglichen nahen Hintergrund. Die abrupte Unterbrechung des Grünstreifens und die in das teilweise freie Sichtfeld Richtung Limmat/Limmatebene hineinragenden Plakatstellen würden wegen des fehlenden Hintergrunds mit sonst gegebener Fernsicht stark störend hervortreten. Gerade dies wolle der Gemeinderat auf der Grundlage des Plakatierungskonzepts an der Limmattalstrasse vermeiden.
2.3 Die Baurekurskommission ging dagegen davon aus, der nahe Umkreis werde wesentlich durch die von Bäumen gesäumte Limmattalstrasse, einer vielbefahrenen zweispurigen Durchgangsstrasse, und dem zu einem Fussgängerabgang gehörenden Geländer geprägt. Die beiden streitbetroffenen Plakatstellen befänden sich nicht im weiter westlich gelegenen breiteren Grüngürtel, sondern zwischen dem Trottoir und dem Geländer in einem schmalen Rasenstreifen. Sie stünden somit nicht solitär und isoliert im Grünbereich, sondern in einem Raum, wo insbesondere das Grau der Strasse und das metallene Geländer dominierten. Auch werde die kaum vorhandene und von Autofahrern nicht wahrnehmbare Aussicht auf die Limmatebene durch die Plakatstellen nicht beeinträchtigt; vielmehr dienten das Geländer und die Bäume als Hintergrund für die streitbetroffenen Plakatstellen. Somit schlage auch das Argument der Gemeinde fehl, dass talseits der Strasse aufgestellte Plakate störender in Erscheinung treten als solche an der Hangseite. Insgesamt handle es sich um eine ästhetisch unempfindliche Lage, die sich nicht zuletzt wegen des Durchgangsverkehrs für Reklamen durchaus anbiete.
2.4 Das Verwaltungsgericht warf der Baurekurskommission vor, über weite Strecken eine eigene ästhetische Würdigung des projektierten Bauvorhabens vorgenommen zu haben. Zwar sei auch die Sichtweise der Kommission vertretbar; dies allein genüge aber eben gerade nicht für ein Eingreifen in den Beurteilungsspielraum der Gemeinde. Teilweise erscheine die vorinstanzliche Würdigung zudem sachlich nicht vertretbar. So sei die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz, wonach am Ort der projektierten Plakatstellen kaum eine Aussicht vorhanden sei, nicht nachvollziehbar. Das Verwaltungsgericht verwies hierfür auf die von der Gemeinde im Rekursverfahren eingereichten Fotos; diese zeigten, dass die Plakatstellen zumindest teilweise in das freie Sichtfeld Richtung Limmat/Limmattalebene hineinragen würden. Zudem erhelle ein Blick in den GIS-Browser (www.gis.zh), dass am streitbetroffenen Standort eine Baumlücke bestehe, die eine derartige Fernsicht zulasse. Auch das alleinige Abstellen auf die von Autofahrern nicht wahrnehmbare Aussicht trage nicht allen massgeblichen Gesichtspunkten Rechnung, sei die Aussicht doch auch aus der Perspektive der Fussgänger zu berücksichtigen.
Wie die Begründung des Verwaltungsgerichts zeigt, prüfte dieses, ob die Baurekurskommission die Gemeindeautonomie verletzte, indem sie eine sachlich vertretbare ästhetische Würdigung der Gemeinde durch ihre eigene Würdigung ersetzte. Dies ist eine Rechtsfrage, die das Verwaltungsgericht auf Autonomiebeschwerde der Gemeinde hin prüfen musste.
2.5 Die Beschwerdeführerin begründet die Rüge der unzulässigen Ermessensprüfung in erster Linie mit der Tatsache, dass das Verwaltungsgericht keinen eigenen Augenschein durchgeführt und es sich angemasst habe, einzelne der in den Akten befindlichen Fotos auszuwählen, um zu belegen, dass die freie Sicht auf die Limmatebene teilweise durch die Plakatstellen verdeckt werde. Eine starke Gewichtung einzelner Fotos sei keine reine Rechtskontrolle mehr, sondern eine Ermessenskontrolle. Das Heranziehen des GIS-Browsers, der angeblich eine Baumlücke zeigen solle und damit Beweis für eine Fernsicht sei, sei unsachgemäss.
Dagegen ist einzuwenden, dass das Verwaltungsgericht alle in den Akten liegenden Fotos berücksichtigte, welche den Blick in Richtung Limmattal zeigen. Bei den am Augenschein der Baurekurskommission erstellten Fotos wurde, wie das Verwaltungsgericht zutreffend festhält, ein Blickwinkel (strassenauf- und abwärts) gewählt, bei dem eine Fernsicht von vornherein nicht zur Geltung kommen konnte. Insofern geht der Vorwurf der einseitigen Gewichtung einzelner Fotos fehl.
Die Beschwerdeführerin bestreitet selbst nicht, dass am Standort der streitigen Plakatstellen, im Bereich der Fussgängerunterführung, eine Baumlücke besteht. Insofern kann offen bleiben, ob sich dies auch aus dem GIS-Browser ergibt. Nachdem die Limmattalstrasse unstreitig am Hang des Limmattals verläuft, durfte das Verwaltungsgericht willkürfrei annehmen, dass vom geplanten Standort aus, namentlich aus Sicht der Fussgänger, eine Fernsicht in Richtung Limmattalebene besteht, in welche die Plakatstellen zumindest teilweise hineinragen würden.
2.6 Nach dem Gesagten hat das Verwaltungsgericht seine Kognition nicht überschritten.
3. Die Beschwerdeführerin rügt weiter eine Verletzung der Wirtschaftsfreiheit (Art. 27 BV), des Willkürverbots (Art. 9 BV) und der Eigentumsfreiheit der Grundstückseigner (Art. 26 BV) durch eine offensichtlich unbegründete Verweigerung der Baubewilligungen.
3.1 Die Nichtbewilligung der beantragten Plakatstellen berührt die Beschwerdeführerin als Plakatgesellschaft in ihrer Wirtschaftsfreiheit. Diese kann unter den in Art. 36 BV genannten Voraussetzungen eingeschränkt werden. Handelt es sich - wie im vorliegenden Fall - um einen leichten Eingriff, so genügt als gesetzliche Grundlage ein Gesetz im materiellen Sinn oder eine Generalklausel, deren Auslegung und Anwendung das Bundesgericht nur auf Willkür hin überprüft (<ref-ruling> E. 4 S. 339 mit Hinweisen). Im Folgenden ist daher zu prüfen, ob § 238 PBG im angefochtenen Entscheid willkürlich angewendet wurde.
3.2 Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, die Gemeinde habe ihre Bauverweigerung nicht in objektiver und nachvollziehbarer Weise begründet. Der Gemeinderat hätte gegen alle Werbeträger stets dieselben Argumente verwendet, ohne zwischen den jetzt noch streitigen Plakatträgern und demjenigen im Format F12 zu unterscheiden, auf den die Beschwerdeführerin inzwischen verzichtet habe. Die vom Gemeinderat ins Feld geführten Argumente träfen vor allem auf den ursprünglich beantragten Plakatwerbeträger F12 zu, der sich tatsächlich nicht befriedigend in die Umgebung eingeordnet hätte, nicht aber auf die noch streitigen Plakatstellen im Format F200.
Tatsächlich bezog sich die ursprüngliche Begründung der Bauverweigerung durch den Gemeinderat auf alle drei Plakatwerbeträger. Rekurskommission und Verwaltungsgericht stellten jedoch massgeblich auf die in der Rekursvernehmlassung der Gemeinde enthaltene Begründung ab, was von der Beschwerdeführerin nicht beanstandet wird. Diese Begründung bezog sich ausschliesslich auf den Standort der beiden noch streitigen Plakatstellen im Format F200 im Bereich der Personenunterführung.
3.3 Die Beschwerdeführerin erachtet die Begründung der Gemeinde - wie auch die Erwägungen des Verwaltungsgerichts, wonach es sich um eine vertretbare ästhetische Würdigung handle - als willkürlich. Die Baurekurskommission habe anlässlich des Augenscheins festgestellt, dass die Begründung für die Verweigerung nicht den Tatsachen vor Ort entspreche, weil die beiden Plakatwerbestellen in einem zwischen Trottoir und Geländer eines Fussgängerabganges gelegenen schmalen Rasenstreifens stehen sollen. An diesem Ort würden die Plakatträger nicht solitär und isoliert im Rasen stehen, wie dies die Beschwerdegegnerin behaupte, und das Geländer würde einen adäquaten, nahen Hintergrund bilden. Auch werde in diesem Bereich die Aussicht auf die Limmatebene kaum beeinträchtigt, weshalb die talseits der Strasse geplanten Plakatwerbestellen nicht störender in Erscheinung treten würden als solche an der Hangseite.
Die Gemeinde hatte in ihrer Begründung selbst betont, dass sich der von der Eschenbachstrasse bis zu den Liegenschaften Rebackerstrasse 9/11 durchgehende Grünstreifen im Bereich der Personenunterführung verenge; insofern besteht kein Widerspruch zur tatsächlichen Feststellung der Baurekurskommission (schmaler Rasenstreifen). Sie erachtete jedoch gerade die abrupte Unterbrechung des Grünstreifens an dieser Stelle durch die beiden freistehenden Plakatstellen als störend. Die Beschwerdeführerin legt nicht dar, weshalb diese Einschätzung willkürlich sei.
Gleich verhält es sich mit der optischen Wirkung der Fussgängerunterführung und ihrem Geländer: Während die Baurekurskommission diese als Unterbrechung des Grünbereichs und damit als besonders geeignete Stelle für Plakatträger würdigte, betont die Gemeinde den Terrasseneffekt des Treppenabgangs, von wo aus sich der Blick, über die angrenzenden Flachdachbauten hinweg, in Richtung Limmattalebene und die dahinter liegenden Bergzüge öffne. Beide Werbetafeln würden deshalb, an dieser Stelle platziert, vor einem freien Hintergrund stehen und die Aussicht beeinträchtigen. Auch diese Auffassung lässt keine Willkür erkennen. Die Plakatstellen (mit Sockel) stehen zwar vor dem Geländer, überragen dieses jedoch beträchtlich und sind - anders als das aus vertikalen Stäben bestehende Geländer - nicht blickdurchlässig. Selbst wenn die Aussicht von vorbeifahrenden Autofahrern kaum wahrgenommen wird und die quer zur Fahrbahn stehenden Plakatträger die Aussicht der Fussgänger vom Trottoir aus nur kurzfristig beeinträchtigen, ist nachvollziehbar, dass die Werbeträger an dieser Stelle optisch weit stärker in Erscheinung treten, als wenn sie oberhalb der Strasse an der Böschung platziert wären. Die Auffassung der Gemeinde, dass dies nicht zu einer befriedigenden Gesamtwirkung i.S.v. § 328 Abs. 1 PBG führe, erscheint nicht offensichtlich unhaltbar und somit willkürlich.
3.4 Nach dem Gesagten liegt keine Verletzung der Wirtschaftsfreiheit vor. Aus den gleichen Gründen ist auch eine Verletzung der Eigentumsgarantie des Grundeigentümers zu verneinen, weshalb auf diese Rüge nicht weiter einzugehen ist.
4. Soweit die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Rechtsgleichheitsgebots (Art. 8 Abs. 1 BV) rügt, ist ihre Beschwerde offensichtlich unbegründet. Wie das Verwaltungsgericht zutreffend dargelegt hat, dient das Plakatierungskonzept der Gemeinde gerade der Gewährleistung einer rechtsgleichen Bewilligungspraxis. Die Beschwerdeführerin legt auch nicht dar, dass von dieser Praxis an anderer Stelle in unzulässigerweise abgewichen worden wäre.
Soweit die Beschwerdeführerin die Zulässigkeit von Plakatierungskonzepten zur Steuerung der Werbedichte ausserhalb von Kernzonen in Zweifel zieht, braucht darauf nicht eingegangen zu werden, wurde doch die vorliegend streitige Bewilligung (auch) aufgrund einer Einzelfallbetrachtung verweigert, und zwar unabhängig von der Werbedichte.
5. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 BGG). Die Gemeinde Oetwil, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 68 Abs. 3 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 7 S. 119).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat der Gemeinde Oetwil an der Limmat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 1. Abteilung, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Oktober 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber