Sachverhalt:
A. Die marokkanische Staatsangehörige X._ (geb. 1972) heiratete am 11. Juni 2001 den Schweizer Bürger Y._. Gestützt auf die Heirat wurde ihr eine Aufenthaltsbewilligung erteilt.
Nachdem die Ehegatten seit dem 10. Oktober 2004 getrennt lebten, erklärten sie dem Amt für öffentliche Sicherheit, Abteilung Ausländerfragen, des Kantons Solothurn Ende 2004 übereinstimmend, sie hätten nur aus beruflichen Gründen zwei getrennte Wohnungen bezogen, eine Scheidung sei nicht geplant und X._ sei in der 24. Woche schwanger. In ihren praktisch identischen Stellungnahmen vom 17. April bzw. vom 24. April 2005 anlässlich der Verlängerung der Aufenthaltsbewilligung teilten die Ehegatten mit, die Geburt des Kindes stehe bevor, der Ehemann habe im Zusammenhang mit dem Strafvollzug mit Electronic Monitoring zur Zeit Wohnsitz bei seiner Mutter in Grenchen, aber sie hätten mindestens zweimal wöchentlich persönlichen Kontakt und verfügten über eine gemeinsame Wohnung in Solothurn. Am 25. April 2005 wurde die Tochter Z._ geboren. Am 18. Mai 2006 wurde X._ die Niederlassungsbewilligung erteilt.
Als die Abteilung Ausländerfragen durch die Einwohnerdienste der Stadt Solothurn von der freiwilligen Trennung der Ehegatten per 1. August 2006 Kenntnis erhalten hatte, führte sie am 17. Januar 2007 eine Befragung der Betroffenen durch. Dabei stellte sich unter anderem heraus, dass der Ehegatte nicht der Vater der Tochter Z._ ist.
B. Mit Verfügung vom 27. Februar 2007 widerrief das Departement des Innern des Kantons Solothurn, Abteilung Ausländerfragen, die durch falsche Angaben erschlichene Niederlassungsbewilligung von X._, erteilte ihr aber aufgrund der bestehenden Mutter-Tochter-Beziehung eine Aufenthaltsbewilligung.
Auf Beschwerde hin bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn den Widerruf der Niederlassungsbewilligung, jedoch mit der Begründung, im Zeitpunkt der Erteilung der Bewilligung sei die Ehe bereits definitiv gescheitert gewesen bzw. nur noch aus ausländerrechtlichen Gründen aufrecht erhalten worden.
C. Mit Beschwerde vom 11. September 2007 beantragt X._, die Verfügung des Amts für öffentliche Sicherheit, Abteilung Ausländerfragen, vom 27. Februar 2007 aufzuheben und ihr die Niederlassungsbewilligung zu belassen. Mit Eingaben vom 18. bzw. 27. September 2007 ersucht sie zudem um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Das Departement des Innern, Abteilung Ausländerfragen, und das Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn sowie das Bundesamt für Migration beantragen, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Gegen kantonal letztinstanzliche Entscheide über den Widerruf von Niederlassungsbewilligungen ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (<ref-law> e contrario). Das Rechtsmittel, das sich sinngemäss gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Solothurn vom 31. Juli 2007 richtet, ist als solche entgegenzunehmen. Soweit damit auch die Aufhebung der erstinstanzlichen Verfügung des Amts für öffentliche Sicherheit, Abteilung Ausländerfragen, vom 27. Februar 2007 beantragt wird, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden (<ref-law>).
1.2 Am 1. Januar 2008 ist das Bundesgesetz vom 16. Dezember 2005 über die Ausländerinnen und Ausländer (Ausländergesetz, AuG; SR 142.20) in Kraft getreten. Vorliegend ist jedoch noch das Bundesgesetz vom 26. März 1931 über Aufenthalt und Niederlassung der Ausländer (ANAG) massgebend (Art. 126 Abs. 1 AuG analog).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 105 Abs. 2 bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (<ref-law>), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels sich für den Ausgang des Verfahrens als entscheidend erweist (<ref-law>).
2. 2.1 Nach Art. 9 Abs. 4 lit. a ANAG kann eine Niederlassungsbewilligung widerrufen werden, wenn der Ausländer sie durch falsche Angaben oder wissentliches Verschweigen wesentlicher Tatsachen erschlichen hat. Der Widerruf setzt voraus, dass der Betroffene wissentlich falsche Angaben gemacht oder wesentliche Tatsachen verschwiegen hat, in der Absicht, gestützt darauf den Aufenthalt oder die Niederlassung bewilligt zu erhalten (Urteile des Bundesgerichts 2A.33/2007 vom 9. Juli 2007 E. 4.1, 2A.129/2006 vom 27. Juni 2006 E. 2.2, 2A.436/2003 vom 6. Januar 2004 E. 3.1; <ref-ruling> E. 3b S. 475 f.). Nach Art. 3 Abs. 2 ANAG ist der Ausländer verpflichtet, der Behörde über alles, was für den Bewilligungsentscheid massgebend sein kann, wahrheitsgetreu Auskunft zu geben. Wesentlich sind dabei nicht nur Umstände, nach denen die Fremdenpolizei ausdrücklich fragt, sondern auch solche, von denen der Gesuchsteller wissen muss, dass sie für den Bewilligungsentscheid relevant sind (Urteile 2A.511/2001 vom 10. Juni 2002, publ. in: Pra 2002 Nr. 163, E. 3.2; 2A.57/2002 vom 20. Juni 2002, publ. in: Pra 2002 Nr. 165, E. 2.2, je mit Hinweisen). Das Erschleichen einer Niederlassungsbewilligung durch falsche Angaben oder durch wissentliches Verschweigen von Tatsachen kann schon darin liegen, dass die Angaben, auf welche sich die Behörden bei der seinerzeitigen Erteilung der Aufenthaltsbewilligung gestützt hatten oder die bei späteren Verlängerungen der Aufenthaltsbewilligung oder bei der Erteilung der Niederlassungsbewilligung mangels anderer Angaben immer noch als massgebend betrachtet werden konnten, falsch oder unvollständig waren (Urteil 2A.511/2001 vom 10. Juni 2002 E. 3.2).
2. 2.1 Nach Art. 9 Abs. 4 lit. a ANAG kann eine Niederlassungsbewilligung widerrufen werden, wenn der Ausländer sie durch falsche Angaben oder wissentliches Verschweigen wesentlicher Tatsachen erschlichen hat. Der Widerruf setzt voraus, dass der Betroffene wissentlich falsche Angaben gemacht oder wesentliche Tatsachen verschwiegen hat, in der Absicht, gestützt darauf den Aufenthalt oder die Niederlassung bewilligt zu erhalten (Urteile des Bundesgerichts 2A.33/2007 vom 9. Juli 2007 E. 4.1, 2A.129/2006 vom 27. Juni 2006 E. 2.2, 2A.436/2003 vom 6. Januar 2004 E. 3.1; <ref-ruling> E. 3b S. 475 f.). Nach Art. 3 Abs. 2 ANAG ist der Ausländer verpflichtet, der Behörde über alles, was für den Bewilligungsentscheid massgebend sein kann, wahrheitsgetreu Auskunft zu geben. Wesentlich sind dabei nicht nur Umstände, nach denen die Fremdenpolizei ausdrücklich fragt, sondern auch solche, von denen der Gesuchsteller wissen muss, dass sie für den Bewilligungsentscheid relevant sind (Urteile 2A.511/2001 vom 10. Juni 2002, publ. in: Pra 2002 Nr. 163, E. 3.2; 2A.57/2002 vom 20. Juni 2002, publ. in: Pra 2002 Nr. 165, E. 2.2, je mit Hinweisen). Das Erschleichen einer Niederlassungsbewilligung durch falsche Angaben oder durch wissentliches Verschweigen von Tatsachen kann schon darin liegen, dass die Angaben, auf welche sich die Behörden bei der seinerzeitigen Erteilung der Aufenthaltsbewilligung gestützt hatten oder die bei späteren Verlängerungen der Aufenthaltsbewilligung oder bei der Erteilung der Niederlassungsbewilligung mangels anderer Angaben immer noch als massgebend betrachtet werden konnten, falsch oder unvollständig waren (Urteil 2A.511/2001 vom 10. Juni 2002 E. 3.2).
2.2 Die Voraussetzungen, unter denen eine Niederlassungsbewilligung gestützt auf Art. 9 Abs. 4 lit. a ANAG widerrufen werden kann, werden im angefochtenen Urteil an sich zutreffend geschildert. In der Folge kommt das Verwaltungsgericht aber zum Schluss, der Beschwerdeführerin könne nicht vorgeworfen werden, bezüglich der Vaterschaft ihrer Tochter wissentlich falsche Angaben gemacht zu haben. Es bestätigt jedoch den Widerruf der Niederlassungsbewilligung mit der Begründung, die Ehe sei bereits im Zeitpunkt der Erteilung der Niederlassungsbewilligung als definitiv gescheitert anzusehen gewesen, zumal der Ehemann schon vor dem 1. August 2006 nicht mehr mit der Beschwerdeführerin zusammen gewohnt und damals bereits eine neue Freundin gehabt habe.
Diese Argumentation verkennt, dass eine einmal erteilte Niederlassungsbewilligung nur unter den qualifizierten Voraussetzungen von Art. 9 Abs. 4 lit. a ANAG widerrufen werden kann. Der blosse Umstand, dass die Ehe schon vor Ablauf der Fünfjahresfrist gemäss Art. 7 ANAG definitiv gescheitert war und alsdann aufgrund des Rechtsmissbrauchsverbotes ein Anspruch auf Niederlassungsbewilligung nicht hätte geltend gemacht werden können, genügt für sich allein nicht. Der Widerruf setzt vielmehr voraus, dass die Niederlassungsbewilligung durch falsche Angaben oder wissentliches Verschweigen wesentlicher Tatsachen erschlichen worden ist.
Trotz dieses Mangels der rechtlichen Begründung erweist sich das angefochtene Urteil im Ergebnis als bundesrechtskonform. Das Bundesgericht ist zwar an die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz gebunden (vgl. E. 1.3), nicht aber an die daraus gezogenen rechtlichen Schlussfolgerungen. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass die Beschwerdeführerin und ihr Ehemann die aussereheliche Vaterschaft seinerzeit bereits dem Zivilstandsamt mitgeteilt hätten. Die Beschwerdeführerin bestätigt ihrerseits vor Bundesgericht, sie habe schon damals einen Landsmann als mutmasslichen Vater des Kindes angegeben. Gestützt darauf nahm das Verwaltungsgericht an, in der Nichterwähnung dieses Umstandes im späteren Gesuch um Erteilung der Niederlassungsbewilligung sei keine wissentlich falsche Angabe zu erblicken. Dieser rechtlichen Beurteilung kann nicht gefolgt werden. Im Formular "Erteilung einer Niederlassungsbewilligung" wurde unter anderem nach den "gemeinsamen Kindern mit dem jetzigen Ehepartner" wie auch nach "Kindern aus einer anderen Ehe/Beziehung" gefragt. Dass die Beschwerdeführerin bereits zuvor gegenüber dem Zivilstandsbeamten die aussereheliche Vaterschaft ihres Kindes deklariert hatte, entband sie nicht von der Pflicht, diese Tatsache auch im Gesuch um Erteilung einer Niederlassungsbewilligung offenzulegen. Ob die verschwiegene aussereheliche Vaterschaft schon für sich allein zur Verweigerung der Niederlassungsbewilligung geführt hätte, ist nicht entscheidend. Durch die Bekanntgabe dieses Umstandes hätte sich die Ausländerbehörde jedenfalls veranlasst gesehen bzw. sehen müssen, die Beziehung der Ehegatten näher zu überprüfen, was zur Offenlegung des im angefochtenen Urteil dargelegten Sachverhalts betreffend die bereits seit einiger Zeit nur noch formell bestehende Ehe geführt hätte. Dies hätte aufgrund des Vorbehaltes von Art. 7 Abs. 2 ANAG die Verweigerung der Niederlassungsbewilligung zur Folge gehabt. Zusammenfassend ergibt sich, dass das Verhalten der Beschwerdeführerin den Tatbestand des Erschleichens der Niederlassungsbewilligung und damit den Widerrufsgrund gemäss Art. 9 Abs. 4 lit. a ANAG erfüllt.
2.3 Zu prüfen bleibt, ob sich der Widerruf der Niederlassungsbewilligung vorliegend als verhältnismässig erweist. Da die kantonale Behörde der Beschwerdeführerin den weiteren Aufenthalt in der Schweiz nicht verweigert, sondern ihr anstelle der Niederlassungsbewilligung eine Aufenthaltsbewilligung erteilt hat, hält der verfügte Widerruf ohne weiteres auch vor dem Gebot der Verhältnismässigkeit stand. Allfällige wirtschaftliche Folgen des Verlusts der Niederlassungsbewilligung stellen die Zulässigkeit der angefochtenen Anordnung nicht in Frage. Im Übrigen arbeitet die Beschwerdeführerin als Kellnerin und somit in einem Beruf, der ohnehin auch durch eine Ausländerin mit Aufenthaltsbewilligung ausgeübt werden kann.
3. 3.1 Die Beschwerde erweist sich damit im Ergebnis als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
3.2 Bei diesem Verfahrensausgang würde die Beschwerdeführerin grundsätzlich kostenpflichtig (<ref-law>). Sie hat jedoch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht (<ref-law>). Da sie gemäss den eingereichten Unterlagen nicht über genügende eigene Mittel verfügt und ihr Rechtsbegehren aufgrund der irrigen Argumentation des angefochtenen Urteils nicht zum Vornherein als aussichtslos erscheinen musste, ist dem gestellten Begehren insoweit zu entsprechen, als auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten ist. Die Bestellung der Rechtsvertreterin zum unentgeltlichen Rechtsbeistand wurde nicht - jedenfalls nicht ausdrücklich - beantragt, und eine dahingehende Auslegung des Gesuches drängt sich auch nicht auf, nachdem dieses erst nachträglich im Zusammenhang mit der Aufforderung zur Leistung eines Kostenvorschusses gestellt worden ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Departement des Innern, Abteilung Ausländerfragen, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn sowie dem Bundesamt für Migration schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Februar 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Merkli Dubs