Sachverhalt:
A. Am 1. Mai 2005 verliess die seit dem 21. Mai 1993 mit B.C._ verheiratete A.C._ den gemeinsamen Haushalt. Am 15. Juli 2005 fand eine Eheschutzverhandlung statt, in welcher vorsorgliche Massnahmen erlassen wurden. Am 26. April 2007 reichten die Eheleute C._ ein gemeinsames Scheidungsbegehren ein und am 15. Juni 2007 eine von beiden Ehegatten unterzeichnete Scheidungskonvention. An der Hauptverhandlung vom 26. Juni 2007 wurde den Eheleuten die Genehmigung der Konvention in Aussicht gestellt und Frist angesetzt, sie zu bestätigen. Am 2. Oktober 2007 teilte A.C._ dem Bezirksgericht mit, dass sie am gemeinsamen Scheidungsbegehren festhalte, hingegen die Scheidungskonvention widerrufe.
B. Am 16. Juli 2008 reichte A.C._ gegen B.C._ eine Strafanzeige ein wegen "Betrugs, Körperverletzung etc.", in welcher sie ihn beschuldigte, sie während der Ehe wiederholt geschlagen und verletzt sowie in der Steuererklärung unwahre Angaben über sein Einkommen gemacht zu haben.
Staatsanwalt Carlo Blatter von der Staatsanwaltschaft See/Oberland sistierte die aufgrund dieser Strafanzeige eingeleitete Strafuntersuchung am 12. November 2008 mit der Begründung, um Doppelspurigkeiten bei der Sachverhaltsabklärung zu vermeiden, sei zunächst das hängige Revisionsverfahren bzw. die rechtskräftige Erledigung des Scheidungsverfahrens abzuwarten.
A.C._ rekurrierte gegen die Sistierung mit den Anträgen, sie aufzuheben, die Strafuntersuchung wieder aufzunehmen und die besondere Staatsanwaltschaft IV mit der weiteren Führung des Verfahrens zu betrauen. Eventuell sei die Staatsanwaltschaft anzuweisen, eine Einstellungsverfügung zu erlassen.
Mit Verfügung vom 12. Juni 2009 hiess die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich den Rekurs, soweit sie darauf eintrat, teilweise gut und hob die Sistierung hinsichtlich der Delikte gegen Leib und Leben auf und wies die Staatsanwaltschaft See/Oberland an, das Verfahren insoweit weiterzuführen (Dispositiv-Ziff. 1). Das Ausstandsbegehren gegen Staatsanwalt Blatter wies sie ab (Dispositiv-Ziff. 2). Sie auferlegte die Kosten des Rekursverfahrens von 600 Franken zu 2/3 und diejenigen des Ausstandsverfahren von 600 Franken vollumfänglich A.C._ (Dispositiv-Ziff. 3). Für das Rekursverfahren sprach sie A.C._ eine Parteientschädigung von 400 Franken zu. Für die Beurteilung des Gesuchs, Rechtsanwältin Haubold als unentgeltliche Rechtsvertreterin von A.C._ einzusetzen, erklärte sich die Oberstaatsanwaltschaft als unzuständig und überwies es an die zuständige Präsidentin des Bezirksgerichts Hinwil.
C. A.C._ rekurrierte gegen die Ablehnung des Ausstandsbegehrens (Dispositiv-Ziff. 2) und die Auferlegung der Kosten des Ausstandsverfahrens an die Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich. Gegen die Sistierung des Strafverfahrens erhob sie zudem Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht (Verfahren 1B_212/2009).
Die Direktion der Justiz und des Innern wies den Rekurs am 4. September 2009 ab, soweit sie darauf eintrat (Dispositiv-Ziff. I). Sie trat auf den Antrag auf Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Bestellung einer unentgeltlichen Rechtsvertreterin für das Rekursverfahren nicht ein (Dispositiv-Ziff. II). Die Verfahrenskosten von 700 Franken auferlegte sie A.C._ (Dispositiv-Ziff. III).
D. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 12. Oktober 2009 beantragt A.C._ in der Sache im Wesentlichen, Dispositiv-Ziff. I der Verfügung der Direktion der Justiz und des Innern aufzuheben und ihren Rekurs betreffend den Ausstand von Staatsanwalt Carlo Blatter gutzuheissen. Sie wendet sich zudem gegen die vorinstanzliche Kosten- und Entschädigungsregelung (Anträge 9-11) und beantragt die Aufhebung der Dispositiv-Ziff. II und III. Weiter stellt sie 7 Anträge zum Verfahren; darauf ist in den Erwägungen zurückzukommen. Für das bundesgerichtliche Verfahren beantragt sie unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung; ihre Vertreterin sei mit mindestens 3'000 Franken zu entschädigen. Am 19. Oktober 2009 ergänzte sie die Beschwerde.
E. Staatsanwalt Blatter und die Oberstaatsanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassung. Die Direktion der Justiz und des Innern verzichtet darauf unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid.
In ihrer Replik beantragt A.C._, verschiedene Bankkonti von B.C._ superprovisorisch zu sperren.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen selbstständig eröffneten, kantonal letztinstanzlichen Zwischenentscheid über ein Ablehnungsbegehren, gegen den die Beschwerde in Strafsachen nach <ref-law> zulässig ist. Die Direktion der Justiz und des Innern ist kein oberes kantonales Gericht im Sinne von <ref-law>. Das ändert an der Zulässigkeit der Beschwerde gegen die Mitwirkung des Staatsanwalts indessen nichts, da die Kantone bis zum noch nicht erfolgten Inkrafttreten der schweizerischen Strafprozessordnung Zeit haben, ihre Gerichtsorganisation den Anforderungen dieser Bestimmung anzupassen (<ref-law>). Als Geschädigte ist die Beschwerdeführerin - ungeachtet der allenfalls fehlenden Legitimation in der Sache selbst - befugt, die Verletzung von Verfahrensrechten geltend zu machen, deren Missachtung eine formelle Rechtsverweigerung darstellt, so namentlich auch die Verletzung von Ausstandsregeln (siehe 1B_212/2009 E. 1.2).
Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Für Verfassungsrügen gilt allerdings eine qualifizierte Begründungspflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 1.4.2 und 1.4.3 S. 254 f. mit Hinweisen). Dieser genügt die Beschwerde nur teilweise. Sie kümmert sich kaum um Formalien und setzt und sich kaum mit dem angefochtenen Entscheid auseinander, sondert legt in vorwiegend unsystematischer Weise die eigene Sicht der Dinge dar. Soweit im Folgenden auf Ausführungen in der Beschwerdeschrift nicht eingegangen wird, genügen sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht.
1.2 Es besteht kein Anlass, dieses Beschwerdeverfahren mit jenem 1B_212/2009 zu vereinigen, weshalb der entsprechende Antrag (1) abzuweisen ist. Ebenso ist das Begehren um Ansetzen einer Frist zur Einreichung weiterer Belege (2) abzuweisen, wird doch nicht dargetan, weshalb die Beschwerdeführerin nicht in der Lage war, die erforderlichen Unterlagen fristgerecht einzureichen (siehe Beschwerde Ziff. 435; es geht nicht an, das Einreichen von Akten von Bedingungen abhängig zu machen). Dem Antrag auf Beizug von Akten (3 und 4) wird nur soweit stattgegeben, als es für die Beurteilung der Beschwerde erforderlich ist. Auf die Anträge betreffend Telefonabrechnungen (5) und Rückweisung zur Durchführung einer mündlichen Verhandlung (6) wird im Zuge der Erwägungen einzugehen sein. Soweit die Aufhebung der Ziff. II des angefochtenen Dispositivs verlangt wird (9) - die Vorinstanz trat auf das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht ein -, ist darauf mangels Begründung nicht einzutreten, zumal diesbezüglich auf eine separate Beschwerde verwiesen wird (Beschwerde Ziff. 442) und sich die Ausführungen im Kapitel 5 betreffend "Kosten/unentgeltliche Prozessführung/Entschädigung" ausdrücklich auf das bundesgerichtliche Verfahren beziehen (Beschwerde Ziff. 433-440). Zu den weiteren Begehren betreffend die Ausstandsfrage (8), den vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungspunkt (10 und 11) sowie die unentgeltliche Rechtspflege im Verfahren vor Bundesgericht wird im Folgenden Stellung genommen.
1.3 Der in der Replik verspätet erhobene Antrag, superprovisorisch verschiedene Bankkonten des Beschwerdegegners zu sperren, hat mit dem Gegenstand des vorliegenden Ausstandsverfahrens nichts zu tun und ist damit fehl am Platz. Mit dem Entscheid in der Sache ist er ohnehin hinfällig geworden.
2. Gemäss § 96 Ziff. 4 des Zürcher Gerichtsverfassungsgesetzes vom 13. Juni 1976 (GVG) kann ein Staatsanwalt abgelehnt werden, wenn Umstände vorliegen, die ihn befangen erscheinen lassen. Nach <ref-law> kann ein Staatsanwalt abgelehnt werden, wenn Umstände vorliegen, die nach objektiven Gesichtspunkten geeignet sind, den Anschein der Befangenheit zu erwecken (<ref-ruling> E. 2b S. 198 f. mit Hinweisen). Dabei gilt es aber dem spezifischen Umfeld und Aufgabenbereich der betroffenen Behörde Rechnung zu tragen. Fungiert er wie hier als Untersuchungsrichter, sind Sachlichkeit, Unbefangenheit und Objektivität namentlich insofern zu erwarten, als er sich vor Abschluss der Untersuchung grundsätzlich nicht darauf festlegen soll, dass der angeschuldigten Person ein strafbares Verhalten zur Last zu legen sei. Auch hat er den entlastenden Indizien und Beweismitteln ebenso Rechnung zu tragen wie den belastenden (Urteile 1P.109/2005 vom 4. Mai 2005 E. 2.1.1; 1P.709/2005 vom 21. Februar 2006 E. 3.1; je mit Hinweisen). Es kann indessen vorkommen, dass sich die Untersuchungsbehörden in Erfüllung ihrer Aufgaben bereits vor Abschluss des Verfahrens in tatsächlicher oder rechtlicher Hinsicht zum Gegenstand der Untersuchung zu äussern haben; dabei kommen sie nicht umhin, die aufgrund des jeweiligen Verfahrensstands vorläufig gebildete Meinung offenzulegen. Diesfalls kann und muss vorausgesetzt werden, dass der Untersuchungsrichter in der Lage ist, seine Beurteilung des Prozessstoffs entsprechend dem jeweils neuesten Stand des Verfahrens ständig neu zu überprüfen und allenfalls zu revidieren. Unter diesen Umständen vermag eine auf den aktuellen Verfahrensstand abgestützte vorläufige Beurteilung und Bewertung keine Vorverurteilung oder Befangenheit zu begründen (vgl. <ref-ruling> E. 2d S. 200; Urteil des Bundesgerichts 1B_155/2008 vom 13. November 2008 E. 2.5).
Zu prüfen ist im Folgenden, ob die vom Beschwerdeführer vorgebrachten Umstände den Staatsanwalt befangen erscheinen lassen. Diesfalls verstiesse der angefochtene Entscheid gegen <ref-law>. Der ebenfalls vorgebrachten Rüge, die Vorinstanz habe mit der Abweisung des Ablehnungsbegehrens § 96 GVG willkürlich angewandt, kommt keine selbstständige Bedeutung zu.
3. 3.1 Das Ausstandsbegehren begründete die Beschwerdeführerin in ihrem Rekurs an die Direktion der Justiz und des Innern im Wesentlichen wie folgt: Staatsanwalt Blatter habe die Strafanzeige als "ziemlich weitschweifig und streckenweise verwirrend" bezeichnet und sie damit abgewertet (S. 5). Auf eine Einflussnahme des Zivilrichters auf das Strafverfahren sei um so eher zu schliessen, als Staatsanwalt Blatter und Bezirksrichter Frey früher zusammengearbeitet hätten (S. 9 f.). Die Telefonnotiz über ein inoffizielles Gespräch zwischen dem Sekretär von Staatsanwalt Blatter (D._) und der Sekretärin des Bezirksgerichts Hinwil (E._), in welcher die Strafanzeige als leichtfertig qualifiziert wurde, habe wesentlich zur Sistierung des Verfahrens beigetragen (S. 5 f.), ebenso der dem Staatsanwalt übermittelte Nichteintretensentscheid betreffend die Revision (S. 11). Dieses Geheimgespräch, mit dem der Erlass der Sistierung mit dem Bezirksgericht Hinwil abgesprochen worden sei, sei dem Staatsanwalt zuzurechnen und erwecke den Anschein der Befangenheit (S. 12). Der Staatsanwalt habe ein ganzes Jahr nichts zu ihren Gunsten unternommen (S. 11) und es bislang unterlassen, die Beschwerdeführerin persönlich anzuhören und ihr damit das rechtliche Gehör verweigert (S. 7). In der Sistierungsverfügung würden ihre Vorwürfe als nicht hinreichend substantiiert bezeichnet und erwogen, es liege kein qualifizierter Fall häuslicher Gewalt vor, mithin bagatellisiert und nicht ernst genommen (S. 7 f.). Die Wortwahl des Staatsanwalts in seiner Stellungnahme, dass es sich ausnahmslos um unverständliche, völlig polemische und nicht akzeptable Vorwürfe handle, zeige dessen Befangenheit (S. 8). Der Antrag auf Beizug der Telefonabrechnungen, "aus denen hervorgehe, dass Herr Staatsanwalt Blatter weder mit Herrn Rechtsanwalt Ammann noch Herrn Vizepräsident Frey gesprochen hat", sei abgelehnt worden (S. 10).
3.2 Zum Ausstandsbegehren erwog die Oberstaatsanwaltschaft, auf deren Ausführungen die Direktion der Justiz und des Innern verweist (E. 2.1), im Wesentlichen: Die beantragte rückwirkende Teilnehmeridentifikation (um festzustellen, ob Verteidigeranwalt Amman und Bezirksrichter Frey ab Juli 2008 telefonischen Kontakt gehabt hätten und gegebenenfalls welchen Inhaltes) sei nur unter den Voraussetzungen des Bundesgesetzes betreffend die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs zulässig und falle ausser Betracht. Entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin verkehre Staatsanwalt Blatter nach dessen gewissenhaften Erklärung im Sinne von § 100 GVG mit Rechtsanwalt Ammann ausschliesslich beruflich, sei mit ihm per Sie und habe mit ihm im vorliegenden Fall keinen Kontrakt gehabt; ebenso wenig habe es bezüglich des vorliegenden Falles zwischen Staatsanwalt Blatter und dem ihm sehr wohl bekannten Bezirksrichter Frey Kontakt gegeben, weshalb kein Anlass bestehe, Themen allfälliger Gespräche festzustellen. Abgesehen davon seien berufliche Beziehungen, ja Freundschaften zwischen Justizbeamten und Richtern bzw. Anwälten nicht ungewöhnlich und auch unbedenklich, soweit keine besondere Nähe bestehe. Das Bestehen einer Schwägerschaft zwischen Verteidigeranwalt Ammann bzw. Bezirksrichter Frey und Staatsanwalt Blatter sei nach dessen gewissenhafter Erklärung im Sinne von § 100 GVG entgegen den Zweifeln der Beschwerdeführerin zu verneinen. Im Weiteren seien auch keine Verfahrensmängel ersichtlich, die auf eine Voreingenommenheit, eine bewusste Benachteiligung der Beschwerdeführerin hindeuteten. Solche würden von ihr denn auch nicht explizit geltend gemacht (E. 4 und 5).
Die Ausführungen des Oberstaatsanwaltschaft ergänzend, erwog die Direktion der Justiz und des Innern im Wesentlichen: Aus der teilweisen Gutheissung des gegen die Sistierungsverfügung des Staatsanwalts erhobenen Rekurses könne nicht auf dessen Befangenheit hinsichtlich der Fortsetzung des Verfahrens geschlossen werden; ebenso wenig, dass er die Vorfälle bagatellisiere und die Beschwerdeführerin nicht ernst nehme, zumal es sich um eine vorübergehende Sistierung handle. Der Umstand, dass der Staatsanwalt die Beschwerdeführerin bis anhin noch nicht angehört habe, spreche nicht für seine Befangenheit, zumal nach dessen Erklärung bisher der juristische Sekretär D._ den Fall betreut habe, ebenso wenig wie der Umstand, dass der Staatsanwalt die Eingabe der Beschwerdeführerin als "ziemlich weitschweifig und streckenweise verwirrend" bezeichnet habe. Die Vorbringen betreffend geheime Absprache zwischen Bezirksrichter Frey und Staatsanwalt Blatter anbelange, bezögen sich letztlich nicht auf dessen Verhalten. Was die fragliche Telefonnotiz anbelange, habe sich die Sekretärin des Bezirksgerichts gegenüber D._ zur Rechtzeitigkeit des Revisionsgesuchs und zur Beweislage im Zivilprozess geäussert. In der Notiz habe sich D._ zum weiteren Vorgehen der Strafbehörde geäussert und sich dabei auf die Beurteilung der Aktenlage bezogen. Es könne nicht gefolgert werden, dass die Sistierung einzig aufgrund der telefonischen Information der Gerichtssekretärin erfolgt sei. Deren Gründe ergäben sich aus der Verfügung, gegen die sich die Beschwerdeführerin habe mit Rekurs wehren können. Dass sich der Staatsanwalt im Rahmen seiner Stellungnahme zum Ausstandsgesuch vehement gegenüber den Vorwürfen verwahrt habe, sei angesichts von deren Schwere nachvollziehbar; daraus könne keine Befangenheit abgeleitet werden.
4. 4.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>), es sei denn, dieser erweise sich als offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 (Art. 77 Abs. 1 bzw. 105 Abs. 2 BGG), was von der Beschwerdeführerin darzulegen ist.
Soweit sich die Darstellung des Sachverhaltes durch die Beschwerdeführerin mit jener des angefochtenen Entscheides nicht deckt, ohne dass im Einzelnen aufgezeigt wird, inwiefern er geradezu willkürlich ist, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Das ist namentlich bei den Ausführungen unter dem Titel "Sachverhalt" (Beschwerde Ziff. 130-321) der Fall. Weder zeigt die Beschwerdeführerin auf, inwiefern die Vorinstanz zu prozesskonform vorgetragenen, relevanten Sachverhaltsbehauptungen keine Feststellungen getroffen hat, noch, dass sie Feststellungen willkürlich getroffen hat. Darauf ist nicht einzutreten. Was unter dem Titel "Rüge der unvollständigen Sachverhaltsfeststellung" vorgebracht wird (Beschwerde Ziff. 99-112), entspricht nicht ansatzweise den Anforderungen. Auch darauf ist nicht einzutreten. Nicht einzutreten ist auf die im dem Sachverhalt gewidmeten Abschnitt an verschiedenen Orten eingestreuten, aber unzureichend substantiierten Rechtsrügen (Ziff. 131: <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK; Ziff. 235: Art. 6 Ziff. 1 EMRK; Ziff. 254: Art. 1 und Art. 6 Ziff. 1 EMRK, <ref-law>; Ziff. 274: <ref-law>/ZH, <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK; Ziff. 279: <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK). Dasselbe gilt für Ausführungen, mit denen das Scheidungsverfahren kritisiert wird.
4.2 In den Ziff. 322 ff. macht die Beschwerdeführerin Ausführungen betreffend die angefochtene Verfügung. Dabei nimmt sie die Sistierungsverfügung zum Anlass, dem Staatsanwalt Befangenheit vorzuwerfen (siehe etwa Ziff. 362). Rechts- bzw. Verfahrensfehler sind mit den zur Verfügung stehenden Rechtsmitteln zu korrigieren und lassen in der Regel keine Schlüsse auf Befangenheit zu, es sei denn, es handle sich um besonders schwerwiegende oder sich wiederholende Mängel. Im vorliegenden Fall wurde die Verfahrenssistierung zum einen Teil bereits durch die Oberstaatsanwaltschaft aufgehoben und zum andern Teil vom Bundesgericht (mit Entscheid 1B_212/2009 vom gleichen Tag). Der Umstand, dass die Sistierungsverfügung damit letztlich vollumfänglich aufgehoben worden ist, lässt für sich allein keinen Schluss auf Befangenheit des sie unterzeichnenden Staatsanwalts zu. Aber auch die weiteren, in diesem Abschnitt vorgetragenen anderen Beanstandungen, soweit auf sie überhaupt eingetreten werden kann, lassen die Erwägungen der Vorinstanz keineswegs als verfassungswidrig erscheinen. Dazu ergibt sich im Einzelnen, was folgt: Die Rüge, dass der Staatsanwalt die ihm auferlegte Meldepflicht (§ 102 Abs. 2 GVG) verletzt habe (Ziff. 324), wird nicht näher begründet. Darauf ist nicht einzutreten. Der Direktion der Justiz und des Innern wird vorgeworfen, wesentliche Ausführungen der Beschwerdeführerin unberücksichtigt gelassen zu haben (Ziff. 325). Dabei wird "auf die vorstehenden Ausführungen" verwiesen (Ziff. 326), wobei es sich um 44 Seiten bzw. 321 Ziffern handelt, weshalb die Rüge unsubstantiiert ist, sodass darauf nicht eingetreten werden kann.
Was die kritisierte Aktennotiz des Sekretärs D._ vom 9. Oktober 2008 anbelangt, ist zu differenzieren. Soweit darin Gedanken über das weitere Vorgehen angestellt werden, handelt es sich um eine interne Notiz, der in formeller Hinsicht nichts Unzulässiges anhaftet. Soweit in diesem Dokument die Meinung einer Drittperson wiedergegeben wird, die geeignet sein kann, das Verfahren zu beeinflussen, ist es zu akturieren, womit es zur Kenntnis der Verfahrensbeteiligten gelangt (§§ 167 ff. GVG). Insoweit war die formelle Behandlung der Notiz als sogenannte Handakte unzulässig; allerdings gelangte das Dokument der Beschwerdeführerin trotzdem zur Kenntnis, wobei nicht ersichtlich ist, wann und wie. Es wurde bereits dargelegt, dass nicht jeder Verfahrensfehler Befangenheit zu begründen vermag, so namentlich auch nicht der Umstand, dass sich der Staatsanwalt bei seiner Sistierungsverfügung möglicherweise auch von dieser Aktennotiz hat leiten lassen. Was die in der Notiz vorgenommene Charakterisierung der Strafanzeige als leichtfertig im Sinne von <ref-law>/ZH anbelangt, genügt der Hinweis, dass diese von Sekretär D._ und nicht von Staatsanwalt Blatter vorgenommen wurde. Soweit die Beschwerdeführerin gegen die Feststellung der Vorinstanz, dass bislang nicht Staatsanwalt Blatter, sondern dessen Sekretär den Fall betreut habe, einwendet, dieser habe anscheinend die Verantwortung auf seinen Sekretär abgeschoben (Ziff. 332 ff.), verkennt sie, dass es hier nicht darum geht, wie weit der Staatsanwalt für Handlungen seines Sekretärs rechtlich einzustehen hat, sondern darum, ob tatsächliche Handlungen des Staatsanwalts auf dessen Befangenheit schliessen lassen können, auf was es allein ankommt. Zusammenfassend ergibt sich, dass sich Staatsanwalt Blatter, selbst wenn er sich bei der Sistierungsverfügung u.a. auf die von seinem Sekretär angefertigte Aktennotiz gestützt haben sollte (Ziff. 336 f.), nicht als befangen erscheint.
Auf die Rüge, dass die Vorinstanz mit keinem Wort auf die abzuklärende Amtsgeheimnisverletzung eingehe (Ziff. 344, 368, 403 ff.), womit die Beschwerdeführerin auf das mit der Aktennotiz dokumentierte Telefonat zwischen dem juristischen Sekretär des Staatsanwalts und der Sekretärin des Bezirksgerichts zu zielen scheint (Ziff. 75-80), ist nicht einzutreten, da es sich dabei um neue Vorbringen handelt. Die Rüge, dass der Staatsanwalt das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege nicht sofort weitergeleitet habe (Ziff. 359 f.), wurde bei der Vorinstanz nicht vorgebracht und ist neu, weshalb darauf nicht einzutreten ist. Neu und unzulässig ist, dass der Staatsanwalt die Geschädigte nicht benachrichtigt (Ziff. 81) und die Mitteilung des Eingangs des einzelrichterlichen Revisionsentscheides unterlassen habe (Ziff. 82-84), aber auch die Ausführungen unter dem Titel "Missachtung der Objektivitätsverpflichtung (Ziff. 85-98). Der in diesem Zusammenhang gestellte Antrag auf Beizug detaillierter Telefonabrechnungen (Ziff. 91 bzw. Ziff. 113-118) wurde vor der Vorinstanz damit begründet, dass aus diesen hervorgehe, "dass Herr Staatsanwalt Blatter weder mit Herrn Rechtsanwalt Ammann noch Herrn Vizepräsident Frey gesprochen hat" (dort S. 10). Der Antrag ist schlechterdings nicht nachvollziehbar, weshalb schon deshalb darauf nicht einzutreten ist. Dass die Beschwerdeführerin mit dem Antrag der Befragung der Gesprächsteilnehmer "sinngemäss" eine öffentliche Verhandlung beantragt habe (Ziff. 119-129), entbehrt jeglicher Grundlage, zumal sich diesbezüglich im Rekurs an die Direktion der Justiz und des Innern nichts findet. Darauf ist nicht einzutreten.
Im Einleitungskapitel (Ziff. 27-129) macht die Beschwerdeführerin Ausführungen zu Pflichtverletzungen des abgelehnten Staatsanwalts, die auf angebliche Kontakte zwischen diesem und dem Angeschuldigtenverteidiger Ammann einerseits und Bezirksrichter Frey andererseits zielen. Abgesehen davon, dass sich die Vorbringen über angebliche Kontakte zwischen Staatsanwalt Blatter und Anwalt Ammann (Ziff. 27-44, 369 ff., 376 ff.), in blossen Mutmassungen erschöpfen, sind diese Behauptungen neu und daher unzulässig, weshalb darauf nicht einzutreten ist. Das Gleiche gilt für die Kritik, die Einleitung des Strafverfahrens an den Angeschuldigten unterlassen zu haben (Ziff. 45) und die Sistierungsverfügung einem nicht mandatierten Anwalt mitgeteilt zu haben (Ziff. 46). Auch darauf ist nicht einzutreten. Was die angeblichen Kontakte zwischen Staatsanwalt Blatter und Bezirksrichter Frey betrifft, beruht die Ablehnung des Staatsanwalts vor allem auf "der Tatsache, dass am 9. Oktober 2008 ... ein Geheimgespräch zwischen dem juristischen Sekretär der Staatsanwaltschaft ... mit der Gerichtssekretärin des Bezirksgerichts Hinwil geführt worden" sei, und bezieht sich dabei auf eine entsprechende Aktennotiz (Ziff. 47-67, 379 ff.). Dieser telefonische Kontakt fand gerade nicht zwischen Staatsanwalt Blatter und Bezirksrichter Frey statt. Der geltend gemachte Ausstandsgrund geht daher ungeachtet des Inhaltes des Gesprächs an der Sache vorbei und ist unbehelflich. Im Übrigen wurde auf die in Frage stehende Aktennotiz bereits weiter oben eingegangen. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Vorinstanz die Regeln über den Ausstand, namentlich § 94 Ziff. 4 GVG und <ref-law>, nicht verletzt hat.
5. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann, abzuweisen ist. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird namentlich im Hinblick auf das oben S. 9 2. Absatz kritisierte Vorgehen teilweise gutgeheissen. Die Kosten des Beschwerdeverfahrens gehen - nicht zuletzt im Hinblick auf die schwierigen wirtschaftlichen Verhältnisse der Beschwerdeführerin - zulasten der Kasse des Bundesgerichts (<ref-law>). Der Rechtsbeiständin der Beschwerdeführerin ist mit Blick auf die redundante und über weite Strecken unzulässige Begründung eine reduzierte Parteientschädigung zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird teilweise gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
2.2 Rechtsanwältin Haubold wird für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 500.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Oberstaatsanwaltschaft und der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Januar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi