A.- Mit Verfügung vom 4. Juni 1996 verneinte die IV-Stelle des Kantons Zürich, bei welcher sich J._ am 21. September 1994 zum Leistungsbezug angemeldet hatte, den Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung. Die von J._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 10. Dezember 1997 gut und wies die Sache an die IV-Stelle zurück, dies unter anderem zur Einholung eines psychiatrischen Gutachtens.
Die IV-Stelle ordnete hierauf mit Verfügung vom 15. Dezember 1998 eine psychiatrische Begutachtung bei Dr.
med. S._ an. Beschwerdeweise liess J._ beantragen, es sei festzustellen, dass eine Abklärung bei vorgenanntem Psychiater nicht zumutbar sei. Mit Verfügung vom 18. August 1999 sistierte das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich den Prozess bis zum Vorliegen des Gutachtens von Dr. med. F._ bzw. bis feststehe, dass dasselbe nicht erstellt werde. Mit Entscheid vom 28. Januar 2000 hob das Gericht die Sistierung auf und trat auf das Rechtsmittel nicht ein.
Mit Schreiben vom 31. August 2000 teilte die Verwaltung J._ mit, dass für die Überprüfung des Anspruches eine Begutachtung bei der Medizinischen Abklärungsstelle (MEDAS) durchgeführt werden müsse. J._ liess hiegegen einwenden, dass die bei der MEDAS bestehende Wartezeit von einem Jahr nicht zumutbar sei, und schlug vor, es sei das Ärztliche Begutachtungsinstitut (ABI) zu beauftragen, bei welchem mit einer Wartefrist von drei bis vier Monaten zu rechnen sei. Mit Schreiben vom 25.
September 2000 hielt die IV-Stelle an der Bezeichnung der Begutachtungsstelle fest.
B.- Auf die von J._ hiegegen erhobene Rechtsverzögerungsbeschwerde trat das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) mit Entscheid vom 13. November 2000 nicht ein.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt der Versicherte beantragen, es sei festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin eine Rechtsverzögerung begehe und es sei diese anzuweisen, unverzüglich eine Begutachtung beim Ärztlichen Begutachtungsinstitut (ABI) anzuordnen und nach Erhalt des Gutachtens unverzüglich über die Leistungen zu befinden (Antrag 2); eventuell sei die Sache an die Vorinstanz zur unverzüglichen Behandlung der Rechtsverzögerungsbeschwerde zurückzuweisen (Antrag 3). Sodann wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und -verbeiständung ersucht.
Die IV-Stelle schliesst unter Hinweis auf den vorinstanzlichen Entscheid auf Gutheissung (recte: Abweisung) der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das BSV hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Gemäss Art. 128 OG beurteilt das Eidgenössische Versicherungsgericht letztinstanzlich Verwaltungsgerichtsbeschwerden gegen Verfügungen im Sinne von Art. 97, 98 lit. b-h und 98a OG auf dem Gebiet der Sozialversicherung.
Das BSV als Aufsichtsbehörde (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) trat auf eine Rechtsverzögerungsbeschwerde gegen die IV-Stelle Zürich nicht ein. Gemäss der Rechtsprechung unterliegt dieser Entscheid in sinngemässer Anwendung von <ref-law> direkt der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Eidgenössische Versicherungsgericht (<ref-law>; <ref-ruling>). Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist jedoch nur insoweit einzutreten, als es um die Frage geht, ob das BSV zu Recht auf die Rechtsverzögerungsbeschwerde (vgl. dazu nachfolgende Erw. 5) nicht eingetreten ist. Auf das in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gestellte materielle Begehren (Antrag 2) ist hingegen zum Vornherein nicht einzutreten.
2.- Die Überprüfungsbefugnis richtet sich nach Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 132 OG. Demnach können die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden.
Dabei ist das Eidgenössische Versicherungsgericht nicht an die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung gebunden (Umkehrschluss aus Art. 105 Abs. 2 OG).
3.- a) Nach Art. 29 Abs. 1 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 18. April 1999 (AS 1999 2556) haben die Parteien Anspruch auf gleiche und gerechte Behandlung sowie auf Beurteilung innert angemessener Frist. Die unter der Marginale "Allgemeine Verfahrensgarantien" stehende Regelung des <ref-law> bezweckt namentlich, verschiedene durch die bundesgerichtliche Rechtsprechung zu Art. 4 der Bundesverfassung vom 29. Mai 1874 (nachfolgend: aBV) konkretisierte Teilaspekte des Verbots der formellen Rechtsverweigerung und -verzögerung in einem Verfassungsartikel zusammenzufassen (Botschaft über eine neue Bundesverfassung vom 20. November 1996 [BBl 1997 I 181]). Hinsichtlich des in <ref-law> umschriebenen Anspruchs auf eine Beurteilung innert angemessener Frist ergibt sich daraus, dass die unter der Herrschaft der aBV hiezu ergangene Rechtsprechung nach wie vor massgebend ist. Die BV bringt insoweit keine materiellen Neuerungen, sondern eine Anpassung an die Verfassungswirklichkeit (Dieter Biedermann, Die neue Bundesverfassung: Übergangs- und Schlussbestimmungen sowie Anpassungen auf Gesetzesstufe, in AJP 1999, S. 744; Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3. Aufl. , Bern 1999, S. 493 ff.).
b) Eine Rechtsverzögerung und damit eine Verletzung von <ref-law> liegt nach der Rechtsprechung zu Art. 4 aBV unter anderem dann vor, wenn eine Gerichts- oder Verwaltungsbehörde sich zwar bereit zeigt, einen Entscheid zu treffen, diesen aber nicht binnen der Frist fasst, welche nach der Natur der Sache und nach der Gesamtheit der übrigen Umstände als angemessen erscheint (<ref-ruling> Erw. 1c, 107 Ib 164 Erw. 3b mit Hinweisen). Ausnahmsweise kann eine Rechtsverzögerung aber auch in Form einer positiven Anordnung begangen werden, wobei hiefür namentlich Verfahrensverlängerungen durch unnötige Beweismassnahmen oder Einräumung ungehöriger langer Fristen in Betracht fallen.
Lehre und Rechtsprechung lassen in einem solchen Fall eine Beschwerde bereits in diesem Zeitpunkt zu, so dass der Betroffene nicht zuwarten muss, bis die Rechtsverzögerung tatsächlich eintritt, sondern sofort geltend machen kann, die Verfügung habe eine ungerechtfertigte Verzögerung zur Folge (<ref-ruling> Erw. 2d [Fall einer prozessleitenden Verfügung]; Lorenz Meyer, Das Rechtsverzögerungsverbot nach <ref-law>, Diss. Bern 1985, S. 71 f.).
4.- a) Das BSV erwog, in der Beschwerde werde nicht eine Rechtsverzögerung, sondern eine Widerhandlung gegen das Beschleunigungsgebot gerügt. Im Rahmen einer Rechtsverzögerungsbeschwerde könne es die Gründe, welche die IV-Stelle dazu veranlasst hätten, den Gesundheitszustand des Beschwerdeführers bei der MEDAS abklären zu lassen, nicht prüfen, weil es sich dabei um eine materielle Frage handle, für welche der "ordentliche" Rechtsmittelweg offen stehe.
Ebenso wenig könne vorliegend aber das Beschleunigungsgebot angerufen werden, weil weder die Notwendigkeit einer medizinischen Abklärung noch die für die Anordnung der Begutachtung benötigte Zeit bestritten werde, sondern der Entscheid an sich angefochten werde, und sich die IV-Stelle somit, auch aus Sicht des Beschwerdeführers, keiner unrechtmässigen Verzögerung einer Handlung schuldig gemacht habe. Die Frage, ob die IV-Stelle mit der Gutachtenserteilung an die MEDAS den Beschleunigungsgrundsatz verletzt habe, könne offen bleiben, da deren Beantwortung einer materiellen Prüfung gleichkomme, für welche das BSV im Rahmen der Rechtsverzögerungsbeschwerde nicht zuständig sei.
b) In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird bestritten, dass die Frage, ob die Bezeichnung einer konkreten Gutachtensstelle wegen der langen Wartefristen das Beschleunigungsgebot verletze, materiellrechtlicher Natur sei. Die vorinstanzliche Begründung, wonach hiefür ein "ordentliches" Rechtsmittel gegeben sei, stehe nicht im Einklang mit der Rechtsprechung gemäss <ref-ruling>, wonach die Anordnung einer Begutachtung weder verfügt noch angefochten werden könne. Auch mit einem "ordentlichen" Rechtsmittel könne deshalb nicht rechtzeitig gerügt werden, die Anordnung einer konkreten Begutachtung verstosse gegen das Beschleunigungsgebot. Vielmehr stehe dem Beschwerdeführer der Rechtsmittelweg erst gegen die Leistungsverfügung offen, welche gestützt auf das Monate oder gar Jahre später vorliegende Gutachten ergehe. Angesichts dieses Zeitablaufes verliere die Rüge ihren Sinn.
5.- a) Aufgrund der in Erw. 3b dargestellten Rechtslage ist, anders als das BSV annahm, somit nicht zu beanstanden, dass J._ bereits im Zeitpunkt der Anordnung der Begutachtung bei der MEDAS Rechtsverzögerungsbeschwerde geführt hat. Auf das von ihm erhobene Rechtsmittel hätte deshalb eingetreten werden müssen.
Als mit einer Rechtsverzögerungsbeschwerde befasste Instanz hätte das BSV sodann, entgegen der von ihm vertretenen Auffassung, zu prüfen gehabt, ob die zu einer Verfahrensverlängerung führende Beweisanordnung, d.h. hier die Gutachtenserteilung an die MEDAS, unter dem zeitlichen Aspekt der Natur der Sache und der Gesamtheit der übrigen Umstände angemessen war, wobei der instruierenden Behörde ein weiter Spielraum des Ermessens zuzugestehen ist (Meyer, a.a.O., S. 78 f.). Rechtsprechungsgemäss ist für den Umfang des der IV-Stelle bei der Anordnung zustehenden und vom BSV zu berücksichtigenden Ermessensspielraumes entscheidend, dass die Massnahme vorliegend im Zusammenhang mit einem Rentenanspruch getroffen wurde (<ref-ruling> Erw. 4a Abs. 2 und 3, welche auf <ref-law> bezogene Erwägungen auch für das Verwaltungsverfahren gelten).
b) Zusammenfassend ergibt sich, dass das BSV auf die Rechtsverzögerungsbeschwerde zu Unrecht nicht eingetreten ist. Die Sache ist deshalb an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie über die Rechtsverzögerungsbeschwerde materiell entscheide. Dabei wird sie - unter Berücksichtigung des der IV-Stelle zustehenden Ermessensspielraumes - zu prüfen haben, ob die Gutachtenserteilung an die MEDAS eine sachlich nicht gerechtfertigte Verfahrensverzögerung bewirkte.
6.- a) Die besondern Umstände rechtfertigen es, keine Gerichtskosten zu erheben.
b) Dem Ausgang des letztinstanzlichen Verfahrens entsprechend steht dem Versicherten eine Parteientschädigung zu (Art. 135 in Verbindung mit Art. 159 Abs. 1 OG); damit erweist sich sein Antrag auf Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung als gegenstandslos.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde,
soweit darauf einzutreten ist, wird der Entscheid des
Bundesamtes für Sozialversicherung vom 13. November
2000 aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen,
damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Die IV-Stelle des Kantons Zürich hat dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von
Fr. 1500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
IV. Dieses Urteil wird den Parteien, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 21. August 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: