Sachverhalt:
A.
Am 19. Juli 2005 beantragte die X._ (Gesuchstellerin, Beschwerdeführerin) beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE) die Eintragung einer dreidimensionalen Marke für "Zuckerwaren, Schokolade und Schokoladewaren, feine Backwaren" (Klasse 30) im Markenregister. Diese sieht wie folgt aus:
Die Gesuchstellerin hielt an ihrem Gesuch auch fest, nachdem das IGE dieses beanstandet hatte. Mit Verfügung vom 30. November 2006 wies das IGE das Markeneintragungsgesuch 01950/2005 "Milchmäuse (3D-Marke) " für sämtliche beanspruchten Waren zurück mit der Begründung, dass dem Zeichen die konkrete Unterscheidungskraft fehle. Es könne nicht zum Markenschutz zugelassen werden, da es zum Gemeingut gehöre (<ref-law>).
B.
Mit Urteil vom 2. Oktober 2007 wies das Bundesverwaltungsgericht eine dagegen erhobene Beschwerde der Gesuchstellerin ab und bestätigte die angefochtene Verfügung. Das Gericht kam zum Schluss, die angemeldete dreidimensionale Form weiche nicht genügend von den für das entsprechende Warensegment erwarteten und gewohnten Formen ab, um im Gedächtnis der Abnehmer als Hinweis auf die betriebliche Herkunft der Produkte haften zu bleiben. Dem Zeichen fehle mithin die nötige Unterscheidungskraft, weshalb es zu Recht als dem Gemeingut zugehörend im Sinne von <ref-law> zurückgewiesen worden sei. Das Gericht verwarf zudem einen Anspruch auf Gleichbehandlung, den die Gesuchstellerin im Hinblick auf diverse Voreintragungen geltend gemacht hatte. Auch konnte es keine Praxisänderung des IGE erkennen, weshalb es den von der Gesuchstellerin in diesem Zusammenhang vorgebrachten Argumenten nicht folgte.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin, das Urteil vom 2. Oktober 2007 sei aufzuheben und das IGE anzuweisen, die mit dem Markeneintragungsgesuch 01950/2005 "Milchmäuse (3D-Marke) " angemeldete Marke in das Markenregister einzutragen.
Das IGE und das Bundesverwaltungsgericht beantragen in ihren Vernehmlassungen die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1.
In der vorliegenden Registersache ist nach Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG die Beschwerde in Zivilsachen das zulässige Rechtsmittel. Als Vorinstanz hat das Bundesverwaltungsgericht entschieden (<ref-law>). Der Entscheid ist nicht im Rahmen des Widerspruchsverfahrens ergangen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Begehren vor der Vorinstanz unterlegen und damit formell zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Da sie den gewünschten Markenschutz für ihr Zeichen nicht erhalten hat, ist sie auch materiell beschwert (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren über das Markeneintragungsgesuch 01950/2005 ab und stellt demnach einen Endentscheid dar (<ref-law>). Er wurde der Beschwerdeführerin am 8. Oktober 2007 zugestellt. Die Beschwerdefrist von 30 Tagen (Art. 100 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>) ist demnach eingehalten. Der für die Beschwerde in Zivilsachen erforderliche Streitwert ist erreicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3). Auf die Beschwerde ist demnach einzutreten.
2.
Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz bejahe zu Unrecht den absoluten Schutzverweigerungsgrund der Gemeinfreiheit im Sinne von Art. 30 Abs. 2 lit. c in Verbindung mit <ref-law> (SR 232.11).
2.1. Vom Markenschutz absolut ausgeschlossen sind nach <ref-law> Zeichen, die Gemeingut sind, sofern sie sich nicht als Marke für die Waren oder Dienstleistungen durchgesetzt haben, für die sie beansprucht werden.
Als Gemeingut gelten mit Bezug auf Formen insbesondere einfache geometrische Grundelemente sowie Formen, die weder in ihren Elementen noch in ihrer Kombination vom Erwarteten und Gewohnten abweichen und daher mangels Originalität im Gedächtnis der Abnehmer nicht haften bleiben (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen). Die Gemeinfreiheit von Formen ist insbesondere danach zu beurteilen, ob im beanspruchten Waren- oder Dienstleistungsbereich ähnliche Formen bekannt sind, von denen sich die beanspruchte Form (nicht) durch ihre Originalität abhebt. Dabei ist nach konstanter bundesgerichtlicher Rechtsprechung die Originalität der Abweichungen im Vergleich zu den bisher im beanspruchten Warensegment üblichen Formen zu bestimmen, wenn zu beurteilen ist, ob ein bestimmtes Gestaltungsmittel als Herkunftshinweis im Sinne des Markenrechts verstanden werde (<ref-ruling> E. 3.3 mit Hinweisen).
2.2. Die Vorinstanz hielt im angefochtenen Urteil fest, in der beanspruchten Warenart "Schokolade und Schokoladewaren" existierten die unterschiedlichsten Formvarianten. So werde Schokolade in der Schweiz häufig in Form stilisierter Tiere, wie z.B. in Form von Mäusen, Maikäfern, Hasen, Bären, Fröschen, Schmetterlingen, Fischen usw. verkauft. Die angemeldete Form sei deshalb ohne grossen Aufwand an Fantasie als Spielart dieser Gruppe von Schokoladeprodukten leicht erkennbar. Die hier strittige Form werde vom Konsumenten als Maus oder als Bären bzw. als karikaturhaft dargestellte Mischform davon wahrgenommen. Allein der Umstand, dass die Form an ein Tier erinnere, das sich weder eindeutig an die Form eines Bären noch an jene einer Maus anlehne, sondern sich als ein zwischen diesen beiden Tierarten liegendes Fantasietierchen zu erkennen gebe, mache diese noch nicht in einer Art und Weise "unerwartet" oder originell, als dass sie beim Konsumenten als betrieblicher Herkunftshinweis im Gedächtnis haften bleibe. Daran änderten weder die eher an eine Maus erinnernden Schnurrbarthaare noch die eher an einen Bären erinnernde runde Nase, halbtellerförmigen Ohren und grossen Pfoten etwas. Auch der in der Natur nicht vorkommende halb (kreis) förmige Lachmund vermöge dem "Phantasietier" bei der vorhandenen Formenvielfalt nicht jene Originalität oder Unerwartetheit zu verleihen, die beim Konsumenten bewirken würde, das Zeichen im Sinne eines betrieblichen Herkunftshinweises zu verstehen. Der Form fehle mithin die nötige Unterscheidungskraft.
2.3. Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass der durchschnittliche Schweizer Konsument für die beanspruchten Waren die Gestaltung in einer bestimmten Form, namentlich in stilisierten Tierformen erwarte. Sie macht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend, weil die Vorinstanz sich bei ihrer Annahme, dass in der beanspruchten Warenart die unterschiedlichsten Formvarianten, namentlich auch häufig die Form stilisierter Tiere, existierten, auf zwei Internetseiten stütze, ohne der Beschwerdeführerin Gelegenheit zu geben, sich zu diesen zu äussern.
Schon das IGE hat in seiner Verfügung vom 30. November 2006 für die Tatsache, dass es Schokoladewaren in den verschiedensten Formen, insbesondere auch in Formen von Tieren gebe, wie Marienkäfern, Hasen, Bären, Fröschen, Schmetterlingen oder Fischen, auf Auszüge aus dem Internet verwiesen. Die Vorinstanz hat die nämliche Tatsache mit zwei weiteren Internetseiten illustriert. Dass sie die Beschwerdeführerin nicht besonders zu diesen beiden Internetseiten anhörte, bewirkt keine Verletzung des rechtlichen Gehörs, die eine Aufhebung des angefochtenen Entscheids erforderlich machte. Denn die beiden Internetseiten stellen lediglich eine zusätzliche Illustration des bestehenden Variantenreichtums von Schokoladewaren in Tierformen dar. Dieser war, wie gesagt, bereits im erstinstanzlichen Verfahren vom IGE mit Unterlagen aus dem Internet dokumentiert worden, die der Vorinstanz von der Beschwerdeführerin selber vorgelegt wurden, und ist überdies ohnehin notorisch. Der Hinweis auf die zwei weiteren Internetseiten war daher für den Entscheid nicht ausschlaggebend.
Somit erweist sich auch der Vorwurf an die Vorinstanz ohne weiteres als unbegründet, wonach ihre gestützt auf die Internetillustration getroffene Annahme, dass eine Form wie die vorliegend umstrittene vom Publikum weder als gewohnt noch als überraschend aufgenommen werde, willkürlich sei.
2.4. Weiter wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz eine willkürliche Annahme vor, weil sie auf die vom IGE verfochtene Ansicht abgestellt habe, wonach in einem Warensegment mit einer grossen Vielfalt an Warenformen höhere Anforderungen an den Abstand vom bekannten Formenschatz zu stellen seien, damit das entsprechende Zeichen nicht als banal qualifiziert werde.
Diese Kritik beruht auf einem unrichtigen Verständnis der Erwägungen der Vorinstanz. Die Vorinstanz erwähnte lediglich, dass das IGE bei grosser Formenvielfalt von "entsprechend höheren Anforderungen" gesprochen habe, stellte dann aber in der konkreten Anwendung nicht höhere Anforderungen an die Unterscheidungskraft des Zeichens an sich. Vielmehr geht es darum, dass es bei einem grossen Reichtum an bekannten Formen, die zum Vergleich heranzuziehen sind, schwieriger ist, eine nicht banale Form zu gestalten, die derart vom Gewohnten und Erwarteten abweicht, dass sie durch ihre Originalität im Gedächtnis des Abnehmers haften bleibt (vgl. <ref-ruling> E. 4.4 und 4.5). Die Anforderungen an die Unterscheidungskraft sind mithin bei einer Vielzahl bekannter Formen schwieriger zu erreichen. Dies hat die Vorinstanz zutreffend erkannt.
2.5. Zusammenfassend ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz dem angemeldeten Zeichen die nötige Unterscheidungskraft absprach und die Schutzfähigkeit im Sinne von <ref-law> verweigerte.
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin hatte vor der Vorinstanz geltend gemacht, die strittige Marke sei zwar erst am 19. Juli 2005 und damit nach Inkrafttreten der revidierten Richtlinien in Markensachen des IGE vom 1. Juli 2005 beim IGE hinterlegt worden. Gestützt auf <ref-law> und Art. 4 der Pariser Übereinkunft zum Schutz des gewerblichen Eigentums, revidiert in Stockholm am 14. Juli 1967 (PVÜ; SR 0.232.04) beanspruche sie jedoch die Priorität der Ersthinterlegung in Deutschland, welche am 8. Februar 2005 erfolgt sei. Sie habe aufgrund von Staatsvertragsrecht einen Anspruch darauf, dass ihre Marke nach der am 8. Februar 2005 geltenden Praxis des IGE beurteilt werde. Im vorliegenden Verfahren wirft die Beschwerdeführerin der Vorinstanz Rechtsverweigerung vor, weil sie auf dieses Argument nicht eingegangen sei, da sie fälschlicherweise angenommen habe, es liege gar keine Praxisänderung des IGE vor.
3.2. Die Vorinstanz kam zum Schluss, es könne nicht von einer eigentlichen Praxisänderung oder rechtlich relevanten Praxispräzisierung gesprochen werden, sondern höchstens von einer gewissen Entwicklung einer noch relativ jungen Praxis in Bezug auf die Zulassung von Formmarken. Die Beschwerdeführerin könne aus dem Prioritätsrecht nach Art. 4 PVÜ nichts zu ihren Gunsten ableiten, da sich die Beurteilung der fehlenden konkreten Unterscheidungskraft entgegen der Ansicht des IGE auf eine vorbestehende Praxis zu stützen vermöge.
Demnach hat die Vorinstanz das von der Beschwerdeführerin vorgebrachte Argument betreffend Art. 4 PVÜ nicht etwa übergangen. Sie setzte sich aber nicht näher damit auseinander, weil sie keine rechtlich relevante Praxisänderung bzw. Praxispräzisierung erkennen konnte, weshalb sich die von der Beschwerdeführerin aufgeworfene Frage gar nicht stellte.
3.3. Die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, worin die angebliche Praxisänderung inhaltlich bestehen soll:
3.3.1. Sie beruft sich auf die revidierten Richtlinien des IGE im Markenbereich vom 1. Juli 2005. In den diesbezüglichen Erläuterungen wird von einer "Konsolidierung der Prüfungspraxis namentlich im Bereich der nicht konventionellen Zeichen" berichtet (S. 1). Was konkret mit dieser Konsolidierung gemeint ist, wird nicht ausgeführt und ist auch aus der Richtlinie selber nicht erkennbar. In der Vernehmlassung an die Vorinstanz schrieb das IGE, die Praxispräzisierung unter anderem in Bezug auf dreidimensionale Marken werde in den revidierten Richtlinien "zeitlich und sachlich spezifiziert". Indessen ist der Vorinstanz beizupflichten, dass in den Erläuterungen Teil 4 Ziffer 3 zwar gewisse Ausführungen zur Berücksichtigung von zweidimensionalen Elementen bei der Beurteilung des Gemeingutcharakters von Waren- und Verpackungsformen gemacht werden, im Übrigen aber nicht ersichtlich wird, worin diese Spezifizierung in zeitlicher und sachlicher Hinsicht bestehen soll.
3.3.2. Das IGE vermerkte in der Vernehmlassung an die Vorinstanz sodann, das Ziel der Praxispräzisierung, d.h. der konsequenten Prüfung der konkreten Unterscheidungskraft, sei in erster Linie die Verhinderung von ungerechtfertigten Monopolisierungen durch einen Einzelnen. Die Prüfung der konkreten Unterscheidungskraft dreidimensionaler Zeichen ist nun aber nach Art. 1 und 2 MSchG ohnehin geboten. Es ist daher der Vorinstanz nicht vorzuwerfen, dass sie insoweit keine rechtlich relevante Praxisänderung oder - präzisierung ausmachen konnte.
Die Vorinstanz legte darüber hinaus dar, dass sich eine strengere Prüfungspraxis in Entscheiden der ehemaligen Eidgenössischen Rekurskommission für Geistiges Eigentum wesentlich weiter zurück verfolgen lasse, wenn es auch nicht auszuschliessen sei, dass es vor dem Erlass der neuen Richtlinien in Markensachen 2005 zu "inkonsequenten" Eintragungen gekommen sei. Diesen Erwägungen setzt die Beschwerdeführerin nichts entgegen.
3.3.3. Gelingt es der Beschwerdeführerin somit nicht, eine entgegen der Beurteilung der Vorinstanz eingetretene rechtlich relevante Praxisverschärfung darzutun, dringt sie mit ihrer sinngemässen Rüge nicht durch, die Vorinstanz habe ihren Gehörsanspruch verletzt, indem sie sich nicht mit dem Argument auseinandersetzte, es bestehe ein Anspruch darauf, dass das Eintragungsgesuch nach der Praxis zur Zeit der Ersthinterlegung beurteilt werde.
3.4. Nun legt das IGE in der Verfügung vom 30. November 2006 allerdings dar, dass es seit den von der Beschwerdeführerin angerufenen Voreintragungen (letzte Eintragung im Jahr 2003) eine wesentlich strengere Praxis hinsichtlich dreidimensionaler Marken verfolge (S. 7 Ziffer 17). Soweit gestützt darauf davon auszugehen wäre, dass das IGE die Prüfung der konkreten Unterscheidungskraft dreidimensionaler Zeichen seither tatsächlich im Sinne einer rechtlich relevanten Praxisänderung strenger handhabt, würde es der Beschwerdeführerin auch nicht helfen, wenn für die Prüfung ihres Gesuchs auf das Datum der Ersthinterlegung in Deutschland, den 8. Februar 2005, abgestellt würde. Denn es ist nicht dargetan, dass dannzumal noch die weniger strenge Praxis zum Zuge gekommen wäre. Vielmehr sind Praxisänderungen grundsätzlich sofort und überall anzuwenden (<ref-ruling> E. 3c/bb S. 59; <ref-ruling> 5b S. 170 mit Hinweisen); gegen die Änderung der materiellrechtlichen Praxis gibt es keinen allgemeinen Vertrauensschutz (<ref-ruling> E. 4 S. 202). Auch die Berufung der Beschwerdeführerin auf denselben schlägt daher fehl.
3.5. Ohnehin ist es schon angesichts der Wirkung des Prioritätsrechts mehr als fraglich, ob sich aus dem aus einer Ersthinterlegung fliessenden Prioritätsrecht nach Art. 4 PVÜ überhaupt grundsätzlich ein Anspruch ableiten lässt, dass der Schutzanspruch für eine Marke nach einer früheren, zur Zeit der Ersthinterlegung geltenden Praxis beurteilt wird, und nicht nach der zur Zeit der nationalen Hinterlegung massgeblichen. Das IGE vertritt in der Vernehmlassung im vorliegenden Verfahren zwar die Auffassung, der Hinterleger, der für seine Hinterlegung die Unionspriorität in Anspruch nehme, dürfe (generell) nicht schlechter gestellt werden, als wenn er mit dem Prioritätsdatum bereits eine nationale Hinterlegung getätigt hätte. Indes lässt der Wortlaut von Art. 4 lit. B PVÜ, wonach "die spätere, jedoch vor Ablauf dieser Fristen in einem der anderen Verbandsländer bewirkte Hinterlegung nicht unwirksam gemacht werden" kann "durch inzwischen eingetretene Tatsachen (...) ", eher darauf schliessen, dass alle im sachlichen Recht begründeten Einwände, wie namentlich auch eine nach der Ersthinterlegung eingetretene Änderung der Rechtspraxis bei der Beurteilung der Gemeinfreiheit von Warenformen, einer Schutzverweigerung nicht entgegenstehen dürften (so ausdrücklich Karl Heinz Fezer, Markenrecht, 3. Aufl., München 2001, N. 4 zu Art. 4 PVÜ S. 1981 mit Hinweisen auf die deutsche Rechtsprechung; ferner: G.H.C. Bodenhausen, Kommentar zur PVÜ, Art. 4 Abschnitt B/d S. 33 f. mit Beispielen für die Wirkung des Prioritätsrechts in Bezug auf verschiedene, nach der Ersthinterlegung eingetretene Tatsachen; David, Basler Kommentar, Markenschutzgesetz Muster- und Modellgesetz, 2. Aufl., N. 5 zu <ref-law>; Willi, Kommentar zum Markenschutzgesetz, Zürich 2002, N. 12 zu <ref-law>; Marbach, Markenrecht, in: Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, Band III, Kennzeichenrecht, Basel 1996, S. 124; von Büren/Marbach, Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, 2. Aufl., Bern 2002, S. 121 Rz. 608). Die Frage braucht allerdings hier nach dem vorstehend (Erwägungen 3.3 und 3.4) Gesagten mangels Entscheidwesentlichkeit nicht abschliessend beurteilt zu werden.
4.
Schliesslich liegt auch keine Verletzung des Gleichbehandlungsgrundsatzes nach <ref-law> vor. Dieser verbietet nicht, eine Praxis zu ändern, wenn dafür sachliche und ernsthafte Gründe bestehen (<ref-ruling> E. 3c S. 52; <ref-ruling> E. 4c/aa S. 163). Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, dass die strengere Praxis hinsichtlich dreidimensionaler Marken, die das IGE nach eigenen Angaben seit den von der Beschwerdeführerin angerufenen Voreintragungen (letzte Eintragung im Jahr 2003) verfolgt, nicht gerechtfertigt sei.
5.
Aus den genannten Gründen ist die Beschwerde abzuweisen. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zu sprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung II, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Januar 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Corboz
Der Gerichtsschreiber: Widmer