Faits:
A. A.a X._, né en 1949, a suivi toute sa formation à Genève, qu'il a achevée par un diplôme fédéral de contrôleur de gestion. Après avoir été employé, il s'est mis à son compte en commençant une activité de fiduciaire, comptable, réviseur, conseil fiscal, administrateur et gérant de sociétés. Il a animé A._ SA, fondée en 1980, devenue en 1989, B._ SA, devenue C._ SA dès avril 1996, ainsi que D._ SA, fondée en 1986 et dont il était depuis 2000 l'actionnaire et l'administrateur.
A.b Par ailleurs, X._ était actionnaire, animateur ou administrateur de nombreuses autres sociétés, dont R._ SA, fondée en mars 1993 et tombée en faillite en 1995, E._ SA, fondée en mai 1991 et tombée en faillite en 1999, F._ SA, fondée en 1991 et tombée en faillite en 1999, G._ SA, fondée en 1995 et tombée en faillite en 1998, H._ SA, fondée en 1993 et tombée en faillite en 1995, et I._ SA, fondée en 1995 et en liquidation depuis 1998. Il a aussi administré la société J._, détenue par K._, et dont L._ était l'ayant droit économique.
En 1992, X._ a persuadé ce dernier, avec des arguments fallacieux, de faire établir par Pictet & Cie une garantie bancaire irrévocable à hauteur de 1'200'000 fr. en faveur du compte détenu par J._ auprès de la Banque Populaire Suisse, établissement absorbé en 1996 par le Crédit Suisse.
Comme administrateur de J._, X._ a obtenu pour elle de la Banque Populaire Suisse, en juillet 1992, un prêt de 900'000 fr. sous forme de crédit en compte courant BPS n° xxx, muni d'une garantie bancaire émise par Pictet & Cie. Il a toutefois utilisé cette somme à des fins personnelles, pour l'achat notamment de la société H._ SA, reprise par R._ SA, et à travers elles des restaurants à l'enseigne « N._ », à Genève.
Par la suite, X._ a obtenu de Pictet & Cie la prorogation, puis l'augmentation de la garantie à 1'560'000 fr., et parallèlement de la Banque Populaire Suisse l'augmentation de la limite de crédit à 1'000'000 fr., en juillet 1993, puis à 1'300'000 fr., en août 1993, cette dernière servant à rembourser le compte BPS n° xxx au nom de X._ présentant un solde débiteur au 30 août 1993 de 321'842 fr.
X._ a ainsi utilisé sans droit, pour son propre profit, des crédits mis à disposition de J._, et dont cette dernière demeurait débitrice à hauteur de 1'300'000 fr. Ses manoeuvres furent découvertes, de sorte qu'il restait devoir à J._, respectivement à la banque, de très importants montants qui furent mis en recouvrement.
X._ accusait en outre un retard important dans le paiement à la Régie M._ des loyers du restaurant « N._ ». Il a donc cherché à refinancer l'exploitation du restaurant devenu « O._ », échouant cependant dans une première demande de crédit de 300'000 fr. au Crédit Suisse pour R._ SA.
Perclus de dettes pour plusieurs millions de francs tant en Suisse qu'en France, X._ a alors affronté de grandes difficultés financières.
B. X._ connaissait de longue date P._. En 1983, cette dernière a confié au premier, en deux fois, 250'000 fr. et 30'000 fr., puis 15'315 fr. en 1984 et 10'000 fr. en 1987, avec mandat d'investir ces capitaux pour son compte. P._ a présenté S._ à X._, dont elle loua les capacités professionnelles dans le domaine financier. S._ souffrait depuis de nombreuses années de troubles bipolaires qui la rendaient parfois très vulnérable. Les deux femmes ne possédaient pas la moindre connaissance juridique, économique ou financière.
En 1993, X._ a proposé à S._ de prendre en mains ses affaires. Il lui a vanté sa qualité de comptable, sa position à la tête de deux importantes fiduciaires, et le rendement de 8 % l'an procuré par les divers investissements qu'il avait accomplis pour le compte de P._.
Dès le mois de février 1994, il a exposé à S._ que la maison qu'elle possédait et habitait à Vandoeuvres constituait un capital qui méritait de fructifier. Il lui a proposé d'obtenir un prêt de 800'000 fr. moyennant la constitution d'une cédule hypothécaire de même montant sur sa maison, pour qu'il l'investisse et lui fasse générer une rente mensuelle de 4'000 fr.
Il a ainsi amené S._ à conclure à ses côtés, le 17 mars 1994, avec le Crédit Suisse, un emprunt de 800'000 fr. en sa faveur, garanti par le nantissement d'une cédule hypothécaire au porteur sur l'immeuble de S._. Il l'a conduite à autoriser la constitution sur ce dernier d'une cédule hypothécaire en faveur du Crédit Suisse, dont il s'est reconnu seul débiteur, par acte notarié de mars 1994. Il l'a amenée à contresigner le nantissement spécial par lequel il remettait cette cédule au Crédit Suisse en août 1994, obtenant de la sorte de l'établissement bancaire qu'il lui mette à disposition un crédit en compte courant n° xxx de 800'000 fr. Dans le cadre de cette opération, X._ a fait signer à S._ successivement, un contrat de cautionnement daté du 25 mars 1994, la garantissant, contrairement à la réalité, sur tous ses avoirs, dont une cédule hypothécaire de 750'000 fr. sur sa maison en France, en réalité inexistante, puis un contrat de participation en 1995 ou 1996, mais antidaté au 2 avril 1994, et stipulant, contrairement à la réalité, que les fonds reçus par D._ SA étaient destinés à financer l'acquisition pour le compte de S._ d'une participation de 40 % dans la société R._ SA.
X._ n' a toutefois pas opéré le placement promis à S._. Il a affecté les fonds remis par la banque - dont 17'000 fr. avaient été distraits pour le paiement des frais et émoluments du notaire et 48'515 fr. pour le remboursement à la Banque cantonale de Genève de la précédente hypothèque grevant l'immeuble de S._ - pour diminuer l'encours du compte courant de J._ auprès de la Banque Populaire Suisse par une bonification de 670'000 fr. sur le compte BPS n° xxx, et cautionner le loyer du restaurant « N._ » en faveur de la Régie M._ à hauteur de 62'550 fr. X._ a ainsi remboursé ses propres dettes vis-à-vis de J._, de la Banque Populaire Suisse et de la Régie M._ en utilisant les fonds de S._ à l'insu de cette dernière. Ce faisant, il a causé à S._ un préjudice de plus de 1'367'808 fr.
C. Par arrêt du 7 octobre 2008, la Cour correctionnelle sans jury du canton de Genève a acquitté X._ des chefs d'accusation d'abus de confiance et de faux témoignage et l'a condamné, pour escroquerie, à deux ans de peine privative de liberté avec sursis pendant cinq ans sous déduction de la détention préventive.
Par arrêt du 20 février 2009, la Cour de cassation genevoise a rejeté le pourvoi de X._.
D. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant une violation du principe d'accusation et de l'<ref-law>, il conclut à l'annulation de l'arrêt cantonal et à sa libération des fins de la poursuite pénale.

Considérant en droit:
1. Se plaignant d'une violation des art. 6 ch. 3 let. a CEDH, 9, 32 al. 2 Cst., et 283 CPP/GE, le recourant reproche à la Cour correctionnelle d'avoir retenu des faits qui ne figuraient pas dans l'acte d'accusation.
1.1 La portée et l'étendue du principe accusatoire sont déterminées en premier lieu par le droit cantonal, dont le Tribunal fédéral examine l'application sous l'angle restreint de l'arbitraire. Si la protection que ce droit accorde aux parties apparaît insuffisante, le justiciable peut invoquer les garanties minimales découlant de la Constitution et de la CEDH, dont le Tribunal fédéral vérifie librement le respect (<ref-ruling> consid. 2a p. 22). Le recourant ne prétend pas que le droit cantonal qu'il invoque lui accorderait une protection plus étendue que celle qu'il peut déduire de la Constitution et de la Convention, dont il se prévaut également. Il suffit donc d'examiner le grief sous l'angle de celles-ci.
Le principe d'accusation est une composante du droit d'être entendu consacré par l'art. 29 al. 2 Cst. et peut aussi être déduit des art. 32 al. 2 Cst. et 6 ch. 3 CEDH, qui n'ont à cet égard pas de portée distincte. Il implique que le prévenu sache exactement les faits qui lui sont imputés et quelles sont les peines et mesures auxquelles il est exposé, afin qu'il puisse s'expliquer et préparer efficacement sa défense (<ref-ruling> consid. 2a p. 21). Il n'empêche pas l'autorité de jugement de s'écarter de l'état de fait ou de la qualification juridique retenus dans la décision de renvoi ou l'acte d'accusation, à condition toutefois que les droits de la défense soient respectés (<ref-ruling> consid. 2a et c p. 21 ss). Si l'accusé est condamné pour une autre infraction que celle visée dans la décision de renvoi ou l'acte d'accusation, il faut examiner s'il pouvait, eu égard à l'ensemble des circonstances d'espèce, s'attendre à cette nouvelle qualification juridique des faits, auquel cas il n'y a pas violation de ses droits de défense (<ref-ruling> consid. 2d/bb p. 24).
1.2 Dans son ordonnance de renvoi du 4 septembre 2007, le Procureur général a reproché au recourant de s'être rendu coupable d'abus de confiance au sens de l'<ref-law>, en ayant dans les circonstances décrites ci-dessus au consid. A, avoir commis les faits mentionnés au consid. B. Dans les formes et délais prescrits par le droit de procédure genevoise, la partie civile a fait poser la question complémentaire de l'escroquerie, en reprenant les faits exposés dans l'ordonnance de renvoi et en substituant l'escroquerie à l'abus de confiance.
Dans son arrêt, la Cour correctionnelle a notamment retenu que le recourant avait dissimulé à la partie civile qu'au moment où il l'avait déterminée à des actes préjudiciables à ses intérêts pécuniaires, il n'avait aucune intention de placer les fonds comme il l'avait promis mais avait décidé d'utiliser l'argent obtenu au paiement de certaines de ses dettes, ce qu'il avait fait dans les jours qui avaient suivi sa mise à disposition. Ce faisant, les juges genevois ne se sont pas écartés des faits contenus dans l'ordonnance de renvoi, mais ont uniquement constaté que ceux-ci réalisaient les conditions de l'infraction d'escroquerie au sens de l'art. 148 aCP. Par ailleurs, au vu des éléments contenus dans l'ordonnance de renvoi (cf. supra consid. A et B) et de l'énoncé de l'infraction envisagée (cf. art. 148 aCP), l'intéressé était parfaitement à même de s'expliquer sur les faits qui lui étaient reprochés et préparer efficacement sa défense. Le grief invoqué doit donc être rejeté.
2. Invoquant une violation de l'art. 148 aCP, le recourant conteste s'être rendu coupable d'escroquerie.
2.1 Les faits reprochés au recourant sont antérieurs à l'entrée en vigueur de l'<ref-law> le 1er janvier 1995, de sorte que l'art. 148 aCP est applicable. Le nouveau droit ne consacrant pas un régime plus favorable, le principe de la lex mitior posé à l'<ref-law> ne lui permet pas de déployer d'effet.
2.2 Selon l'article 148 al. 1 aCP, se rend coupable d'escroquerie celui qui, dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime, aura astucieusement induit en erreur une personne par des affirmations fallacieuses ou par la dissimulation de faits vrais, ou aura astucieusement exploité l'erreur où se trouvait une personne et aura de la sorte déterminé la victime à des actes préjudiciables à ses intérêts pécuniaires ou à ceux d'un tiers.
2.2.1 L'escroquerie suppose une tromperie, qui peut se présenter sous la forme d'affirmations fallacieuses, de dissimulation de faits vrais ou encore consister à exploiter l'erreur de la dupe. Pour qu'il y ait tromperie par affirmations fallacieuses, il faut que l'auteur ait affirmé un fait dont il connaissait la fausseté; l'affirmation peut résulter de n'importe quel acte concluant; il n'est donc pas nécessaire que l'auteur ait fait une déclaration; il suffit qu'il ait adopté un comportement dont on déduit qu'il affirme un fait. La tromperie par dissimulation de faits vrais est réalisée lorsque l'auteur s'emploie, par ses propos ou par ses actes, à cacher la réalité; s'il se borne à se taire, à ne pas révéler un fait, une tromperie peut lui être reprochée que s'il se trouvait dans une position de garant, à savoir s'il avait, en vertu de la loi, d'un contrat ou d'un rapport de confiance spécial, une obligation de parler. Quant au troisième comportement prévu par la loi, il se distingue des deux précédents en ce sens que l'erreur est préexistante (cf. <ref-ruling> consid. 2b/aa non publié; CORBOZ, Les principales infractions, vol. I, Berne 1997, p. 140 ss, n° 1 ss; STRATENWERTH/JENNY, Bes. Teil I, 6ème éd., Berne 2003 p. 341 ss n° 5 ss; REHBERG/SCHMID/DONATSCH, Strafrecht III, 8ème éd., Zurich 2003, p. 181 ss).
2.2.2 L'astuce est réalisée non seulement lorsque l'auteur recourt à un édifice de mensonges, à des manoeuvres frauduleuses ou à une mise en scène, mais aussi lorsqu'il se borne à donner de fausses informations dont la vérification n'est pas possible, ne l'est que difficilement ou ne peut raisonnablement être exigée, de même que si l'auteur dissuade la dupe de vérifier ou prévoit, en fonction des circonstances, qu'elle renoncera à le faire, par exemple en raison d'un rapport de confiance particulier (<ref-ruling> consid. 4.4.3; <ref-ruling> consid. 3a p. 20). Tel est notamment le cas si l'auteur exploite un rapport de confiance préexistant qui dissuade la dupe de vérifier (<ref-ruling> consid. 3a p. 248) ou encore si la dupe, en raison de sa situation personnelle (faiblesse d'esprit, inexpérience, grand âge ou maladie), n'est pas en mesure de procéder à une vérification et que l'auteur exploite cette situation (<ref-ruling> consid. 1a p. 188).
L'astuce n'est toutefois pas réalisée si la dupe pouvait se protéger avec un minimum d'attention ou éviter l'erreur avec le minimum de prudence que l'on pouvait attendre d'elle. Il n'est pas nécessaire, pour qu'il y ait escroquerie, que la dupe ait fait preuve de la plus grande diligence et qu'elle ait recouru à toutes les mesures de prudence possibles. La question n'est donc pas de savoir si elle a fait tout ce qu'elle pouvait pour éviter d'être trompée. L'astuce n'est exclue que lorsque la dupe est coresponsable du dommage parce qu'elle n'a pas observé les mesures de prudence élémentaires que commandaient les circonstances (ATF <ref-ruling> consid. 3a p. 20).
2.2.3 Le dommage est une lésion du patrimoine sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif, mais aussi d'une mise en danger de celui-ci telle qu'elle a pour effet d'en diminuer la valeur du point de vue économique. Il n'est pas nécessaire que le dommage corresponde à l'enrichissement de l'auteur, ni qu'il soit chiffré; il suffit qu'il soit certain (<ref-ruling> consid. 3d p. 22; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 2c p. 107).
2.2.4 Du point de vue subjectif, l'auteur doit avoir agi intentionnellement et dans un dessein d'enrichissement illégitime, un résultat correspondant n'étant cependant pas une condition de l'infraction (<ref-ruling> consid. 4b p.214).
2.3 Dans la mesure où le recourant s'en prend au jugement de première instance, ses critiques sont irrecevables, seul l'arrêt de la Cour de cassation pouvant faire l'objet d'un recours en matière pénale (cf. <ref-law>).
Le recourant soutient que la Cour de cassation a complété l'état de fait et substitué sa propre appréciation à celle de l'autorité de première instance. Toutefois, il n'invoque la violation d'aucune disposition du CPP/GE relative au pouvoir de cognition des autorités genevoises. Son argumentation, insuffisamment motivée (cf. <ref-law>), est donc irrecevable. Il en va de même de la critique relative aux faits retenus, dans la mesure où l'intéressé n'invoque pas d'arbitraire à ce propos (cf. <ref-law>).
2.4 Le recourant nie tout d'abord la réalisation de l'aspect intentionnel de l'infraction (cf. infra consid. 2.4.1) ainsi que l'existence d'une tromperie (cf. infra consid. 2.4.2).
2.4.1 Invoquant l'arbitraire, il reproche aux autorités inférieures d'avoir retenu qu'il n'a jamais eu l'intention de fournir la prestation promise à la plaignante.
Selon les constatations cantonales, l'intéressé a abordé la plaignante pour obtenir des fonds, alors qu'il était perclus de dettes. En effet, il avait utilisé sans droit, pour son propre profit, des crédits mis à disposition de J._, et dont cette dernière demeurait débitrice à hauteur de 1'300'000 fr. Ses manoeuvres avaient été découvertes et il avait été mis en demeure de rembourser cette ligne de crédit. En outre, il accusait un retard important dans le paiement à la Régie M._ des loyers du restaurant « N._ ». Il avait cherché à refinancer l'exploitation de ce restaurant devenu « O._ », mais échoué dans une demande de crédit de 300'000 fr. auprès de la banque.
Au regard de cette situation et, plus particulièrement des obligations financières de l'intéressé, les juges cantonaux pouvaient, sans arbitraire, admettre que ce dernier n'a jamais eu l'intention de fournir la prestation promise à la partie civile, l'argent remis devant au contraire servir à assainir sa propre situation financière.
2.4.2 Le recourant soutient qu'il n'avait pas l'obligation de renseigner la plaignante au sujet de la future utilisation des fonds remis, ni de lui expliquer que cet argent allait être utilisé pour amortir les crédits relatifs à l'achat de sociétés, lesquelles étaient bel et bien destinées à produire des rendements.
Le recourant a agi en qualité de mandataire de la partie plaignante et, à ce titre, était manifestement soumis à un devoir de renseignements (cf. <ref-law>). Selon les faits retenus, il a proposé à la lésée de prendre en main ses affaires, de faire fructifier son capital immobilier et donc de procéder à un emprunt destiné à un investissement qui devait lui garantir une rente mensuelle de 4'000 fr. Il lui a vanté ses qualités en affaires et sa capacité à pouvoir générer un rendement élevé pour le futur. Or, le recourant n'a pas investi l'argent qui lui a été remis par la plaignante dans des sociétés florissantes ou susceptibles de générer des intérêts intéressants. Au contraire, alors que sa situation financière était obérée et que ses opérations économiques avaient manifestement échoué, il a utilisé cet argent pour amortir partiellement l'endettement qu'il avait créé sans droit dans les livres de la Banque Populaire Suisse au détriment de la société J._ et les loyers de son restaurant. En agissant de la sorte, l'intéressé a remboursé ses propres dettes, opération qui ne saurait être considérée, conformément à ses allégations, comme un investissement dans des sociétés susceptibles de générer un taux d'intérêt.
Ainsi, par ses affirmations et son comportement, le recourant a fait croire à la plaignante que ses propres affaires étaient prospères et qu'il pouvait facilement faire fructifier son capital immobilier. Ce faisant, il ne s'est pas contenté de dissimuler des faits vrais en taisant ses difficultés financières, mais a fait croire, de diverses manières, à ses capacités de grand gestionnaire et ses facultés à pouvoir faire fructifier un capital, alors que sa situation était obérée et que l'argent devait en réalité lui servir à rembourser ses dettes. Dans ces conditions, la tromperie est réalisée.
2.5 Le recourant nie ensuite la réalisation de l'astuce. Il reproche à la dupe de ne pas s'être renseignée sur l'utilisation des fonds, au motif que cette question ne l'intéressait pas.
Selon les constatations cantonales, la partie civile était particulièrement vulnérable, dès lors qu'elle souffrait de troubles psychiques. De plus, elle ne connaissait rien aux questions économiques et financières. Enfin, le recourant lui avait été présenté par son amie, P._, qui lui avait dit que l'argent qu'elle avait remis à l'intéressé lui procurait un rendement de 8 % l'an. L'intéressé a ainsi profité des faiblesses et de l'inexpérience de sa victime.
En outre, l'intéressé a élaboré une mise en scène sophistiquée et menti pour obtenir les fonds convoités. En effet, d'une part, il a fait constituer à la plaignante une cédule sur son immeuble, cédule qui a été remise à sa banque contre l'obtention d'un emprunt qui était censé lui rapporter des intérêts importants. Après l'octroi du prêt, il lui a encore fait signer un contrat aux termes duquel il lui promettait de garantir le risque qu'elle avait pris par la constitution en sa faveur d'une hypothèque sur le bien immobilier dont il était propriétaire en France, constitution à laquelle il n'a jamais eu l'intention de procéder. D'autre part, il a menti sur la destination des fonds empruntés, qui étaient censés procurer à la dupe un rendement élevé pour le futur, alors qu'ils ont finalement servi à éponger ses propres dettes. Il a également mis en exergue ses qualités en affaires, alors que sa situation financière était désastreuse. Il a dissimulé ses difficultés financières résultant des malversations commises au détriment de J._ ainsi que leur découverte.
Au regard de la situation de la plaignante et des procédés utilisés par le recourant, on ne saurait reprocher à la dupe de ne pas avoir procédé à de plus amples vérifications, ni de ne pas avoir observé les mesures élémentaires de prudence. Dans ces conditions, l'astuce est réalisée.
2.6 Le recourant nie enfin l'existence d'un dommage et d'un enrichissement illégitime.
Selon les faits retenus, la tromperie astucieuse du recourant a amené la lésée a accomplir un acte préjudiciable à ses intérêts, dès lors que celle-ci a remis de l'argent au recourant croyant qu'il allait le faire fructifier. L'intéressé n'a pas été en mesure de lui restituer ces fonds. Dès lors, la dupe a bien subi un dommage.
D'après les constatations cantonales, le recourant a trompé la partie civile avec conscience et volonté. Il l'a amenée à accomplir un acte préjudiciable à ses intérêts et a donc agi intentionnellement. Enfin, il a oeuvré dans un dessein d'enrichissement illégitime, puisqu'il a utilisé l'argent obtenu frauduleusement pour éteindre ses dettes personnelles. Au regard de ces éléments, l'aspect intentionnel de l'infraction est réalisée.
3. En conclusion, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais de justice (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, fixés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 26 mai 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani