A.- Der 1944 geborene A._ bezog seit 1. August 1995 Ergänzungsleistungen zur Invalidenrente, die jeweils den veränderten Verhältnissen angepasst wurden. Bei der Festsetzung des Anspruchs ab 1. April 1998 ging das Amt für AHV und IV des Kantons Thurgau, EL-Stelle, davon aus, der seit 29. März 1996 dauernde Aufenthalt im Arbeitsheim für Behinderte X._ bestünde unverändert fort. Unter Berücksichtigung der entsprechenden anerkannten Ausgaben (Tagestaxe, Betrag für persönliche Auslagen) berechnete die Verwaltung eine monatliche Ergänzungsleistung von Fr. 1'657. - (unangefochten gebliebene Verfügungen vom 31. März und 29. Mai 1998).
Nachdem der Versicherte mit Schreiben vom 30. Juni/ 8. Juli 1998 mitteilen liess, er habe Ende März 1998 das Arbeitsheim verlassen und eine eigene Wohnung bezogen, ermittelte die EL-Stelle für die Monate April bis Oktober 1998 rückwirkend einen monatlichen Anspruch von Fr. 215. - und ab November 1998 von Fr. 650. -. Weiter verpflichtete sie A._, die in der Zeit vom 1. April bis 30. September 1998 zu viel bezogenen Ergänzungsleistungen zurückzuerstatten, wobei unter Verrechnung des Anspruchs für den Monat Oktober 1998 (Fr. 215. -) eine Rückforderung im Betrag von Fr. 8'437. - resultierte (Verfügungen vom 12. November 1998).
B.- Die hiegegen eingereichte Beschwerde, mit welcher A._, vertreten durch seine Schwester S._, Aufhebung der Rückerstattungsverpflichtung und Erlass der Rückforderung beantragen liess, wies die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau ab, wobei sie das Erlassgesuch zuständigkeitshalber an die Verwaltung weiterleitete (Entscheid vom 22. Juli 1999).
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt A._ das vorinstanzlich gestellte Rechtsbegehren um Aufhebung der Rückerstattungsverpflichtung und Erlass der Rückforderung erneuern.
Während die Rekurskommission und die EL-Stelle auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen, reicht das Bundesamt für Sozialversicherung keine Vernehmlassung ein.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Gegenstand des angefochtenen kantonalen Entscheides bildet die Verpflichtung zur Rückerstattung in den Monaten April bis September 1998 zu viel bezogener Ergänzungsleistungen, nicht der Erlass der Rückerstattungsschuld. Das kommt im Dispositiv des vorinstanzlichen Entscheides darin zum Ausdruck, dass die Beschwerde wohl vollumfänglich abgewiesen wird (Ziff. 1), die Frage des Erlasses der Rückerstattungsschuld indes ohne materielle Prüfung der Verwaltung zum Entscheid weitergeleitet wird (Ziff. 2). Mit Blick darauf, dass die Verwaltungsverfügungen vom 12. November 1998 den Erlass der Rückerstattungsschuld nicht behandeln, ist die Vorinstanz richtig verfahren, indem sie im Ergebnis auf die Frage des Erlasses nicht eintrat. Insoweit der Beschwerdeführer letztinstanzlich das Begehren um Erlass erneuert, ist darauf nicht einzutreten, da es mangels Verfügung an einem beschwerdeweise weiterziehbaren
Anfechtungsgegenstand und damit an einer Sachurteilsvoraussetzung fehlt (<ref-ruling> Erw. 1b, 118 V 313 Erw. 3b, je mit Hinweisen).
2.- Die Rekurskommission hat die Voraussetzungen zutreffend dargelegt, unter welchen ein in der Schweiz wohnhafter Schweizer Bürger, der invalid ist, Anspruch auf Ergänzungsleistungen hat (Art. 2 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 2c ELG). Ferner hat sie die Festsetzung der Ergänzungsleistung für die Zeit von April bis Oktober 1998 sowie ab November 1998 unter Hinweis auf die für Berechnung und Höhe der Ergänzungsleistung nach Art. 3a ELG massgebenden Bestimmungen über die anerkannten Ausgaben (Art. 3b ELG) und die anrechenbaren Einnahmen (Art. 3c ELG) eingehend erläutert. Darauf ist zu verweisen.
3.- Die Vorinstanz hat in zutreffender und einlässlicher Würdigung der Akten festgestellt, unter Berücksichtigung des Auszugs aus dem Arbeitsheim per 31. März 1998 betrage der Anspruch auf Ergänzungsleistungen in der Zeit von April bis Oktober 1998 monatlich Fr. 215. -. Die Verwaltungsverfügung vom 12. November 1998 sei insoweit rechtens. Dem ist beizupflichten. Weder die vorinstanzlich überprüfte Ermittlung der anrechenbaren Einnahmen und der anerkannten Ausgaben noch die Höhe der Ergänzungsleistung sind zu beanstanden.
4.- Zu prüfen bleibt die Rechtmässigkeit der Rückerstattungsforderung.
a) Rückerstattungsrechtlich bedeutsam ist der vorinstanzlich bereits genannte Art. 27 ELV.
Zu beachten ist weiter, dass die Rückforderung von zu Unrecht bezogenen Geldleistungen in der Sozialversicherung nur unter den für die Wiedererwägung oder die prozessuale Revision formell rechtskräftiger Verfügungen massgebenden Voraussetzungen zulässig ist (<ref-ruling> Erw. 3a, 138 Erw. 2c, 119 V 35 Erw. 7, 111 V 332 Erw. 1, 110 V 179 Erw. 2a).
Gemäss einem allgemeinen Grundsatz des Sozialversicherungsrechts kann die Verwaltung eine formell rechtskräftige Verfügung, welche nicht Gegenstand materieller richterlicher Beurteilung gebildet hat, in Wiedererwägung ziehen, wenn sie zweifellos unrichtig und ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist (<ref-ruling> Erw. 3a, 173 Erw. 4a, 271 Erw. 2, 368 Erw. 3, 121 V 4 Erw. 6, je mit Hinweisen).
Von der Wiedererwägung ist die sogenannte prozessuale Revision von Verwaltungsverfügungen zu unterscheiden. Danach ist die Verwaltung verpflichtet, auf eine formell rechtskräftige Verfügung zurückzukommen, wenn neue Tatsachen oder neue Beweismittel entdeckt werden, die geeignet sind, zu einer andern rechtlichen Beurteilung zu führen (<ref-ruling> Erw. 3a, 138 Erw. 2c, 173 Erw. 4a, 272 Erw. 2, 121 V 4 Erw. 6, je mit Hinweisen; ferner <ref-ruling> Erw. 4a/aa).
b) Die - gleich lautenden - Verwaltungsverfügungen vom 31. März und 29. Mai 1998, wonach die monatliche Ergänzungsleistung mit Wirkung ab April 1998 Fr. 1'657. - betrage, ergingen ohne Berücksichtigung des per Ende März 1998 erfolgten Auszugs aus dem Arbeitsheim. Die Verwaltung wurde hierüber erst mit Schreiben der Schwester des Beschwerdeführers vom 30. Juni/8. Juli 1998 orientiert. Die ursprünglich verfügten Ergänzungsleistungen ab April 1998 beruhten demnach von Anfang an auf einer fehlerhaften Grundlage, dem Weiterverbleib im Arbeitsheim, was erst nachträglich bekannt wurde. Rückkommenstitel ist somit die prozessuale Revision, und nicht wie vorinstanzlich erwogen die Wiedererwägung, was im Ergebnis an der - grundsätzlichen - Rechtmässigkeit der Rückforderung indes nichts ändert.
Nach der Rechtsprechung (<ref-ruling> f. Erw. 2d und e, 115 V 313 Erw. 4a/aa; nicht veröffentlichtes Urteil D. vom 13. Juni 1996, P 56/93) besteht die Pflicht zur Rückerstattung unrechtmässig bezogener Ergänzungsleistungen bei einer prozessualen Revision der ursprünglichen EL-Verfügung unabhängig von einer allfälligen Meldepflichtverletzung des Leistungsempfängers; es geht hier einzig darum, nach Entdeckung einer ursprünglich unrichtigen oder unvollständigen Sachverhaltsfeststellung den rechtmässigen Zustand wiederherzustellen. Der Umstand, dass die Verwaltung am 8. Juli 1998 auf Grund der Mitteilung der Schwester des Beschwerdeführers Kenntnis von der fehlerhaften Verfügungsgrundlage erhielt, ändert demnach nichts daran, dass die in den Monaten April bis Oktober 1998 zu viel bezogenen Ergänzungsleistungen vollumfänglich zurückzuerstatten sind. Es verstösst schliesslich auch nicht gegen Treu und Glauben, wenn die Verwaltung trotz zwischenzeitlich erfolgter Mitteilung über die veränderten Wohnverhältnisse von Juli bis Oktober 1998 einstweilen an den im Frühjahr verfügten Ergänzungsleistungen festhielt und zu hohe Betreffnisse ausrichtete. Eine erfolgreiche Berufung auf den Vertrauensschutz (<ref-ruling> Erw. 2a mit Hinweisen; die entsprechende, aus Art. 4 Abs. 1 aBV abgeleitete Rechtsprechung gilt auch unter der Herrschaft von <ref-law> [nicht veröffentlichtes Urteil S. vom 9. Mai 2000, K 23/98]) scheitert bereits daran, dass der Beschwerdeführer ohne Weiteres erkennen konnte, dass die veränderten Verhältnisse eine - wiederholte - Neuberechnung seines Anspruchs zur Folge haben würden. Ob die kurzfristige, nur wenige Monate dauernde, vorbehaltlose Weiterausrichtung zu hoher Ergänzungsleistungen eine taugliche Vertrauensgrundlage im Sinne der genannten Rechtsprechung darstellt, kann damit offen bleiben.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
II. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Dieses Urteil wird den Parteien, die AHV/IV-Rekurskommission des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 21. Dezember 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber:
i.V.