Sachverhalt:
A. Die Mediconsult AG (Beschwerdeführerin) mit Sitz im thurgauischen Roggwil wurde im Jahr 1999 ins Handelsregister eingetragen. Sie bezweckt den Vertrieb von augenärztlichen Verbrauchs- und Investitionsgütern.
Die Gesellschaft Medical Consult AG, Kreuzlingen, (Beschwerdegegnerin) wurde im Jahr 2011 ins Handelsregister eingetragen und bezweckt im Bereich der Labordiagnostik die Konzeption, Entwicklung und Vermarktung diagnostischer und therapeutischer Konzepte sowie die Konzeption von Produkten mit orthomolekularer Ausrichtung und modularem Charakter; im Weiteren fördert sie Aus-, Weiter- und Fortbildung praktizierender Ärzte im In- und Ausland auf den Gebieten der Präventiv- und Anti-Aging-Medizin.
B. Mit Eingabe vom 6. Juni 2011 klagte die Beschwerdeführerin beim Obergericht des Kantons Thurgau gegen die Beschwerdegegnerin mit dem Antrag, es sei dieser zu verbieten, mit "Medical Consult AG" zu firmieren. Ausserdem sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihre Firma innert 60 Tagen nach Rechtskraft des Urteils zu ändern, und es sei das Verbot für den Fall der Widerhandlung mit der Androhung der Bestrafung ihrer Organe gemäss <ref-law> zu verbinden.
Mit Urteil vom 29. August 2011 wies das Obergericht des Kantons Thurgau die Klage der Beschwerdeführerin mangels Verwechslungsgefahr ab.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, es sei der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 29. August 2011 aufzuheben und die Klage gutzuheissen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid ist in einer zivilrechtlichen Streitigkeit (<ref-law>) über den Gebrauch einer Firma ergangen, für die ein Bundesgesetz (<ref-law>) eine einzige kantonale Instanz vorsieht (Art. 74 Abs. 2 lit. b und Art. 75 Abs. 2 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen vor der Vorinstanz unterlegen (<ref-law>) und der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren ab (<ref-law>). Auf die Beschwerde, die unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) erhoben wurde, kann daher grundsätzlich eingetreten werden.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 4.3.4 S. 241; <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140).
2. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz eine Verletzung von <ref-law> vor.
2.1 Die Vorinstanz erwog, keiner der Bestandteile der klägerischen Firma Mediconsult AG sei stark und damit besonders prägend. Am ehesten sei im Zusammenzug der beiden Sachbezeichnungen eine eingeschränkte Originalität zu erblicken, die etwas prägend wirke. Die Firma der Beschwerdegegnerin enthalte mit "Medical" und "Consult" ähnliche oder gleiche Elemente im Sinn von Sachbezeichnungen mit gleichem Sinngehalt. Ihr Klang sei trotz der zusätzlichen, den Vokal "a" enthaltenden Silbe "-cal" aufgrund der (kurzen und kaum betonten) englischen Aussprache nur wenig abweichend von demjenigen der älteren Firma Mediconsult AG, wobei die Verwendung des ungekürzten englischen Worts "Medical" aber immerhin den Klang des Vokals "e" verändere: Während bei Mediconsult das "e" eher deutsch und damit geschlossen ausgesprochen werde, klinge das "e" in "Medical" gemäss der englischen Aussprache praktisch als "ä". Ausserdem erfahre der Wortrhythmus durch die zusätzliche Silbe eine leichte Änderung. Es komme hinzu, dass sich die Firma der Beschwerdeführerin von derjenigen der Beschwerdegegnerin dadurch unterscheide, dass sie auf deren originellstes Element, die Verschmelzung von zwei Sachbezeichnungen zu einem Wort, verzichte.
Wegen der Tatsache, dass die Parteien in keinem Konkurrenzverhältnis zueinander stünden und ausserdem je mit einem begrenzten Publikumskreis verkehrten, komme der örtlichen Nähe der Sitze der Parteien (Roggwil TG bzw. Kreuzlingen TG) keine wesentliche verschärfende Funktion bei der Prüfung der Unterscheidbarkeit der beiden Firmen zu.
Die Vorinstanz hielt dafür, aufgrund des Gesamteindrucks seien die Unterschiede in den Firmen insgesamt offensichtlich nicht ausgeprägt, aber bei hinreichender Aufmerksamkeit doch so deutlich, dass auch in der Erinnerung keine unmittelbare Verwechslungsgefahr bestehe. Dass ein vergleichsweise schwacher Zusatz und der Verzicht auf die Verschmelzung der beiden Sachbezeichnungen zu einem Wort zur Unterscheidbarkeit genüge, habe sich die Beschwerdeführerin letztlich selber zuzuschreiben, indem sie eine Firma gewählt habe, die praktisch einer gemeinfreien Sachbezeichnung entspreche und deren einzelne Bestandteile in der auf den Medizinalbereich ausgerichteten Beratungsbranche unentbehrlich und damit nicht monopolisierbar seien. Eine mittelbare Verwechslungsgefahr sei ebenfalls auszuschliessen, zumal der Unterschied in den Firmen (insbesondere die Verschmelzung der beiden Sachbezeichnungen "Medi" und "Consult") ausschliesse, dass das Publikum eine rechtliche oder wirtschaftliche Verbindung der Parteien annehmen könnte.
2.2 Die Firma einer Aktiengesellschaft muss sich von allen in der Schweiz bereits eingetragenen Firmen von Gesellschaften in der Rechtsform der AG, der GmbH und der Genossenschaft deutlich unterscheiden (<ref-law>), ansonsten der Inhaber der älteren Firma wegen Verwechslungsgefahr auf Unterlassung des Gebrauchs der jüngeren Firma klagen kann (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 3 S. 575; <ref-ruling> E. 1 S. 370). Der Begriff der Verwechslungsgefahr ist nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung für das gesamte Kennzeichenrecht einheitlich zu umschreiben (<ref-ruling> E. 5 S. 403; <ref-ruling> E. 2a S. 165; <ref-ruling> E. 3a). Es handelt sich dabei um eine Rechtsfrage, die vom Bundesgericht grundsätzlich frei geprüft wird (<ref-ruling> E. 4 S. 359 mit Hinweisen).
Da Aktiengesellschaften ihre Firma grundsätzlich frei wählen können, stellt die Rechtsprechung an deren Unterscheidungskraft im Allgemeinen strenge Anforderungen (BGE <ref-ruling> E. 1 S. 370; <ref-ruling> E. 1 S. 323; <ref-ruling> E. 2 S. 97). Das Bundesgericht schützt in ständiger Rechtsprechung Firmen auch gegenüber Unternehmen, die in einer anderen Geschäftsbranche tätig sind. Allerdings sind die Anforderungen an die Unterscheidbarkeit der Firmen strenger, wenn zwei Unternehmen aufgrund der statutarischen Bestimmungen im Wettbewerb stehen können oder sich aus einem anderen Grund an die gleichen Kundenkreise wenden (BGE <ref-ruling> E. 1 S. 324; <ref-ruling> E. 1 S. 235; Urteil 4A_315/2009 vom 8. Oktober 2009 E. 2.1, in: sic! 2/2010 S. 101; SJ 2010 I S. 129).
Ob zwei Firmen sich hinreichend deutlich unterscheiden, ist aufgrund des Gesamteindrucks zu prüfen, den sie beim Publikum hinterlassen. Die Firmen müssen nicht nur bei gleichzeitigem aufmerksamem Vergleich unterscheidbar sein, sondern auch in der Erinnerung auseinander gehalten werden können. Im Gedächtnis bleiben namentlich Firmenbestandteile haften, die durch ihren Klang oder ihren Sinn hervorstechen; solche Bestandteile haben daher für die Beurteilung des Gesamteindrucks einer Firma erhöhte Bedeutung (<ref-ruling> E. 3 S. 576; <ref-ruling> E. 2b/cc S. 168; <ref-ruling> E. 1). Dies trifft insbesondere für reine Phantasiebezeichnungen zu, die in der Regel eine stark prägende Kraft haben. Umgekehrt verhält es sich bei gemeinfreien Sachbezeichnungen. Grundsätzlich stehen auch Firmen, die als wesentliche Bestandteile nur solche Bezeichnungen enthalten, unter dem Schutz des Ausschliesslichkeitsanspruchs gemäss Art. 951 Abs. 2 und Art. 956 OR (<ref-ruling> E. 3 S. 576; <ref-ruling> E. 2b S. 226 f.). Wer dieselben Sachbezeichnungen ebenfalls als Firmenbestandteile verwendet, hat deshalb für eine hinreichend deutliche Abhebung von der älteren Firma zu sorgen, indem er sie mit individualisierenden zusätzlichen Elementen ergänzt (<ref-ruling> E. 3 S. 576 mit Hinweisen).
2.3 Die streitigen Firmen Mediconsult AG und Medical Consult AG unterscheiden sich lediglich dadurch, dass die Firma der Beschwerdegegnerin aus zwei Wörtern besteht und das erste Wort die Endung "-cal" aufweist. Dabei handelt es sich um eine Endsilbe, wie sie in der englischen Sprache bei Adjektiven häufig vorkommt. Als solche ist sie kennzeichnungsschwach und ohne besonderen Sinngehalt. Wie die Beschwerdeführerin zutreffend vorbringt, wird die Silbe "-cal" zudem bei der englischen Aussprache mangels Betonung leicht überhört. Ein Unterschied in der Aussprache des Vokals "e" in den beiden Firmen ist entgegen der Ansicht der Vorinstanz nicht auszumachen.
Der Beschwerdegegnerin kann nicht gefolgt werden, wenn sie einen abweichenden Sinngehalt der beiden Firmen darin begründet sieht, dass "Medical" auf eine Tätigkeit hinweise, während "Medi" umgangssprachlich - wohl in der schweizerischen Mundart - als Abkürzung für Medikamente stehe. Der Wortbestandteil "Medi" ist - insbesondere in Verbindung mit dem englischen Wort "Consult" - zu allgemein, als dass darin eine Beschränkung auf Medikamente zu erblicken wäre; vielmehr wird dieser Firmenbestandteil wie "Medical" im Sinn des weiten Begriffs "medizinisch" verstanden. Die Firma der Beschwerdegegnerin weist mit den Bestandteilen "Medical" und "Consult" somit den gleichen Sinngehalt wie diejenige der Beschwerdeführerin auf, wovon auch der angefochtene Entscheid zutreffend ausgeht.
Die beiden Firmen, die aus den gleichen Sachbezeichnungen bestehen, unterscheiden sich damit lediglich minimal im Klang und im Schriftbild. Der blosse Umstand, dass der jüngeren Firma der Beschwerdegegnerin die Silbe "-cal" zugefügt und eine getrennte Schreibweise verwendet wird, reicht nicht aus, um diese von der älteren Firma "Mediconsult AG" abzuheben. Zwar stehen die Parteien nicht in unmittelbarem Wettbewerb zueinander, sie sind gemäss ihrem statutarischen Zweck jedoch beide im Medizinalbereich tätig und haben ihren Sitz in der gleichen Region. Die beiden erwähnten geringfügigen Unterschiede vermögen die Firma der Beschwerdegegnerin daher nicht hinreichend zu individualisieren, um eine Verwechslungsgefahr zu verhindern (vgl. aus der jüngeren Praxis etwa die Urteile 4A_315/2009 vom 8. Oktober 2009 E. 2.4 [SwissIndependent Trustees SA / Swiss Trustees SA], in: sic! 2/2010 S. 101; SJ 2010 I S. 129; 4C.165/2001 vom 16. Juli 2002 E. 1.2 [ExperTeam AG / XPERTEAM Management Consultants AG]; in: sic! 2/2003 S. 142; 4C.171/2001 vom 5. Oktober 2001 E. 2-4 [Stoxx AG / StockX AG], in: sic! 2/2002 S. 99). Zusätzliche individualisierende Elemente sind bei der jüngeren Firma keine auszumachen; im Gegenteil verzichtet die Firma der Beschwerdegegnerin - wie die Vorinstanz festhält - auf das "noch originellste Element" der klägerischen Firma, nämlich die Verschmelzung von zwei Sachbezeichnungen zu einem Wort, und ist damit noch weniger kennzeichnungskräftig als die klägerische Firma. Die Vorinstanz hat eine Verwechselbarkeit der beiden Firmen "Mediconsult AG" und "Medical Consult AG" daher zu Unrecht verneint. Entgegen dem angefochtenen Entscheid wäre es an der Beschwerdegegnerin gewesen, die bereits von der Beschwerdeführerin als Firmenbestandteile verwendeten Sachbezeichnungen mit individualisierenden zusätzlichen Elementen zu ergänzen und damit für eine hinreichend deutliche Abhebung von der älteren Firma der Beschwerdeführerin zu sorgen (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 576; <ref-ruling> E. 2b S. 226 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 371; Urteil 4A_315/2009 vom 8. Oktober 2009 E. 2.1, in: sic! 2/2010 S. 101; SJ 2010 I S. 129).
3. In Gutheissung der Beschwerde ist der angefochtene Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 29. August 2011 aufzuheben. Der Beschwerdegegnerin ist unter Androhung der Bestrafung ihrer verantwortlichen Organe nach <ref-law> zu verbieten, mit dem Firmennamen "Medical Consult AG" zu firmieren. Im Weiteren ist die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, ihre Firma innert 60 Tagen nach Rechtskraft dieses Urteils im Handelsregister zu ändern.
Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdegegnerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde wird der Entscheid des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 29. August 2011 aufgehoben.
2. Der Beschwerdegegnerin wird unter Androhung der Bestrafung ihrer verantwortlichen Organe nach <ref-law> verboten, mit dem Firmennamen "Medical Consult AG" zu firmieren.
3. Die Beschwerdegegnerin wird verpflichtet, ihre Firma innert 60 Tagen nach Rechtskraft des Urteils im Handelsregister zu ändern.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
5. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. März 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Leemann