Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. 1.1 Il 12 ottobre 1992 B._, "in rappresentanza del pacchetto azionario della C._SA di Locarno" - quale mandante - e la società D._SA, ora A._SA - quale mandataria - hanno sottoscritto un contratto di mandato avente per oggetto il controllo dell'evoluzione economico-finanziaria della società, la consulenza strategica, i contatti con gli azionisti e con le ditte incaricate delle manutenzioni degli immobili gestiti dalla società, la presentazione del preventivo annuale (in stretta collaborazione con la direzione della società), le decisioni circa l'assunzione o il licenziamento del personale (in collaborazione con la direzione e l'azionista), le chiusure contabili, il bilancio e il conto economico.
Il contratto prevedeva il versamento alla mandataria di un'indennità annua di fr. 30'000.--, corrispondente a un impegno medio di quattro ore settimanali. Per impegni superiori alle quattro ore settimanali, le parti hanno pattuito che la mandataria avrebbe informato mensilmente per iscritto la mandante e sarebbe stata definita un'indennità straordinaria di volta in volta.
1.2 Data l'intenzione della mandataria di delegare a E._ (all'epoca suo direttore) la titolarità del mandato, per facilitargli l'assolvimento di tale compito C._SA lo ha designato presidente del suo consiglio d'amministrazione.
1.3 Il contratto è stato sciolto di comune accordo il 2 marzo 1998.
Fra le parti sono successivamente sorti dei litigi in merito alla liquidazione del rapporto contrattuale, in particolare con riferimento a due fatture rimaste insolute. Pur avendo dichiarato, il 26 maggio 1998, di assumersene il pagamento, B._ ha infatti rifiutato di dar seguito a tale promessa.
1.4 Il 20 ottobre 1999 A._SA ha pertanto fatto spiccare nei suoi confronti un precetto esecutivo per fr. 8'300.--, oltre interessi. L'opposizione interposta dall'escusso è stata rigettata in via provvisoria il 14 aprile 2000.
2. Il 9 maggio 2000 B._, agente quale titolare del pacchetto azionario di C._SA rispettivamente quale cessionario delle pretese di questa società, ha adito la Pretura della giurisdizione di Locarno-città chiedendo il disconoscimento del predetto debito e la condanna di A._SA al pagamento di fr. 100'000.-- (già dedotto l'importo di fr. 8'300.-- oggetto dell'esecuzione) oltre interessi, per gli indebiti prelevamenti effettuati da E._ (emersi dopo la sua partenza), per la tenuta della contabilità in modo contrario alle direttive vigenti in campo immobiliare, per la disorganizzazione creata, per la creazione di una situazione a bilancio diversa da quella reale, per la sottrazione di mandati e per l'avvenuta apertura di un'agenzia a Bellinzona.
Pacifica la fondatezza della pretesa posta in esecuzione, nella sentenza del 25 giugno 2008 il Pretore, con riferimento all'asserito prelevamento, da parte della mandataria, di un importo superiore a quello previsto dal contratto, ha stabilito - sulla scorta delle risultanze istruttorie - che B._ era consapevole della maggior attività svolta dalla mandataria e del conseguente maggior onorario dovutole, che egli non ha peraltro mai contestato fino all'avvio della causa. Il suo silenzio duraturo nel tempo doveva pertanto, "in buona fede, essere considerato come una, quantomeno tacita, accettazione dell'operato" della mandataria. Non avendo gli ulteriori rimproveri mossi alla mandataria trovato riscontro nelle tavole processuali, il giudice ha per finire integralmente respinto le richieste di B._.
3. Statuendo il 23 novembre 2009 la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha riformato la pronunzia pretorile, dichiarando il disconoscimento del debito di fr. 8'300.-- e condannando A._SA al pagamento di fr. 38'013.75, oltre interessi al 5 % dal 9 maggio 2000.
In particolare, i giudici della massima istanza cantonale non hanno condiviso l'assunto pretorile secondo cui B._ sarebbe stato consapevole della maggior attività svolta dalla mandataria e del conseguente maggior onorario né tantomeno che l'avrebbe tacitamente autorizzata a procedere in tal senso. È infatti incontestato che la ricorrente non ha mai comunicato per scritto di aver svolto in media più di quattro ore settimanali e che un onorario straordinario per queste eventuali maggiori prestazioni non è stato concordato di volta in volta.
In simili circostanze, prosegue la sentenza impugnata, "vista oltretutto la situazione di potenziale conflitto d'interesse in cui si trovava allora E._ nella sua qualità di amministratore di C._SA e di direttore della [mandataria], spettava ovviamente a quest'ultima, pena l'inefficacia del suo agire, dimostrare l'esistenza di un formale consenso della controparte contrattuale al pagamento di questi ulteriori onorari [...]. Dall'istruttoria non è però stato possibile chiarire se l'attività di E._, durante l'intera esistenza del contratto e non solo in alcuni periodi di tempo sia stata mediamente superiore alle quattro ore settimanali [...]. Ma, soprattutto, non è stato provato che gli altri organi della società o [B._] abbiano consapevolmente dato il loro consenso, anche solo per atti concludenti, al pagamento di un importo superiore ai fr. 30'000.-- previsti per quell'attività [...]. Stando così le cose" - ha concluso il Tribunale d'appello - "il fatto che [B._] non abbia obiettato fino all'inoltro della presente causa non può essere inteso in buona fede come tacita ratifica, la problematica dei maggiori pagamenti a favore della [mandataria] essendo venuta alla luce solo dopo la partenza di E._. Tenuto conto che dal 12 ottobre 1992 al 2 marzo 1998 alla [mandataria] potevano con ciò essere corrisposti solo circa fr. 160'000.-- a titolo di remunerazione normale a fronte dei fr. 241'473.75 effettivamente versati [...], somma [...] rettificata a fr. 206'313.75 in replica, [B._] ha diritto, ex art. 41 o 62 CO, al rimborso dei fr. 46'313.75 pagati in eccesso da C._SA".
Considerato infine l'importo di fr. 8'300.-- riconosciuto da B._, la Corte cantonale ha modificato il giudizio di primo grado così come esposto in ingresso al presente considerando.
4. Insorta dinanzi al Tribunale federale, il 13 gennaio 2010, con un ricorso in materia civile fondato sulla violazione dell'art. 9 Cost. nell'apprezzamento delle prove e nell'accertamento dei fatti, A._SA postula la modifica della sentenza impugnata nel senso della reiezione dell'appello e, di conseguenza, della conferma del giudizio pretorile.
Nella risposta del 5 marzo 2010 B._ propone di respingere il gravame, mentre l'autorità cantonale non si è determinata.
5. Interposto tempestivamente (art. 100 cpv. 1 LTF) dalla parte soccombente in sede cantonale (art. 76 cpv. 1 lett. a LTF) contro una decisione finale (art. 90 LTF) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (art. 75 cpv. 1 LTF) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 72 e 74 cpv. 1 lett. b LTF), il ricorso in materia civile risulta ricevibile.
6. 6.1 In linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (art. 105 cpv. 1 LTF); può scostarsene o completarlo solo se è stato svolto in violazione del diritto ai sensi dell'art. 95 LTF o in modo manifestamente inesatto (art. 105 cpv. 2 LTF) ovvero arbitrario (<ref-ruling> consid. 1.5 pag. 401). Le parti possono censurare l'accertamento dei fatti alle stesse condizioni; occorre inoltre che l'eliminazione dell'asserito vizio possa influire in maniera determinante sull'esito della causa (art. 97 cpv. 1 LTF). Tocca a chi propone una fattispecie diversa da quella contenuta nella sentenza criticata il compito di esporre in maniera circostanziata il motivo per il quale ritiene adempiute queste condizioni (art. 97 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 288).
Per il resto, la presentazione di nuovi fatti e nuovi mezzi di prova dinanzi al Tribunale federale è inammissibile, riservato il caso in cui sia la decisione dell'autorità inferiore a darne motivo (art. 99 cpv. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 3).
6.2 Secondo costante giurisprudenza, qualora - come nel caso in rassegna - venga lamentata la violazione del divieto dell'arbitrio (art. 9 Cost.) nell'accertamento dei fatti, basato sull'apprezzamento delle prove, non ci si può limitare a criticare la decisione impugnata come in una procedura d'appello, dove l'autorità di ricorso gode di cognizione libera, opponendo semplicemente la propria opinione a quella dell'autorità cantonale, bensì occorre dimostrare, attraverso un'argomentazione chiara e dettagliata, che la decisione impugnata si fonda su una valutazione del materiale probatorio manifestamente insostenibile (<ref-ruling> consid. 1.5 pag. 130).
A questo proposito giova rammentare che l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata per violazione dell'art. 9 Cost. solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 4; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 265 seg. con rinvii). Per quanto concerne in particolare la valutazione delle prove, il giudice - che in questo ambito dispone di un ampio margine di apprezzamento - incorre nell'arbitrio se misconosce manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, se omette senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure se ammette oppure nega un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62; <ref-ruling> consid. 2.1).
7. Nella fattispecie la ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di non aver tenuto nella debita considerazione diversi elementi di prova importanti.
7.1 Essa contesta l'accertamento secondo il quale il perito giudiziario avrebbe reputato "sostanzialmente attendibile" l'avvenuto versamento di fr. 241'473.75 tra il 12 ottobre 1992 e il 2 marzo 1998. In realtà, come rettamente ritenuto anche dal giudice di prime cure, il "pagamento in eccesso teorico" sarebbe semmai limitato all'importo di fr. 3'458.50.
La censura è pretestuosa per due ragioni. Innanzitutto perché la portata attribuita dalla ricorrente alle dichiarazioni del Pretore non corrisponde assolutamente a quella che emerge (chiaramente) dalla sua decisione. Nella pronunzia pretorile, al consid. 14.1 (pag. 11), si legge infatti semplicemente che, stando a quanto indicato dal perito giudiziario, dal 1992 al 1996 la ricorrente ha incassato un totale di fr. 241'680.-- e che di questi fr. 3'458.50 non trovano "teoricamente" una giustificazione, ovvero non sono dimostrati da pezze giustificative. In secondo luogo perché dalla lettura dell'atto impugnato si evince che l'accertamento criticato non si fonda solo sull'affermazione del perito bensì anche sulla deposizione di F._ nonché sulla dichiarazione della stessa ricorrente a pag. 7 delle sue osservazioni d'appello e su queste circostanze il ricorso è silente.
7.2 Avendo l'opponente in sede di replica ridotto a fr. 206'313.75 l'importo incassato dalla ricorrente, la Corte cantonale ha dunque stabilito senza incorrere nell'arbitrio che la somma percepita in eccesso alla remunerazione "normale" pattuita, di fr. 160'000.--, ammonta a fr. 46'313.75.
7.3 A dire della ricorrente il versamento di tale somma sarebbe comunque avvenuto con l'accordo, perlomeno tacito, della mandante.
Come riconosciuto dallo stesso opponente in sede d'interrogatorio formale - arbitrariamente trascurato dai giudici d'appello - E._, quale presidente di C._SA, aveva diritto di firma collettiva a due e i conti bancari della società erano gestiti secondo la stessa modalità. Considerato che tutti i versamenti sono stati effettuati con doppia firma è innegabile, secondo la ricorrente, che C._SA fosse informata e il suo silenzio va inteso quale tacito consenso, per atti concludenti.
La ricorrente adduce inoltre che l'opponente era al corrente dei citati versamenti, poiché prima di effettuarli i servizi contabili di C._SA lo informavano. Non solo, dalla documentazione agli atti e dalle testimonianze riportate nel gravame risulta anche che durante tutto il periodo del mandato egli ha regolarmente incontrato E._, la cui attività ha portato un incremento significativo della cifra d'affari della società, possibile solo con un considerevole aumento del tempo di lavoro previsto contrattualmente.
In queste circostanze, termina la ricorrente, la decisione del Tribunale d'appello, per il quale l'opponente non avrebbe dato il suo consenso al pagamento di un importo superiore ai fr. 30'000.-- annui previsti contrattualmente, nemmeno per atti concludenti, è manifestamente insostenibile.
7.4 Quest'argomentazione, con la quale la ricorrente espone in sostanza la propria lettura del materiale probatorio, non fa apparire arbitraria quella diversa operata in sede cantonale, qui parzialmente riprodotta al consid. 3.
7.4.1 In primo luogo va rilevato che - come osserva anche l'opponente in sede di risposta - la ricorrente non contesta di per sé l'accertamento secondo cui l'istruttoria non ha permesso di chiarire se tra il 1992 e il 1998 l'attività di E._ sia stata mediamente superiore alle quattro ore settimanali, come da lei preteso.
7.4.2 Inoltre, contrariamente a quanto asseverato nel gravame, la Corte cantonale si è confrontata con la questione della "doppia firma" sugli ordini di versamento a favore della mandataria, ma non ne ha tratto le conclusioni auspicate dalla ricorrente. Sentito quale teste, il direttore di C._SA F._, che aveva appunto firmato con E._ i bonifici, ha infatti dichiarato di averli controfirmati su istruzione dello stesso E._, "negando con ciò di fatto, anche perché i pagamenti supplementari non erano sempre riconoscibili come tali [...], di sapere che si trattava di importi supplementari." La Corte cantonale ha pure precisato che non è nemmeno "dato a sapere se egli [F._] fosse a conoscenza del particolare tenore del contratto".
A queste considerazioni la ricorrente si limita a obiettare che F._ era stato assunto dall'opponente come persona di fiducia, per avere il controllo di quello che succedeva nella società. Essa non indica tuttavia su quale mezzo di prova fonda tale affermazione che, in quanto priva di ogni riscontro nel giudizio impugnato, non può essere tenuta in considerazione ai fini del presente giudizio (cfr. consid. 6.1).
7.4.3 Lo stesso vale laddove la ricorrente sostiene che l'opponente veniva regolarmente informato dei versamenti controversi dai servizi contabili. Anche in questo caso essa omette di menzionare in maniera chiara il mezzo di prova suscettibile di suffragare la sua tesi, in netto contrasto con la valutazione dei giudici d'appello, per i quali dall'incarto non si è potuto evincere con certezza se l'opponente fosse stato reso attento sulle retribuzioni effettivamente pagate alla ricorrente e sul fatto ch'esse superavano i fr. 30'000.-- annui stabiliti per l'attività media di quattro ore settimanali.
7.4.4 Infine, non si vede per quale motivo l'aumento della cifra d'affari realizzato dalla società tra il 1992 e il 1998 sarebbe stato possibile solo con un considerevole aumento delle attività previste nel contratto.
A sostegno di questa affermazione la ricorrente ha evocato genericamente l'attività di acquisizione di mandati, citandone poi (solo) uno, che a suo dire ha permesso ad C._SA di incassare fr. 810'000.--. Ma questo non basta a rovesciare l'accertamento - per il resto non contestato (cfr. consid. 7.3.1) - secondo il quale non è stato possibile stabilire se l'attività di E._, "durante l'intera esistenza del contratto e non solo in alcuni periodi di tempo" sia stata mediamente superiore alle quattro ore settimanali.
7.5 Da quanto esposto si deve concludere che la valutazione del materiale probatorio contenuta nella sentenza impugnata resiste alla censura di arbitrio.
8. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia civile viene pertanto respinto.
Le spese giudiziarie e le ripetibili della sede federale seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico della ricorrente (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'500.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 3'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.