Faits:
Faits:
A. A.a La société anonyme S._ SA a été inscrite au registre du commerce le 9 mai 1989. Elle a pour but l'exécution d'opérations afférentes à la construction d'immeubles, la surveillance en matière de bâtiments et la réalisation de mandats dans ces domaines. Elle a perçu des indemnités en cas de réduction de l'horaire de travail pour les périodes du 1er novembre 1991 au 29 février 1992, du 1er septembre 1992 au 28 février 1993 et du 2 janvier 1995 au 30 avril 1995. Le montant total des indemnités versées à ce titre s'est élevé à 157'314 fr. 40.
Sur la base d'un rapport établi le 18 juin 1997, à la suite d'un contrôle, par l'Office cantonal genevois de l'emploi (ci-après : OCE), la Caisse cantonale genevoise de chômage (ci-après : la caisse) a exigé de S._ SA la restitution du montant précité de 157'314 fr. 40. Cette décision était motivée par le fait que la réduction de l'horaire de travail dans l'entreprise n'avait pas été suffisamment contrôlée et que les plans de chômage de l'entreprise n'avaient pas été respectés.
La société anonyme a déféré la cause au Groupe réclamations de l'OCE, qui a partiellement admis le recours et réduit le montant soumis à restitution par décision du 25 janvier 2001. Le groupe réclamations a considéré que seule pouvait être exigée la restitution des indemnités versées entre le 1er septembre 1992 et le 30 avril 1995, ce qui représentait un montant de 101'843 fr. 50, compte tenu du délai quinquennal de péremption instauré par la loi.
A.b Le recours interjeté par S._ SA contre cette décision a été rejeté par la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'assurance-chômage, dont le jugement a fait l'objet d'un recours au Tribunal fédéral des assurances. Celui-ci a rejeté les conclusions de la société recourante, par arrêt du 12 juin 2001.
A.c A réception de cet arrêt, S._ SA a demandé la remise de l'obligation de restituer les indemnités indûment perçues, en alléguant sa bonne foi ainsi que sa situation financière précaire. Sa demande a été rejetée par la Section assurance-chômage de l'OCE, par décision du 16 novembre 2001, confirmée le 3 mai 2002 par le Groupe réclamations de l'OCE.
A.c A réception de cet arrêt, S._ SA a demandé la remise de l'obligation de restituer les indemnités indûment perçues, en alléguant sa bonne foi ainsi que sa situation financière précaire. Sa demande a été rejetée par la Section assurance-chômage de l'OCE, par décision du 16 novembre 2001, confirmée le 3 mai 2002 par le Groupe réclamations de l'OCE.
B. Cette dernière décision a fait l'objet d'un recours devant la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'assurance-chômage, rejeté par jugement du 21 novembre 2002.
B. Cette dernière décision a fait l'objet d'un recours devant la Commission cantonale genevoise de recours en matière d'assurance-chômage, rejeté par jugement du 21 novembre 2002.
C. S._ SA interjette un recours de droit administratif en concluant, sous suite de frais et dépens, à l'annulation du jugement entrepris, de la décision du 3 mai 2002 du Groupe réclamations de l'OCE et de la décision du 16 novembre 2001 de la Section assurance-chômage de l'OCE, ainsi qu'à la remise de l'obligation de restituer les indemnités de chômages indûment perçues.
La Section assurance-chômage et le Groupe réclamations de l'OCE concluent au rejet du recours, alors que le Secrétariat d'Etat à l'économie a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
Considérant en droit:
1. 1.1 La question de l'obligation de restituer les prestations indûment perçues a été tranchée de manière définitive par l'arrêt du 12 juin 2001 du Tribunal fédéral des assurances. Le litige porte donc uniquement sur les conditions d'une remise de l'obligation de restituer au sens de l'<ref-law> (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002, applicable en l'espèce [cf. <ref-ruling> consid. 1, 121 V 366 consid. 1b ]).
1.2 Le litige n'ayant pas pour objet l'octroi ou le refus de prestations d'assurance, le Tribunal fédéral des assurances doit se borner à examiner si les premiers juges ont violé le droit fédéral, y compris par l'excès ou par l'abus de leur pouvoir d'appréciation, ou si les faits pertinents ont été constatés d'une manière manifestement inexacte ou incomplète, ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 en corrélation avec les art. 104 let. a et b et 105 al. 2 OJ).
1.2 Le litige n'ayant pas pour objet l'octroi ou le refus de prestations d'assurance, le Tribunal fédéral des assurances doit se borner à examiner si les premiers juges ont violé le droit fédéral, y compris par l'excès ou par l'abus de leur pouvoir d'appréciation, ou si les faits pertinents ont été constatés d'une manière manifestement inexacte ou incomplète, ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 en corrélation avec les art. 104 let. a et b et 105 al. 2 OJ).
2. Selon l'<ref-law>, si le bénéficiaire était de bonne foi en acceptant des prestations indues et si leur restitution devait entraîner des rigueurs particulières, on y renoncera, sur demande, en tout ou partie.
En ce qui concerne la notion de bonne foi, la jurisprudence développée à propos de l'<ref-law> (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002, applicable en l'espèce; cf. arrêts cités au consid. 1.1 supra) vaut par analogie en matière d'assurance-chômage (DTA 2001 no 18 p. 162 consid. 3a). Ainsi, l'ignorance, par le bénéficiaire, du fait qu'il n'avait pas droit aux prestations ne suffit pas pour admettre qu'il était de bonne foi. Il faut bien plutôt qu'il ne se soit rendu coupable, non seulement d'aucune intention malicieuse, mais aussi d'aucune négligence grave (<ref-ruling> consid. 2c et les références; DTA 2002 no 38 p. 258 consid. 2a, 2001, no 18 p. 162 consid. 3a).
En ce qui concerne la notion de bonne foi, la jurisprudence développée à propos de l'<ref-law> (dans sa teneur en vigueur jusqu'au 31 décembre 2002, applicable en l'espèce; cf. arrêts cités au consid. 1.1 supra) vaut par analogie en matière d'assurance-chômage (DTA 2001 no 18 p. 162 consid. 3a). Ainsi, l'ignorance, par le bénéficiaire, du fait qu'il n'avait pas droit aux prestations ne suffit pas pour admettre qu'il était de bonne foi. Il faut bien plutôt qu'il ne se soit rendu coupable, non seulement d'aucune intention malicieuse, mais aussi d'aucune négligence grave (<ref-ruling> consid. 2c et les références; DTA 2002 no 38 p. 258 consid. 2a, 2001, no 18 p. 162 consid. 3a).
3. 3.1 La recourante fait valoir qu'elle avait établi des plans de réduction de l'horaire de travail préalablement aux périodes chômées, affichés dans les locaux de l'entreprise, et qu'elle avait donné pour instructions à ses salariés de respecter ces plans. Dans la mesure où les horaires prévus ne pouvaient pas être tenus de manière rigoureuse, compte tenu des impératifs liés au domaine d'activité de la société, il avait été convenu avec la caisse que les modifications lui seraient annoncées par téléphone et que cette dernière tiendrait elle-même le décompte final. La caisse n'ayant jamais contesté ce système, la recourante estime qu'elle pouvait, de bonne foi, considérer qu'il répondait aux exigences de contrôle posées par la loi.
3.2 Ce point de vue ne saurait être suivi. D'abord, il ne repose que partiellement sur l'état de fait retenu par les premiers juges. Ces derniers, en particulier, n'ont pas retenu - sans qu'on puisse leur reprocher, à cet égard, une constatation manifestement inexacte ou incomplète des faits - l'existence d'un accord entre S._ SA et la caisse, en vertu duquel cette dernière aurait accepté de tenir elle-même un décompte des dérogations à la réduction de l'horaire de travail prévue; tout au plus ont-ils précisé, en se référant sur ce point aux faits retenus par le Tribunal fédéral des assurances dans l'arrêt du 12 juin 2001 (relatif à l'obligation de la prénommée de restituer les indemnités de chômage perçues), que la caisse avait effectivement été avisée de dérogations à l'horaire de travail, sans qu'il soit possible de dire si toutes les dérogations avaient été annoncées ou non. Au mieux, de tels avis permettaient aux employés de S._ SA de déroger ponctuellement à la réduction de l'horaire de travail planifiée et annoncée à la caisse, sans que l'entreprise encoure une sanction en cas de contrôle inopiné de l'OCE. En revanche, on voit mal en quoi ils auraient dispensé l'employeur de tenir lui-même un décompte précis des dérogations à l'horaire réduit, ou pouvaient lui laisser croire que tel était le cas.
Ensuite, l'argumentation de la recourante implique qu'elle ait exercé un minimum de contrôle des horaires de travail de ses employés, contrôle qu'elle aurait pu estimer suffisant, à défaut d'information précise de la caisse sur ce point. Tel n'était toutefois pas le cas : le respect de la réduction de l'horaire de travail par les salariés de l'entreprise reposait entièrement sur la confiance et ne faisait l'objet d'aucun contrôle, comme l'ont retenu les premiers juges et comme l'a admis son administrateur, G._, lors de la procédure d'instruction (rapport du 18 juin 1997 de la Section des enquêtes de l'OCE; cf. également, dans ce rapport, les déclarations de M._, chef de projets, ainsi que de B._ L._ et Z._, conducteur de travaux pour le compte de S._ SA). Autrement dit, l'employeur s'est borné à déclarer obligatoire le plan horaire affiché dans ses locaux, sans en vérifier l'application effective. Il ne saurait, dès lors, soutenir avoir mis en place un système de contrôle interne, qui se serait par la suite révélé insuffisant, contre toute attente. Dans la mesure où il avait été dûment informé de la nécessité d'un tel contrôle - la note «info-service», notamment, qui lui avait été adressée après le dépôt de sa première demande d'indemnisation, attirait son attention sur ce point -, son omission est constitutive de négligence grave.
Ensuite, l'argumentation de la recourante implique qu'elle ait exercé un minimum de contrôle des horaires de travail de ses employés, contrôle qu'elle aurait pu estimer suffisant, à défaut d'information précise de la caisse sur ce point. Tel n'était toutefois pas le cas : le respect de la réduction de l'horaire de travail par les salariés de l'entreprise reposait entièrement sur la confiance et ne faisait l'objet d'aucun contrôle, comme l'ont retenu les premiers juges et comme l'a admis son administrateur, G._, lors de la procédure d'instruction (rapport du 18 juin 1997 de la Section des enquêtes de l'OCE; cf. également, dans ce rapport, les déclarations de M._, chef de projets, ainsi que de B._ L._ et Z._, conducteur de travaux pour le compte de S._ SA). Autrement dit, l'employeur s'est borné à déclarer obligatoire le plan horaire affiché dans ses locaux, sans en vérifier l'application effective. Il ne saurait, dès lors, soutenir avoir mis en place un système de contrôle interne, qui se serait par la suite révélé insuffisant, contre toute attente. Dans la mesure où il avait été dûment informé de la nécessité d'un tel contrôle - la note «info-service», notamment, qui lui avait été adressée après le dépôt de sa première demande d'indemnisation, attirait son attention sur ce point -, son omission est constitutive de négligence grave.
4. 4.1 La recourante fait encore valoir que les prescriptions sur l'obligation de contrôle du temps de travail par l'employeur n'étaient pas claires jusqu'à l'entrée en vigueur, le 1er janvier 1997, de l'<ref-law>, et qu'il a fallu six ans de procédure pour établir si elle avait respecté ou non son obligation de contrôle, ce qui démontrerait sa bonne foi.
4.2 L'<ref-law> précise que la perte de travail n'est suffisamment contrôlable que si le temps de travail est contrôlé par l'entreprise. Comme on l'a vu, toutefois (consid. 3.2 supra), la recourante avait été informée dès le dépôt de sa première demande d'indemnisation de son obligation de contrôler effectivement le temps de travail dans l'entreprise, obligation résultant de la nature même de l'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail (arrêt X. SA du 12 juin 2003 [C 295/02], consid. 2.2). Par ailleurs, la durée de la procédure jusqu'à l'arrêt du 12 juin 2001 du Tribunal fédéral des assurances, fixant définitivement le caractère indu des indemnités versées à la recourante, résulte exclusivement de l'utilisation, par S._ SA, de toutes les voies de droit à sa disposition. Elle ne permet pas de déduire, contrairement à ce que laisse entendre la recourante, que les différentes instances appelées à se prononcer ont hésité à admettre ou nier le caractère suffisamment contrôlable de l'horaire de travail au sein de l'entreprise concernée.
4.2 L'<ref-law> précise que la perte de travail n'est suffisamment contrôlable que si le temps de travail est contrôlé par l'entreprise. Comme on l'a vu, toutefois (consid. 3.2 supra), la recourante avait été informée dès le dépôt de sa première demande d'indemnisation de son obligation de contrôler effectivement le temps de travail dans l'entreprise, obligation résultant de la nature même de l'indemnité en cas de réduction de l'horaire de travail (arrêt X. SA du 12 juin 2003 [C 295/02], consid. 2.2). Par ailleurs, la durée de la procédure jusqu'à l'arrêt du 12 juin 2001 du Tribunal fédéral des assurances, fixant définitivement le caractère indu des indemnités versées à la recourante, résulte exclusivement de l'utilisation, par S._ SA, de toutes les voies de droit à sa disposition. Elle ne permet pas de déduire, contrairement à ce que laisse entendre la recourante, que les différentes instances appelées à se prononcer ont hésité à admettre ou nier le caractère suffisamment contrôlable de l'horaire de travail au sein de l'entreprise concernée.
5. Vu la négligence grave commise par la recourante, celle-ci ne remplit pas la condition de la bonne foi prévue à l'<ref-law> (dans sa teneur jusqu'au 31 décembre 2002). Partant, c'est à bon droit que la juridiction cantonale a confirmé le rejet de sa demande tendant à la remise de l'obligation de restituer.
La recourante, qui succombe, ne peut prétendre de dépens (art. 159 et 135 OJ) et supportera les frais de justice (art. 134 OJ a contrario; art. 156 al.1 et 135 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances prononce:
1. Le recours est rejeté.
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de justice, d'un montant de 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante et compensés avec l'avance de frais qu'elle a versée.
2. Les frais de justice, d'un montant de 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante et compensés avec l'avance de frais qu'elle a versée.
3. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, à la Commission cantonale de recours en matière d'assurance-chômage, à l'Office cantonal de l'emploi, groupe réclamations, et au Secrétariat d'Etat à l'économie.
Lucerne, le 21 juillet 2003
Au nom du Tribunal fédéral des assurances
La Juge présidant la IIe Chambre: Le Greffier: