Sachverhalt:
A. S._, geboren 1964, war während Jahren als selbstständiger Maler erwerbstätig bzw. in den Jahren 2000 und 2001 nichterwerbstätig, bis er ab 1. Juli 2004 bei der P._ GmbH, für welche er als Gesellschafter und Geschäftsführer zeichnete, als Arbeitnehmer tätig wurde. Er erlitt mehrere Unfälle, bei welchen er sich an der rechten Hand verletzte. Dabei waren die Ereignisse vom 10. Juli 2004, vom 27. Dezember 2005 und vom 14. April 2006 bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (nachfolgend: SUVA) versichert. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Am 28. Oktober 2006 sprach sie ihm eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 20 % sowie eine Integritätsentschädigung bei einer Integritätseinbusse von 7.5 % zu. Mit Einspracheentscheid vom 17. April 2007 verneinte sie nach Androhung einer reformatio in peius den Anspruch auf eine Invalidenrente. Am 25. April 2007 verfügte sie die Rückforderung der bereits ausbezahlten Rentenbetreffnisse in der Höhe von Fr. 8477.20. Nachdem S._ hatte Einsprache erheben lassen, sistierte die SUVA dieses Verfahren.
B. Das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt hiess die gegen den Einspracheentscheid vom 17. April 2007 erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 6. März 2008 teilweise gut und sprach S._ ab Oktober 2006 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 25 % und einem versicherten Verdienst von Fr. 89'700.- zu. Zudem wies es die SUVA an, die Höhe der unentgeltlichen Verbeiständung für das Einspracheverfahren festzusetzen.
C. Die SUVA führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben. S._ lässt auf Abweisung der Beschwerde schliessen; eventualiter sei gemäss seinen Anträgen in der Beschwerde an das kantonale Gericht zu verfahren, wonach die SUVA anzuweisen sei, nach Durchführung weiterer Abklärungen die ihm zustehende Rente und Integritätsentschädigung zuzusprechen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann die Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen).
Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG). Es kann daher auch eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz ergänzen, welche für die Anwendung des materiellen Bundesrechts von rechtserheblicher Bedeutung ist.
2. Streitig ist das Valideneinkommen. Vor Bundesgericht nicht mehr zu prüfen sind hingegen der versicherte Verdienst, die zumutbare Arbeitsfähigkeit, das Invalideneinkommen und der Anspruch auf eine Integritätsentschädigung. Die SUVA beantragt zwar die vollumfängliche Aufhebung des kantonalen Entscheids, doch in ihrer Beschwerde macht sie weder Ausführungen über den versicherten Verdienst noch den Anspruch auf unentgeltliche Verbeiständung für das Einspracheverfahren, weshalb es diesbezüglich an einer genügenden Begründung fehlt (Art. 42 Abs. 2 BGG) und darauf nicht eingetreten werden kann. Ebenfalls nicht Gegenstand dieses Verfahrens bildet die am 25. April 2007 verfügte Rückforderung.
3. 3.1 Bei erwerbstätigen Versicherten ist der Invaliditätsgrad auf Grund eines Einkommensvergleichs zu bestimmen. Dazu wird das Erwerbseinkommen, das die versicherte Person nach Eintritt der Invalidität und nach Durchführung der medizinischen Behandlung und allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine ihr zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte, in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das sie erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre (Art. 16 ATSG). Der Einkommensvergleich hat in der Regel in der Weise zu erfolgen, dass die beiden hypothetischen Erwerbseinkommen ziffernmässig möglichst genau ermittelt und einander gegenübergestellt werden, worauf sich aus der Einkommensdifferenz der Invaliditätsgrad bestimmen lässt (allgemeine Methode des Einkommensvergleichs; <ref-ruling> E. 3.4 S. 348, 128 V 29 E. 1 S. 30, je mit Hinweisen).
Was zunächst die Ermittlung des Valideneinkommens anbelangt, ist entscheidend, was die versicherte Person im Zeitpunkt des frühestmöglichen Rentenbeginns nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunde tatsächlich verdient hätte. Dabei wird in der Regel am zuletzt erzielten, nötigenfalls der Teuerung und der realen Einkommensentwicklung angepassten Verdienst angeknüpft, da es empirischer Erfahrung entspricht, dass die bisherige Tätigkeit ohne Gesundheitsschaden fortgesetzt worden wäre. Ausnahmen müssen mit überwiegender Wahrscheinlichkeit erstellt sein. Bezog eine versicherte Person aus invaliditätsfremden Gründen (z.B. geringe Schulbildung, fehlende berufliche Ausbildung, mangelnde Deutschkenntnisse, beschränkte Anstellungsmöglichkeiten wegen Saisonnierstatus) ein deutlich unterdurchschnittliches Einkommen, ist diesem Umstand bei der Invaliditätsbemessung nach Art. 16 ATSG Rechnung zu tragen, sofern keine Anhaltspunkte dafür bestehen, dass sie sich aus freien Stücken mit einem bescheideneren Einkommensniveau begnügen wollte. Nur dadurch ist der Grundsatz gewahrt, dass die auf invaliditätsfremde Gesichtspunkte zurückzuführenden Lohneinbussen entweder überhaupt nicht oder aber bei beiden Vergleichseinkommen gleichmässig zu berücksichtigen sind. Diese Parallelisierung der Einkommen kann praxisgemäss entweder auf Seiten des Valideneinkommens durch eine entsprechende Heraufsetzung des effektiv erzielten Einkommens oder durch Abstellen auf die statistischen Werte oder aber auf Seiten des Invalideneinkommens durch eine entsprechende Herabsetzung des statistischen Wertes erfolgen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 325 mit Hinweisen).
3.2 Der Versicherte verletzte sich bereits zehn Tage nach Aufnahme seiner Tätigkeit für die P._ GmbH am 1. Juli 2004 an der rechten Hand; es folgten weitere Unfälle, die ebenfalls die rechte Hand betrafen. In der Folge war er kaum mehr für die P._ GmbH als Maler tätig (vgl. Aktennotiz vom 7. September 2007 sowie kreisärztlicher Bericht vom 31. August 2006), so dass für die Ermittlung des Valideneinkommens nicht auf das Einkommen bei der P._ GmbH abgestellt werden kann, zumal sich den Akten keine Lohnvereinbarung entnehmen lässt und die P._ GmbH auch im Jahr 2007 noch keinen Lohn für die Zeit ab 2004 abgerechnet hatte (Auszug aus dem individuellen Konto [nachfolgend: IK] vom 17. Juli 2007). Die Vorinstanz hat deshalb zu Recht auf die Einkommensverhältnisse vor Aufnahme der Tätigkeit für die P._ GmbH abgestellt und festgehalten, dass der Versicherte in den Jahren vor den versicherten Ereignissen gemäss Eintrag im IK jährlich maximal ein Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit von Fr. 10'000.- abgerechnet hat (1999: Fr. 9588.-, 2000 und 2001: Fr. 0.-, 2002: Fr. 9888.- und 2003: Fr. 586.-). Unter Berücksichtigung des Einwands des Versicherten, diese Einkommen seien zu niedrig, da er über seine Geschäfte unsorgfältig Buch geführt habe, ist sie zum Schluss gelangt, dass dieser als selbstständiger Maler im Vergleich zu den Tabellenlöhnen der Lohnstrukturerhebung des Bundes (LSE) ein unterdurchschnittliches Einkommen erzielt hat und anzunehmen sei, dass er auch ohne Gesundheitsschaden sich weiterhin mit einem bescheidenen Einkommen begnügt hätte, obwohl ihm als gelerntem Maler bessere Verdienstmöglichkeiten offen stehen würden. Dem ist beizupflichten. Nicht gefolgt werden kann der Vorinstanz jedoch darin, dass sie in der Folge eine Parallelisierung der Einkommen vorgenommen hat. Denn angesichts des Umstandes, dass der Versicherte aus invaliditätsfremden Gründen und aus freien Stücken auf die Erzielung eines durchschnittlichen Einkommens verzichtet hat, ist von einer Parallelisierung abzusehen (E. 3.1; vgl. auch Urteile 9C_560/2008 vom 12. Dezember 2008, E. 3.4.1 bis 3.4.4, und U 291/05 vom 23. Januar 2006, E. 2.5.2). Es ist demnach nicht zu beanstanden, dass die SUVA in ihrem Einspracheentscheid vom 17. April 2007 bei der Festsetzung des Valideneinkommens von einem im Vergleich zu den IK-Auszügen höheren, aber unter den Tabellenwerten der LSE liegenden Einkommen von Fr. 40'000.- ausgegangen ist. Unter Berücksichtigung des unbestrittenen Invalideneinkommens von Fr. 43'882.- resultiert kein Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung.
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdegegner die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Angesichts der dargelegten finanziellen Situation ist seinem Begehren auf unentgeltliche Rechtspflege zu entsprechen (Art. 64 Abs. 1 BGG). Er hat jedoch der Gerichtskasse Ersatz zu leisten, sofern er später dazu in der Lage ist (Art. 64 Abs. 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 6. März 2008 wird insofern aufgehoben, als damit dem Versicherten eine Invalidenrente der Unfallversicherung zugesprochen und die Parteientschädigung für das kantonale Verfahren geregelt wird.
2. Dem Beschwerdegegner wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Advokat David Schweizer, Birsfelden, wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdegegners bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1000.- ausgerichtet.
5. Das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt wird über die Parteientschädigung und unentgeltliche Rechtspflege für das kantonale Verfahren gemäss dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 22. Dezember 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold