Der Präsident zieht in Erwägung:
1. Die Beschwerdeführerin beschuldigt den Beschwerdegegner, er habe sie im Rahmen einer partnerschaftlichen Beziehung genötigt, bedroht und geschlagen. Ausserdem bezichtigt sie ihn des verbotenen Waffenbesitzes. Die Beschwerde richtet sich dagegen, dass die angehobene Strafuntersuchung eingestellt und der dagegen geführte Rekurs vom Obergericht abgewiesen wurde, soweit darauf einzutreten war. Im angefochtenen Beschluss wird dazu gestützt auf das kantonale Prozessrecht ausgeführt, dass eine definitive Einstellung der Untersuchung erfolge, wenn mit einem verurteilenden Erkenntnis nicht gerechnet werden könne bzw. von einer erheblichen Wahrscheinlichkeit eines Freispruchs ausgegangen werden müsse. Aufgrund der vorliegenden Sachlage - es stehe Aussage gegen Aussage und es lägen keine Indizien vor, die für die eine oder die andere Sachverhaltsdarstellung sprächen - sei nicht davon auszugehen, dass sich auf Seiten des Beschwerdegegners je ein strafbares Verhalten erstellen oder beweisen liesse. Die Strafuntersuchung sei daher zu Recht eingestellt worden. Die Beschwerdeführerin ist der Ansicht, dass das Verfahren im zu beurteilenden Fall nicht hätte eingestellt werden dürfen, sondern Anklage hätte erhoben werden müssen. Sie schildert dabei ihre Sicht der Geschehnisabläufe und bekräftig, nicht zu lügen. Aus der Beschwerde geht indessen nicht hervor, aus welchem Grund der Verzicht auf eine Anklage vor Gericht gegen <ref-law> verstossen bzw. das Obergericht das kantonale Prozessrecht willkürlich angewendet haben sollte. Insoweit fehlt es der Beschwerde an einer für die materielle Beurteilung des Rechtsmittels hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 1 BGG). Darauf ist im Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2. Bei diesem Ausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Januar 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Arquint Hill