Faits:
Faits:
A. Au début du mois de juillet 2004, les Services industriels de Genève (ci-après: les Services industriels) ont fait paraître, dans la Feuille d'Avis Officielle du canton de Genève et sur internet, un appel d'offres en procédure ouverte concernant un projet de remplacement des installations de traitement des rejets solides et liquides de l'usine d'incinération des Cheneviers, à Genève. Le 8 octobre 2004, X._ SA a déposé son offre auprès des Services industriels qui, par courrier du 21 mars 2005, l'ont informée qu'ils avaient adjugé le marché en cause à Y._ AG.
A. Au début du mois de juillet 2004, les Services industriels de Genève (ci-après: les Services industriels) ont fait paraître, dans la Feuille d'Avis Officielle du canton de Genève et sur internet, un appel d'offres en procédure ouverte concernant un projet de remplacement des installations de traitement des rejets solides et liquides de l'usine d'incinération des Cheneviers, à Genève. Le 8 octobre 2004, X._ SA a déposé son offre auprès des Services industriels qui, par courrier du 21 mars 2005, l'ont informée qu'ils avaient adjugé le marché en cause à Y._ AG.
B. X._ SA a recouru auprès du Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) contre la décision d'adjudication des Services industriels du 21 mars 2005. Elle a demandé que le Tribunal administratif annule la décision entreprise et ordonne aux Services industriels de lui "adjuger les travaux de réaménagement des installations de traitements des rejets solides et liquides".
Par décision du 13 avril 2005, le Président du Tribunal administratif a refusé de restituer l'effet suspensif au recours.
Le 8 juin 2005, les Services industriels ont signé le contrat avec l'adjudicataire Y._ AG. Le 16 juin 2005, le Tribunal administratif en a informé X._ SA, en lui demandant si elle maintenait son recours. Le 20 juin 2005, X._ SA a fait savoir que tel était le cas.
Par arrêt du 6 septembre 2005, le Tribunal administratif a déclaré le recours irrecevable. Il a retenu qu'après la signature, le 8 juin 2005, du contrat entre les Services industriels et Y._ AG, le recours ne pouvait plus porter que sur le caractère illicite de la décision d'adjudication des Services industriels du 21 mars 2005 et, en cas d'illicéité, sur la réparation du dommage de X._ SA, limitée "aux dépenses qu'elle aurait subies en relation avec les procédures de soumission et de recours". Or, X._ SA n'avait jamais pris de conclusions tendant à des dommages et intérêts quelconques, même après la signature du contrat précité.
Par arrêt du 6 septembre 2005, le Tribunal administratif a déclaré le recours irrecevable. Il a retenu qu'après la signature, le 8 juin 2005, du contrat entre les Services industriels et Y._ AG, le recours ne pouvait plus porter que sur le caractère illicite de la décision d'adjudication des Services industriels du 21 mars 2005 et, en cas d'illicéité, sur la réparation du dommage de X._ SA, limitée "aux dépenses qu'elle aurait subies en relation avec les procédures de soumission et de recours". Or, X._ SA n'avait jamais pris de conclusions tendant à des dommages et intérêts quelconques, même après la signature du contrat précité.
C. X._ SA a formé un recours de droit public au Tribunal fédéral contre l'arrêt du Tribunal administratif du 6 septembre 2005. Elle demande, sous suite de dépens, principalement, que le Tribunal fédéral annule l'arrêt attaqué, constate l'illicéité de la décision prise le 21 mars 2005 par les Services industriels et réserve son droit "de faire valoir et de chiffrer son droit en dommages-intérêts par devant l'autorité compétente"; subsidiairement, elle demande qu'il annule l'arrêt entrepris et renvoie la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. X._ SA reproche au Tribunal administratif d'avoir violé les principes de l'interdiction de l'arbitraire (cf. art. 9 Cst.) et du droit d'être entendu (cf. art. 29 al. 2 Cst.). Elle se plaint aussi que les Services industriels aient abusé de leur pouvoir d'appréciation.
Le Tribunal administratif a renoncé à formuler des observations sur le recours. Les Services industriels demandent au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, de débouter la recourante de toutes ses conclusions.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 156).
1.1 Formé pour violation des droits constitutionnels (art. 84 al. 1 lettre a OJ), le présent recours de droit public n'est recevable, en principe, qu'à l'encontre des décisions prises en dernière instance cantonale qui revêtent un caractère final (cf. art. 86 al. 1 et 87 OJ). Tel est bien le cas de l'arrêt attaqué au regard des art. 15 de l'accord intercantonal du 25 novembre 1994 sur les marchés publics, dans la version en vigueur pour le canton de Genève (RO 1996 p. 1438), et 3 de la loi genevoise du 12 juin 1997 autorisant le Conseil d'Etat à adhérer à l'accord intercantonal sur les marchés publics (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 156).
1.2 En vertu de l'art. 88 OJ, le recours de droit public exige, en principe, un intérêt juridique actuel et pratique à l'annulation de l'acte attaqué, respectivement à l'examen des griefs soulevés. Le Tribunal fédéral a déjà admis qu'un soumissionnaire évincé avait incontestablement intérêt à ce que l'autorité intimée entre en matière sur son recours, même si le pouvoir adjudicateur avait déjà conclu le contrat avec l'adjudicataire. Dans un tel cas en effet, le soumissionnaire évincé dispose encore d'un intérêt juridiquement protégé à faire constater l'illicéité de la décision d'adjudication afin de pouvoir, le cas échéant, agir en dommages et intérêts contre l'adjudicateur (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 157; <ref-ruling> consid. 5b p. 97).
Ainsi, après la signature du contrat entre les Services industriels et Y._ AG, X._ SA ne pouvait plus que demander la constatation de l'illicéité de l'adjudication et la réparation du dommage. X._ SA a été interpellée sur la suite qu'elle comptait donner à son recours, après la conclusion le 8 juin 2005 dudit contrat, qui rendait sans objet sa demande d'annulation de l'adjudication. Le recours a été maintenu. Par arrêt du Tribunal administratif du 6 septembre 2005, il a toutefois été déclaré irrecevable pour des motifs de procédure. La recourante a un intérêt actuel à contester cet arrêt. Le présent recours ne peut cependant porter que sur la question de la recevabilité. C'est donc à tort que la recourante fait valoir sur le fond que l'adjudication était illicite et qu'elle a droit à des dommages et intérêts ou qu'en relation avec ses griefs de fond, elle allègue une violation de son droit d'être entendue.
Ainsi, après la signature du contrat entre les Services industriels et Y._ AG, X._ SA ne pouvait plus que demander la constatation de l'illicéité de l'adjudication et la réparation du dommage. X._ SA a été interpellée sur la suite qu'elle comptait donner à son recours, après la conclusion le 8 juin 2005 dudit contrat, qui rendait sans objet sa demande d'annulation de l'adjudication. Le recours a été maintenu. Par arrêt du Tribunal administratif du 6 septembre 2005, il a toutefois été déclaré irrecevable pour des motifs de procédure. La recourante a un intérêt actuel à contester cet arrêt. Le présent recours ne peut cependant porter que sur la question de la recevabilité. C'est donc à tort que la recourante fait valoir sur le fond que l'adjudication était illicite et qu'elle a droit à des dommages et intérêts ou qu'en relation avec ses griefs de fond, elle allègue une violation de son droit d'être entendue.
2. La recourante reproche au Tribunal administratif d'avoir fait une application arbitraire du droit de procédure cantonale, en déclarant le recours cantonal irrecevable du fait qu'elle n'avait pas pris de conclusions en réparation du dommage.
La question de la réparation du dommage et la procédure à suivre à cet égard ressortissent à la compétence cantonale (Peter Galli/André Moser/Elisabeth Lang, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, Zurich/Bâle/Genève 2003, n. 709 ss, p. 377 ss). Les cantons connaissent des systèmes différents; certains ont adopté une procédure en deux étapes, alors que d'autres ont intégré le traitement des dommages et intérêts dans la procédure de recours contre la décision d'adjudication. Le canton de Genève fait partie de la seconde catégorie. Après la signature du contrat entre le pouvoir adjudicateur et l'adjudicataire, le Tribunal administratif ne reconnaît un intérêt au recours que pour autant que le soumissionnaire évincé conclue à la constatation de l'illicéité de l'adjudication et, surtout, prenne des conclusions quant à la réparation du dommage. C'est ainsi que, dans un arrêt du 26 octobre 2004 (cf. arrêt attaqué, consid. 3, p. 6), le Tribunal administratif a admis sa compétence pour statuer sur la demande de dommages et intérêts du soumissionnaire évincé. Dans l'arrêt entrepris, le Tribunal administratif exige, sous peine d'irrecevabilité, qu'après la conclusion du contrat entre le pouvoir adjudicateur et l'adjudicataire, des conclusions en réparation du dommage soient expressément prises. Comme le Tribunal fédéral l'a jugé dans un arrêt récent (<ref-ruling>, consid. 3.2 et 3.3), en pareille hypothèse, il n'est pas nécessaire que la partie recourante prenne des conclusions expresses en constatation de l'illicéité de l'adjudication, car cette conclusion est déjà implicitement contenue dans celle en annulation de dite adjudication. Le tribunal saisi doit alors de toute façon statuer sur cette conclusion, indépendamment de ce que des dommages et intérêts ont ou non déjà été réclamés. En ce qui concerne des dommages et intérêts, au-delà de la simple constatation de l'illicéité de l'adjudication, et pour le cas où pareille illicéité serait constatée, le droit cantonal peut exiger que le soumissionnaire évincé chiffre sa prétention; à moins que les dispositions cantonales ne précisent les modalités, l'intéressé doit avoir l'occasion de quantifier et de motiver sa prétention (s'il ne l'a pas déjà fait antérieurement).
La question de la réparation du dommage et la procédure à suivre à cet égard ressortissent à la compétence cantonale (Peter Galli/André Moser/Elisabeth Lang, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, Zurich/Bâle/Genève 2003, n. 709 ss, p. 377 ss). Les cantons connaissent des systèmes différents; certains ont adopté une procédure en deux étapes, alors que d'autres ont intégré le traitement des dommages et intérêts dans la procédure de recours contre la décision d'adjudication. Le canton de Genève fait partie de la seconde catégorie. Après la signature du contrat entre le pouvoir adjudicateur et l'adjudicataire, le Tribunal administratif ne reconnaît un intérêt au recours que pour autant que le soumissionnaire évincé conclue à la constatation de l'illicéité de l'adjudication et, surtout, prenne des conclusions quant à la réparation du dommage. C'est ainsi que, dans un arrêt du 26 octobre 2004 (cf. arrêt attaqué, consid. 3, p. 6), le Tribunal administratif a admis sa compétence pour statuer sur la demande de dommages et intérêts du soumissionnaire évincé. Dans l'arrêt entrepris, le Tribunal administratif exige, sous peine d'irrecevabilité, qu'après la conclusion du contrat entre le pouvoir adjudicateur et l'adjudicataire, des conclusions en réparation du dommage soient expressément prises. Comme le Tribunal fédéral l'a jugé dans un arrêt récent (<ref-ruling>, consid. 3.2 et 3.3), en pareille hypothèse, il n'est pas nécessaire que la partie recourante prenne des conclusions expresses en constatation de l'illicéité de l'adjudication, car cette conclusion est déjà implicitement contenue dans celle en annulation de dite adjudication. Le tribunal saisi doit alors de toute façon statuer sur cette conclusion, indépendamment de ce que des dommages et intérêts ont ou non déjà été réclamés. En ce qui concerne des dommages et intérêts, au-delà de la simple constatation de l'illicéité de l'adjudication, et pour le cas où pareille illicéité serait constatée, le droit cantonal peut exiger que le soumissionnaire évincé chiffre sa prétention; à moins que les dispositions cantonales ne précisent les modalités, l'intéressé doit avoir l'occasion de quantifier et de motiver sa prétention (s'il ne l'a pas déjà fait antérieurement).
3. Vu ce qui précède, le recours doit être admis et l'arrêt attaqué annulé.
Les Services industriels, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 156 al. 1, 153 et 153a OJ) et verser des dépens à la recourante (art. 159 al. 1 OJ). Le montant de ces dépens tiendra compte du fait qu'une grande partie de la motivation du recours concerne le fond et non pas la seule question de procédure pouvant être contestée devant le Tribunal fédéral.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Genève du 6 septembre 2005 est annulé.
1. Le recours est admis et l'arrêt du Tribunal administratif du canton de Genève du 6 septembre 2005 est annulé.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge des Services industriels de Genève.
2. Un émolument judiciaire de 2'000 fr. est mis à la charge des Services industriels de Genève.
3. Les Services industriels de Genève verseront à la recourante une indemnité de 1'500 fr. à titre de dépens.
3. Les Services industriels de Genève verseront à la recourante une indemnité de 1'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire de la recourante, aux Services industriels de Genève et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 24 mai 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: