Faits:
A. Par jugement du 30 octobre 2008, la Cour des affaires pénales du Tribunal pénal fédéral a condamné A.X._, à côté d'autres coaccusés, à 15 ans de privation de liberté sous déduction de 1917 jours de détention préventive, pour infraction qualifiée à la loi fédérale sur les stupéfiants (pour des faits visés par les ch. 2.2.1, 2.2.6.2, 2.2.8, 2.2.14.2 et 2.2.14.3 de l'acte d'accusation) et participation à une organisation criminelle. La cour n'est, en revanche, pas entrée en matière sur divers autres points de l'accusation comprenant notamment le blanchiment d'argent (ch. 2.2.12 de l'acte d'accusation exceptée l'opération décrite sous l'intitulé 051521, ch. 2.2.13, 2.2.16, 2.2.21, 2.2.22 et 2.2.24, sous l'angle de la LStup) et l'a acquitté pour le surplus.
Saisie de recours en matière pénale interjetés, notamment, par A.X._ et le Ministère public de la Confédération (MPC), la Cour de droit pénal du Tribunal fédéral a, par arrêt du 9 novembre 2010, rejeté le premier en ce qui concernait la condamnation du recourant. Après avoir constaté que la Cour des affaires pénales s'était déclarée territorialement incompétente sur la seule base des éléments mentionnés formellement dans l'acte d'accusation, elle a partiellement admis le second. La cause a été renvoyée à l'autorité précédente afin qu'elle se prononce, après examen sous l'angle de la LStup, sur les ch. 2.2.12, 2.2.13, 2.2.16, 2.2.21, 2.2.22 et 2.2.24 de l'acte d'accusation (arrêt 6B_731/2009 du 9 novembre 2010 consid. 2.3). La cause a également été renvoyée en relation avec les questions relatives à la confiscation d'immeubles sis au Kosovo.
Par jugement du 15 novembre 2011, après avoir disjoint les questions de confiscation, la Cour des affaires pénales a condamné A.X._ à 16 ans de privation de liberté sous déduction de la détention préventive pour infractions qualifiées à la loi fédérale sur les stupéfiants (art. 19 al. 1, 2 et 4 LStup) pour des faits visés par les ch. 2.2.1, 2.2.6.2, 2.2.8, 2.2.14.2, 2.2.14.3 et 2.2.21 de l'acte d'accusation ainsi que pour participation à une organisation criminelle. La cour n'est, en revanche, pas entrée en matière sur le ch. 2.2.12 et sur l'intitulé « 051348 » du ch. 2.2.13 (LStup), ni sur le chef de blanchiment d'argent et l'a acquitté pour le surplus.
B. A.X._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement. Il conclut, principalement, à son annulation, la cause étant renvoyée à l'autorité inférieure pour administrer une procédure orale et rendre une nouvelle décision dans le sens des considérants à intervenir. A titre subsidiaire, il conclut à sa réforme dans le sens de son acquittement de l'infraction qualifiée à la LStup pour les faits visés par le chef d'accusation 2.2.21, sa peine étant réduite à 15 ans de privation de liberté au plus, tous les frais relatifs au jugement du 15 novembre 2011 étant laissés à la charge de la Confédération. Il requiert, par ailleurs, le bénéfice de l'assistance judiciaire. Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Indépendamment de la question de la confiscation, qui a été disjointe par l'autorité précédente, la décision de renvoi détermine les questions encore litigieuses dans la présente procédure (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 335 s.).
2. Le recourant invoque principalement deux groupes de moyens. Le premier a trait au refus de l'autorité précédente d'organiser des débats contradictoires ensuite du renvoi de la cause par l'arrêt du 9 novembre 2010. Le second porte sur sa condamnation pour infraction à la LStup en relation avec le ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation.
Le recourant ne remet pas en question le refus d'entrer en matière sur le chef d'accusation 2.2.12 et sur l'intitulé « 051348 » du chef d'accusation 2.2.13. Il a, par ailleurs, été acquitté sur tous les autres points de l'acte d'accusation objet du renvoi, à l'exception du ch. 2.2.21. Faute de démontrer en quoi consisterait son intérêt juridique à l'annulation du jugement entrepris sur les points à raison desquels il n'a pas été condamné, il n'est légitimé à recourir qu'en relation avec sa condamnation pour les faits visés par le ch. 2.2.21 précité (<ref-law>). Il n'en va pas différemment en ce qui concerne les moyens déduits de garanties formelles, le droit d'être entendu, en particulier.
3. Dans son premier moyen, le recourant soutient, en résumé, que l'art. 66 du Code de procédure pénale suisse du 5 octobre 2007 (RS 312.0; CPP), qui serait applicable en vertu de l'<ref-law>, aurait imposé, ensuite du renvoi, une procédure orale. En refusant d'appointer une audience de débats, l'autorité précédente aurait violé son droit d'être entendu. Le recourant relève, dans ce contexte, qu'ensuite du renvoi, l'autorité précédente disposait d'une marge de manoeuvre, notamment en relation avec le chef d'accusation 2.2.21, dès lors qu'elle devait examiner la question de la compétence territoriale, puis celle de sa culpabilité. Il relève également qu'un changement dans la composition de la cour est intervenu ensuite du renvoi.
3.1 Le refus de tenir une audience publique a fait l'objet d'une décision de la cour des affaires pénales, du 7 juillet 2011, confirmée, le 8 septembre 2011, par la Cour des plaintes du Tribunal pénal fédéral (jugement entrepris, consid. D.5 p. 4). La décision du 8 septembre 2011 n'a pas été entreprise séparément. L'issue du litige sur ce point est susceptible de conduire à l'annulation de la décision finale. Il s'ensuit que ce grief, dirigé contre une décision incidente, peut être examiné avec la décision au fond (<ref-law>).
3.2 Selon la jurisprudence, l'<ref-law> ne règle pas les situations dans lesquelles la décision de renvoi a été rendue avant l'entrée en vigueur du nouveau droit. L'ancien continue alors à régir la procédure dans laquelle la nouvelle décision doit être rendue par l'autorité inférieure même lorsque cette dernière statue après le 1er janvier 2011 (arrêts 6B_606/2011 du 13 août 2012 consid. 1 et 6B_425/2011 du 10 avril 2012 consid. 2.2). Il s'ensuit, en l'espèce, l'arrêt de renvoi ayant été rendu le 9 novembre 2010, que le recourant ne peut rien déduire en sa faveur de ses développements relatifs au nouveau droit de procédure, au principe d'oralité consacré par l'<ref-law>, en particulier.
3.3 Le recourant invoque aussi que, selon la jurisprudence rendue en application de l'art. 29 Cst., l'autorité à laquelle la cause est renvoyée à la suite de l'admission d'un recours doit, dans la règle, donner à l'accusé une nouvelle occasion de s'exprimer (<ref-ruling> consid. 2 p. 136 s.; <ref-ruling> consid. 2d p. 139 ss).
La norme constitutionnelle invoquée ne confère cependant aucun droit à l'oralité de la procédure (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 428 et les arrêts cités). Au regard de l'art. 29 al. 2 Cst., il suffit que chaque intéressé puisse fournir ses explications ou présenter son point de vue par oral ou par écrit, en personne ou par l'intermédiaire d'un représentant (<ref-ruling> consid. 2a p. 115).
Il ressort du jugement entrepris (consid. D.10 p. 5 s.) et du dossier de la cause que le recourant a, le 17 octobre 2011, déposé un Mémoire de réplique dans lequel il s'est exprimé, notamment, sur la compétence territoriale de la Cour des affaires pénales pour connaître du ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation, sur sa culpabilité au regard de l'<ref-law> en relation avec ces faits, sur la question du concours réel avec l'<ref-law> ainsi que sur celle de la peine. Le MPC a renoncé à dupliquer. Le recourant a ainsi fait usage de son droit d'être entendu dans la mesure garantie par la norme constitutionnelle dont il invoque la violation. Il n'y a, pour le surplus, faute de tout développement dans le recours, pas lieu d'examiner si le droit à la tenue d'une audience publique de débats pourrait, dans les circonstances d'espèce, être déduit d'une autre norme constitutionnelle ou conventionnelle (<ref-law>).
3.4 Le recourant soutient encore que la tenue d'une audience de jugement s'imposait parce que la composition de la Cour des affaires pénales a changé depuis le jugement du 30 octobre 2008. Selon lui, le fait, invoqué par la Cour des plaintes dans sa décision du 8 septembre 2011, que le nouveau juge avait fonctionné comme greffier avec voix consultative durant les débats de 2008 serait sans pertinence, rien ne permettant d'affirmer que la voix décisive de ce nouveau juge aurait représenté à l'identique l'appréciation et, a fortiori, l'intime conviction du juge sortant.
Conformément à l'ancien art. 147 al. 1 première phrase PPF (en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010), les juges devaient assister à tous les débats. L'<ref-law> consacre désormais la même règle, qui tend à garantir le principe de l'intime conviction (PIERRE-HENRI WINZAP, in: Code de procédure pénale suisse, 2011, <ref-law>, n. 1). On comprend ainsi que le juge appelé à délibérer puis à statuer doit s'être forgé son intime conviction sur la base du contenu des débats, les preuves, en particulier, qui y ont été administrées ainsi que les arguments développés par les parties, notamment au cours des plaidoiries. Ce principe domine la phase centrale des débats durant la procédure judiciaire de première instance. On ne saurait, en revanche, en conclure que les règles précitées imposeraient, de manière générale, à l'autorité de première instance à laquelle la cause est renvoyée par une autorité supérieure, qu'elle statue à nouveau dans la même composition que celle dans laquelle elle a rendu le premier jugement. En effet, les débats qui ont lieu ensuite du renvoi ne peuvent être considérés comme une simple reprise des débats initiaux mais constituent de nouveaux débats (cf. p. ex.: <ref-law> en relation avec le renvoi opéré par la juridiction d'appel), dont l'objet est délimité par la décision de renvoi. Il n'y a aucune raison d'appréhender différemment la portée d'une décision de renvoi émanant du Tribunal fédéral. De surcroît, une telle interprétation conduirait dans tous les cas où, pour des raisons diverses, un magistrat ayant statué initialement ne serait plus disponible après renvoi, à devoir reprendre l'instruction ab initio (cf. <ref-law>), lors même que la décision de renvoi, qui lie l'autorité à laquelle la cause est renvoyée (cf. <ref-law>; dans le cadre des décisions de renvoi émanant du Tribunal fédéral cf. <ref-ruling>), limiterait l'objet du litige dans la nouvelle procédure. Enfin, le remplacement d'un magistrat en cours d'instance ou après renvoi ne saurait en aucun cas garantir que la voix du juge remplaçant représente à l'identique l'appréciation ou l'intime conviction du sortant. La règle vise uniquement à garantir que le juge remplaçant a été mis en mesure de se forger sa propre conviction sur les points sur lesquels il est appelé à statuer.
3.5 En l'espèce, le remplacement, après renvoi, d'un juge par la personne qui avait fonctionné comme greffier lors des débats initiaux, a été annoncé aux parties le 1er mars 2011, soit avant que l'autorité précédente n'invite les parties à se déterminer sur la possibilité de renoncer à tenir des débats et à présenter d'éventuelles offres de preuves et conclusions par écrit (dossier TPF, p. 125410001). Il est, en outre, constant qu'aucune mesure d'instruction n'a été effectuée d'office ou sur requête. Par ailleurs, la cause a été renvoyée à l'autorité précédente afin que, après examen, elle se prononce notamment sur le ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation (on renvoie en ce qui concerne les autres points à ce qui a été exposé ci-dessus au consid. 2 à propos de l'intérêt au recours). En ce qui concerne ce chiffre, la Cour des affaires pénales a examiné sa compétence territoriale, puis la culpabilité du recourant, exclusivement sur la base d'éléments de fait qui avaient déjà été constatés dans le jugement du 30 octobre 2008 sous l'angle de la participation à une organisation criminelle (cf. jugement du 30 octobre 2008 consid. 8.2.1 let. a à f; jugement du 15 novembre 2011, consid. 13 p. 37 ss), sous la seule réserve de quelques corrections mineures, du reste en faveur du recourant (poids de l'héroïne saisie ramené de 20,980 kg à 20,7 kg). Elle a, ensuite, extrait de ces faits les éléments permettant de fonder sa compétence (consid. 13.8 et 13.9) et la culpabilité du recourant au regard de la LStup (consid. 13.10). Or, le recourant n'a soulevé aucun grief précis en ce qui concerne ces faits dans le cadre de son premier recours et l'ensemble des griefs qu'il a développés, notamment en relation avec la valeur probante de certaines écoutes téléphoniques, ont été déclarés irrecevables ou rejetés. Il s'ensuit, l'autorité précédente n'ayant administré aucune preuve d'office et aucune réquisition de preuve n'ayant été émise par le recourant, que ce dernier ne peut rien déduire en sa faveur du changement intervenu dans la composition de la cour après renvoi.
4. Le recourant conteste ensuite sa condamnation pour infraction à la LStup.
4.1 Il discute en premier lieu la compétence des autorités judiciaires helvétiques. Il objecte, en résumé, que, dans le jugement du 30 octobre 2008, la Cour des affaires pénales avait expressément retenu que ce chef d'accusation concernait des actes situés en Espagne et en France. Il serait ainsi inadmissible de retenir, sans administration de nouvelles preuves, l'existence d'un lien avec le Kosovo.
4.2 On renvoie en ce qui concerne l'application de l'<ref-law> au consid. 2.1.3 de l'arrêt du 9 novembre 2010, publié aux ATF 137 IV 34, p. 37 ss.
Dans son jugement du 30 octobre 2008, la Cour des affaires pénales n'est pas entrée en matière sur le chef d'accusation 2.2.21 au regard de la LStup au motif que les faits décrits dans l'acte d'accusation avaient eu lieu en Espagne et en France et que l'acte d'accusation ne mentionnait pas une éventuelle délégation de la poursuite pénale à la Suisse (jugement du 30 octobre 2008 consid. 4.3 et le renvoi au consid. 4.1.2 p. 28 et 30). La cour de céans a précisément admis le recours du MPC au motif que l'autorité précédente ne pouvait refuser d'entrer en matière pour ce seul motif formel. Elle lui a renvoyé la cause afin qu'elle examine notamment l'existence d'un lien éventuel avec le Kosovo en relation avec l'indication, figurant dans divers chiffres de l'acte d'accusation, que certains faits s'étaient déroulés « dans les Balkans » (arrêt du 9 novembre 2010, consid. 2.3.2.3). Il s'ensuit que, s'agissant du ch. 2.2.21 (v. infra consid. 4.4.2), l'autorité précédente a procédé conformément à l'arrêt de renvoi en examinant cette question sur la base des faits déjà établis en relation avec l'accusation de participation à une organisation criminelle. L'administration de preuves supplémentaires n'était pas nécessaire. Le grief est infondé.
4.3 Le recourant soutient ensuite que la Cour des affaires pénales aurait admis à tort sa compétence dans ce cas. Il ne serait pas démontré qu'un comportement concret, qui puisse être rattaché au Kosovo, pourrait lui être imputé. Un simple lien entre la drogue saisie au Pays Basque et le Kosovo ne serait pas suffisant pour fonder cette compétence.
La Cour des affaires pénales a exposé par le menu pourquoi elle avait retenu que la drogue saisie à Biriatou (Pays basque français) avait été fournie par le recourant. Ainsi, notamment, cette livraison était-elle attendue par le dénommé C._ en Espagne, lequel était en contact avec le recourant et son frère B.X._. L'intéressé avait traité sans intermédiaire avec le recourant au sujet de sa commande relative à quelque 20 kg d'héroïne, dont le transport était organisé directement depuis la ville de Ferizaj (Kosovo), dans laquelle étaient domiciliés le recourant et son frère. La Cour des affaires pénales a conclu que les agissements du recourant remplissaient au moins une des conditions objectives de l'infraction réprimée par l'ancien <ref-law>, soit l'expédition, le transport, l'importation, la vente, le courtage ou l'acquisition de stupéfiants. Le recourant, qui savait des stupéfiants en cause et qu'il n'était pas au bénéfice de l'une des autorisations prévues par la loi, avait sciemment et volontairement adopté le comportement prohibé (jugement entrepris, consid. 13 p. 37 ss, spéc. 13.3 p. 39, 13.6 p. 41, 13.8 et 13.9 p. 43, consid. 13.10 p. 44). Ces éléments établissent suffisamment la commission d'actes violant la LStup par le recourant sur territoire du Kosovo. Le grief est infondé.
4.4 Selon le recourant sa condamnation en relation avec le ch. 2.2.21 violerait le principe de l'accusation, en raison de la précision insuffisante de la description des faits qui lui étaient reprochés, notamment sous l'angle du temps et du lieu.
4.4.1 On renvoie, sur les principes applicables, au consid. 3.3 de l'arrêt du 9 novembre 2010, non publié aux ATF 137 IV 34.
4.4.2 Le ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation, intitulé « saisie à Biriatou » était formulé comme suit:
« (051442ss et 051513ss)
? entre une date indéterminé et le 26 février 2003 (date de la saisie de la drogue),
? d'avoir organisé et géré, de concert avec son frère B.X._, pour le compte du clan X._, l'exportation depuis les Balkans vers l'Espagne d'au moins 20 kilos d'héroïne à l'attention de C._ ayant le rôle d'intermédiaire entre les fournisseurs d'héroïne dans les Balkans et les grossistes en Espagne,
? le transport de cette drogue étant organisé par D._ et effectué par deux courriers du nom de E._ et F._,
? ces 20 kilos ayant été saisis par les autorités françaises le 26 février 2003 à Biriatou/F dans une Mercedes Benz immatriculée en Allemagne ARE 648 au nom de E._ mais dont l'ancien propriétaire était D._, un grossiste établi en Allemagne (051508),
? cette même voiture ayant été utilisée par G._, beau-frère de la fratrie X._, neuf jours avant les faits survenus en France,
? l'héroïne séquestrée dans cette opération étant, par certains de ces échantillons, identique par sa classe chimique, à d'autres échantillons d'héroïne découverte le 27 juillet 2003 dans le toit du garage de G._ au Kosovo et le 7 juin 2004 lors de la saisie à Vernier/GE (051507),
? l'implication des frères A.X._ et B.X._ ressortant explicitement des contrôles téléphoniques effectués dans le cadre de l'opération WERKIS en Allemagne. »
On comprend ainsi aisément qu'il était reproché au recourant d'avoir fourni une quantité de quelque 20 kilos d'héroïne et organisé leur exportation des Balkans à destination de l'Espagne. L'indication que les stupéfiants avaient été saisis le 26 février 2003 permettait de situer temporellement les faits reprochés au recourant dans les jours, les semaines ou tout au plus quelques mois avant cette date. Le grief est infondé.
4.5 Selon le recourant, sa condamnation en relation avec le ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation violerait la présomption d'innocence.
4.5.1 La présomption d'innocence, garantie notamment par l'art. 32 al. 1 Cst., ainsi que son corollaire, le principe in dubio pro reo, concernent tant le fardeau de la preuve que l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2c p. 36 et les références citées). Comme principe présidant à l'appréciation des preuves, la présomption d'innocence est violée si le juge du fond se déclare convaincu de faits défavorables à l'accusé sur lesquels, compte tenu des éléments de preuve qui lui sont soumis, il aurait au contraire dû, objectivement, éprouver des doutes. Devant la cour de céans, ce dernier grief se confond avec celui déduit de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 2a p. 41; <ref-ruling> consid. 2c p. 37; sur la notion d'arbitraire v.: <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5).
4.5.2 Le recourant soutient, tout d'abord, que la Cour des affaires pénales aurait, dans sa réponse du 10 mai 2010 (dossier 6B_732/2009), affirmé qu'elle aurait acquitté le recourant sous l'angle de la LStup si elle avait été compétente territorialement pour connaître de ces faits et qu'elle aurait, de la sorte, tout au moins, exprimé un doute sur sa culpabilité, qui exclurait sa condamnation.
En relation avec le ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation, l'interprétation du recourant ne trouve cependant pas appui dans la réponse à laquelle il se réfère. La Cour des affaires pénales a, au contraire, indiqué: « Même si la Cour s'était estimée territorialement compétente pour connaître, sous l'angle de la LStup, des faits présentés à la charge [du recourant] sous chiffres 2.2.12, 2.2.13, 2.2.16, 2.2.21, 2.2.22 et 2.2.24 de l'acte d'accusation, son analyse aurait dû conduire à l'acquittement [du recourant], en rapport avec ces faits, sauf pour ce qui concerne les faits exposés au ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation ».
4.5.3 Pour le surplus, l'argumentation du recourant porte sur l'établissement des faits. Elle consiste en une brève discussion des conclusions tirées par la Cour des affaires pénales de différents indices mentionnés au consid. 13.8 de son jugement ainsi que du contenu d'une conversation transcrite au consid. 13.6. Etant précisé que tous les éléments de faits ressortant de ces deux considérants figuraient déjà dans le jugement du 30 octobre 2008 et n'ont pas fait l'objet de griefs précis du recourant dans son premier recours en matière pénale (v. supra consid. 3.5), cette argumentation apparaît tardive dans le présent recours. Elle est, de surcroît, largement appellatoire et, partant, irrecevable pour ce motif également (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 5).
4.6 Le recourant objecte enfin que sa condamnation, dans le premier jugement, pour participation à une organisation criminelle en relation avec les éléments de fait visés au ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation s'opposerait à sa condamnation pour violation de la LStup à raison des mêmes événements, compte tenu de la subsidiarité de l'infraction réprimée par l'<ref-law>.
4.6.1 On renvoie sur la question de la subsidiarité aux consid. 2.5.1 et 6.1 de l'arrêt du 9 novembre 2010 non publiés aux ATF 137 IV 34.
4.6.2 Le recourant, qui se borne à relever avoir, dans le jugement de 2008, été reconnu coupable de participation à une organisation criminelle en relation avec le ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation, ne tente pas de démontrer que sa condamnation pour infraction à la LStup, fondée sur les mêmes faits, dans le jugement attaqué, heurterait les considérants de l'arrêt de renvoi du 9 novembre 2010 (v. supra consid. 1). On peut se borner, à cet égard, à relever que, dans son premier recours en matière pénale, le recourant n'a soulevé aucun grief à ce propos. La cour de céans n'a donc pas été amenée à réexaminer la condamnation du recourant pour participation à une organisation criminelle.
En revanche, comme l'a bien compris l'autorité précédente, en tant que l'arrêt de renvoi lui imposait, après examen, d'entrer en matière sur le ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation au regard de la LStup, la condamnation du recourant en application de l'art. 19 de cette loi en relation avec le chiffre précité de l'acte d'accusation posait nécessairement la question de la subsidiarité. L'autorité précédente a, dès lors, réexaminé la qualification de participation à une organisation criminelle en exceptant les faits précédemment qualifiés d'infraction à la LStup, soit en particulier le ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation (jugement entrepris, consid. 15 ss p. 48 ss, spéc. consid. 17.1, 17.2 et 17.3.4.c, p. 52 s. et 72 s.). La décision entreprise ne le condamne dès lors pas pour ces deux infractions en concours réel à raison des faits visés par le ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation. On ne saurait, partant, reprocher à la Cour des affaires pénales d'avoir méconnu la subsidiarité précitée.
5. Pour le surplus, le recourant ne discute d'aucune manière sa condamnation pour participation à une organisation criminelle. Il ne tente pas, en particulier, de soutenir que cette condamnation ne pourrait plus être maintenue après que les faits ressortant du ch. 2.2.21 de l'acte d'accusation ont été requalifiés au regard de la LStup, parce que les faits restants ne réaliseraient pas l'état de fait réprimé par l'<ref-law>. On peut, sur ce point, renvoyer aux consid. 15 ss du jugement entrepris.
Le recourant ne critique pas non plus la peine qui lui a été infligée au regard de l'<ref-law>. Il ne reprend pas, en particulier, le grief déduit de l'art. 5 par. 3 CEDH, qu'il avait développé dans son recours dirigé contre le jugement du 30 octobre 2008. On comprend ainsi que sa conclusion subsidiaire tendant à la réforme de la décision entreprise en ce sens que lui soit infligée une peine de privation de liberté de 15 ans au plus repose exclusivement sur les autres griefs soulevés. On peut, dès lors, se borner à constater d'office (<ref-law>) que la peine infligée, par 16 ans de privation de liberté, qui demeure dans le cadre légal (cf. <ref-law> en corrélation avec l'<ref-law>), ne procède ni d'un excès ni d'un abus du pouvoir d'appréciation au regard de l'ensemble des circonstances de l'espèce. On peut relever, en particulier, les quantités particulièrement importantes de stupéfiants en jeu (plus de 297 kg d'héroïne mélange; jugement entrepris, consid. 18.3.2 p. 83), la qualification retenue du métier ainsi que le nombre très important de personnes dont la vie a pu être mise en danger, l'absence de circonstance atténuante, le rôle dirigeant du recourant dans ce trafic, la durée et l'étendue géographique de ce dernier ainsi que le concours (<ref-law>) avec l'infraction réprimée par l'<ref-law>. On renvoie, pour le surplus, au consid. 18 du jugement attaqué, qui ne prête pas le flanc à la critique.
6. Le recourant succombe. Ses conclusions étaient d'emblée dénuées de chance de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (<ref-law>). Il supporte les frais de la procédure, qui seront fixés en tenant compte de sa situation économique, qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. L'assistance judiciaire est refusée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal pénal fédéral, Cour des affaires pénales.
Lausanne, le 15 septembre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
Le Greffier: Vallat