Sachverhalt:
A. Die Stadt Zürich setzte am 11. Juli 2007 ein Projekt für den Ausbau der Seefeldstrasse fest. Das Projekt umfasst u.a. neue Trottoirüberfahrten bei der Hornegg- und bei der Badstrasse. Im Einspracheverfahren verlangte die Stiftung zur Förderung einer behindertengerechten baulichen Umwelt, das geplante Strassenbauprojekt sei so abzuändern, dass es den Anforderungen des behindertengerechten Bauens entspreche. Der Stadtrat Zürich hiess den Antrag der Stiftung gut, den Fussgängerbereich und die Fahrbahn mit einem Vertikalabsatz von 3 cm abzugrenzen; dagegen wies er die Anträge auf eine taktil erfassbare Ausgestaltung der Trottoirüberfahrten und auf Erstellung weiterer Randabschlussformen ab.
B. Am 24. Juli 2008 hiess der Bezirksrat Zürich den Rekurs der Stiftung teilweise gut. Die Stadt Zürich wurde verpflichtet, bei den Übergängen vom Trottoir zu den Radstreifen einen schrägen Randabschluss (4 cm Höhendifferenz auf einer Breite von 13 bis 16 cm) oder eine gleichwertige Lösung vorzusehen. Erfolglos blieb dagegen die Anträge der Stiftung zur Ausgestaltung der Trottoirüberfahrten.
C. Daraufhin gelangte die Stiftung am 12. September 2008 ans Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses hiess die Beschwerde am 30. April 2009 gut und lud die Stadt Zürich ein, das Strassenprojekt dahingehend abzuändern, dass die Trottoirüberfahrten durch einen Absatz von 3 cm oder in gleichwertiger Weise taktil erfassbar von der Fahrbahn getrennt und durch eine Änderung der Belagsstruktur taktil erfassbar ausgestaltet werden.
D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid erhob die Stadt Zürich am 23. Juni 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und es sei der Beschluss des Bezirksrats vom 24. Juli 2008 zu bestätigen.
E. Die Stiftung beantragt, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. Das Verwaltungsgericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde. In ihrer Replik vom 26. Oktober 2009 hielt die Stadt Zürich an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid des Verwaltungsgerichts auf dem Gebiet des öffentlichen Rechts.
1.1 Der angefochtene Entscheid lädt die Stadt Zürich ein, ihr Strassenprojekt in einer gewissen Weise abzuändern. Ob es sich dabei um einen Endentscheid i.S.v. <ref-law> oder um einen Zwischenentscheid handelt, kann offen bleiben, weil die Beschwerde auch bei Vorliegen eines Zwischenentscheids zulässig ist: Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bedeutet es für eine Gemeinde, die eine Verletzung ihrer Autonomie geltend macht, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law>, wenn sie einer von ihr als falsch erachteten Weisung Folge leisten muss, um später ihren eigenen Entscheid anzufechten (<ref-ruling> E. 1.2 S. 412 mit Hinweisen).
1.2 Die Stadt Zürich wird durch den angefochtenen Entscheid in ihrer Eigenschaft als Trägerin hoheitlicher Gewalt betroffen. Sie ist daher zur Autonomiebeschwerde gemäss <ref-law> befugt. Ob ihr die beanspruchte Autonomie tatsächlich zukommt, ist eine Frage der materiellen Beurteilung (<ref-ruling> E. 1.2 S. 45 mit Hinweisen).
Ist die Stadt Zürich bereits nach <ref-law> zur Beschwerde befugt, kann offen bleiben, ob sie sich auch auf die allgemeine Legitimation gemäss <ref-law> berufen kann.
1.3 Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde ist daher einzutreten.
2. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Gemeinden in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann sich auf die Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften beziehen oder einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen. Im Einzelnen ergibt sich der Umfang der kommunalen Autonomie aus dem für den entsprechenden Bereich anwendbaren kantonalen Verfassungs- und Gesetzesrecht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 130 f. mit Hinweisen).
2.1 Das Verwaltungsgericht stützte seinen Entscheid auf Art. 11 Abs. 4 der Verfassung des Kantons Zürich vom 27. Februar 2005 (KV), § 14 des Gesetzes über den Bau und den Unterhalt der öffentlichen Strassen vom 27. September 1981 (StrassG) und § 22a der Verordnung über die Anforderungen an die Verkehrssicherheit und die Sicherheit von Strassenkörpern (VerkehrssicherheitsV) vom 15. Juni 1983. Art. 11 Abs. 4 KV bestimmt, dass Menschen mit Behinderungen Zugang zu öffentlichen Bauten, Anlagen, Einrichtungen und Leistungen haben. § 14 StrassG formuliert die Projektierungsgrundsätze für die Realisierung von Strassen und verlangt u.a., dass die Bedürfnisse der Behinderten und Gebrechlichen angemessen zu berücksichtigen sind. Gemäss § 22a VerkehrssicherheitsV sind bei der Projektierung und beim Bau von Strassen die im Anhang zur Verordnung aufgeführten Richtlinien und Normalien hinsichtlich der Bedürfnisse der Behinderten und Betagten zu berücksichtigen. Anhang 2 VerkehrssicherheitsV verweist auf die Norm SN 521 500/ Behindertengerechtes Bauen, Ausgabe 1988.
Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass diese Norm aufgrund der Verweisung Bestandteil der Verordnung bilde; sie gelte allerdings nicht absolut, sondern als Richtlinie bzw. Normalie. Von Richtlinien bzw. Normalien dürfe gemäss § 360 Abs. 3 des Zürcher Planungs- und Baugesetzes vom 7. September 1975 (PBG) "aus wichtigen Gründen" abgewichen werden. Wichtige Gründe könnten zum Beispiel neuere technische Entwicklungen sein, mit welchen die Ziele der betreffenden Norm ebenso gut oder gar noch besser erfüllt werden. Abzuweichen sei ferner, wenn die Anwendung der Norm im Einzelfall unverhältnismässig wäre; in Betracht fielen auch besondere örtliche Verhältnisse. Dagegen erlaube der blosse Hinweis auf das Ermessen der projektierenden Behörde kein Abweichen von Richtlinien und Normalien. Im Lichte der massgebenden Rechtsgrundsätze beim Strassenbau bestehe bei technischen Normen entgegen der Auffassung der Stadt Zürich keine kommunale Autonomie. Soweit es um behindertengerechtes Bauen gehe, erscheine vielmehr die Beachtung eines einheitlichen Massstabs als sachgerecht.
2.2 Die Beschwerdegegnerin teilt diese Auffassung. Sehbehinderte und Blinde seien in besonderem Masse auf eine einheitliche Gestaltung des Strassenraumes angewiesen, um die ertastbaren Elemente richtig zu deuten, sich nicht in Gefahr zu begeben und sich orientieren zu können. Der Stadt stehe daher in diesem Bereich keine qualifizierte Entscheidungs- oder Ermessensfreiheit zu.
2.3 Die Stadt Zürich ist dagegen der Auffassung, dass § 360 Abs. 3 PBG keine Anwendung finde, weil bezüglich der Ausgestaltung von Strassen § 14 StrassG als lex specialis gelte. Die projektierende Behörde müsse eine Interessenabwägung vornehmen und dabei die Interessen der behinderten Menschen angemessen berücksichtigen; hierbei stehe ihr angesichts der konkret zu berücksichtigenden Verhältnisse ein erhebliches Ermessen zu.
Allerdings legt die Stadt Zürich nicht dar, weshalb die Auslegung des Verwaltungsgerichts, wonach § 360 PBG auch auf Richtlinien und Normalien im Bereich des Strassenbaus Anwendung findet, willkürlich sein soll. Der blosse Hinweis auf § 14 StrassG genügt hierfür nicht. Auf die diesbezügliche Rüge ist daher bereits mangels genügender Begründung nicht einzutreten (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>).
2.4 Dennoch ist mit der Stadt Zürich davon auszugehen, dass ihr ein gewisser Spielraum bei der Anwendung von Richtlinien und Normalien auf die konkreten örtlichen Verhältnisse bzw. bei der Auslegung des unbestimmten Rechtsbegriffs der "wichtigen Gründe" i.S.v. § 360 Abs. 3 PBG verbleibt, der nach der bundesgerichtlichen Praxis genügt, um Gemeindeautonomie zu bejahen. Das Fehlen einer qualifizierten Ermessens- oder Entscheidungsfreiheit (im Sinne eines von den kantonalen Aufsichts- und Rechtsmittelbehörden nicht voll überprüfbaren Ermessens- oder Beurteilungsspielraums) schliesst Gemeindeautonomie nicht aus, sondern bedeutet lediglich, dass die Gemeinde keine Überschreitung der verwaltungsgerichtlichen Prüfungsbefugnis geltend machen kann. Dagegen kann sie rügen, das Verwaltungsgericht habe die massgeblichen kantonalen Normen willkürlich ausgelegt und angewandt und aus diesem Grund die Gemeindeautonomie verletzt (vgl. Urteile 1C_326/2008 vom 29. Oktober 2008 E. 2.3; 1P.26/1995 vom 5. Dezember 1995, in: ZBl 98/1997 S. 260; RDAF 1998 I S. 444, E. 3c).
3. Die Stadt Zürich will die geplanten Trottoirüberfahrten entsprechend ihrer bisherigen Praxis gestalten. Das Trottoir soll als Band parallel zur vortrittsberechtigten Strasse (Seefeldstrasse) erhöht erstellt werden. Die Fahrbahn der vortrittsbelasteten Strasse (Hornegg- bzw. Badstrasse) wird senkrecht zur Fahrtrichtung durch einen zweireihigen, ca. 25 cm breiten Fries begrenzt, welcher in der Flucht des hinteren Trottoirrandes liegt. Dabei kommt der Fries 1 cm tiefer zu liegen als der Belag. Die Anrampung der vortrittsbelasteten Strasse erfolgt einige Meter vor der eigentlichen Trottoirüberfahrt. Die Belagsstruktur auf dem Trottoir soll im Bereich der Trottoirüberfahrt nicht verändert werden.
Die schematische Darstellung der geplanten Trottoirüberfahrten sieht gemäss Plänen der Stadt wie folgt aus (Beschwerdeschrift Beilage 3):
Dagegen verlangt die Beschwerdegegnerin und, ihr folgend, das Verwaltungsgericht, die Trottoirüberfahrten seien durch einen Absatz von 3 cm (oder einen schrägen Randabschluss von mind. 4 cm Höhe) taktil erfassbar von der Fahrbahn zu trennen und durch eine Änderung der Belagsstruktur taktil fassbar auszugestalten.
4. Das Verwaltungsgericht hielt fest, dass die Norm SN 521 500 eine klare Trennung von Fussgänger- und Fahrbereich verlange: Fussgängerbereiche sollen überall durch einen ununterbrochenen Absatz von mindestens 3 cm Höhe vom Fahrbereich getrennt werden (Ziff. 20.02). Zu beachten seien ferner die Richtlinien der Verkehrstechnischen Abteilung der Kantonspolizei Zürich vom 23. März 1994 zum Begriff der Trottoirüberfahrten (VTA 5.011), wonach der rückwärtige Abschluss des Trottoirs baulich auszugestalten und die Rampe etwa in der Flucht des hinteren Trottoirrandes zu führen sei (Ziff. 4 und Ziff. 6 Abbildung 4 und Ziff. 7 Abbildung 7 e contrario). Für die von diesen Grundsätzen abweichende Projektierung der Stadt Zürich seien keine stichhaltigen Gründe ersichtlich. Allein die taktile Erfassung der Trottoirüberfahrt gewährleiste die Sicherheit von Blinden im Strassenverkehr. Eine möglichst einheitliche und normaliengerechte Ausgestaltung von Trottoirüberfahrten dürfte die Vertrautheit von Blinden fördern, während die von der Stadt Zürich projektierte Form zu Missverständnissen Anlass gebe.
Dass Autos ein 3 cm hohes Trottoir touchieren könnten, erscheine aufgrund der Erfahrungen mit Verkehrsberuhigungsmassnahmen durch Schwellen unwahrscheinlich. Im Übrigen handle es sich bei der Hornegg- und Badstrasse um kurze Querstrassen mit einem geringen Verkehrsaufkommen; die Fahrzeuglenker müssten bei der Einfahrt in die Seefeld- oder Ida-Bindschedler-Strasse ohnehin abbremsen; insofern bestehe für Verkehrsberuhigungsmassnahmen und insbesondere eine Rückversetzung der Anrampung kein Anlass. Aufgrund der alltäglichen Erfahrung sei auch nicht nachvollziehbar, dass ein normgerechter Ausbau der Trottoirüberfahrt für die Fussgänger eine Stolpergefahr bedeute. Ein Vertikalabschluss von 3 cm stelle auch für einen Rollstuhlfahrer kein wesentliches Hindernis dar; im Übrigen komme an Stelle eines Absatzes auch ein Schrägabschluss in Betracht.
4.1 Die Stadt Zürich rügt zunächst eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>), weil das Verwaltungsgericht nicht begründet habe, weshalb die von der Stadt projektieren Trottoirüberfahrten nicht taktil erfassbar seien.
Entscheidend für das Verwaltungsgericht war jedoch nicht die fehlende taktile Erfassbarkeit des von der Stadt vorgeschlagenen Natursteinfrieses, sondern die Tatsache, dass keine wichtigen Gründe für die Abweichung von der Norm SN 521 500 vorliegen, und eine möglichst einheitliche und normaliengerechte Ausführung die Vertrautheit von Blinden fördere, während die von der Stadt Zürich projektierte Form zu Missverständnissen Anlass gebe. Bei dieser Begründung bedurfte es keiner näheren Auseinandersetzung mit der taktilen Erfassbarkeit des Natursteinfrieses.
4.2 Die Stadt Zürich ist der Auffassung, dass die von ihr geplanten Trottoirauffahrten sämtlichen Anliegen besser Rechnung tragen als die vom Verwaltungsgericht angeordneten; die gegenteilige Auffassung des Verwaltungsgerichts sei willkürlich und verletze das Verhältnismässigkeitsgebot.
Der zweireihige, ca. 25 cm breite Natursteinfries, der am Rand um ca. 1 cm überbaut werde, sei eine nicht nur optisch, sondern auch taktil erfassbare Trennung zwischen Trottoir und Fahrbahn. Dagegen sei ein Absatz von 3 cm eine Stolpergefahr und ein Hindernis für Rollstuhlfahrer. Die Anrampung einige Meter vor der Trottoirüberfahrt erhöhe die Sicherheit der Fussgänger, weil die Fahrzeuge bereits einige Meter vor dem Trottoir abbremsen müssten. Gleichzeitig werde dadurch vermieden, dass Fahrzeuge mit tiefem Fahrzeugboden und langem Fahrgestell bei der Querung des Trottoirs aufsitzen. Die gegenteilige Auffassung des Verwaltungsgerichts greife in willkürlicher Weise in die der Stadt zukommenden Fachkompetenz ein, und übersehe, dass neben der Höhe des Absatzes (3 cm) auch der Niveauunterschied durch die Anrampung zu beachten sei. Schliesslich müsse im Falle des Einbaus eines zusätzlichen Absatzes von ca. 3 cm in der Trottoirüberfahrt allenfalls eine zusätzliche Entwässerungsanlage zur Ableitung des Oberflächenwassers eingebaut werden, was zusätzliche Kosten von ca. Fr. 4'000 bis Fr. 6'000 verursachen würde.
4.3 Die Beschwerdegegnerin weist darauf hin, dass die Norm SN 521 500 wie auch alle anderen einschlägigen Regelwerke festlegen, dass Fussgängerbereiche (zu denen auch Trottoirüberfahrten gehören) mit einem Absatz von mindestens 3 cm von der Fahrbahn getrennt werden müssen; alternativ werde ein schräger Randabschluss von mindestens 4 cm Höhe zugelassen (Schweizerische Fachstelle für behindertengerechtes Bauen, Richtlinie "Behindertengerechte Fusswegnetze: Strassen - Wege - Plätze", Ziff. 1.6.3, 1.6.4 und 2.5.2; Schweizerische Fachstelle für behindertengerechtes Bauen, Merkblatt 16/07 Stand Juli 2007 "Randabschlüsse, Trennung von Fussgängerbereich und Fahrbahn"). Ein weniger hoher Absatz sei für Blinde und Sehbehinderte nicht klar ertastbar. Die Beschwerdegegnerin verweist hierfür auf den 20-seitigen Testbericht der Schweizerischen Fachstelle für behindertengerechtes Bauen "Trottoir und Randabschlüsse" vom Januar 2003. Die Auffassung der Stadt Zürich, dass ein Belagsüberbau von 1 cm eine taktil erfassbare Abgrenzung darstelle, treffe nicht zu und widerspreche allen einschlägigen Erfahrungen und Normen.
Im Übrigen genüge es nicht, dass Blinde eine Veränderung taktil erfassen können; sie müssten diese auch richtig interpretieren können. Taktil-visuelle Markierungen, die u.U. zwar ertastbar, aber nicht richtig interpretierbar seien, dürften daher nicht an Stelle von ertastbaren Randabschlüssen zur Trennung von Fussgängerbereich und Fahrbahn eingesetzt werden (Ziff. 6 der VSS Norm SN 640 852 "Markierungen, Taktil-visuelle Markierungen für blinde und sehbehinderte Fussgänger").
4.4 Die Norm SN 521 500 verlangt eine Trennung von Fussgängerbereich und Fahrbereich durch einen ununterbrochenen Absatz von mind. 3 cm Höhe. Von dieser Norm darf gemäss § 360 Abs. 3 PBG nur aus "wichtigen Gründen" abgewichen werden.
4.4.1 Dies ist namentlich der Fall, wenn neuere technische Entwicklungen eine Lösung ermöglichen, mit welchen die Ziele der betreffenden Norm ebenso gut oder gar noch besser erfüllt werden. Dies ist jedoch vorliegend nicht der Fall: Der von der Stadt Zürich vorgeschlagene Fries zur Abtrennung von Fahr- und Fussgängerbereich ist aufgrund seiner geringen Tiefe von nur 1 cm jedenfalls nicht besser taktil erfassbar als ein Absatz von mindestens 3 cm Höhe. Hinzu kommt, dass eine von der Norm abweichende Trennung (Fries statt Absatz) für blinde und sehbehinderte Personen nicht eindeutig interpretierbar ist. Es liegt im Interesse dieser Personen, überall klare, eindeutige und einheitliche Abgrenzungen zwischen Fahr- und Fussgängerbereich zu haben; diesem Interesse wird mit einer normaliengerechten Ausgestaltung am Besten Rechnung getragen.
Die Ausführungen des Verwaltungsgerichts zur fehlenden Stolpergefahr lassen keine Willkür erkennen. Die Beschwerdegegnerin weist zutreffend darauf hin, dass die Interessen von Rollstuhlfahrern im Bereich der angehobenen Fahrbahn (Strassenbereich) nicht berücksichtigt werden müssen, da die Querung mit einem Rollstuhl oder Rollator auf der eigentlichen Trottoirüberfahrt erfolgen könne.
4.4.2 Eine Abweichung von Richtlinien und Normalien ist nach der Zürcher Praxis zu § 360 Abs. 3 PBG ferner zulässig, wenn die Anwendung der Norm im Einzelfall unverhältnismässig wäre (so auch Art. 11 f. des Bundesgesetzes vom 13. Dezember 2002 über die Beseitigung von Benachteiligungen von Menschen mit Behinderungen [Behindertengleichstellungsgesetz, BehiG; SR 151.3]). Die Stadt Zürich erwähnt in diesem Zusammenhang erstmals, dass "allenfalls" eine zusätzliche Entwässerungsanlage eingebaut werden müsse. Hierbei handelt es sich aber um ein unzulässiges Novum (<ref-law>); im Übrigen ist die Notwendigkeit einer solchen Entwässerungsanlage nicht substantiiert dargelegt worden.
4.4.3 Schliesslich macht die Stadt Zürich auch keine besonderen örtlichen Verhältnisse geltend, die eine Abweichung von der Norm rechtfertigen würden.
Das Verwaltungsgericht hat willkürfrei festgehalten, dass ein Touchieren von Fahrzeugen bei einem Absatz von nur 3 cm Höhe nicht zu erwarten sei.
Das Verwaltungsgericht hielt eine rückversetzte Anrampung zur Verkehrsberuhigung in der Hornegg- bzw. Badstrasse nicht für erforderlich. Es hat jedoch Verkehrsberuhigungsmassnahmen in diesen Strassen nicht ausgeschlossen, sofern ein genügender baulicher Abschluss des Trottoirs (in Form eines Absatzes oder eines Schrägabschlusses) gewährleistet ist. Auch insofern liegt keine Verletzung der Gemeindeautonomie vor.
4.4.4 Nach dem Gesagten durfte das Verwaltungsgericht ohne Willkür das Vorliegen "wichtiger Gründe" zur Abweichung von der Norm verneinen.
4.5 Das Verwaltungsgericht liess neben einem Absatz von mindestens 3 cm auch eine "in gleichwertiger Weise" taktil erfassbare Trennung zu. Wie sich aus den Erwägungen i.V.m. dem Beschwerdeantrag der Stiftung ergibt, ist damit ein schräger Randabschluss gemäss Ziff. 2.5.2 der Richtlinien "Behindertengerechte Fusswegnetze: Strassen - Wege - Plätze" gemeint, mit einer Höhendifferenz von mind. 4 cm und einem Neigungswinkel von mind. 14°.
Zwar ist ein solcher Schrägabschluss in der Norm SN 521 500 nicht vorgesehen. Da die Stiftung in ihrem Beschwerdeantrag einen Schrägabschluss jedoch ausdrücklich als einem Absatz gleichwertig anerkannt hatte, durfte das Verwaltungsgericht beide Möglichkeiten zulassen und damit der Stadt Zürich eine - wenn auch begrenzte - Auswahlmöglichkeit belassen. Dieses Vorgehen trägt der Gemeindeautonomie Rechnung und ist nicht zu beanstanden.
5. Die Stadt Zürich hält sodann die angeordnete taktile Ausgestaltung der Belagsstruktur im Bereich der Trottoirüberfahrt für autonomiever-letzend.
5.1 Sie rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil das Verwaltungsgericht diese Anordnung nicht begründet und sich mit den Einwänden der Stadt nicht befasst habe.
Das Verwaltungsgericht ist in diesem Punkt der Begründung der Stiftung gefolgt (vgl. Ziff. 21 und 22 der Beschwerdeschrift ans Verwaltungsgericht). Diese hatte unter Hinweis auf die Richtlinie "Behindertengerechte Fusswegnetze: Strassen - Wege - Plätze" (Ziff. 1.6.4 Trottoirüberfahrten) einen Belagswechsel des Trottoirs im Einmündungsbereich verlangt, um blinde und sehbehinderte Personen auf die erhöhte Gefahr aufmerksam zu machen und als Orientierungshilfe zu dienen.
Die Stadt Zürich hatte in ihrer Vernehmlassung vom 18. November 2008 (S. 8/9) im Wesentlichen nur auf das ihr bei der Trottoirgestaltung zustehende Ermessen hingewiesen und die Auffassung vertreten, eine Belagsänderung sei aus Sicherheitsgründen nicht erforderlich, weil Fussgänger auf dem Trottoirbereich vortrittsberechtigt seien.
Es ist jedoch offensichtlich, dass Fussgänger auf Trottoirüberfahrten trotz ihrer Vortrittsberechtigung einer höheren Gefahr ausgesetzt sind als an anderen Stellen des Trottoirs, an denen keine Fahrzeuge kreuzen. Unter diesen Umständen ist eine Verletzung des rechtlichen Gehörs bzw. der verfassungsrechtlichen Begründungspflicht zu verneinen.
5.2 Die Beschwerdeführerin ist der Auffassung, der Belagswechsel verletze das Strassenverkehrsrecht des Bundes, weil er dazu führe, dass das Trottoir nicht mehr als durchgehendes Trottoirband erkennbar sei. Dadurch entstehe Unsicherheit über die Vortrittsberechtigung der Fussgänger; dies gefährde die Verkehrssicherheit. Es handle sich um eine unzulässige Markierung i.S.v. Art. 72 Abs. 1 bis der Signalisationsverordnung vom 5. September 1979 (SSV; SR 741.21).
Eine Pflästerung der Trottoirüberfahrt wäre überdies doppelt so teuer wie ein konventioneller Belag und hätte einen erhöhen Unterhaltsbedarf zur Folge. Die damit verbundenen Zusatzkosten seien unverhältnismässig (Art. 11 und 12 BehiG). Eine Natursteinpflästerung widerspreche überdies der von der Stadt zusammen mit einer Vertreterin der Behindertenkonferenz Kanton Zürich (BKZ) erarbeiteten "Teilstrategie Behinderte, Betagte und Kinder" vom 17. November 2003 (Ziff. 4.1.5), weil dieser Belag die Fortbewegung von Rollstuhlfahrern und von Blinden mit weissem Stock erschwere.
5.3 Zunächst ist festzuhalten, dass das Verwaltungsgericht keine Pflästerung, sondern lediglich eine taktil erfassbare Belagsstruktur der Trottoirüberfahrten angeordnet hat. Die nähere Ausgestaltung derselben bleibt im Ermessen der Stadt.
In Betracht kommen insbesondere taktil-visuelle Markierungen für blinde und sehbehinderte Fussgänger gemäss VSS-Norm SN 640 852 , d.h. Leitlinien zur Führung, Abschlussfelder am Ende einer Leitlinie, Sicherheitslinien zur Abgrenzung eines Gefahrenbereichs und Aufmerksamkeitsfelder. Solche Markierungen sind nach Art. 72a SSV ausdrücklich zulässig.
Die Markierungen dürfen nicht den Eindruck erwecken, es handle sich um die Markierung einer Fahrbahn, sondern müssen das Trottoir weiterhin als durchgehendes Band erkennen lassen, um keine Unsicherheit über die Vortrittsberechtigung der Fussgänger zu schaffen. Die Beschwerdegegnerin hat hierfür eine mögliche Lösung vorgeschlagen (Merkblatt 17/09 "Trottoirüberfahrten - bauliche Anforderungen und Markierungen", Entwurf September 2009). Dieser Vorschlag ist aber nicht verbindlich. Die Stadt kann daher eine andere, in <ref-law> zugelassene, Markierung wählen, die den Anforderungen an Trottoirüberfahrten entspricht.
Die Beschwerdegegnerin legt unwidersprochen dar, dass die fraglichen Markierungen, wie konventionelle Strassenmarkierungen, maschinell angebracht werden können und keine erheblichen Kosten verursachen (ca. Fr. 50/Laufmeter). Insofern erweist sich die Anordnung auch als verhältnismässig.
6. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten zu erheben (<ref-law>). Die Stadt Zürich ist jedoch verpflichtet, die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Stadt Zürich hat die Stiftung zur Förderung einer behindertengerechten baulichen Umwelt für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. November 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber