Sachverhalt:
A.
Den Eheleuten A.X._ und B.X._, mit Hauptsteuerdomizil in L._/FR, wurden am 25. Februar 2011 berichtigte Veranlagungen für die Steuerperioden 1997/98 bis 2006 eröffnet. Die dagegen erhobene Einsprache hiess die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg mit Entscheid vom 3. Januar 2012 teilweise gut, indem sie in bestimmten Perioden zusätzliche Steuerabzüge gewährte.
B.
Am 6. Februar 2012 erhoben die Ehegatten X._ beim Kantonsgericht Freiburg, Steuergerichtshof, Beschwerde gegen den Einspracheentscheid und beantragten eine mündliche Verhandlung gemäss Art. 91 des Gesetzes des Kantons Freiburg vom 23. Mai 1991 über die Verwaltungsrechtspflege (VRG/FR; SGF 150.1).
Am 3. Mai 2013 nahm der Präsident des Steuergerichtshofes, Hugo Casanova, in seiner Funktion als Instruktionsrichter telefonisch Kontakt auf mit der damaligen Rechtsvertreterin des Ehepaares X._, der Q._ AG, und ersuchte um Terminvorschläge im Mai für die mündliche Verhandlung, die schliesslich mit Vorladung vom 16. Mai 2013 auf den 30. Mai 2013, 08.30 Uhr, angesetzt wurde.
Am 7. Mai 2013 hatte Fürsprecher Martin Häuselmann dem Kantonsgericht angezeigt, dass er neuer Vertreter der Beschwerdeführer sei. Am 28. Mai 2013 reichte er gegen den Präsidenten des Steuergerichtshofes ein schriftliches Ausstandsgesuch ein, das am 31. Mai 2013 beim Kantonsgericht eintraf.
Zu Beginn der mündlichen Verhandlung vom 30. Mai 2013 erneuerte der Rechtsvertreter das Ausstandsgesuch. Daraufhin konstituierte sich der Steuergerichtshof mit Richter Johannes Fröhlicher, der anstelle des abgelehnten Präsidenten den Vorsitz übernahm. In dieser Besetzung wies der Steuergerichtshof das Ausstandsgesuch ab, was mündlich bekannt gegeben wurde.
Danach wurde das Verfahren in der ordentlichen Besetzung mit Hugo Casanova als Vorsitzendem wieder aufgenommen, worauf der Rechtsvertreter den Ausstand der beiden anderen Mitglieder des Steuergerichtshofes (Richterin Anne-Sophie Peyraud und Richter Christian Pfammatter) verlangte, was der Steuergerichtshof ablehnte. Die Sitzung wurde weitergeführt und um 11.00 Uhr geschlossen.
Mit Urteil vom 3. Juni 2013 hiess der Steuergerichtshof die Beschwerde der Eheleute X._ teilweise gut, indem er einen Teil der geltend gemachten Unterhaltsbeiträge an den minderjährigen Sohn des Steuerpflichtigen und zusätzliche Liegenschaftsunterhaltskosten zum Abzug zuliess.
C.
Am 4. Juli 2013 haben A.X._ und B.X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Entscheid des Steuergerichtshofes vom 30. Mai 2013 (Verfahren 2C_617/2013) sowie gegen das Urteil vom 3. Juni 2013 betreffend die Kantonssteuer 1997/98 bis 2006 (2C_615/2013) und die direkte Bundessteuer derselben Perioden (2C_616/2013) eingereicht.
Die Vorinstanz sowie die Kantonale und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Mit Replik vom 7. Oktober 2013 halten die Beschwerdeführer an ihren Rechtsbegehren fest.

Erwägungen:
I. Vereinigung der Verfahren
1.
1.1. Soweit sich die Beschwerde gegen das Urteil vom 3. Juni 2013 richtet, betrifft sie dieselben Parteien und wirft identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren 2C_615/2013 und 2C_616/2013 zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2. Die Beschwerdeführer beantragen, nach <ref-law> i.V.m. Art. 6 des Bundesgesetzes vom 4. Dezember 1947 über den Zivilprozess (SR 273; BZP) die Verfahren 2C_615/2013 und 2C_616/2013 zu sistieren, bis das Bundesgericht über den Ausstand des Präsidenten des Steuergerichtshofes (Verfahren 2C_617/2013) entschieden habe.
Gemäss <ref-law> ist gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über Ausstandsbegehren die Beschwerde an das Bundesgericht zulässig. Als selbständig eröffnet gilt ein Zwischenentscheid nur, wenn er vor dem Endentscheid eröffnet wird (Alfred Kölz/Isabelle Häner/Martin Bertschi, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 3. Aufl. 2013, S. 493).
Der Zwischenentscheid des Steuergerichtshofes vom 30. Mai 2013 ist - nach mündlicher Bekanntgabe, unter Hinweis auf die spätere und begründete schriftliche Eröffnung - gleichzeitig mit dem Endentscheid den Parteien am 3. Juni 2013 versandt und vom Rechtsvertreter der Beschwerdeführer am 4. Juni 2013 entgegengenommen worden. Damit handelt es sich um einen nicht selbständig eröffneten Zwischenentscheid, der dem Empfänger zeitgleich mit dem Endentscheid zugeht, ein Teil von diesem bildet und nur mit ihm zusammen angefochten werden kann (vgl. <ref-law>; siehe dazu auch Felix Uhlmann, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, Art. 92 Rz 5; Thomas Geiser/Felix Uhlmann, in: Geiser/Münch/Uhlmann/Gelzer, Prozessieren vor Bundesgericht, 3. Aufl. 2011, N. 1.131 sowie den Hinweis im Urteil 1C_282/2008 vom 7. April 2009 E. 2.3).
Der Zwischen- und der Endentscheid stellen hier trotz der unterschiedlichen Besetzung der Richterbank hinsichtlich des Vorsitzenden ein einheitliches Anfechtungsobjekt dar. Deshalb ist das Verfahren 2C_617/2013 mit den beiden anderen zu vereinigen und in demselben Urteil zu erledigen.
1.3. Die Übereinstimmung in Sachen Anfechtungsobjekt sowie hinsichtlich der Parteien und der zu beurteilenden Rechtsfragen lassen es schliesslich nicht als angezeigt erscheinen, die Verfahren hinsichtlich der Veranlagungen für die Steuerperioden 1999/2000 bis 2006 bis zur rechtskräftigen Veranlagung der jeweils unmittelbar vorangegangenen Steuerperiode zu sistieren.
II. Eintretensvoraussetzungen
2.
2.1. Die Beschwerde richtet sich gegen einen (Zwischen- und End-) Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde an das Bundesgericht weitergezogen werden kann. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist grundsätzlich zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 BGG i.V.m. Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Mit Ausnahme der folgenden Punkte kann auf sie eingetreten werden.
2.2. Soweit die Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK rügen, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, weil Art. 6 EMRK auf das vorliegende Steuerverfahren keine Anwendung findet (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 146; Urteile 2C_1267/2012 vom 1. Juli 2013 E. 4.3 und 2C_455/2011/2C_456/2011 vom 5. April 2012 E. 4.2).
2.3. Die Beschwerdeschrift hat gemäss <ref-law> die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist dabei in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird (vgl. u.a. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Eine diesen Anforderungen genügende Begründung ist vorliegend in mehreren Punkten nicht zu erkennen. Soweit eine hinreichende Begründung fehlt, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Das gilt u.a. dort, wo die Beschwerdeführer rügen, dass die Vorinstanz die Liegenschaften unzutreffend als Geschäfts- und nicht als Privatvermögen qualifiziert habe. Inwiefern diese Qualifikation gegen Bundesrecht verstossen sollte, legen sie aber nicht dar, sodass auf die Rüge nicht einzutreten ist. Weiter sind die Vorbringen der Beschwerdeführer hinsichtlich einer Hypothekarschuld in der Höhe von Fr. 500'000.--, die doppelt berücksichtigt worden sei, derart unklar, wenn nicht sogar widersprüchlich, dass darauf mangels genügender Begründung ebenfalls nicht eingetreten werden kann.
2.4. Die Beschwerdeführer rügen des Weiteren sinngemäss, bestimmte Wertschriften seien vermögenssteuerlich doppelt im Privat- und im Geschäftsvermögen erfasst worden, was sie mit einer vor Bundesgericht nachgereichten Bilanz per 31. Dezember 1986 zu belegen versuchen. Diese Nachreichung ist jedoch neu und daher unzulässig (<ref-law>). Zudem ist weder substantiiert noch ersichtlich (vgl. oben E. 2.3), inwiefern eine Bilanzierung per Ende 1986 für die hier zu beurteilenden Steuerperioden aussagekräftig sein könnte.
III. Verfassungsrechtliche Rügen
3.
Die Beschwerdeführer lehnen den Präsidenten des Steuergerichtshofes, Richter Hugo Casanova, als befangen ab.
3.1. Die Ausstandsbestimmungen (insbesondere <ref-law>) sollen gewährleisten, dass der Prozessausgang als offen erscheint (<ref-ruling> E. 6.2 S. 6). Der abgelehnte Richter muss nicht tatsächlich befangen sein; der Anschein der Befangenheit genügt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 3; <ref-ruling> E. 3.1 S. 210; <ref-ruling> E. 2.1 S. 240; je mit Hinweisen). Anschein der Befangenheit besteht, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtungsweise geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters zu erwecken. Solche Umstände können namentlich in einem bestimmten Verhalten des Richters begründet sein. Auf das bloss subjektive Empfinden einer Partei kann bei der Beurteilung nicht abgestellt werden. Das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen.
Verfahrensmassnahmen eines Richters als solche, seien sie richtig oder falsch, vermögen im Allgemeinen keinen objektiven Verdacht der Befangenheit des Richters zu erregen, der sie verfügt hat (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 158 mit Hinweis). Dasselbe gilt für einen allenfalls materiell falschen Entscheid (<ref-ruling> E. 3b S. 404; Urteil 5A_374/2012 vom 16. August 2012 E. 2.1).
3.2. Die Beschwerdeführer vertreten die Auffassung, ein Anschein der Befangenheit ergebe sich namentlich aus der ihrer Ansicht nach zu kurzen Frist, mit welcher der Präsident des Steuergerichtshofes (als Instruktionsrichter) zur mündlichen Verhandlung eingeladen habe.
Die Beschwerdeführer hatten jedoch trotz zweimaliger Aufforderung (am 3. Mai 2013 telefonisch und am 8. Mai 2013 schriftlich) keine ihnen passende Termine im Mai genannt, es sei denn eben diesen 30. Mai. Zudem hatte der neu mandatierte Rechtsvertreter mit Schreiben vom 15. Mai 2013 insbesondere jegliche Abendtermine ab 18.00 oder 19.00 Uhr mit der Begründung zurückgewiesen, dass diese ausserhalb seiner Geschäftszeiten lägen. Unter den gegebenen Umständen ist nicht zu beanstanden, dass der Präsident mit Verfügung vom 16. Mai 2013 jenes Datum als Sitzungstermin auswählte, das als einzig mögliches angegeben worden war. Es ist weiter nicht ersichtlich, wie die sich daraus ergebende 14-tägige Vorladungsfrist Art. 33 Abs. 1 VRG/FR verletzen könnte, der für Vorladungen eine minimale Frist von 10 Tagen statuiert.
Schliesslich beliess die Frist dem neuen Rechtsvertreter genügend Zeit, um sich für die Sitzung vorzubereiten. Die Beschwerdeführer hatten Fürsprecher Martin Häuselmann gemäss dessen Angaben bereits am 6. Mai 2013 mandatiert, d.h. zu einem Zeitpunkt, als sie vom Präsidenten bereits telefonisch aufgefordert worden waren, Termine im Mai für die mündliche Verhandlung zu nennen. Eine mehr als dreiwöchige Vorbereitungszeit muss als ausreichend erachtet werden. Wenn dem neu beauftragten Rechtsvertreter eine solche Zeitspanne als unzureichend erschienen wäre, hätte er das Mandat - angesichts der ihm damals bereits bekannten zeitlichen Dringlichkeit des Verfahrens - nicht übernehmen dürfen.
Die hier massgebliche Vorladungsfrist vermag somit unter keinem Gesichtspunkt einen Anschein der Befangenheit zu erwecken. Genauso wenig ist erkennbar, wie die Frist gegen das Willkürverbot (<ref-law>) verstossen oder einen anderen verfassungsmässigen Anspruch der Beschwerdeführer verletzt hätte.
3.3. Ein Anschein der Befangenheit ergibt sich auch nicht daraus, dass der Präsident die Sitzung auf den 30. Mai 2013, d.h. einen hohen katholischen Feiertag (nämlich Fronleichnam) angesetzt hat. Ein solches Vorgehen wäre zwar unter normalen Umständen unüblich, war aber im vorliegenden Fall schon deswegen gerechtfertigt, weil der genannte Termin vom Rechtsvertreter der Beschwerdeführer als im ganzen Monat einzig passender Tag angegeben worden war.
Es ist auch nicht erkennbar oder dargetan, inwiefern die Vorladung die in <ref-law> gewährleistete Glaubens- und Gewissensfreiheit der Beschwerdeführer verletzt hätte. Fronleichnam gilt gemeinhin als Inbegriff römisch-katholischer Frömmigkeit. Gemäss ihren Steuererklärungen der streitbetroffenen Perioden 1997/98 bis 2006 sind die Beschwerdeführer aber reformiert. Unter den gegebenen Umständen hätten sie konkret und substantiiert darlegen müssen, warum die anberaumte Sitzung unter dem Gesichtspunkt von <ref-law> hätte verschoben werden müssen. Eine solche Substantiierung ist indessen unterblieben (vgl. dazu auch oben E. 2.3). Hinzu kommt, dass der Steuergerichtshof in der Vorladung vom 16. Mai 2013 darauf hinwies, dass die Anwesenheit der Parteien nicht notwendig sei. Es ist nicht ersichtlich und wird von den Beschwerdeführern nicht geltend gemacht, dass ihre persönliche Teilnahme an der Sitzung des Kantonsgerichts für sie einen Vorteil gebracht hätte.
3.4. Einen Anschein der Befangenheit erblicken die Beschwerdeführer weiter darin, dass der Präsident bei der Suche nach einem Sitzungstermin am 22. Mai 2013 zum Ausdruck gebracht habe, das Urteil noch im Monat Mai fällen zu wollen.
Mit seiner Äusserung hat sich der Präsident jedoch weder tatsächlich noch rechtlich in irgendeiner Weise festgelegt. Nichts deutet darauf hin, dass er sich bereits vor der öffentlichen Verhandlung ein definitives Urteil gebildet hätte oder die Streitsache gar nicht mehr hätte prüfen, sondern "kurzen Prozess machen" wollen (vgl. dazu u.a. BGE <ref-ruling> E. 2.2 S. 241 und E. 2.6 S. 247). Ebenso wenig ist ersichtlich, dass in Zusammenhang mit der genannten Äusserung eine offensichtlich unzutreffende Ermittlung des Sachverhalts (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG) vorliegen würde.
3.5. Dass der Präsident bestrebt war, die Streitsache beförderlich zu behandeln, um die Erledigung des Verfahrens durch Verjährung zu vermeiden, begründet ebenso wenig einen Ausstandsgrund. Der Präsident hätte sich im Gegenteil dem Vorwurf der Befangenheit zugunsten der Beschwerdeführer aussetzen können, wenn er die von den Steuerbehörden aufgeworfene Verjährungsproblematik nicht ernst genommen hätte (im gleichen Sinne u.a. das Urteil 1B_60/2007 vom 21. September 2007 E. 4.5).
3.6. Eine Vorbefassung oder Befangenheit kann schliesslich auch nicht daraus abgeleitet werden, dass der Instruktionsrichter Casanova sein Referat vor der Sitzung verfasst hat.
Eine solche Vorgehensweise ist für die Arbeitsweise von Gerichten üblich (vgl. für das Kantonsgericht Freiburg Art. 86 ff. VRG/FR). Zudem drängte sie sich hier angesichts der umfangreichen Steuer- und Verfahrensakten geradezu auf. Daraus ergibt sich von vornherein kein objektiv begründeter Anschein der Befangenheit. Dasselbe gilt für den Umstand, dass das Kantonsgericht, ausgehend vom genannten Referat und unter Berücksichtigung der sich aus der Sitzung ergebenden Anpassungen, das endgültige Urteil den Parteien bereits vier Kalendertage nach der mündlichen Verhandlung hat zukommen lassen.
3.7. Nach dem Gesagten ist keines der Vorbringen der Beschwerdeführer geeignet, objektiv begründete Zweifel an der Unparteilichkeit des Präsidenten des Steuergerichtshofes zu wecken.
4.
Gemäss Art. 24 Abs. 2 Satz 1 VRG/FR entscheidet eine Kollegialbehörde über ein Ausstandsgesuch unter Ausschluss des betroffenen Mitglieds (vgl. auch <ref-law> und <ref-law>). Die Beschwerdeführer meinen aber, es müsse befürchtet werden, dass Präsident Casanova bei der Behandlung des gegen ihn gerichteten Ausstandsgesuchs durch das Dreier-Gremium zugegen gewesen sei.
Dafür bestehen allerdings keinerlei Anhaltspunkte. Die Vermutung wird durch die Vorinstanz glaubhaft entkräftet (vgl. im gleichen Sinne auch die getrennten Vernehmlassungen von Richter Fröhlicher und Präsident Casanova). Die Beschwerdeführer geben selbst an, dass ihre beiden Vertreter, die an der Sitzung teilnahmen, nicht wissen, wo sich Hugo Casanova während der Behandlung des Ausstandsgesuchs aufgehalten habe. Es besteht keine Veranlassung, am korrekten Verfahrensablauf bzw. am Ausschluss des Präsidenten zu zweifeln.
5.
Die Beschwerdeführer rügen, dass auch die beiden anderen Mitglieder des Steuergerichtshofes, Richterin Anne-Sophie Peyraud und Richter Christian Pfammatter, in den Ausstand hätten treten müssen. Diese Ablehnung wird in der Substanz damit begründet, dass die beiden anderen Mitglieder des Steuergerichtshofs des Kantonsgerichts beim Entscheid über das Ausstandsgesuch betreffend den Präsidenten, Hugo Casanova, nicht im Sinne der Beschwerdeführer entschieden hatten. Dieser Umstand allein genügt indes nicht, um einen Anschein der Befangenheit zu wecken (vgl. <ref-ruling> E. 1c S. 304; siehe auch die Urteile 5A_374/2012 vom 16. August 2012 E. 2.1 und 2C_466/2010 vom 25. Oktober 2010 E. 2.3.1). Genauso wenig ist eine parteiliche Vorbefassung dadurch erfolgt, dass die beiden Richter sich aufgrund der Akten mit dem Ausstandsgesuch gegen den Gerichtspräsidenten Casanova befasst hätten, bevor der dritte Richter, Johannes Fröhlicher, im Sitzungssaal eingetroffen war. Es ist nicht erkennbar, was an dieser Vorgehensweise ungewöhnlich oder sogar unstatthaft sein sollte. Insbesondere ist in keiner Weise dargetan, dass dem dritten Richter nach seinem Eintreffen nicht die ihm nötig scheinende Zeit zugebilligt worden wäre, um sich sein eigenes Urteil zu bilden.
Das Ausstandsbegehren gegen die Richterin Anne-Sophie Peyraud und gegen den Richter Christian Pfammatter erwies sich somit als von vornherein unzulässig, beruhte es doch darauf, dass die besagten Richter einzig wegen ihrer Mitwirkung in einem vorherigen Verfahren betreffend die Gesuchsteller als befangen abgelehnt wurden. Unter den gegebenen Umständen ist nicht zu beanstanden, dass die beiden am Entscheid über das sie selbst betreffende Ausstandsgesuch mitgewirkt haben (vgl. dazu u.a. die Urteile 2C_305/2011 vom 22. August 2011 E. 2.6, 2C_8/2007 vom 27. September 2007 E. 2.4 und 2D_11/2009 vom 14. April 2009 E. 2).
6.
Im Sinne eines Verstosses gegen den Anspruch auf rechtliches Gehör gemäss <ref-law> beanstanden die Beschwerdeführer weiter, dass die mündliche Verhandlung auf das Plädoyer beschränkt worden sei.
Dem Sitzungsprotokoll des Kantonsgerichts zur mündlichen Verhandlung ist allerdings zu entnehmen, dass sich die Beschwerdeführer geweigert haben, vor dem - von ihnen zu Unrecht als befangen abgelehnten - Gericht ihren Parteivortrag zu halten. Damit haben sie auf die Ausübung allfälliger weiterer Parteirechte (wie die Beweisabnahme anlässlich der Verhandlung) verzichtet. Sollten die Beschwerdeführer den Eindruck gewonnen haben, dass die Abhaltung der Sitzung zu einer Alibiübung verkommen sei, so hätten sie sich dies selber zuzuschreiben.
IV. Materiell-rechtliche Rügen
7.
7.1. Die Beschwerdeführer möchten in der für die Steuerperiode 1997/98 massgeblichen Anfangsbilanz per 1.1.1995 nachträglich mittels Bilanzberichtigung aus einem Umbau der Praxisliegenschaft Kosten vom Oktober 1994 als wertvermehrend aktivieren, ebenso ein vor 1995 angeschafftes Mikroskop.
Das Kantonsgericht hat dazu erwogen, dass die geltend gemachten Kosten unzureichend belegt sind, was die Beschwerdeführer nicht zu entkräften vermögen. Zudem halten sie lediglich lapidar fest, dass die Bilanzberichtigung "im bisherigen Verfahren geltend gemacht" worden sei, ohne sich zur Eventualbegründung des Kantonsgerichts zu äussern, wonach die Berichtigung der Anfangsbilanz per 1.1.1995 erstmals im Beschwerdeverfahren vor Kantonsgericht vorgetragen worden ist, weshalb dieses auf das neue Begehren nicht hat eintreten können.
7.2. Hinsichtlich der Steuerperiode 1997/98 bestreiten die Beschwerdeführer im Umfang von Fr. 60'000.-- pro Jahr die Aufrechnung einer Eigenmiete im Einkommen für eine Liegenschaft in N._/BE.
Das Vorbringen beruht auf unzutreffenden Tatsachen. Das vor Bundesgericht eingereichte, dieser Sachdarstellung entsprechende Einlageblatt 5.5 betreffend die genannte Liegenschaft befindet sich nämlich nicht in den Steuerakten. In der aktenkundigen berichtigten Veranlagungsanzeige vom 25. Februar 2011 für die Steuerperiode 1997/98 werden als Erträge aus unbeweglichem Vermögen lediglich der Eigenmietwert des Eigenheims in L._/FR sowie Mieterträge von Fr. 19'615.-- (Bemessungsjahr 1995) bzw. Fr. 6'175.-- (1996) aufgeführt, die gemäss einem bei den Steuerakten liegendem Einlageblatt 5.5 einer Liegenschaft in M._/BE zuzuordnen sind. Eine doppelte Erfassung des Eigenmietwerts aus der Liegenschaft in N._/BE liegt somit nicht vor.
7.3. Was die Unterhaltsbeiträge an den Sohn des Beschwerdeführers betrifft, so hat die Vorinstanz Zahlungen von Fr. 42'000.-- (2004), Fr. 121'000.-- (2005) und Fr. 110'000.-- (2006) zum Abzug zugelassen. Die Beschwerdeführer machen auch für vorangegangene Steuerperioden Unterhaltsbeiträge geltend. Als Beweis dienen soll eine entsprechende, nachträglich erstellte Bestätigung der Mutter des Kindes, wonach der Beschwerdeführer während Jahren jeweils eine Summe von Fr. 180'000.-- an den Unterhalt des Kindes bezahlt habe.
In einem Strafverfahren liess sich der Vorwurf, die Bestätigung der Mutter sei wahrheitswidrig, nicht zweifelsfrei erhärten. Der gescheiterte Beweis der Unwahrheit einer Urkunde stellt allerdings keinen Beweis für deren Richtigkeit dar. Diese ist von der Vorinstanz denn auch zu Recht in Zweifel gezogen worden. Die Mutter des Kindes musste sich die genannten, zwischen 2004 und 2006 zum Abzug zugelassenen Unterhaltszahlungen jeweils rechtlich erstreiten und den Beschwerdeführer dafür betreiben. Schon das lässt an vermeintlich weitergehenden und freiwilligen früheren Unterhaltszahlungen zweifeln. Solche Zahlungen wurden von den Beschwerdeführern in den Steuererklärungen 1997/98 und 1999/2000 auch nicht deklariert, sondern erstmals im späteren Verfahren geltend gemacht, ohne dann aber irgendwie tauglich belegt zu werden (z.B. durch Bankbelege hinsichtlich der angeblich geleisteten Überweisungen). Wenn in der Steuerperiode 1995/96 Unterhaltsbeiträge zum Abzug zugelassen worden sind, hat das im Übrigen für die vorliegend strittigen Steuerperioden ab 1997/98 keine Bedeutung.
7.4. Der Eigenmietwert wurde auf die Steuerperiode 2001 hin von zuvor gesamthaft jährlich Fr. 14'490.-- auf Fr. 31'876.-- erhöht. Die Beschwerdeführer legen in keiner Weise dar, dass der erhöhte Eigenmietwert übersetzt wäre für den Fall, dass nur die von ihnen tatsächlich genutzten Räume besteuert würden, unter Berücksichtigung eines grösseren Einschlages von der Hälfte oder von zwei Dritteln für die nicht beheizten Räume. Die Schlussfolgerung der Vorinstanz, dass der Eigenmietwert für die drei Liegenschaften im Ergebnis als eher günstig erscheine, ist unter diesen Umständen nicht zu beanstanden.
Hinsichtlich des Steuerwerts der Liegenschaften machen die Beschwerdeführer geltend, dass nicht auf den Kaufpreis von Fr. 2.8 Mio. aus dem Jahr 1989 abgestellt werden dürfe. Die Steuerverwaltung hat allerdings gar nicht auf den historischen Kaufpreis abgestellt, sondern den Steuerwert auf die Steuerperiode 2001 hin von zuvor Fr. 1'134'000.-- auf Fr. 1'250'000.-- erhöht. Die Beschwerdeführer legen nicht dar, inwiefern ein solcher Wert übersetzt sein sollte.
7.5. Die materiell-rechtlichen Vorbringen erweisen sich damit als nicht stichhaltig, soweit auf sie überhaupt eingetreten werden kann.
V. Verfahrenskosten und Parteientschädigung
8.
Nach dem Gesagten unterliegen die Beschwerdeführer mit ihren Rechtsbegehren, soweit darauf überhaupt einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens vollumfänglich ihnen aufzuerlegen, unter solidarischer Haftung (<ref-law>). Dem Kanton Freiburg, der in seinem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_615/2013, 2C_616/2013 und 2C_617/2013 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird hinsichtlich des Ausstandsbegehrens gegen den Präsidenten des Steuergerichtshofes (Verfahren 2C_617/2013) abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird hinsichtlich der Kantonssteuer (Verfahren 2C_615/2013) abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird hinsichtlich der direkten Bundessteuer (Verfahren 2C_616/2013) abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
5.
Die Gerichtskosten von Fr. 25'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt, unter solidarischer Haftung.
6.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Kantonsgericht des Kantons Freiburg, Steuergerichtshof, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Dezember 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter