Fatti:
A. Con decreto legislativo del 6 novembre 2001 il Gran Consiglio del Cantone Ticino ha approvato il progetto della C._SA per la costruzione di un impianto di innevamento programmato a X._ e, quale aiuto cantonale agli investimenti nelle regioni montane, le ha accordato "un sussidio massimo di fr. 530'000.--, pari al 24,9 % della spesa computabile preventivata di fr. 2'125'000.--". Il decreto legislativo precisava pure che le modalità di versamento degli aiuti sarebbero state stabilite dalla Sezione del promovimento economico e del lavoro. Dagli atti non risulta che ciò sia avvenuto. L'impianto di innevamento è comunque stato costruito e l'intero sussidio è stato versato.
B. Il 26 settembre 2007 il Consiglio di Stato ticinese ha aperto un'inchiesta amministrativa in merito ai sussidi pubblici concessi negli anni 1996-2006 ai progetti di sviluppo delle stazioni invernali di X._ e di Y._. La commissione incaricata ha rassegnato il proprio rapporto finale il 25 gennaio 2008. Riferendosi anche ad una perizia contabile allestita nell'ambito di un procedimento penale contro l'amministratore delegato A._, essa ha tra l'altro accertato che dalla spesa computabile ai fini del calcolo del sussidio la C._SA non aveva dedotto uno sconto di fr. 100'000.--. Si trattava di uno sconto concesso con modalità piuttosto intricate da un fornitore, il quale aveva ricevuto azioni dalla società per quell'importo, impegnandosi tuttavia a retrocederle a A._ dopo tre anni.
C. Richiamato il rapporto della commissione d'inchiesta amministrativa nonché ulteriori verifiche effettuate, con risoluzione del 17 giugno 2008 il Consiglio di Stato ha quantificato in fr. 25'337.-- la somma versata in eccesso e ha ordinato alla C._SA di rimborsarla.
D. Il 18 luglio 2008 la C._SA è insorta davanti al Tribunale federale mediante un ricorso sussidiario in materia costituzionale con cui, lamentando la violazione degli art. 6 n. 1 CEDU nonché 9, 29 e 36 Cost., chiede l'annullamento della decisione governativa. Chiamato ad esprimersi, il Consiglio di Stato propone di respingere il ricorso.
E. Con decreto presidenziale del 4 settembre 2008 è stata accolta l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo formulata nel gravame.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere di cognizione la propria competenza e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1).
1.1 La ricorrente ha presentato un ricorso sussidiario in materia costituzionale asserendo che il rimedio ordinario è escluso in virtù dell'art. 83 lett. k LTF.
Detta norma dichiara inammissibile il ricorso in materia di diritto pubblico contro decisioni concernenti sussidi al cui ottenimento la legislazione non conferisce un diritto. Il Tribunale federale ha tuttavia stabilito che, per analogia con il regime previsto dagli art. 99 cpv. 1 lett. h e 101 lett. d OG, è comunque esperibile il rimedio ordinario qualora la controversia non riguardi la concessione o il diniego bensì la restituzione di sussidi già concessi. Questa soluzione s'impone con riguardo all'affidamento riposto nel fatto che il sussidio, una volta erogato, rimane di principio acquisito; di riflesso la revoca non è lasciata al libero apprezzamento dell'autorità, ma soggiace alle condizioni fissate dalla legge (sentenza 2C_266/2007 del 21 gennaio 2008 consid. 1.1, con rinvii).
Ne discende che dinanzi al Tribunale federale la decisione contestata è semmai impugnabile mediante ricorso in materia di diritto pubblico. L'ammissibilità di tale rimedio esclude il ricorso sussidiario in materia costituzionale (<ref-law>). La designazione erronea non nuoce comunque alla ricorrente se il gravame adempie le condizioni di ricevibilità del tipo di ricorso effettivamente esperibile (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 3.1).
1.2 Al riguardo ci si potrebbe in particolare chiedere se la via del ricorso in materia di diritto pubblico non sia preclusa poiché in realtà contro la pronuncia litigiosa è dato ricorso al Tribunale amministrativo federale (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF).
Il ricorso al Tribunale amministrativo federale presuppone che la decisione impugnata sia fondata sul diritto pubblico federale (cfr. l'<ref-law>, con il rinvio all'<ref-law>). Questo requisito potrebbe risultare adempiuto se il sussidio del quale ha beneficiato la ricorrente rientrasse tra quelli previsti dalla legge federale del 21 marzo 1997 sull'aiuto agli investimenti nelle regioni montane (LIM; RU 1997 2995 e modifiche seguenti), il cui art. 24 prevedeva appunto il ricorso al Tribunale amministrativo federale contro le decisioni cantonali di ultima istanza (RU 2006 2282 n. 122). La LIM è nel frattempo stata abrogata dalla legge federale del 6 ottobre 2006 sulla politica regionale (RS 901.0) entrata in vigore il 1° gennaio 2008 (RU 2007 6861; cfr. Allegato alla legge sulla politica regionale, n. I.2), ma l'art. 23 di questa nuova normativa nulla muta quanto ai rimedi giuridici.
L'aiuto in discussione è tuttavia fondato sulla legge ticinese del 17 ottobre 1977 di applicazione e di complemento della legge federale sull'aiuto agli investimenti nelle regioni montane (RL/TI 11.3.1.1; di seguito: LIM/TI), tuttora in vigore (cfr. comunque il Messaggio del Consiglio di Stato n. 6173 dell'11 febbraio 2009 concernente la legge d'applicazione della legge federale sulla politica regionale). Sebbene si proponga in primo luogo di eseguire la LIM federale (art. 1 cpv. 1 LIM/TI) essa istituisce nondimeno forme di aiuto cantonali autonome. Pur costituendo una condizione per l'erogazione di un prestito LIM federale, il contributo a fondo perso in discussione è per l'appunto stato concesso alla ricorrente in applicazione della LIM cantonale (cfr. il Messaggio del Consiglio di Stato n. 5162 del 25 settembre 2001 concernente l'assegnazione di aiuti cantonali alla C._SA di X._ per il finanziamento di un impianto di innevamento programmato, in part. cap. IV n. 1). Ne consegue che la vertenza esula dalle competenze del Tribunale amministrativo federale.
1.3 La decisione impugnata è di ultima istanza cantonale (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF e art. 27 cpv. 1 LIM/TI). Sotto il profilo dell'ammissibilità del gravame, pur non costituendo un'autorità giudiziaria ai sensi degli <ref-law> e 86 cpv. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2b), il Consiglio di Stato può legittimamente ricoprire tale ruolo. La decisione impugnata è infatti stata emanata prima del 1° gennaio 2009, data in cui è scaduto il termine concesso ai cantoni per l'adattamento delle loro legislazioni alle esigenze poste dalle norme menzionate (cfr. RU 2006 1069; art. 130 cpv. 3 e 132 cpv. 1 LTF; sentenza 2C_373/2008 del 7 gennaio 2009 consid. 1.2, con riferimenti).
Per il resto, la ricorrente è insorta in tempo utile (<ref-law>), è particolarmente toccata dalla decisione impugnata ed ha un interesse degno di protezione al suo annullamento (<ref-law>). Diretto contro una pronuncia di natura finale (<ref-law>), il gravame è quindi di massima ammissibile.
1.4 Con il ricorso in materia di diritto pubblico può in particolare venir censurata la violazione del diritto federale e del diritto internazionale (art. 95 lett. a e b LTF). Il diritto federale comprende anche i diritti costituzionali dei cittadini (<ref-ruling> consid. 3.1, 462 consid. 2.3). Il rispetto di tali diritti non è esaminato d'ufficio, come per le norme legislative federali (<ref-law>), ma soltanto se la parte ricorrente ha sollevato e motivato le relative contestazioni (<ref-law>). Valgono in pratica le esigenze che la prassi aveva dedotto dall'art. 90 cpv. 1 lett. b OG per il ricorso di diritto pubblico. L'insorgente deve quindi indicare i diritti costituzionali di cui ravvisa la violazione ed esporre in modo chiaro e preciso in cosa consiste la lesione (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
L'accertamento dei fatti può venir contestato soltanto se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio è determinante per l'esito del procedimento (<ref-law>). Se non ricorrono questi presupposti, che possono indurre anche ad una rettifica o a una completazione d'ufficio (<ref-law>), il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Pure in riferimento alla contestazione dei fatti, la motivazione del ricorso deve essere particolarmente circostanziata (<ref-ruling> consid. 1.5; <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.4.3).
2. 2.1 La ricorrente lamenta innanzitutto la violazione dell'art. 6 n. 1 CEDU. A suo dire, la contestazione avrebbe carattere civile ai sensi di tale disposizione poiché riguarda un'obbligazione di pagamento per la quale deve rispondere con tutto il suo patrimonio. Essa avrebbe quindi diritto di sottoporre la controversia ad un'autorità giudiziaria, ruolo che non potrebbe venir assunto dal Tribunale federale poiché questa autorità gode di un potere di cognizione limitato. Perlomeno nella misura in cui concerne decisioni di restituzione di prestiti o sussidi, l'art. 27 cpv. 1 LIM/TI, su cui è fondata la decisione impugnata e che dichiara inappellabili le decisioni del Consiglio di Stato, sarebbe di conseguenza incostituzionale.
2.2 Il Consiglio di Stato, nelle osservazioni al ricorso, nega che il litigio abbia carattere civile, rilevando in particolare che tale qualifica non va ammessa semplicemente perché una controversia solleva anche questioni di ordine economico. Un'eccezione sussisterebbe ad esempio nel caso concreto, soprattutto in considerazione della "irriducibile competenza discrezionale" della quale fruisce l'ente pubblico.
3. 3.1 Secondo il principio della buona fede processuale, le parti sono tenute a segnalare determinate lacune della procedura appena ne hanno conoscenza (<ref-ruling> consid. 2c/aa). Ne discende che perlomeno laddove l'applicabilità dell'art. 6 n. 1 CEDU è sancita da consolidata giurisprudenza, la sua pretesa violazione dev'essere sostanzialmente addotta già nell'ambito del procedimento cantonale. In caso contrario si considera che l'interessato abbia rinunciato a prevalersene (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling> consid. 2c/bb). La regola vale anche se quale ultima istanza cantonale si è pronunciata un'autorità non giudiziaria e la legislazione cantonale non prevede alcuna possibilità di ricorrere ad un'istanza che abbia invece queste caratteristiche (DTF <ref-ruling> consid. 2d; <ref-ruling> consid. 2c/bb; sentenza 2C_16/2007 del 29 agosto 2007 consid. 4.1, in RtiD 2008 I pag. 853).
Questo obbligo di segnalazione immediata è compatibile con la giurisprudenza della Corte europea dei diritti dell'uomo (<ref-ruling> consid. 2c/bb). In effetti secondo quest'ultima la rinuncia alle garanzie offerte dall'art. 6 n. 1 CEDU deve certo risultare inequivocabile e non in contrasto con un interesse pubblico importante, ma può comunque venir dedotta anche dal fatto che il ricorrente non rivendica i diritti previsti dall'art. 6 CEDU in una situazione in cui ci si sarebbe potuti attendere una simile rivendicazione (sentenza Schlumpf c. Svizzera dell'8 gennaio 2009, n. 63; sentenza Schuler-Zgraggen c. Svizzera del 24 giugno 1993, serie A vol. 263, n. 58; cfr. anche <ref-ruling> consid. 2c/bb).
3.2 In concreto, la ricorrente non ha invocato l'art. 6 n. 1 CEDU dinanzi al Consiglio di Stato né ha tentato di proporre un rimedio giuridico dinanzi ad un'autorità giudiziaria cantonale che avrebbe se del caso potuto riconoscere la propria competenza (cfr. <ref-ruling> consid. 2.2). Ci si deve quindi chiedere se essa possa ancora prevalersi della garanzia convenzionale dinanzi al Tribunale federale.
3.3 Al riguardo va rilevato che una rinuncia implicita ai diritti conferiti dall'art. 6 n. 1 CEDU può senz'altro venir ammessa se a livello cantonale è prevista una procedura di ricorso, ma questa coinvolge solo istanze amministrative, in particolare, da ultimo, il Consiglio di Stato (cfr., p. es., sentenza 2P.104/2006 del 22 marzo 2007 consid. 2, non pubbl. in RtiD II-2007 pag. 49). In simili circostanze gli allegati ricorsuali costituiscono infatti atti procedurali formali nei quali il ricorrente è tenuto ad esporre le proprie censure.
Come recentemente precisato dalla giurisprudenza, il diritto alla via giudiziaria non è per contro perento se contro una decisione del Consiglio di Stato dichiarata definitiva dalla legislazione cantonale l'interessato, anziché adire il Tribunale cantonale amministrativo, si aggrava direttamente dinanzi al Tribunale federale (sentenza 2C_271/2008 del 27 novembre 2008 consid. 5). La stessa conclusione vale nel caso in cui il ricorrente insorge dinanzi al Tribunale amministrativo, ma non invoca l'art. 6 CEDU poiché ritiene che la competenza dell'istanza adita derivi già da un'altra norma (sentenza 2C_16/2007 del 29 agosto 2007 consid. 4.2, in RtiD 2008 I pag. 853), oppure se il diritto allo svolgimento di un'udienza pubblica viene rivendicato solo nell'ambito del secondo scambio di allegati scritti (<ref-ruling> consid. 2.3-2.4).
In maniera analoga, appare eccessivamente rigoroso esigere che l'art. 6 CEDU venga invocato non solo nell'ambito di una procedura ricorsuale cantonale, ma addirittura già prima dell'adozione della decisione di prima istanza. Questo principio non può che valere anche se, come in concreto, prima dell'emanazione della pronuncia iniziale all'interessata viene a giusta ragione concessa la facoltà di esprimersi. In effetti soltanto quando dispone di un atto formale in cui vengono stabiliti diritti ed obblighi la medesima può compiutamente valutare se richiedere un giudizio da parte di un tribunale oppure se rinunciarvi. Di conseguenza è unicamente a questo stadio che dalla condotta processuale può semmai venir dedotta in maniera inequivocabile una rinuncia ai diritti derivanti dall'art. 6 n. 1 CEDU.
3.4 Non risulta d'altronde che la giurisprudenza, laddove ha evocato il problema della perenzione in relazione a procedure che prevedono un unico grado di giudizio a livello cantonale, abbia mai attribuito alla questione portata decisiva (cfr. <ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2d; sentenza 2P.258/1996 del 28 gennaio 1997 consid. 3, in RDAT II-1997 n. 1). Spesso questo aspetto procedurale non è nemmeno stato menzionato e ciò anche se l'inammissibilità della censura avrebbe evitato lunghe disquisizioni sull'applicabilità dell'art. 6 n. 1 CEDU (cfr., p. es., sentenza 2P.179/2001 del 30 novembre 2001 consid. 5, in RSDIE 2002 pag. 430; sentenza 2P.102/1995 del 10 novembre 1995 consid. 2).
3.5 Dal momento che nella fattispecie il Consiglio di Stato si è espresso quale prima ed unica istanza cantonale, non si può quindi ritenere che, richiamandosi in questa sede alla garanzia della via giudiziaria, la ricorrente contravvenga al principio della buona fede. Tale conclusione s'impone a maggior ragione se si considera che, come meglio esposto nel seguito, non vi è giurisprudenza sull'applicabilità dell'art. 6 n. 1 CEDU al caso particolare della revoca di un sussidio.
4. 4.1 La garanzia di essere giudicato da un'autorità giudiziaria indipendente ed imparziale presuppone che siano in gioco diritti e doveri di carattere civile. La CEDU non contiene essa stessa un elenco di questi diritti, ma parte dal principio che deve trattarsi di diritti soggettivi riconosciuti dalla legislazione nazionale, la quale deve definirne l'esistenza, il contenuto, la portata e le modalità d'esercizio (<ref-ruling> consid. 2.3.2, con riferimenti). L'esistenza di un diritto non è esclusa se nella valutazione dei requisiti a cui soggiace una determinata prerogativa le autorità godono di una certa latitudine di giudizio. Se però la decisione adottata rientra nel potere discrezionale dell'autorità in un campo in cui l'interessato non può vantare alcuna pretesa, la contestazione non riguarda un diritto ai sensi dell'art. 6 n. 1 CEDU (<ref-ruling> consid. 2.3.2; <ref-ruling> consid. 5b/bb).
4.2 La ricorrente è consapevole che la LIM/TI non conferisce alcun diritto all'ottenimento di un sussidio; precisa però che in discussione non vi è la concessione di un sussidio, bensì l'obbligo di restituirlo. La distinzione è corretta. Poco importa infatti che la decisione di assegnazione del sussidio fosse il frutto dell'esercizio dell'ampio potere discrezionale dell'autorità concedente e non rientrasse di conseguenza nel campo di applicazione dell'art. 6 n. 1 CEDU. Occorre piuttosto valutare la natura specifica della pretesa ora litigiosa.
4.3 Come già accennato, il contributo a fondo perso è stato concesso in applicazione della LIM ticinese. A giustificazione della richiesta di restituzione la decisione impugnata menziona l'art. 18 LIM/TI nonché l'art. 15 cpv. 1 lett. a della legge sui sussidi cantonali, del 22 giugno 1994 (RL/TI 10.2.7.1), applicabile in via sussidiaria (cfr. l'art. 2 cpv. 2 di detta legge). La prima di queste norme permette al Cantone di ottenere la restituzione di un "prestito ... impiegato impropriamente" o del quale sono disattesi oneri e condizioni; la seconda prevede invece la riduzione del sussidio "quando le spese effettive risultano inferiori a quelle considerate nella decisione di concessione".
Queste disposizioni - sebbene la prima sembri invero attagliarsi poco alla fattispecie, non essendo in discussione un mutuo - confermano quanto già indicato in relazione all'ammissibilità del gravame (cfr. consid. 1.1): il sussidio, una volta concesso, rimane di principio acquisito e può essere revocato soltanto a condizioni determinate, che sfuggono al libero apprezzamento dell'autorità. La contestazione in esame coinvolge pertanto il diritto della ricorrente al sussidio, rispettivamente il suo dovere di restituirlo, parzialmente, nel senso dell'art. 6 n. 1 CEDU.
5. 5.1 Per fruire della garanzia dell'art. 6 n. 1 CEDU occorre che i diritti e i doveri abbiano carattere civile. Questa nozione deve essere interpretata in modo autonomo, cioè non nel senso comunemente inteso dal diritto svizzero, bensì secondo la prassi della Corte europea dei diritti dell'uomo. Essa include pertanto non solo contestazioni di diritto civile in senso stretto, ma anche atti amministrativi emanati da un'autorità nell'esercizio del pubblico potere, nella misura in cui si ripercuotono su diritti e doveri di natura privatistica (<ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2.2). Da un punto di vista negativo, il carattere civile è comunque da escludere laddove sia decisivo il potere discrezionale dell'autorità come manifestazione qualificante dell'imperio statale (HAEFLIGER/SCHÜRMANN, Die Europäische Menschenrechtskonvention und die Schweiz, 2a ed., 1999, pag. 140; PETTITI/ DECAUX/IMBERT, La Convention européenne des droits de l'homme, 1995, pag. 251).
5.2 Nella fattispecie il Consiglio di Stato rimprovera alla ricorrente di aver fondato la richiesta di sussidio su un investimento dichiarato superiore di fr. 100'000.-- rispetto alla spesa effettivamente sostenuta. La causa verte pertanto sulla restituzione della parte percentuale del sussidio afferente allo sconto che non sarebbe stato considerato nella liquidazione finale. Per contro, a differenza di quanto accertato nella causa parallela 2D_76/2008 - avente per oggetto la richiesta di restituzione di un sussidio concesso dallo Stato a A._ sotto forma di mutuo - a prima vista non è ravvisabile anche un aspetto contrattuale. Non è infatti stato sottoscritto alcun contratto di diritto pubblico e la Sezione del promovimento economico e del lavoro non sembra aver definito in altro modo le modalità di concessione del sussidio.
5.3 A quanto consta, la Corte europea dei diritti dell'uomo non ha mai avuto occasione di esprimersi sull'applicabilità dell'art. 6 n. 1 CEDU in materia di concessione o di restituzione di prestiti e sussidi statali. Tant'è vero che né opere dottrinali recenti né commentari che illustrano la casistica in maniera dettagliata si soffermano su questo tema (GRABENWARTER, Europäische Menschenrechtskonvention, 3a ed., 2008, pag. 312 segg.; FROWEIN/PEUKERT, Europäische Menschenrechtskonvention, 1996, pag. 185 segg.; DE SALVIA, Compendium de la CEDH, vol. 1, 2003, pag. 248 segg.). Nemmeno il Tribunale federale ha mai dovuto affrontare l'argomento. In una dissertazione è per contro stato sostenuto che per quanto concerne la concessione di sovvenzioni occorre distinguere se vi è o meno un diritto al contributo; la restituzione di sovvenzioni già assicurate o versate soggiace invece in ogni caso all'art. 6 n. 1 CEDU (RUTH HERZOG, Art. 6 EMRK und kantonale Verwaltungsrechtspflege, 1995, pag. 236 seg.).
5.4 Questa opinione dottrinale appare confermata, perlomeno indirettamente, dalle analogie esistenti tra il caso in esame e taluni ambiti in cui la contestazione è già stata espressamente ritenuta di natura civile. In effetti l'art. 6 CEDU è ad esempio applicabile ad ordini di confisca (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 4b; sentenza Raimondo c. Italia del 22 febbraio 1994, serie A, vol. 281 A, n. 43) o a procedure amministrative con cui un contabile pubblico viene obbligato a rimborsare spese effettuate in modo irregolare (decisione [di ricevibilità] Martinie c. Francia del 13 gennaio 2004, Recueil CourEDH 2004-II pag. 285, n. 22 seg.; cfr. comunque la relativa sentenza finale del 12 aprile 2006, n. 30). In entrambi i casi, come in concreto, la causa comporta per gli interessati la sottrazione di una parte del loro patrimonio. Diritti di carattere civile sono poi parimenti toccati laddove la vertenza riguarda non la sottrazione, bensì l'acquisizione di valori patrimoniali, ad esempio in cause di risarcimento danni contro l'ente pubblico (DTF <ref-ruling> consid. 5.3; sentenza Editions Périscope c. Francia del 26 marzo 1992, serie A vol. 234 B, n. 40) o in litigi sul diritto all'ottenimento di prestazioni da parte di assicurazioni sociali (DTF 132 V consid. 2.6; <ref-ruling> consid. 3.3) o dell'assistenza pubblica (sentenza Salesi c. Italia del 26 febbraio 1993, serie A vol. 257 E, n. 19).
Di principio, se un'azione verte su un oggetto patrimoniale e si fonda su un'ingerenza a diritti anch'essi patrimoniali, l'art. 6 n. 1 CEDU trova pertanto applicazione (cfr. sentenze Raimondo, n. 43, e Editions Périscope, n. 40; HAEFLIGER/SCHÜRMANN, op. cit., pag. 139).
Certo, in alcuni ambiti la portata del criterio patrimoniale è stata relativizzata (cfr., in materia di funzionari, la sentenza Eskelinen c. Finlandia del 19 aprile 2007, n. 43-62) e, come pertinentemente rilevato dal Consiglio di Stato, la Corte europea ha più volte precisato che l'esistenza di un interesse anche economico non è da sola sufficiente per ammettere la natura civile del litigio (sentenza Pierre-Bloch c. Francia del 21 ottobre 1997, Recueil Cour EDH 1997-VI pag. 2206, n. 51; sentenza Ferrazzini c. Italia del 12 luglio 2001, Recueil CourEDH 2001-VII pag. 327, n. 25). Questa precisazione è tuttavia stata apportata in relazione ad obblighi patrimoniali che risultano da disposizioni fiscali o che fanno comunque parte dei doveri civici usuali in una società democratica (sentenza Ferrazzini, n. 25; sentenza Schouten e Meldrun c. Paesi Bassi del 9 dicembre 1994, serie A vol. 304, n. 50) oppure, come nel caso menzionato dal Governo ticinese, in riferimento a contestazioni patrimoniali sorte in materia di regolamentazioni elettorali, ovvero in tema di diritti politici e non di diritti civili ai sensi dell'art. 6 n. 1 CEDU (sentenza PIERRE-BLOCH, n. 50-51).
5.5 La fattispecie non riguarda un'obbligazione fiscale o l'esercizio di diritti politici e nemmeno una delle altre materie che costituiscono le componenti essenziali delle prerogative di pubblico imperio (sentenza Ferrazzini, n. 29), come le procedure relative all'entrata ed al soggiorno di cittadini stranieri, alla concessione dell'asilo o della nazionalità, al servizio militare o civile e alla sicurezza pubblica o nazionale (HAEFLIGER/SCHÜRMANN, op. cit., pag. 147; PETTITI/DECAUX/IMBERT, op. cit., pag. 253). Considerato per di più che le eccezioni alle garanzie offerte dall'art. 6 n. 1 CEDU vanno interpretate restrittivamente (sentenza 2C_271/2008 del 27 novembre 2008 consid. 4.2; sentenza Pellegrin c. Francia dell'8 dicembre 1999, Recueil CourEDH 1999-VIII pag. 251, n. 64), non è quindi il carattere pubblicistico del rapporto tra l'ente pubblico ed il ricorrente ad essere determinante, bensì l'effetto del provvedimento litigioso sui diritti patrimoniali di quest'ultimo. Va inoltre tenuto conto che la pretesa dello Stato trova fondamento in disposizioni legali ben determinate, per cui, contrariamente a quanto rilevato nelle osservazioni al ricorso, è da escludere ch'essa possa venir decisa d'imperio, per solo esercizio del potere discrezionale. Alla vertenza va dunque riconosciuto carattere civile ai sensi dell'art. 6 n. 1 CEDU.
6. 6.1 La ricorrente può pertanto esigere che la contestazione sia sottoposta al giudizio di un'autorità giudiziaria indipendente ed imparziale. Il Consiglio di Stato ticinese non adempie questi requisiti (<ref-ruling> consid. 2b). Il vizio potrebbe comunque venir sanato in questa sede se il Tribunale federale esaminasse liberamente tutte le questioni di fatto e di diritto rilevanti per il giudizio (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 3a; <ref-ruling> consid. 5c/aa). In concreto, la controversia concerne tuttavia anche l'accertamento dei fatti nonché l'interpretazione e l'applicazione di norme di diritto cantonale, che il Tribunale federale verifica di principio unicamente sotto l'angolo ristretto dell'arbitrio (sentenza 2C_16/2007 del 29 agosto 2007 consid. 5.1, in RtiD 2008 I pag. 853; sentenza 2C_271/2008 del 27 novembre 2008 consid. 5.2). Ne discende che la censura di lesione dell'art. 6 n. 1 CEDU è fondata e che alla lacuna va posto rimedio nel contesto della procedura cantonale.
6.2 Le considerazioni che precedono conducono all'accoglimento del ricorso, ma non all'annullamento della decisione impugnata, come invece chiesto dalla ricorrente. La procedura dinanzi al Consiglio di Stato non è infatti di per sé stessa contraria all'art. 6 n. 1 CEDU. Questa norma risulta violata unicamente nella misura in cui contro la pronuncia governativa non è data facoltà di ricorso ad un'autorità giudiziaria indipendente ed imparziale. In simili situazioni, il Tribunale federale non impone regole di organizzazione e di procedura alle autorità cantonali per istituire vie di ricorso o designare le autorità giudiziarie competenti, poiché nella materia i cantoni dispongono di ampia libertà decisionale. Occorre quindi invitare le autorità cantonali a mettere a disposizione della ricorrente entro termini ragionevoli un'istanza giudiziaria conforme all'art. 6 n. 1 CEDU. Gli atti vanno perciò rinviati al Consiglio di Stato, autorità che ha emanato la decisione contestata, affinché si adoperi e provveda in tal senso (<ref-ruling> consid. 4.1; <ref-ruling> consid. 9; sentenza 2C_271/2008 del 27 novembre 2008 consid. 6).
7. La richiesta di restituzione di una parte del sussidio erogato riveste per lo Stato del Cantone Ticino un interesse pecuniario. Soccombente, l'ente pubblico deve quindi sopportare l'onere delle spese giudiziarie (art. 65 e 66 cpv. 1 e cpv. 4 LTF). Dovrà inoltre rifondere alla ricorrente un'indennità per ripetibili (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il gravame, trattato come ricorso in materia di diritto pubblico, è accolto: lo Stato del Cantone Ticino è tenuto a permettere alla ricorrente di portare la lite davanti ad un'autorità giudiziaria nel senso dell'art. 6 n. 1 CEDU. Gli atti sono ritornati a tale scopo al Consiglio di Stato.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dello Stato del Cantone Ticino.
3. Lo Stato del Cantone Ticino verserà alla ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili.
4. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente e al Consiglio di Stato del Cantone Ticino.