Sachverhalt:
A. A.a Die X._ AG, (nachstehend: Klägerin) gehört zur internationalen X._-Gruppe und ist Tochtergesellschaft der X._ GmbH mit Sitz in Deutschland. Diese entschied im Herbst 1998, die Betriebsrisiken für die ganze X._ Gruppe durch ein so genanntes "internationales Sach-Programm" bei der YL._ AG, D-München (nachstehend: Beklagte) versichern zu lassen. Dabei beabsichtigte die X._ GmbH von Anfang an, ein Versicherungsprogramm mit einem Mastervertrag und Policen mit lokalen Konzerngesellschaften zu errichten. Der Entwurf eines Mastervertrages vom 16. November 1999 hielt unter dem Titel "Höchstentschädigungen" fest:
"Höchstentschädigung für Sach- und Betriebsunterbrechungsschäden
Die Entschädigung aus dem lokalen und aus diesem Vertrag ist - wo nichts anderes erwähnt - für Sach- und Betriebsunterbrechungsschäden kombiniert durch eine Höchstentschädigung pro Schadenereignis bzw. durch eine Jahreshöchstentschädigung, beide vor Abzug einer etwaigen vereinbarten Abzugsfranchise, wie folgt begrenzt:
[...]
Jahreshöchstentschädigung
Hauptvertrag und lokale Policen zusammen
DM 75.000.000.-- kombiniert für Sach- und Betriebsunterbrechungsschäden
Sublimits/ Jahreshöchstentschädigungen
Sachversicherung
[...]
Leitungswasser, Sturm, Hagel, DM 10.000.000.--
Überschwemmung, Erdbeben, Erdsenkung, Erdrutsch,
Schneedruck, Lawinen, Vulkanausbruch DM 10.000.000.--
[...]
Zusätzliche Einschlüsse für die Sachversicherung auf Erstes Risiko
[...]
Betriebsunterbrechungsversicherung
Rückwirkungsschäden DM 10.000.000.--
[...]"
Da aus Zeitgründen der definitive Mastervertrag und die lokalen Versicherungsverträge Ende 1998 nicht mehr erstellt werden konnten, liess die Beklagte - handelnd durch C._ - mit Fax vom 29. Dezember 1998 der X._ GmbH bzw. D._ und dem Versicherungsmakler E._ per Fax folgende Deckungsbestätigung zukommen:
"Internationales Sachversicherungsprogramm X._ Gruppe
Sehr geehrte Frau D._,
hiermit bestätigen wir Ihnen ausdrücklich Deckung ab 01.01.1999 für das o.g. Versicherungsprogramm gemäß den Konditionen, die wir als modifiziertes Angebot beigefügt haben.
Wir haben die Versicherungssummen entsprechend ihrem Wunsch mit Telefax vom 29.12.1998 angehoben (...).
Wir stimmen diesen Summen mit dem Recht auf rückwirkende prämienunschädliche Reduzierung zu.
[...]"
Das "modifizierte Angebot" lautete wie folgt:
"Angebot
für ein Internationales Sach-Programm
der Fa. X._ GmbH
Versicherungsnehmer: Fa. X._ GmbH
Mitversicherungsnehmer: Fa. Z._ GmbH
Fa. XS._ AG
Fa. A._ S.A.
Fa. XM._ GmbH
Versicherungsorte: I._
(2 Büropavillons)
[...]
J._
[...]
Beginn: 01.01.1999, mittags 12.00 Uhr
Ablauf: 01.01.2000, mittags 12.00 Uhr
Programmstruktur: Lokale Policen bei Y._-Gesellschaften vor Ort, um den rechtlichen und wirtschaftlichen Besonder- heiten der einzelnen Länder Rechnung zu tragen sowie um lokalen Service auf hohem Niveau sicherzustellen zu können. Um den Versicherungs- schutz weltweit zu vereinheitlichen, wird ein Master-Vertrag als Summen- und Konditionsdif- ferenzdeckung installiert.
Versicherte Gefahren:
Allgefahrenversicherung nach AAB 97 inklusive Betriebsunterbrechung, sowie Erweiterung um Maschinenbruch und Elektronik.
Versicherungssummen: Sachdeckung:
X._ GmbH 87.816.195.--
[...]
XS._ 38.199.380.--
[...]
Gesamt: 175.086.404.--
BU-Deckung:
X._ GmbH 32.800.000.--
[...]
BU-Deckung:
X._ GmbH 32'800.000.--
[...]
XS._ 19.360.000.--
[...]
Gesamt: 75.160.000.--
Prämiensätze:
Sachversicherung 1.42 ?
Betriebsunterbrechungsvers.: 0.86 ?
Höchstentschädigung: DM 75.000.000.--
Sublimits:
Maschinenbruch (gem. AMB): DM 10.000.000.--
Erdbeben DM 10.000.000.--
Überschwemmung: DM 10.000.000.--
Einbruchdiebstahl: DM 2.000.000.--
Elektronik DM 2.000.000.--
Software/Datenträger DM 1.000.000.--
Rückwirkungsschäden DM 10.000.000.--
[...]
Selbstbeteiligungen: Pro Schadenfall: DM 10.000.--
ausser für
Einbruchdiebstahl: DM 5.000.--
Elektronik: DM 1.000.--
Maschinenbruch-BU 2 Arbeitstage
Bedingungen: Allgefahrenbedingungen AAG 97,
FBUB.ZFBUB.ABE.AMB.ABEBU.AMBUB jeweils neuester Stand
A.b Am 22. Februar 1999 trat das Wasser des J._bachs über die Ufer, drang in das Betriebsgelände der Klägerin ein und zerstörte bzw. beschädigte unter anderem fünf Erodiermaschinen vom Typ AGIE zur Herstellung von Spinndüsen.
Nach der Mitteilung des Schadenfalls schloss die Klägerin mit der Beklagten einen Mastervertrag und mit der Y._ eine lokale Police ab. Diese Verträge nennen als Datum des Beginns des Versicherungsschutzes den 1. Januar 1999.
Die Beklagte und die Y._ bezahlten der Klägerin zur Vergütung der dieser aus dem Wassereintritt vom 22. Februar 1999 erwachsenen Ersatzanschaffungs- und Reinigungskosten sowie eines Teils des Betriebsunterbrechungsschadens in der Zeit zwischen dem 7. April 1999 bis zum 15. November 2000 insgesamt Fr. 9'951'438.-- (Fr. 9'747'100.-- und DEM 250'000.-- entsprechend CHF 204'338).
B. Nachdem die Klägerin in Deutschland ein Klageverfahren eingleitet hatte, das letztlich mit einem Erledigungsbeschluss des Oberlandesgerichts München abgeschrieben wurde, belangte die Klägerin die Beklagte am 13. Januar 2004 beim Handelsgericht des Kantons Aargau auf Zahlung von CHF 19'164'303.-- zuzüglich aufgelaufener Zinsen im Betrag von CHF 4'686'712.-- und Zins von 5 % p.a. über dem jeweiligen deutschen Basiszinssatz seit 8. November 2003 auf CHF 19'439'981.--; eventuell auf Zahlung von EUR 11'987'271.50 zuzüglich aufgelaufener Zinsen im Betrag von EUR 2'931'538.-- und Zins von 5 % p.a. über dem jeweiligen deutschen Basiszinssatz seit 8. November 2003 auf EUR 12'159'708.--. Die Klägerin verlangte damit den Ersatz von Parametrisierungsschaden in der Höhe von Fr. 18'365'493.-- sowie eine Restanz des Betriebsunterbrechungsschadens (BU-Schaden) von Fr. 802'897.--.
Bezüglich der Parametrisierung erklärte die Klägerin, sie habe mit den zerstörten Maschinen Spinndüsen, Edelstahlplatten mit einer Vielzahl von kleinsten Bohrungen (Kavitäten), hergestellt. Dabei würden in den Kopf der Erosionsmaschine Elektroden eingesetzt, welche durch die Spannung zur Platte Funken erzeugten und damit den Stahl unter der Elektrode verdampften. Die Elektrode arbeite sich so in den Stahl hinein und erzeuge dabei das gewünschte Profil (Kavitätsquerschnitt). Um Kavitäten nach den Vorgaben des Auftraggebers zu fertigen, müssten nach Herstellung der Elektrode der sog. Generator der Funkenerosionsmaschine speziell eingestellt und mehrere technische Einstellwerte, z.B. Spannung, Stromstärke u.s.w., aufeinander abgestimmt werden. Bei einer neuen Kavitätsgeometrie müsse sich die Klägerin zuerst durch Versuche an die richtigen Parameter heranarbeiten. Die so gewonnenen optimalen Parameter würden schriftlich festgehalten und unter einer entsprechenden Formnummer registriert. So könne bei einem Wiederholungsauftrag auf optimale Einstellwerte zurückgegriffen werden. Die Parametrisierung umfasse die Herstellung der Werkzeuge zur Erzeugung einer bestimmten Elektrodenform, die Herstellung der Elektrode und der Führung zum Halten der Elektrode, die Einbringung von Probeaktivitäten, die Ermittlung der Erodierungsparameter und die Dokumentation. Das Ergebnis der Parametrisierung sei die Fähigkeit des Herstellers, den Produktionsauftrag eines Kunden im Hinblick auf die Hard- und Software auszuführen (Klage, Rz. 30 S. 15 f.). Nachdem fünf von neun Erodiermaschinen der Firma AGIE durch das Hochwasser zerstört worden seien, habe die Klägerin im Einverständnis mit der Beklagten als Ersatz fünf SARIX-Maschinen gekauft. Da diese nicht mit den AGIE-Maschinen kompatibel gewesen seien, hätten die auf diesen Systemen ermittelten Parameter nicht übernommen werden können (Klage, Rz. 31 S. 16). Um mit den SARIX-Maschinen Spinndüsen herstellen zu können, hätten die notwendigen Parametrisierungen vorgenommen sowie die Modifikationsparameter erstellt werden müssen. Vor dem Schadensfall hätte die Klägerin auf allen neun Maschinen 1'820 Strukturen für ihre Kunden anfertigen können. Die Klägerin sei daher flexibel gewesen und habe am Markt für Standardformen die kürzesten Lieferzeiten anbieten können. Um nach dem Schadenfall wieder über die volle Flexibilität eines Bestandes von neun parallel einsetzbaren Maschinen zu verfügen, sei nötig gewesen, dass die Parameter (Werkzeuge, Elektroden und Einstellungen) für beide Systeme vollständig vorlagen (Klage, Rz. 33 S. 17 f.). Die Kosten für die Wiederherstellung der Parametrisierungen (Wiederherstellung des vorherigen Zustands) habe gemäss zwei Gutachten Fr. 18'365'493.-- betragen (Klage, Rz. 25 f. S. 13).
Die Beklagte stellte die Begehren, auf die Klage sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen.
Im Jahr 2003 fusionierte die Beklagte mit der B._ AG zur BY._ AG, welche ab dem 12. Februar 2004 die Firma "Y._ AG" trägt.
Mit Urteil vom 14. Januar 2009 verpflichtete das Handelsgericht die Beklagte in teilweiser Gutheissung der Klage, der Klägerin Fr. 802'897.-- zuzüglich Zins im Umfang von Fr. 181'419.10 sowie Verzugszins auf Fr. 802'897.-- seit dem 8. November 2003 in der Höhe des deutschen Basiszinssatzes (jeweils zuzüglich 5 %) zu bezahlen. Es kam zum Ergebnis, die der Beklagten zuzuordnenden Zahlungen von Fr. 9'951.438.-- würden im Umfang von Fr. 802'897.-- den zu deckenden Sachschaden von Fr. 3'841'935.-- und den Schaden aus Betriebsunterbrechung von Fr. 6'912'400.-- nicht erreichen.
C. Beide Parteien fechten das Urteil des Handelsgerichts mit Beschwerde in Zivilsachen an. Die Klägerin stellt darin die Begehren, die Klage sei vollumfänglich gutzuheissen. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an das Handelsgericht des Kantons Aargau zurückzuweisen.
Die Beklagte beantragt in ihrer Beschwerde, das Urteil des Handelsgerichts sei aufzuheben und die Klage sei abzuweisen. Eventuell sei der Prozess zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
In ihrer Vernehmlassung beantragt die Beklagte, auf die Beschwerde der Klägerin sei nicht einzutreten, eventuell sei diese abzuweisen. Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde der Beklagten, soweit darauf einzutreten sei. Das Handelsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung.
Mit Präsidialverfügung vom 24. April 2009 wurde beiden Beschwerden die aufschiebende Wirkung erteilt.
Am 9. Juli 2009 reichte die Klägerin unaufgefordert eine Replik ein, zu welcher die Beklagte mit Eingabe vom 27. Juli 2009 Stellung nahm.

Erwägungen:
1. 1.1 Die beiden Beschwerden betreffen die gleichen Parteien und richten sich gegen dasselbe kantonale Urteil, das für alle Parteien auf einem übereinstimmenden Sachverhalt beruht. Es rechtfertigt sich deshalb, die getrennt eröffneten Verfahren 4A_141/2009 und 4A_149/2009 zu vereinigen und über die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu entscheiden (vgl. <ref-law> i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 194 mit Hinweisen).
1.2 Auf beide Beschwerden kann grundsätzlich eingetreten werden, da sie unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von den mit ihren Anträgen teilweise unterlegenen Parteien (<ref-law>) eingereicht wurden und sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) betreffend eine Zivilstreitigkeit mit einem Streitwert von mindestens CHF 30'000.-- (<ref-law>) richten.
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen (<ref-ruling> E. 5.4). Dass eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (<ref-ruling> E. 2b). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, hat klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 466 f.).
1.4 Da eine vermögensrechtliche Streitsache vorliegt, kann die Anwendung ausländischen Rechts nicht frei überprüft werden (<ref-law> e contrario). Jedoch kann gerügt werden, der angefochtene Entscheid wende ausländisches Recht willkürlich an und verstosse damit gegen das verfassungsmässige Willkürverbot (<ref-ruling> E. 3.1) oder er verletze andere verfassungsmässige Rechte.
I. Beschwerde der Beklagten
2. 2.1 Die Beklagte wendete im kantonalen Verfahren ein, sie sei nicht passivlegitimiert, da sie die Deckungszusage auch als Vertreterin ihrer schweizerischen Schwestergesellschaft Y._ abgegeben habe. Das Handelsgericht beurteilte die Frage der Stellvertretung nach deutschem Recht und kam zum Ergebnis, die Beklagte sei nicht als Stellvertreterin aufgetreten. In tatsächlicher Hinsicht stehe fest, dass die Beklagte, [handelnd] durch C._, nicht in Vertretung der Y._-Gesellschaften vor Ort habe handeln wollen. Auch aus Umständen der Deckungszusage könne die Beklagte nicht ableiten, dass sie die Y._-Gesellschaften vor Ort verpflichtet habe.
2.2 Vor Bundesgericht beanstandet die Beklagte die Anwendung des deutschen Rechts nicht, rügt jedoch, das Handelsgericht habe bei der Prüfung des Vertretungswillens den Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> verletzt. Die Beklagte habe zum Beweis, dass sie die Y._ habe vertreten wollen und diese sowie die Klägerin und ihr Makler E._ dies auch so verstanden hätten, in Ziff. 19 ihrer Duplik nach kantonalem Prozessrecht rechtzeitig verschiedene bei den Akten befindliche Urkunden und den Zeugen F._ angerufen und eine Parteibefragung beantragt. Die Vorinstanz sei bloss auf die vorläufige Deckungszusage und die Zeugenaussagen von C._ und E._ eingegangen. Die weiteren beantragten Beweismittel habe sie weder abgenommen noch gewürdigt, ohne dafür einen Grund anzugeben. Die Beklagte habe daher nicht erkennen können, ob die Vorinstanz ihre Beweisanträge aus prozessualen Gründen abgelehnt oder den Beweisen die Erheblichkeit und Tauglichkeit abgesprochen habe. Damit habe die Vorinstanz ihre Begründungspflicht verletzt und der Beklagten verunmöglicht, das Urteil sachgerecht anzufechten. Dies treffe auch zu, soweit die Vorinstanz Argumente bezüglich der Umstände, die zum Vertretungsverhältnis geführt hätten, nicht geprüft oder deren Ablehnung nicht begründet habe.
2.3 Der Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) verlangt insbesondere, dass die Gerichte die rechtserheblichen Vorbringen der Parteien anhören und bei der Entscheidfindung berücksichtigen (<ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen). Damit sich die Parteien ein Bild über die Erwägungen des Gerichts machen können, ist der Entscheid zu begründen. Die Begründung muss kurz die Überlegungen nennen, von denen sich das Gericht hat leiten lassen und auf die sich sein Entscheid stützt. Nicht erforderlich ist hingegen, dass sich der Entscheid mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Es genügt, wenn der Entscheid gegebenenfalls sachgerecht angefochten werden kann (<ref-ruling> E. 3.3 S. 445 mit Hinweisen).
2.4 Die Beklagte lässt ausser Acht, dass das Handelsgericht aus den Aussagen der für die Beklagten handelnden Person ableitete, ihr behaupteter Vertretungswille sei nicht gegeben. Daraus ist zu schliessen, das Handelsgericht habe angenommen, weitere Beweisabnahmen, wie die Anhörung des Zeugen F._, könnten an diesem Ergebnis nichts ändern. Da das Handelsgericht einen tatsächlichen Vertretungswillen der Beklagten verneinte, hatte es nicht zu prüfen, ob die Klägerin aus den Umständen auf einen solchen inexistenten Vertretungswillen hätte schliessen müssen. Demnach ist erkennbar, von welchen Überlegungen sich die Vorinstanz bezüglich der behaupteten Stellvertretung hat leiten lassen, weshalb eine Verletzung der Begründungspflicht zu verneinen ist.
3. 3.1 Die Beklagte gibt die Annahme der Vorinstanz, C._ habe die Beklagte nicht vertreten wollen, als aktenwidrig aus. Dieser Zeuge habe ausgeführt, in der vorläufigen Deckungszusage stünden sämtliche Umstände. Mit der Deckungszusage habe er auch das dieser beigelegte Angebot mit der darin vorgesehenen Versicherung der lokalen Risiken über die lokalen Versicherer gemeint. Er habe somit bestätigt, dass er mit Abgabe der vorläufigen Deckungszusage über den Dienstleistungsweg auch die lokalen Versicherer mit "an Bord geholt" und vertreten habe.
3.2 Die Beklagte gibt hierauf die Zeugenaussage von C._ wieder, wonach die lokalen Versicherungsverträge, hier zwischen der schweizerischen Versicherungsgesellschaft und der Klägerin, nicht den internationalen Mastervertrag eins zu eins umsetzen müssten. Allerdings werde der lokale Versicherer vom Hauptversicherer, hier der YL._, angewiesen, welche lokalen Policen er auszustellen hat. Dies könne man versicherungstechnisch als Fronting bezeichnen. Im vorliegenden Fall sei sicherlich aufgrund der vorläufigen Deckungszusage vom 29. 12. 1998 ein Fronting-Auftrag für die schweizerische Netzwerkversicherung ausgestellt worden. Die Information dazu an den schweizerischen Y._ Versicherer sei wohl Anfang Januar 1999 erfolgt.
3.3 Diese Ausführungen lassen ohne Weiteres den Schluss zu, C._ habe angenommen, der mit der Deckungszusage von der Beklagten gewährte Versicherungsschutz hätte später gemäss "Fronting-Aufträgen" von lokalen Netzwerkversicherern übernommen werden sollen, welche intern angewiesen werden, entsprechende Policen auszustellen. Das Handelsgericht verstiess daher nicht gegen <ref-law>, wenn es annahm, C._ habe die vorläufige Deckungszusage nicht als direkter Vertreter der lokalen Versicherungsgesellschaft abgeben wollen. Daran vermag entgegen der Annahme der Beklagten nichts zu ändern, dass die Klägerin nach dem Schadenseintritt gemäss dem ursprünglich geplanten Versicherungsmodell mit der Y._ eine Police abschloss und die Beklagte die Schadensabwicklung durch diese Schwestergesellschaft vornehmen liess.
4. 4.1 Weiter bringt die Beklagte vor, aus verschiedenen von der Beklagten als Beweismittel offerierten Schreiben ergäben sich zahlreiche Hinweise darauf, dass die Klägerin, ihr Makler und ihr Rechtsberater die vorläufige Deckungszusage als eine solche der Beklagten und ihrer lokalen Versicherer verstanden habe. Zudem sei das Handelsgericht in Willkür verfallen, indem es angenommen habe, es hätte keine Umstände gegeben, welche für ein Vertretungsverhältnis gesprochen hätten.
4.2 Da das Handelsgericht willkürfrei einen tatsächlichen Vertretungswillen der Beklagten verneinen konnte, brauchte es nicht zu prüfen, ob die Klägerin einen solchen nicht existierenden Willen erkannte oder hätte erkennen müssen. Mangels eines Vertretungswillens der Beklagten war das Handelsgericht nicht gehalten, ihre mögliche Vertretungsmacht oder eine eventuelle Genehmigung der Vertretung durch die Y._ zu prüfen und insoweit Beweismittel abzunehmen. Dasselbe gilt bezüglich der Wirkung der von der Beklagten behaupteten Subsidiarität des von ihr übernommenen Teils des Mastervertrages gegenüber der lokalen Versicherung.
5. 5.1 Das Handelsgericht erwog, die vorläufige Deckungszusage sei als vollwertiger Versicherungsvertrag zu qualifizieren. Davon sei gemäss der Trennungstheorie der spätere Versicherungsvertrag als selbständiges Rechtsverhältnis zu unterscheiden. Zweck der Deckungszusage sei es, bis zum Abschluss des Hauptvertrages lückenlosen Versicherungsschutz zu gewähren. Dies schliesse nicht grundsätzlich aus, dass im Hauptvertrag rückwirkend Versicherungsschutz gewährt werde. Die Rückwärtsversicherung sei nach deutschem Recht zulässig. Allerdings müsse sie vereinbart werden. Der Mastervertrag sehe zwar vor, dass die "Versicherungsdauer" am 1. Januar 1999, 12.00 Uhr, beginnen soll. Da jedoch weder die Klägerin noch die Beklagte substantiiert das Vorliegen einer gültigen Rückwärtsversicherung behauptet hätten, sei in tatsächlicher Hinsicht davon auszugehen, dass eine solche nicht vereinbart worden sei. Demnach sei allein die vorläufige Deckungszusage massgeblich, was den Versicherungsschutz bis zum Abschluss der weiteren Versicherungsverträge angehe. Selbst wenn von einer rechtsgenüglichen Behauptung einer Rückwärtsversicherung ausgegangen würde, habe eine solche nicht gültig abgeschlossen werden können, weil die Rückwirkung der lokalen schweizerischen Police nach <ref-law> als nichtig zu qualifizieren wäre, da der Eintritt des befürchteten Ereignisses vor dem Vertragsschluss zu liegen gekommen sei. Demnach sei auch bezüglich des Mastervertrages eine zulässige Rückwärtsversicherung zu verneinen, fehle es doch an einer für den fraglichen Zeitraum gültigen lokalen Deckung.
5.2 Die Beklagte ficht die Hauptbegründung des Handelsgerichts, wonach eine gültige Rückwärtsversicherung nicht rechtsgenüglich behauptet wurde, nicht an, weshalb auf ihre Kritik an der Eventualbegründung betreffend die Unzulässigkeit der Rückwärtsversicherung nach schweizerischem Recht nicht einzutreten ist.
6. 6.1 Vor Handelsgericht machte die Beklagte geltend, die Sublimite für Schäden aus Überschwemmungen sei sowohl für die Sach- als auch für die Betriebsunterbrechungsschäden (BU-Schäden) vereinbart worden. Die Klägerin vertrat dagegen den Standpunkt, die Sublimite für Schäden aus Überschwemmungen habe höchstens für Sach-, nicht aber für die BU-Schäden gegolten.
6.2 Das Handelsgericht erwog, der Zeuge E._ habe zu Protokoll gegeben, dass die Sublimiten nur für die Sach- nicht aber die BU-Versicherung Geltung beanspruchen sollen. Der Zeuge C._ habe sich nicht mehr genau an den Geltungsbereich der fraglichen Sublimiten erinnern können. Demnach sei es nicht möglich einen tatsächlich übereinstimmenden Willen der Parteien betreffend den Geltungsbereich der Sublimiten festzustellen.
6.3 Die Beklagte bringt vor, sie habe in diesem Zusammenhang neben den vom Handelsgericht erwähnten Beweismitteln namentlich die AAB 97 und die vorvertragliche Korrespondenz und vor der Deckungszusage erstellte Besprechungsnotizen als Beweise angerufen. Es sei nicht nachvollziehbar, weshalb das Handelsgericht sich mit diesen schriftlichen und bei den Akten liegenden Beweismitteln nicht auseinandergesetzt habe. Die Beklagte habe daher nicht erkennen können, ob es ihre Beweisofferten aus prozessualen Gründen abgelehnt oder den Beweisen die Erheblichkeit und Tauglichkeit abgesprochen habe. Das Handelsgericht habe daher seine Begründungspflicht verletzt.
6.4 Anhaltspunkte dafür, dass das Handelsgericht die bei den Akten befindlichen Dokumente aus prozessualen Gründen aus dem Recht gewiesen haben könnte, werden von der Beklagten nicht genannt und sind auch nicht ersichtlich. Dagegen ist erkennbar, dass das Handelsgericht nur die von ihm als erheblich qualifizierten Dokumente ausdrücklich erwähnte und die weiteren zahlreichen angerufenen Unterlagen als unerheblich betrachtete. Damit kann das Urteil sachgerecht angefochten werden, weshalb in diesem Zusammenhang eine Verletzung der Begründungspflicht zu verneinen ist (vgl. dazu E. 2.3 hiervor).
6.5 Weiter rügt die Beklagte, das Handelsgericht habe willkürlich Beweise nicht oder unzutreffend gewürdigt. Es habe nicht beachtet, dass gemäss § 12 der AAB 97 der Versicherer je Versicherungsfall Entschädigungen höchstens bis zu der je Position vereinbarten Versicherungssumme oder bis zu den Entschädigungsgrenzen, die in diesen Bedingungen vorgesehen oder zusätzlich vereinbart sind, bezahle. Daraus ergebe sich, dass die Höchstentschädigung pro Versicherungsfall gelte und damit nicht davon abhänge, ob ein Sach- oder BU-Schaden entstanden sei. Zudem habe das Handelsgericht die Zeugenaussage von C._ sinnentstellt dargestellt und einseitig der Aussage von E._ den Vorzug gegeben. Das Handelsgericht habe nicht erkannt, dass die Behauptung von E._, er habe über die getrennte Behandlung der Sach- und BU-Schäden gesprochen, von C._ glaubwürdig in Abrede gestellt worden sei. Zudem habe das Handelsgericht die vor- und nachvertragliche Korrespondenz nicht geprüft. Daraus sei ersichtlich, dass über eine getrennte Behandlung von Sach- und BU-Schäden nie gesprochen wurde. Im definitiven Mastervertrag vom 6. Mai 1999 habe die Beklagte auf der Austauschseite 13 vom 6. Mai 1999 die im Entwurf statuierte Überschrift "Sachversicherung" durch "Sach- und BU-Versicherung" der Klarstellung halber korrigiert.
6.6 Daraus, dass gemäss § 12 der AAB 97 die Entschädigungsgrenze je Versicherungsfall gilt, lässt sich für den Umfang einer Sublimite betreffend einen Versicherungsfall nichts ableiten. Zudem kann aus der unterlassenen Besprechung der Unterscheidung von Sublimiten betreffend Sach- und BU-Schäden nicht auf ein bestimmtes Verständnis der Klägerin geschlossen werden. Die von der Beklagten behauptete nachträgliche Korrektur des Mastervertrages ist für das Verständnis der Klägerin im Zeitpunkt des Erhalts der Deckungsbestätigung nicht von Bedeutung. Demnach ist die Vorinstanz nicht in Willkür verfallen, wenn sie zum Ergebnis kam, die Beklagte habe nicht nachweisen können, dass die Klägerin in diesen Zeitpunkt tatsächlich davon ausgegangen sei, die umstrittene Sublimite erfasse auch die BU-Schäden.
7. 7.1 Das Handelsgericht erwog, mangels eines tatsächlich übereinstimmenden Verständnisses bezüglich des Umfangs der Sublimite für Schäden aus Überschwemmungen habe insoweit eine Auslegung nach Treu und Glauben bzw. dem Vertrauensprinzip Platz zu greifen. Dabei sei auf den Zeitpunkt des Zugangs der Deckungserklärung abzustellen, weshalb die nachträglich abgeschlossenen Verträge nicht zu berücksichtigen seien. Der Wortlaut der Deckungszusage sei nicht eindeutig, weil das dieser beigefügte Angebot die Sublimiten allgemein aufliste, ohne zwischen Sach- und BU-Deckung zu unterscheiden. Demgegenüber seien im Mastervertragsentwurf vom 16. November 1998 die Sublimiten einzig unter dem Titel Sachversicherung erfasst. Vor dem Hintergrund dieses Vertragsentwurfs habe die Klägerin davon ausgehen dürfen, dass die Sublimiten nur für Sachschäden zur Anwendung gelangen sollten, wie sie dies gemäss der Zeugenaussage von E._ auch getan habe.
7.2 Die Beklagte führt an, zwar habe die Vorinstanz in Erwägung 6 zu Recht ausgeführt, nach deutschem Recht sei auch bei der Auslegung von Versicherungsverträgen das Gesamtverhalten der Parteien unter Einbezug aller Nebenumstände zu berücksichtigen. Dennoch lege die Vorinstanz die Sublimite nach Treu und Glauben unter Anwendung des Vertrauensprinzips aus, das ein Institut des Schweizer Rechts sei. In der entsprechenden Erwägung fänden sich daher keine Ausführungen zum Gesamtverhalten der Parteien, zu den Vorverhandlungen und -besprechungen, zum wirtschaftlichen Zweck des Vertrages oder zur Vorgeschichte der Vertragsbeziehungen. Dies zeige, dass die Vorinstanz bei der Auslegung des fraglichen Sublimits auf Schweizer Recht zurückgefallen sei, was eine Verletzung von Art. 13 und Art. 16 IPRG darstelle.
7.3 Zutreffend ist, dass die Vorinstanz bei der Auslegung der umstrittenen Sublimite zum Teil in der Schweiz übliche Begriffe verwendete. Dennoch ist in der Sache eine Abweichung von den in Deutschland geltenden Auslegungsregeln, welche von der Vorinstanz wiedergegeben wurden, nicht ersichtlich, zumal auch bei der Auslegung nach schweizerischem Verständnis des Vertrauensprinzips die Vorverhandlungen und -besprechungen der Parteien zu berücksichtigen sind (vgl. <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 382). Dies hat die Vorinstanz denn auch getan, indem sie den Entwurf des Mastervertrages vom 16. November 1999 würdigte. Damit ist nicht erkennbar, inwiefern die Vorinstanz im Ergebnis vom deutschen Recht abweichende Auslegungsregeln angewendet haben soll, weshalb eine Verletzung von Art. 13 und Art. 16 IPRG zu verneinen ist. Entgegen der Annahme der Beklagten ist auch kein Widerspruch zwischen den genannten Auslegungsregeln zur vorgenommenen Auslegung ersichtlich.
8. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde der Beklagten abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
II. Beschwerde der Klägerin
9. Nach Erhalt der Vernehmlassung der Beklagten hat die Klägerin umgehend eine Replik eingereicht, worauf die Beklagte dazu ebenfalls umgehend Stellung nahm. Diese Eingaben sind gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts zulässig (<ref-ruling> E. 2.2 S. 99). Da die Begründung der Beschwerde innert der Beschwerdefrist einzureichen und danach auf dem Gebiet des Zivilrechts eine Ergänzung der Beschwerde in der Replik ausgeschlossen ist, hat die Replik dagegen insoweit unbeachtet zu bleiben, als die Klägerin darin die Begründung der Beschwerde ergänzen möchte (Laurent Merz, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, N. 40 zu <ref-law>; vgl. ferner: <ref-ruling> E. 1b).
10.
10.1 Nach dem angefochtenen Urteil handelt es sich bei der Parametrisierung um die Ermittlung der Einstellwerte der Erodiermaschinen und um die Herstellung entsprechender Führungen und Elektroden, insbesondere um die Bestimmung der Ströme und Spannungen, mit denen die Maschinen optimalerweise zur Herstellung einer bestimmten Form zu betreiben sind. Ob die entsprechenden Aufwendungen von der Beklagten zu bezahlen sind, ist nach Auffassung des Handelsgerichts eine Frage der Auslegung des Versicherungsvertrages, d.h. der vorläufigen Deckungszusage. Diesbezüglich sei von einer Neuwertversicherung auszugehen. Die Klägerin habe die vorläufige Deckungszusage nach Treu und Glauben nicht so verstehen dürfen, dass sie auch die konkrete Produktionsbereitschaft für alle möglichen Aufträge umfasse. Wenn in § 5 Ziff. 2 lit. a AAB 97 ausgeführt werde, der Neuwert sei der Betrag, der aufzuwenden sei, um Sachen gleicher Art und Güte in neuwertigem Zustand wiederzubeschaffen oder sie neu herzustellen, könne dies nicht so verstanden werden, dass damit alle Kosten gedeckt seien, die zur vollständigen Wiederherstellung des durch einen Schadenfall beeinträchtigten Vermögens der Klägerin notwendig seien. Die von der Klägerin angerufene Sachversicherung zum Neuwert biete keinen allgemeinen Schutz des klägerischen Vermögens. Konkret stelle im Rahmen der Sachversicherung nicht die Produktionsbereitschaft, sondern der Neuwert der Maschine das versicherte Interesse dar, weshalb der Parametrisierungsaufwand nicht mitversichert sei. Die SARIX-Maschinen stellten Maschinen gleicher Art und Güte dar und seien auch von ihrer Funktion her den zerstörten Maschinen gleichzustellen. Entgegen den klägerischen Ausführungen verhalte sich Parametrisierung und Maschine zueinander nicht wie Schloss und Schlüssel, denn die Funktionsbereitschaft der Erodiermaschine setze die Parametrisierung nicht voraus. Diese sei vielmehr notwendig, um einzelne, bestimmte Produktionsaufträge möglichst effizient erfüllen zu können. Das Schloss könne seine Funktion ohne Schlüssel nicht erfüllen. Die Erodiermaschine könne hingegen ohne eine einem bestimmten Produktionsauftrag zugeordnete Parametrisierung erodieren. Dass es sich nicht um einen Fall der Komplementarität handle, zeige auch der Umstand, dass die Parameter für einen neuen Auftrag auf den Erodiermaschinen selbst zuerst erarbeitet werden müssten. Diese sei für sich aber bereits vor Kenntnis der entsprechenden Parameter in der Lage, zu erodieren. Ein Schloss ohne Schlüssel sei demgegenüber nutzlos, mithin nur mit Schlüssel überhaupt funktionstauglich.
10.2 Die Klägerin rügt, die Feststellung, die Funktionsbereitschaft der Erodiermaschine setze die Parametrisierung nicht voraus, sei offensichtlich unrichtig im Sinne von <ref-law>. Richtig sei, dass die Funktionsbereitschaft einer Erodiermaschine die Parametrisierung voraussetze, da ein bestimmter Produktionsauftrag ohne zugeordnete Parametrisierung nicht erfüllt werden könne, was unbestritten geblieben sei.
Das Handelsgericht führte namentlich an, dass die Parameter für einen neuen Auftrag zuerst erarbeitet werden müssen und die Parametrisierung notwendig ist, um bestimmte Produktionsaufträge möglichst effizient erfüllen zu können. Auch das Handelsgericht ging also davon aus, die Herstellung einer vertraglich bestimmten Spinndüse setze eine entsprechende Parametrisierung voraus, weshalb bezüglich deren Erforderlichkeit zur Erfüllung eines Herstellungsauftrags keine Abweichung von der Sachverhaltsdarstellung der Klägerin besteht. Demnach ist insoweit eine Verletzung von <ref-law> wie auch eine von der Klägerin ebenfalls behauptete Verletzung der Dispositionsmaxime und des Anspruchs auf rechtliches Gehör zu verneinen.
10.3 Weiter bringt die Klägerin vor, das Handelsgericht habe das Willkürverbot verletzt, indem es das deutsche AGB-Gesetz nicht angewendet habe. Das Handelsgericht habe übersehen, dass dieses Gesetz bereits anwendbar sei, wenn ihm einzelne Vertragsklauseln unterstehen.
Auf diese allgemeine Rüge ist mangels hinreichender Begründung nicht einzutreten, denn die Klägerin zeigt nicht auf, bei welcher Klausel die Anwendung des deutschen AGB-Gesetzes zu einem abweichenden Ergebnis geführt hätte.
10.4 Die Klägerin rügt weiter, das Handelsgericht habe auf unhaltbare Weise angenommen, die Klägerin hätte nur aufgrund einer "besonderen" Vermögensversicherung Ersatz der Parametrisierungskosten beanspruchen können. Es habe verkannt, dass die vorliegende Allgefahrendeckung eine Schadenversicherung im Sinne des § 1 Abs. 1 des deutschen VVG sei, bei dem der Versicherer nach dem Eintritt des Versicherungsfalles dem Versicherungsnehmer den dadurch verursachten Vermögensschaden nach Massgabe des Vertrages zu ersetzen habe.
Inwiefern es unhaltbar sein soll, bei der vereinbarten Deckung für Sachschäden nach deutschem Recht den Ersatz auf den Neuwert der zerstörten oder beschädigten Sachen zu begrenzen, legt die Klägerin nicht dar. Auch diese Rüge ist daher nicht zu hören.
11.
11.1 Das Handelsgericht führte aus, trotz der Anwendbarkeit des deutschen Rechts blieben gemäss <ref-law> die Bestimmungen des schweizerischen Rechts vorbehalten, die wegen ihres besonderen Zwecks - unabhängig von dem durch das IPRG bezeichneten Recht - zwingend anzuwenden sind. Dazu gehörten die aufsichtsrechtlichen Vorschriften, die sich unmittelbar auf die Gültigkeit oder den Inhalt von Versicherungsverträgen auswirkten, wie sie die Verordnung vom 18. November 1992 über die Elementarschadenversicherung (ESVV, SR. 961.27)enthalte. Gemäss Art. 1 Abs. 1 ESVV müssten Versicherungseinrichtungen, die für in der Schweiz gelegene Sachen Feuerversicherungen abschlössen, diese Gegenstände auch gegen Elementarschäden zum Vollwert versichern. Unabhängig von allen anderen Voraussetzungen, die für das Entstehen von Ansprüchen gestützt auf die ESVV notwendig seien, sei die Beklagte folglich nur gestützt auf deren Bestimmungen haftbar, wenn der geltend gemachte Parametrisierungsaufwand im Rahmen der obligatorischen Versicherung zum Vollwert gemäss Art. 1 Abs. 1 ESVV als ersatzfähig zu qualifizieren sei. Dies treffe nicht zu, da unter einer Versicherung zum Vollwert eine Versicherung zum Ausgleich des Substanzschadens gemeint sei. Da die betreffenden Gegenstände - gemäss den Ausführungen zum deutschen Recht - bereits zum Vollwert ersetzt worden seien und der darüber hinausgehende Parametrisierungsaufwand nicht von Art. 1 Abs. 1 ESVV erfasst werde, stünden der Klägerin keine Ansprüche gestützt auf die ESVV zu. Die Rechtslage unter neuem Recht habe sich diesbezüglich nicht verändert (neu Art. 33 Abs. 1 und 4 lit. b VAG in Verbindung mit Art. 171 Abs. 1 AVO).
11.2 Diese Ausführungen lassen erkennen, von welchen Überlegungen sich das Handelsgericht hat leiten lassen. Die diesbezüglich erhobene Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs ist damit unbegründet (vgl. E. 2.3. hiervor).
11.3 Weiter macht die Klägerin geltend, das Handelsgericht habe die ESVV verletzt, indem es den Parametrisierungsaufwand nicht als Sachschaden im Sinne dieser Verordnung qualifiziert habe. Beim Sachschaden stünden bei zerstörten Sachen die Anschaffungskosten für einen gleichwertigen Ersatzgegenstand im Vordergrund. Damit sei der Parametrisierungsaufwand Sachschaden, da es sich um Kosten zur Anschaffung für einen gleichwertigen Ersatzgegenstand handle. Vorliegend hätten die an sich unversehrt gebliebenen Elektroden, Formen und Dokumentationen über die Einstellwerte ersetzt werden müssen, weil sie mit den ersatzweise angeschafften Maschinen nicht kompatibel gewesen, mithin unbrauchbar und wertlos geworden seien. Es handle sich um einen Komplementärschaden, der zu ersetzen sei, wie wenn die Elektroden durch das Hochwasser ebenfalls zerstört worden wären, weil bei komplementären Gütern die Sachgruppe als wirtschaftliche Einheit wieder voll herzustellen sei, wenn eine der zusammengehörigen Sachen zerstört oder beschädigt werde. Wenn ein Schloss zerstört werde, müsse auch ein neuer Schlüssel angeschafft werden. Entgegen der Auffassung des Handelsgerichts verhielten sich Parametrisierung und Erodiermaschine zueinander wie Schloss und Schlüssel, da die Erodiermaschine ohne Parametrisierung nicht erodieren könne. Zudem könne auch im Versicherungsrecht eine Abkehr vom traditionellen Sachschadenbegriff als Substanzschaden, hin zu einer sich dem haftpflichtrechtlichen Schadensbegriff annähernden Funktionsbeeinträchtigungstheorie festgestellt werden. Im Haftpflichtrecht würde ein Vermögensschaden, der einen Zusammenhang mit einem Sachschaden aufweise, als Sachschaden qualifiziert. Dies bedeute, dass Aufwand für die Programmierung eines Ersatzcomputers Sachschaden darstelle. Lehre und Rechtsprechung in der Schweiz täten sich mit der in Deutschland anerkannten Funktionsbeeinträchtigungstheorie noch schwer. Die Rechtsprechung müsse sich jedoch veränderten Bedürfnissen anpassen. Im digitalen Zeitalter erscheine die Substanzbeeinträchtigungstheorie als veraltet und könne zu unbilligen Ergebnissen führen. So beschränke sich das Interesse der Klägerin nicht auf den Sachwert der Maschinen, sondern erstrecke sich auf die Möglichkeit, mit den dazu passenden Elektroden zu produzieren. Es könne deshalb nicht sein, dass der Versicherer nur die zerstörte Maschine ersetze, nicht aber den um ein Vielfaches höheren Parametrisierungsschaden.
11.4 Gemäss Art. 1 Abs. 1 ESVV (geändert am 11. Januar 1995, AS 1995 S. 1063) müssen Versicherungseinrichtungen, die für in der Schweiz gelegene Sachen (Fahrhabe und Gebäude, mit Ausnahme von Atomanlagen im Sinne von Art. 1 Abs. 2 des Atomgesetzes vom 23. Dezember 1959) Feuerversicherungen abschliessen, diese Gegenstände auch gegen Elementarschäden zum Vollwert versichern. Die ESVV bezieht sich auf die Versicherung von Sachen. Sachversicherungen decken bei Beschädigung oder Zerstörung der versicherten Sache deren Ersatzwert (<ref-ruling> E. 4b S. 179; vgl. auch Urteil 5C.271/2004 vom 12. Juli 2005 E. 3.2). Als Neuanschaffungswert bzw. voller Wert gilt der Preis, den der Versicherte bezahlen müsste, um eine neue Sache anzuschaffen, die in Art und Qualität der vom Versicherungsfall betroffenen entspricht (HANS-ULRICH BRUNNER, in: Basler Kommentar, Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, 2000, N. 11 und 32 zu <ref-law>; ROELLI/JAEGER, Kommentar zum Schweizerischen Bundesgesetz über den Versicherungsvertrag, 2. Bd., 1932, N. 55 zu <ref-law>). Ein Teil der Schweizer Lehre vertritt gemäss der Substanzbeeinträchtigungstheorie die Meinung, die Sachversicherung decke nur den Wertverlust von versicherten Sachen, der durch die Beeinträchtigung ihrer Substanz entsteht (FABIO SCHLÜCHTER, Praktische und rechtliche Fragen des Versicherungsschutzes, in: HAVE 2006, S. 89 ff., 95; BRUNO SCHATZMANN, Der Begriff des Sachschadens in der Betriebshaftpflichtversicherung und im Haftpflicht, in: SVZ 2000, S. 26 ff., 30 f.; vgl. auch HARDY LANDOLT, Sachschadenhaftung, Unter besonderer Berücksichtigung von verkehrsunfallbedingten Sachschäden, in: Jahrbuch zum Strassenverkehrsrecht 2007, S. 67 ff., 104 ff.). Ein anderer Teil der Lehre ist der Auffassung, wenn eine innerlich zusammenhängende versicherte Sachgesamtheit - wie z.B. ein Porzellanservice, ein mehrbändiges Literaturwerk oder eine Möbelgarnitur - durch ein Schadenereignis teilweise beschädigt oder zerstört werde und dadurch der unversehrte Teil an Wert verliere oder unbrauchbar werde, sei dieser Wertverlust als so genannter Komplementärschaden auch ohne Beeinträchtigung der Substanz von der Sachversicherung zu decken (ROELLI/JAEGER, a.a.O., N. 36 ff. zu <ref-law>; HAUSWIRTH/SUTER, Sachversicherung, 2. Aufl. 1990, S. 60; STEPHAN FUHRER, Ausgewählte Fragen im Zusammenhang mit der Liquidation von Sachschäden, in: Haftpflicht- und Versicherungsrechtstagung 1993, S. 73 ff. S. 86). Entsprechend wird in Anlehnung an die deutsche Rechtsprechung auch die Meinung vertreten, wenn durch einen Verlust eines Schlüssels Schlösser ihre Sicherungsfunktion verlören, seien die Kosten für den Ersatz der wertlos gewordenen Schliessanlagen als Sachschäden zu qualifizieren (FUHRER, a.a.O., S. 86 f.). Ob dieser Lehrmeinung zu folgen ist, kann offen bleiben.
11.5 Die Klägerin hat die 1820 Parametrisierungen zur Erfüllung bestimmter Produktionsaufträge erstellt, was sich daraus ergibt, dass für jeden neuen Produktionsauftrag nach der unangefochtenen Feststellung des Handelsgerichts eine neue Parametrisierung vorgenommen werden muss. Damit sind die bisherigen Parametrisierungen - anders als ein Schlüssel zu einem Schloss bzw. Standardcomputerprogramme - nicht generell beim Gebrauch der Maschine einsetzbar. Die im Hinblick auf bestimmte Verträge erstellten Parametrisierungen können daher nicht der allgemeinen Funktionstauglichkeit der alten Maschinen bzw. deren Vollwert zugerechnet werden. Das Handelsgericht nahm daher bundesrechtskonform an, gemäss ESVV seien die Kosten der Erstellung der bisherigen Parametrisierungen für die neuen Maschinen nicht zu ersetzen. Hinzu kommt, dass die bisherigen Parametrisierungen durch das Schadenereignis entgegen der Behauptung der Klägerin nicht nutzlos geworden sind, da sie auf vier der bisher neun Maschinen weiterhin verwendet werden konnten. Ein Bedarf nach Wiederherstellung dieser Parametrisierungen für die fünf Ersatzmaschinen hätte von vornherein nur soweit bestehen können, als bereits begonnene Produktionsaufträge oder nach dem Schadenereignis zu erwartende Nachbestellungen mit den alten Maschinen nicht hätten erfüllt werden können. Entsprechende Sachverhaltsfeststellungen finden sich jedoch nicht im angefochtenen Urteil, ohne dass dies von der Klägerin beanstandet wird. Damit fehlen - selbst wenn eine funktionelle Einheit von Maschinen und Parametrisierungen bejaht würde - die tatsächlichen Grundlagen für einen möglichen Komplementärschaden.
12. Nach dem Gesagten dringt die Klägerin mit ihren Ansprüchen auf Deckung des geltend gemachten Parametrisierungsschadens nicht durch. Die Eventualerwägungen des Handelsgerichts zur Höhe dieses Schadens und zur Sublimite für Sachschäden sind demnach nicht entscheiderheblich. Auf die dagegen gerichtete Kritik der Klägerin und ihre Ausführungen zur Verzinsung und Aufteilung des Parametrisierungsschadens ist daher nicht einzutreten.
13.
13.1 Das Handelsgericht führte aus, die Klägerin verlange in ihren Rechtsschriften einen Gesamtzinsbetrag von Fr. 275'678.--. Bezüglich der Umstände, aus denen sich diese Zinsschuld ergeben soll, verweise sie pauschal auf eine von ihr verfasste als KB 79 ins Recht gelegte Urkunde. Sie unterlasse damit in ihren Rechtsschriften die rechtsgenügliche Behauptung der für eine ordentliche Zinsberechnung notwendigen Angaben, wie beispielsweise die Anzahl Zinstage oder die Höhe des Betrages, auf dem für einen bestimmten Zeitraum Zins geschuldet sei. Die genannte Zinsschuld sei deshalb mangels genügend substantiierter Behauptungen nicht zu schützen.
13.2 Die Klägerin wendet ein, sie habe bezüglich der Zinsforderung von Fr. 275'678.-- auf bereits geleisteten Entschädigungen konkret auf die erste Seite von KB 79 verwiesen, welche in einer übersichtlichen Tabelle sämtliche Umstände nenne, aus denen sich die behauptete Zinsschuld ergebe. Die in dieser Tabelle enthaltenen Tatsachen hätten deshalb im Umfang der konkreten Verweisung entsprechend <ref-law>/AG als behauptet zu gelten. Indem das Handelsgericht die Tabelle in KB 79 nicht berücksichtigt habe, und deshalb von einer ungenügend substantiierten Behauptung ausgegangen sei, habe es <ref-law>/AG willkürlich angewendet und damit <ref-law> verletzt.
13.3 Gemäss <ref-law>/AG haben die Parteien dem Richter die Tatsachen, auf die sie ihre Begehren stützen, darzulegen und ihre Beweismittel anzugeben. Nach Rechtsprechung und Lehre genügt für eine ausreichende Substantiierung nicht, dass pauschal auf weitere Eingaben oder Akten in einem anderen Verfahren verwiesen wird. Denn es ist nicht Sache des Richters und der Gegenpartei, die rechtserheblichen Behauptungen zusammenzusuchen. Wird für bestimmte Tatsachen auf Beilagen verwiesen, so gelten die darin enthaltenen Tatsachen nur im Umfang der konkreten Verweisung als behauptet. Eine bloss allgemeine Bezugnahme auf eingereichte Akten oder die allgemeine Erklärung, alle eingereichten Akten bildeten integrierenden Bestandteil einer Rechtsschrift, genügt hingegen nicht (ALFRED BÜHLER, in: Alfred Bühler und andere [Hrsg.], Kommentar zur aargauischen Zivilprozessordnung, 2. Aufl. 1998, N. 15 zu <ref-law>/AG).
13.4 Die einschlägige Stelle der Klageschrift (S. 48 f. Rz. 85) lautet:
"Die aufgelaufenen Zinsen nach AAB 97 belaufen sich gemäss beigelegter Aufstellung (S. 1) auf CHF 275'678.-- ...
Beweis: - Aufstellung über die Zinsen S. 1 und 2 Beilage 79"
13.4.1 Bezüglich dieser Zinsforderung liegt somit gemäss der in E. 13.3 wiedergegebenen Lehrmeinung, auf welche auch das Handelsgericht abstellt (E. 11.3.1), offensichtlich eine zulässige konkrete Verweisung vor, zumal diesbezüglich auf ein mit der Seitenzahl genau bezeichnetes Dokument verwiesen wird. Das Handelsgericht verfiel daher in Willkür, wenn es insoweit eine unzulässige pauschale Verweisung annahm.
13.4.2 Wird die erwähnte Beilage 79 berücksichtigt, erweist sich auch die Auffassung des Handelsgerichts, die Klägerin habe es unterlassen, die für eine ordentliche Zinsberechnung notwendigen Angaben zu liefern, als aktenwidrig, denn auf Seite 1 dieser Beilage figurieren in einer Tabelle neben dem Titel "Zinsen auf bereits geleisteten Entschädigungen nach AAB 97" für jede von der Beklagten bereits geleistete Deckungszahlung deren Datum und Betrag, die Anzahl der Tage zwischen dem Schadenseintritt und der Zahlung sowie der jeweils mit 4 % berechnete Zins in Euro und in CHF. Von einer Verletzung der kantonalrechtlichen Substantiierungspflicht kann unter diesen Umständen nicht die Rede sein, weshalb die Rüge der willkürlichen Anwendung von <ref-law>/AG begründet ist.
13.4.3 Das angefochtene Urteil ist daher aufzuheben und zur Ergänzung des Sachverhalts und neuer Entscheidung betreffend die Zinsforderung der Klägerin von Fr. 275'678.-- auf bereits geleisteten Entschädigungen an das Handelsgericht zurückzuweisen. Da das Bundesgericht in der vorliegenden vermögensrechtlichen Streitigkeit ausländisches Recht nicht von Amtes wegen anwendet, erweist sich eine Rückweisung als unumgänglich.
14. Nach dem Gesagten ist in teilweiser Gutheissung der Beschwerde der Klägerin das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Sachverhaltsergänzung und zu neuer Entscheidung betreffend die Zinsforderung der Klägerin von Fr. 275'678.-- auf bereits geleisteten Entschädigungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Im Übrigen ist die Beschwerde der Klägerin abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
15. Da die Parteien mit den in ihren Beschwerden gestellten Rechtsbegehren ganz bzw. im Wesentlichen unterliegen, rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 65'000.-- im Betrag von Fr. 10'000.-- der Beklagten und im Betrag von Fr. 55'000.-- der Klägerin aufzuerlegen (<ref-law>). Die gegenseitigen Ansprüche der Parteien auf Parteientschädigungen (Fr. 12'000.-- zugunsten der Klägerin und Fr. 65'000.-- zugunsten der Beklagte) sind zu verrechnen, was zu einem Überschuss zugunsten der Beklagten von Fr. 53'000.-- führt.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 4A_141/2009 und 4A_149/2009 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde der Beklagten (4A_149/2009) wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde der Klägerin (4A_141/2009) wird das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Aargau vom 14. Januar 2009 aufgehoben und die Sache zur Ergänzung des Sachverhalts und zu neuer Entscheidung über die Zinsforderung der Klägerin von Fr. 275'678.-- an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
4. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 65'000.-- werden im Betrag von Fr. 10'000.-- der Beklagten und im Betrag von Fr. 55'000.-- der Klägerin auferlegt.
5. Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 53'000.-- zu entschädigen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Aargau, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. September 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Gelzer