Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Beschwerdeführerin) ist Eigentümerin und Vermieterin der in den 70er Jahren erstellten Wohnüberbauung "M._" inN._. In den Jahren 2006 und 2007 führte sie in sämtlichen Liegenschaften der Überbauung umfassende Sanierungsarbeiten mit einer Investitionssumme von knapp 26 Mio. Franken durch. Nach Abschluss der ersten Etappe der Sanierung zeigte sie den Mietern am 19. Januar 2007 eine Mietzinserhöhung insbesondere infolge umfassender Innen- und Aussensanierung per 1. Mai 2007 an. Diese Mietzinserhöhung wurde von fast allen am vorliegenden Verfahren beteiligten Mietern, mit denen damals bereits Mietverträge bestanden, angefochten. Im Rahmen des Schlichtungsverfahrens konnte keine Einigung erzielt werden. Das Kreisgericht St. Gallen entschied daraufhin am 31. Oktober 2008, dass der wertvermehrende Anteil der umfassenden Sanierung 50 % betrage. In der Folge wurden auf dieser Basis für die gesamten Sanierungskosten (mithin auch für die zweite Bauetappe) mittels Vergleichen zwischen Vermieterin und Mietern die jeweiligen (gestaffelten) Mietzinserhöhungen, letztmals per 1. Juli 2009 festgelegt. In den Vergleichen von Ende Januar 2009/anfangs Februar 2009 war unter anderem festgehalten: "Allgemeine Kostensteigerungen ausgeglichen per 31.01.2008".
Aufgrund der Senkung des Referenzzinssatzes auf den Stand von 3.25 % gewährte die Vermieterin mit Mitteilung vom 1. Juli 2009 allen Mietern der Überbauung eine Mietzinsreduktion mit Wirkung auf den 1. November 2009. Dabei hielt sie auf dem amtlichen Formular fest: "Allgemeine Kostensteigerungen unverändert ausgeglichen bis 31.01.2008". Ferner brachte sie einen Vorbehalt bezüglich einer noch nicht realisierten Mietzins-Erhöhungs-Reserve von 1.4 % an.
Nach einer erneuten Senkung des Referenzzinssatzes auf 3 % verlangten die am Verfahren beteiligten Mieter von der Vermieterin, den Mietzins auf den nächsten Kündigungstermin entsprechend herabzusetzen. Die Vermieterin lehnte die Reduktion ab, indem sie eine Unterhaltskostensteigerung von 10.52 % zufolge ausserordentlichen Unterhalts, der im Rahmen der umfassenden Sanierung als nicht wertvermehrende Kosten angefallen sei, zur Verrechnung brachte. Sie zeigte den Mietern eine entsprechende Mietzins- bzw. Mietvertragsänderung per 1. März 2010 an. Die Mieter leiteten deswegen bei der Schlichtungsstelle für Miet- und Pachtverhältnisse St. Gallen ein Schlichtungsverfahren ein. Eine Einigung kam nicht zustande.
B. Am 18. Juni 2010 erhoben die Mieter, vertreten durch den selben Rechtsanwalt, beim Kreisgericht St. Gallen individuell Klage mit dem Begehren, der Mietzins sei per 1. Januar 2010, eventualiter per 1. April 2010, auf einen jeweils genau bezifferten Betrag herabzusetzen. Mit je separaten Entscheiden vom 16. Dezember 2010 schützte der Einzelrichter des Kreisgerichts St. Gallen die Herabsetzungsbegehren per 1. April 2010.
Gegen diese Entscheide erhob die Vermieterin Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen mit dem Hauptantrag, die Sache an das Kreisgericht St. Gallen als Kollegialgericht zurückzuweisen. Eventuell seien die Klagen vollumfänglich abzuweisen. Ferner beantragte sie, die Mieter seien im Berufungsverfahren als einfache Streitgenossenschaft zu behandeln. Mit Entscheid vom 8. August 2012 vereinigte das Kantonsgericht die Verfahren "im Sinn der Erwägungen". Auf die Berufung in Sachen der elf Mietparteien, bei denen aufgrund der streitigen Mietzinsreduktion der massgebliche Streitwert von Fr. 8'000.-- für die Berufung nicht erreicht war, trat es nicht ein. Im Übrigen wies es die Berufung ab.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, diesen Entscheid aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Dabei richtet sie die Beschwerde im Rubrum nicht gegen die Mietparteien, bezüglich deren Sache das Kantonsgericht nicht auf die Berufung eingetreten ist.
Die Beschwerdegegner schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. In mietrechtlichen Fällen ist die Beschwerde in Zivilsachen nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens 15'000 Franken beträgt (Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG). Vorliegend erreichen die streitigen Mietzinsbeträge der einzelnen klagenden Mieter diesen Streitwert nach Art. 51 Abs. 4 BGG berechnet nicht.
Nach Art. 52 BGG werden mehrere in einer vermögensrechtlichen Sache von Streitgenossen geltend gemachte Begehren zusammengerechnet, sofern sie sich nicht gegenseitig ausschliessen. Das Bundesgericht hat bereits unter der Geltung des Bundesrechtspflegegesetzes (OG) in Bezug auf dessen Art. 47 Abs. 1, der im Wesentlichen Art. 52 BGG entsprach, entschieden, dass eine Zusammenrechnung der Betreffnisse mehrerer Begehren, die sich nicht gegenseitig ausschliessen, Platz greift, wenn die Begehren im kantonalen Verfahren effektiv vereinigt wurden und zu einem einzigen Entscheid führten. Keine Rolle spielt, wenn die Verfahren nicht bereits von Beginn weg vereinigt waren; entscheidend ist die Vereinigung vor der Vorinstanz des Bundesgerichts (<ref-ruling> E. 1c S. 45 f.; bestätigt in <ref-ruling> E. 1; Urteil 4C.313/2005 vom 5. Dezember 2005 E. 1.1, nicht publ. in <ref-ruling>; POUDRET, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciare, Bd. II, 1990, N. 1.3 und N. 1.4 zu Art. 47 OG; vgl. auch RUDIN, Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 18 zu Art. 52 BGG). Bei der subjektiven Klagenhäufung muss eine Streitgenossenschaft im Sinne von Art. 24 Abs. 2 BZP vorliegen (<ref-ruling> E. 1c S. 46; bestätigt in <ref-ruling> E. 6a S. 70). Nach Art. 24 Abs. 2 lit. b BZP können mehrere Personen in der gleichen Klage als Kläger auftreten oder als Beklagte belangt werden, wenn gleichartige, auf einem im Wesentlichen gleichartigen tatsächlichen und rechtlichen Grund beruhende Ansprüche den Streitgegenstand bilden. Die in Art. 24 Abs. 2 lit. b BZP weiter genannte Voraussetzung, dass die Zuständigkeit des Bundesgerichts für jeden einzelnen Anspruch begründet ist, ist auf den Direktprozess zugeschnitten und wurde für die altrechtliche Berufung ausgeschlossen (<ref-ruling> E. 1c S. 46; bestätigt in <ref-ruling> E. 2b S. 232). Das Gleiche muss für die Beschwerde in Zivilsachen gelten.
Vorliegend richten sich die verschiedenen Herabsetzungsbegehren gegen die gleiche Vermieterin und stützen sich auf denselben Herabsetzungsgrund. Die 51 klagenden Mietparteien liessen sich vom gleichen Rechtsanwalt vertreten, leiteten aber je separate Verfahren ein. Eine Vereinigung der Verfahren fand im erstinstanzlichen Verfahren nicht statt und es ergingen separate Entscheide. Gegen diese Entscheide erklärte die Vermieterin eine einzige Berufung. Die Vorinstanz vereinigte daraufhin die Verfahren im Berufungsstadium und fällte einen einzigen Berufungsentscheid. Damit sind die Voraussetzungen für eine Zusammenrechnung erfüllt.
Die Beschwerdegegner wenden ein, sie hätten ihre Klagen individuell eingereicht und freiwillig keine aktive Streitgenossenschaft gebildet. Die richterliche Vereinigung der Verfahren im Berufungsstadium könne sie nicht in eine aktive Streitgenossenschaft drängen. Dadurch habe auf Seiten der Mieter, die im Verfahren der Mietzinsherabsetzung in keinem Prozessstadium "belangt" würden, auch keine passive Streitgenossenschaft entstehen können. Eine "unfreiwillige" aktive Streitgenossenschaft falle nicht unter Art. 24 BZP, und eine Zusammenrechnung nach Art. 52 BGG dürfe nicht Platz greifen. Mit anderen Worten dürfe eine durch Verfahrensvereinigung richterlich herbeigeführte aktive Streitgenossenschaft - im Gegensatz zu einer von den Klägern gewollten aktiven Streitgenossenschaft - keine Zusammenrechnung der Streitwerte bewirken.
Dem kann nicht gefolgt werden. Nach der oben zitierten Rechtsprechung ist nicht erforderlich, dass die mehreren Kläger sich von Beginn weg freiwillig zu einer einfachen Streitgenossenschaft zusammenschlossen. Ausschlaggebend ist die effektiv erfolgte Vereinigung der Verfahren vor der Vorinstanz des Bundesgerichts und die Erledigung in einem einzigen Entscheid. Im Übrigen belegen die Beschwerdegegner nicht mit Aktenhinweisen, und es geht auch nicht aus dem angefochtenen Entscheid hervor, dass sie die Vereinigung der Verfahren vor der Berufungsinstanz abgelehnt hätten. Die Beschwerdegegner antworteten auf die Berufung in einer einzigen Rechtsschrift. Laut Vorinstanz erhoben beide Parteien gegen die im Schreiben vom 5. Juni 2012 sinngemäss in Aussicht gestellte Vereinigung keine Einwendungen. Insofern ist auf Seiten der Mieter auf der Stufe der Vorinstanz von einer einfachen Streitgenossenschaft auszugehen, und es bleibt dabei, dass die Voraussetzungen für eine Zusammenrechnung der Streitwerte der verschiedenen Herabsetzungsbegehren im Sinne von Art. 52 BGG erfüllt sind. Demnach erreicht der Streitwert gemäss den Angaben der Vorinstanz Fr. 440'000.-- und liegt somit über der Grenze von Art. 74 Abs. 1 lit. a BGG.
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinlänglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde einzutreten.
2. Verlangt der Mieter unter Berufung auf Art. 270a Abs. 1 OR eine Mietzinsherabsetzung, kann ihm der Vermieter insbesondere entgegenhalten, es hätten sich seit der letzten massgebenden Mietzinsfestlegung mit Bezug auf andere Faktoren Kostensteigerungen ergeben. Die relative Methode gilt mithin grundsätzlich auch für die vom Vermieter zur Kompensation des Senkungsanspruchs geltend gemachten Erhöhungsgründe (126 III 124 E. 2a S. 126 mit Hinweisen; RAYMOND BISANG UND ANDERE, Das schweizerische Mietrecht, SVIT-Kommentar, 3. Aufl. 2008, N. 19 zu Art. 270a OR; WEBER, Basler Kommentar, Obligationenrecht, Bd. I, 5. Aufl. 2011, N. 2 zu Art. 270a OR). Der Vermieter kann einem relativ berechtigten Herabsetzungsbegehren aber auch einen absoluten Erhöhungsgrund entgegensetzen, wie den Einwand des nicht übersetzten Ertrags (<ref-ruling>) oder der Orts- und Quartierüblichkeit (<ref-ruling> E. 4 S. 260 ff.).
Die Beschwerdeführerin hielt den Herabsetzungsbegehren der Beschwerdegegner einerseits entgegen, sie verrechne mit der Steigerung der Unterhaltskosten, die sich aus der Überwälzung des nicht wertvermehrenden Anteils der Sanierungskosten von 50 % ergeben habe und die das Ausmass der geltend gemachten Mietzinsreduktion übersteige. Andererseits berief sie sich auf den absoluten Erhöhungsgrund der Erzielung eines angemessenen Ertrags.
Die Vorinstanz stellte zur Frage der grundsätzlichen Überwälzbarkeit der Unterhaltskostensteigerung Erwägungen an, liess diese jedoch letztlich offen, da sie eine Verrechnung mit gesteigerten Unterhaltskosten mit einer davon unabhängigen doppelten Begründung ablehnte: Sie hielt dafür, die Beschwerdeführerin hätte einen Vorbehalt für Mietzinserhöhungen wegen Unterhaltskostensteigerungen anbringen müssen, nachdem die Kostensteigerung bereits bei Abschluss der Vergleiche im Januar/Februar 2009 bzw. bei der Neufestlegung des Mietzinses per (letztmals) 1. Juli 2009 bekannt gewesen sei. Da sie keinen ausreichenden Vorbehalt angebracht habe, könne sie die Kostensteigerung nicht mehr geltend machen, auch nicht unter Verrechnung mit einem Herabsetzungsanspruch der Mieter. Zum gleichen Ergebnis gelangte die Vorinstanz in Auslegung der Vergleiche. Die Mieter hätten aufgrund der Umstände darauf vertrauen dürfen, dass mit Abschluss der Vergleiche keine weiteren, die Sanierung betreffenden Kosten auf den Mietzins überwälzt würden. Die Beschwerdeführerin hält beide Begründungen für bundesrechtswidrig (dazu Erwägung 3 und 4).
Den Einwand des nicht übersetzten Ertrags verwarf die Vorinstanz mangels Nachweises der Anlagekosten, was die Beschwerdeführerin ebenfalls anficht (dazu Erwägung 6).
3. 3.1 Mietzinse sind in der Regel nicht missbräuchlich, wenn sie durch Kostensteigerungen oder Mehrleistungen des Vermieters begründet sind (Art. 269a lit. b OR). Als Kostensteigerungen im Sinne von Art. 269a lit. b OR gelten insbesondere Erhöhungen des Hypothekarzinssatzes, der Gebühren, Objektsteuern, Baurechtszinse, Versicherungsprämien sowie Erhöhungen der Unterhaltskosten (Art. 12 Abs. 1 der Verordnung vom 9. Mai 1990 über die Miete und Pacht von Wohn- und Geschäftsräumen [VMWG, SR 221.213.11]).
Unterhaltskosten sind die Aufwendungen, die dem Vermieter für die Instandhaltung des Mietobjekts zum vorausgesetzten Gebrauch entstehen. Sie berechtigen grundsätzlich nicht zu einer Mietzinserhöhung (<ref-ruling> E. 3a S. 407; HIGI, Zürcher Kommentar, 4. Aufl. 1998, N. 81 zu Art. 269 OR). Solche Aufwendungen können aber allenfalls, wenn sie zu einer dauerhaften Unterhaltskostensteigerung führen, nach Art. 269a OR als Kostensteigerung mietzinserhöhend geltend gemacht werden (HIGI, a.a.O., N. 224 zu Art. 269a OR; LACHAT/BRUTSCHIN, Mietrecht für die Praxis, 8. Aufl. 2009, S. 372).
In zeitlicher Hinsicht können Unterhaltskosten berücksichtigt werden, sobald die Arbeiten ausgeführt und vom Vermieter bezahlt sind. Um die Zufälligkeiten anfallender Unterhaltsarbeiten auszugleichen, ist zur Bestimmung des Umfangs der Kostensteigerung auf die durchschnittlichen Aufwendungen der letzten fünf - eventuell mindestens drei - Jahre abzustellen (<ref-ruling> E. 3c/bb S. 85). Eine pauschale Berücksichtigung der Kostensteigerung kann nur ausnahmsweise greifen, namentlich wenn die Abrechnungen ungewöhnlich hohe oder tiefe Posten enthalten, so dass der Durchschnitt die tatsächlichen Kosten im massgeblichen Zeitpunkt unzutreffend wiedergibt (Urteile 4A_484/ 2011 vom 2. November 2011 E. 7 und 4C.157/2001 vom 1. Oktober 2001 E. 2a). Ausserordentlich hohe Unterhaltskosten sind auf die Lebensdauer der damit finanzierten Einrichtungen zu verteilen. Die entsprechenden Teilbeträge können jährlich bis zur vollständigen Amortisation in die Unterhaltsrechnung eingestellt werden und sind mit 5 % auf dem jeweils noch nicht amortisierten Restbetrag zu verzinsen (Urteil 4C.293/2000 vom 24. Januar 2001 E. 1b, MRA 4/2001 S. 116 ff.).
3.2 Aufgeschobener Unterhalt, der im Rahmen einer umfassenden Sanierung nachgeholt wird, bleibt Unterhalt (Urteil 4C.293/2000 vom 24. Januar 2001 E. 1b, MRA 4/2001 S. 116 ff.). Er kann eine Mietzinserhöhung daher nur im tatsächlichen Umfang einer dauernden Kostensteigerung rechtfertigen (LACHAT/BRUTSCHIN, a.a.O., S. 381). Dabei können nur ausserordentliche Unterhaltsaufwendungen, nicht aber Kosten von aufgeschobenen laufenden Unterhaltsarbeiten, die der Werterhaltung der Mietsache dienen und aus den laufenden Mietzinseinnahmen zu finanzieren sind (<ref-ruling> E. 3a S. 407) zu einer Kostensteigerung führen, die bei der Mietzinsberechnung berücksichtigt werden darf (<ref-ruling> E. 3a S. 417; DAVID LACHAT, Protection contre les loyers abusifs, Droit du bail 2002 S. 24).
Das Bundesgericht führte in seinem Urteil 4C.293/2000 vom 24. Januar 2001 aus, es liesse sich mit der Praxis, wonach Pauschalen für die Amortisation des Gebäudes und Rückstellungen für künftigen Unterhalt nicht zulässig sind (vgl. <ref-ruling> E. 2d S. 425), nicht vereinbaren, Unterhaltskosten, die im Rahmen einer umfassenden Renovation anfielen, überhaupt nicht zu berücksichtigen. Konkret schloss es nicht aus, in diesem Rahmen angefallene ausserordentliche Unterhaltsaufwendungen zu berücksichtigen, sei es im Rahmen einer Ertragsberechnung, sei es bei einer Mietzinsanpassung nach der relativen Methode. Damit wurde aber entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin nicht gesagt, dass sämtliche Kosten einer umfassenden Sanierung, die nicht als wertvermehrend betrachtet und nicht in Anwendung von Art. 14 VMWG als Mietzinserhöhung geltend gemacht werden konnten, ohne weiteres als zu berücksichtigende ausserordentliche Unterhaltsaufwendungen betrachtet werden dürften, die pauschal amortisiert und verzinst werden könnten (unzutreffend auch: LUKAS POLIVKA, Berechnung der Nettorendite, MRA 4/2001 S. 120). Eine pauschale Amortisation und Verzinsung des gesamten, nicht nach Art. 14 VMWG als werterhaltend qualifizierten Anteils der Renovation würde dem System widersprechen, das zwischen wertvermehrenden Investitionen (Art. 14 VMWG) und Kostensteigerungen (Art. 12 VMWG) unterscheidet. Der werterhaltende Teil einer umfassenden Renovation ist nicht wegen des ausserordentlich hohen Betrages automatisch als ausserordentlicher Unterhalt zu qualifizieren, der über die folgenden Jahre amortisiert und verzinst werden darf, enthalten doch auch umfassende Renovationen regelmässig weitgehend "normale Unterhaltsarbeiten". Andernfalls würde überdies der gewissenhafte Vermieter, der den laufenden Unterhalt besorgt, gegenüber dem Nachlässigen benachteiligt, der sich um diesen nicht kümmert und dann mit aufgeschobenen Unterhaltsarbeiten plötzlich einen grossen Betrag generiert, der zu einer Kostensteigerung führen würde und auf die Mieter überwälzt werden dürfte. Aus dem Ausgeführten folgt, dass ausserordentlicher Unterhalt, der zu einer Kostensteigerung berechtigt, vom Vermieter auszuweisen ist, indem er konkret zwischen Unterhaltsarbeiten differenzieren muss, die im Rahmen der Renovation noch zu den üblichen zählen, und denjenigen, die als ausserordentliche Unterhaltsarbeiten über die "Lebensdauer" der betreffenden Einrichtungen amortisiert und damit anteilsmässig in die künftigen Unterhaltskostenberechnungen aufgenommen werden dürfen.
Auch ausserordentliche Unterhaltsaufwendungen im Rahmen umfassender Renovationen können, wie das Bundesgericht im Urteil 4C.293/2000 vom 24. Januar 2001 (E. 1b) weiter festhielt, erst dann berücksichtigt werden, wenn sie bezahlt sind, da allein tatsächlich bereits angefallene Unterhaltskosten in Rechnung gestellt werden dürfen.
Eine Unterhaltskostensteigerung, die aus dem werterhaltenden Teil einer umfassenden Renovation resultiert, braucht nicht erst im Zuge mehrerer Vergleichsperioden in die Unterhaltskostenrechnung einbezogen zu werden. Denn eine solche Unterhaltskostensteigerung bleibt während der Lebensdauer der erneuerten Einrichtungen, die zu ihr geführt haben, unverändert und ist damit für diese Zeitspanne definitiv. Eine Berechnung aufgrund von Durchschnittswerten mehrerer Jahre kann deshalb unterbleiben (so zutreffend HANS BÄTTIG, Die Überwälzung der Kosten von umfassenden Überholungen auf den Mietzins, MRA 1-2/2009 S. 1 ff., S. 16).
3.3 Macht der Vermieter die ihm zustehende Mietzinsanpassung nicht vollständig geltend, hat er diesen Vorbehalt in Franken oder in Prozenten des Mietzinses festzulegen (Art. 18 VMWG).
Die Vorinstanz stellte fest, die Sanierungsarbeiten hätten im Jahre 2006 und 2007 stattgefunden. Die endgültigen Bauabrechnungen, die Sanierungskosten von insgesamt Fr. 25'873'986.10 ausgewiesen hätten, seien mit Stichtag 9. Oktober 2008 erstellt worden. Mit Urteil vom 31. Oktober 2008 habe das Kreisgericht St. Gallen den wertvermehrenden Anteil auf 50 % festgelegt. Sodann ging die Vorinstanz davon aus, dass die Beschwerdeführerin grundsätzlich Anspruch darauf habe, den verbleibenden nicht wertvermehrenden Anteil soweit als Unterhaltskosten auf die Mieter zu überwälzen, als die Kosten zu einer Unterhaltskostensteigerung führten (vgl. dazu Erwägung 3.2 vorne). Angesichts der geltend gemachten Höhe wären die (überwälzbaren) Kosten auf die Lebensdauer der damit finanzierten Einrichtungen zu verteilen, d.h. die Amortisationsraten und die Verzinsung des Restbetrags könnten ab 2009 jährlich als Unterhaltskosten berücksichtigt werden. Gestützt auf die nicht überprüften Angaben der Beschwerdeführerin errechnete die Vorinstanz eine Verdreifachung der durchschnittlichen jährlichen Unterhaltskosten infolge der anfallenden Amortisation und Verzinsung der ausserordentlichen Unterhaltsaufwendungen. Demnach sei von einer Steigerung der Unterhaltskosten auszugehen, die angesichts der Amortisationsdauer von 25 Jahren auch als dauerhaft zu qualifizieren wäre.
3.4 Die Vorinstanz liess - wie erwähnt - mit Blick auf den Verfahrensausgang die Frage offen, ob die Beschwerdeführerin berechtigt sei, die aus der Gesamterneuerung resultierende Steigerung der Unterhaltskosten auf die Mietzinse zu überwälzen. Dementsprechend traf sie auch keine tatsächlichen Feststellungen zu Art und Umfang der im Rahmen der umfassenden Renovation angefallenen ausserordentlichen Unterhaltsaufwendungen, die zu einer zu berücksichtigenden Unterhaltskostensteigerung führen könnten. Auch im vorliegenden Verfahren ist demnach kein Entscheid darüber möglich, ob und in welchem Umfang vorliegend überhaupt eine zu berücksichtigende Unterhaltskostensteigerung gegeben ist.
Unabhängig davon ist zu entscheiden, wann der Beschwerdeführerin ein aus einer solchen abgeleiteter Mietzinserhöhungsanspruch zugestanden wäre, konkret ob er ihr bereits im Zeitpunkt der Vergleiche im Januar/Februar 2009 im Sinne von Art. 18 VMWG "zustand", so dass sie einen entsprechenden Vorbehalt hätte anbringen müssen.
Die Vorinstanz bejahte die Frage. Sie pflichtete der Beschwerdeführerin zunächst im Grundsatz bei, dass eine Mietzinserhöhung wegen einer Unterhaltskostensteigerung zeitlich verschoben stattfinde. Um zufällige Schwankungen auszugleichen, erfolge die Überwälzung aufgrund von mehrjährigen Vergleichsperioden. Hier würde dies bedeuten, dass die Steigerung der Unterhaltskosten frühestens im Jahr 2010 mietzinsrelevant geworden wäre, nachdem die Amortisations- und Verzinsungsraten erstmals im Jahr 2009 in die Unterhaltsrechnung eingeflossen wären. Das gelte jedoch nicht bei einer "definitiven" Erhöhung der Unterhalts- und Betriebskosten. Diese dürfe nicht erst im Zuge mehrerer Vergleichsperioden in die Unterhaltskostenrechnung einbezogen werden, sondern rechtfertige eine entsprechende Mietzinsanpassung bereits dann, wenn der Umfang der Steigerung genau bekannt sei und die Kosten fällig seien, ohne dass eine Berechnung aufgrund von Durchschnittswerten zweier Perioden erforderlich sei. Vorliegend sei der aus den nicht wertvermehrenden Sanierungskosten resultierende Steigerungsbetrag - im geltend gemachten, nicht näher geprüften Umfang - bekannt und bleibe während 25 Jahren unverändert. Ein Periodenvergleich wäre daher nicht nötig gewesen und die Kostensteigerung hätte schon im Jahre 2009 überwälzt werden können. Die Beschwerdeführerin habe somit schon im Zeitpunkt des Abschlusses der Vergleiche Anfang 2009 über einen Mietzinserhöhungsanspruch verfügt und hätte ihn mittels eines Vorbehalts im Sinne von Art. 18 VMWG geltend machen müssen.
3.5 Die Beschwerdeführerin wendet ein, die Kostensteigerung wäre erst im Jahre 2010 mietzinsrelevant geworden, weshalb ihr Anfang Januar 2009 noch kein entsprechender Erhöhungsanspruch zugestanden wäre und ein diesbezüglicher Vorbehalt nicht erforderlich gewesen sei.
Die Beschwerde ist in diesem Punkt begründet. Die aus dem nicht wertvermehrenden Anteil der Sanierungskosten resultierende Kostensteigerung kann in zeitlicher Hinsicht erst mietzinsrelevant werden, nachdem die Arbeiten ausgeführt und somit die diesbezüglichen Kosten tatsächlich angefallen und bezahlt worden sind (Erwägungen 3.1/3.2 vorne). Da die Frage einer Steigerung naturgemäss nur aufgrund eines Periodenvergleichs beantwortet werden kann, muss das Ende des Rechnungsjahres abgewartet werden, in dem die entsprechende Amortisations- und Verzinsungsrate erstmals in die Unterhalts- und Betriebskostenrechnung eingestellt werden darf (in diesem Sinn auch BÄTTIG, a.a.O., S. 15). Zwar ist für die Berechnung des aus ausserordentlichem Unterhalt (wie nach umfassenden Sanierungen) resultierenden Betrags, der als Kostensteigerung berücksichtigt werden darf, kein mehrjähriger Periodenvergleich nötig. Vielmehr bleibt die entsprechende jährliche Amortisations- und Verzinsungsrate während der jeweiligen Lebensdauer der zu amortisierenden Einrichtungen konstant (BÄTTIG, a.a.O., S. 16). Nun macht aber die aus dem ausserordentlichen Unterhalt resultierende Amortisations- und Verzinsungsrate nicht den einzigen Posten der Unterhalts- und Betriebskostenrechnung aus. Es genügt daher nicht, dass deren Höhe bekannt ist. Hinzu kommen weitere Positionen, wie etwa Liegenschaftssteuern, Gebühren, Versicherungsprämien etc. (vgl. Art. 12 Abs. 1 VMWG), deren Höhe variieren kann. Letzteres trifft namentlich auf die ordentlichen Unterhaltskosten zu, die nach einer umfassenden Renovation deutlich zurückgehen dürften. Erst wenn am Ende des Abrechnungsjahres alle diese Positionen in die Rechnung eingestellt sind, wird ersichtlich, ob und in welchem Ausmass sich die aus dem ausserordentlichen Unterhalt resultierende Amortisations- und Verzinsungsrate insgesamt im Vergleich zu den Vorjahren als Kostensteigerung ausgewirkt hat, die allenfalls auf den Mietzins überwälzt werden darf.
Entgegen der Vorinstanz genügte es vorliegend demnach nicht, dass Anfang 2009 bzw. bei der Neufestlegung der Mietzinse per 1. Juli 2009 die auf dem nicht wertvermehrenden Teil der Sanierungskosten basierende Unterhaltskostensteigerung bekannt war. Die Entwicklung der weiteren Kostenpositionen und namentlich eine allfällige Senkung der laufenden Unterhaltskosten war zu jenem Zeitpunkt noch nicht vorhersehbar. Diese Positionen wären aber ebenfalls zu berücksichtigen gewesen, um zu berechnen, ob und in welchem Ausmass insgesamt eine Kostensteigerung im Sinne von Art. 269a lit. b OR resultierte. Deshalb ist der Beschwerdeführerin beizupflichten, wenn sie dafür hält, es hätte das Ende des Rechnungsjahres 2009 abgewartet werden müssen und ein allfälliger Erhöhungsanspruch wegen Kostensteigerung wäre ihr frühestens 2010 zugestanden. Es kann ihr mithin nicht schaden, dass sie Anfang 2009 in den Vergleichen keinen entsprechenden förmlichen Vorbehalt im Sinne von Art. 18 VMWG angebracht hat.
Dies führt jedoch nicht zur Gutheissung der Beschwerde, da jedenfalls die zweite Begründung, mit der die Vorinstanz die Berücksichtigung der Unterhaltskostensteigerung ablehnte, der bundesgerichtlichen Überprüfung standhält:
4. 4.1 Die Vorinstanz erwog in Bezug auf die an den Vergleichen beteiligten Mieter, diese hätten aufgrund der Umstände darauf vertrauen dürfen, dass mit Abschluss der Vergleiche keine weiteren, die Sanierung betreffenden Kosten auf den Mietzins überwälzt würden. Bei der Beurteilung, ob die Vergleiche eine solche Vertrauensbasis schufen, zog die Vorinstanz auch das vorangegangene Verfahren zwischen den gleichen Parteien heran, was entgegen der Beschwerdeführerin nicht zu beanstanden ist. Denn die Vergleiche wurden letztlich auf der Basis des damaligen Entscheids des Kreisgerichts St. Gallen abgeschlossen, weshalb die Vorinstanz den Ausführungen und der Argumentation der Parteien im diesbezüglichen Verfahren zu Recht eine nicht unwesentliche Rolle beimass (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3.2.1 S. 188; <ref-ruling> E. 4 S. 28, je mit Hinweisen).
Dazu führte die Vorinstanz aus, die Beschwerdeführerin habe nach der ersten Bauetappe im Jahr 2007 eine erste Mietzinserhöhung angezeigt, wobei sie als wertvermehrenden Anteil 60 % der Sanierungskosten habe überwälzen wollen. Eine weitere Erhöhung aufgrund von wertvermehrenden Investitionen sei nach Abschluss der zweiten Etappe vorgesehen gewesen. Nachdem bereits die erste Mietzinserhöhung von den Mietern angefochten worden sei, habe der Kreisgerichtspräsident St. Gallen den wertvermehrenden Anteil für die erste Etappe auf 50 % festgelegt. Im Anschluss daran hätten sich die Vermieterin sowie die (meisten) Mieter auf dieser Basis auch über die zweite Etappe bzw. die weiteren Mietzinserhöhungen geeinigt. Nicht einmal die Beschwerdeführerin behaupte, es sei im Vorfeld oder während des Verfahrens oder im Zusammenhang mit den Vergleichsverhandlungen je die Rede davon gewesen, dass der nicht wertvermehrende Anteil der Sanierungskosten letztlich ebenfalls auf die Mietzinse überwälzt werde. Sie habe im Verfahren betreffend den wertvermehrenden Anteil vielmehr dahingehend argumentiert, dass sie aufgrund der hohen Investitionen die Möglichkeit haben sollte, einen möglichst grossen Prozentsatz innerhalb der Bandbreite von Art. 14 VMWG refinanzieren zu können. Sie habe ausdrücklich darauf verwiesen, dass infolge des Verbots von Rückstellungen die Kosten für grössere Unterhaltsarbeiten, die den durchschnittlichen Unterhaltsaufwand deutlich überstiegen, als umfassende Überholungen qualifiziert und auf dem Weg der Anwendung von Art. 14 VMWG refinanziert werden müssten. Hätte die Überwälzung auch der nicht wertvermehrenden Sanierungskosten zu diesem Zeitpunkt ein Thema dargestellt, so wäre die Höhe des wertvermehrenden Anteils gar nicht so entscheidend gewesen; der nicht wertvermehrende Anteil - ob nun 50 % oder mehr - hätte ja ohnehin später ebenfalls mittels Mietzinserhöhung aufgrund einer Unterhaltskostensteigerung refinanziert werden können. Hinzu komme, dass die Mieter nicht zuletzt auch deshalb nicht mit einer weiteren Überwälzung der Sanierungskosten hätten rechnen müssen, weil die Beschwerdeführerin an den betreffenden Liegenschaften in der Vergangenheit schon grössere Sanierungsarbeiten habe ausführen lassen, ohne über die Pauschale hinaus Unterhaltskostensteigerungen geltend zu machen. Aufgrund des Verhaltens und der Argumentation der Beschwerdeführerin hätten die Mieter davon ausgehen dürfen, dass mit den Vergleichen die Überwälzung der Kosten der umfassenden Sanierungsarbeiten auf den Mietzins definitiv erledigt sei, zumal diese auch die Sanierungskosten der zweiten Etappe berücksichtigt hätten - wohl gerade um ein weiteres Gerichtsverfahren betreffend den wertvermehrenden Anteil der diesbezüglichen Kosten zu vermeiden und die Sache abzuschliessen. Das Verhalten und die Argumentation der Beschwerdeführerin vor und bei Abschluss der Vergleiche habe denn auch nie den Eindruck entstehen lassen, dass noch weitere Mietzinserhöhungen, die ihre Begründung in der Sanierung von 2006/2007 hätten, auf die Mieter zukommen würden. Diese hätten daher darauf vertrauen dürfen, dass die Beschwerdeführerin nicht kurze Zeit später den Mietzins um weitere 10 %, wiederum aufgrund der Sanierung, diesmal zur Überwälzung der nicht wertvermehrenden Aufwendungen, würde erhöhen können.
4.2 Diese Erwägungen der Vorinstanz sind bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, erheischt keine andere Beurteilung:
4.2.1 Soweit die Beschwerdeführerin geltend machen will, die Vorinstanz hätte zunächst den übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen feststellen müssen und hätte nicht sogleich zur vertrauenstheoretischen Auslegung der Vergleiche schreiten dürfen, geht ihr Vorwurf ins Leere. Die Beschwerdeführerin belegt nicht mit Aktenhinweisen, dass sie im kantonalen Verfahren prozesskonform einen übereinstimmenden tatsächlichen Parteiwillen behauptet und zum Beweis verstellt hätte.
4.2.2 Sie ist der Auffassung der Wortlaut der Vergleiche sei klar und nicht auslegungsbedürftig, indem bezüglich der Kostensteigerungen festgelegt worden sei, diese seien bis zum Stand Januar 2008 ausgeglichen. Die eindeutige Festlegung der für jeden einzelnen Kostenfaktor massgebenden Basis habe von den Beschwerdegegnern nur so verstanden werden können, dass inskünftig Veränderungen jedes einzelnen dieser Faktoren nach der relativen Methode von diesen Berechnungsparametern ausgehend vorzunehmen seien. Welchen Sinn würde sonst die Bezeichnung des massgebenden Basis-Standes für jeden Kostenfaktor in einer Vereinbarung geben, wenn nicht den, dass inskünftig Veränderungen gegenüber diesem Basis-Stand Mietzinsanpassungen rechtfertigen könnten?
Die Beschwerdeführerin übergeht mit dieser Fragestellung den Kern der vorinstanzlichen Argumentation, dass nämlich die Mieter nicht damit rechnen mussten, es könnte eine weitere Mietzinserhöhung wegen der umfassenden Sanierung auf sie zukommen. Die Festlegung des massgebenden Basis-Standes für die einzelnen Kostenfaktoren mag durchaus den Sinn haben, den ihr die Beschwerdeführerin beilegt. Damit ist aber nichts darüber ausgesagt, ob die Mieter davon ausgehen mussten, dass die Beschwerdeführerin auch die Kostensteigerung aus dem nicht wertvermehrenden Anteil der Sanierungskosten würde überwälzen wollen. Der Passus "Allgemeine Kostensteigerungen ausgeglichen per 31.01.2008" kann durchaus so verstanden werden, dass bloss die Basis für eine Mietzinsanpassung aufgrund einer Steigerung der ordentlichen Unterhaltskosten festgelegt wurde. Indessen wurde damit keineswegs klar zum Ausdruck gebracht, wie die Beschwerdeführerin zu Unrecht meint, dass die Beschwerdeführerin, die Unterhaltskostensteigerung aus der umfassenden Sanierung zu überwälzen beabsichtigte.
Die Überwälzung auch des nicht wertvermehrenden Kostenanteils aus einer umfassenden Überholung wird zwar durch das Urteil 4C.293/2000 insoweit nicht ausgeschlossen, als er ausserordentlichen Unterhalt betrifft und zu einer Unterhaltskostensteigerung führt (Erwägung 3.2 vorne). Sie kann aber nicht als übliches Vorgehen bezeichnet werden, mit dem die Mieter ohne weiteres zu rechnen hätten. Vor allem dann nicht, wenn die Vermieterin wie vorliegend die Beschwerdeführerin um einen möglichst hohen wertvermehrenden Anteil kämpft und dahingehend argumentiert, dass sie sonst die hohen Investitionen nicht angemessen refinanzieren könne. Wie die Vorinstanz überzeugend ausführt, wäre die Höhe des wertvermehrenden Anteils gar nicht so entscheidend gewesen, wenn die Überwälzung auch der nicht wertvermehrenden Sanierungskosten zu jenem Zeitpunkt bereits von der Vermieterin ins Auge gefasst worden wäre.
Aus dem Urteil 4C.293/2000 kann nicht abgeleitet werden, dass die Kosten des werterhaltenden Anteils einer umfassenden Überholung ohne weiteres auf den Mietzins geschlagen werden könnten und die Mieter damit rechnen müssten (Erwägung 3.2). Ansonsten würde Art. 14 VMWG über den angemessenen Prozentsatz des wertvermehrenden Teils der Kosten einer umfassenden Überholung wenig Sinn machen, wenn der werterhaltende Teil später stets genauso pauschal auf die Mieter überwälzt werden könnte.
4.2.3 Die Beschwerdeführerin hält sodann die Schlussfolgerungen der Vorinstanz aus dem früheren Verhalten der Beschwerdeführerin im Zusammenhang mit grösseren Sanierungsarbeiten für verfehlt. Faktisch würden sie nämlich bedeuten, dass diese heute dafür bestraft würde, dass sie früher nicht das Maximum der ihr zustehenden Mietzinserhöhungsmöglichkeiten ausgeschöpft habe. Zudem sei der Vergleich mit früherem Verhalten angesichts der in den Vereinbarungen von 2009 getroffenen klaren Regelung nicht angebracht.
Wie oben dargelegt, kann indes bezüglich der Überwälzung des werterhaltenden Kostenanteils aus der umfassenden Sanierung nicht von einer klaren Regelung in den Vergleichen gesprochen werden. Deshalb durfte die Vorinstanz das Vorgehen der Beschwerdeführerin bei grösseren Sanierungsarbeiten in der Vergangenheit durchaus berücksichtigen, wenngleich sie dies zu Recht nur als unterstützendes Element heranzog, um die aus den zuvor angeführten Argumenten gewonnene Erkenntnis zu bestärken.
4.3 Zusammenfassend hält die Beurteilung der Vorinstanz der bundesgerichtlichen Überprüfung stand, wonach die Mieter aufgrund der Umstände, unter denen die Vergleiche geschlossen wurden, darauf vertrauen durften, dass die Beschwerdeführerin nicht kurze Zeit später, wiederum aufgrund der Sanierung den Mietzins um weitere 10 % würde erhöhen können, diesmal zur Überwälzung der nicht wertvermehrenden Aufwendungen.
5. Einzelne Mieter waren am vorangehenden Verfahren vor dem Kreisgericht St. Gallen betreffend wertvermehrenden Anteil der Sanierungskosten nicht beteiligt und haben mit der Beschwerdeführerin Anfang 2009 keine Vergleiche geschlossen. Die Vorinstanz verneinte auch in Bezug auf diese Mieter eine Erhöhungsmöglichkeit infolge Kostensteigerung durch Refinanzierung des werterhaltenden Anteils der Sanierungskosten.
Soweit sich die Vorinstanz wiederum darauf stützte, dass die Beschwerdeführerin keinen förmlichen Vorbehalt im Sinne von Art. 18 VMWG angebracht hat, trägt die Begründung des angefochtenen Entscheids nicht. Der Beschwerdeführerin wäre im Jahre 2009 noch kein entsprechender Erhöhungsanspruch zugestanden, weshalb in zeitlicher Hinsicht kein förmlicher Vorbehalt hätte angebracht werden müssen (vgl. Erwägung 3.5).
Hingegen verfängt auch bezüglich dieser Mieter das Argument des Vertrauensschutzes:
5.1 Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz waren die Beschwerdegegnerinnen 21 und 43 im Zeitpunkt der Anzeige der Mietzinserhöhung aufgrund der umfassenden Sanierung im Jahre 2007 bereits Mieterinnen in der Wohnüberbauung "M._". Sie fochten jedoch die Mietzinserhöhung per 1. Mai 2007 nicht an. Beide wehrten sich jedoch gegen die Mietzinserhöhung vom 5. Februar 2008 per 1. Juni 2008 beruhend auf der Erhöhung des Hypothekarzinses, der Teuerung und der Steigerung der allgemeinen (Unterhalts- und Betriebs-) Kosten. Die Mieterinnen machten bei der Schlichtungsstelle geltend, die Mietzinserhöhung sei missbräuchlich, soweit die Überwälzung der allgemeinen Kostensteigerung 10 % der zwischenzeitlich aufgelaufenen Teuerung übersteige. Daraufhin begrenzte die Beschwerdeführerin die Mietzinsanpassung bezüglich der allgemeinen Kostensteigerung auf 10 % der Teuerung, und die Parteien einigten sich auf einen neuen Mietzins ab 1. Juni 2008. Per 1. November 2009 reduzierte die Beschwerdeführerin sodann den Mietzins aufgrund des tieferen Referenzzinssatzes. Im Formular betreffend Mietzinsherabsetzung behielt sie sich dabei lediglich eine Mietzinsreserve von 1.4 % vor. Die Vorinstanz hielt dafür, spätestens ab diesem Zeitpunkt hätten die beiden Mieterinnen davon ausgehen dürfen, dass keine diesen Prozentsatz übersteigende Kostensteigerungen, die ihren Grund in der umfassenden Sanierung hätten und damals bereits angefallen waren, auf sie überwälzt würden.
Dieser vertretbaren Argumentation der Vorinstanz zum Vertrauensschutz der beiden Mieterinnen hält die Beschwerdeführerin konkret nichts entgegen. Sie verweist bloss auf ihre vorangehenden allgemeinen Ausführungen, die aber nicht spezifisch die Beschwerdegegnerinnen 21 und 43 betrafen.
5.2 Die Beschwerdegegner 22 und 23 sowie die Beschwerdegegner 58 und 59 bezogen ihre Wohnungen, nachdem deren Sanierung schon erfolgt war bzw. im Fall der Beschwerdegegner 22 und 23, als die erste Etappe in der betroffenen Liegenschaft abgeschlossen war. Die Vorinstanz erwog, als neueinziehende Mieter müssten diese mehr noch als die während der Sanierung schon in der Liegenschaft wohnhaften Mieter im Vertrauen darauf geschützt werden, dass die Kosten einer Sanierung, die vor ihrem Einzug durchgeführt und abgeschlossen worden war, im Mietzins ihren Niederschlag gefunden hätten und keine weiteren, die Sanierung betreffenden Kosten überwälzt würden. Gegenüber den Beschwerdegegnern 22 und 23 soll die Beschwerdeführerin bzw. die Z._ AG mit Schreiben vom 5. Februar 2009 bestätigt haben, "dass die umfassende Sanierung bei der Festlegung Ihres Mietzinses beim Abschluss Ihres Mietvertrages mitberücksichtigt wurde, bzw. bereits ein Marktzins bezahlt wird".
Auch diese Erwägung der Vorinstanz ist nicht zu beanstanden. Die Beschwerdeführerin hält ihr nichts konkret auf die hier betroffenen Mieter Bezogenes entgegen, das eine andere Beurteilung verlangte.
5.3 Es hat mithin auch bezüglich derjenigen Mieter, die nicht an den Vergleichen von Anfang 2009 beteiligt waren, beim vorinstanzlichen Entscheid sein Bewenden.
6. Die Beschwerdeführerin erhob gegen das Herabsetzungsbegehren der Mieter (auch) den Einwand, sie erziele aus der Mietsache auch dann keinen übersetzten Ertrag im Sinne von Art. 269 OR, wenn der Mietzins nicht reduziert würde. Die Vorinstanz verwarf diesen Einwand, weil die beweispflichtige Beschwerdeführerin die Anlagekosten nicht habe beweisen können.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von Art. 8 ZGB in Verbindung mit Verfahrensvorschriften betreffend das Beweisverfahren (Art. 90 Abs. 1 und Art. 91 ff. aZPO/SG), weil die Vorinstanz die offerierten Beweismittel nicht abgenommen habe.
Die Vorinstanz hielt fest, die Beschwerdeführerin räume ein, dass die Anlagekosten bzw. der damalige Kaufpreis zwar intern dokumentiert sei, dass dafür aber keine Belege mehr vorhanden seien. An der Beweislosigkeit ändere nichts, dass zwei Mitarbeiter der Beschwerdeführerin bzw. deren Immobilienverwalterin zum intern dokumentierten Kaufpreis nähere Auskunft erteilen könnten. Nachdem es an einem eindeutigen Beleg fehle, würde dies den Anforderungen an das Beweismass nicht genügen.
Die Vorinstanz brachte damit zum Ausdruck, dass sie die Befragung der beiden Mitarbeiter offensichtlich nicht für geeignet hielt, den Beweis für den damaligen Kaufpreis zu erbringen, da sie offenbar direkt nur zum intern dokumentierten, aber nicht durch einen eindeutigen Beleg erstellten Kaufpreis Erläuterungen abgeben könnten, was aber für den strikten Beweis der Anlagekosten nicht genüge. Inwiefern diese vorweggenommene Würdigung der Vorinstanz willkürlich sein soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar (vgl. dazu <ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 3 c S. 223 f.). Sie unterlässt es auch, in der Beschwerdeschrift die offerierten Beweismittel konkret zu benennen und darzutun, inwiefern dieselben geeignet gewesen wären, den Beweis für die Anlagekosten zu erbringen. Sie verweist lediglich pauschal auf einzelne Vorakten. Das genügt nicht. Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, in den Vorakten nachzuschlagen, welche Beweise die Beschwerdeführerin konkret offerierte, und herauszufinden, ob dieselben für das fragliche Beweisthema sachdienlich waren. Verweise auf die Vorakten dienen als Beleg für entsprechende konkrete Darlegungen in der Beschwerdeschrift, vermögen diese aber nicht zu ersetzen.
Eine Verletzung von Art. 8 ZGB oder eine willkürliche Anwendung kantonaler Vorschriften über das Beweisverfahren ist nicht dargetan.
7. Die Beschwerde ist abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren insgesamt mit Fr. 8'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Dezember 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer