Faits:
A. Par ordonnance du 18 décembre 2008, le Juge d'instruction du canton de Vaud a renvoyé X._ devant le Tribunal de police de l'arrondissement de l'Est vaudois comme accusé d'actes d'ordre sexuel avec des enfants et de tentative de cette infraction. Cette décision a été annulée par arrêt du 4 février 2009 du Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal vaudois, qui a prononcé un non-lieu en faveur de l'intéressé.
B. Cet arrêt retient, en résumé, ce qui suit.
B.a X._ a été mis en cause pour avoir, depuis son domicile, entre février 2006 et janvier 2007, exhibé ses organes génitaux devant sa webcam et s'être masturbé devant un garçon mineur, dont il connaissait ou devait connaître l'âge. Il a également été mis en cause pour avoir, le 16 novembre 2006, proposé à une jeune-fille répondant au surnom de "girlypop", abordée dans l'aire des moins de 16 ans du site chat-land.org et dont il savait qu'elle n'avait que 13 ans, de le "mater", avant d'exhiber ses organes génitaux et de se masturber devant sa webcam. La surnommée "girlypop" était en réalité un agent rattaché au Service de coordination de la lutte contre la criminalité sur Internet (SCOCI).
B.b Entendu le 24 janvier 2007 par la police, X._, dans l'ignorance de la méthode de surveillance ayant permis son identification, a admis les faits. Le lendemain, toujours sans savoir comment il avait été repéré, il a confirmé ses aveux devant le magistrat instructeur.
B.c En bref, le prononcé d'un non-lieu a été justifié par le fait que les informations recueillies lors de l'investigation secrète, lesquelles avaient permis d'identifier X._ et avaient abouti à ce que ce dernier passe des aveux, ne pouvaient être utilisées, dès lors qu'elles avaient été effectuées par un agent non autorisé. En application de l'art. 158 CPP/VD, les frais d'enquête, par 8'026,05 fr., ont néanmoins été mis à la charge de X._, au motif qu'en s'exhibant et se masturbant devant des jeunes de moins de 16 ans, il avait porté atteinte à la personnalité de ces derniers, adoptant ainsi un comportement civilement répréhensible.
C. X._ forme un recours en matière pénal au Tribunal fédéral, pour application arbitraire de l'art. 158 CPP/VD et violation de la présomption d'innocence. Il conclut à la réforme de l'arrêt attaqué en ce sens que les frais d'enquête soient mis intégralement à la charge de l'Etat, subsidiairement à ce que la part de ceux-ci laissée à sa charge soit réduite à 1000 fr., plus subsidiairement à l'annulation de l'arrêt attaqué. Il sollicite l'assistance judiciaire et l'effet suspensif.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. Le recourant ne motive pas son grief de violation de la présomption d'innocence par une argumentation spécifique. En particulier, il n'indique pas et n'établit en tout cas pas conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 234 et les arrêts cités) en quoi l'arrêt attaqué, de par son contenu ou sa motivation, violerait la garantie constitutionnelle qu'il invoque. Il n'y a dès lors pas lieu d'entrer en matière.
2. Le recourant soutient que sa condamnation à supporter les frais d'enquête, du moins dans leur intégralité, découle d'une application arbitraire de l'art. 158 CPP/VD en relation avec l'<ref-law>.
2.1 Aux termes de l'art. 158 CPP/VD, lorsque le prévenu est libéré des fins de l'action pénale, il ne peut être astreint au paiement de tout ou partie des frais que si l'équité l'exige, notamment s'il a donné lieu à l'ouverture de l'action pénale ou s'il en a compliqué l'instruction. Cette disposition, comme le recourant l'admet, reprend les principes dégagés par la jurisprudence du Tribunal fédéral en ce domaine.
2.2 Selon cette jurisprudence, la condamnation aux frais d'un prévenu acquitté ou mis au bénéfice d'un non-lieu et le refus de lui allouer une indemnité à titre de dépens ne sont admissibles que si l'intéressé a provoqué l'ouverture de la procédure pénale dirigée contre lui ou s'il en a entravé le cours. A cet égard, seul un comportement fautif et contraire à une règle juridique, qui soit en relation de causalité avec les frais imputés, entre en ligne de compte (<ref-ruling> consid. 1b p. 334; <ref-ruling> consid. 2c p. 168).
Pour déterminer si le comportement en cause est propre à justifier l'imputation des frais ou le refus d'une indemnité, le juge peut prendre en considération toute norme de comportement écrite ou non écrite résultant de l'ordre juridique suisse pris dans son ensemble, dans le sens d'une application par analogie des principes découlant de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1b p. 334; <ref-ruling> consid. 2c p. 168 ss; cf. aussi arrêts 6B_337/2008 consid. 7.2, 1P.779/2006 consid. 4.1 et 1P.519/2000 consid. 3a).
La relation de causalité est réalisée lorsque, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, le comportement de la personne concernée était de nature à provoquer l'ouverture de la procédure pénale et le dommage ou les frais que celle-ci a entraînés.
Le juge doit se référer aux principes généraux de la responsabilité délictuelle (ATF <ref-ruling> consid. 2c p. 169) et fonder son prononcé sur des faits incontestés ou déjà clairement établis (<ref-ruling> consid. 2a in fine p. 374). Une condamnation aux frais ne peut se justifier que si, en raison du comportement illicite du prévenu, l'autorité était légitimement en droit d'ouvrir une enquête. Elle est en tout cas exclue lorsque l'autorité est intervenue par excès de zèle, ensuite d'une mauvaise analyse de la situation ou par précipitation (ATF <ref-ruling> consid. 2c p. 171).
Le Tribunal fédéral examine sous l'angle de l'arbitraire l'appréciation de l'autorité cantonale selon laquelle le comportement du prévenu libéré des fins de la poursuite pénale serait répréhensible du point de vue civil, aurait provoqué la procédure pénale ou en aurait entravé le cours (ATF <ref-ruling> consid. 2f p. 175). Il ne s'écarte donc pas de la solution retenue du seul fait qu'elle apparaît discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable, et cela non seulement dans sa motivation mais dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités).
2.3 Le recourant se prévaut du fait que l'investigation secrète menée par l'agent du SCOCI ne pouvait servir de preuve, faute d'une autorisation par un juge de la désignation de cet agent comme agent infiltré. Il fait valoir que, de ce fait, la procédure pénale ouverte contre lui était viciée dès le départ et n'aurait même jamais dû être initiée, de sorte que les frais qu'elle a engendrés ne pouvaient être mis à sa charge. Du moins, ces frais ne pouvaient-ils que très partiellement lui être imputés, dès lors que le magistrat instructeur devait quasi immédiatement se rendre compte que les informations recueillies par l'agent du SCOCI étaient inexploitables et, partant, mettre fin à l'enquête en prononçant un non-lieu.
2.4 Cette critique tombe à faux. L'absence d'avalisation par un juge de la désignation d'un agent infiltré a pour conséquence que les informations recueillies par cet agent au cours de l'investigation secrète qu'il a menée ne peuvent être utilisées à charge de l'accusé ni pour d'autres enquêtes (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 286/287). Elle a donc pour effet que l'accusé ne peut être condamné pénalement sur la base de ces informations, ni, au demeurant, sur la base d'autres éléments de preuve recueillis dans la mesure où ces derniers ne sont pas dissociables de ces informations (cf. <ref-ruling> consid. 5.3.2 p. 288; <ref-ruling> consid. 4.5 p. 332/333). Elle n'exclut en revanche pas une condamnation de l'accusé aux frais de la procédure pénale, seule étant à cet égard déterminante la réalisation des conditions auxquelles une telle condamnation peut être prononcée.
2.5 En s'exhibant et en se masturbant devant des mineurs de moins de 16 ans par le biais de sa webcam, le recourant a adopté un comportement qui était propre à porter atteinte à leur personnalité, protégée par l'<ref-law>, et, partant, illicite, ce qu'il ne conteste d'ailleurs pas. Selon le cours ordinaire des choses et l'expérience de la vie, un tel comportement est au demeurant de nature à provoquer l'ouverture d'une procédure pénale et les frais qu'elle entraîne. Les conditions auxquelles un prévenu acquitté ou mis au bénéfice d'un non-lieu peut être condamné aux frais sont donc réalisées.
2.6 L'absence d'avalisation par un juge de la désignation de l'agent infiltré ne constitue, pas plus que pour le sort des frais, un critère pertinent pour la répartition de ceux-ci. Est à cet égard déterminant le rapport de causalité entre le comportement civilement répréhensible du prévenu acquitté ou mis au bénéfice d'un non-lieu et les frais occasionnés par les mesures ordonnées par l'autorité. Autrement dit, l'obligation d'assumer les frais de la procédure pénale doit être limitée à ceux que le comportement fautif du prévenu a entraînés (ATF <ref-ruling> consid. 2d/bb p. 174 in fine; cf. également arrêt 1P.808/2000 consid. 2a).
En l'espèce, hormis l'argument, non pertinent, tiré de l'absence d'avalisation par un juge de la désignation de l'agent infiltré, le recourant ne justifie aucunement la réduction, à 1000 fr., du montant des frais qu'il réclame. En particulier, il n'établit pas, ni même ne prétend, que l'autorité cantonale aurait méconnu arbitrairement que certains frais seraient sans lien causal avec son comportement fautif. Sur ce point, le recours est par conséquent irrecevable, faute de motivation suffisante.
3. Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme il était d'emblée voué à l'échec, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (<ref-law>), de sorte que le recourant devra supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera toutefois arrêté en tenant compte de sa situation financière.
La cause étant tranchée, la requête d'effet suspensif devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal d'accusation du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 23 juin 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Angéloz