Sachverhalt:
A. X._ ist seit dem Wintersemester 2006/2007 an der Universität St. Gallen immatrikuliert. Er studiert auf der Bachelor-Stufe Volkswirtschaftslehre. Mitte Juli 2012 stellte er ein Gesuch um Zulassung zum Bachelor-Parallelstudium (1. Priorität: Volkswirtschaftslehre; 2. Priorität: Rechtswissenschaft mit Wirtschaftswissenschaften). Mit Verfügung vom 23. Juli 2012 wies der Studiensekretär der Universität St. Gallen das Gesuch ab mit der Begründung, X._ erfülle die Voraussetzungen für die Zulassung zum Parallelstudium nicht.
B. X._ erhob dagegen am 26. Juli 2012 Rekurs bei der Rekurskommission der Universität St. Gallen. Zugleich stellte er ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege; dieses wurde mit Verfügung des Justiz- und Sicherheitsdepartements vom 13. September 2012 wegen Aussichtslosigkeit des Rekurses abgewiesen, was das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen auf Beschwerde von X._ hin mit Urteil vom 10. Oktober 2012 bestätigte. Am 26. September 2012 wies die Rekurskommission den Rekurs ab. X._ erhob dagegen Rekurs an den Universitätsrat; dabei stellte er ein Gesuch um vorsorgliche Zulassung zur "Integrationsveranstaltung 1: Strafrecht" im Herbstsemester 2012/2013 bzw. vorsorgliche Zulassung zum Bachelor-Studium im Studienschwerpunkt Rechtswissenschaften mit Wirtschaftswissenschaften. Der Präsident des Universitätsrates wies das Gesuch mit Verfügung vom 15. November 2012 ab. Dagegen erhob X._ am 19. November 2012 Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen mit dem Antrag, die begehrte vorsorgliche Massnahme sei zu verfügen. Zugleich ersuchte er um unentgeltliche Prozessführung. Mit Urteil vom 3. Dezember 2012 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde und das Gesuch um unentgeltliche Prozessführung ab.
C. X._ erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, es sei superprovisorisch die Zulassung zum Parallelstudium und infolgedessen zur Lehrveranstaltung "Integrationsseminar I: Strafrecht" anzuordnen und "nach Anhörung der Beteiligten die superprovisorische Massnahme im Hauptsacheentscheid zu bestätigen". Zugleich beantragt er unentgeltliche Rechtspflege für das bundesgerichtliche Verfahren. Auf die Durchführung eines Schriftenwechsels wurde verzichtet.
Mit Verfügung des Präsidenten der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 17. Dezember 2012 wurde das Gesuch um Anordnung einer vorsorglichen Massnahme abgewiesen.
Am 19. Dezember 2012 reichte X._ eine weitere Eingabe ein.

Erwägungen:
1. Streitgegenstand sind vorsorgliche Massnahmen im Rahmen eines Rekursverfahrens vor dem Universitätsrat. Solche vorsorgliche Massnahmen im Rahmen eines Hauptverfahrens sind Zwischenverfügungen, die nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht anfechtbar sind (<ref-ruling> E. 1.2 S. 335; <ref-ruling> E. 3.1 S. 86 f.). Rechtsmittelentscheide betreffend Zwischenentscheide sind ihrerseits Zwischenentscheide, ausser wenn sie den Abschluss des Hauptverfahrens bilden (Urteil 2C_991/2011 vom 18. Juli 2012 E. 1.4; 2C_475/2011 vom 13. Dezember 2011 E. 2.1). Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts ist daher entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht ein Endentscheid (<ref-law>), sondern ein Zwischenentscheid, der nur unter den Voraussetzungen von Art. 92 oder 93 BGG beim Bundesgericht anfechtbar ist. Die Voraussetzungen nach <ref-law> sind vom Beschwerdeführer darzulegen (<ref-ruling> E. 1.1 S. 328 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 429), soweit sie nicht offensichtlich erfüllt sind (<ref-ruling> E. 4 S. 95 f.; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 632). Der Beschwerdeführer legt nicht dar, dass und inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen. Offensichtlich nicht erfüllt sind die Voraussetzungen nach lit. b. Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> liegt nur vor, wenn er rechtlicher Natur ist und auch durch einen späteren Endentscheid des Bundesgerichts nicht wieder behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1.3 S. 335 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 639 f.). Es ist fraglich, ob der angefochtene Entscheid einen solchen Nachteil bewirkt, zumal das Herbstsemester 2012/2013, für welches der Beschwerdeführer die vorsorgliche Zulassung begehrte, im Zeitpunkt des angefochtenen Urteils gerichtsnotorisch bereits weitgehend verstrichen war (vgl. http://www.unisg.ch/Studium/Bachelor/TermineUndGebuehren, besucht am 19. Dezember 2012) und unklar ist, ob bei Gutheissung der Beschwerde ein erfolgreiches Absolvieren des Semesters noch möglich wäre. Die Frage kann aber offen bleiben, da die Beschwerde in der Sache unbegründet ist.
2. 2.1 Mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft eine solche Verletzung nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2.2 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, da das Verwaltungsgericht seine Vorbringen weder geprüft noch berücksichtigt und daher die Begründungspflicht verletzt habe.
2.2.1 Die Vorinstanz hat erwogen, beim Entscheid über die Anordnung vorsorglicher Massnahmen seien die auf dem Spiel stehenden Interessen gegeneinander abzuwägen; es könnten auch die Erfolgsaussichten in der Hauptsache berücksichtigt werden, soweit diese eindeutig erschienen. Diesbezüglich habe das Verwaltungsgericht bereits mit Entscheid vom 10. Oktober 2012 die Abweisung der unentgeltlichen Prozessführung für das Hauptverfahren zufolge Aussichtslosigkeit bestätigt. Daran sei festzuhalten, umso mehr als der Beschwerdeführer keine Umstände vorbringe, welche diese Einschätzung als fehlerhaft erscheinen liessen.
2.2.2 Die Begründungspflicht als Ausfluss des verfassungsrechtlichen Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) soll einerseits die Behörde dazu zwingen, sich mit den Argumenten der Parteien auseinanderzusetzen und andererseits dem Betroffenen die Gründe für den Entscheid verständlich machen und ihm erlauben, allenfalls den Entscheid sachgerecht anzufechten. Wenn hier das Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid auf die Begründung verwiesen hat, die es wenige Wochen vorher in einer ebenfalls den Beschwerdeführer betreffenden parallelen Angelegenheit gegeben hatte, so ist das unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten nicht zu beanstanden. Dem Beschwerdeführer musste klar sein, weshalb die Vorinstanz seinen Antrag abgewiesen hatte. Er bringt auch nicht substantiiert vor, dass und inwiefern er im hier vorliegenden Verfahren neue Argumente vorgebracht hätte, die nicht bereits im Urteil des Verwaltungsgerichts vom 10. Oktober 2012 behandelt worden wären. Insbesondere hat sich das Verwaltungsgericht in jenem Urteil bereits mit dem Argument des Beschwerdeführers auseinandergesetzt, die angewandten Bestimmungen betreffend Zulassung zum Parallelstudium entbehrten einer hinreichenden gesetzlichen Grundlage. Die Rüge der Verletzung der Begründungspflicht ist daher unbegründet.
2.3 Der Beschwerdeführer rügt ferner eine Verletzung des Willkürverbots. Willkür in der Rechtsanwendung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.4 S. 5). Die Vorbringen des Beschwerdeführers sind nicht geeignet, den angefochtenen Entscheid als willkürlich erscheinen zu lassen: Dass bei der Beurteilung eines Gesuchs um vorsorgliche Massnahmen die Entscheidprognose dann zu berücksichtigen ist, wenn sie eindeutig ist, entspricht der Praxis (<ref-ruling> E. 2.2 S. 155) und genügt vorliegend, um die Abweisung des Gesuchs als willkürfrei erscheinen zu lassen. Dass und inwiefern die Vorinstanz die Entscheidprognose auf eine willkürliche Art getroffen hätte, legt der Beschwerdeführer nicht dar. Unter diesen Umständen ist nicht ausschlaggebend, ob der Aufwand der Universität oder die Nachteile für den Beschwerdeführer grösser wären.
3. Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Der Beschwerdeführer trägt die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, da die Beschwerde aussichtslos war (<ref-law>). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers kann bei der Bemessung der Gebühr Rechnung getragen werden.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass