Fatti:
A. Con risoluzione del 7 marzo 2006 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ha adottato il decreto di protezione della Legiuna, elaborato sulla base della legge cantonale sulla protezione della natura, del 12 dicembre 2001 (LCPN). L'area tutelata è una zona di protezione della natura ai sensi dell'art. 12 della legge federale sulla protezione della natura e del paesaggio, del 1° luglio 1966 (LPN; RS 451). Il decreto si prefigge di conservare e di valorizzare i contenuti naturalistici della Legiuna per il tramite di regole di comportamento e l'adozione di interventi volti a tutelarne e incrementarne la diversità biologica.
B. L'unione Contadini Ticinesi (UCT) ha impugnato questa risoluzione dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. Riguardo alla legittimazione a ricorrere, l'insorgente ha addotto che al momento dell'approvazione del capoverso 4 dell'art. 46 LCPN, in vigore dal 14 luglio 2006, il legislatore cantonale sarebbe stato determinato a conferirle il diritto di ricorso, come risulterebbe dal verbale della seduta granconsigliare del 12 dicembre 2001. Con decisione del 4 novembre 2006 la Corte cantonale ha dichiarato il ricorso irricevibile per carenza di legittimazione ritenuto che, secondo il suo statuto, l'UCT non persegue lo scopo di tutelare la natura e il paesaggio.
C. Avverso questo giudizio l'UCT presenta un ricorso di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarlo. Incentra il gravame sulla volontà del Gran Consiglio, in sede di dibattito, di estendere la legittimazione a ricorrere delle associazioni.
Non sono state chieste osservazioni, ma è stato richiamato l'incarto cantonale, trasmesso con scritto accompagnatorio e con ulteriori atti non richiesti, comunicati per conoscenza alle parti.

Diritto:
1. 1.1 Il giudizio impugnato è stato emanato prima dell'entrata in vigore, il 1° gennaio 2007, della legge sul Tribunale federale del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110). Alla procedura ricorsuale in esame rimane quindi applicabile, secondo l'<ref-law>, la legge federale del 16 dicembre 1943 sull'organizzazione giudiziaria (OG).
1.2 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti, senza essere vincolato, in tale ambito, dagli argomenti delle parti o dalle loro conclusioni (<ref-ruling> consid. 1.1 e rinvii).
1.3 L'UCT è legittimata a far valere, nell'ambito di un tempestivo ricorso di diritto pubblico, che la Corte cantonale le avrebbe negato a torto la legittimazione a ricorrere interpretando in maniera asseritamente arbitraria la normativa cantonale (cfr. <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1).
1.4 Il contestato giudizio non si fonda sull'<ref-law>, bensì unicamente sul diritto cantonale, segnatamente sull'art. 46 cpv. 4 LCPN: la ricorrente l'ha impugnato con un ricorso di diritto pubblico fondandosi anch'essa esclusivamente su questa norma del diritto cantonale, al suo dire interpretata in maniera arbitraria. Contro la criticata decisione, non fondata sul diritto pubblico federale, non è dato il ricorso di diritto amministrativo (<ref-ruling> consid. 1a e b; <ref-ruling> consid. 2c, 289 consid. 1e; <ref-ruling> consid. 1; sentenza 1P.595/2003 dell'11 febbraio 2004 consid. 2 apparsa in SJ 2004 I pag. 446). Ciò vale a maggior ragione visto che l'Unione svizzera dei contadini non è menzionata nell'elenco delle organizzazioni legittimate a ricorrere ai sensi della LPAmb o della LPN (RS 814.076; cfr. sentenza 1P.520/2004 dell'11 novembre 2004 apparsa in Rtid I-2005 n. 43).
2. 2.1 La Corte cantonale ha rilevato che l'insorgente fonda la sua legittimazione sul diritto di ricorso delle associazioni di importanza cantonale sancito dall'art. 46 cpv. 4 LCPN, redatto sul modello dell'<ref-law>, secondo cui il diritto di ricorrere spetta ai comuni e alle associazioni aventi un'importanza nazionale che esistano da più di dieci anni e si occupino per statuto della protezione della natura e del paesaggio, della conservazione dei monumenti storici o di scopi affini puramente ideali. Ha quindi ritenuto che per interpretare la norma cantonale potevano essere utilizzati i principi sviluppati per l'applicazione di quella federale.
L'art. 46 cpv. 4 LCPN, in vigore dal 14 luglio 2006, ha il seguente tenore:
"Sono altresì legittimate a ricorrere le associazioni d'importanza cantonale, riconosciute dal Cantone tramite una legge, che esistono da più di dieci anni e che si occupano per statuto della protezione della natura e del paesaggio, della conservazione dei monumenti storici o di scopi affini puramente ideali".
2.2 I giudici cantonali hanno osservato che l'art. 46 cpv. 4 LCPN fa dipendere la legittimazione dall'adempimento di cinque condizioni cumulative e che l'assenza di una di esse comporta l'inammissibilità del gravame, conclusione non censurata dalla ricorrente. Richiamando l'<ref-law>, essi hanno ricordato che in ambito federale sono considerate con scopo ideale solo le associazioni che si occupano di protezione della natura e del paesaggio, della conservazione dei monumenti storici o di scopi affini. Lo scopo ideale deve inoltre risultare dagli statuti e deve costituire il fine essenziale, cioè principale, dell'associazione. Questi principi, secondo la Corte cantonale, devono essere utilizzati anche nell'applicazione della citata norma cantonale.
2.3 Essi hanno poi stabilito che la ricorrente non adempie con certezza un requisito posto al riconoscimento della sua legittimazione giusta l'art. 46 cpv. 4 LCPN, difettandole lo scopo ideale di tutelare, per statuto, la natura e il paesaggio. Essi hanno ritenuto che scopo della ricorrente è di occuparsi dei problemi di economia agricola, di difendere gli interessi del ceto agricolo e del territorio agricolo. Secondo i giudici cantonali, dallo statuto dell'associazione non si può dedurre in nessun caso ch'essa persegua, quantomeno a titolo principale, il fine ideale di tutelare la natura e il paesaggio.
2.3.1 L'art. 3 dello statuto della ricorrente ha il seguente tenore:
"Scopo dell'associazione è quello di trattare i problemi di fondo che interessano l'economia agricola del Cantone, sia sul piano politico-economico che su quello sociale; di coordinare il lavoro e gli sforzi delle organizzazioni e degli enti affiliati, intesi a ottenere il riconoscimento dei diritti del ceto agricolo presso le autorità e gli altri settori economici: di promuovere e curare gli interessi dell'agricoltura in genere, specie nella salvaguardia del territorio agricolo, in quantità, qualità e proprietà, nella difesa del mercato dei prezzi, elevando il ceto agricolo ad una più fattiva e sentita solidarietà sociale."
2.3.2 Dalla lettura di questo articolo risulta chiaramente che la conclusione della Corte cantonale è corretta. Gli scopi della ricorrente concernono infatti i problemi dell'economia agricola sotto il profilo politico-economico e sociale, il riconoscimento dei diritti del ceto agricolo, la promozione e la cura degli interessi dell'agricoltura, in particolare nella salvaguardia del territorio agricolo e nella difesa del mercato e dei prezzi, ma non della tutela della natura e del paesaggio.
2.3.3 Certo, la ricorrente accenna, peraltro soltanto a titolo meramente abbondanziale, alla circostanza che la salvaguardia del territorio agricolo comporterebbe anche la tutela della natura e della biodiversità, che sussisterebbe uno stretto legame tra agricoltura e protezione della natura e che l'agricoltura svolge compiti multifunzionali. Con questi accenni, che disattendono le esigenze di motivazione poste dall'art. 90 cpv. 1 lett. b OG, essa non dimostra affatto che la Corte cantonale avrebbe interpretato in maniera insostenibile e quindi arbitraria la portata dell'art. 3 del suo statuto. In effetti, nell'ambito di un ricorso di diritto pubblico il Tribunale federale statuisce unicamente sulle censure sollevate e solo quando siano sufficientemente motivate: il ricorso deve quindi contenere un'esauriente motivazione giuridica, dalla quale si possa dedurre se, perché ed eventualmente in quale misura la decisione impugnata leda il ricorrente nei suoi diritti costituzionali (art. 90 cpv. 1 lett. b OG; <ref-ruling> consid. 5 in fine; <ref-ruling> consid. 2.1). Per sostanziare la censura di arbitrio (<ref-law>) non è sufficiente criticare la decisione impugnata come si farebbe di fronte a una Corte di appello con completa cognizione in fatto e in diritto, atteso che una sentenza non è arbitraria per il solo motivo che un'altra soluzione sarebbe sostenibile o addirittura preferibile, bensì è necessario mostrare e spiegare perché il contestato giudizio sia manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione effettiva, fondato su una svista manifesta, oppure in urto palese con il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 1.3), questione decisiva.
2.3.4 Per di più, il perseguimento di detti obiettivi, non direttamente desumibili dagli statuti, non costituisce manifestamente lo scopo principale della ricorrente ma, semmai, occasionale e accessorio, ciò che non è sufficiente sotto il profilo dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1 pag. 125 in alto; <ref-ruling> consid. 2b; sentenza 1P.595/2003 dell'11 febbraio 2004 consid. 2, apparsa in SJ 2004 I pag. 446; Keller, Kommentar NHG 1997, n. 8 all'art. 12).
2.4 Quando una decisione si fonda, come quella contestata, su più motivazioni indipendenti, il ricorrente deve contestarle tutte e dimostrare, con un'argomentazione precisa, che ogni motivazione contenuta nella sentenza dedotta in giudizio è contraria alla Costituzione, pena l'inammissibilità dal punto di vista dell'art. 90 cpv. 1 lett. b OG del gravame. In effetti, secondo la costante giurisprudenza, applicabile peraltro anche nell'ambito della LTF, se almeno una delle due motivazioni poste a fondamento del giudizio impugnato resiste alla critica, esso non viene annullato (<ref-ruling> consid. 3 e 6; <ref-ruling> consid. 7; <ref-ruling> consid. 6.3). Limitandosi a incentrare il ricorso sulla censura, di cui si dirà, relativa alla mancata presa di conoscenza della volontà del legislatore, la ricorrente disattende le esigenze di motivazione appena citate.
3. 3.1 Il Tribunale cantonale amministrativo ha infatti rilevato che la ricorrente si appellava invano all'intenzione del legislatore di volerle conferire il diritto di ricorrere. I giudici cantonali, osservato che i verbali del Gran Consiglio non erano ancora stati pubblicati, hanno infatti ritenuto, che se anche ci fosse stata una simile intenzione, essa non sarebbe stata tuttavia congruamente ancorata nella lettera dell'art. 46 cpv. 4 LCPN. La ricorrente non censura, con una motivazione conforme ai dettami dell'art. 90 OG, questa conclusione. La Corte cantonale ha aggiunto d'altra parte che il testo di questo capoverso, mutuato dalla legislazione federale, appare talmente chiaro da escludere la possibilità di far capo a metodi di interpretazione alternativi rispetto a quello letterale.
3.2 L'atto di ricorso si concentra sulla censura secondo cui la questione sollevata circa la volontà del legislatore al momento dell'approvazione della citata norma, avrebbe dovuto essere approfondita. Non accertando d'ufficio questo fatto, la Corte cantonale avrebbe leso l'art. 18 della legge ticinese di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966, il suo diritto di essere sentito (<ref-law>) e avrebbe interpretato in maniera arbitraria l'art. 46 cpv. 4 LCPN.
3.2.1 Per interpretare una norma di legge occorre riferirsi in primo luogo al suo tenore letterale. Secondo la giurisprudenza ci si discosta dal senso letterale di un testo chiaro, facendo capo all'interpretazione, solamente qualora delle ragioni obiettive inducano a ritenere ch'esso non restituisce il vero significato della disposizione in esame. Simili ragioni possono emergere dai lavori preparatori, dallo scopo e dal senso della disposizione legale, così come dalla sistematica della legge. Se il testo di una norma non appare completamente chiaro o si presta a diverse possibili interpretazioni, la sua portata viene dunque determinata tenendo conto dei lavori preparatori (interpretazione storica), del suo senso e scopo (interpretazione teleologica), nonché della sua relazione con altri disposti (interpretazione sistematica; <ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 3.3.5 pag. 237 con rinvii). Il Tribunale federale non privilegia, di principio, un metodo di interpretazione in particolare; per accedere al vero senso di una norma preferisce piuttosto ispirarsi a un pluralismo interpretativo. Si fonda sulla mera comprensione letterale del testo unicamente se la soluzione così ottenuta non presenta ambiguità e appare materialmente corretta (<ref-ruling> consid. 3.2).
3.2.2 Una decisione è arbitraria quando violi manifestamente una norma o un principio giuridico chiaro e indiscusso, si trovi in contraddizione palese con la situazione effettiva, o contrasti in modo intollerabile con il sentimento di giustizia e di equità (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2.1). Il Tribunale federale, nell'ambito di un ricorso di diritto pubblico per arbitrio, esamina unicamente se l'applicazione del diritto cantonale da parte della precedente istanza sia oggettivamente sostenibile, ritenuto che il significato di una norma deve essere inteso anzitutto nella sua accezione letterale (<ref-ruling> consid. 6D; <ref-ruling> consid. 3a) e che, come si è visto, da un testo chiaro ci si può scostare solamente quando travisi lo scopo o la portata della disposizione o non ne renda il vero senso, così da implicare effetti estranei agli intendimenti del legislatore, al concetto di giustizia o alla parità di trattamento (<ref-ruling> consid. 6D; <ref-ruling> consid. 5a). L'arbitrio non può d'altra parte essere ravvisato nel semplice fatto che un'altra soluzione, diversa da quella adottata dall'autorità cantonale, sia immaginabile o addirittura preferibile; il Tribunale federale si scosta dalla soluzione scelta dall'ultima istanza cantonale soltanto se essa appaia manifestamente insostenibile. Infine, una decisione non va annullata quando sia arbitraria nella motivazione, ma solo se lo sia anche nel risultato (<ref-ruling> consid. 5.1). Ne discende che anche un'interpretazione scorretta o opinabile di un disposto di legge non rende forzatamente arbitraria la decisione che la sancisce: per essere definita tale, l'interpretazione errata deve esserlo in modo manifesto e riconoscibile a prima vista (sentenza 1P.804/2000 dell'11 aprile 2001 consid. 3b, apparsa in RDAT II-2001 n. 30).
3.3 Certo, occorre dare atto alla ricorrente, come risulta dai verbali del Gran Consiglio relativi alla seduta XXXII dell'11 dicembre 2001, che un deputato, nella trattazione dell'art. 46 LCPN, allo scopo di lanciare la discussione sul diritto di ricorso delle associazioni, aveva proposto un emendamento tendente a introdurre al capoverso 3 della citata norma esplicitamente la legittimazione dell'UCT. Un altro deputato aveva presentato a sua volta un emendamento teso all'introduzione di un nuovo capoverso 4 che, con un'aggiunta di cui si dirà in seguito, è stato poi adottato dal Parlamento. Il primo deputato aveva poi precisato di ritirare il suo emendamento "se", con la modifica apportata dal secondo, anche l'UCT "sarà legittimata a ricorrere".
3.3.1 Come rettamente rilevato dalla ricorrente, il secondo emendamento era tuttavia incentrato soprattutto sulla facoltà di ricorso della Federazione ticinese per l'acquicoltura e la pesca, che non aveva aderito alla società mantello svizzera soltanto per evitare il pagamento di un'ingente somma per farne parte. Il nuovo capoverso 4 intendeva quindi, in primo luogo, estendere la legittimazione a ricorrere alle associazioni di importanza cantonale. Lo stesso proponente rilevava che tra dette associazioni doveva rientrare anche l'UCT, la quale, non essendo riconosciuta dal Cantone tramite una legge, non potrebbe beneficiare della legittimazione a ricorrere. Il Direttore del Dipartimento del territorio si era dichiarato d'accordo sulla formulazione della seconda proposta. La relatrice commissionale aveva rilevato che il parere della Commissione non era univoco, mentre un altro deputato aveva esposto i motivi contrari all'accettazione della proposta. L'emendamento è poi stato accolto con 28 voti favorevoli, 19 contrari e 2 astensioni.
3.3.2 La ricorrente osserva nondimeno che la norma approvata dal Gran Consiglio non corrisponde a quella inserita nella legge, visto che il requisito secondo cui l'associazione dev'essere riconosciuta tramite una legge sarebbe stato riportato erroneamente nell'art. 46 cpv. 4 LCPN, il relativo proponente avendo stralciato dal proprio emendamento detta condizione. Aggiunge ch'essa è riconosciuta dall'art. 31 delle legge cantonale sull'agricoltura, del 3 dicembre 2002, che prevede la concessione di un contributo annuo all'UCT. Anche questo rilievo dimostra che il testo definitivo della norma in esame non riflette una chiara volontà di estendere il diritto di ricorso all'UCT, ricordato che comunque l'ulteriore condizione dello scopo statutario non è manifestamente adempiuta dall'UCT. Obiettivo dell'emendamento sarebbe stato quello di conferire la legittimazione a ricorrere a determinate associazioni di mera importanza cantonale. In Commissione infatti era stato paventato che la modifica in esame avrebbe potuto aprire le porte ad altre associazioni cantonali, meno serie e affidabili. Sotto questo profilo, il mantenimento della condizione dello scopo dell'associazione è significativo. Come si è visto, la ricorrente non si occupa per statuto della protezione della natura e del paesaggio: si può ricordare del resto che neppure l'Unione svizzera dei contadini è menzionata nell'elenco delle organizzazioni legittimate a ricorrere ai sensi della LPAmb o della LPN. Ne segue che, nel risultato, considerato il tenore dell'art. 46 cpv. 4 LCPN, la decisione impugnata non è addirittura insostenibile e quindi arbitraria.
3.3.3 Certo, la Corte cantonale, opportunamente, avrebbe potuto procurarsi, presso la Segreteria del Gran Consiglio, il verbale della citata seduta ed esprimersi compiutamente sulla portata della norma in esame. Il diritto di essere sentito, sancito esplicitamente dall'<ref-law>, comprende infatti il diritto per l'interessato di consultare l'incarto, di offrire mezzi di prova su punti rilevanti e di esigerne l'assunzione, di partecipare alla loro assunzione e di potersi esprimere sulle relative risultanze, nella misura in cui essi possano influire sulla decisione (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 2a/aa). Tale diritto non impedisce tuttavia all'autorità di procedere a un apprezzamento anticipato delle prove richieste, se è convinta che non potrebbero condurla a modificare la sua opinione (<ref-ruling> consid. 4a; <ref-ruling> consid. 4a). Nell'ambito di questa valutazione all'autorità compete un vasto margine di apprezzamento e il Tribunale federale interviene soltanto in caso d'arbitrio (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 4a). Nella fattispecie, ritenuto che il Tribunale cantonale amministrativo ha rettamente accertato l'assenza di una condizione per riconoscere alla ricorrente la legittimazione ricorsuale, esso poteva rinunciare all'assunzione di altri mezzi di prova sulla base di un loro apprezzamento anticipato.
4. Viste le particolarità della fattispecie si può rinunciare a prelevare spese giudiziarie.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Non si preleva tassa di giustizia.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, ai Municipi dei Comuni di Biasca, Malvaglia e Semione, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.