Sachverhalt:
A. Der 1958 geborene L._ war als EDV-Konsulent der Firma X._ bei der Helsana Unfall AG (nachstehend: die Helsana) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er sich am 12. Juni 2002 bei einem Badminton-Spiel einen Riss der Achillessehne zuzog. Nach Stilllegen des betroffenen Beines erlitt der Versicherte eine Venenthrombose mit anschliessender Lungenembolie. Die Helsana anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses. Am 7. Mai 2003 konnte die Behandlung abgeschlossen werden.
Am 4. Oktober 2006 erlitt L._ bei einem Flug eine Thrombose im linken Knie. Die Helsana lehnte es mit Verfügung vom 14. Februar 2007 zunächst ab, dieses Leiden als Rückfall zu betrachten; auf Einsprache des Versicherten hin anerkannte sie aber mit Einspracheentscheid vom 3. März 2008 ihre Leistungspflicht. Mit Verfügung vom 14. April 2009 und Einspracheentscheid vom 2. Juni 2009 stellte die Helsana ihre Heilbehandlungsleistungen ein, da von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten war. Gleichzeitig verneinte die Helsana einen Anspruch des Versicherten auf eine Invalidenrente oder eine Integritätsentschädigung.
B. Die von L._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. April 2011 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt L._, die Helsana sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheides zu verpflichten, ihre Heilbehandlungsleistungen auch über den 14. April 2009 hinaus zu erbringen.
Die Helsana und das Bundesamt für Gesundheit verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Der Beschwerdeführer ist unbestrittenermassen wieder voll arbeitsfähig; streitig ist einzig, ob die Helsana weiterhin Heilbehandlungsleistungen zu erbringen hat. Da es sich bei den streitigen Leistungen um eine Sach- und nicht um eine Geldleistung handelt (vgl. Rudolf Ursprung/Petra Fleischanderl, Die Kognition des Eidgenössischen Versicherungsgerichts nach dem Bundesgesetz über das Bundesgericht [BGG], in: Festschrift 100 Jahre Aargauischer Anwaltsverband, Zürich 2005, S. 415 ff., S. 427), ist das Bundesgericht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG e contrario).
2. Das kantonale Gericht hat in Würdigung der medizinischen Akten für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich festgestellt, dass von einer Fortsetzung der ärztlichen Behandlung über den 14. April 2009 hinaus keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten war und dass der Beschwerdeführer nicht in seiner Arbeitsfähigkeit eingeschränkt ist. Der Versicherte bestreitet diese Feststellungen nicht, macht jedoch geltend, zur Vermeidung einer wesentlichen Verschlechterung und damit zum Erhalt seiner Arbeitsfähigkeit weiterhin auf Heilbehandlungsleistungen angewiesen zu sein.
3.1 3.1.1 Gemäss <ref-law> hat der Versicherte Anspruch auf die zweckmässige Behandlung seiner Unfallfolgen. Bis zu welchem Zeitpunkt Heilbehandlung durch den Unfallversicherer zu gewähren ist, kann <ref-law> nicht entnommen werden. Dieser Zeitpunkt ergibt sich indessen aus <ref-law> des zweiten Kapitels über Beginn und Ende der Invalidenrente, die, sofern die Voraussetzungen für deren Ausrichtung erfüllt sind, den vorübergehenden Leistungen folgt. Danach entsteht der Rentenanspruch, wenn von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes des Versicherten mehr erwartet werden kann und allfällige Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung abgeschlossen sind (Abs. 1 erster Satz). Mit dem Rentenbeginn fallen die Heilbehandlung und die Taggeldleistungen dahin (Abs. 1 zweiter Satz). Nach konstanter Rechtsprechung heisst dies, der Versicherer hat - sofern allfällige Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung abgeschlossen sind - die Heilbehandlung (und das Taggeld) nur solange zu gewähren, als von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes erwartet werden kann. Trifft dies nicht mehr zu, ist der Fall unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen mit gleichzeitiger Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und auf eine Integritätsentschädigung abzuschliessen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 114 mit zahlreichen Hinweisen).
3.1.2 Da nach der unbestrittenen Feststellung der Vorinstanz nach dem 14. April 2009 von einer Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten war, ist der Anspruch auf Übernahme der Heilbehandlung nach <ref-law> dahingefallen.
3.2 In Anwendung von <ref-law> werden nach der Festsetzung der Rente dem Bezüger die Pflegeleistungen und Kostenvergütungen gewährt, wenn er zur Erhaltung seiner verbleibenden Erwerbsfähigkeit dauernd der Behandlung und Pflege bedarf. Wie die Vorinstanz zutreffend - so nunmehr auch Urteil 8C_191/2011 vom 16. September 2011 E. 5.2 f. - erwogen hat und vom Beschwerdeführer letztinstanzlich auch nicht mehr bestritten wird, besteht - da der Versicherte keine Rente der Unfallversicherung bezieht - auch kein Anspruch auf Übernahme der Heilbehandlungskosten nach dieser Norm.
3.3 Besteht somit weder nach Art. 10 noch nach <ref-law> ein Anspruch auf Heilbehandlungsleistungen, so haben Vorinstanz und Verwaltung das entsprechende Begehren zu Recht abgewiesen. Daran vermag auch der Umstand nichts zu ändern, dass die Helsana in ihrem Einspracheentscheid vom 3. März 2008 die am 4. Oktober 2006 aufgetretene Thrombose als Rückfall anerkannt und dem Versicherten ausdrücklich Heilbehandlungsleistungen zugesprochen hat. Eine solche Zusprache von Heilbehandlungsleistungen entfaltet nur so lange Rechtskraftwirkung, wie von der Fortsetzung der Behandlung noch eine namhafte Verbesserung des Gesundheitszustandes erwartet werden kann (vgl. auch SVR 2011 UV Nr. 6 S. 21, 8C_22/2010 E. 4.1). Die Beschwerde des Versicherten ist dementsprechend abzuweisen.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Bei diesem Verfahrensausgang erübrigt sich das Einholen einer Honorarnote bei seinem Rechtsvertreter.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. Oktober 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Holzer