Sachverhalt:
A. Die Eheleute X._ und Y._ geb. A._ bewirtschaften in B._/LU einen Landwirtschaftsbetrieb. Zu ihm gehörte eine Parzelle in der Landwirtschaftszone, auf der sich ein Ökonomiegebäude mit Wagenschuppen befand. Am 19. November 2004 veräusserten die Eheleute X._ und Y._ die Parzelle, die inzwischen der Bauzone zugewiesen worden war, zum Preis von Fr. 430'000.-- an einen Dritten. Der Verkauf führte zu einem Veräusserungsgewinn von Fr. 405'644.--. Den Erlös verwendeten die Eheleute X._ und Y._ zum Bau einer neuen Schweinescheune. Deren Gestehungskosten beliefen sich auf Fr. 584'663.--. Für steuerliche Zwecke wurde der Vorgang als Ersatzbeschaffung qualifiziert, die zu einem Steueraufschub bezüglich des Wertzuwachsgewinns und der wiedereingebrachten Abschreibungen führte.
B. Im Rahmen der Veranlagung der direkten Bundessteuer 2007 und 2008 vertraten die Eheleute X._ und Y._ (hiernach: die Steuerpflichtigen) die Auffassung, anders als im Fall der Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Luzern seien die Abschreibungen auf der Schweinescheune für die Zwecke der direkten Bundessteuer anfänglich auf der Grundlage der Gestehungskosten (Fr. 584'663.--) vorzunehmen. Im Bereich der direkten Bundessteuer dürfe damit auch die Wertzuwachskomponente von Fr. 405'644.-- abgeschrieben werden. Entsprechend nahmen sie gegenüber den Staats- und Gemeindesteuern bei einem unveränderten Abschreibungssatz von 10 % "Mehrabschreibungen" von Fr. 40'564.-- (2007) bzw. Fr. 36'508.-- (2008) vor. Die Steuerbehörde rechnete die "Mehrabschreibungen" auf. Daran hielt die Steuerkommission für Landwirte/ Landwirtinnen auch in den Einspracheentscheiden vom 25. November 2010 fest. Beschwerden an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern hiess dieses mit Entscheid vom 29. März 2012 gut, hob die Einspracheentscheide auf und wies die Sache zur Neuveranlagung der direkten Bundessteuer 2007 und 2008 an die Veranlagungsbehörde zurück.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern erwog, für die direkte Bundessteuer sei bezüglich der realisierten stillen Reserven die Steuer nicht aufgeschoben, sondern von Gesetzes wegen (<ref-law>) nicht erfasst worden. Deswegen könne nicht verlangt werden, den Buchwert wie bei der Staats- und Gemeindesteuer um den aufgeschobenen Grundstückgewinn herabzusetzen. Dass auf diese Weise zwei Steuerbilanzen geführten werden müssen, nämlich eine für die Kantons- und eine für die Bundessteuer, sei durch die gesetzliche Ordnung vorgegeben und damit hinzunehmen.
C. Gegen dieses Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 29. März 2012 erhebt die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern mit Eingabe vom 1. Mai 2012 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das steuerbare Einkommen sei entsprechend den Einspracheentscheiden festzulegen. Sie rügt eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts sowie eine Verletzung von Bundesrecht.
D. Die Steuerpflichtigen und das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Abgaberechtliche Abteilung, schliessen auf Abweisung der Beschwerde, während die Eidgenössische Steuerverwaltung auf einen Antrag verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit des Rechtsmittels von Amtes wegen (<ref-law>) und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1).
1.2 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um den Entscheid einer letzten kantonalen Gerichtsinstanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, der beim Bundesgericht unter Vorbehalt des Nachfolgenden grundsätzlich mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden kann (Art. 82 lit. a, 83, 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 BGG). Die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern ist gestützt auf <ref-law> in Verbindung mit Art. 146 Satz 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) zur Beschwerde berechtigt.
1.3 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 29. März 2012 lautet auf Gutheissung der Beschwerde und Rückweisung der Sache zur Neuveranlagung der direkten Bundessteuer 2007 und 2008. Die Vorinstanz macht der Steuerbehörde in ihren Erwägungen klare Vorgaben für die Neuveranlagung. Damit stellt sich der Rückweisungsentscheid nicht als Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> dar (Urteile 2C_835/2011 vom 4. Juni 2012 E. 1.3; 2C_705/2011 vom 26. April 2012 E. 1.3, in: StE 2012 B 44.12.3 Nr. 6; 2C_645/2011 vom 12. März 2012 E. 1.3.1, in: StE 2012 B 72.19 Nr. 15), sondern als (Quasi-)Endentscheid gemäss <ref-law>. Ein solcher zeichnet sich dadurch aus, dass der Unterinstanz, an welche die Sache zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum verbleibt und die Rückweisung lediglich der rechnerischen Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (<ref-ruling> E. 1.1 S. 143; <ref-ruling> E. 1.3 S. 127). Dies ist hier der Fall, weshalb auf die Beschwerde eingetreten werden kann (Urteile 2C_20/2011 / 2C_21/2011 vom 1. Juli 2011 E. 1.3, in: ASA 80 S. 675, StE 2011 A 21.14 Nr. 22).
1.4 Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG geltend gemacht werden. Zum Bundesrecht im Sinne von <ref-law> zählt auch das Verfassungsrecht des Bundes (<ref-ruling> E. 1.4 S. 9). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Trotz der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), an sich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.1 S. 104; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Fragen des Bundesrechts untersucht das Bundesgericht mit freier Kognition.
1.5 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Deren Sachverhaltsfeststellungen können nur berichtigt werden, sofern sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Dies ist dann der Fall, wenn der Sachverhalt willkürlich ermittelt worden (<ref-law>) oder dessen Feststellung unter Verletzung verfassungsmässiger Rechte und Grundsätze zustande gekommen ist (<ref-ruling> E. 8.1 S. 153). Zudem muss aufgezeigt werden, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2. 2.1 Ist eine natürliche Person selbständig erwerbstätig, kann sie die geschäfts- oder berufsmässig begründeten Kosten ihrer selbständigen Erwerbstätigkeit zum Abzug bringen. Zu diesen Kosten gehören u.a. die Abschreibungen (Art. 27 Abs. 1 und Abs. 2 lit. a DBG). Geschäftsmässig begründete Abschreibungen von Aktiven sind zulässig, soweit sie buchmässig oder, wenn eine kaufmännische Buchhaltung fehlt, in besonderen Abschreibungstabellen ausgewiesen sind. In der Regel werden die Abschreibungen nach dem tatsächlichen Wert der einzelnen Vermögensteile berechnet oder nach ihrer voraussichtlichen Gebrauchsdauer angemessen verteilt (Art. 28 Abs. 1 und 2 DBG). In Ausführung von <ref-law> hat die Eidgenössische Steuerverwaltung das Merkblatt über Abschreibungen auf dem Anlagevermögen land- und forstwirtschaftlicher Betriebe ("Merkblatt A/2001") erlassen. Ohne besonderen Nachweis gelten danach im Fall von Leichtbauten, Schweineställen, Geflügelhallen usw. als Höchstansatz die Abschreibungssätze von 5 % (bei Abschreibung vom Anschaffungswert; linear) bzw. 10 % (bei Abschreibung vom Buchwert; geometrisch-degressiv). Dabei bilden die Gestehungskosten den Ausgangswert für die Berechnung der Abschreibung. Diese ergeben sich aus dem Kaufpreis, vermindert um etwaige Rabatte, Eintauschgutschriften usw. (Ziff. 1 des Merkblattes A/2001; vgl. auch PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, I. Teil, 2001, N. 28 f. sowie 34 f zu <ref-law>).
2.2 Die Steuerpflichtigen haben die Parzelle mit Vertrag vom 19. November 2004 für Fr. 430'000.-- veräussert und den Erlös vollumfänglich zum Bau einer neuen Schweinescheune eingesetzt. Der gewinnbringende Verkauf des landwirtschaftlichen Grundstücks unterlag - als Geschäftsvermögen - kantonal gemäss § 25 Abs. 4 des Steuergesetzes [des Kantons Luzern] vom 22. November 1999 (StG/LU; SRL Nr. 620) im Umfang der wiedereingebrachten Abschreibungen der Einkommensteuer Selbständigerwerbender. Der massgebende Betrag ergab sich aus der Differenz zwischen den Anlagekosten und dem Einkommensteuerwert. Demgegenüber unterlag der realisierte Wertzuwachsgewinn, also der Unterschiedsbetrag zwischen Erlös und Anlagekosten, gemäss § 1 Abs. 2 Ziff. 1 des Gesetzes [des Kantons Luzern] vom 31. Oktober 1961 über die Grundstückgewinnsteuer (GGStG/LU; SRL Nr. 647) der Grundstückgewinnsteuer.
Die wieder eingebrachten Abschreibungen von Fr. 6'592.-- wurden in der Folge zur Verminderung des Buchwertes des Ersatzobjektes herangezogen, sodass der Einkommensteuerwert entsprechend tiefer zu liegen kommt. Dies ist hier unbestritten. Die Steuer auf dem Wertzuwachsgewinn wurde gemäss § 4 Abs. 1 Ziff. 6 GGStG/LU zufolge Ersatzbeschaffung aufgeschoben. Nach dieser Bestimmung ist für einen Steueraufschub nicht unbedingt erforderlich, sich "Ersatz zu beschaffen". Der Steueraufschub wird (entsprechend Art. 12 Abs. 3 lit. d des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]) ebenso gewährt, wenn der Veräusserungserlös "zur Verbesserung der eigenen, selbstbewirtschafteten land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücke" verwendet wird.
Für die Einkommensteuer des Kantons Luzern wird freilich verlangt, dass zunächst der handelsrechtliche Buchwert des Ersatzobjekts um den aufgeschobenen Grundstückgewinn von (hier) Fr. 405'644.-- reduziert wird, was zu einem entsprechend tieferen Einkommensteuerwert führt (vgl. auch Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, Harmonisierung des Unternehmenssteuerrechts, 1995, S. 47). Der handelsrechtlich realisierte Kapital- bzw. Wertzuwachsgewinn muss für steuerliche Zwecke erfolgswirksam abgeschrieben (bzw. eine entsprechende Rückstellung gebildet) werden, damit der Vorgang im Ergebnis erfolgsneutral ist (Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, a.a.O., S. 47). Entsprechend dürfen die vom jeweiligen Einkommensteuerwert bemessenen Abschreibungen nur noch auf dieser gegenüber dem handelsrechtlichen Buchwert tieferen Bemessungsgrundlage vorgenommen werden. Dies bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 17. August 2009 betreffend die Steuerpflichtigen für die Staats- und Gemeindesteuern des Steuerjahrs 2005. Dabei erwog es ohne vertiefte Abklärung, Analoges gelte auch für die direkte Bundessteuer (E. Il. S. 11).
2.3 Für die hier massgebenden Steuerperioden 2007 und 2008 stellen sich die Steuerpflichtigen auf den Standpunkt, für die Zwecke der direkten Bundessteuer sei dieses Vorgehen nicht sachgerecht. Für den im Jahr 2004 erzielten Wertzuwachsgewinn sei bundessteuerrechtlich nicht ein Steueraufschub wegen Ersatzbeschaffung nach <ref-law> gewährt worden. Vielmehr sei dieser Wertzuwachsgewinn nach Art. 18 Abs. 4 e contrario DBG von vornherein steuerfrei gewesen. Deshalb könne bei der direkten Bundessteuer nicht verlangt werden, den Buchwert der Schweinescheune um den bei der Grundstückgewinnsteuer aufgeschobenen Grundstückgewinn herabzusetzen. Kantonales und Bundessteuerrecht gingen diesbezüglich getrennte Wege. Entsprechend könne man bei der direkten Bundessteuer für die Abschreibungen auf der Schweinescheune gewissermassen "von Neuem beginnen", also ausgehend vom handelsrechtlichen Buchwert, vermindert um die wiedereingebrachten Abschreibungen, die steuerneutral auf das Ersatzobjekt übertragen werden konnten.
Diese von der Vorinstanz geschützte Betrachtungsweise ist zutreffend, auch wenn dadurch die Abschreibungen für die Staats- und Gemeindesteuer einerseits und die direkte Bundessteuer andererseits auf unterschiedlichen Einkommensteuerwerten vorzunehmen sind und solchermassen auseinanderfallen. Dass diese Auffassung zutreffend ist, ergibt sich auch daraus, dass der Steueraufschub bei Ersatzbeschaffung nach <ref-law> in der bis Ende 2010 geltenden Fassung enger gefasst war als der diesbezüglich unveränderte Art. 12 Abs. 3 lit. d StHG bzw. § 4 Abs. 1 Ziff. 6 GGStG/LU. Der Einsatz des Erlöses zur Verbesserung bereits im Eigentum der steuerpflichtigen Person stehender Grundstücke fiel zum damaligen Zeitpunkt (noch) nicht darunter (LOCHER, a.a.O., N. 11 ff. zu <ref-law>; Konferenz Staatlicher Steuerbeamter, a.a.O., S. 44; BASTIEN VERREY, L'imposition différée du gain immobilier: harmonisation fédérale et droit cantonal comparé, 2011, S. 115 ff.). Damit lag für die direkte Bundessteuer insoweit im Grunde gar kein Ersatzbeschaffungstatbestand nach <ref-law> vor. Der Wertzuwachsgewinn wurde aber gestützt auf Art. 18 Abs. 4 e contrario DBG - anders als die wiedereingebrachten Abschreibungen - steuerfrei belassen. Wenn gar keine Ersatzbeschaffungsproblematik besteht, kann erst recht keine damit zusammenhängende Buchwertreduktion im Umfang des realisierten Wertzuwachses verlangt werden. Das vorinstanzliche Urteil ist mithin nicht zu beanstanden. Anzumerken bleibt, dass die Abschreibungen auf der seinerzeitigen Wertzuwachskomponente bei künftiger Veräusserung des Ersatzobjekts auch im landwirtschaftlichen Bereich steuerbar sind (<ref-law>), soweit die wiedereingebrachten Abschreibungen nicht steuerneutral auf ein weiteres Ersatzobjekt übertragen werden können (<ref-law>).
3. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, überzeugt nicht. Sie hält zunächst dafür, die Vorinstanz habe zur hier interessierenden Frage im zitierten Urteil vom 17. August 2009 einen präjudizierenden Sachentscheid gefällt, der unangefochten in Rechtskraft erwachsen sei. Damit müsse für die direkte Bundessteuer vom "analogen Einkommensteuerwert (Buchwert) wie bei den Staats- und Gemeindesteuern" ausgegangen werden. Das zitierte Urteil bezog sich allerdings auf die Steuerperiode 2005. Definitive Steuerveranlagungen entfalten Wirkungen, insbesondere Rechtskraftwirkungen, regelmässig nur für die Steuerperiode, für die sie ergangen sind (Urteile 2C_383/ 2011 vom 31. Oktober 2011 E. 3.3; 2C_542/2010 / 2C_543/2010 vom 24. November 2010 E. 2.3.4, in: StE 2011 B 27.2 Nr. 34; 2A.370/2004 vom 11. November 2005 E. 4.2, in: ASA 77 S. 257). Aus dem früheren Verwaltungsgerichtsentscheid lässt sich für das vorliegende Verfahren nichts ableiten.
3.1 Weiter rügt die Beschwerdeführerin die Feststellung der Vorinstanz als unzutreffend, wonach die Steuerbehörde in den Vorjahren Abschreibungen vom höheren Buchwert der Schweinescheune (Buchwert ohne Reduktion um den aufgeschobenen Grundstückgewinn) zugelassen habe. Tatsächlich seien auch für die direkte Bundessteuer nur bescheidene Abschreibungen vom reduzierten Buchwert beansprucht und anerkannt worden. Wie es sich diesbezüglich in den Vorperioden 2005 und 2006 verhielt, braucht nicht untersucht zu werden, geht es doch hier um die Steuerperioden 2007 und 2008. In den von den Steuerpflichtigen eingereichten Bilanzen 2004 bis 2008 nahmen sie diese "Buchwertreduktion" jedenfalls nicht vor. Vielmehr verweigerten die Steuerbehörden den "Abschlüssen direkte Bundessteuer" die Anerkennung und legten der Veranlagung behördlich korrigierte "Steuerbilanzen" zugrunde. Es kann den Steuerpflichtigen nicht verwehrt werden, in einer Folgeperiode von dieser "Steuerbilanz", die ihnen gegen den eigenen Willen aufgezwungen wurde, abzuweichen und die Abschreibungen vom Buchwert "ihrer" Bilanz vorzunehmen. Eine "Bilanzkontinuität" für eine nicht selbst erstellte und sachlich falsche Steuerbilanz besteht nicht.
3.2 In diesem Zusammenhang bringt die Beschwerdeführerin vor, wenn die Steuerpflichtigen in den Steuerperioden 2007 und 2008 für die direkte Bundessteuer Abschreibungen vom - gegenüber der Steuerbilanz (bzw. dem Einkommensteuerwert) - höheren Buchwert vornehmen wollten, bedinge dies vorgängig eine steuerwirksame Aufwertung. Dem ist entgegenzuhalten, dass auf diese Weise der seinerzeitige Wertzuwachsgewinn nachträglich besteuert würde, obschon er nach Art. 18 Abs. 4 e contrario DBG bei land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken gerade nicht erfasst werden soll.
3.3 Schliesslich setzt sich die Beschwerdeführerin mit der Natur von <ref-law> auseinander. Sie meint, die Rechtsfolge, die sich aus der Nichterfassung des Wertzuwachsgewinns von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken bei einer Ersatzbeschaffung ergebe, sei unklar. Die Ersatzbeschaffungsregelungen von <ref-law> und Art. 8 Abs. 4 StHG seien inhaltlich identisch. Hätte der Gesetzgeber für die Ersatzbeschaffung von land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken bei der direkten Bundessteuer eine abweichende Lösung von jener bei den Staats- und Gemeindesteuern schaffen wollen, hätte er dies ausdrücklich anordnen müssen. Aus dem Schweigen lasse sich schliessen, dass der Gesetzgeber davon ausgegangen sei, die buchtechnische und die an sie anknüpfende steuerliche Abwicklung der Ersatzbeschaffung führe ohne Weiteres zu analogen (harmonisierten) Rechtsfolgen für beide Steuerarten.
Dagegen ist zunächst einzuwenden, dass bei der direkten Bundessteuer nach damaligem Recht an sich kein Ersatzbeschaffungstatbestand gegeben war (vgl. E. 2.2 vorne) und damit hier im Grunde eine Ersatzbeschaffung nach <ref-law> und die Steuerbefreiung von <ref-law> gar nicht zusammentreffen. Selbst wenn man diesen Aspekt ausser Acht lässt und einstweilen von einer Normenkollision ausgeht, dann muss die Steuerbefreiung ("der Wertzuwachsgewinn ... (wird) auf Bundesebene nicht besteuert"; <ref-ruling> E. 2.1.2 S. 35; <ref-ruling> E. 3a S. 474 f.) dem Steueraufschub kraft Ersatzbeschaffung logisch und wertungsmässig vorgehen. Der Steueraufschub wegen Ersatzbeschaffung ignoriert im Ergebnis den Veräusserungsvorgang (vgl. E. 2.2). Infolgedessen sind die Abschreibungen vom tieferen Buchwert vorzunehmen. Demgegenüber handelt es sich bei der Freistellung des Wertzuwachsgewinnes um ein Privileg zugunsten der Land- und Forstwirtschaft (zur dogmatischen Einordnung dieser Sonderbestimmung <ref-ruling> E. 2.1.2 S. 36 mit zahlreichen Hinweisen). Diese gesetzlich gewollte Bevorzugung darf nicht durch die rechtsanwendenden Behörden dadurch neutralisiert werden, dass die Abschreibungen gleich wie im Fall der Ersatzbeschaffung gehandhabt werden. Solches strebt die Beschwerdeführerin mit ihrer "Buchwertreduktion" bei der direkten Bundessteuer im Ergebnis aber an.
Dass der Gesetzgeber diese Normenkollision nicht bedacht und keinen Vorbehalt in <ref-law> vorgesehen hat, ist nicht aussergewöhnlich. Gleichermassen sind unterschiedliche Steuerbilanzen für Kantons- und Bundessteuer durchaus üblich. Bei Kantonen mit monistischem System der Grundstückgewinnbesteuerung (Art. 12 Abs. 4 StHG) ist dieses Resultat bei jeder buchmässigen Aufwertung auf Grundstücken des Geschäftsvermögens über die Anlagekosten hinaus unvermeidlich. Nach <ref-law> ist die Buchung klarerweise steuerbar, nicht aber bei den kantonalen Steuern (vgl. etwa Art. 21 Abs. 3 und Art. 85 Abs. 3 des Steuergesetzes [des Kantons Bern] vom 21. Mai 2000 [StG/BE; BSG 661.11]), weil die Aufwertung (über die Anlagekosten hinaus) als solche kein Realisationsvorgang bei der Grundstückgewinnsteuer ist (MARKUS LANGENEGGER, in: Leuch/ Kästli/Langenegger [Hrsg.], Praxiskommentar zum Berner Steuergesetz, Band 2, 2011, N. 4 am Schluss zu Art. 137 StG/BE; RICHNER/ FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, N 180 zu § 64 StG/ZH).
4. Zusammenfassend vermag die Beschwerdeführerin nicht aufzuzeigen, dass das angefochtene Urteil Bundesrecht verletzt. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen.
5. Dem Ausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Kanton Luzern, der Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Dieser hat den Steuerpflichtigen zudem eine Parteientschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird abgewiesen.
2. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegnern für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern, Abgaberechtliche Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung, Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. September 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher