Sachverhalt:
A. Z._ musste sich am 22. März 2001 um 19.30 Uhr in Unterehrendingen einer polizeilichen Kontrolle unterziehen, nachdem er zuvor seinen Personenwagen gelenkt hatte. Die Blutprobe von 20.15 Uhr ergab eine Blutalkoholkonzentration von 2,11 - 2,33 Promille.
B. Das Bezirksamt Baden verurteilte Z._ am 11. April 2002 wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand zu einer unbedingten Gefängnisstrafe von 30 Tagen und Fr. 1'800.-- Busse. Gleichzeitig widerrief es den bedingten Strafvollzug einer Gefängnisstrafe von 24 Tagen, die das Bezirksamt am 19. Juli 2000 ausgesprochen hatte.
Gegen diesen Strafbefehl erhob der Verurteilte Einsprache mit dem Antrag, er sei wegen Unzurechnungsfähigkeit freizusprechen. Gestützt auf ein psychiatrisches Gutachten sprach das Bezirksgericht Baden Z._ am 17. Juni 2004 von Schuld und Strafe frei und trat auf den Widerrufsantrag nicht ein.
Auf Berufung der Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau sprach das Obergericht des Kantons Aargau Z._ am 16. Oktober 2006 schuldig des fahrlässigen Führens eines Motorfahrzeugs in angetrunkenem Zustand gemäss Art. 12 StGB i.V.m. Art. 91 Abs. 1 SVG und bestrafte ihn mit 20 Tagen Haft und einer Busse von Fr. 1'000.--. Den Vollzug der Freiheitsstrafe schob das Gericht zugunsten einer ambulanten Therapie auf. Hinsichtlich der früheren Freiheitsstrafe verlängerte es die Probezeit um ein Jahr.
C. Z._ führt staatsrechtliche Beschwerde und Nichtigkeitsbeschwerde und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben.
Das Obergericht und die Staatsanwaltschaft haben auf Gegenbemerkungen verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das angefochtene Urteil ist vor dem Inkrafttreten des Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht (Bundesgerichtsgesetz, BGG; SR 173.110) am 1. Januar 2007 ergangen. Auf das Rechtsmittel dagegen ist noch das bisherige Verfahrensrecht anwendbar (Art. 132 Abs. 1 BGG, e contrario), hier somit dasjenige der eidgenössischen Nichtigkeitsbeschwerde nach Art. 268 ff. BStP und der staatsrechtlichen Beschwerde gemäss Art. 84 ff. OG.
Am 1. Januar 2007 ist auch der revidierte Allgemeine Teil des Strafgesetzbuches in Kraft getreten. Die neuen Bestimmungen sind hier aber noch nicht von Bedeutung, da das Bundesgericht im Verfahren der Nichtigkeitsbeschwerde nur prüft, ob das kantonale Gericht das eidgenössische Recht richtig angewendet habe (Art. 269 Abs. 1 BStP), mithin das Recht, welches im Zeitpunkt der Ausfällung des angefochtenen Urteils noch gegolten hat (<ref-ruling> E. 5.3 S. 51 f., mit Hinweisen).
I. Staatsrechtliche Beschwerde
2. Die Vorinstanz geht davon aus, der Beschwerdeführer sei aufgrund der Folgen eines Schädelhirntraumas von 1999 und der akuten Alkoholintoxikation zum Zeitpunkt der Tat unzurechnungsfähig gewesen. Sie wirft ihm jedoch vor, er hätte bei der gebotenen Sorgfalt vorhersehen können, dass er nach dem Alkoholkonsum noch Auto fahren werde. In rechtlicher Hinsicht nimmt sie dementsprechend eine fahrlässige actio libera in causa im Sinne des Art. 12 StGB an.
An der erstinstanzlichen Verhandlung habe der Beschwerdeführer ausgesagt, er kümmere sich um den Hund, füttere die Fische, besorge die Pflanzen und mache den Haushalt, soweit es gehe. Zudem sei es ein automatischer Vorgang, ins Auto zu steigen, um mit dem Hund "Gassi" zu gehen. Er sei bereits einmal wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand zu einer bedingten Gefängnisstrafe verurteilt worden. Damit sei für ihn vor Trinkbeginn - als er noch zumindest teilweise zurechnungsfähig gewesen sei - vorhersehbar gewesen, dass er auch an jenem Tag seinen Hund mit dem Auto "Gassi" führen und somit nach dem Alkoholkonsum in angetrunkenem Zustand fahren würde.
2.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz willkürliche Beweiswürdigung vor. Er sei nicht dazu befragt worden, ob, wann und wie er für gewöhnlich den Hund "Gassi" führe. Die Vorinstanz stütze sich bei ihrer Feststellung auf Aussagen, die er anlässlich der erstinstanzlichen Hauptverhandlungen und bei der psychiatrischen Begutachtung gemacht habe. Diese hätten sich jedoch auf den Ablauf des fraglichen Tages bezogen. Da ihm vorgeworfen werde, er hätte schon am Morgen voraussehen müssen, dass er am Abend den Hund mit dem Auto zum "Versäuberungsplatz" bringen würde, hätte darüber ein Beweisverfahren durchgeführt werden müssen. Dazu sei es aber nicht gekommen. Seine Äusserungen im fraglichen Zusammenhang würden nicht auf eine allgemeine Gewohnheit hinweisen. Namentlich die Aussage, es sei eine automatische Tätigkeit, in das Auto zu steigen, um "Gassi" zu gehen, heisse nicht, er habe das Auto jeden Abend zu diesem Zweck benützt. Diese Antwort mache vielmehr nur klar, wie es möglich gewesen sei, trotz seiner Unzurechnungsfähigkeit mit dem Auto von zuhause wegzufahren.
2.2 Vor dem Bezirksgericht sagte der Beschwerdeführer aus, er habe am fraglichen Tag mit dem Zug nach Zürich fahren wollen. Nach dem Einsteigen habe er an seinen Hund gedacht, weshalb er retour gefahren sei, wobei er vorher in Baden noch etwas gegessen und getrunken habe. Dann sei er nach Hause gegangen, wo dann der Hund einmal "angegeben" habe, dass er hinaus müsse. Er habe die Schlüssel im Schlafzimmer geholt. Es sei ein automatischer Vorgang, ins Auto zu steigen, um mit dem Hund raus zu gehen. Dem psychiatrischen Gutachter gegenüber erwähnte der Beschwerdeführer, er habe sich unterwegs im Zug anders entschieden und sei nach Baden in ein Restaurant gegangen, um zu essen. Dort habe er einen Aperitif und Wein und später noch einen Kaffee-Schnaps getrunken. Anschliessend habe er an seinen Hund gedacht und sei mit dem Bus nach Unterehrendingen zurückgekehrt. Zuhause habe er Fernsehen geschaut und möglicherweise noch 1 bis 2 Bier getrunken. Es sei dann schon ca. 18.00 oder 19.00 Uhr gewesen. Dies sei wohl die "Gassi"-Zeit für den Hund gewesen, so dass er automatisch das Auto genommen und mit dem Hund in die Nähe eines Friedhofs gefahren sei.
Aus diesen Äusserungen durfte das Obergericht willkürfrei den Schluss ziehen, der Beschwerdeführer habe regelmässig am Abend das Auto benützt, um mit dem Hund "Gassi" zu gehen, weshalb es für ihn auch vorhersehbar gewesen sei, dass er am fraglichen Tag noch sein Motorfahrzeug benützen würde. Willkür in der Beweiswürdigung liegt nämlich nur vor, wenn diese offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, auf einem offenkundigen Fehler beruht oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 2 mit Hinweis). Davon kann im vorliegenden Fall nicht gesprochen werden. Im Einklang mit der Schlussfolgerung des Obergerichts stehen im Übrigen auch die Angaben des Beschwerdeführers in der Berufungsantwort, er sei um 18.45 Uhr vom Spaziergang zurückgekehrt und danach zu einem unbekannten Zeitpunkt zur Fahrt aufgebrochen. Man müsse davon ausgehen, dass dies wenigstens eine Stunde vor der Heimkehr gewesen sei, was der üblichen Zeit zum "Gassimachen" mit Autofahrt und Spaziergang entspreche.
2.3 Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt im obergerichtlichen Urteil ergänzt, ohne darzutun, auf welche Anhaltspunkte er sich abstützt und inwieweit sich das Obergericht in willkürlicher Weise darüber hinweggesetzt haben soll, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG).
3. Die staatsrechtliche Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG).
II. Eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde
4. Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz vor, übertrieben hohe Anforderungen an seine Sorgfaltspflicht zu stellen. Er habe in nüchternem Zustand und "nur" zufolge seiner gesundheitlichen Beschwerden (Schädelhirntrauma mit Frontalhirnsyndrom und Korsakow-Syndrom) in verminderter Zurechnungsfähigkeit nicht damit rechnen müssen, am Abend angetrunken Auto zu fahren. Dies habe er an diesem besonderen Tag auch und gerade deshalb nicht annehmen müssen, weil er den Hund am Vormittag mit sich nach Zürich habe mitnehmen wollen. Auf dem geplanten Tagesausflug hätte der Hund ohne weiteres und mehrmals die Möglichkeit gehabt, seine Notdurft zu verrichten. Es verletze Bundesrecht, wenn der Kreis der zu beachtenden Sorgfaltspflichten derart weit gezogen werde. Er dürfe nicht bestraft werden, weil er den Hund zuhause vergessen habe und weil er daher am Abend in bereits vollständig unzurechnungsfähigem Zustand den Hund, der den ganzen Tag im Haus gewesen sei, mit dem Auto zum "Gassimachen" geführt habe. Unter solchen Umständen könne nicht von einer actio libera in causa gesprochen werden. Die vorinstanzliche Auslegung von Art. 12 StGB führe dazu, dass letztlich immer mit der Möglichkeit einer Autofahrt gerechnet werden müsse. Dies könne nicht die Meinung des Gesetzgebers sein. Von einer actio libera in causa könne nicht schon die Rede sein, wenn irgendeine noch so entfernte Möglichkeit einer späteren Autofahrt bestehe, sondern nur, wenn die konkrete Möglichkeit dazu bestehe oder wenn wenigstens mit einer überwiegenden Wahrscheinlichkeit damit gerechnet werden müsse.
4.1 Gemäss Art. 12 StGB sind die Bestimmungen der Art. 10 und 11 StGB über die Unzurechnungsfähigkeit bzw. die verminderte Zurechnungsfähigkeit nicht anwendbar, wenn die schwere Störung oder die Beeinträchtigung des Bewusstseins vom Täter selbst in der Absicht herbeigeführt wurde, in diesem Zustande die strafbare Handlung zu verüben. Das Gesetz umschreibt damit die vorsätzliche so genannte actio libera in causa (d.h. das verantwortliche Ingangsetzen des Geschehensablaufs). Der Grundsatz ist aber auch anwendbar bei der fahrlässigen actio libera in causa: Die Verminderung der Zurechnungsfähigkeit bzw. deren gänzlicher Ausschluss ist unbeachtlich, wenn der Täter in diesem Zustand eine fahrlässige Straftat begeht und die Tat für ihn zur Zeit, als er noch voll zurechnungsfähig war, bei pflichtgemässer Aufmerksamkeit voraussehbar war (<ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen).
4.2 Aufgrund des verbindlichen Sachverhalts entsprach es einer Gewohnheit des Beschwerdeführers, jeweils am Abend seinen Hund mit dem Auto "Gassi" zu fahren. Dass es am fraglichen Tag hätte anders sein sollen, stellt die Vorinstanz nicht fest. Gerade weil der Beschwerdeführer - wie er selbst vorbringt - den Hund vergessen hatte und dieser zuhause bleiben musste, war es naheliegend, dass er auch an diesem Abend mit dem Hund "Gassi" fahren würde. Diese Wahrscheinlichkeit lag für den Beschwerdeführer auf der Hand und war für ihn trotz seiner gesundheitlichen Beeinträchtigung erkennbar, als er zu trinken begann. Indem er sich darüber hinwegsetzte, verletzte er seine Sorgfaltspflicht. Die Vorinstanz hat somit zu Recht Fahrlässigkeit bejaht und den Beschwerdeführer in Anwendung von Art. 12 StGB des Fahrens in angetrunkenem Zustand im Sinne von Art. 91 Abs. 1 SVG schuldig erklärt.
4.3 Die Nichtigkeitsbeschwerde ist deshalb abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten (Art. 278 Abs. 1 BStP).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Nichtigkeitsbeschwerde wird abgewiesen.
3. Die Gerichtsgebühr von insgesamt Fr. 4'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft des Kantons Aargau und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Februar 2007
Im Namen des Kassationshofs
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: