Sachverhalt:
A. Die 1965 geborene M._ ist gelernte Krankenpflegerin und arbeitete vom Juli 1997 bis im Januar 2002 als Privatpflegerin/Haushälterin bei einer an Alzheimer leidenden betagten Frau. Nach dem Tod der Patientin bezog M._ einerseits Leistungen der Arbeitslosenversicherung und war andererseits ab Mitte Mai 2002 als Haushaltshilfe beim Sohn der ehemaligen Arbeitgeberin tätig. Am 14. Juni 2004 meldete sich M._ bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Sie habe sich am 29. Mai 2002 bei einem Auffahrunfall eine Distorsion der Halswirbelsäule zugezogen und sei seither arbeitsunfähig. Die IV-Stelle des Kantons Zürich holte in der Folge verschiedene Unterlagen, insbesondere Arztberichte, die Akten der für den Unfall zuständigen UVG-Versicherung - mit einem darin enthaltenen polydisziplinären Gutachten der Klinik S._ vom 18. Oktober 2004 - und einen Arbeitgeberbericht ein und liess am Medizinischen Zentrum X._, ein Gutachten erstellen. Gestützt auf die in dieser Expertise vom 1. Juni 2006 enthaltenen Erkenntnisse, wonach kein die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigender Gesundheitsschaden vorliege, verneinte die IV-Stelle mit Verfügung vom 9. Februar 2007 einen Anspruch auf eine Rente.
B. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies eine dagegen erhobene Beschwerde, mit welcher rückwirkend ab 1. Mai 2003 eine ganz Invalidenrente beantragt wurde, mit Entscheid vom 4. September 2007 ab.
C. M._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und das vorinstanzlich gestellte Rechtsbegehren erneuern. Eventuell sei die Sache an die IV-Stelle zurückzuweisen, dasmit diese nach ergänzenden Abklärungen über den Anspruch neu entscheide.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. 2.1 Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>), die Bemessung des Invaliditätsgrades bei erwerbstätigen Versicherten nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law>) und die Rechtsprechung zum Beweiswert von Arztberichten (<ref-ruling> E. 3 S. 352) zutreffend dargelegt. Darauf kann verwiesen werden.
2.2 Die ärztliche Feststellung des Gesundheitsschadens (Befunderhebung), die gestellte Diagnose und die Prognose (Beurteilung der voraussichtlichen künftigen Entwicklung einer Gesundheitsbeeinträchtigung) betreffen eine Tatfrage. Gleiches gilt zu den ärztlichen Stellungnahmen zum noch vorhandenen Leistungsvermögen oder (bei psychischen Gesundheitsschäden) zur Verfügbarkeit von Ressourcen der versicherten Person. In diesem Sinne ist die aufgrund medizinischer Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit Entscheidung über eine Tatfrage. Soweit hingegen die Beurteilung der Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird, geht es um eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398 f.). Die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> ist Rechtsfrage. Die konkrete Beweiswürdigung wie auch die antizipierte Beweiswürdigung (als Teil derselben) betreffen Tatfragen. Unter diesem Blickwinkel hält ein Verzicht der Vorinstanz auf weitere Beweisvorkehren aufgrund antizipierter Beweiswürdigung etwa dann nicht stand, wenn die Sachverhaltsfeststellung unauflösbare Widersprüche enthält (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 105; in <ref-ruling> nicht publ. E. 4c/bb des Urteils 5P.119/2000 vom 24. Juli 2000) oder wenn eine entscheidwesentliche Tatsache auf unvollständiger Beweisgrundlage - beispielsweise ohne Beizug des notwendigen Fachwissens unabhängiger Experten/Expertinnen, obwohl im Einzelfall unabdingbar - beantwortet wird (<ref-ruling> E. 3.5 S. 88; SVR 2007 IV Nr. 39 S. 132 E. 3.3 f., I 1051/06; Urteil 8C_285/2008 vom 14. Juli 2008, E. 3).
2.3 Die streitige Verfügung datiert vom 9. Februar 2007, weshalb die am 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Änderungen des IVG vom 6. Oktober 2006 und der IVV vom 28. September 2007 (5. IV-Revision) nicht anwendbar sind (<ref-ruling> E. 1 S. 169).
3. Streitig und zu prüfen ist, ob und seit wann die Beschwerdeführerin Anspruch auf eine Invalidenrente hat.
3.1 Die Beschwerdeführerin macht sinngemäss geltend, die von der Vorinstanz geschützte Verfügung vom 9. Februar 2007 befasse sich einzig mit dem Sachverhalt, wie er sich zu jenem Zeitpunkt präsentierte. Zudem sei dieser unrichtig festgestellt worden, da einzig auf das Gutachten des Zentrums X._ vom Juni 2006 abgestellt worden sei, ohne dass die Widersprüche zu verschiedenen anderslautenden Arztberichten und Gutachten hinreichend geklärt worden seien. Schliesslich sei auch zu Unrecht auf das genannte Gutachten abgestellt worden, weil dieses nicht den rechtsprechungsgemässen Kriterien für eine beweiskräftige Expertise entspreche. Damit sei der massgebende Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt worden.
4. 4.1 Gemäss <ref-law> entsteht der Rentenanspruch frühestens in dem Zeitpunkt, in dem der Versicherte während eines Jahres ohne wesentlichen Unterbruch durchschnittlich mindestens zu 40 Prozent arbeitsunfähig im Sinne von <ref-law> gewesen war. Für den Einkommensvergleich sind die Verhältnisse im Zeitpunkt des Beginns des Rentenanspruchs massgebend, wobei Validen- und Invalideneinkommen auf zeitidentischer Grundlage zu erheben und allfällige rentenwirksame Änderungen der Vergleichseinkommen bis zum Verfügungserlass zu berücksichtigen sind (<ref-ruling>). Meldet sich ein Versicherter mehr als zwölf Monate nach Entstehen des Anspruchs an, so werden die Leistungen in Abweichung von <ref-law> lediglich für die zwölf der Anmeldung vorangehenden Monate ausgerichtet (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung).
4.2 Die Beschwerdeführerin verunfallte am 29. Mai 2002. Der Rentenanspruch entstand daher frühestens im Mai 2003. Das kantonale Gericht stützt sich im angefochtenen Entscheid auf die im Gutachten des Zentrums X._ vom 1. Juni 2006 gemachten Feststellungen. Zur Frage nach dem Beginn einer eingeschränkten Arbeitsfähigkeit bemerken die Experten, sie äusserten sich über die von ihnen aktuell erhobenen Befunde. Damit können die im genannten Gutachten getroffenen Schlussfolgerungen nicht ohne weiteres auf den Zeitpunkt Mai 2003 übertragen werden. Über jenen liegt einzig der Austrittsbericht der Klinik Z._ vom 10. Mai 2003 bei den Akten. Darin werden die Diagnosen eines chronischen zervikospondylogenen Syndroms rechtsbetont bei Status nach HWS-Distorsionstrauma am 29. Mai 2002 bei einer HWS-Fehlhaltung, einer muskulären Dysbalance und einer posttraumatischen depressiven Entwicklung gestellt. Es wird "aus rein somatischer Sicht" eine Arbeitsfähigkeit vom 30%, aufgrund der psychischen Situation aber eine 100%ige Arbeitsunfähigkeit attestiert. Im Auftrag der für den Unfall leistungspflichtigen UVG-Versicherung wurde die Beschwerdeführerin im Frühling 2004 an der Klinik S._ polydisziplinär (neurologisch, rheumatologisch und neuropsychiatrisch) begutachtet (Expertise vom 18. Oktober 2004). Zusammenfassend werden die Diagnosen eines unspezifischen, wechselnd erlebten Schmerzsyndroms vor allem rechts, einer gemischten affektiven Störung (Angst und Depression) sowie eines ausgeprägten strukturell nicht erklärbaren myofaszialen Syndroms und eine Weichteilempfindlichkeit gestellt. Im Vordergrund stehe die von Prof. Dr. med. R._ festgestellte gemischte affektive Störung. Die Explorandin sei als Krankenpflegerin aber auch in einem anderen Beruf zu 100% arbeitsunfähig. Entgegen der Darstellung im angefochtenen Entscheid beruht die im Gesamtgutachten attestierte Arbeitsunfähigkeit auch auf den Untersuchungsbefunden des psychiatrischen Gutachters. Mit Schreiben vom 2. Juli 2004 belegen die die Teilgutachten erstellenden Dr. med. K._ (Rheumatologie) und Prof. Dr. med. R._ (Psychiatrie), dass die den Gutachern gestellten Fragen gemeinsam beantwortet wurden. Dies gilt auch für die Frage nach der Arbeitsunfähigkeit, womit der vorinstanzlichen Beurteilung, auf das Gutachten könne mangels Begründung nicht abgestellt werden, die Grundlage entzogen ist.
4.3 Damit liegt entweder eine Rechtsverletzung des kantonalen Gerichts vor, da es einzig den Invaliditätsgrad im Sommer 2006 prüfte, oder die Vorinstanz ist davon ausgegangen, die im Gutachten vom Juni 2006 erhobenen Befunde und die daraus gezogenen Schlussfolgerungen würden auch auf den Zeitpunkt des möglichen Rentenbeginns im Mai 2003 zutreffen. Eine solche Annahme wäre indessen, wie dargestellt, aktenwidrig, weshalb eine eventuelle - nicht ausdrücklich getroffene - entsprechende kantonale Tatsachenfeststellung das Bundesgericht nicht binden würde.
5. Fest steht, dass die Beschwerdeführerin seit Mai 2002 arbeitsunfähig war. Da ihr darüber hinaus von Seiten der sie begutachtenden oder behandelnden Ärzte weder als Krankenpflegerin noch in einer anderen Tätigkeit eine Arbeitsfähigkeit attestiert wurde, ist auch von einer entsprechenden Erwerbsunfähigkeit auszugehen. Damit hatte sie ab Mai 2003 Anspruch auf eine ganze Invalidenrente. In Anwendung von <ref-law> sind die entsprechenden Nachzahlungsbeträge erst ab Juni 2003, mithin einem Jahr vor Anmeldung bei der Invalidenversicherung - und nicht wie beantragt ab Mai 2003 -, auszurichten.
6. Fraglich ist weiter, ob sich die tatsächlichen Verhältnisse seit der Begutachtung in der Klinik S._ verändert haben (vgl. <ref-ruling>). Darüber bestehen widersprüchliche Angaben. Im Austrittsbericht der Klinik A._, wo die Beschwerdeführerin vom 6. Dezember 2005 bis am 10. März 2006 hospitalisiert war, wurden die Diagnosen einer Agoraphobie mit Panikstörung (ICD-10:F40.01) und einer mittelgradigen depressiven Episode mit somatischem Syndrom (F32.11) gestellt. Das entspricht den Befunden des Prof. R._, der im Jahre 2004 eine gemischte affektive Störung (Angst und Depression) diagnostizierte. Die Gutachter am Zentrum X._ fanden bei ihrer Untersuchung am 20. März 2006 nur noch eine leichte depressive Episode mit somatischen Symptomen (F32.01) und keine Hinweise für eine Angsterkrankung. Im Austrittsbericht der Klinik A._ finden sich keine Äusserungen über die Arbeitsfähigkeit; die Experten des Zentrums X._ sahen die Arbeitsfähigkeit in keiner Tätigkeit beeinträchtigt.
Die Gutachter des Zentrums X._ hatten Kenntnis vom Austrittsbericht des Zentrums H._. Im Gegensatz zu den von der Klinik mittels Testung erhobenen Befunden gibt Dr. med. C._, Psychiater beim Zentrum X._, an, Hinweise für eine Angsterkrankung liessen sich nicht explorieren. Wie er zu seinen Einschätzungen gelangte, ob ebenfalls mittels Testung, Gesprächen oder anderen Mitteln zur psychiatrischen Beurteilung, lässt sich dem Gutachten nicht entnehmen. Eine Auseinandersetzung mit den bloss 10 Tage vor der Begutachtung im Rahmen des stationären Aufenthaltes erhobenen Befunden findet sich im genannten Gutachten nicht. Ebensowenig ist diesem zu entnehmen, ob die Explorandin während der Begutachtung unter Medikamenteneinfluss stand, was eventuell die Diskrepanz in der Beurteilung mindestens teilweise erklären könnte.
Zusammenfassend ist dem Gutachten des Zentrums X._ vom 1. Juni 2006 nicht schlüssig zu entnehmen, ob sich der Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin seit dem Rentenbeginn wesentlich verbessert hat, oder ob damit lediglich um eine andere Beurteilung desselben Sachverhalts attestiert wurde. Die Sache ist daher an die IV-Stelle zurückzuweisen, damit diese Abklärungen darüber trifft, ob sich der Sachverhalt seit dem Rentenbeginn in anspruchsrelevantem Sinne verändert hat.
7. Ausgangsgemäss hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten (Art. 66 Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law>) zu tragen und der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 4. September 2007 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 9. Februar 2007 werden aufgehoben. Es wird die Sache an die IV-Stelle des Kantons Zürich zurückgewiesen, damit sie nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen über den Rentenanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wird für das kantonale Verfahren über eine Parteientschädigung entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Oktober 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Schüpfer