Sachverhalt:
A. Der 1959 geborene F._ ist seit dem Jahre 1990 an verschiedenen Volksschulen im Kanton Aargau als Lehrperson Instrumentalunterricht angestellt. Mit Verfügung vom 23. November 2004 reihte die Schulpflege der Stadt X._ F._ per 1. Januar 2005 in die Lohnstufe 5 gemäss Anhang I und IIA des aargauischen Dekretes über die Löhne der Lehrpersonen vom 24. August 2004 (LDLP) ein. Daran hielt sie nach Durchführung des Schlichtungsverfahrens mit Verfügung vom 22. November 2007 fest.
B. Die von F._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Personalrekursgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 5. Dezember 2008 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt F._, die Sache sei unter Aufhebung des Entscheides des Personalrekursgerichtes an dieses zurückzuweisen, eventuell sei unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides festzustellen, dass er ab 1. Januar 2005 in die Lohnstufe 6 einzureihen sei.
Während das Personalrekursgericht des Kantons Aargau auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet die Schulpflege der Stadt X._ auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid des Personalrekursgerichts ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG), der ein öffentlich-rechtliches Arbeitsverhältnis betrifft, und somit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von Art. 82 lit. a BGG darstellt. Es handelt sich um eine vermögensrechtliche Streitigkeit, weshalb der Ausschlussgrund von Art. 83 lit. g BGG nicht gegeben ist.
1.2 Gemäss Art. 85 Abs. 1 lit. b BGG ist in vermögensrechtlichen Angelegenheiten auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse die Beschwerde unzulässig, wenn der Streitwert weniger als 15'000 Franken beträgt. Art. 112 Abs. 1 lit. d BGG verpflichtet die letzten kantonalen Instanzen bei Entscheiden, deren Weiterzug an das Bundesgericht vom Erreichen einer Streitwertgrenze abhängt, diesen in der Rechtsmittelbelehrung festzusetzen. Dieser Verpflichtung ist das Personalrekursgericht nicht nachgekommen. Da die Ausführungen des Beschwerdeführers zum Streitwert zwar nicht ohne weiteres nachvollziehbar sind, aber unwidersprochen geblieben sind und die Beschwerde, wie sich nachfolgend ergibt, ohnehin abzuweisen ist, kann von einer Rückweisung im Sinne von Art. 112 Abs. 3 BGG zur Verbesserung des Mangels abgesehen werden.
2. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Der angefochtene Entscheid stützt sich in der Sache auf kantonales Recht. Als Beschwerdegrund kommt im Wesentlichen die Verletzung von Bundesrecht, insbesondere von verfassungsmässigen Rechten der Bundesverfassung in Frage (Art. 95 BGG). Die Anwendung des kantonalen Rechts als solches bildet nicht Beschwerdegrund. Überprüft werden kann insoweit nur, ob der angefochtene Entscheid auf willkürlicher Gesetzesanwendung beruht oder ob das Gesetz oder seine Anwendung sonstwie gegen übergeordnetes Recht verstossen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 251 f.; Urteile 8C_264/2009 vom 19. Mai 2009 E. 2 und 1C_312/2008 vom 26. Februar 2009 E. 1.3, auch zum Folgenden). Diesbezüglich gelten strengere Anforderungen an die Begründungspflicht: Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde aufgestellt worden sind (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
3. 3.1 Streitig ist, ob der Beschwerdeführer in die kantonale Lohnstufe 5 oder in die Lohnstufe 6 einzureihen ist. Dabei liegt ausser Streit, dass die Einreihung in die Lohnstufe 5 dem kantonalen Recht, insbesondere dem Anhang II A des kantonalen Dekretes des Grossen Rates über die Löhne der Lehrpersonen (LDLP), entspricht. Der Beschwerdeführer macht indessen geltend, der Grosse Rat des Kantons Aargau habe vor Erlass des Anhanges II A zum LDLP für jede der aufgeführten Stellen eine Rechnung, wie sie in § 5 Abs. 2 LDLP bei der Schaffung neuer Funktionen vorgesehen ist, durchgeführt. Dabei habe er auch die Resultate eines Vergleiches mit Referenzkantonen mit in den Einstufungsentscheid einbezogen. Die Referenzlöhne der Musiklehrer der Kantone Bern, Basel-Landschaft und Basel-Stadt seien dabei grob fehlerhaft und damit willkürlich zu tief festgesetzt worden; bei richtiger Berechnung würde sich insgesamt ein theoretischer Lohn ergeben, welcher zu einer Einreihung der Instrumental-Volksschullehrer im Kanton Aargau in die Lohnstufe 6 Anlass gegeben hätte.
3.2 Im Verfahren der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist die vorfrageweise Überprüfung kantonaler Normen auf ihre Bundesrechtskonformität auch dann zulässig, wenn die Frist zur Anfechtung des Dekretes längst abgelaufen ist: Die Rüge, eine kantonale Norm widerspreche der Bundesverfassung, kann auch noch bei der Anfechtung eines diese Norm anwendenden Entscheids vorgebracht werden (Urteil 1C_295/2008 vom 29. Mai 2009 E. 2.4 mit Hinweisen). Die allfällige vorfrageweise Feststellung der Verfassungswidrigkeit der fraglichen Norm führt aber nicht zu deren Aufhebung, sondern hat lediglich zur Folge, dass die Vorschrift im Einzelfall nicht angewendet und der gestützt auf sie ergangene Entscheid aufgehoben wird (inzidente Normenkontrolle; <ref-ruling> E. 2.3 S. 267 f. mit Hinweisen).
3.3 Ob der Beschwerdeführer grundsätzlich mit seinem Argument, der Grosse Rat sei bei Erlass des LDLP und dessen Anhang von qualifiziert falschen Voraussetzungen ausgegangen, überhaupt zu hören wäre, erscheint fraglich (vgl. etwa Urteil 2P.95/2001 vom 14. November 2001 E. 2c), braucht vorliegend indessen nicht näher geprüft zu werden, da - wie nachstehende Erwägung 4 zeigt - der Vorwurf des Beschwerdeführers nicht zutrifft.
4. 4.1 Die Einstufung der Musiklehrer hängt nach übereinstimmenden Ausführungen der Parteien unter anderem von einer Analyse der Löhne in verschiedenen Referenzkantonen ab. Wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, kann der massgebende Referenzlohn auf verschiedene Art und Weise berechnet werden. In der einen Methode - von Vorinstanz und Parteien als Variante A bezeichnet - werden die Löhne der Vergleichskantone auf das aargauische Unterrichtspensum von 28 Wochenlektionen umgerechnet. In der sog. Variante B wird zusätzlich berücksichtigt, dass die Lektionendauer und die Anzahl Schulwochen pro Jahr in den einzelnen Kantonen voneinander abweichen. Das kantonale Gericht hat zur Wahl der Berechnungsmethode erwogen, die Variante B sei zwar genauer, da aber ein Marktvergleich von der Natur der Sache her mit gewissen Ungenauigkeiten behaftet sei und die von der Beschwerdegegnerin verwendete Variante A für den Beschwerdeführer insgesamt zu einem günstigeren Resultat führe, sei die Berechnung mit letzterer Variante durchzuführen. Diese Erwägungen wurden letztinstanzlich nicht bestritten.
4.2 Der Beschwerdeführer rügt, der massgebliche Vergleichslohn für den Kanton Bern sei mit Fr. 48'092.- viel zu tief und damit willkürlich festgelegt worden. Ein solch tiefer Lohn für eine Lehrperson, die immerhin einen Musikhochschulabschluss vorweisen muss, sei völlig unrealistisch und mit dem Gebot der Lohngleichheit nicht vereinbar. Richtig sei der von der Vorinstanz ebenfalls erwähnte Referenzlohn von Fr. 65'267.-.
In seiner Kritik verkennt der Beschwerdeführer, dass es sich beim Referenzlohn von Fr. 48'092.- nicht um einen tatsächlich ausbezahlten Lohn handelt, sondern dass der Referenzlohn von Fr. 65'267.- aufgrund der sehr viel höheren Lektionenzahl im Kanton Bern auf den tieferen Betrag von Fr. 48'092.- umgerechnet wurde. Diese Umrechnung ist durch die von den Parteien gewählte Berechnungsvariante A bedingt. Es wäre systemwidrig, den Referenzlohn eines einzelnen Kantons anders zu bestimmen als jene der übrigen Kantone. Nachdem die gewählte Methode zu einem für den Beschwerdeführer insgesamt günstigeren Resultat führt (vgl. auch E. 4.1 hievor), ist es nicht willkürlich, wenn die Vorinstanz an dem methodisch richtig berechneten Wert von Fr. 48'902.- festgehalten hat. Es mag zutreffen, dass dieser Betrag als tatsächlich ausbezahlter Jahreslohn eines Instrumentallehrers unrealistisch wäre; die darauf aufbauende Kritik des Beschwerdeführers an der vorinstanzlichen Vorgehensweise zielt jedoch an der Sache vorbei. Somit ist der für den Kanton Bern eingesetzte Wert nicht zu beanstanden.
4.3 Der massgebliche Referenzlohn für den Kanton Basel-Stadt wurde auf Fr. 78'830.- festgesetzt. Entgegen den Ausführungen des Beschwerdeführers wäre dieser Wert selbst dann nicht willkürlich, wenn zutreffen sollte, dass es sich bei diesem Lohn um einen Minimallohn, der in der Praxis stets überschritten wird, handeln sollte: Da auch gemäss dem aargauischen Lohndekret der Positionsanteil dem Minimum der jeweiligen Lohnstufe gemäss dem Lohnstufenplan entspricht, zu dem der Erfahrungsanteil (Praxisjahre) hinzugerechnet werden (§ 4 in Verbindung mit §§ 6 und 7 LDLP), erscheint es nicht willkürlich, wenn die Vorinstanz beim Vergleichslohn für den Kanton Basel-Stadt ebenfalls einen Lohn ohne Praxisjahre berücksichtigt hat.
4.4 Der Beschwerdeführer bringt schliesslich vor, der vorinstanzliche Referenzlohn für den Kanton Basel-Landschaft basiere auf einem Pensum von lediglich 27 Lektionen, umgerechnet auf die aargauische Lektionenzahl von 28 Lektionen sei von einem Lohn von Fr. 78'601.- auszugehen. Wie es sich mit diesem Vorbringen verhält, braucht nicht näher geprüft zu werden, da selbst dann, wenn der vom Beschwerdeführer beantragte Wert in die Rechnung eingesetzt wird, das Endresultat näher bei der aargauischen Lohnstufe 5 als bei der Lohnstufe 6 liegen würde und somit die entsprechende Einreihung der Instrumentallehrer in die Lohnstufe 5 nicht verfassungswidrig wäre.
4.5 Soweit Anhang II A zum aargauischen LDLP eine Einreihung der Lehrpersonen im Fach "Instrumentalunterricht Volksschule" in die Lohnstufe 5 vorsieht, ist dies demnach bundesrechtlich nicht zu beanstanden. Damit waren Verfügung und kantonaler Gerichtsentscheid rechtens; die Beschwerde ist vollumfänglich abzuweisen.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Personalrekursgericht des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 18. Januar 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Leuzinger Holzer