Sachverhalt:
A. A.a Im Rahmen eines Eheschutzverfahrens bewilligte der Bezirksgerichtspräsident Liestal am 3. März 2008 X._ (Ehemann) und Z._ (Ehefrau) das Getrenntleben und regelte die Belange der gemeinsamen Tochter Y._, geboren 2007. Dabei stellte er insbesondere das Kind unter die Obhut der Mutter und legte das Besuchsrecht des Vaters fest. Zudem errichtete er eine Erziehungsbeistandschaft für das Kind. Die von Z._ gegen die Regelung des Besuchsrechts erhobene Appellation wurde vom Kantonsgericht Basel-Landschaft am 22. Juli 2008 abgewiesen.
A.b Mit Eingabe vom 16. Oktober 2008 ersuchte Z._ den Bezirksgerichtspräsidenten Liestal um die Bewilligung, gemeinsam mit der Tochter den Wohnsitz nach Italien verlegen zu dürfen. Das Bezirksgericht gab dem Ersuchen von Z._ mit Urteil vom 13. Januar 2009 statt. In diesem Verfahren wurde zudem von beiden Parteien die Höhe der Unterhaltsbeiträge für die Ehefrau und die Tochter angefochten.
A.c Gegen dieses erstinstanzliche Urteil gelangte X._ am 16. Januar 2009 an das Kantonsgericht Basel-Landschaft. Gemäss Präsidialverfügung vom 3. März 2009 wurde Z._ vorläufig bewilligt, zusammen mit der Tochter in Italien Wohnsitz zu nehmen.
B. X._ (fortan: Beschwerdeführer) ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 17. März 2009 an das Bundesgericht gelangt. Er beantragt, die kantonsgerichtliche Verfügung aufzuheben und Z._ (fortan: Beschwerdegegnerin) zu untersagen, bis zum Abschluss des Verfahrens den Wohnsitz nach Italien zu verlegen. Er stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Zudem ersucht er das Bundesgericht, der Beschwerdegegnerin bis zum Abschluss des Verfahrens zu untersagen, den Wohnsitz nach Italien zu verlegen. Diese schloss auf Abweisung des Gesuchs um aufschiebende Wirkung und ersuchte zugleich um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Mit Verfügung vom 7. April 2009 verbot die Präsidentin der II. zivilrechtlichen Abteilung der Beschwerdegegnerin, bis zum Vorliegen des bundesgerichtlichen Entscheides den Wohnsitz nach Italien zu verlegen. Das Gesuch des Beschwerdeführers um Erlass eines nachträglichen Massnahmeentscheides infolge zwischenzeitiger Abreise der Beschwerdegegnerin nach Italien wurde am 9. April 2009 abgewiesen, soweit es sich nicht als gegenstandslos erwies.
In der Sache sind keine Antworten eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist eine im kantonalen Rechtsmittelverfahren gegen den Eheschutzentscheid erlassene Präsidialverfügung. In der Sache geht es um die vorläufige Wohnsitznahme von Mutter und Kind in Italien, welche sich auf die Ausübung des väterlichen Besuchsrechts auswirken kann. Damit liegt eine letztinstanzliche Zivilsache ohne Vermögenswert vor, welche der Beschwerde in Zivilsachen zugänglich ist (Art. 72 Abs. 1, Art. 75 Abs. 1 BGG). Aufgrund des dem Beschwerdeführer zustehenden Besuchsrechts ist er in seinen rechtlich geschützten Interessen betroffen und daher zur Beschwerde berechtigt (<ref-law>, <ref-law>).
1.2 Bei der genannten Präsidialverfügung handelt es sich um eine prozessleitende Anordnung, mithin einen selbständig eröffneten Zwischenentscheid. Als solcher ist er nur anfechtbar, wenn dem Beschwerdeführer dadurch ein nicht wiedergutzumachender Nachteil erwachsen könnte (<ref-law>). Dieser muss rechtlicher Natur sein und darf sich auch durch einen späteren Entscheid nicht beseitigen lassen. Soweit die angefochtene Verfügung zu einer vorläufigen Erschwerung der Besuchsrechtsausübung führt, welche später nicht mehr nachgeholt werden kann, mag dies der Fall sein. Jedoch kann die Frage vorliegend offen gelassen werden, da auf die Beschwerde aus anderen Gründen nicht eingetreten werden kann.
1.3 Die strittige Anordnung gilt für die Dauer des kantonalen Rechtsmittelverfahrens und ist damit vorläufiger Natur. Sie stellt deshalb eine vorsorgliche Massnahme dar, welche vom Bundesgericht nur auf die Verletzung verfassungsmässiger Rechte hin überprüft werden kann (<ref-law>). Dies setzt nicht nur eine entsprechende Rüge voraus (<ref-law>). Der Beschwerdeführer hat ausserdem - den altrechtlichen Begründungsanforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG entsprechend - klar und detalliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheides dazulegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt sein sollen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 397). Ist dies nicht der Fall, tritt das Bundesgericht auf die Beschwerde nicht ein.
2. Die Vorinstanz bewilligte der Beschwerdegegnerin im Rahmen des Appellationsverfahrens nach summarischer Prüfung des Kindeswohls die vorläufige Wohnsitznahme zusammen mit der Tochter in Italien. Dabei stützte sie sich auf das Schreiben der Kinderärztin vom 24. November 2008 sowie den Bericht der Erziehungsbeiständin vom 27. November 2008.
3. Der Beschwerdeführer erachtet die angefochtene Verfügung als willkürlich. Zudem widerspreche sie dem Verhältnismässigkeitsgrundsatz, dem Gerechtigkeitsgedanken und dem Recht auf ein Familienleben.
Inwieweit die Vorinstanz durch die angefochtene Verfügung verfassungsmässige Rechte verletzt haben soll, geht indes aus der Beschwerde nicht hervor. Jede Auseinandersetzung mit der vorinstanzlichen Begründung fehlt. Die Ausführungen des Beschwerdeführers erschöpfen sich in der Wiedergabe der Appellationsbegründung vom 19. März 2009 gegen den Eheschutzentscheid des Bezirksgerichtspräsidenten vom 13. Januar 2009. Damit verkennt er nicht nur den Charakter der vorläufigen Anordnung aufgrund summarischer Prüfung, welche vom Entscheid in der Sache zu trennen ist. Er genügt mit seinen Vorbringen den Begründungsanforderungen an eine Beschwerde in Zivilsachen in keiner Weise (E. 1.3; <ref-ruling> E. 2 S. 245 ff.).
4. Nach dem Gesagten kann auf die Beschwerde insgesamt nicht eingetreten werden. Ausgangsgemäss sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Da seinen Begehren von vornherein kein Erfolg beschieden war, ist das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege abzuweisen (<ref-law>). Dem Antrag der Beschwerdegegnerin, das Massnahmegesuch abzuweisen, konnte ebenfalls kein Erfolg beschieden sein, da das Bundesgericht praxisgemäss während der Dauer des Verfahrens den bestehenden Zustand aufrecht erhält. Ihr Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist daher ebenfalls wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in Zivilsachen wird nicht eingetreten.
2. Die Gesuche beider Parteien um unentgeltliche Rechtspflege werden abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Zivil- und Strafrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Hohl Gut