Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Il 24 novembre 2005 X._ SA ha notificato ad A._ la disdetta - per mora nel pagamento delle pigioni, ex <ref-law> - del contratto di locazione relativo all'appartamento da lui occupato con effetto al 31 dicembre 2005 (art. 64 cpv. 2 OG).
La disdetta non è stata contestata.
Non avendo A._ provveduto a lasciare i locali entro il termine assegnato, il 9 gennaio 2006 X._ SA si è rivolta alla Pretura del Distretto di Lugano, sezione 4, onde ottenerne lo sfratto. Invano. Con decreto del 19 gennaio seguente la giudice adita ha infatti respinto l'istanza in ordine, siccome non preceduta da un tentativo di conciliazione dinanzi all'autorità competente, in contrasto con quanto stabilito dalla giurisprudenza relativa all'art. 274 segg. CO.
2. L'impugnativa interposta dalla soccombente è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino il 6 febbraio 2006.
Come la giudice di primo grado, anche la massima istanza ticinese ha stabilito che - eccezion fatta per il caso, in concreto non realizzato, in cui sollevare il difetto di conciliazione preliminare costituisca un abuso di diritto o un formalismo eccessivo - la procedura di sfratto successiva a una disdetta per mora del conduttore ex <ref-law> sottostà all'<ref-law> e dunque all'obbligo della conciliazione preliminare innanzi all'Ufficio di conciliazione competente. Donde la reiezione dell'appello e la conferma della pronunzia pretorile.
3. Con ricorso per riforma del 9 marzo 2006 X._ SA postula la modifica della sentenza cantonale nel senso di accogliere l'appello e, di conseguenza, l'istanza di sfratto.
Seppur invitato a determinarsi, A._ non ha introdotto un allegato di risposta.
4. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-ruling> consid. 1).
4. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-ruling> consid. 1).
4.1 In primo luogo si pone il quesito di sapere se la decisione criticata sia impugnabile mediante ricorso per riforma.
4.1.1 In virtù del principio sancito dall'<ref-law> - per il quale spetta ai Cantoni il compito di designare le autorità competenti e stabilire la procedura applicabile in materia di locazione, entro i limiti posti dagli art. 274a-274g CO - i Cantoni sono liberi di sottoporre lo sfratto a una procedura ordinaria, accelerata o sommaria, così come sono liberi di accordare alla pronunzia di sfratto carattere definitivo o provvisorio (<ref-ruling> consid. 2b pag. 94).
Ora, nel Cantone Ticino la procedura di sfratto è disciplinata nel Libro IV, Capitolo IV (art. 506-509 CPC/TI), intitolato "procedura sommaria per lo sfratto dei conduttori". Tale denominazione non è tuttavia determinante per la qualificazione della decisione emanata in esito a tale procedura; in una sentenza inedita del 13 novembre 1978 (nella causa C.240/78) successivamente riconfermata, il Tribunale federale ha infatti chiaramente stabilito che la sentenza emanata dall'ultima istanza cantonale nell'ambito della "procedura sommaria per lo sfratto dei conduttori" secondo il diritto ticinese non configura un provvedimento cautelare bensì ha carattere definitivo.
Ne discende che le decisioni emanate in esito a tale procedura sono di principio impugnabili mediante ricorso per riforma al Tribunale federale.
4.1.2 Giusta l'art. 48 cpv. 1 OG il ricorso per riforma è di regola ammissibile solamente contro le decisioni finali emanate dall'ultima autorità cantonale. A differenza di quanto vale nel quadro del ricorso di diritto pubblico, dove è considerata finale ogni decisione che pone fine al processo, sia mediante un giudizio di merito sia per ragioni di ordine procedurale (<ref-ruling> consid. 2), nel quadro del ricorso per riforma sono reputate finali le decisioni che mettono fine alla lite siccome statuiscono sul merito della pretesa oppure rifiutano di giudicarla per motivi che escludono definitivamente che essa possa venir nuovamente fatta valere fra le medesime parti (<ref-ruling> consid. 1b con rinvii; cfr. anche Bernard Corboz, Le recours en réforme au Tribunal fédéral, in: SJ 2000 I pag. 1-75, in particolare pag. 6-7).
La sentenza impugnata, con la quale la domanda di sfratto è stata respinta "in ordine", non rientra in questa categoria. In essa la Corte cantonale non si è infatti nemmeno chinata sui requisiti dello sfratto, cosicché non può trattarsi di una decisione di merito. Inoltre, il suo rifiuto di esaminare la domanda di sfratto non impedisce all'attrice di avviare una nuova (identica) procedura di sfratto nei confronti del convenuto; le impone però di farlo dinanzi ad un'altra autorità, quella di conciliazione, la cui competenza deriva - secondo la Corte cantonale - dalla normativa federale e segnatamente dagli art. 274 segg. CO.
Tenuto conto di quanto appena esposto, la pronunzia in oggetto non può essere considerata finale ai sensi dell'art. 48 cpv. 1 OG.
4.2 Ciò non comporta tuttavia l'inammissibilità del ricorso per riforma.
4.2.1 Il Tribunale federale ha infatti già avuto modo di precisare che una decisione di irricevibilità fondata su norme federali di competenza - come è in sostanza quella in esame - può, in determinati casi, essere oggetto di un ricorso per riforma anche quando non ha per conseguenza la perdita del diritto materiale. Ciò è segnatamente il caso quando è litigiosa la facoltà, regolata dal diritto federale, di procedere in un determinato modo. In queste circostanze la parte attrice ha il diritto di sapere se la legislazione federale permette ai cantoni di respingere una domanda presentata in una determinata forma (sentenza 4C.255/1995 del 4 gennaio 1996, consid. 1, pubblicata in Rep 1996 pag. 27).
Inoltre, la dottrina deduce dal principio secondo cui una decisione finale sussiste unicamente quando la parte non può più presentare la medesima azione perché essa è stata respinta nel merito o per ragioni procedurali, che una decisione di irricevibilità - sempre fondata su norme federali di competenza - senza perdita definitiva del diritto materiale può in ogni caso essere impugnata giusta l'art. 49 OG (Jean-François Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, vol. II, n. 1.1.4.2 ad art. 48 OG e n. 1.2 ad art. 49 OG).
4.2.2 Ne discende che la decisione impugnata può essere trattata alla stregua di una decisione pregiudiziale sulla competenza materiale, direttamente impugnabile con ricorso per riforma al Tribunale federale giusta l'art. 49 cpv. 1 OG siccome fondata su norme del diritto federale.
4.3 Interposto in tempo utile (art. 54 cpv. 1 OG) dalla parte soccombente contro una decisione di ultima istanza emanata in una causa civile di carattere pecuniario, il cui valore litigioso davanti all'ultima istanza cantonale era superiore a fr. 8'000.-- (art. 46 OG; per la determinazione del valore litigioso cfr. <ref-ruling> consid. 1), il ricorso per riforma soddisfa anche gli ulteriori requisiti di ricevibilità.
5. Si può pertanto passare all'esame del merito della vertenza.
5.1 Come già esposto al primo considerando, preso atto del fatto che il convenuto - al quale era stata notificata una disdetta per mora nel pagamento delle pigioni ex <ref-law>, rimasta incontestata - non aveva provveduto a liberare i locali entro il termine assegnato, l'attrice ne ha domandato lo sfratto.
L'<ref-law> stabilisce infatti che alla fine della locazione il conduttore è tenuto a restituire la cosa locata nello stato risultante da un uso conforme al contratto. Se non lo fa, il locatore può chiedere lo sfratto, ovvero il suo allontanamento forzato. In altre parole, la procedura di sfratto mira ad ottenere dal conduttore la riconsegna dei locali che continua ad occupare nonostante la locazione sia giunta al termine.
L'attuale controversia verte sulla questione di sapere se tale procedura, di per sé soggiacente al diritto cantonale, debba - in virtù del diritto federale - venir avviata mediante una domanda di conciliazione.
5.2 Richiamato il principio secondo cui ogni contestazione riguardante contratti di locazione di locali di abitazione deve obbligatoriamente essere oggetto di una procedura di conciliazione preliminare, in una sentenza inedita del 2 giugno 2004 (4C.17/2004, consid. 3.3.1 con rinvii), citata dai giudici ticinesi, il Tribunale federale ha stabilito che tale obbligo vige anche nel caso di una procedura di sfratto successiva a una disdetta ordinaria.
La questione di sapere se lo stesso valga in caso di disdetta straordinaria per mora del conduttore nel pagamento delle pigioni (<ref-law>) è invece stata lasciata aperta.
5.3 Nella pronunzia impugnata la II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino ha risolto affermativamente tale questione.
Alla luce della giurisprudenza del Tribunale federale appena evocata, le autorità giudiziarie cantonali sono infatti giunte, in pratica, alla conclusione che la procedura sommaria per lo sfratto dei conduttori istituita dal diritto processuale ticinese, in virtù della quale il locatore può domandare direttamente lo sfratto al pretore, è in contrasto con il diritto federale, ragione per cui esse impongono in ogni caso l'esperimento di conciliazione prima di adire il giudice, anche qualora - come nella fattispecie in rassegna - la domanda di sfratto segua una disdetta straordinaria per mora del conduttore ex <ref-law> (cfr. anche Bruno Cocchi/Francesco Trezzini, Codice di procedura civile ticinese massimato e commentato, Appendice 2000/2004, Lugano 2005, n. 36 ad <ref-law>/TI e nota a pié di pagine n. 615).
Alla luce della giurisprudenza del Tribunale federale appena evocata, le autorità giudiziarie cantonali sono infatti giunte, in pratica, alla conclusione che la procedura sommaria per lo sfratto dei conduttori istituita dal diritto processuale ticinese, in virtù della quale il locatore può domandare direttamente lo sfratto al pretore, è in contrasto con il diritto federale, ragione per cui esse impongono in ogni caso l'esperimento di conciliazione prima di adire il giudice, anche qualora - come nella fattispecie in rassegna - la domanda di sfratto segua una disdetta straordinaria per mora del conduttore ex <ref-law> (cfr. anche Bruno Cocchi/Francesco Trezzini, Codice di procedura civile ticinese massimato e commentato, Appendice 2000/2004, Lugano 2005, n. 36 ad <ref-law>/TI e nota a pié di pagine n. 615).
5.4 L'attrice contesta questa decisione. A suo modo di vedere la giurisprudenza del Tribunale federale, riferita a una procedura di sfratto successiva a una disdetta ordinaria, non potrebbe infatti venir automaticamente estesa al caso - differente - di una procedura di sfratto successiva a una disdetta straordinaria ex <ref-law>.
La tesi ricorsuale è pertinente.
6. È questa l'occasione per precisare la giurisprudenza posta a fondamento della pronunzia criticata.
6.1 È vero che dall'<ref-law>, che impone ai Cantoni di istituire autorità di conciliazione incaricate di cercare d'indurre le parti all'intesa in caso di litigio (<ref-law>), si può dedurre che, qualora vi sia un litigio in materia di locazione, vige l'obbligo di adire preventivamente l'Ufficio di conciliazione (cfr. <ref-ruling>).
È altrettanto vero che la procedura di sfratto successiva a una disdetta straordinaria per mancato pagamento delle pigioni configura un litigio relativo all'esecuzione di un'obbligazione derivante dal contratto di locazione, segnatamente l'obbligo di restituire la cosa locata alla fine della locazione (<ref-law>).
A prima vista si potrebbe dunque ritenere che - come nel caso di una procedura di sfratto successiva a una disdetta ordinaria - si tratti di una controversia per la quale il tentativo di conciliazione è obbligatorio in virtù del diritto federale (<ref-law>).
6.2 Sennonché lo stesso legislatore ha posto un limite al principio del tentativo di conciliazione obbligatorio in caso di sfratto all'art. 274a cpv. 1 lett. d CO, laddove si legge che le autorità di conciliazione "trasmettono le richieste del conduttore all'autorità competente qualora sia pendente un procedimento di sfratto".
Il termine "trasmettere" sta infatti a indicare che l'autorità di conciliazione non deve occuparsi della vertenza, ovvero non deve tentare una conciliazione, bensì limitarsi a inviare i documenti "all'autorità competente".
Dai termini adottati nel testo di legge si può desumere che l'intenzione del legislatore fosse quella di operare una distinzione fra la procedura relativa ai litigi in materia di locazione - che prevede prima il tentativo di conciliazione e solo dopo l'intervento del giudice - e la procedura di sfratto, ragione per cui quest'ultima può, in determinati casi, sfuggire alla regola generale del tentativo di conciliazione preliminare.
6.3 Questa conclusione trova conforto e concretizzazione nell'<ref-law>.
L'<ref-law> stabilisce che se il conduttore contesta una disdetta straordinaria notificatagli per uno dei motivi elencati alle lettere a-d del medesimo capoverso - fra cui vi è appunto la disdetta straordinaria per mora del conduttore (art. 257d) - quando è pendente contro di lui un procedimento di sfratto, l'autorità competente in materia di sfratto esamina pure le obiezioni di diritto materiale, vale a dire le questioni concernenti il litigio in materia di locazione. In altre parole, nei casi di disdetta elencati dall'art. 274g cpv. 1 lett. a-d CO la competenza dell'autorità dello sfratto prevale su quella dell'autorità di conciliazione.
La scelta del legislatore di utilizzare l'espressione "autorità competente in materia di sfratto" indica inoltre che tale autorità non è il "giudice" di cui all'art. 274d cpv. 3 e 274f CO; si tratta quindi, chiaramente, di una procedura diversa da quella prevista dagli art. 274a segg. CO (prima autorità di conciliazione e poi giudice). L'<ref-law>, giusta il quale "se il conduttore si rivolge all'autorità di conciliazione, questa trasmette la richiesta all'autorità competente in materia di sfratto", fornisce un'ulteriore conferma; in questo caso infatti non vi è esperimento di conciliazione bensì solo trasmissione e la competenza dell'autorità in materia di sfratto esclude quella dell'autorità di conciliazione.
6.4 Da tutto quanto appena esposto si deve concludere che, allorquando ha introdotto gli art. 274a segg. CO, e in particolare l'<ref-law>, la volontà del legislatore era quella di prevedere una procedura speciale per lo sfratto successivo a una disdetta straordinaria per uno dei motivi elencati all'art. 274g cpv. 1 lett. a-b CO, una procedura diversa da quella generalmente applicabile ai litigi in materia di locazione - fra cui vi è lo sfratto successivo a una disdetta ordinaria - e che sfugge alla regola generale dell'esperimento di conciliazione preliminare.
In contrasto con quanto ritenuto dai giudici cantonali, dunque, nessuna disposizione di diritto federale impone di adire preventivamente l'autorità di conciliazione nella procedura di sfratto susseguente alla disdetta straordinaria per mora del conduttore ex <ref-law>.
La questione di sapere se i Cantoni possano, ciononostante, prevedere un simile obbligo nella loro regolamentazione non necessita di essere esaminata in questa sede, poiché la decisione impugnata si fonda esclusivamente sulla normativa federale.
6.5 In accoglimento del ricorso per riforma, la sentenza impugnata deve pertanto venir annullata.
7. Per questa eventualità l'attrice chiede, come già in sede cantonale, che venga pronunziato lo sfratto del convenuto.
7.1 Ora, in un considerando abbondanziale la Corte ticinese ha precisato che tale richiesta avrebbe dovuto venir in ogni caso respinta siccome prematura, non avendo il convenuto ancora avuto la possibilità di esprimersi sul merito della lite.
L'attrice contesta questa considerazione e osserva come al convenuto sia stata più volte concessa la facoltà di esprimersi nel quadro del procedimento di sfratto; la decisione dei giudici ticinesi equivarrebbe, a suo modo di vedere, a "legittimare l'atteggiamento di tutti coloro che non danno seguito a precetti giudiziari semplicemente non ritirando sistematicamente gli invii raccomandati".
7.2 Si tratta di un'affermazione erronea. Contrariamente a quanto asseverato dall'attrice nel gravame, il convenuto non ha infatti ancora avuto modo di esprimersi sui motivi all'origine dello sfratto poiché sia la prima che la seconda istanza cantonali hanno deciso senza notificare gli allegati dell'attrice alla controparte.
7.3 Ciò significa che, di principio, il giudice dello sfratto è tenuto a offrire al convenuto la possibilità di determinarsi sull'istanza di sfratto prima di esaminare e decidere se i requisiti dello sfratto siano adempiuti. L'assenza di reazioni da parte del convenuto a precedenti invii dell'attrice non lo priva infatti del diritto di essere sentito nel quadro dell'attuale procedimento.
Si potrebbe eccezionalmente prescindere da una convocazione solamente qualora circostanze del tutto particolari dovessero indurre a ritenere che la sua convocazione costituirebbe un formalismo eccessivo.
La decisione impugnata non contiene elementi a questo riguardo. La causa va pertanto ritornata all'autorità cantonale affinché decida se rinviare l'incarto al pretore per convocazione del convenuto oppure - tenuto conto delle circostanze concrete - statuire lei stessa sulla domanda di sfratto.
8. In conclusione, la sentenza impugnata viene annullata e la causa rinviata alla Corte cantonale per nuovo giudizio.
Gli oneri processuali seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1 e 159 cpv. 1 e 2 OG). Il convenuto, soccombente, è tenuto a rifondere all'attrice un'adeguata indennità per ripetibili nonostante abbia omesso di esprimersi dinanzi al Tribunale federale (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2b pag. 94 in fine).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la sentenza impugnata è annullata. Di conseguenza la causa viene rinviata all'autorità cantonale per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. La tassa di giustizia di fr. 2'000.-- è posta a carico del convenuto, il quale rifonderà all'attrice fr. 2'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione al patrocinatore dell'attrice, al convenuto e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.