Fatti:
A. Nei confronti dell'avv. dott. A._ nel 2002 è stato aperto un procedimento penale per ipotesi di violazione di domicilio (<ref-law>). Per quanto qui interessa, l'11 febbraio 2009, il Procuratore pubblico (PP) ha poi emanato un decreto di accusa, proponendone la condanna a quindici aliquote giornaliere da fr. 2'160.-- ciascuna, sospese condizionalmente per un periodo di prova di due anni, e al pagamento di una multa.
B. In seguito all'opposizione presentata dall'interessato, il 23 febbraio 2009 l'incarto è stato trasmesso alla Pretura penale. Il presidente della Pretura penale (in seguito: Presidente), respinte diverse richieste di sospensione e di posticipazione del dibattimento formulate dall'accusato, lo ha poi fissato, in accoglimento di una domanda di posticipazione del PP, per il 22 settembre 2009 alle ore 9.00.
C. Il 21 settembre 2009, un nuovo, terzo patrocinatore dell'accusato ha comunicato d'averne assunto il mandato unitamente alla collega di studio, sorella del Presidente: quest'ultima, contattata telefonicamente dal fratello, il giorno seguente ha annunciato per fax un'eventuale revoca del suo mandato. Preso atto di queste comunicazioni, il 22 settembre il Presidente, prima di aprire il dibattimento, ne ha comunicato la posticipazione alle ore 14.00 del pomeriggio, precisando che il processo sarebbe stato presieduto dal pretore C._. Con fax delle ore 13.39, il difensore ha eccepito la nullità del predetto verbale, sostenendo che il Presidente avrebbe dovuto escludersi già il giorno precedente e non avrebbe potuto citare le parti al dibattimento per il pomeriggio del giorno seguente. Adduceva una violazione dell'<ref-law>/TI, secondo cui il giudice deve notificare la sua esclusione alla Camera dei ricorsi penali del Tribunale d'appello (CRP), la quale, verificatane la causa, provvede alla sostituzione. Il pomeriggio del 22 settembre 2009, il pretore C._, procedendo in via contumaciale, ha ritenuto A._ colpevole di violazione di domicilio, condannandolo alla pena proposta nel decreto d'accusa.
D. Contro la mancata esclusione, il 28 settembre 2009 il condannato ha presentato alla CRP un ricorso e un'istanza di ricusa nei confronti del Presidente, perché questi, invece di escludersi, aveva rinviato il dibattimento, provveduto a farsi sostituire da un altro pretore e citato le parti per il pomeriggio: ha pure proposto un ricorso per cassazione. Con giudizio del 26 agosto 2010, la CRP ha ritenuto l'istanza di ricusa irricevibile, poiché tardiva e respinto il ricorso in quanto ricevibile. Avverso questo giudizio A._ ha presentato un ricorso in materia penale al Tribunale federale, che con sentenza 1B_333/2010 del 14 ottobre 2011 ha accolto il ricorso, annullato la decisione 26 agosto 2010 della CRP e rinviato la causa per nuovo giudizio, poiché essa aveva ritenuto a torto tardiva la domanda di ricusa.
Con decisione del 10 aprile 2012 la Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello (CRP) ha poi respinto l'istanza di ricusa e il ricorso.
E. Nel frattempo, il 14 ottobre 2009, ha avuto luogo il dibattimento per lo spurgo della contumacia, conclusosi con la condanna del ricorrente. Con giudizio del 26 aprile 2011 (impugnato dinanzi al Tribunale federale, cause 6B_411-419-420/2011), la Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino ha respinto il ricorso proposto da A._ contro il giudizio contumaciale del 22 settembre 2009, mentre ha accolto quello contro la sentenza del 14 ottobre 2009 di revoca della sentenza contumaciale, prosciogliendolo.
F. A._ impugna il giudizio del 10 aprile 2012 della CRP con un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Riguardo all'istanza di ricusa, chiede, in via principale, di annullarlo e di accertare che a partire dal 21 settembre 2009 nei confronti del Presidente sussiste un motivo di esclusione, e, in via subordinata, di rinviare gli atti alla CRP per nuovo giudizio; nel merito, postula di accertare la nullità degli atti compiuti dal Presidente e del giudizio contumaciale, subordinatamente di accertare l'incompetenza della CRP riguardo alla decisione di rinvio e l'illiceità di quella di nomina del giudice C._.
G. La CRP e il Presidente non presentano osservazioni e si rimettono al giudizio del Tribunale federale, il pretore C._ non si è espresso, mentre D._ con osservazioni del 5 luglio 2012 propone di respingere il ricorso in quanto ammissibile.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 La legittimazione del ricorrente (art. 81 cpv. 1 lett. b n. 1 LTF), la tempestività del gravame (<ref-law>) contro una decisione emanata dall'autorità cantonale di ultima istanza (<ref-law>) e l'ammissibilità del ricorso in materia penale, visto che l'impugnazione di decisioni incidentali su una domanda di ricusazione (<ref-law>) segue essenzialmente quella della vertenza di fondo (<ref-ruling> consid. 1.4), sono pacifiche.
1.3 L'asserita lesione del diritto di essere sentito (<ref-law>) poiché la decisione impugnata sarebbe insufficientemente motivata, è chiaramente infondata, ritenuto ch'essa si esprime, su 24 pagine, su tutti i punti rilevanti per il giudizio (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 5.2).
2. 2.1 La Corte cantonale ha ricordato che secondo il diritto vigente all'epoca, ogni giudice è escluso per legge dall'esercitare il suo ufficio, segnatamente per motivi di parentela (art. 40 lett. c e d CPP/TI) e che dal momento in cui il magistrato viene a conoscenza di una causa che lo esclude, egli deve astenersi da qualsiasi atto giudiziario, pena la nullità di quelli ulteriormente compiuti (<ref-law>/TI). I giudici della Pretura penale notificano la loro esclusione alla CRP, che, verificatane la causa, provvede alla sostituzione (art. 42 cpv. 1 e 2 CPP/TI). Ogni giudice può inoltre essere ricusato quando vi sia ragionevole motivo per dubitare della sua imparzialità nel procedimento o quando ometta di notificare la sua esclusione (<ref-law>/TI).
Preso atto della decisione di rinvio del Tribunale federale, la CRP ha esaminato la vertenza anche sotto il profilo del nuovo diritto (<ref-law>), segnatamente dell'art. 56 lett. e CPP, secondo cui chi opera in seno a un'autorità penale si ricusa, tra l'altro, se è parente o affine in linea retta, o in linea collaterale fino al secondo grado incluso, di un patrocinatore di una parte. Ha ricordato che fino alla decisione sulla ricusa il ricusando continua a esercitare la sua funzione (<ref-law>), norma interpretata come volta a impedire che il procedimento sia interrotto da una domanda di ricusazione manifestamente infondata, ciò che non appariva essere tuttavia il caso in concreto, considerato l'obbligo del Presidente di ricusarsi dovuto all'assunzione del mandato di patrocinio da parte della sorella. Al riguardo occorre rilevare che detta disciplina non è comunque applicabile nella fattispecie, visto che si è in presenza dell'eccezione prevista dall'<ref-law>, poiché il Presidente non si era opposto alla domanda di ricusa.
2.2 Circa lo svolgimento dei fatti, la CRP ha rilevato che il 21 settembre 2009 l'avv. Patrick Gianola ha comunicato per fax alla Pretura penale di aver assunto con la collega di studio E._ (sorella del Presidente) il patrocinio del ricorrente, chiedendo un rinvio del dibattimento poiché disponeva soltanto di una parte degli atti. Il giorno seguente, un minuto prima dell'inizio del dibattimento, la legale ha dichiarato che il ricorrente le avrebbe comunicato l'intenzione di revocarle il mandato non appena atterrato dal volo Zurigo-Ginevra. Il Presidente, preso atto di queste comunicazioni, prima ancora di aprire il dibattimento, ha avvisato i legali presenti, tra cui sua sorella, della posticipazione del dibattimento alle ore 14.00 del pomeriggio dello stesso giorno, informandoli che lo stesso sarebbe stato presieduto dal pretore C._.
La CRP ne ha dedotto che in questa situazione di "generale incertezza" in merito ai membri del collegio di difesa, in particolare riguardo alla comunicazione della sorella circa un'eventuale revoca del mandato, il Presidente si sarebbe trovato nell'impossibilità di decidere se fosse o no adempiuto un motivo di ricusazione, poiché ciò sarebbe dipeso dai propositi del ricorrente appena atterrato a Ginevra.
2.3 Riguardo ai motivi di esclusione, la CRP rileva che la mattina del 22 settembre 2009 sarebbe sussistita una situazione contraddittoria e di incertezza riguardo al patrocinio del ricorrente, da lui creata per effetto di due comunicazioni contrastanti tra di loro e spedite a breve distanza nell'imminenza dell'inizio del dibattimento, una situazione non stabilizzata ma in evoluzione, poiché era stata preannunciata una prossima revoca del mandato della sorella del Presidente, circostanza che non avrebbe consentito a quest'ultimo di decidere se fosse realizzato un caso di ricusa. Non era quindi necessario procedere alla notifica giusta l'<ref-law>/TI, gli estremi di un caso di esclusione non essendo certi. Questa situazione sarebbe stata creata ad arte e configurerebbe quindi un abuso di diritto, visto che avrebbe reso il ricorrente "dominus" della situazione e inibito l'agire del Presidente, facendo dipendere le sorti del dibattimento da una preannunciata e poi non pervenuta decisione di revoca del citato mandato. In una siffatta situazione di "pre-esclusione", il Presidente di fatto avrebbe semplicemente accolto la richiesta del ricorrente di posticipare l'inizio del dibattimento e "organizzativamente" designato quale subentrante un altro pretore, l'unico presente quel giorno, "risolvendo alla radice il quesito della esclusione o meno". In una situazione di manifesto abuso e nell'imminenza della prescrizione, l'alternativa scelta dal Presidente sarebbe stata "l'unica soluzione ragionevole e praticabile". Ciò poiché una regolare e corretta amministrazione della giustizia non avrebbe consentito di lasciare perdurare nel tempo una situazione di incertezza creata ad arte e abusiva, che avrebbe permesso di far intervenire la prescrizione. La CRP insiste sulla tesi secondo cui gli atti compiuti dal Presidente costituirebbero decisioni "organizzative", adottate in una situazione di "incertezza, contraddittoria ed evolutiva, creata ad arte dal reclamante", prima che si realizzasse la situazione di esclusione, per cui non sarebbero nulle.
3. 3.1 In concreto è pacifico che la domanda di ricusa era tempestiva (<ref-ruling> consid. 2.2 in fine). La garanzia del diritto a un giudice imparziale vieta l'influsso sulla decisione di circostanze estranee al processo, che potrebbero privarlo della necessaria oggettività a favore o a pregiudizio di una parte (<ref-ruling> consid. 3.1 e rinvii). Essa è attuata in primo luogo dalle regole cantonali sulla ricusa e l'esclusione o astensione obbligatoria (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 8a). Indipendentemente dai precetti del diritto cantonale, la Costituzione federale (art. 30 cpv. 1), concretata ora dall'<ref-law>, e la CEDU (art. 6 n. 1) assicurano comunque a ciascuno il diritto di sottoporre la propria causa a giudici non prevenuti, ossia in grado di garantire un apprezzamento libero e imparziale. Sebbene la semplice affermazione della parzialità, basata su sentimenti soggettivi di una parte, non sia sufficiente per fondare un dubbio legittimo, non occorre che il giudice sia effettivamente prevenuto: per giustificare la sua ricusazione bastano circostanze concrete idonee a suscitare l'apparenza di una prevenzione e a far sorgere un rischio di parzialità (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.2.1).
3.2 La ricusa riveste un carattere eccezionale (<ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 4). Sotto il profilo oggettivo, occorre ricercare se la persona ricusata offra le necessarie garanzie per escludere ogni legittimo dubbio di parzialità; sono considerati in tale ambito anche aspetti di carattere funzionale e organizzativo e viene posto l'accento sull'importanza che possono rivestire le apparenze stesse. Decisivo è sapere se le apprensioni soggettive dell'interessato possano considerarsi oggettivamente giustificate (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.1, 20 consid. 4.2).
3.3 La tesi della CRP, secondo cui il magistrato ricusato non avrebbe avuto alcuna ragione per escludersi immediatamente, poiché il procedimento si trovava ancora nella fase predibattimentale, chiaramente non regge. Essa accerta correttamente, che se la presenza della sorella del Presidente nel collegio difensivo fosse stata sicura, egli sarebbe stato obbligato a escludersi, sia secondo l'art. 40 lett. d CPP/TI sia giusta l'art. 56 lett. e CPP. Ora, la realizzazione di questo presupposto era manifesta al momento in cui egli ha deciso di posticipare il dibattimento e farsi sostituire da un altro giudice: sua sorella, che aveva dimostrato di patrocinare il ricorrente producendo la relativa procura, si era anche presentata al dibattimento chiedendone il rinvio. Egli era quindi chiaramente obbligato a escludersi, come effettivamente l'ha fatto, seppur tardivamente, facendosi poi sostituire da un altro giudice. La circostanza che, al dire del Presidente, quel pomeriggio fosse presente soltanto il giudice da lui incaricato per il dibattimento pomeridiano è inconferente, rilevato ch'egli doveva escludersi immediatamente, astenendosi dal compiere qualsiasi atto giudiziario foss'anche di natura organizzativa, come ancora si vedrà e come era noto al Presidente, nemmeno l'imminente prescrizione imponeva che il procedimento dovesse svolgersi lo stesso giorno. Giova rilevare che le parti non asseriscono, né ciò risulta dagli atti di causa, che il mandato conferito alla legale sarebbe stato revocato, né ch'ella vi avesse rinunciato. Ora, quando il motivo di esclusione è costituito, come nella fattispecie, da una causa fattuale specifica (parentela), non sussiste alcun margine di manovra: la persona interessata deve escludersi automaticamente (cfr. JEAN-MARC VERNIORY, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, n. 4 ad art. 57).
3.4 In effetti, l'unico motivo addotto dalla Corte cantonale per ritenere che il Presidente non avrebbe dovuto notificare la propria esclusione alla CRP ed effettuare i criticati atti è in sostanza l'asserito imminente intervento della prescrizione.
3.4.1 Al riguardo occorre ricordare che il procedimento a carico del ricorrente è stato aperto per fatti avvenuti il 4 ottobre 2002 e che soltanto l'11 febbraio 2009 il PP ha emanato un decreto di accusa. Dalla decisione impugnata non risulta che questo ritardo sia stato provocato, per lo meno in misura preponderante, in maniera chiaramente abusiva dal ricorrente: questi sottolinea d'altra parte inazioni imputabili, al suo dire, in primo luogo alle autorità inquirenti e giudiziarie cantonali. Del resto, il dibattimento era precedentemente già stato posticipato, su richiesta del 4 agosto 2009 del PP, al 22 settembre successivo. Sia come che sia, la questione non dev'essere esaminata oltre.
3.4.2 Del resto, né il Presidente né la CRP, giustificando il mancato ossequio dell'<ref-law>/TI con l'imminenza della prescrizione, indicano quando la stessa sarebbe intervenuta. Nella decisione impugnata si rileva semplicemente che la sostituzione dei legali sarebbe avvenuta "nell'immediata imminenza della prescrizione" e che il reato a suo carico "era (molto) prossimo alla prescrizione". Questo generico accenno non motiva affatto la giustificazione che il Presidente doveva agire immediatamente, ossia lo stesso giorno, senza poter far capo alla procedura di cui all'<ref-law>/TI.
Nel gravame il ricorrente rileva che il rinvio di qualche giorno del dibattimento non avrebbe comportato l'intervento della prescrizione, che sarebbe intervenuta solo settimane dopo i contestati atti compiuti dal Presidente: conclusione né contestata dalla CRP né dall'opponente. Ritenuto che secondo la decisione impugnata i fatti oggetto del procedimento penale sarebbero avvenuti il 4 ottobre 2002, la tesi non parrebbe d'altra parte infondata.
3.4.3 Neppure il generico riferimento della CRP, secondo cui l'<ref-law>/TI costituirebbe una "norma desueta non più applicata da tempo", è dimostrato. Per di più il ricorrente fa valere, rettamente e senza che la CRP contesti nella replica tale tesi, che detta norma è stata richiamata e applicata dalla stessa pochi anni prima (decisioni 60.2006.215 del 24 luglio 2006 e 60.2005.106 del 18 maggio 2005).
3.5 Del resto, la posticipazione del dibattimento al pomeriggio nemmeno ha consentito ai nuovi legali, che non avevano avuto accesso a tutti gli atti del procedimento, di preparare efficacemente la difesa: ciò contrasta con le garanzie di cui all'art. 6 n. 3 lett. b CEDU, secondo cui ogni accusato ha diritto a disporre del tempo e delle facilitazioni necessarie per preparare la propria difesa. D'altra parte, difficilmente in siffatte circostanze, anche il nuovo pretore ha potuto disporre del tempo sufficiente per esaminare compiutamente la vertenza (<ref-ruling> consid. 2.1).
4.1 La CRP incentra la propria decisione sul cambiamento del collegio difensivo poco prima dell'inizio del dibattimento e sulla preannunciata rescissione del mandato da parte della patrocinatrice nell'imminenza dello stesso. Afferma che senza l'incertezza creata da questo preannuncio, l'esclusione del Presidente sarebbe stata manifesta.
4.2 Al riguardo si giustifica ricordare che nel quadro della precedente causa 1B_333/2010 del 14 ottobre 2011, nelle proprie osservazioni, sulle quali le parti avevano potuto esprimersi, il Presidente ammetteva d'aver contattato tele-fonicamente il 21 settembre 2009 la sorella, al suo dire tuttavia, non per invitarla a rescindere il mandato, come sostenuto e ribadito dal ricorrente pure nel ricorso in esame, ma per avere conferma dell'assunzione del patrocinio e verificare se sapesse che lui fungeva da giudice in quella causa. Riguardo al mandato, avrebbe poi ricevuto da lei due telefonate. Il ricorrente sostiene per contro che la legale, in seguito alle telefonate in questione e per compiacenza verso il fratello, si sarebbe adoperata, invero invano, per farsi confermare la possibilità di rescindere il mandato: da qui la relativa comunicazione prima del dibattimento. Ne deduce che l'incertezza non sarebbe stata creata da lui bensì dal Presidente.
4.3 I motivi che hanno indotto la legale ad assumere il mandato ed eventualmente a tentare di disdirlo non sono decisivi e non devono essere esaminati, così come la questione di sapere se l'asserita situazione di incertezza sia stata provocata dal collegio difensivo o, in parte, dal Presidente. In effetti, accertato che sua sorella prima dell'inizio del dibattimento rappresentava ancora il ricorrente, egli doveva semplice-mente escludersi, senza compiere ulteriori atti. Un'eventuale futura revoca del mandato, in siffatte circostanze, era del tutto ininfluente sulla decisione della sua esclusione immediata.
4.4 La tesi principale della CRP si esaurisce nell'affermazione: "La situazione di incertezza, contraddittoria ed evolutiva creata (ad arte) riguardo al collegio di difesa del ricorrente era infatti tale da non consentire ancora (...) di decidere se dovesse ricusarsi (nel caso di mancata revoca del mandato di patrocinio a favore della sorella) o meno (in caso di revoca del mandato)." Contrariamente a questa conclusione, è manifesto che non sussisteva alcuna incertezza, né contraddittoria né evolutiva: ancora prima dell'inizio del dibattimento il ricorrente era patrocinato dalla sorella del Presidente, che era quindi tenuto a escludersi e notificare tale fatto alla CRP. Inoltre, anche l'insistenza nel voler effettuare il dibattimento lo stesso giorno si prestava a suscitare nelle parti l'impressione ch'egli volesse far condannare a ogni costo il ricorrente. Tutti questi comportamenti giustificano, anche se intesi solo nell'interesse della causa, legittimi dubbi e malintesi su una sua possibile imparzialità, sulla sua non prevenzione nei confronti del ricorrente e sulla fiducia nell'amministrazione della giustizia (sulla prevenzione di un giudice che eserciti pressione sul patrocinatore di un accusato, che contatti un patrocinatore e sulla comunicazione di una sua opinione provvisoria sulla vertenza vedi <ref-ruling> consid. 2.2 e 2.6.3; <ref-ruling> consid. 2.1-2.4 e 2.6 pag. 246).
4.5 Nelle descritte circostanze, la CRP non poteva pertanto ritenere il comportamento del ricorrente in relazione al cambiamento dei patrocinatori come abusivo e lesivo della buona fede ai sensi dell'art. 3 cpv. 2 lett. a e b CPP. Al riguardo nemmeno occorre esaminare il quesito di sapere se, come sostenuto dal ricorrente e peraltro rilevato dalla CRP, egli abbia cambiato una sola volta il patrocinatore, avendo dovuto rinunciare al secondo su istanza della parte civile, che adduceva un presunto conflitto di interessi. Un abuso nell'esercizio dei diritti di difesa, segnatamente riguardo alla sostituzione di difensori a meri scopi dilatori, non può d'altra parte essere ammesso alla leggera (sull'invocazione abusiva dei diritti della difesa per meri scopi dilatori vedi <ref-ruling> consid. 3.2.4; sull'apparenza di prevenzione quando il giudice esprime dubbi su pretese tattiche temporeggiatrici del difensore vedi sentenza 1B_221/2007 del 16 gennaio 2008 consid. 4.2, in AJP 2008 pag. 774).
4.6 Neppure infine occorre esaminare la questione di sapere se il fatto che il collegio difensivo fosse composto anche da un avvocato dello stesso studio legale nel quale collabora la sorella del Presidente avrebbe costituito un ulteriore motivo di esclusione ai sensi dell'art. 40 lett. d CPP/TI.
5. 5.1 Riguardo agli atti compiuti dal giudice ricusato, la CRP rinvia ai motivi addotti nella sua precedente decisione del 26 agosto 2010. Nella sentenza 1B_333/2010 il Tribunale federale, visto che aveva accolto il ricorso relativamente al mancato esame della domanda di ricusa, non si era espresso in proposito.
Misure procedurali decise da un giudice, siano esse corrette o errate, di per sé non giustificano, in linea generale, un'apparenza di prevenzione nei confronti di chi le ha adottate: esse possono essere censurate nell'ambito dei rimedi di diritto previsti all'uopo (<ref-ruling> consid. 3b/bb e rinvii). La stessa conclusione vale riguardo a una decisione eventualmente erronea sotto il profilo sostanziale (<ref-ruling> consid. 3b pag. 404). Diverso può essere il caso quando siano commessi errori particolarmente grossolani o ripetuti, che devono essere considerati come una lesione grave degli obblighi incombenti a un giudice (<ref-ruling> consid. 3a: 115 Ia 400 consid. 3b).
5.2 Circa il rinvio del dibattimento per l'inizio del pomeriggio, la CRP ha ritenuto che si tratterebbe di una semplice posticipazione e non di un nuovo e diverso aggiornamento o di una nuova citazione. Ha stabilito che qualora la posticipazione fosse considerata quale rinvio, contro lo stesso non sarebbe dato il ricorso e ch'essa non sarebbe competente a dirimere la questione, essendolo secondo l'<ref-law>/TI il giudice del merito. Ha aggiunto che in concreto la posticipazione, essendo stata comunicata prima dell'apertura del procedimento, tecnicamente non costituiva comunque un rinvio, né si trattava di una decisione di direzione del dibattimento ai sensi dell'<ref-law>/TI, pure impugnabile solo dinanzi al giudice di merito, visto che il dibattimento non era iniziato. Ha quindi ritenuto, per esclusione, ch'essa costituirebbe una "decisione organizzativa del presidente anteriore al dibattimento", impugnabile dinanzi alla CRP. Ribadita l'asserita incertezza riguardo al mandato di patrocinio assunto dalla legale che aveva chiesto di aggiornare il processo (a ragione del vero per avere il tempo necessario per consultare gli atti di causa), ha qualificato tale comportamento come un "venire contra factum proprium", lesivo quindi del principio della buona fede e pure arbitrario. La decisione adottata dal Presidente sarebbe quindi stata logica e opportuna.
5.3 Questa conclusione non può essere condivisa. Non si tratta in effetti di sapere se la criticata posticipazione sia logica e opportuna, bensì se essa sia giuridicamente corretta. Ora, come si è visto, il Presidente, accertato che sua sorella patrocinava ancora il ricorrente, doveva escludersi e astenersi dal compiere qualsiasi atto giudiziario, tra i quali rientra manifestamente la posticipazione di poche ore del dibattimento, chiesto peraltro per gli importanti motivi già esposti.
5.3.1 Per di più, nel "verbale di dibattimento" del 22 settembre 2009, il Presidente, assistito dalla segretaria, ha stabilito, presenti i difensori delle parti, il rinvio e la direzione dello stesso da parte del giudice C._, precisando, in maniera contraddittoria, che questi atti sono stati compiuti "ancor prima di aprire il dibattimento".
5.3.2 Del resto, in tale ambito, non a torto il ricorrente richiama una sentenza della stessa CRP del 16 gennaio 2007 (apparsa in RtiD I-2008 n. 10 pag. 568 e segg.), con la quale essa ha deciso che, contrariamente alla decisione di aggiornare il dibattimento, ove le citazioni sono staccate dal presidente giusta l'<ref-law>/TI prima dello stesso, queste hanno carattere organizzativo e sono impugnabili dinanzi alla CRP, mentre la decisione sul rinvio, come in concreto, rientra nella competenza della Corte e dev'essere decisa all'inizio (e non prima) del dibattimento. Come risulta anche dal verbale di dibattimento, il criticato atto non costituisce una citazione allo stesso, bensì un suo rinvio, atto che non rientrava pertanto nelle competenze del Presidente e che non poteva essere adottato prima di aprirlo. Anche per questo motivo, quest'atto giudiziario è nullo, come previsto dall'<ref-law>/TI. Rilevato che il ricorrente ha tempestivamente chiesto la nullità di tali atti, questi sarebbero comunque annullabili (sulla nullità vedi <ref-ruling> consid. 3.1; sentenza 1C_522/2011 del 20 giugno 2012 consid. 3.1 destinata a pubblicazione; così anche secondo l'<ref-law>, cfr. VERNIORY, loc. cit., n. 1 ad art. 60).
5.4 La posticipazione del dibattimento all'inizio del pomeriggio dello stesso giorno, ricordato che i legali del ricorrente non avevano potuto consultare tutti gli atti di causa e che pure il giudice scelto dal Presidente aveva soltanto poche ore a disposizione per esaminarli, lascia inoltre sorgere non pochi dubbi anche sulla legittimità di tale rinvio.
Certo, a determinate condizioni, in particolare quando il prolungamento della procedura sia imputabile in maniera determinante a ripetute richieste di proroghe, differimenti e posticipazioni da parte dell'accusato e dei suoi patrocinatori, l'imminenza della prescrizione può giustificare l'aggiornamento o la convocazione a un dibattimento anche a corto termine (<ref-ruling> consid. 2.3.1-2.4). È anche vero che in concreto il cambiamento dei difensori e il conferimento del mandato alla sorella del Presidente può far sorgere sospetti di una strategia difensiva meramente dilatoria (sull'invocazione abusiva dei diritti della difesa per manovre tattiche temporeggiatrici vedi <ref-ruling> consid. 3.2.4; <ref-ruling> consid. 4.1.5). Ciò nondimeno, tale atteggiamento, contrariamente alla tesi della CRP, non ha comportato alcuna situazione di incertezza contraddittoria ed evolutiva: preso atto che il ricorrente era difeso dalla sorella, il Presidente doveva semplicemente escludersi.
5.5 Riguardo alla sostituzione del giudice sempre decisa dal Presidente, la CRP rileva che, qualora non fosse stata preannunciata la revoca del mandato alla sorella, non si sarebbe realizzato un motivo oggettivo di esclusione. Anche in tale contesto la Corte cantonale ritiene, richiamata la presunta situazione di incertezza, che "organizzativamente" il Presidente avrebbe "saggiamente" fatto subentrare un altro giudice, quale unica soluzione ragionevole e praticabile per garantire una corretta amministrazione della giustizia, non essendo consentito "lasciare perdurare nel tempo, ad libitum" del ricorrente, la condizione di incertezza circa la realizzazione o meno di un caso di esclusione.
La tesi non può essere seguita. È infatti ovvio che il Presidente, di fronte al patrocinio del ricorrente da parte di sua sorella, doveva escludersi, non spettandogli di decidere, sulla base di motivi di mera praticabilità, egli medesimo la propria sostituzione. Ne segue che, come il rinvio del dibattimento, anche la designazione del giudice sostituto sono atti nulli, come lo sono del resto tutti quelli successivi.
5.6 Visto l'esito del gravame, non occorre esaminare le ulteriori censure concernenti asserite violazioni di altre norme di procedura.
6. Il ricorso deve pertanto essere accolto e la decisione impugnata annullata. In applicazione dell'<ref-law>, la domanda di ricusa dev'essere accolta (DTF <ref-ruling> consid. 3 inedito; sentenza 1B_407/2011 del 21 novembre 2011 consid. 3). Le spese e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e la decisione emanata dalla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello il 10 aprile 2012 è annullata.
2. La domanda di ricusa nei confronti del Presidente della Pretura penale
è accolta.
3. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dell'opponente, che rifonderà al ricorrente un'indennità di fr. 2'000.-- per ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, alla Pretura penale, alla Corte dei reclami penali del Tribunale d'appello e, per conoscenza, alla Corte di appello e di revisione penale del Cantone Ticino.