Faits:
A. Le 1er décembre 2011, la Municipalité de Morrens a accordé à la Commune de Morrens un permis de construire portant sur la transformation d'un bâtiment (actuellement une ferme) situé sur la parcelle n° 1070 du Registre foncier communal. Le projet porte sur la création de six appartements; il implique notamment une modification des ouvertures en façades, la pose de huit velux, la surélévation de la toiture, la création et la modification de lucarnes et l'aménagement de places de stationnement. Le même jour, la Municipalité a levé l'opposition formée par A.X._ et B.X._, propriétaires d'appartements dans l'immeuble occupant la parcelle n° 54 situé au nord du projet et séparé de celui-ci par le chemin du Crochet. La Municipalité a considéré que si le bâtiment avait reçu la note 4 (bonne intégration) lors du recensement architectural, les modifications apportées au volets et fenêtres étaient nécessaires à la création des appartements. La façade sud-est s'intégrait dans le paysage et l'environnement bâti. Il en allait de même pour les façades nord-est et nord-ouest, la modification du toit étant par ailleurs licite.
B. A.X._ et B.X._ ont saisi la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: la CDAP) qui, par arrêt du 9 novembre 2012, a déclaré le recours irrecevable. Malgré la proximité des bâtiments, les recourants n'avaient pas qualité pour agir: A.X._ avait déclaré, lors de l'inspection locale du 22 août 2012, qu'il agissait essentiellement en tant que citoyen et dans l'intérêt de la loi, et qu'il retirait ses griefs relatifs aux façades nord-est et nord-ouest. Seuls demeuraient les griefs relatifs à la façade sud-est et aux places de stationnement, mais les recourants ne pouvaient apercevoir cette façade depuis leur immeuble et n'étaient dès lors pas touchés par ces aspects du projet. Par surabondance, la CDAP a examiné - et rejeté - les griefs relatifs au nombre de places de stationnement.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.X._ et B.X._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et de renvoyer la cause à la CDAP pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.
La CDAP se réfère à son arrêt. La Commune de Morrens conclut au rejet du recours, dans la mesure où il est recevable. Le Service Immeubles, Patrimoine et Logistique a renoncé à déposer des observations.
Par ordonnance du 23 janvier 2013, l'effet suspensif a été accordé.
Le 13 février 2013, A.X._ et B.X._ ont déposé, en personne, des observations complémentaires.

Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision rendue dans le domaine du droit des constructions, le recours est recevable comme recours en matière de droit public conformément aux art. 82 ss LTF.
1.1 Même s'il examine "par surabondance" l'un des griefs soulevés par les recourants, l'arrêt attaqué dénie à ces derniers la qualité pour agir, le recours cantonal étant déclaré entièrement irrecevable (ch. 1 du dispositif de l'arrêt attaqué). Les recourants ont qualité, au sens de l'art. 89 al. 1 let. a et b LTF, pour contester un tel prononcé (cf. <ref-ruling> consid. 6.2 p. 198).
1.2 Pour le surplus, interjeté en temps utile et dans les formes requises contre une décision finale prise en dernière instance cantonale le recours est recevable au regard des art. 42, 86 al. 1 let. d, 90 et 100 al. 1 LTF.
2. A l'égard du prononcé d'irrecevabilité, les recourants se plaignent d'arbitraire et d'une violation du principe de la bonne foi. Ils reprochent à la cour cantonale de s'être fondée sur les déclarations faites par A.X._ lors de l'inspection locale (recours dans l'intérêt de la loi et limitation des griefs à la façade sud-ouest et au nombre de places de stationnement) pour en déduire que les recourants agissaient sans faire valoir d'intérêt personnel. Ces déclarations, faites alors que l'intéressé n'était pas assisté, ne pouvaient être interprétées comme une renonciation aux griefs concernant l'esthétique du bâtiment et les façades nord; elles n'engageaient d'ailleurs pas B.X._. Les recourants relèvent que leur immeuble est situé à une dizaine de mètres en face de la construction litigieuse et que l'insuffisance du nombre de places de parc entraînerait un risque de parcage sur leur propre fonds.
2. A l'égard du prononcé d'irrecevabilité, les recourants se plaignent d'arbitraire et d'une violation du principe de la bonne foi. Ils reprochent à la cour cantonale de s'être fondée sur les déclarations faites par A.X._ lors de l'inspection locale (recours dans l'intérêt de la loi et limitation des griefs à la façade sud-ouest et au nombre de places de stationnement) pour en déduire que les recourants agissaient sans faire valoir d'intérêt personnel. Ces déclarations, faites alors que l'intéressé n'était pas assisté, ne pouvaient être interprétées comme une renonciation aux griefs concernant l'esthétique du bâtiment et les façades nord; elles n'engageaient d'ailleurs pas B.X._. Les recourants relèvent que leur immeuble est situé à une dizaine de mètres en face de la construction litigieuse et que l'insuffisance du nombre de places de parc entraînerait un risque de parcage sur leur propre fonds.
2.1 Aux termes de l'art. 89 LTF (dont les exigences s'appliquent également à la procédure cantonale en vertu de l'art. 111 al. 1 LTF), la qualité pour recourir est reconnue à toute personne atteinte par la décision attaquée et qui dispose d'un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Selon la jurisprudence, le voisin direct de la construction ou de l'installation litigieuse a en principe la qualité pour recourir. Il en va de même s'il est certain ou très vraisemblable que l'installation litigieuse sera à l'origine d'immissions touchant spécialement les voisins (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 285; arrêt 1C_33/2011 du 12 juillet 2011 consid. 2.3 in DEP 2012 p. 9). Dans tous les cas, le recours formé dans l'intérêt général n'est pas recevable (<ref-ruling> consid. 2.2.3 et 2.3 p. 33-34; <ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 252, 468 consid. 1 p. 470; HEINZ AEMISEGGER/STEPHAN HAAG, Commentaire pratique de la protection juridique en matière d'aménagement du territoire, 2010, n. 123 ad art. 34 LAT, p. 182 s.; <ref-ruling> consid. 2.2.3 et 2.3 p. 33-34). La distance entre bâtiments constitue ainsi un critère essentiel, la jurisprudence reconnaissant généralement la qualité pour agir lorsque l'opposant est situé à quelques dizaines de mètres du projet litigieux (<ref-ruling> consid. 2.2.3 p. 33; arrêt 1C_346/2011 du 1er février 2012 publié in URP 2012 p. 692, consid. 2.3.1 p. 285).
2.2 En l'occurrence, la construction litigieuse se situe à une dizaine de mètres de l'immeuble des recourants, dont il n'est séparé que par le chemin du Crochet. Même si le projet n'implique pas de changement important dans l'implantation et dans le gabarit par rapport à l'état existant, les modifications prévues, qui concernent l'aspect général - une ferme se trouve transformée en bâtiment moderne - et, en particulier, les ouvertures en façades ainsi que la toiture, sont parfaitement visibles depuis le bien-fonds des recourants. Cela suffit pour reconnaître à ces derniers la qualité pour recourir, indépendamment des griefs soulevés (<ref-ruling> consid. 2.2.3 p. 33). A cela s'ajoute que la création de six appartements impliquera une augmentation du trafic, et que les recourants sont également légitimés à se plaindre de l'insuffisance des places de stationnement. La cour cantonale l'a d'ailleurs reconnu, et cela suffisait pour admettre la recevabilité du recours dans son ensemble.
Par conséquent, indépendamment de la portée et du sens qu'il faut attribuer aux déclarations faites en audience par l'un des recourants, il appartenait à la cour cantonale d'examiner l'ensemble des griefs soulevés. La cause doit lui être renvoyée à cette fin, sans qu'il y ait à examiner à ce stade les griefs de fond.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. La Commune de Morrens, qui agit en tant que constructrice (et dont les intérêts patrimoniaux sont dès lors en cause) et qui succombe, doit payer les frais judiciaires (art. 66 al. 4 LTF), ainsi que l'indemnité de dépens allouée aux recourants, assistés d'un avocat (art. 68 al. 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la Commune de Morrens.
3. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée aux recourants, à la charge de la Commune de Morrens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public.
Lausanne, le 23 avril 2013
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
Le Greffier: Kurz