Sachverhalt:
A. M._, geboren 1954, ist bei der KPT Krankenkasse AG (nachfolgend: KPT) obligatorisch krankenpflegeversichert. Im Jahr 2000 wurde ihm ein Magenband implantiert. Am 13. Dezember 2007 ersuchte die Klinik B._ die KPT um Kostengutsprache für einen Magenbandwechsel. Die KPT stellte M._ eine Leistungszusicherung mit dem Vermerk zu, sie übernehme lediglich die Entfernung des Magenbandes als Pflichtleistung aus der obligatorischen Krankenpflegeversicherung, nicht aber das Einlegen eines neuen Magenbands. Am 19. Dezember 2007 unterzog sich der Versicherte zunächst dem geplanten Eingriff, worauf die Klinik am 29. Januar 2008 ein weiteres Kostengutsprachegesuch für einen erneuten Bandersatz (am 1. Februar 2008) stellte. Die KPT verfügte am 7. Mai 2008 die Ablehnung der Kostenübernahme von weiteren Bandeinlagen. M._ erhob Einsprache. Am 18. Juli 2008 erklärte die KPT, sie sei gestützt auf eine vertrauensärztliche Stellungnahme bereit, die am 19. Dezember 2007 durchgeführte Bandeinlage zu übernehmen. Mit Entscheid vom 9. Oktober 2008 wies sie die Einsprache ab, soweit der gestellte Antrag nicht durch Übernahme geforderter Leistungen gegenstandslos geworden war; mithin Kostenübernahme für das Magenband vom 19. Dezember 2007, nicht aber für die 3. Einlage vom 1. Februar 2008. Sie begründete dies damit, dass aufgrund wiederholt aufgetretener Komplikationen und der vor der Operation diagnostizierten Zwerchfellhernie ein Magen-Bypass die zweckmässigere Behandlung dargestellt habe, was vom Versicherten abgelehnt worden sei. Das gewählte Vorgehen, ein drittes Magenbanding, sei jedoch nicht zweckmässig, weshalb aus der obligatorischen Krankenpflegeversicherung keine Leistungen erbracht würden, die mit der Einlage des Magenbandes am 1. Februar 2008 im Zusammenhang stünden.
B. Die von M._ dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 16. Februar 2009 gut. Es verpflichtete die KPT, dem Versicherten im Zusammenhang mit dem medizinischen Eingriff am 1. Februar 2008 auch die Materialkosten von Fr. 3'462.80 zu vergüten.
C. Die KPT führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt Aufhebung des kantonalen Entscheides.
M._ beantragt Abweisung der Beschwerde; Vorinstanz und Bundesamt für Gesundheit verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die obligatorische Krankenversicherung übernimmt nach <ref-law> die Kosten für die Leistungen gemäss Art. 25-31 KVG nach Massgabe der in Art. 32-34 KVG festgelegten Voraussetzungen. Bedingung für die Übernahme der Kosten der im Rahmen der obligatorischen Krankenpflegeversicherung erbrachten Leistungen ist nach <ref-law> neben Wirksamkeit und Zweckmässigkeit auch ihre Wirtschaftlichkeit.
1.1 Die Wirksamkeit, Zweckmässigkeit und Wirtschaftlichkeit der in der Schweiz von Ärztinnen und Ärzten erbrachten Leistungen wird gesetzlich vermutet (vgl. <ref-law>; RKUV 2000 Nr. KV 132 S. 283 f. [K 151/99] E. 3). Die genannten Kriterien enthalten einen gewissen ärztlichen Ermessensspielraum. Eine Therapie kann nicht schon als gegen das Gebot einer wirksamen, zweckmässigen und wirtschaftlichen Behandlung verstossend betrachtet werden, weil im Nachhinein eine Behandlung als suboptimal oder wenig erfolgreich erscheint (in RKUV 2003 Nr. KV 251 S. 226 nicht publizierte E. 3 des Urteils K 79/02 vom 12. Februar 2003). Zudem muss die Einhaltung des Gebotes einer wirksamen, zweckmässigen und wirtschaftlichen Behandlung nach dem Wissen im Zeitpunkt der Therapie beurteilt werden (Urteil 9C_567/2007 vom 25. September 2008 E. 1.2).
1.2 Die Beurteilung der Wirksamkeit und Zweckmässigkeit medizinischer Anwendungen ist ein ununterbrochener Prozess. Häufig stellt sich die Unzweckmässigkeit erst nach Jahren heraus. <ref-law> sieht daher vor, dass die Zulassungsvoraussetzungen bei den medizinischen Anwendungen und Techniken zu überprüfen sind. Diese Bestimmung hat nicht die Aufgabe, die Qualität medizinischer Leistungen laufend auf dem besten Stand zu halten, sondern durch den Ausschluss überholter Techniken unnötige Kosten zu sparen. Sie ist ein Instrument zur Sicherstellung der Wirtschaftlichkeit mittels Qualitätskontrolle. Überholte Leistungen sind aus dem Pflichtleistungskatalog auszumustern (Gebhard Eugster, Krankenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, 2. Aufl. 2007, S. 609 Rz. 633).
2. 2.1 Gestützt auf <ref-law> kann der Bundesrat die von Ärzten und Ärztinnen erbrachten Leistungen bezeichnen, deren Kosten von der obligatorischen Krankenpflegeversicherung nicht oder nur unter bestimmten Bedingungen übernommen werden. Das Eidgenössische Departement des Innern (EDI), an welches der Bundesrat diese Aufgabe übertragen hat (vgl. <ref-law> in Verbindung mit Art. 33 lit. a und c KVV), hat gemäss Art. 1 der Verordnung über Leistungen in der obligatorischen Krankenpflegeversicherung (Krankenpflege-Leistungsverordnung, KLV) vom 29. September 1995 im Anhang 1 zur KLV die ärztlichen Leistungen aufgeführt, welche vorbehaltlos, unter gewissen Voraussetzungen oder überhaupt nicht zu Lasten der obligatorischen Krankenpflegeversicherung gehen.
2.2 Wie der Bundesrat in der Stellungnahme vom 24. Juni 2009 zum Bericht der Parlamentarischen Verwaltungskontrolle vom 21. August 2008 sowie zu den Empfehlungen der Geschäftsprüfungskommission des Nationalrates (GPK-N) vom 26. Januar 2009 betreffend der Inspektion "Bestimmung und Überprüfung ärztlicher Leistungen in der obligatorischen Krankenversicherung" (BBl 2009 5577, 5589, 5649) ausgeführt hat (BBl 2009 5650), bedeutet das Konzept der Umschreibung der Leistungspflicht nach <ref-law>, dass grundsätzlich alle ärztlichen Leistungen vergütet werden, wenn nicht etwas anderes bestimmt wird. Der Pflichtleistungscharakter von diagnostischen und therapeutischen Arztleistungen wird damit implizit vermutet (Vertrauensprinzip). Der Verordnungsgeber kann neue oder umstrittene Behandlungen von den Pflichtleistungen ausschliessen, bis sie einer methodischen Überprüfung auf Wirksamkeit, Zweckmässigkeit und Wirtschaftlichkeit standhalten (<ref-law>). Er hat auch die Möglichkeit, neue Techniken oder Methoden lediglich für bestimmte Indikationen zuzulassen, wenn nur in diesem Bereich <ref-law> erfüllt ist, oder deren Zulassung von einer bestimmten fachlichen Kompetenz des Leistungserbringers abhängig zu machen (<ref-law>). Er kann schliesslich sich noch in Abklärung befindliche Leistungen auf Zusehen hin und unter der Auflage des definitiven Nachweises der Voraussetzungen von <ref-law> zulassen. Neue oder umstrittene Leistungen können durchaus wirksam, zweckmässig und wirtschaftlich sein, obwohl es ihnen lediglich noch an einem ausreichenden Beweis dieser Eigenschaft fehlt. Die ärztlichen Leistungen der Krankheitsbehandlungen werden in einer offenen Liste bzw. einem offenen und beschränkten "Ausschluss- oder Voraussetzungskatalog" geführt (Botschaft über die Revision der Krankenversicherung, BBl 1992 I 93, 159). Diese offene Liste ist in der KLV in Anhang 1 integriert. Sie nennt bei vielen Leistungen die Voraussetzungen für die Kostenübernahme wie Limitationen auf bestimmte Indikationen, Vorgaben, die die Leistungserbringer erfüllen müssen, oder (für Leistungen gemäss <ref-law>) zeitliche Befristungen der Leistungspflicht mit Auflage der Evaluation durch die Leistungserbringer. Im Gegensatz dazu werden für Arzneimittel, Analysen, Mittel und Gegenstände, präventivmedizinische Leistungen, Leistungen bei Mutterschaft sowie für Leistungen von nichtärztlichen Leistungserbringern abschliessende Listen geführt (sog. Positivlisten, <ref-law>).
3. Nach Ziff. 1.1 des Anhangs 1 zur KLV ist die operative Adipositasbehandlung (Gastric Roux-Y Bypass, Gastric Banding, Vertical Banded Gastroplasty) unter den in lit. a-g statuierten Voraussetzungen zu übernehmen; es ist unbestritten, dass sie hier alle erfüllt waren. Wie die Vorinstanz zutreffend darlegt, ist zwischen den Parteien hauptsächlich die Wirksamkeit und Zweckmässigkeit der konkret zu beurteilenden Operation vom 1. Februar 2008 dem Einlegen eines dritten Magenbandes streitig.
3.1 Die Beschwerdeführerin hält dem Beschwerdegegner vor, aufgrund der medizinischen Vorgeschichte und der Entwicklung von Hernien habe der Vertrauensarzt mit Recht bei einer dritten Magenbandeinlage einen Misserfolg sowie Komplikationen als wahrscheinlich eingeschätzt. Die Risiken und Komplikationen einer neuerlichen Magenbandeinlage seien in einem Ausmass erhöht gewesen, welches prognostisch den Nutzen einer erneuten Magenbandeinlage nicht höher werten liess als die Risiken, die mit einer Magen-Bypass-Operation eingegangen worden wären, die hier die zweckmässige Behandlung gewesen wäre (jedoch vom Beschwerdegegner abgelehnt worden sei).
3.2 Der Versicherte hält dagegen, dass auch die am 1. Februar 2008 erfolgte dritte Magenbandeinlage der Wirtschaftlichkeits- und Zweckmässigkeitsprüfung ohne Weiteres standgehalten habe. Der Verlauf habe den behandelnden Ärzten Recht gegeben. Das neue Band werde bestens vertragen und es sei noch einmal ein Gewichtsverlust eingetreten, sodass heute ein dem Behandlungsziel entsprechendes Normalgewicht bestehe. Da eine Reoperation mit Magenband nach spezialärztlicher Aussage eine Mortalität von 0 % aufweise, die Konversion zu einem Magen-Bypass aber eine solche von 0,1-1 %, sei es aus medizinischer Sicht sinnvoll und ethisch richtig, dem Wunsch des Patienten zu einer erneuten Magenbandeinlage zu entsprechen: Die Methode sei bis zum Wechsel des Bandes erfolgreich gewesen, und das Band werde auch heute noch gut vertragen, womit sich die Prognose der behandelnden Ärzte bewahrheitet habe.
4. 4.1 Dass die Einlage eines Magenbandes nach wie vor zum Pflichtleistungskatalog gehört, ist bundesrechtlich durch die Revision von Ziff. 1.1 des Anhangs 1 zur KLV auf den 1. Juli 2009 (AS 2009 2821) gerade wieder bestätigt worden, indem der Katalog der Massnahmen für die operative Adipositasbehandlung unverändert beibehalten worden ist; neu ist für die Patienten sogar ein Höchstalter von 65 statt 60 Jahren vorgesehen. Es deutet nichts darauf hin, dass sich hinsichtlich der Wirksamkeit und Zweckmässigkeit der Magenbandeinlage generell bereits eine Einschätzung durchgesetzt hat, wie sie von der Beschwerdeführerin mit der Ablehnung der Kostengutsprache im Leistungsstreit vertreten wird; weitere Erörterungen dazu erübrigen sich deshalb.
4.2 Auf den vorliegenden Fall bezogen hat die Vorinstanz überzeugend dargelegt, dass zwischen den Ärzten nur Uneinigkeit darüber herrscht, welche der verschiedenen zur Verfügung stehenden therapeutischen Massnahmen, ex ante betrachtet, in Bezug auf die konkrete Situation des Versicherten im Zeitpunkt des Eingriffes vom 1. Februar 2008 zweckmässiger war. Es könnten, unter Berücksichtigung der Einschätzung des Vertrauensarzts und des Operateurs, sowohl das Magenband als auch der Magen-Bypass als zweckmässig qualifiziert werden, selbst wenn die beiden Behandlungsmethoden bezüglich der damit verbundenen Operationsrisiken, Komplikationsraten und Spätresultate voneinander abwichen. Welche von mehreren in Betracht fallenden Massnahmen als geeigneter erscheine, sei jedoch in Bezug auf die Beurteilung der Zweckmässigkeit unmassgeblich. Die Leistungspflicht des Krankenversicherers beurteile sich folglich allein unter dem Gesichtspunkt der Wirtschaftlichkeit. Würden die vorliegend strittigen Materialkosten des Bandes den zu veranschlagenden Kosten für die Anlage eines Magen-Bypasses gegenübergestellt, so erhelle, dass unter dem Gesichtspunkt der Wirtschaftlichkeit dem umstrittenen Eingriff vom 1. Februar 2008 der Vorzug zu geben sei.
4.3 Die Sichtweise der Vorinstanz respektiert die oben in E. 1.1, 1.2 und 2.2 angesprochenen rechtlichen Aspekte, gerade auch bei einer rückwirkenden Beurteilung des zu wahrenden ärztlichen Ermessensspielraums bei der Konkretisierung der einzuhaltenden Leistungskriterien. In diesem Zusammenhang bleibt anzufügen, dass die Aussage des Vertrauensarztes in der Aktennotiz vom 29. Dezember 2008, das KVG wolle, dass der Vertrauensarzt zu solchen Operationen seine Zustimmung gebe, auf einer unzutreffenden Einschätzung der Rechtslage basiert: Verlangt wird in Ziff. 1.1 des Anhangs 1 zur KLV lediglich, dass mit ihm vor der Operation Rücksprache genommen wird ("après en avoir référé au médecin-conseil"; "previo colloquio con il medico di fiducia"). Somit besteht weder Anlass zur Korrektur der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung (<ref-law>), noch verletzt der angefochtene Entscheid in der Anwendung der massgeblichen materiellrechtlichen Grundlagen Bundesrecht (<ref-law>).
5. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die unterliegende Beschwerdeführerin kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. September 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz