Sachverhalt:
A. Das Bezirksgericht Baden verurteilte X._ am 21. September 2000 zu einer bedingten Gefängnisstrafe von 13 Monaten.
Am 14. Juni 2006 verurteilte das Obergericht des Kantons Bern X._ zu einer unbedingten Gefängnisstrafe von 12 Monaten, teilweise als Zusatzstrafe zu der vom Bezirksgericht Baden ausgefällten bedingten Gefängnisstrafe von 13 Monaten. Gleichentags widerrief es die bedingte Gefängnisstrafe des Bezirksgerichts Baden.
Am 25. September 2006 stellte X._ beim Kassationshof des Berner Obergerichts ein Revisionsgesuch mit dem Antrag, die beiden obergerichtlichen Urteile vom 14. Juni 2006 aufzuheben. Zur Begründung führte er an, die von ihm begonnene Psychotherapie habe ergeben, dass er zur Tatzeit an einer schweren Störung der charakterlichen Konstitution und des Verhaltens gelitten habe. Dies sei eine neue Tatsache, die im Sinne von Art. 368 Abs. 1 Ziff. 1 StrV zu einer erheblich geringeren Bestrafung oder einem Freispruch führen könne.
Gestützt auf ein von Dr. A._ verfasstes und von Prof. Dr. B._ inhaltlich gutgeheissenes Gutachten des forensisch-psychiatrischen Dienstes der Universität Bern (FPD) vom 27. April 2007 kam der Kassationshof zum Schluss, bei X._ habe zur Tatzeit zwar eine dissoziale Persönlichkeitsstörung (ICD-10 F 60.2) vorgelegen, seine Schuldfähigkeit sei hingegen voll erhalten gewesen, und wies das Revisionsgesuch am 14. August 2007 ab.
Am 28. September 2007 verurteilte das Kriminalgericht des Kantons Luzern X._ unter Annahme einer leicht verminderten Schuldfähigkeit zu einer Freiheitsstrafe von 20 Monaten, wovon 4 Monate unbedingt und 16 Monate bedingt, als Zusatzstrafe zum Urteil des Berner Obergerichts vom 14. Juni 2006.
Am 1. Februar 2008 wies das Bundesgericht die Beschwerde von X._ gegen das Urteil des Berner Kassationshofes vom 14. August 2007 ab.
B. Am 12. August 2008 wurde X._ von der Sektion Straf- und Massnahmenvollzug des Departements Volkswirtschaft und Inneres des Kantons Aargau zum Antritt der von dem Aargauer und dem Berner Gericht ausgesprochenen Strafen aufgeboten.
Am 21. August 2008 stellte X._ beim Obergericht des Kantons Aargau ein Wiederaufnahmegesuch mit dem Antrag, das Urteil des Bezirksgerichts Baden vom 21. September 2000 aufzuheben.
Das Obergericht wies das Wiederaufnahmegesuch am 30. Oktober 2008 ab. Es kam zum Schluss, das als neues Beweismittel beigebrachte psychiatrische Gutachten von Dr. C._ vom 10. März 2008 sei nicht geeignet, eine verminderte Schuldfähigkeit von X._ für den Tatzeitraum nachzuweisen.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, dieses Urteil des Aargauer Obergerichts aufzuheben.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht hatte sich bereits im Urteil 6B_547/2007 mit der Schuldfähigkeit des Beschwerdeführers für seine vom Obergericht des Kantons Bern am 14. Juni 2006 beurteilten, zwischen März 2000 und März 2001 begangenen Taten zu befassen. Es kam dabei zum Schluss, dass der Kassationshof des Obergerichts des Kantons Bern gestützt auf das von ihm beim FPD eingeholte Gutachten vom 27. April 2007 zu Recht davon ausgegangen ist, dass beim Beschwerdeführer im Tatzeitraum zwar eine dissoziale Persönlichkeitsstörung (ICD-10 F 60.2) vorlag, seine Schuldfähigkeit indessen voll erhalten war.
2. Im vorliegend zu beurteilenden Wiederaufnahmeverfahren macht der Beschwerdeführer wiederum gestützt auf ein neues psychiatrisches Gutachten - dasjenige von Dr. C._ vom 10. März 2008 - geltend, er sei für die vom Bezirksgericht Baden am 21. September 2000 beurteilten, zwischen dem 7. November 1998 und dem 9. November 1999 begangenen Taten vermindert schuldfähig gewesen.
Die vom Bezirksgericht Baden und die vom Obergericht Bern beurteilten Tatzeiträume schliessen praktisch nahtlos aneinander. Es weist nichts darauf hin, dass sich der psychische Zustand des Beschwerdeführers in dieser Zeit erheblich verändert hätte. Die Gutachten A._ und C._ beziehen sich somit auf die gleiche Lebenssituation des Beschwerdeführers und sind ohne Einschränkung direkt vergleichbar. Das Obergericht weist im angefochtenen Entscheid in sorgfältiger und zutreffender Weise nach (E. 3.7 S. 8 ff.), dass und weshalb das Gutachten C._ nicht geeignet ist, die Schlussfolgerungen des Gutachtens A._ zu widerlegen, wonach weder die Einsichtsfähigkeit noch die Steuerungsfähigkeit des Beschwerdeführers eingeschränkt waren. Das Gutachten A._ hält, wie das Bundesgericht bereits im Urteil 6B_547/2007 festgestellt hat, der vom Richter vorzunehmenden Plausibilitätskontrolle ohne weiteres stand. Es kann sowohl darauf als auch auf den angefochtenen Entscheid verwiesen werden.
Zutreffend ist, dass das Kriminalgericht des Kantons Luzern in seinem Urteil vom 28. September 2007 dem Beschwerdeführer für seine von ihm zwischen Mai 2001 und 16. April 2002 verübten Taten eine leicht verminderte Schuldfähigkeit strafmindernd anrechnet. Es gelangte zur Auffassung, das die volle Schuldfähigkeit des Beschwerdeführers bejahende Gutachten hätte seinem Drogenkonsum zu wenig Rechnung getragen (Urteil S. 52). Dieses Urteil des Kriminalgerichts ist indessen einerseits nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens und damit nicht zu prüfen. Vor allem aber lässt sich daraus für die Schuldfähigkeit des Beschwerdeführers im hier relevanten Tatzeitraum nichts ableiten, da er nach seinen eigenen, ins Gutachten C._ eingeflossenen Angaben (Ziff. 2.4 "Suchtanamnese") in den Jahren 1998 bis 2001 weder Drogen noch Alkohol konsumierte.
3. Das Obergericht hat das Wiederaufnahmegesuch des Beschwerdeführers somit zu Recht abgewiesen. Es kann keine Rede davon sein, dass er auf Grund seines auf "-ic" endenden Namens aus fremdenfeindlichen Motiven keinen fairen Prozess erhalten hat. Für seine diesbezügliche Unterstellung gibt es keine Anhaltspunkte.
Die Beschwerde ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Störi