Faits:
A. Par jugement du 14 mars 2008, le Tribunal pénal de l'arrondissement de la Sarine a reconnu Y._ coupable du meurtre de son fils. Il l'a acquitté, au bénéfice du doute, des chefs de prévention de contrainte sexuelle et de viol, dont aurait été victime X._, mère de celui-ci et épouse de Y._ au moment des faits. Il l'a condamné à une peine privative de liberté de 7 ans et demi et a ordonné un traitement ambulatoire. Y._ a été condamné à verser à X._ 50'000 fr. à titre de réparation du tort moral subi suite au décès de son fils, acte étant pris pour le surplus de ses réserves civiles.
B. Le 18 mai 2009, la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal fribourgeois a partiellement admis le recours formé par X._ contre ce jugement, qu'elle a réformé en ce sens que la réparation du tort moral a été portée à 80'000 fr.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau.
Elle sollicite l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. La recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir violé son droit d'être entendue.
Le droit d'être entendu, garanti par l'art. 29 al. 2 Cst., comporte notamment le droit d'obtenir l'administration de preuves de nature à influer sur le sort de la décision à rendre. Il a pour corollaire que l'autorité doit en principe donner suite aux offres de preuve présentées en temps utile et dans les formes prescrites. Il n'y a toutefois pas violation du droit à l'administration de preuves lorsque la mesure probatoire refusée est inapte à établir le fait à prouver, lorsque ce fait est sans pertinence ou lorsque, sur la base d'une appréciation non arbitraire des preuves dont elle dispose déjà, l'autorité parvient à la conclusion que les faits pertinents sont établis et que le résultat, même favorable au requérant, de la mesure probatoire sollicitée ne pourrait pas modifier sa conviction (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 148).
La recourante soutient que l'autorité cantonale ne pouvait refuser l'audition de trois témoins qu'elle avait sollicitée.
Les témoignages en question sont ceux de deux médecins-psychiatres et d'une psychologue. Deux des intéressés ont déposé des rapports écrits dans le cadre de la procédure. Si elle se plaint de ce que ses réquisitions de preuve n'ont été analysées que dans la perspective de l'accusation de meurtre, la recourante n'expose pas quels éléments de preuve ces témoins auraient pu apporter ni quels faits déterminants leur audition aurait permis d'établir. Il n'est donc pas possible d'entrer en matière sur ce grief faute d'une motivation répondant aux exigences déduites par la jurisprudence de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 88).
2. La recourante se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits. Selon elle, le dossier contient suffisamment d'éléments permettant de constater que l'intimé, qui s'était montré régulièrement menaçant, agressif et violent envers sa famille et des tiers, avait instauré un climat de terreur générant une soumission totale de la part de son épouse, qui ne pouvait pas refuser d'entretenir des relations sexuelles avec lui.
Une décision est arbitraire et donc contraire à l'art. 9 Cst. lorsqu'elle viole clairement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté ou contredit de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si sa décision apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision soient insoutenables, il faut encore que celle-ci soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.).
Par ailleurs, l'arbitraire allégué doit, sous peine d'irrecevabilité, être démontré conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law> (voir <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
La cour cantonale considère qu'elle ne dispose pas d'un réseau d'indices suffisant pour écarter tout doute sérieux quant à la culpabilité de l'intimé s'agissant des relations sexuelles qu'il aurait imposées à la recourante. Elle ajoute qu'en dernière analyse ce qui l'empêche de retenir le viol et la contrainte sexuelle est la nature intentionnelle de l'infraction.
La recourante évoque le caractère violent de l'intimé et la soumission totale à laquelle elle était réduite pour exposer qu'elle n'avait pas la possibilité de s'opposer aux relations sexuelles que celui-ci lui imposait. Elle ne remet pas en question les constatations, basées sur ses propres déclarations, selon lesquelles son mari ne pouvait pas se rendre compte qu'elle n'était pas consentante ou à tout le moins qu'elle ne savait pas si tel était le cas, précisant que leurs relations étaient étranges et qu'elle les avait acceptées. Les constatations relatives à cet aspect de l'infraction n'étant pas contestées, il n'y a pas lieu d'examiner l'argumentation de la recourante concernant les autres constatations de fait dans la mesure où l'absence d'élément subjectif exclut de toute manière que l'infraction soit réalisée.
3. La recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir violé les art. 189 et 190 CP en ne procédant pas à un examen complet de l'élément subjectif de ces infractions. Selon elle, celui-ci est réalisé sous la forme du dol éventuel car l'intimé, qui ne pouvait ignorer la crainte qu'il lui inspirait, devait nécessairement se demander pour quelles raisons elle acceptait d'entretenir des relations sexuelles avec lui après leur séparation. Il aurait ainsi forcément à un moment ou à un autre réalisé qu'elle avait peur de lui dire non et s'en serait accommodé.
Les infractions de viol et de contrainte sexuelle sont des infractions intentionnelles. Agit intentionnellement quiconque commet un crime ou un délit avec conscience et volonté. L'auteur agit déjà intentionnellement lorsqu'il tient pour possible la réalisation de l'infraction et l'accepte au cas où celle-ci se produirait (<ref-law>). De jurisprudence constante, le dol éventuel est réalisé lorsque l'auteur envisage la survenance du résultat, respectivement la réalisation de l'infraction, et passe à l'action car il accepte la réalisation de l'infraction et s'en accommode, bien qu'il ne la souhaite pas (<ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 28).
La cour cantonale constate que la recourante elle-même avait admis que son mari ne pouvait pas se rendre compte qu'elle n'était pas consentante ou à tout le moins qu'elle ne savait pas si tel était le cas, précisant que leurs relations étaient étranges et qu'elle les avait acceptées. Compte tenu de ces constatations, qui ne sont pas remises en question par la recourante, la cour cantonale n'a pas violé les art. 189 et 190 CP en admettant, au bénéfice du doute, que l'intimé n'avait pas songé que son épouse n'était pas consentante, de sorte que l'élément subjectif de ces infractions n'était pas réalisé. Le refus d'allouer une réparation du tort moral à raison de celles-ci ne viole manifestement pas les art. 47 et 49 CO.
4. Mal fondé, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme ses conclusions étaient vouées à l'échec, la requête d'assistance judiciaire doit également être rejetée (<ref-law>). La recourante devra supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera arrêté en tenant compte de sa situation financière.
Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité à l'intimé qui a déposé une demande d'assistance judiciaire sans avoir été invité à intervenir dans la procédure devant le Tribunal fédéral.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénal du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg
Lausanne, le 15 décembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Paquier-Boinay