Sachverhalt:
A. X._ und Y._ deklarierten in ihren Steuererklärungen für die Steuerperioden 2004 und 2005 Einkünfte aus Wertschriften und Guthaben von Fr. _ und Fr. _ sowie einen Vermögensbestand an Wertschriften und Guthaben von Fr. _ und Fr. _. Der überwiegende Anteil dieser Einkünfte und Vermögenswerte entfällt auf die Anteile an Kapitalgesellschaften und Genossenschaften.
B. In ihren Veranlagungen vom 13. Juni 2007 korrigierte die Kantonale Steuerverwaltung Schaffhausen den Wertschriftenertrag für die Steuerperiode 2004 auf Fr. _. Im Übrigen übernahm sie die deklarierten Einkünfte und Vermögenswerte und wendete dafür denselben Steuersatz an wie für das gesamte steuerbare Einkommen und Vermögen. Mit Schlussrechnungen vom 16. Juli 2007 wurden diese Veranlagungen eröffnet.
C. Dagegen erhob X._ am 13. August 2007 Einsprache mit dem Antrag, es seien die ausgeschütteten Gewinne aus Kapitalgesellschaften und Genossenschaften nur zum halben Satz des steuerbaren Gesamteinkommens zu besteuern; für die Beteiligungen an Kapitalgesellschaften und Genossenschaften sei überdies die Steuer nur zu zwei Dritteln des Satzes des steuerbaren Gesamtvermögens zu berechnen. Am 28. August 2007 wies die Kantonale Steuerkommission Schaffhausen die Einsprache ab.
D. Mit Entscheid vom 14. Dezember 2007 wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen einen dagegen erhobenen Rekurs ab.
E. X._ und Y._ führen beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, eventuell subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Sie beantragen in ihrer entsprechenden Eingabe vom 16. Januar 2008, der Entscheid des Obergerichts sei aufzuheben und es sei die Einsprache vom 11. August 2007 gutzuheissen; die ausgeschütteten Gewinne aus Kapitalgesellschaften und Genossenschaften seien nur zum halben Satz des steuerbaren Gesamteinkommens zu besteuern, und für die Besteuerung der Beteiligung an Kapitalgesellschaften sei die Steuer nur zu zwei Dritteln des Satzes des steuerbaren Gesamtvermögens zu berechnen. Gerügt wird im Wesentlichen ein Verstoss gegen Art. 8 BV (Rechtsgleichheitsgebot), gegen Art. 127 Abs. 2 BV (Grundsätze der Besteuerung, insbesondere Allgemeinheit, Gleichmässigkeit und Verhältnismässigkeit der Besteuerung sowie Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit) und gegen Art. 11 Abs. 1 der Verfassung des Kantons Schaffhausen vom 17. Juni 2002 (KV-SH; Rechtsgleichheitsgebot).
F. Die Steuerkommission des Kantons Schaffhausen und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Schaffhausen hat unter Verweis auf seinen Entscheid auf eine Vernehmlassung verzichtet.
G. Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts entschied über die Beschwerde an einer öffentlichen Sitzung am 25. September 2009.

Erwägungen:
1. 1.1 Nach Art. 82 lit. a BGG beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Beim angefochtenen Steuerentscheid handelt es sich um ein zulässiges Anfechtungsobjekt. Eine Ausnahme nach Art. 83-85 BGG liegt nicht vor. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführer gilt in Steuerstreitigkeiten keine Streitwertgrenze. Gegen den angefochtenen Entscheid steht daher die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 ff. BGG offen. Damit erweist sich die subsidiäre Verfassungsbeschwerde nach Art. 113 BGG als unzulässig, weshalb insoweit auf die Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
1.2 Zur Beschwerde an das Bundesgericht ist gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen hat oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a), durch den angefochtenen Entscheid oder Erlass besonders berührt ist (lit. b) und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung hat (lit. c). Der hier angefochtene Entscheid regelt die Veranlagung der Beschwerdeführer bei den direkten kantonalen Steuern der Perioden 2004 und 2005. Sie sind davon besonders berührt und haben ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung. Fraglich erscheint einzig, ob die beschwerdeführende Ehefrau am Verfahren vor der Vorinstanz teilgenommen hat. Die damalige Beschwerde wurde lediglich vom Ehemann eingereicht, das Obergericht ging aber von einer gemeinsamen Beschwerdeführung durch beide Ehegatten aus, was sich sowohl aus dem Rubrum als auch aus der Begründung des angefochtenen Entscheides ergibt. Wie es sich damit verhält, kann aber offenbleiben, ist doch jedenfalls der Ehemann zur Beschwerdeerhebung berechtigt.
1.3 Für die Beschwerde an das Bundesgericht gelten die im Gesetz vorgesehenen Begründungsanforderungen.
1.3.1 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung der Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt das massgebliche Recht verletzt, das Beschwerdegrund (vgl. dazu Art. 95 ff. BGG) einer Beschwerde beim Bundesgericht bilden kann (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Soweit die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht genügt, so ist darauf nicht einzutreten (Art. 106 Abs. 1 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.).
1.3.2 Die Beschwerdeführer legen nicht dar, inwiefern im vorliegenden Zusammenhang Art. 11 Abs. 1 KV-SH eine massgebliche Garantiewirkung entfalten sollte, insbesondere inwieweit die Bestimmung ihnen einen Schutz böte, der über die Garantien der Bundesverfassung hinaus reicht. Überdies fehlt es an einer tauglichen Beschwerdebegründung, soweit sich die Beschwerde gegen die Veranlagung bei der Vermögenssteuer richtet. Die Ausführungen der Beschwerdeführer beziehen sich einzig auf die Einkommenssteuer. Inwiefern sie auch für die Vermögenssteuer gelten sollten bzw. wieweit sie für diese übernommen werden könnten, wird nicht dargetan. Eingehendere Erläuterungen wären umso mehr erforderlich gewesen, als sich die Verhältnisse bei der Vermögenssteuer nicht von vorneherein gleich darstellen wie bei der Dividendenbesteuerung. Schliesslich fehlt auch eine taugliche Begründung zur Frage der unterschiedlichen Behandlung von Gesellschaften mit oder ohne Sitz in der Schweiz sowie zur Verfassungsmässigkeit der Voraussetzung einer Beteiligung am Verkehrswert einer Unternehmung von mindestens zwei Millionen Franken. Auf alle diese Punkte ist mangels rechtsgenüglicher Beschwerdebegründung nicht näher einzugehen, weshalb auf die Beschwerde in diesem Umfang nicht eingetreten werden kann.
2. 2.1 Art. 38 Abs. 3a des Gesetzes vom 20. März 2000 über die direkten Steuern des Kantons Schaffhausen (StG) bestimmt, dass für ausgeschüttete Gewinne aus Kapitalgesellschaften und Genossenschaften mit Sitz in der Schweiz die Steuer zum halben Satz des steuerbaren Gesamteinkommens berechnet wird, sofern die steuerpflichtige Person eine Beteiligungsquote von mindestens 20 Prozent am Kapital hält oder die Beteiligung einen Verkehrswert von mindestens zwei Millionen Franken aufweist. Für die Vermögensbesteuerung enthält Art. 49 Abs. 2b StG eine analoge Regelung, auf die hier aber nicht näher einzugehen ist (vgl. E. 1.3.2). Die beiden Bestimmungen sind am 1. Januar 2004 in Kraft getreten und gelten ab der Steuerperiode 2004.
2.2 Die Beschwerdeführer halten verschiedene Anteile an Kapitalgesellschaften und Genossenschaften. Keine Beteiligung erreicht dabei eine Quote von 20 % oder einen Verkehrswert von mindestens zwei Millionen Franken. Die gesetzlichen Voraussetzungen für eine Teilsatzbesteuerung sind somit nicht erfüllt. Die Beschwerdeführer rügen denn auch nicht eine unkorrekte Anwendung des Gesetzesrechts, sondern sind der Ansicht, bereits die Regelung der wirtschaftlichen Doppelbelastung der Kapitalgesellschaften und Genossenschaften bzw. ihrer Anteilsinhaber im schaffhausischen Gesetzesrecht sei verfassungswidrig. Sie schliessen daraus, es seien ihnen als Anteilseigner kleineren Umfanges dieselben Vorteile einzuräumen wie den qualifizierten Teilhabern, die von der Steuerentlastung profitierten.
2.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können auch kantonale Erlasse angefochten werden (Art. 82 BGG). Zur abstrakten Anfechtung von § 38 Abs. 3a StG ist indessen die Frist zu Beschwerde längst abgelaufen. In Frage kommt nur noch die Beschwerde gegen den konkreten Einzelakt oder Entscheid. Mit dieser kann auch die Überprüfung des kantonalen Rechts auf dessen Verfassungsmässigkeit hin verlangt werden. Diese so genannte konkrete Normenkontrolle beschränkt sich auf die im Einzelfall zur Anwendung gelangende Norm, soweit sie für den Fall massgeblich ist. In Bezug auf einen Steuertarif im Rahmen eines Steuerveranlagungsverfahrens für eine bestimmte Steuerperiode kann daher der kantonale Steuertarif nur insofern auf seine Verfassungsmässigkeit geprüft werden, als er Tarifpositionen betrifft, die konkret zur Anwendung gelangen oder mindestens durch den Rügegrund (z.B. wegen rechtsungleicher Besteuerung) miteinbezogen sind (nicht in der Amtlichen Sammlung veröffentlichte E. 1.4 von <ref-ruling>).
3. 3.1 Mit Beschluss vom 23. März 2007 änderte die Bundesversammlung im Rahmen der so genannten Unternehmenssteuerreform II verschiedene steuerrechtliche Bestimmungen des Bundes. Unter anderem fügte sie in Art. 7 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (Steuerharmonisierungsgesetz, StHG; SR 642.14) den folgenden zweiten Satz ein (BBl 2007 2321):
"Bei Dividenden, Gewinnanteilen, Liquidationsüberschüssen und geldwerten Vorteilen aus Beteiligungen aller Art, die mindestens 10 Prozent des Grund- oder Stammkapitals ausmachen (qualifizierte Beteiligungen), können die Kantone die wirtschaftliche Doppelbelastung von Körperschaften und Anteilsinhabern mildern."
Parallel dazu ergingen die Art. 18b und Art. 20 Abs. 1 lit. c und Abs. 1bis des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11), die eine Milderung der Steuerbelastung bei der direkten Bundessteuer durch eine bloss teilweise Besteuerung des Dividendenertrages vorsehen. Nachdem gegen die Unternehmenssteuerreform II ein Referendum zustande gekommen war, wurde die Gesetzesnovelle in der eidgenössischen Volksabstimmung vom 24. Februar 2008 angenommen (BBl 2008 2781). Sie trat am 1. Januar 2009 in Kraft (AS 2008 2893, 2902).
3.2 Nach Art. 190 BV sind Bundesgesetze und Völkerrecht für das Bundesgericht und die anderen rechtsanwendenden Behörden massgebend. Damit kann Bundesgesetzen weder im Rahmen der abstrakten noch der konkreten Normenkontrolle die Anwendung versagt werden. Zwar handelt es sich dabei um ein Anwendungsgebot und kein Prüfungsverbot (<ref-ruling> E. 5.4 S. 721; <ref-ruling> E. 5.4 S. 263, mit Hinweisen; YVO HANGARTNER, in: Ehrenzeller/Mastronardi/ Schweizer/Vallender, Die schweizerische Bundesverfassung, St. Galler Kommentar, 2. Aufl., Zürich/Basel/Genf 2008, Bd. 2, N. 8 zu Art. 190 BV), und es kann sich rechtfertigen, vorfrageweise die Verfassungswidrigkeit eines Bundesgesetzes zu prüfen; wird eine solche festgestellt, muss das Gesetz aber angewandt werden, und das Bundesgericht kann lediglich gegebenenfalls den Gesetzgeber einladen, die fragliche Bestimmung zu ändern. Freilich besteht nicht in jedem Fall die Veranlassung, die bundesgesetzliche Regelung auf ihre Vereinbarkeit mit höherrangigem Recht hin zu prüfen (vgl. das Urteil des Bundesgerichts 2C_61/2008 vom 28. Juli 2008, E. 1.3.2). Vielmehr hängt es von den Umständen des Einzelfalles ab, ob sich dies rechtfertigt.
3.3 Im vorliegenden Fall steht eine kantonale Gesetzesbestimmung in Frage. Dafür gilt das Anwendungsgebot von Art. 190 BV grundsätzlich nicht. Setzt das kantonale Steuergesetz allerdings unmittelbar Harmonisierungsrecht des Bundes um, das im Steuerharmonisierungsgesetz enthalten ist, greift das verfassungsrechtliche Anwendungsgebot auf das kantonale Recht durch. Das kantonale Steuergesetz, für welches das Anwendungsgebot an sich nicht gilt, wird davon als Umsetzungsakt der bundesgesetzlichen Ordnung erfasst (vgl. <ref-ruling> E. 5.4 S. 721). Auch diesfalls hängt es von den Umständen des Einzelfalles ab, ob sich die Prüfung der Vereinbarkeit mit dem Verfassungsrecht trotz Anwendungsgebots rechtfertigt.
3.4 Bei einer abstrakten Normenkontrolle, namentlich bei der Überprüfung eines kantonalen Gesetzes, kann das Bundesgericht auch einer nachträglichen Änderung der Rechtslage Rechnung tragen und insbesondere neu in Kraft getretenes, übergeordnetes Recht mitberücksichtigen (<ref-ruling> E. 2c/bb S. 291; <ref-ruling> E. 4d S. 473, mit Hinweisen). Das kann aber nicht unbeschränkt gelten, sondern setzt einen engen Zusammenhang vor allem in sachlicher und zeitlicher Hinsicht voraus.
3.5 Der neue Art. 7 Abs. 1 StHG erlaubt den Kantonen für Kapitalbeteiligungen von mindestens 10 % die Einführung einer Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung. Entscheiden sich die Kantone für eine solche Milderung, müssen sie zwingend eine Mindestbeteiligung von 10 % verlangen, im Übrigen verfügen sie über einen gewissen Gestaltungsspielraum bei der kantonalen Regelung. Das gilt insbesondere für die Methode der Entlastung (Teilsatz-, Teilbesteuerungs- oder anderes Verfahren) und deren Umfang. Es ist den Kantonen namentlich überlassen, ob sie die wirtschaftliche Doppelbelastung von Körperschaft und Anteilsinhaber durch eine Reduktion des Steuersatzes oder wie in den neuen, parallel ergangenen Art. 18b und Art. 20 Abs. 1 lit. c und Abs. 1bis DBG durch eine bloss teilweise Besteuerung des Dividendenertrages mildern wollen. Dagegen wird in der Literatur zwar eingewendet, die bundesrechtliche Harmonisierung beziehe sich einzig auf das Steuerobjekt, d.h. die Bemessungsgrundlage, und nicht auf den anwendbaren Tarif; die Kantone könnten daher die Milderung bei der Dividendenbesteuerung lediglich durch eine besondere Definition des Steuerobjekts, nicht aber durch einen Sondertarif umsetzen (vgl. insbes. URS R. BEHNISCH, in: Ehrenzeller/ Mastronardi/Schweizer/Ehrenzeller, a.a.O., N. 28 zu Art. 129; DERS., Steuerwettbewerb trotz seiner Zähmung ein Stein des Anstosses, in Neue Zürcher Zeitung vom 21. Februar 2007). Beim Erlass von Art. 7 Abs. 1 StHG ging der Gesetzgeber aber klarerweise davon aus, dass der Bund die Kompetenz hat, unter Einhaltung einer gewissen Regelungsautonomie der Kantone beim Ausmass und bei der Art der Entlastung Lösungen zu treffen, die auch durch tarifliche Massnahmen umgesetzt werden können (vgl. BBl 2005 4796). Der Gesetzgeber stellte denn auch den Kantonen bewusst frei, Entlastungen wie der Bund in Form von Abzügen von der Bemessungsgrundlage oder aber Steuerermässigungen in Form eigentlicher tariflicher Massnahmen vorzusehen (BBl 2005 4868). Abgesehen davon kennt das Harmonisierungsrecht auch an anderer Stelle Sondertarife, so etwa in Art. 11 StHG.
4. 4.1 Art. 38 Abs. 3a StG entspricht dem revidierten Art. 7 Abs. 1 StHG und wird von diesem seit dessen Inkrafttreten am 1. Januar 2009 inhaltlich gedeckt. Schon seit längerem wurde die Frage der Verfassungskonformität der Unternehmenssteuerreform in Fachkreisen diskutiert (vgl. etwa BERICHT DER EXPERTENKOMMISSION RECHTSFORMNEUTRALE UNTERNEHMENSBESTEUERUNG [ERU], erstattet dem Eidgenössischen Finanzdepartement, Bern 2001; BUNDESAMT FÜR JUSTIZ, Gutachten betreffend die Verfassungsmässigkeit einer Teilbesteuerung von Dividenden im Privatbesitz, erstattet der Eidg. Steuerverwaltung am 29. November 2006; ULRICH CAVELTI, Die Unternehmenssteuerreform II ist verfassungskonform, in Neue Zürcher Zeitung vom 29. Januar 2008; ETIENNE GRISEL, Rechtsgutachten zu Handen des Eidgenössischen Finanzdepartements vom 29. November 2006; CHRISTIAN KEUSCHNIGG/MARTIN D. DIETZ, Volkswirtschaftliche Auswirkungen der Unternehmenssteuerreform II, Gutachten im Auftrag der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 24. September 2002; RENÉ MATTEOTTI/ MICHAEL FELBER, Verfassungsrechtliche Kritik an der Unternehmenssteuerreform II, Jusletter vom 11. Februar 2008; ROBERT WALDBURGER, Die Vorlage verletzt offenkundig die Verfassung, in Tagesanzeiger vom 22. Dezember 2007; ROBERT WALDBURGER/RUEDI BAUMANN, Zur Verfassungsmässigkeit der Milderung der wirtschaftlichen Doppelbelastung durch das Unternehmenssteuerreformgesetz II und das Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, Gutachten vom 8. Januar 2008; vgl. auch MARKUS REICH, Die wirtschaftliche Doppelbelastung der Kapitalgesellschaften und ihrer Anteilsinhaber, Zürich 2000, 25 ff.). Dabei wurden in der Frage der Verfassungsmässigkeit von Entlastungsmassnahmen für die Dividendenbezüger, wie sie hier strittig sind, verschiedene Auffassungen vertreten. Unter anderem äusserten sogar Organe des Bundes mit guten Gründen gewisse Zweifel. Dies ist auch dem Gesetzgeber nicht entgangen und bildete ausdrücklich Thema der politischen Diskussionen sowie des Abstimmungskampfes.
4.2 In der politischen Diskussion setzte sich dann aber mehr und mehr die Auffassung durch, die wirtschaftliche Doppelbelastung zwischen Dividendenbezüger und Gesellschaft sei zu beseitigen. Die Gesetzesrevision wurde mithin in Kenntnis der allfälligen verfassungsrechtlichen Fragwürdigkeit angenommen. Insbesondere war angesichts der im Gesetzgebungsverfahren beigezogenen Gutachten klar, dass die angestrebte Beseitigung der wirtschaftlichen Doppelbelastung weiterreichen könnte, als das rein rechnerisch erforderlich wäre. Der Gesetzgeber setzte sich jedoch namentlich unter Hinweis auf angebliche volkswirtschaftliche Gesichtspunkte und eine mögliche Änderung der Verhaltensweise der Beteiligten über solche Bedenken hinweg. Im Zusammenhang mit dem Steuerharmonisierungsgesetz war mit Blick auf die parallel laufenden und teilweise bereits abgeschlossenen kantonalen Gesetzgebungsverfahren ebenso klar, dass bei den Kantonen entsprechende Entlastungen von ebenfalls bis zu 50 % als zulässig erachtet werden sollten. Die Mehrheit der Stimmberechtigten ging dabei davon aus, dass die schliesslich gewählte Lösung bzw. erlassene Regelung verfassungsrechtlich zulässig sei. Erleichterungen in diesem Umfang sind daher heute durch den Bundesgesetzgeber abgedeckt. Eine allfällige Verfassungswidrigkeit unterläge daher ab dem 1. Januar 2009 dem Anwendungsgebot und liesse sich jedenfalls mit Wirkung ab diesem Zeitpunkt vom Bundesgericht nicht mehr korrigieren.
4.3 Zu prüfen bleibt indessen die Tragweite von Art. 190 BV in zeitlicher Hinsicht. Art. 38 Abs. 3a StG ist am 1. Januar 2004 und damit fünf Jahre vor Art. 7 Abs. 1 StHG in der Fassung vom 23. März 2007 in Kraft getreten. Es fragt sich, ob sich das spätere Bundesrecht bereits auf die hier fraglichen Steuerperioden 2004 und 2005 auswirken kann.
4.3.1 Ob die Geltung von Art. 7 Abs. 1 StHG in der Fassung vom 23. März 2007 auf eine positive Vorwirkung (einer bei seiner Anwendung noch nicht in Kraft getretenen Bestimmung) oder auf eine echten Rückwirkung (der Anwendung nachträglich neuen Rechts auf einen abgeschlossenen Sachverhalt) hinausläuft, kann hier offenbleiben. Genau genommen findet das neue Bundesrecht nicht direkt Anwendung; vielmehr geht es darum, wieweit ein späteres Bundesgesetz vorbestandenes kantonales Recht vor verfassungsgerichtlicher Überprüfung durch das Bundesgericht zu bewahren vermag. Im Allgemeinen gelten so oder anders strenge Voraussetzungen - wie das Erfordernis einer eindeutigen gesetzlichen Grundlage, von triftigen Gründen, der Wahrung des Verhältnismässigkeitsprinzips usw. - für die Zulässigkeit der Vor- oder Rückwirkung von Gesetzesrecht (vgl. <ref-ruling> E. 2b/cc S. 186; <ref-ruling> E. 3b S. 258; Häfelin/ Müller/Uhlmann, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Aufl., 2006, 64 ff., Rz. 322 ff.; Tschannen/Zimmerli/Müller, Allgemeines Verwaltungsrecht, 3. Aufl., 2009, 186 ff., Rz. 8 ff.). Im vorliegenden Zusammenhang ist dementsprechend entscheidend, ob zwischen der Revision des Steuerharmonisierungsgesetzes und der entsprechenden kantonalen Steuerregelung ein genügend enger Zusammenhang vor allem in sachlicher und zeitlicher Hinsicht besteht, der den Schutz vor verfassungsgerichtlicher Kontrolle in einem konkreten Anwendungsfall und nicht im Rahmen einer abstrakten Normenkontrolle zu rechtfertigen vermöchte (vgl. E. 3.4).
4.3.2 Die fragliche schaffhausische Gesetzesbestimmung wurde am 15. September 2003 erlassen. Sie trat am 1. Januar 2004 in Kraft. Seit etwa 2001 gab es zwar im Bund verwaltungsinterne Abklärungen zur Unternehmenssteuerentlastung, die bundesrätliche Botschaft zum Unternehmenssteuerreformgesetz II datiert aber erst vom 22. Juni 2005 (BBl 2005 4733), erging also rund anderthalb Jahre, nachdem der Kanton Schaffhausen die Entlastung eingeführt hatte. Die beiden Gesetzesrevisionen im Bund und im Kanton stehen nicht in einem derart engen Konnex, dass jene diese bereits damals hätte inhaltlich abdecken können. Sowohl die Frage, ob es je zu einer Änderung des Bundesgesetzes kommen würde, als auch die eventuelle materielle Ausgestaltung des Bundesrechts waren damals völlig offen. Die Vorlage war nicht nur in der Lehre, in der Verwaltung und im Parlament umstritten, sondern auch die Volksabstimmung im Februar 2008 fiel knapp aus (vgl. BBl 2008 2781). Es ist ausgeschlossen, dass eine allfällige Verfassungswidrigkeit des kantonalen Rechts in den Jahren 2004 und 2005 von der im Jahre 2007 von der Bundesversammlung beschlossenen, 2008 vom Volk angenommenen und 2009 in Kraft getretenen Bundesgesetzesnovelle beseitigt werden könnte, deren Zustandekommen damals ungesichert und deren Inhalt unbekannt waren. Hätten überdies die Beschwerdeführer die schaffhausische Regelung 2003 im Verfahren der abstrakten Normenkontrolle angefochten, wäre ein Abstellen auf eine Bundesnorm, zu der damals noch nicht einmal eine bundesrätliche Botschaft vorlag, von vornherein ausser Betracht gefallen. Dass sich die Frage heute stellt, hängt lediglich damit zusammen, dass die Beschwerdeführer damals nicht mit abstrakter Normenkontrolle den Erlass, sondern später im Verfahren der konkreten Normenkontrolle die Steuerveranlagungen für die Jahre 2004 und 2005 angefochten haben. Einzig das bundesprozessuale Erfordernis, den kantonalen Instanzenzug vollständig zu durchlaufen, führte dazu, dass das neue Harmonisierungsrecht des Bundes inzwischen in Kraft treten konnte. Das vermag aber nicht die Geltung des Anwendungsgebots von Art. 190 BV mit der Folge zu rechtfertigen, dass die ausschliesslich auf das kantonale Gesetz gestützten Veranlagungen der Beschwerdeführer wegen des deutlich später erlassenen Bundesrechts von der Überprüfung auf Verfassungsmässigkeit ausgeschlossen wären.
4.4 Die angefochtenen Steuerveranlagungen für die Jahre 2004 und 2005 sind demnach rückblickend auf Verfassungsmässigkeit hin zu überprüfen.
5. 5.1 In der Sache verlangen die Beschwerdeführer nicht, es sei der kantonalen Gesetzesbestimmung über die Entlastung bei der wirtschaftlichen Doppelbelastung von Unternehmen und deren Teilhabern die Anwendung zu versagen. Vielmehr wollen die Beschwerdeführer gleich behandelt werden wie die qualifizierten Anteilseigner, die von der Teilsatzbesteuerung profitieren. Sie machen damit sinngemäss für ihr eigenes Dividendeneinkommen eine Gleichbehandlung im Unrecht geltend, indem sie dieselbe Begünstigung verlangen, wie sie nach ihrer Ansicht in Verletzung des Verfassungsrechts den qualifizierten Anteilseignern zugestanden wird. Eine solche Gleichbehandlung wäre nicht zum vornherein ausgeschlossen (vgl. etwa ASA 76 S. 693, E. 4, und 59 S. 733, E. 3, sowie StE 2005 A 21.11 Nr. 45, E. 3.2), untersteht aber besonderen Anforderungen, auf die zurückzukommen sein wird (vgl. E. 5.6). Vorfrageweise ist so oder so im Sinne einer konkreten Normenkontrolle zu prüfen, ob die schaffhausische Regelung bei der Dividendenbesteuerung gegen Verfassungsrecht verstösst.
5.2 Im Bereich der Steuern wird das allgemeine Gleichbehandlungsgebot von Art. 8 Abs. 1 BV insbesondere durch die Grundsätze der Allgemeinheit und Gleichmässigkeit der Besteuerung sowie der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit konkretisiert (Art. 127 Abs. 2 BV). Der erste Grundsatz verlangt, dass alle Personen oder Personengruppen nach denselben gesetzlichen Regeln erfasst werden; Ausnahmen, für die kein sachlicher Grund besteht, sind unzulässig. Nach dem zweiten Prinzip sind Personen, die sich in gleichen Verhältnissen befinden, in derselben Weise mit Steuern zu belasten und müssen wesentliche Ungleichheiten in den tatsächlichen Verhältnissen zu entsprechend unterschiedlichen Steuerbelastungen führen. Drittens müssen die Steuerpflichtigen nach Massgabe der ihnen zustehenden Mittel gleichmässig besteuert werden; die Steuerbelastung hat sich nach den ihnen zur Verfügung stehenden Wirtschaftsgütern und ihren persönlichen Verhältnissen zu richten (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 251 f.; <ref-ruling> E. 6.1 S. 215 f.; StE 2003 B 21.1 Nr. 11 E. 3.2; je mit Hinweisen).
5.3 Im System der Gesamtreineinkommensbesteuerung, auf welchem die direkten Steuern des Bundes und der Kantone beruhen, bildet der Überschuss aller Einkünfte über die damit verbundenen Ausgaben Grundlage der Bemessung, und zwar unabhängig von der Art der Einkünfte. Solche der natürlichen Person aus Beteiligungen an Unternehmen nicht oder nur teilweise zu erfassen oder mit einem anderen Tarif zu besteuern, gerät insoweit in Widerspruch zu den Prinzipien der Allgemeinheit und Gleichmässigkeit der Besteuerung und der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit. Es bedarf einer sachlichen Rechtfertigung, Dividendeneinkünfte anders zu behandeln als andere Einkünfte. Eine solche sieht der Gesetzgeber des Kantons Schaffhausen in der so genannten wirtschaftlichen Doppelbelastung.
5.4 Wieweit es eine solche Doppelbelastung gibt, ist allerdings umstritten (zur Literatur vgl. die Angaben in E. 4.1). Rechtlich werden Dividendeneinkünfte zum vornherein nicht doppelt belastet. Zwar wird der erzielte Gewinn zunächst bei der Unternehmung als Gewinn besteuert, woraufhin die Dividende bzw. der Gewinnanteil aus der Beteiligung beim Teilhaber steuerlich ebenfalls erfasst wird. Dies beruht aber natürlicherweise darauf, dass sich eine juristische Person aufgrund ihrer eigenen Rechtsfähigkeit von der natürlichen Person unterscheidet bzw. ein eigenes Rechtssubjekt und Steuersubjekt ist. Die rechtliche Selbständigkeit juristischer Personen von den wirtschaftlich daran berechtigten natürlichen Personen wird nur ausnahmsweise, unter dem Gesichtspunkt des so genannten Durchgriffs, durchbrochen. Dieser setzt Identität der wirtschaftlichen Interessen zwischen juristischer und dahinter stehender natürlicher Person voraus, und insbesondere dass die rechtliche Berufung auf die Selbständigkeit der juristischen Person der Umgehung von Gesetzesvorschriften oder der Missachtung der Rechte Dritter dient; es geht der Sache nach um eine missbräuchliche Verwendung der juristischen Person durch die sie beherrschende natürliche Person (<ref-ruling> E. 3.2 S. 493 mit Hinweisen). Das Umgekehrte gilt nicht: Wer sich als natürliche Person einer juristischen Person bedient, muss sich deren Selbständigkeit entgegenhalten lassen und kann sich nicht auf wirtschaftliche Identität berufen. Sind natürliche und juristische Person aber verschiedene Rechtssubjekte, stellt die Nichtbesteuerung oder reduzierte Besteuerung der Dividendeneinnahmen bei der natürlichen Person für diese eine ungerechtfertigte Privilegierung im Vergleich zu allen anderen Einkunftsarten wie insbesondere Arbeitseinkommen dar. Will der Gesetzgeber die rechtliche Trennung von juristischen und natürlichen Personen zum Zwecke der Besteuerung aufheben und auf eine wirtschaftliche Betrachtungsweise übergehen, ergibt sich aus dem Gebot der Allgemeinheit und Gleichmässigkeit der Besteuerung bzw. derjenigen nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit, dass die Belastungsgleichheit gewahrt bleiben muss.
5.5 Der schaffhausische Gesetzgeber hat sich selektiv dafür entschieden, Beteiligungseinkünfte im Halbsatzverfahren zu besteuern, wenn die Beteiligungsquote 20 % (oder einen Verkehrswert von mindestens zwei Millionen Franken) erreicht. Im Übrigen wird aber sowohl bei der Unternehmung die Gewinnsteuer erhoben als auch bei den Anteilseignern die Dividende als Einkommen besteuert. Ein Systemwechsel zu einer wirtschaftlichen Betrachtungsweise im Verhältnis zwischen juristischer und daran beteiligter natürlicher Person liegt nicht vor. Vielmehr geht es um eine selektive Bevorzugung der Dividendeneinkünfte qualifizierter Anteilseigner. Der Gesetzgeber verfällt in einen Methodenpluralismus, indem er für die qualifizierten Teilhaber auf eine wirtschaftliche Betrachtungsweise übergeht, im Übrigen aber die zivilrechtliche Betrachtungsweise im Verhältnis zwischen juristischer Person und daran beteiligter natürlicher Person beibehält. Ein hinreichender Grund für diese Bevorzugung qualifizierter Anteilseigner ist nicht ersichtlich. Zwar wird dafür geltend gemacht, diese seien eigentliche Unternehmer, die ein unternehmerisches Risiko trügen und im Betrieb Verantwortung übernähmen. Die Dividende ist aber nichts anderes als die erfolgsabhängige Entschädigung für das hingegebene Kapital. Wenn ein Anteilseigner sich nicht darauf beschränkt, Kapital hinzugeben, sondern sich in der Unternehmung anderweitig engagiert, wird er dafür separat entschädigt, in Form von Arbeitslohn, Tantiemen usw. Es ist kein Grund erkennbar, der es rechtfertigen würde, die Dividende eines kleinen Teilhabers anders, d.h. höher, zu besteuern als diejenige eines grossen Anteilseigners. Die vom Kanton Schaffhausen getroffene Regelung verletzt daher das Rechtsgleichheitsgebot, indem qualifizierte Anteilseigner gegenüber anderen ohne sachlichen Grund bevorzugt werden. Das verstösst gegen das Prinzip der Belastungsgleichheit. Die gezogene Trennlinie ist überdies willkürlich: Wer eine Beteiligung von 19 % (oder von 1,99 Millionen Franken) hält, profitiert nicht vom Halbsatzverfahren, sondern muss seine Einkünfte vollständig versteuern. Die Grenzlinie beruht zwar auf einem politischen Entscheid; sie ist aber nicht mit sachlichen Gründen zu rechtfertigen und führt zu unhaltbaren Unterscheidungen bei der Besteuerung. Art. 38 Abs. 3a StG verletzt damit Art. 8 und 127 BV.
5.6 Die Beschwerdeführer sprechen sich nicht gegen die Anwendung von Art. 38 Abs. 3a StG aus, sondern verlangen, die als verfassungswidrig erkannte Bestimmung sei im Sinne des Grundsatzes der Gleichbehandlung im Unrecht auf sie selbst bzw. auf ihre Einkünfte aus Beteiligungen an Unternehmungen anzuwenden. Der Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht wird nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ausnahmsweise anerkannt, nämlich wenn eine ständige rechtswidrige Praxis einer rechtsanwendenden Behörde vorliegt und die Behörde zu erkennen gibt, dass sie auch in Zukunft nicht von dieser Praxis abzuweichen gedenke (vgl. <ref-ruling> E. 9 S. 44; <ref-ruling> E. 3.7 S. 20; <ref-ruling> E. 3a S. 2 f.). Im vorliegenden Zusammenhang ist zwar nicht zu erwarten, dass die Steuerbehörden des Kantons Schaffhausen der entsprechenden latenten Anpassungspflicht nachkommen und von ihrer als verfassungswidrig erkannten Praxis abweichen werden. Sie haben dazu aber auch keinen Anlass (mehr), nachdem nunmehr die verfassungswidrige Regelung durch das nachmalige Inkrafttreten von Art. 7 Abs. 1 StHG in der Fassung vom 23. März 2007 dem Anwendungsgebot von Art. 190 BV unterliegt bzw. sich die Verfassungswidrigkeit auch der kantonalen Gesetzesbestimmung bzw. von darauf neu ergangenen Veranlagungen deswegen nicht (mehr) sanktionieren lässt. Den Beschwerdeführern hilft der Anspruch auf Gleichbehandlung im Unrecht daher nicht weiter, solange und soweit das Bundesgesetz die schaffhausische Regelung abdeckt und damit die kantonale Praxis vor der verfassungsgerichtlichen Überprüfung mit schützt, was die kantonalen Behörden davor bewahrt, die verfassungswidrige Praxis anpassen zu müssen. Dem Antrag der Beschwerdeführer auf Aufhebung des kantonalen letztinstanzlichen Entscheides über die Veranlagungen der Steuerperioden 2004 und 2005 kann demnach nicht stattgegeben werden, obwohl ihnen in der Sache an sich zu folgen ist.
6. Damit rechtfertigt es sich, die Beschwerde im Sinne der Erwägungen abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Unter Berücksichtigung der besonderen Umständen des Falles sind keine Kosten zu erheben (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (vgl. Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Kantonalen Steuerkommission Schaffhausen, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. September 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Uebersax