Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Einzelgericht Bern-Mittelland sprach die Beschwerdeführerin am 6. Februar 2012 von der Anschuldigung des Hausfriedensbruchs zum Nachteil der Migros frei. Es auferlegte die Verfahrenskosten dem Kanton Bern. Eine Entschädigung richtete das Gericht nicht aus.
Das Obergericht des Kantons Bern trat am 28. August 2012 auf eine Berufung der Beschwerdeführerin nicht ein, soweit sie sich auf den Freispruch, die Auferlegung der Verfahrenskosten an den Kanton Bern und die beantragte Aufhebung des Hausverbots der Migros bezog. Das Gericht sprach weder eine Entschädigung noch eine Genugtuung zu.
Die Beschwerdeführerin wendet sich ans Bundesgericht und beantragt sinngemäss, der Entscheid des Obergerichts sei in allen Punkten aufzuheben.
2. In einer Beschwerde ist unter Bezugnahme auf den angefochtenen Entscheid anzugehen, inwieweit dieser das Recht im Sinne von <ref-law> verletzen soll (<ref-law>). Soweit die Beschwerdeführerin auf die Vorbringen im kantonalen Verfahren verweist, die sich noch gar nicht auf den angefochtenen Entscheid beziehen können, ist darauf nicht einzutreten.
3. Die Gründe, die zum Hausverbot der Migros führten, sind für den Ausgang des vorliegenden Verfahrens unerheblich. Die entsprechenden Ausführungen sind nicht zu hören.
4. Vom Vorwurf des Hausfriedensbruchs wurde die Beschwerdeführerin freigesprochen. Folglich kann dieser ursprünglich gegen sie erhobene Vorwurf nicht Gegenstand einer Prüfung durch das Bundesgericht sein.
5. Das Dispositiv des erstinstanzlichen Urteils vom 6. Februar 2012 ist klar und eindeutig. Inwieweit das Recht im Sinne von <ref-law> eine andere Formulierung oder eine Erläuterung verlangen würde, ergibt sich aus den Ausführungen der Beschwerdeführerin nicht (vgl. Beschwerde S. 7 Ziff. 28 und 30).
6. In Bezug auf die verweigerte Entschädigung kann auf die Ausführungen der Vorinstanz verwiesen werden (vgl. angefochtenen Entscheid S. 5-7 E. II/1). Zwar durfte sich die Beschwerdeführerin ohne Weiteres durch ihren "Ghostwriter" an die Gerichtsverhandlung begleiten lassen. Dieser hatte dort indessen keine Funktion, und seine Begleitung war auch nicht notwendig, zumal aus der Beschwerde nicht ersichtlich ist, inwieweit er anlässlich der Verhandlung ein Keybord hätte bedienen müssen (vgl. Beschwerde S. 9 Ziff. 40). Er musste deshalb wie jede andere beliebige Begleitperson nicht entschädigt werden. Wenn die Beschwerdeführerin ihm für die Begleitung etwas bezahlen wollte, so löste dies keine Entschädigungspflicht des Staates aus.
7. Auch in Bezug auf die verweigerte Genugtuung kann auf die Erwägungen der Vorinstanz verwiesen werden (vgl. angefochtenen Entscheid S. 8/9 E. 2). Der Umstand, dass ein Strafverfahren schliesslich zu einem Freispruch führt, vermag noch keine schwere Verletzung in den persönlichen Verhältnissen des Betroffenen zu begründen.
8. Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage der Beschwerdeführerin ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. November 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Monn