Sachverhalt:
A. Z._ war als geschäftsführender Direktor der Krankenkasse X._ zusammen mit seiner Ehefrau bei seiner Arbeitgeberin im Rahmen des Mitarbeiter-Kollektivvertrages krankenversichert. Mit Verfügung vom 29. Juli 2004 verpflichtete die X._ Z._ zur Bezahlung von Krankenkassenprämien für sich und seine Ehefrau für den Zeitraum von Januar bis Juni 2004 im Gesamtbetrag von Fr. 2'874.90 zuzüglich Zins von 5% seit 25. April 2004 sowie Zahlungsbefehlkosten von Fr. 70.- und Mahngebühren von Fr. 70.- und beseitigte den in der Betreibung Nr. xxx erhobenen Rechtsvorschlag. Die dagegen erhobene Einsprache hiess die X._ mit Einspracheentscheid vom 21. Oktober 2004 insoweit teilweise gut, als die Rechtsöffnung für die Mahngebühren nicht erteilt wurde.
B. Das hiegegen von Z._ angehobene Beschwerdeverfahren sistierte das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau im Zusammenhang mit der im Jahre 2005 erfolgten Konkurseröffnung über die X._ und anderen hängigen Zivil- und Strafrechtsprozessen und wies die Beschwerde - ausser bezüglich der Betreibungskosten, für die es keine Rechtsöffnung erteilte - mit Entscheid vom 29. August 2012 ab, nachdem das Konkursamt Y._ als amtliche Konkursverwaltung entschieden hatte, den Prozess durch die Konkursmasse zu übernehmen.
C. Z._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit folgenden Rechtsbegehren: "Es sei der Einspracheentscheid der Krankenkasse X._ in Sachen der Parteien vom 21. Oktober 2004 aufzuheben. Es sei die Beschwerdegegnerin anzuhalten, ihre Forderung transparent nach Obligatorium (KVG) und Privatversicherung (VVG) darzustellen. Getrennt nach den versicherten Personen. Die von ihm bezahlten Prämien sind in den entsprechenden Kolonnen in Abzug zu bringen. Dies unter klarer Bezeichnung der rechtlich relevanten Periode."

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Streitig und zu prüfen ist die Höhe der ausstehenden Prämienforderung und damit die Rechtmässigkeit von deren Betreibung für den Zeitraum von Januar bis Juni 2004.
2.1 Gemäss Art. 61 Abs. 1 Satz 1 KVG legt der Versicherer die Prämien für seine Versicherten fest. Entrichten Versicherte fällige Prämien und Kostenbeteiligungen trotz Mahnung nicht, hat der Versicherer das Vollstreckungsverfahren einzuleiten (Art. 90 Abs. 3 KVV in der vom 1. Januar 2003 bis 31. Dezember 2005 gültig gewesenen wie auch in der seit 1. Januar 2006 anwendbaren Fassung; <ref-ruling> E. 5 und 6 S. 148 ff.).
2.2 In pflichtgemässer Würdigung der Akten hat die Vorinstanz in tatsächlicher Hinsicht für das Bundesgericht grundsätzlich verbindlich (E. 1 hievor) festgestellt, dass das Arbeitsverhältnis des Beschwerdeführers mit der Beschwerdegegnerin auf Grund der fristlosen Kündigung auf den 5. November 2003 erloschen ist und er ab diesem Zeitpunkt nicht mehr von den privilegierten Versicherungsbedingungen für die Mitarbeiter der X._ profitieren konnte, weshalb die Prämienforderungen für den Zeitraum von Januar bis Juni 2004, die auf einer Versetzung von der Kollektiv- in die Einzelversicherung basierten, ausgewiesen und damit nicht zu beanstanden sind.
2.3 Soweit der Beschwerdeführer zunächst erneut geltend macht, seine nach der Kündigung erfolgte Versetzung von der Kollektiv- in die Einzelversicherung und damit eine höhere Prämienforderung sei nicht rechtmässig, hat das kantonale Gericht dazu zwar keine Feststellungen getroffen, weshalb das Bundesgericht grundsätzlich nicht gebunden ist. Dass der Verbleib in der Kollektivversicherung nach Austritt aus der Firma üblich war, vermag der Beschwerdeführer indes nicht rechtsgenüglich darzutun und ist nach Lage der Akten auch nicht ausgewiesen. Vielmehr sieht das Reglement einen Verleib nur für Pensionierte vor. Unter diesen Umständen blieb es der Kasse unbenommen, den Beschwerdeführer mit seiner Ehefrau in die Einzelversicherung zu versetzen.
Der Beschwerdeführer bringt weiter nichts vor, was zur Bejahung einer Rechtsverletzung führen könnte oder die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen als offensichtlich unrichtig oder als Ergebnis willkürlicher Beweiswürdigung oder als rechtsfehlerhaft nach Art. 95 BGG erscheinen liesse (vgl. E. 1 hievor). Seine Ausführungen erschöpfen sich weitestgehend in appellatorischer und damit unzulässiger Kritik am vorinstanzlichen Entscheid (Urteil 9C_569/2008 vom 1. Oktober 2008 E. 1.2 mit Hinweisen), weshalb sich die Beschwerde an der Grenze zu einer ungenügend begründeten Eingabe bewegt. So hat die Vorinstanz den Einwand, dass die Kündigung ungerechtfertigterweise fristlos erfolgte, bereits einlässlich entkräftet, insbesondere unter Hinweis auf das Urteil des Bundesgerichts 6B_173/2011 vom 23. Dezember 2011, mit welchem die Verurteilung des Beschwerdeführers unter anderem wegen mehrfachen Betrugs zu einer Freiheitsstrafe von 5 Jahren und zur Zahlung von Schadenersatz von über 5 Mio. Franken bestätigt wurde. Auch die Vorbringen zur fehlenden Nachvollziehbarkeit der Höhe des geschuldeten Betrages gehen ins Leere: Wie schon das kantonale Gericht dargetan hat, hat die X._ bereits in ihrem Einspracheentscheid dargelegt, wie sich die Forderung zusammensetzt. Weder bestreitet der Beschwerdeführer dies substanziiert noch legt er konkret dar, wie hoch seines Erachtens die korrekte Forderungssumme sein müsste.
3. Die Beschwerde hatte keine Aussicht auf Erfolg, weshalb sie im vereinfachten Verfahren nach Art. 109 BGG als offensichtlich unbegründet (Abs. 2 lit. a), ohne Durchführung des Schriftenwechsels, mit summarischer Begründung und unter Verweis auf den vorinstanzlichen Entscheid erledigt wird.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 600.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 9. November 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Die Gerichtsschreiberin: Helfenstein