Faits:
A. A.a Le Mouvement olympique est régi par la Charte olympique et comprend, sous l'autorité suprême du Comité international olympique (CIO), les organisations, athlètes et autres personnes qui acceptent d'être guidés par la Charte olympique; l'appartenance au Mouvement olympique nécessite une reconnaissance par le CIO. Statutairement, le CIO est une organisation internationale non gouvernementale, à but non lucratif, à forme d'association dotée de la personnalité juridique, reconnue par le Conseil fédéral et dont le siège est à Lausanne. Il peut reconnaître au titre de Comité national olympique (CNO) des organisations dont l'activité est liée au rôle du Mouvement olympique. La reconnaissance par le CIO d'une organisation en qualité de CNO assure à celle-ci la compétence exclusive pour la représentation de son pays aux Jeux olympiques et aux compétitions multi-sports régionales, continentales ou mondiales patronnées par le CIO (règle 31 par. 3 Charte olympique).
A.b Le Gibraltar Olympic Committee (ci-après: GOC) est une association à but non lucratif dont le siège est à Gibraltar. Selon ses statuts, il a pour but, en particulier, de promouvoir le développement et la protection du Mouvement olympique et du sport en général à Gibraltar, et d'organiser la préparation et la sélection des athlètes afin d'assurer la représentation de Gibraltar aux Jeux olympiques.
Gibraltar est un territoire dépendant du Royaume-Uni, qui en assume la souveraineté internationale. Il n'est cependant pas un Etat indépendant; ses habitants ont la nationalité britannique et ses athlètes peuvent accéder aux Jeux olympiques par la British Olympic Association (BOA).

B. B.a Après un échange de correspondances, GOC a déposé, d'abord le 1er novembre 1990 puis le 14 mai 1991, une demande formelle de reconnaissance en qualité de CNO auprès du CIO. À cette époque-là, pouvaient être reconnues, selon la Charte olympique, les organisations émanant de "tout pays, Etat, territoire ou portion de territoire que le CIO considère, selon sa discrétion absolue, comme zone de juridiction [...]" (règle 34 par. 1 Charte olympique).
B.b En juin 1991, le Directeur général du CIO a indiqué aux représentants du GOC, lors d'un entretien à Birmingham, que l'issue de sa candidature était incertaine et qu'une révision de la Charte olympique était en cours.
B.c Par écrit du 10 août 1993, le CIO a informé GOC que la question de la reconnaissance, en qualité de CNO, d'organisations provenant de territoires qui ne sont pas des Etats souverains et indépendants et reconnus comme tels par la communauté internationale avait été soumise à la Commission juridique du CIO et qu'aucune décision sur la demande de reconnaissance déposée ne serait prise avant que la commission juridique n'ait achevé ses travaux.
B.d Le 18 juillet 1996, le CIO a modifié la règle 34 par. 1 de la Charte olympique dont la teneur est désormais la suivante: "Dans la Charte olympique, l'expression "pays" signifie un Etat indépendant reconnu par la communauté internationale".
B.e Le 20 janvier 1998, le CIO a refusé la reconnaissance du GOC, pour le motif que les règles de la Charte olympique en vigueur ne permettaient pas la reconnaissance, en qualité de CNO, d'une organisation dont la juridiction ne coïncidait pas avec les limites d'un Etat indépendant reconnu par la communauté internationale.
C. C.a Après avoir vainement tenté de soumettre le différend à l'arbitrage du Tribunal Arbitral du Sport (TAS), le GOC a ouvert action devant le Tribunal d'arrondissement de Lausanne le 23 février 2003. Il a conclu à ce qu'il soit ordonné au CIO, respectivement à son organe, la Session, de le reconnaître en tant que CNO avec effet immédiat; subsidiairement d'ordonner au CIO d'examiner sa demande de reconnaissance en appliquant les règles de la Charte olympique en vigueur lors du dépôt formel de la demande de reconnaissance en 1991. Il invoque une atteinte illicite à sa personnalité du fait de sa non-reconnaissance par le CIO.
Par jugement du 7 février 2008, dont la motivation a été notifiée aux parties le 16 septembre 2009, le Président du Tribunal d'arrondissement de Lausanne a débouté GOC de ses conclusions.
C.b Statuant sur recours du GOC, la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud l'a rejeté par arrêt du 2 juin 2010, dont la motivation a été notifiée aux parties le 25 novembre 2010.
D. Le 10 janvier 2011, GOC exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, reprenant les conclusions de sa demande. Subsidiairement, il requiert le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision.
L'intimé conclut au rejet du recours dans ses observations du 7 mars 2011. La cour cantonale se réfère aux considérants de son arrêt.
Considérant en droit:
1. Le recours a été interjeté - compte tenu des féries (art. 46 al. 1 let. c LTF) - dans le délai légal (<ref-law>), contre une décision finale (<ref-law>), prise dans une affaire civile (<ref-law>) de nature non pécuniaire (arrêt 5A_75/2008 du 28 juillet 2008 consid. 1) en dernière instance cantonale et sur recours par le tribunal supérieur du canton de Vaud (<ref-law>). Le recourant a par ailleurs pris part à la procédure devant l'autorité précédente et démontre un intérêt à la modification de la décision attaquée (<ref-law>), de sorte que le recours en matière civile est en principe recevable.
2. 2.1 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.2). Cela étant, eu égard à l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), il n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 2.2). Le recourant doit par conséquent discuter les motifs de la décision entreprise et indiquer précisément en quoi il estime que l'autorité précédente a méconnu le droit (arrêt 5A_129/2007 du 28 juin 2007 consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 2a). Le Tribunal fédéral ne connaît en outre de la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (<ref-law> ; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Le recourant doit ainsi indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation (principe d'allégation; <ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 3).
2.2 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui soutient que les faits ont été établis d'une manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (ATF <ref-ruling> consid. 1.2.2), doit satisfaire au principe d'allégation susmentionné (cf. supra consid. 2.1). Les faits et moyens de preuve nouveaux sont prohibés, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
3. 3.1 Dans sa demande, le recourant avance que le refus de sa reconnaissance par le CIO porte une atteinte illicite à sa personnalité et contrevient à l'ordre juridique suisse, en particulier à l'<ref-law>.
En résumé, considérant que la procédure de reconnaissance par le CIO et les conséquences qui en découlent sont comparables à la procédure d'acquisition de la qualité de membre d'une association, il fait valoir que le CIO, qui dispose d'un monopole en la matière, ne peut pas refuser la reconnaissance en qualité de CNO à une organisation qui satisfait aux conditions requises par les statuts. Il préconise en outre une application, par analogie, de la jurisprudence relative à l'exclusion d'un membre d'une association ayant une position dominante. Il fait également valoir que le refus du CIO viole plusieurs principes généraux du droit, en particulier, les principes de la bonne foi, de l'égalité de traitement, de la proportionnalité et des droits acquis.
3.2 Le premier juge a considéré que l'autonomie d'une association sportive - qui occupe une position monopolistique internationale et dont la nature est quasi étatique - est limitée par les principes généraux du droit en matière d'acceptation de nouveaux membres. Il en a déduit que le refus de reconnaissance par le CIO équivaut à une restriction des droits de la personnalité du GOC. Il a cependant nié toute atteinte illicite en l'espèce, constatant que, selon la Charte en vigueur au moment où la décision a été prise, celui-ci n'était pas éligible en tant que CNO. Il a en outre jugé que le fait d'avoir attendu que la nouvelle réglementation soit en vigueur pour statuer sur la demande ne contrevient pas aux règles de la bonne foi - aucune assurance n'ayant été donnée quant à une reconnaissance -, n'est pas dénué de justification puisque la modification de la Charte s'inscrit dans une réflexion antérieure relancée par des changements géopolitiques intervenus dans les années 90, ni ne consacre une inégalité de traitement avec les autres organisations émanant de territoires non indépendants. Le premier juge a enfin relevé que, même à l'aune de l'ancienne réglementation, tout laisse à penser que le GOC aurait essuyé un refus en raison de l'opposition des CNOs britannique et espagnole.
3.3 Sur recours, la cour cantonale a considéré qu'il ne se justifie pas de déroger au principe selon lequel sont applicables les règles en vigueur au moment où la décision est prise. Au demeurant, elle a considéré que les conditions d'application du principe de l'effet négatif anticipé d'une norme seraient réunies. À cet égard, elle précise que la Charte olympique autorise le CIO à retirer une reconnaissance à un CNO valablement reconnu; que la demande du recourant a été traitée comme celles émanant, à la même époque, de territoires qui n'étaient pas des Etats souverains et indépendants; qu'il existe des justifications objectives de renvoyer l'examen des demandes en cours en raison des changements géopolitiques survenus en relation avec l'éclatement de l'ex-URSS et de la République fédérale de Yougoslavie; que le CIO a agi de bonne foi en ne donnant aucune assurance au recourant quant à une reconnaissance; et que les athlètes de Gibraltar demeurent libres de participer aux Jeux olympiques au sein de la sélection britannique. La juridiction a ensuite jugé douteux d'assimiler la procédure de reconnaissance par le CIO à celle d'admission dans une association mais a admis que la liberté contractuelle du CIO ne doit pas porter une atteinte illicite aux droits de la personnalité du GOC. Cela étant, dès lors que celui-ci ne peut justifier d'un droit à être reconnu en qualité de CNO et que l'intérêt du CIO à éviter une prolifération de CNOs dont l'agrément serait source de litiges avec des Etats souverains l'emporte sur celui du recourant à intégrer le mouvement olympique, elle a nié toute atteinte illicite à sa personnalité ainsi que tout abus de droit. Sur ce point, elle a encore indiqué que l'attitude du recourant - qui n'a pas exigé de décision lors de l'annonce de la suspension du traitement de sa demande et a attendu plus de deux ans après la décision pour réagir puis trois années supplémentaires pour saisir le juge - ne paraît pas compatible avec l'intensité de l'atteinte aux droits de la personnalité invoquée.
3.4 Le recourant réclame que sa candidature soit examinée à la lumière de la règle 34 en vigueur au moment de son dépôt. Il fait valoir que la suspension du traitement de sa demande de reconnaissance jusqu'à l'adoption de la nouvelle règle de la Charte olympique revient en réalité à attribuer un effet anticipé négatif à cette norme et se plaint de ce que les conditions permettant le déploiement d'un tel effet n'étaient pas remplies. En particulier, il indique que la Charte olympique ne contenait aucune disposition expresse permettant au CIO de surseoir; que l'égalité de traitement n'avait pas été garantie puisque certaines organisations ont été reconnues à titre provisoire; que le refus n'était justifié par aucun intérêt public suffisant; que le comportement du CIO était contraire à la bonne foi en tant qu'il avait tardé à statuer, n'avait jamais préavisé négativement la candidature et ne s'était pas conformé à l'avis de sa Commission juridique alors que, de son côté, il n'avait pas ménagé ses efforts pour faire avancer la procédure, notamment en obtenant l'affiliation de 19 fédérations de Gibraltar à des fédérations internationales reconnues; et que, s'agissant de la proportionnalité, seule une expatriation des athlètes de Gibraltar au Royaume-Uni permettrait leur participation aux Jeux olympiques. De manière générale, il invoque que le comportement du CIO consacre un abus de droit. Reprenant l'argumentation de sa demande, le recourant fait valoir que sa non-reconnaissance par le CIO constitue une atteinte non justifiée à ses droits de la personnalité, dès lors que ses intérêts ainsi que ceux des athlètes de Gibraltar prévalent sur ceux mal définis du CIO. Il ajoute encore que le refus du CIO viole plusieurs principes généraux du droit, en particulier, les principes de la bonne foi, de l'égalité de traitement et de la proportionnalité.
3.5 L'intimé précise tout d'abord que le recourant avait clairement compris le sens du courrier du 10 août 1993 en tant qu'il l'informait que la situation des candidatures provenant de territoires, qui n'étaient pas des Etats indépendants reconnus comme tels par la communauté internationale, avait été soumise à l'étude de sa Commission juridique. Contestant toute application du principe de l'effet anticipé négatif dans un rapport de droit privé, il fait valoir que le moment déterminant la réglementation applicable est celui de la prise de décision, respectivement de la conclusion du contrat. Cela étant, dans l'hypothèse où l'application de ce principe serait admise, l'intimé invoque, renvoyant à l'arrêt attaqué, que toutes les conditions sont réalisées. Il conteste en outre tout abus de droit de sa part. S'agissant de la prétendue violation des droits de la personnalité du recourant, l'intimé fait valoir que l'acte en cause consiste en une reconnaissance et non en une admission d'un membre par une association et encore moins en une exclusion d'une association de sorte que l'on ne saurait reprendre tels quels les principes développés par la jurisprudence à ce sujet. À cet égard, il précise que, de toute manière, le recourant ne satisfait pas aux conditions de reconnaissance en vigueur au moment du dépôt de sa candidature en raison du large pouvoir discrétionnaire reconnu au CIO. Il conteste ensuite qu'il puisse être tenu compte des intérêts des athlètes de Gibraltar puisqu'il n'a pas été démontré qu'ils auraient été privés d'accéder aux Jeux olympiques par le bais du BOA. Pour les mêmes motifs, il nie toute obligation de contracter. Enfin, l'intimé conteste au recourant tout droit à la protection de la bonne foi du fait qu'il n'a pas suivi l'avis de sa commission juridique - dans la mesure où celui-ci n'a qu'une portée interne et ne le lie pas - ainsi que nie toute violation des principes de l'égalité de traitement et de la proportionnalité.
4. En l'espèce, le litige revêt un caractère international. Le Tribunal fédéral doit donc examiner la question du droit applicable (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 3). Pour ce faire, il faut se référer au droit international privé du for et qualifier le rapport juridique selon la lex fori (<ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 3.2), à savoir, en l'espèce, la loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé (LDIP, RS 291).
Selon l'<ref-law> - applicable en l'espèce dès lors que le chapitre relatif aux actes illicites (<ref-law>) comprend également les atteintes à la personnalité (<ref-law>) -, les parties peuvent, après l'événement dommageable, convenir à tout moment de l'application du droit du for. L'élection de droit peut intervenir en cours de procès, à condition que les parties expriment clairement leur volonté réelle d'appliquer le droit suisse (cf. art. 116 al. 2 et 3 LDIP; <ref-ruling> consid. 2 et les référence citées). Tel est le cas en l'espèce, dès lors que GOC a choisi de fonder ses prétentions sur le droit suisse, en particulier l'<ref-law>, et que le CIO a accepté de raisonner en suivant cette législation. Le présent recours sera dès lors examiné à la lumière du droit suisse.
5. Le recourant fonde son droit à être reconnu par l'intimé sur la protection de la personnalité, qui limiterait la liberté de celui-ci de refuser de nouveaux CNOs.
5.1 En droit privé, la protection contre les atteintes aux droits de la personnalité est régie par l'<ref-law>. Il confère à celui qui subit une atteinte illicite à sa personnalité le droit d'agir en justice pour sa protection contre toute personne qui y participe (al. 1); une atteinte à la personnalité est illicite, à moins qu'elle ne soit justifiée par le consentement de la victime, par un intérêt prépondérant privé ou public, ou par la loi (al. 2). Il résulte de cette disposition que l'atteinte est en principe illicite, ce qui découle du caractère absolu des droits de la personnalité (<ref-ruling> consid. 2.2.1; <ref-ruling> consid. 4.6). Il convient dès lors d'examiner s'il y a eu atteinte aux droits de la personnalité, puis si cette atteinte est illicite.
5.2 La garantie de l'<ref-law> s'étend à l'ensemble des valeurs essentielles de la personne qui lui sont propres par sa seule existence et peuvent faire l'objet d'une atteinte (BUCHER, Personnes physiques et protection de la personnalité, 1999, n. 457; DESCHENAUX/STEINAUER, Personnes physiques et tutelle, 2001, n. 515). En matière de sport de haut niveau, elle englobe plus particulièrement le droit à la santé, à l'intégrité corporelle, à l'honneur, à la considération professionnelle, à l'activité sportive et, s'agissant de sport professionnel, le droit au développement et à l'épanouissement économique (ATF <ref-ruling> consid. 4.5 et les références citées). En principe, l'<ref-law> peut être invoqué autant par les personnes physiques que par les personnes morales (<ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 4).
5.2.1 Selon la jurisprudence, les règles édictées par une association, qui régissent sa vie sociale et ses relations avec ses membres, et les décisions prises en application de celles-ci ne doivent pas porter une atteinte illicite à la personnalité des membres (art. 27 et 28 CC; ATF <ref-ruling> consid. 4.4 et les références citées).
5.2.1.1 Dans l'ATF <ref-ruling>, le Tribunal fédéral a admis que la disqualification de la course de leur cheval (prétendument dopé), le prononcé d'une amende à l'égard de l'entraîneur et du propriétaire ainsi que le retrait du prix en espèces qui avait été gagné lèsent les droits patrimoniaux de ceux-ci. L'atteinte a été considérée comme d'autant plus conséquente pour l'entraîneur qu'il exerce cette activité à titre professionnel et tire ses revenus de la participation aux courses gagnées par les chevaux qu'il entraîne. Le Tribunal fédéral a en outre estimé que les sanctions litigieuses atteignent les intéressés dans leur honneur et leur considération professionnelle et sociale en tant qu'elles font naître l'idée que leurs résultats ont été obtenus par un comportement déloyal ou par des méthodes interdites (ATF cité, consid. 4.5).
5.2.1.2 Il a également été jugé que l'exclusion d'une association peut, dans certaines circonstances, constituer une atteinte à la personnalité de l'exclu, en particulier lorsque l'association occupe une position dominante dans son secteur d'activité, et que la portée économique, respectivement professionnelle, de la qualité de sociétaire d'une organisation professionnelle, corporative ou sportive exige une limitation de la liberté d'exclusion. Celle-ci n'est ainsi possible que s'il existe un juste motif, ce qu'il y a lieu de déterminer en procédant à une pesée des intérêts respectifs de l'association à exclure un membre et de ce dernier à rester sociétaire (<ref-ruling> consid. 2c/cc; cf. également <ref-ruling> consid. 3; arrêt 5C.64/2006 du 3 juillet 2006 consid. 3; RIEMER, Berner Kommentar, n° 47 ad <ref-law>; HEINI/SCHERRER, Basler Kommentar, n° 12 ad <ref-law>; HEINI/PORTMANN, Das Schweizerische Vereinsrecht, in: Schweizerisches Privatrecht, tome II/5, 2005, n. 345; PERRIN/CHAPPUIS, Droit de l'association, 2008, p. 147 ss; BADDELEY, L'association sportive face au droit, p. 98; contra : FOËX, Commentaire romand, n° 20 ss ad <ref-law>).
5.2.1.3 Il doit en aller de même, dans certaines circonstances, lorsqu'une personne se voit refuser son admission dans une association. En effet, comme en matière d'exclusion de l'association, le refus du sociétariat peut occasionner une atteinte à la personnalité du candidat lorsqu'il s'agit de l'adhésion à une association professionnelle, corporative ou économique, ou encore à une association sportive (FOËX, op. cit., n° 9 ad <ref-law>; RIEMER, op. cit., n° 67 ss ad <ref-law>; HEINI/SCHERRER, op. cit., n° 38 ad <ref-law>; HEINI/PORTMANN, op. cit., n. 234; PERRIN/CHAPPUIS, op. cit., p. 121 s.; BADDELEY, op. cit., p. 81 ss; cf. également la jurisprudence rendue en matière de boycott [<ref-ruling> consid. 4e] et de relation de travail [<ref-ruling>]).
5.2.2 Il suit de là que le rejet de la demande de reconnaissance en tant que CNO par le CIO, c'est-à-dire le refus d'adhésion au Mouvement olympique, est, en soi, susceptible de causer une atteinte à la personnalité du recourant.
5.3 Encore faut-il que cette atteinte soit illicite. En l'espèce, l'intimé invoque un intérêt privé prépondérant à éviter la prolifération de CNOs dont la juridiction s'exerce sur des territoires qui ne correspondent pas à un Etat reconnu par la communauté internationale et dont l'agrément serait source de conflits avec des Etats souverains dont ces territoires dépendent. Il y a donc lieu de le confronter avec l'intérêt du recourant à adhérer au Mouvement olympique. Le juge dispose à cet égard d'un certain pouvoir d'appréciation (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2.3; <ref-ruling> consid. 3.1). En règle générale, le Tribunal fédéral ne substitue pas sa propre appréciation à celle de l'instance cantonale. Il n'intervient que si la décision s'écarte sans raison sérieuse des règles établies par la jurisprudence ou s'appuie sur des faits qui, en l'occurrence, ne jouent aucun rôle ou, à l'inverse, ne tient pas compte d'éléments qui auraient absolument dû être pris en considération. Le Tribunal fédéral sanctionne, en outre, les décisions rendues en vertu d'un pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (<ref-ruling> consid. 2c/aa; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 1). Compte tenu du devoir de motivation des recours (cf. consid. 2), il appartient au recourant de démontrer que les conditions d'une modification de la décision cantonale rendue en vertu d'un pouvoir d'appréciation sont réunies (arrêt 5A_677/2010 du 11 novembre 2010 consid. 3.1; arrêt 5A_18/2011 du 1er juin 2011 consid. 3.1.2).
5.4 Même si le juge doit seulement déterminer si le refus de reconnaissance constitue un acte illicite, il s'impose de vérifier tout d'abord si la réglementation a été correctement appréciée; car, si tel ne devait pas être le cas, en particulier si le GOC remplissait les conditions d'une reconnaissance en qualité de CNO par le CIO, il y aurait certainement illicéité.
5.4.1 À cet égard, le recourant ne prétend pas qu'il pourrait obtenir une reconnaissance si l'on applique la Charte en vigueur au moment où la décision a été prise, ni que Gibraltar serait un Etat souverain reconnu par la communauté internationale. Il requiert cependant que sa demande soit examinée et admise en application des règles en vigueur lors du dépôt de sa demande en 1990-1991. Il estime en effet que le fait d'avoir suspendu sa demande de reconnaissance jusqu'à l'adoption du nouvel article de la Charte olympique revient en réalité à attribuer un effet anticipé négatif à cette norme et invoque que les conditions permettant le déploiement d'un tel effet ne sont pas réunies en l'espèce. À suivre le recourant, il semble évident qu'il dispose d'un droit à la reconnaissance si les règles de la Charte en vigueur en 1991 avaient été appliquées et ce malgré le pouvoir discrétionnaire du CIO. Celui-ci soutient en revanche que la nouvelle règle 34 de la Charte est applicable, subsidiairement, que les conditions d'un effet anticipé négatif de la nouvelle règle sont données et, plus subsidiairement, que, même en application de l'ancienne Charte, le recourant ne dispose pas du droit à être reconnu en raison de son large pouvoir discrétionnaire en la matière. La question de savoir si ce sont les nouvelles règles de la Charte qui s'appliquent, comme retenu par l'autorité cantonale et préconisé par l'intimé, peut cependant demeurer indécise.
5.4.2 Dans son ancienne teneur, la règle 4, par. 1 de la Charte, prévoyait que "afin de promouvoir le Mouvement olympique dans le monde, le CIO peut reconnaître au titre de CNO des organisations dont l'activité est liée à son rôle. Ces organisations sont dotées, là où cela est possible, de la personnalité juridique dans leur pays. Elles doivent être établies conformément à la Charte olympique et leurs statuts doivent être approuvés par le CIO". Selon la règle 34, par. 1 en vigueur en 1991, l'expression "pays" signifiait "tout pays, Etat, territoire ou portion de territoire que le CIO considère, selon sa discrétion absolue, comme zone de juridiction du CNO qu'il a reconnu".
L'interprétation de la notion "pays" laissait un pouvoir d'appréciation très étendu au CIO, la Charte lui octroyant même une discrétion absolue. Il y a donc lieu d'examiner si le CIO a porté une atteinte à la personnalité du recourant dans l'exercice de son pouvoir discrétionnaire.
5.4.3 Vu le large pouvoir d'appréciation laissé au CIO, la règle 34 de la Charte constituait en quelque sorte une lacune "intra legem". Or, lorsqu'il y a lieu de combler une telle lacune, c'est-à-dire d'interpréter une disposition dont seuls les contours généraux ont été arrêtés, il est permis de prendre en considération une réglementation nouvelle, qui n'est pas encore entrée en vigueur, notamment lorsque celle-ci codifie ou concrétise le pouvoir d'appréciation de l'autorité amenée à statuer (<ref-ruling> consid. 1; RIEMER, Neuere privatrechtliche Bundesgerichtsentscheide zur Vorwirkung von Gesetzen, recht 1993 p. 225; MOOR, Droit administratif, vol. I, 1994, p. 181; cf. également: <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 5d; <ref-ruling> consid. 5a). En l'occurrence, il ressort de l'arrêt cantonal qu'en 1967 déjà, il avait été décidé d'étudier la façon de traiter avec les petits pays et les groupes d'îles mais que, en règle générale, seuls les pays indépendants seraient reconnus. Relancées par les changements géopolitiques intervenus dans les années 1990, ces questions ont été discutées au sein de la Commission juridique du CIO en mars et juin 1993 puis en décembre 1995 pour finalement aboutir à l'adoption de la nouvelle règle 34 de la Charte. Il suit de là que la nouvelle règle peut être considérée comme une codification ou concrétisation dans la Charte du très large pouvoir d'appréciation laissé jusqu'ici au CIO. Dans de telles circonstances, le CIO aurait été habilité à tenir compte de la révision en cours, lors de l'interprétation de la Charte, même s'il s'était prononcé sur la candidature du recourant en appliquant les normes en vigueur au moment de son dépôt. En outre, depuis 1987 aucune organisation qui n'émanait pas d'un Etat indépendant n'a été reconnue. Avant cette date, le CIO a certes admis, en qualité de CNO, des organisations de territoires qui ne constituent pas des Etats souverains mais ces candidatures n'avaient alors soulevé aucune objection voire avaient même été soutenues par le CNO de l'Etat dont ces territoires dépendent.
En conséquence, même si l'ancienne réglementation était applicable, elle aurait été correctement interprétée et appliquée; l'intimé aurait pu refuser, en vertu de son pouvoir discrétionnaire, la reconnaissance du recourant pour le motif que sa juridiction s'exerce sur un territoire qui ne correspond pas à un Etat reconnu par la communauté internationale.
5.5 Il reste à examiner si la décision de refus de reconnaissance entraîne, quand bien même la Charte a été correctement appliquée, une atteinte illicite aux droits de la personnalité du recourant.
5.5.1 Sous le titre de la pesée des intérêts en présence, la cour cantonale a nié une atteinte illicite à la personnalité en considérant que l'intérêt de l'intimé à éviter la prolifération de CNOs dont la juridiction s'exerce sur des territoires qui ne correspondent pas à un Etat reconnu par la communauté internationale et dont l'agrément serait source de conflits avec des Etats souverains dont ces territoires dépendent l'emporte sur celui du recourant à adhérer au Mouvement olympique. Elle a précisé que la non-reconnaissance n'affectait pas l'accès des athlètes de Gibraltar aux Jeux olympiques, lesquels pouvaient procéder par l'intermédiaire du BOA, et s'inscrivait dans une pratique de l'intimé depuis la fin des années 1980 de refuser toute reconnaissance à des organisations émanant de territoires non souverains. Elle a enfin estimé que l'attitude de l'intimé, qui n'a pas exigé une décision sans délai et a patienté deux ans avant de réagir au refus de l'intimé puis encore trois ans pour saisir la justice, paraissait peu compatible avec l'intensité de l'atteinte invoquée.
5.5.2 Le recourant ne remet nullement en cause l'intérêt qu'avait l'intimé à éviter la prolifération de CNOs dont la juridiction s'exerce sur des territoires qui ne correspondent pas à un Etat reconnu par la communauté internationale et, par conséquent, à modifier la règle 34 de la Charte. Il lui dénie cependant un intérêt à l'appliquer à sa candidature dès lors qu'elle a été déposée antérieurement à son adoption. S'agissant de ses intérêts à intégrer le Mouvement olympique, il fait valoir que, seule une reconnaissance lui permettra de réaliser entièrement ses buts sociaux et se prévaut des intérêts des athlètes de Gibraltar qui, sans cela, seraient contraints de s'expatrier au Royaume-Uni pour participer aux Jeux olympiques. Il conteste enfin toute attitude critiquable de sa part.
5.5.3 Que soit applicable l'ancienne ou la nouvelle Charte, il s'agit bien de l'intérêt prépondérant de l'intimé à éviter la prolifération de CNOs dont la juridiction s'exerce sur des territoires qui ne correspondent pas à un Etat reconnu par la communauté internationale et dont l'agrément serait source de conflits avec des Etats souverains dont ces territoires dépendent qu'il faut prendre en compte (cf. consid. 5.4). Or, sur ce point, les écritures du recourant ne contiennent aucune critique. En outre, en tant qu'il prétend que les athlètes de Gibraltar seraient contraints de s'expatrier pour participer aux Jeux olympiques et qu'il conteste toute attitude critiquable de sa part, il se contente de présenter sa propre appréciation de la cause, mais ne démontre pas en quoi celle retenue par la cour cantonale aboutirait à un résultat manifestement injuste. Par ses critiques, le recourant ne démontre donc pas en quoi l'autorité cantonale aurait outrepassé son pouvoir d'appréciation en considérant que l'intérêt à éviter la prolifération de CNOs - dont la juridiction s'exerce sur des territoires qui ne correspondent pas à un Etat reconnu par la communauté internationale et dont l'agrément serait source de conflits avec des Etats souverains dont ces territoires dépendent - l'emporte sur son intérêt à adhérer au Mouvement olympique. Faute de satisfaire aux exigences de motivation (cf. supra consid. 2 et 5.3), son grief se révèle donc irrecevable.
5.6 En conclusion, dès lors qu'il n'est pas parvenu à démontrer qu'il aurait subi une atteinte illicite à sa personnalité, le recourant ne saurait prétendre à une reconnaissance en qualité de CNO par le CIO.
6. Le recourant fait ensuite valoir que le CIO a agi de manière contraire à la bonne foi en tant qu'il n'a pas suivi les recommandations de sa Commission juridique. Il qualifie son comportement d'abus de droit.
6.1 En vertu de l'<ref-law> - qui fait partie de l'ordre public positif directement applicable (<ref-ruling> consid. 1c) - l'abus manifeste d'un droit n'est pas protégé par la loi. L'existence d'un abus de droit s'apprécie au regard des circonstances du cas d'espèce, en prenant en considération les divers cas de figure mis en évidence par la jurisprudence et la doctrine (<ref-ruling> consid. 2.1) tels que l'absence d'intérêt à l'exercice d'un droit (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling>), l'utilisation contraire à son but d'une institution juridique (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 4a) ou encore la disproportion grossière des intérêts en présence (<ref-ruling> consid. 2.4; <ref-ruling> consid. 5.1).
Selon la jurisprudence, la loi ne protège pas l'attitude contradictoire (venire contra factum proprium) lorsque le comportement antérieur d'une partie a inspiré une confiance légitime chez l'autre partie et déterminé celle-ci à des actes qui se révèlent préjudiciables à ses intérêts une fois que la situation a changé (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 5b; <ref-ruling> consid. 5a; <ref-ruling> consid. 4, 106 II 320 consid. 3a; STEINAUER, Le titre préliminaire du code civil, in Traité de droit privé suisse, tome II/1, 2009, n. 583).
6.2 La cour cantonale a constaté que les communications liminaires intervenues entre le recourant et le CIO, par l'intermédiaire de Anne Below, ne portaient que sur les conditions formelles de la candidature, en particulier la mise en conformité des statuts. Ensuite, elle a relevé que le Directeur général du CIO a informé les représentants du recourant, lors d'un entretien en été 1991 à Birmingham, sur les incertitudes de la candidature ainsi que sur la révision en profondeur de la Charte olympique, sans donner aucune assurance quant au sort de la demande de reconnaissance ni quant à l'application des règles existantes à son examen. Concernant l'avis émis par la Commission juridique proposant la reconnaissance du recourant, la juridiction a estimé qu'il émanait d'un organe interne de l'intimé, au rôle essentiellement consultatif, et qu'il ne pouvait fonder un quelconque droit du recourant à une décision qui lui fût favorable. Elle a enfin relevé que les trois autres candidatures n'émanant pas de pays souverains et préavisées favorablement ont également été refusées par le CIO.
6.3 Dans ses écritures, le recourant fait valoir que lors du rejet de sa première candidature déposée dans les années cinquante, il n'avait pas été question du fait que Gibraltar n'était pas un Etat souverain, raison pour laquelle il avait déployé des efforts pour satisfaire aux conditions fixées par la Charte puis avait entamé un nouveau processus de reconnaissance en 1988, au sujet duquel Anne Below, directrice des relations avec les CNOs, n'avait émis aucune réserve. Le recourant argue ensuite que l'intimé s'était engagé, par courrier du 10 août 1993, à suivre les arguments de sa Commission juridique qui avait recommandé l'admission de la candidature lors de sa session des 18 et 19 juin 1993. Il avance enfin que la décision a été reportée pour des motifs purement politiques et illégitimes, à savoir l'opposition de l'Espagne.
6.4 En l'espèce, il est établi que lors de l'entretien - qu'une délégation du GOC a eu avec le directeur général de l'intimé en juin 1991, à savoir le mois suivant le dépôt de la candidature - le recourant a été informé du fait que le CIO menait une politique globale de révision de la Charte et que celle-ci aurait probablement une incidence sur la demande de reconnaissance. En outre, le 10 août 1993, l'intimé a expressément indiqué que la question de la reconnaissance, en qualité de CNO, d'organisations provenant de territoires qui ne sont pas des Etats souverains et indépendants et reconnus comme tels par la communauté internationale avait été soumise à la commission juridique du CIO et qu'aucune décision sur sa demande de reconnaissance ne serait prise avant que la commission juridique n'ait achevé ses travaux. Dans ces circonstances, le recourant ne peut se prévaloir d'une quelconque assurance reçue de l'intimé quant à l'issue de sa demande de reconnaissance ni quant à l'application des statuts dans leur teneur au moment du dépôt de la demande. On ne saurait pas non plus y voir un comportement contradictoire de la part de l'intimé. En tant que le recourant invoque le préavis de la Commission juridique du CIO, il s'agit d'un avis à usage interne, dont le recourant n'était pas censé être informé; un tel avis ne peut ainsi faire naître une quelconque confiance légitime chez lui, ce d'autant plus que les informations reçues ultérieurement de l'organe compétent n'y correspondaient pas. Enfin, quel que fût le comportement de l'intimé, on ne voit pas quels actes préjudiciables aux intérêts du recourant il aurait pu inciter celui-ci à accomplir. Il ressort certes de l'arrêt cantonal que ce dernier s'est efforcé de satisfaire aux conditions formelles de reconnaissance, notamment en obtenant l'affiliation de fédérations sportives de Gibraltar à des fédérations internationales; il n'en résulte cependant aucun préjudice du fait que sa demande a finalement été refusée. Il suit de là que, mal fondé, le grief doit être rejeté.
7. Dans un dernier grief, le recourant se plaint d'une violation de plusieurs principes généraux du droit, en particulier des principes de la bonne foi (art. 9 Cst.), de l'égalité de traitement (art. 8 Cst. et 14 CEDH) et de la proportionnalité.
7.1 Dans la mesure où le recourant n'est parvenu à démontrer ni qu'il aurait subi une atteinte illicite à sa personnalité ni que le comportement de l'intimé consacrerait un abus de droit (cf. supra consid. 5 et 6), les griefs de violation des principes de la bonne foi et de la proportionnalité, qui n'ont pas de portée propre, tombent à faux.
7.2 S'agissant du principe de l'égalité de traitement, le recourant fait d'une part valoir que, par le passé, des organisations émanant de territoires qui ne sont pas des Etats indépendants ont été reconnues, précisant que le BOA, CNO de l'Etat dont dépend Gibraltar, ne s'est pas opposé formellement à sa candidature. D'autre part, il reproche à la cour cantonale d'avoir traité sa candidature de la même manière que celle concernant une organisation catalane.
Les reconnaissances antérieures auxquelles se réfère le recourant ont eu lieu jusqu'en 1987, à savoir trois ans avant le dépôt de la candidature en cause. Or, depuis 1987, aucune reconnaissance d'organisations émanant de territoires qui ne sont pas des Etats indépendants, n'a été admise par l'intimé; en particulier, les trois candidatures - qui, à l'instar de celle du recourant, avaient été préavisées favorablement par la Commission juridique - ont également été rejetées. En conséquence, les situations évoquées ne sont pas identiques à celle du recourant puisque lors du dépôt de la demande de reconnaissance de celui-ci, la révision globale des statuts avait été véritablement engagée, comme cela lui fut indiqué lors de l'entretien de Birmingham. S'agissant de l'exemple catalan invoqué par le recourant, celui-ci ne saurait se prévaloir d'un droit à la reconnaissance du fait qu'un refus de sa candidature le placerait dans une situation identique à une personne satisfaisant encore moins aux conditions fixées par les statuts.
En conséquence, la question de savoir si la garantie constitutionnelle de l'égalité de traitement (art. 8 al. 1 Cst.) produit un effet horizontal en l'espèce (cf. à ce sujet: <ref-ruling> consid. 5.1) peut demeurer indécise, dès lors que les situations invoquées par le recourant ne correspondent pas à la sienne. Le grief est donc mal fondé.
8. Sur le vu de l'ensemble de ce qui précède, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge du recourant qui succombe (<ref-law>). Le recourant versera en outre à l'intimé une indemnité de dépens à hauteur de 5'000 fr. (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Une indemnité de 5'000 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 10 février 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
Le Greffier: Richard