Sachverhalt:
A. A._ bezog für die Zeit ab 1. März 1998 Ergänzungsleistungen zur Rente der Invalidenversicherung. Im Mai 2003 stellte die AHV-Zweigstelle der Stadt St. Gallen fest, dass die Ehefrau des Versicherten seit 1999 erwerbstätig war und A._ von Dezember 1999 bis Dezember 2001 Arbeitslosenentschädigung bezogen hatte, was er der Ausgleichskasse nicht gemeldet hatte. Mit Verfügung vom 28. Mai 2003 forderte die kantonale Ausgleichskasse für die Zeit von Januar 1999 bis Mai 2003 ausgerichtete Ergänzungsleistungen im Betrag von Fr. 88'170.- zurück. Diese Verfügung ist nach Rückzug einer dagegen erhobenen Einsprache in Rechtskraft erwachsen. Ein am 19. August 2003 eingereichtes Gesuch um Erlass der Rückerstattung wies die Ausgleichskasse am 3. Oktober 2003 mit der Begründung ab, dass die Erlassvoraussetzung des guten Glaubens nicht erfüllt sei. Gleichzeitig verfügte sie, die Forderung von Fr. 88'170.- werde ab 1. November 2003, längstens aber bis 31. Dezember 2008, im monatlichen Betrag von Fr. 1050.- mit der laufenden IV-Rente verrechnet. Einspracheweise beanstandete der Versicherte die Höhe des monatlich zu verrechnenden Betrages und machte geltend, dieser sei auf Fr. 545.- festzusetzen. Mit Einspracheentscheid vom 6. Februar 2004 änderte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen die Verfügung insofern ab, als sie den verrechenbaren Betrag auf Fr. 950.- herabsetzte.
B. A._ beschwerte sich gegen diesen Entscheid und beantragte, der monatlich verrechenbare Betrag sei auf Fr. 464.- festzusetzen; ferner sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen, soweit die verfügte Verrechnung den Betrag von Fr. 464.- im Monat übersteige.
Am 26. April 2004 entsprach das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen dem Gesuch um Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung im beantragten Umfang. Mit Entscheid vom 21. Oktober 2004 hob es den Einspracheentscheid vom 6. Februar 2004 auf und wies die Sache an die Verwaltung zurück, damit sie die Verrechnung der Rückforderung mit der laufenden IV-Rente - entsprechend den allgemeinen betreibungsrechtlichen Grundsätzen - in der Weise festsetze, dass das Existenzminimum der Familie (Ehegatten und Kinder) im Verhältnis der Nettoeinkommen auf die Ehegatten aufgeteilt und die verrechenbare Quote des Rückerstattungspflichtigen durch Abzug seines Anteils am Existenzminimum vom eigenen Nettoeinkommen ermittelt werde.
C. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Rechtsbegehren, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben. Zur Begründung wird im Wesentlichen vorgebracht, weil der EL-Anspruch auf einer Gegenüberstellung der gemeinsamen Einkommen und des gemeinsamen Lebensbedarfs beruhe, habe bei der Verrechnung der EL-Rückforderung mit einer laufenden IV-Rente das gemeinsame familiäre Existenzminimum als Verrechnungsgrenze zu gelten. Diese Grenze belaufe sich im vorliegenden Fall auf Fr. 981.- im Monat, weshalb die verfügte Verrechnung in Höhe von Fr. 950.- nicht zu beanstanden sei.
A._ lässt sich mit dem Antrag auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vernehmen. Das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> kann Erwerbseinkommen so weit gepfändet werden, als es nach dem Ermessen des Betreibungsbeamten für den Schuldner und seine Familie nicht unbedingt notwendig ist. Bei Ehegatten, die beide Einkommen erzielen, ist die pfändbare Einkommensquote praxisgemäss so zu berechnen, dass zunächst die Nettoeinkommen beider Ehegatten und ihr gemeinsames Existenzminimum zu bestimmen und dieses sodann im Verhältnis der Nettoeinkommen auf die Ehegatten aufzuteilen ist. Die beim betriebenen Ehegatten pfändbare Einkommensquote ergibt sich alsdann durch Abzug seines Anteils am Existenzminimum von seinem Nettoeinkommen (<ref-ruling> f. Erw. 2a, 114 III 15 f. Erw. 3, mit Hinweisen; vgl. auch Ziff. IV/1 der Richtlinien der Betreibungs- und Konkursbeamten der Schweiz für die Berechnung des betreibungsrechtlichen Existenzminimums [Notbedarf] nach <ref-law> vom 24. November 2000, in: BlSchK 2001 S. 14 ff.). Mit andern Worten ist zunächst das Existenzminimum des Schuldners zu ermitteln, indem das gemeinsame Existenzminimum (Grundbetrag für Ehepaar und Kinder nebst den zu berücksichtigenden Zuschlägen bzw. Abzügen) durch das Gesamteinkommen dividiert und mit dem Nettoeinkommen des Schuldners multipliziert wird. Die pfändbare Quote ergibt sich, indem das so ermittelte Existenzminimum des Schuldners von dessen Nettoeinkommen subtrahiert wird (vgl. Alfred Bühler, Aktuelle Probleme bei der Existenzminimumberechnung, in: SJZ 2004 S. 25).
1.2 Das ATSG enthält keine allgemeine Verrechnungsnorm (vgl. aber <ref-law>). Soweit die einzelnen Sozialversicherungsgesetze eine (zweiginterne oder zweigübergreifende) Verrechnung von Leistungen und Forderungen zulassen (<ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>, <ref-law>; ferner <ref-ruling> ff. und 108 V 45 ff. betr. die soziale Krankenversicherung), darf diese den betreibungsrechtlichen Notbedarf des Versicherten nicht beeinträchtigen (so ausdrücklich: <ref-law>; vgl. auch <ref-ruling> Erw. 2c). Für die Berechnung des Notbedarfs sind die betreibungsrechtlichen Regeln anzuwenden, was grundsätzlich auch für Versicherte gilt, deren Ehegatte über eigenes Einkommen verfügt. Davon gehen auch die Verwaltungsweisungen des BSV bezüglich der Rückerstattung zu Unrecht bezogener Renten der AHV/IV (<ref-law>; aArt. 47 Abs. 1 AHVG, anwendbar auf die Invalidenversicherung gemäss aArt. 49 IVG) aus. Die Wegleitung über die Renten (RWL), gültig ab 1. Januar 1997 mit Nachträgen, verweist in Rz 10920 auf die Wegleitung über die Beiträge der Selbstständigerwerbenden und Nichterwerbstätigen (WSN), Rz 3031 - 3034 und Anhang 4 Ziff. IV/1 betreffend die Herabsetzung und den Erlass von Beiträgen gemäss <ref-law>. Letztere Anhangziffer lautet wie folgt: "Verfügt der Ehegatte der Schuldnerin oder des Schuldners über ein eigenes Einkommen, so ist das gemeinsame Existenzminimum von beiden Eheleuten (ohne Beiträge gemäss <ref-law>) im Verhältnis ihrer Nettoeinkommen zu tragen. Entsprechend verringert sich das der Schuldnerin oder dem Schuldner anrechenbare Existenzminimum (<ref-ruling> ff.)." Nach den Verwaltungsweisungen gelten für die Berechnung des Notbedarfs bei doppelverdienenden Ehepaaren somit die allgemeinen betreibungsrechtlichen Regeln mit der nach der Höhe der Einkommen vorgenommenen Aufteilung des Existenzminimums der Familie auf die Ehegatten. Streitig und zu prüfen ist, ob diese Regeln auch bezüglich der im vorliegenden Fall erfolgten Verrechnung einer EL-Rückforderung mit einer laufenden IV-Rente (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) als massgebend zu betrachten sind.
2. 2.1 Die Vorinstanz hat erwogen, für eine Ausnahmeregelung bei EL-Rückforderungen in dem Sinne, dass bei der Verrechnung nur das Existenzminimum der Familie im Vergleich zum gesamten Einkommen der Familie zu berücksichtigen und vom Einkommen des betroffenen Ehegatten die gesamte "pfändbare Quote" zur Verrechnung heranzuziehen sei, spreche allenfalls, dass bei der Ermittlung des EL-Anspruchs eines Ehegatten die wirtschaftlichen Verhältnisse des nicht leistungsberechtigten Ehegatten mit einbezogen würden und der EL-Anspruch wirtschaftlich betrachtet auch dem nicht berechtigten Ehegatten diene. Diese Besonderheiten reichten indessen nicht aus, um für Verrechnungen von EL-Rückforderungen eine Sonderregelung zu treffen und das Existenzminimum anders zu bestimmen als bei Rückforderungen anderer Sozialversicherungsleistungen. Die für die Verrechnung massgebende Grenze des Existenzminimums sei unabhängig von der Art der Rückforderung stets gleich zu bestimmen und daher auch bei EL-Rückforderungen so festzulegen, wie es im Betreibungsrecht vorgesehen sei und für Rückforderungen anderer Sozialversicherungen Geltung habe.
2.2 Die beschwerdeführende IV-Stelle stellt sich demgegenüber auf den Standpunkt, für eine von den betreibungsrechtlichen Regeln abweichende Lösung in dem Sinne, dass für die Verrechnung das gemeinsame Existenzminimum beider Ehegatten die Schranke bilde, spreche, dass bei der Ermittlung des EL-Anspruchs eines Ehegatten die wirtschaftlichen Verhältnisse des anderen Ehegatten mit berücksichtigt würden und der anspruchsberechtigte Ehegatte durch die Ergänzungsleistungen einen Beitrag an den Unterhalt des nicht berechtigten Ehegatten zu leisten vermöge. Nach dem Willen des Gesetzgebers diene der EL-Anspruch wirtschaftlich auch dem nicht berechtigten Ehegatten. Daraus könne mit guten Gründen geschlossen werden, dass es auch dem Willen des Gesetzgebers entspreche, wenn der nicht EL-berechtigte Ehegatte den anderen Ehegatten bei der Tilgung einer Rückforderung über die betreibungsrechtlichen Grundsätze hinaus zu unterstützen habe, indem als Verrechnungsschranke das gesamte familiäre Existenzminimum gelte. Dabei gehe es nicht um eine direkte Belangung des Einkommens des nicht EL-berechtigten Ehegatten, sondern um ein indirektes Mittragen im Rahmen des gesamten Familieneinkommens. Ein solches müsse dem nicht EL-berechtigten Ehegatten, welcher von den zuviel ausgerichteten Ergänzungsleistungen ebenfalls profitiert habe, zugemutet werden. Dies gerade in Fällen wie dem vorliegenden, wo der EL-Berechtigte der Durchführungsstelle seinen Bezug von Arbeitslosenentschädigungen und das Erwerbseinkommen der Ehefrau verschwiegen habe, die Ehefrau aber ebenfalls von den zu Unrecht ausgerichteten Ergänzungsleistungen profitiert habe.
3. 3.1 Die von der IV-Stelle vertretene Auffassung entspricht dem, was vor In-Kraft-Treten des neuen Eherechts auf den 1. Januar 1988 für die Lohnpfändung Geltung hatte. Danach wurde bei der Berechnung der pfändbaren Lohnquote des Ehemannes der Lohn der Ehefrau hinzugerechnet und vom gesamten Einkommen das Existenzminimum beider Ehegatten bzw. der Familie in Abzug gebracht (vgl. Isaak Meier, Neues Eherecht und Schuldbetreibungsrecht, Zürich 1987, S. 122; ferner BlSchK 1977 S. 6 ff.). Mit der auf den 1. Januar 1988 in Kraft getretenen Änderung der Richtlinien für die Berechnung des betreibungsrechtlichen Existenzminimums wurde die Berechnung in der in Erw. 1.1 hievor genannten Weise geändert (BlSchK 1987 S. 225). Ausschlaggebend hiefür war die neue Regelung bezüglich des Unterhalts der Familie, welche auf den Grundsätzen der Gleichberechtigung beider Ehegatten und der Gleichwertigkeit ihrer Leistungen, insbesondere durch Geldzahlungen und Haushaltführung, beruht (<ref-law>). Ausgehend von diesen Grundsätzen rechtfertigt es sich, die Ehegatten das gemeinsame Existenzminimum im Verhältnis ihrer Nettoeinkommen tragen zu lassen. Diese Lösung stellt sicher, dass beide Ehegatten ihren Beitrag an das Existenzminimum leisten, jeder Ehegatte aber nicht mehr als seinen Anteil am gemeinsamen Existenzminimum zu übernehmen hat (Urteil des Obergerichts des Kantons Luzern vom 24. Mai 2000, veröff. in LGVE 2000 I Nr. 53 und BlSchK 2002 S. 59 ff.; vgl. auch: Meier, a.a.O., S. 120 f.).
3.2 Die aufgrund des neuen Eherechts für die Änderung bei der Berechnung der pfändbaren Lohnquote angeführten Gründe gelten in gleicher Weise für die Festsetzung der verrechenbaren Quote bei der Rückerstattung von Sozialversicherungsleistungen. Auch hier soll der nicht betroffene Ehegatte aufgrund der zivilrechtlichen Regeln nur so weit für die Schuld des anderen Ehegatten einzustehen haben, als er mit seinem Einkommen am Familieneinkommen beteiligt ist. Für eine abweichende Regelung im Bereich der Ergänzungsleistungen besteht kein Anlass. Zwar handelt es sich dabei um Bedarfsleistungen, welche bei Ehepaaren ungeachtet dessen, ob nur einer oder beide Ehegatten rentenberechtigt sind, nach Massgabe der Einkommens- und Vermögensverhältnisse beider Ehegatten bzw. der Familie bemessen werden (Art. 3a Abs. 4 ELG; eine leicht abweichende Regelung gilt nach Art. 3a Abs. 5 ELG sowie Art. 1b und 1c ELV bei Ehepaaren, von denen ein Ehegatte oder beide in einem Heim oder Spital leben). Diese Regeln sind indessen nicht derart spezifisch, dass sie zu einer von den allgemeinen Grundsätzen abweichenden Festsetzung der verrechenbaren Quote bei der Rückforderung von Ergänzungsleistungen Anlass geben würden. Dass die Ergänzungsleistungen aufgrund der Einkommens- und Vermögensverhältnisse beider Ehegatten festgesetzt werden, ändert nichts daran, dass es sich um individuelle Ansprüche handelt und der Leistungsbezüger hiefür gegebenenfalls persönlich rückerstattungspflichtig ist. Dass die Leistungen nicht nur dem Lebensunterhalt des Leistungsberechtigten, sondern auch demjenigen der Familienangehörigen dienen, stellt keine Besonderheit des EL-Rechts dar, sondern gilt in vergleichbarer Weise auch für die (den Ergänzungsleistungen zugrunde liegenden) Renten der AHV und IV. Zudem setzt der EL-Anspruch die gegenseitige Unterstützungspflicht der Ehegatten (<ref-law>) voraus und ist gegenüber dieser grundsätzlich subsidiär (vgl. Erwin Carigiet, Ergänzungsleistungen zur AHV/IV, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, S. 26 FN 123 mit Hinweisen). Es ist daher nur folgerichtig, dass die im Hinblick auf das neue Eherecht geänderte Regelung bezüglich der Ermittlung des Notbedarfs bei Ehegatten, welche beide ein Erwerbseinkommen erzielen, ebenso im Bereich der Ergänzungsleistungen Anwendung findet. Hiefür sprechen auch die Vorteile einer für sämtliche Sozialversicherungszweige einheitlichen Regelung. Der Vorinstanz ist daher darin beizupflichten, dass die streitige Verrechnung der IV-Rente mit der Rückforderung von Ergänzungsleistungen nur so weit erfolgen darf, als nach Massgabe der betreibungsrechtlichen Praxis eine pfänd- bzw. verrechenbare Quote bleibt.
3.3 Unerheblich ist, dass die Rückforderung im vorliegenden Fall auf einem schuldhaften Verhalten des Rückerstattungspflichtigen beruht und es u.a. um ein nicht gemeldetes Einkommen der Ehefrau geht. Die Frage, ob die zu Unrecht ausgerichteten Leistungen auf einen Fehler der Verwaltung oder auf ein pflichtwidriges Verhalten des Rückerstattungspflichtigen zurückzuführen sind, kann bei der Verrechnung in masslicher Hinsicht berücksichtigt werden (Theo Kündig, Die Verrechnung im Sozialversicherungsrecht, Diss. Bern 1957, S. 75). Sie kann jedoch nicht ausschlaggebend dafür sein, nach welchen Regeln die für die Verrechnung von Rückforderungen bei Ehegatten geltende Grenze festzulegen ist. Auch bei schuldhaftem Verhalten des Rückerstattungspflichtigen kann eine Verrechnung nur bis zur Grenze des Existenzminimums erfolgen (vgl. RKUV 1992 Nr. K 887 S. 11 ff.). Es muss daher bei der Feststellung bleiben, dass die IV-Stelle die Verrechnung der laufenden IV-Rente mit der EL-Rückforderung in dem von der Vorinstanz genannten Sinn neu festzusetzen hat.
4. Es geht es nicht um die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen, weshalb das Verfahren kostenpflichtig ist (Art. 134 OG e contrario). Entsprechend dem Ausgang des Prozesses gehen die Kosten zu Lasten der Beschwerdeführerin (Art. 156 Ab. 1 OG). Sie hat den obsiegenden, durch einen Rechtsanwalt vertretenen Beschwerdegegner für das Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2000.- werden der IV-Stelle des Kantons St. Gallen auferlegt.
3. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen hat dem Beschwerdegegner für das Verfahren vor dem Eidg. Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 1000.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, der Ostschweizerischen AHV-Ausgleichskasse für Handel und Industrie, St. Gallen, und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 6. Juli 2005
Im Namen des Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer: Der Gerichtsschreiber: