Sachverhalt:
A. Das im Anschluss an die Änderung der Linienführung überarbeitete Plangenehmigungsgesuch für den Bau der NEAT-Achse Gotthard, Bauarbeiten Gotthard Nord/Erstfeld (Projekt Uri 2003), lag vom 27. Januar bis 25. Februar 2003 öffentlich auf. Gegen das Projekt wurden zahlreiche Einsprachen erhoben, so auch von der Gemeinde Erstfeld und vom Kanton Uri. Die Gemeinde Erstfeld brachte in ihrer Einsprache unter anderem vor, das Projekt, das den Ausbruch des Tunnelabschnitts Erstfeld-Amsteg und die Schüttung eines breiten Bahndammes vorsehe, müsse hinsichtlich der Massnahmen zur Luftreinhaltung verbessert werden. Die Baustelle befinde sich in einem übermässig mit Luftschadstoffen belasteten Gebiet, das während der mehrjährigen Bauphase noch erheblichen zusätzlichen Immissionen ausgesetzt sein werde. Die Massnahmenplanung sei daher ergänzungsbedürftig und es müssten verschärfte Emissionsbeschränkungen erlassen werden. Der Kanton Uri stellte in seiner Einsprache den Antrag, dass sämtliche auf der Baustelle eingesetzten dieselbetriebenen Baumaschinen, Fahrzeuge und Geräte mit Partikelfiltersystemen auszurüsten seien. Auf der Baustelle seien Partikelfilter gemäss der vom Urner Regierungsrat am 27. August 2002 beschlossenen Massnahme "Emissionsminderung auf Baustellen" des kantonalen Massnahmenplanes Luftreinhaltung einzusetzen.
An der Bereinigungs- und Einspracheverhandlung mit dem Kanton Uri vom 11./12. August 2003 anerkannte die AlpTransit Gotthard AG (im Folgenden: ATG), dass sämtliche Maschinen (inkl. Fahrzeuge, die ausschliesslich auf der Baustelle verkehren) gemäss der Baurichtlinie Luft "Luftreinhaltung auf Baustellen" (2002) des Bundesamtes für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) auszurüsten seien. Danach sind auf der Baustelle, für welche die Massnahmenstufe B gilt, dieselbetriebene Maschinen und Geräte mit einer Leistung von über 18 kW mit Partikelfiltern zu versehen, es sei denn, sie würden nur für kurze Zeit bis maximal einen Arbeitstag pro Baustelle und Jahr eingesetzt.
Mit der Einwohnergemeinde Erstfeld schloss die ATG am 18./23. Februar 2004 eine Vereinbarung, in welcher unter dem Titel "Installationsplatz" in Ziffer 9.4 Folgendes festgehalten wurde:
"Luftreinhaltung
Die Luftreinhaltung richtet sich nach der BUWAL-Richtlinie 'Luftreinhaltung auf Baustellen' vom 1. September 2002. Im Vordergrund stehen dabei Massnahmen, welche die Emission von Schadstoffen an der Quelle begrenzen. Die konkrete Umsetzung wird im Rahmen des Detailprojekts Installationsplatz dargestellt. Die Massnahmen werden in den Werkverträgen geregelt."
Im Anhang 1 des Vergleiches sichert die ATG zu, dass zum Thema "Luftmessung Bauphase" ein Detailprojekt erstellt und der Gemeinde Erstfeld zur Stellungnahme unterbreitet werde. Gemäss Ziffer 17.1 der Vereinbarung zieht die Gemeinde Erstfeld mit der Unterzeichnung ihre in der Einsprache erhobenen Begehren zurück. Vorbehalten wurden allerdings einzelne speziell aufgelistete Punkte, zu denen auch der Antrag zählt, dass die auf der Baustelle eingesetzten Maschinen und Fahrzeuge dem neuesten Stand der Technik entsprechen müssten. Zu diesem und den weiteren aufgelisteten Anträgen wird erklärt, der Kanton Uri habe diese Begehren in inhaltlich gleichlautender oder sinngemässer Form ebenfalls gestellt. Die Gemeinde Erstfeld schliesse sich in diesen Einsprachepunkten einer einvernehmlichen Lösung zwischen der ATG und dem Kanton an. Sofern eine solche Lösung nicht gefunden werden könnte, akzeptiere die Gemeinde den Entscheid des Eidgenössischen Departementes für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) im Einspracheverfahren des Kantons.
B. Mit Verfügung vom 5. März 2004 erteilte das UVEK den südlich des km 98.2 liegenden Teilen des NEAT-Auflageprojektes Uri 2003 seine Genehmigung. Gewisse nördlich des km 98.2 liegende Projektteile wurden ebenfalls genehmigt, so auch der Projektteil "Installationsplätze und Baustellenzufahrten zur Erstellung dieser Anlagen". Für alle anderen Projektteile wurde das Verfahren sistiert. Als Auflage betreffend die Luftreinhaltung ordnete das UVEK in Ziffer 2.2.8.1 des Dispositives Folgendes an:
"Alle Maschinen, inkl. Fahrzeuge, die nur auf der Baustelle verwendet werden, sind mit einem Partikelfiltersystem (PFS) auszurüsten. Für kurze Einsatzzeiten bis maximal einen Arbeitstag pro Baustelle und Jahr können in Ausnahmefällen Maschinen und Geräte ohne PFS eingesetzt werden. Das Partikelfilterobligatorium ist in die Submission aufzunehmen."
In den Erwägungen wird zu den lufthygienischen Massnahmen im Wesentlichen ausgeführt, die ATG habe sich bereit erklärt, sich an die für Baustellen geltenden Richtlinien des BUWAL zu halten. Damit sei auch entschieden, dass Maschinen, Geräte und Arbeitsprozesse dem dort umschriebenen Stand der Technik im Sinne von Art. 4 der Luftreinhalte-Verordnung entsprechen müssten. Der Kanton Uri verlange zwar, dass sein - weiter gehender - Massnahmenplan umgesetzt werde, mache aber nicht geltend, dass dieser Massnahmenplan vom Bundesrat genehmigt worden sei; auch dem UVEK sei kein solcher Beschluss bekannt. Infolgedessen sei er für die Bundesbehörden nicht verbindlich. Soweit der Kanton Uri ergänzte oder verschärfte Emissionsbegrenzungen ebenfalls gestützt auf Art. 5 der Luftreinhalte-Verordnung verlange, liessen sich solche im heutigen Zeitpunkt nicht rechtfertigen. Erst wenn die in einem separaten Detailprojekt noch genauer zu umschreibenden Luftmessungen Überschreitungen der Immissionsgrenzwerte anzeigten, seien allenfalls weiter gehende Massnahmen zu verfügen.
In Ziffer 2.5.2.12 des Dispositives der Plangenehmigungs-Verfügung legte das UVEK ausdrücklich fest, dass die ATG für die Luftmessungen während der Bauphase ein Detailprojekt zu erstellen habe.
Die Plangenehmigungsverfügung vom 5. März 2004 ist unangefochten geblieben und in Rechtskraft erwachsen.
C. Mit Eingabe vom 3. November 2004 unterbreitete die ATG dem UVEK das Detailprojekt Nr. 03 "Luftmesskonzept" zur Genehmigung. In diesem wird davon ausgegangen, dass während der Bauarbeiten die Massnahmen gemäss Massnahmenstufe B der Baurichtlinie Luft des BUWAL zu treffen sind. Weiter wird ausgeführt, dass die Belastung durch Feinstaub PM10 bereits heute an den bestehenden Messstationen in Altdorf (Gartenmatt) und Erstfeld (Autobahn) erfasst werde. Aufgrund der bisher vorgenommenen PM10-Messungen sei bekannt, dass für die Feinstaubbelastung meteorologische Parameter z.B. in Form von Inversionslagen oder durch Verfrachtung meist eine grössere Rolle spielten als die Nähe zur Quelle. Eine zusätzliche PM10-Messung in Baustellennähe habe daher nur eine begrenzte Aussagekraft. Auch bei den Messungen in Amsteg habe keine Beeinflussung durch die Bautätigkeit festgestellt werden können. Da jedoch zahlreiche Bauaktivitäten zu Staubemissionen führten, werde an den beiden zusätzlich vorgesehenen Messwagenstandorten auch PM10 erfasst.
Nach Anhörung des BUWAL, des Kantons Uri und der betroffenen Gemeinden erteilte das UVEK mit Verfügung vom 10. März 2005 dem Detailprojekt Luftmesskonzept (DP 03) die Plangenehmigung und trat auf die Anträge des Kantons Uri, der Gemeinden Erstfeld und Schattdorf sowie des BUWAL nicht ein bzw. wies diese ab.
Das Departement führte zur Begründung aus, die für die Erstellung des Gotthard-Basistunnels nötigen Bauarbeiten würden eine Erhöhung der Luftschadstoffbelastung im betroffenen Gebiet verursachen. Um allfällige Gegenmassnahmen ergreifen zu können, müsse ein entsprechendes Überwachungssystem zur Messung der Luftschadstoffe geschaffen werden, welches im vorgelegten Detailprojekt beschrieben werde. In diesem Detailprojekt würden die Leitschadstoffe, der Ist-Zustand und die entsprechenden Messverfahren aufgezeigt sowie Prognosen über die künftige Belastung angestellt. Zudem würden die vorgesehenen Massnahmen zur Luftreinhaltung und die Messstationen beschrieben. Damit werde die Auflage Ziff. 2.5.2.12 der Plangenehmigungsverfügung des UVEK vom 5. März 2004 sachgerecht umgesetzt und könne genehmigt werden. Zwar habe der Kanton Uri einerseits den Antrag gestellt, dass alle Geräte und Maschinen - auch jene mit einer Leistung von weniger als 18 kW - mit Partikelfiltersystemen auszurüsten seien, und andererseits darum ersucht, dass im Hinblick auf künftige übermässige Immissionen ergänzende und verschärfende Emissionsbegrenzungen zu verfügen seien. Auf den ersten Antrag, der bereits im Plangenehmigungsverfahren gestellt worden sei, sei nicht einzutreten, da dieses Begehren mit der Plangenehmigungsverfügung vom 5. März 2004 rechtskräftig beurteilt und abgewiesen worden sei. Die Pflicht zur Ausrüstung der Geräte unter 18 kW könne auch nicht aus der in der Plangenehmigungsverfügung umschriebenen Definition des massgebenden Standes der Technik abgeleitet werden; auch dieser bestimme sich gemäss Anhang 2 Ziffer 88 der Luftreinhalte-Verordnung nach der Richtlinie des BUWAL. Der weitere Antrag um ergänzende oder verschärfende Emissionsbegrenzungen ziele, wie sich aus verschiedenen Schreiben des Kantons Uri ergebe, auf die Verbindlichkeit des kantonalen Massnahmenplans Luftreinhaltung und damit wiederum auf die Anordnung der Partikelfilter-Pflicht für Motoren mit einer Leistung von weniger als 18 kW ab. Dieses Begehren sei ebenfalls schon im Plangenehmigungsverfahren behandelt worden. Es liege auch heute noch keine Genehmigung des Bundesrates vor. Auf den bereits rechtskräftig beurteilten Antrag sei daher ebenfalls nicht einzutreten. Beizufügen sei, dass ergänzende oder verschärfte Emissionsbegrenzungen im Sinne von Art. 5 der Luftreinhalte-Verordnung verhältnismässig sein müssten. Vorliegend sei unbestritten, dass die NEAT-Baustelle eine Erhöhung der Luftschadstoffbelastung verursachen werde. Ebenso unbestritten sei jedoch, dass bereits heute die Immissionsgrenzwerte auch ohne Vollbetrieb der NEAT-Baustelle im Raume Erstfeld teilweise überschritten würden. Somit sei festzustellen, dass selbst mit einer weiter gehenden Partikelfilter-Pflicht die Immissionsgrenzwerte nicht eingehalten werden könnten. Zudem sei noch nicht bekannt, wie viele Geräte mit einer Leistung von weniger als 18 kW auf der Baustelle im Einsatz sein werden, und sei daher offen, in welcher Beziehung Erfolg und Aufwand einer entsprechenden Anordnung stünden. Aus diesen Gründen wäre es unverhältnismässig, zurzeit für Geräte mit weniger als 18 kW Leistung die Partikelfilter-Pflicht anzuordnen. Zusätzliche Massnahmen seien erst zu verfügen, wenn die vorzunehmenden Messungen eine erhebliche Zunahme der Immissionsbelastung aufzeigten.
D. Gegen die Plangenehmigungsverfügung des UVEK vom 10. März 2005 haben sowohl der Kanton Uri als auch die Einwohnergemeinde Erstfeld Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht. Der Kanton Uri stellt den Antrag, die angefochtene Verfügung sei in Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde aufzuheben und es sei festzustellen, dass gemäss der Plangenehmigungsverfügung vom 5. März 2004 alle für die Bauarbeiten im Teilabschnitt Erstfeld/Gotthard Nord eingesetzten Geräte und Maschinen - eingeschlossen jene mit einer Leistung von weniger als 18 kW - mit Partikelfiltersystemen auszurüsten seien. Eventuell sei im Rahmen des Detailprojekts Luftmesskonzept (DP 03) zu verfügen, dass für die fraglichen Bauarbeiten alle Maschinen mit Partikelfiltersystemen auszurüsten seien. Subeventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung der Ausrüstungspflicht für Geräte und Maschinen mit einer Leistung von weniger als 18 kW an die Vorinstanz zurückzuweisen. - Die Einwohnergemeinde Erstfeld stellt sinngemäss die gleichen Begehren.
Die ATG beantragt, die beiden Verwaltungsgerichtsbeschwerden abzuweisen, soweit auf diese einzutreten sei. Nach Auffassung des UVEK ist auf die Beschwerden des Kantons Uri und der Einwohnergemeinde Erstfeld nicht einzutreten; eventuell seien die Beschwerden abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die eingereichten Verwaltungsgerichtsbeschwerden richten sich gegen den selben Entscheid und werfen die gleichen Fragen auf. Über die beiden Beschwerden ist daher in einem einzigen Urteil zu befinden.
2. 2.1 Umstritten ist ein Entscheid über ein Auflageprojekt der Neuen Eisenbahn-Alpentransversale (NEAT), der vom UVEK als Plangenehmigungsbehörde für Grossprojekte erlassen worden ist (vgl. Art. 25 Abs. 1 der Verordnung über den Bau der schweizerischen Eisenbahn-Alpentransversale vom 28. Februar 2001 [SR 742.104.1], Art. 18 Abs. 2 lit. b des Eisenbahngesetzes vom 20. Dezember 1957 [EBG; SR 742.101] mit Anhang Ziffer 3). Solche Plangenehmigungsentscheide des Departementes unterliegen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht (<ref-law>, Art. 99 Abs. 2 lit. d OG; zur künftigen Ordnung vgl. Art. 132 des noch nicht in Kraft getretenen Bundesgerichtsgesetzes vom 17. Juni 2005, BBl 2005 S. 4045). Die eingereichten Beschwerden sind daher grundsätzlich zulässig.
2.2 Die angefochtene Verfügung ist im Detailprojektierungsverfahren ergangen, das an ein ordentliches eisenbahn- und enteignungsrechtliches Plangenehmigungs- und Einspracheverfahren und die entsprechende Plangenehmigungsverfügung angeschlossen hat. Detailpläne, die sich auf ein bereits genehmigtes Projekt stützen, sind im vereinfachten Verfahren zu genehmigen (<ref-law>). Im vereinfachten Plangenehmigungsverfahren wird gemäss <ref-law> das Gesuch nicht publiziert und nicht öffentlich aufgelegt. Die Genehmigungsbehörde unterbreitet die Planvorlage den Betroffenen, soweit diese nicht vorher schriftlich ihre Einwilligung gegeben haben; deren Einsprachefrist beträgt 30 Tage. Die Genehmigungsbehörde kann bei Kantonen und Gemeinden Stellungnahmen einholen. Sie setzt dafür eine angemessene Frist. Im Übrigen gelten nach <ref-law> die Bestimmungen für das ordentliche Verfahren.
2.2.1 Das vereinfachte eisenbahnrechtliche Plangenehmigungsverfahren unterscheidet sich mithin vom ordentlichen dadurch, dass keine öffentliche Planauflage durchgeführt, sondern die Planvorlage den Betroffenen persönlich unterbreitet wird, sofern diese nicht schon vorher schriftlich ihre Einwilligung gegeben haben. Liegen sämtliche Einwilligungen vor, erübrigt sich das Einspracheverfahren. Trifft dies nicht zu, ist gegenüber jenen, die der Planvorlage nicht zustimmen, das Einspracheverfahren zu eröffnen, welches sich - da <ref-law> diesbezüglich keine Sonderregeln enthält - nach der Vorschrift von <ref-law> und den enteignungsrechtlichen Bestimmungen richtet.
2.2.2 Nach <ref-law> kann während der Auflage- bzw. Einsprachefrist jedermann, der nach den Vorschriften des Verwaltungsverfahrensgesetzes oder des Enteignungsgesetzes Partei ist, bei der Genehmigungsbehörde Einsprache erheben. Wer keine Einsprache erhebt, ist vom weiteren Verfahren ausgeschlossen. Innerhalb der Auflage- bzw. Einsprachefrist sind nicht nur allfällige Entschädigungsansprüche anzumelden, sondern auch sämtliche Einwände anzubringen, die nach dem Bundesgesetz über die Enteignung (EntG; SR 711) gegen den enteignungsrechtlichen Eingriff erhoben werden können (<ref-law>). Auch die betroffenen Gemeinden haben ihre Interessen mit Einsprache zu wahren (<ref-law>).
2.2.3 Die Gemeinden und andere Projektbetroffene haben demnach auch im vereinfachten Plangenehmigungsverfahren während der Einsprachefrist ihre Einwendungen gegen die Enteignung selbst, ihre Planänderungsgesuche sowie ihre Begehren nach den Art. 7-10 EntG anzubringen (vgl. Art. 30 Abs. 1 und Art. 35 EntG). So kann u.a. gestützt auf Art. 7 Abs. 3 EntG und <ref-law> verlangt werden, dass der Werkeigentümer und Enteigner die geeigneten Massnahmen ergreife, um die Öffentlichkeit und die benachbarten Grundstücke gegen Gefahren und Nachteile sicherzustellen, die mit dem Bau und dem Betrieb seines Unternehmens notwendig verbunden und nicht nach Nachbarrecht zu dulden sind. Zur Anmeldung solcher Begehren sind vorweg die Gemeinwesen befugt, deren Gebiet vom Werk des Enteigners betroffen wird, unabhängig davon, ob sie selbst Rechte an das Werk abzutreten haben (<ref-ruling> E. 2c, 106 Ib 26 nicht publ. E. 2b, Entscheid 1A.249/1997 vom 7. Oktober 1997 E. 1d, publ. in ZBl 99/1998 S. 391). Wer dagegen keine Einsprache im engeren oder weiteren Sinn erhebt, ist nach Art. 18f Abs. 1 in Verbindung mit <ref-law> auch im vereinfachten Plangenehmigungsverfahren vom nachfolgenden Beschwerdeverfahren ausgeschlossen.
2.2.4 Wie sich aus den Akten ergibt, hat das BAV die Planvorlage für das Detailprojekt Nr. 03 (DP 03) dem Kanton Uri und den betroffenen Gemeinden mit Schreiben vom 8. November 2004 zugestellt und diesen Gelegenheit eingeräumt, sich schriftlich bis zum 16. Dezember 2004 zum Projekt vernehmen zu lassen. Der Kanton Uri hat von dieser Möglichkeit mit Eingabe vom 15. Dezember 2004 (eingereicht am 17. Dezember 2004) Gebrauch gemacht. Von den Gemeinden haben sich Altdorf sowie Schattdorf und offenbar auch Erstfeld geäussert. Der Kanton und die Gemeinden haben dem Projekt wie dargelegt nur teilweise zugestimmt; Einsprachen sind jedoch nicht erhoben worden. Es fragt sich daher, ob im Lichte von <ref-law> und der enteignungsrechtlichen Bestimmungen überhaupt auf die erhobenen Verwaltungsgerichtsbeschwerden eingetreten werden könne.
2.2.5 Nach ständiger Rechtsprechung sind die enteignungsrechtlichen Fristen, während derer Einsprache erhoben werden kann und Entschädigungsforderungen angemeldet werden müssen, Verwirkungsfristen (<ref-ruling> E. 3a S. 341, 111 Ib 280 E. 3a S. 284, 113 Ib 34 E. 3 S. 38, 116 Ib 386 E. 3a S. 391). Nach Ablauf der Einsprachefrist können Einsprachen und Begehren nach den Art. 7-10 EntG nur noch unter den in Art. 39 und 40 EntG umschriebenen Voraussetzungen und insbesondere nur noch dann erhoben werden, wenn die Einhaltung der Frist wegen unverschuldeter Hindernisse nicht möglich war. Andererseits kann die Verwirkungsfrist überhaupt nur zu laufen beginnen, falls die Verwirkungsfolge dem Enteigneten bzw. dem Einsprecher angedroht worden ist (vgl. Art. 30 Abs. 1 lit. c und Art. 34 Abs. 1 lit. f EntG; <ref-ruling> E. 3a S. 284, 131 II 65 E. 1.1). Nun hat hier das BAV als verfahrensleitende Behörde den Kanton Uri und die betroffenen Gemeinden im Detailprojektierungsverfahren lediglich zur Stellungnahme eingeladen. Ein formelles Einspracheverfahren ist - obschon der Kanton Uri zumindest sinngemäss bereits ein Begehren nach Art. 7 Abs. 3 EntG erhoben hatte - im vorliegenden vereinfachten Plangenehmigungsverfahren nicht eröffnet worden. Dementsprechend ist auch nicht auf die Folgen einer Säumnis gemäss Enteignungsgesetz und <ref-law> hingewiesen worden. Aus der mangelhaften behördlichen Verfahrensführung darf aber den am vorinstanzlichen Verfahren Beteiligten kein Nachteil erwachsen. Diese in ein nachträglich zu eröffnendes Einspracheverfahren zu verweisen, fällt aus prozessökonomischen Gründen ausser Betracht. Von der in <ref-law> verlangten Bedingung zur Teilnahme am Beschwerdeverfahren ist unter den gegebenen Umständen abzusehen und von der formellen Beschwer der beiden Beschwerdeführer auszugehen.
3. Wie bereits dargelegt (Sachverhalt lit. A) hat die Einwohnergemeinde Erstfeld im Plangenehmigungsverfahren für das Auflageprojekt Uri 2003 mit der ATG eine Vereinbarung geschlossen, wonach sich die Massnahmen zur Luftreinhaltung nach der BUWAL-Richtlinie "Luftreinhaltung auf Baustellen" vom 1. September 2002 (Baurichtlinie Luft) zu richten hätten. Zudem hat sich die Gemeinde in der Frage, welchem Stand der Technik die auf der Baustelle eingesetzten Baumaschinen entsprechen müssten, zum vornherein dem Entscheid der Plangenehmigungsbehörde (im Einspracheverfahren des Kantons) unterzogen. Es ist daher nicht einzusehen, welches schutzwürdige Interesse die Gemeinde Erstfeld an der Aufhebung oder Änderung des Detailprojektes, in dem wie vereinbart die BUWAL-Richtlinie als anwendbar erklärt wird, geltend machen könnte. Ein solches wird in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde auch nicht dargetan. Wohl wird in der Beschwerdeschrift erwähnt, die Gemeinde verfechte zum Schutze ihrer Einwohner ein wesentliches öffentliches Interesse, nämlich jenes an der Reinhaltung der Luft. Mit diesem allgemeinen Hinweis vermag sie jedoch nicht zu begründen, weshalb sie im Detailprojektierungsverfahren nicht mehr an die im Hauptverfahren getroffene Vereinbarung gebunden sei und ein schutzwürdiges Interesse an den nun vorgebrachten weiter gehenden Forderungen habe. Einer solchen Begründung hätte es aber bedurft, um die Beschwerdebefugnis nachzuweisen und das prozessuale Verhalten der Gemeinde zu rechtfertigen. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Einwohnergemeinde Erstfeld ist daher mangels einer genügenden Begründung hinsichtlich der materiellen Beschwer im Sinne von Art. 108 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 103 lit. a OG nicht einzutreten.
4. Der Kanton Uri macht in der vorliegenden Verwaltungsgerichtsbeschwerde geltend, in der Plangenehmigungsverfügung des UVEK vom 5. März 2004 sei festgelegt worden, dass sämtliche auf der Baustelle eingesetzten Maschinen mit einem Partikelfiltersystem auszurüsten seien, also auch jene mit einer Leistung von weniger als 18 kW. Mit dieser rechtskräftigen Plangenehmigungsverfügung sei unvereinbar, dass im nachträglichen Detailprojektierungsverfahren die Richtlinie des BUWAL als massgeblich erklärt worden sei, nehme doch diese die Maschinen mit einer Leistung unter 18 kW von der Partikelfilter-Pflicht aus. Eine solche Einschränkung stehe auch mit der ergänzten kantonalen Massnahmenplanung in Widerspruch und verletze <ref-law>, wonach das kantonale Recht im Plangenehmigungsverfahren so weit als möglich zu berücksichtigen sei. Schliesslich verletze ein beschränktes Partikelfilter-Obligatorium eidgenössisches Umweltschutzrecht, da gemäss Art. 5 der Luftreinhalte-Verordnung vom 16. Dezember 1985 (LRV, SR 814.318.142.1) ergänzende oder verschärfte Emissionsbegrenzungen angeordnet werden müssten, wenn wie hier zu erwarten sei, dass eine einzelne geplante Anlage übermässige Immissionen verursachen werde.
Die ATG weist in ihrer Beschwerdeantwort darauf hin, dass der Kanton Uri das Begehren um Erweiterung der Partikelfilter-Pflicht über die Richtlinie des BUWAL hinaus bereits im Plangenehmigungsverfahren für das Auflageprojekt Uri 2003 gestellt habe. Dieses sei vom UVEK sowohl unter dem Gesichtswinkel des eidgenössischen Umweltschutzrechts als auch von <ref-law> bzw. der kantonalen Massnahmenplanung rechtskräftig abgewiesen worden. Der Kanton könne daher das gleiche Begehren im Detailprojektierungsverfahren, in welchem es lediglich um die Festlegung des Messkonzepts gehe, nicht wieder aufnehmen. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei insoweit, als bereits beurteilte Anträge gestellt würden, nicht einzutreten. - Diesen Ausführungen ist im Ergebnis zuzustimmen:
4.1 Die Frage, ob die auf dem Projektgebiet eingesetzten Maschinen und Geräte gemäss der Baurichtlinie Luft des BUWAL mit Partikelfiltern auszurüsten seien oder ob die Partikelfilter-Pflicht auf dieselbetriebene Maschinen mit einer Leistung unter 18 kW auszudehnen sei, hat wie dargelegt (Sachverhalt lit. A und B) bereits Gegenstand des Plangenehmigungsverfahrens für das Auflageprojekt Uri 2003 gebildet. Das UVEK hat in Dispositiv-Ziffer 2.2.8.1 seiner Verfügung entschieden, dass "alle Maschinen, inkl. Fahrzeuge, die nur auf der Baustelle verwendet werden, mit einem Partikelfiltersystem auszurüsten" seien, ohne dass dabei auf die BUWAL-Richtlinie verwiesen worden wäre. Eine Ausnahme von der Partikelfilter-Pflicht ist nur für Maschinen und Geräte vorgesehen worden, die lediglich kurzzeitig auf der Baustelle eingesetzt werden sollen. Nach dem Wortlaut des Dispositives wäre somit darauf zu schliessen, dass dem Antrag des Kantons auf ein umfassendes Partikelfilter-Obligatorium stattgegeben worden wäre.
Ein anderes Bild ergibt sich bei Lektüre der entsprechenden Begründung:
Die Plangenehmigungsbehörde hat in ihren Erwägungen zur Luftreinhaltung (E. 3.10 S. 91 ff.) zunächst aufgelistet, welche Massnahmen zur Minderung von Schadstoffemissionen die ATG in ihrem Projekt vorgesehen habe, so u.a. auch die Ausrüstung aller dieselbetriebenen Baumaschinen und Geräte mit einem Partikelfiltersystem, ausgenommen die nur kurzzeitig eingesetzten Geräte sowie die Maschinen mit einer Leistung von weniger als 18 kW gemäss der BUWAL-Richtlinie. In ihren weiteren Erwägungen gibt die Plangenehmigungsbehörde die Anträge des BUWAL und des Kantons Uri wieder. Unter dem Titel "Kantonaler Massnahmenplan" wird hierauf erwogen, die ergänzte kantonale Massnahmenplanung sei für Bundesbehörden nicht verbindlich. Zudem seien aufgrund von Art. 5 LRV die der BUWAL-Richtlinie entsprechenden vorsorglichen Emissionsbegrenzungen erst zu verschärfen, wenn durch die vorgesehenen Luftmessungen erwiesen sei, dass die Immissionsgrenzwerte infolge der Bautätigkeit überschritten würden. Aus diesen Gründen seien die Anträge betreffend die Anwendung des kantonalen Massnahmenplanes, soweit sie über die vorgesehenen Massnahmen hinausgingen, abzuweisen. Unter dem Titel "Stand der Technik" wird sodann dargelegt, die Gesuchstellerin habe anerkannt, dass die BUWAL-Richtlinien "Luftreinhaltung auf Baustellen" sowie "Luftreinhaltung bei Bautransporten" einzuhalten seien und dass die Baustelle der höchsten Stufe B zuzuordnen sei. Damit sei auch entschieden, dass die Maschinen, Geräte und Arbeitsprozesse dem Stand der Technik nach Art. 4 LRV entsprechen müssten. Soweit der Kanton Uri weiter gehende Anträge stelle, seien diese abzuweisen. Schliesslich hält die Plangenehmigungsbehörde unter dem Titel "Einzelne Massnahmen" nochmals fest, welche Vorkehren die Gesuchstellerin im Hinblick auf <ref-law> zu ergreifen gewillt sei und nennt erneut die Partikelfilter-Pflicht gemäss der BUWAL-Baurichtlinie Luft. Die weiter gehenden Anträge des Kantons seien abzuweisen.
Zwischen diesen Erwägungen und dem Wortlaut des Dispositives besteht somit ein offensichtlicher Widerspruch.
4.2 Besteht zwischen dem Dispositiv und den Entscheidgründen ein Widerspruch, so ist der wirkliche Rechtssinn der Entscheidung festzustellen. Verwaltungsverfügungen sind - unter Vorbehalt der Problematik von Treu und Glauben - nicht nach ihrem Wortlaut, sondern nach ihrem tatsächlichen rechtlichen Bedeutungsgehalt zu verstehen (vgl. <ref-ruling> E. 1a mit Hinweisen, 123 V 106 nicht publ. E. 1c; s.a. <ref-ruling> E. 5a mit Hinweisen). Nun geht aus den Erwägungen der Plangenehmigungsverfügung vom 5. März 2004 klar hervor, dass sich der Umfang der Partikelfilter-Pflicht nach der BUWAL-Baurichtlinie bestimmen solle und die weiter gehenden Anträge des Kantons Uri abzuweisen seien. Das Dispositiv der Plangenehmigung ist demnach im fraglichen Punkt, da ein Hinweis auf die massgebende Richtlinie unterblieben ist, unvollständig und muss im Sinne der Erwägungen verstanden werden. Dies hat die Plangenehmigungsbehörde im vorliegenden Verfahren denn auch selbst bestätigt.
4.3 Der Beschwerdeführer macht vor Bundesgericht sinngemäss geltend, er habe auf den Wortlaut des Dispositives vertrauen und davon ausgehen dürfen, dass das Partikelfilter-Obligatorium tatsächlich für alle einzusetzenden Maschinen und Geräte gelte. Dem Kanton Uri konnte jedoch die Widersprüchlichkeit zwischen den Entscheidgründen und dem Text des Dispositives nicht entgehen. Falls er über den Ausgang des Verfahrens wirklich nicht im Klaren war, hätte er ein Erläuterungsgesuch im Sinne von <ref-law> stellen müssen. Mit der Erläuterung hätte die Rechtsmittelfrist neu zu laufen begonnen (<ref-law>), und der Kanton hätte die Abweisung seiner Anträge im ordentlichen Plangenehmigungsverfahren anfechten können und müssen. Dagegen ist ausgeschlossen, die rechtskräftig beurteilten Anträge im nachfolgenden Detailprojektierungsverfahren zu wiederholen und nachträglich zum Streitgegenstand des Rechtsmittelverfahrens werden zu lassen. Das Detailprojektierungsverfahren kann nicht dazu benutzt werden, eine im Plangenehmigungsverfahren nicht wahrgenommene Anfechtungs-Möglichkeit wiederherzustellen. Eine Erneuerung von im Plangenehmigungsverfahren abgewiesener Begehren kommt nur insoweit in Frage, als eine solche in der Plangenehmigungsverfügung ausdrücklich vorbehalten worden ist oder aufgrund einer Änderung der faktischen oder rechtlichen Gegebenheiten, auf die in der Plangenehmigungsverfügung abgestellt worden ist, zugelassen werden muss.
5. Die Plangenehmigungsbehörde hat in ihrer Verfügung vom 5. März 2004 erklärt und in der Verfügung vom 10. März 2005 wiederholt, eine Ergänzung oder Verschärfung der vorsorglichen Emissionsbegrenzungen falle dann in Betracht, wenn sich anhand der Messresultate ergebe, dass die Bautätigkeit zu einer erheblichen Zunahme der Schadstoffbelastung führe. Trete dies ein, so habe das UVEK auf Antrag des Kantons Uri nach Anhörung der ATG sowie des BUWAL allenfalls weiter gehende Anordnungen zu treffen.
Der Kanton Uri hat im Detailprojektierungsverfahren nicht geltend gemacht und bringt auch in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht vor, dass gemäss den Messresultaten seit Beginn der Bauarbeiten eine Zunahme der Belastung des Kantonsgebietes mit Feinstaub festzustellen sei. Nach Angaben des UVEK ist im Vergleich mit früheren Jahren keine Mehrbelastung durch PM10-Emissionen zu verzeichnen. Dass sich seit Abschluss des ordentlichen Plangenehmigungsverfahren irgend eine andere neue tatsächliche oder rechtliche Situation ergeben hätte, die eine Neubeurteilung der Anträge auf Verschärfung der Emissionsbegrenzungen erforderte, ist ebenfalls weder behauptet noch dargetan worden. Das UVEK ist somit im Detailprojektierungsverfahren zu Recht nicht mehr auf die erneuerten Anträge des Kantons Uri eingetreten. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des Kantons Uri ist demnach abzuweisen, soweit auf sie einzutreten ist.
6. Die Kostenfolgen des bundesgerichtlichen Verfahrens richten sich, da den betroffenen Gemeinwesen wie erwähnt auch im vereinfachten Plangenehmigungsverfahren Gelegenheit zu enteignungsrechtlicher Einsprache zu geben ist (vgl. oben E. 2.2), nach den Spezialbestimmungen des eidgenössischen Enteignungsrechts. Demgemäss sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Regel von Art. 116 Abs. 1 EntG entsprechend der ATG als Werkeigentümerin und Enteignerin zu überbinden. Angesichts des Ausgangs des Verfahrens ist jedoch davon abzusehen, den beschwerdeführenden Gemeinwesen Parteientschädigungen zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Einwohnergemeinde Erstfeld wird nicht eingetreten.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des Kantons Uri wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
3. Die Gerichtsgebühr von insgesamt Fr. 3'000.-- wird der AlpTransit Gotthard AG auferlegt.
4. Parteientschädigungen werden nicht zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) und dem Bundesamt für Verkehr (BAV) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. August 2005
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: