A.- a) B._ S.A., devenue par la suite A._ S.A., pratique le commerce des cigarettes et fournit notamment D._ dont le siège est à Dubai (Emirats Arabes Unis).
Pour le paiement de la marchandise, D._ donnait un ordre à sa banque, la C._, à Dubai, qui le transmettait à sa banque correspondante, la E._, à New York, laquelle créditait un compte du groupe X._, à New York, les fonds étant ensuite portés au crédit du compte courant n° 719. 100.82.1 de B._ S.A. ouvert auprès de la succursale genevoise de X._ S.A. Ce compte courant était soumis aux conditions générales de la banque, qui prévoyaient à l'art. 7 ce qui suit:
"Toute réclamation du client relative à l'exécution ou à l'inexécution d'un ordre ainsi qu'à l'encontre d'autres communications de la banque doit être présentée à réception de l'avis correspondant ou au plus tard dans le délai fixé par la banque (...). Les contestations concernant les relevés de compte et de dépôts doivent être présentées dans le délai d'un mois. Ce délai écoulé, les relevés sont considérés comme approuvés. L'approbation expresse ou tacite du relevé de compte emporte celle de tous les articles qui y figurent ainsi que des réserves éventuelles de la banque".
L'art. 14 desdites conditions générales déclarait le droit suisse applicable et fixait le for au siège de la banque ou au lieu de la succursale traitant avec le client.
B._ S.A. étant un important client de X._ S.A., il avait été convenu qu'elle devait percevoir des intérêts sur les montants virés en sa faveur dès réception des fonds par X._ à New York. Par le système électronique Infaccount, A._ S.A. pouvait connaître en tout temps l'état de son compte et constater instantanément toute variation.
b) Le 4 juillet 1991, C._ à Dubai, agissant sur mandat de D._, a envoyé à E._ un ordre électronique de payer, valeur 5 juillet 1991, 6 600 000 US$ à X._ à New York, par le débit du compte de C._ auprès de E._. Le même jour, C._ a fait parvenir à X._ S.A. à Zurich un ordre de transfert télégraphique, priant ladite banque de créditer, valeur 5 juillet 1991, le compte de B._ S.A. à Genève, précisant "avoir crédité" du montant en question le compte de X._ à New York, également valeur 5 juillet 1991.
Toujours en date du 4 juillet 1991 - jour férié aux Etats-Unis d'Amérique -, X._ S.A., se fiant à l'arrivée des fonds à X._ à New York, a crédité le compte de B._ S.A., valeur 5 juillet 1991, puis a établi et expédié à B._ S.A. un avis de crédit ordinaire, sans condition ni réserve, valeur à la même date.
Le 5 juillet 1991, les avoirs de C._ ont été bloqués dans le monde entier, suite au retrait de l'autorisation de pratiquer accordée à cette banque. E._ a décidé de ne pas exécuter l'ordre donné par C._ en faveur de X._, alors même que cet ordre était antérieur au blocage et que le compte de C._ auprès de E._ était suffisamment provisionné.
Le 8 juillet 1991, X._ S.A. a pris connaissance de cette situation tout à fait exceptionnelle et a informé par téléphone B._ S.A. que le crédit devait malheureusement être extourné. Le lendemain, X._ S.A. a procédé à l'extourne sur le compte de B._ S.A., valeur 5 juillet 1991.
Le 9 juillet 1991, X._ S.A. a adressé à B._ S.A. un avis de débit portant sur 6 600 000 US$ valeur 5 juillet 1991 avec la mention "extourne de notre écriture du 5 juillet 1991". Ce débit figure également sur le relevé mensuel de compte au 31 juillet 1991 et sur les relevés trimestriels au 30 juin 1991 et au 30 septembre 1991.
Il n'est pas prouvé que B._ S.A. ait protesté ou émis des réserves.
B._ S.A. s'est employée à soutenir son client D._ dans ses tentatives pour obtenir le remboursement de son virement par C._ ou E._; un avocat américain est parvenu à la conclusion qu'il fallait s'adresser à C._. Pour obtenir la livraison de B._ S.A., D._ lui a versé à nouveau la somme de 6 600 000 US$.
D._ a produit une créance de 6 600 000 US$ dans la liquidation de C._, recevant des liquidateurs au total 3 044 537, 64 US$.
A la suite d'un avis de droit donné par son actuel avocat, B._ S.A. a réclamé à X._ S.A., par lettre du 29 juillet 1997, le remboursement du montant extourné, faisant valoir que l'extourne n'était pas justifiée.
B.- Le 9 février 1998, B._ S.A. a déposé devant les tribunaux genevois une demande en paiement dirigée contre X._ S.A., concluant au paiement de la somme de 6 600 000 US$. En cours de procédure, les conclusions ont été réduites à 3 555 462, 36 US$ plus intérêts.
Par jugement du 27 janvier 2000, le Tribunal de première instance de Genève, après avoir constaté que B._ S.A. était devenue A._ S.A., a débouté cette dernière de toutes ses conclusions.
Statuant sur appel de la demanderesse par arrêt du 6 septembre 2000, la Chambre civile de la Cour de justice genevoise a au contraire condamné X._ S.A. à payer à A._ S.A. 3 555 462, 36 US$ avec intérêts.
C.- Parallèlement à un recours de droit public qui a été rejeté par arrêt de ce jour, X._ S.A. exerce un recours en réforme au Tribunal fédéral. Invoquant la violation du droit fédéral, elle conclut à la réforme de l'arrêt attaqué et au rejet de la demande, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale.
L'intimée propose la confirmation de l'arrêt attaqué.

Considérant en droit :
1.- a) Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires et dirigé contre un jugement final rendu en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 48 al. 1 OJ) sur une contestation civile dont la valeur litigieuse dépasse largement le seuil de 8000 fr.
(art. 46 OJ), le recours en réforme est en principe recevable, puisqu'il a été déposé en temps utile (art. 54 al. 1 OJ) dans les formes requises (art. 55 OJ).
b) Le recours en réforme est ouvert pour violation du droit fédéral (art. 43 al. 1 OJ). Il ne permet en revanche pas d'invoquer la violation directe d'un droit de rang constitutionnel (art. 43 al. 1 2e phrase OJ) ou la violation du droit cantonal (<ref-ruling> consid. 2b, 189 consid. 2a, 370 consid. 5; <ref-ruling> consid. 2e).
Saisi d'un recours en réforme, le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement sur la base des faits contenus dans la décision attaquée, à moins que des dispositions fédérales en matière de preuve n'aient été violées, qu'il y ait lieu à rectification de constatations reposant sur une inadvertance manifeste (art. 63 al. 2 OJ) ou qu'il faille compléter les constatations de l'autorité cantonale parce que celle-ci n'a pas tenu compte de faits pertinents et régulièrement allégués (art. 64 OJ; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 5c/aa). Dans la mesure où un recourant présente un état de fait qui s'écarte de celui contenu dans la décision attaquée, sans se prévaloir avec précision de l'une des exceptions qui viennent d'être rappelées, il n'y a pas lieu d'en tenir compte. Il ne peut être présenté de griefs contre les constatations de fait, ni de faits ou de moyens de preuve nouveaux (art. 55 al. 1 let. c OJ). L'appréciation des preuves à laquelle s'est livrée l'autorité cantonale ne peut être remise en cause (<ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 3a).
L'état de fait déterminant ne comprend pas seulement les faits que la cour cantonale a elle-même exposés, mais aussi les faits constatés dans la décision de l'instance inférieure, si la cour cantonale s'y réfère expressément (Corboz, Le recours en réforme au Tribunal fédéral in: SJ 2000 II p. 61; Messmer/Imboden, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, p. 128 n° 93)
Si le Tribunal fédéral ne saurait aller au-delà des conclusions des parties, lesquelles ne peuvent prendre de conclusions nouvelles (art. 55 al. 1 let. b in fine OJ), il n'est lié ni par les motifs qu'elles invoquent (art. 63 al. 1 OJ), ni par ceux de la décision cantonale (art. 63 al. 3 OJ; <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 2).
2.- a) Entre la venderesse (la demanderesse) et l'acheteuse (D._), il avait été convenu d'un paiement au moyen de virements bancaires en série (sur cette figure juridique: cf. <ref-ruling> consid. 3b; <ref-ruling> consid. 3a). Dans un tel cas, l'engagement pris par chaque banque assignée revêt un caractère abstrait, c'est-à-dire qu'il est indépendant du rapport de provision et du rapport de valeur (<ref-ruling> ibidem; <ref-ruling> consid. 3a).
La question posée par le recours n'est cependant pas celle de la validité de l'avis de crédit, mais bien celle de la validité de l'extourne.
Il faut donc s'interroger sur le sens et la portée juridique de l'extourne.
b) Il convient tout d'abord d'observer que les parties avaient conclu un contrat de compte courant (sur cette figure juridique: cf. <ref-ruling>; Engel, Traité des obligations en droit suisse, 2ème éd., p. 773 s.). Dans un compte courant, les prétentions et contre-prétentions portées en compte s'éteignent par compensation et une nouvelle créance prend naissance à concurrence du solde (cf. <ref-ruling> consid. 2a et 2c; arrêt du 23 décembre 1993 publié in SJ 1994 p. 269 ss, consid. 4a/bb). Il y a novation lorsque le solde du compte a été arrêté et reconnu (<ref-law>). Les parties peuvent convenir d'une reconnaissance tacite (cf.
Daniel Guggenheim, Die Verträge der schweizerischen Bankpraxis, p. 228 s.). La novation suppose cependant une cause valable (<ref-ruling> consid. 3a; arrêt du 23 décembre 1993 précité, ibidem). Il n'est donc pas a priori exclu de démontrer que le solde reconnu est faux (<ref-ruling> consid. 3a; Laurent Etter, Le contrat de compte courant, thèse Lausanne 1994, p. 219). Il est cependant admis que la reconnaissance du solde vaut renonciation à invoquer les exceptions et objections connues (<ref-ruling> consid. 3a; Guggenheim, op. cit. , p. 230).
c) Les parties ne se sont pas bornées à conclure un contrat de compte courant; elles ont aussi adopté l'art. 7 des conditions générales de la défenderesse.
Cette clause contractuelle prévoit qu'il incombe au client, en cas de désaccord, de réagir immédiatement à l'égard de toute communication de la banque (et non pas seulement lorsqu'il s'agit d'établir un solde de compte). Certes, cette clause générale ne fixe pas un délai précis pour réagir, mais elle prévoit en revanche clairement, pour ce qui est des relevés de compte périodiques, que les contestations doivent être présentées dans le délai d'un mois. Cette exigence d'une réclamation dans un certain délai n'est pas sans rappeler l'<ref-law>. On peut donc se demander si l'on ne se trouve pas en présence d'une clause instituant une péremption conventionnelle.
La jurisprudence a d'ailleurs reconnu, au sujet de ce même art. 7 des conditions générales, que la défenderesse avait un intérêt légitime à connaître rapidement les postes contestés (arrêt du 7 décembre 1984 publié in SJ 1985 p. 246 ss consid. 2).
Il n'est toutefois pas nécessaire d'approfondir la question sous cet angle.
d) En envoyant l'avis d'extourne, la recourante a manifesté sa volonté d'annuler les effets de l'avis de crédit.
Cet avis doit s'interpréter comme une offre de convenir que l'avis de crédit est sans effet. En n'émettant ni opposition ni réserves dans le délai contractuel et en entreprenant les démarches décrites en détail dans le jugement de première instance, l'intimée, choisissant de ne pas s'en prendre à la banque, a accepté l'extourne par acte concluant.
Un contrat a donc été conclu sur un objet qui était indiscutablement à la libre disposition des parties. En présence d'une situation exceptionnelle et complexe, alors que la défenderesse contestait s'être engagée valablement, les parties sont convenues d'admettre qu'il n'y avait pas dette. La qualification juridique de ce contrat, qui relève de la liberté contractuelle, peut paraître délicate puisqu'il présente tout à la fois les aspects de la remise d'une dette éventuelle et ceux d'une transaction; la doctrine connaît cette figure sous la dénomination de contrat de reconnaissance de dette négative (von Tuhr/Escher, Allgemeiner Teil des Schweizerischen Obligationenrechts, vol. II, p. 179; Gonzenbach, Commentaire bâlois, 2ème éd., n. 3 ad <ref-law>; Aepli, Commentaire zurichois, n. 22 ad <ref-law>). Ainsi, il a été conclu une convention qui lie l'intimée. Dans un tel contrat, les possibilités d'invoquer une erreur sont très restreintes (von Tuhr/Escher, op. cit. , ibidem).
e) Il reste à vérifier si ce contrat n'est pas affecté d'un vice du consentement (<ref-law>).
Il résulte des constatations cantonales que l'intimée a connu immédiatement l'ensemble des faits de façon véridique; la défenderesse lui a aussi exposé sans retard sa position juridique. La demanderesse disposait donc de tous les éléments de fait nécessaires pour se déterminer et il lui appartenait d'examiner de manière critique l'argumentation juridique de son cocontractant. Il est évident que l'intimée devait prendre en considération les possibilités d'obtenir satisfaction par une autre voie, dans le souci de maintenir de bonnes relations avec sa banque et de se prémunir contre les risques liés à toute procédure judiciaire. L'intimée soutient qu'elle n'a pas pensé, pendant environ six ans, à l'argumentation juridique soutenue actuellement par son avocat.
Dans le contexte de cette affaire, on peut parfaitement imaginer que la demanderesse, souhaitant garder de bonnes relations avec la défenderesse, ait trouvé inéquitable, dans ces circonstances exceptionnelles, que celle-ci doive supporter la perte et qu'elle ait préféré s'adresser à un autre protagoniste de cette affaire, d'autant que ce procédé pouvait lui apparaître plus efficace. On voit donc que la qualité de l'argumentation juridique n'était que l'un des paramètres à prendre en compte; partant, il ne s'agissait pas d'un élément nécessaire et, s'il y a eu erreur, il faut considérer qu'il ne s'agit que d'une erreur sur les motifs (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3).
Il y a ensuite lieu de rechercher si l'intimée a conclu sous l'effet d'un dol (<ref-law>).
Il n'est cependant pas établi que l'un ou l'autre des auxiliaires de la banque ait eu l'intention de tromper la demanderesse ou qu'ils aient donné sciemment des renseignements faux sur les faits. Le seul reproche qu'on leur adresse concerne leur argumentation juridique, qui n'est pas celle que la cour cantonale a retenue.
On rejoint ici un autre argument invoqué, à savoir que la banque serait de mauvaise foi, parce qu'elle aurait malicieusement dissuadé l'intimée d'agir contre elle.
L'autorité cantonale admet elle-même que le résultat aurait été différent si la banque avait assorti son avis de crédit d'une condition, par exemple "sauf encaissement" ou "sous réserve de bonne fin". Elle ajoute cependant qu'il existe des situations, notamment pour l'encaissement des effets de change, où cette condition est implicite. Cette opinion est conforme à la doctrine (Etter, op. cit. , p. 135/136). Dans le cas d'espèce, la défenderesse avait accepté, dans l'intérêt de sa cliente, d'inscrire rapidement les virements en compte, pour qu'ils portent intérêt, sans attendre une communication interne de X._ à New York. On peut se demander si, dans de telles circonstances, la clause "sauf bonne fin" n'était pas implicite. Il ne s'agit pas ici de trancher la question, mais il faut constater que la situation était suffisamment complexe pour que la banque puisse soutenir de bonne foi la position juridique qui a été la sienne. Que le juge de première instance lui ait donné gain de cause confirme d'ailleurs que la situation n'était pas évidente. En conséquence, on ne saurait dire que la défenderesse, par la position qu'elle a adoptée sur le plan du droit, a agi de mauvaise foi ou fait preuve d'une intention dolosive.
Ayant accepté l'extourne par acte concluant, l'intimée se trouve liée par cet accord, de sorte que sa demande doit être rejetée.
Dans ces conditions, il est superflu d'examiner l'autre grief soulevé par la recourante. Enfin, pour répondre à un argument de l'intimée, il convient de rappeler que, dans le rapport entre l'assigné et l'assignataire, l'assigné n'est pas garant de l'exactitude de ses opinions juridiques; dans une assignation bancaire, la banque assignée ne joue pas le rôle de conseiller de son client.
3.- Le recours est admis, l'arrêt déféré est annulé et la demanderesse est déboutée de toutes ses conclusions.
Les frais et dépens de la procédure fédérale doivent être mis à la charge de l'intimée qui succombe (art. 156 al. 1 et 159 al. 1 OJ). La cause sera renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Admet le recours et annule l'arrêt attaqué;
2. Déboute la demanderesse de toutes ses conclusions;
3. Met un émolument judiciaire de 18 000 fr. à la charge de l'intimée;
4. Dit que l'intimée versera à la recourante une indemnité de 20 000 fr. à titre de dépens;
5. Renvoie la cause à la cour cantonale pour statuer sur les frais et dépens de la procédure devant les juridictions cantonales;
6. Communique le présent arrêt en copie aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice genevoise.
_
Lausanne, le 12 février 2001 ECH
Au nom de la Ie Cour civile
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président, Le Greffier,