Sachverhalt:
A.a X._ (Beschwerdeführerin) ist die Rechtsanwältin von Z._, die sie in einem Kindesschutzverfahren vor dem Bezirksamt Brugg vertrat, nachdem die zuständige Vormundschaftsbehörde am 1. August 2007 den Entzug der Obhut über den Sohn Y._ verfügt hatte. Am 10. Dezember 2007 wies das Bezirksamt Brugg als erstinstanzliche vormundschaftliche Aufsichtsbehörde die von Z._ gegen den Entscheid vom 1. August 2007 geführte Beschwerde ab, hiess aber das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gut, setzte die Beschwerdeführerin als unentgeltliche Rechtsvertreterin ein und sprach dieser für dieses erstinstanzliche Beschwerdeverfahren eine Entschädigung von Fr. 5'732.25 (davon Fr. 5'115.-- Honorar zzgl. Auslagen und MwSt) zu.
A.b Gegen diesen Entscheid erhob die Beschwerdeführerin namens der Z._ Beschwerde bei der Kammer für Vormundschaftswesen als zweitinstanzliche vormundschaftliche Aufsichtsbehörde des Obergerichts des Kantons Aargau. Sie verlangte die Rückübertragung der Obhut an die Mutter sowie die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung auch für das oberinstanzliche Beschwerdeverfahren. Am 25. April 2008 wies die Kammer für Vormundschaftswesen die Beschwerde ab. Zudem hob sie von Amtes wegen den vorinstanzlichen Entscheid betreffend die Parteientschädigung von Fr. 5'732.25 auf (Dispositiv Ziff. 2) und reduzierte diese auf Fr. 1'538.15 (Fr. 1'210.-- Honorar zzgl. Auslagen und MwSt). Schliesslich gewährte die Kammer für Vormundschaftswesen auch für das oberinstanzliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung (Dispositiv Ziff. 5) und sprach der Beschwerdeführerin eine Entschädigung für das oberinstanzliche Verfahren von Fr. 964.10 (Fr. 605.-- Honorar zzgl. Auslagen und MwSt) zu.
A.c Gegen diesen Entscheid erhob die Beschwerdeführerin im Entschädigungspunkt subsidiäre Verfassungsbeschwerde mit den Anträgen, die Reduktion der Entschädigung für das erstinstanzliche Beschwerdeverfahren sei ersatzlos aufzuheben und die oberinstanzliche Entschädigung auf Fr. 4'245.90 festzusetzen. Mit Urteil 5D_88/2008 vom 14. August 2008 hiess das Bundesgericht die Beschwerde gut, hob die Ziffern 2 und 5 des Entscheids der Kammer für Vormundschaftswesen vom 25. April 2008 auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung an diese zurück. Zur Begründung führte es an, die Kammer habe sich nicht oder zumindest nicht in vertretbarer Weise mit den Voraussetzungen der reformatio in peius auseinandergesetzt; die Annahme, bei jeder unangemessenen Kostenentscheidung erforderten wichtige öffentliche Interessen ein Eingreifen von Amtes wegen, sei in dieser allgemeinen Weise unhaltbar. Sodann sei der Entscheid auch deshalb aufzuheben, weil die pauschale Abgeltung der anwaltlichen Leistungen für das erstinstanzliche Beschwerdeverfahren mit Fr. 1'210.-- in einem offensichtlichen Missverhältnis zur geleisteten notwendigen Arbeit stehe und sich deshalb als willkürlich erweise. Entsprechend war auch die Entschädigung für das obergerichtliche Verfahren, welche in Abhängigkeit des erstinstanzlichen Verfahrens festgesetzt worden war, aufzuheben.
B. Mit Entscheid vom 18. November 2008 begründete die Kammer für Vormundschaftswesen nunmehr die Anwendbarkeit von § 26 VRPG (in der damals noch gültigen Fassung; heute § 37 VRPG) und setzte die Entschädigung für das erstinstanzliche Beschwerdeverfahren auf Fr. 2'818.60 (davon Fr. 2'400.-- als Honorar) und für das obergerichtliche Verfahren auf Fr. 1'717.30 (davon Fr. 1'500.-- als Honorar) fest.
C. Gegen diesen Entscheid hat die Beschwerdeführerin subsidiäre Verfassungsbeschwerde erhoben mit den Anträgen, die Reduktion der Entschädigung für das erstinstanzliche Beschwerdeverfahren sei ersatzlos aufzuheben und die oberinstanzliche Entschädigung auf Fr. 4'245.90 festzusetzen, eventuell sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurück zu weisen.
Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid auf dem Gebiet des Kindesschutzes, der gemäss Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 7 i.V.m. <ref-law> grundsätzlich der Beschwerde in Zivilsachen unterliegt. Da ausschliesslich der Entschädigungspunkt angefochten wird, dieser den gemäss <ref-law> verlangten Streitwert nicht erreicht und auch - zu Recht - nicht behauptet wird, es stelle sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (<ref-law>), ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gemäss <ref-law> gegeben. Zur Verfassungsbeschwerde berechtigt ist, wer am kantonalen Verfahren teilgenommen und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (<ref-law>). Der amtlich bestellte Rechtsanwalt wird für seine Bemühungen direkt vom Staat entschädigt und ist insbesondere nicht befugt, sich von der durch ihn verbeiständeten Partei eine zusätzliche Entschädigung auszahlen zu lassen (<ref-ruling> E. 3b S. 325). Somit hat die Beschwerdeführerin ein eigenes rechtlich geschütztes Interesse an der Abänderung des obergerichtlichen Entscheids im Entschädigungspunkt. Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten.
1.2 Mit der Verfassungsbeschwerde kann die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Nach der gemäss <ref-law> auch für dieses Verfahren geltenden Bestimmung von <ref-law> prüft das Bundesgericht die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist. Das bedeutet, dass - entsprechend den altrechtlichen Begründungsanforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG - klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 6 S. 397).
Eine willkürliche Anwendung kantonalen Rechts liegt indessen nicht schon dann vor, wenn der angefochtene Entscheid unrichtig ist oder wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erscheint, sondern erst dann, wenn der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 3.1 S. 153 mit Hinweisen; s. auch Urteil 4A_11/2008 vom 22. Mai 2008).
1.3 Die vom Bezirksamt Brugg als erste Beschwerdeinstanz festgesetzte Parteientschädigung von Fr. 5'732.25 wurde von keiner Seite angefochten, so dass sie grundsätzlich in Rechtskraft erwuchs. Allerdings können gemäss § 26 VRPG/AG (in der bis 31. Dezember 2008 gültigen Fassung) Verfügungen und Entscheide "die der Rechtslage oder den sachlichen Erfordernissen nicht entsprechen, (...) durch die erlassende Behörde oder die Aufsichtsbehörde abgeändert oder aufgehoben werden, wenn wichtige öffentliche Interessen es erfordern". Der Widerruf setzt zunächst voraus, dass die aufzuhebende Verfügung der Rechtslage nicht entspricht, d.h. rechtswidrig ist, wozu auch ein unangemessener Entscheid zählt. Sodann hängt er von einer Interessenabwägung ab. Die aargauische Praxis legt diese Umschreibung so aus, dass die öffentlichen (und privaten) Interessen an der Durchsetzung des objektiven Rechts gegen das private (und öffentliche) Interesse an der Rechtssicherheit und am Fortbestand der bisherigen Ordnung im konkreten Fall (Vertrauensschutz) abzuwägen sind (AGVE 2006, S. 357). Diese Grundsätze hat der aargauische Gesetzgeber im Übrigen im Rahmen des total revidierten, am 1. Januar 2009 in Kraft getretenen VRPG in § 37 VRPG/AG aufgenommen, indem für die Abänderung von Verfügungen oder Entscheide verlangt wird, dass "das Interesse an der richtigen Rechtsanwendung die Interessen der Rechtssicherheit und des Vertrauensschutzes überwiegt."
1.3 Die vom Bezirksamt Brugg als erste Beschwerdeinstanz festgesetzte Parteientschädigung von Fr. 5'732.25 wurde von keiner Seite angefochten, so dass sie grundsätzlich in Rechtskraft erwuchs. Allerdings können gemäss § 26 VRPG/AG (in der bis 31. Dezember 2008 gültigen Fassung) Verfügungen und Entscheide "die der Rechtslage oder den sachlichen Erfordernissen nicht entsprechen, (...) durch die erlassende Behörde oder die Aufsichtsbehörde abgeändert oder aufgehoben werden, wenn wichtige öffentliche Interessen es erfordern". Der Widerruf setzt zunächst voraus, dass die aufzuhebende Verfügung der Rechtslage nicht entspricht, d.h. rechtswidrig ist, wozu auch ein unangemessener Entscheid zählt. Sodann hängt er von einer Interessenabwägung ab. Die aargauische Praxis legt diese Umschreibung so aus, dass die öffentlichen (und privaten) Interessen an der Durchsetzung des objektiven Rechts gegen das private (und öffentliche) Interesse an der Rechtssicherheit und am Fortbestand der bisherigen Ordnung im konkreten Fall (Vertrauensschutz) abzuwägen sind (AGVE 2006, S. 357). Diese Grundsätze hat der aargauische Gesetzgeber im Übrigen im Rahmen des total revidierten, am 1. Januar 2009 in Kraft getretenen VRPG in § 37 VRPG/AG aufgenommen, indem für die Abänderung von Verfügungen oder Entscheide verlangt wird, dass "das Interesse an der richtigen Rechtsanwendung die Interessen der Rechtssicherheit und des Vertrauensschutzes überwiegt."
1.4 1.4.1 Die Beschwerdeführerin trägt als Erstes vor, nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung könne eine formell rechtskräftige Verwaltungsverfügung nicht ohne weiteres aufgehoben werden, wenn sie dem öffentlichen Interesse und geltendem Recht nicht oder nicht mehr entspreche. Vielmehr seien die für und gegen einen Widerruf stehenden Interessen gegeneinander abzuwägen. Sie beruft sich dabei insbesondere auf <ref-ruling> ff. und 299 ff. Die Vorinstanz habe weder eine Prüfung noch insbesondere eine Abwägung der Interessen vorgenommen bzw. die angeführten Grundsätze der Interessenabwägung in nicht nachvollziehbarer Weise und damit offensichtlich willkürlich angewendet.
1.4.2 Das Obergericht hat - zusammengefasst - ausgeführt, die Kosten der unentgeltlichen Rechtsvertretung trage der Staat, im Verfahren vor dem Bezirksgericht der Kanton. Entrichte das Bezirksamt eine unangemessen hohe Entschädigung, habe keiner der Beteiligten, weder die in das Verfahren involvierte Vormundschaftsbehörde, noch die Beschwerdeführerin, noch die unentgeltliche Rechtsvertreterin ein Interesse daran, sich dagegen zu wehren. Es könne daher davon ausgegangen werden, dass eine solche unangemessen hohe Entschädigung nie angefochten werde und sich die Kammer für Vormundschaftswesen als Beschwerdeinstanz oder eine andere Beschwerdeinstanz nie damit befassen könne. Nun sei es aber offensichtlich, dass ein öffentliches Interesse daran bestehe, unangemessen hohe Entschädigungen zu korrigieren, bedeuteten diese doch eine in der Sache nicht gerechtfertigte Bereicherung der unentgeltlichen Rechtsvertreterin zu Lasten der öffentlichen Finanzen. Dieses öffentliche Interesse bestehe umso mehr, als es in der Regel bei einer unangemessen hohen Parteientschädigung, sofern sie nicht korrigiert werde, nicht sein Bewenden habe, sondern sich eine Praxis von systematisch überhöhten Parteientschädigungen herauszubilden drohe, welche den öffentlichen Finanzen ernsthaft Schaden könne. Falls eine Kostenentscheidung zu Lasten des Staates erheblich von dem abweiche, was noch als angemessen bezeichnet werden könne, würden wichtige öffentliche Interessen ein Einschreiten der Aufsichtsbehörde gebieten.
1.4.3 Die Beschwerdeführerin setzt sich mit dieser Erwägung nicht auseinander, und es kann offen gelassen werden, ob die Begründungsanforderungen erfüllt sind (E. 1.2 hiervor), denn die Vorbringen sind nicht stichhaltig.
In dem von der Beschwerdeführerin angeführten <ref-ruling> ff. hat das Bundesgericht den Widerruf einer gewässerschutzpolizeilichen Bewilligung geschützt, weil das öffentliche Interesse dies verlangte und allfällige Rechtsschutzinteressen des Bewilligungsempfängers überwogen; in <ref-ruling> ff. wurde dagegen der Widerruf einer Bewilligung als unzulässig erklärt. Die Vorinstanz hat die Herabsetzung der Entschädigung mit dem Hinweis auf das öffentliche Interesse, unangemessen hohe Honorare zu korrigieren, begründet. Ihr Vorwurf, die Beschwerdeführerin habe sich bereichert, ist jedoch nicht haltbar, denn diese hat ihren Aufwand belegt; eine andere Frage ist, ob ihre Bemühungen im Rahmen des Üblichen lagen (dazu nachfolgend E. 2.3.1 ff.). Unzutreffend ist auch das Argument im angefochtenen Entscheid, es habe keine Partei ein Interesse, sich gegen eine unangemessen hohe Parteieentschädigung zu wehren, denn das Bundesgericht hat befunden, die letztlich kostenbelastete Partei könne gegen eine überhöhte Entschädigung ihres amtlichen Anwaltes opponieren (<ref-ruling> E.2.3 S. 67).
Das Bundesgericht hat in <ref-ruling> E. 2b/bb S. 51 darauf hingewiesen, es sei nicht Aufgabe der unentgeltlichen Rechtspflege, zu Lasten des Staates eine unverhältnismässig teure und aufwändige Vertretung zu ermöglichen, weshalb es gerechtfertigt sei, bei der Entschädigung des unentgeltlichen Rechtsbeistands einen tieferen Honoraransatz als beim privat bestellten Vertreter anzuwenden. Nach Michael Merker muss die vorinstanzliche Rechtsanwendung qualifiziert falsch sein, damit eine reformatio in peius zulässig ist, und blosse Unangemessenheit reicht in der Regel nicht aus (Rechtsmittel, Klage und Normenkontrollverfahren nach dem aargauischen Gesetz über die Verwaltungsrechtspflege [VRPG], Diss. Zürich 1998, N.18/19 zu § 43 VRPG, S. 206 f). Diese Formulierung entspreche im Wesentlichen den Voraussetzungen für ein aufsichtsrechtliches Einschreiten; dies sei vernünftig, da der (notwendige) aufsichtsrechtliche Eingriff in eine Verfügung ohnehin das Verbot der reformatio in peius begrenze. Gemäss dem angefochtenen Entscheid liegt die vom Bezirksamt zugesprochene Entschädigung um mehr als das Doppelte über dem, was als angemessen betrachtet werden könne (dazu nachfolgend E. 2.3.1 ff.). Die Auffassung des Obergerichts, es habe die vom Bezirksamt Brugg zugesprochene Entschädigung herabsetzen dürfen, weil diese rechtswidrig ist Sinne von <ref-law>/AG sei, hält demnach mit Hinweis auf die Belastung der öffentlichen Finanzen vor der Verfassung gerade noch Stand.
2. Damit bleibt zu prüfen, ob die pauschale Abgeltung der anwaltlichen Leistungen der Beschwerdeführerin - wie behauptet - in einem offensichtlichen Missverhältnis zur geleisteten notwendigen Arbeit steht und sich deshalb als willkürlich erweist.
2.1 Gemäss <ref-law> hat jede Person, die nicht über die erforderlichen Mittel verfügt, Anspruch auf unentgeltliche Rechtspflege, wenn ihr Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint. Soweit es zur Wahrung ihrer Rechte notwendig ist, hat sie ausserdem Anspruch auf unentgeltlichen Rechtsbeistand. Im vorliegenden Fall ist unbestritten, dass die Voraussetzungen für die Bestellung eines unentgeltlichen Rechtsbeistands erfüllt sind. Umstritten ist ausschliesslich die Höhe der Entschädigung.
2.2 Das Bundesrecht enthält keine Vorschriften über die Höhe der Parteikosten. Auch die nähere Regelung der im Rahmen der unentgeltlichen Rechtspflege tätigen Anwälte, einschliesslich deren Entschädigung, ist Sache des kantonalen Rechts (<ref-ruling> E. 7.2 S. 205 f.). Als Rügegrund im subsidiären Verfassungsbeschwerdeverfahren kommt ausschliesslich die Verletzung verfassungsmässiger Rechte in Betracht (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung von <ref-law>, weil die Vorinstanz das kantonale Recht, nämlich § 3 Abs. 1 lit. b, § 6 und § 8 Anwaltstarif (AnwT AG) willkürlich angewendet habe, und sie rügt eine Verletzung von Art. 29 Abs. 2 und 3 BV, weil die Entschädigung für das Verfahren vor der Vorinstanz unhaltbar tief festgesetzt worden und diese ihrer Begründungspflicht als Ausfluss des rechtlichen Gehörs nicht nachgekommen sei.
2.3 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung kommt den Kantonen bei der Bemessung des anwaltlichen Honorars ein weites Ermessen zu. Das Bundesgericht kann folglich nur eingreifen, wenn die kantonalen Bestimmungen, welche den Umfang der Entschädigung umschreiben, in Verletzung von <ref-law> willkürlich angewendet werden oder die kantonalen Behörden ihr Ermessen überschreiten oder missbrauchen (<ref-ruling> E. 3a). Darüber hinaus kann die Festsetzung eines Honorars aufgehoben werden, wenn sie ausserhalb jedes vernünftigen Verhältnisses zu der vom Anwalt geleisteten Arbeit steht und in krasser Weise gegen das Gerechtigkeitsgefühl verstösst (<ref-ruling> E. 2b). Bei der Beurteilung einer konkreten Honorarfestsetzung ist auf die Umstände des Einzelfalles abzustellen, mithin insbesondere auf die Bedeutung und Schwierigkeit der Sache sowie auf die damit für den Anwalt verbundene Verantwortung und die von ihm in gebotener Weise aufgewendete Zeit (<ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 3a).
2.3.1 Im angefochtenen Entscheid wird ausgeführt, die Entschädigung im vormundschaftlichen Verfahren liege grundsätzlich je nach Bedeutung und Schwierigkeit des Falles zwischen Fr. 1'210.-- und Fr. 14'740.-- (§ 3 Abs.1 lit. b AnwT für nicht vermögensrechtliche Streitigkeiten), wobei in §§ 6 ff. AnwT Zu- und Abschläge von dieser Grundentschädigung vorgesehen seien. Die Entschädigung bemesse sich nicht nach Stundenaufwand (im Gegensatz zur Entschädigung in Strafsachen: § 9 AnwT). Sie müsse jedoch in einem vernünftigen Verhältnis zu der vom Anwalt geleisteten notwendigen Arbeit stehen (E. 3.3 des bundesgerichtlichen Rückweisungsentscheides vom 14. August 2008).
Im vorliegenden Fall, bei einer Beschwerde gegen einen Obhutsentzug, erscheine in Anbetracht des dadurch entstehenden Aufwandes eine Grundentschädigung von Fr. 2'000.-- als angemessen. Durch diese Grundentschädigung seien gemäss § 6 Abs. 1 AnwT abgegolten: Instruktion, Aktenstudium, rechtliche Abklärungen, Korrespondenz und Telefongespräche sowie eine Rechtsschrift und die Teilnahme an einer behördlichen Verhandlung. Im bezirksamtlichen Verfahren habe keine Verhandlung stattgefunden, sodass sich ein Abzug vom Grundbetrag von 10 % rechtfertige. Erfordere ein Verfahren ausserordentliche Aufwendungen eines Anwaltes, könne die Entschädigung bis zu 50 % erhöht werden (§ 7 Abs. 1 AnwT). In casu habe das Verfahren vor Bezirksamt das Studium relativ umfangreicher Akten erfordert, sodass sich ein Zuschlag von 10 % auf die Grundentschädigung rechtfertige. Im Übrigen erhöhe sich die Grundentschädigung für zusätzliche Rechtsschriften gemäss § 6 Abs. 3 AnwT um je 5 - 30 %. Im vorliegenden Fall habe das Bezirksamt der Beschwerdeführerin Gelegenheit zu einer weiteren Stellungnahme neben der Beschwerdeschrift eingeräumt. Der zusätzliche Aufwand für diese Stellungnahme rechtfertige einen Zuschlag von 20 %. Insgesamt ergäben sich damit 10 % Abschlag und 30 % Zuschlag auf der Grundentschädigung von Fr. 2'000.--, sodass ein Honorar von Fr. 2'400.-- resultiere, was zuzüglich Auslagen von Fr. 219.50 und MwSt von Fr. 199.10 eine angemessene Entschädigung von Fr. 2'818.60 zeitige. Die vom Bezirksamt zugesprochene Entschädigung von Fr. 5'732.25 liege damit um mehr als das Doppelte über dem, was als angemessen bezeichnet werden könne.
Das Obergericht fährt fort, das Bezirksamt habe die geltend gemachte Entschädigung bereits gekürzt, habe aber unberücksichtigt gelassen, dass auch der geltend gemachte Zeitaufwand für die im Beschwerdeverfahren erbrachten Leistungen unverhältnissmässig hoch sei. Aus dem vom Bezirksamt anerkannten Positionen der Kostennote ergebe sich in etwa ein Aufwand von 6 Stunden für Instruktion, von 8 Stunden für das Verfassen der Beschwerde und von 9 Stunden für weitere Leistungen. Dies übersteige den notwendigen Aufwand bei weitem, zumal es sich um einen rechtlich nicht komplexen Fall handle. Auch aus diesem Grund sei eine Korrektur der zugesprochenen Entschädigung angezeigt.
2.3.2 Die Beschwerdeführerin trägt dagegen vor, die Vorinstanz habe den geltend gemachten ausserordentlichen Umständen (umfangreiche Akten, aufwändige Instruktion der kroatischen Beschwerdeführerin etc.) bloss mit einem Zuschlag von 10 % gemäss § 7 AnwT Rechnung getragen, weshalb sie in Willkür verfallen sei, da dieser Zuschlag bei einem Stundenansatz von Fr. 220.-- einem Aufwand von weniger als einer Stunde entspreche. Darauf kann nicht eingetreten werden, denn die Beschwerdeführerin setzt sich mit den Ausführungen im angefochtenen Entscheid zu den Zu- und Abschlägen nicht auseinander und legt nicht dar, weshalb diese höher bzw. tiefer hätten angesetzt werden müssen (E. 1.2 hiervor). Mit dem bloss appellatorischen und unzulässigen Vorbringen, mit einer (willkürfreien) Grundentschädigung von Fr. 3'300.-- und einem Zuschlag von 20 % ergäbe sich bereits eine Entschädigung von Fr. 4'497.15 (inkl. Auslagen und MwSt), lässt sich Willkür nicht begründen. Es ist deshalb im Folgenden nur das vom Obergericht festgesetzte Gesamthonorar von Fr. 2'400.-- für das Verfahren vor dem Bezirksamt auf Angemessenheit zu überprüfen.
2.3.3 Die Beschwerdeführerin wendet weiter ein, die Grundentschädigung für ein Scheidungsverfahren ohne Güterrecht (vgl. AGVE 2001, 27) würde heute mindestens Fr. 3'938.-- (Teuerungsstand Mai 2008) und für den anwaltlichen Kinderbeistand gemäss <ref-law> (vgl. AGVE 2001, 27) mindestens Fr. 2'712.-- (Teuerungsstand Mai 2008) betragen. Im Vergleich dazu beliefe sich die Grundentschädigung für die Vertretung in einem Obhutsfall auf Fr. 3'300.-- (15 x Fr. 220.--). Indem die von der Vorinstanz festgesetzte Grundentschädigung von Fr. 2'000.-- bloss einen Aufwand von rund 9 Stunden statt eines solchen von mindestens 15 Stunden umfasse, sei die Vorinstanz offensichtlich in Willkür verfallen und habe das Gleichbehandlungs- bzw. Differenzierungsgebot von <ref-law> in offensichtlicher Weise verletzt. Indem sie bei einem unbestrittenen Stundenansatz von Fr. 220.-- von einem Aufwand von bloss 9.1 Stunden für den Regelfall ausgegangen sei und die zusätzlichen Aufwendungen per Saldo bloss mit 1.08 Stunden berücksichtigt habe, was zu einem Stundentotal von nicht mehr als 10.9 Stunden führe, sei dies absolut stossend.
Vorab ist anzumerken, dass das Obergericht - wie erwähnt (E. 2.3.1 hervor) - die Entschädigung nicht nach Stundenaufwand festgelegt, sondern diesen nach Ermessen und in Relation zum geltend gemachten Zeiterfordernis bestimmt hat. Die Beschwerdeführerin rügt nicht, § 3 lit. b AnwT sei diesbezüglich willkürlich angewendet worden. Das Bundesgericht hat für Aargauer Pflichtmandate einen Stundenansatz von Fr. 180.-- als verfassungsrechtliches Minimum angesehen (<ref-ruling> E. 8.7 S. 218). Im Urteil 5D_145/2007 vom 5. Februar 2008 hat das Bundesgericht - ebenfalls den Kanton Aargau und einen unentgeltlichen Rechtsbeistand in einem Scheidungsprozess betreffend - betont, dass sich der Stundenansatz von Fr. 180.-- nur auf die Entschädigung des amtlichen Verteidigers in Strafverfahren beziehe (E. 3.3.2, 3.5); und gemäss dem bundesgerichtlichen Urteil 6B_750/2007 vom 14. April 2008 sollte die Entschädigung des unentgeltlichen Rechtsbeistands zwischen 60 % und 85 % des sonst üblichen kantonalen Honorars für privat tätige Anwälte liegen (E. 2.2, 2.3). Die Beschwerdeführerin geht selbst im Regelfall von einem Aufwand von mindestens 15 Stunden aus. Wird bei der von der Vorinstanz angenommenen Entschädigung von Fr. 2'400.-- der für amtliche Pflichtmandate der vom Bundesgericht zugesprochene Stundenansatz von Fr. 180.-- berücksichtigt, so wird dabei ein Stundenaufwand von 13.3 abgedeckt. Dieses Ergebnis ist nicht stossend, denn eine materielle Rechtsverweigerung ist nicht schon dann gegeben, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender erschiene, sondern nur dann, wenn das Ergebnis schlechterdings mit vernünftigen Gründen nicht zu vertreten ist (<ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen; <ref-ruling> E. 3a S. 373).
2.3.4 Im Weiteren rügt die Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe in willkürlicher Art und Weise das Bemessungskriterium der Wichtigkeit, welche das Verfahren für die von einer Kindesschutzmassnahme betroffene Beschwerdeführerin habe, nicht berücksichtigt. Durch die Aufhebung der elterlichen Obhut und die darauf folgende Heimplatzierung sei in casu in äusserst schwerwiegender Art und Weise in das Privat- und Familienleben der Beschwerdeführerin und in dasjenige des Kindes eingegriffen worden. Neben den eigentlichen Beschwerdeentscheiden seien zudem zwei Zwischenentscheide betreffend die aufschiebende Wirkung der Beschwerde getroffen worden, welche wiederum notwendigerweise auf Grund der auf dem Spiel stehenden Grundrechte der Betroffenen eine Auseinandersetzung mit der Argumentation in den Entscheiden, Instruktion, Abklärung und Beratung der Mandantin betreffend der Rechtsmittelwege zur Folge gehabt hätten. Es sei notorisch, dass sich die Beschwerdeführenden durch die Aufhebung der Obhut über ihre Kinder in einem aufgewühlten Gemütszustand befänden und vor allem viel Zeit in Anspruch nähmen.
Von vornherein unbegründet ist der Vorwurf der Verletzung des rechtlichen Gehörs, denn die Beschwerdeführerin hat die Überlegungen der Vorinstanz ohne weiteres sachgerecht anfechten können (<ref-ruling> E.3.3 S. 445). Es kann offen gelassen werden, ob die Einwendungen nicht bloss unzulässige appellatorische Kritik darstellen (dazu <ref-ruling> E. 4.1 S. 589), denn sie gehen fehl. Das Obergericht ist der Meinung, der Aufwand für einen rechtlich nicht komplexen Fall sei zu gross gewesen, und dies ist nicht zu beanstanden. Denn das Verfahren vor den vormundschaftlichen Aufsichtsbehörden betreffend die elterliche Obhut ist ein seiner Natur nach einfaches Verfahren, indem auf Grund der Untersuchungsmaxime der Sachverhalt von Amtes wegen abzuklären ist. Als schwierig erwies sich die Führung des Mandates für die Beschwerdeführerin insbesondere deshalb, weil sich die Mutter gegen jegliche behördliche Erziehungshilfe stellte. Auch wenn in solchen Fällen der unentgeltliche Rechtsbeistand grosse Überzeugungsarbeit zu leisten hat, muss er dennoch kritisch abwägen, welche Vorkehren und Rechtshandlungen im Interesse des Klienten geboten sind (vgl. <ref-ruling> E. 2b/bb S. 51 mit Hinweisen), denn übermässiger oder überflüssiger Aufwand wird nicht entschädigt.
2.3.5 Ferner trägt die Beschwerdeführerin vor, angesichts der detaillierten bezirksamtlichen Korrekturen handle es sich bei der pauschalen Argumentation der Vorinstanz, der Aufwand sei insgesamt übersetzt, ohne dass das Detail beanstandet werde, um eine willkürliche Scheinbegründung, die auch den Anspruch der Unterzeichnenden auf das rechtliche Gehör verletze.
Da gemäss § 3 Abs. 1 lit. b AnwT das Honorar nicht gestützt auf den Stundenaufwand, sondern auf Grund eines Rahmentarifs bestimmt wird, hatte sich das Obergericht nicht mit den einzelnen Aufwandposten der Honorarnote zu befassen. Es hatte gemäss § 2 AnwT lediglich zu prüfen, ob mit der tarifgemässen Entschädigung die im Verfahren notwendigen und entsprechend der Bedeutung der Sache üblichen Leistungen des Anwalts abgegolten werden. Als obere Instanz und Aufsichtsbehörde hatte die Vorinstanz auf Grund ihrer Erfahrung zu untersuchen, ob der vom Bezirksamt akzeptierte und der von der Beschwerdeführerin in Rechnung gestellte Aufwand nach Stunden den Rahmen des Üblichen übertrifft. Der Vorwurf geht demnach fehl.
2.4 Im Verfahren vor der Vorinstanz reichte die Beschwerdeführerin ihr Stundenblatt sowie ihre Kostennote ein, welche ein Honorar von Fr. 4'245.90 (total 17.5 Stunden gemäss Stundenblatt à Fr. 220.--) plus Auslagen und Mehrwertsteuer auswies. Für das oberinstanzliche Beschwerdeverfahren wurde sie mit Fr. 1'717.30 (davon Fr. 1'500.-- Honorar zzgl. Auslagen und MwSt) entschädigt.
Demgegenüber setzte die Vorinstanz gestützt auf § 8 AnwT AG das Honorar für das oberinstanzliche Verfahren in Abhängigkeit zur Höhe desselben für das erstinstanzliche Beschwerdeverfahren fest. Sie erwog, die Beschwerdeführerin habe einen Aufwand geltend gemacht, "der in einem Bereich weit über dem vernünftigerweise Notwendigen liegt." So habe sie im vorliegenden Fall, in dem die Fakten und die Rechtslage aufgrund des erstinstanzlichen Verfahrens bereits bekannt und der rechtlich nicht komplex war, für das Verfassen der Beschwerde einen offensichtlich überhöhten Aufwand von 9 Stunden und 40 Minuten geltend gemacht. Aufgrund des reduzierten notwendigen Aufwandes im Vergleich zum erstinstanzlichen Beschwerdeverfahren rechtfertige es sich, ein Honorar von Fr. 1'500.-- festzulegen.
Ausgehend vom Stundenansatz von Fr. 220.--, den das Bezirksamt eingesetzt hat, billigt die Vorinstanz damit der Beschwerdeführerin ein Honorar zu, das (aufgerundet) 7 Stunden entspricht. Geht man von einem verfassungsrechtlich noch gerade nicht willkürlich tiefen Stundenansatz von Fr. 180.-- aus, sind mit dem zugesprochenen Honorar (abgerundet) 8 Stunden entschädigt. Unter Berücksichtigung des Umstandes, dass im oberinstanzlichen Verfahren der Sachverhalt bekannt war, sich keine in Literatur und Rechtsprechung schwer zugänglichen Probleme stellten, der Aufwand für die Abfassung der Beschwerdeschrift (einschliesslich Rechts- und Literaturstudium) mit fast 11 Stunden massiv übersetzt erscheint, das der Vorinstanz eingereichte Stundenblatt auch Positionen enthält, die klarerweise mit dem Honorar des erstinstanzlichen Beschwerdeverfahren abgegolten sind (Urteilsbesprechung/Instruktion) und schliesslich die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenüglich begründet, inwiefern die relativ zahlreichen Klienten- und sonstigen Kontakte nach der Beschwerdeeinreichung überhaupt noch notwendig bzw. geboten waren, hält das von der Vorinstanz zugesprochene Honorar unter Berücksichtigung des weiten Ermessens, das den kantonalen Behörden bei der Honorarfestsetzung zusteht, gerade noch vor der Verfassung Stand.
3. Nach dem Gesagten ist die Verfassungsbeschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Die Beschwerdeführerin wird damit kostenpflichtig (<ref-law>).

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Kammer für Vormundschaftswesen als zweitinstanzliche vormundschaftliche Aufsichtsbehörde, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 13. Februar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Schett