Fatti:
A.
L'8 agosto 2013 il Servizio specializzato per i controlli di sicurezza relativi alle persone, nel quadro di una procedura di reclutamento nell'Esercito svizzero per una persona soggetta all'obbligo di leva, ha emanato nei confronti di A._ una dichiarazione di rischio, concludendo che esiste un impedimento per la cessione dell'arma personale a norma dell'art. 113 cpv. 1 lett. d LM e ha consigliato alle autorità militari di non cedergli l'arma personale.
B.
Adito da A._, il Tribunale amministrativo federale, Corte I, per giudizio del 12 maggio 2014, ne ha accolto il ricorso ed ha annullato la decisione amministrativa.
C.
Il Servizio specializzato per i controlli di sicurezza relativi alle persone è insorto con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo che la pronuncia di primo grado sia annullata e che la dichiarazione di rischio sia confermata. In via subordinata postula il rinvio al Tribunale amministrativo federale per nuovo giudizio.
A._ chiede innanzitutto di dichiarare il ricorso inammissibile, in subordine di respingerlo. Il Tribunale amministrativo federale, nell'ipotesi in cui dovesse essere ammissibile, chiede la reiezione del ricorso.

Diritto:
1.
1.1. Il Tribunale federale esamina liberamente, con piena cognizione e senza essere vincolato dalle motivazioni delle parti, l'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-ruling> consid. 1 pag. 92; <ref-ruling> consid. 1 pag. 44). Giova tuttavia ricordare che, nella misura in cui non sono immediatamente ravvisabili, il ricorrente deve dimostrare la sussistenza dei presupposti per riconoscere la sua legittimazione ricorsuale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3 pag. 88; <ref-ruling> consid. 4 pag. 47; <ref-ruling> consid. 2.2.3 pag. 48).
1.2. L'opponente ritiene nelle proprie osservazioni che il ricorrente non sia legittimato a ricorrere, poiché nessuna legge federale lo autorizza esplicitamente al riguardo. Il ricorrente, senza peraltro replicare all'opponente, si è limitato a fondare la sua legittimazione sull'art. 89 cpv. 1 e 2 lett. a LTF combinato con l'art. 21 cpv. 1 della legge federale sulle misure per la salvaguardia della sicurezza interna (LMSI; RS 120).
2.
2.1. A norma dell'<ref-law> ha diritto di interporre ricorso in materia di diritto pubblico chiunque ha partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore o è stato privato della possibilità di farlo (lett. a), è particolarmente toccato dalla decisione o dall'atto normativo impugnati (lett. b), e ha un interesse degno di protezione all'annullamento o alla modifica degli stessi (lett. c).
2.2. La clausola generale dell'<ref-law> si indirizza in primo luogo ai privati, tuttavia una corporazione di diritto pubblico può fondare la propria legittimazione, quando impugna una decisione che la colpisce analogamente a un privato oppure quando è toccata in maniera qualificata nei suoi interessi di pubblico imperio degni di protezione (<ref-ruling> consid. 2.1.1 pag. 323; <ref-ruling> consid. 1.3.1 pag. 149). Per fondare la legittimazione non è sufficiente la circostanza che l'amministrazione fosse soccombente dinanzi all'autorità giudiziaria precedente (DTF <ref-ruling> consid. 2.2.1 pag. 47 con riferimenti). Inoltre, va ricordato che un'autorità presa singolarmente o una divisione dell'amministrazione senza personalità giuridica, quand'anche abbia reso la decisione amministrativa e sia all'origine della procedura (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 109; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 159), non può prevalersi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 108; <ref-ruling> consid. 2.2.3 pag. 48).
3.
3.1. Il ricorrente è l'autorità incaricata per i controlli di sicurezza relativi alle persone in seno al Dipartimento federale della difesa, della protezione della popolazione e dello sport (servizio specializzato CSP DDPS) ed esegue i controlli di sicurezza secondo gli articoli 10, 11 e 12 capoverso 1 dell'ordinanza sui controlli di sicurezza relativi alle persone (OCSP; RS 120.4) in collaborazione con gli organi di sicurezza della Confederazione e dei Cantoni (<ref-law>). Esso è aggregato allo Stato maggiore dell'esercito (allegato 1 lett. B numero IV./1./1.4.1 OLOGA; RS 172.010.1), il quale è a sua volta inglobato nell'Aggruppamento Difesa (art. 7 cpv. 1 lett. c e allegato 1 lett. B numero IV./1./1.4 OLOGA) dell'amministrazione centralizzata del DDPS (allegato 1 lett. B numero IV./1. OLOGA). Il ricorso è sottoscritto in sostituzione del Capo dello Stato maggiore dell'esercito.
3.2. Invano il ricorrente, benché sia incaricato di eseguire i controlli di sicurezza, potrebbe fondare la sua legittimazione sull'<ref-law> dal momento che si tratta di una unità dell'amministrazione centrale del DDPS, sprovvisto di ogni personalità giuridica (<ref-ruling> consid. 3.1 pagg. 108 seg.). Il ricorrente si limita a citare la sua competenza decisionale e in maniera generica l'<ref-law>. Sotto questo profilo il ricorrente non può quindi vantare alcun diritto di ricorso al Tribunale federale.
4.
4.1. Secondo l'<ref-law> hanno fra l'altro inoltre diritto di ricorrere la Cancelleria federale, i dipartimenti federali o, in quanto lo preveda il diritto federale, i servizi loro subordinati, se l'atto impugnato può violare la legislazione federale nella sfera dei loro compiti (lett. a) e le persone, le organizzazioni e le autorità legittimate al ricorso in virtù di un'altra legge federale (lett. d).
4.2. L'<ref-law> conferisce per legge il diritto di ricorso al Tribunale federale al dipartimento competente, in concreto al DDPS. I servizi subordinati al Dipartimento per contro sono legittimati a ricorrere nella loro sfera di competenza - ossia in una questione di una certa attualità nell'applicazione del diritto federale (<ref-ruling> consid. 1.2.1 pag. 342) - unicamente se il diritto federale lo prevede. In tale ambito, diversamente dall'art. 89 cpv. 2 lett. d LTF, contrariamente alla tesi sostenuta dall'opponente, una delega per ordinanza è sufficiente (sentenza 2C_805/2013 del 21 marzo 2014 consid. 1.2, non pubblicato in <ref-ruling>; sentenza 2C_153/2013 del 16 agosto 2013 consid. 1.3, non pubblicato in 139 II 460; sentenza 2C_678/2012 del 17 maggio 2013 consid. 1.3).
4.3. Nei loro rispettivi settori di competenza l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (<ref-law>; <ref-ruling>9 consid. 1.3 pag. 431; <ref-law>; sentenza 9C_767/2007 del 24 giugno 2008 consid. 1, non pubblicato in <ref-ruling> consid. 1), l'Ufficio federale di giustizia (art. 25 cpv. 3 e 80h lett. a AIMP; <ref-ruling> consid. 1.3 pag. 215), l'Ufficio federale della migrazione (<ref-law>; RS 172.213.1; 2C_861/2013 dell'11 novembre 2013 consid. 1, non pubblicato in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 203), l'Amministrazione federale delle contribuzioni (<ref-law>; RS 641.201; 2C_153/2013 del 16 agosto 2013 consid. 1.3, non pubblicato in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 2c pag. 329), la Segreteria di Stato dell'economia (<ref-law>; RS 837.0; <ref-ruling> consid. 3.2.3 pag. 109 seg.) e l'Ufficio federale dello sviluppo territoriale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 362) godono di esplicite disposizioni normative, le quali conferiscono loro la facoltà autonoma di ricorso al Tribunale federale.
4.4. Il ricorrente, che peraltro non dimostra la sua legittimazione (consid. 1), non può fondare il suo diritto di ricorso al Tribunale federale su alcuna norma giuridica. La LMSI, la OCSP, l'ordinanza del DDPS sui controlli di sicurezza relativi alle persone (OCSP-DDPS; RS 120.423), ma anche l'ordinanza sull'organizzazione del Dipartimento federale della difesa, della protezione della popolazione e dello sport (OOrg-DDPS; RS 172.214.1) sono del tutto silenti riguardo la legittimazione del ricorrente e si limitano tutt'al più a stabilire la competenza decisionale nell'Amministrazione federale, ciò che non autorizza di per sé, come si è già visto (consid. 2.2), al ricorso (nemmeno nell'eventualità in cui si fosse in presenza di un'autorità di vigilanza: cfr. sentenza 2C_969/2013 del 7 luglio 2008 consid. 5.1.1). A titolo abbondanziale si può soggiungere che la legge militare (LM; RS 510.10) rinvia soltanto alle disposizioni generali dell'organizzazione giudiziaria federale (<ref-law>) e le ordinanze di applicazione non contemplano alcunché. Del resto, nelle precedenti controversie in materia di controllo di sicurezza delle persone presentate dall'amministrazione al Tribunale federale correttamente è sempre stato il DDPS (se del caso per il tramite della sua segreteria generale; <ref-law>) la parte ricorrente (<ref-ruling>; sentenze 8C_500/2013 del 15 gennaio 2014; 2A.65/2004 del 26 giugno 2004; 2A.90/2004 del 1° aprile 2004; 2A.34/2001 del 16 luglio 2001).
4.5. Non presentandosi alcuna norma del diritto federale che conferisce al ricorrente il diritto di ricorso al Tribunale federale, è quindi esclusa anche l'eventualità dell'art. 89 cpv. 2 lett. d LTF.
5.
Ne segue che il ricorso è inammissibile. Il ricorrente può essere dispensato dal pagamento delle spese giudiziarie (<ref-law>). La Confederazione dovrà versare tuttavia un'indennità per ripetibili per la presente sede (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è inammissibile.
2.
Non si prelevano spese giudiziarie.
3.
La Confederazione Svizzera (Servizio specializzato per i controlli di sicurezza relativi alle persone) verserà all'opponente la somma di fr. 2800.- a titolo di ripetibili per la procedura innanzi al Tribunale federale.
4.
Comunicazione alle parti e al Tribunale amministrativo federale, Corte I, nonché per informazione al Dipartimento federale della difesa, della protezione della popolazione e dello sport, Segreteria generale.