Sachverhalt:
A. Der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Zürich sprach X._ am 8. November 2007 der Übertretung der Lärmschutzverordnung der Stadt Zürich (AS 713.310, LSVO) schuldig und verurteilte ihn zu einer Busse von Fr. 200.--. Das Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, wies mit Urteil vom 27. Oktober 2008 die von X._ dagegen erhobene Berufung ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich sei aufzuheben, und er sei von Schuld und Strafe freizusprechen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer stellte als Verantwortlicher der "A._-Kirche" während eines Kongresses in der Zeit vom 4. Mai 2005, ca. 08.00 Uhr, bis 7. Mai 2005, ca. 20.00 Uhr, auf dem Vorplatz des Gebäudes T2, Maag-Areal, Hardstrasse 219, Zürich 5, im Freien zwei Lautsprecher auf und betrieb sie, ohne vorher beim Polizeidepartement die erforderliche Bewilligung eingeholt zu haben. Zudem liess er im Innern dieser Liegenschaft in der Zeit vom 4. Mai 2005, ca. 08.00 Uhr, bis 9. Mai 2005, ca. 22.00 Uhr, verstärkte und laute Musik abspielen.
Die Vorinstanz erachtet diesen Sachverhalt aufgrund der Zugaben des Beschwerdeführers vor Polizei, den Ausführungen des Polizeibeamten B._ als Zeugen sowie der bei den Akten liegenden Fotos als erstellt (angefochtenes Urteil E. 3a S. 6).
2. Der Beschwerdeführer rügt eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts (<ref-law>). Er bestreitet seine Passivlegitimation, weil er für den Bereich Festwirtschaft auf der Aussenfläche nicht verantwortlich gewesen sei. Die Vorinstanz sei in Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" davon ausgegangen, dass die Lautsprecheranlagen beim Kontrollgang des Polizeibeamten in Betrieb gewesen seien. Weiter habe er entgegen der Behauptung der Vorinstanz die Musiklautstärke reduziert. Schliesslich verstosse es gegen Treu und Glauben, dass die Mieter T2 trotz Vereinbarung über die Duldung von verstärkten Lärmimmissionen Strafanzeige erstatteten.
2.1 Die Vorinstanz führt zur Passivlegitimation des Beschwerdeführers aus, auch wenn die Lautsprecher der Beschallung des Aussenraumes bzw. des Vorplatzes gedient hätten, wo sich die Festwirtschaft befand, sei nicht der Betreiber dieser Festwirtschaft für die Beschallung verantwortlich. Die Festwirtschaft sei lediglich ein Teil des gesamten Anlasses gewesen, für dessen Organisation der Beschwerdeführer (mit-) verantwortlich gewesen sei (angefochtenes Urteil E. 3b S. 7). Entgegen der Bestreitung des Beschwerdeführers seien die Lautsprecherboxen in Betrieb gewesen, auch wenn sie auf den Fotos mit einer Schutzhülle versehen gewesen seien. Der kontrollierende Polizeibeamte habe festgestellt, dass aus den Lautsprechern Musik dargeboten worden sei. Es bestehe kein Anlass, an der Richtigkeit dieser eindeutigen Aussage zu zweifeln. Die Schutzhülle lasse sich etwa dadurch erklären, dass die Fotos kurz vor der Inbetriebnahme des Lautsprechers gemacht worden seien. Darauf deute auch hin, dass auf den Fotos keinerlei Personen zu sehen seien (angefochtenes Urteil E. 3c S. 7). Weiter führt die Vorinstanz aus, der Beschwerdeführer habe weder im Vorfeld noch während des betreffenden Anlasses taugliche Vorkehrungen getroffen. Er mache geltend, es habe keine verhältnismässig möglichen Vorkehrungen gegeben, da gemäss dem Akustikexperten eine wirkungsvolle Verbesserung nur durch eine völlige Abkapselung der Halle von der Gebäudehülle möglich sei. Dies sei nicht der Fall, der Beschwerdeführer sei auch aufgefordert worden, die Lautstärke der Musik zu reduzieren. Fehl gehe zudem sein Einwand, er könne nur die Lautstärke im Innern der Eventhalle, nicht jedoch in den Büros beeinflussen. So hätte er die Lautstärke der Musik ohne weiteres reduzieren können. Massgebend sei allein das Ausmass der Immissionen auf die Büros und nicht der Schallpegel innerhalb der Eventhalle (angefochtenes Urteil E. 4 S. 8). Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers seien die Betriebszeiten mit der Vereinbarung vom 2. Juli 2004 nicht verbindlich festgelegt worden, so dass die Mieter mit ihrem Verhalten nicht gegen <ref-law> verstossen würden. Es sei nicht von einer Einwilligung der Mieter in die Störung auszugehen. Selbst bei Annahme einer solchen Einwilligung wäre davon auszugehen, dass die Mieter das Einverständnis widerrufen hätten. Offenbar sei auch der Beschwerdeführer selber nicht von der Verbindlichkeit der Regelung vom 2. Juli 2004 ausgegangen. So habe er in seinem Schreiben an die Stadtpolizei vom 4. April 2005 ausgeführt, er würde sich freuen, die mit den Mietern vereinbarte Betriebszeitenregelung verbindlich festsetzen zu können (angefochtenes Urteil E. 4d S. 8 f.).
2.2 Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde zu begründen. Die Begründung hat in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>).
Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>, <ref-ruling> E. 1.4.2).
Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Abs. 1). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Abs. 2). Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind vergleichbar mit den in <ref-law> genannten Rügen (<ref-ruling> E. 1.4.3 mit Hinweis).
Vorab ist festzuhalten, dass sich der Beschwerdeführer grösstenteils nicht mit den vorinstanzlichen Erwägungen auseinandersetzt, sondern seine Ausführungen wiederholt, welche er anlässlich des Berufungsverfahrens vorgebracht hat. Soweit seine Rügen deshalb den Begründungsanforderungen nicht genügen, ist darauf nicht einzutreten.
2.3 Der Beschwerdeführer bringt betreffend die Passivlegitimation vor, er sei für den Bereich Festwirtschaft auf der Aussenfläche nicht verantwortlich gewesen. Dieser Aussenbereich sei als organisatorische Einheit behandelt worden, wozu auch das Aufstellen der Lautsprecherboxen gehört habe. Dass er fälschlicherweise als Passivlegitimierter angesehen werde, sei eine offensichtlich falsche Feststellung des Sachverhalts.
Diese Vorbringen richten sich gegen die Beweiswürdigung der Vorinstanz. Dieser stellt der Beschwerdeführer seine eigenen Tatsachenbehauptungen gegenüber, ohne zu erörtern, inwiefern der Entscheid (auch) im Ergebnis schlechterdings unhaltbar sein sollte (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 178 mit Hinweisen). Seine Vorbringen erschöpfen sich in einer unzulässigen appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil und genügen folglich den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> nicht (vgl. E. 2.2 hiervor). Darauf ist nicht einzutreten.
2.4 Der Beschwerdeführer führt aus, die Vorinstanz erkläre den Widerspruch zwischen den mit einer Schutzhülle versehenen Boxen und der Wahrnehmung des Polizisten damit, dass die Fotos kurz vor der Inbetriebnahme der Boxen gemacht worden seien. Gegen diese Erklärung bringt er vor, es sei sehr unwahrscheinlich, dass unmittelbar nach Erstellung der Fotos - zu einem Zeitpunkt, als noch keine Leute auf dem Festgelände waren - die Hüllen entfernt worden seien und sofort Musik abgespielt worden sei. Weil somit nicht belegt sei, dass die Boxen in Betrieb gewesen seien, verletze die Vorinstanz den Grundsatz "in dubio pro reo".
Der Beschwerdeführer legt nicht substantiiert dar, inwiefern die Vorinstanz den Grundsatz "in dubio pro reo" verletzt (<ref-law>), weshalb nicht darauf einzutreten ist (vgl. E. 2.2 hiervor).
2.5 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz habe offensichtlich unrichtig festgestellt, dass er die Musik in der Eventhalle nicht reduziert habe. Offensichtlich falsch sei auch die Behauptung, er habe nicht alles Mögliche zur Reduzierung der Lärmimmission unternommen. Der Schall habe sich aufgrund der Konstruktion der Halle in einer nicht beeinflussbaren und auch nicht kontrollierbaren Art und Weise ausgebreitet, und es sei deshalb von der Halle aus nicht abschätzbar, wie laut die Musik in den Räumlichkeiten oberhalb der Halle sei.
Die Vorbringen des Beschwerdeführers erschöpfen sich wiederum in einer appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil. Mangels hinreichender Begründung ist auf seine Sachverhaltsrüge nicht einzutreten (vgl. E. 2.2 hiervor).
2.6 Schliesslich bringt der Beschwerdeführer vor, die Vorinstanz behaupte in abstruser Weise, dass er von der Verbindlichkeit der Vereinbarung vom 2. Juli 2004 "selbst nicht überzeugt gewesen" sei. Sowohl die Mieter T2 als auch der A._ hätten bei der Unterzeichnung der Vereinbarung klaren Rechtsbindungswillen gehabt. Eine Kündigung der Vereinbarung durch die Mieter sei beim A._ nie eingetroffen. Dass die Mieter trotzdem Strafanzeige erstatteten, widerspreche Treu und Glauben (<ref-law>).
Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz gilt mangels hinreichend begründeter Rüge als erstellt (<ref-law>, vgl. E. 2.2 hiervor). Gestützt darauf verletzt die Vorinstanz kein Bundesrecht, wenn sie das Verhalten der Mieter nicht als treuwidrig (<ref-law>) würdigt.
3. Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. März 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Binz