Faits:
A. A._ est propriétaire des parcelles nos ***, *** et *** de la Commune de Y._, son fils B._ de la parcelle no *** sise sur cette même commune. Ces biens-fonds ont une surface respective de **** m2, ***** m2, **** m2 et **** m2. Entre 1987 et 1997, la société Z._ a obtenu, moyennant le versement de redevances annuelles, la constitution d'un droit de superficie en sa faveur sur chacune de ces parcelles en vue d'y construire un centre commercial, un parking ainsi qu'une station-service. Ce droit est d'une durée de 99 ans dès son inscription au registre foncier pour les parcelles nos *** et ***, et de 40 ans dès son inscription au registre foncier pour les parcelles nos *** et ***. Les redevances annuelles, indexées aux variations de l'indice suisse des prix à la consommation, ont été fixées à 14 fr./m2 pour les parcelles nos *** et ***, à 300'000 fr. pour la parcelle no *** et à 250'000 fr. pour la parcelle no ***.
En octobre 1999, les travaux de terrassement entrepris par Z._ pour construire son centre commercial ont révélé que le site, anciennement utilisé comme décharge communale, était pollué par des déchets. Les travaux ont été suspendus, puis repris une fois connues et approuvées par le service cantonal compétent les précautions à respecter et les mesures à mettre en oeuvre pour assainir le site et éviter une pollution (cf. rapport d'expertise du 15 janvier 2000 du bureau d'ingénieurs C._ SA; décision du 20 janvier 2000 du Service cantonal des eaux, sols et assainissement [SESA]). La construction du centre commercial s'est terminée en octobre 2001.
B. Par décision du 13 mars 2007, faisant suite à une première décision du 4 février 2003 annulée sur recours, la Commission d'estimation fiscale des immeubles du district de Lausanne (ci-après citée: la Commission ou la Commission d'estimation) a estimé la valeur fiscale des parcelles nos ***, ***, *** et *** de la Commune de Z._ de la manière suivante:
Parcelles
Nom local
Surface en m2
Estimation en Fr
ancienne nouvelle
***
***
***
***
---
---
---
---
****
*****
****
****
1'395'000
4'788'000
6'000'000
2'018'000
3'056'000
10'252'000
2'121'000
2'522'000
Les nouvelles estimations correspondent, selon le détail des calculs annexé à la décision d'estimation, à la moyenne entre la valeur de rendement des parcelles, fixée en fonction des redevances encaissées, et leur valeur vénale, fixée par l'autorité à 500 fr./m2 pour chacun des biens-fonds. Pour les parcelles nos *** et ***, l'estimation retient comme valeur fiscale déterminante la valeur vénale, car celle-ci est inférieure à la valeur de rendement.
A._ a formé réclamation contre la décision précitée du 13 mars 2007, en contestant la valeur vénale retenue pour l'estimation des parcelles nos *** et ***.
Par décision du 3 juillet 2007, la Commission d'estimation a rejeté la réclamation dont elle était saisie, en exposant que le prix du terrain industriel dans la région de Y._ était élevé en raison d'une forte demande et que le montant de 500 fr./m2 pris en considération à ce titre était "conforme aux prix pratiqués sur le marché pour ce genre d'immeuble"; elle a confirmé l'estimation des valeurs fiscales des parcelles nos ***, ***, *** et *** appartenant à A._ et B._.
C. A._ et B._ ont recouru contre la décision sur réclamation de la Commission d'estimation. Ils ont fait valoir que des "parcelles similaires" aux leurs avaient été vendues "dans le courant 2005-2006" à des prix inférieurs à la valeur vénale retenue dans l'estimation litigieuse, et que celle-ci ne tenait pas compte des importants problèmes de pollution constatés en 1999 qui n'avaient été que partiellement résolus.
La Commission a maintenu son estimation, en relevant que les frais d'assainissement des parcelles avaient été assumés jusqu'ici par le seul superficiaire (soit la société Z._), et que les problèmes résiduels de pollution n'étaient pour l'heure pas d'actualité, mais ne seraient pris en compte qu'ultérieurement, en cas de démolition du centre commercial et d'élévation de nouvelles constructions.
Par arrêt du 30 décembre 2008, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud (ci-après: le Tribunal cantonal) a rejeté le recours et confirmé la décision sur réclamation de la Commission d'estimation.
D. A._ et B._ forment un recours en matière de droit public contre l'arrêt précité du Tribunal cantonal dont ils requièrent à titre principal la réforme, en ce sens que la cause soit renvoyée à la Commission d'estimation pour nouvelle décision; subsidiairement, ils concluent à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause au Tribunal cantonal pour nouvelle décision. Ils se plaignent d'une constatation "lacunaire" des faits et d'abus du pouvoir d'appréciation, et invoquent la violation de l'art. 14 al. 1 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) ainsi que des art. 8 et 9 Cst. Pour l'essentiel, ils soutiennent que le Tribunal cantonal n'a pas tenu compte des problèmes de pollution résiduelle qui affectent leurs biens-fonds et en diminueraient la valeur vénale.
Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer sur le recours et se réfère au dispositif et aux considérants de son arrêt, tandis que la Commission confirme son estimation et renvoie à ses différentes prises de positions ainsi qu'à l'arrêt attaqué.
Par ordonnance du 12 février 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a rejeté la requête d'effet suspensif formée à l'appui du recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 236).
1.1 Le litige a pour objet la valeur fiscale, au titre de l'impôt sur la fortune des personnes physiques, des parcelles nos ***, ***, *** et *** de la Commune de Y._ dont les recourants sont propriétaires. La Commission d'estimation et, à sa suite, le Tribunal cantonal, ont déterminé cette valeur sur la base de la loi vaudoise du 18 décembre 1935 sur l'estimation fiscale des immeubles LEFI; RS/VD 642.21) qui, conformément au renvoi de l'art. 53 al. 1 de loi vaudoise du 4 juillet 2000 sur les impôts directs cantonaux (LI; RS/VD 642.11), institue une procédure spéciale à cet effet.
Il s'ensuit que le recours est dirigé contre une décision en matière fiscale rendue en dernière instance cantonale sur la base du droit public cantonal; à ce titre, il est en principe recevable comme recours en matière de droit public au sens des art. 82 ss LTF (cf. en particulier les art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d LTF), aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. En outre, en tant qu'elle confirme la valeur fiscale déterminante des parcelles litigieuses, la décision attaquée porte sur un objet réglé au titre 2, chapitre 4 de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale, soit l'une des matières visées par l'art. 73 al. 1 LHID; le recours est dès lors également recevable comme recours en matière de droit public en vertu de la disposition fédérale précitée (<ref-ruling> consid. 1 p. 209; sur le rapport entre la loi sur le Tribunal fédéral et l'art. 73 al. 1 LHID, cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 188 s.).
1.2 Sous réserve des décisions partielles au sens de l'art. 91 LTF et des décisions incidentes dans les cas visés aux art. 92 et 93 LTF (sur la portée de ces dispositions, cf. <ref-ruling> consid. 4.1.2 et 4.1.3 p. 481 s.), le recours en matière de droit public n'est recevable que contre les décisions finales au sens de l'art. 90 LTF, soit celles qui mettent fin à la procédure, que ce soit pour un motif tiré du droit matériel ou de la procédure (cf. <ref-ruling> consid. 1.1 p. 428; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 631; <ref-ruling> consid. 4.1.1 p. 480).
Dans le canton de Vaud, la compétence pour procéder aux estimations fiscales, à leur mise à jour et à leur révision est attribuée à la commission de district du lieu de situation de l'immeuble, sous réserve des compétences réservées au conservateur du Registre foncier pour certains types d'immeubles (cf. art. 5 al. 1 et 2 LEFI). La commission de district est constituée de trois membres et d'un suppléant qui sont nommés pour une période de cinq ans par le Conseil d'Etat et les municipalités intéressées (cf. art. 5 al. 3 et 4 et art. 10 al. 1 LEFI). Ses décisions peuvent faire l'objet d'une réclamation (cf. art. 12 LEFI), tandis que ses décisions sur réclamation peuvent être attaquées au Tribunal cantonal conformément à la loi sur la procédure administrative (cf. art. 15 LEFI). Une fois la décision entrée en force, le conservateur du registre foncier procède à l'inscription définitive des estimations; il procède de même à l'occasion de la mise à jour et de la revision des estimations (cf. art. 19 al. 1 et 2 LEFI). Les conditions matérielles et formelles justifiant la mise à jour ou la révision des estimations sont réglées respectivement aux chapitre VII (art. 20 s. LEFI) et VIII (art. 22 ss LEFI) de la loi sur l'estimation fiscale des immeubles.
En résumé, il apparaît que la procédure d'estimation litigieuse relève de la compétence d'une autorité distincte de l'autorité fiscale de taxation, qu'elle suit des règles de procédure qui lui sont propres, et qu'elle se clôt par une décision susceptible de recours; une fois entrée en force, cette décision donne lieu à une "inscription définitive" dans le registre foncier qui lie l'autorité fiscale de taxation (cf. art. 53 al. 1 LI). Dans ces conditions, la décision d'estimation litigieuse ne saurait être assimilée à une simple décision préjudicielle ou incidente qui ne constituerait qu'une étape vers la décision finale; son caractère autonome, parfaitement indépendant de la procédure de taxation, impose au contraire de la qualifier de finale au sens de l'art. 90 LTF, comme le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de le juger dans une affaire similaire sous l'empire de l'art. 87 de l'ancienne loi d'organisation judiciaire (OJ; RO 3 521) (arrêt 2P.153/1995 du 30 octobre 1997, consid. 1). Il y d'autant moins de raison de s'écarter de cette jurisprudence que, selon la volonté du législateur (cf. message du 28 février 2001 concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale, p. FF 2001, p. 4000 ss, p. 4129 s.; Yves Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, 2008, n. 3205; Hansjörg Seiler/Nicolas von Werdt/Andreas Güngerich, Bundesgerichtsgesetz, 2007, n. 5 ad Art. 90), la loi sur le Tribunal fédéral privilégie une approche procédurale de la notion de décision finale, en ce sens que revêt en principe cette qualité toute décision qui met fin à la procédure qu'elle concerne, même si elle ne tranche pas définitivement la question juridique litigieuse quant au fond (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 351; arrêt 4A_346/2008 du 6 novembre 2008, consid. 4.3.1).
1.3 Par ailleurs, les recourants, qui étaient parties à la procédure cantonale, sont directement touchés par l'arrêt attaqué; ils ont dès lors manifestement qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF et 73 al. 2 LHID). Dans la mesure où ils demandent le renvoi de la cause pour nouvelle décision à la Commission d'estimation ou, subsidiairement, au Tribunal cantonal, leurs conclusions ont un caractère réformatoire. Celles-ci sont toutefois recevables, car l'art. 73 al. 3 LHID doit céder le pas devant l'art. 107 al. 2 LTF, qui confère au Tribunal fédéral un pouvoir général de réforme quel que soit le recours interjeté devant lui (cf. <ref-ruling> consid. 1.5 p. 190 ss).
1.4 Pour le surplus, formé en temps utile (cf. art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 3 LTF), le recours est en principe recevable, sous réserve du respect des exigences de motivation déduites des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (sur ce point, cf. infra consid. 2.2).
2. 2.1 Dans un premier moyen, les recourants se plaignent d'une constatation "lacunaire" des faits et d'abus du pouvoir d'appréciation, au motif que le Tribunal cantonal aurait méconnu que, selon les conclusions des experts mandatés durant le chantier, leurs parcelles sont à ce jour encore polluées, les travaux d'assainissement entrepris par le superficiaire n'ayant été que partiels. Ils estiment dès lors que les premiers juges devaient déterminer "l'ampleur et les conséquences de cette pollution résiduelle", vu la potentielle influence de cette dernière sur la valeur vénale de leurs biens-fonds.
2.2 Lorsqu'il vérifie l'application du droit, le Tribunal fédéral se fonde sur les faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Le recourant ne peut critiquer les faits que s'ils ont été constatés de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF). Celui qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. doit, sous peine d'irrecevabilité, le démontrer par une argumentation précise conforme aux exigences de motivation accrues posées à l'art. 106 al. 2 LTF. Il ne peut se contenter de critiquer les faits comme il le ferait devant une juridiction d'appel jouissant d'un plein pouvoir d'examen.
En matière d'appréciation des preuves et de constatation des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un moyen de preuve propre à modifier la décision attaquée, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (cf. <ref-ruling> consid. 7.1 p. 398; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9 et les arrêts cités).
2.3 Le Tribunal cantonal a constaté que, conformément aux conclusions des experts consultés, le SESA avait exigé la surveillance du site, mais n'avait requis ni investigation de détail, ni assainissement ou projet d'assainissement, l'extraction et l'évacuation d'un fût isolé d'hydrocarbure ayant permis de mettre fin aux émanations de benzène observées lors des travaux de terrassement. L'arrêt attaqué retient également que les coûts induits par ces mesures (investigation préalable, surveillance du site et évacuation du fût d'hydrocarbure) se sont élevés à un montant de 328'000 fr. et ont été entièrement pris en charge par la société Z._, sans qu'on sache encore si les recourants devront éventuellement supporter une partie de ces frais, la SESA n'ayant pas encore rendu de décision à ce sujet. Les premiers juges ont toutefois estimé qu'une telle éventualité ne pourrait de toute façon avoir qu'une "incidence minime sur la valeur vénale des biens-fonds litigieux [...] qui se chiffre à plusieurs millions". Pour établir cette valeur, ils ont relevé qu'au vu des récentes transactions effectuées dans le voisinage, le prix de 500 fr./m2 retenu par la Commission d'estimation était "conforme, sinon légèrement inférieur aux prix généralement pratiqués par le marché de l'immobilier pour des terrains comparables dans la région". Ils en ont inféré qu'en s'en tenant à ce prix, la Commission avait intégré dans l'estimation "l'éventuelle incidence d'une participation [des recourants] aux coûts de l'investigation préalable et des mesures de surveillance" (du montant précité de 328'000 fr.).
Contrairement à ce que soutiennent les recourants, le Tribunal cantonal n'a donc pas ignoré qu'il existait une pollution résiduelle sur les parcelles litigieuses. Il a simplement considéré que ce problème n'avait pas de véritable répercussion sur la valeur vénale de celles-ci et a renoncé à mettre en oeuvre d'autres mesures d'instruction par appréciation anticipée des preuves. Savoir si c'est à juste titre que les juges ont nié une telle répercussion relève de la notion de valeur vénale. Les griefs tirés de la constatation incomplète des faits et d'abus du pouvoir d'appréciation sont donc indissociables du fond du litige et doivent s'examiner avec celui-ci.
3. 3.1 Aux termes de l'art. 14 al. 1 LHID, la fortune des personnes physiques est imposée à la valeur vénale. Toutefois, la valeur de rendement peut être prise en considération de façon appropriée.
La loi cantonale sur l'estimation fiscale des immeubles prévoit les règles d'évaluation suivantes (chapitre 2 de la loi):
art. 2
1 L'estimation fiscale est faite par biens-fonds en prenant la moyenne entre sa valeur de rendement et sa valeur vénale.
2 Toutefois, la valeur fiscale ne pourra être supérieure à la valeur vénale.
3 La valeur de rendement d'un immeuble correspond au rendement brut ou net capitalisé à un taux tenant compte du loyer de l'argent et des charges annuelles et périodiques.
4 La valeur vénale d'un immeuble représente la valeur marchande de celui-ci.
5 [immeubles agricoles]
art. 3
1L'estimation fiscale comprend l'estimation du sol, des bâtiments et des accessoires.
2 [accessoires]
3 Il est tenu compte, dans l'estimation, des servitudes actives et passives et des charges foncières.
4 [droit d'habitation et d'usufruit]
art. 4
Les méthodes d'estimation et taux de capitalisation à prévoir pour les différents objets mentionnés à l'article premier sont fixés par le règlement prévu à l'article 26 ci-après.
Se fondant sur les art. 4 et 26 LEFI, le Conseil d'Etat a édicté le règlement du 22 décembre 1936 sur l'estimation fiscale des immeubles (RLEFI; RS/VD 641.21.1). Selon l'art. 8 al. 1 RLEFI, la valeur vénale d'un immeuble représente la valeur marchande de celui-ci, en tenant compte de l'offre et de la demande. Cette valeur marchande est établie en prenant notamment pour bases la situation, la destination, l'état et le rendement de l'immeuble. L'art. 8 al. 2 RLEFI précise qu'à défaut d'indications (prix d'achat, éléments de comparaison, etc.), la valeur vénale est obtenue en capitalisant le rendement brut à un taux qui varie selon le genre d'immeuble, la nécessité d'amortissement et les risques de placement sur ces immeubles.
3.2 Le Tribunal fédéral revoit en principe librement si le droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales sont conformes aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Selon la jurisprudence, les cantons disposent toutefois d'une marge de manoeuvre importante pour concrétiser l'art. 14 LHID, notamment pour déterminer dans quelle mesure le rendement doit être pris en considération dans l'estimation (cf. arrêt 2C_820/2008 du 23 avril 2009, consid. 3.1). Aussi bien le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral par rapport aux normes de droit cantonal concrétisant cette disposition de droit fédéral se limite-t-il à l'interdiction de l'arbitraire, grief qu'il appartient au recourant d'invoquer conformément aux exigences de motivation accrues de l'art. 106 al. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2 p. 209 s. et les arrêts cités).
3.3 Les recourants font valoir que la pollution résiduelle affectant leurs parcelles "implique un renchérissement des projets de construction, une diminution de la valeur vénale des terrains et une restriction de l'accès aux crédits", de sorte qu'il s'agit d'un critère décisif pour apprécier la valeur vénale litigieuse. Ils soutiennent qu'en omettant de prendre en considération ce point, l'arrêt attaqué consacrerait une solution contraire à l'art. 14 LHID, qui violerait au surplus l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) ainsi que, dans la mesure où leurs parcelles sont estimées sur les mêmes bases que des biens-fonds non pollués, le principe d'égalité (art. 8 Cst.).
3.4 Comme on l'a vu (cf. supra consid. 2.3), il ressort de l'arrêt attaqué que la valeur vénale de 500 fr./m2 retenue dans l'estimation est légèrement inférieure au prix du marché et tient compte de l'éventuelle moins-value due aux problèmes de pollution touchant les parcelles litigieuses. Selon les constatations cantonales, cette moins-value correspond aux mesures de précaution et frais d'assainissement assumés jusqu'ici par le superficiaire pour mener à bien la construction de son centre commercial, d'un montant de 328'000 fr. Cela étant, il n'y a rien d'arbitraire à considérer qu'un tel montant, qui représente, compte tenu de la surface des parcelles considérées, une moins-value d'environ 8 fr./m2 (~40'000 m2/328'000 fr.), a été intégré dans le prix de 500 fr./m2 litigieux ou, du moins, n'a eu que peu d'influence sur celui-ci. Les recourants ne contestent du reste pas ce point, ni ne remettent en cause le montant de 328'000 fr. pris en considération au titre des frais nécessités jusqu'ici pour l'assainissement de leurs parcelles. Ils estiment cependant qu'il faut ajouter à ce chiffre les coûts qu'entraînerait la dépollution complète de leurs biens-fonds, afin d'avoir un reflet correct de leur valeur vénale. Il est toutefois constant que les parcelles sont grevées de droits de superficie qui ont été négociés avant que ne soient connus les problèmes de pollution. On peut dès lors admettre que les redevances dues par la société Z._ pendant toute la durée des contrats de superficie (allant de 40 à 99 années) équivalent au prix du marché pour des parcelles exemptes de pollution. Par ailleurs, l'estimation doit tenir compte des servitudes (art. 3 al. 3 LEFI) ainsi que des caractéristiques concrètes des immeubles considérés (situation, destination, état et rendement; cf. art. 8 al. 1 RLEFI).
Dans ces circonstances, le Tribunal cantonal pouvait implicitement considérer, dans la ligne du raisonnement suivi par la Commission d'estimation, que les problèmes résiduels de pollution n'étaient pour l'heure pas d'actualité, mais ne seraient éventuellement déterminants qu'en cas de nouvelle affectation (totale ou partielle) du site nécessitant d'éventuelles nouvelles mesures d'assainissement. Du moins les recourants ne démontrent-ils par qu'un tel raisonnement serait arbitraire. Par ailleurs, du moment qu'il est établi que l'estimation est légèrement inférieure aux prix du marché et tient compte de la moins-value causée par les frais d'assainissement engagés à ce jour par le superficiaire pour exploiter les parcelles, le grief tiré de la violation du principe d'égalité avec les propriétaires de parcelles voisines exemptes de pollution est également mal fondé. En fixant la valeur vénale sur la base d'un prix de 500 fr./m2, l'autorité cantonale n'a ainsi pas violé l'art. 14 LHID, ni abusé de son pouvoir d'appréciation, pas plus qu'elle n'a contrevenu aux art. 8 et 9 Cst.
4. Il s'ensuit que le recours, entièrement mal fondé, doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourants doivent supporter les frais judiciaires solidairement entre eux (cf. art. 65 al. 1 à 3 et 66 al. 1 et 5 LTF) et n'ont pas droit à des dépens (cf. art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais de justice, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, à la Commission d'estimation fiscale des immeubles du district de Lausanne et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 8 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Addy