Sachverhalt:
A. Am 25. Oktober 2004 reichten verschiedene Krankenversicherer, vertreten durch santésuisse, beim Schiedsgericht Graubünden, Kranken- und Unfallversicherung, Klage gegen Dr. med. R._, Spezialärztin für Innere Medizin FMH, ein. Sie liessen das Rechtsbegehren stellen, die Beklagte sei zu verpflichten, ihnen wegen unwirtschaftlicher Behandlung für das Jahr 2001 den Betrag von Fr. 47'536.30 und für 2002 den Betrag von Fr. 46'221.40, eventuell nach richterlichem Ermessen, zurückzuerstatten. Die Ergänzung des Rechtsbegehrens für 2003 wurde ausdrücklich vorbehalten. Mit Entscheid vom 3. Oktober 2005 trat das Schiedsgericht auf die Klage betreffend das Jahr 2003 nicht ein (Dispositiv-Ziffer 1), hiess die Klage für die Jahre 2001 und 2002 gut (Dispositiv-Ziffer 2) und verpflichtete Dr. med. R._, den im Rubrum aufgeführten Krankenkassen für die Jahre 2001 und 2002 Fr. 93'757.70 zu bezahlen (Dispositiv-Ziffer 3). Es verpflichtete Dr. med. R._ zur Tragung von 2/3 und die Klägerinnen zur Tragung von 1/3 der Gerichtskosten von Fr. 6'456.- (Dispositiv-Ziffer 4) sowie Dr. med. R._ zudem zur Bezahlung einer reduzierten aussergerichtlichen Entschädigung (einschliesslich Mehrwertsteuer) von Fr. 1'000.- an die im Rubrum aufgeführten Krankenversicherer (Dispositiv-Ziffer 5).
B. Dr. med. R._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und die Aufhebung der Dispositiv-Ziffern 2, 3, 4 und 5 des angefochtenen Entscheides sowie die Abweisung der Klage beantragen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an das kantonale Gericht zurückzuweisen.
Während santésuisse als Vertreterin der im Rubrum aufgeführten Krankenversicherer auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. Ob die streitigen Rückforderungen wegen unwirtschaftlicher Behandlung im Sinne von <ref-law> gemäss kantonalem Entscheid zu Recht bestehen, ist im Lichte der im fraglichen Zeitraum (1. Januar 2001 bis 31. Dezember 2002) gültig gewesenen Rechtsvorschriften zu prüfen. Das am 1. Januar 2003 in Kraft getretene Bundesgesetz vom 6. Oktober 2000 über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) ist nicht anwendbar (<ref-ruling> Erw. 1 mit Hinweisen).
Nach <ref-law> muss der Leistungserbringer sich in seinen Leistungen auf das Mass beschränken, das im Interesse der Versicherten liegt und für den Behandlungszweck erforderlich ist. Für Leistungen, die über dieses Mass hinausgehen, kann die Vergütung verweigert werden (<ref-law>). Eine nach diesem Gesetz dem Leistungserbringer zu Unrecht bezahlte Vergütung kann zurückgefordert werden (<ref-law>).
2. Beim Rückforderungsstreit wegen unwirtschaftlicher Behandlung zwischen Krankenversicherern und Leistungserbringern geht es nicht um Versicherungsleistungen im Sinne von Art. 132 OG (<ref-ruling> Erw. 1; RKUV 2003 Nr. KV 250 S. 221 Erw. 4.1 [Urteil X. vom 24. April 2003, K 9/00]). Das Eidgenössische Versicherungsgericht prüft daher nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzte, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin macht - wie bereits in der Klageantwort vor Vorinstanz - geltend, einige Krankenversicherer, welche Leistungen erbracht hätten, seien unter der Klägerschaft nicht aufgeführt, namentlich der KKV St. Moritz, bei welchem ein Grossteil ihrer Patienten versichert sei, und die ÖKK Celerina. Die übrigen Krankenversicherer könnten deshalb nicht den ganzen Betrag für sich zurückfordern.
3.2 Was das Jahr 2001 anbelangt, hatten die Beschwerdegegner vor Vorinstanz replicando ausgeführt, die Umsätze dieses Jahres seien gegenüber dem KKV St. Moritz und der ÖKK Celerina aufgrund eines Zusammenarbeitsvertrages bei der Groupe Mutuel registriert, was die Beschwerdeführerin duplicando nicht bestritt. Dass die Vorinstanz diese plausibel scheinenden Angaben der Beschwerdegegner übernommen hat, ist im Lichte von Art. 105 Abs. 2 OG im Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht nicht zu beanstanden, erweisen sich diese doch nicht als offensichtlich unrichtig im Sinne dieser Bestimmung. Nach der Rechnungsstellerstatistik von santésuisse hat die Groupe Mutuel im Jahre 2001 bei den direkten Kosten Vergütungen in der Höhe von Fr. 137'245.- abgerechnet. Diesem Betrag entsprechen etwa die im Jahr 2002 beim KKV St. Moritz und der ÖKK Celerina aufgeführten Vergütungen von insgesamt Fr. 108'925.-, aufgerechnet um die kleineren Beträge der übrigen Versicherer. Bei dieser Sachlage kann als erstellt gelten, dass die Groupe Mutuel, welche vorinstanzlich als Klägerin aufgetreten ist, für das Jahr 2001 Leistungen erbracht hat.
Im Jahr 2002 führt die Rechnungsstellerstatistik von santésuisse hingegen die Groupe Mutuel nicht als Leistungserbringerin auf, sondern nur die genannten Kassen, welche sich indessen an der Klage nicht beteiligt haben.
3.3 Rückforderungsberechtigt für die zu Unrecht bezahlte Vergütung ist im System des Tiers payant der Versicherer (<ref-law>). Damit ist derjenige Versicherer gemeint, welcher die Vergütung effektiv bezahlt hat. Nach der Rechtsprechung ist eine Kollektivklage aller Versicherer, vertreten durch den Krankenkassenverband, zulässig und eine Spezifikation der auf den einzelnen Versicherer entfallenden Beträge nicht erforderlich (<ref-ruling> Erw. 5d; vgl. auch Urteil X. vom 23. November 2004, K 116/03, Erw. 2.6). Die interne Aufteilung des erstrittenen Betrags unter den Klägern ist deren Sache. Es schadet daher auch nicht, wenn einzelne Kläger in der fraglichen Zeit keine Leistung erbracht haben, wie dies die Beschwerdeführerin in Bezug auf die ÖKK Winterthur geltend macht; diese wird gegebenenfalls bei der internen Aufteilung leer ausgehen.
Dies ändert aber nichts daran, dass der Rückforderungsanspruch den einzelnen Krankenversicherern zusteht, weshalb die einzelnen Krankenversicherer unter Angabe des Vertretungsverhältnisses in der Klage und im Rubrum des Sachentscheides aufzuführen sind (RKUV 2003 KV Nr. 250 S. 221 [Urteil X. vom 24. April 2003, K 9/00]). Wenn eine Gruppe von Versicherern klagt, so kann sie daher nur den Betrag einklagen, den die Mitglieder dieser Gruppe geleistet haben. Sie kann aber nicht - ohne entsprechende Vollmacht oder Forderungsabtretung - einen Betrag einklagen, den andere, in dieser Gruppe nicht vertretene Versicherer, vergütet haben. Nachdem gemäss den eigenen Angaben der Beschwerdegegner die Groupe Mutuel nur im Jahr 2001, nicht aber im Jahr 2002 für den KKV St. Moritz und die ÖKK Celerina abgerechnet hat, diese beiden Versicherer sich aber an der Klage nicht beteiligt haben, ist der entsprechende Betrag für das Jahr 2002 von vornherein nicht geschuldet.
4. 4.1 Bei der Wirtschaftlichkeitsprüfung der ärztlichen Tätigkeit nach <ref-law> kann sowohl die statistische Methode (Durchschnittskostenvergleich) als auch die analytische Methode (Einzelfallprüfung) - oder eine Kombination beider Methoden - zur Anwendung gelangen (<ref-ruling> Erw. 4d; SVR 2005 KV Nr. 4 S. 14 Erw. 6.1 [in <ref-ruling> teilweise publiziertes Urteil X. vom 18. Mai 2004, K 150/03]; vgl. auch Christian Schürer, Honorarrückforderung wegen Überarztung bei ambulanter ärztlicher Behandlung - Materiellrechtliche Aspekte, in: Schaffhauser/Kieser [Hrsg.], Wirtschaftlichkeitskontrolle in der Krankenversicherung, St. Gallen 2001, S. 78 ff.; Eugster, Wirtschaftlichkeitskontrolle ambulanter ärztlicher Leistungen mit statistischen Methoden, Bern 2003, S. 74 ff. und 89 ff.). Auch wenn die statistische Methode der analytischen wo möglich vorgezogen werden soll und die analytische Methode im Allgemeinen nur dann zur Anwendung gelangt, wenn es an zuverlässigen Angaben für einen Durchschnittskostenvergleich fehlt, sind die kantonalen Schiedsgerichte in der Wahl der Prüfmethode grundsätzlich frei (SVR 2005 KV Nr. 4 S. 14 Erw. 6.1 [Urteil X. vom 18. Mai 2004, K 150/03]).
4.2 Wird der Entscheid darüber, ob und in welchem Umfang der Arzt oder die Ärztin die Vorschrift der Wirtschaftlichkeit der Behandlung verletzt hat, auf Grund der statistischen Methode (Durchschnittskostenvergleich) gefällt, ist zu beachten, dass rechtsprechungsgemäss keine Kontrolle aller Positionen sämtlicher Rechnungen verlangt wird. Die Prüfung kann sich vielmehr darauf beschränken, dass die durchschnittlichen Behandlungskosten des betreffenden Arztes oder der betreffenden Ärztin mit denjenigen anderer Ärzte unter ähnlichen Bedingungen verglichen werden. Voraussetzung für die Anwendbarkeit dieser Methode ist, dass sich das Vergleichsmaterial hinreichend ähnlich zusammensetzt und sich der Vergleich über einen genügend langen Zeitraum erstreckt, wodurch bloss zufällige Unterschiede mehr oder weniger ausgeglichen werden. Eine Überarztung liegt vor, wenn eine ins Gewicht fallende Zahl von Rechnungen desselben Arztes oder derselben Ärztin an eine Krankenkasse im Vergleich zur Zahl von Rechnungen von Ärzten in geographisch gleichem Tätigkeitsbereich und mit etwa gleichem Krankengut im Durchschnitt erheblich höher ist, ohne dass den Durchschnitt beeinflussende Besonderheiten geltend gemacht werden können (<ref-ruling> Erw. 4b mit Hinweisen; SVR 2001 KV Nr. 19 S. 52 Erw. 4b [Urteil N. vom 16. Februar 2000, K 144/97]; Urteil C. vom 1. März 2006, K 142/05, Erw. 7.2; vgl. auch Schürer, a.a.O., S. 82 f.). Falls die Wirtschaftlichkeit in Anwendung der statistischen Methode beurteilt wird, darf eine Unwirtschaftlichkeit nicht schon bei Überschreitung des statistischen Mittelwertes (100 Indexpunkte) vermutet werden. Vielmehr ist den Ärzten und Ärztinnen einerseits ein Toleranzbereich (<ref-ruling> Erw. 4c in fine) und zudem allenfalls ein Zuschlag zu diesem Toleranzwert (zu dem den Toleranzbereich begrenzenden Indexwert) zuzugestehen, um spezifischen Praxisbesonderheiten Rechnung zu tragen. Nach der Rechtsprechung liegt der Toleranzbereich zwischen 120 und 130 Indexpunkten (SVR 2005 KV Nr. 4 S. 14 Erw. 6.2 [Urteil X. vom 18. Mai 2004, K 150/03]; Urteile C. vom 1. März 2006, K 142/05, Erw. 7.2, und L. vom 2. Dezember 2005, K 148/04, Erw. 3.3.1).
5. 5.1 Das Schiedsgericht hat seiner Beurteilung des Rückerstattungsanspruches aus unwirtschaftlicher Behandlung nach <ref-law> die statistische Methode im Sinne der Rechtsprechung zugrunde gelegt. Dabei hat es festgestellt, dass die Beschwerdeführerin bei den direkten Arztkosten (ohne Medikamente) in den Jahren 2001 und 2002 gemäss statistischer Methode einen Index von 147 bzw. 148 Punkten erreicht hat, welche Werte nicht bestritten werden.
5.2 Dass die Vorinstanz der statistischen Methode den Vorrang eingeräumt hat, ist bundesrechtlich nicht zu beanstanden, sind doch keinerlei stichhaltige Gründe ersichtlich, welche hier gegen die Anwendung des Durchschnittskostenvergleichs sprechen. Namentlich liegt eine genügende statistische Grundlage vor und werden - insbesondere nach der (das Ergebnis indessen nicht beeinflussenden) Bereinigung der Vergleichsgruppe - keine hinreichend substantiierten Besonderheiten der Praxis geltend gemacht, welche eine Analyse des Einzelfalles erforderten (vgl. <ref-ruling> Erw. 4b; SVR 2005 KV Nr. 4 S. 14 Erw. 6.1 [Urteil X. vom 18. Mai 2004, K 150/03]). Für die von der Beschwerdeführerin bereits im vorinstanzlichen Verfahren beantragte Einzelfallprüfung besteht aus diesem Grunde kein Anlass.
5.3 Die Beschwerdeführerin macht geltend, sie könne aufgrund ihrer breiteren Ausbildung (Innere Medizin, Gynäkologie, Pädiatrie und ORL) viele Leistungen direkt erbringen, ohne die Patienten an Spezialärzte oder Spitäler zu überweisen, wie im Übrigen auch die Blaue Kommission des Bündner Ärztevereins (in ihrem Entscheid vom 11. November 2003) anerkannt habe. Sie rügt, das Schiedsgericht habe dieses Argument verworfen, ohne das von ihr beantragte Beweisverfahren durchgeführt zu haben. Auch bei den Medikamenten sei ihr Index unterdurchschnittlich. Bei einer Gesamtbetrachtung lägen die von ihr verursachten (direkten und veranlassten) Kosten (Gesamtkostenindex von 119 [2001] bzw. 110 Punkten [2002]) innerhalb des Toleranzrahmens.
5.3.1 Im angefochtenen Entscheid wird anerkannt, dass die veranlassten Kosten bei der Beschwerdeführerin mit einem Index von 95 Punkten im Jahr 2001 und von 82 Punkten im Jahr 2002 unterdurchschnittlich ausgefallen sind. Nach Auffassung der Vorinstanz vermag die Beschwerdeführerin daraus indessen nichts zu ihren Gunsten abzuleiten, weil sie nicht in der Lage ist, den Beweis zu erbringen, dass die Einsparungen in den veranlassten Kosten kausal mit den durch die besondere Behandlung bei den direkten Arztkosten anfallenden Mehrkosten zusammenhängen.
5.3.2 Nach der bisherigen Rechtsprechung ist die Wirtschaftlichkeit der Behandlung für die Bereiche der Arzt- und Medikamentenkosten getrennt zu beurteilen (nicht veröffentlichtes Urteil S. vom 29. Oktober 1993, K 101/92, Erw. 8). Dass Mehraufwendungen in einem Leistungsbereich Minderaufwendungen in einem anderen Leistungssegment gegenüberstehen, hat das Eidgenössische Versicherungsgericht indessen unter dem Titel der kompensatorischen Einsparungen, allerdings "nur in sehr beschränktem Masse", wie wiederholt festgehalten wurde, berücksichtigt. Im in RKUV 1986 Nr. K 654 S. 3 auszugsweise publizierten (unter der Herrschaft von Art. 23 KUVG ergangenen) Urteil D.A. vom 5. September 1985, K 49/84, hatte sich das Eidgenössische Versicherungsgericht erstmals mit der Frage zu befassen, ob eine Kompensation zwischen einem überhöhten Fallwert bei den direkten Arztkosten (Index von 143) und unterdurchschnittlichen Medikamentenkosten (Index von 16) möglich sei. Dabei verneinte es die Frage mit der Begründung, dass selbst wenn ein sachlicher Zusammenhang zwischen niedrigen Medikamentenkosten (als Folge einer zurückhaltenden Verschreibungspraxis) und hohen Arztkosten (als Folge einer intensiveren persönlichen Betreuung durch den Arzt) bejaht würde, dies eine Kompensation nur in sehr beschränktem Masse zu rechtfertigen vermöchte (nicht publizierte Erw. 5a). Diese Rechtsprechung wurde in Erw. 4c des in RKUV 1988 Nr. K 761 S. 92 nur mit den Leitsätzen wiedergegebenen Urteils S. vom 19. Oktober 1987, K 97/85, bestätigt. In dieselbe Richtung zielt schliesslich das nicht veröffentlichte Urteil S. vom 29. Oktober 1993, K 101/92, in dessen Erw. 8 ausgeführt wurde, dass die im Bereich der Medikamentenverschreibung geübte Zurückhaltung keinen oder nur sehr bedingten Rückschluss auf die übrige Tätigkeit des Arztes zulasse und selbst wenn ein Kausalzusammenhang zwischen unterdurchschnittlichen Medikamentenkosten und hohen Arztkosten zu bejahen wäre, dies eine Kompensation nur in sehr beschränktem Masse rechtfertigen würde. Unter Hinweis auf die fehlende Überprüfungsmöglichkeit mangels Vorliegens statistischer Daten wurde auch dem Argument eines Arztes, seine Behandlungsweise ermögliche die Vermeidung einiger stationärer Spitalaufenthalte, in <ref-ruling> Erw. 5a nicht gefolgt. In einem kürzlich ergangenen Urteil C. vom 1. März 2006, K 142/05, Erw. 8.2.1, ging das Eidgenössische Versicherungsgericht auf das von einer Ärztin vorgebrachte Argument der kompensatorischen Einsparung im Zusammenhang mit unterdurchschnittlichen Medikamentenkosten schon deshalb nicht weiter ein, weil die Medikamentenkosten jedenfalls durch deutlich überdurchschnittliche Arzt- und veranlasste Kosten "mehr als kompensiert" waren.
5.3.3 Sprechen keine entscheidenden Gründe zu Gunsten einer Praxisänderung, ist die bisherige Praxis beizubehalten. Gegenüber dem Postulat der Rechtssicherheit lässt sich eine Praxisänderung grundsätzlich nur begründen, wenn die neue Lösung besserer Erkenntnis der ratio legis, veränderten äusseren Verhältnissen oder gewandelten Rechtsanschauungen entspricht. Nach der Rechtsprechung ist eine bisherige Praxis zu ändern, wenn sie als unrichtig erkannt oder wenn deren Verschärfung wegen veränderter Verhältnisse oder zufolge zunehmender Missbräuche für zweckmässig gehalten wird (<ref-ruling>0 Erw. 3.1, 130 V 372 Erw. 5.1, 495 Erw. 4.1, 129 V 373 Erw. 3.3, 126 V 40 Erw. 5a, 125 I 471 Erw. 4a, je mit Hinweisen).
Eine Änderung der in Erw. 5.3.2 dargestellten Rechtsprechung drängt sich in dem Sinne auf, dass im Rahmen der Wirtschaftlichkeitskontrolle grundsätzlich eine Gesamtbetrachtung Platz zu greifen hat und dementsprechend auf den die Arzt-, die Medikamenten- und - soweit möglich - die veranlassten Kosten berücksichtigenden Gesamtkostenindex abzustellen ist. Denn nach <ref-ruling> f. Erw. 7.4 und 7.5 erstreckt sich das Wirtschaftlichkeitsgebot auf sämtliche Teile der ärztlichen Behandlung und findet für alle gesetzlichen Leistungen, insbesondere auch in Bezug auf die Verordnung von Arzneimitteln, Analysen sowie von Mitteln und Gegenständen oder die Anordnung von Leistungen anderer Leistungserbringer, Anwendung. Aus diesem Grunde unterliegen der Rückerstattungspflicht des Arztes oder der Ärztin wegen unwirtschaftlicher Behandlung grundsätzlich auch die Vergütungen der Kosten für die auf Veranlassung des Arztes oder der Ärztin erbrachten Leistungen sowie die von ihnen verordneten und von den Apotheken abgegebenen Arzneimittel. Daraus folgt aber umgekehrt, dass auch dann eine Gesamtbetrachtung erforderlich ist, wenn diese sich zu Gunsten des Arztes oder der Ärztin auswirkt: Sinn und Zweck von <ref-law> ist nicht die Begrenzung des ärztlichen Einkommens, sondern die Sicherstellung der Wirtschaftlichkeit der Behandlung (vgl. auch Erw. 8.2.3 des Urteils C. vom 1. März 2006, K 142/05). Wenn beispielsweise ein Arzt oder eine Ärztin zwar selber überdurchschnittlich viele Leistungen erbringt, dies aber mit unterdurchschnittlichen veranlassten Kosten kompensiert, ist das von <ref-law> anvisierte Ziel ebenfalls erreicht. Es würde im Hinblick auf das Ziel der Wirtschaftlichkeit falsche Anreize schaffen, wenn die veranlassten Kosten nicht einbezogen würden: Ärzte, welche viele Kosten veranlassen, hätten zwar geringe direkte Arztkosten pro Patient, würden aber indirekt höhere und möglicherweise unwirtschaftliche Kosten verursachen (vgl. Mathias Wenger, in: Schaffhauser/ Schlauri [Hrsg.], Medizin und Sozialversicherung im Gespräch, St. Gallen 2006, S. 74). Zudem könnte der Arzt oder die Ärztin den eigenen bescheidenen Aufwand pro Patient einkommensmässig durch eine grosse Zahl von Patienten kompensieren. Wer sich mit weniger Patienten begnügt, diese dafür eingehender behandelt und damit viele indirekte Kosten einspart, würde demgegenüber bestraft, weil er pro Patient höhere direkte Kosten hat. Es kann nicht der Sinn von <ref-law> sein, derart falsche Anreize zu schaffen.
5.3.4 Das Erfordernis einer Gesamtbetrachtung gälte übrigens auch, wenn man der Kritik der Lehre an <ref-ruling> (Monika Gattiker, Veranlasste Kosten - Einbezug in die Forderungen wegen Überarztung nach <ref-law>, in: AJP 2005 S. 1098 ff.; Edouard Iselin, Polypragmasie et étendue de l'obligation de restitution au sens de l'art. 56 al. 2 LAMal, in: SZS 2006 S. 106 ff.) folgen würde. Denn diese Kritik gründet sich darauf, dass <ref-law> nur die Rückforderung der dem Leistungserbringer bezahlten Vergütung erlaube, schliesst aber nicht aus, dass für die Frage, ob diese Vergütung überhöht ist, auf den die veranlassten Kosten einschliessenden Gesamtkostenindex abgestellt wird (vgl. Iselin, a.a.O., S. 117).
5.3.5 Wenn der Gesamtkostenindex entscheidend ist, kann es nicht ausschlaggebend sein, ob ein Kausalzusammenhang zwischen Reduktionen bei den einen Kosten und Mehrausgaben bei anderen Kosten nachgewiesen ist. Auch innerhalb der direkten Arztkosten wird ein solcher nachgewiesener Kausalzusammenhang nicht verlangt. Abgesehen davon wäre es kaum möglich (worauf auch Eugster, a.a.O., S. 251 f., hinweist), einen solchen Nachweis tatsächlich zu erbringen. Es entspricht allgemeiner Lebenserfahrung, dass beispielsweise ein vermehrter Abklärungs-, Beratungs- und Behandlungsaufwand sich in tieferen Medikamentenkosten niederschlagen kann (vgl. auch Eugster, a.a.O., S. 255 f. Rz 751). Wenn ein solcher Zusammenhang tatsächlich besteht, ist dies im Rahmen der vorzunehmenden Gesamtbetrachtung grundsätzlich zu berücksichtigen. Es geht nicht an, durch praxisfremde Anforderungen an einen Kausalnachweis die falschen Anreize, die durch eine getrennte Betrachtung von Arzt-, Medikamenten- und veranlassten Kosten entstehen, zu perpetuieren. Demgegenüber rechtfertigt sich eine Gesamtbetrachtung nicht, wenn konkrete Anzeichen bestehen, dass die niedrigen Kosten im einen Bereich auf äussere Umstände zurückzuführen sind, die dem Arzt oder der Ärztin gewissermassen unverdient zugute kommen. Solche Umstände sind jedoch im Falle der niedrige veranlasste Kosten aufweisenden Beschwerdeführerin nicht dargetan.
5.3.6 Eine wirkliche Gesamtbetrachtung müsste allerdings auch die durch Überweisung an Spezialärzte und Spitäler veranlassten Kosten einbeziehen, welche Daten nicht erhoben worden sind. Die Beschwerdeführerin hat immerhin in ihrer Klageantwort geltend gemacht, dass bei ihr auch die Zahl der Überweisungen an Spezialisten und Spitäler unterdurchschnittlich sei, und entsprechende Beweisanträge gestellt. Ihr Vorbringen wird untermauert durch die Feststellung der Blauen Kommission im Entscheid vom 11. November 2003, wonach die Beschwerdeführerin wenig Kosten für Zuweisungen an Spezialärzte und Spitäler generiere. Unter diesen Umständen geht es nicht an, auf die Erhebung der beantragten Beweise zu verzichten und der Beschwerdeführerin vorzuwerfen, sie habe ihre Behauptungen nicht bewiesen. Dies gilt umso mehr, als für den entsprechenden Nachweis nicht unbedingt eine aufwändige Einzelfallanalyse erforderlich wäre, sondern statistische Angaben, welche am ehesten von den Krankenversicherern beschafft werden können, genügten (vgl. Schürer, a.a.O., S. 85 und 89).
Da nach den Akten keine Hinweise bestehen, dass die Beschwerdeführerin durch die Überweisung an Spezialärzte und Spitäler überdurchschnittliche Kosten verursacht hat, bleibt der Gesamtkostenindex von 119 Punkten im Jahr 2001 bzw. 110 Punkten im Jahr 2002 massgebend, welcher innerhalb des gemäss angefochtenem Entscheid auf 130 Punkte festzusetzenden Toleranzrahmens liegt. Bei dieser Sachlage hat die Vorinstanz die Beschwerdeführerin zu Unrecht zur Rückerstattung von Fr. 93'757.70 für die Jahre 2001 und 2002 verpflichtet.
6. Verfahren gegen den Leistungserbringer um Rückforderungen wegen Unwirtschaftlichkeit der Behandlungsweise sind kostenpflichtig (<ref-ruling> Erw. 6).
Entsprechend dem Ausgang des Prozesses haben die Beschwerdegegner die Gerichtskosten zu tragen und der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 159 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 135 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
1. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird der Entscheid des Schiedsgerichts Graubünden, Kranken- und Unfallversicherung, vom 3. Oktober 2005 aufgehoben und die die Jahre 2001 und 2002 betreffende Rückforderungsklage abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'500.- werden den Beschwerdegegnern auferlegt.
3. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 6'500.- wird der Beschwerdeführerin zurückerstattet.
4. Die Beschwerdegegner haben der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2'500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
5. Das Schiedsgericht Graubünden, Kranken- und Unfallversicherung, wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Schiedsgericht Graubünden, Kranken- und Unfallversicherung, und dem Bundesamt für Gesundheit zugestellt.
Luzern, 9. Oktober 2006
Im Namen des Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Die Präsidentin der I. Kammer: Die Gerichtsschreiberin: