Faits:
A. La parcelle n° 691 du registre foncier de la commune de Corminboeuf est située à l'intérieur du périmètre du plan d'aménagement de détail (PAD) "La Verna, secteur Ouest" qui prévoit un indice d'utilisation du sol de 0,45 pour les constructions et qui impose la construction de garages souterrains.
En décembre 2009, E._ a requis l'autorisation de construire un immeuble de dix appartements avec parking souterrain, abri de protection civile, sondes géothermiques et panneaux solaires, sur le bien-fonds précité. Mis à l'enquête publique le 18 décembre 2009, ce projet a suscité des oppositions. Le projet modifié, respectant cette fois l'indice d'utilisation du sol de 0,45, a été soumis une nouvelle fois à l'enquête publique le 12 mars 2010. A._ et B._ ainsi que C._ et D._, propriétaires de parcelles voisines, y ont fait opposition.
Le 20 mai 2010, le Service des constructions et de l'aménagement du canton de Fribourg (ci-après: le Service des constructions) a informé E._ qu'avec l'entrée en vigueur le 1er janvier 2010 de la nouvelle loi cantonale sur l'aménagement du territoire et les constructions (LATeC; RSF 710.1), l'indice brut d'utilisation du sol (IBUS) de 0,60 remplaçait l'ancien indice d'utilisation du sol (IUS) de 0,45. Il a enjoint l'intéressé à déposer une demande de dérogation, l'indice brut d'utilisation du sol dépassant les 0,60. La demande de dérogation visant à obtenir l'autorisation exceptionnelle de construire au bénéfice d'un indice brut d'utilisation du sol de 0,74 a été mise à l'enquête publique le 28 mai 2010. Le 23 juin 2010, la commune de Corminboeuf a rendu un préavis défavorable concernant cette demande de dérogation.
Le 15 octobre 2010, le Préfet du district de la Sarine a accordé le permis de construire ainsi que la dérogation sollicités et a rejeté les oppositions.
B. A._ et B._ ainsi que C._ et D._ ont interjeté recours devant la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg (ci-après: le Tribunal cantonal) contre la décision préfectorale précitée. Par arrêt du 6 septembre 2011, le Tribunal cantonal a rejeté le recours.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ et B._ ainsi que C._ et D._ demandent principalement au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et la décision préfectorale du 15 octobre 2010, de refuser le permis de construire et la dérogation sollicités par E._, de retenir le préavis défavorable de la commune et d'admettre les oppositions qu'ils ont formées. Ils concluent subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance précédente pour nouvelle décision au sens des considérants. Ils font grief au Tribunal cantonal d'avoir appliqué arbitrairement les art. 148, 175 al. 1 et 178 al. 1 LATeC ainsi que d'avoir violé leur droit d'être entendus (art. 29 al. 2 Cst.).
Le Tribunal cantonal, le Conseil communal de Corminboeuf et l'intimé concluent au rejet du recours. Le Préfet du district de la Sarine renonce à se déterminer. Par courrier du 10 février 2012, les recourants ont répliqué.
D. Par ordonnance du 10 novembre 2011, le Président de la Ire Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif présentée par les recourants.

Considérant en droit:
1. Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 lit. d LTF) dans le domaine du droit public des constructions (art. 82 lit. a LTF), le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les <ref-law>, aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure de recours devant le Tribunal cantonal. En tant que propriétaires de parcelles directement voisines du projet, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué confirmant l'octroi d'un permis de construire pour un projet de construction qu'ils tiennent en particulier pour non conforme à la LATeC. Ils peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Ils ont dès lors qualité pour agir au sens de l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité sont par ailleurs réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2. Dans la première partie de leur écriture, les recourants présentent leur propre exposé des événements, "par souci de clarté uniquement". L'intimé avance également des faits nouveaux dans sa réponse. Or, le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Les recourants ne peuvent critiquer la constatation de faits qui importent pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été établis en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de manière manifestement inexacte (<ref-law>), en particulier en violation de l'interdiction constitutionnelle de l'arbitraire (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4135), ce qu'il leur appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de l'<ref-law>, respectivement de l'<ref-law>. En l'espèce, le recours ne comporte aucune démonstration du caractère arbitraire de l'état de fait de la décision attaquée, de sorte qu'il n'y a pas lieu de prendre en considération d'autres faits que ceux retenus dans ladite décision.
3. Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourants se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendus (art. 29 al. 2 Cst.). Ils allèguent avoir consulté le dossier auprès du Tribunal cantonal, après avoir reçu l'arrêt attaqué, et y avoir trouvé le procès-verbal de la séance du comité de pilotage du 6 novembre 2009 pour la révision totale du règlement d'exécution de la LATeC. Ils reprochent au Tribunal cantonal de ne pas leur avoir communiqué ce procès-verbal et de ne pas leur avoir donné la possibilité de se déterminer sur son contenu, notamment sur le passage suivant: "durant la phase où les communes n'auront pas encore adopté leur indice, on pourrait passer par des dérogations. Le Service des constructions sera assez souple dans le traitement de ces dossiers".
3.1 Compris comme l'un des aspects de la notion générale de procès équitable au sens des art. 29 Cst. et 6 CEDH, le droit d'être entendu garantit notamment le droit pour une partie à un procès de prendre connaissance de toute argumentation présentée au tribunal et de se déterminer à son propos, que celle-ci contienne ou non de nouveaux éléments de fait ou de droit, et qu'elle soit ou non concrètement susceptible d'influer sur le jugement à rendre. Il appartient en effet aux parties, et non au juge, de décider si une prise de position ou une pièce nouvellement versée au dossier contient des éléments déterminants qui appellent des observations de leur part. Toute prise de position ou pièce nouvelle versée au dossier doit dès lors être communiquée aux parties pour leur permettre de décider si elles veulent ou non faire usage de leur faculté de se déterminer (<ref-ruling> consid. 4.5 et 4.6 p. 103 s.; arrêt 1C_568/2011 du 13 février 2012 consid. 2.1; cf. en outre les arrêts de la Cour européenne des droits de l'homme dans les causes Schaller-Bossert contre Suisse du 28 octobre 2010 § 39 s. et Nideröst-Huber contre Suisse du 18 février 1997, Recueil CourEDH 1997-I p. 101 § 24).
Toutefois, le droit d'être entendu ne peut être exercé que sur les éléments qui sont déterminants pour décider de l'issue du litige. Il est ainsi possible de renoncer à l'administration de certaines preuves offertes, lorsque celles-ci résultent déjà de constatations versées au dossier ou lorsque le juge parvient à la conclusion qu'elles ne sont pas décisives pour la solution du litige ou qu'elles ne pourraient l'amener à modifier son opinion (cf. <ref-ruling> consid. 5.3 p. 236 et les arrêts cités).
3.2 En l'espèce, il n'est fait nullement mention du procès-verbal du 6 novembre 2009 dans l'arrêt attaqué. A cet égard, le Tribunal cantonal précise, devant le Tribunal de céans, que le Juge délégué à l'instruction du recours, se souvenant du fait que la question de l'introduction de l'indice brut d'utilisation du sol avait été évoquée dans le cadre de la commission d'experts chargés de l'élaboration de la LATeC et de son règlement - à laquelle il avait participé - avait demandé au Service des constructions une copie du procès-verbal de cette séance. Il explique, qu'à réception, il s'était rendu compte que les informations qui y figuraient ne justifiaient pas d'effectuer des démarches officielles pour obtenir une autorisation de rendre public ce document interne à l'administration; de plus, la position de cette commission avait été reprise par le Conseil d'Etat et ressortait d'autres sources officielles et publiques; dans ces conditions, le Juge délégué avait décidé de ne pas prendre en compte ce document pour statuer.
L'argumentation principale des recourants devant le Tribunal cantonal reposait sur l'utilisation de la dérogation non plus comme un moyen exceptionnel de corriger une situation particulière, mais comme une "pratique systématique" (cf. consid. 4 infra): pour ce faire, les recourants se fondaient sur les observations déposées par le Service des constructions le 27 janvier 2011 devant l'instance précédente et sur la réponse donnée par le Conseil d'Etat fribourgeois à la question d'un député (cf. consid. 4.3 infra). Ils connaissaient ainsi, avant la notification de l'arrêt attaqué, les réflexions faites par les autorités au sujet de situations justifiant, à leur avis, le recours à la procédure de dérogation. Sur ce point, le procès-verbal en question n'apporte aucun élément déterminant sur lequel les recourants n'auraient pas été en mesure de s'exprimer. Dans ces circonstances, les recourants ne sauraient se prévaloir d'une violation de leur droit d'être entendus.
De plus, il apparaît que le procès-verbal en question n'est pas déterminant pour l'issue du litige. Le Tribunal cantonal ne s'est d'ailleurs pas fondé sur ce document pour trancher l'affaire en cause. Les éventuelles observations des recourants à ce sujet n'auraient ainsi pas été de nature à influer sur la décision à rendre.
Par conséquent, le grief de la violation du droit d'être entendu doit être rejeté.
4. Les recourants soutiennent que le Tribunal cantonal aurait appliqué de manière arbitraire les art. 148 al. 1, 175 al. 1 et 178 al. 1 LATeC. Ils font grief à l'instance précédente de ne se baser que sur la situation qui prévalait sous l'ancienne LATeC, en écartant volontairement et sciemment les conséquences de l'entrée en vigueur immédiate du nouvel indice, voulue par le législateur. Ils lui reprochent d'avaliser, "en toute connaissance de cause et sans aucune distance critique, une pratique dérogatoire décidée et appliquée de manière systématique pour pallier une problématique constatée postérieurement à l'entrée en vigueur de la LATeC".
4.1 Appelé à revoir l'interprétation d'une norme cantonale sous l'angle restreint de l'arbitraire, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En revanche, si l'application de la loi défendue par l'autorité cantonale ne s'avère pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation en cause, cette interprétation sera confirmée, même si une autre solution - éventuellement plus judicieuse - paraît possible (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 5; <ref-ruling> consid. 4 p. 560).
Le Tribunal fédéral fait preuve de retenue dans l'appréciation des circonstances locales. Dans ce domaine, les autorités locales disposent en effet d'un large pouvoir d'appréciation (cf. <ref-ruling> consid. 4.3 p. 416 et les références; arrêt 1P.678/2004 du 21 juin 2005 consid. 4, in ZBl 2006 p. 430). Il en va ainsi de l'octroi d'une dérogation en matière de construction (arrêt 1C_137/2010 du 24 juin 2010 consid. 2.1).
4.2 A teneur de l'art. 148 al. 1 LATeC, des dérogations aux dispositions de la loi et du règlement d'exécution ou aux plans et à leur réglementation peuvent être accordées, à condition qu'elles soient justifiées par des circonstances particulières et qu'elles ne portent pas atteinte à des intérêts prépondérants publics ou privés.
Selon l'art. 175 al. 1 LATeC, dès l'entrée en vigueur de la présente loi, les communes disposent d'un délai de cinq ans pour adapter leur plan d'aménagement local à celle-ci. L'art. 178 al. 1 LATeC prévoit qu'avec l'entrée en vigueur de la LATeC, les indices d'utilisation du sol (IUS) définis dans les plans d'aménagement local déjà approuvés, sur la base des articles 66 al. 2 et 162 de la loi du 9 mai 1983 sur l'aménagement du territoire et les constructions, sont remplacés par les indices bruts d'utilisation du sol (IBUS), et les valeurs correspondantes sont modifiées conformément à la liste figurant en annexe. Selon cette liste, un IUS de 0,45 fixé dans un plan d'aménagement de détail est remplacé, avec l'entrée en vigueur de la nouvelle LATeC, par un IBUS de 0,60.
4.3 Le 24 août 2010, le Conseil d'Etat du canton de Fribourg a répondu aux questions d'un député concernant l'application de la nouvelle LATeC et de son règlement:
"Par rapport à l'introduction de l'IBUS dans les plans d'aménagement local (PAL), le législateur a voulu que cette nouvelle notion soit directement applicable dès l'entrée en vigueur du nouveau droit, afin d'éviter que les communes appliquent des notions différentes durant la période transitoire. Ce choix a nécessité l'élaboration de la table de conversion qui figure en annexe de la nouvelle loi cantonale et permet l'application directe de l'IBUS dans les règlements communaux d'urbanisme (RCU) en vigueur se référant à l'indice d'utilisation du sol (ancienne notion). Il faut garder à l'esprit que la table de conversion est une mesure législative de droit transitoire.[...]
Pour les communes qui n'ont pas encore adapté leur PAL au nouveau droit cantonal, il est clair que la voie de la dérogation n'est effectivement pas une solution durable pour permettre la réalisation de projets qui ne respecteraient pas les valeurs d'IBUS figurant dans la tabelle de conversion. Il n'empêche que ce moyen légal existe et peut être envisagé pour accorder des dérogations aux dispositions de la LATeC et du ReLATeC ou aux plans et à leur réglementation, à condition qu'elles soient justifiées par «des circonstances particulières et qu'elles ne portent pas atteinte à des intérêts prépondérants publics ou privés» (art. 148 al. 1 LATeC)" (Bulletin du Grand Conseil 2010, p. 1856).
4.4 Les dispositions exceptionnelles ou dérogatoires, telles que l'art. 148 al. 1 LATeC, ne doivent pas nécessairement être interprétées de manière restrictive, mais selon les méthodes d'interprétation ordinaires. Une dérogation importante peut ainsi se révéler indispensable pour éviter les effets rigoureux de la réglementation ordinaire (<ref-ruling> consid. 3d/aa p. 114; <ref-ruling> consid. 2d p. 178/179). En tous les cas, la dérogation doit servir la loi ou, à tout le moins, les objectifs recherchés par celle-ci: l'autorisation exceptionnelle doit permettre d'adopter une solution reflétant l'intention présumée du législateur s'il avait été confronté au cas particulier. L'octroi d'une dérogation suppose une situation exceptionnelle et ne saurait devenir la règle, à défaut de quoi l'autorité compétente pour délivrer des permis de construire se substituerait au législateur cantonal ou communal par le biais de sa pratique dérogatoire (<ref-ruling> consid. 5 p. 53). Il implique une pesée entre les intérêts publics et privés de tiers au respect des dispositions dont il s'agirait de s'écarter et les intérêts du propriétaire privé à l'octroi d'une dérogation, étant précisé que des raisons purement économiques ou l'intention d'atteindre la meilleure solution architecturale, ou une utilisation optimale du terrain, ne suffisent pas à elles seules à justifier une dérogation (arrêt 1C_44/2011 du 27 septembre 2011 consid. 4.2.2 et l'arrêt cité).
4.5 En l'espèce, il n'est pas contesté que le projet litigieux respecte l'ancien indice d'utilisation du sol (IUS), mais dépasse le nouvel indice brut d'utilisation du sol (IBUS). Le Tribunal cantonal a cependant considéré que "les circonstances particulières" au sens de l'art. 148 al. 1 LATeC justifiaient l'octroi d'une dérogation. Il a d'abord relevé la courte période d'application de la table de conversion: l'usage de ladite table allait disparaître progressivement d'ici au 1er janvier 2015 (art. 175 al. 1 LATeC), au fur et à mesure que les communes auraient adapté leur planification au nouveau droit, en fixant concrètement l'IBUS applicable aux différentes zones.
L'instance précédente a ensuite mis en avant le caractère spécial des situations dans lesquelles la table de conversion provoquait des résultats non voulus. Tel était le cas en l'occurrence: la réglementation communale applicable au projet litigieux imposait la construction de garages souterrains, soit l'intégration massive dans le bâtiment de surfaces utiles secondaires, qui n'entraient pas dans le calcul de l'ancien indice IUS; or, la prise en compte de la surface du garage souterrain était à l'origine du dépassement de l'indice IBUS. La mise en oeuvre de la table de conversion entraînait donc une diminution des possibilités de construire, qui n'avait pas été voulue par le législateur. Cette "circonstance particulière" avait conduit le Tribunal cantonal à confirmer l'octroi de la dérogation.
Les juges cantonaux ont encore précisé qu'en adoptant un mécanisme de transformation automatique des IUS en IBUS par le biais d'une table de conversion, le législateur cantonal n'avait jamais voulu intervenir dans les planifications locales des communes en réduisant les possibilités de construire existantes: son seul but avait été de changer de système de calcul de l'indice afin de se conformer à l'accord intercantonal sur l'harmonisation de la terminologie dans le domaine des constructions (AIHC; RSF 710.7). Dès l'instant où il était apparu, à l'usage, que la mise en oeuvre de la table de conversion pouvait, dans certains cas, entraîner une diminution sensible des possibilités de construire antérieurement autorisées par le calcul de l'IUS, une correction de ces distorsions involontaires s'imposait. Cependant, les restrictions involontaires des possibilités de construire découlant de ladite table ne concernaient pas tous les nouveaux bâtiments dès lors que, dans la plupart des cas, la conversion de l'IUS en IBUS fonctionnait à satisfaction; il n'y avait donc pas d'emploi systématique de la dérogation pour faire échec à la loi.
Enfin, l'instance précédente a considéré que la dérogation ne portait pas atteinte à des intérêts prépondérants (art. 148 al. 1 LATeC): le bâtiment projeté ne dépassait pas l'ancien indice de 0,45 prévu par le PAD en vigueur, de sorte qu'aucun intérêt public ou privé ne s'opposait à sa démarche.
4.6 Face à cette argumentation, les recourants se contentent, de façon réitérée, de critiquer la pratique dérogatoire systématique qui serait appliquée par les autorités compétentes pour l'octroi des permis de construire et que le Tribunal cantonal aurait avalisée: par le recours systématique à l'institution de la dérogation pour les dépassements de l'indice IBUS, la compétence de fixer la limite de l'indice serait transférée dans une procédure de permis de construire - qui relève de la compétence du préfet -, ce qui serait une violation grave de la LATeC.
Partant, les recourants ne contestent pas vraiment que les conditions de l'octroi de la dérogation ne seraient pas réunies et ne font valoir aucune atteinte à un intérêt public prépondérant. Leurs critiques ne parviennent pas à démontrer le caractère arbitraire de l'argumentation des juges cantonaux. En effet, il ressort du considérant précédent que le Tribunal cantonal a admis, de manière soutenable, que la dérogation avait été valablement accordée, dans la mesure où les conditions de son octroi étaient remplies. Contrairement à ce que soutiennent les recourants, l'instance précédente ne s'est donc pas limitée à examiner si le projet litigieux respectait ou non l'ancien indice IUS. Par conséquent, le Tribunal cantonal n'a pas versé dans l'arbitraire en confirmant l'octroi d'une dérogation, au motif notamment qu'une solution différente provoquerait des résultats non voulus par le législateur.
Au demeurant, quoi qu'en disent les recourants, la compétence pour accorder des dérogations appartient à l'autorité désignée pour délivrer le permis de construire (art. 147 LATeC), à savoir le préfet (art. 139 al. 1 LATeC). De même, les recourants, qui ne contestent pas qu'il n'a jamais été dans l'intention du législateur cantonal d'imposer à un administré une solution tendant à la réduction de sa faculté de bâtir, ne peuvent reprocher à l'autorité précédente de ne pas avoir vérifié si l'intimé pouvait modifier - et donc réduire - son projet de manière à ce qu'il respecte le nouvel IBUS.
Mal fondé, le grief doit être écarté.
5. Il s'ensuit que le recours est rejeté. Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 LTF). Ils verseront en outre une indemnité à titre de dépens à l'intimé, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 francs, sont mis à la charge des recourants.
3. Une indemnité de 2'000 francs est allouée à l'intimé à titre de dépens, à la charge des recourants, solidairement entre eux.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et de l'intimé, au Préfet du district de la Sarine, à la Commune de Corminboeuf et à la IIe Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg.
Lausanne, le 29 février 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Tornay Schaller