Fatti:
A. Il 21 gennaio 2002 il Consiglio comunale di Intragna ha adottato la revisione del piano regolatore, completandola il 10 giugno 2002 per quanto concerne il comparto Campagna, una superficie agricola di circa 30'500 m2 coltivata prevalentemente a vigna, che è stata attribuita per circa 25'000 m2 alla zona edificabile.
B. A._, cittadino di Intragna, ha contestato dinanzi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino l'attribuzione del comparto Campagna alla zona edificabile. Con risoluzione del 22 agosto 2006 il Governo ha approvato il piano regolatore, sospendendo tuttavia l'approvazione degli ampliamenti della zona edificabile, compreso il comparto Campagna, siccome il Consiglio comunale non aveva stanziato un credito sufficiente per il versamento del contributo pecuniario sostitutivo dipendente dalla diminuzione del territorio agricolo. Il Governo ha contestualmente sospeso il ricorso di A._.
C. Con risoluzione del 10 ottobre 2007 il Consiglio di Stato ha presentato al Comune di Intragna il preavviso vincolante riguardante il contributo sostitutivo per la diminuzione delle aree agricole, fissandolo in complessivi fr. 433'596.--, di cui fr. 149'951.-- riferiti al comparto Campagna. Dopo lo stanziamento dei crediti necessari da parte del legislativo comunale, con risoluzione del 17 giugno 2008, il Governo ha approvato gli ampliamenti della zona edificabile sospesi, ad eccezione di un ampliamento previsto nella frazione di Corcapolo, rimasto ulteriormente sospeso ma non oggetto del ricorso in esame. L'Esecutivo cantonale ha nel contempo imposto al Comune il pagamento di un contributo pecuniario sostitutivo di fr. 414'437.--, di cui sempre fr. 149'951.-- relativi al comparto Campagna ed ha respinto il gravame di A._.
D. Questi ha quindi adito il Tribunale cantonale amministrativo che, dopo avere concesso ai proprietari interessati la facoltà di esprimersi, ha accolto il ricorso annullando sia la risoluzione governativa 17 giugno 2008 sia la decisione 10 giugno 2002 del Consiglio comunale nella misura in cui approvavano l'edificabilità del comparto Campagna. La Corte cantonale ha negato l'adempimento dei requisiti posti dall'art. 15 LPT, ravvisando in particolare un sovradimensionamento delle zone edificabili. Ha ritenuto per contro che il comparto soddisfava i presupposti della zona agricola e rilevato che il Consiglio di Stato aveva omesso di esaminare gli aspetti legati alla tutela paesaggistica del villaggio di Intragna, inserito nell'inventario degli insediamenti svizzeri da proteggere di importanza nazionale.
E. Il Comune di Intragna impugna questo giudizio con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarlo e di confermare l'approvazione del piano regolatore per quanto concerne il comparto Campagna. Il ricorrente fa valere la violazione dell'autonomia comunale e del divieto dell'arbitrio.
F. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato comunica di non avere alcuna osservazione da formulare. A._ postula la reiezione del gravame. Tra i proprietari interessati, hanno presentato una risposta la comunione ereditaria B._, C._ e D._, che hanno chiesto di respingere il ricorso. Con una risposta tardiva, E._ ne ha invece chiesto l'accoglimento.

Diritto:
1. 1.1 Con il giudizio impugnato, il Tribunale cantonale amministrativo ha negato l'approvazione di un piano di utilizzazione secondo l'art. 14 segg. LPT, nella misura in cui lo stesso attribuiva il comparto litigioso alla zona edificabile. Giusta l'<ref-law>, il Tribunale federale giudica i ricorsi contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico. Questo rimedio è dato anche nel campo della pianificazione del territorio, come è qui il caso. La LTF non prevede infatti un'eccezione al riguardo e l'art. 34 cpv. 1 LPT stabilisce che i rimedi giuridici proponibili dinanzi alle autorità federali sono retti dalle disposizioni generali sull'amministrazione della giustizia federale (cfr. <ref-ruling> consid. 2 e 3.3, 409 consid. 1.1).
1.2 Il Comune è segnatamente legittimato a ricorrere con un ricorso in materia di diritto pubblico se fa valere la violazione di garanzie conferitegli dalla Costituzione cantonale o da quella federale (art. 89 cpv. 2 lett. c LTF). È questo il caso per la garanzia della sua autonomia, sancita dagli <ref-law> e 16 cpv. 2 Cost./TI. Poiché nega l'approvazione del piano regolatore riguardo alla zona edificabile prevista nel comparto Campagna, il giudizio impugnato tocca il Comune di Intragna nella sua veste di detentore del pubblico potere: esso è pertanto legittimato a ricorrere ai sensi dell'art. 89 cpv. 2 lett. c LTF censurando una violazione della propria autonomia (<ref-ruling> consid. 1.2, 131 I 91 consid. 1 e rinvii). Sapere se il Comune disponga effettivamente di autonomia nel campo litigioso e se questa sia stata disattesa è questione di merito, non di ammissibilità (<ref-ruling> consid. 1.2 e rinvii).
1.3 Il Comune beneficia di autonomia tutelabile in quelle materie che la legislazione cantonale non regola esaurientemente ma lascia completamente o in parte al relativo ordinamento comunale, conferendogli una notevole libertà di decisione (<ref-ruling> consid. 3.1, 131 I 333 consid. 4.4.1, 129 I 313 consid. 5.2). In particolare, il Comune ticinese beneficia in materia di pianificazione del territorio di un ampio margine di decisione e di apprezzamento, che la giurisprudenza fa rientrare nell'autonomia tutelabile (<ref-ruling> consid. 2; sentenza 1P.675/2004 del 12 luglio 2005, consid. 2.2 e rinvii, in: RtiD II-2005, n. 16, pag. 100 segg.). Prevalendosi della sua autonomia, il Comune può tra l'altro far valere la violazione del diritto cantonale o comunale autonomo ed esigere che le autorità cantonali di ricorso o di vigilanza osservino, da un lato, i limiti formali posti dalla legge al loro intervento e, dall'altro, che applichino in modo corretto il diritto materiale determinante. Il Comune può, come in concreto, invocare anche la violazione del divieto dell'arbitrio (<ref-law>), purché la censura sia in stretta connessione con quella della sua autonomia (<ref-ruling> consid. 2.2, 131 I 91 consid. 1, 129 I 313 consid. 4.1 e rinvii). Nondimeno, giusta l'<ref-law>, il ricorso deve essere motivato in modo sufficiente. Il ricorrente deve quindi almeno concisamente confrontarsi con le considerazioni esposte nella decisione impugnata, spiegando per quali ragioni tale giudizio viola il diritto (<ref-ruling> consid. 2.1).
2. 2.1 Il ricorrente rimprovera alla Corte cantonale di avere ecceduto nel proprio potere di apprezzamento sostituendosi al Comune in veste di pianificatore e violando conseguentemente la sua autonomia. Sostiene che i giudici cantonali non avrebbero considerato le peculiarità di un Comune di montagna quale Intragna, confrontato in particolare con la problematica dello spopolamento e con la conseguente necessità di creare le condizioni per favorire l'insediamento di giovani famiglie con figli, segnatamente mettendo a disposizione nuovi terreni edificabili conformi alle esigenze abitative attuali.
2.2 Giusta l'art. 15 cpv. 1 LPT, le zone edificabili comprendono i terreni idonei all'edificazione, già edificati in larga misura (lett. a) o prevedibilmente necessari all'edificazione e urbanizzati entro quindici anni (lett. b).
2.3 La Corte cantonale ha accertato che il comparto Campagna è situato fuori dal nucleo principale di Intragna, ad ovest dello stesso, ed è costituito da un pianoro prativo di circa 30'500 m2, composto da 102 particelle, coltivato prevalentemente a vigna. Nella parte più distante dal nucleo, il comparto inizia a salire verso la montagna ed è terrazzato. Esso è delimitato a sud dalla strada cantonale, a nord da un percorso pedonale ed a ovest da alcuni fondi ai margini del bosco, di cui tre edificati ma accessibili soltanto a piedi. Il comparto non è urbanizzato, ma lungo la strada cantonale vi sorgono quattro abitazioni, di cui una in posizione arretrata rispetto alla stessa e con accesso pedonale, mentre una quinta si trova sul lato opposto, a nord, ed è raggiungibile attraverso il suddetto percorso pedonale. Il ricorrente non si confronta con questi accertamenti, che non risultano manifestamente inesatti o eseguiti in violazione del diritto. Sulla base degli stessi, la Corte cantonale ha quindi concluso a ragione che il comparto litigioso non rientra nel comprensorio già edificato in larga misura ai sensi dell'art. 15 lett. a LPT (cfr., su questa nozione, <ref-ruling> consid. 4.1 e rinvii). Questa conclusione non è peraltro contestata dal ricorrente ed invero non si vede come poteva esserlo.
2.4 Nemmeno con riferimento all'art. 15 lett. b LPT, ossia alle prevedibili necessità insediative nei prossimi quindici anni, il ricorrente critica in modo puntuale le considerazioni dei giudici cantonali sull'esistente sovradimensionamento delle zone edificabili del Comune. Esso omette in particolare di confrontarsi con le precise argomentazioni concernenti la contenibilità del piano regolatore in relazione al tasso di crescita della popolazione. Il gravame disattende pertanto al riguardo le esigenze di motivazione dell'<ref-law> e si rivela quindi sostanzialmente inammissibile.
In ogni modo, secondo i dati riportati nella risoluzione governativa del 22 agosto 2006 e ripresi nel giudizio impugnato, le zone edificabili previste dal Comune consentirebbero di raggiungere una contenibilità teorica di 3'273 unità insediative, di cui 1'745 abitanti, rispetto ad una situazione di partenza di 1'779 unità insediative, di cui 909 abitanti (al 31 dicembre 2003). Il piano regolatore permetterebbe quindi un incremento delle unità insediative superiore all'80 % in generale e al 90 % se riferito ai soli abitanti, oltrepassando quindi più di 10 volte l'aumento degli abitanti del Comune registrato negli ultimi 20 anni, pari al 7 % circa. In tali circostanze, la Corte cantonale ha ravvisato a ragione un sovradimensionamento delle superfici edificabili ed ha annullato l'approvazione della zona edificabile oggetto del litigio, la quale rappresentava l'ampliamento più importante proposto dal Comune. Le misure idonee ad impedire la formazione di zone edificabili troppo vaste, o a ridurne l'estensione, sono infatti dettate dall'interesse pubblico: zone edificabili dimensionate in modo troppo ampio non sono soltanto inappropriate, ma anche illegali (<ref-ruling> consid. 4b; sentenza 1C_119/2007 del 13 novembre 2008 consid. 3.2.3, in: ZBl 110/2009 pag. 315 segg.). Ciò a maggior ragione in concreto, ove si consideri che il comparto Campagna costituisce un'estesa superficie verde ai margini del territorio edificato, coltivata prevalentemente a vigna, ed è quindi di principio idonea ad un'utilizzazione agricola secondo l'art. 16 cpv. 1 lett. a LPT.
2.5 Il ricorrente adduce essenzialmente l'obiettivo di promuovere l'insediamento nel Comune di nuova popolazione, in particolare di giovani famiglie con figli, al fine di contrastare l'attuale spopolamento. Rimprovera alla Corte cantonale di non avere tenuto conto di queste esigenze e della sua situazione specifica, omettendo di considerare gli scopi elencati all'art. 1 LPT. Esso disattende tuttavia che la pianificazione del territorio è volta a un'appropriata e parsimoniosa utilizzazione del suolo e a un ordinato insediamento nel territorio (<ref-law>). Si tratta di un compito che presuppone una ponderazione complessiva e un coordinamento di tutti gli aspetti e gli interessi rilevanti sotto il profilo territoriale (art. 1, art. 2 cpv. 1 LPT; <ref-ruling> consid. 3b pag. 232, 339 consid. 3b/aa). Il piano regolatore nel suo complesso dev'essere conforme ai criteri di delimitazione delle zone giusta gli art. 14 segg. LPT, fondandosi su una valutazione globale degli interessi coinvolti, tra i quali rientrano anche il mantenimento di superfici coltive idonee e la conservazione di siti naturali e di spazi ricreativi (art. 3 cpv. 2 lett. a e d LPT; cfr. sentenza 1C_119/2007 citata consid. 3.7.4). I principi pianificatori e l'esigenza di un'utilizzazione parsimoniosa del suolo impongono d'altra parte di concentrare gli insediamenti nel territorio edificabile, separandoli sotto il profilo dello spazio dal territorio inedificabile. Premesso che una possibile domanda di terreni da parte di privati non giustifica di per sé l'ampliamento della zona edificabile, l'eventuale sviluppo degli insediamenti deve quindi essere promosso innanzitutto all'interno delle zone edificabili esistenti (<ref-ruling> consid. 3b/aa; sentenza 1C_119/2007 citata consid. 3.7.3).
3. 3.1 Il Comune ricorrente sostiene poi che la sua iscrizione come villaggio nell'inventario degli insediamenti svizzeri da proteggere (ISOS) giusta l'art. 5 della legge federale sulla protezione della natura e del paesaggio, del 1° luglio 1966 (LPN; RS 451) non sarebbe vincolante per i privati, i Comuni e i Cantoni e non consentirebbe di sovvertire in sede di ricorso un provvedimento pianificatorio adottato per contrastare lo spopolamento del Comune e le sue conseguenze economiche.
3.2 L'iscrizione di un oggetto d'importanza nazionale in un inventario federale significa che esso merita specialmente d'essere conservato intatto ma, in ogni caso, di essere salvaguardato per quanto possibile, anche per mezzo di eventuali provvedimenti di ripristino o di adeguati provvedimenti di sostituzione (<ref-law>). Il principio secondo il quale un oggetto deve essere conservato intatto nelle condizioni stabilite nell'inventario non soffre deroghe nell'adempimento dei compiti della Confederazione, sempreché non s'opponga un interesse equivalente o maggiore, parimenti d'importanza nazionale (<ref-law>). Questa norma di protezione vale quindi in modo diretto unicamente nell'ambito dell'adempimento dei compiti della Confederazione (art. 2 e 3 LPN). Nell'adempimento di compiti cantonali e comunali, fra i quali rientra essenzialmente la pianificazione del territorio, la tutela dei siti caratteristici è garantita dal diritto cantonale e comunale: giusta l'<ref-law>, la protezione della natura e del paesaggio compete infatti ai Cantoni (sentenza 1C_188/2007 del 1° aprile 1999 consid. 2.1, destinata a pubblicazione).
Contrariamente all'opinione del ricorrente, gli inventari federali come l'ISOS assumono tuttavia importanza anche nell'adempimento dei compiti cantonali e comunali. Per la loro natura, essi equivalgono infatti a concezioni e piani settoriali ai sensi dell'art. 13 LPT. Nell'ambito dell'obbligo generale di pianificare (art. 2 LPT), i Cantoni stabiliscono i fondamenti pianificatori generali nel piano direttore (art. 6 LPT) e tengono specialmente conto degli inventari federali quali forme particolari di concezioni e piani settoriali (art. 6 cpv. 4 LPT). In virtù dell'obbligatorietà dei piani direttori per le autorità (art. 9 LPT), le esigenze di protezione dell'inventario federale vengono in questo modo introdotte nei piani di utilizzazione (art. 14 segg. LPT), segnatamente attraverso la formazione di zone protette (art. 17 cpv. 1 LPT) o l'adozione di altre misure protettive (art. 17 cpv. 2 LPT). Il piano regolatore adottato di conseguenza è vincolante anche per i proprietari. In questa misura, come ha rettamente rilevato la Corte cantonale, sussiste pertanto anche per i Cantoni e per i Comuni un obbligo di prendere in considerazione l'ISOS (sentenza 1C_188/2007 citata, consid. 2.1 e 5.1).
Così, la scheda di coordinamento 8.4 del piano direttore cantonale persegue lo scopo di promuovere la protezione degli insediamenti d'importanza nazionale mediante l'affinamento delle misure pianificatorie di protezione. Essa impone in particolare ai Comuni interessati dall'inventario ISOS di verificare se le norme e le misure pianificatorie di cui dispongono sono adeguate per la tutela e la valorizzazione dei loro insediamenti, modificandole opportunamente in sede di piano regolatore.
In tali circostanze, è quindi a ragione che i giudici cantonali hanno ritenuto che, nell'ambito dell'approvazione del piano regolatore, il Consiglio di Stato avrebbe anche dovuto esaminare se la pianificazione adottata dal Comune concretizzasse adeguatamente le esigenze di protezione paesaggistica del villaggio di Intragna risultanti dall'inventario. Tanto più che esplicite contestazioni al proposito erano state sollevate sia dall'opponente A._ sia da alcuni servizi specialistici cantonali.
4. Nelle esposte circostanze, i giudici cantonali non hanno quindi sostituito il loro apprezzamento a quello del Comune, ma hanno rettamente applicato la legge, segnatamente gli art. 15 e 16 LPT, annullando a ragione una decisione illegale adottata dal Comune e confermata a torto dal Consiglio di Stato, peraltro, come rilevato dai giudici cantonali, con una motivazione lacunosa.
5. Ne segue che il ricorso, in quanto ammissibile, deve essere respinto. Il Comune ricorrente, che si è rivolto al Tribunale federale nell'ambito delle sue attribuzioni ufficiali, può essere dispensato dal pagamento di spese processuali (<ref-law>). Esso dovrà però versare un'indennità per ripetibili della sede federale a A._, che è patrocinato da un avvocato ed ha presentato una compiuta risposta al ricorso (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Il ricorrente rifonderà a A._ un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione alle parti, rispettivamente ai loro patrocinatori, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.