Faits:
A.
Par décision du 27 mars 2013, le Tribunal régional Jura bernois-Seeland, Agence du Jura bernois a reconnu A._ coupable d'homicide par négligence au préjudice de B._ et l'a condamné à une peine pécuniaire de 10 jours-amende à 90 francs., assortie du sursis, le délai d'épreuve étant fixé à 2 ans.
B.
Par jugement du 16 décembre 2013, la Cour suprême du canton de Berne, Section pénale, 2e Chambre pénale, a confirmé le jugement de première instance, en réduisant toutefois le montant du jour-amende à 40 francs.
En se référant pour l'essentiel à l'état de fait du jugement de première instance, la cour cantonale a retenu en substance les faits suivants.
A._ aidait régulièrement ses parents dans leurs activités agricoles à la ferme. Le 29 février 2012, alors qu'il attendait une livraison, A._ a retiré les planches de bois recouvrant une ouverture à foin de 1,50 m sur 1,50 m aménagée dans le sol de la grange surplombant l'écurie, afin de descendre du fourrage pour le bétail.
Interrompu dans son activité par l'arrivée de B._ à la ferme afin d'y livrer du foin au moyen d'un camion-remorque, A._ a aidé le chauffeur du véhicule à manoeuvrer la remorque dans la grange. Une fois immobilisée, l'arrière de la remorque se situait à environ 8,70 m de la trappe, laquelle n'avait pas été recouverte. Les prénommés ont dessanglé la remorque en vue de décharger la livraison. Alors que A._ déplaçait les balles de foin libérées par les sangles latérales, B._ se chargeait de décrocher les sangles longitudinales. Ce faisant, il s'est dirigé à l'arrière de la remorque, a tiré sur une sangle et a chuté à travers la trappe sur le sol de l'écurie. Amené en ambulance à l'hôpital, B._ y est décédé des suites de ses blessures le 2 mars 2012.
C.
A._ forme un recours en matière pénale contre cette décision dont il requiert l'annulation et conclut, avec suite de frais et dépens, au prononcé de son acquittement.

Considérant en droit:
1.
Le recourant conteste que les éléments constitutifs de l'homicide par négligence soient réalisés.
1.1. Aux termes de l'art. 117 CP, celui qui, par négligence, aura causé la mort d'une personne sera puni d'une peine privative de liberté de trois ans au plus ou d'une peine pécuniaire.
La négligence est l'imprévoyance coupable commise par celui qui, ne se rendant pas compte des conséquences de son acte, agit sans user des précautions commandées par les circonstances et sa situation personnelle (art. 12 al. 3 CP).
L'infraction suppose que l'auteur ait d'une part violé les règles de prudence que les circonstances lui imposaient pour ne pas excéder les limites du risque admissible et que, d'autre part, il n'ait pas déployé l'attention et les efforts que l'on pouvait attendre de lui pour se conformer à son devoir (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 262; <ref-ruling> consid. 5.1 consid. 162 s.).
Pour déterminer plus précisément quels étaient les devoirs imposés par la prudence, on peut se référer à des normes édictées par l'ordre juridique pour assurer la sécurité et éviter des accidents; à défaut de dispositions légales ou réglementaires, on peut se référer à des règles analogues qui émanent d'associations privées ou semi-publiques lorsqu'elles sont généralement reconnues. La violation des devoirs de la prudence peut aussi être déduite des principes généraux, si aucune règle spéciale de sécurité n'a été violée (ATF <ref-ruling> consid. 5.1 p. 162). Un comportement viole le devoir de prudence lorsque l'auteur, au moment des faits, aurait pu, compte tenu de ses connaissances et de ses capacités, se rendre compte de la mise en danger d'autrui et qu'il a simultanément dépassé les limites du risque admissible (<ref-ruling> consid. 2.3.1 p. 79; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 64; <ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 262). C'est en fonction de la situation personnelle de l'auteur que l'on doit apprécier son devoir de prudence (ATF <ref-ruling> consid. 2.1 p. 64; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 162; <ref-ruling> consid. 3b/aa p. 147).
S'il y a eu violation des règles de la prudence, encore faut-il que celle-ci puisse être imputée à faute, c'est-à-dire que l'on puisse reprocher à l'auteur, compte tenu de ses circonstances personnelles, d'avoir fait preuve d'un manque d'effort blâmable (<ref-ruling> consid. 4.2.3 p. 262; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 163).
La violation fautive des devoirs de prudence doit être la cause naturelle et adéquate de la mort.
1.2. En se fondant notamment sur les règles de sécurité éditées par le Service de prévention des accidents dans l'agriculture (ci-après: SPAA), la cour cantonale a retenu que le recourant avait fautivement violé ses devoirs de prudence en omettant de refermer la trappe qu'il avait ouverte avant de décharger la remorque.
1.3. Dès qu'une action a contribué à créer ou à accroître le danger à l'origine du résultat, il convient de considérer que c'est une action qui a causé l'infraction (principe de la subsidiarité, arrêt 6P.78/2006 du 27 septembre 2006 consid. 7; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 122; <ref-ruling> consid. 2 p. 146; <ref-ruling> consid. 2a p. 203 s.).
En l'espèce, le danger a été créé par l'action du recourant, consistant à ouvrir la trappe. Cette action par commission absorbe l'omission de recouvrir la trappe ou d'en avertir le livreur, ce en vertu du principe de subsidiarité. Contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, il sied de constater que le recourant a agi par commission et non par omission. Par conséquent, il n'y a pas lieu d'examiner en l'espèce les règles particulières en cas de délit d'omission et en particulier la position de garant du recourant.
2.
Le déroulement des faits ainsi que leur causalité naturelle ne sont pas contestés. Le recourant estime néanmoins qu'au vu de la configuration des lieux et de ses propres connaissances, il ne pouvait se rendre compte de la mise en danger d'autrui, de sorte qu'il n'a pas fait preuve de négligence coupable.
2.1. Il s'agit en premier lieu d'examiner si le recourant a violé ses devoirs de prudence.
A teneur de l'art. 21 al. 1 de l'ordonnance du 19 décembre 1983 sur la prévention des accidents et des maladies professionnelles (OPA; RS 832.30), les ouvertures aménagées dans le sol ainsi que les emplacements analogues seront munis de garde-corps ou de balustrade, afin de prévenir la chute de personnes, d'objets, de véhicules et de matériaux.
Les règles éditées par la SPAA relatives à la sécurité des exploitations agricoles (cf. pièces 46-48) prévoient que toutes les ouvertures dans le sol doivent être sécurisées de sorte à éviter une chute pendant le travail. De telles ouvertures doivent être fermées au moyen d'un couvercle fixé au sol, et celles mesurant plus de 60 cm sur 60 cm doivent en outre être sécurisées (par exemple par des balustrades métalliques).
On déduit clairement de ces dispositions que les ouvertures aménagées au sol constituent un danger imposant des devoirs de prudence spécifiques. Ceux-ci étant renforcés en ce qui concerne les bâtiments agricoles dès lors que les ouvertures aménagées dans le sol y sont courantes.
Au vu de ce qui précède, l'ouverture d'une trappe non sécurisée, sans prendre des mesures nécessaires pour que celle-ci ne représente pas un danger pour les tiers, constitue, d'un point de vue objectif, la violation d'un devoir de prudence.
2.2. Il faut ensuite déterminer si la violation objective des devoirs de prudence peut être imputée au recourant, compte tenu de ses circonstances personnelles.
Le recourant a déclaré, lors de son audition par le Procureur, qu'en règle générale, il était seul lorsqu'il descendait le foin et que personne ne se trouvait au niveau de la trappe à ce moment-là; mais que si des personnes étaient à la ferme, il était vérifié que celles-ci ne montent pas à la grange quand la trappe était ouverte. Il a ajouté qu'en principe celle-ci était fermée lors des précédentes livraisons de feu B._ et que le jour de l'accident, il l'avait uniquement ouverte parce qu'il voulait encore descendre du fourrage en attendant l'arrivée du camion (art. 105 al. 2 LTF; PV d'audition du 6 novembre 2012 pp. 1 et 2; cf. jugement de première instance, p. 4 in fineet 5).
Il s'ensuit que le recourant aurait pu, au moment des faits, se rendre compte de la mise en danger d'autrui, dès lors qu'en principe, il s'assurait toujours que personne ne soit dans la grange lorsque la trappe était ouverte. En l'ouvrant peu avant l'arrivée prévue du livreur, sans prendre de précaution pour éviter le risque de chute, le recourant a fautivement violé ses devoirs de prudence.
Les différentes explications relatives à la luminosité de la grange et à la visibilité de la trappe ne sont d'aucune pertinence dès lors que, indépendamment de la visibilité, une large ouverture aménagée dans le sol constitue un danger menaçant la vie et l'intégrité corporelle imposant des devoirs de prudence. Les circonstances personnelles dont se prévaut le recourant ne lui sont d'aucun secours. En effet, en tant qu'il allègue ne travailler qu'occasionnellement dans la ferme de ses parents, il s'écarte de manière inadmissible de l'état de fait cantonal sans pour autant prétendre qu'il aurait été établi de manière arbitraire (cf. art. 105 al. 1 et 106 al. 2 LTF). Ses propres déclarations permettent en outre de comprendre qu'il descendait régulièrement le fourrage dans l'écurie et qu'il était présent lors des précédentes livraisons de foin. L'argument, selon lequel le recourant serait dans un double rapport d'autorité face à ses parents, tombe à faux dès lors qu'il ne prétend pas avoir reçu l'ordre d'ouvrir la trappe peu avant la livraison. Il en va de même s'agissant de son âge au moment des faits, dès lors qu'il n'explique pas dans quelle mesure cet élément interviendrait dans l'appréciation de son devoir de diligence. En tout état, il importe peu que l'auteur ait pu ou dû prévoir que les choses se passeraient exactement comme elles ont eu lieu (ATF <ref-ruling> consid. 3b/aa p. 148; <ref-ruling> consid. 5c p. 207).
Le grief du recourant doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
3.
Dans une argumentation distincte, le recourant invoque la rupture du lien de causalité adéquate, alléguant que le comportement de la victime était totalement imprévisible sur deux points. Feu B._ se serait d'une part beaucoup trop éloigné du chargement pour retirer les sangles de la remorque et, d'autre part, il aurait vraisemblablement reculé sans regarder derrière lui.
3.1. Un acte se trouve en relation de causalité adéquate avec un résultat donné lorsque l'acte considéré est propre, d'après le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, à engendrer un résultat du genre de celui qui s'est produit (<ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 265; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 168; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 147 s.). Il s'agit d'une question de droit que le Tribunal fédéral revoit librement (ATF <ref-ruling> consid. 6.1 p. 168). Il faut, et il suffit que l'acte soit objectivement propre à engendrer un résultat du genre de celui qui s'est produit ou à en favoriser la survenance, de sorte qu'il paraisse naturel d'imputer le résultat tel qu'il est survenu à l'adoption du comportement en cause (ATF <ref-ruling> consid. 5.1 p. 147 s.).
Il y a rupture de ce lien de causalité adéquate, l'enchaînement des faits perdant sa portée juridique, si une autre cause concomitante - par exemple une force naturelle, le comportement de la victime ou celui d'un tiers - propre au cas d'espèce constitue une circonstance tout à fait exceptionnelle ou apparaît si extraordinaire que l'on ne pouvait pas s'y attendre. Cependant, cette imprévisibilité de l'acte concurrent ne suffit pas en soi à interrompre le lien de causalité adéquate. Il faut encore que cet acte ait une importance telle qu'il s'impose comme la cause la plus probable et la plus immédiate de l'événement considéré, reléguant à l'arrière-plan tous les autres facteurs qui ont contribué à amener celui-ci, notamment le comportement de l'auteur (<ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 255 s.; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 168; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 148).
3.2. Outre la causalité naturelle, la cour cantonale a admis l'existence d'un lien de causalité adéquate dès lors que, selon le cours ordinaire des choses et l'expérience générale de la vie, le fait de recouvrir le trou était propre à éviter la chute d'une personne, partant, son décès. Elle a enfin écarté toute cause interruptive de ce lien résultant du comportement de la victime.
3.3. Contrairement à ce que prétend le recourant, il ne s'agit pas de comparer les comportements des protagonistes et de répartir la faute en fonction, mais bien plutôt de déterminer si celui de la victime était imprévisible au point que la cause liée à l'ouverture de la trappe devrait être reléguée à l'arrière-plan.
Or, au vu des circonstances du cas d'espèce, il n'apparaît pas comme exceptionnel que le livreur de foin retire les sangles d'une remorque en se déplaçant de quelques mètres à reculons, sans porter une attention particulière au sol derrière lui; tout le périmètre de la grange étant susceptible d'être utilisé lors de telles manoeuvres. Certes le plancher d'une grange peut présenter des obstacles tels que des outils, toutefois, en plein déchargement de marchandise, l'on ne saurait admettre qu'il faille s'attendre à l'existence d'un trou béant, aussi visible soit-il, à moins de 10 m de l'arrière de la remorque. D'ailleurs, c'est précisément parce que ce type d'ouvertures implique des risques de chute lors des différentes activités inhérentes à une exploitation agricole, que la SPAA règlemente de manière détaillée leur sécurité.
Il s'ensuit que le comportement de la victime lors du déchargement et son éventuelle inattention ne constituent pas des circonstances exceptionnelles ayant une importance telle qu'elles s'imposent comme la cause unique ou principale du résultat, permettant de considérer que le lien de causalité a été interrompu.
Le grief du recourant doit être rejeté.
4.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, devra supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour suprême du canton de Berne, Section pénale, 2e Chambre pénale.
Lausanne, le 13 mai 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Boëton