Sachverhalt:
A. B._ (Beschwerdegegnerin) arbeitete seit dem 24. April 2005 im C._ Restaurant von A._ (Beschwerdeführer). Seit dem 11. September 2006 war die Beschwerdegegnerin krank geschrieben. In der Folge wurde das Arbeitsverhältnis aufgelöst.
B. Mit Klage vom 31. Mai 2007 stellte die Beschwerdegegnerin dem Arbeitsgericht Aarau die Begehren, den Beschwerdeführer zu verpflichten, ihr wegen sexueller Belästigung eine Entschädigung nach Art. 5 Abs. 3 und 4 des Bundesgesetzes vom 24. März 1995 über die Gleichstellung von Frau und Mann (Gleichstellungsgesetz, GIG; SR 151.1) in der Höhe von 6 Monatslöhnen, bzw. Fr. 33'000.-- zu bezahlen und gestützt auf <ref-law> bzw. <ref-law>, je in Verbindung mit <ref-law> eine Genugtuung von Fr. 7'000.-- sowie Schadenersatz von Fr. 1'708.80 nach <ref-law> bzw. <ref-law>, je in Verbindung mit <ref-law>, jeweils nebst Zins. Mit Urteil vom 26. Juni 2008 schütze das Arbeitsgericht Aarau die Klage teilweise, indem es der Beschwerdegegnerin eine Entschädigung in der Höhe eines Monatslohns von Fr. 5'674.-- nebst Zins zusprach. Die Appellation des Beschwerdeführers hiess das Obergericht des Kantons Aargau am 12. März 2009 teilweise gut und verpflichtete diesen zur Zahlung einer Entschädigung von Fr. 1'500.-- zuzüglich Zins. Im Gegensatz zum Arbeitsgericht, das weitere Vorfälle sexueller Belästigung, welche die Beschwerdegegnerin dem Beschwerdeführer vorgeworfen hatte, für nachgewiesen erachtete, steht nach Auffassung des Obergerichts einzig fest, dass der Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin an einem Morgen, als diese statt der Arbeitsuniform ein ihr gehörendes ("privates") T-Shirt mit der Aufschrift "Mango" trug, beim ersten Zusammentreffen in der Küche und anschliessend bei seinem Büro in sexuell belästigender Weise (<ref-law>) auf den Busen gestarrt hat.
C. Der Beschwerdeführer beantragt dem Bundesgericht mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde, das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Klage abzuweisen. Eventuell sei die Sache zu neuer Beurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Der vor Vorinstanz umstrittene Betrag erreicht mit Fr. 5'674.-- die in arbeitsrechtlichen Angelegenheiten für die Zulässigkeit der Beschwerde in Zivilsachen geltende Grenze von Fr. 15'000.-- nicht (Art. 51 Abs.1 i.V.m. <ref-law>). Demnach steht dem Beschwerdeführer das von ihm ergriffene Rechtsmittel der subsidiären Verfassungsbeschwerde zur Verfügung (<ref-law>).
2. 2.1 Die Verfassungsbeschwerde ist den formellen Anforderungen von <ref-law> entsprechend zu begründen (<ref-law>). Es ist darzulegen, welche verfassungsmässigen Rechte oder unbestrittenen Rechtsgrundsätze inwiefern verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 143; <ref-ruling> E. 3.2 S. 444 mit Hinweis). Denn das Bundesgericht prüft im Verfassungsbeschwerdeverfahren nur klar und detailliert erhobene Rügen. Auf ungenügend begründete Rügen und rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (vgl. BGE 130 l 258 E. 1.3 S. 261 f. mit Hinweisen).
2.2 Wird in einer Beschwerde Willkür bei der Beweiswürdigung geltend gemacht, ist zu beachten, dass dem Sachgericht nach ständiger Rechtsprechung ein weiter Ermessensspielraum zukommt (BGE 120 l a 31 E. 4 b S. 40). Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere als die vom kantonalen Gericht gewählte Lösung ebenfalls vertretbar oder gar vorzuziehen wäre. Willkürlich ist ein Entscheid vielmehr erst, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, insbesondere mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwider läuft (BGE 132 lll 209 E. 2.1 S. 211 mit Hinweisen). Das Bundesgericht greift nur ein, wenn das kantonale Gericht sein Ermessen missbraucht hat, zu völlig unhaltbaren Schlüssen gelangt ist, erhebliche Beweise übersehen oder willkürlich nicht berücksichtigt hat (BGE 118 l a 28 E. 1 b S. 30).
3. In tatsächlicher Hinsicht umstritten ist folgender von der Beschwerdegegnerin behaupteter Sachverhalt:
Als die Beschwerdegegnerin während einer Morgenschicht in der Küche Reinigungsarbeiten verrichtet habe, sei der Beschwerdeführer vor sie hingetreten und habe gesagt: "Das ist aber ein schönes T-Shirt; das ist zu schön, um darin zu arbeiten. Hast du kein C._ T-Shirt zu tragen?" Während dieses Gesprächs habe er die ganze Zeit auf ihren Busen gestarrt. Der Beschwerdegegnerin sei "sehr ungemütlich gewesen." Etwas später soll der Beschwerdeführer vom Büro aus die Beschwerdegegnerin zu sich gerufen haben. Sie habe sich zur Bürotür begeben, während er im Büro gestanden sei. Er habe nicht ein einziges Mal in ihre Augen geschaut, sondern ganz direkt auf ihren Busen gestarrt. Er habe sie gefragt, wo sie das T-Shirt gekauft habe und was die Aufschrift "Mango" bedeute.
3.1 Die Vorinstanz kam in eingehender Würdigung der Aussagen mehrerer Zeugen zum Schluss, im C._ Restaurant habe eine anzügliche, sexuell gefärbte Atmosphäre geherrscht, die vom Beschwerdeführer, dem Chef der Filiale, mitgeschaffen und mitgetragen worden sei. Er habe häufig den Körperkontakt zu seinen weiblichen Angestellten gesucht und diese anzüglich angeschaut. Dabei sei es zu im Geschäftsleben völlig unüblichen Körperkontakten zwischen ihm und seinen untergebenen Mitarbeiterinnen, zu offensichtlich unangebrachten Äusserungen diesen gegenüber sowie zu unangemessenen Einladungen und Umarmungen gekommen. Diese Kontakte seien zumindest unterschwellig sexuell motiviert gewesen.
3.2 Alsdann würdigte die Vorinstanz die Aussagen der Zeugin D._, welche nach Auffassung der Vorinstanz dem Beschwerdeführer tendenziell wohlgesinnt war. Die Zeugin gab an, am fraglichen Morgen habe die Beschwerdegegnerin ein T-Shirt mit der Aufschrift Mango getragen. Der Beschwerdeführer habe gesagt, das sehe gut aus, sei aber keine Arbeitsuniform. Dabei habe er auf die Brust der Beschwerdegegnerin geschaut. Auf die Frage, wie die Zeugin den Blick interpretiert habe, antwortete diese, sie habe dabei gelacht. Vor dem Hintergrund der vom Beschwerdeführer mitgetragenen anzüglichen Stimmung am Arbeitsort erachtete die Vorinstanz für erwiesen, dass der - von vornherein unnötige und deplatzierte - Blick auf die Brust der Beschwerdegegnerin keineswegs geschäftlich-neutral oder bloss freundschaftlich-kollegial gewesen sei, sondern vielmehr anzüglich, dass heisst sexuell konnotiert, denn andernfalls hätte für die Zeugin kein Grund zum Lachen bestanden. An dieser Einschätzung hielt die Vorinstanz auch im Hinblick auf die den Beschwerdeführer entlastenden Angaben der Zeugin, die aussagte, sie fände es richtig, was der Beschwerdeführer gesagt habe, fest. Der von der Beschwerdegegnerin geschilderte Sachverhalt ist daher nach Auffassung der Vorinstanz erstellt.
3.3 Der Beschwerdeführer macht zunächst unter Hinweis auf Aussagen der Beschwerdegegnerin zu Vorfällen, welche die Vorinstanz für unbewiesen erachtet hat, geltend, die Vorinstanz hätte die Glaubwürdigkeit der Aussagen der Beschwerdegegnerin schlechthin verneinen müssen. Dieser Einwand genügt offensichtlich nicht, um Willkür bei der Beweiswürdigung aufzuzeigen, zumal die Vorinstanz nicht allein auf die Aussage der Beschwerdegegnerin abgestellt hat. Entscheidend ist nicht die Charakterisierung einer Partei als glaubwürdig oder unglaubwürdig, sondern die Würdigung der einzelnen Aussagen im Kontext.
3.4 Sodann ist der Beschwerdeführer der Meinung, die Vorinstanz sei mit der Einschätzung, die Zeugin D._ sei dem Beschwerdeführer wohlgesinnt, wie auch bei der Würdigung ihrer Aussagen in Willkür verfallen. Zur Begründung legt er indessen dem Bundesgericht lediglich seine eigene Sicht der Dinge dar, indem er zum Beispiel anführt, das Lachen der Zeugin hätte auch zahlreiche andere Gründe als die sexuelle Motivation der Bemerkung und des Blicks des Beschwerdeführers haben können. Damit lässt sich Willkür bei der Beweiswürdigung nicht begründen. Zudem blendet der Beschwerdeführer aus, dass diese Zeugin kritiklos ausgesagt hat, der Beschwerdeführer habe sie und andere Mitarbeiterinnen zum Zeichen des Lobs oft umarmt und den Frauen dabei zum Teil auch über den Rücken oder die Schultern gestreichelt. Er habe ihr auch Komplimente über ihr Aussehen gemacht, ihr mehrere SMS geschickt und sie mehrmals (meist vergeblich) zum Essen eingeladen. Er habe gegenüber anderen Mitarbeiterinnen auch Sprüche gemacht. Wenn die Vorinstanz daraus sowie aus dem Umstand, dass die Zeugin D._ vor ihrer Einvernahme die Ehefrau des Beschwerdeführers angerufen hat, ableitet, die Zeugin sei dem Beschwerdeführer wohlgesinnt, ist dies jedenfalls nicht unhaltbar. Sodann ist keineswegs stossend, dass die Vorinstanz die von der Zeugin geschilderten Verhaltensweisen des Beschwerdeführers nicht im Einklang mit der Zeugin als völlig harmlos einstufte, sondern als an einem Arbeitsplatz deplatziert und - namentlich das Anstarren des Busens der Beschwerdegegnerin - sexuell motiviert. Wenn die Vorinstanz aufgrund der von der Zeugin D._ beschriebenen Verhaltensweisen des Beschwerdeführers, welche dieser als solche nicht in Abrede stellt, zum Schluss kommt, in dem vom Beschwerdeführer geleiteten Betrieb habe eine anzügliche, sexuell gefärbte Atmosphäre geherrscht, ist dies nicht zu beanstanden. Die Beweiswürdigung der Vorinstanz hält somit vor Verfassungsrecht stand.
4. Von einer willkürlichen Beweiswürdigung durch die Vorinstanz kann insgesamt keine Rede sein. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde ist daher abzuweisen, wobei der Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig wird. Die Gerichtsgebühr wird gemäss <ref-law> bemessen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 2. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. August 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Luczak