Sachverhalt:
A. A.a Am 1. Januar 2008 ist das Bundesgesetz vom 23. März 2007 über die Stromversorgung (Stromversorgungsgesetz, StromVG; SR 734.7) in Kraft getreten. Gemäss Art. 18 Abs. 1 dieses Gesetzes wird das Übertragungsnetz auf gesamtschweizerischer Ebene von der nationalen Netzgesellschaft betrieben. Die Netzgesellschaft muss Eigentümerin des von ihr betriebenen Netzes sein (Art. 18 Abs. 2 StromVG). Die Elektrizitätsversorgungsunternehmen überführen bis spätestens fünf Jahre nach dem Inkrafttreten des Gesetzes (d.h. bis spätestens 1. Januar 2013) das Übertragungsnetz auf gesamtschweizerischer Ebene auf die nationale Netzgesellschaft (Art. 33 Abs. 4 StromVG). Kommen die Elektrizitätsversorgungsunternehmen dieser Verpflichtung nicht nach, erlässt die Elektrizitätskommission (ElCom) auf Antrag der nationalen Netzgesellschaft oder von Amtes wegen die erforderlichen Verfügungen (Art. 33 Abs. 5 StromVG).
A.b Am 1. Juni 2010 stellte die nationale Netzgesellschaft swissgrid ag bei der ElCom ein Gesuch mit dem Antrag, es sei festzustellen, dass das gesamte 220/380-kV-Netz als Übertragungsnetz gelte (mit den in den Beilagen definierten Ausnahmen) und das Eigentum daran an die nationale Netzgesellschaft zu übertragen sei. Die ElCom stellte das Gesuch am 5. Juli 2010 allen Übertragungsnetzeigentümern zu und gab ihnen Gelegenheit, dazu Stellung zu nehmen.
A.c Mit Schreiben vom 9. Juli 2010 reichte die Nordostschweizerische Kraftwerke Grid AG (nachfolgend: NOK Grid AG) ebenfalls ein Feststellungsbegehren betreffend Definition und Abgrenzung des Übertragungsnetzes bei der ElCom ein. Sie beantragte, das Übertragungsnetz sei aufgrund einer an den Funktionen ausgerichteten Betrachtungsweise zu definieren und vom Verteilnetz abzugrenzen. Das Feststellungsbegehren der swissgrid ag mit der spannungsbasierten Zuordnung sei abzuweisen.
A.d Am 11. November 2010 erliess die ElCom eine Verfügung, die sie der swissgrid ag, der NOK Grid AG und den Übertragungsnetzeigentümern eröffnete. Darin wurde u.a. festgehalten:
"(...)
3. Grenzüberschreitende Leitungen und die erforderlichen Nebenanlagen auf der Spannungsebene 220/380 kV gehören zum Übertragungsnetz und sind auf die swissgrid ag zu überführen, unabhängig davon, ob sie mit dem Übertragungsnetz vermascht sind oder nicht.
4. Leitungen im grenzüberschreitenden Übertragungsnetz einschliesslich der zur Übertragung von Elektrizität erforderlichen Nebenanlagen, die nach dem 1. Januar 2005 in Betrieb genommen wurden, und für die eine Ausnahme beim Netzzugang und bei der Berechnung der anrechenbaren Kosten gewährt wurde, gehören zum Übertragungsnetz. Sie sind nach Ablauf der Ausnahmeregelung auf die swissgrid ag zu überführen.
5. Nicht grenzüberschreitende Zubringerleitungen zu Leitungen gemäss Ziffer 4 und die erforderlichen Nebenanlagen auf Spannungsebenen tiefer als 220 kV gehören nach Ablauf der Ausnahmeregelung für Leitungen und erforderliche Nebenanlagen gemäss Ziffer 4 zum Übertragungsnetz. Sie sind auf diesen Zeitpunkt auf die swissgrid ag zu überführen.
(...)
10. Stichleitungen gehören nicht zum Übertragungsnetz und sind nicht auf die swissgrid ag zu überführen. Das Gesuch der swissgrid ag wird in diesem Punkt teilweise gutgeheissen. Ziffer 3b des Gesuchs der NOK Grid AG wird teilweise gutgeheissen. Stichleitungen, die nach einem Netzausbau Teil des vermaschten Übertragungsnetzes werden, gehören ab diesem Zeitpunkt zum Übertragungsnetz und sind auf die swissgrid ag zu überführen."
B.a Gegen diese Verfügung erhoben die Azienda elettrica ticinese (AET) und die AET NE1 SA am 4. Januar 2011 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht (Verfahren A-69/2011) mit dem Hauptantrag (A):
"1. Il ricorso è accolto.
2. La decisione 11 novembre 2010 della Commissione federale dell'elettricità ElCom (921-10-005) è modificata e completata con l'inserimento di un nuovo punto dal seguente tenore:
5bis.
Nei casi, come quello della rete di distribuzione di AET fra Magadino e Mendrisio, in cui la rete di distribuzione ha due punti di connessione con la rete di trasporto, al gestore della rete di distribuzione non possono incombere oneri in relazione alle quantità di energia che transita sulla sua rete, destinata alla rete di trasporto (riconoscimento del diritto di netting, rimborso delle perdite, ecc.).
3. La definizione e delimitazione della rete di trasporto, come chiesto al punto 2 del presente ricorso, deve essere presa in considerazione per il calcolo delle tariffe a partire dal 1° gennaio 2009.
4. Le spese e la tassa di giustizia sono poste a carico della Commissione federale dell'elettricità ElCom, la quale è condannata a corrispondere ad AET e ad AET NE1 SA congrue ripetibili."
Im Weiteren stellten sie die folgenden Eventualbegehren (B):
"1. Il ricorso è accolto.
Il punto 5 della decisione 11 novembre 2010 della Commissione federale dell'elettricità ElCom (921-10-005) è annullato e le linee di 220 kV Magadino - Manno di AET NE1 SA e 150 kV Manno - Mendrisio di AET sono riconosciute appartenere alla rete di trasporto e devono essere trasferite a swissgrid SA.
2. La definizione e delimitazione della rete di trasporto, come chiesto al punto 1 del presente ricorso, deve essere presa in considerazione per il calcolo delle tariffe a partire dal 1° gennaio 2009.
3. Le spese e la tassa di giustizia sono poste a carico della Commissione federale dell'elettricità ElCom, la quale è condannta a corrispondere ad AET e ad AET NE1 SA congrue ripetibili."
B.b Das Bundesverwaltungsgericht hiess mit Urteil vom 12. April 2012 die Beschwerde teilweise gut und stellte in Abänderung resp. Ergänzung von Ziff. 5 des Dispositivs der Verfügung vom 11. November 2010 fest, dass die 150 kV-Verbindung Manno-Mendrisio zum Übertragungsnetz gehöre und bis spätestens 1. Januar 2013 ins Eigentum der swissgrid ag zu überführen sei (Ziff. 1). Im Übrigen wies es die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat (Ziff. 2).
C. Mit Eingabe vom 15. März 2012 erheben die AET und die AET NE1 SA gemeinsam Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht mit dem Antrag:
"1. Il ricorso è accolto.
1.1 Il punto 1 della sentenza 12 aprile 2012 del Tribunale amministrativo federale è modificato e completato come segue:
La domanda 1 in via subordinata del ricorso 4 gennaio 2011 al TAF è accolta. Di conseguenza, in modifica, rispettivamente completamento, della cifra 5 del dispositivo della decisione del 11 novembre 2010, è accertato che le linee 220 kV Magadino-Manno di AET NE1 SA e 150 kV Manno-Mendrisio di AET appartengono alla rete di trasporto e devono essere trasferite a swissgrid SA.
1.2 Il punto 2 della sentenza 12 aprile 2012 del Tribunale amministrativo federale è modificato nel senso che le domande no. 2 e 3 in via principale e la domanda no. 2 in via subordinata del ricorso 4 gennaio 2011 sono irricevibili."
Zudem beantragen sie Abänderung der vorinstanzlichen Kostenverlegung.
Das Bundesverwaltungsgericht beantragt, dem Begehren der Beschwerdeführerinnen sei stattzugeben und die swissgrid ag pflichtet dem Antrag der Beschwerdeführerinnen bei. Die ElCom äussert sich zur Sache, ohne einen ausdrücklichen Antrag zu stellen und das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation verzichtet auf eine Stellungnahme. Die ElCom stellt am 23. Oktober 2012 dem Bundesgericht ihr Schreiben vom 2. Oktober 2012 an alle Parteien des erstinstanzlichen Verfahrens zu, worin sie eine teilweise Wiedererwägung der Verfügung vom 11. November 2010 in Betracht zieht.
Die AET und die AET NE1 SA äussern sich mit Eingabe vom 30. Oktober 2012 zu den eingegangenen Stellungnahmen.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen den Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerinnen sind als Eigentümerinnen von Leitungen, deren Zugehörigkeit zum Übertragungsnetz im Streit steht, zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
1.2 Gemäss <ref-law> wird das Verfahren in der Regel in der Sprache des angefochtenen Entscheids geführt. Verwenden die Parteien eine andere Amtssprache, so kann der Verfahren in dieser Sprache geführt werden. Hier ist der Entscheid in Deutsch ergangen, die Beschwerde wurde jedoch - wie bereits vor der Vorinstanz - in Italienisch abgefasst. Es rechtfertigt sich, das bundesgerichtliche Verfahren in Deutsch zu redigieren, da die Beschwerdeführerinnen bzw. ihr Vertreter offensichtlich beider Sprachen mächtig sind und auch nicht geltend machen, das Verfahren sei in Italienisch zu führen.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerinnen hatten vor der Vorinstanz einerseits Anträge bezüglich der Tarifberechnung gestellt. Andererseits hatten sie beantragt, dass "le linee di 220 kV Magadino-Manno di AET NE1 SA e 150 kV Manno-Mendrisio di AET" als zum Übertragungsnetz gehörend anzuerkennen seien.
2.2 Die Vorinstanz hat erwogen (vgl. angefochtener Entscheid E. 5), Tarifberechnungen bildeten nicht Gegenstand des erstinstanzlichen Verfahrens; deshalb könne auf das Hauptbegehren der Beschwerdeführerinnen sowie auf das Eventualbegehren B.2 nicht eingetreten werden, da sich diese Begehren auf Tariffragen bezögen. Insoweit beanstanden die Beschwerdeführerinnen den angefochtenen Entscheid nicht.
Weiter hat die Vorinstanz ausgeführt, die streitgegenständliche 150 kV-Leitung Manno-Mendrisio gehöre zum Übertragungsnetz; auch insoweit ist der vorinstanzliche Entscheid nicht angefochten. In Bezug auf die 220 kV-Leitung Magadino-Manno erwog die Vorinstanz, die Beschwerdeführerin 1 sei gemeinsam mit der Aziende Industriali di Lugano (AIL) SA Eigentümerin dieser Leitung (vgl. angefochtener Entscheid E. 10.2). Weiter habe sie bereits mit Urteil A-157/2011 vom 21. Juli 2011 erkannt, dass diese Leitung zum Übertragungsnetz gehöre und auf die swissgrid ag zu überführen sei; auf die entsprechenden Vorbringen der Beschwerdeführerinnen brauche daher nicht weiter eingegangen zu werden. In Ziffer 1 des Dispositivs hiess die Vorinstanz die Beschwerde nur teilweise gut und ordnete die Zugehörigkeit der 150 kV-Leitung Manno-Mendrisio zum Übertragungsnetz an. In Ziffer 2 wies sie die Beschwerde im Übrigen (also namentlich in Bezug auf die Leitung Magadino-Manno) ab, soweit sie darauf eintrat.
2.3 Die Beschwerdeführerinnen bringen vor, die 220 kV-Leitung Magadino-Manno, welche Gegenstand des inzwischen rechtskräftig gewordenen Urteils A-157/2011 (vgl. Urteil des Bundesgerichts 2C_736/2011 vom 8. Juni 2012) bildete, sei nicht identisch mit ihrer 220 kV-Leitung Magadino-Manno, welche Gegenstand des Verfahrens A-69/2011 bilde. Über letztere Leitung sei entgegen der Annahme der Vorinstanz im Urteil A-157/2011 nicht entschieden worden. Sie gehöre genauso wie die 150 kV-Leitung Manno-Mendrisio oder die 220 kV-Leitung Magadino-Manno der AIL Servizi SA zum Übertragungsnetz.
2.4 Aus den Akten geht in der Tat hervor, dass zwei parallele 220 kV-Leitungen Magadino-Manno bestehen. Die Vorinstanz räumt in ihrer Vernehmlassung ein, sie sei irrtümlich davon ausgegangen, es bestehe nur eine 220 kV-Leitung Magadino-Manno. Die swissgrid ag bestätigt, dass es sich nach ihrem Kenntnisstand bei der 220 kV-Verbindung Magadino-Manno um eine Doppelleitung (zwei Stromkreise auf einem Masten) handle, von denen eine im Eigentum der AIL Servizi SA, die andere im Eigentum der Beschwerdeführerin 2 stehe. Sodann liegt auf der Hand und wird auch von der Vorinstanz bestätigt, dass die hier streitige 220 kV-Leitung Magadino-Manno der Beschwerdeführerin 2 gleich zu behandeln ist wie die parallele Leitung der AIL Servizi SA. Die gleiche Auffassung vertritt auch die swissgrid ag.
2.5 Die Beschwerde erweist sich daher als begründet und ist gutzuheissen. Es ist festzustellen, dass auch die 220 kV-Leitung Magadino-Manno der Beschwerdeführerin 2 zum Übertragungsnetz gehört und auf die swissgrid ag zu überführen ist.
3. Bei diesem Ausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Das Bundesverwaltungsgericht hat den Beschwerdeführerinnen für das Verfahren vor Bundesgericht eine Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 4 i.V.m. <ref-law>). Eine Neuregelung des vorinstanzlichen Kosten- und Entschädigungsentscheids drängt sich hingegen nicht auf, da auch bei diesem Ausgang die Beschwerdeführerinnen vor der Vorinstanz nur teilweise obsiegt haben (teilweises Nichteintreten).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 12. April 2012 wird insoweit abgeändert, als in Gutheissung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, auch die 220 kV-Verbindung Magadino-Manno der Beschwerdeführerin 2 zum Übertragungsnetz gehört und auf die swissgrid ag zu überführen ist.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Das Bundesverwaltungsgericht hat die Beschwerdeführerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, der swissgrid ag, der Eidgenössischen Elektrizitätskommission ElCom, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, sowie dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Dezember 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger