Sachverhalt:
A. S._, geboren 1966, war von anfangs Februar 2003 bis Ende April 2005 in einem Pflegeheim als Krankenschwester tätig. Am 15. September 2005 meldete sie sich unter Hinweis auf Kraftlosigkeit in den Armen, Schmerzen sowie Gefühllosigkeit in Händen und Beinen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach medizinischen und erwerblichen Abklärungen sowie Durchführung des Vorbescheidverfahrens verneinte die IV-Stelle Bern mit Verfügung vom 14. November 2006 einen Rentenanspruch.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die hiegegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 28. September 2007 ab.
C. S._ lässt Beschwerde führen und beantragen, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und ihr sei ab Oktober 2005 eine ganze Rente zuzusprechen. Eventuell seien die gesundheitlichen Beeinträchtigungen bei fachkompetenten, unabhängigen Gutachtern weiter interdisziplinär abzuklären.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde, während das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann nach <ref-law> die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>).
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Beschwerdeführerin Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung hat. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung dieser Fragen einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt.
3. Als erstes ist die Frage zu prüfen, in welchem Ausmass die Versicherte noch arbeitsfähig ist.
3.1 Die Vorinstanz hat in einlässlicher Würdigung der medizinischen Akten, insbesondere der Gutachten der Dres. med. R._, Spezialarzt FMH für Rheumatologie, und H._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 26. Juli 2006 und 15. September 2006, sowie deren gemeinsame interdisziplinäre Beurteilung vom 15. September 2006, festgestellt, dass aus somatischer Sicht der Beschwerdeführerin die bisherige Tätigkeit vollumfänglich zugemutet werden könne und die anhaltende somatoforme Schmerzstörung, unter der sie leide, überwindbar sei. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringen lässt, vermag diese Tatsachenfeststellungen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397) weder als offensichtlich unrichtig noch sonstwie bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen:
3.1.1 Dies gilt als erstes für den Einwand, es bestehe eine somatische Erklärung für ihre Schmerzen, liege doch nach wie vor eine Impingement-Symptomatik beider Schultern vor. Abgesehen davon, dass Dr. med. R._ in seinem Gutachten nachvollziehbar begründet, weshalb eine Impingement-Symptomatik nicht mehr vorhanden ist, wird entgegen der Auffassung der Versicherten weder für den Nachweis einer solchen noch zur Bestimmung deren Ausmasses ein bildgebendes Verfahren verlangt. Beim Impingement-Syndrom handelt es sich um eine Funktionsbeeinträchtigung des Schultergelenks durch mechanische Irritation der Rotatorenmanschette und der Bursa subacromialis unter dem Akromion. Diagnostiziert wird es in erster Linie anhand der Impingement-Zeichen und dem Test nach Neer oder Hawkins, ggf. Röntgen, MRT (vgl. Pschyrembel, Klinisches Wörterbuch, 261. Aufl., Berlin/New York 2007, S. 902). Anlässlich der rheumatologischen Untersuchung vom 26. Juli 2006 hat Dr. med. R._ unter anderem festgestellt, dass beide Schultern aktiv und passiv völlig unbehindert beweglich sind. Lag bereits aufgrund der rheumatologischen Untersuchung keine Funktionsbeeinträchtigung der Schultern mehr vor, durfte der Sachverständige ohne weiteres auf eine bildgebende Untersuchung verzichten.
3.1.2 Steht fest, dass die Schmerzen aus somatischer Sicht nicht erklärbar sind, liegt - was auch von der Beschwerdeführerin anerkannt wird - eine somatoforme Schmerzstörung vor. Die Vorinstanz hat dazu richtig erwogen, dass eine diagnostizierte anhaltende somatoforme Schmerzstörung als solche nach der Rechtsprechung noch keine Invalidität begründet. Vielmehr besteht eine Vermutung, dass die somatoforme Schmerzstörung oder ihre Folgen mit einer zumutbaren Willensanstrengung überwindbar sind (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50). Während die Vorinstanz gestützt auf das Gutachten des Dr. med. H._ keines der Kriterien, unter denen ausnahmseise von der genannten Vermutung abgewichen werden kann (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.2 S. 50), als erfüllt betrachtet, reklamiert die Beschwerdeführerin mehrere als gegeben. Dazu kann sie sich jedoch auf keinerlei psychiatrisch-fachärztliche Unterlagen stützen. Insbesondere enthält der Bericht vom 30. November 2005 des Dr. med. W._, eidg. Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, keine Ausführungen zur Überwindbarkeit der von ihm ebenfalls diagnostizierten Schmerzstörung. Unbehelflich ist in diesem Zusammenhang der Einwand der Beschwerdeführerin, der psychiatrische Experte begründe die vollständige Arbeitsfähigkeit mit juristischer Literatur, handelt es sich doch bei der zu entscheidenden Frage der zumutbaren Willensanstrengung zur Überwindung der Schmerzen und Ausübung einer Erwerbstätigkeit um eine Tatfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 398). Inwiefern es bundesrechtswidrig sein soll, dass ein Sachverständiger zum besseren Verständnis seiner nachfolgenden Ausführungen die von der Rechtsprechung entwickelten Kriterien zur ausnahmsweisen Anerkennung der invalidisierenden Wirkung einer somatoformen Schmerzstörung auflistet, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Der genannte Einwand ist im Übrigen auch unzutreffend, zeigt doch der Sachverständige anhand der konkreten Umstände plausibel auf, dass sich bei der Beschwerdeführerin mehrere Hinweise dafür finden, wonach sie die Schmerzen überwinden kann. Namentlich werden das Fehlen einer auffälligen prämorbiden Persönlichkeitsstruktur, eine nur mässig ausgeprägte psychiatrische Komorbidität, das Fehlen chronischer körperlicher Begleiterkrankungen sowie der nicht vollständige Verlust der sozialen Integration genannt. Jedenfalls ist der von der Vorinstanz daraus gezogene Schluss, die Schmerzen seien überwindbar, nicht offensichtlich unrichtig.
3.1.3 Daran ändert auch die Kritik der Beschwerdeführerin am Beweiswert der Gutachten nichts. Soweit sie vorbringt, die Experten hätten sich nicht explizit mit allen Vorakten auseinandergesetzt, hat bereits die Vorinstanz zu Recht darauf hingewiesen, dass dies von der Rechtsprechung auch nicht verlangt wird. Vielmehr ist in diesem Zusammenhang nur - aber immerhin - erforderlich, dass das Gutachten in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben wurde (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Dass einer der Sachverständigen ein relevantes medizinisches Aktenstück übersehen hätte, wird indessen nicht geltend gemacht und ist auch sonst nicht ersichtlich.
3.1.4 Inwiefern die in E. 3.1 erwähnten Feststellungen des kantonalen Gerichts offensichtlich unrichtig sein sollen, legt die Beschwerdeführerin auch sonst nicht dar. Sie kritisiert vielmehr weiter, dass die beiden Experten von der Beschwerdegegnerin seit Jahren in ganz erheblichem Umfange mit der Erstellung von Gutachten beauftragt werden. Nach ständiger Rechtsprechung stellt indessen der Umstand, dass ein Arzt wiederholt von einem Sozialversicherungsträger als Gutachter beigezogen wird, für sich allein keinen Ausstandsgrund dar (SVR 2008 IV Nr. 22 S. 69 E. 2.4). Inwiefern die Vorinstanz eine zu einem Dogma mutierte Rangordnung der Beweismittel aufgestellt haben soll, ist nicht ersichtlich. Vielmehr hat sie die in <ref-ruling> E. 3b S. 352 f. dargelegten Richtlinien für die Beweiswürdigung bestimmter Formen medizinischer Berichte und Gutachten befolgt. Insbesondere hat sie bei einander widersprechenden Berichten - in vorbildlicher Weise <ref-ruling> E. 3a S. 352 folgend - das gesamte Beweismaterial gewürdigt und jeweils die Gründe angegeben, warum auf die eine und nicht auf die andere medizinische These abgestellt wird.
3.1.5 Soweit die Beschwerdeführerin schliesslich die bereits im vorinstanzlichen Verfahren erhobenen und vom kantonalen Gericht mit zutreffender Begründung entkräfteten Vorbringen wiederholt, wird wiederum auf den angefochtenen Entscheid verwiesen.
3.2 Bleiben die vorinstanzlichen Feststellungen zur Arbeitsfähigkeit der Beschwerdeführerin für das Bundesgericht verbindlich, erweist sich die vorinstanzliche Verneinung des Rentenanspruchs mangels Invalidität als bundesrechtskonform.
3.3 Angesichts der schlüssigen medizinischen Aktenlage bedarf es keiner zusätzlichen Abklärung, weshalb von der eventualiter beantragten Einholung eines Gutachtens abzusehen ist (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 4b S. 94).
4. Bei diesem Verfahrensausgang ist der angefochtene Entscheid auch hinsichtlich der Kostenfolge zu bestätigen, wurden doch die Verfahrenskosten der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt. Inwiefern das kantonale Gericht dadurch eine Rechtsverletzung begangen haben soll, legt die Beschwerdeführerin nicht dar. Dass die Vorinstanz die Beschwerdegegnerin in anderen Verfahren trotz Unterliegens angeblich von Verfahrenskosten befreien soll, ändert nichts daran, dass die Beschwerdeführerin im kantonalen Verfahren unterlegen und deswegen kostenpflichtig ist. Auch aus dem aus <ref-law> abgeleiteten Anspruch auf "Gleichbehandlung im Unrecht" ergibt sich nichts anderes. Ein solcher Anspruch wird nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung nur ausnahmsweise anerkannt (<ref-ruling> E. 8.6 S. 510, mit Hinweis); dann nämlich, wenn eine rechtsanwendende Behörde eine gesetzwidrige Praxis pflegt und überdies zu erkennen gibt, dass sie davon auch in Zukunft nicht abweichen werde. Grundbedingung für eine ausnahmsweise "Gleichbehandlung im Unrecht" ist in jedem Fall, dass sich der Betroffene in einer gleichen oder vergleichbaren Lage befindet wie der Dritte, dem der rechtswidrige Vorteil gewährt wurde. In aller Regel geht jedoch der Grundsatz der Gesetzmässigkeit der Verwaltung der Rücksicht auf die gleichmässige Rechtsanwendung vor (vgl. statt vieler: <ref-ruling> E. 6 S. 387; <ref-ruling> E. 4a S. 451 f., mit Hinweisen). Die Berufung auf "Gleichbehandlung im Unrecht" scheitert hier jedoch bereits an der Voraussetzung der gesetzwidrigen Praxis, musste sich doch das Bundesgericht - soweit ersichtlich - bisher noch nicht dazu äussern, ob die IV-Stellen im Beschwerdeverfahren vor den kantonalen Versicherungsgerichten nach <ref-law> unter die Kostenpflicht nach <ref-law> fallen oder nicht. Für das bundesgerichtliche Verfahren hat es hingegen die Kostenpflicht bestätigt, weil die Ausnahmeregelung von <ref-law> nicht anwendbar ist, da die IV-Stelle in ihrem Vermögensinteresse handelt (Urteil vom 25. September 2007, 8C_67/2007, E. 6).
5. Als unterliegende Partei hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 19. Mai 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Borella Maillard