Sachverhalt:
A. Die X._ AG mit Sitz in A._/TG bezweckt im Wesentlichen den An- und Verkauf von bebauten und unbebauten Grundstücken, das Planen, Erstellen und Umbauen von Ein- und Mehrfamilienhäusern, sowie deren Vermietung, Verwaltung und Veräusserung. Einziges Mitglied des Verwaltungsrates ist Q._. Zusammen mit dem Architekten R._ bildete die X._ AG das Baukonsortium "Y._", welches am 21. Juni 2006 - nach Verkauf der letzten Wohnung - aufgelöst wurde.
In der Steuererklärung 2006 deklarierte die X._ AG einen steuerbaren Gewinn von Fr. 28'184.--. Eine steueramtliche Überprüfung ergab, dass in der Jahresrechnung 2006 ein Nettogewinnanteil am Baukonsortium "Y._" in der Höhe von total Fr. 135'301.-- nicht berücksichtigt worden war. In der Steuerveranlagung vom 28. April 2009 rechnete die Steuerverwaltung des Kantons Thurgau für die Steuerperiode 2006 den entsprechenden Betrag auf, womit ein steuerbarer Gewinn von Fr. 163'485.-- resultierte. Die Veranlagungsverfügungen betreffend die direkte Bundessteuer 2006 bzw. die Staats- und Gemeindesteuern 2006 erwuchsen unangefochten in Rechtskraft.
B. Am 12. Juni 2009 leitete die kantonale Steuerverwaltung gegenüber der X._ AG ein Steuerstrafverfahren ein. Mit Bussenverfügungen vom 19. Juni 2009 wurde die X._ AG wegen versuchter Steuerhinterziehung mit Fr. 7'662.-- (direkte Bundessteuer) bzw. Fr. 13'494.-- (Staats- und Gemeindesteuern) gebüsst, was 67 % der hinterzogenen Steuer entsprach. Die dagegen von der X._ AG erhobenen Einsprachen wurden mit Entscheiden vom 7. September 2009 teilweise gutgeheissen und die Bussen auf 60 % der hinterzogenen Steuer reduziert (direkte Bundessteuer: Fr. 6'896.--; Staats- und Gemeindesteuern: Fr. 12'144.--). Mit Entscheiden vom 13. August 2010 hiess die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau die dagegen erhobenen Rekurse teilweise gut und reduzierte die Busse auf 50 % der hinterzogenen Steuer.
Die von der X._ AG gegen diese Entscheide gerichteten Beschwerden wies das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau am 16. Februar 2011 ab.
C. Mit je separater Eingabe vom 1. April 2011 führt die X._ AG beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, die angefochtenen Urteile (betr. direkte Bundessteuer bzw. Staats- und Gemeindesteuern) seien aufzuheben und von der Erhebung einer Busse sei abzusehen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das kantonale Steueramt und das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Die weitgehend gleich lautenden Beschwerden betreffen dieselben Parteien, richten sich gegen praktisch übereinstimmende Urteile und werfen identische Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren zu vereinigen und die Beschwerden in einem einzigen Urteil zu erledigen (vgl. <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 60 f. mit Hinweis).
1.2 Die Beschwerden sind zulässig (vgl. <ref-law> in Verbindung mit Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] bzw. mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.3 Die Beschwerde ist zu begründen (<ref-law>). Mit ihr ist in gedrängter Form durch Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, welche Vorschriften und warum sie von der Vorinstanz verletzt worden sein sollen. Allgemein gehaltene Einwände, die ohne aufgezeigten oder erkennbaren Zusammenhang mit bestimmten Entscheidungsgründen vorgebracht werden, genügen nicht (<ref-ruling> E. 3.3 S. 60). Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und gehörig begründet wird (<ref-law>). Es muss klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids dargelegt werden, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 88 mit Hinweisen).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde, sofern dieser nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Wird eine Sachverhaltsfeststellung beanstandet, muss in der Beschwerdeschrift dargelegt werden, inwiefern diese Feststellung willkürlich (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401) oder durch eine andere Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> zustande gekommen ist und inwiefern die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Auf rein appellatorische Kritik am Sachverhalt tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 5.2.2 S. 322; <ref-ruling> E. 2.2 S. 41).
I. Direkte Bundessteuer
2. 2.1 Nach <ref-law> wird mit Busse bestraft, wer eine Steuer zu hinterziehen versucht. Die versuchte Steuerhinterziehung ist nur bei vorsätzlicher Tatbegehung strafbar, was sich nicht direkt aus dem Gesetz, jedoch aus dem Begriff des Versuchs ergibt. Die versuchte unterscheidet sich von der vollendeten Steuerhinterziehung dadurch, dass es bei der versuchten Tatbegehung noch nicht zu einer rechtskräftigen Veranlagung gekommen ist oder diese zu Unrecht unterblieben ist (vgl. <ref-law>). Ein blosser Versuch liegt demnach vor, solange die betreffende Veranlagung noch im ordentlichen Verfahren durchgeführt oder abgeändert werden kann bzw. solange die Veranlagung noch nicht in Rechtskraft erwachsen ist. Eventualvorsatz ist dem Vorsatz gleich gestellt. Nach der Rechtsprechung gilt der Nachweis des Vorsatzes als erbracht, wenn mit hinreichender Sicherheit fest steht, dass der Steuerpflichtige sich der Unrichtigkeit oder Unvollständigkeit der gemachten Angaben bewusst war, so dass angenommen werden muss, er habe eine Täuschung der Steuerbehörde beabsichtigt und eine zu niedrige Veranlagung bezweckt (direkter Vorsatz) oder zumindest in Kauf genommen (Eventualvorsatz). Eventualvorsatz ist zu bejahen, wenn sich dem Täter der Erfolg seines Verhaltens als so wahrscheinlich aufgedrängt hat, dass sein Verhalten vernünftigerweise nur als Inkaufnahme, als Billigung des Erfolgs ausgelegt werden kann. Das trifft namentlich dann zu, wenn sich die steuerpflichtige Person überhaupt nicht darum kümmert, ob die von ihr gemachten Angaben richtig sind (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 8.2 S. 61; <ref-ruling> E. 3a S. 29; Urteile 2C_336/2010 vom 7. Oktober 2010 E. 4.1, in: RDAF 2010 II S. 593; 2A.168/2006 vom 8. März 2007 E. 3, in: StE 2007 B 101.21 Nr. 17; 2A.194/2002 vom 25. April 2003 E. 2.1-2.3, in: StR 59/2004 S. 58; 2A.351/2002 vom 5. November 2002 E. 3, in: ASA 73 S. 215).
2.2 Wenn mit Wirkung für eine juristische Person Verfahrenspflichten verletzt, Steuern hinterzogen oder Steuern zu hinterziehen versucht werden, wird die juristische Person gemäss <ref-law> gebüsst. Die Bestrafung einer juristischen Person wegen Steuerhinterziehung ist dabei nur möglich, wenn ein Organ schuldhaft, d.h. vorsätzlich oder fahrlässig, gehandelt hat (<ref-ruling> E. 4.2 S. 90 f. mit Hinweisen).
3. 3.1 Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid zunächst den objektiven Tatbestand der versuchten Steuerhinterziehung bejaht: Die Beschwerdeführerin habe - vertreten durch ihren (einzigen) Verwaltungsrat Q._ - in der Steuererklärung 2006 lediglich einen steuerbaren Reingewinn von Fr. 28'184.-- ausgewiesen. Die Steuerverwaltung habe unter dem Titel "Geldwerte Leistungen" folgende Aufrechnungen vorgenommen: Fr. 126'815.-- Q._, Gewinnanteil X._ AG am Baukonsortium "Y._" sowie Fr. 18'000.-- Q._, Miete B._strasse xxx in A._. Die Veranlagungsverfügungen der Staats- und Gemeindesteuern 2006 sowie der direkten Bundessteuer 2006 vom 28. April 2009 seien von der Beschwerdeführerin akzeptiert worden und in Rechtskraft erwachsen. Die Unterlassung der Deklaration des Gewinnanteils und der Mieteinnahmen hätte zu einer erheblichen Steuerverkürzung geführt. Aus den Akten, insbesondere den Belastungsanzeigen der Bank bzw. den E-Mail-Bestätigungen des Treuhänders der Beschwerdeführerin, ergebe sich, dass am 20. Juli 2006 ein Betrag von Fr. 105'000.-- vom Baukonsortium an die Beschwerdeführerin überwiesen worden sei. Nicht mehr bestritten werde ferner die Gewinnauszahlung bzw. Aufrechnung in der Form eines WIR-Checks in der Höhe von Fr. 15'000.--. Auch die Aufrechnung eines Betrags von Fr. 18'000.-- für die Mietzinseinnahmen des Baukonsortiums erweise sich als korrekt. Die Zuordnung des in der Steuerveranlagung aufgerechneten und gestützt auf die provisorischen Bauabrechnungen realistischen Gewinnanteils hätte nach den Grundsätzen der ordnungsgemässen Rechnungslegung im Jahr 2006 erfolgen müssen, als das Baukonsortium aufgelöst worden sei (vgl. angefochtener Entscheid E. 2.2).
3.2 Die Vorinstanz ist weiter zum Schluss gekommen, dass der Beschwerdeführerin zumindest eventualvorsätzliches Handeln vorzuwerfen sei. Dem (einzigen) Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin, Q._, müsse bewusst gewesen sein, dass der in der von ihm unterzeichneten Steuererklärung 2006 ausgewiesene Gewinn stark verkürzt gewesen sei und nicht den Tatsachen entsprochen habe (vgl. angefochtener Entscheid E. 2.3).
4. 4.1 Die Beschwerdeführerin rügt eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts (<ref-law>) und eine "mangelhafte Eröffnung" des Entscheids (<ref-law>), eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes (<ref-law> i.V.m. 142 Abs. 4 und 145 Abs. 2 DBG) sowie eine willkürliche Beweiswürdigung bzw. unterlassene Beweisabnahme (<ref-law>, <ref-law>).
4.2 Diese Rügen zielen allesamt ins Leere:
4.2.1 Zunächst liegt weder eine Verletzung der Begründungspflicht noch eine "mangelhafte Eröffnung" des Entscheids vor. Aus dem - sinngemäss ebenfalls angerufenen - Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> folgt zwar in der Tat die grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Das bedeutet indessen nicht, dass sich die Behörde mit jeder tatbestandlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Der Rechtsuchende soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat, damit er gegebenenfalls den Entscheid sachgerecht anfechten kann (<ref-ruling> E. 3.1 S. 277 mit Hinweisen). Diesen Anforderungen genügt der vorinstanzliche Entscheid. Das Verwaltungsgericht war nicht gehalten, sämtliche Eingaben und Argumente der Beschwerdeführerin im Detail wiederzugeben; es hat sich mit den vorgetragenen Einwänden hinreichend auseinandergesetzt, und es bestand für das Gericht auch keine Verpflichtung, weitere Untersuchungshandlungen vorzunehmen. Insbesondere aus dem Umstand, dass im Sachverhalt nur die Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin zitiert worden sind, lässt sich nichts zu ihren Gunsten ableiten.
4.2.2 Die Vorinstanz durfte weiter, ohne hierdurch gegen das Willkürverbot (<ref-law>), den Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>) oder den Untersuchungsgrundsatz zu verstossen, auf die Abnahme beantragter Beweismittel, hier konkret die Befragung als Zeuge bzw. Auskunftsperson von Mitarbeitern der Z._ AG, verzichten, wenn sie aufgrund der bereits abgenommenen Beweise ihre Überzeugung gebildet hatte und in vorweggenommener (antizipierter) Beweiswürdigung annehmen konnte, dass ihre Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (BGE 134 I 140 E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 3 S. 157; je mit Hinweisen).
4.2.3 Schliesslich legt die Beschwerdeführerin nicht dar, inwiefern die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung willkürlich sein oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen soll (vgl. E. 1.3 hiervor). Sie macht im Wesentlichen nur geltend, die Vorinstanz habe ihre Vorbringen nicht vollständig im angefochtenen Entscheid behandelt und kritisiert im Übrigen die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz in rein appellatorischer Weise. In diesem Zusammenhang kann auf E. 4.2.1 hiervor sowie - in Bezug auf die Verletzung der Unschuldsvermutung - auf E. 5.2.2 hiernach verwiesen werden. Der vorinstanzlich festgestellte Sachverhalt ist somit für das Bundesgericht verbindlich (vgl. E. 1.3 hiervor).
5. 5.1 Die Beschwerdeführerin rügt weiter die Verletzung der Unschuldsvermutung (Art. 6 Ziff. 2 EMRK und <ref-law>) als Beweislast- und als Beweiswürdigungsregel.
5.2 Beim Hinterziehungsverfahren im Recht der direkten Bundessteuer handelt es sich um ein echtes Strafverfahren, für welches die strafprozessualen Garantien, insbesondere auch jene der in <ref-law> und Art. 6 EMRK verankerten Unschuldsvermutung, gelten (<ref-ruling> E. 3a/b S. 281 ff.). Auch wenn sich die Unschuldsvermutung nur auf den Schuldnachweis und grundsätzlich nicht auf die Art und Höhe der Strafe bezieht, gehört zum Schuldnachweis auch, welchen Betrag der Pflichtige hinterzogen hat.
5.2.1 Der aus der Unschuldsvermutung abgeleitete Grundsatz "in dubio pro reo" besagt als Beweislastregel, dass es Sache der Anklagebehörde ist, die Schuld des Angeklagten zu beweisen, und nicht dieser seine Unschuld nachweisen muss. Als Beweiswürdigungsregel bedeutet die Maxime, dass sich die Strafbehörden nicht von der Existenz eines für den Angeklagten ungünstigen Sachverhalts überzeugt erklären dürfen, wenn bei objektiver Betrachtung Zweifel bestehen, ob sich der Sachverhalt so verwirklicht hat (<ref-ruling> E. 2a S. 40 f.).
5.2.2 Aus der Unschuldsvermutung und dem darin enthaltenen Grundsatz "in dubio pro reo" ergibt sich demnach, dass der Strafsteuer keine Sachverhaltselemente zugrunde gelegt werden dürfen, über deren Verwirklichung bei objektiver Würdigung der gesamten Beweislage Zweifel bestehen müssen oder die nur als wahrscheinlich gelten. Soweit die Steuerbehörden steuerbegründende Sachverhaltselemente nur mit dem Grad der Wahrscheinlichkeit ermitteln, aber nicht zur Überzeugung gelangen, dass sie sich verwirklicht haben, können solche Sachverhaltselemente nicht Grundlage für die Strafsteuer bilden. Dies schliesst allerdings nicht aus, dass die hinterzogenen Einkommens- und Vermögensteile im Rahmen der Beweiswürdigung dem Betrage nach durch Schätzung festgesetzt werden können, wenn sie auf diese Weise hinreichend sicher zu ermitteln sind, denn die Schätzung stellt eine besondere Art des Indizienbeweises dar (Urteil 2A.572/1999 vom 13. Juli 2001 E. 5d).
5.3 Die Beschwerdeführerin hat in der Steuererklärung 2006 lediglich einen steuerbaren Gewinn von Fr. 28'184.-- deklariert. Die Steuerbehörde hat aufgrund von Kontoauszügen festgestellt, dass in der Jahresrechnung 2006 der Nettogewinnanteil von Fr. 135'301.-- am Baukonsortium "Y._" nicht berücksichtigt worden ist. Die entsprechend korrigierte Steuerveranlagung 2006 wurde von der Beschwerdeführerin in der Folge akzeptiert und erwuchs in Rechtskraft. Der steuerbare Reingewinn umfasst gemäss <ref-law> den Saldo der Erfolgsrechnung unter Berücksichtigung des Saldovortrages des Vorjahres. Der steuerbare Gewinn geht somit aus der kaufmännischen Buchführung hervor, deren Inhalt für die Steuerbehörde wegen des Grundsatzes der Verbindlichkeit der Handelsbilanz verbindlich ist. Eine Steuerhinterziehung liegt deshalb vor, sobald eine Unregelmässigkeit in der Buchhaltung besteht (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 88). Im vorliegenden Fall ist verbindlich festgestellt (vgl. E. 4.2.3 hiervor), dass bereits am 20. Juli 2006 ein Betrag von Fr. 105'000.-- vom Baukonsortium an die Beschwerdeführerin überwiesen wurde und zudem eine Gewinnauszahlung in Form eines WIR-Checks in der Höhe von Fr. 15'000.-- stattgefunden hat. Damit kann der Beschwerdeführerin nicht gefolgt werden, wenn sie ausführt, der Gewinn aus dem Baukonsortium hätte erst nach Vorliegen der Schlussabrechnung vom 2. März 2009 versteuert werden müssen. Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt, dass bereits in der provisorischen Baukostenabrechnung per 30. Juni 2006 ein hälftiger Gewinnanteil von Fr. 118'224.99 bei Rückstellungen von Fr. 18'900.-- aufgeführt sind und das Baukonsortium mit Vereinbarung vom 21. Juni 2006 aufgelöst worden ist.
Die Vorinstanz ist gestützt auf diese Indizien zur Überzeugung gelangt, dass der Gewinnanteil aus dem Baukonsortium "Y._" in der Steuerperiode 2006 zugeflossen ist. Was die Beschwerdeführerin dagegen vorbringt, zeigt nicht auf, dass die Vorinstanz bei objektiver Würdigung der gesamten Beweislage sich aufdrängende Zweifel daran hätte hegen müssen, dass sich der Sachverhalt so zugetragen hat. Der blosse Hinweis auf andere mögliche Szenarien reicht dazu nicht aus. Eine Verletzung der Unschuldsvermutung ist damit nicht dargetan.
6. 6.1 Gestützt auf die obenstehenden Ausführungen ist somit auch nicht ersichtlich, inwiefern hier eine Verletzung von <ref-law> i.V.m. <ref-law> und <ref-law> vorliegen soll. Die Vorinstanz hat zu Recht neben dem objektiven Tatbestand auch den subjektiven Tatbestand der versuchten Steuerhinterziehung im Sinne von <ref-law> bejaht.
Der einzige Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin unterzeichnete die Steuererklärung selber. Er übernahm damit im Namen der Beschwerdeführerin (<ref-law>; vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.1 und 4.2 S. 89 ff.) die Verantwortung für die Richtigkeit der darin enthaltenen Angaben. Er ist für Steuerwiderhandlungen selbst verantwortlich, soweit ihn ein Verschulden trifft. Er kann sich von seiner Verantwortlichkeit auch nicht dadurch entledigen, dass er geltend macht, er habe einen Berater oder Vertreter beigezogen (Urteil 2A.168/2006 vom 8. März 2007 E. 4.2 mit Hinweisen, in: StE 2007 B 101.21 Nr. 17).
Die Vorinstanz hat verbindlich festgestellt (vgl. angefochtener Entscheid E. 2.3.1 und 2.3.2), dass dem Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin die Gewinnauszahlungen bzw. die getätigten Geldflüsse bekannt waren. Sie hat insbesondere nicht schon aus dem Umstand, dass die Beschwerdeführerin die Steuerveranlagung nicht angefochten hat, auf Erfüllung des subjektiven Tatbestandes geschlossen. Die unterlassene Deklaration ist damit weder zu rechtfertigen noch als blosse Nachlässigkeit einzustufen, sondern als zumindest eventualvorsätzlicher Versuch der Steuerhinterziehung (vgl. zum Eventualvorsatz E. 2.1 hiervor).
6.2 Soweit schliesslich die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Grundsatzes "nulla poena sine lege" i.S.v. <ref-law> und <ref-law> und des Legalitätsprinzips i.S.v. <ref-law> geltend macht, vermögen diese Rügen den Begründungsanforderungen von <ref-law> nicht zu genügen (vgl. E. 1.3 hiervor).
7. 7.1 Zusammengefasst ergibt sich, dass die Vorinstanz unter diesen Umständen zu Recht eine versuchte Steuerhinterziehung angenommen hat. Damit erweist sich der angefochtene Entscheid - auch in Bezug auf die von der Beschwerdeführerin nicht beanstandete Bemessung der ausgesprochenen Busse (vgl. E. 3 des angefochtenen Entscheids) - als bundesrechtskonform.
7.2 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer ist daher unbegründet und abzuweisen.
II. Staats- und Gemeindesteuern
8. 8.1 §§ 208 Abs. 1 und 209 Abs. 1 des Steuergesetzes [des Kantons Thurgau] vom 14. September 1992 (StG/TG; RB 640.1) umschreiben die Voraussetzungen und den Tatbestand für die vollendete und versuchte Steuerhinterziehung im Wesentlichen gleich wie Art. 56 Abs. 1 und 2 StHG für die harmonisierten direkten Steuern der Kantone und Gemeinden sowie Art. 175 Abs. 1 und 176 Abs. 1 DBG für die direkte Bundessteuer. Im Übrigen entsprechen auch § 76 Abs. 1 (steuerbarer Reingewinn) und § 214 Abs. 1 StG/TG (Steuerhinterziehung von juristischen Personen) den Art. 24 Abs. 1 StHG und Art. 57 Abs. 1 StHG bzw. <ref-law> und <ref-law>. Daraus folgt, dass die Erwägungen zur direkten Bundessteuer für die kantonalen Steuern analog massgebend sind, und es ergibt sich dasselbe Ergebnis.
8.2 Demnach erweist sich die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Staats- und Gemeindesteuern gleichermassen als unbegründet und ist ebenfalls abzuweisen.
III. Kosten und Entschädigung
9. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2C_290/2011 und 2C_291/2011 werden vereinigt.
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die direkte Bundessteuer (2C_290/2011) wird abgewiesen.
3. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern (2C_291/2011) wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. September 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Winiger