Fatti:
A. Con messaggio dell'8 settembre 2008, il Municipio di Collina d'Oro ha chiesto al Consiglio comunale lo stanziamento di un credito di fr. 529'500.-- per la demolizione di un edificio costruito nel 1899, attualmente in disuso, che aveva ospitato la scuola elementare e in seguito gli uffici comunali. La Commissione della gestione e quella edilizia hanno presentato ciascuna due rapporti distinti, uno di maggioranza, che invitava il Consiglio comunale ad approvare la proposta municipale, e uno di minoranza, che chiedeva di respingerla e, nel caso della commissione edilizia, di ritirarla e di proporre una variante volta al mantenimento dello stabile. Il 13 ottobre 2008 il Consiglio comunale, respinta la proposta di rinviare il messaggio, ha approvato a larga maggioranza il progetto municipale, stanziando il citato credito. La risoluzione è stata pubblicata all'albo comunale.
B. Contro questa risoluzione A._ e un altro cittadino sono insorti al Consiglio di Stato del Cantone Ticino, rimproverando in particolare al Municipio d'aver allestito un messaggio contenente informazioni lacunose e inesatte e lamentando il tempo a disposizione delle Commissioni e del Legislativo comunale per esaminare la proposta. Il 27 gennaio 2009 il Governo cantonale ha respinto il ricorso e confermato la criticata risoluzione. Con giudizio del 22 settembre 2009 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso dell'insorgente.
C. Avverso questa decisione A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede, concesso al gravame effetto sospensivo, di annullarla e di rinviare gli atti all'Autorità comunale per nuova decisione.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Riguardo all'ammissibilità del gravame, il ricorrente rileva d'essere cittadino del Comune di Collina d'Oro e consigliere comunale, destinatario della decisione impugnata, d'avere un interesse a ricorrere, avendo già partecipato alla procedura, e poiché la contestata demolizione concerne una questione d'interesse pubblico. Aggiunge d'agire come membro del comitato che ha lanciato il referendum e asserito rappresentante dei cittadini che l'hanno sottoscritto e della importante minoranza soccombente in votazione popolare. Precisa infine di non essere proprietario di una particella confinante col fondo in esame.
1.2.1 Come si vedrà, con questi accenni egli non dimostra, come gli incombeva (<ref-ruling> consid. 2), la sua legittimazione a ricorrere nella sede federale. La circostanza che detta qualità gli sia stata riconosciuta nella sede cantonale non è infatti decisiva, la questione essendo retta unicamente dalla LTF. L'indicazione nei rimedi di diritto della possibilità di presentare un ricorso non fonda chiaramente la legittimazione a inoltrarlo, qualora non ne siano adempiute le premesse.
1.2.2 Riguardo alle pretese lesioni della legge organica comunale del 10 marzo 1987 (LOC), il ricorrente nemmeno tenta di dimostrare perché la Corte cantonale avrebbe ritenuto a torto che le critiche relative all'opportunità della scelta litigiosa erano improponibili. Né egli, accennando a un asserito interesse pubblico al mantenimento dell'immobile, in maniera inconferente al principio di proporzionalità nell'adozione di ordini di demolizione intimati a proprietari privati e alle discussioni avvenute all'interno delle commissioni e del Consiglio comunale, si confronta con gli argomenti posti a fondamento del giudizio impugnato. Queste critiche, appellatorie, sono quindi inammissibili per carenza di motivazione (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4.1).
1.2.3 D'altra parte, rilevando di ricorrere quale cittadino del Comune, il ricorrente parrebbe avvalersi, implicitamente, della possibilità di presentare un ricorso in materia di diritto pubblico contro decisioni concernenti il diritto di voto dei cittadini nonché contro le votazioni popolari secondo l'art. 82 lett. c LTF, norma ch'egli tuttavia neppure invoca.
1.2.4 È però manifesto ch'egli non può prevalersi di tale facoltà per impugnare la criticata risoluzione, ritenuto che la stessa non è stata adottata dall'Assemblea comunale, alla quale egli avrebbe potuto partecipare quale cittadino (art. 11 LOC), bensì dal Consiglio comunale.
Ora, secondo la costante giurisprudenza, con la quale il ricorrente non si confronta, nell'ambito di votazioni indirette, ossia di votazioni che si svolgono in seno a un organo rappresentativo come può essere un parlamento cantonale o un consiglio comunale, e ancor meno, come in concreto, nell'ambito dei suoi preparativi, il diritto di voto dei cittadini non può essere violato. Il ricorso per violazione del diritto di voto non è dato nemmeno per contestare, come nella fattispecie, la maniera con la quale un organo rappresentativo approva i rapporti di determinate commissioni (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 6b; sentenze 1P.31/2004 del 17 marzo 2005 consid. 1.6.2 e 1P.248/2005 del 27 aprile 2005 consid. 2.3.2, in RtiD 2005 II n. 33 pag. 170 rispettivamente n. 34 pag. 175). Questa prassi vige anche sotto l'egida della LTF, ritenuto che in materia di diritti politici la facoltà di ricorrere spetta a chiunque abbia diritto di voto nell'affare in causa (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.3.3); detta condizione non è tuttavia adempiuta dal ricorrente, visto che non si tratta dell'esercizio diretto dei suoi diritti politici (STEINMANN, in Bundesgerichtsgesetz [BGG], 2007, n. 82 all'art. 82).
1.2.5 Anche la semplice appartenenza a un'autorità, in concreto al Consiglio comunale, e le critiche mosse al suo funzionamento nell'espletamento dei compiti pubblici non conferiscono di massima la legittimazione a ricorrere in tale ambito, poiché si tratta di una votazione indiretta (cfr. sentenza 1P.749/2003 dell'8 gennaio 2004, in RtiD 2004 II n. 1; su questi problemi di legittimazione vedi EUSEBIO/CRAMERI, L'attuale tutela giuridica dei diritti politici, con particolare riferimento a cause ticinesi, e quella prevista dalla legge sul Tribunale federale, in Diritto senza devianza, 2006, pag. 384, 388 seg. e 404). Né il ricorrente, adducendo soltanto un asserito interesse pubblico, fa valere d'essere particolarmente toccato dalla risoluzione litigiosa e d'avere un interesse personale degno di protezione al suo annullamento (cfr. DTF <ref-ruling> consid. 5c/bb e 5c/ee).
1.2.6 Certo, il ricorrente accenna al fatto che la Corte cantonale non avrebbe tenuto conto dell'esito del referendum lanciato contro la criticata risoluzione (art. 75 LOC), non considerando la tematica sotto il profilo dell'interesse pubblico: ciò poiché nella votazione popolare l'abbattimento dell'immobile sarebbe stato accettato con una differenza di soli 17 voti (628 favorevoli al referendum contro 645 contrari). Egli misconosce tuttavia che la questione del referendum esulava manifestamente dall'oggetto del suo ricorso, la circostanza secondo cui i giudici cantonali avrebbero dovuto esserne a conoscenza attraverso i mass media essendo chiaramente ininfluente. Per di più, egli parrebbe misconoscere che la maggioranza degli aventi diritto di voto, respingendo il referendum, hanno confermato la contestata risoluzione. D'altra parte, egli non fa valere d'aver impugnato tempestivamente dinanzi al Consiglio di Stato l'esito della votazione popolare, né sostiene che si sarebbe in presenza, vista l'esigua differenza di voti, di un conteggio erroneo (<ref-ruling> consid. 2 e 3; sentenze 1C_275/2009 del 1° ottobre 2009 destinata a pubblicazione e 1P.369/2004 del 13 giugno 2005, in RtiD 2005 II n. 2).
1.3 Infine, la vertenza non concerne, né il ricorrente lo sostiene, una questione di diritto edilizio. Egli precisa infatti di non essere proprietario di un fondo confinante con quello in esame, per cui non può chiaramente avvalersi di un'eventuale legittimazione a ricorrere quale vicino ai sensi dell'art. 89 cpv. 1 lett. b ed c LTF (al riguardo vedi <ref-ruling> consid. 3 e 3.1, 409 consid. 1.3; sentenza 1C_46/2009 del 26 febbraio 2009). Gli fa quindi difetto un interesse pratico e personale, che si distingua da quello generale degli altri membri della collettività. In ambito edilizio infatti non è data l'azione popolare e il ricorso di cittadini tendente a perseguire unicamente l'interesse generale all'applicazione corretta del diritto sarebbe comunque inammissibile (<ref-ruling> consid. 1.3.1)
2. 2.1 Ne segue, che il ricorso è inammissibile. Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>), la circostanza, addotta dal ricorrente, che il gravame perseguirebbe questioni di interesse pubblico non essendo decisiva (<ref-ruling>).
2.2 L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto la domanda di effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente, al Municipio e al Consiglio comunale di Collina d'Oro, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.