Sachverhalt:
A. A.a Google Inc. (Klägerin) ist eine nach US-amerikanischem Recht inkorporierte Gesellschaft mit Sitz in Mountain View (USA). Sie bietet weltweit Dienstleistungen im Internetbereich an. Daniel Giersch (Beklagter) hat Wohnsitz in Hamburg (D).
A.b Am 3. April 2000 hinterlegte der Beklagte in Deutschland die Wort-/Bildmarke "G-mail ... und die Post geht richtig ab". Das Kennzeichen betrifft Waren und Dienstleistungen im Rahmen der internationalen Klassen 38, 39 und 42, mithin vorwiegend der Sparte "Telekommunikation, insbesondere für Dienstleistungen in und für elektronische Kommunikationsnetze, wie Internet oder World Wide Web, elektronische Post, Verbreitung von Informationen; [...] Erstellen von Programmen für die Datenverarbeitung, insbesondere Erstellen von Programmen für elektronische Kommunikationsnetze, wie Internet oder World Wide Web, sowie für elektronische Post".
Nachdem die Klägerin im Jahre 2004 einen eigenen E-Mail-Dienst unter dem Zeichen "Gmail" ins Leben gerufen hatte, liess sie am 2./7. April 2004 die Wortmarke "GMAIL" in den USA für die internationale Klasse 38 ("Kommunikationsdienstleistungen, insbesondere Übermittlung von elektronischen Mitteilungen" bzw. "elektronische Post") registrieren. Dem folgte am 14. April 2004 die klägerische Anmeldung zur Registrierung der Wortmarke "GMAIL" als Europäische Gemeinschaftsmarke (CTM), ebenfalls für die internationale Klasse 38 (u.a. "E-Mail-Dienstleistungen").
Mit Schreiben vom 2. November 2004 nahm der Beklagte über seinen amerikanischen Anwalt Kontakt zur Klägerin auf. Darin liess der Beklagte ausführen, dass er vom klägerischen E-Mail-Dienst erfahren habe. Er informierte die Klägerin über seine deutsche Marke und machte sie auf die aus seiner Sicht bestehende Vorrangstellung seiner Marke aufmerksam. Schliesslich signalisierte er seine Bereitschaft zur Aufnahme von Verhandlungen über die Verwendung des besagten Kennzeichens.
A.c Am 29. November 2004 hinterlegte der Beklagte beim Eidgenössischen Institut für Geistiges Eigentum (IGE) die im vorliegenden Verfahren zur Beurteilung stehende schweizerische Wortmarke "GMAIL" (CH 531730) für Produkte der internationalen Klassen 35, 38, 39 und 42. Der Eintrag der Marke wurde am 5. April 2005 im Schweizerischen Handelsamtsblatt (SHAB) publiziert. Gemäss dem dazugehörenden Waren- und Dienstleistungsverzeichnis beansprucht die eingetragene Marke Schutz für "Werbung; Marketing" (Klasse 35), "Telekommunikation; Internet-Dienstleistungen, nämlich Verschaffen von Zugang, auch mittels Portalen, zu globalen Telekommunikationsnetzwerken (Internet); Verschaffen von Zugang zu globalen Telekommunikationsnetzwerken (Internet) zur Erlangung von Informationen; elektronische Post, Verbreitung von Informationen, insbesondere über elektronische Kommunikationsnetze" (Klasse 38), "Transportwesen, insbesondere Postdienstleistungen, Abholung, Lagerung, Sortierung, Frankierung und Zustellung von Postsendungen, Kurierdienst, Paketdienst" (Klasse 39) sowie "Erstellen von Programmen für die Datenverarbeitung, insbesondere Erstellen von Programmen für elektronische Kommunikationsnetze, wie Internet oder World Wide Web, sowie für elektronische Post" (Klasse 42).
Am 4. April 2005 liess die Klägerin ihrerseits beim IGE die Wortmarke "GMAIL" registrieren (CH 533643). Die Veröffentlichung im SHAB erfolgte am 1. Juni 2005. Der Schutzbereich der klägerischerseits eingetragenen Marke umfasst die internationalen Klassen 9 ("Computer-Software") und 38 (u.a. "Telekommunikationsdienste; elektronische Postdienste").
A.d In der Folge kam es zwischen den Parteien mit Bezug auf die Verwendung der Marke "GMAIL" zum Streit, wobei sämtliche Bemühungen, in aussergerichtlichen Verhandlungen eine einvernehmliche Lösung zu finden, ergebnislos blieben. Vielmehr dehnte sich der Konflikt auch auf verschiedene andere europäische Länder (Deutschland, Norwegen und Spanien) aus, in denen in der Zwischenzeit zum Teil ebenfalls bereits der Rechtsweg beschritten wurde.
B. Mit Klage vom 8. August 2005 beim Handelsgericht des Kantons Zürich beantragte die Klägerin, die schweizerische Marke CH 531730 "GMAIL" des Beklagten sei für nichtig zu erklären. Mit Urteil vom 5. Juli 2006 wies das Handelsgericht die Klage ab.
C. Gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 5. Juli 2006 hat die Klägerin sowohl Nichtigkeitsbeschwerde beim Kassationsgericht des Kantons Zürich als auch eidgenössische Berufung an das Bundesgericht erhoben. Das Kassationsgericht hat die Nichtigkeitsbeschwerde mit Zirkulationsbeschluss vom 24. Dezember 2007 abgewiesen, soweit es darauf eintrat.
Mit der Berufung beantragt die Klägerin, das Urteil des Handelsgerichts vom 5. Juli 2006 sei aufzuheben und die Sache sei zur vollständigen Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts mittels eines Beweisverfahrens und zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter beantragt sie die Gutheissung der Klage.
Der Beklagte beantragt in seiner Vernehmlassung die kostenfällige Abweisung der Klage, soweit darauf eingetreten werden könne. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG, SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006, 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach dem OG (<ref-law>).
2. Die Klägerin wirft der Vorinstanz vor, bei der Beurteilung der Frage, ob die Hinterlegung der Marke "GMAIL" im schweizerischen Markenregister durch den Beklagten rechtsmissbräuchlich erfolgte, von unzutreffenden Kriterien ausgegangen zu sein.
2. Die Klägerin wirft der Vorinstanz vor, bei der Beurteilung der Frage, ob die Hinterlegung der Marke "GMAIL" im schweizerischen Markenregister durch den Beklagten rechtsmissbräuchlich erfolgte, von unzutreffenden Kriterien ausgegangen zu sein.
2.1 2.1.1 Die Vorinstanz führte zunächst aus, dass der Grundsatz der Hinterlegungspriorität (<ref-law> [SR 232.11]) nichts daran ändere, dass die Marke in der Absicht verwendet werden müsse, die mit ihr bezeichnete Ware oder Dienstleistung zu kennzeichnen. Fehle es an der sogenannten Kennzeichnungsabsicht, so liege rechtlich gesehen gar keine Marke vor. Wer ein Zeichen lediglich anmelde, um Dritte daran zu hindern, ein identisches oder ähnliches Zeichen zu verwenden, könne sich nicht auf seine formale Stellung als Markeninhaber berufen. Solche Defensivmarken seien vielmehr rechtsmissbräuchlich und damit nichtig, da sie ohne ernsthafte Gebrauchsabsicht, sondern nur zum Zweck der Behinderung eines Marktkonkurrenten hinterlegt worden seien. Wer eine Marke in Kenntnis der bevorstehenden Beanspruchung desselben Zeichens durch einen Marktkonkurrenten anmelde, um dadurch den Wettbewerb zu behindern, handle demnach rechtsmissbräuchlich. Eine Markenhinterlegung sei hingegen, selbst wenn sie in Kenntnis der Nutzung eines identischen Zeichens durch einen Dritten erfolge, dann gültig, wenn sie im Hinblick auf eine ernsthafte eigene Nutzung erfolge. Von Bedeutung sei mithin, ob zum Zeitpunkt der Anmeldung einer Marke zur Registrierung beim Hinterleger eine ernsthafte Gebrauchsabsicht vorliege. Dabei könne es nicht auf einen vom Markeninhaber subjektiv geäusserten Willen ankommen, das registrierte Zeichen inskünftig zu gebrauchen; entscheidend sei vielmehr, ob nach den äusseren Umständen die betreffende Marke vorwiegend zu Behinderungszwecken erworben worden sei. Von einer unlauteren Markenhinterlegung könne demnach nur gesprochen werden, wenn zusätzliche Indizien dafür vorliegen, dass eine solche Registrierung in der nach aussen erkennbaren Absicht erfolgt sei, um vom bisherigen Benutzer des Zeichens einen sachfremden Vorteil wie die Veranlassung einer Kaufpreiszahlung zu erzwingen, ein ausländisches Unternehmen vom Inlandmarkt fernzuhalten oder ein Konkurrenzunternehmen systematisch zu behindern.
Die zwischen den Parteien strittige Frage, ob und welche Geschäftsaktivitäten der Beklagte unter der Streitmarke in der Zeit vor der Einführung des klägerischen E-Mail-Dienstes im April 2004 bis heute entfaltet hat, liess die Vorinstanz offen mit der Begründung, die vom Beklagten hinterlegte Marke "GMAIL" befinde sich nach <ref-law> in der Schweiz noch bis zum 5. April 2010 in der Benutzungsschonfrist. Vom Beklagten den Nachweis zu verlangen, dass er bereits vor der Registereintragung bzw. unmittelbar danach einer objektiv feststellbaren Geschäftstätigkeit nachgegangen sei, käme unter diesen Umständen einer nicht zu rechtfertigenden Verkürzung der Schonfrist gleich.
2.1.2 Die Klägerin bringt dagegen vor, die Benutzungsschonfrist sei für die Beurteilung der rechtsmissbräuchlichen Markenhinterlegung irrelevant. Eine Markenhinterlegung sei insbesondere dann rechtsmissbräuchlich, wenn der Hinterleger einerseits wusste, dass die Marke bereits durch einen Dritten benutzt worden sei und der Hinterleger die Marke zudem nicht gebraucht habe und keine Benutzungsabsichten dartun könne. Die Frage, ob der Hinterleger die Marke gebraucht habe oder nicht, sei also ein rechtlich relevantes Kriterium, um zu beurteilen, ob Rechtsmissbrauch vorliege. Entgegen der Erwägung der Vorinstanz dürfe der effektive Gebrauch demnach nicht einfach unter dem Vorwand der Benutzungsschonfrist ausgeblendet werden. Andernfalls könne während der Schonfrist von fünf Jahren das Fehlen oder die treuwidrige Vortäuschung einer Geschäftstätigkeit - und somit im Ergebnis die Missbräuchlichkeit der Markenhinterlegung - nicht gewürdigt und sanktioniert werden.
2.1.3 Nach Ansicht des Beklagten gelten Marken als rechtsmissbräuchlich, die vom Markeninhaber ohne jegliche Gebrauchsabsicht nur dazu hinterlegt werden, um einen sachfremden Vorteil zu erlangen. Solange aber nicht mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit nachgewiesen sei, dass einem Markeninhaber zum Zeitpunkt der Hinterlegung seiner Marke jede Absicht gefehlt habe, diese bis spätestens zum Ablauf der Benutzungsschonfrist für die beanspruchten Waren und Dienstleistungen zu gebrauchen, sei eine Markenhinterlegung von vornherein nicht unlauter. Die Vorinstanz habe dem Beklagten jedoch nicht vorgeworfen, seine schweizerische Marke "GMAIL" ohne Absicht hinterlegt zu haben, dieses Zeichen bis zum Ablauf der Benutzungsschonfrist zu gebrauchen, weshalb die Hinterlegung dieser Marke nicht unlauter erfolgt sei.
2.1.4 Nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung kann für registrierte Marken kein Schutz beansprucht werden, wenn diese nicht zum Zwecke des Gebrauchs hinterlegt worden sind, sondern die Eintragung entsprechender Zeichen durch Dritte verhindern oder den Schutzumfang tatsächlich gebrauchter Marken vergrössern sollen. Defensivmarken sind als nichtig zu betrachten (<ref-ruling> E. 1a S. 164 mit Hinweis; Urteil des Bundesgerichts 4C.31/2003 vom 1. Mai 2003, E. 2.1, in: sic! 4/2004 S. 326).
Für eine registrierte Marke kann folglich kein Schutz beansprucht werden, wenn diese nicht zum Zweck des Gebrauchs hinterlegt worden ist, sondern um damit vom bisherigen Benutzer finanzielle oder andere Vorteile zu erlangen. Eine derartige gegen Treu und Glauben verstossende Markenhinterlegung widerspricht dem Zweck des Markenschutzes und ist nach <ref-law> (SR 241) unlauter (Ivan Cherpillod, Marques défensives, de réserve, et dépôts frauduleux, in: sic! 5/2000 S. 364 f.; Christian Hilti, Der Schutz nicht registrierter Kennzeichen, in: Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, Bd. III/2, Kennzeichenrecht, 2. Aufl., Basel 2005, S. 120; Pedrazzini/Pedrazzini, Unlauterer Wettbewerb, 2. Aufl., Bern 2002, Rz. 4.28). Ob eine solche rechtsmissbräuchliche Hinterlegung einer Marke vorliegt, hat das Gericht in einer Gesamtwürdigung aller Umstände zu beurteilen (François Dessemontet, Droit à la marque, in: Cherpillot et al. [Hrsg.], La nouvelle loi fédérale sur la protection des marques, Lausanne 1994, S. 54; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.1 S. 58; <ref-ruling> E. 5.1 S. 497; <ref-ruling> E. 3d S. 63).
2.1.5 Im vorliegenden Fall ist demnach zu beurteilen, ob der Beklagte die Marke "GMAIL" nicht zu gebrauchen beabsichtigte, sondern in das schweizerische Markenregister eintrug, um mit der Klägerin, die diese Wortmarke bereits in den USA sowie als Europäische Gemeinschaftsmarke eingetragen und gebraucht hatte, einen finanziellen oder anderen Vorteil auszuhandeln. Die Klägerin muss dabei zum Beweis zugelassen werden, dass der Beklagte bei der Hinterlegung der Marke "GMAIL" keine ernsthafte Gebrauchsabsicht hatte. In diesem Rahmen kann eine fehlende Geschäftstätigkeit oder ein fehlender Gebrauch der Marke ein zu würdigendes Indiz darstellen. Zwar trifft es grundsätzlich zu, dass gemäss <ref-law> der Gebrauch der Marke während der Benutzungsschonfrist von fünf Jahren ohne Schaden für das Markenrecht unterbleiben kann. Davon abzuleiten, dass der tatsächliche Gebrauch der Marke durch den Beklagten in der Zeit vor der Einführung des klägerischen E-Mail-Dienstes im April 2004 bis heute auch bei der Beurteilung der Missbräuchlichkeit einer Markenhinterlegung aus rechtlichen Gründen von vornherein ausser Betracht fallen muss, ist jedoch unzutreffend.
Die Bestimmung von <ref-law> bestätigt auch den Grundsatz des Gebrauchszwangs, was bei Fehlen einer Gebrauchsabsicht die Nichtigkeit der eingetragenen Marke zur Folge hat (<ref-ruling> E. 1a S. 164; vgl. auch Eugen Marbach, in: von Büren/David [Hrsg.], Schweizerisches Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, Band III, Kennzeichenrecht, Basel 1996, S. 168). Die Unzulässigkeit solcher Defensivmarken stellt neben der Nichtaufnahme des Gebrauchs (<ref-law>) einen eigenständigen Tatbestand für den Verlust des Markenrechts dar (vgl. Lucas David, Basler Kommentar, N. 3 f. zu <ref-law>) und der jeweilige Inhaber der Defensivmarke kann sich nicht auf die Benutzungsschonfrist berufen, andernfalls sich die Frage der Nichtigkeit von Defensivmarken erübrigen würde. Soweit die Missbräuchlichkeit einer Markeneintragung in Frage steht, hält die Bestimmung von <ref-law> die Parteien nicht davon ab, sich auf sämtliche Umstände zu berufen, die für einen Missbrauch sprechen können.
Soweit die Klägerin behauptete, der Beklagte habe in der Schweiz die Marke "GMAIL" nicht gebraucht und in Deutschland erst wieder ab Ende August 2004 gewisse Aktivitäten entwickelt, um den Anschein eines Gebrauchs des Zeichens "G-mail" vorzutäuschen, wäre dies entsprechend bei der Beurteilung einer rechtsmissbräuchlichen Markenhinterlegung - entgegen der Vorinstanz - zu berücksichtigen gewesen. Daran vermag auch der Umstand nichts zu ändern, dass die Vorinstanz feststellte, auch die Klägerin anerkenne, dass der Beklagte zumindest ab August 2004 in Deutschland "gewisse Geschäftsaktivitäten" an den Tag gelegt habe und sie damit "einen - wenn auch geringfügigen - kommerziellen Gebrauch des Zeichens 'G-mail' durch den Beklagten" einräume. Sollte sich nämlich herausstellen, dass die vom Beklagten behaupteten Geschäftsaktivitäten tatsächlich lediglich vorgetäuscht worden sind bzw. derart marginal ausfallen, dass damit bloss der Anschein eines Markengebrauchs erweckt werden sollte, wie dies die Klägerin geltend macht, wäre dies als Indiz für die mangelnde Gebrauchsabsicht des Beklagten und sein Verhalten als missbräuchlich zu werten (vgl. Cherpillod, a.a.O., S. 365).
Die Vorinstanz hat somit die Frage, ob eine ernsthafte Gebrauchsabsicht vorlag bzw. ob der Beklagte mit der Markeneintragung die Behinderung der Klägerin bezweckte, zu Unrecht nicht geklärt. Sie hätte die Frage der vom Beklagten entfalteten Geschäftsaktivitäten nicht aus rechtlichen Gründen offen lassen dürfen und die Klägerin gestützt auf <ref-law> zum Beweis des behauptetermassen bloss vorgetäuschten Markengebrauchs des Beklagten zulassen müssen. Die Vorinstanz wird dabei auch zu beurteilen haben, welche Bedeutung sie dem Umstand, dass die vom Beklagten in der Schweiz registrierte Wortmarke "GMAIL" von der in Deutschland registrierten Wort-/Bildmarke "G-mail ... und die Post geht richtig ab" abweicht, während sie mit der von der Klägerin in der USA sowie der Europäischen Union registrierten Marke identisch ist, hinsichtlich der Beweggründe des Beklagten beimessen will.
2.2 Die Klägerin rügt im Zusammenhang mit der Erwägung der Vorinstanz, wonach die Frage allfälliger Verkaufsverhandlungen zwischen den Parteien für den vorliegenden Fall irrelevant sei, eine Verletzung von <ref-law>.
2.2.1 Die Vorinstanz erwog, dass die Marke nach schweizerischem Recht einen frei übertragbaren Vermögenswert darstelle. Aus der von der Klägerin behaupteten Abgabe von Verkaufsofferten durch den Beklagten könne folglich nicht ohne weiteres auf eine rechtsmissbräuchliche Markenhinterlegung geschlossen werden. Vielmehr bedürfe es dazu weiterer Belastungsmomente, worunter etwa "ein offensichtliches Missverhältnis zwischen dem objektiven Wert seiner Marke und den von ihm kundgegebenen Preisvorstellungen oder ein bewusstes und rechtlich nicht zu tolerierendes Ausspielen seiner formalen Stellung als prioritätsberechtigter Inhaber der Marke 'GMAIL' fallen würde".
2.2.2 Die Klägerin hält der Vorinstanz entgegen, einem Widerspruch zu unterliegen, indem sie das Erzwingen eines sachfremden Vorteils (wie die Veranlassung eines Kaufpreises) einerseits als Tatbestandsmerkmal einer missbräuchlichen Markenhinterlegung erachtet, jedoch gleichzeitig die von den Parteien geführten Verkaufsverhandlungen für irrelevant hält. Der Beklagte stimmt demgegenüber der Ansicht der Vorinstanz zu und weist zudem darauf hin, dass sich das angebliche Verkaufsangebot nicht nur auf die schweizerische Marke "GMAIL", sondern auf alle seine Marken bezogen habe, wobei ein solches Globalangebot für die Frage der Missbräuchlichkeit der Markenhinterlegung irrelevant sei.
2.2.3 Die Begründung der Vorinstanz hält einer Überprüfung nicht stand. Zwar trifft es zu, dass sich aus der von der Klägerin behaupteten Abgabe von Verkaufsofferten durch den Beklagten nicht "ohne weiteres" auf eine rechtsmissbräuchliche Hinterlegung der Marke "GMAIL" schliessen lässt. War jedoch das Aushandeln eines Kaufpreises bzw. die Stärkung seiner Verhandlungsposition der eigentliche Beweggrund des Beklagten zur Markeneintragung in der Schweiz, und nicht der ernsthafte Gebrauch dieser Marke, so wäre die Eintragung als rechtsmissbräuchlich und die eingetragene Marke als nichtig zu betrachten. Eines weiteren Belastungsmoments, wie etwa eines offenbaren Missverhältnisses zwischen dem objektiven Wert der Marke und dem Verkaufspreis, bedarf es diesfalls nicht. Entsprechend kann auch dem Hinweis der Vorinstanz auf den Tatbestand der Übervorteilung nach <ref-law>, der vorliegend nicht zur Diskussion steht, nicht gefolgt werden. Entgegen der Vorinstanz kann es der Klägerin folglich auch nicht zum Nachteil gereichen, wenn sie weder eine Diskrepanz zwischen dem geltend gemachten Preis und dem Wert der eingetragenen Marke noch das Bestehen einer Notlage behauptet hat. Im Übrigen ist entgegen der Ansicht des Beklagten nicht einzusehen, inwiefern ein allfälliges Verkaufsangebot seinerseits, das alle seine Marken umfasst, für die Frage der Missbräuchlichkeit irrelevant sein sollte. Vielmehr wäre auch der Umstand, dass der Beklagte mit der Registrierung der Marke "GMAIL" in der Schweiz gegebenenfalls darauf abzielte, seine Verhandlungsposition gegenüber der Klägerin zu stärken, um ihr die in Deutschland registrierte Marke "G-mail ... und die Post geht richtig ab" sowie allfällige weitere Marken zu verkaufen, als missbräuchlich zu werten.
3. Das angefochtene Urteil hält Bundesrecht nicht stand, da es die Vorinstanz aus rechtlichen Gründen, die sich als unzutreffend erwiesen haben, unterlassen hat, für die Beurteilung der missbräuchlichen Markenhinterlegung relevante Fragen zu klären. Von einer Gesamtwürdigung sämtlicher Umstände, wie sie für die Beurteilung dieser Frage erforderlich ist (siehe vorn E. 2.1.4), kann daher nicht gesprochen werden. Die Vorinstanz hat demnach einerseits zu beurteilen, ob es dem Beklagten im Zeitpunkt der Hinterlegung der Marke "GMAIL" an einer Gebrauchsabsicht fehlte und dabei zu berücksichtigen, ob der vom Beklagten behauptete Markengebrauch tatsächlich bloss vorgetäuscht wurde, wie dies die Klägerin geltend macht. Andererseits hat die Vorinstanz zu klären, ob die Behauptung der Klägerin zutrifft, der Beklagte habe mit der Eintragung die Aushandlung eines Kaufpreises bezweckt. Nach Erhebung der entsprechenden Tatsachen wird die Vorinstanz unter Würdigung sämtlicher Umstände erneut zu beurteilen haben, ob der Beklagte die Marke "GMAIL" nicht zum Zweck eintragen liess, diese Marke in der Schweiz zu gebrauchen, sondern um die Klägerin zur Zahlung eines Kaufpreises zu veranlassen bzw. seine diesbezügliche Verhandlungsposition zu stärken.
4. Entsprechend ist die Berufung dahingehend gutzuheissen, dass das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 5. Juli 2006 aufgehoben und die Streitsache zu neuer Beurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen wird.
Angesichts des offenen Ausgangs des kantonalen Verfahrens sind praxisgemäss die Gerichtskosten den Parteien zur Hälfte aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 3 OG). Die Parteientschädigungen für das bundesgerichtliche Verfahren heben sich gegenseitig auf (Art. 159 Abs. 3 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird gutgeheissen, das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 5. Juli 2006 wird aufgehoben und die Sache wird zu neuer Entscheidung im Sinne der Erwägungen an das Handelsgericht zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. Mai 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Leemann