Faits:
A. A._ SA (précédemment B._ SA, (ci-après: B._) est propriétaire de divers immeubles d'une valeur cadastrale globale de 36'416'898 fr. sur le territoire de la commune de Y._ en Valais et était détenue par C._ SA à raison de 73,62 %, par la Fondation pour la participation du personnel de B._ SA (ci-après: la Fondation) à raison de 25% ainsi que par divers particuliers pour le solde.
En septembre 2005, X._ BV a acquis l'ensemble des actions de Sir Holding SA ainsi que les actions de B._ détenues par la Fondation.
Par décision du 25 septembre 2007, le Service des registres fonciers et de la géomatique du canton du Valais (ci-après: le Service cantonal) a assujetti le transfert du capital-actions au droit de timbre proportionnel et réclamé à X._ BV, B._ et la Fondation le paiement d'un droit de 437'002 (12 o/oo de la valeur cadastrale) à quoi s'ajoutaient 20 fr. de timbre "tuberculose" et 15 fr. de frais d'envoi.
Le 23 octobre 2007, B._, agissant pour elle-même ainsi que pour la Fondation et X._ BV, a recouru contre la décision de taxation du 25 septembre 2007 auprès du Conseil d'Etat du canton du Valais, concluant à son annulation. Par décision du 8 avril 2009, le Conseil d'Etat a admis le recours de B._ uniquement en ce qui concernait la décision "du 22 août 2007" (sic), parce qu'elle n'était pas partie au transfert d'actions. Il a rejeté le recours pour le surplus.
Le 20 mai 2009, la Fondation, X._ BV et B._ ont recouru auprès du Tribunal cantonal du canton du Valais contre la décision rendue le 8 avril 2009 par le Conseil d'Etat. B._ se plaignait de la désignation inexacte de la décision annulée à son égard. Les autres se plaignaient notamment de ce que B._ était une société d'exploitation et non pas une société immobilière.
B. Par arrêt du 21 août 2009, le Tribunal cantonal a donné acte à B._ que la décision annulée à son égard était celle du Service cantonal du 25 septembre 2007, annulé la décision du 8 avril 2009 en tant qu'elle reconnaissait la Fondation débitrice solidaire du droit de timbre de 437'037 fr. et rejeté le recours formé par X._ BV, confirmant la qualité de cette dernière de débitrice de ce droit de timbre. A l'appui de son arrêt, il a jugé que la cession du pouvoir de disposition économique sur les immeubles de B._, qui résultait du transfert des actions à X._ BV, tombait dans le champ d'application de l'art. 12 let. a de la loi cantonale du 14 novembre 1953 sur le timbre (LT/VS; RSVS 643.1). L'assimilation du transfert économique au transfert juridique était générale en droit valaisan, contrairement à la solution limitative du droit fribourgeois, dont se prévalait X._ BV.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public et celle du recours constitutionnel subsidiaire, X._ BV demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu le 21 août 2009 par le Tribunal cantonal du canton du Valais et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants. Elle se plaint de la violation des art. 9 et 29 Cst.
Le Tribunal cantonal et le Conseil d'Etat du canton du Valais proposent le rejet du recours sous suite de frais et dépens. Le Service cantonal renonce à déposer des observations.
D. Par ordonnance du 3 novembre 2009, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif déposée par X._ BV.

Considérant en droit:
1. 1.1 Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d LTF), le recours ne tombe pas sous le coup d'une des exceptions mentionnées à l'<ref-law>. Déposé en temps utile (<ref-law>) et en la forme prévue (<ref-law>), par le destinataire de la décision attaquée qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celle-ci (<ref-law>), il est en principe recevable comme recours en matière de droit public. Le recours constitutionnel subsidiaire est par conséquent irrecevable (<ref-law> a contrario).
1.2 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant à l'<ref-law>. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>).
2. En application de la loi cantonale du 14 novembre 1953 sur le timbre, le canton du Valais perçoit un impôt désigné notamment comme droit de timbre proportionnel (art. 1 let. c LT/VS). Sont soumis au droit de timbre les actes civils, les actes judiciaires et les écrits spécifiés dans la loi, à l'exception de ceux qui sont exonérés par une disposition expresse de la législation cantonale et de ceux dont l'imposition ou l'exécution est réglée par le droit fédéral (art. 2 LT/VS). Le droit de timbre proportionnel est celui dont le montant varie d'après la valeur constatée par l'écrit (art. 10 al. 1 LT/VS). D'après l'art. 12 let. a LT/VS, les actes ayant pour effet de transférer la propriété mobilière ou immobilière, notamment les transferts d'actions ou de parts sociales d'une société immobilière, conférant aux acquéreurs la libre disposition juridique ou économique d'une part ou de la totalité d'un immeuble, sont soumis au droit de timbre proportionnel.
3. Invoquant l'art. 9 Cst., la recourante reproche au Tribunal cantonal d'avoir interprété l'art. 12 let. a LT/VS de manière arbitraire (sur cette notion: <ref-ruling> consid. 4.1 p. 133 et les références).
3.1 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal a jugé que la qualification de "société immobilière" n'était pas déterminante en droit valaisan, du moment que l'art. 12 let. a LT/VS était exemplatif et assimilait d'une manière générale le transfert économique au transfert juridique d'une part ou de la totalité d'un immeuble. Selon la recourante, l'utilisation de la notion de "société immobilière" indiquerait au contraire que le législateur cantonal avait voulu traiter les sociétés immobilières différemment des autres sociétés (d'exploitation). L'interprétation du Tribunal cantonal serait, selon elle, arbitraire.
3.2 La recourante a raison. En effet, dans un arrêt récent concernant une cause similaire, le Tribunal fédéral a jugé, en se fondant sur les travaux législatifs du Grand Conseil valaisan (Bulletin des séances du Grand Conseil du Canton du Valais, session prorogée de mai 1953, p. 47 s. et session de novembre 1953, p. 135 ss, 279), que la lettre claire de l'art. 12 let. a LT/VS limite l'assimilation du transfert économique au transfert juridique lorsque les actions cédées sont celles de sociétés immobilières uniquement (arrêt 2C_355/2009 du 19 novembre 2009, consid. 4. 3). En jugeant que la qualification de "société immobilière" n'était pas déterminante, le Tribunal cantonal a par conséquent interprété de manière arbitraire l'art. 12 let. a LT/VS. Le grief de violation de l'art. 9 Cst. doit être admis. Arbitraire dans ses motifs, l'arrêt attaqué ne peut être annulé ou réformé, conformément à l'<ref-law>, que s'il l'est aussi dans son résultat.
4. Pour statuer sur le résultat en l'espèce, le Tribunal fédéral doit décider si B._ est une société immobilière, ou non, ce que le Tribunal cantonal n'a examiné ni en fait ni en droit dans l'arrêt attaqué en raison de l'interprétation arbitraire de l'art. 12 let. a LT/VS.
4.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). D'après l'<ref-law>, il peut rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente notamment si les faits ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95. Les faits établis dans la décision attaquée ne lient plus le Tribunal fédéral si l'autorité précédente a violé le droit matériel en n'établissant pas certains faits nécessaires à l'application de ce dernier, donc si l'état de fait est incomplet (Message du Conseil fédéral concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001, p. 4141). La "violation du droit au sens de l'art. 95" englobe par conséquent l'hypothèse dans laquelle l'autorité précédente a perdu de vue les conditions d'application de la norme juridique elle-même (cf. Bernard Corboz, Commentaire romand de la LTF, Berne 2009, n° 20 ad <ref-law>; Yves Donzallaz, Loi sur le Tribunal fédéral, Commentaire, Berne 2008, p. 1525 n° 4213).
4.2 En l'espèce, il est établi que le Tribunal cantonal a interprété de manière contraire à l'art. 9 Cst. une des conditions d'application de l'art. 12 let. a LT/VS, en écartant de manière arbitraire la nécessaire qualité de "société immobilière" que doit revêtir la société dont les actions sont transférées. Cela équivaut à une violation du droit au sens de l'<ref-law>, de sorte que le Tribunal fédéral est autorisé à compléter d'office les faits en relation avec la qualification qu'il convient de donner à la société B._.
5. 5.1 Selon la jurisprudence, rendue notamment en relation avec l'art. 12 let. a LT/VS, une société est qualifiée "d'immobilière" lorsque son but ou son activité effective consiste exclusivement ou principalement dans l'acquisition, la détention, l'exploitation, la gestion et la vente de biens immobiliers au sens de l'<ref-law>; ses actifs doivent en général être constitués à raison de deux tiers de biens immobiliers et son bénéfice provenir à raison de deux tiers au moins de ces activités. Lorsque les immeubles ne constituent que le support physique d'une exploitation industrielle ou commerciale, la société ne saurait être qualifiée "d'immobilière" mais bien "d'exploitation" (arrêt 2C_355/2009 du 19 novembre 2009, consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 3a p. 253; <ref-ruling> consid. 3c p. 466; cf. aussi Bernard Rolli, Commentaire romand de la LIFD, Yersin/Noël éd., Bâle 2008 n° 2 ad <ref-law> ainsi que Circulaire n° 17 de l'Administration fédérale des contributions du 15 décembre 1994: Réduction de l'impôt en cas de liquidation des sociétés immobilières; Archives 63, p. 795).
5.2 En l'espèce, il ressort clairement du dossier que B._ a pour but la fabrication et le commerce de produits chimiques. Selon ses comptes, arrêtés au 31 décembre 2004, son rendement brut se composait presque exclusivement des revenus provenant de ses activités statutaires et la valeur vénale de ses actifs immobiliers représentait moins de 10% de l'ensemble de ses actifs. En conséquence, les immeubles de B._ constituent le support de son activité industrielle et commerciale, de sorte que cette société n'est pas une société immobilière. Il s'ensuit que les conditions pour percevoir un droit de timbre proportionnel à charge de la recourante au sens de l'art. 12 let. a LT/VS ne sont pas remplies.
L'arrêt attaqué est par conséquent également arbitraire dans son résultat. Le recours doit donc être admis.
5.3 Au vu du sort du recours, il n'est pas nécessaire d'examiner les autres griefs de la recourante.
6. Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission du recours en matière de droit public, le recours constitutionnel subsidiaire étant irrecevable. L'arrêt rendu le 21 août 2009 par le Tribunal cantonal est annulé. Il est constaté que le transfert du capital-actions de B._ à la recourante en septembre 2005 ne donne pas lieu à perception d'un droit de timbre proportionnel. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision sur les frais et dépens relatifs à la procédure de recours de dernière instance cantonale.
Succombant, le canton du Valais, dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1 et 4 LTF) et versera une indemnité de dépens à la recourante (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours en matière de droit public est admis, le recours constitutionnel subsidiaire étant irrecevable.
2. L'arrêt rendu le 21 août 2009 par le Tribunal cantonal est annulé. Il est constaté que le transfert du capital-actions de B._ à la recourante en septembre 2005 ne donne pas lieu à perception d'un droit de timbre proportionnel.
3. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision sur les frais et dépens relatifs à la procédure de recours de dernière instance cantonale.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 7'000 fr., sont mis à la charge du canton du Valais.
5. Une indemnité de dépens de 5'000 fr. à charge du canton du Valais est allouée à la recourante.
6. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service des registres fonciers et de la géomatique, au Conseil d'Etat et à la Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais.
Lausanne, le 21 janvier 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey