Erwägungen:
1. C._ und D._ reichten am 25. September 2009 beim Bezirksgericht Meilen eine Ehrverletzungsklage gegen A._ und B._ ein wegen Verleumdung, evtl. übler Nachrede, subevtl. Beschimpfung. Mit Verfügung vom 30. September 2009 nahm die Präsidentin i.V. des Bezirksgerichts Meilen Vormerk von der Anklage und setzte den Anklägern Frist, um dem Gericht die Weisung des zuständigen Friedensrichters einzureichen. Mit Eingabe vom 3. Oktober 2009 beantragten die Angeklagten, es sei das Verfahren zu sistieren. Am 26. Oktober 2009 reichten die Ankläger die Weisung des Friedensrichteramts Küsnacht nach, worauf die Präsidentin i.V. des Bezirksgerichts Meilen mit Verfügung vom 28. Oktober 2009 die Anklage zuliess und gleichzeitig den Antrag auf Sistierung des Ehrverletzungsverfahrens abwies. Dagegen erhoben die Angeklagten mit Eingabe vom 8. November 2009 Rekurs mit dem Antrag, es sei die angefochtene Verfügung ersatzlos aufzuheben und die Anklage nicht zuzulassen. Zur Begründung machten sie im Wesentlichen geltend, die Anklagezulassung verletze die bundesrechtlichen Vorschriften über den Gerichtsstand (örtliche Zuständigkeit) im interkantonalen Verhältnis. Die III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich wies mit Beschluss vom 23. November 2009 den Rekurs ab.
2. A._ und B._ führen mit Eingabe vom 14. Januar 2010 (Postaufgabe 15. Januar 2010) Beschwerde in Strafsachen gegen den Beschluss der III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Der angefochtene Beschluss schliesst das Strafverfahren gegen die Beschwerdeführer nicht ab. Es handelt sich um einen Zwischenentscheid, sodass die Zulässigkeit der Beschwerde mit Blick auf <ref-law> und 93 BGG geprüft werden muss.
3.1 Gemäss <ref-law> kann gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide über die Zuständigkeit und über Ausstandsbegehren Beschwerde erhoben werden. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung fällt indessen ein in einem Strafverfahren ergangener Zwischenentscheid, der die Frage der örtlichen Zuständigkeit nicht endgültig regelt, nicht unter <ref-law> (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 290 f.). Im vorliegenden Fall ist der Gerichtsstand (örtliche Zuständigkeit) zwar Streitgegenstand des angefochtenen Beschlusses. Die Präsidentin i.V. des Bezirksgerichts Meilen hat mit der Zulassung der Anklage die örtliche Zuständigkeit des Bezirksgerichts Meilen bejaht und die Strafkammer hat mit der Abweisung des Rekurses deren Entscheid bestätigt. Das urteilende Gericht ist jedoch an diesen Entscheid nicht gebunden (vgl. § 170 der Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919). Die Beschwerdeführer können die Einrede der Unzuständigkeit erneut erheben. Mangels einer endgültigen Regelung der örtlichen Zuständigkeit ist die in <ref-law> vorgesehene Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid nicht gegeben.
3.2 Gegen Vor- und Zwischenentscheide ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss <ref-law> zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> sollen das Bundesgericht entlasten. Dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen und sich überdies nicht bereits in einem frühen Verfahrensstadium ohne genügend umfassende Sachverhaltskenntnis teilweise materiell festlegen müssen. Können allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids behoben werden, so tritt das Bundesgericht auf gegen Vor- und Zwischenentscheide gerichtete Beschwerden nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 34 f.)
Es obliegt den Beschwerdeführern darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich in die Augen springt (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2.3.1 und 2.4.2). Die Beschwerdeführer äussern sich nicht zu den Eintretensvoraussetzungen von <ref-law>. Es ist im Übrigen auch nicht ersichtlich, inwiefern die Anklagezulassung einen rechtlich nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (<ref-law>) oder die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sein sollten (vgl. <ref-ruling> E. 3.2).
3.3 Zusammenfassend ergibt sich, dass es sich beim Beschluss der III. Strafkammer des Obergerichts des Kantons Zürich um einen Zwischenentscheid handelt, der offensichtlich nicht selbstständig anfechtbar ist.
Die Beschwerde erweist sich als offensichtlich unzulässig. Über sie kann im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden.
4. Entsprechend dem Verfahrensausgang tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (<ref-law>).
Mit dem Entscheid in der Sache selbst wird das von den Beschwerdeführern gestellte Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Präsidentin i.V. des Bezirksgerichts Meilen und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. Februar 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli