Sachverhalt:
A. Die X._ AG baut auf dem in einer Abbauzone gelegenen Grundstück GB Zell Nr. 1400 im Gebiet Zeller Allmend gestützt auf verschiedene bau- und waldrechtliche Bewilligungen Kies ab. Im Juli 2006 verlangte Y._, Eigentümerin des angrenzenden Grundstücks GB Zell Nr. 434, beim Gemeinderat Zell unter anderem einen Baustopp und die Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands. Sie machte geltend, im Bereich ihrer Grundstücksgrenze habe die X._ AG entlang des Abbaurands der Kiesgrube unrechtmässig einen Erdwall- und damm errichtet. Der Gemeinderat wies die Anträge mit Entscheid vom 27. Februar 2007 ab.
Vom 2. bis 23. April 2007 wurde ein "Projektoptimierungsgesuch" der X._ AG öffentlich aufgelegt, das unter anderem auf eine Anpassung der Endgestaltung der Kiesgrube abzielt und auch den genannten Erdwall betrifft.
Eine von Y._ gegen den Entscheid der Gemeinde vom 27. Februar 2007 erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Urteil vom 16. Oktober 2007 gut. Es hob den kommunalen Entscheid auf und wies die Sache zur Durchführung eines förmlichen Baubewilligungsverfahrens mit öffentlicher Auflage über den umstrittenen Erdwall an die Gemeinde zurück.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 22. November 2007 beantragt die X._ AG im Wesentlichen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 16. Oktober 2007 sei aufzuheben und die mit der kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerde gestellten Rechtsbegehren seien abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Sie macht insbesondere geltend, beim umstrittenen Erdwall handle es sich um ein temporäres Materialdepot im Zusammenhang mit dem Kiesabbau, welches in der rechtskräftigten Abbauzone nicht gesondert bewilligt werden müsse. Der Erdwall schütze im Übrigen die Nachbarn vor den Immissionen des Kiesabbaus und liege somit auch im öffentlichen Interesse. Die vom Verwaltungsgericht statuierte Bewilligungspflicht sei mit dem Bundesrecht nicht vereinbar.
Das Verwaltungsgericht und die Beschwerdegegnerin schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Gemeinde Zell weist in ihrer Stellungnahme auf weitere Verfahren betreffend den Kiesabbau im Gebiet Zeller Allmend hin und beantragt die Gutheissung der vorliegenden Beschwerde.
C. Mit Verfügung vom 14. Januar 2007 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts ein Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass während dem hängigen bundesgerichtlichen Verfahren einstweilen kein Baubewilligungsverfahren für den umstrittenen Erdwall durchzuführen ist. Im Übrigen hat er das Gesuch abgewiesen.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts, einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>), betrifft die Baubewilligungspflicht für den umstrittenen Erdwall, mithin eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinne von <ref-law>. Ein Ausschlussgrund nach <ref-law> liegt nicht vor (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 251).
1.2 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law>, da mit der Bejahung der Baubewilligungspflicht das Verfahren nicht abgeschlossen, sondern an die Gemeinde zur Durchführung des ordentlichen Baubewilligungsverfahrens zurückgewiesen wird. In Anwendung von <ref-law> ist gegen solche selbständig eröffnete Rückweisungsentscheide die Beschwerde zulässig, wenn deren Gutheissung sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Diese Bestimmung gibt die früher in Art. 50 Abs. 1 OG verankerte Regelung wieder, welche für das zivilrechtliche Verfahren vor Bundesgericht galt (vgl. <ref-ruling> E. 1.2, III 629 E. 2.4 S. 633; <ref-ruling> E. 3.2 S. 292, IV 215 E. 1.1 S. 217; Botschaft zum BGG in BBl 2001 S. 4334). Ob die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, prüft das Bundesgericht frei (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 92).
Würde das Bundesgericht vorliegend in Gutheissung der Beschwerde die Baubewilligungspflicht für den Erdwall verneinen, wäre das Verfahren endgültig abgeschlossen und der Beschwerdeführerin bliebe der gesamte mit einem Baubewilligungsverfahren verbundene Aufwand erspart. Die Beschwerde gegen den vorliegenden Zwischenentscheid ist somit gestützt auf <ref-law> grundsätzlich zulässig (Urteil des Bundesgerichts 1C_136/2007 vom 24. September 2007 E. 1.2).
1.3 Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die vom Verwaltungsgericht bejahte Baubewilligungspflicht für den Erdwall. Dazu ist sie nach <ref-law> legitimiert (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 252 ff.). Die Beschwerde wurde rechtzeitig erhoben (<ref-law>). Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin vertritt die Auffassung, beim umstrittenen Erdwall handle es sich um ein temporäres Materialdepot im Zusammenhang mit dem Kiesabbau, welches in der rechtskräftigten Abbauzone nicht gesondert bewilligt werden müsse. Der Erdwall schütze im Übrigen die Nachbarn vor den Immissionen des Kiesabbaus und liege somit auch im öffentlichen Interesse. Die vom Verwaltungsgericht statuierte Bewilligungspflicht sei mit dem Bundesrecht nicht vereinbar.
2.1 Das Verwaltungsgericht legt im angefochtenen Entscheid dar, die genauen Dimensionen des umstrittenen Erdwalls seien sowohl in räumlicher als auch in zeitlicher Hinsicht umstritten. Aufgrund der verschiedenen aktenkundigen Berichte ist das Verwaltungsgericht von einer Aufschüttungshöhe von 2.5 bis 4 m über eine Länge über 100 bis ca. 430 m im Grenzbereich zur Parzelle der Beschwerdegegnerin ausgegangen. Der Damm soll nach den Abklärungen des Verwaltungsgerichts über einen mehrere Jahre dauernden Zeitraum bestehen bleiben. In Frage stehen zudem die Einhaltung eines hinreichenden Sicherheitsabstands zur Liegenschaft der Beschwerdegegnerin sowie die Stabilität der Aufschüttungen. Unter diesen Umständen bejahte die Vorinstanz die baurechtliche Bewilligungspflicht für die umstrittene Aufschüttung. Weder die Abbaubewilligung aus dem Jahre 1994 noch die übrigen rechtsverbindlichen Grundlagen für den Kiesabbau sähen eine Aufschüttung am Rande des Abbaugebiets im beschriebenen räumlichen und zeitlichen Ausmass vor.
2.2 Ausgangspunkt für die Beurteilung der umstrittenen Bewilligungspflicht für den Erdwall ist Art. 22 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (Raumplanungsgesetz, RPG, SR 700), der grundsätzlich alle Bauten und Anlagen als bewilligungspflichtig erklärt. Diese Bestimmung ist unmittelbar anwendbar. Den Kantonen bleibt es vorbehalten, über den bundesrechtlichen Mindeststandard hinauszugehen und weitere Vorgänge der Bewilligungspflicht zu unterstellen. Zudem dürfen sie für bestimmte Bauvorhaben ein vereinfachtes Verfahren vorsehen (sog. kleine Baubewilligung) sowie Kleinstbauten einer blossen Anzeigepflicht unterstellen oder überhaupt von der Bewilligungspflicht ausnehmen, sofern sie keine nennenswerte Einflüsse auf Raum, Erschliessung und Umwelt bewirken (EJPD/BRP, Erläuterungen RPG, N. 7 zu Art. 22 RPG; vgl. dazu auch Walter Haller/Peter Karlen, Raumplanungs-, Bau- und Umweltrecht, 3. Aufl. Zürich 1999, Band I, Rz. 512-522 S. 144 ff.). Hingegen können die Kantone nicht von der Bewilligungspflicht ausnehmen, was nach Art. 22 RPG einer Bewilligung bedarf. Der Ausschluss der Bewilligungspflicht ist Gegenstand der Regelung von Art. 22 RPG und damit bundesrechtlich geordnet (Bernhard Waldmann/Peter Hänni, Raumplanungsgesetz, Bern 2006, Art. 22 Rz. 9 ff.; Alexander Ruch, Kommentar RPG, Art. 22 Rz. 4).
2.2.1 Bauten und Anlagen im Sinne von Art. 22 Abs. 1 RPG sind jene künstlich geschaffenen und auf Dauer angelegten Einrichtungen, die in fester Beziehung zum Erdboden stehen und geeignet sind, die Vorstellung über die Nutzungsordnung zu beeinflussen, sei es, dass sie den Raum äusserlich erheblich verändern, die Erschliessung belasten oder die Umwelt beeinträchtigen (grundlegend <ref-ruling> E. 2b S. 315 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 259; <ref-ruling> E. 3c S. 383 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 52). Massstab dafür, ob eine bauliche Massnahme erheblich genug ist, um sie dem Baubewilligungsverfahren zu unterwerfen, ist die Frage, ob mit der Realisierung der Baute oder Anlage im allgemeinen, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge, so wichtige räumliche Folgen verbunden sind, dass ein Interesse der Öffentlichkeit oder der Nachbarn an einer vorgängigen Kontrolle besteht. Ausschlaggebend ist nach der Praxis des Bundesgerichts nicht allein die Veränderung des Terrains durch bauliche Vorrichtungen oder Geländeveränderungen, es kommt vielmehr auf die räumliche Bedeutung eines Vorhabens insgesamt an. Die Baubewilligungspflicht soll der Behörde ermöglichen, ein Bauvorhaben - in Bezug auf seine räumlichen Folgen - vor seiner Ausführung auf die Übereinstimmung mit der raumplanerischen Nutzungsordnung und der übrigen einschlägigen Gesetzgebung zu überprüfen (<ref-ruling> E. 3 S. 259; <ref-ruling> E. 3c S. 384; <ref-ruling> E. 3a S. 226 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 313 f.; Bernhard Waldmann/Peter Hänni, a.a.O., Art. 22 Rz. 10).
2.2.2 Mit Bezug auf Terrainveränderungen bejahte das Bundesgericht die Bewilligungspflicht bezüglich einer 50 m langen und bis 3 m hohen Aufschüttung für eine Parkierungsfläche von rund 180 m2 (nicht veröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts A.116/1983 vom 25. Januar 1984, E. 3a). Gleich entschied das Bundesgericht im Falle einer rund 75 cm hohen Terrainauffüllung mit ca. 400 m3 Aushubmaterial (<ref-ruling>, nicht publizierte E. 3d und E. 4). Ebenfalls der Bewilligungspflicht unterwarf das Bundesgericht eine 50 cm hohe Aufschüttung bei einem als Magazin genutzten Stallgebäude (Urteil 1A.113/1992 vom 9. Februar 1993, E. 4a). Terrainveränderungen gehören auch nach den §§ 60 Abs. 2 lit. f und 61 Abs. 2 lit. f der kantonalen Planungs- und Bauverordnung vom 27. November 2001 (PBV/LU) zu den grundsätzlich baubewilligungspflichtigen Anlagen.
Vor dem Hintergrund der bundesgerichtlichen Praxis ist der angefochtene Entscheid auch unter Berücksichtigung der Argumentation der Beschwerdeführerin und der Gemeinde Zell nicht zu beanstanden. Die Aufschüttung erscheint bereits von ihrem räumlichen Ausmass und der Nähe zur Liegenschaft der Beschwerdegegnerin her als bewilligungspflichtig, auch wenn im Rahmen des Kiesabbaus nicht jede geringfügige Erdbewegung, die nicht bereits im Abbauprojekt vorhergesehen war, unmittelbar eine neue Bewilligungspflicht auslösen kann. Im vorliegenden Fall hat eine Kontrolle im Rahmen des Baubewilligungsverfahrens zu erfolgen, weil hier am Rand des Abbaugebiets, unmittelbar im Grenzbereich zum Grundstück der Beschwerdeführerin in beträchtlichem Volumen für eine erhebliche Zeitspanne in Hanglage Erdmaterial deponiert wird. Dabei spielt es keine Rolle, wann die Beschwerdeführerin die Endgestaltungsarbeiten nach Beendigung des Kiesabbaus auszuführen gedenkt. Wie sie selbst ausführt, hängt die Rekultivierung der Kiesgrube von der Bewilligung eines bei der Gemeinde hängigen Projektoptimierungsgesuchs ab. Über Zeitpunkt und Umfang der Entfernung des Erdwalls bestehen somit noch keine verbindlichen Anordnungen, weshalb der angefochtene Entscheid auch unter diesem Gesichtspunkt nicht zu beanstanden ist.
2.3 Die Gemeinde Zell legt in ihrer Stellungnahme dar, sie sei bereits ohne das Baubewilligungsverfahren für den Erdwall mit verschiedenen Gesuchen betreffend die streitbetroffene Kiesgrube konfrontiert. Dem Verwaltungsgericht sei das hängige Verfahren betreffend Projektoptimierung bekannt gewesen. Dieses habe auch die endgültige Gestaltung des Geländes im Bereich des umstrittenen Erdwalls zum Gegenstand.
Das Verwaltungsgericht führt in E. 5 seines Urteils aus, dass die Vorinstanz einen Baustopp verfügen müsste, wenn im betroffenen Gebiet wider Erwarten bauliche Aktivitäten oder sonstige Nutzungen andauern sollten. Das Projektoptimierungsgesuch war nicht Gegenstand des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens. Es wird angesichts der Tatsache, dass der Erdwall ohne förmliche Baubewilligung errichtet wurde, Sache der Gemeinde sein, die während der Dauer des nachträglichen Baubewilligungsverfahrens für diesen Erdwall erforderlichen Anordnungen zu treffen. Die Herstellung des rechtmässigen Zustands (§ 209 des Planungs- und Baugesetzes des Kantons Luzern vom 7. März 1989, PBG/LU) kann im Rahmen einer nachträglichen Baubewilligung verfügt werden. Soweit ein Koordinationsbedarf - insbesondere mit dem Projektoptimierungsgesuch - besteht, ist der Koordinationspflicht gemäss Art. 25a RPG Rechnung zu tragen. Hingegen geht es nach dem angefochtenen Entscheid nicht an, dass die Gemeinde weiterhin noch nicht förmlich bewilligte baubewilligungspflichtige Tätigkeiten im Bereich des Erdwalls duldet, bevor über die materielle Rechtmässigkeit des Erdwalls und allenfalls erforderliche Wiederherstellungsmassnahmen entschieden ist (§ 210 PBG/LU). Im Rahmen des nachträglichen Baubewilligungsverfahrens sind nach den zutreffenden Erwägungen der Vorinstanz insbesondere die Wahrung des Sicherheitsabstands zu den Nachbarparzellen sowie die Höhe und die Stabilität der Aufschüttung zu beurteilen.
3. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist. Bei diesem Ausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Diese hat der privaten Beschwerdegegnerin eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die private Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gemeinderat Zell und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Aemisegger Haag