Sachverhalt:
A.
A.a. Die Zürichsee-Fähre Horgen-Meilen AG (nachfolgend: FHM) verfügt über eine Personenbeförderungskonzession des Bundes für den Betrieb der Fährverbindung über den Zürichsee zwischen Horgen und Meilen. Als eidgenössisch konzessioniertes Schifffahrtsunternehmen untersteht sie dem Bundesgesetz über die Arbeit in Unternehmen des öffentlichen Verkehrs vom 8. Oktober 1971 (Arbeitszeitgesetz, AZG; SR 822.21). Mit einer Flotte von fünf Schiffen betreibt sie einen ganzjährigen Fährbetrieb und überquert innerhalb von 8 bis 10 Minuten den Zürichsee mit einem Grundtakt von 10 Minuten, in den Stosszeiten mit einem Takt von 6 bzw. 71⁄2 Minuten.
A.b. In seiner Funktion als Aufsichtsbehörde führte das Bundesamt für Verkehr (BAV) anlässlich eines Audits im Oktober/November 2012 eine Betriebskontrolle bei der FHM durch. Im Überwachungsbericht vom 25. Januar 2013 gelangte das BAV zu folgendem Ergebnis:
"Alle Dienste der FHM weisen eine Überschreitung der ununterbrochenen Arbeitszeit auf bzw. es werden weder Pausen noch Arbeitsunterbrechungen zugeteilt. Auflage 1201: Dem BAV ist bis zum 28. Februar 2013 aufzuzeigen, wie die Pausenregelungen künftig eingehalten werden."
Nach wiederholten Fristverlängerungen erörterte die FHM anlässlich des Gesprächs vom 13. August 2013 zwischen ihr und dem BAV mehrere Varianten, wie eine gesetzeskonforme Pausenregelung gewährleistet werden könnte. Im darauf folgenden Gespräch vom 31. Oktober 2013 legte das BAV dar, dass es die von der FHM in Betracht gezogene Vorlaufzeit von zwei bis maximal vier Jahren zur Umsetzung der bevorzugten Variante ("Springer für alle Chargen") nicht akzeptiere.
B.
Mit Verfügung vom 3. Dezember 2013 stellte das BAV fest, dass die FHM anhaltend die Vorgabe zur erlaubten Dauer der ununterbrochenen Arbeitszeit nach Art. 11 Abs. 4 der Verordnung über die Arbeit in Unternehmen des öffentlichen Verkehrs vom 26. Januar 1972 (Verordnung zum Arbeitszeitgesetz, AZGV; SR 822.211) deutlich missachte (Dispositiv-Ziff. 1). Das BAV wies die FHM an, bis spätestens zum Fahrplanwechsel Frühling/Sommer Ende März 2014 die Bestimmungen zur ununterbrochenen Arbeitszeit gemäss <ref-law> oder allenfalls <ref-law> einzuhalten (Dispositiv-Ziff. 2). Einer allfälligen Beschwerde gegen Dispositiv-Ziff. 2 entzog es die aufschiebende Wirkung (Dispositiv-Ziff. 3) und auferlegte der FHM eine Verfahrensgebühr von Fr. 1'500.-- (Dispositiv-Ziff. 4).
C.
Gegen diese Verfügung erhob die FHM am 20. Januar 2014 Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht. Sie beantragte, die angefochtene Verfügung sei vollumfänglich aufzuheben. Eventualiter sei die Frist nach Dispositiv-Ziff. 2 bis maximal vier Jahre auszudehnen. Subeventualiter stellte sie zum einen den Antrag, die Vorinstanz sei anzuweisen, ihr eine Ausnahmebewilligung nach <ref-law> zu erteilen und zum anderen, das Verfahren zu sistieren, bis klar sei, ob eine Ausnahme von den gesetzlichen Vorschriften nach <ref-law> angeordnet werden könne.
Mit Urteil vom 7. Juli 2014 hiess das Bundesverwaltungsgericht die Beschwerde teilweise gut, soweit darauf einzutreten war, und wies sie im Übrigen ab. Es bestätigte die Ziff. 1 und 4 der angefochtenen Verfügung, hob aber die Ziff. 2 auf und legte fest, dass bis Ende Oktober 2015 die Angestellten der FHM spätestens nach 51⁄2 Stunden Arbeitszeit eine Arbeitsunterbrechung von mindestens 20 Minuten einzuhalten haben. Es auferlegte zudem der FHM Verfahrenskosten im Umfang von Fr. 2'250.--.
D.
Die FHM erhebt mit Eingabe vom 8. September 2014 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, die Frist zur Anpassung sei bis Ende April 2016 zu verlängern und die vorinstanzlichen Verfahrenskosten seien auf Fr. 1'500.-- zu reduzieren.
Das BAV beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Bundesverwaltungsgericht und das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation verzichten auf Stellungnahme. Die FHM repliziert.

Erwägungen:
1.
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a, Art. 89 Abs. 1 und Art. 90 BGG).
2.
2.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, wie die Vorinstanz ihn festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt bzw. vom Bundesgericht von Amtes wegen berichtigt oder ergänzt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (<ref-law> bzw. <ref-law>). Eine entsprechende Rüge, welche rechtsgenüglich substantiiert vorzubringen ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.5 S. 314 mit Hinweisen), setzt zudem voraus, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
2.2. Die Beschwerdeführerin legt in ihrer Beschwerde ausführlich den Sachverhalt aus ihrer Sicht dar, rügt aber nicht rechtsgenüglich, inwiefern der von der Vorinstanz festgestellte Sachverhalt offensichtlich unrichtig sein oder auf einer Rechtsverletzung beruhen soll. Es ist daher vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt auszugehen.
3.
3.1. Die Beschwerdeführerin fällt als konzessioniertes Schifffahrtsunternehmen unbestritten unter den Geltungsbereich des Arbeitszeitgesetzes (vgl. <ref-law>). Nach <ref-law> besteht die Dienstschicht aus der Arbeitszeit und den Pausen; sie darf im Durchschnitt von 28 Tagen 12 Stunden nicht überschreiten. Nach ungefähr der Hälfte der Arbeitszeit ist eine Pause zu gewähren, welche die Einnahme einer Mahlzeit erlaubt. Sie soll in der Regel wenigstens eine Stunde betragen und, soweit es der Dienst gestattet, am Wohnort zugebracht werden können (<ref-law>). In einer Dienstschicht sind drei Pausen zulässig; wo durch Verordnung zu umschreibende, aussergewöhnliche Verhältnisse vorliegen, kann diese Zahl auf vier erhöht werden. Eine Pause soll mindestens 30 Minuten dauern (<ref-law>). Auf die Gewährung einer Pause kann nach Anhören der Arbeitnehmer oder ihrer Vertreter verzichtet werden, wenn die Dienstschicht neun Stunden nicht überschreitet und der Arbeitnehmer die Möglichkeit hat, eine Zwischenverpflegung einzunehmen; dafür ist eine Arbeitsunterbrechung von 20 Minuten einzuräumen, die als Arbeitszeit gilt (<ref-law>). Die ununterbrochene Arbeitszeit darf unter Vorbehalt von <ref-law> fünf Stunden (<ref-law>) bzw. bei Schifffahrtsunternehmen mit Zustimmung der beteiligten Arbeitnehmer oder deren Vertreter fünf Stunden und dreissig Minuten (Art. 11 Abs. 4 bis AZGV) nicht überschreiten. Wenn besondere Verhältnisse vorliegen, können, nach Anhören der beteiligten Unternehmen und Arbeitnehmer oder deren Vertreter, durch Verordnung für einzelne Unternehmen oder Unternehmenskategorien Ausnahmen von den Vorschriften des Gesetzes angeordnet werden (<ref-law>). Zur Berücksichtigung aussergewöhnlicher Verhältnisse und nach Anhören der beteiligten Unternehmen und Arbeitnehmer oder deren Vertreter können die Aufsichtsbehörden im Einzelfall zeitlich befristete Abweichungen von den Vorschriften des Gesetzes bewilligen (<ref-law>). Das BAV als Aufsichtsbehörde (<ref-law> i.V.m. <ref-law>) ist verpflichtet, Beschlüsse und Anordnungen von Organen oder Dienststellen der Unternehmen aufzuheben, zu ändern oder ihre Durchführung zu verhindern, wenn sie gegen das Gesetz, die Verordnung, die Weisungen, die Konzession oder internationale Vereinbarungen verstossen (<ref-law>).
3.2. Die Vorinstanz hat erwogen, die in <ref-law> vorgeschriebene zwanzigminütige Pause müsse ununterbrochen gewährt werden; mehrere kürzere Pausen würden diese Anforderung nicht erfüllen, auch wenn sie insgesamt ein Mehrfaches der geforderten 20 Minuten ausmachten. Sie hat sodann festgestellt, dass die Beschwerdeführerin in ihren Dienstschichten I-VI, die mehr als 51⁄2 Stunden dauern, ihren Arbeitnehmern keine Arbeitsunterbrechung einräume, die mindestens 20 Minuten am Stück betrage. Die Vorinstanz hat daraus gefolgert, dass die Beschwerdeführerin gegen <ref-law> verstosse. Das ist vor Bundesgericht nicht mehr umstritten.
3.3. Die Vorinstanz hat sodann erwogen, eine Ausnahmebewilligung nach <ref-law> könne nicht erteilt werden, da keine aussergewöhnlichen Verhältnisse vorlägen. Auch diese Schlussfolgerung ist vor Bundesgericht nicht mehr umstritten.
3.4. Schliesslich hat die Vorinstanz geprüft, welche Frist der Beschwerdeführerin zur Umsetzung des gesetzeskonformen Zustands anzusetzen sei. Die vom BAV in der angefochtenen Verfügung angesetzte Frist sei per Ende März 2014 abgelaufen. Aufgrund der Zwecksetzung des AZG solle der rechtmässige Zustand baldmöglichst hergestellt werden. Andererseits bedürfe die Gewinnung neuen Personals, insbesondere die Ausbildung zusätzlicher Schiffsführer, einiger Zeit. Mit der Anpassung der Schichtzeiten und -einteilungen sei ein grosser Koordinationsaufwand verbunden. Eine Umsetzungsfrist von wenigen Monaten ziele daher an der Sache vorbei. Allerdings habe sich die Beschwerdeführerin bereits im Vorfeld vertieft mit verschiedenen Umsetzungsvarianten auseinandergesetzt. Insgesamt erscheine es als verhältnismässig, der Beschwerdeführerin eine neue Frist bis spätestens Ende Oktober 2015 anzusetzen.
3.5. Die Beschwerdeführerin bestreitet einzig diese Fristansetzung. Sie bringt vor, die Übergangsfrist bis Ende Oktober 2015 erlaube die nötige Ausbildung des Personals unter Aufrechterhaltung des bisherigen Fahrplanbetriebs nicht. Zudem könne ihr Personal insgesamt pro Tag akkumuliert Kurzpausen von insgesamt mehr als drei Stunden beziehen, so dass das öffentliche Interesse nicht gleich schwer wiege wie bei einem tatsächlichen ununterbrochenen Arbeitsbetrieb. Ihr Fährbetrieb erfülle eine wichtige Verkehrsfunktion. Es sei auch zu berücksichtigen, dass ihre Pausenregelung jahrzehntelang unbeanstandet geblieben sei und nie zu Beanstandungen seitens des Personals oder zu Zwischenfällen geführt habe. Die angesetzte Frist verstosse gegen Treu und Glauben und sei unverhältnismässig. Sie habe ein klares Konzept aufgezeigt, wie sie ihren Personalnotstand beheben wolle, benötige dafür jedoch mehr Zeit. Mit einer Verlängerung der Übergangsfrist um sechs Monate wäre keine Erhöhung der Gefährdungslage verbunden.
3.6. Es mag zutreffen, dass angesichts der Besonderheit des Arbeitseinsatzes auf den Schiffen der Beschwerdeführerin ein erhöhtes Gefährdungspotenzial kaum besteht. Das für das Bundesgericht massgebende Gesetz (vgl. <ref-law>) schreibt jedoch im Sinne einer Mindestregelung die in <ref-law> genannten Pausen unabhängig davon vor, ob im konkreten Fall eine erhöhte Gefährdung vorliegt. An der Herstellung eines gesetzmässigen Zustands besteht ein öffentliches Interesse, was - wie auch das Gebot der Rechtsgleichheit - gegen übermässig lange Anpassungsfristen spricht. Dass die Ausbildung des neu benötigten Personals nicht möglich wäre, hat die Beschwerdeführerin nicht hinreichend belegt: Sie legt selber ein Ausbildungskonzept mit einem Zeitbedarf von 19 Monaten vor. Dieses basiert darauf, dass die je sechsmonatige praktische Ausbildung von zwei Schiffsführern nicht zeitgleich, sondern nacheinander stattfindet, was die Beschwerdeführerin damit begründet, sie verfüge nur über einen Schiffsführerausbildner, weshalb sie nicht zwei Schiffsführer parallel ausbilden könne. Das BAV bringt demgegenüber - worauf es zu behaften ist - vor, dass es zulässig sei, zwei Anwärter zeitgleich von derselben Lehrperson ausbilden zu lassen, was sodann durch die meisten Schiffsführer erfolgen könne. Die praktische Ausbildung könne zudem bereits vor Ablegen der theoretischen Prüfung beginnen. Mit diesen Massnahmen lässt sich die totale Ausbildungszeit jedenfalls soweit verkürzen, dass die mehr als 15 Monate, welche das Bundesverwaltungsgericht ab Datum seines Urteils eingeräumt hat, ausreichen. Dass das Auffinden von Ausbildungskandidaten möglicherweise nicht einfach ist, wie die Beschwerdeführerin replikweise vorbringt, kann keine längere Frist begründen. Jedes Unternehmen ist mit dem Problem konfrontiert, geeignetes Personal zu finden, was für sich allein keine Abweichung von gesetzlichen Vorschriften zu rechtfertigen vermag. Schliesslich legt die Beschwerdeführerin auch nicht dar, weshalb eine andere Schichteinteilung, welche die Einhaltung einer zwanzigminütigen Pause erlauben würde, innert der gewährten Anpassungsfrist nicht möglich sein soll. Insgesamt erscheint die von der Vorinstanz gewährte Frist als verhältnismässig.
4.
Der Antrag auf Reduktion der vorinstanzlichen Verfahrenskosten wird nur im Zusammenhang mit dem Antrag in der Sache begründet und ist mit diesem abzuweisen.
5.
Die Beschwerde erweist sich damit als unbegründet. Die Beschwerdeführerin trägt die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Dezember 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Winiger