Sachverhalt:
A. Mit Urteil vom 23. März 2005 hatte das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau eine Beschwerde des Verkehrsclubs der Schweiz (VCS; handelnd durch die Sektionen Aargau und Zürich) gegen den Genehmigungsbeschluss des Grossen Rates und gegen den Entscheid des Regierungsrates zum Gestaltungsplan "Wille" teilweise gutgeheissen.
Die im Beschwerdeverfahren vom Regierungsrat der IKEA Immobilien AG zugesprochene Parteientschädigung hatte das Verwaltungsgericht in seinem Urteil auf Fr. 19'268.30 reduziert und den VCS verpflichtet, 4/5 dieser Parteikosten zu übernehmen. Die Parteientschädigung für die Reppisch-Werke AG und die Müller Martini Versand Systeme AG hatte das Verwaltungsgericht bei Fr. 38'617.10 belassen.
Für das Verfahren vor dem Verwaltungsgericht waren die Parteientschädigungen für die IKEA Immobilien AG mit Fr. 20'197.20 und für die Reppisch-Werke AG und die Müller Martini Versand Systeme AG mit Fr. 37'579.65 festgesetzt worden. Der VCS war verpflichtet worden, jeweils 9/10 dieser Parteientschädigungen zu bezahlen.
B. Das vom VCS angerufene Bundesgericht gelangte im Urteil 1A.125/2005 vom 21. September 2005 (in URP 2006 S. 151) u.a. zum Schluss, ein Prozessrisiko (bei vollständigem Unterliegen) von rund Fr. 160'000.-- wirke prohibitiv und verhindere die Ausübung des Verbandsbeschwerderechts nach Art. 55 des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (USG; SR 814.01). Das Bundesrecht enthalte zwar keine ausdrücklichen Bestimmungen zur Bemessung der Parteientschädigung im Nutzungsplan-Beschwerdeverfahren und verbiete in diesem Bereich auch nicht die Berücksichtigung des Streitwertes. Das Bundesgericht erwog aber, dass die Festsetzung der Parteientschädigung nach einem fiktiven Streitwert, wie sie die kantonalen Instanzen vorgenommen hatten, das Beschwerderecht aushöhlt. Eine Abschätzung des Prozessrisikos sei kaum möglich, da die Festlegung des Streitwertes beträchtlich variieren könne. Es hob deshalb Ziff. 2, 4a und 4b des Urteils vom 23. März 2005 auf und wies die Sache zu neuem Entscheid über die Parteientschädigung im Sinne der Erwägungen an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau zurück.
C. Am 16. März 2007 hat das Verwaltungsgericht die Parteientschädigungen neu bestimmt. Dem Antrag des VCS, diese in sinngemässer Anwendung von § 3 Abs. 1 lit. b des Dekrets über die Entschädigung der Anwälte (Anwaltstarif, AnwT/AG; SAR 291.150) pauschal auf je maximal Fr. 5'000.-- pro Instanz und Partei festzulegen, folgte es dabei nicht. Es verpflichtete den VCS neu, der IKEA Immobilien AG für das Verfahren vor dem Regierungsrat die auf Fr. 12'974.75 festgesetzten Kosten der anwaltlichen Vertretung zu 3/5, d.h. mit Fr. 7'784.85 zu ersetzen. Ebenfalls für das regierungsrätliche Verfahren sollte der VCS der Reppisch-Werke AG und der Müller Martini Versand-Systeme AG eine auf Fr. 26'006.40 festgesetzte Parteientschädigung zu 3/5, also mit Fr. 15'603.85, bezahlen.
Für das Verfahren vor Verwaltungsgericht errechnete Letzteres eine Parteientschädigung von Fr. 13'778.70 für die IKEA Immobilien AG. Davon soll der VCS 9/10, also Fr. 12'400.85, übernehmen. Weiter wurde der VCS verpflichtet, für die Parteikosten der Reppisch-Werke AG und der Müller Martini Versand-Systeme AG im Umfang von Fr. 25'295.05 aufzukommen.
D. Im Urteil 1C_113/2007 vom 19. September 2007 hielt das Bundesgericht fest, die Vorinstanz habe sich kaum mit der Argumentation des Bundesgerichts im Entscheid 1A.125/2005 auseinandergesetzt. Bei einem Prozessrisiko von Fr. 92'483.-- verkomme das Verbandsbeschwerderecht zum leeren Buchstaben. Gleichzeitig befand das Bundesgericht, eine bundesrechtskonforme Auslegung von § 5 Abs. 1 Satz 2 i.V.m. § 3 Abs. 1 lit. b AnwT/AG lasse eine Entschädigungsbemessung zu, welche den Besonderheiten des Verbandsbeschwerderechts Rechnung trage. Es wies die Angelegenheit darum an das Verwaltungsgericht zu neuem Entscheid zurück.
E. Gemäss dem Urteil vom 26. Juni 2008 soll der VCS der IKEA Immobilien AG für das Verfahren vor dem Regierungsrat die auf Fr. 15'613.40 festgesetzten Kosten der anwaltlichen Vertretung zu 3/5, d.h. mit Fr. 9'368.05 ersetzen. Der Reppisch-Werke AG und der Müller Martini Versand-Systeme AG wird für das regierungsrätliche Verfahren eine auf Fr. 16'010.75 festgesetzte Parteientschädigung zugesprochen. Davon soll der VCS 3/5, also Fr. 9'606.45, übernehmen. Den Antrag der Reppisch-Werke AG und der Müller Martini Versand-Systeme AG auf Verzinsung der Parteientschädigung wies das Verwaltungsgericht ab. Für das Verfahren vor Verwaltungsgericht wurde der VCS verpflichtet, der IKEA Immobilien AG die Parteikosten in Höhe von Fr. 10'500.90 zu 9/10, d.h. mit Fr. 9'450.80, zu erstatten. Den beiden anderen Beschwerdegegnerinnen soll der VCS eine Parteientschädigung in der Höhe von Fr. 10'241.90 ausrichten.
F. Mit Eingabe vom 3. September 2008 erhebt der VCS, vertreten durch die Sektion Aargau, wiederum Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Die Rechtsbegehren lauten auf Aufhebung des angefochtenen Urteils und Entscheidung durch das Bundesgericht in der Sache selber. Der VCS fordert dazu im Detail, es seien die vollen Parteientschädigungen in sinngemässer Anwendung von § 3 Abs. 1 lit. b AnwT/AG auf je maximal Fr 5'000.-- pro Instanz und Partei festzulegen. Entsprechend sei die Dispositivziffer 1 des angefochtenen Urteils zu ändern und der Beschwerdeführer zu verpflichten, der IKEA Immobilien AG (Beschwerdegegnerin 1) eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen. Die gleiche Summe sei der Reppisch-Werke AG (Beschwerdegegnerin 2) und der Müller Martini Versand-Systeme AG (Beschwerdegegnerin 3) zuzusprechen. Für das verwaltungsgerichtliche Verfahren beantragt der Beschwerdeführer, zur Zahlung von Fr. 4'500.-- an die Parteikosten der Beschwerdegegnerin 1 und zur gleichen Summe an die Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 verpflichtet zu werden. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Gleichzeitig ersucht der Beschwerdeführer um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Die drei Beschwerdegegnerinnen, die IKEA Immobilien AG, die Reppisch-Werke AG und die Müller Martini Versand-Systeme AG schliessen allesamt auf Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau unter Verweis auf den angefochtenen Entscheid auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung hat der Beschwerde mit Verfügung vom 2. Oktober 2008 die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts, einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG), betrifft die Zusprechung der Parteientschädigungen in einem öffentlich-rechtlichen Verfahren, d.h. ebenfalls eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit im Sinn von Art. 82 lit. a BGG. Dabei handelt es sich um einen Endentscheid im Sinn von Art. 90 BGG.
Der Beschwerdeführer ficht die Höhe der Parteientschädigungen an, zu welcher ihn das Verwaltungsgericht verpflichtet hat. Dazu ist er legitimiert (Art. 89 Abs. 1 und Art. 89 Abs. 2 lit. d BGG). Die Beschwerde wurde rechtzeitig (Art. 100 Abs. 1 BGG) erhoben. Insoweit sind die Eintretensvoraussetzungen erfüllt.
1.2 Nach Art. 42 Abs. 2 BGG ist in der Begründung in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dies setzt voraus, dass sich der Beschwerdeführer wenigstens kurz mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinandersetzt. Genügt die Beschwerdeschrift diesen Begründungsanforderungen nicht, so ist darauf nicht einzutreten. Zwar wendet das Bundesgericht das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG); dies setzt aber voraus, dass auf die Beschwerde überhaupt eingetreten werden kann, diese also wenigstens die minimalen Begründungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG erfüllt. Strengere Anforderungen gelten, wenn - wie hier - die Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der willkürlichen Anwendung von kantonalem Recht und Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung - <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 255) geltend gemacht wird. Dies prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
2. Das Verwaltungsgericht hat seinem neuen Entscheid erstmals keinen fiktiven Streitwert zugrunde gelegt, sondern sich auf § 5 Abs. 1 Satz 2 i.V.m. § 3 Abs. 1 lit. b AnwT/AG gestützt.
§ 5 Abs. 1 AnwT/AG besagt, dass in Verwaltungssachen, einschliesslich versicherungsgerichtlicher Streitigkeiten, die §§ 3 und 4 sinngemäss gelten, soweit das Bundesrecht nichts anderes bestimmt. Soweit das Bundesrecht die Berücksichtigung des Streitwerts untersagt, gilt § 3 Abs. 1 lit. b sinngemäss. Gemäss § 3 Abs. 1 lit. b AnwT/AG beträgt die Grundentschädigung für die Vertretung und Verbeiständung einer Partei in Verfahren, die das Vermögen der Parteien weder direkt noch indirekt beeinflussen, je nach Bedeutung und Schwierigkeit des Falles Fr. 1'210.-- bis Fr. 14'740.--. Das Verwaltungsgericht hat diesen Spielraum voll ausgenützt und die Grundentschädigung bei Fr. 14'740.-- angesetzt. Von diesem Betrag hat es sodann gestützt auf §§ 6 ff. AnwT/AG einerseits jeweils einen Abzug von 20% wegen fehlender Verhandlung gemacht, andererseits Zuschläge wegen der umfangreichen Akten und des Aufwands gewährt (§ 7 Abs. 1 AnwT/AG). Dazu kamen die jeweils separat ausgewiesenen Auslagen. Für das verwaltungsgerichtliche Verfahren hat die Vorinstanz zudem Zuschläge von 10% für die Stellungnahmen im ersten Verfahren über die Nutzungsplanänderung einerseits, als auch für jene Vernehmlassungen zur neuerlichen Entschädigungsbemessung andererseits gewährt. Weiter hat sie einen Abzug von 50% für das Rechtsmittelverfahren vorgenommen (§ 8 AnwT/AG).
2.1 Der Beschwerdeführer erachtet dieses Vorgehen als unzulässige Ermessensunterschreitung, weil das Verwaltungsgericht die massgeblichen kantonalen Normen entgegen der Forderung des Bundesgerichts nicht bundesrechtskonform ausgelegt habe. Die Parteientschädigungen seien nach wie vor prohibitiv hoch.
2.2 Mit der Revision des Verbandsbeschwerderechts wurde neu die Kostentragungspflicht für die Verbände im Verfahren vor Bundesgericht eingeführt (Art. 55e USG). Damit sollten in gewissem Mass Beschwerden, die keine Aussicht auf Erfolg haben, verhindert werden. Nach Auffassung einer Kommissionsmehrheit im Parlament gebe es zudem keinen Grund dafür, Organisationen anders zu behandeln als Private. In Anbetracht dessen, dass beschwerdeberechtigte Organisationen einen ideellen Zweck verfolgen und mit Ausübung ihrer Beschwerdetätigkeit ein öffentliches Interesse wahrnehmen müssen, befürchtete aber eine Minderheit, dass einige dieser Organisationen von einer umweltrechtlich gebotenen Beschwerde absehen würden (BBl 2005 5376). Diese Befürchtungen werden in der Literatur z.T. geteilt (so ISABELLE HÄNER, Neuerungen im USG unter besonderer Berücksichtigung des Verbandsbeschwerderechts, in: PBG aktuell 2007, S. 11; Helen Keller/Daniela Turnherr, Verbandsbeschwerde im Kreuzfeuer der Kritik. Analyse aktueller Reformvorschläge unter Berücksichtigung der Auswirkungen auf den ländlichen Raum, in: Jörg Schmid/Hansjörg Seiler [Hrsg.], Recht des ländlichen Raums, Festgabe für Paul Richli zum 60. Geburtstag, Zürich 2006, S. 283 ff., 316; ALAIN GRIFFEL, Das Verbandsbeschwerderecht im Brennpunkt zwischen Nutz- und Schutzinteressen, URP 2006, S. 95 ff., 121). GRIFFEL kritisiert insbesondere, die Änderung verkenne, dass die Umweltorganisationen mittels Verbandsbeschwerde keine eigenen, sondern öffentliche Interessen wahrnehmen und letztlich zu einer besseren Rechtsanwendung beitragen. Die Änderung werde sich für die ideellen Verbände als Non-Profit-Organisationen wohl als sehr einschneidend erweisen, zumal sich diese im Wesentlichen über Mitgliederbeiträge und Spenden finanzieren würden (a.a.O., S. 121).
Zwar wurden die zitierten Bedenken im Zusammenhang mit der Auferlegung von Gerichtskosten vor Bundesgericht geäussert, dem dahinter stehenden Grundgedanken aber ist - wie dies das Bundesgericht bereits in den zwei vorangegangenen Urteilen 1A.125/2007 und 1C_113/2007 festgehalten hat - gebührend Rechnung zu tragen: Den ideellen Organisationen, welche öffentliche Interessen des Umweltschutzes wahrnehmen, soll der Rechtsweg nicht durch prohibitive finanzielle Prozessrisiken verwehrt werden. Dies bedeutet aber nicht, dass die ideellen Organisationen einen Anspruch hätten, generell erheblich tiefere Parteientschädigungen zu entrichten als Private. Die Gegenparteien sehen sich zum Teil mit beträchtlichem Aufwand konfrontiert, auf dessen angemessene Entgeltung sie im Umfang des Obsiegens Anspruch haben.
2.3 Wie gesehen hat das Verwaltungsgericht in seinem neuen Urteil von der Festsetzung eines fiktiven Streitwerts abgesehen und als Ausgangslage die Höchstentschädigung gewählt, die § 3 Abs. 1 lit. b AnwT/AG zulässt. In E. 6.1 des angefochtenen Urteils hält das Verwaltungsgericht zwar fest, dass sich das Prozessrisiko bei vollständigem Unterliegen vor beiden kantonalen Instanzen und inklusive der (in Rechtskraft erwachsenen) Kosten auf Fr. 66'700.-- belaufen würde. Dies ist noch immer eine beträchtliche Summe. Insgesamt hat es dem Beschwerdeführer nun aber für die beiden Verfahren vor dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht Parteientschädigungen in der Höhe von Fr. 38'667.20 auferlegt. Die hohe Grundentschädigung von Fr. 14'740.-- hat es damit gerechtfertigt, dass der Beschwerdeführer die Nutzungsplanänderung "Wille" wegen fehlender Richtplankonformität, Verstössen gegen das Raumplanungsrecht, die Umweltschutzgesetzgebung sowie wegen Mängeln der Umweltverträglichkeitsprüfung angefochten und umweltrechtliche Ergänzungen der Nutzungsplanung verlangt hatte. Die Beschwerdeschriften in den beiden kantonalen Verfahren mit den zahlreichen Anträgen und Rügen hätten den Prozessstoff bestimmt und den Rechtsvertretern der Beschwerdegegnerinnen einen erheblichen Aufwand verursacht. Dies ist grundsätzlich nicht zu beanstanden, ist dem Verwaltungsgericht doch darin zuzustimmen, dass der Fall eine sehr aufwändige Beurteilung zahlreicher Rechtsfragen mit sich brachte und dass die Rechtsschriften des Beschwerdeführers sehr ausführlich waren. Das Verwaltungsgericht hat weiter berücksichtigt, dass jeweils keine Verhandlung stattgefunden hat, und hat darum in Anwendung von § 6 AnwT/AG einen Abzug von 20% von der Grundentschädigung vorgenommen. Auch der 20%ige Zuschlag wegen ausserordentlicher Aufwendungen ist grundsätzlich nicht als willkürlich zu bezeichnen, auch wenn der beträchtliche Umfang des Verfahrens bereits in der Ansetzung der maximalen Grundentschädigung Berücksichtigung fand. § 7 Abs. 1 AnwT/AG sieht jedenfalls bei Verfahren, welche ausserordentliche Aufwendungen eines Anwaltes erfordern, z.B. in Rechnungsprozessen, Patentprozessen, Verfahren mit ausserordentlich umfangreichem oder fremdsprachigem Aktenmaterial, bei Vertretung mehrerer Klienten, in Verfahren, in denen ausländisches Recht in Frage steht oder bei ausgedehnten Beweiserhebungen, eine Erhöhung der Entschädigungen nach §§ 3-6 um bis zu 50% vor.
Mit der Rüge, diese Zuschläge seien im Bereich des Verbandsbeschwerderechts von vornherein nicht zulässig, dringt der Beschwerdeführer nicht durch. Von Bundesgesetzes wegen ist nicht vorgesehen, dass die Kantone bei einer Verbandsbeschwerde Pauschalentschädigungen zuzusprechen hätten. Wenn keine Spezialnormen bestehen, haben die Kantone ihre einschlägigen Bestimmungen über die Entschädigungsbemessung bundesrechtskonform auszulegen, so dass die Wahrnehmung der öffentlichen Interessen durch die ideellen Organisationen nicht verunmöglicht wird. Zwar ist dem Beschwerdeführer darin zuzustimmen, dass mit dem aargauischen System der Zuschläge und Abzüge von der Grundentschädigung die Abschätzung des Prozessrisikos erschwert wird. Im vorliegenden Fall hat das Verwaltungsgericht den Rahmen der vom AnwT/AG eingeräumten Zuschläge nicht ausgeschöpft und immerhin auch einen Abzug wegen fehlender Verhandlung und einen Abzug von 50% für das Rechtsmittelverfahren gewährt. Im Ergebnis erscheint dieses Vorgehen nicht als willkürlich.
Die für das regierungsrätliche Verfahren festgesetzte Entschädigung ist darum nicht zu beanstanden; seine anteilmässige Beteiligung von 3/5 bestreitet der Beschwerdeführer offensichtlich nicht, hat er doch selber in seinem Antrag vor Bundesgericht ebenfalls diese Quote genannt. Was die grundsätzlich ebenfalls rechtmässige Entschädigung für das Verfahren vor Verwaltungsgericht anbelangt, ist indes ein Vorbehalt anzubringen:
Die für das regierungsrätliche Verfahren festgesetzte Entschädigung ist darum nicht zu beanstanden; seine anteilmässige Beteiligung von 3/5 bestreitet der Beschwerdeführer offensichtlich nicht, hat er doch selber in seinem Antrag vor Bundesgericht ebenfalls diese Quote genannt. Was die grundsätzlich ebenfalls rechtmässige Entschädigung für das Verfahren vor Verwaltungsgericht anbelangt, ist indes ein Vorbehalt anzubringen:
2.4 2.4.1 Es kann nicht angehen, dass der Beschwerdeführer gestützt auf § 6 Abs. 3 AnwT/AG im verwaltungsgerichtlichen Verfahren einen Zuschlag von 10% auf die Grundentschädigung in Kauf nehmen muss, weil die Beschwerdegegnerinnen nach den Verfahren vor Bundesgericht zweimal - einmal zum Urteil 1A.125/2005 und einmal zum Entscheid 1C_113/2007 - zur neu vorzunehmenden Entschädigungsbemessung Stellung genommen haben: Diese Verfahren hat nicht der Beschwerdeführer zu verantworten, der in diesem Punkt vollumfänglich obsiegt hat. Das Verwaltungsgericht hat aber einen solchen Zuschlag in der Höhe von Fr. 1'474.-- je für die Beschwerdegegnerin 1 einerseits und die Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 andererseits gewährt. Insbesondere das zweite diesbezügliche Verfahren war nur nötig, weil sich das Verwaltungsgericht mit seinem Urteil vom 16. März 2007 nicht an die bundesgerichtlichen Vorgaben im Urteil 1A.125/2005 vom 21. September 2005 (E. 13) gehalten hat. Die den Beschwerdegegnerinnen daraus erwachsenen Aufwendungen können nicht dem Beschwerdeführer auferlegt werden. Somit ist bei den für das verwaltungsgerichtliche Verfahren zugesprochenen Parteientschädigungen auf den jeweiligen 10%igen Zuschlag von Fr. 1'474.-- für die Stellungnahmen zu den bundesgerichtlichen Urteilen zu verzichten. Diesen Betrag hat der Kanton Aargau zu übernehmen, da - insbesondere bezüglich des Urteils 1C_113/2007 - das Verwaltungsgericht mit seinem Entscheid überhaupt erst zur Beschwerdeführung Anlass gegeben hat. Diese Kostenauferlegung rechtfertigt sich auch mit Blick auf Art. 68 Abs. 4 BGG.
2.4.2 Dieser Zuschlag in der Höhe von 10% der Grundentschädigung ist zu unterscheiden von jenem ebenfalls 10%igen Zuschlag, den das Verwaltungsgericht den Beschwerdegegnerinnen für ihre Stellungnahmen im ersten Verfahren vor Verwaltungsgericht zugesprochen hat (siehe "Zuschlag für die Stellungnahmen vom 14.12.2004" in der nachfolgenden Berechnung), als der regierungsrätliche Entscheid angefochten war. Da dieser Zuschlag ebenfalls auf der Grundentschädigung basiert, beträgt er auch Fr. 1'474.--, ist aber nicht willkürlich.
2.4.3 Der Rechnung des Verwaltungsgerichts folgend ergibt dies folgende Aufstellung:
Beschwerdegegnerin 1:
Grundentschädigung Fr. 14'740.00
Abzug für fehlende Verhandlung (20%) -Fr. 2'948.00
Zuschlag für die Stellungnahmen vom
14.12.2004 (10%) Fr. 1'474.00
Zwischentotal Fr. 13'266.00
Zuschlag gemäss § 7 Abs. 1 AnwT/AG (20%) Fr. 2'653.20
Zwischentotal Fr. 15'919.20
Abzug gemäss § 8 AnwT/AG (50%) -Fr. 7'959.60
Total Honorar Fr. 7'959.60
Auslagen Fr. 915.20
Total Honorar und Auslagen Fr. 8'874.80
7.6% MWSt Fr. 674.50
Total Honorar und Auslagen inkl. MWSt Fr. 9'549.30
Für die Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 ergibt sich folgende Berechnung:
Total Honorar Fr. 7'959.60
Auslagen Fr. 674.50
Total Honorar und Auslagen Fr. 8'634.10
7.6% MWSt Fr. 656.20
Total Honorar und Auslagen inkl. MWSt Fr. 9'290.30
Die anteilmässige Beteiligung an den Entschädigungen der Beschwerdegegnerinnen hat der Beschwerdeführer nicht rechtsgenüglich bestritten. Selbst wenn er dies getan hätte, wäre das Vorgehen des Verwaltungsgerichts nicht als willkürlich zu bezeichnen: Die Vorinstanz hatte diese Verteilung im Urteil vom 23. März 2005 damit begründet, dass das Obsiegen des Beschwerdeführers in Bezug auf den Hauslieferdienst sachlich und im Ergebnis unbedeutend sei, so dass es zu vernachlässigen sei. Das Obsiegen bezüglich der Parteikosten beschlage nur die Beschwerdegegnerin 1. Gegenüber der Beschwerdegegnerin 1 wird der Beschwerdeführer darum im reduzierten Umfang von 9/10 ersatzpflichtig und hat ihr eine Entschädigung von Fr. 8'594.40 zu entrichten. Den Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 hat er die gesamte Summe von Fr. 9'290.30 zu ersetzen.
2.5 Der Beschwerdeführer zeigt mit seinen exemplarischen Berechnungen zwar auf, dass das Prozessrisiko nach wie vor sehr schwierig abzuschätzen ist. Mit der jetzigen Bemessung hat das Verwaltungsgericht indes - unter Vorbehalt von E. 2.4 hievor - die kantonalen Normen willkürfrei angewandt und zumindest im Ergebnis keine prohibitiven Parteientschädigungen festgelegt.
3. Demzufolge ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen. Die Ziff. 4.1 und 4.2 des angefochtenen Urteils sind aufzuheben und im Sinne der Berechnung gemäss E. 2.4 hiervor neu zu formulieren. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Da der Beschwerdeführer in der Hauptsache unterliegt, hat er die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren zu übernehmen. Zudem hat er die Beschwerdegegnerinnen angemessen zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. 1.1 Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und Ziff. 4.1 und 4.2 des angefochtenen Urteils vom 26. Juni 2008 werden aufgehoben. Neu wird der Beschwerdeführer verpflichtet, der Beschwerdegegnerin 1 die ihr im Verfahren vor dem Verwaltungsgericht entstandenen Parteikosten von Fr. 9'549.30 (inkl. Fr. 674.50 MWSt) zu 9/10 , d.h. mit Fr. 8'594.40, zu ersetzen. Die Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 hat der Beschwerdeführer für das verwaltungsgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'290.30 (inkl. Fr. 656.20 MWSt) zu entschädigen.
1.2 Der Kanton Aargau hat die Beschwerdegegnerin 1 einerseits und die Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 andererseits für ihre Stellungnahme zu den Urteilen 1A.125/2005 und 1C_113/2007 mit je Fr. 1'474.-- zu entschädigen.
2. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- für das bundesgerichtliche Verfahren werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerin 1 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
5. Der Beschwerdeführer hat die Beschwerdegegnerinnen 2 und 3 für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Dezember 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer