Sachverhalt:
A. Am 27. April 2007 kam in Pennsylvania (USA) Z._ als Sohn von X._ (geb. 1963) und Y._ (geb. 1969) zur Welt. Infolge von Beziehungsproblemen verliess die Mutter den gemeinsamen Haushalt.
Am 20. Dezember 2007 erteilte der Court of Common Pleas of Centre County, Pennsylvania, der Mutter die primary physical custody über Z._ und dem Vater die partial physical custody für genau festgelegte Besuchszeiten; ferner ordnete das Gericht an, dass das Kind nicht ohne Zustimmung beider Parteien aus dem Centre County entfernt werden dürfe.
Am 9. Januar 2008 wurde den Parteien ein geteiltes Sorgerecht zugesprochen und festgehalten, dass weiterhin die am 20. Dezember 2007 getroffene Obhutsregelung gelten soll. Sodann erlaubte das Gericht der Mutter, gemeinsam mit ihrem Sohn vom 11. Januar 2008 bis längstens 26. Januar 2008 in die Schweiz zu reisen. Die Mutter kehrte indessen nicht in die USA zurück.
B. Der Vater leitete hierauf ein Rückführungsverfahren nach dem Haager Übereinkommen über die zivilrechtlichen Aspekte internationaler Kindesentführungen (HKÜ, SR 0.211.230.02) ein. Das Bezirksgericht A._ ordnete mit Verfügung vom 20. Oktober 2008 die Rückführung an, während das Obergericht des Kantons Zürich das Rückführungsbegehren am 26. Januar 2009 abwies. Mit Urteil vom 16. April 2009 hiess das Bundesgericht das Gesuch um Rückführung im Grundsatz gut, wobei es die Rückführung zwecks Verhinderung einer drohenden Trennung von Mutter und Kind von verschiedenen Bedingungen abhängig machte (vgl. Dossier Nr. 5A_105/2009).
Das Gesuch des Vaters um Vollzug der Rückführung scheiterte (vgl. Dossier Nr. 5A_721/2009). Am 21. Dezember 2009 leitete der Vater beim Amt für Jugendschutz und Berufsberatung des Kantons Zürich ein neues Vollstreckungsverfahren ein. Die betreffende gutheissende Verfügung des Amtes vom 11. Februar 2010 ist ebenfalls vor Bundesgericht angefochten und bildet Gegenstand des zur Zeit hängigen Verfahrens 5A_154/2010.
C. Am 12. Januar 2010 reichte die Mutter beim Obergericht des Kantons Zürich ein Abänderungsgesuch im Sinn von Art. 13 des Bundesgesetzes über internationale Kindesentführung und die Haager Übereinkommen zum Schutz von Kindern und Erwachsenen (BG-KKE, SR 211.222.32) ein. Das Obergericht wies dieses Gesuch mit Entscheid vom 19. Januar 2010 ab.
Gegen diesen Entscheid hat die Mutter am 29. Januar 2010 eine Beschwerde in Zivilsachen erhoben mit den Begehren um dessen Aufhebung und um Ablehnung der Rückführung, eventuell um Rückweisung der Sache an das Obergericht. Ferner wird die Anordnung einer Kindesvertretung, die Sistierung des Vollstreckungsverfahrens und die Erteilung der unentgeltlichen Rechtspflege verlangt. Mit Superprovisorium vom 1. Februar 2010 wurden Vollziehungsvorkehrungen einstweilig untersagt. In seiner Vernehmlassung vom 8. Februar 2010 verlangt der Vater die Abweisung des Sistierungsantrags betreffend das von ihm neu eingeleitete Vollstreckungsverfahren und die Aufhebung der Präsidialverfügung vom 1. Februar 2010 mit Bezug auf die Untersagung von Vollziehungsvorkehrungen. In der Sache selbst wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. In Rückführungsangelegenheiten gemäss HKÜ, mithin auch bei Abänderungsentscheiden im Sinn von Art. 13 HKÜ, steht gegen den kantonal letztinstanzlichen Endentscheid (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG), wie er vorliegend gegeben ist, die Beschwerde in Zivilsachen gemäss Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 1 BGG offen (vgl. Urteil 5A_105/2009, E. 1). Zulässig sind alle Vorbringen gemäss Art. 95 f. BGG. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. In formeller Hinsicht wird gestützt auf <ref-law> eine Vertretung für das Kind verlangt.
2.1 Gemäss <ref-law> ordnet das Gericht die Vertretung des Kindes an und bezeichnet diesem einen Beistand.
Aufgrund seiner systematischen Stellung bezieht sich die Norm offensichtlich auf das in <ref-law> geregelte Rückführungsverfahren. Gemäss Botschaft zum BG-KKE bleibt der Kindesvertreter jedoch bis zur vollzogenen Rückführung zuständig (BBl 2007 S. 2626). Ob und inwiefern <ref-law> vor diesem Hintergrund auch auf das Abänderungsverfahren gemäss <ref-law> anzuwenden ist, kann aufgrund der nachfolgenden Erwägungen offen gelassen werden.
2.2 Das Obergericht hat die Vertretung des Kindes mit der Begründung abgelehnt, dass die Abänderungsklage bereits aus verfahrensrechtlichen Gründen abzuweisen sei. Die Mutter hält jedoch die Verbeiständung des Kindes in jedem Fall für zwingend mit der Begründung, einzig damit sei eine kindgerechte Anwendung des HKÜ gewährleistet.
Entgegen der unterschwelligen Argumentation der Mutter geht es vorliegend nicht um die Beurteilung, bei welchem Elternteil oder an welchem Ort das Kind besser aufgehoben wäre, sondern ob seit dem Rückführungsentscheid Tatsachen eingetreten sind, welche dessen Abänderung erfordern. Als solche Tatsachen werden vorliegend verschiedene Orders des amerikanischen Sorgerechtsrichters sowie die zu erwartende ökonomische Situation in den USA angeführt. Hierzu hätte das bei Einreichen der Abänderungsklage vor dem Obergericht gut 21⁄2-jährige Kind keine Angaben machen können, sondern wäre ein Vertreter ausschliesslich auf die Darstellung durch die Mutter angewiesen gewesen.
Vor diesem Hintergrund würde die Rückweisung der Angelegenheit an die Vorinstanz verbunden mit der Anweisung, dem Kind für das kantonale Verfahren einen eigenen Vertreter zu bestellen, prozessualen Leerlauf bedeuten. Dazu kommt, dass das Abänderungsbegehren, wie die nachfolgenden Erwägungen zeigen, ohne Grundlage ist und von der Mutter offensichtlich in der Absicht eingereicht wurde, die Rückführung zu verzögern. Bei dieser Ausgangslage könnte eine Rückweisung selbst dann nicht in Frage kommen, wenn von einer Anwendbarkeit des <ref-law> im Abänderungsverfahren auszugehen wäre.
Dasselbe gilt auch für das Verfahren vor Bundesgericht. Soweit die Beschwerde - wie hier - offensichtlich unbegründet ist, besteht kein Anspruch des Kindes auf Verbeiständung. Die Rechtsanwältin der Mutter, die weder vom Richter noch von der Vormundschaftsbehörde als Beiständin des Kindes bestimmt worden ist, kann für dieses nicht Beschwerde führen.
3. In der Sache selbst werden veränderte Verhältnisse im Sinn von <ref-law> behauptet.
3.1 Gemäss <ref-law> kann ein Rückführungsentscheid geändert werden, wenn sich die einer Rückführung entgegenstehenden Umstände wesentlich geändert haben.
<ref-law> nimmt ein allgemeines Prinzip auf, wonach Regelungen über Kinderbelange stets unter dem Vorbehalt veränderter Verhältnisse stehen, wobei dieser Grundsatz nach dem Gesetzeswortlaut nur in der einen Richtung gilt, nämlich wenn inzwischen Tatsachen eingetreten sind, welche die Rückführung ausschliessen. Ob im gegenteiligen Fall, wenn rückführungshindernde Tatsachen nicht mehr bestehen, ebenfalls eine Änderung des Rückführungsentscheides möglich wäre oder ob dies aufgrund des Wortlautes von 13 Abs. 1 BGKKE ausgeschlossen ist, braucht vorliegend nicht beurteilt zu werden.
Nach der Botschaft zum BG-KKE kann sich die wesentliche Änderung auf die Situation des Kindes, auf diejenige des einen oder anderen Elternteils oder aber auf die Situation im Herkunftsstaat beziehen (BBl 2007 S. 2627 f.). Ferner fordert die Botschaft für den Regelfall, dass seit dem Rückführungsentscheid eine gewisse Zeit abgelaufen sei, was allerdings kein selbständiges Kriterium sein kann. Im Übrigen können einzig "Dauertatsachen" eine "wesentliche Änderung der Umstände" im Sinn von <ref-law> begründen; vorübergehende Hinderungsgründe wie beispielsweise Erkrankung des Kindes geben keinen Anlass zur materiellen Abänderung des Rückführungsentscheides. Hier ist vielmehr mit dessen Vollzug zuzuwarten, bis das Hindernis weggefallen ist (Raselli/Hausammann/Möckli/Urwyler, Ausländische Kinder sowie andere Angehörige, in: Ausländerrecht, 2. Aufl., Rz. 16.191); davon geht auch die Botschaft aus.
3.2 Soweit vorgebracht wird, der zuständige amerikanische Richter habe "nach verbindlicher Auskunft der amerikanischen Rechtsvertreterin" nur den Order vom 4. August 2008, nicht aber denjenigen vom 29. Juli 2008 aufgehoben, weshalb der Vater immer noch über das alleinige Sorgerecht verfüge und den Sohn bei der Einreise in die USA sofort wegnehmen könne, werden keine seit dem Rückführungsentscheid vom 16. April 2009 eingetretene neue Tatsachen geltend gemacht. Die Mutter hätte denn auch reichlich Gelegenheit gehabt, diese Behauptung bereits im Rückführungsverfahren zu erheben, zumal ihr vor Erlass des Rückführungsurteils noch einmal das rechtliche Gehör gewährt wurde, namentlich auch zu der Zusicherung des amerikanischen Richters vom 31. März 2009 und zu den Rückführungsbedingungen generell (vgl. Urteil 5A_105/2009, E. 3.7). Im Übrigen hätte die Mutter den in der Sache gegenstandslosen Order vom 29. Juli 2008 seit langem formell aufheben lassen können; der Vater ist im Übrigen mit einer formellen Aufhebung einverstanden, wie er in der Vernehmlassung explizit festhält.
Nur der Vollständigkeit halber sei deshalb erwähnt, dass die Behauptung ohnehin auch in der Sache unzutreffend ist: Mit Order vom 29. Juli 2008, bestätigt am 4. August 2008, übertrug der amerikanische Richter die physical custody auf den Vater. Mit Schreiben vom 31. März 2009, auf welches im Rückführungsentscheid massgeblich abgestellt wurde, sicherte der amerikanische Richter jedoch zu, den Order vom 4. August 2008 aufzuheben, welchem Vorgehen der Vater ausdrücklich zugestimmt hatte. Der amerikanische Richter erklärte, dass damit der Status quo ante wiederhergestellt sei, wie er vor dem widerrechtlichen Verbringen des Kindes bestanden hatte: the parents could return to a schedule where mother was the primary physical custodian of Z._, and father had periods of time with the child, but not serving as a primary custodian. Auf die damit bewirkte Wiederherstellung des Status quo ante wurde in E. 3.6 und 3.7 des bundesgerichtlichen Rückführungsurteils vom 16. April 2009 hingewiesen. Diese Sorgerechtslage bekräftigte der amerikanische Richter sodann im Order vom 21. Oktober 2009, wobei er darüber hinaus die Zusicherung abgab, dass die Mutter gemeinsam mit dem Sohn aus den USA ausreisen dürfe, wenn sie selbst aus aufenthaltsrechtlichen Gründen das Land verlassen müsste: X._ (hereinafter, "Mother") is awarded physical custody of the child, Z._ (hereinafter, "the child"), such that if Mother returns to the United States and involuntarily loses her right to remain in the country under the United States regulations for admittance of a non-citizen prior to the completion of the custody hearing before this Court and any appeals from the Custody Order entered by this Court following the custody hearing, then Mother shall have primary physical custody of the child and the child shall be permitted to return with Mother to Switzerland and remain in Mother's primary custody and care until the custody hearing and all appeals from the Custody Order entered by this Court following the custody hearing are completed. Vor diesem Hintergrund scheint es abwegig, wenn die Mutter unter Hinweis auf ein Affidavit ihrer amerikanischen Anwältin behauptet, weil formell nur der spätere Order vom 4. August 2008, nicht aber der frühere vom 29. Juli 2008 aufgehoben worden sei, könne der Vater nach der Einreise in die USA das Kind sofort wegnehmen und sie habe überhaupt keine Kontaktmöglichkeiten mehr zu ihrem Sohn.
3.3 Was den letztgenannten Order vom 21. Oktober 2009 anbelangt, ist sodann die Folgerung der Mutter nicht nachvollziehbar, in den USA könne ihr der Sohn deshalb sofort weggenommen werden, weil sie gemäss diesem Order lediglich die physical custody innehabe und nur bei drohender Ausreise die primary physical custody erhielte. Eine solche Interpretation geht offensichtlich am Sinn und Zweck der Erklärungen des amerikanischen Richters vom 31. März und 21. Oktober 2009 vorbei, wonach mit der Rückreise in die USA wiederum der Status quo ante bestehen und überdies sogar die Ausreise mit dem Kind erlaubt sein soll, wenn die Mutter ihren Aufenthaltsstatus in den USA verlöre. Nirgends wird hingegen zum Ausdruck gebracht oder auch nur angedeutet, dass das Kind während des Aufenthaltes der Mutter in den USA einfach in die Obhut des Vaters gegeben werden soll. Was der zuständige amerikanische Sachrichter im Rahmen des Sorgerechtsverfahrens letztendlich materiell entscheiden wird, liegt gerade in dessen Zuständigkeitsbereich und nicht in demjenigen des Rückführungsrichters (Art. 16 HKÜ). Der zuständige amerikanische Richter hat denn auch immer wieder betont, dass er in the best interest of the child entscheiden werde, und er kann sehr wohl zum Schluss gelangen, dass dem Kindeswohl am besten gedient ist, wenn Z._ mit der Mutter in der Schweiz lebt; hierüber kann jedoch nach dem System des HKÜ einzig der im Herkunftsstaat zuständige Sachrichter und nicht der schweizerische Rückführungsrichter entscheiden.
3.4 Soweit die Mutter vorbringt, sie könne in den USA nicht auf Fürsorgeleistungen zählen, macht sie keinen seit dem Rückführungsentscheid eingetretenen Umstand geltend, umso weniger als die - erst im Verlauf des Rückführungsverfahrens vorgebrachten - ökonomischen Bedenken bei einer Rückkehr in die USA in E. 3.7 des Rückführungsurteils vom 16. April 2009 bereits thematisiert, in diesem Zusammenhang aber Ausschlussgründe im Sinn von Art. 13 Abs. 1 lit. b HKÜ verneint worden sind.
3.5 Eine neue Tatsache, welche die Rückführung ausschliesse, sah die Mutter bei Beschwerdeeinreichung sodann im Umstand, dass sie im Zusammenhang mit einem education program for separated parents am 16. Dezember 2009 eine gerichtliche Vorladung für ein contempt proceeding erhalten hatte. Nachdem die Mutter dem amerikanischen Richter aufgezeigt hatte, dass sie in der Schweiz ein solches Programm besucht, wurde die Vorladung mit Order vom 5. Februar 2010 aufgehoben. Das betreffende Vorbringen ist somit gegenstandslos geworden.
4. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Sistierungsgesuch, über welches bislang nur superprovisorisch entschieden worden ist, hinfällig. Indes wurde im Vollstreckungsverfahren zwischenzeitlich die aufschiebende Wirkung erteilt (Dossier 5A_154/2010).
5. Nach dem Gesagten muss die Beschwerde abgewiesen werden, soweit darauf eingetreten werden kann. Es werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 26 Abs. 2 HKÜ).
Die Beschwerdeführerin hat ein Gesuch um unentgeltliche Rechtsvertretung gestellt. Die Beschwerde war jedoch von Anfang an aussichtslos, weshalb ihr Gesuch abgewiesen werden muss (<ref-law>). Unabhängig von der unentgeltlichen Rechtspflege hat sie sodann die obsiegende Gegenpartei für die Vernehmlassung zum Gesuch um vorsorgliche Massnahmen zu entschädigen (<ref-law>).
Auch der Beschwerdegegner hat ein Gesuch um unentgeltliche Rechtsvertretung gestellt. Diese geht zwar der seitens der Beschwerdeführerin geschuldeten Parteientschädigung nach, bleibt aber für den Fall der Nichteinbringlichkeit der Parteientschädigung relevant. Für diesen Fall wird dem Beschwerdegegner angesichts seiner Mittellosigkeit die unentgeltliche Rechtsvertretung gewährt, unter Beiordnung der ihn vertretenden Anwältin (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Zivilsachen wird abgewiesen, soweit auf sie einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
5. Das Gesuch des Beschwerdegegners um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen und er wird durch Rechtsanwältin Esther Küng verbeiständet.
6. Im Fall der Nichteinbringlichkeit der Parteientschädigung gemäss Ziff. 3 wird Rechtsanwältin Esther Küng aus der Bundesgerichtskasse mit Fr. 500.-- entschädigt.
7. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, dem Amt für Jugend und Berufsberatung sowie der Zentralbehörde schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. März 2010
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Möckli