Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft Basel-Landschaft stellte am 30. Oktober 2006 das von A._ und B._ gegen X._ angestrengte Strafverfahren wegen Diebstahls und Betrugs ein. Nach der Rechtsmittelbelehrung kann dieser Beschluss innert 10 Tagen beim Verfahrensgericht mit Beschwerde angefochten werden. Die angeschuldigte Person wird zudem darauf hingewiesen, dass sie gemäss § 33 Abs. 4 StPO innert 30 Tagen seit Zustellung des Einstellungsbeschlusses bei der Staatsanwaltschaft "Antrag auf angemessene Entschädigung für ungerechtfertigte Haft, für Anwaltskosten sowie für anderweitige Nachteile" stellen könne.
Am 22. Januar 2007 schrieb das Verfahrensgericht das von A._ und B._ angehobene Beschwerdeverfahren ab, nachdem sie die Beschwerde innert Frist nicht begründet hatten.
Am 26. Januar 2007 stellte X._ bei der Staatsanwaltschaft eine Forderung gegen den Kanton Basel-Landschaft in Höhe von Fr. 14'940.20 als Entschädigung und Genugtuung für die durch das Strafverfahren erlittenen Nachteile.
Am 3. Mai 2007 trat die Staatsanwaltschaft auf das Begehren wegen Verspätung nicht ein.
Das Verfahrensgericht in Strafsachen wies die Beschwerde von X._ am 15. Oktober 2007 ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid des Verfahrensgerichts aufzuheben und die Sache an die Staatsanwaltschaft zur Beurteilung seiner Entschädigungs- und Genugtuungsbegehren zurückzuweisen. Ausserdem sei ihm für das Verfahren vor dem Verfahrensgericht eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen und für das Verfahren vor Bundesgericht unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung zu gewähren.
Das Verfahrensgericht und die Staatsanwaltschaft beantragen in ihren Vernehmlassungen, die Beschwerde abzuweisen bzw. sie abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer will vom Kanton Basel-Landschaft für die (angeblich) ungerechtfertigte Haft und weitere durch das Strafverfahren zu Unrecht erlittene Nachteile entschädigt werden.
Diese Forderungen haben zwar insoweit einen Zusammenhang mit dem Strafverfahren, als sie ihren Rechtsgrund in einem (rechtmässigen oder rechtswidrigen) Verhalten der Strafverfolgungsbehörden - z.B. in der Anordnung von Untersuchungshaft - und dem daraus entstandenen Schaden bzw. der dadurch bewirkten seelischen Unbill haben. Der Sache nach handelt es sich um Haftungsansprüche gegen den Kanton Basel-Landschaft, mithin um auf kantonales öffentliches Recht gestützte vermögensrechtliche Ansprüche. Anders als Zivilansprüche, die Kraft ausdrücklicher Bestimmung in <ref-law> mit strafrechtlicher Beschwerde vorgebracht werden müssen, wenn sie zusammen mit der Strafsache zu behandeln sind, ist die Behandlung derartiger durch Strafverfahren ausgelöster Staatshaftungsansprüche in <ref-law> nicht ausdrücklich geregelt. Die Botschaft des Bundesrates vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege (BBl 2001 S. 4202 ff., insbesondere S. 4313 f.) schweigt sich dazu aus, ebenso, soweit ersichtlich, die Literatur. Ihr Zusammenhang mit dem Strafverfahren ist nicht so eng, dass sie sinnvollerweise nur in diesem mitbeurteilt werden können, wie dies für die Verfahrens- und Parteikosten der Fall ist. Sie unterliegen daher, insbesondere auch mangels einer <ref-law> entsprechenden Ausnahmeregelung für öffentlich-rechtliche Forderungen, grundsätzlich der dafür vorgesehenen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinne der <ref-law>. Für deren Behandlung ist die strafrechtliche Abteilung zuständig (Art. 30 Abs. 1 lit. c Ziff. 1 und Art. 33 Bundesgerichtsreglement; Entscheid 6B_300/2007 vom 13. November 2007, E. 1.2).
Da der erforderliche Streitwert von 30'000 Franken nicht erreicht ist und der Beschwerdeführer weder behauptet noch darlegt, es würden sich Rechtsfragen von grundsätzlicher Bedeutung stellen (<ref-law>), ist die Beschwerde als subsidiäre Verfassungsbeschwerde im Sinne der <ref-law> entgegenzunehmen.
2. Umstritten ist einzig, ob der Beschwerdeführer seine Ansprüche rechtzeitig geltend machte.
2.1 Nach dem einschlägigen § 33 Abs. 4 der basellandschaftlichen Strafprozessordnung vom 3. Juni 1999 (StPO) ist der Entschädigungsantrag "innert 30 Tagen nach rechtskräftigem Abschluss des Strafverfahrens" zu stellen. Staatsanwaltschaft und Verfahrensgericht vertreten, gestützt auf den im Internet publizierten Entscheid des Verfahrensgerichts G 2002/0027, die Auffassung, der Fristenlauf für Entschädigungsbegehren beginne bereits mit der Zustellung des Einstellungsentscheids. Der Beschwerdeführer macht geltend, dies widerspreche klarem kantonalem Recht und macht damit sinngemäss dessen willkürliche Anwendung geltend, was zulässig ist.
2.2 Das Verfahrensgericht führt im angefochtenen Entscheid aus, § 33 Abs. 4 StPO könne sich nur auf die formelle, nicht die materielle Rechtskraft beziehen. Formell rechtskräftig werde ein Beschluss in der Regel nach unbenutztem Ablauf der Rechtsmittelfrist bzw. einem Entscheid der Behörde, gegen den kein ordentliches Rechtsmittel mehr zulässig sei. In § 181 StPO werde ausdrücklich geregelt, dass Urteile des Strafgerichts nach unbenütztem Ablauf der Appellationsfrist, mit dem Rückzug der Appellation sowie dem Verzicht auf diese rechtskräftig würden. In diesem Fall werde die Rechtskraft der Urteile auf den Tag der Ausfällung zurückbezogen. Demgegenüber bestünden keine speziellen Bestimmungen zur formellen Rechtskraft des Einstellungsbeschlusses. Es stelle sich daher die Frage, ob dabei die Grundregel oder die spezielle Regel von § 181 StPO zur Anwendung gelange. Diesbezüglich liege eine Lücke vor, die es durch Auslegung zu füllen gelte.
Unter der Geltung der alten, bis Ende 1999 in Kraft stehenden Strafprozessordnung habe gegolten, dass Entschädigungsbegehren bei gerichtlichen Freisprüchen innerhalb eines Monats nach der Urteilsverkündung einzureichen gewesen seien. Diese Praxis sei von der Überweisungsbehörde in konstanter Praxis analog auf Verfahrenseinstellungen angewandt worden, indem Entschädigungsbegehren innert eines Monats ab der Zustellung des Einstellungsbeschlusses hätten eingereicht werden müssen. In der Vernehmlassungsvorlage für die Revision sei vorgesehen gewesen, die Frist für die Einreichung des Entschädigungsbegehrens wie bisher mit der Eröffnung des Einstellungsbeschlusses beginnen zu lassen. Unklar und nicht nachvollziehbar sei, weshalb § 33 Abs. 4 StPO nunmehr anders laute. In der zukünftigen Schweizerischen Strafprozessordnung werde wiederum festgehalten, dass der Beginn der Rechtskraft rückwirkend auf das Urteilsdatum festgelegt werde. Die in der geltenden Strafprozessordnung festgestellte echte Gesetzeslücke sei damit in Übereinstimmung mit dieser zukünftigen bundesrechtlichen und der altrechtlichen kantonalen Regelung dahingehend zu füllen, dass die Frist für Entschädigungsbegehren mit der Zustellung des Einstellungsbeschlusses zu laufen beginne.
2.3 Der Beschwerdeführer rügt diese Auslegung zu Recht als willkürlich. Mit § 33 Abs. 4 StPO hat der Gesetzgeber den Fristenlauf für Entschädigungsbegehren unmissverständlich geregelt: dem (ehemals) Angeschuldigten steht nach der Einstellung des Strafverfahrens für allfällige Entschädigungsforderungen eine Frist von 30 Tagen zur Verfügung ab dem Eintritt der Rechtskraft des Entscheids, mithin ab dem Zeitpunkt, in dem (unter dem Vorbehalt einer späteren Wiederaufnahme des Verfahrens) feststeht, dass es bei der Einstellung bleibt. Da die Rechtskraft der Einstellungsbeschlüsse nicht speziell geregelt ist, tritt die formelle Rechtskraft mit dem unbenützten Ablauf der Beschwerdefrist, mit dem Rechtsmittelverzicht aller Beschwerdeberechtigten oder dem rechtskräftigen Abschluss des Rechtsmittelverfahrens ein. Die Regelung ist klar, abschliessend und vollständig, es liegt offensichtlich weder eine echte noch eine unechte Gesetzeslücke vor, die es mit einer Auslegung contra legem zu füllen gälte. Von einem gesetzgeberischen Versehen kann ohnehin nicht ausgegangen werden, da § 33 Abs. 4 StPO erst im Laufe des Gesetzgebungsverfahrens, mithin durch einen bewussten Eingriff des Gesetzgebers, seine endgültige Fassung erhielt.
Die Verfahrensparteien müssen zudem in der Lage sein, über den Lauf von Rechtsmittelfristen Klarheit zu erlangen, weshalb Verfahrensvorschriften nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung so auszulegen sind, wie sie vom Rechtssuchenden vernünftigerweise verstanden werden dürfen (<ref-ruling> E. 3c; <ref-ruling> E. 4). Es ist auch unter diesem Gesichtspunkt offensichtlich unhaltbar, den Fristbeginn für Entschädigungsbegehren entgegen dem klaren Gesetzestext von § 33 Abs. 4 StPO auf die Zustellung des Einstellungsbeschlusses vorzuverlegen. Eine analoge Anwendung von § 181 StPO, welche das Verfahrensgericht im angefochtenen Entscheid jedenfalls in Betracht zieht, lehnt es in der Vernehmlassung zu Recht ausdrücklich ab (Vernehmlassung S. 2).
2.4 Die gesetzgeberische Lösung ist zudem sachgerecht, es ist kein vernünftiger sachlicher Grund dafür ersichtlich, den Fristenlauf für Entschädigungsbegehren in einem Zeitpunkt beginnen zu lassen, in dem noch gar nicht feststeht, ob der Einstellungsbeschluss je in Rechtskraft erwachsen wird. Deren Eintritt wird dem Betroffenen zwar nicht in jedem Fall von Amtes wegen mitgeteilt. Im vorliegenden Verfahren hat beispielsweise die Präsidentin des Verfahrensgerichts dem Beschwerdeführer ihren Abschreibungsbeschluss vom 22. Januar zugestellt. Vom unbenutzten Ablauf der dagegen offen stehenden Beschwerdefrist und damit vom Eintritt der Rechtskraft hat sie ihm dagegen keine Mitteilung gemacht und war dazu auch nicht verpflichtet. Es ist dem Betroffenen indessen ohne weiteres zumutbar, sich bei der zuständigen Behörde nach dem Eintritt der Rechtskraft zu erkundigen, wenn er die grosszügige 30-tägige Frist voll ausschöpfen will. Das führt entgegen der Auffassung des Verfahrensgerichts auch nicht zu einer Verzögerung des Entschädigungsverfahrens, da dieses ohnehin sistiert werden müsste, bis das Strafverfahren rechtskräftig eingestellt ist.
2.5 Das Verfahrensgericht hat die Beschwerde von B._ und A._ gegen den Einstellungsbeschluss am 22. Januar 2007 abgeschrieben. Dieser erwuchs nach dem zutreffenden Hinweis des Verfahrensgerichts in der Vernehmlassung (S. 3 oben) nach Ablauf der gegen diesen Entscheid offen stehenden 30-tägigen Rechtsmittelfrist in Rechtskraft. Damit war das vom Beschwerdeführer am 26. Januar 2007 eingereichte Entschädigungsbegehren nicht verspätet, sondern im Gegenteil verfrüht, da das Strafverfahren in diesem Zeitpunkt noch nicht rechtskräftig eingestellt war. Der Beschwerdeführer hätte nach den obigen Ausführungen die rechtskräftige Einstellung des Strafverfahrens abwarten können, da erst diese den Fristenlauf für das Entschädigungsbegehren in Gang setzt. Die Staatsanwaltschaft hat dessen Begehren vom 26. Januar 2007 daher zu Unrecht als verspätet zurückgewiesen. Der angefochtene Entscheid des Verfahrensgerichts, dass dieses Vorgehen schützte, ist damit aufzuheben, die Willkürrüge ist begründet.
3. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen und der angefochtene Entscheid des Verfahrensgerichts aufzuheben. Da es nicht Sache des Bundesgerichts sein kann, über die dem Beschwerdeführer für das Verfahren vor Verfahrensgericht zustehende Parteientschädigung zu befinden, ist die Sache an dieses zurückzuweisen, um darüber neu zu befinden, und es an die Staatsanwaltschaft weiterzuleiten, um das Entschädigungsbegehren an die Hand zu nehmen. Im Streit liegen Entschädigungsforderungen gegen den Kanton Basel-Landschaft und damit Vermögensinteressen, weshalb dieser ausgangsgemäss die Gerichtskosten zu tragen hat (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Ausserdem hat er dem Beschwerdeführer eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>); dessen Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid des Verfahrensgerichts des Kantons Basel-Landschaft vom 15. Oktober 2007 aufgehoben. Die Sache wird an das Verfahrensgericht zurückgewiesen zur Festlegung einer Parteientschädigung und zur Weiterleitung an die Staatsanwaltschaft, um das Entschädigungsbegehren an die Hand zu nehmen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Kanton Basel-Landschaft auferlegt.
3. Der Kanton Basel-Landschaft hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Mai 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi