Sachverhalt:
A.
Gegenüber der X._ AG, Schmitten, legte die Kantonale Steuerverwaltung Freiburg mit Verfügungen vom 17. Dezember 2009 und Einspracheentscheid vom 15. Dezember 2010 für die Steuerperioden 1995 bis 2002 folgende Nachsteuern fest: Fr. 109'749.75 nebst Fr. 6'606.90 Verzugszinsen bei der Staatssteuer, Fr. 101'931.70 nebst Fr. 50'896.60 Verzugszinsen bei der direkten Bundessteuer; gleichzeitig ergingen wegen vollzogener Steuerhinterziehung Bussen von Fr. 160'000.-- (Kantonssteuern) und Fr. 100'000.-- (direkte Bundessteuer).
B.
Die von der X._ AG gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde hat der Steuergerichtshof des Kantonsgerichts Freiburg mit Urteil vom 28. September 2012 teilweise gutgeheissen. Er hat festgestellt, dass das Recht zur Festsetzung der Nachsteuer für die Perioden 1995 bis 1997 verjährt und das Hinterziehungsverfahren bezüglich dieser Perioden einzustellen sei. Er hat die Aufrechnung geldwerter Leistungen für die Jahre 1998 bis 2002 in zwei Teilbereichen herabgesetzt; er hat die Steuerbussen ab 1998 den neu berechneten Nachsteuern angepasst und sie bei der Kantonssteuer von 150 % auf 100 % reduziert. Im Übrigen hat er die Beschwerde abgewiesen, soweit er darauf eingetreten ist.
C.
Am 7. November 2012 hat die X._ AG gegen das Urteil des Steuergerichtshofs Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie stellt in Bezug auf die Staatssteuer (Verfahren 2C_1107/2012) und die direkte Bundessteuer (2C_1108/2012) 1998-2002 im Wesentlichen den Antrag, das kantonsgerichtliche Urteil vom 28. September 2012 sowie die Verfügungen der Kantonalen Steuerverwaltung vom 17. Dezember 2009 aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an den Steuergerichtshof bzw. an die kantonale Steuerverwaltung zurückzuweisen.
D.
Die Kantonale und die Eidgenössische Steuerverwaltung (für den Bereich der direkten Bundessteuer) sowie der Steuergerichtshof des Kantonsgerichts Freiburg schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
E.
Mit weiteren Eingaben halten die X._ AG einerseits, die Kantonale Steuerverwaltung Freiburg, die Eidgenössische Steuerverwaltung und der Steuergerichtshof des Kantonsgerichts Freiburg andererseits an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
I. Prozessuales
1.
1.1. Die Vorinstanz hat die Verfahren betreffend Kantonssteuern und direkte Bundessteuer vereinigt und ein einziges Urteil gefällt. Die Beschwerdeführerin ficht dieses Urteil mit einer einzigen Beschwerdeeingabe an. Das ist zulässig, sofern in der Beschwerde zwischen den beiden Steuerarten unterschieden wird und aus den Anträgen hervorgeht, inwieweit diese angefochten sind und wie zu entscheiden ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.2 S. 264 f.; <ref-ruling> E. 4.2). Das Bundesgericht seinerseits eröffnet grundsätzlich zwei Verfahren, wenn sowohl die kantonalen Steuern wie auch die direkte Bundessteuer streitig sind, um die Fälle aller Kantone einheitlich zu erfassen. Es behält sich aber vor, die beiden Verfahren zu vereinigen und nur ein Urteil zu fällen. Das rechtfertigt sich auch hier, weil es um den gleichen Sachverhalt geht, sich dieselben Parteien gegenüberstehen, die Materie steuerlich harmonisiert ist und sich identische Rechtsfragen stellen (vgl. Urteil 2C_603/2012, 2C_604/2012 vom 10. Dezember 2012 E. 1).
1.2. Die Beschwerde richtet sich gegen ein (End-) Urteil einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist grundsätzlich zulässig (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 2 lit. d und Art. 90 BGG i.V.m. Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] sowie Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.3. Nicht einzutreten ist auf das Rechtsmittel, soweit es sich gegen die Entscheide der kantonalen Steuerverwaltung richtet, da diese durch das Urteil des Steuergerichtshofs ersetzt worden sind (sog. Devolutiveffekt, vgl. u.a. <ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
1.4. Gemäss <ref-law> dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt. Neue Begehren sind unzulässig (<ref-law>). In diesem Sinne müssen die sich auf ein bestimmtes Mietobjekt beziehenden Pläne unbeachtlich bleiben, welche die Beschwerdeführerin ohne ersichtlichen Grund erst vor Bundesgericht eingereicht hat.
1.5. Gemäss <ref-law> hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.5.1. Unerlässlich ist dabei u.a., dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin Bundesrecht verletzt wird. Die Beschwerdeschrift soll vor Bundesgericht nicht bloss die Rechtsstandpunkte und Argumente wiederholen, wie sie im kantonalen Verfahren vorgebracht worden sind, sondern muss sich konkret und spezifisch mit den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz auseinandersetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 400; <ref-ruling> E. 3 S. 749).
1.5.2. Eine den gesetzlichen Anforderungen genügende Begründung liegt hier nur in beschränktem Umfang vor, weil eine solche Auseinandersetzung mit den vorinstanzlichen Erwägungen nur am Rande erfolgt. Das gilt u.a. dort, wo die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Beschleunigungsgebotes geltend macht. Der Steuergerichtshof hat sich mit dieser bereits vor ihm erhobenen Rüge eingehend beschäftigt. Mit dessen Erwägungen dazu befasst sich die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht nicht, sondern gibt - mit Ausnahme eines einzigen zusätzlich eingefügten Satzes - wörtlich das bereits in der Beschwerde an die Vorinstanz Ausgeführte wieder. Das vermag den Begründungserfordernissen nicht zu genügen.
Aus dem gleichen Grunde sind die Vorbringen der Beschwerdeführerin vor Bundesgericht in zahlreichen anderen (Einzel-) Punkten unzulässig (z.B. im Zusammenhang mit der Miete D._ und E._ oder den Naturalien K._ und L._), da sie es auch dort unterlässt, auf die jeweils detaillierten und sorgfältigen Erwägungen des Steuergerichtshofs (in genügendem Ausmass) einzugehen.
2.
2.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Deren tatsächliche Feststellungen können nur berichtigt werden, sofern sie entweder offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ermittelt worden sind (<ref-law> u. <ref-ruling> E. 5.1 S. 356; zum Willkürbegriff: <ref-ruling> E. 7.1 S. 51; <ref-ruling> E. 2.4 S. 5) oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>). Zudem hat die beschwerdeführende Partei aufzuzeigen, dass die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.2 S. 234).
2.2. Die Beschwerdeführerin rügt eine qualifiziert unrichtige Sachverhaltsfeststellung durch den Steuergerichtshof: Dieser habe ihre geprüfte und extern revidierte Buchhaltung in keiner Weise berücksichtigt, sondern sie pauschal und ohne Begründung als unerheblich qualifiziert; auch habe er weitere von ihr angebotene Beweismittel zu Unrecht ausser Acht gelassen; insgesamt habe er den Sachverhalt aktenwidrig und krass einseitig zu ihren Ungunsten festgestellt. Die Rüge erweist sich indessen in mehrfacher Hinsicht als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
2.2.1. Unzutreffend scheint die Beschwerdeführerin davon auszugehen, dass es dem Bundesgericht obliege, aufgrund eines Vergleichs des angefochtenen Urteils mit der vor dem Kantonsgericht eingereichten Beschwerde festzustellen, inwiefern der Steuergerichtshof den Sachverhalt allenfalls falsch ermittelt haben könnte. Gerade das hat indessen die Beschwerdeführerin im Einzelnen darzulegen. Soweit sie sich in ihren Vorbringen nicht differenziert mit den im angefochtenen Urteil enthaltenen tatsächlichen Feststellungen auseinandersetzt, vermag ihre Beschwerde den gesetzlichen Begründungsanforderungen nicht zu genügen (vgl. dazu schon oben E. 1.5).
2.2.2. Die Rüge erweist sich weiter überall dort als unbegründet, wo die Beschwerdeführerin sich damit begnügt, den Feststellungen der Vorinstanz bloss ihre eigene Auffassung in tatsächlicher Hinsicht entgegenzusetzen, statt im Einzelnen und spezifisch aufzuzeigen, dass der vom Steuergerichtshof ermittelte Sachverhalt geradezu offensichtlich unrichtig ist (vgl. oben E. 2.1). Das gilt u.a. in folgenden Teilbereichen und Einzelpunkten: Miete D._ und E._, insbesondere in Bezug auf den beantragten Augenschein oder den Baurechtszins; Grundstück F._; Anteil Hauswart, Fahrzeugaufwand, Liegenschaftsunterhalt; Mietaufwand C._; Naturalien K._ und L._.
2.2.3. Unzureichend ist auch die Argumentation der Beschwerdeführerin, der Steuergerichtshof habe (in mehreren Punkten) keinen substantiierten Nachweis zugunsten seiner tatsächlichen Feststellungen erbracht (z.B. im Zusammenhang mit dem aufgerechneten Mietaufwand C._). Damit weist sie nicht nach, dass das Kantonsgericht den Sachverhalt qualifiziert unrichtig festgestellt hat. Soweit sie geltend macht, die blosse Behauptung des Bestehens einer geldwerten Leistung könne nicht zu einer Beweislastumkehr führen, übersieht sie, dass es der Steuergerichtshof (wie zuvor schon die Steuerbehörden) nicht bei blossen Behauptungen hat bewenden lassen, sondern detailliert aufgezeigt hat, weshalb er die geschäftsmässige Begründetheit der Aufwendungen abgelehnt hat. Bei dieser Sachlage wäre es an der Beschwerdeführerin gewesen, den erforderlichen Nachweis zu erbringen.
2.2.4. Umso weniger vermag die Beschwerdeführerin eine offensichtlich unzutreffende Sachverhaltsermittlung in all jenen Punkten darzutun, in denen ihre Behauptungen unbelegt geblieben sind, z.B. in Bezug auf die vermeintlich private Versteuerung bzw. eine allfällige erhebliche geschäftliche Nutzung des Grundstücks F._. Es hilft der Beschwerdeführerin auch nicht, wenn sie vorbringt, es sei nicht üblich und wäre mit einem unverhältnismässigem Aufwand verbunden gewesen, jede Übernachtung schriftlich festzuhalten.
Das Gleiche gilt u.a. hinsichtlich der Spesenabrechnungen ohne Nachweis X._ sen. Dazu verkennt die Beschwerdeführerin, dass es bei begründeten Zweifeln an der geschäftsmässigen Begründetheit der genannten Aufrechnungen an ihr lag, den erforderlichen Nachweis zu erbringen. Dieser ist auch nicht damit erbracht, dass die Beschwerdeführerin erwähnt, auf Verlangen könne der Nachweis über alle effektiven Spesenabrechnungen jederzeit gerne erbracht werden. Nachdem die geschäftsmässige Begründetheit der Spesen ab Beginn des Nachsteuerverfahrens von den Steuerbehörden nicht akzeptiert wurde, hätte sie den Beweis für ihre Darstellung erbringen müssen.
2.3. Zusammenfassend hat das Bundesgericht demnach uneingeschränkt vom Sachverhalt auszugehen, wie er von der Vorinstanz festgestellt worden ist.
3.
Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung des rechtlichen Gehörs. Sie zeigt indessen nicht auf, welche von ihr genannten Argumente der Steuergerichtshof zu Unrecht nicht berücksichtigt haben soll. Ihrem Vorbringen, wonach es ihr nicht erlaubt worden sei, sich an der Sachverhaltsermittlung weiter zu beteiligen, fehlt jede Grundlage, hatte sie es doch während dem ganzen Verfahren in der Hand, die geschäftsmässige Begründetheit der aufgerechneten Aufwandpositionen zu belegen. Genauso wenig vermag sie darzutun, dass der allfällige Einsatz von Steuerkommissaren mit französischer Muttersprache zu Problemen geführt hätte.
II. Direkte Bundessteuer
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin rügt, es sei zu Unrecht ein Nachsteuerverfahren durchgeführt worden.
Der Steuergerichtshof hat jedoch die Anwendung von <ref-law> im Zusammenhang mit den spezifischen Einzelposten jeweils umfassend, sorgfältig und zutreffend geprüft (vgl. zu den von der Rechtsprechung aufgestellten Anforderungen in Bezug auf diese Bestimmung sowie u.a. <ref-law>, <ref-law>, <ref-law> und <ref-law>: Urteil 2C_494/2011 vom 6. Juli 2012 in: StE 2012 B 72.25 Nr. 2 mit weiteren Hinweisen). Die Beschwerdeführerin macht - abgesehen von der bereits geprüften und verworfenen Rüge, wonach der Sachverhalt falsch festgestellt worden sei (vgl. oben E. 2) - zu Recht nicht geltend, die Ausführungen der Vorinstanz seien rechtsfehlerhaft. Es kann daher ohne Weiterungen auf die kantonsgerichtlichen Feststellungen verwiesen werden, aus denen sich ergibt, dass zu Recht Nachsteuern erhoben wurden. Im Masslichen ist die Nachsteuerfestsetzung nicht bestritten.
4.2. Die Beschwerdeführerin beanstandet im Weiteren die Auferlegung einer Busse wegen Steuerhinterziehung gemäss <ref-law>.
Die Vorinstanz hat sich mit den einschlägigen Gesetzesbestimmungen, der dazu ergangenen Rechtsprechung (vgl. insb. die Urteile 2A.706/2006 vom 1. März 2007 E. 3.4; 2A.583/2004 vom 21. April 2005 E. 3.1; vgl. auch das Urteil 2C_223/2011 vom 13. September 2011 E. 3.3 zur Nachsteuer), deren Anwendung im vorliegenden Fall und sämtlichen Vorbringen der Beschwerdeführerin dazu eingehend auseinandergesetzt. Diese legt nicht dar, inwiefern die betreffenden Bestimmungen verletzt sein sollten. Ihre Ausführungen basieren im Wesentlichen darauf, dass es an der unvollständigen Veranlagung mangle. Damit geht sie, gemäss dem bereits Festgehaltenen, fehl. Soweit sie die Auffassung vertritt, die Aufrechnungen beruhten lediglich auf einer unterschiedlichen Beurteilung von Leistungen mit gemischtem Charakter durch die Pflichtige einerseits und die Steuerbehörden andererseits, so ist ihr die Feststellung der Vorinstanz entgegenzuhalten, wonach sie über Jahre hinweg sowie systematisch private Aufwendungen übernommen und auch sonst völlig unangemessene Leistungen erbracht hat. Dem Kantonsgericht ist zuzustimmen, dass angesichts solcher Verhältnisse auf ein erhebliches Verschulden der Verantwortlichen zu schliessen ist. Das angefochtene Urteil erweist sich somit auch in Bezug auf die Busse als rechtskonform.
4.3. Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich, die Erhebung von Verzugszinsen sei rechtswidrig, da diese aufgrund der unverhältnismässig langen Verfahrensdauer Strafcharakter hätten.
Die Vorinstanz hat sich mit der gleichen Rüge bereits auseinandergesetzt und festgestellt, Verzugs- bzw. Ausgleichszinsen würden verschuldensunabhängig festgesetzt und stellten ihrer Rechtsnatur nach keine Strafsanktionen dar. Dem ist beizupflichten (vgl. auch Art. 151 Abs. 1 in fine DBG). Diese Zinsen gleichen bloss den Umstand aus, dass ein Pflichtiger geschuldete Steuern mit Verzögerung begleicht, was zur Folge hat, dass er einen entsprechenden Zinsvorteil und der Fiskus im gleichen Ausmass einen Nachteil erleidet. Das trifft auch hier zu, weshalb sich die Beschwerde hinsichtlich der Erhebung von Verzugszinsen ebenfalls als unbegründet erweist.
III. Kantonssteuern
5.
Die in Bezug auf die kantonalen Steuern anwendbaren Vorschriften entsprechen sowohl betreffend die Nachsteuern (Art. 192 des Freiburger Gesetzes vom 6. Juni 2000 über die Kantonssteuern [DStG; SGF 631.1] und Art. 53 Abs. 1 StHG) wie auch hinsichtlich der Steuerhinterziehung (Art. 220 DStG und Art. 56 StHG) denjenigen des DGB. Aus den zur direkten Bundessteuer dargelegten Gründen ist die Beschwerde daher auch für die Kantonssteuer abzuweisen, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann.
IV. Kosten- und Entschädigungsfolgen
6.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die unterliegende Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verfahren 2C_1107/2012 und 2C_1108/2012 werden vereinigt.
2.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die direkte Bundessteuer abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
3.
Die Beschwerde wird in Bezug auf die Kantonssteuer abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
4.
Die Gerichtskosten von Fr. 8'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
5.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung des Kantons Freiburg, dem Kantonsgericht Freiburg, Steuergerichtshof, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juni 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter