Fatti:
A. Il 28 aprile 2008 la Divisione delle costruzioni del Cantone Ticino ha indetto una gara d'appalto con procedura ad invito al fine di assegnare il mandato di progettista di zona per le prestazioni d'ingegneria occorrenti al Centro di manutenzione delle strade cantonali della Leventina nel periodo 2008-2010. Tra i quattro studi contattati vi erano anche quello degli ingegneri B._ e C._ nonché la A._SA. I primi hanno presentato un'offerta di fr. 116'423.20, basata su una tariffa oraria media di fr. 108.--, mentre la seconda ha inoltrato un'offerta di fr. 109'719.70, risultante da una tariffa oraria di fr. 99.--. Adducendo che le condizioni d'appalto potevano dar adito a diverse interpretazioni e che non tutti i concorrenti avevano ricevuto le medesime informazioni, con risoluzione del 17 giugno 2008, non impugnata, il Consiglio di Stato ha tuttavia annullato il concorso.
B. Il 14 luglio 2008 la Divisione delle costruzioni ha indetto un nuovo concorso, simile al precedente anche se esteso al periodo 2008-2011, invitando nuovamente a presentare un'offerta quattro studi d'ingegneria, tra cui i due già menzionati. Le condizioni d'appalto indicavano che la commessa sarebbe stata aggiudicata in base ai criteri del prezzo (50 %), dell'attendibilità della tariffa media oraria (35 %), dell'organizzazione dell'offerente (10 %) e della formazione degli apprendisti (5 %).
Per quanto concerne il prezzo, il minor offerente avrebbe ottenuto la nota 6 x 100, mentre le altre note sarebbero state calcolate secondo la formula 6 - (0,045 x (?)1.5) x 100 (in cui ? = [importo offerto - importo minor offerente]: importo minor offerente x 100). Il capitolato precisava inoltre che non sarebbero state attribuite note negative, che le offerte con un risultato di 0 punti in questo criterio non sarebbero state prese in considerazione per la delibera e che la nota 6 sarebbe spettata al minor offerente tra i concorrenti possibili aggiudicatari dopo la verifica del criterio dell'attendibilità della tariffa oraria media.
In relazione a questo secondo criterio, le prescrizioni di gara prevedevano che la nota 6 sarebbe stata assegnata ai concorrenti con una tariffa oraria rientrante in un margine di ± 5 % rispetto al preventivo di riferimento e la nota 1 alle offerte con un prezzo di almeno il 30 % superiore o inferiore rispetto a detto preventivo. Entro questi limiti le note sarebbero poi state determinate mediante interpolazione lineare. Il preventivo di riferimento sarebbe scaturito dalla media tra la tariffa oraria preventivata dal committente e la media delle tariffe orarie offerte dai concorrenti. Infine le offerte con una nota 1 in questo criterio non sarebbero state prese in considerazione.
C. In tempo utile lo studio B._ e C._ ha presentato un'offerta di fr. 77'687.20 con una tariffa oraria media di fr. 75.--, la A._SA un'offerta di fr. 105'361.90 con una tariffa oraria media di fr. 102.--, la D._SA un'offerta di fr. 116'315.60 con una tariffa oraria media di fr. 110.-- e la E._Ltd un'offerta di fr. 138'313.34 con una tariffa oraria media di fr. 130.-- l'ora.
Con decisione del 10 settembre 2008 il Consiglio di Stato ha assegnato la commessa allo studio d'ingegneria B._ e C._, rilevando che le altre tre offerte conseguivano 0 punti nel criterio del prezzo ed andavano pertanto escluse dall'aggiudicazione. La A._SA ha impugnato questa delibera dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, in particolare perché a suo giudizio l'offerta degli aggiudicatari risultava sottocosto. Con sentenza del 18 novembre 2008 la Corte adita ha tuttavia respinto il ricorso, osservando che l'offerta vincente rispettava le prescrizioni del bando sui parametri di valutazione del criterio concernente l'attendibilità del prezzo.
D. Il 5 dicembre 2008 la A._SA è insorta dinanzi al Tribunale federale mediante un atto denominato "ricorso di diritto pubblico e sussidiario in materia costituzionale", con cui, nel merito, chiede l'annullamento della sentenza del Tribunale amministrativo. Dei motivi si dirà, per quanto necessario, nei considerandi.
Chiamati ad esprimersi, gli ing. B._ e C._ postulano che il ricorso, nella misura in cui sia ammissibile, venga respinto, il Tribunale amministrativo domanda che il ricorso in materia di diritto pubblico sia dichiarato irricevibile e quello in materia costituzionale, qualora ricevibile, sia respinto, il Consiglio di Stato chiede implicitamente la conferma della delibera e l'Ufficio dei lavori sussidiati e degli appalti si riconferma nelle allegazioni formulate dinanzi all'istanza precedente.
Con decreto del 23 gennaio 2009 il giudice presidente della II Corte di diritto pubblico ha accolto l'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo formulata nel gravame.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere di cognizione la propria competenza e l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1).
1.1 In tema di commesse pubbliche, il ricorso ordinario è ammissibile soltanto se il valore stimato della commessa raggiunge i valori soglia previsti dall'art. 83 lett. f n. 1 LTF e se la fattispecie pone una questione di diritto d'importanza fondamentale, ai sensi dell'art. 83 lett. f n. 2 LTF. Queste due condizioni devono essere adempiute cumulativamente (<ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 2.1).
Nel caso concreto, le offerte inoltrate sono comprese tra fr. 77'687.20 e fr. 138'313.34. Il valore della commessa è pertanto inferiore alla soglia determinante che, per prestazioni di servizi, ammonta a fr. 248'950.-- (cfr. l'art. 6 della legge federale del 16 dicembre 1994 sugli acquisti pubblici [LAPub; RS 172.056.1] e l'art. 1 lett. b dell'ordinanza del DFE del 26 novembre 2007 sull'adeguamento dei valori soglia degli acquisti pubblici per il 2008 [RU 2007 6627], rispettivamente dell'omonima ordinanza, del 27 novembre 2008, per il 2009 [RS 172.056.12]). Quand'anche ponesse una questione giuridica d'importanza fondamentale, ciò che appare invero assai dubbio (cfr. sentenza 2C_116/2007 del 10 ottobre 2007 consid. 4.2, riass. in AJP 2008 pag. 238; sentenza 2C_559/2008 del 17 dicembre 2008 consid. 1), il gravame è quindi in ogni caso irricevibile quale ricorso in materia di diritto pubblico.
1.2 La sentenza impugnata è una decisione finale (art. 117 e 90 LTF) pronunciata da un'autorità giudiziaria cantonale di ultima istanza (art. 114 e 86 LTF) e l'insorgente ha un interesse giuridicamente protetto a contestare l'estromissione della propria offerta (<ref-law>). Ne consegue che, con l'esclusione del documento prodotto per la prima volta in questa sede (art. 117 e 99 cpv. 1 LTF), l'impugnativa è comunque di principio ammissibile come ricorso sussidiario in materia costituzionale.
Con tale rimedio può venir censurata unicamente la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Il rispetto di tali diritti non è esaminato d'ufficio, come per le norme legislative federali (<ref-law>; cfr. però <ref-ruling> consid. 1.4.1), ma soltanto se il ricorrente ha sollevato e motivato le relative contestazioni (art. 117 e 106 cpv. 2 LTF). L'atto di ricorso deve perciò soddisfare esigenze formali accresciute. Occorre infatti che le censure siano esposte in modo chiaro e circostanziato, supportate da un'esauriente motivazione giuridica e, per quanto possibile, documentate. Il Tribunale federale non entra nel merito di critiche formulate in maniera puramente appellatoria (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 3.2).
Nel caso di specie, la memoria ricorsuale espone certo il punto di vista dell'insorgente, ma, pur menzionando gli art. 9, 27, 29 e 94 Cost., spiega solo in parte con un'argomentazione chiara e precisa perché la decisione impugnata risulterebbe non soltanto errata, ma addirittura lesiva della Costituzione. Nella misura in cui non adempie le rigorose esigenze di motivazione imposte dall'<ref-law>, il gravame risulta pertanto inammissibile.
2. Nel proprio ricorso, l'insorgente non pretende che le formule matematiche previste dalla documentazione di gara per la valutazione dei criteri del prezzo e dell'attendibilità della tariffa oraria media siano state applicate in modo arbitrario né sostiene che in base ai dati forniti dai concorrenti l'offerta degli opponenti andava esclusa, rispettivamente la sua andava comunque presa in considerazione.
Del resto, su questi punti, gli atti di concorso non lasciano spazio ad equivoci o interpretazioni di sorta ed i calcoli effettuati dalla committente si avverano effettivamente corretti. Nel criterio dell'attendibilità della tariffa oraria, su cui occorre soffermarsi prioritariamente poiché rilevante anche per l'attribuzione delle note nel fattore prezzo, il preventivo di riferimento ammonta infatti a fr. 106.13, valore intermedio tra il preventivo della committente (fr. 108.--) e la media delle offerte inoltrate (fr. 104.25). L'offerta degli opponenti, di fr. 75.--, è inferiore a tale valore nella misura del 29.3 %. Di conseguenza, ritenuto che secondo le condizioni d'appalto l'esclusione si imponeva a partire da una differenza del 30 %, a giusta ragione detta offerta non è stata scartata. Nel contempo, l'importo totale proposto, pari a fr. 77'687.20, è stato rettamente preso in considerazione per determinare le note assegnate agli studi concorrenti nel fattore prezzo. L'applicazione della formula prevista a questo scopo rivela che le altre offerte ottengono tutte note negative ed in particolare che quella della ricorrente consegue un punteggio di -3.57. Le prescrizioni di gara impedivano però l'attribuzione di note negative e l'assegnazione della commessa alle offerte con nota 0 nel criterio del prezzo. Sulla base dei valori considerati, l'esclusione delle altre tre offerte appare quindi ineccepibile.
3. La ricorrente critica tuttavia la tariffa oraria media di fr. 75.-- indicata dagli opponenti. Tale importo configurerebbe un atto di concorrenza sleale poiché non corrisponderebbe al prezzo medio annuale dello studio d'ingegneria, come a suo giudizio richiedevano le prescrizioni di gara, bensì al prezzo medio per il team di lavoro proposto. Questo presunto errore sarebbe dimostrato dalla sensibile diminuzione dell'onorario esposto dagli opponenti per rapporto a quello indicato solo poche settimane prima nell'ambito del precedente concorso, sostanzialmente analogo e poi annullato. Le ragioni di questo mutamento sarebbero peraltro rimaste ignote, già perché le autorità inferiori non avrebbero permesso di consultare tutti gli atti della prima procedura. Ad ogni modo, confondendo i due differenti parametri, la Corte cantonale avrebbe violato il divieto d'arbitrio ai sensi dell'<ref-law>, il diritto alla parità di trattamento, evocato con riferimento all'<ref-law>, e la garanzia della libertà economica, ravvisata negli art. 27 e 94 Cost.
4. 4.1 Ora, il confronto con l'offerta inoltrata dagli aggiudicatari nell'ambito del concorso precedente, in cui si erano fondati su una tariffa oraria media di fr. 108.--, non giova, in quanto tale, alla ricorrente. Certo, può risultare difficilmente comprensibile che uno stesso studio a distanza di poche settimane e per mandati assai simili formuli offerte tanto diverse. Le due procedure sono tuttavia indipendenti e la prima è stata annullata senza che nessuno contestasse questa decisione. Anche se la differenza riscontrata fosse riconducibile ad una diversa interpretazione delle prescrizioni di gara, come sostiene la ricorrente, occorre in ogni caso valutare unicamente se la seconda offerta rispetti le relative condizioni di aggiudicazione o se sussistano altri motivi per escluderla.
4.2 Al di là dell'irrilevanza della prima procedura di concorso, la connessa censura di incompleta visione degli atti è in ogni caso infondata. In effetti essa trae origine da un'ambigua confusione creata dall'insorgente tra due diverse tabelle, quella dell'elenco del personale previsto per il progetto, inserita nel modulo d'offerta di entrambe le procedure, e quella prodotta dagli opponenti nel secondo concorso per esporre il metodo di calcolo del costo orario medio. Dinanzi al Tribunale amministrativo la ricorrente si è lamentata di non aver potuto consultare una non meglio precisata tabella, mentre in questa sede specifica di non aver avuto accesso alla tabella che gli aggiudicatari erano tenuti a compilare nell'ambito del modulo d'offerta. In realtà, considerato che l'incarto prodotto dalla Divisione delle costruzioni contiene la documentazione completa relativa sia alla prima che alla seconda procedura, non v'è motivo di ritenere che dal formulario d'offerta degli opponenti, al momento dell'esame degli atti, sia stato estromesso il foglio in cui figura la tabella con l'elenco del personale, la funzione prevista e la percentuale d'occupazione. Per contro è ovvio che nei documenti della prima procedura l'insorgente non abbia reperito alcuna tabella sul calcolo del costo orario medio. Tale tabella non era infatti imposta dagli atti di gara ed è stata allestita a titolo abbondanziale dagli opponenti soltanto nell'ambito del secondo concorso. In riferimento alla prima procedura, essa non è quindi stata tenuta nascosta, bensì non è mai esistita.
5. 5.1 Nel merito, non è invero dato di vedere da quale norma o prescrizione di gara l'insorgente deduca l'obbligo di fondarsi sulla tariffa oraria media dello studio d'ingegneria sull'arco di un anno. Il formulario che i concorrenti erano invitati a compilare quale offerta d'onorario prevedeva uno spazio in cui veniva chiesto di indicare semplicemente la "tariffa media oraria", senza riferimenti ad alcuna media annuale. Inoltre le condizioni d'appalto precisavano che "il calcolo degli onorari secondo tariffa media a tempo avviene secondo norma SIA (Società svizzera degli ingegneri e degli architetti) 103". Esse specificavano quindi che occorreva basarsi sulla norma SIA 103, ma non imponevano l'esigenza di tener conto di una tariffa media annuale. Infine nemmeno l'art. 6.4.3 della norma SIA 103, citato dalla ricorrente, parla di prezzo medio annuo dello studio, ma, inserito nel capitolo sul calcolo dell'onorario in funzione del tempo effettivo impiegato, si riferisce unicamente alla remunerazione oraria media proposta da uno studio d'ingegneria per svolgere un determinato mandato.
Non v'è dubbio che, come rilevato dal Consiglio di Stato, nell'ambito dei propri corsi di formazione la SIA sensibilizzi opportunamente gli affiliati a calcolare i costi effettivi del loro studio, in modo che le tariffe offerte alla clientela siano poi proposte con cognizione di causa. Tuttavia questo calcolo, che può evidentemente implicare anche l'allestimento di una sorta di bilancio annuale, non impedisce certo di formulare in un caso specifico un'offerta particolarmente concorrenziale nell'intento di aggiudicarsi la commessa pubblica.
5.2 Ritenuto che il Tribunale federale esamina soltanto entro i limiti dell'arbitrio l'applicazione del diritto cantonale in materia di appalti pubblici e l'interpretazione delle disposizioni di concorso (sentenza 2P.70/2006 del 23 febbraio 2007 consid. 3.2; cfr. anche <ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 6; sulla nozione di arbitrio, cfr. <ref-ruling> consid. 3.1, 140 consid. 5.4), la tesi ricorsuale non può pertanto condurre all'annullamento della sentenza impugnata. Per le ragioni esposte, l'aggiudicazione del mandato ai resistenti sulla base di una tariffa media oraria di fr. 75.-- non procede infatti da un'interpretazione manifestamente insostenibile delle condizioni d'appalto.
6. La ricorrente è parimenti malvenuta ad eccepire che il prezzo medio di fr. 75.-- è eccessivamente basso, tanto da non permettere la corresponsione di salari rispettosi dei minimi contrattuali.
6.1 Questa conclusione potrebbe imporsi già per ragioni procedurali. Va in effetti considerato che il bando di concorso, unitamente alle relative prescrizioni di gara, costituisce un atto impugnabile a titolo indipendente. Eventuali vizi che caratterizzano questi documenti devono perciò essere sollevati aggravandosi contro il bando stesso e non possono più essere invocati ulteriormente (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 3a). Lo esige il principio della buona fede e, come rilevato nel giudizio impugnato, lo sancisce espressamente l'art. 38 cpv. 3 della legge ticinese del 20 febbraio 2001 sulle commesse pubbliche (LCPubb; RL/TI 7.1.4.1). Nell'ambito di una procedura ad invito non viene di per sé pubblicato alcun bando di concorso e non vi è quindi alcuna decisione impugnabile preliminare (GALLI/MOSER/LANG/CLERC, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, Vol. I, 2a ed., 2007, n. 821). Tuttavia anche laddove non è tenuto ad adire le vie legali, il concorrente che constata un'irregolarità nello svolgimento della procedura deve di principio renderne immediatamente attento il committente, per non correre il rischio che il suo comportamento venga poi giudicato contrario alle regole della buona fede e della sicurezza del diritto (<ref-ruling> consid. 4.3).
Non è pertanto del tutto infondato sostenere che - come sembra addurre la Corte cantonale - la ricorrente doveva segnalare senza tardare al committente la presunta illiceità del limite inferiore consentito dagli atti di gara per la tariffa oraria media, e non invocare tale argomento soltanto dopo l'esclusione della propria offerta (cfr. anche MATTEO CASSINA, Principali aspetti del diritto delle commesse pubbliche nel Cantone Ticino, 2008, pag. 59). Certo, la conseguenza della preclusione a prevalersi successivamente di difetti nella documentazione di concorso va riservata a irregolarità particolarmente manifeste (<ref-ruling> consid. 4.3; sentenza 2C_107/2007 del 22 gennaio 2008 consid. 2.1). Non è comunque arbitrario ritenere che nella fattispecie le condizioni di concorso, nell'ottica dell'insorgente, integrassero tali estremi. La documentazione trasmessa agli studi invitati a partecipare alla gara riconosceva infatti in maniera inequivocabile l'ammissibilità di offerte inferiori fino al 30 % rispetto al preventivo di riferimento.
6.2 A prescindere dall'eventuale tardività della censura, va osservato che l'attuale regolamentazione ticinese in materia di appalti pubblici, al pari di quella della maggior parte dei cantoni, non prevede più l'esclusione di offerte sottocosto (cfr., per contro, l'art. 20 lett. o della pregressa legge sugli appalti, del 12 settembre 1978 [BU/TI 1979 37 e 1989 151]; cfr. anche GALLI/MOSER/LANG/CLERC, op. cit., n. 714). Un concorrente non può quindi venir scartato semplicemente perché in un determinato caso ha inoltrato un'offerta estremamente vantaggiosa o addirittura insufficiente a coprire le spese effettive, bensì soltanto se vi sono ulteriori motivi per dubitare della sua capacità ad adempiere correttamente il mandato. Un prezzo particolarmente attrattivo può comunque costituire un indizio di un'offerta poco seria ed attendibile. Proprio per questo le normative legali, e segnatamente quelle ticinesi, prevedono in genere che di fronte ad un'offerta insolitamente più bassa delle altre il committente può chiedere spiegazioni all'offerente, onde accertarsi che rispetti le condizioni di partecipazione e sia in grado di soddisfare le esigenze poste dalla commessa (cfr. l'art. 47 cpv. 2 del regolamento del 12 settembre 2006 di applicazione della LCPubb e del concordato intercantonale sugli appalti pubblici [RLCPubb/CIAP; RL/TI 7.1.4.1.6]; cfr. anche <ref-ruling> consid. 7.3; sentenza 2P.70/2006 del 23 febbraio 2007 consid. 4.3; sentenza 2P.254/2004 del 15 marzo 2005 consid. 2.2, in ZBl 107/2006 pag. 273; GALLI/MOSER/LANG/CLERC, op. cit., n. 711 segg.; CASSINA, op. cit., pag. 36).
Come visto, l'offerta degli opponenti adempie i requisiti per non venir esclusa in base al criterio dell'attendibilità della tariffa oraria media. Essa rispetta quindi le condizioni oggettive fissate dalla committente per determinare i limiti entro i quali un'offerta finanziariamente conveniente fornisca ancora sufficienti garanzie che il mandato possa comunque venir svolto in maniera perlomeno accettabile. Gli aggiudicatari sono inoltre stati invitati a giustificare la tariffa proposta e l'hanno dichiarata possibile grazie ad una struttura organizzativa molto semplice in cui uno dei titolari dello studio sarà impegnato, quale dirigente, solo al 10 %. All'offerta essi hanno poi allegato una tabella in cui sono indicate le percentuali d'occupazione al mandato dei vari collaboratori dello studio e le relative tariffe orarie, ciò che consente di dedurre su quali basi sono giunti al costo orario medio di fr. 75.--. Hanno altresì prodotto tutte le attestazioni richieste, da cui risulta che rispettano le disposizioni del contratto collettivo di lavoro e sono in regola con il pagamento degli oneri sociali e delle imposte.
Sulla base di questi elementi, considerato anche il particolare riserbo con cui il Tribunale federale rivede la valutazione delle prestazioni in funzione dei criteri di aggiudicazione (DTF <ref-ruling> consid. 6; sentenza 2P.130/2005 del 21 novembre 2005 consid. 4, in RtiD 2006 I pag. 130), segnatamente in concreto del criterio dell'organizzazione dell'offerente, la decisione di attribuire la commessa agli opponenti non può apparire manifestamente insostenibile. Le autorità cantonali non avevano infatti evidenti motivi per dubitare che, nonostante il prezzo orario decisamente concorrenziale, lo studio prescelto non sarebbe stato in grado di eseguire adeguatamente il mandato.
7. In base alle considerazioni che precedono, l'impugnativa, da trattare quale ricorso sussidiario in materia costituzionale (cfr. consid. 1), nella misura in cui è ammissibile, deve essere respinta.
Secondo soccombenza, le spese vanno poste a carico della ricorrente (art. 65 e 66 cpv. 1 LTF). La stessa va inoltre astretta a versare agli opponenti un'indennità per ripetibili (art. 68 cpv. 1 e 2 LTF). Non si assegnano invece ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso, da trattare quale ricorso sussidiario in materia costituzionale, è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà inoltre agli opponenti un'indennità complessiva di fr. 5'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, all'Ufficio dei lavori sussidiati e degli appalti, al Consiglio di Stato e Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.