Sachverhalt:
A. Am 14. Februar 2007 reichte die X._ AG beim Gemeinderat Seon ein Gesuch ein für die Bewilligung der bereits bestehenden Wohnnutzung im Ostteil des Erdgeschosses des Gebäudes Nr. 1613, Brauereiweg 6. Dieses Gebäude wurde anfangs der neunziger Jahre des 20. Jahrhunderts errichtet. Es befindet sich nach der geltenden Bauordnung der Gemeinde Seon vom 23. November 2001 (BO 2001) in der Wohn- und Gewerbezone 3. Zuvor lag es gemäss Bauordnung vom 6. Dezember 1985 (BO 1985) in der Wohn- und Gewerbezone.
Der Gemeinderat Seon verpflichtete die X._ AG mit Beschluss vom 26. Februar 2007, die fraglichen Räumlichkeiten nicht zu Wohnzwecken zu verwenden. Er wies darauf hin, dass diese nur als Büro usw. genutzt werden dürfen, und auferlegte der X._ AG eine Frist zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands bis zum 30. September 2007.
B. Gegen diesen Beschluss erhob (unter anderem) die X._ AG Verwaltungsbeschwerde beim Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau. Dieses setzte die Frist für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes neu fest (31. März 2008), wies die Beschwerde im Übrigen aber mit Entscheid vom 12. September 2007 ab.
Gegen diesen Entscheid erhob die X._ AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau. Dieses setzte mit Urteil vom 29. April 2008 die Frist für die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands neu fest (31. März 2009) und wies die Beschwerde im Übrigen ab.
C. Gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 29. April 2008 erhebt die X._ AG mit Eingabe vom 28. Juli 2008 beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und rügt eine Verletzung der Eigentumsgarantie (Art. 26 BV), des Willkürverbots (Art. 9 BV), des Grundsatzes von Treu und Glauben (Art. 9 BV) sowie des Verhältnismässigkeitsprinzips (Art. 5 Abs. 2 und Art. 36 Abs. 3 BV).
D. Das Verwaltungsgericht und der Gemeinderat haben je eine Stellungnahme eingereicht, jedoch keinen Antrag gestellt. Das Departement liess sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über eine baurechtliche Bewilligung und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde. Das Bundesgerichtsgesetz enthält auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts keinen Ausschlussgrund von der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 lit. a und Art. 83 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 251; 409 E. 1.1 S. 411). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde vorbehältlich genügend begründeter Rügen (Art. 106 Abs. 2 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 BGG) einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz sei in Willkür verfallen, als sie einen Antrag auf Rückweisung der Sache zur materiellen Prüfung an den Gemeinderat mit der Begründung abgewiesen habe, das Umnutzungsgesuch vom 14. Februar 2007 sei von vornherein unter keinen Titeln bewilligungsfähig.
2.1 Wird durch die Errichtung von Bauten ohne Bewilligung, unter Verletzung einer solchen oder auf andere Weise ein unrechtmässiger Zustand geschaffen, so können nach § 159 Abs. 1 des aargauischen Baugesetzes vom 19. Januar 1993 (BauG; SAR 713.100) die Einstellung der Arbeiten, die Einreichung eines Baugesuchs sowie die Herstellung des rechtmässigen Zustandes, insbesondere die Beseitigung oder Änderung der rechtswidrigen Bauten angeordnet werden. Diese Bestimmung entspricht dem Grundsatz gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung, dass Bauten, die ohne Bewilligung errichtet worden sind bzw. bauliche Nutzungen, die ohne eine erforderliche Bewilligung erfolgen, zu beseitigen bzw. einzustellen sind. Eine solche Massnahme kann jedoch unterbleiben, wenn die Baute bzw. Nutzung materiell nicht baurechtswidrig ist und nachträglich bewilligt werden kann. Bei der Prüfung der Frage, ob eine bestimmte Baute oder Nutzung bei rechtzeitiger Einreichung des Baugesuches hätte bewilligt werden können, ist grundsätzlich auf den Rechtszustand abzustellen, der im Zeitpunkt der Errichtung der Baute bzw. des Beginns der betreffenden Nutzung galt. Eine Ausnahme rechtfertigt sich, wenn bei der Beurteilung einer Abbruchverfügung bzw. eines Nutzungsverbots ein milderes Recht gilt, nach welchem die betreffende Baute oder Nutzung zulässig wäre (vgl. <ref-ruling> E. 3a/bb S. 252 mit Hinweisen).
2.1.1 Mit Beschluss vom 15. Januar 1996 stellte der Gemeinderat Seon fest, dass im östlichen Teil des Erdgeschosses des Gebäudes Nr. 1613 die Küche und die Badeeinrichtungen absprachegemäss entfernt worden sind. Gleichzeitig wurde dem damaligen Eigentümer gestattet, den westlichen Teil des Erdgeschosses als Wohnung zu nutzen. Zu welchem späteren Zeitpunkt die strittige Wohnnutzung im östlichen Teil des Erdgeschosses wieder hergerichtet worden ist, lässt sich den Akten nicht entnehmen. Dies ist jedoch nicht entscheidend, da diese Nutzung weder gestützt auf die BO 1985 noch auf die BO 2001 bewilligt werden kann.
2.1.2 Bei einer Beurteilung der strittigen Wohnnutzung nach der BO 1985 ist § 54 Abs. 2 massgebend. Danach beträgt die zulässige Ausnützungsziffer in der Wohn- und Gewerbezone 0,5, wobei die Erdgeschossfläche in der Ausnützung nicht mitgerechnet wird, wenn sie ausschliesslich für Läden und Gewerbe genutzt wird.
Gemäss Schreiben der Regionalen Bauverwaltung vom 28. November 1995, auf das sich auch die Vorinstanz abgestützt hat und das unwidersprochen blieb, erhöht sich beim Gebäude Nr. 1613 die nach § 54 Abs. 2 BO 1985 anrechenbare Bruttogeschossfläche für den Fall, dass auch die Erdgeschossfläche bei der Berechnung der Ausnützung mitberücksichtigt werden muss, von 337 m2 auf 555 m2. Bei einer anrechenbaren Grundstücksfläche von 870 m2 und gestützt auf § 9 Abs. 1 der Allgemeinen Verordnung vom 23. Februar 1994 zum Baugesetz des Kantons Aargau (ABauV; SAR 713.111) kommt dies einer Erhöhung der tatsächlichen Ausnützung von 0,39 auf 0,64 gleich. Dass vorliegend das Erdgeschoss bei der Berechnung der Ausnützung mitberücksichtigt werden muss und die zulässige Ausnützung von 0,5 daher erheblich überschritten wird, ist zwar an sich bereits eine Folge des mit rechtskräftigem Gemeinderatsbeschluss vom 15. Januar 1996 bewilligten Zustandes. Wie unter E. 2.1.1 erwähnt, wurde mit diesem Beschluss im Westteil des Erdgeschosses eine Wohnung zugelassen, weshalb dieses Geschoss bereits deswegen nicht mehr ausschliesslich gewerblich nutzbar und daher nach § 54 Abs. 2 BO 1985 bei der Ausnützung mitzurechnen ist. Bei diesem Beschluss handelte es sich jedoch nach dessen Selbstbezeichnung um eine "Ausnahmebewilligung", die "im Sinne eines Entgegenkommens" gewährt worden war. Er diente der Bereinigung verschiedener baurechtlicher Unstimmigkeiten bei der Erstellung des Gebäudes Nr. 1613 und war nicht Ausfluss einer baurechtlichen Praxis des Gemeinderats. Da bei diesem Gebäude bereits der Beschluss von 1996 zu einer erheblichen Überschreitung der zulässigen Ausnützungsziffer führt, besteht daher kein Grund für weitere Zugeständnisse zu baulichen oder nutzungsmässigen Zuständen, die der BO 1985 nicht entsprechen. Es erscheint daher jedenfalls nicht als willkürlich, die Zulässigkeit der Wohnnutzung im Ostteil des Erdgeschosses zu verneinen.
2.1.3 Nach der geltenden BO 2001 beträgt die zulässige Ausnützungsziffer für das in der Wohn- und Gewerbezone 3 gelegene Gebäude Nr. 1613 gemäss § 10 Abs. 2 0,55 bzw. 0.70, falls die gesamte Erdgeschossfläche für Läden und/oder Gewerbe genutzt wird. Die Voraussetzungen für die höhere Ausnützung von 0,70 sind hier unbestrittenermassen nicht erfüllt. Mit einer tatsächlichen Ausnützung von 0,64 (s. E. 2.1.2) ist die zulässige Ausnützungsziffer von 0,55 somit auch nach der BO 2001 erheblich überschritten. Zwar trifft auch hier zu, dass dies an sich bereits eine Folge des rechtskräftigen Gemeinderatsbeschlusses vom 15. Januar 1996 ist, mit welchem im Westteil des Erdgeschosses eine Wohnung bewilligt worden ist. Angesichts des Ausnahmecharakters dieses Beschlusses kann daraus aber auch bei der Beurteilung der strittigen Wohnnutzung nach der BO 2001 kein Anspruch auf weitere Zugeständnisse abgeleitet werden. Es erscheint daher jedenfalls nicht als willkürlich, wenn die Vorinstanz wegen der erheblichen Überschreitung der zulässigen Ausnützungsziffer von 0,55 zum Schluss gelangt, dass eine Wohnnutzung der Räumlichkeiten im Ostteil des Erdgeschosses auch nach der BO 2001 nicht ordentlich bewilligt werden kann.
2.1.4 Somit erscheint weder nach § 54 Abs. 2 BO 1985 noch nach § 10 Abs. 2 BO 2001 als willkürlich, die strittige Wohnnutzung zu untersagen. Demzufolge kann auch willkürfrei verneint werden, dass sich aus diesen Bestimmungen ein Anspruch der Beschwerdeführerin auf Bewilligung der strittigen Wohnnutzung ergebe.
2.2 Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Gebäude Nr. 1613 sei seinerzeit rechtmässig erstellt und erst infolge neuer Bauvorschriften rechtswidrig geworden. Es geniesse daher aufgrund der Eigentumsgarantie und im Rahmen von § 68 lit. b BauG Besitzstandsgarantie, weshalb es auch in seinem Zweck geändert werden dürfe, wenn dadurch seine Rechtswidrigkeit nicht wesentlich verstärkt werde.
2.3 Im Erdgeschoss des Gebäudes Nr. 1613 waren gemäss den mit Gemeinderatsbeschluss vom 7. Dezember 1992 bewilligten Bauplänen Büros einzurichten. Nachdem anlässlich der Rohbaukontrolle festgestellt worden war, dass statt dessen im Erdgeschoss Wohnungen erstellt worden waren, wurde am 18. April 1994 verfügt, der Neubau sei nach den am 7. Dezember 1992 bewilligten Plänen auszuführen. Diese Anordnung wurde in der Folge nur teilweise umgesetzt. Da inzwischen ein Eigentümerwechsel stattgefunden hatte und nachdem der Baukontrolleur im Ostteil des Erdgeschosses die Entfernung der Küche und der Badeeinrichtungen festgestellt hatte, verfügte der Gemeinderat mit dem bereits erwähnten Beschluss vom 15. Januar 1996 "im Sinne eines Entgegenkommens", dass der westliche Teil des Erdgeschosses als Wohnung genutzt werden dürfe. Wenn im Nachhinein im Ostteil des Erdgeschosses wieder eine Wohnung eingerichtet worden ist, so erfolgte dies somit in Abweichung der Bewilligungen von 1992 und 1996. Es erscheint deshalb nicht als willkürlich, die strittige Wohnung im Ostteil des Erdgeschosses als nicht rechtmässig genutzten Bauteil zu qualifizieren. Folglich erscheint es auch nicht als willkürlich, einen aus der kantonalen Besitzstandsgarantie ableitbaren Anspruch der Beschwerdeführerin auf Bewilligung der strittigen Wohnnutzung zu verneinen. Nach § 68 BauG besteht diese Garantie nur bei rechtmässig erstellten Bauten.
Inwiefern dieses Ergebnis mit der verfassungsrechtlichen Eigentumsgarantie (Art. 26 BV) nicht vereinbar sei, führt die Beschwerdeführerin nicht näher aus. Auf die entsprechende Rüge ist daher nicht einzutreten (Art. 106 Abs. 2 BGG).
2.4 Zusammenfassend ergibt sich somit, dass das Bestehen eines Anspruchs der Beschwerdeführerin auf Bewilligung der strittigen Wohnnutzung aufgrund von § 54 Abs. 2 BO 1985 und von § 10 Abs. 2 BO 2001 sowie aufgrund von § 68 BauG (kantonale Besitzstandsgarantie) willkürfrei ausgeschlossen werden kann. Das Verwaltungsgericht konnte daher aus prozessökonomischen Gründen davon absehen, die Sache zur Neubeurteilung an den Gemeinderat zurückzuweisen. Die Rüge, die Vorinstanz sei deswegen in Willkür verfallen, erweist sich als unbegründet.
3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Verbot der strittigen Wohnnutzung im Ostteil des Erdgeschoss des Gebäudes Nr. 1613 verletze die Grundsätze von Treu und Glauben, der Rechtssicherheit und der Verhältnismässigkeit.
3.1 Auch wenn die Einrichtung einer Wohnung im Ostteil des Erdgeschosses des Gebäudes Nr. 1613 ohne rechtsgültige Bewilligung erfolgte und wie unter Erwägung 2.3 dargelegt auch nicht nachträglich bewilligt werden kann, hat dies nicht ohne Weiteres zur Folge, dass diese Nutzung aufgegeben und der rechtmässige Zustand wiederhergestellt werden muss (vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 255 f.). Vielmehr sind bei der Anordnung der Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands die in diesem Zusammenhang massgebenden allgemeinen verfassungs- und verwaltungsrechtlichen Prinzipien zu berücksichtigen. Zu ihnen gehören namentlich die in Art. 5 Abs. 2 BV festgehaltenen Grundsätze der Verhältnismässigkeit und des Schutzes des guten Glaubens. So kann die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands unterbleiben, wenn die Abweichung vom Erlaubten nur unbedeutend ist oder die Wiederherstellung nicht im öffentlichen Interesse liegt, ebenso, wenn der Bauherr in gutem Glauben angenommen hat, die von ihm ausgeübte Nutzung stehe mit der Baubewilligung im Einklang, und ihre Fortsetzung nicht schwerwiegenden öffentlichen Interessen widerspricht (<ref-ruling> E. 6 S. 35; <ref-ruling> E. 6 S. 221 mit Hinweisen).
3.2 Die Beschwerdeführerin stellt nicht in Abrede, dass die Abweichung vom Erlaubten vorliegend nicht unbedeutend ist. Sie macht jedoch geltend, sie habe die fraglichen Räumlichkeiten in guten Treuen als Wohnung erworben. Beim Kauf im Jahr 1997 sei hier bereits eine bewohnte Wohnung vorhanden gewesen. Ein Anlass, sich bei der zuständigen Baubehörde zu erkundigen, ob hiefür eine rechtsgültige Baubewilligung vorliege, habe nicht bestanden, zumal diese Räumlichkeiten in den Grundbuchbelegen (Stockwerkeigentumsbegründungsakten) als Wohnung dargestellt und bezeichnet gewesen seien. Im Grundbuch sei auch keine Anmerkung eingetragen gewesen, die Anlass zu Erkundigungen hätte geben können. Die Beschwerdeführerin macht ferner geltend, die fraglichen Räumlichkeiten seien nur über eine Treppe und nicht auch per Lift zugänglich. Sie seien daher für eine gewerbliche Nutzung ungeeignet; nach solchen Räumen bestehe heute keine gewerbliche Nachfrage.
3.3 Die Vorinstanz führt aus, die Baubewilligung sei als sachbezogene Bewilligung nicht an eine bestimmte Person gebunden, sondern hafte gleichsam dem Grundstück an und sei mit diesem übertragbar. Sie gelte mit ihren Bedingungen und Auflagen für den jeweiligen Eigentümer des Baugrundstücks, also auch für die Rechtsnachfolger des ursprünglichen Bewilligungsadressaten. Eine Baubewilligung gelte für den jeweiligen Grundstückseigentümer mit ihren Bedingungen und Auflagen auch ohne Anmerkung im Grundbuch. Dass sich die Beschwerdeführerin beim Kauf der fraglichen Räumlichkeiten nicht bei den zuständigen Behörden über die massgebenden Eigentumsbeschränkungen bzw. Baubewilligungen erkundigt habe, habe sie selbst zu vertreten. Hinsichtlich der Frage, ob die Wohnnutzung der fraglichen Räumlichkeiten mit der Baubewilligung im Einklang stehe, komme ihr daher kein Gutglaubensschutz zu.
Diese Ausführungen sind nicht zu beanstanden. Sie entsprechen der bundesgerichtlichen Praxis, wonach öffentlich-rechtliche Pflichten oder Belastungen des Grundeigentums, wie sie im Bau- und Planungsrecht vorkommen, bei der Handänderung grundsätzlich auf den Erwerber übergehen, der sich insbesondere auch den bösen Glauben seines Rechtsvorgängers anrechnen lassen muss (Urteile des Bundesgerichts 1A.22/1991 vom 18. August 1992 E. 3, in: ZBl 1993 S. 78, und 1A.151/1989 vom 13. März 1990 E. 3a, in: ZBl 1991 S. 21; <ref-ruling> E. 2b S. 396). Der Rechtsvorgänger der Beschwerdeführerin war Adressat des Gemeinderatsbeschlusses vom 15. Januar 1996, aus dem klar hervorging, dass der Ostteil des Erdgeschosses nicht mehr als Wohnung genutzt werden darf. Der damalige Eigentümer konnte somit bezüglich der strittigen Wohnnutzung nicht gutgläubig sein. Dies hat sich die Beschwerdeführerin als unmittelbare Rechtsnachfolgerin anrechnen zu lassen. Hinsichtlich der strittigen Wohnnutzung kommt ihr daher kein Gutglaubensschutz zu.
3.4 Das Verwaltungsgericht erwägt, dass die Umsetzung des strittigen Nutzungsverbots keine konkreten baulichen Rückbaumassnahmen erfordere und der Beschwerdeführerin somit keine Rückbaukosten anfallen würden. Die fraglichen Räumlichkeiten würden sich zudem aufgrund der Zonierung und vom Grundriss her für Büro- und ähnliche gewerbliche Nutzungen eignen und nicht nur für sexgewerbliche Nutzung oder als "Sterbewohnung". Den nicht als besonders schwer zu qualifizierenden finanziellen Interessen der Beschwerdeführerin an der Fortführung der strittigen Wohnnutzung stünde das gewichtige öffentliche Interesse an der rechtmässigen Nutzung der Liegenschaft gegenüber. Dieses vermöge insgesamt durch die privaten Interessen der Beschwerdeführerin nicht aufgewogen zu werden. Die Anordnung des strittigen Nutzungsverbots erweise sich daher als verhältnismässig.
Diese Interessenabwägung der Vorinstanz ist nicht zu beanstanden. Sie ist mit der bundesgerichtlichen Praxis vereinbar, wonach ein Eigentümer, dem kein Gutglaubensschutz zukommt, in Kauf nehmen muss, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, nämlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baurechtlichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustandes erhöhtes Gewicht beimessen und die dem Grundstückseigentümer erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Mass berücksichtigen (<ref-ruling> E. 6.4 S. 39 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 255; <ref-ruling> E. 6b S. 224). Der Gemeinderat beruft sich im Beschluss vom 22. Januar 2007 darauf, dass es ihm mit der strittigen Wiederherstellungsmassnahme darum gehe, längst rechtskräftige Beschlüsse umzusetzen. Diesem Durchsetzungsinteresse an der baurechtlichen Ordnung darf gegenüber den von der Beschwerdeführerin geltend gemachten privaten Interessen ein erhöhtes Gewicht eingeräumt werden. Die Anordnung des Verbots der Wohnnutzung im Ostteil des Erdgeschosses des Gebäudes Nr. 1613 erweist sich daher als verhältnismässig.
4. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Art. 1 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat Seon, dem Departement Bau, Verkehr und Umwelt sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. November 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler