Sachverhalt:
A. Die Kraftwerke Oberhasli AG (KWO) betreibt im Oberhasli neun Wasserkraftwerke, die aus 19 Wasserfassungen und 8 Stauseen (insgesamt 195 Mio. m3 Nutzinhalt) gespeist werden. Die Anlagen sind durch wasserführende Stollen und teilweise mit Pumpen untereinander verbunden.
Mit Beschluss vom 12. Januar 1962 fasste der Regierungsrat des Kantons Bern sämtliche bestehenden Einzelkonzessionen der KWO in einer Gesamtkonzession für die damals sieben Kraftwerke zusammen. Mit Regierungsratsbeschluss vom 11. April 1973, genehmigt durch den Grossen Rat am 21. Mai 1973, wurde die Gesamtkonzession um zwei Projekte (Überleitung Handegg-Trift mit Zentrale Handegg III und Umwälzwerk Grimsel-Oberaar) ergänzt.
B. Am 14. Oktober 2005 reichte die KWO beim Wasserwirtschaftsamt des Kantons Bern (WWA) ein Baugesuch für die Vergrösserung des Grimselsees ein. Das Vorhaben bildet Teil 3 des Investitionsvorhabens "KWO plus" und umfasst u.a. die Sanierung und Erhöhung der Staumauern Seeuferegg um 21.4 m und Spittellamm um 22 m sowie die Erhöhung der Staukote des Stausees Grimsel um 23 m auf 1'931.74 m.ü.M..
Mit Verfügung vom 28. Oktober 2005 wurde das Baubewilligungsverfahren als Leitverfahren festgelegt. Gegen das Vorhaben gingen 237 Einsprachen ein. Mit Gesamtbauentscheid vom 14. März 2007 erteilte das WWA dem Vorhaben die Baubewilligung mit 19 integrierten weiteren Bewilligungen, zahlreichen Bedingungen und Auflagen, und wies die Einsprachen ab.
C. Gegen den Gesamtbauentscheid erhoben im April 2007 zahlreiche Einsprecher Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, darunter der Fischerei-Verein und Pachtvereinigung Oberhasli Meiringen und die Fischerei-Pachtvereinigung Interlaken (im Folgenden: Beschwerdegegner 1), Pro Natura Berner Oberland, WWF Bern, Pro Natura Bern, WWF Schweiz, Pro Natura - Schweizerischer Bund für Naturschutz, Greenpeace Schweiz, Stiftung Landschaftsschutz Schweiz, Schweizerische Greina-Stiftung, Rheinaubund, Schweizerische Energie-Stiftung, Grimselverein und Aqua Viva (im Folgenden: Beschwerdegegner 2) sowie die Grünen Kanton Bern (Beschwerdegegnerin 3).
Am 3. April 2008 hob das Verwaltungsgericht den Gesamtbauentscheid und das koordinierte Baubewilligungsverfahren vom Amtes wegen auf. Es nahm an, das Projekt erfordere eine Änderung der bestehenden Konzession und sei deshalb im Konzessionsverfahren zu beurteilen; dabei müsse das Kraftwerk Grimsel 1 (Maschinengruppe Grimsel) konzessionsrechtlich umfassend neu beurteilt werden. Hierfür sei nicht das WWA, sondern der Grosse Rat zuständig.
D. Dagegen hat die KWO am 2. Mai 2008 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Verwaltungsgericht sei anzuweisen, das Baubeschwerdeverfahren gegen den Gesamtbauentscheid des WWA fortzuführen.
E. Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde. Das WWA hat auf eine Stellungnahme verzichtet.
Die Beschwerdegegner 1 schliessen auf Beschwerdeabweisung; eventualiter sei die Beschwerde insofern nur teilweise gutzuheissen, als die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen sei, insbesondere zur konkreten Festlegung der mit einer Bewilligung verbundenen Auflagen betreffend Sanierungsmassnahmen, Schwall-Sunk-Betrieb, Spülreglement, Aufwertungsmassnahmen, Algenwuchs im Brienzersee und zusätzlichen Untersuchungen und Überwachungen. Die Beschwerdegegner 2 beantragen Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdegegnerin 3 verzichtet auf eine Teilnahme am bundesgerichtlichen Verfahren.
Das Bundesamt für Umwelt (BAFU) hält die Beurteilung des Verwaltungsgerichts, wonach das Vorhaben der Beschwerdeführerin eine Änderung der wesentlichen Bestandteile der Konzession darstellt und somit nicht im Baubewilligungsverfahren, sondern im Konzessionsverfahren zu beurteilen sei, für bundesrechtskonform. Beim Verfahren zur Verleihung einer neuen Konzession seien die Umweltvorschriften des geltenden Bundesrechts für Neuanlagen, insbesondere diejenigen der Gewässerschutz- und der Fischereigesetzgebung, anzuwenden.
Das Bundesamt für Energie teilt mit, dass es sich den rechtlichen Folgerungen im angefochtenen Entscheid des Verwaltungsgerichts grundsätzlich anschliessen könne, und verzichtet auf weitere Ausführungen.
F. In ihren Stellungnahmen zu den Vernehmlassungen hielten die Beteiligten an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1. Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Entscheid hebt den Gesamtbauentscheid des WWA und das dazugehörige Baubewilligungsverfahren von Amtes wegen auf, und überlässt es der Beschwerdeführerin, ein neues Gesuch um Änderung der bestehenden Konzession beim Grossen Rat einzureichen. Das verwaltungsgerichtliche Urteil beendet somit das Baubewilligungsverfahren, ohne ein anderes (konzessionsrechtliches) Verfahren in Gang zu setzen. Es handelt sich deshalb um einen das Verfahren abschliessenden Endentscheid (<ref-law>) in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit.
Da alle übrigen Sachurteilsvoraussetzungen vorliegen, ist auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten einzutreten.
2. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass mit der Erhöhung der Staumauern des Grimselsees zumindest in zwei wesentlichen Punkten von der bestehenden Konzession abgewichen werde:
Zum einen ermögliche das Projekt eine Steigerung der nutzbaren Fallhöhe für die Maschinengruppe Grimsel im Kraftwerk Grimsel 1 um 23 m und damit um 16.1%. Dies sei gemäss Art. 12 Abs. 2 des bernischen Wassernutzungsgesetzes vom 23. November 1997 (WNG/BE) als wesentliche Konzessionsänderung zu qualifizieren.
Zum anderen bringe das Vorhaben wesentliche Änderungen bei der Art der Nutzung: Der Nutzinhalt des Grimselsees nehme erheblich zu (170 Mio m3 statt 95 Mio m3), d.h. das Volumen werde um nahezu 80% vergrössert. Der Winteranteil der Stromproduktion werde von 43% auf rund 55% erhöht, was das natürliche Wasserregime wesentlich beeinflussen dürfte. Die Art der Nutzung gehöre zum obligatorischen Inhalt einer Konzession gemäss Art. 54 lit. b des Bundesgesetzes vom 22. Dezember 1916 über die Nutzbarmachung der Wasserkräfte (Wasserrechtsgesetz, WRG; SR 721.80); werde sie grundlegend geändert, so komme dies nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung (<ref-ruling> E. 5b S. 269 f.) einer Neuverleihung gleich.
Das Verwaltungsgericht kam zum Ergebnis, dass jedenfalls die Konzession für das Kraftwerk Grimsel 1 (Maschinengruppe Grimsel) vollständig neu beurteilt werden müsse. Im Konzessionsverfahren werde zu prüfen sein, ob auch die bestehende Konzession für die übrigen Kraftwerke abgeändert werden müsse.
2.1 Die einschlägigen Bestimmungen lauten:
Art. 12 WNG/BE
1. Für die Erneuerung oder die wesentliche Änderung einer Konzession gelten die Bestimmungen über die erstmalige Erteilung des Rechts.
2. Als wesentliche Änderung gelten insbesondere
a. die Nutzung von neuem oder anderem Wasser;
b. bei der Wasserkraftnutzung oder bei der Nutzung zur Pumpspeicherung die Erhöhung der nutzbaren Fallhöhe oder der Nutzwassermenge,
c. bei Gebrauchswassernutzungen die Erhöhung der konzedierten Entnahmeleistung.
3. [...]
<ref-law>
Alle Konzessionen sollen bestimmen:
a. die Person des Konzessionärs;
b. den Umfang des verliehenen Nutzungsrechtes mit Angabe der nutzbaren Wassermenge und der Dotierwassermenge pro Sekunde sowie die Art der Nutzung;
c. bei Ableitungen und Speicherungen die einzuhaltende Restwassermenge pro Sekunde sowie Ort und Art der Registrierung;
d. weitere Bedingungen und Auflagen, die gestützt auf andere Bundesgesetze festgelegt werden;
[...].
3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, der angefochtene Entscheid verletze ihre wohlerworbenen Rechte aus der Gesamtkonzession 1962/1973. In diesem Zusammenhang rügt sie zunächst eine offensichtlich unrichtige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts.
3.1 Ein Vergleich zwischen den Ausführungen der Beschwerdeführerin und den Feststellungen des Verwaltungsgerichts ergibt jedoch, dass beide denselben Sachverhalt zugrunde legen, insbesondere bestehen keine Differenzen in Bezug auf die Fallhöhen: Verwaltungsgericht und Beschwerdeführerin gehen übereinstimmend davon aus, dass die Erhöhung der Staumauern die maximale Staukote des Grimselsees um 23 m erhöht, was eine entsprechende Erhöhung der Fallhöhe der Wassersäule auf die Maschinengruppe Grimsel im Kraftwerk Grimsel 1 zur Folge hat, während sich die nutzbare Fallhöhe für das Umwälzkraftwerk Grimsel 2 (das Wasser vom Grimselsee in den Oberaarsee pumpt und turbiniert) entsprechend verringert.
Unterschiede bestehen vielmehr bei der konzessionsrechtlichen Beurteilung dieses Sachverhalts: Das Verwaltungsgericht legt die Konzession restriktiver aus als die Beschwerdeführerin und kommt deshalb zum Ergebnis, das geplante Projekt sei von der bestehenden Konzession nicht gedeckt. Diese Auslegung stützt sich nicht auf den übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (was Tatfrage wäre), sondern darauf, wie die Konzession, unter Würdigung von Wortlaut, Systematik und Entstehungsgeschichte sowie der damaligen Gesetzeslage, nach dem Vertrauensprinzip, verstanden werden muss. Dies ist keine Tat-, sondern eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 4c/bb S. 182).
Die Beschwerdeführerin macht zwar geltend, zwischen ihr und den Behörden des Kantons Bern bestehe Einigkeit darüber, dass die Gesamtkonzession 1962/1973 die Erhöhung der Grimselstaumauern und der Staukote des Grimselsees zulasse. Diese Ausführungen beziehen sich aber auf den heutigen Zeitpunkt und belegen keinen dahingehenden tatsächlichen Willen der Parteien im Zeitpunkt der Konzessionserteilung.
3.2 Soweit die Beschwerdeführerin bestreitet, dass der 2003 bewilligte Ersatz der Maschinengruppe Grimsel durch eine neue Nachschubturbine in einem Turbinenschacht von 29 m zu einer Steigerung der Fallhöhe geführt habe, räumt sie selbst ein, dass diese Änderung nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ist. Diese Sachverhaltsrüge ist somit für den Ausgang des Verfahrens ohne Bedeutung.
4. Die Beschwerdeführerin rügt, die restriktive Auslegung der Gesamtkonzession durch das Verwaltungsgericht verletze ihre wohlerworbenen Konzessionsrechte gemäss <ref-law>; diese stünden unter dem Schutz der Eigentumsgarantie (<ref-law>) und des verfassungsrechtlichen Vertrauensschutzes (Art. 5 Abs. 3, <ref-law>). Die Auslegung des Verwaltungsgerichts sei willkürlich (<ref-law>) und verletze auch die Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>).
4.1 Die Beschwerdeführerin meint, mit der Gesamtkonzession 1962 sei ihr die gesamte Gewässerstrecke der Aare zwischen 2303 und 620 m.ü.M. verliehen worden; die einzelnen Kraftwerke auf dieser Strecke bildeten einen zusammenhängenden Betrieb und seien daher konzessionsrechtlich als Gesamtanlage zu betrachten. Insofern werde durch die höhere Staukote des Grimselsees lediglich die maximale Fallhöhe von zwei Kraftwerken innerhalb des Gesamtgefälles verschoben: Die Maschine Grimsel des Kraftwerks Grimsel 1 erhalte eine um 23 m grössere und das Kraftwerk Grimsel 2 eine entsprechend geringere Fallhöhe.
Die Detailangaben in Ziff. I.c der Konzessionsurkunde vom 12. Januar 1962, die für jedes Kraftwerk das Einzugsgebiet, das Bruttogefälle, die nutzbare Wassermenge und die Bruttoleistung angeben, dienten lediglich der Ermittlung des Wasserzinses; dagegen sei es nicht Absicht der Parteien gewesen, durch diese Angaben den Umfang des verliehenen Wassernutzungsrechts einzuschränken. Die gegenteilige Auslegung des Verwaltungsgerichts führe dazu, dass jede Effizienzsteigerung einer Maschine durch technische Umbaumassnahmen, die zu einer höheren Bruttoleistung führe, eine konzessionspflichtige Änderung darstelle. Eine solche Auslegung würde jede technische Weiterentwicklung und wirtschaftliche Optimierung hemmen und verletze die Wirtschaftsfreiheit. Sie entspreche auch nicht dem Willen der Parteien, wie sich aus Ziff. 32 der Konzessionsurkunde ergebe: Diese Bestimmung sehe für Änderungen und Ergänzungen der Kraftwerkbauten nicht zwingend ein Konzessionsverfahren, sondern lediglich ein bau- bzw. planungsrechtliches Verfahren vor.
Es sei zudem widersprüchlich, wenn sich das Verwaltungsgericht in anderem Zusammenhang, bei der Festsetzung des Wasserzinses, über die Konzessionsurkunde hinwegsetze und eine Erhöhung durch einfache Verfügung des WWA auf der Basis neu berechneter mittlerer Bruttoleistungen zulasse (Urteil vom 14. September 1998; vgl. dazu <ref-ruling> ff.), dagegen im vorliegenden Fall, bei der Veränderung der Zuordnung der genutzten Fallhöhe auf die einzelnen Maschinen ein formelle Konzessionsänderung verlange.
Der Wortlaut der Konzessionsurkunde sei ohnehin überholt: Die im Konzessionsbeschluss 1973 vorgesehene Bereinigung der Urkunde und ihre Anpassung an die aktuellen Verhältnisse sei nie vorgenommen worden. Die Konzessionsurkunde enthalte insbesondere keinerlei Angaben zu den zwei 1973 konzedierten Kraftwerken Grimsel 2 und Handegg III, die zusammen über 36% der installierten Turbinenleistung und 99% der installierten Pumpenleistung verfügten. Es wäre widersprüchlich, wenn Änderungen an den 1962 bestehenden Anlagen, die in der Konzessionsurkunde detailliert beschrieben werden, konzessionsrechtlich anders beurteilt würden als Änderungen an Anlagen, die nach 1973 gebaut wurden. Eine solche Differenzierung sei willkürlich.
4.2 Gemäss <ref-law> verschafft die Konzession dem Konzessionär nach Massgabe des Verleihungsaktes ein wohlerworbenes Recht auf die Benutzung des Gewässers; das einmal verliehene Nutzungsrecht kann nur aus Gründen des öffentlichen Wohls und gegen volle Entschädigung zurückgezogen oder geschmälert werden. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung gelten jene Rechte als wohlerworben, die aufgrund freier Vereinbarung der Parteien entstanden sind und als wesentlicher Bestandteil der erteilten Konzession zu betrachten sind (<ref-ruling> E. 5a S. 75 mit Hinweisen).
Grundsätzlich prüft das Bundesgericht die Auslegung öffentlich-rechtlicher Verträge, die sich auf kantonales Recht stützen, nur in verfassungsrechtlicher Hinsicht, d.h. vor allem unter dem Blickwinkel des Willkürverbots (vgl. <ref-ruling> E. 1a/bb S. 331 f. und E. 3a S. 333 mit Hinweisen). Allerdings beruhen Konzessionen über die Nutzung der Wasserkraft nicht ausschliesslich auf kantonalem Recht, sondern auch auf dem WRG, das die Grundsätze der Wasserkraftnutzung bundesrechtlich festlegt (vgl. <ref-law>). Dies rechtfertigt es, die Auslegung solcher Konzessionen mit freier Kognition zu überprüfen (so schon <ref-ruling> E. 4c/bb S. 182 für das Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde).
4.3 Disp.-Ziff. 1 des Konzessionsbeschlusses vom 12. Januar 1962 hält fest, dass die Bestimmungen der Konzession in einer besonderen Konzessionsurkunde zusammengestellt sind, die einen integrierenden Teil des Beschlusses bilden. Insofern ist mit dem Verwaltungsgericht davon auszugehen, dass der Umfang der Konzession nicht nur durch den Konzessionsbeschluss, sondern auch durch die Konzessionsurkunde bestimmt wird.
Zwar trifft es zu, dass die Konzessionsurkunde seit 1962 nicht mehr angepasst wurde und deshalb alle nach diesem Zeitpunkt vorgenommenen Änderungen, insbesondere die 1973 neu konzedierten Kraftwerke, von der Urkunde nicht erfasst werden. Dies bedeutet jedoch lediglich, dass für den Umfang dieser später verliehenen Nutzungsrechte auf den Konzessionsbeschluss und die Gesuchsunterlagen abgestellt werden muss. Die unterbliebene Bereinigung der Konzessionsurkunde hat dagegen nicht zwingend zur Folge, dass Änderungen der später gebauten Anlagen konzessionsrechtlich anders zu beurteilen sind als Änderungen an Anlagen, die 1962 bereits bestanden und deshalb in der Konzessionsurkunde beschrieben sind. In beiden Fällen bestimmt sich das Vorliegen einer wesentlichen Änderung nach Art. 12 Abs. 2 WNG/BE bzw. <ref-law>.
4.4 Ziff. 1 des Konzessionsbeschlusses erteilt der Beschwerdeführerin eine Gesamtkonzession zur Nutzbarmachung der Wasserkräfte der Aare und all ihrer Zuflüsse von ihrem Ursprung bis Innertkirchen "in den Kraftwerken Oberaar, Handegg I, Handegg II, Innertkirchen I, Gental, Hofplauenen und Innertkirchen II"; bereits nach dem Wortlaut des Konzessionsbeschlusses bezieht sich die Nutzung somit auf bestimmte Kraftwerke und nicht abstrakt auf die gesamte Gewässerstrecke.
Ziff. I der Konzessionsurkunde trägt die Überschrift "Umfang des Nutzungsrechtes" und bestimmt, dass Gegenstand der Konzession das Recht zur Ausnützung der Wasserkräfte der Aare und ihrer Zuflüsse "im nachstehend bezeichneten Umfang und in der beschriebenen Weise" ist. In den nachfolgenden Abschnitten werden die ausgenützte Gewässerstrecke (lit. a), die Kraftwerke (lit. b), die mittleren nutzbaren Wassermengen, Bruttogefälle und mittlere Bruttoleistungen (lit. c) sowie der Zweck der Wassernutzung (lit. d) umschrieben. Dabei legt Ziff. I.c für jedes Kraftwerk gesondert das Einzugsgebiet, das Bruttogefälle sowie die nutzbare Wassermenge und Bruttoleistung fest.
Die systematische Stellung von Ziff. I.c im Abschnitt "Umfang des Nutzungsrechts" spricht für die Auslegung des Verwaltungsgerichts, wonach die darin enthaltenen Angaben zum Bruttogefälle nicht nur der Berechnung des Wasserzinses dienen, sondern den Umfang des Nutzungsrechts näher umschreiben, und zwar gesondert für jedes Kraftwerk.
Ziff. 32 der Konzessionsurkunde, wonach nachträgliche Änderungen oder Ergänzungen an vorgelegten Projekten oder an bestehenden Bauten und Anlagen der Baudirektion zur Genehmigung vorzulegen sind, präzisiert in Abs. 2, dass für Konzessionsänderungen eine Bewilligung des Regierungsrates erforderlich ist. Diese Bestimmung muss vor dem Hintergrund von Ziff. 4 des Konzessionsbeschlusses 1962 gelesen werden. Danach war eine Genehmigung des Regierungsrates (der damaligen Konzessionsbehörde) grundsätzlich für alle Umbauten und Erweiterungen der bestehenden konzessionierten Kraftwerkanlagen sowie die allfällige Erstellung neuer Kraftwerkanlagen erforderlich; nur kleinere Änderungen an den bestehenden Anlagen konnten ohne Konzessionsänderung von der Baudirektion bewilligt werden.
4.5 Auch die Entstehungsgeschichte der Gesamtkonzession spricht für die engere Auslegung des Verwaltungsgerichts: In den Erwägungen des Konzessionsbeschlusses 1962 hielt der Regierungsrat fest, dass die Gesamtkonzession nur eine Zusammenfassung der bisher gültigen Konzessionen und Bewilligungen darstelle und am bisherigen Zustand nichts ändern solle; aus diesem Grund sei auf eine öffentliche Auflage des Gesuchs verzichtet worden.
Die zuvor geltenden Einzelkonzessionen waren für einzelne Kraftwerke erteilt worden und umschrieben Gegenstand und Umfang des Nutzungsrechts unter Angabe von Koten und Gefällen. Der Konzessionärin wurde jeweils das Recht eingeräumt, die Wasserkraft "an der bezeichneten Stelle, in dem bewilligten Umfange und der vorgeschriebenen Weise nutzbar zu machen" (vgl. z.B. Konzessionsurkunde betreffend das Kraftwerk Oberaar vom 11. November 1949 Ziff. I.3).
Zwar war der Beschwerdeführerin zuvor, am 7. März 1906, eine "Wasserwerkkonzession" für die Nutzung der Aare "von der Grimsel bis Innertkirchen und deren Zuflüsse" erteilt worden. Das Verwaltungsgericht hat jedoch festgestellt, dass dieses Vorgehen lediglich gewählt wurde, weil sich ein weiterer Unternehmer um die Nutzung der Wasserkraft im Oberhasli bemüht hatte, dessen Konzessionsgesuch abgelehnt worden war; dies bestätigen die Erwägungen des Konzessionsbeschlusses. Die Konzession wurde ausdrücklich "zu den später im Konzessionsakt festzusetzenden Bedingungen erteilt" (Regierungsratsbeschluss vom 7. März 1906 Ziff. 2), verwies also für den Umfang der Nutzungsrechte auf die nachfolgenden Einzelkonzessionen.
Waren der Beschwerdeführerin somit in den früheren Einzelkonzessionen Nutzungsrechte für einzelne Kraftwerke verliehen worden, konnte deren blosse Zusammenfassung dieser Rechte ihr kein umfassendes Nutzungsrecht an der gesamten Gewässerstrecke verschaffen.
4.6 Nichts anders ergibt sich aus dem von der Beschwerdeführerin angerufenen Art. 23 Abs. 2 des bernischen Gesetzes über die Nutzung des Wassers vom 3. Dezember 1950 (aWNG/BE): Nach dieser Bestimmung konnte der Regierungsrat auf Gesuch eines Konzessionärs, dem mehrere Wasserrechte verliehen worden waren, die einen zusammenhängenden Betrieb bildeten, für die Konzession eine einheitliche Dauer festsetzen. Der Wortlaut dieser Bestimmung und die Marginalie ("Dauer der Konzession") unterstützen die Auslegung des Verwaltungsgerichts, wonach sich die Zusammenfassung der Einzelkonzessionen zu einer Gesamtkonzession nur auf die Konzessionsdauer ausgewirkt hat und ihr keine weitergehende rechtliche Bedeutung zukam.
4.7 Die Beschwerdeführerin verweist schliesslich auf die angeblich unhaltbaren Konsequenzen, die sich ergäben, wenn jede Änderung der in der Konzessionsurkunde festgehaltenen Bruttoleistung eine wesentliche Konzessionsänderung darstellen würde. Das Verwaltungsgericht hat jedoch für die Beurteilung, ob eine wesentliche Konzessionsänderung vorliegt, auf die gesetzliche Regelung in Art. 12 Abs. 2 WNG/BE und <ref-law> abgestellt. Diese Bestimmungen knüpfen nicht an die Bruttoleistung, sondern an die Erhöhung der nutzbaren Fallhöhe bzw. die Änderung der Nutzungsart an. Zur Frage, ob und unter welchen Umständen die Erhöhung der Bruttoleistung eine Konzessionsänderung erfordere, hat sich das Verwaltungsgericht im vorliegenden Entscheid nicht geäussert.
Es besteht daher auch kein Widerspruch zwischen diesem und einem früheren verwaltungsgerichtlichen Urteil, wonach eine Neuberechnung der Bruttoleistung und Anpassung des Wasserzinses ohne Konzessionsänderung möglich sei.
4.8 Nach dem Gesagten ergibt sich aus Wortlaut und Systematik des Konzessionsbeschlusses und der Konzessionsurkunde, unter Berücksichtigung der Entstehungsgeschichte und Art. 23 aWNG/BE, dass der Beschwerdeführerin nicht die gesamte Gewässerstrecke der Aare von ihrem Ursprung am Oberaarsee bis Innertkirchen zur beliebigen Wasserkraftnutzung verliehen worden ist, sondern ihr bestimmte, an einzelne Kraftwerke geknüpfte Nutzungsrechte eingeräumt wurden, deren Umfang u.a. durch das nutzbare Bruttogefälle umschrieben wurde.
Insofern kann offen bleiben, ob die von der Beschwerdeführerin beanspruchte weite und abstrakte Umschreibung ihres Nutzungsrechts überhaupt den Mindestanforderungen von <ref-law> (in der heute geltenden oder der früheren Fassung) genügen würde.
5. Die Beschwerdeführerin macht allerdings geltend, selbst wenn man der Auslegung der Konzession durch das Verwaltungsgericht folge, werde das nutzbare Gefälle für das Kraftwerk Oberaar (heute: Kraftwerk Grimsel 1) nicht erhöht, da dieses bergseitig auf der Staukote des Oberaarsees auf 2303 m.ü.M. liege.
5.1 Das Kraftwerk Grimsel I umfasst heute zwei Maschinengruppen:
Die Maschinengruppe Oberaar (ehemals Kraftwerk Oberaar, gebaut 1950-1954) turbiniert Wasser aus dem Oberaarsee und nutzt hierfür das Gefälle zwischen dem Oberaarsee und dem Räterichsbodensee.
Die Maschinengruppe Grimsel (gebaut 1970-1974, erneuert 2004-2007) produziert Strom mit Wasser aus dem Grimselsee und nutzt hierfür das Gefälle zwischen dem Grimselsee und dem Räterichsbodensee.
5.2 Die Konzessionsurkunde 1962 erwähnt nur das Kraftwerk Oberaar und legt hierfür als Bruttogefälle die Differenz zwischen der Staukote Oberaarsee (2303 m.ü.M.) und der Staukote Räterichsbodensee (1767 m.ü.M.) von 536 m fest.
Weiter legt sie für das "Pumpenwasser aus dem Grimselsee" ein Bruttogefälle von 142.54 m fest (Differenz Staukote Grimselsee 1'909.54 und Staukote Räterichsbodensee 1'767 m.ü.M.). Diese Festlegung bezog sich auf eine zum Kraftwerk Oberaar gehörende Pumpe, die Wasser aus dem Grimselsee in den Oberaarsee beförderte. Diese Pumpe ist inzwischen stillgelegt und demontiert worden. Heute pumpt das als Umwälzwerk konzipierte Kraftwerk Grimsel 2 Wasser vom Grimsel- in den Oberaarsee und turbiniert dieses Wasser.
Die Maschinengruppe Grimsel wurde am 25. August 1971 von der damaligen Direktion für Verkehr, Energie und Wasserwirtschaft bewilligt, ohne dass hierfür eine Konzession erteilt worden wäre. In der Konzessionsurkunde 1962 findet sich einzig bei der Beschreibung der Zentrale Oberaar in Ziff. III.1.c, der Hinweis "Platz für eventuelle spätere Aufstellung einer vertikalachsigen Turbinen-Generatoren-Gruppe Grimsel-Räterichsboden für 3.5 m3/s" (so schon Ziff. III.5.c Konzessionsurkunde Kraftwerk Oberaar vom 11. November 1949). Die Maschinengruppe Grimsel bestand ursprünglich aus einer Francisturbine für 7,5 m3/s und wurde zwischenzeitlich durch eine neue Turbine in einem 29 m tiefen Turbinenschacht ersetzt, die ebenfalls im Baubewilligungsverfahren beurteilt wurde.
5.3 Das Verwaltungsgericht führte aus, dass der Beschwerdeführerin auch für die Gewässerstrecke von 2'303 bis 1'767 m.ü.M. zwischen Oberaarsee und Räterichsbodensee kein umfassendes Recht zur beliebigen Nutzung eingeräumt worden sei. Wie ein Vergleich der Konzessionsurkunde mit der Einzelkonzession vom 11. November 1949 zeige, bezögen sich die Angaben in der Gesamtkonzession ausschliesslich auf die Energieproduktion mit der Maschinengruppe Oberaar des Kraftwerks Grimsel 1. Über die zulässige Nutzung der Gewässer mit der Maschinengruppe Grimsel sei damit nichts gesagt. Das Verwaltungsgericht erachtete es deshalb als zweifelhaft, ob überhaupt eine genügende konzessionsrechtliche Grundlage für die Nutzung der Maschinengruppe Grimsel bestehe.
Es liess die Frage offen: Wäre die Nutzung der Gewässer mit der Maschinengruppe Grimsel gar nie konzediert worden, so wäre das Vorhaben als neue Wasserkraftnutzung ohne Weiteres konzessionspflichtig. Sei dagegen die bestehende Wasserkraftnutzung mit dieser Maschinengruppe konzediert worden, so würde das Vorhaben eine wesentliche Konzessionsänderung beinhalten, weil das nutzbare Gefälle der Maschinengruppe Grimsel um 23 m erhöht werde.
5.4 Diese Erwägungen sind nicht zu beanstanden:
5.4.1 Besteht für die Wassernutzung der Maschinengruppe Grimsel keine konzessionsrechtliche Grundlage, so verfügt die Beschwerdeführerin über keine wohlerworbenen Rechte im Zusammenhang mit dieser Wassernutzung, die durch den angefochtenen Entscheid verletzt werden könnten. In diesem Fall stossen die Rügen der Beschwerdeführerin ins Leere.
5.4.2 Gleiches gilt aber auch, wenn man davon ausgeht, es bestehe eine genügende konzessionsrechtliche Grundlage für die Maschinengruppe Grimsel I: Nach der (oben, E. 4) bestätigten Auslegung der Gesamtkonzession durch das Verwaltungsgericht wird das Nutzungsrecht für jedes einzelne Kraftwerk mit einer bestimmten Fallhöhe umschrieben. Für die Berechnung des Bruttogefälles wird bei den Stauseen jeweils deren maximale Staukote eingesetzt (so ausdrücklich Erwägungen des Regierungsrats im Gesamtkonzessionsbeschluss 1962). Dementsprechend wäre ein allfälliges Nutzungsrecht für die Maschinengruppe Grimsel auf das bisher nutzbare Bruttogefälle zwischen den bisherigen maximalen Staukoten des Grimsel- und Räterichsbodensees beschränkt gewesen. Eine Erhöhung der Staumauern des Grimselsees um 23 m stand weder bei der Erteilung der Gesamtkonzession 1962 noch bei deren Änderung 1973 zur Diskussion. Wäre die Konzessionsurkunde wie vorgesehen 1974 bereinigt worden, wäre das nutzbare Bruttogefälle für die Maschinengruppe Grimsel deshalb auf 142.54 m festgesetzt worden (Differenz Staukote Grimselsee 1'909.54 und Staukote Räterichsbodensee 1'767 m.ü.M.), genau wie in der Konzessionsurkunde 1962 für das damalige Pumpenwasser aus dem Grimselsee.
Jede Änderung dieser Fallhöhe stellt gemäss Art. 12 Abs. 2 lit. b WNG/BE eine wesentliche Konzessionsänderung dar. Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht, dass diese Bestimmung in ihrer heutigen Fassung anwendbar ist, sondern erachtet sie im Gegenteil als verfahrensmässige Erleichterung gegenüber der früheren Praxis. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin handelt es sich auch nicht um eine minime und deshalb vernachlässigbare Erhöhung, gemessen an der bisherigen nutzbaren Fallhöhe der Maschinengruppe Grimsel (23 m entsprechen einer Erhöhung um ca. 16%).
Auch in dieser Hypothese verletzt der angefochtene Entscheid, der eine umfassende neue konzessionsrechtliche Beurteilung des Kraftwerks Grimsel 1 (Maschinengruppe Grimsel) verlangt, keine wohlerworbenen Rechte der Beschwerdeführerin.
6. Liegt bereits aufgrund von Art. 12 WNG/BE eine wesentliche Konzessionsänderung vor, so kann offen bleiben, ob auch die Art der Nutzung i.S.v. <ref-law> wesentlich geändert wird, oder ob das Vorhaben so erhebliche Auswirkungen auf Umwelt und Landschaft hat, dass neue Bedingungen und Auflagen i.S.v. <ref-law> erforderlich sind, wie das BAFU und die Beschwerdegegner geltend machen.
7. Die Beschwerdeführerin rügt weiter, das Verwaltungsgericht habe in E. 8 des angefochtenen Entscheids sachlich und rechtlich unhaltbare Vorgaben für das Konzessionsverfahren gemacht. Gegenstand des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens sei einzig das Baugesuch und nicht ein allfällig künftiges Konzessionsgesuch gewesen. Das Verwaltungsgericht habe selbst vermerkt, dass die Konzessionsbehörde berufen sei, die Auswirkungen des Vorhabens auf das Wasserregime des Kraftwerks Grimsel 1 und der übrigen Kraftwerke der Beschwerdeführerin zu beurteilen. Mit seinen weitgehenden Ausführungen zum angeblichen Abklärungsbedarf habe das Verwaltungsgericht daher seine gesetzlichen Kompetenzen und Befugnisse verletzt.
Das Verwaltungsgericht bestreitet in seiner Vernehmlassung, der Konzessionsbehörde verbindliche Vorgaben gemacht zu haben. Die Ausführungen in E. 8 hätten lediglich die Konsequenzen aufzeigen sollen, die eine Beurteilung des Projekts im Konzessions- statt im Baubewilligungsverfahren nach sich ziehe, und welche umstrittenen Sachverhaltsfragen in einem solchen Verfahren voraussichtlich näher abzuklären seien. An diese Hinweise sei jedoch die zuständige Behörde im Konzessionsverfahren nicht gebunden.
Dieser Einschätzung des Verwaltungsgerichts ist zuzustimmen: Im Dispositiv des angefochtenen Entscheid wird einzig die Aufhebung des Gesamtbauentscheids und des Baubewilligungsverfahrens angeordnet; dagegen erfolgt weder eine Rückweisung der Sache an die erste Instanz zur Einleitung eines Konzessionsverfahrens noch eine Überweisung der Sache an die Konzessionsbehörde zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen des Verwaltungsgerichts. Damit handelt es sich in E. 8 um obiter dicta, welche die Konzessionsbehörde nicht binden.
8. Schliesslich rügt die Beschwerdeführerin, das Verwaltungsgericht sei nicht befugt gewesen, den Gesamtbauentscheid und das Baubewilligungsverfahren von Amtes wegen aufzuheben. Gemäss Art. 40 des Berner Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. Mai 1989 (VRPG) sei eine Aufhebung von Amtes wegen nur bei wesentlichen Verfahrensverletzungen oder offensichtlicher Unzuständigkeit der Vorinstanz zulässig. Wesentliche Verfahrensgrundsätze seien nicht verletzt worden, weil das Baubewilligungsverfahren das richtige Verfahren zur Prüfung des Bauvorhabens gewesen sei; zum Erlass des Gesamtbauentscheids sei das WWA offensichtlich zuständig gewesen.
Damit wiederholt die Beschwerdeführerin lediglich ihre Rüge, wonach keine Konzessionsänderung erforderlich sei; hierfür kann auf das oben Gesagte verwiesen werden. Im Übrigen wird von der Beschwerdeführerin nicht dargelegt und ist auch nicht ersichtlich, welchen Unterschied es für sie macht, ob das Verwaltungsgericht den Gesamtbauentscheid von Amtes wegen aufhebt (wie geschehen) oder in Gutheissung der Beschwerden, die ebenfalls die Aufhebung des Gesamtbauentscheids beantragt hatten.
9. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegner 1 und 2 für das bundesgerichtliche Verfahren je mit insgesamt Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Wasserwirtschaftsamt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern sowie den Bundesämtern für Umwelt und für Energie schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Februar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber