Faits:
A. Constituée en fondation au sens des <ref-law>, FAVIA, Fondation de prévoyance en faveur des membres de l'Ordre des avocats de Genève et leur personnel, (ci-après: la Fondation), dont le siège est à Genève, est une institution de prévoyance inscrite au registre de la prévoyance professionnelle et soumise à la surveillance du Service de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de la République et Canton de Genève (ci-après: l'Autorité de surveillance).
Conformément à l'art. 3 de ses Statuts du 21 décembre 1983 (ci-après: les Statuts) et aux termes de l'art. 1 de son Règlement du 1er janvier 1995 (ci-après: le Règlement), la Fondation a pour but de prémunir les membres de l'Ordre des avocats de Genève et leur personnel contre les conséquences économiques résultant de la vieillesse, de l'invalidité et du décès, en garantissant des prestations dont le genre et le montant correspondent au moins aux exigences minimales de la loi fédérale du 25 juin 1982 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (LPP; RS 831.40). D'après l'art. 5 al. 3 du règlement, les employeurs peuvent s'assurer à la Fondation à titre individuel. Dans ce cas, ils déterminent librement le montant du salaire annuel à prendre en compte et supporteront l'intégralité des contributions. La Fondation est soumise au principe de la primauté des cotisations (art. 12 du Règlement). L'art. 18 al. 3 du Règlement (dans sa version en vigueur avant la modification du 23 décembre 2003) prévoit que "le Conseil de fondation fixe le taux d'intérêt (au minimum 4% l'an) et par là, l'attribution annuelle créditée sur les comptes avoir de vieillesse".
X._ est affilié à la Fondation depuis le 1er octobre 2001.
B. Jusqu'en 1992, la Fondation a crédité 5% d'intérêt sur les comptes individuels de prévoyance des assurés. Pour les années 1993 à 1996, le taux d'intérêt a été relevé à 5,25% et à 6% pour les années 1998 et 1999. Compte tenu des excellentes performances réalisées dans ses placements, la Fondation a crédité un taux exceptionnel de 10% pour les années 1997 et 2000. Elle est revenue à 5% pour 2001.
Lors de sa séance du 23 janvier 2003, constatant l'effondrement des marchés financiers au 31 décembre 2002 (-11%) et le degré de couverture atteignant juste 100% à la même date, sans tenir compte des intérêts à créditer sur les comptes des assurés, le Conseil de fondation a décidé, nonobstant l'art. 18 al. 3 du Règlement, de ne pas créditer cet intérêt pour l'exercice 2002, afin d'éviter de créer un découvert. Par courrier du mois de février 2003, la Fondation a informé ses assurés de sa décision, précisant que le compte "virtuel" de l'avoir de vieillesse LPP était néanmoins crédité de l'intérêt légal de 4% pour l'exercice 2002.
Au 1er janvier 2003, le compte de X._ s'élevait à 79'832 fr. 35 tandis que le montant total de tous les comptes "avoir de vieillesse" des assurés de la Fondation s'élevait à 61'039'347 fr. Une attribution de 4% sur ce dernier montant se serait élevée à 2'441'543 fr. 90.
C. Par courrier du 23 mai 2003, X._ a déposé plainte auprès de l'Autorité de surveillance. A son avis, la décision du Conseil de fondation ne pouvait avoir d'effet rétroactif sans porter atteinte à ses droits acquis d'assuré. Elle violait le principe de proportionnalité en ce qu'elle ne distinguait pas les assurés qui avaient rejoint récemment la Fondation de ceux qui avaient bénéficié de taux d'intérêt élevés durant les années écoulées. Enfin, le fait de frapper d'un intérêt négatif son avoir facultatif constituait également une violation de ses droits acquis.
Par décision du 23 octobre 2003, l'Autorité de surveillance a rejeté la plainte de X._. Le découvert de la Fondation aurait été aggravé si des intérêts au taux de 4% avaient été versés sur les comptes épargne individuel. Le taux d'intérêt de l'art. 18 al. 3 du Règlement pouvait être modifié. Il ne constituait pas une prestation. La mesure n'avait pas d'effet rétroactif puisqu'il était admis que l'organe de gestion ne fixait le taux d'intérêt pour l'année écoulée qu'après avoir pris connaissance des comptes annuels. La mesure choisie était adéquate. Il était en outre disproportionné d'annuler les mesures prises, parce que le Règlement n'avait pas été préalablement modifié.
D. Le 23 décembre 2003, le Conseil de fondation a modifié l'art. 18 al. 3 du Règlement, ajouté un art. 24bis précisant les modalités d'éventuelles mesures conservatrices et fixé au 1er janvier 2002 la date d'entrée en vigueur des nouvelles dispositions.
La nouvelle teneur de l'art. 18 al. 3 prévoit que "le Conseil de fondation fixe le taux d'intérêt et peut l'adapter avec effet rétroactif après avoir pris connaissance de la situation financière de l'année écoulée. En cas de découvert technique, le Conseil de fondation peut décider d'un taux d'intérêt inférieur au taux minimum légal et réduire ce taux jusqu'à zéro pour cent".
E. Par décision du 8 août 2005, la Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité (ci-après: la Commission fédérale de recours) a admis le recours de X._ dirigé contre la décision rendue le 23 octobre 2003 par l'Autorité de surveillance, annulé cette décision et renvoyé la cause à l'Autorité de surveillance afin qu'elle impartisse un délai au Conseil de fondation en vue d'attribuer l'intérêt à créditer sur les comptes d'épargne pour l'exercice 2002, en respect des dispositions réglementaires en vigueur à l'époque. Elle a considéré en substance que l'Autorité de surveillance s'était appuyée à juste titre sur les Directives du Conseil fédéral du 21 mai 2003 concernant des mesures destinées à résorber des découverts dans la prévoyance professionnelle, mais n'en avait pas respecté la disposition du chiffre 331 al. 3. La mesure d'assainissement décidée par le Conseil de fondation respectait bien le principe de la proportionnalité, mais ne reposait sur aucune base réglementaire explicite. Même si le Conseil de fondation avait le pouvoir de modifier l'art. 18 al. 3 du Règlement, modification à laquelle il avait d'ailleurs procédé ultérieurement, celle-ci ne devait avoir d'effet que sur les expectatives futures sans porter atteinte aux droits acquis des assurés. Les avoirs de vieillesse disponibles au 31 décembre 2002 n'ayant pas été rémunérés à 4% au moins comme le prévoyait l'art. 18 al. 3 du Règlement dans sa version en vigueur au moment des faits, la décision rendue le 23 janvier 2003 par le Conseil de fondation violait l'art. 18 al. 3 du Règlement, heurtait le principe de non rétroactivité et portait atteinte aux droits acquis des assurés.
F. Agissant par la voie du recours de droit administratif, la Fondation demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision du 8 août 2005 et déclarer valable la décision du 23 octobre 2003. Elle tient la décision de la Commission fédérale de recours pour contraire aux art. 49 al. 1, 62 al. 1 lettres a et d, 65 al. 1, 69 al. 1 et 53 al. 2 lettre a LPP ainsi qu'aux art. 41 et 44 de l'ordonnance du 18 avril 1984 sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (OPP 2; RS 831.441.1) et aux art. 2, 18 al. 3 et 25 al. 2 de son Règlement.
La Commission fédérale de recours et le Service de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de la République et canton de Genève ont renoncé à déposer des observations.
L'Office fédéral des assurances sociales, Prévoyance vieillesse et survivants, et X._ concluent au rejet du recours, ce dernier sous suite de frais et dépens.
G. Par décision du 27 décembre 2005, le Président de la IIe Cour de droit public a ordonné un deuxième échange d'écriture. La Fondation a répliqué le 2 février 2006 et maintenu ses conclusions. X._ a dupliqué le 9 mars 2006 et réitéré les conclusions déposées dans ses observations. Le Service de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de la République et canton de Genève et l'Office fédéral des assurances sociales, Prévoyance vieillesse et survivants ont renoncé au deuxième échange d'écritures.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Déposé en temps utile contre une décision fondée sur le droit public fédéral et prise par une commission fédérale de recours, sans qu'aucune des exceptions prévues aux art. 99 à 102 OJ ou dans la législation spéciale ne soit réalisée, le présent recours est en principe recevable comme recours de droit administratif en vertu des art. 97 ss OJ ainsi que de l'<ref-law> (arrêt 2A.189/2002 du 10 octobre 2002, consid. 1.1; <ref-ruling> consid. 1b-c p. 49 s.).
2. Conformément à l'art. 104 lettre a OJ, le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 150, 56 consid. 2a p. 60). Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 709; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; <ref-ruling> consid. 2 p. 366; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 709; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 318 et les arrêts cités).
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre la décision d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans la décision, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité de la décision entreprise, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ; <ref-ruling> consid. 2 p. 366, 470 consid. 2 p. 475; <ref-ruling> consid. 1 p. 184).
3. La recourante reproche à la décision entreprise de violer les art. 65 al. 1, 69 al. 1, 53 al. 2 lettre a LPP ainsi que les art. 41 et 44 OPP 2. En particulier, cette décision critiquait à tort la rapidité avec laquelle les mesures d'assainissement ont été mises en place et le fait qu'elles ne reposaient sur aucune disposition réglementaire explicite.
3.1 Selon l'<ref-law>, les institutions de prévoyance sont tenues d'offrir en tout temps la garantie qu'elles peuvent remplir leurs engagements. Elles doivent en particulier régler leur système de cotisation et leur financement de telle manière que les prestations prévues par la loi puissent être fournies dès qu'elles sont exigibles (<ref-law>). D'après les art. 48 et 49 al. 2 LPP, cette disposition est valable aussi bien pour la prévoyance professionnelle obligatoire que pour la prévoyance professionnelle plus étendue gérée par les institutions enregistrées (ATF 121 II consid. 5b p. 206). Elle "contient un principe fondamental qui s'applique à toutes les institutions de prévoyance, qu'elles soient de droit privé ou de droit public, qu'elles assument elles-même les risques ou qu'elles aient conclu un contrat d'assurance collectif. Les engagements pris doivent être garantis, pleinement et en tout temps. En d'autres termes, les institutions de prévoyance ne peuvent surseoir, même provisoirement, à cette exigence de sécurité" (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 263 ss; Message du Conseil fédéral du 19 décembre 1975 relatif à la LPP, FF 1976 I 117 p. 232; cf. également Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Schulthess 2005, n° 1438 p. 544 et 1480, p. 562). Depuis le 1er janvier 2005 toutefois, sous certaines conditions, un découvert limité dans le temps et, partant, une dérogation au principe de garantie prévu à l'<ref-law> est autorisé (<ref-law>, introduit par la loi fédérale du 18 juin 2004; RO 2004 4635, 4638).
En outre, dans la mesure où, comme en l'espèce, elle assume elle-même la couverture des risques, l'institution de prévoyance ne peut se fonder, pour garantir l'équilibre financier, que sur l'effectif du moment des assurés et des rentiers (principe du bilan en caisse fermée; <ref-law>).
D'après l'<ref-law>, les institutions de prévoyance doivent charger un expert agréé en matière de prévoyance professionnelle de déterminer périodiquement si elles offrent en tout temps la garantie qu'elles peuvent tenir leurs engagements. D'après l'art. 41 OPP 2, l'expert doit se conformer aux directives de l'autorité de surveillance dans l'accomplissement de son mandat, il est tenu de l'informer immédiatement, en particulier, si la situation de l'institution de prévoyance exige une intervention rapide.
3.2 L'<ref-law> prévoit que, dans les limites de la loi, les institutions de prévoyance peuvent adopter le régime de prestations, le mode de financement et l'organisation qui leur conviennent. A cet effet, elles édictent des dispositions (art. 50 al. 1 lettre c LPP) statutaires ou réglementaires (<ref-law>) sous la surveillance de l'autorité compétente (art. 61 et 62 LPP) et la haute surveillance du Conseil fédéral (<ref-law>). D'après l'art. 50 al. 3, 1ère phr. LPP, les dispositions de la loi priment toutefois sur les dispositions établies par l'institution de prévoyance. L'autorité de surveillance doit notamment s'assurer de la conformité de celles-ci à la loi (<ref-law>). Ainsi, dans la détermination des prestations qu'elles accordent à leurs assurés, les institutions de prévoyance sont tenues de respecter les exigences minimales des <ref-law>. L'<ref-law> prévoit en particulier que l'avoir de vieillesse comprend les bonifications de vieillesse afférentes à la période durant laquelle l'assuré a appartenu à l'institution de prévoyance, avec les intérêts, dont le taux minimal est fixé par le Conseil fédéral en tenant compte des possibilités de placement (<ref-law>). Cela signifie que le compte vieillesse, que l'institution de prévoyance tient pour chaque assuré et auquel il a au minimum droit lorsqu'il quitte l'institution de prévoyance (art. 17 de la loi fédérale du 17 décembre 1993 sur le libre passage dans la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité; [LFLP; RS 831.42]), doit être crédité de l'intérêt annuel calculé sur l'avoir de vieillesse existant à la fin de l'année civile précédente (art. 11 al. 2 OPP 2). Dans sa teneur en vigueur au 1er janvier 2003, applicable en l'espèce, l'art. 12 OPP 2 fixe le taux d'intérêt minimal, pour la période jusqu'au 31 décembre 2002, à 4% et, pour la période à partir du 1er janvier 2003, à 3,25%.
Pour le surplus, les institutions de prévoyance peuvent également offrir des prestations de prévoyance allant au delà des exigences minimales de la loi sur la prévoyance professionnelle (<ref-law>; Message du Conseil fédéral du 19 décembre 1975 relatif à la LPP, FF 1976 I 117, p. 128; Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Schulthess 2005, n° 1324, p. 497 s.).
3.3 D'après l'art. 44 OPP 2 (dans sa version en vigueur au 1er janvier 2003, applicable en l'espèce), lorsqu'il existe un découvert, l'institution de prévoyance est tenue de le résorber elle-même et d'informer l'autorité de surveillance à la fois du découvert et des mesures prises pour y remédier. Jusqu'à l'entrée en vigueur le 1er juillet 2003 de la nouvelle teneur de l'art. 44 al. 1 OPP 2, ni la loi ni l'ordonnance ne définissaient expressément le découvert (Message du Conseil fédéral du 19 septembre 2003, FF 2003 5835, p. 5841) ni quelles mesures d'assainissement devaient être entreprises, encore moins à quelles conditions de telles mesures devaient répondre pour être admissibles. Des solutions diverses ont néanmoins été appliquées dans la pratique, tel le splitting d'intérêts consistant à rémunérer l'avoir de prévoyance obligatoire au taux légal et à ne rémunérer l'avoir surobligatoire qu'à un taux moindre voire nul, ou encore, une variante de ce système consistant à rémunérer l'ensemble de l'avoir de prévoyance à un taux inférieur au taux légal, certaines institutions ayant même choisi de fixer un taux nul, mettant ainsi l'intérêt légal de l'avoir de prévoyance obligatoire à charge de l'avoir de prévoyance surobligatoire, ce qui conduisait à une diminution de l'avoir surobligatoire (Hans-Ulrich Stauffer, op. cit., n° 1487 p. 565, qui doute de la légalité de cette dernière solution).
Constatant l'effondrement des marchés financiers dès 2000 et les découverts qui en résultaient dans les institutions de prévoyance, le Conseil fédéral a adopté un train de mesures destinées à résorber les découverts dans la prévoyance professionnelle (Message du Conseil fédéral du 19 septembre 2003 concernant les mesures destinées à résorber les découverts dans la prévoyance professionnelle, FF 2003 5835, p. 5838 s.). Ainsi, dans sa nouvelle teneur (RO 2003 1725), l'art. 44 OPP 2 définit la notion de découvert et impose un devoir d'information accru en la matière. En particulier, il précise que l'annonce à l'autorité de surveillance doit être faite au plus tard lorsque le découvert au sens de l'annexe est établi sur la base des comptes annuels.
Faisant en outre usage de l'<ref-law>, le Conseil fédéral a arrêté les directives du 21 mai 2003 concernant des mesures destinées à résorber les découverts dans la prévoyance professionnelle (ci-après: Directives; FF 2003 3863), applicables dès le 1er juillet 2003 à toutes les institutions de prévoyance enregistrées (chiffres 1 et 4). D'après le chiffre 33 des Directives, les institutions de prévoyance enregistrées et en primauté des cotisations qui étendent la prévoyance au-delà des prestations minimales de la LPP (institutions de prévoyance dites enveloppantes) peuvent, en cas de découvert, appliquer à l'ensemble de l'avoir d'épargne un taux d'intérêt réduit ou nul en application du principe d'imputation, une telle mesure n'étant licite que si cette possibilité est prévue dans le règlement et seulement durant la période pendant laquelle existe un découvert.
3.4 En l'espèce, la décision entreprise a pour effet d'enjoindre à la recourante de rémunérer les avoirs de vieillesse de ses assurés au taux minimum de 4% prévu par l'art. 18 al. 3 du Règlement pour l'année 2002. Il n'est pas contesté que, selon les constatations provisoires de l'expert en matière de prévoyance professionnelle de la recourante en janvier 2003, en raison de l'évolution défavorable des marchés financiers, celle-ci aurait accusé un degré de couverture de 96,5 % pour l'exercice comptable 2002 si elle avait crédité l'ensemble des comptes vieillesse de ses assurés d'un intérêt de 4%. La recourante a donc constaté à bon droit qu'elle devait prendre des mesures d'assainissement destinées à éviter la survenance du découvert prévisible, ce que l'Autorité de surveillance a approuvé. La Commission fédérale de recours ne conteste pas non plus cette situation. Contrairement à ce qu'affirme cette dernière, on ne saurait sous cet angle reprocher à la recourante d'avoir anticipé la survenance d'un découvert sur la seule foi d'une simple estimation de son degré de couverture, c'est-à-dire avant même de disposer de ses comptes et d'un bilan actuariel définitifs. En effet, l'<ref-law> n'autorisait pas encore l'existence d'un découvert temporaire (<ref-law>) et son respect exigeait la mise en oeuvre rapide de mesures destinées à éviter la survenance de tout découvert.
Le 23 janvier 2003, l'organe de gestion de la recourante, s'appuyant dûment sur les propositions de son expert, a choisi parmi plusieurs mesures celle dite de l'imputation, qui consiste à fixer un taux d'intérêt nul applicable au compte vieillesse de ses assurés, l'avoir de vieillesse minimum selon l'<ref-law> étant néanmoins crédité d'un intérêt au taux légal de 4%. Quoi qu'en dise l'intimé et la doctrine sur laquelle il se fonde (cf. Hans-Ulrich Stauffer, op. cit., n° 1487 p. 565), cette mesure était conforme aux exigences minimales de la loi sur la prévoyance professionnelle, en particulier parce qu'elle respectait les exigences des <ref-law> et 12 lettre a OPP 2 ainsi que celles de l'<ref-law>. Il est vrai qu'une telle méthode a eu pour effet de diminuer l'avoir de prévoyance surobligatoire des assurés. Dans la mesure toutefois où, parmi les mesures d'assainissement à disposition des institutions de prévoyance figure notamment la possibilité d'augmenter les contributions de ses assurés (<ref-ruling>; Christoph Furrer, Découverts des caisses de pension - quelques possibilités d'y remédier, L'expert fiduciaire 2003, p. 214 ss, p. 216), une telle mesure, moins incisive, n'est en soi pas criticable. A cela s'ajoute que la mesure litigieuse entrait dans le catalogue des mesures qui étaient appliquées par la pratique avant le 1er juillet 2003 et qui, dès cette date, ont été également proposées par les Directives du Conseil fédéral du 21 mai 2003 pour les institutions de prévoyance enveloppantes enregistrées. Enfin, elle tenait compte, conformément à l'<ref-law>, de ce que le cercle des assurés de la recourante était constitué à ce moment-là essentiellement d'indépendants qui pouvaient déterminer librement le montant du salaire annuel à prendre en compte (art. 5 al. 3 du Règlement). Aussi est-ce à bon droit qu'à l'instar de l'Autorité de surveillance, la Commission fédérale de recours a constaté que la mesure d'assainissement litigieuse respectait le principe de proportionnalité et pouvait être qualifiée d'adéquate et de peu incisive.
4. Malgré ces constatations, la Commission fédérale de recours a jugé que la mesure d'assainissement décidée le 23 janvier 2003 violait l'art. 18 al. 3 du Règlement et était dépourvue de fondement réglementaire. Elle devait par conséquent être annulée pour ce motif déjà. A son avis, l'application d'un taux d'intérêt nul n'était licite que si cette possibilité était prévue dans le règlement, conformément au chiffre 331 des Directives du Conseil fédéral du 21 mai 2003. Selon elle, ces Directives trouvaient application en l'espèce, dès lors que la décision de l'Autorité de surveillance, qui approuvait la mesure litigieuse, avait été rendue après le 1er juillet 2003.
La recourante tient à bon droit cette décision pour erronée. Il est vrai que le règlement d'une institution de prévoyance énumère les droits et les obligations de l'institution et des assurés, contribuant, comme le relève à juste titre la Commission fédérale de recours, à la sécurité du droit. Il n'en demeure pas moins qu'en vertu de l'art. 50 al. 3, 1ère phrase, LPP, les dispositions légales priment les dispositions réglementaires: tel est le cas non seulement lorsqu'il s'agit de fixer les prestations minimales exigées par la loi sur la prévoyance professionnelle, mais également lorsqu'il s'agit de garantir l'équilibre financier de l'institution ou autrement dit son degré de couverture. Il apparaît à cet égard, selon la volonté du législateur de 1985, que l'<ref-law>, qui impose aux institutions de prévoyance professionnelle d'offrir en tout temps la garantie qu'elles peuvent remplir leurs engagements, est une disposition fondamentale et impérative qui prime les dispositions réglementaires dont l'application aurait pour effet de provoquer la survenance d'un découvert ou de l'augmenter. On ne saurait par conséquent reprocher à la recourante d'avoir pris des mesures d'assainissement immédiates, si ce n'est préventives, lui permettant d'éviter un découvert prévisible, avant même de modifier son règlement. Cela reviendrait à lui reprocher d'avoir respecté l'exigence fondamentale de l'<ref-law>. Certes, la mesure litigieuse ne ressort pas explicitement de la lettre de l'<ref-law>. Il n'en demeure pas moins qu'elle y trouve son fondement et correspond au but de la disposition. Dans cette mesure, il importe peu que la recourante ait procédé ultérieurement aux modifications de l'art. 18 al. 3 de son Règlement qu'imposaient les Directives du Conseil fédéral. Au demeurant, ces modifications étaient de sa compétence selon l'art. 25 al. 2 du Règlement. Enfin, annuler la mesure de la recourante en raison de l'absence d'un fondement réglementaire reviendrait à donner à l'art. 18 al. 3 du Règlement un rang supérieur à l'<ref-law> en violation de l'<ref-law>. Ce n'est que depuis le 1er janvier qu'en vertu de l'<ref-law> (introduit par la loi fédérale du 18 juin 2004, RO 2004 4635, 4638), les mesures destinées à résorber un découvert doivent de manière générale se fonder sur une base réglementaire, un découvert limité dans le temps étant depuis lors autorisé par l'<ref-law>.
Le régime antérieur de l'<ref-law> était certes moins précis, mais la recourante aurait difficilement pu exciper de sa bonne foi (<ref-law>) et appliquer aveuglément l'art. 18 al. 3 du Règlement alors que les circonstances qui avaient présidé à son adoption avaient profondément changé et qu'un intérêt minimum au taux de 4% créait un découvert. On ne saurait lui reprocher de ce point de vue d'avoir pris des mesures immédiates en considérant que l'<ref-law> l'emportait sur une interprétation littérale de l'art. 18 al. 3 de son Règlement.
5. La recourante reproche encore à la Commission fédérale de recours d'avoir considéré de surcroît que le versement d'un intérêt de 4% constituait une prestation bénéficiant de la protection dévolue aux droits acquis. Elle aurait ainsi indûment conclu à une violation de l'interdiction de la rétroactivité.
5.1 Selon la jurisprudence, le règlement d'une fondation de prévoyance, dont l'activité s'exerce dans le domaine de la prévoyance plus étendue, ne peut être modifié unilatéralement par la fondation que s'il réserve expressément cette possibilité dans une disposition acceptée par l'assuré (explicitement ou par actes concluants) lors de la conclusion du contrat de prévoyance (<ref-ruling> consid. 4p. 225 s. a contrario; Ueli Kieser, Besitzstand, Anwartschaften und wohlerworbene Rechte in der beruflichen Vorsorge, RSAS 1999, p. 290 ss, p. 302 et 305 s.; Fabia Beurret-Flück/Christoph Meier, Die Wahrung der erworbenen Rechte von Destinatären bei Neuordnung des Personalvorsorge, insbesondere bei Anpassung an das BVG, BJM 1988 p. 169 ss, p. 189). Pour le surplus, une modification des statuts ou du règlement d'une institution de prévoyance est en principe admissible pour autant que la nouvelle réglementation soit conforme à la loi, ne s'avère pas arbitraire, ne conduise pas à une inégalité de traitement entre les assurés ou ne porte pas atteinte à leurs droits acquis (<ref-ruling> consid. 1b p. 101; arrêt B 14/91 du 26 mai 1993 in RSAS 1994, p. 373; <ref-ruling>; Ueli Kieser, op. cit., p. 306 et les références citées).
Il convient de remarquer que la législation en matière d'assurances sociales ne reconnaît qu'exceptionnellement l'existence de droits acquis. Selon la jurisprudence en effet, les prétentions pécuniaires ne deviennent des droits acquis que si la loi ou le règlement fixe une fois pour toutes les situations particulières et les soustrait aux effets des modifications légales ou réglementaires ou lorsqu'ont été données des assurances précises à l'occasion d'un engagement individuel. A cet égard, les prestations courantes sont plus facilement considérées comme droits acquis que les simples expectatives, qui ne sont que rarement protégées, précisément parce qu'il n'existe pas de titre juridique qui permette de s'opposer à leur modification en cas de changement des règles légales (<ref-ruling> consid. 5b p. 235; Ueli Kieser, op. cit., p. 299).
Enfin, selon la jurisprudence déduite de l'art. 8 Cst., le règlement d'une institution de prévoyance viole le droit à l'égalité lorsqu'il établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'il omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente (<ref-ruling> consid. 3b p. 255 s.; <ref-ruling> consid. 3b p. 52 et les arrêts cités).
5.2 En l'espèce, dans la mesure où la Commission de recours estime que le principe d'interdiction de la rétroactivité des lois est violé parce que la décision rendue le 23 janvier 2003 par la recourante ne reposait pas sur une disposition réglementaire, sa critique est infondée. Comme cela a été démontré ci-dessus (consid. 3 et 4), la décision du 23 janvier 2003 pouvait en effet reposer directement sur l'<ref-law> et, à l'époque, ne nécessitait pas de modification préalable du règlement. A cet égard, le Conseil de fondation a pris une précaution superflue en déclarant les modifications réglementaires entreprises le 23 décembre 2003 applicables dès le 1er janvier 2002, afin de valider rétroactivement sa décision du 23 janvier 2003.
L'arrêt attaqué est également infondé lorsqu'il laisse entendre que la décision rendue le 23 janvier 2003 par la recourante heurte le principe de l'interdiction de rétroactivité et viole les droits acquis des assurés. En effet, le Règlement de la recourante ne précise pas à quel moment le Conseil de fondation doit fixer le taux d'intérêt de l'art. 18 al. 3. Il résulte néanmoins de cette disposition que ce taux devait être arrêté pour l'exercice comptable 2002 avant la clôture définitive des comptes, mais au plus tôt après le 31 décembre 2002, date à laquelle les performances des placements de la recourante durant l'année 2002 pouvaient seulement être connues. Il s'ensuit que la fixation en janvier 2003 du taux de rémunération des avoirs de vieillesse arrêtés au 31 décembre 2002 ne saurait être qualifiée de rétroactive. Il est vrai que, dans une affaire bernoise, le Tribunal fédéral avait tenu pour contraire au principe de l'interdiction de rétroactivité des lois, une modification réglementaire supprimant, avec effet rétroactif, la garantie de rémunération au taux fixe de 4% du capital de couverture de la Caisse de pension des employés de la Ville de Berne (arrêt 2A.228/2005 du 23 novembre 2005). Dans cette affaire toutefois, il s'agissait pour l'employeur de diminuer sa part au financement de la prévoyance de son personnel, et non au premier chef de l'équilibre actuariel de l'institution de prévoyance. Par ailleurs, contrairement au système de l'art. 18 al. 3 du Règlement de la recourante, le taux d'intérêt rémunératoire était fixé par avance et s'appliquait automatiquement au capital de couverture arrêté au 31 décembre de chaque année.
Au surplus, l'intimé ne saurait prétendre jouir en toutes circonstances d'un droit acquis s'agissant de la rémunération de son avoir de vieillesse. En effet, nonobstant l'<ref-law>, qui ne vaut que pour l'avoir de vieillesse obligatoire, il n'existe pas d'obligation légale, découlant de la loi sur la prévoyance professionnelle, de rémunérer à un taux d'intérêt minimal l'avoir de vieillesse surobligatoire de l'intimé. A cela s'ajoute que, le taux de rémunération de l'art. 18 al. 3 du Règlement devant être arrêté chaque année par le Conseil de fondation, l'intimé ne disposait, avant sa fixation, que d'une expectative de financement de son compte individuel "avoir de vieillesse". Au demeurant un tel intérêt apparaît économiquement comme un mode de financement de la prévoyance, et non comme une prestation, que l'institution de prévoyance ne peut créditer à ses affiliés que pour autant que sa fortune rapporte un rendement correspondant, ce que l'inscription d'un taux minimum dans le règlement ne saurait garantir. Il est vrai qu'un tel intérêt pourrait être versé à charge de la fortune libre de l'institution. Les parties ne prétendent toutefois pas que tel aurait pu être le cas en l'espèce.
5.3 Enfin, quoi qu'en pense l'intimé, qui voit dans la mesure litigieuse une violation de l'art. 8 Cst. en ce qu'elle défavoriserait les assurés ayant récemment rejoint la recourante, la fixation d'un taux nul pénalise davantage les anciens affiliés qui disposent d'un avoir vieillesse plus élevé que les affiliés récents, dont l'avoir de vieillesse est souvent moindre.
6. Les considérants qui précèdent conduisent par conséquent à l'admission du recours et à l'annulation de la décision rendue le 8 août 2005 par la Commission fédérale de recours. La décision rendue le 23 octobre 2003 par le Service de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de la République et canton de Genève est confirmée. Les frais de la procédure devant la Commission fédérale de recours d'un montant de 2'500 fr. sont mis à la charge de X._.
Les frais de la présente procédure sont mis à la charge de X._ qui succombe (art. 153 et 153a en relation avec l'art. 156 OJ). La Fondation recourante n'a pas droit à des dépens (art. 159 OJ; <ref-ruling> consid. 5b p. 133).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et la décision rendue le 8 août 2005 par la Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité est annulée.
2. La décision rendue le 23 octobre 2003 par le Service de surveillance des fondations et des institutions de prévoyance de la République et canton de Genève est confirmée.
3. Un émolument judiciaire de 5'000 fr. est mis à la charge de X._.
4. Les frais de la procédure devant la Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité d'un montant de 2'500 fr. sont mis à la charge de X._.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Département des finances du canton de Genève et à la Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité, ainsi qu'à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lausanne, le 28 juin 2006
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: