Sachverhalt:
A. X._ befuhr am 10. Juni 2009 am Steuer eines mit Düngersäcken beladenen Sattelschleppers die Autobahn A2. In der Nähe von Aristorf fiel das Fahrzeug einer zivilen Patrouille der Kantonspolizei Basel-Landschaft als "offensichtlich massiv überladen" auf. Die polizeiliche Kontrolle im Werkhof Sissach ergab, dass die zulässige Sattelbelastung um 7'399 kg bzw. 117,42 % und die zulässige Reifentraglast der Antriebsachse des Zugfahrzeugs um 1'612.50 kg pro Reifen bzw. 51,19 % überschritten war. Das Gesamtgewicht der Fahrzeugkombination war um 2'680 kg bzw. 6,70 %, jene des Sattelschleppers um 7'064 bzw. 39,24 % zu hoch. Die zulässige Achslast wurde um 7'550 kg bzw. 65,65 % und die Herstellergarantie der Achslast auf der Hinterachse um 6'050 kg bzw. 46,54 % überschritten. Die Polizei nahm X._ den Führerausweis an Ort und Stelle vorsorglich ab, setzte den Sattelschlepper ausser Verkehr und zog die Kontrollschilder ein.
A.a Das Bezirksstatthalteramt Liestal bestrafte X._ am 22. September 2010 wegen einfacher Verletzung von Verkehrsregeln, Führens eines Motorfahrzeugs in nicht betriebssicherem Zustand, Überschreitens des zulässigen Gesamtgewichts der Fahrzeugkombination und des Zugfahrzeugs, Überschreitens des Herstellergarantiegewichts sowie der Reifentraglast der Antriebsachse des Zugfahrzeugs, Überschreitens der höchstzulässigen Sattellast sowie Nichteinhaltens von Auflagen gemäss Fahrzeugausweis in Anwendung von <ref-law> (i.V.m. <ref-law> und Art. 57 Abs. 1 VRV), <ref-law> (i.V.m. <ref-law>, Art. 67 Abs. 2 und 3 VRV, Art. 8 Abs. 2 und 4 und <ref-law>), <ref-law> sowie <ref-law> mit einer Busse von Fr. 5'000.--. Der Strafbefehl blieb unangefochten.
A.b Das Strassenverkehrsamt des Kantons Luzern entzog X._ den Führerausweis am 17. November 2010 in Anwendung von Art. 16c Abs. 1 lit. a und Abs. 2 lit. a SVG sowie <ref-law> für drei Monate.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern wies die Beschwerde von X._ gegen diese Verfügung des Strassenverkehrsamts am 7. September 2011 ab.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, dieses Verwaltungsgerichtsurteil aufzuheben und ihn wegen einfacher Widerhandlung gegen das SVG zu verwarnen oder ihm eventuell den Führerausweis wegen mittelschwerer Widerhandlung für einen Monat zu entziehen.
C. Das Verwaltungsgericht beantragt unter Hinweis auf seinen Entscheid, die Beschwerde abzuweisen. Denselben Antrag stellt das ASTRA.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Das Gesetz unterscheidet zwischen der leichten, mittelschweren und schweren Widerhandlung (Art. 16a-c SVG). Gemäss <ref-law> begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft (Abs. 1 lit. a). Die fehlbare Person wird verwarnt, wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis nicht entzogen war und keine andere Administrativmassnahme verfügt wurde (Abs. 3). Gemäss <ref-law> begeht eine mittelschwere Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer mittelschweren Widerhandlung wird der Führerausweis für mindestens einen Monat entzogen (Abs. 2 lit. a). Leichte und mittelschwere Widerhandlungen werden von <ref-law> als einfache Verkehrsregelverletzungen erfasst (<ref-ruling> E. 2.4 S. 143). Gemäss <ref-law> begeht eine schwere Widerhandlung, wer durch grobe Verletzung von Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt (Abs. 1 lit. a). Nach einer schweren Widerhandlung, welche einer groben Verkehrsregelverletzung im Sinne von <ref-law> entspricht (<ref-ruling> E. 3 S. 237), wird der Führerausweis für mindestens drei Monate entzogen (Abs. 2 lit. a). Eine Unterschreitung der gesetzlichen Mindestentzugsdauern ist ausgeschlossen (<ref-law>).
2.2 Die mittelschwere Widerhandlung stellt nach <ref-law> einen Auffangtatbestand dar. Sie liegt vor, wenn nicht alle privilegierenden Elemente einer leichten Widerhandlung nach <ref-law> und nicht alle qualifizierenden Elemente einer schweren Widerhandlung nach <ref-law> gegeben sind (Urteil 6A.16/2006 vom 6. April 2006 E. 2.1.1, in: JdT 2006 I S. 442; Botschaft vom 31. März 1999 zur Änderung des Strassenverkehrsgesetzes, BBl 1999 4487). Die Annahme einer schweren Widerhandlung setzt kumulativ eine qualifizierte objektive Gefährdung und ein qualifiziertes Verschulden voraus. Ist die Gefährdung gering, aber das Verschulden hoch, oder umgekehrt die Gefährdung hoch und das Verschulden gering, liegt eine mittelschwere Widerhandlung vor (Botschaft a.a.O. 4489; CÉDRIC MIZEL, Die Grundtatbestände der neuen Warnungsentzüge des SVG und ihre Beziehung zum Strafrecht, in ZStrR 124/2006, S. 31 ff., insbesondere S. 63 f.).
2.3 Ein Strafurteil vermag die Verwaltungsbehörde grundsätzlich nicht zu binden. Allerdings gebietet der Grundsatz der Einheit der Rechtsordnung, widersprüchliche Entscheide im Rahmen des Möglichen zu vermeiden, weshalb die Verwaltungsbehörde beim Entscheid über die Massnahme von den tatsächlichen Feststellungen des Strafrichters nur abweichen darf, wenn sie Tatsachen feststellt und ihrem Entscheid zugrunde legt, die dem Strafrichter unbekannt waren, wenn sie zusätzliche Beweise erhebt oder wenn der Strafrichter bei der Rechtsanwendung auf den Sachverhalt nicht alle Rechtsfragen abgeklärt, namentlich die Verletzung bestimmter Verkehrsregeln übersehen hat. In der rechtlichen Würdigung des Sachverhalts - namentlich auch des Verschuldens - ist die Verwaltungsbehörde demgegenüber frei, ausser die rechtliche Qualifikation hängt stark von der Würdigung von Tatsachen ab, die der Strafrichter besser kennt, etwa weil er den Beschuldigten persönlich einvernommen hat (<ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> nicht publ. E. 3a; <ref-ruling> E. 1c/aa und bb).
3. Der Strafrichter hat den Vorfall eingehend untersucht, technische Fragen abgeklärt und den Beschwerdeführer befragt. Damit war die Verwaltungsbehörde im Rahmen der in E. 2.3 dargelegten Voraussetzungen an den Strafbefehl vom 22. September 2010 gebunden. Auch wenn dieser nicht begründet ist, so steht jedenfalls aufgrund der Verurteilung wegen einfacher Verkehrsregelverletzung fest, dass er die für eine Verurteilung wegen grober Verkehrsregelverletzung erforderlichen tatsächlichen Voraussetzungen als nicht erfüllt beurteilte. Das Strassenverkehrsamt und das Verwaltungsgericht teilen diese Auffassung nicht.
3.1 Der objektive Tatbestand von <ref-law> ist nach der Rechtsprechung erfüllt, wenn der Täter eine wichtige Verkehrsvorschrift in objektiv schwerer Weise missachtet und die Verkehrssicherheit ernstlich gefährdet. Eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer ist bereits bei einer erhöhten abstrakten Gefährdung gegeben. Ob eine konkrete, eine erhöhte abstrakte oder nur eine abstrakte Gefahr geschaffen wird, hängt von der Situation ab, in welcher die Verkehrsregelverletzung begangen wird (<ref-ruling> E. 3.2 S. 136 mit Hinweisen).
Die vom Beschwerdeführer verletzten Vorschriften sollen vorab sicherstellen, dass nur betriebssichere Fahrzeuge in Verkehr gesetzt werden und diese so beladen werden, dass die Ladung die Betriebssicherheit, sei es durch überhöhtes Gewicht, falsche Verteilung des Gewichts oder ungenügende Sicherung, nicht beeinträchtigt. Es handelt sich damit, gerade bei einem im Vergleich zu den meisten der übrigen Verkehrsteilnehmer sehr grossen und schweren Fahrzeug wie dem vom Beschwerdeführer gefahrenen Sattelschlepper, fraglos um wichtige Verkehrsvorschriften. Die Verstösse sind zudem von einigem Gewicht. Zwar überschritt das Gesamtgewicht der Fahrzeugkombination die zulässigen 40 Tonnen nur um 2,68 Tonnen bzw. 6,7 %. Es kann davon ausgegangen werden, dass durch diese geringfügige Überladung die Betriebssicherheit des Sattelschleppers nicht oder jedenfalls nicht nennenswert beeinträchtigt war, da gemäss Fahrzeugausweis das zulässige Gesamtgewicht für spezielle Transporte mit Sonderbewilligung 44 Tonnen beträgt. Problematisch war weniger das Gesamtgewicht der geladenen Düngersäcke. Vielmehr führte die unsachgemässe Art, wie die Paletten auf der Ladefläche verteilt wurden, zu teils massiven Überschreitungen der zulässigen Sattel-, Achs- und und Reifenbelastungen. Allerdings lässt sich weder den vorinstanzlichen Akten noch den Entscheiden entnehmen, ob bzw. wie stark die Betriebssicherheit des Fahrzeugs dadurch beeinträchtigt war. Nach den vom Strassenverkehrsamt selber herangezogenen internen Richtlinien ADMAS-RL-06 ist das - hier nur geringfügig überschrittene - Betriebsgewicht für die Beurteilung der Gefährdung massgebend. Bei Überschreitung der Achslast, der Stütz-/Deichsellast und der Sattellast sei eine technische Auskunft über den Grad der Gefährdung einzuholen. Nach einer anonymen Aktennotiz wurde diese Auskunft zwar eingeholt, die Antwort ist indessen weder aktenkundig noch in den Entscheid des Strassenverkehrsamts vom 17. November 2010 eingeflossen. Dieses hält dazu lediglich und ohne jede Begründung fest, "die massive Überschreitung des zulässigen Gesamtgewichts des Sattelschleppers, der zulässigen Achslast auf der Hinterachse sowie die übrigen eingangs erwähnten Tatbestände" seien "(zumindest) als erhöht abstrakte erhebliche Gefährdung" zu qualifizieren. Die Beurteilung trifft hinsichtlich des Gesamtgewichts, das nur relativ geringfügig überschritten wurde, nicht zu und ist im Übrigen mangels einer technischen Beurteilung der Auswirkungen der gemessenen Überschreitungen der zulässigen Achs-, Sattel- und Reifenlasten auf die Betriebssicherheit des Fahrzeugs nicht nachvollziehbar. Nicht schlüssig ist in diesem Zusammenhang - worauf das Verwaltungsgericht zu Recht hinweist - das Bild Nr. 1 der polizeilichen Fotodokumentation, auf welchem zu sehen ist, dass die Hinterachse des Sattelschleppers stark belastet und die Vorderachse stark entlastet war. Diese Fehlstellung ist möglicherweise auf einen Luftfederungsschaden zurückzuführen, den der Sattelschlepper offenbar kurz vor dem polizeilichen Zugriff erlitt und der dem Beschwerdeführer (zu Recht) nicht angelastet wurde. Unbestritten ist, dass die Ladung von rund 24 Tonnen Düngersäcken mit drei nur teilweise angezogenen Spanngurten und damit ungenügend gesichert war.
Aus der Verurteilung wegen einfacher Verkehrsregelverletzung ergibt sich, dass der Beschwerdeführer nach der Auffassung des Strafrichters eine abstrakte Gefahr für sich und andere Verkehrsteilnehmer geschaffen hat. Dass er bei dieser Fahrt jemanden in eine konkrete Gefahr gebracht hätte, wird von keiner Seite angenommen und ist auch nicht ersichtlich. Damit kann sich nur fragen, ob mit dem Strassenverkehrsamt und dem Verwaltungsgericht von einer erhöhten abstrakten Gefahr auszugehen ist. Das ist indessen nicht erstellt. Die relativ geringfügige Überschreitung des Betriebsgewichts beeinträchtigt die Verkehrssicherheit nicht nennenswert, und das Strassenverkehrsamt legt nicht dar, dass und weshalb die Überschreitungen der Sattel-, Achs- und Reifenlasten sowie die ungenügende Sicherung der Ladung die Verkehrssicherheit stärker beeinträchtigte, als der Strafrichter annahm. Das Strassenverkehrsamt hat somit weder Tatsachen festgestellt und seinem Entscheid zugrunde gelegt, die dem Strafrichter unbekannt waren, noch hat es zusätzliche Beweise erhoben, noch hat der Strafrichter bei der Rechtsanwendung nicht alle Rechtsfragen abgeklärt. Damit sind die Voraussetzungen, die es der Verwaltungsbehörde erlauben würden, das Gefahrenpotential der dem Beschwerdeführer anzulastenden Verkehrsregelverletzungen anders - höher - einzuschätzen als es der Strafrichter tat, nicht gegeben. An dieser Beurteilung ändert auch der Hinweis des Verwaltungsgerichts auf den Entscheid des Bundesgerichts 6A_121/2000 vom 7. Juni 2001 nichts. Im damals zu beurteilenden Fall hatte der Chauffeur des Sattelschleppers effektiv einen Unfall verursacht, als er mit übersetzter Geschwindigkeit nach rechts abbog, wobei ein Teil der geladenen Stahlplatten auf die Fahrbahn fiel, eine von ihnen unter einen Personenwagen auf der Gegenfahrbahn. Die Ladung war mit zwei Spannset-Gurten gesichert, die ohne Schutz über die scharfen Stahlkanten der Ladung gespannt und deswegen unterwegs durchgescheuert waren. Das Bundesgericht hat im Ergebnis einen mittelschweren Fall im Grenzbereich zum schweren Fall angenommen. Auch wenn dieser Fall eher schwerer wog als der hier zu beurteilende - der Chauffeur hat einen Unfall verursacht und eine konkrete Gefahr für andere Verkehrsteilnehmer geschaffen - erscheint diese Beurteilung und damit auch die Annahme einer einfachen Verkehrsregelverletzung durch den Strafrichter insgesamt auch vorliegend angemessen.
3.2 Subjektiv erfordert der Tatbestand von <ref-law> ein rücksichtsloses oder sonst schwerwiegend verkehrsregelwidriges Verhalten, d.h. ein schweres Verschulden, bei fahrlässigem Handeln mindestens grobe Fahrlässigkeit. Dies ist zu bejahen, wenn der Täter sich der allgemeinen Gefährlichkeit seiner verkehrswidrigen Fahrweise bewusst ist. Grobe Fahrlässigkeit kommt aber auch in Betracht, wenn der Täter die Gefährdung anderer Verkehrsteilnehmer pflichtwidrig gar nicht in Betracht zieht. Die Annahme einer groben Verkehrsregelverletzung setzt in diesem Fall voraus, dass das Nichtbedenken der Gefährdung anderer Verkehrsteilnehmer auf Rücksichtslosigkeit beruht (<ref-ruling> E. 3.2 S. 136 mit Hinweisen).
Als ausgebildetem Berufschauffeur musste dem Beschwerdeführer bewusst sein, wieviel Gewicht er laden durfte, wie er die Ladung auf dem von ihm gefahrenen Sattelzug zu verteilen und wie er sie zu sichern hatte. Er hat damit klarerweise erheblich fahrlässig gehandelt, insbesondere indem er die Ladung falsch verteilte und sie ungenügend sicherte. Letzteres war ihm auch bewusst, sagte er doch aus, dass ihm die Mittel zur ordentlichen Sicherung der Ladung gefehlt hätten. Dass er den Sattelschlepper erst vor kurzem übernommen hatte und mit dem Fahrzeug noch wenig vertraut war, vermag ihn zwar ebensowenig zu entschuldigen wie der auf ihm lastende Druck, den Auftrag zeitgerecht auszuführen; die beiden Umstände lassen sein Verschulden indessen in einem etwas milderen Licht erscheinen. Da zudem die von ihm fahrlässig verursachten Verkehrsregelverletzungen objektiv weniger schwer wiegen als vom Verwaltungsgericht angenommen, ist zwar von einem erheblichen Verschulden auszugehen, nicht aber von einem grob fahrlässigen, rücksichtslosen Verhalten.
3.3 Zusammenfassend ergibt sich somit, dass die strafrechtliche Beurteilung des Vorfalls als einfache Verkehrsregelverletzung jedenfalls vertretbar war. Der Strafrichter hat zudem den Vorfall eingehend abgeklärt und den Beschwerdeführer einvernommen, womit er aufgrund der persönlichen Eindrücke in der Lage war, insbesondere die subjektive Seite der zu beurteilenden Vorfälle - etwa die Fragen, ob der Beschwerdeführer einsichtig ist und Gewähr bietet, sich inskünftig an die Verkehrsregeln zu halten - besser zu beurteilen als die sich allein auf die Akten stützende Administrativbehörde. Weder sie noch das Verwaltungsgericht haben schlüssig aufgezeigt, dass die Voraussetzungen für eine vom Strafrichter abweichende Beurteilung des Vorfalls erfüllt sind. Unter diesen Umständen rechtfertigt sich nicht, vom Grundsatz der Einheit der Rechtsordnung abzuweichen und den Vorfall verwaltungsrechtlich anders - strenger - zu beurteilen, als es der Strafrichter tat. Das Verwaltungsgericht hat demnach Bundesrecht verletzt, indem es den vom Strassenverkehrsamt wegen schwerer Widerhandlung verhängten Führerausweisentzug von drei Monaten schützte. Da anderseits offensichtlich auch kein Bagatellfall vorliegt, ist dem Beschwerdeführer eine mittelschwere Widerhandlung anzulasten.
3.4 Der Beschwerdeführer ist einsichtig, und es ist ihm bewusst, dass er mit weiteren Verkehrsdelikten sein Fortkommen als Berufschauffeur ernsthaft in Frage stellen würde. Insofern kann bei ihm als Ersttäter davon ausgegangen werden, dass er sich bereits durch die gesetzlich vorgegebene minimale Dauer des Führerausweisentzugs von einem Monaten von weiteren Verstössen gegen das Strassenverkehrsrecht abhalten lässt.
4. Demnach ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben, der Führerausweis wegen mittelschwerer Widerhandlung im Sinn von <ref-law> für einen Monat zu entziehen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens trägt der Beschwerdeführer die reduzierten Gerichtskosten (<ref-law>), und der Kanton Luzern hat ihm für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Entschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
Bei der Festsetzung der Höhe der Gerichtsgebühr und der Entschädigung wird zugunsten des Beschwerdeführers berücksichtigt, dass die Vorinstanz die Beschwerde teilweise hätte gutheissen müssen mit den entsprechenden Kosten- und Entschädigungsfolgen. Wird mit Blick darauf im bundesgerichtlichen Verfahren eine tiefere Gerichtsgebühr erhoben bzw. eine höhere Entschädigung zugesprochen, als das sonst der Fall wäre, kann auf die Rückweisung der Akten an die Vorinstanz zur neuen Festsetzung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens verzichtet werden. Der Beschwerdeführer hat demnach die vom Strassenverkehrsamt in der Verfügung vom 17. November 2010 erhobene Gebühr von Fr. 290.-- zu bezahlen, erhält aber den dem Verwaltungsgericht geleisteten Kostenvorschuss von Fr. 1'000.-- zurück.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 7. September 2011 aufgehoben. Dem Beschwerdeführer wird der Führerausweis für einen Monat entzogen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Kanton Luzern hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrsamt und dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Februar 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi