Sachverhalt:
A. Der 1955 geborene R._ war seit 1998 als Gipser in der Firma L._ tätig. Im Juni 2003 meldete er sich unter Hinweis auf Rückenbeschwerden bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Gestützt auf die getätigten medizinischen und erwerblichen Abklärungen sprach ihm die IV-Stelle des Kantons Zürich mit Verfügung vom 12. Dezember 2003 ab 1. Mai 2003 eine halbe Invalidenrente zu. In der dagegen erhobenen Einsprache liess der Versicherte die Zusprechung einer ganzen Invalidenrente und die Einholung eines polydisziplinären verwaltungsunabhängigen Gutachtens beantragen. Daraufhin teilte ihm die IV-Stelle am 13. Januar 2005 mit, damit der Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung geprüft werden könne, sei eine medizinische Abklärung notwendig. Diese werde von der Abklärungsstelle X._, Dr. Y._, durchgeführt. Der Zeitpunkt werde mit ihm vereinbart. Triftige Einwendungen gegen die begutachtende Person und allfällige Gegenvorschläge seien innert 10 Tagen bei der IV-Stelle schriftlich einzureichen. Mit Eingabe vom 21. Januar 2005 teilte R._ der IV-Stelle mit, er sei mit der Begutachtung durch die Abklärungsstelle X._ nicht einverstanden und rügte Verfahrensmängel. Mit Schreiben vom 11. Februar 2005 hielt die IV-Stelle an der Begutachtungsstelle fest. Am 28. Februar 2005 forderte sie den Versicherten auf, die MEDAS-Vollmacht zu unterzeichnen. Daraufhin ersuchte R._ die IV-Stelle am 10. März 2005 um Erlass einer beschwerdefähigen Verfügung. Mit Verfügung vom 1. April 2005 hielt diese an der Abklärung durch die Abklärungsstelle X._ fest (Dispositiv-Ziffer 1). Zudem forderte sie den Versicherten auf, die MEDAS-Vollmacht zuzustellen, damit dieser die Akten übermittelt werden könnten (Dispositiv-Ziffer 2). Des Weitern drohte sie dem Versicherten an, dass bei Fehlen der MEDAS-Vollmacht und Verweigerung der Abklärung aufgrund der vorhandenen Akten entschieden werde (Dispositiv-Ziffer 3).
B. Die von R._ dagegen erhobene Beschwerde mit dem Antrag, in Aufhebung der Verfügung vom 1. April 2005 sei die IV-Stelle zu verpflichten, die Namen der bei der Abklärungsstelle X._ vorgesehenen Gutachter vorgängig einzeln zu nennen, hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 26. August 2005 gut, indem es Dispositiv-Ziffer 1 der angefochtenen Verfügung aufhob und die Sache an die Verwaltung zurückwies, damit diese im Sinne der Erwägungen neu verfüge.
C. C.a Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt das Bundesamt für Sozialversicherung (BSV) Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids.
R._ lässt auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde schliessen, während die IV-Stelle einen Antrag auf Gutheissung stellt.
C.b R._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Antrag, der vorinstanzliche Entscheid und die Verfügung vom 1. April 2005 seien aufzuheben und es sei die IV-Stelle zu verpflichten, ihm die Namen und fachlichen Qualifikationen der bei der Abklärungsstelle X._ vorgesehenen Gutachter vorgängig einzeln zu nennen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, während das BSV auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1. Da den beiden Verwaltungsgerichtsbeschwerden derselbe Sachverhalt zu Grunde liegt, sich die gleichen Rechtsfragen stellen und die Rechtsmittel den nämlichen vorinstanzlichen Entscheid betreffen, rechtfertigt es sich, die beiden Verfahren zu vereinigen und in einem einzigen Urteil zu erledigen (<ref-ruling> Erw. 1 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> Erw. 1).
2. 2.1 Mit Verfügung vom 1. April 2005 hat die IV-Stelle an der Begutachtung durch die Abklärungsstelle X._ festgehalten und das Begehren des Versicherten um Bekanntgabe der Namen der begutachtenden Ärzte implizit und ohne Begründung abgelehnt. Die Vorinstanz hat diesen Verwaltungsakt als verfahrensleitende Verfügung bezeichnet, gegen welche die Einsprache ausgeschlossen und die direkte Beschwerde an das kantonale Sozialversicherungsgericht gegeben sei. Auf die Beschwerde könne nur eingetreten werden, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könne. Einen solchen bejahte das kantonale Gericht und trat auf die Beschwerde ein.
2.2 Nach ständiger Rechtsprechung prüft das Eidgenössische Versicherungsgericht von Amtes wegen die formellen Gültigkeitserfordernisse des Verfahrens, insbesondere auch die Frage, ob die Vorinstanz zu Recht auf die Beschwerde eingetreten ist (<ref-ruling> Erw. 1.2 mit Hinweis).
2.3 Am 1. Januar 2003 sind das Bundesgesetz über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts (ATSG) vom 6. Oktober 2000 und die dazugehörige Verordnung vom 11. September 2002 in Kraft getreten. Dieses Gesetz koordiniert das Sozialversicherungsrecht des Bundes, indem es u.a. ein einheitliches Sozialversicherungsverfahren festlegt und die Rechtspflege regelt (Art. 1 Ingress und lit. b ATSG). Nach <ref-law> (in der ab 1. Januar 2004 geltenden Fassung) sind die Bestimmungen des ATSG auf die Invalidenversicherung (Art. 1a-26bis und 28-70) anwendbar, soweit das Invalidenversicherungsgesetz nicht ausdrücklich eine Abweichung vom ATSG vorsieht.
2.4 Gemäss <ref-law> hat der Versicherungsträger über Leistungen, Forderungen und Anordnungen, die erheblich sind oder mit denen die betroffene Person nicht einverstanden ist, schriftlich Verfügungen zu erlassen. Leistungen, Forderungen und Anordnungen, die nicht unter <ref-law> fallen, können in einem formlosen Verfahren behandelt werden (<ref-law>). Die betroffene Person kann den Erlass einer Verfügung verlangen (<ref-law>). Gegen Verfügungen kann innerhalb von 30 Tagen bei der verfügenden Stelle Einsprache erhoben werden; davon ausgenommen sind prozess- und verfahrensleitende Verfügungen (<ref-law>). Gegen Einspracheentscheide oder Verfügungen, gegen welche eine Einsprache ausgeschlossen ist, kann Beschwerde erhoben werden (<ref-law>). Beschwerde kann auch erhoben werden, wenn der Versicherungsträger entgegen dem Begehren der betroffenen Person keine Verfügung oder keinen Einspracheentscheid erlässt. Der Begriff der Verfügung bestimmt sich dabei mangels näherer Konkretisierung in <ref-law> nach Massgabe von <ref-law> (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> Erw. 2.4, 130 V 391 Erw. 2.3).
2.5 In <ref-ruling> hat das Eidgenössische Versicherungsgericht erwogen, der Anordnung einer Begutachtung komme kein Verfügungscharakter zu. Um eine solche Anordnung handelt es sich beim Verwaltungsakt vom 13. Januar 2005. Mit diesem wurde gegenüber der versicherten Person lediglich formlos mittels Realakt die vorgesehene Beweismassnahme eröffnet. Erhebt diese keine Einwendungen, bleibt es dabei und es ist keine Verfügung zu treffen. Weiter hat das Gericht im erwähnten Urteil ausgeführt, zu unterscheiden sei zwischen der Anordnung einer Expertise und dem Entscheid über die in der Folge geltend gemachten Ausstands- und Ablehnungsgründe gegenüber der Person des Gutachters. Erhebt die versicherte Person substanziierte Einwendungen, welche eine Befangenheit der an der Begutachtung mitwirkenden sachverständigen Person im Sinne gesetzlicher Ausstands- und Ablehnungsgründe zu begründen vermögen, hat der Versicherungsträger darüber eine Verfügung zu erlassen. Im vorerwähnten <ref-ruling> hat das Eidgenössische Versicherungsgericht daran festgehalten, dass Verfügungen, mit denen substanziiert vorgetragene gesetzliche Ausstands- und Ablehnungsgründe abgelehnt wurden, selbstständig anfechtbar sind, weil sie für die versicherte Person einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können. Zu Einwendungen anderer Art wie etwa mangelnde Qualität der mitwirkenden Sachverständigen und anderes hat der Versicherungsträger im Rahmen der Beweiswürdigung im Endentscheid Stellung zu nehmen.
2.6 Mit der Verfügung vom 1. April 2005 wurde dem Versicherten nur die Gutachterstelle genannt, ohne anzugeben, welche Fachärzte an der Begutachtung mitwirken würden. Er konnte daher nicht erkennen, ob eine unbefangene Beurteilung seines Gesundheitszustandes gewahrt sein werde. Stellt die Ernennung eines Sachverständigen einen selbstständig anfechtbaren Zwischenentscheid dar, sofern die versicherte Person substanziiert gesetzliche Ausstandsgründe geltend gemacht hat und diese abgewiesen werden, muss dasselbe auch gelten, wenn ihr gar keine Gelegenheit gegeben worden ist, Ausstandsgründe vorzubringen, weil ihr die Namen der Gutachter nicht bekannt gegeben worden sind. Diese zu kennen ist für den Betroffenen unabdingbar, um die Einhaltung der Ausstandsvorschriften überprüfen zu können.
2.7 Hinzu kommt, dass aus verfahrensrechtlichen, insbesondere prozessökonomischen Gründen über substanziiert vorgetragene gesetzliche Ausstandsgründe möglichst vorab und nicht erst zusammen mit dem Entscheid in der Sache zu befinden ist. Ein solches Vorgehen trägt zugleich der Obliegenheit der Verfahrensbeteiligten Rechnung, Ausstandsgründe zu rügen, sobald sie von diesen Kenntnis haben. Andernfalls läuft die anordnende Behörde Gefahr, dass ihr Sachentscheid in einem anschliessenden Rechtsmittelverfahren wegen der Verletzung von Ausstandsgründen als Ganzes aufgehoben wird (<ref-ruling> Erw. 6.2). Auch prozessökonomische Gründe sprechen somit für ein Eintreten auf die gegen die Verfügung vom 1. April 2005 gerichtete Beschwerde.
3. Nach dem unter der Überschrift "Verfügbare Dienste" stehenden <ref-law> (in der seit 1. Januar 2004 in Kraft stehenden Fassung) können die IV-Stellen Spezialisten der privaten Invalidenhilfe, Experten, medizinische und berufliche Abklärungsstellen sowie Dienste anderer Sozialversicherungsträger beiziehen. Sind die versicherungsmässigen Voraussetzungen erfüllt, so beschafft sich die IV-Stelle gemäss <ref-law> (in der seit 1. Januar 2003 in Kraft stehenden Fassung) die erforderlichen Unterlagen, insbesondere über den Gesundheitszustand, die Tätigkeit, die Arbeits- und Eingliederungsfähigkeit des Versicherten sowie die Zweckmässigkeit bestimmter Eingliederungsmassnahmen. Zu diesem Zwecke können Berichte und Auskünfte verlangt, Gutachten eingeholt, Abklärungen an Ort und Stelle vorgenommen sowie Spezialisten der öffentlichen oder privaten Invalidenhilfe beigezogen werden. Laut <ref-law> (in der seit 1. Januar 1979 unverändert in Kraft stehenden Fassung) trifft das Bundesamt mit Spitälern oder anderen geeigneten Stellen Vereinbarungen über die Errichtung von medizinischen Abklärungsstellen, welche die zur Beurteilung von Leistungsansprüchen erforderlichen ärztlichen Untersuchungen vornehmen. Es regelt Organisation und Aufgaben dieser Stellen und die Kostenvergütung. Somit können die IV-Stellen auch nach dem Inkrafttreten des ATSG sowohl natürliche Personen als Einzelgutachter wie auch medizinische Abklärungsstellen als Institutionen zur Durchführung ihrer Aufgaben beiziehen. Dies ist auch die Auffassung des BSV, welches darauf hinweist, dass ansonsten <ref-law> (seit 1. Januar 2004: Abs. 3) und <ref-law> hätten abgeändert oder aufgehoben werden müssen. Bei der Abklärungsstelle X._ handelt es sich um eine solche Medizinische Abklärungsstelle (MEDAS).
4. 4.1 <ref-law> hat folgenden Wortlaut: "Muss der Versicherungsträger zur Abklärung des Sachverhalts ein Gutachten einer oder eines unabhängigen Sachverständigen einholen, so gibt er der Partei deren oder dessen Namen bekannt. Diese kann den Gutachter aus triftigen Gründen ablehnen und kann Gegenvorschläge machen".
4.2 Das kantonale Gericht hat erwogen, ob mit der Erstellung eines medizinischen Gutachtens eine sachverständige Person oder eine MEDAS als Institution beauftragt werde, sei im Hinblick auf <ref-law>, wonach der zu begutachtenden Person vorgängig der Name des Sachverständigen bekannt zu geben und Gelegenheit einzuräumen sei, diesen abzulehnen, ohne rechtserhebliche Bedeutung. In beiden Fällen handle es sich um die fachärztliche Beurteilung eines unklaren medizinischen Sachverhalts. Nachdem <ref-law> besondere Verfahrensrechte gewährleiste, wenn der Versicherungsträger zur Abklärung des Sachverhalts ein Gutachten einhole, sei es überspitzt formalistisch, MEDAS-Gutachten und andere Gutachten diesbezüglich unterschiedlich zu behandeln. MEDAS-Gutachten komme beweismässig mindestens der gleiche Stellenwert zu wie Sachverständigengutachten. In beiden Fällen müsse die zu begutachtende Person Ärztinnen und Ärzte, die bei der Erstellung des Gutachtens mitwirken sollen, aus triftigen Gründen ablehnen können. Andernfalls müsse sie sich einer Begutachtung unterziehen, an welcher Experten beteiligt seien, die sie, wenn sie ihr bekannt gegeben worden wären, unter Umständen mit Recht abgelehnt hätte, was einerseits unzumutbar und anderseits ein verfahrensmässiger Leerlauf wäre. Betreffend der konkreten Umsetzung von <ref-law> ging das kantonale Gericht davon aus, dass der Versicherungsträger der zu begutachtenden Person zusammen mit der Anordnung der Begutachtung die Namen der mitwirkenden Ärztinnen und Ärzte, die für die betreffende MEDAS tätig sind und für den Einsatz als Gutachter in Frage kommen, in Form einer Liste unter Angabe der fachlichen Qualifikation bekannt zu geben hat. Neben der Abklärungsstelle X._ als beauftragte MEDAS hätte die IV-Stelle daher auch die dort tätigen und für die Begutachtung des Versicherten in Aussicht genommenen Fachpersonen wenigstens in Form einer Liste unter Aufführung der fachlichen Qualifikation nennen müssen. Da die Verfügung vom 1. April 2005 diesen Anforderungen nicht genüge, sei die Sache an die Verwaltung zurückzuweisen, damit sie in diesem Sinne neu verfüge.
4.3 Das Beschwerde führende BSV vertritt den Standpunkt, <ref-law> sei bei der medizinischen Begutachtung durch eine MEDAS oder eine vergleichbare Institution nicht anwendbar. Bereits der Wortlaut der Bestimmung, welche vom Gutachten "einer oder eines unabhängigen Sachverständigen" ausgehe, mache klar, dass die Auftragsvergabe an eine bestimmte natürliche Person und nicht an eine Institution gemeint sei. Diese Auffassung sieht das Bundesamt auch in der Entstehungsgeschichte der Gesetzesbestimmung bestätigt. Nach der bis zum In-Kraft-Treten des ATSG gültig gewesenen Rechtsprechung (<ref-ruling>) seien die IV-Stellen - im Gegensatz zu den Unfallversicherern - nicht verpflichtet gewesen, die Meinung der versicherten Person zur Wahl des Experten einzuholen. Dies habe auch nach dem In-Kraft-Treten des ATSG Gültigkeit, da dieses keine vollständige Harmonisierung der Verfahrensregeln bei Gutachtenerstellungen habe erzielen wollen. Aufgrund der Materialien zu <ref-law> habe der Gesetzgeber in der Invalidenversicherung die Mitwirkungsrechte nur dann zur Anwendung bringen wollen, sofern wie in der Unfall- und der Militärversicherung üblich, ein einzelner Arzt oder eine Ärztin als medizinische Sachverständige mit einem Gutachten betraut werden. Es sei nicht Sinn und Zweck der neuen Regelung, der versicherten Person bei der Anordnung einer Begutachtung durch eine MEDAS Mitwirkungsrechte einzuräumen. Die MEDAS verfüge in der Regel über eine Vielzahl erfahrener Fachärzte, was es schwierig mache, die konkret begutachtenden Personen bereits lange im Voraus zu nennen. Bei augenfälliger Befangenheit sei es zudem möglich, einen anderen Arzt zu wählen, ohne dass es dazu eines formellen Ablehnungsverfahrens bedürfe.
4.4 Der Beschwerdeführer macht geltend, das kantonale Gericht habe zwar seine Beschwerde gutgeheissen, indessen sei damit seinem Rechtsbegehren nicht entsprochen worden. Indem die Vorinstanz <ref-law> dahingehend interpretiere, dass es genüge, wenn der Versicherungsträger der versicherten Person eine Liste der bei der MEDAS in Frage kommenden Gutachter zustelle und diese danach allfällige Ablehnungsgründe geltend machen könne, führe dies im Ergebnis zu einer Verletzung von Bundesrecht. Vielmehr habe dieser eine anfechtbare Verfügung zu erlassen, welche im Einzelfall konkret die Namen und die fachliche Qualifikation der begutachtenden Person enthalte. Nur so könne die versicherte Person die ihr gemäss <ref-law> zustehenden Ausstands- und Ablehnungsgründe geltend machen. Da oftmals eine Vielzahl von Ärzten für eine MEDAS tätig sei, könne den Versicherten nicht zugemutet werden, aufgrund einer Liste nach Ausstandsgründen zu forschen. Ein Vorgehen im Sinne der Vorinstanz würde auf eine faktische Verunmöglichung der Verfahrensrechte hinauslaufen.
5. Zu prüfen ist auf dem Wege der Auslegung, ob Medizinische Abklärungsstellen unter den Anwendungsbereich von <ref-law> fallen.
Ausgangspunkt jeder Auslegung bildet der Wortlaut der Bestimmung. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Interpretationen möglich, so muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente. Abzustellen ist dabei namentlich auf die Entstehungsgeschichte der Norm und ihren Zweck, auf die dem Text zu Grunde liegenden Wertungen sowie auf die Bedeutung, die der Norm im Kontext mit anderen Bestimmungen zukommt. Die Gesetzesmaterialien sind zwar nicht unmittelbar entscheidend, dienen aber als Hilfsmittel, um den Sinn der Norm zu erkennen (<ref-ruling> Erw. 3.2, 131 II 368 Erw. 4.2, 131 V 93 Erw. 4.1, 176 Erw. 3.1, 439 Erw. 6.1, 130 II 211 Erw. 5.1 mit Hinweisen). Namentlich bei neueren Texten kommt den Materialien eine besondere Stellung zu, weil veränderte Umstände oder ein gewandeltes Rechtsverständnis eine andere Lösung weniger nahe legen (<ref-ruling> Erw. 5.2, 128 I 292 Erw. 2.4, 124 II 377 Erw. 6a). Das Bundesgericht hat sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten lassen und nur dann allein auf das grammatische Element abgestellt, wenn sich daraus zweifelsfrei die sachlich richtige Lösung ergab (<ref-ruling> Erw. 4.1, 124 II 376 Erw. 5 mit Hinweisen).
6. 6.1 Nach dem Wortlaut von <ref-law> hat der Versicherungsträger der versicherten Person die Namen bekannt zu geben, wenn ein Gutachten "einer oder eines unabhängigen Sachverständigen" ("un expert indépendant", "un perito indipendente") eingeholt wird. Laut Satz 2 dieser Bestimmung kann die versicherte Person "den Gutachter" ("l'expert", "il perito") aus triftigen Gründen ablehnen. Gemäss IV-Rundschreiben Nr. 200 des BSV vom 18. Mai 2004 findet aufgrund des Wortlautes des Gesetzes <ref-law> nur in denjenigen Fällen Anwendung, in denen ein Gutachten bei einem oder einer Sachverständigen und somit bei einer natürlichen Person, nicht aber bei einer Institution wie der MEDAS in Auftrag gegeben wird. Indem im zweiten Satz von <ref-law> (in der deutschsprachigen Fassung) nicht mehr zwischen männlicher und weiblicher Form unterschieden wird, liegt jedoch der Gedanke nahe, der Gesetzgeber habe den Begriff des Gutachters in einem funktionellen Sinn gebraucht. Darunter ist somit zu verstehen, wer (als beauftragtes Subjekt) ein Gutachten erstellt und dafür verantwortlich zeichnet. Sachverständiger ("expert", "perito") bedeutet demnach zum einen das mit der Begutachtung beauftragte Subjekt und zum andern die natürliche Person, die das Gutachten erarbeitet. Die fehlende Erwähnung der Abklärungsstellen in <ref-law> lässt daher nicht darauf schliessen, die Bestimmung sei nicht anwendbar, wenn der Auftrag an eine Institution erteilt wird, da diese im so verstandenen Begriff des Gutachters enthalten ist. Ebenso wenig kann nach dem Gesagten aus dem Gebrauch der männlichen und weiblichen Form für den Sachverständigen in Satz 1 von <ref-law> abgeleitet werden, als Gutachter oder Sachverständiger im Sinne der Gesetzesbestimmung komme nur eine natürliche Person, nicht aber eine Abklärungsstelle in Frage.
6.2 Sodann muss es sich nach dem Wortlaut von <ref-law> um einen "unabhängigen" ("indépendant", "indipendente") Sachverständigen handeln. Nach dem erwähnten IV-Rundschreiben Nr. 200 vom 18. Mai 2004 schliesst die Formulierung "unabhängiger Sachverständiger" verwaltungsinterne Personen aus. Zur Begründung wird auf Andreas Freivogel (Zu den Verfahrensbestimmungen des ATSG, in: Schaffhauser/Kieser [Hrsg.], Bundesgesetz über den Allgemeinen Teil des Sozialversicherungsrechts [ATSG], St. Gallen 2003, S. 89) verwiesen. Gemäss diesem ist als Auslegungshilfe <ref-ruling> beizuziehen. Danach seien "unabhängige Sachverständige" Drittpersonen, die aufgrund ihrer besonderen Fachkenntnisse zur Aufklärung des Sachverhalts beigezogen werden. Keine unabhängigen Sachverständigen in diesem Sinne seien dagegen verwaltungsinterne Personen, die eine Verfügung treffen oder vorbereiten (Andreas Freivogel, a.a.O., S. 101). Nach dieser Lehrmeinung kommt Unabhängigkeit dem verwaltungsexternen Sachverständigen zu. Demgegenüber vertritt Kieser (ATSG-Kommentar, N 6 f. zu Art. 44) die Auffassung, der Gesetzgeber habe mit dem Begriff der Unabhängigkeit nicht die Stellung des Gutachters (versicherungsintern oder -extern) gemeint, sondern dessen Unabhängigkeit. Die Anwendung von <ref-law> auf MEDAS-Gutachten hat KIESER im Rahmen eines Podiumsgesprächs befürwortet (vgl. Unhaltbare Zustände bei den MEDAS, in: Plädoyer 2003/4 S. 9). Zumindest dem Wortlaut nach hat der Gesetzgeber nicht eine Unterscheidung zwischen verwaltungsinternen und -externen Gutachten vorgenommen, sondern das Kriterium der Unabhängigkeit verwendet. Ob eine solche Unterscheidung überhaupt zu treffen ist, braucht im vorliegenden Fall nicht geprüft zu werden. Für die streitigen Belange genügt vielmehr die Feststellung, dass es sich bei der MEDAS gemäss der auch nach dem Inkrafttreten des ATSG weiterhin geltenden Rechtsprechung des Eidgenössischen Versicherungsgerichts (<ref-ruling>) um eine unabhängige und unparteiliche Gutachterstelle handelt. Die MEDAS als Institution erfüllt damit das Erfordernis der Unabhängigkeit, weshalb vom Wortlaut her einer Anwendung von <ref-law> auf diese Begutachtungsstellen nichts entgegen steht.
7. 7.1 Die Gesetzesmaterialien enthalten keine klaren Aussagen hinsichtlich der Frage, ob <ref-law> auf Medizinische Abklärungsstellen Anwendung findet. Die Kommission des Nationalrates für soziale Sicherheit und Gesundheit ging im Bericht vom 26. März 1999 zur Parlamentarischen Initiative Sozialversicherungsrecht davon aus, dass die Invalidenversicherung im Bereich Gutachten ein "geschlossenes System" hat. <ref-law> (damals noch Art. 52 des Entwurfs) könne dazu führen, dass dieses System in Einzelfällen durchbrochen werde. Die Kommission sah aber im Interesse der einheitlichen Anwendung des ATSG keine Abweichung im IVG vor (BBl 1999 4602). Nach Ansicht des BSV kann dies nur bedeuten, dass <ref-law> in der Invalidenversicherung nur zur Anwendung kommen soll, wenn gleich wie in der Unfall- und der Militärversicherung ein einzelner Arzt oder eine Ärztin als Sachverständige mit einem Gutachten beauftragt werden, nicht hingegen, wenn der Auftrag beispielsweise an eine MEDAS geht. Das "geschlossene System" bezieht sich jedoch auf den Kreis der Gutachter (MEDAS), nicht auf das dabei zu beachtende Verfahren. Nach der damals geltenden Rechtsordnung (vgl. <ref-ruling>) wurde bezüglich der Mitwirkungsrechte, die nun durch Art. 44 (Art. 52 des Entwurfs) ATSG geregelt sind, nicht zwischen Gutachten unterschieden, die von natürlichen Personen erstellt werden, und solchen, mit denen eine Abklärungsstelle betraut wurde. Sie waren altrechtlich in beiden Fällen nicht zu gewähren. Die Durchbrechung des "geschlossenen Systems" kann daher nur so gemeint sein, dass durch die Einräumung von Mitwirkungsrechten die Begutachtung durch eine MEDAS in Einzelfällen von der versicherten Person mit Erfolg abgelehnt werden kann und durch eine natürliche Person erfolgen muss oder dass es einer MEDAS in Einzelfällen nicht möglich sein könnte, rechtzeitig die Namen der an der Begutachtung mitwirkenden Ärztinnen und Ärzte mitzuteilen, und sie daher auf die Begutachtung verzichten muss. Es kann daraus jedoch nicht geschlossen werden, dass bei einer Begutachtung durch die MEDAS grundsätzlich keine Mitwirkungsrechte einzuräumen sind.
7.2 Die Kommission des Ständerates führt im Bericht vom 27. September 1990 zur Parlamentarischen Initiative Allgemeiner Teil Sozialversicherung zu Art. 52 des Entwurfs aus, Gutachten von unabhängigen Sachverständigen seien in der Sozialversicherung nicht selten, doch sei das "Gutachterrecht" im VwVG und in einzelnen Sozialversicherungsgesetzen unterschiedlich ausgestaltet. Die vorliegende einheitliche Regel sei einfach und wahre die Rechte der Partei (BBl 1991 II 261). Das Militärversicherungsgesetz sah in <ref-law> eine fast gleiche Regel vor. Die Kommission des Nationalrates schlug daher dessen Aufhebung vor. Mit Bezug auf die Invalidenversicherung stellte sie fest, dass sich keine entsprechende Norm auf Gesetzesebene findet (BBl 1999 4601).
7.3 Sinn und Zweck von <ref-law> ist es somit, die Mitwirkungsrechte der Versicherten einheitlich auszugestalten. Die Bestimmung steht im 2. Abschnitt "Sozialversicherungsverfahren" des 4. Kapitels "Allgemeine Verfahrensbestimmungen". Die Bekanntgabe der Namen dient dem Ziel, das Abklärungsverfahren der Sozialversicherer derart zu vereinheitlichen, dass dieses nicht im Nachhinein wegen formeller Mängel in Zweifel gezogen und das Gutachten nachträglich wegen gesetzlicher Ausstands- und Ablehnungsgründe in der Person des Gutachters als beweisuntauglich erklärt werden muss. Die Nichtbeachtung der Ausstandspflicht stellt in der Regel eine schwerwiegende Verletzung der Verfahrensvorschriften dar und hat deshalb ungeachtet der materiellen Interessenlage die Aufhebung des unter Mitwirkung einer ausstandspflichtigen Person gefassten Entscheids zur Folge (Kölz/Bosshart/Röhl, Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich, 2. Aufl., Zürich 1999, N 7 zu § 5a). Aus verfahrensökonomischen Gründen ist es daher angebracht, über den Ausstand möglichst vorab und nicht erst zusammen mit dem Entscheid in der Sache zu befinden. Die Geltendmachung von Ausstandsgründen, wie sie insbesondere <ref-law> vorsieht, setzt die Kenntnis der Namen des oder der in Frage kommenden Gutachter voraus. Fehlen Angaben über die Person des Sachverständigen, kann die betroffene Person ihre dort verankerten Ansprüche nicht wirksam oder allenfalls zu spät geltend machen. Zwischen dem Gutachten eines Sachverständigen als natürliche Person und dem einer Begutachtungsstelle besteht insofern kein Unterschied, als beide der fachärztlichen Beurteilung eines medizinischen Sachverhalts zuhanden des auftraggebenden Versicherungsträgers dienen, worauf bereits die Vorinstanz hingewiesen hat. Das MEDAS-Gutachten zeichnet sich zudem durch die polydisziplinäre Zusammenarbeit mehrerer Experten aus. Bei Vorliegen von Ausstandsgründen in der Person eines oder mehrerer Fachärzte ist dem von einer Institution erstellten Gutachten genauso der Beweiswert abzusprechen wie der von einer Einzelperson erstellten Expertise. Insbesondere ist einem Ausstands- oder Ablehnungsgrund gegen einen von mehreren Experten kein geringeres Gewicht beizumessen als einem solchen gegen einen Facharzt, der ein Gutachten als Einzelperson erstellt. Es verhält sich in diesem Punkt ähnlich wie bei einem Gericht, wo in der Person von Richterinnen und Richtern liegende Ausstands- und Ablehnungsgründe nicht ein unterschiedliches Gewicht haben, je nachdem, ob sie als Mitglied eines Spruchkörpers oder als Einzelrichter tätig sind. Für Sachverständige gelten grundsätzlich die gleichen Ausstands- und Ablehnungsgründe, wie sie für Richter vorgesehen sind (<ref-ruling> Erw. 3a). Auch bei einer Begutachtungsstelle nehmen letztlich eine oder mehrere natürliche Personen die Begutachtung vor. Es besteht daher kein sachlicher Grund, die Anwendung von <ref-law> auf Gutachten zu beschränken, die von einer Einzelperson selbstständig und in eigenem Namen erstellt werden. Andernfalls wäre es dem Belieben der Versicherer überlassen, mit der Wahl der Gutachter darüber zu befinden, ob die versicherte Person ihre Mitwirkungsrechte wahren kann oder nicht. Dies kann unter dem Aspekt des Rechtsgleichheitsgrundsatzes nicht Sinn und Zweck der Bestimmung sein.
8. 8.1 Es liegt jedoch nicht nur im Interesse der versicherten Person, allenfalls vor der Begutachtung Ablehnungsgründe geltend machen zu können. Auch für die Versicherungsträger erweist es sich als vorteilhaft, wenn sie darüber befinden können, bevor der in der Regel arbeits- und zeitaufwändige Prozess einer interdisziplinären Begutachtung durch eine MEDAS seinen Lauf nimmt. Oft erfahren sie nämlich erst aufgrund der vorgebrachten Einwände vom Vorliegen von Ausstands- und Ablehnungsgründen in der Person des oder der Begutachtenden.
8.2 BSV und IV-Stelle führen gegen eine Anwendung von <ref-law> auf Begutachtungsstellen vor allem praktische Gründe an. Namentlich bringen sie vor, die MEDAS wähle in der Regel aus einer Vielzahl von Medizinern, was es schwierig mache, die konkret in Aussicht genommenen Gutachter im Voraus zu kennen. Vor allem die langen Wartezeiten würden eine vorgängige Bekanntgabe erschweren. Zudem könnten kurzfristige Absenzen, Fluktuationen und andere Gründe dazu führen, dass eine andere als die ursprünglich vorgesehene Person die Untersuchung vornehme. Oft könnten die Begutachtungsstellen zudem erst nach einer ersten Untersuchung feststellen, ob und gegebenenfalls welche Spezialisten noch beigezogen werden müssten.
8.3 Die MEDAS sind unterschiedlich organisiert (vgl. LUKAS S. BRÜHWILER-FRÉSEY, Die Eröffnung von Gutachten und Konsiliarberichten im Verfahren vor einer medizinischen Abklärungsstelle [MEDAS], in: SZS 1989 S. 185). Ein Teil davon befindet sich an Universitätsspitälern, wo Dutzende von Ärztinnen und Ärzten verschiedener Fachrichtungen für eine Begutachtung in Frage kommen. Wegen der grossen Auslastung der MEDAS sind zudem monatelange Wartezeiten keine Seltenheit (vgl. Unhaltbare Zustände bei den MEDAS, in: Plädoyer, 2003/4 S. 8). Diese Tatsache zusammen mit dem steten Wechsel der medizinischen Fachkräfte an den grossen medizinischen Zentren erschwert im Einzelfall die vorgängige Bekanntgabe der für die betreffende Begutachtung zur Verfügung stehenden Sachverständigen. Da die IV-Stellen im Zeitpunkt der Anordnung eines Gutachtens somit oft nicht wissen, welche Ärztinnen und Ärzte einer MEDAS zum Team gehören, das die Begutachtung durchführen wird, bliebe ihnen jeweils nichts anderes übrig, als eine ganze Liste von Namen mit potenziellen Gutachtern aufzulegen. Dies macht indessen wenig Sinn.
8.4 <ref-law> regelt den Zeitpunkt der Bekanntgabe der Namen der sachverständigen Personen nicht ausdrücklich. Vom Normzweck her ist jedoch von einer vorgängigen Mitteilung auszugehen. Denn nur so wird gewährleistet, dass die Mitwirkungsrechte ihre Funktion erfüllen (Kieser, ATSG-Kommentar, N 10 zu Art. 44). Die Bestimmung fordert indessen nicht, dass die Namensnennung gleichzeitig mit der Anordnung der IV-Stelle über die durchzuführende Begutachtung zu erfolgen hat. Ein Zusammenlegen der beiden Mitteilungen ist zwar zweckmässig und rationell, jedoch im Rahmen der Begutachtung durch eine MEDAS aus sachlichen Gründen oftmals nicht praktikabel. Es muss daher genügen, wenn die Namen der Gutachter der versicherten Person erst zu einem späteren Zeitpunkt eröffnet werden. In jedem Fall muss dies aber frühzeitig genug erfolgen, damit sie in der Lage ist, noch vor der eigentlichen Begutachtung ihre Mitwirkungsrechte wahrzunehmen. Es rechtfertigt sich daher, die jeweilige Begutachtungsstelle damit zu beauftragen. Sie ist am ehesten in der Lage, die Namen der mit der Abklärung befassten Gutachter zu nennen, und sie kann diese zusammen mit dem konkreten Aufgebot oder jedenfalls möglichst frühzeitig der versicherten Person bekannt geben. Diese wird ihre Einwände alsdann gegenüber der IV-Stelle geltend machen können, welche darüber noch vor der eigentlichen Begutachtung zu befinden haben wird. Bei einem solchen Vorgehen stehen auch praktische Gründe einer Anwendung von <ref-law> auf MEDAS-Gutachten nicht entgegen. Der vom BSV im IV-Rundschreiben Nr. 237 vom 11. Mai 2006 vertretenen Auffassung, wonach bei einer Begutachtung durch die MEDAS oder einer vergleichbaren Institution Ausstands- und Ablehnungsgründe nur im Rahmen der Beweiswürdigung geltend gemacht werden können, kann daher nicht beigepflichtet werden.
9. Die IV-Stellen werden somit künftig im Sinne von <ref-ruling> in Form einer einfachen Mitteilung an die versicherte Person ein MEDAS-Gutachten anordnen. Dabei handelt es sich um einen Realakt und nicht um eine beschwerdefähige Verfügung. Sind der IV-Stelle die Namen der begutachtenden Personen aufgrund der besonderen Situation bei den MEDAS zu diesem Zeitpunkt nicht bekannt, wird sie dies der versicherten Person mitteilen mit dem Hinweis, dass ihr diese zu einem späteren Zeitpunkt direkt von der Begutachtungsstelle genannt würden und sie dannzumal allfällige Einwendungen der IV-Stelle gegenüber geltend machen könne. Die MEDAS wird alsdann zusammen mit dem konkreten Aufgebot oder rechtzeitig, bevor sie das Gutachten an die Hand nimmt, die Namen der mit dem Begutachtungsauftrag befassten Fachärzte und ihre fachliche Qualifikation bekannt geben. Allfällige Einwendungen wird die versicherte Person jedoch nicht gegenüber dieser, sondern nur gegenüber der dafür zuständigen IV-Stelle geltend zu machen haben. Handelt es sich dabei um gesetzliche Ausstands- und Ablehnungsgründe, wird diese mittels einer beschwerdefähigen Verfügung darüber zu befinden haben. Werden dagegen materielle Einwendungen geltend gemacht, wird sie die versicherte Person in der Regel in Form einer einfachen Mitteilung darauf hinweisen, dass darüber im Rahmen der Beweiswürdigung zusammen mit dem Entscheid in der Sache in Form einer anfechtbaren Verfügung befunden werde (vgl. dazu <ref-ruling> Erw. 6.5). In diesem Sinne ist der vorinstanzliche Entscheid zu bestätigen.
10. Das Verfahren ist kostenlos (Art. 134 OG). Der Versicherte hat infolge Abweisung der vom Bundesamt für Sozialversicherung erhobenen Verwaltungsgerichtsbeschwerde Anspruch auf eine Parteientschädigung (Art. 159 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 135 OG). Das Bundesamt für Sozialversicherung hat demgegenüber keinen Entschädigungsanspruch (Art. 159 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 135 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
1. Die Verfahren I 686/05 und I 698/05 werden vereinigt.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des Bundesamtes für Sozialversicherung wird abgewiesen.
3. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des Versicherten wird im Sinne der Erwägungen abgewiesen.
4. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
5. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 500.- wird dem Versicherten zurückerstattet.
6. Das Bundesamt für Sozialversicherung hat R._ für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht eine Parteientschädigung von Fr. 1500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
7. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und der IV-Stelle des Kantons Zürich zugestellt.
Luzern, 14. Juli 2006
Im Namen des Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Die Präsidentin der I. Kammer: Die Gerichtsschreiberin: