Sachverhalt:
A. X._ war mit seiner A._ AG für die Buchführung der B._ AG und die damit in Zusammenhang stehenden Tätigkeiten zuständig. C._ war einzelzeichnungsberechtigter Verwaltungsratspräsident und Geschäftsführer der B._ AG. Er regelte den Einkauf und Verkauf sowie den Kontakt zu den Kunden. Im Zeitraum von 2003 bis zur Konkurseröffnung schleuste C._ von Kunden erhaltene Barzahlungen im Umfang von Fr. 410'865.85 an der Buchhaltung der B._ AG vorbei. Die Gelder verwendete er nach Gutdünken für die Beschaffung neuer Waren oder für eigene Bedürfnisse. Am 9. Juni 2004 wurde über die B._ AG der Konkurs eröffnet und die Firma nach Abschluss des Konkursverfahrens am 27. Januar 2005 von Amtes wegen im Handelsregister gelöscht.
X._ wird vorgeworfen, er habe die Buchhaltung der B._ AG fehlerhaft geführt. Er habe die bar zahlenden Kunden bei den Debitoren aufgeführt und als offene Forderungen erfasst. Weil keine dem Inkasso entsprechenden Abbuchungen erfolgt seien, habe diese Art der Buchführung zu teilweise fiktiven Guthaben geführt. Um den sich aus den Praktiken von C._ ergebenden unrealistisch hohen Kassensaldo zu bereinigen, habe X._ zudem fehlende oder abgeänderte Rechnungen verbucht.
B. Das Bezirksgericht Kreuzlingen erklärte X._ mit Urteil vom 12. Dezember 2011 der mehrfachen Urkundenfälschung sowie der Misswirtschaft schuldig und verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 10 Monaten, unter Anrechnung der ausgestandenen Untersuchungshaft und mit bedingtem Strafvollzug bei einer Probezeit von 2 Jahren, sowie zu einer Busse von Fr. 1'500.--, bei schuldhafter Nichtbezahlung umwandelbar in eine Ersatzfreiheitsstrafe von 10 Tagen. Von der Anklage der ungetreuen Geschäftsbesorgung und des betrügerischen Konkurses sprach es ihn frei. Die Forderung der Privatklägerschaft verwies es, soweit es darauf eintrat, auf den Zivilweg.
Die von X._ gegen diesen Entscheid erhobene Berufung erachtete das Obergericht des Kantons Thurgau mit Urteil vom 28. März 2012 als unbegründet. Es bestätigte das erstinstanzliche Urteil. Auf die Berufung der Privatklägerschaft trat es nicht ein.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache sei zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Das Obergericht des Kantons Thurgau stellt in seiner Vernehmlassung Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Thurgau beantragt unter Verzicht auf Stellungnahme, die Beschwerde sei abzuweisen. X._ hat auf Bemerkungen zur Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine Verletzung der Protokollierungsvorschriften sowie eine Verletzung seines Rechts auf ein faires und gesetzeskonformes Verfahren und seines Anspruchs auf rechtliches Gehör. Das Bezirksgericht Kreuzlingen habe es in der Hauptverhandlung unterlassen, ihm vor den Schlussplädoyers das Protokoll über seine Einvernahme zur Durchsicht und Unterzeichnung vorzulegen. Es liege somit kein formell korrektes und gesetzeskonformes Protokoll vor. Die Erstellung eines solchen sei Gültigkeitsvoraussetzung. Die Auffassung der Vorinstanz, wonach die Verletzung von Protokollierungsvorschriften heilbar sei, sei nicht haltbar. Die Gültigkeitsvoraussetzungen seien von Amtes wegen zu prüfen. Dass er an der Hauptverhandlung den Gesetzesverstoss nicht moniert habe, führe nicht zu einer Behebung des Mangels. Schliesslich seien hier auch nicht die Bestimmungen über die Protokollberichtigung anwendbar, da eine solche voraussetze, dass das Protokoll zur Überprüfung tatsächlich vorgelegt worden sei (Beschwerde S. 6 ff.).
1.2 Die Vorinstanz führt aus, der Beschwerdeführer habe in seiner Berufung zwar die korrekte Protokollierung der Aussagen in der erstinstanzlichen Verhandlung bestritten. Er sei mit dieser Rüge indessen nicht mehr zu hören. Er hätte vielmehr ein Gesuch um Protokollberichtigung gemäss <ref-law> bei der Verfahrensleitung der ersten Instanz stellen müssen. Der im Sinne von <ref-law> einvernommene Beschuldigte, der an der Hauptverhandlung anwaltlich vertreten sei, könne nicht erst im Rechtsmittelverfahren rügen, seine protokollierten Aussagen seien ihm nicht zur Kenntnisnahme und Unterschrift vorgelegt worden. Diesen Einwand müsse er vielmehr nach der Einvernahme oder nach Abschluss der Hauptverhandlung erheben, spätestens aber, nachdem er um Einsicht in das entsprechende Protokoll ersucht habe oder hätte ersuchen können und eine Protokollberichtigung hätte beantragen können. Die Vorsitzende der ersten Instanz habe den Beschwerdeführer zu Beginn der Hauptverhandlung im Sinne von <ref-law> zur Person, zur Anklage und zu den Ereignissen des Vorverfahrens befragt. Dabei sei sie offensichtlich nach den früheren kantonalen Verfahrensvorschriften vorgegangen. Sie habe nach den Befragungen weder das Protokoll verlesen noch habe sie es vom Beschwerdeführer und vom Mitangeklagten unterzeichnen lassen. Weder der Beschwerdeführer noch sein Verteidiger hätten indessen dieses Vorgehen beanstandet. Die entsprechende Rüge sei erst im Berufungsverfahren erhoben worden. Auch in diesem Verfahrensstadium habe es der Beschwerdeführer aber unterlassen, substantiiert darzulegen, dass das Protokoll inhaltliche Mängel aufweise oder dass Aussagen nicht oder nicht korrekt protokolliert worden seien. Indem der Beschwerdeführer an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung in keiner Art und Weise darauf hingewiesen habe, dass eine Unterzeichnung des Protokolls zwingend notwendig sei, habe er zum Ausdruck gebracht, dass ihm dies nicht derart wichtig erschien. Unter diesen Umständen seien das Protokoll der Hauptverhandlung und insbesondere die darin enthaltenen Aussagen des Beschwerdeführers verwertbar (angefochtenes Urteil S. 7 ff.).
1.3 Gemäss <ref-law> werden die Aussagen der Parteien, die mündlichen Entscheide der Behörden sowie alle anderen Verfahrenshandlungen, die nicht schriftlich durchgeführt werden, protokolliert (Abs. 1). Die protokollführende Person, die Verfahrensleitung und die allenfalls zur Übersetzung beigezogene Person bestätigen die Richtigkeit des Protokolls (Abs. 2). Die Verfahrensleitung ist dafür verantwortlich, dass die Verfahrenshandlungen vollständig und richtig protokolliert werden (Abs. 3). Nach <ref-law> werden die Aussagen der Parteien, Zeuginnen, Zeugen, Auskunftspersonen und Sachverständigen laufend protokolliert. Nach Abs. 5 derselben Bestimmung wird der einvernommenen Person nach Abschluss der Einvernahme das Protokoll vorgelesen oder ihr zum Lesen vorgelegt. Sie hat das Protokoll nach Kenntnisnahme zu unterzeichnen und jede Seite zu visieren. Lehnt sie es ab, das Protokoll durchzulesen oder zu unterzeichnen, so werden die Weigerung und die dafür angegebenen Gründe im Protokoll vermerkt. Offenkundige Versehen berichtigt die Verfahrensleitung gemäss <ref-law> zusammen mit der protokollführenden Person. Sie informiert darüber anschliessend die Parteien. Über Gesuche um Protokollberichtigung entscheidet nach Abs. 2 derselben Bestimmung die Verfahrensleitung (zur Gesetzgebungsgeschichte vgl. PETER MARTI, Das Protokollieren von Einvernahmen nach der Schweizerischen Strafprozessordnung aus der Sicht eines Zürcher Richters - Fluch oder Segen?, forumpoenale 2011, S. 92). Die Vorschriften über die Protokollierung gelten für alle Verfahrensstufen von den polizeilichen Ermittlungen bis hin zu den Verhandlungen vor den Rechtsmittelinstanzen (NIKLAUS SCHMID, Handbuch des schweizerischen Strafprozessrechts, 2009 [zit. Handbuch], N 571).
1.4 Das Protokoll erfüllt im Strafprozess drei verschiedene Funktionen. Es hält zum einen die mündlichen Aussagen der Verfahrensbeteiligten fest und dient insofern als Grundlage für die Feststellung des Sachverhalts. Zum andern gibt es Auskunft über die Einhaltung der Verfahrensvorschriften und garantiert insofern ein rechtsstaatlich korrektes Verfahren. Schliesslich versetzt es das Gericht und allfällige Rechtsmittelinstanzen in die Lage, die inhaltliche Richtigkeit und verfahrensmässige Ordnungsmässigkeit einer angefochtenen Entscheidung zu überprüfen (ROBERT HAUSER, Die Protokollierung im schweizerischen Prozessrecht, ZStrR 82/1966, 159 f.; NIKLAUS OBERHOLZER, Grundzüge des Strafprozessrechts, 3. Auflage, 2012, N 1269; RIEDO/FIOLKA/NIGGLI, Strafprozessrecht, 2011, N 597; GIORGIO BOMIO, in: Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, Intro. art. 76-79 CPP N 3).
Das Protokoll kann seine Funktionen nur erfüllen, wenn Gewähr für seine inhaltliche Richtigkeit besteht. So erlangt im gerichtlichen Verfahren das in der erstinstanzlichen Verhandlung verfasste Protokoll deshalb eine wesentliche Bedeutung, weil sich die zweite Instanz massgeblich auf die erhobenen Beweise des erstinstanzlichen Gerichts stützt (<ref-law>; ISABELLE EGLI, Protokollierungsvorschriften der Schweizerischen Strafprozessordnung - ein Plädoyer für die Revision, AJP 2012, S. 629). Deshalb verlangt das Gesetz, dass das Protokoll nach Abschluss der Einvernahme der einvernommenen Person vorgelesen oder zum Lesen vorgelegt und von dieser nach Kenntnisnahme unterzeichnet wird (OBERHOLZER, a.a.O., N 1278; PHILIPP NÄPFLI, in: Basler Kommentar, Strafprozessordnung, 2011, <ref-law> N 19; NADJA CAPUS, Schriftprotokolle im Strafverfahren: "der todte Buchstabe ist noch immer nicht das lebendige Wort selbst", BJM 2012, 186 f.). Die Bestimmungen über die Protokollierung von Einvernahmen sind zwingender Natur. Ihre Beachtung ist Voraussetzung für die Gültigkeit des Protokolls und damit gemäss <ref-law> Erfordernis für die Verwertbarkeit der Aussage (OBERHOLZER, a.a.O., N 1274; SCHMID, Handbuch, N 571 FN 388 und N 578 FN 407; NÄPFLI, a.a.O., <ref-law> N 12 und <ref-law> N 20/25). Aus dem zwingenden Charakter der Protokollierungsvorschriften folgt, dass auf das Vorlesen bzw. Durchlesen und Unterzeichnen des Protokolls nicht verzichtet werden kann (SCHMID, Praxiskommentar, Art. 78 N 7; vgl. auch DANIELA BRÜSCHWEILER, in: Donatsch/Hansjakob/Lieber (Hrsg.), Kommentar zur Schweizerischen Strafprozessordnung, 2010, Art. 78 N 8; a.M. MARTI, a.a.O., S. 96; vgl. nunmehr <ref-law> gemäss Änderung vom 28. September 2012, nach welchem das Gericht, wenn die Einvernahme im Hauptverfahren mit technischen Hilfsmitteln aufgezeichnet wird, darauf verzichten kann, der einvernommenen Person das Protokoll vorzulesen oder zum Lesen vorzulegen und von dieser unterzeichnen zu lassen; BBl 2012 S. 8149; vgl. Bericht der Kommission für Rechtsfragen des Ständerates vom 16. April 2012, BBl 2012 S. 5707).
1.5 Der Beschwerdeführer wurde in der erstinstanzlichen Verhandlung von der Vorsitzenden und ergänzend von einem Gerichtsmitglied, dem Vertreter der Privatklägerschaft sowie von seinem Verteidiger befragt. Über diese Befragung wurde ein Gerichtsprotokoll erstellt (vgl. Bezirksgericht Kreuzlingen, Protokollauszug, Akten des Obergerichts, S. 11 ff.). Das Protokoll wurde unbestrittenermassen dem Beschwerdeführer weder vorgelesen noch ihm zur Durchsicht vorgelegt und von diesem dementsprechend auch nicht unterzeichnet. Damit sind die Gültigkeitserfordernisse des Protokolls nicht erfüllt und sind die in der erstinstanzlichen Verhandlung gemachten Aussagen des Beschwerdeführers gemäss <ref-law> nicht verwertbar (SABINE GLESS, in: Basler Kommentar, Strafprozessordnung, 2011, <ref-law> N 67/79).
Was die Vorinstanz in diesem Zusammenhang erwägt, dringt nicht durch. Weil auf die Vorlegung und Unterzeichnung des Protokolls nicht verzichtet werden kann, hat das Gericht von Amtes wegen dafür besorgt zu sein, dass die Protokollierungsvorschriften eingehalten werden. Es ist nicht am Beschuldigten, in der Verhandlung nach Abschluss der Einvernahme um Vorlegung des Protokolls nachzusuchen. Daher schadet es nicht, dass er das Vorgehen in der erstinstanzlichen Verhandlung nicht beanstandet hat. Die Rüge ist auch nicht verspätet, zumal sie der Beschwerdeführer bereits in der Berufungsbegründung vorgetragen hat (Berufungsbegründung, Akten des Obergerichts, S. 4). Ein treuwidriges Verhalten seitens des Beschwerdeführers ist nicht erkennbar. Zu Unrecht führt die Vorinstanz sodann aus, der Beschwerdeführer habe es unterlassen, ein Protokollberichtigungsgesuch zu stellen und darzulegen, inwiefern das Protokoll inhaltliche Mängel aufweise. Die Protokollberichtigung nach <ref-law> kann sich naturgemäss nur auf nachträgliche Berichtigung, mithin auf erst später entdeckte und geltend gemachte Mängel beziehen (BRÜSCHWEILER, a.a.O., Art. 79 N 1; OBERHOLZER, a.a.O., N 1279). Wie der Beschwerdeführer zutreffend vorbringt (Beschwerde S. 8 f.), setzt ein Gesuch um Protokollberichtigung voraus, dass der Betroffene das Protokoll prüfen konnte. Dies war hier gerade nicht der Fall.
Die Beschwerde ist in diesem Punkt begründet. Die Verletzung von <ref-law> führt indessen unter den konkreten Umständen des vorliegenden Falles nicht zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids, da sich die im selben Kontext erhobene Rüge der Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör als unbegründet erweist (vgl. nachfolgend E. 2).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt weiter eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör. Die erstinstanzliche Gerichtspräsidentin habe ihn in der bezirksgerichtlichen Hauptverhandlung nur zur Person befragt. Ergänzungsfragen der Verteidigung zu verschiedenen Anklagevorwürfen habe sie nicht zugelassen. Es existierten indes keine Verfahrensvorschriften, nach welchen in der Gerichtsverhandlung die Fragen an den Angeklagten auf seine aktuellen persönlichen Verhältnissen beschränkt seien. Sein Verteidiger habe sich in der Verhandlung der Präsidentin fügen müssen, um die Situation nicht eskalieren zu lassen. Sein Verzicht auf weitere Fragen sei im Zusammenhang mit dem Einwand der Vorsitzenden des Bezirksgerichts zu sehen und habe sich nur auf solche zu den persönlichen Verhältnissen bezogen. Dieser Verfahrensmangel sei in der zweiten Instanz nicht heilbar gewesen. Soweit die Vorinstanz annehme, der Anspruch auf rechtliches Gehör sei nicht verletzt, verfalle sie in Willkür. Zudem verletze sie ihrerseits das rechtliche Gehör, wenn sie den protokollierten Disput nicht zur Kenntnis nehme. Dass er keine Protokollberichtigung verlangt habe, treffe zu, doch sei das Protokoll in diesem Punkt nicht unrichtig (Beschwerde S. 10 ff.).
2.2 Die Vorinstanz nimmt an, die Vorsitzende des Bezirksgerichts habe den Verteidiger des Beschwerdeführers zu Recht unterbrochen. Seine vier letzten Frage hätten weder mit der Person noch mit der Sache im engeren Sinne etwas zu tun gehabt. Der Verteidiger habe denn auch nicht erläutert, inwiefern die Annahme der Verfahrensleitung falsch gewesen sei und auf welche der angeklagten Sachverhalte sich seine allgemeinen Fragen gerichtet hätten. Zudem habe er in der Folge ausdrücklich auf weitere Ergänzungsfragen an den Beschwerdeführer verzichtet. Dass die Protokollierung in dieser Hinsicht nicht korrekt sei, lege der Beschwerdeführer nicht substantiiert dar. Er habe sich auch im Berufungsverfahren nicht dazu geäussert, welche Ergänzungsfragen er an der erstinstanzlichen Hauptverhandlung noch hätte stellen wollen. Es liege daher keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor. Abgesehen davon wäre ein allfälliger Mangel im Berufungsverfahren heilbar gewesen (angefochtenes Urteil S. 11).
2.3 Die Vorsitzende des Bezirksgerichts befragte den Beschwerdeführer in der erstinstanzlichen Verhandlung zu seiner Tätigkeit für die B._ AG, den Anklagevorwürfen und zu seinen persönlichen Verhältnissen. Nach den ergänzenden Fragen eines Bezirksrichters und des Rechtsvertreters der Geschädigten stellte sein Verteidiger weitere Fragen. Dieser wurde in der Folge von der Vorsitzenden des Bezirksgerichts unterbrochen und darauf hingewiesen, dass der Beschuldigte nur ergänzend zur präsidialen Einvernahme zu seiner gegenwärtigen persönlichen Situation zu befragen sei. Der Verteidiger des Beschwerdeführers protestierte gegen dieses Vorgehen und warf der Vorsitzenden vor, sie schneide ihm das Wort ab. Diese entgegnete, sie habe ihm nicht das Wort abgeschnitten, sondern ihn lediglich auf die Verfahrensvorschriften hingewiesen. Im Anschluss daran gab der Verteidiger des Beschwerdeführers zu Protokoll, er habe keine weiteren Fragen an den Beschwerdeführer (Protokollauszug der erstinstanzlichen Verhandlung, Akten des Bezirksgerichts act. 13, S. 11 ff.).
2.3 Die Vorsitzende des Bezirksgerichts befragte den Beschwerdeführer in der erstinstanzlichen Verhandlung zu seiner Tätigkeit für die B._ AG, den Anklagevorwürfen und zu seinen persönlichen Verhältnissen. Nach den ergänzenden Fragen eines Bezirksrichters und des Rechtsvertreters der Geschädigten stellte sein Verteidiger weitere Fragen. Dieser wurde in der Folge von der Vorsitzenden des Bezirksgerichts unterbrochen und darauf hingewiesen, dass der Beschuldigte nur ergänzend zur präsidialen Einvernahme zu seiner gegenwärtigen persönlichen Situation zu befragen sei. Der Verteidiger des Beschwerdeführers protestierte gegen dieses Vorgehen und warf der Vorsitzenden vor, sie schneide ihm das Wort ab. Diese entgegnete, sie habe ihm nicht das Wort abgeschnitten, sondern ihn lediglich auf die Verfahrensvorschriften hingewiesen. Im Anschluss daran gab der Verteidiger des Beschwerdeführers zu Protokoll, er habe keine weiteren Fragen an den Beschwerdeführer (Protokollauszug der erstinstanzlichen Verhandlung, Akten des Bezirksgerichts act. 13, S. 11 ff.).
2.4 2.4.1 Gemäss <ref-law> befragt die Verfahrensleitung zu Beginn des Beweisverfahrens die beschuldigte Person eingehend zu ihrer Person, zur Anklage und zu den Ergebnissen des Vorverfahrens. Gemäss Abs. 2 derselben Bestimmung können die anderen Mitglieder des Gerichts und die Parteien durch die Verfahrensleitung Ergänzungsfragen stellen lassen oder sie mit deren Ermächtigung selber stellen. Die eingehende Befragung im Sinne von <ref-law> gibt dem Gericht Gelegenheit, die beschuldigte Person, ihre Stellung zu den Anklagevorwürfen und zum Vorverfahren kennen zu lernen und daraus wesentliche Schlüsse für den weiteren Gang der Hauptverhandlung zu ziehen. Von der Stellungnahme zur Anklage hängt vor allem ab, inwieweit noch Beweise abzunehmen sind (Schmid, Praxiskommentar, Art. 341 N 6; HAURI, a.a.O., <ref-law> N 16).
2.4.2 Nach <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK haben die Parteien eines Gerichtsverfahrens Anspruch auf rechtliches Gehör. Soweit die Vorsitzende der ersten Instanz nur Ergänzungsfragen des Verteidigers zu den gegenwärtigen persönlichen Verhältnissen des Beschwerdeführers zugelassen hat, hat sie das rechtliche Gehör verletzt. Den Parteien dürfen im gerichtlichen Verfahren sämtliche Fragen gestellt werden, die der Aufklärung des Sachverhalts dienlich scheinen. Eine Frage darf nicht ausschliesslich deshalb unterbunden werden, weil sie nicht in unmittelbarem Zusammenhang mit bereits behandelten Fragethemen steht. Der Begriff der "Ergänzungsfragen" ist in einem weiten Sinn als "weitere Fragen" und nicht bloss als "Anschlussfragen" zu verstehen. Ein Bezug zu bereits gestellten Fragen wird somit nicht vorausgesetzt (Botschaft zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts vom 21. Dezember 2005, BBl 2006 S. 1284; RIEDO/FIOLKA/NIGGLI, a.a.O., N 2493; MAX HAURI, in: Basler Kommentar, Strafprozessordnung, 2011, <ref-law> N 10; SCHMID, Praxiskommentar, Art. 341 N 4; PIERRE DE PREUX, in: Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2011, Art. 341 N 14 ff.).
Zu keinem anderen Ergebnis führt schliesslich, dass der Verteidiger des Beschwerdeführers nach der Unterbrechung durch die Vorsitzende auf weitere Fragen verzichtet hat. Wie der Beschwerdeführer zu Recht vorbringt, konnte sich dies lediglich auf Fragen zu den persönlichen Verhältnissen beziehen. Auf Fragen, welche die Vorsitzende nicht zugelassen hat, konnte der Verteidiger naturgemäss nicht verzichten. Schliesslich hätte die gerügte Verletzung des Fragerechts auch nicht durch eine Protokollberichtigung beseitigt werden können. Dass der Beschwerdeführer nicht um eine solche nachgesucht hat, schadet somit nicht.
2.4.3 Zu prüfen ist, ob die Verletzung des rechtlichen Gehörs im Berufungsverfahren geheilt werden konnte. Nach der Rechtsprechung gilt eine nicht besonders schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs ausnahmsweise als geheilt, wenn die betroffene Person die Möglichkeit erhält, sich vor einer Rechtsmittelinstanz zu äussern, die sowohl den Sachverhalt wie auch die Rechtslage frei überprüfen kann. Unter dieser Voraussetzung ist darüber hinaus selbst bei einer schwerwiegenden Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör von einer Rückweisung der Sache an die Vorinstanz abzusehen, wenn und soweit die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem Interesse der betroffenen Partei an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wären (<ref-ruling> E. 2.3.2; <ref-ruling> E. 4.2.2.2; je mit Hinweisen). Die Heilung soll jedoch, insbesondere in Fällen schwerer Verletzung, die Ausnahme bleiben. Sie kommt zudem nur in Betracht, wenn der betroffenen Person aus der erst nachträglichen Gehörsgewährung bzw. der Heilung kein Nachteil erwächst (<ref-ruling> E. 2.6.1 S. 285; <ref-ruling> E. 2.2 S. 204 f.; je mit Hinweisen).
Die Vorinstanz verfügte im Berufungsverfahren unbestrittenermassen über eine volle Kognition hinsichtlich aller Sach- und Rechtsfragen. Die Gehörsverletzung wäre somit im zweitinstanzlichen Verfahren heilbar gewesen (vgl. auch <ref-law>). Aus dem Protokoll der Berufungsverhandlung ergibt sich, dass der Verteidiger lediglich darauf hinwies, dass er in der erstinstanzlichen Verhandlung gerne mit dem Beschwerdeführer noch gewisse Punkte durchgegangen wäre. Er beschränkte sich jedoch darauf, in seiner Berufungsbegründung und seinem Plädoyer (Akten des Obergerichts, act. 25-59), sämtliche Argumente vorzutragen, ohne selbst Fragen mehr zur Sache stellen zu lassen. Der Beschwerdeführer selbst beschränkte sich in seinem Schlusswort auf wenige Ergänzungen (zweitinstanzliches Verhandlungsprotokoll, Akten des Obergerichts, act. 67 f.). Unter diesen Umständen hat der Beschwerdeführer im Ergebnis auf weitere Fragen zur Sache verzichtet. Eine Gehörsverletzung liegt somit nicht vor.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht im Zusammenhang mit dem Schuldspruch wegen Misswirtschaft eine Verletzung des Anklagegrundsatzes geltend. Die Anklageschrift umschreibe in Ziff. 2.1.2 für beide Angeklagten den Sachverhalt der mehrfachen Urkundenfälschung, der Misswirtschaft und der ungetreuen Geschäftsbesorgung. Sein Name werde in der Schilderung des Sachverhalts nicht genannt, sondern erstmals unter der rechtlichen Subsumtion erwähnt. Aus der Anklageschrift gehe insbesondere nicht hervor, durch welche Handlungen er den Tatbestand der Misswirtschaft erfüllt haben solle. Diese unterscheide auch nicht zwischen Täterschaft und Gehilfenschaft. Damit sei der gegen ihn erhobene Vorwurf nicht genügend konkretisiert (Beschwerde S. 16 ff.). Zudem sei er weder förmliches Organ der B._ AG gewesen noch habe er als faktisches Organ im Sinne von <ref-law> gehandelt. Er sei lediglich auf Mandatsbasis für die Buchhaltung bzw. für das Mahn- und Inkassowesen zuständig gewesen. In der Anklage werde nicht umschrieben, worin die stille Teilhaberschaft an der B._ AG bestanden haben solle (Beschwerde S. 22 ff.).
3.2 Die Vorinstanz räumt ein, dass die Anklageschrift den gesetzlichen Anforderungen nur knapp genüge. Es dürfe indes nicht nur auf die jeweiligen Ausführungen zu einem bestimmten Tatbestand abgestellt werden. Entscheidend sei vielmehr die Anklageschrift in ihrer Gesamtheit (angefochtenes Urteil S. 13 f.). In Bezug auf die Anklage der Misswirtschaft nimmt die Vorinstanz an, es werde dem Beschwerdeführer hinreichend deutlich vorgeworfen, dass er zwischen 2003 und Sommer 2004 im Zusammenhang mit der Verfälschung der Buchhaltung und den entsprechend beschriebenen Falschbeurkundungen Misswirtschaft betrieben habe und auf diese Weise für den Konkurs der B._ AG mitverantwortlich gewesen sei (angefochtenes Urteil S. 32 f.).
3.3 Die Anklageschrift führt in Ziff. 1 aus, der Beschwerdeführer sei für die Buchführung der B._ AG und für alle damit im Zusammenhang stehenden Erledigungen zuständig gewesen. Um das Mandat als Buchhaltungsstelle für sich bzw. für seine A._ zu erhalten, habe er sich seit 1997 als stiller Teilhaber mit 50 % an der B._ AG beteiligt (Anklageschrift S. 2). In Ziff. 2.1.1 führt die Anklageschrift aus, soweit mit einzelnen Kunden Barzahlung bei Lieferung abgesprochen gewesen sei, hätten die Chauffeure von C._ in der Regel den Rechnungsbetrag gemäss Lieferschein umgehend bei der Auslieferung der Waren kassiert, den Empfang des Geldes auf dem Lieferschein quittiert und den Betrag anschliessend C._ übergeben. Dieser habe das Geld indes nicht an die Firma abgeliefert, sondern nach eigenem Gutdünken für die Beschaffung neuer Waren oder für persönliche Bedürfnisse verwendet. In Ziff. 2.1.2 legt die Anklageschrift dar, das eingezogene Geld hätte in die Kasse der Firma überführt und entsprechend buchhalterisch in einem Kassabuch registriert werden müssen. Ein solches Kassabuch sei aber nicht geführt worden. Anstelle der Erfassung über die Kasse seien auch die Lieferungen an bar zahlende Kunden bei den Debitoren aufgeführt und als offene Forderungen erfasst worden. Weil jedoch keine dem Inkasso entsprechenden Abbuchungen erfolgt seien, habe diese Art der Buchführung letztlich zu teilweise nicht bestehenden, fiktiven Guthaben geführt, die in Debitorenlisten festgehalten worden seien. Auf diese Weise sei der tatsächliche Vermögensstand der B._ AG nicht mehr erkennbar gewesen. Daran ändere nichts, dass im Nachhinein bei den Debitoren auch fälschlicherweise eingebuchte, jedoch bezahlte Kundenrechnungen unzutreffenderweise als Verluste ausgebucht worden seien. Damit habe sich der Beschwerdeführer neben anderen Delikten zumindest der Gehilfenschaft, allenfalls der Mittäterschaft zur Misswirtschaft schuldig gemacht (Anklageschrift S. 3 f.).
3.3 Die Anklageschrift führt in Ziff. 1 aus, der Beschwerdeführer sei für die Buchführung der B._ AG und für alle damit im Zusammenhang stehenden Erledigungen zuständig gewesen. Um das Mandat als Buchhaltungsstelle für sich bzw. für seine A._ zu erhalten, habe er sich seit 1997 als stiller Teilhaber mit 50 % an der B._ AG beteiligt (Anklageschrift S. 2). In Ziff. 2.1.1 führt die Anklageschrift aus, soweit mit einzelnen Kunden Barzahlung bei Lieferung abgesprochen gewesen sei, hätten die Chauffeure von C._ in der Regel den Rechnungsbetrag gemäss Lieferschein umgehend bei der Auslieferung der Waren kassiert, den Empfang des Geldes auf dem Lieferschein quittiert und den Betrag anschliessend C._ übergeben. Dieser habe das Geld indes nicht an die Firma abgeliefert, sondern nach eigenem Gutdünken für die Beschaffung neuer Waren oder für persönliche Bedürfnisse verwendet. In Ziff. 2.1.2 legt die Anklageschrift dar, das eingezogene Geld hätte in die Kasse der Firma überführt und entsprechend buchhalterisch in einem Kassabuch registriert werden müssen. Ein solches Kassabuch sei aber nicht geführt worden. Anstelle der Erfassung über die Kasse seien auch die Lieferungen an bar zahlende Kunden bei den Debitoren aufgeführt und als offene Forderungen erfasst worden. Weil jedoch keine dem Inkasso entsprechenden Abbuchungen erfolgt seien, habe diese Art der Buchführung letztlich zu teilweise nicht bestehenden, fiktiven Guthaben geführt, die in Debitorenlisten festgehalten worden seien. Auf diese Weise sei der tatsächliche Vermögensstand der B._ AG nicht mehr erkennbar gewesen. Daran ändere nichts, dass im Nachhinein bei den Debitoren auch fälschlicherweise eingebuchte, jedoch bezahlte Kundenrechnungen unzutreffenderweise als Verluste ausgebucht worden seien. Damit habe sich der Beschwerdeführer neben anderen Delikten zumindest der Gehilfenschaft, allenfalls der Mittäterschaft zur Misswirtschaft schuldig gemacht (Anklageschrift S. 3 f.).
3.4 3.4.1 Nach dem aus Art. 29 Abs. 2 und Art. 32 Abs. 2 BV sowie aus Art. 6 Ziff. 1 und Ziff. 3 lit. a und b EMRK abgeleiteten und nunmehr in <ref-law> festgeschriebenen Anklagegrundsatz bestimmt die Anklageschrift den Gegenstand des Gerichtsverfahrens (Umgrenzungsfunktion). Die Anklage hat die der beschuldigten Person zur Last gelegten Delikte in ihrem Sachverhalt so präzise zu umschreiben, dass die Vorwürfe in objektiver und subjektiver Hinsicht genügend konkretisiert sind. Zugleich bezweckt das Anklageprinzip den Schutz der Verteidigungsrechte der angeschuldigten Person und garantiert den Anspruch auf rechtliches Gehör (Informationsfunktion; <ref-ruling> E. 6.2 f. mit Hinweisen; Urteil des Bundesgerichts 6B_796/2010 vom 14. März 2011 E. 1.4; vgl. <ref-law>).
<ref-law> listet abschliessend die Bestandteile der Anklageschrift auf (SCHMID, Praxiskommentar, Art. 325 N 1). Diese bezeichnet u.a. möglichst kurz, aber genau die der beschuldigten Person vorgeworfenen Taten mit Beschreibung von Ort, Datum, Zeit, Art und Folgen der Tatausführung (lit. f) und die nach Auffassung der Staatsanwaltschaft erfüllten Straftatbestände unter Angabe der anwendbaren Gesetzesbestimmungen (lit. g).
3.4.2 Gemäss <ref-law> wird der Schuldner, der in anderer Weise als nach <ref-law>, durch Misswirtschaft, namentlich durch ungenügende Kapitalausstattung, unverhältnismässigen Aufwand, gewagte Spekulationen, leichtsinniges Gewähren oder Benützen von Kredit, Verschleudern von Vermögenswerten oder arge Nachlässigkeit in der Berufsausübung oder Vermögensverwaltung, seine Überschuldung herbeiführt oder verschlimmert, seine Zahlungsunfähigkeit herbeiführt oder im Bewusstsein seiner Zahlungsunfähigkeit seine Vermögenslage verschlimmert, wenn über ihn der Konkurs eröffnet oder gegen ihn ein Verlustschein ausgestellt worden ist, mit Freiheitsstrafe bis zu fünf Jahren oder Geldstrafe bestraft. Täter kann ausschliesslich der Schuldner selber oder eines der in <ref-law> genannten Organe sein.
Nach der Rechtsprechung stellt die Missachtung gesetzlicher Bestimmungen der Unternehmensführung, insbesondere die Vernachlässigung der Rechnungslegung eine nachlässige Berufsausübung dar (Urteil des Bundesgerichts 6B_492/2009 vom 18. Januar 2010 E. 2.2).
3.5 Aus der Anklageschrift ist nicht ersichtlich, durch welche der in <ref-law> genannten Bankrotthandlungen der Beschwerdeführer die Überschuldung der B._ AG herbeigeführt oder verschlimmert oder deren Zahlungsunfähigkeit herbeiführt haben soll. Insbesondere umschreibt die Anklageschrift die Stellung des Beschwerdeführers als Organ im Sinne von Art. 29 lit. a und d StGB nicht hinreichend. Sie beschränkt sich auf den blossen Hinweis, der Beschwerdeführer habe sich seit 1997 als stiller Teilhaber mit 50 % beteiligt. Dass er Entscheide, die Organen vorbehalten waren, getroffen oder die eigentliche Geschäftsführung in organtypischer Weise massgebend mitbestimmt hätte (vgl. <ref-ruling> E. 3a; <ref-ruling> E. 1a), ergibt sich aus der Umschreibung der stillen Teilhaberschaft nicht. Damit erschöpft sich der in der Anklageschrift umschriebene Tatbeitrag des Beschwerdeführers im Vorwurf der Falschbeurkundung. Daraus lässt sich zur Beteiligung an der Misswirtschaft nichts ableiten. Die Anklageschrift genügt hier den Anforderungen gemäss <ref-law> nicht.
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als begründet. Es kann offen bleiben, ob die Vorinstanz in Willkür verfällt, wenn sie annimmt, der Beschwerdeführer sei an der B._ AG beteiligt gewesen (Beschwerde S. 25 ff.).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer rügt auch in Bezug auf den Schuldspruch der Urkundenfälschung im Anklagepunkt 2.1 eine Verletzung des Anklagegrundsatzes. Die Anklageschrift umschreibe nicht, durch welche Handlungen er im Rahmen der Buchführung den Tatbestand der Urkundenfälschung erfüllt haben solle. Sein Name werde bei der Schilderung des Sachverhalts nicht einmal genannt. Aus der Anklageschrift gehe auch nicht hervor, inwiefern er beabsichtigt haben solle, jemanden am Vermögen zu schädigen bzw. sich oder einem anderen einen unrechtmässigen Vorteil zu verschaffen. Der Anklagepunkt 2.2, auf welchen sich die Vorinstanz stütze, beziehe sich auf den Vorwurf der Fälschung dreier Quittungen und betreffe daher einen anderen Sachverhalt (Beschwerde S. 29 ff.).
Der Beschwerdeführer rügt in diesem Punkt auch eine Verletzung von Bundesrecht. Die unkorrekte Führung des Buchhaltungsmandats und die Deponierung der provisorischen Buchhaltung resp. der provisorischen Bilanzen für die Jahre 2003 und 2004 beim Konkursamt erfüllten den Tatbestand der Urkundenfälschung nicht. Zudem sei es ihm in subjektiver Hinsicht bei der Erstellung dieser unvollständigen Buchhaltung nur darum gegangen, die Überschuldung der B._ AG in einer geeigneten Form darzulegen und die Bilanz zu deponieren, um weiteren Schaden abzuwenden. Damit seien weder eine Täuschungsabsicht noch eine Vorteils- oder Schädigungsabsicht verbunden gewesen. Zudem bezeichne die Vorinstanz nicht, welche Dokumente für die Abschlüsse 2003 und 2004 falsch beurkundet worden sein sollen (Beschwerde S. 33 ff.).
4.2 Die Vorinstanz nimmt an, im ersten Absatz von Ziff. 2.1.2 der Anklageschrift werde der Beschwerdeführer zwar nicht namentlich erwähnt und die Staatsanwaltschaft nehme an dieser Stelle auch nicht konkret Bezug auf eine Handlung des Beschwerdeführers, welche sie als Falschbeurkundung qualifiziere. Doch halte sie in ihren allgemeinen Hinweisen ausdrücklich fest, jener sei für die Buchführung der B._ AG und für alle damit im Zusammenhang stehenden Erledigungen zuständig gewesen. Ausserdem sei er als stiller Teilhaber mit 50 % an der B._ AG beteiligt gewesen. Unter dem Titel "Manipulation der Buchhaltung und Teilen davon zu Ausgleichszwecken" schildere die Anklageschrift, der Beschwerdeführer habe eine Debitorenliste geführt, um die Einnahmen trotz des von C._ praktizierten Zahlungsverkehrs, der letztlich an der Buchhaltung vorbeipraktiziert worden sei, erfassen zu können. Diese habe er regelmässig C._ zur Kontrolle und Bereinigung übergeben. In der Anklageschrift werde weiter geschildert, dass der Beschwerdeführer die dargestellte Vorgehensweise beim Inkasso beanstandet habe. Mit diesen Ausführungen bringe die Anklageschrift deutlich zum Ausdruck, dass der Beschwerdeführer bei der Verfälschung der Buchhaltung in der umschriebenen Art und Weise mitgewirkt habe. Aufgrund der Darlegungen in der ganzen Anklageschrift sei ihm genügend klar gewesen, was ihm vorgeworfen werde (angefochtenes Urteil S. 23).
In der Sache nimmt die Vorinstanz an, dem Beschwerdeführer sei bewusst gewesen, dass aufgrund der von C._ praktizierten Art des Inkassos keine den Geschäftsvorfällen entsprechende und damit korrekte Buchhaltung habe erstellt werden können. Der Beschwerdeführer könne aus dem Umstand, dass er lediglich eine provisorische Buchhaltung erstellt und deponiert habe, nichts zu seinen Gunsten ableiten. Die Buchhaltung sei stets korrekt nachzuführen und gelte nicht erst als Urkunde, wenn die Bilanz definitiv erstellt und von allen Beteiligten abgesegnet worden sei. In subjektiver Hinsicht nimmt die Vorinstanz an, der Beschwerdeführer habe zugestandenermassen selbst gewusst, dass er mit der Abänderung von Buchhaltungsbelegen Urkunden fälsche. Es sei ihm bewusst gewesen, dass der Kassasaldo viel zu hoch gewesen sei. Er sei sich mithin im Klaren darüber gewesen, dass er mit der von C._ praktizierten Art des Inkassos und späteren Verwendung der Gelder keine korrekte Buchhaltung habe erstellen können. Der beabsichtigte Vorteil habe darin gelegen, die B._ AG über die Runden zu bringen und die Schwierigkeiten, welche bei einem Konkurs der B._ AG auf den Beschwerdeführer zugekommen wären, zu vermeiden (angefochtenes Urteil S. 26 f.; vgl. auch erstinstanzliches Urteil S. 41 f.).
4.3 Die Anklageschrift wirft dem Beschwerdeführer vor, er habe als Verantwortlicher die Bücher nicht korrekt geführt. Namentlich habe er die von den Kunden empfangenen Barzahlungen nicht in einem Kassabuch aufgenommen. Um die Einnahmen des an der Buchhaltung vorbeigeschleusten Zahlungsverkehrs dennoch erfassen zu können, habe der Beschwerdeführer eine "Offen-Posten-Liste (OP)", d.h. eine Debitorenliste geführt, in welcher Lieferungen an bar zahlende Kunden aufgeführt und als offene Forderungen erfasst worden seien. Als Folge davon sei in der Buchhaltung sukzessive ein unrealistisch hoher Kassensaldo (Forderungsbestand) entstanden. Da keine dem Inkasso entsprechenden Abbuchungen erfolgt seien, habe diese Art der Buchführung letztlich zu teilweise nicht bestehenden, fiktiven Guthaben geführt, die in Debitorenlisten festgehalten worden seien. Auf diese Weise sei der tatsächliche Vermögensstand der B._ AG nicht mehr erkennbar gewesen (Anklageschrift S. 2 ff., vgl. auch oben E. 3.3).
4.4 Die Anklageschrift umschreibt in diesem Punkt den Vorwurf der unkorrekten Führung der Buchhaltung durch fehlende Erstellung eines Kassabuches. Dabei nimmt die Vorinstanz zu Recht an, dass für die Frage, ob der Anklagesachverhalt hinreichend umschrieben ist, auf die Anklageschrift als Ganzes abgestellt werden muss. Dies gilt im Besonderen im vorliegenden Kontext, in welchem dem Beschwerdeführer einerseits Falschbeurkundung durch unkorrekte Führung der Buchhaltung und darüber hinaus Urkundenfälschung durch Abänderung einzelner Buchungsbelege vorgeworfen wird. Es ist somit entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers (Beschwerde S. 32) nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz für die Rüge der Verletzung des Anklagegrundsatzes auch auf Ziff. 2.2 der Anklageschrift verweist. Insgesamt ergibt sich aus der Anklageschrift in hinreichend klarer Weise, was dem Beschwerdeführer in diesem Punkt vorgeworfen wird. Eine Beeinträchtigung der Verteidigungsrechte ist nicht ersichtlich. Dies gilt auch in Bezug auf den subjektiven Tatbestand. Zwar finden sich in dieser Hinsicht keine expliziten Ausführungen. Doch genügt hier die Bemerkung, der Beschwerdeführer habe selbst eingeräumt, er habe das Buchen fehlender Rechnungen bewusst vorgenommen, um den Kassensaldo zu bereinigen und in der Hoffnung, dass es schon "gut herauskommen könne" (Anklageschrift S. 6).
Das angefochtene Urteil verletzt in diesem Punkt auch kein Bundesrecht, wenn es den Schuldspruch wegen Falschbeurkundung bestätigt. Der kaufmännischen Buchführung kommt gemäss ständiger Praxis erhöhte Glaubwürdigkeit hinsichtlich der in ihr aufgezeichneten wirtschaftlichen Sachverhalte zu (vgl. nur <ref-ruling>, 15; <ref-ruling>, 127, E. 4.1; <ref-ruling>, 135; erstmals BGE 79 IV 162, 163 f.). Dass die Vorgehensweise des Beschwerdeführers eine unrichtige Buchhaltung bewirkt hat, steht ausser Frage. Zwar kann dem Beschwerdeführer die Praxis von C._, die empfangenen Barzahlungen an der Buchhaltung vorbeizuschleusen, nicht unbesehen angelastet werden. Doch hat der Beschwerdeführer unbestrittenermassen die unrichtigen Debitorenlisten und insofern eine inhaltlich unwahre Buchhaltung erstellt.
Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer wendet sich zuletzt gegen den Schuldspruch der Urkundenfälschung gemäss Ziff. 2.2 der Anklageschrift. Er macht Willkür und eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend. Die Vorinstanz stütze sich allein auf das Geständnis, welches er unter einem enormen psychischen Druck abgegeben habe. Dieses Geständnis habe er in der Folge mit nachvollziehbarer Begründung widerrufen. Andere Beweismittel seien nicht vorhanden. Die Untersuchungsbehörden hätten das Geständnis nie anhand weiterer Umstände verifiziert. Zudem ergäben die angeblichen Fälschungen im konkreten Kontext einer vor der Liquidation stehenden Firma und angesichts von mehreren tausend ungeordneten Belegen keinen Sinn, und es sei auch nicht seine Aufgabe als Chef gewesen, Belege zu bearbeiten. Mit diesen Argumenten habe sich die Vorinstanz nicht auseinandergesetzt (Beschwerde S. 38 ff.).
5.2 Die kantonalen Instanzen nehmen an, der Beschwerdeführer habe in drei Fällen von C._ und teilweise von ihm abgeänderte Belege verbucht. Sie stellen hiefür im Wesentlichen auf die Aussagen des Beschwerdeführers ab (angefochtenes Urteil S. 28; erstinstanzliches Urteil S. 59 f.). Dieser habe nicht überzeugend darzulegen vermocht, worin die zweifelhaften Verhörmethoden, Drohungen und die schlechte anwaltliche Verteidigung bestanden haben sollen, welche ihn zu einem falschen Geständnis bewegt hätten. Nach dem psychiatrischen Gutachten vom 29. November 2004 sei die Einvernahme- und Aussagefähigkeit des Beschwerdeführers aus psychiatrischer Sicht generell gegeben gewesen. Lediglich die untersuchungsrichterliche Einvernahme vom 19. November 2004 habe zu einer psychischen Krise geführt, in welcher der Beschwerdeführer psychopathologische Auffälligkeiten gezeigt habe, weshalb die Einvernahme denn auch abgebrochen worden sei. Während der übrigen Einvernahmen sei der Beschwerdeführer rückblickend aussagefähig gewesen (angefochtenes Urteil S. 18 f.; erstinstanzliches Urteil S. 25 ff.).
5.3 Der Beschwerdeführer hat vor Bezirksgericht und in der Berufungsbegründung vorgebracht, seine widerrufenen Aussagen seien nicht verwertbar, da er die Vorwürfe lediglich unter dem Druck der Untersuchungshaft eingeräumt habe. Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst u.a. die Pflicht der Behörde, die Argumente und Verfahrensanträge der Parteien entgegenzunehmen und zu prüfen, sowie die ihr rechtzeitig und formrichtig angebotenen Beweismittel abzunehmen (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen). Die Vorinstanz nimmt unter Verweisung auf das erstinstanzliche Urteil an, es lägen keine Anhaltspunkte dafür vor, dass der Beschwerdeführer unter Druck falsche Angaben gemacht habe. Dass sie sich mit den Vorbringen des Beschwerdeführers nicht auseinandergesetzt hätte, trifft nicht zu.
Unbegründet ist die Beschwerde auch, soweit der Beschwerdeführer Willkür rügt. Er räumte in der untersuchungsrichterlichen Einvernahme vom 7. Dezember 2004 ein, von C._ und von ihm selbst abgeänderte Belege verbucht zu haben (Untersuchungsakten Ordner 4 act. 1/1072 f., 1077 und 3/1098 f.; vgl. auch Ordner 6, act. 5/1769 ff.). Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 7.1 und 305 E. 4.3; <ref-ruling> E. 7; je mit Hinweisen). Soweit im vorliegenden Fall nicht zu beanstanden ist, dass die Vorinstanz auf die Aussagen des Beschwerdeführers abstellt, in denen er die Verbuchung verfälschter Belege eingesteht, ist das angefochtene Urteil nicht unhaltbar. Dass eine andere Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt für den Nachweis von Willkür nicht. Was der Beschwerdeführer hiegegen einwendet, erschöpft sich weitgehend in einer appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil.
Die Beschwerde erweist sich auch in diesem Punkt als unbegründet, soweit sie den Begründungsanforderungen genügt.
6. Die Beschwerde ist teilweise gutzuheissen, im Übrigen aber abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang trägt der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens mit einer reduzierten Gebühr (<ref-law>). Der Kanton Thurgau hat ihm für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 28. März 2012 aufgehoben und die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Kanton Thurgau hat dem Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: Boog