Sachverhalt:
A. Der 1949 geborene W._ war als Vertreter im Aussendienst der Firma B._ AG bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 3. November 1999 am Steuer seines anfahrenden Personenwagens sass und ein anderes Fahrzeug gegen das Heck auffuhr. In der Klinik X._, welche der Versicherte am 17. November 1999 aufsuchte, wurde ein Distorsionstrauma der Halswirbelsäule (HWS) diagnostiziert. Die SUVA erbrachte die gesetzlichen Leistungen. W._ war weiterhin bei der SUVA gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 10. August 2002 in einer Parkhausgarage ausrutschte und auf das rechte Knie fiel. Auch für dieses Ereignis anerkannte die SUVA ihre Leistungspflicht. Am 7. Oktober 2006 kam es zu einem erneuten Verkehrsunfall, bei dem ein anderes Fahrzeug von hinten gegen die rechte Seite des Wagens des Versicherten fuhr. Mit drei separaten Verfügungen vom 12. Dezember 2007 stellte die SUVA ihre Leistungen per 31. Januar 2008 ein, da die über dieses Datum hinaus geklagten Beschwerden nicht adäquat kausal durch eines der versicherten Ereignisse verursacht worden seien. Auf Einsprache hin hielt sie an dieser Sichtweise fest (Einspracheentscheid vom 25. September 2008).
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 17. Juni 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei die SUVA zu verpflichten, ihre Leistungen über den 31. Januar 2008 hinaus zu erbringen. Gleichzeitig wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht.
Während die SUVA auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Die Zusprechung von Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung setzt grundsätzlich das Vorliegen eines Berufsunfalles, eines Nichtberufsunfalles oder einer Berufskrankheit voraus (<ref-law>). Der Unfallversicherer haftet jedoch für einen Gesundheitsschaden nur insoweit, als dieser nicht nur in einem natürlichen, sondern auch in einem adäquaten Kausalzusammenhang zum versicherten Ereignis steht (<ref-ruling> E. 3 S. 181). Dabei spielt die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle, da sich hier die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 2 S. 111 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb S. 103). Objektivierbar sind Untersuchungsergebnisse, die reproduzierbar und von der Person des Untersuchenden und den Angaben des Patienten unabhängig sind. Von organisch objektiv ausgewiesenen Unfallfolgen kann somit erst dann gesprochen werden, wenn die erhobenen Befunde mit apparativen/bildgebenden Abklärungen bestätigt wurden und die hiebei angewendeten Untersuchungsmethoden wissenschaftlich anerkannt sind (Urteil 8C_806/2007 vom 7. August 2008, E. 8.2 mit zahlreichen Hinweisen). Sind die geklagten Beschwerden natürlich unfallkausal, nicht aber in diesem Sinne objektiv ausgewiesen, so ist bei der Beurteilung der Adäquanz vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind gegebenenfalls weitere unfallbezogene Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.). Hat die versicherte Person einen Unfall erlitten, welcher die Anwendung der Schleudertrauma-Rechtsprechung rechtfertigt, so sind hierbei die durch <ref-ruling> E. 10 S. 126 ff. präzisierten Kriterien massgebend. Ist diese Rechtsprechung nicht anwendbar, so sind grundsätzlich die Adäquanzkriterien, welche für psychische Fehlentwicklungen nach einem Unfall entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140), massgebend (<ref-ruling> E. 2.1 S. 111 f.)
2.2 Mit Urteil vom 19. Februar 2008 (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht die sog. Schleudertrauma-Praxis bei organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden präzisiert. Im genannten Urteil wurde zunächst der Grundsatz bestätigt, dass der Fallabschluss und damit verbunden die Adäquanzprüfung im Hinblick auf die Rentenleistungen in dem Zeitpunkt zu erfolgen hat, in dem von der Weiterführung der medizinischen Massnahmen keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten ist. Hinsichtlich der Beurteilung des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und den geklagten organisch nicht hinreichend nachweisbaren Beschwerden wurde festgehalten, dass diese aufgrund einer eingehenden medizinischen Abklärung zu erfolgen hat. Schliesslich wurden die Kriterien, welche zur Beurteilung der Adäquanz bei mittelschweren Unfällen (vgl. dazu insbesondere SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.) dienen, neu gefasst. Der Katalog der adäquanzrelevanten Kriterien lautet nunmehr:
besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls;
die Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen;
fortgesetzt spezifische, belastende ärztliche Behandlung;
erhebliche Beschwerden;
ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert;
schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen;
erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen.
Weiterhin gilt, dass nicht in jedem Fall der Einbezug sämtlicher Kriterien in die Gesamtwürdigung erforderlich ist. Je nach den konkreten Umständen kann für die Beurteilung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein einziges Kriterium genügen. Dies trifft einerseits dann zu, wenn es sich um einen Unfall handelt, welcher zu den schwereren Fällen im mittleren Bereich zu zählen oder sogar als Grenzfall zu einem schweren Unfall zu qualifizieren ist. Anderseits kann im gesamten mittleren Bereich ein einziges Kriterium genügen, wenn es in besonders ausgeprägter Weise erfüllt ist. Kommt keinem Einzelkriterium besonderes bzw. ausschlaggebendes Gewicht zu, so müssen mehrere unfallbezogene Kriterien herangezogen werden. Handelt es sich beispielsweise um einen Unfall im mittleren Bereich, der aber dem Grenzbereich zu den leichten Unfällen zuzuordnen ist, müssen die weiteren zu berücksichtigenden Kriterien in gehäufter oder auffallender Weise erfüllt sein, damit die Adäquanz bejaht wird. Diese Würdigung des Unfalles zusammen mit den objektiven Kriterien führt zur Bejahung oder Verneinung des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 6b S. 367).
2.3 Hat die versicherte Person mehr als einen Unfall mit Schleudertrauma der HWS oder gleichgestellter Verletzung erlitten, so ist die Adäquanz prinzipiell für jeden Unfall gesondert zu beurteilen. In diesem Rahmen ist es nach der Rechtsprechung jedoch nicht generell ausgeschlossen, die wiederholte Betroffenheit desselben Körperteils bei der Adäquanzprüfung zu berücksichtigen. Letzteres ist insbesondere dann denkbar, wenn die Auswirkungen der verschiedenen Ereignisse auf gewisse Beschwerden und/oder auf Grad und Dauer der Arbeitsunfähigkeit nicht voneinander abgegrenzt werden können (SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105, 8C_413/2008 E. 2.3 mit weiterem Hinweis).
3. 3.1 Streitig und zu prüfen ist die Leistungspflicht der SUVA für die über den 31. Januar 2008 hinaus geklagten Beschwerden des Versicherten.
3.2 Es steht fest und ist unbestritten, dass der Versicherte am 3. November 1999, am 10. August 2002 und am 7. Oktober 2006 je einen Unfall erlitten hat. Ebenfalls zu Recht nicht bestritten ist, dass die geklagten Beschwerden nicht auf einen im Sinne der Rechtsprechung organisch hinreichend nachweisbaren Gesundheitsschaden zurückzuführen sind. Demgemäss ist die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges zwischen den versicherten Ereignissen und den Beschwerden speziell zu prüfen.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer bringt vor, die SUVA habe nach dem Ereignis vom 3. November 1999 bis zum Fallabschluss im Jahre 2008 ununterbrochen Taggelder ausbezahlt, obwohl bereits seit längerer Zeit von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes mehr zu erwarten gewesen sei. Damit habe die Unfallversicherung die Adäquanz des Kausalzusammenhanges implizit anerkannt. Sie dürfe daher ihre Leistungen nicht mehr mit dem Argument einstellen, der Kausalzusammenhang sei nicht adäquat und damit nicht rechtsgenüglich. Es sei von einer Rechtsbeständigkeit auszugehen, die mit jener bei formellen Verfügungen gleichzusetzen sei.
4.2 Entgegen der Ansicht des Versicherten handelt es sich bei Taggeldern auch dann nicht um eine Dauerleistung, wenn sie über Jahre ausbezahlt werden (<ref-ruling> E. 4.2 S. 290). Rechtsprechungsgemäss kann der Versicherungsträger deshalb die Taggeldleistungen ohne Berufung auf einen Wiedererwägungs- oder Revisionsgrund "ex nunc und pro futuro" einstellen, etwa mit dem Argument, bei richtiger Betrachtung liege kein versichertes Ereignis vor (<ref-ruling> E. 2.3.1 S. 384). Die Formulierung "ex nunc" bezieht sich hiebei auf den Zeitpunkt der faktischen Leistungseinstellung, und nicht auf jenen der Einstellungsverfügung. Etwas anderes gilt lediglich dann, wenn der Versicherungsträger die zu Unrecht ausbezahlten Leistungen zurückfordert (vgl. <ref-ruling> E. 6.8 S. 65 und Urteil 8C_444/2009 vom 11. Januar 2010 E. 5). Eine solche Rückforderung steht allerdings vorliegend nicht zur Diskussion.
5. Das kantonale Gericht qualifizierte das Ereignis vom 10. August 2002, bei dem der Versicherte in einer Parkhausgarage ausrutschte und auf das rechte Knie fiel, als leichten Unfall. Diese Qualifikation ist letztinstanzlich unbestritten geblieben. Aus ihr folgt, dass ein allfälliger Kausalzusammenhang zwischen diesem Ereignis und organisch nicht nachweisbaren Beschwerden nicht adäquat sein kann; eine Leistungspflicht der SUVA über den 31. Januar 2008 hinaus kann aus diesem Ereignis ohne weiteres verneint werden.
6. 6.1 Vorinstanz und Verwaltung prüften die Adäquanz eines allfälligen Kausalzusammenhanges zwischen den Unfällen vom 3. November 1999 und vom 7. Oktober 2006 und den organisch nicht ausgewiesenen Beschwerden nach den Kriterien, die für psychische Unfallschäden entwickelt wurden (<ref-ruling> E. 6c/aa S. 140). Ob, wie vom Versicherten geltend gemacht, die Adäquanz nicht nach den in <ref-ruling> E. 10.3 S. 130 aufgestellten Kriterien bei Schleudertraumen und äquivalenten Verletzungen zu prüfen ist, kann offenbleiben, da - wie nachstehende Ausführungen zeigen - die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges auch nach dieser für den Beschwerdeführer günstigeren Rechtsprechung zu verneinen ist. Aufgrund der fehlenden Adäquanz braucht zudem die Frage, ob die geklagten Beschwerden natürlich kausal durch das Unfallereignis verursacht sind, nicht näher untersucht zu werden (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 472).
6.2 Die Schwere des Unfalles ist aufgrund des augenfälligen Geschehensablaufs mit den sich dabei entwickelnden Kräften zu beurteilen (SVR 2008 UV Nr. 8 S. 26, U 2/07 E. 5.3.1). Dabei wird eine einfache Auffahrkollision auf ein haltendes Fahrzeug in der Regel als mittelschwerer Unfall im Grenzbereich zu den leichten Unfällen betrachtet (RKUV 2005 Nr. U 549 S. 236, U 380/04 E. 5.1.2). Die entsprechende Qualifikation der beiden Unfallereignisse durch die Vorinstanz als mittelschwer im Grenzbereich zu den leichten ist mithin nicht zu beanstanden und wird denn auch nicht bestritten. (Beim Ereignis vom 7. Oktober 2006 handelte es sich zwar um eine seitliche Kollision, die aber entsprechend der biomechanischen Kurzbeurteilung vom 25. April 2007 wie eine Heckkollision zu beurteilen ist). Die Adäquanz eines Kausalzusammenhanges ist somit nur dann zu bejahen, wenn eines der relevanten Adäquanzkriterien in besonders ausgeprägter oder mehrere dieser Kriterien in gehäufter Weise erfüllt sind.
6.3 Der Beschwerdeführer macht zu Recht nicht geltend, das Kriterium der besonders dramatischen Begleitumstände oder der besonderen Eindrücklichkeit des Unfalles sei bei einem der beiden Ereignisse erfüllt.
6.4 Was das Kriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung betrifft, ist dies aufgrund der medizinischen Aktenlage für beide Unfälle ebenfalls nicht ausgewiesen. Wie der Beschwerdeführer unter Bezugnahme auf das Schreiben des Dr. med. S._ vom 22. September 2006 letztlich selber einräumt, ist eine entsprechende belastende Therapie nicht durchgeführt worden.
6.5 Aufgrund der Akten ist zudem nicht erstellt, dass durch die seltene und inkonsequente Durchführung der Therapien (Schreiben des Dr. med. S._ vom 22. September 2006) die Unfallfolgen erheblich verschlimmert wurden. Somit ist die entsprechende Unterlassung entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht als Fehlbehandlung im Sinne des einschlägigen Adäquanzkriteriums zu betrachten. Auch dieses Kriterium ist mithin für beide Unfälle nicht erfüllt.
6.6 Die beiden Teilaspekte des Kriteriums des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen müssen nicht kumulativ erfüllt sein (<ref-ruling> E. 7b S. 369). Aus der ärztlichen Behandlung und den erheblichen Beschwerden darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf und/oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (Urteil 8C_349/2009 vom 17. August 2009 E. 5.3). Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, sind vorliegend keine solchen Gründe ersichtlich. Das Kriterium ist somit für beide Unfälle nicht gegeben.
6.6 Die beiden Teilaspekte des Kriteriums des schwierigen Heilungsverlaufs und der erheblichen Komplikationen müssen nicht kumulativ erfüllt sein (<ref-ruling> E. 7b S. 369). Aus der ärztlichen Behandlung und den erheblichen Beschwerden darf nicht auf einen schwierigen Heilungsverlauf und/oder erhebliche Komplikationen geschlossen werden. Es bedarf hiezu besonderer Gründe, welche die Heilung beeinträchtigt haben (Urteil 8C_349/2009 vom 17. August 2009 E. 5.3). Wie die Vorinstanz zutreffend erwog, sind vorliegend keine solchen Gründe ersichtlich. Das Kriterium ist somit für beide Unfälle nicht gegeben.
6.7 6.7.1 Die Diagnose einer HWS-Distorsion oder einer anderen, adäquanzrechtlich gleich zu behandelnden Verletzung genügt für sich allein nicht zur Bejahung des Kriteriums der Schwere und besonderen Art der erlittenen Verletzung (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 f.). Es bedarf hiezu einer besonderen Schwere der für das Schleudertrauma typischen Beschwerden oder besonderer Umstände, welche das Beschwerdebild beeinflussen können. Diese können beispielsweise in einer beim Unfall eingenommenen besonderen Körperhaltung und den dadurch bewirkten Komplikationen bestehen (SVR 2007 UV Nr. 26 S. 86, U 339/06 E. 5.3). Daneben gilt es zu beachten, dass eine HWS-Distorsion, welche eine bereits erheblich vorgeschädigte Wirbelsäule trifft, speziell geeignet ist, die "typischen" Symptome hervorzurufen, weshalb sie als Verletzung besonderer Art zu qualifizieren ist (SVR 2009 UV Nr. 30 S. 105, 8C_413/2008, E. 6.3.2; SVR 2007 UV Nr. 1 S. 1, U 39/04, E. 3.4 mit Hinweisen).
6.7.2 Der Beschwerdeführer war zwischen dem Unfall vom 3. November 1999 und jenem vom 7. Oktober 2006 aufgrund seiner Beschwerden, insbesondere im Bereich der HWS, dauernd zu mindestens 70 % arbeitsunfähig und bezog deswegen ein Taggeld der SUVA. Mithin ist davon auszugehen, dass die HWS-Distorsion vom 7. Oktober 2006 eine bereits erheblich vorgeschädigte Wirbelsäule getroffen hat, womit dieses Kriterium für den Unfall vom 7. Oktober 2006 zu bejahen ist (vgl. Urteil 8C_785/2007 vom 11. Juni 2008 E. 4.4).
6.7.3 Aufgrund der Akten ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer bereits am 23. Dezember 1993 und am 1. Juni 1995 zwei HWS-Distorsionen erlitten hat, diese Ereignisse indessen nicht bei der Beschwerdegegnerin versichert waren. Entsprechend den vorliegenden Unterlagen ist jedoch unklar, ob die Arbeitsfähigkeit des Versicherten unmittelbar vor dem Ereignis vom 3. November 1999 noch eingeschränkt war. Damit ist auch zweifelhaft, ob bereits die Distorsion vom 3. November 1999 eine dermassen erheblich vorgeschädigte Wirbelsäule traf, die die Bejahung des Kriteriums auch für dieses Ereignis rechtfertigen würde. Dies braucht indessen nicht abschliessend geprüft zu werden, da selbst dann, wenn man zugunsten des Beschwerdeführers das Kriterium bejahen würde, ein allfälliger Kausalzusammenhang zwischen dem Ereignis vom 3. November 1999 und den über den 31. Januar 2008 hinaus geklagten Beschwerden nicht als adäquat zu qualifizieren wäre.
6.8 Beim Kriterium der Arbeitsunfähigkeit ist dem Umstand Rechnung zu tragen, dass bei leichten bis mittelschweren Schleudertraumata der HWS ein längerer oder gar dauernder Ausstieg aus dem Arbeitsprozess vom medizinischen Standpunkt aus als eher ungewöhnlich erscheint. Nicht die Dauer der Arbeitsunfähigkeit ist daher massgebend, sondern eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit als solche, die zu überwinden die versicherte Person ernsthafte Anstrengungen unternimmt. Darin liegt der Anreiz für die versicherte Person, alles daran zu setzen, wieder ganz oder teilweise arbeitsfähig zu werden. Gelingt es ihr trotz solcher Anstrengungen nicht, ist ihr dies durch Erfüllung des Kriteriums anzurechnen. Konkret muss ihr Wille erkennbar sein, sich durch aktive Mitwirkung raschestmöglich wieder optimal in den Arbeitsprozess einzugliedern, was schon der allgemeine sozialversicherungsrechtliche Grundsatz der Schadenminderungspflicht gebietet. Solche Anstrengungen der versicherten Person können sich insbesondere in ernsthaften Arbeitsversuchen trotz allfälliger persönlicher Unannehmlichkeiten manifestieren. Dabei ist auch der persönliche Einsatz im Rahmen von medizinischen Therapiemassnahmen zu berücksichtigen. Sodann können Bemühungen um alternative, der gesundheitlichen Einschränkung besser Rechnung tragende Tätigkeiten ins Gewicht fallen (<ref-ruling> E. 10.2.7 S. 129 f.). Rechtsprechungsgemäss ist dieses Kriterium dann besonders ausgeprägt erfüllt, wenn die versicherte Person Bemühungen, die eindeutig über das im Normalfall zu erwartende Ausmass hinausgehen, nachzuweisen in der Lage ist (Urteil 8C_987/2008 vom 31. März 2009 E. 6.7.2).
Der Beschwerdeführer lässt vorbringen, er habe im Rahmen seiner Möglichkeiten immer wieder zu arbeiten versucht. Er habe sich immer wieder um eine Stelle als Vertreter bemüht. Die entsprechenden Bemühungen dokumentiert er allerdings nicht. Insbesondere fehlt es an einer Liste von Bewerbungen oder an einer Übersicht, wo er sich konkret beworben hat. Demnach ist das Kriterium jedenfalls nicht ausgeprägt erfüllt.
6.9 Was schliesslich das Merkmal der erheblichen Beschwerden betrifft, ist festzuhalten, dass es entsprechend den medizinischen Akten jedenfalls nicht besonders ausgeprägt erfüllt vorliegt, so dass offenbleiben kann, ob es in seiner einfachen Form gegeben ist.
6.10 Zusammenfassend ergibt sich, dass keines der massgeblichen Kriterien besonders ausgeprägt gegeben ist und selbst dann, wenn man zugunsten des Versicherten die drei Kriterien der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen, der erheblichen Beschwerden und der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen als erfüllt erachten würde, die Kriterien nicht in gehäufter Weise erstellt sind (vgl. Urteil 8C_897/2009 vom 29. Januar 2010 E. 4.5). Mithin ist die Adäquanz des Kausalzusammenhanges zwischen einem der Unfallereignisse vom 3. November 1999 oder vom 7. Oktober 2006 und den über den 31. Januar 2008 hinaus geklagten, organisch nicht im Sinne der Rechtsprechung hinreichend nachweisbaren Beschwerden zu verneinen. Die Leistungseinstellung auf dieses Datum hin ist somit nicht zu beanstanden.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist stattzugeben, da die entsprechenden gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwalt Jean Baptiste Huber wird als unentgeltlicher Anwalt des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2'800.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. April 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter