Sachverhalt:
A. Der 1958 geborene, zuletzt als selbstständiger Taxifahrer tätig gewesene L._ meldete sich im Juli 2004 unter Hinweis auf eine Distorsion der Halswirbelsäule im Sinne eines kranio-zervikalen Beschleunigungstraumas, reaktive Depression und somatoforme Schmerzstörung bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle Bern holte den Bericht des Hausarztes Dr. med. B._ vom 3. September 2004 ein, welchem weitere medizinische Berichte beilagen, und zog die Akten des Unfallversicherers bei. Zudem veranlasste sie das interdisziplinäre Gutachten der Medizinischen Abklärungsstelle X._ (Medas) vom 10. November 2006. Mit Vorbescheid vom 23. November 2006 eröffnete sie dem Versicherten, gemäss den umfangreichen fachmedizinischen Unterlagen bestünden keine gesundheitlichen Beeinträchtigungen mit Auswirkung auf die bisherige Tätigkeit, welche weiterhin in vollem Umfang zumutbar sei. Aufgrund der vom Versicherten in der Vernehmlassung vom 19. Dezember 2006 erhobenen Kritik am Vorgehen der Fachärzte bei der Begutachtung und dem Antrag, das Gutachten der Medas sei aus den Akten zu entfernen, holte die IV-Stelle eine Stellungnahme der Ärzte der Medas ein und legte die Akten dem Regionalen Ärztlichen Dienst vor. Daraufhin wies sie das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 15. März 2007 ab.
B. Die von L._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 31. Oktober 2007 ab.
C. L._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Anträgen, es sei der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben, das interdisziplinäre Gutachten der Medas vom 10. November 2006 aus den IV-Akten zu weisen, und es sei die IV-Selle zu verhalten, eine neue interdisziplinäre Begutachtung zu veranlassen.
Die IV-Stelle schliesst unter Hinweis auf die Erwägungen im vorinstanzlichen Entscheid auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen beantragt ebenfalls Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (<ref-law>). Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2. 2.1 Das kantonale Gericht hat das Begehren des Beschwerdeführers abgelehnt, es sei das interdisziplinäre Gutachten der Medas vom 10. November 2006 aus den Akten der Invalidenversicherung zu entfernen, und die IV-Stelle sei zu verpflichten, ein neues Gutachten in Auftrag zu geben. Zudem hat es die Abweisung des Leistungsbegehrens durch die Beschwerdegegnerin gemäss Verfügung vom 15. März 2007 bestätigt.
2.2 Für die Umschreibung des Prozessthemas im letztinstanzlichen Verfahren ist nach den Regeln über den Anfechtungs- und Streitgegenstand zu verfahren. Streitgegenstand im Rechtsmittelverfahren ist das Rechtsverhältnis, welches - im Rahmen des durch den vorinstanzlichen Entscheid bestimmten Anfechtungsgegenstandes - den aufgrund der Beschwerdebegehren effektiv angefochtenen Verfügungsgegenstand der kantonalen Instanz bildet. Anfechtungsgegenstand und Streitgegenstand sind identisch, wenn der kantonale Gerichtsentscheid insgesamt angefochten wird. Bezieht sich demgegenüber die Beschwerde nur auf einzelne der durch die Verfügung bestimmten Rechtsverhältnisse, gehören die nicht beanstandeten Rechtsverhältnisse zwar wohl zum Anfechtungs-, nicht aber zum Streitgegenstand (<ref-ruling> E. 1.1 S. 502; <ref-ruling> E. 2 S. 415 mit Hinweisen).
2.3 Den Parteianträgen kommt entsprechend dem Verfügungsgrundsatz für die Festlegung des Streitgegenstandes vorrangige Bedeutung zu. So wie sich die versicherte Person mit einem Entscheid durch Nichtanfechtung abfinden kann, steht ihr auch die Befugnis zu, nur einzelne der vorinstanzlich beurteilten Rechtsverhältnisse durch Beschwerde richterlich überprüfen zu lassen und die Beschwerde in Antrag und Begründung auf formellrechtliche Aspekte zu beschränken (vgl. <ref-ruling>). Aufgrund des Rechtsbegehrens in der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten bildet daher die Entfernung des Gutachtens vom 10. November 2006 aus den Akten der Invalidenversicherung, verbunden mit der Verpflichtung zur Anordnung einer neuen Begutachtung durch die IV-Stelle, den Prozessgegenstand.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer wirft der Vorinstanz eine Verletzung der Begründungspflicht im Sinne von <ref-law> vor, weil sie auf seine Rügen nicht eingegangen sei, die Gutachter seien ihm mit einer eigentlichen Animosität begegnet, hätten ihm völlig unbegründet eine "gezielte Lüge" vorgehalten und ihn sinngemäss als Betrüger dargestellt, weil er angeblich trotz geltend gemachter Arbeitsunfähigkeit als Taxichauffeur mit einem zweiten Mercedes-Benz eine erhebliche Anzahl Kilometer zurückgelegt habe. Mit dem Einwand, die Unbegründetheit der These der Gutachter sei bereits im Vorbescheidverfahren dokumentiert worden, habe sich das kantonale Gericht in den Erwägungen nicht auseinandergesetzt.
3.2 Gemäss <ref-law> müssen Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, unter anderem die massgebenden Gründe tatsächlicher und rechtlicher Art enthalten, insbesondere die Angabe der angewendeten Gesetzesbestimmungen (lit. b). Aus dieser Bestimmung folgt, dass Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, klar den massgeblichen Sachverhalt und die rechtlichen Schlüsse, die daraus gezogen werden, angeben müssen. Dies ist von Bedeutung im Hinblick auf die unterschiedliche Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts bei Sachverhalts- und Rechtsfragen (Art. 95 und 97 BGG). Genügt der angefochtene Entscheid diesen Anforderungen nicht und ist deshalb das Bundesgericht nicht in der Lage, über die Sache zu befinden, ist er nach <ref-law> aufzuheben und die Angelegenheit an die kantonale Behörde zurückzuweisen, damit diese einen Entscheid treffe, der <ref-law> entspricht (Urteile 1B_61/2008 vom 3. April 2008, 8C_786/2007 vom 7. April 2008, 4A_252/2007 vom 15. November 2007).
3.3 Der angefochtene Entscheid vom 31. Oktober 2007 ist äusserst knapp gefasst. <ref-law> stellt indessen keine hohen Anforderungen an die Begründungsdichte. Es genügt eine kurze Darstellung des Sachverhalts, der einschlägigen Rechtsnormen und der ausschlaggebenden Gründe für deren fallbezogene Anwendung (Bernhard Ehrenzeller, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N 7 f. zu <ref-law>). Diesen Anforderungen vermag der vorinstanzliche Entscheid zu genügen, so dass er überprüfbar ist, ohne dass den Parteien dadurch ein Nachteil entsteht, weshalb von einer Rückweisung abgesehen werden kann.
3.4 Die erhobene Rüge einer Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör, weil sich die Vorinstanz zum im Vorbescheidverfahren aufgelegten Fahrzeugausweis, welcher belege, dass der Versicherte den vom Gutachter erwähnten Personenwagen bereits vor dem Unfall gekauft habe, nicht ausdrücklich Stellung genommen habe, ist unbegründet, zumal die darin enthaltenen Angaben den im Gutachten wiedergegebenen Aussagen des Beschwerdeführers entsprechen. Auch dass das Fahrzeug von seiner Frau für die Fahrt zur Arbeit und vom Bruder benutzt worden war, entspricht den im Gutachten festgehaltenen Angaben des Versicherten. Wenn der Gutachter der Medas aufgrund des Hinweises des Versicherten über die Anzahl der zurückgelegten Kilometer den Verdacht äusserte, dieser fahre seit dem Unfall möglicherweise wieder in einem nicht weiter abklärbaren Masse Auto, handelt es sich dabei um eine nicht näher überprüfte Vermutung des Facharztes, worauf dieser im Gutachten selber ausdrücklich hinweist. Dass die Vorinstanz auf diesen Punkt nicht ausdrücklich eingegangen ist, sondern das Gutachten insgesamt unter den Aspekten der Objektivität, Sachlichkeit und Unvoreingenommenheit der Fachärzte gewürdigt hat, stellt keine Verletzung der Begründungspflicht dar. Das Gericht muss sich in den Erwägungen nicht mit jeder tatsächlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen (<ref-ruling> E. 1a S. 181). Das Berner Verwaltungsgericht hat sich zum Vorwurf der mangelnden Neutralität der Gutachter der Medas in hinlänglicher Weise geäussert. Sein Entscheid genügt insoweit den verfassungsrechtlichen Begründungsanforderungen.
4. In der Sache selbst rügt der Beschwerdeführer die fehlende Objektivität des Medas-Gutachtens und macht offensichtliche Befangenheit der damit betrauten Fachärzte geltend. Dabei beruft er sich auf <ref-law> (unabhängige und unparteiische Beurteilung) in Verbindung mit Art. 6 EMRK (Recht auf faires Verfahren) und Art. 36 (Ausstand) sowie Art. 44 (Mitwirkungsrechte bei der Einholung eines Gutachtens) ATSG. Nach der in <ref-law> wie auch in Art. 6 Ziff. 1 EMRK enthaltenen Garantie des verfassungsmässigen Richters hat der Einzelne Anspruch darauf, dass seine Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. Liegen bei objektiver Betrachtungsweise Gegebenheiten vor, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen, so ist die Garantie verletzt (<ref-ruling> E. 2b S. 198 mit Hinweisen). Für Sachverständige gelten grundsätzlich die gleichen Ausstands- und Ablehnungsgründe, wie sie für den Richter vorgesehen sind (<ref-ruling> E. 3a S. 364). Da sie nicht Mitglied des Gerichts sind, richten sich die Anforderungen zwar nicht nach <ref-law>, sondern nach <ref-law>. Hinsichtlich der Unparteilichkeit und Unbefangenheit kommt <ref-law> indessen ein mit <ref-law> weitgehend übereinstimmender Gehalt zu (<ref-ruling> E. 2b S. 198). Bei der Befangenheit handelt es sich um einen inneren Zustand, der nur schwer bewiesen werden kann. Es braucht daher für die Ablehnung nicht nachgewiesen zu werden, dass die sachverständige Person tatsächlich befangen ist. Es genügt vielmehr, wenn Umstände vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Bei der Beurteilung des Anscheins der Befangenheit und der Gewichtung solcher Umstände kann jedoch nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abgestellt werden. Das Misstrauen muss vielmehr in objektiver Weise als begründet erscheinen. Im Hinblick auf die erhebliche Bedeutung, welche den Arztgutachten im Sozialversicherungsrecht zukommt, ist an die Unparteilichkeit des Gutachters ein strenger Massstab anzusetzen (<ref-ruling> E. 7.1 S. 109).
Ob bei einer gegebenen Sachlage auf die Voreingenommenheit des Gutachters zu schliessen ist, stellt eine Rechtsfrage dar, welche vom Bundesgericht mit voller Kognition geprüft wird (<ref-law>; Urteil 9C_846/2007 vom 11. März 2008).
5. 5.1 Das kantonale Gericht kam zum Schluss, es bestünden keine objektiven Umstände, welche den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit der Gutachter der Medas zu begründen vermöchten. Wenn der untersuchende Arzt die versicherte Person beim Vorliegen von Anzeichen auf Simulation und Aggravation mit seinen Feststellungen konfrontiere, handle er im Rahmen seines Abklärungsauftrages. Das Gutachten sei sachlich und neutral abgefasst. Für die Vorinstanz bestand daher kein Grund, dieses aus dem Recht zu weisen.
5.2 Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, die Argumentation des kantonalen Gerichts sei nicht haltbar, da sie von offensichtlich unrichtigen Feststellungen des Sachverhalts ausgehe. Bei korrekter Würdigung des Gutachtens ergebe sich, dass hinreichende, objektiv begründete Umstände vorlägen, welche zumindest den Anschein der Befangenheit rechtfertigen würden. Zwischen dem Versicherten und dem Arzt der Neurologie und Psychiatrie sei es zu Kontroversen gekommen, nachdem dieser bereits beim ersten Kontakt grösste Vorbehalte gegenüber seiner Person, Herkunft und Lebenseinstellung angemeldet und durch sein Auftreten eine Atmosphäre von Animosität geschaffen habe. Aufgrund der belehrenden und wertenden Äusserungen und der auch im Gutachten ihren Niederschlag findenden Unterstellungen habe dieser nicht nur die mit dem Gutachterauftrag verbundenen Kompetenzen überschritten, sondern auch den Boden der Sachlichkeit verlassen.
5.3 Die Rechtsprechung hat die Anforderungen präzisiert, welche die psychiatrische Begutachtung im Allgemeinen (<ref-ruling>) und bei Schmerzpatienten im Besonderen (<ref-ruling> und 130 V 352) zu beachten hat. Dabei ist es mit Blick auf die Nachvollziehbarkeit bedeutsam, dass der psychiatrische Experte bei der Stellungnahme zur zumutbaren Arbeitsleistung seine Erkenntnisse, Eindrücke und Einschätzungen, welche er im Zuge der Begutachtung über den Gesundheitszustand gewonnen hat, zum Ausdruck bringt. Da der Nachweis von Schmerzen und ihrer Intensität von der Natur der Sache her mit grössten Schwierigkeiten verbunden ist, gehört es zur Aufgabe des Gutachters, die Glaubwürdigkeit der Schmerzschilderung soweit möglich zu überprüfen und deren Auswirkungen bei der Untersuchung und im Alltag substantiiert darzulegen. Dazu zählen insbesondere Angaben zum beobachteten Verhalten, Feststellungen über die Inkonsistenz und Vagheit der gemachten Angaben und über Hinweise, welche zur Annahme von Aggravation oder Simulation führen. Da die Qualität des Begutachtungsprozesses weitgehend von der Motivation und Mitarbeit des Exploranden abhängt, hat sich der Gutachter nötigenfalls auch dazu zu äussern. Aufgabe des Gutachters ist es überdies, auf offene Fragen oder Widersprüche aufmerksam zu machen und Diskrepanzen zwischen Angaben des Exploranden und dem psychischen Befund zu erläutern.
5.4 Die versicherte Person hat wegen des Grundsatzes der Schadenminderungspflicht die ihr individuell zur Verfügung stehenden psychischen Ressourcen zu mobilisieren, die es ihr erlauben, mit den Schmerzen umzugehen und die aus somatischer Sicht verbliebene Leistungsfähigkeit weitestmöglich zu verwerten (in <ref-ruling> nicht publizierte E. 7.2, I 457/02; <ref-ruling> E. 4b/cc S. 297). In diesem Zusammenhang ist die Frage des Gutachters an den Beschwerdeführer, welcher seit dem Fahrzeugunfall vom Mai 2003 keiner Erwerbstätigkeit mehr nachgeht, nach den seither mit dem Auto zurückgelegten Kilometern zu verstehen. Denn damit wollte er den Leidensdruck und die sozialpraktischen Auswirkungen der geklagten Schmerzen des sich sehr zurückhaltend äussernden Versicherten einschätzen, welcher keinen ernsthaften Arbeitsversuch unternommen hat, obwohl ein solcher nach Ansicht des Mediziners zumutbar gewesen wäre. Dass dieser Punkt den Gutachter zu kritischen Bemerkungen gegenüber dem Versicherten veranlasste, lässt nicht schon auf dessen Voreingenommenheit schliessen. Gleiches gilt mit Bezug auf den Vorwurf des widersprüchlichen Verhaltens sowie der mangelnden Kooperation und Motivation des Versicherten, verbunden mit dem Hinweis, dessen Haltung zeuge von geringem staatsbürgerlichem Verantwortungsbewusstsein und entspreche nicht den rechtlichen Vorgaben der Invalidenversicherung. Trotz der teilweise kritischen Ausdrucksweise der Gutachter der Medas haben sie im Gutachten sachbezogen dargelegt, weshalb sie eine Aggravation für gegeben erachten, und die Frage der Zumutbarkeit der bisherigen Tätigkeit als Taxifahrer mittels der erhobenen objektiven Befunde beantwortet. Wenn dies beim Beschwerdeführer anlässlich der Untersuchung einen anderen Eindruck hinterliess und er sich aufgrund des beanstandeten Verhaltens der Gutachter veranlasst sah, diese zu unterbrechen, lässt sich aus den allein überprüfbaren Angaben im Gutachten selber objektiv betrachtet nicht auf den Anschein der Voreingenommenheit und schon gar nicht auf eine gegenüber dem Versicherten gezeigte "offensichtliche Animosität" des Untersuchers schliessen. Dessen Beschreibungen bewegen sich durchaus im Rahmen dessen, was für die Beurteilung der Invalidität bei schmerzgeplagten Versicherten von erheblicher Bedeutung und vom medizinischen Sachverständigen seinem Auftrag entsprechend zu erwähnen ist, damit seine Schlussfolgerungen schlüssig und nachvollziehbar begründet erscheinen. Eine gezielte Desavouierung oder Darstellung als Betrüger kommt jedenfalls nicht zum Ausdruck. Insgesamt sind keine Umstände ersichtlich, die bei objektiver Betrachtung Anlass gäben, die IV-Stelle zu verpflichten, das Gutachten aus den Akten zu weisen.
6. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der Beschwerdeführer hat als unterliegende Partei die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 5. Mai 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung i.V. Kopp Käch