Faits:
A. Par jugement du 7 octobre 2010, le Tribunal de police du canton de Genève a condamné X._ pour gestion déloyale aggravée (art. 158 ch. 1 al. 1 et 3 CP) à une peine pécuniaire de 360 jours-amende, à 100 fr. le jour, avec sursis et délai d'épreuve de 4 ans. X._ a également été astreint à verser à Y._ SA 117'409 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juillet 2004 et 13'409 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er juillet 2005 ainsi qu'à l'Etat de Genève une créance compensatrice de 130'818 fr., créance que le Tribunal a allouée à Y._ SA. Cette autorité a également ordonné le séquestre du compte n° *** dont X._ est titulaire auprès de la banque A._ et de l'immeuble n° ** sis en la commune de B._ dont il est propriétaire, ce en garantie de la créance compensatrice.
B. Par arrêt du 4 juillet 2011, la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève a annulé ce jugement. Statuant à nouveau, elle a condamné X._ pour gestion déloyale aggravée (art. 158 ch. 1 al. 1 et 3 CP) à une peine privative de liberté de 15 mois assortie du sursis et d'un délai d'épreuve de 3 ans. Elle l'a en outre astreint à verser à l'Etat de Genève une créance compensatrice de 521'304 fr. et a ordonné, en garantie de cette créance, le séquestre du compte et de l'immeuble précités.
Cet arrêt se fonde en substance sur les faits suivants:
B.a La société anonyme de droit français C._, à la tête d'un groupe de sociétés actives dans la production et la distribution de meubles, notamment de cuisine, a constitué une société de commercialisation de ses produits en Suisse, sous la raison sociale D._ SA, le **** 1985.
B.b En 1996, à la suite d'une procédure de redressement judiciaire, C._ a cédé ses actifs, dont les titres de D._ SA, à une société dont la raison sociale est devenue Y._ SA.
Y._ SA détenait 75% des actions de D._ SA. Elle ne pouvait toutefois exercer les droits sociaux attachés à ses actions, faute d'avoir obtenu de D._ SA l'approbation prévue par ses statuts du transfert à elle-même des titres. Y._ SA était également la principale créancière de D._ SA. Elle assurait la cession, la production et la commercialisation de meubles de cuisine de plusieurs marques et à ce titre fournissait D._ SA. Elle tenait également sa comptabilité. X._ détenait quant à lui 25% des actions de D._ SA. Il en était le directeur puis, dès le 10 août 1994, l'administrateur unique avec signature individuelle.
B.c A la suite de plusieurs agissements de X._ au nom de D._ SA - agissements pour lesquels ce dernier a été poursuivi mais non condamné -, Y._ SA a cessé d'approvisionner D._ SA à la fin de l'année 2002. Le 27 février 2003, elle a précisé aux clients de D._ SA que cette dernière n'était plus autorisée à livrer ses produits et qu'ils devaient s'acquitter de leurs paiements sur les comptes bancaires de Y._ SA. Les activités commerciales de D._ SA ont progressivement diminué pour totalement cesser depuis l'exercice 2003. Pour l'année 2003, D._ SA a toutefois réalisé un chiffre d'affaires de 187'422 francs, bien moins important que celui réalisé entre 1999 et 2001 qui oscillait entre 3'500'000 fr. et 4'200'000 francs. Elle n'a réalisé aucun chiffre d'affaires en 2004 ou 2005.
B.d Des montants ont continué à être prélevés des comptes de D._ SA pour les années 2003, 2004 et 2005, à savoir des frais de personnel, comprenant notamment la rémunération de X._, des loyers, des frais de déplacement, administratifs et de représentation, notamment la prise en charge du véhicule de X._, pour un total de 521'304 francs.
La Chambre d'appel a estimé que la distraction de ces montants était injustifiée et avait porté atteinte aux intérêts pécuniaires de D._ SA, sur lesquels X._ avait l'obligation de veiller. Elle l'a par conséquent jugé coupable de gestion déloyale aggravée du fait de ces prélèvements, ce alors que l'autorité de première instance n'avait retenu comme constitutifs d'infractions que les prélèvements opérés pour les années 2004 et 2005. Considérant que Y._ SA n'avait pas établi son dommage, elle a débouté cette dernière de ses conclusions civiles.
C. X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Il conclut à son acquittement ainsi qu'à l'annulation de la créance compensatrice et du séquestre prononcés, subsidiairement au renvoi de la cause à l'instance cantonale pour nouvelle décision.
D. Y._ SA forme également un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Elle conclut à ce que X._ soit condamné à lui verser 521'304 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 30 juin 2006, à ce que la créance compensatrice prononcée lui soit allouée et à ce qu'il lui soit donné acte qu'elle a déclaré céder à l'Etat de Genève sa créance en dommages et intérêts à l'encontre de X._ à concurrence de la créance allouée. Subsidiairement, Y._ SA conclut à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision. Elle sollicite également l'octroi de l'effet suspensif.
E. Interpellés sur le recours de X._, l'autorité précédente s'est référée à l'arrêt attaqué, le Ministère public et Y._ SA ont conclu à son rejet. X._ puis Y._ SA ont déposé des observations.

Considérant en droit:
1. Les deux recours, dirigés contre la même décision, portent sur les mêmes faits et sur des questions de droit qui se chevauchent. Il se justifie de les joindre et de statuer par un seul arrêt (art. 71 LTF et 24 PCF).
2. Le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 472).
L'autorité précédente a statué aussi bien sur l'aspect pénal que sur les prétentions civiles. Dans cette configuration et quand bien même le recours de Y._ SA porte uniquement sur les conclusions civiles et ses conséquences, soit notamment l'allocation de la créance compensatrice, c'est la voie du recours en matière pénale qui est ouverte (art. 78 al. 2 let. a LTF; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 702-703).
Les pièces produites par les parties, en tant qu'elles ne résultent pas de l'arrêt attaqué, sont irrecevables (art. 99 al. 1 LTF).
3. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits retenus par l'arrêt attaqué (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF. La partie recourante ne peut ainsi les critiquer que s'ils ont été établis en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (sur la notion d'arbitraire, cf. <ref-ruling> consid. 2.4 p. 5; 58 consid. 4.1.2 p. 62), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF, le Tribunal fédéral n'entre en matière sur les moyens fondés sur la violation de droits fondamentaux ou de dispositions de droit cantonal que s'ils ont été invoqués et motivés de manière précise. L'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits violés et préciser en quoi consiste la violation (<ref-ruling> consid. 2.8 p. 494; <ref-ruling> consid. 3 p. 351).
Faute de grief d'arbitraire, qui plus est soulevé conformément aux exigences posées par l'art. 106 al. 2 LTF, la Cour de céans s'en tiendra aux faits retenus par l'autorité précédente, sans égard à ceux présentés librement sur plusieurs pages par les recourants.
4. Le recourant se plaint que la qualité de partie civile ait été reconnue à la recourante.
4.1 Le jugement de première instance a été rendu avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2011, du Code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312.0). Conformément à l'art. 454 al. 2 CPP, c'est donc à l'aune du Code de procédure pénale genevois du 29 septembre 1977 (CPP/GE), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2010, que les questions de procédure soulevées par le recourant doivent être tranchées.
4.2 Le recourant n'expose pas dans quelle mesure l'une ou l'autre des dispositions de ce code, notamment l'art. 12 al. 1 CPP/GE qu'il mentionne, aurait été appliquée de manière insoutenable. Son grief d'arbitraire dans l'application du droit cantonal est partant irrecevable (cf. supra consid. 3 2e par.). Quant aux moyens soulevés en rapport avec l'art. 115 CPP, ils sont sans pertinence, cette disposition n'étant pas applicable au cas d'espèce. Enfin, l'art. 30 CP ne traite que de la personne légitimée à porter plainte. Il n'est donc pas déterminant pour décider qui peut ou non être reconnu partie civile, question relevant en l'espèce du droit de procédure cantonale alors applicable.
5. Le recourant invoque une violation des art. 32 al. 1 Cst. et 6 par. 2 CEDH "en tant que sa présomption d'innocence a été violée par une reformatio in pejus par la Cour de justice".
5.1 L'autorité précédente a certes condamné le recourant pour une période pénale plus longue, à une peine et à une créance compensatrice plus importantes que celles prononcées en première instance. Le recourant n'explicite toutefois pas, conformément aux exigences posées par l'art. 106 al. 2 LTF, en quoi de telles modifications violeraient la présomption d'innocence. Son grief est dès lors irrecevable.
5.2 Au surplus, l'interdiction de la reformatio in pejus n'est pas une garantie de rang constitutionnel. Ce sont les règles cantonales de procédure, alors applicables, qui pouvaient l'admettre ou la rejeter et qui en déterminaient la portée. Le recourant n'invoque toutefois aucune disposition cantonale de procédure, dont, à plus forte raison, il ne démontre pas d'application arbitraire. Le grief de violation de l'interdiction de la reformatio in pejus est pour ce motif déjà irrecevable. Au demeurant, en droit genevois, l'interdiction de la reformatio in pejus était consacrée à l'art. 246 al. 2 CPP/GE qui prévoyait que la cour cantonale ne pouvait, sur le seul appel du condamné, aggraver le sort de l'appelant (cf. arrêt 6P.7/2007 du 4 mai 2007 consid. 3). En l'occurrence, non seulement le condamné mais également la partie civile ont fait appel, celle-ci contestant la libération du recourant de certains chefs d'accusation en première instance. Une application arbitraire de l'art. 246 al. 2 CPP/GE n'aurait dès lors pu dans ces circonstances être retenue.
6. Le recourant conteste sa condamnation pour gestion déloyale aggravée au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 1 et 3 CP du fait des prélèvements effectués sur les avoirs de D._ SA pour les années 2003, 2004 et 2005, tels qu'exposés sous chiffre I.2 de la feuille d'envoi.
6.1 L'art. 158 CP punit celui qui, en vertu de la loi, d'un mandat officiel ou d'un acte juridique, est tenu de gérer les intérêts pécuniaires d'autrui ou de veiller sur leur gestion et qui, en violation de ses devoirs, aura porté atteinte à ces intérêts ou aura permis qu'ils soient lésés (ch. 1 al. 1). La gestion déloyale est qualifiée d'aggravée lorsque l'auteur a agi dans le dessein de se procurer ou de procurer à un tiers un enrichissement illégitime (ch. 1 al. 3).
6.2 A juste titre, le recourant, directeur et administrateur unique avec signature individuelle de D._ SA au moment des prélèvements litigieux, ne conteste plus qu'il occupait une position de gérant au sein de cette société et avait par conséquent un devoir de gérer et de sauvegarder les intérêts de cette dernière.
Selon la jurisprudence, le gérant d'une filiale a également un devoir de veiller sur les intérêts de la société mère lorsqu'une telle obligation résulte de l'organisation et du but de la société fille (<ref-ruling> consid. 2 p. 113, cité par l'arrêt attaqué, ch. 3.2 p. 20). L'application de cette jurisprudence au cas d'espèce présuppose notamment que D._ SA ait été, au moment des prélèvements litigieux, la filiale de Y._ SA, c'est-à-dire ait été soumise à la direction unique de cette société (cf. <ref-ruling> consid 2.2.1 p. 217). Les faits constatés par l'autorité précédente ne permettent toutefois pas de retenir que Y._ SA ait, après "la rupture des relations entre les parties" (arrêt, p. 23), soit notamment durant la période pendant laquelle les différents prélèvements litigieux ont été opérés, exercé un contrôle sur la gestion de D._ SA. Y._ SA admet d'ailleurs que le recourant contrôlait de fait seul D._ SA (recours de Y._ SA, ch. 5 p. 5). Dans ces circonstances et en l'absence d'autre élément, un devoir du recourant de veiller aux intérêts de Y._ SA au moment des prélèvements litigieux ne peut être retenu.
6.3 La condamnation du recourant pour gestion déloyale présuppose ensuite que ce dernier ait violé son devoir de gestion envers D._ SA.
6.3.1 L'autorité précédente a estimé que cette condition était réalisée, le recourant ayant continué à prélever pour les années 2003, 2004 et 2005 des "frais personnels, administratifs et de représentation" qui n'étaient alors plus justifiés (arrêt, ch. 3.2.3, p. 23). On comprend qu'elle a déduit le caractère injustifié de ces prélèvements du fait que l'activité commerciale de D._ SA avait "cessé à la fin de l'année 2002" (arrêt, ch. 3.2.3, p. 23).
6.3.2 Cette appréciation ne saurait être suivie. Tout d'abord, l'arrêt attaqué constate que D._ SA a réalisé un chiffre d'affaires de 187'422 fr. en 2003 et que le 27 février 2003 encore Y._ SA donnait son accord à un abandon de créances en faveur d'une société cliente de D._ SA de 172'421.19 (arrêt, p. 22). Durant l'exercice 2003, D._ SA avait ainsi encore quelques activités, d'encaissement notamment, qui impliquaient nécessairement des frais, de personnel en particulier. L'arrêt attaqué ne permet toutefois pas de savoir quels frais le chiffre d'affaires réalisé en 2003 impliquait, respectivement justifiait.
De plus, le seul fait qu'une société n'ait plus d'activité de vente, au motif que son unique fournisseur a cessé de l'approvisionner, n'implique pas nécessairement que tout paiement de frais ou de salaire soit automatiquement injustifié. Il convient au contraire s'agissant de "frais de personnel" d'examiner, d'une part, si les relations contractuelles à la base de ces frais devaient être maintenues, modifiées ou résiliées au vu notamment de l'activité prévisible future de la société et, d'autre part, si un changement de ces relations s'imposait, dans quel délai il pouvait être opéré, le délai en question dépendant notamment de la qualification juridique desdites relations. Le seul fait que D._ SA n'ait plus eu d'activité de revente ne la libérait par exemple pas de ses obligations d'employeur relatives aux salaires et aux frais prévus contractuellement, tout au moins jusqu'à la date où une résiliation des rapports aurait été possible.
Les faits tels que constatés par l'arrêt attaqué ne permettent pas de répondre à ces questions et ainsi de déterminer, en droit, si les différents frais, notamment de personnel, dont le prélèvement est reproché au recourant étaient justifiés ou non. On ignore en particulier sur quelle base contractuelle D._ SA était initialement astreinte à verser ces différents montants, par ailleurs non détaillés dans l'arrêt. De même, il n'est pas possible, faute de savoir sur quel fondement étaient dues les commissions perçues par le recourant, de déterminer si leur versement pour 2003 ou 2004 était justifié. Enfin, l'arrêt attaqué est muet quant au caractère injustifié des loyers prélevés, à hauteur d'un total de 64'675 francs. On ne sait ainsi rien de la relation contractuelle liant le recourant à D._ SA et prévoyant ce loyer, en particulier la durée du bail prévue et le délai dans lequel ce bail aurait été résiliable.
Il résulte de ce qui précède que l'état de fait de l'arrêt attaqué ne permet pas de confirmer le caractère injustifié des différents prélèvements retenus à la charge du recourant, tels qu'exposés en page 3 de cet arrêt. Celui-ci doit dès lors être annulé en ce qui concerne la condamnation du recourant pour les faits reprochés sous chiffre I.2 de la feuille d'envoi et la cause renvoyée à l'autorité cantonale afin qu'elle détermine, pour chaque frais dont le prélèvement est reproché au recourant, si ce prélèvement, au vu de son fondement juridique, se justifiait.
6.3.3 Une fois, ces questions résolues, l'autorité cantonale devra à nouveau examiner si les conditions de dommage, de lien de causalité, d'intention et de dessein d'enrichissement illégitimes, nécessaires pour admettre la commission de l'infraction de gestion déloyale aggravée au sens de l'art. 158 ch. 1 et 3 CP, sont réunies.
Pour ce qui concerne les prélèvements "pour 2003" (cf. arrêt, let. bc p. 3), le recourant avait été libéré en première instance et condamné pour gestion déloyale qualifiée uniquement par l'arrêt du 4 juillet 2011. Le délai de prescription pour cette infraction ainsi que pour celle de gestion déloyale simple au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 1 CP a donc cessé de courir ce jour-là (cf. art. 97 al. 3 CP; 70 al. 3 aCP). S'il devait toutefois s'avérer qu'aucun dessein d'enrichissement illégitime au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 3 CP ne pouvait être retenu, le recourant ne pourrait être condamné que pour gestion déloyale simple au sens de l'art. 158 ch. 1 al. 1 CP. Cette infraction se prescrivant par sept ans (art. 97 ch. 1 let. c CP et 70 ch. 1 let. c aCP), elle devrait être considérée comme prescrite pour les prélèvements opérés "pour 2003" avant le 4 juillet 2004, à moins qu'une unité d'actions puisse être retenue, ce qu'il appartiendra cas échéant à l'autorité précédente d'établir. La question de la prescription ne se pose en revanche pas pour les prélèvements effectués "pour" 2004 et 2005, le recourant ayant fait l'objet d'une condamnation à cet égard en première instance déjà.
6.3.4 Le recourant se plaint de la créance compensatrice prononcée à son encontre en faveur de l'Etat de Genève, à hauteur de 521'304 francs.
Les conditions permettant d'ordonner une telle mesure ont été définies par la jurisprudence (arrêt 1B_185/2007 du 30 novembre 2007 consid. 10.1 et arrêts cités), à laquelle on peut se référer. La confiscation, respectivement la créance compensatrice, ne peut être prononcée qu'à l'encontre de la personne qui a obtenu les montants visés par les art. 71 et 73 CP.
En l'espèce, l'autorité précédente a prononcé une créance compensatrice dont le montant correspond à la somme de tous les prélèvements reprochés au recourant, tels qu'ils ressortent du chiffre I.2 de la feuille d'envoi (arrêt, ch. 6.4 p. 28 in fine renvoyant au ch. 3.2.3 p. 23 in fine). Les faits retenus par cette autorité ne permettent toutefois pas de retenir que l'ensemble de ces prélèvements auraient profité au recourant. Tout d'abord, la feuille d'envoi, citée dans l'arrêt attaqué, indique "des frais de personnel comprenant notamment ses [celles du recourant, ndlr] propres rémunérations et commissions" à hauteur de 285'766 fr. pour 2003 et de 46'003 fr. pour 2004 (arrêt, let. bc p. 3). Ce "notamment" laisse à penser que le recourant ne serait pas le seul bénéficiaire de ces montants. L'autorité précédente ne tranche toutefois pas la question, se bornant à indiquer qu'il est "établi que des valeurs patrimoniales provenant de la commission d'une infraction ont été intégrées au patrimoine [du recourant, ndlr]" (arrêt, ch. 6.4 p. 28). Au surplus, cette autorité indique que le recourant touchait jusqu'à fin 2002 un "salaire" mensuel d'environ 10'000 fr. (arrêt, ch. 3.2.3 p. 22). Elle a également relevé, sans toutefois prendre position sur la portée des déclarations, que le recourant avait indiqué n'avoir plus touché de salaire dès la fin de l'année 2003 et plus de commissions au-delà de février 2003 (arrêt, ch. 3.2.3 p. 23). De tels éléments ne permettaient pas de retenir que le recourant aurait profité, à titre de "rémunérations et commissions" de 285'766 fr. pour 2003 et de 46'003 fr. pour 2004.
Dans le cadre de la nouvelle décision à rendre, il appartiendra donc à l'autorité cantonale d'analyser, si elle devait confirmer la condamnation pénale du recourant, pour chaque prélèvement jugé constitutif de gestion déloyale, à qui il a profité et si, pour ce prélèvement, il est possible de prononcer à l'encontre du bénéficiaire, que ce soit le recourant ou un tiers, une confiscation, subsidiairement une créance compensatrice.
7. La recourante Y._ SA se plaint du rejet de ses conclusions en paiement et en allocation de la créance compensatrice prononcée.
7.1 L'autorité précédente a estimé que le dommage subi par la recourante ne correspondait pas forcément à celui subi par D._ SA, les sommes litigieuses ayant été prélevées dans le patrimoine de cette société et non dans celui de la recourante. Celle-ci devait dès lors faire valoir son propre préjudice en le décrivant et en l'étayant au lieu de se borner à invoquer celui subi par D._ SA. Faute d'y procéder conformément à l'art. 42 al. 1 CO, elle devait être déboutée de ses conclusions civiles (arrêt, ch. 5 p. 24-25).
7.2 La recourante estime que l'autorité précédente a violé l'art. 42 CO en retenant qu'elle n'avait pas établi son dommage.
7.2.1 Aux termes de l'art. 8 CC, chaque partie doit, si la loi ne prescrit pas le contraire, prouver les faits qu'elle allègue pour en déduire son droit. En vertu de l'art. 42 al. 1 CO, la preuve du dommage incombe au demandeur.
Consistant dans la diminution involontaire de la fortune nette, le dommage correspond à la différence entre le montant actuel du patrimoine du lésé et le montant que ce même patrimoine aurait si l'événement dommageable ne s'était pas produit. Il peut survenir sous la forme d'une diminution de l'actif, d'une augmentation du passif, d'une non-augmentation de l'actif ou d'une non-diminution du passif (<ref-ruling> consid. 4.4.2 p. 471; <ref-ruling> consid. 4 p. 366; 321 consid. 2.2.1 p. 323/324).
7.2.2 A l'appui de son grief, la recourante soutient que la reconnaissance de sa qualité de partie civile comportait nécessairement celle qu'elle subissait directement le préjudice pénal identifié et chiffré au cours de l'instruction, soit le montant de 521'304 francs. La qualité de partie civile relève du droit de procédure cantonale (cf. supra consid. 4.1). Sa reconnaissance signifiait uniquement, à lire l'arrêt attaqué, ch. 2 p. 17, que la recourante avait été lésée par les actes du recourant. Elle n'impliquait en revanche rien quant à la matérialisation et la quotité du dommage subi, que la recourante se devait d'établir conformément à l'art. 42 al. 1 CO. La reconnaissance de la qualité de partie civile n'exonérait donc pas la recourante de son obligation d'apporter la preuve de son dommage.
7.2.3 L'arrêt attaqué ne contient aucun élément permettant de retenir que les montants litigieux, prélevés par le recourant dans les avoirs de D._ SA, auraient dû revenir, qui plus est dans leur entier, à Y._ SA. Le seul fait que celle-ci ait été titulaire de 75% du capital-actions de D._ SA ou sa principale créancière ne suffit en particulier pas pour établir l'étendue des droits éventuels de Y._ SA sur ces sommes. Dans ces circonstances, c'est à juste titre et sans violation de l'art. 42 CO, que l'autorité précédente a considéré que Y._ SA n'avait pas apporté la preuve que les prélèvements opérés lui auraient causé une non-augmentation de son patrimoine d'un montant égal et partant qu'elle aurait subi un dommage de cette importance.
7.3 La recourante invoque ensuite une violation de son droit d'être entendue, l'autorité précédente n'ayant pas précisé en quoi le préjudice subi par elle ne serait pas équivalent à celui subi par D._ SA.
7.3.1 Le droit d'être entendu impose au juge de motiver sa décision, afin que le destinataire puisse en saisir la portée et, le cas échéant, l'attaquer en connaissance de cause. Pour répondre à cette exigence, il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision. Il n'est pas tenu de discuter tous les arguments soulevés par les parties, mais peut se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 270; <ref-ruling> consid. 5.2 p. 236). La motivation peut d'ailleurs être implicite et résulter des différents considérants de la décision (arrêt 6B_118/2009 du 20 décembre 2011 consid. 6.1 et arrêt cité).
7.3.2 A l'appui de son moyen, la recourante invoque que l'autorité précédente a retenu qu'elle était titulaire du patrimoine atteint par les actes de gestion déloyale commis dans le cadre de la gestion de D._ SA (recours de Y._ SA, ch. 34 p. 10). On cherche en vain dans l'arrêt attaqué pareille assertion. On comprend en outre de la motivation de l'autorité précédente (cf. supra consid. 7.1), que cette autorité a considéré, à raison, que les patrimoines des sociétés D._ SA et Y._ SA étaient distincts, si bien que la lésion de l'un n'impliquait pas nécessairement la lésion de l'autre, qui plus est dans les mêmes proportions. Cette motivation est suffisamment claire pour exclure la violation du droit d'être entendu invoquée par la recourante.
7.3.3 Celle-ci se plaint également que l'autorité précédente ne l'ait pas avertie qu'elle entendait faire porter son examen sur un préjudice différent que celui qui avait été retenu par l'autorité de première instance et ne lui ai pas donné l'occasion de s'exprimer à ce sujet.
La recourante ne démontre pas que son droit d'être entendue aurait imposé à l'autorité précédente de l'avertir qu'elle allait réexaminer le bien-fondé de ses prétentions, en particulier l'existence d'un dommage. Son grief est partant irrecevable. Au demeurant, le recourant avait fait appel du jugement de première instance, sa contestation portant notamment sur les prétentions civiles. La recourante avait également fait appel de ce jugement afin en particulier d'obtenir l'octroi d'un montant plus important que celui prononcé par le Tribunal de police (arrêt, p. 3 et 4). L'autorité précédente statuait avec une pleine cognition en fait et en droit. Il était donc évident qu'elle allait réexaminer, qui plus est librement, le bien-fondé des prétentions de Y._ SA. Celle-ci n'avait partant pas à être rendue attentive sur ce point.
Il ressort de l'arrêt attaqué que la recourante a pu s'exprimer durant l'audience d'appel (arrêt, p. 4). En l'absence d'autres éléments, dont la recourante n'invoque d'ailleurs pas l'existence, une violation de son droit d'être entendue du fait qu'elle n'aurait pas eu l'occasion de s'exprimer sur la question du préjudice ne peut dans ces circonstances être admise.
7.4 La recourante estime qu'il appartenait à l'autorité précédente d'examiner avec moins de formalisme et de rigueur la question de la preuve du dommage et invoque qu'en ne le faisant pas cette autorité a fait preuve d'un formalisme excessif.
7.4.1 Le formalisme excessif, que la jurisprudence assimile à un déni de justice contraire à l'art. 29 al. 1 Cst., est réalisé lorsque des règles de procédure sont appliquées avec une rigueur que ne justifie aucun intérêt digne de protection, au point que la procédure devient une fin en soi et empêche ou complique de manière insoutenable l'application du droit. L'excès de formalisme peut résider dans la règle de comportement qui est imposée au plaideur ou dans la sanction qui est attachée à cette règle (<ref-ruling> consid. 5 p. 253 et arrêts cités).
7.4.2 La recourante confond ici le niveau de preuve requis pour admettre l'existence et la quotité d'un dommage et les conséquences découlant du fait que ce niveau de preuve n'a pas été atteint. S'agissant du premier, on ne saurait considérer qu'exiger comme le prévoit l'art. 42 al. 1 CO que le demandeur prouve son dommage, constitue, même dans une procédure pénale, un formalisme excessif. La référence à l'art. 126 al. 2 let. b CPP est à cet égard sans pertinence. Outre que cette disposition n'est pas ici applicable (cf. supra consid. 4.1), elle ne traite en effet que des suites à donner aux conclusions civiles lorsque la partie plaignante ne les a pas chiffrées de manière suffisamment précise ou ne les a pas suffisamment motivées. Elle ne saurait en revanche être interprétée comme une volonté du législateur d'alléger le fardeau de la preuve incombant à une partie au seul motif qu'elle procède devant une autorité pénale.
La recourante a choisi d'intenter l'action civile devant les autorités pénales. Elle a formulé des conclusions en paiement devant ces autorités. Elle a donc pris le risque que celles-ci statuent sur ses prétentions et notamment les rejettent. Une décision en ce sens ne saurait dès lors être taxée de formalisme excessif.
7.5 La recourante estime que divers motifs du jugement seraient en contradiction irréductible, ce qui constituerait une violation de son droit d'être entendue.
La recourante n'explicite pas en quoi ce droit serait ici violé, ce conformément aux exigences de motivation posées par l'art. 106 al. 2 LTF. Son grief est irrecevable.
7.6 Il résulte de ce qui précède que la décision de l'autorité précédente de rejeter la conclusion en paiement formulée par la recourante ne prête pas flanc à la critique. Dans ces conditions et faute de dommages-intérêts fixés par un jugement (art. 73 al. 1 CP), la recourante ne saurait non plus se voir attribuer la créance compensatrice prononcée en vertu de l'art. 73 ch. 1 let. c CP.
8. Le recours de X._ doit par conséquent être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Les avoirs actuellement saisis le resteront jusqu'à ce que l'arrêt à intervenir soit définitif et exécutoire. Les frais judiciaires sont mis pour moitié à la charge de l'intimée Y._ SA, le canton de Genève n'ayant pas à en supporter (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Le recourant peut prétendre à une indemnité de dépens, à la charge du canton de Genève et de l'intimée Y._ SA pour moitié chacun (art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Le recours de Y._ SA doit en revanche être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. La recourante supportera les frais de justice (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens à l'intimé X._, qui n'a pas été invité à se déterminer sur ce recours, ni au Ministère public (art. 68 al. 3 LTF). Le renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau sur la culpabilité de X._ ne saurait profiter à la recourante afin qu'elle complète la motivation à l'appui de ses prétentions civiles. Celles-ci doivent dès lors être considérées comme définitivement rejetées.
La cause étant tranchée, la requête d'effet suspensif formulée par la recourante devient sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours 6B_586/2011 et 6B_587/2011 sont joints.
2. Le recours 6B_586/2011 est admis et l'arrêt du 4 juillet 2011 est annulé. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision au sens des considérants.
3. Le recours 6B_587/2011 est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. Les frais judiciaires pour le recours 6B_586/2011 sont mis pour moitié, soit 2'000 francs, à la charge de Y._ SA.
5. Les frais judiciaires pour le recours 6B_587/2011, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge de Y._ SA.
6. Les dépens de X._, arrêtés à 3'000 fr., sont mis pour moitié à la charge du canton de Genève et pour moitié à la charge de Y._ SA.
7. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 7 février 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod