Fatti:
A. Nel corso del mese di luglio 1995, B._, nato nel 1970, al momento dei fatti impiegato presso la ditta P._ AG in qualità di product manager e, perciò, assicurato d'obbligo presso la Zurigo Assicurazioni (in seguito Zurigo), è rimasto vittima di due infortuni consistenti in una lite con una terza persona e in un incidente della circolazione. I casi sono stati assunti dalla Zurigo, la quale ha corrisposto le usuali prestazioni di legge, segnatamente le cure mediche e le indennità giornaliere.
Mediante decisione dell'11 maggio 2007, alla quale B._, rappresentato dall'avv. Max Sidler, ha interposto opposizione, la Zurigo ha negato il proprio obbligo di versare prestazioni a far tempo dal 31 marzo 2007, reputando non più dato, a partire da tale data, il necessario nesso di causalità naturale fra gli infortuni in oggetto e i disturbi accusati dall'assicurato.
ll 17 settembre 2007, la Zurigo ha informato l'interessato che sarebbe stato sottoposto a perizia specialistica pluridisciplinare (neurologica e psichiatrica) presso la Clinica S._, fissando un termine di un mese per sollevare eventuali contestazioni nei confronti dei periti e presentare i relativi quesiti.
In data 12 novembre 2007, l'interessato ha comunicato di non volersi sottoporre ad un'ulteriore perizia, in quanto non necessaria.
Con scritto del 13 novembre 2007 la Zurigo ha quindi fissato a B._ un termine scadente il 13 dicembre 2007 per dichiarare di volersi sottoporre alla perizia, essendo una sua collaborazione necessaria. Nel caso non lo avesse fatto l'assicuratore avrebbe deciso in base agli atti, non essendovi documenti medici attestanti un nesso di causalità naturale.
Il 14 novembre 2007, l'assicurato ha confermato di non volersi sottoporre alla perizia.
Mediante decisione su opposizione del 16 novembre 2007 l'assicuratore infortuni ha quindi confermato il precedente provvedimento, statuendo in base agli atti, in particolare ai rapporti del dott. M._, specialista in neurologia, non essendosi la MEDAS, incaricata di esaminare l'assicurato per conto dell'Ufficio assicurazione invalidità (UAI), espressa sulla causalità naturale.
B. Sempre patrocinato dall'avv. Sidler, l'interessato ha interposto gravame al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendo che venisse accertata l'esistenza di un nesso di causalità naturale e adeguato tra gli infortuni subiti nel 1995 e i disturbi di cui soffriva e che la causa fosse retrocessa alla Zurigo per definire il suo diritto a prestazioni.

Con giudizio del 17 aprile 2008 la Corte adita ha accolto il gravame ai sensi dei considerandi, annullando la decisione impugnata e retrocedendo la causa alla Zurigo, affinché procedesse come indicato al considerando 2.12 in fine.
C. La Zurigo, rappresentata dall'avv. Mattia A. Ferrari, interpone ricorso al Tribunale federale, chiedendo l'annullamento del giudizio impugnato e la conferma della decisione su opposizione, con protesta di spese e ripetibili. Dei motivi si dirà, se necessario, nei considerandi di diritto.
Chiamato a pronunciarsi sul gravame, l'intimato, ancora rappresentato dall'avv. Sidler, ha chiesto di dichiararlo irricevibile, eventualmente di respingerlo, con protesta di spese e ripetibili, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.
Diritto:
1. Oggetto del contendere è il rinvio degli atti alla Zurigo per procedere ad ulteriori accertamenti medici in ordine all'esistenza di un nesso di causalità naturale. L'assicuratore ritiene infatti di aver statuito correttamente ai sensi dell'<ref-law> in base agli atti in suo possesso.
2. Dal momento che non pone termine alla procedura, né lo scopo del rinvio è quello di eseguire il giudizio dell'istanza superiore (sentenza 8C_682/2007 del 30 luglio 2008 non ancora pubblicata nella Raccolta ufficiale, consid. 1.1), il giudizio impugnato costituisce una decisione incidentale ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 481). L'ammissibilità del ricorso presuppone di conseguenza - in via alternativa - che la pronuncia possa causare un pregiudizio irreparabile (cpv. 1 lett. a) oppure che l'accoglimento del ricorso comporti immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (cpv. 1 lett. b).
3. 3.1 Un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law> è un danno di natura giuridica che non può essere sanato ulteriormente da un giudizio finale o da un'altra decisione favorevole al ricorrente (<ref-ruling> consid. 4 pag. 141, 288 consid. 3.1 pag. 291). Per contro, un danno meramente fattuale, come può essere il prolungamento della procedura o un aumento delle sue spese, non può essere considerato irreparabile (<ref-ruling> consid. 1 pag. 59 e le sentenze ivi citate).
3.2 Un giudizio cantonale di rinvio per complemento istruttorio e nuova decisione è atto a causare un danno irreparabile all'amministrazione soltanto se contiene delle istruzioni sul modo in cui questa dovrà statuire su determinati aspetti del rapporto giuridico litigioso, restringendo significativamente la sua latitudine di giudizio (sentenza 8C_682/2007 del 30 luglio 2008 consid. 1.2.1 e 1.2.2, non ancora pubblicata nella Raccolta ufficiale; <ref-ruling> consid. 5.2 pag. 483).
4. 4.1 In casu, va da un lato rilevato che con la pronuncia di rinvio impugnata il Tribunale cantonale non obbliga la Zurigo ad emanare una decisione alla luce di determinate direttive materiali (cfr. a titolo di esempio il consid. 1.2 non pubblicato in <ref-ruling>, in cui la corte giudicante aveva stabilito il metodo da applicare per accertare l'invalidità), né si può quindi affermare che la decisione di rinvio non lascia alcuna latitudine di giudizio all'autorità inferiore. In effetti se è vero che l'assicuratore infortuni deve procedere ad ulteriori accertamenti medici, è pur vero che potrà emanare una decisione circa l'esistenza o meno di un nesso di causalità naturale, in piena libertà (si veda anche sentenza 9C_898/2007 del 24 luglio 2008 consid. 2.1).
4.2 Malgrado inoltre questa Corte abbia già stabilito che una censura riguardante l'accertamento dei fatti non configura un pregiudizio giuridico neppure se poggia su una violazione del diritto (cfr. sentenze 8C_575/2008 del 24 luglio 2008 consid. 3, 8C_78/2008 del 9 luglio 2008 consid. 2 e 9C_301/2007 del 28 settembre 2007 consid. 2.2; in casu la ricorrente si avvale di una violazione dell'<ref-law>, secondo il quale, se l'assicurato rifiuta in modo ingiustificato di collaborare, l'assicuratore può, dopo diffida scritta e avvertimento delle conseguenze giuridiche e dopo aver impartito un adeguato termine di riflessione, decidere in base agli atti), è vero che in caso di irricevibilità, la Zurigo non potrà più avvalersi della corretta applicazione del citato <ref-law>.
5. D'altro canto l'ammissibilità del ricorso per motivi di economia processuale (<ref-law>) contro una decisione incidentale costituisce un'eccezione e va interpretata restrittivamente (sentenza 9C_898/2007 del 24 luglio 2008 consid. 1.2), tanto più che le parti non subiscono alcun pregiudizio se non impugnano immediatamente tali decisioni che possono essere contestate contestualmente con la decisione finale (<ref-law>).
In casu, l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente l'emanazione di una decisione finale e meglio il disconoscimento dell'esistenza di un nesso di causalità naturale con rifiuto di ulteriori prestazioni, consentendo di evitare l'esecuzione di accertamenti supplementari. L'assunzione di tali prove non può tuttavia essere considerata quale procedura probatoria defatigante o dispendiosa ai sensi dell'<ref-law>, dovendosi i periti della MEDAS, che già ben conoscono il caso per averlo approfondito all'attenzione dell'UAI, soltanto pronunciare sul nesso di causalità naturale (in tal senso sentenze 9C_898/2007 del 24 luglio 2008 consid. 1.2 e 9C_446/2007 del 5 dicembre 2007 consid. 3).
6. La questione se tuttavia il ricorso va in concreto dichiarato irricevibile (v. consid. 5.2) può rimanere irrisolta. In effetti esso andrebbe in ogni caso respinto nel merito (cfr. <ref-ruling> consid. 1.3.3 in fine pag. 141).
6.1 La ricorrente sostiene, in particolare, che il Tribunale cantonale non può ordinare nuovi accertamenti in quanto ha agito conformemente al tenore dell'<ref-law> pronunciandosi in base agli atti. L'intimato ha dal canto suo dichiarato che la Corte cantonale ha correttamente esaminato la questione della conformità alla legge della decisione pronunciata in base agli atti.
6.2 Ai sensi dell'<ref-law> gli assicurati e il loro datore di lavoro devono collaborare gratuitamente all'esecuzione delle varie leggi d'assicurazione sociale. Secondo l'<ref-law>, inoltre, l'assicuratore esamina le domande, intraprende d'ufficio i necessari accertamenti e raccoglie le informazioni di cui ha bisogno. Le informazioni date oralmente devono essere messe per scritto (cpv. 1). Se sono necessari e ragionevolmente esigibili esami medici o specialistici per la valutazione del caso, l'assicurato deve sottoporvisi (cpv. 2). Se l'assicurato o altre persone che pretendono prestazioni, nonostante un'ingiunzione, rifiutano in modo ingiustificato di compiere il loro dovere d'informare o di collaborare, l'assicuratore può, dopo diffida scritta e avvertimento delle conseguenze giuridiche e dopo aver impartito un adeguato termine di riflessione, decidere in base agli atti o chiudere l'inchiesta e decidere di non entrare in materia (cpv. 3).
Al riguardo, la giurisprudenza ha tuttavia già precisato che, malgrado la mancata collaborazione dell'assicurato, l'assicuratore può pronunciarsi in base agli atti se non è possibile accertare i fatti senza difficoltà né complicazioni speciali. Questa Corte ha in particolare statuito che l'amministrazione, confrontata con un rifiuto dell'assicurato di sottoporsi a nuova perizia medica pluridisciplinare, avrebbe dovuto tentare di chiarire la situazione cercando di raccogliere dapprima presso i primi esperti dei complementi d'informazione. A questo stadio, non era quindi autorizzata a pronunciare una decisione fondandosi sugli atti incompleti dell'incarto (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni I 700/02 del 24 giugno 2003 consid. 2.2 e 3.3; Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, Zurigo 2003, n. 41 all'art. 43).
7. In casu, come correttamente indicato dalla Corte cantonale, le conclusioni del dott. M._, che non ha esaminato personalmente l'interessato, contraddicono quelle di altri esperti precedentemente interpellati (v. ad esempio la perizia reumatologica 11 marzo 1998 dell'Ospedale X._ e la perizia 11 ottobre 2001 del dott. H._, specialista in neurologia) senza che la motivazione addotta sia convincente. Poiché i citati rapporti non sono attuali - mentre la MEDAS ha esaminato recentemente e a fondo l'assicurato -, appare giustificato porre al citato servizio alcune domande supplementari sul nesso di causalità naturale. In simili condizioni una nuova perizia pluridisciplinare - l'assicurato è già stato sottoposto a numerosi e approfonditi esami - non risulta strettamente necessaria. Del resto il principio indagatorio, valido nelle assicurazioni sociali, viene completato dall'obbligo di collaborazione, non vanificato. Il procedere proposto è inoltre conforme al principio della proporzionalità e di un'amministrazione razionale (SVR 2007 UV no. 33 pag. 112 consid. 4.1 in fine [U 571/06]).
Ne consegue che nella misura in cui è ricevibile il ricorso è respinto.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ricevibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico della ricorrente.
3. La ricorrente verserà all'opponente la somma di fr. 2000.- a titolo di ripetibili per la procedura federale.
4. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.