Sachverhalt:
A.
Der Kanton Aargau will im Hinblick auf die langfristige Planung des Gesteinsabbaus Probebohrungen durchführen. Damit soll das Kalk- und Mergelvorkommen, das zur Zementproduktion benötigt wird, untersucht werden. Mit Beschluss vom 13. Dezember 2006 beauftragte der Regierungsrat des Kantons Aargau das Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau (BVU/AG), die für diese Probebohrungen erforderlichen enteignungsrechtlichen Verfahren einzuleiten.
Am 22. März 2007 erteilte die Abteilung für Umwelt des BVU/AG der Abteilung für Raumentwicklung des BVU/AG gestützt auf Art. 32 GSchV (SR 814.201) und § 7 des Gesetzes über die Nutzung und den Schutz der öffentlichen Gewässer des Kantons Aargau vom 22. März 1954 (GNG/AG; SAR 763.200) unter Auflagen und Bedingungen gewässerschutzrechtliche Bewilligungen für Sondierbohrungen in besonders gefährdeten Gewässerschutzbereichen an vier Standorten, nämlich in den Gemeinden Effingen, Schinznach-Dorf, Thalheim und Unterbözberg. Gemäss dem Bestandteil der Bewilligung bildenden Gesuchsformular beträgt die Bohrtiefe am Standort Effingen 100 m. Unter den Bedingungen und Auflagen (Ziffern 1-11) wird namentlich festgehalten, dass die Bohrung nach Abschluss der Untersuchungen nach dem Stand der Technik zu verfüllen ist (Ziffer 6). Für das Befahren der Waldstrassen ist nach § 22 Abs. 1 lit. e der Verordnung zum Waldgesetz des Kantons Aargau vom 16. Dezember 1998 (WaV/AG; SAR 931.111) eine schriftliche Ausnahmebewilligung des Gemeinderats notwendig (Ziffer 10). Nach der Bohrung sind die Bohrplätze und die beanspruchten Waldstrassen wieder herzustellen und durch den zuständigen Revierförster abnehmen zu lassen (Ziffer 11).
Am 30. Mai 2007 stellte die Abteilung für Raumentwicklung des BVU/AG bei der kantonalen Schätzungskommission nach Baugesetz Gesuche um befristete Enteignungen zwecks Durchführung von Probebohrungen (sowie An- und Abtransport der benötigten Installationen) an den vier erwähnten Standorten. Bezüglich des Standorts Effingen wurde darum ersucht, die im Eigentum der Gemeinde Effingen stehenden Parzellen Nrn. 151 und 711 und die erforderlichen Zufahrtsrechte befristet zu enteignen. Gegen das öffentlich aufgelegte Enteignungsgesuch in Effingen erhob unter anderem die Grundhof Bözberg AG Einsprache. Die Einsprecherin ist Eigentümerin des Grundstücks Nr. 159, welches sich in unmittelbarer Nähe des Bohrstandorts befindet.
Nach einer Einigungsverhandlung überwies die Schätzungskommission die Einsprache am 30. Juni 2008 an den Regierungsrat des Kantons Aargau. Dieser wies die Einsprache am 14. Januar 2009 ab und ordnete die Enteignung für die Durchführung der Probebohrungen in Effingen samt Benutzung der zu den Bohrstellen führenden Waldstrassen an. Zudem wies er die Gemeinde Effingen an, auf entsprechendes Gesuch hin das für das Befahren der Waldstrassen gemäss § 22 Abs. 1 lit. e WaV/AG erforderliche Ausnahmebewilligungsverfahren durchzuführen.
Gegen diesen Regierungsratsentscheid reichte unter anderem die Grundhof Bözberg AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Aargau ein. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 18. November 2009 ab, soweit es darauf eintrat. Auf eine von der Grundhof Bözberg AG gegen dieses Urteil erhobene Beschwerde trat das Bundesgericht mit Urteil 1C_15/2010 vom 16. Juni 2010 nicht ein.
B.
Am 25. Januar 2011 stellte die Abteilung Raumentwicklung des BVU/AG bei der Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG das Gesuch, es sei festzustellen, dass die geplanten Probebohrungen nebst der (bereits erteilten) gewässerschutzrechtlichen Bohrbewilligung und der waldrechtlichen Ausnahmebewilligung gemäss § 22 Abs. 1 lit. e WaV/AG für die Benutzung der zu den Bohrstellen führenden Waldstrassen weder einer Baubewilligung nach RPG (SR 700) noch einer Rodungs- oder weiteren waldrechtlichen Ausnahmebewilligung im Sinne des Waldgesetzes des Kantons Aargau vom 1. Juli 1997 (WaG/AG; SAR 931.100) bedürften.
Am 23. Februar 2011 verfügte die Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG bezogen auf den Probebohrungsstandort Effingen (Parzellen Nrn. 151 und 711) was folgt:
I. Es wird festgestellt, dass die Probebohrung nicht baubewilligungspflichtig ist.
II. Es wird festgestellt, dass gemäss langer kantonaler Praxis für die Probebohrung keine Ausnahmebewilligung für eine Rodung notwendig ist.
III. Es wird festgestellt, dass es sich bei Probebohrungen, welche sich ausschliesslich auf das Areal von Waldstrassen beschränken, nicht um eine nachteilige Nutzung gemäss § 13 WaG/AG handelt. Es ist keine Ausnahmebewilligung notwendig.
Der Entscheid wurde mit Hinweis auf die Einsichtsmöglichkeit in den begründeten Entscheid und die Gesuchsunterlagen sowie versehen mit einer Rechtsmittelbelehrung öffentlich publiziert.
Während der Auflagefrist vom 8. März bis 6. April 2011 erhob insbesondere die Grundhof Bözberg AG Beschwerde beim Regierungsrat mit dem Antrag auf Aufhebung der Verfügung der Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG vom 23. Februar 2011. Mit Entscheid vom 28. September 2011 wies der Regierungsrat die Beschwerde ab.
Die von der Grundhof Bözberg erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht mit Urteil vom 18. Juni 2012 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht vom 5. September 2012 beantragt die Grundhof Bözberg AG, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben, und es sei festzustellen, dass für die geplanten Probebohrungen ein Baubewilligungsverfahren durch die zuständige Behörde durchgeführt werden müsse.
Mit Verfügung vom 8. Oktober 2012 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.
Das Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Vernehmlassung. Der Regierungsrat beantragt die Beschwerdeabweisung. Die Beschwerdeführerin hält in ihrer Replik an ihrem Standpunkt und an ihren Anträgen fest.

Erwägungen:
1.
Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid der Vorinstanz, mit welchem in Bestätigung des Beschlusses des Regierungsrats die bau- und waldrechtliche Bewilligungspflicht der geplanten Probebohrungen verneint wurde, steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten offen (Art. 82 ff. BGG).
Zur Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht ist gemäss Art. 89 Abs. 1 BGG berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a), durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt ist (lit. b) und ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung besitzt (lit. c). Das Beschwerderecht setzt neben der formellen Beschwer voraus, dass die Beschwerdeführerin über eine spezifische Beziehungsnähe zur Streitsache verfügt und einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids zieht. Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation der Beschwerdeführerin durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann. Die Voraussetzungen von Art. 89 Abs. 1 lit. b und c BGG hängen eng zusammen. Bei Beschwerden von Drittpersonen (wie z.B. Nachbarn) wird verlangt, dass sie durch den angefochtenen Akt persönlich und unmittelbar einen Nachteil erleiden.
Der Standort der geplanten Probebohrung in Effingen liegt auf der Gabelung der Strassenparzellen Nrn. 711 und 151. Die Beschwerdeführerin ist Eigentümerin der Parzelle Nr. 159, welche an die Strassenparzelle Nr. 711 angrenzt und sich in einer Distanz von rund 25 m zum geplanten Bohrstandort befindet. Damit ist die erforderliche räumliche Beziehungsnähe gegeben. Die Beschwerdeführerin würde zudem einen praktischen Nutzen aus der Aufhebung des angefochtenen Entscheids ziehen, da die Probebohrungen namentlich vorübergehende Störungen durch Immissionen bewirken und zu einer temporären Einschränkung der Zufahrtsmöglichkeiten zu ihrem Grundstück führen können. Die Beschwerdeführerin ist damit zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 1 BGG). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, kann auf die Beschwerde grundsätzlich eingetreten werden.
Nicht einzutreten ist jedoch auf den Antrag auf Aufhebung der Entscheide des Regierungsrats und des BVU/AG. Diese Entscheide sind durch das Urteil des Verwaltungsgerichts ersetzt worden (Devolutiveffekt) und gelten als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144 mit Hinweis).
2.
2.1. Die Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG verfügte, wie dargelegt (vgl. Sachverhalt lit. B.), mit Feststellungsentscheid vom 23. Februar 2011, dass die Probebohrungen weder baubewilligungspflichtig seien noch einer waldrechtlichen (Ausnahme-) Bewilligung betreffend Rodung oder nachteiliger Nutzung bedürften. Der Entscheid wurde mit Hinweis auf die Einsichtsmöglichkeit in den begründeten Entscheid und die Gesuchsunterlagen sowie versehen mit einer Rechtsmittelbelehrung öffentlich publiziert.
2.2. Die Beschwerdeführerin bringt wie bereits im kantonalen Verfahren vor, dieser Feststellungsentscheid der Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG vom 23. Februar 2011 sei infolge Unzuständigkeit der verfügenden Behörde nichtig. Für den Erlass des Feststellungsentscheids zuständig gewesen wäre der Gemeinderat Effingen und nicht die kantonale Behörde.
2.3. Die Zuständigkeiten sind wie folgt geregelt:
Bauten und Anlagen dürfen nur mit behördlicher Bewilligung errichtet oder geändert werden (Art. 22 Abs. 1 RPG). Die Kantone ordnen Zuständigkeiten und Verfahren (Art. 25 Abs. 1 RPG). Bei allen Bauvorhaben ausserhalb der Bauzonen entscheidet die kantonale Behörde, ob sie zonenkonform sind oder ob für sie eine Ausnahmebewilligung erteilt werden kann (Art. 25 Abs. 2 RPG).
Nach § 59 Abs. 1 des Gesetzes über Raumentwicklung und Bauwesen des Kantons Aargau vom 19. Januar 1993 (BauG/AG; SAR 713.100) bedürfen alle Bauten und Anlagen der Bewilligung durch den Gemeinderat; vorbehalten bleiben abweichende Zuständigkeitsregelungen des Bundesrechts und die Bestimmungen des BauG/AG über den Bau von öffentlichen Strassen und den Wasserbau. Das Baugesuch ist dem Gemeinderat einzureichen (§ 60 Abs. 1 BauG/AG). Der Gemeinderat hat Gesuche vor seinem Entscheid dem zuständigen kantonalen Departement vorzulegen und darf sie nur mit dessen Zustimmung bewilligen, sofern sie Bauten und Anlagen ausserhalb von Bauzonen zum Gegenstand haben (§ 63 lit. e BauG/AG). Gesuche für Bewilligungen und Zustimmungen kantonaler oder eidgenössischer Behörden sind ebenfalls beim Gemeinderat einzureichen; vorbehalten bleiben abweichende Bestimmungen des Bundesrechts (§ 64 Abs. 1 BauG/AG). Ist für eine Baute oder Anlage die Bewilligung oder Zustimmung kantonaler oder eidgenössischer Behörden erforderlich, so darf der Gemeinderat das Baugesuch nur gutheissen, wenn diese Bewilligung oder Zustimmung vorliegt; der Gemeinderat eröffnet seinen Entscheid in der Regel gleichzeitig und gemeinsam mit den Entscheiden der kantonalen und eidgenössischen Behörden (§ 64 Abs. 5 BauG/AG).
2.4. Die Vorinstanz hat erwogen, gemäss der kantonalgesetzlichen Zuständigkeitsregelung sei der Gemeinderat Baubewilligungsbehörde. Dies gelte auch für Bauten und Anlagen ausserhalb der Bauzonen, wobei der Gemeinderat bei solchen Bauvorhaben in Umsetzung von Art. 25 Abs. 2 RPG die Zustimmung der kantonalen Behörde einzuholen habe. Indem die Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG vorliegend die Feststellungsverfügung direkt erlassen habe, habe sie sich über diese Zuständigkeitsordnung hinweggesetzt. Damit liege ein formeller Mangel vor.
Nach der Rechtsprechung stelle die funktionelle und sachliche Unzuständigkeit einen Nichtigkeitsgrund dar, es sei denn, der verfügenden Behörde komme auf dem betreffenden Gebiet allgemeine Entscheidungsgewalt zu. Diese Voraussetzung sei erfüllt. Das BVU/AG sei im Bereich des Bau- und Planungsrechts Aufsichtsinstanz über die Gemeinden, und die Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG sei jene kantonale Behörde, welche gemäss Art. 25 Abs. 2 RPG bei allen Bauvorhaben ausserhalb der Bauzonen zu entscheiden habe, ob hierfür eine Ausnahmebewilligung erteilt werden könne. Die Funktion des Gemeinderats sei bei Bauprojekten ausserhalb des Baugebiets im Wesentlichen darauf beschränkt, die Entscheide der Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG zu eröffnen. Folglich komme dieser allgemeine Entscheidungsgewalt zu, womit kein Nichtigkeitsgrund vorliege.
Mängel des vorinstanzlichen Verfahrens könnten ausnahmsweise dann geheilt werden, wenn die Rechtsmittelinstanz über die gleiche Kognition verfüge wie die Vorinstanz. Dem Regierungsrat sei bei der Überprüfung des Feststellungsentscheids der Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG volle Kognition zugekommen (§ 52 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege des Kantons Aargau vom 4. Dezember 2007 [VRPG/AG; SAR 271.200]), und ihm seien die Auffassungen der Beschwerdeführerin und der Gemeinde Effingen bekannt gewesen. Damit sei der Mangel des erstinstanzlichen Verfahrens im Verfahren vor dem Regierungsrat geheilt worden. Aus dieser Heilung sei der Beschwerdeführerin kein Rechtsnachteil erwachsen. Von einer Rückweisung der Angelegenheit an den Gemeinderat Effingen könne deshalb abgesehen werden, zumal ansonsten offensichtlich ein prozessualer Leerlauf betrieben würde.
2.5. Fehlerhafte Verwaltungsakte sind in der Regel nicht nichtig, sondern nur anfechtbar, und sie werden durch Nichtanfechtung rechtsgültig. Absolute Unwirksamkeit einer Verfügung wird nach der sogenannten Evidenztheorie nur angenommen, wenn die Verfügung mit einem tiefgreifenden und wesentlichen Mangel behaftet ist, wenn dieser schwerwiegende Mangel offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist und wenn zudem die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel haben nur in seltenen Ausnahmefällen die Nichtigkeit einer Verfügung zur Folge; erforderlich ist hierzu ein ausserordentlich schwerwiegender Mangel. Als Nichtigkeitsgründe fallen hauptsächlich funktionelle und sachliche Unzuständigkeit einer Behörde sowie schwerwiegende Verfahrensfehler in Betracht (wie z.B. der Umstand, dass der Betroffene keine Gelegenheit hatte, am Verfahren teilzunehmen). Fehlt einer Verfügung in diesem Sinne jegliche Rechtsverbindlichkeit, so ist das durch jede Behörde, die mit der Sache befasst ist, jederzeit und von Amtes wegen zu beachten (<ref-ruling> E. 3.1 S. 275).
Die funktionelle oder sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde kann somit einen Nichtigkeitsgrund darstellen. Nach der bundesgerichtlichen Praxis führt die Unzuständigkeit indes dann nicht zur Nichtigkeit des Entscheids, wenn der verfügenden Behörde auf dem betreffenden Gebiet allgemeine Entscheidungsgewalt zukommt (vgl. <ref-ruling> E. 3g S. 47).
2.6. Wie die Vorinstanz zu Recht erwogen hat, kommt der Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG auf dem Gebiet der Ausnahmebewilligungen für Bauvorhaben ausserhalb der Bauzonen allgemeine Entscheidungsgewalt zu. Die Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG hat ihren Feststellungsentscheid vom 23. Februar 2011 nicht einzig der Abteilung für Raumentwicklung des BVU/AG als Gesuchstellerin eröffnet, sondern ihn auch dem Gemeinderat Effingen übermittelt mit der Aufforderung, für die amtliche Publikation und die öffentliche Auflage der Gesuchsunterlagen sowie des kantonalen Entscheids zu sorgen. Dieser Aufforderung ist der Gemeinderat nachgekommen. Die Rüge der Beschwerdeführerin, das gesamte bei der Behandlung von Baugesuchen vorgeschriebene Prozedere sei nicht beachtet worden, ist daher nicht stichhaltig. Wenn kein Baugesuch vorlag und ein solches nach Auffassung der kantonalen Behörden mangels Baubewilligungspflicht auch nicht erforderlich war, so versteht es sich von selbst, dass keine Bauprofile aufzustellen waren, der Gemeinderat kein Baugesuch zu beurteilen hatte und auch ein allfälliges Einspracheverfahren entfiel. Aufgrund der öffentlichen Auflage war es der Beschwerdeführerin ohne Weiteres möglich, den Entscheid bei der zuständigen Rechtsmittelinstanz, d.h. beim Regierungsrat, anzufechten, was sie denn auch getan hat. Entgegen der Behauptung in der Beschwerde ist ihr dadurch keine Instanz verloren gegangen.
Nach dem Gesagten ist weder von der offensichtlichen Unzuständigkeit der Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG noch von einem schweren Verfahrensmangel auszugehen. Es liegt kein Nichtigkeitsgrund vor.
Die Ausführungen der Vorinstanz zur Heilung des Verfahrensmangels sind zutreffend. Der Regierungsrat hat den Feststellungsentscheid der Abteilungen für Baubewilligungen des BVU/AG vom 23. Februar 2011 mit voller Kognition überprüft. Aus dieser Heilung ist der Beschwerdeführerin kein Rechtsnachteil erwachsen. Die Angelegenheit (einzig aus diesem Grund) an den Gemeinderat Effingen zurückzuweisen, käme einem prozessualen Leerlauf gleich.
3.
3.1. In Bezug auf die geplanten Probebohrungen in Effingen geht die Vorinstanz von folgendem Sachverhalt bzw. Projekt aus:
Gemäss der von der Abteilung für Umwelt des BVU/AG am 22. März 2007 erteilten gewässerschutzrechtlichen Sondierbohrbewilligung darf die Bohrtiefe maximal 100 m betragen. Die Bohrlöcher, welche einen Durchmesser von maximal 20 cm aufweisen dürfen, müssen nach Abschluss der Untersuchung wieder fachgerecht, nach dem Stand der Technik, verfüllt werden. Die für die Probebohrungen temporär beanspruchte Waldfläche ist auf unter 100 m2 beschränkt und zweckmässig abzugrenzen. Die Bohrungen sollen im Y-förmigen Kreuzungsbereich der Waldstrassen vorgenommen werden. Für die Bohrinstallation werden ein 25 t schwerer Bohrlastwagen (1 An- und 1 Abtransport) und ein 34 t schwerer Transportlastwagen (je 2 An- und Abtransporte) benötigt. Ausser dem Bohrgerät wird auf der Kreuzung eine Notstromgruppe, ein Spülwasserbecken und ein Rohrlager installiert. Die Wegkreuzung wird deshalb während bis zu vier Wochen mit grösseren Fahrzeugen nicht oder nur erschwert passierbar sein. Für den An- und Abtransport von Kleinmaterial und Personal wird mit rund 60 Hin- und Rückfahrten mit einem Lieferwagen (3.5 t) und mit rund 140 Hin- und Rückfahrten mit Personenwagen (2 t) gerechnet (vgl. die Sondierbohrbewilligung der Abteilung für Umwelt des BVU/AG vom 22. März 2007 und den Feststellungsentscheid der Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG vom 23. Februar 2011).
3.2. Die Beschwerdeführerin lastet der Vorinstanz eine willkürliche Sachverhaltsfeststellung an. Es liege keine gewässerschutzrechtliche Bohrbewilligung vor und gemäss Baugesuch werde eine Bohrtiefe von 250 m und nicht - wie von der Vorinstanz behauptet - von 100 m beansprucht. Da gemäss Kernenergierecht Tiefenbohrungen von 200 m oder mehr bewilligungspflichtig seien, verstosse der angefochtene Entscheid zugleich gegen das Kernenergiegesetz vom 21. März 2003 (KEG; SR 732.1).
3.3. Die Rüge der Beschwerdeführerin erweist sich als offensichtlich unbegründet. Wie dargelegt (vgl. Sachverhalt lit. A. hiervor), erteilte die Abteilung für Umwelt des BVU/AG der Abteilung für Raumentwicklung des BVU/AG am 22. März 2007 unter Auflagen und Bedingungen die gewässerschutzrechtliche Bewilligung für die beantragten Probebohrungen in Effingen, wobei die Bohrtiefe gemäss dem Bestandteil der Bewilligung bildenden Gesuchsformular 100 m beträgt. Die Vorinstanz hat den Sachverhalt folglich insoweit nicht willkürlich festgestellt. Damit erübrigt sich auch ein Eingehen auf das Vorbringen der Beschwerdeführerin, eine Bohrtiefe von 250 m verstosse gegen das Kernenergiegesetz.
4.
4.1. Die Beschwerdeführerin macht eine willkürliche Auslegung und Anwendung kantonalen Rechts und damit eine Verletzung des Willkürverbots gemäss Art. 9 BV geltend. Sie führt präzisierend aus, in der Bauverordnung des Kantons Aargau würden die Tatbestände, welche keiner baurechtlichen Bewilligung bedürften, abschliessend normiert. Da Probebohrungen nicht aufgeführt seien, ergebe sich e contrario, dass diese per se, d.h. unabhängig von ihren räumlichen Auswirkungen, baubewilligungspflichtig seien. Die gegenteilige Auffassung der Vorinstanz komme einer willkürlichen Auslegung bzw. (Nicht-) Anwendung kantonalen Rechts gleich.
4.2.
4.2.1. In Bezug auf das anwendbare Recht hat die Vorinstanz festgehalten, am 1. September 2011 sei die Bauverordnung des Kantons Aargau vom 25. Mai 2011 (BauV/AG; SAR 713.121) in Kraft getreten, mit welcher die Allgemeine Verordnung zum Baugesetz des Kantons Aargau vom 23. Februar 1994 (ABauV/AG) aufgehoben worden sei (vgl. AGS/AG 2011/4-2, S. 33). Da die zu beurteilende Bausache im Zeitpunkt des Inkrafttretens der BauV/AG bereits hängig gewesen und die Beurteilung für die Bauherrschaft nach neuem Recht nicht günstiger sei, komme vorliegend noch die ABauV/AG zur Anwendung. Anwendbar sei damit Art. 30 ABauV/AG, welcher inhaltlich Art. 49 BauV/AG entspreche.
Diese Ausführungen werden von der Beschwerdeführerin nicht bestritten und sind zutreffend.
4.2.2. Die Vorinstanz hat weiter erwogen, der Gesetz- bzw. Verordnungsgeber könne nicht jeden erdenklichen Spezialfall regeln. Es gebe immer wieder in § 30 ABauV/AG nicht explizit geregelte Klein- bzw. Bagatellbauten, bei welchen die Frage der Baubewilligungspflicht anhand von allgemeinen Kriterien - nämlich aufgrund der rechtlichen Vorgaben von Art. 22 RPG, §§ 6 und 59 BauG/AG und der Rechtsprechung - zu entscheiden sei. Massgeblich sei, ob mit dem Bauvorhaben so wichtige räumliche Folgen verbunden seien, dass ein Interesse der Öffentlichkeit oder der Nachbarschaft an einer vorgängigen Kontrolle im Rahmen eines Baubewilligungsverfahrens bestehe. Dabei könnten die in § 30 ABauV/AG geregelten typologisierten Sachverhalte insofern eine Interpretationshilfe bieten, als sie einen Massstab dafür schaffen und die Grundwertung verdeutlichen würden, ab wann die Baubewilligungspflicht sicher gegeben sei. Probebohrungen seien sehr selten zu beurteilen, und die Frage der Baubewilligungspflicht solcher Bohrungen Iasse sich auch nicht auf generell-abstrakter Ebene beantworten. Insbesondere hingen die räumlichen Auswirkungen von Probebohrungen wesentlich von den konkreten Umständen des Einzelfalls ab (örtliche Gegebenheiten, Ausmass und zeitliche Dauer der Vorkehr, Erschliessung etc.).
4.3. Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.4 S. 5 mit Hinweisen).
4.4. Die Auslegung von § 30 ABauV/AG im angefochtenen Urteil, wonach in der Bestimmung nicht aufgeführte Sachverhalte einzelfallbezogen zu beurteilen seien, weil nicht von einer generellen Bewilligungspflicht sämtlicher nicht explizit geregelter Bagatellbauten ausgegangen werden könne, ist sachlich ohne Weiteres haltbar.
Soweit die Beschwerdeführerin insoweit ergänzend vorbringt, den Probebohrungen wohne "die normative Kraft des Faktischen" inne, da diese den ersten Schritt auf dem Weg zum Gesteinsabbau darstellten, ist ihre Argumentation nicht stichhaltig. Zu beurteilen sind einzig die geplanten Probebohrungen. Sämtliche künftige Vorkehren in Zusammenhang mit dem Abbau von Kalk und Mergel (insbesondere das Richtplanverfahren zur Festsetzung des Standorts, das Nutzungsplanverfahren sowie das Abbaubewilligungsverfahren) werden ihrerseits die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllen und den Rechtsschutz gewährleisten müssen.
Auf die inhaltliche Beurteilung der Vorinstanz, wonach mit den geplanten Probebohrungen keine so wichtigen räumlichen Folgen verbunden seien, welche die Durchführung eines Baubewilligungsverfahrens erforderlich machen würden, ist nachfolgend einzugehen.
5.
5.1. Die Baubewilligungspflicht betreffend hat die Vorinstanz erwogen, die geplanten Probebohrungen seien auf eine Fläche von unter 100 m2 und auf eine Zeitdauer von vier Wochen beschränkt und hinterliessen kaum Spuren, da die Bohrlöcher nach dem Abschluss der Untersuchungen wieder aufzufüllen seien. Die räumlichen Auswirkungen der Probebohrungen seien nicht erheblich und gingen nicht über das hinaus, was der kantonale Gesetzgeber als baubewilligungsfrei erachte. Keiner Baubewilligung bedürften namentlich Fahrnisbauten wie beispielsweise Festhütten oder Zelte bis zu einer Dauer von zwei Monaten (§ 30 Abs. 2 lit. d ABauV/AG); ebenso seien Erdsonden in der Regel baubewilligungsfrei, sofern die gewässerschutzrechtliche Bewilligung vorliege (§ 30 Abs. 2 lit. e ABauV/AG). Die aus den Probebohrungen resultierenden Immissionen und die sich daraus ergebende Beschränkung der Befahrbarkeit der Waldstrassen genügten nicht für die Bejahung der Baubewilligungspflicht. So führten beispielsweise auch Renovationsarbeiten im Gebäudeinnern regelmässig zu störenden Immissionen und Behinderungen durch abgestellte Handwerkerfahrzeuge oder durch temporär gelagertes Baumaterial, ohne dass sie deswegen bewilligungspflichtig wären. Nicht entscheidend ins Gewicht falle, dass die Probebohrungen im Perimeter des BLN-Objekts Nr. 1'108 (Aargauer Tafeljura) und im Wald geplant seien. Die Probebohrungen auf den Waldstrassen beeinträchtigten Natur und Landschaft nur unerheblich, und die Gesichtspunkte des Natur- und Landschaftsschutzes seien in einem späteren Zeitpunkt, nämlich beim Entscheid, ob die planerischen Grundlagen für den Abbau von Kalk und Mergel geschaffen werden sollten, vertieft zu würdigen.
Zusammenfassend seien die räumlichen Auswirkungen der beabsichtigten Probebohrungen nicht derart bedeutungsvoll, dass sie einer vorgängigen Kontrolle im Baubewilligungsverfahren bedürften.
5.2. Die Probebohrungen sind im Waldgebiet geplant und dienen keinem forstwirtschaftlichen Zweck. In Frage steht daher die Erforderlichkeit einer Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG. Dem in Art. 24 RPG verwendeten Bauten- und Anlagenbegriff liegt das Verständnis von Art. 22 RPG zugrunde, d.h. die Anwendung von Art. 24 RPG setzt das Vorliegen einer baubewilligungspflichtigen Baute oder Anlage gemäss Art. 22 Abs. 1 RPG voraus.
Bauten und Anlagen gemäss Art. 22 Abs. 1 RPG sind jene künstlich geschaffenen und auf Dauer angelegten Einrichtungen, die in fester Beziehung zum Erdboden stehen und geeignet sind, die Vorstellung über die Nutzungsordnung zu beeinflussen, sei es, dass sie den Raum äusserlich erheblich verändern, die Erschliessung belasten oder die Umwelt beeinträchtigen. Massstab dafür, ob eine bauliche Massnahme erheblich genug ist, um sie dem Baubewilligungsverfahren zu unterwerfen, ist die Frage, ob mit der Realisierung der Baute oder Anlage im allgemeinen, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge, so wichtige räumliche Folgen verbunden sind, dass ein Interesse der Öffentlichkeit oder der Nachbarn an einer vorgängigen Kontrolle besteht (<ref-ruling> E. 3c S. 383 mit Hinweisen). Die Baubewilligungspflicht soll es mithin der Behörde ermöglichen, das Bauprojekt in Bezug auf seine räumlichen Folgen vor seiner Ausführung auf die Übereinstimmung mit der raumplanerischen Nutzungsordnung und der übrigen einschlägigen Gesetzgebung zu überprüfen (<ref-ruling> E. 3 S. 259).
Als Bauten gelten nach der bundesgerichtlichen Praxis auch Fahrnisbauten, welche über nicht unerhebliche Zeiträume ortsfest verwendet werden. Diese Voraussetzungen sind für vorbereitende Handlungen zu einem die Umwelt belastenden Werk jedenfalls dann als erfüllt anzusehen, wenn sie ein für die Orts- oder Regionalplanung erhebliches Ausmass annehmen, wie dies das Bundesgericht für rund zwölf Monate dauernde Probebohrungen zur Abklärung eines Standorts für die Lagerung radioaktiver Abfälle angenommen hat (<ref-ruling> E. 6 S. 109). Für geotechnische Untersuchungen dürften die genannten Voraussetzungen erfüllt sein, wenn die damit verbundenen Terrainveränderungen zu beträchtlichen Eingriffen in die Umwelt führen und während längerer Zeit sichtbar bleiben (im Ergebnis offengelassen in <ref-ruling> E. 2c S. 9). Der Baubewilligungspflicht können indes auch blosse Nutzungsänderungen unterstehen, die zwar keine massgeblichen Terrainveränderungen bewirken, aber erhebliche Auswirkungen auf die Umwelt haben (vgl. <ref-ruling> E. 3a S. 226 bez. eines Hängegleiterlandeplatzes).
Nicht bewilligungspflichtig sind nach Art. 22 Abs. 1 RPG Kleinvorhaben, die nur ein geringes Ausmass haben und weder öffentliche noch nachbarliche Interessen berühren. Darunter fallen zum Beispiel bauliche Veränderungen im Innern von Gebäuden oder für kurze Zeit aufgestellte Zelte oder Wohnwagen. Wesentlich für die Frage, ob eine Kleinbaute der Bewilligungspflicht untersteht oder nicht, sind die Art und Empfindlichkeit der Umgebung, in welcher das Vorhaben realisiert werden soll (vgl. hierzu und zum Ganzen Andreas Baumann, Das Baubewilligungsverfahren nach aargauischem Recht, 2007, S. 46 ff., insb. S. 50).
5.3. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung hängt die Bewilligungspflicht von Probebohrungen folglich von deren konkreten räumlichen Auswirkungen im Einzelfall ab (<ref-ruling> E. 2c S. 9; zur Kasuistik vgl. auch Bernhard Waldmann/Peter Hänni, Handkommentar RPG, 2006, Art. 22 N. 15; Christian Mäder, Das Baubewilligungsverfahren, Diss. 1991, S. 90 f.). Entscheidend ist nach dem Gesagten, ob die Probebohrungen so gewichtige Auswirkungen auf Raum und Umwelt haben, dass ein Interesse der Öffentlichkeit oder der Nachbarn an einer vorgängigen Kontrolle besteht; von massgeblicher Bedeutung für die Beurteilung der räumlichen Folgen sind insbesondere auch die Art und Empfindlichkeit der Umgebung.
Der geplante Standort der Probebohrungen in Effingen befindet sich ausserhalb der Bauzone im Wald im Perimeter des BLN-Objekts Nr. 1'108 (Aargauer Tafeljura) und liegt in einem besonders gefährdeten Gewässerschutzbereich (vgl. insoweit Art. 32 Abs. 2 lit. f GSchV i.V.m. Art. 29 GSchV und Art. 19 Abs. 2 GSchG [SR 814.20]; vgl. ferner die Sondierbohrbewilligung der Abteilung für Umwelt des BVU/AG vom 22. März 2007). Damit aber unterscheidet sich der zu beurteilende Fall massgeblich von den von der Vorinstanz angeführten Vergleichsbeispielen. Der Anwendungsbereich von § 30 Abs. 2 ABauV/AG ist ausdrücklich auf Bauzonen beschränkt. Ausserhalb der Bauzonen hingegen ist namentlich die Installation von Erdsonden bewilligungspflichtig, d.h. es bedarf hierfür einer Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG. Auch die von der Vorinstanz erwähnten Renovationsarbeiten im Gebäudeinnern betreffen in aller Regel Gebäude im Baugebiet, sodass hier die räumlichen Folgen bzw. die Auswirkungen auf die Umgebung deutlich geringer sind als bei Probebohrungen im Wald.
Die geplanten Probebohrungen nehmen zwar eine verhältnismässig geringe Waldfläche von unter 100 m2 in Anspruch und erstrecken sich über eine relativ kurze Zeitdauer von maximal vier Wochen. Dennoch sind die Auswirkungen erheblich, da neben dem benötigten Bohrgerät eine Notstromgruppe, ein Spülwasserbecken und ein Rohrlager angeliefert, installiert, betrieben und wieder abtransportiert werden müssen. Damit ist gleichzeitig gesagt, dass die Auswirkungen nicht auf den eigentlichen Standort beschränkt bleiben. Vielmehr tangieren die mutmasslich rund 200 Hin- und Rückfahrten durch den Wald auch übriges Waldgebiet, wobei die genaue Anzahl und der Zeitpunkt der Fahrten sowie die zu wählende Route bislang noch nicht verbindlich festgelegt sind.
Angesichts des besonderen Standorts - Waldgebiet, BLN-Objekt und besonders gefährdeter Gewässerschutzbereich - sind die mit den Probebohrungen verbundenen negativen Auswirkungen auf die Umgebung im Ergebnis als so erheblich einzustufen, dass das Bauvorhaben einer Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG bedarf.
6.
6.1. Die Abteilung für Baubewilligungen des BVU/AG stellte mit Entscheid vom 23. Februar 2011 fest (vgl. Sachverhalt lit. B. hiervor), für die Probebohrungen sei keine Aus nahmebewilligung für eine Rodung erforderlich (vgl. Art. 5 des Waldgesetzes vom 4. Oktober 1991 [WaG; SR 921.0] und Art. 4 der Waldverordnung vom 30. November 1992 [WaV; SR 921.01]), und bei den Probebohrungen handle es sich auch nicht um eine nachteilige Nutzung des Waldes, für welche eine Ausnahmebewilligung notwendig wäre (vgl. Art. 16 WaG). Die Vorinstanz hat diese Einschätzung im angefochtenen Urteil bestätigt und in ihrer Begründung unter Bezugnahme auf die Erwägungen des Regierungsrats ausgeführt, die Probebohrungen beschränkten sich auf das Gebiet von Waldstrassen. Deren Zweckentfremdung sei mit maximal vier Wochen kurz befristet. Die auf die Waldbewirtschaftung mit grossen und schweren Fahrzeugen ausgelegten Waldstrassen vermöchten die mit den Probebohrungen verbundenen Fahrten schadlos zu bewältigen, und die Funktion der Waldstrassen als forstliche Anlagen bleibe auf Dauer erhalten. Der Umstand, dass die Waldweggabelung während eines Monats nicht oder nur erschwert mit zweispurigen Fahrzeugen befahrbar sei, schränke die Produktionsfähigkeit des angrenzenden Waldbodens nicht ein. Auch das Wild werde durch die Bohrarbeiten samt den damit verbundenen Fahrten mutmasslich nicht stärker gestört als durch ordentliche Forstarbeiten. Insbesondere sei damit zu rechnen, dass das Wild die Umgebung der Bohrstelle nur vorübergehend meide und nicht dauerhaft vertrieben werde. Ebenfalls nur geringfügig beeinträchtigt sei schliesslich die Erholungsfunktion des Waldes.
Bei dieser Ausgangslage sei für die Probebohrungen keine Rodungsbewilligung gemäss Art. 5 WaG notwendig. Ebenso wenig sei eine Ausnahmebewilligung für eine nachteilige (Wald-) Nutzung nach Art. 16 WaG bzw. § 13 WaG/AG erforderlich, da die Funktion und die Bewirtschaftung des Waldes weder gefährdet noch relevant beeinträchtigt werde.
6.2. Das Waldgesetz bezweckt die Erhaltung und den Schutz des Waldes, soll dafür sorgen, dass der Wald seine Funktionen erfüllen kann, und die Waldwirtschaft fördern und erhalten (Art. 1 Abs. 1 WaG). Als Wald gelten auch Waldstrassen (Art. 2 Abs. 2 lit. b WaG). Bauvorhaben, die den Waldboden dauernd oder vorübergehend zweckentfremden, bedürfen einer Rodungsbewilligung (Art. 4 WaG). Rodungen sind grundsätzlich verboten (vgl. Art. 5 Abs. 1 WaG). Eine Ausnahmebewilligung darf gemäss Art. 5 Abs. 2 WaG erteilt werden, wenn der Gesuchsteller nachweist, dass für die Rodung wichtige Gründe bestehen, die das Interesse an der Walderhaltung überwiegen und zudem die folgenden Voraussetzungen erfüllt sind: das Werk, für das gerodet werden soll, muss auf den vorgesehenen Standort angewiesen sein (lit. a); das Werk muss die Voraussetzungen der Raumplanung sachlich erfüllen (lit. b); die Rodung darf zu keiner erheblichen Gefährdung der Umwelt führen (lit. c). Die Erteilung einer Rodungsbewilligung befreit nicht von der Einholung einer Baubewilligung nach Art. 22 oder Art. 24 RPG (vgl. Art. 11 Abs. 1 WaG). Die Beanspruchung von Waldboden für forstliche Bauten und Anlagen sowie für nichtforstliche Kleinbauten und -anlagen gilt nach Art. 4 lit. a WaV nicht als Rodung und stellt somit keine Zweckentfremdung des Waldes dar. Umgekehrt folgt daraus, dass nichtforstliche Bauvorhaben, ausgenommen Kleinbauten und -anlagen, als eine Zweckentfremdung des Waldes zu betrachten sind. Sie bedürfen deshalb einer Rodungsbewilligung und, wie die forstlichen Bauvorhaben, immer auch einer Baubewilligung nach RPG.
Für den Wald nachteilige Nutzungen, die keine Rodung darstellen, sind grundsätzlich unzulässig, dürfen aber von den Kantonen aus wichtigen Gründen unter Auflagen und Bedingungen bewilligt werden (Art. 16 WaG). Als solche Nutzungen gelten punktuelle oder unbedeutende Beanspruchungen von Waldboden für nichtforstliche Kleinbauten und -anlagen, wie bescheidene Rastplätze, Feuerstellen, Sport- und Lehrpfade, erdverlegte Leitungen und Kleinantennenanlagen, die das Bestandesgefüge des Waldes nicht beeinträchtigen (Botschaft des Bundesrats vom 29. Juni 1988 zum WaG, BBl 1988 III 191). Die nichtforstlichen Kleinbauten und -anlagen benötigen somit zwar keine Rodungsbewilligung, weil sie den Wald nicht geradezu zweckentfremden. Da sie für diesen jedoch nachteilig sind, bedürfen sie einer Ausnahmebewilligung des Kantons und, weil sie als nachteilige Nutzungen dem Zweck des Waldes jedenfalls nicht ganz entsprechen, einer Baubewilligung nach Art. 24 RPG.
Die Beurteilung, ob eine nichtforstliche Kleinbaute vorliegt, hat in erster Linie mit Blick auf den Umfang und die Intensität des beanspruchten Waldbodens zu erfolgen, wobei ein strenger Massstab anzusetzen ist, damit der Zweck der Waldgesetzgebung, namentlich die Erhaltung des Waldbestands, nicht weitgehend in Frage gestellt wird (vgl. Stefan M. Jaissle, Der dynamische Waldbegriff und die Raumplanung, 1994, S. 136). Weist eine Baute eine derartige Grösse auf, dass von einer punktuellen oder unbedeutenden Beanspruchung des Waldbodens nicht mehr gesprochen werden kann, lässt sie sich bereits aus diesem Grund nicht mehr unter den Begriff der "Kleinbaute" im Sinne von Art. 4 lit. a WaV subsumieren. Geht eine Baute allein unter dem Gesichtspunkt ihrer flächenmässigen Ausdehnung nicht über die genannte Beanspruchung hinaus, folgt daraus jedoch nicht zwingend, dass sie als Kleinbaute einzustufen ist. Vielmehr ist in einem solchen Fall weiter zu prüfen, ob ihr Zweck auch den Einbezug eines gewissen Umschwungs bedingt und wie intensiv die Nutzung in diesem Bereich ist. Ob eine Baute oder Anlage als nichtforstliche Kleinbaute oder -anlage im Sinne der Waldgesetzgebung in Betracht fällt, ist somit in jedem Einzelfall anhand der gesamten Umstände zu prüfen (Urteil 1A.32/2004 vom 30. September 2004 E. 3.1; in: Pra 2005 Nr. 87 S. 645).
6.3. Die geplanten Probebohrungen dienen keinem forstwirtschaftlichen Zweck und stellen damit eine Zweckentfremdung der Waldstrassen als Waldboden dar. Hiervon geht im Übrigen auch die Vorinstanz aus. Eine einmalige, kurzfristige und punktuelle Beanspruchung von Waldboden (wie etwa durch das Skifahren abseits der Piste) darf mit Blick auf den zeitlichen Faktor noch nicht als vorübergehende Zweckentfremdung angesehen werden (vgl. Jaissle, a.a.O., S. 115 Fn. 5). Bei einer Beanspruchung des Waldbodens während einer Zeitdauer von vier Wochen ist das Merkmal "vorübergehend" hingegen erfüllt. Damit liegt grundsätzlich eine vorübergehende Zweckentfremdung des Waldbodens im Sinne von Art. 4 WaG vor.
Indes gilt die Beanspruchung von Waldboden für nichtforstliche Kleinbauten und -anlagen gemäss Art. 4 lit. a WaV nicht als Rodung. Auf der Basis der beispielhaften Aufzählung in der bundesrätlichen Botschaft, wonach etwa erdverlegte Leitungen und Kleinantennenanlagen nicht als Rodung gelten, und in Anbetracht dessen, dass vorliegend die beanspruchte Waldbodenfläche weniger als 100 m2 beträgt und die Nutzungsdauer auf maximal vier Wochen beschränkt ist, ist bei den geplanten Probebohrungen von einer punktuellen Beanspruchung des Waldbodens auszugehen, welche das Bestandesgefüge des Waldes nicht tangiert und daher keiner Rodungsbewilligung nach Art. 5 Abs. 2 WaG bedarf. Allerdings machen die Probebohrungen, wie dargelegt, die Anlieferung, die Installation, den Betrieb und den Abtransport von Bohrgerät, einer Notstromgruppe, eines Spülwasserbeckens und eines Rohrlagers sowie mutmasslich rund 200 Hin- und Rückfahrten durch das Waldgebiet notwendig. A ufgrund dieser mit dem Vorhaben verbundenen negativen Auswirkungen auf die Umgebung handelt es sich um eine die Funktionen des Waldes zumindest temporär beeinträchtigende nachteilige Nutzung im Sinne von Art. 16 Abs. 1 WaG. Eine solche erfordert eine kantonale Ausnahmebewilligung, deren Erteilung gemäss Art. 16 Abs. 2 WaG an das Vorliegen wichtiger Gründe geknüpft ist.
7.
Damit ist zusammenfassend festzuhalten, dass die geplanten Probebohrungen nebst der bereits erteilten gewässerschutzrechtlichen Bewilligung gemäss Art. 32 GSchV und § 7 GNG/AG zusätzlich eine Ausnahmebewilligung nach Art. 24 RPG, eine waldrechtliche Ausnahmebewilligung für eine nachteilige Nutzung gemäss Art. 16 Abs. 2 WaG bzw. § 13 Abs. 2 WaG/AG sowie eine (in die Zuständigkeit des Gemeinderats fallende) waldrechtliche Ausnahmebewilligung für das Befahren der Waldstrassen gemäss § 22 Abs. 1 lit. e WaV/AG benötigen.
Diese Bewilligungsverfahren sind zu koordinieren (vgl. insoweit auch E. 6.2 hiervor). Erfordert wie im zu beurteilenden Fall ein Bauvorhaben Verfügungen mehrerer Behörden, so ist eine Behörde zu bezeichnen, die für ausreichende Koordination sorgt (Art. 25a Abs. 1 RPG). Die für die Koordination verantwortliche Behörde kann die erforderlichen verfahrensleitenden Anordnungen treffen, sorgt für eine gemeinsame öffentliche Auflage aller Gesuchsunterlagen, holt von allen beteiligten kantonalen und eidgenössischen Behörden umfassende Stellungnahmen zum Vorhaben ein und sorgt für eine inhaltliche Abstimmung sowie möglichst für eine gemeinsame oder gleichzeitige Eröffnung der Verfügungen (Art. 25a Abs. 2 RPG). Die Verfügungen dürfen keine Widersprüche enthalten (Art. 25a Abs. 3 RPG).
In koordinationsrechtlicher Hinsicht zu beachten ist insbesondere auch Art. 14 Abs. 2 WaV, wonach Ausnahmebewilligungen für nichtforstliche Kleinbauten oder -anlagen im Wald nach Art. 24 RPG nur im Einvernehmen mit der zuständigen kantonalen Forstbehörde erteilt werden dürfen (vgl. hierzu auch Peter Hänni, Planungs-, Bau- und besonderes Umweltschutzrecht, 5. Aufl. 2008, S. 433).
8.
Die Beschwerde ist folglich gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann, und das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts vom 18. Juni 2012 ist aufzuheben. Es ist festzustellen, dass die geplanten Probebohrungen eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 RPG und waldrechtliche Ausnahmebewilligungen für eine nachteilige Nutzung nach Art. 16 Abs. 2 WaG bzw. § 13 Abs. 2 WaG/AG sowie für das Befahren der Waldstrassen gemäss § 22 Abs. 1 lit. e WaV/AG erfordern.
Dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 18. Juni 2012 wird aufgehoben.
2.
Es wird festgestellt, dass die geplanten Probebohrungen eine Ausnahmebewilligung gemäss Art. 24 RPG und waldrechtliche Ausnahmebewilligungen für eine nachteilige Nutzung nach Art. 16 Abs. 2 WaG bzw. § 13 Abs. 2 WaG/AG sowie für das Befahren der Waldstrassen gemäss § 22 Abs. 1 lit. e WaV/AG erfordern.
3.
Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4.
Der Kanton Aargau hat der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
5.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Regierungsrat des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, dem Bundesamt für Raumentwicklung und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. März 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Stohner