Sachverhalt:
A. Im Jahre 1997 erwarb die X._AG mit Sitz in Basel die Gesamtheit der Aktien der im Hoch- und Tiefbau tätigen, in Zürich domizilierten Y._AG. Die Y._AG war Eigentümerin der Liegenschaft A._Strasse in Zürich, wo sich ihr Sitz und ihre Verwaltung befanden. Im Rahmen der strategischen Neuausrichtung des Konzerns und damit zusammenhängend der Standortwahl wurde im Jahre 1998 beschlossen, diese Liegenschaft zu veräussern. Der Verkauf erfolgte durch die Y._AG am 10. Mai 1999 zum Preis von Fr._. Mit Fusionsvertrag, genehmigt von der Generalversammlung am 7. Juni 1999, übernahm die X._AG die Y._AG rückwirkend ab 1. Januar 1999 mit Aktiven und Passiven. Für die Zeit nach der Fusion bis zum Verkauf führte die X._AG die Liegenschaft A._Strasse in ihrem Handelsbestand.
Die X._AG erzielte im Jahre 1999 einen Gesamtreinertrag von Fr._, dem Verlustvorträge aus früheren Jahren von Fr._ gegenüberstanden.
B. Der Kanton Basel-Stadt veranlagte die X._AG aufgrund des Geschäftsergebnisses 1999 und der Verlustvorträge mit einem Reinertrag von Null.
Die Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich veranlagte aus der Veräusserung der Liegenschaft in Zürich einen im Jahre 1999 steuerbaren Grundstückgewinn von Fr._ und eine Grundstückgewinnsteuer von Fr._, die sie der X._AG als Rechtsnachfolgerin der Y._AG auferlegte. Für die Berechnung des Grundstückgewinns brachte die Kommission vom Verkaufspreis die Anlagekosten (Verkehrswert vor 20 Jahren), die wertvermehrenden Aufwendungen, die Mäklerprovision sowie die Handänderungskosten in Abzug (Beschluss vom 5. März 2002).
Eine Einsprache der X._AG wies die Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich mit Entscheid vom 20. August 2002 ab. Sie ging davon aus, dass eine interkantonale Unternehmung eine Betriebsliegenschaft gewinnbringend veräussert habe und der Belegenheitskanton den Veräusserungsgewinn (Wertzuwachsgewinn) objektmässig besteuern dürfe.
C. Gegen den Einspracheentscheid der Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich führt die X._AG staatsrechtliche Beschwerde wegen interkantonaler Doppelbesteuerung (<ref-law>). Sie beantragt, der Einspracheentscheid sei aufzuheben und die Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich anzuweisen, den Grundstückgewinn entsprechend der für Liegenschaftenhändler und Generalbauunternehmer geltenden Regel quotenmässig auszuscheiden, was aufgrund der Verluste zu keinem steuerbaren Gewinnanteil für die Stadt Zürich führe. Des Weiteren stellt sie das Begehren, die auf dem Sperrkonto bei der Zürcher Kantonalbank sichergestellte Grundstückgewinnsteuer und die von der UBS AG abgegebene Zahlungsgarantie seien freizugeben. In verfahrensrechtlicher Hinsicht ersucht die Beschwerdeführerin, der Kanton Basel-Stadt sei als Nebenpartei am Verfahren zu beteiligen.
Das Steueramt der Stadt Zürich und das Kantonale Steueramt Zürich beantragen, die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen. Die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt befürwortet ebenfalls die von der Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich vorgenommene Besteuerung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Bei Beschwerden wegen interkantonaler Doppelbesteuerung beginnt die Beschwerdefrist erst zu laufen, wenn in beiden Kantonen Verfügungen getroffen worden sind (Art. 89 Abs. 3 OG). Der kantonale Instanzenzug braucht dabei nicht ausgeschöpft zu werden (Art. 86 Abs. 2 OG). Die im Anschluss an den Einspracheentscheid der Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich erhobene staatsrechtliche Beschwerde ist daher zulässig.
Antragsgemäss wurde auch der Kanton Basel-Stadt zur Vernehmlassung eingeladen. Eine konkrete Veranlagung dieses Kantons (Sitzkantons) ist zwar wegen des negativen Gesamtergebnisses der Beschwerdeführerin nicht angefochten worden; doch hätte eine Änderung der bisherigen Steuerausscheidung Auswirkungen auf den steuerlich massgebenden Verlustvortrag, weshalb der Sitzkanton am Ausgang des Verfahrens durchaus interessiert ist.
2. Im vorliegenden Fall ist unbestritten, dass die formelle Verkäuferin der Liegenschaft A._Strasse in Zürich, die Y._AG, wie auch die Beschwerdeführerin, Generalbauunternehmungen und Liegenschaftenhändlerinnen im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur interkantonalen Doppelbesteuerung sind, womit die Regeln über die interkantonale Steuerausscheidung für Liegenschaftenhändler Anwendung finden. Umstritten ist hingegen, ob die Liegenschaft im Zeitpunkt des Verkaufs durch die Y._AG noch betrieblich genutzt wurde oder ob sie bereits in den Handelsbestand überführt worden war. Nach Ansicht der Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich handelte es sich um eine zur Betriebsstätte gehörende Betriebsliegenschaft. Demgegenüber unterstreicht die Beschwerdeführerin, dass die Liegenschaft im Zeitpunkt der Veräusserung in den Handelsbestand überführt worden sei.
2.1 Fest steht, dass es sich bei der fraglichen Liegenschaft um die Betriebsliegenschaft der Y._AG in Zürich handelte und sie darin ihre Administration führte. Die Liegenschaft diente somit einer Bauunternehmung als Bürogebäude. Mit der Übernahme des Aktienkapitals der Y._AG durch die in Basel ansässige Beschwerdeführerin im Jahre 1997 wurde die Liegenschaft - aus der Sicht der Unternehmensgruppe - zu einer "Betriebsstätteliegenschaft" der vorläufig noch rechtlich selbständigen Tochtergesellschaft. Es war jedoch beabsichtigt, die Liegenschaft nach der Fusion möglichst rasch zu veräussern, weil sie im Rahmen der Standortwahl (Basel) nicht mehr benötigt wurde. Die Liegenschaft wurde denn auch durch die Beschwerdeführerin per Ende 1998 in den Handelsbestand überführt und zum Verkauf ausgeschrieben. Die Liegenschaft diente aber immer als Betriebsliegenschaft. Eine andere Funktion kam ihr nie zu. Namentlich wurde die Liegenschaft nach den Akten nie an Dritte vermietet. Zweckbestimmung und tatsächliche Verwendung fielen somit auseinander. Es leuchtet ein, dass die Beschwerdeführerin für die buchmässige Behandlung der Liegenschaft auf die geänderte Zweckbestimmung abstellte. Bei der Frage der Qualifikation für die interkantonale Steuerausscheidung ist indessen die tatsächliche Verwendung im Veräusserungszeitpunkt am 10. Mai 1999 massgebend: Nachdem die Liegenschaft während Jahrzehnten als Betriebsgebäude diente und die entsprechenden Steuerausscheidungsregeln zur Anwendung kamen, wäre es nicht sachgemäss, die Liegenschaft kurz vor der Veräusserung als Handelsliegenschaft zu qualifizieren. Vielmehr behielt sie ihre Eigenschaft als Betriebsliegenschaft bis zum Zeitpunkt der Veräusserung bei.
2.2 Handelte es sich aber bei der veräusserten Liegenschaft um die Betriebsliegenschaft der Y._AG, so verfügte die Beschwerdeführerin infolge Absorption ihrer Tochtergesellschaft bis zum Verkauf der Liegenschaft im Kanton Zürich noch über eine Betriebsstätte. Es ist deshalb davon auszugehen, dass mit der Veräusserung der Liegenschaft in Zürich eine Liegenschaftenhändlerin und Generalbauunternehmerin einen Wertzuwachsgewinn auf einer Betriebsstätteliegenschaft in einem anderen Kanton erzielte.
3. 3.1 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts liegt eine gegen <ref-law> verstossende Doppelbesteuerung vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu Steuern herangezogen wird (aktuelle Doppelbesteuerung) oder wenn ein Kanton in Verletzung der geltenden Kollisionsnormen seine Steuerhoheit überschreitet und eine Steuer erhebt, zu deren Erhebung ein anderer Kanton zuständig wäre (virtuelle Doppelbesteuerung). Ausserdem hat das Bundesgericht aus dem verfassungsmässigen Verbot der Doppelbesteuerung abgeleitet, ein Kanton dürfe einen Steuerpflichtigen nicht deshalb stärker belasten, weil er nicht im vollen Umfang seiner Steuerhoheit unterstehe, sondern zufolge seiner territorialen Beziehungen auch noch in einem anderen Kanton steuerpflichtig sei (<ref-ruling> E. 1b, 458 E. 2a; ASA 71 S. 416 E. 3a). Diese allgemeine Regel hat aber gegebenenfalls zurückzutreten vor dem besonderen Grundsatz, wonach das Grundeigentum dem Kanton, in dem es gelegen ist, zur ausschliesslichen Besteuerung vorbehalten ist (<ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 2a; Urteil 2P.439/1997 vom 27. Oktober 1999 in: StR 55/2000 S. 182 E. 3a).
3.2 Der in der Stadt Zürich von der Beschwerdeführerin realisierte Grundstückgewinn wird von der Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich ausschliesslich der zürcherischen Grundstückgewinnsteuer unterstellt. Eine Besteuerung durch den Sitzkanton Basel-Stadt steht nicht zur Diskussion. Die Beschwerdeführerin ist allerdings der Auffassung, der Kanton Zürich dürfe den Veräusserungsgewinn nicht aufgrund einer objektmässigen, sondern nur aufgrund einer quotenmässigen Ausscheidung besteuern, was angesichts des negativen Gesamtergebnisses der Beschwerdeführerin überhaupt keine Besteuerung zuliesse. Ob es sich dabei um eine nur virtuelle Doppelbesteuerung handelt, wie die Beschwerdeführerin geltend macht, kann offen bleiben. Zu prüfen ist, ob der Betriebsstättekanton Zürich dadurch, dass er den von der Beschwerdeführerin realisierten Grundstückgewinn ohne Rücksicht auf das negative Gesamtbetriebsergebnis der Grundstückgewinnsteuer unterstellte, seine Steuerhoheit überschritt.
4. 4.1 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts werden Gewinne aus der Veräusserung betrieblich genutzter Liegenschaften (andere Regeln gelten für Kapitalanlageliegenschaften) eines interkantonalen Unternehmens aufgespalten:
Der effektive Veräusserungsgewinn (der so genannte Gewinn aus Wertzuwachs) ist Gegenstand einer objektmässigen Ausscheidung und darf vom Belegenheitskanton ausschliesslich besteuert werden. Er steht mit der Bewirtschaftung der Liegenschaft und der Tätigkeit des Geschäftsinhabers in keinem Zusammenhang, weshalb es sich rechtfertigt, diesen aus dem nach Quoten zu verteilenden Geschäftsgewinn auszuscheiden und dem Kanton der gelegenen Sache zur ausschliesslichen Besteuerung zuzuweisen.
Demgegenüber ist der Buchgewinn, d.h. die früher zu Lasten des Gesamtergebnisses auf der Liegenschaft vorgenommenen und infolge der Veräusserung wieder eingebrachten Abschreibungen, in die quotenmässige Ausscheidung einzubeziehen. Die dem Betrieb dienenden Liegenschaften mit Anlagen und ständigen Einrichtungen sind Produktionsfaktoren, weshalb der Nutzungsgewinn in das Geschäftsergebnis einfliesst, das nach einem bestimmten Verteilungsschlüssel (direkte oder indirekte Methode) auf den Sitzkanton sowie die weiteren Kantone mit Betriebsstätten zu verlegen ist. Das gilt nicht nur für den laufenden Ertrag aus der Liegenschaft, sondern auch für die bei der Veräusserung erzielten Buchgewinne.
Bereits mit <ref-ruling> E. 3 wurde diese Rechtsprechung eingeleitet. Sie wurde seither wiederholt bestätigt. Dabei spielt es (im Unterschied zu den Kapitalanlageliegenschaften) keine Rolle, ob sich die veräusserte Betriebsliegenschaft im Sitzkanton oder im Betriebsstättekanton befindet. Es ist dem Liegenschaftskanton auch freigestellt, ob er den Wertzuwachsgewinn mit der Einkommens- oder Gewinnsteuer oder mit einer besonderen Wertzuwachs- oder Grundstückgewinnsteuer erfassen will (<ref-ruling> E. 2b S. 124 f.; ASA 53 S. 292 E. 3a; Locher, Die Praxis der Bundessteuern - 3. Teil: Doppelbesteuerung, § 7, I B, Nr. 45 und § 8, II C, 3, Nr. 11; ferner ASA 54 S. 165 E. 2a in fine, 2b).
4.2 Andere Regeln gelten für Liegenschaftenhändler und Generalbauunternehmer:
In BGE 79 I 142 wurde der Kapitalgewinn aus der Veräusserung von Liegenschaften von Liegenschaftenhändlern und Bauunternehmern in Abänderung der bisherigen Rechtsprechung (BGE 49 I 46; 54 I 241) dem Liegenschaftskanton zur ausschliesslichen Besteuerung zugewiesen. Vorbehalten wurde der Fall, wo die Liegenschaft zu einer vom Steuerpflichtigen in diesem Kanton unterhaltenen Betriebsstätte gehört; ferner der Fall des blossen Buchgewinns, wo der Verkaufserlös lediglich den abgeschriebenen Buchwert übersteigt, nicht aber die Gestehungskosten erreicht (BGE 79 I 142 E. 2, bes. S. 147 ff.).
In <ref-ruling> E. 3 wies das Bundesgericht sodann auch den Buchgewinn (eine buchmässige Aufwertung) auf einer Kapitalanlageliegenschaft dem Liegenschaftskanton zur ausschliesslichen Besteuerung zu. In jenem Urteil ging es um ein Fabrikationsunternehmen, doch wendete das Bundesgericht die Regel im gleichen Jahr auch im Falle einer Liegenschaftenhändlerin an (<ref-ruling> E. 4b S. 321).
Andererseits hat der Liegenschaftskanton ungeachtet der Ausgestaltung seiner Grundstückgewinnbesteuerung sämtliche Aufwendungen zu übernehmen, die mit der Veräusserung zusammenhängen, auch wenn das kantonale Recht sie nicht vorsieht. Dazu gehören namentlich die unmittelbar mit der Veräusserung zusammenhängenden Kosten wie Grundbuchgebühren, Mäklerprovisionen, Handänderungssteuern usw. Ausserdem sind die Schuldzinsen auf dem zur Finanzierung des Grundstückgeschäfts aufgenommenen Fremdkapital, soweit sie im Belegenheitskanton nicht laufend mit Erträgen verrechnet werden konnten, als "aktivierte" Anlagekosten gewinnschmälernd in Rechnung zu stellen (<ref-ruling> E. 4; Locher, a.a.O., § 7, I D, Nr. 43). Sodann können die Verluste aus Liegenschaftsverkäufen mit den im gleichen Jahr im gleichen Kanton erzielten Grundstückgewinnen verrechnet werden, auch wenn das kantonale Recht einen solchen Abzug nicht vorsieht (Locher, a.a.O., § 7, I D, Nr. 47; Urteil 2P.173/2001 vom 26. Februar 2002, E. 2c mit weiteren Hinweisen, in: RDAF 2002 II S. 528). Der Liegenschaftskanton muss schliesslich einen - in der Regel pauschal festgelegten - Anteil an den mit dem An- und Verkauf der Liegenschaft verbundenen allgemeinen Unkosten des Liegenschaftenhändlers am Hauptsitz übernehmen (ASA 56 S. 569 E. 4c).
4.3 Nochmals anders verhält es sich, wenn der Liegenschaftenhändler oder Generalunternehmer eine Betriebsstätte im Sinne des Doppelbesteuerungsrechts unterhält.
Handelt es sich um eine Betriebsstätte ausserhalb des Sitzkantons, so hat man es mit einer interkantonalen Unternehmung zu tun. Das hat zur Folge, dass der Geschäftsgewinn auf den Sitzkanton und die weiteren Kantone mit Betriebsstätten anteilmässig zu verteilen ist und dass in diesen Gewinn auch die Liegenschaftsgewinne einzubeziehen sind, die der Liegenschaftenhändler und Generalunternehmer aus dem Handel mit Liegenschaften erzielt. Das gilt nach der Rechtsprechung nicht nur für die laufenden Erträge auf den Liegenschaften einschliesslich der buchmässigen Realisation stiller Reserven, sondern auch für Buchgewinne bei der Veräusserung und selbst für eigentliche Wertzuwachsgewinne. Obschon Wertzuwachsgewinne auf der Veräusserung von Liegenschaften, die zur Betriebsstätte einer interkantonalen Unternehmung gehören, seit der mit <ref-ruling> E. 3 eingeleiteten Rechtsprechung aus dem Geschäftsgewinn auszunehmen und dem Kanton der gelegenen Sache zur ausschliesslichen Besteuerung zuzuweisen sind (vorstehende E. 4.1), hat das Bundesgericht in Bezug auf Liegenschaften des Handelsbestandes von Liegenschaftenhändlern und Bauunternehmen in Kantonen mit Betriebsstätten diesen Schluss nie gezogen und stets sowohl die Buchgewinne wie auch die Wertzuwachsgewinne in den nach Quoten auszuscheidenden Geschäftsgewinn einbezogen (<ref-ruling> E. 2a und b S. 434/5; s. auch ASA 54 S. 165 E. 2a; 40 S. 203 E. 2).
4.4 Es fragt sich, wie die Veräusserung einer Liegenschaft zu behandeln ist, die zu einer vom Liegenschaftenhändler oder Generalunternehmer unterhaltenen Betriebsstätte gehört.
Im bereits erwähnten Entscheid in BGE 79 I 142 (vgl. vorn E. 4.2) wies das Bundesgericht den Kapitalgewinn (Wertzuwachs) aus der Veräusserung von Liegenschaften eines Liegenschaftenhändlers und Bauunternehmers dem Liegenschaftskanton zur ausschliesslichen, objektmässigen Besteuerung zu; es brachte jedoch einen Vorbehalt an für den Fall, dass die Liegenschaft zu einer vom Steuerpflichtigen in diesem Kanton unterhaltenen Betriebsstätte gehört. Das würde dafür sprechen, den Wertzuwachsgewinn auf der Veräusserung von Betriebsstätteliegenschaften von Liegenschaftenhändlern und Generalunternehmern in den nach Quoten zu verteilenden Geschäftsgewinn einzubeziehen.
Andererseits änderte das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 3 für die übrigen interkantonalen Unternehmungen (einschliesslich Versicherungsgesellschaften und Immobiliengesellschaften) seine Rechtsprechung und verlangte, dass der Wertzuwachs auf der Veräusserung von Betriebsliegenschaften von dem nach Quoten zu verteilenden Geschäftsgewinn auszunehmen und dem Kanton der gelegenen Sache zur ausschliesslichen Besteuerung zuzuweisen sei (vgl. vorn E. 4.1).
Es stellt sich mithin die Frage, ob der Vorbehalt gemäss BGE 79 I 142 noch immer gilt oder ob die Rechtsprechungsänderung für interkantonale Unternehmungen, wie sie in <ref-ruling> E. 3 vorgenommen wurde, auch auf Betriebsliegenschaften von Liegenschaftenhändlern und Generalunternehmern Anwendung findet. Die Frage ist zu entscheiden, nachdem sie vom Bundesgericht in seiner publizierten Rechtsprechung bisher nicht, jedenfalls nicht mit der wünschbaren Deutlichkeit, beantwortet worden ist.
5. 5.1 Bei der hier in Frage stehenden Liegenschaft A._Strasse in Zürich handelte es sich um eine Betriebsliegenschaft einer Liegenschaftenhändlerin und Generalbauunternehmerin in einem Betriebsstättekanton (vorn E. 2). Wie erwähnt ist dieser Fall vom Bundesgericht bisher nicht explizit entschieden worden. Auch die Doktrin ist in dieser Frage nicht eindeutig. Es wird zwar betont, dass bei der Veräusserung einer Liegenschaft im Sitz- oder in einem Betriebsstättekanton eines Liegenschaftenhändlers oder Generalbauunternehmers nicht nur der Buchgewinn, sondern, im Gegensatz zu allen anderen interkantonalen Unternehmen, auch der realisierte Wertzuwachsgewinn in den nach Quoten zu verteilenden Geschäftsgewinn einzubeziehen sei. Doch geht aus den Stellungnahmen nicht hervor, ob sich diese Steuerausscheidung nur auf Handelsobjekte oder auch auf Betriebsliegenschaften eines Liegenschaftenhändlers beziehen soll (vgl. Ernst Höhn/Peter Mäusli, Interkantonales Steuerrecht, 4. Aufl. 2000, S. 529; Niklaus Honauer, Die Besteuerung der Generalunternehmung, Diss. St. Gallen 1993, S. 264; Walter Ryser/Bernard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4. Aufl., S. 121; Ferdinand Zuppinger, Die Besteuerung des Liegenschaftenhändlers im interkantonalen Verhältnis, Bern 1971, S. 34 f., 69 f.; vgl. aber Ulrich Dätwyler, Die Behandlung von Unternehmungsliegenschaften im interkantonalen Steuerrecht, Diss. St. Gallen 1969, S. 58, 104 ff. [im Kontext für Handelsliegenschaften, nicht auch Betriebsliegenschaften]).
Demgegenüber hat die Kommission für Grundsteuern der Stadt Zürich im angefochtenen Entscheid den auf der Liegenschaft A._Strasse realisierten Wertzuwachsgewinn vollumfänglich objektmässig mit der zürcherischen Grundstückgewinnsteuer erfasst. Sie begründet das damit, dass die Sonderbehandlung für Liegenschaftenhändler und Generalbauunternehmer nur gelte für die Gewinne aus dem eigentlichen Liegenschaftenhandel. In die quotenmässige Ausscheidung einzubeziehen seien mithin nur Veräusserungsgewinne auf Liegenschaften, die mit dem Liegenschaftenhandel zusammenhängen, das heisst Handelsobjekte und Generalunternehmerbauten. In Bezug auf die Betriebsliegenschaften gelte für Liegenschaftenhändler die allgemeine Regel, wie sie auch auf alle anderen interkantonalen Unternehmen zur Anwendung komme, nämlich die objektmässige Zuweisung der Wertzuwachskomponente.
Die Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt stimmt dieser Steuerausscheidung zu.
5.2 Die Auffassung der Steuerverwaltungen ist begründet. Wie namentlich die baselstädtische Steuerverwaltung darlegt, würde die dem Kanton Basel-Stadt zustehende Quote auch einen Teil des ausserkantonal erzielten Grundstückgewinnes umfassen, wenn der zürcherische Grundstückgewinn nach Quoten zwischen Sitzkanton und Betriebsstättekanton verteilt würde. Für eine Besteuerung dieses Grundstückgewinns besteht indes im Kanton Basel-Stadt keine gesetzliche Grundlage, da im Kanton Basel-Stadt Wertzuwachsgewinne auch auf Geschäftsliegenschaften nach dem monistischen System der Grundstückgewinnsteuer unterliegen und diese nur von den im Kanton erzielten Grundstückgewinnen erhoben werden kann. Es ergeben sich somit in Kantonen mit monistischem System Ausscheidungsanteile, die wegen Besteuerungslücken von keinem Kanton erfasst werden können, wenn der Liegenschaftsgewinn (Wertzuwachsgewinn) nach Quoten auf die Kantone verlegt wird.
Es wäre auch nicht praktikabel, in Kantonen mit einer als Objektsteuer ausgestalteten Grundstückgewinnsteuer die ihnen zustehende Quote am Geschäftsgewinn in einen der Objektsteuer unterliegenden Teil und in einen der Einkommens- bzw. Gewinnsteuer unterliegenden Teil zu zerlegen, wie in einem Teil der Lehre vorgeschlagen wird (vgl. Höhn/Mäusli, a.a.O., S. 530). Wie vor allem Zuppinger dargelegt hat, führt diese Aufteilung in Kantonen mit monistischem System der Grundstückgewinnbesteuerung (sog. Zürcher System) zu Ausscheidungsproblemen und verfahrensrechtlichen Komplikationen, vor allem wenn die Grundstückgewinnsteuer eine kommunale Abgabe ist (Zuppinger, a.a.O., S. 70 f.; Ders., Zur Steuerausscheidung für Liegenschaften des Geschäftsvermögens, in: Steuerrecht, Festschrift für Ernst Höhn, Bern/Stuttgart/Wien 1995, S. 495 f.).
Gestützt auf solche Überlegungen wird denn auch postuliert, Wertzuwachsgewinne auf Liegenschaften in Betriebsstättekantonen bei Liegenschaftenhändlern und Generalbauunternehmern wie in allen anderen Fallkonstellationen (Liegenschaftenhändler ohne Betriebsstätte, übrige interkantonale Unternehmen) generell objektmässig auszuscheiden (Honauer, a.a.O., S. 266 f.; Jean-Blaise Paschoud, Quelques aspects de l'imposition des gains immobiliers en droit fiscal intercantonal, RDAF 26/1970 S. 299 f.; Zuppinger, a.a.O. [Die Besteuerung des Liegenschaftenhändlers], S. 76/77). Die quotenmässige Ausscheidung für Liegenschaftsgewinne von Liegenschaftenhändlern und Generalbauunternehmern in Betriebsstättekantonen stellte nämlich bisher die einzige Ausnahme vom Grundsatz dar, dass der Wertzuwachsgewinn einer Liegenschaft allgemein und einer Geschäftsliegenschaft im Besonderen ausschliesslich am Ort der gelegenen Sache besteuert werden darf (vgl. Honauer, a.a.O., S. 265).
5.3 Es rechtfertigt sich daher, Veräusserungsgewinne auf Betriebsliegenschaften einer Liegenschaftenhändlerin und Generalbauunternehmung im Umfang der Wertzuwachskomponente dem Belegenheitskanton zur ausschliesslichen Besteuerung zuzuweisen. Ob der Belegenheitskanton den Grundstückgewinn einer generellen Objektsteuer unterstellt - wie Zürich - oder ob er solche Gewinne im Rahmen der allgemeinen Einkommens- oder Gewinnsteuer erfasst, entscheidet er selbst.
Der übrige Geschäftsgewinn, einschliesslich der wiedereingebrachten Abschreibungen auf Liegenschaften (Buchgewinn), wird von dieser Zuteilungsregel nicht berührt. Dieser ist vielmehr in die quotenmässige Ausscheidung einzubeziehen. Diese Regel bezieht sich auf das Betriebsstätteverhältnis, umfasst also auch Betriebsliegenschaften im Sitzkanton.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin erzielte im Jahre 1999 einen Gesamtreinertrag, dem ein Mehrfaches an Verlustüberschüssen aus den Vorjahren gegenübersteht. Die Grundsteuerkommission der Stadt Zürich hat im angefochtenen Entscheid den im gleichen Jahr aus dem Verkauf der Liegenschaft in Zürich erzielten Grundstückgewinn (Wertzuwachsgewinn) mit der zürcherischen Grundstückgewinnsteuer erfasst, ohne auf den Verlustüberschuss im Sitzkanton Basel-Stadt Rücksicht zu nehmen. Sie macht geltend, der Kanton der gelegenen Sache, der den Wertzuwachs mit einer besonderen Grundstückgewinnsteuer erfasse, sei nicht verpflichtet, Verluste aus anderen Bereichen der Unternehmung zu berücksichtigen. Es ist im Übrigen unbestritten, dass in dem von der Grundsteuerkommission besteuerten Grundstückgewinn nur der Wertzuwachs, nicht ein Buchgewinn, zutage tritt.
6.2 Aus dem Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung folgt, dass ein Steuerpflichtiger in mehreren auf dem Boden der allgemeinen Reineinkommensbesteuerung stehenden Kantonen zusammen nicht mehr als sein gesamtes Reineinkommen zu versteuern hat (<ref-ruling> E. 1a; ASA 60 S. 269 E. 2a). Diese Regel hat jedoch nach ständiger Rechtsprechung zurückzutreten gegenüber dem Grundsatz, wonach das Grundeigentum dem Kanton, in dem es gelegen ist, zur ausschliesslichen Besteuerung vorbehalten bleibt. Der Liegenschaftskanton hat daher Verluste am Hauptsitz oder in einem anderen Betriebsstättekanton nicht zu übernehmen. Sich daraus ergebende Ausscheidungsverluste sind zulässig; ihre Nichtübernahme durch den Liegenschaftskanton stellt keinen Verstoss gegen das Doppelbesteuerungsverbot dar. An dieser Rechtsprechung hat das Bundesgericht stets festgehalten, auch wenn sie in der Lehre auf Kritik gestossen ist (<ref-ruling> E. 2b, c; <ref-ruling> E. 2a S. 123 f.; ASA 59 S. 564 E. 3d, 568 E. 4 S. 573 ff. und daselbst, E. 4c, zum Begriff des Ausscheidungsverlustes; Urteil 2P.166/1995 vom 3. Juni 1996, in: StR 51/1996 S. 430 E. 2c = Locher, a.a.O., § 7, I B, Nr. 44, und Urteil 2P.215/1999 vom 19. Juni 1999, in: Locher, a.a.O., § 7, I D, Nr. 46).
Diese Rechtsprechung zur Nichtberücksichtigung von Ausscheidungsverlusten bezieht sich zwar auf Kapitalanlageliegenschaften im reinen Liegenschaftskanton (ohne Betriebsstätte). In einem Urteil vom 27. Oktober 1999 hat das Bundesgericht den Grundsatz indessen auch auf eine Betriebsliegenschaft angewendet. Es ging dort um eine interkantonale Unternehmung (Handelsgesellschaft) mit Betriebsstätten in verschiedenen Kantonen, welche den am Sitz und in den Betriebsstättekantonen erlittenen Verlust mit dem Gewinn aus der Veräusserung einer teils dem Betrieb, teils der Vermögensanlage dienenden Liegenschaft zur Verrechnung bringen wollte (Urteil 2P.439/1997 vom 27. Oktober 1999, E. 4a, in: StR 55/2000 S. 182 = Locher, a.a.O., § 7, I B, Nr. 45).
6.3 An der mit dem Urteil 2P.439/1997 vom 27. Oktober 1999 eingeleiteten Rechtsprechung (Nichtberücksichtigung ausserkantonaler Geschäftsverluste bei der Besteuerung des Wertzuwachses auf einer Betriebsliegenschaft durch den Kanton der gelegenen Sache) kann aufgrund neuer Prüfung nicht festgehalten werden.
Wenn es sich rechtfertigt, den Wertzuwachs auf Betriebsliegenschaften dem Kanton der gelegenen Sache zur ausschliesslichen Besteuerung zuzuweisen, wie das hier vorgesehen ist (vgl. vorn E. 5.3), so ist andererseits dafür zu sorgen, dass sich nicht vermehrt solche Ausscheidungsverluste ergeben. Das Recht des Kantons der gelegenen Sache zur Besteuerung von Wertzuwachsgewinnen auf Betriebsliegenschaften, unter Ausschluss aller anderen Kantone mit Betriebsstätten, kann nicht dazu führen, dass dieser Kanton auf die übrige Situation der Unternehmung überhaupt keine Rücksicht zu nehmen braucht und den Gewinn auch dann voll besteuern kann, wenn die Unternehmung mit einem Verlust abschliesst.
Der Kanton ist zwar frei, ob er Kapitalgewinne auf Liegenschaften des Geschäftsvermögens nach dem dualistischen System (auch sog. St. Galler System) mit der allgemeinen Einkommens- oder Gewinnsteuer erfassen will oder ob er sie nach dem monistischen System (Zürcher System) wie private Grundstückgewinne der besonderen Grundstückgewinnsteuer unterwirft. Das Steuerharmonisierungsgesetz lässt den Kantonen diesbezüglich die Wahl (Art. 12 Abs. 4 StHG; Bernhard Zwahlen, in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, 2. Aufl. 2002, N 3 ff. zu Art. 12 StHG). Eine nach dem monistischen System konsequent als Objektsteuer ausgestaltete Grundstückgewinnsteuer nimmt auch nicht Rücksicht auf die übrige geschäftliche Situation des Steuerpflichtigen.
Andererseits darf aber die Ausdehnung des Besteuerungsrechts des Kantons der gelegenen Sache, der nunmehr auch den Wertzuwachsgewinn auf Betriebsliegenschaften besteuern kann, sich nicht zu Ungunsten des Steuerpflichtigen und der übrigen Kantone mit Betriebsstätten auswirken. Betriebsliegenschaften gehören zum betriebsnotwendigen Vermögen und dienen der Leistungserstellung, weshalb sich eine solche Verpflichtung des Kantons der gelegenen Sache, der am Geschäftsergebnis ebenfalls partizipiert, sachlich durchaus begründen lässt.
6.4 Gegen diese Lösung könnte eingewendet werden, sie begünstige die interkantonalen gegenüber den kantonalen Unternehmungen; Letztere können nämlich in Kantonen mit monistischem System beim Grundstückgewinn keinen Abzug für Geschäftsverluste vornehmen, wenn das kantonale Recht das nicht vorsieht. Probleme dieser Art lassen sich indessen mit Kollisionsnormen nie ganz vermeiden. Das Doppelbesteuerungsrecht schafft keine Steueransprüche, sondern grenzt die gegenseitigen Steuerhoheiten ab. Es muss daher verschiedenen Steuerordnungen Rechnung tragen und mitunter in die kantonale Steuerhoheit eingreifen. Das zeigt sich auch in anderen Bereichen des Doppelbesteuerungsrechts. So bedeutet die vom Bundesgericht direkt aus <ref-law> abgeleitete Verpflichtung des Liegenschaftskantons, die mit dem Verkauf von Grundstücken erlittenen Verluste eines Liegenschaftenhändlers mit den im gleichen Jahr und im selben Kanton erzielten Grundstückgewinnen zu verrechnen (<ref-ruling> E. 4b S. 320; <ref-ruling> E. 3b; ASA 65 S. 74 E. 3a), ebenfalls einen Eingriff in die kantonale Souveränität. Nötigenfalls hat daher der Kanton im Einzelfall oder durch generell-abstrakte Regel dafür zu sorgen, dass die rein kantonalen Unternehmen im Vergleich zu den interkantonalen Unternehmungen nicht schlechter gestellt werden.
6.5 Der Wertzuwachsgewinn aus der Veräusserung betrieblich genutzter Liegenschaften ist daher dem Kanton der gelegenen Sache zur ausschliesslichen Besteuerung zuzuweisen, doch hat dieser einen allfälligen Geschäftsverlust, den die Unternehmung im Sitzkanton und in weiteren Kantonen mit Betriebsstätten erleidet, auf den Grundstückgewinn anzurechnen. Der Kanton der gelegenen Sache kann dabei die auf ihn entfallende Quote des Geschäftsverlustes mit dem Grundstückgewinn zuerst verrechnen, er hat aber an den verbleibenden Gewinn auch die Verlustanteile des Sitzkantones und der weiteren Kantone mit Betriebsstätten zu berücksichtigen. Es rechtfertigt sich, diese Regel nicht nur auf die Veräusserungsgewinne auf Betriebsliegenschaften von Liegenschaftenhändlern und Generalunternehmern anzuwenden, sondern auf Betriebsliegenschaften von interkantonalen Unternehmungen im Sinne des Doppelbesteuerungsrechts generell. Es ergäben sich sonst Ungleichbehandlungen, für die keine sachlichen Gründe bestünden und die nicht hingenommen werden können. Diese vom Bundesrecht neu vorgesehene Verlustverrechnung kann zudem nicht von der Art der Besteuerung des Wertzuwachsgewinnes durch den Kanton (monistisches oder dualistisches System) abhängig gemacht werden. Gewisse Kantone wie Bern, die nach dem monistischem System die Grundstückgewinnsteuer auch auf Wertzuwachsgewinnen aus der Veräusserung von Liegenschaften des Geschäftsvermögens erheben, lassen den Abzug von Geschäftsverlusten bereits zu (vgl. Art. 143 Abs. 2 StG/BE). Für diejenigen Kantone, die eine entsprechende Vorschrift nicht kennen, ergibt sich diese Verpflichtung nunmehr unmittelbar aus <ref-law>.
7. Im Falle der Beschwerdeführerin übersteigen die Verlustvorträge aus den früheren Jahren sowohl den im Jahre 1999 erzielten Gesamtreinertrag wie auch den aus der Veräusserung der Betriebsliegenschaft in Zürich erzielten Grundstückgewinn um ein Vielfaches. Es ist unbestritten, dass in diesem Kapitalgewinn kein Buchgewinn enthalten ist, es sich also um reinen Wertzuwachs handelt. Weder der Kanton Zürich noch der Kanton Basel-Stadt machen geltend, dass die Beschwerdeführerin noch in weiteren Kantonen über Wertzuwachsgewinne verfüge. Der Kanton Zürich ist somit verpflichtet, bis zum Betrag des Wertzuwachses einen Anteil am Geschäftsverlust zu übernehmen. Dieser Ausscheidungsregel trägt die Veranlagung der Grundstückgewinnsteuer der Stadt Zürich nicht Rechnung. Die Beschwerde ist daher begründet und der angefochtene Entscheid der Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich aufzuheben.
8. Was das Begehren um Freigabe der gestellten Sicherheiten (Sperrkonto bei der Zürcher Kantonalbank, Zahlungsgarantie) betrifft, so erscheinen diese ebenfalls als zulässig. Doch ist zu beachten, dass im Falle einer Gutheissung der staatsrechtlichen Beschwerde die zürcherische Veranlagung ohnehin neu vorgenommen werden muss und richtigerweise in diesem Entscheid über die Freigabe der Sicherheiten zu befinden ist. Insofern rechtfertigt es sich, auf das Begehren zur Zeit nicht einzutreten. Es wäre dann zu beurteilen, wenn die Sicherheiten nicht freigegeben werden sollten und dagegen erneut staatsrechtliche Beschwerde geführt wird.
9. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Stadt Zürich kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG in Verb. mit Art. 153 und 153a OG). Sie hat zudem die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 159 Abs. 1 OG). Der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt, die keinen Antrag gestellt hat, sind keine Kosten aufzuerlegen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Einspracheentscheid der Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich vom 20. August 2002 wird aufgehoben.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 10'000.-- wird der Stadt Zürich auferlegt.
3. Die Stadt Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Kommission für die Grundsteuern der Stadt Zürich, dem Kantonalen Steueramt Zürich sowie der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. November 2004
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: