Sachverhalt:
A. Der 1958 geborene E._ war zuletzt als Plattenleger bei der L._ SA erwerbstätig gewesen, als er sich am 28. November 2005 bei der IV-Stelle Bern zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung anmeldete und eine Wiedereinschulung in die bisherige Tätigkeit beantragte. Die IV-Stelle Bern traf medizinische Abklärungen; insbesondere veranlasste sie eine Begutachtung des Versicherten durch Ärzte des Spitals X._ (Gutachten vom 16. März 2007). Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens sprach sie dem Versicherten mit Verfügung vom 2. Oktober 2007 für die Zeit von September bis Oktober 2006 eine ganze Rente und für die Zeit von November 2006 bis Juni 2007 eine Dreiviertelsrente zu. Für die Zeit ab Juli 2007 verneinte sei einen Rentenanspruch.
B. Die von E._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 20. Juni 2008 nach Androhung einer Reformatio in peius ab, hob die angefochtene Verfügung auf und verneinte einen Rentenanspruch des Versicherten.
C. Mit Beschwerde beantragt E._, es sei ihm unter Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides für die Zeit vom 1. September bis 31. Oktober 2006 eine ganze Rente und für die Zeit vom 1. November 2006 bis zum 30. Juni 2007 eine Dreiviertelsrente der Invalidenversicherung zuzusprechen. Für die Zeit ab dem 1. Juli 2007 sei ihm unter Aufhebung der Verfügung und des kantonalen Gerichtsentscheides eine Dreiviertels-, eventuell mindestens eine Viertelsrente zuzusprechen; subeventuell sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle Bern auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
1.2 Da der vorinstanzliche Entscheid nicht Geldleistungen der Unfall- oder der Militärversicherung betrifft, prüft das Bundesgericht nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzte, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde.
2. 2.1 Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen und Grundsätze zum intertemporalrechtlich anwendbaren Recht (<ref-ruling> E. 3.1.1 S. 220), zum Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung (<ref-law>), zum Begriff der Invalidität (<ref-law>) und zur Bemessung des Invaliditätsgrades aufgrund eines Einkommensvergleiches (<ref-law>) ausführlich und zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.2 Wie die Vorinstanz weiter zutreffend ausführt, ist für den Beweiswert medizinischer Berichte grundsätzlich weder die Herkunft des Beweismittels noch die Bezeichnung der eingereichten oder in Auftrag gegebenen Stellungnahme als Bericht oder Gutachten massgebend, sondern dessen Inhalt. Den im Rahmen des Verwaltungsverfahrens durch die Versicherungsträger eingeholten Gutachten von externen Spezialärzten, welche aufgrund eingehender Beobachtungen und Untersuchungen sowie nach Einsicht in die Akten Bericht erstatten und bei der Erörterung der Befunde zu schlüssigen Ergebnissen gelangen, ist bei der Beweiswürdigung volle Beweiskraft zuzuerkennen, solange nicht konkrete Indizien gegen die Zuverlässigkeit der Expertise sprechen (<ref-ruling> E. 3b/bb S. 353 mit weiteren Hinweisen).
2.3 Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil I 865/06 vom 12. Oktober 2007 E. 3.2).
3. Streitig ist der Rentenanspruch des Beschwerdeführers ab September 2006. Zu prüfen ist, ob das kantonale Gericht ohne Verletzung von Bundesrecht von einem Invaliditätsgrad von 37 % ausgehen durfte.
4. 4.1 Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, ist dem Gutachten des Spitals X._ vom 16. März 2007 grundsätzlich voller Beweiswert zuzuerkennen. Die sich auf dieses Gutachten stützenden Feststellungen des kantonalen Gerichts, dass der Versicherte seine bisherige Tätigkeit gesundheitsbedingt aufgeben musste und dass ihm in einer leidensangepassten Tätigkeit eine vollzeitliche Präsenz am Arbeitsplatz zumutbar ist, sind somit nicht offensichtlich unrichtig.
4.2 Gemäss dem erwähnten Gutachten des Spitals X._ beträgt die Leistungsfähigkeit des Versicherten bei einer vollzeitlichen Präsenz am Arbeitsplatz 80 %. Die Gutachter begründen dies damit, dass der Beschwerdeführer auf die Hilfe seiner Arbeitskollegen angewiesen ist und häufiger Pausen einlegen muss. Das kantonale Gericht hat hierzu erwogen, dass auch die betriebsüblichen Pausen dem ärztlich für indiziert gehaltenen Erholungsprozess dienen würden und daher von einer Leistungsfähigkeit von 88 % auszugehen sei. Es mag zutreffen, dass die zwei bis drei Pausen von 15 bis 30 Minuten rein rechnerisch zu einer Verminderung der Leistungsfähigkeit um lediglich 12 % führen. Die Vorinstanz übersieht indessen, dass der Beschwerdeführer gemäss dem Gutachten nebst dem auch auf die Hilfe seiner Arbeitskollegen angewiesen ist und das Leistungsvermögen auch deswegen herabgesetzt ist. Indem das kantonale Gericht bei der Berechnung lediglich den ersten Punkt (Pausen) berücksichtigt hat, nicht aber das Angewiesensein auf die Mithilfe der Arbeitskollegen, hat es den Sachverhalt offensichtlich unvollständig festgestellt. Aufgrund der ausgewiesenen Beschwerden ist die im Gutachten festgehaltene Leistungsverminderung von 20 % im Übrigen auch durchaus plausibel. Der Bemessung des Invaliditätsgrades ist somit eine Leistungsfähigkeit von 80 % zu Grunde zu legen.
4.3 Die Vorinstanz ging stillschweigend davon aus, dass der Gesundheitszustand des Versicherten bereits im September 2006 jenem im Zeitpunkt der Begutachtung (Februar 2007) entsprach und änderte dementsprechend die anderslautende Verfügung der IV-Stelle zu seinen Ungunsten. Offensichtlich machte sich das kantonale Gericht die Sichtweise des Instruktionsrichters gemäss seiner Androhung einer Reformatio in peius vom 21. Dezember 2007 zu eigen. Ob es damit der ihm obliegenden Begründungspflicht (<ref-law>; <ref-law>; vgl. auch Urteil 8C_156/2008 vom 11. August 2008 E. 3.3) genügend nachgekommen ist, braucht vorliegend nicht geprüft zu werden, da das Bundesgericht, insoweit den Parteien dadurch kein Nachteil entsteht, selbst bei einer verletzten Begründungspflicht von einer Aufhebung oder Zurückweisung der Sache Umgang nehmen und einen materiellen Entscheid treffen kann (vgl. Urteil 8C_74/2008 vom 22. August 2008 E. 5.1 mit weiteren Hinweisen). Die Gutachter des Spitals X._ schätzen den Gesundheitszustand des Versicherten ausdrücklich als stabil ein. Die Arbeitsunfähigkeit des Beschwerdeführers in der Zeit vom 5. September 2005 bis 5. September 2006 sei ausschliesslich aufgrund belastungsabhängiger Schmerzen begründet gewesen; nachdem der Versicherte am 5. September 2006 wieder eine Arbeit aufgenommen hat, sei es indessen zu keiner Zunahme der Schmerzsymptomatik gekommen. Mit dem kantonalen Gericht ist folglich davon auszugehen, dass das Anforderungsprofil gemäss Gutachten schon vor dem Zeitpunkt der Begutachtung gültig war.
5. 5.1 Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, ist für die Ermittlung des Einkommens, welches der Versicherte ohne Invalidität erzielen könnte (Valideneinkommen), entscheidend, was er im Zeitpunkt des frühest möglichen Rentenbeginns, im vorliegenden Fall im September 2006, nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit als Gesunder tatsächlich verdient hätte (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 224, vgl. auch Urteil 8C_423/2007 vom 18. März 2008 E. 3.5 mit weiteren Hinweisen). Das kantonale Gericht ging hierbei von einem Einkommen von Fr. 74'878.50 aus. Dies erscheint als wohlwollend, meldete doch die Arbeitgeberin des Versicherten für die Monate Januar und Februar 2006 noch ein monatliches Einkommen von Fr. 5'710.-. Entgegen der Ansicht des Beschwerdeführers kann nicht das Valideneinkommen gemäss der Verfügung der SUVA vom 22. Mai 2007 übernommen werden, da sich jenes Einkommen auf das Jahr 2007 und nicht auf das Jahr 2006 bezieht.
5.2 Der Versicherte rügt, die Vorinstanz habe zu Unrecht nicht das bei der Firma L._ SA ab September 2006 tatsächlich erzielte Einkommen als Invalideneinkommen anerkannt.
5.2.1 Gemäss der Rechtsprechung bildet der von einem invaliden Versicherten tatsächlich erzielte Verdienst für sich allein betrachtet grundsätzlich kein genügendes Kriterium für die Bestimmung der Erwerbsunfähigkeit, d.h. des Invaliditätsgrades. Das Mass der tatsächlichen Erwerbseinbusse stimmt mit dem Umfang der Invalidität vielmehr nur dann überein, wenn - kumulativ - besonders stabile Arbeitsverhältnisse eine Bezugnahme auf den allgemeinen Arbeitsmarkt praktisch erübrigen, wenn die versicherte Person eine Tätigkeit ausübt, bei der anzunehmen ist, dass sie die ihr verbliebene Arbeitsfähigkeit in zumutbarer Weise voll ausschöpft, und wenn das Einkommen aus der Arbeitsleistung als angemessen und nicht als Soziallohn erscheint (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 76; <ref-ruling> E. 2c/aa S. 18).
5.2.2 Den Gutachtern des Spitals X._ war bekannt, dass der Beschwerdeführer seit September 2006 bei seiner bisherigen Arbeitgeberin für leichtere Arbeiten eingesetzt wird. Die Gutachter hielten diese Tätigkeiten für sinnvoll, wenn auch andere leichte körperliche Tätigkeiten möglich wären. Wie der Versicherte zutreffend ausführt, ist somit davon auszugehen, dass es sich bei der wieder aufgenommenen Tätigkeit um eine grundsätzlich leidensadaptierte Tätigkeit handelt. Damit ist indessen noch nichts darüber ausgesagt, ob der Versicherte seine ihm verbliebene Arbeitsfähigkeit voll ausschöpft. Wie er in seiner Beschwerde an die Vorinstanz ausgeführt hat, schätzt seine Arbeitgeberin seine Leistungen auf etwa 60 % dessen ein, was ein Gesunder, der mit denselben leichten Tätigkeiten betraut würde, leisten würde. Dem Gutachten ist zu entnehmen, dass der Versicherte zusätzliche Pausen benötigt, und daher in seiner Leistungsfähigkeit zu etwa 20 % eingeschränkt ist. Damit erscheint es als überwiegend wahrscheinlich, dass der Beschwerdeführer die grundsätzlich medizinisch indizierten Pausen über dasjenige hinaus ausdehnt, was rein medizinisch notwendig wäre. Es ist folglich nicht davon auszugehen, dass er seine verbliebene Arbeitsfähigkeit voll ausschöpft; damit ist nicht zu beanstanden, dass das kantonale Gericht das Invalideneinkommen nicht aufgrund der tatsächlich ausgeübten Tätigkeit, sondern aufgrund der Tabellenlöhne der LSE bestimmt hat (vgl. dazu <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475).
5.3 Die Vorinstanz errechnete - unter Annahme einer Leistungsfähigkeit von 88 % in einer angepassten Tätigkeit und unter Vornahme eines Abzuges im Sinne von <ref-ruling> E. 5 S. 78 in der Höhe von 10 % - ein Invalideneinkommen von Fr. 46'884.28.
5.3.1 Der Beschwerdeführer verlangt, der Abzug vom Tabellenlohn sei auf mindestens 15 % zu erhöhen. Die Frage nach der Höhe eines grundsätzlich angezeigten Abzuges vom Tabellenlohn ist eine Ermessensfrage (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399). Da nach dem anwendbaren Prozessrecht das Bundesgericht die Angemessenheit des vorinstanzlichen Entscheides nicht überprüft (Urteil 8C_684/2007 vom 26. Februar 2008 E. 5.4) und vorliegend weder ein Ermessensmissbrauch noch eine Ermessensüber- oder -unterschreitung ersichtlich ist, muss es beim 10%igen Abzug gemäss vorinstanzlichem Entscheid sein Bewenden haben.
5.3.2 Wie in E. 4.2 hiervor dargelegt, ist indessen nicht von einer 88%igen, sondern von einer 80%igen Leistungsfähigkeit in einer angepassten Tätigkeit auszugehen. Das Invalideneinkommen beträgt demnach Fr. 42'622.07.
5.4 Aus dem Vergleich des Validen- mit dem Invalideneinkommen ergibt sich eine invaliditätsbedingte Erwerbseinbusse von Fr. 32'256.43, was einem Invaliditätsgrad von 43 % entspricht. Der Beschwerdeführer hat somit seit September 2006 Anspruch auf eine Viertelsrente der Invalidenversicherung.
6. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdegegnerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>). Der Beschwerdeführer hat Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>), welche entsprechend dem relativ geringen Aufwand auf Fr. 1'400.- festgelegt wird.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 20. Juni 2008 und die Verfügung der IV-Stelle Bern vom 2. Oktober 2007 werden aufgehoben. Es wird festgestellt, dass der Beschwerdeführer ab September 2006 Anspruch auf eine Viertelsrente der Invalidenversicherung hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'400.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Bern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 29. Januar 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer