Fatti:
A. Nell'ambito della realizzazione della galleria ferroviaria di base del Monte Ceneri, il 6 marzo 2008 la AlpTransit San Gottardo SA (ATG) ha indetto il concorso per il lotto principale 852, concernente l'esecuzione di opere sotterranee. Il bando, pubblicato in tedesco ed in italiano con riassunto in francese, indicava che l'offerta poteva essere presentata in italiano o in tedesco (cifra 3.10), che le domande inerenti i documenti d'appalto o le procedure dovevano essere trasmesse in italiano o in tedesco (cifra 4.5) e che la lingua contrattuale era il tedesco (cifra 4.5). Il termine per la presentazione delle offerte era fissato al 19 settembre 2008 ed è poi stato posticipato al 17 ottobre seguente.
B. Il 26 marzo 2008 la Società svizzera impresari costruttori, sezione Ticino (SSIC-TI), nonché le ditte A._, C._, B._SA e D._SA sono insorte dinanzi al Tribunale amministrativo federale, chiedendo di riformulare il suddetto bando di concorso con l'indicazione che la lingua contrattuale era l'italiano.
Con sentenza del 17 luglio 2008 il Tribunale amministrativo federale ha parzialmente accolto il ricorso, nel senso che non ha sostituito la menzione del tedesco con quella dell'italiano, ma ha comunque annullato la prescrizione del bando sulla lingua del contratto. Ha inoltre astretto la committente a pubblicare la rettifica del bando entro il 31 luglio 2008. L'autorità adita ha in sostanza considerato che la scelta della lingua contrattuale andava lasciata al libero accordo tra la committente ed il futuro aggiudicatario.
C. Con allegati del 29 luglio e del 20 agosto 2008, la AlpTransit San Gottardo SA ha interposto un ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale con cui chiede di annullare la sentenza del Tribunale amministrativo federale e di essere esonerata dall'obbligo di pubblicare la rettifica del bando.
Chiamati ad esprimersi, il Tribunale amministrativo federale e gli opponenti postulano che il gravame, nella misura in cui sia ammissibile, venga respinto. Gli opponenti hanno inoltre chiesto di sospendere il termine per l'inoltro delle offerte fino alla decisione di merito.
D. Con decreto del 15 settembre 2008, il Presidente della II Corte di diritto pubblico ha parzialmente accolto la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo formulata nel gravame, nel senso che ha sospeso l'ordine di pubblicare la rettifica del bando di concorso, ma non ha concesso di imporre immediatamente l'uso del tedesco quale lingua contrattuale.

Diritto:
1. Il litigio verte su di una clausola inserita in un bando di concorso per l'aggiudicazione di una commessa pubblica. Il ricorso in materia di diritto pubblico è pertanto ammissibile solo se il valore stimato della commessa raggiunge i valori soglia previsti dall'art. 83 lett. f n. 1 LTF e, cumulativamente (cfr. <ref-ruling> consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 2.1), se la fattispecie pone una questione di diritto d'importanza fondamentale, giusta l'art. 83 lett. f n. 2 LTF.
1.1 L'esistenza di una questione giuridica d'importanza fondamentale va valutata in modo restrittivo (<ref-ruling> consid. 1.1; sentenza 2C_116/2007 del 10 ottobre 2007 consid. 4.2, riassunta in AJP 2008 pag. 238). Tale severità si giustifica tra l'altro perché, se il rimedio giuridico ordinario è inammissibile, in caso di appalti cantonali è in genere comunque data la via del ricorso sussidiario in materia costituzionale, mentre per gli appalti indetti da organi della Confederazione vi è in ogni caso stata la possibilità di aggravarsi dinanzi ad un'autorità giudiziaria federale (sentenza 2C_116/2007 del 10 ottobre 2007 consid. 4.2, riassunta in AJP 2008 pag. 238). Per le commesse pubbliche della Confederazione, la facoltà di adire il Tribunale federale non era peraltro prevista nel regime previgente (cfr. il precedente art. 27 cpv. 1 della legge federale del 16 dicembre 1994 sugli acquisti pubblici [LAPub; RS 172.056.1; RU 1996 515]; cfr. pure l'art. 100 cpv. 1 lett. x OG [RU 1996 516]) e rappresenta una novità, introdotta soltanto a livello parlamentare, di per sé contraria all'obiettivo principale della revisione dell'organizzazione giudiziaria federale, promossa innanzitutto per sgravare il Tribunale federale (cfr. Messaggio del 28 febbraio 2001 concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, FF 2001 3769, in part. pag. 3770, 3878 e 4044, ad art. 78 cpv. 1 lett. e P-LTF).
1.2 Per ritenere adempiuto il presupposto dell'art. 83 lett. f n. 2 LTF non è sufficiente che il Tribunale federale non abbia mai avuto modo di pronunciarsi sulla questione sottopostagli. Occorre piuttosto che il problema giuridico sollevato sia suscettibile di ripresentarsi nei medesimi termini in svariati casi analoghi, per cui la sua soluzione può fungere da riferimento per la prassi. Deve poi trattarsi di una questione aperta o controversa che per la sua portata richiede un chiarimento da parte della più alta istanza giudiziaria federale (sentenza 2C_116/2007 del 10 ottobre 2007 consid. 4.2, riassunta in AJP 2008 pag. 238; sentenza 2C_107/2007 del 22 gennaio 2008 consid. 1.1; ADRIAN HUNGERBÜHLER, Das Bundesgericht als Rechtsmittelinstanz in Vergabesachen, in Aktuelles Vergaberecht 2008, pag. 343 segg., in part. pag. 351 segg.). Considerati il senso e lo scopo dell'art. 83 lett. f n. 2 LTF, detta questione deve inoltre riferirsi al contenuto della vertenza sottoposta al giudizio del Tribunale federale, ovvero deve riguardare un problema inerente il regime giuridico in materia di acquisti pubblici (<ref-ruling> consid. 1.3; sentenza 2C_116/2007 del 10 ottobre 2007 consid. 4.3 e 4.4, riassunta in AJP 2008 pag. 238). Determinante è l'importanza generale dell'aspetto litigioso, non il suo significato o le sue ripercussioni per le parti coinvolte nel caso specifico (HUNGERBÜHLER, op. cit., pag. 352; GALLI/MOSER/LANG/CLERC, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, 2a ed. 2007, pag. 358, n. 775; MARTIN BEYELER, Die Beschränkung des Zugangs zum Bundesgericht im öffentlichen Beschaffungswesen, Jusletter del 12 novembre 2007, n. 10; ANDREAS GÜNGERICH, in Bundesgerichtsgesetz (BGG), 2007, n. 9 ad <ref-law>).
1.3 In base all'art. 42 cpv. 2 seconda frase LTF, nell'allegato ricorsuale occorre spiegare perché e in che misura il requisito della questione giuridica d'importanza fondamentale risulta adempiuto. In caso contrario, il gravame va dichiarato inammissibile già per carenza di motivazione (DTF <ref-ruling> consid. 2.2; sentenza 2C_287/2007 del 10 settembre 2007 consid. 1.2, in SJ 2008 I pag. 283; sentenza 2C_281/2007 del 24 settembre 2007 consid. 2.2).
2. 2.1 In concreto, è incontestato che la commessa si riferisce a lavori di un costo abbondantemente superiore all'importo determinante per l'applicazione della legge sugli acquisti pubblici (cfr. l'art. 2a cpv. 3 lett. d e l'art. 14 dell'ordinanza dell'11 dicembre 1995 sugli acquisti pubblici [OAPub; RS 172.056.11]). Il lotto a concorso ha infatti un valore stimato dell'ordine delle centinaia di migliaia di franchi. Quanto alla questione giuridica d'importanza fondamentale, l'insorgente ravvisa due aspetti. Da un lato, il problema del diritto di ricorso delle associazioni, poiché su questo tema il Tribunale amministrativo federale si sarebbe discostato da una consolidata giurisprudenza. D'altro lato, la questione della lingua del contratto, considerato che le disposizioni legislative sugli acquisti pubblici non si esprimerebbero al riguardo e che con questo problema si vedrebbero confrontati anche altri importanti enti appaltanti, quali le FFS ed i servizi dell'Amministrazione federale.
2.2 In realtà, è escluso che la legittimazione a ricorrere della SSIC-TI sollevi una questione giuridica d'importanza fondamentale. In effetti controverso non è il diritto di ricorso di un'associazione in quanto tale, dal momento che l'istanza inferiore si è richiamata alla prassi del Tribunale federale e non ha inteso modificarla, bensì unicamente l'applicazione di tale prassi nel caso concreto (cfr. sentenza 2C_107/2007 del 22 gennaio 2008, consid. 1.1). Per di più, non si tratta di una problematica che concerne specificatamente il diritto in materia di acquisti pubblici, ma che riguarda una regola generale di procedura.
2.3 Di per sé, il tema della lingua del contratto concluso in seguito ad una gara d'appalto indetta da un ente riconducibile alla Confederazione non è invece di poco conto. Esso tocca infatti la questione sensibile del quadrilinguismo e del rispetto delle lingue minoritarie da parte delle autorità federali. Tuttavia anche su questo aspetto la controversia non riguarda un problema riferito in maniera diretta al regime giuridico nel settore delle commesse pubbliche. Nell'ambito dell'assegnazione di lavori da parte di un ente pubblico vanno infatti distinte due fasi. Dapprima vi è la procedura di appalto pubblico, al termine della quale, mediante decisione, viene designato l'offerente con cui il committente è, se del caso (cfr. <ref-ruling> consid. 3.4), tenuto a concludere un contratto. In seguito vi è poi la fase contrattuale in cui l'ente pubblico e l'aggiudicatario, agendo di regola sul piano del diritto privato, conducono trattative e giungono alla sottoscrizione del contratto, ovvero all'attribuzione vera e propria del mandato (DTF 2D_64/2008 del 5 novembre 2008 consid. 2.1; GALLI/MOSER/LANG/CLERC, op. cit., pag. 309 seg., n. 701). Gli aspetti linguistici propri al diritto degli acquisti pubblici riguardano perciò in sostanza la lingua del bando di concorso, dei relativi atti complementari, delle offerte e delle decisioni adottate in proposito dal committente. La definizione della lingua del contratto concerne invece la fase procedurale posteriore alla conclusione della gara d'appalto. Difatti le convenzioni internazionali sottoscritte dalla Confederazione in materia di appalti pubblici nonché l'art. 24 cpv. 3 e 4 LAPub contengono indicazioni in merito ai primi aspetti evocati (cfr. BERNHARD WALDMANN, Die Sprache im öffentlichen Vergabeverfahren, RFJ 2003 pag. 15 segg., in part. pag. 17-19 e 27-28), mentre non si esprimono sulla lingua del contratto.
Certo, nella misura in cui la lingua del contratto viene prescritta già nel bando di concorso pur non rientrando tra le indicazioni necessarie in tale documento (cfr. l'Allegato 4 all'OAPub), la contestazione della relativa clausola avviene evidentemente nel contesto della procedura di appalto pubblico. Come ritenuto dall'autorità inferiore, tale clausola può inoltre avere un'incidenza già sulla presentazione delle offerte e quindi sulla procedura di appalto in quanto tale. Tuttavia se ci si attiene ad un'interpretazione restrittiva dell'art. 83 lett. f n. 2 LTF, la prescrizione litigiosa non assurge comunque a questione giuridica di importanza fondamentale in materia di acquisti pubblici. In effetti la determinazione della lingua contrattuale concerne in ogni caso un problema che per sua natura non è proprio e caratteristico di tale ambito giuridico.
2.4 Al di là che l'esistenza di una questione giuridica di importanza fondamentale non deve essere valutata in funzione dell'interesse delle parti, è inoltre comunque lecito chiedersi se lo stralcio della clausola del bando decretato dall'autorità precedente corregga le condizioni di concorso in maniera significativa per la ricorrente. In effetti, benché quest'ultima sostenga che la decisione impugnata metta seriamente a repentaglio il raggiungimento degli obbiettivi fissati dalla Confederazione, essa ha dimostrato di disporre di personale con le competenze necessarie per poter gestire numerose procedure anche, se non addirittura esclusivamente, in italiano. Certo, come addotto, si trattava forse di lotti meno importanti e complessi. Tuttavia anche per la commessa in esame la committente ha già allestito una copiosa documentazione in lingua italiana, in particolare la decina di classificatori di cui si compongono gli atti d'appalto. Questi costituiscono peraltro la base essenziale per la formulazione del contratto vero e proprio, il cui modello è anch'esso già stato redatto in italiano ed è allegato alla documentazione di gara. V'è perciò motivo di ritenere che, se del caso, l'uso dell'italiano quale lingua contrattuale non causerebbe alla ricorrente dispendi organizzativi e finanziari rilevanti né le impedirebbe di beneficiare del know-how acquisito nelle procedure per il tunnel di base del San Gottardo. L'importanza della questione litigiosa, nell'ottica dell'insorgente, appare pertanto tutto sommato limitata.
2.5 Diversamente da quanto sostenuto nel gravame, è infine quantomeno dubbio che se il problema della lingua del contratto fosse inerente al diritto degli appalti pubblici, una pronuncia s'imporrebbe anche per l'effetto di principio giurisprudenziale che avrebbe sulle numerose procedure analoghe indette regolarmente da organi federali. Non risulta infatti che in riferimento ad altre istituzioni pubbliche della Confederazione la questione abbia mai dato adito a contestazioni.
3. 3.1 In base alle considerazioni che precedono, il ricorso in materia di diritto pubblico si avvera quindi inammissibile. La domanda di esonero dall'obbligo di pubblicare la rettifica del bando risulterebbe in ogni caso priva d'oggetto, essendo ormai scaduto il termine per la presentazione delle offerte. Il gravame non può peraltro venir trattato quale ricorso sussidiario in materia costituzionale, poiché tale rimedio è se del caso esperibile solo contro decisioni cantonali (<ref-law>).
3.2 La ricorrente rappresenta un'organizzazione incaricata di compiti di diritto pubblico e, come esposto, è insorta senza realmente perseguire propri interessi pecuniari. Di conseguenza, non si prelevano spese giudiziarie (<ref-law>). Secondo soccombenza, l'insorgente è comunque tenuta a versare alle opponenti un'indennità per ripetibili (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. La ricorrente rifonderà agli opponenti un'indennità complessiva di fr. 4'000.-- a titolo di ripetibili per la procedura dinanzi al Tribunale federale.
4. Comunicazione alla ricorrente, alla patrocinatrice degli opponenti e al Tribunale amministrativo federale, Corte II.