Sachverhalt:
A. X._, (Ehefrau) geb. 1954, und Y._, (Ehemann) geb. 1949, heirateten im April 1973. Aus der Ehe ging die heute mündige Tochter Z._, geb. 1989, hervor.
B. Mit Eingabe vom 26. September 2002 machte X._ beim Bezirksgericht Lenzburg das Ehescheidungsverfahren anhängig. Das Bezirksgericht schied mit Urteil vom 13. März 2008 die Ehe und verurteilte den Ehemann u.a. zu nachehelichem Unterhalt von Fr. 990.-- pro Monat auf unbefristete Dauer sowie zur Bezahlung von Fr. 163'471.65 als angemessene Entschädigung für die berufliche Vorsorge (<ref-law>).
Das Obergericht des Kantons Aargau hob mit Urteil vom 2. Dezember 2008 auf Appellation und Anschlussappellation hin das bezirksgerichtliche Urteil teilweise auf und wies den Antrag der Ehefrau auf Zusprache einer Ausgleichsleistung für die berufliche Vorsorge sowie auf Zusprache eines nachehelichen Unterhaltsbeitrags ab. Die Verfahrenskosten wurden der Ehefrau auferlegt und ihr im Rahmen der unentgeltlichen Rechtspflege unter dem Vorbehalt der Rückforderung einstweilen vorgemerkt.
C. Die Ehefrau ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 26. Januar 2009 an das Bundesgericht gelangt. Sie verlangt die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils betreffend die Nichtgewährung einer Ausgleichsleistung aus beruflicher Vorsorge und betreffend die Nichtgewährung eines nachehelichen Unterhaltsbeitrags sowie betreffend den Kostenentscheid und beantragt die Bestätigung des bezirksgerichtlichen Urteils. Eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Ehemann schliesst auf Nichteintreten auf die Beschwerde. Eventualiter sei die Beschwerde abzuweisen. Das Obergericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über den Bestand und Umfang des Anspruchs auf eine angemessene Entschädigung für die berufliche Vorsorge nach <ref-law> sowie über die Gewährung eines nachehelichen Unterhaltsbeitrags. Hierbei handelt es sich um eine Zivilsache mit Vermögenswert (<ref-law>). Die gesetzliche Streitwertgrenze ist klar überschritten (<ref-law>). Die Beschwerde in Zivilsachen ist daher gegeben.
1.2 Es können alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG vorgebracht werden und das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Rechtsanwendung von Amtes wegen heisst, dass es behauptete Rechtsverletzungen (<ref-law>) mit voller Kognition prüft und die einschlägigen Rechtssätze im Rahmen des Streitgegenstandes selber ermittelt und ihnen unabhängig von den Rechtsauffassungen der Parteien oder der Vorinstanz denjenigen Rechtssinn beimisst, den es von sich aus als den Richtigen betrachtet (<ref-ruling> E. 2b S. 36; <ref-ruling> E. 3c S. 26 f.; ULRICH MEYER, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 1 f. zu <ref-law>). Das Bundesgericht kann somit eine Beschwerde gutheissen oder abweisen aus anderen Gründen als vom Beschwerdeführer vorgetragen oder von der Vorinstanz erwogen. Hingegen ist es an den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt gebunden (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>). In der Beschwerde ist darzutun, inwiefern die erwähnte Voraussetzung gegeben sein soll, andernfalls die neuen Vorbringen unbeachtlich bleiben (<ref-ruling> E. 3 S. 395).
2. Das Bezirksgericht hat befunden, dass aufgrund der am 22. Dezember 2000 erfolgten Auszahlung des Freizügigkeitsguthabens an den Beschwerdegegner von Fr. 337'943.30 infolge definitiven Verlassens der Schweiz die Teilung des BVG-Guthabens nach <ref-law> nicht mehr möglich sei. Vielmehr müsse eine angemessene Entschädigung im Sinn von <ref-law> geprüft werden. Das Obergericht widerspricht diesen Feststellungen nicht und führt ergänzend aus, dass sich die Angemessenheit am Grundsatz der hälftigen Teilung der während der Ehe erworbenen Austrittsleistungen orientiere und sich zudem nach den Vorsorgebedürfnissen und den wirtschaftlichen Verhältnissen der Parteien beurteile. Der Anspruch auf nachehelichen Unterhalt beurteile sich nach <ref-law>. Dieser bestehe gemäss Absatz 1 bei fehlender Eigenversorgungskapazität des Ansprechers. Absatz 2 zähle Kriterien auf, die beim Entscheid, ob ein Beitrag zu leisten sei und gegebenenfalls in welcher Höhe und wie lange, zu berücksichtigen seien, so unter anderem das Einkommen und Vermögen der Ehegatten, ihre Erwerbsaussichten und ihre Vorsorgeanwartschaften. Die Zusprechung sowohl einer Entschädigung nach <ref-law> wie auch einer Scheidungsrente nach <ref-law> setze Kenntnis der wirtschaftlichen Verhältnisse des Ansprechers nach der Scheidung voraus, damit dessen Vorsorge- und Unterhaltsbedürfnisse zuverlässig beurteilt werden können. Dabei seien die Anspruchsgrundlagen von jener Partei substantiiert darzulegen und zu beweisen, welche den Anspruch geltend macht (<ref-law>). Vorliegend sei der gegenwärtige Aufenthaltsort der Beschwerdeführerin unbekannt. Belege über ihre aktuelle Lebenssituation seien nicht vorhanden. Schon vor Bezirksgericht habe ihr Rechtsvertreter mangels Kontaktmöglichkeit zur Klientin die einverlangten Unterlagen über ihre Einkünfte und ihren Bedarf nicht verurkunden können. Die vom Beschwerdegegner vorgebrachte Behauptung, wonach die Beschwerdeführerin im Jahre 1997 von seinem Konto bei der UBS Fr. 250'000.-- bezogen und auf ein eigenes Konto in Kairo einbezahlt habe, sei unbestritten. Die Behauptung der Beschwerdeführerin, sie habe das Geld wieder zurückbezahlt, sei unbelegt. Bei dieser Sach- und Aktenlage sehe sich das Obergericht ausserstande, sich über die wirtschaftlichen Verhältnisse der Beschwerdeführerin und somit über ihren Vorsorge- und Unterhaltsbedarf nach der Scheidung ein zuverlässiges Bild zu machen. Der von der Beschwerdeführerin geltend gemachte Anspruch auf Vorsorgeausgleich und Unterhaltsbeiträge sei unsubstantiiert, unbelegt und daher abzuweisen.
3. Die Beschwerdeführerin sieht in diesen Erwägungen <ref-law>, <ref-law> und <ref-law> verletzt. Sie macht sinngemäss geltend, sie habe im kantonalen Verfahren die finanziellen Verhältnisse genügend substantiiert behauptet und belegt. Die dargelegten Tatsachen und Begleitumstände würden zudem unmittelbar aus den Akten des Ehescheidungs- und Präliminarverfahrens hervorgehen, deren Beizug sie mit der Appellation beantragt habe. Die geltend gemachten Tatsachen und Indizien habe das Obergericht vollständig ignoriert, obwohl sie bei der durch das Bundesrecht in <ref-law> vorgeschriebenen freien Beweiswürdigung hätten gewürdigt werden müssen. So hätte unter anderem insbesondere die Tatsache, dass sich der Beschwerdegegner erstmals im Scheidungsverfahren darauf berief, den Betrag von Fr. 250'000.-- von der Beschwerdeführerin angeblich nicht zurückerhalten zu haben, als Indiz zur Beweiswürdigung beigezogen werden müssen. Zudem habe die Tatsache, dass die Beschwerdeführerin bis zu ihrer Rückkehr ins Heimatland Ägypten kein Erwerbseinkommen erzielte und das Vorbringen, wonach diese als Schneiderin in Kairo ein nur sehr geringes Einkommen erzielen könne, keinen Eingang im Verfahren vor Obergericht gefunden. Zudem ergebe sich eine unrichtige Anwendung von <ref-law> daraus, dass sich der gebührende Unterhalt nicht nach dem Bedarf des Ansprechers, sondern anhand der Differenz zwischen dessen Eigenversorgungskapazität nach der Ehescheidung und dem zuletzt gelebten Unterhalt berechne.
Im Weiteren enthält die Beschwerde Ausführungen betreffend den Prozessablauf vor den kantonalen Instanzen, die Beziehung der Parteien zur mündigen Tochter, die Verstossung der Beschwerdeführerin und die freundschaftliche Beziehung der Beschwerdeführerin zu A._.
4. Der Beschwerdegegner stellt sich insbesondere auf den Standpunkt, dass aufgrund der genügenden Eigenversorgungskapazität der Beschwerdeführerin keine Unterhaltsbeiträge zuzusprechen seien. Die Beschwerdeführerin sei als qualifizierte Dolmetscherin in der Lage, ihre Lebenshaltungskosten bei weitem zu decken. Weiter bringt er vor, der Beschwerde fehle eine genügend substantiierte Begründung. Zur Frage der Leistung einer Entschädigung für die berufliche Vorsorge äussert sich der Beschwerdegegner hingegen nicht.
5. Die seitenlangen Vorbringen und chronologischen Darstellungen der Beschwerdeführerin sind teilweise unverständlich. Soweit ihre Ausführungen den kantonalen Prozessablauf, die Beziehung zur Tochter sowie zu A._ und die angebliche Verstossung betreffen, geht aus der Beschwerde nicht hervor, was die Beschwerdeführerin daraus herleiten möchte. Zudem handelt es sich hierbei weitgehend um neue, und damit vor Bundesgericht unzulässige Vorbringen (<ref-law>, vgl. E. 1.2).
Im Weiteren verkennt die Beschwerdeführerin, dass ihre Ausführungen, anstatt auf eine Verletzung von <ref-law>, auf die Rüge der Verletzung von <ref-law> hinzielen. <ref-law> besagt, dass der Richter nach seiner frei gebildeten Überzeugung zu befinden hat, ohne Bindung an Beweisregeln. Inwiefern das Obergericht diesen Grundsatz der freien Beweiswürdigung missachtet haben soll, ist nicht ersichtlich. Vielmehr ist den Vorbringen der Beschwerdeführerin zu entnehmen, dass diese sich daran stösst, dass das Obergericht die Behauptungen weitgehend als zu wenig substantiiert wertet und es deshalb unterlassen hat, Sachverhaltsfeststellungen zu treffen bzw. eine Beweiswürdigung vorzunehmen. Dabei handelt es sich jedoch um eine Frage der Verletzung des Beweisrechts, die durch <ref-law> geregelt wird (<ref-ruling> E. 2b S. 40; <ref-ruling> E. 2a S. 291). Da das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen anzuwenden hat (E. 1.2), können die Rügen der Beschwerdeführerin - trotz falscher Bezeichnung der Rechtsgrundlage - vorliegend unter dem Blickwinkel von <ref-law> geprüft werden.
6. Ist bei einem oder bei beiden Ehegatten der Vorsorgefall eingetreten oder können aus anderen Gründen Ansprüche aus der beruflichen Vorsorge nicht geteilt werden, ist gemäss <ref-law> eine Entschädigung geschuldet, deren Höhe sich nach Recht und Billigkeit (<ref-law>) unter Gewichtung aller erheblichen Fallumstände bemisst. Für die in einem ersten Schritt vorzunehmende Berechnung der Höhe des zu teilenden virtuellen Ausgangsbetrages muss wie bei der hälftigen Teilung der Austrittsleistungen gemäss <ref-law> die gesamte Ehedauer massgeblich sein. Sodann hat sich die in einem zweiten Schritt festzusetzende angemessene Entschädigung für den Normalfall am gesetzgeberischen Konzept der grundsätzlichen hälftigen Teilung der Austrittsleistungen gemäss <ref-law> zu orientieren, soweit dies im konkreten Einzelfall möglich ist. Ein schematisches Vorgehen soll indes vermieden werden, ist doch die Bestimmung von <ref-law> durch die Verwendung des Begriffes der Angemessenheit offen gehalten (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 403 f.; <ref-ruling> E. 4.2 S. 4). Dem Obergericht ist darin beizupflichten, dass bei der Festsetzung der Entschädigung auch der wirtschaftlichen Lage der Parteien nach der Scheidung Rechnung zu tragen ist (<ref-ruling> E. 3.2 S. 404). Weiter trifft es zu, dass der Ansprecher seinen Anspruch vor dem Richter genügend substantiiert darzulegen und zu begründen hat (vgl. Urteil 5C.13/2003 vom 30. August 2004 E. 2.2, nicht publ. in: BGE <ref-ruling>; Urteile 5C.247/2005 vom 10. Februar 2006 E. 3.2 und 5A_614/2007 vom 2. Mai 2008 E. 3.1). Jedoch muss bei der Beurteilung des Anspruchs auf Entschädigung für die berufliche Vorsorge dem Umstand Rechnung getragen werden, dass nach der gesetzgeberischen Entscheidung als Ausdruck der mit der Ehe verbundenen Schicksalsgemeinschaft grundsätzlich ein voraussetzungsloser Vorsorgeausgleich stattfinden soll (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 578; Botschaft zum neuen Scheidungsrecht, BBl 1991 I 100). Gemäss <ref-law> kann das Gericht die Teilung ganz oder teilweise verweigern, wenn sie aufgrund der güterrechtlichen Auseinandersetzung oder der wirtschaftlichen Verhältnisse nach der Scheidung offensichtlich unbillig wäre. Die Bestimmung bezieht sich zwar unmittelbar nur auf die Teilung der Austrittsleistungen gemäss <ref-law>, sie ist jedoch auch bei der Festsetzung der angemessenen Entschädigung gemäss <ref-law> zu beachten (<ref-ruling> E. 3.3 S. 486 f.). Eine Verweigerung fällt ebenfalls in Betracht, wo die Entschädigung im konkreten Einzelfall und bei Vorliegen eines Tatbestandes, der dem in <ref-law> umschriebenen vergleichbar oder ähnlich ist, gegen das Verbot des offenbaren Rechtsmissbrauchs verstiesse (<ref-law>). Für weitere Verweigerungsgründe bleibt hingegen kein Raum (vgl. <ref-ruling> E. 4.7 S. 505; Urteil 5A_623/2007 vom 4. Februar 2008 E. 5.1, in: FamPra.ch 2008 S. 384). Mit Bezug auf die Teilung der Austrittsleistungen gemäss <ref-law> hat das Bundesgericht sodann festgehalten, dass hohes Vermögen für sich genommen noch keinen Verweigerungsgrund im Sinn von <ref-law> darstellt, weil der Vorsorgeausgleich ein vom Güterrecht unabhängiges Institut ist und es deshalb für die Annahme einer offensichtlichen Unbilligkeit nicht genügt, wenn die Zukunft des teilungsberechtigten Ehegatten finanziell gesichert ist (<ref-ruling> E. 4.5 S. 503). Weiter hat es klargestellt, dass ein Anspruch auf Vorsorgeausgleich nicht nur besteht, wo aufgrund der Aufgabenteilung während der Ehe ein vorsorgerechtlicher Nachteil entstanden ist (Urteile 5A_79/2009 vom 28. Mai 2009 E. 2.1 und 5A_623/2007 vom 4. Februar 2008 E. 5.2, in: FamPra.ch 2008 S. 384). Dem gesetzgeberischen Entscheid, wonach ein Vorsorgeausgleich grundsätzlich stattfinden soll, muss vorliegend auch bei der Würdigung der Vorbringen der Beschwerdeführerin Rechnung getragen werden. Kann doch von ihr nicht verlangt werden, dass sie detailliert Gründe vorbringt und ausführt, weshalb ein Vorsorgeausgleich vorliegend nicht offensichtlich unbillig oder rechtsmissbräuchlich wäre.
Das Obergericht hat dem Antrag der Beschwerdeführerin auf Leistung einer Entschädigung aus <ref-law> mangels genügender Substantiierung und Begründung nicht Folge geleistet. Zu beachten ist jedoch, dass die Beschwerdeführerin diesbezüglich einen klaren Antrag gestellt hat, ihre Einkommens- und Vermögenssituation mittels Behauptungen dargestellt hat und keine offensichtlichen Unbilligkeitsgründe, die gegen die Zusprechung einer Entschädigung sprechen, ersichtlich sind. Angesichts der gesetzgeberischen Entscheidung, wonach grundsätzlich ein Vorsorgeausgleich stattfinden muss, hat das Obergericht vorliegend die Regeln der Behauptungs- und Substantiierungslast betreffend die Entschädigung für die berufliche Vorsorge zu streng gehandhabt. Dieses Vorgehen ist mit <ref-law> nicht vereinbar. Anzumerken ist zudem, dass gemäss § 40 EGZGB/AG der Richter bei eherechtlichen Streitigkeiten Tatumstände, die ihm massgebend erscheinen, nötigenfalls von Amtes wegen zu untersuchen hat.
7. Anders liegen die Umstände betreffend die Beurteilung des nachehelichen Unterhalts. Denn selbst eine lebensprägende Ehe - die hier unbestrittenermassen vorliegt - führt nicht automatisch zu Scheidungsalimenten. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung geniesst der Grundsatz der Eigenversorgung gegenüber dem Unterhaltsanspruch Vorrang, was sich direkt aus <ref-law> ergibt (Prinzip des clean break). Nur dann und insoweit hat ein Ehegatte gegenüber dem anderen einen Anspruch auf Scheidungsalimente, als er seinen gebührenden Unterhalt nicht aus eigener Kraft zu decken vermag und der andere Teil leistungsfähig ist (<ref-ruling> E. 4 S. 146, vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 578 ff.). Somit besteht - anders als bei der Leistung einer Entschädigung für die berufliche Vorsorge - kein grundsätzlicher Anspruch auf Zusprechung eines nachehelichen Unterhaltsbeitrags bzw. die Gewährung eines solchen Beitrags bildet nicht die Regel. Da ein nachehelicher Unterhaltsbeitrag nur bei fehlender Eigenversorgungskapazität des Ansprechers zugesprochen werden kann bzw. ein solcher nicht erst dann verweigert wird, wenn er unbillig wäre, kommt der Beurteilung der finanziellen Situation des Ansprechers hier ein anderer Stellenwert zu.
Vor diesem Hintergrund kann die obergerichtliche Auffassung, wonach die Beschwerdeführerin ihre wirtschaftliche Situation für die Beurteilung des nachehelichen Unterhaltsbeitrags zu wenig substantiiert dargelegt hat, bundesrechtlich nicht beanstandet werden. Insbesondere ist dem Obergericht, wie auch dem Beschwerdegegner, darin beizupflichten, dass die Beschwerdeführerin mit ihrem Antrag auf Unterhaltsbeiträge zumindest hätte substantiiert ausführen müssen, wo sie lebt, wie hoch ihre Lebenskosten sind und welches Einkommen sie zu erzielen in der Lage wäre. Hinzu kommt, dass die Beschwerdeführerin auch vor Bundesgericht nicht rechtsgenüglich aufzeigt, inwiefern betreffend nachehelicher Unterhalt eine Bestimmung des Beweisrechts oder <ref-law> verletzt worden wäre, sondern sich mit den entsprechenden Behauptungen begnügt. Damit erfüllt sie die Begründungsanforderungen der Beschwerde vor Bundesgericht nicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG).
8. Nach dem Gesagten muss das Begehren der Beschwerdeführerin auf Zusprechung von Unterhaltsbeiträgen abgewiesen werden, soweit überhaupt darauf eingetreten werden kann.
Betreffend den Vorsorgeausgleich kann über den Hauptantrag der Beschwerdeführerin nicht entschieden werden, da die dafür erforderlichen tatsächlichen Feststellungen fehlen. Der Eventualantrag ist hingegen teilweise gutzuheissen. Die Dispositiv-Ziffer 1.1 des Urteils des Obergerichts betreffend die Nichtgewährung einer Entschädigung für die berufliche Vorsorge und die Dispositiv-Ziffern 3 und 4 betreffend die Verfahrens- und Parteikosten sind somit aufzuheben und die Streitsache gestützt auf <ref-law> zur weiteren Abklärung und neuer Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen. Dabei hat es insbesondere das Vermögen der Parteien sowie den Bedarf und das Einkommen des Beschwerdegegners festzustellen und die offen gelassene Frage, ob aufgrund der finanziellen Verhältnisse ein Vorsorgeausgleich unbillig wäre, zu entscheiden. Zu beachten ist bei diesem Entscheid, dass als Entschädigung sowohl eine Kapitalleistung als auch eine Rentenleistung zugesprochen werden kann, wobei bei fehlendem Vermögen des Leistungspflichtigen auch dessen Einkommen zur Zahlung der Entschädigung herangezogen werden könnte (vgl. BGE 131 III I E. 4.3 S. 5 f.).
9. Die Beschwerdeführerin dringt nur mit ihrem Eventualantrag auf Rückweisung der Sache zu neuer Entscheidung teilweise durch, während der Beschwerdegegner die Abweisung der Beschwerde beantragt hat. Vor diesem Hintergrund rechtfertigt es sich, die Gerichtskosten von den Parteien je hälftig tragen zu lassen (<ref-law>) und die Parteikosten wettzuschlagen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und Ziff. 1.1 des Urteils des Obergerichts des Kantons Aargau wird teilweise, Ziff. 3 und Ziff. 4 werden vollständig aufgehoben. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Sache wird an das Obergericht des Kantons Aargau zur neuen Entscheidung im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Parteien je hälftig auferlegt.
4. Die Parteikosten werden wettgeschlagen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. August 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Hohl Gut