Faits:
A. Par jugement du 26 juin 2002, le Tribunal de district de Meilen (ZH) a prononcé le divorce de dame X._ et Y._ et a condamné celui-ci à contribuer à l'entretien de sa fille A._ à hauteur de 2'000 fr. par mois.
Alléguant que Y._ ne s'acquittait pas des contributions d'entretien et qu'il avait quitté la Suisse, dame X._ a, le 6 août 2007, obtenu du juge unique du Tribunal de district de Zurich le séquestre des avoirs de son ex-mari auprès de la succursale zurichoise de la banque Pictet & Cie. Cette autorité a rejeté l'opposition formée par le séquestré. Cette décision a été confirmée par la Cour suprême du canton de Zurich.
B. Se fondant toujours sur les contributions d'entretien impayées, dame X._ a, le 30 septembre 2007, déposé une requête de séquestre portant sur les biens de son ex-mari auprès du siège genevois de la banque Pictet & Cie à Genève. Donnant suite le 3 octobre 2007 à cette réquisition, le Vice-Président du Tribunal de première instance de Genève a ordonné le séquestre à hauteur de 56'078 fr. 50 correspondant aux arriérés de contributions d'entretien dus entre septembre 2002 et juin 2007.
Sur opposition du séquestré, le Tribunal de première instance a, le 20 février 2008, révoqué l'ordonnance et levé la mesure; en bref, il a considéré que la requérante n'avait pas rendu vraisemblable l'existence de biens auprès de la banque genevoise.
Par arrêt du 15 mai 2008, notifié le 20 mai suivant, la Cour de Justice du canton de Genève a rejeté le recours de la requérante et confirmé le jugement entrepris.
C. Dame X._ forme un recours en matière civile contre cet arrêt. Elle conclut principalement à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouveau jugement dans le sens des considérants. Subsidiairement, elle demande le rejet de l'opposition à l'ordonnance de séquestre et la confirmation de celle-ci.
Le 14 juillet 2008, la Juge présidant la cour de céans a admis la requête d'effet suspensif.
L'intimé a conclu au rejet du recours.
D. Le 15 décembre 2008, le Tribunal fédéral a délibéré sur ce recours en séance publique.

Considérant en droit:
1. La décision sur opposition au séquestre rendue par l'autorité judiciaire supérieure au sens de l'<ref-law> est une décision finale au sens de l'<ref-law>, prise en dernière instance cantonale (<ref-law>), qui peut faire l'objet d'un recours en matière civile selon l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1), pour autant que la valeur litigieuse soit supérieure à 30'000 fr. (<ref-law>), ce qui est manifestement le cas en l'espèce. Le recours a par ailleurs été interjeté en temps utile (<ref-law>).
2. La décision sur opposition au séquestre constitue une décision de mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (arrêts 5A_156/2007 du 29 août 2007 consid. 1.2, 5A_301/2007 du 9 août 2007 consid. 1). Seule peut par conséquent être invoquée la violation des droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>). Celui-ci doit donc exposer de manière claire et détaillée en quoi des droits constitutionnels auraient été violés (<ref-ruling> consid. 6).
3. La recourante estime que la cour cantonale a versé dans l'arbitraire en jugeant que les conditions de l'octroi du séquestre, notamment l'existence de biens appartenant au débiteur auprès du siège genevois de Pictet & Cie, n'avaient pas été rendues vraisemblables.
3.1 Le séquestre est ordonné, entre autres exigences, si le requérant a rendu vraisemblables sa créance, un cas de séquestre et l'existence de biens appartenant au débiteur (art. 272 al. 1 ch. 1-3 LP; cf. déjà: <ref-ruling> consid. 1). Afin d'éviter tout séquestre investigatoire, le requérant doit ainsi, entre autres, rendre vraisemblable le lieu où sont localisés les droits patrimoniaux à séquestrer ou du tiers débiteur ou détenteur (GILLIÉRON, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. IV, n. 54 ad <ref-law>; WALTER A. STOFFEL in : Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, III, 1998, n. 29 ad <ref-law>; BERTRAND REEB, Les mesures provisoires dans la procédure de poursuite, in RDS 1997/2 p. 421ss, p. 464). S'agissant d'avoirs bancaires, le débiteur doit indiquer la banque concernée (WALTER STOFFEL/ISABELLE CHABLOZ, Commentaire romand de la LP, n. 29-30 ad <ref-law>). Il suffit que l'autorité, se fondant sur des éléments objectifs, acquière l'impression que les faits pertinents se sont produits, mais sans qu'elle doive exclure pour autant la possibilité qu'ils se soient déroulés autrement (STOFFEL, op. cit., n. 3 ad <ref-law>; pour les mesures provisionnelles en général: <ref-ruling> consid. 4a).
3.2 Le point de savoir si le degré de vraisemblance requis par le droit fédéral est atteint dans le cas particulier ressortit à l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 5 et les arrêts cités). Dans ce domaine, le Tribunal fédéral reconnaît une ample latitude aux autorités cantonales (<ref-ruling> consid. 4b). Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst., que si le juge n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans raisons objectives de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables; encore faut-il que la décision attaquée en soit viciée dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2a et la jurisprudence citée).
3.3 La cour cantonale a retenu que, contrairement à ce que prétendait la recourante, on ne pouvait déduire de l'attitude de l'intimé la vraisemblance de l'existence de biens lui appartenant auprès du siège de la banque Pictet & Cie à Genève. D'une part, il s'est opposé au séquestre et, d'autre part, il a fait valoir que ce séquestre était investigatoire. L'autorité précédente a relevé qu'en première instance, la recourante n'a produit aucune pièce permettant de conclure à l'existence de biens auprès de la banque genevoise. L'avis de débit de la banque Pictet & Cie déposé en appel n'est pas déterminant car l'indication « Geneva » figure sur tous les avis de débit - qu'ils émanent du siège ou d'une succursale. Quant aux avis de virement également déposés en appel, la cour cantonale a constaté qu'ils sont adressés à des employés qui ont tous travaillé ou travaillent exclusivement pour la succursale zurichoise de la banque Pictet & Cie. L'autorité précédente a ainsi estimé que les pièces produites ne rendaient pas vraisemblable l'existence de biens appartenant à l'intimé auprès du siège genevois. En revanche, elle a jugé qu'elles démontrent l'existence de relations bancaires avec la succursale zurichoise de Pictet & Cie, dans laquelle l'intimé reconnaît qu'il dispose d'avoirs. Le fait qu'il soutienne avoir son centre de vie à Z._ ne suffit pas à rendre plus vraisemblables des relations avec le siège genevois; il est d'ailleurs de nationalité allemande et a donné les ordres de virement produits en allemand. Enfin, la cour cantonale a observé qu'aucune conclusion ne peut non plus être tirée de l'attitude de la banque à réception de l'ordonnance de séquestre; l'établissement s'est contenté de prendre note du contenu de l'ordonnance, sans donner aucune indication ni sur l'existence de biens déposés auprès du siège genevois ni sur le résultat du séquestre.
3.4 La recourante prétend que l'intimé n'a jamais contesté expressément posséder des avoirs auprès de la banque Pictet & Cie à Genève; selon elle, ce « silence qualifié » suffit à rendre vraisemblable l'existence de biens auprès de cet établissement.
En l'espèce, l'intimé s'est opposé au séquestre en prétendant que celui-ci était investigatoire et que les conditions de son prononcé n'étaient pas remplies sur les points suivants : il affirmait qu'il ne devait pas le montant réclamé, qu'il n'avait pas l'intention de se soustraire à ses obligations par la fuite (<ref-law>) et que son domicile se trouvait en Suisse (<ref-law>). En revanche, il n'a jamais contesté expressément qu'il disposait de biens auprès du siège genevois. En l'absence d'opposition de l'intéressé sur cette question, il était arbitraire de révoquer l'ordonnance de séquestre au motif que l'existence de biens auprès du siège de Genève n'avait pas été rendue vraisemblable. Au demeurant, on peut se demander si, dès lors que la créancière a rendu vraisemblable l'existence de biens appartenant au débiteur auprès de la succursale zurichoise de la banque, il n'est pas également plausible que le débiteur détient des biens auprès de l'établissement genevois, le siège et les succursales ne formant qu'une seule entité sur le plan juridique (cf. arrêt 7B.314/1998 du 17 février 1999 consid. 7; arrêt de l'Obergericht du canton de Zurich in : ZR 2000 p. 106 n° 39; WALTER A. STOFFEL, op. cit., n. 30 ad <ref-law>; contra : Luc Thévenoz, Jurisprudence civile récente in : Journée de droit bancaire et financier 2001, p. 123ss, 127; SAVERIO LEMBO, Le séquestre des comptes des succursales requis au siège de la banque : une porte ouverte au séquestre investigatoire? in PJA 1993 p. 801ss, 806; NICOLAS JEANDIN/CARLO LOMBARDINI, Le séquestre en Suisse d'avoirs bancaires à l'étranger : fiction ou réalité in : PJA 2006 p. 967ss, 973; NICOLAS JEANDIN/SAVERIO LEMBO, Le séquestre civil et la localisation des avoirs bancaires in : Journée 2006 de droit bancaire et financier, p. 21ss, 34-35; FELIX C. MEIER-DIETERLE, Formelles Arrestrecht - Eine Checklist in : PJA 1996, p. 1225).
En définitive, le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à la cour cantonale (<ref-law>), à qui il appartiendra d'examiner si les autres conditions du séquestre sont réalisées.
4. Les frais judiciaires et les dépens seront supportés par l'intimé, qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Une indemnité de 3'000 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la 1ère Section de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 15 décembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli Rey-Mermet