Faits:
A. La faillite de W._ SA a été prononcée le 8 janvier 1996. Ont été admis à l'état de collocation la Banque A._ pour 220'900 fr., B._ pour 6'188 fr. 50, l'Assurance C._ pour 349'873 fr. 65, D._ pour 16'049 fr. 45, la Fiduciaire E._ pour 35'609 fr. 40 et l'Assurance F._ pour 210'812 fr. 45.
L'administration de la faillite a inventorié à l'encontre notamment de X._ et de Y._, administrateurs de W._ SA depuis 1995, une prétention pour leur responsabilité d'organe de 1'496'496 fr. 35 au titre de dommage subi par les créanciers. Elle a ensuite cédé cette prétention aux six créanciers précités.
B. B.a Le 8 janvier 2001, les six créanciers cessionnaires ont assigné notamment X._ et Y._ devant le Tribunal de première instance du canton de Genève en paiement de 1'483'594 fr. 05, plus intérêts.
Par jugement du 15 septembre 2005, le Tribunal de première instance a condamné X._ et Y._, solidairement avec un autre administrateur de W._ SA, à payer aux demandeurs 1'483'594 fr. 05, plus intérêts, avec suite de dépens.
B.b Statuant par arrêt du 16 juin 2006 sur appel de X._ et de Y._, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a réformé le jugement de première instance en ce sens que les appelants ont été condamnés solidairement à verser aux défendeurs la somme de 320'870 fr. 50, plus intérêts. X._ et Y._ ont également été condamnés solidairement aux trois quarts des dépens de première instance et d'appel.
B.c Statuant par arrêt du 10 mai 2007 (4P.196/2006) sur recours de droit public formé par X._ et Y._, le Tribunal fédéral a annulé la décision attaquée.
Il a considéré que les recourants avaient bien failli à leurs devoirs d'administrateurs, mais que la cour cantonale était tombée dans l'arbitraire en fixant le préjudice des créanciers à 320'870 fr. 50.
Concernant les dépens de la procédure cantonale, le Tribunal fédéral a jugé que l'autorité cantonale ne pouvait sans arbitraire condamner les recourants aux trois quarts des dépens, alors que les intimés avait obtenu l'adjudication d'un montant représentant à peine plus d'un cinquième des conclusions de leur demande.
B.d Statuant à nouveau par arrêt du 22 février 2008, la Cour de justice a condamné solidairement X._ et Y._ à verser aux créanciers cessionnaires le montant de 275'000 fr., plus intérêts. Elle les a en outre condamné, solidairement entre eux, au tiers des dépens de première instance et d'appel, soit à un total de 30'000 fr., montant comprenant des indemnités de procédure valant participation aux honoraires d'avocat de l'Assurance F._ (6'100 fr.), de la Fiduciaire E._ (1'500 fr.), de D._ (800 fr.), de B._ (500 fr.), de la Banque A._ (8'800 fr.) et de l'Assurance C._ (12'300 fr.). La cour cantonale a compensé les dépens pour le surplus.
B.e Statuant par arrêt du 19 juin 2008 (4A.175/2008) sur recours en matière civile formé par X._ et Y._, le Tribunal fédéral a annulé l'arrêt de la Cour de justice du 22 février 2008 sur la question des dépens. Le Tribunal fédéral a considéré que si les dépens devaient être mis à la charge des recourants à raison d'un tiers, la cour cantonale aurait dû également mettre des dépens à la charge des intimés à raison des deux tiers. Ainsi, en condamnant les recourants au tiers des dépens et en compensant ceux-ci pour le surplus, l'autorité cantonale a sombré dans l'arbitraire. Le Tribunal fédéral a renvoyé la cause à l'autorité inférieure pour qu'elle statue à nouveau sur les dépens de première instance et d'appel, lui demandant de fixer en équité l'indemnité de procédure due à X._ et à Y._.
B.f X._ et Y._ ont conclu devant l'autorité cantonale à la répartition des dépens de la procédure à raison de deux tiers à la charge des intimés et d'un tiers à leur charge, solidairement entre eux, et à ce qu'une indemnité de procédure de 100'000 fr. leur soit allouée. Ce dernier montant devait également englober leurs frais d'avocat pour la période postérieure à la date de l'arrêt du Tribunal fédéral.
Se rapportant à justice quant aux dépens réclamés par les recourants, les créanciers cessionnaires ont conclu à la confirmation de la condamnation des recourants aux dépens des intimés prononcée dans l'arrêt du 22 février 2008.
Statuant par arrêt du 20 février 2009, la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève a constaté que tant le Tribunal fédéral que les parties n'ont pas remis en cause le montant de 30'000 fr. alloué aux intimés à titre d'indemnité de procédure par arrêt du 22 février 2008. Sur ce point, elle a ainsi confirmé celui-ci et elle a condamné les créanciers cessionnaires à verser à X._ et Y._ 60'000 fr. en guise d'indemnité de procédure pour leurs frais d'avocats encourus en première instance et en appel, plus 1'500 fr. supplémentaires pour leurs frais d'avocat depuis la date de l'arrêt du Tribunal fédéral du 19 juin 2008.

C. X._ et Y._ ont déposé un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt du 20 février 2009. Ils reprochent à la cour cantonale de s'être écartée sans motif sérieux des instructions données par le Tribunal fédéral dans son arrêt de renvoi du 19 juin 2008 en maintenant la condamnation des recourants à verser aux intimés le montant de 30'000 fr., alors même que le Tribunal fédéral avait clairement annulé l'arrêt cantonal entrepris. Ils considèrent que l'autorité inférieure a ainsi appliqué de façon arbitraire l'art. 319 de la loi de procédure civile genevoise du 10 avril 1987 (LPC/GE; RSG E 3 05) et violé le droit fédéral. Ils concluent à l'annulation de l'arrêt cantonal en ce qu'il les condamne à payer aux intimés des indemnités de procédure d'une valeur totale de 30'000 fr. et à la confirmation de cet arrêt en ce qu'il condamne les intimés à leur verser, solidairement, 60'000 fr. comme indemnité de procédure, sous suite de frais et dépens.
Les intimés concluent au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt cantonal.
Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par des parties qui ont partiellement succombé devant l'autorité précédente et qui ont donc en principe qualité pour recourir (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 425 s.), le recours, déposé dans le délai (art. 100 al. 1 et 45 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, est dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>).
La valeur litigieuse, déterminée par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (<ref-law>), sans égard au montant des dépens réclamés comme frais accessoires (<ref-law>), atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>). La voie du recours en matière civile étant ouverte en l'espèce pour attaquer la décision cantonale sur le fond, elle l'est également pour l'attaquer sur les dépens (<ref-ruling> consid. 3 p. 144 et les références citées).
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 105). Il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral ne peut s'écarter des faits établis par l'autorité précédente que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire: <ref-ruling> consid. 4.3 p. 63 - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). En l'espèce, les recourants n'ont pas contestés les faits sous l'angle de l'arbitraire et le Tribunal fédéral conduira donc son raisonnement juridique sur la base des faits établis par la cour cantonale (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
Après l'arrêt du Tribunal fédéral du 19 juin 2008, les recourants n'ont pas contesté, devant la cour cantonale, la mise à leur charge du tiers des dépens. Devant le Tribunal fédéral, ils remettent par contre en question cette répartition et concluent à l'annulation pure et simple de l'arrêt cantonal sur ce point, estimant que seuls les intimés doivent être condamnés à verser des dépens. En soi, l'objet du litige n'a pas été étendu, le recours portant sur un point - le sort des dépens du procès - sur lequel l'autorité précédente a dûment statué dans le cadre de la saisine (cf. arrêt 4.A 175/2008 du 19 juin 2008 consid. 1.2). D'un autre côté, les arguments des recourants, qui interprètent l'arrêt de renvoi du Tribunal fédéral dans le but de démontrer que tout versement de dépens aux intimés est exclu, n'ont pas été soumis à la l'autorité précédente, si bien que l'on peut se demander si les recourants ne présentent pas une conclusion nouvelle au sens de l'<ref-law>. La question peut toutefois rester ouverte vu que le recours est, ainsi qu'on va le voir ci-dessous, de toute façon mal fondé.
2. Les intimés estiment que le recours est abusif et qu'il doit être déclaré irrecevable. Ils rappellent que le Tribunal fédéral s'est déjà prononcé trois fois au sujet des dépens et que le seul but apparent du recours est d'entraver le bon déroulement de la procédure principale au terme de laquelle les recourants ont été condamnés à payer 275'000 fr. aux intimés.
Ces seuls arguments ne permettent pas de qualifier le recours de procédurier ou d'abusif au sens de l'art. 108 al. 1 let. c LTF (sur ces notions: BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, 2009, no 28 ss ad <ref-law>). La répétition des recours au Tribunal fédéral n'est en tout cas pas un indice en ce sens puisque les deux premiers recours interjetés par les recourants ont été admis par le Tribunal fédéral. En outre, depuis l'arrêt cantonal du 22 février 2008, les recourants ont remis en cause uniquement la question des dépens, si bien que rien ne fait obstacle à l'exécution de cet arrêt qui a acquis force de chose jugée en ce qui concerne la conclusion principale (<ref-law>/GE; cf. BERTOSSA/GAILLARD/GUYET/SCHMIDT, Commentaire de la loi genevoise de procédure civile, no 2 ad <ref-law>/GE).
3. 3.1 Les recourants reprochent à la Cour de justice de s'être écartée sans aucun motif sérieux des instructions données par le Tribunal fédéral dans son arrêt du 19 juin 2008 en maintenant leur condamnation à payer 30'000 fr. à titre de dépens, laquelle résultait de l'arrêt de la cour cantonale du 22 février 2008 pourtant annulé par le Tribunal fédéral. Ils ajoutent que ce dernier avait en plus demandé de fixer une indemnité de procédure exclusivement en faveur des recourants. Enfin, ils estiment que la répartition des dépens opérée par la cour cantonale conduit à un résultat insoutenable étant donné que, même si les intimés sont condamnés à payer les deux tiers des dépens (soit 60'000 fr.), ils ne verseront en définitive que le tiers aux recourants, vu que ceux-ci gardent à leur charge le tiers restant des dépens (soit 30'000 fr.). Les recourants reprochent ainsi à la cour cantonale d'avoir appliqué de façon arbitraire (art. 9 Cst.) l'<ref-law>/GE et d'avoir transgressé le droit fédéral.
3.2 Selon la jurisprudence, l'arbitraire ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution pourrait entrer en considération ou même qu'elle serait préférable; le Tribunal fédéral n'annulera la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, qu'elle se trouve en contradiction claire avec la situation de fait, qu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique indiscuté, ou encore lorsqu'elle heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; pour qu'une décision soit annulée pour cause d'arbitraire, il ne suffit pas que la motivation formulée soit insoutenable, il faut encore que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148, 263 consid. 3.1 p. 265 s.).
L'<ref-law>/GE se limite à indiquer la conséquence, sur le plan organisationnel, du renvoi de la cause par le Tribunal fédéral à la juridiction cantonale; la cause est alors reportée d'office au rôle de cette juridiction (al. 1). La disposition prévoit en outre qu'il incombe au greffier d'avertir les parties de la tenue d'une future audience, dix jours avant celle-ci (al. 2).
Suite à l'arrêt du Tribunal fédéral du 19 juin 2008, la cause a bien été reportée au rôle de la juridiction cantonale, puis elle a été jugée le 20 février 2009. On ne voit pas en quoi l'<ref-law>/GE aurait été appliqué de façon insoutenable.
Suite à l'arrêt du Tribunal fédéral du 19 juin 2008, la cause a bien été reportée au rôle de la juridiction cantonale, puis elle a été jugée le 20 février 2009. On ne voit pas en quoi l'<ref-law>/GE aurait été appliqué de façon insoutenable.
3.3 3.3.1 Le respect, par la cour cantonale, des instructions données par le Tribunal fédéral dans son arrêt de renvoi du 19 juin 2008 doit plutôt être examiné sous l'angle de la violation du droit fédéral. Le jugement attaqué a été rendu à la suite d'un arrêt de renvoi du Tribunal fédéral. La LTF ne connaît pas de disposition équivalente à l'art. 66 al. 1 OJ, qui prévoyait que l'autorité cantonale était tenue de fonder sa nouvelle décision sur les considérants de droit de l'arrêt du Tribunal fédéral. Cette règle demeure toutefois valable sous le nouveau droit. C'est dire que le tribunal auquel la cause est renvoyée voit sa cognition limitée par les motifs de l'arrêt de renvoi, en ce sens qu'il est lié par ce qui a déjà été jugé définitivement par le Tribunal fédéral (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 4143 ch. 4.1.4.5; Corboz, op. cit., no 26 ad <ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 208; <ref-ruling> consid. 5.2 et les arrêts cités). La juridiction cantonale n'est libre de sa décision que sur les points qui n'ont pas été tranchés par l'arrêt de renvoi ou dans la mesure où elle se fonde sur des faits complémentaires établis postérieurement à cet arrêt (arrêt 4A.138/2007 du 19 juin 2007 consid. 1.5). Les considérants de l'arrêt renvoyant la cause pour nouvelle décision à l'autorité cantonale lient aussi le Tribunal fédéral et les parties (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 208; <ref-ruling> consid. 2a).
3.3.2 En l'occurrence, il n'est pas douteux que la cour cantonale ne s'est pas écartée des instructions contenues dans l'arrêt de renvoi du 19 juin 2008. On ne saurait admettre, comme le suggère les recourants, qu'en annulant l'arrêt cantonal entrepris le Tribunal fédéral a donné une sorte de blanc-seing à la cour cantonale, la laissant entièrement libre d'effectuer une nouvelle attribution des dépens. Le Tribunal fédéral n'a pas critiqué le raisonnement de la cour cantonale visant à condamner les recourants au tiers des dépens. Il n'est pas revenu sur le montant de 30'000 fr. attribué aux intimés à titre de dépens et l'a donc implicitement (CORBOZ, op. cit, no 27 ad <ref-law>; cf. aussi: ULRICH MEYER, Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2008, no 18 ad <ref-law>) admis. Par contre, reprochant à la cour cantonale d'avoir compensé les dépens restant entre les parties, il a jugé que, sauf à tomber dans l'arbitraire, elle aurait dû mettre à la charge des intimés les dépens à raison de deux tiers (arrêt du 18 juin 2008 consid. 2.6). En conséquence, le Tribunal fédéral a demandé à la cour cantonale de fixer en équité l'indemnité de procédure due aux recourants en application de la norme correspondante de la LPC/GE (arrêt du 18 juin 2008 consid. 3). Il a ainsi donné une instruction visant uniquement le versement des dépens aux recourants et la juridiction cantonale n'avait pas à revenir sur l'indemnité déjà attribuée aux intimés.
Les recourants arguent que les intimés ne paient en définitive que le tiers des dépens en s'appuyant sur un raisonnement erroné qui omet de prendre en compte que chacune des parties paie les dépens de l'autre. Il va de soi qu'en définitive les intimés devront payer effectivement 30'000 fr. aux recourants, mais il n'empêche que, selon la décision rendue par la cour cantonale, les intimés doivent bien payer les deux tiers des dépens des recourants, ceux-ci devant payer le tiers des dépens de ceux-là.
En respectant les instructions contenues dans l'arrêt de renvoi du 18 juin 2008, la cour cantonale n'a pas transgressé le droit fédéral.
4. Le recours doit être rejeté. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge des recourants qui succombent (66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
3. Les recourants verseront solidairement aux intimés, en tant que créanciers solidaires, 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 1er juillet 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Piaget