Sachverhalt:
A. X._ ist seit 1975 Eigentümer des Grundstücks Nr. 571, Grundbuch Gaiserwald. Die Parzelle ist der Landwirtschaftszone zugeteilt. Teilweise liegt sie im Waldgebiet. Auf dem Grundstück stehen ein Wohnhaus, eine Garage, eine Remise sowie ein Kleintierstall. Zudem wurden im Garten eine Pergola und ein Aussenschwimmbecken erstellt.
Zwischen 1973 und 1983 wurden auf dem Grundstück verschiedene Bauten bzw. Umbauten durchgeführt, für welche keine Bewilligung bzw. Zustimmung der kantonalen Behörden eingeholt worden war. 1991 erteilte der Gemeinderat Gaiserwald eine Baubewilligung für einen Wohnhausanbau. Das Vorhaben sah ausserhalb des bestehenden Gebäudevolumens eine Erweiterung der anrechenbaren Geschossfläche um 77.62 m2 und der bewilligten Nebenfläche um 85.69 m2 vor. Das damals zuständige kantonale Amt für Umweltschutz stimmte dem Projekt am 10. Juni 1991 zu.
B. Am 29. Mai 2006 reichte X._ ein nachträgliches Baugesuch für den Umbau eines rund 75 m2 umfassenden Bereichs im nordöstlichen Teil des Erdgeschosses des Wohnhauses in eine "Wellness-Oase" ein. Der Bau war zu diesem Zeitpunkt bereits vollendet. Mit raumplanungsrechtlicher Teilverfügung vom 17. Juli 2007 verweigerte das kantonale Amt für Raumentwicklung und Geoinformation (AREG) die Zustimmung zu diesem Gesuch. Es stellte fest, dass das Wohnhaus schon vor dem 1. Juli 1972 nicht mehr landwirtschaftlich genutzt worden sei. Die nachträgliche Zustimmung zu den Baubewilligungen des Gemeinderats Gaiserwald von 1973, 1976, 1977 und 1981 wurde verweigert und festgehalten, das Wohnaus, die Remise, die Garage sowie der Kleintierstall seien formell und materiell rechtswidrig. Desgleichen verweigerte das AREG die Zustimmung zum Umbau des Wohnhauses. Es begründete dies damit, dass ein gewerblicher Vorbestand nicht nachweisbar sei. Der frühere Projektplan von 1976 habe bei der Erweiterung der Wohnfläche in die Scheune im Bereich der heutigen Wellness-Oase einen Stall bzw. ein Futterlager ausgewiesen. Die nun vorgenommene vollständige Zweckänderung sei nicht mehr mit dem Kriterium der teilweisen Änderung vereinbar, weshalb das ARGE dem Umbau nicht nachträglich zustimmen könne.
Die Baukommission Gaiserwald verweigerte daraufhin am 5. November 2007 die Bewilligung für die Umnutzung und den Umbau der Räume im Erdgeschoss des Wohnhauses in eine Wellness-Oase, dies unter Hinweis auf die kantonale Beurteilung vom 17. Juli 2007.
C. Gegen den Beschluss der kommunalen Baukommission gelangte der Grundeigentümer ans Baudepartement des Kantons St. Gallen. Er beantragte die Aufhebung des angefochtenen Gemeindebeschlusses und der kantonalen Teilverfügung vom 17. Juli 2007.
Nach Durchführung eines Augenscheins wies das Baudepartement den Rekurs am 23. Dezember 2008 ab, soweit er sich gegen die verweigerte Baubewilligung und die verfügte Anmeldung des Verbots der baulichen Nutzungserweiterung im Grundbuch richtete (Ziff. 1 des Entscheids). Indes befand es, dass für die Wiederherstellungsarbeiten nicht der Zustand vom 13. Juni 1991 massgeblich sei, sondern entweder auf jenen vom 1. Juli 1972 oder auf eine heute bewilligungsfähige Nutzung abzustellen sei. Es hob darum lit. B1 des kommunalen Beschlussdispositivs auf und wies die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Gemeinde Gaiserwald zurück (Ziff. 2). Als vorsorgliche Massnahme erliess das Baudepartement für die Dauer des Verfahrens ein teilweises Nutzungsverbot und untersagte die gewerbliche Nutzung der Liegenschaft für Therapie- und Wellnessangebote ("Wellness-Quelle") ab 1. April 2009 (Ziff. 3).
D. Am 5. Januar 2009 erhob X._ Beschwerde beim Präsidenten des Verwaltungsgerichts des Kantons St. Gallen mit dem Antrag, Ziff. 3 des Rekursentscheids vom 23. Dezember 2008 aufzuheben. Zur Begründung führte er an, das Baudepartement habe das strittige Nutzungsverbot einige Tage vor Erlass des Rekursentscheids völlig überraschend in Betracht gezogen. Im gesamten Rekursverfahren sei von einer solchen Massnahme nie die Rede gewesen. Ein Nutzungsverbot laufe auf eine massive Beeinträchtigung seiner verfassungsmässigen Rechte hinaus, werde ihm doch damit die seit vor Mitte 1972 andauernde gewerbliche Nutzung seiner Liegenschaft praktisch verunmöglicht.
Der Präsident des Verwaltungsgerichts wies die Beschwerde mit Entscheid vom 16. Februar 2009 ab.
E. In seiner Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 20. März 2009 beantragt X._ dem Bundesgericht, der Entscheid des Verwaltungsgerichtspräsidenten sei aufzuheben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an den vorinstanzlichen Richter zurückzuweisen. In verfahrensrechtlicher Hinsicht ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
Die Baukommission Gaiserwald verzichtet auf eine Stellungnahme, während das kantonale Baudepartement auf Abweisung der Beschwerde schliesst. Desgleichen beantragt der Verwaltungsgerichtspräsident, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.
Am 7. Mai 2009 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Gestützt auf <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Angelegenheiten des öffentlichen Rechts. Der Entscheid des Verwaltungsgerichtspräsidenten stützt sich massgeblich auf eidgenössisches Raumplanungsrecht. Das Bundesgerichtsgesetz enthält dazu keinen Ausschlussgrund. Gemäss Art. 34 Abs. 1 RPG in der Fassung nach Ziff. 64 des Anhangs zum Bundesgesetz vom 17. Juni 2005 über das Bundesverwaltungsgericht (VGG; SR 173.32; vgl. AS 2006 2261) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege (<ref-ruling> E. 1.2 S. 251).
1.2 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der nach Massgabe von <ref-law> anfechtbar ist. Die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> sollen das Bundesgericht entlasten. Dieses soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen und sich überdies nicht bereits in einem frühen Verfahrensstadium ohne genügend umfassende Sachverhaltskenntnis teilweise materiell festlegen müssen. Können allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids behoben werden, so tritt das Bundesgericht auf gegen Vor- und Zwischenentscheide gerichtete Beschwerden nicht ein (<ref-ruling> E. 1.3.2 S. 34 f.).
Soweit es das materielle Verwaltungsrecht gebietet, können bei Vor- und Zwischenentscheiden auch rein tatsächliche Nachteile nicht wieder gutzumachende Nachteile im Sinne von <ref-law> darstellen. Sofern es dem Beschwerdeführer bei der Anfechtung einer Zwischenverfügung nicht lediglich darum geht, eine Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens zu verhindern, kann ein anderes, auch wirtschaftliche Anliegen beinhaltendes schutzwürdiges Interesse ausreichen (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 36 mit Hinweisen).
Als Eingriff in das Eigentum und allenfalls der Wirtschaftsfreiheit des Beschwerdeführers bewirkt das vorliegend umstrittene Nutzungsverbot einen Nachteil, der insoweit nicht wieder gut zu machen ist, als der Beschwerdeführer (bzw. seine Lebenspartnerin) nicht nur mit finanziellen Einbussen konfrontiert ist, sondern auch Gefahr läuft, seinen Kundenstamm zu verlieren.
1.3 Der Beschwerdeführer als Grundeigentümer, dem die gewerbliche Nutzung seiner Liegenschaft für Therapie- und Wellnessangebote vorsorglich untersagt wurde, ist ohne Weiteres zur Beschwerde legitimiert (zur Legitimation gemäss <ref-law> siehe <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 253 f.). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde unter Vorbehalt der rechtsgenüglichen Begründung und des Novenverbots (dazu E. 1.5 ff. hiernach) grundsätzlich einzutreten ist.
1.4 Zu beachten ist, dass eine vorsorgliche Massnahme im Streit liegt. Mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>).
1.5 Wenn die Verletzung von Grundrechten geltend gemacht wird, gelten strengere Anforderungen an die Begründungspflicht, als sie <ref-law> stellt. Grundrechtsverletzungen prüft das Bundesgericht nicht von Amtes wegen, sondern nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Für derartige Rügen gelten die gleichen Begründungsanforderungen, wie sie gestützt auf Art. 90 Abs. 1 lit. b OG für die staatsrechtliche Beschwerde gegolten haben (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen). Die Beschwerdeschrift muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Erlass oder Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht prüft nur klar und detailliert erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein. Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, muss anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen dargelegt werden, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.3 S. 261 mit Hinweisen).
1.6 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Soweit die Beschwerdeführerin die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann sie nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und <ref-law>). Eine entsprechende Rüge ist substanziiert vorzubringen (E. 1.3 hiervor). Vorbehalten bleibt die Sachverhaltsberichtigung von Amtes wegen nach <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
1.7 Gemäss <ref-law> dürfen neue Tatsachen und Beweismittel nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (im gleichen Sinne schon die Praxis zur staatsrechtlichen Beschwerde in <ref-ruling> E. 6c S. 357 mit Hinweisen). In der Beschwerde ist darzutun, inwiefern die erwähnte Voraussetzung für eine nachträgliche Einreichung von Beweismitteln erfüllt sein soll (<ref-ruling> E. 3 S. 395). Der Beschwerdeführer beruft sich im bundesgerichtlichen Verfahren erstmals auf die "Bauakten Assek-Nr. 1561 [recte: Assek-Nr. 1160 zur Remise], act. 13 und 16". Zwar hat er diese Unterlagen im die Hauptsache betreffenden Beschwerdeverfahren ebenfalls als Beweismittel genannt (in der Beschwerdeergänzung vom 9. Februar 2009), nicht jedoch im hier interessierenden Verfahren über die vorsorgliche Massnahme vor dem Verwaltungsgerichtspräsidenten. Er legt in keiner Weise dar, inwiefern die Voraussetzungen von <ref-law> erfüllt sein sollen. Mit diesem Vorbringen ist er nicht zu hören.
2. Sofern der Beschwerdeführer sinngemäss eine falsche Sachverhaltsdarstellung durch das Baudepartement oder den Verwaltungsgerichtspräsidenten insinuiert, vermag die Beschwerde den Begründungsanforderungen nicht zu genügen, zumal das Verfahren vor dem Baudepartement nicht Gegenstand der vom Bundesgericht zu prüfenden Fragen im Zusammenhang mit der vorsorglichen Massnahme ist. Der blosse Verweis auf die eigene Darlegung des Sachverhalts im Rekursverfahren und die dazu eingereichten Akten stellen keine hinreichende Substantiierung im Sinn von Erwägung 1.6 hiervor dar.
3. Nach Art. 37a RPG regelt der Bundesrat, unter welchen Voraussetzungen Zweckänderungen gewerblich genutzter Bauten und Anlagen zulässig sind, die vor dem 1. Januar 1980 erstellt wurden oder seither als Folge von Änderungen der Nutzungspläne zonenwidrig geworden sind. Der Bundesrat hat diese Voraussetzungen in <ref-law> festgelegt. Danach können Zweckänderungen und Erweiterungen von zonenwidrig gewordenen gewerblichen Bauten und Anlagen (unter bestimmten weiteren Voraussetzungen) bewilligt werden, wenn sie rechtmässig erstellt oder geändert worden sind (<ref-law>). Der Bestandesschutz gilt demnach nicht für Gebäude, die unrechtmässig erstellt oder die seinerzeit zwar rechtmässig erstellt, zu einem späteren Zeitpunkt aber ohne Bewilligung abgeändert worden sind (Urteil 1A.186/2004 des Bundesgerichts vom 12. Mai 2005, publ. in ZBl 107/2006 S. 451, E. 5.1).
Das Baudepartement hat dazu in seinem Entscheid vom 23. Dezember 2008 erwogen, das Wohnhaus auf GB Nr. 571 sei am Stichtag, dem 1. Juli 1972, zonenfremd genutzt worden, weil dessen Eigentümer nicht mehr als Landwirt tätig gewesen und die Remise zumindest seit dem 1. Juli 1972 gewerblich genutzt worden sei. Hinsichtlich der an das Wohnhaus angebauten Scheune, in welcher die Wellness-Anlage eingerichtet wurde, bestehe die Vermutung, sie sei am Stichtag noch zonenkonform genutzt worden. Verschiedene Tatsachen sprächen gegen eine gewerbliche Nutzung vor dem Stichtag, so etwa der Umstand, dass das Wohnhaus 1974 nicht gewerblich geschätzt worden sei, dass der Beschwerdeführer in einem sein Baugesuch vom Januar 1976 begleitenden Plan die fraglichen Räume als bestehenden Stall und Futterraum bezeichnet habe, aber auch dessen eigene widersprüchlichen Aussagen. Der Beschwerdeführer selber habe in seiner Stellungnahme zum Augenscheinprotokoll ausgeführt, der Voreigentümer Künzle habe im Futterraum Geräte aus landwirtschaftlicher Tätigkeit gelagert gehabt. Insgesamt gelangte das Baudepartement zum Schluss, eine konstante, systematische und intensive zonenfremde Nutzung sei nicht nachgewiesen, weshalb sich die Bewilligungsfähigkeit der Wellness-Oase nicht nach Art. 37a RPG beurteile.
3.1 Der Beschwerdeführer baut seine Argumentation darauf auf, dass die gewerbliche Nutzung seines Wohnhauses auf die Zeit vor dem 1. Juli 1972 zurückgehe, was er mit einer schlüssigen Sachverhaltsdarstellung, Dokumenten und zahlreichen Beweisanträgen bewiesen habe. Indem der Verwaltunsgerichtspräsident dies nicht gewürdigt bzw. keine Beweise erhoben habe, sondern für die Klärung dieses Fragenkomplexes aufs Hauptverfahren verwiesen und dazu erwogen habe, bis zu diesem Entscheid sei von einer formell unzulässigen Nutzung auszugehen, habe er Art. 37a RPG i.V.m. <ref-law>, aber auch <ref-law> verletzt. Wäre von einem offenen Sachverhalt auszugehen, wäre dem Verwaltungsgerichtspräsidenten aus Sicht des Beschwerdeführers eine willkürliche Beweiswürdigung und eine Verletzung von <ref-law> vorzuwerfen. Um seine angebotenen Beweisanträge zu belegen, verweist der Beschwerdeführer auf die Vorakten, seine Rekursbegründung vom 21. Januar 2008 und die Beschwerde vom 5. Januar 2009.
3.1 Der Beschwerdeführer baut seine Argumentation darauf auf, dass die gewerbliche Nutzung seines Wohnhauses auf die Zeit vor dem 1. Juli 1972 zurückgehe, was er mit einer schlüssigen Sachverhaltsdarstellung, Dokumenten und zahlreichen Beweisanträgen bewiesen habe. Indem der Verwaltunsgerichtspräsident dies nicht gewürdigt bzw. keine Beweise erhoben habe, sondern für die Klärung dieses Fragenkomplexes aufs Hauptverfahren verwiesen und dazu erwogen habe, bis zu diesem Entscheid sei von einer formell unzulässigen Nutzung auszugehen, habe er Art. 37a RPG i.V.m. <ref-law>, aber auch <ref-law> verletzt. Wäre von einem offenen Sachverhalt auszugehen, wäre dem Verwaltungsgerichtspräsidenten aus Sicht des Beschwerdeführers eine willkürliche Beweiswürdigung und eine Verletzung von <ref-law> vorzuwerfen. Um seine angebotenen Beweisanträge zu belegen, verweist der Beschwerdeführer auf die Vorakten, seine Rekursbegründung vom 21. Januar 2008 und die Beschwerde vom 5. Januar 2009.
3.2 3.2.1 Abgesehen davon, dass der schlichte Verweis auf frühere Rechtsschriften im bundesgerichtlichen Verfahren unzulässig ist und den Begründungsanforderungen nicht genügt, ist vorliegend nicht relevant, was der Beschwerdeführer in seinem die Hauptsache betreffenden Rekurs ans Baudepartement geltend gemacht hat, sondern einzig, was er im Beschwerdeverfahren vor dem Verwaltungsgerichtspräsidenten behauptet und beantragt hat. Wie bereits in E. 2 hievor erwähnt, ist nur das letztgenannte Verfahren Gegenstand der beim Bundesgericht anhängig gemachten Beschwerde.
3.2.2 Der Beschwerdeführer hat sich vor dem Verwaltungsgerichtspräsidenten darauf berufen, dass die streitbetroffene Liegenschaft seit über 36 Jahren gewerblich genutzt werde und stützte diese Behauptung pauschal auf Vorakten (unter besonderer Erwähnung der Belege Nr. 4 und 5). Zusätzlich hatte er einen bei der Gemeinde einzuholenden Amtsbericht sowie die Einvernahme des Zeugen Künzle beantragt. Während offen bleibt, was der Amtsbericht bezwecken sollte, sollte der Voreigentümer bestätigen, dass die Liegenschaft schon 1972 gewerblich genutzt worden sei. Dies hatte der anbegehrte Zeuge auch im erwähnten Beleg Nr. 4 getan, indem er am 23. Mai 2008 schriftlich festhielt, "[...] in der Liegenschaft [...] bereits vor Mitte 1972 ein Transportgewerbe betrieben [und] Teile meines Geschäftsbetriebes auch im Erdgeschoss geführt" und all dies in einem Plan (Beleg Nr. 5) rot hervorgehoben zu haben.
Mit den Bauakten zur Remise (Assek.-Nr. 1160) wollte der Beschwerdeführer jetzt zusätzlich vor Bundesgericht beweisen, dass diese vom Kanton bewilligt worden seien. Wie bereits gesehen (E. 1.7 hievor), handelt es sich dabei um ein unzulässiges Novum, auf welches nicht einzutreten ist.
3.2.3 Anhaltspunkte für eine unzulässige antizipierte Beweiswürdigung durch den Verwaltungsgerichtspräsidenten fehlen gänzlich. Auf die sinngemäss erhobene Rüge der willkürlichen Beweiswürdigung ist mangels rechtsgenüglicher Begründung nicht einzutreten.
Fraglich ist, ob der Verwaltungsgerichtspräsident gehalten gewesen wäre, den Zeugen Künzle anzuhören. Dabei gilt es Folgendes zu bedenken:
3.2.4 Der Verwaltungsgerichtspräsident hatte über die Rechtmässigkeit einer vorsorglichen Massnahme zu entscheiden. Vorsorgliche Massnahmen beruhen auf einer bloss summarischen Prüfung der Sach- und Rechtslage. Die Hauptsachenprognose kann dabei berücksichtig werden, wenn sie eindeutig ist. Bei tatsächlichen oder rechtlichen Unklarheiten drängt sich Zurückhaltung auf, müssen doch die Entscheidgrundlagen im Hauptverfahren erst beschafft werden (<ref-ruling> E. 2.2 S. 159 mit Hinweis; ISABELLE HÄNER, Vorsorgliche Massnahmen im Verwaltungsverfahren und Verwaltungsprozess, ZSR 116/1997 II S. 253 ff., dort S. 325 ff.; FRANÇOIS RUCKSTUHL, Öffentlichrechtliche Baumängel, in: Beraten und Prozessieren in Bausachen, Basel 1998, S. 563 ff., dort S. 575). Der Beschwerdeführer bringt zwar eine Reihe von Argumenten vor, mit denen er die vorbestehende gewerbliche Nutzung auch der Scheune beweisen will - darunter die Bescheinigung des als Zeugen angerufenen Voreigentümers Künzle. Dabei geht es jedoch lediglich um die Würdigung von Indizien. Von einer "problemlosen Subsumption des Sachverhalts unter Art. 37a RPG i.V.m. <ref-law>" kann entgegen der Behauptung des Beschwerdeführers nicht die Rede sein. Eine eindeutige Hauptsachenprognose setzt liquide Verhältnisse voraus, welche hier aber nicht gegeben sind. Infolgedessen kann es dem Verwaltungsgerichtspräsidenten nicht zum Vorwurf gereichen, Zurückhaltung geübt und insbesondere den Voreigentümer nicht als Zeugen einvernommen zu haben. Eine Verletzung des rechtlichen Gehörs bzw. des Rechts auf Beweis ist klar zu verneinen, ebenso wie eine Verletzung der raumplanungsrechtlichen Bestimmungen.
4. Der Beschwerdeführer rügt zudem eine Verletzung von Art. 5 Abs. 2, Art. 26 Abs. 1 und Art. 27 BV.
4.1 Dem Vorhalt, er sei in seiner Eigentumsgarantie verletzt, liegt die Auffassung des Beschwerdeführers zugrunde, ein Recht auf die gewerbliche Nutzung seines Grundstücks zu haben, wurde ihm doch nur diese vorsorglich untersagt. Dass dieses Recht aufgrund der summarischen Prüfung gerade nicht feststeht, wurde soeben in E. 3.2.4 gezeigt. Entsprechend stösst er mit seiner Rüge ins Leere. Gleiches gilt für den Vorwurf, er sei in seiner Wirtschaftsfreiheit unzulässig eingeschränkt.
4.2 Fraglich könnte allenfalls sein, ob das Nutzungsverbot verhältnismässig ist (zur Verhältnismässigkeit von vorsorglichen Massnahmen siehe etwa Häner, a.a.O., S. 343 ff.; Gerold Steinmann, Vorläufiger Rechtsschutz im Verwaltungsbeschwerdeverfahren und im Verwaltungsgerichtsverfahren, in: ZBl 94/1993 S. 141 ff., dort S. 150; Christoph Schaub, Der vorläufige Rechtsschutz im Anwendungsbereich des Umweltschutzgesetzes, Diss. Zürich 1989, S. 74).
4.2.1 Zu Recht hält der Verwaltungsgerichtspräsident zu dieser Problematik einleitend fest, dass es sich beim Nutzungsverbot um keinen schweren Eingriff in die Eigentumsfreiheit des Beschwerdeführers handelt (siehe zur Abgrenzung zwischen schweren und leichten Grundrechtseingriffen im Bau- und Planungsrecht Urteil 1P.327/2004 des Bundesgerichts vom 5. Januar 2005, publ. in ZBl 107/2006 S. 316, E. 3.5.2; <ref-ruling> E. 2a S. 540; <ref-ruling> E. 2a S. 365). Vorliegend wird dem Beschwerdeführer lediglich die gewerbliche, nicht aber die sonstige Nutzung seines Grundstücks vorläufig untersagt. Das Bundesgericht beschränkt sich darum auf eine Willkürprüfung.
4.2.2 Der Verwaltungsgerichtspräsident zieht im angefochtenen Entscheid zum einen in Erwägung, es bestehe ein öffentliches Interesse an der Durchsetzung raumplanerischer Vorschriften, und der Umbau und die Nutzung seien formell nicht bewilligt. Zum andern führt er zu Recht an, dass mit dem Nutzungsverbot keine irreversiblen Massnahmen getroffen würden und der Beschwerdeführer nichts entfernen müsse. Zudem habe der Beschwerdeführer keine Angaben zur wirtschaftlichen Bedeutung der Wellness-Oase gemacht, obwohl ihm dies unschwer mit Offenlegung der Einkünfte bzw. mit Einreichung der Steuerveranlagung möglich gewesen wäre. Mangels jeglicher Auskünfte sei ein privates Interesse, welches das öffentliche Interesse an der Einstellung der formell widerrechtlichen Nutzung überwiegen würde, nicht ausgewiesen.
4.2.3 Diese Schlussfolgerungen des vorinstanzlichen Richters sind verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden. Hinzu kommt, dass sich der Beschwerdeführer mit der Begründung des angefochtenen Entscheids unzureichend auseinandersetzt und sich weitgehend in appellatorischer Kritik übt. Weitere Erwägungen erübrigen sich darum. Das Nutzungsverbot erweist sich nicht als unverhältnismässig resp. willkürlich.
5. Daraus ergibt sich, dass die Beschwerde abzuweisen ist, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang hat der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Politischen Gemeinde Gaiserwald, dem Baudepartement und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Scherrer