Sachverhalt:
A. X._ wurde ab Februar 2000 mit einem Pensum von 70 % als Pflegeexpertin im Zentrum für Entwicklung und Forschung Pflege am Universitätsspital Zürich (USZ) angestellt und in der Lohnklasse 18 eingereiht. Per 1. Juli 2001 wurde sie in die Lohnklasse 19 gehoben.
B. Am 28. Mai 2002 ersuchte X._ um eine Neueinreihung in die Lohnklasse 20 und um entsprechende Lohnnachzahlungen, die sie für den Zeitraum von Februar 2000 bis und mit April 2002 auf Fr. 25'420 berechnete. Sie begründete das Gesuch zum einen mit dem die Einreihung von Krankenschwestern betreffenden Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 22. Januar 2001, gemäss welchem die Anhebung der Funktion einer Diplomierten Krankenschwester zu einer entsprechenden Aufwärtsbewegung der gesamten Hierarchie im Pflegebereich führen müsste, und zum andern mit ihrem pflegewissenschaftlichen Studium.
Mit Verfügung vom 8. Juli 2003 stellten die Gesundheits- und die Finanzdirektion des Kantons Zürich fest, dass die Einreihung von X._ nicht diskriminierend sei, und wiesen das Begehren um Lohnnachzahlung ab. Nach Massgabe der sogenannten Vereinfachten Funktionsanalyse (abgekürzt VFA) wurde für X._ ein Arbeitswert von 454 Punkten ermittelt, was dem mittleren Bereich der Lohnklasse 18 entspreche. Als Referenzfunktionen seien jene der Oberschwester und der Berufsschullehrerin für Spitalberufe heranzuziehen, die in die Lohnklassen 17 bis 19 bzw. 18 und 19 einzureihen seien. Mit der Lohnklasse 19 sei X._ korrekt eingereiht.
C. Mit Rekurs vom 15. September 2003 an den Regierungsrat beantragte X._ eine reduzierte Lohnnachzahlung von Fr. 10'541.65 mit Zins zu 5 % ab 28. Mai 2002. Sie beharrte nicht mehr auf einer Einreihung in die Lohnklasse 20, erachtete aber die von Februar 2000 bis Ende Juni 2001 dauernde Einreihung in die Lohnklasse 18 - unter Verweis auf das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 22. Januar 2001 - als diskriminierend und stützte die Nachzahlungsforderung darauf ab.
Mit Beschluss vom 7. März 2007 wies der Regierungsrat den Rekurs von X._ ab. Dabei erwog er unter anderem, bereits mit Beschluss vom 15. November 2000 die Departemente aus Marktüberlegungen dazu ermächtigt zu haben, Neueinreihungen des Pflegepersonals in Aussicht zu stellen. Hauptgrund für die Neueinreihung per 1. Juli 2001 sei denn auch die Personalknappheit gewesen. Das danach ergangene Urteil des Verwaltungsgerichts vom 22. Januar 2001 habe sodann angeordnet, zur Behebung der Diskriminierung die Einreihung Diplomierter Krankenpflegerinnen und -pfleger um zwei Lohnklassen und jene der Stationsschwester um eine Lohnklasse anzuheben. Gleichzeitig habe das Verwaltungsgericht das Verfahren der Vereinfachten Funktionsanalyse (VFA) als massgeblich und grundsätzlich nicht diskrimierend erklärt. Beim oberen Kader sei es nicht um Fragen der Gleichstellung, sondern darum gegangen, die bewährte Hierarchie in den Spitälern zu erhalten. Auch wenn der Regierungsratsbeschluss vom 16. Mai 2001 bezweckt habe, die aufgrund des Urteils des Verwaltungsgerichts erforderlichen Anpassungen vorzunehmen, habe der Kanton bei dieser Gelegenheit auch Lohnerhöhungen vorgenommen, die sich nicht zwingend aus dem Urteil des Verwaltungsgerichts ergeben hätten, weshalb von der per 1. Juli 2001 erfolgten Einreihung in der Lohnklasse 19 nicht einfach auf den diskriminierenden Charakter der früheren Einreihung in der Lohnklasse 18 geschlossen werden dürfe. lm Übrigen werde die nicht diskriminierende Einreihung von X._ auch aufgrund der VFA gestützt, zumal die beiden Referenzfunktionen in den Lohnklassen 17 bis 20 eingestuft seien. Der aus der VFA resultierende Arbeitswert von 454 Punkten entspreche dem mittleren Bereich der Lohnklasse 18.
D. Am 11. April 2007 erhob X._ Beschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches das Rechtsmittel mit Entscheid vom 20. August 2008 abwies. Dabei erwog es unter anderem, die kon-krete Bewertung der einzelnen Kriterien im Rahmen der VFA werde nicht beanstandet, jedoch die Berechnung der korrespondierenden Arbeitswerte. Diese seien in der ursprünglichen Verfügung mit 454 Punkten ermittelt, dann aber von der Finanzdirektion in ihrer Vernehmlassung auf 462 Punkte korrigiert worden. Nach Auffassung von X._ würden die Arbeitswerte 468 bzw. 479.25 Punkte betragen. Aus den früheren Urteilen des Verwaltungsgerichts lasse sich hinsichtlich der Funktion einer Pflegeexpertin keine geschlechtsspezifische Lohnbenachteiligung ableiten, zumal diese Tätigkeit mit 3,5 Punkten bezüglich des Kriteriums 1 deutlich über der Bewertung von Polizeisoldaten mit 2,5 Punkten Iiege. Die Höhereinreihung der oberen Kader sei weniger aus Gleichstellungsüberlegungen, sondern vielmehr aus einem Quervergleich mit den übrigen Funktionen der Pflegekette erfolgt, um die bewährten Hierarchien in den Spitälern zu erhalten. Eine im Vergleich zur in der Klinik tätigen Pflegeexpertin höhere Einstufung sei keine Frage der geschlechtsspezifischen Diskriminierung, sondern des allgemeinen Rechtsgleichheitsgebotes, dessen Verletzung keinen Anspruch auf rückwirkende Lohnzahlungen begründe. Angesichts des in der Ausgestaltung von Besoldungsordnungen zwangsläufigen Spielraums liege eine Ungleichbehandlung von knapp 7 %, wie sie die Beschwerdeführerin behaupte, noch im Rahmen des Zulässigen.
E. X._ hat gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, eventuell Verfassungsbeschwerde erhoben. Neben der Aufhebung des angefochtenen Entscheids beantragt sie, der Kanton Zürich sei zu verpflichten, ihr Lohnnachzahlungen im Betrag von CHF 10'541.65 zuzüglich 5 % Zins seit dem 28. Mai 2002 zu leisten.
F. Das Verwaltungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Gesundheits- und die Finanzdirektion schliessen auf Beschwerdeabweisung. Das Eidgenössische Büro für die Gleichstellung von Frau und Mann als beschwerdeberechtigte Bundesverwaltungsbehörde beantragt die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz, damit diese ein Gutachten zur Klärung des Arbeitswerts anordnet. Die Beschwerdeführerin nahm zur Vernehmlassung der Gesundheitsdirektion nochmals Stellung.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> ist die Beschwerde auf dem Gebiete der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse unzulässig, wenn der Streitwert weniger als 15'000 Franken beträgt (Abs. 1 lit. b), es sei denn, es stelle sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung (Abs. 2). lm vorliegenden Fall beträgt der Streitwert weniger als 15'000 Franken. Die Beschwerdeführerin behauptet zwar, es gehe vorliegend um eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung, nämlich darum, ob aus dem Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 22. Januar 2001, der die Diskriminierung gewisser Pflegefunktionen im Vergleich zum Polizisten feststellte, auch eine Diskriminierung der hierarchisch höher gestellten Pflegeexpertin abgeleitet werden könne. Inwieweit der Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 22. Januar 2001 hinsichtlich anderer, d.h. damals nicht zu beurteilender und namentlich hierarchisch höherer Funktionen präjudizielle Wirkung hat, ist ein typischer Rechtsanwendungsfall und berührt keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung. Daran ändert der Umstand nichts, dass weitere, angeblich ähnliche Verfahren beim Regierungsrat hängig sein sollen, deren Ausgang vom Resultat der vorliegenden Beschwerde abhängen soll. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist unzulässig.
1.2 Da die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten sich als unzulässig erweist, ist die subsidiäre Verfassungsbeschwerde zulässig (<ref-law>). Mit der subsidiären Verfassungsbeschwerde kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>), was hierarchisch tiefere Normen anbelangt nur deren willkürliche Anwendung. Die Beschwerdeführerin rügt die Verletzung von Bestimmungen der Bundesverfassung (Art. 8 Abs. 3, Art. 9 und Art. 29 Abs. 2 BV) und der Kantonsverfassung (Art. 10, Art. 11 Abs. 3 und Art. 18 Abs. 2 der Zürcher Kantonsverfassung vom 27. Februar 2005), aber auch der Art. 3 und 6 des Bundesgesetzes vom 24. März 1995 über die Gleichstellung von Frau und Mann (Gleichstellungsgesetz, GIG; SR 151.1). Was letztere Bestimmungen anbelangt, handelt es sich um die Umsetzung des verfassungsmässigen Anspruchs auf Nichtdiskriminierung und auf gleichen Lohn für gleichwertige Arbeit (Art. 8 Abs. 2 und 3 BV), weshalb die Prüfung uneingeschränkt erfolgt.
1.3 Gemäss dem im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde zur Anwendung gelangenden <ref-law> (in Verbindung mit <ref-law>) prüft das Bundesgericht die Verletzung von Verfassungsrecht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet wird. lm Anwendungsbereich dieser Bestimmung besteht eine qualifizierte Rügepflicht, wie sie in Bezug auf den Art. 90 Abs. 1 lit. b des früheren Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) bestand (<ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Demnach prüft das Bundesgericht nur klar und detailliert erhobene, und, soweit möglich, belegte Rügen. Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (vgl. dazu die Rechtsprechung zur staatsrechtlichen Beschwerde: BGE 110 la 1 E. 2a S. 3 f.; <ref-ruling> E. 1b S. 495). Was die Anrufung des Willkürverbots im Speziellen anbelangt, ist darzutun, inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 3.2 S. 400; <ref-ruling> E. 6 S. 397).
2. Gemäss Art. 6 des Bundesgesetzes über die Gleichstellung von Frau und Mann (Gleichstellungsgesetz, GIG; SR 151.1) wird unter anderem bezüglich der Entlöhnung eine Diskriminierung vermutet, wenn diese von der betroffenen Person glaubhaft gemacht wird (<ref-ruling> E. 4.2 S. 161 f.; <ref-ruling> E. 3c S. 212 f.; <ref-ruling> E. 4a S. 82; <ref-ruling> E. 6a S. 550 f.). Glaubhaftmachen bedeutet, dass es genügt, dem Richter aufgrund objektiver Anhaltspunkte den Eindruck einer gewissen Wahrscheinlichkeit des Vorhandenseins der in Frage stehenden Tatsache zu vermitteln, ohne dass dabei die Möglichkeit ausgeschlossen sein muss, dass die Verhältnisse sich auch anders gestalten müssen. Glaubhaft gemacht ist daher eine Tatsache schon dann, wenn für deren Vorhandensein gewisse Elemente sprechen, selbst wenn das Gericht noch mit der Möglichkeit rechnet, dass sie sich nicht verwirklicht haben könnte (BGE 132 III E. 3.1 S. 720; <ref-ruling> E. 4.2 S. 161 f. und 321 E. 3.3 S. 325).
Im Bereich des Gleichstellungsgesetzes führt die Glaubhaftmachung zu einer eigentlichen Umkehr der Beweislast mit der Folge, dass es nicht genügt, dass die beklagtische Partei die Glaubhaftmachung in Zweifel zieht. Vielmehr muss sie ihrerseits den vollen Gegenbeweis antreten (<ref-ruling> E. 4.2 S. 161 f.; <ref-ruling> E. 3a und 3b). Scheitert dieser, bleibt es bei der Glaubhaftmachung. Das meint <ref-law> und ergibt sich auch aus der Botschaft (Botschaft zum Bundesgesetz über die Gleichstellung von Frau und Mann [Gleichstellungsgesetz] vom 24. Februar 1993, BBl 1993 I 1300 f.).
2.1 Mit Entscheid vom 22. Januar 2001 stellte das Verwaltungsgericht fest, dass Diplomierte Schwestern, Diplomierte Schwestern mit Zusatzausbildung und Stationsschwestern Iohnmässig diskriminiert eingereiht seien. Dabei hatte es zunächst die Einreihung der Grundfunktion Diplomierte Krankenschwester überprüft und zur Beseitigung der festgestellten Diskriminierung die bisherige Lohnspanne der Lohnklasse 12/13 auf Lohnklasse 14/15 angehoben (E. 10c/aa). "Folgerichtig" hob es die Lohnspanne der Lohnklasse 13/14 der nächsthöheren Funktion der Diplomierten Krankenschwester mit Zusatzausbildung auf Lohnklasse 15/16 an und erwog dabei, "es sei von keiner Seite geltend gemacht worden, das Verhältnis der streitbetroffenen Funktionsketten untereinander sei fehlerhaft." Der Beklagte habe eingeräumt, "dass die Anhebung der Funktion 'Diplomierte Schwester' zu einer entsprechenden Aufwärtsbewegung der gesamten Hierarchie im Pflegebereich führen müsste" (E. 10c/bb). Was schliesslich die Funktion Stationsschwester anbelangte, die in die Lohnklassen 14 bis 16 eingereiht war, erwog das Verwaltungsgericht, dass die höhere Bewertung der Grundfunktion Diplomierte Krankenschwester "zwingend" auch zu entsprechenden Korrekturen bei der Stationsschwester führen müsse und hob deren Lohnspanne auf die Lohnklassen 15 bis 17 an (E. 10b/cc). In der Folge beschloss der Regierungsrat am 16. Mai 2001 die Neueinreihung des Pflegepersonals, wobei die Einreihung der Stellen generell um 1 bis 2 Lohnklassen angehoben wurde. So wurde die Funktion Leitung Pflegedienst, bisher in den Lohnklassen 19 bis 23, neu in die Lohnklassen 20 bis 24 eingereiht und die Funktion Oberschwester, bisher in den Lohnklassen 16 bis 19, in die Lohnklassen 19 bis 21. Die Einreihung der Beschwerdeführerin wurde von der Lohnklasse 18 in die Lohnklasse 19 angehoben.
Daraus schliesst die Beschwerdeführerin auf die Vermutung, dass sie zuvor mindestens im Umfang von einer Lohnklasse diskriminierend besoldet war. In der Tat legt die Anhebung der Einreihung der Lohnklasse um eine Lohnklasse im Nachgang zum Entscheid des Verwaltungsgerichts nahe, dass es dabei - nicht zuletzt, um einer Klage vorzubeugen - um die Beseitigung einer Iohnmässigen Diskriminierung gegangen sein könnte.
Dem wird entgegengehalten, dass der Regierungsrat bereits im November 2000, also bevor das Urteil des Verwaltungsgerichts ergangen war, die Finanz- und Gesundheitsdirektion ermächtigt habe, Neueinreihungen für die Löhne des Pflegepersonals in Aussicht zu stellen. Anlass dazu hätten Anzeichen einer zunehmenden Unzufriedenheit des Pflegepersonals mit der Lohnsituation, Rekrutierungsprobleme und Abwanderung qualifizierten Personals gegeben. Das Verwaltungsgericht erwog, die im Anschluss an seinen Entscheid vom 22. Januar 2001 erfolgte Anhebung der Einreihung der oberen Kader sei "weniger aus Gleichstellungsüberlegungen, sondern vielmehr aus dem Quervergleich mit den übrigen Funktionen der Pflegekette" beschlossen worden. "Sie war erforderlich, um die bewährten Hierarchien in den Spitälern, die wesentlich zu einem gut funktionierenden Betrieb beitragen, zu erhalten." Damit wird nicht widerlegt, dass Gleichheitsgründe dabei auch im Spiel waren, sagt doch die Vorinstanz nicht, die Anhebung sei "nicht", sondern sie sei "weniger" aus Gleichheitsgründen erfolgt.
In die gleiche Richtung weist die Stellungnahme der Finanzdirektion vom 17. November 2003, wonach die Löhne stärker angehoben worden seien, als es zur Beseitigung der Diskriminierung notwendig gewesen wäre. Ein Indiz Iiegt auch im Erfordernis, die oberen Kader "aus dem Quervergleich mit den übrigen Funktionen der Pflegekette" anheben zu müssen. War nämlich die Hierarchie der Pflegekette vor Beseitigung der Diskriminierung "bewährt", d.h. in sich stimmig, haben sich aber die Besoldungen der Gegenstand des Urteils des Verwaltungsgerichts vom 22. Janaur 2001 bildenden Grundfunktion der Kette als diskriminierend erwiesen, so trifft dies in der Tendenz auch auf die Besoldung der in der Kette höher eingereihten Besoldungen zu. Hinzu kommt, dass im Zeitpunkt, da der Regierungsrat im November 2000 die Finanz- und Gesundheitsdirektion dazu ermächtigte, Neueinreihungen für die Löhne des Pflegepersonals in Aussicht zu stellen, die vom Verwaltungsgericht am 22. Januar 2001 beurteilten Klagen Iängst hängig waren (sie datieren vom Juli 1996), ja auch das vom Verwaltungsgericht eingeholte und am 31. März 2000 erstattete Gerichtsgutachten bereits vorlag. Das lässt vermuten, dass die hängige Frage der geschlechtsbedingten Diskriminierung bereits auf den Beschluss des Regierungsrates vom November 2000 einen gewissen Einfluss gehabt haben muss.
2.2 Zusammenfassend ergibt sich, dass mit dem Verwaltungsgerichtsentscheid vom 22. Januar 2001, wonach die Anhebung der Funktion 'Diplomierte Krankenschwester' zwingend auch zu entsprechenden Korrekturen bei der Stationsschwester, ja zu einer "entsprechenden Aufwärtsbewegung der gesamten Hierarchie im Pflegebereich führen müsste", und der Tatsache, dass die Funktion der Beschwerdeführerin per 1. Juli 2001 um eine Lohnklasse angehoben wurde, Anhaltspunkte vorliegen, die den Eindruck einer gewissen Wahrscheinlichkeit des Vorhandenseins einer geschlechtsspezifischen Diskriminierung vermitteln. Diese Vermutung wird durch die vagen bzw. wenig fassbaren Ausführungen, die Anhebung der oberen Kader sei "weniger aus Gleichstellungsüberlegungen, sondern vielmehr aus dem Quervergleich mit den übrigen Funktionen der Pflegekette" und zur Wahrung der bewährten Spitalhierarchie und Beibehaltung der Motivation und Leistungsbereitschaft des Kaders erfolgt, nicht widerlegt, im Gegenteil. Gerade wenn davon auszugehen ist, dass man es mit einer "bewährten Spitalhierarchie", mithin mit einer in sich stimmigen Hierarchie zu tun hat, Iässt die offenkundige bzw. durch das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 22. Januar 2001 ausgewiesene diskriminierend tiefe Besoldung der Grundfunktionen der Pflege zumindest vermuten, dass diese sich innerhalb der gesamten Hierarchie ausgewirkt hat. Das seinerzeitige Dictum des Verwaltungsgerichts, die Anhebung der Funktion 'Diplomierte Krankenschwester' müsste zwingend auch zu entsprechenden Korrekturen bei der Stationsschwester, ja zu einer "entsprechenden Aufwärtsbewegung der gesamten Hierarchie im Pflegebereich führen", besagt im Grunde genommen nichts anderes. Eine lohnmässige Diskriminierung der Beschwerdeführerin ist glaubhaft gemacht.
3. Was die Bewertung im Einzelnen anbelangt, erwog das Verwaltungsgericht zum einen, dass der Arbeitswert der von der Beschwerdeführerin ausgeübten Tätigkeit zwar ursprünglich falsch berechnet worden sei, der Beschwerdeführerin daraus aber kein Nachteil entstanden sei, da sie auch bei richtiger Berechnung im hier strittigen Zeitraum von Februar 2000 bis Juni 2001 in die Lohnklasse 18 hätte eingestuft werden dürfen.
Weiter erwog das Verwaltungsgericht unter Bezugnahme auf sein Grundsatzurteil vom 22. Januar 2001, in welchem die nicht weiblich identifizierte Tätigkeit der Polizeisoldaten die Vergleichsfunktion bildete, Folgendes: In Bezug auf Kriterium 1 habe sich für alle Funktionen ein (diskriminierungsfreier) Wert von 2,5 ergeben. Das Verwaltungsgericht habe sodann in den verschiedenen Entscheiden festgehalten, dass dort, wo hinsichtlich Ausbildung und Erfahrung (Kriterium 1) gegenüber der Grundfunktion erhöhte Anforderungen bestünden, diese in Kriterium 1 mit mindestens 2,75 zu bewerten seien, da nur so die aus Gleichstellungsgründen erforderliche Differenz zum Polizeisoldaten mit einem Wert von 2,5 geschaffen werden könne; massgeblich für den höheren Arbeitswert sei also auch in jenen Fällen der Vergleich mit dem Polizeisoldaten gewesen. Die vorliegend zu beurteilende Tätigkeit der Pflegeexpertin rangiere mit 3,5 Punkten in Kriterium 1 klar und deutlich über derjenigen des Polizeisoldaten. Daher lasse sich mangels Vergleichbarkeit der Werte der Arbeitstätigkeiten aus der erwähnten verwaltungsgerichtlichen Rechtsprechung für die Tätigkeit der Pflegeexpertin keine geschlechtsspezifische Lohnbenachteiligung mehr ableiten. Eine lohnmässige Geschlechterdiskriminierung liege daher nicht vor.
Soweit die Beschwerdeführerin einen Anspruch auf Lohnnachzahlungen daraus ableiten wolle, dass sie als wissenschaftliche Mitarbeiterin mit erhöhter Verantwortung schon zu Beginn ihres Arbeitsverhältnisses höher (in Lohnklasse 19) einzustufen gewesen wäre als die Pflegeexpertinnen in der Klinik, könne ihr ebenfalls nicht gefolgt werden. Die Frage, ob sie im Vergleich zur in der Klinik tätigen Pflegeexpertin höher einzustufen gewesen wäre, sei - nachdem deren Funktion diskriminierungsfrei eingestuft worden war - keine Frage der geschlechtsspezifischen Diskriminierung, sondern eine solche der Verletzung des allgemeinen Rechtsgleichheitsgebots im Sinn von <ref-law>. In diesen Fällen bestehe nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung indessen gerade kein Anspruch auf eine rückwirkende Lohnnachzahlung. Nachdem die Beschwerdeführerin ihren Anspruch erst nach dem 30. Juni 2001 erhoben habe, könne sie aus dem allgemeinen Rechtsgleichheitsgrundsatz von vornherein keine Lohnnachzahlungen für die Zeit davor geltend machen.
Ginge es nur um die Frage, ob die Beschwerdeführerin in Bezug auf die Pflegeexpertin in der Klinik richtig eingereiht sei, wäre in der Tat "nur" das allgemeine Rechtsgleichheitsgebot angesprochen. Hier geht es aber darum, ob die Funktion Pflegeexpertin (Richtposition "wissenschaftliche Mitarbeiterin") mit Blick auf die Funktion eines Polizeisoldaten richtig eingereiht sei. Sollte sich ergeben, dass die Funktion Pflegeexpertin (Richtposition "wissenschaftliche Mitarbeiterin") im Vergleich zu benachbarten Funktionen im Pflegebereich rechtsungleich eingereiht war, wäre sie es rechtslogisch auch im Vergleich zum Polizeisoldaten und damit diskriminierend gewesen. Eine Diskriminierung lässt sich weder mit dem Argument ausschliessen, die Einreihung der Pflegeexpertin liege deutlich höher als jene des Polizeidsoldaten, noch mit dem Hinweis, die Frage der korrekten Einreihung innerhalb des Kaders der Pflegeberufe sei keine Frage der Diskriminierung, sondern allenfalls des allgemeinen Gleichbehandlungssatzes.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerdeführerin die Diskriminierung glaubhaft gemacht hat, vermitteln doch die aufgezeigten Anhaltspunkte eine gewisse Wahrscheinlichkeit des Vorhandenseins einer Diskriminierung. Der Beschwerdegegner führt zwar einige Argumente ins Feld, die gewisse Zweifel an der Argumentation der Beschwerdeführerin erwecken könnten, was aber nach dem Gesagten nicht genügt, ist es ihr doch nicht gelungen, den vollen Beweis der Nicht-Diskriminierung zu erbringen. Damit bleibt es dabei, dass die Beschwerdeführerin lohnmässig diskriminiert und <ref-law> verletzt wurde, weshalb die Beschwerde grundsätzlich gutzuheissen ist.
Diese Sachlage schlösse es an sich nicht aus, dass das Bundesgericht reformatorisch und damit endgültig entscheiden würde. Da es sich bei der Umrechnung der lohnmässigen Diskriminierung in Franken und Rappen - es handelt sich um eine Nachforderung für den Zeitraum von Februar 2000 bis Juni 2001, basierend auf der Lohnklasse 19 - um eine technische Sache handelt, rechtfertigt sich eine Rückweisung an den Regierungsrat (Art. 117 i.V.m. <ref-law>).
Die Beschwerde ist daher im Sinne der Erwägungen gutzuheissen, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die Sache zur Ermittlung der der Beschwerdeführerin infolge der festgestellten Diskriminierung zustehenden Forderung an den Regierungsrat zurückzuweisen. Dem Regierungsrat ist es unbenommen, die Sache an die Gesundheitsdirektion und/oder die Finanzdirektion zurückzuweisen. Ausgangsgemäss werden keine Gerichtskosten erhoben (Art. 13 Abs. 5 GIG, <ref-law>). Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegengenommen.
2. Die Beschwerde wird im Sinne der Erwägungen gutgeheissen, der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 20. August 2008 aufgehoben und die Sache zur Ermittlung der der Beschwerdeführerin zustehenden Forderung an den Regierungsrat des Kantons Zürich zurückgewiesen.
3. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
4. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird der Beschwerdefürhrerin, der Gesundheits- und Finanzdirektion des Kantons Zürich, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, 4. Kammer, und dem Eidgenössischen Büro für die Gleichstellung von Frau und Mann, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. September 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Schoder