Faits:
A. Par jugement du 15 décembre 2011, le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de Lausanne a condamné X._ pour vol en bande et par métier, dommages à la propriété, violation de domicile, conduite d'un véhicule non couvert par une assurance RC et usage abusif de plaques à 2 ans et demi de privation de liberté sous déduction de 150 jours de détention préventive, à 3 jours-amende à 50 fr. et au paiement d'une part des frais par 33'062 fr. 55, montant comprenant l'indemnité du défenseur d'office par 7884 francs. Il a également prononcé une créance compensatrice de 20'000 fr. à la charge de X._ en faveur de l'Etat de Vaud, révoqué le sursis accordé le 12 mars 2007 et ordonné l'exécution de la peine de 12 jours-amende.
B. Par jugement du 18 juin 2012, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal vaudois a rejeté l'appel formé par X._ et l'appel joint formé par le Ministère public.
En bref, il ressort les éléments suivants de ce jugement.
Le 28 juin 2009, X._ a été interpellé au volant de son véhicule portant des plaques de contrôle qui n'étaient pas authentiques mais dont le numéro d'immatriculation correspondait bien au véhicule. X._ les avait fait fabriquer en Serbie alors qu'il avait déposé les plaques authentiques auprès du Service des automobiles du canton de Vaud. Le véhicule n'était plus couvert par une assurance responsabilité civile.
Entre le 25 octobre 2008 et le 11 mars 2009, sur l'arc lémanique, A._ et B._, parfois accompagnés d'autres comparses, ont volé au moins trente-neuf moteurs de bateau pour le compte de X._ et, dans une moindre mesure, de C._. X._ leur indiquait les lieux qu'ils pouvaient visiter. Après les vols, il prenait immédiatement en charge les moteurs ou venait les chercher ultérieurement dans une cache indiquée par A._ et B._. Ces derniers étaient rémunérés pour leur service. X._ prenait ensuite les dispositions nécessaires pour écouler le butin sur le marché parallèle, en Serbie et en Croatie, après exportation clandestine dans ces pays. Les moteurs n'ont jamais été retrouvés. Les gains réalisés ont notamment servi à X._ pour financer la construction de deux maisons en Serbie.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre ce jugement. Il conclut, sous suite de frais et dépens, à la réforme du jugement entrepris en ce sens qu'il est libéré des circonstances aggravantes de la bande et du métier ainsi que de l'accusation d'avoir conduit un véhicule non couvert par l'assurance responsabilité civile, qu'il est condamné à une peine privative de liberté n'excédant pas 150 jours, sous déduction de la détention préventive, avec sursis pendant deux ans et au paiement d'une part des frais de justice n'excédant pas 10'000 fr., montant comprenant l'indemnité allouée au défenseur d'office, qu'il est libéré de toute créance compensatrice et que le remboursement de l'indemnité allouée au défenseur d'office ne sera exigible que si sa situation financière le permet. Subsidiairement, il conclut à l'annulation du jugement et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et nouveau jugement. Il sollicite par ailleurs l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recourant prétend que la cour cantonale ne pouvait se fonder, pour retenir son rôle d'instigateur et d'organisateur des vols de moteurs, sur les déclarations des témoins entendus lors de la phase d'instruction. Dès lors que le CPP imposerait de protocoler les déclarations de tous ceux qui sont entendus lors de l'audience de jugement, seules ces déclarations seraient déterminantes. La cour cantonale n'ayant pas procédé à l'audition des témoins lors de l'audience d'appel, elle ne pouvait retenir les circonstances aggravantes de la bande et du métier sur la base des déclarations antérieures. Dès lors que le rôle du recourant serait celui d'un simple participant comme les autres protagonistes, l'équité exigerait qu'aucune créance compensatrice ne soit prononcée à son encontre, les autres protagonistes y ayant échappé.
1.2 Aux termes de l'<ref-law>, les actes de procédure ordonnés ou accomplis avant l'entrée en vigueur du CPP conservent leur validité.
Selon l'<ref-law>, applicable aux débats d'appel par le renvoi de l'<ref-law>, le tribunal réitère l'administration des preuves qui, lors de la procédure préliminaire, ont été administrées en bonne et due forme lorsque la connaissance directe du moyen de preuve apparaît nécessaire au prononcé du jugement. Seules les preuves essentielles et décisives dont la force probante dépend de l'impression qu'elles donnent doivent être réitérées (MAX HAURI, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, no 19 ad <ref-law>; HANS MATHYS, Erstinstanzliches Hauptverfahren - Berufungsverfahren, in Schweizerische Strafprozessordnung, Tag/Hauri (éd.), 2010, p. 119 ss, p. 134; NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung: Praxiskommentar, 2009, no 7 ad <ref-law>; cf. aussi PIERRE-HENRI WINZAP, La procédure de première instance (CPP 328 à CPP 351), in La procédure pénale fédérale, Renate Pfister-Liechti (éd.), 2010, p. 95 ss, p. 103). S'agissant d'un témoignage, l'administration de la preuve n'apparaît pas nécessaire uniquement au regard de son contenu (soit ce que dit le témoin), mais bien plutôt lorsque le jugement dépend de manière décisive du comportement du témoin (soit comment il le dit) (MAX HAURI, op. cit., no 21 ad <ref-law>). Afin de déterminer quel moyen de preuve doit être réitéré, le juge dispose d'un pouvoir d'appréciation (cf. NIKLAUS SCHMID, op. cit., no 8 ad <ref-law>).
1.3 La cour cantonale s'est fondée sur les déclarations de différents participants aux vols notamment A._ et B._. Elle a relevé au sujet des deux prénommés qu'ils avaient été détenus séparément et qu'ils n'avaient ainsi pas pu se mettre d'accord sur une version, plus particulièrement pour mettre en cause le recourant. Elle s'est également référée aux déclarations de deux autres participants qui mettaient également en cause le recourant pour avoir volé des moteurs de bateau et les avoir amenés en Serbie pour les vendre. Pour cerner les gains réalisés par le recourant, la cour cantonale s'est fondée sur les déclarations de B._, mais surtout sur les indications fournies par la police serbe à la suite de la commission rogatoire délivrée par les autorités suisses. Il en ressort que le prévenu a immatriculé en Serbie diverses voitures et une moto, qu'il a financé l'achat de deux immeubles profitant à sa famille et qu'il dépensait de grandes sommes d'argent, principalement dans des bons restaurants. Des faux papiers et des plaques d'immatriculation fabriquées de manière artisanale ont été retrouvés dans sa maison familiale, en Serbie, ainsi que des listes de modèles et de prix de moteurs de bateau et des factures vierges d'un réparateur naval. La cour cantonale a retenu, sur la base de ces différents éléments, que le recourant avait participé à trente-neuf vols de moteurs en six mois, qu'il avait transporté ceux-ci en Serbie et en Croatie et qu'il avait obtenu plusieurs dizaines de milliers de francs de cette activité. Il remplissait ainsi les conditions de la circonstance aggravante du métier. En outre, le recourant s'était entouré de plusieurs comparses, notamment A._ et B._, pour commettre les vols ou organiser ceux-ci. Il remplissait également les conditions de la circonstance aggravante de la bande.
1.4 Les divers auditions sur lesquelles s'est fondée la cour cantonale ont été faites avant l'entrée en vigueur du CPP, selon les règles cantonales alors en vigueur. Le recourant ne prétend, ni ne démontre que la procédure cantonale aurait été violée à cet égard. En application de l'<ref-law>, elles conservent toute leur valeur probante. Contrairement à ce que prétend le recourant, l'obligation de verbaliser les déclarations des personnes entendues lors de l'audience de jugement, n'implique pas que seules ces déclarations soient déterminantes. Bien au contraire, l'<ref-law> laisse un pouvoir d'appréciation au juge s'agissant de la nécessité de réitérer des preuves valablement administrées. En l'espèce, la cour cantonale s'est fondée sur les témoignages de quatre protagonistes différents dont les déclarations étaient concordantes s'agissant de la mise en cause du recourant, ainsi que sur un faisceau d'indices ressortant du rapport de la police serbe. Aucun des témoignages pris isolément constitue une preuve essentielle et décisive dont la valeur probante dépendrait de l'impression qu'elle donne. Bien plutôt c'est la concordance des différents témoignages ajoutée aux informations de la police serbe qui ont fondé la conviction de la cour cantonale. Celle-ci, faisant usage de son pouvoir d'appréciation, a donc, sans violation du droit fédéral, estimé qu'une nouvelle audition des quatre protagonistes n'était pas nécessaire. Au demeurant, le recourant ne prétend, ni ne démontre que les faits auraient été établis de manière arbitraire. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
1.5 Dans le cadre de son grief, le recourant ne formule aucune critique, fondée sur les faits retenus par le cour cantonale, relativement à l'application des circonstances aggravantes de la bande et du métier. Il en va de même s'agissant du prononcé de la créance compensatrice. A défaut de tout grief recevable, les conclusions tendant à sa libération sur ces aspects sont irrecevables.
2. Le recourant conteste sa condamnation pour conduite d'un véhicule non couvert par une assurance responsabilité civile. Il soutient qu'il a déposé ses plaques d'immatriculation à un office de poste et non auprès de l'autorité.
Selon l'art. 8 de l'Ordonnance sur l'assurance des véhicules (OAV; RS 741.31), le détenteur qui veut suspendre les effets de l'assurance doit déposer les plaques auprès de l'autorité compétente (al. 1). Le permis et les plaques peuvent, en tout temps, être déposés auprès de l'autorité ou lui être envoyés par la poste (al. 2). En déposant ses plaques auprès d'un office de poste, le recourant ne pouvait ignorer que celles-ci seraient transmises à l'autorité compétente, ce qui avait pour conséquence de suspendre son assurance. Son grief est ainsi infondé. Pour le surplus, le grief n'est pas intelligible et est irrecevable.
3. Le recourant conteste la mise à sa charge de l'indemnité de 7884 fr. en faveur de son défenseur d'office pour la procédure de première instance.
3.1 Aux termes de l'<ref-law>, la direction de la procédure ordonne une défense d'office si le prévenu ne dispose pas des moyens nécessaires et que l'assistance d'un défenseur est justifiée pour sauvegarder ses intérêts. En application de l'<ref-law>, le prévenu condamné à supporter les frais de procédure est tenu de rembourser au canton les frais d'honoraires de son défenseur d'office dès que sa situation financière le permet. Selon la jurisprudence, une personne est dans le besoin lorsqu'elle ne bénéficie pas de moyens lui permettant d'assumer les frais de procédure prévisibles, sans porter atteinte à son minimum vital ou à celui de sa famille (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 223 et les arrêts cités). Pour déterminer l'indigence, il convient de prendre en considération l'ensemble de la situation financière du requérant au moment où la demande est présentée, celui-ci devant indiquer de manière complète et établir autant que possible ses revenus, sa situation de fortune et ses charges (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 223 s. et les arrêts cités). Le droit à l'assistance judiciaire trouve notamment sa limite dans le principe général de l'interdiction de l'abus de droit (<ref-law>; arrêt 5A_634/2007 du 21 janvier 2008 consid. 3.1) également applicable en procédure pénale (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 74 et l'arrêt cité).
3.2 La cour cantonale a renvoyé à la motivation développée par les premiers juges. Ceux-ci ont considéré que l'indemnité due au conseil d'office pouvait être mise à la charge du recourant dès lors que ce dernier possédait des immeubles et plusieurs véhicules en Serbie.
3.3 Le recourant se contente de soutenir que la mise à sa charge de l'indemnité due à son défenseur d'office est contraire à l'<ref-law> et à la jurisprudence, sans toutefois exposer en quoi. Il ne formule aucune critique à l'égard de la motivation cantonale. Son grief ne respecte pas les exigences minimales de motivation prévues par l'<ref-law> et est irrecevable. Au demeurant, le recourant ne conteste pas être propriétaire en Serbie des immeubles et des véhicules pris en compte. Au vu de ces biens, la demande d'assistance judiciaire apparaît abusive. L'autorité cantonale était fondée à considérer que la situation financière du recourant lui permettait de rembourser immédiatement l'indemnité due pour son défenseur d'office. Pour le surplus, le recourant ne formule aucun grief sur le calcul des autres frais mis à sa charge.
4. Le recourant conclut à la fixation d'une peine n'excédant pas 150 jours de privation de liberté uniquement en relation avec sa conclusion tendant à l'abandon des circonstances aggravantes de la bande et du métier et à son acquittement de l'infraction LCR. Son recours sur ces points est rejeté dans la mesure où il est recevable (cf. supra consid. 1.5 et 2). Il ne soutient par ailleurs pas que l'autorité cantonale aurait excédé ou abusé de son pouvoir d'appréciation en arrêtant la quotité de la peine. Il ne formule dès lors aucun grief recevable tiré d'une violation de l'<ref-law>.
5. Invoquant les art. 42 et 43 CP, le recourant soutient que le tribunal aurait dû lui accorder le sursis complet, subsidiairement partiel, en raison de l'absence d'un pronostic défavorable et du fait que son co-accusé, D._, en a bénéficié alors qu'il avait des antécédents plus nombreux que les siens.
La peine infligée au recourant étant de 2 ans et demi, seul l'octroi du sursis partiel entre en ligne de compte (art. 42 et 43 CP).
5.1 L'<ref-law> prévoit que le juge peut suspendre partiellement l'exécution d'une peine pécuniaire, d'un travail d'intérêt général ou d'une peine pécuniaire d'un an au moins et de trois ans au plus afin de tenir compte de façon appropriée de la faute de l'auteur.
Les conditions subjectives permettant l'octroi du sursis (<ref-law>), à savoir les perspectives d'amendement, valent également pour le sursis partiel dès lors que la référence au pronostic ressort implicitement du but et du sens de l'<ref-law>. Ainsi, lorsque le pronostic quant au comportement futur de l'auteur n'est pas défavorable, la loi exige que l'exécution de la peine soit au moins partiellement suspendue. Mais un pronostic défavorable exclut tout sursis, même partiel. En effet, s'il n'existe aucune perspective que l'auteur puisse être influencé de quelque manière par un sursis complet ou partiel, la peine doit être entièrement exécutée (<ref-ruling> consid. 5.3.1 p. 10).
S'agissant du pronostic, le point de savoir si le sursis serait de nature à détourner l'accusé de commettre de nouvelles infractions doit être tranché sur la base d'une appréciation d'ensemble, tenant compte des circonstances de l'infraction, des antécédents de l'auteur, de sa réputation et de sa situation personnelle au moment du jugement, notamment de l'état d'esprit qu'il manifeste. Le pronostic doit être posé sur la base de tous les éléments propres à éclairer l'ensemble du caractère de l'accusé et ses chances d'amendement. Il n'est pas admissible d'accorder un poids particulier à certains critères et d'en négliger d'autres qui sont pertinents. Le juge doit par ailleurs motiver sa décision de manière suffisante (cf. <ref-law>); sa motivation doit permettre de vérifier s'il a été tenu compte de tous les éléments pertinents et comment ils ont été appréciés (cf. <ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 5). Le juge dispose d'un large pouvoir d'appréciation en la matière (<ref-ruling> consid. 5.2. p. 9).
5.2 La cour cantonale a retenu que la culpabilité du recourant était extrêmement lourde et que les faits étaient graves. Bien que rentier AI, le recourant demeurait parfaitement capable d'effectuer d'incessants allers-retours dans son pays pour y écouler les objets volés, en faisant métier de ce trafic. Prêt à tout pour compléter ses revenus, il n'avait pas hésité à impliquer des individus influençables et plus jeunes que lui dans son commerce illégitime. Le recourant conteste que ces éléments puissent entrer en ligne de compte dans l'examen du sursis. Il s'agit toutefois d'éléments relatifs aux circonstances de l'infraction qui sont par conséquent pertinents s'agissant de l'établissement du pronostic.
La cour cantonale a également retenu que le recourant avait contesté systématiquement et contre toute évidence l'ensemble des indices retenus contre lui. Organisé et professionnel, il avait menti à la justice et donné des explications oiseuses sur tout, incapable d'expliquer autrement que par le fruit de ses trafics le train de vie mis à jour par la police serbe. Il avait réalisé un gain de plusieurs milliers de francs. Le pronostic était donc plus que défavorable dans le cas de cet homme d'âge mûr ayant érigé la délinquance en mode d'existence et n'ayant aucun élément à décharge. Seule une peine ferme paraissait adéquate.
Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte du fait que les infractions reprochées avaient cessé en juin 2009 et que son comportement aurait été irréprochable depuis trois ans. Ce seul élément ne permet toutefois pas de mettre à néant le pronostic défavorable posé par la cour cantonale qui se fonde sur une appréciation d'ensemble. Il est en outre largement relativisé par la prise de conscience très limitée du recourant révélée par ses mensonges, ses dénégations et ses explications oiseuses mis en évidence par la cour cantonale.
Au vu de ce qui précède, la cour cantonale a pris en considération tous les éléments pertinents et n'en a omis aucun au moment de faire le pronostic sur le comportement futur du recourant. Même en tenant compte des 150 jours de détention préventive, l'ensemble des circonstances permettait, sans abus ni excès du pouvoir d'appréciation, de prononcer une peine ferme.
5.3 Le recourant relève que l'un de ses co-accusés a bénéficié du sursis alors que celui-ci avait quatre antécédents et que lui n'en avait que deux. Les antécédents ne sont qu'un des éléments dont il convient de tenir compte lors de l'examen du pronostic. Or, le co-accusé du recourant n'a participé qu'à 7 vols de moteurs de bateau en comparaison des 39 du recourant. Il a en outre agi pour rendre service et non par attrait du gain (jugement entrepris p. 31). Contrairement au recourant, il n'a pas occupé le rôle d'instigateur et d'organisateur. Les fautes objectives de chacun d'eux ne peuvent manifestement pas être comparées. Au demeurant, les circonstances personnelles des co-accusés ne sont ni identiques, ni comparables. Le grief du recourant doit être rejeté.
6. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Il était d'emblée dénué de chances de succès. Au vu des biens que le recourant possède à l'étranger, il ne démontre en outre pas qu'il ne dispose pas des ressources financières suffisantes. L'assistance judiciaire doit être refusée (<ref-law>). Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 11 décembre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet