Sachverhalt:
A. Am 30. August 2004 stürzte Y._ bei der Arbeit von einem Rollgerüst und verletzte sich dabei schwer.
Am 9. Mai 2006 erhob die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt Anklage gegen dessen Arbeitgeber X._ und den Vorarbeiter Z._ wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung.
Am 24. Januar 2007 sprach der Strafgerichtspräsident Basel-Stadt die beiden Angeklagten frei.
B. Auf Appellation von Y._ hin befand das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt X._ am 15. August 2008 der fahrlässigen schweren Körperverletzung schuldig und verurteilte ihn zu einer Geldstrafe von 10 Tagessätzen à Fr. 260.--. Den Vollzug der Geldstrafe schob es unter Festsetzung einer Probezeit von zwei Jahren auf. Die Schadenersatzforderung von Y._ gegen X._ hiess es dem Grundsatz nach gut und stellte fest, dass dieser für den dem Opfer infolge des Unfalls vom 30. August 2004 erwachsenen Vermögensschaden im Umfang von 80% haftpflichtig sei. Bezüglich der Höhe seines Anspruchs verwies es das Opfer auf den Zivilweg.
Zugleich sprach das Appellationsgericht Basel-Stadt Z._ in Bestätigung des erstinstanzlichen Urteils frei und wies die Schadenersatzforderung von Y._ insoweit ab.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen mit den Anträgen, das Urteil des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt vom 15. August 2008 sei aufzuheben, er sei freizusprechen, und die Schadenersatzforderung von Y._ sei abzuweisen, eventualiter auf den Zivilweg zu verweisen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Ausserdem ersucht er, seiner Beschwerde aufschiebende Wirkung zu gewähren.
Mit Verfügung vom 26. November 2008 erteilte der Präsident der Strafrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung.
In der Sache beantragen das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt und Y._ die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Basel-Stadt hat sich innert Frist nicht vernehmen lassen.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz geht von folgendem Sachverhalt aus: Der Beschwerdegegner, Isoleur bei der Firma A._AG, war am Vormittag des 30. August 2004 im Eingangsbereich einer Liegenschaft in Basel mit Deckenarbeiten beschäftigt. Er stand dabei auf einer 2,4 Meter hohen Plattform eines Rollgerüsts, welches auf der der Fassade zugewandten Längsseite keine und auf der gegenüberliegenden Seite nur eine ungenügende Absturzsicherung aufwies. Um 10.20 Uhr stürzte der Beschwerdegegner auf der offenen Seite vom Gerüst und zog sich schwere Verletzungen zu.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Beweiswürdigung und als Folge daraus eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung. Im Ergebnis verletze das angefochtene Urteil den aus der Unschuldsvermutung abgeleiteten Grundsatz "in dubio pro reo", weil die Vorinstanz nicht zu unterdrückende Zweifel an seiner Schuld hätte haben müssen.
2.1.1 Der Beschwerdeführer erachtet den von der Vorinstanz durchgeführten Augenschein unter verschiedenen Gesichtspunkten als mangelhaft (Verwendung einer ungeeigneten Puppe; Beizug einer Sachverständigen, welche nicht auf die Straffolgen wissentlich falscher Auskünfte aufmerksam gemacht worden sei; Einvernahme des Bauleiters als Zeuge statt als Auskunftsperson; Einvernahme des Vorgesetzten des Bauleiters als Zeuge, obwohl dieser nicht vorgeladen gewesen sei; Einsatz eines nicht identischen Rollgerüsts; andere Bodenbeschaffenheit; ungenügende Protokollierung; vgl. Beschwerde S. 5 - 10).
2.1.2 Des Weiteren sei die Vorinstanz willkürlich davon ausgegangen, der Abstand zwischen dem Gerüst und der Fassade habe mehr als 30 Zentimeter betragen (Beschwerde S. 10 - 12).
2.1.3 Überdies habe die Vorinstanz gegen die Unschuldsvermutung verstossen, da sie einerseits unkritisch auf die unzutreffenden Behauptungen des Beschwerdegegners und des Mitangeschuldigten Z._, noch nie auf einem Rollgerüst gearbeitet zu haben, abgestellt und es andererseits in willkürlicher Beweiswürdigung als erstellt erachtet habe, dass er seinen Instruktionspflichten nicht nachgekommen sei (Beschwerde S. 12 - 14).
2.1.4 Schliesslich habe die Vorinstanz in unhaltbarer Weise das Selbstverschulden des Beschwerdegegners, welcher im Unfallzeitpunkt seit mehr als drei Jahren für die A._AG gearbeitet habe, ausgeblendet. Willkürlich nicht einmal in Betracht gezogen habe sie auch die Möglichkeit, dass das Unfallopfer den Seitenschutz des Gerüsts selbst entfernt haben könnte (Beschwerde S. 14 - 15).
2.2 <ref-law> gewährleistet den Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Auf dem Gebiet der Beweiswürdigung ist die Kognition des Bundesgerichts auf Willkür beschränkt. Willkür in der Beweiswürdigung liegt vor, wenn die Behörde in ihrem Entscheid von Tatsachen ausgeht, die mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehen oder auf einem offenkundigen Fehler beruhen (<ref-ruling> E. 5.4). Dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, genügt praxisgemäss für die Begründung von Willkür nicht (<ref-ruling> nicht publ. E. 4.1; <ref-ruling> E. 2b).
Gemäss der in <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK verankerten Maxime "in dubio pro reo" ist bis zum gesetzlichen Nachweis der Schuld zu vermuten, dass die einer strafbaren Handlung angeklagte Person unschuldig ist (<ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 2 mit Hinweisen). Als Beweiswürdigungsregel besagt die Maxime, dass sich das Strafgericht nicht von der Existenz eines für die beschuldigte Person ungünstigen Sachverhalts überzeugt erklären darf, wenn bei objektiver Betrachtung erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel bestehen, dass sich der Sachverhalt so verwirklicht hat. Inwiefern dieser Grundsatz verletzt sein soll, prüft das Bundesgericht nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür, das heisst, es greift nur ein, wenn das Sachgericht die beschuldigte Person verurteilte, obgleich bei objektiver Würdigung des Beweisergebnisses offensichtlich erhebliche bzw. schlechterdings nicht zu unterdrückende Zweifel an deren Schuld fortbestehen (BGE <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2; Urteil des Bundesgerichts 6B_923/2008 vom 2. Februar 2009, E. 2).
Wird eine willkürliche Beweiswürdigung gerügt, reicht es nicht aus, wenn der Beschwerdeführer zum Beweisergebnis frei plädiert und darlegt, wie seiner Auffassung nach die vorhandenen Beweise richtigerweise zu würdigen gewesen wären, wie er dies in einem appellatorischen Verfahren mit freier Rechts- und Tatsachenüberprüfung tun könnte. Er muss gemäss ständiger Rechtsprechung vielmehr aufzeigen, inwiefern die angefochtene Beweiswürdigung die Verfassung dadurch verletzen sollte, dass sie im Ergebnis offensichtlich unhaltbar wäre (vgl. <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3c).
2.3 Was der Beschwerdeführer gegen diese Beweiswürdigung der Vorinstanz vorbringt, ist nicht geeignet, Willkür respektive eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" darzutun.
2.3.1 Die Vorinstanz hat ausdrücklich eingeräumt, es anlässlich des Augenscheins versehentlich unterlassen zu haben, die Sachverständige auf die Strafbarkeit wissentlich falscher Auskünfte hinzuweisen. Ob dies ihre Aussagen unverwertbar mache, könne jedoch offen gelassen werden, da ohnehin nicht darauf abgestellt worden sei. Auch seien die Aussagen des Bauleiters und von dessen Vorgesetztem nur als solche von Auskunftspersonen berücksichtigt worden (angefochtenes Urteil S. 4). Die Vorinstanz hat weiter festgehalten, das Fallverhalten der verwendeten Puppe könne nur einen groben Anhaltspunkt für jenes eines Menschen geben (angefochtenes Urteil S. 7).
Die Vorinstanz hat somit den vom Beschwerdeführer bereits im kantonalen Verfahren in Bezug auf die Durchführung des Augenscheins geäusserten Einwänden in ihrer Urteilsbegründung Rechnung getragen, und der Beschwerdeführer vermag insoweit nicht substantiiert darzulegen, dass die im angefochtenen Urteil aus dem Augenschein gezogenen Schlussfolgerungen im Ergebnis offensichtlich unhaltbar wären.
2.3.2 Die Vorinstanz hat erwogen, verschiedene Indizien liessen es als undenkbar erscheinen, dass das Gerüst weniger als 30 Zentimeter von der Wand entfernt gewesen sei. Bereits der Umstand, dass der gross gewachsene und im Zeitpunkt des Unfalls kräftige Beschwerdegegner überhaupt zwischen Gerüst und Fassade habe herunterstürzen könne, spreche für einen grösseren Abstand. Gleiches ergebe sich aus der von Z._ anlässlich seiner Einvernahme im Ermittlungsverfahren angefertigten Lageskizze. Schliesslich - so die Vorinstanz weiter - wäre der (sich aus der Fotodokumentation ergebende) Arbeitsradius des Beschwerdegegners nicht möglich gewesen, wenn das Gerüst höchstens 30 Zentimeter von der Fassade entfernt gewesen wäre (angefochtenes Urteil S. 7 - 9).
Weshalb diese Erwägungen schlicht unhaltbar sein sollten, wird vom Beschwerdeführer, welcher einzig seine eigene Sicht der Dinge darstellt, nicht aufgezeigt. Ferner konnte die Vorinstanz, ohne in Willkür zu verfallen, die von Z._ im Ermittlungsverfahren gemachten Angaben zum Standort des Gerüsts als glaubhafter einstufen als seine späteren relativierenden Aussagen, als er um die Bedeutung des Gerüstabstands gewusst hat (vgl. angefochtenes Urteil S. 8).
2.3.3 Die Vorinstanz hat zudem plausibel dargelegt, weshalb sie aufgrund der gesamten Umstände die Aussagen des Beschwerdegegners und von Z._, wonach sie vor dem Tag des Unfalls noch nie auf einem Rollgerüst gearbeitet hätten und nicht über die insoweit zu treffenden Sicherheitsmassnahmen instruiert worden seien, als glaubhaft bewertet hat (vgl. angefochtenes Urteil S. 12 - 13).
2.3.4 Ferner konnte die Vorinstanz willkürfrei folgern, die Mutmassung des Beschwerdeführers, der Beschwerdegegner habe den Seitenholm des Gerüsts selbst entfernt, entbehre jeder Grundlage und stehe in Widerspruch zu den übereinstimmenden und glaubhaften Angaben des Beschwerdegegners und von Z._. Im Übrigen hat die Vorinstanz entgegen der Behauptung in der Beschwerde das angebliche Selbstverschulden des Beschwerdegegners nicht in willkürlicher Art und Weise ausgeblendet, sondern sehr wohl thematisiert, aber verneint (angefochtenes Urteil S. 14). Ob sie das zu Recht getan hat, betrifft nicht die Beweiswürdigung, sondern stellt eine Rechtsfrage dar (vgl. nachfolgend E. 3.3.4).
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, entgegen den Ausführungen im angefochtenen Urteil könne ihm kein Instruktionsverschulden angelastet werden. Die Beweislast der fehlenden Instruktion liege bei den Strafverfolgungsbehörden. Diesen sei weder der Nachweis gelungen, dass die Instruktion ungenügend, noch dass eine allfällig mangelhafte Information kausal für den Unfall gewesen sei. Des Weiteren würde ein als erstellt erachteter Kausalzusammenhang ohnehin durch das Selbstverschulden des Unfallopfers unterbrochen, denn die Mangelhaftigkeit des Gerüsts sei für den täglich auf (Fassaden-)Gerüsten arbeitenden Beschwerdegegner einfach erkennbar gewesen. Ferner habe er als Arbeitgeber darauf vertrauen dürfen, dass das von einer externen Firma gelieferte Gerüst sicher sei (Beschwerde S. 15 - 17).
3.2 Die Vorinstanz hat erwogen, es sei erstellt, dass das Rollgerüst auf der Fassadenseite keinen Seitenschutz aufgewiesen habe und der Abstand des Rollgerüsts zur Fassade grösser gewesen sei als 30 Zentimeter. Die massgeblichen Bauvorschriften seien daher nicht eingehalten worden. Der Beschwerdeführer sei bei der Firma A._AG für die Sicherheit und den Gesundheitsschutz der Belegschaft und als Baustellenleiter auch für die Sicherheitsinstruktionen auf der Baustelle verantwortlich gewesen. Da er dem Beschwerdegegner vor dessen erstmaligem Einsatz auf einem Rollgerüst keine Instruktionen erteilt habe, habe er seine Pflichten verletzt, zumal er auch den Vorarbeiter Z._ nie explizit auf die besonderen Gefahren und die geltenden Sicherheitsbestimmungen bei Rollgerüsten hingewiesen habe. Offen gelassen werden könne, ob das Rollgerüst bereits mangelhaft geliefert oder der Seitenschutz erst nachträglich entfernt worden sei. Dass allenfalls auch weitere Personen für den Unfall verantwortlich seien, vermöge den Beschwerdeführer strafrechtlich nicht zu entlasten, sofern ihm selbst eine pflichtwidrige Unterlassung vorzuwerfen sei, kenne das Strafrecht doch keine Schuldkompensation. Aufgrund der mangelnden Instruktion könne dem Beschwerdegegner auch kein Selbstverschulden angelastet werden. Zusammenfassend habe sich der Beschwerdeführer folglich der fahrlässigen schweren Körperverletzung schuldig gemacht (angefochtenes Urteil S. 10 - 14).
3.2 Die Vorinstanz hat erwogen, es sei erstellt, dass das Rollgerüst auf der Fassadenseite keinen Seitenschutz aufgewiesen habe und der Abstand des Rollgerüsts zur Fassade grösser gewesen sei als 30 Zentimeter. Die massgeblichen Bauvorschriften seien daher nicht eingehalten worden. Der Beschwerdeführer sei bei der Firma A._AG für die Sicherheit und den Gesundheitsschutz der Belegschaft und als Baustellenleiter auch für die Sicherheitsinstruktionen auf der Baustelle verantwortlich gewesen. Da er dem Beschwerdegegner vor dessen erstmaligem Einsatz auf einem Rollgerüst keine Instruktionen erteilt habe, habe er seine Pflichten verletzt, zumal er auch den Vorarbeiter Z._ nie explizit auf die besonderen Gefahren und die geltenden Sicherheitsbestimmungen bei Rollgerüsten hingewiesen habe. Offen gelassen werden könne, ob das Rollgerüst bereits mangelhaft geliefert oder der Seitenschutz erst nachträglich entfernt worden sei. Dass allenfalls auch weitere Personen für den Unfall verantwortlich seien, vermöge den Beschwerdeführer strafrechtlich nicht zu entlasten, sofern ihm selbst eine pflichtwidrige Unterlassung vorzuwerfen sei, kenne das Strafrecht doch keine Schuldkompensation. Aufgrund der mangelnden Instruktion könne dem Beschwerdegegner auch kein Selbstverschulden angelastet werden. Zusammenfassend habe sich der Beschwerdeführer folglich der fahrlässigen schweren Körperverletzung schuldig gemacht (angefochtenes Urteil S. 10 - 14).
3.3 3.3.1 Gemäss <ref-law> wird, auf Antrag, mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer fahrlässig einen Menschen am Körper oder an der Gesundheit schädigt (Abs. 1). Ist die Schädigung schwer, so wird der Täter von Amtes wegen verfolgt (Abs. 2). Fahrlässig begeht der Täter ein Verbrechen oder Vergehen, wenn er die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedacht oder darauf nicht Rücksicht genommen hat. Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist (<ref-law>). Ein Fahrlässigkeitsdelikt kann auch durch pflichtwidriges Untätigbleiben begangen werden. Pflichtwidrig untätig bleibt, wer die Gefährdung oder Verletzung eines strafrechtlich geschützten Rechtsguts nicht verhindert, obwohl er dazu aufgrund einer Garantenstellung insbesondere kraft Gesetz oder Vertrag verpflichtet ist (vgl. <ref-law>).
3.3.2 Wo besondere Normen ein bestimmtes Verhalten gebieten, bestimmt sich das Mass der zu beachtenden Sorgfalt in erster Linie nach diesen Vorschriften. Vorliegend ist insbesondere die Verordnung über die Sicherheit und den Gesundheitsschutz der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer bei Bauarbeiten (BauAV; SR 832.311.141) heranzuziehen. Ferner findet die Verordnung über die Verhütung von Unfällen und Berufskrankheiten (VUV; SR 832.30), auf welche Art. 1 Abs. 2 BauAV verweist, Anwendung.
3.3.3 Nach Art. 15 Abs. 1 BauAV ist bei Gerüsten bei ungeschützten Stellen mit einer Absturzhöhe von mehr als zwei Metern als Absturzsicherung ein Seitenschutz zu verwenden, wobei dieser Seitenschutz gemäss Art. 16 Abs. 1 BauAV aus Geländerholm, Zwischenholm und Bordbrett zu bestehen hat. Art. 46 Abs. 2 BauAV bestimmt, dass der Abstand des Gerüstbelags von der Fassade in keiner Bauphase 30 Zentimeter übersteigen darf, ansonsten Massnahmen zur Absturzsicherung zu treffen sind.
Die Vorinstanz hat vorliegend willkürfrei festgestellt, dass kein Absturzschutz auf der Fassadenseite bestand, obwohl der Gerüstbelag des Rollgerüsts mehr als 30 Zentimeter von der Fassade entfernt war. Art. 46 Abs. 2 BauAV wurde folglich missachtet, und die mangelhafte Sicherung des Rollgerüsts war - wie die Vorinstanz zutreffend ausführt - kausal für den Unfall des Beschwerdeführers und dessen schwere Verletzungen.
3.3.4 Gemäss Art. 4 Abs. 1 BauAV muss der Arbeitgeber auf jeder Baustelle eine Person bezeichnen, die für die Arbeitssicherheit und den Gesundheitsschutz zuständig ist; diese Person kann den Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmern diesbezügliche Weisungen erteilen.
Nach <ref-law> hat der Arbeitgeber zur Wahrung der Arbeitssicherheit alle Anordnungen und Schutzmassnahmen zu treffen, die den Vorschriften dieser Verordnung sowie den anerkannten sicherheitstechnischen und arbeitsmedizinischen Regeln entsprechen. Er muss gemäss <ref-law> dafür sorgen, dass alle Mitarbeitenden des Betriebs über die bei ihren Tätigkeiten auftretenden Gefahren informiert sind und über die Massnahmen zu deren Verhütung angeleitet werden. Diese Informationen und Anleitungen haben im Zeitpunkt des Stellenantritts sowie bei jeder wesentlichen Änderung der Arbeitsbedingungen zu erfolgen und sind nötigenfalls zu wiederholen.
Die Vorinstanz hat willkürfrei festgehalten, der Beschwerdegegner habe vor dem Zeitpunkt des Unfalls noch nie auf einem Rollgerüst gearbeitet und sei vom Beschwerdeführer als dem für die Arbeitssicherheit zuständigen Mitinhaber der A._AG nicht auf die massgeblichen Sicherheitsbestimmungen bei Rollgerüsten hingewiesen worden. Vor diesem Hintergrund ist die im angefochtenen Urteil gezogene Schlussfolgerung, der Beschwerdeführer sei den ihm als Sicherheitsverantwortlichen im Sinne von Art. 4 Abs. 1 BauAV aus <ref-law> erwachsenen Instruktionspflichten nicht nachgekommen, nicht zu beanstanden. Bei dieser Sachlage geht des Weiteren auch der Einwand des Beschwerdeführers fehl, den Beschwerdegegner treffe ein den Kausalzusammenhang unterbrechendes Selbstverschulden.
Der Schuldspruch wegen fahrlässiger schwerer Körperverletzung verletzt folglich kein Bundesrecht.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Strafzumessung und bringt vor, die ausgefällte Geldstrafe von 10 Tagessätzen sei verglichen mit ähnlich gelagerten Fällen zu hoch (Beschwerde S. 17).
4.2 Diese Rüge ist nicht stichhaltig. Aus dem Umstand, dass in vergleichbaren Fällen möglicherweise tiefere Strafen verhängt worden sind, vermag der Beschwerdeführer nichts zu seinen Gunsten abzuleiten, denn mit der bedingt ausgesprochenen Geldstrafe von zehn Tagessätzen, welche sich am unteren Rand des Strafrahmens von <ref-law> (vgl. E. 3.3.1 hiervor) bewegt, hat die Vorinstanz das ihr bei der Strafzumessung zustehende Ermessen nicht verletzt.
5. 5.1 Im Zivilpunkt macht der Beschwerdeführer geltend, das erhebliche Selbstverschulden des Verunfallten müsse sich zwingend in einer wesentlichen Korrektur der Haftungsquote niederschlagen. Ohnehin sei es aber nur möglich und zulässig, eine Haftungsquote festzulegen, wenn kein Anteil eines Dritten, der am Verfahren nicht teilnehme, beachtet werden müsse. Vorliegend seien nun jedoch gerade solche Dritte vorhanden. Der Beschwerdegegner habe beim Bezirksgericht Arlesheim einen Haftungsprozess gegen die A._AG angestrengt, welche daraufhin dem Gerüstlieferanten und dem Architekturbüro den Streit verkündet habe. Diese hätten sich als Streitberufene an die Seite der A._AG begeben. Da somit am Strafverfahren nicht beteiligte Dritte als Haftpflichtige in Frage kämen, müsse selbst im Falle eines Schuldspruchs gegen ihn die ganze Forderung des Beschwerdegegners ohne Bestimmung einer Haftungsquote auf den Zivilweg verwiesen werden (Beschwerde S. 17 - 18).
5.2 Die Vorinstanz hat ausgeführt, der Beschwerdeführer habe dem Beschwerdegegner widerrechtlich im Sinne von <ref-law> einen Schaden zugefügt. Die Höhe des geschuldeten Schadenersatzes zu bestimmen, sei mangels Substantiierung nicht möglich. Indessen sei eine Haftungsquote festzulegen. Vorliegend erscheine angesichts des bloss geringen Verschuldens des Beschwerdeführers gestützt auf <ref-law> eine Reduktion der Haftung um 20% angemessen. Eine Haftungsreduktion wegen Selbstverschuldens des Opfers im Sinne von <ref-law> falle demgegenüber nicht in Betracht, da der Beschwerdegegner nicht genügend über die bei Rollgerüsten notwendigen Sicherheitsmassnahmen informiert gewesen sei. Eine allfällige zusätzliche Haftung Dritter führe nach <ref-law> zunächst zur Solidarhaftung und sei für den Beschwerdeführer daher erst beim Regress relevant; eine (weitere) Haftungsreduktion nach Art. 43 habe sie nicht zur Folge (angefochtenes Urteil S. 16 - 18).
5.3 Sinn und Zweck des Opferhilfegesetzes ist es unter anderem, die Verfahren zu vereinfachen, mit denen Opfer von Straftaten ihre Ansprüche geltend machen können. Über die Forderungen des Opfers soll deshalb möglichst im Adhäsionsverfahren zum Strafverfahren befunden werden. Gemäss <ref-law> kann das Strafgericht die Zivilansprüche aber auch nur dem Grundsatz nach entscheiden und das Opfer im Übrigen auf den Zivilweg verweisen, falls die Beurteilung der Zivilansprüche einen unverhältnismässigen Aufwand erfordern würde. Das Strafgericht wird lediglich von der Berechnung der Höhe des Schadens, nicht aber von dessen Bemessung entbunden. Zu den Grundsatzfragen, die das Strafgericht in jedem Fall zu entscheiden hat, gehört die Verantwortlichkeit der beschuldigten Person gegenüber dem Opfer. Darunter fällt auch die Haftungsquote, zumindest soweit kein Anteil eines Dritten zu beachten ist, der am Verfahren nicht teilnimmt (<ref-ruling> E. 2b/ aa; Urteil des Bundesgerichts 6P.55/2001 vom 26. Juni 2001 E. 6a; vgl. auch Sabine Steiger-Sackmann, in: Peter Gomm/Dominik Zehntner [Hrsg.], Opferhilfegesetz, Bern 2005, <ref-law> N. 30 ff.). Von der Festsetzung der Haftungsquote wird das Strafgericht mithin einzig in Fällen entbunden, in denen das Verschulden einer dritten, nicht am Strafverfahren teilnehmenden Person ausnahmsweise zu einer Reduktion der Haftpflicht der beschuldigten Person führt (Eva Weishaupt, Die verfahrensrechtlichen Bestimmungen des Opferhilfegesetzes, Diss. Zürich 1998, S. 250 f.). Bei einer allfälligen zusätzlichen Haftung weiterer Personen besteht Solidarhaftung im Aussenverhältnis (vgl. Art. 50 und 51 OR), sofern das Drittverschulden nicht den Kausalzusammenhang unterbricht. Die solidarische Mithaftung des Dritten schliesst eine Herabsetzung der Haftpflicht des anderen Verursachers wegen des Drittverschuldens aus. Die Verteilung des Schadenersatzes ist aufs Innenverhältnis, d.h. auf den Regressweg verschoben (Karl Oftinger/Emil W. Stark, Schweizerisches Haftpflichtrecht I, 5. Aufl. 1995, § 7 N. 40 ff.).
5.4 Aus diesen Ausführungen folgt, dass die Vorinstanz zutreffend die Haftungsquote des Beschwerdeführers festgelegt hat, denn ein den Kausalzusammenhang unterbrechendes Drittverschuldens fällt vorliegend nicht in Betracht. Des Weiteren hat sie zu Recht ein Selbstverschulden des Beschwerdegegners verneint, da dieser - wie im angefochtenen Urteil willkürfrei festgestellt worden ist - erstmals auf einem Rollgerüst tätig und nicht über die massgeblichen Sicherheitsbestimmungen informiert war. Nicht zu beanstanden ist schliesslich die Reduktion der Haftung des Beschwerdeführers infolge leichten Verschuldens um 20%, so dass die Vorinstanz im Ergebnis mit der Festsetzung der Haftungsquote auf 80% kein Bundesrecht verletzt hat.
6. Aus diesen Gründen ist die Beschwerde vollumfänglich abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Dieser hat dem Beschwerdegegner eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Juni 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Stohner