Sachverhalt:
A. Der 1956 geborene K._ arbeitete seit 1978 als Maler beim Malergeschäft H._, und war damit bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 2. Juni 2003 von einer Leiter stürzte und sich dabei Verletzungen an der rechten Schulter zuzog. Es folgten diverse medizinische Abklärungen und Behandlungen. Mit Verfügung vom 2. Mai 2008 sprach die SUVA dem Versicherten für die verbliebene unfallbedingte Beeinträchtigung an der rechten Schulter ab 1. Juni 2008 eine Invalidenrente aufgrund eines Invaliditätsgrades von 28 % und eines versicherten Verdienstes von Fr. 75'956.- sowie eine Integritätsentschädigung von 15 % zu. Auf Einsprache des Versicherten hin erhöhte sie den Invaliditätsgrad auf 38 % und den versicherten Jahresverdienst auf Fr. 77'112.- (Einspracheentscheid vom 14. April 2009).
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 16. März 2011 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei ihm eine Invalidenrente gestützt auf einen Erwerbsunfähigkeitsgrad von 46,1 %, eventuell von 42,7 %, zuzusprechen.
Während das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung verzichtet, schliesst die SUVA auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.

Erwägungen:
1. Das Urteil des Sozialversicherungsgerichts vom 16. März 2011 wurde dem Beschwerdeführer gemäss Empfangsbescheinigung der Post am 28. März 2011 ausgehändigt, womit entgegen der Beschwerdegegnerin die Rechtsmittelfrist mit Eingabe vom 10. Mai 2011 gewahrt ist. Auf die Beschwerde ist somit einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389 mit Hinweisen).
2.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3. Das kantonale Gericht hat die massgebenden Bestimmungen und Grundsätze zum Begriff der Invalidität (<ref-law>), zum Anspruch auf eine Invalidenrente der Unfallversicherung (<ref-law>) und zur Bemessung der Invalidität bei Erwerbstätigen nach der allgemeinen Methode des Einkommensvergleichs (<ref-law>), namentlich bei Verwendung der Tabellenlöhne gemäss den vom Bundesamt für Statistik periodisch herausgegebenen Lohnstrukturerhebungen (LSE) oder der DAP-Zahlen (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 475) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
4. Streitig ist die Höhe der Invalidenrente, welche die SUVA dem Versicherten ab 1. Juni 2008 auszurichten hat. Der Beschwerdeführer beanstandet hierbei lediglich die Höhe des von der Vorinstanz auf Fr. 55'430.- bemessenen Invalideneinkommens, demgegenüber sind die Höhe des versicherten Verdienstes (Fr. 77'112.-) und des Valideneinkommens (Fr. 88'986.-) nicht streitig. Nicht beanstandet werden sodann die vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit, wonach der Beschwerdeführer seine angestammte Tätigkeit als angelernter Maler nur noch mit einer Leistungseinbusse von ca. 50 % ausüben kann, ihm eine behinderungsangepasste leichte bis mittelschwere Tätigkeit, ohne Arbeiten über Schulterhöhe oder kniend ohne längerdauerndes Verharren in vorgeneigter Position, ohne wiederholte Kniebeugen und ohne feinmotorische Tätigkeiten, jedoch ganztags und vollschichtig zumutbar ist.
5. 5.1 Zur Bemessung des Invalideneinkommens stellte die Vorinstanz auf die Zahlen der LSE 2008 ab. Dabei ging sie vom nicht nach Branchen differenzierten standardisierten monatlichen Bruttolohn (inkl. 13. Monatslohn, basierend auf einer wöchentlichen Arbeitszeit von 40 Stunden) für männliche Arbeitskräfte an Arbeitsplätzen des niedrigsten Anforderungsniveaus (Kategorie 4) von Fr. 4'935.- aus (Tabelle TA1 der LSE 2008). Aufgerechnet auf die durchschnittliche betriebsübliche Arbeitszeit von 41,6 Stunden pro Woche im Jahre 2008 (Die Volkswirtschaft 12/2010 S. 90 Tabelle B 9.2) ergab dies ein Bruttoeinkommen von Fr. 61'589.-. Hievon nahm sie einen leidensbedingten Abzug von 10 % vor und errechnete ein Invalideneinkommen von Fr. 55'430.-.
Der Beschwerdeführer beanstandet zum einen die Berechnung des Bruttoeinkommens, zum andern verlangt er einen Abzug von nicht bloss 10 % sondern 20 %, mindestens aber 15 %, da er auch bei den Hilfsarbeiten (repetitive Armbewegungen oder feinmotorisches Arbeiten) erheblich eingeschränkt sei und zu berücksichtigen sei, dass er angesichts seines Altes und seiner gesundheitlichen Einschränkungen in Konkurrenz mit jüngeren gesunden Stellenbewerbern im Nachteil sei und weitergehende Lohneinbussen gewärtigen müsse.
5.2 Wie der Beschwerdeführer zu Recht einwendet, hat die Vorinstanz ihrer Berechnung nicht den Totalwert der Tabelle TA1, sondern der Tabelle T1 zu Grunde gelegt und ist daher fälschlicherweise von einem Medianlohn von Fr. 4'935.- statt Fr. 4'806.- ausgegangen. Dies ist wohl auf ein Versehen zurückzuführen, so besteht mit dem Beschwerdeführer kein Grund von der gemäss Rechtsprechung üblichen Verwendung der standardisierten Bruttolöhne (Tabellengruppe A) abzurücken (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 476 mit Hinweisen). Zudem verweist die Vorinstanz in den rechtlichen Erwägungen selbst auf die praxisgemässe Anwendbarkeit der Tabellengruppe A. Mit dem Beschwerdeführer resultiert somit unter Berücksichtigung des richtigen Tabellenwertes (LSE 2008/TA1/TOTAL/Anforderungsniveau 4/Männer) unter Anpassung an eine durchschnittliche wöchentliche Arbeitszeit von 41,6 Stunden ein massgebender Lohn von Fr. 59'979.- (Fr. 4'806.- x 12 x 41,6 : 40).
5.3 Nachdem die Invalidenrente unbestrittenermassen ab dem 1. Juni 2008 geschuldet ist, ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz ihrer Berechnung die LSE 2008 zu Grunde legte, auch wenn diese Zahlen, wie die Beschwerdegegnerin beanstandet, im Zeitpunkt des Einspracheentscheids noch nicht verfügbar waren (vgl. Urteil 8C_539/2010 vom 21. September 2010 E. 5.2 mit Hinweisen). Dies gilt umso mehr, als die Berechnung im Einspracheentscheid ausgehend von der LSE 2006 mit Anpassung an die Lohnentwicklung zufolge Fehler nicht ohne weiteres hätte geschützt werden können, so betrug die betriebsübliche wöchentliche Arbeitszeit im Jahre 2008 41,6 Stunden und nicht 41,7 Stunden (vgl. Tabelle B 9.2 in die Volkswirtschaft 12/2010, S. 90). Zudem wurde eine Nominallohnsteigerung für das Jahr 2008 von 1,9 % anstatt 2 % (vgl. Tabelle B 10.2) berücksichtigt.
6. Zu prüfen bleibt die Frage, ob der Abzug vom Tabellenlohn von 10 % bundesrechtkonform ist.
6.1 Wird das Invalideneinkommen auf der Grundlage von statistischen Durchschnittswerten ermittelt, ist der entsprechende Ausgangswert (Tabellenlohn) allenfalls zu kürzen. Damit soll der Tatsache Rechnung getragen werden, dass persönliche und berufliche Merkmale, wie Art und Ausmass der Behinderung, Lebensalter, Dienstjahre, Nationalität oder Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad (vgl. LSE 94 S. 51) Auswirkungen auf die Lohnhöhe haben können (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 323) und je nach Ausprägung die versicherte Person deswegen die verbliebene Arbeitsfähigkeit auch auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt nur mit unterdurchschnittlichem erwerblichem Erfolg verwerten kann (<ref-ruling> E. 5b/aa in fine S. 80). Der Abzug soll aber nicht automatisch erfolgen. Er ist unter Würdigung der Umstände im Einzelfall nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen und darf 25 % nicht übersteigen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 327 f.; <ref-ruling> E. 5b/bb-cc S. 80; Urteil 9C_368/2009 vom 17. Juli 2009 E. 2.1).
6.2 Ob ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Abzug vom Tabellenlohn vorzunehmen ist, stellt eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage dar (Urteil 8C_652/2008 vom 8. Mai 2009 E. 4 in fine, nicht publiziert in: <ref-ruling>). Die Frage nach der Höhe des (im konkreten Fall grundsätzlich angezeigten) Abzuges vom Tabellenlohn dagegen ist eine Ermessensfrage. Deren Beantwortung ist letztinstanzlicher Korrektur nur mehr dort zugänglich, wo das kantonale Gericht das Ermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, also bei Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung (vgl. zu diesen Rechtsbegriffen: <ref-ruling> E. 3.3 S. 399).
6.3 Die Vorinstanz bestätigte den von der Verwaltung getätigten Abzug von 10 % mit der Begründung, dass dem Versicherten aufgrund der gesundheitlichen Beeinträchtigung nur ein beschränktes Tätigkeitsspektrum offen steht. Einen höheren Abzug verneinte sie, da ihm eine behinderungsangepasste Tätigkeit mit einem vollschichtigen Pensum zumutbar sei und sich die Faktoren Alter und die Dauer der Betriebszugehörigkeit auf die Entlöhnung von Tätigkeiten des niedrigsten Anforderungsniveaus nur unmerklich auswirken würden. Zudem bestünden auch keine andern abzugsbegründenden Merkmale, wie unsicherer Aufenthaltsstatus oder nicht ausreichende Kenntnis der Landessprache, nachdem der Versicherte im Jahre 2000 eingebürgert worden sei.
6.3 Die Vorinstanz bestätigte den von der Verwaltung getätigten Abzug von 10 % mit der Begründung, dass dem Versicherten aufgrund der gesundheitlichen Beeinträchtigung nur ein beschränktes Tätigkeitsspektrum offen steht. Einen höheren Abzug verneinte sie, da ihm eine behinderungsangepasste Tätigkeit mit einem vollschichtigen Pensum zumutbar sei und sich die Faktoren Alter und die Dauer der Betriebszugehörigkeit auf die Entlöhnung von Tätigkeiten des niedrigsten Anforderungsniveaus nur unmerklich auswirken würden. Zudem bestünden auch keine andern abzugsbegründenden Merkmale, wie unsicherer Aufenthaltsstatus oder nicht ausreichende Kenntnis der Landessprache, nachdem der Versicherte im Jahre 2000 eingebürgert worden sei.
6.4 6.4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, es sei gerichtsnotorisch, dass Arbeitgeber gesunde Personen bei der Vergabe von freien Stellen gegenüber gesundheitlich eingeschränkten bevorzugen. Aus gesundheitlichen Gründen eingeschränkte leistungsfähige Personen hätten im Vergleich zu Gesunden Mühe, eine Stelle zu finden, und seien daher gezwungen, schlechter (unterdurchschnittlich) bezahlte Stellen anzunehmen. Die Annahme, dass diese Personen im Normalfall ein Einkommen im Bereich des Medianlohnes erzielten, könne deshalb nicht realitätsgerecht sein. Auch bei einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt sei dies nicht der Fall. Es sei viel wahrscheinlicher, dass dem Beschwerdeführer - falls überhaupt - eine Stelle im unteren Quartilbereich als im Bereich des Medianlohnes angeboten würde.
6.4.2 Gemäss langjähriger Rechtsprechung des Bundesgerichts wird bei der Ermittlung des Invalideneinkommens mittels der Tabellen der LSE vom Medianwert ausgegangen (<ref-ruling> V Erw. 3b/aa). Allfälligen Erschwernissen, wie dem Umstand, dass gesundheitlich beeinträchtigte Personen, die selbst bei leichten Hilfsarbeitertätigkeiten behindert sind, im Vergleich zu voll leistungsfähigen und entsprechend einsetzbaren Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmern lohnmässig benachteiligt sind und deshalb in der Regel mit unterdurchschnittlichen Lohnansätzen rechnen müssen, wird durch einen Abzug von bis zu 25 % vom Medianwert des herangezogenen Tabellenlohnes und nicht durch das Abstellen auf den unteren Quartilbereich Rechnung getragen (I 237/01 vom 7. Mai 2003 E. 6.2.1 mit Hinweis u.a. auf I 170/00 vom 5. September 2000 E. 2c). Aufgrund der Ausführungen des Beschwerdeführers besteht kein Grund an dieser Praxis etwas zu ändern (vgl. zu den Voraussetzungen für eine Praxisänderung <ref-ruling> E. 3 S. 82, <ref-ruling> E. 3.3 S. 76), zumal nicht einzusehen ist, weshalb gerade der untere Quartilwert die monierten Minderchancen abbilden soll. Zudem bestünde die Möglichkeit, das Invalideneinkommens anhand konkreter Arbeitsplätze (DAP)-Zahlen zu bestimmen (<ref-ruling>), was allerdings nicht geltend gemacht wird.
6.5 Was sodann den erneut gerügten altersbedingten Abzug betrifft, ist der Vorinstanz beizupflichten, dass das Alter des Versicherten (geboren 1956) kaum ins Gewicht fällt, weil Hilfsarbeiten auf dem massgebenden hypothetischen ausgeglichenen Arbeitsmarkt (<ref-law>) grundsätzlich altersunabhängig nachgefragt werden und sich das Alter bei Männer-Hilfsarbeitertätigkeiten im hier relevanten Anforderungsniveau 4 auch im Alterssegment von 50 bis 63/65 noch lohnerhöhend auswirkt (vgl. Urteil 8C_249/2010 vom 1. Juni 2010 E. 7.3.2 mit Hinweisen). Dass das Alter die Stellensuche faktisch negativ beeinflussen kann, wie geltend gemacht wird, muss als invaliditätsfremder Faktor unberücksichtigt bleiben (Urteile 9C_130/2010 vom 14. April 2010 E. 3.3.3 mit Hinweisen).
6.6 Weiter kommt dem Aspekt der Dienstjahre mit der Vorinstanz ebenfalls keine entscheidende Bedeutung zu. Die Bedeutung der Dienstjahre im privaten Sektor nimmt ab, je niedriger das Anforderungsprofil ist (<ref-ruling> E. 5a/cc S. 79; Urteile 8C_373/2008 vom 28. August 2008 E. 5.2.2.2, U 11/07 vom 27. Februar 2008 E. 8.4, und 8C_223/2007 vom 2. November 2007 E. 6.2.2 je mit Hinweisen). Entgegen den Vorbringen des Beschwerdeführers lässt sich aus der Tabelle T15 LSE 2008 nicht ohne weiteres herleiten, dass die Betriebszugehörigkeit auch bei unqualifizierter Arbeit einen lohnerhöhenden Einfluss hat. Zum einen erfasst diese Tabelle nicht den relevanten privaten Sektor, sondern den privaten und öffentlichen Sektor (Bund, Kanton, Bezirke; Gemeinden und Körperschaften) zusammen, zum andern differenziert sie nicht nach Anforderungsniveau.
7. Die These des Beschwerdeführers, dass ein Arbeitnehmer in seinem Alter mit - in der LSE nicht erfassten - gesundheitlichen Einschränkungen, der die Stelle wechseln muss und deshalb am neuen Arbeitsplatz keine Dienstjahre aufweist, einen geringeren Verdienst erzielen kann als ein jüngerer Arbeitnehmer oder ein Arbeitnehmer, der nach Eintritt des Gesundheitsschadens beim gleichen Arbeitgeber verbleiben kann, entbehrt nicht von vornherein einer gewissen Plausibilität. Indessen fehlt es für eine genauere Erfassung an statistischen Grundlagen. Soweit das kantonale Gericht unter Berücksichtigung der unfallbedingten Einschränkungen in einem Vollzeitpensum einen leidensbedingten Abzug vom Tabellenlohn von insgesamt 10 % und nicht mindestens 15 %, wie geltend gemacht wird, vorgenommen hat, liegt unter diesen Umständen weder ein Ermessensmissbrauch noch eine Ermessensüber- oder -unterschreitung vor. Bei einem 10%igen Abzug ergibt sich ein Invalideneinkommen von Fr. 53'981.-. Verglichen mit dem Valideneinkommen von Fr. 88'986.- resultiert eine Erwerbsunfähigkeit von gerundet 39 % (zum Runden <ref-ruling>). Es besteht demgemäss ein Anspruch auf eine minimal höhere Rente von 39 %.
8. Die Gerichtskosten werden den Parteien entsprechend dem Verfahrensausgang auferlegt (<ref-law>). Die Beschwerdegegnerin hat dem Beschwerdeführer überdies eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In teilweiser Gutheissung der Beschwerde werden der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 16. März 2011 und der Einspracheentscheid der SUVA vom 14. April 2009 insoweit abgeändert, als der Beschwerdeführer Anspruch auf eine Invalidenrente von 39 % hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer Fr. 500.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 250.- auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. Juli 2011
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Leuzinger Weber Peter