Sachverhalt:
A.
X._, sein Freund A._, dessen damalige Lebenspartnerin B.D._ und ihr Sohn C.D._ verbrachten öfters Zeit miteinander. Letzterer übernachtete von Februar bis anfangs Mai 2011 mehrmals bei X._. Nach der Anklage soll dieser bei zwei solchen Übernachtungen C.D._ aufgefordert haben, ihn überall zu "kratzen". In der Folge habe das Kind X._ an den Armen, Beinen, am Rücken, Bauch und zwischen den Beinen berührt, gestreichelt und "chräbelet". C.D._ habe das Glied von X._ in die Hand genommen und daran Auf- sowie Abwärtsbewegungen gemacht und es anweisungsgemäss in den Mund genommen. Als das Kind sein Glied im Mund gehabt habe, habe X._ dessen Kopf nach vorn und zurück bewegt.
B.
Das Obergericht des Kantons Bern verurteilte X._ am 21. November 2013 zweitinstanzlich wegen mehrfacher sexueller Handlungen mit Kindern zu einer bedingt vollziehbaren Freiheitsstrafe von 24 Monaten.
C.
X._ beantragt mit Beschwerde in Strafsachen sinngemäss, das Urteil des Obergerichts sei aufzuheben, er freizusprechen und die Sache zur neuen Entscheidung an dieses zurückzuweisen. Er ersucht um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze seinen Anspruch auf rechtliches Gehör, weil sie seinen Antrag auf Begutachtung von C.D._ abweise. Als die Vorwürfe gegen ihn erhoben worden seien, sei das Obhutsentzugsverfahren gegen die Kindsmutter hängig gewesen. Diese besonderen familiären Umstände und der mögliche Einfluss der Mutter auf das Kind hätten die Vorinstanz zur Einholung eines Gutachtens veranlassen müssen (Beschwerde S. 4-8).
1.2. Die Vorinstanz erwägt, es seien weder besondere Umstände geltend gemacht worden noch sei ersichtlich, dass eine Beweisergänzung durch ein Gutachten notwendig wäre. Insbesondere seien auch keine Hinweise erkennbar, die auf eine Beeinflussung des Opfers hindeuteten (Urteil S. 3 E. 2 mit Hinweis auf die vorinstanzliche Verfügung vom 9. November 2012, kantonale Akten S. 272-274).
1.3. Das Prüfen der Glaubhaftigkeit von Aussagen ist primär Sache der Gerichte (<ref-ruling> E. 4 S. 57). Nach der Rechtsprechung drängt sich der Beizug eines Sachverständigen für diese Prüfung nur bei besonderen Umständen auf. Dies ist etwa der Fall bei Anzeichen ernsthafter geistiger Störungen, welche die Aussageehrlichkeit des Zeugen beeinträchtigen könnten, oder wenn Anhaltspunkte für eine Beeinflussung durch Drittpersonen bestehen (<ref-ruling> E. 2.4 S. 184; Urteil 6B_667/2013 vom 20. Februar 2014 E. 2.4.5; je mit Hinweisen). Bei kindlichen Opferzeugen ist ein Gutachten etwa erforderlich, wenn Anzeichen für eine sprachliche oder kognitive Entwicklungsstörung bestehen, die es dem Gericht erschwert, eine fachgerechte Aussagenanalyse und Beweiswürdigung vorzunehmen. Analoges kann zutreffen, wenn die Opferbefragung nicht professionell erfolgt ist oder wenn bloss rudimentäre oder schwer verständliche Aussagen des Kindes vorliegen, die näherer Interpretation bedürfen (Urteil 6B_84/2011 vom 28. Juni 2011 E. 2.3.1 mit Hinweisen).
1.4. Die Vorinstanz musste kein Gutachten einholen. Sie erwägt, es sei nicht ersichtlich, inwiefern die familieninternen Probleme, die schliesslich zu einer Fremdplatzierung des Opfers geführt hätten, zu suggestiven Fragen der Kindsmutter hätten führen bzw. weshalb diese eine Falschbezichtigung durch ihren Sohn hätten provozieren sollen. Insbesondere nicht vor dem Hintergrund, dass sie ihn bereits mehrfach beim Beschwerdeführer habe übernachten lassen, und sie sowie ihr damaliger Lebenspartner froh gewesen seien um diese Option, damit sie in den Ausgang gehen oder miteinander ungestörte Momente verbringen konnten (Urteil S. 12 E. 6.2.1). Das Argument des Beschwerdeführers, aufgrund des bevorstehenden Obhutsentzugs habe das Opfer Angst gehabt, die Mutter käme es nicht mehr abholen, greife zu kurz. Vielmehr sei davon auszugehen, dass es vor dem Beschwerdeführer nicht den wahren Grund seiner Weigerung [bei diesem zu übernachten] habe nennen können. Der Beschwerdeführer habe ihm stets gesagt, dass er niemandem davon erzählen dürfe. Dass dem so gewesen sei, habe das Opfer an der Videobefragung bestätigt. Zudem passe es zu den Aussagen der Kindsmutter und ihres damaligen Lebenspartners, wonach sich das Kind erst zu den Vorwürfen geäussert habe, nachdem ihm versprochen worden sei, dem Beschwerdeführer nichts bzw. niemanden davon zu erzählen (Urteil S. 12 f. E. 6.2.1). Die Vorinstanz hält weiter fest, die Verknüpfung des Erzählten mit entsprechenden Gesten liessen die Aussagen des Opfers echt und erlebnisbasiert wirken. Sie seien zudem detailreich. Es sei ausgeschlossen, dass das zum Befragungszeitpunkt 9-jährige Opfer eine solche Geschichte alleine aufgrund allenfalls gesehener Sexszenen hätte erfinden oder eine "Eintrichterung durch die Mutter" so realistisch und mit zahlreichen Verknüpfungen hätte nacherzählen können (Urteil S. 19 E. 6.2.2 c1). Ferner seien die Angaben des Kindes konstant - aber nicht repetitiv - und mit Gefühlswahrnehmungen unterlegt. Das Aussageverhalten spreche klar gegen eine Falschbezichtigung (Urteil S. 19 f. E. 6.2.2 c1).
Die Vorinstanz verneint Anhaltspunkte für die Beeinflussung des Opfers durch die Mutter mit einer schlüssigen Begründung. Sie war in der Lage, die Aussagen des Kindes fachgerecht zu würdigen. Selbst wenn das Opfer eine Intelligenz im Grenzbereich unterster Norm und eine auditive Merkfähigkeitsschwäche aufweist (Beschwerde S. 7 f. und act. 3/1), erschwerte dies eine sachgemässe Aussagenanalyse und Beweiswürdigung durch die Vorinstanz nicht. Damit liegt auch keine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor (zum Recht des Betroffenen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden, und zur antizipierten Beweiswürdigung <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 3.2, 229 E. 5.3.; je mit Hinweisen).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Beweiswürdigung und eine Verletzung der Unschuldsvermutung. Die Vorinstanz würdige die Beweise einseitig und berücksichtige entlastende Aussagen oder Elemente nicht (Beschwerde S. 9-18).
2.2. Die Vorinstanz gelangt nach eingehender Beweiswürdigung zum Schluss (Urteil S. 7 ff.), die belastenden Aussagen des Opfers seien - namentlich unter Berücksichtigung der Entstehungsgeschichte seiner Vorwürfe und seines Aussageverhaltens - wesentlich überzeugender sowie gewichtiger als die Bestreitungen des Beschwerdeführers. Sie hält dafür, dass die vom Kind geschilderten zwei Vorfälle erlebnisbasiert sind und mithin so stattgefunden haben (Urteil S. 25 f. E. 6.2.3).
2.3. Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Offensichtlich unrichtig ist die Sachverhaltsfeststellung, wenn sie willkürlich ist (<ref-ruling> E. 10.1 S. 445 mit Hinweisen; zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339; <ref-ruling> E. 7.1; je mit Hinweisen). Inwiefern das Sachgericht den Grundsatz "in dubio pro reo" als Beweiswürdigungsregel verletzt hat, prüft das Bundesgericht ebenfalls unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-ruling> E. 7 S. 82 mit Hinweisen). Diese aus der Unschuldsvermutung abgeleitete Maxime wurde wiederholt dargelegt, worauf zu verweisen ist (<ref-ruling> E. 2a S. 41 mit Hinweisen).
Die Rüge der Verletzung von Grundrechten (einschliesslich der Willkür bei der Sachverhaltsfeststellung) muss in der Beschwerde anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und substanziiert begründet werden, anderenfalls darauf nicht eingetreten wird (<ref-law>; <ref-ruling> E. 3.2; <ref-ruling> E. 4.2.3 S. 5; <ref-ruling> E. 1.3.1; je mit Hinweisen).
2.4. Soweit der Beschwerdeführer einzig die erst- und vorinstanzlichen Erwägungen wiedergibt und diesen seine Sicht der Dinge gegenüberstellt, ohne auf die umfassende Beweiswürdigung der Vorinstanz einzugehen, erschöpfen sich seine Ausführungen in einer appellatorischen Kritik. Darauf ist nicht einzutreten. Dies ist etwa der Fall, wenn er behauptet in den einzelnen Aussagen des Opfers, der Kindsmutter und ihres damaligen Lebenspartners fänden sich erhebliche Widersprüche (Beschwerde S. 17), oder wenn er vorbringt, die Angaben des Opfers und der Kindsmutter seien wegen der angespannten familiären Situation als wenig glaubhaft einzuschätzen, was die Vorinstanz nicht in Betracht ziehe (Beschwerde S. 12).
Die Vorinstanz erwägt, dass beim Beschwerdeführer kein kinderpornografisches Material gefunden wurde und ihm keine pädophile Neigung nachgewiesen werden konnte, schliesse die sexuellen Handlungen mit dem Knaben nicht aus (Urteil S. 25 E. 6.2.2 lit. c). Dies ist nicht zu beanstanden und stellt keine einseitige Beweiswürdigung dar (Beschwerde S. 17).
Insgesamt sind die Ausführungen des Beschwerdeführers nicht geeignet aufzuzeigen, dass und inwiefern das vorinstanzliche Beweisergebnis schlechterdings nicht mehr vertretbar und die Unschuldsvermutung verletzt sein sollte.
3.
Zu den Anträgen auf Auferlegung der kantonalen Verfahrenskosten und Zusprechung einer Entschädigung äussert sich der Beschwerdeführer nicht (Beschwerde S. 2). Folglich kann sich das Bundesgericht nicht damit befassen.
4.
Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Der Beschwerdeführer hat die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist wegen Aussichtslosigkeit abzuweisen (<ref-law>). Seine finanzielle Situation ist bei der Festsetzung der Gerichtskosten zu berücksichtigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Opfer und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Oktober 2014
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Pasquini