Faits :
A. Par jugement du 22 mai 2006, la Cour d'assises du canton de Neuchâtel a condamné X._ à une peine de sept ans de réclusion, dont à déduire 284 jours de détention préventive, pour tentative de meurtre et violation de domicile, vols et violations de domicile, enlèvement, tentative de vol et violation de domicile. Elle a ordonné une mesure d'internement et suspendu l'exécution des peines prononcées au profit de cette mesure.
Par arrêt du 30 octobre 2006, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal a rejeté le pourvoi de X._.
B. Cette décision se fonde sur les faits suivants:
B.a Le 21 décembre 2001, vers 4 heures du matin, X._ a pénétré clandestinement dans la villa de Y._ à N._, allant directement dans la chambre où dormait Z._, âgée de 17 ans. Il s'était masqué le visage avec une cagoule et muni d'un couteau de poche doté d'une lame d'au moins 10 cm. Il est monté sur le lit et s'est assis sur le ventre de Z._; puis mettant ses mains autour de son cou, il le serra fortement, tentant ainsi de l'étrangler. La victime s'est débattue alors qu'il continuait à lui serrer le cou. Dégainant alors son couteau, il l'en a frappée, lui causant au moins trois blessures plus ou moins superficielles au menton, au front et devant l'oreille gauche, ainsi qu'une blessure au cou, profonde et longue de 8 cm, à proximité de l'artère carotide. Résistant à cette tentative d'égorgement, la victime a réussi à le repousser et à saisir le couteau, avant que X._ ne prenne finalement la fuite.
B.b Le 2 juin 2005, vers 4 heures du matin, X._ a pénétré dans la villa mitoyenne de la famille A.F._ à M._, fouillant les lieux sans succès pour y trouver de l'argent. Il s'était équipé d'un bonnet, d'un pull à col roulé relevé sur le bas du visage, d'une écharpe, d'un imperméable et de gants. Il se trouva alors face à l'enfant B.F._, âgée de 7 ans, que la lumière avait réveillée. Apeurée, la fillette s'enfuit en courant dans sa chambre, vers son lit. X._ alla vers elle, lui dit de venir avec lui et la menaça de faire du mal à ses parents et à sa petite soeur si elle ne s'exécutait pas. Ensuite, il la saisit, l'emmena vers l'extérieur en la portant dans ses bras, tout en la serrant fortement. Pour l'empêcher d'appeler au secours, il lui mit la main devant la bouche. A quelques mètres de la maison, il posa la fillette à terre car elle se débattait, la prit par la main et l'emmena de force avec lui malgré le refus de l'enfant. A un moment, B.F._ parvint à s'enfuir et à courir en direction de la maison. L'intéressé la rattrapa, la menaça à nouveau de faire du mal à ses parents et à sa soeur si elle ne venait pas avec lui. La tirant par le bras, il la contraignit à partir avec lui en direction de la forêt, parcourant ainsi quelques centaines de mètres. Alerté, C.F._ a pris sa voiture pour se lancer à la recherche de sa fille. Voyant arriver la voiture vers lui, X._ tira B.F._ par le bras, la fit tomber, la traîna sur quelques mètres tentant sans succès de la tirer dans un fossé. Il lâcha finalement la fillette et prit la fuite.
C. X._ dépose un recours de droit public et un pourvoi en nullité contre cet arrêt. Il conclut à l'annulation de la décision cantonale sous suite de frais et dépens. Il requiert en outre l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. L'arrêt attaqué a été rendu avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, de la loi fédérale du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110).
Or, conformément à l'<ref-law>, cette loi ne s'applique aux procédures de recours que si l'acte attaqué a été rendu après son entrée en vigueur. C'est donc sur la base de l'ancien droit de procédure, en l'espèce les art. 268 ss PPF concernant le pourvoi en nullité que doit être tranchée la présente cause.
En outre, le 1er janvier 2007 sont également entrées en vigueur les nouvelles dispositions de la partie générale du code pénal. Toutefois, celles-ci ne sont pas non plus applicables puisque le Tribunal fédéral saisi d'un pourvoi en nullité examine uniquement si l'autorité cantonale a correctement appliqué le droit fédéral (art. 269 al. 1 PPF), soit celui qui était en vigueur au moment où elle a statué (<ref-ruling> consid. 5.3 p. 51 s. et les arrêts cités).
I. Recours de droit public
2. 2.1 Le recours de droit public au Tribunal fédéral est ouvert contre une décision cantonale pour violation des droits constitutionnels des citoyens (art. 84 al. 1 let. a OJ). Il n'est en revanche pas ouvert pour se plaindre d'une violation du droit fédéral, qui peut donner lieu à un pourvoi en nullité (art. 269 al. 1 PPF); un tel grief ne peut donc pas être invoqué dans le cadre d'un recours de droit public, qui est subsidiaire (art. 84 al. 2 OJ; art. 269 al. 2 PPF).
2.2 En vertu de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, l'acte de recours doit, à peine d'irrecevabilité, contenir un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation.
Saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si la décision attaquée est en tous points conforme au droit ou à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours. Le recourant ne saurait se contenter de soulever de vagues griefs ou de renvoyer aux actes cantonaux (<ref-ruling> consid. 1.6 p. 189, 113 consid. 2.1 p. 120; <ref-ruling> consid. 1c p. 76). S'il dénonce une violation de l'art. 9 Cst., il ne peut se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit au contraire démontrer, par une argumentation précise, que la décision attaquée est insoutenable (<ref-ruling> consid. 7a p. 312).
3. Invoquant une violation de la présomption d'innocence, le recourant se plaint d'arbitraire dans la constatation des faits et l'appréciation des preuves.
3.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité.
Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif et en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.1).
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2a p. 41).
3.2 Le recourant reproche en substance aux autorités cantonales de n'avoir pas retenu les conclusions du rapport du médecin-légiste G._ à la suite de son examen pratiqué le jour de l'agression et d'avoir ainsi déduit à tort une volonté meurtrière. Or selon ce rapport, les moyens n'ont pas été utilisés pour donner la mort. Au surplus, l'expertise psychologique du 21 novembre 2005 qui relève une certaine propension de l'expertisé à rechercher l'excitation au travers d'expéditions nocturnes confirmerait cette appréciation.
3.3 Sur la base de l'anamnèse et de ses constatations, le médecin- légiste a conclu son rapport du 21 décembre 2001 en ces termes:
"...si l'on considère un acte hétéro agressif, il y a emploi de deux moyens pouvant mettre en danger la victime, l'étranglement à mains nues avec asphyxie possible ou arrêt cardiorespiratoire réflexe, et l'utilisation d'un objet tranchant ou piquant potentiellement dangereux s'il échappe au contrôle lors de la dispute. Dans ce cas, il semble avoir été plutôt utilisé pour marquer physiquement ou impressionner la victime, dans un esprit de vengeance, non pour la tuer."
Pour déduire l'intention du recourant, les juges cantonaux se sont toutefois référés à l'expertise G._ précitée qu'ils n'ont pas omis de prendre en considération. Mais, ils ont également pris en compte l'ensemble des preuves et indices recueillis. En particulier, ils ont déduit de l'étranglement pratiqué avec une certaine intensité à deux mains qu'il ne relevait pas simplement de l'intention de réduire la victime au silence ou à l'inconscience. Ils ont ajouté, tiré de ces éléments, que l'intention meurtrière découlait aussi bien de ce geste que de l'utilisation ensuite d'un couteau avec lequel le recourant a porté des coups, causant notamment à la victime une coupure franche du cou latéral gauche.
Ces déductions échappent au reproche d'arbitraire dès lors que la thèse du recourant se fonde sur une hypothèse émise par le médecin légiste. Or s'écartant de ce qui relevait de la simple possibilité, les juges n'ont pas fait une appréciation insoutenable des preuves dès lors qu'ils se sont fondés sur les faits du dossier, en particulier la manoeuvre d'étranglement suivie d'un coup de couteau porté à la gorge.
Il s'ensuit que le grief est infondé. Le recours de droit public ainsi rejeté était d'emblée dénué de chances de succès. L'assistance judiciaire ne peut être accordée (art. 152 al. 1 OJ) et le recourant qui succombe, supportera les frais (art. 156 al. 1 OJ), fixés en fonction de sa situation financière.
II. Pourvoi en nullité
4. Le pourvoi en nullité n'est recevable que pour violation du droit fédéral (art. 269 al. 1 PPF). Saisi d'un pourvoi, le Tribunal fédéral est lié par les constatations de fait de l'autorité cantonale (art. 277bis al. 1 2e phrase PPF). Il n'examine donc l'application du droit fédéral que sur la base d'un état de fait définitivement arrêté par l'autorité cantonale (cf. art. 273 al. 1 let. b et 277bis al. 1 PPF). Le raisonnement juridique doit être mené sur la base des faits retenus dans la décision attaquée. Il ne peut ni exposer une version des faits divergente de celle de l'autorité cantonale, ni apporter des éléments de fait supplémentaires non constatés dans la décision attaquée; il ne saurait en être tenu compte (<ref-ruling> consid. 1).
5. Le recourant se plaint d'une violation des art. 10, 11, 43 et 66 CP. Il prétend d'une part que sa responsabilité pénale était à tout le moins restreinte pour les événements qui se sont déroulés le 21 décembre 2001. D'autre part, il conteste que les conditions pour prononcer un internement aient été réunies.
5.1 Conformément à l'<ref-law>, "le juge pourra atténuer librement la peine (art. 66), si, par suite d'un trouble dans sa santé mentale ou dans sa conscience, ou par suite d'un développement mental incomplet, le délinquant, au moment d'agir, ne possédait pas pleinement la faculté d'apprécier le caractère illicite de son acte ou de se déterminer d'après cette appréciation". Comme le montre le texte de cette disposition, une seule des conditions suffit pour réduire la responsabilité du délinquant. L'état de l'auteur au moment d'agir, tel qu'il a été déterminé par l'autorité cantonale, est une constatation de fait, qui ne peut être remise en cause par la voie d'un pourvoi en nullité (art. 277bis al. 1 PPF; <ref-ruling> consid. 2c p. 51).
5.2 Pour statuer, les premiers juges, dont la cour cantonale a fait sien le raisonnement, se sont appuyés sur les conclusions de l'expert psychiatre relatives à l'absence d'état confusionnel chez le recourant vu le mode d'agir et le comportement, rien ne permettant au demeurant selon ce dernier de confirmer l'hypothèse d'un trouble de la conscience au moment des faits. Ecartant l'application de l'<ref-law>, ils ont retenu une diminution de la responsabilité pénale, relativement légère, diminution découlant de la consommation, le soir en question, d'un mélange de stupéfiants.
Soutenant que la responsabilité pénale devait être tenue pour normalement diminuée, le recourant conteste à cet égard l'appréciation des autorités cantonales aussi bien sur l'absence de troubles de la conscience au moment des faits que sur le défaut de prise en compte des conséquences de la consommation de substances psychotropes pouvant provoquer un comportement violent ou des hallucinations paranoïaques.
5.3 Dans la mesure où le recourant remet en cause les constatations de l'autorité cantonale au sujet de l'état de l'auteur au moment d'agir, ses critiques sont irrecevables dans le cadre d'un pourvoi en nullité. Par ailleurs, la considération que la responsabilité était restreinte n'apparaît pas critiquable et n'est au demeurant pas critiquée. Quant à l'évaluation de cette diminution, elle se fonde sur une appréciation plutôt favorable au recourant sur la base des faits de la cause, et notamment de l'avis de l'expert psychiatre.
Le grief s'avère ainsi infondé.
6. 6.1 Selon l'<ref-law>, lorsque l'état mental d'un délinquant ayant commis, en rapport avec cet état, un acte punissable de réclusion ou d'emprisonnement en vertu du présent code, exige un traitement médical ou des soins spéciaux, à l'effet d'éliminer ou d'atténuer le danger de voir le délinquant commettre d'autres actes punissables, le juge pourra ordonner le renvoi dans un hôpital ou un hospice. Il pourra ordonner un traitement ambulatoire si le délinquant n'est pas dangereux pour autrui.
L'<ref-law> prévoit que si, en raison de son état mental, le délinquant compromet gravement la sécurité publique et si cette mesure est nécessaire pour prévenir la mise en danger d'autrui, le juge ordonnera l'internement. Celui-ci sera exécuté dans un établissement approprié, qui ne doit pas forcément être dirigé par un médecin, mais qui peut aussi être un établissement pénitentiaire (<ref-ruling> consid. 5b/bb p. 121). Le juge rendra son jugement au vu d'une expertise sur l'état physique et mental du délinquant, ainsi que sur la nécessité d'un internement, d'un traitement ou de soins (<ref-law>).
6.2 L'internement au sens de cette disposition concerne, d'une part, les auteurs particulièrement dangereux qui ne sont accessibles à aucun traitement et, d'autre part, ceux qui nécessitent un traitement et sont aptes à être traités mais dont on peut craindre qu'ils ne commettent de graves infractions également pendant un traitement ambulatoire ou alors qu'ils sont soignés dans un hôpital ou un hospice au sens de l'<ref-law>. Il s'agit, dans cette seconde hypothèse, de délinquants qui, en dépit d'un traitement ou de soins, risquent sérieusement de commettre des infractions graves, surtout des infractions de violence, que ce soit dans l'établissement hospitalier ou en dehors de celui-ci. Les chances de guérison de cette catégorie de délinquants sont incertaines à moyen et à court terme, de sorte que de graves délits sont à craindre pendant le traitement (<ref-ruling> consid. 2a p. 4).
Pour déterminer si le délinquant compromet gravement la sécurité publique selon l'<ref-law>, il faut d'abord évaluer la dangerosité de son état mental. L'état mental du délinquant doit être si gravement atteint qu'il est fortement à craindre qu'il commette de nouvelles infractions. Lors de l'examen du risque de récidive, il convient de tenir compte de l'imminence et de la gravité du danger, mais aussi de la nature et de l'importance du bien juridique menacé. Lorsque des biens juridiques importants, tels que la vie ou l'intégrité corporelle, sont mis en péril, il faut se montrer moins exigeant quant à l'imminence et à la gravité du danger que lorsque des biens de moindre valeur, tels que la propriété ou le patrimoine, sont menacés. Il y a lieu de considérer qu'un délinquant compromet la sécurité publique même s'il représente un danger pour un cercle restreint de personnes (<ref-ruling> consid. 2a et 2c/ee p. 5 et 9). A cet égard, il convient de ne pas perdre de vue qu'il est par définition aléatoire et difficile d'évaluer le degré de dangerosité d'un individu. Lorsque, sur la base d'une expertise psychiatrique, le juge acquiert la conviction que le délinquant, même s'il est traité médicalement, pourra présenter un danger pour autrui dans le futur, il doit admettre que la dangerosité de celui-ci justifie son internement. S'agissant de la décision sur le pronostic, le principe "in dubio pro reo" n'est pas applicable (<ref-ruling> consid. 2a p. 4 s.).
Outre la dangerosité du délinquant pour la sécurité publique, l'<ref-law> exige que l'internement soit nécessaire pour prévenir la mise en danger d'autrui. L'internement est donc une mesure subsidiaire, en particulier par rapport à la mesure curative de l'<ref-law>. Il n'entrera en ligne de compte que si le placement dans un établissement offrant peu de mesure de sécurité, tel qu'un hôpital ou un hospice, ne présente pas de garantie suffisante pour empêcher le délinquant de commettre des infractions, surtout des délits impliquant le recours à la violence (<ref-ruling> consid. 4c p. 8; <ref-ruling> consid. 2b p. 301). Au vu de la gravité de l'atteinte à la liberté personnelle que constitue l'internement, cette mesure ne doit être ordonnée qu'à titre d'ultima ratio lorsque la dangerosité existante ne peut être écartée autrement (<ref-ruling> consid. 2a p. 4 s.).
6.3 Déterminer si le délinquant compromet la sécurité publique et si la mesure d'internement est nécessaire pour prévenir la mise en danger d'autrui est une question de droit, qui est de la seule compétence du juge (<ref-ruling> consid. 2a p. 5). Pour résoudre ces questions, le juge devra se fonder sur une expertise qui se prononce tant sur l'état physique et mental du délinquant que sur la nécessité d'un internement, d'un traitement ou de soins (art. 43 ch. 1 al. 3 et 13 al. 2 CP). Il ne peut s'écarter, sur ces questions de fait, des conclusions de l'expertise que, pour des motifs sérieux, notamment s'il existe une contradiction interne à l'expertise ou une contradiction entre les faits établis dans le cadre de la procédure et ceux retenus dans l'expertise (<ref-ruling> consid. 1c p. 145 ss; <ref-ruling> consid. 3a p. 130).
6.4 Les premiers juges ont retenu, en se fondant sur l'expertise du Dr H._, psychiatre, du 21 novembre 2005 que le recourant présentait un trouble de la personnalité psychopatique, ce qui correspond à un développement mental incomplet. Il n'est ainsi pas contestable ni contesté qu'il présente une anomalie mentale au sens de l'<ref-law> et que celle-ci est en relation de causalité avec les infractions qui lui sont reprochées.
En réalité, le recourant conteste que la condition de dangerosité requise par l'<ref-law> soit réalisée au sens où l'entend la jurisprudence.
6.5 Evaluant la dangerosité présentée par le recourant, l'expert psychiatre estime que la nature du danger représenté par l'expertisé pour la sécurité publique apparaît nettement plus liée à un acte de violence pouvant être de grande gravité, sur une personne de sexe féminin et en position de faiblesse. Le risque de survenue d'un tel acte de violence ne correspond pas à un besoin continu d'exercer la violence, mais résulte d'un sentiment de frustration, d'une colère ou d'une vengeance ressentie non pas directement envers la victime, mais, par déplacement, envers la société ou d'autres tiers qui auraient pu contrarier l'expertisé. Le danger qu'il représente pour la sécurité publique n'est donc pas constant, peut rester en veilleuse des mois ou des années et se réactiver de manière imprévisible à l'avenir au gré des circonstances. Le diagnostic de personnalité psychopathique est un facteur de risque pour la survenue de nouveaux actes de violence. Selon l'expert, la nécessité d'un traitement médical ne se justifie pas dès lors qu'il n'y a pas d'indication à un traitement efficace pour diminuer le danger qu'il pourrait représenter. Par ailleurs, l'accessibilité à un traitement psychothérapique contre les troubles de conduite paraît limitée.
Suivant les conclusions de l'expert, les juges cantonaux ont estimé que la mesure d'internement était nécessaire pour prévenir la mise en danger d'autrui. Ils ont considéré tout particulièrement le fait que le recourant avait porté atteinte à des biens juridiquement importants dès lors qu'en l'espace de trois ans et demi, l'auteur s'en était pris à la vie d'une jeune fille de 17 ans endormie dans son lit puis à la liberté d'une enfant de 7 ans enlevée en pleine nuit.
Au vu des réponses données par l'expert, les juges cantonaux pouvaient, sans enfreindre le droit fédéral, retenir la dangerosité présentée par le recourant en raison de sa psychopathie. Aussi, au vu de la réitération d'actes graves en un espace de temps si réduit, ils pouvaient légitimement fonder leur pronostic sur la compromission de la sécurité publique et la nécessité de cette mesure d'éviter la mise en danger d'autrui.
6.6 Dans ce sens c'est en vain que le recourant soutient d'une part que comme le cas de passage à l'acte réside dans la fainéantise du recourant, son oisiveté ne serait plus d'actualité une fois la peine purgée; d'autre part, à l'issue de l'exécution de la peine de prison prononcée à son encontre, des règles de conduite suffisantes pourraient lui être imposées.
Cette argumentation se heurte d'une part au fait retenu que la dangerosité et le passage à l'acte ne résultent pas seulement de la fainéantise du recourant dont elle n'est qu'un des éléments. Par ailleurs, de simples règles de conduite au sens de l'<ref-law>, ne sont pas propres à prévenir la mise en danger d'autrui. Au vu de la dangerosité présentée par ce recourant psychopathe, il est au contraire nécessaire que l'autorité soit à même de suivre l'évolution de l'intéressé, qu'elle puisse ordonner ou adapter cas échéant un traitement et ne libère le recourant que lorsqu'il ne présentera plus de danger pour autrui (<ref-law>).
7. Le pourvoi doit ainsi être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme il était d'emblée dénué de chances de succès, l'assistance judiciaire ne peut être accordée (art. 152 al. 1 OJ) et le recourant qui succombe supportera les frais (art. 278 al. 1 PPF), fixés en fonction de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de droit public est rejeté.
2. Le pourvoi en nullité est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Les requêtes d'assistance judiciaire sont rejetées.
4. Un émolument judiciaire de 1600 fr. est mis à la charge du recourant.
5. Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire du recourant, au Ministère public du canton de Neuchâtel et à la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois.
Lausanne, le 28 février 2007
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: