Sachverhalt:
A.
Die Anklage wirft X._ verschiedene Delikte zum Nachteil seiner Ehefrau und ihres Freundes B._ vor. Es handelt sich im Wesentlichen um Vergewaltigung, einfache Körperverletzung, Tätlichkeiten, Drohung und Nötigung.
B.
Das Regionalgericht Emmental-Oberargau verurteilte X._ am 21. Dezember 2012 u.a. wegen Vergewaltigung, einfacher Körperverletzung, Nötigung und Drohung zu einer Freiheitsstrafe von 30 Monaten. Den Vollzug der Strafe schob es zu Gunsten einer stationären therapeutischen Massnahme auf.
Auf Berufung von X._ stellte das Obergericht des Kantons Bern am 30. Mai 2013 die Rechtskraft des erstinstanzlichen Urteils fest, soweit es nicht angefochten worden war. Es sprach X._ erneut wegen Vergewaltigung schuldig. Die Freiheitsstrafe setzte es auf 21 Monate fest. Den Strafvollzug schob es zu Gunsten einer stationären therapeutischen Massnahme auf.
C.
Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern sei mit Ausnahme von Ziffer I des Dispositivs (Rechtskraftfeststellung) aufzuheben. Er sei vom Vorwurf der Vergewaltigung freizusprechen. Auf die Anordnung einer stationären therapeutischen Massnahme sei zu verzichten. Eventuell sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er sei unverzüglich aus der Haft zu entlassen. Die Verfahrenskosten seien dem Staat aufzuerlegen. Ihm sei für die Verteidigungskosten und die durch das Verfahren erlittenen Nachteile eine angemessene Entschädigung auszurichten. X._ ersucht zudem um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
D.
Das Obergericht des Kantons Bern und die Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern haben auf eine Stellungnahme zur Beschwerde, beschränkt auf den Massnahmenpunkt, verzichtet.

Erwägungen:
1.
1.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung seines Anspruchs auf rechtliches Gehör. Sein Rechtsvertreter habe der Vorinstanz die Plädoyernotizen nicht zu den Akten geben können. Nach <ref-law> seien nicht nur die Anträge, sondern auch deren Begründungen zu protokollieren. Zur Erleichterung der Protokollierung sei es angebracht, dass Rechtsvertreter zu Beginn des Vortrags ihre Plädoyernotizen einreichen könnten.
1.2. Die Rüge ist unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann. Zum einen legt der Beschwerdeführer nicht dar und ist auch nicht ersichtlich, gestützt auf welche Bestimmung der StPO oder der BV die Vorinstanz verpflichtet gewesen wäre, die Plädoyernotizen seines Rechtsvertreters zu den Akten zu nehmen. <ref-law> schreibt solches jedenfalls nicht vor. Daraus ergibt sich nur, dass die beschuldigte Person oder ihre Verteidigung nach Abschluss des Beweisverfahrens das Recht auf einen Parteivortrag hat. Dieses Recht nahm der Beschwerdeführer wahr. Sein Rechtsvertreter plädierte anlässlich der mündlichen Berufungsverhandlung und erhielt überdies Gelegenheit zur Replik. Dass die Vorinstanz die Anträge und Vorbringen des Rechtsvertreters nicht oder nur ungenügend protokollierte, macht der Beschwerdeführer vor Bundesgericht nicht geltend. Er bringt auch nicht vor, sie habe sich mit den entscheidwesentlichen Ausführungen des Rechtsvertreters in der schriftlichen Urteilsbegründung nicht oder nicht hinreichend befasst. Inwiefern seine Verteidigungsmöglichkeiten unter dem Aspekt des rechtlichen Gehörs eingeschränkt gewesen sein könnten, ist unter diesen Umständen nicht ersichtlich. Aus dem früheren bernischen Strafprozessrecht (vgl. Art. 305 aStrV) vermag er entgegen seiner Auffassung ebenfalls nichts für sich abzuleiten. Danach hatte der Parteivortrag mündlich zu erfolgen und war es daher grundsätzlich nicht gestattet, die schriftlichen Unterlagen der Plädoyers zu den Akten zu erkennen ( THOMAS MAURER, Das bernische Strafverfahren, 2. Aufl. 2003, S. 457).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" sowie Willkür bei der Beweiswürdigung. Er verlangt einen Freispruch vom Vorwurf der Vergewaltigung.
2.2. Die Sachverhaltsfeststellung kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich im Sinne von <ref-law> ist (<ref-ruling> E. 4.2 mit Hinweisen; zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 7.1; <ref-ruling> E. 4.2; je mit Hinweisen) oder wenn sie auf einer Verletzung von schweizerischem Recht im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Eine entsprechende Rüge muss klar vorgebracht und substanziiert begründet werden (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 1.3.1; je mit Hinweisen). Auf eine rein appellatorische Kritik tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen). Dem Grundsatz "in dubio pro reo" kommt in seiner Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor dem Bundesgericht keine über das Willkürverbot von <ref-law> hinausgehende Bedeutung zu (vgl. <ref-ruling> E. 7; <ref-ruling> E. 2a; je mit Hinweisen).
2.3. Die Vorinstanz hält den Anklagesachverhalt für erstellt. Sie stützt sich auf die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2. Diese wiesen zahlreiche Realitätskriterien auf und präsentierten sich insgesamt als stimmiges Ganzes. Nebensächliche Details und geschilderte Interaktionen sprächen für deren Glaubhaftigkeit. Eine Falschbezichtigung sei ebenso wenig ersichtlich wie Selbstinszenierungen oder manipulatives Verhalten (Entscheid, S. 17 ff.). Die Aussagen des Beschwerdeführers überzeugten hingegen nicht. Sie seien teilweise widersprüchlich oder massiv beschönigend und verschiedentlich schlicht unwahr. Es seien Lügen- und Dreistigkeitssignale auszumachen (Entscheid, S. 19 f.). Im Ergebnis seien die Schilderungen der Beschwerdegegnerin 2 weitaus glaubhafter als diejenigen des Beschwerdeführers. Ihre Aussagen wirkten echt und fügten sich insgesamt logisch und nachvollziehbar in das beweismässige Gesamtgefüge ein. Es könne ohne vernünftigen Zweifel davon ausgegangen werden, dass der geschilderte Vorfall erlebnisbasiert sei (Entscheid, S. 20).
2.4. Die vorinstanzliche Beweiswürdigung ist nicht willkürlich.
2.4.1. Soweit der Beschwerdeführer sich nicht mit den Erwägungen der Vorinstanz befasst und nur seine Sicht der Dinge darlegt, ist seine Kritik appellatorisch.
2.4.2. Die Vorinstanz würdigt die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 und ihr Aussageverhalten umfassend. Dass die Beschwerdegegnerin 2 von Anfang an stets gleichbleibende Aussagen machte, stellt sie nicht fest. Die Vorinstanz weist vielmehr explizit auf Ungereimtheiten und scheinbare Widersprüchlichkeiten in deren Schilderungen hin (Entscheid, S. 18). Die fraglichen Diskrepanzen löst sie mit sachlich vertretbaren Erklärungen schlüssig auf. Von Aktenwidrigkeiten oder Willkür kann keine Rede sein.
Soweit der Beschwerdeführer einwendet, die Beschwerdegegnerin 2 habe stets ausgesagt, er habe der Meinung sein können, sie sei mit dem Geschlechtsverkehr einverstanden, unterschlägt er, dass die Beschwerdegegnerin 2 am 27. August 2010 auf Nachfragen des Untersuchungsrichters und anlässlich ihrer Befragung an der Hauptverhandlung vor erster Instanz detailliert und klar zu Protokoll gab, sie habe sich, vermutlich am Abend des 10. April 2010, von ihm unter Zusammenpressen der Beine abgewendet und ihm wiederholt und bis zuletzt gesagt, er solle seine Hände wegnehmen und sie in Ruhe lassen, sie wolle keinen Sex. Dieses Ereignis sei anders gewesen als die andern Male. Es habe ihm klar sein müssen, dass sie keinen sexuellen Kontakt gewollt habe (Entscheid, S. 17 f.). Die Vorinstanz folgert vor diesem Hintergrund, der Geschlechtsverkehr sei gegen den ausdrücklich erklärten Willen der Beschwerdegegnerin 2 erfolgt. Inwiefern dieser Schluss unhaltbar sein könnte, ist weder dargetan noch ersichtlich.
Spekulativ ist das Vorbringen, die Beschwerdegegnerin 2 sei anlässlich ihrer Befragung vom 27. August 2010 unter Druck gestanden und habe Aussagen machen müssen, um "für das Strafverfahren einen genügend schweren Tatvorwurf zur Begründung des zuvor verweigerten Rechts zur unentgeltlichen Prozessführungen zu haben". Mit Mutmassungen lässt sich Willkür nicht begründen.
2.4.3. Die Vorinstanz unterzieht auch die Aussagen des Beschwerdeführers einer sorgfältigen Würdigung. Sie setzt sich ausführlich und nachvollziehbar mit seinen Einwänden auseinander (Entscheid, S. 19 f.). Entgegen seiner Behauptung ist nicht ersichtlich, dass sie seine sprachlichen Schwierigkeiten nicht anerkennt. Sie stellt sich lediglich auf den Standpunkt, es greife zu kurz, den Grund für die Widersprüche in seinen Aussagen (nur) auf Verständigungsprobleme zurückzuführen. Diese Folgerung untermauert die Vorinstanz mit dem Hinweis auf Antworten und Stellungnahmen, die der Beschwerdeführer anlässlich seiner Einvernahmen gab. Daraus gehe klar hervor, dass er die Fragen und Vorhalte regelmässig verstanden, also kognitiv erfasst, und in der Folge kohärent beantwortet habe (Entscheid, S. 20). Der Beschwerdeführer setzt sich mit der vorinstanzlichen Begründung nicht hinreichend auseinander und weist deren Unhaltbarkeit nicht nach.
2.4.4. Die willkürfreie Beweiswürdigung der Vorinstanz ergibt, dass die Aussagen der Beschwerdegegnerin 2 insgesamt glaubhafter sind als diejenigen des Beschwerdeführers. Die Vorinstanz legt eingehend und anhand von zahlreichen Umständen nachvollziehbar dar, weshalb sie zu diesem Schluss kommt. Der Beschwerdeführer wurde mithin verurteilt, weil die kantonalen Gerichte aufgrund der belastenden Beweismittel von seiner Schuld überzeugt waren, nicht allein deshalb, weil sie seinen Aussagen keinen Glauben schenkten. Der Grundsatz "in dubio pro reo" ist nicht verletzt.
3.
3.1. Der Beschwerdeführer rügt eine unrichtige Anwendung von <ref-law>. Es fehle am Einsatz von Nötigungsmitteln. Er habe weder Gewalt angewendet noch psychischen Druck ausgeübt. Angesichts der Mindeststrafe von einem Jahr müsse ein gewisses Mass an Gewalt verlangt und die Anwendung von <ref-law> auf schwerere Eingriffe beschränkt werden. Das zu beurteilende Geschehen überschreite das Mass an körperlicher Kraft nicht, welches zum Vollzug des Geschlechtsaktes notwendig sei. Die Beschwerdegegnerin 2 sei auch nicht ausser Stande gewesen, sich zu wehren. Sie sei ihm körperlich nicht unterlegen. Energischere Gegenwehr wäre ihr zumutbar gewesen. Sie hätte das Schlafzimmer verlassen können. Ihre Situation sei nicht auswegslos gewesen.
3.2. Wer eine Person weiblichen Geschlechts zur Duldung des Beischlafs nötigt, namentlich indem er sie bedroht, Gewalt anwendet, sie unter psychischen Druck setzt oder zum Widerstand unfähig macht, wird mit Freiheitsstrafe von einem bis zu zehn Jahren bestraft (<ref-law>).
3.3. Die Vergewaltigung gilt als Gewaltdelikt und ist damit prinzipiell als ein Akt physischer Aggression zu verstehen. Die Einwirkung auf das Opfer muss erheblich sein (<ref-ruling> E. 3.1). Gewalt im Sinne von <ref-law> ist gegeben, wenn der Täter ein grösseres Mass an körperlicher Kraft aufwendet, als zum blossen Vollzug des Akts notwendig ist. Es ist indes keine brutale Gewalt etwa in Form von Schlägen und Würgen erforderlich. Es genügt, wenn der Täter seine überlegene Kraft einsetzt, indem er die Frau festhält oder sich mit seinem Gewicht auf sie legt (Urteile 6B_267/2007 vom 3. Dezember 2007 E. 6.3; 6S.558/1996 vom 2. Dezember 1996 E. 3).
3.4. Der Beschwerdeführer geht von einem nicht zutreffenden Verständnis des Gewaltbegriffes im Sinne von <ref-law> aus. Der Tatbestand erfordert keine rohe Gewalt oder Brutalität. Das Opfer muss sich nicht auf einen Kampf einlassen oder Verletzungen in Kauf nehmen. Prinzipiell genügt sein Wille, den Geschlechtsverkehr nicht zu wollen (vgl. <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 7b; je mit Hinweis). Dieser Wille muss unzweideutig manifestiert werden. Die von der Rechtsprechung geforderte Gegenwehr des Opfers meint eine tatkräftige und manifeste Willensbezeugung, mit welcher dem Täter unmissverständlich klargemacht wird, den Geschlechtsverkehr nicht zu wollen. Davon ist hier auszugehen. Die Beschwerdegegnerin 2 gab dem Beschwerdeführer unzweideutig zu verstehen, keinen sexuellen Kontakt zu wollen. Sie wandte sich im Bett von ihm ab, presste die Beine zusammen und sagte, er solle seine Hände wegnehmen und sie in Ruhe lassen. Sie wolle keinen Geschlechtsverkehr. Der Beschwerdeführer setzte sich über ihren klar geäusserten Willen hinweg. Er drehte sie nach den willkürfreien Feststellungen der Vorinstanz auf den Rücken, drückte ihre zusammengepressten Beine gewaltsam auseinander und drang vaginal in sie ein (Entscheid, S. 21). Diese physische Einwirkung erfüllt das Tatbestandsmerkmal der Gewaltanwendung ohne weiteres. Offen bleiben kann deshalb, ob - wie die Vorinstanz weiter ausführt - aufgrund des seit Jahren herrschenden Klimas der häuslichen Gewalt zudem eine Zwangs- und Drucksituation bestand. Auf die Ausführungen des Beschwerdeführers, welcher das Tatbestandsmerkmal des psychischen Druckes bestreitet, braucht daher nicht eingegangen zu werden.
3.5. Aus der verbalen und physischen Gegenwehr der Beschwerdegegnerin 2 ergibt sich klar, dass sie mit einem sexuellen Kontakt nicht einverstanden war. Ihr Widerstand war für den Beschwerdeführer ohne weiteres erkennbar. Dennoch vollzog er den Geschlechtsverkehr. Die Vorinstanz nimmt zu Recht an, dass der Beschwerdeführer unter diesen Umständen mit Wissen und Willen, also mit direktem Vorsatz, handelte (Entscheid, S. 22 f.). Für einen Sachverhaltsirrtum bleibt damit kein Raum, selbst wenn mit dem Beschwerdeführer davon auszugehen wäre, dass die Beschwerdegegnerin 2 im Verlauf der Ehe "einmal mit Sex einverstanden gewesen war, dann wieder nicht". Daraus kann er nichts zu seinen Gunsten ableiten. Im Übrigen würde, was der Beschwerdeführer zu verkennen scheint, selbst eventualvorsätzliches Handeln genügen. Die von ihm genannte Tatsache vermöchte allenfalls zu belegen, dass er den Widerstand der Beschwerdegegnerin 2 nicht klar erkannte. Hingegen liesse sie kaum den Schluss zu, dass er nicht zumindest in Kauf nahm, den Geschlechtsverkehr gegen ihren Willen zu vollziehen (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 71 f.). Der Schuldspruch wegen Vergewaltigung verletzt kein Bundesrecht.
4.
4.1. Nach der Auffassung des Beschwerdeführers sind die Voraussetzungen einer stationären therapeutischen Massnahme gemäss <ref-law> nicht gegeben. Es fehle namentlich an einer schweren psychischen Störung, am Kausalzusammenhang zwischen Persönlichkeitsstörung und Straftaten sowie an der Verhältnismässigkeit der angeordneten stationären Massnahme.
4.2. Eine Massnahme ist anzuordnen, wenn eine Strafe allein nicht geeignet ist, der Gefahr weiterer Straftaten des Täters zu begegnen; ein Behandlungsbedürfnis des Täters besteht oder die öffentliche Sicherheit dies erfordert; und die Voraussetzungen der Artikel 59-61, 63 oder 64 erfüllt sind (<ref-law>). Der mit der Massnahmeanordnung verbundene Eingriff in die Persönlichkeitsrechte des Täters darf im Hinblick auf die Wahrscheinlichkeit und Schwere weiterer Straftaten nicht unverhältnismässig sein (<ref-law>).
Die Anordnung einer stationären Behandlung gemäss <ref-law> setzt eine schwere psychische Störung des Täters voraus. Erforderlich ist weiter, dass er ein Verbrechen oder Vergehen begangen hat, das mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang steht (lit. a), und dass zu erwarten ist, dadurch lasse sich der Gefahr weiterer mit seiner psychischen Störung in Zusammenhang stehender Taten begegnen (lit. b). Es muss eine hinreichende Wahrscheinlichkeit dafür bestehen, dass sich durch die Behandlung die Gefahr weiterer Straftaten deutlich verringern lässt (<ref-ruling>).
Das Gericht muss sich bei seinem Entscheid über die Anordnung einer stationären Massnahme zur Behandlung psychischer Störungen nach <ref-law> auf eine sachverständige Begutachtung stützen (<ref-law>). Es würdigt das Gutachten grundsätzlich frei. In Fachfragen darf es aber nicht ohne triftige Gründe von diesem abweichen und muss Abweichungen begründen. Das Abstellen auf ein nicht schlüssiges Gutachten kann <ref-law> verletzen, wenn gewichtige, zuverlässig begründete Tatsachen oder Indizien die Überzeugungskraft des Gutachtens ernstlich erschüttern (<ref-ruling> E. 3.2 S. 547 f.).
4.3. Die Vorinstanz stützt sich auf das Gutachten des forensisch-psychiatrischen Dienstes (FPD) der Universität Bern vom 22. Juni 2012, die mündlichen Ausführungen der Gutachterin anlässlich der Hauptverhandlung vor erster Instanz am 19. Dezember 2012 sowie die ärztliche Stellungnahme des FPD vom 28. Mai 2013 zum psychischen Gesundheitszustand des Beschwerdeführers.
Die Gutachterin diagnostiziert dem Beschwerdeführer im Gutachten vom 22. Juni 2012 eine mittelgradig ausgeprägte depressive Episode (ICD-10 F32.1), einen deutlich ausgeprägten Alkoholmissbrauch (ICD-10 F10.1) sowie eine handlungsrelevante emotional instabile Persönlichkeitsakzentuierung vom impulsiven Typ. Sie führt aus, die Krankheitsbilder, welche deliktskausal seien, würden sich gegenseitig negativ beeinflussen und verstärken. In ihrem Zusammenspiel könne bzw. müsse man deshalb gesamthaft von einer schweren psychischen Störung des Beschwerdeführers sprechen. Straftaten wie die bisher verübten (Stalking, Beschimpfung, einfache Tätlichkeiten) seien mit hoher Wahrscheinlichkeit weiterhin zu erwarten. Zudem sei das Risiko für die Verübung einer schweren Gewalttat erhöht. Ein ambulantes Risikomanagement könne nicht empfohlen werden. Einzig eine stationäre Behandlung vermöge die Gefahr weiterer Straftaten zu verringern (Entscheid, S. 34 mit Hinweis auf Gutachten und mündliche Ausführungen der Gutachterin).
Anlässlich der Hauptverhandlung vor erster Instanz bestätigte die Gutachterin die Ausführungen zur psychiatrischen Diagnose, zur Rückfallgefahr und zur Legalprognose vollumfänglich (Entscheid, S. 34 mit Hinweis auf Befragung der Gutachterin vor erster Instanz) und hielt an der Notwendigkeit einer stationären Behandlung fest. Allenfalls könnte mit dem Vollzug direkt in St. Johannsen begonnen werden, da dort Vollzugslockerungen früher möglich seien. Bei optimalem Behandlungsverlauf liesse sich die stationäre Behandlung vielleicht schon relativ rasch, beispielsweise nach einem Jahr, in eine ambulante Massnahme überführen.
Der FPD weist in seiner Stellungnahme vom 28. Mai 2013 auf ein verbessertes Zustandsbild des Beschwerdeführers hin. Im Gespräch vom 28. Mai 2013 hätten sich keine depressiven Symptome gezeigt.
4.4. Auf der Grundlage des Gutachtens vom 22. Juni 2012, der mündlichen Ausführungen der Gutachterin anlässlich der Hauptverhandlung vor erster Instanz sowie des Berichts des FPD vom 28. März 2013 schliesst sich die Vorinstanz unter Berücksichtigung der Verbesserung des Zustandsbildes der medizinischen Diagnose der Gutachterin an und geht von einer schweren psychischen Störung des Beschwerdeführers im Rechtssinne aus. Insbesondere mit Blick auf das von der Gutachterin als erhöht beurteilte Risiko von schweren Gewaltdelikten gelangt sie zum Schluss, eine stationäre Behandlung sei zum Schutz Dritter angezeigt. Der Beschwerdeführer weise angesichts seines mangelnden Introspektionsvermögens verbunden mit seiner Schuldzuweisungstendenz noch einen erheblichen Therapiebedarf auf, um zu andern, deliktsfreien Verhaltensmustern zu finden (Entscheid, S. 34-37).
4.5. Mit seinem Vorbringen, psychisch nicht schwer gestört zu sein, zieht der Beschwerdeführer die ärztliche Diagnosestellung in Zweifel und wendet sich zur Hauptsache gegen den Inhalt des Gutachtens. Seine Kritik erschöpft sich weitgehend in der Darlegung seiner persönlichen Auffassung zum Vorliegen sowie zur Schwere und medizinischen Einordnung des gutachterlich festgestellten Störungsbildes. Mit den Ausführungen der Gutachterin, welche eine schwere psychische Störung insbesondere aufgrund des Zusammenspiels der sich gegenseitig negativ beeinflussenden Teilaspekte der Diagnose bejaht, und der vorinstanzlichen Beweiswürdigung setzt er sich nur am Rande auseinander und zeigt nicht hinreichend auf, inwiefern das Beweisergebnis der Vorinstanz offensichtlich unhaltbar sein könnte (<ref-ruling> E. 1.4 S. 287; <ref-ruling> E. 1.4 S. 254 f.). Darauf ist nicht einzutreten. Im Übrigen sind die Einwände des Beschwerdeführers unbehelflich. Die Vorinstanz durfte mit der Gutachterin ohne Willkür an der medizinischen Gesamtdiagnose einer schweren psychischen Störung festhalten, zumal sich das verbesserte Zustandsbild des Beschwerdeführers gemäss Bericht des FPD lediglich im Gespräch vom 28. Mai 2013 zeigte. Für sich alleine weist dieser Umstand nicht auf eine nachhaltige Veränderung des Krankheitsbildes und der Diagnose hin. Die Schlussfolgerungen der Vorinstanz, welche unter Berücksichtigung des aktuellen Zustands des Beschwerdeführers im Urteilszeitpunkt ergingen, sind damit nicht willkürlich. Gemäss Gutachten ist zudem der Zusammenhang zwischen der schweren psychischen Störung und den Straftaten gegeben. Die Vorinstanz schliesst sich auch dieser Beurteilung ohne Willkür an. Die dagegen gerichtete Kritik ist rein appellatorisch. Der Beschwerdeführer beschränkt sich darauf, die Deliktskausalität der psychischen Störung zu bestreiten. Nicht ersichtlich ist überdies, dass sich die Gutachterin zur Einschätzung der Rückfallgefahr eines ungeeigneten Prognoseinstruments bedient hätte. Der HCR-20 gilt in der Praxis als standardisiertes Prognoseinstrument zur Vorhersage gewalttätiger krimineller Rückfälle ( MARIANNE HEER, in: Basler Kommentar, Strafrecht I, 3. Aufl. 2013, N. 74 zu <ref-law>; ROSSEGGER/URBANIOK/ELBERT/FRIES/ENDRASS, Rückfälligkeit nach Entlassung aus dem Strafvollzug in der Schweiz: Die Validität des HCR-20, in: Schweizer Archiv für Neurologie und Psychiatrie 2010, 161 [7], S. 254 ff.). Die gutachterlichen Ausführungen bilden damit eine hinreichende Entscheidgrundlage im Sinne von <ref-law>.
4.6. Die Frage nach der rechtlichen Relevanz der medizinischen Diagnose ist juristischer Natur. Nur relativ schwerwiegende Arten und Formen geistiger Anomalien im medizinischen Sinn gelten als geistige Abnormität im Rechtssinne (statt vieler Urteil 6S.427/2005 vom 6. April 2006 E. 2.3 mit Hinweisen). Die vorliegenden medizinischen Feststellungen reichen für die Annahme einer schweren psychischen Störung im Sinne von <ref-law> als Voraussetzung für eine stationäre Massnahme aus. Zwar genügen die diagnostizierten Krankheitsbilder (mittelgradig ausgeprägte depressive Episode, deutlich ausgeprägter Alkoholmissbrauch, emotional instabile Persönlichkeitsakzentuierung vom impulsiven Typ) in ihrem Ausmass und ihrer Erheblichkeit je für sich alleine nicht, um auf eine geistige Anomalie im Rechtssinne zu schliessen. Die Ausführungen des Beschwerdeführers verdienen insofern Zustimmung. Unter Berücksichtigung des gutachterlich hervorgehobenen Umstands, dass sich die Krankheitsbilder gegenseitig negativ beeinflussen und verstärken, darf allerdings ohne Bundesrechtsverletzung von der rechtlichen Relevanz der psychiatrischen Diagnose ausgegangen und gesamthaft eine schwere psychische Störung im Rechtssinne bejaht werden.
4.7. Die stationäre therapeutische Massnahme und der damit verbundene Eingriff in die Persönlichkeitsrechte des Beschwerdeführers sind auch nicht unverhältnismässig. Die nach dem Verhältnismässigkeitsgrundsatz erforderliche vernünftige Zweck-Mittel-Relation (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 7.5.2) ist vorliegend insbesondere aufgrund der erhöhten Rückfallgefahr für ein schweres Gewaltdelikt gewahrt, zumal nach der Einschätzung der Gutachterin einzig eine stationäre Massnahme nach <ref-law> geeignet erscheint, die als ungünstig bezeichnete Legalprognose zu verbessern und dem Beschwerdeführer die notwendige Behandlung zu erweisen. Allein der Umstand, dass er "bis anhin noch nie in den Genuss einer ambulanten Therapie" kam, "welche diesen Namen verdienen würde", verschafft ihm entgegen seiner Auffassung keinen Anspruch auf Anordnung einer "milderen" ambulanten Behandlung. Eine solche ist nach den von der Vorinstanz willkürfrei gewürdigten Ausführungen der Gutachterin unzureichend und somit unzweckmässig. Allerdings zeigt sich die Vorinstanz gestützt auf die gutachterliche Beurteilung davon überzeugt, dass sich die stationäre Massnahme bei optimalem Verlauf relativ rasch in eine ambulante Behandlung überführen liesse. Mit diesen teilweise hypothetischen Ausführungen stellt die Vorinstanz die Notwendigkeit und Geeignetheit der stationären Behandlung als solche keineswegs in Frage. Sie unterstreicht vielmehr nur den Grundsatz, dass die Massnahme mit Rücksicht auf das Verhältnismässigkeitsgebot nur so lange aufrechtzuerhalten ist, als ihr Zweck es erfordert und sie durchführbar ist. Das ist nicht zu beanstanden.
5.
Die Beschwerde ist damit abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung kann teilweise bewilligt werden, da der Beschwerdeführer bedürftig ist (vgl. <ref-ruling> E. 4) und seine Beschwerde in Bezug auf den Schuldspruch wegen Vergewaltigung und die Massnahmeanordnung nicht von vornherein aussichtslos war. Der Rechtsvertreter des Beschwerdeführers ist in diesem Umfang aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen. Im Übrigen ist das Gesuch abzuweisen. Bei diesem Ausgang trägt der Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens mit einer reduzierten Gebühr (<ref-law>). Seinen eingeschränkten finanziellen Verhältnissen kann bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr Rechnung getragen werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird teilweise gutgeheissen.
3.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.
Dem Vertreter des Beschwerdeführers, Fürsprecher Ulrich Kiener, wird für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- aus der Bundesgerichtskasse ausgerichtet.
5.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 1. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Juli 2014
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill