Faits:
A. Par jugement du 10 décembre 2009, le Tribunal correctionnel jurassien a notamment libéré X._ de la prévention d'incendie intentionnel, infraction prétendument commise le 30 juin 2008 à la rue A._ à B._. Il l'a en revanche reconnu coupable d'incendie intentionnel pour avoir, à la même date, bouté le feu à l'immeuble en construction "C._" sis à la rue D._ à B._. Il l'a condamné à une peine privative de liberté de 12 mois avec sursis pendant 2 ans et à payer à l'Etablissement cantonal d'assurance immobilière et de prévention (ci-après ECA) la somme de 118'400 fr. à titre de dommages-intérêts.
B. Par arrêt du 3 novembre 2010, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien a constaté que le jugement de première instance était entré en force dans la mesure où il libère X._ de la prévention d'incendie intentionnel commise à la rue A._ à B._ et statue sur certains points de frais et dépens. Pour le surplus, elle a confirmé ce jugement.
Les faits à l'origine de cette condamnation sont en substance les suivants.
Le 30 juin 2008 aux environs de 5 h., l'immeuble locatif en construction "C._", sis à la rue D._ à B._, a été la proie des flammes. Il a été établi que le feu s'était déclaré dans un appartement du rez-de-chaussée dans lequel étaient entreposés des plaques et des rouleaux d'isolation, qui ont presque entièrement brûlé. La police a conclu que seule une intervention humaine délibérée pouvait être à l'origine du sinistre.
La cour cantonale a admis, au bénéfice du doute, que X._, probablement mû par la curiosité, s'était introduit dans l'immeuble en question le 30 juin 2008 à 4 h. 45 environ. Il voulait monter à l'étage et a cherché les escaliers. La lumière du jour n'étant pas encore suffisante et l'immeuble n'étant pas éclairé, il a allumé ce qu'il avait sous la main, savoir un journal, pour voir plus clair. Après avoir constaté qu'il n'y avait pas d'escaliers, il a décidé de quitter les lieux et a laissé tomber par terre sa torche improvisée sans plus s'en préoccuper. Il a rejoint l'ami qui l'attendait devant l'immeuble et s'est empressé de lui dire "Viens, on part", de telle manière que celui-ci a immédiatement pensé qu'il y avait un problème. La cour cantonale a admis que X._ ne pouvait pas ne pas avoir perçu le grave risque d'incendie causé par son comportement et que sa volonté de s'éloigner rapidement de l'immeuble montre bien qu'il avait constaté le début d'incendie ou pour le moins qu'il s'était rendu compte du risque concret qu'il avait créé.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il invoque une violation de l'<ref-law> et soutient que l'élément subjectif de l'incendie intentionnel n'est pas réalisé, de sorte que seul l'incendie par négligence peut entrer en considération, dans la mesure où l'<ref-law> n'est pas applicable. Partant, il conclut, avec suite de frais et dépens, à l'annulation de l'arrêt attaqué et à sa libération, l'ensemble des conclusions civiles retenues à son encontre étant rejetées. A titre éventuel, il conclut à ce que la cause soit renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau ou à ce qu'il soit déclaré coupable d'incendie par négligence. Il sollicite en outre l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le recourant reproche en premier lieu à l'autorité cantonale d'avoir refusé l'application de l'<ref-law> alors que les conditions en étaient selon lui manifestement réalisées.
L'application de cette disposition suppose que l'auteur se soit trouvé en état d'irresponsabilité (BERNARD CORBOZ, Les infractions en droit suisse, 3e éd. 2010, n. 2 ad <ref-law>; FELIX BOMMER, in Basler Kommentar Strafrecht II, 2e éd. 2007, n. 7 ad <ref-law>).
La question de savoir dans quel état se trouvait l'auteur au moment où il a agi relève du fait, de sorte que le Tribunal fédéral est sur ce point, conformément à l'<ref-law>, lié par les éléments établis par l'autorité précédente. Est considéré comme irresponsable l'auteur qui, au moment d'agir, ne possédait pas la faculté d'apprécier le caractère illicite de son acte ou de se déterminer d'après cette appréciation (<ref-law>). Cela suppose une altération grave, telle qu'une psychose particulière, une démence sévère ou une intoxication grave (LAURENT MOREILLON, in Commentaire romand, Code pénal I, n. 22 s. ad art. 19). S'agissant de la consommation d'alcool, la jurisprudence admet une présomption d'irresponsabilité à partir d'une alcoolémie de 3g.o/oo (voir <ref-ruling> consid. 1b).
En l'espèce, l'autorité cantonale a noté que le recourant avait consommé, à partir de 21 h., une quantité relativement importante d'alcool mais qu'il ressort de témoignages qu'il tenait encore debout. Elle a en outre relevé que le recourant lui-même avait déclaré qu'il était bien lancé mais savait encore ce qu'il faisait et que ses déclarations avaient été précises et bien détaillées s'agissant des faits antérieurs et postérieurs à ceux qui sont à l'origine de la procédure. Sur la base de ces constatations, c'est sans violer la notion d'irresponsabilité que l'autorité cantonale a jugé que le recourant ne se trouvait pas dans cet état. Le recours est donc mal fondé en tant que le recourant reproche à l'autorité cantonale une violation de l'<ref-law>.
Dans la mesure où le recourant allègue qu'en raison de la quantité de boissons alcoolisées ingérées son alcoolémie devait dépasser largement 2g.o/oo de sorte que sa capacité de discernement était pour le moins largement diminuée et qu'en vertu du principe "in dubio pro reo" c'est l'irresponsabilité totale qui devait être admise, il s'en prend aux faits admis par l'autorité cantonale. Son argumentation, purement appellatoire, ne répond pas aux exigences de l'<ref-law> et est donc irrecevable.
2. Le recourant conteste par ailleurs toute volonté, même sous la forme du dol éventuel, de bouter le feu à l'immeuble et soutient que rien au dossier ne permet d'admettre qu'il avait conscience du risque d'incendie et l'avait accepté ou le voulait.
Il y a dol éventuel lorsque l'auteur envisage le résultat dommageable mais agit néanmoins, même s'il ne le souhaite pas, parce qu'il s'en accommode pour le cas où il se produirait (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 8.2 p. 61).
Ce que l'auteur d'une infraction savait, voulait ou l'éventualité à laquelle il consentait relève du fait (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 23 et les arrêts cités) de sorte que le Tribunal fédéral est lié conformément à l'<ref-law>.
Il ressort de l'arrêt attaqué que les autorités cantonales ont retenu que le recourant avait constaté le début d'incendie ou pour le moins qu'il s'était rendu compte du risque concret d'incendie qu'il avait créé et qu'en quittant les lieux abruptement il avait à tout le moins accepté la réalisation de ce risque pour le cas où elle se produirait. Eu égard à ces constatations, force est d'admettre que l'autorité cantonale n'a pas méconnu la notion de dol éventuel. Pour le surplus, l'argumentation du recourant est entièrement dirigée contre les faits établis par l'autorité cantonale. Purement appellatoire sur ce point également, elle est irrecevable.
3. Mal fondé, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Comme les conclusions étaient vouées à l'échec, la requête d'assistance judiciaire doit également être rejetée (<ref-law>). Le recourant, qui succombe, devra supporter les frais (<ref-law>), dont le montant sera arrêté en tenant compte de sa situation financière.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien.
Lausanne, le 17 août 2011
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Paquier-Boinay