Sachverhalt:
A. Bei der A._ AG handelte es sich um eine Immobiliengesellschaft mit Sitz in R._, Kanton Bern. Hauptaktionär mit einem Anteil von 94 Prozent am Aktienkapital war G._. Am 28. September 2001 wurde die Gesellschaft aufgelöst und trat in Liquidation. Als Liquidator mit Einzelunterschrift wurde der Sohn des Hauptaktionärs, X._, in S._, ernannt. Am 9. Juni 2002 verstarb G._. Er hinterliess als gesetzliche Erben seine Ehefrau, Y._, und vier Kinder.
Mit Abtretungsvertrag vom 29. April 2003 und Nachtrag vom 19. Mai 2003 richtete die Gesellschaft, vertreten durch den Liquidator X._, den Liquidationsüberschuss in Naturalform als Nachlassdividende "an die Aktionäre" aus. Es handelt sich um die vier Nachkommen des Erblassers (darunter X._) mit einem Anteil von je 23,5 Prozent, sowie zwei Mitglieder der Familie Z._, beteiligt mit je 3 Prozent. Der Liquidationsüberschuss in Naturalform enthielt die Grundstücke im Anrechnungswert von Fr. 10'922'656.-- (Fr. 25'897'656.-- abzüglich Schulden von Fr. 14'975'000.--). Noch am gleichen Tag (29. April 2003) veräusserten die sechs neuen Eigentümer die Grundstücke - mit Ausnahme einer Eigentumswohnung und des landwirtschaftlichen Landes - an die Pensionskasse einer Bank zum Preis von Fr. 25'000'000.-- (ohne darauf lastende Schulden).
Am 4. Dezember 2003 meldete die Treuhänderin dem Handelsregisteramt Bern-Mittelland die Beendigung der Liquidation der A._ AG in Liq. Die Meldung erfolgte im Hinblick auf die im Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG; SR 642.11) und in kantonalen Steuergesetzen bis Ende 2003 enthaltene befristete Übergangsregelung, wonach die Steuer auf dem Kapitalgewinn, die eine vor 1995 gegründete Immobiliengesellschaft bei Überführung ihrer Liegenschaften auf den Aktionär erzielt, um 75 Prozent gekürzt wird, wenn die Gesellschaft vor Ablauf der Frist aufgelöst wird, und die gleiche Steuerermässigung auch auf dem Liquidationsergebnis, das dem Aktionär zufliesst, vorgenommen wird (<ref-law>; Art. 281 des Steuergesetzes des Kantons Bern vom 21. Mai 2000, StG/BE; Art. 245 des Gesetzes über die direkten Kantonssteuern vom 6. Juni 2000, DStG/FR).
Am 2. Mai 2005 stellte die A._ AG in Liq. das Gesuch um Meldung statt Steuerentrichtung bei der Verrechnungssteuer. Sie gab für die vier Hauptaktionäre je einen im Jahr 2003 fällig gewordenen Bruttobetrag der steuerbaren Leistung von Fr. 2'358'960.-- an.
B. In seiner persönlichen Steuererklärung 2003 für den Kanton Freiburg deklarierte X._ verschiedene Einkünfte aus Wertschriften und Kapitalanlagen. Mit Veranlagung vom 21. April 2006 erfasste die kantonale Steuerverwaltung zusätzlich die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung gemeldete Naturaldividende der A._ AG in Liq. von Fr. 2'358'960.--.
Mit Einsprache verlangte der Steuerpflichtige, die Naturaldividende sei nur mit 25 Prozent zu erfassen (Kürzung um 75 Prozent gemäss <ref-law> und Art. 245 Abs. 2 DStG/FR). Mit Entscheid vom 24. Oktober 2006 wies die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg die Einsprache ab.
X._ führte Rekurs und Beschwerde beim Steuergerichtshof des Kantonsgerichts Freiburg. Der Steuergerichtshof hiess mit Urteil vom 16. Mai 2005 (recte: 16. Mai 2008) die Beschwerde in Bezug auf die direkte Bundessteuer gut und reduzierte die Steuer auf dem Liquidationsüberschuss von Fr. 2'358'960.-- um 75 Prozent. Den Rekurs hinsichtlich der Staatssteuer wies er grösstenteils ab, da die meisten Liegenschaften am gleichen Tag an eine Pensionskasse weiterveräussert wurden und die erforderliche Besitzesdauer von zwei Jahren gemäss Art. 245 Abs. 4 DStG nicht eingehalten worden war. Eine Reduktion wurde nur für die nicht weiter veräusserten Liegenschaften (Eigentumswohnung und landwirtschaftliches Land) gewährt.
C. Gegen das Urteil des Kantonsgerichts Freiburg (Steuergerichtshof) vom 16. Mai 2008 führt X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Er beantragt, das angefochtene Urteil sei hinsichtlich der direkten Bundessteuer und der Kantonssteuer aufzuheben und es sei festzustellen, dass ihm kein Anteil am Liquidationsüberschuss zugekommen sei. Er macht geltend, der Liquidationsüberschuss sei an seine Mutter, Frau Y._, geflossen. Diese sei im Zeitpunkt der Ausschüttung Aktionärin der A._ AG in Liq. gewesen. Das zeige auch das gegen sie im Kanton Bern eingeleitete Nachsteuerverfahren. Eventualiter, falls der Liquidationsüberschuss bei ihm besteuert werde, sei dieser für die Kantonssteuer um 75 Prozent zu reduzieren. Im Übrigen sei das Verfahren vor Bundesgericht zu sistieren, bis die Steuerverwaltung des Kantons Bern im Nachsteuerverfahren gegen Y._ entschieden habe.
Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Verbots der interkantonalen Doppelbesteuerung, weil sowohl der Kanton Bern wie auch der Kanton Freiburg die Liquidationsdividende besteuern würden. Richtigerweise sei der Kanton Bern zur Besteuerung befugt, da im Zeitpunkt der Ausschüttung Frau Y._ Aktionärin der zu liquidierenden Gesellschaft gewesen sei. Sodann macht der Beschwerdeführer eine willkürliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts geltend, weil der Steuergerichtshof des Kantons Freiburg die Unterlagen betreffend die Besteuerung im Kanton Bern nicht berücksichtigt habe. Auch rügt er eine unrichtige Anwendung des harmonisierten Steuerrechts.
Am 27. Oktober 2008 sowie am 3. Juni und am 21. Juli 2009 reichte der Beschwerdeführer weitere Eingaben ein.
Die Steuerverwaltung des Kantons Freiburg, das Kantonsgericht Freiburg (Steuergerichtshof) und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Die ebenfalls zur Vernehmlassung aufgeforderte Steuerverwaltung des Kantons Bern bestätigte mit Eingabe vom 5. August 2009, dass gegen Y._ ein Nachsteuerverfahren eingeleitet wurde, welches allerdings bis zum Entscheid des Bundesgerichts in dieser Sache sistiert sei.
Mit Schreiben vom 16. Januar 2009 zog der Beschwerdeführer die Beschwerde in Bezug auf die direkte Bundessteuer zurück.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wurde unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von einer durch die Entscheidung besonders berührten Partei mit einem schutzwürdigen Interesse an deren Aufhebung oder Änderung (<ref-law>) eingereicht und richtet sich gegen den von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>). Die Beschwerde gegen den Entscheid des Steuergerichtshofs des Kantonsgerichts Freiburg ist zulässig.
1.2 Ein Hoheitsakt des Kantons Bern ist vorliegend nicht angefochten. Dort wurde lediglich (am 7. Juli 2008) das Nachsteuerverfahren gegen die Mutter des Beschwerdeführers eingeleitet und sistiert, wie die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Recht und Gesetzgebung, bestätigt hat (Stellungnahme vom 5. August 2009). Es geht in diesem Nachsteuerverfahren um die Frage, ob die Aktien der A._ AG in Liq. eigentumsrechtlich der Mutter des Beschwerdeführers zuzuordnen und damit die Liquidationsdividende bei ihr zu besteuern sei.
1.3 Da bereits der Kanton Bern das Nachsteuerverfahren sistiert hat, besteht kein Grund, das bundesgerichtliche Verfahren mit Rücksicht auf dieses Verfahren zu sistieren. Dem diesbezüglichen Verfahrensantrag des Beschwerdeführers ist nicht stattzugeben.
1.4 In Bezug auf die direkte Bundessteuer ist das Verfahren als durch Rückzug der Beschwerde erledigt abzuschreiben (Schreiben des Beschwerdeführers vom 16. Januar 2009).
2. 2.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
Soweit sich die Besteuerung nach kantonalem Recht richtet, dessen Verletzung keinen selbständigen Rügegrund bildet (s. <ref-law>), prüft das Bundesgericht dessen Auslegung und Anwendung nur unter dem Gesichtswinkel des Willkürverbots (<ref-law>). Es gilt hierfür die qualifizierte Rügepflicht nach <ref-law>. Hingegen prüft das Bundesgericht frei, ob das kantonale Recht und dessen Anwendung den harmonisierungsrechtlichen Vorgaben, namentlich des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990 (StHG, SR 642.14), entsprechen (vgl. Art. 73 Abs. 1 StHG). Soweit allerdings das Bundesrecht dem kantonalen Gesetzgeber einen Gestaltungsspielraum einräumt, ist die Prüfungsbefugnis des Bundesgerichts ebenfalls beschränkt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 724; Urteil 2C_147/2008 vom 29. Juli 2008 E. 2.1, in StR 64/2009 S. 121, 122).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als erst der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>).
3. 3.1 Diese Bindung an den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt (Art. 97 Abs. 1, <ref-law>) und das Novenverbot (<ref-law>) gelten auch für Beschwerden in Sachen der interkantonalen Doppelbesteuerung. Das neue Recht (BGG) schreibt auf dem Gebiet der interkantonalen Doppelbesteuerung neuerdings vor, dass der kantonale Instanzenzug zumindest in einem Kanton durchlaufen werden muss (<ref-law> und <ref-ruling> E. 2.3 S. 305). Dieses Erfordernis hätte keinen Sinn, wenn der Beschwerdeführer alle seine Behauptungen und Beweismittel auch noch im bundesgerichtlichen Verfahren vorbringen könnte. Anders verhält es sich nur dann, wenn der Zweitkanton, für den die Bindungswirkung nicht gilt, diese Feststellungen bestreitet. In diesem Fall kommt das Bundesgericht nicht umhin, den Sachverhalt frei zu prüfen, und ist auch das Novenverbot zu relativieren. Zu denken ist vor allem an den Fall, dass der andere Kanton den Sachverhalt bestreitet und eigene Beweismittel vorlegt, zu denen sich der Beschwerdeführer noch nicht äussern konnte (ausführlich Urteil 2C_230/2008 vom 27. August 2008 E. 1.3; s. auch <ref-ruling> E. 2.3 S. 306; Urteil 2C_175/2008 vom 22. August 2008 E. 1.2).
3.2 Der Beschwerdeführer bringt zur Begründung seiner These, dass die Aktien aus dem Nachlass seines verstorbenen Vaters an seine Mutter fielen und diese die Beteiligung (bzw. das Liquidationsbetreffnis) schenkungsweise auf ihre Nachkommen übertrug, eine ganze Reihe neuer Tatsachen und Beweismittel vor. Zum Teil handelt es sich um Unterlagen, die bereits im Verfahren vor der Vorinstanz hätten vorgelegt werden können wie der Ehevertrag seiner Eltern vom 28. März 1974 oder die Kopie der Erbgangsurkunde vom 25. August 2003. Mehrheitlich geht es jedoch um Unterlagen, die nach dem hier angefochtenen Urteil oder mindestens nach Abschluss des Schriftenwechsels und Beweisverfahrens in der Vorinstanz ausgefertigt bzw. erstellt worden sind. Das betrifft namentlich das Schreiben der L._ AG für Wirtschaft und Recht vom 14. Mai 2008 sowie das privat bestellte Rechtsgutachten von Rechtsanwalt P._ vom 23. Juni 2008 mit Äusserungen zur eigentumsrechtlichen Zuordnung der Aktien oder das Schreiben der Steuerverwaltung des Kantons Bern vom 7. Juli 2008 an den Rechtsanwalt des Beschwerdeführers über die Einleitung eines Nachsteuerverfahrens gegen die Mutter des Beschwerdeführers. Es handelt sich um Tatsachen und Beweismittel, zu denen nicht der angefochtene Entscheid und dessen Begründung Anlass gaben (<ref-law>), sondern erst die Ankündigung und schliesslich Eröffnung des Nachsteuerverfahrens im Kanton Bern, und die hier grundsätzlich nicht berücksichtigt werden können.
Zu beachten ist jedoch, dass die neuen Belege auch noch im Nachsteuerverfahren des Kantons Bern vorgelegt werden können und in einem allfälligen Doppelbesteuerungsprozess im Anschluss an die bernische Nachsteuerveranlagung auch vom Bundesgericht berücksichtigt werden müssten. Die bernische Steuerverwaltung hat das Nachsteuerverfahren bis zum Entscheid des Bundesgerichts sistiert. Sie will sich gemäss ihrer Stellungnahme vom 5. August 2009 diesem Entscheid unterziehen. Dem Bundesgericht ist damit aufgegeben, im vorliegenden Verfahren die Doppelbesteuerungsfrage umfassend zu klären. Dann muss es dem Bundesgericht aber auch möglich sein, den Sachverhalt zu prüfen und die neuen Schriftstücke zu beachten. Es rechtfertigt sich daher, bei der Überprüfung der Veranlagung des Kantons Freiburg den neuen Dokumenten und Beweismittel ebenfalls Rechnung zu tragen. Anlass zur Berücksichtigung der neuen Dokumente gibt diesfalls nicht der angefochtene Entscheid (<ref-law>), sondern das im Kanton Bern eingeleitete Nachsteuerverfahren. Es handelt sich mithin um eine neue Konstellation, die sich aus den Besonderheiten der interkantonalen Doppelbesteuerung ergibt und die es rechtfertigt, <ref-law> im vorliegenden Fall analog anzuwenden (s. auch <ref-ruling> E. 2.3 S. 306).
4. Der Beschwerdeführer rügt eine willkürliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts im Sinne von Art. 97 in Verbindung mit <ref-law>. Er habe der Vorinstanz bereits mit Schreiben vom 14. Mai 2008 Unterlagen unterbreitet, aus denen hervorgehe, dass der Vermögenszugang, der im Kanton Freiburg mit der Liquidationsdividende erfasst werde, bereits im Kanton Bern mit der Erbschafts- bzw. Schenkungssteuer besteuert worden sei. Er habe zudem ein Parteigutachten in Aussicht gestellt, damit die interkantonale Doppelbesteuerung "konsistent" beurteilt werden könne.
Die Rüge dringt nicht durch. Der Beschwerdeführer bezieht sich offensichtlich auf Dokumente, die er der Vorinstanz nach Abschluss des Schriftenwechsels und des Beweisverfahrens eingereicht hatte. Es ging ihm darum, zu beweisen, dass die Naturaldividende nicht ihm persönlich, sondern seiner Mutter zugeflossen sei. Damit änderte er den in der Vorinstanz vertretenen Rechtsstandpunkt. Dort hatte er insbesondere geltend gemacht, dass die ihm als Aktionär zugeflossene Liquidationsdividende um 75 Prozent zu kürzen sei. Die Vorinstanz liess die neuen Vorbringen und die neuen Dokumente unberücksichtigt, weil das Behauptungs- und Beweisverfahren in diesem Zeitpunkt bereits abgeschlossen war. Der Beschwerdeführer legt nicht dar, inwiefern die Vorinstanz nach dem massgebenden kantonalen Verfahrensrecht verpflichtet gewesen wäre, die neuen Dokumente und den neuen Rechtsstandpunkt zu berücksichtigen. Eine willkürliche Handhabung des kantonalen Verfahrensrechts bei der Sachverhaltsermittlung ist damit nicht dargetan. Unter diesen Umständen kann aber der Vorinstanz nicht vorgeworfen werden, sie habe den massgeblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig oder rechtsverletzend im Sinne von <ref-law> erwahrt (<ref-law>), wenn sie die nach dem kantonalen Verfahrensrecht verspätet vorgebrachten Tatsachen und eingereichten Dokumente nicht berücksichtigt hat.
5. In der Sache geht der Streit darüber, ob die Aktien der A._ AG in Liq. dem Beschwerdeführer direkt aus dem Nachlass seines verstorbenen Vaters zukamen oder ob die Aktien zunächst dem überlebenden Ehegatten zufielen, welcher die Aktien (oder das Liquidationsbetreffnis) anschliessend schenkungsweise auf seine Kinder übertrug. Es stehen sich hier die Direktbegünstigungstheorie und die Dreieckstheorie gegenüber (zu diesen Begriffen, vgl. Peter Locher, Kommentar zum DBG, II. Teil 2004, N. 129 zu <ref-law>). Im Fall der Direktbegünstigungstheorie wäre der Liquidationsüberschuss in Naturalform dem Beschwerdeführer direkt zugeflossen, weshalb der Vermögenszufluss von ihm als Einkommen aus beweglichem Vermögen zu versteuern gewesen wäre. Empfing hingegen der Beschwerdeführer gemäss der Dreieckstheorie die Aktien bzw. das Liquidationsbetreffnis von seiner Mutter schenkungsweise, wäre der Liquidationsüberschuss zunächst der Mutter zugeflossen und hätte diese den Vermögenszufluss als Einkommen aus beweglichem Vermögen deklarieren müssen. Auf dieser Annahme beruht das im Kanton Bern gegen die Mutter des Beschwerdeführers eingeleitete Nachsteuerverfahren. Würde die von der Steuerverwaltung des Kantons Bern vertretene Dreieckstheorie im vorliegenden Fall zutreffen, liesse sich die "Direktbegünstigungsthese" der Steuerbehörde das Kantons Freiburg nicht aufrecht erhalten. Es hielte vor <ref-law> nicht stand, wenn zwei verschiedene kantonale Steuerbehörden von völlig verschiedenen Sachverhalten ausgehend das gleiche Objekt besteuern. Das ist auch der Kern der Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz habe den rechtserheblichen Sachverhalt willkürlich festgestellt (s. vorstehende E. 4). Unterstützung erhält die von den bernischen Steuerbehörden vertretene Dreieckstheorie nunmehr durch das vom Beschwerdeführer privat eingeholte Rechtsgutachten des Fachanwalts. Wie es sich damit verhält, ist daher zu prüfen.
5.1 Im Rahmen der Liquidation der A._ AG in Liq. ging der Beschwerdeführer als Liquidator zunächst nach der "Direktbegünstigungsthese" vor. Es ging ihm darum, die bei der Liquidation einer Immobiliengesellschaft zeitlich befristete mögliche Steuerermässigung auszuschöpfen. Als Liquidator der Gesellschaft leitete er die notwendigen Schritte in die Wege. Mit öffentlich beurkundetem Abtretungsvertrag vom 29. April 2003 übertrug die Gesellschaft, vertreten durch den Beschwerdeführer als Liquidator, die Grundstücke auf ihre "Aktionäre" (so die Bezeichnung in der öffentlichen Urkunde), darunter der Beschwerdeführer und seine drei Geschwister sowie die beiden Mitglieder der Familie Z._. Noch am gleichen Tag veräusserten die sechs neuen Eigentümer der Grundstücke diese an eine Pensionskasse, wobei diese den Erlös an die D._ AG zuhanden der A._ AG in Liq. zwecks Rückzahlung der Darlehens- und Hypothekarschulden überwies. Am 4. Dezember 2003 wurde dem Handelsregisteramt Bern-Mittelland die Beendigung der Liquidation der Gesellschaft mitgeteilt. Im Gesuch der A._ AG in Liq. an die Eidgenössische Steuerverwaltung um Meldung statt Entrichtung der Verrechnungssteuer vom 2. Mai 2005 wurden der Beschwerdeführer und seine Geschwister als Aktionäre, welche die Beteiligung durch Erbgang erworben hätten, bezeichnet. Auch in der Beschwerde an die Vorinstanz vom 23. November 2006 liess der Beschwerdeführer keinerlei Zweifel daran, dass er und seine drei Geschwister zusammen mit zwei Mitgliedern der Familie Z._ das Liquidationsergebnis als Aktionäre der A._ AG in Liq. empfangen hätten. Das spricht für die Direktbegünstigungstheorie.
Erst nachdem der Beschwerdeführer erfahren hatte, dass er im Kanton Freiburg die Steuerermässigung nur für die länger als zwei Jahre im Besitz gehaltenen Liegenschaften (Art. 245 Abs. 4 DStG/FR) geltend machen konnte, wurde ihm empfohlen, die "Dreiecksthese" zu vertreten. Dabei kam ihm entgegen, dass er in der Steuererklärung 2002, die er als Vertreter für seine Mutter ausgefüllt hatte, die 481 Aktien der A._ AG in Liq. deklariert hatte. Dass es Gründe für eine solche Deklaration gab, bestätigt auch das private Gutachten, wonach die Mutter des Beschwerdeführers einen ehevertraglichen Anspruch auf die Zuteilung des Gesamtgutes besass. Eine streng zivilrechtliche Betrachtungsweise spräche somit eher für die Dreieckstheorie. Zu prüfen ist, welcher Tatbestandsvariante hier zu folgen ist.
5.2 Bereits im Grundsatzentscheid <ref-ruling> E. 3 S. 59 ff. führte das Bundesgericht aus, dass das Steuerrecht seiner Natur nach den wirtschaftlichen Gegebenheiten Rechnung zu tragen habe. Es ging damals um einen Vergleich zwischen gesetzlichen und eingesetzten Erben, der im Rahmen der Erbteilung geschlossen wurde, um hinsichtlich der zweifelhaften zivilrechtlichen Situation klare Verhältnisse zu schaffen. Offensichtlich hatten die Beteiligten Anlass zu Zweifel an der Rechtslage und lag ihnen daran, einen Rechtsstreit zu vermeiden oder rasch zu beendigen. Das Bundesgericht erwog, dass unter diesen Umständen Grund bestehe, steuerrechtlich auf das durch den Vergleich geschaffene Ergebnis abzustellen, "jedenfalls dann, wenn der Vergleich keine Machenschaft darstellt, durch die der Steueranspruch des Staates verkürzt werden soll" (E. 3a S. 60).
Den gleichen Grundsatz zog das Bundesgericht ebenfalls im Falle eines mit einer Erbteilung verbundenen Schenkungsvertrages heran und interpretierte die Verträge im Lichte des wirtschaftlich tatsächlich Gewollten, zumal die betreffenden Verträge nicht gegen den Fiskus gerichtet waren, sondern die jahrelange Unsicherheit im Interesse aller Beteiligten möglichst rasch beenden wollten (Urteil 2P.296/2005 vom 29. August 2006 E. 3.2.3, in: RDAF 2006 II S. 501 = Locher/Locher, Die Praxis der Bundessteuern, Interkantonale Doppelbesteuerung, § 6, II, Nr. 19).
5.3 Voraussetzung für die Steuerermässigung bei Liquidation von altrechtlichen (vor 1995 gegründeten) Immobiliengesellschaften im Sinne der Übergangsregelung ist, dass das Grundeigentum der Immobiliengesellschaft zum Verkehrswert auf die Aktionäre übertragen wird (vgl. Art. 281 StG/BE; Art. 245 StG/FR; Kreisschreiben der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 15. Dezember 1994 betreffend Steuerermässigung bei Liquidation von Immobiliengesellschaften, ASA 63 S. 789 ff.). Wäre die Mutter des Beschwerdeführers tatsächlich Eigentümerin der 481 Inhaberaktien, wie dieser nunmehr behauptet, wäre eine wesentliche Voraussetzung für die Steuerermässigung nicht erfüllt, weil die Liegenschaften zu 94 Prozent auf Nichtaktionäre (nämlich auf den Beschwerdeführer, seine Geschwister und auf Mitglieder der Familie Z._) übertragen worden wären (Art. 245 Abs. 1 und 2 DStG/FR, Art. 281 Abs. 1 und 3 StG/BE).
Die Steuervorteile sind mithin nur zu erlangen, wenn die anfänglich vertretene "Direktbegünstigungsthese" zutrifft. In diesem Sinne wurde auch die Übertragung der Liegenschaften auf die Nachkommen öffentlich beurkundet und vollzogen. Auch wenn die überlebende Ehegattin diese Aktien gemäss dem Ehevertrag in ihr Alleineigentum hätte beanspruchen können, übernahmen offenbar die vier Nachkommen mittels partieller Erbteilung die Aktien realiter aus dem Nachlass (vgl. Jean Nicolas Druey, Übersichtsreferat, in: Praktische Probleme der Erbteilung, Bern/Stuttgart/Wien 1997, S. 19 ff., insbesondere S. 23 f. und 48) und empfingen sie auch die Naturaldividende, welche sie zeitverzugslos an die Pensionskasse einer Bank veräusserten. Angesichts dieses klar belegten und effektiv vollzogenen Ablaufs erscheint es widersprüchlich und gegen den Grundsatz von Treu und Glauben verstossend, nachträglich einen anderen Ablauf im Sachverhalt zu unterstellen. Es kann daher den Steuerbehörden nicht verwehrt sein, dass sie sich an das halten, was durch den öffentlich beurkundeten Abtretungsvertrag vereinbart wurde, wirtschaftlich bezweckt war und auch tatsächlich vollzogen wurde. Auch wenn sich die Beteiligten nach dem Prinzip der freien vertraglichen Erbteilung gemäss <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 419) über die güterrechtlichen Regeln hinwegsetzten und eine Lösung im Sinne der Direktbegünstigungstheorie angestrebt haben, kann es nicht Sache der Steuerbehörde sein, im Nachhinein sich in die Rolle des Zivilrichters zu setzen und darüber zu befinden, ob die von den Erben getroffene Regelung sich zivilrechtlich halten lässt oder nicht. Die Dreieckstheorie wird zudem einzig aus steuerlichen Gründen im Nachhinein durch den Beschwerdeführer favorisiert und ist insoweit gegen den Fiskus gerichtet.
5.4 Nach dem Gesagten ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer direkt begünstigt wurde und sein Anteil an der Naturaldividende bei ihm (und nicht bei seiner Mutter) zu besteuern ist. Auf dieser Betrachtungsweise beruht auch der steuerliche Zugriff bei der direkten Bundessteuer, der durch Rückzug der Beschwerde rechtskräftig geworden ist. Gleich qualifizierten auch die Steuerbehörden des Kanton Bern die Naturaldividende beim dort ansässigen Bruder des Beschwerdeführers. Bei diesem Zufluss haben sich die Beteiligten zu behaften lassen, und zwar für das Jahr 2003, d.h. das Jahr des Zugangs der für die Privilegierung relevanten Naturaldividende (Übertragung des Grundeigentums). Der Zeitpunkt der Überweisung des Kaufpreises durch die D._ an die A._ AG in Liq. oder die tatsächliche Auszahlung des Betrages an die Beteiligten ist (abgesehen von den seitherigen Erträgen) nicht massgebend.
6. Nach dem Gesagten sind auch die vom Beschwerdeführer erhobenen Rügen wegen Verletzung des Verbots der interkantonalen Doppelbesteuerung unbegründet: Was die angeblich doppelte einkommenssteuerliche Erfassung des Liquidationsüberschusses bei Mutter und Sohn betrifft, wenden alle beteiligen Steuerbehörden die "Direktbegünstigungstheorie" an (vgl. E. 5.4). Eine Mehrfachbelastung desselben Steuerobjektes kann sich daher gar nicht ergeben.
Es ist auch keine Rede davon, dass die beiden Kantone das gleiche Steuerobjekt besteuern, wenn der Kanton Bern auf den dem Beschwerdeführer von Todes wegen angefallenen Aktien der A._ AG in Liq. die Erbschaftssteuer und der Kanton Freiburg auf der Naturaldividende die Einkommenssteuer erhebt. Es handelt sich um zwei gesondert zu beurteilende steuerrechtliche Vorgänge (Vermögensübergang von Todes wegen einerseits und Liquidationsüberschuss andererseits), welche verschieden besteuert werden können. Die Erbschaftssteuer auf dem Aktienerwerb schliesst daher die Einkommenssteuer auf dem Liquidationsüberschuss keineswegs aus (Peter Locher, Einführung in das interkantonale Steuerrecht, 3. Aufl. 2009, S. 76; s. auch <ref-ruling> E. 6, insbesondere E. 6b S. 259).
Ebenso wenig liegt ein Verstoss gegen das aus <ref-law> abgeleitete Schlechterstellungsverbot vor, wenn der Kanton Freiburg eine weniger weit gehende Privilegierung bei der Liquidation altrechtlicher Immobiliengesellschaften kennt als der Kanton Bern. Wie die Vorinstanz zutreffend ausführt, ist der Beschwerdeführer nicht aufgrund seiner Beteiligung als Aktionär der Immobiliengesellschaft an deren Sitz- oder Belegenheitsort im Kanton beschränkt steuerpflichtig. Vielmehr bleibt er an seinem Wohnort unbeschränkt steuerpflichtig (Urteil 2P. 75/2002 vom 23. Januar 2003 E. 5, in: RDAF 58/2002 II S. 515 ff. = Locher/Locher, a.a.O., § 6, IA, Nr. 16; s. auch Urteil 2A.168/2006 vom 8. März 2007, in: StE 2007 B 101.21 Nr. 17). Wenn daher der Beschwerdeführer aufgrund seines Wohnsitzes im Kanton Freiburg den Überschuss aus der Liquidation der Immobiliengesellschaft nach dem dort geltenden Recht zu versteuern hat, wird er gleich behandelt wie jede andere im Kanton unbeschränkt steuerpflichtige Person auch.
7. Der Beschwerdeführer rügt schliesslich, Harmonisierungsbestimmungen seien unrichtig angewendet worden. Inwiefern die gesetzliche Regelung des Kantons Freiburg, welche für die Privilegierung eine Sperrfrist von zwei Jahren vorsieht, innerhalb welcher der Aktionär nach der Überführung die Liegenschaft nicht weiter veräussern darf, gegen harmonisiertes Steuerrecht des Bundes verstossen soll, ist unerfindlich. Der Beschwerdeführer vermag keine Norm des Steuerharmonisierungsgesetzes aufzuzeigen, die der Freiburger Steuergesetzgeber verletzt haben soll. Eine dem <ref-law> entsprechende Norm enthält das Steuerharmonisierungsgesetz nicht, weshalb die Kantone nicht verpflichtet sind, eine Steuerermässigung überhaupt vorzusehen (Dieter Weber, in: Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2b, 2000, N. 2 zu <ref-law>). Wie die Vorinstanz zu Recht bemerkt, kann es bei dieser Ausgangslage einem Kanton nicht verwehrt sein, eine Regelung einzuführen, die partiell von der Ordnung in <ref-law> abweicht (s. auch Verwaltungsgericht GR, Urteil vom 17. Februar 1999, in: StE 1999 B 72.21 Nr. 6 E. 2c).
Was den Einwand des Beschwerdeführers betrifft, dass die Steuerverwaltung habe durchblicken lassen, an der Zweijahresfrist nach Art. 245 Abs. 4 StG/FR werde unter gewissen Voraussetzungen nicht festgehalten, so ergibt sich aus den im bundesgerichtlichen Verfahren beigebrachten Unterlagen, dass die Privilegierung dieser Vorschrift ohnehin nicht hätte gewährt werden dürfen, da die A._ AG in Liq. bereits nach Abs. 3 dieser Vorschrift bis zum 31. Dezember 2003 im Handelsregister nicht gelöscht worden war. Eine Ungleichbehandlung kann daraus nicht resultieren.
8. Nach dem Gesagten erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Die Gerichtskosten (<ref-law>) sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht auszurichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wird als durch Rückzug erledigt abgeschrieben.
2. Die Beschwerde betreffend die Kantonssteuer wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung des Kantons Freiburg, der Steuerverwaltung des Kantons Bern, dem Kantonsgericht Freiburg, Steuergerichtshof, sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. September 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Wyssmann