Faits:
A.
Statuant sur les appels formés par X._, d'une part, et par A._, C._ et D._, d'autre part, la Cour pénale du Tribunal cantonal de la République et canton du Jura a, par jugement du 14 juin 2011, libéré X._ des chefs d'obtention frauduleuse d'une prestation (<ref-law>) et d'infraction à la loi fédérale du 19 décembre 1986 contre la concurrence déloyale (LCD; RS 241). Elle l'a déclaré coupable de fabrication et mise sur le marché d'équipements servant à décoder frauduleusement des services cryptés (<ref-law>) et d'infraction par métier aux art. 67 al. 1 let. h et 69 al. 1 let. g de la loi fédérale du 9 octobre 1992 sur le droit d'auteur et les droits voisins (loi sur le droit d'auteur, LDA; RS 231.1). X._ s'est vu condamné à une peine pécuniaire de 100 jours-amende à 70 fr., avec sursis pendant trois ans, ainsi qu'à une amende de 3'000 fr. et au paiement aux parties plaignantes d'une indemnité à titre de remise de gain de 98'435 fr. 80 avec intérêts à 5% dès le 10 décembre 2010.
B.
Par arrêt 6B_584/2011 du 11 octobre 2012, la cour de céans a admis le recours interjeté par X._ et l'a libéré des chefs d'infraction retenus, dès lors que l'infraction à l'<ref-law> était prescrite et que les éléments constitutifs des art. 67 al. 1 let. h et 69 al. 1 let. g LDA n'étaient pas réalisés. La cause a été renvoyée au Tribunal cantonal du canton du Jura pour qu'il statue à nouveau sur les prétentions civiles des parties plaignantes et sur les frais et dépens des instances cantonales.
C.
Statuant sur renvoi, la Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien a, par jugement du 27 juin 2013, condamné X._ à payer à A._ et C._ (à l'exclusion de D._), à titre de remise de gain, la somme de 63'472 fr. 55 avec intérêts à 5% dès le 10 décembre 2010. Les frais de procédure étaient partagés et les parties plaignantes étaient condamnées à verser, solidairement entre elles, les dépens de deuxième instance au prévenu, fixés à 6'710 fr. 05. La cour cantonale a considéré que D._ n'était pas titulaire des prétentions qu'elle faisait valoir en justice, de sorte qu'elle n'avait pas de légitimation active.
Le jugement cantonal repose sur les faits suivants, tels qu'arrêtés par le Tribunal fédéral dans son arrêt 6B_584/2011 du 11 octobre 2012.
C.a. A._ et C._ proposent des abonnements aux chaînes E._ en Suisse depuis 1996 et F._ depuis le 1 er octobre 2008. Les chaînes concernées sont cryptées et payantes. Pour les réceptionner, l'abonné doit disposer d'un décodeur. Lorsque celui-ci reçoit les données, il envoie un signal à la carte numérique fournie au client, qui l'identifie techniquement et qui, si elle contient les droits, va donner accès aux chaînes qui pourront être visionnées sur le téléviseur. Les données envoyées par satellite au décodeur sont cryptées par un système développé et commercialisé par D._.
C.b. Depuis le mois de février 2005, X._ a exploité sous la raison individuelle "G._" un commerce dont le but était la vente de matériel satellite. D'abord installé à son domicile, il a ouvert un magasin le 4 août 2007. Il a mis en place un système de partage de carte ( "card sharing" ) qui permettait à ses clients de visionner les chaînes de E._ et F._ contre une rémunération dont le coût était inférieur à celui d'un abonnement obtenu directement auprès de A._ ou de C._. Pour ce faire, il vendait à ses clients un appareil de type Dreambox 500 S qui faisait office de récepteur. Il programmait celui-ci en ajoutant dans le système un logiciel téléchargé sur internet. Cette modification permettait à l'appareil de se connecter automatiquement à un serveur installé chez lui, qui décryptait les données grâce à la dizaine d'abonnements qu'il avait contractés auprès d'un distributeur français. Les chaînes de E._ et de F._ pouvaient alors être regardées par ses clients bien qu'ils ne disposassent pas d'un abonnement officiel.
C.c. La vente des appareils Dreambox représentait 70% du chiffre d'affaires de X._. Selon lui, seuls 70 à 80% d'entre eux étaient modifiés. Il facturait un appareil 580 fr. ou 380 fr. selon qu'il était équipé ou pas du système de partage de carte. L'abonnement lui-même était à 200 fr. la première année, puis 160 fr. les années suivantes. Certains clients ont acheté à X._ des accès à son serveur uniquement, qu'ils ont ensuite revendus à plusieurs personnes qui modifiaient elles-mêmes leur appareil afin de se connecter au serveur du précité. X._ a vendu des appareils et des abonnements jusqu'en octobre 2007. Il a encore perçu par la suite plusieurs montants de 160 fr., correspondant au prix de la prolongation d'abonnement, voire de 180 fr. à titre de "service Dreambox". Il a coupé le serveur auquel ses clients se connectaient à la fin du mois de janvier 2008. Environ 450 clients ont bénéficié de son système.
D.
X._ interjette un recours en matière pénale contre le jugement du 27 juin 2013 et conclut, avec suite de frais et dépens, à son annulation en ce sens que les prétentions civiles de A._ et de C._ soient rejetées, que l'intégralité des frais judiciaires soient mis à leur charge et qu'il lui soit alloué une équitable indemnité pour ses dépens relatifs à la procédure de première instance ainsi qu'à celle devant le Tribunal cantonal, à hauteur de 33'736 fr. 65.
Invitées à se déterminer sur le recours, les parties plaignantes ont conclu au rejet de celui-ci dans la mesure de sa recevabilité, avec suite de frais et dépens. La Cour pénale du Tribunal cantonal a conclu au rejet du recours dans la mesure de sa recevabilité et à la confirmation de son jugement. Après communication de ces réponses à X._, celui-ci a persisté dans ses conclusions aux termes de ses observations du 7 janvier 2014. Les intimées et le recourant ont encore déposé des observations spontanées, les 15 et 23 janvier 2014.

Considérant en droit:
1.
B._ a repris les actifs et passifs de C._ au 31 décembre 2013, dans le cadre d'une fusion, de sorte qu'elle succède à C._, en qualité de partie à la procédure (<ref-law> en lien avec l'<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 1).
2.
L'autorité de dernière instance cantonale a statué aussi bien sur les frais et dépens des procédures pénales cantonales que sur les prétentions civiles. La jurisprudence admet que les frais exposés par les parties sont indissociables de la procédure pénale de sorte que les griefs dirigés contre leur fixation doivent être invoqués par la voie du recours en matière pénale (<ref-ruling> consid. 1.1.1 p. 45 s.). Les conclusions civiles relèvent du recours en matière pénale lorsque l'autorité cantonale de dernière instance devait statuer tant sur le plan pénal que civil, le recours en matière civile n'étant recevable que si seule la question civile était encore litigieuse devant l'autorité cantonale (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 702 ss). Dans la configuration d'espèce et dans la mesure où les conclusions prises par le recourant devant le Tribunal fédéral portent sur les frais et dépens pénaux et sur les conclusions civiles, c'est la voie du recours en matière pénale qui est ouverte (<ref-law>).
3.
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, le recourant se plaint d'une décision insuffisamment motivée s'agissant de sa condamnation à restituer les gains perçus, fondée sur l'<ref-law>. Il invoque une violation de son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.).
3.1. Le droit d'être entendu consacré à l'art. 29 al. 2 Cst. implique l'obligation pour le juge de motiver sa décision, afin que le justiciable puisse la comprendre, la contester utilement s'il y a lieu et que l'autorité de recours puisse exercer son contrôle. Il suffit que le juge mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88 et les arrêts cités).
3.2. A teneur du jugement entrepris, l'autorité cantonale a procédé à une subsomption portant sur les conditions d'application de l'<ref-law>, en expliquant notamment pour quelles raisons elle a retenu tant l'existence d'un acte illicite que la mauvaise foi du recourant (jugement entrepris consid. 6.2 p. 10 s.). Elle a ensuite exposé quels profits elle prenait en compte en vue d'établir le montant dû à titre de remise de gain, puis elle a effectué un calcul détaillé sur la base de la comptabilité du recourant (jugement entrepris consid. 6.3 p. 11 s.).
3.3. Contrairement à ce que prétend le recourant en ne se référant qu'à une partie des considérations des juges cantonaux, la lecture du jugement entrepris permet aisément de comprendre le raisonnement suivi par l'autorité précédente. Aussi, l'obligation de motivation a été respectée, le recourant étant en mesure de faire valoir ses objections en toute connaissance de cause. Le grief tiré d'un défaut de motivation doit donc être rejeté.
4.
Dans le recours en matière pénale, les constatations de fait de la décision entreprise lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire (art. 9 Cst.; sur cette notion cf. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.) dans la constatation des faits. La recevabilité d'un tel grief, ainsi que de ceux déduits du droit constitutionnel et conventionnel, suppose l'articulation de critiques circonstanciées (<ref-ruling> consid. 3 p. 104 s.), claires et précises, répondant aux exigences de motivation accrues déduites de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 287). Les critiques appellatoires sont, en particulier, irrecevables (cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
4.1. Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir violé son droit d'être entendu (art. 29 al. 2 Cst.), en refusant d'éditer "sa comptabilité précise" (mémoire de recours, let. E p. 14). Ce refus d'administrer ne ressort pas du jugement entrepris, à teneur duquel, outre les comptes et bilans du recourant, les parties n'ont requis aucune administration de preuve supplémentaire (jugement entrepris, consid. 2 p. 5). Le recourant n'expose pas ni ne démontre, qu'il aurait sollicité l'administration de sa "comptabilité précise", en procédure d'appel. Il n'expose pas non plus que la cour cantonale aurait arbitrairement omis d'en tenir compte. Faute d'élément suffisant pour entrer en matière, son moyen est irrecevable (<ref-law>).
4.2. En tant que le recourant discute l'étendue des services offerts par les intimées sur le territoire Suisse au moment des faits (mémoire de recours, let. C p. 11), il se contente d'affirmations appellatoires. Ses allégations sont dès lors irrecevables. Il en va de même de celles figurant dans sa réplique puisqu'elles tendent à compléter les développements figurant dans son mémoire de recours (cf. <ref-ruling> consid. 1d/aa p. 77; arrêt 6B_614/2012 du 15 février 2013 consid. 1).
5.
Le recourant soutient que l'état de fait n'était pas suffisamment établi pour que l'autorité cantonale se prononce sur les prétentions civiles des intimées, de sorte qu'elle aurait violé l'<ref-law> en refusant de les renvoyer à agir devant le juge civil (mémoire de recours, let. B p. 8).
5.1. L'<ref-law> prévoit que le juge pénal statue sur les conclusions civiles présentées lorsqu'il acquitte le prévenu et que l'état de fait est suffisamment établi. Lorsque les preuves recueillies jusque-là, dans le cadre de la procédure, sont suffisantes pour permettre de statuer sur les conclusions civiles, le juge pénal est tenu de se prononcer sur le sort des prétentions civiles (cf. Message du 21 décembre 2005 relatif à l'unification du droit de la procédure pénale, FF 2006 1057 p. 1153, en lien avec l'art. 124 du projet). Conformément à l'<ref-law>, le tribunal renvoie la partie plaignante à agir par la voie civile lorsqu'elle n'a pas chiffré ses conclusions de manière suffisamment précise ou ne les a pas suffisamment motivées. Il en va de même lorsque le prévenu est acquitté et que l'état de fait n'a pas été suffisamment établi (art. 126 al. 2 let. d CPP).
Quoique régi par les <ref-law>, le procès civil dans le procès pénal demeure soumis à la maxime des débats et à la maxime de disposition ( JEANNERET/KUHN, Précis de procédure pénale, 2013, p. 406 n° 16077; ANETTE DOLGE, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2010, n° 23 ad <ref-law>). Ainsi, l'<ref-law> est applicable au lésé qui fait valoir des conclusions civiles déduites de l'infraction par adhésion à la procédure pénale ( ANETTE DOLGE, op. cit., n° 25 ad <ref-law>; Jeandin/Matz in Commentaire romand, Code de procédure pénale, 2011, n° 2 ad <ref-law>). Cette disposition prévoit que chaque plaideur doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'il allègue pour en déduire son droit.
5.2. S'agissant du fondement des prétentions civiles et de leurs titulaires, la cour cantonale s'est basée sur l'état de fait tel que fixé dans l'arrêt 6B_584/2011 du 11 octobre 2012. En ce qui concerne le montant de ces prétentions, elle s'est fondée en partie sur l'arrêt fédéral (nombre d'abonnements vendus, nombre d'appareils modifiés, prix des abonnements) et en partie sur les déclarations des parties.
5.3. Le recourant fonde son argumentation sur une seule phrase tirée du jugement cantonal, suggérant que celui-ci se base sur des faits qu'il est "osé" d'admettre (cf. jugement entrepris consid. 7.2 p. 13). Or cet élément de fait intervient dans la définition du montant dû à titre de réparation du dommage au sens des <ref-law> ss, montant qui n'a finalement pas été retenu par la cour cantonale, en faveur de celui résultant d'une gestion d'affaire sans mandat au sens de l'<ref-law> (cf. jugement entrepris consid. 7.2 p. 13 in fine). Pour établir le montant dû en vertu de cette disposition, la cour cantonale s'est limitée à prendre en compte les profits résultant de la vente d'abonnements permettant l'accès à des chaînes cryptées. A cet égard, le recourant n'invoque aucune lacune suggérant que l'état de fait n'était pas suffisamment établi. Partant, il ne démontre pas en quoi l'<ref-law> aurait été violé (<ref-law>).
6.
On comprend du mémoire du recourant qu'il invoque une violation de l'<ref-law>.
A cet égard, il ne saurait rien déduire en sa faveur de l'arrêt 6B_167/2012 du 11 octobre 2012 statuant dans une affaire présentant un état de fait similaire, dès lors que la cause a été examinée sous l'angle de la loi sur le droit d'auteur et que le sort des prétentions civiles n'y a pas été traité. Le recourant reprend d'ailleurs le passage topique selon lequel la cour de céans constatait qu'il n'était pas nécessaire d'examiner les griefs relatifs à la remise du gain réclamée (cf. arrêt 6B_167/2012 du 11 octobre 2012 consid. 2.5).
6.1. L'<ref-law> vise l'ingérence inadmissible dans les affaires d'autrui et en règle les conséquences. Le gérant a la volonté de traiter l'affaire d'autrui comme la sienne propre et de s'en approprier les profits. Cette disposition a pour but essentiel d'éviter que l'auteur de l'ingérence ne profite de celle-ci et n'en conserve les profits ( ANNE HÉRITIER LACHAT, in Commentaire Romand, Code des obligations I, 2e éd. 2012, n° 3 ad <ref-law>).
Pour que l'<ref-law> trouve application, il faut en premier lieu une atteinte illicite aux droits d'autrui. L'acte de gestion consacrant cette atteinte doit être compris de manière large ( ANNE HÉRITIER LACHAT, op. cit., n° 5 ad <ref-law>; TERCIER/FAVRE/CONUS, Les contrats spéciaux, 4e éd. 2009, p. 915, n° 6040; JÖRG SCHMID, Die Geschäftsführung ohne Auftrag, 1992, p. 245, n° 751; le même, in Zürcher Kommentar, 3e éd. 1993, n° 15 ad <ref-law>). L'intervention est illicite si elle a lieu sans cause, c'est-à-dire qu'elle ne repose ni sur un contrat ni sur la loi ( TERCIER/FAVRE/CONUS, op. cit., p. 916, n° 6042). Selon la jurisprudence, le gérant agit de manière illicite en commettant un acte d'usurpation (<ref-ruling> consid. 2a p. 72; arrêt 4A_474/2012 du 8 février 2013 consid. 4.1 et les références citées). L'atteinte peut notamment porter sur les droits de la propriété immatérielle ou sur des droits purement patrimoniaux, fondés par exemple sur un contrat ou une interdiction ( TERCIER/FAVRE/CONUS, op. cit., p. 914, n° s 6033-6035).
Pour qu'il y ait gestion d'affaire sans mandat au sens de l'<ref-law>, il faut également que le gérant ait la conscience et la volonté de gérer l'affaire exclusivement ou de manière prépondérante dans son propre intérêt (entre autres TERCIER/FAVRE/CONUS, op. cit., p. 916, n° 6044).
Enfin, l'<ref-law> s'applique si le gérant est de mauvaise foi (<ref-ruling> consid. 4 p. 425; <ref-ruling> consid. 2a p. 72; <ref-ruling> consid. 4b/aa p. 384; arrêts 4A_474/2012 du 8 février 2013 consid. 8.1; 4A_310/2007 du 4 décembre 2007 consid. 7.1). Agit de mauvaise foi, le gérant qui sait ou doit savoir qu'il s'immisce dans la sphère d'autrui sans avoir de motif pour le faire (<ref-ruling> consid. 2a p. 72).
6.2. La cour cantonale a admis que le recourant s'était immiscé dans les affaires des intimées en vendant des appareils dont les composants ou les programmes servaient à décoder frauduleusement les programmes de E._ et en encaissant des frais d'abonnement à un système permettant d'accéder frauduleusement à la chaîne cryptée E._. Elle a retenu en outre que le recourant agissait de mauvaise foi du fait qu'il savait pertinemment que l'accès à la chaîne cryptée E._ nécessitait la conclusion d'un abonnement auprès des intimées.
6.3. Le recourant soutient qu'aucun acte illicite ne peut lui être imputé et met en doute le fait qu'il ait agi de mauvaise foi.
6.3.1. Dès lors que les abonnements proposés par le recourant permettaient aux acheteurs de maintenir l'accès aux programmes décodés à un coût inférieur à celui d'un abonnement officiel, cette fourniture de service constitue un acte d'usurpation au sens de la jurisprudence précitée (cf. supra consid. 6.1) et est à ce titre illicite.
Il ressort de l'état de fait que le recourant a mis en place un système de card sharing permettant à 450 clients de visionner des chaînes cryptées contre une rémunération. Ainsi, il n'avait pas seulement la conscience et la volonté de gérer une telle affaire dans son propre intérêt, il en faisait son fonds de commerce, dans la mesure où la vente d'appareils modifiés constituait 70% de son chiffre d'affaire.
6.3.2. Quant à la mauvaise foi du recourant, celle-ci est établie dans la mesure où ce dernier savait pertinemment que l'accès à la chaîne cryptée E._ nécessitait la conclusion d'un abonnement auprès des intimées. C'est précisément pour cette raison qu'il offrait ses prestations contre une rémunération dont le coût était inférieur à celui d'un abonnement officiel. Le recourant ne conteste pas cet élément de fait (<ref-law>) et n'invoque aucun motif lui permettant de justifier son comportement.
6.4. Au vu de ce qui précède, il y a lieu de constater que les conditions d'application de l'<ref-law> sont réalisées, de sorte que l'on ne saurait reprocher à la cour cantonale d'avoir violé le droit fédéral sur ce point.
7.
Le recourant s'en prend au montant qu'il a été condamné à payer en vertu de l'<ref-law>.
7.1. L'<ref-law> soumet à restitution les profits qui résultent de la gestion intéressée. Le maître doit ainsi rapporter la preuve d'un lien de causalité entre l'usurpation de l'affaire d'autrui et les profits nets réalisés (arrêt 4A_474/2012 du 8 février 2013 consid. 4.2). S'agissant du degré de preuve requis, la vraisemblance prépondérante suffit (cf. <ref-ruling> consid. 3.3 p. 162; <ref-ruling> consid. 4.2.2). Dans la mesure où la restitution porte sur l'enrichissement net du gérant, le maître a la charge de prouver le montant de la recette brute, alors que le gérant doit établir le montant des coûts engagés. Une évaluation par application analogique de l'<ref-law> n'est admissible que si les conditions en sont remplies, à savoir si la preuve est impossible ou qu'on ne puisse l'exiger (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 309 et 4.2 p. 312).
L'auteur du dommage qui conteste le montant de ses gains devra le faire en produisant des décomptes détaillés et ne peut se contenter d'une contestation globale (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 309).
S'agissant des règles générales régissant le fardeau de la preuve dans le cadre du procès civil dans le procès pénal, il est renvoyé supra au consid. 5.1 (2ème §). A cet égard, il est précisé que, lorsque le juge ne parvient pas à constater un fait dont dépend le droit litigieux, il doit statuer au détriment de la partie qui aurait dû prouver ce même fait (<ref-ruling> consid. 2b p. 191 s. et les arrêts cités).
7.2. Pour arrêter le montant dû à titre de remise de gain, la cour cantonale a pris en compte les sommes payées par les abonnés au système mis en place par le recourant pour accéder aux programmes de la chaîne E._, du 8 décembre 2006 au 31 décembre 2007.
7.3. Dans la mesure où le recourant ne soutient pas, conformément aux exigences déduites de l'<ref-law>, que le montant aurait été fixé de manière arbitraire, seules la définition et la méthode de calcul, lesquelles constituent des questions de droit (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 308 et les arrêts cités), peuvent faire l'objet d'un examen par la cour de céans.
7.3.1. S'agissant de la définition des gains perçus en l'espèce, le recourant ne conteste pas que les montants issus des abonnements permettant l'accès à la chaîne E._, constituent des profits découlant de la gestion d'affaire. Dans la mesure où ceux-ci résultent précisément de l'acte illicite du recourant (cf. supra consid. 6.3.1), les considérations cantonales en lien avec la définition du profit ne prêtent pas flanc à la critique.
7.3.2. Quant à la méthode de calcul, la cour cantonale a établi les gains obtenus sur la base des allégations des intimées, elles-mêmes fondées sur la comptabilité du recourant. Elle n'en a pas déduit de charges, faute pour le recourant de les avoir prouvées.
Cette approche est justifiée. En effet, il appartenait au recourant tant de contester le montant des gains perçus que d'apporter les preuves des éventuelles charges à déduire (cf. <ref-law> et 423 al. 2 CO). Le simple fait de contester globalement les prétentions civiles des intimées n'était pas suffisant au sens de la jurisprudence précitée. Le recourant devait produire des décomptes détaillés ou à tout le moins se déterminer de manière circonstanciée sur les allégations des intimées et expliquer en quoi les chiffres figurant dans sa propre comptabilité ne devaient pas intervenir dans le calcul.
S'agissant des charges, il ressort du jugement cantonal (<ref-law>) que le recourant n'a pas tenté de prouver, ni même allégué avoir supporté des frais liés à son activité. Le recourant ne prétend pas le contraire dans son mémoire de recours, il soutient simplement qu'une évaluation au sens de l'<ref-law> aurait dû être faite par le biais d'une expertise. Il se méprend sur ce point, dès lors qu'il n'était pas impossible ni difficile d'exiger de lui qu'il apporte la preuve de telles charges.
Par conséquent, le recourant doit supporter les conséquences de l'absence tant de contestation détaillée liée aux profits, que de preuve relative à ses charges (cf. supra consid. 7.1 en lien avec 5.1).
Au vu de ce qui précède, la cour cantonale n'a pas violé les règles sur le fardeau de la preuve. Le grief du recourant doit être rejeté.
8.
En dernier lieu, le recourant discute la question de la prescription.
8.1. Il soutient que la prescription de l'action civile était acquise, faute d'acte interruptif valable.
8.1.1. Si l'acte interruptif de la prescription nécessite en principe que les conclusions civiles soient chiffrées, il n'est pas nécessaire que le montant soit exact. En effet, il est admis que le lésé qui entend sauvegarder ses droits, doit interrompre la prescription pour le montant le plus élevé pouvant entrer en ligne de compte (<ref-ruling> consid. 2.3.2 p. 679; <ref-ruling> consid. 1c.aa p. 340 et références citées).
8.1.2. En application de l'<ref-law>, la cour cantonale a soumis les prétentions civiles des intimées au délai de prescription plus long de l'action pénale du fait de la réalisation des conditions de l'<ref-law>. Se fondant sur le point de départ retenu par la cour de céans dans son arrêt 6B_584/2011 du 12 octobre 2012, elle a constaté que le délai de prescription de trois ans (cf. <ref-law>) arrivait à échéance en novembre 2010. Retenant toutefois l'existence d'actes interruptifs de la prescription au sens de l'<ref-law>, les 7 décembre 2009 et 30 novembre 2012, lorsque les intimées ont fait valoir leurs conclusions civiles chiffrées devant un tribunal, la cour cantonale a constaté que la prescription civile n'était pas acquise.
8.1.3. Les considérations liées à la durée du délai de prescription ainsi qu'à son point de départ ne font l'objet d'aucune contestation. Autant qu'on le comprenne, le recourant oppose comme seul argument, qu'il n'y a pas eu d'acte interruptif de prescription valable, dès lors que le montant avancé par les intimées devant les juridictions pénales était imprécis (mémoire de recours let. F p. 14: "le calcul opéré par la plaignante était approximatif" ).
Or, au vu de la jurisprudence exposée ci-dessus, les intimées ont valablement interrompu la prescription en faisant valoir des conclusions civiles chiffrées, quand bien même elles étaient plus élevées que le montant finalement obtenu.
Mal fondé, le grief du recourant doit être rejeté.
8.2. En lien avec la prescription pénale applicable à l'action civile, le recourant se prévaut d'une violation de l'<ref-law> et reproche à la cour cantonale d'avoir omis de vérifier si le délai de plainte lié à l'infraction visée à l'<ref-law> avait été respecté par les parties plaignantes (mémoire de recours let. A p. 7).
8.2.1. Lorsqu'une autorité motive le renvoi d'une affaire, ses considérants de droit lient l'autorité inférieure ainsi que les parties, en ce sens que ces dernières ne peuvent plus faire valoir dans un recours contre la nouvelle décision des moyens qui ont été rejetés dans l'arrêt de renvoi. En raison de l'autorité de la chose jugée, de tels moyens sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 208 et les arrêts cités).
8.2.2. Par arrêt 6B_584/2011 du 11 octobre 2012 portant sur le fond de la cause, la cour de céans a acquitté le prévenu du chef de fabrication et mise sur le marché d'équipements servant à décoder frauduleusement des services cryptés (<ref-law>) au motif que la prescription était acquise (cf. consid. 2.3). Dans ce cadre, la réalisation des éléments constitutifs de l'infraction s'agissant de la vente d'appareils permettant de décoder des programmes cryptés n'a pas été contestée. Le renvoi de la cause à l'autorité cantonale portait exclusivement sur les prétentions civiles et sur les frais et dépens des instances cantonales (cf. consid. 5). Il n'incombait dès lors pas à la cour cantonale d'examiner si le délai de plainte évoqué par le recourant avait été respecté. Son grief tiré de la violation de l'<ref-law> est par conséquent irrecevable.
9.
Dans la mesure où les prétentions civiles des intimées trouvent leur fondement à l'<ref-law>, les arguments que le recourant tente de déduire d'une violation des <ref-law>, 8 CC et de l'interdiction d'arbitraire (mémoire de recours let. C p. 8 ss) sont sans objet, en tant qu'ils sont dirigés contre la motivation cantonale subsidiaire liée à l'<ref-law>.
A cet égard, le recourant est en tout état irrecevable à renvoyer la cour de céans à ses "observations du 30 novembre 2012", dès lors que le recours adressé au Tribunal fédéral doit être complet (cf. art. 42 al. 1 et 2 LTF; voir également <ref-ruling> consid. 2.1-2.3 p. 246 ss).
10.
La conclusion du recourant selon laquelle les frais de première et deuxième instances devraient être mis à la charge des intimées, ne fait l'objet d'aucun développement dans son mémoire. Il ne formule ainsi aucun grief conforme au devoir de motivation de l'<ref-law>, de sorte que sa conclusion est irrecevable. Il en va de même de celle tendant au versement de dépens en instance cantonale.
11.
En définitive, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>). Les intimées ayant été invitées à se déterminer sur le recours, il y a lieu de leur allouer des dépens.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Une indemnité de 3'000 fr., à verser aux intimées à titre de dépens, est mise à la charge du recourant.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura.
Lausanne, le 27 mars 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Boëton