Faits:
A. A.a Par ordonnance du 23 mars 2009, sur requête de X._ qui invoquait une créance contre Y._ de 229'086 fr. 55, avec intérêt à 5% l'an dès le 16 mars 2003 - dite prétention faisant l'objet d'un procès devant la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud -, le Juge de paix du district de Lausanne a ordonné le séquestre, en mains de Landolt & Cie, banquiers à Lausanne, de tous avoirs, espèces, valeurs, certificats, créances présentes et futures, papiers-valeurs et autres biens de quelque nature qu'ils soient, en compte, dépôt ou coffre-fort, appartenant à Y._. Les cas de séquestre invoqués étaient ceux de l'art. 271 al. 1 ch. 1, 2 et 4 LP.
Selon le procès-verbal d'exécution de cette ordonnance, le séquestre a porté sur un portefeuille en mains de Landolt & Cie, composé de quatre comptes courants et de deux cents parts d'un fonds de placement immobilier, d'une valeur globale estimée à 388'192 fr. 40.
A.b Le 14 avril 2009, Y._ a formé opposition au séquestre, concluant principalement à la levée de cette mesure, subsidiairement à l'astreinte du créancier séquestrant à la constitution de sûretés.
A.c Le 24 avril 2009, X._ a fait notifier à Y._ un commandement de payer en validation du séquestre. Le poursuivi a fait opposition totale.
B. B.a Par prononcé du 14 mai 2009, le Juge de paix du district de Lausanne a rejeté l'opposition au séquestre, confirmé l'ordonnance du 23 mars 2009 et astreint le créancier séquestrant à la fourniture de sûretés par 30'000 fr. dans un délai au 31 mai 2009 sous forme de garantie bancaire au greffe de la justice de paix, faute de quoi l'ordonnance deviendrait caduque.
B.b Par arrêt du 21 janvier 2010, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté le recours déposé par X._ contre ce prononcé et prolongé le délai pour fournir les sûretés jusqu'à l'échéance d'un délai de quinze jours à compter de la notification de l'arrêt.
C. X._ interjette le 2 mars 2010 un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre cet arrêt, concluant à sa réforme, principalement en ce sens qu'il est dispensé de fournir des sûretés, subsidiairement en ce sens que le montant de celles-ci est réduit à 3'000 fr. Il invoque l'arbitraire (art. 9 Cst.) dans l'application de l'<ref-law>.
Invité à se déterminer sur le recours par courrier recommandé du 14 avril 2010, l'intimé n'a pas retiré son pli. La cour cantonale a renoncé à se déterminer, se référant à son arrêt.
Par ordonnance du 19 mars 2010, l'effet suspensif a été attribué au recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière de poursuite pour dettes (<ref-law>), dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), par une autorité cantonale de dernière instance statuant sur recours (<ref-law>), et interjeté par une partie qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente et qui a un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée (<ref-law>), en temps utile (<ref-law>), le recours en matière civile est en principe recevable. La "version définitive" du mémoire de recours adressée le 15 mars 2010 à la cour de céans par le recourant est recevable, car déposée dans le délai de recours.
1.2 D'après la jurisprudence, la décision sur opposition au séquestre prise par l'autorité judiciaire supérieure (cf. <ref-law>) porte sur des "mesures provisionnelles" au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 234). Il en va de même de l'astreinte aux sûretés, qui est en l'espèce un point accessoire de la décision sur opposition au séquestre.
Ainsi, seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels (cf. <ref-ruling> n° 87). Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés (<ref-law>), c'est-à-dire expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (principe d'allégation; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 3. p. 399/400). Le recourant qui se plaint d'arbitraire ne saurait, dès lors, se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer sa thèse à celle de l'autorité cantonale, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision est manifestement insoutenable (<ref-ruling> consid. 3 p. 352).
L'arbitraire prohibé par l'art. 9 Cst. ne résulte pas du seul fait qu'une autre solution serait concevable, voire préférable; le Tribunal fédéral ne s'écarte de la décision attaquée que lorsque celle-ci est manifestement insoutenable, viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice ou de l'équité. Il ne suffit pas que la motivation de cette décision soit insoutenable; encore faut-il qu'elle soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 260; <ref-ruling> consid. 4.4.1 p. 470).
1.3 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans l'hypothèse d'un recours soumis à l'<ref-law>, le recourant ne peut obtenir la rectification ou le complètement des constatations de fait de l'arrêt cantonal que s'il démontre la violation de droits constitutionnels par l'autorité cantonale. Les art. 95 et 97, ainsi que l'<ref-law> ne s'appliquent donc pas directement puisqu'ils ne sont pas des droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 588). Toutefois, l'application de l'art. 9 Cst. aboutit pratiquement au même résultat: le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires et ont une influence sur le résultat de la décision.
2. 2.1 Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir appliqué l'<ref-law> de manière arbitraire. Conformément à cette disposition, l'astreinte à fournir des sûretés dépend de l'existence d'un dommage que le séquestre pourrait causer au débiteur. Or, en l'espèce, le séquestre ordonné ne causerait aucun dommage à l'intimé, dans la mesure où les biens séquestrés font également l'objet d'un séquestre pénal antérieur, lequel bénéficie d'un privilège par rapport à celui de la LP. En outre, le montant des sûretés doit, le cas échéant, être adapté au cours de la procédure, sur requête de la partie intéressée; c'est la situation qui prévaut au moment de la nouvelle décision qui est décisive, et non celle qui avait cours au moment de l'autorisation de séquestre ou qui était connue à ce moment-là. Ainsi, dans l'hypothèse future d'une levée du séquestre pénal et d'une décision de restitution des biens à l'intimé, le juge du séquestre LP aurait la possibilité d'ordonner des sûretés s'il estimait les conditions remplies. L'art. 61 al. 3 LVLP prévoit précisément la possibilité pour le juge, en tout temps, après audition des parties, soit d'exiger des sûretés lorsqu'il n'en a pas ordonnées, soit d'augmenter, diminuer ou supprimer les sûretés ordonnées. Selon le recourant, l'application de ce qui précède aurait dû conduire les juges précédents à le dispenser de fournir des sûretés.
2.2 La cour cantonale a considéré que, conformément à l'<ref-law>, le juge civil n'est pas lié par les décisions du juge pénal. Partant, les conditions d'un séquestre civil ne sauraient dépendre du sort d'un séquestre pénal sur les mêmes biens; vu l'indépendance des deux types de séquestre, l'indisponibilité pénale des biens ne saurait ipso facto supprimer tout risque de dommage lié au séquestre civil. En l'état, on ignore ce qu'il va advenir des biens séquestrés au pénal; si un jugement pénal concernant notamment l'intimé a été rendu au printemps 2009, il ne serait toutefois pas définitif, de sorte que la levée du séquestre n'est pas encore intervenue. Or, celle-ci pourrait aboutir notamment à une restitution des fonds à leur détenteur, auquel cas l'indisponibilité patrimoniale générée par le séquestre pénal serait levée alors que le séquestre civil déploierait ses effets. Il se justifie donc, selon les juges précédents, de garantir par des sûretés le risque de dommage résultant d'un séquestre infondé.
2.3 Aux termes de l'<ref-law>, le créancier répond du dommage qu'un séquestre injustifié peut causer tant au débiteur qu'aux tiers; le juge peut l'astreindre à fournir des sûretés.
2.3.1 Le droit fédéral règle les conditions et le contenu des sûretés auxquelles le créancier séquestrant peut être astreint. Le juge du séquestre astreindra le créancier à fournir des sûretés lorsque la créance ou le cas de séquestre sont douteux (<ref-ruling> consid. 2a), autrement dit lorsqu'il ne peut pas exclure que les faits qu'il a retenus au stade de la vraisemblance soient autres ou qu'un examen approfondi conduise à une autre solution juridique que celle dictée par un examen sommaire (Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, 2003, nos 27 et 37 ad <ref-law>). Il s'ensuit qu'il n'y aura normalement pas lieu d'imposer la prestation de sûretés lorsque le créancier peut se fonder sur un jugement exécutoire (Stoffel, Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 1998, n° 21 ad <ref-law>).
2.3.2 Les sûretés prévues à l'<ref-law> sont destinées à garantir la prétention en dommages-intérêts du débiteur séquestré, laquelle découle de l'indisponibilité frappant ses droits patrimoniaux (<ref-ruling> consid. 9, 10a et 11a). La responsabilité pour le dommage causé est une responsabilité causale légale. Elle présuppose que le séquestré ait subi un préjudice, que le séquestre fût illicite et qu'il y ait un rapport de causalité entre le séquestre et le dommage. Le devoir de réparer est réduit si le débiteur ne satisfait pas à son obligation de diminuer son dommage et tombe si le séquestré a commis une faute si grave qu'elle interrompe le rapport de causalité (arrêt 5C.177/2002 du 16 octobre 2002 consid. 1, in Pra 2003 n. 72 p. 379).
2.3.3 Le montant des sûretés dépend du dommage éventuel dont est menacé le débiteur en cas de séquestre injustifié (<ref-ruling> consid. 12 p. 103/104; <ref-ruling> consid. 5b p. 283 et les arrêts cités; Gilliéron, op. cit., n° 36 ad <ref-law>; Stoffel, op. cit., n° 22 ad <ref-law>). Parmi les éléments pertinents pour apprécier ce dommage éventuel figurent la durée prévisible du procès en validation de séquestre ainsi que les intérêts des emprunts que le débiteur peut devoir contracter pour pallier la privation de ses avoirs (<ref-ruling> consid. 11a et 11b p. 102/103). Selon la doctrine, un montant équivalent à deux années d'intérêt devrait souvent se révéler justifié (Stoffel, op. cit., n° 22 ad <ref-law> et la référence citée). Le dommage dont les sûretés visent à garantir la réparation comprend en outre les frais exposés dans les procédures de validation du séquestre et d'opposition à l'ordonnance de séquestre; en revanche, les frais de séquestre et de la poursuite en validation du séquestre ne font pas partie du dommage, et ne peuvent donc pas être pris en considération dans les sûretés (<ref-ruling> consid. 10 p. 100 et les références citées; Gilliéron, op. cit., n° 36 ad <ref-law>; Stoffel, op. cit., n° 22 ad <ref-law> et les références citées, Jeandin, Mainlevée sommaire de l'opposition : développements récents et perspectives, in JT 2006 II p. 51 ss, p. 73).
2.3.4 La décision en matière de sûretés n'est pas définitive; l'autorité de séquestre peut la reconsidérer en présence de faits nouveaux (<ref-ruling> consid. 2b p. 115), tels que la perte de vraisemblance de la créance depuis le moment où la mesure a été autorisée, la durée imprévue de la procédure en validation ou la diminution de valeur des sûretés primitives (Reeb, Les mesures provisoires dans la procédure de poursuite, in: RDS 116/1997 II p. 468 et les arrêts cités). L'autorité de séquestre apprécie librement s'il y a lieu d'augmenter les sûretés, sous la seule réserve de la prohibition de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2c p. 115; SJ 1987 p. 586 consid. 4, non publié aux <ref-ruling> n° 22; Gilliéron, op. cit., n° 27 ad <ref-law>; Stoffel, op. cit., n° 20 ad <ref-law>).
2.4 En l'espèce, c'est à juste titre que le recourant soutient que le séquestre ordonné ne cause à l'intimé, en l'état, aucun dommage lié à l'indisponibilité des fonds séquestrés, dans la mesure où ceux-ci sont déjà indisponibles du fait du séquestre pénal. La cour cantonale ne pouvait donc pas, sans arbitraire, ordonner la fourniture de sûretés pour ce motif. Il pourrait en aller différemment au moment où le séquestre pénal sera levé, auquel cas il appartiendra au débiteur séquestré de requérir des sûretés de ce fait. En revanche, le recourant perd de vue que les sûretés ne visent pas uniquement à couvrir le dommage lié à l'indisponibilité des biens séquestrés, mais également les frais liés à la procédure de validation du séquestre et d'opposition à celui-ci.
A cet égard, si la jurisprudence et la doctrine admettent que le séquestré est tenu de réduire son dommage, en ce sens qu'il doit prendre, après l'exécution du séquestre et des mesures de sûretés, les mesures nécessaires que l'on peut raisonnablement attendre de lui pour atténuer les effets de l'acte ou pour limiter le dommage, par exemple former opposition à l'ordonnance de séquestre et, le cas échéant, recourir contre la décision sur opposition ou ouvrir action en constatation de son droit de distraction ou encore porter plainte contre l'exécution du séquestre (cf. arrêt 5C.177/2002 du 16 octobre 2002 consid. 1 précité; Gilliéron, op. cit., n° 17 ad <ref-law> et les références; Stoffel/Chabloz, Commentaire romand, Poursuite et faillites, n° 11 ad <ref-law>), on ne peut pas attendre du juge du séquestre qu'il examine déjà au stade de l'astreinte aux sûretés si le séquestré aurait dû s'opposer au séquestre et recourir le cas échéant pour le motif que le séquestre qu'il a lui-même prononcé serait illégal ou infondé. Cet examen doit être fait au moment de l'action en dommages-intérêts subséquente. Au stade de la prestation des sûretés, il suffit donc de constater quelles procédures peuvent causer un dommage au débiteur séquestré.
2.5 Ainsi, il y a lieu d'admettre partiellement le recours et de renvoyer la cause à la cour cantonale pour qu'elle statue sur le montant des sûretés à fournir par le recourant, compte tenu du fait que l'intimé a renoncé à poursuivre la procédure d'opposition au séquestre - ce que les juges précédents ont omis de constater dans l'arrêt attaqué comme le relève à juste titre le recourant - et des frais que celui-ci pourrait devoir supporter dans le cadre de la procédure en validation de séquestre, le Tribunal fédéral n'étant pas à même de les estimer.
3. Vu ce qui précède, le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants qui précèdent. Les frais de la procédure seront supportés par moitié par chacune des parties (<ref-law>). Le recourant a droit à des dépens partiels, contrairement à l'intimé qui ne s'est pas déterminé (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis pour moitié à la charge de chacune des parties.
3. Une indemnité réduite de 2'000 fr., à payer au recourant à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 10 mai 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Aguet