Faits:
A. ACCORDA Assurance Maladie est une société anonyme à but non lucratif, dont le siège est à Givisiez. Son capital social est de 6'000'000 fr. Elle a été fondée en 1998 par des professionnels de la santé (médecins, pharmaciens, hôpitaux et autres prestataires de soins). Son but statutaire est la gestion d'une caisse-maladie fournissant en Suisse toute prestation dans le domaine de l'assurance-maladie obligatoire; la société fournit également des prestations dans le domaine des assurances complémentaires. En 2002, elle comptait environ 22'000 assurés. Actuellement, ce nombre est de 12'000 environ.
Par lettre du 3 mai 2003, ACCORDA SA a informé l'Office fédéral des assurances sociales (OFAS) qu'elle n'avait pas été en mesure de lui adresser les comptes et le bilan de l'exercice 2002 dans les délais; un audit était en cours et informerait avec précision les organes de la société sur la situation. A la demande de l'OFAS, elle a adressé à ce dernier, le 6 mai 2003, les comptes provisoires et un projet de bilan provisoire de l'exercice 2002. Elle exposait qu'elle avait vu pratiquement tripler le nombre de ses assurés au cours de l'année 2002 et que cette croissance avait créé une surcharge de travail que la direction n'avait pas pu maîtriser dans les délais voulus. L'information au conseil d'administration était très déficiente et, de ce fait, ce dernier manquait d'une vision claire sur la gestion de la société. Enfin, un mandat d'audit avait été confié à la société W._. Invitée par l'OFAS à fournir des précisions sur les faits qui laisseraient supposer une dégradation de la gestion de la société, ACCORDA SA a répondu, le 12 mai 2003, que l'audit en cours apporterait des éclaircissements sur la situation à la fin du mois de mai, et qu'elle était probablement victime de malversations et de détournements; elle s'est également référée à un courrier que son organe de révision, Z._ SA, aurait entre-temps fait parvenir à l'office, selon lequel la société se trouvait confrontée à un possible surendettement.
Le 20 mai 2003, une réunion a eu lieu entre des représentants de l'OFAS, de l'Office fédéral des assurances privées (OFAP) et des représentants de la caisse, en présence d'un responsable de l'organe de révision. Les représentants de l'OFAP ont proposé d'accorder un délai de 10 jours à ACCORDA SA pour prendre des mesures, en particulier pour trouver un partenaire prêt à reprendre le portefeuille des assurés ou obtenir un apport important de fonds. L'OFAS s'est rallié à cette proposition. ACCORDA SA, par son conseil d'administration, s'est engagée à obtenir des apports financiers permettant de boucler les comptes 2002, à mettre en oeuvre des mesures administratives et de gestion qui garantissent le respect des droits des assurés et, enfin, à trouver un partenaire prêt à reprendre les actifs et passifs de la société.
Par lettre du 21 mai 2003, adressée au conseil d'administration de la société, l'OFAS a confirmé les termes de cette entrevue, en faisant référence au dépôt de l'avis au juge de la situation de surendettement, qui devait être donné le même jour par Z._ SA, conformément à l'<ref-law>. L'OFAS a fixé à l'administration un délai au 30 mai 2003 pour prendre les mesures convenues.
B. Le 21 mai 2003, Z._ SA a effectivement informé le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine que, bien que le conseil d'administration d'ACCORDA SA n'eût pas encore approuvé les comptes de l'exercice 2002, le surendettement de la société, à la fin de l'exercice 2002, s'élevait à 834'665 fr., établi comme suit:
- capital actions 6'000'000 fr.
- capital bons de participation 642'500 fr.
- pertes reportées au 01.01.02 -3'127'094 fr. 82
- pertes de l'exercice 2002 -4'350'070 fr. 54
- surendettement 834'665 fr. 36
Z._ SA indiquait que, malgré son surendettement, la société pouvait compter sur le versement régulier de primes de 27'000 assurés environ. Elle disposait donc actuellement de liquidités suffisantes (plusieurs millions) pour continuer son exploitation ordinaire. Compte tenu également des mesures d'assainissement exigées par l'OFAS, l'organe de contrôle estimait raisonnable d'ajourner la faillite de 10 jours. Dans l'hypothèse où un plan d'assainissement ne serait pas présenté, la nomination d'un curateur avec privation du conseil d'administration de son pouvoir de disposition paraîtrait une mesure judicieuse, dès lors qu'il n'était pas exclu qu'un repreneur du monde de l'assurance sociale s'intéressât à la reprise de la société.
Par courrier du 6 juin 2003, l'OFAS a écrit au Président du Tribunal de l'arrondissement de la Sarine pour l'informer qu'il soutenait toute proposition allant dans le sens d'une continuation, au moins provisoire, des activités d'ACCORDA SA, afin de permettre, le cas échéant, de mener à bien des pourparlers en vue d'une reprise du portefeuille des assurés ou de la société toute entière par un autre assureur.
A l'audience du 11 juin 2003, après avoir entendu les représentants de toutes les parties intéressées, en particulier d'ACCORDA SA, de l'OFAP et de l'OFAS, ce même président a prononcé l'ajournement de la faillite. Un délai expirant au 30 juin 2003 a été imparti à ACCORDA SA pour se déterminer sur l'évolution de sa situation, notamment sur l'évolution des mesures d'assainissement prévues.
C. Auparavant, le 26 mai 2003, W._ a rendu son rapport d'audit intitulé «Diagnostic organisationnel et financier». Ce rapport constate que la société connaît d'importantes difficultés au niveau de l'organisation et sur le plan financier, et énumère les mesures à prendre pour y remédier. Il relève certains abus commis par le personnel et la direction de la société. Il met l'accent sur la faiblesse du contrôle interne et souligne l'incidence sur les comptes d'une convention passée le 21 novembre 2001 par ACCORDA SA avec l'Hospice général de Genève pour l'assurance de l'ensemble des requérants d'asile aidés financièrement par cet établissement.
Le rapport a été remis à l'OFAS le 16 juin 2003. Par lettre du 20 juin 2003, l'OFAS a invité ACCORDA SA à lui communiquer les mesures concrètes qu'elle entendait prendre immédiatement pour assainir sa situation et améliorer sa gestion administrative. L'office désirait également être informé sur l'avancement des négociations en vue d'une reprise éventuelle de la société par un autre assureur. Par fax du même jour, ACCORDA SA a informé l'OFAS que son conseil d'administration souhaitait, dans le cadre de mesures d'assainissement, augmenter les primes dans les cantons de Genève et de Neuchâtel à compter du 1er septembre 2003. ACCORDA SA a par la suite renoncé à procéder à une augmentation de primes en cours d'année, faute d'avoir pu fournir à l'OFAS les documents requis en temps utile.
Le 26 juin 2003, ACCORDA SA a communiqué à l'OFAS diverses informations relatives à son déficit pour l'année 2002, sur l'état de sa trésorerie en 2003, ainsi que sur des mesures de réorganisation entreprises avec l'appui de W._.
Le 17 juillet 2003 s'est tenue une nouvelle audience devant le Président du Tribunal de l'arrondissement de la Sarine. Un représentant de W._ a produit les comptes définitifs pour l'année 2002. Il en résultait au 31 décembre 2002 un surendettement de 1'334'808 fr. et un capital au 30 avril 2003 de 346'905 fr. Un délai expirant le 30 août 2003 a été imparti à ACCORDA SA pour communiquer au juge et aux offices fédéraux les décisions qui seraient prises par l'assemblée générale quant aux mesures d'assainissement et toute information utile quant à la mise en oeuvre de ces mesures.
Le 13 août 2003, l'OFAS a informé ACCORDA SA qu'il entendait proposer au Département fédéral de l'intérieur (DFI) de retirer à l'assureur l'autorisation de pratiquer l'assurance-maladie sociale et il l'a invitée à se déterminer sur cette éventualité.
Une assemblée générale des actionnaires a été convoquée le 19 août 2003. Il a été décidé de «splitter» les actions dorénavant toutes d'une valeur nominale de 1'250 fr., d'augmenter le capital-actions d'un montant de 1'500'000 fr. par l'émission de 1200 actions nominatives de 1'250 fr., de procéder à une augmentation de capital autorisée de 1'500'000 fr. et, enfin, de fixer dans les statuts de la société la possibilité pour le conseil d'administration de créer un capital-participation de 2'000'000 fr. au maximum.
Le 22 août 2003, l'OFAS a pris acte des mesures décidées par l'assemblée générale. Il relevait qu'au vu des prévisions chiffrées pour 2003 que la caisse-maladie lui avait fait parvenir dans le cadre de la nouvelle procédure d'augmentation des primes prévue par le conseil d'administration pour 2004, l'augmentation ordinaire du capital décidée par l'assemblée générale ne suffirait pas, selon toute vraisemblance, pour parvenir à un exercice comptable 2003 équilibré. L'office maintenait son intention de proposer au DFI de retirer l'autorisation de pratiquer l'assurance-maladie sociale à la société pour la fin de l'année.
D. Le 3 septembre 2003, le DFI a pris à l'encontre d'ACCORDA SA la décision suivante :
1. Retrait de l'autorisation
1.1 L'autorisation de pratiquer l'assurance-maladie sociale est retirée à la société anonyme ACCORDA SA, sise à Fribourg, conformément à l'art. 13, al. 3, LAMal avec effet au plus tard au 1er janvier 2004.
1.2 La reconnaissance au sens de l'art. 12, al. 5, OAMal est retirée simultanément à la société anonyme ACCORDA SA.
1.3 Les rapports d'assurance de l'assurance obligatoire des soins de tous les assurés affiliés auprès de ACCORDA SA sont résiliés au 31 décembre 2003. Il en va de même pour les contrats d'assurance de l'assurance facultative d'indemnités journalières au sens des <ref-law> au 31 décembre 2003.
2. Modalités
2.1 ACCORDA SA doit garantir en tout temps le respect des droits de ses assurés. Elle doit notamment respecter le droit au libre choix de l'assureur et s'attacher à donner une information individuelle objective et complète à tous les assurés, après l'avoir préalablement soumise à l'OFAS pour approbation.
2.2 Les assurés qui sont au bénéfice de l'assurance d'indemnités journalières selon les art. 67 à 77 LAMal doivent être renseignés sur leur droit de libre passage conformément à l'art. 70, al. 3, LAMal.
2.3 ACCORDA SA doit collaborer avec les autorités cantonales compétentes et leur transmettre gratuitement toutes informations et toutes données utiles afin de garantir et de faciliter le passage de tous les assurés auprès d'un assureur-maladie admis, à compter du 1er janvier 2004.
2.4 ACCORDA SA est tenue de faire examiner par un organe de révision externe et indépendant qui remplit les exigences des art. 727b et 727c CO que la procédure de retrait a été suivie de manière conforme au droit. Cet organe de révision établira à l'intention des autorités de surveillance un rapport attestant ce point, en particulier le fait que les assurés auront été correctement informés sur leurs droits et obligations en relation avec leur affiliation auprès d'un assureur-maladie admis.
Cette décision était motivée par le fait qu'ACCORDA SA n'avait pas présenté au juge et aux autorités de surveillance des mesures d'assainissement susceptibles d'améliorer de manière sensible la situation au plan financier. Les perspectives au 31 décembre 2003 (réserve légale négative, surendettement actuel, bilan prévisionnel négatif) ne portaient pas à l'optimisme. En l'état, ACCORDA SA n'avait pas pu fournir des garanties suffisantes ou des options de financement propres à assurer son assainissement à fin 2003. Selon les dernières données chiffrées fournies (prévisions actualisées pour 2003 communiquées à l'OFAS à fin juillet 2003), ACCORDA SA prévoyait de subir une perte d'exploitation de l'ordre de 2,9 millions de francs. Au vu de ces prévisions, l'augmentation ordinaire du capital de 1,5 million de francs décidée par l'assemblée générale du 19 août 2003 ne suffirait pas, selon toute vraisemblance, pour parvenir à un exercice comptable équilibré.
Indépendamment de cette situation, le DFI relevait de nombreuses lacunes dans l'organisation de la société. Ainsi, outre le dépassement quasi systématique des délais de remise des documents requis sous forme écrite ou sous forme électronique, la non-concordance entre les documents reçus et les graves lacunes constatées dans lesdits documents, ainsi que l'absence de communication régulière vis-à-vis des autorités de surveillance, en particulier dans une phase d'assainissement, ne permettaient plus de considérer que la société disposait d'une organisation lui permettant de remplir les conditions nécessaires pour pratiquer l'assurance-maladie sociale conformément aux exigences de la loi et à ses dispositions d'exécution.
E. ACCORDA SA a formé un recours de droit administratif, dans lequel elle a conclu à l'annulation de cette décision. Le DFI a conclu au rejet du recours.
F. Par ordonnance du 6 novembre 2003, le Président du Tribunal fédéral des assurances a attribué l'effet suspensif au recours de droit administratif.
G. Un deuxième échange d'écritures a été ordonné, au terme duquel les parties ont persisté dans leurs conclusions respectives.

Considérant en droit:
1. La recourante a demandé, dans l'acte de recours, la possibilité de compléter ses écritures ultérieurement. Dans la mesure où elle s'est exprimée dans le cadre d'un deuxième échange d'écritures, il y a lieu de considérer que cette demande est devenue sans objet.
2. La décision attaquée est une décision émanant d'un département au sens de l'art. 98 let. b OJ auquel renvoie l'art. 128 OJ; selon cette disposition, le Tribunal fédéral des assurances connaît en dernière instance des recours de droit administratif contre des décisions au sens des art. 97, 98 let. b à h OJ et de l'art. 98a OJ, en matière d'assurances sociales. Aucune des clauses d'exclusion mentionnées à l'art. 129 en corrélation avec l'art. 101 sv. OJ n'étant réalisée, le recours, formé en temps utile, est en principe recevable mais il convient encore d'examiner si la recourante a qualité pour agir (art. 103 OJ en corrélation avec l'art. 132 OJ).
A cet égard, seul l'art. 103 let. a OJ est susceptible d'entrer en considération.
3. Aux termes de l'art. 103 let. a OJ, a qualité pour recourir quiconque est atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée. La jurisprudence considère comme intérêt digne de protection, au sens de cette disposition, tout intérêt pratique ou juridique à demander la modification ou l'annulation de la décision attaquée que peut faire valoir une personne atteinte par cette dernière. L'intérêt digne de protection consiste ainsi en l'utilité pratique que l'admission du recours apporterait au recourant ou, en d'autres termes, dans le fait d'éviter un préjudice de nature économique, idéale, matérielle ou autre que la décision attaquée lui occasionnerait. L'intérêt doit être direct et concret; en particulier, la personne doit se trouver dans un rapport suffisamment étroit avec la décision; tel n'est pas le cas de celui qui n'est atteint que de manière indirecte ou médiate (<ref-ruling> consid. 1b, 82 consid. 3a/aa, 125 V 342 consid. 4a et les références).
L'art. 103 let. a OJ vise ainsi en priorité le droit de recours d'un particulier ou d'une personne morale privée contre une décision de l'autorité. Dans le cas présent, le DFI intervient en qualité d'autorité de surveillance habilitée à autoriser la pratique de l'assurance-maladie sociale ou à prononcer le retrait de cette autorisation (<ref-law>) à l'égard d'un assureur chargé de la gestion de l'assurance obligatoire mentionné à l'<ref-law>. L'assureur apparaît ici comme un délégataire chargé par la loi directement d'exécuter une tâche publique administrative en son nom mais pour le compte de la Confédération (Blaise Knapp, L'exécution de tâches publiques fédérales par des tiers, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Organisations- recht, ch. 92 sv.; Tomas Poledna, Krankenversicherungen und ihre rechtliche Organisation im Spannungsfeld von Aufgabenerfüllung und Staatsaufsicht, in: Forum droit de la santé, Zurich 2002, p. 12). Dans cette mesure, il se trouve dans une situation analogue à celle d'une corporation de droit public à qui la qualité pour former un recours de droit administratif n'est en règle ordinaire pas reconnue ou ne l'est que sous certaines conditions. Une exception est notamment prévue en faveur des communes et autres corporations publiques quand elles se plaignent d'une violation de leur autonomie ou d'une atteinte à leur existence (<ref-ruling> consid. 3a/bb). On parle, dans ce cas, d'un «intérêt juridique qualifié» (<ref-ruling> consid. 3b). En l'occurrence, il en va de l'existence même de la recourante en tant qu'institution d'assurance, de sorte qu'elle a un intérêt évident à demander l'annulation de la décision attaquée.
4. Le litige ne concerne pas l'octroi ou le refus de prestations d'assurance au sens des art. 132 et 134 OJ. Le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral des assurances est dès lors défini par les art. 104 et 105 OJ. Le tribunal doit ainsi examiner si l'autorité intimée a violé le droit fédéral, y compris par l'excès ou par l'abus de son pouvoir d'appréciation (art. 104 let. a OJ). Comme le recours n'est pas dirigé contre la décision d'une autorité judiciaire (art. 105 al. 2 OJ), le tribunal peut revoir d'office les constatations de fait (art. 105 al. 1 OJ; <ref-ruling> consid. 3 in fine). En revanche, la recourante ne peut pas invoquer l'inopportunité de la décision attaquée (art. 104 let. c OJ a contrario).
5. 5.1 L'autorisation de pratiquer l'assurance-maladie sociale est subordonnée à plusieurs conditions énumérées à l'<ref-law>. En particulier, les assureurs doivent disposer d'une organisation et pratiquer une gestion qui garantissent le respect des dispositions légales (<ref-law>). C'est ainsi, par exemple, que leur administration doit être adaptée au nombre d'assurés et au rayon d'activité de la caisse. Mais il faut aussi que cette organisation fonctionne bien et qu'en particulier les responsables disposent des aptitudes et des compétences nécessaires à la gestion d'une assurance sociale (Message du Conseil fédéral concernant la révision de l'assurance-maladie sociale, du 6 novembre 1991, FF 1992 I 128).
Les assureurs doivent être aussi en mesure de remplir leurs obligations financières en tout temps (art. 13 al. 2 let. c LAMal). Ils sont tenus de disposer des réserves prescrites et de liquidités suffisantes. L'exigence financière doit être respectée en tout temps; en cas d'insuffisance dans l'assurance-maladie sociale, les primes de celle-ci devront être augmentées. Parmi les obligations des assureurs figurent non seulement le versement des prestations d'assurance et la création des réserves, mais également les contributions à l'institution commune pour financer les tâches de celle-ci, conformément à l'<ref-law>, ainsi que les paiements à la même institution au titre de la compensation des risques selon l'<ref-law> (message précité, FF 1992 I 129). Indépendamment de ses obligations intransmissibles en matière de gestion financière (<ref-law>; cf. Forstmoser/Meier-Hayoz/Nobel, Schweizerisches Aktienrecht, Berne 1996, § 30 ch. 39 ss), le conseil d'administration d'une caisse-maladie a l'obligation, en vertu du droit de l'assurance-maladie, d'informer l'autorité de surveillance de toute modification de sa situation financière qui pourrait porter atteinte à l'exécution des tâches qui lui incombent en vertu de la loi (Isaak Meier/Jürgen Brönnimann/Pia Gianinazzi, Probleme bei Insolvenz von Krankenkassen in: Forum droit de la santé, Zurich 2003, pp. 26 et 36).
Le DFI autorise les institutions d'assurance qui satisfont aux exigences de la loi (assureurs) à pratiquer l'assurance-maladie sociale (<ref-law>). Il retire l'autorisation de pratiquer cette assurance si l'assureur en fait la demande ou s'il ne remplit plus les conditions légales; ce faisant, il veille à ce que le retrait ne porte effet qu'au moment où tous les assurés auront été repris par d'autres assureurs (<ref-law>; <ref-law>).
5.2 Les assurances complémentaires que les caisses-maladie ont le droit de pratiquer, en plus de l'assurance-maladie sociale au sens de la LAMal (<ref-law>), sont soumises à la loi fédérale sur le contrat d'assurance (LCA), tandis que l'assurance-maladie sociale est régie par le droit public de la Confédération. Cette dualité de régime juridique entraîne une répartition des compétences en matière de surveillance entre deux offices de la Confédération: l'Office fédéral des assurances privées (dépendant du Département fédéral de justice et police) est compétent pour la surveillance de la pratique des assurances complémentaires désignées à l'<ref-law> (<ref-law> et <ref-law>); pour sa part, l'OFAS (dépendant du DFI) surveille la pratique de l'assurance obligatoire des soins et de l'assurance facultative d'indemnités journalières au sens des art. 24 à 31 et 67 à 77 LAMal (<ref-law>). L'OFAS exerce en outre une surveillance institutionnelle des caisses-maladie et des institutions mentionnées à l'<ref-law> en veillant à ce que celles-ci soient constamment en mesure de remplir les conditions de la reconnaissance et de l'autorisation de pratiquer (<ref-law>; à propos de la surveillance des assureurs-maladie par la Confédération, voir Gebhard Eugster, Krankenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, ch 67; Theodor Laubscher, La surveillance des assureurs maladie par la Confédération selon le nouveau droit, in: Sécurité sociale, 1995, p. 244 ss, ainsi que Daniel Wiedmer, La surveillance des assureurs-maladie, in: Sécurité sociale 2000, p. 248 ss).
5.3 En vertu de l'ancien droit (LAMA), dans les cas où l'assureur ne suivait pas les prescriptions légales, l'OFAS avait la possibilité de bloquer totalement ou partiellement les subsides fédéraux destinés à un assureur et, dans les cas graves, de les refuser purement et simplement (art. 33 al. 3 LAMA). Sous le régime de la LAMal, cette sanction, qui avait fait ses preuves, n'est plus possible, attendu que les subsides fédéraux ne sont plus versés aux assureurs, mais directement aux assurés.
Au moment de l'entrée en vigueur de la LAMal, la surveillance de l'OFAS se restreignait à une surveillance limitée, le législateur étant parti de l'idée qu'il convenait d'accorder aux assureurs une très grande autonomie et élargir leur responsabilité propre, la concurrence entre assureurs devant notamment jouer un rôle d'auto-surveillance et, de ce fait, limiter au minimum l'activité de surveillance exercée par la Confédération (voir à ce sujet Daniel Wiedmer, loc. cit., p. 248). L'expérience a toutefois montré que les moyens à disposition de l'OFAS n'étaient pas adaptés à la situation et il a également fallu prévoir des sanctions moins lourdes que le retrait de l'autorisation de pratiquer, afin de respecter le principe de proportionnalité. Ces considérations ont amené le législateur à apporter des modifications à l'<ref-law> (RO 2000 2305; voir également le Message du Conseil fédéral du 21 septembre 1998 concernant l'arrêté fédéral sur les subsides fédéraux dans l'assurance-maladie et la révision partielle de la loi fédérale sur l'assurance-maladie, FF 1999 755 sv.). Dans sa nouvelle version, actuellement en vigueur, l'<ref-law> prévoit que l'OFAS peut adresser aux assureurs des instructions visant à l'application uniforme du droit fédéral, requérir d'eux tous les renseignements et les documents nécessaires et procéder à des inspections. Ces dernières peuvent être effectuées sans avoir été annoncées. Les assureurs doivent accorder à l'office le libre accès à toutes les informations qu'il juge pertinentes dans le cas de l'inspection. Ils doivent lui communiquer leur rapport et leurs comptes annuels. Selon l'<ref-law> (dans sa version également en vigueur depuis le 1er janvier 2001), si un assureur enfreint les prescriptions légales, l'office prend, selon la nature et la gravité des manquements, les mesures suivantes:
a. il veille, aux frais de l'assureur, au rétablissement de l'ordre légal;
b. il donne à l'assureur un avertissement et lui inflige une amende d'ordre;
c. il propose au département de retirer l'autorisation de pratiquer l'assurance-maladie sociale.
En cas d'inobservation de prescriptions d'ordre, les assureurs, les réassureurs et l'institution commune seront punis d'une amende de 5'000 fr. au plus, notamment s'ils ont contrevenu aux obligations et aux instructions visées aux art. 21 à 23 LAMal ou violé des dispositions relatives au système financier et à la présentation des comptes selon l'<ref-law> (<ref-law>, en vigueur depuis le 1er janvier 2001).
L'OFAS dispose ainsi d'un éventail de moyens coercitifs qui lui permet de prendre des mesures conformes au principe de proportionnalité dans des situations où le retrait de l'autorisation de pratiquer - mesure qui était déjà prévue dans la version initiale de l'<ref-law> - pouvait apparaître excessif (FF 1999 768 sv.; Tomas Poledna, op. cit., p. 30).
5.4 La loi ne précise pas ce qu'il faut entendre par l'expression «être en mesure de remplir leurs obligations financières en tout temps» figurant à l'art. 13 al. 2 let. c LAMal. S'agissant d'un assureur revêtant la forme d'une société anonyme, cette condition n'est en tout cas plus remplie en cas de surendettement au sens de l'<ref-law>, à tout le moins quand il n'existe pas de perspectives concrètes d'assainissement (Isaak Meier/Jürgen Brönnimann/Pia Gianinazzi, op. cit., pp. 25 et 36).
L'<ref-law> permet au juge qui reçoit l'avis obligatoire de l'<ref-law> d'ajourner la faillite, à la requête du conseil d'administration ou d'un créancier, si l'assainissement de la société paraît possible; dans ce cas, il prend les mesures propres à la conservation de l'actif social. Le requérant doit présenter au juge un plan d'assainissement exposant les mesures propres à assainir la société. Ledit plan se prononcera sur les mesures à prendre, telles qu'une postposition par les créanciers de la société, la conversion de créances en actions, des cautionnements ou garanties bancaires, des souscriptions fermes d'actionnaires pour une augmentation de capital, ainsi que le délai dans lequel le surendettement sera éliminé (Florian Chaudet, Ajournement de la faillite de la société anonyme, conditions, effets, compétences et responsabilité [<ref-law>], thèse Lausanne 2001, p. 138; Christine Hertel, Ajournement de la faillite, in: Insolvenz- und Wirtschaftsrecht 3/1998 p. 111; Pascal Montavon, Droit suisse de la SA, tome II, p. 453 ss et p. 463 sv. ; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 2ème édition, 1996, ch. 1717; Hanspeter Wüstiner, Basler Kommentar, Obligationenrecht II, note 7 ad <ref-law>).
5.5 L'ajournement de la faillite par le juge ne fait pas obstacle à une décision du DFI de retirer à un assureur l'autorisation de pratiquer l'assurance-maladie sociale. Lorsqu'il estime les chances d'un assainissement réussi et durable, le juge prend en considération, en particulier, l'intérêt des créanciers qui ne doivent pas se trouver dans une situation plus mauvaise qu'en cas d'ouverture immédiate de la faillite (<ref-ruling> sv. consid. 2b). En effet, dans sa définition large, le but de l'<ref-law> consiste à protéger les droits des créanciers sociaux et des éventuels créanciers futurs. Dans sa définition étroite, il tend à éviter de retarder le prononcé de la faillite en protégeant les créanciers d'une manière déterminée, en ce sens qu'à partir d'un certain degré de difficulté financière, le conseil d'administration n'est plus apte à juger lui-même en raison du fait que les décisions à prendre reposent sur un trop grand nombre d'intérêts contradictoires (Roland Ruedin/Emmanuel Piaget, Le moment de l'avis au juge, PJA 11/2003, p. 1332 sv.; voir aussi Nicolas Jeandin, L'article 725a CO : no man's land procédural, in: Insolvence, désendettement et redressement, Etudes réunies en l'honneur de Louis Dallèves, Bâle, Genève, Munich, 2000, p. 145). En revanche, l'intérêt des assurés de la caisse intéressée, de l'institution commune et, au travers d'elle, de la communauté de l'ensemble des assurés, l'intérêt public à une administration irréprochable d'une branche importante de l'assurance sociale de la Confédération (cf. Tomas Poledna, op. cit., p. 56), ainsi que la confiance du public en général dans le régime de l'assurance-maladie sociale sont des critères à prendre en considération dans le cadre d'une décision de retrait de l'autorisation de pratiquer au sens de l'<ref-law>.
En cas de surendettement, le DFI est donc en principe en droit de prendre une décision de retrait de l'autorisation de pratiquer, dès lors que les conditions de l'autorisation accordée précédemment ne sont plus remplies. Ce n'est pas la tâche de l'autorité de surveillance que de prendre à tout prix des mesures nécessaires à la survie de l'assureur. Il reste que l'OFAS, avant de proposer au DFI un retrait de l'autorisation de pratiquer, peut tenir compte, au regard des critères susmentionnés, de la décision du juge d'ajourner la faillite. Il peut d'ailleurs inviter lui-même l'assureur à demander un ajournement de la faillite (Isaak Meier/Jürgen Brönnimann/Pia Gianinazzi, op. cit., p. 69). Lorsque la requête d'ajournement émane de l'assureur, l'OFAS est habilité, dans le cadre de son pouvoir de surveillance, à lui donner des instructions contraignantes sur le contenu du plan d'assainissement à l'appui de la requête d'ajournement et donc sur les mesures d'assainissement envisagées et le temps nécessaire pour éliminer le surendettement. Il dispose à cet égard d'un large pouvoir d'appré-ciation dans le choix de ces mesures et le délai dans lequel le plan d'assainissement doit être réalisé. Il est nécessaire, en tout cas, qu'une société aux bases financières saines ressorte, avec une haute probabilité, du processus d'assainissement (Christine Hertel, loc. cit., p. 111; Florian Chaudet, op. cit., p. 206; Hanspeter Wüstiner, op. cit. note 6 ad <ref-law>). Il importe en outre, du point de vue de l'assurance-maladie, que les mesures d'assainissement puissent être réalisées à court terme. En effet, il est clair que plus l'ajournement demandé pour mener à bien le plan d'assainissement est long, plus le redressement de la société apparaît aléatoire, les prévisions à moyen ou long terme étant notoirement et de par la nature des choses plus risquées que celles à plus court terme. Plus la durée de l'assainissement projeté est longue, plus le risque s'accroît que les mesures proposées ne puissent pas - ou pas entièrement - être réalisées ou qu'elles soient contrecarrées par d'autres facteurs défavorables qui ne peuvent pas être éliminés par les mesures conservatoires ordonnées par le juge (arrêt N. SA du 11 avril 2000 [5P.465/1999]). Or, des incertitudes sur la solvabilité d'un assureur-maladie ont des conséquences négatives sur la sécurité juridique qui doit prévaloir à l'égard des assurés (maintien ou non de l'affiliation, remboursement des prestations, etc.) et sur la crédibilité de la gestion de l'assurance-maladie, cela indépendamment du fait que le DFI doit également tenir compte des intérêts de l'institution commune en évitant un accroissement des pertes (Isaak Meier/Jürgen Brönnimann/Pia Gianinazzi, op. cit., p. 9).
6. 6.1 Tout en admettant avoir connu d'importantes difficultés sur les plans organisationnel et financier durant l'année 2003, la recourante fait valoir que son conseil d'administration a pris en temps utile les mesures nécessaires et adéquates. Elle n'a pu prendre ces mesures qu'au moment où les comptes au 31 décembre 2002 ont été finalement révisés et remis au conseil d'administration. Sur le vu des comptes révisés, il apparaissait que la situation d'ACCORDA SA s'était améliorée depuis la fin de l'année 2002, en raison notamment d'une réduction du surendettement. Or, le 19 août 2003, l'assemblée générale des actionnaires a adopté des mesures d'assainissement sous la forme d'une augmentation ordinaire et autorisée du capital social de 3'000'000 fr. et une augmentation du capital-participation jusqu'à concurrence de 2'000'000 fr. Aussi bien la recourante fait-elle valoir qu'au moment où la décision du DFI a été prise, les conditions posées par l'<ref-law> à l'octroi de l'autorisation de pratiquer étaient toujours remplies. La recourante se plaint, par conséquent, d'une violation des <ref-law> et 12 al. 5 OAMal.
6.2 Il est constant que la société anonyme se trouvait en situation de surendettement (1'334'808 fr. au 31 décembre 2002). Selon le bilan intermédiaire au 30 juin 2003, approuvé par l'organe de révision, la société était endettée jusqu'à concurrence de 1'186'721 fr., compte tenu, notamment, d'une perte reportée de 7'977'308 fr. Comme l'a retenu le DFI dans sa décision, l'augmentation ordinaire de capital de 1,5 million de francs n'eût pas permis, selon toute vraisemblance, de parvenir à un exercice comptable 2003 équilibré. En effet, dans le cadre de la procédure d'approbation des primes 2004, à fin juillet 2003, ACCORDA prévoyait de subir une perte d'exploitation de 2,9 millions de francs pour le budget 2003. La recourante fait valoir, certes, que ce chiffre se fonde uniquement sur des données remises dans le cadre de la procédure d'augmentation des primes, autrement dit qu'il concerne seulement l'assurance obligatoire des soins. Ces données ne tiendraient pas compte des résultats incluant les assurances complémentaires pratiquées également par la recourante. Mais cet argument n'est pas fondé, car les comptes de l'assurance-maladie sociale et les comptes des assurances complémentaires doivent être tenus séparément. Le financement de ces assurances doit être autonome; les assureurs présentent séparément au bilan les provisions et les réserves destinées à l'assurance obligatoire des soins (<ref-law> auquel renvoie l'<ref-law> pour l'assurance des indemnités journalières). Cela signifie que l'assurance obligatoire ne peut être financée que par les ressources provenant de cette assurance (cf. Gebhard Eugster, op. cit., ch. 329). A l'inverse, les ressources de l'assurance obligatoire ne doivent pas être utilisées pour le financement des assurances complémentaires (Tomas Poledna, op. cit., p. 22).
Au demeurant, la décision de l'assemblée générale d'augmenter le capital n'est pas en soi une mesure d'assainissement proprement dite, car le succès de la souscription des actions nouvelles n'est pas garanti dans une situation de surendettement; en effet, lorsque le plan d'assainissement implique des concessions de la part des actionnaires ou des créanciers, le juge doit être assuré que leur réalisation est vraisemblable. De véritables engagements sont souhaitables. Ainsi, le juge exigera des souscriptions fermes d'actionnaires pour une augmentation de capital (Florian Chaudet, op. cit., p. 138). Les mêmes incertitudes pèsent, en outre, sur l'augmentation autorisée du capital-actions et du capital-participation, dans la mesure où une telle augmentation se caractérise par le fait que l'assemblée générale délègue au conseil d'administration la compétence de décider de l'opportunité, du moment et du montant de l'augmentation (cf. Roland Ruedin, Droit des sociétés, Berne 1999, p. 272, note de bas de page 488).
En l'espèce, on constate précisément que la décision d'augmenter le capital n'était pas assortie d'engagements fermes d'actionnaires. La recourante admet d'ailleurs à ce propos que les actionnaires n'étaient pas disposés à prendre le risque d'un investissement à fonds perdus. En conséquence, il n'a pas été possible de procéder à l'augmentation de capital projetée; la décision de l'assemblée générale est ainsi devenue caduque à l'expiration du délai prévu par l'<ref-law>.
6.3 La recourante fait valoir qu'elle continue à être solvable et que, selon les prévisions de W._, elle est en mesure de faire face à ses obligations financières jusqu'à la fin de l'année 2003. Dans sa réplique, elle précise que ses liquidités au 9 janvier 2004 s'élevaient environ à 4 millions de francs (fortune liée non comprise), montant auquel s'ajoutent des actifs réalisables à court et moyen terme, par 8 millions de francs, ce qui lui permettrait de faire face à ses engagements dans les mêmes prévisions de temps.
Insolvabilité et surendettement sont toutefois deux notions différentes. Le surendettement n'entraîne pas nécessairement l'insolvabilité, notamment quand les liquidités empruntées permettent de payer les engagements à court terme (Florian Chaudet, op. cit. p. 173; Peter Böckli, op. cit., p. 899, ch. 1684k). S'agissant tout particulièrement d'un assureur-maladie, le fait de disposer momentanément de liquidités suffisantes n'est pas apte à démontrer l'existence d'une situation économique définitivement stabilisée. En effet, comme le relève avec raison le DFI, à court terme les primes des assurés permettent de payer les prestations assurées. Mais, mis à part le paiement des prestations, il faut prendre en compte les réserves légales auxquelles une caisse-maladie est astreinte (<ref-law>). Or, dans le cas particulier, il y a lieu de constater que ces réserves restent inexistantes pour l'assurance obligatoire des soins.
De plus, les assureurs-maladie sont tenus de constituer chaque année les provisions nécessaires au paiement des redevances de risques (art. 6a de l'Ordonnance du 12 avril 1995 sur la compensation des risques dans l'assurance-maladie [OCoR]). Or, s'il apparaît à la lecture des comptes produits que la recourante disposait effectivement d'une provision à ce titre, on constate qu'elle n'a pas été en mesure de faire face dans les délais à ses obligations découlant de la compensation des risques. Selon un échange de correspondance entre la recourante et l'institution commune LAMal, des 14 et 18 novembre 2003, la recourante devait verser jusqu'au 15 novembre 2003 au plus tard, le montant de 4'414'157 fr. à l'institution commune pour la compensation définitive des risques 2002. Par lettre du 14 novembre 2003, la recourante a demandé à l'institution commune de s'acquitter de cette dette en deux tranches, soit un premier versement de 1'000'000 fr. immédiatement et un deuxième versement de 3'414'157 fr. au plus tard le 20 février 2004. Elle faisait valoir que la mesure prise à son encontre par le DFI avait conduit les assurés à solliciter quasiment simultanément le remboursement de toutes leurs prestations, ce qui a eu pour effet de fragiliser ses réserves de liquidités durant le troisième trimestre. Cependant, comme l'a indiqué à juste titre l'institution commune LAMal dans sa réponse du 18 novembre 2003 à cette demande, si tous les paiements dus à la compensation des risques ne sont pas versés, l'institution commune doit réduire d'autant les versements en faveur des assureurs ayant droit à des contributions. Les assureurs pourraient à leur tour se trouver en proie à des difficultés financières. En accordant à la recourante l'autorisation de s'acquitter par acomptes de sa dette envers la compensation définitive 2002, l'institution commune devrait aussi accorder le même droit à d'autres assureurs qui en feraient la demande, de sorte qu'une bonne gestion de la compensation des risques ne serait plus garantie. Aussi bien l'institution commune a-t-elle rejeté la demande de la recourante et a porté immédiatement la somme de 4'414'157 fr. au crédit de l'institution commune LAMal. Le 5 décembre 2003, elle a engagé des poursuites contre ACCORDA SA pour une créance de 3'414'567 fr. Même si la recourante s'est finalement acquittée de ses obligations début février 2004, le fait qu'elle ne disposait pas des provisions nécessaires pour le paiement dans les délais de sa redevance de risques atteste de la précarité de sa situation financière.
7. La recourante fait valoir qu'elle a été victime de malversations commises par deux de ses anciens directeurs, ainsi que par un administrateur de Z._ SA. Elle affirme que la convention avec l'Hospice général de Genève a été conclue par ces deux directeurs à l'insu du conseil d'administration. Or, ces derniers savaient ou devaient savoir que la prise en charge des assurés concernés par cette convention (4000 personnes) entraînerait des pertes et engendrerait pour ACCORDA SA d'importantes difficultés financières. De plus, sous la raison sociale X._ SA, une société avait été mise en place avec pour but «la gestion administrative du contrat de l'Hospice général de Genève concernant les requérants d'asile». Or, il est apparu que cette société avait pour administrateur unique l'administrateur en question de Z._ SA et qu'elle a permis, toujours selon la recourante, le détournement d'une somme de 400'000 fr. au moins. Plainte pénale a été déposée contre cet administrateur et les deux anciens directeurs pour abus de confiance et gestion déloyale. La recourante indique que les personnes visées ont été placées en détention préventive, événement dont la presse s'est d'ailleurs fait ultérieurement l'écho.
Cette argumentation ne saurait être décisive. Dans le cas d'une société anonyme, la haute surveillance sur les personnes chargées de la gestion fait partie des attributions inaliénables du conseil d'administration (<ref-law>). Que des malversations aient été commises au détriment de la recourante par ses employés ou par un administrateur de l'organe de révision, à l'insu du conseil d'administration, n'est pas un élément à prendre en considération dans l'application de l'<ref-law>, qui pose une condition purement objective au retrait de l'autorisation, à savoir que l'assureur ne remplit plus les conditions légales requises pour la pratique de l'assurance-maladie. Du reste, des malversations importantes commises au détriment d'un assureur par des personnes chargées de la gestion - même à l'insu du conseil d'administration - sont de nature à ébranler la confiance du public dans la gestion et la surveillance interne des institutions d'assurance. Pareilles circonstances peuvent être considérées comme un facteur aggravant par l'autorité appelée à se prononcer sur le retrait de l'autorisation de pratiquer.
8. La recourante se plaint d'une violation du principe de proportionnalité. Elle fait valoir que le but du retrait de l'autorisation de pratiquer l'assurance-maladie sociale est de garantir la protection des assurés. Or, celle-ci n'est pas mise en danger. Selon le bilan au 30 juin 2003, elle disposait des liquidités se montant à près de 11 millions de francs; elle n'était pas en cessation de paiement et pouvait faire face à ses obligations. Le retrait pur et simple de l'autorisation de pratiquer porte une atteinte inutilement grave aux intérêts privés d'ACCORDA SA, réduisant ainsi à néant les efforts considérables déployés par le conseil d'administration pour redresser la société. Selon la recourante, la décision attaquée apparaît bien plus comme une sanction pour des erreurs passées, aujourd'hui réparées, que comme une mesure de protection de l'intérêt public.
Le principe de la proportionnalité implique que le moyen choisi, propre à atteindre le but poursuivi, porte l'atteinte la moins grave aux intérêts privés, compte tenu du résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (<ref-ruling> consid. 5.1, 125 I 482 consid. 3, 123 I 121 consid. 4e). Dans le cas de mesures coercitives en matière de surveillance des assureurs-maladie, la mesure choisie doit également répondre aux buts essentiels de la LAMal, savoir la prise en charge de prestations légales au titre des soins médicaux pour l'ensemble de la population, dans le cadre d'une assurance obligatoire, ainsi que la garantie de soins appropriés et de qualité à des coûts aussi avantageux que possible (Gebhard Eugster, op. cit, ch. 3).
En l'occurrence, le DFI n'a pas abusé de son pouvoir d'appréciation en estimant que la recourante ne remplissait plus les conditions légales pour pratiquer l'assurance-maladie sociale et qu'un retrait de l'autorisation de pratiquer s'imposait. En cas de surendettement et en l'absence de mesure susceptible de pallier celui-ci rapidement, on ne voit pas quelle mesure moins lourde l'autorité peut être appelée à prendre. On notera que le juge de la faillite a fixé à la recourante successivement deux délais, dont le second expirait le 30 août 2003, pour communiquer au juge et aux offices fédéraux les mesures d'assainissement concrètes et utiles qu'elle envisageait de prendre et toute information utile quant à la mise en oeuvre de cet assainissement. Or, pour les motifs exposés ci-dessus, on est fondé à considérer que la décision d'augmenter le capital social jusqu'à concurrence de 1'500'000 fr. n'était pas propre, comme telle, à assurer l'assainissement de la société. Sur le plan financier, aucune autre mesure concrète et efficace n'a été proposée qui eût permis de conclure à l'existence de perspectives d'assainissement réalisables à court terme.
9. Il en résulte que les conditions posées à un retrait de l'autorisation de pratiquer l'assurance-maladie étaient remplies au regard de la situation de surendettement de la recourante, de sorte que la décision attaquée ne viole pas le droit fédéral. Il est superflu, dans ces conditions, de se prononcer sur les autres motifs invoqués par le DFI dans sa décision.
Il s'ensuit que le recours est mal fondé.
Il s'ensuit que le recours est mal fondé.
10. Dans son ordonnance du 6 novembre 2003, le Président du Tribunal fédéral des assurances a attribué l'effet suspensif au recours. Sous chiffre 1.3 de la décision attaquée, le DFI a statué que les rapports de l'assurance obligatoire des soins de tous les assurés affiliés auprès d'ACCORDA seraient résiliés au 31 décembre 2003; il en irait de même pour les contrats d'assurance de l'assurance facultative d'indemnités journalières au sens des <ref-law>. Dans la mesure où cette échéance est aujourd'hui dépassée, il appartiendra au DFI de rendre une nouvelle décision quant à la date de cette résiliation (cf. <ref-ruling> consid. 4c/dd).
10. Dans son ordonnance du 6 novembre 2003, le Président du Tribunal fédéral des assurances a attribué l'effet suspensif au recours. Sous chiffre 1.3 de la décision attaquée, le DFI a statué que les rapports de l'assurance obligatoire des soins de tous les assurés affiliés auprès d'ACCORDA seraient résiliés au 31 décembre 2003; il en irait de même pour les contrats d'assurance de l'assurance facultative d'indemnités journalières au sens des <ref-law>. Dans la mesure où cette échéance est aujourd'hui dépassée, il appartiendra au DFI de rendre une nouvelle décision quant à la date de cette résiliation (cf. <ref-ruling> consid. 4c/dd).
11. Succombant, la recourante supportera les frais de justice (art. 156 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de justice, d'un montant de 15'000 fr., sont mis à la charge d'ACCORDA SA et sont compensés avec l'avance de frais, d'un même montant, qu'elle a versée.
3. Le présent arrêt sera communiqué aux parties et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 26 février 2004
Au nom du Tribunal fédéral des assurances
Le Président de la Ire Chambre: La Greffière: