Faits:
A. Depuis le 1er octobre 1997, Y._ (ci-après: le locataire) est locataire d'un appartement de deux pièces dont X._ SA (ci-après: la bailleresse) est propriétaire. Le contrat de bail à loyer prévoit un renouvellement aux mêmes conditions de six mois en six mois, sauf avis de résiliation donné au moins trois mois avant l'échéance.
Le 1er septembre 2006, le locataire a sous-loué l'appartement en question à A._ (ci-après: le sous-locataire). Par courrier du 11 décembre 2006, la régie de la bailleresse a demandé au sous-locataire la production du contrat de sous-location. Ce dernier a répondu que le contrat avait été conclu oralement et sans date limite.
Le 19 janvier 2007, la bailleresse a résilié le contrat de bail pour le 30 septembre 2007, au motif que le locataire sous-louait l'appartement sans avoir requis préalablement et par écrit son autorisation.
B. Saisi par le locataire et statuant par jugement du 12 décembre 2007, le Tribunal des baux du canton de Vaud a prononcé que le contrat de bail avait été valablement résilié et qu'aucune prolongation de bail n'était accordée. En bref, il a considéré que la résiliation était valable dans la mesure où la sous-location avait été faite sans l'autorisation de la bailleresse et que la demande de prolongation du bail devait être rejetée en l'absence de conséquences pénibles pour le locataire.
Par arrêt du 20 août 2008, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois a admis le recours du locataire et annulé la résiliation de bail. En substance, elle a estimé que l'on ne saurait considérer que le locataire avait refusé de communiquer les conditions de la sous-location, dès lors que la bailleresse ne s'était pas adressée à lui mais au sous-locataire, que celui-ci ne pouvait être considéré comme son auxiliaire, et que l'on ne pouvait imputer au locataire les réponses du sous-locataire ou le caractère lacunaire desdites réponses. En outre, la violation formelle de l'obligation de demander préalablement le consentement écrit du bailleur, prévue à l'art. 22 des Dispositions paritaires romandes et règles et usages locatifs du Canton de Vaud [dans leur version adoptée le 24 novembre 1998]; ci-après: RULV), ne permettrait pas à elle seule de justifier une résiliation. Enfin, il n'était pas établi que le bail contrevenait à l'art. 22 al. 2 RULV, au vu du contrat de sous-location finalement produit et du fait que le locataire avait indiqué en procédure avoir l'intention de réintégrer l'appartement litigieux dans les deux ans. Pour le surplus, aucun autre élément du dossier ne permettait de considérer que la sous-location n'était pas autorisable pour d'autres motifs.
C. La bailleresse (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut à la réforme de l'arrêt du 20 août 2008 en ce sens que le contrat de bail a été valablement résilié le 19 janvier 2007 pour le 30 septembre 2007, avec suite de frais et dépens. Le locataire (l'intimé) propose le rejet des conclusions de son adverse partie, sous suite de frais et dépens.
La Cour de céans a délibéré en séance publique le 10 mars 2009.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1).
1.1 Les contestations portant sur l'usage d'une chose louée sont de nature pécuniaire (arrêt 4C.155/2000 du 30 août 2000 consid. 1a, in SJ 2001 I p. 17), de sorte qu'elles ne peuvent être soumises au Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière civile, que si elles atteignent la valeur litigieuse prescrite par la loi. En matière de droit du bail à loyer, elle doit s'élever à au moins 15'000 fr. (<ref-law>). C'est le montant encore litigieux devant la dernière instance cantonale qui la détermine (<ref-law>). La valeur litigieuse doit être mentionnée dans la décision cantonale (art. 112 al. 1 let. d LTF), ce qui n'est toutefois pas le cas en l'espèce.
Le bail en cause, qui se prolonge automatiquement de six mois en six mois s'il n'est pas résilié, est réputé conclu pour une durée indéterminée (<ref-law>). En cas de litige portant sur la validité de la résiliation d'un tel bail, la valeur litigieuse se détermine selon le loyer dû pour la période durant laquelle le contrat subsiste nécessairement, en supposant que l'on admette la contestation, et qui s'étend jusqu'au moment pour lequel un nouveau congé aurait pu être donné ou l'a été effectivement (cf. 119 II 147 consid. 1 p. 149; <ref-ruling> consid. 1 p. 386). Pour déterminer la prochaine échéance possible, il faut donc supposer que l'on admette la contestation, c'est-à-dire que le congé litigieux ne soit pas valable. Lorsque le bail bénéficie de la protection contre les congés des <ref-law>, il convient, sauf exceptions, de prendre en considération la période de trois ans prévue à l'art. 271a al. 1 let. e CO (cf. arrêt 4C.155/2000 du 30 août 2000 consid. 1a, in SJ 2001 I p. 17; 4C.310/1996 du 16 avril 1997 consid. 2a, in SJ 1997 p. 493).
En l'occurrence, le loyer mensuel ne ressort ni de l'arrêt attaqué, ni du jugement de première instance. Selon le contrat de bail du 25 juin 1997 produit au dossier, le loyer mensuel est de 600 fr., ce qui correspond à une somme de 21'600 fr. pour trois ans. La voie du recours en matière civile est donc ouverte.
1.2 Par ailleurs interjeté par la recourante qui a succombé dans ses conclusions (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), le recours présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.3 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). La partie recourante qui entend contester les constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'exception prévue par l'<ref-law> sont réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 466 s.).
Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). Les parties n'ont donc pas la faculté de compléter les faits constatés par l'autorité cantonale, sous prétexte qu'un complètement desdits faits conduirait à une solution juridique différente du litige. Un complément des faits n'entre en ligne de compte que si la décision attaquée ne contient pas les constatations nécessaires à l'application du droit fédéral, alors que les faits pertinents passés sous silence ont été allégués en conformité avec les règles fixées par la procédure cantonale. Il appartient au recourant de démontrer que ces faits ont été allégués correctement, à défaut de quoi ils sont considérés comme nouveaux (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 486).
En l'occurrence, la recourante estime que l'état de fait cantonal devrait être complété à plusieurs égards. La recevabilité et le bien-fondé de ses critiques seront examinés, dans la mesure utile, en relation avec les griefs relatifs à l'application du droit matériel.
2. La recourante se plaint d'une violation de l'art. 22 RULV (sous-location) en relation avec l'<ref-law> (sous-location) et l'<ref-law> (annulabilité du congé; en général), au motif que la cour cantonale a retenu qu'un contrat de sous-location de durée déterminée avait été passé et que l'omission, par le locataire, de demander le consentement écrit préalable du bailleur à la sous-location n'a pas été considéré comme justifiant la résiliation du bail. Dans ce contexte, la recourante reproche en outre aux juges cantonaux d'avoir arbitrairement retenu en fait que l'intimé avait l'intention de réintégrer l'appartement loué.
2.1 L'art. 22 RULV dispose que lorsque le locataire veut sous-louer tout ou partie de la chose, il doit préalablement demander le consentement écrit du bailleur en indiquant les conditions de sous-location et les renseignements requis par le bailleur en application de l'<ref-law> (al. 1). Le locataire ne peut pas sous-louer l'entier de la chose pour une durée indéterminée. Il est possible de déroger à ce principe moyennant l'accord écrit du bailleur (al. 2).
Pour sa part, l'<ref-law> prévoit que le locataire peut sous-louer tout ou partie de la chose avec le consentement du bailleur (al. 1). Le bailleur ne peut refuser son consentement que si le locataire refuse de lui communiquer les conditions de la sous-location (al. 2 let. a), si ces conditions, comparées à celles du contrat de bail principal, sont abusives (al. 2 let. b), ou si la sous-location présente pour le bailleur des inconvénients majeurs (al. 2 let. c).
2.2 Par un contrat-cadre, les associations de bailleurs et celles de locataires peuvent établir en commun des dispositions-types applicables à la conclusion, à l'objet et à l'expiration des baux à loyer de logements et de locaux commerciaux (art. 1 al. 1 de la loi fédérale du 23 juin 1995 sur les contrats-cadres de baux à loyer et leur déclaration de force obligatoire générale (RS 221.213.15; ci-après: LCBD). Le contrat-cadre peut également contenir d'autres dispositions ayant trait aux rapports entre bailleurs et locataires (art. 1 al. 2 LCBD). Il peut être conclu pour toute la Suisse, pour le territoire d'un ou de plusieurs cantons ou pour des régions comptant au moins trente mille logements ou dix mille locaux commerciaux (art. 1 al. 3 let. a à c LCBD). A la requête de toutes les parties contractantes, le Conseil fédéral peut autoriser qu'il soit dérogé à certaines dispositions impératives du droit du bail, à condition notamment que le contrat-cadre offre aux locataires une protection pour le moins équivalente à celle du droit ordinaire contre les loyers abusifs, d'autres prétentions abusives et contre les résiliations (art. 3 al. 1 let. b LCBD); tel est le cas par exemple dans le domaine de la sous-location (Lachat, Le bail à loyer, nouvelle éd. 2008, p. 101). En outre, à la requête unanime des parties, le contrat-cadre peut être déclaré de force obligatoire générale (art. 4 al. 1 LCBD). Ses dispositions sont alors de droit impératif dans leur champ d'application à raison du lieu et de la matière (art. 5 al. 1 LCBD). Les dispositions de baux à loyer contraires à un contrat-cadre ayant force obligatoire générale sont nulles, à moins qu'elles ne soient plus favorables au locataire (art. 5 al. 2 LCBD). Les dispositions nulles sont remplacées par celles du contrat-cadre (art. 5 al. 3 LCBD). Lorsque le contrat-cadre s'applique à plusieurs cantons, la déclaration de force obligatoire générale est de la compétence du Conseil fédéral (art. 7 al. 1 LCBD). Lorsqu'il s'applique à un canton ou à une partie de celui-ci, la déclaration est de la compétence du canton (art. 7 al. 2 LCBD); dans le canton de Vaud, le Conseil d'Etat est l'autorité compétente pour déclarer la force obligatoire d'un contrat-cadre de bail à loyer sur le territoire cantonal (art. 1 de la loi vaudoise du 16 septembre 1997 d'application de la loi fédérale du 23 juin 1995 sur les contrats-cadres de baux à loyer et leur déclaration de force obligatoire générale [LVLCBD; RSV 221.317]). La déclaration cantonale doit être soumise à l'approbation de la Confédération (art. 12 al. 1 LCBD).
2.3 Par arrêté du 8 octobre 2001, le Conseil d'Etat vaudois a conféré la force obligatoire générale aux RULV adoptées en 1998, en précisant notamment que l'art. 22 de ce contrat-cadre était déclaré de force obligatoire pour tous les objets loués, à l'exception des logements ayant fait l'objet de mesures d'encouragement des pouvoirs publics et dont le loyer est soumis au contrôle d'une autorité (art. 1 al. 1 let. b de l'arrêté vaudois du 8 octobre 2001 déclarant de force obligatoire générale le contrat-cadre de baux à loyer comprenant les dispositions paritaires romandes et les règles et usages locatifs du canton de Vaud; Feuille des avis officiels du canton de Vaud [FAO] du 30 octobre 2001 p. 4369). L'arrêté relève expressément que la force obligatoire est reconnue d'intérêt public et sert en particulier à promouvoir la paix du logement (art. 1 al. 3).
Par arrêté du 5 septembre 2001, le Conseil fédéral a approuvé cette déclaration de force obligatoire cantonale (art. 1 de l'arrêté fédéral du 5 septembre 2001 relatif à l'approbation de la déclaration cantonale de force obligatoire générale du contrat-cadre de bail à loyer "Dispositions paritaires romandes et règles et usages locatifs du canton de Vaud" [FF 2001 5508]), avec la précision que la réserve précitée relative notamment à l'art. 22 RULV ne pouvait pas limiter la portée du contrat-cadre de bail à loyer pour la Suisse romande, déclaré de force obligatoire générale (cf. art. 2). Le Conseil fédéral a été convaincu par les arguments selon lesquels l'art. 22 RULV ne contrevenait pas à l'essence même de la notion de sous-location, mais permettait au contraire une clarté et une visibilité accrue dans ce domaine sensible où les sous-locations de longue durée ou "en cascade" pouvaient être dommageables tant pour les bailleurs que pour les locataires successifs (cf. Sulliger/Ansermet, Le contrat-cadre romand de baux à loyer et les dispositions paritaires romandes et règles et usages locatifs du canton de Vaud, Cahiers du bail [CdB] 2002, p. 97 ss, p. 114 n° 2.27; cf. également Roncoroni, Zu den zwei ersten allgemeinverbindlich erklärten Rahmenmietverträgen der Schweiz, Mietrechtpraxis [mp] 2004 p. 1 ss, p. 17 n. 96). C'est le lieu de relever qu'une nouvelle version des RULV, qui reprend sans modification l'art. 22, a été conclue en 2008. La déclaration de force obligatoire générale pour le canton de Vaud (cf. arrêté vaudois du 4 juin 2008 déclarant de force obligatoire générale le contrat-cadre de baux à loyer comprenant les dispositions paritaires romandes et les règles et usages locatifs du canton de Vaud [AFCBD; RSV 221.317.1]) a été approuvée par le Conseil fédéral le 25 juin 2008 (cf. arrêté fédéral du 25 juin 2008 relatif à l'approbation de la déclaration cantonale de force obligatoire générale du contrat-cadre de bail à loyer "Dispositions paritaires romandes et règles et usages locatifs du canton de Vaud" et à la dérogation aux dispositions impératives du droit du bail [FF 2008 5297]).
Par arrêté du 5 septembre 2001, le Conseil fédéral a également déclaré les dispositions du contrat-cadre de bail à loyer du 18 décembre 2000 de force obligatoire générale pour les cantons de Genève, Vaud, Neuchâtel, Fribourg, Jura et les sept districts de langue française du canton du Valais (art. 1 al. 1 de l'arrêté fédéral du 5 septembre 2001 relatif à la déclaration de force obligatoire générale du contrat-cadre romand de baux à loyer [FF 2001 5509]), avec effet jusqu'au 30 juin 2008 (art. 5). Cette force obligatoire vaut en particulier pour l'art. 8 des dispositions paritaires romandes (cf. art. 1 al. 2), applicable aux sous-locations qui n'ont pas été tacitement admises avant le 1er juillet 1990 (art. 8 des dispositions générales du contrat-cadre romand). L'art. 8 des dispositions paritaires prévoit que lorsque le locataire veut sous-louer tout ou partie de la chose, il doit préalablement demander le consentement écrit du bailleur en indiquant les conditions de la sous-location et les renseignements requis par le bailleur en application de l'<ref-law>. A teneur de l'art. 9.3 des dispositions générales du contrat-cadre romand, les dispositions paritaires cantonales peuvent déroger aux dispositions paritaires romandes si elles obtiennent la force obligatoire; dans un tel cas, elles prévalent sur les dispositions paritaires romandes du contrat-cadre.
2.4 Il résulte en résumé de ce qui précède que dans le canton de Vaud, dès lors que le Conseil fédéral a autorisé qu'il soit dérogé à la disposition impérative qu'est l'<ref-law> et que le Conseil d'Etat vaudois a déclaré de force obligatoire générale l'art. 22 RULV, cette dernière disposition prévaut sur l'<ref-law> auquel elle déroge (cf. Roncoroni, op. cit., p. 12 n. 59; Sulliger/Ansermet, op. cit., p. 111 n° 2.13 et 2.14 ainsi que n. 42), et l'emporte de surcroît sur les dispositions paritaires romandes (Roncoroni, op. cit., p. 17). Ainsi, seul l'art. 22 RULV - qui, revêtant ainsi une portée normative, est partie intégrante de tous les contrats de bail dans le canton de Vaud (cf. Roncoroni, op. cit., p. 2) - s'applique, et ce en tant que droit fédéral (cf. par analogie <ref-ruling> consid. 1, selon lequel, en matière de droit du travail, les conventions collectives qui font l'objet d'une décision d'extension renferment également pour les personnes qui ne sont pas liées par la convention du droit privé fédéral, que l'extension soit prononcée par le Conseil fédéral ou par l'autorité cantonale).
2.5 A teneur de l'art. 22 RULV, le locataire ne peut pas sous-louer l'entier de la chose pour une durée indéterminée, sous réserve de l'accord écrit du bailleur. Le but de cette règle est manifestement d'éviter que la sous-location soit utilisée dans un but qui lui est étranger. Elle ne limite pas le droit du locataire de sous-louer, mais aide à éviter des sous-locations qui sont en réalité des transferts de bail entre locataire et sous-locataire (cf. <ref-ruling> consid. 2.5 p. 451), ce qui est dans l'intérêt de tous les acteurs du marché, comme tant le Conseil d'Etat vaudois que le Conseil fédéral l'ont admis (cf. supra consid. 2.3).
En l'espèce, à défaut d'accord de la recourante à un contrat de sous-location, portant sur l'entier de la chose louée, de durée indéterminée, la question de savoir si l'intimé et le sous-locataire ont conclu un contrat de durée déterminée est dès lors essentielle.
Sollicité par la recourante, le sous-locataire lui a répondu que le contrat de sous-location avait été conclu oralement et sans date limite. La cour cantonale a retenu que ces déclarations n'étaient pas pertinentes, au motif qu'il n'y avait pas de relations contractuelles entre la bailleresse principale et le sous-locataire. L'on ne discerne toutefois pas en quoi cela excluait de tenir compte des déclarations du sous-locataire au sujet de contenu de contrat de sous-location.
Les juges cantonaux se sont fondés sur deux éléments. Ils ont d'abord pris en compte le contrat de sous-location écrit qui est daté du 20 janvier 2007, soit du jour suivant la résiliation litigieuse, qui prévoit que le contrat commence le 1er septembre 2006 et se termine le 1er septembre 2007 et qu'il se renouvelle de plein droit pour une année et ainsi de suite d'année en année s'il n'est pas résilié. La cour cantonale s'est en outre fondée sur une déclaration de l'intimé du 30 novembre 2007 selon laquelle il avait l'intention de réintégrer l'appartement dans deux ans; il n'a toutefois pas été constaté que l'intimé aurait déclaré avoir informé le sous-locataire de cette intention et que le contrat de sous-location aurait été limité dans ce sens. Les juges cantonaux ne précisent pas dans quel contexte cette déclaration a été faite; selon la recourante, la déclaration est tirée d'une lettre de l'intimée à son mandataire, produite en procédure. A noter que lors de l'audience du 17 décembre 2007, l'intimé, dispensé de comparaître, n'a pas été entendu.
Le grief d'arbitraire soulevé par la recourante peut rester indécis. En effet, la cour cantonale n'a pas constaté que l'intimé et le sous-locataire avaient convenu une limitation de la durée de la sous-location. Au contraire, il ressort du contrat écrit du 20 janvier 2007, sur lequel elle se fonde, que la durée de la sous-location n'était pas limitée, la sous-location devant se prolonger d'année en année si le contrat n'était pas résilié par l'une des parties. Il s'agit typiquement d'un contrat de durée indéterminée (cf. <ref-law>). Il y a donc violation de l'art. 22 RULV.
2.6 A teneur de l'art. 22 al. 1 RULV, le locataire doit préalablement demander le consentement écrit du bailleur avant de conclure un contrat de sous-location. Ainsi, au contraire de l'<ref-law> qui ne soumet l'autorisation du bailleur de sous-louer à aucune forme, les RULV prévoient que celle-ci doit être donnée en la forme écrite. Il s'agit d'une exigence impérative qui ne saurait être considérée comme une simple prescription d'ordre. Il s'ensuit que dans le canton de Vaud, lorsque le consentement du bailleur n'est pas demandé et que les conditions de la sous-location ne lui sont pas communiquées, la sous-location est illicite. En l'occurrence, il est incontesté que l'intimé n'a pas observé cette obligation et il y a donc derechef violation de l'art. 22 RULV à cet égard.
2.7 Un bail de durée indéterminée peut être résilié en observant les délais de congé et les termes légaux, sauf si un délai plus long ou un autre terme ont été convenus (<ref-law>). La liberté du bailleur de mettre un terme au contrat trouve toutefois une limite dans l'obligation d'agir conformément aux règles de la bonne foi (cf. <ref-law>).
Selon la jurisprudence, cette protection accordée au locataire procède à la fois du principe de la bonne foi (<ref-law>) et de l'interdiction de l'abus de droit (<ref-law>), tant il est vrai qu'une distinction rigoureuse ne se justifie pas en cette matière (cf. <ref-ruling> consid. 3a). Les cas typiques d'abus de droit (absence d'intérêt à l'exercice d'un droit, utilisation d'une institution juridique contrairement à son but, disproportion grossière des intérêts en présence, exercice d'un droit sans ménagement, attitude contradictoire) justifient l'annulation du congé; à cet égard, il n'est toutefois pas nécessaire que l'attitude de l'auteur du congé puisse être qualifiée d'abus "manifeste" au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3a p. 108). Ainsi, le congé doit être considéré comme abusif s'il ne répond à aucun intérêt objectif, sérieux et digne de protection (arrêt 4C.61/2005 du 27 mai 2005 consid. 4.1, in SJ 2006 I p. 34), en particulier s'il est purement chicanier (<ref-ruling> consid. 4a p. 32).
Le congé ordinaire qui vise à sanctionner une violation du contrat ou de dispositions légales par le locataire n'est en principe pas abusif (SVIT-Kommentar Mietrecht, 3e éd. 2008, n° 29 ad <ref-law>; Higi, Zürcher Kommentar, n° 60 ad <ref-law>), à moins qu'il ne s'agisse d'un cas "bagatelle" (Lachat, op. cit., p. 737).
Selon la jurisprudence rendue en application des art. 257f et 262 CO, une sous-location sans le consentement du bailleur peut justifier une résiliation anticipée du bail. Le seul fait de ne pas requérir le consentement du bailleur ne suffit toutefois pas à justifier un congé anticipé sans avertissement préalable. Pour respecter la condition de la protestation prescrite à l'<ref-law>, le bailleur qui apprend que l'objet remis à bail est sous-loué sans son consentement doit inviter le locataire, par écrit, à se conformer aux exigences légales, en l'enjoignant de mettre un terme à la sous-location ou en protestant contre l'absence de demande d'autorisation. Si le bailleur choisit la première injonction, le preneur a tout de même la possibilité de requérir le consentement de son cocontractant, qui peut être donné après coup. Si le locataire ne réagit pas à l'avertissement écrit du bailleur, un congé anticipé sera fondé, en tout cas, lorsqu'un examen rétrospectif des faits permet de conclure que le bailleur aurait disposé d'un motif valable au sens de l'<ref-law> pour s'opposer à la sous-location (<ref-ruling> consid. 2.2; cf. également <ref-ruling> consid. 3.1). Cette jurisprudence se rapporte toutefois à la validité d'une résiliation anticipée du bail en cas de sous-location sans accord préalable du bailleur, et non au caractère abusif d'une résiliation ordinaire.
Comme précédemment exposé, l'art. 22 RULV prévoit des exigences plus strictes que l'<ref-law> pour la sous-location. La jurisprudence rendue en application du seul <ref-law>, notamment celle précisant quand il est abusif de fonder le congé sur le défaut de consentement préalable du bailleur ou de limitation de la durée de la sous-location, ne s'applique dès lors pas sans autre aux cas soumis à l'art. 22 RULV (cf. Sulliger/Ansermet, op. cit., p. 114 n. 49). En particulier, la question de savoir si, pour satisfaire aux exigences de l'<ref-law>, il suffit vraiment que le locataire n'ait pas perdu toute idée de reprendre l'usage de l'appartement sous-loué, comme cela a été dit dans une jurisprudence non publiée au recueil officiel (cf. arrêt 4C.155/2000 du 30 août 2000 consid. 2, in SJ 2001 I 17), ne se pose pas. L'art. 22 RULV exige un contrat de durée déterminée lorsque l'entier de la chose louée est sous-louée.
2.8 En l'espèce, l'intimé a doublement violé ses obligations en concluant, sans accord préalable du bailleur, un contrat de sous-location de durée indéterminée pour l'entier de l'appartement loué. Un tel comportement met en cause le système négocié par les partenaires sociaux dans le but d'éviter l'utilisation abusive de la sous-location, système reconnu être dans l'intérêt général des bailleurs et des locataires. Il ne peut pas être qualifié de cas "bagatelle". La résiliation du bail consécutive à un tel comportement ne saurait dès lors être considérée comme abusive. Elle ne peut d'autant moins l'être que le bailleur, s'il avait été requis de donner son consentement préalable, aurait été en droit de le refuser au vu de la durée indéterminée de la sous-location. Qu'il ait d'abord essayé de s'informer sans immédiatement donner le congé n'est pas déterminant. Car pour que le congé soit valide, il suffit qu'il ne soit pas abusif. Il n'est pas nécessaire que le bail soit devenu insupportable au bailleur, si bien que le locataire ne peut rien déduire du fait que le bailleur n'ait pas résilié dès qu'il a eu connaissance de la sous-location.
2.9 Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la demande en annulation de la résiliation litigieuse rejetée.
3. Dans son recours cantonal, l'intimé avait contesté le refus d'une prolongation du bail par le Tribunal des baux. Il se fondait sur une opinion isolée en doctrine selon laquelle il fallait, dans ce cadre, tenir compte des conséquences pénibles de la résiliation du bail pour le sous-locataire. La cour cantonale ayant annulé le congé, elle ne s'est pas prononcée sur la question de la prolongation du bail.
Dans son écriture au Tribunal fédéral, la recourante ne prend aucune conclusion formelle sur la question de la prolongation. A la fin de son mémoire, elle relève cependant que "compte tenu du rejet de la prolongation de fait qui résulte de la procédure, la recourante ne s'oppose pas à ce que le Tribunal fédéral statue sur une prolongation du bail en appliquant par analogie l'<ref-law>" (sic!), disposition qui n'existe pas. Le propos n'est pas clair. Il semble que la recourante voulait en réalité se référer à l'<ref-law> pour soutenir qu'une éventuelle prolongation devrait être considérée comme une seconde prolongation. Peu importe, toutefois, car l'intimé, dans sa réponse au recours, ne dit mot sur la question d'une éventuelle prolongation et conclut uniquement au rejet, sans prendre de conclusion subsidiaire en prolongation.
Or, le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). S'il rejette la demande en annulation du congé et admet donc la validité de la résiliation du bail, il se prononce sur une prolongation du bail uniquement si le locataire a pris des conclusions dans ce sens. L'obligation d'examiner cette question d'office, prévue à l'<ref-law>, ne s'adresse en effet qu'au premier juge (cf. <ref-ruling> consid. 2b; <ref-ruling> consid. 2a). Or, en l'occurrence, le Tribunal des baux s'est prononcé sur la prolongation.
4. Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens sont mis à la charge de l'intimé, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).
Pour le surplus, il appartiendra à la cour cantonale de statuer à nouveau sur les frais et dépens de la procédure cantonale (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis.
2. L'arrêt attaqué est annulé. La demande en annulation de la résiliation prononcée le 19 janvier 2007 est rejetée.
3. La cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
5. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
6. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois.
Lausanne, le 10 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz