Sachverhalt:
A. Mit drei Verfügungen vom 12., 14. und 15. Februar 2008 forderte die Sozialversicherungsanstalt des Kantons Aargau, Erwerbsersatzordnung (EO), von der Zivilschutzorganisation (ZSO) X._ insgesamt Fr. 18'630.50 für in den Jahren 2003 bis 2005 zu Unrecht über die EO abgerechnete 118 Schutzdiensttage des Zivilschutzkommandanten S._ zurück. Die Einsprache des Gemeindeverbandes Bevölkerungsschutz und Zivilschutz X._ wies die kantonale Sozialversicherungsanstalt, Ausgleichskasse, mit Entscheid vom 11. Juli 2008 ab.
B. Die Beschwerde des Gemeindeverbandes Bevölkerungsschutz und Zivilschutz X._ wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau nach Beiladung von S._ zum Verfahren mit Entscheid vom 21. April 2009 ab.
C. Der Gemeindeverband Bevölkerungsschutz und Zivilschutz X._ und S._ lassen gemeinsam Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, Gerichtsentscheid und Einspracheentscheid seien aufzuheben und auf die Rückerstattung von ausbezahlten EO-Beiträgen in der Höhe von Fr. 18'630.50 sei zu verzichten; eventualiter sei die Streitsache zur Nachholung des rechtlichen Gehörs sowie zur Abklärung des rechtsrelevanten Sachverhaltes im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das kantonale Versicherungsgericht verzichtet auf eine Stellungnahme und einen Antrag zur Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die kantonale Sozialversicherungsanstalt hat sich nicht vernehmen lassen.
In einer eigenen Eingabe hat sich S._ zur Vernehmlassung des Bundesamtes geäussert.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführer rügen, das kantonale Gericht habe zu Unrecht die Gehörsverletzung durch die Beschwerdegegnerin im Rahmen des vorinstanzlichen Verfahrens als geheilt betrachtet. Der Mangel bestehe nach wie vor.
1.1 Die Parteien haben Anspruch auf rechtliches Gehör. Sie müssen nicht angehört werden vor Verfügungen, die durch Einsprache anfechtbar sind (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law> und <ref-law>).
1.1.1 Der Anspruch auf rechtliches Gehör umfasst u.a. das Recht der versicherten Person, vor Erlass eines in ihre Rechtsstellung eingreifenden Entscheids sich zur Sache zu äussern, Einsicht in die Akten zu nehmen (Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts I 30/00 vom 19. April 2000 E. 2), mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn darauf abgestellt werden soll (<ref-ruling> E. 4a S. 152 mit Hinweisen; Urteil 9C_617/2009 vom 15. Januar 2010 E. 2.2).
Das Akteneinsichtsrecht im Besonderen bezieht sich auf sämtliche verfahrensbezogenen Akten, die geeignet sind, Grundlage des Entscheids zu bilden. Die Akteneinsicht ist demnach auch zu gewähren, wenn dadurch der Entscheid in der Sache nicht beeinflusst werden kann. Die Einsicht in die Akten, die für ein bestimmtes Verfahren erstellt oder beigezogen wurden, kann demnach nicht mit der Begründung verweigert werden, die betreffenden Dokumente seien für den Verfahrensausgang belanglos. Es muss dem Betroffenen selber überlassen sein, die Relevanz der Akten zu beurteilen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 389). Um Akteneinsicht zu erhalten, haben die Rechtsuchenden grundsätzlich ein Gesuch einzureichen. Dies bedingt, dass sie über den Beizug neuer entscheidwesentlicher Akten informiert werden, welche sie nicht kennen und auch nicht kennen können (<ref-ruling> E. 6.2 S. 391).
1.1.2 Eine schwerwiegende Verletzung des rechtlichen Gehörs hat - auf Antrag oder von Amtes wegen - die Aufhebung des angefochtenen Verwaltungsaktes oder Gerichtsentscheids und Rückweisung der Sache zu neuer Entscheidung unter Wahrung der Verfahrensrechte der betroffenen Partei zur Folge. Davon kann ausnahmsweise abgesehen werden, wenn die Rechtsmittelinstanz in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht über uneingeschränkte Kognition verfügt und wenn die Rückweisung zu einem formalistischen Leerlauf und damit zu unnötigen Verzögerungen führen würde, die mit dem der Anhörung gleichgestellten Interesse der Partei an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wären (<ref-ruling> E. 5.1 S. 390 mit Hinweis; Urteil 9C_617/2009 vom 15. Januar 2010 E. 2.2).
1.2 Die Vorinstanz hat erwogen, trotz entsprechendem Antrag seien dem Gemeindeverband im Einspracheverfahren die Akten nicht zugestellt worden. Sodann bestehe der Einspracheentscheid im Wesentlichen aus vorgegebenen Textbausteinen und nehme keinen Bezug auf den konkreten Sachverhalt. Es fehlten Angaben zu den einzelnen nicht über die EO abrechenbaren Schutzdiensttagen und zu den Gründen, weshalb sie nicht anerkannt werden könnten. Dies stelle eine Verletzung des rechtlichen Gehörs des Gemeindeverbandes dar.
Das kantonale Gericht hat eine Heilung des Mangels angenommen, da nicht ausdrücklich eine Rückweisung der Sache zur Nachholung des rechtlichen Gehörs beantragt worden sei und im vorliegenden Verfahren die Möglichkeit bestanden habe, zu den Akten und Ausführungen der Verwaltung Stellung zu nehmen. Eine Rückweisung käme einem formalistischen Leerlauf gleich und würde zu unnötigen Verzögerungen führen, die mit dem Interesse an einer beförderlichen Beurteilung der Sache nicht zu vereinbaren wäre.
1.3 Die Beschwerdeführer machen geltend, im vorinstanzlichen Beschwerdeantrag (Verzicht auf die Rückerstattung der EO-Beiträge) sei auch der (vorläufige) Antrag auf Aufhebung zufolge Verletzung des rechtlichen Gehörs enthalten. Es kann offenbleiben, ob diese Auffassung zutreffend ist. Im Weitern habe die Vorinstanz keinen zweiten Schriftenwechsel durchgeführt und die Vernehmlassung der Beschwerdegegnerin mit der detaillierten Begründung des Einspracheentscheids dem Gemeindeverband lediglich zur Kenntnisnahme zugestellt. Es habe somit im vorinstanzlichen Verfahren keine Möglichkeit bestanden, zu den Akten und zu den Ausführungen der Verwaltung Stellung zu nehmen.
1.3.1 In einem gerichtlichen Verfahren haben die Parteien Anspruch darauf, dass ihnen alle Eingaben der am Verfahren beteiligten Personen zur Kenntnis gebracht werden und sie Gelegenheit erhalten, dazu Stellung zu nehmen (<ref-ruling> E. 4.6 S. 105). Allerdings muss dieses Replikrecht innert nützlicher Frist ausgeübt oder dessen Ausübung beantragt werden; andernfalls ist von einem Verzicht auszugehen (<ref-ruling> E. 4.8 S. 105 mit Hinweisen; Urteil 2D_130/2008 vom 13. Februar 2009 E. 3.1). Diese Obliegenheit fällt ohne Nachteil für eine Partei dahin, wenn mit der Zustellung der Eingabe der Gegenpartei oder eines anderen Verfahrensbeteiligten (zur Kenntnisnahme) gleichzeitig der Schriftenwechsel für geschlossen erklärt wird (<ref-ruling> E. 3.3.2 S. 46 mit Hinweisen; Urteil 8C_241/2007 vom 9. Juni 2008 E. 1.2 mit Hinweis).
1.3.2 Die Vorinstanz hatte die Vernehmlassung der Beschwerdegegnerin vom 22. Oktober 2008 dem Gemeindeverband zwar lediglich zur Kenntnisnahme zugestellt, jedoch nicht gleichzeitig und auch nicht in einem späteren Zeitpunkt den Schriftenwechsel für geschlossen erklärt. Der Gemeindeverband war somit berechtigt, nach Einsichtnahme in die Akten zur Begründung der Rückerstattungspflicht der Verwaltung in ihrer Vernehmlassung Stellung zu nehmen. Von dieser Möglichkeit hat er bis zum Erlass des vorinstanzlichen Entscheids vom 21. April 2009 jedoch keinen Gebrauch gemacht, weshalb von einem Verzicht auszugehen ist. Damit erweist sich aber der einzige Einwand gegen die vorinstanzlich bejahte Heilung der Gehörsverletzung als unbegründet. Im Übrigen ist die Sache spruchreif, und zwar auch in Bezug auf die erstmals in diesem Verfahren erhobene Einrede der Verwirkung des Rückforderungsanspruchs (vgl. E. 3).
2. 2.1 Schutzdienstleistende haben Anspruch auf Erwerbsausfallentschädigung nach den Bestimmungen des Erwerbsersatzgesetzes vom 25. September 1952 (Art. 23 des seit 1. Januar 2004 in Kraft stehenden Bundesgesetzes vom 4. Oktober 2002 über den Bevölkerungsschutz und den Zivilschutz [BZG; SR 520.1] resp. des bis Ende 2003 in Kraft gestandenen Bundesgesetzes vom 17. Juni 1994 über den Zivilschutz [ZSG; AS 1994 S. 2626 ff.]). In Bezug auf die über die EO abrechenbaren Diensttage galt resp. gilt, soweit vorliegend von Interesse, folgende Regelung: Bis Ende 2003 konnten pro Schutzdienst leistende Person und Kalenderjahr maximal 40 Tage entschädigt werden. In Bezug auf Einsätze zur Katastrophen- und Nothilfe bestand keine Begrenzung (vgl. Art. 12, 23 und 37 Abs. 3 ZSG). Seit 1. Januar 2004 können Schutzdienstpflichtige in Kader- und Spezialistenfunktionen maximal 14 Tage an Wiederholungskursen leisten und innerhalb von vier Jahren zu Weiterbildungskursen von insgesamt längstens zwei Wochen aufgeboten werden (Art. 35 und 36 BZG). Die Schutzdienstpflichtigen können durch die Kantone u.a. für Einsätze zu Gunsten der Gemeinschaft aufgeboten werden (<ref-law>). Die Kantone regeln das Verfahren des Aufgebots (<ref-law>) sowie die Bewilligungserteilung für die Gemeinschaftseinsätze auf kantonaler oder kommunaler Ebene, wobei sie die Aufteilung der Kosten zwischen Kanton, Gemeinden und Gesuchsteller oder Gesuchstellerin festlegen (Art. 7 der Verordnung vom 5. Dezember 2003 über Einsätze des Zivilschutzes zu Gunsten der Gemeinschaft [VEZG; SR 520.14], in der bis 30. Juni 2008 gültig gewesenen Fassung, in Verbindung mit <ref-law>).
Gemäss den Angaben der Beschwerdegegnerin in der vorinstanzlichen Vernehmlassung leistete der ebenfalls Beschwerde führende Kommandant der ZSO X._ 2003 25 sowie 2004 und 2005 insgesamt 93 Schutzdiensttage mehr als das Gesetz für Wiederholungskurse und Weiterbildungskurse maximal zulässt. Es steht ausser Frage, dass die 25 Schutzdiensttage zu Unrecht über die EO abgerechnet wurden. Die anderen 93 Schutzdiensttage sodann können nur entschädigt werden, wenn sie als Einsätze zu Gunsten der Gemeinschaft nach <ref-law> aufgefasst werden können.
Gemäss den Angaben der Beschwerdegegnerin in der vorinstanzlichen Vernehmlassung leistete der ebenfalls Beschwerde führende Kommandant der ZSO X._ 2003 25 sowie 2004 und 2005 insgesamt 93 Schutzdiensttage mehr als das Gesetz für Wiederholungskurse und Weiterbildungskurse maximal zulässt. Es steht ausser Frage, dass die 25 Schutzdiensttage zu Unrecht über die EO abgerechnet wurden. Die anderen 93 Schutzdiensttage sodann können nur entschädigt werden, wenn sie als Einsätze zu Gunsten der Gemeinschaft nach <ref-law> aufgefasst werden können.
2.2 2.2.1 Bis Ende 2006 war im Kanton Aargau die Bewilligung von Einsätzen zu Gunsten der Gemeinschaft nach <ref-law> in der von der Abteilung Militär und Bevölkerungsschutz (AMB) gestützt auf § 6 Abs. 1 des Gesetzes vom 18. Januar 1983 über Katastrophenhilfe und Bevölkerungsschutz (KBG; SAR 515.100) und § 14 der gleichnamigen Verordnung vom 5. Dezember 1983 (KBV; SAR 515.111) erlassenen "Vollzugsanweisung bis zur Inkraftsetzung des neuen Gesetzes über den Bevölkerungsschutz und den Zivilschutz im Kanton Aargau" vom 21. Mai 2004 (Kreisschreiben 1/04) geregelt. Gemäss § 14 KBV vollzieht die AMB die vom Bund erlassenen Bestimmungen und erlässt die erforderlichen Weisungen für Planung, Organisation, Bestände und Gliederung der Zivilschutzorganisationen (Abs. 1). Sie nimmt alle dem Kanton übertragenen Aufgaben im Bereich der Katastrophenhilfe und des Bevölkerungsschutzes wahr, für welche das kantonale Recht keine andere Zuständigkeit festlegt (Abs. 2). Am 1. Januar 2007 traten das Gesetz vom 4. Juli 2006 über den Bevölkerungsschutz und den Zivilschutz im Kanton Aargau (BZG-AG; SAR 415.200) und die dazugehörige Verordnung vom 23. November 2006 (BZV; SAR 515.211) in Kraft.
2.2.2
2.2.2.1 Laut Ziff. 10.4 und 10.5 des Kreisschreibens 1/04 waren Gemeinschaftseinsätze auf kantonaler Ebene von der AMB, solche auf kommunaler Ebene von dem in der Region für den Zivilschutz zuständigen Organ zu bewilligen. Im X._ war dies der Vorstand der regionalen Zivilschutzorganisation (ZSO). Der Bewilligungsentscheid hatte die Einsatzdauer, die Anzahl höchstens zu leistender Diensttage sowie den Kostenrahmen anzugeben.
Gemäss Beschluss des Vorstandes der ZSO X._ vom 20. Oktober 2005 waren Einsätze des Zivilschutzkommandanten und der Spezialisten unter <ref-law> generell zu bewilligen und dem Zivilschutzkommandanten die Einsatzkompetenz [im Sinne seines Berichts] zu übertragen.
2.2.2.2 Nach Auffassung der Vorinstanz steht diese Regelung nicht in Einklang mit dem Kreisschreiben 1/04. Insbesondere sei mit der generellen Bewilligung aller Einsätze die mittels individuell konkreter Bewilligung vorgesehene Kontrolle jedes einzelnen Einsatzes zu Gunsten der Gemeinschaft ausgehebelt worden und habe die in Ziff. 10.5 erwähnte Anhörung der ZSO nicht mehr stattfinden können. In der Beschwerde wird vorgebracht, der Zivilschutzkommandant habe dem Vorstand der ZSO X._, welcher gemäss Gemeindegesetz die Kompetenz zur Delegation der Bewilligungserteilung gehabt habe, seine Einsätze im Herbst des vorangehenden Jahres für das kommende Jahr detailliert vorgelegt unter Angabe u.a. von Kursort, Anzahl Teilnehmer und der finanziellen Mittel. Der Kommandant habe die jeweiligen Einsätze dienstgemäss der AMB gemeldet, welche sich zur Wehr gesetzt hätte resp. hätte setzen müssen, wenn sie damit nicht einverstanden gewesen wäre. Auf die auch aufsichtsrechtliche Fragen aufwerfenden vorinstanzlichen Erwägungen und die dagegenhaltenden Vorbringen der Beschwerdeführer braucht nicht näher eingegangen zu werden.
2.3 Das kantonale Gericht hat offengelassen, ob es sich unter dem Gesichtspunkt des Gesetzmässigkeitsprinzips beim Kreisschreiben 1/04 in Bezug auf die Rechtsetzungsstufe um eine genügende gesetzliche Grundlage für die an den Kanton delegierte Regelung der Bewilligungserteilung für Einsätze zu Gunsten der Gemeinschaft im Sinne von <ref-law> handelt. Werde die Frage verneint, seien sämtliche Einsätze, die nicht Wiederholungs- oder Weiterbildungskurse darstellten, zu Unrecht erfolgt, da Art. 7 VEZG einen klaren Bewilligungsvorbehalt vorsähe. Bejahendenfalls widerspräche die Bewilligungspraxis der ZSO X._ bei kommunalen Gemeinschaftseinsätzen den Vorgaben im Kreisschreiben 1/04. Die Frage braucht auch hier nicht entschieden zu werden.
3. 3.1 Gemäss dem kraft <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> auch im Bereich der Erwerbsersatzordnung geltenden <ref-law> erlischt der Rückforderungsanspruch mit dem Ablauf eines Jahres, nachdem die Versicherungseinrichtung davon Kenntnis erhalten hat, spätestens aber mit dem Ablauf von fünf Jahren nach der Entrichtung der einzelnen Leistung. Die Beschwerdeführer machen geltend, der Rückforderungsanspruch sei verwirkt. Dieser erstmals in diesem Verfahren erhobene Einwand gegen die vorinstanzlich bejahte Rückerstattungspflicht ist zulässig, da es sich bei den Fristen nach <ref-law> um Verwirkungsfristen handelt, die immer und von Amtes wegen zu berücksichtigen sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1 S. 582; <ref-ruling> E. 1 S. 12; <ref-ruling> E. 2b S. 350; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 227).
3. 3.1 Gemäss dem kraft <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> auch im Bereich der Erwerbsersatzordnung geltenden <ref-law> erlischt der Rückforderungsanspruch mit dem Ablauf eines Jahres, nachdem die Versicherungseinrichtung davon Kenntnis erhalten hat, spätestens aber mit dem Ablauf von fünf Jahren nach der Entrichtung der einzelnen Leistung. Die Beschwerdeführer machen geltend, der Rückforderungsanspruch sei verwirkt. Dieser erstmals in diesem Verfahren erhobene Einwand gegen die vorinstanzlich bejahte Rückerstattungspflicht ist zulässig, da es sich bei den Fristen nach <ref-law> um Verwirkungsfristen handelt, die immer und von Amtes wegen zu berücksichtigen sind (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1 S. 582; <ref-ruling> E. 1 S. 12; <ref-ruling> E. 2b S. 350; vgl. auch <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 227).
3.2 3.2.1 Massgebend für die Auslösung der einjährigen Verwirkungsfrist nach <ref-law> ist der Zeitpunkt, in dem der Versicherungsträger bei Beachtung der ihm zumutbaren Aufmerksamkeit hätte erkennen müssen, dass die Voraussetzungen für eine Rückforderung gegeben waren. Dies ist der Fall, wenn alle im konkreten Einzelfall erheblichen Umstände zugänglich sind, aus deren Kenntnis sich der Rückforderungsanspruch dem Grundsatz nach und in seinem Ausmass gegenüber einer bestimmten rückerstattungspflichtigen Person ergibt (<ref-ruling> E. 3 S. 17). Verfügt die Versicherungseinrichtung über genügende Hinweise auf einen möglichen Rückforderungsanspruch, sind die Unterlagen aber noch unvollständig, hat sie die noch erforderlichen Abklärungen innert angemessener Zeit vorzunehmen. Bei Säumnis ist der Beginn der Verwirkungsfrist auf den Zeitpunkt festzusetzen, in welchem die Verwaltung mit zumutbarem Einsatz ihre unvollständige Kenntnis so zu ergänzen im Stande gewesen wäre, dass der Rückforderungsanspruch hätte geltend gemacht werden können. Die einjährige Verwirkungsfrist beginnt auf jeden Fall, wenn und sobald sich aus den Akten bereits die Unrechtmässigkeit der Leistungserbringung ergibt, ohne dass Zeit für eine weitere Abklärung zugestanden würde (Urteil K 70/06 vom 30. Juli 2007 E. 5.1 mit Hinweisen, nicht publiziert in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2008 KV Nr. 4 S. 11).
3.2.2 Ist für die Abklärung und Prüfung eines Rückforderungsanspruchs das Zusammenwirken mehrerer mit der Durchführung der Versicherung betrauter Verwaltungsstellen erforderlich, genügt für den Beginn des Fristenlaufs die nach der dargelegten Praxis erforderliche Kenntnis einer dieser Stellen (<ref-ruling> E. 4c S. 182 f.; ZAK 1989 S. 558, H 212/88 E. 4b; Urteil 9C_1057/2008 vom 4. Mai 2009 E. 4). Die Durchführung der Erwerbsersatzordnung erfolgt durch die Organe der Alters- und Hinterlassenenversicherung, für den Zivilschutz unter Mitwirkung der Rechnungsführer der Schutzorganisationen (<ref-law>). Im Kanton Aargau ist die Abteilung Militär und Bevölkerungsschutz zuständig für die Kontrollführung im Bereich des Zivilschutzes (vgl. § 14 KBV sowie die Verordnung vom 22. November 2006 über die Schutzdienstleistung und Kontrollführung des Zivilschutzes im Kanton Aargau [KV-ZS AG]; SAR 515.213).
3.3 Die Beschwerdeführer bringen vor, es sei erstellt, dass die für die Kontrollführung im Bereich des Zivilschutzes im Kanton zuständige AMB spätestens am 5. Februar 2007 unter anderem über den Fall des Kommandanten der ZSO X._ detailliert und umfassend informiert worden sei. Bei Erlass der Verfügung vom 12. Februar 2008 sei somit die relative einjährige Verwirkungsfrist des <ref-law> abgelaufen und der Rückforderungsanspruch verwirkt gewesen. Im Zusammenhang mit der von der Vorinstanz verneinten individuell-konkreten Bewilligung der einzelnen Einsätze und der damit verbundenen Kontrolle durch das massgebliche Organ (Vorstand der ZSO X._) weisen die Beschwerdeführer darauf hin, sämtliche Einsätze zu Gunsten der Gemeinschaft im fraglichen Zeitraum, auch diejenigen, für welche nunmehr EO-Entschädigung zurückgefordert werde, seien dienstgemäss der AMB mit dem jeweiligen Formular gemeldet worden. Wäre diese damit nicht einverstanden gewesen, hätte sie sich ohne weiteres dagegen zur Wehr setzen können resp. müssen.
3.4 Aus den Akten ergibt sich, dass das Bundesamt für Bevölkerungsschutz am 2. Februar 2007 der AMB verschiedene Unterlagen zur Prüfung der Rechtmässigkeit der Abrechnung von Schutzdiensttagen über die EO zur Stellungnahme unterbreitet hatte. Die Aufsichtsbehörde des Bundes führt dazu aus, es habe zuerst die Frage geklärt werden müssen, ob es im Einzelfall überhaupt zur Auszahlung ungerechtfertigter EO-Entschädigungen gekommen sei. Aus diesem Grund habe die AMB ihrerseits weitere Informationen bei den betroffenen Zivilschutzorganisationen eingeholt. Die Kenntnis über die Rückforderung habe erst nach der Stellungnahme des Kantons vom 12. Mai 2007 und dem anschliessenden Bereinigungsgespräch mit dem Bundesamt für Bevölkerungsschutz und der Abteilung Militär und Bevölkerungsschutz vom 26. Juli 2007 bestanden. Im Übrigen sei zu bezweifeln, dass sich die AMB das Wissen über die Rückforderung überhaupt anrechnen lassen müsste, sei sie doch ausschliesslich mit der Kontrollführung im Bereich des Zivilschutzes betraut und nicht an der Durchführung der EO beteiligt. Die kantonale Ausgleichskasse selber habe von der Rückforderung erst am 12. November 2007 erfahren, als sie aufgefordert worden sei, eine entsprechende Verfügung zu erlassen. Die Verwaltung habe bei der Verarbeitung der EO-Anmeldungen bei Beachtung der ihr zumutbaren Aufmerksamkeit nicht erkennen können, dass einige der abgerechneten Schutzdiensttage nicht entschädigungsberechtigt sein könnten. Die Soldberechtigung sei im Zivilschutzrecht geregelt. Als ausschliesslich mit der Durchführung des Sozialversicherungsrechts betraute Verwaltungsbehörde müsse sich die Beschwerdegegnerin auf die Angaben auf der EO-Anmeldung und die Arbeit des Rechnungsführers verlassen.
3.4.1 Die 2003 für den Kommandanten der ZSO X._ über die EO abgerechneten Schutzdiensttage erfolgten im Rahmen von Wiederholungs- oder Weiterbildungskursen oder standen im Zusammenhang mit solchen Kursen. Die zuviel entschädigten 25 Tage stellten somit, ohne weiteres erkennbar, keine Einsätze zur Katastrophen- und Nothilfe dar (vgl. E. 2.1). Die Unrechtmässigkeit der Leistungserbringung ergab sich direkt aus den Akten, ohne dass es weiterer diesbezüglicher Abklärungen bedurfte. Hinsichtlich der 2003 zuviel ausgerichteten Erwerbsausfallentschädigung hatte daher die einjährige Verwirkungsfrist nach <ref-law> spätestens am 2. Februar 2007 zu laufen begonnen (E. 3.2.1). Der Rückforderungsanspruch war somit bei Erlass der Verfügung vom 12. Februar 2008 verwirkt.
3.4.2 Mit Bezug auf 2004 und 2005 kann offenbleiben, ob die AMB schon vor dem 2. Februar 2007 Kenntnis davon haben konnte oder zumindest in Betracht ziehen musste, dass die gemeldeten Einsätze u.a. des Kommandanten der ZSO X._, welche nicht Wiederholungs- oder Weiterbildungskurse im Sinne von Art. 35 und 36 BZG darstellten, nicht entschädigungsberechtigt waren und bejahendenfalls, ob sich die EO dies anrechnen zu lassen hätte. Die Aufsichtsbehörde des Bundes weist auf den Umstand hin, dass der Zivilschutzkommandant auch Rechnungsführer war und in dieser Eigenschaft den überwiegenden Teil seiner EO-Anmeldungen selber ausgestellt hatte, nämlich 2004 und 2005 über insgesamt 121 Tage. In diesen zwei Jahren konnten unbestrittenermassen insgesamt höchstens 28 ordentliche Wiederholungs- und Weiterbildungskurstage über die EO abgerechnet werden. Die restlichen 93 Tage konnten nur Einsätze nach <ref-law>, insbesondere zu Gunsten der Gemeinschaft, auf kantonaler oder kommunaler Ebene sein. Entgegen der Auffassung des Bundesamtes hätte diese hohe Anzahl der vom Kommandanten in seiner Funktion als Rechnungsführer für sich selber gemeldeten Schutzdiensttage bei Beachtung der gebotenen und zumutbaren Aufmerksamkeit der Ausgleichskasse auffallen und wenigstens zu Abklärungen Anlass geben müssen, und zwar umso mehr, als alle fraglichen Einsätze im Zusammenhang mit Wiederholungskursen (mit verschiedenen Zusätzen wie Unterhalt, Planung, Unterstützung Sirenentest etc.) standen oder Kadervorkurse zu solchen Kursen darstellten. Es kommt dazu, dass in Bezug auf die erst seit 1. Januar 2004 vorgesehenen Einsätze zu Gunsten der Gemeinschaft aufgrund der in diesem Bereich bestehenden Missbrauchsgefahr (beispielsweise Dienstleistungen beim eigenen Arbeitgeber über die EO entschädigen zu lassen) eine erhöhte Aufmerksamkeit geboten war (Urteil 9C_1057/2008 vom 4. Mai 2009 E. 4.4.2).
Es ist davon auszugehen, dass bei einem Handeln innert nützlicher Frist die für die Prüfung einer Rückerstattungspflicht betreffend 2004 und 2005 erforderlichen Erhebungen jedenfalls vor dem 2. Februar 2007 abgeschlossen gewesen wären. In diesem Zeitpunkt hatte somit die einjährige Verwirkungsfrist nach <ref-law> spätestens zu laufen begonnen. Der Rückforderungsanspruch für diese beiden Jahre war daher bei Erlass der Verfügungen vom 13. und 15. Februar 2008 verwirkt.
3.5 Es besteht somit keine Rückerstattungspflicht. Die Beschwerde ist begründet.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Ausgleichskasse die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 21. April 2009 sowie der Einspracheentscheid der Ausgleichskasse des Kantons Aargau vom 11. Juli 2008 werden aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.- werden der Ausgleichskasse des Kantons Aargau auferlegt.
3. Die Ausgleichskasse des Kantons Aargau hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau hat die Parteientschädigung für das vorangegangene Verfahren neu festzusetzen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 4. Februar 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Fessler