Faits:
A. Statuant par jugement du 15 novembre 2012 à la suite d'un jugement du Tribunal de police de l'arrondissement de La Côte du 2 avril 2012, la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud a rejeté les appels de X._ et du SECO et a admis celui de Swissmedic. Elle a libéré X._ des accusations d'infraction par métier à la loi fédérale du 15 décembre 2000 sur les médicaments et les dispositifs médicaux (loi sur les produits thérapeutiques, LPTh; RS 812.21), d'infraction à la LPTh, de contravention à la LPTh, d'infraction à la LCD, de contravention aux dispositions concernant les raisons de commerce, de contravention à la loi vaudoise sur la santé publique et d'exercice illégal d'une profession de santé, l'a reconnu coupable de contravention par métier à la LPTh et l'a condamné à une peine de 120 jours-amende, le montant du jour étant fixé à 30 fr., avec sursis durant 3 ans, ainsi qu'à une amende de 7'000 francs.
En bref, il ressort de ce jugement les éléments suivants:
C._ SA, dirigée par X._, menait une activité qui consistait notamment à distribuer un produit ou une gamme de produits sur mandat d'une société domiciliée le plus souvent à l'étranger. Elle s'engageait alors à mettre à disposition de sa mandante les infrastructures nécessaires à la distribution des produits. Les accords passés entre C._ SA et les sociétés mandantes faisaient l'objet de contrats distincts, établis, pour la plupart d'entre eux, sur le même modèle. Après la conclusion des contrats et la mise en place des infrastructures, la mandante faisait envoyer par une agence de publicité des publipostages aux clients potentiels, tous domiciliés à l'étranger. Depuis 2003, dans le cadre de l'activité de C._ SA, X._ a fait le commerce de médicaments qui n'avaient pas été autorisés par Swissmedic. Il a ainsi commercialisé des produits supposés améliorer la santé et le bien-être en fournissant des adresses commerciales en Suisse à ses mandantes domiciliées à l'étranger. Ces dernières envoyaient aux clients potentiels des publipostages contenant de fausses indications.
B. Le Ministère public de la Confédération forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre ce jugement, concluant à sa réforme en ce sens que X._ est également reconnu coupable d'infraction à la LCD (art. 3 al. 1 let. b, c, h et i LCD) et est condamné à la peine adéquate.
Des déterminations n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. En vertu de l'<ref-law>, le Ministère public de la Confédération a qualité pour recourir si le droit fédéral prescrit que la décision doit être communiquée à lui-même ou à une autre autorité fédérale ou si la cause a été déférée pour instruction et jugement aux autorités cantonales. La première condition précitée est réalisée (cf. <ref-law>) de sorte que la qualité pour recourir doit être reconnue.
2. Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par la juridiction précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - à savoir arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356). Le grief d'arbitraire doit être invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>). Le recourant doit exposer, de manière détaillée et pièces à l'appui, que les faits retenus l'ont été d'une manière absolument inadmissible, et non seulement discutable ou critiquable. Il ne saurait se borner à plaider à nouveau sa cause, contester les faits retenus ou rediscuter la manière dont ils ont été établis comme s'il s'adressait à une juridiction d'appel (<ref-ruling>). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356 ; <ref-ruling> consid. 6 p. 397).
3. 3.1 Le recourant soutient que le comportement de l'intimé tombe sous le coup de l'art. 3 al. 1 let. b, c, h et i LCD. On comprend ainsi que de l'avis du recourant, les conditions pour une condamnation pénale en vertu de l'<ref-law> sont réalisées. Le recourant invoque les publipostages pour fonder le comportement illicite de l'intimé.
3.2 La cour cantonale a relevé qu'un acte de concurrence déloyale ne pouvait pas résulter de la vente des médicaments en tant que telle mais le cas échéant de la diffusion des publipostages qui vantaient les compositions, les qualités et les effets bénéfiques sur la santé. Selon elle, il n'était pas établi que C._ SA ait envoyé les publipostages litigieux. Il n'était pas non plus établi que des publipostages aient été expédiés de Suisse ou reçus en Suisse, ni que C._ SA ou l'intimé ait participé de quelque manière que ce soit à la création et à l'envoi de ces publipostages. Le seul fait pour C._ SA d'avoir fourni une adresse en Suisse pour l'envoi des commandes dont elle savait qu'elle ne correspondait ni au lieu de fabrication, ni au domicile du fabricant, ni même au lieu d'expédition, et d'avoir consenti à ce que dite adresse figure sur les publipostages litigieux ne pouvait suffire à justifier l'application de la LCD (cf. jugement, p. 31).
3.3 Les éléments factuels pris en compte pour condamner l'intimé en vertu des art. 18 al. 1 let. c, 27 et 87 al. 1 et 2 LPTh, condamnation qui n'est plus litigieuse à ce stade, ont trait à la vente de médicaments non autorisés. Les faits à l'origine de cette condamnation ne sont pas en contradiction avec ceux retenus par la cour cantonale pour exclure l'application de la LCD, en vertu desquels ni C._ SA ni l'intimé n'ont participé de quelque manière que ce soit à la création et à l'envoi des publipostages. L'état de fait contenu dans le jugement attaqué n'est donc pas intrinsèquement contradictoire au point de rendre l'application du droit impossible (cf. arrêt 4C.403/2005 du 28 février 2007 consid. 2.1 non publié aux <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 3d p. 135). Il faut ainsi s'en tenir aux faits précités retenus par la cour cantonale, sous réserve d'un grief démontrant que celle-ci aurait procédé à une appréciation arbitraire des preuves pour exclure toute implication de l'intimé dans les publipostages.
3.4 Le recourant ne formule aucun grief recevable sous l'angle de l'<ref-law> tiré de l'établissement arbitraire des faits. Il discute librement les éléments factuels du jugement attaqué dans une démarche appellatoire, laquelle est irrecevable (cf. supra consid. 2). Il convient ainsi de se fonder sur les constatations de la cour cantonale pour qui la création ou l'envoi des publipostages n'est pas imputable à l'intimé. Autrement dit, aucune implication ne peut être opposée à l'intimé pour les publipostages. Sur cette base, on ne voit pas en quoi un acte de concurrence déloyale pourrait lui être reproché. Dans sa discussion juridique, le recourant ne fournit aucun élément autre que les publipostages pour justifier l'application de la LCD. Toute son argumentation est orientée en fonction des publipostages et de leur contenu, supposés réaliser des actes de concurrence déloyale. A défaut de pouvoir opposer les publipostages à l'intimé, la solution de la cour cantonale qui a nié une infraction à la LCD ne viole pas le droit fédéral.
4. Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Il est statué sans frais (<ref-law>) ni dépens, l'intimé n'ayant pas été invité à se déterminer.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Il est statué sans frais judiciaires ni dépens.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour d'appel pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 22 avril 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet