(Eigenverbrauch/Hauswartstätigkeit), hat sich ergeben:
A.- Bei der X._-Pensionskasse handelt es sich um eine Stiftung, welche der beruflichen Vorsorge dient. Sie liess sich mit Fragebogen vom 14. Oktober 1994 als Mehrwertsteuerpflichtige bei der Eidgenössischen Steuerverwaltung registrieren und deklarierte einen voraussichtlich massgebenden Umsatz von über Fr. -.-- Mio. , unter dem Vorbehalt, dass Hauswartstätigkeit als Herstellung gelte und somit besteuert werde. Mit Schreiben vom 28. Juni 1995 sowie 28. Juli 1995 ersuchte die X._-Pensionskasse um Erlass einer anfechtbaren Verfügung, weil sie die Steuerpflicht auf Arbeiten von Hauswarten als Eigenverbrauch des Hauseigentümers nicht anerkannte. Dabei machte sie geltend, die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung getroffene Lösung verstosse gegen Art. 14 Ziff. 17 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer (MWSTV) sowie Art. 8 Abs. 2 lit. b Ziff. 8 ÜbBest. aBV.
Mit Entscheid vom 30. August 1996 stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung fest, dass die Voraussetzungen für die Eigenverbrauchsbesteuerung bei der X._-Pensionskasse gegeben seien. Sie bezifferte die Mehrwertsteuerforderungen für das Jahr 1995 auf Fr. -.-- zuzüglich Verzugszins ab dem 15. Oktober 1995 und für das 1. und 2. Quartal 1996 auf Fr. -.-- zuzüglich Verzugszins ab dem 15. Juli 1996.
Gegen diesen Entscheid erhob die X._-Pensionskasse Einsprache. Diese wurde am 4. Juni 1997 teilweise gutgeheissen, wobei die Eidgenössische Steuerverwaltung befand, dass
- (Ziff. 2.1) "namentlich folgende Tätigkeiten von Hauswarten im Eigenverbrauch gemäss <ref-law> zu versteuern sind: Reinigung/Unterhalt/Schneeräumung von Wegen, Plätzen und Parkflächen; Reinigung am Gebäude (z.B. Treppenhaus, Fenster); selbst ausgeführte Reparaturen aller Art sowie die Überwachung/Einstellung/Wartung von Heizungs-/ Lüftungs-/Klimaanlagen; ...".
- (Ziff. 2.2) "folgende Tätigkeiten von Hauswarten nicht im Eigenverbrauch gemäss <ref-law> zu versteuern sind: Rasen und Pflanzenpflege; Administration bei Reparaturen durch Dritte; Administration bei Mieterwechsel sowie allgemeine Dienstleistungen (Waschpläne, Mieterstreitigkeiten, Container bereitstellen, Türschliessung usw. )".
Im Weiteren wurde die Ergänzungsabrechnung Nr. 15'036 vom 19. Dezember 1996 aufgehoben und festgestellt, dass die für das Jahr 1995 aus Eigenverbrauch nach <ref-law> geschuldete Steuer nach Abschluss dieses Verfahrens neu festgesetzt werde, wobei die Pauschale von 50% für das Jahr 1995 keine Anwendung finde (Ziff. 3). Die für das 1. und 2. Quartal 1996 im Betrag von Fr. -.-- festgelegte Steuerforderung zuzüglich Verzugszins ab dem 15. Juli 1996 wurde demgegenüber bestätigt (Ziff. 4).
B.- Hiegegen reichte die X._-Pensionskasse am 7. Juli 1997 bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission Beschwerde ein und beantragte die Aufhebung der Ziffern 1, 2.1, 3, 4, 5 und 6 des Einspracheentscheids sowie die Feststellung, dass die Beschwerdeführerin unter dem Titel baugewerblicher Eigenverbrauch auf Hauswartsleistungen keine Mehrwertsteuer schulde. Im Eventualantrag verlangte sie die Feststellung, dass namentlich die Überwachung und Einstellung von Heizungs-, Lüftungs- und Klimaanlagen keinen baugewerblichen Eigenverbrauch nach <ref-law> zu begründen vermöge.
Mit Urteil vom 29. Juli 1998 hiess die Eidgenössische Steuerrekurskommission die Beschwerde gut und hob den Einspracheentscheid der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 4. Juni 1997 auf. Gleichzeitig stellte sie fest, dass die Hauswartstätigkeit im Sinne der Erwägungen keine Eigenverbrauchssteuer gemäss <ref-law> auslöse.
C.- Gegen diesen Entscheid führt die Eidgenössische Steuerverwaltung, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht und beantragt:
"1. Der Entscheid der SRK vom 29. Juli 1998 sei vollumfänglich aufzuheben.
2. Es sei festzustellen, dass die X._- Pensionskasse namentlich folgende Tätigkeiten ihrer Hauswarte im Eigenverbrauch gemäss <ref-law> zu versteuern hat: Reinigung/Unterhalt/ Schneeräumung von Wegen, Plätzen und Parkflächen; Reinigung am Gebäude (z.B. Treppenhaus, Fenster); selbst ausgeführte Reparaturen aller Art sowie Überwachung/Einstellung/Wartung von Heizungs-/ Lüftungs-/Klimaanlagen.
3. Die Ergänzungsabrechnung Nr. 15036 vom 19. Dezember 1996 sei aufzuheben und die von der X._-Pensionskasse für das Jahr 1995 aus Eigenverbrauch nach <ref-law> geschuldete Steuer sei von der ESTV neu festzusetzen. Es sei festzustellen, dass die Pauschale von 50% für das Jahr 1995 keine Anwendung findet.
4. Die X._-Pensionskasse sei zu verpflichten, der ESTV für die Steuerperioden 1. und 2. Quartal 1996 (Zeit vom 1. Januar bis 30. Juni 1996) aufgrund der eigenen steuerbaren Hauswartstätigkeiten Fr. -.-- Mehrwertsteuer zuzüglich Verzugszins ab 15. Juli 1996 zu bezahlen. "

Das Bundesgericht heisst die Beschwerde gut aus folgenden Erwägungen:
1.- a) Zur Beschwerde gegen Entscheide der Eidgenössischen Steuerrekurskommission über die Mehrwertsteuer ist die Eidgenössische Steuerverwaltung legitimiert (Art. 103 lit. b OG; <ref-law>). Dies gilt auch in Bezug auf Beschwerden gegen Entscheide in Feststellungsverfahren (ASA 65 918 E. 1b). Das Interesse der Eidgenössischen Steuerverwaltung zur Beschwerdeführung ist in solchen Fällen auf die einheitliche und richtige Anwendung von Bundesrecht gerichtet und im Übrigen an keine weiteren Voraussetzungen gebunden (<ref-ruling> E. 2c.; ASA 65 918 E. 1b).
b) Strittig ist im vorliegenden Verfahren einerseits die grundsätzliche Frage der Steuerpflicht für Leistungen, welche Hauswarte in den Mietshäusern der Beschwerdegegnerin erbringen. Hierüber hat die Eidgenössische Steuerverwaltung in ihrem Einspracheentscheid vom 4. Juni 1997 eine positive (Ziff. 2.1) und eine negative (Ziff. 2.2) Feststellung getroffen, die nachfolgend unter E. 2 und 3 überprüft wird (vgl. auch unten lit. d). Anderseits hat die Eidgenössische Steuerverwaltung zwei Leistungsentscheide gefällt, und zwar zum einen für das 1. und 2. Quartal 1996 die Ergänzungsabrechnung Nr. 15'037, die in Bezug auf die Höhe der Steuer vor Bundesgericht nicht umstritten ist, und zum anderen für das Jahr 1995 die Ergänzungsabrechnung Nr. 15'036. Die das Jahr 1995 betreffende Ergänzungsabrechnung ist im Einspracheverfahren aufgehoben worden, weshalb die für dieses Jahr geschuldete Steuer vorliegend nicht Verfahrensgegenstand ist (vgl. hiezu unten E. 4).
c) Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die unrichtige Sachverhaltsfeststellung und die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, nicht jedoch die Unangemessenheit des angefochtenen Entscheids, gerügt werden (Art. 104 lit. a und b
OG, Art. 104 lit. c OG e contrario). Zum Bundesrecht im Sinne dieser Bestimmung zählt auch die Bundesverfassung (<ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 3).
An die Sachverhaltsfeststellung ist das Bundesgericht gebunden, wenn - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 OG). Offensichtlich unrichtig ist eine Sachverhaltsfeststellung nicht schon dann, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist (Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege, 2. Aufl. 1983, S. 286, mit Hinweisen). Ist das Bundesgericht - wie hier - an die Sachverhaltsfeststellung gebunden, sind Tat- und Rechtsfragen auseinanderzuhalten (<ref-ruling> E. 6a S. 54 f.). Tatfrage ist, ob sich der rechtserhebliche Sachverhalt verwirklicht hat. Rechtsfrage bilden dagegen die Schlussfolgerungen aus den Sachverhaltsfeststellungen (Gygi, a.a.O., S. 274 f.; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl. 1998, a.a.O., N 958).
d) Die Beschwerdeführerin verlangt, es sei festzustellen, dass die Beschwerdegegnerin eine im Einzelnen aufgeführte Anzahl Tätigkeiten von Hausabwarten als Eigenverbrauch gemäss <ref-law> zu versteuern habe, wogegen andere, ebenfalls im Detail aufgeführte Tätigkeiten, nicht der Eigenverbrauchsbesteuerung unterlägen, dies entsprechend den Feststellungen in Ziff. 2.1 und 2.2 ihres Einspracheentscheides vom 4. Juni 1997. Feststellungsentscheide der Eidgenössischen Steuerverwaltung sind nach <ref-law> zulässig, wenn "für einen bestimmten Fall vorsorglich die amtliche Feststellung der Steuerpflicht, der Steuerschuld, des Anspruchs auf Vorsteuerabzug, der Grundlagen der Steuerbemessung, des anwendbaren Steuersatzes oder der Mithaftung beantragt wird oder als geboten erscheint". Soweit sich die Feststellungen auf die grundsätzliche Frage der Steuerpflicht beziehen, können sie auch Gegenstand des Verfahrens der Verwaltungsgerichtsbeschwerde sein und ist auf die Beschwerde daher vorliegend einzutreten (vgl. Gygi, a.a.O., S. 144; Imboden/Rhinow, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, 6. Aufl. 1986, Nr. 36 B III a, S. 222; Kölz/Häner, a.a.O.,S.77;s.auch ASA 65918 E. 1b und 3).
2.- a) Zunächst stellt sich die grundsätzliche Frage, ob und inwieweit die Leistungen, welche Hauswarte in den Mietshäusern der Beschwerdegegnerin erbringen, unter der Herrschaft der Mehrwertsteuerverordnung der Steuer unterliegen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung stützt sich für die Besteuerung dieser Leistungen auf <ref-law>. Nach <ref-law> in Verbindung mit dieser Vorschrift liegt ein - als Eigenverbrauch bezeichneter - Steuertatbestand vor, wenn der Steuerpflichtige Arbeiten an bestehenden oder neu zu erstellenden Bauwerken vornimmt oder vornehmen lässt, die zur entgeltlichen Veräusserung oder zur entgeltlichen Gebrauchsüberlassung oder Nutzung bestimmt sind, sofern er hiefür nicht für die Besteuerung optiert hat. Nach lit. b von <ref-law> besteht eine Steuerpflicht auch, wenn der Steuerpflichtige Arbeiten der genannten Art für private Zwecke oder für eine von der Steuer ausgenommene Tätigkeit vornimmt. Dieser Eigenverbrauch wird als Herstellungs- und Bearbeitungseigenverbrauch bezeichnet. Weiter unterliegen gewisse Entnahmetatbestände (Art. 8 Abs. 1 lit. a-d MWSTV) sowie der Eigenverbrauch bei Vermögensübertragungen (<ref-law>) der Eigenverbrauchssteuer.
Mit dieser Steuer soll dem Grundsatz der Allgemeinheit und Gleichheit der Besteuerung folgend eine Gleichbehandlung erreicht werden zwischen dem nicht steuerpflichtigen Unternehmer und privaten Endverbraucher einerseits und denjenigen Steuerpflichtigen, die Gegenstände für einen nicht steuerbaren Zweck verwenden, anderseits (Daniel Riedo, Vom Wesen der Mehrwertsteuer als allgemeine Verbrauchssteuer, Diss. Bern 1999, S. 154; Camenzind/Honauer/Vallender, Handbuch zum neuen Mehrwertsteuergesetz, Bern, Stuttgart, Wien, 2000, N 263 ff.): Die Eigenverbrauchssteuer bezweckt zunächst - zur Verwirklichung des Mehrwertsteuersystems - die Belastung des Endkonsums. Personen, die Leistungen des eigenen steuerpflichtigen Unternehmens beziehen und damit einen Entnahmeeigenverbrauch vornehmen, sollen nicht besser gestellt werden als die übrigen Konsumenten, die Leistungen steuerbelastet beziehen. Beim Entnahmeeigenverbrauch liegt ein Endverbrauch vor, welcher mit der Eigenverbrauchssteuer der Mehrwertsteuer unterstellt wird. Die Eigenverbrauchssteuer dient insofern der Korrektur von nicht oder nicht mehr gerechtfertigten Vorsteuerabzügen (vgl. Ernst Höhn/Klaus Vallender, Kommentar BV, S. 25 f., N 58-61; Ernst Höhn/Robert Waldburger, Steuerrecht, Band I, 8. Aufl. , § 24 N 66; Riedo, a.a.O., S. 157). Insbesondere beim Herstellungs- und Bearbeitungseigenverbrauch wird aber nicht oder nicht nur der Vorsteuerabzug rückgängig gemacht. Vielmehr werden bei diesen Tatbeständen auch eigentliche Wertschöpfungskomponenten steuerlich miterfasst (Riedo, a.a.O., S. 160). Dieser Eigenverbrauchstatbestand wurde demnach aus steuersystematischen Gründen eingeführt. Nicht besteuert wird in der Schweiz dem Grundsatz nach der Dienstleistungseigenverbrauch (Höhn/ Waldburger, a.a.O., Band I, § 24 N 66; Riedo, a.a.O., S. 162, Camenzind/Honauer, Handbuch zur neuen Mehrwertsteuer, Bern, Stuttgart, Wien, 1995, N 201 S. 79).
b) Nach Auffassung der Vorinstanz setzt auch der Tatbestand des Eigenverbrauchs einen mehrwertsteuerrechtlichen Verbrauch voraus. Sie führt aus, ein solcher liege nur vor, wenn der Steuerpflichtige die Eingangsleistung und/oder seine eigene Leistung für einen nicht steuerbaren, das heisst vom Geltungsbereich der Mehrwertsteuer im Grundsatz nicht erfassten Zweck verwende, die steuerbare Umsatzkette also bei ihm ende. Sobald der Steuerpflichtige indessen eine steuerbare, das heisst eine durch den Geltungsbereich der Mehrwertsteuer erfasste Ausgangsleistung (also steuerpflichtig oder echt oder unecht steuerbefreit) erbringe, sei insofern mehrwertsteuerrechtlicher Verbrauch ausgeschlossen. Im Falle des <ref-law> tätige der Steuerpflichtige in der Folge einen zwar unecht steuerbefreiten (z.B. gemäss <ref-law>), aber im Geltungsbereich der Mehrwertsteuer liegenden und damit steuerbaren (wenn auch nicht steuerpflichtigen) Ausgangsumsatz. Auf seiner Umsatzstufe komme es infolgedessen zu keinem mehrwertsteuerrechtlichen Endverbrauch. Hauswartsleistungen könnten nicht gleichzeitig Bestandteil des Ausgangsumsatzes der Beschwerdegegnerin einerseits und des Eigenverbrauchs andererseits sein. Da es sich zumindest bei den fraglichen Hauswartsleistungen um Arbeiten an eigenen Einrichtungen des Steuerpflichtigen handle, sei im Verhältnis zwischen Hauswart und Hauseigentümer auch der unabdingbare Tatbestand des Leistungsaustauschs nicht erfüllt, so dass <ref-law> auch keine klassische Lieferung oder Dienstleistung darstelle. Erfülle diese Bestimmung weder den Tatbestand der entgeltlichen Lieferung oder Dienstleistung noch jenen des Endverbrauchs, stelle sich die Frage nach einer Kompetenzüberschreitung durch den Verordnungsgeber. Nach historischer und teleologischer Auslegung stelle <ref-law> eine Massnahme zur Herstellung der gleichen wettbewerblichen Ausgangslage für Erbringer von Leistungen im Sinne von Art. 14 Ziff. 16 und 17 MWSTV dar, das heisst für Bau- und Generalunternehmer einerseits und übrige Steuerpflichtige anderseits; Zielgruppe bildeten die Bau- und Generalunternehmer, welche die fraglichen Bauarbeiten vornähmen oder vornehmen liessen. Die Besteuerung der Hauswartsleistungen als Eigenverbrauch decke sich nicht mit dem historischen und teleologischen Auslegungsergebnis, gehe zu weit und finde in <ref-law> keine Grundlage.
c) aa) Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat im Sinne eines Feststellungsentscheids gestützt auf <ref-law> die Reinigungs-, Unterhalts-, Reparatur-, Überwachungs- und Einstellungs- sowie Wartungsarbeiten von Hauswarten für steuerbar erklärt, soweit sie an Gebäuden und baulichen Einrichtungen vorgenommen werden, die zur entgeltlichen Veräusserung oder zur entgeltlichen Überlassung zum Gebrauch oder zur Nutzung bestimmt sind (Art. 14 Ziff. 16 und 17 MWSTV). Eine solche Auslegung ist mit dem Wortlaut von <ref-law> vereinbar, der die Vornahme von Arbeiten an Bauwerken für steuerbar erklärt. Bereits unter der Herrschaft des Bundesratsbeschlusses vom 29. Juli 1941 über die Warenumsatzsteuer (WUStB) umfasste der Begriff der "Herstellung von Bauwerken" (Art. 15bis Abs. 1 WUStB) "alle Arbeiten an Grundstücken und Dauerbauten" (Art. 18bis WUStB) und schloss der Herstellungsbegriff jede Verarbeitung, Bearbeitung, Zusammensetzung, Veredelung und sonstige Umgestaltung sowie namentlich auch jede Instandstellung ein (Art. 10 Abs. 2 WUStB). Insbesondere unterlagen nach der Praxis gestützt auf Art. 18bis WUStB Bau- und Unterhaltsreinigungen an Gebäuden (ASA 56 654) sowie Hauswartsleistungen der Warenumsatzsteuer (nicht veröffentlichtes Urteil vom 9. Mai 2000, Verfahren 2A.326/1999, E. 2).
bb) Das Ziel von <ref-law> ist es, Wettbewerbsverzerrungen zu vermeiden zwischen steuerpflichtigen Unternehmen, die Arbeiten an ihren Bauwerken selber vornehmen bzw. durch ihre Angestellten vornehmen lassen, und Unternehmen, die für diese Arbeiten Drittunternehmen beiziehen und auf deren Leistungen die Mehrwertsteuer zu entrichten haben. Ohne die Besteuerung dieser Leistungen an sich selber wären diejenigen Unternehmen, welche die fraglichen Arbeiten selber vornehmen, besser gestellt. Durch diese Gleichstellung wird auch gewährleistet, dass Mieter unabhängig davon gleich belastet werden, ob der Vermieter die Arbeiten selber ausführt oder durch sein Personal ausführen lässt oder ob er diese an Drittunternehmen überträgt. Einzig wenn die Mieter selber die
Arbeiten ausführen, werden sie steuerlich nicht belastet.
cc) Aus dem Terminus "Eigenverbrauch" kann nicht abgeleitet werden, dass eine Steuer nur erhoben wird, wenn ein Endverbrauch vorliegt. Die französische Bezeichnung "prestations à soi-même" bringt den steuerbaren Vorgang besser zum Ausdruck: Der Steuer unterstellt sind nach Art. 8
MWSTV bestimmte Leistungen, die dem Steuerpflichtigen von seinem eigenen Unternehmen erbracht werden (Entnahmen, Herstellungs- und Bearbeitungsarbeiten an Grundstücken, Vermögensübertragungen).
Dabei wird - aus steuersystematischen Gründen - ein Gegenstand der Steuer unterworfen, der den Anwendungsbereich der Mehrwertsteuer verlässt und dessen spätere Veräusserung steuerfrei möglich ist (vgl. Jean-Marc Rivier/Annie Rochat, Droit fiscal suisse, La taxe sur la valeur ajoutée, S. 93 ff., S. 95). Das Ziel dieser Besteuerung ist, den nicht oder nicht mehr gerechtfertigten Vorsteuerabzug zu kompensieren (oben lit. a) oder - wie beim Herstellungs- und Bearbeitungseigenverbrauch bei Arbeiten an Bauwerken im Sinne von <ref-law> - Wettbewerbsverzerrungen zu vermeiden und letztlich eine gleiche Belastung der Endkonsumenten (beispielsweise der Mieter) herbeizuführen. <ref-law> bewirkt nach dem Willen des Gesetzgebers bei Arbeiten an Bauwerken, bei denen der vom Unternehmer für sich selber geschaffene Mehrwert als besonders gewichtig erachtet wird, eine taxe occulte. Diese wird als Kostenfaktor an die Endkonsumenten weitergegeben und schränkt indirekt die Ausnahmen von der Steuer nach Art. 14 Ziff. 16 und 17 MWSTV (für die Übertragung und Begründung von dinglichen Rechten an Grundstücken und die Gebrauchüberlassung von Grundstücken) ein (vgl. gleich schon für die Warenumsatzsteuer Dieter Metzger, Handbuch der Warenumsatzsteuer, N 684 ff. und 720). Würde angenommen, dass nur ein Endverbrauch die Besteuerung der Leistungen an sich selber rechtfertige, wären die Steuertatbestände von Art. 8 Abs. 1 lit. b und Abs. 2 lit. a und b MWSTV zum grössten Teil ihres Gehalts entleert. Denn bei einer Entnahme von Gegenständen für eine von der Steuer ausgenommene Tätigkeit (im Sinne <ref-law> in Verbindung mit <ref-law>) oder bei Herstellungs- oder Bearbeitungsarbeiten an Bauwerken (im Sinne von <ref-law> in Verbindung mit Art. 14, namentlich Ziff. 16 und 17 MWSTV) ist der Unternehmer selber in der Regel nicht Endverbraucher, werden diese Gegenstände doch nach <ref-law> für die dort genannten Endverbraucher (wie kranke, invalide, jugendliche, sozialhilfeabhängige, in Ausbildung stehende oder kulturell tätige Personen) eingesetzt, denen gegenüber die fraglichen Leistungen von der Steuer ausgenommen sind; lediglich bei Arbeiten an bestehenden oder neu zu erstellenden Bauwerken für private Zwecke (<ref-law>) ist der Unternehmer selber Endkonsument.
dd) Ein Leistungsaustausch - den die Vorinstanz für eine Besteuerung des Eigenverbrauchs als erforderlich erachtet - ist nach Art. 4 lit. a, b und d MWSTV gefordert für im Inland erbrachte Lieferungen von Gegenständen, im Inland erbrachte Dienstleistungen sowie den Bezug von Dienstleistungen aus dem Ausland, wird doch in diesen drei Fällen für die Besteuerung vorausgesetzt, dass die Leistung "gegen Entgelt" erbracht wird. Damit ein Leistungsaustausch vorliegt, muss zwischen Leistung und Gegenleistung eine innere wirtschaftliche Verknüpfung gegeben sein. Beim Eigenverbrauch, der jeweils in einer Leistung an sich selber besteht ("prestations à soi-même"), liegt jedoch naturgemäss kein Leistungsaustausch vor und wird die Besteuerung denn in <ref-law> auch nicht von der Leistung eines Entgelts abhängig gemacht. Dass bei den fraglichen Leistungen, welche die Hauswarte der Beschwerdegegnerin im Anstellungsverhältnis erbringen, kein Leistungsaustausch vorliegt, spricht somit nicht gegen eine Besteuerung dieser Leistungen als Herstellungs- oder Bearbeitungseigenverbrauch.
ee) Die Hauswartsleistungen fallen auch nicht unter die Ausnahmetatbestände von Art. 14 Ziff. 16 und 17 MWSTV. Diese Bestimmungen sehen eine Ausnahme von der Steuer einzig vor für die Übertragung und Bestellung von dinglichen Rechten an Grundstücken sowie für die Überlassung von Grundstücken und Grundstücksteilen zum Gebrauch oder zur Nutzung, nicht aber für die Herstellungs- und Bearbeitungsleistungen an Bauwerken bzw. Grundstücken, als was die Hauswartarbeiten - wie gesehen - zu qualifizieren sind.
ff) Eine Eigenverbrauchsbesteuerung ist auch in den Umsatzsteuersystemen in der Europäischen Union vorgesehen. In der 6. EU-Richtlinie (6. RL-EU) findet sich der Begriff des Eigenverbrauchs zwar nicht. Die im Zusammenhang mit dem Lieferungsbegriff in den Art. 5 (6) sowie Art. 6 (2) und (3) der 6. RL-EU vorgesehenen Formulierungen erlauben aber eine Erfassung von Tatbeständen, die in den Grundzügen den schweizerischen Eigenverbrauchstatbeständen entsprechen. Art. 5 (6) 6. RL-EU regelt die Entnahme von Gegenständen für unternehmensfremde Zwecke. Art. 6 (2) 6. RL-EU erfasst die Gegenstandsverwendung und die unentgeltliche Erbringung von Dienstleistungen durch den Steuerpflichtigen für unternehmensfremde Zwecke (Tipke/Lang, Steuerrecht, 16. Aufl. Köln, 1998, § 14 N 82; Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., N 265). Auch die Regelungen in der Europäischen Union machen die Eigenverbrauchsbesteuerung weitgehend vom vorangehenden Vorsteuerabzug abhängig (Dieter Dziadkowski/Peter Walden, Umsatzsteuer, 4. Aufl. München/Wien 1996, S. 138 und 139; Riedo, a.a.O., S. 153 und die in Fn. 177 zitierte deutsche Literatur).
gg) Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts können auch anstehende Gesetzesrevisionen bei der Auslegung einer Norm mitberücksichtigt werden, und zwar im Sinne einer geltungszeitlichen Auslegung im Hinblick auf veränderte Umstände oder ein gewandeltes Rechtsverständnis. Die Auslegung anhand von Vorarbeiten zu Revisionen rechtfertigt sich vor allem dann, wenn das geltende System nicht grundsätzlich geändert werden soll und nur eine Konkretisierung des bestehenden Rechtszustandes angestrebt wird oder Lücken des geltenden Rechts ausgefüllt werden sollen (<ref-ruling> E. 5d S. 201, mit Hinweisen).
Das auf den 1. Januar 2001 in Kraft gesetzte Bundesgesetz über die Mehrwertsteuer (SR 641. 20) hält in Art. 9 Abs. 2 lit. a und b an der Besteuerung des Herstellungs- und Bearbeitungseigenverbrauchs fest. In Bezug auf Hauswartsleistungen sieht es ausdrücklich vor, dass die ordentlichen Reinigungs-, Reparatur- und Unterhaltsarbeiten, die durch die steuerpflichtige Person selber oder durch deren Angestellte erbracht werden, nicht der Eigenverbrauchsbesteuerung unterliegen. Dass im neuen Gesetz die Hauswartarbeiten, soweit es sich um ordentliche Reinigungs-, Reparatur- und Unterhaltsarbeiten handelt, von der Steuer ausdrücklich ausgenommen werden, zeigt, dass solche Arbeiten nach der Meinung des Gesetzgebers ohne eine ausdrückliche Befreiungsklausel unter den Begriff des Herstellungs- und Bearbeitungseigenverbrauchs fallen würden und damit steuerbar wären. Eine solche Freistellung war aber in <ref-law> noch nicht vorgesehen.
d) Entgegen der Auffassung der Vorinstanz ist damit gestützt auf <ref-law> eine Mehrwertsteuerpflicht auf den sich selber erbrachten Hauswartsleistungen zu bejahen, soweit es sich um Arbeiten an Bauwerken im Sinne dieser Bestimmung handelt. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat die Abgrenzung von steuerbaren Leistungen an Bauwerken in Ziff. 2.1 des Einspracheentscheids korrekt wiedergegeben. Steuerbar sind demnach insbesondere: Reinigung, Unterhalt und Schneeräumung von Wegen, Plätzen und Parkflächen; Reinigung am Gebäude (z.B. Treppenhaus, Fenster); selbst ausgeführte Reparaturen aller Art sowie die Überwachung, Einstellung und Wartung von Heizungs-, Lüftungs- und Klimaanlagen. Steuerfreie Hauswartsleistungen sind dagegen, weil es sich dabei nicht um Arbeiten an Bauwerken handelt, namentlich: Rasen und Pflanzenpflege; Administration bei Reparaturen durch Dritte; Administration bei Mieterwechsel sowie allgemeine Dienstleistungen (Waschpläne, Mieterstreitigkeiten, Container bereitstellen, Türschliessung usw. ).
3.- Weiter stellt sich die Frage, ob die in der Mehrwertsteuerverordnung vorgesehene Besteuerung der Hauswartsleistungen mit den die Mehrwertsteuer betreffenden Verfassungsgrundsätzen vereinbar ist. Die Beschwerdegegnerin ist der Auffassung, dass der Bundesrat seine Gesetzgebungskompetenz überschritten bzw. die Bundesverfassung verletzt habe, indem er den Herstellungs- und Bearbeitungseigenverbrauch in <ref-law> für steuerpflichtig erklärt hat. Die Vorinstanz ist zum Schluss gekommen, dass sich <ref-law> hart an der Grenze des dem Bundesrat durch Art. 8 Abs. 2 lit. a Ziff. 1 ÜbBest. aBV eingeräumten Kompetenzspielraums bewege, sich aber noch an den Rahmen von Art. 41ter und Art. 4 aBV halte.
a) Der Bundesrat ist nach Art. 8 Abs. 1 ÜbBest. aBV (bzw. Art. 196 Ziff. 14 Abs. 1 der seit dem 1. Januar 2000 geltenden neuen Bundesverfassung vom 18. April 1999) bis zum Inkrafttreten eines Mehrwertsteuergesetzes ermächtigt, die Ausführungsbestimmungen zur Mehrwertsteuer zu erlassen. Die Mehrwertsteuerverordnung vom 22. Juni 1994 ist somit eine verfassungsunmittelbare, d.h. direkt auf der Verfassung beruhende, selbständige Verordnung des Bundesrates. Als solche ist sie gemäss Lehre und Rechtsprechung auf ihre Verfassungsmässigkeit zu prüfen. Sie muss mit den sachbezogenen Vorgaben der Verfassungsvorschrift, auf welcher sie beruht, übereinstimmen und darf nicht mit sonstigen Verfassungsnormen, namentlich den Grundrechtsgarantien, kollidieren, soweit die ermächtigende Verfassungsnorm nicht selber Abweichungen anordnet oder bewusst in Kauf nimmt (<ref-ruling> E. 3a, mit Hinweisen). Bei der hier zur Diskussion stehenden Verordnungsbestimmung (<ref-law>) ist somit zu prüfen, ob der Bundesrat die in der Verfassung enthaltenen Grundsätze beachtet und sich an Gegenstand, Zweck und Umfang der ihm eingeräumten Kompetenz gehalten hat, indem er Hauswartsleistungen (in einem gewissen Rahmen) als Herstellungs- und Bearbeitungseigenverbrauch der Steuer unterstellt hat. Darüber hinaus ist zu untersuchen, ob die Verordnung nicht zu sonstigen Verfassungsnormen, besonders den Grundrechtsgarantien im Widerspruch steht. Dabei ist freilich zu beachten, dass dem Bundesrat im Rahmen der ihm vom Verfassungsgeber eingeräumten Kompetenz der gleiche politische Entscheidungsspielraum zusteht wie dem Gesetzgeber. Diesen Entscheidungsspielraum darf das Gericht nicht durch eigene Ordnungsvorstellungen schmälern. Eine vom Bundesrat getroffene Lösung, die sich im Rahmen des ihm zustehenden gesetzgeberischen Ermessens hält, die in der Verfassung enthaltenen mehrwertsteuerrechtlichen Grundsätze beachtet und die weiteren Verfassungsrechte respektiert, darf deshalb durch das Bundesgericht nicht korrigiert werden. Einschreiten darf dieses nur, wenn der Bundesrat die ihm eingeräumten Kompetenzen überschritten hat, wobei es auch den Umfang dieser Kompetenz zu ermitteln hat (<ref-ruling> E. 3a; 295 E. 3a; 385 E. 3a).
b) Nach Art. 41ter Abs. 3 aBV bzw. <ref-law> unterliegen der Mehrwertsteuer die Lieferungen von Gegenständen, die Dienstleistungen einschliesslich Eigenverbrauch sowie die Einfuhren. Nach Art. 8 Abs. 2 ÜbBest. aBV bzw. <ref-law> sind mit Vorsteuerabzug steuerbar die Lieferung von Gegenständen und die Dienstleistungen, welche Unternehmen im Inland gegen Entgelt ausführen, einschliesslich des Eigenverbrauchs, sowie die Einfuhr von Gegenständen.
aa) Nach schweizerischer Lehre und Praxis sind Verfassungsbestimmungen grundsätzlich nach denselben Regeln zu interpretieren wie Normen des einfachen Gesetzesrechts. Ziel der Auslegung ist die Ermittlung des Sinngehalts der Norm. Auszugehen ist vom Wortlaut, doch kann dieser nicht allein massgebend sein. Besonders wenn der Text unklar ist oder verschiedene Deutungen zulässt, muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung der weiteren Auslegungselemente, wie namentlich der Entstehungsgeschichte der Norm und ihres Zweckes. Wichtig kann auch die Bedeutung sein, die der Norm im Kontext mit anderen Bestimmungen zukommt. Das Bundesgericht hat sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten lassen und nur dann allein auf das grammatikalische Element abgestellt, wenn sich daraus zweifelsfrei eine sachlich richtige Lösung ergab (<ref-ruling> E. 5 S. 376, mit Hinweisen).
bb) Was Eigenverbrauch im Sinne der genannten Verfassungsbestimmungen ist, ist in deren Wortlaut nicht näher ausgeführt. Den Materialien lassen sich nur wenige Elemente zur Klärung entnehmen. Aus dem schriftlichen Kommissionsbericht im Nationalrat ergibt sich, dass Eigenverbrauch dann zu besteuern ist, wenn Gegenstände oder Dienstleistungen für Zwecke ausserhalb des steuerpflichtigen Unternehmens verwendet werden, vor allem für den Privatverbrauch oder -gebrauch oder für eine der Steuer nicht unterliegende Unternehmenstätigkeit (Amtl. Bull. NR 1993 S. 331). Diesen Grundgedanken nimmt auch der Kommentar zum Entwurf der Mehrwertsteuerverordnung vom 28. Oktober 1993 auf, indem er festhält, dass der Steuertatbestand des Eigenverbrauchs verhindern soll, "dass Steuerpflichtige, die Gegenstände für einen nicht der Steuer unterliegenden Zweck verwenden, gegenüber Nichtsteuerpflichtigen steuerlich besser gestellt werden" (a.a.O. S. 6). Insoweit entspricht insbesondere Art. 8 Abs. 1 der MWSTV diesen Zielsetzungen, werden doch damit die in den Buchstaben a-c genannten Gegenstandsentnahmen für unternehmensfremde Zwecke, für von der Steuer ausgenommene Tätigkeiten und bei Aufgabe einer der Steuer unterliegenden Tätigkeit erfasst. Diese Besteuerung des Eigenverbrauchs entspricht den in der Europäischen Union besteuerten Tatbeständen (vgl. vorne E. 2c/ff). Damit wird gewährleistet, dass der Endverbrauch steuerlich erfasst wird, was aufgrund der Vorsteuerbelastung von solchen Gegenständen systemkonform ist. Demgegenüber läuft eine Besteuerung des Eigenverbrauchs in Fällen, in denen der Vorsteuerabzug versagt ist, auf eine Doppelbesteuerung hinaus (Ernst Höhn/Klaus Vallender, Kommentar zu <ref-law>, a.a.O., N 58). Der Europäische Gerichtshof (EuGH) tendiert deshalb dahin, die Besteuerung der Entnahme oder privaten Verwendungen nur zuzulassen, wenn diese zum Vorsteuerabzug berechtigt haben (Höhn/Vallender, Kommentar, a.a.O., N 61; Camenzind/Honauer/Vallender, a.a.O., N 266). Anders verhält es sich vor allem bei Dienstleistungen, sofern bei diesen keine Fremdleistungen oder Fremdbezüge von Gegenständen verwendet wurden. In Fällen, bei denen somit keine fremdbezogenen Gegenstände oder keine anderen Fremdleistungen in Anspruch genommen werden, ist gar nicht erforderlich, die Eigenverbrauchsbesteuerung von einem Vorsteuerabzug abhängig zu machen (vgl. Riedo, a.a.O., S. 151). Bei Hauswartsleistungen wird der Wert der erbrachten Leistung weitgehend durch den Steuerpflichtigen geschöpft und nimmt dieser in der Regel nur unbedeutende vorsteuerbelastete Gegenstände oder Fremdleistungen in Anspruch, z.B. für Putzmaterialien, Reparaturmaterial und ähnliche Leistungen. Eine Doppelbesteuerung tritt demnach nicht oder in einem verschwindenden und hier zu vernachlässigenden Umfang ein.
cc) Mit Art. 8 Abs. 2 lit. a und b MWSTV soll sichergestellt werden, dass selber ausgeführte Arbeiten an Bauwerken, die für den Verkauf oder für die Vermietung bzw. Verpachtung bestimmt sind (d.h. die für unecht befreite oder private Zwecke verwendet werden, die den Vorsteuerabzug ganz oder teilweise ausschliessen), steuerlich gleich behandelt werden, wie wenn sie von einem Dritten steuerbelastet bezogen worden wären. Dabei wird nicht nur das bei der Herstellung verwendete Material, sondern auch die durch die Herstellung erzielte Wertschöpfung von der Steuer erfasst. Mit der Besteuerung des Herstellungs- und Bearbeitungseigenverbrauchs soll sichergestellt werden, dass ein Steuerpflichtiger, der das zur Vermietung bestimmte (unecht befreite) Grundstück selber herstellt oder bearbeitet, mit einem anderen Steuerpflichtigen gleichgestellt wird, der das zur Vermietung bestimmte Bauwerk von einem Dritten erwirbt und hierbei aufgrund des Vorsteuerabzugsverbotes dieses Objekt mit der vollen Vorsteuer beziehen muss. Mit der in der Verordnung vorgesehenen Lösung wird insofern eine Gleichstellung erreicht, als sowohl für Steuerpflichtige, die an Bauwerken Arbeiten vornehmen lassen, wie für andere Steuerpflichtige die gleiche wettbewerbliche Ausgangslage geschaffen wird, indem beide mit einer "taxe occulte" belastet werden, beide mithin gleich "schlecht" gestellt werden (Riedo, a.a.O., S. 164).
Mit dieser Lösung führt der schweizerische Verordnungsgeber (und auch der Gesetzgeber in Art. 9 Abs. 2 lit. a. und b MWSTG) einen steuersystematischen Eigenverbrauchstatbestand ein. Der Bundesrat bewegt sich damit aber im Rahmen der Verfassung, die einen weiten Spielraum offen lässt. Art. 8 Abs. 2 lit. a Ziff. 1 ÜbBest. aBV beschränkt die Besteuerung des Eigenverbrauchs in keiner Art und Weise. Was darunter im Einzelnen zu verstehen ist, ergibt sich weder aus dem Verfassungstext selber noch aus den dazugehörenden Materialien. Die knappen und sehr allgemein gehaltenen Äusserungen im schriftlichen Bericht des Kommissionspräsidenten an den Nationalrat enthalten keine Hinweise, die den Ermessensspielraum des Bundesrates bei der Regelung des Eigenverbrauchs in der Mehrwertsteuerverordnung einschränken wollten. Es weist auch nichts darauf hin, dass der Verfassungsgeber den Eigenverbrauchsbegriff auf reine Endverbrauchstatbestände beschränkt haben wollte, wie dies die Vorinstanz befürwortet. Auch wenn der vom Verordnungsgeber gewählte Eigenverbrauchsbegriff aus steuersystematischen Überlegungen in verschiedener Hinsicht Fragen aufwirft, kann nicht gesagt werden, dass damit die dem Verordnungsgeber aufgrund der Verfassung zustehende Kompetenz verletzt wurde und dass die erlassenen Bestimmungen verfassungswidrig wären. Daran ändert z.B. nichts, dass die schweizerische Lösung mit der Besteuerung von <ref-law> nur eine beschränkte Besteuerung des Dienstleistungseigenverbrauchs vorsieht oder dass mit der in <ref-law> getroffenen Lösung lediglich Arbeiten an Bauwerken erfasst werden und damit schwergewichtig die Baubranche betroffen ist, während alle anderen Arbeiten an Gegenständen (z.B. an Maschinen), die ebenfalls für Umsätze nach <ref-law> verwendet werden, damit nicht erfasst werden.
dd) Mit der Eigenverbrauchsbesteuerung nach <ref-law> stellt der Verordnungsgeber die Gleichbehandlung von vergleichbaren Umsätzen sicher und entspricht insofern dem Grundsatz der Rechtsgleichheit (Art. 8 und 127 Abs. 2 BV). Da damit vor allem innerhalb der Baubranche sämtliche direkten Konkurrenten gleich betroffen werden, liegt auch kein Verstoss gegen Art. 31 aBV bzw. <ref-law> (Wirtschaftsfreiheit) vor. Die in <ref-law> vorgesehene Lösung entspricht damit bei den betroffenen Branchen dem Prinzip der Wettbewerbsneutralität.
c) Zusammenfassend ergibt sich somit, dass sich die vom Bundesrat in der Mehrwertsteuerverordnung vorgesehene Besteuerung von Hauswartsleistungen als Bearbeitungs- bzw. Herstellungseigenverbrauch an den Rahmen der Verfassung hält.
4.- a) Die Beschwerdeführerin beantragt unter Ziff. 3, es sei die Ergänzungsabrechnung Nr. 15'036 vom 19. Dezember 1996 aufzuheben und die von der X._-Pensionskasse für das Jahr 1995 aus Eigenverbrauch nach <ref-law> geschuldete Steuer von der Eidgenössischen Steuerverwaltung neu festzusetzen. Die Beschwerdegegnerin stellt das Begehren, auf diesen Antrag mangels genügender Begründung nicht einzutreten. Weiter verlangt die Beschwerdeführerin, festzustellen, dass die Pauschale von 50% (für die Bemessung der steuerbaren Hauswartsleistungen) für das Jahr 1995 keine Anwendung finde.
b) Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat die das Jahr 1995 betreffende Ergänzungsabrechnung Nr. 15'036 (mit einem festgesetzten Steuerbetrag von Fr. -.--) in Ziff. 3 ihres Einspracheentscheids vom 4. Juni 1997 bereits aufgehoben und festgehalten, dass die fragliche Steuer nach Abschluss des Verfahrens neu festgesetzt werde. Folglich fehlt es an einer Veranlagung der Steuer für das Jahr 1995 und insoweit an einem tauglichen Anfechtungsobjekt für die vorliegende Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Die Sache ist daher zu neuem Entscheid hierüber bzw. zur Neufestsetzung der Steuer für das Jahr 1995 an die Vorinstanz zurückzuweisen.
c) Strittig ist dabei, inwieweit die Leistungen der Hauswarte als Leistungen an Bauwerken im Sinne von <ref-law> steuerbar sind (vgl. oben E. 2d a.E.). Da diese Abgrenzung im Einzelfall sehr aufwendig sein kann, hat die Eidgenössische Steuerverwaltung in der Branchenbroschüre Liegenschaftsverwaltung/Immobilien (S. 20) mit Wirkung ab dem 1. Januar 1996 eine Pauschallösung eingeführt: Danach ist als Eigenverbrauch steuerbar eine Pauschale von 50 Prozent auf folgenden Beträgen: Einstandspreis des für die Hauswartstätigkeit aufgewendeten Materials, der Bruttolohn exkl. Kinderzulagen und sämtliche Lohnnebenkosten plus 10 Prozent der Summe dieser Beträge.
Die Pauschallösung dient der annäherungsweisen Ermittlung der steuerbaren Hauswartsleistungen nach <ref-law> (dies gestützt auf Art. 8 Abs. 2 lit. k ÜbBest. aBV). Auch wenn die Branchenbroschüre erst ab dem 1. Januar 1996 gültig sein soll, hindert die Eidgenössische Steuerverwaltung nichts, die fragliche Pauschallösung im vorliegenden Fall auch für das Jahr 1995 zur Anwendung zu bringen. Bei der Branchenbroschüre handelt es sich um eine blosse Dienstanweisung (Verwaltungsverordnung), die von den rechtsanwendenden Behörden im Hinblick auf eine rechtsgleiche Verwaltungspraxis zu beachten und anzuwenden ist, soweit sie den richtig verstandenen Sinn des Gesetzes wiedergibt (vgl. 122 II 473 E. 2b S. 478; <ref-ruling> E. 7 S. 30). Als blosse Meinungsäusserungen über die Auslegung der gesetzlichen Bestimmungen bedürfen sie keiner formellen "Inkraftsetzung" und sind sie in allen Abrechnungs- bzw. Steuerperioden anwendbar, in denen die fraglichen gesetzlichen Bestimmungen gelten, d.h. grundsätzlich in allen Perioden ab Inkrafttreten des fraglichen Gesetzes. Da sie keine Rechtsregeln im eigentlichen Sinn enthalten, sind sie zeitlich gleich anwendbar wie die betreffenden gesetzlichen Bestimmungen selber, die sie interpretieren, und damit grundsätzlich auch für vor der Veröffentlichung der Dienstanweisung verwirklichte Sachverhalte (Urteil vom 15. Mai 2000, in: SJ 2000 I 620 ff. E. 5b). Da <ref-law> eine annäherungsweise Feststellung der steuerbaren Leistungen zulässt, wenn die genaue Ermittlung - wie hier - übermässige Umtriebe verursacht, da auch <ref-law> bei ungenügenden Aufzeichnungen eine auf Ermessen beruhende, vereinfachte Steuerfestsetzung vorschreibt und da schliesslich die Angemessenheit der fraglichen Pauschallösung vorliegend nicht bestritten ist, ist deren Anwendung auch für das Jahr 1995 zulässig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen und der angefochtene Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 29. Juli 1998 wird aufgehoben.
2.- Die Sache wird an die Eidgenössische Steuerrekurskommission zum neuen Entscheid über Ziff. 3 des Einspracheentscheides der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 4. Juni 1997 zurückgewiesen. Im Übrigen wird der Einspracheentscheid bestätigt.
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Lausanne, 30. März 2001