Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdegegnerin) wurde am 27. September 1996 Opfer eines Autounfalles, der durch einen bei der Rechtsvorgängerin der X._ Versicherung (Beschwerdeführerin) haftpflichtversicherten Lenker verursacht wurde. Die Beschwerdegegnerin war bis zum 18. Oktober 1998 zu 100 % arbeitsunfähig. Seither beträgt die Arbeitsunfähigkeit dauernd 50 %. Die Beschwerdegegnerin bezieht sowohl von der IV als auch von der Unfallversicherung eine 50 %-Rente. Die Beschwerdeführerin erbrachte ergänzende Leistungen und erstellte am 12. Mai 1999 eine Abrechnung per 31. Dezember 1999 über den von ihr zu übernehmenden ungedeckten Erwerbs- und Haushaltschaden. Sie errechnete ein Guthaben von Fr. 15'048.45, welches sie der Beschwerdegegnerin im Sinne einer Akontozahlung mit Verrechnungsmöglichkeit unter allen Titeln überwies. Danach kam es zwischen den Parteien zu keinen Kontakten, bis am 7. November 2002 der zuständige Direktionsschadeninspektor die Beschwerdegegnerin anrief. Er vereinbarte ein Treffen mit der Beschwerdegegnerin auf den 22. November 2002, welches diese jedoch wieder absagte und sich an einen Rechtsanwalt wandte. Nachdem die Beschwerdeführerin für die Zeit vom 1. Juli 2004 bis Ende 2004 auf die Einrede der Verjährung verzichtet hatte, soweit diese noch nicht eingetreten war, leitete die Beschwerdegegnerin am 15. Dezember 2004 Klage ein betreffend den ungedeckten Direktschaden.
B. Das kantonale Verfahren beschränkte sich bislang auf die Frage der Verjährung. Während das Bezirksgericht Dielsdorf die Klage über Fr. 486'000.-- nebst Zins und Kosten zufolge Verjährung abwies, hielt das Obergericht des Kantons Zürich im Beschluss vom 29. April 2008 die Verjährungseinrede für unbegründet und wies den Prozess zur Fortsetzung des Verfahrens an das Bezirksgericht zurück. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, diesen Beschluss aufzuheben und die Klage abzuweisen. Die Beschwerdegegnerin schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen selbständigen Vor- oder Zwischenentscheid, gegen den (unter Vorbehalt von <ref-law>) die Beschwerde, wenn kein nicht wieder gutzumachender Nachteil droht (<ref-law>), nur zulässig ist, wenn sofort ein Endentscheid herbeigeführt und ein so bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart werden kann, dass die gesonderte Anrufung des Bundesgerichts gerechtfertigt erscheint (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.4 S. 633 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin weist darauf hin, es gehe um Ersatz für angeblichen Schaden aus einem Schleudertrauma. Mit Abweisung der Klage könnte ein voraussichtlich längeres und kostspieliges Beweisverfahren erspart werden. Die diesbezüglichen Ausführungen der Beschwerdeführerin sind eher dürftig. Da die kantonalen Instanzen keinerlei Feststellungen zum Umfang des Schadens getroffen haben, ist indessen in der Tat mit einem langwierigen und kostspieligen Beweisverfahren zu rechnen. Dieses durchzuführen ist nicht gerechtfertigt, solange sich im Nachhinein herausstellen kann, dass die Forderung ohnehin verjährt ist. Daher ist auf die Beschwerde einzutreten.
2. Die Beschwerde richtet sich gegen das Urteil des Obergerichts. Eine Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht hat die Beschwerdeführerin nicht ergriffen, obwohl diese gemäss Rechtsmittelbelehrung zulässig gewesen wäre. Damit hätte sie eine willkürliche Feststellung des Sachverhalts rügen können. Diesbezüglich hat das Bundesgericht den angefochtenen Entscheid mithin nicht zu überprüfen, da er bezüglich derartiger Rügen nicht letztinstanzlich ist (<ref-law>).
3. Das Bezirksgericht ging davon aus, gemäss <ref-law> komme die strafrechtliche Verjährungsfrist für Vergehen von 5 Jahren zur Anwendung. Diese Frist sei durch die Abrechnung und Akontozahlung vom 12. Mai 1999 unterbrochen und um weitere 5 Jahre verlängert worden. Diesen Ausführungen hat sich die Beschwerdeführerin schon im kantonalen Berufungsverfahren angeschlossen, so dass nicht darauf zurückzukommen ist. Soweit ersichtlich ist zwischen den Parteien ebenfalls unumstritten, dass die Verjährung bei Abgabe der Verjährungsverzichtserklärung als bereits eingetreten zu gelten hat, sofern anlässlich des Telefonats des Schadeninspektors keine weitere Unterbrechung der Verjährung erfolgte, dass andernfalls aber die Forderung nicht verjährt ist.
3.1 Über den Inhalt des Telefonats gehen die Behauptungen der Parteien auseinander. Die Beschwerdegegnerin behauptet, ihr sei sinngemäss zugesichert worden, sie habe "noch einen rechten Betrag zu gut", was die Beschwerdeführerin bestreitet. Die Beschwerdegegnerin hatte im kantonalen Berufungsverfahren gerügt, dass sie bei diesbezüglichen Zweifeln hätte zur Beweisaussage zugelassen werden müssen, woran sie auch vor Bundesgericht festhält. Ob der Beschwerdegegnerin eine entsprechende Zusicherung gemacht wurde, liess die Vorinstanz offen, da ihrer Ansicht nach bereits der von der Beschwerdeführerin beziehungsweise dem Schadeninspektor anerkannte Gesprächsinhalt für die Annahme einer Unterbrechung der Verjährung ausreiche.
3.2 Die Beschwerdeführerin hatte in einem Brief an den Vertreter der Beschwerdegegnerin erklärt, der Schadeninspektor habe sich zwecks einer Terminvereinbarung bei der Beschwerdegegnerin gemeldet. Es hätte dabei besprochen werden sollen, ob und welche Leistungen ihr allenfalls zustehen würden, beziehungsweise habe der Schadeninspektor einen Termin zur Besprechung allenfalls noch zu erbringender Schadenersatzansprüche vereinbaren wollen. Art und Höhe allfälliger Leistungen hätten erst anlässlich dieses Termins besprochen werden können. In den Rechtsschriften führte die Beschwerdeführerin zudem aus, der Schadeninspektor habe sich im Telefonat auf die bisherigen Gespräche und Zahlungen bezogen und gesagt, dass er den Fall jetzt abschliessen möchte. Man müsse schauen, ob und was sie noch zugute habe. Er habe gesagt: "Wir sollten's besprechen und schauen, wieviel sie noch zugut haben". Es sei für die Beschwerdegegnerin erkennbar gewesen, dass die Beschwerdeführerin nur zahlen wollte, sofern sich bei der abschliessenden Prüfung ein Anspruch der Beschwerdegegnerin ergeben hätte. Der Schadeninspektor selbst hat nach den Feststellungen der Vorinstanz als Zeuge erklärt, der Grund für sein damaliges Telefon sei gewesen, dass die Beschwerdegegnerin nicht von einem Anwalt vertreten gewesen sei und man sie nicht in die Verjährung habe laufen lassen wollen. Deshalb habe man mit ihr Kontakt gesucht, um zu klären, unter welchen Bedingungen und Umständen die Beschwerdeführerin den Fall definitiv abschliessen könne. Eine Vorstellung über einen zu offerierenden Betrag habe er damals weder genannt noch gehabt.
3.3 Nach Auffassung der Vorinstanz genügen diese Umstände, um eine verjährungsunterbrechende Forderungsanerkennung zu bejahen. Die grundsätzliche Leistungspflicht der Beschwerdeführerin sei nie streitig gewesen. Der Schadeninspektor habe sich auf die bisherigen Zahlungen und Gespräche bezogen und damit die Leistungspflicht der Beschwerdeführerin im Grundsatz bestätigt und wiederholt. Sie habe im Willen gehandelt, die Verjährung nicht eintreten zu lassen und unmissverständlich zum Ausdruck gebracht, dass sie sich noch immer als verpflichtet erachtete und der Fall möglicherweise noch nicht abgeschlossen war. Aus diesem Verpflichtungsbewusstsein habe die Beschwerdeführerin bereits die Akontozahlungen erbracht und diese nie als abschliessend bezeichnet. Der Schadeninspektor habe mit dem Telefonat konkludent die Bereitschaft bekundet, der Beschwerdegegnerin noch eine Zahlung zu leisten, unter der Bedingung, dass sich aus der zu erstellenden Schlussabrechnung noch ein Guthaben ergeben sollte. Nur die Höhe einer allfälligen Zahlung sei offen und durch das Ergebnis der Abrechnung bedingt gewesen, nicht aber die Leistungspflicht und Leistungsbereitschaft der Beschwerdeführerin. Die geschuldete Leistung sei in ihrer Höhe bestimmbar und der Rechtsgrund individualisiert gewesen. Aus diesen Überlegungen bejahte die Vorinstanz eine verjährungsunterbrechende Forderungsanerkennung.
3.4 Die Beschwerdeführerin ist demgegenüber der Auffassung, die Beschwerdegegnerin habe in dem Telefonanruf nach Treu und Glauben keine Schuldanerkennung sehen dürfen. Der Schadeninspektor habe ausgesagt, man müsse das Bestehen einer allfälligen Restforderung abklären. Diese Aussage habe die Beschwerdegegnerin nicht als Wissenserklärung bezüglich allfälliger weiterer Forderungen verstehen dürfen. In der Erklärung selbst sei enthalten, dass man die Sache abklären müsse. Dass sich die Beschwerdegegnerin selbst seit der letzten Zahlung nicht gemeldet hatte, zeige, dass sie nicht der Meinung gewesen sei, über den 31. Dezember 1999 hinaus Entschädigungsansprüche für Verdiensteinbussen oder Einschränkungen im Haushalt gehabt zu haben. Aus diesem Grund habe die Beschwerdegegnerin nicht in guten Treuen annehmen dürfen, die Beschwerdeführerin meine ohne Weiteres, sie müsse noch etwas zahlen. Vielmehr hätte die Beschwerdegegnerin nach der letzten Akontozahlung ernsthaft damit rechnen müssen, die Beschwerdeführerin sei der Auffassung, eher bereits zuviel bezahlt zu haben. Dass der Schadeninspektor die Beschwerdegegnerin nicht habe in die Verjährung laufen lassen wollen, sei lediglich das Motiv des Anrufs gewesen und als innerer Vorgang bei der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip irrelevant.
3.5 Die Beschwerdegegnerin hält ihrerseits dafür, zur Unterbrechung der Verjährung genüge eine Wissenserklärung. Da es nicht um eine Willenserklärung gehe, komme die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip gar nicht zum Zuge, sondern liege eine tatsächliche Feststellung der Vorinstanz vor.
4. Gemäss <ref-law> wird die Verjährung durch Anerkennung der Forderung von Seiten des Schuldners unterbrochen. Eine Anerkennungshandlung nach <ref-law> setzt keinen auf Unterbrechung der Verjährung gerichteten Willen voraus. Als Anerkennung mit Unterbrechungswirkung gilt jedes Verhalten des Schuldners, das vom Gläubiger nach Treu und Glauben im Verkehr als Bestätigung seiner rechtlichen Verpflichtung aufgefasst werden darf (<ref-ruling> E. 7b S. 378 f.; <ref-ruling> E. 3 S. 180 f.). Die Anerkennungserklärung muss sich an den Gläubiger richten (<ref-ruling> E. 11 S. 442). Die Auffassung der Beschwerdegegnerin, die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip komme bei Wissenserklärungen nicht zur Anwendung, ist unzutreffend, denn auch der Inhalt einer Wissenserklärung ist nach den für Willenserklärungen geltenden Grundsätzen zu ermitteln (Urteil des Bundesgerichts 5C.41/2002 vom 17. Juni 2002, E. 2.1; vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 445; Kramer Berner Kommentar, N. 69 zu <ref-law>). Für die Unterbrechung der Verjährung genügt es, dass der Schuldner erklärt, unter gewissen Voraussetzungen zur Leistung weiterer Zahlungen bereit zu sein und somit das Bestehen einer Restschuld nicht ausschliesst. Dass er über deren Höhe im Ungewissen ist, schadet nicht, denn die Anerkennung der grundsätzlichen Schuldpflicht genügt. Sie braucht sich nicht auf einen bestimmten Betrag zu beziehen (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 181 mit Hinweisen). Für eine verjährungsunterbrechende Anerkennung genügt somit die dem Gläubiger erklärte Bereitschaft, für den Fall des Bestehens einer unbestimmten, aber bestimmbaren (Rest)forderung, diese zu begleichen.
4.1 Auch das Ziel der Auslegung von Wissenserklärungen ist es, in erster Linie das übereinstimmende wirkliche Verständnis der Parteien festzustellen (vgl. <ref-law>). Diese subjektive Auslegung beruht auf Beweiswürdigung. Steht fest, dass sich die Parteien tatsächlich richtig verstanden haben, bleibt für eine Auslegung nach dem Vertrauensgrundsatz kein Raum (<ref-ruling> E. 3.1 S. 632; <ref-ruling> E. 1a S. 73). Erst wenn ein übereinstimmendes Verständnis der Erklärung unbewiesen bleibt, ist die Erklärung aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durfte und musste. Das Bundesgericht überprüft diese objektivierte Auslegung als Rechtsfrage, wobei es an Feststellungen des kantonalen Richters über die äusseren Umstände sowie das Wissen und Wollen der Beteiligten grundsätzlich gebunden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67 mit Hinweisen).
4.2 Soweit die Beschwerdeführerin ausführt, die Beschwerdegegnerin sei im Moment des Telefongesprächs subjektiv davon ausgegangen, ihr stünden keine Ansprüche mehr gegenüber der Beschwerdeführerin zu, ist sie nicht zu hören, denn die Vorinstanz hat nichts Entsprechendes festgestellt und die Beschwerdeführerin erhebt zum einen keine hinreichend substantiierte Sachverhaltsrüge, die dem Bundesgericht eine Sachverhaltsergänzung erlauben würde. Zum anderen hätte sie die Rüge einer willkürlichen Sachverhaltsfeststellung oder der Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör mit kantonaler Nichtigkeitsbeschwerde vorbringen können, so dass Sachverhaltsergänzungen mangels Ausschöpfung des Instanzenzuges ohnehin unzulässig sind.
4.3 Ebenfalls nicht zu hören ist die Beschwerdeführerin mit der Behauptung, die Beschwerdegegnerin habe aufgrund der gesamten Umstände ernsthaft damit rechnen müssen, die Beschwerdeführerin sei der Auffassung, sie hätte mit den erfolgten Akontozahlungen bereits zuviel bezahlt. In tatsächlicher Hinsicht steht fest, dass der Schadeninspektor anrief, um die Beschwerdegegnerin nicht in die Verjährung laufen zu lassen. Unter diesen Umständen kann die Beschwerdeführerin nicht in guten Treuen behaupten, er habe mit dem Anruf zum Ausdruck bringen wollen, die Beschwerdeführerin habe bereits zuviel bezahlt, denn unter dieser Voraussetzung bestünde für die Beschwerdegegnerin keine Gefahr der Verjährung. Daher kann der Äusserung auch im Rahmen der Auslegung nach dem Vertrauensprinzip keine entsprechende Bedeutung beigemessen werden (Kramer, a.a.O., N. 146 zu <ref-law>).
4.4 Ob eine Erklärung des Schuldners als Anerkennung zu deuten ist, welche die Verjährung unterbricht, ist mit Blick auf den konkreten Einzelfall zu entscheiden, gerade wenn, wie vorliegend, die Vereinbarung eines Termins zu beurteilen ist. Die Lehre unterscheidet nämlich danach, ob abgeklärt werden soll, ob überhaupt eine Leistungspflicht besteht, oder ob der Schuldner die Verpflichtung grundsätzlich anerkennt und nur der Umfang der Verpflichtung festgestellt werden soll (vgl. Pierre Pétermann, La prescription des actions, in Schweizerische Versicherungszeitschrift Nr. 28 [1960/61] S. 9; Spiro, Die Begrenzung privater Rechte durch Verjährungs-, Verwirkungs- und Fatalfristen, Band I, S. 373).
4.5 Die grundsätzliche Zahlungspflicht der Beschwerdeführerin steht ausser Streit. Ungewissheit besteht über die Höhe der Verpflichtung. Dass der Schadeninspektor einen Termin vereinbarte, um die Beschwerdegegnerin nicht in die Verjährung laufen zu lassen, zeigt, dass sich die Beschwerdeführerin bewusst war, dass der Schadensfall noch nicht abgeschlossen war, dass mithin ein der Bereinigung bedürftiges Forderungsverhältnis bestand (vgl. Bucher, Schweizerisches Obligationenrecht: Allgemeiner Teil, 2. Aufl., S. 464). Die unterbrechende Wirkung ihrer Akontozahlung anerkennt die Beschwerdeführerin ausdrücklich. Sie behauptet nicht, sie hätte im Moment der Akontozahlung zum Ausdruck gebracht, ihre Schuldpflicht sei erfüllt. Unter diesen Umständen durfte und musste die Beschwerdegegnerin die Aussage "Wir sollten's besprechen und schauen, wieviel sie noch zugut haben" dahingehend verstehen, dass die Beschwerdeführerin ihre Zahlungspflicht grundsätzlich anerkennt, über die Höhe ihrer Verpflichtung im Ungewissen ist und bei bestehender Schuld nach wie vor zur Tilgung bereit ist. Andernfalls hätte sich ein klärendes Gespräch erübrigt. Die mit dem Telefongespräch initiierten Verhandlungen sollten mithin "lediglich den Umfang einer Verpflichtung deren ausser Streit stehendem Inhalt gemäss bestimmen" (Spiro, a.a.O., S. 373). Dies genügt für die Annahme einer Unterbrechung der Verjährung.
4.6 Dass der Beschwerdegegnerin eventuell gar keine weiteren Ansprüche zustehen, vermag daran nichts zu ändern, da dies lediglich eine Folge der Akontozahlungen und der Ungewissheit über die Höhe der Forderung ist. Durch die Vereinbarung des Termins hat die Beschwerdeführerin zum Ausdruck gebracht, dass sie unter gewissen Voraussetzungen zur Leistung weiterer Zahlungen bereit ist und somit das Bestehen einer Restschuld nicht ausschliesst. Dass sie über deren Höhe im Ungewissen ist, schadet nicht, denn die Anerkennung der grundsätzlichen Schuldpflicht genügt, sie braucht sich nicht auf einen bestimmten Betrag zu beziehen (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 181 mit Hinweisen).
5. Damit erweist sich die Beschwerde als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 7'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 8'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. Juli 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Luczak