Sachverhalt:
A. Mit Gebührenrechnung vom 14. November 2007 erhob die Gemeinde Y._ von der Stockwerkeigentümergemeinschaft X._ (nachfolgend: Beschwerdeführerin) die Wasser-, Kanalisations- und Kehrichtgebühren 2007 im Betrag von Fr. 1'481.50. Die dagegen erhobene Einsprache der Beschwerdeführerin wurde vom Gemeinderat A._ am 7. Februar 2008 abgewiesen.
B. Mit Zahlungsbefehl Nr. 1/BA A._ vom 2. Mai 2008 betrieb die Einwohnergemeinde A._ (nachfolgend: Beschwerdegegnerin) die Beschwerdeführerin für den Betrag von 1'481.50. Die Beschwerdeführerin erhob Rechtsvorschlag.
Mit Entscheid vom 6. März 2009 erteilte der Amtsgerichtspräsident III von Luzern-Land für den in Betreibung gesetzten Betrag definitive Rechtsöffnung.
C. Dagegen erhob die Beschwerdeführerin Nichtigkeitsbeschwerde beim Obergericht des Kantons Luzern. Diese wurde mit Entscheid vom 3. Juni 2009 abgewiesen.
D. Mit Beschwerde vom 3. Juli 2009 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheids, die Abweisung des Rechtsöffnungsbegehrens und die Verweisung der Beschwerdegegnerin auf den ordentlichen Prozessweg, eventualiter die Zurückweisung zu neuer Beurteilung.
Mit Verfügung vom 8. Juli 2009 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
Es wurden keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. Gegen kantonal letztinstanzliche Rechtsöffnungsentscheide, bei denen der Streitwert weniger als Fr. 30'000.-- beträgt, steht die subsidiäre Verfassungsbeschwerde offen (Art. 113 i.V.m. Art. 72 Abs. 2 lit. a und Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG, Art. 114 i.V.m. Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Mit ihr kann die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (<ref-law>).
Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Das bedeutet, dass - entsprechend den altrechtlichen Begründungsanforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG - klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 6 S. 397 mit Hinweis).
2. Beruht die Forderung auf einem vollstreckbaren gerichtlichen Urteil, so kann der Gläubiger beim Richter die Aufhebung des Rechtsvorschlags (definitive Rechtsöffnung) verlangen (<ref-law>). Gerichtlichen Urteilen sind innerhalb des Kantonsgebiets Verfügungen und Entscheide kantonaler Verwaltungsbehörden über öffentlich-rechtliche Verpflichtungen, wie Steuern, gleichgestellt, soweit das kantonale Recht diese Gleichstellung vorsieht (<ref-law>).
Die definitive Rechtsöffnung wird erteilt, wenn nicht der Betriebene durch Urkunden beweist, dass die Schuld seit Erlass des Urteils getilgt oder gestundet worden ist, oder die Verjährung anruft (<ref-law>). Es entspricht dem Willen des Gesetzgebers, dass die Möglichkeiten des Schuldners zur Abwehr im Verfahren der definitiven Rechtsöffnung eng beschränkt sind; um jede Verschleppung der Vollstreckung zu verhindern, kann der definitive Rechtsöffnungstitel daher nur durch einen strikten Gegenbeweis, d.h. mit völlig eindeutigen Urkunden, entkräftet werden (<ref-ruling> E. 3a S. 503; <ref-ruling> E. 4 S. 100; <ref-ruling> E. 2 S. 15; <ref-ruling> E. 2c S. 367).
Der Richter des Betreibungsortes entscheidet über Gesuche um Rechtsöffnung (<ref-law>). Er gibt dem Betriebenen sofort nach Eingang des Gesuches Gelegenheit zur mündlichen oder schriftlichen Stellungnahme und eröffnet danach innert fünf Tagen seinen Entscheid (<ref-law>).
3. 3.1 In formeller Hinsicht macht die Beschwerdeführerin geltend, sie habe zum Rechtsöffnungsgesuch der Beschwerdegegnerin vor erster Instanz im Mai 2008 Stellung genommen, der erstinstanzliche Entscheid sei jedoch erst im März 2009 ergangen, sodass die Frist von fünf Tagen gemäss <ref-law> nicht eingehalten worden und der Entscheid daher ungültig sei.
Wie das Obergericht jedoch zutreffend ausgeführt hat, handelt es sich bei <ref-law> um eine blosse Ordnungsvorschrift (<ref-ruling> E. 3 S. 468; aus der neueren Rechtsprechung: Urteile 5A_151/2007 vom 22. Januar 2008 E. 3.2; 5P.31/2002 vom 22. März 2002 E. 3b). Aus der Beschwerde ist nicht ersichtlich, weshalb in diesem Zusammenhang eine Verletzung eines verfassungsmässigen Rechts vorliegen soll, sodass auf diese Rüge mangels genügender Begründung nicht einzutreten ist.
3.2 Sodann rügt die Beschwerdeführerin, das Amtsgericht habe Eingaben der Gläubigerin vom 23. und 28. Mai 2008 zu den Akten genommen und zur Entscheidfindung herangezogen, ohne dass ihr diese zur Kenntnis gebracht worden seien; diese Eingaben seien ausserdem verspätet erfolgt, da sie nach Ablauf der fünftägigen Frist ins Recht gelegt worden seien. Damit liege eine Verletzung des rechtlichen Gehörs vor.
Mit diesen Rügen richtet sich die Beschwerdeführerin ausschliesslich gegen den erstinstanzlichen Entscheid. Ausserdem verkennt sie, dass das Obergericht in seiner Begründung auf diese Schreiben ausdrücklich nicht abgestellt hat, da es die Nichtigkeitsbeschwerde aus anderen Gründen abgewiesen hat (s. unten, E. 4.3). Insofern geht die Beschwerde an den obergerichtlichen Erwägungen vorbei, sodass auch auf diese Rüge nicht einzutreten ist.
4. In materieller Hinsicht macht die Beschwerdeführerin eine Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) geltend.
4.1 Die Beschwerdeführerin rügt zunächst, das Rechtsöffnungsgesuch richte sich gegen sie als Stockwerkeigentümergemeinschaft. Der Wasserverbrauch betreffe jedoch die einzelnen Eigentümer und nicht die Gemeinschaft.
Dabei verkennt die Beschwerdeführerin, dass sich sowohl die Gebührenrechnung vom 14. November 2007 als auch der Entscheid des Gemeinderats A._ vom 7. Februar 2008 (s. oben, Sachverhalt Bst. A) an die Stockwerkeigentümergemeinschaft richten. Die Beschwerdeführerin hätte daher den Rechtsöffnungstitel anfechten müssen, wenn sie der Meinung gewesen wäre, die Verfügung betreffe sie nicht. Die Rüge erweist sich somit als unbegründet.
4.2 Sodann macht die Beschwerdeführerin geltend, der in Betreibung gesetzte Gesamtbetrag von Fr. 1'481.50 sei bereits vor dem Zeitpunkt der Eingabe an das Amtsgericht durch Leistung von zwei Teilbeträgen von je Fr. 393.85 sowie eines Teilbetrags von Fr. 693.80 seitens der einzelnen Stockwerkeigentümer bezahlt worden.
4.3 Das Obergericht erwog, dass die drei Zahlungen ausdrücklich von den Stockwerkeigentümern in eigenem Namen geleistet worden seien. Auf den genannten Zahlungen fehle jeglicher Hinweis dafür, dass sie für die Gebührenrechnung der Beschwerdeführerin erfolgt seien. Damit die Beschwerdegegnerin die Zahlungen an die Gebührenrechnung der Stockwerkeigentümergemeinschaft hätte anrechnen dürfen, hätten die beteiligten Stockwerkeigentümer dies ausdrücklich ihr gegenüber erklären müssen, was jedoch nicht geschehen sei. Daher handle es sich um Zahlungen von Drittpersonen in eigenem Namen, die von der Beschwerdegegnerin nicht einfach zur Tilgung von Schulden der Beschwerdeführerin hätten verwendet werden dürfen.
4.4 Die Beschwerdeführerin macht zunächst geltend, es sei davon auszugehen, dass die Giro-Belege betreffend die Teilzahlungen, welche der Beschwerdegegnerin von der Bank zugestellt worden seien und aus welchen der Verwendungszweck der Teilzahlungen hervorgehe, den kantonalen Gerichten nicht vorgelegen hätten. Es sei auch nicht bewiesen, dass die erfolgten Zahlungen zu einem anderen Zweck als für die Wassergebühren 2007 bestimmt gewesen seien. Zudem habe die Beschwerdegegnerin im kantonalen Verfahren auf eine Stellungnahme verzichtet und damit den von der Beschwerdeführerin dargelegten Sachverhalt stillschweigend bestätigt.
Mit diesen Einwänden verkennt die Beschwerdeführerin die Verteilung der Beweislast im Rechtsöffnungsverfahren: Nach dem oben bereits Ausgeführten (s. oben, E. 2) ist es an ihr als der Schuldnerin, die Tilgung der Schuld durch Urkunden zu beweisen. Indem das Obergericht ausgeführt hat, der Zweck der erfolgten Teilzahlungen sei aufgrund der vorgelegten Urkunden unklar (s. oben, E. 4.3), hat es den Nachweis der Tilgung ausdrücklich verneint.
4.5 Sodann führt die Beschwerdeführerin an, sie habe durch Vorlage von Zahlungsbelegen die Zahlung des vollen Betrags nachgewiesen. Ausserdem seien die Teilzahlungen nicht von Dritten, sondern von den Stockwerkeigentümern getätigt worden.
Dabei verkennt sie, dass auch das Obergericht davon ausgegangen ist, dass Zahlungen an die Beschwerdegegnerin geleistet worden sind, welche insgesamt dem in Betreibung gesetzten Betrag von Fr. 1'481.50 entsprechen. Wie bereits dargelegt, hat es jedoch ausgeführt, es fehle jeglicher Hinweis dafür, dass die Zahlungen zum Zweck der Begleichung der Gebührenrechnung der Beschwerdeführerin erfolgt seien (s. oben, E. 4.3).
Das Obergericht hat zudem ebenfalls berücksichtigt, dass die Zahlungen durch die Stockwerkeigentümer getätigt worden sind (s. oben, E. 4.3). Wenn es zum Ergebnis gekommen ist, die Beschwerdegegnerin habe die Beträge nicht zur Tilgung von Schulden der Beschwerdeführerin verwenden dürfen, so stützte es sich darauf, dass die Zahlungen von den Eigentümern in eigenem Namen geleistet worden sind.
4.6 Schliesslich bringt die Beschwerdeführerin vor, es gebe keine anderen Forderungen der Beschwerdegegnerin, für welche die Zahlungen hätten verwendet werden können. Auch gehe aus den Akten nicht hervor, dass die Beschwerdegegnerin die Zahlungen zurückerstattet habe.
Damit bezieht sich die Beschwerdeführerin auf Umstände, zu denen sich das Obergericht nicht geäussert hat und auf die sich seine Argumentation nicht stützt. Diese Einwände gehen somit an der vorinstanzlichen Argumentation vorbei.
4.7 Insgesamt erweisen sich die Rügen einer Verletzung des Willkürverbots, soweit sie überhaupt genügend substanziiert sind, als unbegründet.
5. Zusammenfassend ist die Verfassungsbeschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, Schuldbetreibungs- und Konkurskommission, als Beschwerdeinstanz, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Rapp