Sachverhalt:
A. F._, geboren 1978, meldete sich am 10. Oktober 2006 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug (Berufsberatung und Rente) an. Seit seiner Jugend konsumierte er Drogen. Von 1997 bis 1999 befand er sich im Rahmen einer stationären Massnahme im Zentrum L._. Danach absolvierte er von August 1999 bis August 2002 eine Lehre als Drucktechnologe und war nach derem Abschluss noch während eines Monats im Lehrbetrieb beschäftigt. Nachher war er nicht mehr erwerbstätig. Zwischen September 2003 und April 2006 hielt sich F._ viermal zur stationären Drogenentzugstherapie in der Klinik W._ auf. Im Anschluss an die letzte Behandlung mit vollständigem Entzug der Benzodiazepine und einer Reduktion der Methadon-Substitution auf Null trat er am 12. April 2006 (bis 30. Juni 2007) in das Zentrum X._ zur stationären Entwöhnungstherapie ein. Am 1. November 2006 begann er in diesem Rahmen ein vorerst bis 30. Juni 2007 dauerndes Praktikum in der Kinderkrippe Y._ mit einem Arbeitspensum von 80 %. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen holte Auskünfte des Lehrbetriebs sowie Berichte behandelnder Ärzte und des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) ein. Mit Vorbescheiden vom 16. und 17. Mai 2007 und Verfügungen vom 1. und 2. Oktober 2007 verweigerte sie F._ je den Anspruch auf Umschulung und Rente.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde mit dem Antrag auf Zusprechung einer ganzen Rente ab 1. September 2004 und Feststellung des Anspruchs auf berufliche Massnahmen hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen mit Entscheid vom 26. Februar 2009 teilweise gut; es hob die Verfügungen auf und sprach F._ ab 1. Oktober 2005 (im Sinne der Erwägungen) eine ganze IV-Rente zu. Im Übrigen wies es die Sache zur weiteren Abklärung (im Sinne der Erwägungen) und Neuverfügung an die IV-Stelle zurück. In der Begründung des Entscheides stellte es fest, der Anspruch auf die ganze Rente bestehe auch für den Zeitraum des vom Versicherten bis 31. Oktober 2008 im Werkheim U._ mit einem Beschäftigungsgrad von 80 % absolvierten Praktikums. Sie wies die Verwaltung an, für den Zeitraum nach Beendigung dieser Anstellung ein fachärztliches Gutachten in Auftrag zu geben, welches sich insbesondere zur Frage äussere, welche Tätigkeiten (und in welchem Umfang) vom Versicherten aus medizinisch-theoretischer Sicht ausgeführt werden können. Es sei insbesondere auch zur Frage Stellung zu nehmen, ob Wiedereingliederungsbemühungen ins Druckereigewerbe aus gesundheitlicher Sicht möglich und längerfristig zweckmässig sind, oder ob eine berufliche Neuorientierung in eine Betreuungstätigkeit im sozialen Bereich medizinisch begründet und notwendig erscheint (und welche Richtung aus medizinischer Sicht Erfolg versprechend in Frage kommt). Gestützt auf die Ergebnisse habe die IV-Berufsberatung Abklärungen zu treffen. Danach sei zu entscheiden, ob weiterhin eine Invalidität mit allfälligen Ansprüchen auf berufliche Massnahmen oder fürderhin ein Rentenanspruch besteht. Mit der Begutachtung sei eine Fachperson zu beauftragen, welche über Erfahrung im Zusammenhang mit den medizinischen und praktischen Rahmenbedingungen bei der Wiedereingliederung von Drogenabhängigen verfügt.
C. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen erhebt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der kantonale Entscheid sei soweit aufzuheben, als er über Oktober 2006 hinaus eine Rente zuspricht; die Sache sei zu weiteren Abklärungen an sie zurückzuweisen.
Der Beschwerdeführer schliesst auf Abweisung der Beschwerde; Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde an das Bundesgericht ist zulässig gegen das Verfahren abschliessende Endentscheide (<ref-law>), und gegen Teilentscheide, die nur einen Teil der gestellten Begehren behandeln, wenn diese unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder die das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliessen (<ref-law>). Gegen selbstständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide ist hingegen die Beschwerde nur zulässig, wenn sie die Zuständigkeit oder den Ausstand betreffen (<ref-law>), einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1 S. 647; <ref-ruling> E. 5.2 S. 483) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (<ref-law>). Rückweisungsentscheide, mit denen eine Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen wird, sind Zwischenentscheide, die nur unter den genannten Voraussetzungen beim Bundesgericht angefochten werden können (BGE <ref-ruling> E. 4.2 S. 481 f.). Anders verhält es sich nur dann, wenn der unteren Instanz, an welche zurückgewiesen wird, kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt und die Rückweisung nur noch der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient (SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131, 9C_684/2007 E. 1.1).
1.2 Nach dem angefochtenen Entscheid hat der Beschwerdegegner ab 1. Oktober 2005 bis 31. Oktober 2008 Anspruch auf eine IV-Rente. Es handelt sich hier um einen Endentscheid. Die Beschwerdeführerin anerkennt den Anspruch nur bis zum 31. Oktober 2006. Für die Zeit nach dem 31. Oktober 2008 hat die Vorinstanz entschieden, dass die Arbeitsfähigkeit unter diversen Aspekten näher abzuklären und dann über den Leistungsanspruch in diesem Zeitraum neu zu verfügen ist. Die Beschwerdeführerin unterzieht sich dieser Verpflichtung vom zeitlichen Rahmen her uneingeschränkt; damit liegt für den Zeitraum ab 1. November 2008 ein letztinstanzlich nicht angefochtener kantonaler Zwischenentscheid auf Rückweisung vor. Streitig ist somit, ob während der Zeit vom 1. November 2006 bis 31. Oktober 2008 ein Anspruch auf Rente (oder allenfalls - wie in der Beschwerde angesprochen - Massnahmen beruflicher Art) bestand.
2. 2.1 Die leistungsabweisenden Verfügungen sind bereits am 1. und 2. Oktober 2007 ergangen. Es bleibt zu prüfen, in welchem zeitlichen Umfang der Anspruch im vorliegenden Verfahren überprüft werden kann: Nach ständiger Rechtsprechung beurteilt das Sozialversicherungsgericht die Gesetzmässigkeit der Verwaltungsverfügungen in der Regel nach dem Sachverhalt, der zur Zeit des Abschlusses des Verwaltungsverfahrens gegeben war. Tatsachen, die jenen Sachverhalt seither verändert haben, sollen im Normalfall Gegenstand einer neuen Verwaltungsverfügung sein (<ref-ruling> E. 1b S. 366). Ausnahmsweise kann das Gericht aus prozessökonomischen Gründen jedoch auch die Verhältnisse nach Erlass der Verfügung in die Beurteilung miteinbeziehen und zu deren Rechtswirkungen über den Verfügungszeitpunkt hinaus verbindlich Stellung nehmen, mithin den das Prozessthema bildenden Streitgegenstand in zeitlicher Hinsicht ausdehnen. Eine solche Ausdehnung des richterlichen Beurteilungszeitraums ist indessen nur zulässig, wenn der nach Erlass der Verfügung eingetretene, zu einer neuen rechtlichen Beurteilung der Streitsache ab jenem Zeitpunkt führende Sachverhalt hinreichend genau abgeklärt ist und die Verfahrensrechte der Parteien, insbesondere deren Anspruch auf rechtliches Gehör, respektiert worden sind (<ref-ruling> E. 2.1 S. 140).
2.2 Hier war das Verwaltungsverfahren mit dem Erlass der Verfügungen vom 1. und 2. Oktober 2007 abgeschlossen und so der Streitgegenstand in zeitlicher Hinsicht grundsätzlich auf diesen Moment begrenzt. In dieser Zeit hat der Beschwerdegegner aber auch das schliesslich bis zum 31. Oktober 2008 dauernde Praktikum im Werkheim U._ angetreten. In Ausweitung des Streitgegenstandes hat die Vorinstanz den Anspruch auf die ganze Rente ebenso für jene Periode bejaht. Indem die Beschwerdeführerin in der Beschwerdeantwort am 28. Juli 2008 nach erneut getätigten Abklärungen festhielt, es bestehe nach wie vor kein Raum für eine Rente oder berufliche Massnahmen, konnte sie ihren Gehörsanspruch für den Zeitraum nach Erlass der Verfügung wahren.
3. Nebst anderer Voraussetzungen bedarf es für eine berufliche Umschulung der invaliditätsbedingten Erwerbseinbusse von etwa 20 % (<ref-ruling> E. 4.2 S. 489; <ref-ruling> E. 2b S. 110). Die leistungsspezifische Lohneinbusse bei Versicherten mit oder ohne berufliche Ausbildung bestimmt sich anhand eines Vergleichs des Valideneinkommens mit jenem Einkommen, welches die versicherte Person nach Durchführung der medizinischen Behandlung, hingegen ohne Eingliederungsmassnahmen, erzielen könnte, sofern ihr eine zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage ohne (zusätzliche) berufliche Ausbildung, somit auf dem Weg der Selbsteingliederung, offensteht (vgl. ULRICH MEYER-BLASER, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung, 1997, S. 124 f.). Die Selbsteingliederung als Ausdruck der allgemeinen Schadenminderungspflicht geht nicht nur dem Renten-, sondern auch dem gesetzlichen Eingliederungsanspruch vor (<ref-ruling> E. 4a S. 28).
4. Die Beschwerdegegnerin hat die beruflichen Massnahmen abgelehnt, weil sie der Meinung war, es liege auch im angestammten Beruf eine Arbeitsfähigkeit von 80 % vor, weshalb der Versicherte angemessen eingegliedert sei. Geht man entgegen dieser Annahme mit der Vorinstanz davon aus, der Versicherte sei im angestammten Beruf nicht mehr arbeitsfähig, so besteht zunächst ein Anspruch auf berufliche Massnahmen (Umschulung). Vor der Durchführung von Eingliederungsmassnahmen darf keine Rente gewährt werden, wenn der Versicherte eingliederungsfähig ist (Art. 7 Abs. 1, Art. 8 Abs. 1 sowie Art. 16 ATSG; <ref-law>; <ref-ruling> E. 4a und c; I 346/00 E. 4c; I 287/01 E. 2b/aa; I 739/02 E. 4).
5. Nach den Feststellungen der Vorinstanz war der Versicherte für die Praktika in der Kinderkrippe und dem Werkheim zu 80 % arbeitsfähig; er hat diese tatsächlich auch absolviert. Entgegen der Annahme der Vorinstanz handelt es sich bei einem solchen Praktikum nicht um eine Art geschützte Werkstätte, sondern um eine Tätigkeit, in welcher die Eignung und Neigung für einen Beruf abgeklärt wird und wo eine vergleichbare Leistung verlangt wird wie in der betreffenden Arbeitstätigkeit. Wenn also der Beschwerdegegner die genannten Praktika absolvieren konnte, dann war er in Bezug auf diese Tätigkeit eingliederungsfähig. In einem solchen Falle hat er, wenn man ihm eine krankheitswertige (d.h. nicht nur durch Drogenkonsum verursachte) Arbeitsunfähigkeit zugesteht, Anspruch auf berufliche Massnahmen (Umschulung) samt Taggeld, aber nicht, wie von der Vorinstanz entschieden, auf Rente.
6. Die Beschwerde wird daher insofern gutgeheissen, als die Rentenzusprache über Oktober 2006 hinaus aufgehoben und die Verwaltung angewiesen wird zu prüfen, ob die Praktika als berufliche Massnahmen von der Invalidenversicherung zu übernehmen seien.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat der Beschwerdegegner die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird entsprochen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4a S. 202). Er hat der Gerichtskasse Ersatz zu leisten, wenn er später dazu in der Lage ist (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 26. Februar 2009 und die Verfügungen der IV-Stelle des Kantons St. Gallen vom 1. und 2. Oktober 2007 - soweit den Anspruch auf Umschulung sowie denjenigen auf Rente ab 1. November 2006 betreffend - aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle des Kantons St. Gallen zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Leistungsanspruch neu verfüge.
2. Dem Beschwerdegegner wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwältin Eva Frefel, Grüt, wird als unentgeltliche Anwältin des Beschwerdegegners bestellt, und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1400.- ausgerichtet.
5. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, der Ausgleichskasse der graphischen und papierverarbeitenden Industrie der Schweiz und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. August 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Schmutz