Sachverhalt:
A. Der 1975 geborene G._ leidet seit Jahren an einer mittleren bis hochgradigen Schwerhörigkeit rechts und einer hochgradigen Schwerhörigkeit links. Die IV-Stelle Uri übernahm in den Jahren 1999 und 2005 je die Kosten für die erforderliche Hörgeräteversorgung (IdO-Hörgeräte). Nach dem berufsbegleitenden Erwerb des Bürofachdiploms VSH und des Handelsdiploms VSH im Jahre 2006 wechselte der Versicherte vom Schreinerberuf in den Bürobereich. Am 1. März 2007 konnte er eine neue Stelle als technischer Sachbearbeiter bei der Firma T._ AG antreten. Am 12. Juli 2007 meldete sich der Versicherte bei der IV-Stelle für eine vorzeitige Neuversorgung mit zwei Hörgeräten an, da die Hörgeräteversorgung für die neue Tätigkeit nicht mehr ausreichte. Mit Verfügung vom 3. November 2008 erklärte sich die IV-Stelle unter Hinweis auf die Gebrauchsdauer von drei Jahren (letzte Hörgeräteversorgung im Jahre 2005) bereit, einen Kostenbeitrag in der Höhe von 25 % des Betrages von Fr. 4'976.50, mithin Fr. 1'244.10 an die vorzeitige Hörgeräteversorgung gemäss Indikationsstufe drei zu übernehmen.
B. Das Obergericht des Kantons Uri hiess die dagegen erhobene Beschwerde des G._ mit Entscheid vom 29. Mai 2009 gut, hob die Verfügung vom 3. November 2008 auf und stellte fest, dass der Versicherte Anspruch auf eine vorzeitige Hörgeräteversorgung und damit auf einen vollen Kostenersatz im Betrag von Fr. 4'976.50 hat.
C. Die IV-Stelle führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der kantonale Gerichtsentscheid sei aufzuheben und die Verfügung vom 3. November 2008 zu bestätigen.
Der Versicherte schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen beantragt deren Gutheissung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (Art. 82 ff. BGG) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Eine unvollständige Sachverhaltsfeststellung stellt eine vom Bundesgericht ebenfalls zu korrigierende Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 lit. a BGG dar (Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 20 N. 24 zu Art. 97 BGG).
2. 2.1 Die Vorinstanz hat die massgebenden gesetzlichen Bestimmungen und Grundsätze zum Anspruch auf Eingliederungsmassnahmen in der Invalidenversicherung im Allgemeinen (Art. 8 IVG) und über die Abgabe von Hilfsmitteln im Besonderen, speziell bei Schwerhörigkeit (Art. 21 IVG, Art. 14 IVV, Art. 2 HVI, Art. 27 Abs. 1 IVG i.V. mit Art. 24 Abs. 2 IVV sowie Ziff. 5.07 HVI-Anhang) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen. Richtig sind auch die Ausführungen zum seit 1. Juli 2006 in Kraft stehenden Hörgeräte-Tarifvertrag und die dazu ergangene Rechtsprechung (<ref-ruling>) sowie zur Möglichkeit der vorzeitigen Anpassung eines Hörgeräts gemäss Rz. 5.07.19 des seit 1. Januar 2008 gültigen Kreisschreibens des BSV über die Abgabe von Hilfsmitteln durch die Invalidenversicherung (KHMI). Danach hat die versicherte Person, die eine vorzeitige Anpassung wünscht, obwohl das Hörgerät noch intakt ist, Anspruch auf prozentuale Vergütung gemäss Tarifvertrag (Anhang 1 Ziff. 4.5). Liegt indessen eine fachärztliche Expertise vor, aus der eindeutig hervorgeht, dass das bisher getragene Gerät den Zweck der Verbesserung des Hörvermögens nicht mehr erfüllt, sind die vollen Kosten zu vergüten (Abs. 1). Gemäss Ziff 1.8 Anhang 1 zum Hörgeräte-Tarifvertrag ist eine vorzeitige Anpassung möglich, wenn diese medizinisch indiziert und vom ORL-Expertenarzt begründet wird. Bei vorzeitiger Neuanpassung ohne nachvollziehbare medizinische Indikation übernimmt die Invalidenversicherung lediglich einen der Zeitdauer seit der letzten Hörgeräteversorgung abgestuften Kostenbeitrag (Ziff. 4.5). Korrekt ist weiter, dass die versicherte Person in der Regel nur Anspruch auf die dem jeweiligen Eingliederungszweck angemessenen, notwendigen Massnahmen, nicht aber auf die nach den gegebenen Umständen bestmöglichen Vorkehren (vgl. Art. 8 Abs. 1 IVG) hat, da das Gesetz die Eingliederung lediglich so weit sicherstellen will, als diese im Einzelfall notwendig, aber auch genügend ist (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 225).
2.2 Gemäss geltender Rechtsprechung (vgl. <ref-ruling> mit Hinweisen) ist im Sinne einer Vermutung davon auszugehen, dass in der Regel eine den tarifvertraglichen Ansätzen entsprechende Leistungszuerkennung den invaliditätsbedingten Eingliederungsbedürfnissen im Einzelfall Rechnung trägt und in einfacher wie zweckmässiger Weise zum Eingliederungserfolg im Sinne einer adäquaten Verständigung führt, somit eine ausreichende Hörgeräteversorgung sicherstellt. Da allerdings letztlich stets das spezifische Eingliederungsbedürfnis der einzelnen versicherten Person massgebend ist, bleibt die gerichtliche Prüfung, ob die tarifarisch vergüteten Höchstpreise und mithin auch die abgestufte Vergütung gemäss Tarifvertrag dem invaliditätsbedingten Eingliederungsbedürfnis im konkreten Einzelfall Rechnung tragen, stets vorbehalten. Dabei trägt die versicherte Person die Beweislast für die von ihr behauptete Ausnahmesituation, also dafür, dass die tarifarische Hörgeräteversorgung ausnahmsweise, aufgrund eines gesteigerten Eingliederungsbedürfnisses nicht genügt. Ein solches kann sich sowohl aus der speziellen gesundheitlichen Situation wie auch mit Blick auf den Tätigkeitsbereich der versicherten Person ergeben, z.B bei erwerbstätigen Versicherten in einem beruflichen Umfeld, das erhöhte Anforderungen an die Kommunikation und das Hörverständnis stellt.
Da der Sozialversicherungsprozess vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht wird, wonach das Gericht von Amtes wegen für die richtige und vollständige Abklärung des rechtserheblichen Sachverhaltes zu sorgen hat, handelt es sich dabei zwar nicht um die subjektive Beweisführungslast nach Art. 8 ZGB in dem Sinne, dass der Versicherte den Beweis für ein gesteigertes Eingliederungsbedürfnis gestützt auf eine fachärztliche oder fachaudiologische Beurteilung selbst erbringen muss; vielmehr trägt er die (objektive) Beweislast nur insofern, als im Falle der Beweislosigkeit der Entscheid zu seinen Ungunsten ausfällt (<ref-ruling> E. 3b S. 264). Indes hat der Versicherte auf Grund der Vermutung, die tarifliche Hörgeräteversorgung führe zu einer den gesetzlichen Vorgaben genügenden Eingliederung im Einzelfall, jedenfalls in substanziierter Weise darzutun, weshalb die zugesprochene Hörgeräteversorgung in seinem Fall dem Eingliederungsziel der adäquaten Verständigung nicht zu genügen vermag (Urteil I 167/04 vom 17. Juni 2004 E. 5 mit Hinweisen). Der Beweis ist erbracht, wenn auf Grund der Aktenlage, insbesondere einer schlüssigen spezialärztlichen und/oder fachaudiologischen Beurteilung, dargetan ist, dass die Abgabe eines Hörgerätes auf der Grundlage der massgeblichen Indikationsstufe gemäss Tarif der versicherten Person keine genügende Verständigung erlaubt und so dem invaliditätsbedingten Eingliederungsbedürfnis nicht hinreichend Rechnung trägt (<ref-ruling> E. 4.3.4 S. 175).
3. Vorliegend steht fest und ist unbestritten, dass eine vorzeitige Neuversorgung mit Hörgeräten voll auf Kosten der IV aus medizinischen Gründen nicht gerechtfertigt ist. Streitig und zu prüfen ist allerdings, ob aufgrund des neuen Tätigkeitsbereichs des Versicherten ein gesteigertes Eingliederungsbedürfnis ausgewiesen ist, bzw. ob mit der bisherigen Hörgeräteversorgung im neuen beruflichen Umfeld eine genügende Verständigung sichergestellt ist.
3.1 Das kantonale Gericht erwog, aufgrund der Aktenlage sei mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit erstellt, dass beim Versicherten ein erhöhtes invaliditätsbedingtes Eingliederungsbedürfnis bestehe, welches eine Versorgung mit den beantragten Hörgeräten vor Ablauf der Wartefrist von sechs Jahren ausnahmsweise als geboten erscheinen lasse. Es stellte fest, dass sich die neue Arbeitssituation durch eine veränderte und komplexere Geräuschkulisse auszeichne, welche erhöhte Anforderungen an das akustische Hörverständnis und die Kommunikation stellte. Mit den bisher getragenen Hörgeräten könne wegen der schweren Hörbehinderung sowie aufgrund der neuen Arbeitssituation keine genügende Verständigung gewährleistet werden, womit dem invaliditätsbedingten Eingliederungsbedürfnis nicht hinreichend Rechnung getragen werde. Es stützte sich vor allem auf das Schreiben des Expertenarztes Dr. med. E._, Spezialarzt FMH für Ohren-Nasen-Hals-Krankheiten und Hals- und Gesichtschirurgie, vom 22. April 2008 an die IV-Stelle. Das kantonale Gericht erachtete es als nachvollziehbar, dass aufgrund des Berufswechsels sich die bisher geschlossene Hörgeräteversorgung des Versicherten nicht mehr eigne, da im Gegensatz zu seiner Tätigkeit als Schreiner in seinem neuen Berufsfeld erhöhte Anforderungen an das Hörverständnis bestünden. Gemäss Aussagen der aktuellen Arbeitgeberin sei der Versicherte für eine kompetente und professionelle Kundenbetreuung auf eine optimale Hörverständigung angewiesen.
3.2 Die beschwerdeführende IV-Stelle rügt, die Erwägungen der Vorinstanz eigneten sich nicht, den Beweis als erbracht zu betrachten, dass das bisher getragene Hörgerät den Zweck der Verbesserung des Hörvermögens für das neue Tätigkeitsfeld nicht mehr erfüllt. Sie macht geltend, die beruflichen Kommunikationsanforderungen im Jahre 2005 seien wesentlich höher eingeschätzt worden als nach erfolgtem Berufswechsel im Jahre 2007, weshalb sich nur eine Kostenbeteiligung an der Neuversorgung rechtfertige. Jede Erstexpertise beinhalte eine fachärztliche Beurteilung der beruflichen Kommunikationsanforderungen. In der Erstexpertise vom 2. Mai 2005, als der Versicherte noch als Schreiner tätig war und berufsbegleitend das Bürofach- resp. Handelsdiplom VSH anstrebte, habe Frau Dr. med. R._, Fachärztin HNO FMH, die Kommunikationsanforderungen mit den maximal möglichen 25 Punkten bewertet, während Dr. med. E._ in der Erstexpertise vom 29. August 2007 die Kommunikationsanforderungen des Versicherten als technischer Sachbearbeiter bei der Firma T._ AG mit 13 Punkten bewertet habe. Weiter bringt die IV-Stelle vor, das Prädikat "ungenügend" im Schreiben des Dr. med. E._ vom 22. April 2008, auf das sich die Vorinstanz berufe, nehme nicht Bezug auf die beruflichen Kommunikationsanforderungen des Versicherten als Sachbearbeiter, sondern auf das vergleichsweise hörgerätetechnologisch Erzielbare. Die bestmögliche Versorgung entspreche allerdings nicht dem Willen des Gesetzgebers.
4. 4.1 Die Vorinstanz ist im angefochtenen Entscheid davon ausgegangen, der Wechsel vom Schreiner in berufsbegleitender Weiterbildung zum technischen Sachbearbeiter begründe im konkreten Fall ein erhöhtes invaliditätsbedingtes Eingliederungsbedürfnis mit erhöhten Anforderungen an das Hörverständnis. Sie stützte sich dabei vor allem auf das Schreiben des Dr. med. E._ vom 22. April 2008, welcher festhielt, mit der neuen Hörgerätetechnologie sei die ursprüngliche Versorgung - bei nicht massiver Verschlechterung des Gehörs seit der letzten Versorgung - nach den heutigen Richtlinien eindeutig ungenügend. Die leistungsstärkeren HDO-Hörgeräte mit geschlossenem System seien bei einem so jungen Patienten mit so schwerem Hörverlust unbedingt sinnvoll. Die Schlussexpertise habe gezeigt, dass die Hörverbesserung mit den neuen Geräten den ursprünglichen Geräten deutlich überlegen sei, was dem Patienten im Alltag und vor allem bei der Arbeit sehr zu Gute komme. Dabei setzte sich die Vorinstanz - wie beschwerdeweise zutreffend bemängelt wird - nicht damit auseinander, dass eben dieser Experte in der Erstexpertise vom 29. August 2007 die Kommunikationsanforderungen des Versicherten als technischer Sachbearbeiter bei der Firma T._ AG mit 13 Punkten geringer bewertete als dies in der Erstexpertise vom 2. Mai 2005 für die Tätigkeit als Schreiner in berufsbegleitender Weiterbildung mit 25 Punkten der Fall war. Das Argument des Versicherten, wonach der Unterschied in der Selbstbeurteilung, worauf die Punktezahl für die berufliche Kommunikationsanforderungen beruhe, darin begründet sei, dass er zu diesem Zeitpunkt anders als im Jahre 2005 bereits mit Hörgeräten versorgt war, überzeugt insofern nicht, als er - wie das BSV zu Recht einwendet - bereits seit 1998 über Hörgeräte verfügte, allerdings auf einer offenbar niedrigeren Indikationsstufe. Entgegen der Vorinstanz kann aus dem Schreiben des Dr. med. E._ vom 22. April 2008 zudem nicht geschlossen werden, dass die ursprüngliche Versorgung für die Kommunikationsanforderungen im neuen beruflichen Umfeld als Sachbearbeiter ungenügend sind, vielmehr ist nicht auszuschliessen, dass sich diese Aussage auf das heute hörgerätetechnologisch Erzielbare bezieht, wie beschwerdeweise und vom BSV in seiner Stellungnahme geltend gemacht wird.
Anderseits ist auch die gegenteilige Annahme aufgrund der Aktenlage nicht zulässig. So verweist Dr. med. E._ im Schreiben vom 18. November 2008 darauf, dass die vom Versicherten durchgeführte berufliche Veränderung ein besseres Gehör verlange, um sicherzustellen, dass er wegen akustischer Probleme seine neue Stelle nicht verliere. Überdies ist dem Schreiben der Hörgerätezentrale vom 28. Juni 2007 zu entnehmen, dass der Versicherte nun im Betrieb im Gegensatz zur vormaligen IdO-Hörgeräteversorgung wieder sehr gut verstehe und höre. Der Einwand der IV-Stelle, dass wechselnder Lärm in der Schreinerei und der berufsbegleitende Besuch einer Abendschule naturgemäss höhere Anforderungen an die Kommunikation stellen würden als der Beruf eines Sachbearbeiters, verfängt insofern nicht, als dies mit Blick auf das gesteigerte Eingliederungsbedürfnis eben gerade im konkreten Einzelfall zu prüfen ist und mithin abzuklären wäre. Die Mutmassung, dass Dr. med. R._ der gleichen Auffassung gewesen sein dürfte, genügt dafür nicht. Die Frage, ob die berufliche Veränderung des Versicherten eine vorzeitige Anpassung der bisherigen Hörgeräteversorgung erforderlich machte bzw. ob nicht bereits die im Jahre 2005 zugesprochenen Hörgeräte im neuen beruflichen Umfeld eine genügende Versorgung bot, bleibt aufgrund der vorinstanzlichen Feststellungen unbeantwortet. Unter diesen Umständen gilt festzustellen, dass die Annahme eines gesteigerten Eingliederungsbedürfnisses des Versicherten durch die Vorinstanz auf einer unvollständigen Sachverhaltsfeststellung beruht, was eine Verletzung von Bundesrecht darstellt (Art. 95 lit. a BGG).
4.2 Nachdem sich die strittige Frage aufgrund der unvollständigen und widersprüchlichen Aktenlage nicht abschliessend beurteilen lässt, ist die Sache an die beschwerdeführende IV-Stelle zurückzuweisen, damit sie nach Einholung einer diesbezüglichen fachärztlichen Expertise über den Anspruch auf vorzeitige Anpassung der Hörgeräteversorgung neu verfüge.
5. Dem Prozessausgang entsprechend hat der Beschwerdegegner die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass Dispositiv Ziff. 1 des Entscheids des Obergerichts des Kantons Uri vom 29. Mai 2009 sowie die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Uri vom 3. November 2008 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle zurückgewiesen wird, damit diese, nach ergänzenden Abklärungen im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf eine vorzeitige Hörgeräteversorgung neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Uri, Verwaltungsrechtliche Abteilung, der Ausgleichskasse des Kantons Uri und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 27. Mai 2010
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Weber Peter