A.- H._ war vom 1. Januar 1988 bis 20. April 1993 für die W._ AG als Verkaufsagent tätig, wobei die Vertragsparteien von einer selbstständigen Erwerbstätigkeit ausgingen. Mit Verfügungen vom 12. November 1993 verpflichtete die Ausgleichskasse Luzern die W._ AG zur Nachzahlung von paritätischen Sozialversicherungsbeiträgen für die in den Jahren 1988 bis 1992 an ihre Verkaufsagenten ausgerichteten Entgelte. Diese Verfügungen wurden letztinstanzlich durch das Eidgenössische Versicherungsgericht mit Urteil vom 8. Januar 1996 (H 215/95) bestätigt. In der Folge wurde H._ rückwirkend bei der Bâloise-Sammelstiftung für die obligatorische berufliche Vorsorge (nachfolgend Vorsorgeeinrichtung) für seine Tätigkeit bei der W._ AG im Rahmen des BVG versichert. Die Vorsorgeeinrichtung errechnete per Austrittsdatum am 21. April 1993 ein Freizügigkeitsguthaben von Fr. 29'980. 50. Mit diesem Betrag verrechnete sie den ihr von der ehemaligen Arbeitgeberfirma am 29. November 1996 abgetretenen Anspruch auf die noch nicht bezahlten Arbeitnehmerbeiträge in der Höhe von Fr. 14'990. 25. Den Restbetrag in gleicher Höhe entrichtete sie H._.
B.- Die am 20. März 1998 eingereichte Klage, mit welcher H._ die Verpflichtung der Vorsorgeeinrichtung zur Bezahlung von Fr. 14'990. 25 zuzüglich Zins zu 5 % beantragte, wies das Versicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt mit Entscheid vom 24. März 1999 ab.
C.- H._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen und sein vor der Vorinstanz gestelltes Rechtsbegehren erneuern.
Die Vorsorgeeinrichtung schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherung reicht eine Vernehmlassung ein, ohne indessen ein Rechtsbegehren zu stellen.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Gemäss Art. 39 Abs. 2 BVG darf ein Leistungsanspruch mit Forderungen, die der Arbeitgeber der Vorsorgeeinrichtung abgetreten hat, nur verrechnet werden, wenn sie sich auf Beiträge beziehen, die nicht vom Lohn abgezogen worden sind (vgl. dazu <ref-ruling>, 114 V 33 sowie das in SZS 1991 S. 32 teilweise publizierte Urteil J. vom 30. August 1990, B 18/90). Wie im Privatrecht ist auch im Sozialversicherungsrecht eine Verrechnung nur möglich, wenn folgende grundsätzliche Voraussetzungen erfüllt sind: Forderung und Gegenforderung, die verrechnet werden sollen, müssen zwischen den gleichen Rechtsträgern bestehen; die zur Verrechnung gebrachte Forderung muss fällig und rechtlich durchsetzbar sein (Imboden/Rhinow, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, 6. Aufl. , Bd. I, S. 196 f.).
2.- a) Unbestritten sind die Höhe der Freizügigkeitsleistung und die Höhe der Arbeitnehmerbeiträge. Ferner hat die Arbeitgeberin ihren Anspruch gegenüber dem Beschwerdeführer auf die nicht vom Lohn abgezogenen Beiträge mit schriftlicher Erklärung vom 29. November 1996 der Beschwerdegegnerin abgetreten. Hingegen macht der Beschwerdeführer unter Hinweis auf Art. 120 Abs. 3 OR geltend, im Zeitpunkt der Abtretung sei die Forderung der Arbeitgeberin auf seinen BVG-Beitragsanteil zumindest für die Zeit bis und mit Oktober 1991 bereits verjährt gewesen.
b) Nach Art. 41 Abs. 1 BVG verjähren Forderungen auf periodische Beiträge und Leistungen nach fünf, andere nach zehn Jahren, wobei die Art. 129-142 OR anwendbar sind. Während das kantonale Gericht der Auffassung ist, beim Anspruch der Arbeitgeberin gegenüber dem Beschwerdeführer handle es sich um eine Forderung aus ungerechtfertigter Bereicherung nach Art. 62 ff. OR mit der einjährigen relativen Verjährungsfrist des Art. 67 Abs. 1 OR seit Kenntnis des Anspruchs, stellt sich der Beschwerdeführer auf den Standpunkt, die abgetretene Forderung habe ihren Rechtsgrund in Art. 66 BVG. Dieser Artikel regelt im Rahmen der obligatorischen beruflichen Vorsorge die Beitragspflicht gegenüber den Vorsorgeeinrichtungen. Nach Art. 66 Abs. 1 BVG besteht zwischen den Arbeitgeber- und Arbeitnehmerbeiträgen die kollektive Beitragsparität, wobei der Arbeitgeber der Vorsorgeeinrichtung die gesamten Beiträge schuldet (Abs. 2 erster Satz) und den reglementarisch festgelegten Beitragsanteil des Arbeitnehmers vom Lohn abzieht (Abs. 3). Angesichts dieser gesetzlichen Ausgestaltung der Beitragspflicht richtet sich der Anspruch des Arbeitgebers gegenüber dem Arbeitnehmer auf Erstattung allfälliger vom Lohn nicht abgezogener Arbeitnehmerbeiträge nicht nach den Art. 62 ff. OR, sondern nach Art. 66 Abs. 3 BVG. Dabei unterliegen die periodischen Beiträge nach Art. 66 BVG der fünfjährigen Verjährungsfrist des Art. 41 Abs. 1 BVG. Da der Arbeitgeber der Vorsorgeeinrichtung die gesamten Beiträge schuldet, hat der Gesetzgeber als Ausgleich in Art. 39 Abs. 2 BVG eine Ausnahme vom generellen Verrechnungsverbot für die auf den Arbeitnehmer entfallenden Anteile der Beitragsforderung vorgesehen (bundesrätliche Botschaft zum Bundesgesetz über die berufliche Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenvorsorge vom 19. Dezember 1975, Separatausgabe S. 103). Namentlich greift diese Verrechnungsmöglichkeit, wenn der Abzug der Beiträge vom Lohn infolge Beendigung des Arbeitsverhältnisses nicht mehr möglich ist (Riemer, Das Recht der beruflichen Vorsorge in der Schweiz, § 4 Rz 9 S. 101).
c) Nachdem die Forderung am 29. November 1996 schriftlich abgetreten worden und die Verrechnungserklärung am 14. März 1997 erfolgt ist, bleibt zu prüfen, ob der Verrechnung die vom Beschwerdeführer geltend gemachte Verjährung entgegensteht. Der Beschwerdeführer ist erst nachträglich als Folge des Urteils des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 8. Januar 1996 (H 215/95) bei der Vorsorgeeinrichtung seiner ehemaligen Arbeitgeberin für die Zeit vom 1. Januar 1988 bis 20. April 1993 für die berufliche Vorsorge versichert worden. Diesem Umstand kommt für den Beginn der Verjährungsfrist massgebende Bedeutung zu. Zwar entsteht das Versicherungsverhältnis zwischen dem Arbeitnehmer und der Vorsorgeeinrichtung des Arbeitgebers im Bereich der obligatorischen beruflichen Vorsorge von Gesetzes wegen (Art. 2 Abs. 1 und Art. 7 Abs. 1 BVG). Stellt sich jedoch die Frage des massgebenden AHV-rechtlichen Beitragsstatuts und damit der Versicherungspflicht wie im vorliegenden Fall erst im Nachhinein, so werden die gestützt auf Art. 66 BVG gesamthaft nachzuentrichtenden Beiträge - wie im Übrigen auch die Freizügigkeitsleistung - frühestens mit dem rechtskräftigen Entscheid über das strittige AHV-rechtliche Beitragsstatut fällig. Es verhält sich in einem solchen Fall ähnlich wie beim zwangsweisen Anschluss eines Arbeitgebers an die Auffangeinrichtung (Art. 11 Abs. 5, Art. 60 Abs. 2 lit. a BVG), bei welchem die Verjährungsfrist für Beiträge früherer Jahre erst mit dem rechtskräftigen Zwangsanschluss zu laufen beginnt (SZS 1994 S. 388). Die Verrechnung ist daher im vorliegenden Fall auch unter dem Aspekt der Verjährung zulässig.
3.- Das Verfahren ist kostenlos, weil die Höhe der dem Beschwerdeführer auszurichtenden Freizügigkeitsleistung streitig ist und es daher um Versicherungsleistungen geht (Art. 134 OG).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Der geleistete Kostenvorschuss von Fr. 1000. - wird dem Beschwerdeführer zurückerstattet.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 9. August 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der III. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: