Sachverhalt:
A. Der Strafbefehlsrichter Basel-Stadt verurteilte X._ am 6. Juni 2007 wegen grober Verletzung der Verkehrsregeln durch Missachtung eines Rotlichts zu einer bedingten Geldstrafe von 10 Tagessätzen à 30 Franken und einer Busse von 500 Franken.
X._ akzeptierte den Strafbefehl nicht und wurde am 22. Februar 2008 vom Strafgerichtspräsidenten Basel-Stadt wegen grober Verletzung von Verkehrsregeln im Sinne von Art. 90 Ziff. 2 i.V.m. Art. 27 Abs. 1 und Art. 31 Abs. 1 SVG zu einer bedingten Geldstrafe von 5 Tagessätzen à 30 Franken und einer Busse von 400 Franken verurteilt.
Der Ausschuss des Appellationsgerichts des Kantons Basel-Stadt bestätigte das erstinstanzliche Urteil am 22. August 2008.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, die Urteile des Strafgerichtspräsidenten und des Appellationsgerichts aufzuheben, letzteres anzuweisen, ihn in Anwendung von <ref-law> zu einer angemessenen Busse zu verurteilen, der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu erteilen und die Gerichts- und Parteikosten aller Instanzen dem Kanton Basel-Stadt aufzuerlegen.
Vernehmlassungen wurden keine eingeholt.

Erwägungen:
1. Zulässiges Anfechtungsobjekt ist vorliegend einzig der Entscheid des Appellationsgerichts, derjenige des Strafgerichts ist nicht kantonal letztinstanzlich (<ref-law>). Zwar besteht das Urteil des Appellationsgerichts einzig aus dem Dispositiv und einem Verweis auf das erstinstanzliche Urteil. Das ändert aber nichts daran, dass sich die Beschwerde nur gegen das Appellationsurteil richten kann, wobei ihm die erstinstanzliche Begründung zuzurechnen ist.
2. 2.1 Unbestritten ist, dass der Beschwerdeführer am 6. März 2007, um ca. 15.04 Uhr, mit einem Personenwagen in Basel durch den Steinenring in Richtung Viaduktstrasse fuhr und dabei das Rotlicht an der Verzweigung Steinenring/Bachlettenstrasse übersah. Nach der Auswertung der Radaraufnahmen zeigte die Ampel, als sie der Beschwerdeführer mit 25 km/h überfuhr, seit 11.36 Sekunden "Rot"; zuvor war sie während 3.03 Sekunden auf "Gelb" gestanden. Zu Gunsten des Beschwerdeführers davon ausgehend, dass er vor dem Rotlicht schneller als 25 km/h gefahren war und aus der letzten Querstrasse in den Steinenring eingebogen war, hielt das Gericht fest, dass der Beschwerdeführer jedenfalls rund 100 m auf die Verkehrsampel zugefahren war und deren Rotlicht während mehrerer Sekunden nicht bemerkt hatte.
Für das Appellationsgericht hat der Beschwerdeführer mit der Missachtung des Rotlichts eine der elementarsten Verkehrsregeln verletzt. Die Verkehrswidrigkeit habe eine erhöhte abstrakte Gefährdung anderer Verkehrsteilnehmer bewirkt, da sie bei regem Verkehrsaufkommen begangen worden sei und sich unmittelbar nach der Ampel ein Fussgängerstreifen befinde, auf die eine wenig übersichtliche Kreuzung folge. Sie wiege auch unter subjektiven Gesichtspunkten schwer, hätte der Beschwerdeführer doch das Rotlicht auf rund 100 m Distanz und damit mehrere Sekunden lang sehen können. Er habe sich damit nicht bloss eine momentane Unaufmerksamkeit geleistet, wie sie jedem passieren könne, sondern eine erhebliche Verletzung seiner Vorsichts- und Aufmerksamkeitspflichten im Sinne grober Fahrlässigkeit begangen.
2.2 Wer durch grobe Verletzung der Verkehrsregeln eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft oder in Kauf nimmt, wird nach <ref-law> mit Gefängnis oder mit Busse bestraft.
<ref-law> ist objektiv erfüllt, wenn der Täter eine wichtige Verkehrsvorschrift in objektiv schwerer Weise missachtet und die Verkehrssicherheit ernstlich gefährdet. Eine ernstliche Gefahr für die Sicherheit anderer nimmt die Rechtsprechung bereits bei Vorliegen einer erhöhten abstrakten Gefahr an. Diese setzt die naheliegende Möglichkeit einer konkreten Gefährdung oder Verletzung voraus. Subjektiv erfordert der Tatbestand, dass dem Täter aufgrund eines rücksichtslosen oder sonstwie schwerwiegend regelwidrigen Verhaltens zumindest eine grobe Fahrlässigkeit vorzuwerfen ist (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen, 131 IV 133 E. 3.2; <ref-ruling> E. 3; <ref-ruling> E. 3).
2.3 Das Appellationsgericht hat das Verhalten des Beschwerdeführers offensichtlich zutreffend als grobe Verkehrsregelverletzung eingestuft. Es kann auf die Urteilsbegründung des erstinstanzlichen Entscheids und die in E. 2.2 angeführten Bundesgerichtsurteile verwiesen werden (<ref-law>).
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Mit dem Entscheid in der Sache wird das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt, Ausschuss, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi