Faits:
A. Par arrêt du 22 février 2008, la Cour correctionnelle sans jury du canton de Genève a condamné X._ à une peine privative de liberté de deux ans avec sursis pendant cinq ans pour contrainte sexuelle et actes d'ordre sexuel avec un enfant. Ce jugement repose en résumé sur l'état de fait suivant.
A.a Le 21 février 2005, A._ a porté plainte contre inconnu pour abus sexuels commis sur sa fille Y._, née le 24 avril 1997. Selon les indications livrées par l'enfant à la police judiciaire, "Papa X._", compagnon de sa mère, est venu la chercher plusieurs fois dans son lit pour l'emmener dans celui du couple. Il lui a alors touché la "poubigne" (expression portugaise désignant le sexe) en effectuant des mouvements circulaires du doigt dont l'ongle "rentrait et lui faisait mal". Il a aussi mis son "zizi" sur sa "poubigne" et "quelque chose d'un peu blanc et collant" en est sorti. Enfin, il lui a fait des "bisous" sur la bouche. Mimant les faits, Y._ s'est mise à quatre pattes et, imitant quelques mouvements de va-et-vient, a indiqué que "Papa X._ mettait son zizi par-derrière et il sortait par-devant". Elle s'est en outre souvenue qu'à une reprise, elle avait été réveillée par "Papa X._" qui, après l'avoir rejointe dans son lit, effectuait des mouvements de va-et-vient au-dessus d'elle; il avait alors heurté le plafond avec la tête, ce qui l'avait fait rire.
A.b X._ a nié les faits, affirmant que ces accusations avaient été induites par sa belle-mère, B._, qui ne l'appréciait pas et qui n'avait cessé de mettre sa fille en garde contre lui.
A.c Le 3 mars 2005, Y._ a avoué à sa maman avoir dit "un gros mensonge", que "Papa X._" n'avait pas abusé d'elle. Entendue une seconde fois par la police judiciaire, l'enfant a déclaré avoir dit un peu la vérité et un peu un mensonge, sans toutefois pouvoir distinguer le vrai du faux. Elle s'était sentie obligée de mentir en raison des questions persistantes de sa grand-maman. Selon un rapport établi le 7 mars 2005 par les médecins du Département de pédiatrie de l'hôpital cantonal, Y._ présentait, à la suite de sa rétractation, un important conflit de loyauté entre les différents adultes qui l'entouraient. Aux termes de l'expertise de crédibilité qui a été ordonnée consécutivement, les déclarations initiales de Y._ apparaissaient crédibles à hauteur de plus ou moins 80%.
B. Saisie d'un recours du condamné, la Cour de cassation l'a rejeté par jugement du 18 juillet 2008.
C. X._ interjette un recours en matière pénale contre ce jugement dont il requiert l'annulation en concluant, sous suite de frais et dépens, au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour nouveau jugement au sens des considérants. En substance, il se plaint d'un déni de justice formel, d'arbitraire dans l'établissement des faits ainsi que l'appréciation des preuves et conteste la quotité de la peine prononcée contre lui.
Le Ministère public a renoncé à se déterminer, tandis que la partie civile a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Dans un premier moyen, le recourant invoque la présomption d'innocence en relation avec l'appréciation portée par les autorités cantonales sur l'expertise dont il conteste la valeur probante, faute de répondre aux exigences méthodologiques posées en la matière par la jurisprudence. En effet, l'experte n'aurait pas indiqué la méthode d'analyse appliquée. Elle n'aurait pas examiné les premières déclarations de l'enfant à l'aune du contexte émotionnel dans lequel elles ont été exprimées. Elle se serait essentiellement basée sur son troisième entretien avec l'expertisée, se focalisant ainsi sur la crédibilité des rétractations plutôt que sur celle des déclarations initiales de Y._, partant ainsi de l'hypothèse que les faits à charge s'étaient réellement déroulés. Elle aurait méconnu le fait que ce troisième entretien équivalait à la sixième audition de l'enfant sur les faits, accroissant d'autant le risque de contamination des déclarations. Elle aurait tiré des conclusions à partir d'un dessin de Y._ ainsi que du comportement et des déclarations que celle-ci a exprimés par l'intermédiaire de poupées et figurines. Elle aurait fait montre d'une attitude suggestive en se substituant à l'enfant, en la réconfortant, en l'encourageant, en la sollicitant dans son récit et en improvisant la suite de l'histoire, confondant ainsi son rôle d'expert avec celui de thérapeute. Le recourant conteste en outre l'affirmation selon laquelle les déclarations initiales de Y._ avaient été exprimées de manière détaillée tandis que sa rétractation l'avait été de façon répétitive, rigide et sans que l'enfant ne puisse en expliquer les raisons. Enfin, il critique le fait de n'avoir pas été auditionné par l'experte.
1. 1.1 Dans un premier moyen, le recourant invoque la présomption d'innocence en relation avec l'appréciation portée par les autorités cantonales sur l'expertise dont il conteste la valeur probante, faute de répondre aux exigences méthodologiques posées en la matière par la jurisprudence. En effet, l'experte n'aurait pas indiqué la méthode d'analyse appliquée. Elle n'aurait pas examiné les premières déclarations de l'enfant à l'aune du contexte émotionnel dans lequel elles ont été exprimées. Elle se serait essentiellement basée sur son troisième entretien avec l'expertisée, se focalisant ainsi sur la crédibilité des rétractations plutôt que sur celle des déclarations initiales de Y._, partant ainsi de l'hypothèse que les faits à charge s'étaient réellement déroulés. Elle aurait méconnu le fait que ce troisième entretien équivalait à la sixième audition de l'enfant sur les faits, accroissant d'autant le risque de contamination des déclarations. Elle aurait tiré des conclusions à partir d'un dessin de Y._ ainsi que du comportement et des déclarations que celle-ci a exprimés par l'intermédiaire de poupées et figurines. Elle aurait fait montre d'une attitude suggestive en se substituant à l'enfant, en la réconfortant, en l'encourageant, en la sollicitant dans son récit et en improvisant la suite de l'histoire, confondant ainsi son rôle d'expert avec celui de thérapeute. Le recourant conteste en outre l'affirmation selon laquelle les déclarations initiales de Y._ avaient été exprimées de manière détaillée tandis que sa rétractation l'avait été de façon répétitive, rigide et sans que l'enfant ne puisse en expliquer les raisons. Enfin, il critique le fait de n'avoir pas été auditionné par l'experte.
1.2 1.2.1 Dans la mesure où l'appréciation des preuves est ainsi critiquée en référence avec le principe in dubio pro reo, le motif invoqué n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2a p. 41). La notion d'arbitraire a été rappelée dans divers arrêts récents, auxquels on peut se référer. En bref, il ne suffit pas, pour qu'il y ait arbitraire, que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148 et les arrêts cités).
1.2.2 A l'instar des autres moyens de preuve, le juge apprécie librement la force probante de l'expertise. Cette liberté trouve sa limite dans l'interdiction de l'arbitraire. Si le juge n'est en principe pas lié par les conclusions de l'expert, il ne peut s'en écarter, sous peine de violer l'art. 9 Cst., qu'en exposant les motifs déterminants et les circonstances bien établies qui lui commandent d'agir de la sorte. En se fondant sur une expertise non concluante, le juge pourrait violer l'art. 9 Cst. Tel serait le cas si des motifs suffisants ou de sérieux indices lui faisaient douter de l'exactitude d'une expertise (<ref-ruling> consid. 4 p. 57 s.; <ref-ruling> consid. 1c p. 146).
Selon la jurisprudence, le juge est notamment fondé à recourir à l'expertise pour apprécier la capacité de témoigner ou la valeur des déclarations d'un témoin qui présente des particularités dans sa personne ou son développement (<ref-ruling> consid. 2, p. 84). Le Tribunal fédéral a, dans ce même arrêt, rappelé un certain nombre d'exigences méthodologiques auxquelles doit répondre une telle expertise lorsqu'il s'agit d'examiner la crédibilité des déclarations d'un enfant se disant victime d'atteintes à son intégrité sexuelle. Ainsi, pour examiner la validité d'un témoignage, la méthode dite de l'analyse du témoignage s'est imposée. Suivant cette méthode, développée à l'origine par Undeutsch (cf. <ref-ruling> consid. 2, p. 85), on sait que les témoignages relatant des événements factuels réellement vécus sont qualitativement différents de déclarations qui ne sont pas fondées sur l'expérience vécue. Dans un premier temps, on examinera si la personne interrogée, compte tenu des circonstances, de ses capacités intellectuelles et des motifs de dévoilement, était capable de faire une telle déposition même en l'absence d'un vécu réel. Cette procédure complexe est une sorte de mise à l'épreuve d'hypothèses dans le cadre de l'analyse de contenu (critères d'analyse appelés aussi axes d'orientation), de l'évaluation de la genèse de la déclaration et du comportement, complétée par l'analyse des caractéristiques du témoin, de son vécu, de son histoire personnelle notamment ainsi que de divers éléments extérieurs. Lors de l'expertise de la validité d'un témoignage, il faut toujours avoir à l'esprit que la déclaration peut ne pas être fondée sur la réalité. Lorsqu'on arrive à la conclusion que l'hypothèse selon laquelle les allégations sont fausses (hypothèse nulle), ne correspond pas aux faits constatés, on la rejette. On accepte alors l'autre alternative, soit l'hypothèse selon laquelle la déclaration est vraie. Dans ce contexte, on procédera aussi à l'analyse de l'origine et du développement du témoignage (genèse du témoignage). On distinguera strictement la crédibilité de la personne et la validité des déclarations proprement dites, qui constitue en soi l'objet de l'expertise psychologique du témoignage (<ref-ruling> consid. 5 p. 58; <ref-ruling> consid. 2 p. 84 et les références citées).
Selon la jurisprudence, le juge est notamment fondé à recourir à l'expertise pour apprécier la capacité de témoigner ou la valeur des déclarations d'un témoin qui présente des particularités dans sa personne ou son développement (<ref-ruling> consid. 2, p. 84). Le Tribunal fédéral a, dans ce même arrêt, rappelé un certain nombre d'exigences méthodologiques auxquelles doit répondre une telle expertise lorsqu'il s'agit d'examiner la crédibilité des déclarations d'un enfant se disant victime d'atteintes à son intégrité sexuelle. Ainsi, pour examiner la validité d'un témoignage, la méthode dite de l'analyse du témoignage s'est imposée. Suivant cette méthode, développée à l'origine par Undeutsch (cf. <ref-ruling> consid. 2, p. 85), on sait que les témoignages relatant des événements factuels réellement vécus sont qualitativement différents de déclarations qui ne sont pas fondées sur l'expérience vécue. Dans un premier temps, on examinera si la personne interrogée, compte tenu des circonstances, de ses capacités intellectuelles et des motifs de dévoilement, était capable de faire une telle déposition même en l'absence d'un vécu réel. Cette procédure complexe est une sorte de mise à l'épreuve d'hypothèses dans le cadre de l'analyse de contenu (critères d'analyse appelés aussi axes d'orientation), de l'évaluation de la genèse de la déclaration et du comportement, complétée par l'analyse des caractéristiques du témoin, de son vécu, de son histoire personnelle notamment ainsi que de divers éléments extérieurs. Lors de l'expertise de la validité d'un témoignage, il faut toujours avoir à l'esprit que la déclaration peut ne pas être fondée sur la réalité. Lorsqu'on arrive à la conclusion que l'hypothèse selon laquelle les allégations sont fausses (hypothèse nulle), ne correspond pas aux faits constatés, on la rejette. On accepte alors l'autre alternative, soit l'hypothèse selon laquelle la déclaration est vraie. Dans ce contexte, on procédera aussi à l'analyse de l'origine et du développement du témoignage (genèse du témoignage). On distinguera strictement la crédibilité de la personne et la validité des déclarations proprement dites, qui constitue en soi l'objet de l'expertise psychologique du témoignage (<ref-ruling> consid. 5 p. 58; <ref-ruling> consid. 2 p. 84 et les références citées).
1.3 1.3.1 En l'espèce, l'experte a indiqué s'être fondée sur l'"Analyse de la Validité de la Déclaration" préconisée par Hubert Van Gijseghem et caractérisée par l'examen de critères afférents au contenu du témoignage. Elle a précisé ne pas s'être exprimée sur la véracité des déclarations, mais uniquement sur la crédibilité de celles-ci, par souci de ne pas empiéter sur les prérogatives du juge. Ainsi, elle a considéré que les allégations d'abus étaient crédibles à hauteur de plus ou moins 80% eu égard à la cohérence des déclarations et à la concordance de leur contenu avec la déposition initiale de Y._ auprès de la police judiciaire. Elle s'est également référée aux détails - énumérés en nombre suffisant - et aux rectifications apportées spontanément par la victime et qui s'inscrivent logiquement dans le récit. Elle s'est en outre rapportée à certaines indications périphériques relatives au contexte spatio-temporel du témoignage de Y._ lorsque celle-ci s'est souvenue que "Papa X._" était lourd, qu'il portait un pyjama de couleur rouge, qu'il avait heurté le plafond lorsqu'il était monté sur son lit ou encore lorsqu'elle a précisé que "ce qui est sorti du zizi de "Papa X._" était blanc, collant et ne sentait pas bon". Enfin, elle a souligné l'adéquation du récit avec l'état émotionnel d'une enfant prise d'anxiété et confrontée à un important conflit de loyauté issu de tensions familiales. Inversement, l'experte a observé que Y._ s'était rétractée en termes vagues, dépourvus de détails et répétés de manière plaquée, rigide, économe et monotone. Elle s'était montrée incapable de justifier son mensonge et avait exprimé des incohérences. Ainsi formulé, son revirement révélait, par l'expression de phrases vides de contenu et énoncées machinalement, son décalage par rapport à un récit appris par coeur.
1.3.2 L'experte a ainsi analysé et apprécié les déclarations de Y._ pour elles-mêmes et sous l'angle de leur cohérence, de leur adéquation, de leur logique, de leur genèse, du contexte spatio-temporel du récit et en tenant compte de l'âge mental de l'expertisée ainsi que des aspects spécifiques caractérisant sa personnalité. Elle a souligné l'absence d'éléments disparates susceptibles de trahir un récit qui ne serait pas celui de l'expertisée. En réfutant l'hypothèse de la rétractation, elle a gardé à l'esprit que les déclarations initiales de l'expertisée pouvaient ne pas être fondées sur la réalité.
Ce faisant, elle ne s'est montrée ni directive, ni suggestive, y compris au cours de la troisième séance avec Y._. Selon les constatations cantonales, elle a évoqué lors de cet entretien le but de l'expertise, demandant notamment à Y._ pourquoi sa maman l'avait accompagnée chez la police. La fillette avait répondu que "c'était pour parler de Papa X._", tout en ajoutant immédiatement après que "Papa X._ avait été très gentil avec elle" et que "mamie lui avait dit de dire quand même des choses sur papa". Y._ s'était ensuite montrée gênée, esquissant des tentatives d'évitement et manifestant des signes d'excitation ainsi que d'angoisse. Dans le but de l'aider à s'exprimer, l'experte lui avait suggéré de se servir de petits personnages et du mobilier d'une maisonnette en bois, puis de dessiner. Y._ s'était alors représentée elle-même, puis "Papa X._" et le lit du couple, désignant le sexe des deux personnages par des flèches. L'experte l'avait également testée en racontant la suite de l'histoire, mais Y._ l'avait interrompue afin de préciser que certains événements s'étaient déroulés autrement. L'enfant avait ensuite mimé les faits tels qu'elle les avait décrits à la police judiciaire, formulant divers commentaires tels que "il faisait comme ça", "il est venu dessus mais il était trop lourd", "après il s'est enlevé car il n'avait plus envie et s'est habillé et moi je suis retournée au lit".
Cela étant, il n'apparaît pas que l'experte ait influencé le contenu des déclarations de Y._. En indiquant avoir récapitulé le récit de l'enfant compte tenu de ses difficultés à poursuivre celui-ci, avoir improvisé la suite de l'histoire afin d'évaluer la réaction de l'expertisée, l'avoir sollicitée à reprendre le fil de l'histoire jusqu'à son terme en lui promettant qu'ensuite elle n'aurait plus à en reparler, elle s'est limitée à aider Y._ à s'exprimer et extérioriser son récit sans pour autant lui souffler des éléments de faits s'écartant ou dépassant ses déclarations initiales. De même, l'usage du dessin et de figurines ne s'est aucunement substitué à celui de la parole. Si, comme souligné par le recourant, l'on ne saurait tirer aucune conclusion sérieuse du comportement ludique d'un enfant, notamment avec des poupées anatomiques qui n'ont pas été créées dans ce but (<ref-ruling> consid. 3c p. 89), on ne voit toutefois pas quel motif justifierait de renoncer par principe aux moyens d'investigation non verbaux, cela d'autant lorsque, comme en l'espèce, l'expertisée n'a rien révélé de plus par ce biais, qu'elle n'avait déjà déclaré lors d'une précédente audition. Pour cette même raison, il n'est pas décisif que le troisième entretien de Y._ avec l'experte constituât la sixième audition de la victime sur les événements en cause.
1.3.3 Au demeurant, le défaut d'audition du prévenu par l'experte est sans incidence sur l'issue du litige. Un tel interrogatoire n'était pas nécessaire pour établir la crédibilité des déclarations de Y._, étant précisé, à titre superfétatoire, que l'expert n'est pas autorisé à interroger le prévenu (cf. Gérard Piquerez, Traité de procédure pénale suisse, 2e éd., 2006, n. 807 p. 512).
1.3.4 Sur le vu de ce qui précède, les premiers juges et la Cour cantonale ne sont pas tombés dans l'arbitraire en tenant compte de l'expertise de crédibilité qui apparaît complète et conforme aux exigences de la jurisprudence. Il en résulte que le recourant ne parvient pas à démontrer en quoi l'état de fait sur lequel repose sa condamnation procéderait d'une appréciation arbitraire des preuves.
2. 2.1 Le recourant s'en prend enfin à la peine qui lui a été infligée et qu'il juge excessive et insuffisamment motivée. En particulier, il considère que les autorités cantonales n'ont tenu aucun compte de sa situation personnelle, ni de l'effet de la peine sur son avenir, notamment au regard du fait qu'il est père de quatre enfants dont trois d'un premier lit à l'encontre desquels il n'a jamais eu de gestes déplacés. Elles ont en outre omis le fait qu'il a toujours travaillé et que ses employeurs ont tous attesté qu'il était un homme ponctuel, aimable, consciencieux et efficace. Enfin, elles ont faussement retenu à sa charge le fait qu'il aurait contribué à la rétractation de Y._.
2. 2.1 Le recourant s'en prend enfin à la peine qui lui a été infligée et qu'il juge excessive et insuffisamment motivée. En particulier, il considère que les autorités cantonales n'ont tenu aucun compte de sa situation personnelle, ni de l'effet de la peine sur son avenir, notamment au regard du fait qu'il est père de quatre enfants dont trois d'un premier lit à l'encontre desquels il n'a jamais eu de gestes déplacés. Elles ont en outre omis le fait qu'il a toujours travaillé et que ses employeurs ont tous attesté qu'il était un homme ponctuel, aimable, consciencieux et efficace. Enfin, elles ont faussement retenu à sa charge le fait qu'il aurait contribué à la rétractation de Y._.
2.2 2.2.1 Selon l'art. 47 CP, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1), étant précisé que cet aspect de prévention spéciale ne permet que des corrections marginales, la peine devant toujours rester proportionnée à la faute (arrêt 6B_14/2007 du Tribunal fédéral du 17 avril 2007). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (art. 47 al. 2 CP). L'art. 47 CP confère un large pouvoir d'appréciation au juge. Par conséquent, celui-ci ne viole le droit fédéral en fixant la peine que s'il sort du cadre légal, s'il se fonde sur des critères étrangers à l'art. 47 CP, s'il omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 19; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 20 et les références citées).
2.2.2 Aux termes de l'art. 42 CP, le juge suspend en règle générale l'exécution d'une peine pécuniaire, d'un travail d'intérêt général ou d'une peine privative de liberté de six mois au moins et de deux ans au plus lorsqu'une peine ferme ne paraît pas nécessaire pour détour-ner l'auteur d'autres crimes ou délits (al. 1). Sur le plan subjectif, le juge doit poser, pour l'octroi du sursis, un pronostic quant au comportement futur de l'auteur. La question de savoir si le sursis serait de nature à détourner l'accusé de commettre de nouvelles infractions doit être tranchée sur la base d'une appréciation d'ensemble, tenant compte des circonstances de l'infraction, des antécédents de l'auteur, de sa réputation et de sa situation personnelle au moment du jugement, notamment de l'état d'esprit qu'il manifeste. Le pronostic doit être posé sur la base de tous les éléments propres à éclairer l'ensemble du caractère de l'accusé et ses chances d'amendement. Il n'est pas admissible d'accorder un poids particulier à certains critères et d'en négliger d'autres qui sont pertinents. Le juge doit motiver sa décision de manière suffisante (cf. art. 50 CP). Sa motivation doit permettre de vérifier s'il a tenu compte de tous les éléments pertinents et comment ils ont été appréciés (cf. <ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 5; <ref-ruling> consid. 3a p. 192; p. 198 118 IV 97 consid. 2b p. 100). Le nouveau droit pose des exigences moins élevées quant au pronostic pour l'octroi du sursis. Auparavant, il fallait que le pronostic soit favorable. Le sursis est désormais la règle dont on ne peut s'écarter qu'en présence d'un pronostic défavorable. Il prime en cas d'incertitude (cf. <ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 5).
2.2.3 L'art. 50 CP prescrit au juge d'indiquer les circonstances pertinentes pour la fixation de la peine et leur importance. Cette disposition codifie la jurisprudence relative à la motivation de la peine rendue en application de l'art. 63 aCP, d'après laquelle le juge doit exposer quels éléments il a pris en compte pour fixer la peine, de manière à ce que l'on puisse vérifier que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens atténuant ou aggravant. La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté, mais le juge n'est nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite. Plus la peine est élevée, plus la motivation doit être complète. Cela vaut surtout lorsque la peine, dans le cadre légal, apparaît comparativement très élevée (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 20; <ref-ruling> consid. 2c p. 105 et les arrêts cités).
2.2.3 L'art. 50 CP prescrit au juge d'indiquer les circonstances pertinentes pour la fixation de la peine et leur importance. Cette disposition codifie la jurisprudence relative à la motivation de la peine rendue en application de l'art. 63 aCP, d'après laquelle le juge doit exposer quels éléments il a pris en compte pour fixer la peine, de manière à ce que l'on puisse vérifier que tous les aspects pertinents ont été pris en considération et comment ils ont été appréciés, que ce soit dans un sens atténuant ou aggravant. La motivation doit justifier la peine prononcée, en permettant de suivre le raisonnement adopté, mais le juge n'est nullement tenu d'exprimer en chiffres ou en pourcentages l'importance qu'il accorde à chacun des éléments qu'il cite. Plus la peine est élevée, plus la motivation doit être complète. Cela vaut surtout lorsque la peine, dans le cadre légal, apparaît comparativement très élevée (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 20; <ref-ruling> consid. 2c p. 105 et les arrêts cités).
2.3 2.3.1 En l'espèce, la Cour correctionnelle, suivie en cela par la Cour de cassation, a condamné le recourant à une peine privative de liberté de deux années avec sursis pendant cinq ans. Elle a retenu à l'encontre de celui-ci, une culpabilité importante pour avoir porté atteinte, à deux reprises au moins, à l'intégrité sexuelle d'une fillette de sept ans qui le considérait comme son père. Elle a considéré que les actes commis étaient abjects, tout d'abord parce qu'ils avaient été imposés à une enfant qui n'avait aucune chance de se défendre, ensuite parce qu'ils l'avaient confrontée à des comportements qui lui étaient totalement étrangers, qui s'étaient probablement gravés dans son subconscient comme quelque chose de désagréable, dégoûtant et douloureux, avec les conséquences traumatisantes que cela risquait d'engendrer, en particulier à l'adolescence, lorsque l'enfant réaliserait véritablement ce qui lui était arrivé. Le condamné n'avait tenu aucun compte des conséquences de ses actes, trahissant la confiance de Y._ qu'il avait de surcroît plongée dans un conflit d'intérêt et de loyauté particulièrement angoissant et dommageable. Il avait contribué, de manière consciente ou inconsciente, à la rétractation par celle-ci de ses premières déclarations. Les mobiles du recourant relevaient de pulsions égoïstes et malsaines tendant à satisfaire ses envies sexuelles. Il avait eu l'entière liberté d'agir ou de ne pas agir, sa responsabilité pénale étant entière à dire d'experts. Sa situation personnelle ne présentait aucune particularité et n'excusait aucunement ses agissements, bien au contraire, l'accusé étant père de plusieurs enfants et ayant eu la possibilité de vivre une sexualité normale avec des femmes adultes. L'absence d'inscription au casier judiciaire avait été retenue à décharge.
Selon les autorités cantonales, les actes commis auraient justifié une peine plus sévère que celle finalement retenue. Pour ne pas aggraver le traumatisme déjà subi par la fillette qui se sentirait immanquablement responsable d'une incarcération de son beau-père, respectivement du père de sa demi-soeur, et afin de tenir compte de la situation familiale dans son ensemble - la mère étant de surcroît enceinte d'un quatrième enfant dont le père serait l'accusé - , elles ont toutefois décidé de prononcer une peine compatible avec l'octroi du sursis complet et de l'assortir d'un délai d'épreuve de cinq ans, dans le but de mettre Y._ à l'abri de nouveaux abus.
2.3.2
2.3.2.1 En retenant que le recourant avait contribué, de manière consciente ou inconsciente, à la rétractation par l'enfant de ses premières déclarations, les instances cantonales se sont fondées sur un élément de fait qu'elles n'ont pas proprement établi (cf. art. 105 LTF). Celui-ci ne saurait donc être pris en considération dans la fixation de la peine sans violation du droit fédéral.
2.3.2.2 Par ailleurs, les autorités cantonales n'ont pas posé de pronostic quant au comportement futur de l'auteur. A la lecture du jugement attaqué, il n'apparaît pas si celles-ci ont procédé à une appréciation des circonstances de l'infraction, des antécédents, de la réputation, de la situation personnelle et de l'état d'esprit du recourant au moment du jugement, soit des éléments propres à éclairer l'ensemble de son caractère et de ses chances d'amendement. Elles ne se déterminent pas sur la question de savoir si le sursis serait de nature à détourner le condamné de commettre de nouvelles infractions. Au contraire, en lui impartissant un délai d'épreuve particulièrement long dans le but d'écarter Y._ de nouveaux abus, elles semblent avoir posé un pronostic défavorable et donc incompatible avec l'octroi du sursis. Cela étant, la motivation du jugement attaqué est contradictoire et incomplète puisqu'elle ne permet pas de vérifier si les autorités cantonales ont tenu compte de tous les éléments pertinents présidant à l'octroi du sursis, ni d'évaluer comment elles les ont appréciés. En outre, il leur appartenait de justifier par une motivation détaillée leur décision d'impartir au recourant un délai d'épreuve d'une durée de cinq ans équivalente au maximum prévu par la loi. A défaut, il convient de renvoyer la cause à l'instance précédente afin qu'elle remédie à ces irrégularités.
2.4 Dans la mesure de ce qui précède, le recours se révèle bien fondé.
3. Le recourant n'obtient ainsi que partiellement gain de cause. Il succombe pour le surplus. Il supporte une partie des frais de la procédure (art. 66 al. 1 LTF) mais peut prétendre à des dépens réduits (art. 68 al. 2 LTF). En revanche, il ne sera pas alloué d'indemnité à l'intimée.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis. Il est rejeté pour le surplus dans la mesure où il est recevable.
2. La cause est renvoyée à la Cour cantonale afin qu'elle fixe à nouveau la peine en tenant compte des considérants qui précèdent.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1000 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le canton de Genève versera au recourant la somme de 1500 francs à titre de dépens pour la procédure fédérale.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 8 juin 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Gehring