Wohnbauförderungsverordnung vom 9. Dezember 1998, hat sich ergeben:
A.- Der Regierungsrat des Kantons Zürich erliess am 9. Dezember 1998, gestützt auf § 13 des zürcherischen Gesetzes vom 24. September 1989 über die Förderung des Wohnungsbaus und des Wohneigentums (im Folgenden: Wohnbauförderungsgesetz oder Gesetz), eine Wohnbauförderungsverordnung. Diese hob die Wohnbauförderungsverordnung vom 14. November 1990 auf und trat am 1. Januar 1999 in Kraft. Sie wurde im Kantonalen Amtsblatt vom 9. bzw. 15. Januar 1999 publiziert.
In § 37 der Verordnung werden die Einkommens- und Vermögensgrenzen festgelegt, welche zur Miete einer vom Staat unterstützten Wohnung berechtigen. Dabei werden gegenüber der alten Verordnung die Einkommensgrenzen gesenkt. Zudem entfällt die bisher bestehende Möglichkeit, nach drei Jahren die Einkommensgrenzen um 20 % zu überschreiten. Schliesslich ist eine verschärfte Anrechnung des Vermögens vorgesehen.
Unter der Abschnittsüberschrift "Sanktionen bei Zweckentfremdung von Mietwohnungen" enthält die Verordnung sodann die §§ 55 und 56, welche wie folgt lauten:
"§ 55 Kündigung
Eine entgegen den Subventionsvorschriften belegte Wohnung ist unter Vorbehalt von § 56 auf den nächsten Termin zu kündigen. Andernfalls sind die staatlichen Leistungen zurückzuerstatten.
Während einer Erstreckung des Mietverhältnisses nach <ref-law> sind die von den Subventionsbehörden festgelegten Mietzinszuschläge zu bezahlen.
§ 56 Mietzinszuschläge
Der Staat kann bei nicht wesentlichen, insbesondere bei vorübergehenden Zweckentfremdungen Mietzinszuschläge erheben.
Die Mietzinszuschläge werden durch Verzinsung der noch ausstehenden staatlichen Leistungen ermittelt. Der durchschnittliche Zinsfuss entspricht mindestens demjenigen der Zürcher Kantonalbank für nachrangige Neuhypotheken auf Wohnbauten. Der Mietzinszuschlag beträgt mindestens Fr. 50 im Monat.
Die Gemeinde kann weitergehende Mietzinszuschläge erheben.
Das Amt für Wirtschaft und Arbeit kann in begründeten Fällen auf die Erhebung von Mietzinszuschlägen verzichten.
Die Subventionsempfängerinnen und -empfänger haben die Mietzinszuschläge mit dem Amt und der Gemeinde abzurechnen. Die Abrechnung hat Angaben über die persönlichen und finanziellen Verhältnisse der Bewohnerinnen und Bewohner zu enthalten.
Die Gemeinde kann im Einvernehmen mit dem Amt die Mietzinszuschläge für den Staat erheben und diese anschliessend mit dem Amt abrechnen. "
Unter den Schlussbestimmungen enthält die Verordnung in den §§ 91 Abs. 2 und 3 sowie § 92 die folgenden
Regelungen:
"§ 91 Aufhebung bisherigen Rechts
...
Auf bestehende öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen bleibt das bisherige Recht anwendbar; davon ausgenommen sind die Anforderungen an die Mieterinnen und Mieter sowie Wohnungseigentümerinnen und -eigentümer, die Vermietungsvorschriften und die Bestimmungen über die Zweckerhaltung der Wohnungen, für welche das neue Recht massgebend ist.
Auf Miet- und Wohneigentumsverhältnisse, die vor dem 1. Januar 1999 begründet worden sind, werden bis zum 31. Dezember 2001 die Bestimmungen über die Anforderungen an Mieterinnen und Mieter sowie Wohnungseigentümerinnen und -eigentümer des bisherigen Rechts angewendet, sofern aufgrund des neuen Rechts die Subventionsanforderungen nicht mehr erfüllt sind.
...
§ 92 Gemeinderecht
Die Verordnung wird auf Gemeindeleistungen angewendet, soweit die Gemeinde keine eigenen Ausführungsvorschriften erlassen hat.
Kommunale Bedingungen oder Beschränkungen, welche von den Bestimmungen dieser Verordnung abweichen, dürfen den im Gesetz enthaltenen Grundsätzen nicht zuwiderlaufen.
Für die Anmerkung von kommunalen Eigentumsbeschränkungen, die nicht in § 63 aufgeführt sind, ist vorgängig durch Vermittlung des Regierungsrates die Genehmigung des Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartements einzuholen.
Wohnbauförderungsrecht der Gemeinden, welches dem neuen Recht widerspricht, ist innert zwei Jahren anzupassen. Ausführungsbestimmungen der Gemeinden sind dem Regierungsrat zur Genehmigung einzureichen. "
B.- A._, B._, C._, D._ sowie der Mieterinnen- und Mieterverband Zürich erhoben am 15. Februar 1999 staatsrechtliche Beschwerde beim Bundesgericht mit dem Antrag, die §§ 37, 55, 56, 91 Abs. 2 und 3 sowie § 92 der Wohnbauförderungsverordnung vom 9. Dezember 1998 aufzuheben. Zudem beantragen sie Erteilung der aufschiebenden Wirkung. Sie rügen eine Verletzung der Gewaltentrennung, der derogatorischen Kraft des Bundesrechts sowie des Willkürverbots, von Treu und Glauben und des Rückwirkungsverbots.
C.- Die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Zürich beantragt namens des Regierungsrates, die Beschwerde abzuweisen.
D.- Mit Verfügung des Präsidenten der II. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 3. März 1999 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
E.- In dem vom Bundesgericht nach Art. 93 OG angeordneten zweiten Schriftenwechsel halten die Parteien an ihren
Anträgen fest.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Da der Kanton Zürich kein Verfahren der abstrakten Normenkontrolle kennt, ist die staatsrechtliche Beschwerde unmittelbar gegen die Verordnung zulässig (Art. 84, Art. 86 Abs. 1 und Art. 87 OG).
b) Zur staatsrechtlichen Beschwerde gegen einen Erlass ist legitimiert, wer durch den angefochtenen Erlass unmittelbar oder virtuell (das heisst mit einer minimalen Wahrscheinlichkeit früher oder später einmal) in seinen rechtlich geschützten Interessen betroffen ist (Art. 88 OG; <ref-ruling> E. 1b S. 174; <ref-ruling> E. 1c S. 161 f.; <ref-ruling> E. I.2 S. 224 f.). Die Beschwerdeführerinnen 1-4 sind nach ihrer unbestrittenen Darstellung Mieterinnen von kantonal und städtisch subventionierten Wohnungen, als solche von der angefochtenen Verordnung betroffen und zur staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert. Ein Verband ist legitimiert, mit staatsrechtlicher Beschwerde die Interessen seiner Mitglieder zu wahren, wenn er als juristische Person konstituiert ist, nach seinen Statuten die durch die angerufenen verfassungsmässigen Rechte geschützten Interessen seiner Mitglieder zu wahren hat und die Mehrzahl oder doch eine Grosszahl seiner Mitglieder vom angefochtenen Erlass direkt oder virtuell betroffen sind (BGE <ref-ruling> E. I.2 S. 225; <ref-ruling> E. 1b S. 73; je mit Hinweisen). Das trifft auf den Beschwerdeführer 5 zu. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
c) Die Beschwerdeführer beantragen unter anderem die Aufhebung von §§ 55 und 56 der Wohnbauförderungsverordnung. Diese entsprechen weitgehend den §§ 53 und 54 der bisherigen Verordnung. Im Rahmen der abstrakten Normenkontrolle können indessen dann Bestimmungen angefochten werden, die ohne Änderung aus dem alten Erlass übernommen wurden - allenfalls sogar, wenn bereits die alte Fassung Gegenstand eines bundesgerichtlichen Normenkontrollverfahrens bildete -, wenn ihnen im Rahmen des geänderten Erlasses eine veränderte Bedeutung zukommt und den Beschwerdeführern dadurch Nachteile entstehen (Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2. Aufl. , Bern 1994, S. 349 f., mit Hinweisen). Im vorliegenden Fall werden die Sanktionsbestimmungen durch die in § 37 neu festgelegten Einkommens- und Vermögensgrenzen für einen grösseren Teil von Betroffenen erst aktuell. Hinzu kommt, dass der revidierte § 55 in Abs. 2 eine neue Bestimmung über die Pflicht zur Zahlung von Mietzinszuschlägen während einer allfälligen Mieterstreckung enthält, die es in der alten Verordnung noch nicht gab. Es ist daher auch insoweit einzutreten.
2.- a) Die Beschwerdeführer machen geltend, die in §§ 55 und 56 der Verordnung vorgesehenen Sanktionen bei Zweckentfremdung verstiessen gegen die Gewaltentrennung, weil sie sich auf eine unzureichende Delegationsnorm stützten. Sie verletzten zudem die derogatorische Kraft des Bundesrechts, indem mit der in § 55 der Verordnung enthaltenen Pflicht, die Miete zu kündigen, in die bundesrechtlich abschliessend geregelten Kündigungsvorschriften (<ref-law>) eingegriffen werde. Der bundesrechtliche Kündigungsschutz werde auch durch die prohibitiven Mietzinszuschläge vereitelt. Der in § 56 vorgesehene Mietzinszuschlag sei sodann eine Abgabe mit Lenkungscharakter, möglicherweise eine Art Strafsteuer, und bedürfe einer formellgesetzlichen Grundlage, welche nicht bestehe.
b) Nach § 1 des Gesetzes fördert der Staat, soweit ein Mangel besteht, den Bau, die Sanierung und den Erwerb von preisgünstigen Wohnungen für Personen mit höchstens mittlerem Einkommen und Vermögen. Abgesehen von der hier nicht zur Diskussion stehenden Förderung des Wohneigentums erfolgt diese Förderung gemäss § 3 des Gesetzes durch Gewährung von Darlehen für den Bau und die Sanierung von Mietwohnungen. Nach § 8 des Gesetzes muss der Empfänger von Darlehen öffentlich-rechtliche Eigentumsbeschränkungen im Grundbuch anmerken lassen; diese haben die Benützung der Gebäude zu Wohnzwecken zu einem niedrigen Mietzins durch Bewohner, welche die Voraussetzungen nach §§ 1 und 2 erfüllen, sicherzustellen. Die §§ 9 und 13 des Gesetzes lauten sodann wie folgt:
"§ 9 Rückforderung
Darlehen und Beiträge werden mit Zins zurückgefordert, wenn sie zu Unrecht ausbezahlt oder erwirkt worden sind sowie wenn die Wohnung zweckentfremdet worden ist.
§ 13 Ausführungsbestimmungen
Der Regierungsrat legt durch Verordnung insbesondere die Bedingungen für die Gewährung und den Umfang der Darlehen und Beiträge sowie den Inhalt der Eigentumsbeschränkungen fest. Er erlässt Vorschriften über die Anrechenbarkeit von Investitionskosten und über die Voraussetzungen, welche die Mieter sowie Haus- und Wohnungseigentümer in personeller und finanzieller Hinsicht zu erfüllen haben. Er setzt die Bedingungen für die Rückzahlung und die Voraussetzungen für die Rückforderung von Darlehen und Beiträgen fest. "
In § 9 des Gesetzes ist somit die Rückforderung bei Zweckentfremdung ausdrücklich vorgesehen. In § 13 wird der Regierungsrat ermächtigt, die Voraussetzungen dafür festzulegen. In § 55 der Verordnung hat der Regierungsrat von dieser Ermächtigung Gebrauch gemacht. Er hat dabei die gesetzliche Regelung differenziert: Während das Gesetz bei Zweckentfremdung die Rückforderung der Staatsleistungen vorsieht, gibt die Verordnung dem Vermieter auch die Möglichkeit, die Wohnung zu kündigen, anstatt die Leistungen zurückzuerstatten. Bei nicht wesentlichen Zweckentfremdungen kann zudem anstelle dieser beiden Möglichkeiten ein Mietzinszuschlag entrichtet werden.
c) Der Regierungsrat hat mit dieser Regelung den Rahmen der ihm delegierten Kompetenz nicht überschritten: Der Sinn von § 8 und § 9 des Gesetzes liegt darin, dass nicht Staatsgelder zur Verbilligung von Wohnungen eingesetzt werden, wenn deren Bewohner die Voraussetzungen nicht erfüllen. Dieses Ziel kann dadurch erreicht werden, dass das Geld bei Zweckentfremdung der Wohnung zurückbezahlt wird. Es wird aber ebenso erreicht, wenn der Vermieter stattdessen den bisherigen Mietern kündigt und die Wohnung an Personen vermietet, welche die Voraussetzungen erfüllen. In diesem Falle liegt keine Zweckentfremdung mehr vor und der Grund für eine Rückforderung entfällt. § 8 des Gesetzes sieht ausdrücklich öffentlichrechtliche Eigentumsbeschränkungen vor, um die Zweckerhaltung sicherzustellen, und § 13 ermächtigt den Regierungsrat, den Inhalt dieser Eigentumsbeschränkungen festzulegen. Die Pflicht des Vermieters, die Wohnung zu kündigen, wenn sie zweckentfremdet wurde, stellt eine solche Eigentumsbeschränkung dar, welche die Zweckerhaltung sicherstellt. Dasselbe gilt, wie noch auszuführen sein wird (E. 2e), für den Mietzinszuschlag. Beides ist vom Gesetz abgedeckt und entspricht überdies der im Recht des sozialen Wohnungsbaus allgemein üblichen Regelung (Charles-André Junod, Les incidences du droit administratif du logement social sur le droit privé du bail à loyer, ZSR 108/1989 I S. 403 ff., insbes. S. 427 ff.; Barbara Truog, Die Auswirkungen verwaltungsrechtlicher Normen zum sozialen Wohnungsbau auf die Miete, mietrechtspraxis 3/1992 S. 103 ff., insbes. S. 108).
d) Es trifft zu, dass sich die Sanktion damit im Ergebnis auch auf den bisherigen Mieter, der die Voraussetzungen nicht (mehr) erfüllt, auswirkt. Das ist jedoch entgegen der Annahme der Beschwerdeführer keine Verletzung der derogatorischen Kraft des Bundesrechts. Zwar darf das öffentliche Recht der Kantone nicht in das direkte Verhältnis zwischen Mieter und Vermieter eingreifen, da dieses abschliessend durch das Bundeszivilrecht geregelt wird; insbesondere dürfen die Kantone nicht die Kündigung des Mietverhältnisses regeln (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2c S. 354; <ref-ruling> E. 2b S. 331; <ref-ruling> E. 4b/aa S. 408; <ref-ruling> E. 9d S. 143 f.). Die angefochtenen Bestimmungen greifen aber - wie im Folgenden darzulegen ist - nicht direkt in das Verhältnis zwischen Mietern und Vermietern ein.
aa) Die Wohnbauförderung kennzeichnet sich durch ein Dreiecksverhältnis zwischen Kanton, Wohnungseigentümer und Mieter. Der Staat gibt Leistungen an den Eigentümer, welcher rechtlich Subventionsempfänger ist (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 47). Die Subvention zielt aber auf die Begünstigung bestimmter Mieterkategorien ab. Das Verhältnis zwischen Wohnungseigentümer und Mieter wird (abgesehen von der Anfechtung missbräuchlicher Mietzinse, vgl. <ref-law>) durch Bundeszivilrecht geregelt. Demgegenüber ist das Verhältnis zwischen dem Staat und dem Subventionsempfänger durch kantonales öffentliches Recht geregelt. Dieses legt die Voraussetzungen fest, unter denen die Subventionsempfänger (Wohnungseigentümer) Leistungen erhalten. Da die Subvention nur bestimmten Kategorien von Mietern zugute kommen soll, muss das öffentliche Recht bei der Festlegung dieser Voraussetzungen auf die persönlichen und finanziellen Verhältnisse der Mieter abstellen. Wird die Wohnung von Personen bewohnt, bei welchen diese Verhältnisse nicht vorliegen, sind die öffentlichrechtlichen Subventionsvoraussetzungen nicht (mehr) gegeben. Der Subventionsempfänger (Wohnungseigentümer) muss daher - sofern er nicht die staatliche Leistung zurückerstatten will - diese Voraussetzungen wieder herstellen, indem er den bisherigen Mietern kündigt und die Wohnung an Personen vermietet, welche die öffentlichrechtlich geregelten Voraussetzungen erfüllen. Das ist kein Eingriff in das direkte Verhältnis zwischen Mieter und Vermieter. Es ergibt sich vielmehr zwangsläufig aus dem ganzen System der staatlichen Wohnbauförderung und dient dem Zweck, die Wohnung für diejenigen Personenkreise zur Verfügung zu halten, für welche die Subventionen in erster Linie gedacht sind (Junod, a.a.O., S. 428; Truog, a.a.O., S. 108). Die allfällige Kündigung ist darauf zurückzuführen, dass die bisherigen Mieter die Voraussetzungen nicht mehr erfüllen, um in einer subventionierten Wohnung wohnen zu können, und damit nicht (mehr) zum von der öffentlichrechtlich geregelten Subvention begünstigten Personenkreis gehören.
bb) Entschliesst sich der Wohnungseigentümer, die staatliche Leistung zurückzubezahlen, so verliert die Wohnung ihren Status als öffentlich geförderte Wohneinheit und unterliegt ausschliesslich dem Privatrecht. Damit richtet sich auch die Anfechtung des Mietzinses wieder nach den Vorschriften des Obligationenrechts (vgl. <ref-ruling>). Entschliesst er sich zu kündigen, so richtet sich die Kündigung nach Bundeszivilrecht. Die angefochtene Verordnung beansprucht nicht, die privatrechtlichen Kündigungsvorschriften und insbesondere die Bestimmungen über die Erstreckung ausser Kraft zu setzen oder abzuändern. Im Gegenteil behält § 55 Abs. 2 der Verordnung die Möglichkeit der Erstreckung des Mietverhältnisses gemäss <ref-law> ausdrücklich vor und regelt, was während der entsprechenden Dauer zu gelten hat.
cc) Dass gemäss § 55 Abs. 2 der Verordnung während der allfälligen Erstreckung Mietzinszuschläge zu bezahlen sind, stellt keine Verletzung von Bundeszivilrecht dar. Die Mietzinszuschläge sind öffentlichrechtlich geregelt und unabhängig vom Privatrecht (Urteil des Bundesgerichts vom 15. Dezember 1994 i.S. M., publiziert in SJ 1995 409, E. 7c). Sie verhindern nicht die Erstreckung, sondern haben nur eine Erhöhung des Mietzinses während der Erstreckungsdauer zur Folge. Bei öffentlich geförderten Wohnungen richtet sich die Festsetzung bzw. Anfechtung des Mietzinses nicht nach Bundeszivilrecht, sondern nach dem einschlägigen öffentlichen Recht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4a und 4b/dd S. 465 ff.; Peter Higi, Zürcher Kommentar, N 84 zu Art. 253a-253b OR; Felix Schöbi, Verfahrensrechtliche Fragen rund um den Schutz des Mieters bei subventionierten Wohnungen, mietrechtspraxis 2/1997 S. 75 ff., insbes. S. 79 f.). Es verstösst daher nicht gegen Bundeszivilrecht, wenn während der Erstreckungsdauer ein öffentlichrechtlich festgelegter Mietzins erhöht wird (vgl. Junod, a.a.O., S. 428 f.). Im Übrigen schliessen auch die bundeszivilrechtlichen Bestimmungen nicht aus, dass während der Erstreckung der Mietzins erhöht wird, sei es im Erstreckungsentscheid selber, sei es in Form einer späteren Erhöhung im Rahmen der gesetzlichen Anpassungsmöglichkeiten (<ref-law>; Botschaft des Bundesrates vom 27. März 1985 zur Revision des Miet- und Pachtrechts, in BBl 1985 I 1389 ff., insbes. S. 1463; Schweizerisches Mietrecht, Kommentar, hrsg. vom Schweizerischen Verband der Immobilien-Treuhänder SVIT, Zürich 1991, N 9 zu Art. 272c; Higi, a.a.O., N 25 ff. zu <ref-law>; Peter Zihlmann, Basler Kommentar, N 2 und 4 zu <ref-law>). Es gäbe somit auch dann, wenn Bundesprivatrecht anwendbar wäre, keinen Anspruch darauf, dass der Mietzins während der Erstreckungsdauer nicht erhöht würde.
dd) Darin, dass durch die Mietzinszuschläge allenfalls ein indirekter, finanzieller Zwang auf die Mieter ausgeübt wird, die Wohnung selber zu kündigen, liegt keine Verletzung des bundesrechtlichen Kündigungsschutzes und keine Vereitelung von Sinn und Geist des Bundeszivilrechts (zit. Urteil vom 15. Dezember 1994, publiziert in SJ 1995 409, E. 7c). Der Grund für diese finanzielle Mehrbelastung liegt darin, dass der Mieter aufgrund der geänderten Subventionsvoraussetzungen nicht mehr Begünstigter der Wohnbausubvention ist. Das Bundeszivilrecht gibt indessen keinen Anspruch auf Beibehaltung einer öffentlichrechtlichen Subvention; es kann durch Kürzung oder Aufhebung solcher Subventionen nicht verletzt oder vereitelt werden.
e) In zwei Urteilen vom 30. April 1993 (in RDAF 1993 346, E. 2d) und vom 15. Dezember 1994 (in SJ 1995 409, E. 4b) hat das Bundesgericht entschieden, die "surtaxe", welche nach genferischem Recht von den nicht subventionsberechtigten Bewohnern von Sozialwohnungen erhoben wird, sei eine Kausalabgabe und bedürfe einer hinreichend bestimmten formellgesetzlichen Grundlage. Entscheidend dafür war, dass sich die genferische Abgabe nicht nach den Ausgaben des Staates für den sozialen Wohnungsbau, sondern nach dem wirtschaftlichen Nutzen des Mieters richtete. Die vorliegend zur Diskussion stehenden zürcherischen Mietzinszuschläge unterscheiden sich wesentlich von der Genfer Lösung. Der Zuschlag bemisst sich gemäss § 56 Abs. 2 der Wohnbauförderungsverordnung nach der Verzinsung der noch ausstehenden staatlichen Leistung. Er verzinst damit die Leistungen, die der Staat bezahlt hat und die er infolge der Zweckentfremdung der Wohnung nach § 9 des Gesetzes zurückfordern könnte. Wenn der Staat die ganze Leistung zurückverlangen darf, dann kann er e maiore minus stattdessen vorläufig auf die Rückerstattung verzichten und dafür eine Verzinsung des Betrags verlangen, auf den er Anspruch hätte. Der Mietzinszuschlag ist daher keine Abgabe, sondern eine Art Rückerstattung der staatlichen Leistung. Zudem ist eine Verzinsung des Rückforderungsbetrags in § 9 des Gesetzes ausdrücklich vorgesehen. Dass sie nach einem durchschnittlichen Zinsfuss erfolgt, ist nicht zu beanstanden.
f) Das Gesetz legt nicht ausdrücklich fest, wer den Mietzinszuschlag zu bezahlen hat. Da Subventionsempfänger nicht der Mieter, sondern der Wohnungseigentümer ist, kann rechtlich auch nur dieser der Rückerstattungspflicht nach § 9 des Gesetzes unterliegen. Dem trägt die Verordnung Rechnung, indem sie in § 56 Abs. 5 die Subventionsempfänger verpflichtet, die Mietzinszuschläge abzurechnen. Die Verordnung steht insoweit im Einklang mit dem Gesetz. Allerdings geht sie offensichtlich davon aus, dass der Vermieter die Mietzinszuschläge auf die Mieter überwälzt. Das rechtfertigt sich im Ergebnis deshalb, weil der Mieter wirtschaftlich durch die Subvention begünstigt wird und deshalb auch die Verzinsung der staatlichen Leistungen tragen soll, auf die er an sich keinen Anspruch mehr hätte, weil er die Voraussetzungen nicht (mehr) erfüllt, um in einer staatlich verbilligten Wohnung zu wohnen. Rechtlich lässt sich die Überwälzung darauf abstützen, dass der Kanton die Mietzinse der staatlich geförderten Wohnungen festsetzt (<ref-law>; vorne E. 2d/cc; §§ 41 ff. der Wohnbauförderungsverordnung); damit kann er auch eine Überwälzung der Kosten auf die Mieter zulassen, soweit die Kosten dem Vermieter daraus entstehen, dass seine Mieter die Voraussetzungen der Subvention nicht mehr erfüllen.
g) Freilich sind nach dem Wortlaut der Verordnung die Mietzinszuschläge nach oben nicht begrenzt. Gemäss § 56 Abs. 2 entspricht der massgebliche Zinsfuss "mindestens" demjenigen der Zürcher Kantonalbank für nachrangige Neuhypotheken auf Wohnbauten und beträgt der Mietzinszuschlag mindestens Fr. 50.-- pro Monat. Wie dargelegt (E. 2e und f), ist der Mietzinszuschlag insoweit zulässig, als er der Verzinsung der tatsächlich noch ausstehenden staatlichen Leistungen entspricht. Soweit er darüber hinausgeht, hat er den Charakter einer staatlichen Abgabe und bedarf er einer formellgesetzlichen Grundlage (<ref-ruling> E. 4a S. 193 und E. 4d S. 195; RDAF 1993 346, E. 3; SJ 1995 409, E. 5a). Dass eine solche bestünde, wird vom Kanton nicht geltend gemacht und ist auch sonst nicht ersichtlich. Soweit die erhobenen Mietzinszuschläge höher sind als die Verzinsung der ausstehenden Leistungen, sind sie deshalb unzulässig.
Das führt jedoch nicht zwingend zu einer Aufhebung des gesamten Abs. 2 von § 56 der Wohnbauförderungsverordnung: Die Bestimmung, wonach der Zinsfuss "mindestens" dem Zinsfuss für Neuhypotheken entspricht, kann verfassungskonform so ausgelegt und angewendet werden, dass genau der effektive Zins erhoben wird. Anders verhält es sich hingegen mit dem Mindestzuschlag von Fr. 50.-- pro Monat. Nach den Ausführungen der Volkswirtschaftsdirektion soll dieser Mindestsatz vor allem bei sehr alten und sehr günstigen Mietwohnungen Anwendung finden, da in diesen Fällen die noch bestehende staatliche Subvention in der Regel klein sei. Im Hinblick auf den administrativen Aufwand sei davon auszugehen, dass die Mietzinszuschläge nicht kostendeckend seien. Wenn die noch bestehende staatliche Subvention sehr klein ist, kann nach § 9 des Gesetzes auch nur dieser sehr kleine Betrag zurückgefordert und demnach auch nur die Verzinsung dieses Betrags gefordert werden. Soweit der Mindestzuschlag als Verwaltungsgebühr gedacht ist, bedürfte er zumindest dem Grundsatz nach einer formellgesetzlichen Grundlage, da er mit einer Höhe von immerhin Fr. 600. -- pro Jahr nicht mehr als Kanzleigebühr betrachtet werden kann, die ohne gesetzliche Grundlage erhoben werden dürfte (<ref-ruling> E. 9a und b S. 179 f., mit Hinweisen). Der Mindestzuschlag erweist sich daher als verfassungswidrig. Dass das Amt gemäss § 56 Abs. 4 der Wohnbauförderungsverordnung in begründeten Fällen auf die Erhebung von Mietzinszuschlägen verzichten kann, vermag eine verfassungskonforme Handhabung nicht sicherzustellen, ist doch diese Bestimmung auf besondere Sonderfälle zugeschnitten, während der Mindestmietzinszuschlag gerade deshalb zur Anwendung gelangen soll, weil der administrative Aufwand für eine Einzelfallprüfung zu gross wäre.
3.- Die Beschwerdeführer rügen das Fehlen einer gesetzlichen Grundlage für die Kompetenzdelegation in § 56 Abs. 3 der Wohnbauförderungsverordnung an die Gemeinden, weitergehende Mietzinszuschläge zu erheben.
a) § 7 des Gesetzes sieht ausdrücklich vor, dass die staatlichen Subventionen nur erbracht werden, wenn die Gemeinden eine gleichwertige Leistung erbringen. Das Gesetz setzt somit voraus, dass es auch kommunale Wohnbauförderungen gibt. Wenn eine Gemeinde Subventionen erbringt, kann sie kraft eigenen Rechts auch Massnahmen zur Zweckerhaltung treffen bzw. Rückforderungen bei Zweckentfremdung anordnen. Es fragt sich deshalb, ob § 56 Abs. 3 der Wohnbauförderungsverordnung wirklich eine Kompetenzdelegation darstellt oder nicht viel eher etwas Selbstverständliches besagt, das auch ohne jede Grundlage im kantonalen Recht gelten würde. Zudem ist auf die kommunalen Leistungen nach § 10 des Gesetzes auch dessen § 8 sinngemäss anwendbar, welcher die Eigentumsbeschränkungen enthält. Zu diesen Eigentumsbeschränkungen gehört, wie dargelegt, auch die Pflicht, die Wohnung zu kündigen, wenn die Mieter die Voraussetzungen für die Förderungsberechtigung nicht mehr erfüllen. Der Mietzinszuschlag ist als weniger weit gehende Massnahme damit abgedeckt. Dass § 10 des Gesetzes nicht ausdrücklich auch auf § 9 verweist, ändert daran nichts, zumal die Rückforderung von Subventionen, deren Rechtfertigung dahingefallen ist, einem allgemeinen verwaltungsrechtlichen Grundsatz entspricht (Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des Allgemeinen Verwaltungsrechts, 3. Aufl. , Zürich 1998, S. 158; René A. Rhinow/Beat Krähenmann, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, Basel/Frankfurt a.M. 1990, Nr. 156 B.II. S. 502). Es ist daher nicht zu beanstanden, wenn § 56 Abs. 3 der Wohnbauförderungsverordnung die Gemeinde ermächtigt, weitergehende Mietzinszuschläge zu erheben.
b) Die Beschwerdeführer machen insbesondere geltend, dass die kommunalen Vorschriften, namentlich diejenigen der Stadt Zürich, gegenüber der kantonalen Regelung verschärft seien. Die stadtzürcherische Regelung bildet indessen nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens. Selbstverständlich müssen sich auch die kommunalen Mietzinszuschläge an die verfassungsmässigen Schranken halten und dürfen nicht dem kantonalen Gesetz widersprechen, was übrigens in § 92 Abs. 2 der Wohnbauförderungsverordnung ausdrücklich festgehalten wird. § 56 Abs. 3 der Verordnung ermächtigt die Gemeinden nicht, verfassungs- oder gesetzwidrige Mietzinszuschläge zu erheben. Soweit die kommunalen Zuschläge den Charakter von Lenkungsabgaben oder Strafsteuern haben, unterliegen sie, wie dargelegt, dem Erfordernis einer formellgesetzlichen Grundlage, die sich indessen auch im kommunalen Recht finden kann (vgl. <ref-ruling> E. 6b S. 289). Ob die stadtzürcherische Regelung in jeder Beziehung gesetzes- und verfassungskonform ist, steht im vorliegenden Verfahren nicht zur Diskussion. § 56 Abs. 3 der Wohnbauförderungsverordnung wird jedenfalls nicht schon dadurch verfassungswidrig, dass eine Gemeinde von dieser Kompetenz allenfalls in unzulässiger Weise Gebrauch machen könnte. 4.- Die Beschwerdeführer rügen, die in § 37 der Wohnbauförderungsverordnung enthaltenen neuen Einkommens- und Vermögensgrenzen, die nach § 91 Abs. 2 und 3 der Verordnung mit einer Übergangsfrist von drei Jahren auch für bestehende Mietverhältnisse gelten, verstiessen gegen das Rückwirkungsverbot, verletzten wohlerworbene Rechte sowie Treu und Glauben und beruhten auf einer willkürlichen Gesetzesanwendung.
a) Eine echte Rückwirkung liegt vor, wenn eine neue Regelung an einen Sachverhalt anknüpft, der in der Vergangenheit abgeschlossen ist; wird das neue Recht auf Sachverhalte angewendet, die früher eingetreten sind, aber noch andauern, liegt eine unechte Rückwirkung vor, welche grundsätzlich zulässig ist, sofern ihr nicht wohlerworbene Rechte entgegenstehen (<ref-ruling> E. 1 S. 496 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 8; <ref-ruling> E. 3b/dd S. 124; je mit Hinweisen). Vorliegend geht es um die Verbilligung von Mietverhältnissen, die nach Inkrafttreten des neuen Rechts noch andauern. Es liegt mithin keine echte Rückwirkung vor.
b) Öffentlichrechtliche Ansprüche können als wohlerworbene Rechte eingestuft werden, wenn das Gesetz die entsprechenden Beziehungen ein für alle Mal festlegt und von den Einwirkungen der gesetzlichen Entwicklung ausnimmt oder wenn bestimmte individuelle Zusicherungen abgegeben oder Verträge geschlossen worden sind (<ref-ruling> E. 7a S. 340; <ref-ruling> E. 5b S. 256). Dass den bisherigen Mietern, welche die neurechtlichen Einkommens- und Vermögensvoraussetzungen nicht mehr erfüllen, entweder die Wohnung gekündigt oder ein Mietzinszuschlag auferlegt wird, ist Folge davon, dass die bisherigen Wohnbauförderungsbeiträge gekürzt wurden. Es besteht grundsätzlich kein wohlerworbenes Recht darauf, dass eine einmal gewährte Subvention auch in Zukunft ausbezahlt wird. Auch das Wohnbauförderungsgesetz enthält keinen solchen Grundsatz. Vielmehr legt es in § 5 ausdrücklich fest, dass der Kantonsrat für die Wohnungsförderung jeweils auf die Dauer von drei Jahren einen Rahmenkredit von "höchstens" 42 Millionen Franken bewilligt. Daraus geht klar hervor, dass dieser Kredit auch kleiner sein kann und in diesem Fall die Subventionen reduziert werden müssen. Die Beschwerdeführer machen auch nicht geltend, individuelle Zusicherungen erhalten zu haben. Die neue Regelung greift somit nicht in wohlerworbene Rechte ein.
c) Der Grundsatz von Treu und Glauben hindert grundsätzlich nicht, dass das Recht geändert wird; im Gegenteil steht der Anspruch auf Vertrauensschutz im Allgemeinen unter dem Vorbehalt von Rechtsänderungen (BGE <ref-ruling> E. 3b/cc S. 123; <ref-ruling> E. 4b S. 254; <ref-ruling> E. 3c S. 259; Häfelin/Müller, a.a.O., S. 131 Rz. 541). Lehre und Rechtsprechung anerkennen unter bestimmten Voraussetzungen einen Anspruch auf angemessene Übergangsfristen, wenn Private durch eine unvorhergesehene Rechtsänderung in schwerwiegender Weise in ihren gestützt auf die bisherige Regelung getätigten Dispositionen getroffen werden (<ref-ruling> E. 5 S. 165; <ref-ruling> E. 9 S. 446 f.; <ref-ruling> E. 3b/bb S. 409; <ref-ruling> E. 5e S. 251 und E. 9b S. 257; Pra 1997 1, E. 4b; Häfelin/Müller, a.a.O., S. 132 Rz. 542; Georg Müller, in Kommentar BV, Rz. 62 f. zu Art. 4).
Die Neuregelung mag für bisherige Bewohner verbilligter Wohnungen, welche die neuen Voraussetzungen nicht mehr erfüllen, gewisse Härten aufweisen. Indessen liegt darin kein besonders schwerwiegender, unvorhersehbarer Eingriff in bisher getätigte Dispositionen, muss doch der Mieter ohnehin jederzeit mit einer Erhöhung des Mietzinses oder mit einer Kündigung rechnen. Dass der Mietzins staatlich verbilligt wurde, kann daran nichts ändern. Die Mieter stehen nicht anders da als andere Subventionsbegünstigte, denen bestimmte bisher bezogene Leistungen nicht mehr ausgerichtet werden, sei es weil sich ihre persönliche Lage verändert hat, sei es weil die massgebenden Rechtsgrundlagen geändert wurden. Der Grundsatz von Treu und Glauben verbietet nicht, bisherige Subventionen aufzuheben. Zudem dürfte der Mietzinszuschlag, sofern er sich auf die Verzinsung der ausstehenden staatlichen Leistungen beschränkt (E. 2g), in den meisten Fällen zu Gesamtmietzinsen führen, die in der Grössenordnung der nicht staatlich geförderten Wohnungen liegen. Den Betroffenen wird somit nicht ein besonderer Nachteil auferlegt, sondern bloss ein bisheriger Vorteil aufgehoben, mit dem sie gegenüber Personen, die nie in den Genuss einer verbilligten Wohnung kamen, bevorzugt wurden.
Zwar führen die Beschwerdeführer Beispiele an, in denen mit einer monatlichen Mietzinserhöhung von bis zu rund zweitausend Franken zu rechnen wäre. Diese Beispiele beruhen jedoch auf der stadtzürcherischen Regelung, die nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet (E. 3b). Die höchsten Werte betreffen zudem kinderlose Paare mit weit überdurchschnittlichem Einkommen. Es liegt auf der Hand, dass die staatliche Wohnbauförderung nicht für derartige Personen bestimmt ist.
In § 91 Abs. 2 und 3 der Wohnbauförderungsverordnung hat der Regierungsrat für bisherige Mieter eine dreijährige Übergangsfrist vorgesehen, während welcher noch die altrechtlichen Anforderungen angewendet werden. Diese Frist kann sogar als grosszügig bezeichnet werden. Einen besseren Schutz vor nachteiligen Änderungen böte auch das Bundesprivatrecht nicht.
d) Die Neuregelung stellt auch nicht eine willkürliche Gesetzesanwendung dar. § 5 des Gesetzes legt fest, dass der Kantonsrat für die Förderung des Baus und der Sanierung von Wohnungen einen Rahmenkredit von höchstens 42 Millionen Franken auf die Dauer von drei Jahren bewilligt. Es handelt sich somit bei der Wohnbauförderung um eine Subvention, deren Umfang nicht gesetzlich festgelegt, sondern dem politischen Ermessen des Kantonsrats anheimgestellt ist. Wenn - wie das vorliegend geschehen ist - der Kantonsrat in Ausübung seiner verfassungsmässigen Finanzkompetenzen (Art. 31 Ziff. 5 und 6 der Verfassung vom 18. April 1869 des eidgenössischen Standes Zürich; SR 131. 211) diesen Kredit kürzt, ist der Regierungsrat verpflichtet, die in der Verordnung festgelegten Anspruchsvoraussetzungen so zu ändern, dass der reduzierte Kredit ausreicht. Es ist nicht zu beanstanden, wenn der Regierungsrat dabei die neuen Anspruchsvoraussetzungen so festgelegt hat, dass in erster Linie die Personen mit tiefen (und nicht diejenigen mit mittleren) Einkommen und Vermögen noch in den Genuss der Wohnbauförderung gelangen; vielmehr entspricht dies dem Gesetz, welches gemäss § 1 Personen mit "höchstens" mittlerem Einkommen und Vermögen unterstützen will. Daran ändert auch nichts, wenn, wie die Beschwerdeführer darlegen, rund 20-25 % der bisherigen Mietverhältnisse von der Neuregelung betroffen sind.
5.- Gesamthaft ist somit die staatsrechtliche Beschwerde in einem untergeordneten Punkt begründet, nämlich insoweit sie sich gegen den Mindestmietzinszuschlag von Fr. 50.-- pro Monat richtet. § 56 Abs. 2 Satz 3 der Wohnbauförderungsverordnung ist daher aufzuheben. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens ist den Beschwerdeführern eine nur geringfügig reduzierte Gerichtsgebühr, unter solidarischer Haftung, aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1, 3 und 7 sowie Art. 153 und 153a OG). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. § 56 Abs. 2 Satz 3 der Wohnbauförderungsverordnung vom 9. Dezember 1998 wird aufgehoben. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'500. -- wird den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern und der Volkswirtschaftsdirektion (für den Regierungsrat) des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 21. März 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: