Sachverhalt:
A. Das Besondere Untersuchungsrichteramt des Kantons Basel-Landschaft (BUR) führt ein umfangreiches Verfahren wegen mehrfacher qualifizierter Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Das Verfahren richtet sich u.a. gegen X._. Diesem wird u.a. gewerbs- und bandenmässiger Betäubungsmittelhandel vorgeworfen (vgl. Urteil des Bundesgerichts 1B_58/2008 vom 27. März 2008). Ferner wird er beschuldigt, Y._ erpresst zu haben. Dieser habe eine Summe von 20'000 Franken zahlen und seine belastenden Aussagen zurücknehmen müssen.
B. Mit einer ersten Verfügung des BUR vom 12. Mai 2008 wurden X._ und dessen Verteidiger von der Einvernahme von Y._ ausgeschlossen. Die Verfügung enthält den Hinweis, dass die Einvernahmeprotokolle dem Beschuldigten und seinem Verteidiger zur Kenntnis gebracht würden und diese Gelegenheit für Fragen und Anträge erhielten, sobald die Ausschlussgründe dahingefallen sind. Eine zweite Verfügung mit dem gleichen Inhalt datiert vom 30. Oktober 2009. Beide Verfügungen wurden dem Rechtsvertreter von X._ am 20. November 2009 zugestellt.
Die beiden Verfügungen stützen sich auf § 39 Abs. 1 lit. a der Baselbieter Strafprozessordnung. Zur Begründung des Ausschlusses wurde angegeben, dass Y._ vorerst X._ beschuldigt, hernach seine Aussagen zurückgezogen und schliesslich vor Gericht jegliche Aussage verweigert hatte. Zudem habe Y._ Angst vor Vergeltung geäussert. Vor diesem Hintergrund und mit Blick auf die Untersuchung erscheine es angezeigt, X._ von den Einvernahmen von Y._ auszuschliessen. Das gelte in Anbetracht des Vertrauensverhältnisses zwischen Rechtsanwalt und Klient auch für den Verteidiger.
X._ focht diese Verfügungen in Bezug auf den Ausschluss des Verteidigers beim Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft an. Das Verfahrensgericht wies diese mit Präsidialbeschluss vom 28. Januar 2010 ab, soweit darauf einzutreten war. Es kam zum Schluss, dass der Ausschluss des Verteidigers von der Einvernahme zu Recht erfolgt sei.
C. Gegen diesen Beschluss richtet sich die Beschwerde von X._ vom 9. Februar 2010. Dieser beantragt, es sei der angefochtene Entscheid aufzuheben, es sei festzustellen, dass der Ausschluss der Verteidigung rechtswidrig war und dass die Nichtinformation des Verteidigers über den Ausschluss eine Rechtsverweigerung darstelle, und es sei die Vorinstanz anzuweisen, die rechtswidrig entstandenen Verhörprotokolle aus den Akten zu entfernen. Schliesslich ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Das BUR beantragt mit seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Das Verfahrensgericht stellt - verspätet - denselben Antrag, ohne sich zur Sache zu äussern.
In seiner Replik hält der Beschwerdeführer an seinen Anträgen und seiner Begründung fest.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit gemäss Art. 29 Abs. 1 BGG von Amtes wegen (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 251; <ref-ruling> E. 1 S. 356).
Der Entscheid des Verfahrensgerichts in Strafsachen ist in Anwendung der Strafprozessordnung des Kantons Basel-Landschaft (StPO/BL; Gesetzessammlung 251) ergangen. Zulässig ist im Grundsatz die Beschwerde in Strafsachen gemäss Art. 78 ff. BGG. Einer näheren Prüfung bedarf die Frage, ob unter dem Gesichtswinkel von Art. 93 BGG auf die Beschwerde eingetreten werden kann.
2. Der angefochtene, selbstständig eröffnete Entscheid betrifft die Frage, ob der Verteidiger in zulässiger Weise von der Einvernahme des Zeugen Y._ ausgeschlossen worden ist. Er stellt keinen Endentscheid, sondern lediglich einen Zwischenentscheid dar, der das Verfahren nicht abschliesst und bloss einen Schritt auf dem Weg zum Endentscheid bildet. Er kann daher vor Bundesgericht nur angefochten werden, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG bewirken kann. Die Alternative von Art. 93 Abs. 1 lit. b OG fällt im vorliegenden Verfahren nicht in Betracht.
Nach Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG ist die Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid zulässig, wenn dieser einen Nachteil bewirken könnte, der auch durch einen für den Beschwerdeführer günstigen Endentscheid nicht mehr behoben werden könnte (<ref-ruling> E. 2.1 S. 190 mit Hinweisen). Die blosse Verzögerung oder Verteuerung des Verfahrens genügt generell nicht, um einen sofortigen Entscheid des Bundesgerichts zu erwirken (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 140 mit Hinweisen).
Vor diesem Hintergrund zeigt sich im vorliegenden Fall, dass der angefochtene Entscheid keinen Nachteil im Sinne der Rechtsprechung verursacht. Der Beschwerdeführer kann nach der Mitteilung der zugrunde liegenden Verfügungen gemäss § 39 Abs. 4 StPO die Vornahme der Vorkehren von § 39 Abs. 3 StPO beantragen. Ebenso kann er im Rahmen des Hauptverfahrens eine Verletzung seiner Verteidigungsrechte geltend machen und vorbringen, sein Rechtsvertreter sei in unzulässiger Weise von der Zeugeneinvernahme ausgeschlossen worden. Im Übrigen tut der Beschwerdeführer vor Bundesgericht in keiner Weise dar, dass und inwiefern er durch den angefochtenen Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil erleiden würde, und genügt insoweit den Begrüungsanforderungen von Art. 42 Abs. 2 BGG nicht (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 251; <ref-ruling> E. 1 S. 356).
3. Demnach ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
Der Beschwerdeführer hat um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht. Diese kann nach Art. 64 BGG gewährt werden, soweit die Beschwerdesache nicht aussichtslos ist und der Beschwerdeführer auf einen Rechtsbeistand angewiesen ist. Die vorstehenden Erwägungen zeigen, dass die Beschwerde als aussichtslos zu bezeichnen ist. Demnach ist das Ersuchen abzuweisen. Es rechtfertigt sich indes, auf die Erhebung von Kosten zu verzichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer sowie dem Besonderen Untersuchungsrichteramt und dem Verfahrensgericht in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. April 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann