Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht VII Konolfingen sprach X._ am 18. Oktober 2007 der mehrfachen, mengenmässig qualifizierten, gewerbsmässigen und teilweise bandenmässigen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz, des Fahrens unter Drogeneinfluss sowie der gewerbsmässigen und bandenmässigen Geldwäscherei schuldig. Es verurteilte ihn zu einer Freiheitsstrafe von 4 1⁄2 Jahren unter Anrechnung der Untersuchungshaft und des vorzeitigen Strafantritts, als Zusatzstrafe zum Urteil des Amtsgerichts Solothurn-Lebern vom 7. Februar 2006, und zu einer Busse von Fr. 600.--. Dagegen appellierte die Generalprokuratur in Bezug auf den Betäubungsmittelhandel mit P._ und Q._ sowie die Strafzumessung.
B. Das Obergericht des Kantons Bern sprach X._ am 20. Januar 2009 in Abänderung des erstinstanzlichen Urteils der mengenmässig qualifizierten und gewerbsmässigen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz durch Kauf von ca. 71'000 Thaipillen bei P._ und Q._ schuldig. Darüber hinaus stellte es fest, dass die weiteren erstinstanzlichen Schuldsprüche in Rechtskraft erwachsen sind. Es verurteilte X._ zu einer Freiheitsstrafe von 7 1⁄2 Jahren und zu einer Busse von Fr. 600.--, als Zusatzstrafe zum Urteil des Amtsgerichts Solothurn-Lebern vom 7. Februar 2006. Die Untersuchungshaft und den vorzeitigen Strafantritt rechnete es auf die Freiheitsstrafe an.
C. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, das angefochtene Urteil aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht des Kantons Bern zurückzuweisen. Er stellt ein Gesuch um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege.
D. Das Obergericht des Kantons Bern hat mit Schreiben vom 15. Mai 2009 auf eine Vernehmlassung verzichtet. Die a.o. Generalprokuratorin des Kantons Bern beantragt mit Eingabe vom 9. September 2009 die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. 1.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz würdige die Beweise willkürlich und verletze den Grundsatz in dubio pro reo. Sie gehe zu Unrecht von 71'000 Thaipillen aus, welche der Beschwerdeführer bei P._ und Q._ gekauft habe. Dabei stelle sie ohne weitere Beweisabnahme auf die aktenkundigen Aussagen von P._ ab. Dieser gebe die gekaufte Drogenmenge wahrheitswidrig zu hoch an. Schlüssig sei dagegen die Beweiswürdigung der ersten Instanz, welche von 20'000 Thaipillen ausgehe. Die Vorinstanz sei auch in Willkür verfallen, indem sie annehme, der Beschwerdeführer habe 50'000 Thaipillen bester und 21'000 Stück schlechter Qualität verkauft. Die Berechnung des Reinheitsgehalts basiere einzig auf den bei der Hausdurchsuchung sichergestellten Thaipillen. Daraus lasse sich nicht auf den Reinheitsgrad der bereits verkauften Thaipillen schliessen. Es sei von der günstigeren Sachverhaltsvariante auszugehen und auf seine Aussagen abzustellen, wonach die Qualität der von P._ und Q._ gekauften Pillen sehr schlecht gewesen sei.
1.2 Feststellungen zum Sachverhalt prüft das Bundesgericht unter dem Gesichtspunkt der Willkür (Art. 97 Abs. 1 BGG). Die Rüge der Verletzung des Willkürverbots muss in der Beschwerde vorgebracht und begründet werden (Art. 106 Abs. 2 BGG). Dabei hat sich der Beschwerdeführer mit den Entscheidgründen der Vorinstanz auseinanderzusetzen und präzise anzugeben, worin er die Rechtsverletzung erblickt bzw. inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f.; je mit Hinweisen). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid wird nicht eingetreten.
1.3 Der Beschwerdeführer stellt seine eigene Beweiswürdigung zur verkauften Anzahl Thaipillen an die Stelle derjenigen der Vorinstanz. Er setzt sich nicht mit deren Ausführungen auseinander, worin sie in eingehender Würdigung der Aussagen der am Drogenhandel Beteiligten darlegt, wie sie auf die massgebende Betäubungsmittelmenge von ca. 71'000 Thaipillen gelangt. Auf die Rüge des Beschwerdeführers zur verkauften Anzahl Thaipillen ist somit nicht einzutreten.
1.4 Die gehandelte reine Betäubungsmittelmenge errechnet die Vorinstanz gestützt auf den Reinheitsgrad der sichergestellten Thaipillen. Nach dem Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin Bern (IRM) beträgt die Konzentration Methamphetamin-Base 24%, was einen Wirkstoffwert von 21 bis 26 mg pro Tablette ergebe. Zugunsten des Beschwerdeführers geht die Vorinstanz von einem Durchschnittswert von 20 mg pro Tablette aus, weil sie damit die kurzfristig schlechtere Qualität berücksichtigt. Die dem Beschwerdeführer nachgewiesene Menge Thaipillen von 200'000 weist nach den vorinstanzlichen Erwägungen rund 4 kg reines Methamphetamin auf.
1.5 Die Staatsanwaltschaft geht in ihrer Vernehmlassung gestützt auf die Aussagen von P._, Q._ und R._ davon aus, dass die Qualität der Thaipillen mit Ausnahme einer kleinen Menge stets gut war. Dies zeige sich auch daran, dass die Kunden des Beschwerdeführers regelmässig und grosse Mengen eingekauft hätten. Es sei nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz von einem Durchschnittswert von 20 mg Methamphetamin pro Tablette ausgehe, da damit die wenigen qualitativ schlechteren Thaipillen berücksichtigt würden.
1.6 Die Vorinstanz stützt sich bei der Berechnung der gehandelten reinen Drogenmenge auf das Gutachten IRM sowie auf die ungefähr errechnete Anzahl gehandelter Thaipillen. Dabei wurden dem IRM mit mehreren hundert Pillen repräsentatives Probematerial zur Verfügung gestellt. Aus dem Ergebnis des Gutachtens darf die Vorinstanz, ohne in Willkür zu verfallen, auf die Qualität der weiteren gehandelten Thaipillen schliessen. Die vom Beschwerdeführer behauptete kurzfristig schlechtere Qualität berücksichtigt die Vorinstanz mit einer Reduktion auf 20 mg reinem Wirkstoff pro Tablette. Sie bezieht somit alle massgebenden Punkte in die Beweiswürdigung ein und stützt sich auf ein repräsentatives Gutachten ab. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers sind die vorinstanzlichen Feststellungen zum Reinheitsgehalt der von ihm gehandelten Drogen nachvollziehbar.
1.7 Soweit der Beschwerdeführer verlangt, die Vorinstanz hätte weitere Beweise abnehmen müssen, legt er weder dar, welche entscheiderheblichen Beweisabnahmen die Vorinstanz unterlassen hat, noch was von diesen zu erwarten wäre. Auf seine nicht näher substanziierte Rüge ist nicht einzutreten.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz verletze den Anklagegrundsatz. Sie stütze sich zur Betäubungsmittelmenge auf die Berechnung der Generalprokuratorin ab. Das Anklageprinzip verlange eine strikte Trennung zwischen den Anklagebehörden und dem urteilenden Gericht. Indem die Vorinstanz ohne weitere Abklärungen der Berechnung der Generalprokuratorin folge, verletze sie das Anklageprinzip.
2.2 Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und kantonalem Recht nur, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer ruft den Anklagegrundsatz an, welcher im kantonalen Recht und im Bundesverfassungsrecht verankert ist. In der Begründung seiner Rüge beruft er sich dagegen auf die "Trennung von Anklagebehörde und urteilendem Gericht." Aufgrund seiner Argumentation ist unklar, ob er mit seiner Rüge den Anklagegrundsatz, das Prinzip der Gewaltentrennung oder die freie richterliche Beweiswürdigung als verletzt erachtet. Das angerufene Recht und die Begründung stimmen nicht überein. Auch für die Rügen der Verletzung der innerkantonalen Gewaltentrennung sowie der Beweiswürdigung gelten jedenfalls erhöhte Begründungsanforderungen (Art. 97 BGG, Art. 106 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer genügt der Substanziierungspflicht nach Art. 106 Abs. 2 BGG nicht. Auf die entsprechenden Vorbringen ist nicht einzutreten.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Strafzumessung der Vorinstanz verletze Bundesrecht. Er beanstandet verschiedene Punkte, welche im Anschluss (E. 3.6) an die folgenden grundsätzlichen Überlegungen beleuchtet werden.
3.2 Die Vorinstanz wendet das alte vor dem 1. Januar 2007 geltende Recht auf die Strafzumessung an, da eine Freiheitsstrafe von über drei Jahren auszusprechen sei. In diesem Bereich sei das neue Recht nicht milder. Sie geht vom Strafrahmen der qualifizierten Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz nach Art. 19 Ziff. 1 und Ziff. 2 lit a, b und c BetmG aus. Die Strafe sei gestützt auf das Asperationsprinzip nach aArt. 68 Abs. 1 StGB zu erhöhen. Zu den Tat- und Täterkomponenten verweist sie auf das erstinstanzliche Urteil und bringt Präzisierungen bzw. Ergänzungen an. Sie erachtet das Ausmass des verschuldeten Erfolgs aufgrund der gehandelten Menge Thaipillen, des grossen Kundenkreises, des lang andauernden Drogenhandels, der guten Stoffqualität und der grossen umgesetzten Summe von 1.8 Mio Franken im Rahmen der Geldwäschereidelikte als erheblich. Der Beschwerdeführer sei auf höherer Hierarchiestufe gewesen, er habe immer einen Vorrat von 5'000 Thaipillen zu Hause gehabt und teilweise selbst importiert. Er habe jeweils grössere Mengen gekauft und verkauft und nicht bloss stückweise gehandelt. Die finanzielle Motivation sei im Vordergrund gestanden. Er sei nicht ein massiv abhängiger Konsument gewesen, lediglich der Einstieg in den Handel sei zur Finanzierung des Eigenkonsums erfolgt. Der Beschwerdeführer sei weitgehend in geordneten Verhältnissen aufgewachsen. Gestützt auf das eingeholte psychiatrische Gutachten sei er vollkommen zurechnungsfähig. Er habe trotz des im Tatzeitraum hängigen Strafverfahrens in Solothurn massiv weiter delinquiert, was sich straferhöhend auswirke. Sein Verhalten im Strafvollzug sei gemäss Führungsberichten der Strafanstalten Lenzburg und Thorberg positiv. Er leiste monatlich Opferhilfezahlungen. Er sei geständig, was strafmindernd zu berücksichtigen sei. Wirkliche Reue zeige er aber keine und bagatellisiere die Wirkung von Thaipillen. Die Strafempfindlichkeit sei neutral. Er weise je eine Vorstrafe des Amtsstatthalteramtes Sursee vom 28. November 2003 und des Amtsgerichts Solothurn-Lebern vom 7. Februar 2006 auf. Zu letzterem Urteil sei gestützt auf aArt. 68 Ziff. 2 StGB eine Zusatzstrafe auszufällen. Die von der ersten Instanz festgelegte Gesamtstrafe von 8 Jahren bzw. die Zusatzstrafe von 4 1⁄2 Jahren erscheine als zu mild. Gestützt auf die Tat- und Täterkomponenten sowie die Tatmehrheit erachtet die Vorinstanz eine Gesamtstrafe von 11 Jahren als den Taten und dem Verschulden angemessen. Unter Berücksichtigung der bereits ausgesprochenen Strafe des Amtsgerichts Solothurn-Lebern spricht die Vorinstanz eine Zusatzstrafe von 7 1⁄2 Jahren Freiheitsstrafe aus. Weiter bestätigt sie unter Hinweis auf die erstinstanzlichen Erwägungen die Busse von Fr. 600.--.
3.3 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen. Es ist aber weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140 mit Hinweis). Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls ist darauf nicht einzutreten (Art. 42 Abs. 1 und Abs. 2 BGG, Art. 108 Abs. 1 lit. b BGG).
3.4 Der Beschwerdeführer hat alle zu beurteilenden Straftaten vor Inkrafttreten des neuen Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches am 1. Januar 2007 begangen. Das neue Recht ist nicht milder als das alte Recht (Art. 2 Abs. 2 StGB), da vorliegend einzig eine unbedingte Freiheitsstrafe als mögliche Strafe in Frage kommt. Deshalb ist das alte Recht auf die Strafzumessung anwendbar.
3.5 Der Beschwerdeführer wurde am 7. Februar 2006 vom Amtsgericht Solothurn-Lebern wegen diverser Delikte zu 3 Jahren, fünf Monaten und 16 Tagen Zuchthaus verurteilt, als Zusatzstrafe zum Urteil des Amtsstatthalteramtes Sursee vom 28. November 2003. Der vorliegend zu prüfenden Strafzumessung liegen insgesamt 18 Delikte zugrunde, welche der Beschwerdeführer in den Jahren 2002 bis und mit 30. November 2005 begangen hat. Sämtliche Straftaten datieren vor dem Urteil des Amtsgerichts Solothurn-Lebern vom 7. Februar 2006. Damit stellen sich die Fragen der Strafschärfung und retrospektiven Konkurrenz nach aArt. 68 Ziff. 1 Abs. 1 und Ziff. 2 StGB.
3.5.1 Hat jemand durch eine oder mehrere Handlungen mehrere Freiheitsstrafen verwirkt, so verurteilt ihn der Richter zu der Strafe der schwersten Tat und erhöht deren Dauer angemessen. Er kann jedoch das höchste Mass der angedrohten Strafe nicht um mehr als die Hälfte erhöhen. Dabei ist er an das gesetzliche Höchstmass der Strafart gebunden (aArt. 68 Ziff. 1 Abs. 1 StGB). Hat der Richter eine mit Freiheitsstrafe bedrohte Tat zu beurteilen, die der Täter begangen hat, bevor er wegen einer andern Tat zu Freiheitsstrafe verurteilt worden ist, so bestimmt der Richter die Strafe so, dass der Täter nicht schwerer bestraft wird, als wenn die mehreren strafbaren Handlungen gleichzeitig beurteilt worden wären (aArt. 68 Ziff. 2 StGB).
3.5.2 Ist die Strafe aufgrund der Mehrheit der Delikte nach aArt. 68 Ziff. 1 Abs. 1 StGB festzusetzen, muss der Richter in einem ersten Schritt gedanklich die Einsatzstrafe für das schwerste Delikt festlegen, indem er alle diesbezüglichen straferhöhenden und strafmindernden Umstände einbezieht. In einem zweiten Schritt hat er die Strafe zu erhöhen, um die weiteren Delikte zu sanktionieren. Auch dort muss er den jeweiligen Umständen Rechnung tragen (<ref-ruling> E. 2b S. 104 mit Hinweis; Urteil 6S.378/2002 vom 11. Februar 2003 E. 3.2; Urteil 6B_579/2008 vom 27. Dezember 2008 E. 4.2.1 mit Hinweisen).
Innerhalb der für die qualifizierte Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz festzusetzenden Strafe ist das Gericht nicht gehalten, für die einzelnen Tathandlungen, welche zusammengefasst zur Anwendung des qualifizierten Strafrahmens führen, eine Einsatzstrafe anzugeben (vgl. Urteil 6S.463/2004 vom 13. Mai 2005 E. 3 mit Hinweisen). Nach dem Verbot der Doppelverwertung dürfen Umstände, die zur Anwendung eines höheren Strafrahmens führen, innerhalb des geänderten Strafrahmens nicht noch einmal als Straferhöhungsgrund berücksichtigt werden. Sonst würde dem Täter der gleiche Umstand zweimal zur Last gelegt (Urteil 6P.100/2005 vom 13. Januar 2006 E. 3.3.3 mit Hinweisen). Das Gericht darf hingegen berücksichtigen, in welchem Ausmass ein qualifizierender oder privilegierender Tatumstand gegeben ist (<ref-ruling> E.2b). Sind mehrere Qualifikationsgründe nach Art. 19 Ziff. 2 BetmG erfüllt, darf dies straferhöhend gewertet werden (<ref-ruling> E. 1c/aa S. 333; kritisch dazu: <ref-ruling> E. 2c S. 267 f.; je mit Hinweisen).
3.5.3 Im Falle der retrospektiven Konkurrenz ist das Delikt zu bestimmen, für welches das Gesetz die schwerste Strafe vorsieht. Danach wird für dieses Delikt die Einsatzstrafe festgesetzt. Anschliessend wird diese Sanktion im Hinblick auf die weiteren zu beurteilenden Taten erhöht. Ist das bereits abgeurteilte Delikt das schwerere, bestimmt das Gericht die Einsatzstrafe ausgehend von diesem Delikt und erhöht die Strafe gestützt auf die neu zu beurteilenden Delikte. Wenn hingegen das neu zu beurteilende Delikt schwerer ist, dient dieses zur Festsetzung der Einsatzstrafe, welche gestützt auf die alten, bereits abgeurteilten Delikte erhöht werden muss. Von der so gebildeten Gesamtstrafe ist die bereits ausgesprochene Strafe abzuziehen. Daraus resultiert die auszusprechende Zusatzstrafe (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 115; <ref-ruling> E. 2b und c S. 120 ff.; <ref-ruling> E. 2a S. 16 f; je mit Hinweisen; Urteil 6B_28/2008 vom 10. April 2008 E. 3.3.2 mit Hinweisen). Bei der Bemessung der Zusatzstrafe ist der Richter sowohl in Bezug auf die Strafart als auch hinsichtlich der Art des Vollzugs nicht an den rechtskräftigen ersten Entscheid gebunden (<ref-ruling> E. 1.1 S. 115).
3.5.4 Der Richter hat im Urteil die für die Strafzumessung wesentlichen Tat- und Täterkomponenten so zu erörtern, dass festgestellt werden kann, ob alle rechtlich massgebenden Gesichtspunkte Berücksichtigung fanden und wie sie gewichtet wurden. Hingegen muss er nicht in absoluten Zahlen oder in Prozenten angeben, wieweit er einem bestimmten Faktor straferhöhend bzw. strafmindernd Rechnung trägt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2b S. 121; <ref-ruling> E. 2b und c S.17 f; je mit Hinweisen). Bei der retrospektiven Konkurrenz ist ausnahmsweise mittels Zahlenangaben offen zu legen, wie sich die zugemessene Strafe quotenmässig zusammensetzt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2b S. 121; <ref-ruling> E. 2b und c S.17 f; je mit Hinweisen).
3.5.5 Die Vorinstanz äussert sich bei der Bemessung der Zusatzstrafe nicht dazu, welches Delikt sie unter den bereits vom Amtsgericht Solothurn-Lebern abgeurteilten und den neu zu beurteilenden Taten als schwerstes erachtet. Sie setzt dafür auch keine Einsatzstrafe unter Berücksichtigung der straferhöhenden und strafmindernden Umstände fest. Indem sie lediglich angibt, in welcher Höhe sie eine Gesamtstrafe für sämtliche Delikte ausgefällt hätte, ist das Ausmass der Erhöhung für die weiteren Taten nicht nachvollziehbar. Der blosse Hinweis auf aArt. 68 Ziff. 1 und 2 StGB genügt nicht, da in der folgenden Begründung die entsprechenden Teilschritte der Strafzumessung nicht plausibel dargelegt werden. Die Vorinstanz verletzt ihre Begründungspflicht in Bezug auf die Strafzumessung nach der Bestimmung der retrospektiven Konkurrenz. Das angefochtene Urteil ist deshalb aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3.5.5 Die Vorinstanz äussert sich bei der Bemessung der Zusatzstrafe nicht dazu, welches Delikt sie unter den bereits vom Amtsgericht Solothurn-Lebern abgeurteilten und den neu zu beurteilenden Taten als schwerstes erachtet. Sie setzt dafür auch keine Einsatzstrafe unter Berücksichtigung der straferhöhenden und strafmindernden Umstände fest. Indem sie lediglich angibt, in welcher Höhe sie eine Gesamtstrafe für sämtliche Delikte ausgefällt hätte, ist das Ausmass der Erhöhung für die weiteren Taten nicht nachvollziehbar. Der blosse Hinweis auf aArt. 68 Ziff. 1 und 2 StGB genügt nicht, da in der folgenden Begründung die entsprechenden Teilschritte der Strafzumessung nicht plausibel dargelegt werden. Die Vorinstanz verletzt ihre Begründungspflicht in Bezug auf die Strafzumessung nach der Bestimmung der retrospektiven Konkurrenz. Das angefochtene Urteil ist deshalb aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3.6 3.6.1 Der Beschwerdeführer rügt, es sei unzulässig, dass die Vorinstanz das rechtskräftige Urteil des Amtsgerichts Solothurn-Lebern im Rahmen der neuen Strafzumessung zu seinen Ungunsten heranziehe, indem sie die dort ausgesprochene Strafe als zu mild erachte.
3.6.2 Der Richter, welcher die Zusatzstrafe bestimmt, darf selbständig darüber entscheiden, welche Strafe er anstelle des ersten Richters ausgesprochen hätte, wenn ihm alle Delikte bekannt gewesen wären (vgl. E. 3.5.3). Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers bewertet die Vorinstanz nicht das Urteil des Amtsgerichts Solothurn-Lebern als zu mild, sondern die Gesamtstrafe, welche die erste Instanz an der Stelle des Erstrichters für alle Delikte zusammen ausgesprochen hätte. Dies erweist sich gestützt auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung als bundesrechtskonform (<ref-ruling> E. 1.1 S. 115). Die Vorinstanz darf auch die vom Amtsgericht Solothurn-Lebern abgeurteilten Delikte bei der Bemessung der Zusatzstrafe anders bewerten, da sie an die damals festgesetzte Strafe nicht gebunden ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 115).
3.6.2 Der Richter, welcher die Zusatzstrafe bestimmt, darf selbständig darüber entscheiden, welche Strafe er anstelle des ersten Richters ausgesprochen hätte, wenn ihm alle Delikte bekannt gewesen wären (vgl. E. 3.5.3). Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers bewertet die Vorinstanz nicht das Urteil des Amtsgerichts Solothurn-Lebern als zu mild, sondern die Gesamtstrafe, welche die erste Instanz an der Stelle des Erstrichters für alle Delikte zusammen ausgesprochen hätte. Dies erweist sich gestützt auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung als bundesrechtskonform (<ref-ruling> E. 1.1 S. 115). Die Vorinstanz darf auch die vom Amtsgericht Solothurn-Lebern abgeurteilten Delikte bei der Bemessung der Zusatzstrafe anders bewerten, da sie an die damals festgesetzte Strafe nicht gebunden ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 115).
3.7 3.7.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe die Betäubungsmitteldelikte, für welche er in Solothurn verurteilt wurde, sowie die aktuell zu beurteilenden Delikte ohne grossen zeitlichen Unterbruch begangen. Die getrennte Durchführung der Strafverfahren dürfe nicht zu einer Straferhöhung führen.
3.7.2 Gemäss den vorinstanzlichen Feststellungen hat der Beschwerdeführer die zu beurteilenden Betäubungsmitteldelikte von 2002 bis am 30. November 2005 begangen. Die vom Amtsgericht Solothurn-Lebern am 7. Februar 2006 beurteilten Betäubungsmitteldelikte betreffen hingegen gemäss Strafregisterauszug (act. 2177.1) einen Tatzeitraum vom 21. April 1996 bis 12. August 2000. Insoweit erweisen sich die Ausführungen des Beschwerdeführers, er habe ohne Unterbruch delinquiert, als unzutreffend.
Das Gericht darf entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers im Rahmen der Strafzumessung straferhöhend berücksichtigen, dass der Täter trotz eines laufenden Verfahrens bzw. der entsprechenden Verurteilung weiter einschlägig delinquiert. Aus den Vorakten ergibt sich, dass der Beschwerdeführer für das Verfahren vor Amtsgericht Solothurn-Lebern vom 20. September 1996 bis 14. Oktober 1996, vom 16. Januar 1998 bis am 20. Februar 1998 und vom 27. August 2000 bis zum 8. September 2000 in Untersuchungshaft sass. Die aktuell zu beurteilenden Taten hat er nach ausgestandener Untersuchungshaft aber vor dem Urteil des Amtsgerichts Solothurn-Lebern vom 7. Februar 2006 begangen. Die Vorinstanz durfte ohne Bundesrechtsverletzung die Delinquenz des Beschwerdeführers während des im Kanton Solothurn laufenden Strafverfahrens in die Strafzumessung einbeziehen.
3.8 Der Beschwerdeführer rügt, die lange Verfahrensdauer im Verfahren des Amtsgerichts Solothurn-Lebern sei bei der Bemessung der Gesamtstrafe strafmildernd zu seinen Gunsten zu berücksichtigen. Dieses Begehren substanziiert er nicht näher. Insbesondere legt er nicht dar, ob die Verfahrendauer unter dem Gesichtspunkt des Strafmilderungsgrundes nach aArt. 64 Abs. 2 al. 6 StGB oder der Verletzung des Beschleunigungsgebots zu prüfen sei. Er führt auch nicht näher aus, auf wessen Verhalten die Verfahrensdauer zurückzuführen sein soll, z.B. dass die Behörden lange Zeit untätig gewesen wären oder das Verfahren bei gegebenem Umfang schneller hätte durchgeführt werden können. Auf seine Rüge ist nicht einzutreten.
3.9 3.9.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, er sei bis auf die Vorstrafe wegen Strassenverkehrsdelikten vom 28. November 2003 gut beleumdet. Er habe sich nicht auf einer höheren Hierarchiestufe befunden und nur an Süchtige verkauft. Er sei selbst Konsument und zeitweise von Thaipillen abhängig gewesen. Sein kooperatives Verhalten und das Geständnis seien mit einer Strafmilderung von mindestens 30% zu berücksichtigen. Die Vorinstanz habe nicht ausgeführt, in welchem Umfang sie diese Tatsache berücksichtigt habe.
3.9.2 Die vom Beschwerdeführer genannten Kriterien hat die Vorinstanz alle in ihre Strafzumessung einbezogen und in nachvollziehbarer Weise gewürdigt. Sie ist nicht gehalten, in Prozentangaben festzuhalten, wieweit sie die einzelnen Strafzumessungskriterien berücksichtigt (BGE <ref-ruling> E. 2b S. 121; <ref-ruling> E. 2b und c S.17 f; je mit Hinweisen). Soweit er andere Tatsachen behauptet, als die Vorinstanz feststellt (bezüglich Hierarchiestufe und Abhängigkeit von Thaipillen) legt er nicht dar, dass die Vorinstanz in Willkür verfallen sei. Seine Rügen sind abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
3.10
3.10.1 Der Beschwerdeführer rügt, bei der Strafzumessung seien die "in Rechtskraft getretenen Überlegungen" der ersten Instanz zum Reinheitsgrad der Thaipillen zu berücksichtigen und dürften nicht neu bewertet werden.
3.10.2 Ob ein erstinstanzliches Urteil in Teilrechtskraft erwächst, und insoweit für die obere kantonale Instanz verbindlich ist, bestimmt das kantonale Strafprozessrecht. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Der Beschwerdeführer bringt nicht vor, welche Bestimmung die Vorinstanz zur Frage der Teilrechtskraft verletzen soll. Auf seine Rüge ist nicht einzutreten.
4. Insgesamt ist die Beschwerde teilweise gutzuheissen. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist gegenstandslos, soweit die Beschwerde gutzuheissen ist. Soweit die Beschwerde abzuweisen ist, war sie von vornherein aussichtslos (Art. 64 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist insoweit abzuweisen. Der Beschwerdeführer wird im Umfang seines Unterliegens kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Bern, 2. Strafkammer, vom 20. Januar 2009 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen, soweit es nicht gegenstandslos geworden ist.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Der Kanton Bern hat die Vertreterin des Beschwerdeführers, Rechtsanwältin Véronique Bachmann, mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. November 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch