Sachverhalt:
A. A.a Am 30. November 2001 fuhr die damals 14-jährige A._ (Klägerin, Beschwerdeführerin) mit dem Fahrrad auf ihrem Schulweg in einen am Strassenrand parkierten Sattelschlepper hinein. Aufgrund des starken Regens hielt sie den Kopf gesenkt und orientierte sich an der rechten weissen Seitenlinie, weshalb sie den Lastwagen nicht sah. Seither ist A._ Tetraplegikerin.
Der Sattelschlepper hatte der Firma X._ AG (Beklagte, Beschwerdegegnerin), welche für Strassen- und Tiefbauarbeiten bei der Erschliessung der neuen Bauzone "Y._" mit Tiefbauanlagen zuständig war, Rohre geliefert. Diese wurden durch den Chauffeur und X._, Geschäftsführer und Inhaber der X._ AG, mithilfe eines Pneubaggers abgeladen.
A.b Nach dem Unglück wurde gegen den Chauffeur des Lastwagens ein Strafverfahren eingeleitet, welches am 24. August 2004 mit einem oberinstanzlichen Freispruch endete. Gegen die Organe der X._ AG wurde kein Strafverfahren eingeleitet und auch nicht Anzeige erstattet.
B. B.a Mit Klage vom 2. Dezember 2009 beantragte A._ beim Gerichtskreis X Thun, die Firma X._ AG sei zu verurteilen, ihr einen Fr. 30'000.-- übersteigenden Betrag als Genugtuung nebst Zins zu 5 % seit dem 30. November 2001 zu bezahlen. Zudem sei festzustellen, dass die Klage eine unechte Teilklage darstelle und die Geltendmachung des haftpflichtrechtlichen Schadens vorbehalten bleibe.
Der Gerichtspräsident 4 des Gerichtskreises X Thun beschränkte das Verfahren mit Verfügung vom 13. Januar 2010 vorerst auf die Frage der Haftung und mit Verfügung vom 29. November 2010 sodann auf die Frage der Verjährung.
Mit Urteil vom 16. Dezember 2010 wies der Gerichtspräsident 4 des Gerichtskreises X Thun die Klage ab. Er führte aus, dass keine strafbare Handlung im Sinne von <ref-law> vorliege, weshalb die allfälligen Ansprüche der Klägerin nach <ref-law> verjährt seien.
B.b Gegen dieses Urteil vom 16. Dezember 2010 erhob die Klägerin beim Obergericht des Kantons Bern Appellation. Mit Entscheid vom 8. Juli 2011 wies die 1. Zivilkammer des Obergerichts des Kantons Bern die Appellation ab und bestätigte den angefochtenen Entscheid.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Klägerin dem Bundesgericht, das Urteil der 1. Zivilkammer des Obergerichts des Kantons Bern vom 8. Juli 2011 sei aufzuheben, es sei festzustellen, dass der Anspruch der Klägerin auf Bezahlung einer Genugtuung nicht verjährt sei und die Sache sei mit der Weisung an die Vorinstanz zurückzuweisen, über den Bestand und die Höhe des Genugtuungsanspruchs der Klägerin gemäss Klage vom 2. Dezember 2009 ein Urteil zu fällen. Eventualiter sei das Urteil aufzuheben und die Sache an den Sachrichter zurückzuweisen, mit der Weisung, den Sachverhalt weiter abzuklären.
Die Beklagte beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Das angefochtene Urteil hat eine Zivilsache zum Gegenstand (<ref-law>). Die Beschwerde richtet sich gegen einen Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der Streitwert beträgt Fr. 224'280.--, womit das Streitwerterfordernis gemäss <ref-law> erreicht ist. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt zulässiger (<ref-law>) und hinreichend begründeter Rügen (Art. 42 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>) - einzutreten.
1.2 Nach <ref-law> ist in der Begründung der Anträge in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Zwar wendet das Bundesgericht nach <ref-law> das Recht grundsätzlich von Amtes wegen an (zu den Ausnahmen vgl. <ref-law>). Beruht der angefochtene Entscheid auf mehreren selbstständigen alternativen Begründungen, so ist für jede einzelne darzutun, weshalb sie Recht verletzt; denn soweit nicht beanstandete Begründungen das angefochtene Urteil selbstständig stützen, fehlt das Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung der gehörig begründeten Rügen (<ref-ruling> E. 6.3 S. 120 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 S. 560).
Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.3 In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401).
1.4 Diese Grundsätze verkennt die Beschwerdeführerin über weite Strecken. Ihre Ausführungen beschränken sich weitgehend auf appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid und verfehlen insoweit die gesetzlichen Begründungsanforderungen.
2. Strittig ist, ob den Organen bzw. Hilfspersonen der Beschwerdegegnerin eine strafrechtliche Handlung vorgeworfen werden kann. Liegt eine fahrlässige Körperverletzung nach <ref-law> vor, wäre auf den geltend gemachten Genugtuungsanspruch die längere strafrechtliche Verjährungsfrist anwendbar (vgl. <ref-law>).
2.1 Die Vorinstanz hat erwogen, dass am Unfalltag ein Güterumschlag stattgefunden habe, bei welchem sämtliche Sicherungsvorschriften eingehalten wurden. Da nur der Chauffeur bzw. der Motorfahrzeughalter die Verantwortung für einen Güterumschlag trage, könne X._ als Organ der Beschwerdegegnerin nicht zur Sicherung des Güterumschlags verantwortlich sein und somit gar keine relevante Sorgfaltspflichtverletzung begangen haben.
Im Sinne einer selbstständigen Eventualbegründung führte die Vorinstanz aus, dass selbst wenn zum Unfallzeitpunkt eine Baustelle vorgelegen hätte und diese vorschriftsgemäss signalisiert worden wäre, der Unfall nicht hätte vermieden werden können. Die Beschwerdeführerin sei unbestrittenermassen mit gesenktem Kopf gefahren und habe sich lediglich am weissen Seitenstreifen orientiert. Damit hätte sie auch das "Baustellenschild" welches am rechten Strassenrand in der Nähe der Baustelle angebracht werden muss, nicht oder zu spät gesehen. Schliesslich habe sie auch den grossen Sattelschlepper, bei dem die Warnblinker eingeschaltet waren und der 1.65m auf die Fahrbahn hinausragte, nicht gesehen. Damit fehle es an der erforderlichen hypothetischen Kausalität, womit eine strafbare Unterlassung der Organe der Beschwerdegegnerin selbst bei Vorliegen einer Baustelle zu verneinen sei.
2.2 Zwischen der pflichtwidrigen Handlung und dem eingetretenen Erfolg muss ein natürlicher und adäquater Kausalzusammenhang bestehen. Die natürliche Kausalität ist gegeben, wenn ein Handeln Ursache im Sinn einer conditio sine qua non für den Eintritt eines Erfolgs ist. Dies ist eine Tatfrage. Rechtsfrage ist demgegenüber, ob zwischen der Ursache und dem Erfolgseintritt ein adäquater Kausalzusammenhang besteht (<ref-ruling> E. 2.2 S. 718 mit Hinweisen).
Im Fall einer Unterlassung bestimmt sich der Kausalzusammenhang danach, ob der Erfolg auch bei Vornahme der unterlassenen Handlung eingetreten wäre. Es geht um einen hypothetischen Kausalverlauf, für den nach den Erfahrungen des Lebens und dem gewöhnlichen Lauf der Dinge eine überwiegende Wahrscheinlichkeit sprechen muss (<ref-ruling> E. 3d S. 165 f.). Grundsätzlich unterscheidet die Rechtsprechung auch bei Unterlassungen zwischen natürlichem und adäquatem Kausalzusammenhang. Während bei Handlungen die wertenden Gesichtspunkte erst bei der Beurteilung der Adäquanz zum Tragen kommen, spielen diese Gesichtspunkte bei Unterlassungen in der Regel schon bei der Feststellung des hypothetischen Kausalverlaufs eine Rolle. Es ist daher bei Unterlassungen in der Regel nicht sinnvoll, den festgestellten oder angenommenen hypothetischen Geschehensablauf auch noch auf seine Adäquanz zu prüfen. Die Feststellungen des Sachrichters im Zusammenhang mit Unterlassungen sind daher entsprechend der allgemeinen Regel über die Verbindlichkeit der Feststellungen zum natürlichen Kausalzusammenhang für das Bundesgericht bindend. Nur wenn die hypothetische Kausalität ausschliesslich gestützt auf die allgemeine Lebenserfahrung - und nicht gestützt auf Beweismittel - festgestellt wird, unterliegt sie der freien Überprüfung durch das Bundesgericht (<ref-ruling> E. 3.5 S. 311, 715 E. 2.3 S. 718 f.; <ref-ruling> E. 5a S. 447 f.; je mit Hinweisen; im Strafrecht: Urteil 6B_779/2009 vom 12. April 2010 E. 3.3.2).
2.3 Die Vorinstanz ist - entgegen der in der Beschwerde geäusserten Ansicht - zutreffend davon ausgegangen, dass es sich beim angeblich pflichtwidrigen Verhalten von X._ um eine Unterlassung handelt. Sie hat festgestellt, dass die Beschwerdeführerin unbestrittenermassen mit gesenktem Kopf gefahren ist und sich an der rechten weissen Seitenlinie orientiert hat, weswegen ein Unfall auch durch zusätzliche Sicherungsvorkehren seitens X._ nicht hätte vermieden werden können. Die Vorinstanz hat die hypothetische Kausalität somit gestützt auf die konkret gewürdigten Beweismittel und nicht auf Grund der allgemeinen Lebenserfahrung beurteilt.
Mit der Verneinung des hypothetischen Kausalzusammenhangs hat die Vorinstanz eine tatsächliche Feststellung getroffen, an die das Bundesgericht unter Vorbehalt der in Art. 97 bzw. <ref-law> genannten Ausnahmen gebunden ist (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin erhebt jedoch keine hinreichende Sachverhaltsrüge, sondern begnügt sich mit der nicht weiter begründeten Behauptung, eine willkürfreie Würdigung des Sachverhalts ergebe, dass eine Kollision hätte vermieden werden können und unterbreitet dem Bundesgericht in appellatorischer Weise ihre eigene Sicht zum hypothetischen Kausalverlauf für den Fall, dass ein Baustellensignal aufgestellt worden wäre.
Damit stösst der gegenüber der Vorinstanz erhobene Vorwurf der Willkür ins Leere.
2.4 Die Beschwerdeführerin bringt vor, die Vorinstanz habe den Sachverhalt unter Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör festgestellt. Sie sei ihrem Beweisantrag nicht nachgekommen, mit welchem sie die Befragung des Zeugen B._ beantragt habe. Dieser habe bestätigen können, dass am Unfalltag und zum Unfallzeitpunkt schlechte Wetter- und Sichtverhältnisse geherrscht hätten, weshalb der Sattelschlepper nur schlecht sichtbar gewesen sei, was weitere Signalisations- und Sicherheitsvorkehren gefordert hätte.
Die Beschwerdeführerin verkennt, dass das Gericht ohne Verletzung des rechtlichen Gehörs Vorbringen unbeachtet lassen kann, wenn es seine Überzeugung bereits aus anderen Beweismitteln gewonnen hat. So schliesst auch <ref-law> eine antizipierte Würdigung von Beweisen nicht aus (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 157; <ref-ruling> E. 3c S. 223 f.). Die Vorinstanz hat unter Beizug der Strafakten erwogen, dass die Sicht am Unfalltag trotz des Regens gut war, zumal sich der Unfall tagsüber ereignete und kein Nebel herrschte. Der Lastwagen habe sich mit seiner grün-gelben Front sichtbar von der Umgebung abgehoben und sei demnach gut erkennbar gewesen. Die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, weshalb die vorweggenommene Beweiswürdigung der Vorinstanz hinsichtlich der Wetter- und Sichtverhältnisse im Unfallzeitpunkt willkürlich gewesen und eine zusätzliche Einvernahme des angebotenen Zeugen zwingend geboten gewesen wäre. Eine Gehörsverletzung ist nicht dargetan.
2.5 Die Beschwerdeführerin bringt sodann vor, die Vorinstanz sei bei der Feststellung des Sachverhalts von einem falschen Beweismass ausgegangen, indem sie angenommen habe, dass die Warnblinker des Sattelschleppers im Unfallzeitpunkt eingeschaltet waren. Eine solche Annahme verletze <ref-law> und sei zudem willkürlich.
Die Beschwerdeführerin führt diesbezüglich zu Recht aus, dass im Zivilprozess das Regelbeweismass gilt. Danach gilt ein Beweis als erbracht, wenn das Gericht nach objektiven Gesichtspunkten von der Richtigkeit einer Sachbehauptung überzeugt ist (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 719 f.). Die Beschwerdeführerin vermag jedoch nicht darzutun, inwiefern die Vorinstanz der Würdigung der Beweisaussagen bezüglich der Beleuchtung des Sattelschleppers am Unfalltag ein bundesrechtswidriges Beweismass zugrunde gelegt haben soll; ein solches ist überdies auch nicht ersichtlich.
2.6 Die selbstständige Begründung der Vorinstanz, wonach der Erfolg auch dann eingetreten wäre, wenn X._ zusätzlich eine Sicherungsmassnahme in Form einer Baustellensignalisation ergriffen hätte, hält vor Bundesrecht stand. Auf die weiteren Vorbringen der Beschwerdeführerin, die sich ausschliesslich auf die zusätzliche Begründung im angefochtenen Entscheid hinsichtlich der Sorgfaltspflichtverletzung bezieht, ist damit nicht einzutreten.
3. Nach dem Gesagten durfte die Vorinstanz ohne Verletzung von Bundesrecht davon ausgehen, dass keine strafbare Handlung im Sinne von <ref-law> vorliegt. Der von der Beschwerdeführerin geltend gemachte Genugtuungsanspruch ist somit nach <ref-law> verjährt.
Die Beschwerde erweist sich insgesamt als unbegründet. Sie ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Mai 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze