Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht St. Gallen sprach X._ am 8. Dezember 2005 des vollendeten Versuchs des Totschlags, des mehrfachen Diebstahls, des mehrfachen Hausfriedensbruchs, des mehrfachen geringfügigen Vermögensdeliktes und der mehrfachen Übertretung des Bundesgesetzes über die Betäubungsmittel schuldig und verurteilte sie zu einer Freiheitsstrafe von 22 Monaten. Gleichzeitig wurde eine ambulante Massnahme gemäss Art. 43 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB angeordnet.
In der Folge befand sich X._ auf freiwilliger Basis in der Kantonalen Psychiatrischen Klinik Wil. Der Strafvollzug begann am 3. August 2006 mit dem Übertritt in die Anstalten Hindelbank und endete am 26. September 2008.
B. Da sich die ambulante Behandlung als ungenügend erwies, stellte das Amt für Justizvollzug am 27. Juni 2008 den Antrag betreffend Umwandlung der ambulanten in eine stationäre Behandlung. Das Kreisgericht St. Gallen ordnete am 18. September 2008 für X._, gestützt auf Art. 59 und 60 StGB, eine stationäre Behandlung an.
Am 30. März 2009 wies das Kantonsgericht St. Gallen die gegen diesen Entscheid erhobene Berufung von X._ ab.
C. X._ führt Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht. Sie beantragt, das angefochtene Urteil sowie dasjenige des Kreisgerichts St. Gallen seien aufzuheben. Eventualiter sei die Angelegenheit zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
D. Die Staatsanwaltschaft des Kantons St. Gallen und die Vorinstanz verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin macht eine Verletzung von Art. 65 StGB, Art. 5 EMRK sowie des Grundsatzes "ne bis in idem" geltend.
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder aber eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.).
Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG ist die Beschwerde hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden (Urteil des Bundesgerichtes 4A_223/2007 vom 30. August 2007 E. 3.1 mit Hinweisen).
1.3 Die Beschwerdeführerin hat sich weder mit den Art. 59 und 60 StGB noch insbesondere mit Art. 63b Abs. 5 StGB auseinandergesetzt, sondern sich lediglich auf den im vorliegend zu beurteilenden Fall nicht relevanten Art. 65 Abs. 1 StGB bezogen. Sie macht nur geltend, die Vorinstanz begründe die spezifischen Voraussetzungen von Art. 59 und 60 StGB nicht konkret, ohne aber diese Rüge in irgendeiner Form zu belegen.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin rügt ferner eine Verletzung des Willkürverbots (Art. 9 BV), weil die Vorinstanz trotz gegenteiliger Empfehlung des psychiatrischen Gutachtens eine stationäre anstelle der ursprünglichen ambulanten Massnahme angeordnet habe.
2.2 Die Rüge der offensichtlich unrichtigen Feststellung des Sachverhalts prüft das Bundesgericht gemäss Art. 105 Abs. 2 BGG nur insoweit, als in der Beschwerde explizit vorgebracht und substantiiert dargelegt wird, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 1.4.3 mit Hinweisen). Dies hat die Beschwerdeführerin unterlassen. Eine substantiierte Begründung liegt nicht vor. Die Vorinstanz begründet im Übrigen ausführlich, warum sie trotz des eher kritischen Gutachtens eine stationäre therapeutische Massnahme anordnet (angefochtenes Urteil S. 9, Gutachten des Institutes für Forensisch-Psychologische Begutachten vom 10. Februar 2009, B/18, Beilage).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt schliesslich eine Verletzung von Art. 56 Abs. 3 lit. c StGB. Die Vorinstanz habe entgegen der Auffassung der Anstaltsleitung von Hindelbank festgehalten, diese verfüge grundsätzlich über taugliche Therapieangebote für Täter mit psychischen Störungen und Abhängigkeiten, wie sie die Beschwerdeführerin aufweise.
3.2 Mit ihrer Rüge stellt sich die Beschwerdeführerin gegen eine tatsächliche Feststellung der Vorinstanz (angefochtenes Urteil, S. 10). Was sie hiergegen einwendet, erschöpft sich in einer blossen appellatorischen Kritik am angefochtenen Urteil. Für die Begründung einer willkürlichen Feststellung des Sachverhalts genügt praxisgemäss nicht, dass das angefochtene Urteil mit der Darstellung des Beschwerdeführers nicht übereinstimmt oder eine andere Lösung oder Würdigung vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre (<ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen).
Die Ausführungen der Beschwerdeführerin sind nicht geeignet, offensichtlich erhebliche und nicht zu unterdrückende Zweifel an der vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellung darzutun. Zwar trifft es zu, dass die Anstaltsleitung Hindelbank eine dortige stationäre Massnahme als nicht erfolgversprechend einstuft (act. B/12, S. 2 der Vorakten). Die Vorinstanz betont denn auch lediglich, dass Hindelbank grundsätzlich über taugliche Therapieangebote verfüge, die konkrete Anordnung, wo der Vollzug der stationären Massnahme erfolgen solle, jedoch Aufgabe des Justizvollzugs sei (angefochtenes Urteil, S. 10).
4. Auf die Beschwerde ist nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Sie ersucht um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege. Da das Rechtsmittel von vornherein aussichtslos war, kann dem Gesuch nicht entsprochen werden (Art. 64 Abs. 1 BGG). Bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr ist ihren finanziellen Verhältnissen Rechnung zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Januar 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Keller