Fatti:
A. Il 15 dicembre 2006 è stato pubblicato nel Foglio ufficiale del n. 100/2006 il decreto di convocazione dei Comuni del Cantone Ticino per l'elezione del Gran Consiglio e del Consiglio di Stato del 1° aprile 2007 per il periodo 2007-2011. Avverso gli atti preparatori in esso contenuti, e in particolare contro l'impossibilità per i gruppi aventi delle liste depositate di inviare un delegato e un delegato supplente ad assistere alle operazioni di ogni ufficio cantonale di spoglio, Giorgio Ghiringhelli ha inoltrato un ricorso e una petizione al Consiglio di Stato. Con decisione del 16 gennaio 2007 l'Esecutivo cantonale ha respinto il ricorso ed evaso al senso dei considerandi la petizione.
B. Contro questa decisione il 24 febbraio 2007 Giorgio Ghiringhelli presenta un ricorso in materia di diritto pubblico per violazione del diritto di voto dei cittadini. Chiede di invitare il Consiglio di Stato a voler indicare i rimedi giuridici nelle proprie decisioni, di annullare la decisione impugnata e di rinviare la causa al Governo cantonale per nuovo giudizio. Il ricorrente presenta inoltre un'istanza distinta tendente alla concessione dell'effetto sospensivo e all'adozione di misure cautelari, nel senso di sospendere lo spoglio fino all'evasione del ricorso e di ordinare alle autorità cantonali di non distruggere le schede delle elezioni e di conservarle in un luogo sicuro. Dei motivi del gravame si dirà, in quanto necessario, nei considerandi.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1. 1.1 La decisione impugnata è stata pronunciata dopo l'entrata in vigore, il 1° gennaio 2007 (RU 2006 I 1205), della legge federale sul Tribunale federale, del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110). Il ricorso è quindi disciplinato dal nuovo diritto (<ref-law>).
1.2 Presentato da un cittadino che ha diritto di voto nell'affare in causa (<ref-law>), il ricorso concernente il diritto di voto dei cittadini nonché le elezioni e votazioni popolari è ammissibile (art. 82 lett. c LTF), poiché interposto in tempo utile (<ref-law>) e nella forma prevista dalla legge (<ref-law>).
1.3 Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto, in particolare delle disposizioni cantonali in materia di diritto di voto dei cittadini e di elezioni e votazioni popolari, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Esso né è vincolato dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può quindi accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati e respingerlo sulla base di una motivazione differente da quella posta a fondamento del giudizio impugnato (cfr. <ref-ruling> consid. 1.4 pag. 140). Secondo l'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, il ricorso dev'essere motivato in modo sufficiente. Il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se queste ultime non sono più presentate nella sede federale.
1.4 Il ricorrente chiede dapprima di ammonire il Consiglio di Stato e di invitarlo, in futuro, a osservare la LTF, indicando segnatamente l'omessa indicazione dei rimedi giuridici, come disposto dall'art. 112 cpv. 1 lett. d LTF. Egli rinuncia tuttavia espressamente a postulare l'annullamento della decisione impugnata per questa carenza, dalla quale non ha subito alcun pregiudizio. D'altra parte, il Tribunale federale non deve esprimersi su cause future non sottoposte al suo giudizio, ricordato nondimeno che una siffatta omissione potrebbe comportare, all'occorrenza, secondo le circostanze del caso concreto, l'adozione delle misure previste dalla giurisprudenza.
1.4.1 Il ricorrente rileva, in via subordinata, che si potrebbe trattare di un ricorso al Gran Consiglio del Cantone Ticino ai sensi dell'art. 165 della legge ticinese sull'esercizio dei diritti politici, del 7 ottobre 1998 (LEDP), secondo cui i ricorsi contro le votazioni o elezioni cantonali devono essere inoltrati al Parlamento cantonale entro quindici giorni dalla pubblicazione dei risultati (cpv. 1). Egli si diffonde poi sulla questione di sapere se la decisione impugnata sia una decisione pregiudiziale secondo l'<ref-law> sulla ricusazione, rilevando nondimeno in tale ambito, in maniera contraddittoria, ch'egli "non pretende che gli uffici cantonali di spoglio non siano indipendenti" (ricorso n. 7 pag. 8) o di un'altra decisione incidentale ai sensi dell'<ref-law>.
Questi quesiti non devono essere esaminati oltre, ritenuto che gli atti preparatori, che potrebbero falsare l'esercizio della volontà popolare, devono essere impugnati immediatamente, senza attendere l'esito dello scrutinio quando, come nella fattispecie, sussistono seri dubbi riguardo all'ammissibilità di un rimedio di diritto cantonale (<ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 2a).
Il ricorrente si dilunga pure sul concetto di decisione, adducendo che "nel caso di specie non esiste alcuna decisione a monte", essendo contestata la "circostanza" che le liste depositate non possano inviare delegati: precisa che non è criticata la convocazione delle assemblee dei Comuni quanto un aspetto della procedura di spoglio e insiste sull'adempimento, nella fattispecie, del requisito di un interesse pratico e attuale al gravame. In tali circostanze appare superfluo attendere il mancato invito ad assistere allo spoglio o la reiezione di una siffatta richiesta presentata in occasione dello stesso.
Del resto, il ricorrente è insorto dinanzi al Consiglio di Stato contro un atto della procedura preparatoria delle elezioni in discussione con un ricorso ai sensi dell'art. 163 LEDP. Ritenuto che la decisione governativa impugnata, che ha in sostanza respinto la richiesta per i gruppi aventi liste depositate di inviare delegati ad assistere alle operazioni di spoglio, non concerne la pubblicazione dei risultati, il ricorso al Gran Consiglio secondo l'art. 165 LEDP non è dato, come peraltro espressamente ammesso in seguito dal ricorrente. Il ricorso, diretto contro la menzionata decisione governativa, emanata da un'autorità cantonale di ultima istanza (<ref-law>), può pertanto essere esaminato nel merito. Il ricorrente non contesta l'esito dell'esame della petizione.
1.4.2 Il ricorrente chiede di chiamare in causa l'ufficio cantonale di accertamento: la richiesta dev'essere respinta già per il fatto che non si è proceduto a uno scambio di scritti, non necessario nella fattispecie (<ref-law>). Egli si diffonde poi sulla desiderata composizione della Corte giudicante e sull'eventuale pubblicazione della sentenza. Non occorre esprimersi oltre su queste richieste, ritenuto che, come noto al ricorrente, il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>) e in particolare le norme di procedura della LTF (in particolare sulla composizione del collegio giudicante vedi l'art. 40 del regolamento del Tribunale federale, del 20 novembre 2006; RU 2006 5635).
1.4.3 Il ricorrente critica il fatto che, come risulta dalla contestata decisione, il Cancelliere dello Stato si è astenuto nell'ambito della delibera dell'impugnata risoluzione, ma l'ha poi nondimeno firmata. Ritiene strano che vi abbia partecipato, invece di ricusarsi, anche il Presidente del Consiglio di Stato, visto che il suo dipartimento aveva chiesto di respingere il ricorso. Egli precisa tuttavia che l'accertamento di queste irregolarità comporterebbe un inutile rinvio della causa, ragione per cui ritiene che la questione possa rimanere aperta. Egli accenna inoltre a una "certa diffidenza" nei confronti del giudice federale Eusebio, che oltre vent'anni or sono era stato candidato al Consiglio di Stato e nel 2001 membro di un ufficio cantonale di accertamento, per cui avrebbe accettato, per lo meno implicitamente, il sistema di spoglio attuale. Questo assunto non costituisce chiaramente un motivo di ricusazione (<ref-law>), istanza peraltro non presentata dal ricorrente.
2. 2.1 Nella decisione impugnata si rileva che, secondo le osservazioni del Cancelliere dello Stato, il sistema particolare di spoglio vigente nel Cantone Ticino è stato introdotto per preservare il principio costituzionale dell'inviolabilità del segreto di voto, che in materia di elezioni politiche con spoglio presso gli uffici elettorali comunali era stato oggetto, in passato, di continue contestazioni. Per combattere i rischi di manipolazioni e corruzione il legislatore ha quindi previsto un'organizzazione specifica delle operazioni, delegando il controllo dello spoglio a magistrati, affiancati da funzionari dell'amministrazione cantonale presieduti dal Cancelliere dello Stato, precisata anche da direttive emanate dal Governo in applicazione dell'art. 41 cpv. 4 LEDP.
Il Governo cantonale ha poi precisato che per garantire l'inviolabilità del segreto di voto e l'indipendenza delle operazioni di spoglio è stato introdotto un sistema particolare secondo il quale, nelle elezioni con il sistema proporzionale come quelle in discussione, lo spoglio avviene a livello cantonale (art. 38 cpv. 1 LEDP), ricordato che per tutte le votazioni ed elezioni, terminate le operazioni di voto, lo spoglio procede a porte chiuse (cpv. 4). Dette operazioni sottostanno a un controllo della magistratura, per il tramite dell'Ufficio cantonale di accertamento, composto di tre giudici del Tribunale d'appello, designati da quest'ultimo (art. 53 LEDP), e dagli uffici cantonali di spoglio, composti di tre membri, di cui il presidente dev'essere un magistrato dell'ordine giudiziario (art. 41 cpv. 1 LEDP). L'Esecutivo cantonale ha aggiunto che, per prassi costante, gli altri due membri sono assessori giurati: ricordato che i magistrati sono eletti dal popolo (giudici di pace) o dal Gran Consiglio (tutti gli altri giudici) sostiene che, come tali, sono indipendenti. La garanzia dei diritti politici, ne ha concluso il Governo, è pertanto rispettata, visto che ogni competenza decisionale nell'ambito delle operazioni di spoglio è delegata a persone esterne e indipendenti rispetto all'apparato statale e organizzativo delle elezioni. Ha aggiunto che nel quadro delle singole operazioni di spoglio la presenza di delegati dei singoli gruppi non è a priori esclusa laddove le operazioni non siano condotte da autorità o da persone indipendenti, richiamando in tale ambito l'organizzazione degli uffici elettorali comunali (art. 23 e 39 LEDP). Il Governo cantonale ha poi precisato che è garantita la presenza di delegati dei gruppi al momento delle deliberazioni dell'ufficio cantonale di accertamento, come pure il loro diritto di rilevare eventuali irregolarità e di chiedere rimedio all'ufficio elettorale (cfr. art. 23 cpv. 3 LEDP), ricordato che i cittadini possono infine impugnare i risultati dello scrutinio con ricorso al Gran Consiglio (art. 165 LEDP).
2.2 Il ricorrente contesta la costituzionalità del sistema di spoglio previsto dalla LEDP e in particolare dell'art. 38 cpv. 4, secondo cui per tutte le votazioni ed elezioni, terminate le operazioni di voto, lo spoglio procede a porte chiuse. Egli adduce che la vecchia legge sulle elezioni politiche, del 30 ottobre 1958, disponeva che i lavori si svolgevano a porte chiuse e che non erano ammessi i delegati dei gruppi. Ne deduce che, sebbene la LEDP non riprenda più questo divieto, dallo spirito della legge in vigore si comprenderebbe ch'esso rimane sottinteso. Ne conclude che la combinazione dell'art. 38 cpv. 4 LEDP (porte chiuse dello spoglio) e 23 cpv. 1 LEDP, secondo cui in caso di elezioni i gruppi che hanno depositato una lista hanno diritto di essere rappresentati presso gli uffici elettorali, sottintenderebbe il divieto di inviare delegati alle operazioni degli uffici cantonali di spoglio. Ciò sarebbe confermato anche dall'art. 54 LEDP, che prevede la possibilità di partecipare alle deliberazioni dell'ufficio cantonale di accertamento anche di un delegato per ogni lista o gruppo.
2.2.1 Il ricorrente sostiene, a torto come si vedrà, che in tale ambito la giurisprudenza del Tribunale federale sarebbe per lo meno ambigua. Al riguardo richiama la sentenza 1P.369/2004 del 13 giugno 2005 che lo interessava nella quale il Tribunale federale aveva rilevato che ci si sarebbe potuto chiedere se il mantenimento del sistema ticinese dello spoglio cantonale nell'ambito di votazioni politiche comunali, metodo sconosciuto negli altri Cantoni, sia effettivamente ancora giustificato (consid. 2.5.5, apparsa in RtiD II-2005 n. 2).
Il ricorrente accenna poi alla <ref-ruling>, nella quale, esprimendosi sull'accertamento di irregolarità insolite nel quadro del conteggio delle schede di voto sotto il profilo dell'<ref-law>, il Tribunale federale ha rilevato che anche nell'ambito di eventuali riconteggi non si giunge quasi mai al medesimo risultato. È stato ricordato che in una certa misura siffatte imprecisioni devono essere accettate, non possono essere evitate nella Landsgemeinde e nelle assemblee comunali, e dovrebbero essere limitate tramite regole rigorose e semplici, nonché mediante la partecipazione delle forze politiche nell'ambito del conteggio. Il Tribunale federale ha riconosciuto che una determinata insicurezza del conteggio è inerente al sistema democratico di elezioni e votazioni ed entro certi limiti dev'essere ammessa (consid. 3.6). In questo passaggio, il Tribunale federale ha richiamato, per confronto, la dottrina (Stephan Widmer, Wahl- und Abstimmungsfreiheit, tesi, Zurigo 1989, pag. 168; Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3a ed., Berna 1999, pag. 369, dove l'autore rileva che il conteggio dev'essere eseguito in maniera corretta, accennando poi alla circostanza che il Comitato UNO dei diritti umani, al commento all'art. 25 Patto ONU II, propone che i candidati a un'elezione dovrebbero assistere allo spoglio). Da questo passaggio il ricorrente deduce che sembrerebbe quasi evidente che lo spoglio dovrebbe aver luogo alla presenza dei delegati delle liste o dei loro rappresentanti e che ciò confermerebbe quanto esposto nella citata sentenza del 13 giugno 2005.
2.2.2 L'assunto è impreciso. Ciò è infatti chiaramente il caso soltanto quando detta presenza è ammessa dalla normativa o dalla prassi cantonale. In effetti, né il citato passaggio della <ref-ruling>, rettamente interpretato, né quello della richiamata sentenza ticinese stabiliscono che - in assenza di una normativa cantonale - l'<ref-law> imporrebbe un controllo delle operazioni di spoglio da parte di rappresentanti dei partiti o dei gruppi politici. Ciò è stato espressamente ricordato nella sentenza 1P.786/2005 dell'8 maggio 2006, alla quale accenna anche il ricorrente senza tuttavia confrontarsi oltre con gli argomenti posti a suo fondamento. Del resto la critica ricorsuale rivolta a quest'ultima sentenza, inerente allo spoglio centralizzato in occasione dell'elezione del Gran Consiglio ginevrino, nella quale al dire del ricorrente la questione sarebbe stata risolta in modo lapidario e in sole due righe, è superficiale e non pertinente.
2.2.3 Secondo l'<ref-law> la garanzia dei diritti politici protegge la libera formazione della volontà e l'espressione fedele del voto. Le elezioni e votazioni devono essere organizzate in maniera tale che la volontà degli elettori possa esercitarsi liberamente, segnatamente senza pressioni né influenze esterne (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 132), e che siano riconosciuti solo i risultati elettorali corrispondenti in modo affidabile e non falsato alla volontà dell'elettore liberamente espressa (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 2a). Il cittadino può quindi pretendere, ciò che è decisivo per il caso in esame, che l'autorità incaricata dello spoglio conti in maniera regolare e corretta, e conformemente alle norme applicabili, i suffragi espressi (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 4; sentenze 13 giugno 2005 consid. 1.3.2 e 4, citata, e 1P.363/1994 del 15 dicembre 1994, consid. 1c, apparsa in Plädoyer 2/1995 pag. 53 seg.). Spetta in primo luogo al diritto cantonale stabilire i casi nei quali un elettore può eventualmente esigere un riconteggio, ricordato che ove da una votazione risulti una maggioranza esigua e un elettore invochi indizi concreti di un conteggio erroneo dei suffragi e di un comportamento illecito degli organi incaricati di dirigere la votazione, le autorità sono comunque tenute, sulla base del diritto costituzionale federale, a esaminare in modo approfondito le censure sollevate contro il risultato della votazione (<ref-ruling> consid. 5 e 5.1; 442 consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 4 e 5; <ref-ruling> consid. 4 pag. 85).
2.2.4 Nella sentenza dell'8 maggio 2006 richiamata dal ricorrente è stato ricordato che l'<ref-law> impone un obbligo di accertamento affidabile, riguardo all'esattezza dello scrutinio, ma ch'esso non prescrive alcuna procedura particolare per le operazioni di spoglio. Spetta infatti in primo luogo al diritto cantonale definire la natura e la portata delle verifiche da effettuare in tale ambito. Resta riservata l'ipotesi in cui il diritto cantonale non offra regole sufficienti per garantire la regolarità del risultato proclamato. Così, nella misura in cui l'affidabilità del conteggio non è minacciata, lo spoglio può aver luogo nei circondari elettorali o in maniera centralizzata. È stato poi ricordato che l'<ref-law> non impone un controllo delle operazioni da parte dei rappresentanti del popolo o dei partiti politici. Il Tribunale federale ha inoltre rilevato che l'insieme delle norme invocate dai ricorrenti non riguardava il contenuto intrinseco dei diritti politici, ma che si trattava di norme di procedura e organiche, esaminate quindi, in applicazione dell'OG, sotto il profilo dell'arbitrio: la stessa conclusione valeva per le censure relative all'attività dei controllori, rette da disposizioni anch'esse di natura organizzativa (consid. 3.1). Di massima, queste considerazioni valgono anche per il caso in esame, trattandosi dell'interpretazione di altre norme cantonali (cfr. Michel Besson, Die Beschwerde in Stimmrechtssachen, in: Bernhard Ehrenzeller/Rainer J. Schweizer [editori], Die Reorganisation der Bundesrechtspflege - Neuerungen und Auswirkungen in der Praxis, San Gallo 2006, pag. 416 seg.). In effetti, di per sé, le operazioni di spoglio non sono in stretta relazione con il diritto di voto, né ne precisano il contenuto o la portata (<ref-ruling> consid. 4; <ref-ruling> consid. 2). Già in quella causa il Tribunale federale ha respinto la critica ricorsuale di istituire un controllo permanente sull'insieme delle operazioni centralizzate, poiché una siffatta presenza non è per nulla imposta dal diritto costituzionale federale (consid. 3.4). Le analoghe critiche addotte dal ricorrente sono quindi infondate.
2.2.5 Certo, in una sentenza dell'8 giugno 1977 il Tribunale federale ha rilevato che (contrariamente a quella ticinese) la prassi del Consiglio di Stato di Basilea Città di tener conto dei gruppi politici nel quadro della costituzione dell'ufficio elettorale è corretta sotto il profilo di considerazioni di ordine politico-istituzionale: ha comunque stabilito ch'essa non fondava un obbligo giuridico di prevedere la stessa partecipazione democratica anche nell'ambito del riconteggio, effettuato solo da funzionari (consid. 2c, apparsa in ZBl 78/1977 451).
2.2.6 Ritenuto che la normativa e la prassi cantonale non impongono la partecipazione di delegati dei gruppi (sulle ragioni storiche che hanno portato all'adozione del sistema ticinese v. Giuseppe Lepori, Diritto costituzionale ticinese, Bellinzona 1988, pag. 475 e segg., 482) e che un tale obbligo, come si è visto, non sgorga dal diritto costituzionale federale, essendo sufficiente che lo spoglio avvenga in maniera regolare e corretta, le critiche ricorsuali non reggono. Non occorre poi scordare che alle citate condizioni l'elettore potrà se del caso chiedere una verifica del risultato delle elezioni o un riconteggio delle schede (<ref-ruling>; sentenza del 13 giugno 2005).
2.3 Certo, il ricorrente insiste sull'asserita carenza di indipendenza degli uffici cantonali di spoglio e dell'ufficio cantonale di accertamento. Al suo dire, determinante non sarebbe in effetti la circostanza astratta che l'autorità è composta di magistrati, ma la verifica della loro indipendenza nel caso concreto. Ammesso che la competenza degli uffici cantonali di spoglio nominati di volta in volta dal Consiglio di Stato è stabilita dalla legge, il ricorrente rileva che per contro ciò non è il caso per la loro organizzazione, disciplinata da direttive emesse dal Governo, e per la designazione del cancelliere dello Stato quale direttore dei lavori di spoglio. Le stesse conclusioni varrebbero pure per l'ufficio cantonale di accertamento, composto di magistrati, ma sottoposto alla vigilanza del Consiglio di Stato.
2.3.1 Anche questa tesi non regge. Il ricorrente pare infatti disconoscere che le garanzie di indipendenza, da lui invocate, si riferiscono ai principi di un equo processo nell'ambito delle procedure rette dall'art. 6 CEDU (cfr. al riguardo <ref-ruling> consid. 5.2 e 5.3.1; <ref-ruling> consid. 9.2 pag. 241), norma che, come a lui noto, non contiene alcuna garanzia riguardo alla tutela dei diritti politici (sentenza del 13 giugno 2005 consid. 2.5.2). Ora, tranne i citati accenni meramente teorici, il ricorrente non indica alcun motivo che in concreto potrebbe far dubitare della correttezza dell'operato svolto dai magistrati chiamati a effettuare e a sorvegliare lo spoglio, ricordata altresì la punibilità della frode elettorale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4c pag. 247), o idoneo a rendere verosimili irregolarità insite nel criticato sistema di spoglio. Per di più, nella decisione impugnata il Consiglio di Stato precisa espressamente, e rettamente, che la presenza di delegati dei singoli gruppi non è a priori esclusa laddove le operazioni di spoglio non siano condotte da autorità o persone indipendenti.
2.3.2 Egli misconosce pure che il diritto costituzionale federale impone soltanto che nel quadro di uno spoglio l'autorità incaricata di procedervi deve contare con cura e diligenza i suffragi, garantire la regolarità del conteggio, nonché la corretta determinazione dei risultati dello scrutinio (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 447 e rinvii, consid. 3.3; <ref-ruling> consid. 3c pag. 365). Il contestato sistema cantonale non viola la Costituzione, visto che offre sufficienti garanzie per un accertamento diligente e corretto dei risultati delle elezioni. Del resto, con la <ref-ruling> era stato ordinato un riconteggio non perché il sistema di spoglio era stato ritenuto incostituzionale, ma poiché, in particolare, era stato applicato anche un sistema di spoglio contrario al regolamento (consid. 3.8 pag. 453).
3. 3.1 Infine, il ricorrente richiama in maniera generica l'art. 25 del Patto internazionale relativo ai diritti civili e politici, concluso il 16 dicembre 1966 (Patto ONU II, RS 0.103.2), secondo cui ogni cittadino ha il diritto, segnatamente senza restrizioni irragionevoli, di votare e di essere eletto, nel corso di elezioni periodiche, veritiere, effettuate a suffragio universale ed eguale, e a voto segreto, che garantiscano la libera espressione della volontà degli elettori (lett. b). In questo Patto, i diritti politici sono espressamente concepiti come un minimo comune denominatore, per consentirne l'accettazione anche da parte di Stati meno democratici, per cui la tutela da esso offerta non avrebbe di massima una portata più ampia di quella offerta dal diritto federale e cantonale (DTF <ref-ruling> consid. 5 pag. 193; <ref-ruling> consid. 7d; sentenza del 13 giugno 2005 consid. 2.5.1; Piermarco Zen-Ruffinen, L'expression fidèle et sûre de la volonté du corps électoral, in: Thürer/ Aubert/Müller [editori], Verfassungsrecht der Schweiz, Zurigo 2001, § 21 n. 2 e segg.). Ora, come si è visto, il criticato sistema garantisce, contrariamente all'assunto ricorsuale, una corretta procedura di spoglio.
3.2 Il ricorrente accenna al fatto che al punto 20 dell'osservazione generale del Comitato ONU sui diritti umani si propone che lo spoglio dei voti dovrebbe avvenire alla presenza dei candidati o dei loro rappresentanti (v. al riguardo Walter Kälin/Giorgio Malinverni/Manfred Nowak, Die Schweiz und die UNO-Menschenrechtspakte, 2a ed., Basilea e Francoforte sul Meno 1997, pag. 545). Decisiva al proposito è tuttavia la circostanza che, come precisato dal ricorrente, la Svizzera non ha ratificato il primo protocollo facoltativo sui ricorsi individuali.
3.3 Certo, l'argomento della segretezza e dell'inviolabilità del voto addotto nella decisione impugnata è ininfluente, visto che mal si comprende come questi principi potrebbero essere lesi dalla presenza di delegati dei partiti e dei gruppi, a maggior ragione se meramente passiva e senza funzioni decisionali. Né il Consiglio di Stato adduce motivi organizzativi, peraltro non decisivi, che osterebbero a una siffatta partecipazione. Detta presenza aumenterebbe d'altra parte la trasparenza, la credibilità e l'attendibilità delle operazioni di spoglio. Decisiva è comunque la circostanza che la criticata prassi governativa non è insostenibile e quindi arbitraria. L'arbitrio non risulta in effetti già dal semplice fatto che un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 2.1 e rinvii). Del resto, l'introduzione della lettura ottica delle schede tramite scansione e la ripresa manuale solo delle poche schede che non potranno essere elaborate elettronicamente, diminuirà notevolmente i margini di errore (cfr. al riguardo le direttive sul flusso delle operazioni di spoglio per le elezioni cantonali 2007).
4. 4.1 Nell'ambito dei ricorsi per violazione del diritto di voto dei cittadini secondo l'art. 85 lett. a OG, la giurisprudenza rinunciava a prelevare una tassa di giustizia (DTF <ref-ruling> consid. 9 pag. 206; <ref-ruling> consid. 3). Pure nel quadro della legge federale sui diritti politici, del 17 dicembre 1976 (LDP; RS 161.1) la giurisprudenza rinunciava a riscuotere spese processuali, riferendosi anche alla prassi sviluppata nel quadro dei ricorsi di diritto pubblico per violazione dei diritti politici secondo l'art. 85 lett. a OG (<ref-ruling> consid. 4). Ora, l'<ref-law> prevede che di regola le spese giudiziarie sono addossate alla parte soccombente. Il Consiglio federale nel messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale, del 28 febbraio 2001 (FF 2001 pag. 3862 seg.), ha rilevato che i casi in cui il diritto previgente prevedeva la gratuità del procedimento dinanzi al Tribunale federale sono stati abbandonati. Oggi questi sono pertanto retti dalla normativa ordinaria: ciò vale segnatamente anche per i ricorsi in materia di diritti politici (<ref-law>, nel nuovo tenore in vigore dal 1° gennaio 2007, secondo cui, nei procedimenti dinanzi al Tribunale federale, l'onere delle spese è disciplinato dalla LTF). Certo, come rileva il ricorrente, il messaggio si riferisce alla LDP e non alle votazioni o elezioni cantonali, dove la gratuità era stata istituita dalla prassi.
La LTF ha nondimeno in particolare soppresso la gratuità di determinate procedure sostituendola con una clausola volta a garantire che le spese per le cause a carattere sociale siano contenute (<ref-law>). Anche in tale ottica si giustifica di abbandonare la prassi inerente alla gratuità dei ricorsi in materia di diritti politici, sia a livello federale che cantonale, come peraltro sostenuto da gran parte della dottrina (Hansjörg Seiler/Nicolas von Werdt/Andreas Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Berna 2007, n. 3 all'art. 65 e, in particolare, n. 32 all'art. 66; Peter Karlen, Das neue Bundesgerichtsgesetz: Die wesentlichen Neuerungen und was sie bedeuten, Basilea 2006, pag. 31 in alto; Karl Spühler/Annette Dolge/Dominik Vock, Kurzkommentar zum Bundesgerichtsgesetz [BGG], Zurigo 2006, n. 3 all'art. 65). Del resto, come noto al ricorrente, nel Cantone Ticino non si rinuncia sistematicamente a prelevare spese processuali in tale ambito (cfr. sentenze del 13 giugno 2005 consid. 5, citata, e 1P.535/2005 del 6 febbraio 2006, consid. 5, apparsa in RtiD I-2006 n. 2). Si può nondimeno tener conto della particolare natura dei ricorsi in materia di diritti politici nella determinazione dell'importo delle spese giudiziarie.
4.2 Il ricorrente è stato invitato a fornire un anticipo per le spese giudiziarie presunte e si è espresso sul possibile, da lui contestato cambiamento di prassi (cfr. <ref-ruling> consid. 3d). Si giustifica quindi di applicare la nuova giurisprudenza al caso in esame, addossando le spese giudiziarie al ricorrente (<ref-law>). Nella fattispecie l'esito del ricorso era prevedibile alla luce della sentenza dell'8 maggio 2006. Non vi sono quindi circostanze eccezionali e del tutto particolari che potrebbero giustificare una rinuncia al loro prelievo (art. 66 cpv. 1 secondo periodo LTF; su questo tema: Besson, loc. cit., pag. 419; Ivo Eusebio/Tiziano Crameri, L'attuale tutela giuridica dei diritti politici, con particolare riferimento a cause ticinesi, e quella prevista dalla legge sul Tribunale federale, in: Diritto senza devianza, Studi in onore di Marco Borghi, Basilea 2006, pag. 371 e segg., 405 seg.). In considerazione di tutte le circostanze della fattispecie, in concreto una tassa di giustizia di fr. 1'000.-- appare adeguata.
4.3 L'emanazione del presente giudizio rende priva di oggetto l'istanza d'effetto sospensivo.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al ricorrente e al Consiglio di Stato del Cantone Ticino.