Faits:
A.
Par ordonnance du 10 avril 2013, le Ministère public du canton de Vaud a classé la procédure instruite sur plainte de X._ pour lésions corporelles simples et abus d'autorité.
B.
Statuant sur le recours interjeté par X._, la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal vaudois l'a rejeté par arrêt du 29 avril 2013.
En bref, la cour cantonale a retenu les faits suivants.
Le 10 janvier 2010, la police lausannoise est intervenue, sur mandat du Ministère public de l'arrondissement de Lausanne, dans un immeuble occupé par des squatters, à l'avenue Y._, à Lausanne. L'ordre de mission portait sur une perquisition des locaux et sur la notification de plusieurs mandats de comparution à des occupants présumés des lieux. Les occupants des lieux ont refusé aux inspecteurs l'accès aux locaux en érigeant des barricades aux deux entrées du bâtiment, notamment au moyen de meubles, de palettes CFF et de matelas. Les inspecteurs ont dès lors fait appel au groupe d'intervention pour investir les lieux et procéder aux actes requis par le magistrat instructeur. Une fois entrés dans l'immeuble, les policiers ont été entravés dans leur progression par certains des occupants qui ont jeté des objets divers dans leur direction. X._ se trouvait alors dans une chambre située à l'étage supérieur, juchée sur une mezzanine aménagée en hauteur. Devant son refus de descendre malgré plusieurs injonctions verbales, deux policiers se sont saisis de sa personne et l'ont acheminée hors du bâtiment. Après avoir été menottée, elle a été conduite vers un véhicule banalisé de la police. Elle a toutefois refusé d'y monter en gesticulant et a dû y être placée de force, sur la banquette arrière, par quatre policiers. Durant l'intervention, elle a donné plusieurs coups de pied et de jambe, l'un atteignant l'un des policiers au visage, brisant ses lunettes médicales, d'autres en direction du conducteur. L'un des policiers a dû utiliser son bâton tactique faisant appel à la méthode des points de compression; un autre a dû lui donner des coups aux cuisses et aux jambes pour la maîtriser. Une fois à l'intérieur du véhicule, X._ a continué à se débattre et à cracher sur les policiers qui ont dû lui maintenir les membres inférieurs durant le trajet, effectué en urgence, jusqu'à l'Hôtel de police. Une fois sur place, X._ a été prise en charge par deux autres agents et placée en cellule de maintien en attendant son audition. Son alcoolémie s'élevait alors à 1,6 g o/oo. Elle a été entendue par les policiers et a refusé, dans une large mesure, de répondre à leurs questions, avant de quitter l'Hôtel de police vers 15h30. Elle a consulté l'Unité de médecine des violences du CHUV (ci-après : UMV) qui a établi un cahier photographique et un rapport dont il ressort qu'elle a présenté de nombreuses ecchymoses et des griffures sur diverses parties du corps, notamment les bras et les jambes.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, principalement à l'annulation de l'arrêt entrepris et de l'ordonnance de classement du 10 avril 2013 et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale afin qu'elle procède aux mises en accusation des policiers concernés, subsidiairement à l'annulation de l'arrêt entrepris et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale supérieure pour nouvelle décision. Elle requiert par ailleurs l'assistance judiciaire.
Invités à déposer des observations sur le recours, la cour cantonale et le Ministère public y ont renoncé se référant aux considérants de l'arrêt attaqué.

Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 46).
1.1. Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>.
Lorsque le recours est dirigé contre une décision de non-entrée en matière ou de classement de l'action pénale, il n'est pas nécessaire que la partie plaignante ait déjà pris des conclusions civiles (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 248). En revanche, elle doit expliquer dans son mémoire quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé à moins que, compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée, on puisse déduire directement et sans ambiguïté quelles prétentions civiles pourraient être élevées et en quoi la décision attaquée pourrait influencer négativement leur jugement (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 222 et les arrêts cités).
1.2. La loi vaudoise du 16 mai 1961 sur la responsabilité de l'Etat, des communes et de leurs agents (LRECA; RS/VD 170.11) prévoit que l'Etat et les corporations communales répondent du dommage que leurs agents causent à des tiers d'une manière illicite (art. 4 al. 1). L'agent n'est pas tenu personnellement envers le lésé de réparer le dommage (art. 5). Sont des agents exerçant une fonction publique communale au sens de cette loi, les membres des autorités, les fonctionnaires, les employés et les autres agents des corporations communales (art. 3 al. 2). Entrent dans cette catégorie les agents de la police municipale qui font l'objet de la plainte de la recourante. Le canton de Vaud ayant ainsi fait usage de la faculté réservée à l'<ref-law>, la recourante ne dispose que d'une prétention de droit public à faire valoir non pas contre les auteurs présumés, mais contre l'État (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 191; arrêt 6B_474/2013 du 23 août 2013 consid. 1.3 et les arrêts cités). Selon la jurisprudence constante, une telle prétention ne peut être invoquée dans le procès pénal par voie d'adhésion et ne constitue dès lors pas une prétention civile au sens des dispositions précitées (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 88; <ref-ruling> consid. 2 p. 190 ss).
1.3. La jurisprudence reconnaît aux personnes qui se prétendent victimes de traitements prohibés au sens des art. 10 al. 3 Cst., 7 Pacte ONU II, 3 CEDH ou 13 par. 1 de la Convention des Nations unies contre la torture et autres peines ou traitements cruels, inhumains ou dégradants conclue à New York le 10 décembre 1984 (RS 0.105), d'une part, le droit de porter plainte et, d'autre part, un droit propre à une enquête prompte et impartiale devant aboutir, s'il y a lieu, à la condamnation pénale des responsables. La victime de tels traitements peut également bénéficier d'un droit de recours, en vertu des mêmes dispositions (<ref-ruling> consid. 3.1.1 p. 88 et les arrêts cités).
En l'occurrence, la recourante se plaint d'avoir été frappée à coups de pied et de poing par des agents de police alors qu'elle se trouvait menottée. Si les faits reprochés s'avéraient exacts, ils pourraient être assimilés à un traitement inhumain ou dégradant. La recourante a donc la qualité pour agir et, les autres conditions de recevabilité étant réunies, il y a lieu d'entrer en matière sur le fond.
2.
La recourante se plaint d'une constatation inexacte des faits, d'une appréciation arbitraire des preuves et d'une violation des art. 7 et 319 CPP. En substance, elle soutient qu'il n'était pas possible de conclure à l'absence de tout abus d'autorité dès lors que les policiers engagés avaient indiqué dans leurs déclarations que les lésions constatées médicalement sur tout son corps n'étaient pas compatibles avec un usage proportionné de la force. Ces lésions n'auraient pas pu être causées par son comportement au vu de leur nombre, de leur position sur le corps, de leur profondeur et de la marque de semelle sur sa robe à hauteur du bas-ventre. Les policiers avaient fait un usage disproportionné de la force, se rendant coupable d'abus d'autorité.
2.1. Selon l'<ref-law>, le ministère public ordonne le classement de tout ou partie de la procédure lorsqu'aucun soupçon justifiant une mise en accusation n'est établi (let. a), lorsque les éléments constitutifs d'une infraction ne sont pas réunis (let. b), lorsque des faits justificatifs empêchent de retenir une infraction contre le prévenu (let. c), lorsqu'il est établi que certaines conditions à l'ouverture de l'action pénale ne peuvent pas être remplies ou que des empêchements de procéder sont apparus (let. d), ou lorsqu'on peut renoncer à toute poursuite ou à toute sanction en vertu de dispositions légales (let. e). L'<ref-law> prévoit encore deux autres motifs de classement exceptionnels (intérêt de la victime ou consentement de celle-ci).
Le principe « in dubio pro duriore » découle du principe de la légalité (art. 5 al. 1 Cst. et 2 al. 2 CPP en relation avec les art. 319 al. 1 et 324 CPP; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 91). Il signifie qu'en principe, un classement ou une non-entrée en matière ne peuvent être prononcés par le ministère public que lorsqu'il apparaît clairement que les faits ne sont pas punissables ou que les conditions à la poursuite pénale ne sont pas remplies. La procédure doit se poursuivre lorsqu'une condamnation apparaît plus vraisemblable qu'un acquittement ou lorsque les probabilités d'acquittement et de condamnation apparaissent équivalentes, en particulier en présence d'une infraction grave (138 IV 86 consid. 4.1.2 p. 91; <ref-ruling> consid. 2.5 p. 288 s.).
2.2. La cour cantonale s'est référée à la décision du Procureur. En substance, ce dernier avait retenu que les actes de contrainte étaient justifiés par l'attitude oppositionnelle de la recourante. Il n'était pas exclu que certaines des lésions constatées avaient été causées par la recourante elle-même alors qu'elle se débattait. Le tableau des lésions documentées par le rapport de l'UMV ne permettait pas à lui seul de soupçonner des violences policières, ce d'autant que les faits incriminés auraient été commis à la vue de tous. Les agents avaient agi conformément aux devoirs de leur charge, l'infraction d'abus d'autorité n'était pas réalisée et un classement devait être prononcé. Quant à la cour cantonale, elle a retenu que les atteintes documentées par l'UMV étaient de nature à tomber sous le coup de l'infraction de lésions corporelles simples, respectivement de lésions corporelles par négligence. Il était plausible que certaines lésions cutanées aient été causées par les policiers, qui admettaient des actes de coercition physique envers la recourante. Ils s'étaient toutefois limités à agir dans l'exercice de leurs fonctions, sans faire usage de moyens disproportionnés. L'instruction n'avait pas permis d'établir le moindre abus d'autorité au préjudice de la recourante. L'usage de la force était resté strictement proportionné aux circonstances. Rien ne permettait de retenir un dessein dolosif de l'un ou l'autre des policiers concernés. Les actes incriminés étaient dès lors licites. Aucune mesure d'instruction n'apparaissait de nature à mener à une autre appréciation et une mise en accusation aboutirait ainsi sans aucun doute à l'acquittement des prévenus.
2.3. La cour cantonale a retenu qu'il était plausible qu'une partie des lésions aient été causées par les policiers. Se référant à la motivation du Procureur, elle a également considéré qu'il n'était pas exclu que certaines lésions aient été causées par la recourante elle-même lorsqu'elle se débattait. De plus, il semble que la cour cantonale ait implicitement retenu que certaines lésions restaient inexpliquées. Elle ne se prononce toutefois pas sur les motifs pour lesquels elle écarte la version de la recourante. La formulation même de la motivation cantonale, en particulier l'emploi des termes « plausible », « pas exclu », laisse penser qu'un certain doute existe quant au déroulement des faits. La cour cantonale a ainsi implicitement retenu la version la plus favorable aux prévenus. Or, au stade du classement, une telle application du principe in dubio pro reo ne se justifie pas (cf. <ref-ruling> consid. 7.3 p. 227 et les références citées). Les lésions subies par la recourante et constatées dans le rapport de l'UMV et les autres indices figurant au dossier ne permettent pas, à ce stade, de retenir qu'il n'existe aucun soupçon justifiant une mise en accusation, ni que les éléments constitutifs d'une infraction ne sont pas réunies (art. 319 al. 1 let. a et b CPP), comme l'a fait la cour cantonale.
Compte tenu du droit de la recourante à une enquête effective et, le cas échéant, à une procédure judiciaire, la décision de classement doit être annulée. Sous réserve d'éventuels compléments d'instruction à effectuer, un renvoi en jugement s'impose au sens de l'<ref-law>.
3.
Le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision. Au vu du sort du recours, il n'y a pas lieu d'examiner les autres griefs soulevés par la recourante qui deviennent sans objet.
La recourante obtient gain de cause. Elle ne supporte pas de frais (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Elle peut prétendre à de pleins dépens à charge du canton (<ref-law>). La requête d'assistance judiciaire est sans objet (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle instruction et nouvelle décision.
2.
Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3.
Le canton de Vaud versera à l'avocat de la recourante une indemnité de 3000 fr. à titre de dépens pour la procédure devant le Tribunal fédéral.
4.
La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
5.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours pénale du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 16 janvier 2014
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet