Sachverhalt:
A. Das Kreisgericht Rheintal verurteilte X._ am 8. Juli 2008 wegen Sachbeschädigung und Drohung zum Nachteil seines Bruders A._ zu einer Freiheitsstrafe von sechs Monaten. Es ordnete eine stationäre therapeutische Massnahme an. Die Zivilforderung von A._ verwies es auf den Zivilweg. Das Kantonsgericht St. Gallen wies die von X._ erhobene Berufung am 5. November 2009 ab.
B. Gegen dieses Urteil erhebt X._ Beschwerde in Strafsachen. Er beantragt, die Urteile des Kantonsgerichts St. Gallen vom 5. November 2009 und des Kreisgerichts Rheintal vom 8. Juli 2008 seien aufzuheben. Er sei vom Vorwurf der Drohung freizusprechen und zu einer Geldstrafe von 60 Tagessätzen zu Fr. 40.-- zu verurteilen. Soweit der Tatbestand der Drohung bestätigt werde, sei dennoch eine Geldstrafe auszusprechen, wenigstens aber die Freiheitsstrafe auf vier Monate zu reduzieren. Der bedingte Strafvollzug sei unter Ansetzung einer Probezeit von 2 Jahren zu gewähren und es sei eine ambulante Therapie anzuordnen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Er beantragt die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.

Erwägungen:
1.1 1.1.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz stelle den für den Tatbestand der Drohung nach <ref-law> massgebenden Sachverhalt in willkürlicher Weise fest, indem sie erwäge, das Opfer habe beim Vorfall vom 7. August 2006 Angst gehabt. Auch sie gehe davon aus, er habe entgegen den Aussagen des Opfers keine Pistole eingesetzt. Das Opfer habe die Drohung und die Angst immer im Zusammenhang mit der Pistole geschildert. Es habe nicht behauptet, es sei durch sein übriges Verhalten alleine in Angst versetzt worden. Zudem sei das Aussageverhalten des Opfers hinsichtlich des Waffeneinsatzes, der darauffolgenden Reaktion sowie seiner (des Beschwerdeführers) Aussagen widersprüchlich. Die Beweiswürdigung der Vorinstanz sei einseitig. Er habe bloss "Luft abgelassen". Nach den Sachbeschädigungen habe er von weiteren Handlungen abgesehen und sei weggefahren. Dieses Verhalten passe nicht zu jemandem, der einen anderen "kaputtmachen" wolle.
1.1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Feststellungen zum Sachverhalt prüft es nur unter dem Gesichtspunkt der Willkür (<ref-law>). Es hat die Voraussetzungen an die Begründungspflicht einer Willkürrüge und wann Willkür vorliegt, bereits mehrfach dargelegt. Darauf kann verwiesen werden (<ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.2 S. 177; je mit Hinweisen). Auf die Rechtsprechung zum Anklagegrundsatz und zum Grundsatz in dubio pro reo kann ebenfalls verwiesen werden (zum Anklagegrundsatz: <ref-ruling> E. 2a S. 21; zu in dubio pro reo: <ref-ruling> E. 2a S. 40 f.; je mit Hinweisen).
1.1.3 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist es nicht willkürlich, dass die Vorinstanz davon ausgeht, das Opfer sei in Angst versetzt worden. Denn der Beschwerdeführer fuhr nach den unangefochten gebliebenen Feststellungen der Vorinstanz am 7. August 2006 zum Opfer, zertrümmerte dessen Fahrzeug mit einem Beil und schlug die Glasfüllung an der Haustüre ein. Das Opfer beobachtete die Beschädigung des Fahrzeugs von seiner Wohnung aus und sprach den Beschwerdeführer vom Balkon aus auf sein Verhalten an. Dabei äusserte sich der Beschwerdeführer während des Vorfalls bzw. beim Verlassen des Tatorts jeweils dahingehend, dass das Opfer drankommen werde. Die Vorinstanz setzt sich eingehend mit den Aussagen des Opfers und des Beschwerdeführers auseinander und räumt die vom Beschwerdeführer geltend gemachten Widersprüche in den Aussagen des Opfers in überzeugender Weise aus (angefochtenes Urteil S. 3 f.). Dass die Vorinstanz die Angst im Zusammenhang mit der gesamten Tathandlung bejaht, ist angesichts der massiven Sachbeschädigung mit einem potentiell gefährlichen Gegenstand, der durch das Einschlagen der Haustüre verschafften Zutrittsmöglichkeit zu den Privaträumen des Opfers sowie den damit verbundenen Äusserungen, es werde drankommen, nicht zu beanstanden. Von einer einseitigen, schlechterdings unhaltbaren Beweiswürdigung kann keine Rede sein.
1.1.3 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist es nicht willkürlich, dass die Vorinstanz davon ausgeht, das Opfer sei in Angst versetzt worden. Denn der Beschwerdeführer fuhr nach den unangefochten gebliebenen Feststellungen der Vorinstanz am 7. August 2006 zum Opfer, zertrümmerte dessen Fahrzeug mit einem Beil und schlug die Glasfüllung an der Haustüre ein. Das Opfer beobachtete die Beschädigung des Fahrzeugs von seiner Wohnung aus und sprach den Beschwerdeführer vom Balkon aus auf sein Verhalten an. Dabei äusserte sich der Beschwerdeführer während des Vorfalls bzw. beim Verlassen des Tatorts jeweils dahingehend, dass das Opfer drankommen werde. Die Vorinstanz setzt sich eingehend mit den Aussagen des Opfers und des Beschwerdeführers auseinander und räumt die vom Beschwerdeführer geltend gemachten Widersprüche in den Aussagen des Opfers in überzeugender Weise aus (angefochtenes Urteil S. 3 f.). Dass die Vorinstanz die Angst im Zusammenhang mit der gesamten Tathandlung bejaht, ist angesichts der massiven Sachbeschädigung mit einem potentiell gefährlichen Gegenstand, der durch das Einschlagen der Haustüre verschafften Zutrittsmöglichkeit zu den Privaträumen des Opfers sowie den damit verbundenen Äusserungen, es werde drankommen, nicht zu beanstanden. Von einer einseitigen, schlechterdings unhaltbaren Beweiswürdigung kann keine Rede sein.
1.2 1.2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, es habe anlässlich des Bruderstreits eine Provokationssituation zwischen dem Opfer und ihm bestanden. Die Situation habe sich zwischenzeitlich verbessert, so dass sich sein Bruder unbehelligt fühle. Er verweist auf seine Plädoyernotizen und die Berufungsschrift. Die Vorinstanz habe sich mit der Provokation innerhalb der Strafzumessung nicht auseinandergesetzt bzw. diese unter Verletzung ihres Ermessens verneint.
1.2.2 Die Vorinstanz setzt sich mit der Frage, ob den Handlungen des Beschwerdeführers eine Provokation vorausging, auseinander (angefochtenes Urteil S. 11 lit. d). Sie kommt gestützt auf die gutachterlichen Feststellungen der Klinik St. Pirminsberg vom 6. März 2008 (vgl. angefochtenes Urteil S. 12) und die Aussagen des Beschwerdeführers an der Berufungsverhandlung zum Schluss, dass keine Provokationen durch das Opfer stattgefunden hätten. Solche Äusserungen beruhten vielmehr auf der krankheitsbedingten wahnhaften Wahrnehmung des Beschwerdeführers. Eine willkürliche Beweiswürdigung sowie eine Verletzung des rechtlichen Gehörs ist aufgrund der umfassenden Beweiswürdigung der Vorinstanz nicht ersichtlich.
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz verletze den Anspruch auf rechtliches Gehör, indem sie eine Freiheitsstrafe anstelle von Geldstrafe oder gemeinnütziger Arbeit ausspreche, ohne die Wahl der Strafart zu begründen. Sinngemäss macht der Beschwerdeführer auch geltend, die Vorinstanz habe bei der Wahl der Strafart Bundesrecht verletzt.
2.2 Für den Bereich der mittleren Kriminalität sieht das neue Recht als Regelsanktion die Geldstrafe und die Freiheitsstrafe vor (Art. 34 und 40 StGB). Die Geldstrafe beträgt höchstens 360 Tagessätze (<ref-law>, die Freiheitsstrafe in der Regel mindestens sechs Monate (<ref-law>). Nach der Konzeption des neuen Allgemeinen Teils des Strafgesetzbuches stellt die Geldstrafe die Hauptsanktion dar. Freiheitsstrafen sollen nur verhängt werden, wenn der Staat keine anderen Mittel hat, die öffentliche Sicherheit zu gewährleisten. Nach dem Prinzip der Verhältnismässigkeit soll bei alternativ zur Verfügung stehenden und hinsichtlich des Schuldausgleichs äquivalenten Sanktionen im Regelfall diejenige gewählt werden, die weniger stark in die persönliche Freiheit des Betroffenen eingreift bzw. die ihn am wenigsten hart trifft (<ref-ruling> E. 4.2.1 S. 101 mit Hinweisen). Wo verschiedene Sanktionen zur Verfügung stehen, gehört zur Strafzumessung nebst der Bestimmung des Strafmasses auch die Festlegung der Strafart. Die Wahl der Sanktionsart erfolgt alleine durch das Gericht. Dem Verurteilten steht diesbezüglich kein Wahlrecht zu. Massgebende Kriterien sind die Zweckmässigkeit einer Sanktion, die Auswirkungen auf den Täter und sein soziales Umfeld sowie ihre präventive Wirksamkeit (<ref-ruling> E. 6.3.3.3 S. 109 und E. 6.3.3.4 S. 110). <ref-law> bestimmt unter dem Titel Begründungspflicht, dass das Gericht in der Begründung die für die Zumessung der Strafe erheblichen Umstände und deren Gewichtung festhält (vgl. Entscheid 6B_472/2007 vom 27. Oktober 2007 E. 8.1). Das Gericht hat auch die Wahl der Strafart im Urteil zu begründen (<ref-law>).
2.3 Die Vorinstanz führt zur Wahl der Strafart aus, beide vom Beschwerdeführer erfüllten Tatbestände sähen als Sanktion Geldstrafe oder Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren vor. Nach dem Prinzip der Verhältnismässigkeit sei im Regelfall jene Sanktion zu wählen, welche weniger stark in die persönliche Freiheit des Betroffenen eingreife. Es sei aber auch der Stellenwert des betroffenen Rechtsguts zu berücksichtigen. Der Tatbestand der Drohung sanktioniere den Angriff auf die Freiheit der Willensbildung und -betätigung einer Person. Dieses Rechtsgut sei als hoch zu bewerten. Die vom Beschwerdeführer verbal und durch sein gewalttätiges Verhalten geäusserte Drohung sei massiv gewesen und habe bei seinem Bruder zu einer erheblichen Beeinträchtigung des Sicherheitsgefühls geführt. Angesichts der Wichtigkeit des verletzten Rechtsguts und der Schwere des Verschuldens werde nur eine Freiheitsstrafe der Tat des Beschwerdeführers gerecht (angefochtenes Urteil S. 9 f.). Der Beschwerdeführer sei zudem bereits vor weniger als fünf Jahren vor der Tat vom Kantonsgericht Appenzell Ausserrhoden zu einer achtmonatigen unbedingten Gefängnisstrafe verurteilt worden.
2.4 Die Vorinstanz würdigt in ihrer Urteilsbegründung die für sie entscheiderheblichen Kriterien zur Wahl der Strafart, nämlich den Stellenwert des betroffenen Rechtsguts, die Schwere des Verschuldens sowie die Vorstrafen. Die Argumentation des Beschwerdeführers, die Vorinstanz verletze bei der Festsetzung der Strafart ihre Begründungspflicht nach <ref-law>, bzw. das rechtliche Gehör nach <ref-law>, geht fehl.
Die erhebliche Vorstrafen, welche wie die zu beurteilende Tat im Zusammenhang mit Alkohol stehen (unter anderem Fahren in angetrunkenem Zustand, vgl. Vorakten act. P1), zog einen achtmonatigen Freiheitsentzug nach sich. Zudem ergibt sich aus dem Strafregisterauszug, dass der Beschwerdeführer bereits am 2. November 2000 wegen Fahrens in angetrunkenem Zustand und weiteren Strassenverkehrsdelikten zu einer unbedingten Gefängnisstrafe verurteilt wurde. Dennoch hinterliessen beide Strafen keinen bleibenden Eindruck beim Beschwerdeführer, denn er delinquierte unter Alkoholeinfluss weiter. Aus diesem Grund durfte die Vorinstanz ohne Bundesrechtsverletzung davon ausgehen, dass nicht eine Geldstrafe, sondern ausschliesslich die Freiheitsstrafe als angemessene und zweckmässige Sanktion in Frage kommt. Die Rüge des Beschwerdeführers, die Vorinstanz verletze bei der Festsetzung der Strafart Bundesrecht, erweist sich als unbegründet.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe ihm in der Strafzumessung zu Unrecht ein erhebliches Alkoholproblem angelastet und den von ihm eingereichten Arztbericht zur Alkoholabstinenz ohne nachvollziehbare Begründung als nicht aussagekräftig gewertet. Er habe seit dem Gutachten eine Kehrtwende vollzogen. Die Vorinstanz habe die von ihm beantragte Haaranalyse unter Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör abgelehnt. Bei einem Schuldspruch wegen Drohung sei die Freiheitsstrafe auf vier Monate zu reduzieren.
3.2 Die Strafrechtliche Abteilung des Bundesgerichts greift in die Strafzumessung nur ein, wenn die Vorinstanz den gesetzlichen Strafrahmen über- oder unterschritten hat, wenn sie von rechtlich nicht massgebenden Kriterien ausgegangen ist, wesentliche Gesichtspunkte ausser Acht gelassen bzw. in Überschreitung oder Missbrauch ihres Ermessens falsch gewichtet hat (<ref-ruling> E. 2.1 S. 19 f. mit Hinweisen). Die Begründung muss die Höhe der ausgesprochenen Strafe rechtfertigen. Hingegen ist der Richter nicht gehalten, in Zahlen anzugeben, wie er welche Strafzumessungskriterien würdigt. Je höher die Strafe ausfällt, desto umfassender muss die Begründung der Strafzumessung sein. Dies gilt insbesondere dort, wo die Strafe innerhalb des Strafrahmens sehr hoch angesetzt wird. Alleine einer besseren Begründung wegen hebt das Bundesgericht das angefochtene Urteil nicht auf, solange die Strafzumessung im Ergebnis bundesrechtskonform erscheint (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 105 mit Hinweisen).
3.3 Die Vorinstanz berücksichtigt zur Tatkomponente, dass der Beschwerdeführer unter Alkoholeinfluss straffällig wurde. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers ist es nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz eine Kehrtwende hinsichtlich der Suchtproblematik verneint und die von ihm geltend gemachte zwischenzeitliche Alkoholabstinenz nicht strafmindernd wertet. Denn er zeigt keine Einsicht in sein (früheres) Alkoholproblem und bagatellisiert dieses nach wie vor (angefochtenes Urteil S. 11, 14). Nicht entscheidend ist der vom Beschwerdeführer beantragte Beweis mittels Haaranalyse. Denn die Vorinstanz geht gestützt auf seine Aussagen zu seinen Gunsten davon aus, dass er abstinent sei. Insgesamt veranschlagt die Vorinstanz das Wohlverhalten seit der Tat, trotz eines weiteren Vorfalles, aufgrund dessen dem Beschwerdeführer die Freiheit fürsorgerisch entzogen wurde, leicht strafmindernd. Diese Wertung des Nachtatverhaltens erweist sich als bundesrechtskonform. Abgesehen davon bildet eine Freiheitsstrafe von unter sechs Monaten, wie der Beschwerdeführer sie im Eventualfall beantragt, die Ausnahme (vgl. <ref-law>), wovon bei den von der Vorinstanz genannten Strafzumessungskriterien (vgl. angefochtenes Urteil S. 9 ff.) nicht auszugehen ist. Soweit der Beschwerdeführer den bedingten Strafvollzug beantragt, legt er nicht näher dar, weshalb das vorinstanzliche Urteil bundesrechtswidrig wäre. Darauf ist nicht einzutreten.
4. 4.1 Der Beschwerdeführer beanstandet, das Gutachten der Klinik St. Pirminsberg vom 6. März 2008, gestützt auf welches die Vorinstanz eine stationäre Massnahme ausgesprochen habe, sei nicht mehr aktuell. Es sei im November/Dezember 2007 erstellt worden und liege im Urteilszeitpunkt mehr als zwei Jahre zurück. Es berücksichtige die seither erfolgte Entwicklung in Bezug auf seine Alkoholabhängigkeit und sein Wohlverhalten nicht. Die Vorinstanz verletze den Anspruch auf rechtliches Gehör und stelle in willkürlicher Weise auf den im Gutachten genannten Sachverhalt ab.
4.2 Die Vorinstanz bestätigt die erstinstanzliche Anordnung der stationären therapeutischen Massnahme zur Behandlung einer psychischen Störung nach <ref-law>. Sie erwägt, sowohl an der erst- als auch an der zweitinstanzlichen Verhandlung habe der Beschwerdeführer keine Einsicht in seine wahnhaften Vorstellungen gezeigt und sein (früheres) Alkoholproblem bagatellisiert. So habe er ausgesagt, er leide nicht an Wahnvorstellungen, das denke bloss der Gutachter. Er habe auch nie ein Alkoholproblem gehabt, sondern die anderen hätten ihm Probleme gemacht. Nur dann habe er zuviel Alkohol getrunken. Selbst bei einer Alkoholabstinenz könnten die Wahnstörungen des Beschwerdeführers nicht als geheilt betrachtet werden, da es dazu gemäss Gutachten einer stationären Betreuung bedürfe.
4.3 Das Gericht stützt sich beim Entscheid über die Anordnung einer Massnahme nach <ref-law> (stationäre therapeutische Massnahme zur Behandlung von psychischen Störungen) auf eine sachverständige Begutachtung (vgl. <ref-law>). Ein Gutachten kann sich grundsätzlich lediglich über den Geisteszustand bzw. die Persönlichkeitsstruktur des Exploranden aussprechen, wie sie zur Zeit vor der Begutachtung vorgelegen haben. Nur insoweit ist es Beweismittel. Ob eine Expertise aufgrund der seitherigen Entwicklung noch Gültigkeit beanspruchen kann, hängt davon ab, ob und in welcher Weise sich der Geisteszustand oder die Persönlichkeitsstruktur des Betroffenen seit der letzten Begutachtung prognoserelevant verändert haben. Das Bundesgericht knüpft nicht an das formale Kriterium eines bestimmten Alters an. Auf ein älteres Gutachten kann abgestellt werden, sofern sich die Verhältnisse seit dessen Erstellung nicht verändert haben (<ref-ruling> E. 4.3 S. 254 mit Hinweisen). Feststellungen des Sachrichters über das Fortbestehen oder eine Änderung des früheren Geisteszustands des Täters sind tatsächlicher Natur.
4.4 Das vorliegende Gutachten wurde vor rund zwei Jahren, also vor noch nicht allzu langer Zeit, erstellt. Darin hält der Gutachter fest, dass auch nach einem Alkoholentzug aufgrund der wahnhaften Störungen des Beschwerdeführers eine medikamentöse Behandlung indiziert sei. Nicht selten seien an solchen Störungen erkrankte Personen für eine Therapie schwer zugänglich, weil sie sich nicht für krank halten. Daher benötige es in der Regel viel Zeit, um eine therapeutische Beziehung aufzubauen. Zur Behandlung der Störung sei eine mehrwöchige, unter Umständen eine mehrmonatige stationäre Behandlung notwendig. Gestützt auf die vorinstanzlichen Feststellungen fehlt dem Beschwerdeführer nach wie vor die Einsicht in seine Krankheit, sowohl in Bezug auf den (früheren) Alkoholmissbrauch als auch die Wahnvorstellungen. Selbst wenn sich der Alkoholmissbrauch nach den vorinstanzlichen Feststellungen zwischenzeitlich gebessert hat, besteht immer noch eine Behandlungsbedürftigkeit hinsichtlich der Wahnvorstellungen. Die Aussagen des Beschwerdeführers an der Berufungsverhandlung lassen auf die typischerweise fehlende Einsicht in seine psychische Erkrankung bzw. darauf schliessen, dass sein Geisteszustand seit der Begutachtung keine wesentliche Änderung erfahren hat. Die Feststellungen der Vorinstanz zum aktuellen Gesundheitszustand sind nicht willkürlich. Es verletzt daher auch kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz auf das Gutachten vom 6. März 2008 abstellt und gestützt darauf eine stationäre therapeutische Massnahme anordnet.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Sein Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ist abzuweisen, da die Beschwerde von vornherein aussichtslos war. Seinen angespannten finanziellen Verhältnissen ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 1'600.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Juni 2010
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Favre Koch