Sachverhalt:
A. X._ erwarb von A._ und B._ in den Jahren 1988/1989 die Grundstücke Nr. ccc, Nr. ddd und Nr. eee, GB Horw, in der Absicht, darauf eine Überbauung mit einem Wohn- und Geschäftshaus zu errichten. Im Kaufvertrag vom 5. April 1989 wurde zwischen den Parteien vereinbart, dass das auf dem Grundstück Nr. eee stehende Wohnhaus nach Fertigstellung des Wohn- und Geschäftshauses abgebrochen werde. Zudem wurde A._ und B._ gestattet, das Haus auf dem Grundstück Nr. eee bis zum Abbruch unentgeltlich zu bewohnen. Im Weiteren wurde im Sinne eines Vorvertrages vereinbart, dass sich die Parteien verpflichten, spätestens bei Fertigstellung des genannten Mehrfamilienhauses einen Kaufvertrag (Hauptvertrag) über eine 6-Zimmerwohnung im obersten Vollgeschoss und zwei Autoeinstellplätze in der Tiefgarage abzuschliessen. In der Folge kam es zwischen den Parteien zu erheblichen Meinungsverschiedenheiten, insbesondere in Bezug auf den Ausbaustandard der zu erwerbenden Eigentumswohnung und die Ausgestaltung des Stockwerkeigentums. Am 30. April 1998 sprach schliesslich das Amtsgericht Luzern-Land A._ und B._ das Eigentum an der Stockwerkeinheit Nr. ffff, GB Horw, sowie an den zwei selbstständigen Miteigentumsanteilen Nr. 8 und 9 (Einstellplätze) an Grundstück Nr. gggg, GB Horw, zu.
B. In der Folge waren sich die Parteien nicht einig bezüglich den von X._ noch vorzunehmenden Leistungen an den Wohnungen (3-Zimmerwohnung und 2 1⁄2-Zimmerwohnung) von A._ und B._, welche in der Stockwerkeinheit Nr. ffff errichtet worden waren. Uneinigkeit herrschte auch darüber, wem die Mietzinse von Juni 1998 bis August 1999 bzw. September 1999 der in dieser Zeit von X._ an Dritte vermieteten Wohnungen zustanden. Mit Urteil vom 27. Februar 2002 hiess das Kantonsgericht Nidwalden, Zivilabteilung, Grosse Kammer, eine Klage von A._ und B._ teilweise gut und verpflichtete X._ unter anderem, ihnen Fr. 58'162.-- nebst Zins zu 5 % seit 2. Juli 1999 zu leisten. Die Widerklage von X._ hiess es nur im Umfang von Fr. 685.-- nebst Zins zu 5 % seit 30. Juli 1999 gut. Dagegen gelangten die Parteien mit Appellation bzw. Anschlussappellation an das Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung, Grosse Kammer. Dieses wies mit Urteil vom 12. Juni 2003 sowohl die Appellation wie auch die Anschlussappellation vollumfänglich ab und bestätigte das kantonsgerichtliche Urteil.
C. X._ gelangt mit eidgenössischer Berufung an das Bundesgericht. Er beantragt die Aufhebung des angefochtenen Urteils. Eventuell verlangt er die Abweisung der Klage, soweit Fr. 6'607.-- übersteigend, sowie die Gutheissung der Widerklage im Betrag von Fr. 20'594.55 nebst Zins zu 5 % seit 30. Juli 1999.
Es sind keine Berufungsantworten eingeholt worden.
Das Bundesgericht hat die gleichzeitig eingereichte staatsrechtliche Beschwerde gegen das nämliche Urteil mit heutigem Datum abgewiesen, soweit es darauf eingetreten ist (Verfahren 5P.378/2003).

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Im vorliegenden Fall handelt es sich um eine vermögensrechtliche Zivilrechtsstreitigkeit im Sinne von Art. 46 OG. Der erforderliche Streitwert für das Berufungsverfahren ist gegeben. Die Berufung ist rechtzeitig erhoben worden und richtet sich gegen einen Endentscheid eines oberen kantonalen Gerichts, der nicht mehr durch ein ordentliches kantonales Rechtsmittel angefochten werden kann (Art. 54 Abs. 1 und Art. 48 Abs. 1 OG). Die Berufung erweist sich daher als grundsätzlich zulässig.
2. Mit Urteil vom 30. April 1998 hatte das Amtsgericht Luzern-Land den Klägern das Eigentum an der Stockwerkeinheit Nr. ffff und den darin enthaltenen Wohnungen zugewiesen. Diesbezüglich erwuchs das Urteil am 26. Mai 1998 in Rechtskraft. In der vorliegenden Streitsache geht es hauptsächlich um die Frage, ob der Beklagte nach diesem Zeitpunkt noch gutgläubiger Besitzer im Sinne von Art. 938 f. ZGB der Stockwerkeinheit gewesen ist und damit insbesondere Anrecht auf die einkassierten Mietzinse hat. Das Obergericht ist zum Schluss gelangt, da der Beklagte die auf Grund der konkreten Umstände erforderliche Aufmerksamkeit gemäss Art. 3 Abs. 2 ZGB missachtet habe, könne er sich nicht auf den guten Glauben berufen. Es hat daher den Beklagten unter anderem dazu verurteilt, den Klägern Ersatz für entgangene Mieten im Umfang von Fr. 44'355.-- zu leisten.
3. Nach Art. 3 Abs. 2 ZGB ist derjenige nicht berechtigt, sich auf den guten Glauben zu berufen, welcher bei der Aufmerksamkeit, wie sie nach den Umständen von ihm verlangt werden darf, nicht gutgläubig sein konnte. Die Anforderungen an die Aufmerksamkeit im Sinne dieser Bestimmung richten sich nach den Umständen des Einzelfalls, das heisst, es handelt sich um eine Ermessensfrage gemäss Art. 4 ZGB (<ref-ruling> E. 2a S. 399; <ref-ruling> E. 2a S. 3; <ref-ruling> E. 2c S. 443). Es besteht grundsätzlich keine allgemeine Erkundigungspflicht; nur wer begründeten Verdacht hat, muss Abklärungen treffen (Peter Jäggi, Berner Kommentar, N. 128 zu Art. 3 ZGB; Pio Caroni, Einleitungstitel des Zivilgesetzbuches, 1996, S. 220).
3.1 Das Kantonsgericht - auf dessen Erwägungen das Obergericht ausdrücklich verweist - hat festgehalten, der Beklagte führe ein Ingenieurbüro im Bereich Installations- und Haustechnik. Wegen der Besonderheit des von ihm betriebenen Geschäfts, aber auch des Umstandes, dass er jahrelang prozessiert habe und überdies durch einen Rechtsanwalt vertreten gewesen sei, habe ihm eine erhöhte Sorgfaltspflicht oblegen, sich über die Berechtigung zu orientieren und sich sicheres Wissen hierüber einzuholen. Indem das Urteil des Amtsgerichts Luzern-Land in Bezug auf die Eigentumszuweisung von keiner Partei angefochten worden sei, hätte der Beklagte die entsprechenden Rechtsfolgen zumindest abklären müssen. Zudem habe der Rechtsvertreter des Beklagten in einem Schreiben vom 22. Mai 1998 dem klägerischen Vertreter mitgeteilt, er werde gegen die Eigentumszuweisung nicht appellieren, demzufolge könnten sich die Kläger als Eigentümer der umstrittenen Objekte im Grundbuch eintragen lassen. Gestützt auf diese Erwägungen ist das Kantonsgericht zum Schluss gelangt, dass der Beklagte die erforderliche Aufmerksamkeit missachtet habe und sich folglich nicht auf den guten Glauben berufen könne.
3.1.1 Dagegen bringt der Beklagte vor, es sei für einen juristischen Laien völlig klar, dass das Eigentum an einem Grundstück erst mit dem Grundbucheintrag auf den Erwerber übergehe. Er sei daher davon ausgegangen, trotz des Urteils sei für den Eigentumsübergang der Grundbucheintrag entscheidend. Zudem bewirke nicht jedes Urteil auf Zusprechung von Grundeigentum sofort den Eigentumsübergang. Als juristischer Laie hätte er also den Unterschied zwischen Gestaltungs-, Feststellungs- und Leistungsurteilen, sowie zwischen deklaratorischer und konstitutiver Bedeutung des Grundbucheintrages erkennen müssen.
3.1.2 Es ist fraglich, ob es für einen juristischen Laien völlig klar ist, dass das Eigentum an einem Grundstück (in der Regel) mit dem Grundbucheintrag auf den Erwerber übergeht. Dies muss vorliegend jedoch nicht entschieden werden, denn das Kantonsgericht hat dem Beklagten nicht vorgeworfen, (sicher) gewusst zu haben, dass das Eigentum direkt mit Rechtskraft des Urteils an die Kläger übergegangen war. Ebenso wenig hat es von ihm verlangt, die oben angeführten rechtlichen Unterscheidungen zu kennen. Vielmehr hat es einzig eine Pflicht des Beklagten angenommen, sich über seine Berechtigung zu orientieren und sich sicheres Wissen hierüber einzuholen. Diese Annahme einer Abklärungspflicht ist nicht zu beanstanden. Da sich der Beklagte im Anschluss an das amtsgerichtliche Urteil ausdrücklich dem Eigentumsübergang nicht mehr widersetzt hat, wäre er auch gehalten gewesen, sich nach den daraus entstehenden Konsequenzen zu erkundigen.
3.2 Das Obergericht hat in Bezug auf die erforderliche Aufmerksamkeit ergänzend zu den Ausführungen des Kantonsgerichts festgehalten, aus den Erwägungen des Amtsgerichts Luzern-Land ergebe sich, dass der Beklagte in keiner Art und Weise zur Vermietung der Wohnungen berechtigt gewesen sei und dies sogar bereits auf Grund des Vorvertrages. Dem Beklagten hätte klar sein müssen, dass daran mit der gerichtlichen Eigentumsübertragung der Stockwerkeinheit nichts zu seinen Gunsten ändern würde. Sollte für den Beklagten nach dem amtsgerichtlichen Urteil in Bezug auf die Berechtigung an den Mietzinsen oder der Nutzung der Wohnungen noch Unklarheit bestanden haben, so wäre die vom Kantonsgericht dargelegte Abklärungspflicht erst recht zu bejahen.
3.2.1 Der Beklagte wendet ein, das Urteil des Amtsgerichts Luzern-Land sei bezüglich der Mietzinse nicht in Rechtskraft erwachsen, da unter anderem in diesem Punkt dagegen appelliert worden sei. Bis zum Urteil des Obergerichts des Kantons Luzern vom 9. August 1999 habe er folglich keine klare Kenntnis davon haben können, dass er nicht zur Vermietung der Wohnungen berechtigt gewesen sei.
3.2.2 Das Obergericht hat aus dem amtsgerichtlichen Urteil nicht in erster Linie abgeleitet, der Beklagte habe sichere Kenntnis über seine Nichtberechtigung an den Mietzinsen gehabt. Die Erwägungen des Amtsgerichts stellen für das Obergericht nur einen weiteren Umstand dar, welcher den Beklagten hätte veranlassen sollen, nähere Abklärungen zu treffen und Zweifel über die Rechtmässigkeit seines Tuns auszuräumen. In dieser Hinsicht spielt die vom Beklagten gerügte mangelnde Rechtskraft des amtsgerichtlichen Urteils nur eine untergeordnete Rolle.
3.3 Das Obergericht hat weiter erwogen, der Beklagte könne aus dem Verhalten der Kläger nichts für sich herleiten. Diese hätten zwar nach dem Urteil des Amtsgerichts Luzern-Land nicht umgehend Anstalten getroffen, ihn auf die bestehende Rechtslage aufmerksam zu machen oder ihn oder die Mieter aufgefordert, die Mietzinse direkt an sie zu bezahlen. Eine diesbezügliche Verpflichtung habe jedoch nicht bestanden.
3.3.1 Im Gegensatz dazu verlangt der Beklagte die Berücksichtigung des Verhaltens der Kläger bei den massgeblichen Umständen im Sinne von Art. 3 Abs. 2 ZGB. Es verhalte sich im vorliegenden Fall genau gleich wie in <ref-ruling>: Auf Grund des Verhaltens der Kläger habe der Beklagte Anlass zur Annahme gehabt, diese seien mit der weiteren Einziehung der Mietzinse durch ihn einverstanden, solange sie noch im alten Haus wohnen und nicht ausziehen würden.
3.3.2 Massgebend nach Art. 3 Abs. 2 ZGB ist die Aufmerksamkeit der durch den Gutglaubensschutz begünstigten Partei. Das Verhalten der durch den Gutglaubensschutz benachteiligten Gegenpartei ist insofern zu berücksichtigen, als es nicht dazu beitragen darf, dass der Begünstigte den Defekt in der rechtlichen Position nicht erkennt bzw. erkennen kann oder muss (Max Baumann, Zürcher Kommentar, N. 49 zu Art. 3 ZGB; Heinrich Honsell, Basler Kommentar, N. 36 zu Art. 3 ZGB).
Im vorliegenden Fall verhält es sich diesbezüglich anders als in dem vom Beklagten angeführten Bundesgerichtsentscheid: In diesem Urteil schützte das Bundesgericht den guten Glauben eines Bauenden, der auf Grund des Verhaltens seines Nachbarn (insbesondere Verzicht auf Baueinsprache) Anlass zur Annahme hatte, dieser sei mit der Beibehaltung eines jahrhundertealten (rechtswidrigen) Zustandes einverstanden (<ref-ruling> E. 5 S. 328). Dagegen hat sich hier der Beklagte schon auf Grund des offensichtlich angespannten Verhältnisses zwischen den Parteien nicht einfach darauf verlassen können, die Kläger seien mit der Einziehung der Mietzinse durch ihn einverstanden. Anhaltspunkte für das Vorliegen einer (konkludenten) Vereinbarung zwischen den Parteien lassen sich dem angefochtenen Urteil nicht entnehmen. Zudem haben - wie oben dargelegt - zahlreiche Umstände vorgelegen, welche den Beklagten bei gehöriger Aufmerksamkeit zu näheren Abklärungen hätten veranlassen müssen. Er hat daher nicht einfach auf das (passive) Verhalten der Kläger abstellen können.
3.4 Der Beklagte kritisiert weiter die Nichtberücksichtigung seines Gesundheitszustandes bei der Frage der gehörigen Aufmerksamkeit. Das Obergericht hat diesbezüglich festgehalten, der Beklagte sei, jedenfalls in den vergangenen Jahren, sehr wohl in der Lage gewesen, rechtliche Zusammenhänge zu begreifen und entsprechend zu handeln. Diese Schlussfolgerung basiert auf Beweiswürdigung, welche das Bundesgericht im Berufungsverfahren nicht überprüfen kann (<ref-ruling> E. 2b S. 258; <ref-ruling> E. 2b S. 12). Auf die dagegen vorgebrachten Rügen des Beklagten kann folglich nicht eingetreten werden. Damit kann offen bleiben, inwieweit die angeblichen gesundheitlichen Defizite des Beklagten überhaupt eine Rolle spielen, denn in persönlicher Hinsicht ist grundsätzlich objektivierend auf die Aufmerksamkeit eines Durchschnittsmenschen abzustellen (Max Baumann, a.a.O., N. 50 zu Art. 3 ZGB; Heinrich Honsell, a.a.O., N. 37 zu Art. 3 ZGB).
4. Zusammenfassend ergibt sich demnach, dass das Obergericht kein Bundesrecht verletzt hat mit der Annahme, der Beklagte habe die nach den Umständen gebotene Aufmerksamkeit missachtet und könne sich daher nicht auf den guten Glauben berufen. Die Berufung des Beklagten ist in diesem Punkt abzuweisen. Das Gleiche gilt für die vom Beklagten vorgebrachten Rügen in Bezug auf die Nutzung der Einstellplätze und die Auslagen für eine Waschmaschine. Diese Vorbringen hängen - wie der Beklagte selber ausführt - davon ab, dass er sich auf seinen guten Glauben berufen kann, was nach dem vorangehenden Erwägungen nicht erfüllt ist.
5. Schliesslich rügt der Beklagte, selbst wenn er wie ein bösgläubiger Besitzer zu behandeln sei, habe er gemäss Art. 940 Abs. 2 ZGB Anspruch auf Ersatz für notwendige Verwendungen. Daher müssten die Kläger für die Nebenkosten der Stockwerkeinheit aufkommen.
Das Kantonsgericht hat diese im kantonalen Verfahren vom Beklagten widerklageweise geltend gemachten Forderung mit der Begründung abgewiesen, die Nebenkosten seien ungenügend substantiiert. Das Obergericht hat im Wesentlichen auf die Erwägungen der Vorinstanz verwiesen und angefügt, der Beklagte lege in keiner Weise dar, inwieweit die Kläger ihn ermächtigt hätten, für sie zu handeln, oder die ohne Ermächtigung vorgenommenen Handlungen genehmigt hätten. Auf diese Erwägungen der beiden Vorinstanzen geht der Beklagte in seiner Berufungsschrift in keiner Weise ein. Er legt nicht dar, welche Bundesrechtssätze und inwiefern diese durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Damit kann in diesem Punkt nicht auf die Berufung eingetreten werden.
6. Damit ist die Berufung abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beklagte kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG). Er schuldet den Klägern allerdings keine Parteientschädigung für das bundesgerichtliche Verfahren, zumal keine Berufungsantwort eingeholt wurde.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird dem Beklagten auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Nidwalden, Zivilabteilung, Grosse Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Dezember 2003
Im Namen der II. Zivilabteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: