Faits:
A. Par jugement du 19 janvier 2012, le Tribunal d'application des peines et des mesures du canton de Genève (ci-après : TAPEM) a ordonné la poursuite de l'internement de X._.
B. Par arrêt du 4 juin 2012, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise a rejeté l'appel formé par X._.
En bref, il ressort les éléments suivants de cet arrêt.
B.a Par jugement du 5 mai 2000, confirmé par la Cour de cassation le 18 décembre 2000, la Cour d'assises du Canton de Genève a condamné X._ à 16 ans de réclusion, pour actes d'ordre sexuel avec des enfants, actes d'ordre sexuel commis sur des personnes incapables de discernement ou de résistance, tentatives d'assassinat avec désistement et contraintes et a prononcé la suspension de la peine au profit d'un internement au sens de l'art. 43 ch. 1 al. 2 et ch. 2 du CP dans sa version antérieure au 1er janvier 2007.
Ce jugement se fondait notamment sur un rapport d'expertise psychiatrique du 11 décembre 1998. Il en ressortait que X._ souffrait d'un trouble de la personnalité de type psychotique, assimilable à un développement mental incomplet, ainsi qu'un retard mental léger et un trouble de la préférence sexuelle, à type de pédophilie, se manifestant sous la forme d'une incapacité à nouer des relations affectives avec des adultes, tout en se sentant sur un pied d'égalité avec de très jeunes enfants, essentiellement âgés de trois à six ans.
B.b Lors du réexamen des internements imposé par l'entrée en vigueur de la nouvelle partie générale du Code pénal le 1er janvier 2007, le TAPEM a ordonné, par jugement du 9 décembre 2009, la poursuite de l'internement conformément au nouveau droit (<ref-law>).
Dans le cadre de cette procédure, un rapport d'expertise psychiatrique a été établi le 6 août 2008 selon lequel X._ souffrait d'un trouble mixte de la personnalité combiné à un trouble de la préférence sexuelle, ainsi que d'acquisitions scolaires insuffisantes. Le risque de récidive était certes pondéré par l'âge de X._, mais devait être qualifié de modéré à élevé. Ce pronostic était conforté par le comportement projectif de l'intéressé, consistant à se décrire comme une victime, par l'échec des différents traitements entrepris, ainsi que par l'absence de tout réseau extérieur. La poursuite de la mesure d'internement était ainsi préconisée.
B.c Dans le cadre de la procédure d'examen annuel de la mesure qui a abouti au jugement du TAPEM du 19 janvier 2012, la Commission d'évaluation de la dangerosité a estimé, le 9 février 2011, que X._ présentait un caractère dangereux pour la sécurité collective, vu le risque de récidive élevé.
B.d Selon le rapport intitulé « bilan de phase 1 et proposition de la suite du plan d'exécution des sanctions » établi par le Service pénitentiaire des EPO en décembre 2011, le maintien au pénitencier était toujours d'actualité, un nouveau point devant être effectué en hiver 2012.
Le 1er décembre 2011, le Service d'application des peines et des mesures (ci-après : SAPEM) a préavisé en faveur d'une prolongation de la mesure d'internement, évoquant notamment l'absence de suivi pendant plusieurs mois et la reprise récente du travail thérapeutique, ainsi que le fait qu'un bilan était prévu une année plus tard afin d'évaluer l'impact du groupe thérapeutique.
B.e A l'audience du 19 janvier 2012 devant les premiers juges, X._ a déclaré qu'il bénéficiait désormais d'une prise en charge régulière dans laquelle il s'investissait. Le suivi thérapeutique remontait à septembre 2011 et la thérapie de groupe à novembre 2011. Il n'y avait pas de traitement médicamenteux. Son souhait de bénéficier d'un tel suivi était la conséquence de ce qu'il avait pris conscience du mal qu'il avait fait. Il n'était pas « malade dans [sa] tête », mais avait eu des pulsions qu'il n'était pas arrivé à contrôler. Désormais, il réalisait qu'il y avait d'autres moyens de les assouvir. Il aurait dû mettre de la distance avec les enfants, par exemple en fréquentant des prostituées. Ces pulsions avaient désormais disparu. Il avait effectivement tenté d'obtenir un autographe d'un adolescent acteur. Il se considérait guéri. Comme on lui avait reproché de ne pas avoir de réseau social, il avait effectué des démarches en vue d'activités bénévoles.
B.f Devant la Chambre pénale, X._ a produit une attestation du 25 janvier 2012 du médecin psychiatre et de la psychologue traitants du Service médical des EPO. Il en résulte que l'essentiel de la prise en charge dont il bénéficie est axé sur du soutien, vu sa difficulté à supporter la durée de l'incarcération et la mesure d'internement. Les objectifs thérapeutiques restent limités nonobstant l'investissement de X._.
C. Contre l'arrêt cantonal du 4 juin 2012, X._ forme un recours en matière pénale. Il conclut, principalement, à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour qu'elle ordonne une expertise psychiatrique et, subsidiairement, à la réforme de l'arrêt en ce sens que la mesure d'internement est levée conditionnellement, des règles de conduite strictes, un traitement ambulatoire et une assistance de probation étant ordonnés. Il requiert par ailleurs le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale est ouvert contre les décisions sur l'exécution des peines et mesures (<ref-law>).
2. Le recourant invoque une violation des art. 56 et 64b CP. Il fait grief à la cour cantonale d'avoir arbitrairement refusé d'ordonner une nouvelle expertise psychiatrique et de s'être fondée sur celle de 2008.
2.1 Selon l'<ref-law>, l'autorité compétente doit examiner, d'office ou sur demande, au moins une fois par an et pour la première fois après une période de deux ans, si l'auteur peut être libéré conditionnellement de l'internement et, si tel est le cas, quand il peut l'être (let. a). Pour statuer sur la libération conditionnelle, l'autorité compétente s'entoure d'informations provenant de diverses sources : un rapport de la direction de l'établissement ; une expertise indépendante au sens de l'<ref-law> ; l'audition d'une commission au sens de l'<ref-law>, composée de représentants des autorités de poursuite pénale, des autorités d'exécution et des milieux de la psychiatrie, ainsi que l'audition de l'auteur (<ref-law>) .
L'expertise doit se déterminer sur la nécessité et les chances de succès d'un traitement, la vraisemblance que l'auteur commette d'autres infractions, la nature de celles-ci et les possibilités de faire exécuter la mesure (<ref-law>). Le juge apprécie en principe librement une expertise (cf. infra consid. 3.1).
Selon la jurisprudence rendue sous l'empire de l'ancien droit, le critère formel de la date de l'expertise n'est pas en soi déterminant. Le juge peut se fonder sur une expertise relativement ancienne à condition que la situation n'ait pas changé entre-temps (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 247). Si, en revanche, par l'écoulement du temps et à la suite d'un changement de circonstances, l'expertise existante ne reflète plus l'état actuel, une nouvelle évaluation est indispensable (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 247). Contrairement au droit actuel (<ref-law>), l'ancien droit n'exigeait pas que la révision annuelle de l'internement se fonde sur une expertise. Toutefois, l'<ref-law> ne peut être interprété dans le sens d'une obligation de procéder à une expertise à chaque révision annuelle. Le critère déterminant demeure l'actualité du contenu de la dernière expertise. Si aucun changement significatif dans la situation du condamné permettant de mettre en doute l'actualité de l'expertise ne s'est produit, l'autorité compétente peut se fonder sur celle-ci. Toutefois, elle devra tenir compte du fait que, selon les milieux de la psychiatrie, un pronostic de dangerosité fiable ne peut pas être établi pour une longue période. La doctrine évoque un délai de l'ordre de trois ans pour un renouvellement de l'expertise ( cf. MARIANNE HEER, in Basler Kommentar, Strafrecht I, 2e éd. 2007, no 66 ad <ref-law> et 13 ad <ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.4 p. 248). Un complément d'expertise peut s'avérer suffisant (cf. MARIANNE HEER, op. cit., no 69 ad <ref-law> et 13 ad <ref-law>).
2.2 La cour cantonale a retenu que l'évolution de la situation du recourant intervenue depuis l'établissement de l'expertise du 6 août 2008 n'était pas telle que la mise en ?uvre d'une nouvelle expertise ou d'un complément s'imposait. Le bilan du mois de décembre 2011 du Service pénitentiaire des EPO n'évoquait pas de progrès significatifs, les capacités d'introspection du recourant demeurant limitées et son discours plaqué, malgré les efforts consentis, notamment sous la forme de versements mensuels sur un compte destiné aux victimes. S'agissant de l'âge du recourant, l'expertise de 2008 avait déjà tenu compte de cet élément comme d'un facteur pondérant le risque de récidive. La différence entre l'âge actuel du recourant (61 ans) et celui au moment de l'expertise (57 ans) n'était pas importante. L'existence de contacts réguliers avec une visiteuse et un Major de l'Armée du Salut ainsi que les tentatives de trouver des activités bénévoles en vue d'une libération future constituaient des éléments positifs, en l'absence d'un réseau extérieur, mais ne le remplaçaient pas. Selon le bilan du Service médical des EPO susmentionné, le risque de récidive était inchangé, conclusion à laquelle étaient également parvenus la Commission d'évaluation de la dangerosité et le SAPEM.
La cour cantonale a encore retenu que le recourant n'était certes pas responsable de l'interruption du précédent suivi psychothérapeutique, mais qu'il avait attendu plusieurs mois avant d'en demander la reprise. Cette reprise, en septembre 2011, et l'adhésion au groupe pour agresseurs sexuels, en décembre 2011, étaient bien trop récentes pour justifier une réévaluation, ce d'autant plus que l'expertise du 6 août 2008 évoquait la nécessité d'une prise en charge spécialisée et investie sur le long terme. Selon l'attestation du 25 janvier 2012 du Service médical des EPO, l'essentiel de la prise en charge du recourant était axée sur du soutien de la difficulté à vivre la durée de l'incarcération et les objectifs thérapeutiques étaient limités. Quant à l'attestation précédente du 23 septembre 2011, elle soulignait les faibles capacités introspectives du recourant et évoquait des objectifs modestes, de sorte qu'il n'y avait guère eu d'évolution pendant les quelques mois séparant ces deux attestations.
2.3 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir arbitrairement ignoré la portée de différents éléments, tels que son âge, les démarches thérapeutiques entreprises, ses contacts avec une visiteuse et un Major de l'Armée du Salut, propres à faire apparaître l'expertise de 2008 comme désuète et qui auraient dû conduire l'autorité à ordonner une nouvelle expertise.
2.3.1 La cour cantonale a tenu compte de l'âge du recourant, relevant que les quatre ans écoulés n'étaient pas déterminants. A cet égard, le recourant se contente de soutenir que la corrélation entre avancée de l'âge et diminution du risque de récidive ne serait pas la même en fonction de la tranche d'âge et qu'il serait notoire que la diminution de ce risque serait plus importante entre 57 et 61 ans. Ce faisant, le recourant ne fait qu'opposer sa propre appréciation des faits et ne démontre pas ce qu'il avance. Purement appellatoire, son grief est irrecevable (<ref-ruling> consid. 4.2.3 in fine p. 5).
2.3.2 Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte du caractère sincère de ses démarches thérapeutiques et du fait qu'il avait entrepris volontairement et de manière spontanée un suivi de groupe pour agresseurs sexuels. Ces éléments figurent dans l'arrêt entrepris (p. 11 ch. 2.5.1). L'éventuelle influence de ceux-ci est toutefois largement pondérée par leur caractère très récent, étant rappelé que le suivi psychothérapeutique a repris en septembre 2011 et l'adhésion au groupe pour agresseurs sexuels en décembre 2011, soit à peine quelques mois avant que la cour cantonale statue. Dite influence est également pondérée par le constat des différents intervenants relevant que le recourant dispose de faibles capacités introspectives et qu'il a souvent recours à un discours plaqué. De plus, tout au long de son internement, le recourant a fait l'objet de plusieurs suivis thérapeutiques dans différents établissements (cf. expertise du 6 août 2008 p. 8-14) qui n'ont pas abouti à un changement, le recourant ne parvenant pas à s'inscrire véritablement dans une prise en charge thérapeutique investie, sur le long terme, susceptible de participer à d'éventuelles modifications de son mode de fonctionnement (rapport d'expertise du 6 août 2008 p. 21). Les démarches du recourant n'étaient ainsi pas propre à remettre en doute, au moment de l'arrêt de la cour cantonale, l'actualité de l'expertise de 2008.
2.3.3 Se référant au rapport d'expertise du 6 août 2008, le recourant soutient que ses liens avec une visiteuse de prison et un Major de l'Armée du Salut seraient suffisants pour justifier une atténuation du risque de récidive. A cet égard, la cour cantonale relève que les contacts avec ces personnes sont des éléments positifs, en l'absence d'un réseau extérieur, mais ne le remplace pas. Cette approche n'est pas critiquable. Il faut d'ailleurs noter que le réseau extérieur n'est qu'un facteur parmi plusieurs autres énumérés par les experts. Se référant aux méthodes standards d'évaluation du risque de récidive chez les délinquants sexuels, ceux-ci ont retenu qu'en raison des facteurs historiques et biographiques du recourant, ce dernier présentait un risque de récidive modéré à élevé et que les facteurs cliniques n'étaient pas de nature à pondérer ce risque (cf. expertise du 6 août 2008 p. 21-22). Au vu de ces éléments, les liens avec l'extérieur invoqués par le recourant ne suffisent pas, à eux seuls, à remettre en cause la pertinence et l'actualité de l'expertise, dès lors que les autres facteurs qu'elle énumère n'ont, quant à eux, pas évolué.
2.4 Le recourant ne cite, en définitive, aucun élément qui serait propre à remettre en cause l'actualité de l'expertise du 6 août 2008. Le caractère récent des démarches du recourant, sa capacité limitée d'introspection, la nécessité d'une prise en charge spécialisée et investie, sur une longue période, les objectifs thérapeutiques actuels limités sont autant de facteurs qui permettent de considérer que les récentes démarches du recourant ne sont pas de nature à faire apparaître l'expertise du 6 août 2008 comme dépassée. L'écoulement du temps entre cette expertise et le prononcé de l'arrêt attaqué, soit un peu moins de quatre ans, ne permet pas non plus de faire apparaître celle-ci comme n'étant plus d'actualité. La cour cantonale pouvait donc encore se fonder sur cette expertise et c'est sans violation du droit fédéral et sans arbitraire, qu'elle a refusé d'ordonner une nouvelle expertise. Toutefois, il appartiendra à l'autorité compétente d'examiner avec attention la nécessité d'une nouvelle expertise ou d'un complément lors du prochain examen annuel de la libération, les différentes démarches du recourant pouvant éventuellement avoir conduit à une évolution de sa situation. L'écoulement du temps depuis la dernière expertise devra aussi être pris en compte.
3. Le recourant conteste la validité des expertises réalisées, en particulier celle du 6 août 2008.
3.1 Comme tous les autres moyens de preuve, les expertises sont soumises à la libre appréciation du juge. Celui-ci ne peut cependant pas s'écarter d'une expertise sans motifs pertinents. Il doit examiner, en se fondant sur les autres moyens de preuve administrés et sur les arguments des parties, si de sérieuses objections font obstacle au caractère probant des conclusions de l'expertise. En se fondant sur une expertise non concluante, le juge peut tomber dans l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 547 s.). Il n'appartient pas au Tribunal fédéral de vérifier si toutes les affirmations de l'expert sont exemptes d'arbitraire; sa tâche se limite bien plutôt à examiner si l'autorité précédente pouvait, sans arbitraire, se rallier au résultat de l'expertise (arrêt 9C_717/2011 du 25 juin 2012 consid. 5.1). Il appartient au recourant de démontrer l'arbitraire par une argumentation répondant aux exigences accrues de motivation de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3, p. 105; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287).
3.2 Le recourant se borne à relever que les expertises de 1998 et 2008 ne confrontent pas la perception clinique de la dangerosité à une évaluation objective standardisée de la dangerosité et du risque de récidive en recourant aux instruments d'évaluation, tels que les échelles de psychopathie de Hare révisée (PCL-R), Violence Risk Appraisal Guide (VRAG) et HCR 20. Il ne démontre toutefois pas en quoi l'analyse faite par les experts serait subjective, ni en quoi ces différentes échelles pourraient avoir une influence sur l'évaluation du risque de récidive et sur les conclusions des experts. La critique du recourant ne répond pas aux exigences de motivation de l'<ref-law> et, partant, est irrecevable.
4. Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir arbitrairement et en violation des art. 64 et 64a al. 1 CP refusé de le libérer conditionnellement de l'internement.
4.1 Selon l'<ref-law>, l'auteur est libéré conditionnellement dès qu'il est à prévoir qu'il se conduira correctement en liberté. Le délai d'épreuve est de deux à cinq ans. Une assistance de probation peut être ordonnée et des règles de conduite peuvent lui être imposées pour la durée de la mise à l'épreuve.
La libération conditionnelle de l'internement au sens de l'<ref-law> dépend d'un pronostic favorable. L'examen de ce pronostic est effectué de manière plus stricte que lors de l'examen de la même question concernant les mesures thérapeutiques institutionnelles (cf. <ref-law>). La libération conditionnelle aura lieu s'il est « à prévoir », c'est-à-dire s'il existe une forte probabilité que le condamné se conduise bien en liberté. La garantie de la sécurité publique doit être assurée avec une probabilité aussi élevée que les enjeux soulevés par la libération conditionnelle, sans qu'une sécurité absolue ne puisse jamais être tout à fait garantie (<ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 167 et les références citées). La condition de la prévisibilité d'une conduite correcte en liberté doit être appréciée par rapport aux seules infractions énumérées à l'<ref-law>. Les autres comportements, qui n'entrent pas dans les prévisions de cette dernière disposition, sont irrelevants (<ref-ruling> consid. 2.1.1 p. 167 et l'arrêt cité).
4.2 Pour l'examen du pronostic, la cour cantonale a retenu, se référant aux conclusions de l'expertise du 6 août 2008, que le risque de récidive inhérent à la pathologie du recourant était identique à ce qu'il était en 1998, la probabilité qu'il commette de nouvelles infractions contre l'intégrité sexuelle étant élevée. Il existait ainsi un danger grave pour la sécurité publique en cas de levée de la mesure. Ce constat était encore renforcé par l'incident de la demande d'autographe d'un acteur adolescent ainsi que les propos du recourant devant les premiers juges tendant à banaliser la portée de cette demande. Il en allait de même de la conviction du recourant qu'il n'était pas malade et avait uniquement cédé à des pulsions qu'il n'avait pas su contrôler. Ces déclarations en audience démontraient que la prise de conscience était extrêmement limitée, voir inexistante, ainsi que l'avaient constaté tous les intervenants dans le dossier. Au vu de ce pronostic défavorable, la cour cantonale a donc considéré que le maintien de la mesure d'internement était justifié.
4.3 Le recourant fait grief à la cour cantonale d'avoir retenu qu'il présentait une dangerosité moyenne à élevée sur la base de l'expertise du 6 août 2008 qui ne serait ni concluante, ni actuelle. Comme exposé supra (consid. 2 et 3), la cour cantonale pouvait considérer cette expertise comme concluante et actuelle et, partant, se fonder sur ses conclusions pour émettre son pronostic. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
Le recourant soutient que la cour cantonale n'aurait pas tenu compte de son bon comportement en prison, ni du fait que tous les objectifs du « plan d'exécution de la sanction » seraient atteints. Il ne démontre toutefois pas en quoi ces éléments seraient de nature à influencer sur le pronostic de dangerosité s'agissant en particulier d'actes d'ordre sexuel sur des enfants. Au demeurant, le rapport « bilan de phase 1 et proposition de la suite du plan d'exécution des sanctions », malgré qu'il constate l'atteinte des objectifs fixés, conclut au maintien du recourant au pénitencier, au vu notamment du risque de récidive élevé. C'est donc sans abus, ni excès du pouvoir d'appréciation que la cour cantonale a considéré les éléments avancés par le recourant comme non déterminants. Mal fondé, le grief doit être rejeté.
Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte de ses efforts thérapeutiques ainsi que du fait qu'il aurait pris conscience de ce qu'il devait éviter en liberté. Il ressort de l'arrêt attaqué que les démarches thérapeutiques auxquelles le recourant se réfère n'ont débuté que quelques mois avant, étant rappelé que l'expertise de 2008 indiquait que seule une prise en charge thérapeutique investie, de longue durée, serait susceptible de participer à d'éventuelles modifications du mode de fonction du recourant. Au vu des circonstances, la cour cantonale était ainsi fondée à considérer que les démarches thérapeutiques du recourant n'étaient pas de nature à influencer de manière déterminante sur le pronostic, ce d'autant plus que les capacités introspectives du recourant sont limitées.
Le recourant ne cite en définitive aucun élément important, propre à modifier le pronostic, qui aurait été omis ou pris en considération à tort. La cour cantonale pouvait, sans excès, ni abus du pouvoir d'appréciation, refuser de libérer conditionnellement le recourant de l'internement. Au surplus, elle a jugé qu'aucune mesure moins incisive n'apparaissait appropriée en l'état.
5. Le recourant soutient que le refus de libération conditionnelle de son internement violerait l'art. 5 par. 1 let. a, let. c et let. e CEDH et l'art. 7 CEDH.
5.1 L'invocation des moyens déduits du droit constitutionnel et conventionnel (<ref-law>), suppose une argumentation claire et détaillée (ATF <ref-ruling> consid. 1.4 p. 287), circonstanciée (<ref-ruling> consid. 3, p. 105), sous peine d'irrecevabilité.
5.2 Le recourant ne consacre aucun développement à l'art. 7 CEDH qu'il invoque. Son grief est irrecevable.
5.3 Se référant à l'art. 5 par. 1 let. a CEDH et à la jurisprudence de la CourEDH (arrêt du 17 décembre 2009 M. c/Allemagne), le recourant prétend qu'en raison de la durée de 12 ans de son internement, le lien de causalité entre sa condamnation et sa détention serait rompu.
5.3.1 Aux termes de l'art. 5 par. 1 let. a CEDH, toute personne a droit à la liberté et à la sûreté. Nul ne peut être privé de sa liberté sauf s'il est détenu régulièrement après condamnation par un tribunal compétent et selon les voies légales. Selon la jurisprudence de la CourEDH, le mot « après » n'implique pas un simple ordre chronologique entre condamnation et détention, la seconde doit en outre résulter de la première, se produire « en vertu » de celle-ci. En bref, il doit exister entre elles un lien de causalité. Le lien entre la condamnation initiale et la prolongation de la privation de liberté se distend peu à peu avec l'écoulement du temps. Il pourrait finir par se rompre si une décision de ne pas libérer ou de réincarcérer se fondait sur des motifs étrangers aux objectifs du législateur ou du juge ou sur une appréciation déraisonnable au regard de ces objectifs (arrêt du 24 juin 1982 Van Droogenbroeck c/Belgique; arrêt du 17 décembre 2009 M. c/Allemagne).
5.3.2 Dans l'arrêt invoqué par le recourant, la CourEDH a considéré qu'il n'existait plus de lien de causalité entre la condamnation de M. en 1986 et la prolongation de sa détention après qu'il eut passé 10 ans en détention de sûreté (celle-ci ayant été exécutée entre 1991 et 2001). En effet, la détention de sûreté (mesure comparable à l'internement suisse) avait été ordonnée en 1986, date à laquelle la législation allemande prévoyait qu'une telle détention ne pouvait pas durer plus de 10 ans. A la faveur d'une modification de la loi en 1998 qui avait ouvert la possibilité de prolonger une telle détention au-delà de ce délai, la détention de M. avait été prolongée après le délai de 10 ans. La CourEDH a relevé que si la loi allemande n'avait pas été modifiée en 1998, M. aurait été libéré après 10 ans, indépendamment de toute considération de dangerosité. Sans cette modification, les tribunaux compétents n'auraient pas pu prolonger la détention de M. La prolongation n'ayant été rendue possible qu'à cause de la modification de la loi intervenue en 1998, le lien de causalité entre la condamnation et la détention n'existait plus (arrêt du 17 décembre 2009 M. c/Allemagne, § 100).
5.3.3 Le recourant se contente d'affirmer que l'écoulement du temps a rompu le lien de causalité entre sa condamnation et sa détention. Il n'expose toutefois pas en quoi ce lien serait rompu. En particulier, il ne prétend ni ne démontre que sa détention actuelle ne serait plus fondée sur sa condamnation. Aucun rapprochement n'est possible avec la situation qui prévalait en Allemagne à l'origine de l'arrêt précité. Insuffisamment motivé au regard des exigences accrues de l'<ref-law>, le grief est irrecevable. Au demeurant, l'objectif visé par l'internement du recourant au moment de son prononcé en 2000 était la protection de la sécurité publique, en particulier la vie et l'intégrité physique et sexuelle des enfants. L'internement n'impliquait aucune durée maximale mais pouvait être continué aussi longtemps que l'objectif visé le requérait. La persistance du danger pour la sécurité publique et la dangerosité moyenne à élevée présentée par le recourant, motifs retenus par la cour cantonale pour justifier le refus de libération conditionnelle, sont donc en lien de causalité avec l'objectif initial. Le lien de causalité entre la détention du recourant et sa condamnation n'est, par conséquent, pas rompu.
5.4 Le recourant prétend que son maintien en détention violerait l'art. 5 par. 1 let. c et let. e CEDH.
Selon l'art. 5 par. 1 CEDH, nul ne peut être privé de sa liberté sauf dans les cas suivants et selon les voies légales : s'il a été arrêté et détenu en vue d'être conduit devant l'autorité judiciaire compétente, lorsqu'il y a des raisons plausibles de soupçonner qu'il a commis une infraction ou qu'il y a des motifs raisonnables de croire à la nécessité de l'empêcher de commettre une infraction ou de s'enfuir après l'accomplissement de celle-ci (let. c); s'il s'agit de la détention régulière notamment d'un aliéné (let. e).
Le grief du recourant tombe à faux dès lors que sa détention se fonde sur un jugement de condamnation entré en force, soit un motif de détention autorisé par l'art. 5 par. 1 let. a CEDH. La let. c, qui vise la détention provisoire, n'entre donc pas en considération. C'est également en vain que le recourant invoque la let. e en prétendant que les conditions de détention ne sont pas compatibles avec son état actuel, qui exigerait un placement en hôpital. Un internement prononcé dans le cadre d'une condamnation pénale par un tribunal compétent constitue une détention licite au regard de l'art. 5 par. 1 let. a CEDH. Les modalités d'exécution de la mesure n'influent pas sur la régularité de la privation de liberté au sens de l'art. 5 CEDH (arrêt 6P.50/2001 du 4 juillet 2001 consid. 7b, en référence à l'arrêt de la CourEDH dans la cause Bizzotto contre Grèce du 15 novembre 1996 § 34). En outre, l'établissement pénitentiaire où est détenu le recourant dispose d'une Unité de psychiatrie qui relève du Département de psychiatrie du Centre hospitalier universitaire vaudois. Le recourant bénéficie d'un suivi médical et d'un encadrement thérapeutique au sein d'un établissement approprié. Son grief est infondé.
6. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. Il était d'emblée dénué de chances de succès. L'assistance judiciaire doit être refusée (<ref-law>). Le recourant supporte les frais de la cause, qui seront fixés en tenant compte de sa situation économique, qui n'apparaît pas favorable (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens au Ministère public (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1600 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale d'appel et de révision.
Lausanne, le 28 septembre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: Schneider
La Greffière: Livet