Höhe der Genugtuung, hat sich ergeben:
A.- Am 2. November 1994 wurde die schwangere S.X._, die Tochter von W.X._, von ihrem Freund in der gemeinsamen Wohnung mit mehreren Scheren- und Messerstichen getötet. Der Angeschuldigte wickelte die Leiche in Tücher und Plastikfolie und vergrub sie in einem nahe gelegenen Wald. Nachdem er am nächsten Tag die Spuren seiner Tat in der Wohnung nicht vollständig entfernen konnte, stellte er sich mit Hilfe seiner Eltern der Polizei. Die Umstände der Tat weisen offensichtlich darauf hin, dass es sich um ein Beziehungsdelikt gehandelt hat. Am 21. April 1995 floh der Angeschuldigte aus der Untersuchungshaft; er konnte bis heute nicht wieder ergriffen werden.
B.- Am 23. Februar 1995 stellte W.X._ bei der Justizdirektion des Kantons Zürich unter anderem ein Gesuch um Ausrichtung einer Genugtuung von Fr. 100'000. --. Die Justizdirektion sistierte das Verfahren wegen der Flucht des Angeschuldigten vom 12. Juli 1995 bis am 1. Juli 1996. Das Gesuch um Ausrichtung einer Genugtuung wurde im Betrag von Fr. 25'000. -- gutgeheissen, im Übrigen aber abgewiesen.
C.- Gegen diese Verfügung erhob W.X._ Beschwerde mit dem Antrag, es sei ihr eine Genugtuung in der Höhe von Fr. 100'000. -- auszurichten. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde mit Urteil vom 8. April 1999 ab.
D.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 17. Mai 1999 stellt W.X._ die Anträge, das Urteil des Sozialversicherungsgerichts vom 8. April 1999 sei aufzuheben und ihr sei eine Genugtuung in der Höhe von Fr. 100'000. -- auszurichten. Ausserdem ersucht sie um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung.
Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich verzichtet auf Vernehmlassung. Die kantonale Opferhilfestelle bei der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich stellt den Antrag, die Beschwerde sei vollumfänglich abzuweisen. Das Bundesamt für Justiz nimmt für das Eidgenössische Justiz- und Polizeidepartement zur Beschwerde Stellung, ohne einen Antrag zu stellen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das angefochtene Urteil ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid (Art. 98 lit. g OG) über ein Begehren um Genugtuung nach <ref-law>. Hiergegen ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig (Art. 97 Abs. 1 OG; <ref-ruling> E. 1). Da <ref-law> einen Anspruch auf Genugtuung vorsieht, kommt der Ausschlussgrund von Art. 99 Abs. 1 lit. h OG nicht zur Anwendung (<ref-ruling> E. 1b mit Hinweis).
Die Beschwerdeführerin ist durch den angefochtenen Entscheid berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung. Sie ist nach Art. 103 lit. a OG zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind ebenfalls erfüllt. Auf die vorliegende Beschwerde ist daher einzutreten.
b) Das Bundesgericht prüft, ob der angefochtene Entscheid Bundesrecht verletzt und ob die Vorinstanz ihr Ermessen überschritten oder missbraucht hat (Art. 104 lit. a OG). Da als Vorinstanz eine richterliche Behörde entschieden hat, bindet deren Sachverhaltsfeststellung das Bundesgericht, sofern das kantonale Gericht den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt hat (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- a) Gemäss <ref-law> kann dem Opfer unabhängig von seinem Einkommen eine Genugtuung ausgerichtet werden, wenn es schwer betroffen ist und besondere Umstände es rechtfertigen. Die Beschwerdeführerin ist die Mutter der von ihrem Freund getöteten S.X._ und daher Opfer im Sinne dieser Vorschrift (<ref-law>). Es ist unbestritten, dass die in <ref-law> genannten Voraussetzungen für die Ausrichtung einer Genugtuung, schwere Betroffenheit und besondere Umstände, in Bezug auf die Beschwerdeführerin gegeben sind. Streitig ist allein die Höhe der Genugtuungssumme. Die Beschwerdeführerin verlangte in ihrem an die kantonale Justizdirektion gerichteten Gesuch einen Betrag von Fr. 100'000. --. Die Justizdirektion sprach ihr eine Summe von Fr. 25'000. -- zu, und das kantonale Verwaltungsgericht schützte als Beschwerdeinstanz diesen Entscheid.
b) Das Opferhilfegesetz legt in <ref-law> die Voraussetzungen für die Zusprechung einer Genugtuung fest: Das Opfer muss schwer betroffen sein, und besondere Umstände müssen die Zusprechung einer Genugtuung rechtfertigen. Das Opferhilfegesetz enthält keine Bestimmungen über die Bemessung der Genugtuung gemäss <ref-law>. Diese Leistungen unterscheiden sich zwar in ihrer Rechtsnatur von den zivilrechtlichen Ansprüchen gemäss <ref-law> (vgl. <ref-ruling> E. 2b S. 173). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts sind jedoch im Bereich der Opferhilfe die von den Zivilgerichten entwickelten Grundsätze zur Bemessung der Genugtuung sinngemäss heranzuziehen (<ref-ruling> E. b/dd S. 216). Dabei ist allerdings zu beachten, dass es sich bei der opferrechtlichen Genugtuung um eine staatliche Leistung handelt (<ref-ruling> E. 2b S. 173; <ref-ruling> E. 3c/aa S. 373). Das Entschädigungs- und Genugtuungssystem des Opferhilfegesetzes entspringt dem Gedanken der Hilfeleistung, nicht der Staatshaftung (<ref-ruling> E. 4c S. 431).
c) Die Genugtuungssumme wird geleistet, um einen immateriellen Schaden annäherungsweise wieder gut zu machen, obwohl ein solcher Schaden nicht in Geld gemessen werden kann. Die Bemessung der Genugtuungssumme ist deshalb eine Entscheidung nach Billigkeit, die von der Würdigung der massgeblichen Kriterien abhängt. Innerhalb gewisser Grenzen sind mehrere angemessene, der Billigkeit entsprechende Lösungen möglich. Den kantonalen Behörden steht ein breiter Ermessensspielraum zu, den das Bundesgericht zu respektieren hat. Es darf nur einschreiten, wenn die kantonale Instanz ihr Ermessen überschritten oder missbraucht hat. Im Zusammenhang mit der Bemessung einer Genugtuungssumme greift es ein, wenn grundlos von den in der Praxis entwickelten Bemessungsgrundsätzen abgewichen wird, wenn Tatsachen berücksichtigt werden, die für den Entscheid im Einzelfall keine Rolle spielen dürfen, oder wenn umgekehrt Umstände ausser Betracht geblieben sind, die hätten beachtet werden müssen. Es greift in Ermessensentscheide ein, wenn sich diese als offensichtlich unbillig, als in stossender Weise ungerecht erweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1b, mit Hinweisen).
d) Im vorliegenden Fall hat das Sozialversicherungsgericht alle massgeblichen Bemessungskriterien berücksichtigt. Es trug der Grausamkeit der Tatumstände ebenso Rechnung wie auch den Folgen für die Beschwerdeführerin, die seit der Tat an starken Depressionen leidet und jegliche Lebensfreude verloren hat. Ebenso hat es das Verhalten des Angeschuldigten nach der Tat berücksichtigt und festgehalten, dieses zeuge von einer gewissen Rücksichts- und Einsichtslosigkeit, unter der die Beschwerdeführerin zusätzlich zu leiden habe. Als genugtuungserhöhend würdigte es die Schwangerschaft der Tochter. Ein erheblicher Umstand, den das Sozialversicherungsgericht nicht berücksichtigt hätte, ist nicht zu sehen. Soweit die Beschwerdeführerin dies sinngemäss geltend macht, ist ihre Beschwerde unbegründet.
e) Das Sozialversicherungsgericht bestätigte die Verfügung der Justizdirektion besonders auch, weil zusätzlich berücksichtigt werden müsse, dass die Genugtuungen nach dem Opferhilfegesetz nicht vom Täter, sondern von der Allgemeinheit zu bezahlen seien. Die Beschwerdeführerin hält diesen Gesichtspunkt grundsätzlich für unerheblich; darüber hinaus kritisiert sie auch dessen Berücksichtigung im vorliegenden Fall. Wie bereits festgestellt wurde (oben E. 2b am Ende), widerspricht indessen dieser Standpunkt der veröffentlichten Rechtsprechung des Bundesgerichts. Es mag zwar zutreffen, dass der Kanton Zürich eine gewisse Verantwortung für die Flucht des Täters trägt, weil dieser nach Auffassung der Beschwerdeführerin unzureichend bewacht wurde; das ist aber kein Grund, von der Rechtsnatur der Genugtuung im Sinne des Opferhilfegesetzes im vorliegenden Fall abzusehen. Das Sozialversicherungsgericht hat somit kein Bundesrecht verletzt, als es bei der Bemessung der Genugtuung nach dem Opferhilfegesetz ihrer besonderen, vom Zivilrecht abweichenden Rechtsnatur Rechnung getragen hat. Die Beschwerde erweist sich auch insoweit als unbegründet.
f) Die Bemessung der Genugtuung und die Gesamtwürdigung aller dabei erheblichen Umstände fällt - wie ebenfalls bereits dargelegt (oben E. 2c) - weitgehend ins Ermessen der zuständigen kantonalen Behörden. Dem Sozialversicherungsgericht kann in dieser Hinsicht keine Bundesrechtsverletzung vorgeworfen werden. Das Sozialversicherungsgericht hat zwar einen von der Justizdirektion angeführten Herabsetzungsgrund (die Beschwerdeführerin hatte eine Psychotherapie vorzeitig wieder abgebrochen) nicht anerkannt; trotzdem musste sie deswegen den Entscheid der Justizdirektion nicht ohne weiteres auch im Ergebnis korrigieren. Nach <ref-law> steht der kantonalen Beschwerdeinstanz eine freie Überprüfungsbefugnis zu. Das bedeutet, dass die Rechtsmittelinstanz auch die Angemessenheit überprüfen kann und gegebenenfalls ihr Ermessen an die Stelle desjenigen der Verwaltung setzen darf. Es gibt nicht nur eine richtige Entscheidung, sondern in einer gewissen Bandbreite eine Mehrzahl von angemessenen, der Billigkeit entsprechenden Lösungen (<ref-ruling> E. 2c). Auch in dieser Hinsicht hat das Sozialversicherungsgericht den ihm zustehenden Ermessensspielraum weder über- noch unterschritten, und die Beschwerde ist insoweit unbegründet.
g) Die Beschwerde ist schliesslich auch soweit offensichtlich unbegründet, als die Beschwerdeführerin rügt, sie sei rechtsungleich behandelt worden. Die Beschwerdeführerin nennt denn auch ausser dem Attentat von Luxor keine weiteren Vergleichsfälle aus dem Gebiet des Opferhilferechts. Das Bundesamt für Justiz weist in seiner Vernehmlassung darauf hin, dass die betroffenen Kantone mit den Opfern Rahmensätze vereinbart haben, nach welchen Eltern von Opfern Genugtuungen zwischen Fr. 20'000. -- und Fr. 30'000. -- ausgerichtet werden. Im vorliegenden Fall wurde der Beschwerdeführerin eine Genugtuung von Fr. 25'000. -- zugesprochen, welche somit den Genugtuungen für die Opfer des Attentats von Luxor entspricht. Die Rüge der Rechtsungleichheit ist unbegründet.
3.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen.
Dem Begehren der Beschwerdeführerin um Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege kann mit Rücksicht auf die gesamten Umstände des Falles entsprochen werden (Art. 152 OG). Rechtsanwältin Lisa Zaugg ist als amtliche Anwältin der Beschwerdeführerin zu bezeichnen und aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Der Beschwerdeführerin wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
a) Es werden keine Kosten erhoben;
b) Rechtsanwältin Lisa Zaugg wird als amtliche Anwältin der Beschwerdeführerin bezeichnet und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit einem Honorar von Fr. 1'000. -- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Justizdirektion (Abteilung Opferhilfe) und dem Sozialversicherungsgericht (II. Kammer) des Kantons Zürich sowie dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 17. Januar 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: