Sachverhalt:
A. X._ veräusserte am 13. Juli 2006 ein Wohnhaus mit Bootshaus und 627 m2 Land in E._ zum Preis von Fr. 3'500'000.--. Den Verkauf vermittelte lic. iur. Y._. Sie erhielt hierfür eine erfolgsabhängige Provision von Fr. 152'000.--, die 4,34% des Verkaufspreises entsprach. Nebst der eigentlichen Vermittlungstätigkeit erarbeitete sie den Kaufvertrag, vertrat X._ beim Notariat und nahm in dessen Auftrag an der öffentlichen Beurkundung teil.
B. Am 20. August 2007 veranlagte der Ausschuss für Grundsteuern der Gemeinde E._ einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 886'400.-- und auferlegte dem Veräusserer eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 343'960.--. Auf die hiergegen erhobene Einsprache hin berichtigte der Ausschuss für Grundsteuern der Gemeinde E._ am 28. September 2007 einen Schreibfehler von Fr. 600.-- für zusätzlich abziehbare Aufwendungen. Er setzte den steuerbaren Grundstückgewinn neu auf Fr. 885'800.-- und die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 343'720.-- fest. Dabei rechnete er die Mäklerprovision nur im Ausmass von 2%, d.h. Fr. 75'320.--, an (statt Fr. 152'000.--). Den dagegen erhobenen Rekurs wies die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich am 20. März 2008 ab; auch sie erachtete den über dem üblichen Satz von 2% liegenden Anteil der Mäklerprovision als nicht abzugsfähig. X._ gelangte hiergegen erfolglos an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich.
C. Gegen dessen Entscheid vom 10. Dezember 2008 (versandt am 15. Januar 2009) hat X._ am 17. Februar 2007 beim Bundesgericht Beschwerde eingereicht. Er beantragt, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und die restliche Mäklerprovision von Fr. 76'680.-- voll als abzugsfähige Anlagekosten (recte: Aufwendung) anzuerkennen. Er rügt eine Verletzung von Bundesrecht (Bundesverfassungsmässigkeit bzw. Harmonisierungskonformität von § 221 Abs. 1 lit. c StG ZH [OS 631.1] sowie der Vertragsfreiheit), des Legalitäts- (<ref-law>) und Leistungsfähigkeitsprinzips (<ref-law>), des Doppelbesteuerungsverbots (<ref-law>) sowie sinngemäss des Willkürverbots und des Vertrauensprinzips (<ref-law>).
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und die Eidgenössische Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) beantragen, die Beschwerde abzuweisen, während der Ausschuss für Grundsteuern der Gemeinde E._ auf einen Antrag und eine Vernehmlassung verzichtet hat.

Erwägungen:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und der Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Der Beschwerdeführer hat vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen, ist als Abgabepflichtiger durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung; er ist daher zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die fristgerecht (vgl. <ref-law>) eingereichte Eingabe ist unter folgendem Vorbehalt einzutreten:
1. 1.1 Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a und Art. 86 Abs. 1 lit. d BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und der Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Der Beschwerdeführer hat vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen, ist als Abgabepflichtiger durch den angefochtenen Entscheid besonders berührt und hat ein schutzwürdiges Interesse an dessen Aufhebung oder Änderung; er ist daher zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die fristgerecht (vgl. <ref-law>) eingereichte Eingabe ist unter folgendem Vorbehalt einzutreten:
1.2 1.2.1 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen gilt nicht, soweit eine Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht geltend gemacht wird (vgl. <ref-law>). In diesem Fall muss der Beschwerdeführer in seiner Eingabe präzise und in Auseinandersetzung mit den Ausführungen der Vorinstanz im Einzelnen darlegen, inwiefern der angefochtene Entscheid widerrechtlich sein soll ("qualifizierte Rügepflicht"; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287).
1.2.2 Die vorliegende Eingabe genügt diesen Anforderungen nur teilweise: Der Beschwerdeführer begründet die Verletzung der Vertragsfreiheit und des Anspruchs von Treu und Glauben lediglich appellatorisch in dem Sinn, dass die Steuerbehörde "einwandfreie Verträge" stets zu anerkennen und zu respektieren habe; dies gilt aber bloss dort, wo das Steuergesetz direkt an das Privatrecht anknüpft, was bei der Grundstückgewinnsteuer gerade nicht der Fall ist. Ebenso wenig legt der Beschwerdeführer in nachvollziehbarer Weise dar, inwiefern das verfassungsrechtliche Legalitätsprinzip verletzt worden sein soll. In diesen Punkten ist mangels einer hinreichenden Begründung auf seine Ausführungen nicht weiter einzugehen.
2. 2.1 Der Grundstückgewinnsteuer unterliegen Gewinne, die sich bei Veräusserung eines Grundstücks des Privatvermögens oder eines land- oder forstwirtschaftlichen Grundstücks sowie von Anteilen daran ergeben, soweit der Erlös die Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen) übersteigt (Art. 12 Abs. 1 StHG). Der steuerbare Grundstückgewinn besteht somit aus der Differenz zwischen Erlös und Anlagekosten (Erwerbspreis oder Ersatzwert zuzüglich Aufwendungen). Diese Begriffe werden im Steuerharmonisierungsgesetz zwar nicht näher definiert. Dem kantonalen Gesetzgeber verbleibt allerdings bei der Umschreibung des steuerbaren Ge-winns nur ein beschränkter Spielraum: Grundstückgewinn und Einkommens- oder Gewinnsteuer sind - namentlich im sogenannten monistischen oder Zürcher System - eng miteinander verbunden (<ref-ruling> E. 2.1 S. 723 f.; neuerdings Urteil 2C_479/2007 vom 28. März 2008 E. 2.1, in: ZStP 17 S. 164). Immerhin können die Kantone selber bestimmen, welche Auslagen sie unter dem Titel "Aufwendungen" anrechnen lassen (Felix Richner und andere, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl. 2006, Rz. 1 zu § 221 StG ZH) und welche Kosten sie als mit dem An- und Verkauf der Liegenschaft zusammenhängend erachten wollen (Ferdinand Zuppinger, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuer, ASA 61 [1992/93], S. 309 ff., insbesondere S. 322 f.). Einzelne Kantone rechnen sämtliche mit dem Erwerb oder der Veräusserung des Grundstücks untrennbar verbundenen Auslagen als "Aufwendungen" an (z.B. § 104 Abs. 1 lit. c StG AG [SAR 651.100]; § 78 Abs. 1 lit. c StG BL [SGS 331]; Art. 142 Abs. 1 StG BE [BSG 661.11]; Art. 137 Abs. 1 lit. f StG SG [sGS 811.1]; Art. 134 Abs. 1 LT Tl [RL 10.2.1.1] sowie §§ 13 und 19 des luzernischen Gesetzes vom 31. Oktober 1961 über die Grundstückgewinnsteuer [SRL 647]), wogegen andere Kantone diesbezüglich restriktiver sind. So rechnet beispielsweise der Kanton Zürich nur gerade "übliche Mäklerprovisionen und Insertionskosten für Erwerb und Veräusserung" zu den "Aufwendungen", nicht aber weitere erwerbs- bzw. veräusserungskausale Kosten wie beispielsweise jene des Notars und der Verschreibung. In Bezug auf diese Besonderheiten prüft das Bundesgericht den dem kantonalen Gesetzgeber zustehenden Spielraum nur auf Willkür hin (<ref-ruling> E. 2.2 S. 724; <ref-ruling> E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_652/2008 vom 20. Mai 2009 E. 2.1).
2.2 Als Grundstückgewinn gilt nach § 219 des Zürcher Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG ZH; OS 631.1) der Betrag, um den der Erlös die Anlagekosten übersteigt (Abs. 1). Der Erwerbspreis umfasst den Kaufpreis unter Einschluss aller weiteren Leistungen des Erwerbers (§ 220 Abs. 1). Hierzu sind die Aufwendungen gemäss § 221 zu rechnen, worunter gemäss lit. c - wie erwähnt - auch die üblichen Mäklerprovisionen für Erwerb und Veräusserung fallen. Als "üblich" gilt nach der Zürcher Praxis eine Provision von 2%, bei schwer verkäuflichen Objekten eine solche bis zu 3% (Felix Richner und andere, a.a.O., Rz. 98 f. zu § 221 StG ZH; Björn Kernen, Der Mäklervertrag, HEV [Zürich] 2/2006, S. 109 f.; dazu Nachtrag von Paco Oliver, Mäklerhonorarempfehlung und Kartellrecht, HEV [Zürich] 3/2006, S. 191). Bei hohen Verkaufserlösen wurden aber auch schon Provisionssätze von weniger als 2% als üblich bezeichnet (Felix Richner und andere, a.a.O., Rz. 100 zu § 221 StG ZH).
2.3 Mäklerprovisionen im Sinne von § 221 Abs. 1 lit. c StG ZH sind Leistungen des steuerpflichtigen Veräusserers an einen Dritten für den Nachweis (einer Gelegenheit zum Abschluss eines Vertrages) oder die Vermittlung eines Vertrages im Sinne von <ref-law>. Die Anrechnung einer Mäklerprovision ist nach Zürcher Praxis, die mit der bundesrechtlichen Regelung des Mäklervertrages und Art. 12 StHG übereinstimmt (Urteil 2C_479/2007 vom 28. März 2008 E. 2.2, in: ZStP 17 S. 164), möglich, wenn folgende fünf Voraussetzungen kumulativ erfüllt sind: (1) Abschluss eines zivilrechtlich gültigen Mäklervertrags i.S. von <ref-law>, (2) Abschluss des Vertrags mit einer Drittperson, (3) eine in Erfüllung dieses Vertrags zum Grundstückskauf führende Nachweis- oder Vermittlungstätigkeit des Mäklers, (4) die Zahlung des geschuldeten Mäklerlohns sowie (5) eine Beschränkung der Anrechnung der Mäklerprovision auf den üblichen Umfang. Sind diese Voraussetzungen nicht gegeben, liegt keine nach § 221 Abs. 1 lit. c StG ZH anrechenbare Aufwendung vor (Felix Richner und andere, a.a.O., N 87 f. zu § 221 StG ZH). Für deren Vorliegen trägt die steuerpflichtige Person die Beweislast (Urteil 2C_479/2007 vom 28. März 2008 E. 2.2, in: ZStP 17 S. 164; Urteil 2C_196/2007 vom 16. Mai 2007 E. 3.2; Urteil 2A.262/2006 vom 6. November 2006 E. 6.1, in: StE 2007 B 23.45.2 Nr. 7).
3. 3.1 Im vorliegenden Fall sind zwei der fünf Voraussetzungen für die Absetzbarkeit der (vollen) Mäklerprovision nur teilweise erfüllt: Die für die vereinbarte Provision erbrachten Leistungen sprengen die klassischen Mäkleraktivitäten nach <ref-law>. Neben der eigentlichen Vermittlungstätigkeit hatte die "Mäklerin" auch den Kaufvertrag zu erarbeiten, den Veräusserer beim Notariat zu vertreten und in dessen Auftrag an der öffentlichen Beurkundung teilzunehmen. Diese an sich untrennbar mit der Veräusserung verbundenen Auslagen lässt der Kanton Zürich nicht zum Abzug zu (vgl. oben E. 2.1). Könnte der Beschwerdeführer - wie von ihm verlangt - das gesamte "Dienstleistungsentgelt" abziehen, würde er in unzulässiger Weise gegenüber allen anderen Grundstücksveräusserern in der gleichen Situation im Kanton Zürich privilegiert. Die vereinbarte Vergütung war zudem ausgesprochen "erfolgsorientiert", betrug sie doch 1% bei einem Verkaufspreis unter 3,2 Millionen Franken, 2% bei einem Verkaufspreis von 3,2 bis 3,285 Millionen Franken und Fr. 32'000.-- plus 2/5 von der Differenz zu 3,2 Millionen Franken bei einem Verkaufspreis ab 3,285 Millionen Franken. Beim hier massgebenden Preis von 3,5 Millionen Franken erhielt die "Mäklerin" somit das "Basisentgelt" von Fr. 32'000.-- sowie 2/5 von Fr. 300'000.--, ausmachend Fr. 120'000.--, zusammen also Fr. 152'000.--. Damit ging der Beschwerdeführer jedenfalls im Preissegment von über 3,2 Millionen Franken eine Gewinnbeteiligung von 40 Prozent ein; diese bildet grundstückgewinnsteuerrechtlich eine unbeachtliche Erlösverwendung (Felix Richner und andere, a.a.O., N 8 f. zu § 222 StG ZH). Die steuerliche Anerkennung einer "üblichen Provision" von 2% erscheint unter diesen besonderen Verhältnissen als angemessen.
3. 3.1 Im vorliegenden Fall sind zwei der fünf Voraussetzungen für die Absetzbarkeit der (vollen) Mäklerprovision nur teilweise erfüllt: Die für die vereinbarte Provision erbrachten Leistungen sprengen die klassischen Mäkleraktivitäten nach <ref-law>. Neben der eigentlichen Vermittlungstätigkeit hatte die "Mäklerin" auch den Kaufvertrag zu erarbeiten, den Veräusserer beim Notariat zu vertreten und in dessen Auftrag an der öffentlichen Beurkundung teilzunehmen. Diese an sich untrennbar mit der Veräusserung verbundenen Auslagen lässt der Kanton Zürich nicht zum Abzug zu (vgl. oben E. 2.1). Könnte der Beschwerdeführer - wie von ihm verlangt - das gesamte "Dienstleistungsentgelt" abziehen, würde er in unzulässiger Weise gegenüber allen anderen Grundstücksveräusserern in der gleichen Situation im Kanton Zürich privilegiert. Die vereinbarte Vergütung war zudem ausgesprochen "erfolgsorientiert", betrug sie doch 1% bei einem Verkaufspreis unter 3,2 Millionen Franken, 2% bei einem Verkaufspreis von 3,2 bis 3,285 Millionen Franken und Fr. 32'000.-- plus 2/5 von der Differenz zu 3,2 Millionen Franken bei einem Verkaufspreis ab 3,285 Millionen Franken. Beim hier massgebenden Preis von 3,5 Millionen Franken erhielt die "Mäklerin" somit das "Basisentgelt" von Fr. 32'000.-- sowie 2/5 von Fr. 300'000.--, ausmachend Fr. 120'000.--, zusammen also Fr. 152'000.--. Damit ging der Beschwerdeführer jedenfalls im Preissegment von über 3,2 Millionen Franken eine Gewinnbeteiligung von 40 Prozent ein; diese bildet grundstückgewinnsteuerrechtlich eine unbeachtliche Erlösverwendung (Felix Richner und andere, a.a.O., N 8 f. zu § 222 StG ZH). Die steuerliche Anerkennung einer "üblichen Provision" von 2% erscheint unter diesen besonderen Verhältnissen als angemessen.
3.2 Was der Beschwerdeführer gegen die Begrenzung der Abziehbarkeit weiter einwendet, überzeugt nicht:
3.2.1 Zunächst verletzt jede Begrenzung der Absetzbarkeit von Mäklerprovisionen nach Auffassung des Beschwerdeführers das Prinzip der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit. Dabei verkennt er indessen, dass dieses Prinzip bei der Grundstückgewinn- als Objektsteuer nur eingeschränkt gilt. Diese wird allein nach dem auf der Liegenschaft erzielten Mehrwert und ohne Rücksicht auf die gesamte wirtschaftliche Leistungsfähigkeit der steuerpflichtigen Person erhoben (Urteil 2P.75/2003 vom 1. September 2003 E. 4, in: StE 2004 B 44.13.7 Nr. 18 m.w.H.). Der Kanton verfügt bei der Aufzählung der absetzbaren "Aufwendungen" über einen gewissen Spielraum, d.h. er darf seine Grundstückgewinnsteuer mehr oder weniger "verobjektivieren", und er könnte im Extremfall sogar überhaupt keine Mäklerprovision zum Abzug zulassen (vgl. oben E. 2.1). Wenn daher der Kanton Zürich nur die "üblichen" Mäklerprovisionen anrechnen lässt, ist dies weder harmonisierungs- noch unter irgend einem Aspekt verfassungswidrig.
3.2.2 Auch die vom Beschwerdeführer propagierte Umdeutung der "Üblichkeit" der Provision in "qualitative" statt rein "quantitative" Aspekte, um beispielsweise dem Umstand Rechnung zu tragen, dass die "Mäklerin" hier besonders qualifiziert war und aufgrund ihrer Mitgliedschaft im Golf- und Ruderclub sowie in einer bürgerlichen Partei den Käufermarkt sehr gut kannte, käme schon allein wegen ihrer mangelnden Praktikabilität nicht in Frage. Durch diesen Kunstgriff kann die betragsmässige Begrenzung der Provision nicht umgangen werden. Der Hinweis auf die etwas extensivere Umschreibung der "üblichen Provision" im Luzerner Steuerbuch (Bd. 3 zu § 13 Abs. 1 Ziff. 2) ist nicht relevant, weil der Kanton Luzern - im Unterschied zum Kanton Zürich - zu jenen Kantonen gehört, die sämtliche mit dem Erwerb und der Veräusserung untrennbar verbundenen Aufwendungen zum Abzug zulassen (vgl. oben E. 2.1).
3.2.3 Zu Unrecht macht der Beschwerdeführer auch geltend, dass ein höherer Ansatz zur Anwendung hätte kommen müssen, weil es sich um eine schwer verkäufliche Liegenschaft gehandelt habe (Eintrag im Altlastenkataster, Lage an der Eisenbahnlinie Zürich-Wien und die dadurch verursachten Lärm- und elektromagnetischen Immissionen, Angst vor Ausbruch einer Vogelgrippe-Pandemie zum Zeitpunkt des Verkaufs, Renovationsbedürftigkeit des Gebäudes sowie Errichtung auf sechs Halbstockwerken). Der Beschwerdeführer zeigt weder die Anzahl der Interessenten noch die Gründe für deren Absage auf; ebenso wenig vermag er einen überdimensionierten Zeitaufwand der "Mäklerin" darzutun. Die kurze Dauer zwischen der Unterzeichnung des Mäklervertrags (19. März 2006) und der Beurkundung des Kaufvertrages (18. Mai 2006) sowie der hohe Gewinn deuten eher darauf hin, dass die Liegenschaft mit Seeanstoss offensichtlich nicht schwer verkäuflich war. Die Vorinstanz durfte unter diesen Umständen willkürfrei davon ausgehen, dass die Liegenschaft in einem normalen Rahmen verkäuflich war (zum Begriff der Willkür <ref-ruling> E. 3.1 S. 265 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 153).
3.2.4 Die Begrenzung der Absetzbarkeit von Mäklerprovisionen verstösst schliesslich von vornherein nicht gegen das Doppelbesteuerungsverbot (<ref-law>): Dieses verfassungsmässige Recht kommt nur im interkantonalen Verhältnis zum Tragen, worauf die Vorinstanz zu Recht hingewiesen hat. Eine sogenannte aktuelle Doppelbesteuerung könnte nicht vorliegen, weil es an der hierfür erforderlichen Subjektidentität fehlte; der Grundstücksveräusserer und die Mäklerin sind nicht identische Personen.
4. 4.1 Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist deshalb abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
4.2 Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG). Es ist keine Parteientschädigung geschuldet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Mai 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Hugi Yar