Faits:
A. Par arrêt du 14 novembre 2008, la Cour correctionnelle genevoise, siégeant sans jury, a condamné X._ à une peine privative de liberté de six ans pour viols, viol aggravé, lésions corporelles simples, faux dans les titres et tentative d'escroquerie.
B. Par arrêt du 29 avril 2009, la Cour de cassation genevoise a rejeté le pourvoi en cassation formé par X._. Pour l'essentiel, cet arrêt repose sur les faits suivants:
En juin 2004, X._ a amené A._ qui était alors son amie intime au magasin "Z._" dont il était le gérant. Sur place et alors que le couple s'était enlacé, il a passé outre la volonté de sa partenaire qui ne voulait pas poursuivre les ébats et l'a contrainte à subir l'acte sexuel. Au moment des faits, A._ a clairement dit qu'elle ne voulait pas faire l'amour avec son ami. Elle a essayé de se débattre, mais en vain. Elle n'a pas réussi à repousser son partenaire qui, bien plus fort, était sur elle et la tenait dans ses bras.
Le 10 avril 2005, X._ a conduit C._, qui était l'une de ses connaissances, dans l'arrière boutique du magasin "Z._". Sourd aux protestations de C._, il l'a embrassée et lui a caressé les seins. Au vu du refus de C._ de se laisser faire, il lui a asséné des gifles, l'a poussée sur le lit et a fait usage de la force physique pour lui imposer une fellation ainsi qu'un rapport sexuel. Il s'est emparé d'un couteau, l'a brandi et a proféré des menaces, mettant C._ dans un état de terreur. Sous la contrainte, celle-ci a renoncé à résister.
Le 25 août 2007 au petit matin, X._ a fait la connaissance de B._, artiste de cabaret, qu'il ne connaissait pas auparavant. Il s'est rendu avec elle dans son appartement, en compagnie d'une autre femme et du barman de l'établissement, dans lequel B._ se produisait. Lorsque ces deux personnes ont quitté les lieux, X._ a projeté un film pornographique et a proposé à B._ d'entretenir un rapport sexuel avec elle contre paiement. B._ a refusé. X._ l'a alors frappée à la tête et sur le corps, si bien qu'elle a failli perdre connaissance. Il lui a fait subir l'acte sexuel en continuant de la frapper, en lui crachant au visage et en l'étranglant. Un rapport médical a fait état de diverses lésions infligées à B._.
C. Contre cet arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral, concluant à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause pour nouveau jugement. Pour l'essentiel, il se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits et critique la sévérité de la peine qui lui a été infligée. En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été requis de déterminations.

Considérant en droit:
1. Le recourant conteste les viols commis au préjudice de A._ et de B._. Il fait valoir que ses victimes étaient consentantes et que la cour cantonale est tombée dans l'arbitraire en retenant qu'il les avait contraintes à subir l'acte sexuel.
1.1 Saisi d'un recours en matière pénale, le Tribunal fédéral ne réexamine l'établissement des faits - sous réserve de l'allégation d'une violation du droit au sens de l'<ref-law> - que lorsqu'il est entaché d'inexactitude manifeste (<ref-law>), à savoir d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 1.4.1). Le recourant qui entend invoquer que les constatations de fait sont arbitraires doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.) que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (principe d'allégation).
1.2 Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4/5; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148, 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités).
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9).
1.3 Dans le cas de A._, le recourant reproche à la cour cantonale de s'être fondée uniquement sur les déclarations de la victime et d'avoir écarté sans raison divers éléments à décharge. Citant quelques déclarations de A._ faites en cours d'instruction, il soutient que celle-ci était consentante ou, à tout le moins, qu'il ne s'est pas rendu compte qu'elle ne voulait pas entretenir de relations sexuelles. Selon lui, le seul point de conflit concernerait l'utilisation d'un préservatif, que A._ souhaitait le voir mettre.
Face aux déclarations de A._ et du recourant, la cour cantonale a privilégié celles de la victime, au motif que celles-ci étaient corroborées par un faisceau d'indices convergents. C'est ainsi que les trois victimes qui ne se connaissaient pas ont présenté un récit similaire au sujet du comportement du recourant qui passe d'une attitude agréable à une explosion de violence. A._ présentait un stress post-traumatique chronique lié à l'ensemble de sa relation avec le recourant, ce qui ne faisait qu'accroître la crédibilité de ses dires. Enfin, les déclarations de la victime étaient cohérentes et précises. De son côté, le recourant était paru, tout au long de l'instruction, comme peu fiable, n'hésitant pas à mentir et à inciter des tiers à commettre des faux témoignages.
L'argumentation du recourant est purement appellatoire et n'établit pas en quoi la cour cantonale serait tombée dans l'arbitraire en retenant la contrainte. Lors de ses auditions, la victime a ainsi clairement expliqué qu'elle aurait été d'accord d'entretenir une relation sexuelle avec le recourant lors de leur arrivée dans le magasin, mais qu'elle a refusé de la poursuivre lorsque le recourant l'a insultée. Celui-ci a passé outre au refus exprimé, employant la force physique pour parvenir à ses fins. Quant au fait que A._ souhaitait qu'il porte un préservatif, ce qu'il a refusé, il constitue un signe supplémentaire de non-respect de sa volonté.
Selon le recourant, la cour cantonale n'aurait pas tenu compte qu'il entretenait une relation intime depuis plusieurs mois avec A._ et qu'elle avait déclaré avoir accepté de satisfaire ses fantasmes par amour. Ce reproche est infondé. La cour cantonale n'a pas méconnu les relations qui existaient entre les deux protagonistes. Elle a exposé que A._ était l'amie intime du recourant (arrêt attaqué p. 3) et qu'elle vivait sous son emprise (arrêt attaqué p. 16). Par ailleurs, le fait que A._ a pu se prêter à certaines pratiques sexuelles à d'autres occasions n'a pas pour effet d'éliminer la contrainte dans le cas particulier.
Le recourant reproche aussi à la cour cantonale de ne pas avoir tenu compte que A._ avait poursuivi sa relation avec lui pendant quelques semaines après le soi-disant viol et qu'elle n'avait dénoncé les faits qu'une année après, alors qu'elle était entendue dans le cadre de l'affaire pénale concernant C._. Ce grief tombe à faux. La cour cantonale n'a pas omis cette circonstance. Mais elle a expliqué que A._ s'est tue longtemps par honte et par peur des représailles et qu'elle vivait sous l'emprise du recourant, ne laissant rien voir vis-à-vis de l'extérieur. Au demeurant, la victime ne pensait pas que la qualification juridique de viol s'appliquait à un contexte de viol dit conjugal ou entre proches.
En définitive, c'est sans arbitraire que la cour cantonale s'est fondée sur les déclarations de A._ et a retenu que celle-ci ne voulait pas entretenir ce soir-là de relation intime avec le recourant, qu'elle l'a clairement dit et que celui-ci a passé outre son refus, employant la force.
1.4 Le recourant conteste également avoir contraint B._ à subir l'acte sexuel. Selon lui, celle-ci aurait été consentante. Il expose qu'elle aurait indiqué de manière explicite aux amis présents dans l'appartement vouloir rester seule dans l'appartement en vue d'avoir un rapport sexuel. Une fois les amis partis, il lui aurait fait un massage et elle aurait revêtu un shirt et un caleçon qu'il lui aurait prêtés. Indisposée ce jour-là, elle aurait en outre enlevé son tampon en arrivant chez le recourant.
La cour cantonale a considéré qu'un faisceau d'indices convergents attestait de la crédibilité des déclarations de B._. Premièrement, le recourant a usé de violence à l'égard de sa victime et des traces de coup, compatibles avec ses allégations, ont été constatées lors d'examens médicaux. Le recourant tente certes de faire valoir que les coups donnés à la victime n'avaient pas pour but de briser sa résistance, mais étaient intervenus pendant ou après l'acte sexuel. Il s'agit toutefois d'une pure affirmation, sans aucun fondement, le recourant n'expliquant même pas pourquoi dans ce cas il aurait frappé sa partenaire. En outre, B._ a connu des troubles psychiques à la suite de cet événement et elle est tombée dans une certaine détresse, qui a été constatée par son entourage.
Le raisonnement de la cour cantonale qui conduit à l'admission de la contrainte est convaincant. Par son argumentation, le recourant n'établit pas en quoi la cour cantonale serait tombée dans l'arbitraire, mais se borne à présenter sa propre version des faits. Même si la victime a peut-être envisagé à un certain moment d'entretenir des relations sexuelles avec le recourant, il n'en reste pas moins qu'elle n'a pas voulu passer à l'acte lorsque celui-ci a projeté un film pornographique. Le recourant s'en est du reste rendu compte et l'a alors frappée pour briser sa résistance (pièce 138). Au demeurant, le fait que la victime serait une prostituée ne signifie pas que sa liberté sexuelle ne doive pas être respectée. Dans la mesure où ils sont recevables, les griefs soulevés par le recourant doivent donc être rejetés.
2. Le recourant dénonce la violation de la présomption d'innocence.
2.1 La présomption d'innocence, garantie par l'art. 32 al. 1 Cst., l'art. 6 § 2 CEDH et l'art. 14 al. 2 Pacte ONU II, porte sur la répartition du fardeau de la preuve dans le procès pénal, d'une part, et sur la constatation des faits et l'appréciation des preuves, d'autre part.
En ce qui concerne le fardeau de la preuve, il incombe entièrement et exclusivement à l'accusation d'établir la culpabilité du prévenu, et non à celui-ci de démontrer qu'il n'est pas coupable. La présomption d'innocence est violée lorsque le juge rend un verdict de culpabilité au seul motif que l'accusé n'a pas prouvé son innocence. Lorsque le recourant se plaint d'une telle violation, la cour de droit pénal examine librement s'il ressort du jugement, considéré objectivement, que le juge a condamné l'accusé uniquement parce qu'il n'avait pas prouvé son innocence.
Comme règle d'appréciation des preuves, la présomption d'innocence signifie que le juge ne doit pas se déclarer convaincu de l'existence d'un fait défavorable à l'accusé si, d'un point de vue objectif, il existe des doutes quant à l'existence de ce fait. Il importe peu qu'il subsiste des doutes seulement abstraits et théoriques, qui sont toujours possibles, une certitude absolue ne pouvant être exigée. Il doit s'agir de doutes sérieux et irréductibles, c'est-à-dire de doutes qui s'imposent à l'esprit en fonction de la situation objective. Dans cette mesure, la présomption d'innocence se confond avec l'interdiction générale de l'arbitraire, prohibant une appréciation reposant sur des preuves inadéquates ou sans pertinence (<ref-ruling> consid. 2a p. 87 s.; <ref-ruling> consid. 2 p. 33 ss).
2.2 Il est manifeste que la cour cantonale n'a pas renversé le fardeau de la preuve et n'a pas retenu que le recourant avait contraint ses victimes à l'acte sexuel au motif qu'il n'a pas prouvé le contraire. Elle a retenu la contrainte parce qu'elle en acquis la conviction au vu de l'ensemble des circonstances. La seule question est donc de savoir si la cour cantonale aurait dû éprouver un doute, question qui relève de l'appréciation des preuves et ne peut être examinée que sous l'angle de l'arbitraire, de sorte que ce grief se confond avec celui d'appréciation arbitraire des preuves, qui a été déclaré mal fondé.
3. Le recourant dénonce une violation de l'<ref-law>.
3.1 Selon l'<ref-law>, se rend coupable de viol celui qui, notamment en usant de menace ou de violence, en exerçant sur sa victime des pressions d'ordre psychique ou en la mettant hors d'état de résister, aura contraint une personne de sexe féminin à subir l'acte sexuel. Sur le plan subjectif, le viol est une infraction intentionnelle.
3.2 Le recourant soutient qu'il n'a pas contraint A._ à commettre un acte sexuel. De la sorte, il conteste en réalité l'état de fait. Or, comme vu sous le considérant 1.3, c'est sans arbitraire que la cour cantonale a retenu que la victime avait clairement manifesté son refus d'entretenir une relation intime et que le recourant a passé outre ce refus, en employant son poids et sa force pour obliger la jeune femme à subir l'acte sexuel. Au vu des faits ainsi arrêtés, le recourant s'est sans conteste rendu coupable de viol. Le fait que A._ a été l'amie intime du recourant ne la privait pas de sa liberté sexuelle et n'autorisait pas le recourant de se passer de son consentement pour entretenir un rapport sexuel. Mal fondés, les griefs soulevés doivent être écartés.
4. Enfin, le recourant conteste la peine qui lui a été infligée.
4.1 Selon l'<ref-law>, le juge fixe la peine d'après la culpabilité de l'auteur. Il prend en considération les antécédents et la situation personnelle de ce dernier ainsi que l'effet de la peine sur son avenir (al. 1). La culpabilité est déterminée par la gravité de la lésion ou de la mise en danger du bien juridique concerné, par le caractère répréhensible de l'acte, par les motivations et les buts de l'auteur et par la mesure dans laquelle celui-ci aurait pu éviter la mise en danger ou la lésion, compte tenu de sa situation personnelle et des circonstances extérieures (al. 2).
Les critères, énumérés de manière non exhaustive par cette disposition, correspondent à ceux fixés par l'art. 63 aCP et la jurisprudence élaborée en application de cette disposition (<ref-ruling> consid. 2.1). Cette jurisprudence conserve toute sa valeur, de sorte que l'on peut continuer à s'y référer (voir <ref-ruling> consid. 6.1 p. 21; <ref-ruling> consid. 2a p. 103; <ref-ruling> consid. 1, 116 IV 288 consid. 2a et les références citées). L'<ref-law> confère un large pouvoir d'appréciation au juge. Par conséquent, celui-ci ne viole le droit fédéral en fixant la peine que s'il sort du cadre légal, s'il se fonde sur des critères étrangers à l'<ref-law>, s'il omet de prendre en considération des éléments d'appréciation prévus par cette disposition ou, enfin, si la peine qu'il prononce est exagérément sévère ou clémente au point de constituer un abus du pouvoir d'appréciation (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 6.1 et les références citées).
4.2 En l'espèce, la cour cantonale a infligé au recourant une peine privative de liberté de six ans. Elle a insisté sur la gravité de la faute du recourant, qui a commis, à trois reprises, des viols, n'hésitant pas à user de brutalité et à utiliser un couteau impressionnant à l'égard de C._. En plus de ces viols, le recourant s'est rendu coupable de lésions corporelles simples au préjudice du nouvel ami de l'une de ses victimes et de faux dans les titres et tentative d'escroquerie pour avoir tenté d'obtenir un prêt complémentaire auprès d'un établissement de crédit. La cour cantonale a relevé que, pour toutes ces infractions, le recourant avait été guidé par des mobiles purement égoïstes. Elle a noté son manque de collaboration en ce qui concernait les viols, tout en reconnaissant une collaboration relative pour les autres infractions. Elle a mentionné que le recourant souffrait d'un trouble de la personnalité, toutefois peu grave, et consommait de l'alcool et de la cocaïne, mais que ces problèmes n'entraînaient pas une diminution de la responsabilité. Elle a tenu compte de sa situation personnelle et apprécié les risques de récidive. Enfin, elle noté une absence d'antécédents judiciaires.
La cour cantonale a motivé de manière détaillée et complète la peine, et le recourant n'invoque aucun élément, propre à modifier celle-ci, qu'elle aurait omis ou pris en considération à tort. Au vu de l'ensemble des éléments cités par la cour cantonale, la peine privative de liberté de six ans n'apparaît pas sévère à un point tel qu'il faille conclure à un abus du large pouvoir d'appréciation accordé à la cour cantonale. En conséquence, le grief tiré de la violation de l'<ref-law> doit être rejeté.
5. Le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
Comme ses conclusions étaient d'emblée vouées à l'échec, le recourant doit être débouté de sa demande d'assistance judiciaire (art. 64 al. 1 et 2 LTF) et supporter les frais de justice réduits pour tenir compte de sa situation financière actuelle (art. 65 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1600 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 5 septembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant: La Greffière:
Schneider Kistler Vianin