Faits:
A. T._, née en 1952, a déposé une demande de prestations auprès de l'Office AI du canton de Vaud (ci-après: l'OAI) le 8 avril 1998.
Procédant à l'instruction de la demande, l'OAI a recueilli divers avis médicaux. Selon le docteur R._ (rhumatologue), l'assurée présentait une fibromyalgie floride traduisant un état psychosomatique et préconisait une psychothérapie de soutien ainsi qu'un traitement anti-dépresseur (cf. rapport du 7 avril 1997). Dans un rapport du 16 mai 1997, la doctoresse B._ (rhumatologue) retenait une fibromyalgie ainsi que des rachialgies sur troubles statiques et dégénératifs modérés, proposant une médication d'anti-dépresseurs et indiquant qu'une prise en charge psychiatrique était nécessaire. Le 5 mai 1998, le docteur G._, professeur associé au service de rhumatologie, médecine physique et réhabilitation du Centre hospitalier universitaire vaudois, a fait état de troubles somatoformes douloureux touchant l'hémicorps droit et de signes de non-organicité et de surcharge. Il indiquait qu'il n'y avait aucune atteinte organique, ni lésionnelle capable d'expliquer une incapacité de travail. En revanche, la surcharge fonctionnelle pouvait s'expliquer par un état anxio-dépressif chronique et ce dernier pouvait être responsable de l'incapacité de travail effective. Il indiquait penser que l'on se dirigeait vers une invalidité pour des motifs d'ordre avant tout psychiatrique. Le même jour, le docteur S._, spécialiste FMH en psychiatrie et psychothérapie, a posé le diagnostic d'épisode dépressif majeur d'intensité moyenne et de troubles somatoformes douloureux. Il observait qu'il s'agissait probablement d'un syndrome dépressif masqué avec présentation somatique et préconisait des perfusions d'anti-dépresseurs. Dans un rapport du 16 mai 1998, la doctoresse H._, généraliste, a fait état d'une fibromyalgie floride et de lombalgies sur discopathie modérée L5-S1, retenant une incapacité de travail totale du 26 avril au 15 juin 1998.
Par décision du 24 août 1999, l'OAI a octroyé à l'assurée une rente entière d'invalidité dès le 1er février 1998.
En novembre 2003, l'OAI a entrepris une procédure de révision et a confié une expertise à la Clinique romande de réadaptation (CRR). Cette dernière a rendu son rapport le 10 mai 2004, lequel exposait que l'assurée souffrait d'un syndrome douloureux somatoforme persistant (F45.4) sans psychopathologie associée pouvant justifier une incapacité de travail. Par décision du 7 juin 2004, l'OAI a supprimé le droit à la rente d'invalidité avec effet au 1er août 2004. Dans sa motivation, l'OAI a indiqué qu'au moment de l'octroi initial de la rente, il n'avait pas tenu compte de l'absence de toute atteinte rhumatologique significative et que l'éventualité d'une atteinte d'ordre psychiatrique n'avait pas été examinée de manière approfondie. Dès lors que cette décision était prématurée et qu'elle se fondait sur un état de fait incomplet et des renseignements médicaux insuffisants, elle était manifestement erronée. L'OAI a confirmé sa position dans une nouvelle décision, le 29 avril 2005.
B. Par jugement du 2 novembre 2006, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a rejeté le recours déposé par l'assurée contre la décision sur opposition du 29 avril 2005.
C. T._ a interjeté un recours de droit administratif contre ce jugement. Sous suite de dépens, elle a conclu à son annulation et à la réintroduction du droit à la rente dès le 1er août 2004.
L'OAI a proposé le rejet du recours tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. La loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006 1205, 1242). L'acte attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par l'OJ (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 395).
2. Le jugement entrepris porte sur des prestations de l'assurance-invalidité, de sorte que le Tribunal fédéral examine uniquement si l'autorité cantonale de recours a violé le droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation, si les faits pertinents ont été constatés de manière manifestement inexacte ou incomplète ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 132 al. 2 OJ [dans sa teneur selon le ch. III de la loi fédérale du 16 décembre 2005 portant modification de la LAI, en vigueur depuis le 1er juillet 2006], en relation avec les art. 104 let. a et b, ainsi que 105 al. 2 OJ).
3. Le jugement entrepris expose de manière exacte et complète la réglementation légale sur la reconsidération (<ref-law>). Il suffit d'y renvoyer.
4. La juridiction cantonale a retenu que le seul diagnostic de troubles somatoformes douloureux retenu par le psychiatre S._ n'était à lui seul pas suffisant pour admettre que la limitation de la capacité de travail revêtait un caractère invalidant. L'OAI aurait dû mettre en oeuvre une expertise psychiatrique afin de déterminer si la présence d'une comorbidité ou si le cumul des critères pertinents énumérés à l'<ref-ruling> étaient susceptibles d'entraîner une éventuelle incapacité de travail. Le défaut d'investigation sur ces deux points avait conduit l'OAI a rendre une décision manifestement erronée. La juridiction cantonale a ainsi admis que les conditions d'une reconsidération de la décision du 24 août 1999 étaient réalisées et a confirmé la suppression du droit à la rente à partir du 1er août 2004.
4.1 A l'époque de l'octroi initial du droit à la rente, l'OAI disposait notamment des rapports médicaux établis par les docteurs G._, rhumatologue, et S._, psychiatre. Selon les constatations des premiers juges, le docteur S._ a posé le diagnostic d'épisode dépressif majeur d'intensité moyenne et de troubles somatoformes douloureux. Pour sa part, le docteur G._ a fait état de troubles somatoformes douloureux touchant l'hémicorps droit et de signes de non-organicité et de surcharge. S'il n'existait aucune atteinte organique propre à expliquer une incapacité de travail, la surcharge fonctionnelle, laquelle pouvait s'expliquer par un état anxio-dépressif chronique, pouvait être responsable de l'incapacité de travail effective.
4.2 Compte tenu des rapports médicaux dont il disposait, l'intimé n'a pas statué sur la base de mesures d'instruction manifestement insuffisantes ou lacunaires, ni fait un usage manifestement erroné de son pouvoir d'appréciation en tenant pour établie une incapacité de travail totale de l'assurée et en lui allouant une rente entière d'invalidité par décision du 24 août 1999; en effet, l'incapacité de travail retenue par les médecins ne reposait pas sur le seul diagnostic de troubles somatoformes douloureux ou de fibromyalgie mais aussi sur l'état anxio-dépressif chronique invoqué par le docteur G._ et l'épisode dépressif majeur d'intensité moyenne retenu par le docteur S._.
On ajoutera à cet égard que pour juger s'il est admissible de reconsidérer une décision, il faut se fonder sur les faits et la situation juridique au moment où cette décision a été rendue, compte tenu de la pratique en vigueur à cette époque (<ref-ruling>, consid. 3 p. 389 sv., 119 V 475 consid. 1b/cc p. 479). Par conséquent, c'est à tort que les premiers juges se fondent sur la jurisprudence publiée à l'<ref-ruling>, laquelle est postérieure à la décision initiale de rente, pour examiner à l'aune des critères plus restrictifs développés dans cet arrêt si cette décision était manifestement erronée. La reconsidération ne doit pas servir d'instrument autorisant sans autre un nouvel examen des conditions à la base de prestations accordées. La seule conclusion à laquelle elle peut conduire est que la décision initiale était manifestement erronée (<ref-ruling>, 125 V 393; SVR 2005 ALV n° 8 consid. 3.1.1 [arrêt H. du 23 avril 2004, C 214/03].
Au vu de ce qui précède, un motif de reconsidération n'est pas réalisé dans le cas d'espèce et c'est donc en violation du droit fédéral que l'autorité de recours cantonale a confirmé la suppression, par la voie de la reconsidération, de la décision de l'OAI du 24 août 1999.
5. Vu la nature du litige, la procédure est onéreuse (art. 134 2ème phrase OJ dans sa teneur en vigueur depuis le 1er juillet 2006). Représentée par un avocat, la recourante, qui obtient gain de cause, a droit à une indemnité de dépens pour l'instance fédérale (art. 159 al. 1 en corrélation avec l'art. 135 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement du Tribunal des assurances du canton de Vaud du 2 novembre 2006 ainsi que la décision sur opposition de l'Office de l'assurance-invalidité du canton de Vaud du 29 avril 2005 sont annulés.
2. Les frais de justice, d'un montant de 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. L'avance de frais de 500 fr. versée par la recourante lui est restituée.
4. L'intimé versera à la recourante la somme de 1'500 fr. (y compris la taxe à la valeur ajoutée) à titre de dépens pour l'instance fédérale.
5. Le Tribunal des assurances du canton de Vaud statuera sur les dépens pour la procédure de première instance, au regard de l'issue du procès de dernière instance.
6. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 25 juin 2007
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière: