OZD 632. 2-80 - BJ B 112469 Jashat sich ergeben:
A.- Die deutschen Behörden ermitteln gegen mehrere Personen, die im Verdacht stehen, als Mitglied einer internationalen Tätergruppierung in den Jahren 1994 und 1995 Zigaretten im Umfang von mindestens 400 Lastkraftwagenladungen über ein Zollfreilager in der Schweiz nach Bulgarien und Mazedonien versandt zu haben. Eigentlicher Bestimmungsort sei jedoch Montenegro gewesen, von wo aus die Zigaretten nach Italien geschmuggelt worden seien. Diese Handlungen hätten dem Ziel gedient, die Schwarzmärkte der Europäischen Union mit Zigaretten zu versorgen und gleichzeitig die finanzielle und wirtschaftliche Lage Serbiens und Montenegros während des Embargos der Vereinten Nationen zu verbessern.
Der Europäischen Union sei hierdurch ein Steuerschaden von rund 800 Millionen DM entstanden. Den Beschuldigten - zu denen auch der Schweizer Staatsangehörige W._ zählt - wird Abgabenhinterziehung in einem besonders schweren Fall in Tateinheit mit Urkundenfälschung und Verstössen gegen das Aussenwirtschaftsgesetz (Embargobestimmungen der Vereinten Nationen gegen Restjugoslawien) vorgeworfen.
B.-Mit Rechtshilfeersuchen vom 18. September 1998 ersuchte der Leitende Oberstaatsanwalt in Augsburg die schweizerischen Behörden um Einsicht in die bei den Zolluntersuchungsdiensten Zürich und Heerbrugg befindlichen Unterlagen und Beweismittel, die im Rahmen eines Zollstrafverfahrens erhoben worden waren.
C.-Das Bundesamt für Polizeiwesen (BAP) übertrug die Durchführung des Rechtshilfeverfahrens am 15. Juli 1999 der eidgenössischen Zollverwaltung. Mit Eintretens- und Schlussverfügung vom 26. Juli 1999 entsprach die Oberzolldirektion dem Rechtshilfeersuchen im Sinne der Erwägungen vollumfänglich und ordnete an, die ersuchte Akteneinsicht sei nach Eintritt der Rechtskraft der Verfügung zu gewähren.
D.- Am 12. November 1999 hiess das Bundesgericht die hiergegen gerichtete Verwaltungsgerichtsbeschwerde W._'s gut, soweit es darauf eintrat, weil die Oberzolldirektion bei Erlass der Schlussverfügung den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör verletzt und das Vorliegen eines Abgabebetrugs zu wenig begründet habe.
E.- Am 15. Dezember 1999 stellte die Oberzolldirektion dem Rechtsvertreter W._'s das Rechtshilfeersuchen vom 18. September 1998 zu, wobei eine Passage von zehn Zeilen abgedeckt wurde. Mit Schreiben vom 6. Januar 2000 nahm W._ hierzu Stellung und teilte sinngemäss mit, er sei mit der Übersendung der ihn betreffenden Akten an die Staatsanwaltschaft Augsburg einverstanden, sofern sein Brief vom 28. September 1995 samt Beilage an den Zolluntersuchungsdienst Heerbrugg davon ausgenommen werde. In zwei Telefongesprächen mit dem zuständigen Sachbearbeiter der Oberzolldirektion führte er zur Begründung aus, das Schreiben sei vertraulich gewesen und enthalte Angaben zur Person, zur Geschäftstätigkeit und zum Warenablauf sowie eine Liste über verschiedene Firmen und ihre Vertragspartner, die nicht zur Kenntnis der deutschen Behörden bestimmt seien. Am 31. Januar 2000 nahm auch der Rechtsvertreter von W._ Stellung.
F.- Am 4. April 2000 bat die Oberzolldirektion die Staatsanwaltschaft Augsburg um ergänzende Informationen, namentlich zu den von den strafbaren Handlungen betroffenen Abgaben. Mit Schreiben vom 8. Juni 2000 machte der leitende Oberstaatsanwalt in Augsburg ergänzende Angaben zu den bisherigen Ermittlungen und teilte mit, dass durch den Zigarettenschmuggel sowohl das Gemeinwesen Europäische Union als auch die einzelnen Mitgliedstaaten geschädigt worden seien, in denen Zigaretten auf den Schwarzmarkt gelangt seien, insbesondere Grossbritannien, Italien, Spanien und Deutschland.
Der Gesamtschaden belaufe sich auf mindestens 800 Millionen DM durch Hinterziehung von Zoll, Mehrwert- und Verbrauchssteuern.
G.- Am 15. August 2000 erliess die Oberzolldirektion eine Eintretens- und Schlussverfügung, in der sie die Akteneinsicht der deutschen Behörden in die W._ betreffenden Akten - darunter auch das Schreiben an den Zolluntersuchungsdienst Heerbrugg vom 28. September 1995 - sowie die Zustellung von Fotokopien dieser Akten an die deutschen Behörden bewilligte.
H.- Hiergegen erhob W._ am 14. September 2000 Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht. Er beantragt, es sei "das Begehren der OZD abzuweisen"; eventualiter sei ein Spezialitätsvorbehalt anzuordnen, wonach die durch Rechtshilfe erhaltenen Auskünfte wegen Taten, bei denen Rechtshilfe nicht zulässig ist, weder für Ermittlungen benützt noch als Beweismittel verwendet werden dürfen, vor allem bei fiskalischen Delikten.
Die Oberzolldirektion und das Bundesamt für Justiz beantragen, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne. Das Bundesamt für Justiz beantragt ferner, es sei eine gegenüber der bisherigen Formulierung des Spezialitätsgrundsatzes erweiterte Verwendung der Vollzugsakten auch zugunsten von zollrechtlichen Administrativverfahren zu bewilligen.
I.- Mit Verfügung des Instruktionsrichters vom 23. Oktober 2000 wurden dem Beschwerdeführer Kopien der ihn betreffenden Aktennotizen der Zollbehörden vom 28. September 1995 und vom 24. November 1995 geschickt und ihm Gelegenheit gegeben, hierzu Stellung zu nehmen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-a) Für die Rechtshilfe zwischen der Bundesrepublik Deutschland und der Schweiz sind in erster Linie die Bestimmungen des Europäischen Übereinkommens über die Rechtshilfe in Strafsachen vom 20. April 1959 (EUeR, SR 0.351. 1), dem die beiden Staaten beigetreten sind, und der zwischen ihnen abgeschlossene Zusatzvertrag vom 13. November 1969 (SR 0.351. 913.61) massgebend. Soweit diese Staatsverträge bestimmte Fragen nicht abschliessend regeln, gelangt das schweizerische Landesrecht (namentlich das Bundesgesetz über internationale Rechtshilfe in Strafsachen vom 20. März 1981 [IRSG, SR 351. 1] und die dazugehörende Verordnung [IRSV, SR 351. 11]) zur Anwendung (vgl. <ref-law>).
b) Angefochten ist eine Verfügung der Oberzolldirektion als ausführende Bundesbehörde, mit der das Rechtshilfeverfahren abgeschlossen wurde. Diese unterliegt gemäss <ref-law> der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht. Der Beschwerdeführer ist von der Rechtshilfemassnahme, mit der der ersuchenden Behörde Einsicht in die ihn betreffenden Akten gewährt werden soll, persönlich und direkt betroffen und somit zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>). Auf die rechtzeitig erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher einzutreten.
2.- Der Beschwerdeführer macht zunächst geltend, das Bundesgericht habe das Rechtshilfeersuchen hinsichtlich des Einvernahmeprotokolls vom 26. März 1996 und dem Schreiben vom 28. September 1995 nebst Beilage bereits rechtskräftig abgewiesen; schon aus diesem Grund sei die Schlussverfügung der Oberzolldirektion aufzuheben. Dies trifft jedoch nicht zu: Das Bundesgericht hat die Zulässigkeit des Rechtshilfeersuchens nicht selbst beurteilt, sondern die Schlussverfügung vom 26. Juli 1999 lediglich wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs und der Begründungspflicht aufgehoben; in den Erwägungen (E. 4a) heisst es ausdrücklich, die Sache werde zu neuem Entscheid an die Oberzolldirektion zurückgewiesen.
Die Oberzolldirektion war somit berechtigt und verpflichtet, eine neue Schlussverfügung hinsichtlich der den Beschwerdeführer betreffenden Unterlagen zu erlassen.
3.- Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, sein Recht auf Akteneinsicht sei verletzt worden, weil Teile des Rechtshilfegesuchs abgedeckt und ihm diverse, ihn betreffende Aktennotizen nicht gezeigt worden seien.
a) Gemäss <ref-law> können die Berechtigten am Verfahren teilnehmen und Einsicht in die Akten nehmen, "soweit dies für die Wahrung ihrer Interessen notwendig ist". Zu den für das Verfahren relevanten Unterlagen, in welche die Betroffenen grundsätzlich Einsicht nehmen können, gehören insbesondere das Rechtshilfeersuchen, allfällige ergänzende Auskünfte des ersuchenden Staates sowie die zur Herausgabe an den ersuchenden Staat bestimmten, den Berechtigten unmittelbar betreffenden Unterlagen. Gemäss <ref-law> kann das Akteneinsichtsrecht allerdings eingeschränkt werden, u.a. im Interesse des ausländischen Verfahrens (lit. a) oder zum Schutz eines wesentlichen rechtlichen Interesses auf Verlangen des ersuchenden Staates (lit. b). Die Rechtshilfebehörde darf ihren Entscheid jedoch nicht auf geheime, den Verfahrensbeteiligten unzugängliche Aktenstücke oder -teile stützen (unveröffentlichte Entscheide i.S. S. gegen BAP vom 30. September 1997 E. 3b). Will sie zum Nachteil eines Beteiligten auf ein geheimes Aktenstück abstellen, muss sie diesem mündlich oder schriftlich von seinem wesentlichen Inhalt Kenntnis und ihm Gelegenheit geben, sich dazu zu äussern (<ref-law> i.V.m. <ref-law>; vgl. hierzu unveröffentlichten Entscheid i.S. T. vom 2. November 1999 E. 3b).
b) Im vorliegenden Fall wurde dem Beschwerdeführer Einsicht in das Rechtshilfeersuchen gewährt, allerdings unter Abdeckung einer Passage. Diese betrifft den Erwerb der Zigaretten in der Europäischen Union und deren Transport bis zum Zollfreilager Buchs, wobei diverse beteiligte Gesellschaften namentlich erwähnt werden. Die Geheimhaltung dieser Namen lässt sich im Interesse des ausländischen Untersuchungsverfahrens rechtfertigen. Diese Phase des Tatgeschehens (bis zur Lagerung im schweizerischen Zollfreilager) ist auch für die Beurteilung des Rechtshilfegesuchs, namentlich für die Qualifikation als Abgabebetrug bzw. Bannbruch, nicht wesentlich. Zwar stört die Abdeckung insofern, als im darauf folgenden Satz ("Dort trat die Firma MUNDOTRANS AG auf ...") nicht ohne weiteres klar ist, dass sich "dort" auf das Zollfreilager Buchs bezieht. Im Rechtshilfegesuch wird jedoch an anderer (unabgedeckter) Stelle ausgeführt, dass die Zigaretten über ein Zollfreilager der Ostschweiz umgeschlagen worden sind; dass es sich hierbei um das Zollfreilager Buchs handelte, war für den Beschwerdeführer ohne weiteres klar, ging es doch in seiner Einvernahme durch den Untersuchungsdienst Heerbrugg um Zigarettenlieferung ab Buchs.
c) Zu den Akten des Zolluntersuchungsdienstes Heerbrugg gehören auch diverse Aktennotizen über Gespräche bzw.
Telefongespräche mit dem Beschwerdeführer (Schlussverfügung, E. 7). Der Beschwerdeführer macht geltend, er kenne den Inhalt dieser Aktennotizen nicht, in die ihm nie Einsicht gewährt worden sei; insoweit sei sein Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt worden.
Da die Aktennotizen zu den Akten gehören, in die der ersuchenden Behörde Einsicht gewährt werden soll, und Aussagen enthalten, die der Beschwerdeführer im Rahmen des Untersuchungsverfahrens gegenüber den Zollbehörden gemacht hat, sind sie für das Rechtshilfeverfahren relevant. Der Beschwerdeführer hatte somit Anspruch darauf, auch diese Aktennotizen einsehen zu können. Sie wurden ihm jedoch, soweit aus den Akten ersichtlich, nicht gezeigt: Aufgrund seines Akteneinsichtsgesuchs vom 29. Juli 1999 wurden dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers lediglich Kopien der Eingabe vom 28. September 1995 und des Einvernahmeprotokolls vom 26. März 1996 geschickt; am 15. Dezember 1999 stellte die Oberzolldirektion dem Rechtsvertreter des Beschwerdeführers ferner das Rechtshilfeersuchen zu. Da die Existenz der Aktennotizen auch in der Schlussverfügung vom 26. Juli 1999 und der Vernehmlassung der Oberzolldirektion vom 10. September 1999 nicht erwähnt wurde, konnte der Beschwerdeführer nicht wissen, dass die Akteneinsicht unvollständig war. Aus dem gleichen Grund kann sich auch sein Einverständnis mit der Aktenübermittlung vom 6. Januar 2000 nicht auf die ihm unbekannten Aktennotizen beziehen.
Da hinsichtlich dieser Aktennotizen über Gespräche mit dem Beschwerdeführer keine Geheimhaltungsgründe i.S.v.
<ref-law> ersichtlich sind, liegt eine Verletzung des Akteneinsichtsrechts und des Anspruchs auf rechtliches Gehör vor. Dies führt jedoch nicht zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids: Nach ständiger bundesgerichtlicher Rechtsprechung kann ein derartiger Verfahrensfehler im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde vor Bundesgericht geheilt werden, weil das Bundesgericht mit freier Kognition über die Zulässigkeit der Rechtshilfe und deren Umfang entscheidet (<ref-ruling> E. 2d S. 138 f. mit Hinweisen).
Nachdem dem Beschwerdeführer im bundesgerichtlichen Verfahren Einsicht in die ihn betreffenden Aktennotizen gewährt worden ist und er die Möglichkeit hatte, sich hierzu zu äussern, ist der Mangel geheilt worden.
d) Gleiches gilt für die - vom Beschwerdeführer nicht gerügte - Verletzung des rechtlichen Gehörs hinsichtlich der ergänzenden Informationen der Staatsanwaltschaft Augsburg vom 8. Juni 2000: Dieses Schreiben wurde dem Beschwerdeführer als Beilage zur Schlussverfügung, d.h. erst nach Erlass der Schlussverfügung zugestellt. Der Beschwerdeführer konnte jedoch in seiner Beschwerde an das Bundesgericht dazu Stellung nehmen.
e) Der Beschwerdeführer rügt überdies, ihm seien die beiden in der Schlussverfügung (Ziff. 7) genannten Beschlagnahmeprotokolle vom 25. März 1996 unbekannt. Diese befinden sich auch nicht in den von der Oberzolldirektion eingereichten Akten. Es ist anzunehmen, dass es sich hierbei um die Protokolle der Beschlagnahmen bei den Firmen Tavolus Establishment und Armares in Schaan/Liechtenstein handelt.
Hinsichtlich dieser Unterlagen ist der Beschwerdeführer nicht beschwerdeberechtigt (vgl. bundesgerichtliches Urteil vom 12. November 1999 E. 1c/aa), weshalb ihm insoweit auch keine Akteneinsicht gewährt werden musste. Die Oberzolldirektion wird darauf behaftet, dass keine weiteren, den Beschwerdeführer direkt und persönlich betreffenden Unterlagen bei ihr vorhanden sind, die diesem unbekannt sind.
Sollte dies doch der Fall sein, dürfte den deutschen Behörden nur aufgrund einer gesonderten Schlussverfügung darin Einsicht gewährt werden.
4.- a) Nach Art. 2 lit. a EUeR kann die Rechtshilfe verweigert werden, wenn sich das Ersuchen auf strafbare Handlungen bezieht, die vom ersuchten Staat als Fiskaldelikte angesehen werden. <ref-law> sieht vor, dass Rechtshilfebegehren abzulehnen sind, wenn Gegenstand des Verfahrens eine Tat bildet, die auf eine Verkürzung fiskalischer Abgaben gerichtet ist. Jedoch kann einem Ersuchen um Rechtshilfe nach dem dritten Teil des Gesetzes entsprochen werden, wenn das Verfahren einen Abgabebetrug betrifft. Nach der Rechtsprechung besteht im letzteren Fall eine Pflicht zur Rechtshilfeleistung, wenn die übrigen Voraussetzungen dafür erfüllt sind (<ref-ruling> E. 3 S. 64).
b) Gemäss <ref-law> bestimmt sich der Begriff des Abgabebetrugs im Sinne von <ref-law> nach Art. 14 Abs. 2 des Bundesgesetzes über das Verwaltungsstrafrecht vom 22. März 1974 (VStrR; SR 313. 0). Danach liegt ein Abgabebetrug vor, wenn der Täter durch sein arglistiges Verhalten bewirkt, dass dem Gemeinwesen unrechtmässig und in einem erheblichen Betrag eine Abgabe, ein Beitrag oder eine andere Leistung vorenthalten oder dass es sonst am Vermögen geschädigt wird. Ein Abgabebetrug muss nicht notwendigerweise durch Verwendung falscher oder gefälschter Urkunden begangen werden, sondern es sind auch andere Fälle arglistiger Täuschung denkbar. Nach der Rechtsprechung sind jedoch immer besondere Machenschaften, Kniffe oder ganze Lügengebäude erforderlich, damit eine arglistige Täuschung anzunehmen ist. Unter Umständen kann allerdings auch blosses Schweigen arglistig sein, wenn der Täuschende den Getäuschten von einer möglichen Überprüfung abhält oder voraussieht, dass dieser mit Rücksicht auf ein besonderes Vertrauensverhältnis von einer Überprüfung absehen wird (<ref-ruling> E. 3b S. 252 f. mit Hinweisen).
c) Gemäss dem Rechtshilfeersuchen wurden die Zigaretten, die teils aus Europa und teils aus Übersee stammen, zunächst in Zollfreilagern der Schweiz zwischengelagert.
Von dort aus seien sie nach Mazedonien versandt worden.
Durch inhaltlich falsche Versandpapiere, Frachtpapiere und Rechnungen sei der Eindruck erweckt worden, die Zigaretten seien für den bulgarischen Markt bestimmt. Tatsächlich aber seien die Zigaretten von Mazedonien aus mittels serbischer Lastwagen nach Montenegro transportiert und von dort aus mit Schiffen über das Meer nach Italien geschmuggelt worden. Von dort aus seien sie auf den italienischen Schwarzmarkt sowie auf die Schwarzmärkte anderer europäischer Länder (insbesondere Grossbritannien, Spanien und Deutschland) gelangt. Zur Verschleierung der Herkunft und des Verbleibs der Zigaretten hätten die Täter rund 50 Firmen mit Sitz in der Schweiz, Liechtenstein, Zypern, Griechenland, Bulgarien, Serbien und Montenegro gegründet.
Diesen Sachverhalt hat die Oberzolldirektion zu Recht als Abgabebetrug qualifiziert. Auch wenn die Zigaretten nach Italien eingeschmuggelt und nicht unter Verwendung falscher Urkunden eingeführt wurden, unterscheidet sich der Sachverhalt klar von einer einfachen Zollhinterziehung:
Durch den Aufbau einer ganzen, dem Zigarettenschmuggel dienenden Organisation von Firmen in mehreren Ländern, durch den Transport der Zigaretten über die Schweiz und Mazedonien und durch die Ausstellung falscher Rechnungen und Frachtpapiere wurde ein ganzes Lügengebäude errichtet, das einen legalen Export der Zigaretten nach Bulgarien vortäuschen und die Herkunft der auf den Schwarzmärkten der Europäischen Union gehandelten Zigaretten verschleiern sollte.
Diese - mit grossem Aufwand organisierten - Machenschaften dienten einzig der Täuschung der Zoll- und Ermittlungsbehörden der beteiligten EU-Staaten, die im Verlauf eines Zigarettentransports mehrfach mit dem von den Tätern errichteten Lügengebäude konfrontiert wurden: beim Verlassen des EU-Raums in Richtung Schweiz, beim Transit der Zigaretten durch Österreich, beim Weitertransport der Zigaretten von Italien in Richtung Deutschland, Grossbritannien und Spanien (wozu i.d.R. ebenfalls falsche Frachtpapiere verwendet werden mussten) und bei den Ermittlungen über die Herkunft der auf den Schwarzmärkten vertriebenen Zigaretten. Aufgrund dieser, bei einer Gesamtbetrachtung als arglistig zu bezeichnenden Täuschung entgingen der Europäischen Union und ihren Mitgliedsstaaten (insbesondere Deutschland, Italien, Spanien und Grossbritannien) Zoll, Mehrwertsteuer und Verbrauchssteuern in Höhe von mindestens 800 Millionen DM.
d) Hinzu kommt, dass die im Rechtshilfeersuchen geschilderte Beförderung der Zigaretten nach und von Montenegro auch gegen die Embargobestimmungen gegenüber Jugoslawien verstiess, welche die Aus- und Durchfuhr, die Vermittlung sowie die Beförderung von Waren von und nach Jugoslawien verbieten (vgl. Art. 3 der Verordnung vom 3. Juni 1992 über Wirtschaftssanktionen gegenüber Jugoslawien [AS 1992 1203 und 2353], Art. 5a Abs. 1 der Änderung vom 26. April 1993 [AS 1993 1500] und Art. 4 der Verordnung vom 3. Oktober 1994 über Wirtschaftsmassnahmen gegenüber Jugoslawien und anderen serbisch kontrollierten Gebieten [AS 1994 2194; in Kraft bis 25. November 1995 [AS 1995 5025; 1996 1021]). Da die Zigaretten gemäss Rechtshilfegesuch von Anfang an für Montenegro und nicht für Bulgarien bestimmt waren und unter unrichtiger Deklaration aus- oder durchgeführt worden sind, kommt der Tatbestand des Bannbruchs gemäss Art. 76 Ziff. 1 Zollgesetz vom 1. Oktober 1925 [ZG; SR 631. 0] i.V.m. Art. 6 Abs. 5 der Verordnung vom 3. Juni 1992 und Art. 10 Abs. 5 der Verordnung vom 3. Oktober 1994) in Betracht (vgl. <ref-ruling> E. 4b und c S. 283).
Dieses Delikt ist weder als politische noch als fiskalische Straftat i.S.v. Art. 2 lit. a EUeR zu qualifizieren (vgl. <ref-ruling> E. 4b/aa S. 85 zur vergleichbaren Rechtslage nach dem Staatsvertrag mit den Vereinigten Staaten von Amerika über gegenseitige Rechtshilfe in Strafsachen).
Zwar hat der Bundesrat in seiner Botschaft zum EUeR (Botschaft vom 1. März 1966 zur Genehmigung von sechs Übereinkommen des Europarates, BBl 1966 I 457 ff., insbes.
S. 477) ausgeführt, die Leistung von Rechtshilfe könne bei Bannbruchtatbeständen gemäss Art. 2 lit. b EUeR abgelehnt werden, wenn es um den Verstoss gegen Ausfuhrverbote und -beschränkungen gehe, die aus protektionistischen Gründen oder als handelspolitisches Druckmittel angeordnet worden seien und gegen die wirtschaftlichen Staatsinteressen der Schweiz verstossen. Dies ist jedoch bei den zitierten, von der Staatengemeinschaft beschlossenen und auch von der Schweiz übernommenen Embargomassnahmen gegen Serbien und Montenegro offensichtlich nicht der Fall.
e) Der Beschwerdeführer macht im Wesentlichen geltend, er sei nicht "Mitglied einer internationalen Tätergruppe" und sei nie am Zigarettenschmuggel oder am Bruch des UNO-Embargos gegenüber Jugoslawien beteiligt gewesen.
Dieser Einwand ist jedoch unerheblich: Zum einen ist es grundsätzlich nicht Sache der Rechtshilfebehörden, Tat- und Schuldfragen abzuklären; sie sind an die Sachverhaltsdarstellung im Ersuchen samt Beilagen gebunden, soweit diese nicht offensichtlich fehlerhaft, lückenhaft oder widersprüchlich ist (vgl. <ref-ruling> E. 5b S. 257; <ref-ruling> E. 5b S. 121 f.; <ref-ruling> E. 4b S. 425 f.). Zum anderen verlangt der Vorbehalt der Schweiz gemäss Art. 5 Abs. 1 lit. a EUeR lediglich, dass dem Rechtshilfeersuchen eine auch nach schweizerischem Recht strafbare Handlung zugrundeliegt; nicht erforderlich ist dagegen, dass sich der Verdacht gegen den von den Rechtshilfemassnahmen Betroffenen richtet. Auch Dritte können Adressaten von Rechtshilfemassnahmen sein, sofern dies von der ersuchenden Behörde beantragt wird und die betreffenden Unterlagen für das ausländische Strafverfahren von Bedeutung sein können (vgl. dazu im Folgenden E. 5a).
5.- a) Für die Ausscheidung derjenigen Akten, die den Behörden des ersuchenden Staates auszuhändigen sind, stellt die bundesgerichtliche Rechtsprechung auf das Kriterium der potentiellen Erheblichkeit ab: Zu übermitteln sind diejeni- gen Aktenstücke, die sich möglicherweise auf den im Rechts- hilfeersuchen dargestellten Sachverhalt beziehen können; nicht zu übermitteln sind nur diejenigen Akten, die für das
ausländische Strafverfahren mit Sicherheit nicht erheblich sind (<ref-ruling> E. 2c S. 371). Im vorliegenden Fall weisen die den Beschwerdeführer betreffenden Akten einen engen Zusammenhang zum Ermittlungsgegenstand der ersuchenden Behörde auf; dies gilt insbesondere auch für das Schreiben vom 28. September 1995 samt Beilage betreffend die Geschäftstätigkeit des Beschwerdeführers, seine Firmen, seine Geschäftspartner und den Warenablauf. Der Beschwerdeführer behauptet selbst, die von ihm eingereichten Unterlagen bewiesen, dass er nie einen Transport nach Montenegro organisiert und keinerlei strafbare Handlung begangen habe. Sollte dies zutreffen, wären die Unterlagen der ersuchenden Behörde als Entlastungsmaterial zu übermitteln (vgl. <ref-law>).
b) Unbehelflich ist der Hinweis des Beschwerdeführers, dass diese Angaben vertraulich und nur für die Kenntnis der schweizerischen Zollbehörden bestimmt gewesen seien.
Ist die Schweiz - wie im vorliegenden Fall - staatsvertraglich verpflichtet (oder gemäss IRSG berechtigt), Rechtshilfe zu leisten, wird das Amtsgeheimnis insoweit eingeschränkt.
Ob etwas anderes gelten könnte, wenn die Zollbehörden dem Beschwerdeführer die Vertraulichkeit i.S.d. Geheimhaltung der Angaben gegenüber ausländischen Behörden ausdrücklich zugesichert hätten, kann offen bleiben, weil eine derartige Zusicherung nicht abgegeben worden ist.
6.- Der Beschwerdeführer beantragt, es sei ein Spezialitätsvorbehalt anzuordnen, wonach die durch die Rechtshilfe erhaltenen Auskünfte wegen Taten, bei denen Rechtshilfe nicht zulässig ist, weder für Ermittlungen benützt noch als Beweismittel verwendet werden dürfen, vor allem bei fiskalischen Delikten. Das Bundesamt für Justiz stellt dagegen - wie schon im vorangegangenen bundesgerichtlichen Verfahren - den Antrag, es sei eine gegenüber der bisherigen Formulierung des Spezialitätsgrundsatzes erweiterte Verwendung der Vollzugsakten auch zugunsten von zollrechtlichen Administrativverfahren zu bewilligen.
a) Gemäss ihrem Vorbehalt zu Art. 2 lit. b EUeR behält sich die Schweiz das Recht vor, Rechtshilfe auf Grund des Übereinkommens nur unter der ausdrücklichen Bedingung zu leisten, dass die Ergebnisse der in der Schweiz durchgeführten Erhebungen und die in herausgegebenen Akten oder Schriftstücken enthaltenen Auskünfte ausschliesslich für die Aufklärung und Beurteilung derjenigen strafbaren Handlungen verwendet werden dürfen, für die die Rechtshilfe bewilligt wird. Dieser Vorbehalt ermöglicht es dem Bundesamt, bei der Übermittlung der Unterlagen den in <ref-law> vorgesehenen Spezialitätsvorbehalt anzubringen. Dagegen ist es nicht erforderlich, dass der Spezialitätsvorbehalt bereits in der Schlussverfügung enthalten ist. Dies gilt umso mehr, als die deutschen Behörden - im Rechtshilfeersuchen und im ergänzenden Schreiben vom 8. Juni 2000 - ausdrücklich zugesichert haben, die im Rechtshilfeverfahren erlangten Auskünfte und Unterlagen ausschliesslich im strafrechtlichen Ermittlungsverfahren und keinesfalls für Fiskaldelikte nach schweizerischem Recht und für steuerliche Nacherhebungsverfahren zu verwenden und anderen Ermittlungsbehörden nur mit Zustimmung der Schweiz Einsicht in die erlangten Beweismittel zu gewähren.
Aufgrund dieser Zusicherung erübrigt sich die Anbringung eines Spezialitätsvorbehalts (vgl. 34 Abs. 1 IRSV).
b) Allerdings möchte das Bundesamt für Justiz den deutschen Behörden - abweichend von der bisherigen Praxis - die Verwendung der rechtshilfeweise übermittelten Unterlagen im Zolladministrativverfahren gestatten, gestützt u.a.
auf das Zusatzprotokoll vom 9. Juni 1997 zum Freihandelsabkommen vom 22. Juli 1972 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und der Europäischen Wirtschaftsgemeinschaft [SR 0.632. 401]; in Kraft seit 1. Juli 1998). Das Bundesamt will hierzu Ziff. 3 des bisher verwendeten Formulars, das die direkte oder indirekte Verwendung der erhaltenen Unterlagen für ein fiskalisches Straf- oder Verwaltungsverfahren verbietet, mit dem Zusatz einschränken: "soweit nicht Amtshilfe ausdrücklich vereinbar ist". Das Bundesamt ersucht das Bundesgericht, einer Anpassung des Spezialitätsvorbehalts in diesem Sinne zuzustimmen.
Das Bundesgericht ist jedoch nicht Aufsichtsbehörde in Rechtshilfesachen, sondern entscheidet über Beschwerden gegen Verfügungen der Rechtshilfebehörden, d.h. über Anordnungen in einem konkreten Fall. Es ist nicht seine Aufgabe, Praxisänderungen bzw. die Änderung von Formularen des Bundesamtes im Voraus zu genehmigen. Im vorliegenden Fall enthält die angefochtene Verfügung keinen Spezialitätsvorbehalt und musste - angesichts der ausdrücklichen Zusicherung der deutschen Behörden - auch keine diesbezüglichen Erwägungen enthalten.
Das Bundesamt hat jedoch die Möglichkeit, bei der Übermittlung der Unterlagen deren zulässige Verwendung zu präzisieren und - gestützt auf neue Rechtsgrundlagen oder eine geänderte Rechtsauffassung - eine weitergehende Verwendung der Unterlagen in konnexen Administrativverfahren zu gestatten. Der Beschwerdeführer kann diese Verfügung mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht anfechten, wenn er der Auffassung ist, sie gestatte im konkreten Fall eine nach <ref-law> unzulässige Verwendung der Unterlagen (vgl. <ref-ruling> E. 7a/cc S. 264; <ref-ruling>). Eine derartige Beschwerde hindert jedoch die Übermittlung der Unterlagen (bzw. die Gewährung von Akteneinsicht) an die ersuchende Behörde nicht (vgl. <ref-ruling> E. 7a/cc a.E.
S. 264).
Auf den Antrag des Bundesamtes ist daher nicht einzugehen.
7.-Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen.
Bei den Kostenfolgen ist zu berücksichtigen, dass die Oberzolldirektion durch die abermalige Verletzung des rechtlichen Gehörs zur Beschwerde Anlass gegeben hat; andererseits aber hat sich der Beschwerdeführer nicht auf einen Rückweisungsantrag beschränkt, sondern einen Sachentscheid des Bundesgerichts verlangt. Unter diesen Umständen rechtfertigt es sich, dem Beschwerdeführer eine reduzierte Gerichtsgebühr aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 und 3 OG). Dagegen steht dem Beschwerdeführer keine Parteientschädigung zu, da er in der Sache unterliegt (Art. 159 OG; in <ref-ruling> nicht veröffentlichte E. 5).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Dem Beschwerdeführer wird eine reduzierte Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- auferlegt.
3.- Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Eidgenössischen Oberzolldirektion und dem Bundesamt für Justiz, Abteilung internationale Rechtshilfe, schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 27. November 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: