Faits:
A. X._, ressortissant de Serbie et du Monténégro, est né en 1966. Pendant près de six ans, jusqu'à fin 1996, il a travaillé en qualité de saisonnier au sein de l'entreprise A._ à B._ dans le canton de Lucerne. Le statut de saisonnier ayant été aboli, il est alors retourné au Kosovo.
Le 23 juillet 2004, il est revenu en Suisse où il a déposé une demande d'asile, en raison de l'insécurité régnant au Kosovo où son épouse et leurs quatre enfants continuaient à vivre. Il a été attribué au canton de Genève et mis au bénéfice, le 11 mai 2005, d'une autorisation de travail provisoire lui permettant d'être engagé comme plongeur dans un restaurant à Genève. Un livret N, valable jusqu'au 20 juillet 2006, lui a a alors été délivré.
Le 4 avril 2006, l'Office fédéral des migrations a rejeté la demande d'asile et lui a ordonné de quitter la Suisse d'ici le 30 mai 2006. X._ ayant recouru contre cette décision auprès de la Commission suisse de recours en matière d'asile, celle-ci l'a autorisé, le 15 mai 2006, à attendre en Suisse l'issue de la procédure. Depuis lors, le permis N précité a été régulièrement renouvelé.
Par arrêt du 30 novembre 2009, définitif et exécutoire, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours de l'intéressé en matière d'asile. Les motifs allégués par l'intéressé ne satisfaisaient pas aux exigences requises pour la reconnaissance de la qualité de réfugié selon l'art. 3 de la loi fédérale du 26 juin 1998 sur l'asile (LAsi; RS 142.31). L'exécution du renvoi était raisonnablement exigible, le Kosovo ayant proclamé son indépendance le 17 février 2008. En outre, l'intéressé n'avait pas établi l'existence de sérieux préjudices au sens de l'<ref-law>. Il ne pouvait pas non plus se prévaloir de l'<ref-law> relatif au principe de non-refoulement, ni de la protection accordée par l'art. 4 de la Convention de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales du 4 novembre 1950 (CEDH - RS 0.101) ou celle résultant de l'art. 3 de la convention contre la torture et autre peine ou traitement cruel ou dégradant du 10 décembre 1984 (RS 0.105). Le 7 décembre 2009, l'Office fédéral des migrations a fixé à X._ un délai au 4 janvier 2010 pour quitter le territoire suisse.
B. Le 30 septembre 2009, X._ a déposé auprès de l'Office cantonal de la population du canton de Genève une demande d'autorisation de séjour en application de l'<ref-law>. A cette occasion, il a fait valoir qu'il était en Suisse depuis plus de cinq ans ce qui correspondait au dépôt de sa demande d'asile, que son lieu de séjour avait toujours été connu des autorités et qu'il s'était bien intégré en Suisse comme l'établissaient les multiples attestations qu'il joignait, prouvant son intégration sociale et professionnelle de même que ses efforts pour apprendre le français. Il a également précisé qu'il possédait d'excellentes connaissances de l'allemand. En outre, il ne faisait l'objet d'aucune poursuite et avait remboursé les 2'738 fr. qu'il devait à l'Hospice général. Il requérait donc de l'Office cantonal de la population la délivrance d'une autorisation de séjour sous réserve d'approbation ultérieure de l'autorité fédérale, en se fondant sur son intégration poussée en Suisse.
Le 9 novembre 2009, l'Office cantonal de la population a informé l'intéressé qu'il n'était pas disposé à soumettre son dossier à l'Office fédéral des migrations pour régulariser son séjour. Selon l'Office cantonal de la population, X._ avait certes rapidement trouvé une activité professionnelle à son arrivée en Suisse. Il avait néanmoins accumulé une dette envers l'Hospice général et son degré d'intégration était insuffisant.
Le 27 janvier 2010, X._ a recouru contre cette décision auprès de la Commission cantonale de recours en matière administrative. Par décision du 2 mars 2010, la Commission cantonale de recours en matière administrative a déclaré le recours irrecevable dans la mesure où l'intéressé n'avait pas qualité de partie pour contester le refus de l'Office cantonal de population de soumettre son dossier à l'Office fédéral des migrations en application de l'<ref-law> a contrario.
X._ a alors recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif du canton de Genève en concluant à son annulation.
C. Par arrêt du 22 juin 2010, le Tribunal administratif du canton de Genève a rejeté le recours et mis les frais de l'instance à la charge de X._. Il a également renoncé à examiner le fond du litige, dans la mesure où le texte de l'<ref-law> prévoit que la personne concernée n'a qualité de partie que lors de la procédure d'approbation de l'Office. L'Office cantonal de la population ayant refusé de soumettre le dossier du recourant à l'Office fédéral des migrations par décision du 9 novembre 2009 en application de l'<ref-law>, toute voie de recours était exclue. La Commission cantonale de recours en matière administrative était ainsi fondée à considérer que le recours dont elle était saisie était irrecevable.
D. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire le 3 août 2010, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, d'annuler l'arrêt rendu le 22 juin 2010 par le Tribunal administratif du canton de Genève et de renvoyer le dossier à l'Office cantonal de la population en vue de l'octroi d'une autorisation de séjour en sa faveur. Subsidiairement, il demande le renvoi de la cause au Tribunal administratif du canton de Genève pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il se plaint de la violation des art. 29a Cst., 6, 8 et 13 CEDH, 2, 13 et 14 du Pacte ONU II, de la constatation et de l'appréciation arbitraires des faits et des preuves au sens de l'art. 9 Cst. et de l'application arbitraire de l'<ref-law>. Il a déposé simultanément une requête d'effet suspensif.
L'Office cantonal de la population conclut au rejet du recours tandis que le Tribunal administratif se réfère à son arrêt.
Par ordonnance du 15 septembre 2010, le Président de la IIe Cour de droit public a accordé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement sa compétence, respectivement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 p. 37).
2. Le choix de la voie de droit dépend du litige sur le fond, même si la décision attaquée repose exclusivement sur le droit de procédure (arrêt 2C_18/2007 du 2 juillet 2007 consid. 2). La présente procédure a pour toile de fond la loi sur l'asile et la loi sur les étrangers, la recevabilité doit donc être examinée sous l'angle des <ref-law> qui régissent le recours en matière de droit public.
D'après l'art. 83 let. d ch. 2 LTF, la voie du recours en matière de droit public au Tribunal fédéral est irrecevable contre les décisions en matière d'asile rendues par une autorité cantonale précédente et dont l'objet porte sur une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donne droit. Faute de droit à l'autorisation, le recours en matière de droit public est ainsi irrecevable contre le refus du canton de délivrer durant la procédure d'asile une autorisation de séjour pour cas de rigueur selon l'<ref-law>, d'autant que le requérant n'a pas qualité de partie dans la procédure cantonale d'après l'<ref-law> (ALAIN WURZBURGER, Commentaire de la LTF, n° 69 ad <ref-law>). A cela s'ajoute que ni le droit interne ni le droit international ne confèrent au recourant un droit de séjour au sens de l'art. 83 let. c ch. 2 LTF. C'est par conséquent à juste titre que le recourant n'a pas interjeté de recours en matière de droit public.
3. La voie de recours en matière de droit public étant exclue, seul reste en principe ouvert le recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>), du moment qu'il est dirigé contre une décision finale (art. 90 et 117 LIFD) rendue par une autorité judiciaire supérieure statuant en dernière instance cantonale (art. 86 et 114 LTF).
3.1 Selon l'<ref-law>, a qualité pour recourir quiconque a pris part à la procédure devant l'autorité précédente ou a été privé de la possibilité de le faire (let. a) et a un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (let. b).
3.1.1 Selon la jurisprudence, lorsque, comme en l'espèce, une partie recourante ne dispose pas d'un droit à obtenir une autorisation de séjour et partant n'a pas une position juridique protégée qui lui confère la qualité pour agir au fond (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 388; <ref-ruling> consid. 6.1 p. 197 s.), elle peut néanmoins se plaindre par la voie du recours constitutionnel subsidiaire de la violation de ses droits de partie équivalant à un déni de justice formel, pour autant qu'il ne s'agisse pas de moyens ne pouvant être séparés du fond (<ref-ruling> p. 437; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 198 s.). Seuls les griefs de nature formelle qui sont séparés de l'examen de la cause au fond peuvent donc être formés (<ref-ruling> consid. 1.3.2 p. 253; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 199). En revanche, les griefs qui reviennent de facto à critiquer l'arrêt attaqué sur le plan matériel sont exclus. Il en va ainsi de ceux relatifs à l'établissement des faits, ce qui rend irrecevables les reproches formulés par le recourant sur ce point.
3.1.2 Le recourant s'est vu dénier la qualité de partie dans la procédure cantonale en application de l'<ref-law>. Selon la jurisprudence, en pareille hypothèse, faute de qualité de partie dans la procédure cantonale (cf. <ref-law>), la partie recourante n'a pas qualité pour se plaindre de la violation de ses droits de partie, en particulier invoquer la violation de son droit d'être entendue par la voie du recours constitutionnel subsidiaire (cf. arrêts 2C_853/2008 du 28 janvier 2009; 2D_113/2008 du 19 décembre 2008, 2D_90/2008 du 9 septembre 2008 et 2C_526/2008 du 17 juillet 2008). En revanche, la partie recourante peut se plaindre, comme en l'espèce, par la voie du recours constitutionnel subsidiaire, que c'est à tort que la qualité de partie ne lui a pas été reconnue sur le plan cantonal (art. 115 let. a, 2e hypothèse, LTF). Le recours constitutionnel subsidiaire est par conséquent recevable.
3.2 La présente cause se limitant à la question de la recevabilité du recours au Tribunal administratif du canton de Genève, les conclusions relatives à l'octroi d'une autorisation de séjour sont par conséquent irrecevables.
4. Le recourant soutient qu'en lui déniant le droit de porter la décision négative des autorités administratives cantonales devant une autorité judiciaire, l'<ref-law> serait contraire à l'art. 29a Cst., aux art. 6 § 1, 8 et 13 CEDH ainsi qu'aux art. 2, 13 et 14 Pacte ONU II.
4.1 L'<ref-law> a la teneur suivante:
"Art. 14 Relation avec la procédure relevant du droit des étrangers
1 A moins qu'il n'y ait droit, le requérant ne peut engager de procédure visant l'octroi d'une autorisation de séjour relevant du droit des étrangers entre le moment où il dépose une demande d'asile et celui où il quitte la Suisse suite à une décision de renvoi exécutoire, après le retrait de sa demande ou si le renvoi ne peut être exécuté et qu'une mesure de substitution est ordonnée.
2 Sous réserve de l'approbation de l'office, le canton peut octroyer une autorisation de séjour à toute personne qui lui a été attribuée conformément à la présente loi, aux conditions suivantes:
a. la personne concernée séjourne en Suisse depuis au moins cinq ans à compter du dépôt de la demande d'asile;
b. le lieu de séjour de la personne concernée a toujours été connu des autorités;
c. il s'agit d'un cas de rigueur grave en raison de l'intégration poussée de la personne concernée.
3 Lorsqu'il entend faire usage de cette possibilité, le canton le signale immédiatement à l'office.
4 La personne concernée n'a qualité de partie que lors de la procédure d'approbation de l'office.
(...)."
Il découle ainsi de la lettre de l'<ref-law> que le canton ne peut envisager d'octroyer une autorisation de séjour ou de donner une assurance à ce sujet qu'après avoir obtenu l'approbation de l'Office fédéral des migrations qui doit, de son côté, reconnaître à l'étranger la qualité de partie à la procédure. Le requérant d'asile débouté, qui ne peut faire valoir un droit à une autorisation de séjour, ne peut déposer une demande d'autorisation de séjour ou entamer et poursuivre une procédure tendant à l'octroi d'une telle autorisation.
4.2 L'art. 29a Cst. prévoit pour sa part:
"Art. 29a Garantie de l'accès au juge
Toute personne a droit à ce que sa cause soit jugée par une autorité judiciaire. La Confédération et les cantons peuvent, par la loi, exclure l'accès au juge dans des cas exceptionnels."
Cette dernière disposition, en vigueur depuis le 1er janvier 2007, donne à toute personne le droit à ce que sa cause soit jugée par une autorité judiciaire. La Confédération et les cantons peuvent toutefois, par la loi, exclure l'accès au juge dans des cas exceptionnels. L'art. 29a Cst. exclut par conséquent un droit général et absolu à la protection juridictionnelle ainsi que la délimitation des exceptions par le Tribunal fédéral (<ref-ruling>, consid. 4 p. 393). Les cas exceptionnels visés par l'art. 29a, deuxième phrase, Cst. concernent les décisions difficilement "justiciables", par exemple des actes gouvernementaux qui soulèvent essentiellement des questions politiques, qui ne se prêtent pas au contrôle du juge (arrêt 9C_116/2008 du 20 octobre 2008, consid. 3.1; Message du Conseil fédéral relatif à une nouvelle constitution fédérale du 20 novembre 1996, FF 1997 I 1 ss, p. 531). L'autorité judiciaire dont il est question doit présenter les garanties requises par l'art. 30 al. 1 Cst.
Cette dernière disposition, en vigueur depuis le 1er janvier 2007, donne à toute personne le droit à ce que sa cause soit jugée par une autorité judiciaire. La Confédération et les cantons peuvent toutefois, par la loi, exclure l'accès au juge dans des cas exceptionnels. L'art. 29a Cst. exclut par conséquent un droit général et absolu à la protection juridictionnelle ainsi que la délimitation des exceptions par le Tribunal fédéral (<ref-ruling>, consid. 4 p. 393). Les cas exceptionnels visés par l'art. 29a, deuxième phrase, Cst. concernent les décisions difficilement "justiciables", par exemple des actes gouvernementaux qui soulèvent essentiellement des questions politiques, qui ne se prêtent pas au contrôle du juge (arrêt 9C_116/2008 du 20 octobre 2008, consid. 3.1; Message du Conseil fédéral relatif à une nouvelle constitution fédérale du 20 novembre 1996, FF 1997 I 1 ss, p. 531). L'autorité judiciaire dont il est question doit présenter les garanties requises par l'art. 30 al. 1 Cst.
4.3 4.3.1 A teneur de l'art. 190 Cst., le Tribunal fédéral est tenu d'appliquer les lois fédérales, ce que ne l'empêche pas d'en contrôler la constitutionnalité (<ref-ruling> consid. 3.5.1 p. 130; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 70 s., 49 consid. 3.1 p. 55 et les références). Il peut procéder à une interprétation conforme à la Constitution d'une loi fédérale, si les méthodes ordinaires d'interprétation laissent subsister un doute sur son sens (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 721; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 263 et les références). L'interprétation conforme à la Constitution trouve toutefois ses limites lorsque le texte et le sens de la disposition légale sont absolument clairs, quand bien même ils seraient contraires à la Constitution (<ref-ruling> consid. 5.2; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 716).
4.3.2 En l'espèce, il ne fait aucun doute que le défaut de voie de recours judiciaire contre la décision de l'administration cantonale refusant d'ouvrir une procédure en autorisation de séjour contrevient à la garantie constitutionnelle offerte par l'art. 29a Cst. Eu égard à l'art. 190 Cst. toutefois, le Tribunal fédéral doit se contenter de signaler cette conclusion. Pour le reste, il est contraint d'assurer l'application de la loi fédérale inconstitutionnelle.
4.3.2 En l'espèce, il ne fait aucun doute que le défaut de voie de recours judiciaire contre la décision de l'administration cantonale refusant d'ouvrir une procédure en autorisation de séjour contrevient à la garantie constitutionnelle offerte par l'art. 29a Cst. Eu égard à l'art. 190 Cst. toutefois, le Tribunal fédéral doit se contenter de signaler cette conclusion. Pour le reste, il est contraint d'assurer l'application de la loi fédérale inconstitutionnelle.
4.4 4.4.1 Les art. 6 § 1 CEDH - convention ratifiée par la Suisse le 28 novembre 1974 - et 14 § 1 du Pacte ONU II (ce dernier en vigueur en Suisse depuis le 18 septembre 1992; RO 1993, p. 750) offrent les mêmes garanties d'accès au juge pour les contestations de caractère civil et les accusations en matière pénale (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 284). Lorsque le droit invoqué par le justiciable sur le fondement de la Convention est un "droit de caractère civil" reconnu en droit interne, les exigences de l'art. 6 § 1 CEDH en matière de procédures judiciaires sont plus strictes que celles de l'art. 13 CEDH, qui se trouvent absorbées par les premières. En pareil cas, il n'y a aucun intérêt juridique à réexaminer l'allégation sous l'angle des exigences moins sévères de l'art. 13 CEDH (arrêt de la CourEDH Kudla contre Pologne, Recueil CourEDH 2000-XI p. 247 § 146 ss et les références citées). Il en va de même de l'art. 2 § 3 let. a du Pacte ONU II, qui a un contenu identique à celui de l'art. 13 CEDH et que le recourant invoque également dans ce contexte (arrêt 8C_866/2009 du 27 avril 2010, consid. 5).
4.4.2 L'art. 6 § 1 CEDH donne à toute personne le droit à ce que sa cause soit entendue équitablement, publiquement et dans un délai raisonnable, par un tribunal indépendant et impartial établi par la loi, qui décidera soit des contestations sur ses droits et obligations de caractère civil, soit du bien-fondé de toute accusation en matière pénale dirigée contre elle. Une décision relative au séjour d'un étranger dans un pays ou à son expulsion ne concerne ni un droit de caractère civil, ni une accusation en matière pénale au sens de l'art. 6 § 1 CEDH (arrêt de la CourEDH Mamatkulov Rustam et Askarov Zainiddin contre Turquie, Recueil CourEDH 2005-I p. 225 § 82 s.). Contrairement à ce que pense le recourant, le fait qu'il invoque le droit de demeurer en Suisse dans l'optique d'y exercer une activité lucrative ne suffit pas à conférer au litige la qualité de droit de caractère civil au sens de l'art. 6 CEDH.
4.4.3 Les art. 13 CEDH et 2 § 3 let. a Pacte ONU II ne peuvent être invoqués qu'en rapport avec une violation alléguée de manière plausible et défendable d'un droit protégé par la Convention ou le Pacte ONU II (sur la notion, cf. NICOLAS WISARD, "Les renvois et leur exécution en droit des étrangers et en droit d'asile", 1997, p. 66 ss). Outre leur caractère subsidiaire, ils manquent d'indépendance, à la différence des recours judiciaires exigés par les art. 6 CEDH et 14 du Pacte ONU II (AUER/MALINVERNI/HOTTELIER, Droit constitutionnel suisse", vol. 2, 2e éd., ch. 1214, p. 568).
Comme le recourant ne peut faire valoir un droit civil garanti par l'art. 6 CEDH à l'appui de son grief de violation de l'art. 13 CEDH, il invoque l'art. 8 CEDH, dont il tente en vain de rendre plausible et défendable la violation. Il se contente en effet soit de citer la disposition et la jurisprudence y relative (mémoire de recours, p. 6 et 12), soit d'affirmer que la juridiction cantonale ne s'est jamais penchée sur le fond du litige et le recourant exposera plus bas, de manière claire et détaillée, les griefs formulés à l'encontre de l'arrêt déféré (mémoire de recours, p. 7). Il affirme plus loin que le refus d'entrer en matière sur sa demande d'autorisation de séjour constitue manifestement une ingérence dans la vie privée du recourant, puisque ce dernier séjourne légalement à Genève depuis le 23 juillet 2004, soit depuis bientôt six ans - ce sans compter son séjour de 1990 à 1996 en Suisse allemande -, et qu'il y est dès lors très bien intégré tant socialement que professionnellement (mémoire, p. 13), ce qui est insuffisant, eu égard aux conditions auxquelles la jurisprudence du Tribunal fédéral soumet l'octroi d'une autorisation fondée sur cette norme (cf. arrêt 2C_266/2009 du 2 février 2010). Le recourant n'ayant pas rendu vraisemblable une violation des droits garantis par l'art. 8 CEDH, il ne peux pas se plaindre de la violation des art. 13 CEDH et 2 § 3 let. a Pacte ONU II.
4.5 Par conséquent, en jugeant que le recourant n'avait pas qualité de partie en procédure de recours sur le plan cantonal, le Tribunal administratif n'a violé ni les art. 6 et 13 CEDH ni l'art. 2 § 3 let. a Pacte ONU II.
5. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, le recourant doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Il n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant à l'Office cantonal de la population et au Tribunal administratif du canton de Genève, 2ème Section.
Lausanne, le 15 décembre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey