Sachverhalt:
A. X._ befindet sich im Rahmen einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung im Psychiatriezentrum Y._. Am 14. November 2008 ersuchte der Verein Psychex im Namen von X._ um dessen Entlassung aus der Klinik. Dieses Gesuch wies der Regierungsstatthalter von Aarberg mit Verfügung vom 20. November 2008 ab.
B. X._, nunmehr vertreten durch Rechtsanwalt Burges, gelangte mit Eingabe vom 24. November 2008 an die kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen des Kantons Bern mit dem Begehren um sofortige Entlassung. Die kantonale Rekurskommission stellte in der Verfügung vom 1. Dezember 2008 die Nichtigkeit des Entscheides des Regierungsstatthalters mangels genügenden Entlassungsgesuchs fest und trat auf den Rekurs nicht ein.
C. X._, vertreten durch Rechtsanwalt Burges, gelangt mit Beschwerde in Zivilsachen vom 14. Dezember 2008 an das Bundesgericht. Er beantragt, die Verfügung der Rekurskommission vom 1. Dezember 2008 aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, auf den Rekurs einzutreten. Eventuell sei festzustellen, dass das Nichteintreten auf das von einem mit entsprechendem statutarischem Zweck ausgestatteten und bevollmächtigten Verein eingereichte Gesuch um Entlassung <ref-law>, <ref-law>, Art. 29 Abs. 1 und Art. 31 Abs. 4 BV sowie Art. 5 Ziff. 4 und Art. 6 Ziff. 1, Art. 11 und Art. 14 EMRK verletze. Für das bundesgerichtliche Verfahren ersucht der Beschwerdeführer um unentgeltliche Rechtspflege.
Die Rekurskommission hat sich am 22. Dezember 2008 vernehmen lassen, ohne indes einen Antrag zu stellen. Der Beschwerdeführer hat am 23. März 2009 zur Vernehmlassung des Obergerichts Stellung genommen.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid (<ref-law>), mit dem die Kommission auf einen Rekurs gegen die Verweigerung der Entlassung aus dem fürsorgerischen Freiheitsentzug nicht eingetreten ist. Dabei handelt es sich um eine Zivilsache im Sinn von Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 6 BGG. Der angefochtene Entscheid schliesst das Verfahren ab und gilt somit als Endentscheid im Sinn von <ref-law>. Auf die fristgerecht eingereichte Beschwerde ist einzutreten. Mit dieser kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich verfassungsmässiger Rechte sowie von Völkerrecht gerügt werden (<ref-law>).
1.2 Die Beschwerde hat einen Antrag zu enthalten, wobei neue Begehren unzulässig sind (<ref-law>). Die Beschwerde ist sodann zu begründen. Mit ihr ist in gedrängter Form durch Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern dieser Bundesrecht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Verfassungsverletzungen werden nur geprüft, wenn sie gerügt und gehörig begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287). Wird eine Sachverhaltsfeststellung beanstandet, muss in der Beschwerdeschrift dargelegt werden, inwiefern diese Feststellung willkürlich oder durch eine andere Rechtsverletzung im Sinn von <ref-law> (z.B. <ref-law> oder <ref-law>) zustande gekommen ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 und 1.4.3 S. 255) und inwiefern die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 in fine BGG; BGE 1C_291/2008 vom 17. Dezember 2008 E. 2.2.2). Auf rein appellatorische Kritik am Sachverhalt tritt das Bundesgericht nicht ein. In der Beschwerde in Zivilsachen dürfen überdies keine neuen Tatsachen und Beweismittel vorgebracht werden, es sei denn, erst der Entscheid der Vorinstanz habe dazu Anlass gegeben (<ref-law>). In der Beschwerde ist darzutun, inwiefern die Voraussetzung für eine nachträgliche Einreichung von Tatsachen und Beweismitteln erfüllt sein soll (<ref-ruling> E. 3 S. 395).
2. Die Rekurskommission ist auf den Rekurs des Beschwerdeführers nicht eingetreten und hat zur Begründung ausgeführt, gemäss <ref-law> und Art. 19 des bernischen Gesetzes über die fürsorgerische Freiheitsentziehung (FFEG) könne die betroffene oder eine ihr nahestehende Person gegen eine Verfügung einer fürsorgerischen Freiheitsentziehung bei der zuständigen Stelle ein Entlassungsgesuch einreichen, wobei unter nahestehenden Personen einzig natürliche Personen zu verstehen seien. Ferner sei im Kanton Bern die Vertretung von Parteien vor Gericht einzig Anwälten vorbehalten. Ein gültiges Entlassungsgesuch könne somit nur von der betroffenen Person selbst, durch einen von ihr bevollmächtigten Anwalt oder durch eine nahestehende natürliche Person eingereicht werden. Demzufolge könnten Mitarbeitende eines Vereins, welche nicht im Anwaltsregister eingetragen seien und in keiner persönlichen Beziehung zum Betroffenen stünden, kein gültiges Gesuch um Entlassung stellen.
Das am 14. November 2008 beim Regierungsstatthalter eingereichte Gesuch trage weder die Unterschrift des Beschwerdeführers noch jene einer nahestehenden Person. Auf der mit dem Entlassungsgesuch eingereichten Vollmacht fehle die Bezeichnung eines mandatierten Anwalts. Mangels Anhörung des Gesuchstellers könne auch nicht von einem mündlichen Gesuch ausgegangen werden. Da somit kein gültiges Entlassungsgesuch vorliege, hätte der Regierungsstatthalter auf die Eingabe nicht eintreten dürfen. Die Verfügung des Regierungsstatthalters sei damit nichtig, weshalb für den eingereichten Rekurs kein Anfechtungsobjekt bestehe. Auf den erstmals vor Obergericht gestellten Antrag auf Entlassung könne mangels Zuständigkeit nicht eingetreten werden.
3. Das Verfahren der fürsorgerischen Freiheitsentziehung wird - von gewissen in <ref-law> aufgezählten, hier nicht relevanten Ausnahmen abgesehen - durch das kantonale Recht geregelt (<ref-law>). Ausserhalb der Teilbereiche von Art. 95 lit. c bis lit. e BGG bleibt die Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts mit Bezug auf kantonales Recht unverändert. Es kann nur geltend gemacht werden, die Anwendung kantonalen Rechts verletze Bundesrecht (z.B. das Willkürverbot, <ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 203; <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 252).
4. 4.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz gehe zu Unrecht davon aus, nur ein Anwalt könne im Namen des Betroffenen ein Entlassungsgesuch stellen. Gemäss Art. 7 Abs. 1 des kantonalen Anwaltsgesetzes (KAG; 168.11) gelte das Anwaltsmonopol lediglich zur Parteivertretung vor Zivil- und Strafbehörden sowie vor Verwaltungsjustizbehörden. Als solche Behörde amte der Regierungsstatthalter lediglich bei Verwaltungs- und Gemeindebeschwerden, nicht aber bei der Behandlung eines Entlassungsgesuchs. Schliesslich sei auch in den Parlamentsberatungen zu <ref-law> festgehalten worden, dass der Rechtsbeistand nicht Anwalt zu sein brauche.
4.2 Nach Auffassung des Obergerichts ist für die Vertretung von Personen im Verfahren der fürsorgerischen Freiheitsentziehung Art. 47 FFEG als lex specialis massgebend. Die besagte Bestimmung handelt von der Beiordnung eines amtlichen Rechtsbeistands und sieht vor, dass die Rekurskommission oder deren Vertreter der betroffenen Person von Amtes wegen oder auf Gesuch hin einen Anwalt oder eine Anwältin beiordnet, wenn die Person unmündig oder nicht in der Lage ist, ihre Rechte zu wahren. Daraus kann ohne Willkür einerseits geschlossen werden, die Frage der Verbeiständung werde für das Verfahren der fürsorgerischen Freiheitsentziehung durch ein Spezialgesetz geregelt. Es sind keine Gründe ersichtlich, warum die für die amtliche Vertretung vorgesehene Lösung nicht auch für die erbetene Geltung beanspruchen könnte. Demzufolge ist auch die Auffassung nicht willkürlich, durch dieses Gesetz werde für das Verfahren der fürsorgerischen Freiheitsentziehung generell, also auch für die erbetene Vertretung, ein Anwaltsmonopol aufgestellt. Ohne Erfolg bleibt schliesslich der Hinweis auf <ref-law>, wird doch diese Bestimmung durch das Anwaltsmonopol nicht verletzt (vgl. Geiser, Basler Kommentar, Zivilgesetzbuch I, 3. Aufl. 2006, N. 15 zu <ref-law>). Dass der Verein Psychex in anderen Verfahren als Parteivertreter zugelassen worden ist, bleibt für die Beurteilung des konkreten Falles belanglos, zumal nicht erstellt ist, dass sich die Fragen des konkreten Falles auch dort gestellt haben.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer macht ferner geltend, der Verein Psychex sei im Handelsregister eingetragen und verfolge als statutarischen Zweck die "Einsetzung für die Entlassung von Zwangspsychiatrisierten und für deren körperliche und geistige Unversehrtheit, deren Interessenvertretung, Beratung und Begleitung sowie Entfaltung aller diesem Zweck dienlichen Tätigkeiten...", kurz die Vertretung der Interessen der vorgenannten Personen. Die Vorinstanz gehe daher zu Unrecht davon aus, dieser Verein sei keine nahestehende Person im Sinne des Gesetzes.
5.2 Nach Art. 19 FFEG kann die betroffene oder eine ihr nahestehende Person ein Gesuch um Entlassung einreichen. Diese gesetzliche Ordnung der zum Entlassungsgesuch berechtigten Personen entspricht derjenigen von <ref-law> betreffend die gerichtliche Beurteilung der fürsorgerischen Freiheitsentziehung. Das Bundesgericht legt den Begriff der "nahstehenden Person" zwar weit aus. Als nahstehend wird eine Person bezeichnet, die kraft ihrer Eigenschaft und regelmässig kraft ihrer Beziehungen (Verwandtschaft; Freundschaft) als geeignet erscheint, die Interessen der betroffenen Person wahrzunehmen (<ref-ruling> E. 3 S. 217; Spirig, Zürcher Kommentar, 1995, N. 25 zu <ref-law>). In diesem Sinne wurden bisher die Eltern, die Geschwister, die Kinder des Betroffenen, Verwandte, Ehepartner und Lebensgefährte, der Vormund, Arzt, Sozialhelfer, Pfarrer oder etwa eine Person als nahestehend anerkannt, die sich seit längerer Zeit um den Betroffenen gekümmert hat (SPIRIG, a.a.O., N. 26 zu <ref-law>). Nicht anerkannt wurde soweit ersichtlich aber ein Verein als nahestehende Person. Im Lichte der bundesrechtlichen Regelung und der dazu entwickelten Rechtsprechung erweist es sich nicht als willkürlich, wenn die Vorinstanz den Verein Psychex nicht als nahestehend bezeichnet hat. Auch wenn dieser die Interessen von Zwangsinternierten verfolgt, weist er nicht die von der Rechtsprechung geforderte besondere Nähe zum Betroffenen auf. Von Willkür kann somit keine Rede sein.
6. Insgesamt ist somit keine Verletzung von <ref-law>, <ref-law>, Art. 29 Abs. 1 und Art. 31 Abs. 4 BV sowie Art. 5 Ziff. 4 und Art. 6 Ziff. 1 EMRK ersichtlich.
7. Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung der in Art. 11 EMRK garantierten Vereinsfreiheit rügt, erweist sich die Beschwerde als unbegründet.
Dem Beschwerdeführer wird nicht das Recht abgesprochen, dem Verein Psychex anzugehören. Im vorliegenden Fall geht es ausschliesslich um die Frage, wer eine Partei vor den kantonalen Instanzen vertreten kann bzw. wer als nahestehende, zum Entlassungsgesuch berechtigte Person angesehen werden kann. Die Argumentation des Beschwerdeführers geht an den sich stellenden Fragen vorbei.
8. Soweit der Beschwerdeführer eine Verletzung von Art. 13 und 14 EMRK rügt kann darauf nicht eingetreten werden, zumal der Beschwerdeführer nicht rechtsgenügend in Auseinandersetzung mit dem angefochtenen Entscheid darlegt (E. 1.2 hiervor), inwiefern diese Bestimmungen verletzt worden sind.
9. 9.1 Der Beschwerdeführer wendet sich schliesslich gegen die Feststellung der Vorinstanz, die erstinstanzliche Verfügung sei wegen der aufgezeigten Formmängel nichtig.
9.2 Fehlerhafte Entscheide sind nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung nichtig, wenn der ihnen anhaftende Mangel besonders schwer ist, wenn er sich als offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar erweist und die Rechtssicherheit durch die Annahme der Nichtigkeit nicht ernsthaft gefährdet wird. Inhaltliche Mängel einer Entscheidung führen nur ausnahmsweise zur Nichtigkeit. Als Nichtigkeitsgründe fallen vorab funktionelle und sachliche Unzuständigkeit der entscheidenden Behörde sowie krasse Verfahrensfehler in Betracht (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
9.3 Im vorliegenden Fall hat der Beschwerdeführer sein Gesuch um Entlassung nicht selbst unterzeichnet und auch keinen Anwalt mit dem Gesuch um Entlassung betraut.
Der Entscheid des Regierungsstatthalters basiert zwar auf einen schwerwiegenden Verfahrensfehler, der allerdings für den Betroffenen nicht unbedingt leicht zu erkennen war, zumal der Magistrat mit keinem Wort die aufgezeigten Mängel erwähnt, sondern in der Sache selbst entschieden hat. Überdies gefährdete die Annahme der Nichtigkeit die Rechtssicherheit. Der ordnungsgemäss anwaltlich vertretene Beschwerdeführer hat bei der Rekurskommission Rekurs gegen den abweisenden Entscheid des Regierungsstatthalters erhoben und darin ausdrücklich um seine Entlassung aus der Anstalt ersucht. Insoweit liegt somit ein nachträgliches gültiges Entlassungsbegehren vor, das zuständigkeitshalber an den Regierungsstatthalter hätte überwiesen werden müssen (Art. 4 VRPG). Ferner gilt es zu beachten, dass der Regierungsstatthalter nicht ohne weiteres auf das Gesuch nicht hätte eintreten dürfen, sondern dem Beschwerdeführer eine kurze Nachfrist zur Verbesserung der Eingabe durch eigenhändige Unterzeichnung oder durch Einreichung einer Anwaltsvollmacht hätte setzen müssen (Art. 21 Abs. 1 FFEG i.V.m. Art. 33 Abs. 1 des Gesetzes über die Verwaltungsrechtspflege vom 23. Mai 1989; VRPG; vgl. auch Merkli/Aeschlimann/Herzog, Kommentar über die Verwaltungsrechtspflege im Kanton Bern, N. 1 zu Art. 33 VRPG; für das Verfahren vor Bundesgericht vgl. <ref-law>). Die Annahme der Nichtigkeit rechtfertigt sich nicht und führt zur Gutheissung der Beschwerde im Sinne des Hauptantrages.
10. Unabhängig vom Verfahrensausgang sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Bern hat aber den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).
11. Mit der vorliegenden Kosten- und Entschädigungsregelung wird das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Die Verfügung des Obergerichts des Kantons Bern, kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen, vom 1. Dezember 2008 wird aufgehoben und das Obergericht angewiesen, auf den Rekurs des Beschwerdeführers gegen den Entscheid des Regierungsstatthalters von Aarberg vom 20. November 2008 einzutreten.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird als gegenstandslos abgeschrieben.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Der Kanton Bern hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'000.-- zu entschädigen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, kantonale Rekurskommission für fürsorgerische Freiheitsentziehungen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. März 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Escher Zbinden