Fatti:
A. Mediante separate decisioni su opposizione del 2 giugno 2009 la Sezione del lavoro del Cantone Ticino ha confermato il rifiuto parziale della domanda di indennità per intemperie relativa al mese di febbraio 2009 e il rifiuto integrale della domanda relativa al mese di marzo 2009 presentata dall'impresa di pittura D._ SA per i cantieri di C._, A._ e F._.
B. Contro queste decisioni, la società interessata, assistita dalla DAS Protezione Giuridica SA, si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, con distinti giudizi del 30 settembre 2009, rimproverando all'amministrazione un accertamento insufficiente dei fatti, ha accolto i ricorsi, annullato i provvedimenti querelati e rinviato gli atti alla Sezione cantonale del lavoro per complemento istruttorio.
C. La Sezione cantonale del lavoro ha impugnato entrambi i giudizi mediante separati ricorsi in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale chiede la congiunzione dei gravami e l'annullamento delle pronunce di primo grado nella misura in cui limitano gli accertamenti da intraprendere dall'autorità amministrativa alla verifica dei motivi per cui la conclusione dei lavori è stata procrastinata e la conclusione che essa può pronunciare in caso di sussistenza di condizioni meteorologiche sfavorevoli.
Non sono state chieste osservazioni ai ricorsi.

Diritto:
1. Identiche, le due impugnative, presentate dalla stessa ricorrente, contestano decisioni analoghe e pongono gli stessi temi giuridici, per cui si giustifica la congiunzione delle cause e la resa di una sola sentenza (cfr. <ref-ruling> consid. 1 pag. 194).
2. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere di cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 2 pag. 188 con riferimenti; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 251).
2.1 Dal momento che non pongono termine alla procedura e che non servono unicamente e semplicemente a dare esecuzione a quanto ordinato con le decisioni di rinvio (cfr. consid. 1.1 non pubblicato in <ref-ruling>), i giudizi impugnati non costituiscono una decisione finale ai sensi dell'<ref-law>.
2.2 Né essi configurano una decisione parziale ai sensi dell'<ref-law>. Per ammettere l'esistenza di una siffatta decisione occorrerebbe infatti conformemente alla sua lett. a che i giudizi concernessero talune conclusioni, se queste possono essere giudicate indipendentemente dalle altre. Questo non vale per gli aspetti parziali di una medesima conclusione, ma solo per le diverse conclusioni riferite a differenti e separati oggetti della lite (<ref-ruling> consid. 4.1.2-4.3 pag. 480 segg; <ref-ruling>). Nel caso di specie, le decisioni di rinvio impugnate non hanno statuito in via definitiva sull'(unico) oggetto della lite, ossia sul diritto all'indennità per intemperie.
2.3 Le decisioni di rinvio vanno pertanto qualificate quali decisioni incidentali ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.2 pag. 481). L'ammissibilità dei ricorsi presuppone di conseguenza - in via alternativa - che le pronunce possano causare un pregiudizio irreparabile (cpv. 1 lett. a) oppure che l'accoglimento dei ricorsi comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (cpv. 1 lett. b).
2.4 Un pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law> è un danno di natura giuridica che non può essere riparato ulteriormente da un giudizio finale o da un'altra decisione favorevole al ricorrente (<ref-ruling> consid. 4 pag. 141, 288 consid. 3.1). Per contro, un danno meramente fattuale, come può essere il prolungamento della procedura o un aumento delle sue spese, non può essere considerato irreparabile (<ref-ruling> consid. 1 pag. 59).
2.5 Una decisione di rinvio per complemento istruttorio e nuova decisione non causa di regola un pregiudizio irreparabile nel senso suesposto poiché determina unicamente una dilazione della procedura quale potrebbe del resto ugualmente provocare l'impugnazione autonoma di una decisione incidentale. A questo riguardo la giurisprudenza ha avuto modo di affermare che un giudizio cantonale di rinvio per complemento istruttorio e nuova decisione è atto a causare un danno irreparabile all'amministrazione soltanto se contiene delle istruzioni sul modo in cui questa dovrà statuire su determinati aspetti del rapporto giuridico litigioso e se restringe significativamente la sua latitudine di giudizio, impedendole di scostarvisi (<ref-ruling> consid. 5.2.2 pag. 483).
2.6 Ciò non si verifica in concreto. È vero che i motivi dei giudizi cantonali impugnati contengono delle istruzioni e delle considerazioni che a mente della ricorrente violano il diritto. I dispositivi dei giudizi medesimi non rinviano tuttavia a tali motivi, bensì al solo consid. 2.7, che in entrambe le pronunce rimprovera all'amministrazione di non aver istruito in modo sufficiente la causa. In una simile ipotesi, l'amministrazione non è tenuta a rendere una decisione contraria al diritto.
2.7 Nella presente fattispecie neppure si realizzano i presupposti di ammissibilità di cui all'<ref-law>. Ne segue che i ricorsi devono essere dichiarati inammissibili.
3. Pur soccombendo, la ricorrente è dispensata dal versamento delle spese giudiziarie (<ref-ruling>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. I ricorsi sono inammissibili.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e alla Segreteria di Stato dell'economia.