Fatti:
A. La A._SA è una società anonima di cui sono azionisti diversi Comuni della regione del Locarnese ed ha in particolare quale scopo la realizzazione, la gestione e l'amministrazione del centro balneare al Lido di Locarno. Essa è titolare di un diritto di superficie per sé stante e permanente intavolato nel registro fondiario quale fondo part. xxx, gravante la particella yyy di Locarno, ubicata in località Lido, nella zona per attrezzature ed edifici di interesse pubblico (zona AP-EP) destinata ad area di svago a lago.
B. Il 14 settembre 2006 il Municipio di Locarno ha rilasciato alla A._SA la licenza edilizia per costruire sul fondo un nuovo centro balneare regionale. Il progetto prevedeva in particolare la parziale rimozione delle strutture preesistenti e la realizzazione all'aperto di una vasca olimpionica, di tre ulteriori piscine (per i tuffi, per i principianti e per i bambini), di attrezzature ludiche, di uno scivolo e di una piscina termale. All'interno erano previsti tre piscine (per i nuotatori, per i principianti e per i bambini), servizi vari (quali cassa, buvette, shop e spogliatoi), un settore wellness ed un'area benessere (sauna, idromassaggio). Nel corso della realizzazione, la progettata area benessere è stata modificata in una zona fitness mediante una domanda di costruzione in variante, accolta dal Municipio che ha rilasciato il permesso il 18 marzo 2010. Entrambe le licenze edilizie sono cresciute in giudicato e nel frattempo il progetto è stato realizzato.
C. Il 20 maggio 2009 la A._SA ha presentato un'ulteriore domanda di costruzione per realizzare la seconda tappa del progetto, comprendente in particolare un'area wellness, due ristoranti (di cui uno self-service) e una discoteca. Alla domanda si è in particolare opposta la Comunione dei comproprietari del Condominio B._. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, il 25 giugno 2010 il Municipio ha rilasciato la licenza edilizia, respingendo nel contempo l'opposizione della vicina. L'esecutivo comunale, in particolare per quanto riguarda la discoteca, ha nondimeno imposto una serie di condizioni quali il rispetto di determinate esigenze di isolazione fonica, l'obbligo di prevedere almeno quattro agenti di sicurezza per la gestione del traffico e della quiete pubblica, nonché l'obbligo per gli utenti di utilizzare unicamente determinate aree di posteggi. Adito dall'opponente, con risoluzione del 19 ottobre 2010 il Consiglio di Stato del Cantone Ticino ne ha parzialmente accolto il ricorso, confermando la licenza edilizia ad eccezione del corpo sopraelevato destinato a discoteca. Ha di conseguenza stralciato, siccome divenute prive di oggetto, le relative clausole accessorie.
D. La A._SA e il Comune di Locarno hanno impugnato la risoluzione governativa dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, che con sentenza del 4 aprile 2011 ha respinto entrambi i ricorsi. La Corte cantonale ha sostanzialmente confermato la decisione del Consiglio di Stato, secondo cui la prevista discoteca non era conforme alla funzione della zona AP-EP destinata ad area di svago a lago.
E. La A._SA impugna questo giudizio con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo in via principale di annullarlo, di annullare pure la risoluzione governativa e di confermare integralmente la licenza edilizia rilasciata dal Municipio. In via subordinata, chiede di rinviare gli atti alla Corte cantonale per un nuovo giudizio. La ricorrente fa valere la violazione del divieto dell'arbitrio e dell'autonomia comunale.
F. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato e il Municipio di Locarno si rimettono al giudizio del Tribunale federale. La Comunione dei comproprietari del Condominio B._ chiede di respingere il gravame nella misura della sua ammissibilità. La ricorrente ha replicato alla risposta dell'opponente.

Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha confermato il diniego della licenza edilizia per la costruzione del manufatto destinato a discoteca, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF (quest'ultimo in relazione con l'<ref-law>). La legittimazione della A._SA a ricorrere giusta l'<ref-law> è pacifica.
1.2 Misure probatorie sono ordinate solo in via eccezionale nella procedura di ricorso dinanzi al Tribunale federale, il quale fonda il suo ragionamento giuridico e statuisce sulla base dei fatti accertati dall'autorità inferiore (cfr. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 2). Alla luce di questa premessa e ritenuto che gli atti di causa sono sufficienti per potersi pronunciare sul gravame, il sopralluogo e le ulteriori prove chieste dalla ricorrente non appaiono necessarie per il giudizio sulla causa. Non vengono quindi assunti in questa sede.
2. 2.1 La ricorrente fa valere, oltre alla violazione del divieto dell'arbitrio, la lesione dell'autonomia comunale. Il Tribunale federale riconosce ai privati la facoltà di invocare l'autonomia comunale a titolo ausiliario, a sostegno di altre censure, quando il Comune non abbia espressamente o per atti concludenti rinunciato ad avvalersene (<ref-ruling> consid. 2c; <ref-ruling> consid. 1c). In concreto, il Comune di Locarno ha adito la precedente istanza censurando una violazione della sua autonomia e, in questa sede, il Municipio ha comunicato di rimettersi al giudizio del Tribunale federale. In tali circostanze, non si può ritenere ch'esso abbia rinunciato ad avvalersi della sua autonomia, sicché la censura sollevata dalla ricorrente è di principio proponibile.
2.2 Il Tribunale federale esamina liberamente il giudizio impugnato nella misura in cui verte sull'applicazione del diritto federale e del diritto costituzionale cantonale. Vaglia quindi liberamente se l'istanza cantonale di ricorso ha rispettato il margine di apprezzamento che rientra nel campo di applicazione dell'autonomia comunale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 4 pag. 374). In tale ambito, un abuso del potere di cognizione da parte dell'istanza di ricorso realizza di massima gli estremi dell'arbitrio (<ref-ruling> consid. 2 e riferimenti).
3. 3.1 La ricorrente ritiene arbitrari taluni accertamenti di fatto, rimproverando altresì alla precedente istanza di avere rinunciato ad assumere ulteriori prove, quali un sopralluogo e l'audizione del segretario comunale in carica nel periodo in cui si è svolta la procedura pianificatoria concernente il comparto in questione.
3.2 Al riguardo, la ricorrente si limita tuttavia a presentare contestazioni generiche, sostenendo che i giudici cantonali non avrebbero esaminato "i reali bisogni e le vere aspirazioni della realtà sociale, economica e territoriale del Locarnese", che a suo dire sarebbero rilevanti per determinare concretamente l'interesse pubblico. Non si confronta per contro con gli accertamenti contenuti nel giudizio impugnato, riguardanti le caratteristiche del progetto e l'azzonamento del fondo, spiegando, con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, per quali ragioni sarebbero chiaramente insostenibili, in evidente contrasto con gli atti, fondati su una svista manifesta o manifestamente in contraddizione con il sentimento di giustizia e di equità (cfr., sulle esigenze di motivazione, <ref-ruling> consid. 1.4.1, 65 consid. 1.3.1; <ref-ruling> consid. 1.4.1).
3.3 Secondo la ricorrente, la Corte cantonale avrebbe accertato in modo arbitrario che per i clienti di discoteche esisterebbero altre valide alternative nel Locarnese. Sostiene che l'offerta esistente nella regione, costituita essenzialmente dai due esercizi, da lei indicati, a Riazzino e a Gordola, sarebbe insufficiente, in particolare se paragonata alla situazione esistente a Lugano. Rimprovera altresì alla precedente istanza di non avere ritenuto dimostrato che la discoteca assicura la sostenibilità economica del complesso balneare, circostanza che avrebbe potuto essere provata assumendo le prove richieste.
Si tratta tuttavia di questioni non decisive per l'esito del giudizio, che sono state affrontate dalla Corte cantonale unicamente a titolo abbondanziale. L'oggetto del litigio era infatti circoscritto alla conformità della prospettata discoteca alla zona AP-EP di svago a lago ed è stato risolto dai giudici cantonali sulla base di considerazioni pertinenti, riferite all'intervento edilizio concretamente prospettato e ai contenuti della pianificazione comunale. Con le esposte argomentazioni, la ricorrente non censura d'arbitrio gli accertamenti di fatto determinanti per la causa e non rende nemmeno verosimile una violazione del suo diritto di essere sentita. Quest'ultima garanzia non è infatti disattesa se l'autorità rinuncia ad assumere le prove richieste quando le ritiene superflue sulla base di un loro apprezzamento anticipato (cfr. <ref-ruling> consid. 5.3; <ref-ruling> consid. 3). Il gravame disattende le esigenze di motivazione degli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF anche laddove la ricorrente si limita a sminuire la portata della discoteca sostenendo che si tratterebbe piuttosto di un "music-bar", senza tuttavia confrontarsi con le caratteristiche del progetto e senza sostanziare di arbitrio l'accertamento dei giudici cantonali secondo cui l'esercizio è effettivamente un locale notturno destinato ad accogliere 220 avventori.
4. 4.1 La ricorrente sostiene che la Corte cantonale avrebbe ritenuto in modo arbitrario che, per ammettere la conformità alla zona AP-EP, i singoli servizi e le singole attività del centro balneare dovevano essere sorretti dall'interesse pubblico individualmente. Adduce che, per soddisfare quest'ultimo requisito, sarebbe sufficiente che l'impianto nel suo complesso serva in generale alla distensione, alla ricreazione ed allo svago di chi lo frequenta, non essendo peraltro necessaria una destinazione esclusivamente balneare.
4.2 Ora, con questa argomentazione la ricorrente travisa il contenuto della sentenza impugnata. La Corte cantonale ha infatti ammesso che il centro balneare riveste un interesse pubblico. Richiamando la dottrina e la giurisprudenza, ha poi esplicitamente riconosciuto che la realizzazione di un simile impianto può anche comportare la costruzione di edifici o impianti accessori, rispettivamente l'esercizio di determinate attività collaterali che, presi a sé stanti, potrebbero non essere coperti da un interesse pubblico e configurare invece un'utilizzazione secondaria di natura privata. Ha nondimeno rilevato che, per potere essere ritenuti conformi alla zona di utilità pubblica, gli edifici o gli impianti accessori dovevano essere necessari per la fruizione dell'impianto principale, rispettivamente presentare una stretta connessione con lo stesso e la sua utilizzazione usuale. Contrariamente al parere della ricorrente, la precedente istanza non ha quindi preteso che ogni singola attività esercitata nel centro balneare fosse di per sé sorretta dall'interesse pubblico o fosse di natura esclusivamente balneare, ma ha pure esaminato il progetto nel suo insieme, negando in concreto l'esistenza di uno stretto collegamento tra la discoteca e lo stabilimento balneare.
5. 5.1 La ricorrente sostiene che la discoteca sarebbe di per sé sorretta da un sufficiente interesse pubblico. Al riguardo, rimprovera alla precedente istanza di avere trascurato l'importanza della regione di Locarno quale principale destinazione turistica del Cantone Ticino. Adduce che la discoteca presenterebbe in ogni caso uno stretto collegamento con il centro balneare siccome sarebbe stata concepita come servizio integrativo delle attività di ristorazione e delle altre proposte del centro e sarebbe aperta sia agli utenti dello stesso sia in generale ai frequentatori della zona di svago a lago. A suo dire, la tesi contraria della Corte cantonale violerebbe il divieto dell'arbitrio e l'autonomia comunale.
5.2 L'art. 28 cpv. 2 lett. d della legge cantonale di applicazione della LPT, del 23 maggio 1990 (LALPT), in vigore fino al 31 dicembre 2011, prevede che le rappresentazioni grafiche del piano regolatore fissano in particolare i fondi destinati a zone per i servizi e le attrezzature di interesse pubblico di importanza locale, sovraccomunale, cantonale o federale. Secondo l'art. 29 cpv. 1 lett. b LALPT, le norme di attuazione stabiliscono le regole particolari sull'utilizzazione e i parametri edilizi per ogni singola zona comprese quelle destinate ad edifici e attrezzature pubbliche. Come visto, nella fattispecie, il fondo dedotto in edificazione è inserito dal piano regolatore comunale nella zona per attrezzature e costruzioni di interesse pubblico, destinata ad area di svago a lago. L'art. 22 delle norme di attuazione del piano regolatore di Locarno, settore 4, (NAPR) prevede che la zona di svago a lago è riservata alla distensione, alla ricreazione, allo svago e ad attività sportive (cpv. 1). Nuove costruzioni ed impianti sono ammessi solo se inerenti tali utilizzazioni (cpv. 2).
Costituiscono costruzioni e impianti d'interesse pubblico le opere che, indipendentemente dal loro proprietario, servono in senso ampio all'adempimento dei compiti dello Stato. Si tratta per esempio di scuole, ospedali, edifici amministrativi, case per anziani e di cura, chiese e cimiteri, impianti per il traffico, parcheggi, impianti sportivi, di gioco o ricreativi (cfr. sentenza 1C_310/2011 del 10 novembre 2011 consid. 2.4 e riferimento; ALEXANDER RUCH, in: Kommentar zum Bundesgesetz über die Raumplanung, n. 79 all'art. 22). In una zona di interesse pubblico destinata all'esercizio di attività sportive o ricreative sono di massima conformi alla zona di pubblica utilità anche costruzioni e impianti quali ristoranti o clubhouse destinati a soddisfare prioritariamente i bisogni degli utilizzatori dell'impianto pubblico e in rapporto di stretta connessione con l'esercizio di tali attività (cfr. sentenze 1P.498/2000 del 29 marzo 2001 consid. 4c e 1A.96/2002 del 12 febbraio 2003 consid. 3.4; DANIEL GSPONER, Die Zone für öffentliche Bauten und Anlagen, 2000, pag. 76 e 171 seg.). Edifici ed impianti volti all'esercizio di un'attività accessoria privata che persegue in primo luogo finalità lucrative non sono per contro conformi alla zona di interesse pubblico (cfr. GSPONER, Privatisierung von öffentlichen Aufgaben - Auswirkungen auf die Nutzungsplanung? in: Raum & Umwelt 2002, pag. 41; BERNHARD WALDMANN, Zonen für öffentliche Bauten und Anlagen, in: BR 2003, pag. 89 seg.).
5.3 Nella fattispecie è incontestato che il centro balneare, nella misura in cui è destinato ad attività sportive e ricreative legate al nuoto e alla balneazione, è conforme alla zona di interesse pubblico di svago a lago giusta l'art. 22 NAPR. Litigiosa è per contro la questione di sapere se tale interesse pubblico possa estendersi all'esercizio di una discoteca. Ora, un simile locale notturno non è necessario per l'esercizio delle attività sportive e ricreative svolte nel centro balneare e, diversamente da ciò che può essere il caso per un ristorante, non serve prioritariamente a soddisfare i bisogni dell'impianto pubblico principale. Esso si indirizza essenzialmente ad acquisire una clientela supplementare nelle ore serali e notturne, in una fascia oraria quindi sostanzialmente diversa da quella di frequentazione dell'infrastruttura balneare. Il fatto che alcuni utenti della discoteca lo siano anche del centro balneare non basta a fondare una stretta connessione tra queste differenti utilizzazioni. La ricorrente medesima riconosce d'altra parte che la criticata discoteca sarebbe realizzata e gestita da privati e finalizzata a conseguire ulteriori introiti necessari per il pareggio dei conti dell'intera struttura, senza dovere incrementare le tariffe applicate per l'offerta balneare. Si tratta, anche in tali circostanze, comunque sempre di un'attività accessoria privata, che persegue in primo luogo finalità lucrative e che non può quindi essere ritenuta conforme alla zona di interesse pubblico. Confermando il diniego della licenza edilizia per la parte del progetto destinata a discoteca, la Corte cantonale non ha quindi violato né il divieto dell'arbitrio né l'autonomia comunale, ma ha applicato rettamente l'art. 22 cpv. 2 lett. a LPT, che consente di rilasciare l'autorizzazione per la costruzione di edifici o impianti solo se essi sono conformi alla funzione prevista per la zona di utilizzazione.
6. 6.1 La ricorrente sostiene infine che in altre località del Cantone Ticino sorgerebbero discoteche su fondi inseriti in zone AP-EP, come per esempio a Lugano e ad Airolo. Richiama poi una fattispecie nel Canton Argovia. Rimprovera inoltre alla Corte cantonale di essere incorsa in una contraddizione manifesta ammettendo in concreto la conformità di zona per i servizi di ristorazione, ma negandola per la discoteca, che, analogamente ai primi, sarebbe aperta anche ai visitatori che non utilizzano l'infrastruttura balneare e che si differenzierebbe da un ristorante soltanto per il genere di prestazioni offerte e per l'orario di esercizio.
6.2 Sollevando la censura, la ricorrente sembrerebbe accennare a una violazione del principio della parità di trattamento (<ref-law>). Non fa tuttavia valere, con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, una lesione di questa garanzia costituzionale, spiegando in che misura casi simili alla fattispecie sarebbero stati trattati in modo diverso senza motivi oggettivi da parte della stessa autorità (cfr., sulla nozione, <ref-ruling> consid. 3.6; sentenza 1C_234/2007 del 27 maggio 2008 consid. 9.2 e rinvii, in: RtiD I-2009, n. 47, pag. 195 segg.). La ricorrente riconosce peraltro che la situazione di una discoteca è, sotto più aspetti, diversa da quella di un ristorante.
7. Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente (<ref-law>), che rifonderà all'opponente un'indennità per ripetibili della sede federale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà all'opponente un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Locarno al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.