Sachverhalt:
A. Mit Eingabe vom 13. Februar 2007 erhob X._ beim Bezirksgericht Z._ als unterer betreibungsrechtlicher Aufsichtsbehörde Beschwerde gegen die Ausstellung verschiedener Betreibungsurkunden durch das Betreibungsamt C._, nämlich, die Ausstellung eines Pfandausfallscheines vom 5. Februar 2007 über Fr. 765'112.65 an A._, die Ausstellung eines Verlustscheines Nr. 1 über Fr. 1'820'724.10, eines Pfandausfallscheines über Fr. 3'400'413.-- sowie die Ausstellung eines Verlustscheines über Fr. 1'229'598.40, je an die B._ AG. Mit dieser Beschwerde wollte X._ die Nichtigkeit der besagten Urkunden festgestellt haben. Das Bezirksgericht Z._ wies die Beschwerde mit Urteil vom 27. Juli 2007 ab (recte: 27. Juni 2007).
B. X._ gelangte gegen dieses Urteil an das Obergericht des Kantons Aargau, Schuldbetreibungs- und Konkurskommission als obere betreibungsrechtliche Aufsichtsbehörde. In der Beschwerde ergänzte er seine Rechtsbegehren, indem er zusätzlich zur Nichtigkeit der vorgenannten Pfandausfall- und Verlustscheine das Lastenverzeichnis des Betreibungsamtes C._ in der Verwertung des GB 2, Kat. Plan 3, Parz. 4 sowie die Verwertung des Betreibungsamtes vom 20. Oktober 2006 betreffend das GB 2, Kat. Plan 3, Parz. 4 als nichtig festgestellt haben wollte. Die angerufene Instanz wies mit Urteil vom 15. Oktober 2008 das zuständige Betreibungsamt an, die Gläubigerbezeichnung auf dem Verlustschein Nr. 1 zu korrigieren, A._ (Gläubigerin 1; Beschwerdegegnerin 1) einzusetzen und zudem auf dem Verlustschein Nr. 1 und auf dem Pfandausfallschein vom 5. Februar 2007 über Fr. 765'112.65 die Betreibungsnummer 5 durch die Nummer der von der Gläubigerin 1 (Beschwerdegegnerin 1) geführten Betreibung zu ersetzen. Im Übrigen wies sie die Beschwerde ab.
C. Gegen das Urteil der oberen Aufsichtsbehörde gelangt X._ am 17. November 2008 mit den vor Obergericht gestellten Begehren an das Bundesgericht. Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. 1.1 Entscheide in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen unterliegen der Beschwerde in Zivilsachen (<ref-law> i.V.m. <ref-law>). Angefochten ist der Entscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Beschwerdeentscheide der kantonalen Aufsichtsbehörden über Verfügungen der Vollstreckungsorgane gemäss <ref-law> sind Endentscheide im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> E. 1.2 S. 351), welche nicht der Streitwertgrenze unterliegen (<ref-law>). Die fristgerecht erhobene Beschwerde in Zivilsachen ist grundsätzlich zulässig (<ref-law>).
1.2 Die Beschwerde ist sodann zu begründen. Mit ihr ist in gedrängter Form durch Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern dieser Bundesrecht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG).
2. Der Beschwerdeführer bezeichnet die Ausstellung verschiedener Betreibungsurkunden als nichtig.
2. Der Beschwerdeführer bezeichnet die Ausstellung verschiedener Betreibungsurkunden als nichtig.
2.1 2.1.1 Die Vorinstanz hat ausgeführt, der Beschwerdeführer habe im kantonalen Beschwerdeverfahren im Wesentlichen geltend gemacht, die D._ SA, die Rechtsvorgängerin der heutigen Beschwerdegegnerin 1, habe das Verwertungsbegehren zurückgezogen und dieses Begehren sei von der Beschwerdegegnerin 1 nicht erneuert worden, so dass die entsprechende Betreibung erloschen sei. Diese Argumentation sei von vornherein unbehelflich, zumal die heutige Beschwerdegegnerin 2 ein Verwertungsbegehren gestellt habe. Folglich habe ein gültiges Verwertungsbegehren vorgelegen und die nachfolgenden Betreibungshandlungen seien grundsätzlich gültig. Die Vorinstanz hat insofern eine Nichtigkeit wegen fehlenden Verwertungsbegehrens verneint.
2.1.2 Vor Bundesgericht macht der Beschwerdeführer geltend, die Beschwerdegegnerin 1 habe ihn in keiner Phase des betreibungsamtlichen Verfahrens betrieben und habe daher mangels Betreibung auch nicht gültig an Betreibungshandlungen teilnehmen können.
2.1.3 Dem Entscheid des Gerichtspräsidiums Z._ vom 27. Juli 2007 (recte: Juni 2007) (E. 3) lässt sich entnehmen, dass die Ausführungen des Beschwerdeführers zum Verwertungsbegehren bereits Gegenstand des Beschwerdeverfahrens BE 6 gewesen sind, welches mit Entscheid des Gerichtspräsidiums Z._ vom 23. August 2005 erledigt worden ist. Aus den dortigen Ausführungen geht die Ansicht des Gerichtspräsidiums hervor, wonach dem Beschwerdeführer die Verwertungsbegehren der Beschwerdegegnerin 2 und der D._ SA mitgeteilt worden sind und daher seine Behauptung, es hätten Betreibungshandlungen gefehlt oder es sei gültig auf das Verwertungsbegehren verzichtet worden, unzutreffend sind. Aus den vorgenannten Akten ergibt sich zudem, dass die heutige Beschwerdegegnerin 1 aufgrund einer Zession der Forderungen der D._ SA in deren Rechtsstellung eingetreten ist. Mit seiner Behauptung, die Beschwerdegegnerin 1 habe ihn zu keinem Zeitpunkt des Verfahrens betrieben und sie habe mangels Betreibung auch nicht gültig an Betreibungshandlungen teilnehmen können, blendet der Beschwerdeführer die Rechtsnachfolge der Beschwerdegegnerin 1 aus. Mit seinen Ausführungen lässt sich keine Nichtigkeit von Betreibungshandlungen darlegen. Die Beschwerde erweist sich insoweit als unbegründet.
2.1.3 Dem Entscheid des Gerichtspräsidiums Z._ vom 27. Juli 2007 (recte: Juni 2007) (E. 3) lässt sich entnehmen, dass die Ausführungen des Beschwerdeführers zum Verwertungsbegehren bereits Gegenstand des Beschwerdeverfahrens BE 6 gewesen sind, welches mit Entscheid des Gerichtspräsidiums Z._ vom 23. August 2005 erledigt worden ist. Aus den dortigen Ausführungen geht die Ansicht des Gerichtspräsidiums hervor, wonach dem Beschwerdeführer die Verwertungsbegehren der Beschwerdegegnerin 2 und der D._ SA mitgeteilt worden sind und daher seine Behauptung, es hätten Betreibungshandlungen gefehlt oder es sei gültig auf das Verwertungsbegehren verzichtet worden, unzutreffend sind. Aus den vorgenannten Akten ergibt sich zudem, dass die heutige Beschwerdegegnerin 1 aufgrund einer Zession der Forderungen der D._ SA in deren Rechtsstellung eingetreten ist. Mit seiner Behauptung, die Beschwerdegegnerin 1 habe ihn zu keinem Zeitpunkt des Verfahrens betrieben und sie habe mangels Betreibung auch nicht gültig an Betreibungshandlungen teilnehmen können, blendet der Beschwerdeführer die Rechtsnachfolge der Beschwerdegegnerin 1 aus. Mit seinen Ausführungen lässt sich keine Nichtigkeit von Betreibungshandlungen darlegen. Die Beschwerde erweist sich insoweit als unbegründet.
2.2 2.2.1 Die Vorinstanz hat im Weiteren ausgeführt, der Beschwerdeführer beantrage, das Lastenverzeichnis und die Verwertung des Betreibungsamtes vom 20. Oktober 2006 seien aufzuheben. Es sei aber mit der ersten Instanz festzustellen, dass der Beschwerdeführer weder gegen das Lastenverzeichnis noch gegen den Verteilplan Beschwerde geführt habe, womit beide in Rechtskraft erwachsen seien. Die Beschwerde sei daher auch in diesem Punkt abzuweisen.
2.2.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Vorinstanz übersehe, dass mit der Bestreitung gemäss <ref-law> nur der Inhalt des Lastenverzeichnisses, nicht aber die Forderung des Pfandinhabers bestritten werden könne. Das Argument der Vorinstanz, mit der Unterlassung der Beschwerde gegen das Lastenverzeichnis sei der sonst zur Nichtigkeit führende Mangel geheilt, sei nicht pertinent. Ähnliches gelte mit Bezug auf die Unterlassung der Beschwerde gegen den Verteilplan. Nichtige Handlungen des Betreibungsamtes könnten nicht durch durch eine unterlassene Beschwerde geheilt werden.
2.2.3 Der Beschwerdeführer legt nicht dar, dass er den Einwand mit der Forderung bereits im kantonalen Beschwerdeverfahren vorgetragen hat. Mit Bezug auf diese Rüge liegt demnach kein letztinstanzlicher Entscheid vor (<ref-law>). Darauf ist nicht einzutreten.
2.2.3 Der Beschwerdeführer legt nicht dar, dass er den Einwand mit der Forderung bereits im kantonalen Beschwerdeverfahren vorgetragen hat. Mit Bezug auf diese Rüge liegt demnach kein letztinstanzlicher Entscheid vor (<ref-law>). Darauf ist nicht einzutreten.
2.3 2.3.1 Die Vorinstanz hat sodann erwogen, die Behauptung des Beschwerdeführers, die Beschwerdegegnerin 1 habe kein Verwertungsbegehren gestellt, sei insofern wesentlich, als ihr nur bei einem gültigen Verwertungsbegehren ein Pfandausfallschein nach <ref-law> ausgestellt werde; andernfalls erhalte sie nur eine Bescheinigung gemäss <ref-law>, wonach ihre Forderungen ungedeckt geblieben seien. Der ergänzende Amtsbericht vom 9. September 2008 halte fest, dass sich der Vertreter der D._ SA, der Rechtsvorgängerin der Beschwerdegegnerin 1, wiederholt nach dem Verfahren erkundigt und sich mit den Verfahrensschritten des Betreibungsamtes einverstanden erklärt habe. Ein Rückzug des Begehrens sei nicht erfolgt. Da somit ein gültiges Verwertungsbegehren gestellt worden sei, die D._ SA dieses nicht zurückgezogen habe und die Beschwerdegegnerin 1 in deren Rechtsposition eingetreten sei, verfüge auch die Beschwerdegegnerin 1 über ein gültiges Verwertungsbegehren und es sei ihr dementsprechend ein Pfandausfallschein auszustellen.
2.3.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Beschwerdegegnerin 1 habe kein Verwertungsbegehren gestellt, womit ihre Betreibung erloschen sei. Sie habe innert der Frist des <ref-law> kein weiteres Begehren gestellt. und habe daher an der Pfändung nicht teilnehmen können.
Im Weiteren wirft er der Vorinstanz eine willkürliche Auslegung der Fakten vor. Zwar sei zutreffend, dass kein ausdrücklicher Rückzug des Verwertungsbegehrens durch die D._ SA erfolgt sei. Aktenkundig sei jedoch, dass diese die Sistierung der zur Verwertung führenden Schritte verlangt habe, was zusammen mit anderen Sachumständen auf den Rückzug des Verwertungsbegehrens schliessen lasse. Durch nichts belegt sei die Aussage des Betreibungsbeamten, der Vertreter der Firma habe sich mit den Verfahrensschritten einverstanden erklärt. Das Betreibungsamt verweise zwar auf den Entscheid des Bezirksgerichtspräsidiums Z._ vom 23. August 2005. Daraus ergebe sich aber nicht, dass sich die Firma mit den weiteren Schritten einverstanden erklärt habe. Ausgeführt werde darin aber sehr wohl, dass die Informationen dazu geführt hätten, dass weitere Schritte vorläufig sistiert worden seien. Die Annahme der Vorinstanz, das Verwertungsbegehren sei nicht zurückgezogen worden, fusse auf willkürlichen und nicht überprüften Angaben, womit auch feststehe, dass kein gültiges Verwertungsbegehren der D._ SA bzw. der Beschwerdegegnerin 1 bestanden habe.
2.3.3 Im vorliegenden Fall ist einzig der Umstand ausschlaggebend, dass das Verwertungsbegehren weder durch die Beschwerdegegnerin 1 noch durch ihre Rechtsvorgängerin ausdrücklich zurückgezogen worden ist. Daher kann offen bleiben, ob im Verhalten der Rechtsvorgängerin der Beschwerdegegnerin 1 allenfalls ein Rückzug durch konkludentes Verhalten liegen könnte, was der Entscheid vom 23. August 2005 denn auch ausdrücklich offen lässt. Aufgrund der willkürfrei festgestellten Sachumstände durfte die Vorinstanz in rechtlicher Hinsicht annehmen, es habe ein gültiges Verwertungsbegehren seitens der D._ SA vorgelegen. Da die Beschwerdegegnerin 1 durch die Übernahme der Forderung in die Rechtsstellung der D._ SA eingetreten ist (E. 2.1.3) und diese ihrerseits das Begehren nicht zurückgezogen hat, lag ein gültiges Verwertungsbegehren der Beschwerdegegnerin 1 vor, das sie zur Teilnahme an den weiteren Betreibungshandlungen berechtigte. Eine Nichtigkeit ist nicht ersichtlich und die Beschwerde insoweit unbegründet.
2.3.3 Im vorliegenden Fall ist einzig der Umstand ausschlaggebend, dass das Verwertungsbegehren weder durch die Beschwerdegegnerin 1 noch durch ihre Rechtsvorgängerin ausdrücklich zurückgezogen worden ist. Daher kann offen bleiben, ob im Verhalten der Rechtsvorgängerin der Beschwerdegegnerin 1 allenfalls ein Rückzug durch konkludentes Verhalten liegen könnte, was der Entscheid vom 23. August 2005 denn auch ausdrücklich offen lässt. Aufgrund der willkürfrei festgestellten Sachumstände durfte die Vorinstanz in rechtlicher Hinsicht annehmen, es habe ein gültiges Verwertungsbegehren seitens der D._ SA vorgelegen. Da die Beschwerdegegnerin 1 durch die Übernahme der Forderung in die Rechtsstellung der D._ SA eingetreten ist (E. 2.1.3) und diese ihrerseits das Begehren nicht zurückgezogen hat, lag ein gültiges Verwertungsbegehren der Beschwerdegegnerin 1 vor, das sie zur Teilnahme an den weiteren Betreibungshandlungen berechtigte. Eine Nichtigkeit ist nicht ersichtlich und die Beschwerde insoweit unbegründet.
2.4 2.4.1 Die Vorinstanz hielt alsdann dafür, nach dem Lastenverzeichnis und dem Verteilplan sei die Beschwerdegegnerin 1 Inhaberin der im Verlustschein Nr. 1 aufgeführten Forderungen, weshalb auch der Verlustschein auf sie hätte ausgestellt werden müssen. Eine Betreibungsurkunde mit einer falschen Gläubigerbezeichnung sei nicht nichtig, wenn - wie hier - die wahre Identität des Gläubigers für den Schuldner ohne weiteres erkennbar gewesen sei und seine Interessen nicht beeinträchtigt worden seien. Das Betreibungsamt sei aber anzuweisen, die Gläubigerbezeichnung auf dem Verlustschein Nr. 1 zu korrigieren.
2.4.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, richtig sei, dass die Beschwerdegegnerin 2 als Inhaberin des Verlustscheins Nr. 1 ausgeschlossen werde. Das ändere aber nichts daran, dass die Beschwerdegegnerin 1 bereits im Besitze eines Verlustscheins vom 5. Februar 2007 über Fr. 765'112.-- für die gleichen drei Schuldbriefe im 1. Rang sei. Der Verlustschein sei folglich nicht nur falsch, sondern sei überhaupt nicht auszustellen. Der Verlustschein sei somit "betreibungswidrig" ausgestellt worden und damit nichtig.
2.4.3 Es existiert in der Tat ein Pfandausfallschein des Betreibungsamtes vom 5. Februar 2007 über Fr. 765'112.65. Gegenstand der kritisierten Erwägung ist aber einzig der Verlustschein des Betreibungsamtes Nr. 1 über Fr. 1'820'724.10. Der Beschwerdeführer setzt sich nicht mit den Ausführungen der vorinstanzlichen Erwägung auseinander (E. 1.3). Darauf ist nicht einzutreten.
Im Übrigen schliesst die Ausstellung eines Pfandausfallscheines (<ref-law>) eine nachträgliche Ausstellung eines Verlustscheines nicht aus. Nach der Ausstellung eines Pfandausfallscheines kann der Gläubiger vielmehr die Betreibung je nach der Person des Schuldners auf Pfändung oder auf Konkurs führen, sofern es sich nicht um eine Gült oder eine andere Grundlast handelt, wobei kein neuer Zahlungsbefehl erforderlich ist, wenn die Betreibung innert Monatsfrist seit der Zustellung des Pfandausfallscheins erfolgt (<ref-law>). Aus der gesetzlichen Ordnung ergibt sich, dass dem Gläubiger, der einen Pfandausfall eintreiben will, kein anderer Weg als jener der Betreibung auf Pfändung bzw. Konkurs übrig bleibt. Dass die auf Pfändung geführte Betreibung allenfalls auch mit einem Verlustschein enden kann (<ref-law>), versteht sich von selbst.
Denkbar ist aber auch, dass der Gläubiger den Schuldner zuerst auf Pfändung betreibt, obwohl die Forderung pfandgesichert ist. Diesfalls kann der Schuldner zwar bei Anhebung der Betreibung auf Pfändung auf dem Beschwerdeweg verlangen, dass der Gläubiger vorerst das Pfand in Anspruch nehme (<ref-law>). Unterlässt er dies, wird die Betreibung auf Pfändung durchgeführt, die gegebenenfalls mit einem Verlustschein endet (<ref-law>). In diesem Fall bleibt es dem Gläubiger unbenommen, den Schuldner erneut und diesmal auf Pfandverwertung zu betreiben, woraus unter Umständen ein Pfandausfallschein resultiert.
Inwiefern im vorliegenden Fall eine Nichtigkeit vorliegen sollte, bleibt unerfindlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht in nachvollziehbarer Weise begründet.
Inwiefern im vorliegenden Fall eine Nichtigkeit vorliegen sollte, bleibt unerfindlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht in nachvollziehbarer Weise begründet.
2.5 2.5.1 Das Obergericht hat festgehalten, auf dem Pfandausfallschein, welcher auf den Namen der Beschwerdegegnerin 1 ausgestellt worden sei, und dem Verlustschein, der richtigerweise auf ihren Namen hätte ausgestellt werden müssen (E. 2.4), befinde sich eine falsche Betreibungsnummer; dies stelle jedoch keinen derart schwerwiegenden Mangel dar, welcher die Nichtigkeit der betroffenen Urkunden nach sich ziehe. Das Betreibungsamt sei aber anzuweisen, diese Nummer zu korrigieren.
2.5.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, Tatsache sei, dass die Beschwerdegegnerin 1 keine Betreibung eingeleitet habe und daher auch keine entsprechende Nummer eingesetzt werden könne. Es handle sich entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht um einen formalen Fehler.
2.5.3 Mit Bezug auf die Rechtsstellung der Beschwerdegegnerin 1 und die sich daraus ergebenden Folgen kann auf bereits Gesagtes verwiesen werden (E. 2.1.3). Im Übrigen bringt der Beschwerdeführer nichts vor, was die Nichtigkeit der strittigen Urkunden belegen würde. Soweit diesbezüglich auf die Beschwerde eingetreten werden kann, ist sie abzuweisen.
3. Damit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Für das bundesgerichtliche Verfahren sind keine Entschädigungen zuzusprechen, da keine Vernehmlassungen eingeholt worden sind.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Schuldbetreibungs- und Konkurskommission, als oberer betreibungsrechtlicher Aufsichtsbehörde, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. Februar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden