Sachverhalt:
A.
A._ machte in der Steuererklärung 2008 Fahrkosten zwischen Wohn- und Arbeitsstätte von Fr. 11'544.-- geltend.
B.
Mit Einschätzungsentscheid vom 3. März 2009, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 16. Mai 2011, wurden lediglich Kosten in der Höhe von Fr. 2'676.-- zum Abzug zugelassen.
B.a. Den anschliessenden Rekurs des anwaltlich vertretenen A._ wies das Steuerrekursgericht am 20. September 2011 ab. Die Gerichtskosten von Fr. 530.-- wurden A._ auferlegt, eine Parteientschädigung wurde nicht zugesprochen. Die dagegen erhobene Beschwerde hiess das Verwaltungsgericht am 27. Juni 2012 teilweise gut und wies die Sache zur weiteren Untersuchung sowie zum Neuentscheid an das Steuerrekursgericht zurück. Die Gerichtskosten von Fr. 620.-- wurden den Parteien je zur Hälfte auferlegt, eine Parteientschädigung wurde nicht zugesprochen. Die Rekursinstanz wurde angewiesen, über die Kosten- und Entschädigungsfolgen des Rekurses im Neuentscheid zu befinden.
B.b. Am 22. Oktober 2012 wies das Steuerrekursgericht den Rekurs ab. Das Verwaltungsgericht hiess die anschliessende Beschwerde am 10. Juli 2013 teilweise gut und liess Fahrkosten von Fr. 11'232.-- zum Abzug zu. Die Kosten des Rekursverfahrens wie auch die Gerichtskosten vor Verwaltungsgericht von Fr. 620.-- wurden dem Staat Zürich auferlegt. Er wurde verpflichtet, A._ für das Rekurs- und das Beschwerdeverfahren eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 700.-- (inkl. MWST) zu bezahlen.
C.
Vor Bundesgericht beantragt A._, die Entscheide des Verwaltungsgerichts vom 10. Juli 2013 und 27. Juni 2012 dahin gehend zu ändern, dass die Kosten der vorangegangenen Rekurs- und Beschwerdeverfahren der Gegenseite auferlegt werden. Dem Beschwerdeführer seien die Gerichtskosten von total Fr. 310.-- zu erstatten. Weiter sei ihm für die Rekurs- und Beschwerdeverfahren eine angemessene Parteientschädigung von insgesamt Fr. 2'852.90 zu zahlen, eventuell die Festsetzung der Parteientschädigung der Vorinstanz zu übertragen.
Das Verwaltungsgericht beantragt die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Das Kantonale Steueramt Zürich schliesst auf Abweisung. Die Eidgenössische Steuerverwaltung verzichtet auf das Stellen eines Antrages.
D.
Der Beschwerdeführer hat am 27. November 2013 eine Replik eingereicht.

Erwägungen:
1.
1.1. Die auf das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 10. Juli 2013 hin erhobene Beschwerde richtet sich gegen die Kosten- und Entschädigungsfolgen im genannten Entscheid sowie im Urteil des Verwaltungsgerichts vom 27. Juni 2012. Eine direkte Anfechtung des letztgenannten Entscheids innert damaliger Rechtsmittelfrist war dem Beschwerdeführer prozessual verwehrt (jüngst Urteil 9C_722/2013 vom 15. Januar 2014 E. 4 und 5 mit Hinweisen). Indes ist der Beschwerdeführer befugt, den früheren Kostenentscheid zusammen mit dem Endentscheid vom 10. Juli 2013 anzufechten (<ref-law>; Urteil 2C_759/2008 vom 6. März 2009 E. 2 mit Hinweisen, in: ASA 79 S. 595). Auf seine frist- und formgerecht erhobene Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher grundsätzlich einzutreten (Art. 42 Abs. 2, Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 und 100 Abs. 1 BGG). Ein Ausschlussgrund (<ref-law>) liegt nicht vor.
1.2. Mit der Beschwerde kann eine Rechtsverletzung nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Vorbringen, sofern allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.6 S. 280 f. mit Hinweis). Die Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht untersucht es in jedem Fall nur insoweit, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2 S. 232; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254; Urteil 2C_124/2013 vom 25. November 2013 E. 1.6).
Das Bundesgericht prüft die Anwendung des harmonisierten kantonalen Steuerrechts durch die kantonalen Instanzen gleich wie Bundesrecht mit freier Kognition. In den Bereichen, in welchen das Steuerharmonisierungsgesetz den Kantonen einen gewissen Gestaltungsspielraum belässt, beschränkt sich die Kognition des Bundesgerichts indessen auf Willkür und unterliegt den erhöhten Rügeanforderungen des <ref-law> (<ref-ruling> E. 2 S. 210; <ref-ruling> E. 3.1 S. 205 f.; Urteil 2C_554/2013 / 2C_555/2013 vom 30. Januar 2014 E. 1.4 mit Hinweisen).
1.3. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (<ref-law>). Die betroffene Person muss rechtsgenügend dartun, dass und inwiefern der festgestellte Sachverhalt in diesem Sinne mangelhaft erscheint und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>). Rein appellatorische Kritik an der Sachverhaltsermittlung und an der Beweiswürdigung genügt den Begründungs- bzw. Rügeanforderungen nicht (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 10.1 S. 445 mit Hinweisen).
2.
2.1. Der Beschwerdeführer rügt die Verlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen wie die Bemessung der Parteientschädigung. Mit Bezug auf die Verlegung macht er geltend, die Rückweisung sei als volle Gutheissung zu behandeln, was das Verwaltungsgericht im Urteil vom 27. Juni 2012 ausser Acht gelassen habe. Zur Bemessung der Parteientschädigung sei der Streitwert bei allen angefochtenen Entscheiden nicht an der ungefähren Steuerersparnis, sondern an der Korrektur des steuerbaren Einkommens auszurichten. Schliesslich habe es das Verwaltungsgericht im Urteil vom 10. Juli 2013 unterlassen, dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung für das Rekursverfahren mit der Verfahrensnummer "1 ST.2011.156" zuzusprechen. Bei einer gesamthaften Betrachtung über alle Verfahren hinweg zeige sich, dass der Beschwerdeführer praktisch vollumfänglich obsiegt habe.
Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 5 Abs. 2 und 3, Art. 8 Abs. 1, Art. 9 und Art. 29 Abs. 1 und 2 BV sowie eine offensichtlich falsche Sachverhaltsfeststellung (<ref-law>), wobei die Sachverhaltsrügen bei richtiger Betrachtung Rechtsfragen betreffen und daher dort behandelt werden (unten E. 3).
2.2. Das Verwaltungsgericht weist in der Vernehmlassung darauf hin, der Streitwert vor Verwaltungsgericht habe sich auf rund Fr. 2'400.-- belaufen.
3.
3.1. Für die direkten Bundessteuern sind die Kosten- und Entschädigungsfolgen im kantonalen Beschwerdeverfahren bundesrechtlich geregelt (Art. 144 und 145 Abs. 2 DBG). Das Steuerharmonisierungsrecht enthält keine einschlägigen Vorgaben, weshalb es im Bereich der Kantonssteuern Sache des kantonalen Rechts ist, eine entsprechende Ordnung vorzusehen (Art. 50 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]; Urteil 2C_363/2009 vom 4. Februar 2010 E. 3.1). Angesichts des damit eingeräumten Regelungsspielraums zugunsten der Kantone kann das Bundesgericht - unter Vorbehalt der Verletzung anderer verfassungsmässiger Rechte (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 214 f.) - im Wesentlichen nur eingreifen, wenn sich die Zürcher Regelung zu den Kosten- und Entscheidungsfolgen als geradezu unhaltbar bzw. willkürlich (<ref-law>) erweisen sollte.
3.2. In den angefochtenen Entscheiden hat das Verwaltungsgericht die Kostenverteilung auf § 151 Abs. 1 i.V.m. § 153 Abs. 4 des Steuergesetzes des Kantons Zürich vom 8. Juni 1997 (LS 631.1; nachfolgend: StG/ZH) gestützt. Nach § 151 Abs. 1 StG/ZH werden die Kosten des Verfahrens vor dem Steuerrekursgericht der unterliegenden Partei auferlegt. Diese Regelung findet gemäss § 153 Abs. 4 StG/ZH sinngemäss auf das Verfahren vor Verwaltungsgericht Anwendung. Die Zusprache einer Parteientschädigung richtet sich gemäss § 152 StG/ZH nach dem Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich vom 24. Mai 1959 (LS 175.2; nachfolgend: VRG/ZH). Gemäss dem einschlägigen § 17 Abs. 2 VRG/ZH kann die unterliegende Partei oder Amtsstelle im Rekursverfahren und im Verfahren vor Verwaltungsgericht zu einer angemessenen Entschädigung für die Umtriebe ihres Gegners verpflichtet werden, namentlich wenn die rechtsgenügende Darlegung komplizierter Sachverhalte und schwieriger Rechtsfragen besonderen Aufwand erforderte oder den Beizug eines Rechtsbeistandes rechtfertigte oder ihre Rechtsbegehren oder die angefochtene Anordnung offensichtlich unbegründet waren.
3.3. Im Beschwerdeverfahren der direkten Bundessteuer (<ref-law>) wie für das Verfahren vor Bundesgericht gilt eine Rückweisung zu erneutem Entscheid mit offenem Ausgang als Obsiegen (vgl. dazu das heutige Urteil 2C_846/2013 vom 28. April 2014 E. 3). Entsprechendes wurde unter Willkürgesichtspunkten im Urteil 2C_60/2011 vom 12. Mai 2011 E. 2.5 in einer ausländerrechtlichen Angelegenheit entschieden; es sei jedenfalls dann willkürlich, im Rahmen von § 13 Abs. 2 und § 17 Abs. 2 VRG/ZH von einem teilweisen Unterliegen auszugehen, wenn der Beschwerdeführer in der Folge mit seinem von Anfang an vorgetragenen Antrag obsiege (E. 2.5). Desgleichen führte das Bundesgericht im Urteil 1C_697/2013 vom 13. Januar 2014 E. 3.3 in einer Bausache aus, es dürfe der beschwerdeführenden Partei grundsätzlich nicht zum Nachteil gereichen, wenn sich das Gericht für die Rückweisung entscheide und deshalb nur den Eventualantrag, nicht aber den Hauptantrag gutheisse. Wie vor Bundesgericht und im Bereich der direkten Bundessteuer spielt es somit grundsätzlich keine Rolle, ob die Rückweisung beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 7.1 S. 271; Urteil 2C_846/2013 vom 28. April 2014 E. 3.2).
3.4. Was die Bemessung der Kosten- und Entschädigungsfolgen betrifft, ist es den Kantonen in der vorliegenden vermögensrechtlichen Angelegenheit unbenommen, die Bedeutung der Streitsache als Funktion des Streitwerts aufzufassen und die Kosten- und Entschädigungsfolgen streitwertabhängig auszugestalten (vgl. sinngemäss Urteil 2C_25/2008 vom 18. Juni 2008 E. 4.2.1). Als Streitwert gilt dabei im Bereich der direkten Steuern praxisgemäss jener Steuerbetrag, der vom Streit betroffen ist (§ 114 Abs. 4 StG/ZH; Urteil 2A.272/2006 vom 19. Mai 2006 E. 2.3). Eine streitwertabhängige Bemessung geht mit einer gewissen Pauschalisierung des abzugeltenden Aufwands einher. Wäre unabhängig vom Streitwert in jedem Fall nicht mehr und nicht weniger als der tatsächliche Stundenaufwand zu vergüten, würde ein Streitwerttarif von vornherein keinen Sinn machen. Ihre Schranke findet die Pauschalisierung namentlich dort, wo sie zu stossenden Ergebnissen führt. Die Parteientschädigung darf daher nicht ausserhalb jedes vernünftigen Verhältnisses zur Wichtigkeit und Schwierigkeit der Sache sowie zu der damit für den Anwalt verbundenen Verantwortung und der von ihm in gebotener Weise aufgewendeten Zeit stehen (vgl. sinngemäss <ref-ruling> E. 2b S. 134; Urteile 4A_667/2010 vom 5. April 2011 E. 4.4.1; 5A_44/2009 vom 20. Mai 2009 E. 4.5). Auch bei Parteientschädigungen am unteren Rand ist darauf zu achten, dass kein offensichtliches Missverhältnis zwischen dem Streitwert und dem notwendigen Zeitaufwand der Vertretung resultiert, indem etwa nur mehr symbolische Entschädigungen ausgerichtet werden, die den konkreten Verhältnissen in keiner Weise gerecht werden.
4.
4.1. Die Beschwerde ist begründet, soweit sie sich gegen die Verlegung der Verfahrenskosten und der Parteientschädigung im angefochtenen Rückweisungsentscheid vom 27. Juni 2012 bezieht. Die Rückweisung mit offenem Ausgang gilt nach dem Gesagten als Obsiegen des Beschwerdeführers. Dieser konnte den von ihm geltend gemachten Steuerabzug am Ende praktisch vollständig (zu 96%) durchsetzen. Zu Unrecht hat die Vorinstanz im Entscheid vom 27. Juni 2012 die Gerichtskosten zur Hälfte dem Beschwerdeführer auferlegt und auf die Zusprache einer Parteientschädigung verzichtet. Da die Vorinstanz die Notwendigkeit des Beizug eines Rechtsvertreters im Endentscheid vom 10. Juli 2013 ohne Weiteres bejaht hat, ist darauf nicht näher einzugehen.
4.2. Bei der Bemessung der Parteientschädigung hat die Vorinstanz zu Recht nicht auf die Höhe des geltend gemachten Steuerabzugs, sondern auf den im Streit liegenden Steuerbetrag abgestellt. Das Verwaltungsgericht hat dabei einen Streitwert von rund Fr. 2'400.-- angenommen. Die für die Verfahren vor Steuerrekurs- und Verwaltungsgericht zugesprochene Parteientschädigung von insgesamt Fr. 700.-- (inkl. MWST) darf nicht isoliert betrachtet werden. Einzubeziehen ist das parallele Verfahren betreffend die direkte Bundessteuer, wobei die zu entscheidende Rechtsfrage im Bundesrecht und im harmonisierten kantonalen Recht gleich geregelt ist (Abzug für Fahrkosten; vgl. Urteil 2C_343/2011 vom 25. Oktober 2011 E. 2.2, in: StR 67/2012 S. 43). Bei einer Gesamtbetrachtung der direkten Bundessteuer und der Staats- und Gemeindesteuern resultiert für die Verfahren vor Steuerrekurs- und Verwaltungsgericht bei einem Streitwert von insgesamt rund Fr. 3'400.-- (Fr. 1'000.-- [direkte Bundessteuer] + Fr. 2'400.-- [Staats- und Gemeindesteuern]) eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 1'000.-- (Fr. 300.-- [direkte Bundessteuer] + Fr. 700.-- [Staats- und Gemeindesteuern]). Diese Parteientschädigung erweist sich zwar als niedrig, aber nicht als im Ergebnis geradezu willkürlich. Dem Beschwerdeführer hätte es im Übrigen freigestanden, im vorinstanzlichen Verfahren eine Kostennote einzureichen, womit das Verwaltungsgericht die Angemessenheit der Parteientschädigung näher hätte prüfen können. Dass der Beschwerdeführer den erstrittenen Steuerabzug auch in künftigen Steuerperioden geltend machen will, ändert an der Streitwertberechnung vorliegend nichts.
4.3. Schliesslich rügt der Beschwerdeführer, ihm sei für das Verfahren vor Steuerrekursgericht (1 ST.2011.156) keine separate Parteientschädigung zugesprochen worden. Dies ist jedoch nicht erforderlich. Es ist zulässig, die Kostenverlegung so vorzunehmen, wie wenn der erste (Rekurs-) Entscheid nicht erfolgt wäre, und damit das Verfahren vor dem Steuerrekursgericht erst mit dem Neuentscheid im Rechtsgang nach der Rückweisung als abgeschlossen zu betrachten ( RICHNER ET AL., Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, 3. Aufl. 2013, N. 9 zu § 151 StG/ZH). Entscheidend ist, dass die steuerpflichtige Person insgesamt nicht schlechter gestellt wird, als wenn der richtige Entscheid von Anfang an getroffen worden wäre ( KASPAR PLÜSS, in: Kommentar zum Verwaltungsrechtspflegegesetz des Kantons Zürich [VRG], 3. Aufl. 2014, N. 68 zu § 13 VRG/ZH).
5.
5.1. Die Beschwerde erweist sich als teilweise begründet. Der angefochtene Entscheid vom 27. Juni 2012 ist insoweit aufzuheben, als die Vorinstanz dem Beschwerdeführer Gerichtskosten auferlegte und eine Parteientschädigung verweigerte. Diesbezüglich ist die Sache zur Neuentscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
5.2. Der Beschwerdeführer dringt mit seinen Anträgen nur teilweise durch. Bei diesem Verfahrensausgang rechtfertigt es sich, die Verfahrenskosten zu zwei Dritteln dem Beschwerdeführer und zu einem Drittel dem Kanton Zürich, der Vermögensinteressen verfolgt, aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen, ohne selbst Anspruch auf eine Parteientschädigung zu haben (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Ziff. 4 und 5 des angefochtenen Entscheids vom 27. Juni 2012 werden aufgehoben. Die Sache wird zur Neuentscheidung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.-- werden zu Fr. 500.-- dem Kanton Zürich und zu Fr. 1'000.-- dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.
Der Kanton Zürich hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 500.-- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. April 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Seiler
Der Gerichtsschreiber: Egli