Faits:
A. Par arrêt du 26 août 2008, la Cour correctionnelle genevoise siégeant avec jury a condamné X._, pour viol, lésions corporelles simples aggravées, séquestration, menace aggravée, à une peine privative de liberté de trois ans. Elle a ordonné la suspension de cette peine à raison de 18 mois, impartissant un délai d'épreuve de cinq ans.
B. Par arrêt du 30 janvier 2009, la Cour de cassation genevoise a rejeté le recours de X._. Les faits à la base de cette décision sont les suivants:
Alors que Y._ et X._ étaient mariés, des tensions se sont développées au sein du couple. En novembre 2005, Y._ a demandé à son époux de quitter le domicile conjugal. A la suite de cette demande, une dispute a éclaté. Au cours de celle-ci, X._ a brandi un couteau et l'a mis sous la gorge de son épouse. Il lui a dit que si elle ne se calmait pas, il la tuerait.
Lors d'une nouvelle dispute à fin novembre 2005, X._ a injurié Y._, la traitant de « pute, chienne et malade mentale ». Les époux en venant aux mains, X._ a jeté Y._ à terre, l'a prise par les oreilles, lui a tapé la tête par terre, lui a marché sur la tête et l'a rouée de coups. Alors que Y._ tentait de quitter les lieux et d'appeler au secours, X._ lui a pris les clés et l'a empêchée de quitter l'appartement. Il l'a ensuite suivie dans sa chambre, l'a couchée sur le lit, l'a déshabillée et l'a contrainte à subir un acte sexuel.
Le Dr A._ a examiné Y._ le lendemain. Il a constaté que celle-ci était bouleversée, que son visage était tuméfié et présentait des hématomes. Il a ajouté que sa patiente, qui se trouvait dans un stress post-traumatique, lui a indiqué avoir subi des relations sexuelles non consenties.
Le gendarme B._ qui a enregistré la plainte a déclaré que Y._ était dans un état lamentable sur les plans physique et psychologique. Son visage, son cou et sa nuque étaient tuméfiés et Y._ était en pleurs.
S'agissant des viols dont il a été déclaré coupable, X._ a confirmé avoir entretenu plusieurs relations sexuelles avec son épouse. Il a toutefois contesté tout élément de contrainte, prétendant qu'il s'était réconcilié avec son épouse dans leur chambre à coucher et que celle-ci avait librement consenti à des relations sexuelles.
C. Contre l'arrêt cantonal, X._ dépose un recours en matière pénale devant le Tribunal fédéral. Il conclut à son acquittement de l'infraction de viol et de menace aggravée et au renvoi de la cause pour nouvelle décision sur la peine et les prétentions civiles. Il dénonce une violation de l'art. 29 al. 2 Cst. (défaut de motivation) et des art. 9, 32 Cst. et 6 CEDH (arbitraire). En outre, il sollicite l'assistance judiciaire.

Considérant en droit:
1. Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir violé son obligation de motivation en rapport avec l'infraction de viol. Les juges cantonaux auraient ainsi passé sous silence des faits qui auraient permis de retenir que les premiers juges ont fait preuve d'arbitraire. En particulier, ils n'auraient pas mentionné qu'il a été acquitté des accusations de viols pour les trois autres relations sexuelles entretenues dans la même nuit. Ils auraient omis de tenir compte des déclarations de la cousine de l'épouse du recourant, qui se trouvait dans la chambre adjacente de celle occupée par les époux. Enfin, ils n'auraient pas tenu compte des déclarations du médecin qui a examiné Y._ et qui aurait déclaré qu'une agression sans viol aurait pu la perturber de la même façon.
1.1 Le droit d'être entendu, garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., impose au juge l'obligation de motiver ses décisions afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer ses droits de recours à bon escient. Pour satisfaire cette exigence, il suffit que le juge mentionne au moins brièvement les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision. Il n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, peuvent être tenus pour pertinents (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 236; <ref-ruling> consid. 2b p. 102). Cette garantie tend à assurer une décision compréhensible pour son destinataire (Corboz, La motivation de la peine, RJB 131 (1995), p. 1 ss, spéc. p. 5).
1.2 Il appartenait à la cour cantonale d'examiner si la constatation, selon laquelle le recourant avait contraint sa femme à l'acte sexuel, était arbitraire. Dans ce cadre, elle n'avait pas besoin de se prononcer sur tous les faits invoqués par le recourant, mais il lui suffisait de reprendre ceux qui étaient pertinents. Ainsi, même si les juges cantonaux n'ont pas parlé des relations sexuelles postérieures au viol, ils ont exposé clairement les raisons pour lesquelles ils ont rejeté la thèse de la réconciliation, plaidée par le recourant (cf. consid. 2.2). Ils ont expliqué pourquoi la cour correctionnelle n'était pas tombée dans l'arbitraire en écartant le témoignage de la cousine de la femme du recourant (cf. consid. 2.3). Ils ont noté que le verdict de culpabilité, s'agissant du viol, était fondé sur un faisceau d'indices concordants, dont faisait partie l'attestation du Dr A._. Cette motivation relative aux éléments mis en cause par le recourant est suffisante; en se limitant à exposer les arguments qu'elle a jugé pertinents pour justifier l'absence d'arbitraire du verdict, la cour cantonale a respecté les exigences de motivation rappelées ci-dessus. Mal fondé, le grief tiré du défaut de motivation doit être rejeté.
2. Le recourant s'en prend à l'état de fait en rapport avec sa condamnation pour viol. Il soutient que la cour cantonale est tombée dans l'arbitraire en retenant qu'il aurait contraint sa femme à l'acte sexuel.
2.1 Une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou encore heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Il ne suffit pas que sa motivation soit insoutenable; encore faut-il que la décision apparaisse arbitraire dans son résultat. A cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue que si celle-ci apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motif objectif ou en violation d'un droit certain. Il n'y a pas arbitraire du seul fait qu'une autre solution paraît également concevable, voire même préférable (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 4/5; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148, 133 I 149 consid. 3.1 p. 153 et les arrêts cités).
En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il y a arbitraire lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle en tire des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9). Dans la mesure où, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves est critiquée en référence avec le principe in dubio pro reo, celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2a p. 41).
2.2 Le recourant reproche à la cour cantonale d'être tombée dans l'arbitraire en refusant de retenir qu'il s'était réconcilié avec sa femme avant leur première relation sexuelle. Il estime inconcevable qu'une femme puisse être non consentante à une première relation sexuelle, puis consentir à deux, voire trois relations sexuelles subséquentes.
La cour cantonale a estimé que les déclarations de l'intimée, prétendant avoir été contrainte à l'acte sexuel et niant toute réconciliation, étaient crédibles, en se fondant sur plusieurs indices, à savoir sur les déclarations du policier qui a constaté chez la victime des symptômes d'un stress post-traumatique, les déclarations du Dr A._ qui a constaté le même état et deux témoignages indirects rapportant que la victime avait dit avoir été violée par son mari.
Contrairement à ce que sous-entend le recourant, la cour cantonale n'a pas retenu que la victime avait consenti aux trois relations sexuelles subséquentes. Elle a estimé que les déclarations de la victime ne permettaient pas de conclure sans autre à l'existence de viols, mais laissaient subsister un léger doute au sujet de l'élément constitutif de la contrainte, voire même sur l'existence de deux des relations sexuelles et que ce doute devait profiter à l'accusé. La victime avait en effet déclaré s'être endormie après le premier acte sexuel, en particulier sous l'effet de médicaments qu'elle avait pris, puis s'être réveillée et avoir constaté que le recourant était sur elle sans pouvoir dire s'il y avait eu ou non acte sexuel. Elle a ajouté que le recourant lui aurait parlé d'une troisième relation sexuelle durant la nuit, mais qu'elle ne s'en souvenait pas et n'excluait pas que les médicaments aient rendu son opposition moins reconnaissable. Enfin, se trouvant dans la cuisine plus tard, vers 9 heures du matin, en compagnie du recourant, ce dernier aurait voulu entretenir une relation sexuelle et elle s'est laissée faire.
Aux yeux des juges cantonaux, le fait que le lendemain matin les époux ont entretenu une relation sexuelle à laquelle la victime ne s'est pas opposée, mais qu'elle a subi, n'étaye pas l'arbitraire du rejet de la thèse de la réconciliation des époux, invoquée par le recourant, dans la mesure où la victime s'est rendue le même matin tant à la police que chez le médecin pour faire constater les blessures subies et mettre en cause le recourant. Sur la base de ces éléments et compte tenu des circonstances dans lesquelles s'est déroulée la dernière relation sexuelle le matin du dépôt de la plainte, il n'était en rien insoutenable de nier que les époux se soient réconciliés avant d'entretenir la première relation sexuelle le soir du 30 novembre 2005 et c'est à juste titre que l'arrêt cantonal ne reconnaît pas un tel arbitraire. On ne voit pas, et le recourant ne le démontre pas, en quoi son acquittement pour les trois actes sexuels subséquents permettrait de démontrer que les époux se seraient réconciliés avant la première relation sexuelle qu'ils ont entretenue.
2.3 Le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir écarté de manière arbitraire le témoignage de la cousine de la victime. Cette témoin aurait en effet déclaré avoir entendu les époux faire l'amour et ne pas avoir entendu sa cousine manifester son opposition. Elle affirme en outre que le lendemain matin, les époux se seraient fait des bisous et sa cousine se serait vantée d'avoir fait trois fois l'amour avec son mari durant la nuit.
La cour cantonale n'a pas écarté le témoignage de la cousine de la victime, mais l'a apprécié avec beaucoup de prudence, et ce principalement pour deux motifs. Tout d'abord, la témoin a déclaré être proche du recourant. En outre, sa description de l'altercation survenue entre les époux le soir du 30 novembre 2005 était en complète contradiction avec les constatations du médecin consulté le lendemain par la victime, ce qui était de nature à mettre en doute ses déclarations. La cour cantonale a souligné au demeurant que la témoin s'était bornée à déclarer, notamment lors de ses premières déclarations à la police, qu'elle avait entendu du bruit et des gémissements, sans affirmer aucunement que la victime était consentante; elle ne se trouvait du reste pas dans la chambre à coucher lorsque le recourant avait imposé une relation sexuelle à son épouse et ne pouvait donc pas attester d'un fait auquel elle n'avait pas assisté.
Le raisonnement présenté par la cour cantonale n'est pas entaché d'arbitraire. Celle-ci a expliqué, de manière convaincante, que la témoin n'avait pas assisté à l'acte et ne pouvait donc témoigner du consentement de la victime et que ses déclarations subséquentes n'étaient pas crédibles compte tenu de ses relations avec le recourant. Pour le surplus, la cour de céans ne voit pas en quoi le téléphone qui aurait eu lieu entre les époux le lendemain des faits litigieux portant sur une relation extra-conjugale de la victime permettrait de conclure à l'arbitraire du verdict s'agissant de l'absence de consentement de la victime à la première relation sexuelle entretenue le soir en question. Le grief soulevé doit être écarté.
2.4 Enfin, le recourant soutient que la cour cantonale serait tombée dans l'arbitraire en retenant qu'il avait intentionnellement contraint sa femme à l'acte sexuel. En particulier, il relève que la témoin n'aurait pas entendu un refus de l'intimée d'entretenir des relations sexuelles.
Selon l'arrêt attaqué, la victime a clairement signifié au recourant qu'elle "n'avait pas envie de lui et qu'elle voulait qu'il l'a laisse tranquille". La cour cantonale a jugé crédible cette déclaration, dans la mesure où l'intimée venait d'être battue. Le raisonnement de la cour cantonale n'est pas, en cela, entaché d'arbitraire. Le fait que la témoin n'a entendu aucun cri ni aucune protestation ne permet pas d'exclure toute contrainte. Premièrement, comme vu ci-dessus, le témoignage doit être apprécié avec circonspection. En second lieu, pour qu'il y ait contrainte, il suffit que l'auteur passe outre le refus de la victime, sans qu'il soit nécessaire que celle-ci manifeste son opposition en poussant des cris. Mal fondé, le grief soulevé doit être rejeté.
3. En relation avec sa condamnation pour menaces, le recourant reproche à la cour cantonale d'avoir retenu de manière arbitraire qu'il avait mis un couteau de cuisine sous la gorge de son épouse et qu'il avait menacé de la tuer si elle ne se calmait pas. Selon le recourant, la victime aurait simplement cru qu'il brandissait un couteau après qu'il eut heurté un tiroir contenant des couteaux.
La cour cantonale a fondé sa condamnation pour menaces sur les déclarations répétées de la victime, partiellement confirmées par le recourant. Ainsi, les parties ont admis l'existence d'une dispute. Le recourant a reconnu qu'il voulait que la victime lui dise certaines choses le soir en question et a indiqué qu'il avait heurté un tiroir ouvert dans lequel se trouvaient des couteaux. Dans un tel contexte de tension, la cour cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en retenant que le recourant s'était saisi d'un couteau et qu'il en avait menacé sa femme. Le recourant se contente d'opposer à la version de la cour cantonale sa propre version des faits, affirmant que celle-ci n'est pas invraisemblable, ce qui ne suffit pas à motiver ni à démontrer le caractère insoutenable de l'appréciation des premiers juges; au demeurant, on ne peut que constater, sur la base des faits retenus, que la cour cantonale n'a pas nié à tort un tel arbitraire. Le grief soulevé doit être écarté dans la mesure où il est recevable.
4. En conséquence, le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Le recours étant d'emblée dénué de chances de succès, l'assistance judiciaire ne peut pas être accordée. Les frais judiciaires doivent être mis à la charge du recourant qui succombe.
Il n'est pas alloué d'indemnité à l'intimée qui n'a pas participé à la procédure.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation du canton de Genève.
Lausanne, le 14 septembre 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Kistler Vianin