Sachverhalt:
A. X._ und Y._ sind Eigentümer benachbarter Grundstücke in der Gemeinde A._, die durch einen Fussweg voneinander getrennt werden. An der nordwestlichen Grenze des Grundstücks von Y._ stehen dicht beieinander drei Nadelbäume. Der genaue Grenzabstand der Bäume ist nicht bekannt.
B. B.a Am 8. August 2002 gelangte X._ an das Bezirksgericht B._ und beantragte die Beseitigung der drei Nadelbäume, eventualiter die Reduktion ihrer Höhe auf die Firsthöhe des Einfamilienhauses von Y._, subeventualiter eine ganze oder teilweise Beseitigung oder das Stutzen nach richterlichem Ermessen. Eventualiter sei Y._ zu verpflichten, ihm Fr. 50'000.-- oder einen richterlich zu bestimmenden Betrag zu bezahlen. Die Baumgruppe entziehe seiner Liegenschaft Sonne, Licht, Luft und Aussicht.
Mit Urteil vom 24. Juli 2006 hiess das Bezirksgericht die Klage teilweise (hinsichtlich des östlichen und des mittleren Nadelbaums) gut. Im Übrigen wurde die Klage abgewiesen.
B.b Auf Berufung von Y._ hin merkte das Obergericht des Kantons Zürich am 9. November 2007 die Teilrechtskraft des bezirksgerichtlichen Urteils betreffend die Klageabweisung hinsichtlich des westlichen Nadelbaums vor. Im Übrigen wies es die Klage ab.
B.c Gegen dieses Urteil erhob X._ kantonale Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht des Kantons Zürich sowie Beschwerde an das Bundesgericht.
Das Kassationsgericht erachtete mit Zirkulationsbeschluss vom 11. Februar 2009 zwei Sachverhaltsrügen als berechtigt und hiess daher die Beschwerde gut. Es hob das obergerichtliche Urteil auf und wies die Sache zur Neubeurteilung an das Obergericht zurück.
Mit Verfügung vom 23. März 2009 schrieb das Bundesgericht sein Verfahren aufgrund des zwischenzeitlich erfolgten Rückzugs der Beschwerde als erledigt ab.
B.d Am 3. April 2009 wies das Obergericht die Restklage und die Eventualklage ab.
C. X._ (fortan: Beschwerdeführer) ist mit Beschwerde vom 13. Mai 2009 an das Bundesgericht gelangt. Er beantragt die Aufhebung des obergerichtlichen und die Bestätigung des bezirksgerichtlichen Urteils. Eventualiter verlangt er die Rückweisung der Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz, eventuell an die Erstinstanz.
Mit Verfügung vom 9. Juli 2009 ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen worden.
In der Sache sind das Obergericht und Y._ (fortan: Beschwerdegegnerin) nicht zur Vernehmlassung eingeladen worden.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Zulässigkeit der Beschwerde von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 138; <ref-ruling> E. 1.1 S. 251). Strittig ist vorliegend die Frage, ob die zwei Nadelbäume gestützt auf <ref-law> zu fällen sind. Dabei handelt es sich um eine Zivilsache mit Vermögenswert (Art. 72 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Da die Streitwertgrenze von Fr. 30'000.-- überschritten wird und das angefochtene Obergerichtsurteil als letztinstanzlicher Endentscheid zu qualifizieren ist, soweit vorliegend die Verletzung von Art. 684 und <ref-law> (E. 5) geltend gemacht wird (Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG), ist dagegen die Beschwerde in Zivilsachen grundsätzlich zulässig.
2. Der Beschwerdeführer bezeichnet seine Eingabe als Einheitsbeschwerde und ficht damit gleichzeitig die beiden Urteile des Obergerichts vom 3. April 2009 und vom 9. November 2007 an. Dabei verkennt er jedoch, dass das erste Obergerichtsurteil vom 9. November 2007 vom Kassationsgericht in Gutheissung der Nichtigkeitsbeschwerde aufgehoben wurde, worauf das Obergericht am 3. April 2009 einen neuen Entscheid gefällt bzw. sein früheres Urteil - trotz Verweisen auf dieses - ersetzt hat. Die Anfechtung des aufgehobenen Urteils ist nicht möglich. Soweit der Beschwerdeführer sich gegen das Obergerichtsurteil vom 9. November 2007 wenden möchte, ist auf seine Beschwerde nicht einzutreten.
3. Vorab ist festzuhalten, dass gemäss <ref-law> in der Begründung in gedrängter Form darzulegen ist, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Dabei ist es unerlässlich, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 400; Urteil 4A_22/2008 vom 10. April 2008 E. 1). Diesen Begründungsanforderungen kommt der Beschwerdeführer in keiner Weise nach. Weitgehend begnügt er sich damit, obergerichtliche Urteilspassagen zu zitieren und zu behaupten, es sei Bundesrecht verletzt worden, ohne aber die Verletzung konkret und in nachvollziehbarer Weise aufzuzeigen. Stattdessen folgen an seine Rügen seitenlange - teils unverständliche - Ausführungen zum Verfahrensablauf und zum Sachverhalt, wobei ein Bezug zu den einleitend behaupteten Rechtsverletzungen meist nicht mehr hergestellt werden kann.
4. Weiter ist festzuhalten, dass sich die seitenlangen Begründungen fast ausschliesslich auf die Sachverhaltsfeststellungen und Beweiswürdigungen des Obergerichts beziehen. Eine klare Unterscheidung zwischen Rechts- und Tatfragen wird nicht vorgenommen. Vielmehr versucht der Beschwerdeführer, auch seine Sachverhaltsrügen als Bundesrechtsverletzungen darzustellen.
5. Mit Zirkulationsbeschluss vom 11. Februar 2009 hat das Kassationsgericht das obergerichtliche Urteil vom 9. November 2007 aufgehoben und die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an das Obergericht zurückgewiesen. Bei der Anfechtung des neu gefällten Obergerichtsurteils vom 3. April 2009 ist wiederum der kantonale Instanzenzug zu wahren. Ob der Rückweisungsbeschluss als solcher ausnahmsweise als Endentscheid mit Beschwerde beim Bundesgericht hätte angefochten werden können, weil der Vorinstanz bei der neuen Beurteilung kein Entscheidungsspielraum mehr verblieb bzw. die Rückweisung nur noch der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten diente, kann vorliegend offen gelassen werden. Eine solche Anfechtung des Zirkulationsbeschlusses ist vorliegend nicht erfolgt (vgl. Urteile 9C_684/2007 vom 27. Dezember 2007 E. 1.1, in: SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131; 1A.194/2006 vom 14. März 2007 E. 2.2; 2P.164/2004 vom 25. Januar 2005 E. 1.1; <ref-ruling> E. 3.3 S. 317). Die Kritik des Beschwerdeführers an den obergerichtlichen Sachverhaltsfeststellungen beschlägt den Nichtigkeitsgrund von <ref-law>/ZH (willkürliche tatsächliche Annahme), weshalb betreffend diese Rügen in Wahrung des kantonalen Instanzenzugs wiederum eine Nichtigkeitsbeschwerde an das Kassationsgericht hätte erhoben werden müssen. Vor Bundesgericht sind sie indes allesamt unzulässig. Eine Überprüfung der obergerichtlichen Feststellungen durch das Bundesgericht wäre mit dem Erfordernis der Letztinstanzlichkeit (<ref-law>) nicht vereinbar.
Das Gesagte gilt auch für die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs gemäss <ref-law>. Die Verweigerung des rechtlichen Gehörs fällt unter den Nichtigkeitsgrund der Verletzung eines wesentlichen Verfahrensgrundsatzes gemäss <ref-law>/ZH und ist somit in Wahrung des kantonalen Instanzenzuges beim Kassationsgericht zu erheben. Vor Bundesgericht ist diese Rüge unzulässig.
6. Im Einzelnen ergibt sich Folgendes:
6.1 Auf den Seiten 2 bis 10 der Beschwerde finden sich Ausführungen zum kantonalen Verfahren sowie eine Zusammenfassung der Prozessgeschichte und des Sachverhalts. Soweit mit diesen allgemeinen Schilderungen bereits Kritik am angefochtenen Obergerichtsurteil geübt werden soll, sind indes weder konkrete Rügen noch rechtsgenügliche Begründungen erkennbar, weshalb darauf nicht eingetreten werden kann (vgl. E. 3).
6.2 In seiner Detailrüge A beanstandet der Beschwerdeführer folgende obergerichtlichen Ausführungen als Verletzung von <ref-law>: "Falls eine Pflanze die kantonalen Abstandsvorschriften einhält, haben ihre Immissionen vermutungshalber als ortsüblich im Sinne von <ref-law> zu gelten. An die Voraussetzungen des Beseitigungsanspruches nach Art. 679/684 ZGB ist in einem solchen Fall ein strenger Massstab anzulegen". Dazu führt er im Wesentlichen aus, dem in <ref-law> erwähnten Ortsgebrauch werde ein sachverhaltsmässig gar nicht erstellter und bloss vermuteter Inhalt gegeben. Das Obergericht ziehe Schlüsse aus nicht verifizierten und nicht verifizierbaren blossen Annahmen und andererseits aus unter den Parteien bestrittenen Behauptungen sowie aus nicht schlüssigem Aktenmaterial. Weiter wirft er die Frage auf, weshalb das Obergericht keine Beweise über die genauen Grenzabstände abgenommen habe, wenn es entscheidend auf die Einhaltung bzw. Nichteinhaltung des kantonalrechtlichen Mindestabstand ankomme.
Die zitierte Passage des Obergerichtsurteils entspricht der bundesgerichtlichen Praxis (<ref-ruling> E. 3c/bb S. 460; Urteil 5A_415/2008 vom 12. März 2009 E. 3). Soweit sich der Beschwerdeführer gegen die angeblichen Annahmen und Vermutungen des Obergerichts wendet, kritisiert er dessen Sachverhaltsfeststellungen im Zusammenhang mit der Prüfung von <ref-law> und nicht die Verletzung dieser bundesrechtlichen Vorschrift als solche. Diese Rüge scheitert am Erfordernis der Letztinstanzlichkeit, weshalb darauf nicht eingetreten werden kann (E. 5). Ebenfalls nicht erkennbar ist, weshalb und inwiefern <ref-law> verletzt sein sollte, wenn das Obergericht keine Beweise über die Einhaltung bzw. Nichteinhaltung der Grenzabstände abnimmt. Eine Verletzung von anderen bundesrechtlichen Vorschriften, insbesondere von <ref-law>, findet sich indessen in diesem Zusammenhang nicht, zumal der Beschwerdeführer nicht dartut, Beweisanträge erhoben zu haben und das Verfahren von der Dispositionsmaxime beherrscht wird. Mangels weiterer Ausführungen ist sodann das Argument des Beschwerdeführers, wonach die fehlende Ortsüblichkeit für die ganze Baumgruppe gelte, wenn auch nur ein Teil der Baumgruppe nicht ortsüblich sei, nicht genügend begründet.
6.3 Mit der Detailrüge B rügt der Beschwerdeführer wiederum eine Verletzung von <ref-law> sowie eine Gehörsverletzung (<ref-law>) und die unrichtige Verteilung der Beweislast (<ref-law>). Das Obergericht definiere den massgeblichen "Ort" für "Ortsüblichkeit" nicht. Mit "nachbarliche Umgebung" bleibe unklar, was es für die Abklärung der Fakten, d.h. des Inhalts von Ortsüblichkeit brauche. Wie es scheine, beschränke das Obergericht "Ortsüblichkeit" auf das Quartier, in welchem die Parteien wohnen. Dieses sei aber nie einem gerichtlichen Augenschein unterzogen worden. Es sei bundesrechtswidrig, über die Ortsüblichkeit blosse Vermutungen anzustellen bzw. auf in der Vorinstanz eingereichte veraltete Fotos und Pläne abzustellen. Schliesslich sei auch die Beweislastverteilung bundesrechtswidrig gehandhabt worden. Es sei die Beschwerdegegnerin, welche das Risiko der Beweislosigkeit der angeblichen Ortsüblichkeit trage und nicht der Beschwerdeführer.
Mit "ortsüblich" sind die örtlichen Verhältnisse gemeint, also Stadt, Land, Nutzung und Charakter (Arthur Meier-Hayoz, Berner Kommentar, 1975, N. 98 zu <ref-law>, HEINZ REY, in: Basler Kommentar ZGB II, 3. Auflage 2007, N. 12 zu <ref-law>). Damit darf auch auf ein Quartier abgestellt werden. Die behauptete ungenügende Abklärung der konkreten Begebenheiten im Quartier beschlägt wiederum die obergerichtliche Sachverhaltsfeststellung, welche vorliegend nicht überprüft werden kann. Eine Verletzung des verfassungsmässigen Anspruchs auf rechtliches Gehör kann nicht gerügt werden (E. 5). Ohnehin wäre diese Verletzung nicht in nachvollziehbarer und rechtsgenüglicher Weise begründet. Die Ausführungen zur Verletzung der Beweislastregel (<ref-law>) sind weitgehend unverständlich, ist doch vorliegend nicht von Bedeutung, wer das Risiko der Beweislosigkeit der behaupteten Ortsüblichkeit trägt, wenn die Vorinstanz diese als bewiesen erachtet (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 223).
6.4 In seiner Detailrüge C kritisiert der Beschwerdeführer insbesondere die obergerichtliche Feststellung, wonach es als erstellt zu betrachten sei, dass Bäume und die von ihnen ausgehenden Immissionen im Quartier der Parteien als üblich und normal gelten und es nicht von Belang sei, ob es sich dabei um Waldbäume oder Laubbäume handle. Diese Feststellung des Obergerichts bestehe aus einer Aneinanderreihung von divergierenden Behauptungen der Parteien. Es sei unhaltbar, diese als übereinstimmenden Standpunkt der Parteien auszudeuten. Insbesondere habe er Waldbäume bzw. Nadelbäume, wie sie natürlicherweise nur in Wäldern vorkommen, nicht für (wohn)quartierüblich gehalten.
Wiederum ist nicht erkennbar, weshalb und inwiefern das Obergericht mit diesen Passagen Bundesrecht verletzt haben sollte. Was im vorliegenden Verfahren als erstellt zu betrachten ist, betrifft die Feststellung des Sachverhalts und kann vom Bundesgericht nicht überprüft werden (E. 5).
6.5 Die Detailrüge D betrifft die obergerichtliche Ausführung, wonach die bei den Akten liegenden Fotografien die Quartierüblichkeit der von Bäumen ausgehenden Immissionen untermauern würden. Das Obergericht ziehe in willkürlicher Weise Schlüsse aus nicht sachdienlichen Unterlagen und stelle auf angebliche Fakten ab, welche nur einseitig von der Beschwerdegegnerin vorgetragen und vom Beschwerdeführer bestritten seien.
Dieses Vorbringen betrifft hauptsächlich die Beweiswürdigung des Obergerichts und damit ebenfalls eine unzulässige Sachverhaltsrüge. Ob im Zusammenhang mit der Würdigung dieser Fotografien das Recht auf Gegenbeweisführung verletzt worden ist, kann ebenfalls nicht geprüft werden, da die allgemeine Behauptung dieser Rechtsverletzung nicht in rechtsgenüglicher Weise begründet wird (E. 3).
6.6 Detailrüge E betrifft schliesslich wiederum die obergerichtliche Würdigung von Fotografien sowie eines Twixroute-Plans des Wohnquartiers. Der Beschwerdeführer rügt eine qualifiziert falsche Sachverhaltsermittlung und bringt sinngemäss vor, die tatsächlichen Annahmen seien im jetzigen Zeitpunkt nicht mehr aktuell. In der Umgebung seien in den letzten Jahren Bäume gefällt oder gestutzt worden. Gestützt auf diese Veränderungen müsse auch der Ortsgebrauch neu beurteilt werden. Diesen Ausführungen folgen seitenlange Kommentierungen zu den im Verfahren eingereichten Fotos, Plänen und anderen Unterlagen. Zusammenfassend macht der Beschwerdeführer geltend, dass diese Dokumente keine rechtsgenügliche Beweiswürdigung erlauben würden.
Allesamt beschlagen diese weitschweifenden Ausführungen die Feststellung des Sachverhalts. Auch das wiederholte Vorbringen, wonach die Aktenstücke nicht als Beweis genügen könnten, betrifft primär die Beweiswürdigung und damit nicht eine Frage von <ref-law>. Auch ist nicht ersichtlich, inwiefern die Beweisregeln verletzt worden wären, wenn das Obergericht den Sachverhalt als erstellt betrachtet bzw. das Vorfinden von Laubbäumen und einzelnen Waldbäumen im Quartier als üblich bezeichnet und aus diesem Grund in antizipierter Beweiswürdigung darauf verzichtet, weitere Beweise abzunehmen (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 223). Auf die Vorbringen kann nicht eingetreten werden. Ergänzend kommt hinzu, dass diese teilweise ohnehin neu und damit gemäss <ref-law> unzulässig sind, so beispielsweise der Hinweis auf die neue Überbauung an der Grundstrasse als Beispiel für sich wandelnde Gewohnheiten hinsichtlich Bepflanzungen.
6.7 In der Detailrüge F setzt sich der Beschwerdeführer mit der Feststellung des Obergerichts auseinander, wonach selbst nach seinen Angaben in den Gärten im Quartier an der C._strasse, wie in einem Einfamilienhausquartier mit durchschnittlichen Grundstücksflächen üblich, vorwiegend Laubbäume und einzelne Waldbäume zu finden seien. Diese korrigierte Feststellung erfolgte, nachdem das Kassationsgericht die Ausführung im früheren obergerichtlichen Urteil vom 9. November 2007, wonach selbst nach den Angaben des Beschwerdeführers Laubbäume (und einzelne Waldbäume) in den Gärten im Quartier typisch seien, als unzulässige Sachverhaltsfeststellung qualifiziert hatte. Der Beschwerdeführer erachtet auch die korrigierten Feststellungen als unhaltbar und rügt eine qualifiziert falsche Sachverhaltsermittlung. Insbesondere habe das Obergericht nicht festgestellt, was unter "Quartier" oder "solche Gegenden" zu verstehen sei. Es sei somit kein Vergleich dafür möglich, was der Beschwerdeführer für sein Grundstück angeblich genau gleich wie andere Grundstückseigentümer in Kauf zu nehmen hätte. Das Obergericht habe die Bepflanzungssituation in der Umgebung der betreffenden Nachbargrundstücke ungenügend abgeklärt und könne sich demzufolge auch kein Urteil darüber bilden, was in der Wohnumgebung üblich ist. Insbesondere habe der Beschwerdeführer mit seinem Zugeständnis, dass einzelne Waldbäume in der näheren und weiteren Umgebung der Liegenschaften der Parteien vorkämen, keine Wertung abgegeben.
Wiederum beanstandet der Beschwerdeführer die Sachverhaltsfeststellungen. Für ihn ist es nicht nachvollziehbar, weshalb trotz der mit Obergerichtsentscheid vom 3. April 2009 korrigierten Feststellung und der damit geänderten Beurteilungsgrundlage betreffend quartierübliche Baumbepflanzung die Würdigung des Obergerichts dieselbe bleibt. Jedoch müsste diese obergerichtliche Sachverhaltsfeststellung bzw. die Beweiswürdigung in Wahrung des kantonalen Instanzenzugs wiederum zuerst beim Kassationsgericht angefochten werden. Mangels Erfordernis der Letztinstanzlichkeit kann auf die Vorbringen nicht eingetreten werden (E. 5). Zudem käme der Beschwerdeführer mit seinen unsubstanziierten Vorbringen auch den Begründungsanforderungen für eine Beschwerde an das Bundesgericht nicht nach (E. 3).
6.8 Das Gesagte gilt auch betreffend die Detailrügen G bis M. Detailrüge G und H betreffen die obergerichtlichen Feststellungen zur Länge eines Wintertages und zu dessen konkreten Fixierung am Ort der beiden Nachbargrundstücke. In diesem Zusammenhang rügt der Beschwerdeführer explizit eine falsche Sachverhaltsfeststellung bzw. eine willkürliche Beweiswürdigung. Mit Detailrüge I beanstandet er folgende obergerichtliche Feststellung als aktenwidrig: "Zudem ergibt sich aus dem Schattengutachten für den Standort A._ eine Sonnenscheindauer von rund achteinhalb Stunden." In Detailrüge J bringt der Beschwerdeführer wiederholt vor, der Sachverhalt sei nicht genügend abgeklärt worden. Insbesondere könne nicht auf veraltete Dokumente abgestellt werden. Mit Detailrüge K bezeichnet er die folgenden obergerichtlichen Aussagen als willkürliche Beweiswürdigungen: "Mit Bezug auf die beiden anderen Bäume haben die von ihnen ausgehenden Immissionen daher schon vermutungshalber als ortsüblich zu gelten." sowie: "Es ist aber auch als erstellt zu betrachten, dass Bäume und damit die von ihnen ausgehenden Immissionen im Quartier der Parteien als üblich und normal gelten." Detailrügen L und M beziehen sich auf die obergerichtlichen Ausführungen betreffend die Unterscheidung zwischen Waldbäumen und Laubbäumen sowie Einzelbäumen und Baumgruppen. Der Beschwerdeführer bezeichnet in diesem Zusammenhang erneut den Sachverhalt als unzulänglich erhoben und macht eine willkürliche Beweiswürdigung geltend. Auf diese Sachverhaltsrügen ist allesamt nicht einzutreten.
6.9 Mit Detailrüge N wendet sich der Beschwerdeführer gegen folgende obergerichtliche Aussage: "In solchen Wohnquartieren mit relativ grossen Gärten haben pflanzliche Immissionen, insbesondere auch (negative) Immissionen von Bäumen - ausgenommen Extremfälle - als üblich zu gelten und sind hinzunehmen." Zwar enthält diese Passage eine rechtliche Würdigung, jedoch beanstandet der Beschwerdeführer wiederum nur die tatbeständliche Grundlage bzw. die obergerichtliche Begründung der rechtlichen Würdigung. Er rügt wiederholt den Sachverhalt als unzulänglich erhoben.
6.10 Detailrüge O bezieht sich auf die obergerichtliche Würdigung, wonach der konkrete Schattenwurf keinen Extremfall darstelle. Was in diesem Zusammenhang jedoch konkret beanstandet werden soll, bleibt unklar. Weder geht aus den Darlegungen des Beschwerdeführers nachvollziehbar und substanziiert eine Bundesrechtsverletzung noch eine fehlerhafte Sachverhaltsfeststellung, welche im vorliegenden Verfahren ohnehin unzulässig wäre, hervor. Damit kommt der Beschwerdeführer den Begründungsanforderungen nicht nach (E. 3).
6.11 Mit Detailrüge P wirft der Beschwerdeführer dem Obergericht vor, es habe aus abstrakten Normen auf einen Ortsgebrauch schliessen wollen, ohne die tatsächlichen Verhältnisse am massgeblichen Ort verifiziert zu haben. Inwiefern dies eine Verletzung von Bundesrecht darstellen sollte, führt er jedoch nicht näher aus, womit er den Begründungsanforderungen nicht genügt (E. 3).
6.12 Detailrüge Q bezieht sich insbesondere auf die Überprüfung von Ermessensentscheiden durch eine Rechtsmittelinstanz. Wiederum geht aus den Ausführungen des Beschwerdeführers nicht verständlich hervor, inwiefern im vorliegenden Fall das Obergericht bei der Überprüfung des bezirksgerichtlichen Entscheides Bundesrecht verletzt haben soll.
6.13 Unklar ist auch, welcher Beschwerdegrund mit Detailrüge R und S geltend gemacht wird. Der Beschwerdeführer kommt den Begründungsanforderungen nicht nach, wenn er sich damit begnügt, eine Passage des angefochtenen Urteils zu zitieren, darunter die Titel "Bundesrechtsverletzung" und "Qualifiziert falsche Sachverhaltsermittlung" setzt und danach unter dem Titel "Detaillierte Beanstandung" eigene Ausführungen macht, ohne in diesen im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern nun Bundesrecht verletzt worden wäre.
7. Nach dem Gesagten enthält die Beschwerde hauptsächlich unzulässige Sachverhaltsrügen und die behaupteten Bundesrechtsverletzungen genügen den Begründungsanforderungen nicht, weshalb nicht darauf einzutreten ist. Ausgangsgemäss trägt der Beschwerdeführer die Kosten (<ref-law>). Da der angefochtene Entscheid nicht geändert wird, erfolgt zudem keine Neuverlegung der kantonalen Verfahrenskosten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Oktober 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin:
Hohl Gut