Sachverhalt:
A. Am 30. Juni 2009 hiess das Bundesgericht eine Beschwerde in Strafsachen von X._ gut (1B_166/2009). Der Beschwerdeführer wurde von Rechtsanwalt Y._, Zürich, vertreten und hatte um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Das Bundesgericht erhob keine Kosten (Disp.-Ziff. 2) und verpflichtete den Kanton Aargau, den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen (Disp.-Ziff. 3). Es ging davon aus, dass der Antrag auf unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung damit gegenstandslos geworden sei (E. 7).
B. Nach dem bundesgerichtlichen Urteil teilte X._ seinem Anwalt mit, dass das Obergericht des Kantons Aargau offene Forderungen gegen ihn habe und bereits in einem früheren Verfahren die ihm zugesprochene Parteientschädigung mit solchen Forderungen verrechnet habe. Daraufhin wandte sich Rechtsanwalt Y._ am 8. Juli 2009 ans Obergericht Aargau und bat, auf die Verrechnung zu verzichten. Am 18. August 2009 teilte die Obergerichtskasse dem Anwalt mit, dass das Obergericht die Verrechnung angeordnet habe.
C. Am 18. August 2009 haben X._ und Y._ ein Revisionsgesuch beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragen, es sei die Revision von Ziff. 3 des Dispositivs des Urteils 1B_166/2009 vom 30. Juni 2009 zuzulassen; diese Ziffer sei aufzuheben und der Kanton Aargau sei zu verpflichten, Rechtsanwalt Y._ für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen. Eventualiter sei das Verfahren insoweit wieder aufzunehmen, als über die Fragen der unentgeltlichen Verbeiständung und die Höhe der Entschädigung von Rechtsanwalt Y._ als unentgeltlicher Rechtsbeistand entschieden werde.

Erwägungen:
1. Die Gesuchsteller ersuchen um Revision des bundesgerichtlichen Urteils. Ein Revisionsgrund liegt jedoch offensichtlich nicht vor: Der Antrag auf unentgeltliche Rechtspflege wurde vom Bundesgericht behandelt und als gegenstandslos erachtet, weshalb kein Revisionsgrund nach <ref-law> vorliegt. Die Verrechnungserklärung des Kantons erfolgte nach dem bundesgerichtlichen Urteil vom 30. Juni 2009 und stellt schon deshalb keinen Revisionsgrund i.S.v. <ref-law> dar (sofern diese Bestimmung auf Beschwerden in Strafsachen überhaupt anwendbar ist).
Nach der bundesgerichtlichen Praxis besteht jedoch die Möglichkeit, auf Gesuch nachträglich über die unentgeltliche Verbeiständung zu entscheiden und die aus der Bundesgerichtskasse zu entrichtende Entschädigung festzusetzen, sofern sich die Parteientschädigung als uneinbringlich erweist und daher nicht zur Bezahlung des Anwalts verwendet werden kann (Urteile 1P.411/1998 vom 7. August 1998; 9C_516/2007 vom 4. August 2008 E. 2; Thomas Geiser, Basler Kommentar zum BGG, Art. 64 N 38). Das Revisionsgesuch ist als solches Gesuch entgegen zu nehmen.
2. Der Gesuchsteller 1 hatte bereits im Hauptverfahren ein Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung gestellt. Die Voraussetzungen für die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gemäss Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG lagen schon damals vor. Das Bundesgericht ging allerdings davon aus, dass der Anwalt der unentgeltlich verbeiständeten Partei aus der zugesprochenen Parteientschädigung entschädigt werden würde.
Gemäss <ref-law> steht dem Anwalt ein Anspruch auf eine angemessene Entschädigung aus der Gerichtskasse zu, soweit der Aufwand für die Vertretung nicht aus der zugesprochenen Parteientschädigung gedeckt werden kann. Dieser Fall tritt nicht nur ein, wenn sich die Parteientschädigung als uneinbringlich erweist, sondern auch, wenn die Gegenpartei die von ihr geschuldete Parteientschädigung mit eigenen Forderungen gegen die unentgeltlich verbeiständete Partei verrechnet. In beiden Fällen hat der Anwalt der bedürftigen Partei kein Honorar erhalten, weshalb sein Anspruch gegenüber der Gerichtskasse bestehen bleibt. Wurde die Entschädigung bereits im Hauptverfahren festgesetzt, kann der Anwalt deren Auszahlung verlangen (so z.B. geschehen in den Fällen 4A_423/2008 und 4A_122/2008); ansonsten hat er die Möglichkeit, deren nachträgliche Festsetzung zu verlangen.
3. Nach dem Gesagten ist das Gesuch um unentgeltliche Verbeiständung gutzuheissen und dem Gesuchsteller 2 eine angemessene Entschädigung aus der Bundesgerichtskasse für das Hauptverfahren zuzusprechen.
Eine Entschädigung für das nachträgliche Verfahren rechtfertigt sich nicht, da dieses Verfahren hätte vermieden werden können, wenn die Gesuchsteller schon im Hauptverfahren auf die mögliche Verrechnung hingewiesen und die Festsetzung einer Entschädigung für diesen Fall beantragt hätten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Revisionsgesuch wird als Gesuch um nachträglichen Entscheid über die unentgeltliche Verbeiständung entgegengenommen.
In Gutheissung dieses Gesuchs wird X._ im Verfahren 1B_166/2009 die unentgeltliche Verbeiständung gewährt. Rechtsanwalt Y._, Zürich, wird als amtlicher Vertreter des Beschwerdeführers in diesem Verfahren bestellt, und es wird ihm aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 2'000.-- ausgerichtet.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Gesuchstellern, dem Bezirksamt Baden und dem Obergericht des Kantons Aargau, Präsidium der Beschwerdekammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. November 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber