Faits:
A. Le Conseil communal de Fully a publié dans le Bulletin officiel n° 37 du 12 septembre 2008 un appel d'offres en procédure ouverte pour des travaux de menuiserie à exécuter lors de la construction de la salle polyvalente de Charnot.
Intitulé "aptitude des soumissionnaires", le chiffre 1.3 du document d'appel d'offres distinguait entre les soumissionnaires inscrits sur une liste permanente (lettre A) et ceux qui ne l'étaient pas (lettre B). Ces derniers avaient l'obligation de fournir notamment les photocopies de diplômes, brevets, maîtrises ou certificats de capacité "avec années d'expérience attestant de l'aptitude professionnelle du responsable de l'exécution des travaux et/ou de ses collaborateurs" (p. 6). Pour les deux catégories de soumissionnaires, "donner de faux renseignements ou des renseignements incomplets ou s'abstenir de fournir les documents demandés [était] un motif d'exclusion de la procédure d'adjudication"; cet avis renvoyait à l'art. 23 de l'ordonnance cantonale du 11 juin 2003 sur les marchés publics (OMP/VS; RSVS 726.100).
Le chiffre 1.4 du document d'appel d'offres fixait deux critères d'adjudication: le prix (70 %, "base de calculation selon la formule de l'Etat du Valais") et la qualité de l'entreprise (30 %, qui comprenait sept sous-critères: 2.1 infrastructure et organisation sur le chantier; 2.2 qualification du responsable du projet; 2.3 liste du personnel engagé; 2.4 références des cinq dernières années; 2.5 système de management de la qualité; 2.6 formation des apprentis; 2.7 emplois hivernaux). Une remarque signalait que l'adjudication se ferait uniquement au vu des renseignements donnés dans les réponses à un questionnaire portant sur ces sous-critères que les candidats devaient compléter, notamment sur la qualification de leurs responsables de projet (diplômes, brevets, maîtrise ou certificat fédéral de capacité du directeur).
B. Six offres ont été déposées le 8 octobre 2008. La plus basse était celle de C._ AG qui, avec 585'816 fr. 55, précédait l'offre d'un tiers (602'560 fr.) et celle de B._ Frères, entreprise individuelle et A._ SA (ci-après: B._/A._ SA; 637'914 fr. 95). Les deux entreprises étaient liées par une déclaration d'intention en vue de la formation d'un consortium.
Selon la grille de notation des prix du 13 octobre 2008 fondée sur la méthode de la fourchette, l'offre la plus basse, celle de C._ AG, a obtenu 8.64 points, tandis que celle de B._/A._ SA a obtenu 7.29 points. Pondérées à 70 %, ces notes brutes donnaient 6.05 points à C._ AG et 5.10 points à B._/A._ SA.
Le critère (2) de la qualité de l'entreprise comprenant les sept sous-critères précités était noté sur 3 points. Celui de l'infrastructure et de l'organisation du chantier (2.1) valait 0.5 point pour excellent, 0.3 pour suffisant ou 0 point. La qualification du responsable du projet (2.2) procurait 0.5 point si celui-ci avait une maîtrise, 0.3 point s'il avait un certificat fédéral de capacité ou 0 point si aucune information n'était donnée. La liste du personnel engagé (2.3) comprenait deux rubriques: la première concernant la relation entre titulaires de certificats fédéraux de capacité et l'effectif total était gratifiée de 0.3 point si la proportion était supérieure au tiers ou de 0 si elle ne l'était pas; la deuxième concernant le nombre d'employés procurait 0.2 point si ce nombre dépassait 6, sinon 0 point. Les références des cinq dernières années (2.4) recevaient 0.5 point pour cinq références similaires, 0.3 point s'il y en avait trois ou 0. Le système du management de la qualité (2.5) conférait 0.4 point pour une certification ISO, 0.3 point pour une certification en cours ou 0. La formation des apprentis (2.6) était évaluée selon une proportion entre leur nombre et l'effectif global (5 %: 0.5 point; 2 % à 5 %: 0.2 point; 0 % à 2 %: 0.1 point; pas d'information: 0 point). Les emplois hivernaux (2.7) étaient notés selon une proportion analogue (80 % à 100 %: 0.2 point, 60 % à 80 %: 0.15 point; 40 % à 60 %: 0.1 point; 0 à 40 % ou pas d'information : 0 point).
L'offre de B._/A._ SA a été créditée du maximum de 3 points tandis que celle de C._ AG l'a été de 2.10 points (en détail: 2.1: 0.3 point; 2.2: 0.5 point; 2.3: 0.2 point pour le nombre d'employés; 2.4: 0.5 point; 2.6: 0 point; 2.7: 0.2 point).
Prix contrôlé
Points/prix
Points/qualité
Total des points
C._ AG
583'900.15
6.05
2.10
8.15
B._/A._ SA
637'914.90
5.10
3.00
8.10
Le 29 octobre 2008, le Conseil communal a adjugé le marché à C._ AG et informé les soumissionnaires évincés de cette décision le 31 octobre 2008.
C. Par mémoire de recours du 13 novembre 2008 adressé au Tribunal cantonal du canton du Valais, B._ Frères et A._ SA ont conclu à l'annulation de la décision d'adjudication et à l'attribution du marché. A leur avis, les conditions figurant dans le document d'appel d'offres, notamment le contrôle de l'aptitude, n'avaient pas été respectés. L'offre de C._ AG aurait dû être exclue de la procédure ou réduite de 0.5 point.
D. Par arrêt du 22 janvier 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours. Il a rappelé que les listes permanentes avaient pour but de simplifier la procédure d'adjudication, que les soumissionnaires n'avaient aucune obligation d'y être inscrits, qu'ils pouvaient établir leurs aptitudes en apportant d'autres preuves. Le chiffre 1.3 du document d'appel d'offres, selon lequel "le soumissionnaire doit être inscrit sur la liste permanente d'un canton pour les travaux correspondants (...) ou satisfaire aux conditions d'inscription à la liste permanente concernée" n'impliquait pas que le pouvoir adjudicateur détermine au cas par cas si un adjudicateur satisfaisait aux conditions d'inscription dans la liste. Tout en constatant que les copies de diplômes attestant de l'aptitude professionnelle du responsable de l'exécution des travaux et de ses collaborateurs et les attestations sur leurs années d'expérience manquaient dans l'offre de l'adjudicataire, le Tribunal cantonal a néanmoins considéré que les annexes comprenaient plusieurs listes de références qui autorisaient le Conseil communal à en inférer que l'adjudicataire, qui figurait depuis 1998 au registre du commerce, disposait de collaborateurs expérimentés et était apte à s'acquitter du marché.
Le Tribunal cantonal a également rappelé qu'il fallait distinguer l'offre des documents qui devaient y être joints. Une offre pouvait être complète au sens de l'<ref-law>/VS sans être accompagnée des documents dont traitait l'<ref-law>/VS. Il s'ensuivait que si une offre n'était pas accompagnée de tous les documents demandés dans le cahier des charges de l'appel d'offres, une exclusion au sens de l'art. 2 al. 1 lettre c OMP/VS ne s'imposait que si ces documents étaient parties intégrantes de la soumission. Tout en admettant que l'offre de l'adjudicataire n'était accompagnée ni des copies de diplômes attestant de l'aptitude professionnelle du responsable de l'exécution des travaux et des collaborateurs ni d'attestations sur leurs années d'expérience et que l'adjudicataire avait omis d'indiquer dans l'offre le nom du responsable de l'exécution des travaux, le Tribunal cantonal a néanmoins considéré que les travaux étaient assez standards et jugé par conséquent que non seulement les copies des diplômes du responsable des travaux et des collaborateurs mais aussi la désignation nominative de ce responsable n'étaient pas indispensables. Il n'y avait donc pas lieu d'exclure l'offre de l'adjudicataire. Il a en outre ajouté que même une diminution de la note de l'adjudicataire de 0.5 à 0 - ramenant la note à 8.10 points - pour tenir compte du défaut de désignation du responsable des travaux n'y changeait rien. En effet la note des recourantes devait être pour le moins diminuée de 0.15 point, la ramenant à 7.95 points, parce que leur responsable des travaux ne disposait que d'un brevet fédéral et non pas d'un diplôme.
E. Agissant simultanément et dans une même écriture par la voie du recours en matière de droit public et celle du recours constitutionnel subsidiaire, B._ Frères, (ci-après: la recourante n° 1) et A._ SA (ci-après: la recourante n° 2) demandent au Tribunal fédéral d'annuler la décision d'adjudication de la Commune de Fully du 29 octobre 2008 ainsi que l'arrêt rendu le 22 janvier 2009 par le Tribunal cantonal et d'adjuger les travaux de menuiserie aux recourants, subsidiairement, de renvoyer la cause à la Commune de Fully pour rendre une nouvelle décision dans le sens des considérants, plus subsidiairement de déclarer la décision d'adjudication du 29 octobre 2008 illicite. L'examen par le Tribunal fédéral des obligations de vérification des aptitudes des soumissionnaires inscrits ou non sur une liste permanente par rapport aux principes de l'égalité de traitement et de la concurrence efficace constitue à leur avis une question juridique de principe. Ils se plaignent de la constatation arbitraire des faits pertinents, de la violation de l'art. 29 al. 2 Cst., de l'art. 9 Cst. en relation avec l'art. 11 de l'Accord intercantonal des 25 novembre 1994 et 15 mars 2001 sur les marchés publics (AIMP; RS 172.056.5), et avec les art. 14 al. 1, 15 al. 4, 23 al. 1 lettre c 31 al. 1 OMP/VS.
F. Par courrier du 17 mars 2009, le mandataire de B._ Frères, et de A._ SA a informé le Tribunal fédéral qu'un contrat d'entreprise entre l'adjudicataire et la Commune de Fully ayant pour objet les travaux de menuiserie a été passé, que l'adjudicataire a sous-traité à l'entreprise B._ Frères, les travaux de menuiserie qui lui avaient été adjugés et que cette dernière retire pour ce motif son recours. En précisant qu'elle conserve sa qualité pour recourir en constatation de l'illicéité, A._ SA a implicitement modifié ses conclusions dans ce sens.
G. Le Tribunal cantonal a renoncé à déposer des observations. La Commune de Fully conclut, sous suite de frais et dépens, à l'irrecevabilité du recours en matière de droit public et du recours constitutionnel, subsidiairement à leur rejet. C._ AG n'a pas fait usage de l'invitation à se déterminer sur le recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>); il revoit donc librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 3 et les arrêts cités).
1.1 Par courrier du 17 mars 2009, la recourante n° 1 a retiré son recours durant l'instance. La cause doit être rayée du rôle en ce qui la concerne en application de l'<ref-law> en relation avec l'<ref-law>. Reste par conséquent seule en cause à son égard la question des frais et dépens, qui sera réglée ci-dessous.
1.2 La cause relève du droit des marchés public public (art. 82 lettre a et 83 lettre f LTF). L'arrêt attaqué émane d'un tribunal cantonal supérieur statuant en dernière instance, sans qu'un recours auprès du Tribunal administratif fédéral ne soit ouvert (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF). Il peut donc en principe faire l'objet d'un recours en matière de droit public au Tribunal fédéral, à condition qu'il ne tombe pas sous le coup de l'une des exceptions prévues à l'<ref-law>, en particulier l'art. 83 lettre f LTF. Selon cette disposition, le recours en matière de droit public n'est recevable contre les décisions en matière de marchés publics qu'à la double condition que la valeur du mandat à attribuer soit supérieure ou égale aux seuils déterminants prévus à cet effet et que la décision attaquée soulève une question juridique de principe (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1.2 p. 194 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 398). Il incombe au recourant, sous peine d'irrecevabilité, de démontrer la réalisation de ces deux conditions (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 398 s.).
1.3 L'existence d'une question juridique de principe s'apprécie en fonction du contenu de l'objet litigieux soumis au Tribunal fédéral et doit n'être admise que de manière restrictive. Ainsi, lorsque le point soulevé ne concerne que l'application de principes jurisprudentiels à un cas particulier, il ne peut être qualifié de question juridique de principe. La seule circonstance que la question n'ait encore jamais été tranchée ne suffit pas non plus à réaliser cette condition. Il faut encore qu'il s'agisse d'une question juridique dont l'importance pratique est telle qu'elle nécessite d'être éclaircie par la plus haute instance judiciaire. A l'inverse, il peut arriver qu'une question déjà résolue par le Tribunal fédéral revête néanmoins la qualité d'une question juridique de principe. Tel est notamment le cas si la jurisprudence rendue sur le sujet n'est pas claire, n'est pas constante ou qu'elle suscite d'importantes critiques dans la doctrine (cf. <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 357 et les nombreuses références citées).
La présente cause a trait, de l'aveu même de la recourante n° 2, au rapport entre listes permanentes et principes d'égalité de traitement entre concurrents et de concurrence efficace, qui ont déjà fait l'objet d'une abondante jurisprudence (s'agissant du rapport en question: arrêt 2P.226/2001 du 5 avril 2002 précisément dans une cause valaisanne et, s'agissant des principes eux-mêmes, entre autres références, <ref-ruling>; <ref-ruling> et les arrêts 2P.322/2006, du 14 août 2007; 2P.97/2005, du 28 juin 2006; 2P.6/2006, du 31 mai 2006; 2P.130/2005, du 21 novembre 2005; 2P.282/2002, du 11 juin 2003; 2P.139/2002, du 18 mars 2003; 2P.164/2002, du 27 novembre 2002). En réalité, c'est uniquement leur application au cas d'espèce qui est véritablement litigieuse et la recourante n° 2 ne démontre pas que la jurisprudence rendue sur le sujet n'est pas claire ou n'est pas constante ou si elle suscite d'importantes critiques dans la doctrine. Les autres griefs soulevés, relatifs à l'application arbitraire du droit cantonal, ne constituent à l'évidence pas des questions juridiques de principe, de sorte que le recours en matière de droit public est irrecevable.
En revanche, le recours constitutionnel subsidiaire, déposé simultanément dans une même écriture conformément à l'<ref-law>, est en principe recevable aux conditions des <ref-law>.
1.4 En tant que partie à la procédure cantonale, la recourante n° 2 dispose de la qualité pour recourir si elle peut justifier d'un intérêt juridique à obtenir l'annulation ou la modification de la décision attaquée (cf. art. 115 lettres a et b LTF).
Par courrier du 17 mars 2009, la recourante a implictement réduit ses conclusions à la constatation de l'illicéité de la décision d'adjudication conformément à l'art. 9 al. 3 de la loi fédérale du 6 octobre 1995 sur le marché intérieur (LMI; RS 943.02) et conserve dans cette mesure un intérêt juridiquement protégé puisqu'elle peut, selon la jurisprudence, faire valoir une prétention en dommages-intérêts sans le concours des membres du consortium auquel elle participait en tant que soumissionnaire (arrêt 2P.111/2003 du 21 janvier 2004, consid. 1.1 et les références citées).
2. 2.1 Le recours constitutionnel subsidiaire peut être formé pour violation des droits constitutionnels (<ref-law>). Le Tribunal fédéral n'examine toutefois la violation des droits fondamentaux que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law> par renvoi de l'<ref-law>). Cette dernière disposition reprend le principe d'allégation (cf. <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254). En application de ce principe, le recourant ne peut, dans un recours pour arbitraire fondé sur l'art. 9 Cst., se contenter de critiquer l'arrêt attaqué comme il le ferait dans une procédure d'appel où l'autorité de recours peut revoir librement l'application du droit. Il doit au contraire préciser en quoi cet arrêt serait arbitraire, ne reposerait sur aucun motif sérieux et objectif, apparaîtrait insoutenable ou heurterait gravement le sens de la justice (cf. <ref-ruling> consid. 3.1 p. 399 s. et les arrêts cités).
C'est à la lumière de ces exigences de motivation que seront examinés les griefs de la recourante n° 2.
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut néanmoins rectifier ou compléter les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis en violation d'un droit constitutionnel (<ref-law> en relation avec l'<ref-law>), ce que le recourant doit démontrer d'une manière circonstanciée et précise, conformément aux exigences de motivation posées à l'<ref-law> (par renvoi de l'<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 444 s.).
En l'espèce, le considérant 5a de l'arrêt attaqué contient la phrase suivante: "Accueillir ce grief entraînerait un recul de la note de l'intimée au critère (2) à 2.05 (2.10 - 0.5), sa note globale passant à 8.10, à égalité avec celle de B._/A._ SA, dont la note (maximale) de 0.5 du critère (2) supposait que leur responsable de projet ait une maîtrise fédérale." Avec la recourante n° 2, force est de constater que le calcul du Tribunal cantonal est insoutenable: 2.10 - 0.5 n'est pas égal à 2.05 mais bien à 1.6. Le résultat de la soustraction ainsi rétabli modifie le nombre de points total de l'offre de l'adjudicataire qui passe à 7.65 (6.05 + 1.6) et non pas, comme l'a constaté à tort le Tribunal cantonal, à 8.10 points. Dans ces conditions, même la correction d'office par ce dernier de la note au consortium dont faisait partie la recourante (passant à 7.95 points) à propos de la qualification de son responsable de projet - qui ne dispose pas d'une maîtrise fédéral mais d'un brevet fédéral - ne suffit pas à désigner l'offre de l'adjudicataire comme offre économiquement la plus avantageuse par rapport à celle de la recourante n° 2.
3. La recourante n° 2 se plaint de la violation de son droit d'être entendue. A son avis, le Tribunal cantonal n'aurait pas examiné le grief, dûment allégué en instance cantonale, selon lequel la décision d'adjudication violait le principe de la transparence en accordant le marché à une offre qui ne fournissait aucune indication relative au responsable de projet et à ses qualifications professionnelles.
Ce grief doit être rejeté. En effet, le Tribunal cantonal a jugé en substance (consid. 3b de l'arrêt attaqué) que les travaux à adjuger étaient standards de sorte que la désignation nominative du responsable de projet n'était pas indispensable. Même la mention dans l'appel d'offre de l'<ref-law>/VS relatif à l'exclusion des offres incomplètes n'y changeait rien selon le Tribunal cantonal. En outre, même en accordant 0.5 point de moins à l'offre de l'adjudicataire, le marché devrait encore être attribué à l'adjudicataire qui conservait l'offre économiquement la plus avantageuse. Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'instance précédente (arrêt 2C_484/2008 du 9 janvier 2009 consid. 2.1 non publié in <ref-ruling>), il s'agit là d'une motivation suffisante. Par conséquent, ce n'est pas tant l'absence de motivation que le contenu de cette dernière que critique la recourante, qui soulève du reste un grief d'application arbitraire de l'art. 23 al. 1 lettre c OMP/VS à cet égard.
4. Invoquant l'art. 9 Cst., la recourante n° 2 se plaint à de multiples égards de la violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'application de l'art. 11 lettres a et b AIMP et des art. 14 al. 1, 15 al. 4, 23 al. 1 lettre c, 31 al. 1 OMP/VS.
4.1 Aux termes de son art. 1er al. 3, l'Accord intercantonal poursuit notamment les objectifs d'assurer une concurrence efficace entre soumissionnaires (lettre a), de garantir l'égalité de traitement à tous les soumissionnaires, d'assurer l'impartialité de l'adjudication (lettre b), d'assurer la transparence des procédures de passation des marchés (lettre c) et de permettre une utilisation parcimonieuse des deniers publics (lettre d). L'Accord intercantonal n'énonce pas de motifs d'exclusion. Il pose simplement certains principes généraux de procédure (art. 11 AIMP) et des règles spéciales pour certains types de procédures (art. 12 ss AIMP). En particulier, il rappelle que, conformément aux objectifs de la loi, la passation des marchés doit se faire dans le respect des principes de non-discrimination, d'égalité de traitement de chaque soumissionnaire et de concurrence efficace (art. 11 lettres a et b AIMP). Il prévoit, en outre, que les règles d'exécution cantonales doivent garantir, d'une part, une procédure d'examen de l'aptitude des soumissionnaires selon des critères objectifs et vérifiables (art. 13 lettre d AIMP) et, d'autre part, des critères d'attribution propres à adjuger le marché à l'offre économiquement la plus avantageuse (art. 13 lettre f AIMP).
4.2 L'art. 2 de la loi cantonale du 8 mai 2003 concernant l'adhésion du canton du Valais à l'Accord intercantonal sur les marchés publics (LMP/VS; RSVS 726.1) donne au Conseil d'Etat la compétence d'édicter par voie d'ordonnance les prescriptions utiles en vue de l'exécution de l'Accord intercantonal, en particulier concernant l'aptitude des soumissionnaires (lettre b), les offres (lettre c), l'adjudication du marché et la conclusion du contrat (lettre d). Selon les art. 14 et 15 al. 4 OMP/VS, l'offre doit être écrite et complète, adressée par pli postal et postée dans le délai imparti à l'adresse mentionnée dans l'appel d'offres, l'adjudicateur pouvant notamment demander les renseignements et les documents mentionnés à l'Annexe a de l'ordonnance. Elle ne peut plus être modifiée à l'échéance du délai de l'<ref-law>/VS qui mentionne, comme motifs d'exclusion de la procédure d'adjudication, notamment le fait que le soumissionnaire ne satisfait pas ou plus aux critères d'aptitude exigés (lettre a) et que son offre ne remplit pas les exigences figurant dans le document d'appel d'offres (lettre c). Selon l'<ref-law>/VS, le marché est adjugé au soumissionnaire ayant présenté l'offre économiquement la plus avantageuse. Dans l'évaluation, le rapport prix/prestations doit être observé. Dans ce cadre et selon la nature des marchés, des critères différents en dehors du prix peuvent être pris en considération, notamment: la qualité, les délais, la rentabilité, la compétence, l'expérience, les références, la formation, les coûts d'exploitation, le service après-vente, l'écologie, la convenance de la prestation, la valeur technique, l'esthétique, la créativité et l'infrastructure.
D'après l'<ref-law>/VS, le canton établit et tient à jour, en collaboration avec les associations professionnelles, les listes permanentes des entreprises et des prestataires qualifiés. Les listes peuvent être multi-professionnelles, couvrir un secteur ou se limiter à une profession. Pour être inscrit sur ces listes permanentes, le prestataire, respectivement la personne engageant l'entreprise, doit remplir les exigences d'aptitude professionnelle requises; en outre, l'entreprise doit prouver qu'elle est en règle avec ses obligations relatives au paiement des cotisations et contributions sociales, et attester qu'elle respecte les conditions de travail contenues dans les conventions collectives de travail ou les contrats-types de travail au siège ou domicile de l'entreprise en Suisse (<ref-law>/VS). D'après l'<ref-law>/VS, c'est au Service social de protection des travailleurs et des relations du travail qu'il revient de tenir des listes permanentes d'entreprises, de bureaux et des fournisseurs qui remplissent les exigences d'aptitude professionnelle ainsi que les exigences sociales et économiques conformément aux dispositions de l'ordonnance concernant la tenue des listes permanentes. Cette ordonnance a pour but de simplifier la procédure administrative d'adjudication en instaurant un système de préqualification des aptitudes professionnelles et de contrôle du respect des exigences sociales et économiques des soumissionnaires (art. 2 de l'ordonnance du 11 juin 2003 concernant la tenue de listes permanentes (OLP, RSVS 726.101).
5. 5.1 Selon la recourante n° 2, en confirmant la décision d'adjuger les travaux à une entreprise qui n'a pas démontré qu'elle satisfaisait aux conditions d'inscription sur les listes, notamment en renonçant à produire les photocopies des diplômes avec années d'expérience attestant de l'aptitude professionnelle du responsable de l'exécution des travaux et de ses collaborateurs, le Tribunal cantonal a fait une application arbitraire des principes ancrés à l'art. 11 lettres a et b AIMP. Il n'aurait en effet pas tenu compte des charges financières et du désavantage concurrentiel qu'impliquerait le maintien sur une liste permanente rendant sans intérêt leur existence.
5.2 Dans l'arrêt attaqué, le Tribunal cantonal rappelle à juste titre que l'inscription sur une telle liste permanente n'est pas obligatoire, un soumissionnaire non inscrit pouvant justifier d'une autre manière qu'il satisfait aux conditions d'aptitude du marché (cf. arrêt 2P.226/2001 du 5 avril 2002, consid. 2.3). C'est aussi ce qui ressort du document d'appel d'offres de la commune: les questions (sous lettre A) auxquelles la recourante n° 2 inscrite sur une liste permanente, et celles (sous lettre B) auxquelles C._ AG, non inscrite, ont dû répondre se recoupent largement. Le soumissionnaire inscrit doit confirmer par ses réponses qu'il remplit les critères d'aptitude tandis que le soumissionnaire non inscrit doit s'engager à respecter ces mêmes critères et fournir des documents - supplémentaires - qu'un soumissionnaire inscrit n'a pas l'obligation de déposer. Cette différence de régime rétablit l'égalité de traitement entre les soumissionnaires inscrits et non inscrits, ces derniers étant tenus d'apporter la preuve de leur aptitude d'une autre manière. On ne saurait par conséquent soutenir, au moins implicitement comme le fait le Tribunal cantonal (arrêt attaqué, consid. 2c in initio, p. 7 s.), qu'un pouvoir adjudicateur n'est pas en droit d'exiger, comme en l'espèce, des soumissionnaires non inscrits qu'ils satisfassent aux conditions d'inscription sur la liste permanente concernée par le marché, notamment en leur imposant de fournir les photocopies des diplômes avec années d'expérience attestant de l'aptitude professionnelle du responsable de l'exécution des travaux et de ses collaborateurs. Contrairement à ce qu'affirme le Tribunal cantonal, une telle exigence n'a pas pour conséquence de supprimer l'effet de simplification de la procédure d'adjudication des listes permanentes (<ref-law>), les opérations de contrôle du pouvoir adjudicateur restent en effet réduites pour les soumissionnaires qui y sont inscrits. Elle a en revanche pour effet de rétablir l'égalité de traitement.
En l'espèce, le pouvoir adjudicateur a exigé des soumissionnaires non inscrits qu'ils satisfassent aux conditions pour figurer sur une liste permanente. Il a exigé des soumissionnaires non inscrits la production des photocopies des diplômes avec années d'expérience attestant de l'aptitude professionnelle du responsable de l'exécution des travaux et de ses collaborateurs. Le Tribunal cantonal a tenu pour établi que l'adjudicataire n'a pas produit les photocopies des diplômes avec années d'expérience attestant de l'aptitude professionnelle du responsable de l'exécution des travaux et de ses collaborateurs qui devaient attester des réponses (sous lettre B) aux questions posées aux soumissionnaires non inscrits sur une liste permanente. Dans ces conditions, le Tribunal cantonal ne pouvait pas, sans tomber dans l'arbitraire ni violer le principe de l'égalité de traitement de l'art. 11 lettre a AIMP, affirmer qu'à elle seule, la liste des références des cinq dernières années était suffisante pour s'assurer de l'aptitude de l'adjudicataire non inscrit sur une liste permanente. Cela est d'autant plus choquant en l'espèce que le Tribunal cantonal en était réduit à supposer que les travaux cités en référence avaient été "probablement adjugés en vertu de l'AIMP ou de la LMP".
6. 6.1 La recourante n° 2 fait également valoir que le Tribunal cantonal a appliqué de manière arbitraire les art. 14 al. 1, 15 al. 4, 23 al. 1 lettre c et 31 al. 1 OMP/VS, en ne sanctionnant pas par l'exclusion ou, à tout le moins par une note nulle, l'offre de l'adjudicataire qui ne désignait pas le nom du responsable de projet ni ses qualifications, ce qui conduirait à un résultat arbitraire en ce que les travaux n'auraient pas été adjugés à l'entreprise proposant l'offre économiquement la plus avantageuse.
6.2 Bien qu'il ait rappelé sa propre jurisprudence selon laquelle une offre peut être considérée comme complète sans qu'elle soit accompagnée de tous les documents demandés, le Tribunal cantonal n'a pas sanctionné le caractère incomplet de l'offre de l'adjudicataire, alors même qu'il a tenu pour établi que celle-ci ne désignait pas le nom du responsable de projet et ses diplômes et n'était pas accompagnée de la photocopie des documents y relatifs. Ce faisant, il n'a pas tenu compte de l'obligation que la commune adjudicatrice s'est librement imposée: dans son document d'appel d'offres, elle a exigé de tous les soumissionnaires qu'ils désignent le nom du responsable des travaux ainsi que ses diplômes, brevets ou CFC. Il a en outre considéré que la désignation du nom et des diplômes du responsable de projet ne tombait pas dans le champ d'application de l'<ref-law>/VS, en affirmant que le caractère standard des travaux n'exigeait pas de respecter cette exigence. Ce raisonnement est arbitraire pour les motifs suivants: Il ne pouvait échapper au Tribunal cantonal que le but social de C._ AG incluait la fabrication et le commerce d'installations thermiques et phoniques (cf. arrêt attaqué, p. 4) et non pas la menuiserie, de sorte que l'argument tiré du caractère standard des travaux mis au concours ne trouvait précisément pas de justification pour cette dernière entreprise. Même si, en principe, le fait qu'une rubrique ne soit pas remplie n'implique pas nécessairement l'invalidité de l'offre, sous peine de tomber dans le formalisme excessif (cf. à ce sujet: GALLI/MOSER/LANG/CLERC, op. cit., n° 284 ss, p. 121 ss), le Tribunal cantonal ne pouvait pas, dans ces circonstances, fermer les yeux sur les défauts de l'offre de l'adjudicataire sans procéder à une application arbitraire de l'<ref-law>/VS.
6.3 La recourante soutient à juste titre que l'application arbitraire des art. 11 AIMP ainsi que 14 al. 1 et 15 al. 4 OMP/VS conduit à un résultat insoutenable. Nonobstant l'éventuelle exclusion de l'offre de l'adjudicataire, la simple diminution de la note de 0.5 attribuée au critère (2.2) de la qualification du responsable de projet, pour autant qu'elle soit correctement calculée (cf. consid. 2.2 ci-dessus) montre que l'offre
de la recourante (7.95) était mieux notée que celle de l'adjudicataire (7.65), à qui le marché a par conséquent été attribué en application arbitraire de l'<ref-law>/VS.
Le caractère illicite de la décision d'adjudication étant établi, il n'est pas nécessaire d'examiner si l'offre de l'adjudicataire aurait dû être simplement exclue en raison d'une application arbitraire de l'art. 23 al. 1 lettre c OMP/VS, comme le soutient aussi la recourante n° 2.
7. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours en matière droit public est irrecevable. Le recours constitutionnel subsidiaire doit être admis en tant qu'il a été déposé par la recourante n° 2 et la cause rayée du rôle en tant qu'elle concerne la recourante n° 1 par suite du retrait du recours. L'arrêt rendu le 22 janvier 2009 par le Tribunal cantonal est annulé et la cause lui est renvoyée pour fixer à nouveau les frais et dépens de la procédure cantonale de recours. En application en outre de l'<ref-law> par renvoi de l'<ref-law>, il est constaté que la décision d'adjudication du 29 octobre 2008 est illicite.
Succombant la commune de Fully, dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter un émolument judiciaire (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Il n'est pas mis d'émolument judiciaire à charge de l'entreprise B._ Frères, qui a retiré son recours.
La Commune de Fully versera une indemnité de dépens à la société A._ SA (<ref-law>), à l'exclusion de l'entreprise B._ Frères, cette dernière ayant retiré son recours, qui était au demeurant rédigé par le même mandataire professionnel et dans le même acte que celui de A._ SA (<ref-law> et 73 PCF).
Ayant renoncé à se déterminer sur le fond, C._ AG, qui n'a pas pris de conclusions, ne doit ni supporter d'émolument judiciaire ni verser de dépens à la société A._ SA (ATF <ref-ruling> consid. 8 p. 103).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. La cause est rayée du rôle en tant qu'elle concerne l'entreprise B._ Frères par suite du retrait du recours.
2. Le recours en matière de droit public est irrecevable.
3. Le recours constitutionnel subsidiaire est admis en tant qu'il a été déposé par A._ SA et l'arrêt rendu le 22 janvier 2009 par le Tribunal cantonal est annulé.
4. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale de recours.
5. Il est constaté que la décision d'adjudication du 29 octobre 2008 est illicite.
6. Les frais judiciaires, arrêtés à 4'500 fr., sont mis à la charge de la Commune de Fully.
7. Une indemnité de dépens de 4'500 fr. à charge de la Commune de Fully est allouée à A._ SA.
8. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à Cour de droit public du Tribunal cantonal du canton du Valais
Lausanne, le 15 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey