Sachverhalt:
A. Y._ (Beschwerdegegner) arbeitete vom 29. September 2008 bis Januar 2009 als Betriebsmechaniker in einer Zweigniederlassung der X._ AG, (Beschwerdeführerin). Am 30. April 2009 belangte er die Beschwerdeführerin vor dem Arbeitsgericht Rheintal auf Zahlung von insgesamt Fr. 30'000.-- brutto als Entschädigung für ungerechtfertigte fristlose Entlassung, Überstunden und nicht bezogene Ferien. Die Beschwerdeführerin beantragte die Abweisung der Klage und verlangte mit Widerklage, der Beschwerdegegner sei zur Bezahlung von Schadenersatz in durch ein Beweisverfahren zu ermittelnder Höhe (maximal Fr. 30'000.--) zu verpflichten. Sie behauptete, der Beschwerdegegner habe diverse Arbeiten aus seinem Aufgabenbereich nicht oder nur schlecht verrichtet und ihr durch diverse Fehlmanipulationen einen erheblichen Schaden verursacht. Mit Entscheid vom 9. November 2009 schützte das Kreisgericht Rheintal die Klage des Beschwerdegegners im Betrage von Fr. 22'180.-- netto und Fr. 6'155.10 brutto. Die Widerklage wies es ab, im Wesentlichen mit der Begründung, die Behauptungen der Beschwerdeführerin, der Beschwerdegegner sei für einen Schaden von maximal Fr. 30'000.-- verantwortlich, seien völlig unsubstanziiert und ungenügend zum Beweis verstellt worden.
B. Die Beschwerdeführerin gelangte mit Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen, zur Hauptsache mit dem Antrag auf Abweisung der Klage und Gutheissung der Widerklage. Das Kantonsgericht trennte das Verfahren betreffend die Widerklage ab und sprach dem Beschwerdegegner mit Entscheid vom 22. Juli 2010 Fr. 19'380.-- netto und Fr. 6'155.10 brutto zu. Die Beschwerdeführerin zog diesen Teilentscheid an das Bundesgericht weiter, welches die Beschwerde jedoch abwies (Urteil des Bundesgerichts 4A_517/2010 vom 11. November 2010). Insoweit ist das Urteil des Kantonsgerichts rechtskräftig. Nach Fortsetzung des Verfahrens betreffend die Widerklage wies das Kantonsgericht die Berufung am 6. Februar 2012 ab.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen die Aufhebung des Entscheides vom 6. Februar 2012 und die Gutheissung der Widerklage. Hilfsweise sei das Verfahren zu neuer Entscheidung unter Beachtung des rechtlichen Gehörs der Beschwerdeführerin an das Kantonsgericht zurückzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde. Das Kantonsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. Da die Beschwerdeführerin ihren Sitz im Fürstentum Lichtenstein hat und der Beschwerdegegner in der Schweiz wohnt, liegt ein internationaler Sachverhalt vor. Die Vorinstanz beurteilte den Fall zu Recht nach schweizerischem Recht, da der Streit unter den Parteien seinen Ursprung in einem Arbeitsverhältnis hat und der Beschwerdegegner seine Arbeit in der Schweiz verrichtete (<ref-law>).
2. 2.1 Nach <ref-law> ist in der Beschwerdeschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Soweit das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen anwendet (<ref-law>), ist zwar eine ausdrückliche Nennung bestimmter Gesetzesartikel nicht erforderlich, falls aus den Vorbringen hervorgeht, gegen welche Regeln des Bundesrechts die Vorinstanz verstossen haben soll. Unerlässlich ist aber, dass auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingegangen und im Einzelnen dargetan wird, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerde nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 246; <ref-ruling> E. 3.3 S. 60; vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 748 f.).
2.2 Soweit eine Verletzung von Grundrechten und kantonalem oder interkantonalem Recht geltend gemacht wird, findet der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen keine Anwendung, sondern es gilt das Rügeprinzip (<ref-law>). Es ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte missachtet wurden oder der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist. Der Richter untersucht den angefochtenen Entscheid nicht von sich aus umfassend auf seine Verfassungsmässigkeit, sondern beschränkt sich auf die Prüfung der in der Beschwerde rechtsgenüglich vorgebrachten Rügen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254 mit Hinweisen).
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin vertrat vor der Vorinstanz den Standpunkt, sie habe den Schaden, für den sie Ersatz fordere, hinreichend substanziiert, indem sie auf eine Schadenszusammenstellung von Z._ verwiesen habe, welcher die dem Beschwerdegegner angelasteten Schäden bzw. die 15 Mängel, die zu Schäden geführt hätten, genau dokumentiert habe. Für die Bezifferung des angerichteten Schadens sei eine Expertise anzuordnen.
3.2 Die Vorinstanz kam gestützt auf das noch anwendbare kantonale Zivilprozessrecht zum Ergebnis, die Beschwerdeführerin habe keine Angaben zur Höhe des Schadens geliefert, und zwar weder in Bezug auf die einzelnen Positionen noch auf den gesamten Schaden. Überdies habe die Beschwerdeführerin nicht dargetan, dass der Beschwerdegegner für die geltend gemachten Schäden an ihren Einrichtungen verantwortlich sei. Die Beschwerdeführerin habe in quantitativer Hinsicht lediglich pauschal geltend gemacht, aus Zuständigkeitsgründen habe sie die Forderung auf maximal Fr. 30'000.-- beschränkt. Indessen wäre eine Bezifferung durchaus möglich gewesen, ohne dass die Beschwerdeführerin im Vorfeld des Prozesses zur Bestimmung der Schadenshöhe eine teure Expertise hätte in Auftrag geben müssen. Die Beschwerdeführerin hätte vielmehr eine Reparaturfirma mit der Instandstellung der Mängel betrauen und dafür eine Offerte einholen können, was mit geringem Aufwand möglich gewesen wäre. Dass es für die Beschwerdeführerin unmöglich oder unzumutbar gewesen wäre, die Höhe ihrer Ansprüche, das heisst die Kosten für die Mängelbehebung zu Beginn des Prozesses genau anzugeben, sei nicht ersichtlich. Darüber hinaus habe die Beschwerdeführerin auch den Zusammenhang zwischen den Fehlmanipulationen des Beschwerdegegners und den behaupteten Schäden nicht rechtsgenügend substanziiert. Nach kantonalem Prozessrecht sei unzulässig, zunächst nur unbestimmte Behauptungen aufzustellen in der Hoffnung, diese könnten aufgrund des Beweisverfahrens konkretisiert werden. Über ungenügend substanziierte Tatsachen sei kein Beweis abzunehmen.
4. 4.1 Da sich der Gegenstand der Behauptungs- und Substanziierungslast nach der materiellrechtlichen Anspruchsgrundlage richtet, bestimmen für Rechtsverhältnisse des Bundesprivatrechts die anwendbaren Normen des Bundesrechts, wieweit die anspruchsbegründenden Tatsachen inhaltlich zu substanziieren sind, damit sie unter die massgeblichen Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden können. Das kantonale Prozessrecht darf von den Parteien keine darüber hinausgehende Substanziierung verlangen (<ref-ruling> E. 2b-d S. 339 f.; <ref-ruling> E. 3.3 S. 162; <ref-ruling> E. 2b S. 368 mit Hinweisen). Dagegen bleibt es dem kantonalen Prozessrecht überlassen, ob es eine Ergänzung der Substanziierung im Beweisverfahren zulassen oder diese bereits im Behauptungsstadium in einer Weise verlangen will, welche die Überprüfung der Sachvorbringen im Beweisverfahren erlaubt (<ref-ruling> E. 3 S. 341 f.).
4.2 Inwiefern die Vorinstanz gegen diese Grundsätze verstossen oder kantonales Prozessrecht willkürlich angewandt haben soll, als sie es ablehnte, eine Schadensbezifferung durch Expertise zuzulassen, zeigt die Beschwerdeführerin nicht auf und ist nicht ersichtlich. Der Schaden ist vom Geschädigten grundsätzlich ziffernmässig nachzuweisen (<ref-law>). Dass es ihr nicht möglich gewesen wäre, den Schaden zu beziffern (<ref-law>) beziehungsweise die Höhe des geltend gemachten Schadens zu substanziieren, macht die Beschwerdeführerin nicht geltend. Es verletzt daher kein Bundesrecht, wenn die Vorinstanz für die Durchführung des Beweisverfahrens hinreichend substanziierte Behauptungen zur Schadenshöhe verlangt. Hätte die Beschwerdeführerin anhand von Voranschlägen die Kosten der notwendigen Reparaturen beziffert, hätte sich der Beschwerdegegner dazu substanziiert aussprechen und seinerseits Beweise offerieren können. Wenn die Beschwerdeführerin vorträgt, allfällige Kostenvoranschläge hätten von der Gegenseite als Parteibehauptung zurückgewiesen werden können und daraus ableitet, die angebotene Expertise sei zulässig gewesen, verkennt sie, dass ihr nach dem kantonalen Prozessrecht oblag, zunächst eben diese Parteibehauptungen zu den einzelnen Schadenspositionen aufzustellen. Da sie dies nicht getan hat, ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz kein Beweisverfahren durchführte und die beantragte Expertise nicht anordnete. Mangels hinreichend substanziierter Behauptungen war entgegen dem Antrag der Beschwerdeführerin auch Z._ nicht als Zeuge einzuvernehmen. Die diesbezügliche Rüge der Verletzung ihres Gehörsanspruchs geht ins Leere.
5. Aus den dargelegten Gründen ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 1'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, III. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Juli 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak