Sachverhalt:
A. Am 30. März 2009 beschloss der Kantonsrat Zürich eine Änderung des kantonalen Steuergesetzes vom 8. Juni 1997 (StG; LS 631.1). Geändert wurden im Wesentlichen verschiedene Abzüge, namentlich die Sozialabzüge (§ 34 StG), der Einkommenssteuertarif (§ 35 StG) sowie Bestimmungen über die Vermögenssteuer. Gegen die Vorlage wurde das Kantonsratsreferendum gemäss Art. 33 Abs. 2 lit. c KV/ZH (SR 131.211) ergriffen. Zudem wurde unter dem Titel "Eine nachhaltige Steuerstrategie" ein Referendum mit Gegenvorschlag eingereicht.
Der Gegenvorschlag sieht in Abweichung von der Vorlage des Kantonsrats in § 35 StG eine andere Belastung für die höchsten Einkommen vor. Demnach soll die Einkommenssteuer 12 % für Einkommensteile über Fr. 187'800.-- (Grundtarif) bzw. Fr. 283'500.-- (Verheiratetentarif) betragen. Ansonsten bleiben die Bestimmungen des Steuergesetzes gegenüber dem Vorschlag des Kantonsrats unverändert. Weiter sieht der Gegenvorschlag eine Änderung des Strassengesetzes des Kantons Zürich vom 27. September 1981 vor (StrG; LS 722.1). Die Änderungen in diesem Gesetz lauten wie folgt:
§ 26
[Abs. 1 unverändert.]
2 Die Gemeinden können den Unterhalt ihrer Strassen ganz oder teilweise dem Staat übertragen; die Übertragung muss jeweils für mindestens fünf Kalenderjahre erfolgen, sofern die Baudirektion nicht einer früheren Änderung zustimmt.
[Abs. 3 unverändert.]
§ 28
1 Die dem Staat und den Gemeinden anfallenden Kosten für den Bau und den Unterhalt der Gemeinde-, Staats- und Nationalstrassen sowie für die Staatsbeiträge werden mit den Mitteln des Strassenfonds gedeckt.
[Abs. 2-4 unverändert.]
§ 29
1 Der Staat entschädigt den Gemeinden die beitragsberechtigten Ausgaben der Baukosten von Gemeindestrassen.
2 Die Beitragspflicht ist von der Bedeutung der Strasse, vom Zweck und Nutzen der Einrichtung im Sinne von § 3 abhängig.
[Abs. 3 unverändert.]
4 Der Regierungsrat kann zur Unterstützung besonders aufwendiger Strassenbauvorhaben zusätzlich Subventionen der beitragsberechtigten Ausgaben gewähren.
§ 30
1 Der Staat entschädigt die beitragsberechtigten Ausgaben an den Unterhalt von Gemeindestrassen.
[Abs. 2 unverändert.]
Auf den Unterschriftenbogen wird das Referendum damit begründet, dass die Senkung der Einkommenssteuern zu massiven Steuerausfällen beim Kanton Zürich und den Gemeinden in der Grössenordnung von Fr. 310 Mio. führen würde. Zur Kompensation dieser Ausfälle schlägt das Referendumskomitee vor, die oberste Progressionsstufe von 13 % nur auf 12 % statt 11 % zu senken sowie das Strassengesetz dahingehend zu ändern, dass "neu Gemeindestrassen (entsprechend eines Mindeststandards) zu 100 % aus Geldern des Strassenfonds und nicht mehr aus allgemeinen Steuermitteln finanziert werden und damit Steuerausfälle in den Gemeinden zumindest kompensiert werden können (Saldoneutralität)". Im Gegensatz zur Vorlage des Kantonsrats stelle das Referendum eine echte Steuerstrategie dar. Mit ihm könnten baldige Steuererhöhungen oder der Abbau von Staatsleistungen durch Sparpakete verhindert werden.
Der Regierungsrat des Kantons Zürich beantragte dem Kantonsrat, den Gegenvorschlag "Eine nachhaltige Steuerstrategie" insoweit für ungültig zu erklären, als das Strassengesetz geändert werden solle. Dabei stützte er sich auf ein Gutachten von Prof. Felix Uhlmann, der zum Schluss gekommen war, dass der Gegenvorschlag den Grundsatz der Einheit der Materie verletze und teilweise keinen hinreichenden Sachzusammenhang zur Vorlage des Kantonsrats aufweise. Am 18. Januar 2010 beschloss der Kantonsrat, den Gegenvorschlag nicht nur teilweise, sondern vollumfänglich für ungültig zu erklären.
B. Mit Stimmrechtsbeschwerde vom 17. Februar 2010 an das Bundesgericht beantragen die Grünliberale Partei Kanton Zürich (glp) und Martin Bäumle im Wesentlichen, der Beschluss des Kantonsrats vom 18. Januar 2010 sei insoweit aufzuheben, als er den Gegenvorschlag für ungültig erkläre, und dieser sei den Stimmberechtigten zur Abstimmung zu unterbreiten. Eventualiter sei nur der Teil über die Änderung des Strassengesetzes für ungültig zu erklären und der verbleibende Teil zur Abstimmung zuzulassen.
Der Kantonsrat beantragte in seiner Vernehmlassung die Abweisung der Beschwerde. Die Beschwerdeführer hielten in ihrer Stellungnahme dazu an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest. Der Kantonsrat wurde daraufhin ein weiteres Mal zur Vernehmlassung eingeladen und seine Eingabe den Beschwerdeführern zur Kenntnisnahme zugestellt.

Erwägungen:
1. 1.1 Mit der Beschwerde nach <ref-law> kann die Verletzung von politischen Rechten geltend gemacht werden. Dazu zählt die Rüge, ein Referendum mit Gegenvorschlag sei zu Unrecht für ungültig erklärt worden. Von der Beschwerde werden sowohl eidgenössische als auch kantonale und kommunale Stimmrechtssachen erfasst (<ref-law>).
1.2 Das Beschwerderecht steht gemäss <ref-law> jeder Person zu, die in der betreffenden Angelegenheit stimmberechtigt ist. Martin Bäumle ist unbestrittenermassen im Kanton Zürich stimmberechtigt und daher im Hinblick auf die Ungültigerklärung des Gegenvorschlags "Eine nachhaltige Steuerstrategie" zur Beschwerde legitimiert. Ebenfalls als legitimiert gelten nach der Rechtsprechung die politischen Parteien, die im Gebiet des betreffenden Gemeinwesens tätig sind, sowie politische Vereinigungen, namentlich ad hoc gebildete, mit juristischer Persönlichkeit ausgestattete Initiativ- und Referendumskomitees (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 175; Urteil 1C_247/2008 vom 21. Januar 2009 E. 1.1, in: Pra 2009 Nr. 83 S. 564; je mit Hinweisen). Auch die Grünliberale Partei Kanton Zürich ist deshalb zur Beschwerde legitimiert.
1.3 Die Stimmrechtsbeschwerde steht nur gegen kantonal letztinstanzliche Entscheide offen (<ref-law>). Gemäss <ref-law> müssen die Kantone ein Rechtsmittel gegen behördliche Akte vorsehen, welche die politischen Rechte verletzen können. Vor dem Hintergrund von <ref-law> und der Zielsetzungen des Bundesgerichtsgesetzes hat das Bundesgericht entschieden, dass die Kantone als Rechtsmittelinstanz eine gerichtliche Behörde einsetzen müssen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 201 mit Hinweisen). Allerdings nimmt <ref-law> Akte des Parlaments und der Regierung ausdrücklich aus. Für diese Akte steht es den Kantonen daher frei, ein kantonales Rechtsmittel vorzusehen oder nicht.
Die Beschwerdeführer haben gegen den angefochtenen Beschluss des Kantonsrats neben der Beschwerde an das Bundesgericht auch Stimmrechtsrekurs an den Regierungsrat des Kantons Zürich erhoben. In seinem Entscheid vom 3. März 2010 legte dieser in überzeugender Weise dar, dass nach dem anwendbaren kantonalen Recht der Beschluss weder beim Regierungsrat noch beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich angefochten werden könne. Folglich trat er auf den Rekurs nicht ein und sah auch davon ab, die Angelegenheit an das Verwaltungsgericht zu überweisen. Beim angefochtenen Beschluss handelt es sich somit um einen kantonal letztinstanzlichen Entscheid, was von keiner Seite bestritten wird.
1.4 Mit der Beschwerde wegen Verletzung politischer Rechte kann gemäss Art. 95 lit. a und d BGG namentlich die Verletzung von Bundesverfassungsrecht und von kantonalen Bestimmungen über die politischen Rechte geltend gemacht werden. Vor diesem Hintergrund sind die von den Beschwerdeführern vorgetragenen Rügen der Verletzung von <ref-law> und von Bestimmungen des Gesetzes des Kantons Zürich vom 1. September 2003 über die politischen Rechte (LS 161; im Folgenden: GPR) zulässig.
1.5 Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerdeführer rügen, der Gegenvorschlag "Eine nachhaltige Steuerstrategie" sei zu Unrecht als mit dem Grundsatz der Einheit der Materie nicht vereinbar erachtet worden. Indem der Kantonsrat den Gegenvorschlag für ungültig erklärte, habe er <ref-law> und verschiedene Bestimmungen des kantonalen Rechts mit Bezug zum Referendum mit Gegenvorschlag verletzt (Art. 22, Art. 28, Art. 30, Art. 33 Abs. 1 lit. a und Abs. 2 lit. a sowie Art. 35 KV; §§ 121, 127, 143a und 143c GPR).
2.2 <ref-law> gewährleistet in allgemeiner Weise die politischen Rechte auf Ebene des Bundes, der Kantone und der Gemeinden. Die Bestimmung bedarf der gesetzlichen Konkretisierung und ist damit der kantonalen Differenzierung zugänglich (<ref-ruling> E. 3c S. 251 mit Hinweisen; Urteil 1C_11/2009 vom 3. Juni 2009 E. 3.1).
Gemäss Art. 35 KV können 3000 Stimmberechtigte das Referendum ergreifen, indem sie zu einer Vorlage innert 60 Tagen nach ihrer amtlichen Veröffentlichung einen ausformulierten Gegenvorschlag einreichen. Dieses Volksrecht, das auch als konstruktives Referendum bezeichnet wird, stellt das "direktdemokratische Spiegelbild des parlamentarischen Gegenvorschlags zu einer Volksinitiative" dar (so YVO HANGARTER/ANDREAS KLEY, Die demokratischen Rechte in Bund und Kantonen der Schweizerischen Eidgenossenschaft, 2000, Rz. 2181 f.). Es muss deshalb ebenso wie ein parlamentarischer Gegenvorschlag den Grundsatz der Einheit der Materie wahren und einen hinreichenden Zusammenhang zur Vorlage aufweisen, wobei diese zweite Voraussetzung gewissermassen das Prinzip der Einheit der Materie in einem weiteren Sinn darstellt (<ref-ruling> E. 5a S. 54; <ref-ruling> E. 6a S. 59; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.1 S. 293 f.; je mit Hinweisen).
Die Prinzipien der Einheit der Materie und des hinreichenden Sachzusammenhangs gelten von Bundesrechts wegen. Sie wurden unter der Herrschaft der alten Bundesverfassung aus dem Stimm- und Wahlrecht abgeleitet und sind heute durch <ref-law> gewährleistet, welcher die freie Willensbildung und unverfälschte Stimmabgabe schützt. In Bezug auf das Referendum mit Gegenvorschlag können sie auch aus einer analogen Anwendung von Art. 28 Abs. 1 lit. a KV und § 121 GPR (zur Volksinitiative) sowie Art. 30 KV (zum Gegenvorschlag des Kantonsrats bei Volksinitiativen) hergeleitet werden (CHRISTIAN SCHUHMACHER, Initiative und Referendum in der Verfassung des Kantons Zürich, 2007, N. 18 und 26 zu Art. 35 KV). Seit dem 1. Januar 2010 verweist zudem § 143c Abs. 3 GPR für die Gültigkeit eines Referendums mit Gegenvorschlag ausdrücklich auf die Bestimmungen über Volksinitiativen, welche "sinngemäss" gelten sollen.
Aus der Anlage von <ref-law> als konkretisierungsbedürftiger Norm folgt, dass es dem kantonalen Gesetzgeber grundsätzlich offen steht, strengere Beurteilungsvoraussetzungen bezüglich der Einheit der Materie und des hinreichenden Sachzusammenhangs zu wählen als sie aus der Rechtsprechung zu <ref-law> hervorgehen (PATRICIA EGLI, Die Einheit der Materie bei kantonalen Gesetzesvorlagen, ZBl 107/2006 S. 400; ETIENNE GRISEL, Initiative et référendum populaires, 3. Aufl., 2004, Rz. 683-686; HANGARTNER/KLEY, a.a.O., Rz. 2482; CRISPIN HUGENSCHMIDT, Einheit der Materie - überholtes Kriterium zum Schutze des Stimmrechts?, 2001, S. 113; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.1 S. 293 f. mit Hinweisen). Ein in diesem Sinne abweichendes Begriffsverständnis ist indessen nicht leichthin anzunehmen (<ref-ruling> E. 3 S. 195). Aus den zitierten Bestimmungen des kantonalen Rechts ergeben sich vorliegend dafür keine Anhaltspunkte (vgl. dazu auch SCHUHMACHER, a.a.O., N. 10 zu Art. 28 KV; <ref-ruling> E. 2.1 S. 369 f. mit Hinweisen). Die Einhaltung der Grundsätze der Einheit der Materie und des hinreichenden Sachzusammenhangs sind somit ausschliesslich vor dem Hintergrund von <ref-law> zu prüfen (E. 3 und E. 4 hiernach).
3. 3.1 Der Grundsatz der Einheit der Materie verlangt, dass eine Vorlage grundsätzlich nur einen Sachbereich zum Gegenstand haben darf bzw. dass zwei oder mehrere Sachfragen und Materien nicht in einer Art und Weise miteinander zu einer einzigen Abstimmungsvorlage verbunden werden, die die Stimmberechtigten in eine Zwangslage versetzt und ihnen keine freie Wahl zwischen den einzelnen Teilen belässt. Umfasst eine Abstimmungsvorlage mehrere Sachfragen und Materien, ist erforderlich, dass die einzelnen Teile einen sachlichen inneren Zusammenhang aufweisen und in einer sachlichen Beziehung zueinander stehen und dasselbe Ziel verfolgen. Dieser sachliche Zusammenhang darf nicht bloss künstlich, subjektiv oder rein politisch bestehen. Im Einzelnen ist der Begriff der Einheit der Materie schwer zu fassen. Er ist von relativer Natur und vor dem Hintergrund der konkreten Verhältnisse zu beurteilen. Der sachliche Zusammenhang kann sich aus einem einheitlichen Ziel oder einem gemeinsamen Zweck ergeben und ist abhängig von der Abstraktionshöhe der Betrachtung und vom gesellschaftlich-historischen Umfeld. Dabei ist nicht bloss auf die Absichten des Gesetzgebers abzustellen, sondern der Normtext nach den anerkannten Interpretationsregeln auszulegen und auch der Sicht des "aufgeklärten", politisch interessierten Stimmbürgers Rechnung zu tragen (vgl. zum Ganzen in Bezug auf Volksinitiativen: <ref-ruling> E. 3 S. 195; <ref-ruling> E. 2 S. 384; je mit Hinweisen; hinsichtlich behördlicher Vorlagen: <ref-ruling> E. 2 S. 369; Urteil 1P.223/2006 vom 12. September 2006 E. 2, in: ZBl 108/2007 S. 332; je mit Hinweisen).
3.2 Der umschriebenen Zielrichtung entsprechend ist der Grundsatz der Einheit der Materie bei allen Vorlagen zu beachten, die den Stimmberechtigten zum Entscheid unterbreitet werden. Grundsätzlich ist es daher unerheblich, ob es sich um eine Initiative oder Behördenvorlage, um Partial- oder Totalrevisionen von Verfassungen oder Gesetzen oder um Gesetzes- oder Finanzvorlagen handelt. Damit steht nicht im Widerspruch, dass die Rechtsprechung den Grundsatz der Einheit der Materie entsprechend der Art der Vorlage differenziert gewichtet. Bei Partialrevisionen der Verfassung werden höhere Ansprüche gestellt als bei Totalrevisionen; insbesondere gilt es Initiativen auf teilweise Verfassungsänderung von solchen auf Totalrevision, die bisweilen ein spezielles Verfahren erfordern, abzugrenzen. Dem Grundsatz wird bei Initiativen teils grösseres Gewicht beigemessen als bei Behördenvorlagen, weil dem praktischen Bedürfnis des Gesetzgebers Rechnung zu tragen ist, über den unmittelbaren Anlass einer Gesetzesrevision hinaus weitere bereits anstehende Postulate mit einzubeziehen. Zusätzlich soll die Willenskundgabe der Unterzeichner von Initiativen geschützt und sollen missbräuchliche Erleichterungen der Unterschriftensammlung verhindert werden, wobei einzuräumen ist, dass eine Kombination von unterschiedlichen Materien die Unterschriftensammlung gar nicht in jedem Fall erleichtert. Allein der Umstand, dass eine behördliche Vorlage bereits einen politischen Prozess durchlaufen und eine Synthese der Meinungen erfahren hat, bietet indessen noch keine Gewähr für die Einhaltung des Grundsatzes der Einheit der Materie. Schliesslich werden formulierte Initiativen strenger beurteilt als allgemeine, eine Ausarbeitung durch den Gesetzgeber erfordernde Anregungen, obgleich auch solche bereits der Volksabstimmung unterbreitet werden können (<ref-ruling> E. 2.2 S. 370 f. mit Hinweisen).
3.3 Die Beschwerdeführer machen geltend, die Verminderung der Steuererträge der Gemeinden aufgrund der Referendumsvorlage stehe in einem unmittelbaren Konnex zur finanziellen Entlastung bei den Gemeindestrassen, die bis anhin aus den Steuererträgen finanziert worden seien. Der Gegenvorschlag entlaste die Gemeinden von Ausgaben in einem Umfang, der der Verminderung der kommunalen Steuererträge durch die Steuergesetzrevision gemäss dem Gegenvorschlag entspreche. Nur in dieser Hinsicht werde denn auch die Lastenverteilung zwischen Kanton und Gemeinden beeinflusst. Auch sei zu beachten, dass bereits die Vorlage des Kantonsrats in die Aufgaben- und Lastenverteilung zwischen Kanton und Gemeinden eingreife, indem er die Einnahmen der Gemeinden massiv vermindere. Schliesslich sei zu berücksichtigen, dass der Gegenvorschlag keine Bestimmungen über die Art und Weise von Bau und Unterhalt sowie den Gebrauch der Strassen ändere. Auch die Zuständigkeit der Gemeinden als Träger der Gemeindestrassen werde nicht geändert. Im Vergleich zu <ref-ruling> sei der innere Zusammenhang des Gegenvorschlags wesentlich enger.
Der Kantonsrat entgegnet in seiner Vernehmlassung, es sei entscheidend, ob bei den vorgeschlagenen Änderungen der Strassengesetzgebung die finanzpolitischen und steuerrechtlichen Aspekte überwögen. Dies sei nicht der Fall. Die Änderung des Strassengesetzes habe nicht direkt fiskalische Auswirkungen. Es werde stattdessen eine verkehrspolitische Komponente ins Spiel gebracht. Die Kosten, die dem Kanton durch den Gegenvorschlag entstünden, müssten durch eine Erhöhung der kantonalen Motorfahrzeugsteuern oder höhere kantonale Einlagen in den Strassenfonds aus der allgemeinen Staatskasse kompensiert werden. Auch werde eine Überprüfung der Zuständigkeitsordnung notwendig, wenn der Kanton die Gemeindestrassen im vorgeschlagenen Umfang zu finanzieren habe. Insgesamt sei ein einheitliches Ziel im Sinne einer "echten Steuerstrategie" nicht auszumachen.
Der Kantonsrat entgegnet in seiner Vernehmlassung, es sei entscheidend, ob bei den vorgeschlagenen Änderungen der Strassengesetzgebung die finanzpolitischen und steuerrechtlichen Aspekte überwögen. Dies sei nicht der Fall. Die Änderung des Strassengesetzes habe nicht direkt fiskalische Auswirkungen. Es werde stattdessen eine verkehrspolitische Komponente ins Spiel gebracht. Die Kosten, die dem Kanton durch den Gegenvorschlag entstünden, müssten durch eine Erhöhung der kantonalen Motorfahrzeugsteuern oder höhere kantonale Einlagen in den Strassenfonds aus der allgemeinen Staatskasse kompensiert werden. Auch werde eine Überprüfung der Zuständigkeitsordnung notwendig, wenn der Kanton die Gemeindestrassen im vorgeschlagenen Umfang zu finanzieren habe. Insgesamt sei ein einheitliches Ziel im Sinne einer "echten Steuerstrategie" nicht auszumachen.
3.4 3.4.1 Beim Gegenvorschlag lassen sich, vereinfachend ausgedrückt, zwei Teile unterscheiden. Beim ersten geht es um die Änderung des Vorschlags des Kantonsrats im Bereich des Steuergesetzes. Beim zweiten soll durch eine Revision des Strassengesetzes die Finanzierung von Gemeindestrassen auf den Kanton verlagert werden, um dadurch die durch die Änderung des Steuergesetzes zu erwartenden Einnahmenausfälle auf Gemeindeebene zu kompensieren. Zunächst ist festzuhalten, dass es denkbar wäre, die beiden Teile getrennt zur Abstimmung zu bringen, auch wenn einzuräumen ist, dass dadurch der Gedanke der Kompensation nicht mehr zum Tragen käme. Die Möglichkeit der Aufteilung ist indessen letztlich nicht ausschlaggebend (Urteil 1C_247/2008 vom 21. Januar 2009 E. 3.3, in: Pra 2009 Nr. 83 S. 564). Ebenso wenig ist nach den obigen Ausführungen entscheidend, dass die vorgeschlagenen Änderungen zwei verschiedene Erlasse betreffen; das Kriterium der Einheit der Materie betrifft die Frage des inneren sachlichen Zusammenhangs (E. 3.1 hiervor).
3.4.2 Weiter ist festzuhalten, dass es Erlassvorlagen gibt, die eine Querschnittfunktion zum Gegenstand haben und deshalb zwingend verschiedene Sachbereiche betreffen. Dies ist etwa bei sogenannten "Sparvorlagen" der Fall, wo es das Ziel des langfristigen Haushaltsausgleichs rechtfertigt, in verschiedenen Sachbereichen Ausgaben zu kürzen, auch wenn dies zwangsläufig Auswirkungen auf die inhaltliche Gestaltung dieser Bereiche zeitigt (Urteil 1P.414/1999 vom 14. Dezember 1999 E. 3e ff. mit Hinweisen, in: Pra 2000 Nr. 91 S. 545). Das Gleiche gilt, wenn mit einer Gesetzesvorlage eine verbesserte Lastenverteilung zwischen mehreren Gemeinwesen erreicht werden soll und zu diesem Zweck die wirtschaftliche und betriebliche Trägerschaft gewisser Einrichtungen in Übereinstimmung gebracht wird (<ref-ruling> E. 3 S. 199 ff. mit Hinweisen). Natürlich gilt aber auch bei derartigen Vorlagen mit Querschnittfunktion, dass die Stimmberechtigten nicht in eine Zwangslage versetzt werden dürfen, so dass ihnen keine freie Wahl zwischen den einzelnen Teilen mehr bleibt.
3.4.3 Vorliegend ist die Ausgangslage anders, denn die beiden Teile des Gegenvorschlags lassen sich nicht im genannten Sinne auf eine spezifische Querschnittfunktion zurückführen. Die Beschwerdeführer machen geltend, dass mit dem Gegenvorschlag das gleiche Ziel wie mit der Referendumsvorlage angestrebt werde, nämlich die Konkurrenzfähigkeit des Kantons Zürich im interkantonalen Steuerwettbewerb bei den natürlichen Personen zu verbessern. Indessen ist nicht zu übersehen, dass sich die vorgeschlagene Änderung des Strassengesetzes nicht direkt von diesem Zweck ableiten lässt. Denn auf die Wettbewerbsfähigkeit des Kantons Zürich im Steuerbereich wirkt sie sich zumindest nicht in direkter Weise aus. Zwar besteht durchaus ein Zusammenhang zwischen den beiden Materien des Gegenvorschlags, indem die aufgrund der Revision des Steuergesetzes zu erwartenden Steuerausfälle der Gemeinden kompensiert werden sollen. Konsequenz der Revision des Strassengesetzes ist jedoch auch eine einschneidende Umgestaltung der Lastenverteilung im Bereich der Gemeindestrassen, wo der Kanton neu verpflichtet werden soll, einen wesentlich höheren Beitrag zu leisten als bisher. Diese punktuelle Änderung der Lastenverteilung zwischen Kanton und Gemeinden hätte zudem nur insofern eine kompensatorische Funktion, als die Gemeinden betroffen sind. Für den Kanton dagegen hätte sie zusätzliche Ausgaben zur Folge. Vorliegend ist nicht zu beurteilen, auf welche Weise die hierfür notwendigen Mittel bereitgestellt werden würden und ob sich eine Überprüfung der Zuständigkeitsordnung aufdrängte, wie dies der Kantonsrat geltend macht. Diese Fragen wären Gegenstand eines noch zu führenden politischen Diskurses, der hier nicht vorweggenommen werden kann. Indessen kann bereits im jetzigen Zeitpunkt gesagt werden, dass sich die Anreize für die Planung von Gemeindestrassen änderten, wenn neu die anrechenbaren Kosten vollumfänglich von einem anderen Gemeinwesen getragen würden. Insofern kann in Bezug auf die Revision des Strassengesetzes durchaus von einer verkehrspolitischen Stossrichtung gesprochen werden, die mit der steuerpolitisch motivierten Änderung des Steuergesetzes kontrastiert.
3.4.4 Insgesamt ist nicht von einem hinreichenden sachlichen inneren Zusammenhang der beiden Teile des Gegenvorschlags auszugehen. Es werden zwei verschiedene Sachfragen in einer Art und Weise miteinander zu einer einzigen Abstimmungsvorlage verbunden, die die Stimmberechtigten in eine Zwangslage versetzt und ihnen keine freie Wahl zwischen den einzelnen Teilen belässt. Dies verletzt den Grundsatz der Einheit der Materie.
4. 4.1 Der Grundsatz des hinreichenden Sachzusammenhangs gilt nach dem Gesagten einerseits für den parlamentarischen Gegenvorschlag zu einer Volksinitiative und andererseits für das (historisch jüngere) Volksrecht des Referendums mit Gegenvorschlag. Das Bundesgericht hatte sich bis anhin lediglich mit der ersten Konstellation auseinanderzusetzen (<ref-ruling> E. 5 und 6 S. 53 ff.; <ref-ruling> E. 6a S. 58 ff.; je mit Hinweisen). Im Hinblick auf die übereinstimmende Zielsetzung - zu gewährleisten, dass der Stimmbürger seinen Willen frei und unverfälscht zum Ausdruck bringen kann - sind für das Referendum mit Gegenvorschlag jedoch grundsätzlich die gleichen Gesichtspunkte massgebend. In diesem Sinne ist eine enge Beziehung zwischen Vorschlag und Gegenvorschlag erforderlich, wobei ein Gegenvorschlag, der die gleiche Materie und den gleichen Zweck betrifft wie der ursprüngliche Vorschlag, in der Realisierung der Anliegen leicht weiter gehen darf (<ref-ruling> E. 5b S. 55 mit Hinweis). Es ist indessen nicht zu verkennen, dass insofern ein gewisses Missbrauchspotential besteht, dem im Einzelfall Rechnung zu tragen ist (a.a.O., E. 5b S. 55 f.). Dies gilt akzentuiert in Fällen wie dem vorliegenden, wo es dem Kantonsparlament verwehrt ist, auf die von ihm verabschiedete Vorlage zurückzukommen (§ 143d Abs. 4 GPR). Sodann ist auch zu berücksichtigen, dass eine Volksinitiative gemäss Art. 24 lit. a KV von 6000 Stimmberechtigten eingereicht werden muss, während für ein Referendum mit Gegenvorschlag gemäss Art. 35 Abs. 1 KV lediglich die Hälfte, nämlich die Unterschriften von 3000 Stimmberechtigten, erforderlich ist. Damit die Voraussetzungen zur Einreichung einer Volksinitiative nicht unterlaufen werden, ist deshalb eine etwas strengere Handhabung der Voraussetzung des hinreichenden Sachzusammenhangs angezeigt als dies bei einem parlamentarischen Gegenvorschlag zu einer Volksinitiative der Fall ist.
4.2 Die Beschwerdeführer halten unter Berufung auf <ref-ruling> fest, dass es möglich sein müsse, den Gegenstand der Vorlage massvoll zu erweitern sowie das Zielmass, die Mittel und Modalitäten zur Zielerreichung zu verändern. Das Referendum mit Gegenvorschlag diene ja gerade dazu, eine echte Alternative vorzuschlagen.
Der Kantonsrat argumentiert, seine Vorlage enthalte in erster Linie eine Diskussion über die gerechte Verteilung der Lasten im Zusammenhang mit staatlichen Einnahmen. Die Ausgabenfrage sei typischerweise nicht Gegenstand des Steuergesetzes, sondern des Finanzhaushaltsrechts und der einzelnen Sachgesetze. Dem stehe nicht entgegen, dass Sparvorlagen oftmals Ausgabenkürzungen und Einnahmenerhöhungen verbinden würden. Denn darum gehe es bei der Steuergesetzrevision nicht. Gegenstand sei bei dieser vielmehr eine Entlastung bzw. eine gerechtere Verteilung der Steuerlasten.
4.3 Was zur Frage der Einheit der Materie ausgeführt wurde, gilt auch in Bezug auf die Frage, ob zwischen der Vorlage des Kantonsrats und dem Gegenvorschlag ein hinreichender Zusammenhang besteht. Dieser Zusammenhang ist vorliegend in Bezug auf die Änderung des Strassengesetzes umstritten. Hinsichtlich der vorgesehenen Änderung des Steuergesetzes orientiert sich der Gegenvorschlag dagegen sehr stark an der Vorlage des Kantonsrats, was von keiner Seite in Frage gestellt wird.
Wie erwähnt existiert inhaltlich zwischen der vorgeschlagenen Änderung des Steuergesetzes und jener des Strassengesetzes insofern ein gewisser Konnex, indem letztere unerwünschte Folgen der ersteren vermeiden soll. Die Neugestaltung der Lastenverteilung mit ihrer nicht zu vernachlässigenden verkehrspolitischen Dimension ist jedoch als im Wesentlichen neuer Gegenstand zu qualifizieren (E. 3.4.3 hiervor). Es kann deshalb nicht im Sinne von <ref-ruling> von einer leichten Erweiterung des Abstimmungsgegenstands gesprochen werden. Mithin erweist sich wegen des Vorschlags der Änderung des Strassengesetzes die Voraussetzung des hinreichenden Sachzusammenhangs zur kantonsrätlichen Vorlage als verletzt.
4.4 Als Zwischenfazit ist festzuhalten, dass das Referendum mit Gegenvorschlag "Eine nachhaltige Steuerstrategie" sowohl die Einheit der Materie als auch den hinreichenden Sachzusammenhang zur Vorlage nicht wahrt. Der Hauptantrag der Beschwerde, wonach der Gegenvorschlag unverändert zur Abstimmung zu bringen sei, ist deshalb abzuweisen.
5. 5.1 In ihrem Eventualantrag verlangen die Beschwerdeführer, es sei nur der Teil über die Änderung des Strassengesetzes für ungültig zu erklären und der verbleibende Teil zur Abstimmung zuzulassen. Sie machen geltend, dass eine Aufteilung möglich sei und der gültige Teil die überwiegenden Anliegen des Gegenvorschlags enthalte. Im Übrigen sei letzteres nach geltendem Recht nicht einmal mehr vorausgesetzt.
Der Kantonsrat beruft sich auf Art. 28 Abs. 2 Satz 2 KV, wonach er eine Volksinitiative für teilweise gültig erklären oder aufteilen kann. Gemäss dem Gegenvorschlag stellten jedoch die Steuerentlastung und die gleichzeitige Entlastung der Gemeinden bei der Finanzierung der Gemeindestrassen ein unteilbares Ganzes dar. Eine bloss teilweise Ungültigerklärung scheide deshalb aus.
5.2 Verletzt eine Volksinitiative die Einheit der Materie, so ist sie grundsätzlich für ungültig zu erklären. Das Bundesverfassungsrecht verlangt indessen nicht die vollumfängliche Ungültigerklärung. So kann die Aufteilung einer Initiative vom kantonalen Recht vorgesehen werden (BGE <ref-ruling> E. 4 S. 387 mit Hinweisen). Nach der Rechtsprechung besteht diese Möglichkeit auch dann, wenn das kantonale Recht sie nicht ausdrücklich vorsieht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 177, unter anderem mit Hinweisen auf das Prinzip "in dubio pro populo" und das Verhältnismässigkeitsprinzip).
5.3 Gemäss Art. 28 Abs. 1 KV ist eine Initiative gültig, wenn sie die Einheit der Materie wahrt (lit. a), nicht gegen übergeordnetes Recht verstösst (lit. b) und nicht offensichtlich undurchführbar ist (lit. c). Gemäss Abs. 2 dieser Bestimmung erklärt der Kantonsrat eine Volksinitiative, welche diese Voraussetzungen nicht erfüllt, für ungültig. Er kann sie aber auch für teilweise gültig erklären oder aufteilen. Der Kantonsrat hat sich bei seinem Entscheid auf diese Bestimmung abgestützt, obwohl sie nicht das Referendum mit Gegenvorschlag, sondern die Volksinitiative betrifft. Nach dem Gesagten (E. 4.1 hiervor) ist dagegen nichts einzuwenden. § 143c Abs. 3 GPR (in Kraft seit dem 1. Januar 2010) verweist für die Gültigkeit eines Referendums mit Gegenvorschlag denn nun auch ausdrücklich auf die Bestimmungen über Volksinitiativen.
§ 128 GPR sieht zur Gültigkeit von Volksinitiativen Folgendes vor:
1 Eine Initiative ist gültig, wenn sie die Voraussetzungen von Art. 28 Abs. 1 KV erfüllt.
2 Verstösst nur ein Teil der Initiative gegen übergeordnetes Recht oder ist nur ein Teil der Initiative offensichtlich undurchführbar, wird nur dieser für ungültig erklärt, wenn der restliche Teil die wesentlichen Anliegen der Initiative enthält und noch ein sinnvolles Ganzes ergibt.
3 Weist eine Initiative keinen hinreichenden inneren Zusammenhang auf, wird sie in mehrere Teile getrennt, wenn jeder Teil ein sinnvolles Ganzes ergibt.
Abs. 3 der zitierten Bestimmung zielt auf den Fall, wo die einzelnen Teile der Initiative für sich gesehen gültig sind, jedoch unter sich nicht in einem Zusammenhang stehen, wie er vom Grundsatz der Einheit der Materie gefordert wird. Im vorliegenden Fall trifft dies nicht zu. Die vorgeschlagene Änderung des Strassengesetzes verstösst gegen die in <ref-law> verankerte Voraussetzung des hinreichenden Sachzusammenhangs und ist deshalb für sich betrachtet ungültig.
Die Situation, dass ein Teil der Initiative gegen übergeordnetes Recht verstösst, wird von § 128 Abs. 2 GPR erfasst. In sinngemässer Anwendung dieser Bestimmung (§ 143c Abs. 3 GPR) ist deshalb zu fragen, ob der "restliche Teil" - d.h. die im Gegenvorschlag enthaltene Änderung des Steuergesetzes - die wesentlichen Anliegen des Gegenvorschlags enthält und noch ein sinnvolles Anliegen ergibt.
5.4 Der Kantonsrat betont in seiner Vernehmlassung im bundesgerichtlichen Verfahren, für das Referendum seien Unterschriften mit dem Argument gesammelt worden, dass die Steuern gesenkt, aber die negativen Auswirkungen auf die Gemeinden durch den Gegenvorschlag verhindert würden. Dieser Einwand ist insofern zu relativieren, als die Unterstützung eines Volksbegehrens durch einen Stimmbürger im Stadium der Unterschriftensammlung nicht die gleiche Tragweite hat wie bei der nachfolgenden Abstimmung. Bei der Unterschriftensammlung bringt der Stimmbürger lediglich eine prinzipielle Zustimmung zum Ausdruck. Diese kann auch darauf gerichtet sein, dass er befürwortet, eine öffentliche Debatte über den betreffenden Gegenstand anzustossen und diesen einer Volksabstimmung zuzuführen (BGE <ref-ruling> E. 4.2 S. 389 mit Hinweisen).
5.5 Der Gegenvorschlag zielt darauf ab, die Steuerausfälle, welche die Vorlage des Kantonsrats zur Folge hat, "auf ein vernünftiges Mass zu verringern", indem die oberste Progressionsstufe von 13 % auf 12 % (statt auf 11 %) gesenkt wird. Zusätzlich hätten durch eine Änderung der Finanzierung der Gemeindestrassen die entstehenden Steuerausfälle bei den Gemeinden kompensiert werden sollen. Dieses zweite, vorliegend als ungültig erkannte Element des Gegenvorschlags erweist sich als akzessorisch zum ersten. Als das zentrale Anliegen des Gegenvorschlags erscheint die Verringerung der Steuerausfälle mit einer besonderen Betonung der Gemeindeebene. Bei einer Teilungültigerklärung würde dieses Ziel, wenn auch in verminderter Form, immer noch erreicht, denn durch die weniger starke Senkung der obersten Progressionsstufen würden die Steuerausfälle sowohl auf kantonaler wie auch auf kommunaler Ebene weniger hoch ausfallen. In diesem Sinne kann gesagt werden, dass eine Ungültigerklärung lediglich des Teils der Revision des Strassengesetzes die Wirkung des Gegenvorschlags zwar mindert, ihm aber weder seinen Charakter noch seine Stossrichtung nimmt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 und 2.2 S. 177 f. mit Hinweisen). Dass die Revision des Steuergesetzes zudem im Sinne von § 128 Abs. 2 GPR noch ein sinnvolles Ganzes ergibt, folgt schon daraus, dass diese inhaltlich nur in quantitativer Weise vom Vorschlag des Kantonsrats abweicht, nämlich durch eine prozentuale Änderung der obersten Progressionsstufen. Wenn die Vorlage des Kantonsrat ein sinnvolles Ganzes darstellt, was von den Verfahrensbeteiligten zu Recht nicht in Frage gestellt wird, muss das deshalb auch für den entsprechenden Teil des Gegenvorschlags gelten. Indem der Kantonsrat den Gegenvorschlag trotzdem vollumfänglich für ungültig erklärte, verletzte er § 143c Abs. 3 in Verbindung mit § 128 Abs. 2 GPR.
6. Die Beschwerde ist somit teilweise gutzuheissen. Die Ungültigerklärung des Gegenvorschlags durch den Kantonsrat ist insoweit aufzuheben, als sie sich auf die Änderung des Steuergesetzes im Sinne des Gegenvorschlags erstreckt (vgl. Urteil 1P.454/2006 vom 22. Mai 2007 E. 5).
Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang nicht zu erheben (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Der Kanton Zürich hat den im Wesentlichen obsiegenden, anwaltlich vertretenen Beschwerdeführern eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der angefochtene Beschluss des Kantonsrats vom 18. Januar 2010 wird insoweit aufgehoben, als er den Gegenvorschlag "Eine nachhaltige Steuerstrategie" in Bezug auf die Änderung des kantonalen Steuergesetzes für ungültig erklärt. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern und dem Kantonsrat Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. August 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Dold