Faits:
A. Par mémoire du 16 juillet 2008, les époux A.X._ et B.X._ (ci-après aussi: les intéressés), originaires de Somalie, ont interjeté un recours auprès de la Commission cantonale de recours de police des étrangers du canton de Genève (ci-après: la Commission cantonale de recours) contre la décision rendue le 9 juin 2008 par l'Office cantonal de la population leur refusant une autorisation de séjour en Suisse au titre de l'art. 36 de l'ancienne ordonnance du 6 octobre 1986 limitant le nombre des étrangers (aOLE; RO 1986 1791). Le même jour, A.X._ a requis l'octroi de l'assistance juridique et demandé la nomination comme défenseur d'office de Gian Luigi Berardi. Ce dernier est avocat; il est inscrit au registre cantonal des avocats et salarié de la Fondation suisse du service social international (ci-après: la Fondation), reconnue d'utilité publique.
Par décision du 8 août 2008, faisant référence à l'arrêt du Tribunal fédéral du 27 mai 2008 dans une cause similaire concernant aussi la désignation comme défenseur d'office de Gian Luigi Berardi (2C_241/2008), le Président du Tribunal de 1ère Instance a "limité aux frais à l'exclusion des honoraires de Me Berardi" l'assistance juridique accordée à A.X._. Me Berardi ne pouvait être désigné défenseur d'office aux frais de l'assistance juridique, parce qu'il était salarié de la Fondation d'utilité publique qui représentait les intéressés.
Par mémoire du 10 septembre 2008, "Monsieur et Madame A.X._ et B.X._" ont demandé au Président de la Cour de justice d'annuler la décision du 8 août 2008 et de nommer leur mandataire comme défenseur d'office dans la procédure de recours devant la Commission de recours. Ils ont indiqué en substance que les conseils et l'assistance juridique de la Fondation suisse du service social international ne leur avait pas été fournis de manière gratuite ou pour des honoraires fortement réduits, qu'ils avaient stipulé le paiement d'honoraires de *** fr./h, que la Fondation ne recevait aucun financement des pouvoirs publics, que leur mandataire avait fourni toutes garanties d'indépendance, notamment par rapport à la Fondation qui l'employait et qu'étant inscrit au registre cantonal des avocats, celui-ci était tenu de limiter son activité de défenseur à des mandats concernant strictement le but visé par la Fondation.
B. Par décision du 18 novembre 2008, le Vice-Président de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: l'autorité cantonale précédente) a rejeté le recours déposé par A.X._ contre la décision rendue le 8 août 2008 et déclaré irrecevable celui de B.X._ n'ayant pas sollicité l'assistance judiciaire, il n'était pas destinataire de la décision attaquée. Pour le reste, l'autorité cantonale précédente a constaté que le mandataire en cause était avocat salarié de la Fondation, qu'il n'agissait pas pour son compte personnel et que la Fondation était reconnue d'utilité publique, ce qui conduisait à la qualifier "d'autres organismes" au sens de l'art. 4 al. 4 du règlement du 18 mars 1996 sur l'assistance juridique (RAJ; RSGE E 2 05.04). Cette disposition permettait de refuser la nomination du mandataire souhaité par les intéressés, nonobstant son inscription au registre des avocats et le contenu de l'attestation du conseil de la Fondation relative à l'indépendance de son employé et bien que la cause présentât des difficultés juridiques qui nécessitaient l'assistance d'un avocat.
C. Agissant par la voie du recours constitutionnel subsidiaire, les époux A.X._ et B.X._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler la décision rendue le 18 novembre 2008 par le Vice-Président de la Cour de justice du canton de Genève et de renvoyer la cause pour nouvelle décision au sens des considérants ou de réformer dite décision dans le sens de la désignation d'office de leur mandataire devant la Commission cantonale de recours et dans la présente procédure. Ils se plaignent de la constatation inexacte des faits, de la violation du droit à une décision motivée, de l'art. 29 al. 3 Cst. combinée avec l'interdiction de l'arbitraire.
Le Vice-Président de la Cour de justice se réfère aux considérants de sa décision.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 381 et la jurisprudence citée). Toutefois, conformément à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, dans la mesure où elles ne sont pas immédiatement données, le recourant doit exposer en quoi les conditions de recevabilité sont réunies, en particulier en quoi il a qualité pour recourir, sous peine d'irrecevabilité (<ref-ruling> consid. 1 p. 356 et les références citées; arrêt 1C_20/2009 du 30 janvier 2009).
2. Les recourants ont déposé à bon droit un recours constitutionnel subsidiaire. Le recours en matière de droit public est en effet irrecevable contre les décisions en matière de droit des étrangers qui concernent une autorisation à laquelle ni le droit fédéral ni le droit international ne donnent un droit (art. 83 lettre c ch. 2 LTF). Cette restriction vaut également pour les décisions incidentes de nature procédurale, par exemple en matière d'assistance judiciaire ou d'effet suspensif; autrement dit, le recours n'est recevable à l'encontre de telles décisions que si la contestation matérielle a pour objet un véritable droit à une autorisation de séjour, par opposition à une simple expectative (cf. arrêt 2C_597/2008 du 24 septembre 2008, consid. 1.1). En l'espèce, les recourants ont fondé leur demande d'autorisation de séjour sur l'art. 36 aOLE qui ne leur confère aucun droit. Le recours en matière de droit public étant irrecevable, seul subsiste la voie du recours constitutionnel subsidiaire (<ref-law>).
3. Selon la jurisprudence, l'objet de la contestation qui peut être portée devant le Tribunal fédéral est déterminé par la décision attaquée (arrêt 2C_669/2008 du 8 décembre 2008, consid. 4.1 et les références citées) et par les conclusions des parties (<ref-law>).
En l'espèce, l'objet du litige, circonscrit par la décision cantonale incidente de dernière instance, est double. Il porte, d'une part, sur l'irrecevabilité du recours déposé par B.X._ devant l'instance cantonale précédente, et, d'autre part, au fond, sur les conditions et la portée de l'assistance juridique sollicitée par A.X._, ce dont il faut tenir compte dans l'examen de la recevabilité du recours constitutionnel.
4. 4.1 La décision par laquelle le juge refuse un changement de défenseur d'office ou rejette une requête tendant à la désignation d'un défenseur d'office constitue une décision incidente, qui ne met pas fin à la procédure (<ref-ruling> consid. 1a p. 209; <ref-ruling> consid. 2b p. 278 s.). Selon l'<ref-law> applicable au recours constitutionnel par renvoi de l'<ref-law>, une telle décision peut faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral si elle peut causer un préjudice irréparable.
4.2 Dans le cadre d'une procédure administrative, le refus de l'assistance juridique est une décision incidente qui cause en principe un dommage irréparable, de sorte que le recours constitutionnel est immédiatement ouvert (arrêt 2C_143/2008 du 10 mars 2008, consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.1 p. 131).
En revanche, la décision de l'autorité compétente de ne pas désigner l'avocat proposé par le requérant mais de nommer un autre défenseur d'office n'entraîne en principe pas de préjudice irréparable. En effet, même si l'autorité ne peut arbitrairement refuser de tenir compte dans la mesure du possible de ses souhaits, le justiciable ne peut déduire de l'art. 29 al. 3 Cst. un droit inconditionnel à obtenir le défenseur d'office qu'il propose (cf. arrêt 1B_74/2008 du 18 juin 2008 consid. 1; <ref-ruling> consid. 3 p. 104; <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 1d p. 302; arrêt CourEDH, Croissant contre Allemagne du 25 septembre 1992, § 29; arrêts 6S.103/2003 du 2 avril 2004 consid. 2; 1P.149/1993 du 29 avril 1993 consid. 3). Le Tribunal fédéral a jugé qu'en présence d'une disposition de droit cantonal qui prévoit que l'autorité tient compte, dans la mesure du possible, des voeux légitimes du prévenu, il n'est pas exclu que le refus de nommer le défenseur souhaité par le justiciable puisse provoquer un dommage (juridique) irréparable. Il a néanmoins laissé cette question ouverte (cf. arrêts 1B_74/2008 du 18 juin 2008 consid. 2).
5. 5.1 S'agissant des conditions et de la portée de l'assistance juridique demandée par A.X._, le litige est circonscrit par la décision du 8 août 2008, la décision attaquée ayant purement et simplement rejeté le recours déposé contre la décision du Président du Tribunal de 1ère instance (art. 86 al. 1 lettre d LTF; cf. arrêt 2C_898/2008 du 20 février 2009, consid. 1.2; 2C_669/2008 du 8 décembre 2008, consid. 4.1 et les références citées) ainsi que par les conclusions de la recourante devant le Tribunal fédéral (<ref-law>). Contrairement à ce qui prévalait dans la cause 2C_241/2008 du 27 mai 2008 qui avait pour objet une décision ayant "limité aux frais, à l'exclusion de tous honoraires d'avocat" l'assistance juridique, le présent litige n'a pas pour objet un refus de principe de désigner un défenseur d'office à la recourante, mais bien celui de nommer un défenseur d'office nommément désigné en la personne de Me Berardi. Comme la recourante ne fait mention d'aucune disposition de droit cantonal qui lui accorderait un droit plus étendu en la matière que les garanties minimales offertes par l'art. 29 al. 3 Cst. (<ref-law>) et qu'il n'existe pas un droit constitutionnel inconditionnel à choisir son défenseur d'office, la décision attaquée ne provoque pas un préjudice (juridique) irréparable. Le recours constitutionnel n'est par conséquent pas ouvert contre la décision incidente lui refusant cette nomination.
La recourante fait certes valoir qu'elle ne s'est vu finalement désigner aucun avocat par les autorités genevoises compétentes (mémoire de recours, chiffre 14 p. 21). A supposer qu'il faille comprendre le dispositif de la décision du 8 août 2008 dans ce sens, le recours constitutionnel serait malgré tout irrecevable. En effet, elle n'expose pas en quoi le silence des autorités genevoises sur la nomination d'un autre défenseur d'office constituerait un déni de justice ou la violation d'une disposition de droit cantonal. En l'absence de motivation conforme aux exigences de l'<ref-law>, le reproche de la recourante est irrecevable. Sous l'angle de l'art. 29 al. 3 Cst., rien ne l'empêche au demeurant de solliciter la désignation d'un autre mandataire agréé.
5.2 La question de savoir si le recours constitutionnel pour violation de droits constitutionnels de nature formelle est recevable contre la décision (incidente) prononçant l'irrecevabilité du recours déposé par B.X._ n'a pas été motivée conformément aux exigences de l'<ref-law>. Elle peut de toute manière demeurer ouverte pour les motifs suivants.
Invoquant une violation de son droit d'être entendu et l'interdiction du formalisme excessif, B.X._ soutient que l'autorité précédente a constaté les faits de manière inexacte (mémoire de recours, p. 8) en jugeant qu'il n'avait pas déposé de demande d'assistance juridique. En s'appuyant sur les pièces figurant au dossier, il démontre à juste titre que le formulaire de requête annexé à la demande, bien que rempli par A.X._, avait été signé par les deux époux et que la demande d'assistance juridique datée du 16 juillet 2008 avait été déposée au nom et pour le compte des deux époux. Cette constatation ne change néanmoins rien au sort du litige. En effet, même si l'on admet une violation du droit d'être entendu d'e B.X._, celle-ci a de toute manière été guérie, puisque le Tribunal cantonal s'est penché sur le fond de la cause et les griefs soulevés par le recourant lorsqu'il a examiné le recours déposé par A.X._. En outre, un renvoi à l'autorité précédente n'aurait en outre pas de sens du moment que les griefs de A.X._ devant le Tribunal fédéral ont été déclarés irrecevables (arrêt 2P.20/2005 du 13 avril 2005, consid. 3.2).
6. Les considérants qui précèdent conduisent à l'irrecevabilité du recours déposé par A.X._ et au rejet de celui déposé par B.X._ dans la mesure où il est recevable.
Succombant, les recourants n'ont pas droit à des dépens (<ref-law>). Ils demandent au Tribunal fédéral de nommer Gian Luigi Berardi défenseur d'office.
6.1 D'après l'<ref-law>, si une partie ne dispose pas de ressources suffisantes et si ses conclusions ne paraissent pas vouées à l'échec, le Tribunal fédéral la dispense, à sa demande, de payer les frais judiciaires et de fournir des sûretés en garantie des dépens. Il attribue un avocat à cette partie si la sauvegarde de ses droits le requiert (<ref-law>).
6.2 En l'espèce, les conclusions des recourants n'avaient pas de chance de succès. L'assistance judiciaire doit leur être refusée.
Compte tenu de la situation financière précaire des recourants, il n'est pas perçu de frais judiciaire (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours constitutionnel déposé par A.X._ est irrecevable.
2. Le recours constitutionnel déposé par B.X._ est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Il n'est pas perçu de frais judiciaires. La demande d'assistance judiciaire est rejetée.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des recourants, au Vice-Président du Tribunal de première instance et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 23 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey