Faits:
A.
A.a. Par "contrat d'entreprise intégrale" du 30 mai 2001, X._ et Y._, en qualité de maîtres de l'ouvrage, ont chargé l'architecte Z._ (ci-après: l'entrepreneur) de construire une villa de trois étages sur leur parcelle genevoise, pour le prix forfaitaire de 530'100 fr. Le plan de la villa, le descriptif des travaux et l'autorisation de construire faisaient partie intégrante de la convention, qui renvoyait à titre supplétif à la norme SIA 118 et aux <ref-law>.
Le descriptif des travaux prévoyait notamment, au chapitre de l'"isolation", la pose d'une "isolation de la toiture par FLUMROC 120 mm. ou similaire avec pare-vapeur". Il contenait aussi une rubrique finale intitulée "important", dans laquelle "l'entreprise se réserv[ait] le droit de procéder à des modifications des matériaux prévus dans le (...) descriptif ou sur les plans par des matériaux de qualité équivalente".
Les travaux ont débuté le 18 juillet 2001. Simultanément, deux villas contiguës semblables étaient construites par l'entrepreneur. Pour l'isolation de la toiture des trois maisons, un système de la marque Ysox (ou Isobloc) a été posé en lieu et place du système Flumroc. Les maîtres d'ouvrage n'avaient pas formé d'objection lorsqu'une employée de l'entrepreneur leur avait proposé cette modification.
La remise des clés a eu lieu le 6 août 2002. Un représentant de l'entrepreneur et les maîtres, assistés de deux architectes, ont procédé à la vérification finale de l'ouvrage, qui a été accepté. Le procès-verbal établi à cette occasion recense plusieurs travaux non encore exécutés, de nombreuses finitions et retouches nécessaires ainsi que des défauts de l'ouvrage, dont certains affectant la toiture. Les maîtres ont demandé une expertise privée à une entreprise de ferblanterie, laquelle a constaté des défauts de couverture et de ferblanterie de la toiture, en particulier des défauts d'étanchéité générant des infiltrations d'eau dans la villa. Ces défauts ont été supprimés pendant le premier semestre 2003, aux frais de l'entrepreneur.
Les maîtres ont refusé de payer le dernier acompte de 79'515 fr. représentant le solde du prix forfaitaire. Ils exigeaient divers travaux de réfection, dont la liste augmentait avec la découverte de nouveaux défauts; l'entrepreneur refusait d'exécuter les travaux sauf les plus urgents, faute d'avoir été payé. En novembre 2003, les maîtres ont accepté de verser 14'187 fr. 15 "pour solde de tous comptes", sans que le litige ne prenne fin.
A.b. L'une des villas contiguës a également connu des problèmes d'isolation de la toiture (étanchéité et fissures sur les murs), dès la livraison. Ces défauts ont été réparés par l'entrepreneur en 2002. En août 2006, les propriétaires de ladite villa ont découvert une nouvelle fissure sur un mur, qu'ils ont signalée à l'entrepreneur; ils se sont aussi plaints d'une mauvaise étanchéité de la toiture. Les parties ont alors signé une convention d'expertise-arbitrage. Le rapport du 6 octobre 2008 conclut que les défauts d'isolation et les fissures sur les murs ont pour origine des malfaçons commises dans la pose du matériau isolant. Rien n'indique que ces malfaçons soient intentionnelles, mais elles procèdent d'une méconnaissance de certaines contraintes propres au type d'isolation choisie. La qualité du matériau n'est en revanche pas mise en cause. Le coût pour l'élimination des malfaçons est estimé à 15'200 fr.
B.
B.a. Le 21 juillet 2008, l'entrepreneur a assigné les maîtres devant le Tribunal de première instance du canton de Genève en concluant au paiement de 80'946 fr. 20 plus intérêts. Il entendait obtenir le solde du prix forfaitaire et le paiement de diverses factures concernant des travaux supplémentaires et honoraires y relatifs.
Le 29 septembre 2008, les maîtres ont signalé pour la première fois à l'entrepreneur que "le mode de construction de [leur] toiture n'était pas conforme avec le descriptif des travaux" et qu'ils avaient constaté sur les murs des fissures dont "le mauvais système de mise en place du toit sembl[ait] être à l'origine".
Par réponse et demande reconventionnelle du 18 février 2009, les maîtres ont conclu au rejet de l'action principale, excipant de la compensation avec diverses créances fondées sur des défauts et un retard dans la livraison de l'ouvrage. Ils ont contesté le bien-fondé de plusieurs factures et ont opposé des frais qu'ils avaient eux-mêmes dû engager pour des travaux de réparation ou de finition. A titre reconventionnel, ils ont conclu au paiement de 88'396 fr. plus intérêts à raison des défauts dans le système d'isolation de la toiture, somme qu'ils ont ensuite augmentée à 108'000 fr.
B.b. Une expertise judiciaire a été mise en oeuvre. Il en ressort que les systèmes d'isolation Ysox et Flumroc procèdent d'une conception différente, mais sont tous deux destinés et parfaitement adéquats à l'isolation d'une toiture. Ils présentent des qualités équivalentes, si ce n'est que l'Ysox est plus cher et offrirait un peu moins d'isolation phonique. Toutefois, le système Ysox a été posé en contravention des règles de l'art, de sorte que l'ouvrage présente une moindre isolation phonique et des fissures en plusieurs endroits sur les murs de la villa. Le coût d'élimination des défauts est estimé à 99'000 fr. Ce montant couvre les travaux recommandés, consistant à déposer toute la toiture et la charpente de la villa et à reprendre la construction d'une nouvelle toiture.
B.c. Par jugement du 10 mai 2012, le Tribunal de première instance a partiellement admis l'action principale de l'entrepreneur, soit à concurrence de 52'988 fr. 45 plus intérêts; il a retenu que l'entrepreneur avait une créance de 66'310 fr. 40, partiellement compensée par une dette de 13'321 fr. 95 envers les maîtres, fondée sur la garantie des défauts de l'ouvrage. Le tribunal a par ailleurs rejeté l'action reconventionnelle des maîtres, au motif que la prétention de 108'000 fr. fondée sur le défaut d'isolation du toit était périmée; elle ne pouvait donc même pas être opposée en compensation.
B.d. Les maîtres ont déféré cette décision à la Cour de justice. Par arrêt sur appel du 11 janvier 2013, cette autorité a réformé le jugement en ce sens que l'action principale est admise à concurrence de 51'998 fr. 55 plus intérêts. Elle a confirmé le jugement pour le surplus.
C.
Les maîtres saisissent le Tribunal fédéral d'un recours en matière civile dans lequel ils concluent en substance au rejet de l'action principale, après constatation de ce que le montant dû au titre de la demande principale est compensé par la créance tirée de la demande reconventionnelle. A titre reconventionnel, ils réclament 56'001 fr. 45 plus intérêts.
L'entrepreneur intimé conclut au rejet du recours et s'en remet à justice quant à sa recevabilité. L'autorité précédente se réfère à son arrêt.

Considérant en droit:
1.
La loi subordonne la recevabilité du recours à une valeur litigieuse minimale de 30'000 fr. (<ref-law>), qui se détermine d'après les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (<ref-law>). Les montants de la demande principale et de la demande reconventionnelle ne sont pas additionnés (<ref-law>), de sorte qu'il faut examiner si chacune des actions atteint le seuil de 30'000 fr. Sont déterminants les montants effectivement réclamés par chaque partie. Lorsque le défendeur reconnaît en soi la créance du demandeur, mais lui oppose en compensation une créance contestée, la première reste litigieuse et son montant détermine la valeur de la demande principale, tandis que l'excédent de la créance opposée en compensation, s'il est réclamé, détermine la valeur de la demande reconventionnelle (cf. <ref-ruling> spéc. p. 282; <ref-ruling> consid. 1a; JEAN-MAURICE FRÉSARD, in Commentaire de la LTF, 2009, n° 7 ss ad <ref-law>; JEAN-FRANÇOIS POUDRET, in Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, vol. II, 1990, n° 2.3 ad art. 47 OJ).
En l'occurrence, le jugement de première instance avait admis l'action principale de l'entrepreneur à concurrence de 52'988 fr. 45 et rejeté l'action reconventionnelle des maîtres. En appel, ces derniers ont contesté partiellement la créance de l'entrepreneur (9'490 fr. 40) et, pour le solde reconnu (43'498 fr. 05), ont opposé en compensation leur créance fondée sur le défaut d'isolation de la toiture (108'000 fr.). L'entrepreneur a requis la confirmation du jugement attaqué. Ainsi, dans l'action principale, le litige portait sur la totalité du montant de 52'988 fr. 45 alloué par le premier juge. A titre reconventionnel, les maîtres ont réclamé 64'501 fr. 95 (108'000 - 43'498,05); la valeur litigieuse équivaut à ce montant, entièrement contesté par l'entrepreneur. En d'autres termes, le seuil légal de 30'000 fr. est atteint pour les deux actions.
2.
Le recours peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Les clauses contractuelles ne constituent pas du droit fédéral, mais peuvent conduire à l'application des règles de droit fédéral qui régissent notamment leur interprétation ( BERNARD CORBOZ, in Commentaire de la LTF, op. cit., n° 29 ad <ref-law>).
Le Tribunal fédéral est en principe lié par les constatations de fait de l'autorité précédente, respectivement par celles du juge de première instance, dans la mesure où elles sont reprises au moins implicitement dans l'arrêt attaqué (cf., sous l'OJ, <ref-ruling> consid. 1, confirmé sous la LTF par ex. à l'arrêt 4A_623/2012 du 15 avril 2013 consid. 1.2). Le Tribunal fédéral peut toutefois s'en écarter si elles ont été établies en violation du droit ou de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2), ce qu'il incombe en principe au recourant de dénoncer (cf. <ref-law>). S'il invoque l'interdiction de l'arbitraire (art. 9 Cst.), le recourant doit satisfaire aux exigences de motivation plus strictes de l'<ref-law>: il doit expressément soulever le grief et exposer de manière claire et circonstanciée, si possible documentée, en quoi consiste la violation du droit constitutionnel (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 1.4.2 et 1.4.3). Le grief doit être développé dans le recours même, un simple renvoi à d'autres écritures ou à des pièces n'étant pas admissible (<ref-ruling> consid. 3.1 i.f. ).
Par ailleurs, s'il entend faire compléter l'état de fait, le recourant doit démontrer, références à l'appui, qu'il a déjà allégué les faits en question et fourni les moyens de preuve adéquats devant les instances cantonales, dans le respect des règles de procédure (cf., sous l'OJ, <ref-ruling> consid. 2a p. 486, confirmé par ex. à l'arrêt 4A_324/2012 du 24 septembre 2012 consid. 1.4).
3.
3.1. Le litige porte essentiellement sur le point de savoir si l'entrepreneur a "intentionnellement dissimulé" des défauts de l'ouvrage, au sens de l'art. 180 de la norme SIA 118, auquel cas les droits découlant de ces défauts se prescrivent par le délai extraordinaire de dix ans (art. 180 al. 2) en lieu et place du délai de cinq ans, qui court dès la réception de l'ouvrage (art. 180 al. 1).
Les parties ne contestent pas la qualification de contrat d'entreprise total retenue par la Cour de justice, ni l'applicabilité de la norme SIA 118 (éd. 1977/1991, ci-après: SIA-118), en particulier son art. 180.
3.2. L'art. 166 SIA-118 donne du défaut une définition qui coïncide sur le principe avec celle développée par la jurisprudence en relation avec l'<ref-law> ( PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5 e éd. 2011, n os 2648-2650; ANNETTE LENZLINGER GADIENT, Mängel- und Sicherungsrechte des Bauherrn im Werkvertrag, 1994, p. 247). L'ouvrage livré est entaché d'un défaut lorsqu'il n'est pas conforme à ce qui avait été contractuellement prévu. Le défaut peut résider dans l'absence d'une qualité convenue expressément ou tacitement par les parties, ou l'absence d'une qualité à laquelle le maître pouvait s'attendre selon les règles de la bonne foi (<ref-ruling> consid. 5a/aa p. 244). Pour déterminer quelles qualités sont dues conventionnellement, il faut interpréter le contrat selon les règles habituelles ( GAUCH, op. cit., n° 1366).
L'expression "intentionnellement dissimulé" employée à l'art. 180 SIA-118 doit recevoir le même sens qu'en droit des obligations, où elle apparaît à l'<ref-law> ( GAUCH, op. cit., n° 2731; LENZLINGER GADIENT, op. cit., p. 95 note 150; FRANCO PEDRAZZINI, La dissimulation des défauts, 1992, n° 590). Il serait plus adéquat de parler de dissimulation frauduleuse, comme à l'<ref-law>. En effet, l'entrepreneur n'a pas un devoir général de collaborer à la découverte des défauts; il faut une certaine astuce ou fraude de sa part (Gauch, op. cit., n° 2090; LENZLINGER GADIENT, ibidem), un comportement dolosif (cf. arrêt 4A_301/2010 du 7 septembre 2010 consid. 3.2, in SJ 2011 I 17; PEDRAZZINI, op. cit., n° s 40 ss, 86 s. et 1167). Il y a dissimulation frauduleuse lorsque l'entrepreneur - ou le vendeur - n'avise pas son cocontractant d'un défaut alors qu'il a une obligation de renseigner, laquelle peut découler des règles de la bonne foi (Gauch, op. cit., n° s 2093 et 2731; PEDRAZZINI, op. cit., n° s 421 et 435 ss; cf. <ref-ruling> consid. 3a p. 434). Une telle obligation existe dès que l'entrepreneur doit partir du principe que le maître ignore le défaut, ne va pas le découvrir et voudrait exercer ses droits à la garantie si ce défaut était porté à sa connaissance ( GAUCH, op. cit., n° 2093, qui se réfère à l'ATF 66 II 132 consid. 6). Une exécution imparfaite n'implique pas nécessairement une telle dissimulation; encore faut-il que l'entrepreneur connaisse les défauts et qu'il les taise volontairement (<ref-ruling> consid. 2b). La négligence même grave ne suffit en principe pas. La doctrine réserve le cas où l'entrepreneur évite volontairement d'être mieux informé (Gauch, op. cit., n° 2092).
4.
4.1. Les recourants plaident que l'intimé leur a frauduleusement dissimulé deux types de défaut: d'une part, la modification du système d'isolation de la toiture, qui serait contraire au contrat; d'autre part, les malfaçons dans l'installation du système Ysox, qui sont à l'origine des fissures constatées et d'une isolation phonique moindre.
S'agissant du premier type de défaut invoqué, les recourants reprochent à la cour cantonale d'avoir mal interprété le descriptif des travaux, qui ne permettait pas un tel changement. Ils formulent aussi des critiques quant à la prétendue équivalence des deux systèmes et taxent d'arbitraire la constatation selon laquelle ils ont été informés de cette modification et l'ont acceptée. L'ouvrage serait donc entaché d'un défaut, que l'entrepreneur aurait frauduleusement dissimulé en leur remettant après l'achèvement de l'ouvrage des plans d'exécution qui n'intégraient pas les modifications apportées à la toiture.
4.2. La cour cantonale a argumenté que d'une part, les maîtres avaient consenti à la modification du système d'isolation et que d'autre part, le contrat autorisait le changement de matériau; le système d'isolation Ysox offrait en l'occurrence des qualités équivalentes au système Flumroc. Le défaut invoqué était inexistant, ce qui privait d'objet la question de la dissimulation intentionnelle (arrêt p. 19 s. consid. 12.2 et 12.3).
4.3. Savoir si le type d'isolant choisi revêt les mêmes qualités que le matériau convenu est une question de fait. Interpréter le contrat et ses parties intégrantes pour savoir s'il autorisait le remplacement du système convenu par le système choisi est en l'occurrence une question de droit; en effet, il n'apparaît pas que la volonté réelle des parties ait pu être constatée (cf. par ex. <ref-ruling> consid. 2.2.1; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 611). De la réponse à ces questions dépend le point - juridique - de savoir si l'ouvrage est entaché d'un défaut.
4.4. Le grief réfutant l'équivalence de qualité des isolants Flumroc et Ysox n'est pas recevable. Si le moyen est soulevé dans une longue rubrique consacrée aux "faits appréciés arbitrairement", les recourants ne prétendent pas que la constatation critiquée serait arbitraire. Ils "précisent" tout au plus que l'expertise judiciaire dit le contraire de la Cour de justice, en se référant à la page topique. Dans une note de bas de page, ils expriment leur "étonnement" quant à l'appréciation de la cour, qui serait contraire à deux autres moyens de preuve auxquels ils renvoient. Un tel procédé ne satisfait pas aux exigences strictes rappelées ci-dessus (consid. 2). De surcroît, les recourants n'évoquent pas la totalité des moyens de preuve qui ont conduit le premier juge à retenir des qualités équivalentes, "si ce n'est que l'Ysox offrirait peut-être un peu moins d'isolation phonique" (cf. jgt du 10 mai 2012 p. 30 i.f.et les preuves citées), constat que la cour d'appel a repris à son compte (arrêt, p. 9). L'on relèvera simplement que l'expert a certes répondu dans son rapport que les deux systèmes n'étaient pas équivalents sur le plan sonique, accusant une différence de 3-4 décibels (dB) en défaveur du système Ysox; toutefois, il a précisé lors de son audition que si l'on posait convenablement la solution Ysox en l'augmentant d'une sous-couche, elle offrait une isolation phonique équivalente à la solution contractuelle (procès-verbal du 15 juin 2011, p. 3).
4.5. Les recourants plaident ensuite que le contrat d'entreprise permettait de changer uniquement le matériau d'isolation et non pas, comme en l'espèce, le système de construction de la toiture.
4.5.1. Les recourants citent in extenso un passage de l'expertise judiciaire, dont il ressort en substance les éléments suivants:
- la solution dite traditionnelle Flumroc 120 mm consiste à empiler successivement des couches croisées (matériaux) constituant au final l'ensemble de la toiture. Ce procédé permet le recouvrement successif (joints) et l'emboîtement des différentes pièces entre elles, dans le respect de la fonction et des limites physiques de chaque matériau. Il assure un traitement efficace des rencontres entre charpente et murs, raccord lambrissage et poutraison, et tous les autres composants d'une toiture (cheminées, ventilations, lucarnes, velux).
- La solution dite Ysox implique de poser un élément "sandwich" unique (panneau de bois avec isolant au milieu) sur la charpente (pannes sablières, intermédiaires et faîtières); elle dispense de poser des chevrons. La pose de cet élément unique et important ne permet pas de résoudre de manière optimale les rencontres avec les autres matériaux; elle ne solutionne pas la question de la barrière vapeur nécessaire à l'intérieur de la maison pour contrer la propagation de la vapeur d'eau dans les matériaux. L'absence de cette barrière renforce la dilatation de la partie en bois du panneau Ysox et implique des mouvements de toiture plus importants que dans une solution classique. Toutes ces caractéristiques appellent un soin particulier dans la pose, plus spécialement lors des rencontres avec d'autres matériaux, afin d'éviter le report de certains efforts (principalement la dilatation) susceptibles de créer des fissures sur les murs internes.
S'agissant du descriptif des travaux, les décisions cantonales évoquent simplement le chiffre 7, intitulé "isolation", qui prévoit pour l'isolation de la toiture "Flumroc 120 mm. ou similaire avec pare-vapeur". Une rubrique générale autorise par ailleurs à substituer au matériau convenu un matériau "de qualité équivalente".
Le jugement de première instance constate que l'entrepreneur n'a semble-t-il "jamais reporté, sur les plans d'exécution de la villa, les modifications substantielles induites par la pose sous toiture du système d'isolation Ysox, en lieu et place du système Flumroc (jgt, p. 31 let. e).
4.5.2. Le fait que les deux systèmes en cause offrent des qualités équivalentes quant à l'isolation thermique et phonique ne suffit pas en soi à exclure une contravention au contrat. Au vu des explications de l'expert quant à l'impact des deux produits sur la technique de construction de la toiture, l'on peut légitimement se demander si la modification apportée entre encore dans le cadre d'un simple changement de matériau. L'on parle du reste de "systèmes" de conception différente. Les explications de l'expert donnent à penser que le système Ysox ne comporte pas de pare-vapeur, qui est mentionné dans le descriptif des travaux. La solution choisie ne permet pas d'effectuer du "sur-mesure" et de résoudre les problèmes de jonction entre les divers matériaux, ce qui crée des problèmes de dilatation; elle requiert une attention particulière lors des travaux de pose. La constatation concernant le non-report des modifications sur les plans d'exécution laisse entendre que les plans initiaux prévoyaient une charpente construite selon la méthode "traditionnelle" avec chevrons. L'expert a précisé que sur les plans fournis par l'entrepreneur, la coupe représente une toiture "classique" non composée d'éléments Ysox (rapport d'expertise, p. 5).
Quoi qu'il en soit, il n'est pas nécessaire d'examiner plus avant si les recourants ont allégué et prouvé avec la précision suffisante les éléments de fait - en partie d'ordre technique - permettant de retenir que les caractéristiques du système finalement choisi sont telles qu'il sort du cadre contractuel. Il s'avère en effet que l'expert ne répond pas à la question d'une éventuelle moins-value en cas de maintien du système Ysox - par hypothèse posé selon les règles de l'art - par rapport au système traditionnel Flumroc. Interrogé à ce propos, l'expert se contente de dire que la construction actuelle n'est pas conforme aux règles de l'art et ne peut être maintenue telle quelle (cf. rapport d'expertise, p. 3 s. ad point b/3). L'on ignore également le coût que représenterait le remplacement du système Ysox par le système contractuel Flumroc; l'expert a tout au plus chiffré le coût d'une repose du système Ysox conformément aux règles de l'art, en préconisant de remplacer l'avant-toit en profil Ysox par un avant-toit "conventionnel" (cf. rapport, p. 3 s. ad "réponse b"). Ainsi, quand bien même l'on devrait retenir un défaut lié au changement de système d'isolant, il faudrait constater que les recourants n'ont de toute façon pas fourni suffisamment d'éléments pour retenir une prétention pécuniaire liée à ce défaut précis.
4.6. Ces considérations privent d'objet les autres moyens soulevés par les recourants en relation avec ce premier type de défaut, notamment le point de savoir s'il était arbitraire de retenir qu'ils avaient été informés de la modification litigieuse et y avaient consenti (cf. au surplus infra, consid. 5.4).
5.
5.1. Il n'est pas contesté que le système d'isolation de la toiture est défectueux, en raison de malfaçons lors de son installation. Celles-ci sont la cause des fissures apparues sur les murs et d'une isolation phonique moindre. Les recourants plaident que l'entrepreneur a frauduleusement dissimulé ce défaut, ce que l'intéressé réfute.
5.2. Déterminer quelles étaient les connaissances de l'entrepreneur quant à l'existence d'un défaut relèvent du fait. En revanche, relève du droit la question de savoir s'il y a dissimulation frauduleuse, respectivement si la bonne foi commandait de communiquer aux maîtres les éléments dont l'entrepreneur avait connaissance.
5.3. La cour d'appel retient qu'en 2002 sont apparus des défauts dans la toiture relatifs à la couverture et à la ferblanterie, qui ont causé des infiltrations d'eau; l'entrepreneur a fait procéder aux travaux de réparation à ses frais. Après ceci, il n'a plus été informé de défauts de ce type jusqu'au mois d'août 2006, époque à laquelle les voisins des maîtres ont signalé une fissure dans leur maison. Un arbitrage s'en est suivi. Seul le rapport de l'expert-arbitre daté du 6 octobre 2008 a permis d'établir l'origine des défauts d'isolation et des fissures, à savoir les malfaçons commises dans la pose du matériau isolant.
En définitive, la cour reproche aux maîtres de ne pas avoir démontré que l'entrepreneur avait connaissance de la source des défauts et du fait que le système d'isolation n'avait pas été posé dans les règles de l'art; ils n'ont pas non plus prouvé ni rendu vraisemblable que l'entrepreneur connaissait le risque que des fissures apparaissent plus de six ans après la livraison de l'ouvrage (arrêt, p. 21 consid. 12.5).
5.4. Les recourants eux-mêmes ne prétendent pas qu'à la livraison de l'ouvrage, l'entrepreneur aurait eu une connaissance effective des malfaçons et des conséquences qu'elles pouvaient entraîner. Ils lui reprochent d'avoir fait poser la toiture sans s'être au préalable informé de manière complète sur ce système constructif, alors qu'il n'avait manifestement aucune expérience dans le domaine, respectivement d'avoir choisi un charpentier qu'il savait incompétent, ou à tout le moins dont il ne pouvait ignorer l'incompétence.
L'intimé n'a pas effectué les travaux lui-même. Même si l'on considère que l'entreprise mandatée a commis des manquements relativement graves en contrevenant aux instructions du fabriquant de l'isolant, cet élément ne suffit pas à démontrer un comportement dolosif de l'entrepreneur. On ignore tout des détails quant à l'organisation mise en place pour diriger les travaux, procéder à leur surveillance et à leur vérification. La doctrine évoque certes une possible dissimulation frauduleuse en cas de carence dans l'organisation des travaux, mais encore faut-il que l'entrepreneur ait cherché, avec cette organisation, à se soustraire à la responsabilité pour fraude ( GAUCH, op. cit., n° s 2101 s.). L'argumentation des recourants ne contient rien de tel et les faits retenus ne permettent pas non plus d'aller en ce sens.
En relation avec le premier type de défaut, les recourants ont certes soulevé des griefs de fait et de droit destinés à démontrer que l'entrepreneur leur avait frauduleusement dissimulé le changement du système d'isolation. Toutefois, ils n'en déduisent pas que l'entrepreneur avait une connaissance effective des défauts dans la pose du système et de leurs conséquences. Ils ne plaident pas non plus que la découverte des défauts a été entravée par la prétendue dissimulation du changement de système isolant.
Les recourants ne tirent pas non plus argument du fait que des fissures semblent avoir été constatées chez les voisins dès la livraison de l'ouvrage (cf. arrêt, p. 10 § 2).
En bref, les recourants ne démontrent pas en quoi il serait arbitraire de constater que l'entrepreneur ignorait les malfaçons dans l'exécution de la toiture à la réception de l'ouvrage.
5.5. Les recourants invoquent par ailleurs des faits postérieurs à la livraison de l'ouvrage, passés sous silence par la Cour de justice, qui révéleraient que l'entrepreneur a pris connaissance des malfaçons et de la source des fissures et s'est abstenu dolosivement de les informer.
Pour l'essentiel, ces faits ne figurent pas dans les décisions cantonales. Les recourants prétendent compléter l'état de fait à ce sujet; toutefois, ils ne cherchent pas à démontrer qu'ils auraient régulièrement allégué les faits devant les instances cantonales, ce qui suffit à exclure le complètement demandé.
L'on peut tout au plus donner acte aux recourants d'un fait qui ressort du jugement de première instance (p. 23), à savoir qu'en juillet 2003 a été verbalisée l'existence d'une fissure sur un mur séparant deux chambres de leur villa. Ce constat a été fait par un huissier en présence de l'entrepreneur, qui n'a pas réparé cette fissure.
Les recourants objectent que l'entrepreneur aurait dû faire des investigations pour trouver la cause de cette fissure. Sans autre élément, l'on ne saurait retenir que l'entrepreneur a volontairement renoncé à éclaircir l'origine de l'unique fissure signalée presque un an après la livraison de l'ouvrage, afin de se soustraire à une éventuelle garantie des défauts.
5.6. En définitive, les faits ressortant des décisions cantonales ne donnaient pas matière à retenir une dissimulation frauduleuse au sens de l'art. 180 SIA-118.
Cette conclusion s'imposerait quand bien même l'on tiendrait compte des faits irrecevables ressortant de la pièce 134. Celle-ci révèle que l'entrepreneur, à une date non précisée, s'est vu communiquer un rapport privé daté du 21 décembre 2006, dans lequel une entreprise de charpenterie mandatée par les propriétaires voisins attribuait les fissures observées dans leur villa à la dilatation des madriers en bois massif. Les voisins avaient observé une nouvelle fissure en août 2006, qui paraissait consécutive à des variations de température (pièce 134, p. 3 ch. 15 et p. 4 ch. 19 s.). Or, les recourants n'ont signalé aucune nouvelle fissure à ce moment-là, attendant le 29 septembre 2008 pour dénoncer des fissures dont l'expert n'a pu dater l'apparition, tout en les jugeant "certainement antérieure[s]" à la date de dénonciation (rapport d'expertise, p. 4 i.f.et 5). Même en présupposant que ce rapport de décembre 2006 a été communiqué rapidement à l'entrepreneur, l'on ne saurait lui reprocher, dans le contexte précité, d'avoir enfreint les règles de la bonne foi en ne communiquant pas ses conclusions aux recourants, qui n'avaient signalé qu'une seule fissure près de trois ans et demi auparavant.
5.7. A défaut de dissimulation frauduleuse, le délai de prescription de cinq ans était applicable et a expiré. Contrairement à ce que plaident les recourants, ils ne peuvent pas même opposer en compensation leur créance en garantie prescrite. Leurs droits sont en effet périmés, dès lors que le défaut n'a pas été signalé dans le délai quinquennal (à ce sujet, cf. <ref-ruling> consid. 4.3; GAUCH, op. cit., n os 2288, 2295 et 2732). Le fait que les recourants aient signalé une fissure en juillet 2003 ne change rien à cette analyse. L'avis de nouvelles fissures et du défaut primaire concernant les malfaçons dans l'isolation de la toiture a été donné après le délai de prescription quinquennal, sans que l'entrepreneur n'ait commis de fraude.
6.
En définitive, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. En conséquence, les recourants assumeront les frais de procédure et verseront une indemnité de dépens à l'intimé (art. 66 al. 1 et 5 LTF; art. 68 al. 1, 2 et 4 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux.
3.
Les recourants sont condamnés solidairement à verser à l'intimé une indemnité de 6'000 fr. à titre de dépens.
4.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 29 août 2013
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
La Greffière: Monti