Sachverhalt:
A. A._ (Kläger und Beschwerdegegner) reiste am 24. Januar 2009 mit seinem bei der Versicherung X._ AG (Beklagte und Beschwerdeführerin) Kasko versicherten Wagen nach Mailand zur Übernachtung im Grandhotel Q._. Dort übergab er den Wagen einer Person, die sich wie ein Hotelangestellter verhielt, um in der hoteleigenen Tiefgarage parkieren zu lassen. Seither ist der Wagen verschwunden.
B. Der Kläger verlangte von der Beklagten vor dem Bezirksgericht Zürich unter Vorbehalt der Nachklage Fr. 50'000.-- nebst Zins. Das Bezirksgericht hiess die Klage gut. Gleich entschied am 20. August 2012 auf Berufung der Beklagten das Obergericht des Kantons Zürich. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, die Klage abzuweisen. Der Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet. Obwohl kein zweiter Schriftenwechsel angeordnet wurde, haben die Parteien eine Replik und eine Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdegegner ist der Auffassung, die Beschwerde sei verspätet eingereicht worden. Der angefochtene Entscheid sei am 23. August 2012 als eingeschriebene A-Post versandt worden und hätte daher vom Rechtsvertreter der Gegenpartei am 24. August 2012 in Empfang genommen werden können. Dieser habe aber bewusst den Ablauf der 7-tägigen Abholfrist abgewartet. Bei einem Beginn der Beschwerdefrist am 25. August 2012 hätte die Beschwerdefrist bereits am 24. September 2012 geendet, weshalb die Eingabe vom 1. Oktober 2012 verspätet sei.
1.1 Die Beschwerde gegen einen Entscheid ist innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen (<ref-law>). Fristen, die durch eine Mitteilung oder den Eintritt eines Ereignisses ausgelöst werden, beginnen am folgenden Tag zu laufen. Eine Mitteilung, die nur gegen Unterschrift des Adressaten oder der Adressatin oder einer anderen berechtigten Person überbracht wird, gilt spätestens am siebenten Tag nach dem ersten erfolglosen Zustellungsversuch als erfolgt (<ref-law>).
1.2 Der Beschwerdegegner macht nicht geltend, der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin habe die Zustellung vor dem letzten Tag der Abholfrist nach <ref-law> abgeholt. Dass er dies allenfalls hätte tun können, genügt nicht, um sein Zuwarten als rechtsmissbräuchlich erscheinen zu lassen. Die Zustellungsfiktion greift nach dem klaren Gesetzeswortlaut erst am siebenten Tag nach dem ersten erfolglosen Zustellungsversuch. Eine Pflicht, die Post innerhalb der Frist von sieben Tagen möglichst rasch abzuholen, ist im Gesetz nicht vorgesehen. Die Beschwerde erweist sich mithin als rechtzeitig.
2. Die einschlägigen allgemeinen Versicherungsbedingungen (AVB) der Beschwerdeführerin für die Fahrzeugversicherung haben unter Ziff. G 3.6 folgenden Wortlaut:
"Diebstahl: Verlust, Zerstörung oder Beschädigung durch Diebstahl, Entwendung oder Raub; ausgeschlossen sind Veruntreuung und Unterschlagung".
Streitig ist, ob für den Verlust des Fahrzeugs Versicherungsdeckung besteht. Der genaue Tathergang konnte nicht rekonstruiert werden.
2.1 Die Vorinstanz erörterte drei Tatbestandsvarianten. Gleich bleibt der äussere Tathergang: Jemand, von dem der Beschwerdegegner annahm (und aufgrund der Umstände objektiv annehmen durfte), es handle sich um einen Angestellten des Hotels, trug ihm das Gepäck in die Hotelhalle hinein und liess sich (zumindest) den elektronischen Teil des Autoschlüssels aushändigen, um den Wagen in der hoteleigenen Garage, die überwacht wurde und dem Beschwerdegegner von früheren Aufenthalten bekannt war, abzustellen. Offen ist, wie es zum Verschwinden des Fahrzeugs kam.
2.1.1 Nach der ersten Variante wurde der Autoschlüssel tatsächlich einem Hotelangestellten übergeben und das Fahrzeug von diesem in der Garage abgestellt. Aus dieser wurde es von einem unbekannten Dritten entwendet.
Die Parteien wie auch die Vorinstanzen sind sich darin einig, dass diese Sachverhaltsvariante als Diebstahl zu qualifizieren ist, für den Versicherungsschutz besteht.
2.1.2 Gemäss der zweiten Variante wurde das Fahrzeug ebenfalls einem Angestellten des Hotels übergeben, aber von diesem nicht in die Garage gestellt, sondern behändigt.
Auch in diesem Fall ist nach Auffassung der Vorinstanz ein Diebstahl im Sinne der AVB anzunehmen, da der mit den Örtlichkeiten vertraute Beschwerdegegner den Gewahrsam (wenn überhaupt) an das Hotel übertragen habe und dem Angestellten des Hotels nur untergeordneten Gewahrsam eingeräumt worden sei. Die Vorinstanz hat offengelassen, wessen Gewahrsam gebrochen wurde, derjenige des Hotels oder derjenige des Beschwerdegegners. Im kantonalen Verfahren qualifizierte die Beschwerdeführerin diese Sachverhaltsvariante als von der Versicherung nicht gedeckte Veruntreuung. Vor Bundesgericht lässt sie die Qualifikation offen.
2.1.3 In der dritten Variante wurde der Beschwerdegegner von der Person, der er (zumindest den elektronischen Teil) der Autoschlüssel übergab, getäuscht. Der Täter gab nur vor, Hotelangestellter zu sein, und erweckte objektiv diesen Eindruck. Der Beschwerdegegner konnte die Täuschung aufgrund der Umstände nicht durchschauen. In dieser Variante besteht zwischen dem Täter und dem Hotel keinerlei Verbindung. Statt das Fahrzeug in die Garage zu stellen, liess der Täter es verschwinden.
Diese Sachverhaltsvariante qualifizierte die Vorinstanz strafrechtlich nicht als Diebstahl, sondern als Betrug, da sie in der Schlüsselübergabe eine Vermögensverfügung des Beschwerdegegners sah, die vom Täter durch eine arglistige Täuschung hervorgerufen worden war. Sie erachtete die AVB der Beschwerdeführerin aber für unklar, da auf strafrechtliche Tatbestände Bezug genommen werde, die seit über 10 Jahren nicht mehr geltendes Gesetz seien. Aufgrund der Angaben in den AVB, welche Tatbestände unter den versicherten Diebstahl fielen (Diebstahl, Entwendung und Raub) und welche davon ausgeschlossen seien (Veruntreuung und Unterschlagung) lasse sich nicht zweifelsfrei erkennen, dass die Deckung für den nicht ausdrücklich erwähnten Betrug ausgeschlossen sei. Daher erachtete die Vorinstanz die Haftung der Beschwerdeführerin für gegeben.
2.2 Die Beschwerdeführerin stellt sich auf den Standpunkt, die Vorinstanz habe es unterlassen abzuklären, wie die Parteien die AVB-Klausel tatsächlich verstanden hätten. Der Beschwerdegegner habe im kantonalen Verfahren bestritten, dass ein Betrug vorliege. Die Behauptung der Beschwerdeführerin, der Betrug werde nicht von der Haftung erfasst, habe er dagegen nicht bestritten. Daraus leitet die Beschwerdeführerin einen tatsächlichen Konsens der Parteien ab. Aber auch normativ seien die AVB in diesem Sinne auszulegen.
2.3 Der Beschwerdegegner hält die Ausführungen der Vorinstanz betreffend die Deckung von Betrugsfällen für zutreffend. Er ist aber der Auffassung, die Haftung sei ohnehin gegeben, da auch die dritte Variante als Diebstahl und nicht als Betrug zu qualifizieren sei. Zudem habe es die Beschwerdeführerin unterlassen, die Arglist der Täuschung zu behaupten, so dass ohnehin kein Betrug vorliegen könne.
3. Vorformulierte Versicherungsbedingungen sind grundsätzlich nach den gleichen Regeln wie individuell verfasste Vertragsklauseln auszulegen (<ref-ruling> E. 2 S. 6, 410 E. 3.2 S. 412 f.). Deren Inhalt bestimmt sich in erster Linie durch subjektive Auslegung, das heisst nach dem übereinstimmenden wirklichen Parteiwillen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.1 S. 611). Nur wenn eine tatsächliche Willensübereinstimmung unbewiesen bleibt, sind zur Ermittlung des mutmasslichen Parteiwillens die Erklärungen der Parteien aufgrund des Vertrauensprinzips so auszulegen, wie sie nach ihrem Wortlaut und Zusammenhang sowie den gesamten Umständen verstanden werden durften und mussten (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 67; <ref-ruling> E. 3.1 S. 632). Bei vorformulierten Vertragsbestimmungen hat sich das Gericht dabei vom Prinzip leiten zu lassen, dass bei mehrdeutigen Klauseln jene Auslegung vorzuziehen ist, die dem dispositiven Gesetzesrecht entspricht. Da dieses in der Regel die Interessen der Parteien ausgewogen wahrt, hat die Partei, die davon abweichen will, das im Vertrag mit hinreichender Deutlichkeit zum Ausdruck zu bringen. Subsidiär gilt sodann die Unklarheitsregel, wonach mehrdeutige Klauseln gegen den Verfasser bzw. gegen jene Partei auszulegen sind, die als branchenkundiger als die andere zu betrachten ist und die Verwendung der vorformulierten Bestimmungen veranlasst hat (<ref-ruling> E. 2a S. 121; <ref-ruling> E. 2.2 S. 610).
3.1 Ziff. G 3.6 der AVB benutzt strafrechtliche Begriffe, umschreibt damit aber die versicherte Gefahr. Im Rahmen der Vertragsauslegung nach dem Vertrauensprinzip ist zwar grundsätzlich davon auszugehen, die Begriffe würden ihrem strafrechtlichen Sinn entsprechend gebraucht (Urteil des Bundesgerichts 5C.306/2005 vom 22. Februar 2006 E. 2). Bereits insoweit können sich aber Unklarheiten ergeben, beispielsweise im Zusammenhang mit der Frage, ob sich der Begriff "Entwendung" auf den so betitelten, früher im StGB enthaltenen Tatbestand bezieht (aArt. 138 StGB) oder auf die Entwendung eines Fahrzeugs zum Gebrauch nach <ref-law>. Mit Blick auf einen allfälligen tatsächlich übereinstimmenden Parteiwillen ist aber unbeachtlich, welche Bedeutung den Begriffen im strafrechtlichen Sinn zukommt. Massgebend ist, was die Parteien tatsächlich darunter verstanden haben. Dies übersieht die Beschwerdeführerin, wenn sie aus dem Prozessverhalten des Beschwerdegegners ableiten will, nach dem tatsächlich übereinstimmenden Willen der Parteien seien Betrugsfälle von der Versicherungsdeckung ausgenommen. Denn der Beschwerdegegner hat auch für die dritte Variante eine Versicherungsdeckung behauptet. Er qualifiziert diese Variante aber im Gegensatz zur Beschwerdeführerin nicht als Betrug. Damit verstehen die Parteien unter dem Begriff des Betrugs nicht dasselbe, weshalb sich aus den Äusserungen im Prozess keine tatsächliche Willensübereinstimmung über den Umfang der Deckung ableiten lässt.
3.2 Damit ist zu prüfen, welche Bedeutung den AVB nach dem Vertrauensprinzip zukommt.
3.2.1 Der Betrug wird in den AVB weder unter den Tatbeständen genannt, für die bei Verlust, Zerstörung oder Beschädigung Deckung besteht, noch unter denjenigen, für welche die Deckung ausgeschlossen wird. Aus der Tatsache, dass ein Verhalten strafrechtlich allenfalls als Betrug zu qualifizieren wäre, kann daher nach dem Wortlaut weder zwingend abgeleitet werden, es bestehe Versicherungsschutz, noch dieser sei ausgeschlossen. Auch mit Blick auf die übrigen für die Auslegung nach dem Vertrauensprinzip massgebenden Gesichtspunkte kann ein derartiger Ausschluss nicht in die AVB hineininterpretiert werden. Die Annahme von Betrug setzt objektiv eine arglistige Täuschung voraus. Der Ausschluss des Betrugs käme nur zum Tragen, wenn das Opfer die Täuschung objektiv nicht erkennen konnte oder eine Nachprüfung aufgrund der Umstände nicht zumutbar war. Für den nicht arglistig Getäuschten, der strafrechtlich nicht geschützt wird, weil er sich mit einem Mindestmass an Aufmerksamkeit selbst hätte schützen bzw. den Irrtum durch ein Minimum zumutbarer Vorsicht hätte vermeiden können (<ref-ruling> E. 3a S. 20; <ref-ruling> E. 2a S. 171), würde der Ausschluss keine Wirkung entfalten. Davon, dass vernünftige Vertragsparteien den nachlässigen Versicherten derart unsachgemäss bevorzugen, ist aber nach dem Vertrauensprinzip nicht auszugehen (<ref-ruling> E. 3a S. 424; <ref-ruling> E. 6c S. 621). Damit kann offenbleiben, ob Sachverhalte, für die gemäss AVB Deckung besteht, überhaupt den Tatbestand des Betruges erfüllen können.
3.2.2 Die AVB gewähren Deckung bei Diebstahl, Entwendung oder Raub. Ausgeschlossen werden Leistungen bei Veruntreuung und Unterschlagung.
3.2.2.1 Diebstahl begeht, wer jemandem eine fremde bewegliche Sache zur Aneignung wegnimmt, um sich oder einen andern damit unrechtmässig zu bereichern (<ref-law>). Der Diebstahl zeichnet sich unter den Aneignungsdelikten dadurch aus, dass er die Wegnahme einer fremden beweglichen Sache voraussetzt. Die Wegnahme wird als Bruch fremden und Begründung neuen Gewahrsams definiert. Dabei genügt nach Lehre und Rechtsprechung der Bruch von "Mitgewahrsam" zur Begründung von alleinigem Gewahrsam durch den Täter (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 35). Ob Gewahrsam gegeben ist, bestimmt sich nach allgemeinen Anschauungen und den Regeln des sozialen Lebens (<ref-ruling> E. 2.1 S. 110; <ref-ruling> E. 1c/aa S. 106 f. mit Hinweisen).
3.2.2.2 Der Begriff der "Entwendung" bezeichnet in aArt. 138 StGB die Aneignung durch Wegnahme (STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil I: Straftaten gegen Individualinteressen, 4. Aufl. 1993 [Vorauflage], S. 280 § 13 Rz. 128) und entspricht in <ref-law> dem Begriff der Wegnahme (<ref-ruling> E. 2a S. 35).
3.2.2.3 Raub ist ein qualifizierter Diebstahl. Zu den Tatbestandsmerkmalen des gewöhnlichen Diebstahls tritt eine der in <ref-law> genannten Nötigungshandlungen hinzu. Auch der Raub setzt mithin die Wegnahme einer fremden beweglichen Sache voraus.
3.2.2.4 Bei der Veruntreuung (der Aneignung einer anvertrauten Sache) steht nicht die Wegnahme im Zentrum, sondern der Vertrauensmissbrauch. Das Opfer gibt in der Regel seinen Gewahrsam freiwillig zu Gunsten des Täters auf. Die Lehre nimmt Veruntreuung nur an, wenn das Opfer seinen Gewahrsam vollständig aufgibt (Urteil des Bundesgerichts 6B_33/2008 vom 12. Juni 2008 E. 3.1 mit Hinweisen). Behält es Mitgewahrsam, kommt der Tatbestand des Diebstahls in Betracht. In seiner Rechtsprechung zu aArt. 140 StGB erkannte das Bundesgericht dagegen, Mitgewahrsam des Opfers schliesse eine Veruntreuung nicht aus, sofern der Vertrauensbruch den Gewahrsamsbruch an Bedeutung übertreffe (<ref-ruling> E. 2a S. 35). Auch in neueren Entscheiden weist das Bundesgericht auf die Diskrepanz zwischen der Lehre und seiner bisherigen Rechtsprechung hin (zit. Urteile 6B_33/2008 E. 3.1; 5C.306/2005 E. 3.1).
3.2.2.5 Die Unterschlagung (aArt. 141 StGB) stellte die in Bereicherungsabsicht erfolgte Aneignung einer Sache unter Strafe, die dem Täter ohne dessen Willen zugekommen ist. Die Tragweite dieses Tatbestands war umstritten (vgl. STRATENWERTH, a.a.O., S. 240 ff. § 13 Rz. 11 ff.), da dessen Wortlaut zu sachlich nicht gerechtfertigten Strafbarkeitslücken führte. Er wurde durch den weiter gefassten Grundtatbestand der unrechtmässigen Aneignung (<ref-law>) ersetzt (Botschaft vom 24. April 1991 über die Änderung des Schweizerischen Strafgesetzbuches, BBl. 1991 II 999 Ziff. 213.2 zu Art. 137 E-StGB). Unbestritten ist, dass der Tatbestand der Unterschlagung im Gegensatz zum Diebstahl das Element der Wegnahme nicht voraussetzt.
3.2.3 Die Tatbestände, für die unter dem Titel Diebstahl Deckung besteht, setzen alle die Wegnahme einer fremden beweglichen Sache voraus, das heisst den Bruch fremden Gewahrsams. Die ausgeschlossenen Tatbestände tun dies nicht. Sofern ein Gewahrsamsbruch überhaupt denkbar ist, steht er nicht im Vordergrund. Daraus ergibt sich, dass eine Versicherungsdeckung unter dem Oberbegriff "Diebstahl" nur besteht, wenn der Täter fremden Gewahrsam bricht, wobei sich die Frage stellt, ob trotz des Gewahrsamsbruchs der Ausschluss der Veruntreuung greifen kann. Dass der Täter sein Opfer getäuscht hat, schliesst eine Deckung nur aus, wenn wegen der Täuschung der vom Täter angestrebte Erfolg ohne Bruch fremden Gewahrsams eintritt oder die Tat, wie im zit. Urteil 5C.306/2005, trotz Bruch fremden Gewahrsams als Veruntreuung qualifiziert wird.
3.3 Die Auslegung der AVB nach dem Vertrauensprinzip führt damit an sich zu einem eindeutigen Ergebnis. Gibt das Opfer seinen Gewahrsam freiwillig und vollständig zu Gunsten des Täters auf, besteht keine Deckung. Deckung ist gegeben, wenn fremder Gewahrsam gebrochen wurde und zwar grundsätzlich auch, wenn es sich um blossen Mitgewahrsam handelte. Unklar ist, ob die Deckung bei Bruch von Mitgewahrsam des Opfers durch den Deckungsausschluss bei Veruntreuung eingeschränkt wird. Nach der bisherigen Rechtsprechung des Bundesgerichts greift der Deckungsausschluss, wenn der Vertrauensbruch den Bruch des Mitgewahrsams an Bedeutung übertrifft (zit. Urteil 5C.306/2005). Folgt man der Lehre, findet der Tatbestand der Veruntreuung (und entsprechend der Deckungsausschluss) keine Anwendung (vgl. zit. Urteil 6B_33/2008 E. 3.1 mit Hinweisen).
3.4 Vor diesem Hintergrund bleibt zu prüfen, ob der Beschwerdegegner auch bei der dritten Sachverhaltsvariante Anspruch auf Versicherungsleistungen erheben kann.
3.4.1 Im zit. Urteil 5C.306/2005 suchte das Opfer mit seinem Wagen einen Parkplatz. Eine vor einem Hotel stehende Person beobachtete dies und bot an, sie werde den Wagen in der nicht voll belegten Hotelgarage unterstellen. Wo sich diese Garage befand, wusste das Opfer nicht. Das Bundesgericht ging dennoch davon aus, das Opfer habe am Fahrzeug Mitgewahrsam behalten. Diesbezüglich ist der Entscheid in der Lehre auf Kritik gestossen, diese fusst aber gerade darauf, dass das Opfer gar nicht wusste, wo sich die Garage befand (NIGGLI/RIEDO, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 34 zu <ref-law>). Der Beschwerdegegner wusste, wo das Fahrzeug abgestellt werden sollte, so dass er die Zugriffsmöglichkeit auf das Fahrzeug nicht verlor. Ob die Hotelgarage frei zugänglich war oder der Zugang dazu kontrolliert wurde, ist nicht massgebend, da eine allfällige Kontrolle nicht den Zugriff der Gäste auf ihre Fahrzeuge einschränken soll. Der Täter trat dem Beschwerdegegner als Hotelangestellter gegenüber. Er gab vor, Hilfsperson des Hotels zu sein, in dem der Beschwerdegegner abgestiegen ist. In dieser Position ist er im Rahmen der Dienstleistungserbringung des Hotels dem Gast untergeordnet. Wird ihm ein Fahrzeug zum Wegstellen in der dem Beschwerdegegner bekannten Hotelgarage überlassen, gibt dieser nach den allgemeinen Anschauungen und den Regeln des sozialen Lebens seinen Gewahrsam nicht zu Gunsten des Täters auf. Der Täter übt vielmehr den Gewahrsam für den Hotelgast aus. Dass der Täter tatsächlich nicht Hotelangestellter war, ändert nichts daran, dass er vom Beschwerdegegner aufgrund der Täuschung nur den untergeordneten Gewahrsam eines Hotelangestellten eingeräumt erhielt.
3.4.2 Im zit. Urteil 5C.306/2005 übertraf der Vertrauensbruch den Gewahrsamsbruch an Bedeutung. Dort ging aber bereits das Angebot zum (vermeintlichen) Vertragsschluss mit dem Hotel betreffend das Einstellen des Wagens vom Täter aus. Die Annahme des Angebots beruhte auf dem Vertrauen des Opfers zum Täter. Dieses hatte gezögert, dem Täter das Fahrzeug zu übergeben (zit. Urteil 5C.306/2005 E. 4). Der heute zu beurteilende Fall liegt anders. Die vertragliche Beziehung zwischen dem Hotel und dem Beschwerdegegner bestand tatsächlich und unabhängig von der Täuschungshandlung. Sofern ein Gast nach den Umständen objektiv annehmen muss, es handle sich um einen Hotelangestellten, beruht die Übergabe des Fahrzeugs nicht auf besonderem Vertrauen zu dieser Person. Der Gast wählt denjenigen Angestellten, der gerade bereitsteht. Da der Vertrauensbruch den Gewahrsamsbruch an Bedeutung nicht übertrifft, kommt der umstrittenen Frage, ob trotz Mitgewahrsam des Opfers eine Veruntreuung vorliegen kann, keine Bedeutung zu.
3.5 Der Täter hat in der dritten Variante den Mitgewahrsam des Beschwerdegegners gebrochen. Sein Gewahrsamsbruch überwiegt den Vertrauensbruch an Bedeutung. Damit ist gemäss den AVB auch mit Blick auf das zit. Urteil 5C.306/2005 die Deckung gegeben. Ob auch der Straftatbestand des Betruges erfüllt wäre, ist unerheblich.
4. Die Beschwerde erweist sich im Ergebnis als unbegründet und ist abzuweisen. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend, wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 1. März 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak