Sachverhalt:
A. Am 7. August 2007, um 13.05 Uhr, geschah auf einer Baustelle der Bauunternehmung C._ AG in Kilchberg ein tödlicher Unfall. Der Bauführer A._ hatte angeordnet, dass der Bauarbeiter D._ und der Hilfsarbeiter E._ gemeinsam den Rückbau einer Baugrubenspriessung vornehmen. Am Unfalltag wollte D._ die Stahlträger von einem Kran wegheben lassen, nachdem er sie zuvor angeschnitten hatte. Während er sich entfernte, um den Kran zu besorgen, blieb E._ zurück. In der Folge begab sich dieser aus ungeklärten Gründen in die Baugrube, die sich unter den Stahlträgern befand. Dort wurde er von einem herabstürzenden Träger erschlagen.
B. Die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis eröffnete eine Strafuntersuchung wegen fahrlässiger Tötung gegen A._, D._ und B._, den Geschäftsführer der C._ AG. Mit Verfügung vom 5. Dezember 2008 wurde die Untersuchung eingestellt. Die Eltern des Verstorbenen, X._ und Y._, erhoben dagegen einen Rekurs, den das Obergericht des Kantons Zürich am 16. Juni 2009 abwies. Gegen diesen Entscheid führten die Eltern Beschwerde in Strafsachen. Das Bundesgericht hiess diese gut, hob den angefochtenen Entscheid auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an das Obergericht zurück (Urteil 6B_601/2009 vom 24. November 2009).
C. Am 18. August 2010 stellte die Staatsanwaltschaft Limmattal/Albis die Strafuntersuchung gegen D._ erneut ein, während sie gegen A._ und B._ Anklage erhob wegen fahrlässiger Tötung im Sinne von Art. 117 StGB. Der Einzelrichter in Strafsachen des Bezirksgerichts Horgen sprach A._ am 1. Dezember 2010 frei. Die dagegen erhobene Berufung der Eltern wies das Obergericht des Kantons Zürich am 15. März 2012 ab.
D. X._ und Y._ führen gegen das obergerichtliche Urteil Beschwerde in Strafsachen und beantragen, A._ sei anklagegemäss schuldig zu sprechen, angemessen zu bestrafen und zu verpflichten, Genugtuung und Schadenersatz zu bezahlen. Sie ersuchen um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
E. A._ stellt Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz und die Oberstaatsanwaltschaft verzichteten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Zur Beschwerde in Strafsachen ist nach Art. 81 Abs. 1 BGG berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen oder keine Möglichkeit zur Teilnahme erhalten hat (lit. a) und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (lit. b). Die Privatklägerschaft hat ein rechtlich geschütztes Interesse, wenn sich der angefochtene Entscheid auf die Beurteilung ihrer Zivilansprüche auswirken kann (Art. 81 Abs. 1 lit. b Ziff. 5 BGG).
1.2 Als Eltern des verstorbenen Opfers haben die Beschwerdeführer am kantonalen Verfahren teilgenommen. Der Freispruch des Beschwerdegegners 2 kann sich auf ihre Zivilansprüche auswirken (Art. 45 und Art. 47 OR). Auf ihre Beschwerde ist einzutreten.
2. 2.1 Nach Art. 117 StGB wird mit Freiheitsstrafe bis zu drei Jahren oder Geldstrafe bestraft, wer fahrlässig den Tod eines Menschen verursacht. Gemäss Art. 12 Abs. 3 StGB handelt fahrlässig, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt (Satz 1). Pflichtwidrig ist die Unvorsichtigkeit, wenn der Täter die Vorsicht nicht beachtet, zu der er nach den Umständen und nach seinen persönlichen Verhältnissen verpflichtet ist (Satz 2).
2.2 Ein Schuldspruch wegen fahrlässiger Tötung oder Körperverletzung setzt voraus, dass der Täter den Erfolg durch Verletzung einer Sorgfaltspflicht verursacht hat. Ein Verhalten ist sorgfaltswidrig, wenn der Täter im Zeitpunkt der Tat aufgrund der Umstände sowie seiner Kenntnisse und Fähigkeiten die damit bewirkte Gefährdung der Rechtsgüter des Opfers hätte erkennen können und müssen, und wenn er zugleich die Grenzen des erlaubten Risikos überschritten hat. Wo besondere Normen ein bestimmtes Verhalten gebieten, bestimmt sich das Mass der zu beachtenden Sorgfalt in erster Linie nach diesen Vorschriften. Fehlen solche, kann auf analoge Regeln privater oder halbprivater Vereinigungen abgestellt werden, sofern diese allgemein anerkannt sind, oder auf allgemeine Rechtsgrundsätze wie etwa den allgemeinen Gefahrensatz (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 7.2; <ref-ruling> E. 2d; je mit Hinweisen). Für die auf dem Bau zu beachtenden Sicherheitsvorschriften sind insbesondere die Verordnung vom 29. Juni 2005 über die Sicherheit und den Gesundheitsschutz der Arbeitnehmerinnen und Arbeitnehmer bei Bauarbeiten (Bauarbeitenverordnung, BauAV; SR 832.311.141) und die Verordnung vom 19. Dezember 1983 über die Verhütung von Unfällen und Berufskrankheiten (Verordnung über die Unfallverhütung, VUV; SR 832.30) massgebend.
2.3 Als Angestellter der C._ AG und für die Baustelle in Kilchberg zuständiger Bauführer vertrat der Beschwerdegegner 2 den Bauunternehmer auf der Baustelle (ROELLI/FLEISCHANDERL, in: Basler Kommentar, Strafrecht II, 2. Aufl. 2007, N. 25 zu Art. 229 StGB). Als Bauführer oblag ihm die Leitung der Baustelle. Gemäss der Rechtsprechung können die mit der Leitung oder Ausführung eines Bauwerks betrauten Personen nicht für sämtliche Missachtungen von Vorschriften auf einer Baustelle strafrechtlich zur Verantwortung gezogen werden, sondern es ist in jedem Einzelfall abzuklären, wie weit der Aufgabenkreis und somit der Verantwortungsbereich der Beteiligten reichen. Zu den Aufgaben der Bauleitung zählen die Koordination und Überwachung der gesamten Bauarbeiten. Sie muss die durch die Umstände gebotenen Sicherheitsvorkehrungen anordnen und generell für die Einhaltung der anerkannten Regeln der Baukunde sorgen. Die Bauleitung muss die Bauarbeiter sorgfältig auswählen, ihnen die notwendigen Anleitungen erteilen und sie überwachen. Wesentliche Entscheide hat sie selber zu treffen. Eine Pflicht zur permanenten Überwachung erfahrener Mitarbeiter besteht hingegen nicht (vgl. zum Ganzen Urteile 1C_4/2012 vom 19. April 2012 E. 5.3; 6B_566/2011 vom 13. März 2012 E. 2.3.3; 6B_1016/2009 vom 11. Februar 2010 E. 5.2; je mit Hinweisen).
2.4 Eine Sorgfaltspflichtverletzung ist nur anzunehmen, wenn der Täter eine Gefährdung der Rechtsgüter von Dritten hätte voraussehen können und müssen. Für die Beantwortung dieser Frage gilt der Massstab der Adäquanz. Die Adäquanz ist zu verneinen, wenn ganz aussergewöhnliche Umstände als Mitursache hinzutreten, mit denen schlechthin nicht gerechnet werden musste und die derart schwer wiegen, dass sie als wahrscheinlichste und unmittelbarste Ursache des Erfolgs erscheinen und so alle anderen mitverursachenden Faktoren - namentlich das Verhalten des Angeschuldigten - in den Hintergrund drängen. Damit der Eintritt des Erfolgs auf die Sorgfaltspflichtverletzung des Täters zurückzuführen ist, genügt allerdings seine Voraussehbarkeit nicht. Weitere Voraussetzung ist vielmehr, dass der Erfolg bei pflichtgemässem Verhalten des Täters auch vermeidbar war (<ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
2.5 Die Straftat der fahrlässigen Tötung nach Art. 117 StGB kann auch durch Unterlassen begangen werden. Ein sog. unechtes Unterlassungsdelikt ist gegeben, wenn im Gesetz wenigstens die Herbeiführung des Erfolgs durch Tun ausdrücklich mit Strafe bedroht wird, der Beschuldigte durch sein Tun den Erfolg tatsächlich hätte abwenden können und infolge seiner Garantenstellung dazu auch verpflichtet war, so dass die Unterlassung der Erfolgsherbeiführung durch aktives Tun gleichwertig erscheint (Art. 11 StGB; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 5a; je mit Hinweisen). Die Rechtsprechung bejaht bei Körperverletzungen eine Garantenstellung der Bauleitung aus Ingerenz mit den gleichen Überlegungen wie bei der Gefährdung durch Verletzung der Regeln der Baukunde nach Art. 229 StGB (Urteil 6B_566/2011 vom 13. März 2012 E. 2.3.3 mit Hinweisen). Gleiches muss auch im Rahmen von Art. 117 StGB gelten.
3. Die Vorinstanz erwägt zusammengefasst, der Bauarbeiter D._ sei genügend qualifiziert gewesen. Er habe über eine langjährige praktische Erfahrung verfügt und entsprechende Baugrubenrückbauten schon vielfach (auf Anweisung hin, aber ohne die Anwesenheit eines Poliers) zur Zufriedenheit seiner Vorgesetzten ausgeführt (Urteil S. 21 f.). Hinzu komme, dass der Beschwerdegegner 2 auf die von seinem Bauführerkollegen F._ erhaltenen Informationen betreffend die Qualifikation von D._ habe vertrauen dürfen. Indem er diesen mit dem Rückbau der Baugrubenspriessung beauftragt und ihm den Hilfsarbeiter E._ anvertraut habe, habe er keine Pflichtverletzung begannen (Urteil S. 23). Er habe D._ zudem detaillierte Anweisungen gegeben und ihn insbesondere orientiert, dass die Stahlträgerkonstruktion nicht ohne Kran entfernt werden dürfe (Urteil S. 25).
Die Vorinstanz gelangt weiter zum Ergebnis, D._ könnten beim Rückbau der Stahlträger keine konkreten Fehler nachgewiesen werden. Dem Beschwerdegegner 2 könne daher nicht vorgeworfen werden, er oder eine von ihm zu bestellende Ersatzperson hätte bei einer genügenden Überwachung von D._ dessen Fehler bemerken und zur Gefahrenabwehr reagieren müssen (Urteil S. 38).
In der Eventualbegründung führt die Vorinstanz aus, selbst wenn D._ fehlerhaft gearbeitet hätte, sei die Vermeidbarkeit des Unfalls bei einer pflichtgemässen Überwachung zu verneinen, da die täglichen halbstündigen Besuche des Beschwerdegegners 2 auf der Baustelle am Montagmorgen, bevor D._ die fehlerhaften Arbeiten ausführte, und am Dienstagnachmittag nach dem Unfall hätten stattfinden können (Urteil S. 38-41).
4. 4.1 Die Beschwerde in Strafsachen ist zu begründen. In der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht im Sinne von Art. 95 BGG verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG). Beruht der angefochtene Entscheid wie vorliegend auf mehreren selbständigen Begründungen, die je für sich den Ausgang des Rechtsstreits besiegeln, so hat der Beschwerdeführer darzulegen, dass jede von ihnen Recht verletzt (<ref-ruling> E. 6).
4.2 Die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz kann vor Bundesgericht nur gerügt werden, wenn sie willkürlich (Art. 9 BV) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.1). Willkür bei der Beweiswürdigung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist oder mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht (<ref-ruling> E. 2.4; <ref-ruling> E. 5.4; je mit Hinweisen). Die Rüge der Willkür muss anhand des angefochtenen Entscheids präzise vorgebracht und begründet werden, ansonsten darauf nicht einzutreten ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 4.2.3; <ref-ruling> E. 2.8; je mit Hinweisen).
5. 5.1 Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz stelle den Sachverhalt offensichtlich unrichtig fest, indem sie zum Schluss komme, es sei nicht nachweisbar, dass der Rückbau der Stahlträger unsorgfältig erfolgte. D._ habe das nötige Wissen für die ihm übertragenen Aufgaben gefehlt. Der Umstand, dass dieser bereits in den Vorjahren mit dem Rückbau von Baugrubenspriessungen in Vorarbeiterfunktion betraut worden sei, sage nichts über seine tatsächlich vorhandenen Qualifikationen aus. Ihr Beweisantrag, dessen Wissen von einem Experten prüfen zu lassen, sei in Verletzung von Art. 107 und Art. 318 Abs. 2 StPO sowie Art. 29 Abs. 2 BV abgewiesen worden.
5.2 Den Beschwerdeführern ist insofern beizupflichten, als die Würdigung der Vorinstanz, D._ könnten beim Rückbau der Stahlträger keine konkreten Fehler nachgewiesen werden und er sei für diese Art von Arbeit ausreichend qualifiziert gewesen, mit den Ausführungen des SUVA-Experten nur schwer vereinbar ist. Dieser gelangte in seinem Unfallrapport zum Ergebnis, die Arbeiter seien beim Ausbau der Baugrubenspriessung nicht fachgerecht vorgegangen. Die Art und Weise, wie der Spriessungsausbau erfolgt sei, lasse darauf schliessen, dass die nötige Fachkenntnis vor Ort nicht vorhanden gewesen sei (kant. Akten, Urk. 9/1 S. 2 f.; Urk. 9/4 S. 2 f.). Der Experte kritisierte insbesondere, dass durch das bodenerdige Zurückschneiden eines vertikalen Trägers ein Auflager entfernt wurde, weshalb die horizontalen Träger (Longarinen) nicht mehr stabil auf allen Verbindungseisen auflagen (kant. Akten, Urk. 25/3 S. 3 f. und 8 f.).
5.3 Die möglicherweise fehlende Fachkenntnis muss für den Beschwerdegegner 2 auch erkennbar gewesen sein (vgl. oben E. 2.2), ansonsten ihm nicht vorgeworfen werden kann, er habe mit D._ einen ungenügend qualifizierten Arbeiter mit dem Ausbau der Baugrubenspriessung beauftragt.
5.3.1 Gemäss dem SUVA-Experten ist der Rückbau einer Baugrubenspriessung - verglichen mit anderen Arbeiten im Baugewerbe - nicht mit besonderen Gefahren verbunden, sondern es handelt sich um eine "relativ einfache Arbeit". Ein Hilfsarbeiter mit über 17 Jahren Erfahrung könne sich das korrekte Vorgehen grundsätzlich durch "learning by doing" aneignen. Es sei zulässig, dass solche Arbeiten von einem erfahrenen Hilfsarbeiter geleitet würden, der über die notwendigen Kenntnisse verfüge, um die Arbeiten fachgerecht und sicher ausführen zu können, und der in der Lage sei, einen unerfahrenen Kollegen zu beaufsichtigen und zu führen. Nicht ausgeschlossen sei, dass sich ein langjähriger Mitarbeiter diese Kenntnisse auch ohne gezielte Ausbildung erarbeiten könne. Der Nachweis dieser Qualifikation sei aber schwieriger zu erbringen als über einen standardisierten Ausbildungsweg und Prüfungsabschluss. Es müsse nachgewiesen sein, dass die Person solche Arbeiten schon selbständig ohne Anleitung durch einen Polier richtig erledigt habe (kant. Akten, Urk. 9/4 S. 2 f.; Urk. 25/3 S. 5 f.; dazu auch Urteil S. 21 und S. 26).
5.3.2 D._ arbeitete im Zeitpunkt des Unfalls seit mehr als 17 Jahren für die C._ AG. Er galt innerhalb der Unternehmung als für die auszuführenden Arbeiten ausreichend qualifiziert, da er den Rückbau von Baugrubenspriessungen in Vorarbeiterfunktion in der Vergangenheit wiederholt ohne Anwesenheit eines Poliers ausgeführt hatte. Diese Feststellung wird von den Beschwerdeführern nicht beanstandet (Beschwerde Ziff. 8.2 S. 9).
Die Vorinstanz führt im Sinne einer Eventualbegründung aus, der Beschwerdegegner 2 sei im Zeitpunkt des Unfalls erst seit rund anderthalb Jahren bei der C._ AG angestellt gewesen und hätte mit D._ noch nicht so oft zusammengearbeitet. Er habe die Information über die Qualifikation von D._ vom erfahrenen Bauführer F._ erhalten, welcher bereits eine jahrelange Erfahrung mit diesem hatte. Auch B._ habe attestiert, dass bei der C._ AG die Befähigung der einzelnen Mitarbeiter durch die zuständigen Bauführer jeweils geprüft und die Informationen an die Mitarbeiter - wie vorliegend an den Beschwerdegegner 2 - weitergegeben würden. Der Beschwerdegegner 2 habe auf die Informationen seines auf gleicher Verantwortungsstufe angesiedelten Bauführerkollegen F._ vertrauen dürfen. Ihm könne nicht vorgeworfen werden, er hätte die von F._ angegebene Qualifikation von D._ noch näher überprüfen müssen, bevor er diesem den Auftrag erteilte (Urteil E. 2.1.2 S. 23).
5.3.3 Die Beschwerdeführer fechten die Eventualbegründung nicht an. Mit der Vorinstanz ist davon auszugehen, dass eine allfällige ungenügende Qualifikation von D._ für den Beschwerdegegner 2 nicht erkennbar war. Mangels Erkennbarkeit kann diesem nicht vorgeworfen werden, er sei bei der Auswahl der Arbeiter nicht sorgfältig vorgegangen. Eine nähere Überprüfung der fachlichen Qualifikation von D._ erübrigt sich.
6. 6.1 Die Beschwerdeführer beanstanden die vorinstanzliche Schlussfolgerung, der Unfall sei auch bei einer gehörigen Überwachung nicht vermeidbar gewesen. Hätte D._ am Montag früh noch nicht damit begonnen, die Vertikalträger ebenerdig abzuschneiden, hätte der Beschwerdegegner 2 mit ihm den genauen Ablauf der Arbeiten besprechen müssen. Ausserdem habe dieser die Koordination des Ablaufs, wozu die Bereitstellung des Krans zur rechten Zeit gehört habe, klar als Aufgabe der Bauführung angesehen, so dass er sich auch darum mit überwiegender Wahrscheinlichkeit gekümmert und erfahren hätte, dass der Kran am Montag noch nicht zur Verfügung stehen würde. D._ hätte sich so nie in einer Lage vorgefunden, in der er völlig auf sich selbst gestellt gewesen sei, und er hätte sich auch nicht dazu gedrängt gesehen, bei Störungen im Ablauf selber eine Lösung zu suchen. Es sei überwiegend wahrscheinlich, dass es bei einem Baustellenbesuch früh am Montag des 7. [recte: 6.] August 2007 zu einem völlig anderen Kausalverlauf gekommen wäre und der tödliche Unfall hätte verhindert werden können (Beschwerde S. 15-17).
6.2 Die Vorinstanz stellt bezüglich der Anforderungen an die genügende Überwachung der Bauarbeiter auf die Angaben des SUVA-Experten ab. Danach muss beim Rückbau einer Baugrubenspriessung nicht zwingend ein Polier vor Ort sein. Eine ausreichende Überwachung hätte darin bestanden, dass ein Polier oder, bei Fehlen eines solchen, der Bauführer die Arbeiten zumindest täglich für eine halbe Stunde überwacht (Urteil S. 26). Die Vorinstanz erwägt, die den gesetzlichen Vorschriften genügende und den konkreten Umständen angepasste sorgfältige Überwachung von D._ und des Verstorbenen hätte darin bestanden, dass der Beschwerdegegner 2 oder ein Stellvertreter bzw. Ersatzmann (Polier oder Bauführer) die Baustelle jeden Tag für rund eine halbe Stunde besucht hätte, um zu kontrollieren, ob der Stahlträgerrückbau fachgerecht und sicher durchgeführt werde. Eine dichtere Kontrolle bzw. umfassendere Überwachung habe vom Beschwerdegegner 2 nicht verlangt werden können (Urteil S. 27). Die Beschwerdeführer stellen dies nicht infrage.
6.3 Damit der Tod von E._ auf das pflichtwidrige Verhalten bzw. Unterlassen des Beschwerdegegners 2 zurückzuführen ist, wird verlangt, dass er auch vermeidbar war. Für die Vermeidbarkeit wird ein hypothetischer Kausalverlauf untersucht und geprüft, ob der Erfolg bei pflichtgemässem Verhalten des Täters ausgeblieben wäre. Der Erfolg ist dem Täter zuzurechnen, wenn dessen Verhalten mindestens mit einem hohen Grad der Wahrscheinlichkeit oder mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit die Ursache des Erfolgs bildete (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 7.3; je mit Hinweisen).
Ob ein hypothetischer Kausalzusammenhang gegeben ist, betrifft eine Tatfrage, sofern die entsprechende Schlussfolgerung auf dem Weg der Beweiswürdigung aus konkreten Anhaltspunkten getroffen wurde und nicht ausschliesslich auf allgemeiner Lebenserfahrung beruht (vgl.
BGE 132 V 393 E. 3.3; <ref-ruling> E. 5d mit Hinweisen; Urteil 6B_779/2009 vom 12. April 2010 E. 3.3.2).
BGE 132 V 393 E. 3.3; <ref-ruling> E. 5d mit Hinweisen; Urteil 6B_779/2009 vom 12. April 2010 E. 3.3.2).
6.4 6.4.1 Der Beschwerdegegner 2 verletzte sich am 3. August 2007 bei einem Nichtbetriebsunfall am Fuss, weshalb er vom Arzt am 4. August 2007 zu 100% arbeitsunfähig geschrieben wurde (kant. Akten, Urk. 10/2/1 und 10/2/2). D._ sagte aus, der Beschwerdegegner 2 habe sich am 6. August 2007 am Morgen auf die Baustelle begeben und mit ihm den Rückbau besprochen (kant. Akten, Urk. 10/8 S. 7; Urteil S. 27). B._ behauptete konstant, der Beschwerdegegner 2 habe am 6. August 2007 gearbeitet und erklärt, er werde sich trotz Krankschreibung täglich um die Baustelle kümmern. Im gleichen Sinne äusserte sich G._ (Urteil S. 28). Der Beschwerdegegner 2 gab demgegenüber an, er sei am 6. August 2007 nicht auf der Baustelle erschienen, weil er zu 100% arbeitsunfähig gewesen sei. Sein Arbeitgeber hätte für einen Stellvertreter besorgt sein müssen (kant. Akten, Urk. 22/1 S. 9). Die Vorinstanz stellt auf die glaubhaften Aussagen von B._ und G._ ab (Urteil S. 28). Sie verweist in ihrer Begründung zudem auf die Aussagen von D._ (Urteil S. 40). Sie schliesst nicht aus, dass dessen Darstellung zutrifft. Im Ergebnis lässt sie zugunsten des Beschwerdegegners 2 offen, ob sich dieser wie von D._ behauptet am 6. August 2007 am Morgen auf die Baustelle begab (Urteil S. 27 und 40). Keine Pflichtverletzung erblickt sie darin, dass der Beschwerdegegner 2 die Baustelle nicht am Dienstagmorgen dem 7. August 2007 besuchte. Zumindest ebenso wahrscheinlich sei, dass der Beschwerdegegner 2 - welcher am Dienstagmittag eine Besprechung mit B._ gehabt habe - erst am Dienstagnachmittag Zeit gefunden hätte, um auf der Baustelle vorbeizuschauen (Urteil S. 40).
6.4.2 Die Vorinstanz geht davon aus, die Schneidarbeiten, welche die Strahlträgerkonstruktion in ein gefährliches labiles Gleichgewicht gebracht haben könnten, seien frühestens im späteren Verlaufe des Montags ausgeführt worden. Möglicherweise seien sie auch erst am Morgen des Unfalltages erfolgt (Urteil S. 39). Sie verneint eine Vermeidbarkeit des Unfalls selbst für den Fall, dass der gefährliche Zustand bereits am Montag den 6. August 2007 geschaffen wurde. Die Wahrscheinlichkeit, dass der bei pflichtgemässer Sorgfalt zu erwartende Baustellenbesuch vom Montag stattgefunden haben könnte, bevor D._ die fehlerhaften Arbeiten ausgeführt habe, sei mindestens so gross wie die gegenteilige Annahme (Urteil S. 40).
6.4.2 Die Vorinstanz geht davon aus, die Schneidarbeiten, welche die Strahlträgerkonstruktion in ein gefährliches labiles Gleichgewicht gebracht haben könnten, seien frühestens im späteren Verlaufe des Montags ausgeführt worden. Möglicherweise seien sie auch erst am Morgen des Unfalltages erfolgt (Urteil S. 39). Sie verneint eine Vermeidbarkeit des Unfalls selbst für den Fall, dass der gefährliche Zustand bereits am Montag den 6. August 2007 geschaffen wurde. Die Wahrscheinlichkeit, dass der bei pflichtgemässer Sorgfalt zu erwartende Baustellenbesuch vom Montag stattgefunden haben könnte, bevor D._ die fehlerhaften Arbeiten ausgeführt habe, sei mindestens so gross wie die gegenteilige Annahme (Urteil S. 40).
6.5 6.5.1 Die vorinstanzlichen Erwägungen betreffend den hypothetischen Kausalverlauf beruhen auf den Aussagen des SUVA-Experten sowie von D._ und damit auf einer Würdigung der konkreten Verhältnisse. Der SUVA-Experte gab zu Protokoll, für die Herbeiführung des gefährlichen Zustands hätten die Bauarbeiter maximal 3 bis 4 Stunden benötigt (kant. Akten, Urk. 25/3 S. 8). Theoretisch hätte sich der Unfall auch ereignen können, wenn der Bauführer die Baustelle in einem ordnungsgemässen Rhythmus besichtigt hätte (kant. Akten, Urk. 25/3 S. 9; Urteil S. 39 f.). Die Aussagen von D._ sind widersprüchlich. Daraus ergibt sich jedoch, dass die nicht fachgerechten Schneidarbeiten frühestens im späteren Verlauf des 6. August 2007 erfolgten (Urteil S. 39). Die Würdigung der Vorinstanz, wonach der gefährliche Zustand bei einem Baustellenbesuch am Montagmorgen noch nicht bzw. nicht zwingend erkennbar war, ist nicht willkürlich. Die Beschwerdeführer erheben dagegen auch keine konkreten Einwände.
6.5.2 Wirft man dem Beschwerdegegner 2 vor, er habe am 6. August 2007 gearbeitet und seinem Arbeitgeber - entgegen seinen Aussagen - gesagt, er werde sich täglich um die Baustelle kümmern, kann ihm nicht ohne Weiteres zum Vorwurf gemacht werden, er sei - entgegen den Aussagen von D._ - am 6. August 2007 nicht auf der Baustelle erschienen. Die Beschwerdeführer setzen sich mit den Aussagen der Beteiligten nicht auseinander, sondern gehen ohne nähere Begründung davon aus, der Baustellenbesuch des Beschwerdegegners 2 vom 6. August 2007 habe nicht stattgefunden. Dies ist im bundesgerichtlichen Verfahren nicht zulässig (vgl. Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Beschwerdeführer hätten vielmehr aufzeigen müssen, weshalb die Vorinstanz ihrer Auffassung nach zugunsten des Beschwerdegegners 2 willkürlich offen lässt, ob dieser am 6. August 2007 auf der Baustelle war.
6.5.3 Die Vorinstanz stellt fest, der Beschwerdegegner 2 habe D._ detaillierte Anweisungen gegeben, wie beim Rückbau der Baugrubenspriessung vorzugehen ist. D._ habe diesem bestätigt, dass er wisse, was er genau zu tun habe. Die Anweisungen des Beschwerdegegners 2 hätten sich nicht unterschieden von denjenigen des Bauführers F._ bei früheren Ausbauten von Baugrubenspriessungen. Dem Beschwerdegegner 2 könne nicht vorgeworfen werden, er habe D._ ungenügend instruiert (Urteil S. 25). Die Beschwerdeführer setzen sich auch damit nicht auseinander. Mit ihrem Vorwurf, der Beschwerdegegner 2 hätte mit D._ am Montagmorgen den genauen Ablauf der Arbeiten besprechen müssen, gehen sie über die von der Vorinstanz festgestellte gehörige Instruktion hinweg, ohne jedoch eine entsprechende Willkürrüge zu erheben.
6.6 Soweit die Beschwerdeführer geltend machen, der Beschwerdegegner 2 hätte sich beim Baustellenbesuch am Montagmorgen vergewissern müssen, dass der von ihm organisierte Kran zur Verfügung stand bzw. organisatorische Massnahmen zur Sicherstellung der Arbeitsgeräte treffen müssen, handelt es sich um ein unzulässiges neues Vorbringen (Art. 99 Abs. 1 BGG). Der Einwand lässt sich den vorinstanzlichen Plädoyernotizen der Beschwerdeführer nicht entnehmen (kant. Akten, Urk. 76). Eine allfällige mangelhafte Koordination der Arbeiten durch den Beschwerdegegner 2 war nicht Gegenstand der Ermittlungen. Ein entsprechender Vorwurf wird auch in der Anklageschrift nicht erhoben. Das Problem mit dem Kran wird darin nicht erwähnt. Auf das Vorbringen der Beschwerdeführer kann nicht eingetreten werden.
7. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Das Gesuch der Beschwerdeführer um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ist gutzuheissen, da die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war und die Bedürftigkeit erstellt scheint (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es sind keine Kosten zu erheben. Der Vertreter der Beschwerdeführer ist für das Verfahren vor dem Bundesgericht aus der Bundesgerichtskasse zu entschädigen.
Die Parteientschädigung des obsiegenden Beschwerdegegners 2 ist von den Beschwerdeführern als unterliegender Partei in solidarischer Haftung zu tragen (Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch der Beschwerdeführer um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen.
3. Rechtsanwalt Daniel Bohren wird aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- ausgerichtet.
4. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
5. Die Beschwerdeführer haben dem Beschwerdegegner 2 für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 2'000.-- zu bezahlen, unter solidarischer Haftung.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, II. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Januar 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Unseld