Sachverhalt:
A. A._, geboren 1972, erlitt am 2. Januar 1994 einen Autounfall. Die Invalidenversicherung bezahlte als berufliche Massnahme die Kosten einer kaufmännischen Ausbildung sowie eines Sprachdiploms. In der Folge war A._ voll berufstätig. Wegen eines Rückfalls meldete sie sich am 25. November 2002 erneut zum Leistungsbezug an. Am 18. Juni 2004 und am 30. Januar 2006 war A._ erneut in einen Autounfall verwickelt. Die IV-Stelle des Kantons Zürich verneinte am 24. Februar 2006 den Anspruch auf berufliche Massnahmen. Am 29. Juni 2006 ersuchte A._ um Leistungen infolge eines Invaliditätsgrades von 50 %. Die IV-Stelle zog das im Rahmen des Unfallversicherungsverfahrens vom medizinischen Zentrum X._ am 23. Oktober 2006 erstattete polydisziplinäre Gutachten bei und sprach ihr mit Verfügungen vom 8. November 2007 von August bis Oktober 2003 eine Viertelsrente bei einem Invaliditätsgrad von 44 %, von November 2003 bis August 2004 eine halbe Rente bei einem Invaliditätsgrad von 50 % sowie von September 2004 bis Oktober 2006 eine ganze Rente bei einem Invaliditätsgrad von 100 % zu.
B. A._ liess dagegen unter Beilage des von ihr in Auftrag gegebenen Gutachtens der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007 Beschwerde erheben. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wies die Beschwerde mit Entscheid vom 12. Februar 2009 ab.
C. A._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien in Aufhebung des kantonalen Entscheids auch nach dem 31. Oktober 2006 eine ganze Invalidenrente auszurichten, bezüglich des Zeitraums vom 1. August 2003 bis 31. August 2004 die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen und die IV-Stelle zu verpflichten, ihr die Kosten des Gutachtens der medizinischen Gutachtenstelle Y._ von Fr. 14'890.-, eventualiter von Fr. 7445.-, zu erstatten. Allenfalls sei die Sache insgesamt an die Vorinstanz zu erneutem Entscheid zurückzuweisen. Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (<ref-law>; vgl. zur Invaliditätsbemessung auch <ref-ruling>).
2. Die Versicherte macht geltend, die Vorinstanz habe ihr rechtliches Gehör verletzt, indem sie sich nicht mit allen Rügen auseinandergesetzt habe. Dieser formelle Einwand ist vorweg zu prüfen.
2.1 Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in ihrer Rechtslage betroffenen Person auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist es nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich die betroffene Person über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann. In diesem Sinne müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf die sich ihr Entscheid stützt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88 mit Hinweisen).
2.2 Der kantonale Entscheid ist hinreichend begründet. Dass sich die Vorinstanz einlässlich oder gar seitenlang zu jeder einzelnen Diagnose und jedem Befund in jedem Arztbericht äussert, ist - entgegen der Ansicht der Versicherten - nicht nötig. Es reicht nach der Rechtsprechung, dass sich dem Entscheid insgesamt entnehmen lässt, aus welchen Gründen sie dem einen und nicht dem andern Gutachten gefolgt ist. Die Versicherte war denn auch in der Lage, den Entscheid sachgerecht anzufechten. Ihr rechtliches Gehör wurde nicht verletzt.
3. Bei den letztinstanzlich erstmals aufgelegten Berichten des Dr. med. Z._, Facharzt für Neurologie sowie Physikalische Medizin und Rehabilitation, vom 13. März 2009 und des Dr. med. D._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 17. März 2009 handelt es sich um Stellungnahmen der am Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ beteiligten Experten zum vorinstanzlichen Entscheid. Diese stellen unzulässige Noven dar (<ref-law>), da die Gutachter sich zu Fragen äussern, welche nicht erst der vorinstanzliche Entscheid aufgeworfen hat, sondern sie präzisieren ihre Aussagen im Rahmen des Gutachtens der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007.
4. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über das zeitlich anwendbare Recht (<ref-ruling>) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
5. 5.1 Die Invalidität gilt als eingetreten, sobald sie die für die Begründung des Anspruchs auf die jeweilige Leistung erforderliche Art und Schwere erreicht hat (<ref-law>). Im Falle einer Rente gilt die Invalidität in dem Zeitpunkt als eingetreten, in dem der Anspruch nach <ref-law> entsteht, d.h. frühestens wenn der Versicherte mindestens zu 40 % bleibend erwerbsunfähig geworden ist (lit. a) oder während eines Jahres ohne wesentlichen Unterbruch durchschnittlich mindestens zu 40 % arbeitsunfähig gewesen war (lit. b; <ref-ruling> E. 2.1, 119 V 102 E. 4a).
5.2 Die Vorinstanz hat in für das Bundesgericht verbindlicher Weise (E. 1) festgehalten, dass die Ärzte der Versicherten ab 28. August 2002 eine Arbeitsunfähigkeit von 20 % und ab 14. November 2002 eine solche von 50 % attestierten (vgl. Berichte des Dr. med. R._, Facharzt für Neurologie, vom 16. September 2002, des Dr. med. F._, Facharzt für Innere Medizin, vom 8. Februar 2003, und des Dr. med. H._, Facharzt für Chirurgie, vom 20. März 2003 sowie das Gutachten der Rheumaklinik und Institut für Physikalische Medizin, Spital U._, vom 19. Juni 2003). Die Versicherte legt in ihrer Beschwerde nicht dar, inwiefern diese tatbeständlichen Feststellungen offensichtlich unrichtig sein sollten. Somit beginnt die einjährige Wartezeit von <ref-law> im August 2002 und endet im Juli 2003, so dass Vorinstanz und Verwaltung den Rentenbeginn zu Recht auf 1. August 2003 festsetzten.
5.3 Die Versicherte beanstandet das vorinstanzliche, vom tatsächlich erzielten Einkommen im Jahr 2001 ausgehend ermittelte Valideneinkommen von Fr. 83'618.- für 2006 nicht. Sie macht aber geltend, sie habe ab Oktober 2002 einen Soziallohn bezogen. Ob dies zutrifft, kann offenbleiben, da dieser Umstand keinen Einfluss auf den Rentenbeginn hat (vgl. E. 5.2) und die Vorinstanz bei der Ermittlung des Invalideneinkommens wie auch schon die IV-Stelle nicht vom tatsächlich erzielten Lohn nach Eintritt der gesundheitlichen Verschlechterung ausgingen, sondern die statistischen Werte der Lohnstrukturerhebung des Bundes (LSE) zugrunde legten. Hingegen hat die Versicherte bereits bei Rentenbeginn Anspruch auf eine halbe Invalidenrente, da - anders als für die Festsetzung der Arbeitsunfähigkeit während der Wartezeit nach <ref-law> - nicht die durchschnittliche Arbeitsunfähigkeit des vergangenen Jahres massgebend ist, sondern die Verhältnisse im Zeitpunkt des Rentenbeginns, d.h. in casu die im August 2003 tatsächlich bestehende Arbeits- und gestützt darauf ermittelte Erwerbsunfähigkeit (vgl. <ref-ruling>). <ref-law> kommt bei der erstmaligen Rentenfestsetzung nicht zur Anwendung, sondern nur wenn sich die bei Rentenbeginn zugesprochene Rente ändert, wobei die Änderung der Rente in derselben Verfügung wie die erstmalige Festsetzung erfolgen kann (vgl. auch <ref-ruling> sowie MEYER, Das Bundesgesetz über die Invalidenversicherung, 1997, S. 235). Dies ergibt sich schon aus dem Titel vor <ref-law> (Die Revision der Rente und der Hilflosenentschädigung).
6. Zu prüfen bleibt der Rentenanspruch ab 1. November 2006. Dabei ist streitig, ob auf das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 23. Oktober 2006 oder auf das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007 abzustellen ist.
6.1 Hinsichtlich des Beweiswertes eines Arztberichts ist entscheidend, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen des Experten begründet sind (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis).
6.2 Das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 23. Oktober 2006 ist polydisziplinär und umfasst nebst der Zusammenfassung der relevanten Vorakten, den subjektiven Angaben der Versicherten und einer objektiven Befundaufnahme im Rahmen eines internistischen Untersuchs (einschliesslich Allgemeinstatus und Labor), je ein Teilgutachten eines Neurologen, Psychiaters und Rheumatologen sowie eine interdisziplinäre Beurteilung. Die Experten diagnostizierten mit Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit ein chronisches cervikospondylogenes und cervikocephales Syndrom mit/bei Status nach Schleuderunfall vom 2. Januar 1994 sowie Auffahrunfälle vom 18. Juni 2004 und 30. Januar 2006, deutlicher Funktionsstörung am craniocervikalen Übergang, reaktiven Tendomyosen im linken Schultergürtel mit referred-pain Symptomatik, Fehlhaltung der HWS und radiologisch Kyphosestellung C4 bis C6 ohne wesentlich reaktive generative Veränderungen, ein Lumbovertebralsyndrom mit/bei Fehlhaltung, Beckentorsion und ISG-Blockierung links, altersnormalem Röntgenbild ohne degenerativ-reaktive Veränderungen und radiologisch unklarem Befund linkes Illium (DD: aneurysmatische Knochenzyste, ossifizierendes Fibrom, Enchondrom). Das ebenfalls festgestellte Untergewicht mit/bei einem Body Mass Index von 17 kg/m2 und Status nach psychogener Essstörung (Bulimia nervosa) erachteten sie ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit. Neurologische oder neuropsychologische Defizite bestünden keine und eine psychische Komorbidität sei nicht ausgewiesen. Es sei von einem Endzustand auszugehen und die vorhandenen gesundheitlichen Beschwerden seien mit überwiegender Wahrscheinlichkeit zu 50 % Unfallfolgen. Der Versicherten sei ihr angestammter Beruf zu 50 % und eine besser angepasste Tätigkeit unter Berücksichtigung ungünstiger unergonomischer Arbeitshaltungen zu 80 % zumutbar.
6.3 Das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007 beinhaltet eine Zusammenfassung der Vorakten, je ein rheumatologisches, psychiatrisches und neurologisches Teilgutachten sowie eine interdisziplinäre Beurteilung. Bei der interdisziplinären Beurteilung war auch die Neuropsychologin beteiligt, welche im Vorgang zum Gutachten die Versicherte untersucht hatte. Die Experten diagnostizierten eine mittelgradige depressive Episode (ICD-10: F 32.0) mit Angststörung, ein cervikovertebrales und cervikospondylogenes Syndrom (cervikobrachial und cervikocephal) bei Status nach drei Unfällen (1994, 2004, 2006), ein chronisch rezidivierendes Lumbovertebralsyndrom bei Status nach Unfall 1994, eine posttraumatische Migräne seit dem Unfall von 2004 sowie eine leichte neuropsychologische Funktionsstörung als Folge der Schmerz- und depressiven Symptomatik. Es lägen keine relevanten neurologischen oder spezifischen neuropsychologischen Störungen vor. Für die Schmerzproblematik und die Depression seien die drei Unfälle in den Jahren 1994, 2004 und 2006 verantwortlich und es fänden sich keine erheblichen unfallunabhängigen Faktoren. Im Rahmen der Teilgutachten nahmen die Experten Stellung zum Gutachten des medizinischen Zentrums X._. Aktuell bestehe bekanntlich seit Januar 2006 eine volle Arbeitsunfähigkeit. Da bezüglich der Depression noch ein gewisses Erholungspotenzial gegeben sei, sei der Endzustand noch nicht erreicht; eine adäquate antidepressive Therapie lasse eine relevante Besserung erhoffen. Die zumutbare Arbeitsfähigkeit betrage bei optimal angepasstem Arbeitsplatz im kaufmännischen Bereich aktuell 20 %. Alternative Tätigkeiten würden infolge der andauernden Schmerzproblematik nicht zu einer höheren Arbeitsfähigkeit führen, weshalb sich eine Umschulung nicht empfehle.
6.4 Bei dem Gutachten des medizinischen Zentrums X._ vom 23. Oktober 2006 und dem Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ vom 21. November 2007 handelt es sich um zwei formell gleichwertige Gutachten. Sie unterscheiden sich jedoch inhaltlich sowohl bezüglich der Diagnosen, indem das medizinische Zentrum X._ keine psychiatrische Erkrankung, die medizinische Gutachtenstelle Y._ hingegen eine mittelgradige depressive Episode mit Angststörung feststellt, als auch bezüglich der zumutbaren Arbeitsfähigkeit, welche das medizinische Zentrum X._ mit 80 % in einer angepassten Tätigkeit, die medizinische Gutachtenstelle Y._ jedoch mit maximal 20 % veranschlagte.
6.5 Soweit die Versicherte geltend macht, das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ sei überzeugender, weil es mehr Akten als jenes des medizinischen Zentrums X._ berücksichtigt habe, kann ihr nicht gefolgt werden. Aus dem Aktenauszug im Gutachten des medizinischen Zentrums X._ ergibt sich nicht, dass dem medizinischen Zentrum X._ die von der Versicherten aufgeführten Berichte nicht zur Verfügung standen; vielmehr hält das medizinische Zentrum X._ explizit fest, dass es nur die relevanten Akten zusammenfasse. Die Versicherte legt denn auch nicht substantiiert dar, inwiefern die angeblich nicht berücksichtigten Akten für die Beurteilung ihrer gesundheitlichen Situation wesentlich sein sollen. Überdies gibt es auch Berichte, welche das medizinische Zentrum X._ aufführt, die medizinische Gutachtenstelle Y._ hingegen nicht (z.B. die Stellungnahme des Prof. Dr. med. K._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 17. Mai 2000). Ebenfalls unzutreffend ist, dass das Gutachten des medizinischen Zentrums X._ den Unfall vom 30. Januar 2006 nicht in die Beurteilung miteinbeziehe. Da dieser dritte Unfall sich zwischen Auftragserteilung und Erstattung des Gutachtens ereignete, beziehen sich die gestellten Fragen nur auf die bis zur Auftragserteilung vorgefallenen ersten beiden Unfallereignisse. Das Gutachten beurteilt jedoch die Situation unter Berücksichtigung aller drei Unfälle (vgl. dazu auch die Mitteilung des dritten Unfalles durch den Unfallversicherer mit Schreiben vom 13. März 2006). Auch der Einwand, das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ sei überzeugender, weil es die Unterschriften aller beteiligten Experten aufweise, ist unbehelflich. Massgebend ist vielmehr, dass die verschiedenen Teilgutachter bei der Gesamtbeurteilung mitgewirkt haben. Dies ist auch beim Gutachten des medizinischen Zentrums X._ der Fall. Anhaltspunkte, dass diese Aussage des federführenden Gutachters nicht zutreffend sein soll, bestehen keine und werden auch nicht geltend gemacht. Schliesslich fällt auf, dass im Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ die Experten im Rahmen ihres Teilgutachtens einen Befund erheben, doch fehlt es an einer allgemeinen objektiven Befundaufnahme im Sinne eines Allgemeinstatus und allfälliger Laborwerte. So ist etwa nicht nachvollziehbar, dass sich die Gutachter der medizinischen Gutachtenstelle Y._ angesichts des Status nach Bulimie mit der subjektiven Gewichtsangabe durch die Versicherte begnügten, obwohl sie vom Psychiater als "schlank bis mager" beurteilt wird.
Die Frage, welches der beiden Gutachten inhaltlich massgebend ist, kann jedoch nicht abschliessend beurteilt werden. Während die Experten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ in ihrem Gutachten sich mit der Einschätzung der Begutachter des medizinischen Zentrums X._ auseinandersetzen konnten, findet sich bei den Akten keinerlei Stellungnahme des medizinischen Zentrums X._ zum Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._; im Rahmen des unfallversicherungsrechtlichen Verfahrens hatte die Vorinstanz das medizinische Zentrum X._ lediglich aufgefordert, sich zur Aufteilung der Unfallfolgen auf die drei Unfälle zu äussern. Es ist nicht ersichtlich, weshalb das Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ aus fachlicher Sicht nicht überzeugt. Somit ist die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese den Experten des medizinischen Zentrums X._ Gelegenheit zur Stellungnahme zum Gutachten der medizinischen Gutachtenstelle Y._ gewährt und hernach über die Massgeblichkeit der beiden Gutachten entscheidet oder allenfalls ein Obergutachten in Auftrag gibt. Denn die Beantwortung der Frage nach der zumutbaren Arbeitsfähigkeit ist relevant für die Beurteilung allfälliger Leistungen nach dem 1. November 2006.
7. Die Kosten eines von der versicherten Person veranlassten Gutachtens sind vom Versicherungsträger dann zu übernehmen, wenn sich der medizinische Sachverhalt erst auf Grund des neu beigebrachten Untersuchungsergebnisses schlüssig feststellen lässt und dem Unfallversicherer insoweit eine Verletzung der ihm im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes obliegenden Pflicht zur rechtsgenüglichen Sachverhaltsabklärung vorzuwerfen ist (RKUV 2004 Nr. U 503 S. 186 [U 282/00] und Urteil 8C_542/2008 vom 20. November 2008, E. 6.1).
Wie es sich damit verhält, kann im jetzigen Zeitpunkt noch nicht gesagt werden (vgl. E. 6.5). Somit ist die Sache auch in diesem Punkt an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie nach Abklärung im Sinne der Erwägungen über dieses Begehren erneut entscheide.
8. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Die Parteien haben die Gerichtskosten im Masse ihres Unterliegens zu tragen (<ref-law>). Die Versicherte hat Anspruch auf eine reduzierte Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. Februar 2009 aufgehoben. Es wird festgestellt, dass die Beschwerdeführerin von August bis September 2003 Anspruch auf eine halbe Invalidenrente hat. Die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen, damit sie im Sinne der Erwägungen verfahre und über die Beschwerde gegen die Verfügungen vom 8. November 2007 neu entscheide. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden zu drei Vierteln der Beschwerdegegnerin und zu einem Viertel der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2100.- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 1. Oktober 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold