EMRK (Weisung des Haftrichters), hat sich ergeben:
A.-Die Bezirksanwaltschaft Winterthur ermittelt seit 1997 gegen B._ wegen Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Er wird beschuldigt, als verantwortlicher Präsident des Vereins zur sinnvollen Nutzung tabuisierter Ressourcen in Turbenthal alkaloidhaltige Pflanzen bzw. Hanfkraut zur Gewinnung von Betäubungsmitteln anzubauen, zu verarbeiten und in den Handel zu bringen. Am 27. Oktober 1999 wurde B._ verhaftet und in den Räumlichkeiten des Vereins und verschiedener Verkaufsgeschäfte wurden Hausdurchsuchungen vorgenommen. Anlässlich der Haftprüfungsverhandlung vom 29. Oktober 1999 beantragte die Bezirksanwaltschaft die Anordnung der Untersuchungshaft, eventualiter die Auferlegung einer Weisung. Der Verhaftete beantragte seine Freilassung und eine Gutheissung des Eventualantrags der Bezirksanwaltschaft. Der Haftrichter verfügte die Freilassung des Angeschuldigten und auferlegte ihm in Ziffer 2 seines Entscheids die Weisung,
"inskünftig jegliche Mitwirkung oder Tätigkeit im Zusammenhang mit der Herstellung und dem Vertrieb/Verkauf von Cannabisprodukten, insbesondere Hanfduftsäcke und Hanfharzmünzen beziehungsweise Haschischtaler im Zusammenhang mit dem Verein zur sinnvollen Nutzung tabuisierter Ressourcen in Turbenthal beziehungsweise mit irgendeinem Verkaufsgeschäft in Winterthur, Zürich oder einem anderen Ort zu unterlassen. "
Im Falle der Nichtbefolgung wurde ihm Inhaftierung wegen Fortsetzungsgefahr angedroht.
B.-B._ führt gegen Ziffer 2 des Dispositivs des haftrichterlichen Entscheids staatsrechtliche Beschwerde und beantragt, sie sei wegen Verletzung von Art. 4, 31 und 56 aBV bzw. Art. 11 EMRK aufzuheben.
Die Bezirksanwaltschaft und das Bezirksgericht Winterthur verzichten auf eine Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Der Beschwerdeführer beantragt die Aufhebung einer Weisung, die seinen Anträgen in der Haftprüfungsverhandlung vom 29. Oktober 1999 entspricht.
a) Der angefochtene Entscheid ist ein erstinstanzlicher und gleichzeitig letztinstanzlicher. Da der Haftrichter das Recht - trotz des Antrags des Betroffenen - von Amtes wegen anwenden musste und volle Überprüfungsbefugnis hatte, sind die neuen rechtlichen Vorbringen des Beschwerdeführers, wonach die Weisung verschiedene Grundrechte verletze, grundsätzlich zulässig (<ref-ruling> E. 1a S. 90 f.).
b) Von hier nicht in Betracht fallenden Ausnahmen abgesehen, sind neue Vorbringen tatsächlicher Art in einer staatsrechtlichen Beschwerde unzulässig (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 7; <ref-ruling> E. 5a S. 26).
Der Beschwerdeführer hat die angefochtene Weisung beantragt und gemäss Protokoll der haftrichterlichen Verhandlung vom 29. Oktober 1999 mehrmals erklärt, er werde sowieso von seinen Funktionen im "Verein zur sinnvollen Nutzung tabuisierter Ressourcen" zurücktreten, womit die Weisung kein Hindernis sei. Er hat zwar beigefügt, er sei mit dieser aus prinzipiellen Gründen nicht einverstanden. Der Haftrichter durfte aber davon ausgehen, dass er dem Beschwerdeführer mit der angefochtenen Weisung eine Tätigkeit verbietet, die dieser sowieso aufgeben wollte. Vor Bundesgericht qualifiziert der Beschwerdeführer die angefochtene Weisung hingegen als Berufsverbot und führt aus, sie entziehe ihm die wirtschaftliche Lebensgrundlage. Er kritisiert auch, dass es unverhältnismässig sei, ihm nicht wenigstens die Weiterführung des unbestrittenermassen legalen Teils seiner bisherigen Tätigkeit zu erlauben. Der Beschwerdeführer hat somit offensichtlich seine Pläne geändert und bringt neue Tatsachen vor, die der Haftrichter, insbesondere bei der Beurteilung der Verhältnismässigkeit der angefochtenen Massnahme, nicht berücksichtigen konnte. Daher kann auf diese im vorliegenden Verfahren nicht eingegangen werden. Die neuen Tatsachen muss der Beschwerdeführer zuerst vor dem Haftrichter geltend machen. Er kann - wie im Falle einer Untersuchungshaft - jederzeit eine Aufhebung der angefochtene Ersatzmassnahme beantragen, weil ihre Voraussetzungen weggefallen seien, ihr Zweck mit milderen Massnahmen erreicht werden könne oder weil sie unverhältnismässig geworden sei (vgl. § 74 in Verbindung mit §§ 58 Abs. 3, 64 und 65 des Zürcher Gesetzes betreffend den Strafprozess vom 4. Mai 1919 [StPO/ZH, LS 321] und Andreas Donatsch/Niklaus Schmid, Kommentar zur Strafprozessordnung des Kantons Zürich, 1996, N. 12-16 zu § 74).
c) Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde einzutreten, soweit sie nicht auf neuen tatsächlichen Vorbringen beruht.
2.- Der Beschwerdeführer rügt zunächst eine Verletzung der Vereinigungsfreiheit, die in Art. 56 aBV (Art. 23 der neuen Bundesverfassung vom 18. April 1999 [BV], die am 1. Januar 2000 in Kraft getreten ist [AS 1999 2555]) und Art. 11 EMRK geschützt wird.
a) Der Beschwerdeführer bringt vor, der angefochtene Entscheid zwinge ihn dazu, als Präsident des Vereins zurückzutreten. Der Haftrichter hat jedoch nur zur Kenntnis genommen, dass der Beschwerdeführer als Präsident des Vereins zurücktritt. Die angefochtene Weisung zwingt den Beschwerdeführer nicht dazu. Sie mag rein grammatikalisch mehrdeutig und unklar formuliert sein. Die dem Beschwerdeführer untersagten Tätigkeiten "im Zusammenhang mit" der Herstellung und dem Vertrieb von Cannabisprodukten, "im Zusammenhang mit" dem umstrittenen Verein "beziehungsweise mit" Verkaufsgeschäften können rein sprachlich als drei verschiedene Alternativen verstanden werden, deren jede ihm untersagt ist. Gemeint sein und von ihm verlangt werden kann jedoch nur, dass er sich nicht an der Herstellung, am Vertrieb oder Verkauf von Cannabisprodukten beteilige und zwar weder im Zusammenhang mit dem Verein, den er präsidiert, noch im Zusammenhang mit irgend einem Verkaufsgeschäft. Obwohl ihr Wortlaut auch bedeuten könnte, dass ihm jegliche Mitwirkung im fraglichen Verein und an irgend einem Verkaufsgeschäft an irgend einem Ort verboten wäre, kann die Weisung verfassungsmässig und ihrem Zweck entsprechend ausgelegt nicht so verstanden werden. Genauso wenig verbietet ihm die angefochtene Weisung, obwohl ihr Wortlaut auch jede "Mitwirkung ... im Zusammenhang mit dem Verein" abdecken könnte, dem "Verein zur sinnvollen Nutzung tabuisierter Ressourcen" anzugehören und sich für dessen ideelle Ziele einzusetzen.
b) Die angefochtene Weisung hindert den Beschwerdeführer einzig daran, an der wirtschaftlichen Produktions- und Vertriebstätigkeit des Vereins teilzunehmen. Solches wirtschaftliches Handeln eines Vereins fällt unter den Schutzbereich der Wirtschaftsfreiheit (vgl. Giorgio Malinverni, Kommentar BV, Art. 56, Rz. 8; Jörg Paul Müller, Grundrechte in der Schweiz, 3. Auflage, 1999, S. 341; Jean- François Aubert, Traité de droit constitutionnel suisse, 1967, Band 2, S. 747 f.). Es ist weder dargetan noch ersichtlich, inwiefern die erhobenen Rügen Schutzbereiche betreffen, die nur von der Vereinsfreiheit erfasst werden. Daher braucht vorliegend nur geprüft werden, ob der angefochtene Entscheid die Wirtschaftsfreiheit verletzt.
c) Der Beschwerdeführer ruft ebenfalls Art. 11 EMRK an. Die EKMR hat jedoch entschieden, dass das Recht, an der Verwaltung oder Leitung eines Vereins teilzunehmen, nicht von dieser Bestimmung geschützt wird (Entscheid der EKMR i.S. X. c. Belgien, vom 18. September 1961, Annuaire de la Convention européenne des droits de l'homme 1961 S. 339). Da es in der angefochtenen Weisung nach dem Gesagten nur um Einschränkungen dieses Rechts geht, kann Art. 11 EMRK nicht verletzt sein.
3.- Auch die auf Art. 4 aBV (<ref-law>) gestützte Rüge, der angefochtene Entscheid sei willkürlich, hat neben der Berufung auf die Wirtschaftsfreiheit keine selbständige Bedeutung (<ref-ruling> E. 6c S. 202). Letzteres Grundrecht ist nur gewahrt, wenn der angefochtene Eingriff auf einer genügenden gesetzlichen Grundlage beruht (vgl. hinten, E. 4a). Ist dies der Fall, kann diese durch den angefochtenen Entscheid nicht willkürlich angewandt worden sein (<ref-ruling> E. 4a S. 314). Um zulässigerweise in ein Grundrecht eingreifen zu dürfen, muss die angefochtene Weisung weiterhin im öffentlichen Interesse liegen und verhältnismässig sein. Falls sie diese Anforderungen erfüllt, kann sie auch nicht in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderlaufen.
4.- Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung der in Art. 31 aBV (<ref-law>) gewährleisteten Wirtschaftsfreiheit. Da seine Tätigkeit eine privatwirtschaftliche war, die der Erzielung eines Erwerbseinkommens diente, fällt sie unter den Schutz dieses Grundrechts (<ref-ruling> E. 2a S. 337 mit Hinweisen). Es kann offen bleiben, ob das angefochtene Verbot, die bisherige Tätigkeit während der Strafuntersuchung auszuüben, angesichts der Vorbringen des Beschwerdeführers vor dem Haftrichter, wonach er sie sowieso aufgeben wolle, einen schweren Eingriff in dieses Grundrecht darstellt. Diesfalls würde das Bundesgericht mit freier Kognition prüfen, ob die dafür notwendige gesetzliche Grundlage besteht, andernfalls nur mit Willkürkognition. Wie zu zeigen ist, erscheint die gesetzliche Grundlage für die angefochtene Massnahme selbst bei freier Prüfung als genügend. In jedem Falle prüft das Bundesgericht frei, ob die Einschränkung im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist (<ref-ruling> E. 3a S. 217 mit Hinweisen; vgl. zu den Voraussetzungen für Einschränkungen von Grundrechten auch <ref-law>).
a) Nach <ref-law>/ZH können einem Angeschuldigten Weisungen hinsichtlich seiner beruflichen Tätigkeit erteilt werden. Dabei handelt es sich um eine Ersatzanordnung anstelle einer Untersuchungshaft (vgl. <ref-law>/ZH). Wie diese darf sie daher nur angeordnet werden, wenn der Angeschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird und ausserdem noch einer der speziellen Haftgründe der Flucht-, Fortsetzungs-, Ausführungs- oder Kollusionsgefahr gegeben ist (vgl. <ref-ruling>).
aa) Der Beschwerdeführer gibt zu, Cannabisprodukte hergestellt und damit, insbesondere mit Hanfduftsäcken, Hanfharzmünzen und Haschischtalern gehandelt zu haben. Er bestreitet indes, dass dies strafbar gewesen sei, und verneint damit insoweit das Vorliegen eines dringenden Tatverdachts. Er bringt vor, nach Art. 19 Abs. 1 des Betäubungsmittelgesetzes (BetmG, SR 812. 121) sei der Anbau von alkaloidhaltigen Pflanzen nur strafbar, wenn er in der Absicht der Gewinnung von Betäubungsmitteln erfolge. Eine solche könne ihm im gegenwärtigen Verfahrensstadium nicht nachgewiesen werden. Entsprechend dem Namen des Vereins beabsichtige er eine legale Verwendung der alkaloidhaltigen Pflanzen und auf den Duftsäcken befinde sich auch ein ausdrücklicher Hinweis, sie seien nicht zum Drogenkonsum zu verwenden. Da ihm die Behörden nach jeder Untersuchungshandlung während der zweijährigen Strafuntersuchung erlaubt hätten, seine Tätigkeit fortzuführen, und keine Anklage erhoben worden sei, habe er davon ausgehen können, seine Tätigkeit sei nicht illegal.
Im Gegensatz zum erkennenden Sachrichter hat das Bundesgericht bei der Überprüfung des dringenden Tatverdachtes keine erschöpfende Abwägung sämtlicher belastender und entlastender Beweisergebnisse vorzunehmen. Auch der subjektive Tatbestand, vorliegend etwa der Wille der Gewinnung von Betäubungsmitteln, braucht entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers nicht "nachgewiesen" zu werden. Macht ein Angeschuldigter geltend, gegen ihn würden ohne ausreichenden Tatverdacht strafprozessuale Massnahmen ergriffen, ist vielmehr zu prüfen, ob genügend konkrete Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der Beschwerdeführer eine Straftat begangen hat, die kantonalen Behörden somit das Bestehen eines dringenden Tatverdachts mit vertretbaren Gründen bejahen durften (<ref-ruling> E. 3c S. 146). Auch die Prüfung der rechtlichen Qualifikation der vorgeworfenen Handlungen kann nur in derart eingeschränkter Weise erfolgen. Andernfalls würde das Bundesgericht der kantonalen Strafjustiz vorgreifen, gegen deren Endentscheide erst die eidgenössische Nichtigkeitsbeschwerde gegeben ist. Mit staatsrechtlicher Beschwerde kann im Übrigen, auch wenn die Nichtigkeitsbeschwerde nach Art. 268 BStP mangels kantonalen Endurteils nicht gegeben ist, keine Verletzung von Bundesstrafrecht gerügt werden, sondern nur eine solche verfassungsmässiger Rechte (vgl. Art. 84 OG).
Der Haftrichter verweist bezüglich des dringenden Tatverdachts auf die Angaben der Bezirksanwaltschaft. Diese führt - ohne dass dies in der Beschwerde bestritten würde - aus, die vom Beschwerdeführer hergestellten Hanfduftsäcke und Hanfharzmünzen würden einen Tetrahydrocannabinolgehalt (THC) von 2 bis über 10 % aufweisen. Objektiv fallen diese damit unter den Begriff der Betäubungsmittel (vgl. zu THC als betäubendem Wirkstoff <ref-ruling> E. 2f/cc S. 322; <ref-ruling> E. 2 S. 258 ff. und zu Duftsäcken unveröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 26. November 1997 i.S. W. E. 3c). Zum subjektiven Tatbestand beruft sich der Beschwerdeführer auf ein unveröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 16. November 1994 i.S. E., in dem stehe, das Bewusstsein, dass ein Teil der Empfänger allenfalls versuchen werde, das vertriebene Produkt als Rauschgift zu rauchen, genüge nicht für einen Verstoss gegen das Betäubungsmittelgesetz. Diese Aussage findet sich nicht in jenem Urteil. Vielmehr wurde darin eine Verurteilung wegen Verteilung von Hanfblättern mit einem THC-Gehalt von 0,1% geschützt, weil der Verteilende wusste, dass ein Teil der Empfänger sie als Betäubungsmittel benutzen wolle. Der Beschwerdeführer hat vor dem Haftrichter anerkannt, dass gewisse Kunden der vom Verein belieferten Läden dessen Produkte wegen ihrer berauschenden Wirkung erwerben. Anlässlich der Hausdurchsuchung vom 27. Oktober 1999 in diesen Läden konnte auch festgestellt werden, dass deren Kunden mit Einverständnis der Verantwortlichen daselbst Betäubungsmittel konsumierten. Damit konnte vom dringenden Verdacht ausgegangen werden, der Beschwerdeführer nehme die Bestimmung als Betäubungsmittel zumindest eventualvorsätzlich in Kauf.
Aus der Tatsache, dass ihm die Behörden seine Tätigkeit während des Strafverfahrens bisher nicht verunmöglicht hatten, kann der Beschwerdeführer nichts gegen die angefochtene Weisung ableiten. Er macht nicht geltend, er hätte sich bei den zuständigen Behörden über die Zulässigkeit des Geschäftes mit den Cannabisprodukten erkundigt oder diese hätten ihm eine entsprechende Zusicherung gegeben. Im Gegenteil wusste er, dass deswegen ein Strafverfahren gegen ihn läuft. Allein der Umstand, dass die Behörden den Verkauf gewisser Produkte nicht schon früher verboten haben, lässt die Weisung nicht als Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben (vgl. <ref-law>; <ref-ruling> E. 2c S. 479 mit Hinweisen) erscheinen.
bb) Das Vorliegen einer Fortsetzungsgefahr, des speziellen Haftgrundes, auf den sich der angefochtene Entscheid stützt, bestreitet der Beschwerdeführer nicht ausdrücklich. Immerhin können Untersuchungshaft oder Ersatzmassnahmen gegen einen Angeschuldigten nur dann wegen Fortsetzungsgefahr angeordnet werden, wenn er zahlreiche Verbrechen oder erhebliche Vergehen verübt hat und befürchtet werden muss, dass er erneut solche Straftaten begehen werde (vgl. <ref-law>/ZH). Der Beschwerdeführer stuft das öffentliche Interesse an der ihm auferlegten Weisung als gering ein. Damit bestreitet er sinngemäss auch, dass es sich nach geltendem Recht um genügend schwere Taten handelt, um Ersatzmassnahmen wegen Fortsetzungsgefahr zu rechtfertigen. Auch bei der Beurteilung dieser Frage, ob die vorgeworfenen Delikte genügend schwer sind, darf das Bundesgericht nicht der Beurteilung der Delikte durch den Sachrichter vorgreifen. Im angefochtenen Entscheid finden sich keinerlei Ausführungen über die Schwere der vorgeworfenen Delikte. Der Beschwerdeführer rügt dies aber nicht als Verletzung der aus Art. 4 aBV und 29 Abs. 2 BV fliessenden Begründungspflicht. Zwar können die ihm vorgeworfenen Handlungen nicht schon deshalb als schwerer Fall einer Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz angesehen werden, weil sie im Sinne von <ref-law> die Gesundheit vieler Menschen in Gefahr bringen könnten. Dies trifft für den Handel mit Cannabisprodukten nicht zu (<ref-ruling> E. 2 S. 315; <ref-ruling> E. 2 S. 258 ff.). Hingegen konnte der Haftrichter angesichts der Vorwürfe der Bezirksanwaltschaft einen schweren Fall nach <ref-law> wegen gewerbsmässigen Handels mit einem grossen Umsatz annehmen. Der Vorwurf eines solchen Verbrechens (vgl. <ref-law> und <ref-law>) kann nach <ref-law>/ZH Ersatzmassnahmen wegen Fortsetzungsgefahr rechtfertigen, solange diese verhältnismässig bleiben.
cc) Im Weiteren bringt der Beschwerdeführer vor, <ref-law>/ZH könne jedenfalls nicht als gesetzliche Grundlage dazu dienen, ihm auch den unbestrittenermassen legalen Teil seiner bisherigen Tätigkeit zu verbieten. Dieser Auslegung kann nicht gefolgt werden. So verstanden hätte die Bestimmung keinen Sinn, da sich die "Weisung", keine Straftaten zu begehen, schon aus der übrigen Rechtsordnung ergibt. Auch die im Gesetz ebenfalls erwähnten Weisungen hinsichtlich des Aufenthaltsortes, einer ärztlichen Behandlung oder einer regelmässigen Meldung bei den Behörden verlangen ein Verhalten, das ohne die entsprechende Weisung nicht vorgeschrieben wäre. Im Hinblick auf die zu bannende Fortsetzungsgefahr scheint es durchaus sinnvoll, einem Angeschuldigten während des Strafverfahrens eine an sich legale Berufstätigkeit zu verbieten, die im Grenzbereich zu den ihm vorgeworfenen Straftaten angesiedelt ist (vgl. Sylva Fisnar, Ersatzanordnungen für Untersuchungshaft und Sicherheitshaft im zürcherischen Strafprozess, Zürich 1997, S. 63-65; André Hänni, Ersatzmassnahmen für Untersuchungshaft, 1980, S. 99). Auch die Weisungen, die nach <ref-law> dem zu einer bedingten Freiheitsstrafe Verurteilten während der Probezeit erteilt werden dürfen, können etwa einem wegen Handels mit unzüchtigen Gegenständen Verurteilten vorschreiben, "während der Probezeit kein Geschäft mit Sexartikeln zu betreiben oder betreiben zu lassen" (<ref-ruling>), obwohl ein solches an sich nicht rechtswidrig ist.
b) Der Beschwerdeführer anerkennt, dass es im öffentlichen Interesse liege, den verbotenen Anbau und Verkauf von Betäubungsmitteln zu verhindern. Er bestreitet jedoch, dass ein öffentliches Interesse daran bestehe, ihm ebenfalls seine legalen Tätigkeiten zu verbieten und ihn arbeitslos zu machen. Letztere Rüge beruht auf einem neuen Vorbringen, auf das nicht eingetreten werden kann. Der Haftrichter konnte davon ausgehen, der Beschwerdeführer wolle seine frühere Tätigkeit sowieso aufgeben. Ob auch eine bloss auf illegale Produkte beschränkte Weisung die vom Beschwerdeführer ausgehende Fortsetzungsgefahr hätte bannen können und ob der Weisung entgegenstehende öffentliche und private Interessen überwiegen, ist eine im Folgenden zu prüfende Frage der Verhältnismässigkeit. Dass in der öffentlichen Diskussion eine Entkriminalisierung von Cannabisprodukten gefordert wird und darüber ein Vernehmlassungsverfahren durchgeführt wurde (vgl. BBl 1999 7306), ändert jedenfalls nichts am öffentlichen Interesse, die geltende Rechtsordnung durchzusetzen.
c) Der Beschwerdeführer kritisiert, die angefochtene Weisung sei unverhältnismässig.
aa) Wenn sich der Beschwerdeführer an sie hält, ist die angefochtenen Weisung geeignet, ihn vom verbotenen Anbau und Handel von Betäubungsmitteln abzuhalten, auch wenn sie ihn ebenfalls von legalen Tätigkeiten abhält. Der Beschwerdeführer wendet ein, die Weisung sei ungeeignet, weil ihre Einhaltung nicht überprüfbar sei und er im Verdeckten weitermachen könne. Soweit der Beschwerdeführer damit gegen die angefochte Weisung vorbringt, sie sei ungeeignet, weil er sich nicht an sie halten werde, ist dies rechtsmissbräuchlich.
Im Übrigen ist nicht ersichtlich, warum das von ihm vorgeschlagene Verbot illegalen Handelns leichter zu kontrollieren wäre. bb) Der Beschwerdeführer rügt, die Weisung gehe zu weit und sei nicht erforderlich. Es würde genügen, ihm bloss den Verkauf der von den Strafverfolgungsbehörden als illegal betrachteten Produkte zu verbieten. Der Anbau und die Verarbeitung betreffen jedoch einen Grundstoff, der zur Herstellung von legalen und von illegalen Produkten dient. Es ist nicht ersichtlich, wie der Beschwerdeführer nur für die Herstellung der einen Produktelinie verantwortlich sein könnte und wie dies kontrolliert werden könnte. Wenn der Beschwerdeführer legale Hanfprodukte herstellen dürfte, würde er auch in Gefahr kommen, im Grenzbereich aus Erwerbstrieb oder Überzeugung falsch zu entscheiden. Aufgrund der bisherigen Erfahrungen durfte der Haftrichter ernsthaft hiermit rechnen. Ein auf Betäubungsmittel beschränktes Verbot erschien somit nicht als geeignete Massnahme und eine mildere als die erlassene Weisung, die den Zweck erreicht hätte, ist nicht ersichtlich.
cc) Das Gebot der Verhältnismässigkeit im engeren Sinne ruft der Beschwerdeführer sinngemäss dadurch an, dass er die angefochtene Weisung als umfassendes Berufsverbot qualifiziert, das ihm seine Lebensgrundlage entziehe. Wenn der Erfolg des von ihm geleiteten Vereins aber hauptsächlich auf dem Verkauf legaler Produkte beruhte, ist nicht ersichtlich, warum der Beschwerdeführer zumindest während der Strafuntersuchung nicht auch in selbständiger oder unselbständiger Stellung mit Herstellung und Vertrieb anderer Naturprodukte erfolgreich sein könnte. Wenn die angefoch- tene Weisung wie vorne (E. 2b) erwähnt ausgelegt wird, und auf seine Ausführungen vor dem Haftrichter abgestellt wird (vgl. vorne E. 1b), wird ihm bloss eine Tätigkeit verboten, die er sowieso aufgeben wollte. Der Haftrichter durfte davon ausgehen, dass das öffentliche Interesse, den Beschwerdeführer an einer Fortsetzung seiner Delikte zu hindern, auch wenn diese nicht sehr schwer wiegen, gegenüber den so umschriebenen privaten Interessen des Beschwerdeführers überwog. Die angefochtene Weisung ist daher nicht unverhältnismässig. Damit ist noch nicht entschieden, wie die Abwägung ausfallen muss, falls der Haftrichter in einem neuen Entscheid die neue Tatsache, dass der Beschwerdeführer seine frühere Tätigkeit, allenfalls wenigstens beschränkt auf die unbestritten legalen Produkte fortsetzen will, berücksichtigen muss.
d) Eine weitere Voraussetzung eines Eingriffs in die Wirtschaftsfreiheit ist, dass er keine wirtschaftspolitischen Ziele verfolgt. Der Beschwerdeführer bringt vor, der angefochtene Entscheid genüge nicht den Anforderungen an eine marktwirtschaftliche Ordnung, in der ein Interesse an der Erschliessung neuer Märkte und der Erhaltung von Arbeitsplätzen bestehe. Er behauptet aber nicht, das Ziel der Weisung des Haftrichters sei es, legale Hanfprodukte auf dem Markt zu behindern. Ein anderes Motiv für die angefochte Weisung, als den Beschwerdeführer an der Fortsetzung der ihm vorgeworfenen illegalen Tätigkeit zu hindern, ist auch nicht ersichtlich.
5.- Soweit auf sie eingetreten werden kann, ist die Beschwerde somit als unbegründet abzuweisen. Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Die gesetzlichen Voraussetzungen dafür sind erfüllt (Art. 152 OG). Namentlich erschien die Beschwerde nicht zum Vornherein aussichtslos, und auch die Bedürftigkeit des Beschwerdeführers ist ausreichend glaubhaft gemacht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt:
a) Es werden keine Kosten erhoben.
b) Rechtsanwalt Hans Ulrich Würgler wird als unentgeltlicher Rechtsbeistand ernannt und für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse mit einem Honorar von Fr. 1'500. -- entschädigt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bezirksanwaltschaft sowie dem Bezirksgericht Winterthur schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 13. Januar 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: