Sachverhalt:
A. A._ (Arbeitnehmerin) war seit dem 5. Oktober 1992 bei der X._ (Arbeitgeberin) als Verkäuferin angestellt. Seit dem 1. Januar 2006 betrug ihr Monatslohn, ausgehend von 16 Arbeitsstunden pro Woche, Fr. 1'645.-- netto. Mit Schreiben vom 2. August 2006 kündigte die Arbeitgeberin das Arbeitsverhältnis aus wirtschaftlichen Gründen auf den 31. Dezember 2006. Mitte Dezember 2006 erfuhr die Arbeitnehmerin, dass sie schwanger war und teilte dies der Arbeitgeberin umgehend mit. Zur Klärung der Sach- und Rechtslage wurde das Arbeitsverhältnis vorsorglich fortgesetzt. Die Arbeitnehmerin unterzeichnete einen Vertrag als Ferienaushilfe und wurde vom 1. Januar 2007 bis 24. Januar 2007 weiterhin beschäftigt, wofür sie Fr. 1'323.70 erhielt. Gemäss Arztzeugnis vom 12. Januar 2007 war ihre Schwangerschaft bereits vor Ende November 2006 eingetreten.
Am 23. Januar 2007 teilte die Arbeitgeberin der Arbeitnehmerin mündlich mit, das Arbeitsverhältnis werde nicht weitergeführt. Nach dem 24. Januar 2007 arbeitete die Arbeitnehmerin nicht mehr für die Arbeitgeberin. Mit Schreiben vom 25. Januar 2007 gab die Arbeitgeberin gegenüber der Arbeitnehmerin an, der Beginn der Schwangerschaft könne auf den 10. November 2006 festgelegt werden. Die dreimonatige Kündigungsfrist sei somit bereits vor dem Beginn der Sperrfrist abgelaufen gewesen, weshalb am Kündigungstermin festgehalten werde. Die bis zum 24. Januar 2007 erbrachten Arbeitsstunden würden als Ferienaushilfe vergütet. Mit Schreiben vom 26. Januar 2007 gab die Arbeitnehmerin - vertreten durch die Y._ Arbeitslosenkasse - an, die Kündigungsfrist sei in die Sperrfrist gefallen, welche noch bis 16 Wochen nach der Geburt laufe. Das Arbeitsverhältnis dauere somit noch an, weshalb die Arbeitnehmerin ihre Arbeitskraft weiter anbiete. Auf dieses Schreiben reagierte die Arbeitgeberin nicht. Mit anwaltlichem Schreiben vom 9. März 2007 machte die Arbeitnehmerin erneut geltend, die Kündigungsfrist habe nach der Methode der Rückwärtsrechnung in der Sperrfrist gelegen, weshalb die Arbeitnehmerin bei der Arbeitgeberin weiter beschäftigt werden solle. Am 2. August 2007 gebar die Arbeitnehmerin ein Mädchen.
B. Mit Klage vom 29. Mai 2007 belangte die Arbeitnehmerin (Klägerin 1) die Arbeitgeberin (Beklagte) beim Arbeitsgericht St. Gallen auf Zahlung von Fr. 6'992.30 brutto samt 5 % Zins seit dem 29. Mai 2007. Zur Begründung führte die Klägerin 1 aus, die Kündigung sei zur Unzeit erfolgt, weshalb sich das Arbeitsverhältnis bis Ende Mai 2007 verlängere. Für diese Zeit verlangte sie Lohn abzüglich des für den Januar 2007 erhaltenen Bruttolohns von Fr. 1'232.70.
Mit Schreiben vom 7. Juni 2007 beantragte die Y._ Arbeitslosenkasse (Klägerin 2), im Prozess zwischen der Klägerin 1 und der Beklagten als Nebenklägerin zugelassen zu werden. In der Folge verlangte die Klägerin 2 von der Beklagten aus gesetzlicher Subrogation für an die Klägerin 1 ausbezahlte Arbeitslosentaggelder für die Monate Januar bis Mai 2007 Fr. 5'312.25 netto.
Mit Entscheid vom 27. September 2007 stellte das Arbeitsgericht St. Gallen fest, die Beklagte schulde aus dem Arbeitsverhältnis mit der Klägerin 1 Fr. 6'992.30 brutto nebst Zins zu 5 % seit dem 29. Mai 2007 und verpflichtete die Beklagte, vom sich daraus ergebenden Nettolohn Fr. 5'312.25 an die Klägerin 2 und den Rest an die Klägerin 1 zu bezahlen.
Zur Begründung führte das Arbeitsgericht zusammengefasst aus, bei der Hemmung der Kündigungsfrist gemäss <ref-law> sei gemäss der Rechtsprechung von der Methode der Rückrechnung auszugehen. Dass das Bundesgericht mit dem abweichenden <ref-ruling> eine Praxisänderung gewollt habe, sei nicht anzunehmen, da eine solche nicht begründet worden und auch nicht gerechtfertigt sei. Demnach dauere die Kündigungsfrist vom 1. Oktober 2006 bis zum 31. Dezember 2006. Der Beginn der Schwangerschaft am 10. November 2006 falle somit in die Kündigungsfrist und hemme diese gemäss <ref-law> bis zum Ablauf der Sperrfrist gemäss <ref-law>. Die Kündigungsfrist habe damit ab dem 10. November 2006 bis 16 Wochen nach der Geburt am 2. August 2006, d.h. bis zum 22. November 2007, stillgestanden. Die fehlenden 52 Tage der Kündigungsfrist bis zum 31. Dezember 2006 seien daran anzuhängen, so dass sich das Datum vom 13. Januar 2008 ergebe. Da gemäss Ziff. 15.1 lit. b L-GAV für die X._-Gruppe die Kündigungsfrist jeweils auf das Ende eines Monats falle, ende das Arbeitsverhältnis gemäss <ref-law> am 31. Januar 2008.
C. Die Beklagte (Beschwerdeführerin) erhebt Beschwerde in Zivilsachen mit den Anträgen, der Entscheid des Arbeitsgerichts vom 27. September 2007 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen.
Die Klägerin 1 (Beschwerdegegnerin 1) schliesst auf Abweisung der Beschwerde soweit darauf einzutreten sei. Die Klägerin 2 (Beschwerdegegnerin 2) und das Arbeitsgericht liessen sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Bundesgericht überprüft von Amtes wegen und mit freier Kognition die Zulässigkeit der ihm unterbreiteten Beschwerden (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 4 S. 748).
1.2 Die Beschwerde in Zivilsachen ist gegen Entscheide letzter kantonaler Instanzen zulässig (<ref-law>). Das setzt voraus, dass die vor Bundesgericht erhobenen Rügen mit keinem kantonalen Rechtsmittel hätten geltend gemacht werden können. Gemäss Art. 255 des St. Galler Zivilprozessgesetzes vom 20. Dezember 1990 (ZPO/SG; sGS 961.2) ist eine Berufung an das Kantonsgericht ausgeschlossen, wenn der Streitwert - wie im vorliegenden Fall - weniger als Fr. 8'000.-- beträgt. In diesen Fällen kann jedoch gemäss <ref-law>/SG mit Rechtsverweigerungsbeschwerde beim Kantonsgericht geltend gemacht werden, dass ein Arbeitsgericht bei Ausübung der Befugnisse willkürlich gehandelt habe (vgl. Leuenberger/Tobler, Kommentar zur Zivilprozessordnung des Kantons St. Gallen, N. 5 zu <ref-law>/SG, die insoweit von einer eigentlichen kantonalen Willkürbeschwerde sprechen). Die Beschwerdeführerin rügt jedoch vor Bundesgericht nicht die Verletzung des Willkürverbots, sondern nur die unrichtige Entscheidung einer umstrittenen Rechtsfrage aus dem privaten Arbeitsrecht. Da diese Rüge nicht mit der Rechtsverweigerungsbeschwerde erhoben werden kann, erweist sich der angefochtene Entscheid als letztinstanzlich.
Nach dem Bundesgerichtsgesetz haben die Kantone grundsätzlich zwei Instanzen vorzusehen, denen mindestens die gleiche Kognition wie dem Bundesgericht zukommen muss (Art. 75 Abs. 2 i.V.m. <ref-law>). Zur notwendigen Anpassung steht den Kantonen jedoch eine Übergangsfrist zu, welche noch nicht abgelaufen ist (<ref-law>). Demnach ist nicht erheblich, dass das Arbeitsgericht kein oberes Gericht im Sinne von <ref-law> ist.
1.3 Die Beschwerde in Zivilsachen ist bei vermögensrechtlichen Angelegenheiten in arbeitsrechtlichen Fällen grundsätzlich nur zulässig, wenn der Streitwert mindestens Fr. 15'000.-- beträgt (<ref-law>). Wird dieser Streitwert nicht erreicht, ist die Beschwerde ausnahmsweise dennoch zulässig, wenn sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt (<ref-law>). Das ist der Fall, wenn ein allgemeines Interesse besteht, dass eine umstrittene Frage höchstrichterlich geklärt wird, um eine einheitliche Anwendung und Auslegung des Bundesrechts herbeizuführen und damit Rechtssicherheit herzustellen (vgl. <ref-ruling> E. 2.4). Eine vom Bundesgericht bereits entschiedene Rechtsfrage kann von grundsätzlicher Bedeutung sein, wenn sich die erneute Überprüfung aufdrängt. Dies kann zutreffen, wenn die Rechtsprechung nicht einheitlich oder in der massgebenden Lehre auf erhebliche Kritik gestossen ist (vgl. Urteil 4A_216/2007 vom 13. September 2007 E. 1.3; Beat Rudin, Basler Kommentar, N. 51 zu <ref-law>; Karin Müller, Einige Gedanken zum Begriff der "Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung" bei der Beschwerde in Zivilsachen nach dem neuen Bundesgerichtsgesetz, in: Isaak Meier et al. [Hrsg.], Wege zum Bundesgericht in Zivilsachen nach dem Bundesgerichtsgesetz; Zürich/St. Gallen 2007, S. 113 ff., 126). Ist eine Beschwerde nur unter der Voraussetzung zulässig, dass sich eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung stellt, so ist in der Beschwerdeschrift auszuführen, warum diese Voraussetzung erfüllt ist (<ref-law>).
1.4 Die Beschwerdeführerin bringt vor, es stelle sich die Frage, wie die Kündigungsfrist gemäss <ref-law> zu bestimmen sei. In <ref-ruling> E. 2.1 habe das Bundesgericht entgegen seiner früheren Praxis angenommen, die Kündigungsfrist beginne mit der Zustellung der Kündigung zu laufen, ohne von einer Praxisänderung zu sprechen. Im Entscheid 4C.230/2005 E. 1 kehre das Bundesgericht zu seiner bisherigen Praxis zurück, ohne auf den davon abweichenden <ref-ruling> einzugehen. Im Rechtsalltag werde daher darüber spekuliert, welcher dieser Entscheide der "Ausreisser" sei. Es sei wünschbar, dass das Bundesgericht diese Frage beantworte, zumal die uneinheitliche Praxis auf kantonaler Ebene zu unterschiedlichen Entscheiden geführt habe. Die Beschwerdegegnerin stellt die grundsätzliche Bedeutung der zur Diskussion stehenden materiellen Rechtsfrage nicht in Abrede.
1.5 In der Lehre wird <ref-ruling> kritisiert und die Meinung vertreten, das Bundesgericht habe damit wohl keine Änderung der Rechtsprechung vornehmen wollen (Gabriel Aubert, Calcul du délai de congé: revirement de jurisprudence? in: Zeitschrift für Arbeitsrecht und Arbeitslosenversicherung, ARV 2005, S. 173 ff., 175; Portmann, Basler Kommentar, 4. Aufl. 2007, N. 12 zu <ref-law>). Das Bundesgericht ging im Urteil 4C.230/2005 E. 1 nicht auf den abweichenden <ref-ruling> ein, weshalb nicht geklärt ist, ob mit diesem Entscheid eine Praxisänderung gewollt war. Damit besteht insoweit eine Rechtsunsicherheit, deren Beseitigung im allgemeinen Interesse liegt (Jean-Philippe Dunand, Entre flexibilisation et protection: le droit du travail en évolution (2005-2007), in: Aktuelle Anwaltspraxis 2007, S. 315 ff., 324; vgl. auch Wolfgang Portmann/Jean-Fritz Stöckli, Schweizerisches Arbeitsrecht, 2. Aufl. Zürich/Basel/Bern 2007, S. 202 Rz. 718, die angeben, die zukünftige Entwicklung sei ungewiss.). Demnach ist eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung zu bejahen und auf die form- und fristgerecht eingereichte Beschwerde in Zivilsachen einzutreten.
2. 2.1 <ref-law> mit der Marginalie "Kündigung zur Unzeit durch den Arbeitgeber" bestimmt:
"1 Nach Ablauf der Probezeit darf der Arbeitgeber das Arbeitsverhältnis nicht kündigen:
a. während die andere Partei schweizerischen obligatorischen Militär- oder Schutzdienst oder schweizerischen Zivildienst leistet, sowie, sofern die Dienstleistung mehr als elf Tage dauert, während vier Wochen vorher und nachher;
b. während der Arbeitnehmer ohne eigenes Verschulden durch Krankheit oder durch Unfall ganz oder teilweise an der Arbeitsleistung verhindert ist, und zwar im ersten Dienstjahr während 30 Tagen, ab zweitem bis und mit fünftem Dienstjahr während 90 Tagen und ab sechstem Dienstjahr während 180 Tagen;
c. während der Schwangerschaft und in den 16 Wochen nach der Niederkunft einer Arbeitnehmerin;
d. während der Arbeitnehmer mit Zustimmung des Arbeitgebers an einer von der zuständigen Bundesbehörde angeordneten Dienstleistung für eine Hilfsaktion im Ausland teilnimmt.
2 Die Kündigung, die während einer der in Absatz 1 festgesetzten Sperrfristen erklärt wird, ist nichtig; ist dagegen die Kündigung vor Beginn einer solchen Frist erfolgt, aber die Kündigungsfrist bis dahin noch nicht abgelaufen, so wird deren Ablauf unterbrochen und erst nach Beendigung der Sperrfrist fortgesetzt.
3 Gilt für die Beendigung des Arbeitsverhältnisses ein Endtermin, wie das Ende eines Monats oder einer Arbeitswoche, und fällt dieser nicht mit dem Ende der fortgesetzten Kündigungsfrist zusammen, so verlängert sich diese bis zum nächstfolgenden Endtermin."
2.2 In einem Entscheid aus dem Jahr 1989 ging das Eidgenössische Versicherungsgericht davon aus, der Beginn der Kündigungsfrist gemäss <ref-law> sei durch Rückrechnung vom Endtermin aus zu bestimmen. Zur Begründung wurde ausgeführt, der Zweck von <ref-law> bestehe darin, dem gekündigten Arbeitnehmer trotz zeitweiliger Arbeitsunfähigkeit eine ungekürzte Kündigungsfrist zu garantieren, damit er in der Lage ist, sich nach einer neuen Stelle umzusehen. Der Arbeitnehmer sei aber gerade gegen Ende seines gekündigten Arbeitsverhältnisses darauf angewiesen, dass eine allfällige Krankheit ihn beim Suchen einer Stelle möglichst nicht behindert. Dies treffe insbesondere dann zu, wenn Stellen in seiner Branche regelmässig kurzfristig besetzt werden. Der Zweck von <ref-law> lasse sich demzufolge in befriedigender Weise nur verwirklichen, wenn die Möglichkeit der Stellensuche während der Schlussphase des bisherigen Arbeitsverhältnisses gewährleistet werde (<ref-ruling> E. 3b S. 441). Das Bundesgericht hat diesen Entscheid später in konstanter Rechtsprechung bestätigt (Urteil vom 23. Oktober 1992 E. 2, publ. in: SJ 1993 S. 366; <ref-ruling> E. 2a; Urteil vom 20. Juli 1994 E. 3a, publ. in: SJ 1995 S. 801; <ref-ruling> E. 2a; Urteil 4C.331/2001 vom 12. Februar 2002 E. 3d). Davon abweichend nahm das Bundesgericht in einem publizierten Entscheid vom 14. April 2005 an, beim zeitlichen Kündigungsschutz beginne die Kündigungsfrist stets mit der Zustellung der Kündigung bzw. am darauf folgenden Tag zu laufen (<ref-ruling> E. 2.1). Mit diesem Entscheid wurde jedoch keine Änderung der bisherigen Rechtsprechung beabsichtigt, da nicht darauf Bezug genommen und die Abweichung nicht begründet wurde. Dies wird dadurch bestätigt, dass das Bundesgericht in einem nicht publizierten Urteil vom 1. September 2005 wieder gemäss früherer Praxis entschied (Urteil 4C.230/2005 E. 1). Demnach ist klarzustellen, dass diese Rechtsprechung nach wie vor massgebend ist.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt, entgegen der Meinung des Arbeitsgerichts sei die vom Bundesgericht in <ref-ruling> vorgesehene Lösung richtig. <ref-law> bezwecke, dem Arbeitnehmer zur Suche nach einer neuen Stelle die volle Kündigungsfrist zu gewährleisten. Habe aber diese Frist zur Verfügung gestanden, gebe es gemäss <ref-ruling> keinen Grund für eine nochmalige Verlängerung der Kündigungsfrist. Zudem sei verfehlt anzunehmen, der Arbeitnehmer brauche besonders gegen Ende des Arbeitsverhältnisses mehr Schutz. Nicht selten würden Arbeitnehmer nach der Mitteilung der Kündigung, z.B. aus Schock oder Verzweiflung darüber, vorübergehend arbeitsunfähig. In diesen Konstellationen verdiene der Arbeitnehmer ebenso Schutz wie in jenen, in denen er gegen Ende des Arbeitsverhältnisses krank werde. Dazu komme, dass die Bemühungen, eine neue Stelle zu finden, im Regelfall sofort nach Erhalt der Kündigung an die Hand genommen werden. Finde der Arbeitnehmer bald eine neue Stelle, so werde er sich im Regelfall auch nicht auf Art. 336c Abs. 2 und 3 OR berufen, wenn er gegen Ende des alten Arbeitsverhältnisses arbeitsunfähig werde. Habe indessen der Arbeitnehmer auch kurz vor Ende des Arbeitsverhältnisses noch keine neue Stelle gefunden, werde die nahtlose Fortsetzung des Arbeitsverhältnisses ungeachtet einer möglichen Arbeitsunfähigkeit immer unwahrscheinlicher. Daher sei die Beeinträchtigung bei der Stellensuche durch eine Krankheit in der Endphase des Arbeitsverhältnisses nicht mehr so belastend.
3.2 Mit diesen Vorbringen verlangt die Beschwerdeführerin eine Änderung der Rechtsprechung. Eine solche ist nicht von vornherein ausgeschlossen. Gerichten ist es nicht verwehrt, eine bisher geübte Praxis zu ändern, wenn sie zur Einsicht gelangen, dass eine andere Rechtsanwendung dem Sinn des Gesetzes oder veränderten Verhältnissen besser entspricht. Eine Praxisänderung muss sich jedoch auf ernsthafte sachliche Gründe stützen können, die umso gewichtiger sein müssen, je länger die als nicht mehr richtig erkannte bisherige Praxis befolgt wurde (<ref-ruling> E. 2.3 mit Hinweisen). Ob die Voraussetzungen für eine Änderung der Rechtsprechung gegeben sind, ist im Folgenden zu prüfen.
3.3 Soweit sich die Beschwerdeführerin auf <ref-ruling> beruft, lässt sie ausser Acht, dass dieser Entscheid bloss die Frage betrifft, ob eine Arbeitsunfähigkeit während der Fristverlängerung gemäss <ref-law> ebenfalls zu einer Hemmung der Kündigung führe. Dies hat das Bundesgericht verneint, da diese Fristverlängerung nur bezwecke, beiden Parteien den Übergang des Arbeitsverhältnisses und den Ersatz des entlassenen Arbeitnehmers zu erleichtern (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 477). Die Annahme des Bundesgerichts, dass der Arbeitnehmer in der Regel speziell gegen Ende des Arbeitsverhältnisses darauf angewiesen ist, während der vollen Kündigungsfrist eine neue Stelle suchen zu können, vermag die Beschwerdeführerin nicht zu widerlegen. Sie bestreitet nicht, dass es Stellen gibt, welche kurzfristig besetzt werden. Zudem wird nach der allgemeinen Lebenserfahrung die Stellensuche - wenn sie nicht bereits vorher zum Erfolg geführt hat - gegen das Ende des Arbeitsverhältnisses intensiviert. Weiter kann entgegen der Annahme der Beschwerdeführerin nicht gesagt werden, dass nach der Wahrnehmung eines "Durchschnittsmenschen", die Kündigung den Lauf der Kündigungsfrist auslöse. Vielmehr ist diese Frist ausgehend vom Ende des Arbeitsverhältnisses zu bestimmen, wobei die Kündigung - anders als bei einer Rechtsmittelfrist - nicht innerhalb, sondern vor Beginn der Kündigungsfrist auszusprechen ist. Zudem trifft es nicht zu, dass bei der Anwendung der Methode der Rückwärtsrechnung die Arbeitsunfähigkeit des Arbeitnehmers im Zeitpunkt der Kündigung unbeachtlich wäre, wenn er während der Kündigungsfrist wieder arbeitsfähig ist. Damit vermag die Beschwerdeführerin für eine Praxisänderung keine hinreichenden Gründe anzuführen. Solche sind auch nicht ersichtlich, zumal die neuere Lehre der bisherigen Rechtsprechung zustimmt (Portmann, a.a.O., N. 12 zu <ref-law>; Wolfgang Portmann/Jean-Fritz Stöckli, a.a.O., S. 202 Rz. 718; Streiff/von Kaenel, Arbeitsvertrag, 6. Aufl. Zürich 2006, N. 3 zu <ref-law>; Brunner/Bühler/Waeber/Bruchez, Kommentar zum Arbeitsvertragsrecht, 3. Aufl. Basel 2005, N. 12 zu <ref-law>; Aubert, Commentaire Romand, N. 3 zu Art. 336c-d OR; Hans-Peter Egli, in: Kren Kostkiewicz/Bertschinger/Breitschmied/ Schwander [Hrsg.], Handkommentar OR, Zürich 2002, N. 14 zu Art. 336c in Verb. mit N. 1 zu <ref-law>; offen gelassen: Aubert, a.a.O., ARV 2005, S. 175 f.). An dieser Rechtsprechung ist daher festzuhalten.
4. Für den Fall, dass von der Methode der Rückrechnung auszugehen sei, anerkennt die Beschwerdeführerin die vom Arbeitsgericht vorgenommene Berechnung der Kündigungsfrist als zutreffend. Damit erübrigen sich weitere Erörterungen.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Diese werden nach <ref-law> festgelegt, da der Streitwert unter Fr. 30'000.-- liegt. Die Beschwerdeführerin hat zudem die Beschwerdegegnerin 1 für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin 1 für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Arbeitsgericht St. Gallen, Arbeitsgerichtspräsident, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. April 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Corboz Gelzer