Sachverhalt:
A. A.C._ und B.C._ (Beschwerdeführer) gründeten mit öffentlicher Urkunde vom 7. März 1997 die Y._GmbH in Cham mit einem Stammkapital von Fr. 20'000.--. Die Gesellschaft übernahm von der Einzelfirma Y.A.C._ gemäss Übernahmevertrag vom 7. März 1997 und Übernahmebilanz per 31. Dezember 1996 Aktiven von Fr. 659'345.93 und Passiven von Fr. 557'880.61. Einziges Aktivum bildete eine in D._ (D) gelegene Liegenschaft. Am 4. März 2003 wurde über die Gesellschaft, die in der Zwischenzeit in Z._ GmbH umfirmiert worden war, der Konkurs eröffnet. Die Bank X._ (Beschwerdegegnerin) wurde im Konkursverfahren mit einer Forderung von Fr. 220'526.40 in der 3. Klasse zugelassen. Am 21. November 2003 wurden der Beschwerdegegnerin gestützt auf <ref-law> die Verantwortlichkeitsansprüche gegen die Gründer und die Organe der Gesellschaft abgetreten.
B. B.a Am 17. März 2004 reichte die Beschwerdegegnerin beim Kantonsgericht Zug eine Klage gegen die Beschwerdeführer über Fr. 220'526.40 ein. Sie warf den Beschwerdeführern vor, diese hätten es unterlassen, die Liegenschaft in D._ auf die Gesellschaft zu übertragen, weshalb sie als Gründer für den dadurch verursachten Schaden haften würden. Mit Urteil vom 16. Juni 2005 wurden die Beschwerdeführer in Gutheissung der Klage zur Bezahlung des eingeklagten Betrages verpflichtet. Eine dagegen erhobene Berufung wies das Obergericht des Kantons Zug am 11. Juli 2006 ab.
Mit Urteil vom 27. November 2006 hiess das Bundesgericht eine gegen das Obergerichtsurteil vom 11. Juli 2006 erhobene staatsrechtliche Beschwerde wegen Verletzung des rechtlichen Gehörs (mangelhafte Begründung) gut und hob das angefochtene Urteil auf (Verfahren 4P.224/2006). Gleichentags schrieb es das ebenfalls erhobene Berufungsverfahren zufolge Gegenstandslosigkeit ab (Verfahren 4C.306/2006).
B.b Mit Beschluss vom 23. Januar 2007 wies das Obergericht die Sache zur weiteren Behandlung im Sinne der Erwägungen des Bundesgerichts an das Kantonsgericht zurück. Dieses ordnete beim Schweizerischen Institut für Rechtsvergleichung ein Rechtsgutachten zur Frage an, ob nach deutschem Recht die Voraussetzungen geschaffen gewesen wären, um die in Deutschland gelegene Liegenschaft formell grundbuchlich in das Eigentum der Gesellschaft zu übertragen. Am 4. Juni 2008 hiess das Kantonsgericht die Klage gut und verpflichtete die Beschwerdeführer, der Beschwerdegegnerin unter solidarischer Haftbarkeit Fr. 220'526.40 zu bezahlen. Mit Urteil vom 23. Dezember 2008 wies das Obergericht die dagegen von den Beschwerdeführern eingereichte Berufung ab und bestätigte das Urteil des Kantonsgerichts.
C. Die Beschwerdeführer beantragen mit Beschwerde in Zivilsachen, das Urteil des Obergerichts aufzuheben und die Klage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich abzuweisen. Eventualiter sei die Streitsache an das Obergericht zur Neubeurteilung zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin und die Vorinstanz beantragen Abweisung der Beschwerde.
D. Mit Präsidialverfügung vom 12. Februar 2009 wurde das Gesuch der Beschwerdeführer um Erteilung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Auf die Beschwerde kann grundsätzlich eingetreten werden, da sie unter Einhaltung der gesetzlichen Frist (<ref-law>) und Form (<ref-law>) von der in ihren Anträgen unterliegenden Partei (<ref-law>) eingereicht wurde und sich gegen einen von einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>) gefällten Endentscheid (<ref-law>) in Zivilsachen (<ref-law>) in einer vermögensrechtlichen Angelegenheit mit einem Streitwert von über Fr. 30'000.-- (<ref-law>) richtet.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen nach Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2).
Unerlässlich ist im Hinblick auf <ref-law>, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.).
2.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss substantiiert darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden (<ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4).
Die Beschwerdeführer schildern in ihrer Beschwerdeschrift unter "Einleitende Bemerkungen" den Sachverhalt. Soweit sie darin oder in ihren Ausführungen zum Recht vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt abweichen oder diesen ergänzen, ohne hinlängliche Sachverhaltsrügen zu erheben, kann darauf nicht abgestellt werden.
3. Die Verantwortlichkeit der bei der Gründung einer GmbH mitwirkenden Personen richtet sich nach den Bestimmungen des Aktienrechts (<ref-law>). Sie werden demnach der Gesellschaft, den einzelnen Gesellschaftern und den Gesellschaftsgläubigern für den Schaden verantwortlich, wenn sie unter anderem absichtlich oder fahrlässig Sacheinlagen in den Statuten oder einem Gründungsbericht unrichtig oder irreführend angeben, verschweigen oder verschleiern oder die Eintragung der Gesellschaft in das Handelsregister aufgrund einer Bescheinigung oder Urkunde veranlassen, die unrichtige Angaben enthält (Art. 753 Ziff. 1 und 2 OR). Die unrichtige oder unvollständige Angabe von Sacheinlagen und die Einreichung von Urkunden oder Bescheinigungen, die unrichtige Angaben enthalten, gehen notwendigerweise nebeneinander her (<ref-ruling> E. 1).
Für eine Haftung nach <ref-law> müssen die vier Haftungsvoraussetzungen des Schadens, des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs zwischen dem vorgeworfenen Verhalten und dem Schaden, der Widerrechtlichkeit der Schädigung wegen Pflichtwidrigkeit des schädigenden Verhaltens sowie des Verschuldens erfüllt sein (vgl. <ref-ruling> E. 2d S. 183). Die der Gründungshaftung zugrunde liegenden Pflichtwidrigkeiten sind in den Ziffern 1-3 von <ref-law> abschliessend umschrieben (Bernard Corboz, Commentaire Romand, 2008, N. 21 zu <ref-law>).
4. 4.1 Betreffend Pflichtverletzung erwog die Vorinstanz, die Gesellschaft habe von der Einzelfirma Y.A.C._ gemäss Übernahmevertrag vom 7. März 1997 und Übernahmebilanz per 31. Dezember 1996 Aktiven von Fr. 659'345.93 und Passiven von Fr. 557'880.61 übernommen. Einziges Aktivum habe die in D._ (D) gelegene Liegenschaft gebildet. Aus dem Rechtsgutachten des Schweizerischen Instituts für Rechtsvergleichung ergebe sich, dass keine wirksame Eigentumsübertragung der besagten Liegenschaft von der Einzelfirma auf die Gesellschaft stattgefunden habe. Ebenso wenig habe ein bedingungsloser Anspruch der Gesellschaft auf Eintragung in das Grundbuch im Sinne von <ref-law> (recte: <ref-law>) bestanden. Mithin sei in der Übernahmebilanz und im Übernahmevertrag ein Aktivum aufgeführt, über welches die Gesellschaft gar nicht habe verfügen können. Infolgedessen sei die Sacheinlage der Beschwerdeführer um Fr. 659'345.93 zu hoch bewertet worden. Die von den Beschwerdeführern eingebrachte Sacheinlage sei also im Sinne von <ref-law> in den Statuten, welche auf den Übernahmevertrag und die Übernahmebilanz verwiesen, unrichtig umschrieben worden.
4.2 Die Beschwerdeführer bringen dagegen vor, aus dem Verkehrswertgutachten ergebe sich, dass die Sacheinlage sehr wohl richtig und mitnichten zu hoch bewertet worden sei. Dass durch die Nichtübertragung des Grundstücks die Sacheinlage zu hoch bewertet worden sei, stimme deshalb nicht. Dies auch deshalb, da gemäss Rechtsgutachten auch dann kein bedingungsloser Anspruch auf Eintragung im Grundbuch bestanden hätte, wenn der Sacheinlagevertrag öffentlich beurkundet worden wäre.
Der Einwand geht fehl. Das Verkehrswertgutachten, dessen Inhalt im angefochtenen Urteil ohnehin nicht festgestellt ist und daher vom Bundesgericht nicht berücksichtigt werden könnte (<ref-law>), ist nicht von Belang. Denn es geht nicht darum, dass der in den Gründungsurkunden angegebene Wert der Liegenschaft von Fr. 659'345.93 unzutreffend wäre. Den Beschwerdeführern wird vielmehr vorgeworfen, dass die Statuten eine Sacheinlage auswiesen, über welche die Gesellschaft gar nicht verfügen konnte. Die Liegenschaft war nicht eingebracht. Insofern war die Sacheinlage überbewertet. An diesem Vorwurf ändert nichts, dass auch bei einer öffentlichen Beurkundung noch weitere Schritte erforderlich gewesen wären, um die Gesellschaft als Eigentümerin im Grundbuch einzutragen. Das entsprechende Vorbringen zeigt bloss, dass der Vorwurf auch hätte aufrecht erhalten werden müssen, wenn der Sacheinlagevertrag öffentlich beurkundet worden wäre.
Die Vorinstanz hat mithin kein Bundesrecht verletzt, wenn sie eine Pflichtwidrigkeit im Sinne von <ref-law> bejahte, weil die Beschwerdeführer die Sacheinlage in den Statuten unrichtig umschrieben haben.
5. 5.1 Betreffend Schaden und Kausalzusammenhang erwog die Vorinstanz, der Schaden bestehe in der Differenz zwischen dem tatsächlichen Vermögensstand des Geschädigten und dem hypothetischen Stand ohne das pflichtwidrige Verhalten. Demgemäss bestehe der Schaden der Gesellschaft in der Differenz zwischen dem tatsächlichen Wert der Sacheinlage und ihrer Anrechnung auf das Grundkapital. Bei der Sacheinlage handle es sich um die Aktiven und Passiven der Einzelfirma. Der tatsächliche Wert betrage minus Fr. 557'880.61, da lediglich die Passiven in dieser Höhe, nicht aber die Aktiven übertragen worden seien. Gemäss Gründungsurkunde sei die Sacheinlage mit Fr. 20'000.-- auf das Grundkapital angerechnet worden. Die Differenz zwischen diesen beiden Beträgen und damit der Schaden der Gesellschaft belaufe sich auf Fr. 577'880.61.
Dieser Schaden wäre der Gesellschaft nicht entstanden, wenn die Beschwerdeführer neben den Passiven die in D._ gelegene Liegenschaft mit dem in den Gründungsurkunden angegebenen Wert von Fr. 659'345.93 als einziges Aktivum tatsächlich übertragen hätten. Der natürliche Kausalzusammenhang sei damit gegeben.
Gemäss <ref-law> würden Sacheinlagen nur dann als Deckung gelten, wenn die Gesellschaft nach ihrer Eintragung in das Handelsregister sofort als Eigentümerin darüber verfügen könne oder einen bedingungslosen Anspruch auf Eintragung in das Grundbuch erhalte. Das bedeute im vorliegenden Fall, dass der genannte Schaden mit der Eintragung der Gesellschaft in das Handelsregister entstanden sei, da sie zu diesem Zeitpunkt keinen bedingungslosen Anspruch auf Eintragung in das Grundbuch gehabt habe und damit bereits überschuldet im Sinne von Art. 820 i.V.m. <ref-law> gewesen sei.
Die Vorinstanz erachtete sodann den Beweis für die Behauptung der Beschwerdeführer, dass der Schaden auch bei rechtmässigem Verhalten entstanden wäre, als nicht erbracht. Gemäss den Gründungsurkunden hätte das rechtmässige Verhalten der Beschwerdeführer darin bestanden, dass sie eine von Pfandrechten unbeschwerte Liegenschaft mit einem Wert von Fr. 659'345.93 in die Gesellschaft eingebracht hätten. Hätten sie dies getan, wäre die Gesellschaft zum Zeitpunkt der Eintragung in das Handelsregister nicht überschuldet gewesen und es wäre ihr kein Schaden entstanden.
5.2 Ein natürlicher Kausalzusammenhang besteht dann, wenn das pflichtwidrige Verhalten für den eingetretenen Schaden eine notwendige Bedingung bildet (conditio sine qua non), d.h. nicht hinweggedacht werden könnte, ohne dass auch der eingetretene Erfolg entfiele (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2b). Ob ein natürlicher Kausalzusammenhang gegeben ist, beschlägt die tatsächlichen Verhältnisse (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 5.3; <ref-ruling> E. 2d S. 184). Das Bundesgericht ist an die diesbezüglichen Feststellungen der Vorinstanz gebunden (<ref-law>) vorbehältlich von Ausnahmen im Sinne von <ref-law>.
Nach einem allgemein geltenden Grundsatz greift keine Haftung, wenn der präsumtiv Haftpflichtige beweist, dass ein rechtmässiges Alternativverhalten denselben Schaden bewirkt hätte wie das tatsächlich erfolgte rechtswidrige Verhalten (<ref-ruling> E. 3.1 mit Hinweisen).
5.3 Die Beschwerdeführer rügen, die Vorinstanz habe den natürlichen Kausalzusammenhang willkürlich bejaht. Zudem gelange sie zu einem falschen Schluss bezüglich des rechtmässigen Alternativverhaltens. Der Schaden sei vorliegend nicht im Zeitpunkt der Gründung entstanden, weshalb die natürliche Kausalität für die Gründungshaftung nicht gegeben sei. Der Schaden wäre zudem auch dann entstanden, wenn sich das Grundstück im Eigentum der Gesellschaft befunden hätte. Denn wie sich nachträglich herausgestellt habe, habe das Grundstück zu einem zu tiefen Preis verwertet werden müssen, so dass die Gesellschaft leer ausgegangen sei und es zum Konkurs derselben gekommen sei.
Sie wiederholen damit im Wesentlichen ihre schon im vorinstanzlichen Verfahren vorgebrachten Einwendungen, ohne sich konkret mit den diesbezüglichen Erwägungen der Vorinstanz auseinanderzusetzen. Damit vermögen sie den Begründungsanforderungen nicht zu genügen (vgl. Erwägung 2). Namentlich zeigen sie nicht klar und substantiiert auf, inwiefern die Erwägungen der Vorinstanz zum natürlichen Kausalzusammenhang geradezu willkürlich wären. Statt dessen unterbreiten sie dem Bundesgericht in appellatorischer Weise ihre eigene Sicht der Dinge. Damit sind sie nicht zu hören. Namentlich übersehen sie mit ihren Behauptungen, der Schaden sei erst im Zeitpunkt der Verwertung der Liegenschaft eingetreten und er wäre auch entstanden, wenn das Grundstück im Eigentum der Gesellschaft gestanden hätte, da diese bei dessen Verwertung so oder so leer ausgegangen wäre, dass sie gemäss Ziffer 5 des Sachübernahmevertrags die Liegenschaft "unbeschwert von Rechten Dritter" hätten einbringen müssen. Es ist in keiner Weise dargetan, dass bei solchermassen korrektem Verhalten die Liegenschaft hätte verwertet werden müssen und die Gesellschaft zu Schaden gekommen wäre. Dies hat die Vorinstanz willkürfrei erkannt.
5.4 Schliesslich halten die Beschwerdeführer das angefochtene Urteil auch in Bezug auf die Schadensberechnung für falsch. Gemäss Peter Forstmoser (Die aktienrechtliche Verantwortlichkeit, 1987, S. 73), entspreche der Schaden bei der Gründungshaftung dem gezeichneten, aber nicht liberierten Aktienkapital.
Schaden ist nach ständiger Rechtsprechung des Bundesgerichts die ungewollte Verminderung des Reinvermögens. Er kann in einer Verminderung der Aktiven, einer Vermehrung der Passiven oder in entgangenem Gewinn bestehen und entspricht der Differenz zwischen dem gegenwärtigen Vermögensstand und dem Stand, den das Vermögen ohne das schädigende Ereignis hätte (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 323 f.; <ref-ruling> E. 2.1, je mit Hinweisen). Als Rechtsfrage wird geprüft, ob das Sachgericht seinem Urteil einen zutreffenden Schadensbegriff zugrunde gelegt und den Schaden nach zutreffenden Rechtsgrundsätzen berechnet hat. Hingegen ist das Bundesgericht an die Feststellungen des Sachgerichts betreffend den tatsächlichen Bestand und den Umfang des Schadens gebunden (<ref-ruling> E. 6.2; <ref-ruling> E. 2d S. 184).
Mit dem blossen Hinweis auf die angerufene Fundstelle bei Forstmoser vermögen die Beschwerdeführer nicht darzutun, dass die Vorinstanz den bundesrechtlichen Schadensbegriff bzw. bundesrechtliche Berechnungsgrundsätze verkannt hätte. Entgegen dieser Literaturstelle ist bei der Gründungshaftung nicht von einem besonderen Schadensbegriff auszugehen. Vielmehr ist auch bei der Gründungshaftung der allgemeine Schadensbegriff anwendbar (so in <ref-ruling> E. 2d S. 184; Peter Böckli, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., 2004, S. 2048; Corboz, a.a.O., N. 45 zu <ref-law>; in diesem Sinn auch Watter/Noth, Basler Kommentar, N. 18 zu <ref-law>). Der Schaden kann demnach durchaus grösser sein als das Liberierungsmanko (Böckli, a.a.O., S. 2048; Watter/Noth, a.a.O., N. 18 zu <ref-law>). Die Ausführungen der Vorinstanz zum Schaden (vgl. Erwägung 5.1 vorne) sind daher bundesrechtlich nicht zu beanstanden.
6. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 sowie Art. 68 Abs. 2 und 4 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden den Beschwerdeführern auferlegt, unter solidarischer Haftbarkeit.
3. Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen, unter solidarischer Haftbarkeit.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Zivilrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer