Sachverhalt:
A. X._ und Y._, die Eltern von A._ , führten in R._/AG einen Landwirtschaftsbetrieb. Nach dem Tod von X._ führte Y._ den Betrieb der Erbengemeinschaft bis zu ihrem Tod im Jahr 1994 weiter. Danach wurde die aus A._ und seiner Schwester Z._ bestehende Erbengemeinschaft Gesamteigentümerin des landwirtschaftlichen Gewerbes, das zum grössten Teil verpachtet war.
Mit Vertrag vom 24. September 1997 verkaufte die Erbengemeinschaft des X._ sel. (bestehend aus A._ und Z._) das landwirtschaftliche Gewerbe an Z._, die damit Alleineigentümerin sämtlicher Grundstücke wurde. Die (damals 48-jährige) Erwerberin übernahm allerdings das landwirtschaftliche Gewerbe nicht zur Selbstbewirtschaftung, sondern trat in die bestehenden Pachtverhältnisse ein und führte sie weiter. Der Vertrag enthielt unter anderem die folgenden Klauseln:
"Die Käuferin übernimmt landwirtschaftliches Geschäftsvermögen. Sie führt das Geschäftsvermögen weiter und eine Überführung ins Privatvermögen ist weder angestrebt noch vorgesehen. In diesem Sinne erklärt sie, dass eine spätere Rückkehr zur Selbstbewirtschaftung nicht ausgeschlossen ist." (Ziff. V/5)
"Eine allfällig später anfallende Liquidationsgewinnsteuer wird durch die Käuferin getragen." (Ziff. VI/5)
Der Verkäufer seines quotalen Anteils, A._, erhielt für sein Ausscheiden aus der Erbengemeinschaft ein dem Ertragswert entsprechendes Entgelt von Fr. 77'900.-- und liess sich darüber hinaus ein Gewinnanteils-, ein Vorkaufs- und ein Kaufsrecht einräumen.
B. Die Steuerkommission S._/AG erblickte in dieser Veräusserung einen Liquidationstatbestand und veranlagte A._ am 29. Januar 2002 zu einem steuerbaren Liquidationsgewinn des Jahres 1997 von Fr. 209'600.--. Im Einspracheentscheid vom 4. Dezember 2002 setzte sie diesen auf Fr. 165'144.-- herab. Der Liquidationsgewinn wurde auf der Grundlage des (geschätzten) Verkehrswerts der Grundstücke berechnet.
Ein hiergegen erhobener Rekurs wurde vom Steuerrekursgericht des Kantons Aargau am 17. November 2005 abgewiesen. Eine Beschwerde gegen den Rekursentscheid an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau blieb ebenfalls erfolglos.
C. A._ und B._ haben gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 19. Dezember 2006 (versandt am 25. Januar 2007) mit Eingabe vom 23. Februar 2007 staatsrechtliche Beschwerde an das Bundesgericht erhoben. Die Beschwerdeführer beantragen, das vorinstanzliche Urteil sei aufzuheben und von der Veranlagung eines Liquidationsgewinnes 1997 sei abzusehen. Eine Privatentnahme liege nicht vor und im Weiteren könnte ein allfälliger Überführungsgewinn nicht ihnen zugerechnet werden. Sie rügen sinngemäss eine willkürliche Rechtsanwendung und Beweiswürdigung (<ref-law>), eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>) sowie eine Verletzung der Eigentumsgarantie (<ref-law>).
D. Das Kantonale Steueramt beantragt, die staatsrechtliche Beschwerde sei abzuweisen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hat auf einen förmlichen Antrag verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das angefochtene Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau erging am 19. Dezember 2006. Auf das vorliegende Verfahren findet somit noch das bis Ende 2006 geltende Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) Anwendung (vgl. Art. 132 Abs. 1 des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht, BGG; SR 173.110).
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, welches Rechtsmittel zulässig und in welchem Umfang darauf einzutreten ist (<ref-ruling> E. 2 S. 210; <ref-ruling> E. 1.1 S. 142; <ref-ruling> E. 1 S. 60, je mit Hinweisen).
2.1 Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid für die Staatssteuern 1997. Als solcher kann er auf Bundesebene mit keinem ordentlichen Rechtsmittel angefochten werden; insbesondere steht die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gemäss Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG; SR 642.14) für die hier in Frage stehenden Steuerjahre noch nicht zur Verfügung (vgl. ASA 73, 170 E. 1.1 S. 171 f., mit Hinweisen). Die staatsrechtliche Beschwerde ist mithin zulässig (Art. 84 Abs. 2, Art. 86 Abs. 1 OG). Auf die fristgerecht eingereichte Beschwerde der gemäss Art. 88 OG legitimierten Beschwerdeführer ist grundsätzlich einzutreten.
2.2 Auf eine staatsrechtliche Beschwerde kann allerdings nur soweit eingetreten werden, als sie den Begründungsanforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG genügt. Danach muss die Beschwerdeschrift unter anderem die wesentlichen Tatsachen und eine kurz gefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind (zur Begründungspflicht grundlegend: <ref-ruling> E. 2a S. 3 f., mit Hinweis; aus der neueren Praxis statt vieler: <ref-ruling> E. 1.3 S. 261 f.). Soweit diese Begründungsanforderungen vorliegend nicht erfüllt sind und in der Beschwerdeschrift lediglich rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid vorgebracht wird, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
3. Die Beschwerdeführer machen zunächst sinngemäss eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör geltend, weil das Verwaltungsgericht die von ihnen beantragte Expertise nicht angeordnet habe.
Aus <ref-law> ergibt sich insbesondere der Anspruch der Parteien, mit rechtzeitig und formgültig angebotenen Beweisanträgen gehört zu werden, soweit diese erhebliche Tatsachen betreffen und nicht offensichtlich beweisuntauglich sind. Keine Verletzung des rechtlichen Gehörs liegt indessen vor, wenn ein Gericht auf die Abnahme beantragter Beweismittel verzichtet, weil es aufgrund der bereits abgenommenen Beweise seine Überzeugung gebildet hat und ohne Willkür in vorweggenommener Beweiswürdigung annehmen kann, dass seine Überzeugung durch weitere Beweiserhebungen nicht geändert würde (<ref-ruling> E. 3 S. 157, mit Hinweisen).
Vorliegend erachtete das Verwaltungsgericht den von den Steuerbehörden der Liquidationsgewinnberechnung zugrunde gelegten Baulandpreis von Fr. 160.--/m2 in Anbetracht der neun Handänderungen in R._/AG zwischen 1988 und 1995 zu Preisen zwischen 350.-- und Fr. 650.--/m2 als so massvoll, dass sich die Anordnung einer gerichtlichen Schätzung erübrige. Damit ging das Verwaltungsgericht zulässigerweise in antizipierter Beweiswürdigung davon aus, weitere Beweiserhebungen würden an diesem Ergebnis nichts mehr ändern. Die Rüge erweist sich demnach als unbegründet.
4. Das Verwaltungsgericht stützt sein Urteil auf das (alte) aargauische Steuergesetz vom 13. Dezember 1983 (aStG/AG), weil das neue Steuergesetz vom 15. Dezember 1998 nach dessen §§ 261 und 263 Abs. 1 erst für die Steuerjahre ab 2001 zur Anwendung komme. Dagegen wird in der Beschwerde nichts vorgebracht. Das Bundesgericht überprüft die Auslegung und Anwendung von kantonalem Recht nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür.
4.1 Gemäss dem hier noch anwendbaren § 22 Abs. 1 lit. b aStG/AG war das gesamte Einkommen (Roheinkommen) jeder Art steuerbar, insbesondere:
"b) Einkünfte aus selbständiger Erwerbstätigkeit, wie Bewirtschaftung von Grund und Boden, Betrieb eines Geschäftes oder Gewerbes oder Ausübung eines freien Berufes, einschliesslich der Gewinne bei Veräusserung von Geschäftsvermögen; der Veräusserung gleichgestellt sind die Gewinne bei buchmässiger Höherbewertung von Geschäftsvermögen und bei endgültiger Überführung in das Privatvermögen;"
§ 21 aStG/AG sah zudem einen "Steueraufschub bei Generationenwechsel" wie folgt vor:
"1 Führt der Eigentümer sein Unternehmen nicht mehr weiter und erklärt er schriftlich, dass dieses in seinem Geschäftsvermögen zu Eigentum verbleibt, so ist
a) die Ertragswertbesteuerung landwirtschaftlich genutzter Grundstücke gemäss § 39 Abs. 2 bis zu seinem Ableben zu verlängern;
b) die Besteuerung der Gewinne bei endgültiger Überführung ins Privatvermögen gemäss den §§ 22 Abs. 1 lit. b und 29 bis zu seinem Ableben hinauszuschieben.
2 Nach dem Ableben können diese Massnahmen um fünf Jahre verlängert werden, in jedem Fall aber bis zum Ende des Kalenderjahres, in dem der zur Betriebsführung geeignete und vorgesehene Nachfolger das 30. Altersjahr vollendet."
4.2 Die Beschwerdeführer machen geltend, vorliegend sei keine Überführung ins Privatvermögen erfolgt, weshalb auch kein steuerbarer Liquidationsgewinn erzielt worden sei. Sie rügen damit sinngemäss eine willkürliche Anwendung des kantonalen Rechts.
Gemäss <ref-law> hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen materieller Rechtsverweigerung nur auf, wenn dieser offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung des angefochtenen Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (statt vieler <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., mit Hinweisen).
Im Folgenden ist zu prüfen, ob die Steuerbehörden und das Verwaltungsgericht in Willkür verfallen sind, indem sie einen Liquidationstatbestand annahmen (E. 5) und den Liquidationsgewinn den Beschwerdeführern zurechneten (E. 6).
5. Das Verwaltungsgericht und die Steuerbehörden gingen übereinstimmend davon aus, dass der Beschwerdeführer und dessen Schwester die von ihren Eltern geerbten Liegenschaften des landwirtschaftlichen Gewerbes als Geschäftsvermögen übernommen hatten; dies obwohl der Landwirtschaftsbetrieb schon längere Zeit nicht mehr selbst bewirtschaftet, sondern grösstenteils an Dritte verpachtet wurde. Die beiden Miterben waren insoweit aus steuerrechtlicher Sicht selbständigerwerbend (vgl. Urteil 2A.486/ 2005 vom 23. Februar 2006, E. 3.2, mit Hinweis, in: StE 2006 B 23.46.1 Nr. 1) und hielten das landwirtschaftliche Gewerbe im Geschäftsvermögen (Jürg Baur/Marianne Klöti-Weber/Walter Koch/ Bernhard Meier/Urs Ursprung, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, Muri-Bern 1991, N 231 zu § 22 aStG; Jürg Altorfer/Julia von Ah, in: Marianne Klöti-Weber/Dave Siegrist/Dieter Weber, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 2. Aufl. 2004, N 135 zu § 27 StG).
Den Übergang sämtlicher Liegenschaften vom Geschäfts- in das Privatvermögen im Sinn von § 22 Abs. 1 lit. b in fine aStG/AG nahmen Steuerbehörden und Verwaltungsgericht dann aufgrund des "Rechtsgeschäfts" vom 24. September 1997 an. Dabei stützen sie sich auf einen Bericht vom 11. September 2002 des Landwirtschaftsexperten des Steueramtes des Kantons Aargau, wo ausgeführt wird: "Da die beiden Miterben den Betrieb bisher nicht selbst bewirtschafteten und die neue Eigentümerin den Betrieb auch nach der Übertragung des hälftigen Miteigentumsanteils (recte: der hälftigen Gesamteigentumsquote) nicht selbst bewirtschaftet, ist der Zeitpunkt für die Liquidation gekommen".
Mit Rücksicht auf das Alter der verbleibenden Miterbin (nunmehr Alleineigentümerin) von achtundvierzig Jahren, die verheiratet war und in der Stadt Baden wohnte, lag in der Tat eine Rückkehr zur Selbstbewirtschaftung kaum im Bereich des Möglichen. Die blosse Feststellung im Vertrag vom 24. September 1997, dass eine Überführung ins Privatvermögen weder angestrebt noch vorgesehen und eine spätere Rückkehr zur Selbstbewirtschaftung nicht ausgeschlossen sei, vermag an dieser Einschätzung nichts zu ändern.
Wenn bei diesen Gegebenheiten als Konsequenz des Vertrags vom 24. September 1997 eine "endgültige Überführung in das Privatvermögen" im Sinn von § 22 Abs. 1 lit. b in fine aStG/AG angenommen wurde, ist das jedenfalls nicht willkürlich.
6. Anders verhält es sich mit der Zurechnung des Überführungsgewinns.
6.1 Es trifft zu, dass der Verkauf des landwirtschaftlichen Gewerbes von den beiden Miterben der Erbengemeinschaft an einen der beiden Gesamteigentümer (mit dem "Kaufvertrag" vom 24. September 1997) eine echte Realisierung war (Baur/Klöti-Weber/Koch/Meier/Ursprung, a.a.O., N 223 zu § 22 aStG; Ernst Känzig, Die Unternehmernachfolge als steuerrechtliches Problem, in: Grundfragen des Unternehmungssteuerrechts, Basel/Bern 1983, S. 331; Madeleine Simonek, Steuerliche Probleme der Geschäftsnachfolge bei Ableben eines Personenunternehmers, Diss. BE 1994, S. 226 ff.); entsprechend wurde am 30. Juni 1998 ein Liquidationsgewinn deklariert, der allerdings bei einem massgebenden Erlös von Fr. 77'900.-- und Anlagekosten von Fr. 80'000.-- keinen steuerbaren Gewinn ergab.
Das Verwaltungsgericht behandelte freilich, wie schon das Steuerrekursgericht, diesen echten Realisationsvorgang im Ergebnis wie eine steuersystematische Realisierung (Überführung von Geschäfts- in Privatvermögen). Es ging nämlich davon aus, dass "mit der Veräusserung der Betriebsgrundstücke durch die Erbengemeinschaft an die Miterbin Feusi-Bamberger die steuerliche Liquidation erfolgte" (Urteil, S. 7 E. 2.2 in fine). Damit wird aber die zeitliche Abfolge der beiden Vorgänge, nämlich das entgeltliche Ausscheiden des Miterben einerseits und die Privatentnahme anderseits, zu Unrecht ausser Acht gelassen.
6.2 Die Vertragsparteien gingen offensichtlich davon aus, dass mit dem Ausscheiden des Miterben A._ (Beschwerdeführer) an der Geschäftsvermögensqualität der Grundstücke nichts änderte. Nur so ergeben die beiden zitierten Klauseln einen Sinn, wonach die Käuferin landwirtschaftliches Geschäftsvermögen übernehme und weiterführe und keine Überführung in das Privatvermögen vorgesehen sei (Ziff. V/5) und wonach eine allfällig später anfallende Liquidationsgewinnsteuer durch die Käuferin getragen werde (Ziff. VI/5).
Wird entgegen diesen Absichtserklärungen - zulässigerweise (vgl. E. 5) - gleichwohl eine Überführung von Geschäfts- in Privatvermögen angenommen, so muss diese Privatentnahme zeitlich nach dem entgeltlichen Ausscheiden des Beschwerdeführers erfolgt sein; denn erst aufgrund der neuen Ausgangslage (Übernahme durch eine 48-jährige, verheiratete Frau, die in einer Stadt wohnt) erschien die Rückkehr zur Selbstbewirtschaftung unrealistisch und drängte sich eine Privatentnahme auf. Der Beschwerdeführer hingegen verfügte nach seinem Ausscheiden (ausser einem relativ bescheidenen Entgelt und Gewinnanteils-, Vorkaufs- und Kaufsrechten) über keine Rechte an den fraglichen Liegenschaften mehr und konnte somit auch nichts mehr in sein Privatvermögen überführen. Die Annahme einer umgekehrten zeitlichen Abfolge (zuerst Privatentnahme und dann entgeltliches Ausscheiden) widerspräche klarerweise den vertraglichen Abmachungen, was in der Beschwerdeschrift zu Recht gerügt wird. Es wäre kaum anzunehmen, dass sich der Beschwerdeführer auf Ertragswertbasis hätte abfinden lassen, wenn er vorher auf Verkehrswertbasis (Überführung zum Verkehrswert) Steuern entrichten müsste.
Die Zurechnung eines fiktiven hälftigen Liquidationsgewinnanteils von Fr. 165'144.-- (statt des effektiv realisierten Liquidationsgewinns von Fr. 0.--) führt zu einem stossenden Ergebnis, ist mithin offensichtlich unhaltbar und damit willkürlich (<ref-law>). Das angefochtene Urteil ist deshalb aufzuheben.
7. Die staatsrechtliche Beschwerde erweist sich insoweit als begründet und ist gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Kanton Aargau, der Vermögensinteressen wahrnimmt, aufzuerlegen (Art. 153 sowie 153a und Art. 156 Abs. 1 und 2 OG). Dieser hat den Beschwerdeführern zudem eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500.-- wird dem Kanton Aargau auferlegt.
3. Der Kanton Aargau hat den Beschwerdeführern eine Parteientschädigung von Fr. 2'000.-- zu entrichten.
4. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, dem Kantonalen Steueramt Aargau sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Juni 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Fux