Cholwald, Gemeinde Ennetmoos), hat sich ergeben:
A.- Gestützt auf ein Gesuch vom 3. April 1991 erteilte das Eidgenössische Departement des Innern (EDI) dem Kehrichtverwertungsverband Nidwalden am 29. August 1994 eine generelle Rodungsbewilligung für 67'900 m2 Waldareal im Gebiet Cholrüti/Cholwald, Gemeinde Ennetmoos. Die Bewilligung erfolgte im Hinblick auf die Erweiterung der seit 1965 bestehenden Deponie (Deponiestellen 1 und 2) durch eine Deponie 3 zur Ablagerung von unbehandeltem Kehricht (nach vorgängigem Kiesabbau) und eine Deponie 4 für behandelte Siedlungsabfälle/Kehrichtschlacke sowie von Bauabfällen ohne brennbare Anteile. Die Bewilligung zur Rodung von weiteren 32'200 m2 Wald für eine Deponie 5 wurde verweigert. Gleichzeitig gab das Departement zwecks Errichtung der Deponie 3 und zwecks Errichtung einer Schmutzwasserleitung 50'900 m2 Waldareal zur Rodung frei. Gemäss Ziff. 24 des Freigabeentscheids fällt die Bewilligung dahin, wenn die bewilligte Zweckentfremdung des Waldareals bis Ende 2002 noch nicht ausgeführt ist. Das Bundesgericht wies die von zwei Umweltschutzorganisationen gegen diese Verfügung erhobene Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit Urteil vom 17. Juli 1995 ab (auszugsweise publ. in URP 1995 S. 709 ff.).
Die Deponie 3 war nach den ursprünglichen Plänen in zwei und ist nach den endgültigen Plänen von 1997 in drei Etappen unterteilt, wobei nur noch die Etappen 1 und 2 für die Aufnahme von unbehandeltem Siedlungsabfall vorgesehen sind. Zwischen August 1995 und Januar 1996 erfolgte die Rodung für alle drei Etappen. Ab Ende September 1995 bis Ende Juli 1996 wurde der Aushub/Kiesabbau für die Etappe 1 vorgenommen. Anschliessend wurde die Abdeckung des Untergrunds für diese Etappe eingebaut, und zudem wurden die gemeinsamen Installationen (Tunnelzufahrt, Abwasserleitung und Werkleitungstunnel) der Deponien 3 und 4 errichtet. Im Mai 1997 wurde die Deponie 3.1 gestützt auf eine provisorische, befristete Betriebsbewilligung des Regierungsrats des Kantons Nidwalden in Betrieb genommen.
Am 7. Juli 1997 ersuchte der Kehrichtverwertungsverband
Nidwalden die Bundesbehörden um die vorzeitige Freigabe der Rodung von zusätzlichen 6'100 m2 Waldareal (Teilfreigabe der für die Deponie 4 vorgesehenen Fläche von 17'300 m2 Waldareal). Das Gesuch wurde mit unvorhergesehenem Platzbedarf für die Lagerung von Kies- und Abdeckmaterial begründet. Das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) erteilte den gewünschten Freigabeentscheid am 11. Februar 1998. Gleichzeitig änderte es Ziff. C 24 des ursprünglichen Freigabeentscheids vom 29. August 1994 dahingehend ab, dass die Bewilligung dahinfalle, wenn die bewilligte Zweckentfremdung des Waldareals bis Ende 1999 noch nicht ausgeführt sei. Diese Abänderung begründete es damit, dass gemäss Art. 53a der am 10. Dezember 1990 ergangenen Technischen Verordnung über Abfälle (TVA, SR 814. 600) in der Fassung vom 14. Februar 1996, diese in Kraft seit 1. April 1996, die Ablagerung von Siedlungsabfällen nur noch bis Ende 1999 gestattet werden könne. Diese Verfügung erwuchs unangefochten in Rechtskraft.
B.- Am 16. Juni 1998 erteilte der Regierungsrat des Kantons Nidwalden dem Kehrichtverwertungsverband Nidwalden und dem Zweckverband Kehrichtbeseitigung Obwalden, der seit dem 25. Juni 1997 Mitbetreiber der Deponie Cholwald ist, die definitive Betriebsbewilligung für die Deponie 3. Als Deponiedauer für unbehandelten Siedlungsabfall gibt der im Entscheid enthaltene Projektbeschrieb, auf den das Dispositiv verweist, ca. Ende Oktober 1998 für das Kompartiment 3.1 und Ende 2002 für das Kompartiment 3.2 an.
Gegen die Betriebsbewilligung gelangte das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) an das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden. Dieses wies die Beschwerde am 21. Juni 1999 ab, im Wesentlichen mit der Begründung, dass der gemäss Art. 53a TVA vorgesehene Termin im vorliegenden Fall aus Gründen des Vertrauensschutzes nicht anwendbar sei.
C.- Mit Eingabe vom 10. September 1999 führt das UVEK Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht. Es beantragt, der verwaltungsgerichtliche Entscheid vom 21. Juni 1999 sei dahingehend abzuändern, dass die Ablagerung unbehandelter Siedlungsabfälle auf dem Kompartiment 3.2 der Deponie Cholwald nur noch bis am 31. Dezember 1999 zu gestatten sei.
Der Kehrichtverwertungsverband Nidwalden, der Zweckverband Kehrichtbeseitigung Obwalden, die politische Gemeinde Ennetmoos, die Uertekorporation Ennetmoos sowie der Regierungsrat des Kantons Nidwalden beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventuell sei sie abzuweisen. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet und verweist im Übrigen auf den angefochtenen Entscheid.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist zulässig gegen Verfügungen, die sich auf öffentliches Recht des Bundes stützen oder hätten stützen sollen (<ref-law> in Verbindung mit Art. 97 OG), sofern sie von einer in Art. 98 OG genannten Vorinstanz erlassen worden sind und keiner der in Art. 99 ff. OG oder in der Spezialgesetzgebung vorgesehenen Ausschlussgründe greift. Sodann unterliegen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde gemischtrechtliche Verfügungen bzw. auf unselbständiges kantonales Ausführungsrecht zum Bundesrecht gestützte Anordnungen sowie auf übrigem kantonalen Recht beruhende Anordnungen, die einen hinreichend engen Sachzusammenhang mit der im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde zu beurteilenden Frage des Bundesverwaltungsrechts aufweisen (<ref-ruling> E. 1a/aa).
b) Entgegen der Auffassung der Beschwerdegegner gelangt vorliegend der Ausschlussgrund von Art. 99 lit. e OG nicht zur Anwendung. Diese Bestimmung betrifft das technische Funktionieren einer Anlage und nicht deren umweltschutzrechtliche Auswirkungen (<ref-ruling> E. 1a/dd und 359 E. 1a/cc, je mit Hinweis). Wie in dem die Deponie Gummersloch in Köniz betreffenden Fall (Urteil vom 11. November 1998, auszugsweise publ. in URP 1999 S. 160 ff. und in ZBl 100/1999 S. 534 ff.) ist hier zu beurteilen, ob das Ablagerungsverbot bzw. der für die Ablagerung gesetzte Endtermin gemäss der Technischen Verordnung über Abfälle für die Deponiebetreiber verbindlich sei oder nicht. Diese Frage beschlägt nicht das technische Funktionieren der Deponie, sondern deren umweltschutzrechtliche Auswirkungen.
c) Nachdem ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid angefochten wird, gegen den die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zulässig ist, ist vor Bundesgericht die Legitimation des UVEK bereits aufgrund von Art. 103 lit. b OG gegeben. Für das kantonale Verfahren hat das Verwaltungsgericht die Legitimation des UVEK zutreffend aufgrund von Art. 56 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 7. Oktober 1983 über den Umweltschutz (USG, SR 814. 01) bejaht. Der Wortlaut von <ref-law>, der das Eidgenössische Departement des Innern für beschwerdeberechtigt erklärt, widerspricht heute, nach dem Wechsel des BUWAL in das UVEK, dem Sinn der Bestimmung. Dieser besteht darin, demjenigen Departement das Beschwerderecht auch zur Anfechtung unterer kantonaler Entscheide zu verleihen, welches die Aufgabe hat, über den richtigen Gesetzesvollzug durch die Kantone zu wachen (Felix Matter, Kommentar zum USG, Zürich 1986, N. 8 und 14 zu Art. 56). Das ist heute das UVEK.
Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2.- Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht können die Verletzung von Bundesrecht - einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens - und die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG). Hat allerdings - wie im vorliegenden Fall - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden, ist das Bundesgericht an den festgestellten Sachverhalt gebunden, es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden (Art. 105 Abs. 2 OG). Der Beschwerdeführer rügt, das Verwaltungsgericht habe bedeutende Gesichtspunkte des rechtserheblichen Sachverhalts offensichtlich unrichtig oder unvollständig festgestellt. Wie es sich mit dieser Rüge verhält, kann angesichts des Verfahrensausgangs offen bleiben.
3.- a) Gemäss Art. 11 TVA sorgen die Kantone dafür, dass Siedlungsabfälle, Klärschlamm, brennbare Anteile von Bauabfällen und andere brennbare Abfälle in geeigneten Anlagen verbrannt werden, soweit sie nicht verwertet werden können. Laut Art. 53a Abs. 1 TVA - eingefügt durch Änderung der TVA vom 14. Februar 1996, in Kraft seit 1. April 1996 - ist die Deponierung von Siedlungsabfall längstens noch bis am 31. Dezember 1999 zulässig. Angefochten ist die Bewilligung gemäss <ref-law> für den Betrieb des Teils 3 (Etappen 3.1 bis 3.3) der Deponie Cholwald. Soweit die Betriebsbewilligung die Ablagerung von Siedlungsabfall noch bis Ende 2002 zulässt, widerspricht sie offensichtlich Art. 53a Abs. 1 TVA. Die Beschwerdegegner und die kantonalen Instanzen sind, im Gegensatz zum UVEK, der Auffassung, diese Bestimmung komme vorliegend aus Gründen des Vertrauensschutzes nicht zur Anwendung.
b) Das Bundesgericht hat im erwähnten Urteil Gummersloch/Köniz vom 11. November 1998 festgestellt, dass die mit Art. 53a Abs. 1 TVA gesetzte Anpassungsfrist für das Ablagerungsverbot von Siedlungsabfällen rechtens sei und keine das Vertrauensprinzip verletzende Rechtsänderung darstelle. Es erwog (E. 3d), eine Übergangsordnung solle die Einführung des neuen Rechts ermöglichen oder erleichtern und den Übergang zwischen altem und neuem Recht mildern. Bei Änderungen des Umweltschutzrechts würden öffentliche Interessen grundsätzlich für eine rasche Anwendung des neuen Rechts sprechen.
Sodann hat das Bundesgericht damals ausgeführt, die innere Rechtfertigung des Vertrauensschutzes bei Rechtsänderungen liege im Schutz gutgläubig getätigter, nicht leicht rückgängig zu machender Dispositionen bzw. im Schutz des Bürgers vor einer Belastung in einem Masse, das in keinem vernünftigen Verhältnis zum Zweck der Gesetzesänderung stehe. Insbesondere gehe es darum, eine angemessene Amortisation von Investitionen zu ermöglichen. Dabei sei das Interesse am Vertrauensschutz abzuwägen gegenüber dem öffentlichen Interesse daran, dass Gesetzesänderungen aufgrund des Legalitätsprinzips grundsätzlich ohne Verzug in Kraft gesetzt werden, wenn keine besonderen Gründe dagegen sprechen (s. auch Urteil des Bundesgerichts vom 3. April 1996, ZBl 98/1997 S. 65 ff., E. 4b mit zahlreichen Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung). Auch Gründe der Rechtsgleichheit und der Rechtseinheit sprächen im Übrigen dafür, altrechtliche Rechtsverhältnisse so rasch als möglich mit dem neuen Recht in Einklang zu bringen (<ref-ruling> E. 9, mit Hinweisen).
Das öffentliche Interesse an der baldigen Beendigung der Ablagerung von Abfällen mit einem hohen organischen Anteil, d.h. namentlich von Siedlungsabfall, sei angesichts der immer wieder auftretenden Probleme vor allem hinsichtlich des Schutzes des Grundwassers, aber auch der Lufthygiene, ausgesprochen gross, wie das Bundesgericht damals weiter in Betracht gezogen hat (E. 3e). Das Ziel, mit Entsorgungssystemen nur noch zwei Arten von Stoffklassen, nämlich wiederverwertbare Stoffe und endlagerfähige Reststoffe - zu denen organische Stoffe gerade nicht gehörten - zu produzieren, sei bereits 1986 in das Eidgenössische Abfall-Leitbild aufgenommen und anschliessend der interessierten Öffentlichkeit bekannt gemacht worden. Entsprechend laute denn auch Art. 11 TVA. Die TVA habe allerdings in der bis 1996 gültigen Fassung ausreichende Verbrennungskapazitäten vorbehalten. Das ändere nichts daran, dass die Pflicht der Kantone, für ausreichende Verbrennungskapazitäten zu sorgen, schon seit 1991 bestanden habe. Angesichts dieser Entwicklung hätten sich Deponiebetreiber nicht darauf verlassen können, noch während Jahren Investitionen in Deponien für unbehandelte Siedlungsabfälle tätigen und amortisieren zu können. Bei der Beurteilung der Übergangsfrist sei auch in Rechnung zu stellen, dass eine übertriebene Rücksichtnahme auf die finanziellen Interessen der Deponiebetreiber eine stossende Rechtsungleichheit gegenüber jenen Kantonen und Gemeinden hätte schaffen können, welche frühzeitig auf die Kehrichtverbrennung in umweltverträglichen Anlagen übergegangen seien und dabei erhebliche Entwicklungskosten übernommen hätten.
Auch die Beschwerdegegner stellen diese Rechtsprechung nicht in Frage. Es besteht kein Anlass, darauf zurückzukommen.
c) Es lässt sich im Weiteren fragen, ob die Beschwerdegegner aus besonderen individuellen Gründen darauf vertrauen durften, dass die Übergangsfrist für das Ablagerungsverbot in der TVA jedenfalls nicht kürzer als auf Ende 2002 festgesetzt werde. Das aus Art. 4 aBV abgeleitete bzw. in Art. 9 der am 1. Januar 2000 in Kraft getretenen nachgeführten Bundesverfassung vom 18. April 1999 ausdrücklich festgehaltene Gebot von Treu und Glauben bindet zwar auch den Gesetzgeber, steht aber einer Rechtsänderung nicht grundsätzlich entgegen. Ein Verstoss gegen Treu und Glauben liegt nur vor, wenn eine Rechtsänderung in wohlerworbene Rechte eingreift, sich ohne zureichenden Grund über frühere Zusicherungen des Gesetzgebers hinwegsetzt oder wenn zur gezielten Verhinderung eines bestimmten Vorhabens, das verwirklicht werden könnte, in nicht voraussehbarer Weise eine Rechtsänderung beschlossen wird. Rechtsänderungen sind namentlich zulässig, wenn aufgrund geänderter politischer Anschauungen andere Lösungen für die nämlichen Problemstellungen und Verhältnisse vorgezogen werden (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 123; Urteil des Bundesgerichts vom 3. April 1996 in ZBl 98/1997 S. 65 ff., E. 3a mit zahlreichen Hinweisen auf Lehre und Rechtsprechung).
Die Frage ist indes zu verneinen. Die Rodungsbewilligung, auf welche sich die Beschwerdegegner in erster Linie berufen, stellt eine Polizeierlaubnis dar; als solche vermag sie von vornherein keine wohlerworbenen Rechte zu begründen (Ulrich Häfelin/Georg Müller, Grundriss des allgemeinen Verwaltungsrechts, 3. Aufl. , Zürich 1998, Rz. 816). Weiter hat der Gesetz- bzw. Verordnungsgeber, d.h. der Bundesrat, den Beschwerdegegnern keine Zusicherungen über die Ausgestaltung der TVA abgegeben. Die Tatsache, dass die damalige Departementsvorsteherin an den Verhandlungen über die Ausgestaltung der Rodungsbewilligung beteiligt war, vermag daran nichts zu ändern, da ihre Äusserungen nicht die Änderung der TVA zum Gegenstand hatten und zudem das Gesamtgremium nicht binden konnten. Hingegen war jedenfalls den Kantonen spätestens seit Mai 1995 aufgrund der Publikation des Vernehmlassungsentwurfs vom April 1995 zur Revision der TVA bekannt, dass der Bundesrat beabsichtigte, das Ablagerungsverbot für unbehandelten Siedlungsabfall ab 1. Januar 2000 konsequent durchzusetzen. Da dies den Vorstellungen der Kantone Ob- und Nidwalden widersprach, fiel deren Reaktion entsprechend ablehnend aus. Daraus ergibt sich aber kein Vertrauensschutz. Blosse Stellungnahmen können den Verordnungsgeber - selbstredend - nicht verpflichten (<ref-ruling> E. 9c und d S. 380). Schliesslich bestehen auch keinerlei Hinweise darauf, dass der Erlass von Art. 53a TVA gezielt im Hinblick darauf erfolgte, die Deponie Cholwald zu verhindern oder einzuschränken.
4.- Erweist sich Art. 53a Abs. 1 TVA im vorliegenden Fall nach dem Gesagten als grundsätzlich anwendbar, so ist zu prüfen, ob die Rodungsbewilligung vom 29. August 1994 der Anwendung der Bestimmung in Bezug auf die Deponie Cholwald im Rahmen der Betriebsbewilligung entgegensteht. Das hängt in erster Linie davon ab, ob die Rodungsbewilligung die Deponiebewilligung materiell überhaupt präjudiziert.
a) Das UVEK macht geltend, die Rodungsbewilligung habe allein die Rodung von Wald und nicht die Zulässigkeit der Ablagerung von unbehandelten Siedlungsabfällen bis Ende 2002 zum Gegenstand gehabt. Selbstverständlich seien die übrigen erforderlichen Bewilligungen vorbehalten geblieben, die nach den im Zeitpunkt ihres Erlasses massgeblichen Vorschriften zu erteilen gewesen seien. Die Beschwerdegegner stellen sich demgegenüber auf den Standpunkt, mit der Rodungsbewilligung sei die Frist für die Ablagerung von Siedlungsabfällen in der Deponie Cholwald definitiv festgelegt worden.
aa) Das Bundesgericht hat im genannten Urteil vom 17. Juli 1995 festgehalten, dass die Erweiterung der Deponie Cholwald nicht nur waldrechtliche Fragen aufwerfe und die Rechtsanwendung in den verschiedenen Verfahren materiell und formell koordiniert werden müsse. Es wies u.a. ausdrücklich auf die Deponiebewilligung (damals noch nach <ref-law>) hin. Eine vorgezogene Behandlung des Rodungsgesuchs komme in erster Linie dann in Frage, wenn die Voraussetzungen für eine Rodungsbewilligung nicht erfüllt seien. Solle die Rodungsbewilligung vorweg erteilt werden, setze dies voraus, dass die im Rahmen der übrigen Verfahren zu berücksichtigenden Interessen und die für diese Verfahren zuständigen Behörden in das waldrechtliche Verfahren einbezogen würden. Materiell sei diese Koordination erfolgt: Die verschiedenen massgeblichen Aspekte seien im waldrechtlichen Verfahren umfassend gewürdigt worden. Die noch offenen Bewilligungen würden an der zentralen Frage, ob das Erweiterungsprojekt realisiert werden könne, wohl nichts mehr ändern. Im waldrechtlichen Verfahren seien auch die in der Beschwerde aufgeworfenen abfallrechtlichen Streitfragen vorentschieden worden (Urteil Cholwald, E. 3, insb. E. 3f).
Die damaligen Ausführungen entsprechen der gefestigten bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur Koordinationspflicht sowie zur Pflicht, Rodungsbewilligungen nur aufgrund einer umfassenden Interessenabwägung zu erteilen, die ihrerseits auf einer hinreichenden Klärung des massgeblichen Sachverhalts beruht (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 409 f. und die dort zitierte Rechtsprechung).
bb) In <ref-ruling> hat sich das Bundesgericht speziell zur Abstimmung von (Sonder-)Nutzungsplanverfahren und Rodungsverfahren geäussert. Danach verlangt Art. 12 des Bundesgesetzes vom 4. Oktober 1991 über den Wald (WaG, SR 921. 0), dass vor der Zuweisung von Wald in eine Nutzungszone entweder eine Rodungsbewilligung oder eine verbindliche, positive Stellungnahme der Rodungsbewilligungsbehörde vorliegt. Will die zuständige kantonale Behörde die Plangenehmigung erteilen, obwohl das für die Rodungsbewilligung zuständige BUWAL eine negative Stellungnahme abgegeben hat, muss sie vorab eine Rodungsbewilligung auf dem Rechtsweg erstreiten (Regeste zu E. 6d des soeben erwähnten Urteils). Zur Begründung verwies das Bundesgericht auf die Entstehungsgeschichte von <ref-law> sowie auf dessen Sinn und Zweck, der darin bestehe sicherzustellen, dass beim Einbezug von Wald in eine Nutzungszone die notwendige Koordination von Raumplanungs- und Rodungsverfahren nicht zulasten des Waldschutzes gehe. Die Rodungsbewilligung dürfe daher nur aufgrund einer umfassenden Interessenabwägung erteilt werden, die nicht durch ein vorangegangenes Raumplanungsverfahren präjudiziert werden solle (E. 6d/ee/bbb S. 93). Zur weiteren Begründung verwies das Bundesgericht auf die vom Gesetzgeber getroffene Lösung für Bauvorhaben im Wald, die ohne Zonenplanänderung im Wege einer Ausnahmebewilligung nach Art. 24 des Bundesgesetzes vom 22. Juni 1979 über die Raumplanung (RPG, SR 700) genehmigt werden sollen. Es erwog sodann, aufgrund von <ref-law> dürfe die für eine solche Ausnahmebewilligung zuständige kantonale Behörde die Bewilligung nur erteilen, wenn eine positive Stellungnahme der Rodungsbehörde vorliege; andernfalls müsse sie die Bewilligung verweigern, selbst wenn sie das Vorhaben für bewilligungsfähig halte. Auch in diesem Fall dürfe sich die kantonale Behörde nicht über eine negative Stellungnahme der (Bundes-)Forstbehörde hinwegsetzen (E. 6d/ee/ccc S. 93 f.). Der Spielraum, den die Forstbehörde bei derartigen Interessenabwägungen geniesst, wird allerdings durch die gesetzliche Zuständigkeitsregelung begrenzt. So ist es nicht Aufgabe der Rodungsbehörde, raumplanungsrechtliche Gesichtspunkte im Rodungsverfahren frei zu überprüfen. Die Prüfung durch die Rodungsbehörde bezieht sich hauptsächlich auf das Verhältnis der Walderhaltungs- und der Raumplanungsinteressen insgesamt. Die raumplanerischen Voraussetzungen in Zweifel zu ziehen, rechtfertigt sich nur, wenn die Planungsbehörden das Gebot der Walderhaltung bei ihren Abklärungen ungenügend in Rechnung gestellt haben oder sich von unsachgemässen Überlegungen haben leiten lassen (<ref-ruling> E. 6a S. 406 mit Hinweisen). Ist das Werk, für das die Rodung verlangt wird, eine der Landesverteidigung dienende militärische Anlage, so kann es ebenfalls nicht Sache der Forstdienste sein, frei zu überprüfen, welches Interesse an einem Werk bestehe und ob dieses standortgebunden sei. Die Forstpolizeibehörden nähmen sonst Kompetenzen für sich in Anspruch, die ihnen nach der verfassungs- und gesetzmässigen Zuständigkeitsordnung offensichtlich nicht zukommen, was das Bundesgericht auch im Zusammenhang mit dem Nationalstrassenbau und der Wasserkraftnutzung festgestellt hat (Urteil des Bundesgerichts vom 30. Mai 1984 in ZBl 85/1984 S. 504 E. 2a, mit Hinweisen).
Die Zuständigkeit für den Vollzug des Abfallrechts liegt im Wesentlichen bei den Kantonen (Art. 36 in Verbindung mit <ref-law>). Namentlich die Abfallplanung und die Erteilung von Deponiebewilligungen sind Sache der Kantone (Art. 31 und <ref-law>). Insofern steht es den Forstpolizeibehörden nicht zu, die Zweckmässigkeit einer geplanten Deponie frei zu überprüfen. Anderseits sind sie berechtigt und verpflichtet, im Rahmen eines koordinierten Verfahrens eine Interessenabwägung im Sinne von <ref-law> durchzuführen, bei welcher das Interesse an einer Deponie dem Interesse an der Walderhaltung gegenüberzustellen ist. Es ist nicht zu beanstanden, wenn die Forstbehörden bei dieser Abwägung die Grundprinzipien, welche das Abfallrecht beherrschen, so z.B. das Verbrennungsgebot für Siedlungsabfall, in Rechnung stellen.
cc) Nach den Akten und den vorstehenden Ausführungen (oben aa) kann kein Zweifel bestehen, dass das EDI anlässlich der Erteilung der Rodungsbewilligung vom 29. August 1994 im Rahmen eines koordinierten Verfahrens und aufgrund einer Interessenabwägung verbindlich festgestellt hat, dass eine Deponierung von Siedlungsabfall in der Deponie Cholwald noch bis Ende des Jahres 2002 möglich sei und dem Interesse an der Walderhaltung vorgehe. In diesem Sinn kommt der Rodungsbewilligung vom 24. August 1994 Wirkung für die Beurteilung des Vorhabens in den noch ausstehenden Verfahren zu.
Es ist darin grundsätzlich eine Verfügung der zuständigen Bundesbehörde hinsichtlich der zulässigen Ablagerungsdauer für Siedlungsabfall zu erblicken. Wollte man der Rodungsbewilligung diese Tragweite absprechen, würde die Praxis zur materiellen Koordination der Verfahren weitgehend ihres Sinnes entleert. Massgeblich ist, dass im damaligen Verfahren die Ablagerungsdauer - in für alle Beteiligten erkennbarer Weise - als eine zentrale Voraussetzung der Rodungsbewilligung erschien.
b) Hätte es bei der Rodungsbewilligung von 1994 sein Bewenden gehabt, so würde sich daher heute die Frage stellen, ob der Regierungsrat in seiner Verfügung über die Betriebsbewilligung auf die geänderte TVA Rücksicht zu nehmen hatte oder ob er vom Fortbestand der Bedingungen der Rodungsbewilligung ausgehen durfte. Die Frage stellt sich indes nicht derart. Mit Verfügung vom 11. Februar 1998 hat das BUWAL die Rodungsbewilligung von 1994 abgeändert. Es stellte mit ausführlichen Erwägungen fest, die den Deponiebetreibern mit der ursprünglichen Rodungsbewilligung zugestandene Frist für die Ablagerung unbehandelter Siedlungsabfälle sei mit Art. 53a der revidierten TVA nicht vereinbar, weshalb sich eine Anpassung aufdränge. Ob diese Erwägungen einer materiellen Überprüfung standhalten würden, ist hier nicht zu beurteilen. Entscheidend ist, dass diese Verfügung unangefochten in Rechtskraft erwuchs. Weder die Deponiebetreiber noch der Kanton haben dagegen rechtliche Schritte unternommen. Es ist daher unverständlich, dass der Regierungsrat in der Betriebsbewilligung die Abänderung der Rodungsbewilligung zwar erwähnt, auf ihren Inhalt indessen mit keinem Wort eingeht.
Die Beschwerdegegner können dem nicht etwa entgegenhalten, die im Dispositiv der Änderungsverfügung erwähnte Zweckentfremdung sei bereits termingerecht vorgenommen worden, weil die fraglichen Flächen bereits vor 1999 gerodet worden sind. Die Zweckentfremdung, von der die Rodungsbewilligung vom August 1994 und die Änderungsverfügung vom Februar 1998 sprechen, meint, wie sich aus den zugehörigen Erwägungen ergibt, in beiden Fällen nicht bloss die Entfernung des Waldes und die Einrichtung einer Deponie, sondern auch die Deponierung von unbehandeltem Siedlungsabfall. Die Beschwerdegegner würden sich widersprüchlich verhalten, wenn sie dies hinsichtlich der Bewilligung vom August 1994 nicht nur anerkennen, sondern als einzig richtige Betrachtung verlangen, hinsichtlich der Verfügung vom Februar 1998 hingegen bestreiten wollten.
Das BUWAL hat somit am 11. Februar 1998 rechtskräftig verfügt, dass die Ablagerung von unbehandeltem Siedlungsabfall auf der Deponie Cholwald per Ende 1999 einzustellen ist. Die Verfügung stellt im Sinne von <ref-law> fest, dass das Interesse an einer Ablagerung über dieses Datum hinaus das gesetzliche Walderhaltungsgebot nicht zu überwiegen vermag. Damit enthält die bundesrechtlich notwendige Rodungsbewilligung eine einschränkende Auflage, welche in den anschliessenden kantonalen Verfahren, namentlich bei der Erteilung der Betriebsbewilligung, zu beachten ist. Eine Missachtung greift in die Kompetenzen des Bundes ein (<ref-law>) und ist insofern bundesrechtswidrig.
5.- Die Beschwerde ist daher gutzuheissen. Die Betriebsbewilligung vom 16. Juni 1998 ist mit einer Auflage zu ergänzen, wonach die Deponierung von unbehandeltem Siedlungsabfall entsprechend Art. 53a Abs. 1 TVA einzustellen ist. Da dieser Termin bereits abgelaufen ist, ist eine neue Frist anzusetzen. Damit den Beteiligten Zeit für die Suche nach einer TVA-konformen Entsorgungslösung bleibt, erweist sich eine Frist bis Ende Dezember 2000 als angemessen. Im Übrigen ist das Verfahren an das Verwaltungsgericht zur Neuverlegung seiner Kosten zurückzuweisen.
Für das bundesgerichtliche Verfahren sind keine Gerichtskosten zu erheben (Art. 156 Abs. 2 OG). Ebenso wenig ist eine Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- In Gutheissung der Beschwerde wird das angefochtene Urteil aufgehoben.
Die Betriebsbewilligung für die Reaktordeponie Cholwald des Regierungsrats Nidwalden vom 16. Juni 1998 (Nr. 612) wird mit folgender Auflage ergänzt: "Die Ablagerung von unbehandeltem Siedlungsabfall ist noch bis zum 31. Dezember 2000 zulässig. "
2.- Die Angelegenheit wird zu neuer Verlegung der Kosten des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden zurückgewiesen.
3.- Es werden keine Kosten erhoben.
4.- Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Verwaltungsabteilung, schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 15. Mai 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: