Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 26. März 2002 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich dem 1962 geborenen K._, der sich am 6. März 2001 zum Leistungsbezug angemeldet hatte, nach Abklärung der gesundheitlichen und erwerblichen Verhältnisse ab 1. April 2001 eine ganze Rente der Invalidenversicherung, basierend auf einem Invaliditätsgrad von 100 %, zu. Am 21. Februar 2006 leitete die IV-Stelle von Amtes wegen eine Rentenrevision ein. Nach ergänzenden medizinischen Abklärungen, insbesondere der Einholung eines psychiatrischen Gutachtens des Dr. med. E._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, und des lic. phil. H._, Fachpsychologe für Psychotherapie FSP, vom 2. November 2006, ermittelte sie einen Invaliditätsgrad von 15 % und hob in der Folge die laufende ganze Invalidenrente mit Verfügung vom 11. Juni 2007 per 31. Juli 2007 auf.
B. Die dagegen geführte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 25. März 2009 ab.
C. K._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei ihm weiterhin eine ganze Invalidenrente, basierend auf einem mindestens 80%igen Invaliditätsgrad, auszurichten. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Stellungnahme.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Dabei legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. <ref-law>) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder wenn sie auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Zu den Rechtsverletzungen im Sinne von <ref-law> gehört auch die unvollständige (gerichtliche) Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen (Urteil 9C_40/2007 vom 31. Juli 2007 E. 1; Ulrich Meyer, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, Rz. 25, 36 und 58-61 zu Art. 105; Seiler/von Werdt/Güngerich, Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Bern 2007, Rz. 24 zu Art. 97) und die Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes als einer wesentlichen Verfahrensvorschrift (Meyer, a.a.O., Rz. 60 zu Art. 105; Urteil 8C_364/2007 vom 19. November 2007 E. 3.3). Noven sind grundsätzlich unzulässig (<ref-law>).
2. Im angefochtenen Entscheid werden die Bestimmungen und Grundsätze über den Begriff der Invalidität (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>), den Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung), die Revision einer Rente und die dabei zu vergleichenden Sachverhalte (<ref-law>; <ref-ruling> und 545, je mit Hinweisen) sowie die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht und dessen beweisrechtliche Würdigung (<ref-ruling> E. 3 S. 352 mit Hinweisen) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. 3.1 Wie die Vorinstanz richtig erkannte, beurteilt sich die Frage, ob eine Änderung der tatsächlichen Verhältnisse eingetreten ist, die eine Aufhebung der bisherigen ganzen Invalidenrente rechtfertigt, durch Vergleich des Sachverhalts, wie er im Zeitpunkt der Rentenverfügung vom 26. März 2002 bestand, mit demjenigen im Zeitpunkt der angefochtenen Verfügung vom 11. Juni 2007 (Aufhebung der Rente auf Ende Juli 2007).
3.2 Mit Blick auf die somatischen Beschwerden hat das kantonale Gericht in Würdigung der medizinischen Akten überzeugend dargelegt, dass keine wesentliche Veränderung des Gesundheitszustandes ausgewiesen ist, sodass trotz der bestehenden lumbalen Rückenbeschwerden, eine rückenschonende Tätigkeit ohne längeres Sitzen, Stehen und Überkopfarbeiten sowie ohne Heben von mehr als 5 kg weiterhin ganztags zumutbar ist. Diese Feststellungen werden vom Beschwerdeführer auch nicht in Frage gestellt.
3.3 In psychischer Hinsicht bringt der Versicherte hingegen vor, das kantonale Gericht sei in Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes einzig gestützt auf das Gutachten des Dr. med. E._ und des lic. phil. H._, vom 2. November 2006, davon ausgegangen, dass keine psychische Störung mit Krankheitswert mehr vorliege. In beweismässig unzulässiger Weise habe es insbesondere das im vorinstanzlichen Verfahren eingereichte, von der Gemeindeverwaltung in Auftrag gegebene Gutachten des Dr. med. B._, Facharzt FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 5. Oktober 2008, ausser Acht gelassen. Daraus ergäbe sich jedoch, dass aufgrund der diagnostizierten kombinierten Persönlichkeitsstörung mit paranoid-schizoiden und narzisstischen Anteilen (ICD-10 F61.0), weiterhin eine vollständige Arbeitsunfähigkeit bestehe, weshalb sich aus rentenrevisionsrechtlichen Gesichtspunkten eine Aufhebung des Anspruchs auf eine ganze Rente der Invalidenversicherung nicht rechtfertige.
3.4 Das kantonale Gericht bejahte eine Verbesserung des psychischen Gesundheitszustands gestützt auf das voll beweiskräftig erachtete Gutachten des Dr. med. E._ und des lic. phil. H._ (vom 2. November 2006), gemäss welchem zwar Hinweise für eine Persönlichkeitsstörung bestünden, jedoch keine psychiatrische Erkrankung vorliege. Die im Rahmen des vorinstanzlichen Verfahrens neu aufgelegte Expertise des Psychiaters Dr. med. B._, welcher aufgrund der diagnostizierten kombinierten Persönlichkeitsstörung mit paranoid-schizoiden und narzisstischen Anteilen (ICD-10 F61.0) von einer vollständigen Arbeitsunfähigkeit ausging, erachtete es hingegen als unbeachtlich, da sie nicht den revisionsrechtlich relevanten Zeitraum bis zur Verfügung vom 11. Juni 2007 beschlagen würde.
3.5 Der Gutachter Dr. med. B._ befasste sich entgegen der vorinstanzlichen Ansicht nicht nur mit der psychischen Gesundheit des Versicherten im Gutachtenszeitpunkt (Oktober 2008). Aus dem Gutachten geht gerade auch in Anbetracht der nach der ICD-Klassifikation gestellten Diagnosen (kombinierte Persönlichkeitsstörung mit paranoid-schizoiden und narzisstischen Anteilen (ICD-10, F61.0, entwickelt seit der Jugendzeit) hervor, dass die Arbeitsfähigkeit im Moment der Untersuchung bereits seit längerer Zeit in anspruchserheblichem Ausmass eingeschränkt war, was der Experte auch ausdrücklich bestätigte, indem er von einem komplexen und mittlerweile stark chronifizierten Störungsbild von Krankheitswert ausging, das etwa seit 2006 die Arbeitsfähigkeit in relevantem Umfang vermindere. Damit ist das übergangene Beweismittel mit Bezug auf den zeitlich massgebenden Sachverhalt erheblich: Wohl ist der Zeitraum bis zum Abschluss des Verwaltungsverfahrens Bezugsgrösse für den entscheidungsrelevanten Sachverhalt (<ref-ruling> E. 2.1 S. 243 mit Hinweis). Spätere Arztberichte (und andere einschlägige Dokumente) sind allerdings in die Beurteilung miteinzubeziehen, soweit sie Rückschlüsse auf die im Zeitpunkt des Abschlusses des Verwaltungsverfahrens gegebene Situation erlauben (vgl. <ref-ruling> E. 1b in fine S. 366; mit Bezug auf die eingeschränkte Kognition: Urteil I 705/06 vom 16. August 2007 E. 4.1). Die nach Erlass der Verfügung vom 11. Juni 2007 ausgestellte Expertise, auf welche sich der Beschwerdeführer beruft (oben E. 3.3), bezieht sich zumindest teilweise auf den in diesem Verfahren massgeblichen Zeitraum und lässt insofern begründete Rückschlüsse auf den Grad der Arbeitsunfähigkeit im revisionsrechtlich relevanten Zeitraum zu. Der Psychiater Dr. med. B._ legte dar, dass es sich um ein ernstes psychiatrisches Krankheitsbild mit chronifiziertem Verlauf handle und von einer Beeinträchtigung der Arbeitsfähigkeit in relevantem Ausmass auch im hier beachtlichen Verfügungszeitpunkt (11. Juni 2007) auszugehen sei. Damit bestehen Zweifel am Beweiswert des im Rahmen des Revisionsverfahrens eingeholten Gutachtens des Dr. med. E._ und des lic. phil. H._ (vom 2. November 2006), zumal das Gutachten insofern eine Auseinandersetzung mit der vom Psychiater Dr. med. P._ im Januar 2001 gestellten Diagnose einer narzisstischen Persönlichkeitsstörung mit einer 80%igen Arbeitsunfähigkeit vermissen lässt, als nicht dargelegt wird, weshalb, obwohl offenbar Hinweise auf eine Persönlichkeitsstörung gefunden wurden, nunmehr kein krankheitswertiges psychisches Leiden mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit mehr bestehen soll. Überdies ist die gutachterliche Einschätzung der Restarbeitsfähigkeit in sich nicht schlüssig, da festgehalten wird, dass gegenwärtig keine Arbeitsunfähigkeit bestehe und gleichzeitig von einer über 70%igen Arbeitsfähigkeit die Rede ist.
Zusammenfassend ist dem Gutachten des Dr. med. E._ und des lic. phil. H._ nicht schlüssig zu entnehmen, ob sich der Gesundheitszustand des Beschwerdeführers seit März 2002 wesentlich verbessert hat, oder ob lediglich eine andere Beurteilung desselben Sachverhalts vorliegt. Indem die Vorinstanz unter diesen Umständen abschliessend auf diese Expertise abstellte, hat sie den Sachverhalt unvollständig festgestellt und den Untersuchungsgrundsatz verletzt (<ref-law>, Art. 43 Abs. 1 und Art. 61 lit. c ATSG; <ref-ruling> E. 5.2.5 S. 68 f.), was vom Bundesgericht als Rechtsverletzung zu berücksichtigen ist.
Die Sache ist unter den gegebenen Umständen an die IV-Stelle (und nicht wie eventualiter beantragt an die Vorinstanz) zurückzuweisen, damit diese bei der Klärung der Frage, ob sich der Gesundheitszustand des Versicherten im revisionsrechtlich relevanten Zeitraum (E. 3.1) verbessert hat, das von der Gemeindeverwaltung in Auftrag gegebene Gutachten des Psychiaters Dr. med. B._ vom 5. Oktober 2008 mitberücksichtige, was - unter Wahrung des rechtlichen Gehörs des Versicherten (<ref-law>) - ergänzende Fragen im Sinne der Erwägungen an die Experten Dr. med. E._ und lic. phil. H._ nach sich ziehen wird.
4. Die Rückweisung der Sache an die Verwaltung zu erneuter Abklärung (mit noch offenem Ausgang) gilt für die Frage der Auferlegung der Gerichtskosten wie auch der Parteientschädigung als vollständiges Obsiegen im Sinne von Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder im Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 6.1 S. 235; Urteil 8C_671/2007 vom 13. Juni 2008 E. 4.1). Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten daher der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen. Dem obsiegenden, anwaltlich vertretenen Beschwerdeführer steht eine Parteientschädigung zu.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 25. März 2009 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons Zürich vom 11. Juni 2007 werden aufgehoben. Es wird die Sache an die IV-Stelle des Kantons Zürich zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über die Rentenrevision neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorausgegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Ausgleichskasse des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 30. Oktober 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Polla