Erwägungen:
1. Das Obergericht des Kantons Aargau hat mit Urteil vom 27. Mai 2008 einen Entscheid des Bezirksgerichts Zofingen vom 29. November 2007 bestätigt, mit welchem der X._ mit Urteil des Bezirksgerichts Uster vom 4. März 2002 für eine Freiheitsstrafe von 15 Monaten gewährte bedingte Strafvollzug widerrufen wurde.
Die gegen dieses Urteil erhobene Beschwerde in Strafsachen ist offensichtlich unbegründet, weshalb sie im vereinfachten Verfahren mit summarischer Begründung abgewiesen werden kann (<ref-law>).
2. Die Vorinstanz hat die gesetzlichen Voraussetzungen des Widerrufs des bedingten Strafvollzugs (<ref-law>) und die diesbezügliche Rechtsprechung des Bundesgerichts (<ref-ruling> E. 4) zutreffend wiedergegeben. Darauf kann verwiesen werden.
Der Beschwerdeführer ist mit Urteil des Bezirksgerichts Uster vom 4. März 2002 wegen Betrugs, Irreführung der Rechtspflege, geringfügigen Konkurs- und Pfändungsbetrugs sowie Vernachlässigung von Unterhaltspflichten zu 15 Monaten Gefängnis, bedingt vollziehbar, verurteilt worden. Am 14. Dezember 2006 musste der Beschwerdeführer erneut wegen Vernachlässigung von Unterhaltspflichten, begangen im Zeitraum September 2004 bis Februar 2005, sowie wegen Nichtabgabe von Ausweisen oder Kontrollschildern verurteilt werden, was Anlass zum vorliegenden Widerrufsverfahren gab. Das Obergericht verweist darauf, dass dem Beschwerdeführer in der Vergangenheit mehrfach der bedingte Strafvollzug gewährt worden ist, dieser aber wegen Nichtbewährung des Verurteilten jeweils widerrufen werden musste. Die Verbüssung der kurzen Freiheitsstrafen habe den Beschwerdeführer nicht davon abgehalten, erneut gegen das Gesetz zu verstossen. Den mit Urteil des Bezirksgerichts Uster "letztmals und mit grossen Bedenken" gewährten bedingten Strafvollzug habe er erneut nicht im Sinne einer letzten Chance zu nutzen gewusst. Es müsse davon ausgegangen werden, dass auch die Freiheitsstrafe von 90 Tagen gemäss Urteil des Bezirksamts Zofingen vom 14. Dezember 2006 beim Beschwerdeführer nicht einen hinreichenden Eindruck hinterlassen werde. Das Obergericht setzt sich sodann damit auseinander, dass der Verurteilte zwar eine Vereinbarung mit der Alimenteninkassostelle abgeschlossen habe und sich darin verpflichtet habe, ab März 2008 einen Betrag von Fr. 700-- zu bezahlen. Es führt aber aus, dass der Beschwerdeführer bereits früher eine solche Vereinbarung getroffen und gestützt hierauf auch Zahlungen geleistet habe, was am 13. Juli 2004 zu einem Rückzug des Strafantrags geführt habe. Kurze Zeit später habe der Beschwerdeführer aber die Zahlungen wieder eingestellt, und auch eine weitere Vereinbarung, die Zahlungen wieder aufzunehmen, habe er nicht eingehalten.
Der Beschwerdeführer hält der Beurteilung des Obergerichts entgegen, dass die Geschäftslage seines Unternehmens zwischenzeitlich gut sei, seine ganze Aufbauarbeit durch einen Gefängnisaufenthalt zunichte gemacht würde und ihm der (bisherige) Verlauf des Widerrufsverfahren einen derartigen Eindruck gemacht habe, dass er alles daran setzen würde, seinen Unterhaltspflichten nachzukommen; er verweist darauf, dass dies auch der Einschätzung der Alimenteninkassostelle entspreche, die noch einmal Hand für eine Vereinbarung geboten habe.
Diese Einwände lassen jedoch den Entscheid des Obergerichts nicht als bundesrechtswidrig erscheinen, denn dem Sachrichter steht bei der Prognose des künftigen Legalverhaltens ein Ermessenspielraum zu, in den das Bundesgericht nur eingreift, wenn der Richter sein Ermessen über- bzw. unterschreitet oder missbraucht und damit Bundesrecht verletzt (<ref-ruling> E. 4.2). Davon kann aber nicht die Rede sein, denn das Obergericht hat in seine Beurteilung nicht nur einbezogen, dass der Beschwerdeführer immer wieder rückfällig geworden ist, sondern hat sich auch ausführlich mit seinem Verhalten in Bezug auf die Unterhaltspflichten auseinandergesetzt.
3. Die Beschwerde ist daher abzuweisen. Entsprechend hat der Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Strafgericht, 1. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Oktober 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Schneider Störi