Sachverhalt:
A. A._ wurde am 6. September 2004 von der Bezirksanwaltschaft Uster wegen Ausnützung der Notlage im Sinne von <ref-law> angeklagt. Das Bezirksgericht Uster, 1. Abteilung, sprach A._ mit Urteil vom 16. Dezember 2004 der Ausnützung einer Notlage schuldig und bestrafte ihn mit 4 Monaten Gefängnis, unter Gewährung des bedingten Strafvollzuges bei einer Probezeit von 2 Jahren.
B. Gegen dieses Urteil erklärten A._ und die Staatsanwaltschaft die Berufung. Das Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, sprach A._ mit Urteil vom 13. Juni 2005 der Ausnützung einer Notlage schuldig und bestrafte ihn mit 6 Monaten Gefängnis, wiederum unter Gewährung des bedingten Strafvollzuges bei einer Probezeit von 2 Jahren. Die von A._ dagegen erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde hiess das Kassationsgericht mit Zirkulationsbeschluss vom 4. August 2006 gut und wies die Sache an die Vorinstanz zurück. Daraufhin sprach das Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, A._ mit Urteil vom 6. Juni 2007 der sexuellen Belästigung im Sinne von <ref-law> schuldig und bestrafte ihn in Anwendung des neuen Rechts mit einer Busse von Fr. 9'000.--.
C. Die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Zürich führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, das vorinstanzliche Urteil sei aufzuheben und die Sache sei zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückweisen. Eventualiter beantragt sie, der Beschwerdegegner sei der Schändung im Sinne von <ref-law> sowie der sexuellen Belästigung im Sinne von <ref-law> schuldig zu sprechen. Subeventualiter sei der Beschwerdegegner der Ausnützung der Notlage im Sinne von <ref-law> schuldig zu sprechen. Der Beschwerdegegner sei in Anwendung des neuen Rechts mit einer Geldstrafe von 180 Tagessätzen zu Fr. 200.-- sowie mit einer Busse von Fr. 3'000.-- zu bestrafen. Unter Ansetzung einer Probezeit von zwei Jahren sei der Vollzug der Geldstrafe aufzuschieben. Für den Fall der Nichtbezahlung der Busse sei eine Ersatzfreiheitsstrafe von 30 Tagen anzudrohen.
D. Der Beschwerdegegner beantragt Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht des Kantons Zürich verzichtet auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Am 1. Januar 2007 ist der revidierte Allgemeine Teil des Strafgesetzbuches in Kraft getreten. Dieses neue Recht gelangt jedoch auf Taten, welche noch unter Geltung des alten Rechts begangen wurden, nur zur Anwendung, wenn es für den Täter das mildere ist (<ref-law>). Im vorliegenden Fall ist das neue Recht das mildere, womit dieses anwendbar ist (vgl. angefochtenes Urteil S. 33. f.).
2. Dem zu beurteilenden Fall liegt folgender Sachverhalt zugrunde:
Am 27. November 2003, ca. 18.15 Uhr, begab sich die Geschädigte in die Arztpraxis des Beschwerdegegners zur Durchführung einer Akupunkturbehandlung. Dazu zog sie sich - wie schon in den vorangegangenen vier Behandlungen - bis auf BH und Slip aus. Zu dieser Zeit befanden sich weder eine Arztgehilfin noch andere Patienten in den Praxisräumlichkeiten. Während der Akupunkturbehandlung bemerkte der Beschwerdegegner, die Geschädigte habe einen schönen Körper, schön gepflegte Haut, ein schönes Décolleté und er finde es auch schön, wenn eine Frau - wie sie - eine Intimrasur habe. Weiter fragte er sie, ob sie einmal mit ihm etwas trinken oder essen gehe. Die Geschädigte getraute sich nicht, diese Frage zu verneinen. Nach der Akupunkturbehandlung schlug der Beschwerdegegner eine Nacken/Schultermassage vor. Die Geschädigte bejahte die Frage, ob sie auch noch eine Bauchmassage wolle, in der Annahme, dies gehöre zur Behandlung, zumal sie Probleme mit dem Magen hatte. Ebenfalls willigte sie in eine Rückenmassage ein. Als sie wieder in Bauchlage war, massierte der Beschwerdegegner sie zunächst am Nacken und am Rücken. Er fuhr mit seinen Händen immer weiter ihren Rücken hinunter, über das Gesäss, massierte Waden und Oberschenkel sowie deren Innenseiten und berührte auch den Intimbereich. Er fragte die Geschädigte, ob er ihren BH öffnen dürfe und öffnete diesen. Nachdem er sich sein Hemd ausgezogen hatte, massierte er mit Öl weiter. Die Geschädigte bejahte auch die Frage, ob er ihre Unterhosen ausziehen dürfe, in der Annahme, dies sei für die Behandlung notwendig. Der Beschwerdegegner massierte die Innenseiten der Oberschenkel und berührte seine Patientin auch immer wieder in der Schamgegend, wobei er ihre Beine leicht spreizte. Ohne zu fragen, zog er ihren BH aus und begann, die Klitoris zu massieren, indem er mit dem Finger in die Scheide eindrang. Er sagte ihr, dass er der "Marcel" sei. Nach etwa 10 Minuten forderte er sie auf, sich auf den Rücken zu legen. Er begann, mit der einen Hand ihre linke Brustwarze zu stimulieren, während er mit der anderen Hand an der Schamgegend manipulierte und seinen Finger hinein- und hinauszog. Die Geschädigte, inzwischen misstrauisch geworden, fragte, ob dies alles zur Behandlung gehöre, worauf ihr der Beschwerdegegner erwiderte, "nicht alles" und sie fragte, ob es ihr zu weit gegangen sei. Nachdem sie antwortete, dass sie viel früher abgeblockt hätte, wenn sie dies gewusst hätte, entschuldigte er sich und meinte, er sei momentan auf der Suche nach einer Partnerschaft, anscheinend seien seine Hormone mit ihm durchgegangen. Die Geschädigte, welche um ca. 20.00 Uhr die Arztpraxis verliess, duldete die Handlungen des Arztes nur in der Annahme, dieser führe die medizinisch indizierten Behandlungsschritte korrekt aus.
3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Obergericht habe Bundesrecht verletzt (<ref-law>), indem es den Beschwerdegegner in Bezug auf den ersten Übergriff vom Vorwurf der Schändung (<ref-law>) freigesprochen habe. Sofern die Subsumtion unter den Tatbestand der Schändung verneint werde, seien die Handlungen des Beschwerdegegners als Ausnützung der Notlage (<ref-law>) zu qualifizieren.
3.1 Wer eine urteilsunfähige oder eine zum Widerstand unfähige Person in Kenntnis ihres Zustandes zum Beischlaf, zu einer beischlafsähnlichen oder einer anderen sexuellen Handlung missbraucht, wird mit Freiheitsstrafe bis zu zehn Jahren oder Geldstrafe bestraft (<ref-law>).
Widerstandsunfähig ist, wer nicht im Stande ist, sich gegen ungewollte sexuelle Kontakte zu wehren. Die Bestimmung schützt somit Personen, die einen zur Abwehr ausreichenden Willen zum Widerstand gegen sexuelle Übergriffe nicht oder nicht sinnvoll bilden, äussern oder betätigen können. Dabei genügt, dass das Opfer nur vorübergehend zum Widerstand unfähig ist. Die Gründe für die Widerstandsunfähigkeit können dauernder oder vorübergehender, chronischer oder situationsbedingter Natur sein, also ebenso in schweren psychischen Defekten wie in einer hochgradigen Intoxikation durch Alkohol oder Drogen, in körperlicher Invalidität wie in einer Fesselung, in der besonderen Lage der Frau in einem gynäkologischen Stuhl oder auch in einer Summierung von Schläfrigkeit, Alkoholisierung und einem Irrtum über die Identität des für den Ehemann gehaltenen Sexualpartners liegen. Erforderlich ist nur, dass die Widerstandsfähigkeit gänzlich aufgehoben und nicht nur in irgendeinem Grad beeinträchtigt oder eingeschränkt ist. Bei blosser - z.B. alkoholbedingter - Herabsetzung der Hemmschwelle ist keine Widerstandsunfähigkeit gegeben. Missbrauch liegt vor, wenn der Täter die Schutzlosigkeit des Opfers ausnützt (<ref-ruling> E. 7.2 S. 56, mit Hinweisen).
3.2 Das Obergericht unterteilt den Tatvorgang in die Phase, während welcher die Geschädigte auf dem Bauch lag, und in den Abschnitt, in welcher die Übergriffe in der Rückenlage erfolgten. Zur ersten Phase führt es aus, das Bundesgericht habe im <ref-ruling> die Widerstandsunfähigkeit einer bei einer Massagebehandlung nackt auf dem Bauch liegenden Patientin gleich beurteilt wie in Fällen von Patientinnen, die auf einem gynäkologischen Untersuchungsstuhl liegen. Im vorliegenden Fall habe sich die Geschädigte jedoch im Unterschied zum <ref-ruling> zugrunde liegenden Sachverhalt nach dem ersten Übergriff nicht zur Wehr gesetzt. Nachdem sie der Aufforderung des Beschwerdegegners, sich auf den Rücken zu drehen, gefolgt sei, sei es erneut zu Übergriffen gekommen. Zudem habe die Geschädigte ihr Gesicht nicht in die Mulde des Massagetisches, sondern auf ihre Hände gelegt und seitlich in die Richtung des Angeklagten abgedreht. Ihr Gesichtsfeld sei nicht völlig eingeschränkt gewesen. Die Geschädigte habe die Übergriffe nach eigenen Aussagen geduldet, weil sie davon ausgegangen sei, die Handlungen würden alle zur Behandlung gehören, und nicht, weil sie nicht gesehen habe, was der Beschwerdegegner tat. Auch betreffend das Einführen des Fingers in die Vagina sei die Geschädigte davon ausgegangen, dies gehöre zur Behandlung, und sie habe diese Handlung mehrmals auch auf dem Rücken liegend geduldet. Die Geschädigte sei nicht wegen ihrer Position in der Bauchlage widerstandsunfähig gewesen. Eine Aufteilung in zwei Phasen (Übergriffe in der Bauch- und Rückenlage) erscheine aufgrund der Aussagen der Geschädigten, welche das Geschehen als Einheit empfunden habe, nicht als gerechtfertigt. Weil die Geschädigte widerstandsfähig gewesen sei, sei der Tatbestand der Schändung nicht erfüllt (angefochtenes Urteil Erw. 2.3 S. 30 f.).
3.3 Die Beschwerdeführerin wendet dagegen ein, die Überlegungen und Empfindungen der Geschädigten würden - zumindest im Zeitpunkt des ersten sexuellen Übergriffs - in ungerechtfertigter Weise ins Zentrum gestellt. Entscheidend sei, wovon der Beschwerdegegner bei der Tathandlung ausgegangen sei. Er habe keine Kenntnis davon gehabt, was sich die Geschädigte überlegt habe. Unbehelflich sei auch die Auffassung des Obergerichts, wonach die Geschädigte ihr Gesicht auf ihre Hände gelegt und seitlich in Richtung des Beschwerdegegners abgedreht habe. Auch in dieser Situation habe sie nicht wahrnehmen können, was der Beschwerdegegner mit seinen Fingern in ihrem Genitalbereich gemacht habe. Abgesehen davon sei er mit seinem Finger so überraschend in die Vagina eingedrungen, dass sie keine Möglichkeit gehabt habe, sich dagegen zur Wehr zu setzen. Ohne Bedeutung sei, ob sich die Geschädigte nach dem ersten in Bauchlage erfolgten Übergriff zur Wehr gesetzt habe oder nicht. Im Zusammenhang mit dem Tatbestand der Schändung gehe es lediglich um den ersten Übergriff. Es sei nicht nachvollziehbar, wieso das Obergericht das Geschehen allein wegen der Aussagen der Geschädigten nicht in zwei Phasen aufgeteilt habe. Von Bedeutung sei einzig, dass die Geschädigte wie im <ref-ruling> zugrunde liegenden Sachverhalt vom ersten Übergriff überrascht wurde und dass der Beschwerdegegner die durch die Überraschung bewirkte Widerstandsunfähigkeit ausgenutzt habe. Was die Geschädigte im Zeitpunkt des ersten Übergriffs und auch bei den weiteren Übergriffen gedacht habe, sei irrelevant. Im Vergleich zu <ref-ruling> wiege der vorliegende Fall sogar schwerer, bestehe doch ein Verhältnis zwischen Arzt und Patientin und nicht nur zwischen Physiotherapeuten und Patientin. Einem Arzt werde schon wegen dessen langer Ausbildung, des Wissensvorsprungs und der fachlichen Stellung ein grösseres Vertrauen entgegengebracht als einem Physiotherapeuten (Beschwerde Ziff. I S. 3 f.).
3.4 Das Obergericht hat die Übergriffe des Beschwerdegegners zwar in zwei Phasen aufgeteilt, diese aber rechtlich als natürliche Handlungseinheit gewürdigt. Die Beschwerdeführerin demgegenüber beantragt, der Beschwerdegegner sei betreffend den ersten Übergriff der Schändung und betreffend die übrigen Übergriffe der sexuellen Belästigung schuldig zu sprechen.
3.4.1 Mehrere tatsächliche Handlungen können nur noch ausnahmsweise als Einheit zusammengefasst werden, nachdem das fortgesetzte Delikt in <ref-ruling> und die verjährungsrechtliche Einheit in <ref-ruling> aufgegeben wurden. Im Sinne einer natürlichen Handlungseinheit können mehrere Einzelhandlungen zusammengefasst werden, wenn sie auf einem einheitlichen Willensakt beruhen und wegen des engen räumlichen und zeitlichen Zusammenhangs bei objektiver Betrachtung noch als ein einheitliches Geschehen erscheinen. Dazu zählen namentlich Fälle der iterativen Tatbestandsverwirklichung (z.B. eine "Tracht Prügel") oder der sukzessiven Tatbegehung (z.B. Besprayen einer Mauer mit Graffiti in mehreren aufeinanderfolgenden Nächten). Die natürliche Handlungseinheit kann jedoch nur mit Zurückhaltung angenommen werden, will man nicht das fortgesetzte Delikt oder die verjährungsrechtliche Einheit unter anderer Bezeichnung wieder einführen (<ref-ruling> E. 4.5.3, mit Hinweis; <ref-ruling> E. 2.4.5 S. 94).
3.4.2 Wie im <ref-ruling> zugrunde liegenden Sachverhalt lag die Geschädigte während dem ersten Übergriff auf dem Bauch. Im Unterschied zu jenem Fall hatte sie dabei ihr Gesicht nicht in die Mulde des Massagetisches, sondern auf ihre Hände gelegt und seitlich in Richtung des Beschwerdegegners abgedreht. Auch hat sie sich nach dem ersten Übergriff nicht zur Wehr gesetzt, weil sie davon ausging, alle Handlungen würden zur Behandlung gehören (vgl. angefochtener Entscheid S. 30 f.). Dieser Unterschied ist unbeachtlich. Das Bundesgericht hat in einem anderen Fall die Widerstandsunfähigkeit bejaht, weil die Patientin aufgrund ihrer Lage im gynäkologischen Untersuchungsstuhl die Berührung an ihrer Klitoris erst wahrnehmen konnte, als der Frauenarzt bereits damit begonnen hatte. Auch in jenem Fall hatte sich die Patientin in der Folge nicht gewehrt, weil sie dachte, das Betasten ihrer Klitoris sei medizinisch begründet. Weil das Bundesgericht den Tatbestand der Schändung bereits aufgrund der Lage der Patientin bejahte, hat es dahingestellt, ob die irrtümliche Annahme einer Patientin, eine bestimmte Handlung des Frauenarztes sei medizinisch begründet, generell oder wenigstens unter gewissen Voraussetzungen Widerstandsunfähigkeit im Sinne von <ref-law> begründet (Urteil des Bundesgerichts 6S.448/2004 vom 3. Oktober 2005, E. 1.2.4). Im vorliegenden Fall hat das Obergericht zwar festgehalten, dass die Geschädigte ihr Gesicht seitlich abgedreht hatte und ihr Gesichtsfeld deshalb nicht völlig eingeschränkt war (angefochtenes Urteil S. 30). Aufgrund der Bauchlage der Geschädigten ist jedoch davon auszugehen, dass ihr Gesichtsfeld teilweise eingeschränkt war. Dementsprechend ist der Ergänzung der Anklage (kantonale Akten, Urk. 82) zu entnehmen, dass die Geschädigte nicht in der Lage war, den sexuellen Übergriff zu erkennen. Das Obergericht hat diesen Sachverhalt als erstellt erachtet (angefochtenes Urteil S. 26). Wie im <ref-ruling> zugrunde liegenden Sachverhalt konnte die Geschädigte die Berührungen an ihrer Klitoris deshalb erst wahrnehmen, als der Beschwerdegegner mit seinen Fingern in ihre Vagina eingedrungen und die Tat bereits vollendet war (vgl. <ref-ruling> E. 7.4 S. 57). Die Geschädigte war - wenn auch nur vorübergehend - widerstandsunfähig. Wie das Obergericht zum Tatbestand der sexuellen Belästigung ausführt, wusste der Beschwerdegegner aufgrund der gesamten Behandlungssituation, dass die Geschädigte nicht mit sexuellen Handlungen rechnete und nicht damit einverstanden war (vgl. angefochtenes Urteil S. 32 E. 3.3). Somit hat er den Tatbestand der Schändung in dieser ersten Phase auch in subjektiver Hinsicht erfüllt.
3.4.3 Die Erwägungen zum ersten sexuellen Übergriff erhellen, dass für die Beurteilung der Widerstandsfähigkeit massgeblich ist, in welcher Lage auf dem Massagetisch sich die Geschädigte befunden hat. Dementsprechend hat auch das Obergericht die Übergriffe nach der Position in der Bauch- oder Rückenlage unterteilt. Nach dem Übergriff in der Bauchlage hat der Beschwerdegegner die Geschädigte aufgefordert, sich auf den Rücken zu legen. Zu diesem Zeitpunkt hat er bereits den Tatbestand der Schändung erfüllt. Die weiteren Übergriffe in der Rückenlage erfolgten nicht im Sinne einer iterativen Tatbestandsverwirklichung oder einer sukzessiven Tatbegehung. Deshalb ist das Tatgeschehen nicht als natürliche Handlungseinheit zu qualifizieren, womit die Übergriffe in Rückenlage separat zu würdigen sind. In dieser Phase war die Sicht der Geschädigten auf die Handlungen des Beschwerdegegners nicht eingeschränkt. Diese Übergriffe hat sie nur wegen ihres Irrtums über die medizinische Indikation geduldet. Dies allein reicht für die Annahme einer Widerstandsunfähigkeit nicht aus, womit der Beschwerdegegner den Tatbestand der Schändung nicht erfüllt hat. Entsprechend dem angefochtenen Entscheid hat er sich jedoch in dieser Phase der sexuellen Belästigung (<ref-law>) strafbar gemacht.
3.5 Nach dem Gesagten braucht nicht zusätzlich geprüft zu werden, ob die Handlungen des Beschwerdegegners als Ausnützung der Notlage (<ref-law>) zu qualifizieren sind.
4. Zusammenfassend erweist sich die Beschwerde als begründet. Sie ist daher gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>).
Der Beschwerdegegner hat die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (<ref-law>). Die Beschwerdeführerin hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde in Strafsachen wird gutgeheissen, das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich, I. Strafkammer, vom 6. Juni 2007 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdegegner auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Februar 2008
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Schneider Binz