Sachverhalt:
A. S._ war einziges Verwaltungsratsmitglied der Firma C._ AG über die am ... der Konkurs eröffnet und am ... mangels Aktiven eingestellt wurde. Mit Verfügung vom 7. Mai 2008 und Einspracheentscheid vom 27. Mai 2009 verpflichtete die Ausgleichskasse des Kantons Bern, welcher die Konkursitin als beitragspflichtige Arbeitgeberin angeschlossen gewesen war, S._ zur Bezahlung von Schadenersatz in der Höhe von Fr. 3'894.- für entgangene bundes- und kantonalrechtliche Sozialversicherungsbeiträge (einschliesslich Mahngebühren, Verzugszinsen und Verwaltungskosten).
B. Die gegen den Einspracheentscheid erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Bern mit Entscheid vom 6. Oktober 2009 ab.
C. S._ führt Beschwerde ans Bundesgericht mit dem sinngemässen Antrag, er sei von jeglicher Schadenersatzpflicht zu befreien, eventualiter sei die Schadenersatzforderung zu reduzieren. Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten.

Erwägungen:
1. Die Zuständigkeit der II. sozialrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts zum Entscheid über die streitige Schadenersatzpflicht erstreckt sich auch auf die Forderung für entgangene Sozialversicherungsbeiträge nach kantonalem Recht (Urteil 9C_704/2007 vom 17. März 2008 E. 1, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2008 FL Nr. 1 S. 1, 9C_720/2008 vom 7. Dezember 2009, E. 1).
2. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG), und kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG; vgl. auch Art. 97 Abs. 1 BGG). Mit Blick auf diese Kognitionsregelung ist aufgrund der Vorbringen in der Beschwerde ans Bundesgericht zu prüfen, ob der angefochtene Gerichtsentscheid in der Anwendung der massgeblichen materiell- und beweisrechtlichen Grundlagen (u.a.) Bundesrecht verletzt (Art. 95 lit. a BGG), einschliesslich einer allfälligen rechtsfehlerhaften Tatsachenfeststellung (Art. 97 Abs. 1, Art. 105 Abs. 2 BGG). Das Bundesgericht darf nicht über die Begehren der Parteien hinausgehen (Art. 107 Abs. 1 BGG).
3. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen über die Arbeitgeberhaftung (Art. 52 AHVG; Art. 14 Abs. 1 AHVG in Verbindung mit Art. 34 ff. AHVV) sowie die hiezu ergangene Rechtsprechung, insbesondere über Eintritt des Schadens und Zeitpunkt der Kenntnis des Schadens (<ref-ruling>, 128 V 10, 119 V 89 E. 3 S. 92), die subsidiäre Haftung der Organe eines Arbeitgebers (<ref-ruling>, 126 V 237, 123 V 12 E. 5b S. 15, je mit Hinweisen), den zu ersetzenden Schaden (<ref-ruling> E. 3a S. 444, 123 V 12 E. 5b S. 15, je mit Hinweisen), die erforderliche Widerrechtlichkeit (<ref-ruling> E. 2a S. 195 mit Hinweisen), die Voraussetzung des Verschuldens und den dabei zu berücksichtigenden - differenzierten - Sorgfaltsmassstab (<ref-ruling> E. 3a S. 202, ZAK 1992 S. 248 E. 4b, je mit Hinweisen; vgl. auch Thomas Nussbaumer, Die Haftung des Verwaltungsrates nach Art. 52 AHVG, in: AJP 9/96, S. 1081) zutreffend wiedergegeben. Darauf wird verwiesen.
4. 4.1 In Frage steht die Schadenersatzpflicht des Beschwerdeführers.
Wie das kantonale Gericht verbindlich (vgl. E. 2 hievor) festgestellt hat, hat die konkursite Gesellschaft in der Lohnbescheinigung 2004 eine um Fr. 25'600.- zu tiefe Lohnsumme deklariert; die entsprechenden Beiträge konnten nicht mehr nachgefordert werden, weil im Zeitpunkt der Arbeitgeberkontrolle im Oktober 2006 der Konkurs bereits geschlossen worden war. Die Konkursitin ist damit den ihr als Arbeitgeberin obliegenden Beitragsabrechnungs- und -zahlungspflichten gemäss Art. 14 Abs. 1 AHVG in Verbindung mit Art. 34 ff. AHVV nur unvollständig nachgekommen und hat damit Vorschriften im Sinne von Art. 52 Abs. 2 AHVG missachtet (vgl. statt vieler: <ref-ruling> E. 1 am Ende), was grundsätzlich die volle Schadenersatzpflicht gemäss Art. 52 AHVG nach sich zieht.
Umstritten und als Rechtsfrage frei zu prüfen ist, ob diese zum Beitragsverlust führende Pflichtverletzung der Arbeitgeberin dem Beschwerdeführer - seines Zeichens einziges Verwaltungsratsmitglied und damit formelles Organ einer juristischen Person - als grobfahrlässiges Verhalten im Sinne von Art. 52 AHVG anzurechnen ist. Dies haben Vorinstanz und Verwaltung bejaht, wogegen der Beschwerdeführer geltend macht, eine grobfahrlässige Verletzung seiner Arbeitgeberpflichten könne ihm nicht vorgeworfen werden.
4.2 Die Beurteilung der Frage, ob der Beschwerdeführer als verantwortliches Arbeitgeberorgan seinen Sorgfaltspflichten im Zusammenhang mit der Einhaltung der Beitragspflicht nachgekommen ist, also die verschuldensmässige Wertung der Beitragspflichtverletzung, hat in Würdigung der gesamten Umstände, die zum Zahlungsrückstand geführt haben, zu erfolgen (Urteile H 44/01 vom 16. Mai 2002, H 438/00 vom 13. Februar 2002 und H 50/01 vom 9. November 2001, je mit Hinweisen). Dabei ist nach ständiger Rechtsprechung nicht jede Verletzung der öffentlich-rechtlichen Aufgaben der Arbeitgeberin als Institution der Versicherungsdurchführung ohne weiteres als qualifiziertes Verschulden ihrer Organe im Sinne von Art. 52 AHVG zu werten. Das absichtliche oder grobfahrlässige Missachten von Vorschriften verlangt vielmehr einen Normverstoss von einer gewissen Schwere (<ref-ruling> E. 4b S. 244).
4.3 Die Vorinstanz führte zur verschuldensmässigen Wertung der begangenen Pflichtverletzung aus, zu den Pflichten des Beschwerdeführers habe auch gehört, die Lohnsummen hinreichend zu deklarieren und für die Bezahlung der Sozialversicherungsbeiträge besorgt zu sein, was nicht geschehen sei. Damit habe der Beschwerdeführer zumindest in grobfahrlässiger Weise die ihm obliegenden Pflichten verletzt. Zudem verneinte sie die vom Beschwerdeführer geltend gemachten Exkulpations- oder Rechtfertigungsgründe im Zusammenhang mit Sanierungsbemühungen und der versuchten Kontaktnahme mit der Ausgleichskasse. Damit stützte sich das kantonale Gericht einzig auf die mit der Lohnbescheinigung 2004 erfolgte Angabe einer zu geringen Lohnsumme. Wie die Vorinstanz in ihrem Entscheid selbst ausführte, dürfen sich jedoch Verwaltung und Sozialversicherungsgericht bei festgestellter Verletzung der AHV-Vorschriften nicht auf die Prüfung beschränken, ob Exkulpations- oder Rechtfertigungsgründe vorliegen, sondern haben vorgängig festzustellen, ob ein qualifiziertes Verschulden im Sinne von Art. 52 AHVG anzunehmen ist (Urteil H 91/06 vom 20. Juni 2007 E. 5.1 mit Hinweisen). Weshalb die einmalige Pflichtverletzung im Zusammenhang mit der Lohnbescheinigung 2004 als grobfahrlässiges Verhalten zu werten ist, begründete die Vorinstanz jedoch in keiner Weise. Eine solche einmalige Verfehlung kann denn auch für ein qualifiziertes Verschulden, wie es im Rahmen von Art. 52 AHVG erforderlich ist, nicht genügen, zumal jegliche Hinweise dafür fehlen, dass der Beschwerdeführer beim Ausfüllen der Lohnbescheinigung 2004 absichtlich gewisse Positionen nicht deklariert hätte oder es sonstwie an der erforderlichen Sorgfalt hätte mangeln lassen, solche Verdachtsmomente auch die Vorinstanz nicht festgestellt hat und es sich schliesslich im Verhältnis zur jährlichen Lohnsumme von rund Fr. 800'000.- Franken nur um eine relativ geringe Abweichung handelt. Die Qualifikation dieses einmaligen Normverstosses als grobfahrlässig liefe vielmehr auf eine nach Gesetz und Rechtsprechung unzulässige, da in Art. 52 AHVG nicht vorgesehene Kausalhaftung hinaus (vgl. bereits ZAK 1985 S. 51 E. 2a mit Hinweisen).
Daran ändert im Übrigen nichts, dass bei der Arbeitgeberin - wie die Verwaltung in ihrem Einspracheentscheid zur Begründung aufführte - bereits früher mittels der Jahresschlussrechnungen regelmässig grössere Beiträge nachgefordert werden mussten. Diese Korrekturen führten nicht zu einem Beitragsausfall, da sie jeweils bezahlt wurden, und waren deshalb auch nicht kausal für den in Frage stehenden Schaden, abgesehen davon, dass bis zum Inkrafttreten des Art. 35 Abs. 2 AHVV am 1. Januar 2001 ohnehin aus dem Umstand, dass sich der Schaden aus der Differenz zwischen den Pauschalrechnungen und der Schlussabrechnung ergab und die Anpassung der Pauschalzahlungen unter dem Jahr unterlassen wurde, kein grobfahrlässiges Verhalten abgeleitet werden konnte (SVR 2003 AHV Nr. 1 S. 3 E. 6a, Urteil H 239/03 vom 25. Oktober 2004).
4.4 Zusammenfassend kann entgegen der Auffassung von Vorinstanz und Verwaltung nicht von einem haftungsbegründenden qualifizierten Verschulden ausgegangen werden, womit eine Haftung des Beschwerdeführers nach Art. 52 AHVG ausser Betracht fällt.
5. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 BGG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten ist gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 6. Oktober 2009 und der Einspracheentscheid der Ausgleichskasse des Kantons Bern vom 27. Mai 2009 werden aufgehoben.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 700.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. März 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke