Faits:
A. X._ a été condamné le 6 septembre 2007 par le Tribunal correctionnel de l'arrondissement de l'Est vaudois à trente mois de privation de liberté, sous déduction de vingt-neuf jours de détention avant jugement, dont six mois fermes, le solde étant assorti d'un sursis de trois ans.
Par décision du 25 avril 2008, l'Office d'exécution des peines a rejeté la demande du condamné d'exécuter la partie ferme de sa peine sous la forme d'arrêts domiciliaires.
B. Saisi d'un recours par X._, le Juge d'exécution des peines l'a rejeté par arrêt du 20 février 2009.
C. X._ interjette un recours en matière pénale contre cette décision, concluant principalement à sa réforme en ce sens qu'il soit autorisé à exécuter la partie ferme de sa peine sous le régime des arrêts domiciliaires et, à titre subsidiaire, au renvoi de la cause à l'autorité précédente afin qu'elle complète l'instruction et rende une nouvelle décision. Il sollicite par ailleurs la restitution de l'effet suspensif et d'être mis au bénéfice de l'assistance judiciaire.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Saisi d'un recours contre une décision de l'Office vaudois d'exécution des peines, le Juge d'application des peines statue en dernière instance cantonale (art. 37 al. 3 de la loi vaudoise sur l'exécution des condamnations pénales; RS/VD 340.01). Le recours en matière pénale est recevable (art. 80 al. 1 et 78 al. 2 let. b LTF).
2. Le recourant soutient, dans un premier moyen, que le refus d'autoriser l'exécution, sous forme d'arrêts domiciliaires, de la partie ferme, inférieure à douze mois, d'une peine privative de liberté d'une durée supérieure, partiellement suspendue en application de l'<ref-law>, violerait le principe de la légalité des peines (<ref-law>). Il relève que l'<ref-law> n'énonce aucune restriction quant au mode d'exécution de la peine infligée avec sursis partiel. L'exécution de sa peine sous une autre forme ne répondrait pas au principe de resocialisation de l'<ref-law>. Il invoque également l'arbitraire de la décision cantonale et se plaint d'une inégalité de traitement.
2.1 L'exécution des peines privatives de liberté sous forme d'arrêts domiciliaires (electronic monitoring) a été avalisée dans sept cantons (BL, BS, BE, VD, GE, TI et SO) par le Conseil fédéral, en vertu de l'ancien <ref-law>, qui lui permettait d'autoriser à l'essai, pendant un temps déterminé, des méthodes non prévues par le code en vue d'améliorer le régime d'exécution des peines. Depuis l'entrée en vigueur de la nouvelle partie générale du code pénal, cette expérimentation repose sur la délégation de compétence de l'<ref-law>, dont la portée est, sur ce point, identique à l'ancien <ref-law>. Pour le surplus, le Code pénal ne réglemente pas cette institution, si bien que la situation est comparable à celle qui prévalait avant l'entrée en vigueur de la nouvelle partie générale du code pénal en matière de semi-détention. La réglementation cantonale édictée dans le cadre des autorisations délivrées conformément à l'ancien <ref-law> et prolongées en application de l'<ref-law>, constitue du droit cantonal autonome (cf. en matière de semi-détention: <ref-ruling> consid. 2b p. 108), les cantons susmentionnés demeurant, dans le cadre des autorisations accordées, libres de délimiter le champ d'application des arrêts domiciliaires en les soumettant à des conditions restrictives, sous la seule réserve de l'arbitraire dans le choix des critères (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 134).
2.2 Sur la base de l'ancien <ref-law>, le canton de Vaud a été autorisé à faire exécuter de courtes peines privatives de liberté de vingt jours à douze mois et des soldes de longues peines privatives de liberté, à la fin ou en lieu et place de la semi-liberté, d'une durée de un à douze mois sous le régime de l'exécution à l'extérieur de l'établissement sous surveillance électronique (v. les communications de l'Office fédéral de la justice des 10 septembre 2002 et 21 décembre 2006, relatives aux décisions du Conseil fédéral de prolonger les autorisations des cantons de Bâle-Campagne, Bâle-Ville, Berne, Genève, Tessin, Vaud et Soleure d'exécuter des peines privatives de liberté à l'extérieur de l'établissement sous surveillance électronique; FF 2002 p. 5503; FF 2007, p. 371; FF 2008, p. 147). En application de ces décisions, le canton de Vaud a édicté un Règlement sur l'exécution des courtes peines privatives de liberté sous forme d'arrêts domiciliaires (Rad1), du 11 juin 2003 (RS/VD 340.01.6). Conformément à l'art. 1 de ce règlement, une peine privative de liberté d'une durée de 20 jours au moins et de 12 mois au plus peut être exécutée sous forme d'arrêts domiciliaires.
2.3 Dans un arrêt du 5 novembre 2008 (6B_582/2008; v. aussi l'arrêt du même jour 6B_805/2008), le Tribunal fédéral a constaté, en examinant l'interprétation de l'autorité cantonale sous l'angle de l'arbitraire, que le texte de cette norme cantonale (« une peine privative de liberté d'une durée de 20 jours au moins et de 12 mois au plus »), qui est conforme à la décision d'autorisation, pose clairement que la durée de la peine prononcée comme telle constitue un critère objectif définissant le champ d'application des arrêts domiciliaires. Il en a conclu qu'il n'était pas arbitraire d'interpréter la règle cantonale en ce sens que cette forme d'exécution était exclue pour les peines dont la durée est supérieure à douze mois, même lorsque seule une partie doit en être exécutée en application de l'<ref-law>. Le grief d'arbitraire est infondé. Pour le surplus, l'argumentation développée par le recourant ne conduit pas à une autre conclusion.
2.4 Le Tribunal fédéral a souligné, dans l'arrêt précité, qu'une interprétation plus large de la norme cantonale irait au-delà de l'autorisation délivrée au canton de Vaud par la Confédération et ne reposerait, partant, pas sur une base légale suffisante. Le recourant, dont l'argumentation procède de la prémisse erronée que les arrêts domiciliaires constituent un mode ordinaire d'exécution des peines, ne peut dès lors rien déduire en sa faveur du principe de la légalité des peines.
Par ailleurs, l'<ref-law>, invoqué par le recourant, exige que l'exécution de la peine privative de liberté améliore le comportement social du détenu, en particulier son aptitude à vivre sans commettre d'infractions. Cette disposition ne permet cependant pas de déroger aux conditions d'exécution des peines fixées dans la loi (arrêt du 16 janvier 2009, 6B_728/2008 consid. 1.4), partant d'appliquer un régime d'exécution dépourvu de base légale. Cette disposition n'est donc d'aucun secours non plus au recourant.
Quant au principe de l'égalité de traitement (art. 8 al. 1 Cst.), il implique que le juge traite de la même manière des situations semblables et de manière différente des situations dissemblables (<ref-ruling> consid. 3.4.2 p. 114 et la jurisprudence citée). Ce principe ne permet cependant pas de pallier l'absence de base légale. Selon la jurisprudence, le citoyen peut, tout au plus, prétendre à l'égalité dans l'illégalité s'il y a lieu de prévoir que l'administration persévérera dans l'inobservation de la loi (<ref-ruling> consid. 5 p. 166; <ref-ruling> consid. 4a p. 451-452 et les références citées). Or, en l'espèce, le recourant ne tente pas de démontrer que l'autorité d'exécution des peines aurait, dans son cas, dérogé à une pratique habituelle, par hypothèse illicite. Au demeurant, le fait que l'exécution de certaines peines sous forme d'arrêts domiciliaires ait été autorisée à titre d'essai peut déjà justifier, afin d'obtenir des résultats significatifs au plan statistique, une interprétation stricte des conditions d'accès à cette mesure, si bien qu'une distinction peut être opérée, dans cette perspective, avec les régimes d'exécution des peines ordinaires prévus par le Code pénal. Enfin, comme l'a relevé à juste titre l'autorité cantonale, la gravité des actes reprochés à une personne condamnée à trente mois de privation de liberté n'est pas comparable à celle d'actes commis par une personne condamnée à une peine privative de liberté de douze mois, si bien que sous cet angle également une différence dans le mode d'exécution peut être justifiée.
3. Le recourant invoque, encore, le principe de la bonne foi (art. 9 Cst.).
Ce principe, qui ne peut avoir qu'une influence limitée dans les matières - tel le droit pénal - dominées par le principe de la légalité lorsqu'il entre en conflit avec ce dernier, suppose notamment que celui qui s'en prévaut ait, en se fondant sur les assurances ou le comportement de l'administration, pris des dispositions auxquelles il ne saurait renoncer sans subir de préjudice (<ref-ruling> consid. 6.1 in fine, p. 637).
Le recourant se borne sur ce point à alléguer, sans autre précision, avoir entrepris des démarches professionnelles et personnelles importantes, qui pourraient être mises à néant si la décision attaquée devait être confirmée. Il s'écarte sur ce point des constatations de fait de la décision entreprise, qui ne constate rien de tel. Il ne ressort pas non plus du dossier de la cause qu'il aurait entrepris des démarches professionnelles spécifiques. Certaines des pièces produites en procédure font certes état du fait que le recourant a conclu deux « conventions de participation à une mesure active » avec l'Etablissement vaudois d'accueil des migrants, dans le cadre desquelles, il a entrepris une formation de cuisinier. Ce stage paraît cependant s'inscrire dans la continuité de celui qu'il a effectué avant sa condamnation, en 2007, qui lui a permis d'obtenir un certificat d'aide-cuisinier. Compte tenu du fait que le recourant, né en 1987, est encore en âge d'acquérir ou de compléter sa formation professionnelle, il n'y a pas lieu de penser qu'il aurait entrepris cette démarche dans le seul but de pouvoir bénéficier du régime des arrêts domiciliaires. Par ailleurs, ces mesures étant de durée déterminée (du 17 janvier au 4 avril 2008, puis du 14 avril au 27 juin 2008), rien n'indique que le recourant doive renoncer à poursuivre cette formation uniquement en raison du refus qui lui a été opposé d'exécuter sa peine sous forme d'arrêts domiciliaires. Enfin, si l'interruption de cette activité devait, en définitive, résulter de l'exécution de sa peine, sa situation ne serait quoi qu'il en soit, pas différente de celle de n'importe quel autre condamné contraint à abandonner un emploi en raison de l'exécution d'une peine privative de liberté. On ne voit donc pas qu'il puisse invoquer dans ce contexte subir un préjudice particulier. Le grief est infondé.
4. Le recourant invoque enfin une violation de son droit d'être entendu. Il reproche à l'Office d'exécution des peines de n'avoir pas mis le dossier à la disposition de son conseil pour 24 heures, comme ce dernier le demandait.
4.1 Le recourant n'indique pas de quelles règles cantonales, fédérales ou conventionnelles il se prévaut, de sorte que la recevabilité de ce grief est douteuse (art. 106 al. 2 et 42 al. 1 LTF). On peut tout au plus déduire des références citées que le recourant fait allusion à la garantie constitutionnelle fédérale. Il ne tente par ailleurs pas de démontrer qu'il pourrait se prévaloir de garanties de droit cantonal ou conventionnel allant au-delà de celles offertes par l'art. 29 al. 2 Cst.
4.2 Le droit d'accès au dossier déduit de l'art. 29 al. 2 Cst. ne comprend, en règle générale, que le droit de consulter les pièces au siège de l'autorité, de prendre des notes (<ref-ruling> consid. 2b, 115 Ia 293 p. 302-303, 112 377 consid. 2b) et, pour autant que cela n'entraîne aucun inconvénient excessif pour l'administration, de faire des photocopies (<ref-ruling> consid. 28, 116 Ia 325 consid. 3d/aa). En revanche, il ne confère pas le droit de se voir notifier les pièces du dossier (<ref-ruling> consid. 2b; MICHELE ALBERTINI, Der verfassungsmässige Anspruch auf rechtliches Gehör im Verwaltungsverfahren des modernen Staates, 2000, p. 249 ss). Le Tribunal fédéral a, à diverses reprises, laissé ouverte la question de savoir s'il en va différemment, sous l'angle de l'égalité de traitement, lorsque l'envoi des dossiers aux avocats constitue une pratique générale de l'autorité (<ref-ruling> consid. 2b, 120 IV 242 consid. 2c/bb). Il n'est pas nécessaire d'y répondre définitivement en l'espèce. Hormis le fait qu'il n'articule pas expressément ce grief (<ref-law>), le recourant ne prétend ni avoir été empêché de consulter le dossier au siège de l'autorité d'exécution des peines, ni que l'envoi du dossier aux avocats constituerait la pratique usuelle de l'office vaudois d'exécution des peines. Supposé recevable, le grief constitutionnel ainsi développé, qui ne peut être examiné que dans le cadre de la motivation du recours (<ref-law>), devrait, par conséquent de toute manière être rejeté.
5. Le recours était d'emblée dénué de chances de succès, si bien que l'assistance judiciaire doit être refusée (<ref-law>). Le recourant succombe. Il supporte les frais de la procédure qui peuvent être réduits pour tenir compte de sa situation économique (art. 65 al. 2 et 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer des dépens (<ref-law>).
La demande d'effet suspensif est sans objet.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. L'assistance judiciaire est refusée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 francs, sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Juge d'application des peines du canton de Vaud.
Lausanne, le 8 mai 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat