hat sich ergeben:
A.- A._ überschritt am 27. Mai 1999 in Wauwil (LU) die innerorts zulässige Höchstgeschwindigkeit von 50 km/h nach Abzug der Sicherheitsmarge von 5 km/h um 16 km/h.
Am 10. August 1999 missachtete er an einer Verzweigung in Urdorf (ZH) ein Rotlicht und stiess mit einem korrekt fahrenden Personenwagen zusammen. Die Bezirksanwaltschaft Zürich sprach ihn für diesen Vorfall der groben Verletzung von Verkehrsregeln gemäss <ref-law> schuldig und bestrafte ihn mit 30 Tagen Gefängnis, bedingt bei einer Probezeit von zwei Jahren.
Seit 1993 waren gegen A._ jedes Jahr Administrativmassnahmen wegen Verstössen gegen das SVG verfügt worden. 1993 erfolgte eine Verwarnung, 1994, 1995, 1997 und 1998 der Entzug des Führerausweises für je einen Monat und 1996 der Entzug des Führerausweises für sechs Monate wegen Fahrens mit übersetzter Geschwindigkeit; 1995 der Entzug des Führerausweises für einen Monat wegen Missachtung des Vortrittsrechts mit Unfallfolge; 1997 der Entzug des Führerausweises von einem Monat mit Verkehrsunterricht wegen Fahrens in übermüdetem Zustand und Nichtbeherrschens des Fahrzeugs mit Unfallfolge.
B.- Mit Verfügung vom 30. September 1999 entzog die Kommission für Administrativmassnahmen im Strassenverkehr des Kantons Freiburg (im Folgenden: Kommission)
A._ den Führerausweis gestützt auf <ref-law> für die Dauer von drei Monaten.
Die von A._ dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg am 24. Mai 2000 ab. Es hob die angefochtene Verfügung im Sinne einer reformatio in peius (Warnungsentzug von mindestens sechs Monaten) von Amtes wegen auf und wies die Sache zu neuer Entscheidung an die Kommission zurück.
C.- Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und A._ den Führerausweis auf unbestimmte Zeit, mindestens aber für die Dauer eines Jahres, zu entziehen (Sicherungsentzug) und die Wiedererteilung von einem positiv lautenden verkehrspsychologischen Gutachten abhängig zu machen. Eventualiter sei die Sache an die Kommission zur verkehrspsychologischen Abklärung der charakterlichen Eignung zum Führen von Motorfahrzeugen zurückzuweisen. Bis zum Vorliegen der Untersuchungsergebnisse sei A._ der Führerausweis sofort vorsorglich zu entziehen. Sollte die Abklärung keinen Eignungsmangel ergeben, sei die Kommission anzuweisen, gegenüber A._ einen Warnungsentzug von sechs Monaten gemäss Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 24. Mai 2000 anzuordnen.
D.-A._ hat sich nicht vernehmen lassen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Freiburg hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Letztinstanzliche kantonale Entscheide über Führerausweisentzüge unterliegen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde ans Bundesgericht (<ref-law>).
Dem Beschwerdeführer steht das Beschwerderecht kraft gesetzlicher Ermächtigung zu (<ref-law>).
Die Eingabe erfolgte innert gesetzlicher Frist (<ref-law>). Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
b) Der Beschwerdeführer beantragt bei unverändertem Sachverhalt anstelle des sechsmonatigen Warnungsentzugs einen Sicherungsentzug, womit ein neues und weitergehendes Rechtsbegehren vorliegt (Fritz Gygi, Bundesverwaltungsrechtspflege,
2. A., Bern 1983, S. 256). Auf Beschwerde dieser Bundesbehörde hin, welche im Hinblick auf die Gewährleistung der einheitlichen Anwendung des Bundesrechts zur Beschwerde befugt ist, kann das Bundesgericht ohne Rücksicht auf kantonale Bestimmungen über die reformatio in peius den angefochtenen Entscheid zum Nachteil des Betroffenen ändern (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 1c; <ref-ruling> E. 2b).
2.- a) Die Vorinstanz führt aus, dass der Beschwerdegegner durch die Missachtung des Rotlichts ein grosses Unfallrisiko geschaffen und durch die Kollision mit einem vortrittsberechtigten Fahrzeug das Leben anderer Verkehrsteilnehmer erheblich gefährdet habe. Ein solches Verhalten ziehe einen obligatorischen Warnungsentzug nach sich. Der Vollzug des letzten Entzuges habe am 13. Oktober 1998 geendet. Die Missachtung des Rotlichts habe am 10. August 1999, also weniger als zwei Jahre nachher, stattgefunden. Daher sei der Führerausweis des Beschwerdegegners gestützt auf <ref-law> für mindestens sechs Monate zu entziehen.
b) Der Beschwerdeführer macht geltend, das bisherige Fahrverhalten des Beschwerdegegners lasse auf ein fehlendes Bewusstsein für die Gefahren des Strassenverkehrs schliessen oder zeige einen Mangel an Fähigkeit oder Willen, diesen Rechnung zu tragen. Die bisherigen Massnahmen hätten ihn nicht zu mehr Verantwortungsbewusstein und Sorgfalt erziehen und von weiteren Verkehrsregelverletzungen abhalten können. Sein Verhalten zeige, dass er sich nicht um Geschwindigkeitsbeschränkungen und die Sicherheit der anderen Verkehrsteilnehmer kümmere. Selbst die Anordnung von Verkehrsunterricht sowie zwei Verkehrsunfälle hätten ihn nicht zu einer rücksichtsvollen Fahrweise veranlassen können. Offenbar bewerte er seine geschäftlichen Interessen höher als dasjenige der anderen Verkehrsteilnehmer, nicht gefährdet oder verletzt zu werden. Es lägen genügend Anhaltspunkte vor, dass er weiterhin rücksichtslos fahren werde, womit auch kein Zweifelsfall vorliege, der die Anordnung eines verkehrspsychologischen Gutachtens erfordern würde. Die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt, indem sie trotz entsprechender Anzeichen einen Sicherungsentzug wegen charakterlicher Nichteignung nicht von sich aus geprüft habe. Der Ausweisentzug auf unbestimmte Zeit, mindestens für die Dauer eines Jahres, dränge sich auf. Die Wiedererteilung sei von einem positiv lautenden Gutachten abhängig zu machen.
Sollte das Bundesgericht trotz aller bekannten Umstände hinsichtlich der Fahreignung Zweifel haben, wäre dem Beschwerdegegner der Führerausweis sofort vorsorglich zu entziehen, bis die Ergebnisse der durchzuführenden verkehrspsychologischen Untersuchung vorliegen.
Sollte sich herausstellen, dass beim Beschwerdegegner doch kein Eignungsmangel vorliege, sei die Kommission gemäss dem Urteil der Vorinstanz anzuweisen, einen Warnungsentzug von mindestens sechs Monaten zu verfügen.
3.- a) Der Führerausweis ist zu entziehen, wenn festgestellt wird, dass die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen (<ref-law>). Der Sicherungsentzug bezweckt den Schutz des Verkehrs vor ungeeigneten Lenkern (<ref-law>). Er wird auf unbestimmte Zeit verfügt; vor Ablauf der Probezeit von mindestens einem Jahr darf der Führerausweis nicht wieder ausgehändigt werden (<ref-law>; <ref-law>). Demgegenüber dient der Warnungsentzug der Besserung des Führers und der Bekämpfung von Rückfällen (<ref-law>). Seine Dauer richtet sich nach der Schwere des Verschuldens, dem Leumund des Lenkers und der beruflichen Notwendigkeit, ein Fahrzeug zu führen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2c, 202 E. 1b und c).
b) Der Sicherungsentzug wegen charakterlicher Nichteignung ist angezeigt, wenn das bisherige Verhalten des Fahrzeuglenkers keine Gewähr bietet, dass er künftig die Verkehrsregeln beachtet und auf die Mitmenschen Rücksicht nimmt. Die Prognose ist anhand der Art und
Anzahl bereits begangener Verkehrsdelikte und der persönlichen Umstände zu stellen. Der Sicherungsentzug greift tief in den Persönlichkeitsbereich ein, weshalb eine sorgfältige Abklärung der massgeblichen Elemente vorzunehmen ist; in Zweifelsfällen ist ein verkehrspsychologisches oder psychiatrisches Gutachten anzuordnen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2a). Bis zur Abklärung von Ausschlussgründen kann der Führerausweis sofort vorsorglich entzogen werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2b).
4.- a) Im vorliegenden Fall sieht die Vorinstanz die Voraussetzungen für einen Warnungsentzug von mindestens sechs Monaten gegeben. Ob allenfalls die Voraussetzungen für einen Sicherungsentzug erfüllt sind, prüft sie nicht. Damit verletzt sie Bundesrecht; der diesbezügliche Einwand des Beschwerdeführers erfolgt zu Recht.
In den Jahren 1993-1998 hat der Beschwerdegegner regelmässig die Verkehrsregeln verletzt. Dabei fällt auf, dass die bisher geahndeten Geschwindigkeitsüberschreitungen rund 30 km/h, einmal sogar 64 km/h betrugen.
Zweimal verursachte er einen Unfall indem er das Vortrittsrecht eines Fahrzeuglenkers missachtete bzw. am Steuer einnickte. Dem angefochtenen Entscheid liegt eine Geschwindigkeitsüberschreitung von 16 km/h und die Missachtung eines Rotlichts mit Unfallfolge zugrunde. Die beiden neuen Vorfälle deuten darauf hin, dass die in der Vergangenheit verfügten Massnahmen den Beschwerdegegner nicht veranlasst haben, sein Verhalten im Strassenverkehr zu überdenken.
Gemäss eigenem Bekunden ist der Beschwerdegegner beruflich stark gefordert und kämpft seit einiger Zeit um die wirtschaftliche Existenz seiner Familie; die damit verbundene Belastung habe zu Konzentrationsschwächen und Übermüdung geführt. Diese Beweggründe seines verkehrsgefährdenden Verhaltens liegen zwar (im Unterschied zum Sachverhalt in <ref-ruling> E. 3) zumindest nicht in reinem Leichtsinn und Imponiergehabe, können aber die Gefährdung Dritter nicht rechtfertigen und beseitigen damit auch nicht die ernsthaften Bedenken gegenüber seiner charakterlichen Eignung zum Führen von Motorfahrzeugen. Es wäre Sache der Vorinstanz gewesen, die notwendigen Abklärungen nach <ref-law> zu veranlassen, sei es durch die Anordnung eines verkehrspsychologischen oder eines psychiatrischen Gutachtens (<ref-ruling> E. 2a). Indem sie dies unterliess, hat sie das ihr beim Ausmass der notwendigen behördlichen Abklärungen zustehende Ermessen überschritten und Bundesrecht verletzt (<ref-ruling> E. 2a).
b) Die sofortige Anordnung eines Sicherungsentzugs ohne vorgängige Begutachtung der Persönlichkeit des Betroffenen durch einen Spezialisten drängt sich hingegen nicht auf. Es kann zwar nicht ausgeschlossen werden, dass der Beschwerdegegner weiterhin wenig Rücksicht auf die anderen Verkehrsteilnehmer nehmen wird, doch erlauben es die vorliegenden Erkenntnisse nicht, ihm die Fahreignung ohne genauere Untersuchungen abzusprechen.
c) Die Vorinstanz hat keine Abklärung eines Sicherungsentzuges veranlasst. Sie hat die Verfügung der Kommission aber dennoch aufgehoben und die Sache zur Anordnung eines Warnungsentzuges von mindestens sechs Monaten zurückgewiesen. Der Beschwerdegegner hat gegen
dieses Urteil kein Rechtsmittel ergriffen. Bis zur Dauer von sechs Monaten ist der Warnungsentzug ihm gegenüber somit rechtskräftig. Eine allfällige Teilanfechtung gegen eine sechs Monate übersteigende Entzugsdauer hätte keine aufschiebende Wirkung. Aus prozessökonomischen Gründen rechtfertigt es sich deshalb, das Urteil der Vorinstanz nicht aufzuheben, sondern die Abklärungen bezüglich eines Sicherungsentzuges ergänzend anzuordnen.
Die Sache ist somit an die Kommission zurückzuweisen, um in Ausführung des vorinstanzlichen Urteils einen Warnungsentzug von mindestens sechs Monaten zu verfügen. Während des Vollzugs des Warnungsentzuges hat die Kommission sodann die nötigen Abklärungen bezüglich der Fahreignung des Beschwerdegegners (Sicherungsentzug) vorzunehmen. Sollte die Zeit des Warnungsentzuges dazu nicht ausreichen, läge es in der Verantwortung der Behörde, gestützt auf <ref-law> einen daran anschliessenden vorsorglichen Entzug des Führerausweises bis zum Abschluss der Abklärungen anzuordnen. Sollten die Abklärungen ergeben, dass beim Beschwerdegegner doch kein Eignungsmangel vorliegt, wäre ihm der Führerausweis nach Ablauf des Warnungsentzuges (gegebenenfalls verlängert durch einen vorsorglichen Entzug nach <ref-law>) wieder auszuhändigen.
5.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist nach dem Gesagten gutzuheissen, soweit die notwendigen Abklärungen zur Frage der charakterlichen Fahreignung des Beschwerdegegners verlangt wurden. Im Übrigen erweist sie sich als unbegründet. Auf die Erhebung von Kosten wird verzichtet.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass die Sache ergänzend zur bestätigten Anordnung eines Warnungsentzuges von mindestens sechsmonatiger Dauer auch zur Abklärung der Eignung von A._ zum Führen von Motorfahrzeugen im Sinne von <ref-law> an die Kommission für Administrativmassnahmen im Strassenverkehr des Kantons Freiburg zurückgewiesen wird, mit der Auflage, dass die Kommission von Amtes wegen auch die Notwendigkeit einer vorsorglichen Massnahme nach Ablauf des Warnungsentzuges prüft. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht (III. Verwaltunsgerichtshof) und der Kommission für Administrativmassnahmen im Strassenverkehr des Kantons Freiburg schriftlich mitgeteilt.
--------- Lausanne, 30. November 2000
Im Namen des Kassationshofes
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: