Sachverhalt:
A. A.a E._ (Erblasser) starb am 31. Juli 2003. Er und seine Ehefrau hatten am 6. Januar 1971 einen Ehevertrag geschlossen und eine Gütergemeinschaft vereinbart. Danach ging das Gesamtgut zu drei Vierteln an die Ehefrau und zu einem Viertel an die fünf Kinder, zu denen X._ und Y._ (Beschwerdeführerinnen) gehören.
A.b Z._ (Beschwerdegegner) wurde vom Erblasser mit letztwilliger Verfügung vom 9. Juli 1997 als Willensvollstrecker eingesetzt und nahm das Amt an. Gemäss dem Vertrag über die güterrechtliche und erbrechtliche Teilung vom 11./20. November 2003 und der Teilungsrechnung vom 29. Oktober 2004 betrug das bereinigte Reinvermögen rund 100 Mio. Fr. und sollten davon rund 65 Mio. Fr. an die überlebende Ehefrau und rund 35 Mio. Fr. an die fünf Kinder zu gleichen Teilen (je 7 Mio. Fr.) gehen. Unter den Passiven hatte der Beschwerdegegner in der Teilungsrechnung sein Honorar mit Fr. 333'918.40 eingesetzt.
A.c Die überlebende Ehefrau und die fünf Kinder genehmigten die Teilungsrechnung und erteilten dem Willensvollstrecker die Entlastung. Die Beschwerdeführerinnen unterzeichneten die entsprechenden Erklärungen am 5. bzw. 7. November 2004, nachdem sie zuvor Erkundigungen zur Höhe des Honorars eingeholt hatten. Im November 2004 wurde den fünf Kindern je ihr Erbanteil ausbezahlt. Am 1. Dezember 2004 liess sich der Beschwerdegegner sein Honorar ab dem Nachlasskonto überweisen.
B. Mit Klage vom 24. März 2009 begehrten die Beschwerdeführerinnen, (1.) das Willensvollstreckerhonorar des Beschwerdegegners sei nach Massgabe der einschlägigen gesetzlichen Bestimmungen, höchstens aber mit einem Betrag von Fr. 44'168.50 (inkl. Auslagen, Spesen und MWSt.) gerichtlich festzulegen und (2.) den Beschwerdegegner zu verurteilen, den Beschwerdeführerinnen je Fr. 24'747.55 nebst Zins zu bezahlen. Der Beschwerdegegner beantragte, auf das Begehren 1 nicht einzutreten, das Begehren 2 abzuweisen und eventualiter die Klage vollumfänglich abzuweisen. Das Zivilgericht Basel-Stadt und auf Appellation der Beschwerdeführerinnen hin das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt traten auf das Feststellungsbegehren mangels Interesses nicht ein und wiesen das Leistungsbegehren ab, weil es von den Beschwerdeführerinnen als einzelne Erbinnen allein nicht erhoben werden könne, sondern von allen Erben als notwendige Streitgenossen gestellt werden müsse (Urteil vom 9. Juni 2010 und Entscheid vom 27. Juni 2012).
C. Mit Eingabe vom 28. November 2012 beantragen die Beschwerdeführerinnen dem Bundesgericht, den appellationsgerichtlichen Entscheid aufzuheben und die Sache zur materiellen Beurteilung an das Appellationsgericht, eventuell an das Zivilgericht zurückzuweisen. Es sind die kantonalen Akten eingeholt worden. Der Beschwerdegegner und das Appellationsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Vernehmlassungen wurden den Beschwerdeführerinnen angezeigt.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft den Anspruch des Willensvollstreckers auf angemessene Vergütung für seine Tätigkeit (<ref-law>) und damit eine Zivilsache in einer vermögensrechtlichen Angelegenheit (BGE 78 II 123 E. 1a S. 125). Den gesetzlichen Mindestbetrag von Fr. 30'000.-- (Art. 74 Abs. 1 lit. b i.V.m. <ref-law>) übersteigen sowohl das Begehren auf gerichtliche Festlegung des Honorars auf maximal Fr. 44'168.50 (<ref-ruling> E. 2a S. 380) als auch die im gleichen kantonalen Verfahren beurteilten Forderungen der Beschwerdeführerinnen von je Fr. 24'747.55 (<ref-ruling> E. 1 S. 589). Der angefochtene Entscheid ist kantonal letztinstanzlich (<ref-law>), lautet auf Nichteintreten bzw. Abweisung der Klage und damit zum Nachteil der klagenden Beschwerdeführerinnen (<ref-law>) und schliesst das kantonale Verfahren ab (<ref-law>). Da beide kantonalen Gerichte nur über die Fragen des Feststellungsinteresses und der Aktivlegitimation entschieden haben, kann das Bundesgericht im Falle der Begründetheit der Beschwerde kein Sachurteil fällen. Der Beschwerdeantrag auf Aufhebung des angefochtenen Entscheids und Rückweisung zur Neubeurteilung genügt den formellen Anforderungen (Art. 42 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 383; <ref-ruling> E. 1.2 S. 48). Auf die fristgerecht (<ref-law>) erhobene Beschwerde kann eingetreten werden. Weitere formelle Einzelfragen sind im Sachzusammenhang zu erörtern.
2. Das Zivilgericht hat sein Urteil am 9. Juni 2010 gefällt und den Beschwerdeführerinnen am 20. Juni 2010 zugestellt, die am 27. Juli 2010 dagegen appelliert haben. Für das erst- und das zweitinstanzliche Verfahren war damit die kantonale Zivilprozessordnung vom 8. Februar 1875 massgebend (vgl. Art. 404 f. der am 1. Januar 2011 in Kraft getretenen Schweizerischen Zivilprozessordnung, SR 272).
3. Beide kantonalen Gerichte haben das Begehren, das Willensvollstreckerhonorar des Beschwerdegegners gerichtlich festzulegen, als Feststellungsbegehren erfasst und sind darauf mangels Feststellungsinteresses nicht eingetreten.
3.1 Die Feststellungsklage ist gegenüber der Leistungsklage subsidiär. Gemeint ist damit, dass ein Feststellungsinteresse in der Regel fehlt, wenn eine Leistungsklage zur Verfügung steht, mit der ein vollstreckbares Urteil erwirkt werden kann (<ref-ruling> E. 2.2 S. 380). Die Feststellungsklage ist aber nicht schlechthin als der Leistungsklage nachgehend zu betrachten, so dass sie immer ausgeschlossen wäre, wenn auf Leistung geklagt werden kann. Vielmehr kann sich auch bei Möglichkeit der Leistungsklage ein selbstständiges Interesse an gerichtlicher Feststellung ergeben. Dies ist namentlich der Fall, wenn es darum geht, nicht nur die fällige Leistung zu erhalten, sondern die Gültigkeit des ihr zugrunde liegenden Rechtsverhältnisses auch für dessen künftige Abwicklung feststellen zu lassen (<ref-ruling> E. 2 S. 691 f.).
3.2 Das Appellationsgericht hat zutreffend auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung verwiesen (E. 3.1 S. 5) und ist davon ausgegangen, die blosse Tatsache, dass ein rechtskräftiges Feststellungsurteil über die Höhe des Willensvollstreckerhonorars für andere Verfahren gegen den Beschwerdegegner (Straf- und Disziplinarverfahren) notwendig sei, begründe kein Feststellungsinteresse (E. 3.2 S. 5 f. des angefochtenen Entscheids). Was die Beschwerdeführerinnen dagegenhalten (S. 10 ff.), erweist sich als unbegründet.
3.2.1 Die von den Beschwerdeführerinnen angerufenen Urteile ergeben nichts zugunsten ihres Feststellungsinteresses. Sie betreffen Klagen auf Feststellung des Grundverhältnisses bei Verpflichtungen zu periodischen Leistungen (Urteil 4C.341/2004 vom 4. November 2004 E. 2.3, Arbeitsvertrag) oder auf Beseitigung der Ungewissheit über die Verbindlichkeit einer auf Dauer angelegten Vereinbarung (Urteil 4A_589/2011 vom 5. April 2012 E. 4, nicht veröffentlicht in <ref-ruling>, Markenabgrenzungsvereinbarung). Die Beschwerdeführerinnen legen auch nicht dar, welche Bewandtnis es für ihr Feststellungsinteresse haben soll, dass der Beschwerdegegner heute noch das Vertrauen ihrer Mutter geniesst und für sie tätig ist.
3.2.2 Wie die Beschwerdeführerinnen einräumen, soll das angestrebte Feststellungsurteil in erster Linie dazu dienen, den Boden für erneute Straf- oder Disziplinarverfahren gegen den Beschwerdegegner zu ebnen, in denen die Feststellung der Höhe des angemessenen Honorars die tatsächliche Grundlage für die strafrechtliche Verurteilung bzw. die disziplinarische Sanktionierung abgeben soll. Zweck des Begehrens ist somit nicht die Feststellung eines Rechtsverhältnisses, sondern einer Tatsache, die in einem anderen Verfahren entscheiderheblich ist. Dafür ist die Feststellungsklage nicht gegeben (<ref-ruling> E. III/1c S. 466). Es kommt hinzu, dass die Beschwerdeführerinnen der appellationsgerichtlichen Auffassung, zu diesem Zweck genüge auch die Verurteilung des Beschwerdegegners zur Rückerstattung eines Teils seines Honorars, nichts Stichhaltiges zu entgegnen vermögen.
3.2.3 Ihr Feststellungsinteresse wollen die Beschwerdeführerinnen schliesslich damit begründen, dass das Appellationsgericht ihre Leistungsklage mangels Aktivlegitimation gar nicht zugelassen habe. Das Gegenteil ist der Fall. Sollte eine gemeinsame Prozessführung aller Erben für Ansprüche gegen den Willensvollstrecker notwendig sein, wie es das Appellationsgericht bejaht hat und hiernach zu prüfen ist, so gilt dies gleicherweise für die Leistungsklage wie für die Feststellungsklage (BGE 54 II 243; <ref-ruling> E. 2a S. 449 f.).
3.3 Aus den dargelegten Gründen kann nicht beanstandet werden, dass das Appellationsgericht auf das Begehren auf Feststellung des Willensvollstreckerhonorars nicht eingetreten ist.
4. Zum Leistungsbegehren hat das Zivilgericht festgehalten, die Beschwerdeführerinnen forderten je die Bezahlung des Teils des angeblich zu viel bezogenen Willensvollstreckerhonorars, der ihrem Erbanteil entspreche (E. 4a S. 7). Da ein Rückerstattungsanspruch gegen den Willensvollstrecker, sei es ein Anspruch aus ungerechtfertigter Bereicherung oder sei es ein auftragsrechtlicher Ablieferungsanspruch, geltend gemacht werde, liege kein Schaden vor und falle eine Verantwortlichkeitsklage ausser Betracht (E. 4d S. 8 f. des zivilgerichtlichen Urteils). Das Appellationsgericht hat diese Überlegung nicht beanstandet und als formell zutreffend bezeichnet (E. 4.5 S. 11 des angefochtenen Entscheids).
4.1 Der Streitgegenstand wird durch die Klagebegehren und die zu ihrer Begründung vorgebrachten Tatsachen bestimmt (<ref-ruling> E. 4.3.1 S. 126). Gegenstand der Verantwortlichkeitsklage gegen den Willensvollstrecker ist die Pflichtverletzung, der Schaden, der Kausalzusammenhang zwischen der Pflichtverletzung und dem eingetretenen Schaden sowie das Verschulden (<ref-ruling> E. 2 S. 53 f.; <ref-ruling> E. 7 S. 541). Von der Verantwortlichkeitsklage ist die Honorarrückforderung bei unsorgfältiger Mandatsführung durch den Willensvollstrecker zu unterscheiden. Gegenstand der Rückforderungsklage sind die Voraussetzungen eines Anspruchs aus ungerechtfertigter Bereicherung, wenn die Erben ohne jeglichen Vorbehalt in (vermeintlicher) Erfüllung des Vertrags mehr leisten als das vertraglich Geschuldete, oder eines vertraglichen Anspruchs, falls unter dem Vorbehalt späterer Abrechnung geleistet wurde (für den Auftrag: <ref-ruling> E. 3c S. 426 f.; Urteil 4A_89/2012 vom 17. Juli 2012 E. 3; allgemein: <ref-ruling> E. 4.4 S. 247 ff.).
4.2 Die Beschwerdeführerinnen haben vor Zivilgericht beantragt, den Beschwerdegegner zur Zahlung von je Fr. 24'747.55 nebst Zins zu verurteilen. Nach den Feststellungen der kantonalen Gerichte haben die Beschwerdeführerinnen zur Begründung ihres Leistungsbegehrens Tatsachen vorgebracht, die einen - bereicherungs- oder auftragsrechtlichen - Rückforderungsanspruch betreffen. Die Beschwerdeführerinnen rügen die Feststellung des Sachverhalts als unrichtig (<ref-law>) und wollen mit ihrer Ergänzung des Sachverhalts belegen, dass ihre Leistungsklage gegen den Beschwerdegegner eine Verantwortlichkeitsklage sei (S. 6 ff. und S. 13 f. der Beschwerdeschrift). Die Rügen sind unbegründet.
4.2.1 Aufgrund der Akten kann ergänzt werden (<ref-law>), dass die Beschwerdeführerinnen ihren Anspruch auf Honorarrückerstattung ausdrücklich auf die auftragsrechtliche Rechenschafts- und Ablieferungspflicht des Willensvollstreckers gestützt und Ausführungen dazu gemacht haben, wie es sich verhielte, wenn sich der Anspruch auf Bereicherungsrecht stützte (S. 19 Ziff. 17 der Klage mit Hinweis auf das Urteil 5C.69/2006 vom 23. Mai 2006 E. 2). Lediglich im Zusammenhang mit ihrer Klagelegitimation sind die Beschwerdeführerinnen auf die Verantwortlichkeitsklage eingegangen und haben festgehalten, was dort gelte, müsse erst recht für ihre Klage auf Herausgabe von zu Unrecht zurückbehaltenem Geld gelten (S. 21 f. Ziff. 19; vgl. auch S. 21 Ziff. 18 der Klage mit der Umschreibung "Ablieferungs- und Herausgabeanspruch").
4.2.2 Aufgrund der Vorbringen der Beschwerdeführerinnen in ihrer Klage kann die Feststellung der kantonalen Gerichte, es werde eine Rückforderungsklage und keine Verantwortlichkeitsklage gegen den Willensvollstrecker erhoben, nicht als offensichtlich unrichtig oder sonstwie als bundesrechtswidrig betrachtet werden. Daran vermögen die als "Sachverhaltsrüge" bezeichneten eigenen Schilderungen, wie der Beschwerdegegner abgerechnet habe und wie langwierig und mühsam das Verfahren bis zum Erhalt einer spezifizierten Honorarrechnung verlaufen sei, nichts zu ändern. Die Beschwerdeführerinnen behaupten damit keine schuldhafte Pflichtverletzung des Willensvollstreckers, die einen Schaden bewirkt hat, sondern lediglich, dass der Willensvollstrecker ein zu hohes Honorar verrechnet hat, das sie freiwillig bezahlt haben. Sie erheben keinen Anspruch aus Verantwortlichkeit gegen den Willensvollstrecker (E. 4.1 soeben), worauf der Beschwerdegegner zutreffend verweist (S. 4 Ziff. 8 der Beschwerdeantwort).
4.2.3 In ihrer Appellationsbegründung haben die Beschwerdeführerinnen geltend gemacht, die Verrechnung von nicht geleistetem Aufwand sei ohne weiteres als absichtliche Täuschung einzustufen, ihr Rückforderungsanspruch gründe deshalb auch auf <ref-law> und ihre Klage entpuppe sich "bei genauerem Hinsehen als Verantwortlichkeitsklage" (S. 18 lit. d, act. 18). Ob darin eine Klageänderung liege, kann offenbleiben. Denn die Beschwerdeführerinnen behaupten selber nicht, sie seien trotz des grundsätzlichen Novenverbots im Appellationsverfahren berechtigt gewesen, den ihnen obliegenden Beweis (<ref-ruling> E. 5.2 S. 544) für eine Haftung aus unerlaubter Handlung, namentlich für ein schuldhaftes Verhalten des Beschwerdegegners erstmals vor Appellationsgericht zu erbringen (vgl. STAEHELIN/SUTTER, Zivilprozessrecht nach den Gesetzen der Kantone Basel-Stadt und Basel-Landschaft unter Einbezug des Bundesrechts, 1992, S. 262 f. § 21 Rz. 46-49). Das Verschulden bildet neben dem Schaden, der widerrechtlichen Handlung und dem Kausalzusammenhang eine weitere Voraussetzung der Haftung gemäss <ref-law> (<ref-ruling> E. 5.2 S. 544). Von der angeblichen Verrechnung nicht geleisteten Aufwands (widerrechtliche Handlung) kann deshalb nicht einfach auf eine absichtliche Täuschung des Beschwerdegegners (Verschulden) geschlossen werden, wie das die Beschwerdeführerinnen zur Begründung eines schon im kantonalen Verfahren erhobenen Verantwortlichkeitsanspruchs gegen den Beschwerdegegner aus unerlaubter Handlung tun wollen (vgl. HANS PETER WALTER, Berner Kommentar, 2012, N. 523 zu <ref-law>, mit Hinweisen).
4.3 Die kantonalen Gerichte durften nach dem Gesagten davon ausgehen, die Beschwerdeführerinnen hätten eine Rückforderungsklage und keine Verantwortlichkeitsklage erhoben. Ob in beiden Fällen die Interessenlage dieselbe und insoweit auch die Notwendigkeit gemeinsamer Prozessführung aller Erben gleich zu beurteilen ist, wie es offenbar das Appellationsgericht angenommen hat (E. 4.5 S. 11), kann deshalb dahingestellt bleiben.
5. Beide kantonalen Gerichte haben die Rückforderungsklage abgewiesen, weil zu deren Anhebung nur alle Erben gemeinsam, nicht hingegen die Beschwerdeführerinnen als einzelne Erbinnen allein legitimiert seien (E. 4 S. 7 ff. des angefochtenen Entscheids). Soweit sich die Beschwerdeführerinnen nicht ohnehin nur mit der Legitimation zur Verantwortlichkeitsklage befassen, sind ihre Einwände unbegründet (S. 14 ff. der Beschwerdeschrift).
5.1 Für die Schulden des Erblassers werden die Erben gemäss <ref-law> solidarisch haftbar. Über die im Gesetz genannten Schulden des Erblassers hinaus hat die Rechtsprechung die solidarische Haftbarkeit der Erben auf gewisse Erbgangsschulden ausgedehnt, d.h. auf Verpflichtungen, die nach dem Tod des Erblassers zulasten der Erbengemeinschaft entstanden sind (<ref-ruling> E. 2a S. 13; <ref-ruling> E. 2 S. 219 f.). Zu den Erbgangsschulden zählt namentlich auch das Willensvollstreckerhonorar (Urteil des Bundesgerichts vom 4. November 1975 E. 1, in: SJZ 72/1976 S. 264 und ZR 75/1976 Nr. 14 S. 34). Von seiner Vorgehensweise her ist es folglich nicht zu beanstanden, dass der Beschwerdegegner als Willensvollstrecker seine Vergütung in der Teilungsrechnung unter den Passiven aufgeführt und vom zu teilenden Nachlass vorweg in Abzug gebracht hat. Die Beschwerdeführerinnen, ihre drei Geschwister und ihre Mutter haben das Willensvollstreckerhonorar damit im Verhältnis zu ihren Anteilen am Reinvermögen bezahlt (7 % für jedes Kind und 65 % für die Mutter und überlebende Ehefrau).
5.2 Der solidarischen Haftbarkeit der Erben für Schulden steht deren bis zur Teilung dauernde Gemeinschaft aller Rechte und Pflichten der Erbschaft gegenüber, in der die Erben Gesamteigentümer aller Erbschaftsgegenstände sind und über die Rechte der Erbschaft gemeinsam verfügen (vgl. Art. 602 Abs. 1 und 2 ZGB). Aus dem gesetzlichen Solidarschuldverhältnis, in dem der Gläubiger jeden solidarisch haftbaren Erben einzeln auf Erfüllung der ganzen Schuld belangen darf (vgl. Art. 143 f. OR), schliesst die Rechtsprechung, dass jeder Erbe bei ausreichendem Interesse selbstständig auf Feststellung zu klagen berechtigt ist, die behauptete Schuld bestehe ihm gegenüber nicht. Eine Klage des einzelnen Erben auf Nichtigerklärung des Vertragsverhältnisses, aus dem der Gläubiger seine Forderung herleitet, schliesst die Rechtsprechung jedoch aus, weil alle Erben an diesem Rechtsverhältnis beteiligt sind und über dessen Aufhebung auch nur für alle Erben einheitlich und damit unter Einbeziehung aller Erben in den Prozess entschieden werden kann (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 433 f.). Auch der von den Beschwerdeführerinnen eingeklagte Anspruch auf Rückerstattung des bezogenen Willensvollstreckerhonorars steht deshalb den Erben zur gesamten Hand zu. Denn als Nachlasspassivum hat das Honorar des Beschwerdegegners zwangsläufig die Berechnung der Erbteile und den Vollzug der Erbteilung beeinflusst, die gültig auch nur zustande kommen konnte, weil alle Erben die Honorarforderung seinerzeit anerkannt hatten und mit der dadurch bedingten Verminderung des zu teilenden Nachlasses einverstanden waren. Die Rückforderung eines Teils dieses Honorars wirkt sich wiederum auf die Erbteile aller Erben aus und muss auch von allen Erben gemeinsam geltend gemacht werden (so auch das vom Bundesgericht bestätigte, in dieser Frage allerdings nicht angefochtene zutreffende Urteil des Zürcher Obergerichts vom 6. Mai 1975 E. 2, in: SJZ 72/1976 S. 262 und ZR 75/1976 Nr. 14 S. 31). Der Notwendigkeit gemeinsamen Vorgehens aller Erben kann nicht entgegengehalten werden, die Erbschaft sei seit Ende 2004 geteilt. Zumindest mit Bezug auf den ungeteilten Rückforderungsanspruch gegen den Willensvollstrecker besteht die Erbengemeinschaft weiter (vgl. BGE 75 II 288 E. 3 S. 292).
5.3 Entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerinnen besteht in ihrem Fall einer Rückforderung von zu viel bezogenem Willensvollstreckerhonorar keine andere Interessenlage als in den vielen Fällen, in denen die Rechtsprechung die gemeinsame Führung des Prozesses gegen einen Dritten durch alle Erben verlangt hat (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 121 f. mit Hinweisen). Da am Prozess der Beschwerdeführerinnen gegen den Willensvollstrecker nicht alle weiteren Erben beteiligt sind, kann nicht beanstandet werden, dass die kantonalen Gerichte die Klage der Beschwerdeführerinnen mangels Aktivlegitimation abgewiesen haben.
6. Die Beschwerde muss insgesamt abgewiesen werden, soweit darauf einzutreten ist. Die Beschwerdeführerinnen werden damit kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 sowie Art. 68 Abs. 1, 2 und 4 BGG). Für die Bemessung der Parteientschädigung hält der Beschwerdegegner fest, dass abmachungsgemäss ausschliesslich der Streitwert des Klagebegehrens-Ziff. 2 massgebend sei (S. 23 f. Ziff. 58 und 60 der Beschwerdeantwort).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerinnen haben den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren unter solidarischer Haftbarkeit mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. April 2013
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: von Werdt
Der Gerichtsschreiber: von Roten