Sachverhalt:
A. X._ war am 17. September 2011 als Lenkerin eines Fiat Punto in eine Auffahrkollision auf der Zürichstrasse in Seegräben ZH verwickelt. Mit Strafbefehl vom 18. November 2011 wurde sie vom Statthalteramt des Bezirks Hinwil wegen mangelnder Aufmerksamkeit am Steuer mit Fr. 400.-- gebüsst (<ref-law> i.V.m. <ref-law> und Art. 3 Abs. 1 VRV). Gegen diesen Strafbefehl liess X._ durch ihren Rechtsvertreter Einsprache erheben. Im statthalteramtlichen Untersuchungsverfahren stellte sich heraus, dass der gegen sie erhobene Vorwurf der Verkehrsregelverletzung nicht erhärtet werden konnte. Aufgrund der Einvernahme der Beschuldigten und von zwei Zeugen ergab sich, dass der Unfallhergang nicht rekonstruiert und der Beschuldigten kein strafrechtlich relevantes Verhalten nachgewiesen werden konnte. Mit Wiedererwägungs-/Einstellungsverfügung vom 16. April 2012 hob das Statthalteramt die Busse auf und stellte die Strafuntersuchung ein. Die Verfahrenskosten wurden auf die Staatskasse genommen und der Beschuldigten keine Entschädigung zugesprochen, da ihr keine erheblichen Kosten und Umtriebe entstanden seien.
X._ erhob gegen die Wiedererwägungs-/Einstellungsverfügung vom 16. April 2012 Beschwerde beim Obergericht des Kantons Zürich mit dem Antrag, ihr sei eine Entschädigung von Fr. 2'481.85 zuzusprechen. Sie begründete dieses Begehren mit den Aufwendungen, die ihr für die Verteidigung in der Strafuntersuchung entstanden seien. Allein ihre Einvernahme sowie die Einvernahme von zwei Zeugen hätten anwaltliche Kosten von Fr. 1'200.-- (vier Stunden inkl. Reisezeit) verursacht.
Das Obergericht wies die Beschwerde mit Verfügung vom 3. August 2012 ab und auferlegte der Beschwerdeführerin eine Gerichtsgebühr von Fr. 300.--. Das Strafuntersuchungsverfahren sei weder rechtlich noch in tatsächlicher Hinsicht schwierig gewesen, was die Beschwerdeführerin auch ohne juristische Ausbildung ohne weiteres habe erkennen können. Da bereits das Einspracheverfahren zur Einstellung geführt habe und der Lenker des durch X._ beschädigten Fahrzeugs trotz einer Rückenverletzung keinen Strafantrag wegen Körperverletzung gestellt habe, sei das Strafverfahren aus objektiver Sicht psychisch auch nicht besonders belastend gewesen.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen vom 14. September 2012 beantragt X._, die Verfügung des Obergerichts vom 3. August 2012 sei aufzuheben und die Sache sei zur Festsetzung einer angemessenen Entschädigung der Beschwerdeführerin für die Ausübung ihrer Verfahrensrechte im Strafverfahren vor dem Statthalteramt zurückzuweisen.
Das Statthalteramt und das Obergericht verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid betrifft die Einstellung einer Strafuntersuchung. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen nach <ref-law> zulässig. Dies gilt auch für den Kostenentscheid. Die Beschwerdeführerin kann den Entscheid über die Verweigerung einer Entschädigung anfechten, da sie diesbezüglich ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheids hat (<ref-law>); dies unbesehen des Umstands, dass sie durch die Verfahrenseinstellung an sich nicht beschwert ist (Urteil des Bundesgerichts 1B_704/2011 vom 11. Juli 2012 E. 1.3, nicht publ. in: <ref-ruling>). Die weiteren Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Die Beschwerdeführerin macht geltend, das Statthalteramt habe den Strafbefehl vom 18. November 2011 gegen sie einzig aufgrund der Polizeiakten erlassen, ohne sie je zu befragen. Das Statthalteramt sei somit ohne Befragung zur Überzeugung gelangt, es liege eine strafbare Verkehrsregelverletzung vor. Hätte die Beschuldigte keine Einsprache erhoben, so wäre sie rechtskräftig verurteilt gewesen (<ref-law>). Um diese Verurteilung abzuwenden, sei sie gezwungen gewesen, sich gemäss <ref-law> mit der Einsprache zur Wehr zu setzen. Unter diesen Umständen sei der Beizug eines Rechtsanwalts gerechtfertigt und geboten gewesen.
2.1 Wird die beschuldigte Person ganz oder teilweise freigesprochen oder wird das Verfahren gegen sie eingestellt, so hat sie nach <ref-law> Anspruch auf Entschädigung ihrer Aufwendungen für die angemessene Ausübung ihrer Verfahrensrechte. Der Staat übernimmt die entsprechenden Kosten nur, wenn der Beistand angesichts der tatsächlichen oder der rechtlichen Komplexität notwendig war und der Arbeitsaufwand und somit das Honorar des Anwalts gerechtfertigt waren (vgl. Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1329 Ziff. 2.10.3.1). Ein Anspruch auf Entschädigung für Verteidigungskosten im Falle einer Verfahrenseinstellung oder eines Freispruchs gestützt auf <ref-law> besteht nicht nur in den Fällen der notwendigen Verteidigung im Sinne von <ref-law>. Weiter besteht ein Anspruch gestützt auf <ref-law> nicht nur in den Fällen, in denen bei Mittellosigkeit der beschuldigten Person gemäss <ref-law> eine amtliche Verteidigung hätte angeordnet werden müssen, weil dies zur Wahrung der Interessen der beschuldigten Person geboten gewesen wäre. Der Beizug eines Wahlverteidigers kann sich als angemessene Ausübung der Verfahrensrechte erweisen, auch wenn er nicht als geradezu geboten erscheint (<ref-ruling> E. 2.3.3 S. 202 f.).
Ob der Beizug eines Verteidigers und der von diesem betriebene Aufwand eine angemessene Ausübung der Verfahrensrechte im Sinne von <ref-law> darstellen, prüft das Bundesgericht frei. Es auferlegt sich indessen eine gewisse Zurückhaltung gegenüber der vorinstanzlichen Einschätzung, insbesondere hinsichtlich der Frage, welcher Aufwand des Verteidigers im konkreten Fall noch als angemessen zu bezeichnen ist (<ref-ruling> E. 2.3.6 S. 204).
2.2 Einem Beschuldigten wird in der Regel der Beizug eines Anwalts zugebilligt, wenn dem Deliktsvorwurf eine bestimmte Schwere zukommt. Zu beachten ist, dass es im Rahmen von <ref-law> um die Verteidigung einer vom Staat zu Unrecht beschuldigten und gegen ihren Willen in ein Strafverfahren einbezogenen Person geht. Hat die beschuldigte Person die Einleitung des Verfahrens rechtswidrig und schuldhaft bewirkt, so kann die Entschädigung gemäss <ref-law> trotz vermuteter Unschuld herabgesetzt oder verweigert werden. Das materielle Strafrecht und das Strafprozessrecht sind zudem komplex und stellen insbesondere für Personen, die das Prozessieren nicht gewohnt sind, eine Belastung und grosse Herausforderung dar. Wer sich selbst verteidigt, dürfte deshalb prinzipiell schlechter gestellt sein. Dies gilt grundsätzlich unabhängig von der Schwere des Deliktsvorwurfs. Auch bei blossen Übertretungen darf deshalb nicht generell davon ausgegangen werden, dass die beschuldigte Person ihre Verteidigerkosten als Ausfluss einer Art von Sozialpflichtigkeit selbst zu tragen hat. Im Übrigen sind beim Entscheid über die Angemessenheit des Beizugs eines Anwalts neben der Schwere des Tatvorwurfs und der tatsächlichen und rechtlichen Komplexität des Falls insbesondere auch die Dauer des Verfahrens und dessen Auswirkungen auf die persönlichen und beruflichen Verhältnisse der beschuldigten Person zu berücksichtigen (<ref-ruling> E. 2.3.5 S. 203).
2.3 Wie die Beschwerdeführerin zutreffend darlegt, zog sie erst einen Verteidiger bei, nachdem das Statthalteramt zum Schluss kam, sie habe sich einer Verkehrsregelverletzung schuldig gemacht und sei deswegen zu büssen. Ihr blieb keine andere Möglichkeit, als sich mit der Einsprache zur Wehr zur setzen, ansonsten der Strafbefehl in Anwendung von <ref-law> zum rechtskräftigen Urteil geworden wäre. Sie konnte im Zeitpunkt der Einreichung der Einsprache nicht davon ausgehen, dass das Statthalteramt im Anschluss an die Einsprache aufgrund ihrer Einvernahme und Zeugenbefragungen das Strafverfahren einstellen wird.
Zwar weist die Vorinstanz zu Recht darauf hin, dass es nicht um komplexe Sachverhaltsabläufe ging und lediglich eine Busse von Fr. 400.-- wegen einer einfachen Verkehrsregelverletzung (<ref-law>) und mithin einer Übertretung (<ref-law>) infrage stand. Der Umstand allein, dass die Beschwerdeführerin lediglich einer Übertretung beschuldigt wurde, kann wie erwähnt nicht zur Bejahung einer unangemessenen Ausübung von Verfahrensrechten führen. Für die Beschwerdeführerin war nicht absehbar, dass das Statthalteramt das Verfahren einstellen würde, nachdem es ihre Strafbarkeit im Strafbefehl bereits bejaht hatte. Aufgrund von Art. 355 Abs. 3 und Art. 356 StPO musste sie damit rechnen, dass am Strafbefehl festgehalten und das Hauptverfahren beim erstinstanzlichen Gericht durchgeführt wird. Zudem war für sie nicht leicht erkennbar, inwiefern die Rückenverletzung des mitbeteiligten Fahrzeuglenkers Y._ das weitere Verfahren beeinflusst. Die Beschwerdeführerin weist ausserdem zutreffend darauf hin, dass der Ausgang des Strafverfahrens Folgen insbesondere haftpflichtrechtlicher und versicherungsrechtlicher Natur haben kann und auch bei allfälligen Administrativmassnahmen berücksichtigt wird. Der Beizug eines Rechtsvertreters erscheint somit unter den gegebenen Umständen als angemessene Ausübung der Verfahrensrechte.
2.4 Bei der Anwendung von <ref-law> ist weiter zu prüfen, ob der konkrete Arbeitsaufwand des Verteidigers gerechtfertigt war (E. 2.1 hiervor). Die Vorinstanzen haben diese Frage noch nicht beurteilt. Die Sache ist somit an das Statthalteramt zur Festsetzung einer angemessenen Entschädigung zurückzuweisen (<ref-law>).
3. Es ergibt sich, dass die Beschwerde gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Sache zur Festsetzung der Entschädigung nach <ref-law> an das Statthalteramt zurückzuweisen ist.
Dem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens entsprechend sind keine Gerichtskosten zu erheben (<ref-law>). Der Kanton Zürich hat der Beschwerdeführerin für das kantonale Beschwerdeverfahren vor dem Obergericht und für das bundesgerichtliche Verfahren eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 68 Abs. 2 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen und die Verfügung des Obergerichts des Kantons Zürich vom 3. August 2012 aufgehoben. Die Angelegenheit wird zur Festsetzung einer angemessenen Entschädigung der Beschwerdeführerin für das Strafverfahren an das Statthalteramt des Bezirks Hinwil zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführerin für das kantonale Beschwerdeverfahren vor dem Obergericht und für das bundesgerichtliche Beschwerdeverfahren mit insgesamt Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Statthalteramt des Bezirks Hinwil und dem Obergericht des Kantons Zürich, III. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Haag