Faits:
A. Dans le courant de l'année 2003, X._ (ci-après: l'entrepreneur général), qui exploite un bureau d'architecture et une entreprise de construction, s'est occupé de la construction et de la vente de deux immeubles (constitués chacun de trois lots de propriété par étages [PPE]) situés au chemin ... à V._.
H.Y._ et F.Y._ (ci-après: les maîtres de l'ouvrage) ont décidé d'acquérir un appartement en PPE.
Un contrat d'entreprise générale, établi par l'entrepreneur le 22 octobre 2003, a été signé par les maîtres de l'ouvrage le 27 janvier 2004. Ceux-ci ont confié au premier "l'exécution du lot PPE B1", conformément à un descriptif général annexé au contrat (art. 1), ainsi que la construction d'un "garage box" et d'une place de parc devant le garage.
L'art. 2 du contrat prévoit que les prestations de l'entrepreneur général sont spécifiées dans le descriptif de la construction et que, "mise (sic) à part les points mentionnés dans les articles 7.1 et 7.2, tout est compris".
Le prix total et forfaitaire de l'ouvrage avec terrain a été fixé à 695'000 fr. et réparti comme suit: "Prix total de l'appartement PPE commun et piscine compris TTC fr. 510'000.-; Prix total du terrain payé directement au propriétaire TTC fr. 140'000.-; Un garage Lot 6GB + 1 place devant box (No 2) TTC fr. 45'000.-".
"Toutes les taxes de raccordement eau, égout, gaz, électricité et téléphone sont comprises dans le contrat" (art. 7.1). Cette disposition mentionne en outre divers postes non compris dans le prix forfaitaire, comme les finitions dans la véranda du sous-sol (partie commune).
Selon l'art. 7.2 du contrat, onze postes ne sont pas compris dans le prix de l'ouvrage. En vertu de l'art. 7.2 let. j, c'est le cas de "l'éventuelle différence de surtaxe due à des plus-values demandées par le maître de l'ouvrage, selon l'art. 4.3". Cette dernière clause précise que "le maître de l'ouvrage prendra en charge la différence sur les taxes de raccordement demandées par la Commune, en cas de plus-value sur la construction estimée par l'assurance incendie par rapport au montant de base du présent contrat".
Le 27 janvier 2004, les parties ont signé un contrat de vente devant notaire. Selon son art. 8, H.Y._ est administrateur de la PPE.
Il ressort des constatations cantonales que les maîtres de l'ouvrage "ont sollicité divers travaux en plus-value".
L'entrepreneur général a établi diverses factures pour des travaux complémentaires ayant donné lieu à des plus-values, notamment des factures datées du 24 octobre 2005 pour un total de 71'150 fr. 15 (y compris un décompte/facture "pour les travaux exécutés en plus-value d'un montant total de fr. 42'942.-").
Les maîtres de l'ouvrage ne se sont acquittés que du montant contractuel de 695'000 fr. Pour les factures complémentaires, un commandement de payer leur a été notifié, sur réquisition de l'entrepreneur général, pour un montant total de 89'732 fr. 65. H.Y._ y a formé opposition totale.
Les maîtres de l'ouvrage se sont plaints de divers défauts, le terme de livraison de l'ouvrage n'a pas été respecté et divers problèmes sont survenus sur le chantier. Sur requête des maîtres de l'ouvrage, le Juge de paix du district de Lausanne, le 21 novembre 2005, a rendu une ordonnance et le constat d'urgence en découlant a fait état de divers défauts affectant l'ouvrage.
Le 22 décembre 2005, l'entrepreneur général a saisi le Juge de paix du district de Lausanne d'une requête d'expertise hors procès. Celle-ci était destinée à examiner les factures qu'il a établies, à indiquer si elles correspondaient aux prestations fournies et à chiffrer les éventuelles moins-values constatées. Après un premier rejet de la requête d'expertise par le magistrat précité, elle a finalement été acceptée le 6 septembre 2006 par la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois. L'expert a alors déposé son rapport le 20 mars 2008 et remis un rapport complémentaire le 18 novembre 2009.
B. Dans l'intervalle, soit par demande du 28 juin 2006, l'entrepreneur général a ouvert action devant le Tribunal civil d'arrondissement de Lausanne concluant à ce que les maîtres de l'ouvrage soient condamnés à lui payer solidairement la somme de 88'838 fr. et à ce que l'opposition totale soit définitivement levée.
Les défendeurs ont conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, en particulier à ce que le demandeur soit condamné à leur verser la somme de 37'989 fr. 25 (conclusion ultérieurement augmentée à 55'989 fr. 25).
En cours d'instance, le président du tribunal saisi a désigné comme expert celui qui était déjà rompu à la cause des parties devant la justice de paix. Le rapport d'expertise a été déposé le 2 février 2009 et un complément d'expertise le 10 mars 2010.
Par jugement du 22 juillet 2010, le Tribunal civil de l'arrondissement de Lausanne a condamné les défendeurs à payer au demandeur, solidairement entre eux, la somme de 46'771 fr. 25, intérêts en sus (ch. I du dispositif), levé définitivement l'opposition formée par H.Y._ (ch. II du dispositif), arrêtés les frais de justice à 13'511 fr. pour le demandeur et à 16'727 fr. pour les défendeurs (ch. III), condamnés les défendeurs à payer au demandeur, solidairement entre eux, la somme de 19'007 fr. 35 à titre de dépens (ch. IV) et rejeté toutes autres conclusions (ch. V).
Sur recours des deux parties, la Chambre des recours du Tribunal cantonal vaudois, par arrêt du 8 juin 2011, a rejeté le recours de l'entrepreneur général et admis partiellement celui des maîtres de l'ouvrage, sous suite de frais et dépens. Réformant les chiffres I et IV du jugement attaqué, elle a condamné les défendeurs à payer au demandeur la somme de 18'875 fr. 80, intérêts en sus (ch. I) et le montant de 14'255 fr. 50 à titre de dépens (ch. IV), en confirmant le jugement pour le surplus.
La cour cantonale a considéré que plusieurs postes retenus par l'expert et le juge de première instance (résultant des diverses factures établies par l'entrepreneur général) n'avaient en réalité pas été prouvés par le demandeur et que l'autorité inférieure n'avait pas tenu compte de plusieurs défauts affectant l'ouvrage qui nécessitaient de réduire le prix facturé.
C. L'entrepreneur général exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral contre l'arrêt cantonal du 8 juin 2011. Avec suite de frais et dépens, il conclut principalement à la réforme du chiffre du dispositif de la décision de la Chambre des recours condamnant au paiement les défendeurs en ce sens que les maîtres de l'ouvrage doivent lui payer, solidairement entre eux, la somme de 56'510 fr. 45, intérêts en sus, et à la réforme des chiffres du dispositif relatifs aux dépens cantonaux. Subsidiairement, il conclut à l'annulation de l'entier du dispositif de l'arrêt de la Chambre des recours et au renvoi de la cause à l'autorité compétente.
Les intimés concluent au rejet intégral du recours, avec suite de frais et dépens.
Le recourant a encore communiqué des "observations" et les intimés des "déterminations complémentaires".

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé partiellement dans ses conclusions en paiement (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse dépasse le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 46 al. 1 let. b, 48 al. 1 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400; <ref-ruling> consid. 2.2.1 p. 389). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, il ne peut entrer en matière sur la violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62, 136 II 304 consid. 2.4 p. 314) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
La partie recourante qui entend s'écarter des constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 187; <ref-ruling> consid. 1.4 et 6.2). Une rectification de l'état de fait ne peut être demandée que si elle est de nature à influer sur le sort de la cause (<ref-law>).
Aucun fait nouveau, ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. Devant la Cour de céans, le recourant soutient que l'autorité précédente a sombré dans l'arbitraire en écartant divers montants pourtant réclamés et prouvés (cf. infra consid. 2.1 - 2.4). Il considère, en lien avec diverses taxes payées, qu'il était arbitraire de retenir qu'il en était débiteur (cf. infra consid. 2.5). Il revient également sur les différentes réductions opérées par la Chambre des recours (en raison des défauts constatés) et soutient que celles-ci n'étaient pas justifiées (cf. 2.6 - 2.8).
2. Devant la Cour de céans, le recourant soutient que l'autorité précédente a sombré dans l'arbitraire en écartant divers montants pourtant réclamés et prouvés (cf. infra consid. 2.1 - 2.4). Il considère, en lien avec diverses taxes payées, qu'il était arbitraire de retenir qu'il en était débiteur (cf. infra consid. 2.5). Il revient également sur les différentes réductions opérées par la Chambre des recours (en raison des défauts constatés) et soutient que celles-ci n'étaient pas justifiées (cf. 2.6 - 2.8).
2.1 2.1.1 Dans son premier grief, le recourant revient sur la facture du 24 octobre 2005 (pièce no 9 demandeur), d'un montant total de 42'942 fr., contenant un décompte détaillé des divers "travaux effectués en plus-value". Il estime que la cour cantonale, en examinant les divers postes composant ce total, a arbitrairement écarté une somme de 10'814 fr. 90 correspondant à l'addition de quatre postes litigieux (plus-value des menuiseries intérieures par 5'949 fr. 10, de l'installation électrique par 2'000 fr., des marches d'escalier par 2'335 fr. 80 et de la couverture à l'entrée par 530 fr.).
Il est constant que les quatre postes litigieux sont évoqués dans le descriptif annexé au contrat initial. Le recourant soutient toutefois que les activités inscrites dans la facture litigieuse vont au-delà de ce qui était prévu dans ce contrat, qu'elles résultent de décisions prises par les intimés, et qu'il s'agit donc de plus-values correspondant à des prestations supplémentaires.
La cour cantonale observe que l'expert judiciaire a retenu dans son calcul le montant de 10'814 fr. 90 alors même qu'il avait affirmé que l'analyse du bien-fondé des factures litigieuses était impossible (l'expert n'ayant pas en sa possession les documents utiles). Les magistrats cantonaux ont jugé que, sur ce point, l'expertise était contradictoire et que le montant en question devait être déduit du montant global octroyé en première instance au motif que le recourant avait échoué à apporter la preuve que les travaux visés avaient été commandés et chiffrés correctement (cf. <ref-law>).
2.1.2 Il incombe à l'entrepreneur de prouver les prestations supplémentaires (non comprises dans le contrat initial) qu'il a fournies (cf. arrêt 4C.86/2005 du 2 juin 2005 consid. 3). S'il ne parvient pas à apporter la preuve d'une commande supplémentaire, il n'a droit à aucune rémunération contractuelle (PETER GAUCH, Der Werkvertrag, 5e éd. 2011, n.1310 p. 527 s.).
La question de la restitution d'un éventuel enrichissement, qui trouverait son origine dans les prestations non commandées (cf. <ref-law>, <ref-law>; GAUCH, op. cit., n. 1311 p. 528), n'est pas discutée ici.
En l'espèce, la contradiction contenue dans le rapport est patente. L'expert a constaté qu'il était impossible de déterminer si les factures supplémentaires étaient bien-fondées. Il convenait alors d'appliquer la règle sur le fardeau de la preuve. Comme il incombait à l'entrepreneur de prouver les travaux correspondants au montant litigieux, il doit supporter l'échec de cette preuve et on ne saurait admettre la prétention du recourant, comme l'a fait l'expert. On ne peut dès lors reprocher à la cour cantonale de s'être écartée arbitrairement de la conclusion de l'expert qui fait fi de la règle posée à l'<ref-law>.
Le recourant insiste sur le fait qu'il a produit la pièce no 9 contenant un décompte-facture détaillé qui fait référence aux plus-values, notamment celle relative à la menuiserie, d'un montant de 5'949 fr. 10. Son argumentation repose sur la prémisse que ses factures, singulièrement celle du 24 octobre 2005, sont exactes et, partant, suffisent à démontrer l'arbitraire du raisonnement de la cour cantonale. On ne saurait le suivre. Ces factures sont l'objet même du procès divisant les parties et la question posée à l'expert était précisément de savoir si les plus-values facturées par l'entrepreneur général étaient bien-fondées. On ne saurait donc conclure qu'il était arbitraire de donner plus de poids à l'expertise plutôt qu'à la pièce fournie par le recourant, étant encore rappelé que l'expert, lorsqu'il a conclu qu'il était impossible de déterminer le bien-fondé des montants litigieux, avait en main la facture du 24 octobre 2005.
S'agissant de l'argument selon lequel le montant total des plus-values finalement retenu par l'expert sur la base de la facture du 24 octobre 2005 (à savoir 37'157 fr., montant comprenant la somme de 10'814 fr. 90) a été confirmé par l'expert dans son deuxième rapport d'expertise (déposé le 2 février 2009), il n'est pas pertinent puisque c'est à tort que l'expert a retenu le montant litigieux de 10'814 fr. 90 (cf. infra).
Quant à l'affirmation de la cour cantonale (arrêt entrepris p. 7) mise en évidence par le recourant, selon laquelle "les défendeurs ont également sollicité divers travaux en plus-value mais ont varié dans leurs choix avant de prendre une décision finale", elle ne lui est d'aucune aide puisque l'on ne sait pas de quels travaux de plus-value il s'agit. A cet égard, il faut souligner que les intimés ne nient pas avoir sollicité des travaux de plus-value, mais ils contestent avoir requis les quatre postes totalisant le montant litigieux de 10'814 fr. 90.
Le recourant souligne enfin que la cour cantonale a retenu, à la page 7 de son arrêt, que les intimés "ont notamment choisi tous les carrelages, objets de menuiserie, parquets, etc. qui ont fait l'objet d'un décompte/facture du 24 octobre 2005 pour les travaux exécutés en plus-value d'un montant total de fr. 42'942.-". Cet extrait n'est pas propre à démontrer l'arbitraire de l'appréciation de la cour cantonale. Le fait que le recourant ait introduit les choix effectués par les intimés dans sa facture du 24 octobre 2005 n'atteste pas le bien-fondé des décomptes présentés dans cette facture; rien n'indique que les éléments choisis n'auraient pas été compris dans le forfait.
Le moyen tiré de l'arbitraire est dès lors infondé.
2.1.3 Le recourant revient à la charge en soutenant que, même si l'expert n'a pas été en mesure de se déterminer en raison des lacunes du dossier, il aurait dû, comme les instances judiciaires, expliquer en quoi consistaient les lacunes et tenter de les combler.
Sous le couvert de la violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves, il semble que le recourant reproche plutôt à l'autorité précédente d'avoir violé les règles de droit cantonal relatives à l'administration des preuves (le Code de procédure civile suisse n'étant pas encore applicable; cf. <ref-law>). On voit mal quelle violation pourrait être envisagée, la présente cause étant régie par la maxime des débats. De toute façon, le recourant ne désigne pas la norme de droit cantonal qui serait visée et le grief est irrecevable (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 3; sous la LTF: arrêt 4A_245/2009 du 6 avril 2010 consid. 2.3).
Sous le couvert de la violation de l'interdiction de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves, il semble que le recourant reproche plutôt à l'autorité précédente d'avoir violé les règles de droit cantonal relatives à l'administration des preuves (le Code de procédure civile suisse n'étant pas encore applicable; cf. <ref-law>). On voit mal quelle violation pourrait être envisagée, la présente cause étant régie par la maxime des débats. De toute façon, le recourant ne désigne pas la norme de droit cantonal qui serait visée et le grief est irrecevable (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 3; sous la LTF: arrêt 4A_245/2009 du 6 avril 2010 consid. 2.3).
2.2 2.2.1 La cour cantonale a également écarté le montant de 3'041 fr. 10 correspondant à une prétendue plus-value sur les appareils sanitaires. D'une part, elle a considéré que le recourant n'avait pas apporté la preuve d'une plus-value. D'autre part, elle a retenu que les intimés étaient tenus de s'acquitter du seul montant forfaitaire de 8'500 fr. prévu dans le contrat d'entreprise et qu'on ne pouvait leur opposer l'usage selon lequel le forfait ne comprend en principe que la fourniture des appareils et non leur pose; la cour cantonale a d'ailleurs relevé que le texte du descriptif laisse planer le doute sur cette question.
Le recourant taxe le raisonnement de la cour cantonale d'arbitraire. Selon lui, la facture/décompte du 24 octobre 2005 (pièce no 9) prouve que les intimés ont commandé un "matériel spécifique" dont la valeur excéderait le montant de 8'500 fr. prévu forfaitairement pour les appareils sanitaires.
2.2.2 S'il est exact que la cour cantonale s'est écartée de l'avis de l'expert (celui-ci ayant retenu le montant de 3'401 fr. 10 à titre de plus-value), on ne saurait lui reprocher d'avoir sombrer dans l'arbitraire. Elle a en effet expliqué clairement que le recourant n'était pas parvenu à démontrer que, selon la volonté réelle des parties, le forfait de construction prévu entre elles ne recouvrait que le matériel et non la pose, étant encore précisé que l'expert lui-même a admis que l'usage qu'il a mis en évidence ne pouvait être opposé aux maîtres de l'ouvrage.
Quant à la pièce no 9 invoquée par le recourant, elle est impropre à établir l'arbitraire. Ce document fait état d'un montant total de 12'124 fr. 60 qui comprend également la pose des appareils. Il ne permet toutefois pas de démontrer que les intimés auraient commandé un "matériel spécifique" dont la valeur excéderait le forfait initial de 8'500 fr. (comme le prétend le recourant), ni, partant, de prouver que la plus-value n'est pas due exclusivement à la pose des appareils (celle-ci étant comprise dans le forfait).
Le grief est infondé.
2.3 Les honoraires relatifs aux travaux supplémentaires commandés par les intimés ont été réduits par l'autorité cantonale compte tenu des deux montants retranchés (cf. supra consid. 2.1 et 2.2). Comme le reconnaît le recourant, cette réduction est directement fonction du sort réservé à ces montants. L'arrêt cantonal ayant été confirmé sur ces points, le grief d'arbitraire soulevé par le recourant sur la question du montant des honoraires se révèle également infondé.
2.4 S'agissant de la facture de 3'567 fr. relative à des aménagements extérieurs (qui correspond, selon le recourant, à des plus-values), la cour cantonale observe que l'expert judiciaire a affirmé que les plus-values étaient invérifiables et que les pièces du dossier n'établissent pas une éventuelle demande spécifique des intimés allant dans ce sens. Constatant qu'il n'est pas possible d'affirmer que ce poste n'était pas compris dans le contrat initial, elle conclut que le recourant n'a pas pu apporter la preuve de sa prétention.
Reprenant les propos de l'expert, la cour cantonale a indiqué que les plus-values alléguées étaient "vraisemblables, mais invérifiables". D'emblée, on observera que la cour cantonale n'a pas admis l'existence des plus-values sur la base d'une simple vraisemblance, mais elle sous-entend qu'il incombait au recourant d'en fournir la preuve stricte. Le degré de preuve requis est une question de droit et le recourant n'invoque ni la violation de l'<ref-law> ni celle de l'<ref-law>. Il n'y a donc pas lieu d'examiner cette question (cf. supra consid. 1.2).
En invoquant l'<ref-law>, le recourant se borne à soulever le grief de l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits (cf. supra consid. 1.3). Il insiste sur le fait qu'il résulte de l'expertise du 30 janvier 2009 que les aménagements en cause ne sont pas compris dans le descriptif initial annexé au contrat; il en déduit qu'il s'agit de prestations supplémentaires devant être rémunérées en sus du prix forfaitaire de l'ouvrage. Dans son rapport, auquel le recourant renvoie, l'expert a toutefois indiqué que le descriptif initial était, sur ce point, succinct et imprécis et qu'il fallait comprendre que les aménagements extérieurs étaient inclus dans le contrat d'entreprise générale de base. L'expert a tranché la question et l'on ne saurait dire que la cour cantonale a sombré dans l'arbitraire en suivant son avis.
Le recourant entreprend des développements en rapport avec la terrasse et la surface habitable. Les données qu'il met en évidence étaient connues de l'expert et celui-ci n'a pas confirmé la thèse défendue par le recourant. Celui-ci ne prétend pas que l'expert aurait apprécié de façon incorrecte les documents qui lui ont été soumis et on ne voit donc pas en quoi il était arbitraire de se fonder sur l'expertise.
Reprochant à la cour cantonale de ne pas avoir expliqué pourquoi les plus-values étaient invérifiables, le recourant semble soutenir que l'administration des preuves était lacunaire et qu'il incombait à l'autorité précédente de la compléter. Le moyen est irrecevable (cf. déjà supra consid. 2.1.3).
Au demeurant, on peut ajouter qu'il incombait à l'entrepreneur de fournir la preuve d'une commande supplémentaire, effectuée à titre de plus-value. La preuve n'ayant pas été fournie, l'entrepreneur n'a droit à aucune rémunération contractuelle. On ne saurait ainsi lui accorder une quelconque rémunération, le recourant ne prétendant pas qu'il aurait droit, pour les prestations non commandées, à la restitution de l'enrichissement (cf. supra consid. 2.1.2).
2.5 Les juges cantonaux ont relevé que les taxes liées à l'eau (raccordement, etc.) adressées aux intimés, s'élevant à 1'147 fr. 80 et 2'985 fr. 25, étaient comprises dans le contrat d'entreprise et, partant, due par le recourant.
Le recourant conteste le raisonnement adopté par la cour cantonale, le considérant comme "erroné à double titre". Il reproche à l'autorité précédente d'avoir apprécié les preuves (en particulier le courrier du 26 mai 2008 de la Direction des travaux de la ville de V._, pièce no 1102) de manière manifestement insoutenable et d'avoir sombré dans l'arbitraire en faisant abstraction du contrat d'entreprise générale, plus particulièrement de son art. 7.2 let. j.
Il résulte de l'arrêt entrepris que le contrat d'entreprise indique, à son art. 7.1 que "toutes les taxes de raccordement eau, égout, gaz, électricité et téléphone sont comprises dans le contrat". Selon l'art. 7.2 let. j du même contrat, l'éventuelle différence de surtaxe due à des plus-values demandées par le maître de l'ouvrage n'est pas comprise dans le prix forfaitaire de l'ouvrage.
En l'occurrence, les frais litigieux sont évoqués par l'art. 7.1 du contrat d'entreprise. Le recourant affirme toutefois que "les taxes en question sont dues à une plus-value entre la valeur initiale du bâtiment et la valeur ECA". Il ne ressort pas de l'arrêt cantonal qu'il aurait prouvé son allégation et la pièce no 1102, dont il conteste l'appréciation par la Chambre des recours, n'indique pas que la rectification effectuée par la Municipalité de V._ serait due à des plus-values commandées par les intimés. Pour autant que l'on puisse considérer que la critique émise relève de l'appréciation des preuves, on ne saurait donc pas reprocher à la cour cantonale d'avoir fait abstraction de l'art. 7.2 let. j du contrat d'entreprise.
Le recourant reproche à la cour cantonale de ne pas avoir constaté, sur la base de la pièce no 1102, que les taxes en cause ne concernent pas les intimés personnellement, mais l'entier du bâtiment (soit trois lots de PPE). Il soutient que ces taxes devaient être partagées par trois et qu'il était arbitraire de les mettre totalement à sa charge.
En l'occurrence, le recourant ne démontre pas, par une argumentation précise, en quoi la correction qu'il requiert serait susceptible d'influer sur le sort de la cause (sur l'exigence: arrêt 4A_641/2010 du 23 février 2011 consid. 1.3 publié in SJ 2011 I p. 321). Il tente de s'appuyer sur l'arrêt cantonal (p. 25) pour démontrer que chaque lot de PPE devait prendre à sa charge un tiers des frais engagés. Or, dans l'extrait auquel le recourant fait référence, il est question d'une répartition par un tiers des frais engagés pour la construction de la véranda, poste exclu de la rémunération forfaitaire par le biais d'une clause négative dans le contrat d'entreprise. S'agissant des frais discutés ici, il ressort des constatations du tribunal de première instance (implicitement admises par la Chambre des recours), que le prix forfaitaire convenu entre le recourant et les acquéreurs des autres lots de PPE comprend également les taxes litigieuses (cf. jugement de première instance p. 60). On ne voit donc pas en quoi il serait arbitraire de considérer que, quelle que soit la répartition prévue entre les différents membres de la PPE, le recourant ne resterait pas moins débiteur des taxes en question.
2.6 S'agissant des défauts affectant l'ouvrage, la cour cantonale a retenu que l'absence de vitrage sur la balustrade du balcon a impliqué le refus du permis d'habiter par la commune; elle a observé que cela a été reconnu par l'expert comme un défaut, chiffré à 7'000 fr., dans son rapport d'expertise complémentaire du 10 mars 2010. L'autorité précédente en a conclu qu'il convenait de réduire de 7'000 fr. les prétentions du recourant.
En l'espèce, la cour cantonale a constaté qu'en raison de l'absence de vitrage sur la balustrade, les maîtres de l'ouvrage n'ont pas pu obtenir le permis d'habiter de la part de la commune. C'est sur la base de cette constatation, qui relève du fait, que l'autorité précédente a reconnu un défaut (cette question, qui relève du droit, n'est pas discutée; cf. déjà arrêt entrepris p. 31).
Revenant sur le point de fait établi par la cour cantonale, le recourant, dans une part de son argumentation, s'en prend au jugement de première instance, qu'il estime lacunaire. Il est de jurisprudence que les critiques contenues dans un recours doivent porter sur des motifs déterminés de la décision attaquée (cf. arrêts 4A_186/2009 du 3 mars 2010 consid. 2.1; 4A_72/2007 du 22 août 2007 consid. 4.1.1 et la référence citée). Le recourant n'indique pas, de manière circonstanciée, en quoi la constatation de la Chambre des recours serait arbitraire (art. 9 Cst.) et la critique se révèle dès lors irrecevable.
Le recourant reproche également à la cour cantonale d'avoir sombré dans l'arbitraire en retenant le montant de 7'000 fr. admis par l'expert (montant de la réduction du prix, en l'espèce égal à celui de la moins-value de l'ouvrage, cf. arrêt 4C.140/2004 du 19 juillet 2004 consid. 3). Pour démontrer l'arbitraire, il n'est toutefois pas suffisant d'affirmer que le montant retenu par les magistrats cantonaux est "totalement injustifié et disproportionné", qu'il ne repose sur "aucun élément concret" ou qu'il "heurte le sens de la justice et de l'équité" (cf. LAURENT MERZ, in Basler Kommentar, BGG, 2e éd. 2011, no 53 ad <ref-law> et les références).
On ne saurait pas non plus tirer argument du fait que la balustrade n'a jamais été envisagée par les parties. Il n'en demeure pas moins que, sous l'angle de l'utilité usuelle de l'ouvrage (sur la notion, cf. GAUCH, op. cit., n. 1422 p. 566), le maître de l'ouvrage est en droit de s'attendre à ce qu'il puisse habiter le logement construit par l'entrepreneur. Or, la cour cantonale a constaté que la mise en place d'une balustrade vitrée était nécessaire pour que le permis d'habiter soit attribué aux maîtres de l'ouvrage.
Le recourant soutient enfin que la solution préconisée par l'expert afin d'éliminer le défaut ne correspond à aucun projet précis, au contraire de la solution qu'il a proposée "qui serait revenue à un montant très nettement inférieur", cette dernière allégation constituant une affirmation purement appellatoire. Il ressort certes des constatations cantonales que le recourant a proposé aux intimés de poser des panneaux en aluminium éloxé perforé sur toutes les balustrades des propriétaires de la PPE, mais aucun chiffre n'a été articulé pour cette prestation. L'argument ne permet donc pas de démontrer qu'il était insoutenable de se fonder sur le montant de 7'000 fr. retenu par l'expert judiciaire et le grief doit être déclaré mal fondé.
2.7 L'arrêt entrepris confirme une déduction de 5'000 fr. en raison du fait que la place de parc, qui devait être érigée devant le garage (box no 2) des intimés, "ne [pouvait] être balisée comme place de parc, ce qui constitue le défaut soulevé [par les intimés]".
Le recourant affirme que le montant de 45'000 fr. convenu dans le contrat d'entreprise pour le garage et la place de parc vise essentiellement, si ce n'est exclusivement, le prix de la construction du garage "et non les quelques mètres carrés de route situés devant celui-ci". Ils ajoutent que les intimés peuvent faire usage de leur place de parc et que c'est appréciant arbitrairement les preuves que les juges cantonaux ont estimé le préjudice à 5'000 fr.
Le recourant conteste le montant retenu par la cour cantonale, mais il n'indique pas véritablement en quoi l'appréciation des preuves serait arbitraire et la recevabilité de son grief est donc douteuse. Quoi qu'il en soit, on ne voit pas en quoi le raisonnement tenu par la cour précédente serait insoutenable. Il n'est pas contesté que le contrat conclu entre les parties prévoit l'existence d'un garage et d'une place de parc. Force est également de constater que les intimés ne disposent pas de la place de parc prévue dans le contrat; selon les constatations cantonales (jugement de première instance p. 190, auquel fait implicitement référence la Chambre des recours p. 32), les intimés ne disposent que d'une place de stationnement devant leur garage, qui plus est interdite par la Municipalité. L'existence du défaut est donc indéniable. Quant à la quotité de la réduction retenue par la cour cantonale, on ne saurait la taxer d'arbitraire. Elle a été fixée en équité à 5'000 fr., soit environ un dixième du prix total convenu pour le garage et la place de parc, ce qui ne paraît pas insoutenable, en particulier au regard de la moins-value qui avait été déterminée à dire d'expert à 7'000 fr.
2.8 Enfin, l'arrêt entrepris retient une déduction de 2'000 fr. en raison d'un "pont de froid" entre l'espace garage et l'immeuble, un complément améliorant l'isolation étant nécessaire à cet endroit.
Sans se prévaloir expressément de l'arbitraire et sans fournir la moindre motivation, le recourant soutient que le "montant retenu est excessif". Il affirme que la somme de 2'000 fr. "concerne l'ensemble de la PPE", sans renvoyer à des pièces du dossier pour soutenir son propos. Il affirme ensuite que l'expert "n'a pas considéré que les travaux d'isolation étaient nécessaires", sans toutefois renvoyer précisément à la pièce correspondante. Les critiques du recourant ne satisfont manifestement pas aux exigences strictes tirées des art. 105 al. 2 et 106 al. 2 LTF et le moyen se révèle irrecevable.
Le recourant indique encore que les travaux en question n'étaient pas prévus dans le descriptif des travaux. L'argument tombe toutefois à faux puisque, indépendamment de ce qui était convenu entre les parties, les maîtres de l'ouvrage pouvaient s'attendre à ce que le bien immobilier qui leur a été remis soit dans un "état normal" (cf. arrêt 4C.149/2001 du 19 décembre 2001 consid. 3; GAUCH, op. cit., n. 1409 ss p. 561 ss) et, partant, qu'il ne soit pas affecté du défaut constaté par l'autorité cantonale.
3. Il résulte des considérations qui précèdent que le recours doit être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
Les frais et dépens sont mis à la charge du recourant, qui succombe (art. 66 al. 1, art. 68 al. 1, 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le recourant versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre des recours du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 11 janvier 2012
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Klett
Le Greffier: Piaget