Faits:
A. Depuis le 1er juin 2006, X._ exploite à Lausanne, sous la désignation "Y._", un salon au sens de la législation vaudoise sur l'exercice de la prostitution.
Le 5 mars 2009, la Police cantonale vaudoise (ci-après: la Police cantonale) a effectué, sur mandat du Juge d'instruction de l'arrondissement de Lausanne, une perquisition au salon "Y._". Elle a ainsi découvert une cachette aménagée sous le toit de l'immeuble, où se tenaient six personnes d'origine brésilienne sans autorisations de séjour ni de travail. Ce local était difficilement accessible: il fallait passer par deux portes fermées à clé, que les policiers ont dû enfoncer - parce que X._ prétendait ne pas en posséder les clés -, puis se faufiler dans une ouverture correspondant à la moitié de la hauteur d'une porte. En outre, dans le galetas à proximité immédiate de la cachette étaient entreposés de nombreux objets en bois, des cartons et des appareils électriques. Le jour même, la Police cantonale a ordonné la fermeture immédiate du salon exploité par X._ pour une durée de 3 mois, estimant qu'il n'offrait pas des conditions satisfaisantes de sécurité. Puis, elle a transmis le dossier à la Police cantonale du commerce du canton de Vaud (ci-après: la Police du commerce).
Le 17 mars 2009, X._ a recouru à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Tribunal cantonal) contre la décision de la Police cantonale du 5 mars 2009. L'effet suspensif a été accordé le 20 mars 2009.
B. Le 27 mai 2009, la Police du commerce a confirmé la décision de fermeture immédiate du salon prononcée par la Police cantonale et ordonné sa fermeture pour 4 mois, en subordonnant l'autorisation de l'exploiter à nouveau à la délivrance d'une attestation des services communaux compétents confirmant que les locaux répondaient à toutes les exigences en matière de police des constructions. Elle a considéré que les lieux aménagés dans les combles n'offraient pas des garanties de sécurité suffisantes. En outre, l'existence même de la cachette contrevenait à la législation vaudoise dès lors qu'elle tendait à soustraire des personnes en infraction aux contrôles administratifs et de police institués par ladite législation.
Par mémoire ampliatif de recours adressé le 19 juin 2009 au Tribunal cantonal dans le cadre de la procédure en cours, X._ a attaqué la décision de la Police du commerce du 27 mai 2009.
C. Par arrêt du 15 décembre 2009, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé les deux décisions entreprises. Il a estimé que la fermeture immédiate du salon répondait à un impératif de sécurité, dès lors que la cachette était dangereuse en cas d'incendie et qu'il existait précisément des objets inflammables à proximité immédiate. En outre, la fermeture du salon pour une durée de 4 mois sanctionnait à juste titre les obstacles mis au droit d'inspection et de contrôle prévu par la législation vaudoise ainsi que la volonté de violer le droit. Enfin, cette fermeture constituait certes une atteinte à la liberté économique de X._, mais elle respectait le principe de la proportionnalité.
D. Le 29 janvier 2010, X._ a déposé au Tribunal fédéral un "recours de droit public" à l'encontre de l'arrêt du Tribunal cantonal du 15 décembre 2009. Elle conclut principalement, sous suite de dépens, à l'annulation de la décision de fermeture immédiate du salon, subsidiairement à sa confirmation uniquement pour la durée nécessaire "à la mise en conformité des défauts reprochés", ainsi qu'à l'annulation de la décision de fermeture d'une durée de 4 mois, subsidiairement à sa réduction. A titre subsidiaire, X._ conclut au renvoi du dossier au Tribunal cantonal pour nouvel examen dans le sens des considérants. La recourante se plaint essentiellement d'une violation de sa liberté économique.
Le Tribunal cantonal conclut au rejet du recours en se référant à l'arrêt attaqué. La Police du commerce conclut au rejet du recours, sous suite de frais.
E. Par ordonnance du 2 mars 2010, le Président de la IIe Cour de droit public a admis la requête d'effet suspensif contenue dans le recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 96).
1.1 La recourante a déclaré former un "recours de droit public" au Tribunal fédéral. Toutefois, cette désignation erronée ne saurait lui nuire si son recours remplit les exigences légales de la voie de droit qui est ouverte en l'espèce, soit du recours en matière de droit public (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 302 s., 308 consid. 4.1 p. 314).
1.2 En tant qu'il conteste l'arrêt du Tribunal cantonal du 15 décembre 2009, le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en dernière instance cantonale par un tribunal supérieur (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF). Il a, en outre, été déposé en temps utile (art. 100 al. 1 et 46 al. 1 let. c LTF) et dans les formes requises (<ref-law>). La recourante est la destinataire de l'acte attaqué qui confirme, d'une part, la fermeture immédiate du salon (pour 3 mois) et, d'autre part, sa fermeture pour 4 mois; l'intéressée a un intérêt digne de protection et actuel à l'annulation ou à la modification de l'arrêt entrepris, puisque son salon est présentement en exploitation en raison de l'effet suspensif accordé dans les procédures cantonale et fédérale (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 157; arrêt 2C_905/2008 du 10 février 2009 consid. 1.1, rendu en application de la LTF) de sorte que les mesures de fermeture peuvent encore déployer leurs effets; il convient donc de lui reconnaître la qualité pour agir (<ref-law>) et d'entrer en matière.
1.3 En revanche, dans la mesure où la recourante s'en prend directement aux décisions de la Police cantonale du 5 mars 2009 et de la Police du commerce du 27 mai 2009, et non pas à leur confirmation par les juges cantonaux, le recours n'est pas recevable en raison de l'effet dévolutif complet du recours déposé devant le Tribunal cantonal (cf. arrêt 2C_223/2009 du 19 octobre 2009 consid. 2.3).
2. La recourante critique les constatations de fait figurant dans l'arrêt attaqué.
2.1 Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). Le cas échéant, le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui qui est contenu dans l'acte attaqué (<ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288).
2.2 Le Tribunal cantonal a retenu qu'une cachette avait été aménagée pour faire obstacle aux contrôles des autorités compétentes, en se fondant sur les déclarations initiales de la recourante. Il a établi que cette cachette avait été utilisée à deux ou trois reprises lors de contrôles policiers, sur la base des déclarations de l'associée de la recourante.
Actuellement, la recourante admet que la cachette a été utilisée à deux reprises par le passé, une fois pour échapper à un contrôle de police et l'autre fois pour permettre à une prostituée mariée d'empêcher que son mari ne la voie. Bien qu'elle se fonde sur des faits divergents de ceux qui ont été constatés par les juges cantonaux, elle ne démontre pas que les faits retenus dans l'arrêt attaqué sont manifestement inexacts, c'est-à-dire arbitraires. Par conséquent, il y a lieu de statuer sur la base des faits établis par le Tribunal cantonal.
3. Le présent litige a pour objet la fermeture de le salon "Y._", prononcée en application de la loi vaudoise du 30 mars 2004 sur l'exercice de la prostitution (LPros; RS/VD 943.05). Il relève donc du droit cantonal. Sous réserve d'exceptions (cf. art. 95 let. c et d LTF) non réalisées en l'espèce, le Tribunal fédéral ne contrôle pas l'application du droit cantonal en tant que tel, mais examine uniquement si celle-ci viole le droit fédéral au sens de l'<ref-law>, qui comprend les droits constitutionnels des citoyens. Lorsque, comme en l'occurrence, il est question de la violation de droits fondamentaux ainsi que de dispositions de droit cantonal, le Tribunal fédéral n'examine pas le droit d'office, mais se prononce uniquement sur les griefs invoqués et motivés de façon suffisante par le recourant (cf. <ref-law>).
4. La recourante reproche au Tribunal cantonal d'avoir enfreint sa liberté économique.
4.1 Selon l'art. 27 al. 1 Cst., la liberté économique est garantie. Elle comprend notamment le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice (art. 27 al. 2 Cst.). Cette liberté protège toute activité économique privée, exercée à titre professionnel et tendant à la production d'un gain ou d'un revenu (<ref-ruling> consid. 3 p. 215 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 99).
Comme tout droit fondamental, la liberté économique peut être restreinte, pour autant qu'une telle restriction soit fondée sur une base légale (art. 36 al. 1 Cst.), repose sur un intérêt public ou sur la protection d'un droit fondamental d'autrui (art. 36 al. 2 Cst.) et soit proportionnée au but visé (art. 36 al. 3 Cst.). Le Tribunal fédéral examine librement si une mesure portant atteinte à un droit fondamental est justifiée par un intérêt public ou les droits de tiers (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 68) et si elle satisfait au principe de la proportionnalité (cf. <ref-ruling> consid. 4.2.1 et 4.2.2 p. 157 s.).
4.2 En tant que l'arrêt attaqué empêche la recourante d'exploiter le salon "Y._" pendant plusieurs mois, il porte atteinte à sa liberté économique garantie par l'art. 27 Cst. Il convient donc de vérifier si les conditions de l'art. 36 Cst. sont réunies.
4.3 L'arrêt entrepris a confirmé le bien-fondé à la fois de la fermeture immédiate pour 3 mois prononcée par la Police cantonale et de la fermeture pour 4 mois prononcée par la Police du commerce. La première mesure apparaît cependant comme provisoire par rapport à la mesure définitive ordonnée par la Police du commerce, qui l'a absorbée. Il n'en demeure pas moins que chacune de ces mesures doit respecter les exigences de l'art. 36 Cst.
5. En tant que l'arrêt attaqué confirme la fermeture immédiate pour 3 mois de le salon "Y._", la recourante se plaint d'un défaut de base légale et d'une violation du principe de la proportionnalité. Elle soutient que cette mesure, reposant sur des motifs de sécurité, ne doit pas dépasser la durée des travaux de mise en conformité.
5.1 En vertu de l'art. 15 al. 1 LPros, la Police cantonale peut procéder immédiatement à la fermeture d'un salon, pour trois mois au moins, entre autres lorsque celui-ci n'offre pas des conditions satisfaisantes, notamment en matière d'hygiène, de sécurité et d'ordre public (let. c).
5.2 Il ressort de l'arrêt attaqué que la cachette où se réfugiaient les occupants du salon en situation irrégulière se trouvait à proximité immédiate d'objets inflammables et qu'elle était difficile d'accès, puisqu'il fallait franchir deux portes fermées à clé et passer par une ouverture très étroite avant d'y parvenir. Il y avait donc un risque réel d'incendie et, le cas échéant, de mise en danger de la vie des personnes qui s'y cachaient, vu les difficultés d'accès. A l'évidence, la décision de fermeture immédiate qui a été confirmée par les juges cantonaux est justifiée par un motif de sécurité. Elle repose sur une base légale, conformément à l'art. 36 al. 1 Cst. puisque, comme on vient de le voir, la LPros prévoit qu'un salon peut être fermé pour des raisons de sécurité.
On ne saurait suivre la recourante qui se plaint d'un défaut de base légale du fait que le règlement d'application du 1er septembre 2004 de la LPros (RLPros; RS/VD 943.05.1) ne définit pas ce que recouvrent "les conditions satisfaisantes de sécurité" de l'art. 15 LPros. Il existe une base légale suffisante, dès lors que la LPros prévoit la fermeture d'un salon pour des motifs de sécurité.
Dès lors que cette mesure poursuit un but essentiellement sécuritaire, on peut toutefois se demander si le fait que la loi impose une durée minimale est compatible avec cet objectif et ne comprend pas un aspect répressif. L'exploitation devrait en tous les cas être à nouveau possible si, avant l'échéance du délai de 3 mois, il est démontré qu'il a été remédié au défaut de sécurité, de sorte que la fermeture immédiate prononcée pour ce motif ne se justifie plus. Il n'y a pas lieu d'entrer plus avant sur cette question dès lors que cette situation n'est pas réalisée en l'espèce. Comme le relève le Tribunal cantonal, le dossier ne contient aucun document propre à constater officiellement que les mesures de sécurité nécessaires ont été prises. De plus, avant l'expiration du délai de 3 mois, la Police du commerce a pris à l'encontre de la recourante une mesure répressive consistant en la fermeture de son salon pour 4 mois, qui a absorbé la mesure initiale, de nature provisoire, ordonnant la fermeture immédiate pour des motifs de sécurité (cf. supra, consid. 4.3). Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu de revenir sur le délai de 3 mois fixé dans la première décision.
6. En tant que l'arrêt entrepris confirme la fermeture de son salon pour 4 mois, la recourante se plaint d'une violation du principe de la proportionnalité. Elle fait valoir qu'il n'y avait pas de "récidive" dans son cas et qu'elle n'a pas reçu d'avertissement. A cet égard, elle se dit aussi victime d'une inégalité de traitement, par rapport à des cas mentionnés dans l'arrêt attaqué.
6.1 La LPros a notamment pour but de garantir, dans le milieu de la prostitution, que les conditions d'exercice de cette activité sont conformes à la législation (art. 2 let. a LPros). L'art. 12 al. 1 LPros dispose que les autorités compétentes peuvent en tout temps, dans le cadre de leurs attributions respectives et au besoin par la contrainte, procéder au contrôle des salons et des personnes qui s'y trouvent. Quant à l'art. 13 al. 1 LPros, il prescrit que, dans tout salon, doit être tenu un registre, constamment à jour, portant tous renseignements sur l'identité des personnes exerçant la prostitution dans le salon.
Selon l'art. 16 LPros, la Police du commerce peut prononcer la fermeture définitive d'un salon lorsque, dans celui-ci, se produit une atteinte majeure à l'ordre, à la tranquillité et à la salubrité publics, la commission d'un crime, de délits ou de contraventions répétés, des violations réitérées de la législation, ou lorsque s'y trouve un mineur (let. a) ainsi que lorsque, dans celui-ci, les conditions d'exercice de la prostitution ne sont pas conformes à la législation, soit notamment lorsqu'il est porté atteinte à la liberté d'action des personnes qui se prostituent, ... (let. b). Certes, l'art. 16 LPros n'utilise pas le terme de "sécurité", mais la logique du système implique que les motifs de sécurité pouvant justifier une décision préalable de fermeture immédiate soient inclus dans les motifs de fermeture définitive, s'il n'y a pas été remédié entre-temps - la mise en conformité devant être confirmée par une attestation des autorités compétentes. Cela ressort d'ailleurs implicitement de l'art. 8 al. 2 RLPros qui précise que, s'agissant de la sécurité et de l'ordre publics mentionnés à l'art. 15 al. 1 let. c LPros, la fermeture immédiate peut être prononcée pour les mêmes motifs que ceux énumérés à l'art. 16 LPros.
D'après l'exposé des motifs et projet de loi vaudoise sur la prostitution, l'expression "violations réitérées de la législation" (art. 16 let. a) se réfère à une définition large de la législation, qui s'étend au droit fédéral, cantonal et communal et englobe notamment la présence de personnes en séjour illégal (Bulletin des séances du Grand Conseil du canton de Vaud [BGC] septembre 2003 p. 2834). Rien dans les travaux préparatoires ne permet de penser que la portée de cette notion, reprise dans la version définitive de la loi, soit dans la LPros, ait été modifiée (BGC mars-avril 2004 p. 8884 s.; cf. arrêt 2C_357/2008 du 25 août 2008 consid. 3.2). Le Tribunal fédéral a jugé qu'une interprétation stricte de l'art. 16 let. a LPros, permettant d'ordonner la fermeture des salons dans lesquels se produisaient des violations répétées de la législation, en particulier de la législation en matière d'étrangers, s'imposait (arrêt 2C_357/2008 du 25 août 2008 consid. 6.2). La fermeture d'un salon pour ce motif est de nature répressive; elle doit être proportionnée à la gravité du comportement qu'il s'agit de sanctionner.
D'après l'exposé des motifs et projet de loi vaudoise sur la prostitution, l'expression "violations réitérées de la législation" (art. 16 let. a) se réfère à une définition large de la législation, qui s'étend au droit fédéral, cantonal et communal et englobe notamment la présence de personnes en séjour illégal (Bulletin des séances du Grand Conseil du canton de Vaud [BGC] septembre 2003 p. 2834). Rien dans les travaux préparatoires ne permet de penser que la portée de cette notion, reprise dans la version définitive de la loi, soit dans la LPros, ait été modifiée (BGC mars-avril 2004 p. 8884 s.; cf. arrêt 2C_357/2008 du 25 août 2008 consid. 3.2). Le Tribunal fédéral a jugé qu'une interprétation stricte de l'art. 16 let. a LPros, permettant d'ordonner la fermeture des salons dans lesquels se produisaient des violations répétées de la législation, en particulier de la législation en matière d'étrangers, s'imposait (arrêt 2C_357/2008 du 25 août 2008 consid. 6.2). La fermeture d'un salon pour ce motif est de nature répressive; elle doit être proportionnée à la gravité du comportement qu'il s'agit de sanctionner.
6.2 6.2.1 Le Tribunal cantonal a retenu que la recourante avait aménagé une cachette afin que les occupants du salon puissent se soustraire aux contrôles que les autorités compétentes doivent cependant pouvoir effectuer en tout temps aux termes de l'art. 12 al. 1 LPros. Il s'agit là d'une violation de la législation cantonale.
Les juges cantonaux ont aussi établi que la cachette avait été utilisée le 5 mars 2009 et, déjà antérieurement, à deux ou trois reprises par d'autres prostituées qui travaillaient dans le salon sans titres de séjour, soit en violation du droit des étrangers.
La mesure litigieuse, qui sanctionne des violations réitérées de la législation, répond à un intérêt public. En outre, elle est justifiée par la protection d'un droit fondamental d'autrui, dans la mesure où elle repose aussi sur des motifs de sécurité. Elle satisfait donc aux exigences de l'art. 36 al. 2 Cst.
6.2.2 La LPros prévoit que la fermeture d'un salon peut être prononcée immédiatement pour trois mois au moins (art. 15 al. 1 LPros; à ce sujet, cf. consid. 5.2, ci-dessus) ou définitivement (art. 16 LPros). Le Tribunal cantonal a estimé qu'il était possible, sous l'angle de l'art. 16 LPros, de prendre une sanction moins grave que la fermeture définitive du salon, suivant les circonstances. Cette pratique a déjà été admise par l'Autorité de céans (arrêts 2C_905/2008 du 10 février 2009, 2C_753/2008 du 19 janvier 2009 et 2C_357/2008 du 25 août 2008).
Selon les faits constatés par le Tribunal cantonal, la recourante a monté un stratagème visant à échapper aux contrôles prévus par la LPros et à soustraire les prostituées en situation irrégulière aux sanctions du droit des étrangers. Elle a ainsi aménagé une cachette contraire aux principes élémentaires de sécurité, au mépris du danger que pouvaient courir les personnes travaillant dans son salon. Ce faisant, elle est allée à l'encontre du but poursuivi par la LPros et a violé à réitérées reprises la législation, d'autant que, selon l'arrêt attaqué, ces manoeuvres duraient déjà depuis 8 mois lorsque la Police cantonale a découvert la cachette. Le comportement de l'intéressée justifiait la fermeture de son salon pour 4 mois. En confirmant ladite fermeture, le Tribunal cantonal a respecté le principe de la proportionnalité contenu à l'art. 36 al. 3 Cst.
Au demeurant, l'intéressée oublie que, si elle n'a pas reçu d'avertissement préalable, c'est parce qu'elle a caché les personnes travaillant dans son salon lors des précédents contrôles policiers et que, lorsque la cachette a été découverte, la sécurité imposait une fermeture immédiate du salon.
6.2.3 En ce qui concerne l'égalité de traitement, le Tribunal fédéral ne se fonde pas, en principe, sur des précédents dont il n'a pas eu à connaître (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 34; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 229). Au demeurant, il apparaît que la recourante ne mesure pas la gravité de son comportement consistant à cacher volontairement des prostituées pour échapper à toute sanction, qui plus est au mépris de leur sécurité. Or, on ne retrouve rien de tel dans les trois cas évoqués par la recourante, en se fondant sur les résumés qu'elle-même et le Tribunal cantonal en ont donnés. Dès lors, on ne voit pas en quoi le principe de l'égalité aurait été violé.
7. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Succombant, la recourante doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF) et n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service de l'économie, du logement et du tourisme, Police cantonale du commerce, et à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 6 mai 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
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