Sachverhalt:
A. Die Schweizerischen Bundesbahnen (spezialgesetzliche Aktiengesellschaft) ist Eigentümerin der (zum Gelände des Bahnhofs A._ gehörenden) Parzellen Nrn. 1 und 2. Die im Osten an diese Grundstücke angrenzende Parzelle Nr. 3 (mit einem Postgebäude an der Grundstücksgrenze) steht seit März 2004 im Eigentum der X._ AG.
In einem öffentlich beurkundeten Vertrag vom 12. Juli 1978 mit der Bezeichnung "Grenzbereinigung mit Parzellierung und Vereinigung" hatten die Schweizerischen Bundesbahnen und die damalige Eigentümerschaft der Parzelle Nr. 3, die Schweizerische Eidgenossenschaft bzw. die Post-, Telefon- und Telegraphenbetriebe, unter dem Titel "Begründung von neuen Grunddienstbarkeiten" unter anderem das Folgende vereinbart:
2. Ueberbaurecht
Der jeweilige Eigentümer von Parz. Nr. 1 und 2 (heute die SBB) räumt dem jeweiligen Eigentümer von Parz. 3 (heute die PTT) das Ueberbaurecht ein für die im Zusammenhang mit dem PTT-Betriebsgebäude erstellten ober- und unterirdischen Anlageteile, welche in die Parz. 1 und 2 hineinragen. Die mit dem Ueberbaurecht belastete Fläche ist im beiliegenden Situationsplan blau umrandet.
Das Überbaurecht wurde im Grundbuch eingetragen.
Das Eigentum an der Parzelle Nr. 3 ging im Jahre 1998 auf die Swisscom Immobilien Invest AG über. Mitte 2001 wurde das Grundstück von der B._ Ltd. erworben, die es im März 2004 an die X._ AG veräusserte. Zwischen dieser und der SBB AG kam es in der Folge zu Verhandlungen über die Eigentums- und Nutzungsverhältnisse bezüglich der Verkehrsfläche, die innerhalb des im Situationsplan zur Vereinbarung vom 12. Juli 1978 blau umrandeten Bereichs liegt und teilweise dem Postgebäude vorgelagert ist. Eine Einigung kam nicht zustande.
B. Mit Eingabe vom 4. Mai 2005 reichte die X._ AG beim Handelsgericht des Kantons Aargau gegen die SBB AG Klage ein und stellte folgende Rechtsbegehren:
1. Es sei festzustellen, dass alle innerhalb des auf dem Plan "Situation" (Klagebeilage 7) mit roter Farbe markierten Perimeters gelegenen, auf der Parzelle GB A._ Nr. 2 erstellten Bauteile und Anlageteile auf der Höhe des oberen Erdgeschosses - insbesondere die Zufahrtsrampe zum oberen Erdgeschoss und auf dem oberen Erdgeschoss die Parkierungsfläche mit 21 Auto-Parkfeldern und der Gebäudeplatz mit Verkehrsfläche - Bestandteil der Parzelle GB A._ Nr. 3, Plan 4, darstellen und im Eigentum der Klägerin stehen.
2. Die Beklagte sei zu verpflichten, die Benützung aller in Ziffer 1 erwähnten Bauteile und insbesondere der 21 Auto-Parkfelder zu unterlassen.
3. Die Beklagte sei zu verpflichten, im von Ziffer 1 beschlagenen Bereich sämtliche von ihr und von ihren Mietern parkierten Fahrzeuge, die drei von ihr angebrachten Verbotsschilder sowie alle von ihr angebrachten Reservationsschilder innert richterlich anzusetzender Frist zu beseitigen.
4. Die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin für die widerrechtliche Nutzung der 21 Parkfelder den Betrag von CHF 44'100.00 zu bezahlen, zuzüglich Zins zu 5 % seit 1. Mai 2005.
Die SBB AG schloss mit Eingabe vom 1. September 2005 auf Abweisung der Klage und erhob gleichzeitig Widerklage mit dem Rechtsbegehren, die X._ AG sei zu verpflichten, ihr mit Wirkung ab 1. April 2004 einen Mietzins von Fr. 11'250.-- pro Quartal (Fr. 3'750.-- pro Monat; im Zeitpunkt der Widerklageerhebung ausstehender Gesamtbetrag: Fr. 63'750.--), zuzüglich 5 % Zins ab den verschiedenen Fälligkeitsterminen, zu zahlen.
Die X._ AG beantragte Abweisung der Widerklage.
Mit Urteil vom 30. Juni 2008 hiess das Handelsgericht die Klage weitgehend gut. Es gab den Rechtsbegehren der X._ AG einzig insofern nicht statt, als es einerseits von der (nach seiner Auffassung neben der Eigentumsfeststellung keine selbständige Bedeutung zukommenden) Feststellung absah, dass die strittige Verkehrsfläche Bestandteil der Parzelle Nr. 3 sei, und andererseits den auf dem Betrag von Fr. 44'100.-- zusätzlich geforderten Zins nicht zusprach. Die Widerklage wurde abgewiesen.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 24. September 2008 beantragt die SBB AG, das handelsgerichtliche Urteil aufzuheben, sämtliche Klagebegehren der X._ AG abzuweisen und ihre Widerklage vollumfänglich gutzuheissen; allenfalls sei die Sache zu neuer Beurteilung an das Handelsgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das Handelsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Durch Präsidialverfügung vom 14. Oktober 2008 ist der Beschwerde antragsgemäss aufschiebende Wirkung zuerkannt worden.

Erwägungen:
1. Angefochten ist der Entscheid in einer Dienstbarkeitsstreitigkeit, d.h. in einer Zivilsache (<ref-law>) vermögensrechtlicher Natur (BGE 54 II 51 S. 51 f.). Für eine solche steht in einem Fall der vorliegenden Art die Beschwerde in Zivilsachen offen, sofern der Streitwert mindestens 30'000 Franken beträgt (<ref-law>). Nach den Angaben des Handelsgerichts, die von der Beschwerdegegnerin nicht in Frage gestellt werden und an denen zu zweifeln auch sonst kein Anlass besteht, ist von einem Streitwert von über 500'000 Franken auszugehen, so dass dieses Erfordernis ohne Weiteres gegeben ist. Das angefochtene Urteil stammt sodann von einem als einzige kantonale Instanz eingesetzten für handelsgerichtliche Streitigkeiten zuständigen Fachgericht (Art. 75 Abs. 1 und Abs. 2 lit. b BGG) und stellt einen Endentscheid (<ref-law>) dar, so dass auch aus dieser Sicht auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht geltend gemacht werden (<ref-law>), worunter auch verfassungsmässige Rechte des Bundes fallen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 382 mit Hinweisen). Soweit die in der Beschwerde erhobenen Rügen der Verletzung des Willkürverbots (<ref-law>) sich gegen rechtliche Schlussfolgerungen der Vorinstanz richten, kommt ihnen allerdings keine selbständige Bedeutung zu.
2.2 Nach <ref-law> legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Wird eine willkürliche Feststellung von Tatsachen geltend gemacht, ist neben der Erheblichkeit der gerügten Tatsachenfeststellung für den Ausgang des Verfahrens klar und detailliert darzutun, inwiefern diese offensichtlich unhaltbar sein soll, d.h. mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehe, auf einem offenkundigen Versehen beruhe oder sich sachlich in keiner Weise rechtfertigen lasse (<ref-ruling> E. 7.1 S. 398 mit Hinweisen).
3. 3.1 Nach <ref-law> verbleiben Bauten und andere Vorrichtungen, die von einem Grundstück auf ein anderes überragen, Bestandteil des Grundstücks, von dem sie ausgehen, wenn dessen Eigentümer auf ihren Bestand ein dingliches Recht (Überbaurecht) hat. Strittig ist hier der Umfang des seit September 1978 zulasten der Parzellen Nrn. 1 und 2 der Beschwerdeführerin und zugunsten der Parzelle Nr. 3 der Beschwerdegegnerin im Grundbuch eingetragenen Überbaurechts.
3.2 Für die Ermittlung von Inhalt und Umfang einer Dienstbarkeit gibt <ref-law> eine Stufenordnung vor. Ausgangspunkt ist der Grundbucheintrag. Soweit sich Rechte und Pflichten aus dem Eintrag deutlich ergeben, ist dieser massgebend (<ref-law>). Nur wenn sein Wortlaut unklar ist, darf im Rahmen des Eintrags auf den Erwerbsgrund zurückgegriffen werden (<ref-law>), d.h. auf den Begründungsakt, der als Beleg beim Grundbuchamt aufbewahrt wird (<ref-law>) und einen Bestandteil des Grundbuchs bildet (<ref-law>). Ist auch der Erwerbsgrund nicht schlüssig, kann sich der Inhalt der Dienstbarkeit - im Rahmen des Eintrags - aus der Art ergeben, wie sie während längerer Zeit unangefochten und in gutem Glauben ausgeübt worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.1 S. 347 mit Hinweisen; dazu auch <ref-ruling> E. 8 S. 655).
4. 4.1 Das Handelsgericht erklärt, dem in erster Linie massgebenden stichwortartigen Grundbucheintrag "Ueberbaurecht z.G. 3", der unzweifelhaft ein Überbaurecht nach <ref-law> bezeichne, lasse sich der genaue Umfang der Dienstbarkeitsberechtigung nicht entnehmen. Zur Beantwortung der Frage, welche jenseits der Grundstücksgrenze liegenden überragenden Bau- oder Vorrichtungsteile im Sinne von <ref-law> vom eingetragenen Überbaurecht erfasst würden, sei in der Stufenfolge als nächstes der Erwerbsgrund beizuziehen. Der ordentliche Erwerbsgrund im Sinne von <ref-law>, d.h. das der Errichtung der Dienstbarkeit zugrunde liegende Rechtsgeschäft, sei hier ausschliesslich der im Hauptbuch als Beleg Nr. 5 erwähnte Dienstbarkeitsvertrag vom 12. Juli 1978. Die von der Beschwerdeführerin angerufene weitere Vereinbarung vom 26. April 1971 zwischen ihr und den PTT befinde sich unbestrittenermassen nicht als Beleg bei den Grundbuchakten. Da das Hauptbuch nicht auf sie verweise, habe sie auch keine dingliche Wirkung erhalten. Dem Vorbringen der Beschwerdeführerin, aufgrund des in Ziff. 2 der Schlussbestimmungen des Vertrags vom 12. Juli 1978 angebrachten Hinweises auf die Vereinbarung vom 26. April 1971 sei erkennbar gewesen, dass letztere weitere Regelungen zum strittigen Überbaurecht enthalte, hält das Handelsgericht entgegen, die angesprochene Bestimmung verweise lediglich "im übrigen" bzw. "nebst den in diesem Vertrag [vom 12. Juli 1978] zur grundbuchlichen Behandlung verurkundeten Tatbestände[n]" auf die Vereinbarung aus dem Jahre 1971. Der Verweis auf die frühere Vereinbarung beziehe sich damit nach objektivierter Auslegung nur auf weitere, nicht in der Vereinbarung vom 12. Juli 1978 enthaltene Punkte, womit beispielsweise nicht zur grundbuchlichen Behandlung notwendige Punkte wie etwa "V. Obligatorische Bestimmungen" gemeint sein könnten. Vernünftigerweise könne der von der Beschwerdeführerin angerufene Passus nur so verstanden werden, dass sich der Verweis auf andere Tatbestände im Hinblick auf die Erstellung des PTT-Gebäudes beziehe; Präzisierungen von "verurkundeten", d.h. in der Vereinbarung vom 12. Juli 1978 selbst enthaltenen Tatbeständen seien vom Verweis in der Schlussbestimmung nicht erfasst, was erst recht für Tatbestände gelte, die, wie das strittige Überbaurecht, in der genannten Vereinbarung unter der Überschrift "V. Begründung von neuen Grunddienstbarkeiten" stünden. Sei für die Beschwerdegegnerin demnach nicht erkennbar gewesen, dass die Vereinbarung aus dem Jahre 1971 zur Ermittlung von Inhalt und Umfang des Überbaurechts relevant sein könnte, sei jene auch nicht gehalten gewesen, in dieser Hinsicht weiter nachzuforschen. Von der Beschwerdeführerin werde im Übrigen nicht behauptet, die Beschwerdegegnerin habe im Zeitpunkt des Erwerbs der Parzelle Nr. 3 die Vereinbarung aus dem Jahre 1971 tatsächlich gekannt. Diese sei hier somit unbeachtlich.
Sodann bemerkt das Handelsgericht, es sei zu ermitteln, was aus der Sichtweise eines aufmerksamen, sachlich denkenden Menschen nach Treu und Glauben unter der im Vertrag vom 12. Juli 1978 (unter dem Titel "V. Begründung von neuen Grunddienstbarkeiten" bzw. "2. Ueberbaurecht") enthaltenen Passage "für die im Zusammenhang mit dem PTT-Betriebsgebäude erstellten ober- und unterirdischen Anlageteile, welche in die Parz. 1 und 2 hineinragen" zu verstehen sei und insbesondere, ob der Gegenstand des Feststellungsbegehrens - ganz oder in Teilen - davon erfasst sei. Die Vorinstanz stellt fest, es sei unbestritten, dass die im Klagebegehren der Beschwerdegegnerin genannte Verkehrsfläche im Zusammenhang mit dem Bau des PTT-Betriebsgebäudes erstellt worden sei. Aufgrund der Klagebeilage 4a (Foto der Einfahrt in das untere Erdgeschoss und der Zufahrtsrampe zum oberen Erdgeschoss) und des Ergebnisses des Augenscheins müsse die Verkehrsfläche nach Treu und Glauben als Anlageteil im Sinne der vertraglichen Bestimmung verstanden werden, da sie gleichzeitig das Dach des Busbahnhofs und der Diensträume sei, d.h. mit diesen im Zusammenhang mit dem neuerstellten Betriebsgebäude künstlich geschaffenen Werken, die von der Parzelle Nr. 3 ausgingen, eine konstruktive Einheit bilde. Gegen diese Auslegung spreche nicht, dass aus der Vogelperspektive der Postneubau an die Grundstücksgrenze gehe und die fragliche Verkehrsfläche zumindest im Teil zwischen den auf der Klagebeilage 7 eingezeichneten Punkten A und B einzig auf den Parzellen der Beschwerdeführerin zu liegen komme. Mit der Beschwerdegegnerin sei sodann "oberirdisch" nach objektivierter Auslegung so zu verstehen, dass damit alle Teile, die sich nicht unter der Grundstückoberfläche befänden, gemeint sein müssten. Zum Vorbringen der Beschwerdeführerin, bei der strittigen Verkehrsfläche handle es sich um das wiederhergestellte gewachsene Terrain, jene sei somit sozusagen bloss eine Umgestaltung des ursprünglichen Bodens, so dass ihr, der Beschwerdeführerin, das Eigentum daran zustehe, bemerkt die Vorinstanz, dass die Beschwerdeführerin an anderer Stelle ausführe, die Verkehrsfläche sei die durch bauliche Massnahmen veränderte, insbesondere angehobene und als Ebene geschaffene Grundstückoberfläche der eigenen Parzelle. Letzteres treffe insofern tatsächlich zu, als die Verkehrsfläche vor dem Umbau einen abfallenden Hang dargestellt habe; durch den Bau des Busbahnhofs und der Diensträume sei das Terrain somit nicht bloss umgestaltet, sondern erheblich verändert worden; die Verkehrsfläche liege zum überwiegenden Teil auf einem höheren Niveau als das ursprünglich gewachsene Terrain, womit keine Rede davon sein könne, bei der fraglichen Fläche handle es sich bloss um eine Wiederherstellung des gewachsenen Terrains; dass die Verkehrsfläche nunmehr auf der gleichen Höhe liege wie die auf der fraglichen Parzelle angelegten Perrons und Geleise der Beschwerdeführerin ändere daran nichts. Das Handelsgericht hält weiter dafür, dass auch die im Zusammenhang mit dem PTT-Betriebsgebäude erstellte Zufahrtsrampe, deren einziger Zweck in der verkehrsmässigen Anbindung der strittigen Verkehrsfläche und insbesondere der Parkplätze liege und die direkt von der C._strasse aus befahren werden könne, vom Wortsinn des Erwerbsgrundes erfasst werde; nicht erfasst seien dagegen diejenigen Teile, die nicht mehr als von der Parzelle Nr. 3 hineinragend erachtet werden könnten, so namentlich die Maueraufbauten und das Stumpengeleise mit seinem Dach.
Nach Ansicht der Vorinstanz lässt sich auch aus dem Zweck des Überbaurechts für das herrschende Grundstück im Zeitpunkt der Errichtung der Dienstbarkeit nichts für den Standpunkt der Beschwerdeführerin gewinnen: Aus dem Erwerbsgrund ergebe sich bezüglich dieses Zwecks nichts anderes als das, was bereits aufgrund der Bezeichnung als Überbaurecht klar werde, nämlich, dass gewisse anlässlich des Postneubaus erstellte Bauten eigentumsmässig der Parzelle der Beschwerdegegnerin zugeschlagen werden sollten. Der Umfang der Dienstbarkeit werde durch diesen dem Überbaurecht inhärenten Zweck nicht näher definiert. Ebenso wenig könne die Beschwerdeführerin aus der Systematik des Vertrags vom 12. Juli 1978 etwas zu ihren Gunsten ableiten.
Das weitere Vorbringen der Beschwerdeführerin, aus der Tatsache, dass sie die strittige Verkehrsfläche den Rechtsvorgängerinnen der Beschwerdegegnerin vermietet gehabt habe, sei auf einen engeren Inhalt des Überbaurechts zu schliessen, bezeichnet das Handelsgericht als unbehelflich: Nach der klaren Rechtsprechung des Bundesgerichts wäre nämlich die Art, wie die Dienstbarkeit während längerer Zeit unangefochten und in gutem Glauben ausgeübt worden sei, nur subsidiär, d.h. wenn sich Inhalt und Umfang der Dienstbarkeit nicht schlüssig aus dem Erwerbsgrund ergeben hätte, zu berücksichtigen gewesen. Abgesehen davon, sei für die Beschwerdegegnerin nicht erkennbar gewesen, dass die Nutzung eines beträchtlichen Teils der Verkehrsfläche durch ihre Rechtsvorgängerinnen auf Mietverträgen mit der Beschwerdeführerin beruht hätten, und die Beschwerdeführerin vermöge die von ihr behauptete Kenntnis der Beschwerdegegnerin von den Mietverträgen nicht nachzuweisen.
Zusammenfassend hält die Vorinstanz fest, dass die von der Beschwerdegegnerin im Klagebegehren Ziff. 1 spezifizierten Anlageteile - der Gebäudeplatz mit Verkehrs- und Parkfläche und die Zufahrtsrampe - von dem zu Gunsten der Parzelle Nr. 3 eingetragenen Überbaurecht erfasst seien und damit im Eigentum der Beschwerdegegnerin stünden. Das Gleiche treffe für die weiteren im Zusammenhang mit dem Postneubau erstellten Anlageteile zu, doch dürfe mangels näherer Spezifizierung durch die Beschwerdegegnerin keine entsprechende ausdrückliche Feststellung im Dispositiv getroffen werden.
4.2 Das Handelsgericht hat ferner festgehalten, die Beschwerdegegnerin wäre ebenfalls aufgrund des sachenrechtlichen Bestandteilprinzips Eigentümerin der strittigen Verkehrsfläche. Eine Ersitzung des Feststellungsgegenstandes durch die Beschwerdeführerin, wie sie von dieser auch noch geltend gemacht worden war, hat es schliesslich als von vornherein ausgeschlossen bezeichnet.
5. Dem Dargelegten ist zu entnehmen, dass das Handelsgericht sich bei der Bestimmung von Inhalt und Umfang der strittigen Dienstbarkeit von den vom Bundesgericht festgelegten Grundsätzen hat leiten lassen.
5.1 Nach wie vor hält die Beschwerdeführerin dafür, dass bei der Ermittlung des Umfangs des Überbaurechts nicht nur der Vertrag vom 12. Juli 1978 beigezogen werden dürfe, sondern auch die Vereinbarung vom 26. April 1971 zu beachten sei. Zur Begründung bringt sie einzig vor, im Vertrag vom 12. Juli 1978 werde auf diese Vereinbarung verwiesen. Mit der Feststellung des Handelsgerichts, letztere komme als Erwerbsgrund im Sinne von <ref-law> schon deshalb nicht in Frage, weil sie nicht als Grundbuchbeleg hinterlegt worden sei, setzt sie sich in keiner Weise auseinander. Abgesehen davon, legt die Beschwerdeführerin auch nicht dar, inwiefern sich bei einer Berücksichtigung der Vereinbarung vom 26. April 1971 eine andere Auslegung des Vertrags vom 12. Juli 1978 ergäbe. Vielmehr beschränkt sie sich darauf, die vorinstanzliche Auffassung zu beanstanden, wonach für Dritte nicht erkennbar gewesen sei, dass die Vereinbarung vom 26. April 1971 noch nähere Bestimmungen zu Inhalt und Umfang der Dienstbarkeit enthielten, und die nicht bei den Grundbuchakten liegende Vereinbarung für die Beschwerdegegnerin auch nicht leicht zugänglich gewesen sei. Das von der Beschwerdeführerin hierzu Vorgebrachte stösst insofern ins Leere, als die Vereinbarung vom 26. April 1971 der Beschwerdegegnerin als Rechtsnachfolgerin einer der daran beteiligten Parteien nur dann entgegengehalten werden könnte, wenn ihr die entsprechende Verpflichtung besonders überbunden worden wäre (dazu <ref-ruling> E. 1c S. 292). Soweit die Beschwerdeführerin sich auf die Vereinbarung vom 26. April 1971 beruft, sind ihre Vorbringen nach dem Gesagten von vornherein unbeachtlich.
5.2 Was in der Beschwerde weiter ausgeführt wird, vermag sodann die Auslegung der einschlägigen Stellen der Vereinbarung vom 12. Juli 1978 durch das Handelsgericht und dessen Auffassung, Inhalt und Umfang des Überbaurechts ergäben sich daraus mit hinreichender Klarheit, nicht als bundesrechtswidrig erscheinen zu lassen:
Die Beschwerdeführerin macht geltend, die strittige Verkehrsfläche sei nichts anderes als die ebene, teilweise asphaltierte Grundstückoberfläche, die sich zwischen den Geleisen und dem Postgebäude befinde; sie bilde schon rein sprachlich keinen Anlageteil im Sinne der im Vertrag vom 12. Juli 1978 gewählten Terminologie und sei entgegen der Feststellung des Handelsgerichts nicht das Dach der Tiefgarage; die vorinstanzliche Feststellung sei aktenwidrig und offensichtlich unrichtig. Das in diesem Zusammenhang Ausgeführte vermag diese Rüge indessen nicht zu begründen (hierzu E. 2.2). Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ist die Vorinstanz keineswegs davon ausgegangen, es sei der übereinstimmende Wille der (am Vertrag vom 12. Juli 1978 beteiligten) Parteien gewesen, dass die strittige Verkehrsfläche vom Überbaurecht nicht erfasst werden solle: An der angerufenen Stelle hat das Handelsgericht zwar die Frage, ob aus der Systematik des Vertrags auf einen Parteiwillen des von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Inhalts zu schliessen sei, aufgeworfen, sie dann aber verneint. Weshalb aus dem Umstand, dass im Vertrag vom 12. Juli 1978 nur von "Anlageteilen", und nicht von (ganzen) Bauten oder Anlagen, die Rede sei, zu schliessen sein soll, die Verkehrsfläche, die von der Vorinstanz als Dach des - einen Teil der in die Parzelle der Beschwerdeführerin hineinragenden Postanlage bildenden - Busbahnhofs qualifiziert wird, sei vom Überbaurecht nicht erfasst, ist nicht nachvollziehbar. Den Ausführungen der Beschwerdeführerin zur belagsmässigen Beschaffenheit der strittigen Verkehrsfläche ist entgegenzuhalten, dass sie der vorinstanzlichen Annahme, es komme letzterer die Funktion eines Dachs des Busbahnhofs zu, keinen Abbruch tun. Unbehelflich ist ebenso der Hinweis darauf, dass das Klagebegehren der Beschwerdegegnerin sich nur auf einen Teil der vorhandenen Verkehrsfläche beziehe. Wie das Handelsgericht zutreffend bemerkt, steht es einem Berechtigten frei, die ihm aus einer Dienstbarkeit zustehenden Ansprüche nur bezüglich eines flächenmässig beschränkten Teils gerichtlich durchsetzen zu lassen.
5.3 Die Beschwerdeführerin macht ferner geltend, bei der Ermittlung des Inhalts einer Dienstbarkeit bestehe zwischen dem Auslegungskriterium des Erwerbsgrundes und demjenigen der Praxis keine Hierarchie oder undurchlässige Stufenfolge; wichtiger Bestimmungsgrund für den Inhalt des strittigen Überbaurechts sei deshalb auch die Art, wie die Dienstbarkeit während längerer Zeit unangefochten und in gutem Glauben ausgeübt worden sei. Damit widerspricht sie der klaren bundesgerichtlichen Rechtsprechung, wonach das bezüglich der Dienstbarkeit tatsächlich Ausgeübte nur dann in Betracht zu ziehen ist, wenn der Erwerbsgrund nicht schlüssig ist (E. 3.2 hiervor). Den Ausführungen in der Beschwerde ist nichts zu entnehmen, was die handelsgerichtliche Auffassung, dieser Tatbestand sei hier nicht gegeben, als bundesrechtswidrig erscheinen liesse. Ebenso wenig bringt die Beschwerdeführerin etwas vor, was die dargelegte Rechtsprechung in Frage zu stellen vermöchte oder rechtfertigen würde, hier von ihr abzuweichen. Soweit die Beschwerdeführerin auf ihre Vermietung von Parkplätzen auf der strittigen Verkehrsfläche und auf die entsprechende Beschilderung und Markierung hinweist und geltend macht, diese Nutzung sei für die Beschwerdegegnerin erkennbar gewesen, stossen ihre Vorbringen daher von vornherein ins Leere. Zu bemerken ist immerhin, dass von der Beschwerdeführerin mit Dritten abgeschlossene Mietverträge, die dem Überbaurecht widersprechen sollten, die Dienstbarkeit nicht einzuschränken vermöchten.
5.4 Nach dem Gesagten ist somit nicht dargetan, dass das Handelsgericht bei der Ermittlung von Inhalt und Umfang des Überbaurechts gegen Bundesrecht verstossen hätte. Unter diesen Umständen brauchen die sachenrechtlichen Überlegungen der Vorinstanz, die zum gleichen Ergebnis führten, nicht erörtert zu werden. Dem von der Beschwerdeführerin hierzu Vorgebrachten ist damit die Grundlage entzogen, so dass darauf nicht einzugehen ist.
6. Die Beschwerdeführerin macht nicht geltend, die ihr vom Handelsgericht erteilten Anweisungen (Unterlassen der Nutzung der strittigen Verkehrsfläche, Entfernen der von ihr und ihren Mietern darauf abgestellten Fahrzeuge und Beseitigung der im fraglichen Bereich angebrachten Schilder) verstiessen auch dann gegen Bundesrecht, wenn der vorinstanzlichen Beurteilung des Überbaurechts beizupflichten sein sollte. Indessen rügt sie, die Höhe der der Beschwerdegegnerin zugesprochenen Entschädigung (Fr. 44'100.--) widerspreche <ref-law> und <ref-law> (gemeint wohl <ref-law>). Sie begründet ihre Rüge ausschliesslich damit, der beigezogene Experte D._ und mit ihm auch das Handelsgericht seien mit Fr. 170.-- im Monat von einem falschen Mietwert der Parkplätze ausgegangen, da ungedeckte Parkplätze nicht nur bei der Errichtung weniger kosteten, sondern wegen der Witterungs- und Sicherheitsrisiken auch schwerer vermietbar seien. Dieses Vorbringen ist nicht geeignet, die tatsächliche Feststellung der Vorinstanz als willkürlich erscheinen zu lassen. Der Hinweis der Beschwerdeführerin auf ihre Ausführungen im kantonalen Verfahren ist unbeachtlich, da die Begründung der Beschwerde in der Rechtsschrift selbst enthalten sein muss (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287; <ref-ruling> E. 2.3 S. 387 f. mit Hinweis).
7. Widerklageweise hatte die Beschwerdeführerin von der Beschwerdegegnerin die Bezahlung eines Mietzinses von Fr. 11'250.-- pro Quartal für die Benützung eines Lagerplatzes und der Gebäudezufahrt verlangt.
7.1 Das Handelsgericht geht davon aus, dass die Miete einer eigenen Sache nicht im Sinne von <ref-law> von vornherein unmöglich sei, und hält weiter fest, im Zeitpunkt des Kaufs der Parzelle Nr. 3 durch die Beschwerdegegnerin habe unbestrittenermassen zwischen der Beschwerdeführerin und der B._ Ltd., der Rechtsvorgängerin der Beschwerdegegnerin, ein Mietverhältnis betreffend "Lagerplatz/ Gebäudezufahrt" bestanden. Indessen habe die Beschwerdeführerin nicht nachzuweisen vermocht, dass zwischen der Beschwerdegegnerin und der B._ Ltd. eine Vereinbarung über dessen Übernahme getroffen worden wäre, der sie, die Beschwerdeführerin, auf entsprechenden Antrag, zugestimmt hätte. Ausserdem ergebe sich aus der erkennbaren Grundstücksituation, dass die Parzelle Nr. 3 der Beschwerdegegnerin auf dem Niveau des oberen Erdgeschosses über die Rampe sowie über die (Gegenstand der Hauptklage bildende) Verkehrsfläche erschlossen werde, so dass zumindest die Zufahrt zum Postgebäude und die Benutzung des Vorplatzes von der mit dem Überbaurecht eingeräumten Nutzungsbefugnis mitumfasst seien. Da die Beschwerdegegnerin den von der Widerklage betroffenen Platz aufgrund ihres Dienstbarkeitsrechts benutzen dürfe, bestünden weder für ein konkludentes Zustandekommen eines neuen Mietvertrags zwischen der Beschwerdeführerin und ihr noch für eine ungerechtfertigte Bereicherung irgendwelche Hinweise. Die Widerklage sei daher unter allen von der Beschwerdeführerin geltend gemachten Gesichtspunkten abzuweisen.
7.2 Was gegen diese Erwägungen eingewendet wird, ist nicht geeignet, eine Verletzung von Bundesrecht darzutun. Entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin geht das Handelsgericht nicht davon aus, die Grundstückfläche auf der Parzelle Nr. 2, die von der Beschwerdegegnerin in der Hauptklage als mit einem Überbaurecht zu ihren Gunsten belastet angesprochen wird, sei identisch mit der der Widerklage zugrunde liegenden Grundstückfläche. Den von der Beschwerdeführerin angerufenen Ausführungen ist klar zu entnehmen, dass die vorinstanzliche Auffassung, es bestehe zwischen den beiden Flächen kein Unterschied, sich einzig auf deren rechtliche Qualifikation bezog. Die von der Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang vorgetragenen Rügen der Verletzung von Beweisregeln und der willkürlichen Tatsachenwürdigung stossen daher ins Leere. Zur Abweisung der Widerklage bedurfte es sodann im Urteilsdispositiv nicht einer abschliessenden Erwähnung der nach Auffassung des Handelsgerichts vom strittigen Überbaurecht erfassten Grundstückteile, wie die Beschwerdeführerin offenbar meint. Ebenso wenig vermag der Beschwerdeführerin zu helfen, dass die Vorinstanz mit der ausdrücklichen Nennung gewisser Ausnahmen (Maueraufbauten, Stumpengeleise mit Dach) selbst nicht annehme, das Überbaurecht erfasse die gesamte im Situationsplan zur Vereinbarung vom 12. Juli 1978 blau markierte Fläche. Was die Beschwerdeführerin den weiteren Darlegungen des Handelsgerichts entgegenhält, erschöpft sich in einem Vortragen der eigenen Sicht der Dinge und ist, soweit tatsächliche Feststellungen betreffend, rein appellatorischer Natur und daher nicht darzutun geeignet, dass jene willkürlich wären.
8. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Diese ist ausserdem zu verpflichten, die Beschwerdegegnerin für ihre Umtriebe im bundesgerichtlichen Verfahren zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin wird verpflichtet, die Beschwerdegegnerin für ihre Umtriebe im bundesgerichtlichen Verfahren mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht (1. Kammer) des Kantons Aargau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. März 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Gysel