Fatti:
A. Il 13 maggio 2011 il Municipio di X._ ha indetto un pubblico concorso, retto dalla legge sulle commesse pubbliche del 20 febbraio 2001 (LCPubb; RL/TI 7.1.4.1) e impostato secondo la procedura libera, per aggiudicare i lavori di sostituzione dei contatori dell'acqua potabile. Entro il termine fissato gli sono pervenute le offerte di sei ditte e il 19 agosto 2011 i lavori sono stati deliberati alla B._Sagl, classificatasi prima in graduatoria.
La A._Sagl, seconda in classifica, si è allora aggravata al Tribunale cantonale amministrativo. Il 3 ottobre 2011 il gravame è stato stralciato dai ruoli dato che, in seguito alla rinuncia della B._Sagl al mandato, l'autorità comunale e l'insorgente sono giunti ad un accordo in base al quale la delibera contestata andava considerata annullata in vista di un'ulteriore aggiudicazione.
L'11 ottobre 2011, dopo avere rivalutato le offerte ricevute, il Municipio di X._ ha aggiudicato i lavori alla C._SA, prima classificata. La decisione è cresciuta in giudicato incontestata. L'aggiudicataria, sovraccarica di lavoro, ha tuttavia rinunciato a stipulare il contratto oggetto della commessa. Vista la situazione, il 9 dicembre 2011 il Municipio di X._ ha aperto un nuovo concorso, sempre riferito ai medesimi lavori.
B. Il 19 dicembre 2011 la A._Sagl ha impugnato il nuovo bando di concorso dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, chiedendo che sia annullato e che l'assegnazione della commessa avvenisse in base alle offerte inoltrate nel concorso precedente. Con sentenza del 7 febbraio 2012 la Corte cantonale ha respinto il gravame. Ha osservato, in sintesi, che l'operato del committente non prestava fianco a critiche, rispettivamente che nella pubblicazione del nuovo bando di concorso non era ravvisabile alcuna violazione del diritto.
C. Il 13 marzo 2012 la A._Sagl ha esperito dinanzi al Tribunale federale un ricorso sussidiario in materia costituzionale con chiede che la sentenza cantonale e il bando di concorso del 9 dicembre 2011 siano annullati e che venga ordinato al committente di deliberare l'aggiudicazione delle opere sulla scorta del precedente bando di concorso indetto il 13 maggio 2011. Adduce, in sintesi, la violazione di diversi principi costituzionali.
Chiamati ad esprimersi il Municipio di X._, alle cui determinazioni l'Ufficio dei lavori sussidiati e degli appalti del Dipartimento del territorio si è rimesso, ha chiesto la reiezione dell'impugnativa, mentre il Tribunale cantonale amministrativo ha rinunciato a formulare osservazioni.
D. Con decreto presidenziale del 16 marzo 2012 è stato concesso effetto sospensivo in via supercautelare al ricorso.
E. Il 2 aprile 2012 la ricorrente ha informato questa Corte che, dopo aver proceduto all'apertura pubblica delle offerte il 2 marzo 2012, il Municipio di X._, con risoluzione del 12 marzo 2012, aveva deciso di non aggiudicare l'appalto, poiché tutti i concorrenti avevano superato il limite di credito ivi prescritto. Precisa inoltre di avere impugnato detta risoluzione dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo. Adduce poi che, ciononostante, il suo ricorso del 13 marzo 2012 non è diventato privo d'oggetto dato che, oltre ad impugnare il nuovo bando di concorso, aveva anche chiesto che l'aggiudicazione avvenga in base al precedente bando de 13 maggio 2011.
F. Reagendo alle osservazioni del Municipio di X._, la ricorrente, con scritto dell'8 maggio 2012, spiega perché la sua domanda di conferimento dell'effetto sospensivo non è diventata priva d'oggetto.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>) e l'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 43; <ref-ruling> consid. 1 pag. 103 con rispettivi rinvii).
1.1 Il litigio concerne una causa in materia di appalti pubblici. In tale ambito, il ricorso ordinario in materia di diritto pubblico è ammissibile solo se il valore stimato della commessa raggiunge i valori soglia previsti dall'art. 83 lett. f n. 1 LTF e, cumulativamente (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 194 seg.), se la fattispecie pone una questione di diritto d'importanza fondamentale, giusta l'art. 83 lett. f n. 2 LTF. Per stessa ammissione della ricorrente, tali condizioni non risultano in casu soddisfatte, motivo per cui l'impugnativa in oggetto, presentata in tempo utile (<ref-law>), è stata correttamente formulata quale ricorso sussidiario in materia costituzionale.
1.2 Ritenuto che la ricorrente era giunta seconda in classifica nel primo bando di concorso e terza nel secondo, essa fruisce di una reale possibilità di vedersi aggiudicare i lavori nel caso in cui il ricorso venisse accolto. È quindi legittimata a ricorrere ai sensi dell'<ref-law> (sentenza 2D_74/2010 del 31 maggio 2011 consid. 1.2).
Visto quanto precede, il ricorso sussidiario in materia costituzionale presentato è, di massima, ammissibile e va esaminato nel merito.
2. Con il ricorso sussidiario in materia costituzionale può venir censurata unicamente la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Il rispetto di tali diritti non è inoltre esaminato d'ufficio (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>). Occorre che il ricorrente specifichi quali diritti ritiene lesi ed esponga le sue censure in modo chiaro e circostanziato, accompagnandole da una motivazione esaustiva; in caso censuri una violazione del divieto d'arbitrio, segnatamente in relazione all'applicazione del diritto cantonale, deve spiegare perché la decisione impugnata sia - non solo a livello di motivazione, ma anche di risultato - manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 6 pag. 397; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 9).
Nella misura in cui i requisiti esposti sono stati disattesi - in particolare, poiché la ricorrente non sostanzia sempre compiutamente la censura d'arbitrio - il gravame è pertanto inammissibile.
3. Come accennato in precedenza, con risoluzione del 12 marzo 2012, il committente ha deciso di non aggiudicare i lavori oggetti del bando di concorso del 9 dicembre 2011, dato che il limite ivi prescritto era stato superato da tutti i concorrenti. Secondo la ricorrente, la citata risoluzione sarebbe inficiata d'arbitrio oltre ad essere inefficace, poiché emanata allorché non era ancora cresciuta in giudicato la sentenza cantonale. Tale argomentazione è priva di pertinenza. In primo luogo, e contrariamente all'assunto della ricorrente, il fatto che il giudizio impugnato non avesse ancora acquisito forza di cosa giudicata non può essere opposto all'autorità municipale. Un ricorso al Tribunale federale non ha, di principio, effetto sospensivo (<ref-law>). Ora l'apertura delle offerte in seduta pubblica il 2 marzo e la risoluzione di rinuncia all'aggiudicazione emanata il 12 marzo successivo, hanno avuto luogo dopo l'emanazione della sentenza cantonale, ma prima che la ricorrente adisse questa Corte. Se quest'ultima voleva impedire che la procedura legata al nuovo bando di concorso proseguisse, le incombeva rivolgersi il più rapidamente possibile al Tribunale federale. Essa ha invece atteso ben quattro settimane dall'intimazione della sentenza cantonale per inoltrare il suo ricorso dinanzi a questa Corte. In queste condizioni è ora malvenuta di lamentarsi del modo di procedere del committente.
Ci si può invece chiedere se, con l'emanazione della risoluzione municipale del 12 marzo 2012, il ricorso non sia, perlomeno in quanto rivolto contro il bando di concorso del 9 dicembre 2011, diventato privo d'oggetto. Il quesito può rimanere indeciso poiché, per i motivi esposti qui di seguito, il gravame si rivela comunque infondato e, come tale, va respinto.
4. 4.1 Nella propria sentenza la Corte cantonale ha dapprima ricordato i presupposti che dovevano essere adempiuti affinché il committente potesse interrompere la procedura di delibera, rispettivamente revocarla. I giudici ticinesi hanno poi osservato che, nel caso concreto, la seconda aggiudicazione a favore della Botta & Co. SA era cresciuta in giudicato incontestata, ciò che aveva posto fine al concorso. A loro parere, nulla pertanto imponeva al committente di revocare la citata delibera. La susseguente apertura di una nuova gara non prestava di conseguenza il fianco a critiche e in tale manovra non era ravvisabile alcuna violazione di diritto.
4.2 La ricorrente è invece dell'opinione che nel caso in cui l'impresa aggiudicataria rinunci, dopo la delibera, alla stipulazione del contratto, ciò non porrebbe fine al concorso, ma obbligherebbe invece il committente a revocare l'aggiudicazione e ad assegnare i lavori all'impresa giunta seconda in classifica, qualora la sua offerta soddisfa le esigenze della commessa, oppure a ricominciare la procedura; in entrambi i casi dovrebbe adottare una decisione formale soggetta a ricorso. Il diverso comportamento assunto dal qui committente, il quale non ha revocato l'aggiudicazione, rispettivamente non ha emesso una decisione formale d'interruzione soggetta a ricorso, ma ha pubblicato un nuovo bando di concorso sarebbe pertanto chiaramente inficiato d'arbitrio, porterebbe ad un'applicazione arbitraria della normativa determinante, segnatamente degli artt. 34, 37 LCPubb e 55 del regolamento di applicazione della legge sulle commesse pubbliche del 20 febbraio 2001 e del Concordato intercantonale sugli appalti pubblici del 15 marzo 2001 (RLCPubb/CIAP; RL/TI 7.1.4.1.6) combinati con l'<ref-law>, disattenderebbe il suo diritto di essere sentita e quello di ottenere una decisione, costituirebbe un diniego di giustizia, instaurerebbe una disparità di trattamento tra i concorrenti che hanno partecipato al primo concorso (ove vi è stata una secondo delibera tra i medesimi concorrenti) e gli altri, nonché, alterando il gioco della concorrenza, lederebbe la sua libertà economica. Precisa infine che prima di pubblicare un nuovo bando, il committente avrebbe dovuto emanare una formale decisione che regoli le sorti della pregressa procedura: siccome ciò non è stato fatto, la prima procedura sarebbe pertanto da ritenersi non ancora conclusa: il nuovo bando di concorso non avrebbe quindi ragion d'essere e andrebbe annullato e la delibera dovrebbe essere effettuata sulla scorta di quello precedente.
4.3 Diversamente da quanto sostenuto dalla ricorrente - le cui argomentazioni, per quanto ammissibili, sottovalutano che l'accoglimento di una censura d'arbitrio presuppone una violazione dell'<ref-law> anche in relazione all'esito raggiunto (cfr. consid. 2) - la decisione impugnata non risulta né insostenibile, né priva di senso e, quindi, arbitraria nel suo risultato (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 219; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 178 seg., 49 consid. 4 pag. 57 seg., 8 consid. 2.1 pag. 9). Al contrario. Se, infatti, in caso d'interruzione della procedura di aggiudicazione, rispettivamente di revoca da parte del committente della delibera, entrambe attuabili a determinate condizioni non date in concreto (cfr. PETER GALLI/ANDRÉ MOSER/ELISABETH LANG/EVELYN CLERC, Praxis des öffentlichen Beschaffungsrechts, 2a ed. 2007, pag. 140 segg. nonché pag. 214 segg.), occorre effettivamente che venga emanata una decisione formale, soggetta a ricorso (cfr. GALLI/MOSER/LANG/ CLERC, op. cit., pag. 214 segg, segnatamente n. 501; JEAN-BAPTISTE ZUFFEREY/CORINNE MAILLARD/NICOLAS MICHEL, Droit des marchés publics, 2002, pag. 124 seg.), non si è tuttavia nel caso concreto in presenza di simili costellazioni. Come ben rilevato dai giudici ticinesi, nella fattispecie la decisione di aggiudicazione era cresciuta in giudicato incontestata. Orbene ritenere che in una simile situazione la procedura fosse conclusa, motivo per cui non si doveva annullarla o revocarla, non costituisce un giudizio manifestamente insostenibile, privo di senso e, di riflesso, arbitrario. Tale modo di pensare (cioè considerare che un'aggiudicazione cresciuta in giudicato conclude una procedura di delibera) è anche condiviso da parte della dottrina (cfr. GALLI/MOSER/ LANG/CLERC, op. cit. pag. 311 n. 704; MARTIN BEYELER, Überlegungen zum Abbruch von Vergabeverfahren in AJP/PJA 7/2005 pag. 784 segg., n. 3 pag. 785). Alcuni autori (che si esprimevano riguardo agli appalti retti dal diritto pubblico federale e (inter)cantonale, ma la cui opinione può senz'altro applicarsi per analogia anche alle commesse disciplinate dal diritto cantonale) sono addirittura del parere che poiché un'aggiudicazione conclude la gara d'appalto, un'interruzione della relativa procedura risulta priva d'oggetto dopo la pronuncia della decisione di delibera (JEAN-BAPTISTE ZUFFEREY/JACQUES DUBEY, Quid après l'adjudication? in Vergaberecht 2004: Vergabetagung 04, Sonderheft, 2004 pag. 62 segg., segnatamente pag. 64, C n.1). Riguardo a quest'ultimo punto va osservato che il Tribunale federale ha, da parte sua, lasciato irrisolto il quesito di sapere se, dopo la crescita in giudicato di un'aggiudicazione, fosse ancora possibile un'interruzione della procedura di delibera dato che l'aggiudicazione vi pone un termine (<ref-ruling> consid. 3.4 pag. 416 in fine). Da quel che precede discende che la tesi difesa dai giudici cantonali - differente da quelle sostenuta dalla ricorrente - non appare manifestamente insostenibile, gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità e, di conseguenza, arbitraria. Inoltre, il fatto che un'altra soluzione sia concepibile non dimostra affatto che quella scelta dalla Corte cantonale, e criticata dal ricorrente, disattenda l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 17).
4.4 Considerato che - come appena illustrato - l'argomentazione della Corte cantonale è del tutto difendibile, appaiono di conseguenza prive di fondamento anche le ulteriori censure formulate dalla ricorrente, tutte connesse alla mancata emanazione di una decisione di annullamento o di revoca (diritto di essere sentita e di ottenere una decisione; applicazione arbitraria della normativa cantonale; disparità di trattamento tra i concorrenti che hanno partecipato ai due concorsi; violazione della libertà economica; diniego di giustizia).
4.5 Per quanto precede, il ricorso, nella misura in cui è ammissibile, si rivela infondato e dev'essere pertanto respinto.
5. 5.1 Con l'evasione del ricorso, la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo è divenuta priva d'oggetto.
5.2 Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>). Non si assegnano per contro ripetibili alle autorità vincenti (<ref-law>) né alla parte resistente, considerato che il Municipio di X._ ha agito senza l'ausilio di un avvocato.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, rispettivamente al loro patrocinatore, al Dipartimento del territorio, Ufficio lavori sussidiati e appalti, e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.