Sachverhalt:
A. S._, geboren 1969, ist geistig behindert und bezieht eine Invalidenrente. Seit 1992 richtet ihr die Ausgleichskasse des Kantons Bern (Ausgleichskasse) Ergänzungsleistungen aus. Ihr Vater, geboren 1937, bezieht seit 1997 eine Altersrente der Pensionskasse N._ (vormals Pensionskasse der W._ AG). Nach dem hier anwendbaren Reglement 1995 richtet die Pensionskasse zusätzlich zur Altersrente eine Rente für noch nicht 18 Jahre alte oder in Ausbildung stehende und noch nicht 25 Jahre alte oder für erwerbsunfähige invalide Kinder des Bezügers aus (sog. Pensionierten-Kinderrente). Mit Verfügung vom 24. Juni 2011 berechnete die Ausgleichskasse den Anspruch der S._ auf Ergänzungsleistungen rückwirkend neu. Sie berücksichtigte dabei erstmals die Pensionierten-Kinderrente und setzte ihre Leistungen ab 1. Juli 2006 herab. Zudem forderte sie von S._ den Betrag von Fr. 43'626.- zurück. Die von S._ gegen die Anspruchsreduktion/Rückforderung erhobene Einsprache wies die Ausgleichskasse mit Entscheid vom 28. Oktober 2011 ab.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern wies die von S._ dagegen erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 28. März 2012 ab. Auf die vom Vater in eigenem Namen erhobene Beschwerde trat es nicht ein.
C. S._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt Aufhebung des angefochtenen Entscheides und Rückweisung der Sache an die Ausgleichskasse zur Festsetzung der Ergänzungsleistungen ab Juli 2011.
Die Ausgleichskasse beantragt Abweisung der Beschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die jährliche Ergänzungsleistung entspricht dem Betrag, um den die anerkannten Ausgaben die anrechenbaren Einnahmen übersteigen (Art. 9 Abs. 1 ELG). Unter Letztere fallen gemäss Art. 11 Abs. 1 lit. d ELG Renten, Pensionen und andere wiederkehrende Leistungen, einschliesslich der Renten der AHV und der IV. Da Ergänzungsleistungen die Deckung der laufenden Lebensbedürfnisse bezwecken, dürfen nur tatsächlich vereinnahmte Einkünfte und vorhandene Vermögenswerte berücksichtigt werden, über die der Leistungsansprechende ungeschmälert verfügen kann; vorbehalten bleibt der Tatbestand des Vermögensverzichts (<ref-ruling> E. 4a S. 249).
2. Streitig ist, ob infolge bisher nicht berücksichtigter Einnahmen aus der Pensionierten-Kinderrente die Ausgleichskasse zu Recht rückwirkend auf den 1. Juli 2006 die von ihr ausgerichteten Ergänzungsleistungen gekürzt und den entsprechenden Anteil an den erbrachten Leistungen zurückgefordert hat.
2.1 Laut Art. 17 des Reglements der Pensionskasse (nachfolgend: PKR) hat der Bezüger einer Altersrente, unter Vorbehalt von Art. 18 PKR, für jedes noch nicht 18 Jahre alte oder in Ausbildung stehende und noch nicht 25 Jahre alte rentenberechtigte Kind Anspruch auf eine Pensionierten-Kinderrente. Art. 18 Abs. 1 PKR bestimmt, dass der Anspruch auf die Pensionierten-Kinderrente mit dem Anspruch auf die Altersrente beginnt und mit deren Wegfall, mit dem Wegfall der Rentenberechtigung des Kindes oder mit dessen Tod endet. Art. 18 Abs. 2 PKR sieht als Sonderregelung vor, dass für invalide Kinder Art. 26 Abs. 2 PKR sinngemäss anwendbar ist. Danach besteht für die Waisenrente bei erwerbsunfähigen invaliden Kindern der Anspruch bis zur Wiedererlangung der Erwerbsfähigkeit bzw. bis zum Tod.
2.2 Die Vorinstanz kam zum Schluss, die Anrechnung der Pensionierten-Kinderrente bei der Festsetzung der Ergänzungsleistungen sei gerechtfertigt. Die Beschwerdeführerin habe aufgrund ihrer Invalidität Anspruch auf diese monatliche Rente der Pensionskasse, über die sie frei verfügen könne. Zwar sei nach <ref-ruling> E. 4c S. 107 bei der Ausrichtung einer Kinderrente der Altersrentner anspruchsberechtigt und nicht das Kind. Die hier in Frage stehende Rente sei jedoch nicht eine Kinderrente im Sinne der genannten Rechtsprechung, sondern vielmehr eine Rente, die in ihrer Art und Funktion einer BVG-Waisenrente entspreche: Obwohl hier der Tod des Versicherten nicht Anspruchsvoraussetzung bilde, habe die Beschwerdeführerin aufgrund des Reglements bis zu ihrem Tod Anspruch auf die fragliche Rente. Die Anspruchsvoraussetzungen seien einzig an ihre Eigenschaften gebunden und diese Rente werde letztlich unabhängig vom Pensionierten oder dessen Tod ausbezahlt. Die fragliche Pensionierten-Kinderrente stehe somit ihr zu und sie sei darum wie eine BVG-Waisenrente bei den Ergänzungsleistungen als Einkommen zu berücksichtigen.
2.3 Die Beschwerdeführerin hält dagegen, die Pensionierten-Kinderrente sei keine Waisenrente, da eine solche tatbestandsmässig voraussetze, dass der Bezüger der Altersrente verstorben sei. Eine Kinderrente sei akzessorisch zur Altersrente und darum sei der Altersrentner anspruchsberechtigt. Sterbe er, so gehe die Anspruchsberechtigung an der zur Waisenrente umgewandelten Kinderrente direkt auf das Kind über. Die Pensionskasse gewähre die Leistung gemäss der hier anwendbaren Fassung des Reglements im überobligatorischen Bereich. Der Sinn und Zweck der fraglichen Spezialregelung sei, alle Bezüger einer Altersrente mit Kindern finanziell gleich zu stellen. Ein erwerbsfähiges Kind sei in der Lage, ab Eintritt der Volljährigkeit (bzw. nach Abschluss der Ausbildung) tatsächlich und finanziell eigenverantwortlich zu leben. Ein invalides und erwerbsunfähiges Kind sei dazu nicht fähig und erfordere von den Eltern einen lebenslangen und mit Mehrkosten verbundenen Betreuungsaufwand. Da mit der Invalidenrente und den Ergänzungsleistungen alleine der Existenzbedarf des Kindes gesichert werde, seien alle darüber hinausgehenden Ausgaben von den Angehörigen zu übernehmen. Zu diesem Zwecke stehe die Pensionierten-Kinderrente dem Vater der Beschwerdeführerin tatsächlich und in rechtlich ungeschmälerter Weise zu. Er könne damit seine finanziellen Folgen des Umstands ausgleichen, dass die Tochter erwerbsunfähig sei. Da die Pensionierten-Kinderrente zur Altersrente akzessorisch und bei beiden der Vater anspruchsberechtigt sei, könne sie der Beschwerdeführerin nicht nach Art. 11 ELG als Einnahme angerechnet werden.
3. Wie die Beschwerdeführerin mit Recht vorbringt, hat sie - gemäss klarem Wortlaut von Art. 17 Abs. 1 PKR - auf die akzessorisch zur Altersrente des Vaters ausgerichtete Pensionierten-Kinderrente keinen eigenen und direkten Anspruch. Diesbezüglich besteht denn auch ein übereinstimmender Parteiwille, wie sich aus einem Schreiben der Pensionskasse vom 8. November 2011 an die Beschwerdeführerin ergibt. Sie kann somit nicht frei und rechtlich ungeschmälert über die fragliche Kinderrente verfügen, was jedoch Voraussetzung für die Anrechnung wäre (E. 1). Der Direktanspruch entsteht mit dem Tod des Vaters beim Untergang der Altersrente und Wegfall der Akzessorietät der Pensionierten-Kinderrente. Erst dannzumal wechselt sie den Charakter und wird zur Waisenrente. Nach der reglementarischen Ausgestaltung verweist Art. 18 Abs. 2 PKR nur betreffend das Ende der Kinderrente für invalide Kinder auf Art. 26 Abs. 2 PKR (dieser handelt ausschliesslich vom Ende). An der Anspruchsberechtigung (Bezüger der Altersrente) ändert sich nichts. Dies gilt hier umso mehr, als Art. 18 Abs. 2 PKR unmissverständlich von einer bloss sinngemässen Anwendung spricht. Zudem können sich die Vorsorgeeinrichtungen im Überobligatorium weitgehend frei einrichten (Art. 6 und 49 Abs. 1 BVG). Schliesslich macht die Beschwerdegegnerin nicht geltend und es ist auch nicht aktenkundig, dass die streitige Kinderrente nicht beim Vater der Beschwerdeführerin als Einkommen besteuert wird (vgl. Art. 2C_164/2007 vom 17. Oktober 2007 E. 2.5).
4. Da die beschlossene Kürzung der Ergänzungsleistungen nicht rechtskonform war, fällt auch die damit verbundene Rückforderung dahin.
5. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Die Gerichtskosten werden der unterliegenden Beschwerdegegnerin auferlegt (Art. 65 Abs. 4 lit. a in Verbindung mit <ref-law>). Der Beschwerdeführerin ist eine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 28. März 2012 und der Einspracheentscheid der Ausgleichskasse des Kantons Bern vom 28. Oktober 2011 werden aufgehoben. Die Sache wird an die Ausgleichskasse des Kantons Bern zurückgewiesen, damit sie über den Anspruch der Beschwerdeführerin auf Ergänzungsleistungen ab 1. Juli 2011 neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 11. Dezember 2012
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Schmutz