Sachverhalt:
A. W._ war Eigentümer der ca. 657 m2 grossen, mit einem Stallgebäude überbauten Parzelle Nr. 1599 am nordöstlichen Rand des Ortsteils Isola, der heute zur Gemeinde Bregaglia (früher Gemeinde Stampa) gehört.
B. Am 20. November 2007 beschlossen die Stimmberechtigten der damaligen Gemeinde Stampa eine Teilrevision der Ortsplanung, so unter anderem einen "piano generale die urbanizzazione Maloja Est" (Genereller Erschliessungsplan Maloja Ost) sowie einen "piano generale die urbanizzazione Isola/Orden Dora/Plan Concheta" (Genereller Erschliessungsplan Isola/Orden Dora/Plan Concheta), worin alle Langlaufloipen und Winterwanderwege für das Gebiet des Silsersees neu festgelegt wurden. Diesen Plänen zufolge verläuft die von Sils herkommende Langlaufloipe (statt wie zunächst vorgesehen mitten durch Isola) entlang des westlichen Siedlungsrands von Isola, womit die Parzelle Nr. 1599 mit keiner Loipe mehr belastet wird. Parallel zur Langlaufloipe entlang des westlichen Siedlungsrands wurde ein Winterwanderweg festgelegt, über den man Isola umwandern kann. Gemäss dem Generellen Erschliessungsplan Isola/Orden Dora/Plan Concheta ist zudem ein weiterer Winterwanderweg geplant, der vom Weg entlang der Loipe abzweigt und direkt nach Isola führt. Dieser direkt nach Isola führende Winterwanderweg verläuft auf einer Länge von ca. 34 m entlang der östlichen Grenze der Parzelle Nr. 1599.
C. Eine von W._ gegen den Generellen Erschliessungsplan Isola/Orden Dora/Plan Concheta erhobene Beschwerde mit dem Antrag, der über die Parzelle Nr. 1599 führende Winterwanderweg sei aus dem Plan zu streichen, wies die Regierung des Kantons Graubünden am 6. Oktober 2009 ab. Gleichentags genehmigte sie den Plan. Eine von W._ Erben erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden am 8. Februar 2011 ab.
D. Hiergegen gelangten die Erben X._, Y._ und Z._ am 9. Juni 2011 mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei dem Generellen Erschliessungsplan Isola im Bereich der Parzelle Nr. 1599 die Genehmigung zu verweigern bzw. der vorgesehene Winterwanderweg östlich des Stalles sei zu streichen. Eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
E. Mit Verfügung vom 7. Oktober 2011 hat das Bundesgericht das von den Beschwerdeführern gestellte Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.
F. Die Vorinstanz beantragt unter Verweis auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Regierung des Kantons Graubünden sowie die Gemeinde Bregaglia beantragen die Abweisung der Beschwerde. Mit einem am 10. November 2011 bei der Post aufgegebenen Schreiben sowie mit Eingabe vom 7. Dezember 2011 hat der weitere Erbe V._ dem Bundesgericht mitgeteilt, die Beschwerde sei von den Beschwerdeführern ohne sein Einverständnis erhoben worden. Er beantragt sinngemäss, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten.
G. Mit Schreiben vom 5. Januar 2012 bzw. vom 28. Januar 2012 halten die Beschwerdeführer sinngemäss an der Beschwerde und V._ an seinem Antrag, es sei auf die Beschwerde nicht einzutreten, fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Mit dem angefochtenen Urteil bestätigte das Verwaltungsgericht die Festsetzung des entlang der östlichen Grenze der Parzelle Nr. 1599 verlaufenden Winterwanderwegs gemäss Generellem Erschliessungsplan Isola/Orden Dora/Plan Concheta. Das angefochtene Urteil ist ein letztinstanzlicher kantonaler Endentscheid in einer öffentlich-rechtlichen Angelegenheit (vgl. Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2 sowie Art. 90 BGG).
1.2 Das Recht zur Beschwerdeführung setzt die Partei- und Prozessfähigkeit voraus. Die Mitglieder einer Erbengemeinschaft stehen kraft Zivilrechts (<ref-law>) in einer Rechtsgemeinschaft, aufgrund derer sie grundsätzlich nur zu gemeinsamen Handeln befugt sind. Dies gilt auch für die Erhebung von Beschwerden (sog. notwendige Streitgenossenschaft). Allerdings kann der einzelne Streitgenosse einen Entscheid mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten selbstständig anfechten, wenn das Rechtsmittel darauf ausgelegt ist, eine belastende oder Pflicht begründende Anordnung abzuwenden, und die Durchsetzung des Rechtsstandpunkts einzelner die Interessen der Gemeinschaft oder der übrigen Mitglieder nicht zu beeinträchtigen vermag (vgl. <ref-ruling> E. 5.3 ff. S. 159 ff.; Urteile 1P.134/1997 vom 23. Juni 1997 E. 3b, in: ZBl 99 [1998], 386 ff. sowie A.30/1986 vom 8. Juli 1987 E. 1d, in: ZBl 89 [1988] 553 ff.).
Die drei Beschwerdeführer sind Mitglieder der Erbengemeinschaft W._, in deren Eigentum die Parzelle Nr. 1599 steht. Die beiden anderen Mitglieder der Erbengemeinschaft haben sich an der Beschwerde ans Bundesgericht nicht (mehr) beteiligt. Die Voraussetzungen dafür, dass die drei beschwerdeführenden Erben den vorinstanzlichen Entscheid selbstständig anfechten können, sind indessen erfüllt: Die Beschwerde ist darauf ausgelegt, die Festlegung eines entlang der Parzelle Nr. 1599 verlaufenden Winterwanderwegs abzuwenden und die beantragte Streichung des Winterwanderwegs würde die Interessen der Erbengemeinschaft oder der übrigen Mitglieder nicht beeinträchtigen. Etwas anderes ergibt sich auch nicht aus den Eingaben des Erben V._. Zwar bringt er vor, er sehe die Möglichkeit für einen Tee-/Glühweinstand oder eine andere touristische Nutzung der Liegenschaft. Es ist aber nicht davon auszugehen, dass sich der Winterwanderweg für den Eigentümer der Parzelle unter den gegebenen tatsächlichen und rechtlichen Umständen wirtschaftlich nutzen liesse, zumal die Liegenschaft gemäss geltendem Zonenplan für den landwirtschaftlichen Gebrauch bestimmt ist.
1.3 Die Beschwerdeführer sind nach <ref-law> zur Beschwerde legitimiert. Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist einzutreten.
2. Der rechtlich relevante Sachverhalt ergibt sich mit hinreichender Klarheit aus den Akten, weshalb der Antrag der Beschwerdeführer auf Durchführung eines Augenscheins abzuweisen ist.
3. Die Beschwerdeführer schildern den Sachverhalt aus eigener Sicht. Sie rügen indessen nicht, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig bzw. willkürlich festgestellt. In tatsächlicher Hinsicht ist somit auf die Feststellungen der Vorinstanz abzustellen (vgl. Art. 105 Abs. 1 und 2 i.V.m. <ref-law>).
4. Die Beschwerdeführer machen geltend, sie hätten in den Beschwerdeverfahren vor der Regierung sowie der Vorinstanz vorgebracht, die Gemeinde habe die Führung des Winterwanderwegs über ihre Parzelle statt entlang eines Meliorationswegs deshalb gewählt, um einem Landwirtschaftsbetrieb die Möglichkeit zu belassen, den Meliorationsweg für die Tierhaltung zu benutzen. Weder die Regierung noch die Vorinstanz hätten dazu Stellung genommen, was eine Verletzung des rechtlichen Gehörs darstelle.
Die Beschwerdeführer rügen damit eine Verletzung der Begründungspflicht, welche Bestandteil des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) bildet. Diese Rüge erweist sich als unbegründet: Die grundsätzliche Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen, bedeutet nicht, dass sie sich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Der Bürger soll wissen, warum die Behörde entgegen seinem Antrag entschieden hat, damit er gegebenenfalls den Entscheid sachgerecht anfechten kann (<ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 3.1 S. 277; je mit Hinweisen). Diesen Anforderungen genügen die Entscheide der Regierung und der Vorinstanz. Die Vorinstanz hat gar ausdrücklich festgehalten, der Einwand, dass mit der streitigen Wegführung ein anderer landwirtschaftlicher Betrieb in Isola in rechtsungleicher Weise bevorzugt werden solle, sei offenkundig haltlos.
5. Die Beschwerdeführer bringen weiter vor, die vorgesehene Führung des Winterwanderwegs über die Parzelle Nr. 1599 stelle einen unzulässigen Eingriff in die Eigentumsgarantie (<ref-law>) dar.
5.1 Der vorgesehene Winterwanderweg beansprucht einen Teil der Parzelle Nr. 1599. Mit der Festsetzung des Winterwanderwegs im Generellen Erschliessungsplan geht eine Einschränkung der Eigentumsrechte der Beschwerdeführer einher, die nach <ref-law> nur rechtmässig ist, wenn sie auf einer gesetzlichen Grundlage beruht, im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist. Das Verhältnismässigkeitsprinzip besagt, dass die Grundrechtseinschränkung zur Erreichung des angestrebten Ziels geeignet und erforderlich sein muss und dem Betroffenen in Anbetracht der Schwere der Grundrechtseinschränkung zumutbar ist. Das Vorliegen eines öffentlichen Interesses und die Verhältnismässigkeit prüft das Bundesgericht bei der Beschränkung von Grundrechten frei (<ref-ruling> E. 4.4.1 S. 204 mit Hinweisen).
Die Beschwerdeführer bestreiten nicht, dass für die Festsetzung des Winterwanderwegs eine genügende gesetzliche Grundlage besteht. An einem attraktiven Winterwanderwegnetz im Allgemeinen und an der Linienführung des umstrittenen Winterwanderwegs im Speziellen besteht ein touristisches und damit öffentliches Interesse, was von den Beschwerdeführern ebenfalls nicht bestritten wird. Sie sind aber der Ansicht, der Eingriff sei nicht verhältnismässig.
5.2 Die Beschwerdeführer argumentieren, der Winterwanderweg könne statt über die Parzelle Nr. 1599 über einen Meliorationsweg geführt werden, der im Eigentum der Gemeinde stehe und westlich an der Parzelle Nr. 1599 vorbei führe. Diese Routenführung sei mit keiner Einschränkung von Eigentumsrechten verbunden, weshalb sie vorzuziehen sei.
Die Vorinstanz kam unter anderem gestützt auf den durchgeführten Augenschein zum Schluss, die von der Gemeinde vorgesehene Variante sei für die Wanderer etwas wertvoller als die von den Beschwerdeführern vorgeschlagene. Aus dem angefochtenen Urteil, dem Entscheid der Regierung vom 6. Oktober 2009 sowie den in den Akten liegenden Plänen geht hervor, dass der umstrittene Winterwanderweg den Wanderern zwischen Sils und Maloja ermöglicht, über eine attraktive Route, nämlich über einen Damm entlang des Fedozbachs, mit etwas erhöhter Aussicht zur Siedlung Isola zu gelangen und diese zu durchqueren. Dagegen wäre die von den Beschwerdeführern vorgeschlagene Route mit einem bogenförmigen (wenn auch kleinen) Umweg verbunden. Es ist nicht bundesrechtswidrig, wenn die Vorinstanz nach der Durchführung eines Augenscheins die von der Gemeinde vorgesehene Route als für die Wanderer attraktiver eingestuft hat, als die von den Beschwerdeführern vorgeschlagene Route über den Meliorationsweg. Eine für die Beschwerdeführer mildere Massnahme, welche im Hinblick auf den angestrebten Erfolg ebenso geeignet wäre, ist somit nicht ersichtlich.
5.3 Zu prüfen bleibt, ob die Einschränkung in die Eigentumsgarantie für die Beschwerdeführer in Anbetracht ihrer Schwere zumutbar ist.
5.3.1 Die Vorinstanz führte im angefochtenen Urteil aus, bis anhin sei die Liegenschaft lediglich im Sommer als Maiensäss genutzt worden. Jedenfalls würden sich aber allfällige Einschränkungen für die landwirtschaftliche Nutzung in einem minimalen Rahmen bewegen. Beansprucht werde lediglich der östliche Parzellenbereich, nämlich der Damm des Fedozbachs. Zeitlich sei die Beanspruchung des Bodens auf die Wintermonate beschränkt. Die Befürchtung, wonach die Winterwanderer auf der Liegenschaft Unrat liegen lassen würden, ziele ins Leere.
Die Beschwerdeführer machen geltend, die mit der umstrittenen Wegführung verfolgten öffentlichen Interessen würden ihre privaten Interessen am Verzicht des Winterwanderwegs bzw. an einer anderen Streckenführung nicht überwiegen. Die vorgesehene Route führe am Stall auf der Parzelle Nr. 1599 vorbei. Wanderer könnten den Wanderweg verlassen, um vor dem Stall zu sitzen. Dabei würden sie auch Unrat liegen lassen. Der die Parzelle bewirtschaftende Beschwerdeführer beabsichtige, den Stall künftig auch im Winter zu benutzen. Der geplante Winterwanderweg würde aber eine angemessene Einzäunung von Tieren verunmöglichen und den landwirtschaftlichen Betrieb stören, was vom landwirtschaftlichen Berater des Landwirtschaftlichen Bildungs- und Beratungszentrums Plantahof bestätigt worden sei.
5.3.2 Der Vorinstanz ist darin zuzustimmen, dass der mit der Festsetzung des Winterwanderwegs verbundene Eingriff in die privaten Interessen der Beschwerdeführer relativ gering ist, zumal lediglich ein schmaler Grundstücksstreifen am östlichen Parzellenrand betroffen ist und die Beanspruchung des Bodens überdies auf die Wintermonate beschränkt ist. Dass die Wanderer den Winterwanderweg nicht verlassen, um beim auf der Parzelle Nr. 1599 liegenden Stallgebäude eine Pause einzulegen, liesse sich nötigenfalls mittels eines Hinweisschilds oder eines Zauns verhindern. Soweit es sich bei den Vorbringen zur künftig beabsichtigten landwirtschaftlichen Nutzung der Liegenschaft während des Winters nicht ohnehin um unzulässige Noven (vgl. <ref-law>) handelt, vermögen die Beschwerdeführer damit jedenfalls nicht darzutun, inwiefern eine sinnvolle landwirtschaftliche Nutzung der Liegenschaft während der Wintermonate gerade wegen des Winterwanderwegs nicht möglich sein sollte, zumal der Boden zwischen dem Stallgebäude und dem Winterwanderweg wie die übrige Grundstücksfläche nicht beansprucht wird.
Es ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz in einer Abwägung der entgegenstehenden Interessen zum Schluss kam, das öffentliche Interesse an der Festlegung des Winterwanderwegs bzw. der vorgesehenen Routenführung überwiege die privaten Interessen der Beschwerdeführer an einem Verzicht auf den Winterwanderweg oder an einer alternativen Routenführung.
5.4 Damit erweist sich die Rüge der Beschwerdeführer, die Festlegung des Winterwanderwegs gemäss dem Generellen Erschliessungsplan habe einen unrechtmässigen Eingriff in die Eigentumsgarantie zur Folge, als unbegründet.
6. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Bei diesem Ausgang tragen die Beschwerdeführer die Gerichtskosten (vgl. <ref-law>). Der Gemeinde Bregaglia ist keine Parteientschädigung zuzusprechen, da sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegt (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten in der Höhe von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Gemeinde Bregaglia, der Regierung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 5. Kammer, sowie dem weiteren Beteiligten schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. April 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Mattle