Fatti:
A. A.a In data 13 ottobre 2000, L._, nata nel 1964, al momento dei fatti impiegata quale assistente di cura presso la Casa B._ e, come tale, assicurata d'obbligo contro gli infortuni presso la Zurigo Assicurazioni, è rimasta vittima di un tamponamento, in seguito al quale è stato diagnosticato un trauma distorsivo della colonna cervicale. Il caso è stato assunto dalla Zurigo, la quale ha corrisposto le prestazioni di legge.
Mediante decisione dell'8 marzo 2002, sostanzialmente confermata in data 24 maggio 2002 anche in seguito all'opposizione interposta dall'assicurata, l'assicuratore infortuni ha negato ogni ulteriore obbligo contributivo a far tempo dal 13 ottobre 2001, reputando non più dato, a partire da tale data, il necessario nesso di causalità naturale fra l'infortunio in oggetto e i disturbi accusati da L._.
Quest'ultima si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, per pronuncia del 28 luglio 2003, cresciuta in giudicato, ha accolto il gravame. Accertata l'esistenza di un nesso di causalità naturale e adeguata tra l'infortunio e le alterazioni presenti a livello del rachide cervicale, il giudice cantonale ha rinviato gli atti all'assicuratore infortuni per definire il diritto alle prestazioni dell'interessata dal profilo materiale e temporale.
A.b Mediante decisione del 9 febbraio 2004, sostanzialmente confermata il 15 aprile seguente anche in seguito all'opposizione interposta dall'interessata, la Zurigo le ha assegnato una rendita d'invalidità del 10%, con effetto dal 1° gennaio 2002, e un'indennità per menomazione dell'integrità del 5%.
Il 7 febbraio 2005 la Corte cantonale ha parzialmente accolto un ulteriore ricorso dell'assicurata nel senso che ha annullato la decisione su opposizione, nella misura in cui quest'ultima riconosceva il diritto a una rendita d'invalidità del 10%, e ha rinviato gli atti alla Zurigo per complemento istruttorio di natura economica e nuova decisione. Anche questa pronuncia è rimasta incontestata.
A.c Esperiti gli accertamenti del caso, la Zurigo ha negato all'assicurata il diritto a una rendita per difetto di un pregiudizio economico, rinunciando tuttavia a pretendere la restituzione delle prestazioni indebitamente versate dal 1° gennaio 2002 al 31 marzo 2006 (decisione del 10 marzo 2006). Tale posizione è stata confermata il 18 settembre 2006 anche in seguito all'opposizione interposta dall'avv. Willy Pedrioli per conto dell'interessata.
B. Patrocinata dall'avv. Pedrioli, l'assicurata si è nuovamente aggravata al Tribunale cantonale delle assicurazioni, il quale, dopo aver accertato una violazione del diritto di essere sentito da parte della Zurigo in relazione all'assunzione di alcune prove, ha accolto il gravame, annullato il provvedimento impugnato e rinviato gli atti all'assicuratore infortuni affinché procedesse conformemente ai considerandi (giudizio del 31 maggio 2007).
C. La Zurigo, patrocinata dall'avv. Mattia A. Ferrari, interpone ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale chiede l'annullamento del giudizio cantonale e la conferma della decisione su opposizione del 18 settembre 2006. Dei motivi si dirà, in quanto necessario, nei considerandi.
L._, sempre rappresentata dall'avv. Pedrioli, propone la reiezione del gravame, mentre l'Ufficio federale della sanità pubblica ha rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. Oggetto del contendere è il rinvio dell'incarto alla Zurigo, e in particolare la questione di sapere se quest'ultima abbia violato il diritto di essere sentito in relazione all'assunzione di informazioni tramite l'audizione del direttore e della responsabile delle cure della Casa B._, datrice di lavoro dell'assicurata.
2. Il giudizio di rinvio impugnato configura una decisione incidentale notificata separatamente ai sensi dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4.1.3 pag. 481). L'ammissibilità del ricorso presuppone di conseguenza - in via alternativa - che la pronuncia possa causare un pregiudizio irreparabile (cpv. 1 lett. a) oppure che l'accoglimento del ricorso comporti immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (cpv. 1 lett. b).
L'assicuratore ricorrente non spiega minimamente in quale misura si realizzerebbe una di queste due condizioni di ammissibilità. Per questo motivo l'atto ricorsuale, difettando della necessaria motivazione giusta l'<ref-law>, andrebbe di per sé dichiarato inammissibile (<ref-law>). Nel caso concreto si giustifica nondimeno di esaminare il gravame nel merito, il ricorso essendo stato presentato precedentemente alla pubblicazione della <ref-ruling>, avvenuta il 25 luglio 2007 (cfr. sentenza 8C_37/2007 dell'8 gennaio 2008, consid. 2.3).
3. 3.1 Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. L'accertamento dei fatti può venir censurato solo se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni - come nel caso concreto - può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (<ref-law>); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (<ref-law>).
3.2 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Esso non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può dunque accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati dalla parte insorgente e respingerlo adottando un'argomentazione differente da quella esposta nel giudizio impugnato (v. <ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254 con riferimenti). Tenuto conto dell'esigenza di motivazione di cui all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, sotto pena d'inammissibilità (<ref-law>), il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate; esso non è tenuto a esaminare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono se queste ultime non sono più oggetto di discussione in sede federale. Il Tribunale non può entrare nel merito sulla pretesa violazione di un diritto costituzionale o su questioni attinenti al diritto cantonale o intercantonale se la censura non è stata sollevata né motivata in modo preciso dalla parte ricorrente (<ref-law>).
4. Nel giudizio impugnato la Corte cantonale ha riscontrato una violazione del diritto di essere sentito nella misura in cui i testi non erano stati sentiti alla presenza dell'assicurata.
Dal canto suo, l'assicuratore ricorrente rimprovera al primo giudice di aver interpretato troppo estensivamente il citato diritto, non essendo necessario che le parti presenzino direttamente ad ogni assunzione di prova, bensì essendo sufficiente che si possano compiutamente esprimere a posteriori, come avvenuto in concreto.
5. 5.1 Ai sensi dell'<ref-law> le parti hanno diritto d'essere sentite. Per costante giurisprudenza, dal diritto di essere sentito deve in particolare essere dedotto il diritto per l'interessato di esprimersi prima della resa di una decisione sfavorevole nei suoi confronti, quello di fornire prove circa i fatti suscettibili di influire sul provvedimento, quello di poter prendere visione dell'incarto, quello di partecipare all'assunzione delle prove, di prenderne conoscenza e di determinarsi al riguardo (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 370 e sentenze ivi citate). Il diritto di essere sentito è una garanzia costituzionale formale, la cui violazione implica l'annullamento della decisione impugnata, a prescindere dalle possibilità di successo nel merito (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 390; <ref-ruling> consid. 3d/aa pag. 437). Ai sensi della giurisprudenza, una violazione del diritto di essere sentito - nella misura in cui essa non sia di particolare momento - è da ritenersi sanata qualora l'interessato abbia la facoltà di esprimersi innanzi ad un'autorità di ricorso che gode di piena cognizione. La riparazione di un eventuale vizio deve comunque avvenire solo in via eccezionale (DTF <ref-ruling> consid. 3d/aa pag. 437).
L'<ref-law> offre, a titolo sussidiario, una garanzia minima, mentre la portata di tale diritto è determinata in primo luogo dalle norme cantonali di procedura (<ref-ruling> consid. 2a pag. 16; <ref-ruling> consid. 3a pag. 259), che nel caso concreto non prevedono alcunché.
5.2 Secondo l'<ref-law> le parti hanno il diritto di essere sentite. Non devono obbligatoriamente essere sentite prima di decisioni impugnabili mediante opposizione.
In ogni caso al più tardi durante la procedura di opposizione l'amministrazione deve dare la possibilità alla parte interessata di pronunciarsi sulle prove e sulla procedura in forma sufficiente (<ref-ruling> consid. 6 pag. 374).
Giusta l'<ref-law>, inoltre, l'assicuratore esamina le domande, intraprende d'ufficio i necessari accertamenti e raccoglie le informazioni di cui ha bisogno. Le informazioni date oralmente devono essere messe per scritto. L'<ref-law> prevede poi che gli assicurati e il loro datore di lavoro devono collaborare gratuitamente all'esecuzione delle varie leggi d'assicurazione sociale (cpv. 1). Per il capoverso 3, chi pretende prestazioni assicurative deve autorizzare tutte le persone e i servizi, segnatamente il datore di lavoro, i medici, le assicurazioni e gli organi ufficiali a fornire nel singolo caso tutte le informazioni, sempre che siano necessarie per accertare il diritto a prestazioni. Queste persone e questi servizi sono tenuti a dare le informazioni.
Altri aspetti parziali del diritto di essere sentito sono disciplinati agli art. 21 cpv. 4, 44 (perizia), 47 (consultazione degli atti) e 49 cpv. 3 LPGA (motivazione della decisione).
Altri aspetti parziali del diritto di essere sentito sono disciplinati agli art. 21 cpv. 4, 44 (perizia), 47 (consultazione degli atti) e 49 cpv. 3 LPGA (motivazione della decisione).
5.3 5.3.1 La LPGA non prevede per contro la prova testimoniale (contrariamente ad esempio alla che all'art. 88 dispone l'obbligo di testimoniare di persone tenute a fornire informazioni, <ref-ruling> consid. 3d pag. 212), né quindi le modalità d'assunzione dei testi, le quali sono però disciplinate dall'<ref-law> (applicabile all'assicuratore infortuni in virtù dell'<ref-law> e dell'<ref-law>; Kieser, ATSG-Kommentar, Zurigo/Basilea/Ginevra 2003, no. 22 all'art. 28), secondo cui le parti hanno il diritto d'assistere all'audizione dei testimoni e di porre domande completive. L'audizione testimoniale può tuttavia avvenire solo ai presupposti di cui agli art. 14 segg. PA, che non autorizzano l'assicuratore infortuni a procedervi (Kieser, op. cit., no. 4 all'art. 43).
Nella procedura amministrativa, prevalentemente scritta, la prova testimoniale ha del resto un'importanza minore (Kieser, op. cit., no. 22 all'art. 43; FF 1999 pag 3956). Al riguardo il Tribunale federale ha già precisato che in tale ambito l'audizione di testimoni è, segnatamente a causa della severa sanzione penale prevista in caso di una falsa testimonianza, un mezzo di prova sussidiario (<ref-ruling> consid. 2.3.3 pag. 173), specificando che se nel processo civile l'audizione di testimoni (art. 42 segg. PC) costituisce la regola e la raccolta d'informazioni l'eccezione, nella procedura amministrativa vale il contrario e l'audizione di testi avviene unicamente se la fattispecie non può essere sufficientemente chiarita in altro modo, ad esempio con informazioni da parte di terzi (consid. 2.3.4).
Secondo la medesima sentenza (consid. 2.3.5, che fa riferimento alla giurisprudenza del Tribunale federale delle assicurazioni in materia di partecipazione ad un sopralluogo e all'audizione di un perito, <ref-ruling> consid. 5c pag. 217 e <ref-ruling> consid. 4c pag. 285) tuttavia, in applicazione analogica dei principi dell'<ref-law>, anche le audizioni di persone chiamate a dare informazioni sono di regola da effettuare in presenza delle parti.
5.3.2 Nella sentenza H 177/03 del 15 giugno 2004 il Tribunale federale delle assicurazioni ha inoltre precisato che dall'<ref-law> non si può dedurre il diritto incondizionato di partecipare all'assunzione di un teste, se non in procedura penale (v. consid. 3.1). In procedura amministrativa tuttavia questo diritto può essere soppresso soltanto in circostanze del tutto particolari quali l'urgenza (<ref-ruling> consid. 4a pag. 93; <ref-law>; a titolo di esempio si confronti il caso esposto in <ref-ruling> consid. 2.3.5 pag. 174). Il Tribunale ha pure statuito che il diritto di assistere all'assunzione dei testi si può dedurre pure dal principio dell'oralità che si applica alla prova testimoniale. Ciò comporta pure la possibilità di porre o far porre delle domande complementari. L'<ref-law> configura pertanto un aspetto del diritto di essere sentito (<ref-ruling> consid. 4b pag. 94).
Per quanto riguarda la questione circa un'eventuale esclusione, a titolo eccezionale, della presenza della parte in occasione della raccolta di informazioni, l'autorità dispone di un potere di apprezzamento più ampio rispetto a quello previsto dalla legge in materia di prove testimoniali (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.3.5 pag. 174).
6. In concreto dagli atti emerge che la Zurigo, tramite un ispettore, ha proceduto a raccogliere le necessarie informazioni presso il datore di lavoro oralmente (art. 28 cpv. 1 e 3 LPGA), sottoponendo alcuni quesiti al direttore e alla responsabile del reparto cure circa l'attività di assistente di cura e le eventuali limitazioni manifestate dall'assicurata nello svolgimento di tali mansioni. In seguito la persona incaricata ha redatto un rapporto riassuntivo, che, in occasione della procedura di opposizione, è stato trasmesso per presa di posizione al patrocinatore dell'assicurata, il quale ha formulato le proprie osservazioni, facendo valere, perlomeno implicitamente, una violazione del diritto di essere sentito. In seguito alle nuove obiezioni l'ispettore è stato nuovamente incaricato dalla Zurigo di approfondire la questione delle limitazioni funzionali relative allo svolgimento dell'attività lavorativa.
Dopo aver dato seguito al mandato, sempre oralmente, e in assenza della parte interessata e del suo patrocinatore, l'ispettore ha redatto un ulteriore rapporto, che è stato trasmesso (insieme alle domande) al rappresentante dell'assicurata per osservazioni. Quest'ultimo ha nuovamente criticato il modo di procedere, rinviato alle censure sollevate in precedenza e chiesto l'emanazione della decisione su opposizione.
7. Dalle disposizioni summenzionate emerge che a ragione la Zurigo non ha proceduto all'audizione del direttore e della responsabile del reparto cure della Casa B._ tramite la procedura testimoniale prevista dalla PA, non essendo autorizzato a farlo, bensì per mezzo della procedura di assunzione di informazioni secondo la LPGA.
Essendo tuttavia l'<ref-law>, in quanto aspetto del diritto di essere sentito di cui all'<ref-law>, applicabile per analogia a quest'ultima procedura, l'audizione dei rappresentanti del datore di lavoro avrebbe dovuto avvenire alla presenza della parte e del suo patrocinatore (<ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 5c pag. 217; <ref-ruling> consid. 4c pag. 284; <ref-ruling> consid. 3b pag. 99).
In effetti, malgrado in tale ambito l'assicuratore infortuni disponga di un ampio potere di apprezzamento, non vi era motivo alcuno per non permettere all'intimata di partecipare all'assunzione delle informazioni, che vanno considerate tutt'altro che secondarie (si confronti anche <ref-ruling> consid. 4b pag. 214) per la risoluzione della vertenza, trattandosi di stabilire quale fosse la capacità lavorativa (residua) dell'assicurata nell'attività svolta precedentemente all'infortunio, e quindi ai fini di accertare il reddito da invalido e il grado di invalidità; né vi erano altri motivi (del resto neppure la Zurigo lo ha mai sostenuto; si veda in proposito <ref-ruling> consid. 2.3.5 pag. 174) per escludere eccezionalmente la parte dall'audizione delle persone obbligate a informare.
Semmai vi era un particolare interesse, contrariamente a quanto sostenuto dalla Zurigo, ad una partecipazione diretta della parte (sia per economia di procedura che per accertare in modo ottimale la fattispecie), ritenuto che le verifiche sono state effettuate direttamente sul posto di lavoro - e quindi in una forma che si avvicina molto a quella del sopralluogo - dove l'assicurata avrebbe potuto non solo descrivere, ma anche mostrare le proprie limitazioni (si veda ad esempio in proposito <ref-ruling>).
Ne consegue che correttamente la Corte cantonale ha ritenuto violato in concreto il diritto di essere sentito di cui all'<ref-law> a seguito dell'assenza della parte e/o del proprio patrocinatore durante l'assunzione orale di informazioni presso il datore di lavoro.
A titolo abbondanziale si rileva che diverso sarebbe stato l'esito nella misura in cui le informazioni fossero state fin dall'inizio assunte per iscritto. In tal caso sufficiente sarebbe stato sottoporre le risposte scritte all'interessata per presa di posizione (<ref-ruling> consid. 4c pag. 94).
8. In esito a quanto precede il gravame deve essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico dell'assicuratore ricorrente (<ref-law>), che rifonderà all'intimata patrocinata da un legale un'equa indennità per ripetibili della sede federale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico della Zurigo.
3. La Zurigo verserà all'opponente la somma di fr. 2500.- a titolo di ripetibili della sede federale.
4. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.