Sachverhalt:
A. X._ stellte beim Gemeinderat Muri am 31. August 2003 ein Gesuch um Erlass der Steuern der Jahre 1999 bis 2002. Der Gemeinderat wies das Gesuch an seiner Sitzung vom 18. Oktober 2004 ab. Dagegen führte der Steuerpflichtige, vertreten durch seinen Bruder Z._, Beschwerde beim Departement Finanzen und Ressourcen des Kantons Aargau (DFR, damals: Finanzdepartement des Kantons Aargau). Das Departement wies die Beschwerde mit Entscheid vom 28. März 2008 ab.
B. Gegen diesen Entscheid erhob X._ Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Verwaltungsgericht des Kanton Aargau mit insgesamt 12 Anträgen. Mit Urteil vom 3. Dezember 2008 wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat. Die Verfahrenskosten auferlegte es dem Beschwerdeführer.
C. Mit Eingabe vom 30. Januar 2009 erhob X._, wiederum vertreten durch seinen Bruder, subsidiäre Verfassungsbeschwerde beim Bundesgericht mit zahlreichen Anträgen, auf die hier verwiesen wird. Die Eingabe umfasst insgesamt 65 Seiten.
Mit Schreiben vom 9. Februar 2009 forderte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung den Vertreter des Beschwerdeführers auf, die Beschwerdeschrift wegen Weitschweifigkeit zu kürzen. Es wurde ihm empfohlen, die Rügen klar zu formulieren und in den entsprechenden Sachverhalt zu stellen, so dass sofort ersichtlich wird, um was es geht. Das Grundrecht, das verletzt sein soll, sei zu benennen. Er wurde darauf hingewiesen, dass die Nachfrist nicht dazu dienen dürfe, die Beschwerde nach Ablauf der Beschwerdefrist zu ergänzen, weshalb ihm nur eine kurze Frist eingeräumt werden könne.
Am 20. Februar 2009 reichte der Vertreter des Beschwerdeführers eine neue Eingabe ein. Zudem stellte er ein Ablehnungsbegehren gegenüber der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid, dem in der Sache ein Gesuch um Steuererlass zugrunde liegt. Solche Entscheide fallen unter den Ausschlussgrund des <ref-law>. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist daher nicht zulässig. Offen steht allein die subsidiäre Verfassungsbeschwerde gemäss <ref-law>. Mit dieser kann die Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gerügt werden. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>)
2. Für das Bundesgericht bestimmte Rechtsschriften haben die Begehren und deren Begründung zu enthalten (<ref-law>); in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern eine Rechtsverletzung vorliege. Für Ausstandsbegehren gilt, dass die darum ersuchende Partei die den Ausstand begründenden Tatsachen glaubhaft zu machen hat (<ref-law>). Pauschale Ausstandsbegehren gegen eine ganze Abteilung sind unzulässig. Das Bundesgericht lehnt solche Ausstandsbegehren als rechtsmissbräuchlich ab. Am Entscheid über ein solches (missbräuchliches) Begehren können auch die abgelehnten Richter mitwirken (<ref-ruling> E. 1c zum OG; Isabelle Häner in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz N. 3 zu <ref-law>, N. 6 zu <ref-law>).
Der Beschwerdeführer begründet das Ausstandsbegehren gegenüber der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung mit der zu kurz angesetzten Frist für die Verbesserung der Beschwerde sowie im Hinblick auf Ziffer 7 seiner Beschwerdeanträge vom 30. Januar 2009 (Antrag auf Mitteilung des mit der Beschwerde befassten Spruchkörpers "im Hinblick auf ein allfällig notwendig werdendes Ausstandsbegehren gegen verschiedene Bundsrichter im Sinne von <ref-law>"). Solche pauschale oder unspezifizierte Ablehnungsbegehren gegenüber ganzen Abteilungen sind rechtsmissbräuchlich und unzulässig. Es ist darauf nicht einzutreten.
Sofern angenommen wird, dass sich das Ablehnungsgesuch speziell gegen den Präsidenten der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung, Bundesrichter Müller, wegen dessen Schreiben vom 9. Februar 2009 richtet, ist das Ablehnungsgesuch zulässig, aber unbegründet. Allein der Umstand, dass die Frist nach Auffassung des Beschwerdeführers zu kurz bemessen sein soll, lässt offensichtlich nicht darauf schliessen, dass der Präsident befangen sein könnte. Im Schreiben hat der Präsident vielmehr dargelegt, dass die Frist kurz bemessen sein muss, weil die Nachfristansetzung nicht dazu dienen darf, dass die Partei ihre Beschwerde nach Ablauf der Beschwerdefrist ergänzen kann. Dass die Frist so angesetzt wurde, dass sie sich mit der Abholfrist für die eingeschriebene Briefpostsendung überschnitt, ist ein Versehen, das passieren kann, und begründet keinen Anschein von Befangenheit (s. auch folgende E. 3). Das Ausstandsgesuch, soweit es sich gegen den Präsidenten, Bundesrichter Müller, richten sollte, ist daher abzulehnen. An diesem Entscheid kann der Präsident nicht mitwirken.
3. Mit Schreiben vom 9. Februar 2009 hatte der Präsident der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung dem Beschwerdeführer Frist zur Verbesserung der Beschwerde bis 13. Februar 2009 gesetzt. Diese Fristansetzung beruht wie bereits erwähnt auf einem Versehen, da sie die Abholfrist von sieben Tagen nicht berücksichtigt, welche der Partei zusteht, wenn bei der Zustellung eingeschriebener Postsendungen der Empfänger nicht angetroffen wird. In solchen Fällen beginnt die Frist vielmehr mit Ablauf des Tages, an welchem der Adressat die eingeschriebene Postsendung tatsächlich in Empfang nimmt (d.h. abholt), oder - bei Nichtabholung innert der Abholfrist - mit Ablauf des letzten Tages der siebentägigen Abholfrist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4). Die Fristansetzung durch den Präsidenten wird vom Beschwerdeführer zu Recht beanstandet. Der Vertreter des Beschwerdeführers hat das Schreiben vom 9. Februar 2009 innerhalb der siebentägigen Abholfrist am 16. Februar 2008 rechtzeitig entgegen genommen. Er nahm dazu innerhalb einer Frist von vier Tagen mit Eingabe vom 20. Februar 2009 Stellung. Es rechtfertigt sich daher, die Eingabe als rechtzeitig erfolgt entgegenzunehmen.
4. <ref-law> umschreibt die Anforderungen, denen die Eingaben an das Bundesgericht genügen müssen. Absatz 2 verlangt, dass in der Begründung "in gedrängter Form" darzulegen ist, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Nach Absatz 6 sind unleserliche, ungebührliche, unverständliche oder übermässig weitschweifige Rechtsschriften zur Änderung zurückzuweisen. Es bedarf keiner weiteren Begründung, dass die 65 Seiten umfassende Eingabe des Beschwerdeführers vom 30. Januar 2009 in einer Sache, die nicht besonders komplex ist (Steuererlass) und juristisch keine grossen Anforderungen stellt, übermässig weitschweifig ist. Sie ist zudem weitgehend unverständlich, weil die Rügen nicht klar formuliert werden und nur ausnahmsweise in den zugehörigen Sachverhalt gestellt werden. Rechtsschriften solcher Art behindern den Gang der Rechtspflege und binden unnötigerweise Ressourcen der Justiz (vgl. Laurent Merz, in: Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 104 zu <ref-law>). Das kann nicht hingenommen werden. <ref-law> verlangt für die Eingaben an das Bundesgericht nicht ohne Grund eine Begründung "in gedrängter Form". Die Folge der Verletzung dieser Formvorschrift besteht darin, dass die Rechtsschrift zur Behebung des Mangels zurückzuweisen ist mit der Androhung, dass sie sonst unbeachtet bleibe. Die Fristansetzung im Schreiben des Abteilungspräsidenten vom 9. Februar 2009 erfolgte jedenfalls zu Recht. Eine derart weitschweifige Rechtsschrift ist ungebührlich und rechtsmissbräuchlich und hätte durch den Präsidenten wohl auch ohne Weiteres mit Nichteintreten nach <ref-law> erledigt werden dürfen.
5. Dass der Beschwerdeführer in der neuen Eingabe vom 20. Februar 2009 den Mangel behoben hätte, ist nicht zu erkennen. Er bestreitet zwar, dass seine ursprüngliche Beschwerde weitschweifig sei, und gibt eine Übersicht, was in den einzelnen Abschnitten der Beschwerde enthalten sei. Eigentliche Rügen, die den Anforderungen an die Beschwerdebegründung genügen würden, sind allerdings auch in der neuen Rechtsschrift nicht enthalten.
Diese enthält auf acht Seiten Ausführungen, weshalb die Beschwerde vom 30. Januar 2009 nach "bewährten Grundsätzen" abgefasst sei und den Anforderungen genüge. Der Beschwerdeführer legt im Einzelnen dar, was in den einzelnen Abschnitten der Beschwerde vom 30. Januar 2009 enthalten sein soll. So verweist er in Ziffer 3.5.3 auf Abschnitt C, Seiten 36 und 37, der ursprünglichen Beschwerde, wo "auf ca. eineinhalb Seiten die nachfolgend zu begründenden Rügen der Verletzung zahlreicher verfassungsmässiger und völkerrechtlicher Garantien vorangestellt (sind)". Tatsächlich enthalten diese beiden Seiten die Aufzählung zahlreicher verfassungsmässiger und völkerrechtlicher Garantien, aber keine eigentlichen Rügen, aus denen hervorginge, inwiefern die völkerrechtlichen Garantien verletzt sein sollen. Es genügt nicht, zu behaupten, das Verwaltungsgericht bzw. der angefochtene Entscheid hätten gegen die spezifischen verfassungsmässigen und völkerrechtlichen Garantien verstossen, ohne darzulegen, inwiefern das der Fall sein soll. Namentlich geht aus dem Abschnitt C nicht hervor, inwiefern das "auf Willkür und Rechtsmissbrauch sowie auf Amtsmissbrauch und Nötigung ... beruhende kantonale Verfahren" das Verbot unmenschlicher und erniedrigender Behandlung und das Verbot der Folter (Art. 3 EMRK) verletzen soll (Abschnitt C.2 Ziffer 1.2), wie der Beschwerdeführer behauptet.
Die eigentlichen Rügen sind nach Ansicht des Beschwerdeführers in der Beschwerde vom 30. Januar 2009 im Abschnitt D auf 24 Seiten (S. 39 - 62) enthalten, und zwar nach einem "einheitlichen" bzw. "sich bewährenden Schema" mit den Elementen: verletzte Norm - Auslegung - Sachverhalt - Stellungnahme im kantonalen Verfahren - Ausführung der Vorinstanz - Begründung der Normverletzung. Ein solches Schema ist freilich auch hier nicht zu erkennen (vgl. Eingabe vom 30. Januar 2009, Ziffern 3.5.4 und 5.1). Inwiefern die ausführlichen und weitschweifigen rechtlichen Ausführungen des Beschwerdeführers nötig sind, kann damit nicht beurteilt werden. Vorab muss klar sein, was der Beschwerdeführer rügt (<ref-law>), bevor das Recht (auch von Amtes wegen, <ref-law>) angewendet werden kann.
Auch die neue Eingabe genügt somit den Anforderungen an die Beschwerdebegründung in keiner Weise. Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer beantragt für das bundesgerichtliche Verfahren, es sei ihm die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren und für das weitere Verfahren vor Bundesgericht ein unentgeltlicher Rechtsbeistand beizuordnen. Die Bewilligung der unentgeltlichen Rechtspflege und Verbeiständung setzt ausser der Bedürftigkeit der Prozesspartei voraus, dass deren Rechtsbegehren nicht aussichtslos erscheint (<ref-law>). Aussichtslos ist das Begehren, wenn die Gewinnaussichten beträchtlich geringer sind als die Möglichkeit des Unterliegens und das Begehren nicht als ernsthaft bezeichnet werden kann. Dagegen gilt ein Begehren nicht als aussichtslos, wenn sich Gewinnaussichten und Verlustgefahr in etwa die Waage halten. Massgebend ist, ob eine Partei, welche über die nötigen Mittel verfügt, sich bei vernünftiger Abwägung zum Prozess entschliessen würde. Eine Partei soll einen Prozess, den sie auf eigene Kosten vernünftigerweise nicht führen würde, nicht deshalb führen, weil ihr die Kosten abgenommen werden (<ref-ruling> E. 2.3.1 mit Hinweisen). Massgebend für die Beurteilung der Erfolgsaussichten ist der Zeitpunkt, in dem das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gestellt wird (<ref-ruling> E. 3.7.3 S. 122; <ref-ruling> E. 2.3.1 mit Hinweisen). Das ist hier der Zeitpunkt der Anfechtung des Entscheides der Vorinstanz durch den Vertreter des Beschwerdeführers.
6.2 § 230 des Steuergesetzes des Kantons Aargau vom 15. Dezember 1998 (StG) lautet: "Steuerpflichtigen, denen infolge einer Notlage die Bezahlung der Steuer, eines Zinses, einer Busse oder von Kosten eine grosse Härte bedeuten würde, können die geschuldeten Beträge ganz oder teilweise erlassen werden." Die Vorinstanz hat im angefochtenen Entscheid begründet, dass das kantonale Recht keinen justiziablen Rechtsanspruch auf Steuererlass gewährt, sondern den Entscheid darüber in das (Rechtsfolge-)Ermessen des Departements stellt. Selbst wenn der Beschwerdeführer bei dieser Ausgangslage zur Willkürrüge legitimiert wäre (was er nach der Rechtsprechung klarerweise nicht ist, vgl. <ref-ruling>), wäre nicht zu sehen, inwiefern dieser Schluss angesichts der vom kantonalen Gesetzgeber gewählten offenen Formulierungen ("Notlage", "grosse Härte", "können ... erlassen werden") willkürlich sein könnte. § 231 Abs. 5 in der hier massgebenden alten Fassung bezeichnete denn auch den Entscheid des Departements als endgültig. (Neu befindet das Steuerrekursgericht anstelle des Departements über Steuererlasse.)
Das Verwaltungsgericht hat auch dargelegt, dass nach der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofes für Menschenrechte und der diesbezüglichen Doktrin die Garantien des Artikels 6 Ziff. 1 EMRK wie richterliche Beurteilung oder Durchführung einer öffentlichen Verhandlung auf das vorliegende Steuererlassverfahren keine Anwendung findet.
In Fällen fehlender Sachzuständigkeit des Verwaltungsgerichts kann nur Beschwerde wegen Rechtsverweigerung, Rechtsverzögerung oder Verletzung der Vorschriften über die Zuständigkeit, den Ausstand, das rechtliche Gehör und die Akteneinsicht geführt werden (§ 53 des kantonalen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 9. Juli 1968, VRPG). Das Verwaltungsgericht hat unter diesem Gesichtswinkel die zulässigen von den unzulässigen Anträgen in der ihm unterbreiteten Beschwerde getrennt und in der Folge die zulässigen behandelt. Es ist nicht zu erkennen, inwiefern es dabei in Willkür verfallen sein könnte.
Zur (bestrittenen) Zuständigkeit des Departements über den Steuererlass (§ 231 Abs. 3 StG in der bis Ende 2006 geltenden alten Fassung) hat das Verwaltungsgericht begründet, dass hier noch die altrechtliche Ordnung Anwendung finde und nicht das neue Recht (Zuständigkeit des Steuerrekursgerichts). Es handelt sich um eine Auslegung von kantonalem Recht, die allenfalls als diskutabel bezeichnet werden könnte, geradezu willkürlich ist sie aber klarerweise nicht. Auch zur übermässig langen Verfahrensdauer vor dem Departement von fast vier Jahren hat das Verwaltungsgericht Stellung genommen. Das Verwaltungsgericht kann die lange Verfahrensdauer nicht mehr ungeschehen machen, vielmehr hätte der Beschwerdeführer die Verfahrensdauer während der Rechtshängigkeit vor dem Departement früher und aufsichtsrechtlich beanstanden müssen.
Unter diesen Umständen ist nicht ersichtlich, inwiefern das Urteil des kantonalen Verwaltungsgerichts mit Erfolg hätte angefochten werden können. Offensichtlich bestehen kaum Erfolgschancen, dafür ein umso grösseres Verlustrisiko. Es kann daher auch für das bundesgerichtliche Verfahren die unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung nicht gewährt werden.
7. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Ein Anspruch auf Parteientschädigung besteht nicht.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Ausstandsgesuch wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Auf die subsidiäre Verfassungsbeschwerde wird nicht eingetreten.
3. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird abgewiesen.
4. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
5. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. April 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Wyssmann