Sachverhalt:
A. Der als selbstständig erwerbender Baumeister, Maurer und Gipser tätig gewesene G._ (Jg. 1947) meldete sich am 28. Juni 1999 wegen Rückenbeschwerden mit dem Begehren um berufliche Massnahmen bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen gewährte ihm mit Verfügung vom 27. März 2000 Kostengutsprache für eine Umschulung zum technischen Kaufmann, bestehend aus einem kaufmännischen Grundkurs und einem Lehrgang zum diplomierten Kaufmann. Nach mehrfacher Verlängerung dieser Eingliederungsvorkehr mit Ausdehnung auf einen Informatikkurs sowie verschiedene Zusatzfächer teilte sie ihrem Versicherten am 10. Mai 2004 verfügungsweise mit, die beruflichen Massnahmen seien nunmehr erfolgreich abgeschlossen, sodass es ihm möglich sei, an einer Vollzeitstelle im kaufmännischen Bereich ein rentenausschliessendes Erwerbseinkommen zu erzielen.
Am 22. Oktober 2004 ersuchte G._ die IV-Stelle um Gewährung einer Invalidenrente. Auf Grund der Ergebnisse ihrer Abklärungen medizinischer und erwerblicher Art verneinte diese mit Verfügung vom 15. September 2005 bei einem Invaliditätsgrad von 30 % zunächst einen Rentenanspruch, kam darauf aber nach erfolgter Einsprache mit Verfügung vom 15. Juni 2006 zurück und sprach rückwirkend ab 1. November 2003 eine Viertelsrente zu. Nachdem G._ auch hiegegen - mit dem Antrag auf eine ganze Rente - Einsprache erhoben hatte, gewährte sie nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren am 5. Juni 2007 bei einem Invaliditätsgrad von 54 % verfügungsweise eine halbe Rente.
B. Das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen wies die dagegen gerichtete Beschwerde mit Entscheid vom 26. November 2008 ab.
C. G._ lässt beschwerdeweise die Aufhebung des kantonalen Entscheids und erneut die Zusprache einer ganzen, eventuell einer Dreiviertelsrente beantragen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss den Art. 95 f. BGG erhoben werden. Dabei legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>) und kann eine - für den Ausgang des Verfahrens entscheidende (vgl. <ref-law>) - Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder aber auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>) und ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden. Es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 252 mit Hinweisen). Im Rahmen der Rechtsanwendung von Amtes wegen prüft das Bundesgericht frei, ob der vorinstanzliche Entscheid von einem richtigen Verständnis der Rechtsbegriffe ausgeht und auf der korrekten Subsumtion des Sachverhalts unter die einschlägigen Rechtsnormen beruht (Urteil 8C_480/2007 vom 20. März 2008 E. 1; Ulrich Meyer, Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008, N. 4 zu Art. 97). Es prüft indessen, unter Berücksichtigung der bei Beschwerden zu beachtenden allgemeinen Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind, und ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr aufgegriffen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. 2.1 Auf Grund der Vorbringen in der Beschwerdeschrift streitig ist die nach der Einkommensvergleichsmethode (<ref-law> [in der hier anwendbaren, bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung] in Verbindung mit <ref-law>) vorgenommene Bemessung des Invaliditätsgrades. Uneinigkeit besteht namentlich hinsichtlich des Verdienstes, welchen der Beschwerdeführer ohne gesundheitsbedingte Beeinträchtigung des Leistungsvermögens mutmasslich erzielen könnte (Valideneinkommen). Beanstandet werden ferner die von der Vorinstanz als trotz Behinderung zumutbarerweise realisierbar angenommenen Einkünfte (Invalideneinkommen). Ausdrücklich nicht angefochten werden die dem Einkommensvergleich zugrunde gelegten Werte in betraglicher Hinsicht. Sie sind deshalb insoweit nicht zu überprüfen. Abgesehen davon handelt es sich dabei - wie auch in der Beschwerdeschrift erkannt wird - um Fragen tatsächlicher Art, welche der Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts - mit den in <ref-law> erwähnten Ausnahmen - grundsätzlich ohnehin entzogen sind (E. 1 hievor). Ebenso wenig wird die vorinstanzliche Invaliditätsbemessung wegen rechnerischer Mängel kritisiert.
2.2 Bezüglich der im Rahmen der Invaliditätsbemessung zu beachtenden gesetzlichen Grundlagen und der dazu ergangenen Rechtsprechung kann auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid und in der Verfügung der IV-Stelle vom 5. Juni 2007 verwiesen werden. Soweit erforderlich, werden diese in den folgenden Erwägungen teilweise ergänzt (vgl. nachstehende E. 3.3, 3.4, 4.2).
3. 3.1 Das Valideneinkommen hat die IV-Stelle in ihrer Verfügung vom 5. Juni 2007 mit jährlich Fr. 116'670.- beziffert. Sie hat diesen Betrag nicht begründet, weshalb ihre Verfügung insoweit mangelhaft ausgefallen ist. Den Akten kann aber entnommen werden, dass sich die IV-Stelle auf einen am 26. Oktober 1999 erstatteten 'Abklärungsbericht Selbständigerwerbende' gestützt hat, in welchem ein hypothetisches Einkommen ohne Invalidität von Fr. 109'500.- genannt wird. Hochgerechnet nach Massgabe der Entwicklung des Landesindex für Konsumentenpreise bis 2005 ergibt dies laut einem Bericht der Berufsberaterin der IV-Stelle vom 3. Oktober 2006 Fr. 116'670.-. Wie es sich mit der Rechtmässigkeit dieser Evaluation des Valideneinkommens verhält, braucht an dieser Stelle nicht weiter erörtert zu werden, steht im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren vorerst doch einzig die vom kantonalen Gericht im Entscheid vom 26. November 2008 vorgenommene Invaliditätsbemessung zur Diskussion. Festzuhalten ist in diesem Zusammenhang jedoch, dass das Valideneinkommen von Fr. 116'670.- seitens des Beschwerdeführers in mehreren Rechtsschriften ausdrücklich anerkannt worden ist. Erst im letztinstanzlichen Verfahren vor Bundesgericht stellt er sich auf den Standpunkt, das Valideneinkommen betrage nicht bloss Fr. 116'670.-, sondern Fr. 121'744.-. Anlass zu dieser neuen Betrachtungsweise hat offenbar der nunmehr angefochtene kantonale Entscheid vom 26. November 2008 geboten.
3.2 Einen ganz anderen Weg zur Bestimmung des Valideneinkommens hat die Vorinstanz beschritten. Einerseits hat sie die Steuerdeklarationen für die Jahre 1989 bis 1997 beigezogen, die sich daraus ergebenden jährlichen Einkünfte nach Massgabe der Nominallohnentwicklung bis zum mutmasslichen Rentenbeginn im Jahr 2003 hochgerechnet und darauf den auf ein Steuerjahr entfallenden Durchschnittswert ermittelt, welcher Fr. 107'282.- ausmachte. Andererseits hat sie die sich laut Auskünften der in Betracht fallenden Ausgleichskasse aus dem für den Versicherten geführten Individuellen Konto (IK-Auszug) für die Jahre 1989 bis 1996 ergebenden beitragspflichtigen Einkünfte jeweils entsprechend der Nominallohnentwicklung auf das Jahr 2003 (allfälliger Rentenbeginn) hochgerechnet und darauf basierend einen Durchschnittswert von Fr. 121'744.- (den Betrag, den der Beschwerdeführer heute als Valideneinkommen betrachtet wissen will) ermittelt. Von den so erhaltenen Durchschnittswerten (Fr. 107'282.- und Fr. 121'744.-) setzte das kantonale Gericht wiederum den Mittelwert (Durchschnitt), nämlich Fr. 114'500.- als Valideneinkommen in ihre Vergleichsrechnung ein.
3.3 Bei der Ermittlung des Valideneinkommens ist entscheidend, was eine versicherte Person im massgebenden Zeitpunkt auf Grund ihrer beruflichen Fähigkeiten und ihrer persönlichen Umstände nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit ohne Gesundheitsschaden tatsächlich verdient hätte. Die Einkommensermittlung hat so konkret wie möglich zu erfolgen. Da nach empirischer Feststellung in der Regel ohne gesundheitliche Beeinträchtigung die bisherige Tätigkeit weitergeführt worden wäre, ist Anknüpfungspunkt für die Bestimmung des Valideneinkommens grundsätzlich der letzte vor Eintritt der Gesundheitsschädigung erzielte, nötigenfalls der statistisch ausgewiesenen Einkommensentwicklung angepasste Verdienst (<ref-ruling> E. 4.1 S. 325, 129 V 222 E. 4.3.1 S. 224 mit Hinweisen). Angesichts der in <ref-law> vorgesehenen Gleichstellung der invalidenversicherungsrechtlich massgebenden hypothetischen Vergleichseinkommen mit den AHV-rechtlich beitragspflichtigen Erwerbseinkommen kann das Valideneinkommen von Selbstständigerwerbenden zumeist auf Grund der Einträge im Individuellen Konto bestimmt werden (Urteil 8C_576/2008 vom 10. Februar 2009 E. 6.2 mit Hinweisen). Weist das bis zum Eintritt der Invalidität erzielte Einkommen starke und verhältnismässig kurzfristig in Erscheinung getretene Schwankungen auf, ist dabei auf den während einer längeren Zeitspanne erzielten Durchschnittsverdienst abzustellen (vgl. Urteil 8C_576/2008 vom 10. Februar 2009 E. 6.2 mit Hinweisen).
3.4 Indem das kantonale Gericht nebst den Einträgen im Individuellen Konto zusätzlich die Angaben des Beschwerdeführers in den jeweiligen Steuerdeklarationen berücksichtigt hat, fanden Elemente Eingang in seine Einkommensvergleichsrechnung, welche nicht die effektiv erzielten Einkünfte widerspiegeln. Solche Angaben gegenüber Steuerbehörden sind mitunter von Überlegungen im Hinblick auf eine allenfalls in Betracht fallende Steueroptimierung geprägt. Sie können deshalb - auch wenn sie sich noch im steuerrechtlich zulässigen Bereich halten - in aller Regel keine hinreichend verlässlichen Aufschlüsse über die realen Verdienstverhältnisse vermitteln. Bei der Bestimmung der Grundlagen für die Invaliditätsbemessung geht es jedoch stets um die möglichst genaue Abbildung eines hypothetischen Sachverhalts (hier des mutmasslichen Einkommens ohne Gesundheitsschaden), weshalb denn auch nicht allein auf ordnungsgemäss verabgabte und damit registrierte Einkünfte abgestellt werden kann. Die Gründe, weshalb diese allenfalls erheblich vom tatsächlich erzielten Verdienst abweichen - sei es, dass ein Versicherter sämtliche legalen Möglichkeiten zur Steueroptimierung ausgeschöpft hat, sei es, dass er tatsächlich nicht alle Einkünfte und geldwerten Leistungen ordnungsgemäss deklariert hat - sind in diesem Zusammenhang nicht von Bedeutung. Es kann entgegen der Vorinstanz auch nicht darum gehen, lediglich Annäherungswerte zu bestimmen, solange es möglich ist, auf genauere und zuverlässigere Daten zurückzugreifen. Dies lässt sich im Regelfall erreichen, indem die im Individuellen Konto ausgewiesenen Einkünfte aus selbstständiger Erwerbstätigkeit als Grundlage für die Bemessung des Valideneinkommens herangezogen werden, wobei allerdings auch diese nicht als unabänderliche Grössen verstanden werden dürfen, die im Sinne einer abschliessenden Beweiswürdigungsregel eine keinem Gegenbeweis mehr zugängliche Tatsachenvermutung aufstellen würden (vgl. Urteil vom 4. Januar 2007 [I 705/05] E. 3.2 mit Hinweisen).
3.5 Es fällt auf, dass in den Steuererklärungen des Beschwerdeführers wesentlich geringere Einkommen angegeben wurden, als laut vorinstanzlicher Berechnung aus den Einträgen im Individuellen Konto für die entsprechenden Jahre abzuleiten sind. Da nicht anzunehmen ist, dass der Beschwerdeführer auf Grund effektiv gar nicht realisierter Einkünfte Sozialversicherungsbeiträge entrichtet hat, ist der vorinstanzliche Beizug der Steuerdeklarationen, in welchen geringere Einkünfte angegeben werden, als bundesrechtswidrig einzustufen. In diesem Punkt ist der angefochtene Entscheid daher insoweit zu korrigieren, als ausschliesslich die sich aus dem Individuellen Konto ergebenden Daten als massgeblich betrachtet werden. Damit spielt es keine Rolle mehr, dass die Vorinstanz bezüglich der Einkünfte, die sich aus den Steuerdeklarationen einerseits und aus dem Individuellen Konto andererseits herleiten lassen, nicht dieselben Kalenderjahre berücksichtigt hat, obschon auch dies vom Beschwerdeführer als rechtswidrig gerügt worden ist. Der vorinstanzlichen Überlegung, im Individuellen Konto seien jeweils die Einkommen der zwei oder gar drei Jahre vor dem jeweiligen Beitragsjahr aufgeführt, wird einerseits bereits dadurch Rechnung getragen, dass die ausgewiesenen Einkünfte nach Massgabe der jeweiligen Nominallohnentwicklung bis zum Jahr des Rentenbeginns (2003) hochgerechnet werden. Andererseits hat schon das kantonale Gericht selbst die Einträge im Individuellen Konto jeweils dem Kalenderjahr zugeordnet, in welchem diese tatsächlich realisiert worden sein sollen. Nachdem die Vorinstanz ihre Rechnung bezüglich der Einkünfte gemäss IK-Auszug genauestens durchgeführt hat, ihr dabei keine offensichtlichen Fehler unterlaufen sind und solche überdies auch in der Beschwerdeschrift nicht geltend gemacht werden, ist, wie beschwerdeweise beantragt, als Valideneinkommen der Betrag von jährlich Fr. 121'744.- einzusetzen.
4. 4.1 Zur Bestimmung des Invalideneinkommens nahmen Vorinstanz und Verwaltung die Ergebnisse der Lohnstrukturerhebung (LSE) des Bundesamtes für Statistik zu Hilfe. Während die IV-Stelle gemäss ihren eigenen Ausführungen - aber in kaum nachvollziehbarer Weise - auf einen möglicherweise realisierbaren Verdienst im Jahr 2006 und nicht auf die für das Jahr 2003 (voraussichtlicher Rentenbeginn, vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 223) gemäss LSE geltenden Löhne abstellte, stützte sich die Vorinstanz richtigerweise auf die LSE 2002. Als massgebend erachtete sie dabei in einem ersten Schritt die statistisch ausgewiesenen Löhne im Baugewerbe, wobei sie - anders als die Verwaltung - von Tätigkeiten mit vorausgesetztem Anforderungsniveau 3 ausging. Basierend auf dem in der LSE ausgewiesenen Tabellenwert von monatlich Fr. 5'284.-, hochgerechnet auf die 2002 betriebsüblich gewesene Normalarbeitszeit von 41,7 Wochenstunden und angepasst an die Erhöhung des Nominallohnindexes (+ 0.013 %) ermittelte sie einen für den Beschwerdeführer im Baugewerbe im Referenzjahr 2003 realistischen Monatslohn von Fr. 5'581.-. Um dem grossen praktischen Wissen, der Erfahrung im Führen eines Bauunternehmens und den kaufmännischen Grundkenntnissen Rechnung zu tragen, stellte sie nicht direkt auf diesen Wert ab, sondern zog eine "Kombination" (= Durchschnitt) "des Durchschnittslohns für Männer im Baugewerbe und des Durchschnittslohns für Männer im Bereich Dienstleistungen für Unternehmen, Ziff. 74" (vgl. Tabelle TA1 der LSE 2002) vor. Den so für ein Jahr ermittelten Durchschnittswert von Fr. 71'244.- reduzierte sie angesichts der ärztlich bescheinigten Restarbeitsfähigkeit von 75 % auf Fr. 53'433.-. Nachdem sie davon noch einen 10%igen leidensbedingten Abzug vorgenommen hatte, ergab sich als Invalideneinkommen der Betrag von Fr. 48'090.-. Verglichen mit dem von ihr errechneten Valideneinkommen von Fr. 114'500.- (vgl. E. 3.2 hievor) resultierte ein Invaliditätsgrad von 58 %. Damit konnte das kantonale Gericht den von der IV-Stelle am 5. Juni 2007 verfügten Anspruch auf eine halbe Invalidenrente zumindest im Ergebnis bestätigen.
4.2 Dieses Vorgehen mutet insoweit etwas ungewöhnlich an, als das kantonale Gericht gar nicht auf konkret ausgewiesene Einkommenswerte abstellt, welche einer bestimmten Berufsgruppe zugeordnet werden könnten, sondern - wie schon beim Valideneinkommen - bloss Annäherungswerte - zudem für eine Erwerbstätigkeit, welche in der realen Arbeitswelt so wohl kaum existiert - zu evaluieren versucht. Inwiefern dies noch als rechtmässig qualifiziert werden kann, bedarf indessen keiner abschliessenden Erörterungen. Der Mittelwert der zwei von der Vorinstanz herausgegriffenen Einkommen von in Tabelle TA1 der LSE 2002 aufgeführten Wirtschaftszweigen ('Baugewerbe' und 'Dienstleistungen für Unternehmen, Ziff. 74') kommt dem in derselben Tabelle ebenfalls enthaltenen Totalwert aller berücksichtigten Wirtschaftszweige nämlich sehr nahe. Auf diesen Wert aber wird oftmals von vornherein abgestellt, wenn auf Grund der Tabellenwerte präzisere Angaben zu hypothetisch allenfalls in Betracht fallenden Einkünften nicht möglich sind oder - wie hier - zu aufwändige und komplizierte Berechnungen erfordern. Es kann denn auch als anerkannter Grundsatz gelten, dass für die Festsetzung des Invalideneinkommens auf Grund von Tabellenlöhnen in der Regel die Lohnverhältnisse im gesamten privaten Sektor massgebend sind (vgl. <ref-ruling> E. 4.3.2 S. 484).
4.3 Zu einer solchen Korrektur besteht jedenfalls im hier zu beurteilenden Fall keinerlei Anlass, da letztlich die vorinstanzliche Ermittlung des Invalideneinkommens einerseits und das Abstellen auf den in Tabelle TA1 der LSE 2002 angeführten Totalwert andererseits bezüglich des Rentenanspruches des Beschwerdeführers nicht zu unterschiedlichen Ergebnissen geführt hätten. Das kantonale Gericht ist gestützt auf die LSE 2002 - als Ausgangswert für die weiteren erforderlichen Schritte - zu einem Jahreseinkommen von Fr. 71'244.- (12 x Fr. 5'937.-) gelangt (E. 4.1 hievor), was dem Durchschnittslohn der beiden berücksichtigten Erwerbszweige 'Baugewerbe' und 'Dienstleistungen für Unternehmen, Ziff. 74' ([Fr. 5'581.- + Fr. 6'292.-] / 2) entspricht. Die nämliche Position würde sich demgegenüber nach dem Totalwert der in Tabelle TA1 der LSE 2002 ausgewiesenen Löhne auf monatlich Fr. 5'800.89 ([Fr. 5'493.- / 40] x 41.7 x 1.013) belaufen, was im Jahr Fr. 69'610.68 ausmacht. Unter Berücksichtigung der bloss 75%igen Restarbeitsfähigkeit und eines leidensbedingten Abzuges von 10 % würden noch Fr. 3'915.60 monatlich oder Fr. 46'987.20 jährlich verbleiben. Verglichen mit dem - nunmehr korrigierten (E. 3.5 hievor) - Valideneinkommen von Fr. 121'744.- ergäbe sich ein Invaliditätsgrad von (gerundet) 61 %. Folgt man der vorinstanzlichen Berechnungsweise (Fr. 71'244.- x 0.75 x 0.9 = Fr. 48'090.-; vgl. E. 4.1 hievor), resultiert ein Invaliditätsgrad von (ebenfalls gerundet) 60 %. In beiden Fällen ist für die Zeit ab 1. Januar 2004 ein Anspruch auf eine Dreiviertelsrente ausgewiesen, während für die Zeit davor - als die neue Rentenabstufung mit einer Dreiviertelsrente noch nicht eingeführt worden war - ab 1. November 2003 eine halbe Invalidenrente beansprucht werden kann.
4.3 Zu einer solchen Korrektur besteht jedenfalls im hier zu beurteilenden Fall keinerlei Anlass, da letztlich die vorinstanzliche Ermittlung des Invalideneinkommens einerseits und das Abstellen auf den in Tabelle TA1 der LSE 2002 angeführten Totalwert andererseits bezüglich des Rentenanspruches des Beschwerdeführers nicht zu unterschiedlichen Ergebnissen geführt hätten. Das kantonale Gericht ist gestützt auf die LSE 2002 - als Ausgangswert für die weiteren erforderlichen Schritte - zu einem Jahreseinkommen von Fr. 71'244.- (12 x Fr. 5'937.-) gelangt (E. 4.1 hievor), was dem Durchschnittslohn der beiden berücksichtigten Erwerbszweige 'Baugewerbe' und 'Dienstleistungen für Unternehmen, Ziff. 74' ([Fr. 5'581.- + Fr. 6'292.-] / 2) entspricht. Die nämliche Position würde sich demgegenüber nach dem Totalwert der in Tabelle TA1 der LSE 2002 ausgewiesenen Löhne auf monatlich Fr. 5'800.89 ([Fr. 5'493.- / 40] x 41.7 x 1.013) belaufen, was im Jahr Fr. 69'610.68 ausmacht. Unter Berücksichtigung der bloss 75%igen Restarbeitsfähigkeit und eines leidensbedingten Abzuges von 10 % würden noch Fr. 3'915.60 monatlich oder Fr. 46'987.20 jährlich verbleiben. Verglichen mit dem - nunmehr korrigierten (E. 3.5 hievor) - Valideneinkommen von Fr. 121'744.- ergäbe sich ein Invaliditätsgrad von (gerundet) 61 %. Folgt man der vorinstanzlichen Berechnungsweise (Fr. 71'244.- x 0.75 x 0.9 = Fr. 48'090.-; vgl. E. 4.1 hievor), resultiert ein Invaliditätsgrad von (ebenfalls gerundet) 60 %. In beiden Fällen ist für die Zeit ab 1. Januar 2004 ein Anspruch auf eine Dreiviertelsrente ausgewiesen, während für die Zeit davor - als die neue Rentenabstufung mit einer Dreiviertelsrente noch nicht eingeführt worden war - ab 1. November 2003 eine halbe Invalidenrente beansprucht werden kann.
4.4 4.4.1 Soweit der Beschwerdeführer die Höhe des bei der Bestimmung des Invalideneinkommens zugebilligten leidensbedingten Abzuges von 10 % von den nach Tabellenlöhnen gemäss LSE ermittelten Lohndaten beanstandet, ist zunächst festzuhalten, dass das Ausmass eines solchen Abzuges eine typische Ermessensfrage beschlägt, welche im Lichte der dem Bundesgericht zukommenden Kognition (E. 1 hievor) letztinstanzlicher Korrektur nur mehr dort zugänglich ist, wo das kantonale Gericht sein Rechtsermessen rechtsfehlerhaft ausgeübt hat, wo also Ermessensüberschreitung, -missbrauch oder -unterschreitung vorliegt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 396 und E. 3.3 S. 399). Ermessensmissbrauch kann angenommen werden, wenn die Behörde zwar im Rahmen des ihr eingeräumten Ermessens bleibt, sich aber von unsachlichen, dem Zweck der massgebenden Vorschriften fremden Erwägungen leiten lässt oder allgemeine Rechtsprinzipien, wie das Verbot von Willkür und von rechtsungleicher Behandlung, das Gebot von Treu und Glauben sowie den Grundsatz der Verhältnismässigkeit verletzt (<ref-ruling> E. 1.2 S. 615 und 123 V 150 E. 2 S. 152, je mit Hinweisen).
4.4.2 Ob überhaupt ein (behinderungsbedingt oder anderweitig begründeter) Abzug nach Massgabe der Grundsätze von <ref-ruling> vorzunehmen ist, lässt sich als Rechtsfrage nur bejahen, wenn im Einzelfall Anhaltspunkte dafür bestehen, dass die versicherte Person wegen eines oder mehrerer Kriterien ihre gesundheitlich bedingte (Rest-) Arbeitsfähigkeit auch auf dem ausgeglichenen allgemeinen Arbeitsmarkt nur mit unterdurchschnittlichem Erfolg erwerblich verwerten kann (Urteil 8C_778/2007 vom 29. Mai 2008 E. 5.2 mit Hinweisen). Praxisgemäss ist durch einen entsprechenden Abzug vom Tabellenlohn der Tatsache Rechnung zu tragen, dass persönliche und berufliche Merkmale, wie Art und Ausmass der Behinderung, Lebensalter, Dienstjahre, Nationalität oder Aufenthaltskategorie und Beschäftigungsgrad Auswirkungen auf die Höhe des Lohnes der versicherten Person haben können (<ref-ruling> E. 3b/aa S. 323). Der Abzug ist unter Würdigung der Umstände im Einzelfall nach pflichtgemässem Ermessen gesamthaft zu schätzen und darf maximal 25 % betragen (<ref-ruling> E. 5b/aa-cc S. 79 ff.).
4.4.3 Indem das kantonale Gericht anders noch als die Verwaltung einen 10%igen leidensbedingten Abzug zubilligte, hat sie den konkreten Gegebenheiten, die beim Beschwerdeführer als abzugsrelevant in Betracht fallen können (namentlich dem Alter und der zumindest in zeitlicher Hinsicht limitierten Einsatzfähigkeit), hinreichend Rechnung getragen. Es mag zwar sein, dass wegen des angeschlagenen Gesundheitszustandes zusätzlich auch gewisse funktionelle Einschränkungen zu beachten sind, welche besondere Vorkehren am Arbeitsplatz (Stehpult) erfordern können. Diese sind indessen nicht derart gravierend, als dass der Beschwerdeführer deswegen gleich negative Auswirkungen auf die Lohnhöhe zu gewärtigen hätte. Auch die übrigen Vorbringen in der Beschwerdeschrift lassen den vorinstanzlich angenommenen Abzug von 10 % nicht als ermessensmissbräuchlich erscheinen, sodass der kantonale Entscheid einer Überprüfung durch das Bundesgericht unter diesem Aspekt standhält.
5. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten von der IV-Stelle als unterliegender Partei zu tragen (<ref-law>), welche dem Beschwerdeführer überdies für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung schuldet (<ref-law>). Über die Kosten und eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses wird die Vorinstanz zu befinden haben (Art. 67 und 68 Abs. 5 Satz 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons St. Gallen vom 26. November 2008 und die Verfügung der IV-Stelle des Kantons St. Gallen vom 5. Juni 2007 werden aufgehoben und es wird festgestellt, dass der Beschwerdeführer ab 1. November 2003 Anspruch auf eine halbe Invalidenrente und ab 1. Januar 2004 auf eine Dreiviertelsrente hat. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'800.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. November 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Krähenbühl