Sachverhalt:
A. Anfang Mai 2004 eröffnete der Untersuchungsrichter 3 des Untersuchungsrichteramtes IV Berner Oberland die Strafverfolgung durch Einleitung einer Voruntersuchung gegen X._ und Y._ wegen gewerbsmässiger Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz. Beide sind Gesellschafter und Geschäftsführer der Z._ GmbH mit Sitz in A._.
Am 4. Mai 2004 stellte die Polizei anlässlich einer Hausdurchsuchung bei der Z._ GmbH in mehreren Treibhäusern ca. 62'000 Hanfstecklinge und 804 Hanf-Mutterpflanzen fest. Mit Verfügung vom selben Tag beschlagnahmte der Untersuchungsrichter sämtliche festgestellten Hanfpflanzen sowie technische Gerätschaften zu deren Aufzucht und Unterhalt. Er ordnete die Belassung der Pflanzen und Gerätschaften an ihrem Standort an und untersagte der Z._ GmbH, darüber zu verfügen. Er gab ihr Gelegenheit, innert 14 Tagen den Nachweis für eine rechtmässige Verwendung bzw. einen rechtmässigen Absatz der Pflanzen zu erbringen.
B. Am 21. Mai 2004 wies der Untersuchungsrichter das Gesuch der Z._ GmbH um Freigabe der beschlagnahmten Hanfpflanzen ab. Gleichzeitig ordnete er deren Vernichtung durch die Kantonspolizei an. Mit Beschluss vom 22. Juni 2004 wies die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern die von X._ und der Z._ GmbH dagegen erhobenen Beschwerden ab.
Die hierauf eingereichte staatsrechtliche Beschwerde hiess das Bundesgericht mit Urteil vom 9. Dezember 2004 teilweise gut, soweit es darauf eintrat (Verfahren 1P.439/2004, teilweise publiziert in <ref-ruling>). Es schützte die Beschlagnahme der inzwischen vernichteten Hanfpflanzen. Hingegen stellte es fest, dass die Anordnung der Vernichtung der Pflanzen durch den Untersuchungsrichter die Eigentumsgarantie verletzt, da es hierfür an einer hinreichenden gesetzlichen Grundlage fehlte; der Entscheid über die Einziehung und Vernichtung beschlagnahmter Gegenstände ist nach den gesetzlichen Regelungen grundsätzlich dem Sachrichter vorbehalten.
C. Im März 2005 reichten X._ und die Z._ GmbH beim Regierungsrat des Kantons Bern ein Begehren um Schadenersatz für die vernichteten Hanfpflanzen ein. Der Regierungsrat erklärte am 17. August 2005, die Voraussetzungen einer Staatshaftung seien nicht erfüllt.
Das Verwaltungsgericht wies mit Urteil vom 16. März 2007 die von X._ und von der Z._ GmbH gegen den Kanton Bern erhobene Klage auf Bezahlung eines Betrages von mindestens Fr. 62'000.-- Schadenersatz nebst Zinsen seit 17. März 2005 ab.
D. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 20. April 2007 beantragen X._ und die Z._ GmbH dem Bundesgericht, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 16. März 2007 aufzuheben und den Kanton Bern zu verurteilen, ihnen "den Betrag von mindestens Fr. 62'000.--, nebst Zins zu 5% seit 17. März 2007 zu bezahlen".
E. Das Verwaltungsgericht sowie für den Kanton Bern die kantonale Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion stellen den Antrag, die Beschwerde abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Gegen den kantonal letztinstanzlichen Entscheid des Verwaltungsgerichts, der auf kantonales Staatshaftungsrecht gestützt ist, ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig (Art. 82 lit. a, 86 Abs. 1 lit. d BGG). Der Mindeststreitwert nach Art. 85 Abs. 1 lit. a BGG wird erreicht. Ob die Beschwerdeführerin 1 aktivlegitimiert ist, nachdem bestritten ist, dass sie Eigentümerin eines Teils der Hanfpflanzen war, kann mit Blick auf die folgenden Erwägungen offen gelassen werden.
2. Das Verwaltungsgericht hat geprüft, ob den Beschwerdeführerinnen gemäss Art. 47 Abs. 1 des - inzwischen aufgehobenen - Gesetzes des Kantons Bern vom 5. November 1992 über das öffentliche Dienstrecht ein Schadenersatzanspruch zusteht. Gemäss dieser Bestimmung haftet der Kanton für den Schaden, den er, d.h. seine Behörden oder Kommissionen, deren Mitglieder sowie seine Mitarbeiter in Ausübung ihrer amtlichen Tätigkeit Dritten widerrechtlich zufügen. Das setzt nach den Ausführungen des Verwaltungsgerichts kumulativ voraus, dass ein Schaden, eine widerrechtliche amtliche Handlung sowie ein adäquater Kausalzusammenhang zwischen der Handlung und dem Schaden vorliegen. Das Verwaltungsgericht hat die Schadenersatzklage aus zwei Gründen abgewiesen:
Zum einen fehle es am erforderlichen Kausalzusammenhang. Eine legale Nutzung der Hanfpflanzen mit nachgewiesenem hohem THC-Gehalt sei unwahrscheinlich. Ungeachtet der Strafbarkeit einer bestimmten Person wäre daher eine Einziehung der Pflanzen nach Art. 58 StGB in der zwischen dem 1. August 1994 und 31. Dezember 2006 geltenden Fassung (aStGB, AS 1994 S. 1614 und 1618) bzw. Art. 69 StGB in der seit dem 1. Januar 2007 geltenden Fassung ohnehin anzuordnen gewesen. Mithin wären die Pflanzen genauso ersatzlos vernichtet worden, wenn statt des hier unzuständigen Untersuchungsrichters der zuständige Sachrichter gehandelt hätte.
Zum anderen sei auch kein Schaden im Sinne des Haftpflichtrechts gegeben. Die Hanfpflanzen seien nicht nur zur Gewinnung von Betäubungsmitteln geeignet, sondern auch zur deliktischen Verwendung als Betäubungsmittel bestimmt gewesen. Daher sei dem vernichteten Hanf die Eigenschaft eines handelbaren, verkehrsfähigen Guts und damit eines Vermögenswerts im juristischen Sinn abzusprechen. Ein rechtmässiger Verkauf wäre nicht möglich gewesen.
3. Die Beschwerdeführerinnen beanstanden dem Grundsatz nach nicht, dass die Vorinstanz bei der Frage der Kausalität auch darauf abstellt, wie es sich verhalten hätte, wenn der Staat nicht rechtswidrig, sondern rechtmässig gehandelt hätte (sog. "rechtmässiges Alternativverhalten"). Dieses Vorgehen entspricht letztlich auch der bundesgerichtlichen Praxis zum Haftungsrecht (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 119; <ref-ruling> E. 5 S. 232 ff.; <ref-ruling> E. 5 S. 206 ff.). Die Beschwerdeführerinnen machen aber geltend, der Schaden wäre bei rechtmässigem Handeln nicht eingetreten. Zudem widerspreche es der Unschuldsvermutung nach Art. 6 Ziff. 2 EMRK, wenn das Verwaltungsgericht ihnen entgegenhalte, sie hätten nichts unternommen, um die Vermutung des illegalen Verwendungszwecks der Pflanzen zu entkräften. Damit werde in willkürlicher Art und Weise die Beweislast umgekehrt; es sei nicht ihre Sache zu beweisen, dass der Hanf legal gebraucht werden sollte.
4. Aus der in Art. 32 Abs. 1 BV und Art. 6 Ziff. 2 EMRK verankerten Unschuldsvermutung wird abgeleitet, dass es auf dem Gebiet des Strafrechts Sache des Staates ist, die Schuld eines Angeklagten zu beweisen, und dass nicht dieser seine Unschuld nachweisen muss (vgl. <ref-ruling> E. 2a S. 41 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 88).
Die Beschwerdeführerinnen verkennen indes, dass es vorliegend nicht um ihre Schuld oder Unschuld geht, sondern um die Frage, ob die Hanfpflanzen eingezogen und vernichtet werden durften. Gemäss Art. 58 aStGB und Art. 69 StGB kann ein Gericht "ohne Rücksicht auf die Strafbarkeit einer bestimmten Person" die Einziehung von Gegenständen verfügen, die zur Begehung einer strafbaren Handlung gedient haben oder bestimmt waren, oder die durch eine strafbare Handlung hervorgebracht worden sind, wenn diese Gegenstände die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung gefährden. Gemäss Absatz 2 der soeben genannten Bestimmungen kann das Gericht zudem anordnen, dass die eingezogenen Gegenstände unbrauchbar gemacht oder vernichtet werden.
5. Mithin kommt es darauf an, ob die Voraussetzungen der Einziehung nach Art. 58 aStGB bzw. Art. 69 StGB erfüllt waren. Art. 69 StGB entspricht inhaltlich dem Art. 58 aStGB, so dass auf die zu dieser Bestimmung ergangene bundesgerichtliche Rechtsprechung zurückgegriffen werden kann (vgl. Botschaft vom 21. September 1998 zur Änderung des StGB in BBl 1999 S. 2108 Ziff. 213.475; Niklaus Schmid, Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, 2. Aufl. 2007, N. 8a zu Art. 69 StGB; Florian Baumann, Basler Kommentar zum Strafrecht I, 2. Aufl. 2007, N. 4 zu Art. 69 StGB).
6. Die Vorinstanz ist davon ausgegangen, dass die Pflanzen einzuziehen und zu vernichten waren, weil diese gemäss Art. 58 aStGB bzw. Art. 69 StGB zur Begehung einer Straftat "bestimmt waren".
6.1 Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung muss die Straftat, zu deren Begehung die einzuziehenden Gegenstände bestimmt waren, weder ausgeführt noch auch bloss versucht worden sein. Zwar genügt die allgemeine Bestimmung oder Eignung eines Gegenstandes zu eventueller deliktischer Verwendung nicht, um eine Einziehung zu rechtfertigen. Erforderlich und ausreichend ist aber, dass der Gegenstand im Hinblick auf eine zu begehende Straftat ernstlich als Tatmittel in Aussicht genommen wurde (<ref-ruling> E. 4.1 S. 93; zu Hanfsamen: <ref-ruling> E. 2 S. 187 ff.; zu Hanfpflanzen: Urteil 6S. 317/2006 vom 10. Oktober 2006, E. 2.3).
6.2 Nach den Feststellungen der Vorinstanz wiesen sämtliche der insgesamt 38 analysierten Proben der Hanfpflanzen einen Gehalt an Delta-Tetrahydrocannabinol (THC) von über 0,3% auf, nämlich zwischen 0,6 und 2,8%. Bei normalem Wachstum und Ernte seien die bekannt hohen THC-Gehalte zu erwarten.
Mit Blick auf die erwähnten THC-Gehalte gelten die Pflanzen als geeignet zur Gewinnung von Betäubungsmitteln (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 200). Die Beschwerdeführerinnen machen zwar geltend, sie hätten Untersuchungsberichte der Interlabor Belp AG zu den Akten gegeben, aus denen klar hervorgehe, dass die "legalen Werte" nicht überschritten seien. Zwei Asservate hätten einen THC-Gehalt von weniger als 0,05% aufgewiesen. Diese Rügen gehen fehl. Das Bundesgericht hat im vorangehenden Entscheid vom 9. Dezember 2004 (1P.439/2004, in E. 4 und 8) bereits ausgeführt, warum den Berichten der Interlabor Belp AG nicht gefolgt werden kann und der Hinweis auf die beiden Asservate nicht geeignet ist, zu einer anderen Beurteilung zu gelangen.
Dem Verwaltungsgericht kann - entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerinnen - auch nicht vorgeworfen werden, es sei nicht mehr auf die Berichte der Interlabor Belp AG eingegangen. Die Beschwerdeführerinnen behaupten nicht einmal, sie hätten in Berücksichtigung der vom Bundesgericht im erwähnten Urteil 1P.439/2004 geäusserten Kritik inzwischen substantiiert geltend gemacht, dass die erwähnten Berichte für die beschlagnahmten Pflanzen repräsentativ seien. Auch sonst legen die Beschwerdeführerinnen nicht dar, dass die betreffenden Feststellungen der Vorinstanz offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung beruhen (vgl. Art. 97 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.).
Soweit die Beschwerdeführerinnen auf weitere Asservate (04-4175.118 bis 04-4175.124a) verweisen, die einer Analyse nicht unterzogen worden seien, ist ihnen entgegenzuhalten, dass es sich dabei nach ihrem eigenen Vorbringen nicht um die vernichteten Pflanzen handelt. Wozu diese Asservate demnach hätten analysiert werden sollen, führen sie nicht aus und ist auch nicht ersichtlich.
6.3 Wohl steht die Strafbarkeit der Beteiligten - unter anderem der Beschwerdeführerin 1 - nicht schon allein wegen der genannten hohen THC-Gehalte fest, da es hierfür auch darauf ankommt, ob sie die Hanfpflanzen zur Gewinnung von Betäubungsmitteln einsetzen wollten bzw. einen solchen Einsatz in Kauf nahmen (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 201 f.; <ref-ruling> E. 1.1 S. 86; Urteil 6P.250/2006 vom 6. Juli 2007, E. 4.2). Die Beschwerdeführerin 2 ist als juristische Person zudem - vorbehältlich Art. 102 StGB - von vornherein nicht strafbar. Wie erwähnt, ist für die Frage der Einziehung und Vernichtung - entgegen entsprechenden Andeutungen der Beschwerdeführerinnen - ihre Strafbarkeit als Eigentümerinnen der Pflanzen jedoch nicht entscheidend. Es kommt mithin nicht darauf an, ob die Beschwerdeführerinnen selber gemäss Art. 8 und 19 BetmG (SR 812.121) zur Betäubungsmittelgewinnung tätig geworden waren. Vielmehr genügte für die Massnahmen nach Art. 58 aStGB und Art. 69 StGB das Bestehen einer ernsthaften Gefahr, dass die Hanfpflanzen als Betäubungsmittel eingesetzt bzw. zu solchen verarbeitet werden (<ref-ruling> E. 2a S. 187). Dafür kommen auch Drittpersonen in Betracht.
Mit Blick auf die hohen THC-Gehalte waren die beschlagnahmten Hanfpflanzen somit nur freizugeben, wenn ihre rechtmässige Verwendung in jeder Hinsicht gewährleistet war. Nach den Feststellungen der Vorinstanz liefen gegen die Verantwortlichen der Firmen, welche die Beschwerdeführerinnen zum Nachweis für den legalen Einsatz der Pflanzen angeführt hatten, Strafverfahren wegen Widerhandlungen gegen das Betäubungsmittelgesetz, nachdem in deren Geschäftslokalitäten Marihuana sichergestellt oder Betäubungsmittelaktivitäten bekannt geworden waren. Es bestehen zudem weitere Indizien, die gegen eine rechtmässige Verwendung der Pflanzen sprechen (z.B. Äusserungen und Verkaufspraktiken der Beschwerdeführerinnen, Aufbewahrung grösserer Bargeldbeträge bei der Beschwerdeführerin 1 und Y._; fehlende Vorkehrungen für die angebliche Produktion von Hanfblüten- oder Hanfsamenöl). Ergänzend wird auf die Erwägungen im angefochtenen Entscheid (E. 6.4.2 und 6.4.3) sowie im Urteil des Bundesgerichts 1P.439/2004 (E. 11) verwiesen. Bei einer Gesamtbetrachtung durfte die Vorinstanz davon ausgehen, dass eine ernsthafte Gefahr der unrechtmässigen Verwertung der Hanfpflanzen bestand und dass auch die Sicherheit von Menschen, die Sittlichkeit oder die öffentliche Ordnung gefährdet wären, falls die Einziehung unterbliebe.
6.4 Die Beschwerdeführerinnen machen trotz Begründungspflicht nach Art. 42 Abs. 2 BGG nicht in rechtsgenügender Weise geltend, dass die Feststellungen sowie Schlussfolgerungen der Vorinstanz fehlerhaft seien. Ihr Vorbringen erschöpft sich in appellatorischer Kritik und geht auf die Erwägungen der Vorinstanz nicht ein. Es ist auch nicht zu beanstanden, dass das Verwaltungsgericht von den Beschwerdeführerinnen erwartete, dass sie die behauptete rechtmässige Verwendung der Pflanzen substantiiert darlegen; unter anderem hatte dies bereits das Bundesgericht im Urteil vom 9. Dezember 2006 von ihnen verlangt (Urteil 1P.439/2004, E. 10.3). Eine solche Mitwirkungspflicht der Beschwerdeführerinnen ergibt sich vor allem deshalb, weil sie mit Hanfpflanzen Handel trieben, die einen nachgewiesenermassen erhöhten THC-Gehalt hatten. Der blosse Hinweis darauf, dass die Pflanzen ebenso für völlig unbedenkliche Produkte verwendet werden könnten, genügt insoweit nicht. Daraus ergibt sich insbesondere nicht, dass und wie ein legaler Einsatz der hier interessierenden Pflanzen gewährleistet war. Im Übrigen wird damit auch nicht klar, warum die Beschwerdeführerinnen Hanfpflanzen mit dem erhöhten THC-Gehalt anbauten, wenn es nicht um die Gewinnung von Betäubungsmitteln ging.
Die Beschwerdeführerinnen rügen zwar, ihnen sei es verunmöglicht worden, substantiierte Angaben zu machen, weil ihre sämtliche Korrespondenz beschlagnahmt worden sei. Dieser Einwand ist unbehelflich. Gerade mit Blick auf eine angeblich legale Verarbeitung der Hanfpflanzen durch Grossabnehmer mussten ihnen ihre Geschäftspartner, welche die unbedenklichen Produkte herstellen bzw. vertreiben sollten, ohne weiteres bekannt sein. Bezeichnenderweise hatten sie denn auch Schreiben entsprechender Personen vorgelegt. Wie erwähnt, handelte es sich dabei aber um Geschäftspartner, gegen die Strafverfahren wegen Verstössen gegen das Betäubungsmittelgesetz liefen und bei denen die legale Verwertung der Pflanzen nicht gewährleistet war.
6.5 Die Beschwerdeführerinnen machen geltend, vor der Vernichtung der Pflanzen sei lediglich der Beschwerdeführerin 2 und nicht der Beschwerdeführerin 1 Gelegenheit gegeben worden, sich zur rechtmässigen Verwendung der Pflanzen zu äussern. Ausserdem sei ihnen ein formelles Einziehungsverfahren vor dem zuständigen Richter vorenthalten worden; dadurch seien sie um die Möglichkeit gebracht worden, dort noch weitere Nachweise vorzulegen. Damit machen die Beschwerdeführerinnen sinngemäss eine Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör (Art. 29 Abs. 2 BV) geltend.
Es fragt sich, ob diese Rügen nicht bereits als unzulässige Noven aus dem Recht zu weisen sind. Es ist nicht ersichtlich, dass sie schon bei der Vorinstanz geltend gemacht wurden, was an sich hätte erwartet werden dürfen (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 640). Diese Frage kann hier letztlich offen gelassen werden. Selbst wenn die Behörden entsprechende Aufforderungen zunächst nur an die Beschwerdeführerin 2 adressiert haben sollten, war dies der Beschwerdeführerin 1 als Gesellschafterin und Geschäftsführerin der Beschwerdeführerin 2 nicht entgangen. Insoweit verstösst es gegen Treu und Glauben, wenn sie nun rügt, ihr selber sei keine Gelegenheit zur Führung des erwähnten Nachweises eingeräumt worden. Im Übrigen behauptet die Beschwerdeführerin 1 in anderem Zusammenhang, dass die an den Untersuchungsrichter gerichteten Schreiben, mit denen die Freigabe der Pflanzen verlangt wurde, nicht nur im Auftrag der Beschwerdeführerin 2 verfasst wurden, sondern auch in ihrem persönlichen Auftrag. Somit hatte sie die Gelegenheit zur Äusserung sogar wahrgenommen.
Richtig ist zwar, dass kein Verfahren über die Einziehung und Vernichtung der Pflanzen durch den zuständigen Richter mehr stattgefunden hat. Die Beschwerdeführerinnen hatten jedoch im Rechtsmittelverfahren gegen die Beschlagnahme und Einziehung der Pflanzen durch den Untersuchungsrichter sowie im Verfahren um Schadenersatz hinreichend Gelegenheit darzulegen, wie und durch wen die Pflanzen seinerzeit hätten legal verwertet werden sollen. Gerade im Rahmen des letztgenannten Verfahrens kannten sie bereits die Kritik der verschiedenen Justizbehörden (Untersuchungsrichter, Obergericht, Bundesgericht) an ihren bisherigen Darlegungen.
7. Die Beschwerdeführerinnen machen schliesslich geltend, die Einziehung und Vernichtung der Pflanzen sei unverhältnismässig. Die Behörden hätten statt der Vernichtung die Destillation der Pflanzen anordnen müssen. Dadurch hätten diese für einen legalen Gebrauch (z.B. zur Gewinnung von ätherischem Öl) eingesetzt werden können, wodurch der Schaden geringer ausgefallen wäre.
Der Grundsatz der Verhältnismässigkeit gilt auch im Rahmen von Art. 58 aStGB und Art. 69 StGB (<ref-ruling> E. 2a S. 187). Wie bereits das Obergericht des Kantons Bern in seinem Beschluss vom 22. Juni 2004 (S. 23) sowie anschliessend das Bundesgericht im Urteil vom 9. Dezember 2004 (E. 11.2) festgehalten haben, ist die Herstellung von ätherischem Öl unrentabel, was die Beschwerdeführerinnen damals vor Bundesgericht nicht in Abrede stellten. Ausserdem hätten die Hanfstecklinge zunächst zu ausgewachsenen Pflanzen aufgezogen werden müssen, wozu die Beschwerdeführerinnen nicht über den nötigen Platz verfügten. Im Schadenersatzverfahren haben diese sich dazu nicht mehr geäussert. Mithin geht ihr nicht weiter substantiierter Einwand ins Leere. Es kann dem Kanton bzw. den Behörden nicht vorgeworfen werden, sie hätten statt einer unrentablen Verwertung die Vernichtung der Pflanzen angeordnet (vgl. auch Urteil 6P.146/2006 vom 24. Januar 2007, E. 16, zu Rentabilitätserwägungen in Bezug auf eine Infrastruktur zum Herstellen von Hanf).
8. 8.1 Nach dem Gesagten hätte ein rechtmässiges Alternativverhalten des Kantons bzw. seiner Gerichtsbehörden denselben "Schaden" bewirkt wie das tatsächlich erfolgte rechtswidrige Verhalten. Demnach ist eine Haftung des Kantons gemäss der dargelegten willkürfreien Rechtsanwendung durch das Verwaltungsgericht ausgeschlossen. Somit ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
8.2 Diesem Ausgang entsprechend haben die Beschwerdeführerinnen die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 sowie 66 Abs. 1 und 5 BGG). Parteientschädigungen werden nicht geschuldet (vgl. Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen zu gleichen Teilen und unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, dem Kanton Bern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. Januar 2008
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: