Sachverhalt:
A. X._ lenkte am 22. Januar 2008 um etwa 20.00 Uhr seinen Personenwagen auf der Burgdorfstrasse in Langnau von Zollbrück herkommend in Richtung Ilfiskreisel. Er fuhr dabei nach seinen eigenen Angaben mit einer Geschwindigkeit von 40 bis 45 km/h. Unmittelbar vor dem auf der Höhe des Stämpfli-Areals befindlichen Fussgängerstreifen wurde er durch ein entgegenkommendes Fahrzeug geblendet. Er erkannte daher einen Fussgänger zu spät, der den Fussgängerstreifen von links nach rechts überquerte und noch etwa einen Meter vom gegenüberliegenden Trottoir entfernt war. X._ bremste sofort brüsk ab, konnte aber eine Kollision nicht mehr verhindern. Er prallte mit seiner Fahrzeugfront gegen den Fussgänger, der in der Folge zu Fall kam. Der Fussgänger zog sich schwere Prellungen zu und begab sich deswegen schliesslich zu einer ärztlichen Untersuchung im Spital Langnau. Im fraglichen Zeitpunkt war die Burgdorfstrasse feucht und es war Nacht. Der betreffende Streckenabschnitt verlief gerade und er war durchgehend künstlich beleuchtet. Die Übersichtsverhältnisse beim Fussgängerstreifen waren gut.
Wegen des Vorfalls vom 22. Januar 2008 wurde X._ vom Untersuchungsrichteramt II Emmental-Oberaargau mit Strafmandat vom 5. März 2008 wegen Nichtgewährens des Vortritts gegenüber Fussgängern auf Fussgängerstreifen gestützt auf <ref-law> zu einer Busse von Fr. 700.-- verurteilt. Der Entscheid ist in Rechtskraft erwachsen.
In der Folge entzog das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern mit Verfügung vom 6. Mai 2008 X._ den Führerausweis für die Dauer von vier Monaten und verpflichtete ihn zum Besuch von einem Tag Verkehrsunterricht.
B. Gegen diesen Entscheid erhob X._ Beschwerde bei der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern und verlangte die Reduktion der Dauer des Ausweisentzugs auf einen Monat. Mit Entscheid vom 2. Juli 2008 wies die Rekurskommission die Beschwerde ab. Sie erwog, X._ habe eine mittelschwere Widerhandlung gegen die Strassenverkehrsvorschriften begangen. Da ihm der Führerausweis in den vorangegangenen zwei Jahren einmal wegen einer schweren Verkehrsregelverletzung habe entzogen werden müssen, werde die Entzugsdauer gestützt auf <ref-law> auf vier Monate festgesetzt.
C. Mit Eingabe vom 30. Dezember 2008 erhebt X._ beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>). Er beantragt die Aufhebung des am 2. Juli 2008 ergangenen Entscheids der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern und die Festsetzung der Dauer des Führerausweisentzugs auf einen Monat. Er ersucht ferner um Gewährung der aufschiebenden Wirkung. Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss eine Verletzung von Bestimmungen des Strassenverkehrsgesetzes.
D. Mit Präsidialverfügung vom 2. Februar 2009 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung zuerkannt.
E. Die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern und das Bundesamt für Strassen beantragen in ihren Vernehmlassungen Abweisung der Beschwerde. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Der Beschwerdeführer verweist in seiner Replik vollumfänglich auf die Eingabe vom 30. Dezember 2008.

Erwägungen:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid der Rekurskommission ist ein Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Ihm liegt ein Beschwerdeverfahren über einen Führerausweisentzug und damit eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit zu Grunde. Auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
1.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Soweit der Beschwerdeführer die vorinstanzlichen Sachverhaltsfeststellungen beanstandet und eine mangelhafte Sachverhaltsfeststellung für den Ausgang des Verfahrens entscheidend ist, kann er indessen nur geltend machen, die Feststellungen seien offensichtlich unrichtig oder beruhten auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer macht geltend, sein Verschulden sei als leicht einzustufen. Er sei den Verhältnissen angepasst gefahren. Im Zeitpunkt der Blendung, mit welcher er nicht habe rechnen müssen, habe er sich bereits nahe vor dem Fussgängerstreifen befunden. Er habe daraufhin seine Geschwindigkeit sofort zusätzlich reduziert. Dass der Fussgänger im Zeitpunkt der Blendung in seinen Sichtbereich getreten sei, sei auf einen unglücklichen Umstand zurückzuführen. Der Beschwerdeführer bringt zudem vor, angesichts seiner relativ tiefen Ausgangsgeschwindigkeit habe nur eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer Verkehrsteilnehmer bestanden. Dass es im vorliegenden Fall zu einer Kollision gekommen sei, dürfe für sich allein nicht als Indiz dafür betrachtet werden, dass er eine grössere Gefahr für die Sicherheit anderer hervorgerufen habe. Die von ihm begangene Widerhandlung sei somit als leicht im Sinne von <ref-law> zu beurteilen.
2.2 Nach <ref-law> begeht eine leichte Widerhandlung, wer durch Verletzung von Verkehrsregeln eine geringe Gefahr für die Sicherheit anderer hervorruft und ihn dabei nur ein leichtes Verschulden trifft. Wiegt das Verschulden des Lenkers nicht mehr leicht oder ist die für die Sicherheit anderer hervorgerufene Gefahr nicht mehr gering, so liegt eine mittelschwere Widerhandlung im Sinne von <ref-law> vor, sofern nicht die qualifizierenden Elemente einer schweren Widerhandlung nach <ref-law> gegeben sind (vgl. zur Publikation bestimmtes Urteil des Bundesgerichts 1C_271/2008 vom 8. Januar 2009 E. 2.2).
2.2.1 Mit seinem Verhalten hat der Beschwerdeführer unbestrittenermassen eine Verkehrsregel verletzt und dadurch einen Unfall verursacht. Nach <ref-law> hat der Fahrzeugführer vor Fussgängerstreifen besonders vorsichtig zu fahren und nötigenfalls anzuhalten, um den Fussgängern den Vortritt zu lassen, die sich schon auf dem Streifen befinden oder im Begriffe sind, ihn zu betreten. Nach Art. 6 Abs. 1 der Verkehrsregelnverordnung vom 13. November 1962 (VRV; SR 741.11) muss der Fahrzeugführer vor Fussgängerstreifen ohne Verkehrsregelung jedem Fussgänger oder Benützer eines fahrzeugähnlichen Geräts, der sich bereits auf dem Streifen befindet oder davor wartet und ersichtlich die Fahrbahn überqueren will, den Vortritt gewähren. Er muss die Geschwindigkeit rechtzeitig mässigen und nötigenfalls anhalten, damit er dieser Pflicht nachkommen kann.
2.2.2 Hinsichtlich der durch den Beschwerdeführer hervorgerufenen Gefahr für die Sicherheit anderer führt die Vorinstanz aus, diese könne nicht mehr als gering qualifiziert werden, da der angefahrene Fussgänger zu Fall gekommen sei und sich schwere Prellungen zugezogen habe. Die Burgdorfstrasse sei zudem durchgehend beleuchtet und die Übersichtsverhältnisse seien im fraglichen Bereich gut gewesen, so dass der Beschwerdeführer den Fussgängerstreifen hätte bemerken und entsprechend vorsichtig fahren müssen. Bei einer Blendung hätte er seine Geschwindigkeit daher sofort stark reduzieren oder sogar vor dem Fussgängerstreifen einen Sicherheitsstopp vornehmen müssen. Auch falle auf, dass der Fussgänger die Fahrbahn im Kollisionszeitpunkt bereits weitgehend überquert hatte und sich somit bereits einige Zeit auf dem Fussgängerstreifen befunden haben musste. Aus diesen Umständen leitet die Vorinstanz ab, dass der Beschwerdeführer den Fussgänger bei genügender Aufmerksamkeit rechtzeitig, d.h. schon vor der Blendung hätte bemerken müssen. Der Unfall sei somit Folge einer recht unaufmerksamen Fahrweise des Beschwerdeführers. Es treffe ihn deshalb nicht nur ein leichtes Verschulden.
2.2.3 Der Beschwerdeführer geht auf die Feststellung der Vorinstanz, dass der Fussgänger die Fahrbahn im Kollisionszeitpunkt bereits weitgehend überquert gehabt und sich daher bereits einige Zeit auf dem Fussgängerstreifen befunden haben muss, nicht ein. Er bringt lediglich vor, im Zeitpunkt der Blendung, in dem der Fussgänger in seinen Sichtbereich getreten sei, habe er sich mit seinem Personenwagen bereits nahe vor dem Fussgängerstreifen befunden. Der Beschwerdeführer vermag somit die Schlussfolgerung der Vorinstanz, dass er bei genügender Aufmerksamkeit den Fussgänger schon vor der Blendung hätte bemerken müssen, nicht zu entkräften. Die Kollision mit dem Fussgänger erscheint somit nicht lediglich als Folge eines Zusammenspiels mehrerer unglücklicher Umstände, wie der Beschwerdeführer behauptet. Es ist deshalb nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz das Verschulden des Beschwerdeführers nicht mehr als leicht qualifizierte. Dass bei einem unaufmerksamen Fahren innerorts im Bereich eines Fussgängerstreifens die Möglichkeit einer konkreten Gefährdung oder gar Verletzung von Fussgängern nahe liegt, die diesen Fussgängerstreifen benützen, ist offensichtlich. Angesichts der schweren Prellungen, die der angefahrene Fussgänger erlitt, ist daher auch nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz die durch den Beschwerdeführer hervorgerufene Gefahr nicht mehr als gering einstufte. Die Beurteilung der Widerhandlung des Beschwerdeführers im angefochtenen Entscheid als mittelschwer im Sinne von <ref-law> erweist sich somit als bundesrechtskonform.
Diese Bejahung einer mittelschweren Widerhandlung steht nicht in Widerspruch zur Strafverfügung. Der Untersuchungsrichter hat den Beschwerdeführer in Anwendung von <ref-law> gebüsst. Diese Bestimmung umfasst sowohl die leichte als auch die mittelschwere Widerhandlung (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 143).
Welche Schlussfolgerungen der Beschwerdeführer aus dem von ihm erwähnten Entscheid <ref-ruling> ff. ableiten will, bei welchem eine Verkehrssituation zu beurteilen war, die sich von der vorliegenden erheblich unterschied, wird von ihm nicht dargelegt. Darauf ist deshalb nicht weiter einzugehen.
3. Bei mittelschweren Widerhandlungen verlangt das Gesetz zwingend den Entzug des Führerausweises (<ref-law>). Die Dauer des Entzugs ist nach <ref-law> zu bemessen, wobei die gesetzliche Mindestentzugsdauer nicht unterschritten werden darf (Art. 16 Abs. 3 Satz 2 i.V.m. <ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 235 ff.). Gemäss <ref-law> wird der Führerausweis bei einer mittelschweren Widerhandlung mindestens einen Monat entzogen. Wenn in den vorangegangenen zwei Jahren der Ausweis einmal wegen einer schweren oder mittelschweren Widerhandlung entzogen war, dauert der Entzug mindestens vier Monate (<ref-law>).
Dem Beschwerdeführer wurde der Führerausweis mit Verfügung vom 10. April 2007 wegen einer schweren Verkehrsregelverletzung (Fahren im angetrunkenen Zustand mit einer qualifizierten Blutalkoholkonzentration) für die Dauer von drei Monaten entzogen. Bei ihm sind somit die Voraussetzungen für einen mindestens viermonatigen Führerausweisentzug nach <ref-law> erfüllt. Da ihm gegenüber diese Mindestentzugsdauer angeordnet worden ist, bleibt kein Raum für eine weitergehende Berücksichtigung der von ihm geltend gemachten beruflichen Massnahmeempfindlichkeit (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 236 f.). Der angefochtene Entscheid verstösst somit nicht gegen Bundesrecht.
4. Die Beschwerde ist daher abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Dem Ausgang des vorliegenden Verfahrens entsprechend sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht zuzusprechen (Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern, der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern und dem Bundesamt für Strassen, Sekretariat Administrativmassnahmen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. Mai 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Kappeler