Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Obergericht des Kantons Bern trat am 14. Januar 2013 auf eine kantonale Beschwerde gegen eine Verfügung der Regionalen Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland nicht ein. Die angefochtene Verfügung sei dem Beschwerdeführer am 18. Dezember 2012 zugestellt worden. Die zehntägige Beschwerdefrist habe somit am 19. Dezember 2012 zu laufen begonnen und am 28. Dezember 2012 geendet. Die Beschwerde vom 7. Januar 2013 sei verspätet. Der Beschwerdeführer bringt dagegen vor, er sei vom 16. Dezember 2012 bis zum 31. Dezember 2012 im Ausland gewesen. Leider habe seine Mutter, die eine Vollmacht gehabt habe, den eingeschriebenen Brief angenommen. Er selber habe indessen erst später reagieren können.
Das Vorbringen dringt nicht durch. Die Zustellung der angefochtenen Verfügung an die Mutter, die dafür eine Vollmacht hatte, löste den Lauf der Beschwerdefrist aus. Der Beschwerdeführer hätte entweder die Staatsanwaltschaft über seine vierzehntägige Abwesenheit informieren oder dafür besorgt sein müssen, dass er oder eine Drittperson rechtzeitig, d.h. vor Ablauf der Beschwerdefrist, reagieren konnten. Dies hat er unterlassen. Folglich hat er es selber zu vertreten, dass die Beschwerdefrist unbenutzt verstrichen ist.
Die Beschwerde ist im Verfahren nach <ref-law> abzuweisen.
2. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist in Anwendung von <ref-law> abzuweisen, weil die Rechtsbegehren aussichtslos erschienen. Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers ist bei der Bemessung der Gerichtskosten Rechnung zu tragen (<ref-law>). Den Beschwerdegegnern 2 und 3 ist keine Entschädigung auszurichten, da sie vor Bundesgericht keine Umtriebe hatten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Februar 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Der Gerichtsschreiber: C. Monn