Faits:
A. Au service de X._ depuis 1971, D._, né en 1945, y a exercé les fonctions de coordonnateur, puis d'assistant de production; il perçoit une retraite anticipée depuis février 2005.
Suite à une première requête déposée le 10 mars 1998, l'Office cantonal genevois de l'assurance-invalidité (ci-après: l'office AI) a accordé à l'assuré une rente entière pour la période limitée courant du 27 janvier au 31 juillet 1998 (décision du 10 juillet 2000); il se fondait alors sur le seul avis du docteur G._, généraliste traitant, qui attestait une incapacité totale de travail depuis le 27 janvier 1997 engendrée par un état dépressivo-anxieux et la reprise en date du 15 avril 1998 de l'activité exercée auparavant (rapport du 18 septembre 1999).
Alléguant souffrir de lombalgies totalement incapacitantes depuis le 11 novembre 2002, l'intéressé s'est adressé à l'office AI une seconde fois le 30 juillet 2003. Entre autres mesures d'instruction, celui-ci a recueilli l'opinion des médecins traitants. Le docteur V._, interniste et rhumatologue, a fait état de lombo-sciatalgies chroniques et confirmé leur influence sur la capacité de travail depuis la date indiquée; il a encore signalé la présence d'une colopathie et d'un état dépressif sans répercussion sur la capacité de travail (rapport du 18 septembre 2003). Des dorso-lombalgies, des sciatalgies, un état dépressif et une intolérance aux personnes alcooliques empêchaient l'exercice de toute activité depuis le 18 novembre 2002 selon le docteur G._ (rapport du 29 septembre 2003). L'administration s'est encore procuré le dossier médical de l'assureur perte de gain, duquel ressortent les mêmes informations, et a confié la réalisation d'une expertise pluridisciplinaire aux docteurs P._, interniste et rhumatologue, et R._, psychiatre. Le premier a diagnostiqué un état dépressif, ainsi que des lombalgies mécaniques laissant subsister, sur le plan somatique, une pleine capacité de travail dans toute activité ne surchargeant pas le rachis (rapport du 24 janvier 2005). Le second a conclu à une incapacité de travail, totale et définitive depuis novembre 2002, générée par un trouble dépressif récurrent (épisode actuel moyen) et un syndrome douloureux somatoforme persistant (rapport du 2 décembre 2005).
Se référant à l'avis de son service médical (SMR), qui écartait les conclusions de l'expert psychiatre (rapport de la doctoresse M._ du 8 février 2006), l'office AI a nié le droit de D._ à toute prestation (décision du 22 mars 2006 confirmée sur opposition le 30 janvier 2008).
B. L'assuré a recouru contre la décision sur opposition au Tribunal cantonal genevois des assurances sociales; il concluait implicitement à l'octroi d'une rente entière d'invalidité.
Sollicitée par le juge instructeur sur le point de savoir si les circonstances ne justifiaient pas de reconnaître le droit de l'intéressé à une rente pour la période limitée courant du 1er novembre 2003 au 31 décembre 2004, la doctoresse S._, médecin-conseil SMR, s'est aussi distanciée des conclusions de l'expertise psychiatrique, en y relevant des lacunes (absence d'élément permettant de qualifier le trouble dépressif récurrent d'épisode actuel moyen, d'explication quant aux motifs ayant conduit à la prise d'une retraite anticipée) qu'elle n'était pas en mesure de combler (rapport du 28 mars 2008). Le docteur G._ a produit un document résumant la situation médicale de son patient (rapport du 23 avril 2008).
Suite aux auditions des parties et du généraliste traitant qui ont permis d'établir que la retraite anticipée prise par D._ en février 2005 était motivée par la situation financière précaire vers laquelle son état de santé le conduisait (audiences des 29 avril et 10 juin 2008), un complément d'expertise a été requis du docteur R._. Le praticien a maintenu les diagnostics posés antérieurement, estimant toutefois que l'assuré aurait pu reprendre son métier - avec de moindres responsabilités, à un taux d'occupation 50 % et un rendement diminué de moitié - et qu'une mesure d'accompagnement dans un milieu structuré et cadrant ainsi qu'une prise en charge psychiatrique lui auraient permis de se réhabituer à un rythme de travail, à s'intégrer dans le tissu social et à créer les ressources nécessaires à une réorientation professionnelle (rapport du 2 décembre 2008). Par le truchement de son service médical (rapport de la doctoresse S._ du 27 janvier 2009), l'administration a constaté que le complément d'expertise ne répondait pas aux interrogations qui l'avaient dicté et n'expliquait pas les contradictions entachant le rapport de base mais qu'il en soulevait d'autres. L'intéressé a considéré que ce document confortait ses revendications et justifiait l'octroi d'une rente entière d'invalidité à compter de juillet 2003 jusqu'à l'âge légal de la retraite en lieu et place de la pré-retraite qu'il avait été contraint d'accepter afin d'éviter les conséquences financières engendrées par son état de santé. Il a également produit un rapport établi le 16 janvier 2009 par le docteur U._, urologue, qui faisait état d'une hypertrophie prostatique sévère qui se compliquait d'une symptomatologie difficilement contrôlable par un traitement médical et de lithiases récidivantes au niveau du rein gauche.
La juridiction cantonale a admis le recours, annulé les décisions administratives, constaté le droit de D._ à une rente entière dès novembre 2003 et renvoyé la cause à l'office AI pour nouvelle décision au sens des considérants (jugement du 28 avril 2009). Suivant l'avis des experts, elle a estimé que le trouble dépressif récurrent était à lui seul la cause d'une incapacité totale de travail dès le 18 novembre 2002.
C. L'administration interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle requiert l'annulation, concluant à la confirmation de la décision sur opposition du 30 janvier 2008.
L'assuré, qui conclut au rejet du recours sous suite de frais et dépens, dépose en outre un certificat médical établi le 7 juillet 2009 par le docteur U._, attestant des difficultés qu'aurait rencontrées son patient à exercer une quelconque activité lucrative depuis 2005, compte tenu de la symptomatologie handicapante affectant la voie urinaire. L'Office fédéral des assurances sociales propose l'admission du recours.

Considérant en droit:
1. Bien que le dispositif de l'acte entrepris renvoie la cause à l'office AI, il ne s'agit pas d'une décision incidente au sens de l'<ref-law> dès lors que la juridiction cantonale a statué définitivement sur les points contestés, le renvoi de la cause ne visant qu'à contraindre l'administration à rendre une nouvelle décision correspondant aux éléments constatés dans les considérants du jugement. Le recours est par conséquent recevable puisqu'il est dirigé contre un jugement final (<ref-law>; arrêt du Tribunal fédéral 9C_684/2007 du 27 septembre 2007 consid. 1.1 in SVR 2008 IV n° 39 p. 131).
2. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), n'examine en principe que les griefs motivés (<ref-law>) et fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (<ref-law>). Le recourant ne peut critiquer la constatation des faits importants pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été constatés en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de façon manifestement inexacte (<ref-law>).
3. L'office recourant n'articule aucun grief quant à l'analyse somatique du cas par les premiers juges. En revanche, il leur reproche une violation de leur obligation de motiver le jugement dès lors qu'ils n'auraient pas expliqué les motifs qui les auraient amenés à traiter le trouble dépressif séparément du trouble somatoforme douloureux, ni pourquoi le premier nommé représenterait à lui seul une atteinte à la santé totalement invalidante.
3.1 Si la juridiction cantonale a effectivement considéré que le trouble dépressif récurrent induisait, à lui seul, une incapacité totale de travail et de gain depuis novembre 2002, elle ne s'est toutefois pas contentée de cette seule conclusion, mais a clairement fait allusion aux éléments qui lui ont permis d'y aboutir contrairement à ce que soutient l'administration. Le raisonnement des premiers juges à ce propos peut sembler succinct, mais il apparaît néanmoins que ceux-ci se sont fondés sur le travail du docteur R._ dont ils ont déduit l'antériorité du trouble dépressif par rapport au trouble somatoforme, qui n'aurait eu pour unique conséquence que la péjoration de l'altération du fonctionnement social et professionnel générée par le premier trouble cité déjà totalement invalidant. La juridiction cantonale a aussi fait sienne la qualification par l'expert psychiatre de l'intensité du trouble dépressif (épisode moyen) et l'évaluation du taux d'incapacité de travail en découlant dès lors que rien ne venait contredire ces éléments. Elle a enfin admis qu'une prise en charge médicale spécialisée suivie de mesures de réadaptation appropriées auraient pu contribuer à diminuer l'incapacité de travail retenue, mais n'a pas reproché à l'intimé de ne pas avoir entrepris ces démarches compte tenu des circonstances.
3.2 Il ressort ainsi de ce qui précède que l'acte attaqué offrait à l'office recourant suffisamment d'éléments pour être compris et contesté efficacement (sur le devoir de motivation, cf. notamment <ref-ruling> consid. 3.3 p. 445; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 540 et les références). Le recours est donc mal fondé sur ce point.
4. L'administration reproche à la juridiction cantonale d'avoir violé les principes permettant de déterminer si le trouble somatoforme douloureux revêtait ou non un caractère invalidant.
4.1 Ce grief révèle une constatation manifestement inexacte des faits qu'il convient de rectifier et de compléter d'office (cf. consid. 2). Si l'on peut assurément déduire du rapport d'expertise psychiatrique l'antériorité du trouble dépressif par rapport au trouble somatoforme, ainsi que la péjoration des conséquences du premier dès l'apparition du second, il n'en demeure pas moins que c'est la combinaison des deux diagnostics qui engendrait l'incapacité de travail dès novembre 2002, comme cela ressort distinctement de la cinquième partie de l'expertise. Le rapport complémentaire du docteur R._ peut susciter une certaine confusion dans la mesure où il n'est orienté que sur le trouble dépressif. Il ne change toutefois rien à ce qui précède.
4.2 Contrairement à la thèse adoptée par les premiers juges, on se trouve donc bel et bien dans une situation où la capacité résiduelle de travail de l'assuré est influencée par les effets de deux diagnostics, laquelle correspond en outre typiquement à un cas d'application de la jurisprudence développée en matière de trouble somatoforme douloureux, ce qui est du reste confirmé par le fait que c'est l'expression somatoforme des troubles présentés par l'assuré qui a justifié l'incapacité de travail depuis novembre 2002 et motivé la nouvelle demande de prestations; peu importe que l'un soit apparu avant l'autre; seul compte le fait que soit analysé leur impact commun. Il existe à cet égard une présomption selon laquelle un trouble somatoforme douloureux, une fibromyalgie ou toute affection dont l'étiologie est incertaine peuvent être surmontés par un effort de volonté raisonnablement exigible (<ref-ruling> consid. 4.2.1 p. 70 sv.). Le caractère exigible d'un tel effort apparaît en principe au terme de l'analyse de critères correctement rappelés par l'office recourant (cf. aussi <ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 71 sv.).
Même si les constatations de la juridiction cantonale à propos des critères mentionnés font totalement défaut, il convient toutefois d'y pallier d'office dans la mesure où il ressort de manière évidente de l'expertise psychiatrique sur laquelle elle se fonde que les critères en question ne sont pas remplis. Ainsi, le trouble dépressif récurrent, épisode actuel moyen - dont l'intensité est contestée par le service médical de l'administration - ne revêt de toute façon pas le caractère de gravité requis pour valoir comorbidité psychiatrique (cf. <ref-ruling> consid. 4.2.2 p. 71 et les références). De plus, les éléments anamnestiques récoltés montrent que l'assuré entretenait des contacts réguliers avec ses enfants, qu'il était engagé dans une relation amoureuse, qu'il suivait des cours d'informatique et de photographie et qu'il aimait voyager, de sorte que l'on ne saurait parler d'une perte d'intégration dans toutes les manifestations de la vie. Il apparaît également qu'aucun traitement psychiatrique n'a jamais été entrepris et que par conséquent il ne saurait être question de l'échec de traitements conformes aux règles de l'art. On ajoutera enfin qu'aucun autre critère ne se manifeste de façon suffisamment prégnante pour admettre que l'assuré était incapable de fournir l'effort de volonté que l'on pouvait raisonnablement exiger de lui. Il convient dès lors d'annuler le jugement attaqué et de confirmer la décision litigieuse.
5. Vu l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimé (<ref-law>) qui ne peut prétendre des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement du 28 avril 2009 du Tribunal cantonal genevois des assurances sociales est annulé
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal genevois des assurances sociales et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 16 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Cretton