Sachverhalt:
A. Im Rahmen eines Strafverfahrens gegen X._ wegen Geldwäscherei, Veruntreuung und allfälliger weiterer Delikte wurde am 1. September 2010 das Wohnhaus der Beschuldigten durchsucht. Es wurden diverse Akten und ein Laptop sichergestellt und auf Antrag von X._ versiegelt. In der Folge bezeichneten der Untersuchungsrichter und X._ gemeinsam jene Akten, die versiegelt bleiben sollen, jene, die zur Untersuchung freigegeben werden und jene, die für die Untersuchung nicht relevant sind. Das Kantonale Untersuchungsrichteramt stellte am 8. Oktober 2010 Antrag auf Entsiegelung jener Akten, welche auch nach der Triage noch versiegelt geblieben waren.
Am 3. März 2011 verfügte das Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau, dass die Akten beschlagnahmt bleiben. Das Gesuch der Beschuldigten um unbelastete Herausgabe wies es ab. Weiter ordnete es die Durchführung des Entsiegelungsverfahrens an. Die gesiegelten Akten würden dabei durch das Zwangsmassnahmengericht im Beisein der Parteien daraufhin geprüft, ob schützenswerte Geheimhaltungsinteressen einer Weitergabe an die Strafuntersuchungsbehörden entgegenstünden. Über die Entsiegelung des beschlagnahmten Laptops werde in einem separaten Verfahren entschieden.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht vom 4. April 2011 beantragt X._ die Aufhebung des Entscheids des Massnahmengerichts des Kantons Thurgau vom 3. März 2011. Die Akten seien nicht zu entsiegeln und umgehend der Beschwerdeführerin herauszugeben. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Das Zwangsmassnahmengericht und die Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität des Kantons Thurgau beantragen in ihrer jeweiligen Vernehmlassung, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten, eventualiter sei sie abzuweisen. In ihrer Stellungnahme dazu hält die Beschwerdeführerin im Wesentlichen an ihren Anträgen und Rechtsauffassungen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> beurteilt das Bundesgericht Beschwerden gegen Entscheide in Strafsachen. Der angefochtene Entscheid datiert vom 3. März 2011. Anwendbar ist deshalb die am 1. Januar 2011 in Kraft getretene Schweizerische Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0; siehe Art. 453 f. StPO und Urteil 1B_411/2010 vom 7. Februar 2011 E. 1.3 mit Hinweisen). Die Siegelung wird in <ref-law> geregelt. Nach Abs. 3 dieser Bestimmung entscheidet das Zwangsmassnahmengericht im Vorverfahren über ein Entsiegelungsgesuch endgültig. Der Entscheid ist somit kantonal letztinstanzlich (<ref-law>, <ref-law>).
1.2 Das Zwangsmassnahmengericht prüfte im angefochtenen Entscheid, ob die Entsiegelung im Grundsatz zulässig ist. Da ein hinreichender Tatverdacht bezüglich Geldwäscherei und Veruntreuung bestehe und augenscheinlich sei, dass die beschlagnahmten und versiegelten Akten relevante Informationen enthielten, sei dies der Fall. Das Zwangsmassnahmengericht führte weiter aus, dass in einem zweiten, noch zu erfolgenden Schritt zu prüfen sei, ob in Bezug auf die einzelnen Aktenstücke überwiegende Interessen der Entsiegelung entgegenstünden.
Mit dem angefochtenen Entscheid wurde das Strafverfahren gegen die Beschwerdeführerin nicht abgeschlossen. Es liegt ein Zwischenentscheid im Sinne von <ref-law> vor, welcher nur dann der Beschwerde ans Bundesgericht unterliegt, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Abs. 1 lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (Abs. 1 lit. b). Diese beiden alternativen Voraussetzungen sind im Folgenden zu prüfen.
1.3 Die Beschwerdeführerin erblickt einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil darin, dass ihre geschützten Geheimhaltungsinteressen verletzt würden. Der Staatsanwaltschaft würde es durch den nächsten Verfahrensschritt ermöglicht, Kenntnis von den Anwaltsakten zu nehmen. Der dadurch entstandene Schaden sei irreversibel.
Die Beschwerdeführerin verkennt, dass die Vorinstanz über die Entsiegelung noch nicht entschieden, sondern erst die Durchführung des dazu notwendigen Verfahrens verfügt hat. Bei diesem Verfahren hat der Entsiegelungsrichter sicherzustellen, dass die Staatsanwaltschaft noch keine Detailkenntnisse über den Inhalt der Akten erhält. Gleiches hatte das Untersuchungsrichteramt übrigens auch schon bei der Triage des beschlagnahmten Materials zu beachten, welche zusammen mit der Beschwerdeführerin bzw. deren Rechtsvertretern im Nachgang zur Hausdurchsuchung durchgeführt wurde (Urteil 1B_200/2007 vom 15. Januar 2008 E. 2.6 mit Hinweisen). Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil liegt aufgrund dieser Pflicht weder im einen noch im andern Fall vor (a.a.O., E. 2.3 mit Hinweisen; zum Ganzen: zur Publikation vorgesehenes Urteil 1B_412/2010 vom 4. April 2011 E. 4 mit Hinweisen).
1.4 <ref-law> fällt ebenfalls ausser Betracht. Die Gutheissung der Beschwerde würde das Strafverfahren, in welchem die Beschwerdeführerin Beschuldigte ist, nicht abschliessen. Zudem legt das Bundesgericht die Voraussetzung, wonach die Gutheissung der Beschwerde einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen muss, im Strafverfahren restriktiv aus (Urteil 6B_782/2008 vom 12. Mai 2009 E. 1.4 mit Hinweisen, in: Pra 2009 Nr. 115 S. 787). Der Aufwand, der dadurch entsteht, dass das Zwangsmassnahmengericht im Beisein der Parteien die versiegelten Akten daraufhin prüft, ob schützenswerte Geheimhaltungsinteressen einer Weitergabe an die Strafuntersuchungsbehörden entgegenstehen, erfüllt diese Voraussetzung nicht.
2. Es ergibt sich, dass auf die Beschwerde nicht einzutreten ist. Diesem Verfahrensausgang entsprechend werden die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin auferlegt (<ref-law>). Sie hat keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Staatsanwaltschaft für Wirtschaftsstraffälle und Organisierte Kriminalität sowie dem Zwangsmassnahmengericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Juni 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Fonjallaz Dold