Sachverhalt:
A. G._ (geb. 1959) war zuletzt vom 15. Mai 2000 bis zur Auflösung des Arbeitsverhältnisses wegen schlechter Wirtschaftslage auf 31. Mai 2002 als Hilfsarbeiterin in der Firma Q._ AG beschäftigt (Herstellung von Verpackungsmaterial). Am 3. Juni 2002 eröffnete ihr die Öffentliche Arbeitslosenkasse des Kantons Aargau eine Rahmenfrist zum Bezug von Arbeitslosenentschädigung, wobei die Versicherte ab 30. November 2002 als nicht vermittlungsfähig galt. Ab 1. Oktober 2002 richtete ihr die Winterthur Versicherungen Krankentaggeld aus.
Am 7./12. Januar 2004 meldete sich G._ unter Hinweis auf seit 1. Oktober 2002 bestehende Rückenbeschwerden bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug an. In medizinischer Hinsicht holte die IV-Stelle des Kantons Aargau einen Bericht des behandelnden Dr. med. H._, Arzt für Allgemeine Medizin FMH, vom 18. Februar 2004 ein, dem ein Bericht der Klinik X._ vom 12. November 2002 beilag. Am 16. November 2004 äusserte sich Dr. med. H._ über den Verlauf, was die IV-Stelle veranlasste, sich bei der Rehaklinik Y._ zu erkundigen (Bericht vom 6. Dezember 2004 mitsamt Austrittsbericht vom 29. Oktober 2003 über die Hospitalisation vom 23. September bis 14. Oktober 2003). Gestützt auf diese Abklärungen lehnte die IV-Stelle den Anspruch auf Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 10 % ab (Verfügung vom 22. April 2005), was sie auf Einsprache hin und nach Beizug eines Berichtes des neu behandelnden Rheumatologen Dr. med. B._ vom 1. Juli 2005 durch Einspracheentscheid vom 18. Oktober 2005 bestätigte.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 13. September 2006 ab.
C. G._ lässt Verwaltungsgerichtsbeschwerde führen mit dem Rechtsbegehren, es seien der kantonale Gerichtsentscheid aufzuheben und die Sache "zur weiteren Abklärung (Einholung eines interdisziplinären rheumatologischen/orthopädischen und psychiatrischen Gutachtens) an die Vorinstanz, eventuell an die IV-Stelle zurückzuweisen"; subeventuell sei ihr ab 1. Oktober 2003 eine ganze Invalidenrente nebst Zusatzrente für den Ehemann und Kinderrenten zuzusprechen. Ferner wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege, einschliesslich der unentgeltlichen Verbeiständung, ersucht. Auf die einzelnen Vorbringen wird, soweit erforderlich, in den Erwägungen eingegangen.
Das Versicherungsgericht verzichtet auf Bemerkungen zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde; die IV-Stelle beantragt deren Abweisung. Das Bundesamt für Sozialversicherungen hat von einer Vernehmlassung abgesehen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach dem bis Ende 2006 in Kraft gestan-denen Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (Art. 132 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. Der angefochtene Entscheid betrifft Leistungen der Invalidenversicherung. Das Bundesgericht prüft daher nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzte, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt wurde (Art. 132 Abs. 2 OG [in der Fassung gemäss Ziff. III des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 2005 über die Änderung des IVG, in Kraft seit 1. Juli 2006] in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
3. Das Administrativverfahren vor der IV-Stelle, welches zur Verfügung und - im Bestreitungsfall - zum Einspracheentscheid führt, wie auch der kantonale Sozialversicherungsprozess sind vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht (Art. 43 Abs. 1, Art. 61 lit. c ATSG). Danach haben IV-Stelle und Sozialversicherungsgericht den rechtserheblichen Sachverhalt von Amtes wegen festzustellen. Diese Untersuchungspflicht dauert so lange, bis über die für die Beurteilung des streitigen Anspruchs erforderlichen Tatsachen hinreichende Klarheit besteht. Der Untersuchungsgrundsatz weist enge Bezüge zum - auf Verwaltungs- und Gerichtsstufe ebenfalls in gleicher Weise geltenden - Prinzip der freien Beweiswürdigung (Art. 61 lit. c in fine ATSG; Ueli Kieser, ATSG-Kommentar, Zürich/Basel/Genf 2003, N 26 zu Art. 43) auf (einschliesslich die antizipierte Beweiswürdigung; vgl. <ref-ruling> E. 4b S. 94, 122 V 157 E. 1d S. 162): Führt die pflichtgemässe, umfassende und sachbezogene Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 3a S. 352) den Versicherungsträger oder das Gericht zur Überzeugung, der Sachverhalt sei hinreichend abgeklärt, darf von weiteren Untersuchungen (Beweismassnahmen) abgesehen werden. Ergibt die Beweiswürdigung jedoch, dass erhebliche Zweifel an Vollständigkeit und/oder Richtigkeit der bisher getroffenen Tatsachenfeststellungen bestehen, ist weiter zu ermitteln, soweit von zusätzlichen Abklärungsmassnahmen noch neue wesentliche Erkenntnisse zu erwarten sind.
4. Streitig ist aufgrund der Anträge und Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde, ob die Vorinstanz Bundesrecht verletzt hat, indem sie eine die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit erheblich beeinträchtigende physische oder psychische Gesundheitsschädigung und damit eine invalidisierende Krankheitswertigkeit ohne weitere Abklärungen verneint hat.
4.1 Das kantonale Gericht ging von den Angaben des Dr. med. H._ in seinem ersten Bericht vom 18. Februar 2004 aus, wonach die Rückenbeschwerden (mediale Hernierung L5/S1) überhaupt keine Arbeitsunfähigkeit verursachen; jegliche leichte Tätigkeiten im Verkauf oder in der Produktion könnten ausgeübt werden, wobei das Heben schwerer Lasten zu vermeiden sei. Im Verlaufsbericht vom 16. November 2004 gab Dr. med. H._ zusätzliche Kniebeschwerden (Meniskusriss, Gonarthrose, Kreuzbandruptur) und Adipositas an, weswegen die Beschwerdeführerin Probleme mit Gehen und längerem Stehen habe. Am 6. Dezember 2004 berichtete die Rehaklinik Y._ von einem chronischen lumbospondylogenen Syndrom bei Verdacht auf lumbale Instabilität, medialer Diskusprotrusion L5/S1 und Symptomausbreitung seit Oktober 2002; es müsse von einer Schmerzchronifizierung und -verarbeitungsstörung ausgegangen werden, und der stationäre Verlauf sei protrahiert; subjektiv hätten sich die Beschwerden der depressiv wirkenden Versicherten nicht verändert, objektiv sei eine Verbesserung des Bewegungsmusters und eine leichte Erhöhung der allgemeinen Belastbarkeit festzustellen gewesen; ein Rückfall in das vor dem Rehabilitationsaufenthalt bestehende Vermeidungs- und Schonverhalten müsse befürchtet werden. Die Ärzte der Rehaklinik schätzten die Beschwerdeführerin aus medizinisch-rheu-matologischer Sicht für eine rückengeeignete Tätigkeit (mit wechselnder Belastung im Stehen, Gehen und Sitzen) als 100 % arbeitsfähig ein. Weitere funktionelle Einschränkungen ergeben sich aufgrund des zusätzlichen Knieleidens für Tätigkeiten mit langem Stehen, längeren Gehstrecken oder knienden/ kauernden Körperpositionen, die nicht mehr zumutbar sind (Bericht des medizinischen Dienstes der IV-Stelle vom 5. April 2005). Die Vorinstanz stellte auf diese als beweiskräftig erachteten medizinischen Beurteilungen ab und sah in dem im Einspracheverfahren beigezogenen Bericht des neuen Hausarztes Dr. med. B._ vom 1. Juni 2005 keinen Anlass zu einer abweichenden Entscheidung. Zur Begründung führte sie an, der hausärztliche Bericht beurteile einzig die unveränderten somatischen Befunde anders als die Rheumatologie-Fachärzte der Rehaklinik, und zwar aufgrund des unbefriedigenden Krankheitsverlaufs, insbesondere aber aufgrund des ungünstigen sozialen Umfeldes mit fehlender Berufsbildung und minimalen Sprachkenntnissen; dies aber sei - ebenso wenig wie die Zementierung des Beschwerdebildes durch die Adipositas und depressive Entwicklung - nicht massgebend. Angesichts der überzeugenden Schlussfolgerungen der Rehaklinik zur "objektiv und aus gesamtmedizinischer bzw. multidisziplinärer Sicht" vorhandenen Arbeitsfähigkeit erübrige sich eine "erneute Begutachtung", zumal hievon keine neuen, rechtserheblichen Erkenntnisse über das körperlich und psychisch objektiv zumutbare Arbeitsausmass zu erwarten seien.
4.2 Die Beschwerdeführerin rügt eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung und eine Verletzung von Bundesrecht durch die Vorinstanz. Diese habe die Notwendigkeit einer "erneuten Begutachtung" verneint und damit den Bericht der Rehaklinik Y._ vom 29. Oktober 2003 offensichtlich unrichtig als Gutachten qualifiziert, handle es sich doch dabei vielmehr um einen einfachen Arztbericht, nämlich um "einen an den Hausarzt gerichteten Austrittsbericht über den Rehabilitationsaufenthalt der Beschwerdeführerin im Zeitraum vom 23. September bis 14. Oktober 2003". Ebenfalls offensichtlich keine Gutachtensqualität habe der Bericht der Rehaklinik vom 6. Dezember 2004, welcher den Fragenkatalog der IV-Stelle vom 9. November 2004 beantworte und sich dabei ausschliesslich auf den (nach letztmaliger Untersuchung am 14. Oktober 2003) verfassten Austrittsbericht vom 29. Oktober 2003 stütze.
4.3 Die Rüge ist begründet. (Verlaufs-)Berichte der behandelnden (Spezial-)Ärztinnen und Ärzte können - im Hinblick auf die Verschiedenheit von Behandlungs-/Therapieauftrag einerseits und Begutachtungsauftrag andererseits - nicht als medizinische Administrativgutachten gelten (zuletzt Urteil I 701/05 vom 5. Januar 2007, E. 2 in fine mit zahlreichen Hinweisen, insbesondere <ref-ruling> E. 4 S. 175). Dies heisst nicht, dass die IV-Stelle in jedem Fall ein internes versicherungsärztliches oder ein externes Administrativgutachten einzuholen hätte. Der Verzicht auf Beweisweiterungen und das alleinige Abstellen auf die Berichte der behandelnden Ärztinnen und Ärzte (der unterschiedlichen Fachrichtungen) sind jedoch nur zulässig, wenn diese ein stimmiges und vollständiges Bild des Gesundheitszustandes abgeben (vgl. auch Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts I 879/05 vom 27. September 2006, E. 3.3 mit Hinweisen). Dies trifft hier nicht zu. Die Beschwerdeführerin rügt zu Recht, dass der Bericht der Rehaklinik die rechtsprechungsgemässen Anforderungen an ein beweistaugliches Gutachten nicht erfüllt. Zur Frage, wie sich der Gesundheitszustand bis zum massgeblichen Zeitpunkt des Einspracheentscheides (<ref-ruling> E. 1 S. 169) am 18. Oktober 2005 entwickelte, hat die Vorinstanz den Bericht des Dr. med. B._ vom 1. Juni 2005 in dem Sinne gewürdigt, dass dieser die Arbeitsunfähigkeit (bei unveränderten somatischen Befunden) "insbesondere" mit invaliditätsfremden Argumenten begründe, was sich indessen dem Aktenstück so nicht entnehmen lässt und daher offensichtlich unrichtig ist. Im Übrigen ist die Vorinstanz daran zu erinnern, dass bei schwerwiegenden chronischen Schmerzstörungen - welchen Formenkreises auch immer -, in der Regel eine psychiatrische Abklärung angezeigt ist (<ref-ruling> E. 1 S. 50; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 353; für Fibromyalgie: <ref-ruling> E. 4.3 S. 72), zu der es im Falle der Beschwerdeführerin nicht gekommen ist.
5. Obsiegt die Beschwerdeführerin in dem Sinne, dass die Sache zur Aktenergänzung an die IV-Stelle zurückzuweisen ist, entsteht ihr Anspruch auf Parteientschädigung zulasten der Gegenpartei (Art. 159 Abs. 1 und 2 in Verbindung mit Art. 135 OG), welche auch die Gerichtskosten zu tragen hat (Art. 134 zweiter Satz OG [in der von 1. Juli bis 31. Dezember in Kraft gestandenen Fassung] in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1 und Art. 135 OG). Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist damit gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 13. September 2006 und der Einspracheentscheid vom 18. Oktober 2005 aufgehoben und die Sache an die IV-Stelle des Kantons Aargau zurückgewiesen, damit sie, nach Aktenergänzung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten in Höhe von Fr. 500.- werden der IV-Stelle des Kantons Aargau auferlegt.
3. Die IV-Stelle des Kantons Aargau hat der Beschwerdeführerin für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 2500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
4. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau hat über die Parteientschädigung an die Beschwerdeführerin für das vorinstanzliche Verfahren, entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses, zu entscheiden.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau, der Ausgleichskasse des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 29. März 2007
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: