Sachverhalt:
A. In Bremgarten (AG) führt X._ zusammen mit Z._ das Ingenieurbüro A._ in der Rechtsform einer einfachen Gesellschaft. Ebenfalls zusammen mit Z._ ist er an zwei weiteren einfachen Gesellschaften beteiligt, die in den Vereinigten Staaten von Amerika (USA) Liegenschaften erworben, erschlossen und überbaut haben, welche sie anschliessend parzellenweise verkauften.
B. Am 28. März 2002 wurden X._ und Y._ von der Steuerverwaltung des Kantons Aargau für die direkte Bundessteuer 1995/96 mit einem steuerbaren Einkommen von 412'900 Franken (satzbestimmend: 296'700 Franken) veranlagt. Nach erfolglosem Einspracheverfahren gelangten die Steuerpflichtigen an das Steuerrekursgericht des Kantons Aargau, welches die streitige Veranlagung mit Entscheid vom 14. Dezember 2005 ebenso schützte wie anschliessend das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau (Urteil vom 14. November 2006). Alle befassten Behörden lehnten es ab, die von den Beschwerdeführern auf den Beteiligungen in Florida geltend gemachten Wertminderungen steuerlich zu berücksichtigen.
C. Am 15. Januar 2007 haben X._ und Y._ beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid aufzuheben. Sie verlangen weiter, beim Einkommen des Jahres 1994 auf den Beteiligungen in den USA eine Wertberichtigung in der Höhe von 463'893 Franken vorzunehmen und anschliessend Vermögen und Steuerausscheidung entsprechend anzupassen. Zudem seien bei Letzterer entweder sämtliche Schuldzinsen einheitlich objektmässig oder proportional zu verteilen.
Die Steuerverwaltung des Kantons Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen je die Abweisung der Beschwerde, während das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau auf Stellungnahme verzichtet hat.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Der angefochtene Entscheid des Aargauer Verwaltungsgerichts ist vor dem Inkrafttreten des neuen Bundesgerichtsgesetzes (BGG; SR 173.110) am 1. Januar 2007 ergangen, weshalb auf das vorliegende Verfahren noch das bis Ende 2006 geltende Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) Anwendung findet (vgl. <ref-law>).
1.2 Es handelt sich dabei um einen auf öffentliches Recht des Bundes gestützten letztinstanzlichen kantonalen Endentscheid, der mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden kann (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit <ref-law> und Art. 98 lit. g OG sowie Art. 146 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11] in seiner ursprünglichen Fassung). Als im kantonalen Verfahren unterlegene Steuerpflichtige sind die Beschwerdeführer zu diesem Rechtsmittel legitimiert (Art. 103 lit. a OG). Unzulässig ist allerdings ihr Antrag, Vermögen und Steuerausscheidung entsprechend der verlangten Wertberichtigung anzupassen. Wie die Vorinstanz richtig erwogen hat, erhebt der Bund keine Vermögenssteuern, weshalb es für dieses Begehren an einem Rechtsschutzinteresse fehlt; insoweit ist nicht auf die Beschwerde einzutreten.
1.3 Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann vorliegend die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und lit. b OG), nicht jedoch die Unangemessenheit des angefochtenen Entscheids (vgl. Art. 104 lit. c OG). Hat - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden, ist das Bundesgericht an deren Sachverhaltsfeststellung gebunden, sofern diese nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen erfolgt ist (Art. 105 Abs. 2 OG). Im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren wendet das Bundesgericht das (Bundes-)Recht von Amtes wegen an. Es ist gemäss Art. 114 Abs. 1 OG nicht an die Begründung der Parteibegehren gebunden und kann die Beschwerde auch aus anderen als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (BGE 132 Il 47 E. 1.3 S. 50).
2. 2.1 Die in Bremgarten (AG) wohnhaften Beschwerdeführer sind in der Schweiz aufgrund persönlicher Zugehörigkeit grundsätzlich unbeschränkt steuerpflichtig; ihre Steuerpflicht erstreckt sich allerdings nicht auf Geschäftsbetriebe, Betriebsstätten und Grundstücke im Ausland (<ref-law>). Der Beschwerdeführer hat als Teilhaber einfacher Gesellschaften gemäss <ref-law> Grundstücke in Florida (USA) erworben und nach ihrer Erschliessung und Überbauung parzellenweise weiterverkauft. Er betätigte sich mithin im Ausland als Liegenschaftenhändler, wobei seine Anteile an den fraglichen einfachen Gesellschaften Geschäftsvermögen bildeten. Es lagen jedoch in den USA keine Betriebsstätten im Sinne von <ref-law> vor, zumal Grundstücke, welche Liegenschaftenhändler oder Generalbauunternehmer zwecks Ausübung ihrer Geschäftstätigkeit halten, in aller Regel blosses Umlaufvermögen darstellen und damit keine ausländische Betriebsstätte begründen (vgl. Urteil 2A.409/1997, in: NStP 54/2000 S. 19, E. 2b). Damit liegt hier ausländisches Geschäftsvermögen in der Form von Grundstücken (und nicht von Betriebsstätten) vor, das - einschliesslich der daraus fliessenden Einkünfte - der Schweizer Steuerhoheit entzogen ist. Die Besteuerung von Einkünften aus unbeweglichem Vermögen ist auch gemäss dem einschlägigen Doppelbesteuerungsrecht dem Liegenschaftsstaat zugewiesen, wobei hier - zumal Steuern der Veranlagungsperiode 1995/96 in Frage stehen - noch nicht das am 19. Dezember 1997 in Kraft getretene (und erst auf die Steuern des Jahres 1998 anwendbare) Abkommen vom 2. Oktober 1996 zwischen der Schweizerischen Eidgenossenschaft und den Vereinigten Staaten von Amerika zur Vermeidung der Doppelbesteuerung auf dem Gebiet der Steuern vom Einkommen (DBA-USA, SR 0.672.933.61) massgebend ist, sondern Art. IX Abs. 1 und Art. XV Abs. 1 lit. b des alten Abkommens vom 24. Mai 1951 (aDBA-USA; AS 1951 S. 892).
2.2 Für eine korrekte Veranlagung im internationalen Verhältnis reicht jedoch nicht aus, die Einkünfte einem Staat zur Besteuerung zuzuweisen, sondern es muss zusätzlich auch die Behandlung von allfällig damit verbundenen Aufwendungen und der Schuldzinsen geklärt werden. Anders als die übrigen Doppelbesteuerungsabkommen regelt jenes mit den USA diese letztere Frage selber (vgl. Peter Locher, Einführung in das internationale Steuerrecht der Schweiz, 3. Auflage, Bern 2005, S. 314): Nach Art. IX Abs. 2 aDBA-USA (vgl. auch Art. 6 Abs. 5 DBA-USA) kann die in der Schweiz wohnhafte Person für ihre Einkünfte aus unbeweglichem Vermögen die sog. Nettobesteuerung wählen, welche dazu führt, dass sie in den USA auf Nettobasis besteuert wird; diesfalls wird sie gleich behandelt, wie wenn sie dort eine Betriebsstätte unterhalten würde (Näheres bei: Kurt Locher, Handbuch und Praxis der schweizerisch-amerikanischen Doppelbesteuerungsabkommen, Band I, Basel 1957, S. 102 f.). Daraus folgt umgekehrt, dass die Aufwendungen, welche in den USA im Rahmen der Nettobesteuerung zum Abzug gebracht werden können, nur dort und nicht auch in der Schweiz zu berücksichtigen sind. Diese Regelung entspricht <ref-law>, der - ausser für Betriebsstätten - ausdrücklich vorschreibt, dass sich "Auslandsverluste" ausschliesslich satzbestimmend auswirken (vgl. Peter Athanas/Giueseppe Giglio, in: Zweifel/ Athanas [Hrsg.], Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, Band I/2a: Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, 2. Auflage, Basel 2008, N 44 und 92 f. zu Art. 6; Peter Locher, Kommentar zum DBG, Therwil/Basel 2001, N 43 zu Art. 6; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 70 zu Art. 6).
2.3 Die vom Beschwerdeführer auf seinen ausländischen Beteiligungen geltend gemachten Wertberichtigungen können nach dem Gesagten zum Vornherein nicht von der Bemessungsgrundlage in der Schweiz abgezogen werden. Sie wären allerdings bei der Bestimmung des anwendbaren Steuersatzes zu berücksichtigen, wenn sie - sei es mittels einer eigentlichen Buchhaltung oder bloss in der Form einer Aufstellung über Aktiven und Passiven sowie Einnahmen und Ausgaben (vgl. <ref-law>) - rechtsgenüglich nachgewiesen worden wären. Die Beschwerdeführer haben ihrer Steuererklärung jedoch keinerlei Beweismittel beigelegt und auch im Rechtsmittelverfahren nur Dokumente eingereicht, denen die Vorinstanz jeden Beweiswert abgesprochen hat. Weshalb die dahingehende Sachverhaltsfeststellung und Beweiswürdigung des Verwaltungsgerichts offensichtlich unrichtig sein sollte, ist weder ersichtlich noch dargetan. Auf die Ausführungen der Beschwerdeführer zu den eingereichten Aufzeichnungen ist deshalb nicht näher einzugehen (vgl. E. 1.3).
3. Zu beurteilen bleibt die Verteilung der Schuldzinsen auf die Schweiz und die USA, wie sie die Vorinstanzen vorgenommen haben.
3.1 Nach schweizerischer Praxis werden Schuldzinsen im interkantonalen und internationalen Verhältnis proportional zur Lage der Aktiven auf die Staaten verteilt (Urteil 2P.308/1995, in: StR 52/1997 S. 515, E. 2b; vgl. auch ASA 33 S. 53 f. sowie Peter Locher, Einführung in das internationale Steuerrecht der Schweiz, S. 484). Einzig für Liegenschaftenhändler galt bisher eine Sonderregel, gemäss welcher die Schuldzinsen an die Grundstücke gebunden waren und deshalb objektmässig auf die betroffenen Staaten bzw. Kantone verteilt wurden (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 319 f.). Die Vorinstanz hat dementsprechend die Schuldzinsen auf dem Fremdkapital, das zur Finanzierung der Grundstücke in den USA aufgenommen worden war, objektmässig ausgeschieden und verlegt, die übrigen Schuldzinsen aber proportional nach der Lage der Aktiven verteilt.
3.2 In seiner neusten Rechtsprechung zur interkantonalen Steuerausscheidung hat das Bundesgericht die geschilderte Sonderregelung für Liegenschaftenhändler aufgegeben. Das bisherige System der objektmässigen Ausscheidung hatte hinsichtlich der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (vgl. <ref-law>) insoweit Probleme bereitet, als nur schwer sichergestellt werden konnte, dass der Steuerpflichtige im interkantonalen Verhältnis auch tatsächlich sämtliche Schuldzinsen zum Abzug zu bringen vermochte. Letztlich erwies sich das allgemeine System eines quotenmässigen Abzugs der Schuldzinsen proportional zu den Aktiven auch für das unbewegliche Geschäftsvermögen der Liegenschaftenhändler als sachgerechte und praktikable Lösung (<ref-ruling> E. 6.3 S. 25 f.). Diese für das interkantonale Verhältnis beschlossene Praxisänderung ist ohne weiteres auf die Besteuerung von Liegenschaftenhändlern im internationalen Verhältnis auszudehnen. Weil die von der Vorinstanz geschützte Steuerausscheidung noch nach der bisherigen Sonderregelung erfolgte, verstösst der angefochtene Entscheid insoweit gegen Bundesrecht. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist - soweit auf sie einzutreten ist - teilweise gutzuheissen, der angefochtene Entscheid aufzuheben und die Vorinstanz anzuweisen, sämtliche Schuldzinsen proportional nach der Lage der Aktiven zu verlegen.
4. Dem Verfahrensausgang entsprechend sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu drei Vierteln den Beschwerdeführern (unter Solidarhaft) und zu einem Viertel dem Kanton Aargau, der im vorliegenden Verfahren Vermögensinteressen wahrnimmt, aufzuerlegen (Art. 153 und Art. 153a in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1, Abs. 2 und Abs. 7 OG). Eine Parteientschädigung ist praxisgemäss nicht auszurichten, zumal die teilweise obsiegenden Beschwerdeführer nicht anwaltlich vertreten sind (vgl. Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird, soweit darauf einzutreten ist, teilweise gutgeheissen und das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 14. November 2006 insoweit aufgehoben. Die Sache wird zur neuen Veranlagung im Sinn der Erwägungen an das Steueramt des Kantons Aargau zurückgewiesen. Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau hat über die Kosten des kantonalen Verfahrens neu zu entscheiden.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird zu drei Vierteln den Beschwerdeführern unter Solidarhaft und zu einem Viertel dem Kanton Aargau auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Steuerverwaltung des Kantons Aargau, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung (Hauptabteilung Direkte Bundessteuer, Verrechnungssteuer, Stempelabgaben) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. August 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Fux