Sachverhalt:
A. Zwischen X._ e.K. (Einzelkaufmann nach deutschem Handelsrecht; Beschwerdeführer) als Unternehmer und der Politischen Gemeinde I._ (Beschwerdegegnerin) als Bestellerin besteht ein Werkvertrag vom 13./21. März 2006 betreffend die Herstellung, Lieferung und den Einbau einer Ultrafiltrationsanlage im Reservoir N._ zur Trinkwasseraufbereitung. Der Werkvertrag wurde basierend auf dem Normenwerk der SIA-Norm 118 (Allgemeine Bedingungen für Bauarbeiten) verfasst; vereinbart wurde ein Werklohn von Fr. 215'404.00 (zzgl. MwSt) und als Gerichtsstand wurden die für I._ örtlich zuständigen Gerichte vereinbart. Die Anlage wurde im Juli 2006 in Betrieb genommen. Es kam zu Beanstandungen, über deren Ursache die Parteien uneins sind. Das Abnahmeprotokoll vom 8. August 2007 wurde nicht unterschrieben. Am 15. Oktober 2008 erklärte die Beschwerdegegnerin gegenüber dem Beschwerdeführer den Rücktritt vom Vertrag und forderte die Rückerstattung der geleisteten Zahlungen nebst Zins sowie die Rücknahme der gelieferten Anlage.
B. B.a Am 23. April 2009 wandte sich die Beschwerdegegnerin an das Kreisgerichtspräsidium Rheintal und ersuchte um vorsorgliche Beweissicherung durch Anordnung einer Expertise auf Feststellung von namentlich genannten und allfälligen weiteren Mängeln an der Ultrafiltrationsanlage im Reservoir N._ sowie um Feststellung von deren Ursachen und Umfang. Der Beschwerdeführer beantragte die Abweisung des Gesuchs.
B.b Durch Vermittlung des Gerichts wurde am 21./22. Juli 2009 eine Prozessvereinbarung geschlossen, in der sich die Parteien auf die Durchführung einer Expertise und die Beauftragung der Experten Dr. Pronk und Prof. Dr. Ing. Dr. h.c. Kottke sowie auf einen vorläufigen Fragenkatalog einigten. Im Laufe der Begutachtung stellte der inzwischen zuständige Einzelrichter fest, dass das Konzept der Doppelbegutachtung mangels Einigkeit der Gutachter als gescheitert anzusehen sei, und teilte nach Vorliegen zweier getrennter Stellungnahmen der genannten Gutachter den Parteien schliesslich den Abbruch der Begutachtung mit. Am 4. Juni 2010 fanden Vergleichsverhandlungen statt, die indessen scheiterten.
B.c Daraufhin schlug die Beschwerdegegnerin Dr. Ing. Stefan Panglisch als Experten vor. Der Beschwerdeführer lehnte diesen ab, weil er einerseits fachlich nur bedingt kompetent, vor allem aber befangen sei, da er (1.) durch eine auf Seiten der Beschwerdegegnerin stark involvierte Person bereits über den Sachverhalt orientiert worden sei, (2.) Koordinator eines Projektes sei, an dem eine Mitbewerberin des Beschwerdeführers (Z._ AG) massgeblich beteiligt sei und (3.) er in der Vergangenheit Informationen vom Beschwerdeführer ausdrücklich abgelehnt habe; Der Beschwerdeführer schlug Dr. Ing. Carsten Gollnisch als Experten vor.
Mit Verfügung vom 20. Juli 2010 ernannte das Kreisgericht Dr. Panglisch zum Experten.
B.d Am 2. August 2010 stellte der Beschwerdeführer ein Wiedererwägungsgesuch mit dem Antrag, die Ernennung zu widerrufen und Dr. Gollnisch oder eine Drittperson als Gutachterin oder Gutachter einzusetzen; zur Begründung wurde wiederum hauptsächlich die Konkurrenzsituation zur Unternehmung Z._ AG ins Feld geführt, mit der Dr. Panglisch eng zusammenarbeite. Am 7. September 2010 wies das Kreisgericht das Wiedererwägungsgesuch ab.
B.e Dr. Panglisch übermittelte sein vom März 2011 datiertes Gutachten am 17. März 2011. Im Rahmen der Bereinigung der beidseits vorgebrachten Ergänzungsfragen stellte der Beschwerdeführer am 5. September 2011 die Anträge, es sei das Gutachten aus den Akten zu weisen, ein neuer Gutachter einzusetzen und der Kostenvorschuss bei der Beschwerdegegnerin zu erheben. Eventualiter sei der Einsetzungsentscheid in Wiedererwägung zu ziehen, das Gutachten aus dem Recht zu weisen und ein unabhängiger Gutachter einzusetzen, und subeventualiter sei der vorgebrachte Fragenkatalog zu unterbreiten. Das Kreisgericht wies die Anträge und das Wiedererwägungsgesuch am 13. Oktober 2011 ab und unterbreitete Dr. Panglisch einen umfangreichen Katalog an Ergänzungsfragen.
B.f Am 22. Dezember 2011 legte Dr. Panglisch das Ergänzungsgutachten vom November 2011 vor. Im Begleitbrief teilte er mit, er werde per 15. April 2012 die Leitung der Entwicklung der Z._ AG übernehmen, was aber seine Gutachtertätigkeit nicht beeinflusst habe. Am 22. Dezember 2011 übermittelte das Kreisgericht das Gutachten den Parteien zur allfälligen Stellung von weiteren Ergänzungsfragen, wobei es vorab darauf hinwies, dass der berufliche Wechsel des Experten keinen Ausstandsgrund darstelle.
Der Beschwerdeführer stellte daraufhin am 16. Januar 2012 erneut ein Wiedererwägungsgesuch betreffend die Einsetzung von Dr. Panglisch als Experten. Das Kreisgericht wies das Gesuch am 3. Februar 2012 wiederum ab und unterbreitete dem Experten gleichzeitig diverse Ergänzungsfragen.
B.g Mit Eingabe vom 16. Februar 2012 erhob der Beschwerdeführer Beschwerde beim Kantonsgericht St. Gallen mit den Anträgen, es sei die prozessleitende Verfügung des Einzelrichters vom 3. Februar 2012 aufzuheben; es sei Dr. Panglisch der Auftrag zur Ausarbeitung eines Gutachtens zu entziehen, das in den Akten liegende Gutachten vom März 2011 und das Ergänzungsgutachten vom November 2011 seien aus dem Recht zu weisen und die Vorinstanz zur Einsetzung einer unabhängigen Drittperson als Gutachter oder Gutachterin anzuweisen.
Noch während laufender Frist zur Beschwerdeantwort, am 20. März 2012, hatte das Kreisgericht den Parteien das zwischenzeitlich am 2. März 2012 eingegangene, vom Februar 2012 datierte zweite Ergänzungsgutachten zugehen lassen. Der Beschwerdeführer stellte darauf am 26. März 2012, unter Berufung auf die Entdeckung neuer Tatsachen, beim Kreisgericht ein viertes Wiedererwägungsgesuch. In der Folge wurde das Beschwerdeverfahren vor Kantonsgericht bis zum Entscheid über das neuerliche Wiedererwägungsgesuch sistiert. Am 23. Mai 2012 wies das Kreisgericht auch dieses Wiedererwägungsgesuch ab.
Mit Eingabe vom 4. Juni 2012 erhob der Beschwerdeführer auch gegen den Entscheid vom 23. Mai 2012 Beschwerde beim Kantonsgericht. Er beantragte, es sei die prozessleitende Verfügung des Einzelrichters vom 23. Mai 2012 aufzuheben und Dr. Panglisch der Auftrag zur Ausarbeitung eines Gutachtens zu entziehen, es seien das in den Akten liegende Gutachten vom März 2011 sowie die Ergänzungsgutachten vom November 2011 und vom Februar 2012 aus dem Recht zu weisen und das Kreisgericht sei anzuweisen, eine unabhängige Drittperson als Gutachter oder Gutachterin einzusetzen.
Mit Entscheid vom 17. September 2012 stellte der Einzelrichter im Obligationenrecht des Kantonsgerichts fest, dass die beiden Ergänzungsgutachten von Dr. Ing. Stefan Panglisch vom November 2011 und vom Februar 2012 nicht verwertbar sind. Im Übrigen wies er die Beschwerde ab. Er erkannte, zwischen der Z._ AG und dem Beschwerdeführer bestehe kein direktes Konkurrenzverhältnis. Die Ernennung von Dr. Panglisch, der damals Bereichsleiter Wassertechnologie des Instituts Q._, einer gemeinnützigen GmbH, gewesen sei, zum Experten sei nicht zu beanstanden, und die vom Beschwerdeführer angeführten anderen Aspekte begründeten keinen Anschein der Befangenheit. Anders beurteile sich die Expertenstellung von Dr. Panglisch als nunmehriger Entwicklungsleiter der Z._ AG, Herstellerin von Membranen und Modulen, die der Beschwerdeführer, dessen Anlage zu begutachten sei, nicht von der Z._ AG beziehe, sondern bei deren Konkurrenz, der Firma R._. In dieser Situation erscheine ein gewisses Misstrauen in die Unvoreingenommenheit des Entwicklungsleiters der Z._ AG als Experte objektiv als begründet. Deshalb erachtete der Einzelrichter die beiden Ergänzungsgutachten vom November 2011 und Februar 2012 als nicht verwertbar. Hingegen erachtete der Einzelrichter die heutige Position des Gutachters bei der Z._ AG bei objektiver Betrachtung nicht als hinderlich für die Verwertung des Hauptgutachtens vom März 2011, da keinerlei Anhaltspunkte dafür bestünden, dass Dr. Panglisch bereits im Frühjahr 2011 in Vertragsverhandlungen mit der Z._ AG gestanden hätte.
C. Der Beschwerdeführer beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Einzelrichters im Obligationenrecht des Kantonsgerichts St. Gallen vom 17. September 2012 aufzuheben, soweit damit seine Beschwerden abgewiesen worden seien. Es sei festzustellen, dass das in den Akten liegende Gutachten von Dr. Panglisch vom März 2011 nicht verwertbar sei. Der Einzelrichter des Kreisgerichts, eventuell des Kantonsgerichts sei anzuweisen, eine unabhängige Drittperson als Gutachter für die Beantwortung des Fragenkatalogs einzusetzen. Subeventualiter sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Beschwerdegegner beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz verzichtete auf eine Vernehmlassung.
Die Parteien reichten Replik und Duplik ein.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> E. 1 S. 216; je mit Hinweisen).
Angefochten ist ein selbständig eröffneter Zwischenentscheid einer letzten kantonalen Instanz im Sinne von <ref-law> über ein Ausstandsbegehren. Gegen einen solchen Zwischenentscheid ist die Beschwerde zulässig (<ref-law>). Bei Entscheiden über Ausstandsbegehren geht es in der Regel um solche betreffend den Ausstand von Gerichtspersonen. Nach der Rechtsprechung fallen aber auch Entscheide über den Ausstand von Gerichtsexperten unter <ref-law> (Urteile 4A_256/2010 vom 26. Juli 2010 E. 1.1, sic! 12/2010 S. 917; 1B_22/2007 vom 29. Mai 2007 E. 2.2). Gegen solche ist die direkte Beschwerde an das Bundesgericht auch zulässig, wenn sie - wie vorliegend - im Rahmen eines Verfahrens der vorsorglichen Beweissicherung nach kantonalem Prozessrecht gefällt wurden (Urteil 5A_435/2010 vom 28. Juli 2010 E. 1.2).
Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist grundsätzlich auf die Beschwerde einzutreten.
2. 2.1 Die Begründung der Beschwerde hat in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen. Der blosse Verweis auf Ausführungen in andern Rechtsschriften oder auf die Akten reicht nicht aus (<ref-ruling> E. 3.1).
Demnach müssen ergänzende Hinweise des Beschwerdeführers auf seine Ausführungen in Eingaben des kantonalen Verfahrens (so z.B. in den Rzn. 39, 41 und 42 der Beschwerde) unbeachtet bleiben.
2.2 Die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig begründet einzureichen (<ref-law>). Kommt es zu einem zweiten Schriftenwechsel, darf der Beschwerdeführer die Replik nicht dazu verwenden, seine Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.4). Die Replik ist nur zu Darlegungen zu verwenden, zu denen die Ausführungen in der Vernehmlassung eines anderen Verfahrensbeteiligten Anlass geben (vgl. <ref-ruling> E. 2.2).
Soweit der Beschwerdeführer dies missachtet, können seine Ausführungen in der Replik nicht berücksichtigt werden. Dies trifft namentlich auf die erst in der Replik (Rz. 13) vorgebrachte Behauptung zu, die Ergänzungsfragen seien mit dem Hauptgutachten eng verwoben. Sie könnten nicht beantwortet werden, ohne dass sich der für die Beantwortung der Ergänzungsfragen zu bestellende neue Gutachter intensiv mit dem ersten Teil des Gutachtens von Dr. Panglisch auseinandersetze. "Teilbefangenheit" eines Gutachters mache daher aus prozessökonomischen Gründen keinen Sinn. Mit diesem neuen Vorbringen wird die Beschwerde in unzulässiger Weise ergänzt.
2.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4 S. 466). Soweit der Beschwerdeführer den Sachverhalt ergänzen will, hat er zudem mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform eingebracht hat (Urteile 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_470/2009 vom 18. Februar 2010 E. 1.2). Überdies ist in der Beschwerde darzutun, inwiefern die Behebung des gerügten Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.2.2). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3).
2.4 Neue Tatsachen und Beweismittel dürfen nur soweit vorgebracht werden, als der Entscheid der Vorinstanz dazu Anlass gibt (<ref-law>), was in der Beschwerde im Einzelnen darzulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1; <ref-ruling> E. 3).
3. 3.1 Da auf das Verfahren vor Kreisgericht, in dessen Rahmen das Ablehnungsbegehren gestellt wurde, das bisherige kantonale Prozessrecht anwendbar ist, werden die Ausstandsgründe in erster Linie durch dasselbe geregelt. Da der Beschwerdeführer keine willkürliche Anwendung von kantonalen Ausstandsbestimmungen geltend macht, ist einzig im Lichte der Art. 29 Abs. 1 bzw. <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK zu prüfen, ob mit der Ablehnung des Ausstandes des Experten Dr. Panglisch in Bezug auf das Gutachten vom März 2011 gegen den Anspruch auf einen unabhängigen und unbefangenen Gutachter verstossen wurde (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 S. 2 f.).
3.2 Nach <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK, denen in dieser Hinsicht dieselbe Tragweite zukommt, hat der Einzelne Anspruch darauf, dass seine Sache von einem unparteiischen, unvoreingenommenen und unbefangenen Richter ohne Einwirken sachfremder Umstände entschieden wird. Ob diese Garantien verletzt sind, prüft das Bundesgericht frei (<ref-ruling> E. 2.2 S. 3; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2.1 S. 240).
Der von einem Gericht beigezogene Sachverständige gilt als Hilfsperson des Richters (<ref-ruling> E. 3 S. 31 oben). Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts ist deshalb die Garantie nach <ref-law> sinngemäss auch auf die Unabhängigkeit und Unparteilichkeit von Sachverständigen anzuwenden. Demnach können Gerichtsexperten von einer Partei abgelehnt werden, wenn Umstände vorliegen, die nach objektiven Gesichtspunkten geeignet sind, den Anschein der Befangenheit zu erwecken (<ref-ruling> E. 3f/bb S. 81; <ref-ruling> E. 4a S. 544 f.; <ref-ruling> E. 3a S. 365). Da Sachverständige nicht Mitglieder des Gerichts sind, stützt sich der Anspruch auf Unparteilichkeit und Unbefangenheit der Gerichtsexperten nicht auf <ref-law>, sondern auf <ref-law>. Hinsichtlich der Unparteilichkeit und Unbefangenheit kommt <ref-law> indessen ein mit <ref-law> weitgehend übereinstimmender Gehalt zu, so dass sich die inhaltlichen Anforderungen an die gerichtsgutachterliche Unabhängigkeit grundsätzlich nach <ref-law> richten (Urteile 4A_256/2010 vom 26. Juli 2010 E. 2.1; 8C_509/2008 vom 4. Februar 2009 E. 4.2 mit Hinweisen; vgl. auch BGE <ref-ruling> E. 3a S. 364 f.).
Diese Garantie ist verletzt, wenn Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit und die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen. Solche Umstände können in einem bestimmten Verhalten der betreffenden Person oder in äusseren Gegebenheiten funktioneller und organisatorischer Natur begründet sein. Bei der Beurteilung solcher Umstände ist nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abzustellen. Das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen. Für den Ausstand wird nicht verlangt, dass der Sachverständige tatsächlich befangen ist. Es genügt, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung den Anschein der Befangenheit und Voreingenommenheit erwecken (<ref-ruling> E. 2.2 S. 3; <ref-ruling> E. 3.1; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2.1 S. 240).
4. Der Beschwerdeführer begründet den Anschein der Befangenheit des Experten Dr. Panglisch im Wesentlichen mit dessen Verbindungen zur Firma Z._ AG. Diese ist nicht Partei dieses Verfahrens. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz steht die Z._ AG als Herstellerin von Modulen und Membranen auch nicht in einem direkten Konkurrenzverhältnis zum Beschwerdeführer als Anlagebauer. Die Vorinstanz beschreibt das wirtschaftliche Verhältnis der Z._ AG und des Beschwerdeführers dahingehend, dass dieser die Module und Membrane nicht von der Z._ AG, sondern von der Firma R._ beziehe, weshalb die Z._ AG diese Komponenten nicht dem Beschwerdeführer liefern könne. Auf der Grundlage dieser Tatsachen sind die Vorbringen des Beschwerdeführers zu beurteilen:
4.1 Dieser beruft sich zunächst auf die seit der Studienzeit bestehende Freundschaft zwischen Dr. Panglisch und Dr. E._, dem Gründer und Geschäftsführer der Z._ AG. Sie wirft der Vorinstanz vor, nicht beachtet zu haben, dass bereits diese Freundschaft zu einem Konkurrenten des Beschwerdeführers den Anschein der Befangenheit zu begründen vermöge.
Die Vorinstanz hat die Freundschaft zwischen Dr. Panglisch und Dr. E._ beachtet, welche jener übrigens von Anfang an offengelegt habe. Die Vorinstanz konnte in diesem Umstand indes keinen Grund für den Anschein einer Befangenheit erblicken. Dieser Beurteilung kann sich das Bundesgericht ohne weiteres anschliessen, zumal die Z._ AG nicht Prozesspartei und auch nicht direkte Konkurrentin des Beschwerdeführers ist. Insofern liegen die tatsächlichen Verhältnisse anders als in <ref-ruling> (E. 5c), in welchem Fall der Anschein der Befangenheit eines wissenschaftlichen Experten bejaht wurde, dessen Sohn als Forschungslaborleiter einer direkten Konkurrenzfirma einer Prozesspartei arbeitete. Vorliegend geht es zudem nicht um ein enges Verwandtschaftsverhältnis Vater/Sohn, sondern um eine Freundschaft. Zu deren Intensität oder Qualität ist im Übrigen nichts festgestellt. Es ist daher nicht von einer besonders engen Freundschaft auszugehen. Die blosse Freundschaft des Experten zum Gründer und Geschäftsführer einer Drittfirma genügt objektiv nicht für einen Anschein der Befangenheit, zumal in keiner Weise dargetan ist, inwiefern die Z._ AG von einem für den Beschwerdeführer ungünstigen Gutachten profitieren könnte.
4.2 Der Beschwerdeführer führt sodann aus, Dr. E._ und Dr. Panglisch hätten einen gemeinsamen beruflichen Werdegang gehabt und beruflich in verschiedenen Konstellationen eng zusammengearbeitet. Er beruft sich damit auf Sachverhaltselemente, die im angefochtenen Entscheid nicht festgestellt sind. Das Bundesgericht kann den Sachverhalt mangels hinlänglicher Sachverhaltsrüge (Erwägung 2.3) aber nicht ergänzen, weshalb diese Vorbringen unberücksichtigt bleiben müssen.
4.3 Die Vorinstanz befürchtete auch wegen des Umstands, dass Dr. Panglisch auf Seiten des Instituts Q._ Zusammenarbeitsprojekte mit der Z._ AG geleitet hat, keine Befangenheit des Experten. Der Beschwerdeführer beanstandet dies in doppelter Hinsicht. Zum einen wirft er der Vorinstanz eine Gehörsverletzung vor, weil sie nicht weiter begründet habe, weshalb sie keine solche Befürchtung hege. Zum andern erblickt sie entgegen der Vorinstanz auch in diesem Umstand Grund zur Annahme eines Anscheins der Befangenheit.
Es trifft zu, dass die Vorinstanz nicht speziell in Bezug auf die Zusammenarbeitsprojekte zwischen dem Institut Q._ und der Z._ AG näher ausführte, weshalb dieser Umstand für einen Anschein der Befangenheit nicht genüge. Es geht aus dem Kontext ihrer Erwägungen aber hervor, dass sie vor dem Hintergrund, dass es sich bei der Z._ AG um eine Drittfirma handelt, keinen Grund für eine Befangenheit von Dr. Panglisch erblicken konnte, wenn dieser als damaliger Bereichsleiter Wassertechnologie des Instituts Q._ Zusammenarbeitsprojekte (u.a. auch) mit der Z._ AG bearbeitete. Die Begründung der Vorinstanz kann daher unter verfassungsrechtlichen Gesichtspunkten noch als genügend betrachtet werden (vgl. dazu <ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 188). Die Vorinstanz hat mithin die Begründungspflicht nach <ref-law> nicht verletzt.
Ebensowenig kann ihr eine Verletzung des Anspruchs auf einen unbefangenen Experten vorgeworfen werden. Allein die Tatsache, dass Dr. Panglisch als Mitarbeiter eines unabhängigen Instituts (wie dem Institut Q._) im Rahmen von Forschungsprojekten, welche dieses Institut durchführt, mit Drittfirmen wie der Z._ AG eine gewisse Zusammenarbeit pflegte, begründet - objektiv betrachtet - noch keinen Anschein der Voreingenommenheit gegen den Beschwerdeführer. Besondere Anhaltspunkte dafür, dass dies dennoch der Fall sein könnte, sind den vorinstanzlichen Feststellungen nicht zu entnehmen.
4.4 Weiter wirft der Beschwerdeführer der Vorinstanz vor, nicht berücksichtigt zu haben, dass Dr. Panglisch die erste Instanz nicht sofort über seine Vertragsverhandlungen mit der Z._ AG informiert habe, sondern erst, als er die Zusatzfragen mit Gutachten vom November 2011 beantwortet hatte, obwohl er gewusst habe, dass der Beschwerdeführer ihn wegen seiner Freundschaft mit Dr. E._ und seiner Nähe zur Z._ AG als befangen erachte. Dieser befremdliche Umstand trage weiter zum Gesamtbild von dessen Befangenheit bei.
Auch damit vermag der Beschwerdeführer nicht durchzudringen. Denn zum einen ist nicht festgestellt, wann genau Dr. Panglisch mit der Z._ AG in Vertragsverhandlungen trat. Die Vorinstanz stellte nur fest, dass er das Gericht bereits am 14. Dezember 2011 informierte, er werde ab Mitte April 2012 die Leitung der Entwicklung bei der Z._ AG übernehmen. Ob diese Information zu spät erfolgte, lässt sich daher nicht beurteilen, und eine Würdigung, wie sie der Beschwerdeführer vorträgt, entbehrt der tatsächlichen Grundlage, weshalb sie nicht gehört werden kann. Zum anderen hat der Beschwerdeführer in der Beschwerdeschrift nicht dargetan, dass er schon bei der Vorinstanz substanziiert vorgebracht hatte, Dr. Panglisch habe die erste Instanz nicht sofort über seine Vertragsverhandlungen mit der Z._ AG informiert. Der Vorwurf, sie habe diese Tatsache nicht berücksichtigt, geht daher fehl.
4.5 Als letzten Punkt führt der Beschwerdeführer ins Feld, Dr. Panglisch sei vor seiner Bestellung als Gutachter von F._ (von der Beschwerdegegnerin) kontaktiert worden. Die Vorinstanz erachtete die Angaben der Beschwerdegegnerin als glaubhaft, dass diese Kontaktnahme nur zur Abklärung erfolgte, ob er als Experte in Frage kommen würde. Der Beschwerdeführer rügt dies als willkürliche Sachverhaltsfeststellung, da es hierfür keine Indizien gebe und die Interessenlage von F._ dagegen zu sprechen scheine. Überdies vermisst er eine Begründung dafür, weshalb die Vorinstanz diese Angaben als glaubhaft erachtete, und moniert eine Verletzung der Begründungspflicht. Er vermag indessen nicht aufzuzeigen, dass er vor der Vorinstanz handfeste Anhaltspunkte und nicht blosse Vermutungen dafür vortrug, dass die Kontaktnahme einer einseitigen Beeinflussung gedient hätte und über die blosse Abklärung hinausging, ob Dr. Panglisch einen Expertenauftrag annehmen könnte. Mangels solcher Anhaltspunkte hatte die Vorinstanz keinen Anlass, den Angaben der Beschwerdegegnerin nicht zu glauben und dies noch näher zu begründen.
Der Beschwerdeführer mutmasst, Dr. Panglisch sei der Beschwerdegegnerin von der Z._ AG als Experte empfohlen worden. Auch "diese Intransparenz" in Bezug auf die Bestellung von Dr. Panglisch als Gutachter trage zum Anschein der Befangenheit bei. Da es sich dabei indessen wiederum um blosse Mutmassungen handelt, kann der Vorinstanz nicht vorgeworfen werden, sie habe den Anspruch auf einen unbefangenen Gutachter missachtet, weil sie diese Mutmassungen nicht berücksichtigte.
4.6 Unter diesen Umständen hat die Vorinstanz <ref-law> nicht verletzt, indem sie den Anschein der Befangenheit des Experten Dr. Panglisch ablehnte und das von ihm erstellte Hauptgutachten vom März 2011 als Beweismittel zuliess.
5. Die Beschwerde ist demzufolge abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Der Beschwerdegegnerin (Politische Gemeinde I._) ist keine Parteientschädigung zuzusprechen (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 7 S. 118 f.). Gründe, um ausnahmsweise von der Regel nach <ref-law> abzugehen, sind weder von der Beschwerdegegnerin genannt noch ersichtlich.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Einzelrichter im Obligationenrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 4. Februar 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Widmer