Sachverhalt:
A. X._ wurde am 18. April 2001 vom Bezirksgericht Zürich wegen mehrfacher Brandstiftung und weiteren Delikten zu zwei Jahren Gefängnis verurteilt. Der Vollzug der Freiheitsstrafe wurde zugunsten einer stationären Massnahme (nach Art. 43 Ziff. 1 Abs. 1 aStGB) aufgeschoben. Auf 5. Juni 2001 wurde die Verurteilte zum Vollzug der stationären Massnahme in die Klinik Oberwil eingewiesen. Am 25. Februar 2002 wurde sie in die Psychiatrische Klinik Rheinau versetzt und am 1. Juni 2004 aus dem stationären Massnahmenvollzug probeweise entlassen.
B. Am 25. Oktober 2005 wurde die probeweise Entlassung widerrufen und die Verurteilte (gestützt auf Art. 45 Ziff. 3 Abs. 3 aStGB) in den stationären Massnahmenvollzug zurückversetzt. Am 25. August 2005 bzw. 24. März 2006 wurde sie erneut strafrechtlich schuldig gesprochen (wegen Gewalt und Drohung gegen Beamte, Widerhandlung gegen das Waffengesetz und weiteren Straftaten). Am 17. November 2005 wurde die Verurteilte aus der Klinik Schlosstal/Winterthur ein weiteres Mal in die Klinik Rheinau eingewiesen. Am 19. September 2006 wurde sie aus einer sozialtherapeutischen Wohngruppe in Andelfingen (nach wie vor im Rahmen des stationären Massnahmenvollzuges) ins Psychiatriezentrum Hard/Embrach versetzt, nachdem sie zum wiederholten Mal gegen Vollzugsvorschriften verstossen hatte (eigenmächtiges Absetzen der Medikamente, Entweichen aus dem Massnahmenvollzug, Fremd- und Autoaggressionen etc.). Am 1. Januar 2007 erfolgte erneut eine notfallmässige Einweisung ins Psychiatriezentrum Hard, am 15. Januar 2007 eine weitere Verlegung in die geschlossene Abteilung der Klinik Rheinau.
C. Gemäss Vollzugsakten wurde die Verurteilte letztmals am 20. Juni 2007 ins Psychiatriezentrum Hard zurückverlegt. Am 21. November 2007 verfügte das Amt für Justizvollzug des Kantons Zürich ihre erneute Versetzung von der Rehabilitationsabteilung des Psychiatriezentrums Hard in die geschlossene Massnahmestation (Abteilung 59a) des Psychiatriezentrums Rheinau. Die sofortige Verlegung dränge sich angesichts des nach wie vor äusserst schwierigen Massnahmenvollzuges (Tablettenschmuggel, Drogenmissbrauch, Aufbrechen von Behältnissen, Zertrümmern von Einrichtungsgegenständen, unerlaubte Entfernungen, akute Suizidalität, massive Auto- und Fremdaggressionen, Persönlichkeitsstörung vom sog. Borderline-Typus, Dissozialität, fehlende Therapiebereitschaft, akute Gefahr weiterer Straftaten etc.) als Notfallmassnahme auf. Am 22. November 2007 wurde die Verurteilte durch die Kantonspolizei Zürich in die geschlossene Abteilung 59a der Klinik Rheinau eingeliefert.
D. Gegen die Einweisungsverfügung vom 21. November 2007 rekurrierte die Verurteilte am 3. Dezember 2007 bei der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich (JD). Sie beantragte die Aufhebung der erfolgten Einweisung in die geschlossene Abteilung 59a der Klinik Rheinau, die sofortige Rückversetzung ins Psychiatriezentrum Hard sowie die Erteilung bzw. Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung des Rekurses.
E. Mit prozessleitender Verfügung vom 12. Dezember 2007 wies die JD den Antrag der Rekurrentin auf Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung gestützt auf § 25 Abs. 1 VRP/ZH ab.
F. Gegen die Verfügung der JD vom 12. Dezember 2007 gelangte X._ mit Beschwerde in Strafsachen vom 19. Dezember 2007 an das Bundesgericht. Sie beantragt zur Hauptsache die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung ihres kantonalen Rekurses sowie die sofortige Rückversetzung ins Psychiatriezentrum Hard
Die JD beantragt mit Vernehmlassung vom 28. Dezember 2007 die Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist. Das kantonale Amt für Justizvollzug liess sich unter gleichem Datum ebenfalls im abschlägigen Sinne vernehmen. Die Beschwerdeführerin replizierte am 15. Januar 2008.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen kann nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). In der Beschwerdebegründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>). Zur Beschwerde in Strafsachen ist berechtigt, wer vor der Vorinstanz am Verfahren teilgenommen und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Entscheides hat (Art. 81 Abs. 1 lit. a-b BGG).
2. Im angefochtenen Zwischenentscheid wird (gestützt auf § 25 Abs. 1 VRP/ZH) die Wiederherstellung der aufschiebenden Wirkung des hängigen kantonalen Rekurses verweigert. Damit hat die JD vorab entschieden, dass als akute Krisenintervention bis zum Rekursentscheid die sofortige vorläufige Versetzung der Beschwerdeführerin von der Rehabilitationsabteilung des Psychiatriezentrums Hard in die geschlossene Massnahmestation (Abteilung 59a) des Psychiatriezentrums Rheinau zu erfolgen hat. Hingegen wird im angefochtenen verfahrensleitenden Entscheid der hängige Rekurs noch nicht materiell beurteilt. Die JD hat weder über Einzelheiten noch über die Dauer des Massnahmenvollzugsregimes entschieden.
Was die streitige Nichtwiederherstellung der aufschiebenden Wirkung betrifft, setzt sich die Beschwerdeführerin nur teilweise mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheides auseinander. Sie legt nicht im Einzelnen dar, inwiefern die Anwendung des kantonalen Verfahrensrechtes geradezu willkürlich wäre oder sonst wie gegen ihre einschlägigen verfassungsmässigen Individualrechte verstiesse. Ihre Rügen richten sich primär gegen die von ihr befürchteten Vollzugsmodalitäten im Rahmen des geschlossenen stationären Massnahmenvollzuges bzw. gegen mögliche Anordnungen im Einzelfall (insbesondere allfällige Fesselungen oder konkrete Modalitäten der Einzelunterbringung, Medikamentierung und medizinischen Betreuung). Wie sich aus den nachfolgenden Erwägungen ergibt, sind die erhobenen Rügen unbegründet, soweit auf sie überhaupt eingetreten werden kann.
3. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Verweigerung der aufschiebenden Wirkung bzw. die damit verbundene sofortige Einweisung in die geschlossene Massnahmestation des Psychiatriezentrums Rheinau führe zu unzulässigen unverhältnismässigen Eingriffen in ihre verfassungsmässig geschützten Freiheitsrechte (insbesondere <ref-law>).
3.1 Die Beschwerdeführerin befindet sich aufgrund eines rechtskräftigen gerichtlichen Strafurteils im stationären Massnahmenvollzug. Die Eingriffe in die Freiheitsrechte von rechtskräftig Verurteilten, welche der gesetzeskonforme Sanktionenvollzug sowie dessen Disziplinar- und Sicherheitsvorschriften zwangsläufig nach sich ziehen, sind grundsätzlich verfassungskonform. Zu prüfen bleibt, ob die im Sinne einer akuten Krisenintervention verfügte sofortige Einweisung der Beschwerdeführerin in eine (besonders gesicherte und spezialisierte) geschlossene Massnahmeeinrichtung hier zu einem unverhältnismässigen Eingriff in ihre Grundrechte führt (vgl. <ref-law>).
3.2 Im angefochtenen Entscheid (Seite 2 f., Ziff. 3) und in der Einweisungsverfügung des kantonalen Amtes für Justizvollzug vom 21. November 2007 werden die Gründe für die sofortige Verlegung aus der Rehabilitationsabteilung des Psychiatriezentrums Hard in den geschlossenen stationären Massnahmenvollzug in der Klinik Rheinau ausführlich dargelegt (Tablettenschmuggel, Drogenmissbrauch, Aufbrechen von Behältnissen, Zertrümmern von Einrichtungsgegenständen, Flucht aus dem stationären Massnahmenvollzug, akute Suizidalität, massive Auto- und Fremdaggressionen, Persönlichkeitsstörung vom sog. Borderline-Typus, Dissozialität, fehlende Therapiebereitschaft, Gefahr weiterer Straftaten etc.).
3.3 Nach Zürcher Verwaltungsverfahrensrecht kommt dem Lauf der Rekursfrist und der Einreichung des Rekurses aufschiebende Wirkung zu, wenn mit der angefochtenen Anordnung nicht etwas anderes bestimmt wurde (§ 25 Abs. 1 VRP/ZH). Die Rekursinstanz kann eine gegenteilige Verfügung treffen. Bei Kollegialbehörden ist in dringlichen Fällen der oder die Vorsitzende hiezu ermächtigt (§ 25 Abs. 1 VRP/ZH).
3.4 Bei akuter Selbst- und Fremdgefährdung durch verurteilte Personen im stationären Massnahmenvollzug sind angemessene Vorkehren der Vollzugsbehörden zum Schutz wichtiger Rechtsgüter der verurteilten Person sowie von dritten Personen in der Regel sofort zu treffen, das heisst ohne Gewährung der aufschiebenden Wirkung von Rekursen gegen die angeordnete Schutzmassnahme. Andernfalls erwiesen sich akute Notfallinterventionen als wirkungslos bzw. verspätet. Zwar macht die Beschwerdeführerin geltend, es gehe von ihr keine schwere Bedrohung bedeutender Rechtsgüter aus. Aus den vorliegenden Akten ergibt sich jedoch eine auffällige Neigung der Beschwerdeführerin zu Impulsdurchbrüchen, die zu häufigen schweren Verstössen gegen Sicherheits- und Disziplinarvorschriften verschiedener Massnahmenanstalten (Flucht, Medikamenten- und Drogenmissbrauch etc.) sowie zu wiederholten Auto- und Fremdaggressionen bzw. strafbaren Handlungen geführt haben. Die Ansicht der kantonalen Behörden, im gegenwärtigen Zeitpunkt sei daher der gesetzeskonforme Vollzug der stationären Massnahme in der nicht ausreichend spezialisierten und gesicherten Rehabilitationsabteilung des Psychiatriezentrums Hard nicht gewährleistet, erscheint sachlich vertretbar und verfassungskonform. Die sofortige vorläufige Einweisung der Verurteilten in die geschlossene Massnahmestation (Abteilung 59a) des Psychiatriezentrums Rheinau bis zum Entscheid über den hängigen Rekurs stellt keine zum Vornherein unverhältnismässige Massnahme dar. Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin besteht auch ein ausreichendes öffentliches Interesse an einem gesetzeskonformen stationären Massnahmenvollzug. Insofern erweist sich die Beschwerde als unbegründet. Die Frage, wie lange die als Notfallmassnahme angeordnete Unterbringung in der geschlossenen Abteilung dauern kann, bildet nicht Gegenstand der angefochtenen Verfügung. Diese Frage wird im noch ausstehenden Rekursentscheid der JD zu prüfen sein.
3.5 Soweit die Beschwerdeführerin in erster Linie vorbringt, einzelne konkrete Anordnungen im geschlossenen Massnahmenvollzug (Fesselungen bzw. Fixierungen in Notfällen, Modalitäten der Einzelunterbringung oder der medizinischen Betreuung usw.) könnten allenfalls grundrechtswidrig bzw. unverhältnismässig ausfallen, erweist sich die Beschwerde als verfrüht. Im angefochtenen Entscheid wird der hängige Rekurs gegen die Verfügung des kantonalen Amtes für Justizvollzug noch nicht materiell behandelt. Dies gilt sowohl für die Frage der Dauer der Unterbringung in der geschlossenen Abteilung als auch für die konkrete Ausgestaltung des stationären Massnahmenvollzuges.
Die Beschwerde richtet sich nicht gegen spezifische Anordnungen bzw. im Einzelfall verfügte Vollzugsbedingungen im Rahmen des geschlossenen stationären Massnahmenvollzuges. Diesbezüglich mangelt es den erhobenen Rügen an einem konkreten Anfechtungsobjekt sowie am aktuellen und praktischen Rechtsschutzinteresse (<ref-law>). Wie dargelegt, erscheint hier die vorläufige Verlegung in den geschlossenen stationären Massnahmenvollzug im Rahmen einer akuten Krisenintervention als grundrechtskonform. Es ist nicht Sache der Vollzugsbehörde, das dem Massnahmenvollzug zugrunde liegende Strafurteil bzw. die vom Sachrichter angeordnete stationäre Massnahme zu überprüfen bzw. zu revidieren. Die Frage der zulässigen Dauer der Sanktion bzw. einer allfälligen (erneuten) probeweisen Entlassung aus dem Massnahmenvollzug bildet nicht Gegenstand des hängigen Rekursverfahrens. Zwar beantragt die Beschwerdeführerin ihre Rückversetzung ins Psychiatriezentrum Hard, weil sie befürchtet, die Vollzugsbedingungen in der geschlossenen Abteilung der Klinik Rheinau könnten sich in bestimmten Konstellationen (etwa nach Verstössen gegen die Sicherheits- und Disziplinarordnung) als grundrechtswidrig herausstellen. Diesbezüglich stünde es ihr jedoch frei, gegen konkrete Anordnungen bzw. Verschärfungen von Vollzugsmodalitäten nötigenfalls und im Einzelfall den Rechtsweg zu beschreiten.
4. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Die Beschwerdeführerin stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Da die gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (und sich insbesondere die finanzielle Bedürftigkeit der Antragstellerin aus den Akten ergibt), kann dem Gesuch entsprochen werden (<ref-law>).
Mit dem vorliegenden Entscheid in der Sache wird das Gesuch der Beschwerdeführerin um aufschiebende Wirkung hinfällig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Der Rechtsvertreterin der Beschwerdeführerin, Rechtsanwältin Heike E. Canonica, wird für das Verfahren vor Bundesgericht aus der Bundesgerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin sowie dem Amt für Justizvollzug und der Direktion der Justiz und des Innern des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. Januar 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Forster