Faits:
A. A.a Le 31 janvier 2008, Y._ BV et X._ SA ont conclu un contrat de licence portant sur le droit d'utilisation exclusif de la marque «A._», dont Y._ BV est titulaire, dans certains pays européens. Ce contrat prévoit que X._ SA doit s'acquitter d'une redevance annuelle de 600'000 euros, augmentée de 3% par année depuis 2008, due de manière définitive et payable par fractions mensuelles le dernier jour de chaque mois; en sus de ce montant, elle doit payer une autre redevance de 3% du chiffre d'affaires net annuel, due au titre de participation au développement de la marque et selon les mêmes conditions que la redevance principale; pour tout retard de paiement, les sommes dues par X._ SA portent intérêt à 4% l'an. Les parties ont soumis leur convention au droit néerlandais et stipulé que «(t)out litige, controverse ou réclamation découlant du présent contrat et de toute modification ultérieure du présent contrat, ou s'y rapportant, et ayant trait notamment mais non exclusivement à sa formation, sa validité, ses effets obligatoires, son interprétation, son exécution, sa violation ou sa résolution, de même que toute réclamation extracontractuelle, sera soumis en cas de non accord amiable dans un délai de soixante jours, pour règlement définitif, à arbitrage conformément au Règlement d'arbitrage accéléré de l'OMPI. Le lieu de l'arbitrage sera désigné d'un commun accord (...) et à défaut d'accord à Genève».
Le 28 janvier 2009, Y._ BV a résilié le contrat de licence; cette résiliation a pris effet au 31 juillet 2009.
A.b Le 31 juillet 2009, X._ SA a déposé contre Y._ BV, devant le Centre d'arbitrage et de médiation de l'OMPI, une demande en dommages-intérêts pour inexécution et rupture abusive du contrat.
B. Le 6 août 2009, Y._ BV a fait notifier à X._ SA deux commandements de payer les sommes de 562'325 fr. 20 plus intérêt à 4% l'an dès le 1er août 2009, représentant le «(s)olde des redevances dues pour les années 2006, 2007 et 2008 selon le contrat de licence du 31 janvier 2008 [...]» (n° 1), et de 876'606 fr. 45 plus intérêt à 4% dès le 1er août 2009, représentant les «(r)edevances minimales dues depuis le 01.01.2009 au 31.07.2009 selon le contrat de licence du 31 janvier 2008» (n° 2). La poursuivie a formé opposition aux commandements de payer.
Par prononcés distincts du 9 octobre 2009, le Président du Tribunal civil de la Veveyse a levé provisoirement les oppositions.
Statuant le 12 février 2010, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg - après avoir joint les causes - a partiellement admis les recours et accordé la mainlevée provisoire à concurrence des sommes de 322'591 fr. 65 avec intérêt à 4% l'an dès le 1er août 2009 (n° 1) et de 576'011 fr. 90 avec intérêt à 4% l'an dès le 1er août 2009 (n° 2).
C. Par acte du 22 mars 2010, la poursuivie exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral en prenant les conclusions suivantes:
«A titre principal
I. (...).
II. (...).
III. Réformer l'Arrêt dont est recours comme suit:
1. Le recours en appel de X._ SA est admis.
2. Le juge de la mainlevée est déclaré incompétent.
3. L'exception de litispendance soulevée par X._ SA est admise.
4. Cela étant, les requêtes de mainlevée d'opposition déposées par Y._ BV dans les poursuites n° 1 et 2 sont déclarées irrecevables.
5. Partant, les oppositions formées par X._ SA le 7 août 2008 aux commandements de payer n° 1 et 2, à elle notifiés par l'Office des poursuites de la Veveyse sont maintenues.
6. (...).
IV. (...).
A titre subsidiaire
I. (...)
II. (...)
III. Cela fait, réformer l'arrêt dont est recours comme suit:
1. Le recours en appel de X._ SA est admis.
2. L'exception de compensation soulevée par X._ SA est admise.
3. Cela étant, les requêtes de mainlevée d'opposition déposées par Y._ BV dans les poursuites n° 1 et 2 sont rejetées.
4. Partant, les oppositions formées par X._ SA le 7 août 2008 aux commandements de payer n° 1 et 2, à elle notifiés par l'Office des poursuites de la Veveyse sont maintenues.
5. (frais et dépens des instances cantonales).
IV. (...).»
D. Par ordonnance du 23 avril 2010, la Présidente de la Cour de céans a attribué l'effet suspensif au recours.
Des observations sur le fond n'ont pas été requises.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) contre une décision finale (art. 90 al. 1 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4) rendue en matière de poursuite pour dettes (art. 72 al. 2 let. a LTF, en relation avec l'art. 82 al. 1 LP; <ref-ruling> consid. 1.1) par une juridiction cantonale de dernière instance ayant statué sur recours (art. 75 LTF); la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (art. 74 al. 2 let. b LTF; <ref-ruling> consid. 1.3); enfin, la recourante, qui a succombé devant l'autorité précédente, a qualité pour recourir (art. 76 al. 1 LTF).
1.2 Selon la jurisprudence, le prononcé de mainlevée ne porte pas sur des mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF, de sorte que la recourante n'est pas limitée à se plaindre d'une violation de ses droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.5).
2. Après avoir admis que les normes de la LDIP en matière d'arbitrage étaient applicables (art. 176 al. 1 LDIP), l'autorité précédente a retenu que la procédure de mainlevée de l'opposition (art. 80 ss LP) doit être réservée au juge étatique «en raison de la réserve de l'ordre public et de la participation obligatoire des autorités de poursuite pour des actes touchant un débiteur domicilié en Suisse, comme des effets nécessaires de ces actes vis-à-vis des tiers». Si les parties sont, en principe, libres de renoncer à demander la mainlevée provisoire et de s'obliger à introduire directement une procédure d'arbitrage, une telle convention doit être expresse; partant, «si les parties concluent une convention d'arbitrage sans exclure expressément la faculté de requérir la mainlevée provisoire, il ne faut pas y voir une renonciation à requérir celle-ci auprès du juge étatique». En l'occurrence, la présente cause n'est dès lors pas susceptible d'arbitrage; de surcroît, la clause compromissoire contenue dans le contrat de licence du 31 janvier 2008 ne fait aucune mention expresse d'une renonciation à agir par la voie de la mainlevée provisoire. Il s'ensuit que le premier juge était bien compétent pour se prononcer sur la requête. Enfin, l'exception de litispendance soulevée par la poursuivie est mal fondée, puisque la mainlevée provisoire peut être prononcée «même lorsqu'une action matérielle [...] concernant la créance en poursuite est pendante».
2.1 Selon la jurisprudence constante, l'arbitre ne peut pas prononcer la mainlevée définitive ou provisoire de l'opposition (arrêt 7B.95/2005 du 19 août 2005 consid. 3; 7B.25/2005 du 22 février 2005 consid. 6, publié in: RtiD 2005 II 780; 5A_682/2009 du 20 avril 2010 consid. 4.2.3.3). Alors même que l'action en reconnaissance de dette au sens de l'art. 79 LP peut être jugée par un tribunal arbitral (<ref-ruling> consid. 3 p. 370), celui-ci n'est pas non plus compétent - à l'opposé du tribunal étatique (cf. <ref-ruling>) - pour lever définitivement l'opposition dans le dispositif de sa sentence (Gilliéron, Commentaire de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, vol. I, 1999, n° 9 ad art. 79 LP; Ruedin, L'action en reconnaissance de dette, FJS n° 979a [1986] p. 6; Schmidt, in: Commentaire romand, Poursuite et faillite, 2005, n° 18 ad art. 79 LP; Staehelin, in: Basler Kommentar, SchKG I, n° 19 ad art. 79 LP; Vock, in: Kurzkommentar SchKG, 2009, n° 6 ad art. 79 LP). Contrairement à ce que pense la recourante - en se référant à Dutoit qui admet d'une manière générale le caractère arbitrable des «litiges en relation avec la poursuite pour dette ou la faillite»(Commentaire de la loi fédérale du 18 décembre 1987, 4e éd., 2005, n° 2 ad art. 177 LDIP) -, la réponse est la même sous l'angle de l'art. 177 LDIP. Certes, cette disposition prévoit expressément que toute «cause patrimoniale» peut faire l'objet d'un arbitrage (al. 1). Toutefois, l'arbitrabilité peut se trouver exclue par des règles de compétence qui réservent impérativement à une autorité étatique la connaissance de certains différends; la doctrine quasiment unanime considère, à juste titre, que tel est le cas de la procédure de mainlevée de l'opposition (Berger/Kellerhals, Internationale und interne Schiedsgerichtsbarkeit in der Schweiz, 2006, n° 225; Briner, in: Basler Kommentar, IPRG, 2e éd., 2007, n° 14 ad art. 177 LDIP; Knoepfler, note in: Rev.arb. 1993 p. 698; PERRET, Faillite et arbitrage international, in: Bull. ASA 2007 p. 37; Poudret/Besson, Droit comparé de l'arbitrage international, 2002, n° 363; Vischer, in: Zürcher Kommentar zum IPRG, 2e éd., 2004, n° 20 ad art. 177 LDIP; Walter et alii, Internationale Schiedsgerichtsbarkeit in der Schweiz, 1991, p. 60; de l'avis contraire: Gehri, Gerichtsstands- und Schiedsvereinbarungen in Angelegenheiten des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, in: ZZZ 2007 p. 427 [pour la mainlevée provisoire]).
2.2 Faisant sienne l'opinion de certains auteurs, la recourante soutient que la procédure de mainlevée provisoire n'est plus ouverte lorsque les parties sont liées par une convention d'arbitrage; elles sont alors tenues d'agir directement au fond devant les arbitres (Poudret/Besson, ibidem; Besson, Une exception d'arbitrage peut-elle être invoquée en procédure de mainlevée provisoire?, in: Bull. ASA 1999 p. 2 ss; Schmid/Knecht, Schiedsvereinbarung und provisorische Rechtsöffnung, in: RSJ 2009 p. 537 ss).
Les plaideurs peuvent exclure la procédure de mainlevée provisoire de l'opposition au profit de la seule procédure arbitrale (Staehelin, op. cit., n° 17 ad art. 84 LP). À défaut d'une telle clause expresse - à laquelle on peut appliquer par analogie les critères posés par le Tribunal fédéral sur la base de l'art. 192 LDIP (cf. sur ce point: <ref-ruling> et les citations) -, on ne peut cependant interpréter la convention d'arbitrage comme emportant renonciation à en appeler au juge de la mainlevée provisoire (Staehelin, ibidem, et les nombreuses citations). On ne saurait d'autant moins l'admettre que le poursuivant perdrait alors le droit de requérir une saisie provisoire ou un inventaire des biens du poursuivi (art. 83 al. 1 LP), mesures conservatoires relevant de l'exécution forcée (Schmidt, op. cit., n° 6-7 ad art. 83 LP et les citations) que l'arbitre n'est pas compétent pour ordonner (cf. pour le séquestre: Besson, Arbitrage et mesures provisoires, 1998, n° 72). Il n'est donc pas indifférent pour le poursuivant de pouvoir obtenir la mainlevée provisoire de l'opposition (Schmidt, op. cit., n° 6 ad art. 83 LP).
2.3 Le moyen tiré de la «litispendance» ne résiste pas à l'examen. Le Tribunal fédéral a déjà jugé qu'il n'y a pas litispendance entre la procédure de mainlevée provisoire et l'action en reconnaissance de dette portée devant un tribunal arbitral (arrêt 5A_400/2009 du 12 novembre 2009 consid. 1). Si le poursuivant obtient la mainlevée, il peut requérir la saisie provisoire ou l'inventaire (art. 83 al. 1 LP), mais la mainlevée ne peut pas devenir définitive (art. 83 al. 3 LP) tant que le procès en reconnaissance de dette est pendant devant les arbitres (cf. Staehelin, op. cit., n° 9 ad art. 84 LP; Gilliéron, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 4e éd., 2005, n° 805, ainsi que les références citées par ces auteurs).
L'argumentation de la recourante méconnaît, de surcroît, la nature du prononcé de mainlevée. Comme le Tribunal fédéral l'a jugé à maintes reprises, la procédure de mainlevée - provisoire ou définitive - est un incident de la poursuite; il s'agit d'une procédure sur pièces qui n'a pas pour objet de statuer sur la réalité de la prétention en poursuite, mais uniquement sur la force exécutoire du titre produit par le poursuivant (<ref-ruling> consid. 5.3, 400 consid. 1.5; <ref-ruling> consid. 4.1.1; <ref-ruling> consid. 6b). Le jugement de mainlevée provisoire ne sortit que des effets de droit des poursuites (<ref-ruling> consid. 3) et ne fonde pas l'exception de chose jugée quant à l'existence de la créance (Staehelin, op. cit., n° 82 ad art. 84 LP et les citations). Contrairement à ce qu'affirme la recourante, la procédure de mainlevée et la procédure arbitrale (initiée par l'intéressée avant l'introduction des poursuites) ont ainsi deux objets nettement distincts (<ref-ruling> consid. 5.3).
3. 3.1 L'autorité cantonale a également rejeté le moyen de la poursuivie tiré de la compensation. Elle a certes admis, à la suite du premier juge, que la poursuivie avait formulé en instance arbitrale des conclusions qui excédaient le montant des créances en poursuite; toutefois, les seuls moyens de preuve invoqués dans la procédure arbitrale sont l'«appréciation des arbitres» et une «expertise à établir ultérieurement»; quant à elle, la poursuivante a conclu au rejet de la demande et a pris des conclusions reconventionnelles. Dans ces conditions, la poursuivie n'a rendu vraisemblables ni l'existence ou le montant, ni l'exigibilité, de la créance qu'elle entend opposer en compensation à la poursuivante; la procédure arbitrale est toujours pendante et il n'est pas possible, en l'état, de préjuger son issue. En outre, il ne suffit pas d'affirmer qu'on dispose d'une créance envers le créancier pour rendre vraisemblable cette prétention. L'art. 120 al. 2 CO permet, il est vrai, la compensation avec une créance contestée, mais cette disposition vise uniquement à permettre au débiteur, qui a rendu vraisemblable sa contre-créance, d'opposer la compensation malgré la contestation du créancier; elle ne trouve pas application ici, où la poursuivie n'a pas apporté d'éléments suffisants pour établir la vraisemblance de sa créance à l'encontre de la poursuivante.
3.2 Conformément à l'art. 82 al. 2 LP, le poursuivi peut faire échec à la mainlevée provisoire en rendant immédiatement vraisemblable sa libération, en l'occurrence l'extinction par compensation de la créance en poursuite (Staehelin, op. cit., n° 93 ad art. 82 LP et les citations; pour la casuistique: Peter, Edition annotée de la loi fédérale sur la poursuite pour dettes et la faillite, 2010, p. 389-390).
La recourante se fonde sur une jurisprudence cantonale selon laquelle la mainlevée provisoire doit être refusée lorsque «la créance opposée en compensation [est] l'objet d'un procès en cours» (SJ 1957 p. 523 ss, cité par Panchaud/Caprez, La mainlevée d'opposition, 2e éd., 1980, § 36 ch. 11). Dans la mesure où elle laisse entendre que la vraisemblance de la créance compensante peut résulter du seul dépôt de l'action, cet avis ne saurait être suivi; de simples allégations de partie, fussent-elles même plausibles, ne suffisent pas, à moins qu'elles ne soient corroborées par des pièces qui accréditent, au degré de la vraisemblance, la thèse du demandeur (cf. pour la réquisition de séquestre: Walder-Bohner, Fragen der Arrestbewilligungspraxis, 1982, n° 5; par exemple: arrêt 5P.248/2002 du 18 septembre 2002, consid. 2.3, in: Praxis 2003 p. 377). Au demeurant, la jurisprudence en question est résumée d'une façon inexacte: elle affirme plus précisément - et à juste titre - que le poursuivi peut opposer en compensation au poursuivant une créance pour laquelle il a obtenu la mainlevée provisoire, alors même qu'une action en libération de dette a été ouverte (SJ 1957 p. 525); la créance compensante découlait ainsi d'un jugement de mainlevée provisoire, ce qui n'est nullement le cas en l'espèce.
De plus, la recourante se méprend sur la portée de l'art. 120 al. 2 CO, aux termes duquel le débiteur peut opposer la compensation même si sa créance est contestée. La loi veut simplement permettre au débiteur d'objecter la compensation même si sa prestation n'est pas «liquide», à savoir déterminée avec certitude dans son principe et son montant (arrêt 5A_313/2010 du 6 septembre 2010 consid. 4.2.3 et les citations, [destiné à la publication]); dans la procédure de mainlevée provisoire, ce moyen ne doit pas moins être rendu vraisemblable (cf. Schüpbach, Compensation et exécution forcée, in: Festschrift 75 Jahre Konferenz der Betreibungs- und Konkursbeamten der Schweiz, 2000, p. 160 et les citations). Or, d'après les constatations de la cour cantonale - dont le caractère manifestement inexact (art. 97 al. 1 in fine LTF), partant arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 8.1), n'a pas été établi -, la recourante a produit, à l'appui de son moyen libératoire, «sa requête du 31 juillet 2009 en dommages-intérêts, par laquelle elle a notamment conclu à ce que [la poursuivante] soit astreinte à lui verser la somme de 210'000 euros (recte: 4'679'588,30 euros), ainsi qu'une indemnité pour tort moral à fixer par le tribunal arbitral»; les «seuls moyens de preuve invoqués dans la procédure arbitrale sont l'appréciation des juges [recte: des arbitres] et une expertise à établir». Dans ces conditions, l'arrêt attaqué ne prête pas le flanc à la critique.
4. 4.1 La recourante se plaint en outre d'une violation de l'art. 112 al. 1 LTF; elle reproche à l'autorité précédente de «s'adonne[r] à un calcul des montants dus par X._ SA qui n'est non seulement nullement justifié par les conclusions de la poursuivante mais encore totalement incompréhensible».
Conformément à l'art. 112 al. 1 let. b LTF, les décisions qui peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal fédéral doivent contenir, en particulier, les motifs déterminants de fait et de droit. Selon la jurisprudence, l'acte attaqué doit indiquer clairement les faits qui sont établis et les déductions juridiques qui sont tirées de l'état de fait déterminant (<ref-ruling> consid. 8.2 et les citations). Quoi qu'en dise (non sans audace) la recourante, ces exigences sont manifestement remplies en l'espèce; la question de savoir si le calcul est ou non erroné ne ressortit pas à la norme invoquée. D'ailleurs, l'intéressée conteste longuement le calcul de l'autorité précédente, montrant par là-même qu'il n'est pas aussi «incompréhensible» qu'elle le prétend. Enfin, le grief adressé à la juridiction précédente d'avoir statué «ultra petita» est infondé dans ses prémisses. Le juge (de la mainlevée) n'est en effet lié que par le montant total réclamé par voie de poursuite (<ref-ruling> consid. 2; arrêt 4P.175/1996 du 17 juillet 1997 consid. 4); sous cet angle, l'arrêt entrepris ne souffre aucun reproche.
4.2 Le grief pris de l'«établissement erroné et arbitraire des faits» doit être écarté. En instance d'appel, la recourante s'est uniquement plainte de ce que le premier juge avait retenu à tort qu'elle ne remettait pas en discussion le montant de la créance en poursuite, mais elle n'a pas affirmé, comme elle le fait maintenant, s'être «d'ores et déjà acquittée de euros 640'000 (8 x euros 80'000) en 2008» (recours, p. 19 ch. 3). Sur la base de cette allégation nouvelle, elle prétend que c'est l'intimée qui est sa débitrice à hauteur de «euros 22'880» pour l'année 2008 (p. 22) et que, déduction faite de cette somme sur les redevances payables en 2009, elle n'est plus débitrice que de «euros 356'242.80» (p. 22), seul montant à concurrence duquel la mainlevée provisoire pouvait être prononcée. En plus de reposer sur un fait nouveau, le moyen n'a donc pas été soumis à l'autorité précédente, de sorte qu'il est irrecevable faute d'épuisement des instances cantonales (art. 75 al. 1 LTF; FF 2001 p. 4109; <ref-ruling> consid. 1.3; <ref-ruling> consid. 1.2 et 424 consid. 3.2).
5. En conclusion, le présent recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, aux frais de la recourante (art. 66 al. 1 LTF). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre sur le fond et s'est opposée à tort à la requête d'effet suspensif.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 10'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Il n'est pas alloué de dépens à l'intimée.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'État de Fribourg.
Lausanne, le 2 novembre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Hohl Braconi