Sachverhalt:
A. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern, Abteilung Erbschafts-, Schenkungs- und Nachsteuer, eröffnete auf eine Meldung der Eidgenössischen Steuerverwaltung hin im Dezember 1997 ein Nach- und Strafsteuerverfahren gegen A. X.-Y._, die X._ & Co. AG und die X._ Produktions AG. In der Folge wurden am 6. August 2002 Nachsteuer- und Bussenverfügungen erlassen, wogegen die Betroffenen am 5. September 2002 Einsprache erhoben.
Am 13. Mai 2003 verlangten die steuerpflichtigen Personen unter Berufung auf Art. 225 Abs. 1 des Steuergesetzes vom 21. Mai 2000 des Kantons Bern (StG/BE) eine gerichtliche Beurteilung nach Massgabe des bernischen Gesetzes vom 15. März 1995 über das Strafverfahren. Daraufhin verfügte die Steuerverwaltung des Kantons Bern am 12. Juni 2003 die Trennung von Steuerhinterziehungs- und Nachsteuerverfahren und ordnete für das Hinterziehungsverfahren die beantragte gerichtliche Beurteilung an. Zudem wurde am 21. Oktober 2003 dem Kantonalen Untersuchungsrichteramt für Wirtschaftskriminalität Anzeige erstattet.
Am 18. Mai 2006 schloss der Kantonale Untersuchungsrichter die Voruntersuchung ab. Er beantragte einerseits, verschiedene Sachverhalte dem Einzelrichter des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen zur Beurteilung zu überweisen, und anderseits bezüglich weiterer Sachverhalte, die sich Ende der 80er- und anfangs der 90er-Jahre zugetragen hatten, das Verfahren einzustellen.
Die Staatsanwaltschaft für den Kanton Bern (Prokurator 2) stimmte diesen Anträgen am 22. Mai 2006 zu. Hingegen rekurrierte die Steuerverwaltung des Kantons Bern am 2. Juni 2006 gegen den Aufhebungsbeschluss und verlangte, die fraglichen Sachverhalte seien ebenfalls an das zuständige Gericht zu überweisen.
Mit Beschluss vom 30. November 2006 wies die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern den Rekurs ab, soweit sie darauf eintrat.
B. Die Steuerverwaltung des Kantons Bern (Abteilung Erbschafts-, Schenkungs- und Nachsteuer) hat gegen den Beschluss vom 30. November 2006 der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern am 5. Januar 2007 Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht erhoben. Die Beschwerdeführerin beantragt bezüglich der direkten Bundessteuer sinngemäss, es seien verschiedene Sachverhalte, die aufgrund des angefochtenen Beschlusses nicht weiter verfolgt werden sollten, ebenfalls dem zuständigen Gericht zur Beurteilung einer allfälligen Steuerhinterziehung zu überweisen; bezüglich der kantonalen Steuern verlangt sie, der angefochtene Beschluss sei aufzuheben und die Sache sei an die Vorinstanz zurückzuweisen mit der Vorgabe, dass die vom Aufhebungsbeschluss betroffenen Sachverhalte ebenfalls dem zuständigen Gericht zur Beurteilung einer allfälligen Steuerhinterziehung zu überweisen seien. Die Beschwerdeführerin rügt eine offensichtlich unrichtige und unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts (Art. 104 lit. b in Verbindung mit Art. 105 Abs. 2 OG) sowie eine willkürliche Beweiswürdigung.
C. Die Beschwerdegegner sowie die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern beantragen, auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde sei nicht einzutreten. Die Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragt, der angefochtene Beschluss sowie bestimmte früher ergangene Verfügungen (des kantonalen Untersuchungsrichters, des Prokurators der kantonalen Staatsanwaltschaft sowie der Steuerverwaltung des Kantons Bern) seien als nichtig zu erklären, soweit sie sich auf die direkte Bundessteuer beziehen, und die Streitsache sei zur Beurteilung der Hinterziehung der direkten Bundessteuer an die Steuerverwaltung des Kantons Bern zurückzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, welches Rechtsmittel zulässig und in welchem Umfang darauf einzutreten ist (<ref-ruling> E. 2 S. 210; <ref-ruling> E. 1.1 S. 142; <ref-ruling> E. 1 S. 60, je mit Hinweisen).
1.2 Der angefochtene Beschluss der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern erging am 30. November 2006. Auf das vorliegende Verfahren findet deshalb noch das bis Ende 2006 geltende Bundesgesetz vom 16. Dezember 1943 über die Organisation der Bundesrechtspflege (OG) Anwendung (vgl. Art. 132 Abs. 1 des am 1. Januar 2007 in Kraft getretenen Bundesgesetzes vom 17. Juni 2005 über das Bundesgericht, BGG; SR 173.110).
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Steuerverwaltung richtet sich gegen einen Beschluss der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern im Zusammenhang mit einem Steuerhinterziehungsverfahren. Dem Entscheid ist keine Rechtsmittelbelehrung beigegeben. Mit Bezug auf die direkte Bundessteuer ist zunächst zu prüfen, ob überhaupt ein taugliches Anfechtungsobjekt vorliegt, das heisst, ob der Beschluss der Anklagekammer vom 30. November 2006 ein auf Steuerrecht des Bundes gestütztes, letztinstanzliches kantonales Urteil ist, das mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden kann (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit <ref-law> und Art. 98 lit. g OG; Art. 146 und Art. 182 Abs. 2 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG, SR 642.11]; für die Sachverhalte vor dem 1. Januar 1995 vgl. Art. 112 und Art. 132 Abs. 3 des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer [BdBSt]).
2.1 Die beschwerdeführende Steuerverwaltung bejaht die Frage, weil der Beschluss der Anklagekammer des Obergerichts einem Urteil der Steuerrekurskommission oder des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern gleichzusetzen sei. Demgegenüber erachten die Beschwerdegegner die Verwaltungsgerichtsbeschwerde (aus verschiedenen Gründen) als unzulässig. Auch die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern vertritt diese Auffassung; sie hält dafür, dass gegen den von einem Strafgericht gefassten kantonal letztinstanzlichen Einstellungsbeschluss auf Bundesebene einzig die Nichtigkeitsbeschwerde (bzw. nach neuem Recht die Beschwerde in Strafsachen) zulässig sei. Die Eidgenössische Steuerverwaltung ihrerseits hält nicht nur den angefochtenen Beschluss, sondern auch die ihm vorausgegangenen, im Rahmen des strafrechtlichen Verfahrens erlassenen Verfügungen für nichtig, soweit sie sich auf die Hinterziehung der direkten Bundessteuer beziehen.
2.2 Steuerstrafverfahren wegen Hinterziehung, Verletzung von Verfahrenspflichten und Übertretungen werden bei der direkten Bundessteuer grundsätzlich von den Steuerbehörden im Verwaltungs- und Verwaltungsjustizverfahren durchgeführt. Der kantonal letztinstanzliche Entscheid unterliegt alsdann der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht (vgl. Art. 132 Abs. 3 BdBSt; <ref-law>). Das ist auch nach bernischem Recht die Regel (vgl. Art. 225 Abs. 1 erster Satz StG/BE). Dieses sieht aber zusätzlich vor, dass u.a. die steuerpflichtige Person eine gerichtliche Beurteilung nach Massgabe des Gesetzes über das Strafverfahren verlangen kann (vgl. Art. 225 Abs. 1 zweiter Satz StG/BE; sog. "Berner Modell"; vgl. auch Art. 205 Abs. 2 des jurassischen Steuergesetzes vom 26. Mai 1988). Wird das Strafverfahren gerichtlich durchgeführt, gelten die Verfahrenspflichten, Verfahrensrechte und Rechtsmittel nach Massgabe des Gesetzes über das Strafverfahren (Art. 228 Abs. 1 StG/BE).
Vorliegend ergingen der Aufhebungsbeschluss des Untersuchungsrichters und der kantonal letztinstanzliche Beschluss der Anklagekammer des Obergerichts in Anwendung der zitierten Bestimmungen. Der angefochtene Beschluss ist somit ein strafgerichtlicher Entscheid. Bernische kantonal letztinstanzliche Strafurteile können (nach dem hier noch anwendbaren Bundesrecht) nur mit eidgenössischer Nichtigkeitsbeschwerde und mit staatsrechtlicher Beschwerde beim Bundesgericht angefochten werden (Thomas Maurer, Das bernische Strafverfahren, 2. Aufl., Bern 2003, S. 575 ff.).
2.3 Für die Ahndung von Übertretungstatbeständen bei der direkten Bundessteuer hat allerdings der Bundesgesetzgeber in die administrative und gerichtliche Organisationsfreiheit der Kantone eingegriffen. So verpflichtet <ref-law> die Kantone, mindestens eine kantonale Steuerrekurskommission für die direkte Bundessteuer vorzusehen. Ferner gelten gemäss <ref-law> die Vorschriften über die Verfahrensgrundsätze, das Veranlagungs- und das Beschwerdeverfahren im Steuerstrafverfahren der direkten Bundessteuer sinngemäss (zur Zuständigkeit der Steuerrekurskommission im Steuerstrafverfahren vgl. <ref-ruling> E. 6.2 S. 321 f., mit Hinweisen). Sodann ist nach <ref-law> (in der hier anwendbaren Fassung) gegen Strafverfügungen der kantonalen Steuerrekurskommission nur die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig.
Verschiedene Eingriffe in die Organisationsfreiheit der Kantone ergeben sich zudem aufgrund der Rechtsprechung des Bundesgerichts: So müssen diejenigen Kantone, die für die harmonisierten kantonalen Steuern zwei gerichtliche Instanzen kennen, denselben Rechtsmittelweg auch für die direkte Bundessteuer vorsehen (<ref-ruling> ff.). Auf diese Weise sollen widersprüchliche Entscheidungen über die gleichen Rechtsfragen vermieden werden, und das Bundesgericht kann Beschwerden gegen die Veranlagung der harmonisierten kantonalen Steuern und der direkten Bundessteuer auf identischer sachverhaltsmässiger Grundlage beurteilen. Weiter sind etwa Entscheide betreffend Verweigerung oder Gewährung der Amtshilfe in Steuerangelegenheiten durch andere als Steuerbehörden auf dem gleichen Rechtsweg anzufechten wie die Entscheide in der Sache selbst (d.h. im Beschwerdeverfahren bei den für Steuersachen zuständigen kantonalen richterlichen Behörden) und sind nicht von den vorgesetzten Instanzen der entscheidenden Behörde (im konkreten Fall nicht von den Strafgerichtsinstanzen) zu beurteilen (<ref-ruling> E. 6 S. 320 ff., mit Hinweisen).
Als allgemeiner Grundsatz gilt, dass der Bundesgesetzgeber seine Gesetzgebungskompetenz auf dem Gebiet der direkten Bundessteuer so anzuwenden hat, dass seine eigene Steuerordnung mit den Vorschriften des Steuerharmonisierungsgesetzes übereinstimmt (Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]). Umgekehrt besitzen die Kantone im Verfahren bezüglich der direkten Bundessteuer praktisch keinen Gestaltungsspielraum (vgl. <ref-ruling> E. 5.2 in fine S. 74, mit Hinweisen).
2.4 Aufgrund dieser klaren Rechtslage darf der Kanton Bern Übertretungen nach dem Gesetz über die direkte Bundessteuer (DBG) nicht in die gerichtliche Beurteilung nach Art. 225 ff. StG/BE mit einbeziehen. Die ursprüngliche Absicht des bernischen Gesetzgebers, dass bei einer gerichtlichen Beurteilung der Richter auch die Aufgaben wahrzunehmen habe, die gemäss <ref-law> vom Kanton zuzuweisen sind, fand übrigens in der bernischen Verordnung vom 18. Oktober 2000 über den Vollzug der direkten Bundessteuer keinen entsprechenden Niederschlag. Diese sieht nämlich in Art. 4 Abs. 1 lit. l vor, dass die kantonale Steuerverwaltung Steuerhinterziehungen sowie Verletzungen von Verfahrenspflichten verfolgt und nötigenfalls Strafanzeige (Art. 182 und 188 DBG) erstattet (vgl. hierzu Walter Ryser/Bernhard Rolli, Précis de droit fiscal suisse, 4. Aufl. Bern 2002, S. 501). Eine Einschränkung, wonach dies nur dann gelte, wenn kein Gesuch des Steuerpflichtigen um gerichtliche Beurteilung gestellt wurde, enthält diese Bestimmung nicht. Sie entspricht damit den dargestellten bundesrechtlichen Vorgaben, wonach für die Verfolgung von Steuerhinterziehungen nach <ref-law> nicht die ordentlichen Strafverfolgungsorgane, sondern die ordentlichen Steuerverwaltungsbehörden zuständig sind.
Daraus ist zu schliessen, dass es sich beim angefochtenen Beschluss der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern - als strafgerichtlichem Entscheid - nicht um ein auf Bundessteuerrecht gestütztes Urteil handeln kann. Tatsächlich nimmt denn auch weder der angefochtene Beschluss noch die Verfügung der Steuerverwaltung des Kantons Bern vom 12. Juni 2003 je einmal Bezug auf die direkte Bundessteuer. Mangels eines tauglichen Anfechtungsobjekts kann daher auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer nicht eingetreten werden.
3. Bezüglich der Kantonssteuern steht die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 73 StHG schon deshalb nicht zur Verfügung, weil vorliegend nur solche Steuerperioden betroffen sind, für welche die Anpassungsfrist des Art. 72 Abs. 1 StHG noch nicht abgelaufen war (vgl. hierzu <ref-ruling> E. 4.1 S. 558 f., mit Hinweisen). Eine Umdeutung der als "Verwaltungsgerichtsbeschwerde" bezeichneten Eingabe in eine staatsrechtliche Beschwerde wäre zwar grundsätzlich möglich (vgl. <ref-ruling> E. 2.1 in fine S. 148, mit Hinweisen); hier fällt dies jedoch ausser Betracht, weil dem Staat als Träger hoheitlicher Gewalt das Recht zur Beschwerdeführung nicht zusteht (Art. 88 OG e contrario).
Im Übrigen ist darauf hinzuweisen, dass im - noch nicht in Kraft gesetzten - Bundesbeschluss vom 17. Dezember 2004 über die Genehmigung und die Umsetzung der bilateralen Abkommen zwischen der Schweiz und der EU über die Assoziierung an Schengen und an Dublin (BBl 2004, 7149 ff.) die Einführung eines Art. 57bis StHG vorgesehen ist. Gemäss dieser neuen Bestimmung und der ihr anzupassenden Neufassung von Art. 182 Abs. 1 und 2 DBG wird die Strafgerichtsbarkeit bei Steuerhinterziehungen ausdrücklich ausgeschlossen (vgl. BBl 2004, 6279 f.). Demzufolge wird der Kanton Bern (und ebenfalls der Kanton Jura, der die gleiche Lösung kennt) die Möglichkeit, bei Hinterziehungsdelikten im Bereich der direkten Steuern an ein Strafgericht zu gelangen, aufgeben müssen (vgl. Stellungnahme des Bundesrates vom 12. April 2006 zur Initiative des Kantons Jura betreffend Aufhebung von Bundessteuerbestimmungen, die gegen Artikel 6 EMRK verstossen, BBl 2006, 4041).
4. Nach dem Gesagten kann auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde der Steuerverwaltung des Kantons Bern weder in Bezug auf die direkte Bundessteuer noch in Bezug auf die Kantonssteuern eingetreten werden.
Bei diesem Verfahrensausgang hat die Beschwerdeführerin, die Vermögensinteressen wahrnimmt, die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 156 Abs. 1 und 2 OG in Verbindung mit Art. 153 und 153a OG) und den Beschwerdegegnern eine Parteientschädigung auszurichten (Art. 159 OG).

erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer wird nicht eingetreten.
2. Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die Kantonssteuer wird nicht eingetreten.
3. Die Gerichtsgebühr von Fr. 5'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Der Kanton Bern (Kantonale Steuerverwaltung) hat den Beschwerdegegnern für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von Fr. 5'000.-- auszurichten.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem a.o. Generalprokurator des Kantons Bern und der Anklagekammer des Obergerichts des Kantons Bern sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. Mai 2007
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Merkli Fux