Sachverhalt:
A. Das Obergericht des Kantons Zug sprach Y._ mit Entscheid vom 4. November 2008 zweitinstanzlich schuldig des gewerbsmässigen Betrugs, der Urkundenfälschung sowie der mehrfachen Erschleichung einer Falschbeurkundung. Weiter verurteilte es X._ wegen Gehilfenschaft zum gewerbsmässigen Betrug. Es verpflichtete beide Verurteilte solidarisch, unter anderem Z._ Schadenersatz in der Höhe von Fr. 29'881.30 nebst Zins zu bezahlen. Ferner zog es den Erlös von Fr. 52'013.80 aus dem Verkauf eines bei Y._ beschlagnahmten Personenwagens ein. Auf den Antrag der Geschädigten Z._ auf Verwendung des Verwertungserlöses zu ihren Gunsten im Sinne von <ref-law> trat es nicht ein.
B. Z._ führt Beschwerde in Strafsachen. Sie beantragt sinngemäss, der Erlös aus der Verwertung des eingezogenen Personenfahrzeugs sei in Anwendung von <ref-law> zu ihren Gunsten zu verwenden.
C. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug beantragt in ihrer Vernehmlassung vom 10. August 2009 im Wesentlichen, es sei betreffend die Verwendung im Sinne von <ref-law> in der Sache zu entscheiden. Das Obergericht des Kantons Zug schliesst in seiner Vernehmlassung vom 1. Juli 2009 auf Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit von Amtes wegen (<ref-law>). Ebenso prüft es ex officio die Einhaltung der Beschwerdefrist im Sinne von <ref-law>.
1.1 Der Beschwerdeführerin wurde das vorinstanzliche Urteil am 17. November 2008 im Dispositiv eröffnet. Mit Schreiben vom 10. Dezember 2008 verlangte sie die Zustellung des Entscheids in vollständiger Ausfertigung. Dieser wurde am 16. Dezember 2008 versandt und ging ihr, gemäss eigenen Angaben, am 17. Dezember 2008 zu. Da die Beschwerde innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung beim Bundesgericht einzureichen ist (<ref-law>), wurde die vorliegende Beschwerde in Berücksichtigung des Fristenstillstands (<ref-law>) unter Einhaltung der gesetzlichen Frist erhoben. Auf sie kann grundsätzlich eingetreten werden.
Ergänzend ist in diesem Zusammenhang auf Folgendes hinzuweisen: Die Privatkläger wurden im Mitteilungssatz des vorinstanzlichen Urteils (Dispositiv-Ziffer VII.2.) darauf aufmerksam gemacht, dass sie nach Zustellung des Dispositivs eine vollständige Ausfertigung des Entscheids verlangen können. Eine solche Mitteilung schafft nur klare Verhältnisse, wenn den Adressaten gleichzeitig eine Frist gesetzt wird, um eine entsprechende Erklärung abzugeben. § 78 Abs. 1 des Gesetzes [des Kantons Zug] über die Organisation der Gerichtsbehörden vom 3. Oktober 1940 (GOG; BGS 161.1) sieht in der seit 1. Januar 2008 gültigen Fassung vor, dass Urteile des Obergerichts in Rechtskraft erwachsen, wenn nicht innert 30 Tagen seit mündlicher Eröffnung oder Zustellung eine schriftlich begründete Urteilsausfertigung verlangt wird. Nach § 78 Abs. 1bis GOG/ZG wird im Dispositiv vermerkt, dass das Urteil in Rechtskraft erwächst, wenn nicht gemäss Abs. 1 die Zustellung des motivierten Entscheids verlangt wird. Wie oben dargelegt, verlangte die Beschwerdeführerin die Zustellung des vollständigen angefochtenen Entscheids am 10. Dezember 2008, mithin innerhalb von 30 Tagen seit der Zustellung des Urteilsdispositivs. Weshalb im angefochtenen Entscheid der Hinweis auf die besagte prozessuale Bestimmung unterblieb und welche Konsequenzen sich daraus ergäben, wenn die Beschwerdeführerin nicht innerhalb von 30 Tagen seit der Zustellung des Dispositivs eine begründete Urteilsausfertigung verlangt hätte, muss somit hier nicht weiter beurteilt werden.
1.2 Der Entscheid über die Verwendung des Erlöses aus der Verwertung eines eingezogenen Gegenstands zu Gunsten des Geschädigten (<ref-law>) ist ein Entscheid in Strafsachen im Sinne von <ref-law>, und der Geschädigte ist zur Beschwerde in Strafsachen gegen einen solchen Entscheid legitimiert (siehe Urteil 6B_344/2007 vom 1. Juli 2008 E. 1.4; vgl. auch <ref-ruling> E. 1a S. 100; NIKLAUS SCHMID, in: Kommentar Einziehung, Organisiertes Verbrechen, Geldwäscherei, 2. Aufl. 2007, N. 89 zu <ref-law>).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, mehrmals die Verwendung beschlagnahmter Vermögenswerte respektive deren Verwertungserlöses im Sinne von aArt. 60 StGB und <ref-law> beantragt zu haben. Indem die Vorinstanz auf diesen Antrag nicht eingetreten sei, habe sie <ref-law> verletzt. Ebenso habe sie gegen die Art. 5, 8, 9, 29 und 29a BV verstossen.
2.2 Nach <ref-law> ("Verwendung zu Gunsten des Geschädigten") - der weitgehend mit aArt. 60 StGB übereinstimmt - spricht das Gericht dem Geschädigten, der durch ein Verbrechen oder ein Vergehen einen Schaden erleidet, der nicht durch eine Versicherung gedeckt ist, auf dessen Verlangen bis zur Höhe des Schadenersatzes bzw. der Genugtuung, die gerichtlich oder durch Vergleich festgesetzt worden sind, unter anderem die vom Verurteilten bezahlte Geldstrafe oder Busse (Abs. 1 lit. a), die eingezogenen Gegenstände und Vermögenswerte oder deren Verwertungserlös unter Abzug der Verwertungskosten (Abs. 1 lit. b) oder die Ersatzforderungen (Abs. 1 lit. c) zu, wenn anzunehmen ist, dass der Täter den Schaden nicht ersetzen oder eine Genugtuung nicht leisten wird. Das Gericht kann die Verwendung zugunsten des Geschädigten jedoch nur anordnen, wenn der Geschädigte den entsprechenden Teil seiner Forderung an den Staat abtritt (Abs. 2). Die Kantone sehen für den Fall, dass die Zusprechung nicht schon im Strafurteil möglich ist, ein einfaches und rasches Verfahren vor (Abs. 3).
<ref-law> ist auf die nach Art. 69-72 StGB eingezogenen Gegenstände und Vermögenswerte anwendbar. Gemäss <ref-law> verfügt das Gericht die Einziehung von Vermögenswerten, die durch eine Straftat erlangt worden sind oder dazu bestimmt waren, eine Straftat zu veranlassen oder zu belohnen, sofern sie nicht dem Verletzten zur Wiederherstellung des rechtmässigen Zustandes ausgehändigt werden. Sinn und Zweck dieser Einziehung besteht im Ausgleich deliktischer Vorteile (FLORIAN BAUMANN, Basler Kommentar, Strafrecht, 2. Aufl. 2007, N. 3 zu Art. 70/71 StGB). Die Einziehungsbestimmungen wollen verhindern, dass der Täter im Genuss eines durch eine strafbare Handlung erlangten Vermögensvorteils bleibt. Strafbares Verhalten soll sich nicht lohnen (<ref-ruling> E. 2.2.4 S. 327 mit Hinweisen).
2.3 Der Beschwerdeführerin wurde erst- und zweitinstanzlich Schadenersatz in der Höhe von Fr. 29'881.30 nebst Zins zugesprochen. Vorgängig wurde im Rahmen der gegen Y._, X._ und weitere Personen geführten Strafuntersuchung der im Eigentum von Y._ stehende Personenwagen mit Verfügung vom 13. März 2001 beschlagnahmt (vorinstanzliche Akten act. 2/2/4/2). Die erste Instanz ordnete in Anwendung von aArt. 59 Ziff. 1 Abs. 1 StGB seine (akzessorische) Einziehung, Veräusserung und die Einziehung des Veräusserungserlöses zu Gunsten des Staates an (vgl. erstinstanzlicher Entscheid, Dispositiv-Ziffer I.5.). Die Vorinstanz hat daraus die Schlussfolgerung gezogen, dass der Antrag der Beschwerdeführerin auf Verwendung des Verwertungserlöses zu ihren Gunsten im Sinne von <ref-law> - den sie bereits im Rahmen der Untersuchung am 26. August 2004 deponiert hatte (act. 2/1/56) - erstinstanzlich und mangels Anfechtung rechtskräftig abgewiesen worden sei.
2.4 Es stellt sich die Frage, ob die erste Instanz über den Antrag der Beschwerdeführerin im Sinne von <ref-law> in der Sache entschieden hat, indem sie die Einziehung des Veräusserungserlöses zu Gunsten des Staates verfügt hat. Dies ist aus nachstehenden Gründen zu verneinen:
Die Zuweisung gemäss <ref-law> erfolgt nur auf ausdrückliches Verlangen des Geschädigten. Ein entsprechender Antrag kann - wie vorliegend - bereits in der Untersuchung eingebracht werden. Wurde er unter Nennung der Zuweisungssumme gestellt, sind die übrigen Voraussetzungen von Amtes wegen zu klären. Allenfalls sind ex officio die zum Entscheid notwendigen Beweise zu erheben (SCHMID, a.a.O., N. 79 zu <ref-law>). Die erkennende Behörde hat demnach, unter Mitwirkung des Antragstellers, unter anderem die Aktivlegitimation des Gesuchstellers, die fehlende Deckung durch eine Versicherung sowie die erfolgte Zession der Schadenersatzforderung an den Staat zu prüfen. Im erstinstanzlichen Entscheid finden sich keine diesbezüglichen Erwägungen. Die erste Instanz hat sich mit dem am 26. August 2004 gestellten Antrag der Beschwerdeführerin nicht auseinandergesetzt (vgl. erstinstanzlicher Entscheid S. 153 f.), und ein Entscheid über die Zuwendung hat deshalb keinen Eingang in das Urteilsdispositiv gefunden. Gegenteiliges musste die Beschwerdeführerin - ihr wird im Übrigen als Privatklägerin die begründete Fassung des angefochtenen Entscheids nur auf Verlangen und gegen Vorauszahlung ausgehändigt - auch nicht vermuten. Die Ansicht der Vorinstanz, die erste Instanz habe den Antrag der Beschwerdeführerin abgewiesen (angefochtenes Urteil S. 28), ist deshalb unzutreffend. Ebenso unrichtig ist die Auffassung der Vorinstanz, die erste Instanz habe über den Antrag der Beschwerdeführerin implizit entschieden. Der erstinstanzliche Entscheid steht einer Verwendung im Sinne von <ref-law> zu Gunsten der Beschwerdeführerin grundsätzlich nicht entgegen (vgl. E. 2.6 nachfolgend).
2.5 Richtig ist, dass die Verwendung eingezogener Vermögenswerte zu Gunsten des Staates im entsprechenden Umfang eine anderweitige Verwendung ausschliesst. <ref-law> begründet jedoch einen Anspruch des Geschädigten gegen den Staat im Strafverfahren (vgl. DENIS PIOTET, Les effets civils de la confiscation pénale, Bern 1995, Rz. 120). Der Staat soll sich nicht auf Kosten des Geschädigten bereichern können, sondern vielmehr bei Einziehungen die Rechte der geschädigten Partei in den Vordergrund stellen. Die genannte Bestimmung gewährt, soweit die darin genannten Voraussetzungen erfüllt sind, ein Recht auf Zusprechung eingezogener Vermögenswerte (BAUMANN, a.a.O., N. 1 zu <ref-law>; so schon zum alten Recht, das insoweit eine Kann-Bestimmung enthielt, <ref-ruling> E. 2c S. 111).
2.6 Die erste Instanz prüfte den Antrag der Beschwerdeführerin auf Verwendung zu ihren Gunsten gemäss <ref-law> offensichtlich nicht und zog den (zukünftigen) Verwertungserlös zu Gunsten des Staates ein. Im vorinstanzlichen Verfahren wäre es möglich und angezeigt gewesen, über den Antrag der Beschwerdeführerin zu entscheiden. Nach <ref-law> sehen die Kantone für den Fall, dass die Zusprechung nicht schon im Strafurteil möglich ist, ein einfaches und rasches Verfahren vor. Ein solches Verfahren ist etwa durchzuführen, wenn sich ein Geschädigter, der Ansprüche gemäss <ref-law> geltend macht, erst nachträglich meldet, also in einem Zeitpunkt, in dem z.B. bereits im Sinne von Art. 69-72 StGB die Einziehung von Gegenständen oder Vermögenswerten angeordnet bzw. eine Geldstrafe oder Busse vom berechtigten Gemeinwesen schon vereinnahmt wurde. Eine nachträgliche Verfügung ist zulässig, soweit die betreffenden Werte nicht rechtskräftig bereits anderen Geschädigten zugesprochen wurden (vgl. SCHMID, a.a.O., N. 71 zu <ref-law>). Entsprechendes muss erst recht gelten, wenn - wie vorliegend - der Antrag vor dem erstinstanzlichen Einziehungsentscheid gestellt, jedoch darin nicht beurteilt wurde. Somit kann festgehalten werden, dass eine Einziehung zu Gunsten des Staates einer (späteren) Verwendung im Sinne von <ref-law> grundsätzlich nicht entgegensteht. Sind aber Geschädigte oder Dritte, die Ansprüche erheben können, nicht vorhanden oder nicht zu ermitteln, fallen die konfiszierten Vermögenswerte bzw. ihr Erlös (definitiv) der Staatskasse zu (GÜNTER STRATENWERTH, Schweizerisches Strafrecht, Strafen und Massnahmen, 2. Aufl. 2006, § 13 N. 118).
2.7 Damit der Schutzgedanke von <ref-law> (E. 2.5 hievor) zum Tragen kommt, müssen die Anträge nach <ref-law> auch noch nach dem entsprechenden Gerichtsentscheid, mit dem die Geldstrafe oder Busse verhängt wird, Vermögenswerte eingezogen werden etc., zulässig sein, also zum Beispiel auch noch im Berufungsverfahren (Schmid, a.a.O., N. 76 zu <ref-law>). Die Vorinstanz hätte selbst für den Fall, dass die Beschwerdeführerin ihren Antrag erstmals (und nicht wie vorliegend wiederholt) im kantonalen Berufungsverfahren gestellt hätte, einen Sachentscheid fällen müssen.
2.8 Die Vorinstanz ist auf den Antrag der Beschwerdeführerin auf Zusprechung eingezogener Vermögenswerte im Sinne von <ref-law> nicht eingetreten, weil sie der unzutreffenden Auffassung war, die erste Instanz habe den entsprechenden Antrag rechtskräftig abgewiesen. Ihr Nichteintretensentscheid läuft aus den dargelegten Gründen im Ergebnis auf eine Verletzung von <ref-law> hinaus. Die Beschwerde ist somit gutzuheissen.
Heisst das Bundesgericht eine Beschwerde gut, so entscheidet es in der Sache selbst oder weist diese zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurück (<ref-law>). Ein Entscheid in der Sache, wie die Beschwerdeführerin beantragt, kommt nur in Betracht, wenn die Angelegenheit spruchreif ist sowie sofort und endgültig zum Abschluss gebracht werden kann. Ansonsten muss es mit der Aufhebung des angefochtenen Entscheids und der Zurückweisung der Sache an die Vorinstanz sein Bewenden haben.
Die Vorinstanz hat infolge Nichteintretensentscheids weder Erwägungen zur Verwendung zu Gunsten der Geschädigten im Sinne von <ref-law> angestellt noch Feststellungen getroffen. Bei dieser Sachlage fällt ein reformatorischer Entscheid durch das Bundesgericht ausser Betracht. Dispositiv-Ziffer II.4. des angefochtenen Entscheids ist deshalb aufzuheben und die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Damit erübrigt es sich, die weiteren Rügen der Beschwerdeführerin zu behandeln.
3. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind keine Kosten aufzuerlegen (<ref-law>), und der Kanton Zug hat den Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, Dispositiv-Ziffer II.4. des Urteils des Obergerichts des Kantons Zug vom 4. November 2008 aufgehoben und die Sache zur neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton Zug hat den Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin, Rechtsanwalt Benno Wild, für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zug, Strafrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. August 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Faga