Faits:
A. Par arrêt du 20 septembre 2007, la Cour criminelle du Tribunal cantonal jurassien a condamné X._, pour délit manqué de meurtre, incendies intentionnels, menace, infractions à la LStup et à la LCR et dommages à la propriété d'importance mineure, à une peine privative de liberté de 5 ans, sous déduction de la détention préventive. Elle a également ordonné son internement.
B. B.a Dans le cadre de l'exécution de sa peine privative de liberté, X._ a d'abord été placé aux Etablissements pénitentiaires de Thorberg, depuis le 5 juin 2007, après avoir séjourné dans la prison régionale de Berne. Il a ensuite été transféré à l'EEP Bellevue, à Gorgier/NE, dès le 11 juin 2009.
B.b Par requête du 29 octobre 2009, le Service juridique, Exécution des peines et mesures, a saisi la Cour criminelle, conformément à l'art. 64 al. 3 CP, aux fins de décider de l'octroi éventuel de la libération conditionnelle en faveur de X._.
Dans le cadre de l'instruction, le Président de l'autorité précitée a ordonné la mise en oeuvre d'une expertise psychiatrique confiée au Dr A._. Un rapport a également été requis auprès des établissements de Thorberg et de Bellevue.
C. Par arrêt du 22 février 2010, la Cour criminelle du Tribunal cantonal jurassien a refusé d'accorder à X._ la libération conditionnelle de la peine privative de liberté.
D. X._ a déposé un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire et une violation des art. 64a, 64b al. 2 let. c et 62d al. 2 CP, il a conclu à l'annulation de l'arrêt précité et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il a également requis l'assistance judiciaire.
Le Ministère public du canton du Jura n'a pas déposé d'observations. La Cour criminelle a conclu au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Peu importe, en l'état, que l'autorité cantonale n'ait pas statué sur recours, comme le prévoit l'art. 80 al. 2 LTF, compte tenu du délai dont disposent les cantons pour édicter les dispositions d'exécution relatives, notamment, à la compétence des autorités précédentes en matière pénale (cf. art. 130 al. 1 LTF).
2. Invoquant une violation des art. 64b al. 2 let. c et 62d al. 2 CP, le recourant reproche à la Cour criminelle de ne pas avoir auditionné les représentants des autorités de poursuite pénale, des autorités d'exécution et des milieux de la psychiatrie. L'autorité cantonale estime en revanche que l'art. 62d al. 2 CP ne s'applique pas à l'égard du juge appelé à statuer sur la libération conditionnelle de la peine privative de liberté au sens de l'art. 64 al. 3 CP.
2.1 Aux termes de l'art. 64 al. 2 CP, l'exécution d'une peine privative de liberté précède l'internement. Les dispositions relatives à la libération conditionnelle de la peine privative de liberté (art. 86 à 88) ne sont pas applicables. L'alinéa 3 de cette disposition prévoit que, si, pendant l'exécution de la peine privative de liberté, il est à prévoir que l'auteur se conduira correctement en liberté, le juge fixe la libération conditionnelle de la peine privative de liberté au plus tôt au jour où l'auteur a exécuté deux tiers de sa peine privative de liberté ou quinze ans en cas de condamnation à vie. Au demeurant, l'art. 64a est applicable.
Selon l'art. 64a al. 1 CP, l'auteur est libéré conditionnellement dès qu'il est à prévoir qu'il se conduira correctement en liberté. Le délai d'épreuve est de deux à cinq ans. Une assistance de probation peut être ordonnée et des règles de conduite peuvent lui être imposées pour la durée de la mise à l'épreuve.
2.1.1 La libération conditionnelle de l'internement au sens de l'art. 64a CP dépend d'un pronostic favorable. L'examen de ce pronostic est effectué de manière plus stricte que lors de l'examen de la même question concernant les mesures thérapeutiques institutionnelles (cf. art. 62 CP). La libération conditionnelle aura lieu s'il est "à prévoir", c'est-à-dire s'il existe une forte probabilité que le condamné se conduise bien en liberté. La garantie de la sécurité publique doit être assurée avec une probabilité aussi élevée que les enjeux soulevés par la libération conditionnelle, sans qu'une sécurité absolue ne puisse jamais être tout à fait garantie (cf. Message concernant la modification du code pénal suisse (dispositions générales, entrée en vigueur et application du code pénal) et du code pénal militaire ainsi qu'une loi fédérale régissant la condition pénale des mineurs du 21 septembre 1998 in FF 1999 II 1905; MARIANNE HEER, Basler Kommentar, Strafrecht I, 2ème éd., ad art. 64a n° 12 et 13; NICOLAS QUELOZ/RAPHAËL BROSSARD, Commentaire romand, Code pénal I, ad art. 64a n° 7). La condition de la prévisibilité d'une conduite correcte en liberté doit être appréciée par rapport aux seules infractions énumérées à l'art. 64 al. 1 CP. Les autres comportements, qui n'entrent pas dans les prévisions de cette dernière disposition, sont irrelevants (<ref-ruling> consid. 1.1.2.2).
2.1.2 Le pronostic doit être posé en tenant compte du comportement du condamné dans son ensemble et plus particulièrement de sa collaboration face aux traitements prescrits par les médecins, de la prise de conscience des actes à la base de sa condamnation, de ses aptitudes sociales et, notamment, de ses capacités à vivre en communauté et à résoudre des conflits potentiels. Il est difficile d'évaluer, à sa juste valeur, la dangerosité d'un détenu, dès lors que celui-ci évolue précisément dans un milieu conçu aux fins de le neutraliser (cf. MARIANNE HEER, op cit, ad art. 64a n° 15 ss; NICOLAS QUELOZ/RAPHAËL BROSSARD, op cit, ad art. 64a n° 8 s.).
2.2 L'art. 64b al. 1 CP, relatif à l'examen de la libération de l'internement prévoit que l'autorité compétente examine, d'office ou sur demande: a. au moins une fois par an et pour la première fois après une période de deux ans, si l'auteur peut être libéré conditionnellement de l'internement et, si tel est le cas, quand il peut l'être (art. 64a, al. 1); b. au moins une fois tous les deux ans et pour la première fois avant le début de l'internement, si les conditions d'un traitement thérapeutique institutionnel sont réunies et qu'une demande en ce sens doit être faite auprès du juge compétent (art. 65, al. 1). L'art. 64b al. 2 CP précise que l'autorité prend la décision selon l'al. 1 en se fondant sur: a. un rapport de la direction de l'établissement; b. une expertise indépendante au sens de l'art. 56, al. 4; c. l'audition d'une commission au sens de l'art. 62d, al. 2; d. l'audition de l'auteur.
La commission, au sens de l'art. 62d al. 2 CP, est composée de représentants des autorités de poursuite pénale, des autorités d'exécution et des milieux de la psychiatrie. Les représentants des milieux de la psychiatrie ne doivent ni avoir traité l'auteur ni s'être occupés de lui d'une quelconque manière.
2.2.1 Le pronostic relatif au comportement qualifié de criminel ne relève ni de la science, ni de l'expérience psychiatrique, et les pronostics psychiatriques en matière de criminalité doivent par conséquent être réservés à des spécialistes qui, outre de solides connaissances et expériences en psychiatrie, disposent de connaissances criminologiques approfondies et sont au courant des résultats de la recherche moderne en matière de pronostics. Ainsi, pour statuer sur une libération conditionnelle ou sur la levée d'une mesure, il convient de ne pas se baser uniquement sur des expertises psychiatriques, mais de conférer une assise plus large à cette décision. Aussi, la loi prévoit-elle désormais l'audition préalable d'une commission composée au minimum de représentants des autorités de poursuite pénale, des autorités d'exécution et des milieux psychiatriques (cf. Message concernant la modification du code pénal suisse (dispositions générales, entrée en vigueur et application du code pénal) et du code pénal militaire ainsi qu'une loi fédérale régissant la condition pénale des mineurs du 21 septembre 1998 in FF 1999 II 1895).
A l'instar de la réglementation applicable à la levée d'une mesure thérapeutique institutionnelle au sens de l'art. 62d al. 2 CP, la décision relative à la libération de l'internement doit aussi être prise notamment sur la base du rapport d'un expert indépendant et après l'audition d'une commission composée de représentants des autorités de poursuite pénale, des autorités d'exécution et des milieux de la psychiatrie, ce conformément au prescrit de l'art. 64b al. 2 let. b et c CP (cf. Message concernant la modification du code pénal suisse (dispositions générales, entrée en vigueur et application du code pénal) et du code pénal militaire ainsi qu'une loi fédérale régissant la condition pénale des mineurs du 21 septembre 1998 in FF 1999 II 1906).
2.2.2 L'art. 64b CP concerne l'examen de la libération conditionnelle de l'internement pendant l'exécution même de la mesure (cf. art. 64b al. 1 let. a CP) et la modification d'un internement en traitement thérapeutique institutionnel (cf. art. 64b al. 1 let. b CP). L'art. 64 al. 3 CP concerne en revanche la libération conditionnelle d'une peine privative de liberté exécutée avant une mesure d'internement. Ces dispositions visent ainsi des hypothèses différentes mais traitent néanmoins toujours de la même question, à savoir la libération de la mesure d'internement.
L'art. 64 al. 3 CP ne renvoie pas expressément à l'art. 64b al. 2 CP et ne précise pas davantage les éléments sur lesquels l'autorité doit se fonder lorsqu'elle statue précisément sur la libération conditionnelle de la peine privative de liberté précédant l'internement. Il convient d'admettre que l'art. 64b al. 2 CP est également applicable par analogie dans ce cas. En effet, il n'existe aucun motif de différencier ce dernier cas et de poser des exigences moindres, dès lors que la libération conditionnelle de la peine privative de liberté exécutée avant l'internement entraîne également la levée de cette mesure (cf. MARIANNE HEER, op cit, ad art. 64 n° 111).
Aussi, l'autorité doit décider de la libération conditionnelle d'une peine privative de liberté précédant l'internement au sens de l'art. 64 al. 3 CP en se fondant sur un rapport de la direction de l'établissement, une expertise indépendante, l'audition d'une commission composée de représentants des autorités de poursuite pénale, des autorités d'exécution et des milieux de la psychiatrie et l'audition de l'auteur. De plus, l'expert et les représentants des milieux de la psychiatrie ne doivent ni avoir traité l'auteur ni s'être occupés de lui d'une quelconque manière (cf. art. 62d al. 2 CP).
2.3 En l'espèce, l'autorité précédente a requis la mise en oeuvre d'une expertise psychiatrique, a sollicité des rapports auprès des établissements de Thorberg et de Gorgier et a interrogé le recourant dans le cadre des débats. En revanche, elle n'a pas procédé à l'audition d'une commission de représentants des autorités de poursuite pénale, des autorités d'exécution et des milieux de la psychiatrie, violant ainsi les art. 64 al. 3, 64b al. 2 CP et 62d al. 2 CP. Le grief est par conséquent admis.
3. Invoquant l'arbitraire dans l'appréciation des preuves et une violation de l'art. 64a CP, le recourant conteste le refus de sa libération conditionnelle et reproche à l'autorité cantonale de n'avoir retenu que les éléments à charge pour poser un pronostic défavorable.
Il n'y a pas lieu d'examiner ces griefs dans la mesure où le sort du recours est scellé par le considérant précédent.
4. Le recours doit ainsi être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée aux autorités cantonales pour nouvelle décision. Le recourant qui obtient gain de cause ne supporte pas de frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF) et peut prétendre à une indemnité de dépens à la charge du canton du Jura (art. 68 al. 1 et 2 LTF), ce qui rend sans objet la requête d'assistance judiciaire.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le canton du Jura versera au recourant la somme de 3000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Jura, Cour criminelle.
Lausanne, le 30 août 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani