Faits:
A. A.a Les époux X._ se sont mariés le 6 mars 2000 à Pristina (Kosovo). Le couple est établi à Genève et a deux enfants: A._, née en 2001, et B._, né en 2002.
Le 8 janvier 2008, dame X._ a quitté le domicile conjugal avec les deux enfants, se rendant dans un foyer d'accueil.
A.b Dame X._ a déposé deux plaintes pénales, les 18 février et 27 mars 2008, décrivant les comportements violents de son époux, tant envers elle qu'envers sa fille A._.
Le 21 février 2008, X._ a été inculpé de lésions corporelles simples, de menaces, de contraintes, de contraintes sexuelles et de viols à l'encontre de son épouse. Le 27 février 2008, le juge d'instruction lui a fait interdiction de s'approcher de son épouse et de ses enfants et d'éviter soigneusement de se retrouver dans le secteur du foyer et de l'école de ceux-ci.
B. B.a Statuant le 10 mars 2008 sur demande de l'épouse, le Tribunal de première instance du canton de Genève a rendu une ordonnance sur mesures préprovisoires par laquelle il a notamment attribué à la mère la garde des deux enfants et suspendu tout droit de visite en faveur du père.
B.b Le 9 octobre 2008, le Tribunal de première instance, statuant sur mesures protectrices de l'union conjugale, a notamment attribué la garde des deux enfants à leur mère et instauré une curatelle de surveillance au sens de l'<ref-law>. Le juge de première instance a par ailleurs réservé au père un droit de visite devant s'exercer, dans un premier temps, à raison d'un jour par semaine, puis, à la suite de cette période transitoire, après une évaluation effectuée par le curateur et pour autant que l'intérêt des enfants soit préservé, à raison d'un week-end sur deux et la moitié des vacances scolaires.
L'un et l'autre époux ont appelé de ce jugement auprès de la Cour de justice.
B.c Parallèlement, le 3 novembre 2008, dame X._ a déposé, auprès du Tribunal de première instance, une requête en mesures provisionnelles fondée sur l'<ref-law> et assortie de mesures préprovisionnelles urgentes.
Statuant sur mesures préprovisionnelles urgentes le 5 novembre 2008, le Tribunal de première instance a fait interdiction à X._, sous les peines de l'<ref-law>, d'accéder au foyer dans lequel résidaient son épouse et leurs enfants ainsi que de pénétrer dans un périmètre de 200 mètres autour du foyer, d'accéder à l'école des enfants ainsi que de pénétrer dans un périmètre de 150 mètres autour de cette école, de prendre contact avec A._ et B._, notamment par téléphone, par écrit ou par voie électronique, ou de leur causer d'autres dérangements.
Le Tribunal de première instance a confirmé ces mesures par ordonnance de mesures provisionnelles du 7 janvier 2009. L'appel interjeté par X._ a été déclaré irrecevable.
B.d Se fondant sur cette dernière ordonnance, dame X._ a complété l'acte d'appel qu'elle avait déposé contre le jugement rendu sur mesures protectrices de l'union conjugale, requérant la validation des mesures provisionnelles fondées sur l'<ref-law> et complétant ses conclusions en ce sens.
X._ a conclu à l'irrecevabilité, subsidiairement au déboutement des conclusions sur faits nouveaux prises par son épouse.
Par arrêt du 24 avril 2009, la Cour de justice a réservé à X._ un droit de visite devant s'exercer à raison d'un jour par semaine, avec passage des enfants au Point Rencontre Liotard et confirmé les mesures d'éloignement prononcées par ordonnance du Tribunal de première instance le 7 janvier 2009.
C. Par acte du 29 mai 2009, dame X._ dépose devant le Tribunal fédéral un recours en matière civile contre l'arrêt rendu par la Cour de justice le 24 avril 2009, notifié le 29 avril suivant. La recourante conclut à l'annulation de cette dernière décision en tant qu'elle réserve à son époux un libre droit de visite et demande que celui-ci soit exercé dans un lieu fermé et protégé, en présence d'un éducateur ou d'un spécialiste de l'enfance. A l'appui de ses conclusions, la recourante se plaint de la violation de l'art. 9 Cst., estimant que les juges cantonaux auraient arbitrairement établi les faits et apprécié les preuves.
Dame X._ demande également à être mise au bénéfice de l'assistance judiciaire.
Invités à se déterminer, X._ conclut au rejet du recours tandis que la cour cantonale s'est référée aux considérants de son arrêt.
D. La recourante a obtenu l'effet suspensif par ordonnance présidentielle du 17 juin 2009.

Considérant en droit:
1. La décision de mesures protectrices de l'union conjugale (<ref-law>) est une décision en matière civile au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 2 p. 395). Elle est finale selon l'<ref-law>, car elle tranche définitivement, dans une procédure séparée, des questions qui ne pourront plus être revues avec l'éventuelle décision sur le divorce et les effets accessoires (<ref-ruling> consid. 4 p. 395). La contestation est de nature non pécuniaire puisqu'elle porte exclusivement sur les modalités du droit de visite. Le recours en matière civile est donc recevable indépendamment de la question de la valeur litigieuse. La décision, rendue par une autorité de dernière instance cantonale (<ref-law>), a par ailleurs été entreprise en temps utile (<ref-law>), par la partie qui a succombé dans ses conclusions prises devant l'autorité précédente (<ref-law>), si bien que le recours en matière civile est en principe recevable.
2. Les mesures protectrices de l'union conjugale sont considérées comme des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5 p. 396, 585 consid. 3.3 p. 587 et la jurisprudence citée), de sorte que seule peut être dénoncée la violation de droits constitutionnels.
3. La Cour de justice a rejeté les conclusions de la recourante tendant à l'exercice d'un droit de visite surveillé. Les juges cantonaux ont motivé leur décision en tenant compte du fait qu'aucune procédure pénale n'avait été engagée à l'encontre du père en rapport avec des violences à l'égard de ses enfants; la recourante avait par ailleurs elle-même indiqué que les comportements violents de son ex-époux à l'encontre de A._ avaient cessé lorsque celle-ci avait atteint l'âge de cinq ans et qu'il n'aurait jamais eu de tels comportements à l'égard de B._.
Appelée ensuite à confirmer les mesures d'éloignement fondées sur l'<ref-law>, ordonnées à titre préprovisionnel par le Tribunal de première instance le 5 novembre 2008 et confirmées le 7 janvier 2009, la Cour de justice a relevé que différents témoignages avaient permis de rendre vraisemblables les accusations de violence et de harcèlement formulées par la recourante à l'encontre de son mari, comportements qu'elle lui reprochait d'avoir adoptés tant envers elle qu'envers ses enfants. En transgressant les injonctions d'éloignement qui lui avaient été signifiées par le juge d'instruction et par les autorités de justice civile, l'intimé avait en outre créé un climat conflictuel et peu sécurisant, préjudiciable au bien des enfants. La cour cantonale a ainsi confirmé les mesures d'éloignement ordonnées par le Tribunal de première instance, tout en précisant qu'elles ne remettaient toutefois pas en cause le droit de visite.
4. La recourante estime que, pour parvenir à la conclusion qu'un droit de visite non surveillé pouvait être accordé au père, la cour cantonale aurait établi les faits de manière incomplète et inexacte et procédé à une appréciation arbitraire des preuves. Les juges cantonaux n'auraient ainsi pas tenu compte de certains faits, notamment le conflit de loyauté devant lequel le père plaçait ses enfants lorsqu'il les rencontrait, les plaintes pénales déposées par la mère par laquelle celle-ci dénonçait les comportements violents de l'intimé envers elle et sa fille ou encore les actes de violences physique et psychique que l'intimé faisait subir à celle-ci, actes pourtant attestés par différents témoignages écrits et tous produits dans le cadre de la procédure. Sans retenir ces différents éléments pour fixer les modalités du droit de visite, la Cour de justice aurait pourtant reconnu le comportement harcelant et violent de l'intimé pour valider les mesures d'éloignement ordonnées par le Tribunal de première instance, empêchant ainsi l'intimé de s'approcher du domicile et de l'école des enfants ainsi que de prendre contact avec eux. Le libre exercice du droit de visite serait ainsi en totale contradiction avec ces mesures de protection de la personnalité.
Contestant son caractère dangereux, l'intimé soutient que les autorités pénales auraient refusé d'entrer en matière sur les procédures pénales introduites par la recourante au sujet des prétendues menaces qu'il aurait proférées à l'encontre de ses enfants. Les témoignages sur lesquels se fonde son épouse pour obtenir l'annulation de la décision cantonale seraient par ailleurs isolés ou ne pourraient être considérés comme étant dignes de foi. Enfin, l'intimé se réfère au rapport du SPMi, qui préconise un libre droit de visite, affirmant que la recourante ne le critique en rien.
5. 5.1 D'après la jurisprudence, une décision est arbitraire lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 5.1; <ref-ruling> consid. 2.1, 57 consid. 2; <ref-ruling> consid. 3.1).
5.2 Aux termes de l'<ref-law>, le père ou la mère qui ne détient pas l'autorité parentale ou la garde ainsi que l'enfant mineur ont réciproquement le droit d'entretenir les relations personnelles indiquées par les circonstances. Autrefois considéré comme un droit naturel des parents, le droit aux relations personnelles est désormais conçu à la fois comme un droit et un devoir de ceux-ci (cf. <ref-law>), mais aussi comme un droit de la personnalité de l'enfant; il doit servir en premier lieu l'intérêt de celui-ci (<ref-ruling> consid. 4a p. 298; <ref-ruling> consid. 3b p. 451). Selon l'<ref-law>, les père et mère doivent veiller à ne pas perturber les relations de l'enfant avec l'autre parent et à ne pas rendre l'éducation plus difficile. D'après la jurisprudence, l'établissement d'un droit de visite surveillé nécessite, comme le retrait ou le refus du droit aux relations personnelles selon l'<ref-law>, des indices concrets de mise en danger du bien de l'enfant. Il ne suffit pas que ce dernier risque abstraitement de subir une mauvaise influence pour qu'un droit de visite surveillé soit instauré (<ref-ruling> consid. 3c; arrêt 5C.20/2006 du 4 avril 2006; 5P.131/2006 du 25 août 2006 consid. 3 publié in FamPra 2007 p. 167).
5.2 Aux termes de l'<ref-law>, le père ou la mère qui ne détient pas l'autorité parentale ou la garde ainsi que l'enfant mineur ont réciproquement le droit d'entretenir les relations personnelles indiquées par les circonstances. Autrefois considéré comme un droit naturel des parents, le droit aux relations personnelles est désormais conçu à la fois comme un droit et un devoir de ceux-ci (cf. <ref-law>), mais aussi comme un droit de la personnalité de l'enfant; il doit servir en premier lieu l'intérêt de celui-ci (<ref-ruling> consid. 4a p. 298; <ref-ruling> consid. 3b p. 451). Selon l'<ref-law>, les père et mère doivent veiller à ne pas perturber les relations de l'enfant avec l'autre parent et à ne pas rendre l'éducation plus difficile. D'après la jurisprudence, l'établissement d'un droit de visite surveillé nécessite, comme le retrait ou le refus du droit aux relations personnelles selon l'<ref-law>, des indices concrets de mise en danger du bien de l'enfant. Il ne suffit pas que ce dernier risque abstraitement de subir une mauvaise influence pour qu'un droit de visite surveillé soit instauré (<ref-ruling> consid. 3c; arrêt 5C.20/2006 du 4 avril 2006; 5P.131/2006 du 25 août 2006 consid. 3 publié in FamPra 2007 p. 167).
5.3 5.3.1 L'<ref-law>, entré en vigueur le 1er juillet 2007, prévoit qu'en cas de violence, de menaces ou de harcèlement, le demandeur peut requérir le juge d'interdire à l'auteur de l'atteinte de l'approcher ou d'accéder à un périmètre déterminé autour de son logement (al. 1 ch. 1), de fréquenter certains lieux, notamment des rues, places ou quartiers (al. 1 ch. 2), de prendre contact avec lui, notamment par téléphone, par écrit ou par voie électronique, ou de lui causer d'autres dérangements (al. 1 ch. 3).
On entend par violence l'atteinte directe à l'intégrité physique, psychique, sexuelle ou sociale d'une personne. Cette atteinte doit présenter un certain degré d'intensité, tout comportement socialement incorrect n'étant pas constitutif d'une atteinte à la personnalité. Les menaces se rapportent à des situations où des atteintes illicites à la personnalité sont à prévoir. Dans ce cas également, il doit s'agir d'une menace sérieuse qui fasse craindre la victime pour son intégrité physique, psychique, sexuelle ou sociale (Rapport de la Commission des affaires juridiques du Conseil national, Initiative parlementaire, Protection contre la violence dans la famille et dans le couple, FF 2005 p. 6437ss, p. 6450). Enfin, le harcèlement se réfère à la poursuite et au harcèlement obsessionnels d'une personne sur une longue durée, indépendamment du fait qu'il existe une relation entre l'auteur et la victime. Les caractéristiques typiques du harcèlement sont l'espionnage, la recherche de la proximité physique et tout ce qui y est lié, à savoir la poursuite et la traque ainsi que le dérangement et la menace d'une personne. Ces événements doivent engendrer chez la personne une grande peur et survenir de manière répétée (arrêt 5A_112/2008 du 14 avril 2008 consid. 2.1; FF 2005 p. 6450; cf. également <ref-ruling> consid. 2.3 et les références).
5.3.2 Lorsqu'il prend des mesures pour protéger la victime, le juge doit respecter le principe fondamental de la proportionnalité. Il doit ainsi prendre la mesure qui est suffisamment efficace pour la victime et la moins incisive pour l'auteur de l'atteinte. L'auteur peut en effet faire valoir qu'afin de sauvegarder des intérêts légitimes, l'interruption des contacts avec la victime n'est pas adaptée, notamment en raison de l'exercice du droit de visite à l'égard des enfants (<ref-law>). Le juge prendra alors la mesure adaptée à chaque cas, le principe de proportionnalité permettant la prise en compte des différents intérêts (FF 2005 p. 6451).
5.4 La décision rendue par la Cour de justice est contradictoire. Statuant sur la surveillance du droit de visite, les juges cantonaux ont relevé que les comportements violents de l'intimé à l'encontre de A._ avaient cessé depuis que celle-ci avait atteint l'âge de cinq ans et que B._ n'avait fait l'objet d'aucune violence. Ils se sont alors principalement fondés sur le rapport du SPMi, qui préconisait un libre droit de visite à exercer, dans un premier temps, un jour par semaine. Ce rapport avait toutefois été rendu le 17 juillet 2008, à savoir antérieurement aux événements ayant donné lieu aux mesures provisionnelles d'éloignement ordonnées par le Tribunal de première instance. Appelée ensuite à valider ces dernières, la Cour de justice s'est alors référée à deux témoignages ultérieurs au rapport précité, reçus en date du 28 octobre 2008 et 6 février 2009. La cour cantonale a ainsi estimé que lesdits témoignages - provenant de la directrice de l'école des enfants et de celle du foyer qui avait provisoirement accueilli la mère et les enfants - permettaient de rendre vraisemblables les actes de violences et de harcèlement que la recourante reprochait à son mari d'avoir commis tant à son encontre qu'à celle de ses enfants. Les juges cantonaux ont ainsi confirmé les mesures d'éloignement prononcées à titre provisionnel par le premier juge en interdisant à l'intimé non seulement d'approcher les enfants, mais également d'entrer en contact avec eux, en dehors du droit de visite. En considérant vraisemblables les allégations de violences et de harcèlement - à savoir un comportement susceptible de causer une grande peur et survenant de manière répétée (consid. 5.3.1 supra) -, puis en confirmant les mesures d'éloignement, la cour cantonale a ainsi implicitement reconnu une mise en danger concrète du bien des enfants. La Cour de justice ne pouvait donc, sans arbitraire, refuser à la mère la surveillance du droit de visite en jugeant non avérés les actes de violence sur les enfants, pour ensuite interdire à leur père de s'en approcher, reconnaissant comme étant vraisemblables les accusations de violence et de harcèlement formulées par la mère et attestées par des témoignages dont elle n'a pas tenu compte pour se prononcer sur la surveillance du droit de visite.
6. En conclusion, le recours est admis. La cause est renvoyée à la cour cantonale afin que celle-ci définisse les modalités d'exercice du droit de visite, en tenant compte du considérant précédent et du fait que les enfants ne voient plus leur père depuis le 10 mars 2008. La requête d'assistance judiciaire de la recourante est admise et son conseil lui sera désigné comme avocat d'office (<ref-law>). Les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimé qui succombe (<ref-law>). Celui-ci versera à la recourante une indemnité de dépens d'un montant de 1'500 fr. (<ref-law>). Au cas où ceux-ci ne pourraient être recouvrés, la Caisse du Tribunal fédéral versera à Me Nathalie Landry une indemnité de 1'500 fr. à titre d'honoraires.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. La demande d'assistance judiciaire de la recourante est admise et Me Nathalie Landry lui est désignée comme avocate d'office pour la procédure fédérale.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
4. Une indemnité de 1'500 fr., à verser à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge de l'intimé.
5. Au cas où les dépens ne pourraient être recouvrés, la Caisse du Tribunal fédéral versera à Me Nathalie Landry une indemnité de 1'500 fr. à titre d'honoraires.
6. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre civile de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 3 septembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl de Poret