Sachverhalt:
A. Z._ und W._ vermieteten V._ und U._ mit Mietvertrag vom 1. Dezember 1999 per 1. Februar 2000 416 m2 Verkaufsfläche im 2. Obergeschoss des Einkaufszentrums A._ in B._ zur Benutzung als Restaurant. Mit Nachtrag II vom 19. September 2000 wurden die Rechte und Pflichten der Mieterschaft rückwirkend auf den Mietbeginn auf die Restaurant X._ GmbH (Beschwerdeführerin) übertragen. Per 1. Mai 2002 ging das Eigentum am Einkaufszentrum A._ auf die Pensionskasse T._ über, die bis zum 30. August 2003 Vermieterin war. Mit Nachtrag III zum Mietvertrag vom 29. August 2003 trat die Y._ AG (Beschwerdegegnerin) per 1. September 2003 als Untervermieterin in das Mietverhältnis ein und übernahm dieses mit allen Rechten und Pflichten.
Von Januar bis September 2003 wurde die Liegenschaft umgebaut. Für die dadurch entstandenen Schäden und Umsatzeinbussen entschädigte die Pensionskasse T._ die Beschwerdeführerin mit Fr. 100'000.--.
Am 15. März 2004 übte die Beschwerdeführerin die Option auf Verlängerung des bis 31. März 2005 fest abgeschlossenen Mietvertrages bis 31. März 2010 aus. Mit Schreiben vom 22. August 2005 an die Beschwerdegegnerin rügte sie verschiedene Mängel, ohne ein konkretes Begehren zu stellen oder eine Mietzinsherabsetzung zu verlangen.
Am 21. November 2005 gelangte die Beschwerdeführerin an die Schlichtungsbehörde für das Mietwesen des Bezirks Baden mit dem Begehren, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, der Beschwerdeführerin rückwirkend seit 1. Oktober 2003 bis zur vollständigen Mängelbeseitigung eine Nettomietzinsreduktion im Umfang von 20% zu gewähren. Zudem sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von insgesamt Fr. 258'533.35 nebst Zins zu bezahlen. Eine Einigung kam vor der Schlichtungsbehörde nicht zustande.
Die Beschwerdegegnerin setzte der Beschwerdeführerin am 13. November 2006 eine Frist von 30 Tagen zur Bezahlung der offenen Mietzinse für das dritte und vierte Quartal 2006 im Betrag von Fr. 49'105.10 und drohte ihr die Kündigung im Sinne von <ref-law> an. Am 19. Dezember 2006 kündigte sie den Mietvertrag per 31. Januar 2007. Am 8. März 2007 fand die Übergabe des Mietobjekts statt.
B. Am 10. Januar 2007 erhob die Beschwerdeführerin beim Gerichtspräsidium Baden Klage mit den Anträgen, die Beschwerdegegnerin sei zu verpflichten, der Beschwerdeführerin rückwirkend seit 1. Oktober 2003 bis zur vollständigen Mängelbeseitigung eine Nettomietzinsreduktion im Umfang von 20% zu gewähren. Zudem sei die Beschwerdegegnerin zu verpflichten, der Beschwerdeführerin eine Entschädigung von insgesamt Fr. 186'144.-- nebst Zins zu bezahlen. Die Beschwerdegegnerin beantragte die Abweisung der Klage und erhob Widerklage auf Bezahlung von Fr. 96'801.80 nebst Zins. Am 13. April 2010 wies die Präsidentin 4 des Bezirksgerichts Baden die Klage ab und trat auf die Widerklage nicht ein.
Die Beschwerdeführerin erhob Beschwerde an das Obergericht des Kantons Aargau und beantragte, die Klage gutzuheissen. Mit Entscheid vom 2. Juli 2012 wies das Obergericht die Beschwerde ab.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Obergerichts vom 2. Juli 2012 aufzuheben. Die Sache sei zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Vorinstanz reichte eine kurze Vernehmlassung ein, ohne einen Antrag zu stellen. Die Beschwerdeführerin replizierte, worauf die Beschwerdegegnerin auf Gegenbemerkungen verzichtete.
D. Mit Präsidialverfügung vom 22. Oktober 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene Urteil des Obergerichts ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Sodann übersteigt der Streitwert die Grenze nach <ref-law> in mietrechtlichen Streitigkeiten. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinlänglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - grundsätzlich auf die Beschwerde einzutreten.
1.2 Die Beschwerdeführerin stellt keinen materiellen Antrag. Sie beantragt lediglich die Aufhebung des angefochtenen Entscheids und die Rückweisung zu neuer Entscheidung, was nicht genügt, wenn das Bundesgericht in der Sache selber entscheiden kann (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 383). Aus der Beschwerdebegründung geht indessen hervor, dass die Beschwerdeführerin ausschliesslich Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anficht, welche die Verneinung eines Mangels zur Folge hatten. Sollte sie damit durchdringen, müsste das Bundesgericht die Sache zur Prüfung der - vorinstanzlich offen gelassenen - weiteren Anspruchsvoraussetzungen zurückweisen. Der blosse Rückweisungsantrag genügt daher.
2. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5). Überdies muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein (<ref-law>).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss klar und substanziiert aufzeigen, inwiefern diese Voraussetzungen erfüllt sein sollen (vgl. <ref-ruling> E. 1.2; <ref-ruling> E. 2.2.2; <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4). Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3).
Zu beachten ist, dass das Bundesgericht in die Beweiswürdigung des Sachgerichts nur eingreift, wenn diese willkürlich ist. Willkür liegt nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls in Betracht zu ziehen oder gar vorzuziehen wäre, sondern nur, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 5.1; <ref-ruling> E. 4.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2, 467 E. 3.1). Die Beweiswürdigung ist mithin nicht schon dann willkürlich, wenn sie nicht mit der Darstellung des Beschwerdeführers übereinstimmt, sondern bloss, wenn sie offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 4.2.1; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9; <ref-ruling> E. 2b). Dies ist insbesondere dann der Fall, wenn das Sachgericht offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche grundlos ausser Acht lässt (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b). Inwiefern die Beweiswürdigung willkürlich sein soll, ist in der Beschwerde klar und detailliert aufzuzeigen (<ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 1.3). Namentlich genügt es nicht, einzelne Beweise anzuführen, die anders als im angefochtenen Entscheid gewichtet werden sollen, und dem Bundesgericht in appellatorischer Kritik die eigene Auffassung zu unterbreiten, als ob diesem freie Sachverhaltsprüfung zukäme (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2b).
3. Die Vorinstanz beurteilte nur das Schadenersatzbegehren der Beschwerdeführerin, wogegen sie deren Begehren um (rückwirkende) Mietzinsreduktion mit der Begründung nicht behandelte, der Mietvertrag zwischen den Parteien sei per 31. Januar 2007 gekündigt worden, weshalb lediglich eine Leistungsklage auf Rückerstattung der zuviel bezahlten Mieten zulässig gewesen wäre. Dieses Vorgehen wird von der Beschwerdeführerin nicht in Frage gestellt. Das Schadenersatzbegehren (betreffend Umsatzeinbusse) verneinte die Vorinstanz wie schon die erste Instanz in der Erwägung, der von der Beschwerdeführerin behauptete Mangel sei nicht bewiesen. Die Beschwerdeführerin habe nicht beweisen können, dass der von der Beschwerdegegnerin im Jahr 2003 vorgenommene Umbau den Zugang zu ihrem Lokal derart erschwert habe, dass die Kundenfrequenz auf weniger als 10% gegenüber vorher abgenommen habe und dies zu der behaupteten Umsatzeinbusse mit entsprechendem Verlust geführt habe. Die weiteren Anspruchsvoraussetzungen liess die Vorinstanz offen, wenngleich sie anmerkte, dass der eingeklagte Schaden "bei weitem nicht hinreichend substanziiert und nachgewiesen" worden sei.
Die Beschwerdeführerin moniert im Zusammenhang mit der Verneinung eines Mangels mehrere offensichtlich unrichtige und aktenwidrige Sachverhaltsfeststellungen bzw. kritisiert die Beweiswürdigung. Angesichts dessen, dass die Vorinstanz nicht nur einen Mangel verneinte, sondern überdies den behaupteten und eingeklagten Schaden für bei weitem nicht hinreichend substanziiert und nachgewiesen hielt, würde sich an der Klageabweisung allerdings selbst dann nichts ändern, wenn die erhobenen Sachverhaltsrügen durchzudringen vermöchten. Dies würde an sich Nichteintreten auf die Beschwerde nach sich ziehen (vgl. Erwägung 2). Die Beschwerdeführerin wehrt sich (in der Replik) dagegen mit dem Hinweis, die Vorinstanz habe die Erwägung zu den weiteren Voraussetzungen für den Schadenersatz lediglich "angemerkt". Dies trifft zwar zu, andererseits ist diese Anmerkung überaus deutlich ausgefallen, so dass kaum davon gesprochen werden kann, die Vorinstanz habe auch offen lassen wollen, ob sie die Haftungsvoraussetzung des Schadens als nachgewiesen erachte. Wie es sich damit verhält, braucht nicht entschieden zu werden, da sich die Sachverhaltsrügen ohnehin als unbegründet erweisen, soweit darauf eingetreten werden kann:
3.1 Die Beschwerdeführerin beanstandet zunächst die Feststellung der Vorinstanz, man könne nicht den Schluss ziehen, das Mietobjekt sei mangelhaft, weil sich die Umgebung durch den Umbau verändert habe. Die Vorinstanz kam zu diesem Schluss in eingehender Würdigung der Vorbringen beider Parteien, wobei sie diejenigen der Beschwerdeführerin für nicht überzeugend hielt. Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Erwägungen nicht auseinander, sondern beharrt lediglich auf ihrem Standpunkt, sie sei durch die baulichen Massnahmen isoliert worden. In diesem Punkt der vorinstanzlichen Begründung ging es indessen darum, dass die Beschwerdegegnerin eine unveränderte Umgebung insofern nicht zusichern konnte, als die Veränderungen ausserhalb ihres Einflussbereiches lagen, wie dies etwa auf die wirtschaftliche Situation der Ladenlokale in der Umgebung der Beschwerdeführerin zutraf. Aber auch was die Vornahme der Umbauten betrifft - ein Umstand mithin, der im Einflussbereich der Beschwerdegegnerin lag - gelangte die Vorinstanz in Abwägung der Parteivorbringen nicht zur Beurteilung, dass der Umbau rücksichtslos zum Nachteil der Beschwerdeführerin erfolgt sei und zu deren Isolation geführt habe. Indem die Beschwerdeführerin einfach das Gegenteil behauptet, belegt sie keine Willkür. Ebenso wenig tut sie Aktenwidrigkeit dar: Die Vorinstanz vermochte dem Standpunkt der Beschwerdeführerin auch unter Berücksichtigung von deren Hinweis auf einen angeblich hohen Nettomietzins nichts abzugewinnen. Sie fügte sodann bloss "im Übrigen" an, dass die entsprechende Behauptung ohnehin bestritten sei und die Beschwerdeführerin es unterlassen habe, sie zumindest anhand von Vergleichsmietzinsen zu belegen. Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin ist diese Bemerkung der Vorinstanz nicht bereits aus dem Grund aktenwidrig, dass die Beschwerdeführerin vor Obergericht den Mietvertrag des Nachmieters ins Recht legte. Allein damit konnte der Nachweis eines hohen Nettomietzinses auf der Basis von hinreichenden Vergleichsmietzinsen nämlich nicht erbracht werden. Indessen war diese Frage - wie dargelegt - ohnehin nicht ausschlaggebend für die Beurteilung der Vorinstanz.
3.2 Sodann kommt die Beschwerdeführerin auf die Liftsituation vor und nach dem Umbau zu sprechen. Sie wirft der Vorinstanz auch in diesem Zusammenhang eine aktenwidrige und offensichtlich unrichtige Feststellung vor. Ihre Ausführungen erschöpfen sich indessen in der Darstellung der Situation, wie sie sie unter anderem anhand von Antwortbeilagen selber beurteilt. Sie zeigt damit keine Willkür auf. Das Gleiche gilt, wenn sie entgegen der Beurteilung der Vorinstanz darauf beharrt, seit dem Umbau sei eine Sackgasse entstanden.
3.3 Die Ausführungen unter Ziffer 5 der Beschwerde lassen nicht erkennen, welche konkrete Feststellung der Vorinstanz die Beschwerdeführerin als aktenwidrig beanstandet. Für eine hinlänglich begründete Sachverhaltsrüge genügt es nicht, einfach ein Dokument, hier der Mietvertrag des Nachmieters, zu erwähnen und die aus diesem Dokument gezogenen eigenen Schlussfolgerungen darzulegen.
3.4 Die Beschwerdeführerin hält die Feststellung der Vorinstanz für aktenwidrig, wonach die Kunden vor dem Umbau das Restaurant der Beschwerdeführerin mit Lift Nr. 1 und Nr. 2 indirekt via Atrium, nach dem Umbau indirekt via Verkaufsfläche der Beschwerdegegnerin erreichten. Aus Antwortbeilage 9 ergebe sich, dass man vor dem Umbau von Lift Nr. 1 und Nr. 2 über das Atrium direkt zum Restaurant der Beschwerdeführerin gelangt sei.
Die Vorinstanz stützte ihre Würdigung der Liftsituation bzw. des Zugangs zum Restaurant der Beschwerdeführerin auf die Augenscheinsverhandlung (Protokoll und Bilder). Ihre Feststellung, vor dem Umbau seien die Kunden mit Lift Nr. 1 und Nr. 2 indirekt via Atrium zum Restaurant gelangt, wird weder durch die Antwortbeilage 9 klar widerlegt, noch vermag die Beschwerdeführerin die angebliche Unrichtigkeit dieser Feststellung zu erläutern. Vielmehr spricht sie selber davon, dass man vor dem Umbau von Lift Nr. 1 und Nr. 2 über das Atrium direkt zum Restaurant der Beschwerdeführerin gelangt sei, geht also wie die Vorinstanz davon aus, dass der Zugang über das Atrium führte. Inwiefern es unter diesen Umständen auf die Umschreibung des Zugangs als "direkt" oder "indirekt" ankommen sollte, wird nicht dargetan und ist auch nicht ersichtlich.
3.5 Unter Ziffer 7 scheint die Beschwerdeführerin auf Erwägung 5.2.4.2.2.5 der Vorinstanz Bezug zu nehmen, wonach es die Vorinstanz nicht für erwiesen hielt, dass die Beschwerdeführerin infolge des Umbaus den behaupteten Kunden- und Umsatzrückgang erlitten hat. Sie setzt sich aber mit den eingehenden Argumenten der Vorinstanz nicht auseinander, sondern nennt lediglich einzelne Beweise und unterbreitet dem Bundesgericht dazu ihre eigenen Schlussfolgerungen. Damit vermag sie keine willkürliche Beweiswürdigung zu begründen.
3.6 Zusammenfassend verfehlt die Beschwerdeführerin weitgehend die Begründungsanforderungen an eine substanziierte Sachverhaltsrüge, namentlich an die Rüge willkürlicher Beweiswürdigung. Ihren Vorbringen kann nicht gefolgt werden.
4. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 6'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. November 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Kölz