unerlaubte Handlung; Schadenersatz, hat sich ergeben:
A.- Die Aktiengesellschaft Nordostschweizerische Kraftwerke (NOK; Klägerin) betreibt das Kernkraftwerk Beznau. Dieses befindet sich auf einer Insel in der Aare und ist u.a. über eine Eisenbahnbrücke zugänglich. Ab dem
9. März 1997 besetzten bzw. blockierten je nach Parteistandpunkt zwischen 15 und 50 Aktivistinnen und Aktivisten der Stiftung Greenpeace Schweiz (Beklagte) die Zufahrtsgeleise zum Kernkraftwerk, um den Transport von abgebrannten Brennelementen in die Wiederaufbereitungsanlage der COGEMA in La Hague (Frankreich) zu verhindern. Dabei steckten jeweils zwei Aktivisten den Arm in ein unter den Schienen durchgeführtes Metallrohr und fesselten sich mit Handschellen und Karabinerhaken aneinander; andere Aktivisten ketteten sich mittels Fahrradschlössern an die Geleise. Zwischen den Geleisen errichteten die Aktivisten zudem einen Leichtmetallturm, auf welchem sich zeitweise zwei mit Fahrradschlössern um den Hals angekettete Personen befanden.
Das besetzte Gelände gehört der Klägerin und befindet sich unmittelbar ausserhalb des Kernkraftwerkareals. Die Klägerin forderte die Aktivisten wiederholt - erstmals am 9. März 1997 um 20.00 Uhr - auf, das Areal zu räumen. Die Aktivisten kamen dieser Aufforderung indessen nicht nach. Am 17. März 1997 stellte die Klägerin beim Bezirksamt Zurzach den Antrag auf Räumung des besetzten Areals. In der Nacht zum 20. März 1997 räumten 60 Kantonspolizisten unter Mithilfe von 60 Fachkräften der Klägerin das besetzte Gelände, auf welchem sich zum damaligen Zeitpunkt acht Aktivisten befanden.
Die durch die Beklagte aufgebaute Infrastruktur (Kochzelte, WC, Turm etc.) wurde nach der polizeilichen Räumung durch Personal der Klägerin abgebaut, weggeräumt und am 21. März 1997 von Mitarbeitern der Beklagten abgeholt.
B.- Mit Klage vom 20. April 1998 forderte die Klägerin von der Beklagten unter Nachklagevorbehalt zunächst Fr. 250'000.-- nebst Zins als Ersatz für den ihr durch die Blockade entstandenen Schaden. Nachdem die Beklagte widerklageweise die Feststellung verlangte, dass die Klägerin ihr gegenüber aus der Kundgebung vom 9. bis 20. März 1997 keine Forderung hat, erweiterte die Klägerin ihr Rechtsbegehren auf Fr. 605'041. 92 nebst Zins. Mit Urteil vom 3. Oktober 2000 wies das Handelsgericht des Kantons Zürich die Klage ab; die Widerklage wurde gleichzeitig als gegenstandslos abgeschrieben.
Eine gegen dieses Urteil erhobene kantonale Nichtigkeitsbeschwerde wies das Kassationsgericht des Kantons Zürich am 1. April 2001 ab, soweit darauf eingetreten werden konnte.
C.-Die Klägerin hat gegen das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 3. Oktober 2000 eidgenössische Berufung eingelegt. Darin beantragt sie dem Bundesgericht, die Ziffern 1-4 des angefochtenen Urteils seien aufzuheben und die Beklagte zu verpflichten, der Klägerin Fr. 605'041. 92 nebst Zins zu bezahlen; eventualiter seien die Ziffern 1-4 des angefochtenen Urteils aufzuheben und die Sache zur Durchführung eines Beweisverfahrens an das Handelsgericht zurückzuweisen. Die Beklagte schliesst auf Abweisung der Berufung und Bestätigung des angefochtenen Entscheides.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Mit Berufung kann geltend gemacht werden, der angefochtene Entscheid beruhe auf einer Verletzung des Bundesrechts mit Einschluss der durch den Bund abgeschlossenen völkerrechtlichen Verträge. Wegen Verletzung verfassungsmässiger Rechte der Bürger ist die staatsrechtliche Beschwerde vorbehalten (Art. 43 Abs. 1 OG). Soweit die Klägerin vorbringt, das dem angefochtenen Urteil von der Vorinstanz zugrunde gelegte Schadensmodell und damit die Rechtsanwendung sei völlig überraschend und unvorhersehbar gewesen, ist auf die Berufung nicht einzutreten, denn die Rüge überraschender Rechtsanwendung ist als Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) mit staatsrechtlicher Beschwerde zu erheben (vgl. <ref-ruling> E. 2c/aa S. 22; <ref-ruling> E. 3c S. 52; <ref-ruling> E. 2d S. 69). Ebenso wenig kann mit Berufung ein Verstoss gegen das aus <ref-law> abgeleitete Verbot des überspitzten Formalismus gerügt werden (vgl. dazu <ref-ruling> E. 2a/bb S. 34 mit Hinweis), weshalb auch auf die diesbezüglichen Vorbringen der Klägerin nicht einzutreten ist.
2.-Das Bundesgericht hat seiner Entscheidung im Berufungsverfahren die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als wahr und vollständig zugrunde zu legen, es sei denn, sie beruhten auf einem offensichtlichen Versehen, seien unter Verletzung bundesrechtlicher Beweisvorschriften zustandegekommen oder bedürften der Ergänzung, weil das Sachgericht in fehlerhafter Rechtsanwendung einen gesetzlichen Tatbestand nicht oder nicht hinreichend klärte, obgleich ihm entscheidwesentliche Behauptungen und Beweisanerbieten dazu prozesskonform unterbreitet worden waren (Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 3 S. 372, 193 E. 1e S. 205; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2a). Werden solche Ausnahmen geltend gemacht, hat die Partei, die den Sachverhalt berichtigt oder ergänzt wissen will, darüber genaue Angaben mit Aktenhinweisen zu machen (Art. 55 Abs. 1 lit. d OG). Eine Ergänzung setzt zudem voraus, dass entsprechende Sachbehauptungen bereits im kantonalen Verfahren prozesskonform aufgestellt, von der Vorinstanz aber zu Unrecht für unerheblich gehalten oder übersehen worden sind, was wiederum näher anzugeben ist. Ohne diese Angaben gelten Vorbringen, welche über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Urteil hinausgehen, als neu und damit als unzulässig (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG). Zu beachten ist im Weiteren, dass sich die Auslegung prozessrechtlicher Erklärungen nach kantonalem Prozessrecht richtet, dessen Verletzung im Berufungsverfahren nicht gerügt werden kann (Art. 43 Abs. 1 und 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 3a S. 201 mit Hinweisen).
Soweit die Klägerin auf Tatsachen verweist, welche im angefochtenen Urteil keine Stütze finden, oder soweit sie die Auslegung ihrer Rechtsschriften durch die Vorinstanz zur Diskussion stellen will, ohne eine substanziierte Versehensrüge zu erheben, ist auf die Berufung somit nicht einzutreten.
3.- Die Klägerin verlangte im Verfahren vor Handelsgericht Ersatz ihrer Aufwendungen im Zusammenhang mit der Besetzungsaktion der Aktivisten der Beklagten. Die Vorinstanz kam zum Schluss, dass die Klägerin den Schaden nicht genügend substanziiert habe.
a) Nach allgemeiner Auffassung entspricht der haftpflichtrechtlich relevante Schaden der Differenz zwischen dem gegenwärtigen, nach dem schädigenden Ereignis festgestellten Vermögensstand und dem Stand, den das Vermögen ohne das schädigende Ereignis hätte (<ref-ruling> E. 4a S. 76 mit Hinweisen). In Bezug auf die zu beurteilende Streitsache ist aus dieser Schadensdefinition mit der Vorinstanz zu folgern, dass eine ersatzfähige Vermögenseinbusse nicht vorliegt, wenn der (angeblich) geschädigten Klägerin durch die behauptete widerrechtliche Handlung der Beklagten im Vergleich zum üblichen Geschäftsgang keine zusätzlichen finanziellen Aufwendungen erwachsen sind. Daraus ergibt sich die Notwendigkeit, den auch ohne Besetzung durch die Beklagte im Rahmen des ordentlichen Betriebes anfallenden Aufwand der Klägerin von demjenigen abzugrenzen, welcher durch die Geleiseblockierung der Beklagten zusätzlich verursacht wurde.
b) Gemäss <ref-law> in Verbindung mit <ref-law> ist der Schaden vom Geschädigten nachzuweisen. Wie weit die anspruchsbegründenden Tatsachen dabei inhaltlich zu substanziieren sind, damit sie unter die massgeblichen Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden können, bestimmt das materielle Bundesrecht. Die jeweiligen Anforderungen ergeben sich einerseits aus den Tatbestandsmerkmalen der angerufenen Norm und anderseits aus dem prozessualen Verhalten der Gegenpartei. Tatsachenbehauptungen müssen dabei so konkret formuliert sein, dass ein substanziiertes Bestreiten möglich ist oder der Gegenbeweis angetreten werden kann. Bestreitet der Prozessgegner das an sich schlüssige Vorbringen der behauptungsbelasteten Partei, kann diese gezwungen sein, die rechtserheblichen Tatsachen nicht nur in den Grundzügen, sondern so umfassend und klar darzulegen, dass darüber Beweis abgenommen werden kann. Wird das Vorliegen eines behaupteten Schadens vom Prozessgegner bestritten, hat der Ansprecher deshalb die einzelnen konkreten Tatsachen vorzutragen, welche Grundlage für die Qualifizierung einer Vermögenseinbusse als rechtlich relevanter Schaden bilden (vgl.
zum Ganzen den zur Publikation bestimmten BGE vom 30. Mai 2001, E. 2b mit weiteren Hinweisen).
c) Auf welchem Weg ein subsumptionsfähiger Sachverhalt erlangt werden soll, bestimmt dagegen das kantonale Prozessrecht. Ihm bleibt die Regelung der Frage vorbehalten, in welcher Form und bis zu welchem Zeitpunkt die - inhaltlich genügenden - Sachvorbringen in das Verfahren einzuführen sind. Kantonales Prozessrecht entscheidet auch darüber, ob eine Ergänzung der Sachvorbringen aufgrund des Beweisverfahrens zulässig ist oder ob bereits die Behauptungen so konkret und detailliert sein müssen, dass das Beweisverfahren allein noch ihrer Überprüfung dient (zur Publikation bestimmter BGE vom 30. Mai 2001, E. 2c; <ref-ruling> E. 3 S. 341/2; Brönnimann, Die Behauptungslast, in: Leuenberger [Hrsg. ], Der Beweis im Zivilprozess, S. 64/5). Weist das kantonale Gericht einen Beweisantrag wegen ungenügender Substanziierung des Sachverhaltes ab, kann eine Verletzung des die Sammlung des Prozessstoffes regelnden kantonalen Verfahrensrechts im Berufungsverfahren nicht geltend gemacht werden (Art. 43 Abs. 1 und 55 Abs. 1 lit. c OG). Zulässig ist dagegen die Rüge, das Sachgericht habe die bundesrechtlichen Anforderungen an die Substanziierung verkannt.
4.- Mit Blick auf die von der Klägerin als Schaden geltend gemachten Eigenleistungen begründete die Vorinstanz ihre Auffassung, wonach der Schaden ungenügend substanziiert sei, insbesondere damit, dass sich den von der Klägerin eingereichten Unterlagen keine Informationen über die in den aufgeführten Arbeitsstunden der beispielhaft herausgegriffenen Mitarbeitern konkret erbrachten Leistungen und deren Zusammenhang mit der beklagtischen Geleiseblockade entnehmen lasse. Allein die Tatsache, dass die betreffenden Mitarbeiter in den von ihnen handschriftlich ausgefüllten Arbeitszeitrapporten im Zeitraum März/April 1997 jeweilen eine bestimmte Anzahl Stunden der Belastungsnummer 87405, welche der Kostenstelle "Störung BE-Abtransport" entsprach, sowie jeweilen teilweise der Überzeit 1 oder 2 zuordneten, genüge als solche noch nicht. Zwar zähle die Klägerin die einzelnen Abteilungen und Unterabteilungen der Notfallorganisation auf und umschreibe deren Aufgaben; die allgemein gehaltenen Ausführungen zur Aufgabenzuteilung in der Rechtsschrift genügten als Sachverhaltsdarstellung jedoch nicht. Der Verweis auf die umfangreichen Beilagen sei überdies unbeachtlich, da die massgebenden Behauptungen in den Rechtsschriften selbst enthalten sein müssten. Die Klägerin habe auch nicht dargetan, welcher Teil der insgesamt geleisteten Arbeitszeit zusätzlich zu einer allfälligen (normalen) Arbeitszeit hinzu gekommen sei. Auch bezüglich der Fahrspesen werde nicht dargelegt, weshalb welche Person welche Strecke zurückgelegt habe und inwiefern diese Fahrt in einem Zusammenhang mit der beklagtischen Geleiseblockade gestanden sei. Die Klägerin habe es damit versäumt, den Sachverhalt ausreichend detailliert zu schildern und in Einzeltatsachen zu zergliedern.
Eine Beweisauflage könne daher nicht formuliert werden.
Die Klägerin ist der Ansicht, die Annahme der ungenügenden Substanziierung der als Schaden geltend gemachten Eigenleistungen verstosse in verschiedener Hinsicht gegen Bundesrecht.
a) aa) In welcher Form die Sachbehauptungen in den Prozess einzuführen sind, beurteilt sich nach kantonalem Recht (oben E. 3c). Soweit sich die Klägerin gegen die vorinstanzliche Erwägung wendet, wonach die Behauptungen in der Rechtsschrift selbst enthalten sein müssen, ist auf die Berufung daher nicht einzutreten (Art. 43 Abs. 1 OG und Art. 55 Abs. 1 lit. c OG).
bb) Die Klägerin bringt vor, sie habe im kantonalen Verfahren die Einvernahme ihrer Mitarbeiter zu ihrer Tätigkeit im Rahmen der Störaktion der Beklagten beantragt. Das Handelsgericht sei auf diesen Beweisantrag jedoch überhaupt nicht eingegangen, was Bundesrecht - namentlich <ref-law> - verletze. Mit ihrer Rüge verkennt die Klägerin, dass kantonales Recht bestimmt, ob ein Beweisverfahren trotz ungenügender Substanziierung des geltend gemachten Anspruchs durchzuführen ist. Die Rüge, welche sich auf die Abweisung des Beweisantrages auf Einvernahme der klägerischen Mitarbeiter bezieht, ist daher unzulässig (oben E. 3c).
cc) Die Klägerin macht unter Hinweis auf ihre Replik geltend, es sei unzutreffend, dass sie die im Zusammenhang mit der Besetzung der Beklagten stehenden Tätigkeiten ihrer Mitarbeiter nicht aufgezeigt habe. Ob sie damit eine Versehensrüge erheben will, bleibt unklar, kann jedoch dahingestellt bleiben. Denn ihre Ausführungen, wonach sie die Aufgaben, Kompetenzen und den Personalbedarf der einzelnen Subgruppen der Notfallorganisation in der Replik eingehend dargestellt habe, stehen der vorinstanzlichen Feststellung nicht entgegen, dass sich den Angaben nicht entnehmen lasse, welche Leistungen die Mitarbeiter in den als Schaden ins Feld geführten Arbeitsstunden effektiv erbracht haben. Das Vorliegen eines offensichtlichen Versehens ist bereits aus diesem Grund zu verneinen.
dd) Nach Auffassung der Klägerin steht die vorinstanzliche Erwägung, wonach sie nicht dartue, welcher Teil der insgesamt geleisteten Arbeitszeit zusätzlich zu einer allfälligen üblichen (normalen) Arbeitszeit hinzu kam, im Widerspruch zu einer anderen Stelle in der Urteilsbegründung, wo das Handelsgericht gestützt auf die klägerischen Ausführungen eine Aufteilung in Normalarbeitszeit, Überzeit 1 und Überzeit 2 vorgenommen habe. Soweit der Einwand der Klägerin als Versehensrüge zu verstehen sein sollte, ist er unbegründet. Die Einteilung in Normalarbeitszeit, Überzeit 1 (nach Angaben der Klägerin Überschreitung der normalen Arbeitszeit an Wochentagen in der Zeit zwischen 06.00 Uhr und 20.00 Uhr) und Überzeit 2 (Nachtarbeit zwischen 20.00 Uhr und 06.00 Uhr sowie Samstags- und Sonntagsarbeit) sagt nichts darüber aus, inwiefern die Arbeitszeit zusätzlich zu der auch ohne Besetzung der Beklagten erforderlichen geleistet worden ist. Wie aus dem angefochtenen Urteil hervorgeht, verlangt die Klägerin im Übrigen auch für in der Normalarbeitszeit geleistete Arbeitsstunden Schadenersatz. Sie ging im kantonalen Verfahren somit selbst nicht davon aus, dass sich aus der Aufteilung in Normalarbeitszeit und Überzeit etwas zur Frage ableiten liess, welche Arbeitszeit aufgrund der Besetzung zusätzlich zur üblichen anfiel.
ee) In Bezug auf die Kilometerentschädigungen für die Klägerin völlig unverständlich ist die Feststellung im angefochtenen Urteil, es würden Angaben dazu fehlen, weshalb welche Person welche Strecke zurücklegte und inwiefern diese Fahrt im Zusammenhang mit der beklagtischen Geleiseblockade gestanden habe. Aus den Beilagen zur Replik seien diese Angaben nämlich zu eruieren. Sollte die Klägerin mit ihren Vorbringen eine Versehensrüge erheben wollen, wäre diese wiederum unbegründet. Ein offensichtliches Versehen im Sinne von Art. 63 Abs. 2 OG liegt nur vor, wenn eine bestimmte Aktenstelle übersehen oder unrichtig (d.h. nicht in ihrer wahren Gestalt, insbesondere nicht mit ihrem wirklichen Wortlaut) wahrgenommen worden ist (<ref-ruling> E. 2b S. 162; <ref-ruling> E. 3b S. 74). Nachdem die Vorinstanz in ihren Erwägungen ausdrücklich auf die Aktenstellen verweist, welche von der Klägerin zur Begründung ihrer - allenfalls sinngemäss erhobenen - Versehensrüge angeführt werden und weder dargetan noch ersichtlich ist, inwiefern sie die entsprechende Aktenstelle nicht in ihrer wahren Gestalt wahrgenommen haben soll, ist die Annahme eines offensichtlichen Versehens ausgeschlossen.
b) aa) Nach dem Gesagten hat das Bundesgericht seiner Beurteilung die vorinstanzliche Feststellung zugrunde zu legen, wonach die Klägerin zwar die generellen Funktionen ihrer Mitarbeiter sowie die von diesen der Auftragsposition 87405 zugeordneten Anzahl Arbeitsstunden bzw. Kilometer behauptet hat, nicht aber die von den Arbeitnehmern im Zusammenhang mit der Blockade konkret geleisteten Arbeiten bzw.
den konkreten Zweck der ausgeführten Fahrten. Im Weiteren ist gemäss den verbindlichen Feststellungen des Handelsgerichts davon auszugehen, dass die Klägerin nicht dargetan hat, welcher Teil der insgesamt geleisteten Arbeitszeit zusätzlich zu einer allfälligen üblichen Arbeitszeit hinzu kam.
bb) Die Klägerin vertritt die Auffassung, es müsse zur Substanziierung des Schadens genügen, dass ihre Mitarbeiter die von ihnen geleistete Arbeitszeit bzw. die gefahrenen Kilometer der Kostenstelle Nr. 87405 zuordneten. Ob dies zutrifft, kann nicht unabhängig vom prozessualen Verhalten der Beklagten beurteilt werden (vgl. oben E. 3b). Die Vorinstanz stellte diesbezüglich fest, die Beklagte habe die klägerischen Vorbringen bestritten. Sie habe auch den Einwand erhoben, die Bewachungsmassnahmen der Klägerin seien unnötig gewesen. Überdies habe die Beklagte geltend gemacht, die Klägerin habe darzulegen, inwiefern die normale Betriebswache nicht ausgereicht habe und zusätzliche Massnahmen nötig gewesen seien. Die Beklagte habe auch hervorgehoben, die Klägerin habe darzutun, was die betreffenden Personen in der fraglichen, der Auftragsposition 87405 zugeordneten Zeit tatsächlich getan hätten.
Aus diesen prozessualen Vorbringen der Beklagten wird ersichtlich, dass diese den von der Klägerin geltend gemachten Schaden zwar detailliert bestreiten wollte, dazu aber aufgrund der klägerischen Sachdarstellung nicht in der Lage war. Denn es war weder für das Gericht noch die Beklagte erkennbar, ob und inwiefern der von der Klägerin ins Feld geführte Arbeitsaufwand im Zusammenhang mit der Besetzung der Beklagten stand. Damit war es der Beklagten auch nicht möglich, Umstände namhaft zu machen, welche zur Führung des Gegenbeweises geeignet gewesen wären. Zur Subsumption der klägerischen Sachvorbringen bezüglich der Eigenleistungen unter den Rechtsbegriff des Schadens war es überdies nötig, den ordentlichen Betriebsaufwand vom durch die Besetzung zusätzlich verursachten abzugrenzen (vgl. oben E. 3a). Gerade dafür fehlten jedoch nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz in der klägerischen Sachdarstellung die erforderlichen Angaben.
Zusammengefasst erlaubten die klägerischen Vorbringen zu ihren Eigenleistungen weder ein substanziiertes Bestreiten der Gegenpartei noch eine Subsumtion des Sachverhaltes unter die massgebenden Bundesrechtsnormen, worauf die Klägerin im kantonalen Verfahren mehrmals hingewiesen wurde.
Unter diesen Umständen verstösst die Annahme der ungenügenden Substanziierung in Bezug auf die als Schaden geltend gemachten Eigenleistungen nicht gegen Bundesrecht (vgl. oben E. 3b).
5.-a) Bezüglich des von der Klägerin als Schaden angeführten Aufwandes für Material und Leistungen Dritter erwog die Vorinstanz, die Klägerin verweise auf die Anleitung II und Ordner 4, wo sich die dazugehörigen Details finden liessen.
Unter Hinweis auf <ref-law>/ZH hielt das Handelsgericht sodann fest, Behauptungen seien bestimmt und vollständig in der Rechtsschrift selber aufzustellen und der Verweis auf umfangreiche und unübersichtliche Beilagen genüge nicht. Es sei nicht Sache des Gerichts oder der Gegenpartei, die Behauptungen in den Beilagen der Klägerin zusammenzusuchen, zumal es in casu auch an der Aussagekraft der genannten Beilagen fehle. Es erübrige sich daher von vornherein, die in der Anleitung II enthaltenen Positionen einer näheren Prüfung zu unterziehen.
Die Klägerin hält unter Hinweis auf die Replik sowie die eingereichten, umfangreichen Belege dafür, dass die zu beweisenden Tatsachen klar bezeichnet und entsprechende Beweismittel eingelegt worden seien. Zudem dürfe die Substanziierungslast nicht dazu führen, dass Rechtsschriften zu einer endlosen Aufzählung von letztlich nichtssagenden Daten verkommen.
b) Das Handelsgericht fasst in seinen Erwägungen gerade die von der Klägerin zur Begründung ihrer Rüge angeführte Stelle der Replik zusammen. Inwiefern es diese Aktenstelle nicht in ihrer wahren Gestalt wahrgenommen haben soll, ist weder dargetan noch ersichtlich. Ein offensichtliches Versehen der Vorinstanz ist daher ausgeschlossen (vgl.
oben E. 4a/ee). Dem Bundesgericht ist zudem im Berufungsverfahren verwehrt, die Auslegung der prozessrechtlichen Erklärungen der Parteien durch das Sachgericht oder die Anwendung der die Sammlung des Prozessstoffes regelnden Bestimmungen des kantonalen Zivilprozessrechts zu überprüfen (oben E. 2 und 3c). Damit bleibt nur die von der Klägerin zumindest sinngemäss erhobene Rüge, durch das Erfordernis, dass die Behauptungen in der Rechtsschrift selbst zu substanziieren sind, werde die Anwendung des Bundesrechts vereitelt. Auch dieser Einwand vermag indessen nicht zu überzeugen. Vielmehr kann gerade dadurch in Verfahren mit umfangreichen Akten eine sinnvolle Eingrenzung des Prozessstoffes erreicht werden.
Erweist sich damit die von der Klägerin erhobene Rüge als unbegründet, soweit darauf überhaupt eingetreten werden kann, ist auf die Eventualbegründung der Vorinstanz im Zusammenhang mit dem Materialaufwand und den Leistungen Dritter und die dagegen gerichteten Vorbringen der Klägerin nicht weiter einzugehen.
6.- Nach Auffassung der Klägerin hat das Handelsgericht <ref-law> verletzt, indem es hinsichtlich aller Aspekte am strikten Beweis gemäss <ref-law> festgehalten habe.
a) Wie die Klägerin zutreffend ausführt, enthält <ref-law> eine bundesrechtliche Beweisvorschrift, die dem Geschädigten den Schadensnachweis erleichtern soll.
Die Schätzung nach dieser Bestimmung ist nicht nur bei Unmöglichkeit des ziffernmässigen Nachweises der Schadenshöhe, sondern auch für den Fall vorgesehen, dass sich der Eintritt eines Schadens nicht strikte beweisen lässt. Damit soll dem Geschädigten jedoch nicht die Möglichkeit eröffnet werden, ohne nähere Angaben Schadenersatz in beliebiger Höhe zu fordern.
Vielmehr hat er alle Umstände, die für den Eintritt eines Schadens sprechen und dessen Abschätzung erlauben oder erleichtern, soweit zumutbar zu behaupten und zu beweisen.
Das Bundesgericht hat daher ausdrücklich festgehalten, dass <ref-law> den Geschädigten seiner Substanziierungsobliegenheit nicht enthebe. Der Schluss, dass tatsächlich ein Schaden in der behaupteten Grössenordnung eingetreten ist, muss sich dem Gericht mit einer gewissen Überzeugungskraft aufdrängen, und der Eintritt des geltend gemachten Schadens im behaupteten Umfang darf nicht bloss im Bereich des Möglichen liegen, sondern muss als annähernd sicher erscheinen.
Da der Schaden konkret zu bemessen ist, bedarf es auch für die Schätzung konkreter und bewiesener tatsächlicher Grundlagen, die nur insoweit durch Annahmen aufgrund allgemeiner Erfahrungswerte ersetzt werden können, als konkrete Feststellungen unmöglich sind oder nur mit objektiv unverhältnismässigem und daher unzumutbarem Aufwand getroffen werden können (vgl. zum Ganzen <ref-ruling> E. 3a mit Hinweisen).
b) Die Behauptungen der Klägerin in Bezug auf die im Zusammenhang mit der Geleiseblockade der Beklagten erbrachten Eigenleistungen erwiesen sich als ungenügend substanziiert und erlaubten es nicht, den geltend gemachten Aufwand unter den Rechtsbegriff des Schadens zu subsumieren (oben E. 4b/bb). Hinsichtlich des Materialaufwandes sowie der Leistungen Dritter wurden die Behauptungen nach den im Berufungsverfahren nicht überprüfbaren Erwägungen der Vorinstanz sodann nicht in der vom kantonalen Recht vorgeschriebenen Form erhoben (oben E. 5). Die Klägerin legt nicht dar und es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern es ihr objektiv unzumutbar gewesen sein soll, die tatsächlichen Grundlagen ihres Schadens in den Formen des kantonalen Prozessrechts detailliert zu behaupten. Bei dieser Sachlage ist eine Verletzung von <ref-law> zu verneinen, zumal diese Bestimmung entgegen der Auffassung, welche die Klägerin zu vertreten scheint, den Geschädigten nicht vor einem Verlust seines Anspruches zu schützen vermag, wenn er den Schaden ungenügend substanziiert oder seine Sachbehauptungen in prozessual unzulässiger Form vorbringt.
7.- Ist nach dem Gesagten davon auszugehen, dass die Klägerin den ihr durch die Geleiseblockade der Beklagten entstandenen Schaden im kantonalen Verfahren ungenügend substanziiert hat, führt dies zur Abweisung der Berufung und Bestätigung des angefochtenen Entscheids. Es erübrigt sich daher, auf die weiteren Tatbestandselemente von <ref-law> einzugehen. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Klägerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen und das Urteil des Handelsgerichts des Kantons Zürich vom 3. Oktober 2000 bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 9'000.-- wird der Klägerin auferlegt.
3.- Die Klägerin hat die Beklagte für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 20. Juli 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Das präsidierende Mitglied:
Der Gerichtsschreiber: