Sachverhalt:
A.
Die A._ AG mit Sitz in U._/ZG (nachfolgend: die Steuerpflichtige ) bezweckt die Durchführung von Überbauungen als Generalunternehmerin, Verwaltung und Vermittlung von Grundstücken, An- und Verkauf von Liegenschaften sowie deren Umbau und Renovation. Am 31. Dezember 1998 schloss sie mit der damaligen B._ AG einen Kaufrechtsvertrag. Darin räumte diese der Steuerpflichtigen das Recht zum Erwerb eines voll erschlossenen, in der Gemeinde V._/ZH gelegenen Grundstücks im Halte von rund 8'400 Quadratmetern (Acker- und Wiesland) ein.
Der einfachschriftlich gehaltene Kaufrechtsvertrag sah einen Ausübungspreis von Fr. 4'500'000.-- vor und war zunächst bis zum 30. April 1999, später bis zum 31. Mai 1999 befristet. Für die Einräumung des Kaufrechts schuldete die Steuerpflichtige der Kaufrechtsbelasteten eine Entschädigung von Fr. 50'000.--, die bei Nichtausübung des Rechts nicht zu erstatten gewesen wäre, und einen Betrag von Fr. 12'500.-- für die Verlängerung des Kaufrechts. Die Vertragsparteien verständigten sich darauf, dass das Kaufrecht (einzig) auf die C._ AG, W._/ZH, übertragbar sei.
In der Folge erlangte die Steuerpflichtige am 29. März 1999 die Baubewilligung für 18 Reihen-Einfamilienhäuser und zehn freistehende Einfamilienhäuser (samt 35 Einstellhallen- und dreizehn Parkplätzen).
B.
Mit Vertrag vom 13. April 1999 trat die Steuerpflichtige ihr Kaufrecht an die C._ AG ab. In Ziff. 4 hielten die Parteien fest:
"Die Zessionarin bezahlt der Zedentin pauschal Fr. 1'204'000.-- inkl. 7,5 Prozent MWST (Fr. 84'000.--) für sämtliche bis heute seitens der Zedentin erbrachten Leistungen im Zusammenhang mit der Realisierung von 18 Reiheneinfamilienhäusern, zehn freistehenden Einfamilienhäusern, 35 Tiefgaragenplätzen und dreizehn Parkplätzen im Freien auf dem Grundstück (...), für die Beibringung der rechtskräftigen Baubewilligung (...) sowie zur Abgeltung der noch zu erbringenden Verkaufsleistungen für (die Häuser und Einstellhallen- und Parkplätze). (...) Die vereinbarte Pauschalentschädigung von Fr. 1'204'000.-- inkl. 7,5 Prozent MWST ist folgendermassen zu entrichten: Fr. 280'000.-- werden im Zeitpunkt der Ausübung des Kaufrechts bezahlt. Der Restbetrag von Fr. 924'000.-- wird bezahlt, sobald sämtliche Kaufverträge (28 Einfamilienhäuser und 35 Garagenplätze) notariell beurkundet sind."
Am 31. Mai 1999 übte die C._ AG ihr Kaufrecht aus und wurde dadurch Eigentümerin des Grundstücks.
C.
Die Steuerpflichtige stellte der C._ AG am 24. November 1999 Rechnung in der Höhe von Fr. 992'500.--. Gegenstand waren insbesondere Leistungen für Vermessung und Geländeaufnahmen, Ingenieur- und Architekturarbeiten, Baueingabe, Bewilligungen und für den Endverkauf von 24 Wohneinheiten. Nach Verrechnung mit den geleisteten Anzahlungen (Fr. 240'000.--) ergab sich zugunsten der Steuerpflichtigen ein Saldo von Fr. 752'500.-- (inkl. 7,5 Prozent MWST; netto Fr. 700'000.--). Das Geschäftsjahr der C._ AG für den Zeitraum vom 1. Mai 1999 bis zum 30. April 2000 endete mit einem handelsrechtlichen Gewinn von Fr. 386'426.--.
D.
Noch am 31. Mai 1999 versandte das Grundbuchamt X._/ZH die Handänderungsanzeige, welche am 4. Juni 1999 bei der Gemeinde V._/ZH einging. Die Gemeinde qualifizierte die Verträge vom 31. Dezember 1998 und 13. April 1999 als wirtschaftliche Handänderungen, die als solche der Handänderungssteuer unterlägen. Einsprache und Rekurs gegen die Veranlagungsverfügungen vom 12. Mai 2003 blieben erfolglos (Entscheid der Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich vom 23. März 2005).
E.
Die Steuerverwaltung des Kantons Zug veranlagte die Gewinnsteuer 1999/2000 mit Veranlagungsverfügung vom 2. Mai 2002. Darin gelangte sie zu einem steuerbaren Reingewinn von Fr. 405'400.--. Aufgrund der absehbaren Veranlagung des Grundstückgewinns im Kanton Zürich und der damit drohenden Doppelbesteuerung (hinten lit. F) erhob die Steuerpflichtige am Hauptsteuerdomizil (ZG) Einsprache und stellte sie zudem ein Revisionsgesuch.
Mit Schreiben vom 14. April 2011 äusserte die Steuerverwaltung des Kantons Zug sich gegenüber der Steuerpflichtigen dahingehend, dass der Kanton Zug dem Revisionsbegehren grundsätzlich werde stattgeben müssen. Nach Zuweisung des Grundstückgewinns (inklusive der damit zusammenhängenden Aufwände) an den Kanton Zürich werde im Kanton Zug gewinnsteuerlich voraussichtlich ein Verlust von Fr. 212'580.65 zurückbleiben. Diesen habe der Kanton Zürich zu übernehmen. Abschliessend hielt die Steuerverwaltung des Kantons Zug fest, sie sei "nach wie vor der Meinung, dass die Gemeinde V._/ZH die angeblich am 31. Mai 1999 erfolgte Handänderung verspätet geltend gemacht" habe. Sie, die Steuerverwaltung des Kantons Zug, habe auch nur zufällig - im Revisionsverfahren - davon erfahren. Der Kanton Zürich habe daher "den Anspruch auf die Erhebung einer Grundstückgewinnsteuer verwirkt".
In zwei späteren Schreiben an die Steuerpflichtige ging die Steuerverwaltung des Kantons Zug alsdann von einem Verlust von Fr. 998'574.-- (steuerbarer Gewinn von Fr. 205'426.-- abzüglich des gesamten Immobilienerfolgs von Fr. 1'204'000.--; 9. August 2012) aus und erklärte sie, die Veranlagungsverfügung vom 2. Mai 2002 sei revisionsweise aufgehoben worden (13. September 2012).
F.
Am 20. Mai 2003 stellte die Gemeinde V._/ZH der Steuerpflichtigen die Steuererklärung für die Grundstückgewinnsteuer zu. Da diese untätig blieb, erliess die Gemeinde am 6. April 2005 eine Mahnung. Zunächst mit Einschätzungsentscheid vom 2. Oktober 2006, dann mit Einspracheentscheid vom 10. März 2008 setzte die Gemeinde den steuerbaren Grundstückgewinn fest. Dieser belief sich dem Einspracheentscheid zufolge auf Fr. 467'300.--, was zu einer Grundstückgewinnsteuer von Fr. 264'480.-- führte. Die Gemeinde ging auch für die Zwecke der Grundstückgewinnsteuer von zwei wirtschaftlichen Handänderungen aus.
Die Steuerrekurskommission III des Kantons Zürich wies den hiergegen erhobenen Rekurs der Steuerpflichtigen am 27. April 2009 ab und legte die Grundstückgewinnsteuer in peius auf Fr. 313'440.-- fest. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die dagegen gerichtete Beschwerde der Steuerpflichtigen am 9. Dezember 2009 aufgrund einer festgestellten Gehörsverletzung teilweise gut und wies die Sache im Sinne der Erwägungen an die Steuerrekurskommission III zurück (erster Rechtsgang).
Da auch die neuerlichen Entscheide der Steuerrekurskommission III bzw. nunmehr des Steuerrekursgerichts vom 12. April 2010, 11. März 2011 und 22. November 2012 angefochten wurden, urteilte das Verwaltungsgericht mit weiteren Entscheiden vom 17. November 2010 (zweiter), 21. Dezember 2011 (dritter) und 13. November 2013 (vierter Rechtsgang).
G.
Zuletzt war das Steuerrekursgericht am 22. November 2012 zur Auffassung gelangt, die Grundstückgewinnsteuer belaufe sich auf Fr. 216'600.--, was das Verwaltungsgericht schützte und die Beschwerde der Steuerpflichtigen abwies. Das Verwaltungsgericht erwog namentlich, das Recht zur Veranlagung sei unverjährt (E. 2.1) und das Recht zur Besteuerung unverwirkt (E. 2.2). Bei der Abtretung des Kaufrechts handle es sich um eine wirtschaftliche Handänderung, nicht bloss um ein Treuhandverhältnis (E. 3.2). Wenn die Vorinstanz von einem Verlust von Fr. 212'580.-- ausgehe, sei dies nicht zu beanstanden (E. 4.1). In der Frage der Grundstückhändlerpauschale gelte es zu berücksichtigen, dass es um eine wirtschaftliche Handänderung gehe. Dies rechtfertige es, von einer Händlerpauschale zugunsten des Kantons Zug abzusehen (E. 4.2). Schliesslich sei keine Gehörsverletzung ersichtlich (E. 4.3), weswegen die Beschwerde insgesamt unbegründet und abzuweisen sei.
H.
Mit Eingabe beim Bundesgericht vom 3. Februar 2014 erhebt die Steuerpflichtige gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 13. November 2013 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt:
Der angefochtene Entscheid vom 13. November 2013 sei aufzuheben und die Sache im Sinne der Anträge an die Vorinstanz zurückzuweisen, eventualiter, falls das Bundesgericht einen materiellen Entscheid fällen sollte, sei der steuerbare Gewinn auf null Franken festzusetzen, subeventualiter seien
a. alle Zinsen für die Grundstückgewinnsteuer sowie die mit den Verfahren zusammenhängenden Partei- und Gerichtskosten dem Belegenheitskanton (Zürich) zuzuweisen, wobei subsubeventualiter die Sache zur neuen Ermittlung des steuerbaren Gewinns vor den variablen Kosten (Zinsen, Steuern, Partei- und Gerichtskosten etc.) nach Verfahrensende an die Vorinstanz zurückzuweisen sei;
b. die gesamten Erlöse von Fr. 1'204'000.-- (vom Kanton Zürich zur Besteuerung beansprucht), die der Steuerpflichtigen aus dem Vertrag mit der C._ AG zugeflossen sind, aus der Bemessungsgrundlage des Kantons Zug zu entfernen, dies unabhängig davon, in welcher Steuerperiode der Zufluss verbucht und besteuert wurde, sodass dem Kanton Zürich im Ergebnis der entsprechend angehobene Betriebsverlust zuzuweisen sei;
c. der mit der Grundstückgewinnsteuer zu erfassende Gewinn um die Grundstückhändlerpauschale von fünf Prozent des Erlöses zu kürzen (ausmachend Fr. 268'787.--).
Die Steuerpflichtige macht eine Verweigerung des rechtlichen Gehörs (aufgrund der Nichtabnahme fristgerecht offerierter Beweismittel zum Treuhandverhältnis) geltend und verlangt die bundesrechtskonforme Repartition von Erträgen und Aufwänden, sodass es zu keinen Ausscheidungsverlusten komme.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, das Kantonale Steueramt Zürich und die Gemeinde V._/ZH beantragen, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die Steuerverwaltung des Kantons Zug verzichtet auf eine Vernehmlassung, ebenso die Eidgenössische Steuerverwaltung, die sich hinsichtlich der Kantons- und Gemeindesteuern praxisgemäss nur in Belangen äussert, die mit der Harmonisierungsgesetzgebung in Widerspruch stehen.
Die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts hat über die Beschwerde am 12. Dezember 2014 öffentlich beraten.

Erwägungen:
1.
1.1. Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die weiteren Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (Art. 29 Abs. 1 BGG) und mit freier Kognition (Art. 95 lit. a BGG; <ref-ruling> E. 1 S. 92; <ref-ruling> E. 2 S. 59; <ref-ruling> E. 4 S. 26; <ref-ruling> E. 3 S. 329).
1.2.
1.2.1. Die Beschwerde richtet sich gegen den verfahrensabschliessenden Entscheid einer letzten kantonalen Instanz in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts. Die Voraussetzungen der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten liegen vor (Art. 82 lit. a, Art. 83, Art. 86 Abs. 1 lit. d und Abs. 2, Art. 89 Abs. 1, Art. 90 BGG; Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG; SR 642.14]).
1.2.2. Mit ihrem Antrag bezweckt die Steuerpflichtige die Behebung einer (aktuellen) interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3 BV; <ref-ruling> E. 2.3.1 S. 117 f.). Anfechtungsobjekt ist jedoch nur der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich, 2. Abteilung, vom 13. November 2013. Die Veranlagungsverfügung des Kantons Zug vom 2. Mai 2002 ist unangefochten geblieben und damit nicht zu prüfen (Urteil 2C_404/2013 vom 2. Mai 2014 E. 1.3 mit Hinweisen, in: ASA 83 S. 52 und 250, StE 2014 A 24.43.1 Nr. 25). Dem Schreiben der Steuerverwaltung des Kantons Zug an die Steuerpflichtige vom 13. September 2012 lässt sich indessen entnehmen, dass die Veranlagungsverfügung revisionsweise aufgehoben worden ist (vorne lit. E).
1.3.
1.3.1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann insbesondere die Verletzung von Bundes- und Völkerrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a und b BGG). Bei der Prüfung verfügt das Bundesgericht über volle Kognition und wendet es das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht ist daher weder an die in der Beschwerde vorgebrachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann die Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (Motivsubstitution; <ref-ruling> E. 2 S. 89 unten; <ref-ruling> E. 1.1 S. 137 f.).
1.3.2. Das Bundesgericht prüft auch das harmonisierte kantonale Steuerrecht grundsätzlich mit voller Kognition, damit in gleicher Weise, wie es dies im Fall von Bundesrecht täte. Soweit das Harmonisierungsrecht den Kantonen allerdings einen gewissen Gestaltungsspielraum ("une certaine marge de manoeuvre") belässt oder es gar keine Anwendung findet, handelt es sich bei der kantonalen Norm um (rein) kantonales Recht (Urteil 2C_941/2012 / 2C_942/2012 vom 9. November 2013 E. 1.6 mit Hinweisen).
Unter Vorbehalt der hier nicht einschlägigen Art. 95 lit. c und d BGG untersucht das Bundesgericht die Auslegung und Anwendung kantonalen Rechts nur auf Verfassungs- und Völkerrechtskonformität hin (<ref-ruling> E. 2 S. 300; <ref-ruling> E. 1.2 S. 145; <ref-ruling> E. 1.3 S. 4 f.). Dabei steht die Prüfung der Verletzung des Willkürverbots im Vordergrund (<ref-ruling> E. 3.3 S. 166; <ref-ruling> E. 2.5.2 S. 250).
Willkür in der Rechtsanwendung liegt vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 2.1 S. 18 f.; <ref-ruling> E. 3.2.5 S. 339; <ref-ruling> E. 7.1 S. 51).
Wiederum mit freier Kognition ist abschliessend zu prüfen, ob die kantonalrechtliche Lösung, die einen kantonalen Freiraum betrifft, die Anwendung des Steuerharmonisierungsrechts weder in seiner horizontalen noch vertikalen Harmonisierungsfunktion beeinträchtigt (Urteil 2C_128/2014 vom 25. Juli 2014 E. 1.2.1, in: ASA 83 S. 139; 2C_337/2012 vom 19. Dezember 2012 E. 1.4, in: RDAF 2013 II S. 350; StE 2013 B 42.38 Nr. 36; StR 68/2013 S. 368).
1.3.3. Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem (einschliesslich kommunalem) und interkantonalem Recht prüft das Bundesgericht hingegen nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (qualifizierte Rüge- und Begründungspflicht gemäss Art. 106 Abs. 2 BGG). Wird keine Verfassungsrüge erhoben, kann das Bundesgericht eine Beschwerde selbst dann nicht gutheissen, wenn eine Verfassungsverletzung tatsächlich vorliegt (<ref-ruling> E. 2.2 S. 232).
Zu den Grundrechten in diesem Sinn zählen neben den Art. 7-34 BV die weiteren verfassungsmässigen Rechte der BV, im Steuerrecht insbesondere Art. 127 BV (<ref-ruling> E. 5.2 S. 180; <ref-ruling> E. 3.1 S. 145 [je zu Abs. 1]; Urteil 2C_319/2013 vom 13. März 2014 E. 1.6, nicht publ. in: <ref-ruling>; <ref-ruling> E. 3.1 S. 412 [je zu Abs. 3]; dazu Giovanni Biaggini, in: Basler Kommentar, BGG, 2. Aufl. 2011, N. 13 ff. zu Art. 116 BGG), ferner die Rechtsansprüche der EMRK und anderer Menschenrechtspakte sowie die durch die jeweilige Kantonsverfassung gewährleisteten Rechte (<ref-ruling> E. 1.3.1 S. 79 f.).
1.3.4. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, soweit sie offensichtlich unrichtig, das heisst willkürlich, sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen (Art. 105 Abs. 2 BGG). Zudem muss die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein, was in der Beschwerde klar und substanziiert aufzuzeigen ist (Art. 97 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 17 f.; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 100).
2.
2.1. Die politischen Gemeinden des Kantons Zürich erheben eine Grundstückgewinnsteuer auf den Gewinnen, die sich bei Handänderungen an Grundstücken oder Anteilen von solchen ergeben (§ 205 in Verbindung mit § 216 Abs. 1 des Steuergesetzes (des Kantons Zürich) vom 8. Juni 1997 [StG/ZH; LS 631.1], das am 1. Januar 1999 in Kraft getreten ist [§ 285 StG/ZH]). Die Steuer fällt ungeachtet dessen an, ob es sich um Privat- oder Geschäftsvermögen handelt (monistisches System; <ref-ruling> E. 2.2.1 S. 117; <ref-ruling> E. 3.5 S. 380).
2.2.
2.2.1. Steuerobjekt der Grundstückgewinnsteuer sind die "Veräusserungen", worunter die zivilrechtlichen Handänderungen zu verstehen sind (Art. 12 Abs. 2 StHG Ingress Satz 1 bzw. § 216 Abs. 1 StG/ZH). Um offensichtliche Umgehungen mitzuerfassen, sieht das Gesetz mehrere Ergänzungstatbestände vor, von welchen einige für die Kantone optional sind (Art. 12 Abs. 2 lit. d-e StHG). Der wohl wichtigste Ergänzungstatbestand besteht in den wirtschaftlichen Handänderungen ("les transferts du pouvoir économique de disposer de l'immeuble"; Art. 12 Abs. 2 lit. a StHG bzw. hier § 216 Abs. 2 lit. a StG/ZH). Darunter fallen hauptsächlich die Übertragung der Gesamtheit oder der überwiegenden Mehrheit der Aktien einer Immobiliengesellschaft (<ref-ruling> E. 2 S. 252; <ref-ruling> E. 3a S. 464; <ref-ruling> E. 3 S. 92; <ref-ruling> E. 2 S. 471; <ref-ruling> E. 3 S. 101 f.; Urteile 2C_355/2009 vom 19. November 2009 E. 4.1, in: StR 65/2010 S. 213; 2P.151/2003 vom 11. Februar 2004 E. 3.1, in: RDAF 2004 II S. 181, StR 59/2004 S. 457) und die "Kettengeschäfte" ("les opérations en chaîne"; dazu Bernhard Zwahlen, in: Martin Zweifel/Peter Athanas [Hrsg.], Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, StHG, 2. Aufl. 2002, N. 34 zu Art. 12 StHG).
2.2.2. Dem Kettengeschäft ist wesentlich, dass die Verfügungsmacht über ein Grundstück in einem ersten Schritt, gestützt auf einen entgeltlichen Vertrag, ohne Grundbucheintrag vom zivilrechtlichen Eigentümer (A) auf einen bloss wirtschaftlich berechtigten Zwischenerwerber (B) übergeht. In einem zweiten Schritt schliesst B mit dem "letzten Glied in der Kette" (C oder dessen Rechtsnachfolger) einen weiteren entgeltlichen Vertrag ab, der C in die Lage versetzt, von A das zivilrechtliche Eigentum zu erlangen (Urteil 2C_776/2009 vom 25. Februar 2010 E. 4.1; unter vielen Bastien Verrey, L'imposition différée du gain immobilier, 2011, N. 16; Marianne Klöti-Weber/Jürg Baur [Hrsg.], in: Marianne Klöti-Weber/Dave Siegrist/Dieter Weber, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl. 2009, Band 2, N. 36 zu § 96 StG/AG). In der Folge hat jeder Veräusserer (A, B und gegebenenfalls weitere Mitwirkende, nicht jedoch C, der Erwerber ist) den jeweilig realisierten Gewinn zu versteuern (Gabriel Rumo, Die Liegenschaftsgewinn- und die Mehrwertsteuer des Kantons Freiburg, 1993, S. 114).
2.2.3. Nachdem das zivilrechtliche Eigentum erst am Ende der Kette übergeht, sind lediglich A und C an einer zivilrechtlichen Handänderung beteiligt. Der Zwischengewinn von B lässt sich einzig unter der Voraussetzung mit der Grundstückgewinnsteuer erfassen, dass eine wirtschaftliche Betrachtungsweise herrscht (Urteil P.1706/1983 vom 22. März 1985 E. 3a, in: ASA 54 S. 690, ZBGR 68/1987 S. 93, zur Handänderungssteuer; Peter Locher, Das Objekt der bernischen Grundstückgewinnsteuer, 1976, S. 196). Entsprechend ist Art. 12 Abs. 2 lit. a StHG ergebnisorientiert gehalten. Das Steuerobjekt besteht hier in einem wirtschaftlich bedeutsamen Sachverhalt (Urteil 2C_20/2012 vom 24. April 2012 E. 3.1 [Kanton Luzern] mit Hinweisen, in: StR 67/2012 S. 517; Peter Locher, Rechtsmissbrauchsüberlegungen im Recht der direkten Steuern der Schweiz, in: ASA 75 S. 675, insbesondere S. 676 f.; vgl. auch Pierre-Marie Glauser, in: Glauser (Hrsg.), Évasion fiscale, 2010, S. 3 ff. ["normes à rattachement économique"]).
2.2.4. Tatbestandsmässig sind - nicht näher umschriebene, keine eigentlichen Veräusserungen darstellende - "Rechtsgeschäfte", die in Bezug auf die Verfügungsgewalt über ein Grundstück "wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken". Typisch hierfür sind Kaufverträge mit Substitutionsklausel. Der selbe wirtschaftliche Effekt ergibt sich bei der entgeltlichen Veräusserung eines übertragbaren Kaufs-, Vorkaufs- oder Rückkaufsrechts oder mit dem entgeltlichen Verzicht auf ein derartiges Recht zugunsten einer Drittperson, die das Grundstück letztlich erwirbt (Rumo, S. 117; Ferdinand Zuppinger, Die wirtschaftliche Handänderung im Steuerrecht, in: StR 24/1969 S. 455, insb. S. 468 S. 469). Von keiner Bedeutung ist, ob es sich um einen inner- oder interkantonalen Vorgang handelt (dies noch offen lassend Urteil 2A.124/2002 / 2A.129/2002 vom 11. September 2002 E. 3.2).
2.2.5. Das Bundesgericht hat sich mit den Kettengeschäften vorwiegend in handänderungssteuerlichem Zusammenhang befasst (so etwa Urteile 2C_278/2009 vom 2. Februar 2010 E. 2.2, in: StR 65/2010 S. 330; 2C_500/2008 vom 23. Dezember 2008 E. 2.1; P.1706/1983 vom 22. März 1985 E. 3a, in: ASA 54 S. 690, ZBGR 68/1987 S. 93). Soweit es um die Grundstückgewinnsteuer ging, hat es in aller Regel die zum Handänderungssteuerrecht entwickelte Definition übernommen oder sich zumindest stark an diese angelehnt (Urteil 2C_776/2009 vom 25. Februar 2010 E. 4.1; vorne E. 2.2.2). Dies darf nicht über die konzeptionellen Unterschiede hinwegtäuschen: Bei der Handänderungssteuer des kantonalen Rechts handelt es sich um eine nicht harmonisierte Steuerart (Urteile 2C_662/2013 vom 2. Dezember 2013 E. 1.3, in: ASA 82 S. 383, StR 69/2014 S. 231). Unter dem Vorbehalt der verfassungsrechtlichen Schranken (insbesondere Art. 127 Abs. 1 und 2 BV) steht es den Kantonen handänderungs-steuerrechtlich weitgehend frei, einen eigenständigen Begriff des Kettengeschäfts zu verwenden. Demgegenüber ergeben sich die Anforderungen an ein grundstückgewinnsteuerliches Kettengeschäft aus Bundesrecht (Art. 12 StHG). Zudem geht es im Rahmen der Handänderungsbesteuerung darum, die Transaktion (Rechtsübertragung) an sich - in der Regel beim Erwerber - zu besteuern, währenddem die Grundstückgewinnsteuer die steuerliche Erfassung des erzielten Gewinns beim Veräusserer bezweckt.
2.2.6. Aus Art. 127 Abs. 1 BV ergibt sich, dass Abgaben in rechtssatzmässiger Form festgelegt sein müssen. Im Gesetz zu regeln sind namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung. Hinter dem abgaberechtlichen Legalitätsprinzip steht die Absicht, einerseits zu verhindern, dass den rechtsanwendenden Behörden ein übermässiger Spielraum verbleibt und anderseits sicherzustellen, dass die möglichen Abgabepflichten absehbar und rechtsgleich sind (<ref-ruling> E. 5.1 S. 157; <ref-ruling> E. 7.2 S. 140; <ref-ruling> E. 6.1 S. 278; ausführlich Urteil 2C_160/2014 vom 7. Oktober 2014 E. 5.2). Die auf wirtschaftliche Gesichtspunkte fokussierte Ausrichtung von Art. 12 Abs. 2 lit. a StHG ist zwangsläufig weniger präzis gehalten als der Grundtatbestand der zivilrechtlichen Handänderung. Knüpft der Tatbestand nicht an einen klar umschriebenen rechtlichen Vorgang, sondern an wirtschaftlich gleichwertige Umstände an, scheidet eine präzise Definition des Steuerobjekts zwangsläufig aus.
2.3.
2.3.1. In verfassungskonformer Auslegung von Art. 12 Abs. 2 lit. a StHG (<ref-ruling> E. 3.2 S. 291 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 292; Urteil 2C_723/2013 vom 1. Dezember 2014 E. 3.3.3) führt dies zum Schluss, dass der Tatbestand nicht leichthin als erfüllt gelten darf. Besonderer Prüfung bedarf die Wendung "... wirtschaftlich wie eine Veräusserung wirken", welche sich in Art. 12 Abs. 2 lit. a StHG findet. Die Essenz des Grundtatbestandes liegt in der Übertragung des dinglichen Vollrechts; das Grundstück wird dabei "veräussert" (Art. 12 Abs. 1 StHG). Die Gleichstellung wirtschaftlicher Vorgänge, welche Art. 12 Abs. 2 Ingress StHG vorsieht, kommt damit nur in Frage, soweit sämtliche Befugnisse übergehen und einzig der Grundbucheintrag als äusseres Merkmal (noch) aussteht. Diese umfassende Verfügungsmacht umschliesst in tatsächlicher Hinsicht die Befugnis auf Besitz, Gebrauch, Fruchtgenuss, Änderung, Trennung, Verschlechterung oder Zerstörung, in rechtlicher Hinsicht auf Verkauf, Schenkung oder Belastung des Grundstücks (Bussmann, N. 237). In der Rechtsanwendung ruft dies nach einer umfassenden Prüfung der konkreten Sachlage. Es gilt nicht nur, die vertraglichen Vereinbarungen auszulegen. Zudem sind auch die konkreten, über den Vertrag hinausgehenden weiteren Beweggründe der Parteien zu ergründen (vgl. Samuel Bussmann, Das dualistische System der Grundstückgewinnbesteuerung, 2002, N. 244). Diese kommen im Vertrag möglicherweise nur ansatzweise zum Ausdruck.
2.3.2. Wenn dies alles den Schluss zulässt, die uneingeschränkte Verfügungsmacht - mit Ausnahme des Grundbucheintrags - sei übertragen worden, darf von einer wirtschaftlichen Handänderung ausgegangen werden. Nur bei restriktiver Auslegung des Instituts besteht Gewähr dafür, dass die steuerlichen Folgen des Rechtsgeschäfts vorhersehbar sind, so, wie dies das Legalitätsprinzip voraussetzt (vorne E. 2.2.6).
3.
3.1. Streitig und zu prüfen sind im Wesentlichen die Fragen der Verjährung des Veranlagungsrechts des Kantons Zürich (E. 3.2), der Verwirkung des Besteuerungsrechts des Kantons Zürich (E. 3.3), des Vorliegens einer wirtschaftlichen Handänderung (E. 3.4 und 3.5) und der Begründetheit einer Grundstückhändlerpauschale (E. 3.6).
3.2.
3.2.1. Die Grundstückgewinnsteuer wird für die Steuerperiode festgesetzt, in welcher der Grundstückgewinn angefallen ist (Art. 19 StHG). Im System der einjährigen Gegenwartsbemessung mit Postnumerandobesteuerung (Art. 16 i. V. m. Art. 62 ff. StHG) fällt die Steuerperiode mit dem betreffenden Kalenderjahr zusammen. Alsdann ergibt sich aus Art. 47 Abs. 1 StHG, dass das Recht, eine Steuer zu veranlagen, fünf Jahre, bei Stillstand oder Unterbrechung spätestens 15 Jahre nach Ablauf der Steuerperiode verjährt (so explizit § 215 StG/ZH). Dies gilt für alle harmonisierten Steuerarten (Michael Beusch, Der Untergang der Steuerforderung, 2012, S. 285; zur Grundstückgewinnsteuer BERNHARD J. GREMINGER, in: Zweifel/Athanas, N. 7 zu Art. 47 StHG; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann/Hans Ulrich Meuter, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 3. Aufl. 2014, N. 1 zu § 215 StG/ZH).
3.2.2. Aus den für das Bundesgericht verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz (Art. 105 Abs. 1 BGG) geht hervor, dass die Steuerpflichtige mit Vertrag vom 13. April 1999 ihr Kaufrecht abgetreten hat (vorne lit. B). Im Kalenderjahr 1999 kannte der Kanton Zürich bereits das System der einjährigen Gegenwartsbemessung mit Postnumerandobesteuerung (§ 49 StG/ZH). Aufgrund von Art. 47 Abs. 1 StHG setzte der Fristenlauf am 31. Dezember 1999 ein und wird die absolute Veranlagungsverjährung damit am 31. Dezember 2014 eintreten (vorne E. 2.3). Im Zeitpunkt des vorliegenden Urteils ist das Veranlagungsrecht des Kantons Zürich noch nicht verjährt.
3.3.
3.3.1. Die Steuerpflichtige hält das Besteuerungsrecht des Kantons Zürich für verwirkt. Zur doppelbesteuerungsrechtlichen Verwirkung des Besteuerungsrechts eines Kantons hat sich das Bundesgericht in <ref-ruling> E. 3.2 S. 67 ausführlich ausgesprochen. Danach wartet ein Kanton "ungebührlich lange" mit der Besteuerung zu, wenn er bei periodischen Steuern sein Besteuerungsrecht nicht bis zum Ende des auf die Veranlagungsperiode (n+1) folgenden Jahrs (n+2) geltend gemacht hat. Dabei entsprechen die Steuer- und Bemessungsperiode dem Jahr "n". Wie schon im verjährungsrechtlichen Zusammenhang erweist sich auch hier eine Gleichstellung der aperiodischen, meist einmalig anfallenden Steuern, so etwa die Erbschafts- (<ref-ruling> E. 4a S. 321; <ref-ruling> E. 4b S. 475) oder die Grundstückgewinnsteuer als unerlässlich.
3.3.2. Den Feststellungen der Vorinstanz und den Akten (Art. 105 Abs. 2 BGG) ist zu entnehmen, dass der Kanton Zug tatsächlich ausgeführt hat, er sei "nach wie vor der Meinung, dass die Belegenheitsgemeinde die angeblich am 31. Mai 1999 erfolgte Handänderung verspätet geltend gemacht" habe. Die Beanstandung findet sich aber im Schreiben vom 14. April 2011, das an die Steuerpflichtige gerichtet war (vorne lit. E). Eine dem Kanton Zürich gegenüber abgegebene Beanstandung ist nicht nachgewiesen. Rechtsgültiger Adressat der Erklärung kann aber einzig der andere Kanton sein (139 I 64 E. 3.2 S. 67), wobei die Beanstandung praxisgemäss selbst vor Bundesgericht noch rechtsgültig hätte erhoben werden können (Urteil 2P.59/2004 vom 30. August 2004 E. 4, in: Kurt Locher/Peter Locher, Die Praxis der Bundessteuern, III. Teil: Doppelbesteuerung, § 2, IV D, Nr. 39), soweit der Grundsatz von Treu und Glauben (Art. 9 BV) dadurch nicht verletzt wird. Auch dies hat der Kanton Zug unterlassen (vorne lit. H am Ende). Eine formgültige Verwirkungseinrede ist damit nicht erhoben worden.
3.4.
3.4.1. Die Steuerpflichtige bestreitet die tatsächlichen und rechtlichen Voraussetzungen einer wirtschaftlichen Handänderung. Soweit sie zunächst die vorinstanzliche Beweiswürdigung kritisiert, ist festzuhalten, dass es sich dabei um eine Tatfrage handelt (<ref-ruling> E. 3.3.4 S. 123; <ref-ruling> E. 2.3 S. 266). Als solche ist die Beweiswürdigung der bundesgerichtlichen Überprüfung nur in den Schranken von Art. 105 BGG (Willkürkognition) und unter Vorbehalt von Art. 106 Abs. 2 BGG (qualifizierte Rüge- und Begründungspflicht) zugänglich (vorne E. 1.3.3 und 1.3.4). Die Steuerpflichtige setzt sich mit der von ihr als willkürlich betrachteten Beweiswürdigung indes kaum auseinander. Insbesondere zeigt sie die angebliche Willkür nicht detailliert auf und beschränkt sie sich auf appellatorische Kritik. Eine solche vermag den gesetzlichen Anforderungen nicht zu genügen. Die Rüge ist nicht zu hören.
3.4.2. Den vorinstanzlichen Feststellungen zufolge ist es der Steuerpflichtigen am 29. März 1999 gelungen, die Baubewilligung für insgesamt 28 Wohneinheiten und 48 Parkplätze zu erlangen. Ihre Rechtsposition charakterisiert sich durch umfassende Befugnisse. So war sie zunächst für das Vorantreiben des Projekts bis zur Baureife zuständig, später auch für die konkrete Ausführung und zuletzt für den Vertrieb (vorne lit. B). Faktisch liefen alle Fäden bei ihr zusammen, was die Grundeigentümerin zustimmend duldete. Im Übrigen geht aus dem angefochtenen Urteil und den Akten nichts hervor, was auf ein aktives Verhalten der Grundeigentümerin schliessen liesse.
Unstreitig ist sodann, dass es zu einer einzigen zivilrechtlichen Handänderung gekommen ist, nämlich jener vom 31. Mai 1999. Schon zuvor, mit dem Abtretungsvertrag vom 13. April 1999, waren die massgebenden Eigentümerbefugnisse an die spätere Käuferin überführt worden. Die Steuerpflichtige hatte bis dahin ihre Tätigkeiten de iure zwar für die Grundeigentümerin, de facto aber für die spätere Käuferin ausgeübt, in deren hauptsächlichem Interesse die Überbauung zweifellos auch lag. Die Steuerpflichtige nahm dabei in einem umfassenden Sinn die Projekthoheit (Planung, Architektur, Statik, Verkauf) und Verfügungshoheit wahr (Berechtigung, das Grundstück zu vordefinierten Konditionen zu erwerben, gegebenenfalls das Kaufrecht zu übertragen). Sie allein verkehrte mit den Bewilligungs- und übrigen Behörden, und dies längst schon vor dem Kaufrechtsvertrag vom 31. Dezember 1998. Anders wäre kaum erklärbar, dass die Baubewilligung schon im März 1999 eintraf. Die vorinstanzliche Rechtsanwendung erweist sich damit als bundesrechtskonform. Den Charakter als Kettengeschäft bestätigt letztlich auch die Steuerpflichtige, wenn sie ausführt, unter Vorbehalt eines Treuhandvertrags sei "von allem Anfang an fest (gestanden), dass dieses Kaufrecht zu übertragen ist" (Beschwerde, Ziff. 2.5 lit. b).
3.4.3. Nichts daran ändern die schuldrechtlichen Formerfordernisse. Aufgrund von Art. 216 Abs. 2 OR gilt, dass Vorverträge sowie Verträge, die ein Vorkaufs-, Kaufs- oder Rückkaufsrecht an einem Grundstück begründen, zu ihrer Gültigkeit der öffentlichen Beurkundung (Art. 657 Abs. 1 ZGB) bedürfen. Die öffentlich beurkundeten Vorkaufs-, Kaufs- und Rückkaufsrechte können überdies "verstärkt" werden, indem sie im Grundbuch vorgemerkt (Art. 959 Abs. 1 ZGB) und dadurch zu einer Realobligation werden (<ref-ruling> E. 2a S. 127; Jürg Schmid, in: Basler Kommentar, ZGB II, 4. Aufl. 2011, N. 2 zu Art. 959 ZGB). Im vorliegenden Fall ist beides unterblieben.
Nach den Feststellungen der Vorinstanz und mit Blick auf die Akten sind die Verträge vom 31. Dezember 1998 und vom 13. April 1999 einfachschriftlich gehalten (Art. 12 ff. OR). Im Fall des Vertrags vom 31. Dezember 1998 war die öffentliche Beurkundung zwar vorgesehen, doch kamen die Parteien in der Folge davon ab. Einer Fussnote auf dem Vertrag zufolge verständigten die Parteien sich "gemäss Telefonat vom 29. Dezember 1998" darauf, dass der Vertrag "ausschliesslich ausseramtlich abgeschlossen" werden soll. Zivilrechtlich war der Vertrag vom 31. Dezember 1998 an sich formungültig (Art. 11 Abs. 2 OR; <ref-ruling> E. 3.2 S. 299). Dessen ungeachtet haben sich die Parteien an die Abmachungen gehalten und diese vertragsgetreu erfüllt. Inter partes hätte die Berufung auf die Formungültigkeit denn auch gegen Treu und Glauben verstossen und einen offenbaren Rechtsmissbrauch dargestellt (Art. 2 Abs. 2 ZGB; <ref-ruling> E. 4.2 S. 202; <ref-ruling> E. 2.4.2 S. 128).
Nichts Anderes ergibt sich aus Steuerrecht: Entgegen der anfänglich zurückhaltenden Auffassung (Urteil P.1121/1982 vom 4. März 1983, in ASA 53 S. 576, StR 39/1984 S. 90), die in der Doktrin auf starke Kritik stiess, ist das Bundesgericht in einem späteren Fall zur kantonalen Handänderungssteuer zum Schluss gekommen, der Tatbestand der wirtschaftlichen Handänderung hänge nicht von der Formgültigkeit der Verträge ab. Entscheidend sei weit weniger die zivilrechtliche Gültigkeit des Kaufrechts als vielmehr die tatsächliche Ausübung der gleichzeitig oder später übertragenen wirtschaftlichen Verfügungsmacht (Urteil P.1706/1983 vom 22. März 1985 E. 3b/bb, in: ASA 54 S. 690, ZBGR 68/1987 S. 93). Daran ist unter den gegebenen Umständen festzuhalten.
3.4.4. Zusammenfassend zeigt sich, dass die Steuerpflichtige sich in einer Stellung befunden hat, die weitgehend jener eines zivilrechtlichen Eigentümers entspricht. Sie hat von ihren weit reichenden Befugnissen auch wirklich - nämlich zugunsten der späteren Erwerberin - Gebrauch gemacht. Zwangsläufig befand sich die angestammte Eigentümerin in der Rolle eines blossen "Statisten" oder "Zuschauers", wie dies typisch ist (so Bussmann, N. 244). Die spätere Erwerberin hat das Kettengeschäft ihrerseits vervollständigt und abgeschlossen, indem sie ihr Kaufrecht ausübte und dadurch eine zivilrechtliche Handänderung bewirkte. Auch bei der mit Blick auf Art. 127 Abs. 1 BV gebotenen zurückhaltenden Auslegung und Anwendung von Art. 12 Abs. 2 lit. a StHG bzw. § 216 Abs. 2 lit. a StG/ZH ist die Vorinstanz bundesrechtskonform von einer wirtschaftlichen Handänderung ausgegangen.
3.4.5. Die Steuerpflichtige beruft sich auf das Vorliegen eines Treuhandvertrages. Im vorliegenden Zusammenhang müsste das Treuhandverhältnis darin bestehen, dass die Zwischenperson (B; Treuhänder) und die Endperson (C; Treugeber) übereingekommen sind, B habe zwingend - ohne jede Wahlmöglichkeit - zugunsten von C über das Grundstück zu verfügen ( BUSSMANN, N. 254). Dies schlösse eine wirtschaftliche Handänderung aus. Der Beweis hierfür obliegt nach der Normentheorie der steuerpflichtigen Person (<ref-ruling> E. 3.5 S. 252; Urteil 2C_723/2013 vom 1. Dezember 2014 E. 3.6.1). Einen solchen Nachweis hat die Steuerpflichtige vor den kantonalen Instanzen nicht erbracht. Es trifft zwar unstreitig zu, dass sie das Projekt bis zu Baubewilligungsreife vorangetrieben und später im Auftrag der neuen Grundeigentümerin unterschiedlichste Arbeiten ausgeführt hat. Dies alles lässt aber keine Rückschlüsse auf ein etwaiges Treuhandverhältnis zu. Die Vorinstanz hat die Beweislage willkürfrei gewürdigt und bundesrechtskonform geschlossen, die tatsächlichen und rechtlichen Voraussetzungen eines solchen Vertrages fehlten. Eine Zeugenbefragung, deren Unterlassung die Steuerpflichtige rügt, hätte unter diesen Umständen zu keinen andern Schlussfolgerungen führen können. Entsprechend ist die antizipierte Beweiswürdigung der Vorinstanz willkürfrei und ohne Gehörsverletzung erfolgt.
3.5.
3.5.1. Wie die Steuerpflichtige mit Recht vorbringt, hat die Vorinstanz davon abgesehen, die mit der Veranlagung zusammenhängenden Gerichts- und Anwaltskosten zu berücksichtigen. Dem angefochtenen Entscheid zufolge hatte die Steuerpflichtige die Rechtskosten im Einspracheverfahren mit Fr. 80'000.-- veranschlagt, in der Folge keinen hinreichenden Nachweis erbracht und Honorarrechnungen erst vorgelegt, als dies im kantonalen Verfahren aufgrund des dortigen Novenverbots bereits zu spät war (angefochtener Entscheid E. 3.4.2).
Soweit überhaupt eine rechtsgültige Verfassungsrüge vorliegt, ist der Steuerpflichtigen entgegenzuhalten, dass die Vorinstanz das massgebende kantonale Verfahrensrecht willkürfrei angewandt hat. Die Vorinstanz hat auch gar nicht bestritten, dass Positionen wie Eigenleistungen, Gerichts- und Anwaltskosten, Steuern, Passivzinsen usw. in die Anlagekosten einfliessen. Sie hat dem Antrag der Steuerpflichtigen einzig deshalb nicht entsprochen, weil die tatsächlichen Grundlagen nur unvollständig vorlagen oder noch gar nicht vorliegen konnten.
In der Sache selbst wäre der Steuerpflichtigen ohnehin nicht zu folgen. Sie scheint anzunehmen, dass sämtliche mit einer Handänderung zusammenhängenden Kosten in die Gestehungskosten einzubeziehen sind, ganz unabhängig davon, wie lange sich das Veranlagungsverfahren hinzieht. Dieser Sichtweise ist nicht ohne Weiteres zu folgen. Von Bundesrechts wegen besteht kein derart weit gefasster Begriff der Anlagekosten, dass alle Kosten, auch periodenübergreifend, "objektmässig" zu erfassen sind. Wo es um die Abgrenzung zwischen Grundstückgewinn- und Gewinnsteuer geht, gilt es, (nur) jene Erträgnisse und Aufwendungen in die Ermittlung des Grundstückgewinns einzubeziehen, die nach sachlichen Kriterien als mit der Handänderung unmittelbar zusammenhängend gelten.
3.5.2. Mit Rücksicht auf das Gebot der Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit (Art. 127 Abs. 2 BV) und das Verbot der interkantonalen Doppelbesteuerung (Art. 127 Abs. 3 BV; zur doppelten Anspruchsgrundlage <ref-ruling> E. 4.3 S. 151) muss der Grundstückkanton einen Betriebsverlust, den eine interkantonale Unternehmung (einschliesslich Versicherungs- und Immobiliengesellschaften) bzw. ein Grundstückhändler oder ein Generalbauunternehmen im Sitzkanton und/oder einem Betriebsstättekanton erleidet, auf den ihm objektmässig zustehenden Wertzuwachsgewinn aus der Veräusserung von Betriebsliegenschaften anrechnen (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 118).
3.5.3. Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz bewirkte der Vertrag zwischen der Steuerpflichtigen und der Erwerberin ein Honorar von insgesamt rund 1,2 Mio. Franken. Einen Anteil in Höhe von netto Fr. 700'000.-- verbuchte die Steuerpflichtige im Steuerjahr 1999/2000. Unklar, da von der Vorinstanz nicht festgestellt, ist der Zeitpunkt, in welchem die übrigen Fr. 504'000.-- verbucht worden sind. Es spricht einiges dafür, dass dies im Steuerjahr 1998/99 der Fall war. Zu dieser Steuerperiode hat die Vorinstanz festgehalten, die Steuerpflichtige habe einen Gewinn von rund Fr. 800'000.-- ausweisen können.
Die Steuerpflichtige macht geltend, richtigerweise sei in beiden Kantonen ein Honorar von Fr. 1'204'000.-- zu berücksichtigen. Das ist dem Grundsatz nach zutreffend, ist doch die doppelbesteuerungsrechtliche Ausscheidung betreffend ein einziges Geschäft, die vorliegend anzunehmende wirtschaftliche Handänderung, zu beurteilen. Entgegen der Steuerpflichtigen ergibt sich daraus jedoch nicht, dass der Betrag von Fr. 1,2 Mio., welcher dem Kanton Zürich zur Grundstückgewinnbesteuerung zugewiesen wird, im Kanton Zug in einem einzigen Kalenderjahr zum Abzug zu bringen ist. Massgebend ist vielmehr, dass aufgrund der doppelbesteuerungsrechtlichen Ausscheidungsregelung der genannte Gewinn dem Kanton Zürich zuzuweisen ist und dementsprechend die im Kanton Zug ordentlich zu besteuernde Gewinne insoweit zu korrigieren sind, als darin der Grundstückgewinnbesteuerung unterliegende Anteile enthalten sind. Konkret bedeutet dies vorliegend, dass die Jahresrechnung 1998/99 um den Betrag von Fr. 504'000.-- zu korrigieren ist, diejenige für 1999/2000 um Fr. 700'000.--. Nachdem der ausgewiesene Jahresgewinn 1998/99 rund Fr. 800'000.-- betrug, das Ergebnis somit auch nach der Ausbuchung des Betrages von Fr. 504'000.-- positiv verbleibt, ergeben sich aus dieser Korrektur mit Blick auf die vorliegend ausschliesslich streitige Grundstückgewinnsteuerveranlagung im Kanton Zürich keine Konsequenzen. Den aufgrund der Ausbuchung von Fr. 700'000.-- im Jahresabschluss 1999/2000 entstandenen Verlust hat die Vorinstanz unbestrittenermassen korrekt berücksichtigt. Eine von der Steuerpflichtigen beantragte weitergehende Verlustanrechnung fällt nach dem Ausgeführten ausser Betracht.
3.6.
3.6.1. Die Vorinstanz verweigert eine Grundstückhändlerpauschale zugunsten des Kantons Zug, was sie mit dem Fehlen einer zivilrechtlichen Handänderung begründet. Mit Recht erblickt die Steuerpflichtige darin eine Rechtsverletzung.
3.6.2. Der Grundstückkanton hat zugunsten des Hauptsteuerdomizils einen Anteil an den allgemeinen Unkosten des Grundstückhändlers zu übernehmen. Im Sinne einer Faustregel beläuft sich die Grundstückhändlerpauschale auf fünf Prozent des Veräusserungserlöses. Mit der Pauschale sollen die Gemeinkosten (insbesondere Personal- und Sachauslagen) abgegolten werden, die dem Grundstückhändler anlässlich des An- und Verkaufs der eigenen Handelsobjekte entstehen (Urteil 2C_404/2013 vom 2. Mai 2014 E. 4.1, in: ASA 83 S. 52 und 250, StE 2014 A 24.43.1 Nr. 25). Harmonisierungs- und interkantonales Doppelbesteuerungsrecht kennen denselben Begriff des Grundstückhändlers. Dabei kann es sich um eine natürliche oder eine juristische Person handeln (Urteil 2C_404/2013 vom 2. Mai 2014 E. 4.3).
3.6.3. Die Vorinstanz billigt dem Kanton Zug keine Händlerpauschale zu. Bei ihrer Argumentation übersieht sie, dass die Gemeinkosten nur unwesentlich davon abhängen, ob ein Grundstück zivilrechtlich oder lediglich wirtschaftlich übertragen wird. Die direkten, mit dem Vorgang verbundenen Kosten - namentlich das Honorar der Urkundsperson, die Gebühr des Grundbuchamtes - fallen ohnehin unter die Anlagekosten. Auch bei einer wirtschaftlichen Handänderung fällt damit eine Grundstückhändlerpauschale in Betracht, mit welcher die durch die Handänderung verursachten Gemeinkosten abgegolten werden. Es geht denn bei der Pauschale auch nicht darum, die Rechtsposition der steuerpflichtigen Person zu verbessern. Der Zweck liegt vielmehr in einem verursachergerechten Gemeinkostenausgleich zwischen den zwei beteiligten Kantonen. Vor diesem Hintergrund würde es einen unzulässigen Methodendualismus darstellen, wollte man das Vorliegen einer Handänderung zwar für die Zwecke von Art. 12 Abs. 2 lit. a StHG annehmen, im Bereich der Anlagekosten aber verwerfen (Art. 12 Abs. 1 StHG).
3.6.4. Unter den gegebenen Sachumständen zeigt sich, dass der steuerbare Grundstücksteuergewinn im Ergebnis solange unverändert bleibt, als eine Pauschale von weniger als fünf Prozent berücksichtigt wird. Aus dem Zusammenspiel von erhöhtem Gewinn am Hauptsteuerdomizil und entsprechend vermindertem Betriebsverlust ergibt sich per saldo ein unveränderter Grundstückgewinn. Es erübrigt sich daher, die Pauschale betragsmässig festzusetzen. Tendenziell wird es mit Bundesrecht vereinbar sein, den Gemeinkosten einer wirtschaftlichen Handänderung mit einer gegenüber der bisherigen Faustregel leicht verminderten Pauschale zu begegnen.
4.
4.1. Die Beschwerde erweist sich damit in allen Teilen als unbegründet. Sie ist abzuweisen und der angefochtene Entscheid zu bestätigen.
4.2. Bei diesem Ausgang hat die Steuerpflichtige die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 65 i. V. m. Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG). Der Belegenheitsgemeinde, die in ihrem amtlichen Wirkungskreis obsiegt, steht keine Parteientschädigung zu (Art. 68 Abs. 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 12. Dezember 2014
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Kocher