Faits:
A.
Par jugement du 26 mai 2011, le Tribunal correctionnel du canton de Genève a reconnu X._ coupable d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, de contrainte sexuelle et de viol. Il l'a condamné à une peine privative de liberté de six ans et demi, sous déduction de la détention avant jugement, et au paiement en faveur de Y._ d'une indemnité pour tort moral de 35'000 fr. avec intérêt à 5% l'an dès le 30 novembre 1997.
B.
Par arrêt du 14 novembre 2011, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice du canton de Genève a estimé que l'appel formé par Y._ était réputé retiré (<ref-law>), ce dernier ayant fait défaut à l'audience d'appel.
Par arrêt 6B_37/2012 du 1er novembre 2012, le Tribunal fédéral a infirmé cette appréciation, annulé l'arrêt du 14 novembre 2011 et renvoyé la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
Par arrêt du 18 décembre 2012, cette autorité a annulé le jugement du 26 mai 2011. Statuant à nouveau, elle a dit que l'action pénale était prescrite s'agissant des faits commis, selon l'acte d'accusation, entre mai et août 2006 à Rome et que la peine privative de liberté à laquelle était condamné X._ était fixée à six ans. Elle a pour le surplus repris le dispositif du jugement de première instance.
C.
X._ forme un recours en matière pénale auprès du Tribunal fédéral contre cet arrêt. Il conclut à son annulation et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.

Considérant en droit:
1.
Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 1 p. 542). Le recourant conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué. Une telle conclusion n'est, en principe, pas suffisante (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 383). Les motifs du recours permettent cependant de comprendre que l'intéressé veut être acquitté, subsidiairement condamné à une peine susceptible d'être assortie d'un sursis partiel. Cela suffit pour satisfaire aux exigences de forme déduites de l'art. 42 al. 1 et 2 LTF (voir <ref-ruling> consid. 1.3 p. 452; arrêt 6B_532/2012 du 8 avril 2013 consid. 1).
2.
Le recourant invoque une violation des art. 389 al. 3, 398 al. 2 et 399 al. 3 let. c CPP. Il reproche aux magistrats cantonaux d'avoir refusé la production de plusieurs pièces nouvelles, l'audition d'un nouveau témoin et la réaudition de deux témoins sur des points sur lesquels ils n'avaient pas été préalablement interrogés.
La question de savoir si certaines demandes de mesures d'instruction étaient tardives, comme l'a retenu l'autorité cantonale, peut rester ouverte au vu de ce qui suit.
2.1. Conformément à l'<ref-law>, la procédure de recours se fonde sur les preuves administrées pendant la procédure préliminaire et la procédure de première instance. L'autorité de recours administre, d'office ou à la demande d'une partie, les preuves complémentaires nécessaires au traitement du recours (<ref-law>). Elle peut notamment refuser des preuves nouvelles, lorsqu'une administration anticipée non arbitraire de ces preuves démontre que celles-ci ne seront pas de nature à modifier le résultat de celles déjà administrées (arrêt 6B_614/2012 du 15 février 2013 consid. 3.2.3 et les références citées).
On peut renvoyer sur la notion d'arbitraire aux principes maintes fois exposés par le Tribunal fédéral (v. <ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.). En bref, pour qu'il y ait arbitraire, il ne suffit pas que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable. Il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation, mais aussi dans son résultat. Le grief d'arbitraire doit être invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 69). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356).
2.2. Le recourant s'en prend en vain au fait que la cour cantonale ait procédé à une appréciation anticipée des nouvelles preuves demandées, dans la mesure où une telle méthode découle de l'<ref-law> et est admise par la jurisprudence (cf. arrêt 6B_614/2012 précité).
2.3. S'agissant des pièces 1, 2, 3, 14 et 15, la cour cantonale a retenu qu'il était établi et par conséquent pas nécessaire de prouver davantage que l'intimée et le recourant avaient continué à se voir dans le contexte familial après les faits dénoncés et que l'intimée avait parfois confié sa fille à la famille du recourant. Elle a pour le surplus considéré que les photographies ne permettaient pas d'attester de la fréquence des rencontres ni de la présence de l'intimée lorsque sa propre fille avait été prise en photo (arrêt entrepris, p. 23). Le recourant conteste cette appréciation sans en démontrer le caractère arbitraire, donnant notamment aux pièces qu'il invoque une portée qu'elles n'ont pas.
2.4. S'agissant des pièces 7, 8 et 10 et de la réaudition de A._, la cour cantonale a jugé que les écrits de ce témoin au recourant, deux jours après son audition, et au ministère public, l'attestation médicale du fils du recourant de même que l'audition demandée n'étaient pas pertinents, dans la mesure où on ne saurait juger la crédibilité de l'intimée - point ici central - à l'aune de l'intervention de sa mère auprès de tiers. Le recourant ne fait que contester cette appréciation de manière appellatoire sans en démontrer le caractère manifestement insoutenable. Le grief est irrecevable. Au demeurant, il pouvait être retenu sans arbitraire que les pressions prétendument exercées par la mère de l'intimée sur des tiers concernant les faits litigieux ne prouvaient pas leur fausseté, encore moins l'existence d'une manipulation de la mère envers sa fille afin que cette dernière profère des accusations fausses.
2.5. La pièce 16 est constituée d'actes d'une procédure chilienne, dans laquelle la demi-soeur de l'intimée se plaignait notamment d'avoir été violée et l'intimée avait été entendue. La cour cantonale a jugé que ces actes n'avaient pas trait à des faits pertinents. Le recourant n'établit pas l'arbitraire de cette appréciation, se contenant d'invoquer qu'"il n'est pas anodin de savoir sielle [l'intimée] a incité sa demi-soeur à soutenir des accusations mensongères". Ce faisant, le recourant ne démontre même pas l'existence, dans cette procédure chilienne, d'éléments établissant la manipulation qu'il invoque comme fondant la pertinence de sa demande. Le grief est infondé.
2.6. La cour cantonale a refusé d'entendre B._, demi-soeur de l'intimée, au motif que la possible influence exercée par cette dernière sur sa jeune soeur n'était pas un fait pertinent dès lors qu'il ne saurait être question de mesurer la crédibilité de l'intimée à l'aune du rôle qu'elle aurait indirectement joué dans une procédure chilienne à laquelle elle n'est même pas partie et qui ne concerne pas les faits litigieux. Elle a également refusé de réentendre le témoin C._ au sujet de la famille de l'intimée, celui-ci n'étant pas un expert en relations familiales. A nouveau, le recourant conteste l'appréciation anticipée de la cour cantonale sans en démontrer le caractère arbitraire. Le grief d'appréciation arbitraire et partant de violation de l'<ref-law> doit également être écarté concernant ces deux mesures refusées.
2.7. Il résulte de ce qui précède que le refus de l'autorité cantonale d'administrer les preuves requises par le recourant ne violait pas le droit fédéral.
3.
Le recourant estime que la cour cantonale a enfreint la présomption d'innocence et procédé à une appréciation arbitraire des faits et des preuves. Selon lui, elle aurait dû éprouver des doutes quant à la réalité des faits dénoncés et sa culpabilité.
3.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous les réserves découlant des art. 97 al. 1 et 105 al. 2 LTF, soit pour l'essentiel de l'arbitraire (art. 9 Cst.; sur cette notion, cf. supra consid. 2.1).
Lorsque l'autorité cantonale a forgé sa conviction quant aux faits sur la base d'un ensemble d'éléments ou d'indices convergents, il ne suffit pas que l'un ou l'autre de ceux-ci ou même chacun d'eux pris isolément soit à lui seul insuffisant. L'appréciation des preuves doit en effet être examinée dans son ensemble. Il n'y a ainsi pas d'arbitraire si l'état de fait retenu pouvait être déduit de manière soutenable du rapprochement de divers éléments ou indices. De même, il n'y a pas d'arbitraire du seul fait qu'un ou plusieurs arguments corroboratifs sont fragiles, si la solution retenue peut être justifiée de façon soutenable par un ou plusieurs arguments de nature à emporter la conviction (arrêt 6B_118/2009 du 20 décembre 2011 consid. 7.2.2 non publié à l'<ref-ruling> et les références citées).
3.2. Dans la mesure où les développements du recourant tendent uniquement à démontrer que l'autorité cantonale aurait dû éprouver un doute, les griefs déduits de la présomption d'innocence n'ont pas de portée propre par rapport à l'arbitraire invoqué dans l'établissement des faits (<ref-ruling> consid. 7 p. 82; <ref-ruling> consid. 2a p. 41).
3.3. La cour cantonale a retenu que les déclarations de l'intimée - qui accusait le recourant d'actes constitutifs de viol, de contrainte sexuelle et d'actes d'ordre sexuel avec des enfants - étaient constantes, cohérentes et riches de détails tant s'agissant des actes eux-mêmes que d'éléments périphériques. Les événements décrits étaient ancrés dans le temps et dans l'espace. L'intimée n'avait pas paru animée d'un sentiment de haine ou de vengeance, soulignant au contraire qu'elle entretenait un rapport affectif fort avec le recourant. La crédibilité intrinsèque des déclarations de l'intimée était donc forte. De nombreux éléments externes confirmaient son récit, ainsi les doutes de toutes les personnes vivant dans le même logement que le recourant et l'intimée, la symptomatologie lourde présentée par cette dernière et compatible avec les abus dénoncés, le processus de dévoilement des actes, le fait que l'intimée ne tirait aucun bénéfice secondaire de ses accusations, craignant au contraire de faire de la peine à sa tante et ses neveux et d'être coupée d'eux, ce qui n'avait pas manqué de se produire. Le dossier ne révélait aucune invraisemblance majeure dans la narration de l'intimée. La continuation des rencontres entre l'intimée et le recourant, après la fin des actes reprochés et le départ de la famille de l'intimée de l'appartement du recourant, ne constituait pas nécessairement un élément à décharge, vu le contexte familial et culturel. Il en allait de même du fait que l'intimée avait parfois confié sa propre fille au recourant et à son épouse, étant précisé qu'elle avait cessé de le faire lorsque l'enfant avait approché l'âge de la pré-puberté. Enfin, aucun élément ne venait soutenir la thèse d'une manipulation de l'intimée par sa mère, cette dernière n'y ayant aucun intérêt, subissant elle-même les conséquences des révélations sous la forme d'une coupure des relations avec sa soeur dont elle était très proche. Le recourant s'était quant à lui enferré dans ses contradictions, se rétractant ou se montrant évasif au fur et à mesure qu'il comprenait qu'il confirmait au moins indirectement les déclarations de l'intimée. En conclusion, le dossier révélait un faisceau d'indices à charge extrêmement fort, lequel ne laissait subsister aucun doute sur la réalité des faits reprochés.
3.4. Le recourant rediscute l'un après l'autre les différents indices retenus à son encontre, tentant d'imposer sa propre interprétation des preuves et version des faits sur celles retenues par la cour cantonale, s'appuyant cas échéant sur des faits qui n'ont pas été constatés par l'arrêt entrepris, sans démontrer l'arbitraire de leur omission, ou passant sous silence ceux qui ne vont pas dans son sens, sans toutefois établir leur caractère insoutenable. Une telle motivation, appellatoire, est irrecevable (cf. supra consid. 2.1).
Notamment, s'agissant de la crédibilité intrinsèque des déclarations de l'intimée, le recourant invoque que cette dernière était parfaitement en mesure de donner, au vu de son âge au moment de la procédure, de nombreux éléments inventés et, connaissant la famille du recourant, des détails sur cette dernière. Ce faisant, le recourant présente une argumentation de nature purement appellatoire, qui est impropre à démontrer l'arbitraire de la force probante donnée aux dires de l'intimée. Il soutient que celle-ci aurait menti sur la fréquence de leurs rencontres, relevant qu'elle avait déclaré qu'elle "le voyait alors uniquement pour les fêtes de famille et n'avait pas d'autres contacts avec lui". Le recourant se prévaut ici d'une déclaration tronquée de l'intimée dès lors qu'il n'est pas contesté que des contacts plus fréquents ont repris après le mariage de celle-ci (cf. arrêt attaqué, p. 5). La critique est appellatoire. Le recourant fait également grand cas du fait que l'intimée ait continué à le voir. Ici encore, le contexte familial et social, les liens, d'une part, que l'intimée entretenait avec l'épouse et les enfants du recourant et, d'autre part, existant entre son époux et le recourant ainsi qu'enfin la peur d'éveiller les soupçons en cessant tout contact avec ce dernier permettaient de considérer sans arbitraire que la continuation des relations n'était pas un élément affaiblissant la crédibilité des déclarations de l'intimée. Le recourant invoque qu'il était incompréhensible que cette dernière ait confié sa fille "à son agresseur". Ce faisant, il se limite à une approche appellatoire partant irrecevable, la cour cantonale ayant retenu que l'intimée avait confié sa fille au recourant et à son épouse -et non seulement à celui-ci - et qu'elle avait cessé de le faire lorsque sa fille avait approché l'âge de la pré-puberté. Le recourant s'en prend à l'appréciation de la cour selon laquelle le fait qu'aucune pièce à conviction évoquée n'ait pu être retrouvée n'était pas surprenant compte tenu du temps écoulé et vu qu'elles étaient détenues par le recourant et son épouse qui auraient pu les détruire. Là également, il se contente d'une contestation purement appellatoire, qui est irrecevable. Le recourant estime que les soupçons nourris par toutes les personnes habitant à l'époque avec sa famille quant à l'existence d'une relation de nature sexuelle entre lui et l'intimée auraient pu être provoqués par le comportement de cette dernière elle-même. Ici encore, il se prête à une libre discussion de l'appréciation de la cour cantonale et ne formule ainsi aucun grief recevable.
Au final, les nombreux indices retenus par cette autorité, dont le recourant ne démontre pas le caractère insoutenable, en particulier la force probante accordée aux déclarations constantes, cohérentes et riches de détails de l'intimée et l'absence de motif de nuire de sa part, permettaient de retenir sans arbitraire que les faits dénoncés avaient effectivement eu lieu.
4.
Le recourant estime que la peine prononcée viole les art. 47 et 48 let. a CP. Il conclut au prononcé d'une peine compatible avec un sursis partiel.
4.1. On renvoie sur les principes présidant à la fixation de la peine aux arrêts publiés aux <ref-ruling> consid. 5.4 ss p. 49 et 134 IV 17 consid. 2.1 p. 19 s.
4.2. Le recourant invoque sa situation personnelle et professionnelle difficile. Comme jugé à raison par l'autorité cantonale, ces éléments et notamment le syndrome dépressif majeur dont il souffre ne sont pas de nature à accroître sa sensibilité à la peine de manière telle qu'ils justifieraient une atténuation de celle-ci (sur les conditions permettant une telle atténuation, cf. arrêts 6B_626/2009 du 3 novembre 2009 consid. 2.2; 6S.120/2003 du 17 juin 2003 consid. 2.2).
4.3. Le recourant soutient que la sanction n'aurait pas été suffisamment réduite au sens de l'art. 48 let. e CP.
Aux termes de cette disposition, le juge atténue la peine si l'intérêt à punir a sensiblement diminué en raison du temps écoulé depuis l'infraction et si l'auteur s'est bien comporté dans l'intervalle.
Il n'est pas contesté que les conditions posées par l'art. 48 let. e CP sont réunies. Seule est litigieuse l'ampleur de l'atténuation.
L'autorité cantonale a estimé qu'au vu notamment de la gravité des faits commis, la faute lourde du recourant, le concours tant réel qu'idéal, le prononcé d'une peine proche de la limite supérieure, soit quinze ans, se justifierait. La peine devait toutefois être atténuée en raison du temps écoulé et de la proximité de la prescription. La sanction prononcée par l'autorité de première instance, s'élevant à six ans et demi, était ainsi adéquate. Elle devait toutefois, au stade de l'appel, encore être réduite de six mois afin de tenir compte de l'écoulement du temps supplémentaire depuis ce premier jugement et de la prescription des faits commis, selon l'acte d'accusation, entre mai et août 2006 à Rome.
Il résulte de ce qui précède que l'autorité cantonale a atténué la peine qui aurait dû être prononcée au vu de la gravité des faits commis et de la faute du recourant de plus de la moitié afin de tenir compte du temps écoulé. On ne distingue pas là de violation du droit fédéral, notamment du large pouvoir d'appréciation accordé au juge par l'<ref-law>. La quotité de la peine prononcée exclut l'octroi d'un sursis, même partiel.
5.
Le recours doit ainsi être rejeté dans la mesure de sa recevabilité et aux frais du recourant (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 8 juillet 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Cherpillod