Sachverhalt:
A. Gestützt auf eine Arbeitgeberkontrolle hielt die Revisionsstelle der Ausgleichskassen fest, dass die Vorsorgestiftung der P._ AG für die Firma S._ AG in den Jahren 2001 und 2002 Einmaleinlagen in die Pensionskasse der P._ AG getätigt hatte, um die Frühpensionierung von fünf Mitarbeitern auszufinanzieren. Auf den 1941 geborenen, im März 2001 pensionierten G._ entfiel ein Betreffnis von Fr. 209'117.-. Die Ausgleichskasse Grosshandel + Transithandel erhob von der S._ AG Sozialversicherungsbeiträge von insgesamt Fr. 98'779.50 (Verfügung vom 30. November 2006). Die Ausgleichskasse wies die Einsprache des G._ ab (Entscheid vom 11. Mai 2007).
G._ erhob Beschwerde beim Versicherungsgericht des Kantons Aargau. Dieses wies die Sache zur weiteren Abklärung und allfälligen neuen Verfügung an die Ausgleichskasse zurück (Entscheid vom 26. August 2008). Mit Entscheid vom 6. April 2010 hielt die Ausgleichskasse an ihrem ursprünglichen Erkenntnis fest. Dabei sei der Nettobetrag von Fr. 209'117.- auf ein Bruttobetreffnis von Fr. 220'239.- aufzurechnen. Dies ergebe Arbeitgeber- und Arbeitnehmerbeiträge von je Fr. 11'358.15 (ohne Verwaltungskosten und Verzugszinse). Im Individuellen Konto von G._ werde für das Jahr 2001 ein entsprechendes Einkommen gutgeschrieben.
B. G._ führte beim kantonalen Versicherungsgericht Beschwerde gegen den Einspracheentscheid vom 6. April 2010. Das Gericht lud die S._ AG zum Verfahren bei. Mit Entscheid vom 20. Dezember 2011 hiess es die Beschwerde teilweise gut, hob den Einspracheentscheid vom 6. April 2010 auf und wies die Sache zur weiteren Abklärung und zum Vorgehen im Sinne der Erwägungen an die Ausgleichskasse zurück.
C. Die Ausgleichskasse führt Beschwerde mit dem Rechtsbegehren, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 6. April 2010 zu bestätigen.
Die beigeladene S._ AG schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit auf das Rechtsmittel einzutreten sei; die Sache sei zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. G._, das kantonale Gericht und das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Strittig ist, ob die Ausgleichskasse auf der Einmaleinlage in die Pensionskasse der P._ AG, welche die Vorsorgestiftung der P._ AG aus Anlass der vorzeitigen Pensionierung des Beschwerdeführers getätigt hatte, zu Recht Sozialversicherungsbeiträge erhob. Die Vorinstanz stellte fest, die fragliche Leistung unterstehe nicht der AHV-Beitragspflicht. Die Sache sei allerdings noch an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen, damit sie abkläre, ob die Nichtbeitragspflichtigkeit der fraglichen Zuwendung eine Reduktion der Altersrente bewirke. Zudem habe sie die vom Arbeitgeber bereits geleisteten Arbeitgeber- und -nehmerbeiträge zurückzuerstatten.
1.2 Rückweisungsentscheide sind grundsätzlich Zwischenentscheide im Sinne von Art. 92 f. BGG (vgl. <ref-ruling> E. 4.2 S. 481). Wenn indes die Rückweisung nur noch der Umsetzung des oberinstanzlich Angeordneten dient und der unteren Instanz somit kein Entscheidungsspielraum mehr verbleibt, handelt es sich materiell nicht um einen Zwischenentscheid, der bloss unter den Voraussetzungen der Art. 92 und 93 BGG beim Bundesgericht anfechtbar wäre, sondern um einen Endentscheid im Sinne von <ref-law> (SVR 2008 IV Nr. 39 S. 131, 9C_684/2007 E. 1.1). So verhält es sich hier, nachdem das kantonale Gericht die Streitfrage nach der Beitragspflicht abschliessend entschieden hat. Auf die Beschwerde ist daher einzutreten.
2. Die Beigeladene und die Vorinstanz vertreten die Auffassung, der Einspracheentscheid vom 6. April 2010 sei schon aus formellen Gründen aufzuheben. Nach dem Rückweisungsentscheid des kantonalen Gerichts vom 26. August 2008 erliess die Ausgleichskasse nicht eine neue einsprachefähige Verfügung, sondern direkt den besagten Einspracheentscheid, weil im Dispositiv des Rückweisungsentscheids (nur) der angefochtene Einspracheentscheid aufgehoben worden sei. Daraus durfte die Ausgleichskasse zwar nicht ableiten, die vorangegangene Verfügung sei aufrechterhalten geblieben; im Rahmen des einheitlichen Verwaltungsverfahrens ersetzt der Einspracheentscheid die ursprüngliche Verfügung (<ref-ruling> E. 2.1.2 S. 411). Dennoch ist das Vorgehen der Beschwerdeführerin nicht zu beanstanden: Der Beschwerdegegner und die Beigeladene haben durch die umgehende Bestätigung des Einspracheentscheids vom 11. Mai 2007 keinen Rechtsnachteil erlitten; die Abklärungen der Ausgleichskasse brachten damals nichts hervor, was in einem neuen Einspracheverfahren zu behandeln gewesen wäre.
3. 3.1 Vom Einkommen aus unselbständiger Erwerbstätigkeit (massgebender Lohn) werden paritätisch Arbeitnehmer- und Arbeitgeberbeiträge erhoben (Art. 5 und Art. 12 bis 14 AHVG). Als massgebender Lohn gilt jedes Entgelt für in unselbständiger Stellung auf bestimmte oder unbestimmte Zeit geleistete Arbeit (Art. 5 Abs. 2 erster Satz AHVG). Gestützt auf <ref-law> kann der Bundesrat Sozialleistungen sowie anlässlich besonderer Ereignisse erfolgende Zuwendungen eines Arbeitgebers an seine Arbeitnehmer vom Einbezug in den massgebenden Lohn ausnehmen. Der Bundesrat hat von dieser Befugnis in den <ref-law> Gebrauch gemacht.
3.2 Das kantonale Gericht erwog unter anderem, die fragliche Leistung in die Pensionskasse sei von der patronalen Vorsorgestiftung der P._ AG - und nicht vom Arbeitgeber selber - erbracht worden. Demnach stehe fest, dass die Einmalzahlung nicht AHV-beitragspflichtig sei; die Beitragsunterstellungen gemäss AHVV beträfen nur Leistungen des Arbeitgebers.
3.3 Die Vorinstanz zeichnet damit eine Erwägung aus dem Urteil 9C_435/2008 vom 21. Oktober 2008 nach. In <ref-ruling> E. 2 S. 325 (Entscheid 9C_12/2011 vom 8. August 2011) hat das Bundesgericht indessen klargestellt, es bleibe, der langjährigen Rechtsprechung folgend, bei einer objektbezogenen Betrachtungsweise. Somit wird nicht nur unmittelbares Entgelt für geleistete Arbeit als beitragspflichtiges Einkommen erfasst, sondern grundsätzlich jede wirtschaftlich mit dem Arbeitsverhältnis zusammenhängende Entschädigung oder Zuwendung, soweit sie nicht kraft ausdrücklicher gesetzlicher Vorschrift davon ausgenommen ist (<ref-ruling> S. 4 S. 558; vgl. auch <ref-law>). Dabei spielt grundsätzlich keine Rolle, ob die Zuwendung direkt vom Arbeitgeber oder von einem Dritten, so einer patronalen Wohlfahrtsstiftung, ausgerichtet wird.
3.3 Die Vorinstanz zeichnet damit eine Erwägung aus dem Urteil 9C_435/2008 vom 21. Oktober 2008 nach. In <ref-ruling> E. 2 S. 325 (Entscheid 9C_12/2011 vom 8. August 2011) hat das Bundesgericht indessen klargestellt, es bleibe, der langjährigen Rechtsprechung folgend, bei einer objektbezogenen Betrachtungsweise. Somit wird nicht nur unmittelbares Entgelt für geleistete Arbeit als beitragspflichtiges Einkommen erfasst, sondern grundsätzlich jede wirtschaftlich mit dem Arbeitsverhältnis zusammenhängende Entschädigung oder Zuwendung, soweit sie nicht kraft ausdrücklicher gesetzlicher Vorschrift davon ausgenommen ist (<ref-ruling> S. 4 S. 558; vgl. auch <ref-law>). Dabei spielt grundsätzlich keine Rolle, ob die Zuwendung direkt vom Arbeitgeber oder von einem Dritten, so einer patronalen Wohlfahrtsstiftung, ausgerichtet wird.
3.4 3.4.1 Die Leistung der Vorsorgestiftung der P._ AG erfolgte anlässlich der vorzeitigen Pensionierung des Beschwerdegegners (Zirkularbeschluss des Stiftungsrats vom 11. Dezember 2000). Damit hängt sie wirtschaftlich ohne Weiteres mit dem (früheren) Arbeitsverhältnis zusammen. Allerdings gehören reglementarische Beiträge des Arbeitgebers an Vorsorgeeinrichtungen, welche die Voraussetzungen der Steuerbefreiung nach dem Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG; SR 642.11) erfüllen, nach <ref-law> nicht zum massgebenden Lohn. Unter diesem Titel sind von der Beitragspflicht nur Vorsorgebeiträge befreit, welche der Arbeitgeber gestützt auf ihm grundsätzlich entzogene, jedenfalls nicht ad hoc im Einzelfall abänderbare normative Grundlagen schuldet. Dabei kann es sich um regelmässige, periodische oder allenfalls anlässlich einer vorzeitigen Pensionierung anfallende Einlagen handeln. Reglementarisch (oder statutarisch) geschuldet sind Beiträge des Arbeitgebers an Vorsorgeeinrichtungen freilich nicht schon dann, wenn das Reglement eine Einlage des Arbeitgebers bloss zulässt; es muss sie für eine bestimmte, im Arbeitsverhältnis begründete Situation vorschreiben. Beiträge patronaler Wohlfahrtsfonds sind grundsätzlich ohne Weiteres solchen des Arbeitgebers gleichzustellen (vgl. oben E. 3.3). Leistet somit ein Wohlfahrtsfonds anstelle des von der Vorsorgeeinrichtung reglementarisch hierzu verpflichteten Arbeitgebers, so gehören diese Vorsorgebeiträge unter dem Titel des <ref-law> nicht zum massgebenden Lohn (<ref-ruling> E. 1.2.3 S. 324 mit Hinweisen).
3.4.2 Nicht anwendbar sind hier die <ref-law> (dazu <ref-ruling> E. 4.1 S. 333) und <ref-law> (in der bis Ende 2007 geltenden Fassung). Gemäss letzterer Norm gehören Sozialleistungen im Rahmen einer Vorruhestandsregelung des Arbeitgebers nicht zum massgebenden Lohn, soweit sie acht Monatslöhne nicht übersteigen. Bei dieser altrechtlichen Bestimmung geht es (im Unterschied zum hier einschlägigen <ref-law>) nicht darum, dass Arbeitgeber resp. patronale Wohlfahrtsstiftungen etwa Ausgleichsleistungen der Vorsorgeeinrichtungen bei Frühpensionierungen finanzieren, sondern um freiwillig erbrachte Zuwendungen des Arbeitgebers, welche etwa Vorsorgelücken füllen oder Versicherungsleistungen ergänzen sollen (vgl. BGE a.a.O. E. 3.3.1 S. 330).
3.4.3 Unter Vorbehalt des in E. 3.4.1 in fine Gesagten erbringen nicht dem Freizügigkeitsgesetz unterstehende patronale Wohlfahrtsfonds in aller Regel Ermessensleistungen ohne Versicherungscharakter (<ref-ruling> E. 3.1 S. 328 mit Hinweisen). So verhält es sich auch hier:
Nach Darstellung der Pensionskasse finanziert die patronale Vorsorgestiftung der P._ in einer gewissen Konstellation vorzeitige Pensionierungen; dies werde jeweils "individuell entschieden". Dieser Beschrieb der Finanzierungsquellen datiert zwar vom 15. September 2006; indessen wird nicht geltend gemacht, dass sich die allgemeinen Voraussetzungen seit der hier interessierenden Einlage im Jahr 2001 geändert haben. Im Falle des Beschwerdegegners entschied der Stiftungsrat der patronalen Vorsorgestiftung der P._ durch Zirkularbeschluss vom 11. Dezember 2000, die Finanzierungskosten für dessen vorzeitige Pensionierung auf den 1. März 2001 von rund Fr. 205'700.- an die Pensionskasse zu vergüten. Das Reglement I, Ausgabe 1999, der Pensionskasse der P._ AG bestätigt, dass dieser Vorgang auf einem individuell getroffenen Entscheid und nicht auf einer reglementarischen Grundlage im Sinne des <ref-law> beruhte. Denn für vorzeitige Pensionierungen auf Antrag der Firma wird dort lediglich vorgesehen, dass die Pensionskasse für eine näher umschriebene Personenkategorie, der auch der Beschwerdegegner angehört (vgl. den Beschrieb vom 15. September 2006 und das Schreiben der Revisionsstelle der Ausgleichskassen vom 27. Februar 2009), angesichts zu kürzender Altersrenten (Art. 30 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 29 Abs. 2) "im Einvernehmen mit der Firma" eine wesentliche Verbesserung dieser Leistungen zugunsten des Versicherten vornimmt (Art. 30 Abs. 2; vgl. auch das Schreiben vom 4. November 2005 der Pensionskasse an die Revisionsstelle der Ausgleichskassen). Im Element der Einvernehmlichkeit kommt Freiwilligkeit zum Ausdruck; damit wird klar, dass die reglementarischen Vorgaben dem Destinatär keinen einklagbaren Rechtsanspruch darauf einräumen, dass der Arbeitgeber (oder ein diesem zugehöriger Wohlfahrtsfonds) Beiträge an steuerbefreite Vorsorgeeinrichtungen leiste (vgl. <ref-ruling> E. 3.1 S. 329; oben E. 3.4.1).
3.5 Damit ist die Einmaleinlage der patronalen Vorsorgestiftung der P._ AG zwecks Ausfinanzierung der Frühpensionierung des Beschwerdegegners im Jahr 2001 als massgebender Lohn im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren.
4. In Anwendung von Art. 66 Abs. 1 zweiter Satz BGG wird auf die Erhebung von Gerichtskosten verzichtet, zumal der Beschwerdegegner das kantonale Beschwerdeverfahren vor Klärung der Rechtslage durch <ref-ruling> angehoben hatte und er sich dem strittigen Entscheid der Beschwerdeführerin letztinstanzlich nicht mehr widersetzte. Ebenso rechtfertigt es sich, die vorinstanzliche Parteikostenzusprechung zu belassen (vgl. Urteil 9C_135/2012 vom 4. April 2012 E. 2).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Dispositiv-Ziffer 1 des Entscheids des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 20. Dezember 2011 wird aufgehoben und der Einspracheentscheid der Ausgleichskasse Grosshandel + Transithandel vom 6. April 2010 bestätigt.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der S._ AG, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. Februar 2013
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Kernen
Der Gerichtsschreiber: Traub