Faits:
A. Le 13 août 1999, X._ (ci-après: l'employée) a été engagée par Y._ (ci-après: l'employeuse) en qualité de vendeuse à plein temps dans son magasin de V._, pour un salaire mensuel de 3'900 fr. bruts.
Selon un premier formulaire d'évaluation de ses prestations du 28 décembre 2000, l'employée remplissait en grande partie les critères appliqués par l'employeuse à son personnel; elle était en effet décrite comme ayant le sens de la clientèle, un esprit humain et comme étant une personne sérieuse et de confiance. L'évaluation suivante du 26 mars 2002 avait une teneur positive similaire, mentionnant aussi son bon contact avec ses supérieurs, tout en précisant qu'elle manquait toutefois de diplomatie et avait une attitude rigide avec le personnel ainsi que "Mme A._". Après une formation interne, l'employée a obtenu la fonction de "première vendeuse" en juillet 2002, puis a travaillé à ce titre dans un rayon de vente du magasin principal de l'employeuse dès le 6 janvier 2003. Selon la troisième évaluation d'avril 2003, l'employée remplissait toujours la plupart des critères de l'employeuse et tant son travail que son comportement faisaient l'objet de remarques positives. Le 1er février 2004, l'employée a rejoint le "service clients" de l'employeuse sous la direction de B._, avec un salaire inchangé. Selon sa cinquième et dernière évaluation du 19 avril 2004, faite par B._, l'employée remplissait toujours de manière positive la plupart des critères de l'employeuse; il était toutefois estimé, notamment, qu'elle avait quelques difficultés relationnelles et devait encore passer une phase d'apprentissage, étant précisé qu'elle avait le désir d'évoluer.
Le samedi 2 juillet 2005, l'employée a averti B._ de son retard à cause d'une inondation à son domicile; celle-ci s'est emportée et a ordonné à sa collaboratrice de se présenter immédiatement à son poste de travail. L'employée a alors demandé une entrevue avec B._, le responsable administratif du "service clients" et le directeur du personnel de l'entreprise. Il ressort d'un courrier du 11 juillet 2005 de ce dernier à l'employée faisant suite à l'entretien que l'agression verbale qu'elle avait imputée à B._ n'était pas établie; il y était aussi précisé que celle-ci ressentait une réticence de l'employée à travailler le samedi, alors que sa présence était indispensable un samedi sur quatre, ce qui expliquait l'irritation de sa supérieure hiérarchique. Cette dernière remarque a toutefois été rectifiée par un nouveau courrier du 18 juillet 2005 adressé à l'employée par le responsable du personnel et le responsable administratif du "service clients" de l'employeuse, précisant que sa présence n'était, en réalité, requise le samedi qu'en fonction des besoins dudit service.
En septembre 2005, l'employée a demandé à B._ l'autorisation de prendre quatre semaines de vacances en février 2006. Par courrier du 27 décembre 2005, le responsable administratif du "service clients" et B._ ont accepté cette demande, à titre exceptionnel, pour la période du lundi 20 février au samedi 18 mars 2006 non inclus, une grande flexibilité dans ses vacances étant toutefois demandée pour l'avenir à l'employée. Son départ en voyage étant prévu pour le samedi 18 février 2006, l'employée a alors demandé ce jour de congé supplémentaire, qui a été accordé par B._. Dans ce contexte, par un courrier du 17 mars 2006, le responsable administratif du "service clients" et le directeur du personnel ont confirmé à l'employée un nouvel entretien du 16 février 2006, lors duquel son insubordination dans le cadre de l'organisation de son service avait été évoquée; ce courrier faisait également allusion au congé supplémentaire demandé pour le samedi 18 février 2006 et mentionnait qu'aucun changement de planning sans l'accord préalable de B._ ne serait désormais toléré. Par réponse du 28 août 2006, l'employée a rappelé que ce jour de congé supplémentaire avait été formellement accepté par sa supérieure hiérarchique.
De mars à septembre 2006, l'employée a été en arrêt de travail pour cause de maladie. Dès son retour, de nouvelles tensions sont apparues avec B._, en relation avec les plannings des vacances et des jours de congé. Dans ce cadre, lors d'une discussion houleuse le 11 janvier 2007 au sujet des futures vacances annuelles de l'employée, B._ a, selon les témoins présents, pris la tête de l'employée dans ses mains, lui a demandé de la regarder dans les yeux et lui a dit une phrase telle que: "arrêtez X._de croire que je vous veux toujours du mal" ou que "est-ce que j'ai l'air de quelqu'un qui vous veut du mal?". Le même jour, l'employée a demandé un entretien au directeur général de l'employeuse, qui l'a immédiatement reçue dans le cadre de la procédure prévue par l'entreprise en cas d'actes de harcèlement psychologique ou sexuel de ses employés. A l'occasion de cette entrevue, à laquelle le directeur du personnel de l'employeuse a partiellement assisté à la fin, l'employée a décrit ce qu'elle considérait comme une agression à son encontre par B._, et le directeur général de l'employeuse a alors évoqué une confrontation entre les deux intéressées, qui n'a finalement pas eu lieu. Toutefois, lorsque B._ a appris cette démarche de l'employée, elle a refusé de continuer à travailler à ses côtés. Quant au directeur du personnel de l'employeuse, il a interrogé d'autres collaborateurs du "service clients", dont l'un a confirmé le geste et les paroles de B._, mais non pas leur caractère agressif tel que décrit par l'employée, alors qu'un autre collaborateur a déclaré n'avoir pas assisté à cet incident.
Lors d'un entretien du 17 janvier 2007 avec le directeur du personnel et B._, l'employée a été licenciée oralement pour le 30 avril 2007 et libérée immédiatement de son obligation de travailler. Ce congé a été confirmé par courrier du même jour des deux responsables susmentionnés, indiquant que "nous avons été contraints de prendre cette décision en raison du climat de méfiance que vous faites régner au sein de l'équipe par vos allégations vis-à-vis de votre responsable et qui se sont avérées fausses après témoignage de trois collaborateurs. Par ailleurs, votre manque d'adaptation et de collaboration ainsi que votre mauvais état d'esprit n'ont fait que conforter notre décision".
Par lettre du 19 janvier 2007, l'employée s'est opposée à son congé, considéré comme abusif car faisant suite abruptement à son signalement auprès de la direction de son employeuse des discriminations dont elle estimait faire l'objet de la part de sa supérieure hiérarchique, et elle a demandé une reconsidération de son licenciement, un autre poste de travail sans contact direct avec B._ pouvant lui être confié. Ce courrier semble être resté sans suite de la part de l'employeuse.
Dès le 23 mars 2007, l'employée s'est trouvée en incapacité de travail pour cause de maladie pour une durée indéterminée, et l'échéance de son délai de congé a finalement été reportée à fin octobre 2007.
Par courrier du 13 avril 2007, l'employée a confirmé son opposition au congé, étant précisé qu'il ressort d'un rapport médical ultérieur du 21 mai 2007 qu'elle souffrait d'un état dépressif réactionnel dont l'évolution dépendait de l'issue de ce conflit professionnel.
B. Le 3 août 2007, l'employée a assigné son employeuse devant la juridiction des prud'hommes du canton de Genève en paiement de 43'400 fr. avec intérêts à 5 % dès le 17 janvier 2007, correspondant à 23'400 fr. nets à titre d'indemnité pour licenciement abusif et 20'000 fr. nets pour tort moral. Elle a également réclamé un certificat de travail "complet et élogieux" et un nouveau courrier de licenciement d'une teneur non préjudiciable à ses intérêts.
Par jugement du 2 mai 2008, le Tribunal des prud'hommes du canton de Genève a condamné l'employeuse à payer à l'employée 7'800 fr. bruts avec intérêts à 5 % dès le 17 janvier 2007 à titre d'indemnité pour licenciement abusif et à lui délivrer un certificat de travail corrigé ainsi qu'une lettre de résiliation de son contrat de travail ayant une teneur neutre, l'employée étant pour le surplus déboutée de ses conclusions en indemnité pour tort moral.
Par arrêt du 16 février 2009, la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève a rejeté l'appel de l'employée, qui avait conclu à l'allocation de 24'000 fr. à titre d'indemnité pour licenciement abusif et de 20'000 fr. d'indemnité pour tort moral, le tout avec intérêts à 5 % dès le 17 janvier 2007.
C. L'employée (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt du 16 février 2009, à la condamnation de l'employeuse à lui verser 23'400 fr. bruts à titre d'indemnité pour licenciement abusif et 20'000 fr. nets à titre d'indemnité pour tort moral, le tout avec intérêts à 5 % dès le 17 janvier 2007, et à la confirmation de l'arrêt attaqué en tant qu'il condamne son adverse partie à lui remettre un certificat de travail ainsi qu'une lettre de résiliation conforme aux prescriptions du considérant 4 du jugement, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité cantonale inférieure pour nouvelle décision, avec suite de frais et dépens.
L'employeuse (l'intimée) propose le rejet du recours, sous suite de dépens.

Considérant en droit:
1. Interjeté par la recourante qui a partiellement succombé dans ses conclusions condamnatoires (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. applicable en matière de droit du travail (<ref-law>), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (art. 45 al. 1 ainsi qu'<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). La partie recourante qui entend contester les constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'exception prévue par l'<ref-law> sont réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 466 s.). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
3. En l'occurrence, la cour cantonale a admis l'existence d'un congé abusif. Elle a considéré que le licenciement de la recourante avait fait directement suite, au vu de la teneur de la lettre de congé du 17 janvier 2007, aux événements du 11 janvier 2007 l'ayant conduite à se plaindre, le même jour, auprès du directeur général de l'intimée, de harcèlement psychologique de la part de sa supérieure hiérarchique. Vu sous cet angle, le congé pouvait dès lors être qualifié d'abusif ou de congé-représailles, quand bien même, antérieurement à ces événements, le comportement intransigeant de la recourante au sujet de son organisation personnelle au sein de son service ne paraissait pas sans reproches, cela depuis un certain temps et à un point tel qu'une enquête du responsable du personnel de l'intimée était en cours - mais non achevée - à son sujet. En effet, le motif de ce congé n'était pas digne de protection, car il apparaissait très vraisemblable que la plainte de la recourante avait été déterminante dans la décision de la licencier, alors qu'elle visait une atteinte à sa personnalité au sens de l'<ref-law> par le biais du geste physique sur sa personne de sa supérieure hiérarchique, dont on pouvait objectivement admettre que la recourante avait pu le ressentir de bonne foi comme intrusif et contraignant dans le cadre d'une relation conflictuelle avérée, quand bien même n'était ni avéré ni déterminant le fait que B._ avait pu avoir la volonté, par son geste, de porter une telle atteinte à la personnalité de la recourante. Ainsi, si cette plainte de la recourante n'avait pas été seule à l'origine de la résiliation litigieuse dans le contexte conflictuel avec sa supérieure hiérarchique, il apparaissait toutefois que cette plainte en avait constitué le motif déterminant, soit celui qui, en dernier lieu, avait provoqué la décision de congé, en violation de l'art. 336 al. 1 let. d CO visant le congé-représailles.
4. La recourante s'en prend au montant que la cour cantonale lui a alloué à titre d'indemnité pour licenciement abusif.
4.1 En l'espèce, la cour cantonale a relevé la teneur des témoignages recueillis en première instance, notamment ceux du responsable administratif du "service clients" et du directeur du personnel de l'intimée, dont il ressortait que la recourante faisait preuve depuis un certain temps déjà, au moment de son congé, d'un manque d'adaptation et de collaboration au sein de son service, notamment en relation avec ses plannings de congés hebdomadaires, particulièrement du samedi, ainsi que de vacances, de même que d'un mauvais état d'esprit général à l'égard de sa supérieure hiérarchique.
Ces faits avaient d'ailleurs été signalés à la direction de l'intimée, qui avait chargé le directeur de son personnel de faire une enquête à leur sujet, laquelle étant encore en cours au moment des événements du 11 janvier 2007 et ces circonstances n'ayant pas été étrangères à la décision de licencier la recourante prise le 17 janvier 2007.
C'était en tenant compte de ce qui précédait, mais aussi de la part évidente de responsabilité de la recourante dans sa relation conflictuelle avec sa supérieure hiérarchique ayant abouti au geste litigieux et de la vraisemblable absence d'intention de cette dernière de porter atteinte à la personnalité de l'employée, circonstances mises en balance avec les près de huit ans de rapports de travail entre les parties, la survenance du congé litigieux au cours d'une période de protection des employés de l'intimée contre le harcèlement sur leur lieu de travail, l'absence de confrontation préalable entre les deux intéressées en litige, le caractère abrupt du congé, intervenu sans avertissement formel, ni tentative de résolution du conflit, notamment en déplaçant la recourante dans un autre service, enfin les suites immédiates de ce congé, la recourante ayant été obligée de quitter immédiatement son poste de travail et de sortir accompagnée du magasin, que le montant de l'indemnité pouvait être fixée en équité à 7'800 francs.
4.2 Dans ce contexte, la recourante soulève d'une part le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits, d'autre part celui de violation du droit fédéral, plus particulièrement des <ref-law> et 4 CC.
4.3 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat, ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 265 s.).
Dans la mesure où l'arbitraire est invoqué en relation avec l'établissement des faits, il convient de rappeler que le juge dispose d'un large pouvoir lorsqu'il apprécie les preuves (<ref-ruling> consid. 4b). La partie recourante doit ainsi expliquer dans quelle mesure le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation et, plus particulièrement, montrer qu'il a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, qu'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore que, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1).
4.4 En l'occurrence, la recourante estime qu'il serait arbitraire d'affirmer qu'elle détenait une "part de responsabilité évidente (...) dans sa relation conflictuelle avec sa supérieure hiérarchique". En bref, elle se limite à soutenir que la cour cantonale aurait ignoré l'origine du problème relatif à la prise des vacances et jours de congé hebdomadaire, qui aurait été invoqué, respectivement utilisé, par la seule B._ - dont l'animosité à son égard ne ferait aucun doute - dans le but de l'évincer. De la sorte, elle ne fait toutefois que tenter d'opposer sa propre vision des choses à celle des juges cantonaux, sans démontrer en quoi ceux-ci auraient commis arbitraire en se forgeant, à l'issue de l'appréciation des preuves, singulièrement des témoignages, une opinion de la situation telle que celle qu'ils ont retenue. Dans cette mesure, son procédé n'est pas recevable.
La recourante soutient qu'il serait également arbitraire de retenir que sa supérieure hiérarchique aurait agi "vraisemblablement sans intention de porter atteinte à la personnalité de la recourante". Sur ce point, elle relève que l'épisode du 11 janvier 2007 ne serait pas isolé, et invoque la "colère disproportionnée" de sa supérieure hiérarchique le samedi 2 juillet 2005 à l'annonce de son retard dû à une inondation à son domicile, ainsi que la discussion du mois de septembre 2006 au sujet d'un solde de vacances à récupérer, au cours de laquelle B._ aurait posé sa main sur le front de la recourante en lui disant "tu es folle, avec toi c'est toujours moi je, moi je...", autant d'éléments qui établiraient le "caractère hostile et malveillant" de la supérieure hiérarchique. Que la recourante relève quelques éléments - dont le dernier ne ressort au demeurant pas de l'état de fait déterminant - qu'elle estime utiles à sa thèse ne suffit derechef pas à démontrer en quoi la cour cantonale aurait fait montre d'arbitraire dans l'appréciation des preuves et l'établissement des faits. L'argumentation de la recourante est ainsi également irrecevable sur ce point.
4.5 Aux termes de l'art. 336a al. 1 et 2 CO, la partie qui résilie abusivement le contrat de travail doit verser à l'autre partie une indemnité s'élevant à six mois de salaire au maximum; dans cette limite, l'indemnité est fixée par le juge, qui tiendra compte de toutes les circonstances.
Dans l'exercice de son pouvoir d'appréciation, le juge applique les règles du droit et de l'équité (<ref-law>). Il doit notamment tenir compte de la gravité de la faute de l'employeur, d'une éventuelle faute concomitante du travailleur, de la manière dont la résiliation s'est déroulée, de la gravité de l'atteinte à la personnalité du travailleur licencié, de la durée des rapports de travail, de leur étroitesse, des effets économiques du licenciement, de l'âge du travailleur, d'éventuelles difficultés de réinsertion dans la vie économique et de la situation économique des parties (<ref-ruling> consid. 6a p. 255).
Le montant de l'indemnité est fixé librement par le juge; le pouvoir d'appréciation qui est reconnu de la sorte à l'autorité cantonale conduit le Tribunal fédéral à ne pas substituer sa propre appréciation à celle de l'instance inférieure. Il intervient lorsque la décision s'écarte sans raison des règles établies par la doctrine et la jurisprudence en matière de libre appréciation, ou lorsqu'elle s'appuie sur des faits qui, dans le cas particulier, ne devaient jouer aucun rôle, ou encore lorsqu'elle ignore des éléments qui auraient absolument dû être pris en considération; en outre, le Tribunal fédéral sanctionne les décisions rendues en vertu d'un pouvoir d'appréciation lorsqu'elles aboutissent à un résultat manifestement injuste ou à une iniquité choquante (<ref-ruling> consid. 3c p. 68 s.; cf. également <ref-ruling> consid. 5.4 p. 211; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 32, 213 consid. 3.1 p. 220).
4.6 Dans le cas particulier, les éléments sur lesquels les juges cantonaux se sont fondés pour arrêter le montant de l'indemnité sont pertinents au sens de la jurisprudence susmentionnée et la conclusion qu'ils en ont tirée, soit la fixation d'une indemnité d'un montant correspondant à deux mois de salaire, ne procède pas d'un abus du pouvoir d'appréciation. Le moyen ne résiste ainsi pas à l'examen.
5. La recourante reproche en outre à la cour cantonale d'avoir violé les art. 328 et 49 CO en considérant qu'elle n'avait pas rendu vraisemblable avoir été victime d'un harcèlement psychologique de la part de sa supérieure hiérarchique. Il n'y a toutefois pas lieu d'examiner plus avant le détail de son argumentaton. En effet, l'indemnité de l'<ref-law> couvre en principe tout le tort moral subi par le travailleur licencié et le Tribunal fédéral n'admet l'application cumulative de l'<ref-law> que dans des situations exceptionnelles, lorsque l'atteinte portée aux droits de la personnalité du travailleur est grave au point qu'une indemnité correspondant à six mois de salaire ne suffit pas à la réparer (arrêt 4A_590/2008 du 22 avril 2009, destiné à la publication aux ATF, consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 9c non publié; arrêt 4C.310/1998 du 8 janvier 1999 publié in SJ 1999 I p. 277 consid. 4a p. 282 s.). Dès lors qu'il a en l'occurrence été considéré qu'une indemnité d'un montant correspondant à deux mois de salaire était adéquate et suffisait à couvrir le tort moral subi par la recourante, la question de l'allocation d'une indemnité supplémentaire fondée sur les art. 328 et 49 CO n'entre logiquement pas en considération. Cela scelle le sort du grief.
6. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
7. Comme la valeur litigieuse, calculée selon les prétentions à l'ouverture de l'action (<ref-ruling> consid. 5b p. 41), dépasse le seuil de 30'000 fr., le montant de l'émolument judiciaire est fixé selon le tarif ordinaire (<ref-law>) et non réduit (art. 65 al. 4 let. c LTF). Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimé sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimée à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour d'appel de la juridiction des prud'hommes du canton de Genève.
Lausanne, le 25 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz