A.- Der 1948 geborene T._ war ab 28. Juli 1994 für die Firma X._ AG als Geschäftsführer der einen Nachtclub sowie ein Bistro betreibenden Restaurationsbetriebe Y._ beschäftigt. Ende Januar 1995 wurde das Arbeitsverhältnis mit sofortiger Wirkung aufgelöst, wobei in einer Aufhebungsvereinbarung vom 3. Februar 1995 zu Gunsten des Arbeitnehmers ein 'Abgeltungsbetrag' von brutto Fr. 30'000.- resp. - nach Abzug der Beiträge an die Alters- und Hinterlassenen-, die Invaliden- sowie die Arbeitslosenversicherung - netto Fr. 29'591. 50 zugesichert wurde.
Ab 13. Februar 1995 unterzog sich T._ der Stempelkontrolle und beanspruchte Taggelder der Arbeitslosenversicherung.
Im Hinblick auf die ihr erst auf Grund einer Arbeitgeberbescheinigung vom 1. März 1995 bekannt gewordene Aufhebungsvereinbarung vom 3. Februar 1995 forderte die Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 21. September 1995 die für die Monate Februar bis und mit April 1995 ausgerichteten Taggelder in Höhe von - nach erfolgter Verrechnung mit noch ausstehenden Leistungen - Fr. 9125. 35 als unrechtmässig bezogen zurück. Ein am 4. Mai 1996 gestelltes Gesuch um Erlass der Rückerstattungsschuld lehnte das damalige Amt für Industrie, Gewerbe und Arbeit des Kantons Zürich (heute: Amt für Wirtschaft und Arbeit [AWA]) mit Verfügung vom 29. Oktober 1997 mangels Gutgläubigkeit beim Leistungsbezug ab.
B.- Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. Januar 2000 ab.
C.- Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt T._ erneut den Erlass der - nunmehr zufolge weiterer Verrechnungen mit Leistungen der Arbeitslosenversicherung auf Fr. 6083. 55 reduzierten - Rückerstattungsschuld beantragen.
Zudem ersucht er um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.
Das AWA sowie das Staatssekretariat für Wirtschaft verzichten auf eine Stellungnahme.

Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Nach ständiger Rechtsprechung betreffen Streitigkeiten über den Erlass einer Rückerstattungsschuld nicht die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen (<ref-ruling> Erw. 2 mit Hinweis). Das Eidgenössische Versicherungsgericht hat deshalb nur zu prüfen, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 in Verbindung mit Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- a) Nach Art. 95 AVIG muss die Kasse Leistungen der Versicherung, auf die der Empfänger keinen Anspruch hatte, zurückfordern (Abs. 1 Satz 1). War der Leistungsempfänger beim Bezug gutgläubig und würde die Rückerstattung eine grosse Härte bedeuten, so wird sie auf Gesuch hin ganz oder teilweise erlassen (Abs. 2 Satz 1).
b) Nach der Rechtsprechung sind die zu den Erlassvoraussetzungen gemäss Art. 47 Abs. 1 AHVG entwickelten Regeln auf das Erlassverfahren nach Art. 95 Abs. 2 AVIG analog anwendbar (<ref-ruling> Erw. 1b). Danach liegt guter Glaube nicht schon bei Unkenntnis des Rechtsmangels vor.
Vielmehr dürfen sich Leistungsempfänger nicht nur keiner böswilligen Absicht, sondern auch keiner groben Nachlässigkeit schuldig gemacht haben. Der gute Glaube entfällt zum Vornherein, wenn die zu Unrecht erfolgte Leistungsausrichtung auf eine arglistige oder grobfahrlässige Verletzung der Melde- oder Auskunftspflicht (Art. 96 AVIG) zurückzuführen ist. Andererseits kann sich die rückerstattungspflichtige Person auf den guten Glauben berufen, wenn ihr fehlerhaftes Verhalten nur eine leichte Fahrlässigkeit darstellt (<ref-ruling> Erw. 2c, 110 V 180 Erw. 3c; ARV 1998 Nr. 14 S. 73 Erw. 4a, 1992 Nr. 7 S. 103 Erw. 2b).
c) Praxisgemäss ist zu unterscheiden zwischen dem guten Glauben als fehlendem Unrechtsbewusstsein und der Frage, ob sich jemand unter den gegebenen Umständen auf den guten Glauben berufen kann oder ob er bei zumutbarer Aufmerksamkeit den bestehenden Rechtsmangel hätte erkennen müssen. Die Frage nach dem Unrechtsbewusstsein gehört zum innern Tatbestand und ist daher eine Tatfrage, die nach Massgabe von Art. 105 Abs. 2 OG von der Vorinstanz verbindlich beantwortet wird. Demgegenüber gilt die Frage nach der gebotenen Aufmerksamkeit als frei überprüfbare Rechtsfrage, soweit es darum geht, festzustellen, ob sich jemand angesichts der jeweiligen tatsächlichen Verhältnisse auf den guten Glauben berufen kann (<ref-ruling> Erw. 3 mit Hinweisen).
3.- a) Das kantonale Gericht hat die Frage nach einem allfälligen Unrechtsbewusstsein des Beschwerdeführers anlässlich des Bezugs der nunmehr zurückgeforderten Taggelder nicht eindeutig beantwortet. Die Aussage im angefochtenen Entscheid vom 20. Januar 2000, wonach davon ausgegangen werden müsse, dass "kein gänzliches Unrechtbewusstsein darüber bestand, dass der gleichzeitige Bezug von Arbeitslosenentschädigung und der erheblichen 'Pauschalabgeltung' möglich war", lässt nicht ohne weiteres erkennen, ob damit überhaupt und gegebenenfalls in welchem Sinne eine Feststellung tatsächlicher Art, welche für das Eidgenössische Versicherungsgericht grundsätzlich verbindlich wäre (vgl.
Erw. 2c), getroffen werden sollte. Daran würde auch nichts ändern, wenn im erwähnten Satz - wie dies in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde im Sinne einer Berichtigung angeregt wird - das Verb 'bestand' durch 'fehlte' ersetzt würde.
Beide Formulierungen liefen letztlich darauf hinaus, dass sich der Beschwerdeführer der Unrechtmässigkeit des Taggeldbezugs nach Ansicht der Vorinstanz eben doch bewusst gewesen sein soll, womit seiner Verwaltungsgerichtsbeschwerde wegen der bei Sachverhaltsfragen stark limitierten Überprüfungsbefugnis des Eidgenössischen Versicherungsgerichts zum Vornherein kaum Erfolg beschieden sein könnte.
b) Denkbar - und auf Grund des Kontextes sogar nahe liegend - ist allerdings auch, dass die Vorinstanz trotz des in der fraglichen Passage verwendeten Begriffs 'Unrechtsbewusstsein' gar nicht ein inneres Tatbestandsmerkmal erfassen, sondern lediglich die auch vom Eidgenössischen Versicherungsgericht frei überprüfbare Rechtsfrage, ob sich der Beschwerdeführer - die gebotene Aufmerksamkeit vorausgesetzt - angesichts der konkreten Umstände auf den guten Glauben berufen kann (Erw. 2c in fine), beantworten wollte.
Lässt sich die Verneinung der Erlassvoraussetzung der Gutgläubigkeit beim Leistungsbezug in diesem Sinne bestätigen - was nachfolgend zu prüfen sein wird -, kann die wirkliche Bedeutung der im kantonalen Entscheid nicht ohne weiteres verständlich ausgefallenen Formulierung dahingestellt bleiben.
4.- a) Nachdem der heutige Beschwerdeführer ab 28. Juli 1994 für die Firma X._ AG als Geschäftsführer tätig gewesen und es Ende Januar 1995 zur sofortigen Auflösung des Arbeitsverhältnisses gekommen war, einigten sich die Vertragsparteien am 3. Februar 1995 unter anderm auf eine Pauschalabfindung in Höhe von Fr. 30'000.-. Dass dieser Zahlung grundsätzlich Lohncharakter zukommen sollte, ergibt sich schon daraus, dass in der schriftlichen Vereinbarung ausdrücklich ein Abzug von Sozialversicherungsbeiträgen vorgesehen war.
Es stellt sich damit die Frage, ob sich der Beschwerdeführer eine zumindest grobfahrlässige Melde- oder Auskunftspflichtverletzung hat zu Schulden kommen lassen, indem er ab 13. Februar 1995 die Stempelkontrolle aufsuchte und Taggelder der Arbeitslosenversicherung beanspruchte, ohne die Verwaltung über die anlässlich der Auflösung des früheren Arbeitsverhältnisses vereinbarte Abfindung in Kenntnis zu setzen.
b) Entgegen der Argumentation des kantonalen Gerichts kann daraus, dass der Beschwerdeführer von einer Anfechtung der Rückerstattungsverfügung vom 21. September 1995 absah, noch nicht auf fehlende Gutgläubigkeit im für die Erlassfrage massgebenden Zeitraum des Leistungsbezugs geschlossen werden. Wenn der Beschwerdeführer angesichts dieser Verfügung zur Einsicht gelangt sein sollte, die geltend gemachte Rückforderung sei gerechtfertigt, und deshalb auf eine Beschwerdeerhebung verzichtete, heisst dies noch nicht, dass er schon während des Taggeldbezugs nicht gutgläubig gewesen sein konnte.
Nicht zu überzeugen vermag andererseits der Einwand des Beschwerdeführers, er habe der Pauschalabfindung nicht die Bedeutung einer Lohnzahlung für die der Auflösung des Arbeitsverhältnisses folgenden drei Monate bis April 1995 beigemessen; es fänden sich denn auch keine Belege dafür, dass tatsächlich eine Kündigungsfrist von drei Monaten gegolten hätte. Letztere Behauptung ist klar aktenwidrig, sind im vorinstanzlichen Verfahren doch zwei Verträge beigebracht worden, welche ausdrücklich eine dreimonatige Kündigungsfrist statuieren. Aber auch bezüglich des Charakters der erhaltenen Pauschalabfindung als - zumindest teilweise - Ersatz für zufolge vorzeitiger Beendigung des Arbeitsverhältnisses entgangenen Lohn konnten kaum Missverständnisse aufkommen. Wofür der Beschwerdeführer sonst mit einem immerhin annähernd vier Monatslöhne ausmachenden Betrag hätte entschädigt werden sollen, ist nicht ersichtlich, und die diesbezüglichen Erklärungsversuche in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde sind durch nichts belegt. Dem - wie die Vorinstanz zutreffend festgehalten hat - in geschäftlichen Belangen nicht unerfahrenen und im Übrigen an seiner früheren Stelle sogar selbst mit Personalfragen betrauten Beschwerdeführer hätte angesichts der Höhe dieser Abgeltung ohne weiteres bewusst werden müssen, dass diese Zahlung auch für seinen Anspruch auf Arbeitslosenentschädigung von Bedeutung sein könnte. Weil er dennoch nichts unternommen hat, um die Arbeitslosenkasse in die Lage zu versetzen, seine Bezugsberechtigung in Kenntnis aller wesentlichen Fakten zu prüfen, kann ihm der Vorwurf einer grobfahrlässigen Meldepflichtverletzung nicht erspart bleiben (vgl.
Art. 96 Abs. 1 und 2 AVIG). Nachdem er die erhaltene Abfindung schon in seinem Antrag auf Arbeitslosenentschädigung unerwähnt liess, ist insbesondere nicht verständlich, dass er auch die in den monatlich ausgefüllten Kontrollausweisen ausdrücklich gestellte Frage nach einem allfällig erzielten Verdienst von Anfang an jeweils vorbehaltlos verneinte.
Dass die Kasse auf Grund der von ihr selbst eingeholten Arbeitgeberbescheinigung im März 1995 von dieser Abfindung dennoch Kenntnis erhalten hat, ändert an dieser Beurteilung des Verhaltens des Beschwerdeführers nichts. Abgesehen davon, dass unklar ist, in welchem Zeitpunkt dieser den Inhalt der Arbeitgeberauskunft erfahren hat, hätte er in den Monaten März und auch noch April 1995 ohnehin nicht mit einer sofortigen Reaktion seitens der Kasse rechnen dürfen und sich deshalb bei der von ihm zu erwartenden Aufmerksamkeit stets vor Augen halten müssen, dass die ausgerichteten Taggelder unter Umständen nicht seiner tatsächlichen Leistungsberechtigung entsprechen. Mit dem - wie erwähnt bereits als grobfahrlässige Meldepflichtverletzung zu qualifizierenden - Verschweigen der am 3. Februar 1995 getroffenen Aufhebungsvereinbarung mit Pauschalabfindung nahm er demgegenüber die Möglichkeit einer künftigen Rückforderung leichtfertig in Kauf, womit sich die Annahme eines gutgläubigen Leistungsbezugs verbietet.
5.- Das Verfahren ist kostenpflichtig, weil nicht die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen streitig war (Umkehrschluss aus Art. 134 OG; Erw. 1). Die Gerichtskosten wären vom unterliegenden Beschwerdeführer zu tragen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 135 OG).
Diesem kann jedoch die beantragte unentgeltliche Prozessführung und Verbeiständung gewährt werden (Art. 152 in Verbindung mit Art. 135 OG), da die Bedürftigkeit aktenkundig ist, die Beschwerde nicht als aussichtslos zu bezeichnen und die Vertretung geboten war (<ref-ruling> Erw. 4a und 372 Erw. 5b, je mit Hinweisen). Es wird indessen ausdrücklich auf Art. 152 Abs. 3 OG aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu im Stande ist.

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Die Gerichtskosten von Fr. 900.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung werden sie einstweilen auf die Gerichtskasse
genommen.
III. Zufolge Gewährung der unentgeltlichen Verbeiständung wird Rechtsanwalt Marc Spescha, Zürich, für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht
aus der Gerichtskasse eine Entschädigung (einschliesslich
Mehrwertsteuer) von Fr. 2000.- ausgerichtet.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Arbeitslosenkasse des Kantons Zürich und dem Staatssekretariat für Wirtschaft
zugestellt.
Luzern, 3. April 2002
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der II. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: