Sachverhalt:
A. Die 1956 geborene F._ ist seit August 2001 bei der Firma M._ zu einem Pensum von 70 % angestellt und in dieser Eigenschaft bei der Allianz Suisse Versicherungen (nachfolgend: Allianz) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Daneben war sie in einem 30 % Pensum als Buchhalterin selbstständig erwerbstätig. Am 8. Februar 2003 stürzte sie anlässlich eines Betriebsausflugs von einem Velogemmel (veloähnlicher Holzschlitten). In der Folge setzte sie teilweise mit der Arbeit aus. Die Allianz erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 3. Mai 2006, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 12. Februar 2007, stellte die Allianz ihre Leistungen per 8. Februar 2004 ein und lehnte die Übernahme der Kosten des Gutachtens des Prof. Dr. med. S._, Facharzt für Physikalische Medizin und Rehabilitation, vom 30. Januar 2006 ab.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 13. August 2007 (versandt am 30. September 2008) ab.
C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben, ihr die gesetzlichen Leistungen der Unfallversicherung zuzusprechen sowie die Kosten des Gutachtens des Prof. Dr. med. S._ zu erstatten. Die Allianz lässt unter Kosten- und Entschädigungsfolge auf Abweisung der Beschwerde schliessen. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hat die Bestimmungen und Grundsätze über die Leistungsvoraussetzungen des natürlichen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) und des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweis) sowie die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis) zutreffend dargelegt. Dasselbe gilt für die Ablehnungsgründe eines medizinischen Experten (<ref-law>; <ref-ruling> E. 7.1 S. 109 mit Hinweisen) und die Übernahme von Kosten eines von der versicherten Person in Auftrag gegebenen Gutachtens (RKUV 2004 Nr. U 503 S. 186 [U 282/00]). Darauf wird verwiesen.
2. Soweit die Versicherte rügt, die Allianz habe ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, indem sie ihren Entscheid nicht auch ihrer Vorsorgeeinrichtung zugestellt habe, kann ihr nicht gefolgt werden. Denn die Allianz verneinte den Leistungsanspruch mangels eines adäquaten Kausalzusammenhangs, welcher jedoch bei der Ermittlung des Invaliditätsgrades im Rahmen der beruflichen Vorsorge ohne Bedeutung ist und die Vorsorgeeinrichtung folglich nicht an den Entscheid der Allianz gebunden wäre (vgl. zur Invalidenversicherung <ref-ruling>).
3. 3.1 Dr. med. G._, Facharzt für Innere Medizin, diagnostizierte am 14. Februar 2003 eine Rückenkontusion und attestierte volle Arbeitsunfähigkeit bis Ende der Woche. Der Behandlungsabschluss erfolge voraussichtlich in zwei Wochen. Am 3. Juli 2003 hielt er eine Rückenkontusion mit Distorsion der HWS fest. Es sei eine Verschlechterung der Beschwerden (Konzentrationsstörungen, Kopfschmerzen, Schwindel, Müdigkeit) nach Intensivierung der Arbeit eingetreten. Wegen deutlicher Verbesserung nach kurzer Erholungsphase werde auf eine neurologische Abklärung verzichtet. Die Arbeitsaufnahme sei am 23. Juni 2003 zu 50 % erfolgt.
3.2 Dr. med. W._, Facharzt für Neurologie, hielt am 26. September 2003 Restbeschwerden/Cervikalsyndrom nach Contusio capitis/HWS-Abknickverletzung am 8. Februar 2003 fest. Es bestehe eine untertrainierte Halsmuskulatur, zum Teil leicht myogelotisch verhärtet, aber keine relevante Beweglichkeitseinschränkung; der Restneurostatus sei detailliert durchgeführt worden und unauffällig. Ein Teil der Beschwerden sei auf Dekonditionierung der Schulter- und Nackenmuskulatur zurückzuführen. Daneben habe eine psychische Traumatisierung stattgefunden, die noch nicht aufgearbeitet sei.
3.3 Dr. med. A._, Facharzt für Allgemeine Medizin, diagnostizierte am 18. Dezember 2003 Restbeschwerden nach Contusio capitis und HWS-Distorsion. Unter der bisherigen Craniosacraltherapie und Magnesiocard sei eine gewisse Verbesserung eingetreten, jedoch nie Beschwerdefreiheit. Die Versicherte stelle zu hohe Ansprüche an sich selbst; sobald sie sich besser fühle, fordere sie sich zu stark, was wiederum zu Abstürzen führe. Er empfehle eine neuropsychologische Untersuchung, da sie über Konzentrationsschwierigkeiten und Störungen des Frischgedächtnisses klage.
3.4 Dr. med. C._, Facharzt für Neurologie, diagnostizierte am 12. Januar 2004 den Status nach Sturz beim Schlittenfahren mit Hinterkopf- und Nackenkontusion und möglicherweise Distorsionstrauma der HWS mit chronischen Nacken- und Spannungskopfschmerzen, posttraumatischer Belastungsstörung und Verdacht auf neuropsychologische Funktionsstörung. Es gebe keine signifikanten degenerativen Veränderungen, keine erkennbare posttraumatische Veränderung, eine leichtgradig eingeschränkte Rotation der HWS beidseits und eine Fehlhaltung mit Überhang der HWS nach rechts, eventuell im Rahmen einer linkskonvexen Skoliose der BWS. Die bildgebenden Untersuchungen zeigten keine wesentliche Einschränkung der Beweglichkeit der HWS.
3.5 Dr. med. U._, Facharzt für orthopädische Chirurgie, hielt am 2. Juni 2004 fest, er könne sich zu den Befunden der "psychischen Traumatisierung", "neurologischen Funktionsstörung" resp. "posttraumatischen Belastungsstörung" nicht äussern. Das chronifizierte Schmerzsyndrom mit Nacken- und Spannungskopfschmerzen sei einer schulmedizinischen Behandlung nicht mehr zugänglich und als eigenes Krankheitsbild, nicht aber als Unfallfolge zu sehen. Die angegebenen Schmerzen beruhten auf subjektiven, nicht messbaren und somit nicht nachweisbaren Symptomen. Es habe eine deutliche Symptomausweitung stattgefunden, was am ehesten auf eine Fehlverarbeitung der Schmerzen und eine inadäquate psychische Reaktion auf ein banales Ereignis zurückzuführen sei. Weitere somatisch orientierte Abklärungen und Behandlungen seien bei einer Chronifizierung grundsätzlich kontraindiziert. Die Versicherte sei durch einen Psychiater zu begutachten. Sie habe mehrere Ärzte konsultiert, die nur subjektive Symptome feststellten und Medikamente verschrieben. Bisher habe aus unerklärlichen Gründen keine Therapie angeschlagen.
3.6 Die Klinik R._, wo die Versicherte vom 27. Juli bis 24. August 2004 stationär behandelt worden war, hielt am 30. September 2004 den Status nach Schlittelunfall mit Contusio capitis und HWS-Distorsion bei persistierendem zervikozephalem Symptomenkomplex, vegetativer Dysregulation und Anpassungsstörung mit depressiven Anteilen fest. Aktuell gebe die Versicherte persistierende Kopf-, Nacken- und Kieferschmerzen, ein Schmerzdreieck im Bereich der Schultern bis zum Übergang der BWS/LWS, Ameisenlaufen in den Händen, phasenweise Sehstörungen, Lärmempfindlichkeit, rezidiv Schwindel und Gleichgewichtsstörungen, trockenen Mund, vermehrtes Schwitzen nachts, vermehrte Müdigkeit mit Durchschlafstörungen und Konzentrationsstörungen an. Sie erhalte Craniosacral- und Physiotherapie sowie Fango. Im Rahmen des Aufenthaltes wurde eine multimodale Therapie durchgeführt. Der neuropsychologische Test ergab keine Minderfunktionen. Der betreuende Psychologe hielt eine Anpassungsstörung (ICD-10: F43.22) fest und empfahl die Weiterführung der Psychotherapie. Die Medikation war um ein Antidepressivum ergänzt worden, was sich positiv auf Schmerz- und Schlafmodalität auswirkte. Beruflich sei von einer Tätigkeit von 50 % auszugehen, die schrittweise um 10 % erhöht werden sollte. Die Schmerzen hätten sich im Rahmen des Aufenthaltes halbiert.
3.7 Am 11. November 2004 meldete Dr. med. A._ die Versicherte bei Dr. med. dent. K._, Kieferorthopäde, wegen einer posttraumatischen rechtsbetonten temporomandibulären Dysfunktion mit Bruxismus an. Am 16. November 2004 berichtete Dr. med. A._, die Versicherte habe sich nach dem stationären Aufenthalt überfordert und dies mit vermehrten Beschwerden gebüsst. Sie habe ihr Arbeitspensum wiederum auf 50 % reduzieren müssen. Mit Bericht vom 19. Mai 2005 teilte er mit, leider sei keine Besserung eingetreten. Sobald sie sich etwas erholen könne, würden die Beschwerden zurückgehen, aber bei zunehmender Belastung rasch wieder auftreten.
3.8 Die Medizinische Begutachtungsstelle X._ hielt am 15. September 2005 gestützt auf ein rheumatologisches und ein psychiatrisches Konsilium eine reversible Funktionsstörung C0 bis C3 rechts, eine anhaltende somatoforme Schmerzstörung (ICD-10: F45.4), vegetative Dystonie, temporomandibuläre Dysfunktion rechts sowie den Status nach Contusio von Kopf- und Halswirbelsäule am 8. Februar 2003 fest. Diese seien ohne Einfluss auf die Arbeitsfähigkeit. Aus rheumatologischer Sicht sei eine Kräftigung der Halsmuskulatur nötig; passive Massnahmen seien nicht nützlich. Aus psychiatrischer Sicht sei eine psychotherapeutische Behandlung sinnvoll. Die noch vorhandenen Befunde stünden nur noch möglicherweise in einem Zusammenhang mit dem Unfall vom 8. Februar 2003. Anfänglich seien die Beschwerden zweifellos auf den Unfall zurückzuführen gewesen. Mit grösserer zeitlicher Distanz seien andere, für die Persistenz der Beschwerden verantwortliche Faktoren in den Vordergrund getreten, etwa die Bereitschaft der Versicherten zur Chronifizierung, wobei diese einerseits in der Persönlichkeit und andererseits in der Biographie zu suchen sei. Es liege eine psychische Fehlverarbeitung des Unfalles vor. Die Faktoren dafür seien unfallfremd. Mangels bleibender Beeinträchtigung sei keine Invalidität und kein Integritätsschaden erkennbar. Der Endzustand sei nicht erreicht, da eine Psychotherapie sinnvoll sei. Am 3. November 2005 nahm die Medizinische Begutachtungsstelle X._ Stellung zu der von der Versicherten gerügten Nichteinholung eines neurologischen und/oder neuropsychologischen Konsiliums sowie zur Frage des natürlichen Kausalzusammenhangs. Ab wann der natürliche Kausalzusammenhang nicht mehr gegeben sei, sei schwierig zu beantworten; ein Jahr nach dem Unfall erscheine aber als grosszügig und angemessen. Auf die Einholung eines neurologischen Konsiliums sei verzichtet worden, da weder Dr. med. W._ noch Dr. med. C._ neurologische Ausfälle feststellten. Auch im Rahmen der Begutachtung habe eine neurologische Untersuchung stattgefunden, die einen negativen Befund ergab. Dasselbe gelte für die neuropsychologische Begutachtung, da die Klinik R._ keine kognitiven Minderfunktionen feststellen konnte und ein neuropsychologischer Test bei Personen mit Medikamenteneinnahme unter Schmerzen nicht zielführend sei. Zum undatierten Bericht der Praxis L._ hielt die Medizinische Begutachtungsstelle X._ am 12. Januar 2006 fest, bei den Verfassern handle es sich nicht um ärztliche Fachpersonen. Zudem würden darin einfach die Schilderungen der Versicherten übernommen und anhand der demonstrierten Bewegungsmöglichkeiten versucht, Gründe für die Beschwerden zu finden.
3.9 Dr. med. M._, Facharzt für Allgemeine und Innere Medizin, der sie am Unfalltag untersucht hatte, berichtete am 26. September 2005, die Versicherte sei benommen, aber nicht bewusstlos gewesen. Er habe eine Beule am Hinterkopf und linksseitige Kopfschmerzen bei unauffälligem neurologischen Befund festgestellt. Sie habe über Schmerzen im Bereich der HWS geklagt. Die Beweglichkeit der HWS sei unauffällig gewesen. Er habe eine Prellung am Hinterkopf und eine HWS-Distorsion leichten Grades diagnostiziert sowie Ruhe und ein Analgetikum verschrieben.
3.10 Prof. Dr. med. S._ diagnostizierte am 30. Januar 2006 im Wesentlichen einen cervicogen rechtsbetonten Dauerkopfschmerz, einen ligamentär betonten Irritationszustand der Weichteilgewebe des Occiputs, des Nackens und des Schultergürtels, eine Engpasssymptomatik der oberen Thoraxapertur rechts mit Betonung C7 (TOS; thoracic outlet Syndrom), mässiggradige, von Ermüdungs- und Schmerzzuständen abhängige neuropsychologische Störungen allgemeiner Art sowie einen ausgesprochenen nächtlichen Bruxismus. Seine Therapievorschläge haben gemeinsam, dass die Versicherte sich unter psychologischer Begleitung einen Tagesablauf mit entspannenden und die Muskulatur aufbauenden, in Eigenverantwortung durchzuführenden Massnahmen schafft. Zudem empfahl er eine weitere medikamentöse und physiotherapeutische Behandlung. Die Kopfschmerzen, der Schmerz im rechten Arm und die weichteilrheumatischen Beschwerden seien organischen Ursprungs und könnten durch spezifische Strukturbelastungen ausgelöst werden. Deshalb müsse die somatoforme Schmerzstörung hinterfragt werden. Es gebe keine Hinweise für eine leichte Hirnläsion oder eine psychosoziale Überlastung. Die Biographie der Versicherten könne die Therapieresistenz nicht erklären. Die psychischen Störungen würden das Krankheitsbild nicht dominieren. Aktuell bestehe eine Arbeitsfähigkeit von maximal 40 %. Der Integritätsschaden betrage 10 bis 20 %.
3.11 Am 18. April 2006 nahm die Medizinische Begutachtungsstelle X._ Stellung zum Gutachten des Prof. Dr. med. S._. Es stellte die Kopfschmerzen nicht in Abrede, war aber der Ansicht, diese seien nicht mehr unfallbedingt. In der Folge setzte sich die Medizinische Begutachtungsstelle X._ mit den Feststellungen des Prof. Dr. med. S._ auseinander, die nach Ansicht der Medizinischen Begutachtungsstelle X._ nicht nachvollziehbar seien und stellte die Diagnose eines TOS in Frage. Insgesamt zähle Prof. Dr. med. S._ zahllose, eigentlich harmlose Befunde auf, die in jeder ärztlichen Sprechstunde häufig auftreten und hier zu übertriebenen Schlussfolgerungen führen würden. Im Wesentlichen handle es sich um eine andere Beurteilung desselben Sachverhaltes.
3.12 Das Institut Y._ diagnostizierte in seinem interdisziplinären Gutachten vom 21. Dezember 2006 chronische posttraumatische Kopfschmerzen, ein chronifiziertes cervicocephales Schmerzsyndrom, ein sekundäres myofasciales Schmerzsyndrom des rechten Schultergürtels, ein thoracovertebrales Schmerzsyndrom, diskrete bis leichte neuropsychologische Störungen und keine psychiatrischen Störungen von Krankheitswert. Es bestehe eine deutliche Schmerzmodulation mit schwankender Schmerzintensität und kein starker, bei somatoformen Schmerzstörungen typischer Dauerschmerz. Für die Chronifizierung sei ungünstig gewesen, dass in den ersten Monaten eine Therapie praktisch gefehlt habe. In der Folge seien die Therapien in ungenügender Intensität und mit zu wenig aktiven Anteilen durchgeführt worden. Es habe ein ungenügendes ärztliches Coaching vorgelegen und die Nachbehandlung nach der stationären Therapie sei nicht optimal verlaufen. Die depressiven Symptome seien behandlungsbedürftig, rechtfertigten aber nicht die Diagnose einer Depression. Hinweise auf eine somatoforme Schmerzstörung hätten sich nicht gefunden. Die geklagten Schmerzen seien überwiegend wahrscheinlich unfallkausal. Im Rahmen der festgestellten Differenzen zum Gutachten der Medizinischen Begutachtungsstelle X._ schloss sich das Institut Y._ in weiten Teilen den Befunden des Prof. Dr. med. S._ an. Auf Grund des guten Ansprechens im Jahr 2004 empfahl das Institut Y._ erneut eine stationäre Rehabilitation mit nachfolgender ambulanter Therapie. Es bestehe eine Arbeitsfähigkeit von 50 % bei einem vollen Pensum im angestammten Beruf und in einer adaptierten wechselbelastenden Tätigkeit eine solche von 75 %.
4. Es kann offen gelassen werden, ob den Aussagen im Gutachten der Medizinischen Begutachtungsstelle X._ oder aber den Schlussfolgerungen im Gutachten des Instituts Y._ zu folgen und ob der natürliche Kausalzusammenhang zu bejahen ist. Denn selbst wenn auf das für die Versicherte vorteilhaftere Gutachten abgestellt wird, ist der adäquate Kausalzusammenhang zu verneinen.
5. 5.1 In <ref-ruling> hat das Bundesgericht die Praxis zur Kausalitätsprüfung bei Unfall mit Schleudertrauma, äquivalenter Verletzung der HWS oder Schädel-Hirntrauma ohne organisch objektiv ausgewiesene Beschwerden (sog. Schleudertrauma-Praxis) in mehrfacher Hinsicht präzisiert. Gemäss diesem Urteil ist am Erfordernis einer besonderen Adäquanzprüfung bei Unfällen mit solchen Verletzungen festzuhalten (E. 7-9 des erwähnten Urteils). Auch besteht keine Veranlassung, die bewährten Grundsätze über die bei dieser Prüfung vorzunehmende Einteilung der Unfälle nach deren Schweregrad und den abhängig von der Unfallschwere gegebenenfalls erforderlichen Einbezug weiterer Kriterien in die Adäquanzbeurteilung zu ändern (E. 10.1). Das Bundesgericht hat aber die Anforderungen an den Nachweis einer natürlich unfallkausalen Verletzung, welche die Anwendung der Schleudertrauma-Praxis rechtfertigt, erhöht (E. 9) und die adäquanzrelevanten Kriterien teilweise modifiziert (E. 10).
5.2 Nach der Praxis ist für die Bejahung der Adäquanz im Einzelfall zu verlangen, dass dem Unfall eine massgebende Bedeutung für die Entstehung der Arbeits- resp. Erwerbsunfähigkeit zukommt. Dies trifft dann zu, wenn er eine gewisse Schwere aufweist oder mit anderen Worten ernsthaft ins Gewicht fällt. Für die Beurteilung dieser Frage ist an das Unfallereignis anzuknüpfen, wobei - ausgehend vom augenfälligen Geschehensablauf - zwischen banalen bzw. leichten Unfällen einerseits, schweren Unfällen andererseits und schliesslich dem dazwischen liegenden mittleren Bereich unterschieden wird. Während der adäquate Kausalzusammenhang in der Regel bei schweren Unfällen ohne Weiteres bejaht und bei leichten Unfällen aus verneint werden kann, lässt sich die Frage der Adäquanz bei Unfällen aus dem mittleren Bereich nicht aufgrund des Unfallgeschehens allein schlüssig beantworten. Es sind weitere, objektiv erfassbare Umstände, welche mit dem Unfall unmittelbar in Zusammenhang stehen oder als direkte bzw. indirekte Folgen davon erscheinen, in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen. Je nachdem, wo im mittleren Bereich der Unfall einzuordnen ist und abhängig davon, ob einzelne Kriterien in besonders ausgeprägter Weise erfüllt sind, genügt zur Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs ein Kriterium oder müssen mehrere herangezogen werden (<ref-ruling> E. 10.1 S. 126 mit Hinweisen).
Im Rahmen der Beurteilung der Adäquanz von Unfällen mit Schleudertraumen der Halswirbelsäule ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle oder ähnlichen Verletzungsmechanismen sowie bei Unfällen mit Schädel-Hirntraumen sind dies folgende Kriterien: besonders dramatische Begleitumstände oder besondere Eindrücklichkeit des Unfalls, Schwere oder besondere Art der erlittenen Verletzungen, fortgesetzte spezifische und belastende ärztliche Behandlung, erhebliche Beschwerden, eine ärztliche Fehlbehandlung, welche die Unfallfolgen erheblich verschlimmert, ein schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen sowie eine erhebliche Arbeitsunfähigkeit trotz nachgewiesener Anstrengungen (<ref-ruling> E. 10.2 und 10.3 S. 127).
5.3 Das Ereignis vom 8. Februar 2003 ist mit der Vorinstanz dem mittleren Bereich an der Grenze zu den leichten Fällen zuzuordnen. Dies wird von der Versicherten denn auch nicht beanstandet. Damit müssen für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs mehrere der Kriterien oder eines in besonders schwerer oder auffälliger Weise gegeben sein.
5.4 Der Unfall hat sich weder unter besonders dramatischen Begleitumständen abgespielt noch war er von besonderer Eindrücklichkeit. Daran ändert auch der Umstand nichts, dass die Versicherte den Unfall als lebensbedrohlich erlebte, da ein objektiver Massstab gilt (RKUV 1999 Nr. U 335 S. 207 E. 3b/cc). Die Versicherte zog sich beim Unfall vom 8. Februar 2003 auch keine schweren Verletzungen oder solche besonderer Art zu. Denn ein Schleudertrauma resp. äquivalente Verletzungsmechanismen und die damit verbundenen Beschwerden vermögen für sich allein dieses Kriterium nicht zu erfüllen (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 mit Hinweisen). Ebenfalls zu verneinen ist das Kriterium der fortgesetzten spezifischen und belastenden ärztlichen Behandlung. Die Versicherte befand sich seit dem Unfall mehr oder weniger in konstanter ärztlicher Behandlung. Die durchgeführten Massnahmen erschöpften sich aber im Wesentlichen in medikamentöser, Craniosacral- und Physiotherapie sowie passiven Methoden wie Fango. Diese stellen keine die Versicherte besonders belastende, spezifische Behandlung dar. Daran ändern auch die zahlreichen spezialärztlichen Untersuchungen nichts. Denn diese dienten vornehmlich der Abklärung. Auch die Berücksichtigung des stationären, vier Wochen dauernden Rehabiliationsaufenthalt führt zu keinem anderen Ergebnis. Das Kriterium der erheblichen Beschwerden ist hingegen gegeben, wenn auch nicht in besonders ausgeprägter Weise. Eine ärztliche Fehlbehandlung ist ebenso wenig ausgewiesen wie ein schwieriger Heilungsverlauf oder erhebliche Komplikationen. Für letzteres Kriterium genügt nicht, dass die geklagten Beschwerden andauern, sondern es werden besondere Gründe verlangt, die hier nicht ersichtlich sind (Urteil 8C_413/2008 vom 5. Januar 2009, E. 6.3.5 mit Hinweisen). Das Merkmal der erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen liegt angesichts der ausgewiesenen andauernden Arbeitsunfähigkeit und der nachweislich - mit wenigen Ausnahmen - nie ausgesetzten Arbeitstätigkeit vor; es ist jedoch nicht in besonders ausgeprägter Weise gegeben. Nach dem Gesagten liegen die massgebenden Kriterien weder gehäuft vor noch ist eines davon in ausgeprägter Weise gegeben. Die Vorinstanz hat damit den adäquaten Kausalzusammenhang im Ergebnis zu Recht verneint.
6. Die Kosten eines von der versicherten Person veranlassten Gutachtens sind vom Versicherungsträger dann zu übernehmen, wenn sich der medizinische Sachverhalt erst auf Grund des neu beigebrachten Untersuchungsergebnisses schlüssig feststellen lässt und dem Unfallversicherer insoweit eine Verletzung der ihm im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes obliegenden Pflicht zur rechtsgenüglichen Sachverhaltsabklärung vorzuwerfen ist (RKUV 2004 Nr. U 503 S. 186 [U 282/00] sowie Urteil 8C_542/2008 vom 20. November 2008, E. 6.1).
Dies ist vorliegend nicht der Fall, so dass dem Antrag der Versicherten, der Allianz die Kosten für das Gutachten des Prof. Dr. med. S._ aufzuerlegen, nicht stattzugeben ist.
7. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Versicherte die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>). Die Allianz hat als mit öffentlich-rechtlichen Aufgaben betraute Organisation keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung, da sie in ihrem amtlichen Wirkungskreis tätig war (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. Juli 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold