Fatti:
A. Con decisione del 7 dicembre 2007, l'Ufficio giuridico della Sezione della circolazione del Cantone Ticino ha riconosciuto A._ colpevole di infrazione alle norme della circolazione stradale e gli ha inflitto una multa di fr. 200.--. Veniva rimproverato per aver autorizzato, il 30 agosto 2007 in territorio di Lugano, un proprio dipendente a eseguire il trasporto professionale di persone con il veicolo targato xxx non immatricolato a tale scopo e, conseguentemente, sprovvisto dell'odocronografo. Il conducente non era inoltre in possesso della richiesta licenza di condurre.
B. Adito dal condannato, il Presidente della Pretura penale ha respinto il ricorso e confermato la risoluzione dell'autorità di prima istanza con decisione del 5 giugno 2009.
C. Avverso quest'ultima decisione, A._ inoltra un ricorso in materia penale al Tribunale federale. Postula l'annullamento della sentenza impugnata e il suo proscioglimento da ogni imputazione.
Il Presidente della Pretura penale e la Sezione della circolazione sono stati invitati a esprimersi sul gravame. Delle osservazioni del primo si dirà nei considerandi. La seconda afferma di non avere particolari osservazioni da presentare, precisando tuttavia di condividere pienamente le conclusioni della decisione contrastata.

Diritto:
1. Il Presidente della Pretura penale ha ritenuto che le corse effettuate con il veicolo targato xxx, intestato a B._SA di cui il ricorrente è presidente e direttore, costituivano dei trasporti professionali di persone e, in quanto tali, erano assoggettati all'ordinanza del 6 maggio 1981 sulla durata del lavoro e del riposo dei conducenti professionali di veicoli leggeri per il trasporto di persone e di automobili pesanti (OLR 2; RS 822.222). Considerato che il trasporto dei clienti dell'albergo era un servizio fornito su richiesta e a pagamento e che era l'oggetto di un tariffario applicato in modo ben visibile sul finestrino del passeggero, per il giudice non si trattava di trasporti professionali di persone per i quali il prezzo del trasporto è incluso in altre prestazioni giusta l'art. 4 cpv. 1 lett. d OLR 2. I trasporti in esame rientravano quindi pienamente nel campo d'applicazione dell'OLR 2, sicché il veicolo utilizzato doveva essere munito di odocronografo (art. 100 cpv. 1 lett. b dell'ordinanza del 19 giugno 1995 concernente le esigenze tecniche per i veicoli stradali - OETV; RS 741.41), doveva essere affidato a un autista in possesso del permesso per il trasporto professionale di persone (art. 25 cpv. 1 dell'ordinanza del 27 ottobre 1976 sull'ammissione alla circolazione di persone e veicoli - OAC; RS 741.51) e nella licenza di circolazione doveva essere iscritto l'utilizzo del veicolo per il trasporto professionale di persone (<ref-law>). Sulla base degli art. 10 cpv. 2, 29, 56, 93 n. 2, 95 n. 1, 103 cpv. 1 e 106 cpv. 1 LCStr, dell'<ref-law>, degli art. 100 cpv. 1 lett. b e 219 cpv. 1 OETV, il Presidente della Pretura penale ha dunque confermato la condanna del ricorrente al pagamento di una multa di fr. 200.--.
2. Il ricorrente contesta l'applicazione dell'OLR 2 alla fattispecie. Sostiene che dallo sporadico trasporto dei clienti di B._SA non risulta alcun profitto né guadagno. A sostegno delle sue affermazioni, si prevale di fatti nuovi e di nuovi mezzi di prova.
2.1 Giusta l'<ref-law>, possono essere addotti nuovi fatti e nuovi mezzi di prova soltanto se ne dà motivo la decisione dell'autorità inferiore. Ciò è in particolare il caso di fatti e prove relativi all'ammissibilità di un ricorso (notificazione della decisione, osservanza dei termini, ...), di fatti e prove volti a sostanziare determinati inattesi vizi di natura formale (violazione del diritto di essere sentito, non corretta composizione del collegio giudicante), e infine di fatti e prove divenuti rilevanti a seguito di una nuova e imprevedibile argomentazione giuridica formulata dall'istanza precedente, ma non di fatti e prove che la parte ricorrente avrebbe potuto e dovuto addurre già dinanzi a tale istanza. Per tentare di dimostrare che l'accertamento dei fatti è manifestamente inesatto o l'apprezzamento delle prove arbitrario, l'insorgente non può in effetti fondarsi su allegazioni che egli stesso ha omesso di far valere in precedenza (sentenza 4A_36/2008 del 18 febbraio 2008, consid. 4.1). Spetta al ricorrente illustrare l'adempimento dei presupposti dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3).
2.2 In concreto, le condizioni per ammettere in questa sede nuovi fatti e nuovi mezzi di prova non sono realizzate, lo stesso ricorrente non pretende il contrario, anzi sorvola completamente sulla questione. I nuovi fatti addotti, infatti, non concernono né l'ammissibilità del ricorso né eventuali inaspettati vizi di natura formale. Inoltre la decisione impugnata non si fonda su un'argomentazione giuridica nuova e imprevedibile. Il ricorrente avrebbe viepiù potuto addurre i fatti volti a sostanziare l'inesistenza di un profitto economico già davanti al giudice cantonale così come produrre i documenti allegati al gravame, in particolare il conto economico per gli anni 2006, 2007 e 2008 (documento n. 4), il documento attestante l'ispezione del veicolo xxx per gli anni 2006, 2007 e 2008 (documento n. 6), il dettaglio costi di C._ (documento n. 7) nonché il conteggio relativo al calcolo del costo orario del conducente (documento n. 8). Ne consegue che il Tribunale federale non può tener conto dei nuovi fatti e dei nuovi mezzi di prova fatti valere nel ricorso.
3. L'OLR 2 si applica, tra gli altri, ai conducenti di autoveicoli leggeri che sono usati per il trasporto professionale di persone (art. 3 cpv. 1 OLR 2). Sono professionali ai sensi dell'OLR 2 le corse effettuate regolarmente da un conducente o con un veicolo allo scopo di conseguire un profitto economico. Le corse sono regolari se effettuate almeno due volte a intervalli di tempo inferiori ai 16 giorni. Il profitto economico è dato qualora sia richiesto un prezzo del trasporto che superi le spese del veicolo nonché il rimborso delle spese del conducente (art. 3 cpv. 1bis OLR 2). Per ammettere il carattere professionale dei trasporti occorre dunque che siano riunite due condizioni cumulative: la regolarità e il profitto economico.
3.1 A ragione il ricorrente non contesta la regolarità delle corse fornite ai clienti dell'albergo. Dagli accertamenti cantonali, qui non criticati, risulta che con il veicolo targato xxx (utilizzato a turno dai tre portieri dell'albergo) sono effettuate, per quanto concerne il solo conducente fermato, due o tre corse al giorno verso la stazione FFS a Lugano, l'aeroporto di Lugano-Agno o altre destinazioni. La prima condizione per l'applicazione dell'OLR 2 è quindi data.
3.2 Per quanto concerne il profitto economico, invece, l'insorgente si duole di arbitrio. Senza approfondire questo aspetto, l'autorità cantonale si sarebbe limitata a dedurre il conseguimento di un guadagno unicamente dall'esistenza di un tariffario applicato nel veicolo, rispettivamente del listino prezzi 2007 dell'albergo.
La censura è pertinente. Il giudice ticinese non si è infatti chinato compiutamente sul secondo presupposto per l'applicazione dell'OLR 2. Sulla base dei fatti accertati dall'autorità cantonale non è possibile dedurre un qualsivoglia profitto economico ai sensi dell'art. 3 cpv. 1bis OLR 2. Il giudice ha certo stabilito che il trasporto dei clienti dell'albergo avveniva a titolo oneroso. Non ha tuttavia esaminato se la tariffa delle corse fosse tale da permettere di conseguire un profitto economico, vale a dire se il prezzo richiesto fosse superiore alle spese del veicolo e al rimborso delle spese del conducente. Nessun accertamento è stato svolto sull'entità di tali spese. L'accertamento dei fatti risulta, di conseguenza, incompleto. La sentenza impugnata difetta dei fatti necessari alla sussunzione giuridica e viola così il diritto federale (<ref-ruling>).
Sebbene l'<ref-law> autorizzi il Tribunale federale a rettificare o completare l'accertamento dei fatti, non gli permette di colmare ogni e qualsiasi lacuna fattuale nel giudizio impugnato. Quale corte suprema (<ref-law>), il compito del Tribunale federale resta limitato alla verifica della corretta applicazione del diritto. Per un'eventuale completazione dei fatti rimangono competenti i tribunali di merito (<ref-ruling> consid. 3.4.2). Nel caso concreto, si impone pertanto di annullare la decisione contrastata e di rinviare l'incarto all'autorità cantonale (<ref-law>) affinché provveda al completamento degli accertamenti di fatto e pronunci un nuovo giudizio.
4. Malgrado il ricorso debba essere accolto per violazione dell'art. 3 cpv. 1bis OLR 2, si giustifica di esaminare l'ulteriore censura di violazione dell'art. 4 cpv. 1 lett. d OLR 2 formulata nell'impugnativa perché non divenuta completamente priva di oggetto. Infatti, qualora l'autorità cantonale, dopo la completazione dei fatti, dovesse concludere all'esistenza di un profitto economico ai sensi dell'art. 3 cpv. 1bis OLR 2 e quindi al carattere professionale dei trasporti di persone, si porrebbe nuovamente la questione già oggi presentata all'attenzione di questo Tribunale.
4.1 L'OLR 2 non è applicabile ai conducenti che eseguono trasporti professionali di persone per i quali il prezzo del trasporto è incluso in altre prestazioni e il tragitto non supera i 50 km (art. 4 cpv. 1 lett. d OLR 2). L'interpretazione e l'applicazione di questa norma devono avvenire in modo restrittivo. Le disposizioni che disciplinano la durata del lavoro e del riposo dei conducenti tendono in primo luogo a garantire la sicurezza della circolazione stradale, evitando l'affaticamento eccessivo dei conducenti. Hanno quale scopo la sicurezza non solo del conducente, ma anche dei suoi passeggeri come pure degli altri utenti della strada (sentenza 2P.83/2005 del 26 gennaio 2006 consid. 6.1, in JdT 2006 I 492). Tenuto conto dello scopo di sicurezza stradale che costituisce l'obiettivo essenziale dell'OLR 2, occorre dare alla nozione di trasporto professionale l'interpretazione più estesa possibile (BUSSY/ RUSCONI, Code suisse de la circulation routière, Commentaire, Losanna, n. 5.2.1 ad <ref-law>). Le eccezioni all'applicazione dell'OLR 2, tra le quali figura anche il caso previsto all'art. 4 cpv. 1 lett. d OLR 2, devono pertanto essere ammesse in maniera restrittiva.
4.2 A fronte della presenza nel veicolo di un preciso tariffario applicato in modo ben visibile sul finestrino del passeggero, della menzione delle trasferte dalla/alla stazione e dall'/all'aeroporto tra i "supplementi a pagamento al giorno" nel listino prezzi dell'albergo nonché dell'indicazione dell'esistenza di un servizio trasferte garantito "su richiesta e a pagamento", il Presidente della Pretura penale ha ritenuto che sussistessero sufficienti indizi per concludere a un trasporto professionale di persone soggetto all'OLR 2. Secondo il giudice poi il fatto che in taluni casi e per determinati clienti la prestazione potesse eventualmente essere offerta e che il prezzo fosse apparentemente indicato nella fattura alberghiera e incassato con la stessa non sovvertiva la sua conclusione. Anche nelle osservazioni al ricorso, il Presidente della Pretura penale ha ribadito tale conclusione, sottolineando come il pagamento del trasporto alla ricezione dell'albergo, invece che all'autista, è lungi dall'implicare che questa prestazione sia compresa nel prezzo forfettario relativo al soggiorno.
4.3 A mente del ricorrente, il trasporto da lui autorizzato rientrava nel quadro di servizi di trasporto inclusi nel contratto in essere con i clienti dell'hotel. Dal momento che le corse vengono saldate dai clienti dell'albergo in occasione del pagamento della fattura relativa al loro soggiorno, il ricorrente pretende che il prezzo del trasporto sia incluso nel prezzo forfettario che B._SA percepisce per il loro soggiorno. I trasporti in questione adempirebbero pertanto gli estremi dell'art. 4 cpv. 1 lett. d OLR 2, ciò che escluderebbe l'applicazione dell'OLR 2 al caso concreto.
La censura non ha pregio. Secondo il chiaro tenore letterale dell'art. 4 cpv. 1 lett. d OLR 2, il prezzo dei trasporti dev'essere incluso in altre prestazioni e non semplicemente incassato con altre prestazioni. Il prezzo del trasporto deve dunque essere già compreso in quello delle altre prestazioni, in altri termini il trasporto di persone non può dar luogo ad alcun supplemento di prezzo. Lo scopo perseguito dall'OLR 2 giustifica questa interpretazione restrittiva della norma in questione. Nella fattispecie l'albergo di cui il ricorrente è presidente e direttore propone, sul suo sito internet, un servizio di trasporto di persone "su richiesta e a pagamento", prestazione indicata anche nel listino prezzi dell'albergo quale supplemento a pagamento. Inoltre, all'interno del veicolo utilizzato è applicato in modo ben visibile sul finestrino del passeggero un dettagliato tariffario delle trasferte proposte. Nelle sue osservazioni al ricorso, il Presidente della Pretura penale rileva giustamente come il fatto che l'incasso del prezzo delle trasferte avvenga alla ricezione dell'albergo concerna esclusivamente le modalità di pagamento (luogo e tempo) e non significhi che il valore della prestazione sia inglobato nel prezzo dell'albergo. Su questo punto non si può non concordare con il giudice ticinese. Se i trasporti facessero davvero parte di un forfait per il soggiorno, come pretende il ricorrente, tale prestazione non dovrebbe dar luogo ad alcun supplemento di prezzo e l'albergo dovrebbe incassare lo stesso importo che il cliente usufruisca o meno del servizio di trasporto proposto. Palesemente in questo caso così non è. In simili circostanze, il prezzo del trasporto non è manifestamente incluso in altre prestazioni ai sensi dell'art. 4 cpv. 1 lett. d OLR 2 sicché non v'è spazio per ammettere un'eccezione all'applicazione dell'OLR 2. Su questo punto l'impugnativa risulta quindi infondata.
5. In conclusione, nella misura in cui è ammissibile, il ricorso va parzialmente accolto. La causa è rinviata all'ultima autorità cantonale affinché completi gli accertamenti di fatto in merito al profitto economico dei trasporti di persone.
Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>). Una parte di queste è pertanto posta a carico del ricorrente che risulta parzialmente soccombente.
Nella misura in cui il gravame è stato ritenuto fondato, il ricorrente ha diritto a un'indennità a titolo di ripetibili, sopportata dal Cantone Ticino (<ref-law>).
La sezione della circolazione non sopporta spese e non ha diritto a indennità (art. 66 cpv. 4 e 68 cpv. 3 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è parzialmente accolto. La decisione emanata dal Presidente della Pretura penale il 5 giugno 2009 è annullata. La causa viene rinviata al Presidente della Pretura penale per nuovo giudizio nel senso dei considerandi.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'500.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Il Cantone Ticino verserà a A._ fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili per la sede federale.
4. Comunicazione alle parti e al Presidente della Pretura penale del Cantone Ticino.