Ausbildungsanlage für Wasserfahrzeuge, Gemeinde Böttstein/AG(Verwaltungsgerichtsbeschwerden gegen die Verfügung des Eidgenössischen Departements für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport vom 31. März 2000), hat sich ergeben:
A.- Die Pontoniere der Schweizer Armee werden vorwiegend in den Genieschulen des Waffenplatzes Brugg ausgebildet.
Die Ausbildung umfasst folgende Stufen: (1) Anlernstufe, (2) Festigungsstufe, (3) Anwendungsstufe. Die Anlernstufe findet in ruhigem, die Festigungsstufe in leicht fliessendem Gewässer statt; die Anwendungsstufe unter realitätsnahen Bedingungen in öffentlichen Gewässern. Da sich die derzeit genutzten Gewässerabschnitte namentlich für die Anlernstufe teilweise nur schlecht eignen, soll künftig ein Grossteil der wasserbezogenen Ausbildung in einer neu zu bauenden Anlage mit einem künstlichen so genannten Lehrbecken durchgeführt werden. Das Bedürfnis für eine solche Anlage ergibt sich insbesondere aufgrund der Einführung der "Schwimmbrücke 95" im August 1996. Um im bestehenden Umfeld die Ausbildung zu ermöglichen, wurde vorerst ein befristeter Vertrag mit den Nordostschweizerischen Kraftwerken (NOK) abgeschlossen. Der Vertrag regelt die Nutzung eines Provisoriums oberhalb des Stauwehrs des Kraftwerks Beznau. Dieses Provisorium genügt jedoch längerfristig für die Ausbildung nicht. Auch aus Gründen der Sicherheit und des Umweltschutzes ist es auf längere Sicht ungeeignet. Die neu zu errichtende Anlage muss insbesondere aus folgenden Teilen bestehen:
Einem Lehrbecken, einer Manövrierfläche für den Brückenbau, einem Abstellplatz für 13 Brückentransport-Sattelschlepper und einem Betriebsgebäude.
1993/94 wurde eine Standortevaluation für die Anlage durchgeführt. Dabei wurden 19 Standorte geprüft. Bei einer Begehung des Standortes Au unmittelbar neben der Aare in der Gemeinde Böttstein/AG bestätigten sich dessen Vorteile.
Es wurde beschlossen, die Eignung des Standortes Au verstärkt abzuklären und erste Projektideen auszuarbeiten.
Die Abklärungen zu den anderen Standorten wurden bis auf weiteres eingestellt. Die Gründe dafür waren:
- kurzer Transportweg von Brugg zum Standort Au;
- die Transportroute liegt überwiegend ausserhalb
geschlossener Ortschaften;
- vielfältige Übungsmöglichkeiten durch Verbindung
zur Aare (ruhiges, leicht und schneller fliessendes
Gewässer);
- die Durchspülung des Beckens mit Flusswasser
gewährleistet eine gute Wasserqualität;
- es sind geringe Terrainveränderungen nötig
(Gelände auf Höhe der Aare);
- gute Möglichkeiten der Einpassung in die Landschaft.
Der Standort Au liegt zwischen Villigen und Böttstein am westlichen Ufer der nach Norden fliessenden Aare in einer allseitig gegen die Umgebung abgeschlossenen Geländekammer.
Östlich begrenzt wird die Au durch das gekrümmte Aareufer. Westlich der Au verläuft die Erschliessungsstrasse zur nördlich gelegenen Beznauinsel sowie die Kantonsstrasse Villigen-Böttstein. Die Au besteht aus Ackerland, Wald und einem bestockten Uferdamm. Ausser einem kleinen Geräteschopf und dem Gittermast der Hochspannungsleitung an der Erschliessungsstrasse gibt es in der Au keine Hochbauten oder Anlagen.
Am östlichen Aareufer gegenüber der Au liegt ein Wald. An die Au grenzen verschiedene intensiv genutzte Bereiche. Ca. 500 m flussabwärts liegt die erwähnte Beznauinsel, welche dicht bebaut ist mit dem Kernkraftwerk, dem Wasserkraftwerk und verschiedenen Stromübertragungsanlagen. Schräg gegenüber befindet sich das Zwischenlager für schwach radioaktive Abfälle (ZWILAG). Von der Au aus ca. 500 m flussaufwärts - also südlich - befindet sich das Paul Scherrer Institut mit seinen zahlreichen Gebäuden und Anlagen beidseits der Aare. Die Au ist im Richtplan des Kantons Aargau als Landschaft von kantonaler Bedeutung und im Nutzungsplan der Gemeinde Böttstein als Landschaftsschutzzone ausgeschieden.
Für den Standort Au wurde eine erste Projektidee ausgearbeitet und den betroffenen Grundeigentümern, der Gemeinde Böttstein sowie der Abteilung Landschaft und Gewässer des Baudepartements des Kantons Aargau zur Kenntnis gebracht.
Diese äusserten sich alle grundsätzlich zustimmend zum Vorhaben.
Am 17. September 1996 reichte das Bundesamt für Betriebe des Heeres (BABHE) dem damaligen Eidgenössischen Militärdepartement als Plangenehmigungsbehörde das Projekt zum Bau einer Ausbildungsanlage in der Au zur Vorprüfung ein.
Am 18. Oktober 1996 ordnete die Genehmigungsbehörde die Durchführung des ordentlichen Plangenehmigungsverfahrens mit einer Umweltverträglichkeitsprüfung an.
Ende Februar 1997 reichte das damalige Amt für Bundesbauten ein Vorprojekt ein. Danach bestand die Anlage aus einem Lehrbecken von ungefähr 70 x 85 m Wasserfläche und einem Verbindungskanal zur Aare; überdies aus einem Betriebsgebäude, einem Manövrier- und einem Abstellplatz sowie einer Zufahrt. Das Betriebsgebäude, der Manövrierplatz und die Zufahrt lagen im Süden der Anlage. Mit der Schaffung von ökologischen Ausgleichsflächen wurde der Eingriff in die Geländekammer abgeschwächt. Die Anlage wurde auf eine Benutzungsdauer von 20 Jahren ausgerichtet.
In der Voruntersuchung des Umweltverträglichkeitsberichts (UVB) vom Februar 1997 wurde ausgeführt, nach verschiedenen Beobachtungen überquerten im Gebiet Au Rehe und Wildschweine die Aare. Dies werde indirekt dadurch bestätigt, dass hier überdurchschnittlich viele Rehe Opfer des Verkehrs würden. Wohl aufgrund dieser Beobachtungen sei im kantonalen Richtplan an dieser Stelle ein so genannter Vernetzungskorridor für Wildtiere festgelegt worden. Die räumliche Ausbreitung der Tiere werde durch den Bau der Anlage beeinträchtigt. Massnahmen zur möglichst weit gehenden Verminderung dieses Konfliktes müssten im Rahmen der Hauptuntersuchung noch aufgezeigt werden.
Am 15. Juli 1997 ordnete die Genehmigungsbehörde die Hauptuntersuchung zur Umweltverträglichkeit an.
Am 11. März 1998 reichten das BABHE und das Bundesamt für Armeematerial und Bauten (BAB) der Genehmigungsbehörde das Gesuch um Genehmigung des Vorhabens zum Bau der Ausbildungsanlage am Standort Au zusammen mit dem Umweltverträglichkeitsbericht vom Februar 1998 und dem dazugehörigen Spezialbericht Wildtierökologie vom Januar 1998 ein.
Die Verfasserin des Spezialberichts legt dar, am südlichen Rand des Gebiets Au verlaufe ein Wildtierkorridor. Die grossräumige Vernetzung von Wildtierpopulationen werde von Fachleuten einhellig als vordringlich erachtet. Der genetische Austausch zwischen Wildtierpopulationen, die Erhaltung von Ausbreitungsmöglichkeiten und Kolonialisierungswegen sowie die Sicherstellung ausreichend grosser Populationsräume durch Gewährleistung der artgemässen Mobilität seien langfristig notwendig für die Überlebenssicherung der Tierpopulationen. Im Bereich des Korridors in der Au seien namentlich folgende Tierarten vorhanden: Wildschwein, Reh, Fuchs, Dachs, Iltis, Hermelin (grosses Wiesel), Mauswiesel (kleines Wiesel), Feldhase, Steinmarder, Biber, Luchs. Die Überquerung eines breiten Flusses sei für Wildtiere eine gefährliche und energieraubende Sache. Nach einer Flussüberquerung müssten die Tiere eine gute Deckung zum Ausruhen finden. Beim Fluss müsse eine breite Ausstiegstelle vorhanden sein. Der Wildtierkorridor in der Au ermögliche grossräumig den Austausch von Tieren zwischen Jura und Nordostschweiz bzw. Schwarzwaldregion. Die Breite des Korridors betrage knapp einen Kilometer. Das Nadelöhr liege beim Fluss. Dieser könne nur passiert werden auf der Höhe der so genannten Zulenkstruktur (d.h. der natürlichen Vegetations- bzw. Geländestruktur, entlang der sich die Tiere zum anschliessenden Lebensraum bewegen); nur dort seien wildtiertaugliche Ausstiegsmöglichkeiten vorhanden. Ohne einen funktionierenden Wildtierkorridor im unteren Aaretal entstünde von der Nord- bis zur Ostgrenze der Schweiz eine weitgehend unpassierbare Schranke, welche mindestens bis zur Linthebene irreparabel wäre. Die Verfasserin des Spezialberichts kommt zum Schluss, bei Erstellung der projektierten Anlage könne die Funktionsfähigkeit des Wildtierkorridors nicht erhalten werden, auch nicht mit flankierenden Massnahmen. Es sei davon auszugehen, dass die Wildtiervernetzung praktisch vollständig zerstört würde. Der Korridor in der Au sei heute im Vergleich mit anderen wichtigen Wildtierkorridoren zwar als recht gut, wenn auch nicht mehr völlig unbelastet zu beurteilen. Die bestehenden Beeinträchtigungen seien nicht so schwerwiegend, dass sie die Tiere an der Passage hindern würden, und die heutige Situation könne mit einfachen Massnahmen verbessert werden. Eine Umplatzierung von Anlageteilen, z.B. des Betriebsgebäudes und des Manövrierplatzes auf die Nordseite des Beckens, brächte vermutlich keine ausreichende Verbesserung. Um die Situation wesentlich verbessern zu können, müsste die Anlage aus dem Korridorbereich heraus verschoben werden, d.h. in rund 200 m Entfernung von der Zulenkstruktur. Dies würde aber praktisch einem neuen Projekt gleichkommen. Dessen Auswirkungen auf andere Naturschutz- und Umweltbereiche müssten neu abgeschätzt werden. Das vorliegende Projekt lasse sich nicht mit dem Ziel der Korridorerhaltung vereinbaren.
In der Folge eröffnete die Genehmigungsbehörde das Anhörungsverfahren bei den betroffenen kantonalen und kommunalen Behörden sowie bei den interessierten Bundesbehörden und veranlasste die öffentliche Auflage des Projekts (22. April bis 25. Mai 1998). Es wurden verschiedene Einsprachen erhoben.
Aufgrund der in der Hauptuntersuchung zur Umweltverträglichkeit aufgezeigten Auswirkungen auf den Wildtierkorridor wurde das Projekt überarbeitet. Die Anlage wurde unter Beibehaltung der Lage des Verbindungskanals nach Norden verschoben, d.h. der Manövrierplatz, das Betriebsgebäude und die Zufahrt wurden auf die Nordseite des Beckens verlegt. Die Anlage rückt damit vom Wildtierkorridor ab. Die Flächenanteile der verschiedenen Anlageteile und die Gesamtfläche der Anlage haben sich nicht verändert. Das Becken beansprucht mit den Nebenanlagen eine Fläche von rund 20'000 m2 Landwirtschaftsland. Für die Schaffung von ökologischen Ausgleichsflächen werden zusätzlich ca. 18'000 m2 Landwirtschaftsland sowie rund 16'000 m2 Wald und Gehölze einbezogen.
Die Baukosten werden auf ca. Fr. 7 Mio. veranschlagt.
Auf Anregung des Umweltverbandes Pro Natura wurde das Gebiet Langmatt im Grenzbereich der Gemeinden Möriken-Wildegg und Holderbank als Alternativstandort geprüft. Der dazu verfasste Bericht vom August 1998 beurteilt dieses Gebiet als ungeeignet.
B.- Am 31. März 2000 genehmigte das Eidgenössische Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) das Vorhaben des BABHE und des BAB zum Bau der Anlage in der Au gemäss dem geänderten Projekt unter Auflagen.
Überdies bewilligte das VBS unter Auflagen die Rodung von 4'300 m2 Wald, welcher für die Umsetzung der ökologischen Ausgleichsmassnahmen benötigt wird, und die Ersatzaufforstung von 7'600 m2 Wald. Ferner erteilte es die Bewilligung zur Entnahme von Wasser aus der Aare für das Becken.
C.- Der Regierungsrat des Kantons Aargau führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit dem Antrag, die Plangenehmigung vom 31. März 2000 aufzuheben; das Plangenehmigungsgesuch sei zur Überarbeitung an das VBS zurückzuweisen; das VBS sei anzuweisen, eine Verschiebung der Anlage nach Norden, zumindest um 50 m, vorzunehmen; die in der Plangenehmigung verfügten Auflagen seien sinngemäss den verlegten Standortverhältnissen anzupassen.
Der WWF Schweiz erhebt ebenfalls Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
Er beantragt, die Plangenehmigung des VBS aufzuheben; das Plangenehmigungsgesuch für die Ausbildungsanlage am Standort Au sei abzuweisen.
D.- Am 21. Juni 2000 hat der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung den Beschwerden aufschiebende Wirkung zuerkannt.
E.- Die NOK, das VBS, das Bundesamt für Raumentwick- lung (ARE) und das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) haben Vernehmlassungen eingereicht.
Die NOK und das VBS haben zu den Vernehmlassungen des ARE und des BUWAL Stellung genommen.
Der WWF Schweiz hat zur Vernehmlassung des VBS eine Replik eingereicht und zu den Vernehmlassungen des ARE und des BUWAL Stellung genommen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Die beiden Beschwerden richten sich gegen die gleiche Verfügung und betreffen dieselbe Sache. Sie werden deshalb zusammen behandelt.
b) Gemäss Art. 130 des Bundesgesetzes vom 3. Februar 1995 über die Armee und die Militärverwaltung (Militärgesetz, MG; SR 510. 10) unterliegen Plangenehmigungsentscheide letztinstanzlich der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht (Abs. 1). Das Beschwerderecht richtet sich nach dem jeweils in der Sache anwendbaren Bundesrecht. Zur Beschwerde berechtigt sind auch die betroffenen Kantone und Gemeinden (Abs. 2).
Der Kanton Aargau ist als Standortkanton vom Bauvorhaben betroffen. Der Beschwerdeführer 1 ist deshalb nach Art. 130 Abs. 2 MG zur Beschwerde befugt. Die Beschwerdelegitimation des Beschwerdeführers 1 ergibt sich überdies aus Art. 12b Abs. 1 des Bundesgesetzes über den Natur- und Heimatschutz vom 1. Juli 1966 (NHG; SR 451).
Der Beschwerdeführer 2 hat am 22. Mai 1998 innert der Auflagefrist Einsprache gegen das Bauvorhaben erhoben.
Er ist gestützt auf Art. 55 des Bundesgesetzes über den Umweltschutz vom 7. Oktober 1983 (Umweltschutzgesetz, USG; SR 814. 01) sowie auf Art. 12 und Art. 12a NHG zur Erhebung der Beschwerde berechtigt (<ref-ruling>).
c) Die Beschwerdeführer können mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde die Verletzung von Bundesrecht einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens rügen. Da die Vorinstanz keine richterliche Behörde ist, können sie auch die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts geltend machen.
Die Unangemessenheit der angefochtenen Verfügung können sie nicht rügen (Art. 104 OG).
Das Bundesgericht kann die Feststellung des Sachverhaltes auch von Amtes wegen überprüfen (Art. 105 OG).
2.- Der Beschwerdeführer 2 richtet sich gegen den "Grobstandort". Er macht geltend, die Anlage dürfe am Standort Au überhaupt nicht gebaut werden. Demgegenüber wendet sich der Beschwerdeführer 1 lediglich gegen den "Feinstandort". Er ist der Auffassung, die Anlage dürfe zwar am Standort Au gebaut werden; sie müsse aber nach Norden verschoben werden, da beim Bau am genehmigten Standort den Wildtieren ein viel zu geringer Abstand von lediglich 50 m zugemutet werde.
Zunächst ist zu prüfen, ob der Bau der Anlage in der Au zulässig ist. Nur wenn das zu bejahen ist, stellt sich die Frage nach dem Feinstandort. Zu behandeln ist somit zuerst die Beschwerde des Beschwerdeführers 2.
3.- Der Beschwerdeführer 2 macht geltend, der nach Art. 126 Abs. 4 MG erforderliche Sachplan sei unvollständig; die Anlage hätte deshalb nicht bewilligt werden dürfen.
a) Die vorgesehene Anlage in der Au wirkt sich erheblich auf Raum und Umwelt aus. Die Plangenehmigung setzt deshalb einen Sachplan nach dem Bundesgesetz über die Raumplanung voraus (vgl. Art. 126 Abs. 4 MG).
Am 19. August 1998 hat der Bundesrat den hier massgeblichen Sachplan Waffen- und Schiessplätze verabschiedet.
Darin ist der Neubau der Anlage am Standort Au im Objektblatt 19.13 festgesetzt. Der Wildtierkorridor wird kartografisch nicht erfasst. Ebenso wenig wird er in den Erläuterungen zum Sachplan erwähnt.
b) Der Wildtierkorridor stellt beim Standort Au das wesentliche Problem dar.
Im überarbeiteten Spezialbericht Wildtierökologie vom Dezember 1998 wird ausgeführt, der Wildtierkorridor in der Au müsse unbedingt erhalten bleiben. Die internen Arbeitsgrundlagen für die Festlegung des Korridors im Richtplan des Kantons Aargau wiesen ihm grösste Priorität, d.h.
überkantonale bzw. nationale Bedeutung zu. In der Schweiz bestehe noch keine Festlegung von national bedeutenden Wildtierkorridoren in einem Inventar. Entsprechende Vorarbeiten, welche als Grundlage dafür dienen könnten, lägen zurzeit im Entwurf vor. Die Schweiz werde von einigen grossräumigen Wildtierbarrieren durchschnitten, die vorwiegend durch Siedlungen und Verkehrsträger gebildet würden und als irreparabel zu beurteilen seien. Eine dieser Wildtierbarrieren verlaufe von Basel entlang dem Rhein und der Aare, dann durch das Limmattal über Zürich, die Linthebene und den Walensee bis Sargans. Sie trenne den Schwarzwald und die Nordostschweiz vom Jura, der Zentral- und der übrigen Schweiz sowie dem Alpenraum ab. Der insoweit einzige funktionsfähige Korridor sei heute der in der Au. Zur Sicherung der Ausbreitungsrouten und zur Vermeidung langfristig zu kleiner, isolierter Populationen seien die letzten wildtiertauglichen Verbindungen zwischen den Grossräumen unbedingt offen zu halten. Der Wildtierkorridor in der Au habe aufgrund seiner Lage besondere Bedeutung für sich neu oder wieder ausbreitende Tierarten. Da die Tiere zu unterschiedlichen Jahreszeiten wanderten, müsse der Korridor ganzjährig dauernd offen gehalten bzw. von grossen Störungen freigehalten werden.
Im Bericht "Wildtierkorridore Schweiz" der Schweizerischen Gesellschaft für Wildtierbiologie und der Schweizerischen Vogelwarte Sempach vom November 1999 wird der Korridor in der Au als solcher von überregionaler Bedeutung beschrieben. Es handle sich um die einzige für alle Tierarten taugliche Verbindung Jura-Ostschweiz-Schwarzwald.
Trotz Belastungen werde der Korridor optimal von den Tieren genutzt. Als mögliche Massnahmen werden unter anderem die Freihaltung und die Verminderung von Störungen genannt.
Die Eidgenössische Natur- und Heimatschutzkommission (ENHK) vertritt in ihrem Gutachten vom 3. Juni 1999 die Auffassung, dem Wildtierkorridor in der Au müsse nationale Bedeutung zuerkannt werden. Der gleichen Ansicht ist das BUWAL (Stellungnahme vom 27. Mai 1999).
Aufgrund dieser Fachberichte ist davon auszugehen, dass dem Wildtierkorridor in der Au nationale Bedeutung zukommt.
c) aa) Die ENHK führt im genannten Gutachten aus, das ursprüngliche Projekt käme mitten in den Wildtierkorridor zu liegen und würde diesen damit so stark beeinträchtigen, dass er mit hoher Wahrscheinlichkeit nicht mehr durch Wildtiere benutzt werden könnte. Der Verlauf des ganzjährig benutzten Korridors sei so eng, dass auf ein Ausweichen der Tiere nicht gehofft werden dürfe. Auch beim überarbeiteten und geänderten Projekt sei der Korridor immer noch erheblich beeinträchtigt, wenn auch aufgrund des etwas flussabwärts verschobenen Lehrbeckens weniger zentral. Eine Verschiebung nach Norden sei an sich sinnvoll, weil das vergleichsweise flachere West- und Ostufer am südlichen Rand der Au liege, d.h. im einzigen Abschnitt, der als Ein- und Ausstieg für Wildtiere nutzbar sei. Aus diesem Grund erscheine auch die südlich des Lehrbeckens nun vorgesehene, mit Weichhölzern zu bestückende ökologische Ausgleichsfläche zweckmässig. Die Anlage liege aber immer noch so direkt beim Wildtierkorridor, dass das Vorhaben klar dessen Verlust bewirken werde.
bb) Das BUWAL legt in seiner Stellungnahme vom 27. Mai 1999 dar, es müsse davon ausgegangen werden, dass eine zusätzliche Beeinträchtigung des Korridors, wie sie mit der Verwirklichung des vorliegenden Projektes (gemäss derzeitigem Planungsstand) verbunden wäre, zum Unterschreiten der minimal notwendigen Lebensraum-Qualität führen würde und somit die Funktionsfähigkeit des Korridors verloren ginge.
Das BUWAL kommt zum Schluss, dass das Vorhaben wegen der Beeinträchtigung des Wildtierkorridors auch gemäss überarbeitetem Projekt nicht umweltverträglich sei. Mit Schreiben vom 2. September 1999 an die Vorinstanz bemerkt das BUWAL, die Erhaltung des Wildtierkorridors könne mit dem heutigen Projekt trotz weitreichender Massnahmen innerhalb des Projektperimeters nicht sichergestellt werden.
cc) Nach der überarbeiteten UVB-Hauptuntersuchung und dem ebenfalls überarbeiteten Spezialbericht Wildtierökologie vom Dezember 1998 können die Auswirkungen des geänderten Projektes auf den Wildtierkorridor nur beschränkt vorausgesagt werden, da der aktuelle Forschungsstand noch wesentliche Wissenslücken offen lasse. Zu unterscheiden seien verschiedene Schutzmassnahmen zugunsten des Wildtierkorridors inner- und ausserhalb des Projektperimeters.
Für den Fall der Umsetzung aller Schutzmassnahmen inner- und ausserhalb des Projektperimeters wird gesagt, dank optimierter Situierung und Gestaltung der Anlage und ihrer Nahumgebung, leichter Verschiebung des Wildtierkorridors nach Süden und wesentlichen Biotopaufwertungsmassnahmen gemäss Gesamtaufwertungskonzept werde die Wahrscheinlichkeit, dass der Ersatz bzw. Ausgleich ausreiche und der Korridor für die meisten Arten funktioniere, als recht gross beurteilt. Ob dieser Austausch von Tierindividuen ausreichend und genügend regelmässig stattfinden werde, um die ökologische Funktion des Wildtierkorridors langfristig zu erhalten, könne aufgrund der heute vorhandenen Wissensbasis jedoch nicht mit Sicherheit vorausgesagt werden.
Für den Fall der Umsetzung der Schutzmassnahmen lediglich innerhalb des Projektperimeters wird die Wahrscheinlichkeit, dass der Korridor vollumfänglich funktioniert, in jedem Fall als eher gering beurteilt. Der Korridor werde vermutlich so stark beeinträchtigt, dass er seine Funktion mindestens für einen Teil der Tierarten bzw. der Individuen verliere.
Die Gesuchsteller konnten der Vorinstanz die Umsetzung aller Schutzmassnahmen inner- und ausserhalb des Projektperimeters nicht zusichern. Selbst wenn das der Fall gewesen wäre, könnte damit aufgrund der überarbeiteten UVB-Hauptuntersuchung und des überarbeiteten Spezialberichts Wildtierökologie die uneingeschränkte Funktionsfähigkeit des Korridors für sämtliche Tierarten - soweit man das heute beurteilen kann - langfristig nicht als gesichert gelten.
dd) Aufgrund der angeführten Stellungnahmen ist davon auszugehen, dass der Bau der Anlage am Standort Au - auch wenn man die Auswirkungen nicht in allen Einzelheiten voraussagen kann - jedenfalls zu einer erheblichen Beeinträchtigung des Wildtierkorridors führen wird.
d) Es stehen sich beim Standort Au somit zwei nationale Interessen gegenüber, nämlich einerseits das der Landesverteidigung und anderseits das an der Erhaltung des Wildtierkorridors. Diese Interessen schliessen sich gegenseitig aus, d.h. sie können nicht miteinander versöhnt werden. Je nachdem, ob man die Sache eher aus dem Blickwinkel der Landesverteidigung oder eher aus dem des Naturschutzes betrachtet, ist man geneigt, dem einen oder anderen Interesse den Vorrang zu geben. Dies kommt auch in den insoweit voneinander abweichenden Stellungnahmen der betroffenen Fachbehörden zum Ausdruck. Für die eine wie für die andere Betrachtungsweise gibt es Gründe. Sowohl das Interesse der Landesverteidigung (Art. 57 ff. BV) als auch das Interesse des Naturschutzes (Art. 78 BV) haben Verfassungsrang. Dass das eine dieser Interessen allgemein höher zu bewerten sei als das andere, lässt sich der Verfassung nicht entnehmen.
Die beiden Interessen sind deshalb als grundsätzlich gleichwertig zu betrachten.
Wie dargelegt, bedarf die Anlage in der Au gemäss Art. 126 Abs. 4 MG der Grundlage in einem Sachplan. Nach Art. 6 Abs. 3 der Verordnung vom 13. Dezember 1999 über das Plangenehmigungsverfahren für militärische Bauten und Anlagen (MPV; SR 510. 51) setzt die Plangenehmigung eines sachplanrelevanten Vorhabens dessen Festsetzung im Sachplan Militär voraus. Wie das ARE in der Vernehmlassung zutreffend darlegt, hat damit der Verordnungsgeber zum Ausdruck gebracht, dass wichtige Ermessensentscheide von der Sachplanbehörde zu treffen sind. Bei der Frage, welchem von zwei sich widerstreitenden gleichwertigen nationalen Interessen der Vorrang zu geben ist, handelt es sich um einen bedeutenden Ermessensentscheid, den klarerweise die Sachplanbehörde zu treffen hat. Diese hat in den Erläuterungen zum Sachplan im Einzelnen darzulegen, weshalb sie sich zu Gunsten des einen oder anderen Interesses entschieden hat (in diesem Sinne auch Lukas Bühlmann, Kommentar zum Bundesgesetz über die Raumplanung, Zürich 1999, Art. 13 N. 4 und 30). Dass der Entscheid der Sachplanbehörde obliegt, ist sachlich begründet. Die Sachplanbehörde - hier der Bundesrat - verfügt über die erforderliche Distanz und ist befähigt, auf übergeordneter Stufe in einer Gesamtschau die Interessen abzuwägen; die Gefahr der Verengung des Blickwinkels besteht nicht. Fachbehörden neigen demgegenüber dazu, ihre fachspezifischen Interessen in den Vordergrund zu stellen.
Dem Sachplan Waffen- und Schiessplätze vom 19. August 1998 ist zum Wildtierkorridor in der Au, wie gesagt, nichts zu entnehmen. Zwar ergibt sich aus den Akten, dass dem Bundesrat der Korridor vor Verabschiedung des Sachplanes bekannt war. So hat er am 14. Januar 1998 den Richtplan des Kantons Aargau, in dem der Korridor vermerkt ist, genehmigt; überdies hat die Vorinstanz den Bundesrat in einem Schreiben vom 1. Juli 1998 auf den Korridor aufmerksam gemacht. Gestützt darauf lässt sich jedoch nicht sagen, der Bundesrat habe bei der Festsetzung des Sachplanes den erwähnten Interessenkonflikt in der wirklichen Tragweite gekannt und sich klar für den Vorrang der militärischen Interessen entschieden. Dafür fehlen jegliche Hinweise im Objektblatt.
Der Entscheid über den gegebenen Interessenkonflikt muss mit der nötigen Klarheit aus der Sachplanfestsetzung selbst hervorgehen. Das trifft hier nicht zu. Für das Vorhaben, wie es der angefochtenen Plangenehmigung zu Grunde liegt, fehlt damit in materieller Hinsicht die vorausgesetzte Festlegung im Sachplan. Dieser Mangel steht der Bewilligung des Projekts am Standort Au entgegen. Die Bewilligungsfähigkeit setzt voraus, dass auch auf der Stufe Sachplanung die Auswirkungen auf den Wildtierkorridor bei der Standortwahl hinreichend in Betracht gezogen werden.
e) Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 ist insoweit gutzuheissen.
4.- Damit bräuchte zu den weiteren Einwänden des Beschwerdeführers 2 und zur Beschwerde des Beschwerdeführers 1 an sich nicht mehr Stellung genommen zu werden. Für den Fall, dass der Bundesrat am Bau der Anlage am Standort Au festhalten und sich in Behebung des Mangels in der Sachplanung für den Vorrang der militärischen Interessen entscheiden sollte, rechtfertigen sich gleichwohl folgende Hinweise:
a) Der Beschwerdeführer 2 macht geltend, die geplante Anlage beeinträchtige das Objekt Nr. 1108 "Aargauer Tafeljura" des Bundesinventars der Landschaften und Naturdenkmäler von nationaler Bedeutung (BLN).
Ein Teil der geplanten Anlage in der Au liegt innerhalb, der Hauptteil unmittelbar ausserhalb des BLN-Objektes Nr. 1108.
Gemäss Art. 6 Abs. 1 NHG wird durch die Aufnahme eines Objektes von nationaler Bedeutung in ein Inventar des Bundes dargetan, dass es in besonderem Masse die ungeschmälerte Erhaltung oder jedenfalls grösstmögliche Schonung verdient.
Der Begriff der ungeschmälerten Erhaltung ist so zu verstehen, dass der im Inventar angestrebte Schutz vollumfänglich zur Geltung gelangen und allfälligen Bedrohungen begegnet werden soll. Zur Beurteilung der Problematik der ungeschmälerten Erhaltung eines BLN-Objektes ist von der jeweiligen Umschreibung des Schutzgehaltes auszugehen, d.h.
die möglichen Beeinträchtigungen sind an den verschiedenen Schutzzielen zu messen, die in den gesondert veröffentlichten Beschreibungen zu den Gebieten des Inventars genannt sind (<ref-ruling> E. 6a mit Hinweisen; vgl. auch Jörg Leimbacher, Kommentar NHG, Zürich 1997, Art. 5 N. 12 und Art. 6 N. 6 und 14). Ein Schutzobjekt kann auch durch Anlagen, die an seiner Grenze errichtet werden, erheblichen Schaden erleiden (<ref-ruling> E. 5e mit Hinweisen).
Die Bedeutung des BLN-Objektes Nr. 1108 wird wie folgt umschrieben:
"Repräsentativer Teil des Aargauer Tafeljuras, durch
die West-Ost verlaufenden Mettauer und Mandacher
Störungen gegliedert. Zahlreiche, bemerkenswerte
Standorte von vegetationskundlicher und floristischer
Bedeutung. Orchideenreiche Buchen-Föhrenwälder
auf Effinger Mergeln. Naturnahe Kulturlandschaftsteile,
typische aargauische Reblandschaft,
teils gut erhaltene Dörfer.. "
An diesen Komponenten des Schutzgehaltes hat sich die Gewichtung des hier zu beurteilenden allfälligen Eingriffs zu orientieren (<ref-ruling> E. 6a).
Wie sich aus der obigen Umschreibung ergibt, kommt dem Objekt Nr. 1108 aus landschaftlichen Gründen und wegen vegetationskundlich und floristisch bemerkenswerter Standorte nationale Bedeutung zu. Auf diese Schutzziele wirkt sich eine allfällige Beeinträchtigung des Wildtierkorridors, der ausserhalb des Perimeters des BLN-Objektes Nr. 1108 liegt, nicht aus. Das BLN-Objekt bleibt auch dann ungeschmälert erhalten, wenn die Funktionsfähigkeit des Wildtierkorridors vermindert werden sollte.
b) Der Beschwerdeführer 2 bringt vor, mindestens eine Massnahme nach Art. 29 der Verordnung über den Natur- und Heimatschutz vom 16. Januar 1991 (NHV; SR 451. 1) wäre erforderlich gewesen.
Bis der Bundesrat die Biotope von nationaler Bedeutung (...) bezeichnet hat und solange die einzelnen Inventare nicht abgeschlossen sind, sorgen die Kantone mit geeigneten Sofortmassnahmen dafür, dass sich der Zustand von Biotopen, denen aufgrund der vorhandenen Erkenntnisse und Unterlagen nationale Bedeutung zukommt, nicht verschlechtert (Art. 29 Abs. 1 lit. a NHV). Die Behörden und Amtsstellen des Bundes sowie seiner Anstalten und Betriebe treffen dort, wo sie nach der anwendbaren Spezialgesetzgebung des Bundes zuständig sind, die Sofortmassnahmen nach Absatz 1 Buchstaben a (Art. 29 Abs. 3 NHV).
Es sind Arbeiten im Gange, die als Grundlage dafür dienen könnten, den Wildtierkorridor in der Au in ein Inventar von Korridoren nationaler Bedeutung aufzunehmen.
Die Vorinstanz vertritt in der Vernehmlassung die Ansicht, der Korridor in der Au sei kein Biotop im Sinne von Art. 18 NHG. Deshalb sei Art. 29 Abs. 1 lit. a NHV nicht anwendbar.
Wildtierkorridore haben die Funktion, verschiedene Biotope miteinander zu verbinden. Ohne solche Verbindungen können gegebenenfalls Schutzziele von Biotopen von nationaler Bedeutung nicht nachhaltig sichergestellt werden.
Wildtierkorridore sind deshalb den Biotopen gleichzustellen und können folglich, sofern ihnen nationale Bedeutung zukommt, Gegenstand einer entsprechenden Inventarisierung sein. Art. 29 Abs. 1 lit. a NHV ist somit grundsätzlich beachtlich. Diese Bestimmung kann die Bewilligung einer Anlage allerdings nicht verhindern, wenn die Voraussetzun- gen von Art. 6 Abs. 2 NHG gegeben sind.
c) Der Beschwerdeführer 2 macht geltend, die Voraussetzungen von Art. 24 des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG; SR 700) für die Errichtung der Anlage ausserhalb der Bauzone seien nicht erfüllt.
Der Einwand ist unbegründet. Mit der Plangenehmigung werden sämtliche nach Bundesrecht erforderlichen Bewilligungen erteilt (Art. 126 Abs. 2 MG). Die Plangenehmigung hat jedoch nicht nur Bewilligungscharakter. Wie das ARE zutreffend bemerkt, legt die Genehmigungsbehörde mit der Plangenehmigung überdies die zulässige Nutzung des Bodens fest. Der Plangenehmigung kommt Sondernutzungsplancharakter zu (Botschaft vom 25. Februar 1998 zu einem Bundesgesetz über die Koordination und Vereinfachung der Plangenehmigungsverfahren, BBl 1998 S. 2618). Art. 24 RPG ist somit nicht massgebend. Mit der planerischen Festsetzung im Rahmen der Plangenehmigung wird das Vorhaben zonenkonform.
d) Der Beschwerdeführer 1 verlangt die Verschiebung der Anlage nach Norden. Er unterscheidet dabei eine "Minimalvariante" und eine "Optimalvariante".
aa) Er bringt vor, bei der Minimalvariante werde die Anlage um mindestens 50 m nach Norden verschoben. Damit und mit ihrer leichten Drehung rücke die Anlage wenigstens 70 m weiter von der empfindlichsten Stelle des Tierkorridors weg. Die Anordnung der verschiedenen Teile innerhalb der Anlage könne beibehalten werden. Gleichzeitig könne ein 60 m langes Flachufer angelegt werden, das den Tieren den Zugang zur Flussüberquerung erleichtere. Mit der Verschiebung der Anlage nach Norden würden die Chancen für das Funktionieren des Tierkorridors beträchtlich steigen. Technisch sei die Verschiebung ohne grosse Probleme möglich. Nach Einschätzung der kantonalen Verwaltung sei damit auch kein erheblicher finanzieller Mehraufwand verbunden.
Bei der Optimalvariante müssten die verschiedenen Teile innerhalb der Anlage anders gegliedert werden. Der Abstand zum Tierkorridor könne auf 180 m vergrössert werden.
Dank einer Änderung der Flächenanordnung könnte eine breite Schutzzone bis zur empfindlichsten Stelle des Korridors geschaffen werden. Statt im Norden, wie von der Vorinstanz vorgesehen, würden alle Ersatzbiotope im Süden der Anlage platziert. Mit der Verschiebung nach Norden würden zusätzliche Waldflächen beansprucht. Diese seien im Richtplan als Naturschutzgebiete von kantonaler Bedeutung festgesetzt. In Abwägung der Interessen erachte die Abteilung Wald als kantonale Fachstelle zusätzliche Rodungen als zulässig. Südlich der Anlage könne eine genügend grosse Fläche als qualitativ gleichwertiger Realersatz aufgeforstet werden.
bb) Nach den Ausführungen der Vorinstanz fällt die "Optimalvariante" ausser Betracht. Die Geometrie des Beckens sowie Grösse und Anordnung der Manövrier- und Abstellplätze seien bestimmt durch die technischen Voraussetzungen der eingesetzten Geräte (Schwimmbrücke und Transportfahrzeuge).
Die Elemente der Anlage seien bereits minimiert worden und liessen sich nicht mehr verändern. Deshalb könne der Abstand zum Wildtierkorridor durch eine Verschiebung der Anlage nur um 50 m erhöht werden.
Der Beschwerdeführer 1 legt nicht dar und es ist nicht ersichtlich, inwiefern dies unzutreffend sein soll. Es kann somit nicht angenommen werden, dass ein Feinstandort möglich wäre, der jede erhebliche Beeinträchtigung des Wildtierkorridors ausschliesst.
Zur Minimalvariante bemerkt das BUWAL in der Vernehmlassung, auch eine kleinräumige Verschiebung der Anlage könnte entscheidende Vorteile für den Wildtierkorridor haben; die Vor- und Nachteile einer solchen Verschiebung seien zu wenig abgeklärt worden. Dem ist zuzustimmen. Es lässt sich im jetzigen Zeitpunkt nicht sagen, eine kleinräumige Verschiebung sei von derart zweifelhaftem Nutzen, dass sie von Vornherein ausser Betracht falle. Diesem Gesichtspunkt wäre bei einer allfälligen Neubeurteilung des Projektes Rechnung zu tragen.
5.- a) Die Beschwerde des Beschwerdeführers 2 wird teilweise gutgeheissen. Der angefochtene Plangenehmigungsentscheid wird aufgehoben und die Sache an die Vorinstanz zurückgewiesen. Diese kann das Nötige für eine allfällige Änderung des Sachplanes veranlassen und je nachdem neu entscheiden.
Die Beschwerde des Beschwerdeführers 1 wird als gegenstandslos am Geschäftsverzeichnis abgeschrieben.
b) Beim Beschwerdeführer 2 handelt es sich um eine gesamtschweizerische Organisation, die sich dem Schutz der Umwelt widmet. Soweit er unterliegt, werden ihm deshalb keine Kosten auferlegt (<ref-ruling> E. 10a S. 357). Soweit er obsiegt, steht ihm eine Parteientschädigung zu (Art. 159 Abs. 1 und 2 OG). Diese wird auf Fr. 3'000.-- festgesetzt.
Dem Beschwerdeführer 1 werden keine Kosten auferlegt und es wird ihm keine Entschädigung ausgerichtet.
Den Behörden, die eine Vernehmlassung eingereicht haben, steht keine Entschädigung zu (vgl. Art. 159 Abs. 2 OG).
Die NOK haben sich einzig zur Beschwerde des Beschwerdeführers 1 geäussert. Da diese als gegenstandslos abgeschrieben wird, sind die NOK nicht obsiegende Partei im Sinne von Art. 159 Abs. 2 OG. Die NOK haben im Übrigen keinen Antrag auf Ausrichtung einer Entschädigung gestellt.
Auch ihnen ist deshalb keine Entschädigung zu bezahlen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde des WWF Schweiz wird teilweise gutgeheissen, die Verfügung des Departements für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport vom 31. März 2000 aufgehoben und die Sache im Sinne der Erwägungen an das Departement zurückgewiesen. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.- Die Beschwerde des Regierungsrats des Kantons Aargau wird als gegenstandslos am Geschäftsverzeichnis abgeschrieben.
3.- Es werden keine Kosten erhoben.
4.- Die Schweizerische Eidgenossenschaft hat dem WWF Schweiz für das bundesgerichtliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 3'000.-- zu bezahlen.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien, dem Eidgenössischen Departement für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS), den Nordostschweizerischen Kraftwerken (NOK) sowie dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) und dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 5. November 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: