Fatti:
A.
Il 4 maggio 1999 il Dipartimento federale dell'ambiente, dei trasporti, dell'energia e delle comunicazioni (DATEC) ha approvato i piani della galleria di base del San Gottardo relativi all'attacco intermedio di Faido-Polmengo. Nel dicembre del 1999 sono iniziati i lavori di costruzione della discenderia, un cunicolo lungo 2.7 km, scavato con il metodo convenzionale dell'avanzamento con esplosivo. Il primo brillamento è stato eseguito il 24 gennaio 2000.
B.
Il 3 febbraio 2000 A._, proprietario del fondo part. xxx di Mairengo, su cui sorge una casa d'abitazione, ha segnalato ad AlpTransit San Gottardo SA (AlpTransit) l'esistenza di crepe nella sua abitazione ed ha chiesto di eseguire una prova a futura memoria. Quest'ultima è stata allestita nel marzo del 2000 dall'arch. B._ e documenta le fessure riscontrate nell'edificio. Nel successivo mese di aprile è stato posato sulla proprietà un sismografo allo scopo di valutare gli effetti delle vibrazioni causate dai brillamenti. Le relative misurazioni, congiuntamente a quelle eseguite su due altri fondi in territorio di Mairengo, sono state oggetto di un rapporto dello Studio C._ SA del febbraio del 2002.
C.
A._ ha frattanto adito la Commissione federale di stima (CFS), che nell'ambito di un'udienza di conciliazione del 26 giugno 2001 ha invitato AlpTransit a fare apporre, da parte dell'arch. B._, delle spie sulle fessure ritenute più significative dell'edificio, precisando in particolare ch'esse dovevano essere controllate su-bito dopo l'interruzione dei lavori di scavo della galleria e subito prima della loro ripresa. Dalla verifica delle spie da parte dell'esperto il 20 novembre 2001, non sono stati rilevati movimenti.
D.
Con istanza del 18 gennaio 2002, A._ ha notificato alla CFS una pretesa d'indennità di fr. 29'000.-- per il risarcimento dei danni dell'abitazione. AlpTransit si è opposta alla richiesta. Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, con decisione del 19 aprile 2010 la CFS ha riconosciuto ad A._ un'indennità di fr. 15'000.--, oltre interessi, per i danni provocati dai lavori di costruzione presso il cantiere di Faido-Polmengo.
E.
Contro la decisione della CFS, AlpTransit ha presentato un ricorso al Tribunale amministrativo federale (TAF), contestando essenzialmente l'esistenza di un nesso causale tra il danno invocato dal proprietario e i lavori di costruzione. Con sentenza del 26 marzo 2013, la I Corte del TAF ha respinto il ricorso.
F.
AlpTransit impugna questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo di annullarla. La ricorrente fa valere l'apprezzamento inesatto delle prove e la violazione del diritto federale riguardo alla ripartizione dell'onere probatorio.
G.
Il TAF comunica di rinunciare a presentare osservazioni. La CFS ritiene il gravame inammissibile sotto il profilo formale e infondato sotto quello materiale. A._ postula la reiezione del gravame. La ricorrente ha replicato alla risposta della CFS.

Diritto:
1.
Contro una decisione del TAF in materia di espropriazione è data, in virtù dell'<ref-law> (RS 711), la via del ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale ai sensi degli art. 82 segg. LTF. Il gravame è tempestivo (art. 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>) e la ricorrente è legittimata a ricorrere (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>).
2.
Secondo l'art. 20 della legge federale sulle ferrovie, del 20 dicembre 1957 (Lferr; RS 742.101), l'obbligo d'indennità per i danni cagionati dall'impresa ferroviaria con una violazione di diritti di terzi, che non deve essere tollerata conformemente al diritto di vicinato o ad altre prescrizioni legali e che è una conseguenza inevitabile o difficilmente evitabile della costruzione o dell'esercizio della ferrovia, è disciplinato dalla legislazione federale sull'espropriazione. Giusta l'<ref-law>, possono infatti formare oggetto di espropriazione i diritti risultanti dalle disposizioni sulla proprietà fondiaria in materia di rapporti di vicinato. Vi rientrano in particolare i diritti di difesa del vicino da scavi e costruzioni ai sensi dell'<ref-law>. Secondo questa disposizione, il proprietario che intraprende scavi o costruzioni deve fare in modo di non danneggiare i fondi dei vicini, provocando scoscendimenti del loro terreno, o mettendolo in pericolo, o recando pregiudizio agli impianti che vi si trovano. Analogamente all'<ref-law>, l'<ref-law> vieta unicamente le ingerenze eccessive nei diritti dei vicini. Si tratta al riguardo di una responsabilità causale, indipendente da una colpa del proprietario, che presuppone unicamente l'esistenza di un nesso causale naturale ed adeguato tra l'esercizio eccessivo del diritto di proprietà e il pregiudizio del fondo vicino (<ref-ruling> consid. 3b e c; sentenza E.14/1994 del 31 dicembre 1996 consid. 3 e 4a, in: ZBl 99/1998, pag. 233 segg.). Secondo la giurisprudenza, di massima, non può comunque essere preteso dal proprietario privo di conoscenze specialistiche che porti la difficile prova dell'esistenza del nesso causale tra i lavori di costruzione intrapresi dall'espropriante e i danni subiti dal suo edificio. Né si può da lui esigere che incarichi personalmente un esperto per eseguire eventuali chiarimenti, in particolare laddove sulla base dei rilevamenti dell'espropriante medesimo non può essere concluso che le crepe sono necessariamente riconducibili ad altre cause, diverse dai lavori di costruzione. Qualora il nesso causale tra gli scavi e i danni all'edificio non possa essere né dimostrato né completamente escluso, può entrare in considerazione il riconoscimento di un'indennità, quale contributo per l'eliminazione del danno, sulla base di motivi di equità (<ref-ruling> consid. 3). L'<ref-law> mira in effetti ad assicurare la stabilità del terreno e delle costruzioni che vi sorgono e conferisce quindi una certa priorità al proprietario di edifici esistenti, che sono stati realizzati rispettando le regole dell'arte edilizia vigenti al momento della loro edificazione (<ref-ruling> consid. 5d; sentenza E.14/1994, citata, consid. 4b).
3.
3.1. La ricorrente lamenta una violazione dell'<ref-law> e dell'<ref-law>, rimproverando alla precedente istanza di avere disatteso le regole sulla ripartizione dell'onere probatorio. Sostiene che il TAF avrebbe in sostanza determinato un rovesciamento dell'onere della prova, imponendole di provare l'esclusione del nesso di causalità.
3.2. In realtà, il TAF, rilevata l'assenza di una prova relativa allo stato dell'abitazione antecedente all'avvio dei lavori di costruzione, ha per finire ritenuto che ci si trovava in una situazione in cui il nesso di causalità non poteva né essere escluso né essere ammesso con certezza. Ha di conseguenza confermato il riconoscimento di un'indennità all'espropriato sulla scorta della citata giurisprudenza del Tribunale federale. Il TAF ha quindi rettamente tenuto conto unicamente dell'alleggerimento dell'onere probatorio a carico del proprietario danneggiato, conformemente a quanto esposto in <ref-ruling> consid. 3. Non ha per contro dato per dimostrato il contestato nesso di causalità, né ha preteso che la ricorrente rovesciasse la presunzione della sua esistenza. Lamentando la violazione del diritto di essere sentita, la ricorrente non dimostra poi che le precedenti istanze le avrebbero impedito di portare determinate prove o avrebbero rifiutato a torto di assumerle. La censura di violazione degli <ref-law> e 8 CC, nella misura in cui non si confonde con quella di apprezzamento inesatto delle prove, è di conseguenza infondata.
4.
4.1. La ricorrente rimprovera alle istanze inferiori di avere apprezzato in modo inesatto le prove, attribuendo un peso eccessivo alla mancanza di una prova a futura memoria sullo stato dell'edificio prima dell'avvio dei lavori di costruzione. Richiama essenzialmente il rapporto dello Studio C._ SA, secondo cui i rilevamenti delle vibrazioni rientrerebbero nei limiti della norma VSS 640 312a, e gli accertamenti dell'arch. B._, che non ha constatato movimenti dopo la posa delle spie sulle principali fessure dell'abitazione. La ricorrente fa inoltre riferimento al parere del proprio geologo di progetto, che riconduce la probabile origine delle fessure al fenomeno naturale dello "scivolamento di Osco". Secondo la ricorrente, queste prove conforterebbero l'assenza di un nesso causale tra i lavori di costruzione e i danni all'abitazione dell'espropriato.
4.2. La valutazione delle prove attiene all'accertamento dei fatti, che il Tribunale federale esamina unicamente sotto il ristretto profilo dell'arbitrio (cfr. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 4.3). Per essere manifestamente inesatto, e quindi arbitrario, l'accertamento deve risultare chiaramente insostenibile, in evidente contrasto con la fattispecie, fondato su una svista manifesta o contraddire in modo urtante il sentimento di giustizia e di equità (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 3.1, 8 consid. 2.1 e rinvii).
4.3. Nella fattispecie, una prova a futura memoria riguardante il fondo part. xxx non è stata eseguita prima dell'inizio dei lavori di costruzione. La prova, così come la posa del sismografo sulla particella interessata, è stata effettuata soltanto dopo che il proprietario aveva segnalato l'apparizione di crepe sul suo edificio. La ricorrente rileva che nella decisione di approvazione dei piani il DATEC le aveva invero imposto di valutare se non fosse opportuno estendere le prove a futura memoria a tutte le proprietà situate nel comprensorio del Comune di Mairengo. Ribadisce di avere nondimeno scelto di limitare tali prove al perimetro stabilito dagli esperti sulla base delle esperienze maturate nella fase dei lavori di sondaggio di Piora. Riguardo al fondo part. n. 328, anche in questa sede la ricorrente si fonda quindi essenzialmente sui rilevamenti delle vibrazioni, che hanno permesso di registrare valori ampiamente inferiori a quelli limite ed in particolare sul rapporto dello Studio C._ SA, che concerne le misurazioni eseguite nel periodo dal 24 gennaio 2000 al 16 giugno 2000, stimando quelle riferite al fondo dell'espropriato nel periodo dal 24 gennaio 2000 al 3 aprile 2000, in cui non era ancora stato posato il sismografo, mediante estrapolazioni dai rilevamenti eseguiti su altri due fondi di Mairengo. La ricorrente richiama poi il rapporto relativo a un caso a suo dire analogo concernente un fondo di Bodio, in cui sono pure state misurate vibrazioni inferiori ai valori limite, che hanno portato l'esperto a ritenere la formazione di fessure estranea alle vibrazioni da brillamento. Fa inoltre riferimento all'accertamento dell'arch. B._, che in corrispondenza delle crepe litigiose non ha rilevato movimenti sulle spie posate l'11 luglio 2001 e cita le conclusioni di un esperto geologo secondo cui "non si può escludere che le spinte esercitate dalla massa in movimento del scivolamento di Osco prema sul costone di roccia e ne provochi dei minimi movimenti suscettibili di attivare delle tensioni nelle costruzioni adiacenti".
4.4. Gli esposti elementi, segnatamente la circostanza che le vibrazioni rilevate dagli esperti sono state inferiori ai valori limite, non consentono tuttavia di ritenere che le crepe sono necessariamente riconducibili ad altre cause, diverse dai lavori di costruzione. Un'univoca conclusione circa una determinata altra causa non risulta infatti dai rapporti e dai pareri specialistici citati. Il fenomeno naturale dello "scivolamento di Osco" è evocato dal geologo unicamente quale fattore probabile. In mancanza di una prova a futura memoria sullo stato dell'edificio prima dell'inizio dei lavori, anche il fatto che successivamente, dopo la posa delle spie, non siano stati riscontrati movimenti delle fessure in oggetto, non permette di escludere completamente che le stesse sono da ricondurre all'escavazione iniziale della galleria, avviata nel gennaio 2000. La precedente istanza ha quindi accertato in modo conforme agli atti, in ogni caso scevro di arbitrio, che in concreto una relazione di causalità non poteva ritenersi né dimostrata con certezza né del tutto esclusa. In una simile situazione, il riconoscimento di principio di un'indennità al proprietario danneggiato concorda pertanto con la giurisprudenza del Tribunale federale (cfr. <ref-ruling> consid. 3). Poiché l'ammontare dell'indennizzo concretamente stabilito dalla CFS non è contestato dalla ricorrente, la fattispecie non deve essere esaminata oltre.
5.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico della ricorrente che, pur essendo incaricata di un compito di diritto pubblico, aveva un interesse pecuniario nella causa (<ref-law> in relazione con l'art. 66 cpv. 1 e 4 LTF e con l'<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà alla patrocinatrice dell'opponente un'indennità di fr. 2'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3.
Comunicazione alla ricorrente, alla patrocinatrice dell'opponente, alla Commissione federale di stima del 13° Circondario e alla Corte I del Tribunale amministrativo federale.