(Strafverfahren; Ausstand), hat sich ergeben:
A.- A._ wurde vom Untersuchungsrichteramt des Kantons Schaffhausen am 27. Mai 2000 wegen Verdachts der Anstiftung und der Vorbereitungshandlungen zu Mord sowie Flucht- und Kollusionsgefahr in Untersuchungshaft gesetzt.
Am 13. September 2000 erhob die Staatsanwaltschaft beim Kantonsgericht Schaffhausen Anklage wegen mehrfacher Schändung und versuchter Anstiftung zu Mord, Freiheitsberaubung und Entführung, eventuell wegen strafbarer Vorbereitungshandlungen zu Mord, Freiheitsberaubung und Entführung. Kantonsgerichtspräsident Werner Oechslin verlängerte als Präsident der II. Strafkammer des Kantonsgerichts am 18. September 2000 die Untersuchungshaft bis zur Hauptverhandlung.
A._ beschwerte sich dagegen erfolglos beim Obergericht des Kantons Schaffhausen. Am 20. September 2000 lud Werner Oechslin die Verfahrensbeteiligten ein, ergänzende Beweismittel zu nennen, und am 6. November 2000 beurteilte er die von A._ gestellten Beweisergänzungsanträge.
Am 17. November 2000 stellte A._ ein Ablehnungsgesuch gegen Kantonsrichter Werner Oechslin, da dieser aufgrund der Haftverlängerung vom 18. September 2000 mit der Sache vorbefasst sei. Seine Voreingenommenheit ergebe sich auch aus seiner Beweisverfügung vom 6. November 2000. Darin habe er einen der Beweisergänzungsanträge nach Rücksprache mit dem Untersuchungsrichter abgewiesen.
Das Obergericht wies das Ablehnungsgesuch am 24. November 2000 ab, soweit es darauf eintrat.
B.- A._ beantragt mit staatsrechtlicher Beschwerde, das Urteil des Obergerichts sei wegen Verletzung des Rechts auf eine unparteiische gerichtliche Beurteilung (<ref-law>, Art. 6 Ziff. 1 EMRK) aufzuheben. Weiter ersucht er darum, der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen und die Verschiebung der auf den 18. Dezember 2000 angesetzten Hauptverhandlung anzuordnen.
Kantonsgerichtspräsident Werner Oechslin beantragt, die Beschwerde abzuweisen. Die Staatsanwaltschaft und das Obergericht haben keinen konkreten Antrag gestellt.
C.- Der Präsident der I. öffentlichrechtlichen Abteilung hat das Gesuch um aufschiebende Wirkung am 12. Dezember 2000 abgewiesen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Obergericht erachtet das Ablehnungsgesuch des Beschwerdeführers als unbegründet und lehnt es ab, Kantonsrichter Werner Oechslin von der weiteren Mitwirkung am Strafverfahren auszuschliessen. Sein Urteil ist letztinstanzlich ergangen und als Zwischenentscheid über eine Ausstandsfrage mit staatsrechtlicher Beschwerde anfechtbar (Art. 87 Abs. 1 OG in der am 1. März 2000 in Kraft getretenen Fassung des Bundesgesetzes vom 8. Oktober 1999 über prozessuale Anpassungen an die neue Bundesverfassung).
Der Beschwerdeführer ist durch den angefochtenen Entscheid berührt und legitimiert, ihn wegen Verletzung von Art. 6 Ziff. 1 EMRK und <ref-law> anzufechten (Art. 88 OG). Seine Rüge stützt sich zum Teil auf Tatsachen, die er vor Obergericht nicht vorgebracht hat; diese können vom Bundesgericht nicht berücksichtigt werden (vgl. <ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 5a S. 26; Walter Kälin, Das Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, 2. Aufl. , S. 369 f.).
Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind jedoch erfüllt.
Auf die Beschwerde ist mit dem erwähnten Vorbehalt einzutreten.
2.- a) Der Beschwerdeführer macht geltend, Werner Oechslin habe als Präsident der II. Strafkammer des Kantonsgerichts am 18. September 2000 die Fortsetzung der Untersuchungshaft verfügt und damit den dringenden Tatverdacht bejaht, weshalb er im Hinblick auf diese Beurteilung in der Sache wegen Vorbefassung in den Ausstand hätte treten müssen; dies insbesondere deshalb, weil er im Zeitpunkt der Haftprüfung bereits über die Anklageschrift und sämtliche Untersuchungsakten verfügt habe. Der Anschein der Befangenheit ergebe sich auch daraus, dass Werner Oechslin sich kein eigenes Bild über den Beweiswert der Agenden von H._ und S._ gemacht habe, deren Heranziehung von der Verteidigung beantragt worden sei. Statt dessen habe sich Werner Oechslin auf die Auskunft des Untersuchungsrichters berufen, wonach die Agenden keine relevanten Aufzeichnungen enthielten.
b) Das Obergericht ist auf die Rüge, Werner Oechslin habe in der Sache bereits in anderer amtlicher Stellung gehandelt, wegen verspäteter Geltendmachung nicht eingetreten. Im Sinne einer Eventualbegründung hat es zu diesem Einwand dennoch Stellung genommen und die unterschiedlichen Aufgaben von Haft- und Sachrichter erörtert.
Insofern führt es aus, Werner Oechslin habe sich bei der Prüfung der Haftvoraussetzungen zum Schuld- und Strafpunkt nicht geäussert. Der Haftentscheid enthalte auch keine anderen Festlegungen in dieser Richtung. Als unbegründet erachtet das Obergericht auch den Vorwurf, Werner Oechslin habe den Beweisantrag betreffend Beizug der fraglichen Agenden nicht objektiv geprüft. Es weist darauf hin, dass Werner Oechslin diesem Antrag ausdrücklich mit der Begründung nicht gefolgt sei, die Inhaber der Agenden hätten die massgebenden Seiten herausgerissen. Dass sich Werner Oechslin darüber hinaus auf die Auffassung des Untersuchungsrichters berufe, wonach die Agenden keinen weiteren Beweiswert aufwiesen, deute nicht auf Parteilichkeit hin.
c) Im angefochtenen Entscheid legt das Obergericht anhand der einschlägigen Praxis zu den hier aufgeworfenen Ausstandsfragen dar, weshalb die Befürchtungen des Beschwerdeführers unbegründet sind. Die Erwägungen des Obergerichts, wonach weder der Haftprüfungsentscheid vom 18. September 2000 noch die Beweisverfügung vom 6. November 2000 den Anschein von Befangenheit erwecken, sind zutreffend. Unter diesen Umständen ist auf Wiederholungen zu verzichten und vollumfänglich auf die Begründung im Entscheid des Obergerichts zu verweisen (Art. 36a Abs. 1 lit. b OG).
3.- Demnach ist die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens sind die Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht
im Verfahren nach Art. 36a OG:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf eingetreten werden kann.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, Kantonsgerichtspräsident Werner Oechslin sowie der Staatsanwaltschaft und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 23. Januar 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: