Faits:
A. A.a X._, de nationalité suisse, est décédé à son domicile de Nice (France) le 12 juillet 1962, laissant pour héritiers sa veuve, dame X._, et leurs deux fils, C._, domicilié à Genève, et A._, domicilié à Nice.
Les hoirs sont propriétaires communs d'un immeuble locatif sis à Genève, qui appartenait au défunt.
Le 2 juillet 2003, A._ a saisi la Justice de paix du canton de Genève d'une requête en nomination d'un représentant de la communauté héréditaire au sens de l'<ref-law>, vu les divergences entre les héritiers concernant la gestion de l'immeuble. Le Juge de paix a donné suite à cette requête en désignant, le 7 septembre 2004, un représentant ayant pour mission de s'occuper des questions relatives à l'immeuble. Plusieurs représentants d'hoirie se sont succédé. L'actuel, Me B._, avocat à Genève, a été nommé le 22 février 2005.
Dame X._ se trouvait sous curatelle renforcée, selon décision du Tribunal d'instance de Nice du 17 juillet 2006, levée le 17 décembre 2007 par la Justice de paix de Nyon.
A.b Par décision du 3 octobre 2007, confirmant l'annulation, intervenue en août 2007, d'une précédente décision du 29 juin 2007, Me B._ a attribué deux logements vacants sis au deuxième étage de l'immeuble à de nouveaux locataires, écartant par là-même la candidature de C._, initialement retenue, et a relancé les héritiers au sujet de deux devis pour des travaux de remplacement de l'ascenseur.
Le 8 novembre 2007, Me B._ a pris quatre décisions relatives à la gestion de l'immeuble, qui ne sont pas remises en cause dans la présente procédure.
A.c Dès son entrée en fonction, Me B._ a sollicité des provisions sur honoraires à hauteur de 19'200 fr. en 2005 et de 16'000 fr. en novembre 2006, compte tenu des difficultés rencontrées dans l'accomplissement de sa mission. Le Juge de paix a fait droit à ces requêtes.
Par courrier du 22 octobre 2007, le représentant de la communauté héréditaire a demandé une nouvelle provision d'honoraires de 14'300 fr., précisant qu'il avait accompli 165 heures d'activité depuis sa nomination et que son travail était particulièrement ardu en raison du conflit opposant les deux frères.
A.d Invité à se déterminer, A._ s'est opposé à la demande de provision et a persisté à solliciter la destitution de Me B._, lui reprochant une collusion avec C._ pour avoir, dans un premier temps, attribué à celui-ci deux appartements de l'immeuble, malgré les procédures pénales ouvertes à son encontre, avant de revenir sur sa décision.
C._ a pour sa part conclu à l'annulation des quatre décisions du 8 novembre 2007, considérant que l'exécution des différents travaux était prématurée, voire inutile.
Quant à dame X._, dans un recours à la teneur identique à celui de son fils C._, elle a conclu à l'annulation de la décision du 3 octobre 2007.
Me B._, dans ses observations aux différents recours, a expliqué, d'une part, que l'hostilité farouche entre les deux frères l'obligeait à déployer une activité quasi journalière pour la gestion de l'immeuble et, d'autre part, qu'il n'avait été informé de l'inculpation pénale de C._ qu'en juillet 2007, ce qui avait motivé le retrait de sa décision du 29 juin 2007.
B. Par ordonnance du 28 février 2008, déclarée exécutoire nonobstant recours, le Juge de paix a confirmé les décisions de Me B._ des 3 octobre et 8 novembre 2007, déclaré irrecevable le recours de dame X._, fixé à 300 fr. le tarif horaire de l'avocat pour son activité de représentant de l'hoirie, admis le principe de provisions d'honoraires bisannuelles et débouté les parties de toutes autres conclusions.
Par décision du 10 novembre 2008, la Cour de justice du canton de Genève a, à la forme et préalablement, notamment ordonné la disjonction du recours interjeté par A._ de ceux formés par son frère et sa mère contre l'ordonnance de la Justice de paix du 28 février 2008.
Sur le fond, la cour cantonale a rejeté le recours de A._, condamné celui-ci à payer un émolument de décision de 1'500 fr., les sûretés versées par lui étant affectées au paiement de cet émolument, mis les frais de Me B._, pour son activité liée audit recours, à la charge de la communauté héréditaire et débouté les parties de toutes autres conclusions.
C. A._ interjette un recours en matière civile contre la décision du 10 novembre 2008, dont il demande l'annulation en tant qu'elle refuse de révoquer Me B._; il conclut en outre à ce qu'il soit constaté que la Cour de justice a omis de se prononcer sur le montant des honoraires de celui-ci.
Il sollicite en outre le bénéfice de l'assistance judiciaire.
Des observations sur le fond n'ont pas été requises.
D. Par ordonnance du 5 mars 2009, la présidente de la cour de céans a admis la requête d'effet suspensif au sens des motifs.

Considérant en droit:
1.1 La décision attaquée est une décision finale (<ref-law>) rendue en matière de surveillance d'un représentant successoral (art. 72 al. 2 let. b ch. 5 LTF) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint 30'000 fr. (<ref-law>). Le recourant a qualité pour recourir, car il a pris part à la procédure devant l'autorité cantonale et a un intérêt juridique à la modification de la décision attaquée (<ref-law>).
Le recours a par ailleurs été interjeté en temps utile (<ref-law>) et dans la forme prévue par la loi (<ref-law>).
On peut se demander si le recourant n'aurait pas dû attraire ses cohéritiers devant le Tribunal fédéral (<ref-ruling> ss) ou si le fait que le recours soit dirigé contre le représentant de la communauté héréditaire, partant, de tous les hoirs, le dispensait de les assigner comme intimés. La question peut toutefois rester ouverte car le recours est de toute manière infondé, comme il sera exposé plus loin.
1.2 Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF; il peut donc être interjeté pour violation des droits constitutionnels, qui font partie du droit fédéral au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 447, 462 consid. 2.3 p. 466). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), il n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 105). Il ne connaît de la violation de droits fondamentaux ou du droit cantonal que si ce grief a été soulevé et motivé par le recourant (<ref-law>), les exigences de motivation correspondant à celles de l'ancien art. 90 al. 1 let. b OJ (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254; <ref-ruling> consid. 6 p. 397).
1.3 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral conduit son raisonnement sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>); il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte - c'est-à-dire arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 62) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Il appartient au recourant de soulever expressément un grief à ce propos et de présenter une démonstration précise et circonstanciée (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 246; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 550). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>). En tant que le recourant s'écarte des constatations de fait de l'autorité cantonale, les complète ou encore les modifie, sans invoquer l'une des exceptions susmentionnées, ses allégations ne sauraient être prises en considération.
2. Le recourant fait grief à la Cour de justice d'avoir violé les art. 9, 29 et 30 Cst., ainsi que l'art. 6 § 1 CEDH, en rejetant sa demande de débat contradictoire et en rendant sa décision sans audience publique.
2.1 L'art. 6 § 1 CEDH garantit en principe le droit pour une partie de pouvoir être entendue oralement devant un tribunal au cours d'une séance publique lorsque sont en jeu des «droits et obligations de caractère civil» (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 429; <ref-ruling> consid. 5 p. 309 et les arrêts cités). L'obligation d'organiser des débats publics présuppose toutefois une demande formulée de manière claire et indiscutable par l'une des parties au procès (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 431). L'art. 30 Cst. n'offre pas de garanties procédurales supplémentaires par rapport à l'art. 6 § 1 CEDH (cf. FF 1997 I p. 186). Il en va de même de l'art. 29 Cst., qui ne confère du reste pas le droit d'être entendu oralement (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 428 et les références citées).
La deuxième phrase de l'art. 6 § 1 CEDH prévoit des exceptions au principe de la publicité (cf. <ref-ruling> consid. 5d p. 35, 306 consid. 2b p. 311). Il suffit en outre que celui-ci soit respecté par l'une des instances saisies, pourvu qu'elle puisse se prononcer sur le bien-fondé de l'affaire avec un pouvoir de cognition complet quant aux faits et au droit (ATF 121 Ia 30 consid. 5e p. 36/37 et les nombreuses références citées). Une telle modulation vaut tant pour la publicité de l'audience que pour celle du jugement: à côté de la lecture à haute voix, d'autres moyens de rendre publiques les décisions, tels que le dépôt à un greffe accessible au public, sont admissibles au regard de l'art. 6 § 1 CEDH (HAEFLIGER/SCHÜRMANN, Die Europäische Menschenrechtskonvention und die Schweiz, 2e éd., 1999, p. 198/199; PETTITI/DECAUX/IMBERT, La Convention européenne de droits de l'homme, 1995, p. 267; VILLIGER, Handbuch der Europäischen Menschenrechtskonvention [EMRK], p. 262).
2.2 En l'occurrence, le recourant ne prétend pas qu'aucun débat oral n'aurait eu lieu au cours de la procédure, malgré une requête expresse de sa part. Dans ces conditions, le recourant - qui ne se prévaut au demeurant d'aucune violation du droit cantonal de procédure - ne démontre pas de façon suffisamment motivée en quoi l'opinion de la Cour de justice, selon laquelle il n'y avait pas matière à organisation d'un débat contradictoire devant elle dès lors qu'elle se prononce par des arrêts, serait arbitraire ou contraire à l'art. 6 § 1 CEDH. De même, il ne motive aucunement son grief relatif à la communication de la décision de la Cour de justice sans audience publique. Sa critique est dès lors irrecevable (<ref-law>).
3. Le recourant soutient en outre que la décision de la Cour de justice du 10 novembre 2008 est nulle car non signée par le président et par les juges. Le recourant se contente toutefois d'alléguer qu'il est possible de s'interroger sur la collégialité de cette décision particulièrement inique, sans toutefois préciser quelle disposition légale ou quel principe juridique auraient été violés. Tel qu'il est présenté, le grief n'est pas recevable, faute d'une motivation conforme aux art. 42 al. 2, respectivement 106 al. 2 LTF.
4. 4.1 Dans un autre moyen, le recourant soutient que les juges précédents ont statué sans preuve sur les honoraires, surévalués, de l'intimé, dès lors qu'il n'a pas été donné suite à sa demande de production, par celui-ci, des justificatifs concernant son activité.
4.2 La Cour de justice s'est bornée à confirmer le tarif horaire de 300 fr. admis par le Juge de paix, aux motifs qu'il se trouvait à la limite inférieure pour une activité d'avocat - sous réserve d'exceptions non réalisées ici - et que la mission du représentant de l'hoirie revêtait une complexité certaine, en raison de l'existence d'un conflit intra-familial aussi aigu que persistant et de la nature des décisions à prendre, qui requéraient des connaissances juridiques certaines. Le recourant ne conteste pas cette argumentation; il ne motive pas non plus son chef de conclusions tendant à la constatation que la cour cantonale a omis de se prononcer sur le montant des honoraires de l'intimé. Il reproche seulement à cette autorité de n'avoir pas donné suite à ses réquisitions de preuve, sans toutefois alléguer, ni a fortiori démontrer, les avoir présentées en temps utile et dans les formes prescrites par la procédure cantonale. Au demeurant, il ne se plaint pas formellement d'une violation de son droit de produire des preuves, respectivement de son droit d'être entendu; il ne soutient pas non plus que les mesures probatoires sollicitées auraient été refusées sur la base d'une appréciation arbitraire des preuves. Autant qu'il est recevable, le grief apparaît donc infondé.
5. Le recourant reproche en outre à l'autorité cantonale d'avoir fait preuve de partialité et d'arbitraire, ainsi que d'avoir établi les faits de façon manifestement inexacte, en considérant que le représentant de l'hoirie n'avait commis aucune faute en attribuant sept baux à C._ et en refusant de le révoquer.
Alléguant qu'il n'avait aucune chance de voir sa cause équitablement entendue par un tribunal indépendant et impartial (art. 9 Cst. et 6 CEDH), dès lors que le représentant de l'hoirie est juge suppléant à la Cour de justice, le recourant soutient que l'intimé a fait courir un risque grave aux membres de l'hoirie en accordant les baux en question à son frère, alors qu'il n'ignorait rien des détournements d'argent opérés par ce dernier au préjudice de l'hoirie. Les fautes lourdes commises par l'intimé et la facturation excessive de ses honoraires justifiaient sa révocation, de sorte que la décision attaquée serait manifestement insoutenable (art. 9 Cst.).
5.1 A cet égard, l'autorité cantonale a d'abord rappelé que, dans son précédent arrêt du 26 avril 2007, elle était déjà parvenue à la conclusion qu'il n'existait aucune raison convaincante de révoquer le mandat de l'intimé. Elle a par ailleurs considéré que celui-ci avait, à plusieurs reprises, clairement expliqué les raisons pour lesquelles il était revenu sur sa décision du 29 juin 2007 d'attribuer deux appartements de l'immeuble propriété de l'hoirie à C._, revirement qui, au demeurant, allait dans le sens de ce que voulait le recourant. Selon la cour cantonale, on ne voyait pas en quoi le fait, pour le représentant de l'hoirie, d'adapter ses décisions en fonction d'éléments nouveaux ou nouvellement portés à sa connaissance, serait préjudiciable aux héritiers indivis. Il y avait d'autant moins de raison de remplacer Me B._ que celui-ci n'avait fait que poursuivre la mission de ses prédécesseurs et que son remplacement occasionnerait de nouveaux frais, ce dont le recourant ne cessait de se plaindre. En l'absence de tout élément convaincant en faveur d'une révocation ou d'une destitution du représentant de l'hoirie, le recours ne pouvait qu'être rejeté sur ce point.
5.2 Le recourant expose qu'il ne reproche pas à l'intimé d'être revenu sur sa décision du 29 juin 2007, mais de l'avoir prise. Il allègue, en substance, que le représentant de l'hoirie a agi dans l'intérêt exclusif de C._, «délinquant de droit commun notoire», en lui accordant sept baux alors qu'il n'ignorait rien des détournements opérés par l'intéressé au préjudice de l'hoirie et savait que ce dernier ne remplirait pas ses obligations de locataire. A l'appui de ses allégations, il se contente d'énumérer, de façon appellatoire, une série de faits qui démontreraient, selon lui, que l'intimé connaissait, en 2005 déjà, les malversations commises par C._. Ce faisant, il n'établit pas en quoi l'autorité cantonale aurait arbitrairement admis les explications du représentant de l'hoirie, selon lesquelles celui-ci n'avait été informé des procédures pénales ouvertes à l'encontre de C._ qu'en juillet 2007.
Pour le surplus, les arguments avancés par le recourant, en particulier concernant la fonction de juge suppléant assumée par l'intimé et les honoraires accordés à celui-ci par la Justice de paix, ne sont pas de nature à faire apparaître comme contraire au droit fédéral, droits constitutionnels compris, l'opinion de la Cour de justice selon laquelle il ne se justifiait pas de mettre fin à la mission du représentant de l'hoirie.
6. En conclusion, le recours apparaît mal fondé et doit par conséquent être rejeté, dans la faible mesure de sa recevabilité.
Vu cette issue - prévisible - de la procédure, la demande d'assistance judiciaire du recourant ne saurait être agréée (<ref-law>). Celui-ci supportera par conséquent les frais de la présente procédure (<ref-law>). L'intimé, qui a conclu au rejet de la requête d'effet suspensif alors que celle-ci a été admise au sens des motifs, n'a pas droit à des dépens de ce chef (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. La requête d'assistance judiciaire est rejetée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 4 mai 2009
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Hohl Mairot