Sachverhalt:
A. Die Schulleitung der Kantonsschule Zürcher Unterland verfügte am 2. Februar 2011, dass A.X._ (geb. 17. Dezember 1993) als Schülerin der vierten Klasse per Ende des Herbstsemesters 2010/2011 nicht promoviert werde und - da sie bereits die dritte Klasse wiederholt hatte - von der Schule ausgeschlossen werde. Der Vater von A.X._, B.X._, erhob am 11. Februar 2011 gegen diesen Promotions- und Ausschlussentscheid für seine Tochter Rekurs bei der Bildungsdirektion und beantragte sinngemäss die definitive Promotion. Die Bildungsdirektion wies den Rekurs am 17. Juni 2011 ab. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich am 25. Oktober 2011 ab.
B. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht vom 25. November 2011 wegen Verletzung von Art. 8 Abs. 2, Art. 9 und <ref-law> beantragt A.X._, gesetzlich vertreten durch ihren Vater, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 25. Oktober 2011 aufzuheben und das Verfahren an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen, damit diese ihre Verfügung vom 2. Februar 2011 rechtsgenügend begründe und der Beschwerdeführerin umfassend Akteneinsicht gewähre.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hat auf Vernehmlassung verzichtet. Die Bildungsdirektion des Kantons Zürich beantragt die Abweisung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Gemäss Art. 83 lit. t BGG ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten unzulässig gegen Entscheide über das Ergebnis von Prüfungen und anderen Fähigkeitsbewertungen, namentlich auf den Gebieten der Schule, der Weiterbildung und der Berufsausübung. Diese Ausschlussbestimmung zielt auf Prüfungsergebnisse im eigentlichen Sinn sowie auf alle Entscheide ab, die auf einer Bewertung der intellektuellen oder physischen Fähigkeiten eines Kandidaten beruhen, nicht aber auf andere Entscheide im Zusammenhang mit Prüfungen wie insbesondere solche organisatorischer Natur (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 231). Vorliegend geht es um ein eigentliches Prüfungsergebnis, weshalb die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ausgeschlossen ist, wovon auch die Beschwerdeführerin ausgeht.
2. 2.1 Soweit wie hier ein kantonaler Endentscheid angefochten wird, ist bei Ausschluss der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten die Zulässigkeit der subsidiären Verfassungsbeschwerde nach <ref-law> zu prüfen.
2.2 In Anknüpfung an die bisherige Rechtsprechung zur staatsrechtlichen Beschwerde hat das Bundesgericht seine Praxis in Bezug auf die Anfechtbarkeit von Prüfungsnoten im Rahmen der subsidiären Verfassungsbeschwerde wie folgt präzisiert: Weiterhin nicht anfechtbar sind einzelne Noten einer Gesamtprüfung, die nicht mit einer weitergehenden Wirkung wie dem Nichtbestehen verbunden sind und auch keinen Einfluss auf ein Prädikat zeitigen. Steht jedoch das Nichtbestehen, eine andere Folge (wie der Ausschluss von der Weiterbildung) oder ein Prädikat in Frage, für das die Prüfungsordnung vorgibt, wie es zu bestimmen ist, besteht ein Rechtsschutzinteresse an der Überprüfung des Gesamtergebnisses und damit auch an einer diesem zugrunde liegenden Einzelnote (<ref-ruling> E. 2.6 S. 234).
Die von der Beschwerdeführerin angefochtenen Noten wirken sich auf das Gesamtergebnis, d.h. auf die Frage der Promotion aus. Der Entscheid darüber als Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet damit grundsätzlich einen anfechtbaren Hoheitsakt.
3. 3.1 Mit der Verfassungsbeschwerde kann ausschliesslich die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nur, soweit eine entsprechende Rüge vorgebracht und begründet worden ist. Dabei gilt eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254, 396 E. 3.1 S. 399). Diese verlangt, dass die Beschwerdeführerin in ihrer Eingabe dartut, welche verfassungsmässigen Rechte inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind. Das Bundesgericht untersucht deshalb nicht von sich aus, ob der angefochtene kantonale Entscheid verfassungsmässig ist, sondern prüft nur rechtsgenügend vorgebrachte, klar erhobene und, soweit möglich, belegte Rügen; auf appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt es nicht ein (vgl. <ref-ruling> E.2.8 S. 494 mit Hinweisen). Ruft die Beschwerdeführerin das Willkürverbot an, muss sie, wie schon im Verfahren der staatsrechtlichen Beschwerde, dartun, dass und inwiefern der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft (<ref-ruling> E. 6 S. 397). Die Beschwerdeführerin soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die sie im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit ihrer Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen.
Soweit die vorliegende Beschwerde diesen Anforderungen nicht genügt und sich in appellatorischer Kritik erschöpft, ist darauf nicht einzutreten.
3.2 Hat das Bundesgericht auf subsidiäre Verfassungsbeschwerde hin die Bewertung von Prüfungsleistungen zu beurteilen, so prüft es die Handhabung der einschlägigen kantonalen Verfahrensvorschriften - auf entsprechende, ordnungsgemäss begründete Rügen hin (vgl. E. 3.1) - nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür. In erster Linie prüft es dabei, ob das vorgeschriebene Verfahren unter Beachtung der verfassungsrechtlichen Minimalgarantien durchgeführt worden ist. Eine besondere Zurückhaltung auferlegt es sich bei der materiellen Beurteilung, indem es erst einschreitet, wenn sich die Behörde von sachfremden oder sonst wie ganz offensichtlich unhaltbaren Erwägungen hat leiten lassen, so dass ihr Entscheid unter rechtsstaatlichen Gesichtspunkten als nicht mehr vertretbar und damit als willkürlich erscheint.
4. 4.1 Willkür im Sinne von <ref-law> liegt nach ständiger Rechtsprechung nicht schon dann vor, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgrundsatz zuwiderläuft. Willkür liegt zudem nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f. mit Hinweisen).
4.2 Die Beschwerdeführerin erachtet als willkürlich und rechtsungleich, dass ihre gesundheitliche Situation überhaupt nicht berücksichtigt worden sei, obwohl sie einen Arztbericht eingereicht und geltend gemacht habe, dass sie im Unterricht mehr gefehlt habe als andere Schülerinnen.
Die Beschwerdeführerin hatte vor der Vorinstanz im Zusammenhang mit den krankheitsbedingten Abwesenheiten noch vorgetragen, dadurch habe sich eine unzumutbare Kumulierung von Prüfungen ergeben. Die Vorinstanz hat diesbezüglich festgestellt, sie habe nicht dargetan, weshalb sich eine unzumutbare Kumulierung von Prüfungen ergeben habe und welche Prüfungen davon betroffen seien. Zudem führte sie aus, ein solches Vorbringen wäre ohnehin verspätet; ergebe sich aufgrund krankheitshalber nachzuholender Prüfungen eine unzumutbare Kumulierung innert eines kurzen Zeitraumes, so hätte die Beschwerdeführerin sofort darauf hinzuweisen und eine andere Ansetzung einzelner Nachprüfungen zu erwirken gehabt. Mit diesen Feststellungen der Vorinstanz setzt sich die Beschwerdeführerin überhaupt nicht auseinander, sondern bringt lediglich vor, ihre krankheitsbedingte Abwesenheit hätte bei der Festsetzung der Prüfungsresultate berücksichtigt werden müssen. Sie vermag damit nicht aufzuzeigen, inwiefern die vorinstanzlichen Ausführungen unhaltbar wären. Soweit die Beschwerdeführerin eine rechtsungleiche Behandlung rügt, zeigt sie mit keinem Wort auf, worin eine solche liegen sollte.
5. Weiter rügt die Beschwerdeführerin in verschiedener Hinsicht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (<ref-law>).
5.1 Sie erblickt eine Gehörsverletzung darin, dass ihr nicht ausführlich und detailliert begründet worden sei, weshalb sie welche Noten erhalten habe.
Die Vorinstanz hat ausgeführt, die Beschwerdegegnerin sei dem Wunsch auf Begründung des Notenentscheides nachträglich zumindest insofern nachgekommen, als aus der mit der Rekursantwort eingereichten Leistungsbeurteilung hervorgehe, welche Gründe zur Erteilung der entsprechenden Fachnote geführt haben, und dabei insbesondere auch - wenn auch nur in kurzer Form - zu den mündlichen Leistungen der Beschwerdeführerin Stellung genommen werde.
Aus dem durch <ref-law> gewährleisteten Anspruch auf rechtliches Gehör folgt insbesondere die Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Die Begründung muss so abgefasst werden, dass die Betroffene erkennen kann, warum die Behörde in einem bestimmten Sinn entschieden hat, sodass sie den Entscheid gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann (<ref-ruling> E. 3.2 S. 236 mit Hinweisen). Bei Prüfungsentscheiden kommt die Behörde dieser Verpflichtung nach, wenn sie der Betroffenen - allenfalls auch nur mündlich - kurz darlegt, welche Lösungen bzw. Problemanalysen von ihr erwartet wurden und inwiefern ihre Antworten den Anforderungen nicht zu genügen vermochten (u.a. Urteile 2P.81/2001 vom 12. Juli 2001 E. 3b/bb und 2P.21/1993 vom 8. September 1993 E. 1b, publ. in: SJ 1994 S. 161 ff.). Der Anspruch auf Begründung ist nicht schon dann verletzt, wenn die Prüfungsbehörde sich vorerst darauf beschränkt, die Notenbewertung bekannt zu geben. Es genügt, wenn sie die Begründung im Rechtsmittelverfahren liefert und die Betroffene Gelegenheit erhält, in einem zweiten Schriftenwechsel dazu Stellung zu nehmen (vgl. Urteil 2P.23/2004 vom 13. August 2004 E. 2.2 mit Hinweisen).
Diesen Anforderungen wurde vorliegend gemäss unbestrittenen Ausführungen der Vorinstanz nachgekommen, indem die erwähnte Leistungsbeurteilung mit der Rekursantwort eingereicht wurde. Die Beschwerdeführerin vermag nicht aufzuzeigen, inwiefern es ihr aufgrund der ihr bekannt gegebenen Benotungen sowie den ergänzenden Bemerkungen dazu nicht möglich gewesen sein sollte, die Bewertungen nachzuvollziehen und allenfalls darzulegen, inwiefern diese unrichtig sein sollten. Schon aus diesem Grunde geht ihre Rüge, wonach ihr rechtliches Gehör verletzt worden sei, fehl. Hinzu kommt, dass im Falle der Leistungsbeurteilung im Rahmen des Schulunterrichts, welche fortlaufend durch periodische Prüfungen erfolgt, in aller Regel ausreichend Gelegenheit besteht, einzelne Prüfungsergebnisse mit der verantwortlichen Lehrperson zu besprechen. Das heisst, es ist ohne Weiters davon auszugehen, dass der betroffenen Schülerin bereits während dem Jahr laufend bewusst sein konnte und musste, wie ihre Leistungen bewertet werden. Aus diesem Grunde liessen sich die Anforderungen an die Begründung der Bewertungen Ende Jahr, welche zu grossem Teil rechnerischer Nachvollzug der während dem Semester bereits bewerteten Leistungen darstellen, ohne Weiteres reduzieren.
5.2 Die Beschwerdeführerin sieht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs sodann darin, dass ihr die Klassendurchschnitte nicht bekannt gegeben worden seien.
Die Vorinstanz hat diesbezüglich festgestellt, es sei nicht ersichtlich, was die Beschwerde aus dem Klassendurchschnitt ableiten wolle. Der Ermessenspielraum sei in diesem Zusammenhang hoch und die Gründe für einen hohen oder tiefen Klassendurchschnitt in einzelnen Prüfungen seien vielschichtig. Aus dem Klassendurchschnitt könnten deshalb nicht ohne Weiteres Rückschlüsse auf die tatsächliche Bewertung der Leistung einer einzelnen Schülerin gezogen werden.
Die Beschwerdeführerin setzt sich mit diesen Feststellungen der Vorinstanz nicht auseinander. Es ist nicht ersichtlich, inwiefern sie unzutreffend sein sollten. Der Vorinstanz ist daher zuzustimmen, wenn sie in der Nichtbekanntgabe der Klassendurchschnitte - soweit diese nicht ohnehin in der mit der Rekursantwort abgegebenen Beurteilung enthalten sind - keine Verletzung des rechtlichen Gehörs zu erkennen vermag.
5.3 Weiter erblickt die Beschwerdeführerin eine Verletzung des rechtlichen Gehörs darin, dass ihr keine Auflistung über die ausgefallenen Stunden ausgehändigt worden sei.
Die Vorinstanz stellt diesbezüglich fest, es werde nicht geltend gemacht, in einem bestimmten Fach seien unzulässig viele Stunden ausgefallen. Sodann sei nicht ersichtlich, inwiefern einzelne ausgefallene Stunden einen grundsätzlich negativen Einfluss auf die Prüfungsleistungen haben sollten. Es werde auch nicht geltend gemacht, dass aufgrund ausgefallener Stunden ein Teil des prüfungsrelevanten Stoffes nicht vermittelt worden wäre. Soweit zudem den Schülern wegen ausgefallener Stunden abverlangt worden sein sollte, dass sie sich einen Teil des Stoffes im Selbststudium aneignen, wäre dies - soweit der zu lernende Stoff überschaubar bleibt - auf dieser Altersstufe nicht zu beanstanden.
Auch mit diesen Feststellungen der Vorinstanz setzt sich die Beschwerdeführerin nicht näher auseinander. Sie macht zwar geltend, aufgrund ihrer gesundheitlichen Probleme und aufgrund der ausgefallenen Stunden habe sie nicht genügend Zeit gehabt, um den Prüfungsstoff genügend vermittelt zu erhalten. Mit ihrem pauschalen Vorbringen legt sie jedoch nicht in genügender Weise dar, dass Anlass zur Annahme bestehen könnte, es seien unzulässig viele Stunden ausgefallen. Sie legt auch nicht dar, inwiefern die Ausführungen der Vorinstanz, wonach es den Schülern zumutbar sei, einen Teil des Stoffes im Selbststudium zu erarbeiten, unzutreffend wären. Schliesslich scheint sie zu übersehen, dass der Ausfall unzulässig vieler Stunden für alle Schüler den gleichen Effekt gehabt hätte. Sie macht jedoch nicht geltend, dass generell in ihrer Klasse ein Leistungsproblem bestanden hätte.
5.4 Gesamthaft gesehen geht damit die Rüge der Verletzung des rechtlichen Gehörs fehl.
6. Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Ergänzend kann auf die Ausführungen im angefochtenen Entscheid sowie in der Vernehmlassung der Bildungsdirektion verwiesen werden.
Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1, Art. 65 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem gesetzlichen Vertreter der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem gesetzlichen Vertreter der Beschwerdeführerin, der Kantonsschule Zürcher Unterland, der Bildungsdirektion des Kantons Zürich und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. April 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Die Gerichtsschreiberin: Dubs