Sachverhalt:
A. Die 1965 geborene S._ leidet an multipler Sklerose, schubförmiger Verlauftyp und ist seit 23. Februar 2004 in ihrer bisherigen erwerblichen Tätigkeit als Verkäuferin beim Unternehmen C._ vollständig arbeitsunfähig. Am 18. Februar 2005 meldete sie sich bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Nach Abklärung der erwerblichen, haushaltlichen und medizinischen Verhältnisse holte die IV-Stelle des Kantons St. Gallen von der MEDAS ein interdisziplinäres Gutachten vom 10. Oktober 2006 ein. Gestützt darauf ermittelte die IV-Stelle einen Invaliditätsgrad von 32 % für den erwerblichen Bereich und von 8,8 % für den Tätigkeitsbereich als Hausfrau. Mit Verfügungen vom 5. und 19. Juni 2007 sprach sie der Versicherten nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens rückwirkend ab 1. Februar 2005 bei einem Invaliditätsgrad von 41 % eine Viertelsrente sowie zwei Viertels-Kinderrenten und ab 1. Juni 2007 noch eine Viertels-Kinderrente zu.
B. Beschwerdeweise liess S._ beantragen, es sei ihr eine ganze Invalidenrente nebst einer Kinderrente zuzusprechen; eventuell sei die Streitsache zur weiteren (medizinischen) Abklärung und Neubeurteilung an die IV-Stelle zurückzuweisen, wobei das Gutachten der MEDAS aus dem Recht zu weisen sei. Mit Entscheid vom 3. September 2008 hiess das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen die Beschwerde gut, hob die angefochtenen Verfügungen vom 5. und 19. Juni 2007 auf und sprach S._ mit Wirkung ab 1. Februar 2005 eine ganze Invalidenrente zu.
C. Die IV-Stelle des Kantons St. Gallen führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Rechtsbegehren, der vorinstanzliche Entscheid sei aufzuheben und die Verfügungen vom 5. und 19. Juni 2007 seien zu bestätigen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann diese Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Streitig ist der Umfang des Anspruches der Beschwerdegegnerin auf eine Invalidenrente. Dabei steht nurmehr die erwerbliche Verwertbarkeit der gemäss MEDAS-Gutachten geschätzten Restarbeitsfähigkeit in Frage.
2.1 Bei erwerbstätigen Versicherten ist der Invaliditätsgrad aufgrund eines Einkommensvergleichs zu bestimmen. Dazu wird das Erwerbseinkommen, das die versicherte Person nach Eintritt der Invalidität und nach Durchführung der medizinischen Behandlung und allfälliger Eingliederungsmassnahmen durch eine ihr zumutbare Tätigkeit bei ausgeglichener Arbeitsmarktlage erzielen könnte, in Beziehung gesetzt zum Erwerbseinkommen, das sie erzielen könnte, wenn sie nicht invalid geworden wäre (<ref-law>).
Das kantonale Gericht hat zutreffend festgehalten, dass im Rahmen der Invaliditätsbemessung bei der Bestimmung des trotz gesundheitlicher Beeinträchtigung zumutbarerweise erzielbaren Einkommens nicht von realitätsfremden Einsatzmöglichkeiten ausgegangen werden darf. Insbesondere kann dort nicht von einer Arbeitsgelegenheit gesprochen werden, wo die zumutbare Tätigkeit nur in so eingeschränkter Form möglich ist, dass sie der ausgeglichene Arbeitsmarkt praktisch nicht kennt oder sie nur unter nicht realistischem Entgegenkommen eines durchschnittlichen Arbeitgebers möglich und das Finden einer entsprechenden Stelle daher zum vorneherein als ausgeschlossen erscheint (ZAK 1991 S. 318 E. 3b). Ferner ist die Vorinstanz vom zutreffenden Begriff des ausgeglichenen Arbeitsmarktes (<ref-law>) ausgegangen, wonach dieser nicht nur von seiner Struktur her einen Fächer verschiedenartiger Stellen offen hält, und zwar sowohl bezüglich der dafür verlangten beruflichen und intellektuellen Voraussetzungen wie auch hinsichtlich des körperlichen Einsatzes (<ref-ruling> E. 4b S. 276; ZAK 1991 S. 318 E. 3b). Weder gestützt auf die Pflicht zur Selbsteingliederung noch im Rahmen der der versicherten Person auf einem ausgeglichenen Arbeitsmarkt offen stehenden Möglichkeiten der Verwertung ihrer Restarbeitsfähigkeit dürfen von ihr Vorkehren verlangt werden, die unter Berücksichtigung der gesamten objektiven und subjektiven Gegebenheiten des Einzelfalles nicht zumutbar sind (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 28 mit Hinweisen).
2.2 Ausgehend von diesen zutreffenden Leitlinien hat das kantonale Gericht die wirtschaftliche Verwertbarkeit der verbliebenen Restarbeitsfähigkeit aufgrund folgender krankheitsbedingter Behinderungen verneint, für welche es sich auf das MEDAS-Gutachten vom 10. Oktober 2006 gestützt hat:
- Beeinträchtigung der körperlichen Fähigkeiten durch gut sichtbare
Gangataxien;
- Schwäche der oberen und unteren Extremitäten und Unfähigkeit zu
längerem Stehen und Gehen, Sitzen, Bücken und Tragen sowie
Heben von Lasten;
- keine grossen Anforderungen an die feinmotorischen und intellektuellen
Fähigkeiten zufolge deutlicher kognitiver Beeinträchtigungen im Bereich
von Aufmerksamkeit und Gedächtnis;
- ängstlich-depressive Reaktion und affektive Beeinträchtigung;
- rasche körperliche Ermüdung, erhöhte Erschöpfbarkeit und ständige
Schmerzen;
- Aufteilung der zumutbaren Arbeitszeit auf zwei Phasen von 2 - 21⁄2 Stunden
pro Tag;
- Risiko der weiteren Verschlimmerung der Erkrankung.
3. 3.1 Die IV-Stelle wendet sich gegen die Annahme, die Beschwerdegegnerin könne ihre Restarbeitsfähigkeit nicht mehr verwerten und vertritt die Auffassung, die wirtschaftliche Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit auf dem ausgeglichenen Arbeitsmarkt stelle eine vom Bundesgericht frei überprüfbare Rechtsfrage dar. Dem kann nicht beigepflichtet werden.
3.2 Die wirtschaftliche Verwertbarkeit der noch zumutbaren Restarbeitsfähigkeit auf dem als ausgeglichen gedachten Arbeitsmarkt bedeutet eine Einschätzung der Chancen der versicherten Person, trotz der im Einzelfall einzuhaltenden Restriktionen bezüglich Arbeitsplatz, Arbeitshaltung, Arbeitszeit und Art der Tätigkeit von einem durchschnittlichen Arbeitgeber noch angestellt zu werden. Es geht dabei um die konkrete Beurteilung der für die versicherte Person realistischerweise noch vorhandenen oder nicht mehr vorhandenen Arbeitsmarktchancen. Erfolgt die arbeitsmarktliche Chancenbeurteilung auf der Grundlage der im konkreten Einzelfall von einem potenziellen Arbeitgeber zu beachtenden Einschränkungen, handelt es sich dabei um eine Tatfrage. Anders verhält es sich nur, wenn sich das kantonale Sozialversicherungsgericht oder der Sozialversicherungsrichter hiefür auf einen aus der allgemeinen Lebenserfahrung gewonnenen Erfahrungssatz stützt, welchem allgemeine Geltung für gleichgelagerte Fälle und damit normativer Charakter zukommt (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 398 betreffend zumutbare Arbeit; Ulrich Meyer, N 35 zu Art. 105, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger [Hrsg.], Basler Kommentar Bundesgerichtsgesetz, Basel 2008 [BSK BGG]).
3.3 Das kantonale Gericht hat seinen Entscheid über die Verwertbarkeit der verbliebenen Restarbeitsfähigkeit konkret auf die multiplen krankheitsbedingten sachlichen und zeitlichen Limitierungen der Leistungsfähigkeit gestützt. Daraus zog die Vorinstanz den Schluss, die Beschwerdegegnerin könne nicht damit rechnen, dass ein (durchschnittlicher) Arbeitgeber sowohl auf alle bereits vorhandenen Beeinträchtigungen ihrer Leistungsfähigkeit Rücksicht als auch zusätzlich das Risiko einer weiteren Verschlimmerung ihrer Krankheit in Kauf nehmen würde. Diese Schlussfolgerungen sind tatsächlicher Natur und daher für das Bundesgericht verbindlich, ausser wenn sie offensichtlich unrichtig oder unvollständig sind, was hier nicht zutrifft. Von einer unvollständigen Tatsachenfeststellung, die nach <ref-law> eine Rechtsverletzung darstellt, könnte gesprochen werden, wenn die Vorinstanz bezüglich der Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit der Beschwerdegegnerin überhaupt keine Feststellungen getroffen hätte. Das ist nicht der Fall. Soweit die IV-Stelle den Sachverhaltsfeststellungen des kantonalen Gerichts davon abweichende eigene Sachbehauptungen bezüglich der Verwertbarkeit der Restarbeitsfähigkeit der Beschwerdegegnerin entgegensetzt, handelt es sich um unzulässige appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid (<ref-law>; Urteil 9C_882/2007 vom 11. April 2008 E. 5.1.)
4. Die Gerichtskosten werden der Beschwerdeführerin als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen, der Ausgleichskasse C._ und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. Dezember 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Helfenstein Franke