Faits:
A. Inscrite au Registre du commerce de Genève depuis le 16 août 1956, l'association X._ (ci-après citée: l'Association) a son siège à Y._; elle a pour but de créer et de développer un centre de vie sociale comportant des locaux de réunions et des logements familiaux. A cette fin, le canton de Genève lui a concédé, par acte du 15 décembre 1956 (partiellement modifié le 12 mai 1977), une servitude de superficie sur une parcelle sise en ville de Genève, avec le droit et l'obligation d'y construire des immeubles locatifs à caractère social; la servitude a été constituée sous la forme d'un droit distinct et permanent d'une durée de soixante ans; à sa demande, l'Association peut obtenir, à l'échéance du droit, une prolongation de trente ans de la servitude de superficie, moyennant l'adaptation de certaines clauses du contrat; en contrepartie de son droit, l'Association est tenue au paiement d'une rente annuelle dont le montant est revu tous les vingt ans; en outre, le contrat prévoit encore les clauses suivantes (restées inchangées après la modification du 12 mai 1977):
" Art. 7. Amortissements.
L'Association a l'obligation de faire chaque année sur les bâtiments édifiés par elle des amortissements qui seront d'au moins un pour cent par an pendant les vingt premières années. A l'échéance de cette première période de vingt ans, le taux d'amortissement sera révisé et fixé pour une nouvelle période de vingt ans, en tenant compte en particulier de l'état dans lequel se trouveront alors les constructions de l'Association (...).
Art. 10. Conséquences de l'extinction du droit de superficie et indemnité:
L'extinction du droit de superficie aura notamment pour conséquence:
a) en cas d'extinction du droit de superficie avant l'échéance du terme (...), toutes les constructions et installations établies en vertu du droit de superficie présentement concédé, passeront en la propriété de l'Etat de Genève.
Dans ce cas, le montant maximum de l'indemnité qui sera due par l'Etat de Genève à l'Association sera égal aux 2/3 de la valeur d'estimation que les constructions et installations auront à ce moment-là (...).
b) Lors de l'extinction du droit de superficie par suite de l'échéance du terme, toutes les constructions et installations établies en vertu de ce droit passeront à la propriété de l'Etat de Genève (...).
Si l'Etat de Genève n'exige pas l'enlèvement des constructions et installations, l'Association aura droit à une indemnité (...). Le montant maximum de l'indemnité qui sera due par l'Etat de Genève à l'Association sera, au plus, égal aux deux/tiers de la valeur comptable, calculée en fonction des amortissements contractuels prévus à l'article 7, qu'auront les constructions à ce moment-là."
A une date qui ne ressort pas du dossier, l'Association a construit sur la parcelle grevée du droit de superficie, conformément à ses engagements, un bâtiment abritant des logements sociaux.
B. Dans sa déclaration fiscale 2005, l'Association a porté un montant de 6'975'444 fr. sous la rubrique "valeur fiscale des immeubles (ou valeur comptable si plus élevée)", sous déduction d'un montant de 1'648'910 fr. représentant la valeur au bilan du compte "Fonds d'amortissement" constitué pour son immeuble.
L'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après: l'Administration fiscale cantonale ou le fisc) a refusé de déduire de la fortune imposable le montant du "Fonds d'amortissement", au motif que "la valeur fiscale de l'immeuble remplace la valeur comptable nette de l'actif et non sa valeur brute". Saisi d'une réclamation, le fisc l'a rejetée par décision du 5 février 2007, en imposant l'immeuble sur la fortune à sa valeur fiscale par 6'975'444 fr.
L'Association a recouru contre la décision sur réclamation précitée. Par décision du 22 juin 2009, la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après: la Commission de recours) a admis le recours et renvoyé la cause au fisc pour nouvelle décision conforme aux considérants. En bref, la Commission de recours a retenu qu'au vu de l'art. 10 du contrat de superficie, l'Association ne pouvait être imposée que sur une valeur équivalant au maximum à 2/3 de la valeur fiscalement déterminante de l'immeuble après déduction des amortissements devant être effectués en vertu de l'art. 7 dudit contrat.
C. L'Administration fiscale cantonale a déféré la décision de la Commission de recours devant le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif).
Par arrêt du 28 septembre 2010, le Tribunal administratif a admis le recours et annulé la décision attaquée. Les juges ont repris, en la développant, la motivation du fisc. En particulier, ils ont retenu qu'en sa qualité de superficiaire, l'Association était juridiquement propriétaire du bâtiment construit sur l'immeuble grevé du droit de superficie et qu'elle devait, à ce titre, supporter un impôt sur la fortune comme n'importe quel propriétaire immobilier; ils ont précisé que le fait que l'Association n'était pas propriétaire du sol n'y changeait rien, car sa situation pouvait, de ce point de vue, être assimilée à celle d'un usufruitier qui devait s'acquitter, selon la législation fiscale pertinente, de l'impôt sur la fortune pour l'immeuble dont il n'avait que la jouissance.
D. L'Association forme un recours en matière de droit public contre l'arrêt du Tribunal administratif dont elle requiert l'annulation, en concluant à ce que son immeuble soit taxé conformément aux principes fixés par la Commission cantonale dans sa décision (précitée) du 22 juin 2009. Pour l'essentiel, elle se plaint de la violation des art. 13 et 14 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14).
L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions (AFC) concluent au rejet du recours, sous suite de frais. Le Tribunal administratif s'en réfère à justice quant à la recevabilité du recours et persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt sur le fond.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un arrêt final (art. 90 LTF) rendu dans une cause de droit public (art. 82 let. a de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS 173.110]) par une autorité cantonale supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF ne soit réalisée. Il s'ensuit que, sous réserve des motifs exposés ci-dessous (consid. 2), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte en vertu des art. 82 ss LTF et, s'agissant d'une matière réglée par les titres 2 et 3 de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale (sur ce point, cf. infra consid. 3.1), de la disposition particulière de l'art. 73 al. 1 LHID. Pour le surplus, la recourante étant destinataire de l'arrêt attaqué, elle a qualité pour recourir (art. 89 LTF).
2. Aux termes de l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il vérifie en principe librement l'application du droit fédéral et, notamment, la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale.
L'art. 106 al. 2 LTF prévoit toutefois que le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va ainsi lorsque les dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons; l'examen de l'interprétation du droit cantonal est alors limité à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.). L'art. 106 al. 2 LTF exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Autrement dit, le Tribunal fédéral n'a pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité; il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 67; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 143).
3. La contestation porte sur l'estimation fiscale, au titre de l'impôt sur le capital 2005, de l'immeuble construit par la recourante sur la base du droit de superficie qui lui a été concédé par acte du 15 décembre 1956.
3.1 Aux termes de l'art. 29 al. 1 LHID, qui traite de l'impôt sur le capital des personnes morales (titre 3, chapitre 3 de la loi), cet impôt a pour objet le capital propre. Pour les associations, le capital propre imposable comprend la fortune nette, déterminée conformément aux dispositions applicables aux personnes physiques (art. 29 al. 2 let. c LHID). La loi fédérale sur l'harmonisation fiscale traite de l'imposition de la fortune des personnes physiques aux art. 13 et 14 (titre 2, chapitre 4 de la loi) qui ont la teneur suivante sur les points déterminants pour le présent litige:
"Art. 13 Objet de l'impôt
1 L'impôt sur la fortune a pour objet l'ensemble de la fortune nette.
2 La fortune grevée d'usufruit est imposable auprès de l'usufruitier.
3 (...)
4 (...).
Art. 14 Règles d'évaluation
1 La fortune est estimée à la valeur vénale. Toutefois, la valeur de rendement peut être prise en compte de façon appropriée.
2 (...).
3 (...)."
La fortune imposable au sens de l'art. 13 al. 1 LHID se compose de l'ensemble des actifs nets - soit après déduction des dettes - qui ne sont pas exonérés de l'impôt en vertu d'une disposition spéciale. Les actifs imposables comprennent en principe tous les droits subjectifs - qu'ils portent sur des choses, des créances ou des participations - appréciables en argent, à savoir tous les droits qui peuvent être réalisés, c'est-à-dire cédés en échange d'une contre-prestation (cf. <ref-ruling> consid. 3.2 p. 259; Zigerlig/Jud, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2e éd., 2002, n° 2 ad Art. 13; Höhn/Waldburger, Steuerrecht, 9e éd., 2001, n° 9 ad § 15; JEAN-MARC RIVIER, Droit fiscal suisse, l'imposition du revenu et de la fortune, 2ème éd. 1998). Il s'agit en particulier des choses mobilières ou immobilières telles qu'elles sont définies par le droit civil (XAVIER OBERSON, Droit fiscal suisse, 3ème éd., 2007, n° 6 ad § 8; Höhn/ Waldburger, op. cit., n° 10 ad § 15), sous réserve d'une appréhension économique de la réalité dans certains cas (cf. arrêt 2C_379/2008 du 4 décembre 2008 consid. 2.5; RAOUL OBERSON, L'immeuble et le droit fiscal, 1999, p. 84 ss). Outre les biens-fonds (art. 665 al. 2 ch. 1 CC), relèvent aussi de la notion de fortune immobilière imposable au sens de l'art. 13 al. 1 LHID, les droits distincts et permanents immatriculés au registre foncier (art. 665 al. 2 ch. 2 CC), par exemple les servitudes de superficie au sens de l'art. 779 al. 3 CC (cf. Zigerlig/Jud, op. cit., no 3 ad Art. 13; Höhn/Waldburger, op. cit., n° 10 ad § 15; VICTOR MONTEIL, Die Behandlung des Baurechts gemäss Art. 779 ff. ZGB im Einkommens- und Vermögenssteuerrecht des Kantons Solothurn, in Festgabe Hans Erzer, 1983, p. 313 ss, p. 325; ETIENNE BALMER, Handbuch Steuern und Immobilien, Zurich 2007, p. 145; RAOUL OBERSON, op. cit., p. 81; FERDINAND ZUPPINGER, Grundstückgewinn- und Vermögens-steuer, in Archives 1992/1993, p. 309 ss, p. 311).
Hormis les éléments de la fortune visés à l'art. 14 al. 2 et 3 LHID (immeubles affectés à l'agriculture ou à la sylviculture; certains biens faisant partie de la fortune commerciale), tous les autres biens du contribuable doivent être estimés conformément à la règle d'évaluation énoncée à l'art. 14 al. 1 LHID, soit à leur valeur vénale avec une éventuelle prise en considération "appropriée" de leur valeur de rendement. Cette disposition laisse une importante liberté aux cantons pour élaborer et mettre en oeuvre leur réglementation, aussi bien quant au choix de la méthode de calcul applicable pour estimer la valeur vénale que pour déterminer dans quelle mesure le critère du rendement doit, le cas échéant, également être intégré dans l'estimation (<ref-ruling> consid. 3.6 p. 214). Un certain schématisme est admis en la matière, pourvu que l'évaluation ne soit pas fondée sur le seul critère du rendement et qu'elle n'aboutisse pas à des résultats qui s'écartent par trop de la valeur vénale (cf. <ref-ruling> consid. 3.2.2 p. 307 s.; <ref-ruling> consid. 3.2.3 et 3.2.4 p. 249 s.; <ref-ruling> consid. 6b et 6c p. 159 s.). La marge de manoeuvre des cantons se limite cependant aux règles d'évaluation et ne saurait permettre d'imposer un élément qui n'entre pas dans la notion de fortune au sens de l'art. 13 LHID (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 259 et les références citées).
3.2 Dans le canton de Genève, l'art. 31 al. 1 de la loi cantonale sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 (LIPM; RS/GE D 3 15) dispose, en reprenant la formulation de l'art. 29 al. 2 let. c LHID, que le capital propre imposable des associations correspond à leur fortune nette, déterminée conformément aux dispositions applicables aux personnes physiques. Jusqu'à l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2010, de la loi sur l'imposition des personnes physiques du 27 septembre 2009 (LIPP; RS/GE D 3.08), la loi cantonale du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - impôt sur la fortune (LIPP-III; Recueil des lois 2000 p. 738) constituait ainsi la base légale pour évaluer la fortune imposable des associations. Dans la mesure où l'imposition litigieuse remonte à l'année fiscale 2005, la LIPP-III est donc applicable au cas de la recourante. Ce point n'est pas contesté par les parties et ne change du reste rien quant au résultat: en effet, les dispositions de la LIPP-III déterminantes pour l'issue du présent litige ont été reprises telles quelles aux art. 46 ss LIPP.
Aux termes de l'art. 1er LIPP-III, l'impôt sur la fortune des personnes physiques a pour objet l'ensemble de la fortune nette après déductions sociales. Sont notamment soumis à l'impôt sur la fortune les immeubles situés dans le canton (art. 2 let. a LIPP-III). La fortune grevée d'usufruit est imposable auprès de l'usufruitier (art. 3 LIPP-III). L'état de la fortune mobilière et immobilière est établi au 31 décembre de l'année pour laquelle l'impôt est dû (art. 4 al. 1 LIPP-III); en règle générale, la fortune est estimée à la valeur vénale (art. 4 al. 2 LIPP-III), hormis les éléments visés à l'art. 4 al. 3 et al. 4 LIPP-III (soit certains biens de la fortune commerciale et les marchandises).
L'art. 7 LIPP-III détaille la manière d'estimer la valeur des immeubles situés dans le canton en posant des principes d'évaluation différents selon le type d'immeuble considéré (immeuble locatif; immeuble commercial; immeuble agricole; etc.). En particulier, il prévoit, sous let. a, que la valeur des immeubles locatifs est calculée en capitalisant l'état locatif annuel aux taux fixés chaque année par le Conseil d'Etat, sur proposition d'une commission d'experts composée paritairement de représentants de l'administration fiscale et de personnes spécialement qualifiées en matière de propriétés immobilières et désignées par le département.
3.3 C'est à l'aune des dispositions fédérales et cantonales qui précèdent que doit s'analyser la contestation.
4. 4.1 La recourante se plaint de la violation respectivement des art. 13 et 14 LHID en relation avec l'art. 29 LHID. Elle fait notamment valoir que le taux de capitalisation pris en compte est arbitraire et contraire à l'art. 14 LHID, car il a été appliqué à la "totalité de l'immeuble (bâtiment et bien-fonds)", alors qu'elle-même n'est propriétaire que du bâtiment.
L'Administration fiscale cantonale objecte que ce grief est irrecevable, car il s'appuie sur des faits nouveaux prohibés par l'art. 99 al. 1 LTF. Il est vrai que le Tribunal administratif n'a pas évoqué la question du taux de capitalisation appliqué par le fisc, se montant à 7.77 % selon la recourante. Cette question ne relève toutefois pas du fait, mais du droit (cf. art. 4 let. b du règlement du 23 novembre 2005 modifiant le règlement d'application de la LIPP-III; Recueil des lois 2005 p. 923); elle peut donc être revue en instance fédérale. L'objection de l'Administration fiscale cantonale n'est dès lors pas fondée.
5. Il convient dans un premier temps d'examiner si l'arrêt attaqué est conforme à l'art. 13 LHID fixant l'objet de l'impôt.
5.1 Selon le Tribunal administratif, dans la mesure où un usufruitier doit payer un impôt sur la fortune pour un immeuble dont il n'est pas propriétaire en vertu de l'art. 13 al. 2 LHID, il doit "à plus forte raison" en aller ainsi pour la recourante qui, en sa qualité de superficiaire, est propriétaire du bâtiment qu'elle a construit, au moins pour la durée du droit de superficie. A l'appui de leur point de vue, les juges cantonaux se sont référés à l'<ref-ruling>.
La recourante soutient que la règle prévue à l'art. 13 al. 2 LHID est spéciale et vaut seulement pour le régime des biens en usufruit, mais non pour les autres éléments de la fortune, notamment ceux fondés, comme son bâtiment, sur un droit de superficie; elle estime dès lors que les premiers juges ont violé cette disposition en "assimilant" sa situation de superficiaire à celle d'un usufruitier; ce faisant, elle se plaint d'une définition de l'objet de l'impôt qui excède le cadre de l'art. 13 LHID; elle demande au Tribunal fédéral de revoir l'<ref-ruling> à la lumière de cette disposition du droit fédéral harmonisé.
5.2 La jurisprudence précitée repose sur un complexe de faits similaire à la présente affaire: elle a en effet pour toile de fond une servitude de superficie d'une durée de 60 ans concédée par l'Etat de Genève à des particuliers contre l'engagement de ceux-ci de construire un bâtiment locatif et de payer une rente annuelle au canton; le contrat prévoyait notamment la révision de la rente tous les vingt ans et la possibilité pour les superficiaires d'obtenir la prolongation de leur droit à l'échéance du contrat pour une durée de trente ans; ceux-ci devaient également procéder annuellement à des amortissements sur le bâtiment qu'ils étaient, en outre, tenus de remettre gratuitement à l'Etat de Genève en fin de contrat. Ce dernier point constitue la seule différence notable d'avec la situation de la recourante.
Pour le reste, le litige portait également sur la manière d'estimer la valeur fiscale du bâtiment locatif. Après avoir opéré une déduction de 15 % sur le montant des loyers perçus pour tenir compte de l'état de vétusté du bâtiment, le fisc genevois avait encore retranché de ce montant la rente annuellement versée par les superficiaires; puis il avait capitalisé le montant ainsi obtenu à un taux de 5 %, le résultat correspondant à la valeur de la servitude. Les recourants se plaignaient notamment de ce que le fisc n'avait pas pris en compte, dans son calcul, les amortissements réalisés sur le bâtiment, ce qui revenait, selon eux, à les imposer sur "des valeurs inexistantes". Le Tribunal fédéral avait rejeté leur recours, en se fondant notamment sur la motivation suivante (<ref-ruling> consid. 2a p. 347):
"Or il faut constater qu'on se trouve bien en présence d'une valeur réelle, que le fisc a le droit de taxer en entier, sous réserve des déductions prévues par la loi. Si le fisc admettait de réduire progressivement chaque année la valeur imposable auprès du propriétaire du bâtiment, il devrait en revanche imposer auprès du propriétaire du fonds une valeur correspondant à cette diminution. Or cela n'est pas possible, non pas parce qu'en l'espèce le propriétaire du fonds est l'Etat (il faut traiter un tel cas comme si ce propriétaire était une personne privée quelconque, soumise au fisc), mais parce que la loi ne prévoit pas une telle imposition. Le particulier, propriétaire d'un terrain qui aurait été constitué en droit de superficie dans les mêmes conditions qu'en l'espèce, pourrait sans doute s'opposer avec succès à ce que le fisc augmente chaque année la valeur de son terrain pour l'impôt sur la fortune, aucune disposition légale ne prévoyant une telle façon d'imposer un terrain. Il y a d'ailleurs des exemples d'impôt de fortune payés par un contribuable qui n'est pas propriétaire des éléments imposables: c'est le cas de l'usufruitier (...) Cette disposition [de l'ancien droit cantonal prévoyant, comme l'actuel 13 al. 2 LHID, que l'usufruitier est imposable sur la valeur totale des bien en usufruit] n'est au surplus que l'expression d'un principe général en droit fiscal selon lequel la personne qui tire un revenu d'une chose doit en supporter également les charges (...)."
L'<ref-ruling> (pour une critique de cet arrêt, cf. HANS MICHAEL RIEMER, Das Baurecht (Baurechtsdienstbarkeit) des Zivilgesetzbuches und seine Behandlung im Steuerrecht, thèse Zurich 1968, p. 243 ss) a été rendu en 1966, soit de nombreuses années avant l'entrée en vigueur de la LHID. Par ailleurs, le Tribunal fédéral avait statué dans le cadre de l'ancien recours de droit public, avec un pouvoir d'examen du droit cantonal limité à l'arbitraire. Or, sous certaines réserves (cf. supra consid. 2), c'est en principe librement que la Cour de céans revoit la conformité du droit cantonal avec les dispositions de la loi fédérale d'harmonisation. La solution des premiers juges, telle que reprise de l'<ref-ruling>, ne peut donc être approuvée sans autre examen.
5.3 L'usufruit peut être établi sur un immeuble et confère à l'usufruitier, sauf disposition contraire, un droit de jouissance complet sur la chose (cf. art. 745 al. 1 et 2 et art 755 al. 1 CC); il s'agit d'un droit personnel incessible, car seul son exercice peut être transmis à un tiers (cf. art. 758 al. 1 CC), et intransmissible, car il s'éteint au décès de l'usufruitier (cf. art. 748 al. 2; cf. PAUL-HENRI STEINAUER, Les droits réels, tome III, 3e éd., no 2403). En raison de son incessibilité, l'usufruit ne peut pas être objet de commerce et n'a pas de valeur vénale (MARYSE PRADERVAND-KERNEN, La valeur des servitudes foncières et du droit de superficie, thèse Fribourg 2007, no 131); il n'a donc pas le caractère d'un actif imposable au sens de l'art. 13 al. 1 LHID, faute de pouvoir être "réalisé" au sens de la jurisprudence (cf. supra consid. 3.1, deuxième paragraphe). La précision de l'art. 13 al. 2 LHID, reprise à l'art. 3 LIPP-III, que la fortune grevée d'usufruit est imposable auprès de l'usufruitier, est donc nécessaire pour que la charge fiscale puisse être répercutée sur ce dernier conformément aux règles du droit civil (cf. art. 765 al. 1 et 2 CC; cf. RAOUL OBERSON, op. cit., p. 86 s.). Une partie de la doctrine se demande s'il ne faudrait pas assimiler au régime de l'usufruit les bénéficiaires d'un droit d'habitation (sur cette question, cf. Zigerlig/Jud, op. cit., no 16 ad Art. 13 et les nombreuses références citées). A raison, aucun auteur ne propose, en revanche, une telle solution pour les immeubles construits sur la base d'un droit de superficie.
Le droit de superficie se définit comme la servitude par laquelle le propriétaire d'un immeuble (le superficiant) confère à un tiers (le superficiaire) le droit d'avoir ou de faire des constructions, soit sur le fonds grevé, soit au-dessous (cf. art. 779 al. 1 CC). Il permet de dissocier la propriété du fonds de la propriété des constructions qui s'y trouvent, par exception au principe de l'accession prévu à l'art. 667 CC, en ce sens que le superficiaire devient propriétaire des constructions et des autres ouvrages établis au-dessus (ou au-dessous) du fonds grevé, tandis que le superficiant reste propriétaire dudit fonds (cf. STEINAUER, op. cit., no 2513; PRADERVAND-KERNEN, op. cit., no 647). Le droit de superficie est généralement accordé moyennant une contre-prestation sous la forme d'un versement unique ou, plus fréquemment, d'annuités qui représentent la rente du sol (cf. STEINAUER, op. cit., no 2545 s.; PRADERVAND-KERNEN, op. cit., no 662); pour sa part, le superficiaire perçoit, pendant la durée du droit, les éventuels revenus des bâtiments et des installations qu'il a construits. Il ressort de l'arrêt attaqué que le droit de superficie litigieux a été constitué sous la forme d'une servitude personnelle d'utilisation d'une durée de soixante ans ayant le caractère d'un droit distinct et permanent; par "distinct", il faut entendre que, contrairement à un usufruit, le droit en cause est cessible et transmissible au sens de l'art. 779 al. 2 CC; par "permanent", qu'il a été établi pour trente ans au moins (cf. STEINAUER, op. cit., nos 2519 et 2525). Ces deux propriétés confèrent à son titulaire la possibilité - en principe utilisée dans la pratique (cf. STEINAUER, loc. cit.) - d'immatriculer la servitude de superficie au registre foncier comme immeuble (art. 779 al. 3 et 943 al. 1 ch. 2 CC); et c'est bien ce qu'ont fait les parties en l'espèce (cf. art. 105 al. 2 LTF; contrat de superficie du 15 décembre 1956 passé entre l'Etat de Genève et l'Association, ad ch. 17 "Réquisition au registre foncier", point 4).
Par conséquent, la recourante n'est pas simplement titulaire d'un droit de jouissance incessible, comme l'usufruitier, mais bien propriétaire d'un véritable immeuble, et cela aussi bien au sens du droit civil que du droit fiscal (cf. supra consid. 3.1 deuxième paragraphe in fine). Certes ne peut-elle, à proprement parler, pas "réaliser" son bâtiment locatif au sens de la jurisprudence déduite de l'art. 13 al. 1 LHID; une telle possibilité n'existe qu'à l'égard de son droit de superficie immatriculé comme immeuble au registre foncier. C'est donc ce droit - et non le bâtiment locatif comme tel - qui entre dans sa fortune (immobilière) imposable au sens de la disposition précitée du droit fédéral harmonisé, indépendamment de toute assimilation de sa situation au régime de l'usufruit au sens de l'art. 13 al. 2 LHID.
6. Il reste à examiner si l'estimation de l'immeuble litigieux (soit le droit de superficie) respecte le cadre défini à l'art. 14 al. 1 LHID (évaluation de la fortune à la valeur vénale avec éventuelle prise en considération "appropriée" de la valeur de rendement).
6.1 Les premiers juges ont estimé l'immeuble de la recourante en se fondant sur l'art. 7 let. a LIPP-III, soit par capitalisation de l'état locatif annuel aux taux fixés chaque année par le Conseil d'Etat.
La recourante soutient que l'art. 14 al. 1 LHID exige d'estimer son bâtiment à sa valeur vénale, ce qui imposerait de tenir compte des amortissements réalisés sur celui-ci et de l'indemnité de retour prévus aux art. 7 et 10 du contrat de superficie.
6.2 En vertu de son droit de superficie, la recourante est certes, comme on l'a vu, civilement propriétaire, par exception au principe de l'accession, du bâtiment locatif qu'elle a érigé sur le terrain appartenant à l'Etat de Genève. Ce dernier reste cependant propriétaire du fonds grevé, même s'il n'en a plus la jouissance pendant la durée du droit de superficie. A l'instar de celui de l'Etat de Genève, le droit de propriété de la recourante est donc moins étendu que s'il consistait en une propriété ordinaire du sol emportant "celle du dessus et du dessous" au de l'art. 667 CC.
Au plan fiscal, cette singularité a pour conséquence que le superficiant est imposé sur la fortune pour la valeur du bien-fonds - de même qu'il est imposé sur le revenu pour la rente superficiaire qu'il perçoit -, tandis que le superficiaire est imposé sur la fortune sur la valeur des bâtiments et installations dont il est propriétaire - de même qu'il est imposé sur le revenu pour les loyers qu'il perçoit (cf. RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2ème éd. 2006, nos 48 et 76 ad § 39; RIEMER, op. cit., p. 238 s.; BLUMENSTEIN/LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6ème éd. Zurich 2002, p. 235). Cette répartition de la charge fiscale évite qu'un immeuble ne soit partiellement - pour la valeur représentant le sol - imposé à double sur la fortune, une fois chez le superficiaire et une fois chez le superficiant (cf. RIEMER, op. cit., p. 241; MONTEIL, op. cit., p. 319). Elle concrétise également le principe général du droit fiscal, fondé sur une approche économique, voulant que celui qui tire les revenus d'un bien - soit la rente du sol pour le superficiant et les loyers des constructions pour le superficiaire - doit aussi, en principe, en supporter les charges (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 347 s., 85 I 115 consid. 2 p. 118; voir aussi arrêts 9C_822/2009 du 7 mai 2010 consid. 3.5 et 5C.194/2003 du 19 janvier 2004 consid. 1). Elle s'inscrit, en outre, dans la ligne du droit civil puisque, sauf convention contraire entre les parties, les charges qui reposent sur la construction comme telle incombent au superficiaire (notamment l'impôt sur la fortune pour la valeur représentée par le bâtiment) et celles qui reposent sur le sol lui-même incombent au propriétaire de l'immeuble (notamment l'impôt sur la fortune pour la valeur du bien-fonds grevé; cf. STEINAUER, op. cit., nos 2538a ss et les références citées).
6.3 La détermination de la valeur fiscale d'un immeuble faisant l'objet d'un droit de superficie pose des problèmes particuliers d'évaluation, aussi bien en ce qui concerne le fonds grevé appartenant au superficiant que par rapport aux constructions appartenant au superficiaire. Plusieurs méthodes d'évaluation sont envisageables (cf. MARIUS GROSSENBACHER, Das selbständige und dauernde Baurecht im Unternehmungssteuerrecht, thèse Zurich 1992, p. 41 s.; BLUMENSTEIN/LOCHER, op. cit., p. 235 s.; RIEMER, op. cit., p. 231 ss; pour un exemple cantonal, voir aussi StE 1995 B 52.21 no 5), dont le choix revient aux cantons dans les limites de la liberté que leur confère l'art. 14 al. 1 LHID en la matière (s'agissant des taux de capitalisation applicables, cf. arrêt 2C_101/2010 du 24 juin 2010, consid. 3); cette liberté ne doit toutefois pas déboucher sur une évaluation notablement différente de la valeur vénale/de rendement au sens de l'art. 14 al. 1 LHID, ni conduire à imposer un élément qui n'entre pas dans la notion de fortune au sens de l'art. 13 al. 1 LHID (supra consid. 3.1 dernier paragraphe).
En l'espèce, l'immeuble dont la recourante est propriétaire en vertu de son droit de superficie - par exception au principe de l'accession - est un immeuble locatif au sens de l'art. 7 let. a LIPP-III. Le Tribunal fédéral a déjà eu l'occasion de juger que cette disposition prévoit une règle d'évaluation (capitalisation de l'état locatif aux taux fixés par le Conseil d'Etat) conforme à l'art. 14 al. 1 LHID; en effet, la manière dont les taux de capitalisation sont annuellement déterminés - en fonction des transactions constatées sur le marché et de l'âge des immeubles - permet de tenir compte de la valeur vénale des immeubles locatifs, et pas seulement de leur valeur de rendement (cf. <ref-ruling> consid. 3.8 p. 215 s., confirmé in arrêt 2C_820/2008 du 23 avril 2009 consid. 5.2). Sur le principe, on ne saurait donc reprocher aux autorités cantonales d'avoir évalué le bâtiment locatif de la recourante en se fondant sur le taux de capitalisation prévu à l'art. 4 let. b du règlement d'application de la LIPP-III (dans sa teneur en vigueur au 1er décembre 2005), soit 7,77 % pour les immeubles de logements dont l'âge est égal ou supérieur à 20 ans au 31 décembre 2005.
Cette méthode d'évaluation ne tient toutefois pas compte du fait qu'en sa qualité de superficiaire, la recourante n'est propriétaire que du bâtiment, à l'exclusion du bien-fonds. Or, comme on l'a vu, les biens-fonds bâtis qui sont grevés d'un droit de superficie entraînent une imposition séparée sur la fortune, d'une part, chez le superficiaire pour la valeur des bâtiments et des installations, et chez le superficiant d'autre part, pour la valeur du bien-fonds lui-même (supra consid. 6.2). En imposant la recourante comme si elle était propriétaire de l'immeuble dans son ensemble (bien-fonds et bâtiment), le Tribunal cantonal a dès lors étendu de manière inadmissible la notion de fortune imposable au sens de l'art. 13 al. 1 LHID, en y incluant un élément (le bien-fonds) dont l'intéressée n'est pas propriétaire; cette méthode d'évaluation contrevient également à l'art. 14 al. 1 LHID, puisqu'elle aboutit, dans son résultat, à une estimation surfaite de la fortune.
6.4 La recourante soutient que, pour tenir compte des spécificités liées à l'évaluation d'un bâtiment construit au bénéfice d'un droit de superficie, il faut prendre en considération la durée résiduelle du droit ainsi que le "mode de calcul de l'indemnité due à l'échéance par le propriétaire du bien-fonds", car il s'agit "de toute évidence de critères essentiels pour la détermination de la valeur vénale (de son) bâtiment." En guise de conclusion, elle demande que son immeuble soit "taxé conformément aux principes fixés par la Commission cantonale de recours". Celle-ci avait notamment retenu qu'au vu de l'art. 10 du contrat de superficie, l'Association ne pouvait être imposée que sur une valeur équivalant au maximum à 2/3 de la valeur fiscalement déterminante de l'immeuble après déduction des amortissements devant être effectués en vertu de l'art. 7 dudit contrat.
Compte tenu de l'importante marge de manoeuvre qui revient aux cantons pour déterminer les règles d'évaluation de la fortune (supra consid. 3.1), le Tribunal fédéral ne saurait fixer lui-même de telles règles.
6.4.1 A ce stade, on relèvera simplement qu'il serait envisageable, comme le soutient la recourante, de tenir compte de la durée résiduelle de son droit de superficie et de l'indemnité de retour (cf. PRADERVAND-KERNEN, nos 696 et 698 ss; GROSSENBACHER, op. cit., p. 45 et 50). A noter toutefois que la décision de faire varier la valeur du bien en fonction de la durée résiduelle du droit implique aussi de faire varier la valeur du bien-fonds imposé chez le superficiaire, ce qui peut s'avérer compliqué en pratique nonobstant le schématisme admis en la matière (cf. <ref-ruling> consid. 2a p. 347).
En revanche, dans cette hypothèse, les amortissements comptables réalisés sur le bâtiment ne sauraient être portés en déduction de la valeur fiscale imposable, contrairement à ce que prétend la recourante en se fondant sur la solution retenue par la Commission de recours. Ces amortissements représentent en effet la dépréciation de l'immeuble à raison de l'écoulement du temps (cf. <ref-ruling> consid. 2.2 p. 178 et les références citées), facteur qui n'est pas propre aux bâtiments érigés sur la base d'un droit de superficie, mais qui concerne tous les bâtiments, y compris ceux détenus en pleine propriété; or, dans un système où, comme à Genève, la valeur des immeubles est calculée en fonction du rendement (selon un taux fixé par référence à des critères relevant de la valeur vénale), un tel facteur n'est pas pertinent; il peut d'autant moins être pris en compte dans le cas présent que le taux de capitalisation prévu dans le règlement d'application de la LIPP-III intègre déjà l'âge des bâtiments comme composante de l'évaluation.
6.4.2 On ajoutera que, dans la ligne du système mis en place dans le canton de Genève, il serait aussi concevable, pour estimer la valeur du bâtiment litigieux, de prévoir un taux de capitalisation supérieur à celui appliqué pour établir la valeur fiscale des immeubles détenus en propriété ordinaire; bien que schématique, un tel taux devrait être déterminé sur la base de critères objectifs tirés de l'expérience afin de tenir compte du fait que le superficiaire n'est pas propriétaire du bien-fonds et de réduire en conséquence la valeur imposable de son immeuble. Enfin, il serait également possible de déduire du montant capitalisé des loyers le montant capitalisé de la rente superficiaire versée au propriétaire du bien-fonds (cf. RICHNER/FREI/KAUFMANN/MEUTER, op. cit., n. 76 ad § 39; PRADERVAND-KERNEN, op. cit., no 663) ou, comme l'avait apparemment admis le fisc genevois dans l'arrêt précité 92 I 343, de déduire des loyers avant la capitalisation de ceux-ci le montant de la rente superficiaire.
6.4.3 Plusieurs systèmes d'évaluation sont ainsi envisageables sous l'angle de l'art. 14 LHID, afin de tenir compte de manière adéquate l'existence d'un droit de superficie dans l'évaluation du bien immobilier du contribuable. Il n'appartient dès lors pas au Tribunal fédéral d'imposer une méthode en particulier au canton de Genève.
7. Il suit de ce qui précède que, dans la mesure où les amortissements ne peuvent, contrairement à l'opinion de la recourante, pas être déduits de la valeur fiscale imposable, le recours n'est que partiellement bien fondé. L'arrêt attaqué doit être annulé et la cause renvoyée au fisc cantonal pour qu'il procède à une nouvelle évaluation de l'immeuble de la recourante conformément aux considérants du présent arrêt. Il lui appartiendra, dans son calcul, de tenir compte d'une manière appropriée des spécificités liées à l'évaluation d'un immeuble bâti sur la base d'une servitude de superficie, dans les limites de la liberté de manoeuvre que lui reconnaît l'art. 14 al. 1 LHID.
Les frais judiciaires sont répartis à raison de moitié chacun entre le canton de Genève et la recourante (art. 66 al. 1 et 3 LTF). Cette dernière a droit à une indemnité de dépens réduite à la charge du canton de Genève (art. 68 al. 1 et 2 LTF), qui pour sa part ne peut prétendre à des dépens (cf. art. 68 al. 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est partiellement admis et l'arrêt attaqué annulé; la cause est renvoyée à l'Administration fiscale cantonale genevoise pour nouvelle décision au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis pour moitié chacun à la charge du canton de Genève et de la recourante.
3. Le canton de Genève versera à la recourante une indemnité de dépens de 1'000 fr.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 12 octobre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Addy