Fatti:
A. La ditta X._ Sagl, attiva nel settore della falegnameria, in data 11 marzo 2005 ha preannunciato lavoro ridotto del 100% per tutti i dipendenti dal 1° marzo al 31 maggio 2005, adducendo la mancanza momentanea di lavoro e per evitare eventuali licenziamenti.
Mediante decisione 21 marzo 2005 la Sezione del lavoro del Cantone Ticino ha dichiarato di opporsi al pagamento di indennità per lavoro ridotto, ritenuto che non era riscontrabile un sensibile calo della cifra d'affari. Il 31 maggio 2005 la Sezione del lavoro ha confermato la propria posizione anche in seguito all'opposizione interposta dalla ditta.
B. Contro la decisione su opposizione, la ditta, assistita dall'avv. Marco Frigerio, è insorta al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, chiedendone l'annullamento.
Con giudizio 13 ottobre 2005 la Corte cantonale ha tutelato il provvedimento impugnato, rilevando che una flessione della cifra d'affari del 14%, quale quella accertata in concreto, rientrava nella sfera normale del rischio aziendale e non costituiva pertanto una perdita di lavoro computabile.
C. La ditta interessata, sempre rappresentata dall'avv. Frigerio, ha presentato al Tribunale federale delle assicurazioni (dal 1° gennaio 2007: Tribunale federale) un ricorso di diritto amministrativo con il quale insiste affinché le siano riconosciute le chieste indennità per lavoro ridotto riferite al periodo dal 1° marzo al 31 maggio 2005. Dei motivi si dirà, per quanto occorra, nei considerandi.
Chiamati a pronunciarsi sul gravame, il Segretariato di Stato dell'economia e la Sezione cantonale del lavoro hanno rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. La legge federale sul Tribunale federale del 17 giugno 2005 (LTF; RS 173.110) è entrata in vigore il 1° gennaio 2007 (RU 2006 1205, 1241). Il giudizio impugnato essendo stato pronunciato precedentemente a questa data, la procedura resta disciplinata dall'OG (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.2 pag. 395).
2. Oggetto del contendere è la questione di sapere se a ragione l'autorità giudiziaria cantonale, confermando l'operato dell'amministrazione, abbia negato alla ditta ricorrente il diritto a indennità per lavoro ridotto per il periodo dal 1° marzo al 31 maggio 2005.
3. 3.1 Nel querelato giudizio, cui si rinvia, i primi giudici hanno già chiaramente illustrato i disposti legali (art. 31, 32 e 33 LADI) e i principi della giurisprudenza federale che disciplinano la vertenza.
3.2 L'istanza precedente ha in particolare rammentato che le prestazioni in lite vengono versate a favore di quei lavoratori il cui tempo normale di lavoro è ridotto o il cui lavoro è integralmente sospeso se, tra l'altro, la perdita di lavoro è computabile e probabilmente temporanea ed è presumibile che con la diminuzione del lavoro potranno essere conservati i loro posti di lavoro (art. 31 cpv. 1 lett. b e d LADI). Ha pure specificato che giusta l'<ref-law> non è computabile la perdita di lavoro dovuta a circostanze rientranti nella sfera normale del rischio aziendale del datore di lavoro. Per normale rischio aziendale la dottrina e la giurisprudenza intendono il pericolo di subire delle perdite per motivi legati alla sfera interna dell'azienda (p. es. difetti dei macchinari, problemi con il personale, errori di organizzazione) o per ragioni esterne (p. es. la situazione del mercato del lavoro o dei capitali). Trattasi segnatamente di perdite di lavoro abituali che, secondo l'esperienza, sopravvengono periodicamente e possono colpire ogni datore di lavoro. Ogni azienda deve quindi affrontare tali evenienze ed essere in grado di prevederle, prevenirle o combatterle con opportuni provvedimenti. Soltanto se le perdite denotano un carattere eccezionale o straordinario possono dar diritto al versamento di un'indennità per lavoro ridotto (DLA 1998 no. 50 pag. 291 consid. 1, 1996/1997 no. 11 pag. 58 consid. 2b/aa e riferimenti; cfr. anche Gerhards, Kommentar zum Arbeitslosenversicherungsgesetz, vol. I, pag. 426 segg., note 64-70).
Giova infine ribadire che il concetto di normalità deve essere definito con riferimento all'attività specifica espletata dall'azienda e meglio deve tener conto delle sue peculiarità. In tale contesto il criterio della prevedibilità assume un significato determinante (<ref-ruling> consid. 1 pag. 500; DLA 1999 no. 10 pag. 48, 1998 no. 50 pag. 290, 1995 no. 20 pag. 117).
4. Nel caso di specie i primi giudici hanno negato alla società insorgente il diritto alle prestazioni per lavoro ridotto, rilevando in sostanza che una flessione della cifra d'affari inferiore al 25% rientrava nella sfera normale del rischio aziendale. Per parte sua, la ricorrente rileva la giovane età dell'azienda e sottolinea in particolare la notevole diminuzione di ben il 37,3% della cifra d'affari registrata nel trimestre precedente la presentazione della domanda di prestazioni rispetto al triennio 2002-2004.
5. 5.1 In via preliminare dev'essere esaminata la produzione, per la prima volta dinanzi a questa Corte, di una tabella contenente i dati contabili riferiti alla cifra d'affari realizzata da X._ Sagl nei mesi da gennaio a maggio 2005, trattandosi di nuova prova, quando si ritenga che la ricorrente in data 25 maggio 2005 già aveva presentato la medesima tabella, limitata però ai soli mesi da gennaio ad aprile 2005 e non anche al mese di maggio. Per questo mese essa si era limitata in precedenza a indicare in fr. 50'000.- il probabile sviluppo del volume d'affari.
In sostanza il novum risiede nell'indicazione degli importi incassati nel maggio 2005, comprensivi dell'imposta sul valore aggiunto, per complessivi fr. 33'797.25: questa indicazione si presenta come una dichiarazione di parte, priva del supporto di altri riscontri probatori e mai sottoposta in precedenza al contraddittorio.
5.2 Secondo la disciplina applicabile alla fattispecie (v. considerando 1), il potere di cognizione di questo Tribunale in materia di prestazioni assicurative è tale da consentire che siano presi in considerazione anche nuove argomentazioni e nuovi mezzi di prova, ancorché formulati per la prima volta (<ref-ruling> consid. 3b pag. 248, 103 Ib 192 consid. 4a pag. 196, 102 Ib 124 consid. 2a pag. 127; RAMI 1988 no. K 769 pag. 244 consid. 5a). Il diritto di richiamarsi a nova anche in ultima istanza per completare la fattispecie rilevante dal profilo giuridico è limitato dal divieto dell'abuso di diritto sancito dall'<ref-law>. Un tale abuso si realizza in particolare quando i nuovi argomenti e i nuovi mezzi di prova non costituiscono dei nova in senso proprio ma dei pseudonova, ossia quando gli stessi sarebbero potuti essere formulati e prodotti già nella procedura giudiziaria di primo grado, ma non lo furono per ragioni strategiche, ad esempio per impedire all'istanza precedente e alla controparte di determinarsi sulla rilevanza giuridica, sull'ammissibilità dal profilo probatorio e sulla forza probante dei nova proposti (sentenza del Tribunale federale delle assicurazioni U 66/04 del 14 ottobre 2004, consid. 2.2.1).
5.3 Alla società ricorrente era noto che il periodo topico per la disputa assicurativa fosse segnatamente quello dal 1° marzo al 31 maggio 2005. È vero che al momento della richiesta di prestazioni, l'11 marzo 2005, l'insorgente non disponeva ancora dei dati effettivi riferiti al trimestre per il quale veniva chiesta l'indennità per lavoro ridotto. È anche vero che essa per tale motivo aveva indicato un probabile sviluppo del volume d'affari di fr. 30'000.- per aprile e di fr. 50'000.- per maggio, mentre per marzo aveva prodotto i dati effettivi di consuntivo fino al 7 marzo 2005 (fr. 3'217.75).
In sede di opposizione alla decisione 21 marzo 2005 X._ Sagl aveva poi indicato in fr. 22'410.90 quanto incassato fino al 30 marzo 2005. In data 25 maggio 2005 ha quindi trasmesso alla Sezione cantonale del lavoro l'aggiornamento degli incassi del mese di marzo (fr. 28'642.20) nonché una distinta degli incassi del mese di aprile, cifrati in fr. 34'003.65.
Nella decisione su opposizione 31 maggio 2005 l'autorità amministrativa ha determinato in fr. 112'645.85 (fr. 28'642.20 + fr. 34'003.65 + fr. 50'000.-) la cifra d'affari totale per il periodo da marzo a maggio 2005. In sede di ricorso avverso questa decisione, la società interessata, pur già disponendo dei dati contabili riferiti all'importo incassato nel maggio 2005, non si è confrontato con le cifre esposte nel provvedimento impugnato.
Con ordinanza 8 agosto 2005 la Corte cantonale ha fissato all'insorgente un termine per presentare ulteriori mezzi di prova. In questo modo X._ Sagl poteva ancora dimostrare, se solo avesse prestato quell'attenzione che le peculiarità della fattispecie imponevano a tutela dei propri interessi, che gli incassi del mese di maggio 2005 erano diversi da quelli considerati dall'autorità amministrativa. Ove avesse affermato dati sensibilmente dissimili da quelli presi in esame, tanto la controparte quanto i primi giudici avrebbero avuto la possibilità di vagliare l'attendibilità degli elementi prospettati. Detto altrimenti, si sarebbe proceduto ad un complemento istruttorio volto ad accertare la reale consistenza della cifra d'affari riferita a maggio 2005.
5.4 Nel caso di specie X._ Sagl ha disatteso il suo dovere di diligenza consistente nell'affermare e dimostrare davanti ai primi giudici gli elementi rilevanti per il giudizio in una fase processuale in cui era ancora possibile farlo, nell'ossequio del diritto di essere sentito della controparte e con la garanzia del doppio grado di giurisdizione. La produzione della tabella contenente i dati contabili riferiti alla cifra d'affari realizzata nei mesi da gennaio a maggio 2005 solo contestualmente al ricorso di diritto amministrativo sembra essere un artifizio processuale per porre rimedio all'omissione commessa in sede cantonale. In sostanza l'insorgente espone tardivamente un'argomentazione, peraltro supportata da un documento non sottoposto al vaglio del contraddittorio, che già avrebbe potuto facilmente essere presentata e sostanziata davanti ai giudici cantonali. L'omissione della presentazione dei dati contabili riferiti all'importo incassato effettivamente nel mese di maggio 2005 non può qui essere sanata, l'attitudine processuale manifestata dalla società ricorrente dovendosi qualificare siccome contraddittoria e contraria alle regole processuali e pertanto costitutiva di abuso di diritto.
Ne consegue l'inammissibilità della produzione documentale in oggetto.
6. 6.1 Per quel che attiene al merito della vertenza, può essere data adesione alla pronuncia impugnata, resa in ossequio ad una consolidata prassi giudiziaria cantonale, secondo la quale una flessione della cifra d'affari inferiore al 25% costituisce circostanza rientrante nella sfera normale del rischio aziendale di cui all'<ref-law>. È vero che il primo criterio entrante in linea di conto è quello delle ore di lavoro fornite. L'<ref-law> dispone infatti che una perdita di lavoro è computabile, ai fini del diritto a indennità per lavoro ridotto, se è dovuta a motivi economici ed è inevitabile (lett. a) e se per ogni periodo di conteggio è di almeno il 10% delle ore di lavoro normalmente fornite in complesso dai lavoratori dell'azienda (lett. b). È però anche vero che talora, in casi particolari come quello in oggetto, può essere opportuno confrontarsi con il criterio della cifra d'affari. Simile riferimento - perlomeno nelle circostanze della fattispecie - non costituisce soluzione insostenibile, contraria al diritto. D'altronde, il criterio della cifra d'affari non è nozione estranea in materia di indennità per lavoro ridotto. Così, giusta l'<ref-law>, che disciplina le perdite di lavoro in seguito a perdite di clientela dovute a condizioni meteorologiche, l'attività dell'azienda è considerata notevolmente limitata se la cifra d'affari conseguita nel corrispondente periodo di conteggio non supera il 25% della media delle cifre d'affari realizzate nel corso degli ultimi cinque anni durante il medesimo periodo (cfr. pure, sul tema della cifra d'affari, Boris Rubin, Assurance-chômage, 2a ed., Zurigo/Basilea/Ginevra 2006, pag. 504 n. 6.1.8.1). Per quel che concerne poi gli eventuali rischi di una manipolazione arbitraria dei dati riferiti alla cifra d'affari, a prescindere da ipotesi di natura penale, occorre rilevare che è comunque possibile accertare agevolmente se vi siano stati spostamenti sospetti, esaminando la contabilità riferita ai periodi immediatamente precedenti e/o seguenti a quelli considerati. Ne consegue, in sostanza, che la soluzione adottata dalla Corte cantonale, fondata sul criterio della cifra d'affari anziché su quello delle ore di lavoro fornite, può nella concreta fattispecie essere condivisa.
6.2 Dagli atti dell'inserto emerge che durante i mesi da gennaio a maggio degli anni 2003-2005 la società ricorrente - composta di tre dipendenti (tra cui il socio e gerente F._) e un apprendista - ha registrato le seguenti cifre d'affari:
2003
2004
2005
gennaio
46'928.50
31'205.50
28'488.40
febbraio
34'053.90
47'533.05
37'231.05
marzo
33'945.45
52'454.00
28'642.20
aprile
41'917.15
41'533.00
34'003.65
maggio
28'415.25
42'746.75
50'000.00
totale
185'260.25
215'472.30
178'365.30
2003
2004
2005
marzo
33'945.45
52'454.00
28'642.20
aprile
41'917.15
41'533.00
34'003.65
maggio
28'415.25
42'746.75
50'000.00
totale
104'277.85
136'733.75
112'645.85
Da queste tavole sinottiche risulta un'oscillazione della cifra d'affari del 17,22% nei cinque mesi da gennaio a maggio 2004/2005 e del 16,3% nel corrispondente periodo 2003/2004. La variazione è invece del 17,61% nei tre mesi da marzo a maggio 2004/2005 e del 23,73% nel corrispondente trimestre 2003/2004.
Ora, in considerazione del fatto - come peraltro rilevato dai primi giudici e dalla Sezione cantonale del lavoro - che la cifra d'affari della X._ Sagl, per il periodo entrante in linea di conto negli anni 2003-2005, ha avuto una variazione tra il 16,3% e il 23,73%, valori, questi, inferiori al limite determinante del 25%, le chieste prestazioni non possono essere assegnate.
A nulla giova alla ricorrente sostenere che i primi giudici hanno omesso di considerare in modo sufficiente la giovane età dell'azienda, fondata nel 1989 - ossia ben 16 anni prima della richiesta di indennità per lavoro ridotto -, quando la stessa ditta motiva l'introduzione del lavoro ridotto per mancanza di lavoro e per evitare eventuali licenziamenti. Premesso che la ditta in questione non può sicuramente essere considerata come "giovane", occorre ricordare che, pur riconoscendo la difficile situazione del mercato in cui opera X._ Sagl, riconducibile in parte anche all'apertura delle frontiere alle ditte estere, sicuramente concorrenziali, non è scopo dell'assicurazione contro la disoccupazione permettere al datore di lavoro di conservare personale in esubero quando già per sua stessa ammissione afferma esservi "crisi di lavoro", e in particolare quando asserisce che la perdita di lavoro temporanea è riconducibile ad una "politica sbagliata", verosimilmente intendendo la normativa entrata in vigore favorevole all'espansione nel Cantone Ticino di ditte italiane situate in prossimità del confine. Compete infatti al datore di lavoro, e non alle assicurazioni sociali, prevedere l'evoluzione e prendere provvedimenti adeguati e tempestivi per rendere efficiente e autonoma la ditta, a prescindere dall'evoluzione generale del mercato per effetto di mutamenti legislativi a livello europeo.
6.3 Stante quanto precede, il ricorso deve essere respinto, mentre meritano di essere tutelate la pronuncia cantonale e la decisione amministrativa impugnate.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso di diritto amministrativo è respinto.
2. Non si percepiscono spese giudiziarie.
3. La presente sentenza sarà intimata alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e al Segretariato di Stato dell'economia.