Eheschutz, hat sich ergeben:
A.- B.B._ stellte am 10. August 2000 beim Kantonsgericht Schaffhausen ein Begehren um Eheschutz und beantragte unter anderem, ihr Ehegatte A.B._ sei zu verpflichten, ihr einen monatlichen Unterhaltsbeitrag von Fr. 9'000.-- zu bezahlen. Mit Verfügung vom 16. Oktober 2000 hob der Eheschutzrichter des Kantonsgerichtes Schaffhausen den gemeinsamen Haushalt der Parteien auf und wies das Nutzungsrecht an der ehelichen Wohnung der Gesuchstellerin zu; er verpflichtete den Ehemann, der Gesuchstellerin monatlich einen Unterhaltsbeitrag von Fr. 8'116.-- zu leisten. Hiergegen legte der Gesuchsgegner Nichtigkeitsbeschwerde beim Obergericht des Kantons Schaffhausen ein und ersuchte im Hauptantrag um Aufhebung der Verfügung des Eheschutzrichters, was abschlägig beschieden wurde.
B.- Der Gesuchsgegner führt eidgenössische Berufung und beantragt dem Bundesgericht, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und die Streitsache zu weiterer Abklärung und neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventuell sei der Gesuchstellerin ein monatlicher Unterhaltsbeitrag in Höhe von Fr. 1'639. 65 bzw. höchstens Fr. 2'821.-- zuzusprechen. In einem zusätzlichen Verfahrensantrag ersucht er um Einräumung einer Nachfrist zur Begründung der Berufung, eventuell um Durchführung eines zweiten Schriftenwechsels, sofern der angefochtene Entscheid nicht aufgehoben und zurückgewiesen werden sollte. Eine Berufungsantwort ist nicht eingeholt worden; das Obergericht des Kantons Schaffhausen hat auf Gegenbemerkungen in der Sache verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Art. 48 Abs. 1 OG erklärt die Berufung gegen Endentscheide der oberen kantonalen Gerichte oder sonstigen Spruchbehörden für zulässig, die nicht durch ein ordentliches kantonales Rechtsmittel angefochten werden können. Berufungsfähigkeit bedingt demnach insbesondere, dass es sich beim angefochtenen Entscheid um einen Endentscheid handelt.
In der vorliegenden Streitsache ficht der Gesuchsgegner einen letztinstanzlichen kantonalen Entscheid an, in dem auf eine kantonale Nichtigkeitsbeschwerde hin zu befinden war, ob die erstinstanzlich verfügten Eheschutzmassnahmen einen Nichtigkeitsgrund setzten.
In formeller Hinsicht erfordert der Begriff des Endentscheides, dass im kantonalen Verfahren letztinstanzlich über ein ordentliches Rechtsmittel entschieden worden ist (<ref-ruling> E. 1 S. 285; <ref-ruling> E. 2 S. 96 mit Hinweisen), was hier nicht zutrifft, hat doch die Vorinstanz nur zu prüfen gehabt, ob der angefochtene Entscheid einen Nichtigkeitstatbestand im Sinne des Art. 365 der Zivilprozessordnung für den Kanton Schaffhausen vom 3. September 1951 (ZPO/SH) erfüllt. Des Weiteren liegt nach der Rechtsprechung ein Endentscheid nur vor, wenn der kantonale Richter über den im Streit stehenden Anspruch materiell entschieden oder dessen Beurteilung aus einem Grund abgelehnt hat, der endgültig verbietet, dass derselbe Anspruch nochmals geltend gemacht wird, weshalb er insoweit materiell rechtskräftig wird (<ref-ruling> E. 1c S. 25, 381 E. 2a S. 382 f.; <ref-ruling> E. 1b S. 450; <ref-ruling> E. 2 S. 242 f.; <ref-ruling> E. 1c S. 95, 352 E. 1b S. 354; <ref-ruling> E. 3b S. 446 f.).
b) Der Gesuchsgegner trägt sinngemäss vor, entgegen der bundesgerichtlichen Rechtsprechung müssten Eheschutzmassnahmen mit eidgenössischer Berufung angefochten werden können. Die derogatorische Kraft des Bundesrechts gebiete, dass bereits im kantonalen Verfahren ein ordentliches Rechtsmittel gegen die Anordnung von Eheschutzmassnahmen zu Gebote stehe, um hiernach eidgenössische Berufung erheben zu können. Es könne nicht angehen, dass blosses Glaubhaftmachen zur Erwirkung von Eheschutzmassnahmen genüge; hierbei werde der Sachverhalt nur unzureichend abgeklärt. Er führt weiter Art. 114 ZGB ins Treffen und macht geltend, Eheschutzmassnahmen blieben seit Inkrafttreten des revidierten Scheidungsrechtes regelmässig für mindestens vier Jahre rechtswirksam, weshalb ihnen die Eigenschaft eines Endentscheides nicht mehr abgesprochen werden dürfe. Schliesslich weist er darauf hin, nach der Rechtsprechung seien Gegendarstellungsentscheide berufungsfähig, was im Vergleich zu den Eheschutzmassnahmen eine nicht erklärbare Ungleichheit darstelle.
2.- a) In ständiger Rechtsprechung hat das Bundesgericht entschieden, dass letztinstanzliche kantonale Entscheide, in denen Eheschutzmassnahmen angeordnet oder in denen solche verweigert werden, vom Rechtsuchenden nicht mit Berufung angefochten werden können (BGE 43 II 275 f.; 68 II 245 ff. mit Hinweis auf die Gesetzesmaterialien; 72 II 55 E. 2 S. 57 f.; 77 II 279 E. 3 S. 282; <ref-ruling> E. 2 S. 299 f.; <ref-ruling> E. 1c S. 25 f.). Vielmehr sind kantonale Entscheide betreffend Eheschutzmassnahmen aufgrund des Ausschlusses der Berufung dem Bundesgericht mit eidgenössischer Nichtigkeitsbeschwerde (<ref-ruling> E. 1 S. 416; <ref-ruling> E. 1 S. 71) oder staatsrechtlicher Beschwerde zur Prüfung vorzulegen (<ref-ruling> E. 2 S. 308; <ref-ruling> E. 1 S. 20; <ref-ruling> E. 1 S. 23). Dieser Rechtsprechung ist freilich, wie der Gesuchsgegner zutreffend bemerkt, Kritik erwachsen (vgl. etwa Poudret, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Vol. II, Bern 1990, N. 1.1.6.6 zu Art. 48 OG; Sandoz/Poudret, Ordonnance de séparation de biens de l'art. 176 al. 1er ch. 3 CC et décision finale de l'art. 48 OJ, in: JdT 1990 I S. 326 ff.; Deschenaux/Steinauer/Baddeley, Les effets du mariage, Bern 2000, N. 766 ff.; Hausheer/ Reusser/Geiser, Berner Kommentar, 2. Aufl. , Bern 1999, N. 24 ff. zu Art. 180 ZGB; Vogel, ZBJV 125/1989 S. 276).
b) aa) Ist auf der einen Seite nicht zu übersehen, dass die Kritik beachtenswerte Argumente vorträgt, so sprechen auf der anderen Seite ebenso gewichtige Gründe dafür, an der bisherigen langjährigen Rechtsprechung festzuhalten.
Kantonalen Entscheiden, die den Erlass oder die Ablehnung von Eheschutzmassnahmen zum Gegenstand haben, eignet im Regelfall lediglich provisorischer Charakter, bleiben doch die in Art. 172 ff. ZGB vorgesehenen Massnahmen zum Schutz der ehelichen Gemeinschaft nur solange aufrecht, als aussergewöhnliche Verhältnisse ihren Bestand erfordern (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 299). Nehmen die Ehegatten das Zusammenleben wieder auf, so fallen nach dem Gesetz, mit Ausnahme der Gütertrennung und der Kindesschutzmassnahmen, die für das Getrenntleben getroffenen Massnahmen eo ipso wieder dahin (Art. 179 Abs. 2 ZGB; Hasenböhler, Basler Kommentar, N. 11 zu Art. 179 ZGB). Ändern sich die Verhältnisse, kann das Gericht auf Begehren eines Ehegatten die Massnahmen anpassen oder aufheben, wenn ihr Grund weggefallen ist (Art. 179 Abs. 1 ZGB). Selbst bezüglich einer in Anwendung von Art. 176 Abs. 1 Ziff. 3 ZGB angeordneten Gütertrennung, die bei Wiederaufnahme des Zusammenlebens bestehen bleibt, ist es dem Gericht nicht verwehrt, bei veränderten Verhältnissen oder wenn der Nachweis erbracht wird, dass ihr ein unzutreffender Sachverhalt zugrunde liegt, auf diese Massnahme zurückzukommen (<ref-ruling> E. 1c S. 25; kritisch Sandoz/Poudret, a.a.O., S. 327).
In dieser gegenüber anderen Sachurteilen erleichterten Abänderbarkeit der Eheschutzmassnahmen liegt denn auch einer der Gründe, weshalb sie nicht materiell rechtskräftig werden. Demgegenüber kann ein rechtskraftfähiger Endentscheid, der erhöhte Bestandeskraft geniesst, ausschliesslich in einem formalisierten Verfahren abgeändert werden. So muss beispielsweise bezüglich des nach der Scheidung zu leistenden Unterhaltsbeitrages in einem Abänderungsverfahren dargetan werden, dass sich die Verhältnisse dauernd und erheblich verändert haben (Art. 129 Abs. 1 ZGB).
Damit ist freilich nicht gesagt, dass ausnahmslos sämtlichen denkbaren Eheschutzmassnahmen bloss provisorischer Charakter zu attestieren ist. So lässt sich durchaus fragen, ob beispielsweise die anlässlich eines Massnahmenverfahrens richterlich erteilte Ermächtigung im Sinne von Art. 169 Abs. 2 ZGB nicht eher endgültiger Natur und demgemäss als berufungsfähig zu betrachten ist. Da vorliegend nicht über eine derartige Anordnung zu befinden ist, kann die Frage indes weiterhin offen bleiben (so auch der unveröffentlichte Entscheid des Bundesgerichtes vom 25. März 1993 i.S. H., E. 2c).
bb) Endentscheide mit unbeschränkter Rechtskraftwirkung können nur ergehen, nachdem der Sachverhalt vollständig abgeklärt worden ist, d.h. die anspruchsbegründenden Tatsachen bewiesen worden sind (<ref-ruling> E. 2c S. 219 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 299). Merkmal von Eheschutzmassnahmen ist dagegen, dass sie regelmässig in einem summarischen Verfahren mit Beweismittel- und Beweisstrengebeschränkung angeordnet werden, in welchem insbesondere blosses Glaubhaftmachen genügt (Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches vom 11. Juli 1979, BBl 1979 II 1285 Ziff. 219. 228; Hausheer/Reusser/Geiser, a.a.O., N. 15 zu Art. 180 ZGB; Vogel, Grundriss des Zivilprozessrechts,
6. Aufl. , Bern 1999, § 60 N. 166). Im zu beurteilenden Fall ist zur Aussprechung von Eheschutzmassnahmen der Einzelrichter im summarischen Verfahren zuständig (Art. 291 Abs. 2 ZPO/SH), wobei die erheblichen Tatsachen glaubhaft zu machen sind und der Richter weitere Erhebungen tätigen und namentlich Berichte von anderen Amtsstellen beiziehen kann (Art. 295 Abs. 2 ZPO/SH). Abweichend von anderen Summarverfahren mit Beweismittel- und Beweisstrengebeschränkung kommt Eheschutzmassnahmen freilich insofern mehr als ein bloss vorläufiger Charakter zu, als sie nicht in einem nachfolgenden ordentlichen Verfahren mit unbeschränkter Kognition überprüft und nur mit Wirkung für die Zukunft abgeändert werden können (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 299; Art. 296 Abs. 2 ZPO/SH). Sandoz/Poudret (a.a.O., S. 329) machen geltend, selbst in einem Summarverfahren ergangene Entscheide stellten nach der Rechtsprechung Endentscheide dar, sofern auch der Richter des ordentlichen Verfahrens an sie gebunden sei (<ref-ruling> E. 1b S. 251 f.; <ref-ruling> E. 1b S. 96; <ref-ruling> E. 1 S. 27 f.; <ref-ruling> E. 3b S. 448). Dem ist mit Blick auf das Eheschutzverfahren entgegenzuhalten, dass das in den zitierten Entscheiden genannte zürcherische Befehlsverfahren nur Anwendung findet bei nicht streitigen oder sofort beweisbaren tatsächlichen Verhältnissen (§ 222 Ziff. 2 des Gesetzes über den Zivilprozess vom 13. Juni 1976). Dadurch unterscheidet es sich vom Eheschutzverfahren, bei dem der Sachverhalt lediglich glaubhaft gemacht werden muss, gleichgültig, ob er unstreitig oder sofort beweisbar ist. Mithin kommt die Beschreitung des Befehlsverfahrens anders als das Eheschutzverfahren nur bei Erfüllung erhöhter Anforderungen an die Liquidität des Sachverhaltes in Betracht.
Auch die vom Gesuchsgegner ins Feld geführten Gegendarstellungsentscheide, die nach der Rechtsprechung berufungsfähig sind (<ref-ruling> E. 1b S. 195 f.; <ref-ruling> E. 1a S. 302), ergehen in einem Verfahren mit Beweismittelbeschränkung, ohne anschliessender Prüfung mit freier Kognition zu unterliegen. Die Begründung für ihre Berufungsfähigkeit ist jedoch darin zu sehen, dass sie, obwohl von Bundesrechts wegen in einem Verfahren mit Beweismittelbeschränkung zu treffen (Art. 28l Abs. 3 ZGB), anders als Eheschutzentscheide oder vorsorgliche Massnahmen im Vorfeld eines Ehescheidungsprozesses (Art. 137 Abs. 2 ZGB bzw.
Art. 145 Abs. 2 aZGB) nicht als provisorisch betrachtet werden können (<ref-ruling> E. 1b S. 195 f.). Die genannten familienrechtlichen Verfahren weisen in funktionaler Hinsicht eine innere Verwandtschaft auf, weil sie beide darauf abzielen, die Beziehungen der Ehegatten für die Dauer eines ausserordentlichen Zustandes zu regeln; wird die Scheidung ausgesprochen oder normalisieren sich die Verhältnisse wieder, so fallen die getroffenen Massnahmen grundsätzlich ohne weiteres dahin (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 299). Dies trifft für Gegendarstellungsentscheide gerade nicht zu, die gemäss ihrem Zweck nicht darauf angelegt sind, als von vornherein befristete Massnahmen ein zeitlich beschränktes Dauerrechtsverhältnis zu regeln (vgl. Vogel, a.a.O., § 61 N. 195). Kantonale Entscheide über die Anordnung von Gegendarstellungsmassnahmen sind vielmehr insoweit endgültig, als sie abschliessend über die Frage befinden, ob ein Medienunternehmen aufgrund einer bestimmten Veröffentlichung gegendarstellungspflichtig ist oder nicht (Art. 28g Abs. 1, Art. 28l Abs. 1 ZGB).
Die Rüge des Gesuchsgegners, die unterschiedliche Behandlung von Eheschutz- und Gegendarstellungsentscheiden unter dem Gesichtspunkt der Berufungsfähigkeit entbehre eines sachlichen Grundes, erweist sich somit als unbegründet.
cc) Bereits vor Inkrafttreten des revidierten Scheidungsrechtes hat das Bundesgericht erwogen, dass die Dauer von Eheschutzmassnahmen, die ausnahmsweise auch unter dem alten Recht mehrere Jahre betragen konnte, für die Frage der Berufungsfähigkeit unerheblich ist (BGE <ref-ruling> E. 2 S. 299). Wohl werden infolge des durch die Novelle eingeführten formalisierten Scheidungsgrundes des vierjährigen Getrenntlebens (Art. 114 ZGB) Eheschutzmassnahmen vermutlich regelmässig für eine entsprechend längere Dauer in Kraft stehen. Indessen lässt sich daraus entgegen dem Vorbringen des Gesuchsgegners nicht ableiten, Eheschutzmassnahmen müssten nunmehr als Endentscheide begriffen werden. Dies hiesse zu verkennen, dass die Berufungsfähigkeit von Eheschutzmassnahmen vom Bundesgericht nicht mit ihrer im Regelfall eher kurzen Geltungsdauer verneint worden ist; entscheidendes Kriterium war vielmehr, dass der Sachverhalt nicht mit voller Beweiskognition abgeklärt wird und den Massnahmenentscheiden funktionsbedingt ein nur provisorischer Charakter innewohnt, da sie, anders als rechtskraftfähige Endentscheide, formlos oder zumindest erleichtert abänderbar sind (vgl. oben E. 2b/aa). An diesen Grundsätzen hat sich mit dem Inkrafttreten des neuen Ehescheidungsrechtes nichts geändert; dass der Eheschutz in einem raschen Verfahren mit Beweismittelbeschränkung vonstatten zu gehen hat, wird denn selbst von Befürwortern der Berufungsfähigkeit eingeräumt (Roger Weber, Kritische Punkte der Scheidungsrechtsrevision, in: AJP 1999 S. 1645).
c) Im Ergebnis ist folglich daran festzuhalten, dass Eheschutzentscheide regelmässig keine Endentscheide im Sinne von Art. 48 Abs. 1 OG darstellen und deshalb ihre Berufungsfähigkeit zu verneinen ist. Infolgedessen sind die Kantone auch nicht gehalten, aufgrund der derogatorischen Kraft des Bundesrechts (Art. 49 Abs. 1 BV) ordentliche Rechtsmittel mit freier Kognition gegen Eheschutzmassnahmen vorzusehen (<ref-ruling> E. 1d S. 26 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 268), wie dies der Gesuchsgegner fordert.
3.- In Ermangelung eines Endentscheides kann somit auf die Berufung nicht eingetreten werden; der Gesuchsgegner wird bei diesem Ausgang des Verfahrens kostenpflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG). Eine Parteientschädigung hat er nicht zu leisten, zumal keine Berufungsantwort eingeholt worden ist und somit der Gesuchstellerin keine Kosten erwachsen sind (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Auf die Berufung wird nicht eingetreten.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird dem Gesuchsgegner auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 11. Juni 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: