Faits:
A. Le 26 juin 2000, le Juge d'instruction du canton de Genève a inculpé S._ de gestion fautive. Le 17 mars 2004, l'inculpation a été étendue à des infractions de faux dans les titres et de gestion déloyale qualifiée. Il lui est reproché en substance d'avoir causé le surendettement de la société B._, dont il était le président de 1995 à 2000) par une dotation insuffisante en capital, des octrois de garanties et des souscriptions de crédits excessifs, ainsi que des abandons injustifiés de créances. Par ailleurs il aurait participé à l'élaboration de comptes inexacts (ne mentionnant pas les garanties émises par la société, soit 147 millions de fr. au 31 décembre 2008), et aurait détourné à son profit un montant de 2,4 millions d'USD.
Les 11 et 12 juin 2001, le Juge d'instruction a ordonné le blocage de tous les comptes bancaires détenus ou contrôlés par S._, ainsi que la saisie d'un lot de copropriété par étage relatif à un appartement sis à Verbier et estimé à 1 million de fr. Ces mesures ont été confirmées par ordonnance de la Chambre d'accusation genevoise, ainsi que par arrêt du Tribunal fédéral du 9 août 2002 (cause 1P. 239/2002). Selon ce dernier arrêt, S._ avait perçu, de la part de B._, des rémunérations sans rapport avec la situation effective de la société; il aurait reçu des avantages allant au-delà de ce que prévoyait son contrat de travail, ainsi que des virements suspects. Sous l'angle de la proportionnalité, le Tribunal fédéral a retenu que l'enquête nécessitait des investigations compliquées; depuis le mois de janvier 2002, l'inculpé avait usé de son droit au silence, ce qui avait pu retarder l'enquête. La durée des mesures de séquestre n'apparaissait pas excessive en l'état, mais l'instruction devait être poursuivie sans désemparer.
Le 2 juillet 2004, le Juge d'instruction a rejeté une nouvelle demande de levée des saisies. Cette décision a été confirmée le 4 octobre 2004 par la Chambre d'accusation. Celle-ci a considéré qu'une confiscation apparaissait possible, que l'inculpé avait choisi de ne pas répondre aux questions du Juge d'instruction, et que ce dernier avait proposé de limiter les saisies à un montant de 1,5 million de fr., ce qui paraissait proportionné à la situation du recourant.
B. Le Juge d'instruction a encore refusé de lever les saisies, par décisions des 4 juin 2007 et 17 février 2009, en considérant notamment que les rémunérations perçues par l'inculpé s'élevaient à 1,7 million de fr. entre 1997 et 1999, et que l'on ignorait le destinataire du montant de 2,4 millions d'USD débité du compte de B._.
Par ordonnance du 20 mai 2009, la Chambre d'accusation a confirmé cette dernière décision, en substance pour les mêmes motifs. Les arguments à décharge avancés par le recourant étaient contredits par les éléments de l'enquête. Le recourant était malvenu de se plaindre de la longueur de la procédure puisque pendant cinq ans il avait refusé de collaborer à l'enquête. L'affaire était complexe et la commission rogatoire décernée aux Etats-Unis pouvait être déterminante. La valeur des biens saisis, soit moins d'un million de fr., apparaissait inférieure aux avantages illicites. Le recourant se prétendait démuni, mais la partie civile avait affirmé sans être contredite qu'il avait vendu des biens en France et disposerait de biens à l'étranger. Le recourant ne démontrait pas qu'il serait privé du minimum vital.
C. Par acte du 24 juin 2009, S._ forme un recours en matière pénale. Il demande l'annulation de l'ordonnance de la Chambre d'accusation et la levée de toutes les saisies frappant ses comptes bancaires et autres biens.
La Chambre d'accusation n'a pas présenté d'observations. Le Ministère public conclut au rejet du recours. B._ conclut au rejet du recours. Les autres parties civiles s'en rapportent à justice.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière pénale, au sens de l'<ref-law>, est ouvert contre une décision de saisie prise au cours de la procédure pénale, et confirmée en dernière instance cantonale (<ref-law>).
1.1 Le recours est dirigé contre l'ordonnance de la Chambre d'accusation qui confirme le maintien d'une saisie d'immeuble et de comptes bancaires ordonnée par le Juge d'instruction. En tant que propriétaire, respectivement titulaire de ces avoirs, le recourant a qualité pour agir (<ref-law>).
1.2 La décision par laquelle le juge prononce ou maintient un séquestre pénal constitue une décision incidente (<ref-ruling> consid. 1 p. 131; <ref-ruling> consid. 1b p. 100 et les références) susceptible de causer un dommage irréparable au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 4 p. 141 et les références), dans la mesure où le détenteur se trouve privé temporairement de la libre disposition des valeurs saisies (ATF <ref-ruling> consid. 1b p. 101; voir également <ref-ruling> consid. 1 p. 131; <ref-ruling> consid. 4 p. 187 et les références).
1.3 Dans le cas d'un recours dirigé, comme en l'espèce, contre une mesure provisionnelle, seule peut être invoquée la violation de droits fondamentaux (<ref-law>; ATF <ref-ruling> consid. 1c p. 102). Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'<ref-law> prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 88). Le recourant doit ainsi indiquer, dans l'acte de recours lui-même, quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste sa violation (<ref-ruling> consid. 5 p. 187; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254; <ref-ruling> consid. 2.1. p. 31, 258 consid. 1.3 p. 261s). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 4. p. 589; <ref-ruling> consid. 1.3 et les arrêts cités).
1.4 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Dans le cadre d'un recours dirigé contre une mesure provisionnelle, le recourant ne peut critiquer la constatation des faits, susceptibles d'avoir une influence déterminante sur l'issue de la procédure, que si ceux-ci ont été établis en violation de droits fondamentaux, ce qu'il lui appartient de démontrer par une argumentation répondant aux exigences de motivation de l'<ref-law>. Le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral est limité, pratiquement, à l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 7.1 p. 398).
2. Le recourant conteste que les biens saisis constituent le produit d'une infraction et soient, à ce titre, susceptibles d'être confisqués ou de servir au paiement d'une créance compensatrice. L'enquête n'aurait pas progressé depuis l'arrêt du Tribunal fédéral du 9 août 2002, et le recourant aurait démontré que les sommes séquestrées provenaient de son salaire, d'un héritage et de gains boursiers. Il serait aussi prouvé que l'appartement a été acquis par un prêt hypothécaire et un prélèvement sur son compte de prévoyance professionnelle. L'ordonnance attaquée retiendrait arbitrairement le contraire.
2. Le recourant conteste que les biens saisis constituent le produit d'une infraction et soient, à ce titre, susceptibles d'être confisqués ou de servir au paiement d'une créance compensatrice. L'enquête n'aurait pas progressé depuis l'arrêt du Tribunal fédéral du 9 août 2002, et le recourant aurait démontré que les sommes séquestrées provenaient de son salaire, d'un héritage et de gains boursiers. Il serait aussi prouvé que l'appartement a été acquis par un prêt hypothécaire et un prélèvement sur son compte de prévoyance professionnelle. L'ordonnance attaquée retiendrait arbitrairement le contraire.
2.1 Le séquestre pénal est une mesure conservatoire provisoire destinée à préserver les objets ou valeurs que le juge du fond pourrait être amené à confisquer ou qui pourraient servir à l'exécution d'une créance compensatrice. En l'espèce, l'arrêt cantonal est fondé sur l'<ref-law>/GE, disposition selon laquelle le juge d'instruction saisit les objets et les valeurs susceptibles d'être confisqués ou réalisés en exécution d'une créance compensatrice. Comme cela ressort du texte de l'<ref-law>/GE, une telle mesure est fondée sur la vraisemblance; elle porte sur des objets dont on peut admettre, prima facie, qu'ils pourront être confisqués en application du droit pénal fédéral. Une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines; en outre, le juge doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire, ce qui exclut qu'il résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (<ref-ruling> consid. 3a p. 99; <ref-ruling> consid. III/1c p. 13; <ref-ruling> consid. 2c p. 327).
2.2 L'éventualité d'une confiscation ou d'une créance compensatrice a déjà été affirmée, en particulier dans l'arrêt du Tribunal fédéral rendu en 2002. Cet arrêt retient notamment, à la charge du recourant, des virements insolites effectués en sa faveur, susceptibles de constituer des détournements. Contrairement à ce que soutient le recourant, l'enquête n'a pas permis de lever les charges retenues contre lui. La cour cantonale a retenu que le recourant avait continué à percevoir des rémunérations élevées tout en sachant, dès 1997, que la société était surendettée. Le rapport d'expertise établi en janvier 2006 met par ailleurs en évidence des augmentations de capital fictives. L'instruction porte encore sur des versements de dividendes sur la base d'un procès-verbal falsifié, ainsi que sur le transfert de 2,4 millions d'USD en faveur d'un compte contrôlé par le recourant. En l'état, on ne saurait donc exclure que les biens saisis puissent être confisqués comme produit des infractions, ou servir au paiement d'une créance compensatrice.
2.3 Le recourant soutient que le blocage de ses avoirs porterait atteinte à son minimum vital. Il explique n'avoir plus aucune ressource, les saisies et poursuites dont il est l'objet l'empêchant de retrouver une activité lucrative.
La Chambre d'accusation a retenu que, selon les allégués non contestés des parties civiles, le recourant aurait vendu un bien en France et disposerait de moyens suffisants pour intenter de nombreux procès, ce qui laisserait à penser qu'il détient encore des avoirs disponibles à l'étranger. Le recourant se contente d'affirmations générales, et ne tente nullement de démontrer - comme l'exige l'<ref-law> - que les considérations de la cour cantonale seraient arbitraires. Le grief doit par conséquent être écarté, dans la mesure où il est recevable.
3. Invoquant le principe de la proportionnalité, le recourant relève que l'enquête a été ouverte au mois de juin 2000. Le rapport d'expertise financière a été déposé le 13 janvier 2006 et la dernière audition par le Juge d'instruction daterait du 21 juin 2007. Les auditions par voie de commission rogatoire, demandées par les parties depuis le mois de novembre 2006, n'auraient été effectuées qu'au mois de janvier 2009. Dans son arrêt de 2002, le Tribunal fédéral avait déjà exigé que l'enquête soit poursuivie sans désemparer, et que les parties civiles présentent en une seule fois leurs éventuelles réquisitions de preuves. Le droit d'être jugé dans un délai raisonnable serait d'ores et déjà violé.
3.1 Pour qu'une mesure soit conforme au principe de la proportionnalité, il faut qu'elle soit apte à parvenir au but visé, que ce dernier ne puisse être atteint par une mesure moins incisive et qu'il existe un rapport raisonnable entre les effets de la mesure sur la situation de l'administré et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (<ref-ruling> consid. 11.3 p. 246; <ref-ruling> consid. 3 p. 482 et les arrêts cités). La mesure de saisie doit en principe être maintenue aussi longtemps que subsiste une probabilité de confiscation (SJ 1994 p. 90 et 102). Un séquestre peut néanmoins apparaître disproportionné, notamment lorsque la procédure pénale s'éternise sans motifs suffisants (cf. <ref-ruling> consid. 11.6 p. 247).
3.2 Les mesures de blocage frappant les avoirs du recourant ont été prononcées les 11 et 12 juin 2001. Saisi d'un premier recours, le Tribunal fédéral a considéré, au mois d'août 2002 déjà, que l'enquête devait se poursuivre sans désemparer. Il a considéré que le recourant avait décidé d'user de son droit de se taire depuis le 10 janvier 2002, et que ce silence avait sans doute compliqué et retardé l'instruction. Le recourant a persisté dans ce comportement jusqu'au mois de mars 2005 ce qui a pu, jusqu'à cette date en tout cas, compliquer encore le déroulement de l'instruction. Il ressort du dossier de la procédure pénale que le magistrat instructeur a procédé ou fait procéder à de nombreuses auditions, à des perquisitions, à des analyses financières. Au mois de février 2003, le recourant a demandé en vain sa récusation (cf. arrêt 1P. 293/2003 du 1er juillet 2003). Une expertise a été mise en oeuvre; le rapport a été déposé au mois de janvier 2006, et a suscité une inculpation complémentaire ainsi que des audiences qui se sont régulièrement succédées jusqu'au 21 juin 2007. A partir de cette date, aucun acte d'instruction particulier n'a été effectué, jusqu'au 3 juin 2008, date à laquelle la cause a été reprise par un nouveau juge d'instruction. Le 3 septembre 2008, ce dernier a annoncé l'envoi d'une commission rogatoire pour l'audition et l'inculpation complémentaire de l'un des prévenus aux Etats-Unis. Cette commission rogatoire n'a finalement été envoyée qu'au mois de janvier 2009.
Il résulte de ce qui précède que la mesure de blocage dure depuis plus de huit ans, ce qui apparaît déjà en soi problématique au regard du principe de la proportionnalité et de la célérité (art. 6 par. 1 CEDH et 29 Cst.), malgré l'incontestable complexité de la cause. A cela s'ajoute que l'instruction a connu des temps d'arrêt importants et inexpliqués, notamment une période de plus d'une année entre le 21 juin 2007 et le 3 septembre 2008 sans acte d'instruction significatif. Dans de telles circonstances, il appartenait à tout le moins aux autorités de poursuite de fournir des indications permettant d'espérer une fin prochaine de l'instruction, un renvoi en jugement et une décision définitive à propos des fonds saisis. Or, ni la décision attaquée, ni les autorités intimées ne fournissent la moindre explication à ce sujet.
Lorsqu'une mesure provisoire se prolonge indûment, un délai raisonnable peut encore être fixé pour procéder aux actes nécessaires et clôturer l'enquête. Cela n'apparaît pas possible en l'occurrence. Une demande d'entraide judiciaire a été adressée au mois de janvier 2009 aux autorités américaines - alors qu'une telle mesure d'instruction avait été requise il y a trois ans déjà -, et on ignore quand celle-ci pourra être exécutée. Aucune démarche ne semble avoir été faite afin d'accélérer le cours de la procédure et d'obtenir dans les meilleurs délais une réponse des autorités américaines.
Il en résulte que la saisie des biens du recourant est devenue disproportionnée et viole, par conséquent, la garantie de la propriété.
4. Le recours doit par conséquent être admis. L'ordonnance attaquée est annulée et la cause est renvoyée à la Chambre d'accusation genevoise (<ref-law>) afin d'une part qu'elle ordonne la levée des saisies frappant les biens du recourant - celles-ci devant être déterminées avec précision -, et d'autre part qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de l'instance cantonale. Le recourant, qui obtient gain de cause, a droit à des dépens. Compte tenu des circonstances particulières (la seule partie intimée qui a pris des conclusions devant le Tribunal fédéral est B._, en faillite, et l'admission du recours est due à la durée de l'instruction), il se justifie de mettre les dépens à la charge du canton de Genève. Cela rend sans objet la demande d'assistance judiciaire. Conformément à l'<ref-law>, il n'est pas perçu de frais judiciaires.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'ordonnance attaquée est annulée. La cause est renvoyée à la Chambre d'accusation du canton de Genève afin qu'elle ordonne la levée des saisies frappant les biens du recourant et qu'elle statue à nouveau sur les frais et dépens de l'instance cantonale.
2. Une indemnité de dépens de 2000 fr. est allouée au recourant, à la charge du canton de Genève.
3. La demande d'assistance judiciaire est sans objet.
4. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
5. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Procureur général et à la Chambre d'accusation du canton de Genève.
Lausanne, le 24 novembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Féraud Kurz