Sachverhalt:
A. B._ kam mit H._ überein, für ihn Hanf anzupflanzen und ihm den geernteten Hanf zu übergeben. Zu diesem Zweck pachtete er in der Ortschaft D._ von einem Bauer 51 Aren Ackerland. An den jährlichen Pachtzins von Fr. 6'000.-- schoss ihm H._ Fr. 4'000.-- vor. Ende Mai 2002 pflanzte er ca. 1800 Setzlinge THC-reicher Hanfsorten, die er zuvor von H._ bezogen hatte. Bevor B._ den Hanf (THC-Gehalt 12,3-15%) ernten konnte, wurde dieser amtlich beschlagnahmt. Gemäss Übereinkunft hätte B._ von H._ Fr. 5'000.-- für den Anbau und die Aufzucht der Pflanzen erhalten sollen.
B. Gestützt auf diesen Sachverhalt und weitere Anklagepunkte verurteilte das Kantonsgericht Schaffhausen B._ am 24. August 2005 wegen qualifizierter und mehrfacher einfacher Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz sowie mehrfacher Übertretung des Betäubungsmittelgesetzes zu 16 Monaten Gefängnis als Zusatzstrafe zu einem Strafbefehl vom 13. Januar 2003. Gleichzeitig widerrief es den bedingten Strafvollzug jener Haftstrafe von 14 Tagen sowie einer Gefängnisstrafe von 2 Monaten vom 16. Juni 2000.
Das Obergericht des Kantons Schaffhausen wies am 24. August 2007 eine Berufung von B._ ab und verurteilte ihn zu einer Gesamtstrafe von 18 Monaten Freiheitsstrafe.
Das Bundesgericht hiess am 11. April 2008 eine Beschwerde des Verurteilten gut, hob das angefochtene Urteil auf und wies die Sache an die Vorinstanz zurück, damit sie ihn vom Vorwurf der bandenmässigen Begehung freispreche und ein neues Urteil fälle.
C. Das Obergericht verurteilte B._ am 31. Oktober 2008 wegen mehrfacher einfacher Widerhandlung gegen das Betäubungsmittelgesetz und mehrfacher Übertretung desselben zu 10 Monaten Freiheitsstrafe als teilweise Zusatzstrafe zu zwei Strafbefehlen vom 13. Januar 2003 und 13. April 2005. Gleichzeitig schrieb es das Berufungsverfahren in Bezug auf den Widerruf der 2-monatigen Gefängnisstrafe ab und verzichtete auf den Vollzug der 14-tägigen Haftstrafe.
D. B._ führt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer beanstandet die Strafzumessung in mehreren Punkten und dabei insbesondere, die Vorinstanz habe ihre Begründungspflicht verletzt.
1.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz habe bei der Beurteilung der Schwere der Taten seine Einwände nicht berücksichtigt.
Zunächst gilt es zu bedenken, dass die Vorinstanz das Strafmass von 18 auf 10 Monate Freiheitsstrafe reduziert und damit berücksichtigt hat, dass die Qualifikation der Bandenmässigkeit wegfiel. In diesem Zusammenhang legt sie dem Beschwerdeführer zutreffend lediglich den Anbau von Drogenhanf zur Last. Inwiefern wegen seiner angeblich untergeordneten Stellung sein Verschulden weniger schwer wiegen sollte, ist nicht einzusehen. Immerhin hat er sich aus freien Stücken darauf eingelassen, die Hanfsetzlinge aufzuziehen und zu pflegen, obwohl er wegen Drogendelikten bereits verurteilt worden war. Seine Einwände betreffend mangelnde Kenntnis von Preisen und der Verwendung des Hanfs hat die Vorinstanz willkürfrei als Schutzbehauptungen eingestuft (angefochtener Entscheid S. 11 Ziff. 4). Deshalb war sie auch nicht gehalten, im Rahmen der Strafzumessung darüber weitere Ausführungen zu machen.
Auch hinsichtlich des Lagerns und Transportierens von Drogenhanf beanstandet der Beschwerdeführer die Begründung der Vorinstanz. Diese habe sich zu seinem Einwand nicht geäussert, mit dem Lagern und Transportieren des Hanfs stehe jedenfalls nicht mehr als ein untergeordneter Beitrag zu einem allfälligen Delikt fest. Diesbezüglich erübrigte sich im Rahmen der Strafzumessung eine zusätzliche Begründung. Denn bei der Beurteilung des Vorhalts hatte die Vorinstanz ausdrücklich festgehalten, jede in <ref-law> aufgeführte Handlung habe die Bedeutung eines selbständigen Straftatbestands und unterstehe der vollen Strafdrohung (angefochtener Entscheid S. 12 lit. b).
1.2 Bei den persönlichen Verhältnissen beanstandet der Beschwerdeführer, die Vorinstanz habe zuwenig berücksichtigt, dass sich bei ihm eine dauerhafte Konsolidierung eingestellt habe, indem er inzwischen in seinen angestammten Beruf als Koch zurückgekehrt sei und damit den Lebensunterhalt verdiene.
Die Vorinstanz hat in ihrer Begründung eine besonders positive Entwicklung des Beschwerdeführers oder die Bewährung am Arbeitsplatz ausdrücklich in Abrede gestellt. So hält sie ihm vor, seit den zu beurteilenden Taten weiter delinquiert zu haben und mehrfach bestraft worden zu sein (angefochtener Entscheid S. 19). Zudem habe er bereits anlässlich der erstinstanzlichen Verhandlung eine Anstellung als Koch gehabt. Seine Angaben zu den beruflichen und finanziellen Verhältnissen seien nur vage (S. 26 Ziff. 11). Schliesslich hat die Vorinstanz dem Beschwerdeführer wegen seines Kindes eine gewisse Strafempfindlichkeit zugebilligt, obwohl das Kind auch von der Mutter betreut wird und nicht einzusehen ist, inwiefern der Beschwerdeführer stärker als ein anderer Vater betroffen sein soll, der eine Strafe verbüssen muss. Angesichts der wiederholten Rückfälle musste die Vorinstanz auch nicht zum Argument Stellung nehmen, er habe beruflich und privat keinen Kontakt mehr zu den Personen, die im zu beurteilenden Verfahren eine Rolle gespielt haben.
1.3 Die Vorinstanz geht zu Recht davon aus, dass der Beschwerdeführer bloss teilweise geständig ist. Denn noch im vorinstanzlichen Verfahren behauptete er, nicht gewusst zu haben, wozu der Drogenhanf verwendet würde, wem er gehören würde usw.
1.4 Auf die Ausführungen des Beschwerdeführers zum Beschleunigungsgebot ist nicht einzutreten. Diese erschöpfen sich in appellatorischer Kritik. Mit der vorinstanzlichen Begründung (angefochtener Entscheid S. 19 ff.) setzt sich der Beschwerdeführer nicht ernsthaft auseinander. Insbesondere zeigt er nicht auf, welchen Einfluss seine mehrfachen Fristerstreckungsgesuche auf die Dauer des Verfahrens hatten bzw. nicht gehabt haben sollen.
1.5 Zusammenfassend hat die Vorinstanz bei der Strafzumessung kein Bundesrecht und namentlich auch ihre Begründungspflicht nicht verletzt.
2. Der Beschwerdeführer beanstandet die Kostenverteilung im kantonalen Verfahren.
2.1 Unter Hinweis auf Art. 6 Ziff. 3 lit. c EMRK macht er geltend, einem mittellosen Angeklagten dürften keine Kosten für die Pflichtverteidigung auferlegt werden, wenn nicht durch Vollstreckungsmassnahmen sichergestellt sei, dass die entsprechenden Kosten nicht eingetrieben würden.
Die Vorinstanz stellt in tatsächlicher Hinsicht fest, der Beschwerdeführer sei jung, arbeitsfähig und verfüge nach eigenen Angaben über mehrere Arbeitsstellen (angefochtener Entscheid S. 26 Ziff. 11). Unter diesen Umständen kann der Beschwerdeführer nicht als mittellos bezeichnet werden, weshalb die angerufene Konventionsbestimmung auch nicht zum Tragen kommt.
2.2 Den Anspruch auf rechtliches Gehör erachtet der Beschwerdeführer als verletzt, weil ihm die Vorinstanz ohne besondere Begründung die erstinstanzlichen Verfahrenskosten vollständig auferlegte, obwohl er schliesslich vom Vorwurf der qualifizierten Widerhandlung gegen das BetmG freigesprochen worden sei.
Art. 346 der Schaffhauser Strafprozessordnung (StPO/SH) sieht vor, dass die Verfahrenskosten dem Beschuldigten auferlegt werden, soweit er schuldig gesprochen wird. Diese Bestimmung bezieht sich auf den eingeklagten Sachverhalt und nicht auf dessen Qualifikation (einfache oder qualifizierte Begehung). Da der Beschwerdeführer verurteilt wurde, hat er auch die gesetzlichen Folgen zu tragen. Dies bedurfte keiner weiteren Erörterung durch die Vorinstanz.
2.3 Der Beschwerdeführer rügt, in Bezug auf Ziff. 2 der Anklage sei er freigesprochen worden, weshalb ihm insoweit keine Verfahrenskosten hätten auferlegt werden dürfen.
Diese sinngemässe Rüge einer willkürlichen Anwendung von Art. 346 StPO/SH erhebt er erstmals vor Bundesgericht (kantonale Akten, act. 552, 557, 586 und 694). Da er diesbezüglich den kantonalen Instanzenzug nicht ausgeschöpft hat, ist darauf nicht einzutreten.
3. Insgesamt ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Der Beschwerdeführer stellt ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege. Da seine Begehren im Voraus aussichtslos erschienen und er überdies über die erforderlichen Mittel verfügt (E. 2.1), ist das Gesuch abzuweisen (<ref-law>).
Mit dem Entscheid in der Sache ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Schaffhausen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Mai 2009
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Borner