Sachverhalt:
A. A.a Der 1967 geborene S._ war seit Juni 1999 bei der Firma X._ GmbH als Programmierer angestellt und in dieser Eigenschaft bei der Schweizerischen Mobiliar Versicherungsgesellschaft (nachfolgend: Mobiliar) gegen Unfall versichert. Am 2. Januar 2000 zog er sich bei einem Sturz beim Skifahren eine Beckenringfraktur und eine Blasenverletzung zu, worauf er mehrmals operiert werden musste. Die Mobiliar kam für die Heilungskosten auf und richtete Taggelder aus. Gestützt auf umfassende medizinische Abklärungen und insbesondere das von ihr in Auftrag gegebene Gutachten des PD Dr. med. K._, Spezialarzt für Chirurgie, vom 25. Februar 2003 stellte sie ihre Leistungen mit Verfügung vom 2. April 2003 rückwirkend auf den 31. März 2003 ein, da der Versicherte ab diesem Zeitpunkt trotz Restbeschwerden in einer teils sitzend und teils stehend auszuübenden intellektuellen Erwerbstätigkeit voll arbeitsfähig sei. Daran hielt sie mit Einspracheentscheid vom 7. Oktober 2003 fest. Das damalige Eidgenössische Versicherungsgericht schützte mit Urteil vom 22. April 2005 den diesen bestätigenden kantonalen Entscheid vom 13. Oktober 2004.
A.b Am 7. April 2006 liess S._ unter Hinweis auf die Berichte des Dr. med. M._, Facharzt für physikalische Medizin, speziell Rheumaerkrankungen, vom 16. September 2005 und des Dr. med. H._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 4. Januar 2006 einen Rückfall zum Unfall vom 2. Januar 2000 melden. Die Mobiliar holte daraufhin die Stellungnahme des PD Dr. med. K._ vom 22. Mai 2006 ein. Gestützt darauf verneinte sie das Vorliegen eines Rückfalls, von Spätfolgen oder einer Ausweitung oder Verschlimmerung der Unfallfolgen und wies das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 31. Mai 2006 ab; auch bestehe kein Anspruch auf Integritätsentschädigung. Die dagegen erhobene Einsprache wies sie mit Einspracheentscheid vom 13. September 2006 ab, soweit sie darauf eintrat.
B. Die Beschwerde gegen den Einspracheentscheid wies das Versicherungsgericht des Kantons Aargau mit Entscheid vom 20. Juni 2007 ab.
C. Beschwerdeweise lässt S._ beantragen, die Mobiliar sei anzuweisen, ihm ab dem 23. November 2005 die gesetzlichen Leistungen für die Folgen des Unfalls vom 2. Januar 2000 in Form eines 100%igen Taggeldes sowie einer seinen Einschränkungen entsprechenden Integritätsentschädigung auszurichten. Eventuell sei die Sache zur ergänzenden medizinischen Abklärung an die Mobiliar zurückzuweisen.
Die Mobiliar schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten im Sinne von <ref-law> kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Richtet sich die Beschwerde gegen einen Entscheid über die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung, so kann jede unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (<ref-law>), und das Bundesgericht ist an die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nicht gebunden (<ref-law>).
2. 2.1 Im kantonalen Entscheid werden die nach der Rechtsprechung für den Anspruch auf Leistungen der obligatorischen Unfallversicherung (<ref-law>) geltenden Voraussetzungen des natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem Unfallereignis und dem eingetretenen Schaden (<ref-ruling> E. 3.1 S. 181), insbesondere bei Rückfällen und Spätfolgen (<ref-ruling> E. 2c S. 296) zutreffend dargelegt. Darauf wird ebenso verwiesen wir auf die vorinstanzlich wiedergegebene Rechtsprechung zur Adäquanz des Kausalzusammenhangs bei psychischen Unfallfolgen (<ref-ruling>). Beizufügen ist, dass im Sozialversicherungsrecht die Adäquanz als rechtliche Eingrenzung der sich aus dem natürlichen Kausalzusammenhang ergebenden Haftung des Unfallversicherers im Bereich organisch objektiv ausgewiesener Unfallfolgen praktisch keine Rolle spielt, da sich die adäquate weitgehend mit der natürlichen Kausalität deckt (<ref-ruling> E. 5b/bb S. 103 mit Hinweisen). Bei natürlich unfallkausalen, aber organisch nicht objektiv ausgewiesenen Beschwerden ist bei der Beurteilung der Adäquanz dagegen vom augenfälligen Geschehensablauf auszugehen, und es sind je nachdem weitere unfallkausale Kriterien einzubeziehen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 112 mit Hinweisen).
2.2 Ebenfalls zutreffend sind die vorinstanzlichen Erwägungen zum Nachweis des Vorliegens eines natürlichen Kausalzusammenhangs zwischen dem neuen Beschwerdebild und dem Unfall mit dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit. Dasselbe gilt, wenn die versicherte Person sich - bei gleichbleibendem Leiden - auf eine Verminderung der Erwerbsfähigkeit beruft. Im Sozialversicherungsprozess tragen die Parteien in der Regel eine Beweislast nur insofern, als im Falle der Beweislosigkeit der Entscheid zuungunsten jener Partei ausfällt, die aus dem unbewiesen gebliebenen Sachverhalt Rechte ableiten wollte. Diese Beweisregel greift allerdings erst Platz, wenn es sich als unmöglich erweist, im Rahmen des Untersuchungsgrundsatzes aufgrund einer Beweiswürdigung einen Sachverhalt zu ermitteln, der zumindest die Wahrscheinlichkeit für sich hat, der Wirklichkeit zu entsprechen (RKUV 1994 Nr. U 206 S. 326 und U 189 S. 138).
3. 3.1 Beim Unfall vom 2. Januar 2000 zog sich der Beschwerdeführer eine Beckenringfraktur und eine Harnblasenruptur zu. Seither leidet er an glaubhaften Schmerzen, welche bisher indessen trotz eingehenden klinischen und bildgebenden Abklärungen nicht objektiviert werden konnten. Obwohl das Schmerzbild vom nervus ischiadicus auszugehen scheint, konnten mittels MR des Beckens keine Zeichen einer Raumforderung oder einer sonstigen Pathologie mit Beziehung zum nervus ischiadicus links gefunden werden. Auch die Elektromyographie zeigte gemäss Bericht des Dr. med. E._ vom 28. Juli 2001 keine neurologischen Ausfälle und keinen Hinweis auf eine Läsion des nervus ischiadicus. Eine Diskushernie wurde mittels MRI ausgeschlossen. PD Dr. med. K._, welcher sich im Gutachten vom 25. Februar 2003 mit der Schmerzproblematik auseinandergesetzt hat, ging angesichts der Schwierigkeit einer medizinischen Zuordnung von unspezifischen und uncharakteristischen posttraumatischen Beschwerden ohne neurogene Beteiligung aus. Da der Versicherte angab, nicht längere Zeit sitzen oder stehen zu können, ohne dass Schmerzen auftreten würden, empfahl der Gutachter eine Tätigkeit in abwechselnd sitzender und stehender Position. Die bisher ausgeübte vorwiegend intellektuelle Erwerbstätigkeit bezeichnete er als den Restbeschwerden in idealer Weise angepasst, sofern der Arbeitsplatz ergonomisch eingerichtet werde. Aufgrund der unter diesen Voraussetzungen attestierten vollen Arbeitsfähigkeit wurden die Taggeldleistungen eingestellt.
3.2 Mit Rückfallmeldung vom 7. April 2006 macht der Beschwerdeführer eine Verschlimmerung der Schmerzproblematik, das Auftreten von psychischen Beeinträchtigungen und als Folge davon eine Verminderung der Arbeitsfähigkeit geltend. Zudem bringt er vor, neuere Arztberichte würden belegen, dass PD Dr. med. K._ in seinem Gutachten vom 25. Februar 2003 fälschlicherweise davon ausgegangen sei, der nervus ischiadicus sei nicht verletzt worden. Gleichzeitig reichte er der Mobiliar den Bericht des Dr. med. M._ vom 16. September 2005 ein, gemäss welchem der Versicherte im Wesentlichen an Schmerzen und Gefühlsstörungen im Ausbreitungsgebiet des nervus ischiadicus am linken Bein leide. Weiter legte er den Bericht des Dr. med. H._ vom 4. Januar 2006 auf, welcher einen Verdacht auf larvierte Depression und Schmerzmittelabusus diagnostizierte und von einer um rund 50 % reduzierten Arbeitsfähigkeit ausging. Weiter gab er den Bericht des Dr. med. T._ vom 12. August 2005 zu den Akten. Die Beschwerdegegnerin unterbreitete die medizinischen Unterlagen PD Dr. med. K._, welcher am 22. Mai 2006 Stellung nahm. Dabei nahm er eine Analyse der seit seiner Begutachtung vom 25. Februar 2003 ergangenen ärztlichen Berichte vor, wobei er zum Schluss gelangte, eine neurogene Beteiligung des Beinplexus links am Beschwerdebild habe auch aufgrund der neueren Untersuchungen nicht objektiviert werden können. Da eine solche bisher weder neuroklinisch, elektroneurographisch oder elektromyographisch noch kernspintomographisch habe nachgewiesen werden können, seien die Beschwerden weiterhin als posttraumatische Schmerzen unspezifischer, uncharakteristischer Art zu beurteilen. Im Nachgang zu seiner Begutachtung vom 25. Februar 2003 seien keine elektorneurographische Untersuchungen veranlasst worden, die allein den Nachweis einer Ischiadicusläsion hätten erbringen können. In seiner sich allein auf die Akten stützenden Beurteilung vom 22. Mai 2006 hielt PD Dr. med. K._ an einer vollen Arbeitsfähigkeit für eine vorwiegend intellektuelle Tätigkeit, welche teils sitzend, teils stehend ausgeübt werden könne, fest. Zur näheren Präzisierung der Möglichkeit einer Schädigung plexonaler Anteile im Beckenraum empfahl er die Zuweisung des Beschwerdeführers an einen in Elektroneurographie hochspezialisierten Neurologen, da unter dem Gesichtspunkt zunehmender Verwachsungen und Vernarbungen im Beckenraum nach erlittener Beckenringfraktur und osteosynthetischer Stabilisierung eine gewisse Schmerzzunahme nicht rundwegs auszuschliessen sei.
4. 4.1 Das kantonale Gericht hat erwogen, aufgrund der medizinischen Unterlagen - insbesondere der Berichte des Dr. med. Z._ vom Röntgeninstitut Y._ vom 26. November 2003, des Prof. Dr. med. D._ vom 27. Januar 2004, des Dr. med. I._ vom 2. März 2004, des Dr. med. T._ vom 12. August 2005, des Dr. med. M._ vom 16. September 2005, des Dr. med. H._ vom 4. Januar 2006 und des PD Dr. med. K._ vom 22. Mai 2006 - lägen nach wie vor keine organisch ausgewiesenen Folgen des Unfalles vom 2. Januar 2000 vor, welche das persistierende Schmerzbild oder gar eine Verschlimmerung der gesundheitlichen Situation zu erklären vermöchten. Die Frage, ob beim Beschwerdeführer eine psychische Störung von Krankheitswert vorliegt, liess die Vorinstanz offen, da der adäquate und wohl auch der natürliche Kausalzusammenhang zwischen dem Unfallereignis und den psychischen Beschwerden ohnehin zu verneinen sei. Überdies verneinte sie auch einen Anspruch auf Integritätsentschädigung.
4.2 Der Beschwerdeführer hält dem entgegen, namentlich Dr. med. M._ habe Gefühlsstörungen in der Gesässregion links und einen fehlenden Achillessehnenreflex klinisch nachgewiesen. Die Beurteilung des PD Dr. med. K._ beruhe demgegenüber nicht auf eigenen Wahrnehmungen. Zudem bestünden begründete Zweifel an dessen Unvoreingenommenheit, da er - nunmehr als Vertrauensarzt des Unfallversicherers tätig - sein früheres Gutachten zu verteidigen suche.
5. 5.1 Dr. med. E._ ging im Bericht vom 28. Juli 2001, gestützt auf eine von ihm durchgeführte elektromyographische Untersuchung, angesichts beidseits vorhandener Achillessehnenreflexe von einem intakten nervus ischiadicus aus. Darauf beruht im Wesentlichen auch das Gutachten des PD Dr. med. K._ vom 25. Februar 2003. Im Bericht vom 27. Januar 2004 hielt Prof. Dr. med. D._ fest, der H-Reflex (S1-Wurzel bzw. N. ischiadicus) links fehle, was korrelierend zum klinischen Befund sei. Er beurteilte die linksseitigen Beinschmerzen als neuropathisch nach Läsion des nervus ischiadicus und durchgemachter Ischias-Läsion. Auf die Feststellungen des Dr. med. E._ nahm er nicht Bezug, weshalb fraglich ist, ob er davon Kenntnis hatte. Dr. med. I._ diagnostizierte am 2. März 2004 unter anderem einen Status nach Läsion des nervus ischiadicus mit neuropathischen Restbeschwerden. Auch er nimmt keinen Bezug zur Beurteilung des Dr. med. E._. Dr. med. M._ ging laut Bericht vom 16. September 2005 gestützt auf anamnestische Erhebungen, das Beschwerdebild sowie die klinischen Befunde ebenfalls von einer Läsion des nervus ischiadicus als Folge einer instabilen Becken-(Sacrumfraktur) und einer extraperitonealen Harnblasenruptur aus. Wenn er jedoch ausführt, offenbar sei die Nervus-ischiadicus-Läsion links in der Vergangenheit bereits in mehreren spezialärztlichen neurologischen Untersuchungen festgestellt worden, lässt dies darauf schliessen, dass auch er keine Kenntnis der Vorakten hatte. Seine Beurteilung beruht vielmehr auf der von ihm erhobenen Gefühlsstörung in der linken Gesässregion und einem fehlenden Achillessehnenreflex. Überdies äussert sich ausser PD Dr. med. K._ keiner dieser Ärzte zur Arbeitsfähigkeit. Die nach dessen Gutachten aus dem Jahre 2003 ergangenen ärztlichen Berichte sind daher für die streitigen Belange nicht umfassend genug, um gestützt darauf eine zuverlässige Beurteilung des medizinisch relevanten Sachverhalts und insbesondere einer Verschlimmerung des somatischen Gesundheitszustandes vornehmen zu können.
5.2 Erst wenn die von Amtes wegen durchzuführenden Abklärungen die Verwaltung oder das Gericht bei pflichtgemässer Beweiswürdigung zur Überzeugung führen, ein bestimmter Sachverhalt sei als überwiegend wahrscheinlich zu betrachten und es könnten weitere Beweismassnahmen an diesem feststehenden Ergebnis nichts mehr ändern, ist auf die Abnahme weiterer Beweise zu verzichten (antizipierte Beweiswürdigung; <ref-ruling> E. 4b S. 94; <ref-ruling> E. 1d S. 162). Aufgrund des Hinweises des PD Dr. med. K._ in der Stellungnahme vom 22. Mai 2006 auf möglicherweise elektroneurographisch nachweisbare Beeinträchtigungen neuraler Strukturen, welche für die geltend gemachte Schmerzzunahme verantwortlich wären, ergeben sich erhebliche Zweifel, ob der medizinische Sachverhalt tatsächlich umfassend abgeklärt worden ist. Es rechtfertigt sich daher, den Einsprache- und den kantonalen Gerichtsentscheid aufzuheben und die Sache an die Mobiliar zurückzuweisen, damit diese im Sinne des Vorschlages von PD Dr. med. K._ elektroneurographisch abklären lässt, ob bisher nicht bekannte, unfallbedingte strukturelle Verletzungen das Beschwerdebild beeinflussen und die Arbeitsfähigkeit beeinträchtigen. Anschliessend wird sie - vorzugsweise unter Beizug eines mit dem Beschwerdeführer bisher nicht befassten Facharztes - über ihre Leistungspflicht neu zu verfügen haben.
6. Bei diesem Ausgang des Verfahrens kann offen bleiben, ob die Stellungnahme des PD Dr. med. K._ vom 22. Mai 2006 wegen Befangenheit des Arztes aus dem Recht zu weisen ist.
7. Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>) und dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Der Entscheid des Versicherungsgerichts des Kantons Aargau vom 20. Juni 2007 und der Einspracheentscheid der Schweizerischen Mobiliar Versicherungsgesellschaft vom 13. September 2006 werden aufgehoben. Die Sache wird an die Schweizerische Mobiliar Versicherungsgesellschaft zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über das Leistungsbegehren neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat den Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Versicherungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 6. August 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Hofer