Faits:
A. Y._ a été employé par X._ SA depuis 1979, pour un salaire mensuel qui s'élevait en dernier lieu à 4'877 fr. 90 bruts, versé treize fois l'an.
Après les vacances de fin d'année, Y._ a repris son travail le 8 janvier 2007. Il a été appréhendé par la police et incarcéré dans l'après-midi du 12 (recte: 10) janvier 2007. Informé de ces faits, X._ SA l'a licencié avec effet immédiat par lettre recommandée du 11 janvier 2007 envoyée à son domicile. Ayant reçu le pli en retour, l'employeuse l'a réexpédié, à la même adresse, sous pli simple, le 25 janvier 2007.
La compagne de Y._, désirant régler certaines factures de celui-ci durant son incarcération, s'est aperçue que le salaire de l'intéressé n'avait pas été versé, de sorte qu'elle a téléphoné à X._ SA le 26 janvier 2007. Ayant appris que deux lettres de congé avaient été envoyées à Y._ à son domicile, elle a invité l'employeuse à adresser la lettre de résiliation à la prison ou au juge d'instruction chargé de l'enquête. Par lettre du 6 février 2007, le mandataire de X._ SA a confirmé à la compagne de Y._ le licenciement avec effet immédiat de celui-ci en ajoutant que la résiliation avait déployé ses effets "puisqu'elle est parvenue dans la sphère de connaissance de M. Y._".
Le 22 février 2007, Y._ a été mis en liberté provisoire et il s'est rendu le lendemain à son travail, mais son employeuse l'a renvoyé à la maison. Par lettre du 15 mars 2007, le syndicat consulté par Y._ a indiqué au mandataire de X._ SA que son mandant n'avait appris son licenciement qu'au moment de sa sortie de prison le 22 février 2007 et que, par ailleurs, le licenciement avec effet immédiat était injustifié, de sorte que le salaire restait dû durant le délai de congé. Dans sa réponse du 4 avril 2007, le mandataire de l'employeuse a mentionné que celle-ci rencontrait, depuis de nombreux mois déjà, des problèmes avec Y._, liés aux faits qui lui avaient valu sa mise en détention préventive, laquelle constituait l'élément qui avait définitivement brisé la confiance déjà antérieurement mise à mal.
B. Le 30 novembre 2007, Y._ a saisi le Tribunal des prud'hommes du district de A._ d'une action dirigée contre X._ SA, à laquelle il réclamait 21'468 fr. 65 bruts à titre de salaires, 1'788 fr. 35 bruts à titre de part au treizième salaire et 2'240 fr. 30 bruts à titre de vacances, soit au total 25'497 fr. 30 bruts, ainsi que 2'118 fr. 40 nets à titre de "différence SUVA" et 5'000 fr. nets à titre d'indemnité pour licenciement immédiat injustifié, soit au total 7'118 fr. 40 nets.
Par jugement du 23 mai 2008, le Tribunal des prud'hommes a condamné X._ SA à payer à Y._ les sommes de 25'497 fr. 30 bruts et 7'118 fr. 40 nets, avec intérêts à 5 % l'an dès le 23 février 2007, sous déduction du montant de 14'236 fr. 60 nets que l'employeuse verserait à la caisse de chômage. Il a retenu que Y._ n'avait pris connaissance de la résiliation de son contrat de travail qu'au moment de sa sortie de prison, soit le 22 février 2007, et que le licenciement immédiat était intervenu sans justes motifs, de sorte qu'il a condamné l'employeuse à verser à son ancien employé et à la caisse de chômage les montants réclamés, dont le calcul n'était pas contesté par X._ SA, qui n'avait au surplus pas invoqué la compensation; le Tribunal a précisé que l'indemnité pour licenciement immédiat injustifié réclamée par Y._, qui correspondait à un mois de salaire environ, pouvait être accordée, celui-ci travaillant dans l'entreprise depuis 1979 et l'employeuse, ainsi que le chef d'atelier, ayant tous deux déclaré qu'il fournissait un bon travail.
Par arrêt du 10 février 2009, la Cour de Cassation civile du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté le recours déposé par X._ SA.
C. X._ SA (la recourante) interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à la réforme de l'arrêt attaqué dans le sens du rejet de la demande de son adverse partie, subsidiairement au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouveau jugement dans le sens des considérants, avec suite de frais et dépens.
Y._ (l'intimé) propose le rejet du recours, sous suite de frais et dépens.

Considérant en droit:
1. Interjeté par la recourante qui a succombé dans ses conclusions libératoires (<ref-law>) et dirigé contre une décision finale (<ref-law>) rendue en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 15'000 fr. applicable en matière de droit du travail (<ref-law>), le recours en matière civile présentement soumis à l'examen du Tribunal fédéral est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
2. Le recours en matière civile peut être formé pour violation du droit fédéral (<ref-law>), y compris les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 1.2 p. 382). Saisi d'un tel recours, le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), dont il ne peut s'écarter que s'ils l'ont été de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). La partie recourante qui entend contester les constatations de l'autorité précédente doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'exception prévue par l'<ref-law> sont réalisées, faute de quoi il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui contenu dans la décision attaquée (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 466 s.). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
Sous le titre "les faits établis en violation du droit", la recourante entreprend d'exposer sa propre version des faits de la cause. Dans la mesure où sa présentation ne satisfait pas aux exigences susmentionnées, il n'y a toutefois pas lieu d'en tenir compte. Au demeurant, la recourante revient à tout le moins partiellement sur ces questions dans le cadre d'un grief fondé sur une appréciation prétendument arbitraire des faits.
3. Préalablement à l'examen de la suite du recours, il convient de souligner que la cour cantonale a en l'occurrence considéré que les manquements que la recourante reprochaient à l'intimé, dont la relation avec une consommation de stupéfiants demeurait de l'ordre de l'hypothèse, n'étaient pas à l'origine du licenciement immédiat. En effet, la lettre de congé du 11 janvier 2007 n'y faisait aucune allusion et mentionnait uniquement, au contraire, l'incarcération de l'intéressé.
Les motifs de la résiliation relèvent du fait. De même, l'incidence respective des divers motifs de résiliation en concours est une question qui relève de la causalité naturelle et, par conséquent, du fait (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 540; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 702). Ainsi, les constatations de la cour cantonale y relatives lient le Tribunal fédéral (<ref-law>), qui ne peut s'en écarter que si elles ont été établies de façon manifestement inexacte ou en violation du droit (cf. consid. 2).
Dans son écriture au Tribunal fédéral, la recourante ne démontre pas en quoi les juges cantonaux auraient commis arbitraire en retenant, à l'issue de l'appréciation des preuves - soit notamment du texte de la lettre du 11 janvier 2007, corroboré par l'ensemble des circonstances -, que le motif du congé était la seule incarcération de l'intimé. En effet, elle se limite à affirmer, à la fin de son grief de prétendue fausse application du droit matériel (cf. supra consid. 6), que "l'interprétation donnée à la lettre de résiliation formulée par (la recourante) est arbitraire, puisque on ne saurait en déduire que c'est l'incarcération de (l'intimé), en tant que telle, qui a motivé (la recourante) à licencier son employé. Au contraire, cette lettre démontre que l'annonce de l'incarcération de (l'intimé), à la lumière de toutes les circonstances du cas d'espèce, a constitué la goutte de trop (souligné par la recourante) rendant la poursuite des rapports intolérable pour (la recourante)". Or, semblable assertion, qui revient uniquement à opposer sa propre vision des choses à celle de la cour cantonale, ne constitue pas une démonstration satisfaisante de l'existence d'un arbitraire. Le fait que le licenciement de l'intimé lui ait été signifié en raison de son incarcération doit ainsi être tenu pour acquis.
4. Invoquant l'art. 29 al. 2 Cst., la recourante reproche aux juges cantonaux d'avoir violé son droit d'être entendue, plus précisément son droit d'obtenir une décision motivée.
4.1 Vu la nature formelle du droit d'être entendu, dont la violation entraîne l'annulation de la décision attaquée indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (<ref-ruling> consid. 3d/aa p. 437), il convient d'examiner en priorité le moyen relatif à ce droit (<ref-ruling> consid. 1).
Le droit d'être entendu est garanti en premier lieu par le droit cantonal; comme la recourante n'invoque pas la violation de telles normes, c'est à la lumière des garanties offertes directement par l'art. 29 al. 2 Cst. qu'il y a lieu d'examiner le grief (<ref-ruling> consid. 2a).
Le droit d'être entendu, tel qu'il est garanti par cette dernière disposition, implique notamment l'obligation pour le juge de motiver ses décisions. Il suffit cependant qu'il mentionne, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. L'autorité n'a pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais elle peut au contraire se limiter à ceux qui, sans arbitraire, lui paraissent pertinents (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 88). Savoir si la motivation présentée est convaincante est une question distincte de celle du droit à une décision motivée. Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision des juges, le droit à une décision motivée est respecté, même si la motivation présentée est erronée.
4.2 En l'occurrence, la recourante fait grief à la cour cantonale d'avoir ignoré un motif de recours de nature à influencer sa décision, à savoir le reproche fait aux premiers juges de ne pas avoir examiné et pris en compte le jugement pénal rendu à l'encontre de l'intimé le 5 juillet 2007. La cour cantonale serait "retombée dans le même travers" en ne relevant pas l'existence du jugement en question, passant ainsi sous silence un motif essentiel de son recours, sans expliquer les raisons qui auraient pu la conduire à ne pas le prendre en considération.
La critique est dénuée de pertinence. En effet, la lecture de l'arrêt entrepris permet de comprendre que la cour cantonale ne s'est pas étendue sur la décision en cause faute de pertinence, compte tenu du motif de résiliation qui résidait en la seule incarcération de l'intimé, à l'exclusion d'autres éléments susceptibles de ressortir du jugement pénal, rendu environ six mois après le licenciement. La recourante était ainsi en mesure d'attaquer la décision concernée, ce qu'elle a d'ailleurs fait. Il ne saurait ainsi être question de violation du droit d'être entendu.
5. La recourante se plaint d'une appréciation arbitraire des faits.
5.1 Selon la jurisprudence, une décision est arbitraire, au sens de l'art. 9 Cst., lorsqu'elle est manifestement insoutenable, méconnaît gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou heurte de manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; il ne suffit pas qu'une autre solution paraisse concevable, voire préférable; pour que cette décision soit annulée, encore faut-il qu'elle se révèle arbitraire, non seulement dans ses motifs, mais aussi dans son résultat, ce qu'il appartient à la partie recourante de démontrer en vertu de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 265 s.).
Dans la mesure où l'arbitraire est invoqué en relation avec l'établissement des faits, il convient de rappeler que le juge dispose d'un large pouvoir lorsqu'il apprécie les preuves (<ref-ruling> consid. 4b). La partie recourante doit ainsi expliquer dans quelle mesure le juge a abusé de son pouvoir d'appréciation et, plus particulièrement, montrer qu'il a omis, sans aucune raison sérieuse, de prendre en compte un élément de preuve propre à modifier la décision attaquée, qu'il s'est manifestement trompé sur son sens et sa portée ou encore que, en se fondant sur les éléments recueillis, il en a tiré des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1).
5.2 En premier lieu, la recourante estime que la cour cantonale aurait procédé à une appréciation arbitraire des faits en rapport avec la date de réception de la lettre de résiliation dans la sphère d'influence de l'intimé. A la suivre, tous les éléments évoqués ne pouvaient que permettre aux juges cantonaux de constater que la compagne de l'intimé était, sans nul doute possible, investie du pouvoir de gérer l'ensemble des affaires de son compagnon, peu importe qu'elle ait été désignée ou non curatrice". La cour cantonale se serait fondée sur la seule affirmation contenue dans la lettre du 2 février 2007 selon laquelle "l'intimé n'est à ce jour, pas au courant de la résiliation de son contrat de travail" pour confirmer le jugement de première instance et retenir que l'intimé n'avait pas été informé de son congé. Au demeurant, la force probante de cette affirmation aurait dû être nuancée pour deux raisons, en ce sens d'une part qu'elle émanait de la compagne de l'intimé, d'autre part que sa rédaction aurait visiblement été conseillée par un avocat.
La recourante erre lorsqu'elle soutient que la cour cantonale s'est fondée sur la seule lettre du 2 février 2007 pour aboutir à la conclusion que l'intimé n'avait été informé de son licenciement qu'à sa sortie de prison; celle-ci a en effet au contraire repris à son compte l'ensemble des éléments pris en considération par les premiers juges, en particulier le fait que la recourante savait que son employé était incarcéré et qu'en janvier 2007, l'intimé vivait seul et ne partageait pas le même appartement que sa compagne, laquelle n'était pas sa concubine et n'avait pas non plus été désignée curatrice de l'intimé incarcéré. Cela étant, la recourante ne fait que présenter sa propre appréciation de la situation, sans démontrer en quoi celle de la cour cantonale serait arbitraire.
5.3 La recourante soutient ensuite que les juges cantonaux auraient procédé à un appréciation arbitraire des faits quant à l'existence de justes motifs de résiliation. En substance, elle expose que la cour cantonale aurait dû faire le lien entre les problèmes de drogue de l'intimé et ses problèmes de comportement au travail. Le grief est toutefois dénué de pertinence, dès lors qu'il a été constaté en fait que la cause du licenciement résidait en la seule incarcération.
6. La recourante reproche aux juges cantonaux d'avoir fait une fausse application du droit matériel, plus particulièrement de l'<ref-law>. En résumé, elle estime que "fondée sur une appréciation correcte de tous (souligné par la recourante) les faits du dossier, jugement pénal compris, la (cour cantonale) devait conclure que les infractions réalisées par (l'intimé) étaient en rapport (souligné par la recourante) avec son activité professionnelle et en conséquence que (la recourante) disposait donc bel et bien de justes motifs de résiliation".
Comme déjà relevé, les juges cantonaux ont constaté en fait, d'une manière dont la recourante n'a pas démontré qu'elle était arbitraire et qui lie par conséquent le Tribunal fédéral, que le motif du licenciement était la seule incarcération de l'intimé. Fondée sur une prémisse erronée, l'argumentation de la recourante ne résiste ainsi pas à l'examen. Pour le surplus, l'on ne voit pas que la cour cantonale ait méconnu le droit fédéral en considérant que compte tenu de toutes les circonstances de l'espèce, notamment du fait que l'intimé travaillait dans l'entreprise depuis de nombreuses années et que le salaire n'avait pas à lui être versé pendant la période de détention préventive, il était fondé de retenir l'absence de justes motifs pour le licenciement intervenu.
7. La recourante ne remet pas en cause les montants que les précédents juges ont alloués à son adverse partie, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'y revenir.
8. Il résulte des considérants qui précèdent que le recours doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité, par un arrêt sommairement motivé (cf. art. 109 al. 2 et 3 LTF).
9. Comme la valeur litigieuse, calculée selon les prétentions à l'ouverture de l'action (<ref-ruling> consid. 5b p. 41), dépasse le seuil de 30'000 fr., le montant de l'émolument judiciaire est fixé selon le tarif ordinaire (<ref-law>) et non réduit (art. 65 al. 4 let. c LTF). Compte tenu de l'issue du litige, les frais judiciaires et dépens de l'intimé sont mis à la charge de la recourante, qui succombe (art. 66 al. 1 ainsi qu'art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Cour de Cassation civile du Tribunal cantonal neuchâtelois.
Lausanne, le 19 juin 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Cornaz