Faits:
A. A.a Par acte authentique du 28 août 2006, B._ a fait donation à son épouse C._ de la propriété de la parcelle n° 672 de la Commune de X._.
A.b Le 8 février 2008, la Banque A._ (ci-après: A._ ou la banque) a obtenu contre B._ un certificat d'insuffisance de gage pour le montant de xxxx fr. à l'issue d'une poursuite en réalisation de gage portant sur un autre immeuble appartenant à celui-ci; puis, ayant requis la saisie du débiteur, elle a obtenu une saisie de salaire de 200 fr. par mois, le procès-verbal de saisie valant acte de défaut de biens provisoire. L'acte de défaut de biens définitif, pour le montant de xxxx fr. lui a été délivré le 25 juin 2009 (poursuite n° xxxx).
A.c Le 20 août 2008, A._ a ouvert contre l'épouse une action révocatoire devant la Cour civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud qui, par jugement du 16 novembre 2011, devenu définitif et exécutoire le 7 février 2012, a révoqué le transfert de la parcelle n° 672 de la commune de X._ et dit que celle-ci est saisissable et doit être saisie au préjudice de B._ dans le cadre de toute poursuite exercée contre lui par A._ sur la base de l'acte de défaut de biens précité. Dans le cadre de cette procédure, une annotation provisoire d'une restriction du droit d'aliéner avait été inscrite au registre foncier le 22 août 2008.
B. Le 5 décembre 2011, A._ a requis la poursuite de B._ pour le montant de son acte de défaut de biens (désormais n° xxxx). Le commandement de payer, qui a été notifié au débiteur le 4 janvier 2012 (poursuite n° xxxx), a été frappé d'opposition.
Puis A._ a requis le séquestre de la parcelle n° 672 de la commune de X._ à concurrence du montant de son acte de défaut de biens, séquestre qui a été ordonné par le Juge de paix du district du Jura-Nord vaudois le 20 janvier 2012 et exécuté par l'Office des poursuites du même district sous forme d'une annotation d'une restriction du droit d'aliéner au registre foncier, inscrite le 20 janvier 2012 (séquestre n° xxxx selon procès-verbal du 2 février 2012). L'Office des poursuites a également adressé au créancier gagiste l'avis form. ORFI 4 le 3 janvier 2012 et donné un mandat de gérance à une régie le 31 janvier 2012.
Le 24 avril 2012, B._ a été déclaré en faillite, sur sa requête (<ref-law>), par jugement du Président du tribunal de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois. La faillite a été mentionnée au registre foncier au feuillet de l'immeuble inscrit au nom de l'épouse le 14 mai 2012.
C. Par courrier du 25 mai 2012, l'Office des poursuites du district du Jura-Nord vaudois, qui avait exécuté le séquestre, a informé la banque de l'ouverture de la faillite du débiteur et, dès lors que toutes les mesures prises dans le cadre du séquestre tombent avec la faillite, lui a communiqué qu'il allait faire procéder à la radiation de l'annotation de la restriction du droit d'aliéner inscrite au registre foncier et à l'annulation de l'avis form. ORFI 4 adressé au créancier gagiste. Quant à la gérance légale, elle devait continuer à profiter au créancier gagiste. Il précisait également à toutes fins utiles que la poursuite n° xxxx s'était éteinte.
Contestant cette façon de voir, A._ a adressé à l'Office une réquisition de poursuite en validation du séquestre n° xxxx le 31 mai 2012 et, le 4 juin 2012, lui a adressé un courrier par lequel elle s'opposait à la levée du séquestre et aux autres mesures proposées par lui.
Le 8 juin 2012, elle a déposé plainte devant le Président du tribunal de l'arrondissement de la Broye et du Nord vaudois, autorité inférieure de surveillance, concluant à l'annulation de la décision de l'Office du 25 mai 2012 en ce qui concerne la radiation de l'annotation de la restriction du droit d'aliéner et l'annulation de l'avis form. ORFI 4. Par décision du 11 septembre 2012, la Présidente du tribunal a rejeté la plainte, considérant qu'en vertu de l'ATF 47 III 89, le créancier perdait le bénéfice de la révocation prononcée si la restitution n'était pas effective, c'est-à-dire si les biens n'étaient pas déjà réalisés à son profit au moment de la déclaration de faillite subséquente du débiteur.
Le 7 janvier 2013, la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois, agissant en qualité d'autorité supérieure de surveillance, a rejeté le recours formé par A._ contre cette décision et a confirmé le prononcé attaqué.
Dans l'intervalle, le 13 juillet 2012, A._ a produit sa créance découlant de l'acte de défaut de biens dans la faillite de B._ précisant qu'elle bénéficiait d'un droit d'exécution forcée sur l'immeuble inscrit au nom de l'épouse de celui-ci.
D. Contre l'arrêt du 7 janvier 2013 de la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois, A._ interjette un recours en matière civile au Tribunal fédéral, concluant à ce que les mesures prises dans le cadre du séquestre ne tombent pas et soient maintenues et que l'Office des poursuites ne soit pas autorisé à faire procéder à la radiation de l'annotation de la restriction du droit d'aliéner portée au registre foncier et à annuler l'avis form. ORFI 4 adressé au créancier gagiste; subsidiairement, elle conclut à l'annulation de la décision attaquée et au renvoi de la cause à l'autorité précédente pour nouvelle décision.
Par ordonnance présidentielle du 6 février 2013, l'effet suspensif a été attribué au recours, le séquestre à forme de l'annotation de la restriction du droit d'aliéner au registre foncier étant maintenu.
Invitées à se déterminer sur le recours, la masse en faillite a conclu au rejet du recours et la Cour des poursuites a renvoyé aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit:
1. Dans la mesure où la décision attaquée confirme le courrier de l'Office des poursuites par lequel celui-ci constate que les mesures prises dans le cadre du séquestre tombent, en d'autres termes que le séquestre est caduc de par l'ouverture de la faillite du débiteur et qu'il entend requérir la radiation de la restriction du droit d'aliéner annotée au registre foncier, de même qu'annuler l'avis form. ORFI 4, il s'agit d'une décision au sens de l'<ref-law>, qui est finale puisqu'elle met fin à la procédure de séquestre (<ref-law>). Rendue par une autorité cantonale supérieure de surveillance (<ref-law>), elle est sujette au recours en matière civile (<ref-law>), indépendamment de la valeur litigieuse (art. 74 al. 2 let. c LTF). La recourante, qui a pris part à la procédure devant l'autorité précédente, a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (<ref-law>). Interjeté en temps utile (<ref-law>), le recours en matière civile est donc, en principe, recevable.
2. Le recours peut être formé pour violation du droit suisse tel qu'il est délimité à l'<ref-law>, soit notamment pour violation du droit fédéral (let. a), lequel comprend les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 3.1, 462 consid. 2.3). Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>) sans être lié ni par les motifs de l'autorité précédente, ni par les moyens des parties; il peut donc admettre le recours en se fondant sur d'autres arguments que ceux invoqués par le recourant, comme il peut le rejeter en opérant une substitution de motifs (<ref-ruling> consid. 2.2).
3. 3.1 Dans son arrêt, l'autorité supérieure de surveillance a examiné la question de l'influence de la faillite du débiteur sur le jugement révocatoire obtenu antérieurement par la banque, en d'autres termes la question de savoir si les biens concernés par le jugement révocatoire entrent dans la masse et échoient ainsi à tous les créanciers ou s'ils ne reviennent qu'au créancier qui a mené et fait aboutir l'action révocatoire. Examinant les griefs de la recourante, qu'elle a réfutés, et se fondant sur l'ATF 47 III 89, approuvé par la doctrine, elle a admis que le créancier individuel perd le bénéfice de la révocation prononcée si les biens n'ont pas déjà été réalisés à son profit au moment de la déclaration de faillite. Elle a ajouté en outre que la mention au registre foncier de la faillite du débiteur au feuillet de l'immeuble de l'épouse assure à la banque une protection voisine de celle que le séquestre lui procure.
3.2 La recourante critique cette façon de voir, faisant en particulier valoir qu'au moment de la faillite du débiteur, la prétention révocatoire de la masse était périmée, plus de cinq ans s'étant écoulés depuis la donation de l'immeuble à l'épouse, et donc que le bénéfice du jugement révocatoire obtenu par elle ne pouvait pas revenir à la masse.
3.3 Relevant qu'il y a quelque rigueur à faire perdre à un créancier le bénéfice de l'action révocatoire qu'il a soutenue à ses frais et à ce que le débiteur puisse, en provoquant lui-même sa faillite, dépouiller ainsi ce créancier, la masse conclut néanmoins au rejet du recours, la solution retenue par la cour découlant nettement de la loi.
4. Avant toute chose, il y a lieu de rappeler les compétences respectives, d'une part, de l'Office des faillites et des autorités de surveillance et, d'autre part, du juge civil, en ce qui concerne l'établissement de l'inventaire des biens de la masse du failli et les revendications élevées pour ou par des tiers.
4.1 L'ouverture de la faillite prononcée par le juge (art. 171 et 175 LP) a pour effet que tous les biens du débiteur tombent dans la masse (<ref-law>), y compris les biens sur lesquels existe un gage (<ref-law>), les biens saisis non réalisés et les biens séquestrés (<ref-law>) ainsi que les prétentions révocatoires des art. 214 et 285 ss LP (<ref-law>; <ref-law>). En effet, dès que la faillite est prononcée, la liquidation collective se substitue à l'exécution individuelle.
L'Office des faillites, auquel le juge a communiqué la déclaration de faillite (<ref-law>), doit procéder à l'inventaire des biens du failli et prendre les mesures conservatoires nécessaires (<ref-law>). Le failli est tenu de lui indiquer tous ses biens et de les mettre à sa disposition (<ref-law>). Les tiers qui détiennent des biens du failli ou contre qui le failli a des créances ont la même obligation de renseigner et de remettre les biens que le failli (<ref-law>). Les autorités ont également la même obligation de renseigner que le failli (<ref-law>). Les biens indiqués comme étant la propriété de tiers ou réclamés par des tiers doivent également être portés à l'inventaire, les revendications en faveur de tiers ou formées par des tiers y étant mentionnées (<ref-law>; <ref-law>). Lorsque le failli est propriétaire d'immeubles, le prononcé de sa faillite est communiqué au registre foncier et la faillite doit y être mentionnée au plus tard dans les deux jours (<ref-law>; art. 40 al. 2 let. e OAOF).
4.2 Il ne peut pas être déposé de plainte ou de recours aux autorités de surveillance LP (<ref-law>) contre l'admission de biens à l'inventaire. L'inventaire est une mesure interne de l'administration de la faillite, qui ne produit aucun effet à l'égard des tiers et ne fixe pas encore définitivement l'appartenance des biens à la masse; il n'a d'autre but et d'autre conséquence que d'énumérer et d'établir les biens et les droits que la masse considère comme appartenant au failli (<ref-ruling> consid. 1; arrêt 5A_517/2012 du 24 août 2012 consid. 4.1.2 et les arrêts cités). Les tiers n'ont donc pas qualité pour se plaindre de ce que des biens ont été inventoriés (ATF 54 III 15 consid. 2; arrêt 5A_517/2012 du 24 août 2012 consid. 4.1.2). L'administration de la masse statuera sur les revendications (<ref-law> et 45 ss OAOF) et impartira au tiers revendiquant dont elle conteste le droit un délai de 20 jours pour ouvrir action en revendication contre la masse devant le juge (<ref-law>); si la masse revendique comme étant la propriété du failli des biens meubles qui se trouvent en possession ou en copossession d'un tiers ou des immeubles qui sont inscrits au registre foncier au nom d'un tiers, elle doit ouvrir action contre le tiers (<ref-law>). Il appartient en effet au juge ordinaire, et non aux autorités de surveillance LP, de trancher la question du meilleur droit à un bien ou à une créance.
4.3 Il doit en aller de même lorsque l'Office des faillites porte à l'inventaire, non pas simplement une prétention révocatoire (<ref-law>), mais le bénéfice d'un jugement révocatoire - consistant en la "restitution" de la chose ou en paiement de la créance conformément à l'<ref-law> - obtenu par le créancier porteur d'un acte de défaut de biens après saisie (<ref-law>). Ce créancier ne peut pas porter plainte à l'autorité de surveillance (<ref-law>) contre cette admission à l'inventaire. Le droit préférable à celui de la masse qu'il entend faire valoir doit être tranché par le juge ordinaire. L'administration de la masse doit donc se prononcer sur sa revendication (<ref-law>) et, dès lors que le droit litigieux est en possession du tiers, bénéficiaire du jugement révocatoire, elle devra ouvrir action en revendication contre celui-ci devant le juge ordinaire conformément à l'<ref-law>. En effet, comme la jurisprudence l'a précisé s'agissant des biens saisis et non réalisés au moment de l'ouverture de la faillite, l'<ref-law> ne signifie pas que la masse succède purement et simplement aux droits des créanciers saisissants. L'ouverture de la faillite fait tomber le privilège du créancier saisissant de se payer sur le produit de la vente pour les biens qui se trouvent en possession du débiteur ou qui lui appartiennent sans conteste. En revanche, pour pouvoir "exercer sa mainmise" sur les objets détenus par des tiers, l'Office des faillites doit agir par voie d'action devant le juge civil (<ref-ruling> consid. 2, dont l'<ref-law> a repris les principes; cf. Message concernant la révision de la LP du 8 mai 1991, FF 1991 III 172 ad <ref-law>). C'est d'ailleurs bien sur action en revendication, et sur recours en réforme dans le litige portant sur cette action, que le Tribunal fédéral a tranché une question de fond similaire dans l'ATF 47 III 89, auquel fait référence l'autorité précédente.
Il n'appartient donc pas aux autorités de surveillance LP, mais bien au juge civil saisi d'une action en revendication de trancher, notamment, la question de savoir si le bénéfice du jugement révocatoire (la "restitution" de la chose) tombe dans la masse ou s'il reste acquis au créancier individuel qui a agi en révocation, en particulier lorsque le délai de cinq ans qui court depuis la donation est écoulé au moment de l'ouverture de la faillite.
5. En l'occurrence, il y a lieu de préciser d'emblée que la décision attaquée n'a pas été prise par l'autorité de surveillance de l'Office des faillites, chargé d'établir l'inventaire, mais par l'autorité de surveillance de l'Office des poursuites, qui a exécuté le séquestre sur ordonnance du juge du séquestre. L'autorité de surveillance en matière de poursuite, comme cela aurait également été le cas de l'autorité de surveillance en matière de faillite si elle avait pris cette décision, a excédé sa compétence en statuant ainsi sur le meilleur droit à la réalisation de l'immeuble. Le recours doit donc être admis par substitution de motifs et les mesures envisagées par l'Office des poursuites doivent être annulées.
La mention de la faillite au feuillet de l'immeuble de l'épouse profite certes à l'ensemble des créanciers, et donc également à la banque recourante, créancière séquestrante. Le séquestre sous forme de la restriction du droit d'aliéner annotée au registre foncier la garantit toutefois en tant que créancière individuelle. Tant que la question de la titularité du bénéfice du jugement révocatoire n'a pas été tranchée par le juge civil, il s'impose de laisser subsister, au registre foncier, l'annotation de la restriction du droit d'aliéner. En effet, si la banque devait avoir gain de cause à l'issue du procès au fond devant le juge civil, le séquestre, c'est-à-dire la restriction du droit d'aliéner, à l'encontre de l'épouse, conserverait tout son sens.
6. En conclusion, le recours est donc admis par substitution de motifs et la décision de l'Office des poursuites du 25 mai 2012 est annulée, les mesures conservatoires ordonnées précédemment étant maintenues jusqu'à jugement définitif et exécutoire sur la revendication de la banque. Il appartiendra à l'Office des faillites, administrateur de la masse, de procéder conformément aux art. 242 al. 1 et 3 LP.
La procédure cantonale de plainte étant gratuite et des dépens ne pouvant y être alloués (art. 61 al. 2 let. a et 62 al. 2 LOELP en relation avec l'<ref-law>), les décisions cantonales ont été rendues sans frais et sans dépens.
Le débiteur ayant été partie à la procédure cantonale de recours et sa masse en faillite ayant été invitée à se déterminer comme partie dans la présente procédure, les frais et dépens seront mis à la charge de la masse (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 LTF). L'indemnité de dépens de la banque sera toutefois fixée en tenant compte du fait que les moyens développés dans son recours étaient d'emblée dénués de chances de succès devant le Tribunal fédéral statuant comme autorité de recours contre la décision prise par une autorité cantonale de surveillance en matière de faillite.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et l'arrêt attaqué est réformé en ce sens que la plainte de A._ est admise et la décision de l'Office des poursuites du district du Jura-Nord vaudois du 25 mai 2012 (séquestre n° xxxx) est annulée, les mesures conservatoires ordonnées dans le cadre du séquestre étant maintenues jusqu'à jugement définitif et exécutoire sur la revendication formée par A._.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'000 fr., sont mis à la charge de la masse en faillite de B._.
3. Une indemnité de 500 fr., à payer à A._ à titre de dépens est mise à la charge de la masse en faillite de B._.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à l'Office des poursuites du district du Jura-Nord vaudois, à la Cour des poursuites et faillites du Tribunal cantonal vaudois, en qualité d'autorité supérieure de surveillance, et au Registre foncier du Jura-Nord vaudois et du Gros-de-Vaud, Yverdon-les-Bains.
Lausanne, le 17 mai 2013
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: von Werdt
La Greffière: Hildbrand