Sachverhalt:
A. Die Staatsanwaltschaft des Kantons Thurgau erhob am 25. Juni 2009 bei der Bezirksgerichtlichen Kommission Steckborn Anklage gegen X._ wegen Rassendiskriminierung. Am 20. Juli 2009 stellte dieser ein Ablehnungsbegehren gegen den Gerichtspräsidenten Dr. René Schwarz, welches von der Bezirksgerichtlichen Kommission Steckborn am 1./7. Oktober 2009 abgewiesen wurde.
X._ erhob gegen diesen Beschluss Beschwerde ans Obergericht des Kantons Thurgau mit dem Antrag, Bezirksgerichtspräsident Schwarz habe im Strafverfahren gegen ihn in den Ausstand zu treten.
Das Obergericht des Kantons Thurgau wies die Beschwerde am 2. November 2009 ab.
B. Mit Beschwerde vom 11. Dezember 2009 beantragt X._, diesen obergerichtlichen Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass Bezirksgerichtspräsident Schwarz im Strafverfahren gegen ihn in den Ausstand zu treten habe.
Das Obergericht beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Bezirksgerichtspräsident Schwarz beantragt, die Beschwerde abzuweisen. X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid schliesst das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht ab, er ermöglicht vielmehr dessen Weiterführung. Es handelt sich um einen selbstständig eröffneten, kantonal letztinstanzlichen Zwischenentscheid über ein Ausstandsbegehren, gegen den die Beschwerde in Strafsachen nach <ref-law> zulässig ist. Als Angeklagter ist der Beschwerdeführer zur Beschwerde berechtigt (Art. 81 Abs. 1 lit. a und b BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde gegen die Mitwirkung des Beschwerdegegners am Strafverfahren einzutreten ist. Dies gilt allerdings nur, soweit die Beschwerdebegründung in der Beschwerdeschrift selbst enthalten ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.2); der Verweis des Beschwerdeführers auf frühere Rechtsschriften (Beschwerde S. 5) ist unzulässig.
2. 2.1 § 31 der Thurgauer Kantonsverfassung vom 16. März 1987 (KV) bestimmt, dass Behördenmitglieder den Ausstand zu wahren haben, wenn sie in einer Angelegenheit ein unmittelbares oder ein erhebliches mittelbares Interesse haben. Nach § 32 der Thurgauer Strafprozessordnung vom 30. Juni 1970/5. November 1991 (StPO) hat ein Richter u.a. dann in den Ausstand zu treten, wenn zwischen ihm und dem Angeschuldigten ein besonderes Freundschafts- oder Feindschaftsverhältnis besteht (Ziff. 5) oder wenn ihn andere Tatsachen als befangen erscheinen lassen (Ziff. 6).
2.2 Nach <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK hat jede Person unabhängig vom kantonalen Recht Anspruch darauf, dass ihre Strafsache von einem unbefangenen, unvoreingenommenen und unparteiischen Richter beurteilt wird. Es soll garantiert werden, dass keine sachfremden Umstände, welche ausserhalb des Prozesses liegen, in sachwidriger Weise zugunsten oder zulasten einer Partei auf das gerichtliche Urteil einwirken. <ref-law> soll zu der für einen kor-rekten und fairen Prozess erforderlichen Offenheit des Verfahrens im Einzelfall beitragen und damit ein gerechtes Urteil ermöglichen. Die Garantie des verfassungsmässigen Richters wird verletzt, wenn bei objektiver Betrachtung Gegebenheiten vorliegen, die den Anschein der Befangenheit oder die Gefahr der Voreingenommenheit zu begründen vermögen.
Voreingenommenheit und Befangenheit in diesem Sinne werden nach der Rechtsprechung angenommen, wenn sich im Einzelfall anhand aller tatsächlichen und verfahrensrechtlichen Umstände Gegebenheiten ergeben, die geeignet sind, Misstrauen in die Unparteilichkeit des Richters zu erwecken. Diese können namentlich in einem bestimmten Verhalten des betreffenden Richters begründet sein. Bei dessen Beurteilung ist nicht auf das subjektive Empfinden einer Partei abzustellen. Das Misstrauen in die Unvoreingenommenheit muss vielmehr in objektiver Weise begründet erscheinen. Es genügt, wenn Umstände vorliegen, die bei objektiver Betrachtung den Anschein der Befangenheit und Voreingenommenheit erwecken. Für die Ablehnung wird nicht verlangt, dass der Richter tatsächlich befangen ist.
Der Anschein der Befangenheit kann durch unterschiedlichste Umstände und Gegebenheiten erweckt werden. Dazu können nach der Rechtsprechung insbesondere vor oder während eines Prozesses abgegebene Äusserungen eines Richters zählen, die den Schluss zulassen, dass sich dieser bereits eine feste Meinung über den Ausgang des Verfahrens gebildet hat (Zusammenfassung der Rechtsprechung in <ref-ruling> E. 2.1 mit Hinweisen).
2.3 Die hier in Frage kommenden kantonalrechtlichen Ausstandsgründe gemäss § 31 KV und § 32 Ziff. 5 und 6 StPO werden von <ref-law> und Art. 6 Ziff. 1 EMRK vollumfänglich abgedeckt. Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers geht die anwendbare kantonale Ausstandsregelung nicht über die verfassungs- und konventionsrechtlichen Garantien hinaus. Der sinngemäss erhobenen Rüge, das Obergericht habe § 31 KV verletzt und § 32 Ziff. 5 und 6 StPO willkürlich angewandt, kommt daher keine selbstständige Bedeutung zu.
3. 3.1 Das Obergericht hat im angefochtenen Entscheid erwogen, der Umstand, dass die Bezirksgerichtliche Kommission Steckborn unter Mitwirkung des Beschwerdegegners den Beschwerdeführer am 9. Januar/21. Mai 2003 wegen mehrfachen Nötigungsversuchs zu einer Busse von Fr. 2'500.-- verurteilt habe, lasse diesen nicht als befangen erscheinen. Ebenso wenig treffe dies auf den Umstand zu, dass der Beschwerdeführer als Präsident der kantonalen Partei der Schweizer Demokraten Thurgau mit Flugblättern und Inseraten die Wiederwahl des Beschwerdegegners bekämpft habe. Damit habe er bloss von seinem demokratischen Recht Gebrauch gemacht, es bestehe daher kein Grund, an der Versicherung des Beschwerdegegners zu zweifeln, dass er sich nicht befangen fühle und die Ausübung demokratischer Rechte richtig einzuschätzen wisse.
3.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, er habe die Berufung gegen seine Verurteilung nicht aus Einsicht, sondern aus pekuniären Gründen zurückgezogen. Er sei nach wie vor der Überzeugung, die Busse von Fr. 2'500.-- für das Verteilen eines Flugblatts sei unverhältnismässig gewesen, und es sei ihm immer noch unverständlich, dass er dafür verantwortlich gemacht worden sei, obwohl das Flugblatt den Namen seiner Partei, nicht seinen eigenen, getragen habe. Der Beschwerdegegner sei jahrelang mit Flugblättern am Wohnort, mit Leserbriefen und Inseraten traktiert und zur Abwahl empfohlen worden; er habe nicht nur diese Schmähungen hinnehmen, sondern insbesondere auch stets befürchten müssen, nicht mehr wiedergewählt zu werden. Solche Angriffe müssten auch den lang- und sanftmütigsten Richter innerlich aufwühlen; der Beschwerdegegner wäre ein Heiliger, wenn ihn diese Angriffe und Schmähungen kalt gelassen hätten.
3.3 Dass der Beschwerdegegner an der Verurteilung des Beschwerdeführers wegen versuchter Nötigung mitgewirkt hat, bildet keinen Ausstandsgrund (<ref-ruling> E. 1; <ref-ruling> nicht publ. E. 3.4; <ref-ruling> nicht publ. E. 4.4 ). Sie wurde im Übrigen von ihm akzeptiert und ist längst in Rechtskraft erwachsen, womit das Ausstandsbegehren von vornherein nicht mit dem angeblich überharten Strafmass begründet werden kann. Geradezu rechtsmissbräuchlich erscheint das Vorgehen des Beschwerdeführers, jahrelang öffentlich gegen den Beschwerdegegner zu polemisieren und hinterher zu argumentieren, dieser sei nunmehr sicher gegen ihn eingenommen und damit befangen. Ein solches Verhalten ist mit dem auch für Private geltenden Gebot des Handelns nach Treu und Glauben (<ref-law>) nicht vereinbar und kann schon deshalb keinen Rechtsschutz finden. Ganz abgesehen davon liefert der Beschwerdeführer keinen einzigen konkreten Hinweis darauf, dass sich der Beschwerdegegner durch seine Angriffe in irgendeiner Weise hat beeindrucken lassen, und das ist auch nicht ersichtlich. Das Obergericht konnte unter diesen Umständen ohne Verfassungsverletzung davon ausgehen, der Beschwerdegegner sei, entsprechend seiner gewissenhaften Erklärung, nicht befangen.
4. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Bezirksgericht Steckborn und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. März 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi