Erwägungen:
X._ erhob am 3. Dezember 2012 beim Bundesverwaltungsgericht Beschwerde gegen den Einspracheentscheid der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 16. November 2012 betreffend Mehrwertsteuer 1. Semester 2009. Mit Verfügung des Instruktionsrichters vom 5. Dezember 2012 forderte ihn das Bundesverwaltungsgericht auf, bis zum 27. Dezember 2012 einen Kostenvorschuss von Fr. 500.-- in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten zu leisten, ansonsten auf die Beschwerde unter Kostenfolge nicht eingetreten werde. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 20. Dezember 2012 beschwert sich X._ beim Bundesgericht über diese Kautionsverfügung.
Gemäss Art. 42 Abs. 1 und 2 und <ref-law> haben Rechtsschriften die Begehren und deren Begründung zu enthalten; in der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt schweizerisches Recht verletze. Die Begründung hat sachbezogen zu sein, d.h. sich auf den Gegenstand des angefochtenen Entscheids zu beziehen. Vorliegend wird die Aufforderung zur Bezahlung eines Kostenvorschusses angefochten. Diese Zahlungseinladung beruht auf dem in der angefochtenen Zwischenverfügung ausdrücklich erwähnten <ref-law>, wonach der Instruktionsrichter vom Beschwerdeführer einen Kostenvorschuss in der Höhe der mutmasslichen Verfahrenskosten erhebt; auf die Erhebung eines Vorschusses kann bloss bei Vorliegen besonderer Gründe verzichtet werden. Zu den gesetzlichen Voraussetzungen der Vorschusserhebung äussert sich der Beschwerdeführer nicht. Namentlich vermag der Beschwerdeführer mit seinen Ausführungen darüber, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung falsch gehandelt habe, nicht darzutun, dass die Vorinstanz verpflichtet gewesen wäre, vom Grundsatz abzuweichen, dass - unabhängig von den Prozessaussichten - immer ein Vorschuss zu leisten ist. Auf die Beschwerde ist mithin mangels hinreichender Begründung mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
Ergänzend ist beizufügen, dass nicht ersichtlich ist, inwiefern das Bundesverwaltungsgericht schweizerisches Recht (<ref-law>) verletzt haben könnte und seine Zwischenverfügung mit formgültigen Rügen erfolgreich anfechtbar wäre.
Die Gerichtskosten (<ref-law>) sind entsprechend dem Verfahrensausgang dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 erster Satz BGG).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 300.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Eidgenössischen Steuerverwaltung und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Januar 2013
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller