Fatti:
A. B._ è proprietario a Gordola, nel nucleo di Gordemo, dei fondi part. n. 1804 e 2967, su cui sorge una casa di abitazione di ridotte dimensioni. L'edificio, ricavato dalla ristrutturazione di un vecchio rustico realizzata negli anni 1990-1991, occupa una superficie di 5,80 m per 10,50 m ed è alto 4,95 m sulla facciata a valle. Esso è strutturato su due piani abitabili e presenta un sottotetto mansardato alto 1,90 m sotto il colmo e 0,40 m sulle pareti laterali.
B. Il 25 novembre 2005 egli ha presentato al Municipio di Gordola una domanda di costruzione per sopraelevare l'edificio di 3,05 m con l'aggiunta di un nuovo piano abitabile e l'aumento dello spazio nel sottotetto, portando così l'altezza in corrispondenza del colmo a 2,40 m e quella sulle pareti laterali a 0,80. A._, proprietario dei fondi part. n. 1785 e 1787 ubicati nelle immediate vicinanze, si è opposto alla domanda, ritenendo eccessivo l'innalzamento. Acquisito il preavviso favorevole dell'autorità cantonale, il 12 ottobre 2006 il Municipio di Gordola ha rilasciato la licenza, respingendo nel contempo l'opposizione del vicino. Questa decisione è stata confermata il 6 febbraio 2007 dal Consiglio di Stato del Cantone Ticino su ricorso dell'opponente.
C. Con sentenza del 31 gennaio 2008 il Tribunale cantonale amministrativo ha parzialmente accolto un ricorso dell'opponente, annullando la risoluzione governativa e confermando la licenza edilizia alla condizione che l'innalzamento fosse ridotto di 0,50 m, vale a dire dai previsti 3,05 m a 2,55 m. La Corte cantonale ha accertato che il progetto comportava un aumento di volumetria pari al 46 % circa ed ha rilevato ch'esso alterava in misura rilevante l'identità della costruzione, eccedendo i limiti di una sopraelevazione. Ha comunque ritenuto che il difetto poteva essere corretto riducendo di mezzo metro l'innalzamento, così da mantenere inalterate le dimensioni del sottotetto e contenere l'aumento complessivo della volumetria attorno al 40 %.
D. A._ impugna con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale questo giudizio, chiedendo di annullarlo. Postula inoltre l'annullamento della licenza edilizia. Il ricorrente fa valere la violazione del diritto di essere sentito, del divieto dell'arbitrio e della garanzia della proprietà.
E. La Corte cantonale si riconferma nella sua sentenza, mentre il Consiglio di Stato si rimette al giudizio del Tribunale federale. Il Dipartimento del territorio comunica di non avere osservazioni da formulare. Il Municipio di Gordola e B._ chiedono la reiezione del gravame e la conferma della sentenza impugnata.
Con decreto presidenziale del 17 aprile 2008 è stata respinta la domanda di conferimento dell'effetto sospensivo.

Diritto:
1. 1.1 Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha sostanzialmente confermato il rilascio di una licenza edilizia fondata sul diritto pubblico, il ricorso in materia di diritto pubblico è di massima ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.2 Il ricorrente ha partecipato al procedimento in sede cantonale e, quale proprietario di fondi situati nelle immediate vicinanze di quelli oggetto dell'intervento edilizio, è particolarmente toccato dalla decisione impugnata ed ha un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modifica. Egli è in effetti colpito dall'eventuale innalzamento eccessivo ed ha quindi di principio un interesse a censurare la violazione di disposizioni concernenti l'altezza delle costruzioni, destinate a proteggere anche i suoi interessi di vicino. La sua legittimazione a ricorrere giusta l'<ref-law> è pertanto data (cfr. <ref-ruling> consid. 1.3.3).
1.3 Quando, come in concreto, il ricorrente invoca la violazione di diritti costituzionali, a norma dell'<ref-law> il Tribunale federale esamina le censure soltanto se siano state esplicitamente sollevate e motivate in modo chiaro e preciso, conformemente alla prassi in vigore in materia di ricorso di diritto pubblico (cfr. <ref-ruling> consid. 1.4.2, 133 III 638 consid. 2). Nella misura in cui si limita ad accennare genericamente alla garanzia della proprietà senza spiegare in che consiste la violazione, il gravame è inammissibile.
Comunque, il contestato innalzamento ostruirebbe la vista dai fondi del ricorrente verso sud ma non pregiudica in modo significativo l'attuale possibilità per il ricorrente medesimo di continuare a utilizzare la sua proprietà. La fattispecie in esame non realizza quindi gli estremi di una restrizione particolarmente grave della proprietà, sicché il potere d'esame del Tribunale federale relativo all'invocata garanzia della proprietà corrisponde a quello relativo al divieto dell'arbitrio (cfr. <ref-ruling> consid. 3a e rinvio; cfr. sentenza 1A.53/2006 del 15 gennaio 2007, consid. 2.3, apparsa in: RtiD II-2007, n. 16, pag. 73 segg.). Il ricorrente è quindi tenuto a spiegare perché il giudizio impugnato sarebbe non soltanto discutibile, ma manifestamente insostenibile, in contraddizione manifesta con una norma o un principio giuridico indiscusso o chiaramente lesivo del sentimento di giustizia e dell'equità (cfr., sulla nozione di arbitrio, <ref-ruling> consid. 2.1 e rinvii).
2. 2.1 Il ricorrente rimprovera ai giudici cantonali una violazione del diritto di essere sentito e una conseguente decisione arbitraria, perché non si sarebbero espressi sulle contestazioni relative alle caratteristiche del precedente intervento edilizio eseguito negli anni 1990-1991. Rileva che tale intervento sarebbe successivo all'entrata in vigore del primo piano regolatore ed avrebbe comportato la realizzazione di una nuova costruzione. Non si tratterebbe quindi di un edificio preesistente ai sensi dell'art. 9 delle norme di attuazione del piano regolatore comunale attualmente in vigore (NAPR), sicché la possibilità di una sopraelevazione sarebbe esclusa. Sostiene inoltre che, qualora si volesse considerare il precedente intervento quale ampliamento del manufatto preesistente, un secondo innalzamento non sarebbe comunque più possibile.
2.2 La Corte cantonale si è pronunciata sulla portata degli art. 9 e 21 cpv. 6 NAPR, spiegando puntualmente le ragioni per cui, contrariamente all'opinione del ricorrente, alla fattispecie non era applicabile la seconda disposizione, bensì la prima. Ha poi esaminato le caratteristiche del progetto, segnatamente per quanto riguarda l'aumento degli ingombri verticali, che costituiva l'aspetto determinante del litigio, spiegando per quali ragioni l'identità della costruzione risultava alterata ed indicando la correzione per ridurre l'entità della sopraelevazione così da renderla conforme al diritto. La Corte cantonale si è quindi espressa sulle circostanze rilevanti per il giudizio, che è stato certamente compreso dal ricorrente, avendolo impugnato in questa sede limitatamente a taluni punti specifici. La garanzia del diritto di essere sentito non imponeva per contro alla precedente istanza di pronunciarsi esplicitamente su ogni singola argomentazione addotta dal ricorrente (<ref-ruling> consid. 4.1 e rinvii). In particolare, non essendo l'intervento eseguito nel 1990-1991 determinante per la fattispecie (consid. 2.3), la Corte cantonale non ha disatteso la garanzia costituzionale per non averlo esaminato.
2.3 La Corte cantonale ha fondato il proprio giudizio essenzialmente sull'art. 9 NAPR, secondo cui gli edifici preesistenti in contrasto con le norme sulle distanze dai confini e tra edifici possono essere sopraelevati purché siano rispettate tutte le altre prescrizioni. Come rilevato dalla stessa Corte, la disposizione garantisce in modo più esteso la protezione della situazione acquisita. Per le costruzioni all'interno della zona edificabile, come in concreto, questa possibilità rientra nelle facoltà del legislatore cantonale, riservati interessi pianificatori prevalenti (cfr. <ref-ruling> consid. 2a; Walter Haller/Peter Karlen, Raumplanungs-, Bau- und Umweltrecht, vol. I, 3a ed., Zurigo 1999, pag. 224 n. 819; Konrad Willi, Die Besitzstandsgarantie für vorschriftswidrige Bauten und Anlagen innerhalb der Bauzonen, tesi, Zurigo 2003, pag. 73). Il ricorrente di per sé non mette in discussione l'estensione della protezione rispetto al minimo garantito dalla Costituzione, né contesta l'applicabilità dell'art. 9 NAPR. Egli si limita ad addurre che la riattazione del 1990-1991 sarebbe posteriore all'entrata in vigore del primo piano regolatore e che, dopo tale riattazione, un ulteriore ampliamento non sarebbe più possibile. La normativa comunale non prevede tuttavia esplicitamente che l'art. 9 NAPR sia applicabile solamente alle costruzioni precedenti l'entrata in vigore del primo piano regolatore, che non sono stati oggetto di interventi edilizi successivi, né esclude chiaramente la possibilità di un'ulteriore sopraelevazione per gli edifici già ampliati sotto l'egida del diritto previgente. La giurisprudenza della Corte cantonale richiamata dal ricorrente, che ammetterebbe un solo ampliamento (cfr. RDAT I-2000, n. 28, pag. 414 segg., in particolare pag. 415 consid. 4.1.1), concerne l'applicazione del previgente art. 70 cpv. 2 della legge cantonale di applicazione della LPT, del 23 maggio 1990 (ora: art. 72 cpv. 2), che disciplina gli ampliamenti e le migliorie tecniche del processo produttivo per le costruzioni esistenti in contrasto con la destinazione assegnata alla zona di utilizzazione. Non essendo in concreto in discussione una costruzione la cui destinazione sarebbe di per sé in contrasto con la funzione della zona di situazione, tale prassi non appare d'acchito applicabile alla fattispecie. Poiché le limitazioni invocate non sono esplicitamente previste dalla normativa applicabile, né risultano dalla giurisprudenza cantonale, non può certo essere rimproverato alla Corte cantonale di essere incorsa nell'arbitrio per non avere interpretato l'art. 9 NAPR nel senso restrittivo prospettato dal ricorrente.
3. 3.1 Secondo il ricorrente, la decisione impugnata sarebbe arbitraria siccome farebbe ancora rientrare nella nozione di sopraelevazione un aumento di volumetria del 40 % circa. A suo dire, si giustificherebbe invece di valutare l'entità dell'ampliamento prendendo in considerazione in via analogica i criteri giurisprudenziali sviluppati in relazione al concetto di ampliamento nell'ambito dell'art. 24 cpv. 2 vLPT. Reputa inoltre, che a meno di incorrere nell'arbitrio non si potrebbe negare che l'aggiunta di un intero piano e il conseguente aumento dell'altezza stravolgano l'identità dell'edificio: ciò ove solo si consideri che, nonostante la riduzione della sopraelevazione di 0,50 m stabilita dalla Corte cantonale, l'aumento dell'altezza raggiungerebbe comunque il 52 % (dagli attuali 4,90 m a 7,45 m).
3.2 La Corte cantonale ha accertato che l'edificio esistente è alto 4,90 m alla gronda e 7,89 m al colmo. Il progetto litigioso prevede l'aggiunta di un nuovo piano abitabile e l'ampliamento del sottotetto, comportando un innalzamento del filo di gronda a 7,95 m e del colmo a 10,95 m. Ha poi stabilito che l'aumento della volumetria raggiungeva il 46 % del volume esistente. Invero, tale aumento sarebbe del 47,5 % circa: ritenuto che i calcoli eseguiti dalla precedente istanza sono in parte inesatti e possono quindi essere corretti in questa sede (<ref-law>). Il volume dell'edificio esistente è infatti pari a circa 389 m3 [(60,90 x 4,90) + 60,90 x (7,89 - 4,90) : 2], mentre l'aumento della volumetria ammonterebbe a circa 185 m3 (60,90 x 3,05), ciò che conduce appunto al risultato di poco superiore a quello stabilito nel giudizio impugnato. A prescindere da questa differenza, di per sé non decisiva per l'esito del gravame, la Corte cantonale ha fondatamente ritenuto che l'aumento degli ingombri verticali alterava in misura più che significativa l'identità della costruzione sia dal profilo quantitativo sia da quello qualitativo. In modo sostenibile ha quindi considerato che, a meno di eccedere nel potere di apprezzamento, tale aumento non poteva rientrare nel concetto di sopraelevazione giusta l'art. 9 NAPR.
3.3 Nondimeno, la Corte cantonale ha disposto direttamente la correzione del progetto ponendo la condizione di ridurre di 0,50 m la sopraelevazione. Se tuttavia, come hanno stabilito gli stessi giudici cantonali, l'intervento prospettato oltrepassava i limiti di un ampliamento ammissibile, traducendosi in sostanza in una nuova costruzione, non si vede come questa situazione possa mutare in modo significativo semplicemente disponendo una riduzione contenuta e dagli effetti tutto sommato limitati sul progetto complessivo. L'entità dell'aumento di altezza e di volumetria permarrebbero infatti rilevanti e non permetterebbero comunque di ammettere che la parte aggiunta stia in un rapporto di subordinazione rispetto alla sostanza edilizia preesistente. Le sentenze di questa Corte richiamate al riguardo nel giudizio impugnato concernono in generale il tema degli ampliamenti, segnatamente l'applicazione di normative edilizie vigenti nei Cantoni di Lucerna e Turgovia, e non contengono alcuna considerazione specifica determinante per la fattispecie. D'altra parte, considerando chiaramente eccessivo il prospettato innalzamento, la Corte cantonale ha perlomeno implicitamente ritenuto che il progetto presentava carenze importanti sotto il profilo dell'art. 9 NAPR. Non si giustificava quindi di apportare direttamente in sede di ultima istanza ricorsuale cantonale modifiche su un aspetto che non rivestiva un'importanza minima, la misura adottata risultando del tutto insufficiente per risolvere il contrasto con il diritto (cfr. Adelio Scolari, Commentario, Bellinzona 1996, n. 684 all'art. 2 LE). L'eventuale modifica del progetto interessa essenzialmente il diritto comunale autonomo e implica l'ulteriore esame di aspetti tecnici che rientrano innanzitutto nelle competenze dell'autorità comunale, cui spetta la decisione sulla domanda di costruzione. Ritenendo la manchevolezza emendabile alla condizione citata e confermando comunque il rilascio della licenza edilizia, la Corte cantonale ha pertanto pronunciato una decisione manifestamente insostenibile e di conseguenza arbitraria.
4. 4.1 Il ricorso deve quindi essere accolto nella misura della sua ammissibilità. Il ricorrente chiede, oltre all'annullamento della sentenza impugnata, pure quello della licenza edilizia. La questione di sapere se il Tribunale federale sia abilitato a dare seguito a tale richiesta, non giustificata da particolari esigenze di economia processuale, non deve essere ulteriormente approfondita. L'incombenza può infatti essere lasciata al Tribunale cantonale amministrativo, cui la causa deve comunque essere rinviata anche per un nuovo giudizio sulle spese giudiziarie e sulle ripetibili della sede cantonale (art. 68 cpv. 5 e art. 107 cpv. 2 LTF). Si giustifica quindi di annullare unicamente il giudizio impugnato e di rinviare gli atti alla precedente istanza per una nuova decisione.
4.2 Le spese seguono la soccombenza e sono quindi poste a carico di B._ (<ref-law>), che rifonderà al ricorrente un'indennità per ripetibili della sede federale (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è accolto e la decisione impugnata è annullata.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico di B._, che rifonderà al ricorrente un'indennità di fr. 1'000.-- a titolo di ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di Gordola, all'Ufficio delle domande di costruzione del Dipartimento del territorio, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.