Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. X._ zog am 21. Januar 2001 aus der ehelichen Wohnung in A._, Gemeinde B._/TG, aus. Er wohnte zunächst bei Freunden und trat am 8. Mai 2001 in die psychiatrische Klinik C._ ein. Dort hatte er keinen Kontakt mehr mit der Ehefrau, sondern liess nur Besuche seiner Kinder zu. Am 6. November 2002 verliess X._ die psychiatrische Klinik und bezog kurze Zeit später eine eigene Wohnung in D._/TG.
Der Arbeitgeber zahlte den Lohn vorerst weiterhin auf das Gehaltskonto der Eheleute X._. Ab Juli 2001 überwies er auf deren Wunsch monatlich Fr. 600.-- bis 750.-- direkt an X._ und den Rest auf das Gehaltskonto.
In einer Eheschutzverfügung vom 17. Juni 2003 betreffend die Eheleute X._ stellte der Präsident des Bezirksgerichts Weinfelden (unter anderem) fest, "dass die Parteien seit dem 21. Januar 2001 getrennt wohnen".
In einer Eheschutzverfügung vom 17. Juni 2003 betreffend die Eheleute X._ stellte der Präsident des Bezirksgerichts Weinfelden (unter anderem) fest, "dass die Parteien seit dem 21. Januar 2001 getrennt wohnen".
B. Das Gemeindesteueramt B._ veranlagte X._ und seine Ehefrau am 25. November 2002 für die Steuerperiode 2001 sowohl für die Staats- und Gemeindesteuer als auch die direkte Bundessteuer gemeinsam und zum Verheiratetentarif. Im Einspracheentscheid vom 11. Mai 2005 wurde an der gemeinsamen Veranlagung für die Steuerperiode 2001 festgehalten. Rekurs und Beschwerde hiergegen wurden von der Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau am 21. Oktober 2005 abgewiesen.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies die Beschwerden gegen die Entscheide der Rekurskommission mit Urteilen vom 7. Juni 2006 ab. Das Verwaltungsgericht schloss eine getrennte Besteuerung aus, weil die Ehegatten X._ in der Steuerperiode 2001 noch nicht in steuerrechtlich relevanter Weise getrennt gelebt hätten und weil nach wie vor Gemeinschaftlichkeit der Mittel für Wohnung und Unterhalt bestanden habe.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau wies die Beschwerden gegen die Entscheide der Rekurskommission mit Urteilen vom 7. Juni 2006 ab. Das Verwaltungsgericht schloss eine getrennte Besteuerung aus, weil die Ehegatten X._ in der Steuerperiode 2001 noch nicht in steuerrechtlich relevanter Weise getrennt gelebt hätten und weil nach wie vor Gemeinschaftlichkeit der Mittel für Wohnung und Unterhalt bestanden habe.
C. X._ hat am 3. August 2006 zwei Verwaltungsgerichtsbeschwerden an das Bundesgericht erhoben mit dem Antrag, die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 7. Juni 2006 seien aufzuheben. Der Beschwerdeführer macht geltend, für die Steuerperiode 2001 seien die Voraussetzungen für eine gemeinsame Besteuerung nicht mehr erfüllt gewesen. Er rügt damit sinngemäss eine Verletzung von Bundesrecht (Art. 104 lit. a OG).
C. X._ hat am 3. August 2006 zwei Verwaltungsgerichtsbeschwerden an das Bundesgericht erhoben mit dem Antrag, die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 7. Juni 2006 seien aufzuheben. Der Beschwerdeführer macht geltend, für die Steuerperiode 2001 seien die Voraussetzungen für eine gemeinsame Besteuerung nicht mehr erfüllt gewesen. Er rügt damit sinngemäss eine Verletzung von Bundesrecht (Art. 104 lit. a OG).
D. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerden abzuweisen.
D. Die Steuerverwaltung und das Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie die Eidgenössische Steuerverwaltung beantragen, die Beschwerden abzuweisen.
E. Der Beschwerdeführer hat um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht (Art. 152 OG).

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2001 (2A.458/2006) und diejenige betreffend die direkte Bundessteuer 2001 (2A.459/2006) lauten im Wesentlichen gleich, betreffen dieselben Parteien, richten sich gegen weitgehend identische Entscheide und werfen übereinstimmende Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren aus prozessökonomischen Gründen zu vereinigen und die beiden Beschwerden in einem einzigen Urteil zu behandeln (vgl. Art. 40 OG in Verbindung mit <ref-law>).
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern 2001 (2A.458/2006) und diejenige betreffend die direkte Bundessteuer 2001 (2A.459/2006) lauten im Wesentlichen gleich, betreffen dieselben Parteien, richten sich gegen weitgehend identische Entscheide und werfen übereinstimmende Rechtsfragen auf. Es rechtfertigt sich deshalb, die Verfahren aus prozessökonomischen Gründen zu vereinigen und die beiden Beschwerden in einem einzigen Urteil zu behandeln (vgl. Art. 40 OG in Verbindung mit <ref-law>).
2. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, welches Rechtsmittel zulässig und in welchem Umfang darauf einzutreten ist (<ref-ruling> E. 1.1 S. 142; <ref-ruling> E. 1 S. 60, je mit Hinweisen).
2.1 Sowohl mit Bezug auf die direkte Bundessteuer als auch hinsichtlich der Staatssteuer steht gegen das jeweilige Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offen (Art. 146 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990, DBG, SR 642.11; Art. 73 des Bundesgesetzes über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden vom 14. Dezember 1990, StHG, SR 642.14).
2.2 Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde können die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und lit. b OG). An die Sachverhaltsfeststellung im angefochtenen Entscheid ist das Bundesgericht allerdings gebunden, wenn wie hier eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig oder unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften ermittelt hat (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.3 Für die direkte Bundessteuer ist Art. 114 OG zu beachten: Danach kann das Bundesgericht in der Sache entscheiden und gegebenenfalls auch über die Anträge der Parteien hinausgehen (ausführlich dazu: <ref-ruling> E. 8.3; <ref-ruling> E. 4.2). Im Fall der Staatssteuer hingegen kann das Bundesgericht bei Gutheissung der Beschwerde den angefochtenen Entscheid nur kassieren und nicht an Stelle der kantonalen Behörde neu entscheiden (Art. 73 Abs. 3 StHG; <ref-ruling> E. 8.3).
2.4 Als betroffene steuerpflichtige Person ist der Beschwerdeführer zur Beschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG; Art. 73 Abs. 2 StHG). Auf die form- und fristgerecht eingereichten Beschwerden ist grundsätzlich einzutreten.
I. Direkte Bundessteuer (2A.459/2006)
I. Direkte Bundessteuer (2A.459/2006)
3. 3.1 Das Einkommen der Ehegatten, die in rechtlich und tatsächlich ungetrennter Ehe leben, wird ohne Rücksicht auf den Güterstand zusammengerechnet (<ref-law>). Daraus folgt umgekehrt, dass jeder Ehegatte bei Scheidung, oder bei rechtlicher oder tatsächlicher Trennung für die ganze Steuerperiode separat veranlagt wird (Art. 5 Abs. 2 der Verordnung vom 16. September 1992 über die zeitliche Bemessung der direkten Bundessteuer bei natürlichen Personen; SR 642.117.1).
Gemäss Kreisschreiben Nr. 14 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 29. Juli 1994 (ASA 63, 284, 286 f.) sind für eine selbständige Veranlagung folgende Kriterien massgebend:
- Keine gemeinsame eheliche Wohnung (<ref-law>), Aufhebung des gemeinsamen Haushaltes (<ref-law>), Bestehen eines eigenen Wohnsitzes (<ref-law>).
- Verwendung der zur Verfügung stehenden finanziellen Mittel; eine getrennte Veranlagung wird allenfalls zu bejahen sein, wenn die zur Verfügung stehenden finanziellen Mittel nicht mehr zusammengelegt werden, also wenn "keine Gemeinschaftlichkeit der Mittel für Wohnung und Unterhalt" mehr vorhanden ist. Werden dagegen von beiden Seiten Mittel - über übliche Gelegenheitsgeschenke hinaus - für die gemeinsame Lebenshaltung eingesetzt (nicht in Betracht fallen richterlich oder freiwillig vereinbarte Alimentenleistungen), sind trotz eigener Wohnung und gegebenenfalls auch eigenem zivilrechtlichem Wohnsitz die Ehegatten zusammen zu veranlagen.
- Das "zivilstandsmässige Auftreten" des Ehepaares in der Öffentlichkeit unter dem Gesichtspunkt von Treu und Glauben.
- Die Dauer der geltend gemachten faktischen Trennung (mindestens ein Jahr).
Hinsichtlich des Stellenwerts dieser Kriterien hat das Bundesgericht kürzlich entschieden, es sei entgegen diesem Kreisschreiben nicht in jedem Einzelfall aufgrund einer Gesamtbeurteilung zu entscheiden, ob die Voraussetzungen für eine getrennte Besteuerung erfüllt sind. Vielmehr müssten die Voraussetzungen - entsprechend dem früheren Kreisschreiben Nr. 15 der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 20. Mai 1983 (ASA 52, 132 ff.) und im Sinn der in der Literatur geäusserten Meinung - grundsätzlich kumulativ erfüllt sein. Jedenfalls müsse der gemeinsame Haushalt aufgehoben worden sein, und die finanziellen Mittel dürften nicht mehr gemeinschaftlich eingesetzt werden (Urteil 2A.432/2004 vom 16. Dezember 2004, E. 3.2, in: StR 60/2005, 435 S. 437).
3.2 Der Beschwerdeführer vertritt die Auffassung, diese Kriterien könnten nur bei einer faktischen Trennung eine Rolle spielen; bei einer rechtlichen Trennung hingegen müssten andere Massstäbe gelten, insbesondere könne die gemeinschaftliche Verwendung der Mittel nicht gleichermassen relevant sein. Dem kann nicht gefolgt werden:
3.2.1 Bereits die ursprünglich strengere Praxis verlangte für eine getrennte Besteuerung die zivilrechtliche Befugnis zum Getrenntleben und keine Gemeinschaftlichkeit der Mittel für Wohnung und Unterhalt (ASA 59, 632 E. 3b S. 634, mit Hinweisen). Die neue Praxis berücksichtigt wohl auch eine faktische Trennung, hält aber weiterhin am zweiten Kriterium fest, und zwar auch bei der rechtlichen Trennung. Wenn nämlich zwei Ehegatten je über einen eigenen Wohnsitz im Sinn von <ref-law> verfügen und keine gemeinsame eheliche Wohnung gemäss <ref-law> unterhalten, so leben sie rechtlich befugtermassen getrennt. Das genügt jedoch für eine getrennte Besteuerung noch nicht; vielmehr müssen zusätzliche Voraussetzungen erfüllt sein, um von der Gemeinschaftsbesteuerung abzusehen (vgl. ASA 71, 558 E. 2b S. 561 f., mit Hinweisen).
Im Übrigen ist fraglich, ob im vorliegenden Fall überhaupt von einer rechtlichen Trennung gesprochen werden kann: Weder wurden die Ehegatten gerichtlich getrennt (<ref-law>), noch wurde die Aufhebung des gemeinsamen Haushalts richterlich sanktioniert (<ref-law>). In der Eheschutzverfügung vom 17. Juni 2003 wird lediglich die Tatsache festgestellt, dass die Parteien getrennt wohnten.
3.2.2 Der Beschwerdeführer beruft sich weiter auf die erwähnte Eheschutzverfügung des Präsidenten des Bezirksgerichts Weinfelden vom 17. Juni 2003 und macht geltend, die richterliche Feststellung des Getrenntlebens (ab 21. Januar 2001) sei auch "fiskalisch relevant". Dabei verkennt er jedoch, dass diese Feststellung die Steuerbehörde nicht zu binden vermag, kann doch eine solche Eheschutzverfügung die rein steuerrechtliche Frage der gemeinsamen oder getrennten Veranlagung in keiner Weise präjudizieren. Die Frage, wie weit die Steuerbehörden oder die Verwaltungsbehörden vorfrageweise an Erkenntnisse des Zivilrichters gebunden sind, braucht hier nicht weiter erörtert zu werden (vgl. ASA 46, 470 S. 472).
3.2.2 Der Beschwerdeführer beruft sich weiter auf die erwähnte Eheschutzverfügung des Präsidenten des Bezirksgerichts Weinfelden vom 17. Juni 2003 und macht geltend, die richterliche Feststellung des Getrenntlebens (ab 21. Januar 2001) sei auch "fiskalisch relevant". Dabei verkennt er jedoch, dass diese Feststellung die Steuerbehörde nicht zu binden vermag, kann doch eine solche Eheschutzverfügung die rein steuerrechtliche Frage der gemeinsamen oder getrennten Veranlagung in keiner Weise präjudizieren. Die Frage, wie weit die Steuerbehörden oder die Verwaltungsbehörden vorfrageweise an Erkenntnisse des Zivilrichters gebunden sind, braucht hier nicht weiter erörtert zu werden (vgl. ASA 46, 470 S. 472).
4. Demnach ist aufgrund der von der Rechtsprechung entwickelten Kriterien zu beurteilen, ob die Voraussetzungen für eine separate Veranlagung der Eheleute X._ in der Steuerperiode 2001 erfüllt waren.
4.1 Feststeht, dass der Beschwerdeführer und seine damalige Ehefrau ab dem 21. Januar 2001 keine gemeinsame eheliche Wohnung mehr hatten. Hingegen ist fraglich, ob der Beschwerdeführer zivilrechtlich einen eigenen Wohnsitz im Sinn von <ref-law> begründet hat; denn nach dem Auszug aus der ehelichen Wohnung besass er keinen festen Aufenthaltsort, und am 8. Mai 2001 trat er in die psychiatrische Klinik ein. Der Klinikaufenthalt begründet aber vermutungsweise keinen Wohnsitz (vgl. <ref-law>). Wohl könnte die gesetzliche Vermutung umgestossen werden durch den Nachweis, dass eine Person aus freiem Willen in eine solche Stätte eintritt in der Absicht, dort dauernd zu verweilen (<ref-ruling> E. 6.2 S. 65 f., mit Hinweisen). Das trifft hier aber nicht zu, wollte doch der Beschwerdeführer anerkanntermassen nur bis zu seiner Genesung in der psychiatrischen Klinik verweilen. Wie die Vorinstanz zu Recht festgestellt hat, behielt der Beschwerdeführer jedenfalls zivilrechtlich seinen bisherigen Wohnsitz bis zum Erwerb eines neuen (<ref-law>).
Zivilrechtlicher und steuerrechtlicher Wohnsitz decken sich in der Regel (Maja Bauer-Balmelli/Philip Robinson, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, I/2a, DBG, Basel/Genf/München 2000, N 3 zu Art. 3; Peter Locher, Kommentar zum DBG, I. Teil, Therwil/Basel 2001, N 5 zu Art. 3; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 2 zu Art. 3). Vorliegend besass der Beschwerdeführer vor dem Eintritt in die psychiatrische Klinik keinen festen Aufenthaltsort, der den bisherigen steuerrechtlichen Wohnsitz hätte verdrängen können. Damit blieb ebenso der steuerrechtliche Wohnsitz bzw. der Veranlagungsort (vgl. <ref-law>) des Beschwerdeführers am bisherigen ehelichen Domizil, obwohl er dieses faktisch am 17. Januar 2001 verlassen hatte.
4.2 Ebenso überzeugen die Ausführungen der Vorinstanz zur nach wie vor bestehenden Gemeinschaftlichkeit der Mittel für Wohnung und Unterhalt: Das Lohnguthaben des Beschwerdeführers wurde auf das gemeinsame Bankkonto überwiesen, über das beide Ehegatten verfügungsberechtigt waren. Dem Beschwerdeführer wurde zwar ab Juli 2001 ein Betrag zur persönlichen Verfügung direkt überwiesen (Fr 600.-- bis 750.-- pro Monat), doch wurden dadurch die der Ehefrau verbliebenen Beträge nicht zu ziffernmässig vereinbarten Alimentenzahlungen. Jedenfalls wurden zugunsten der Ehefrau und der Kinder in der Eheschutzverfügung vom 17. Juni 2003 erheblich tiefere Beträge festgesetzt. Im Übrigen teilte der Bezirksgerichtspräsident dem Beschwerdeführer mit Brief vom 21. November 2002 mit, er könne noch keine Eheschutzverfügung erlassen, aber einstweilen sei davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer mit seinem Einkommen für den gesamten Bedarf der Familie aufzukommen habe; er sei berechtigt, den eigenen Notbedarf von den monatlichen Einkünften abzuziehen. Damit wurde die weiter bestehende Gemeinschaftlichkeit der Mittel für Wohnung und Unterhalt sinngemäss sogar vom Eheschutzrichter bestätigt.
4.3 Die Voraussetzungen für eine separate Veranlagung müssen wie gesagt kumulativ erfüllt sein. Im Fall des Beschwerdeführers fehlt es sowohl an der steuerrechtlich relevanten Trennung (<ref-law> e contrario) als auch am Wegfall der Gemeinschaftlichkeit der Mittel für Wohnung und Unterhalt. Damit ist eine separate Veranlagung für die Steuerperiode 2001 ausgeschlossen. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer 2001 erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
II. Kantons- und Gemeindesteuer (2A.458/2006)
II. Kantons- und Gemeindesteuer (2A.458/2006)
5. 5.1 Einkommen und Vermögen von Ehegatten in rechtlich und tatsächlich ungetrennter Ehe werden ohne Rücksicht auf den Güterstand zusammengerechnet (§ 12 Abs. 1 des Gesetzes vom 14. September 1992 über die Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Thurgau; StG/TG). Daraus folgt umgekehrt, dass bei Scheidung oder bei rechtlicher oder tatsächlicher Trennung für die ganze Steuerperiode eine getrennte Besteuerung vorzunehmen ist (§ 58 Abs. 2 StG TG). Die Voraussetzungen für eine getrennte Besteuerung entsprechen denjenigen bei der direkten Bundessteuer (vgl. oben E. 3.1), denn es ist von einer kantonalrechtlichen Regelung auszugehen, die dem Bundesrecht angeglichen ist und mit dem Steuerharmonisierungsgesetz übereinstimmt. Im Interesse der vertikalen Harmonisierung sind Rechtsfragen im kantonalen und eidgenössischen Recht nach Möglichkeit gleich zu beurteilen (Urteil 2A.123/2006 vom 10. Juli 2006, E. 2.1 in fine, mit Hinweisen, in: StE 2006 A 12 Nr. 15).
5.2 Im Fall des Beschwerdeführers fehlt es sowohl an der steuerrechtlich relevanten Trennung (§ 12 Abs. 1 StG/TG e contrario) als auch am Wegfall der Gemeinschaftlichkeit der Mittel für Wohnung und Unterhalt. Damit sind die Voraussetzungen für eine separate Veranlagung, die erst noch kumulativ erfüllt sein müssten, auch in Bezug auf die kantonalen Steuern nicht gegeben. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuer 2001 erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen.
III. Kosten und Entschädigung
III. Kosten und Entschädigung
6. Entsprechend dem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 OG). Dem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege kann schon wegen Aussichtslosigkeit des Rechtsbegehrens nicht entsprochen werden (vgl. Art. 152 Abs. 1 OG). Der finanziellen Lage des Beschwerdeführers wird bei der Festsetzung der Gerichtsgebühr Rechnung getragen (vgl. Art. 153a OG). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfahren 2A.458/2006 und 2A.459/2006 werden vereinigt.
1. Die Verfahren 2A.458/2006 und 2A.459/2006 werden vereinigt.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer für die Steuerperiode 2001 wird abgewiesen.
2. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die direkte Bundessteuer für die Steuerperiode 2001 wird abgewiesen.
3. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern für die Steuerperiode 2001 wird abgewiesen.
3. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde betreffend die Staats- und Gemeindesteuern für die Steuerperiode 2001 wird abgewiesen.
4. 4.1 Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
4.2 Die Gerichtsgebühr von Fr. 500.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
4.2 Die Gerichtsgebühr von Fr. 500.-- wird dem Beschwerdeführer auferlegt.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Steuerverwaltung und dem Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 18. Dezember 2006
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: