Sachverhalt:
A. Der 1965 geborene R._ meldete sich am 9. Juni 2005 bei der IV-Stelle Basel-Stadt zum Bezug einer Invalidenrente an. Nach verschiedenen Abklärungen, wozu auch eine polydisziplinäre Begutachtung durch die MEDAS (Bericht vom 29. Dezember 2006) zählte, sprach die IV-Stelle mit Verfügung vom 12. September 2007 R._ mit Wirkung ab Mai 2005 eine halbe Invalidenrente zu.
B. Die von der GastroSocial Pensionskasse dagegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt mit Entscheid vom 10. Juli 2008 ab.
Das Bundesgericht hob diesen Entscheid mit Urteil 8C_642/2008 vom 26. November 2008 auf und wies das kantonale Gericht an, über die Angelegenheit mit umfassender Sachverhalts- und Rechtskontrolle zu befinden.
Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Basel-Stadt wies die Beschwerde der GastroSocial Pensionskasse mit Entscheid vom 27. Januar 2009 erneut ab.
C. Dagegen führt die GastroSocial Pensionskasse Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit den Anträgen, in Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheids und der Verfügung vom 12. September 2007 seien der Rentenbeginn und der Invaliditätsgrad neu festzulegen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, enthält sich R._ in seiner Stellungnahme eines Antrages. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Dies ist auf Grund der Vorbringen in der Beschwerde zu prüfen. Eine freie Überprüfung des vorinstanzlichen Entscheides in tatsächlicher Hinsicht hat ebenso zu unterbleiben wie eine Prüfung der Ermessensbetätigung nach den Grundsätzen zur Angemessenheitskontrolle. Auch besteht Bindung an die Parteianträge (nicht publ. E. 2.2 des Urteils <ref-ruling>).
2. Das kantonale Gericht hat in seinem Entscheid vom 27. Januar 2009 die Bestimmungen zum Anspruch auf eine Invalidenrente (<ref-law>) dargelegt. Darauf wird ebenso verwiesen wie auf die vorinstanzlichen Ausführungen zum Beweiswert medizinischer Unterlagen (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.).
3. Die auf Grund medizinischer Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeits(un)fähigkeit ist Entscheidung über eine Tatfrage. Tatfrage ist weiter, in welchem Umfang eine versicherte Person vom funktionellen Leistungsvermögen und vom Vorhandensein bzw. von der Verfügbarkeit psychischer Ressourcen her eine (Rest-)Arbeitsfähigkeit aufweist und ihr die Ausübung entsprechend profilierter Tätigkeiten zumutbar ist, es sei denn, andere als medizinische Gründe stünden der Bejahung der Zumutbarkeit im Einzelfall in invalidenversicherungsrechtlich erheblicher Weise entgegen. Soweit die Beurteilung der Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird, geht es um eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.).
Die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> ist Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil 8C_18/2007 vom 1. Februar 2008, E. 1.2.3). Die konkrete Beweiswürdigung wie auch die antizipierte Beweiswürdigung (als Teil derselben; in <ref-ruling> nicht publizierte E. 3 des Urteils 5A_453/2007 vom 3. Oktober 2007) betreffen Tatfragen, die das Bundesgericht lediglich auf offensichtliche Unrichtigkeit und Rechtsfehlerhaftigkeit hin zu überprüfen befugt ist (<ref-law>; Urteil 9C_539/2007 vom 31. Januar 2008, E. 2.2.2 mit Hinweisen).
4. Die Vorinstanz bestätigte den von der Invalidenversicherung im Wesentlichen auf der Grundlage des MEDAS-Gutachtens vom 29. Dezember 2006 sowie der Berichte des vom Versicherten erstmals am 23. April 2004 konsultierten Dr. med. E._, Spezialarzt Chirurgie FMH, festgelegten Beginn der Arbeitsunfähigkeit (im Umfang von 50 % der Norm) auf den 23. April 2004. Eine weiter zurückliegende Arbeitsunfähigkeit, wie von der Beschwerde führenden Vorsorgeeinrichtung geltend gemacht, verneinte das kantonale Gericht wegen fehlender (echtzeitlicher) ärztlicher Unterlagen. Weil rückwirkende ärztliche Beurteilungen kaum verwertbare Ergebnisse liefern könnten und darauf (zur Bestimmung des Arbeitsunfähigkeitsgrads) überdies rechtsprechungsgemäss ohnehin nicht abschliessend abgestellt werden könne, verzichtete das kantonale Gericht auf weitere Abklärungen in diese Richtung.
5. Zutreffend ist, dass eine erst nach Jahren rückwirkend festgestellte medizinisch-theoretische Arbeitsunfähigkeit für sich allein gesehen nicht genügt, da gemäss <ref-law> unter Arbeitsunfähigkeit die durch eine Beeinträchtigung der körperlichen, geistigen oder psychischen Gesundheit bedingte, volle oder teilweise Unfähigkeit, im bisherigen Beruf oder Aufgabenbereich zumutbare Arbeit zu leisten, zu verstehen ist: Es muss mit anderen Worten arbeitsrechtlich in Erscheinung treten, dass die versicherte Person Leistungsvermögen eingebüsst hat, so etwa durch einen Abfall der Leistungen mit entsprechender Feststellung oder gar Ermahnung des Arbeitgebers oder durch gehäufte, aus dem Rahmen fallende gesundheitlich bedingte Arbeitsausfälle (in diesem Sinne die von der Vorinstanz angerufenen Urteile <ref-ruling> E. 4b S. 94; <ref-ruling> E. 1d S. 162; Urteil B 153/06 von 9. August 2007). Umgekehrt ist eine in der beruflichen Tätigkeit im Vergleich zu einer gesunden Person tatsächlich nur reduziert erbrachte Leistung für sich allein gesehen in aller Regel ebenso wenig ausreichend für die Bejahung einer Arbeitsunfähigkeit im Sinne des Gesetzes. Vielmehr bedarf es dazu regelmässig zusätzlich einer (überzeugenden) medizinischen Einschätzung, die ordentlicherweise echtzeitlicher Natur ist. Damit ist aber nicht gesagt, dass eine rückwirkende ärztliche Beurteilung per se untauglich ist, eine im beruflichen Alltag gezeigte Leistungsreduktion aus medizinisch-theoretischer Sicht zu belegen. Insoweit geht die Auffassung, es bedürfe stets zwingend einer echtzeitlichen ärztlichen Einschätzung der Arbeitsunfähigkeit zu deren Bejahung, zu weit.
5.1 Vorliegend gibt der Vater des Versicherten als Besitzer der Arbeit gebenden Firma im Fragebogen der IV-Stelle am 31. Juli 2005 an, der Versicherte sei von Beginn der vertraglich erfolgten Erhöhung des Lohnes von bisher Fr. 2'217.- monatlich auf neu Fr. 4'570.- lediglich zu 50 % arbeitsfähig gewesen. Bereits in den Jahren zuvor erbrachte der Versicherte nach eigenen Angaben (gegenüber den MEDAS-Ärzten) seit Jahren ein Rendement von durchschnittlich zwischen 30 und 60 % der Norm, zunächst im Reisebüro, das er mit Hilfe des Vaters gemäss Handelsregistereintrag Ende 1995 eröffnet und alsdann in Eigenverantwortung geführt hatte, später seit 2003 im in den gleichen Örtlichkeiten von einer ebenfalls vom Vater beherrschten Firma eröffneten Takeaway für im Restaurant dieser Firma hergestelltes thailändisches Essen. Lediglich in der ersten Zeit nach Eröffnung des Reisebüros habe er fast ein volles Arbeitspensum leisten können. Als Gründe führte der Versicherte dabei die seit Beendigung des ab dem sechzehnten Lebensjahr von Drogen dominierten Lebensabschnittes abhanden gekommene "Energie", konstanten Durchfall und "überall" vorhandene Schmerzen an. Der Auszug aus dem individuellen Konto unterlegt die Aussagen zu den geleisteten Arbeitspensen, betrug doch der Verdienst des Versicherten im ersten Jahr als Reisevermittler Fr. 38'523.-, in den darauf folgenden Jahren Fr. 27'822.- (1997-1999, 2001/02), respektive 26'000.- (2000) oder Fr. 24'021.- für zehn Monate (2003), ehe der Lohn für das Jahr 2004 auf Fr. 58'391.- angehoben wurde.
Es kann mit anderen Worten nicht gesagt werden, es fehle an arbeitsrechtlichen Anhaltspunkten für eine bereits vor dem 23. April 2004 bestehende reduzierte Arbeitsfähigkeit, so dass eine rückblickende ärztliche Einschätzung der medizinisch-theoretischen Arbeitsunfähigkeit von Vornherein belanglos sei.
5.2 Trotz fehlenden Zugriffs auf aus der Zeit vor Februar 2000 stammende Arztberichte - sei es, weil es keine solchen gibt, sei es, dass solche, etwa aus der Zeit des Konsums von Drogen und des Entzugs derselben, nicht eingeholt worden sind - bezeichneten sowohl die MEDAS-Ärzte als auch der den Versicherten auf Zuweisung von Dr. med. E._ erstmals am 7. Juni 2004 neurologisch untersuchenden Dr. med. K._ einen (wesentlichen) Teil des sich auf die Arbeitsfähigkeit auswirkenden bunten Beschwerdebildes als seit längerer Zeit bestehend. So umschrieb etwa der Rheumatologe Dr. med. X._ von der MEDAS das chronische rezidivierende Lumbovertrebralsyndrom, das chronische Zervikovertebralsyndrom und die Schulterinstabilität linksbetont bei Hyperlaxitätstendenz, leichtem Impingementsyndrom mit Verdacht auf Supraspinatustendinose links als seit ca. 10 Jahren bestehend. Dr. med. K._ datierte den Beginn der mnestischen Störung auf zwischen 1999 und 2001. Thoraxschmerzen bezeichnete er mal als seit zwischen 1989 und 1991, mal als seit zwischen 2000 und 2003 bestehend. Die im Oktober 2005 in der Schlafambulanz der Klinik Y._ erstmals diagnostizierte erhebliche Schlafkontinuitätsstörung mit Restless-Legs setzte der Psychiater der MEDAS, Dr. med. N._, zusammen mit den geschilderten Konzentrationsstörungen wie auch der mnestischen Störung und dem atypischen Drogenkonsum nach zehn Jahren intensivstem Konsum in einen möglichen Zusammenhang mit einer seit der Jugendzeit bestehenden, im Erwachsenenalter persistierenden Aufmerksamkeitsdefizit-Hyperaktivitäts-Störung. Eine abschliessende Einschätzung gab er nicht ab, sprach indessen von einer "sehr wahrscheinlichen Verdachtsdiagnose". Sodann erachten sämtliche Ärzte die Schilderung des Versicherten für glaubhaft, seit etwa dem 16. Lebensjahr an einer multiplen funktionellen Störung mit Insomnie und Diarrhöe zu leiden.
5.2.1 Zwar sind dergestalt mit der Beschwerdeführerin eine Reihe von Anhaltspunkten auszumachen, die für eine (auch) medizinisch begründete, um 50 % reduzierte Arbeitsfähigkeit im hier allein interessierenden Zeitraum ab zwei Jahre vor Anmeldezeitpunkt (dazu siehe die Rechtsprechung zum bis Ende 2007 gültig gewesen, hier anwendbaren und angewendeten <ref-law>: Urteile 9C_414/2007 vom 25. Juli 2008; I 349/05 des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 21. April 2006, E. 2.3; I 204/04 des Eidgenössischen Versicherungsgerichts vom 16. September 2004) bis zum 23. April 2004 sprechen. Indessen hat sich (bisher) keiner der Ärzte hierzu aus medizinischer Sicht hinreichend klar geäussert. Deshalb kann auch nicht gesagt werden, die Vorinstanz habe den Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt.
5.2.2 Indessen lassen insbesondere die Ausführungen des Versicherten und der Arbeitgeberin zum Umfang der tatsächlich erbrachten Leistung seit erstmaliger Aufnahme einer Erwerbstätigkeit zusammen mit den oben geschilderten Aussagen der Ärzte zum Beginn einzelner, sich auf die Arbeitsfähigkeit auswirkender Beschwerden, die bisher getätigten Abklärungen zur Arbeitsunfähigkeit als unvollständig und damit rechtsfehlerhaft erscheinen.
5.2.2 Indessen lassen insbesondere die Ausführungen des Versicherten und der Arbeitgeberin zum Umfang der tatsächlich erbrachten Leistung seit erstmaliger Aufnahme einer Erwerbstätigkeit zusammen mit den oben geschilderten Aussagen der Ärzte zum Beginn einzelner, sich auf die Arbeitsfähigkeit auswirkender Beschwerden, die bisher getätigten Abklärungen zur Arbeitsunfähigkeit als unvollständig und damit rechtsfehlerhaft erscheinen.
5.3 Die Sache ist daher an die Verwaltung zurückzuweisen, damit sie die erforderlichen Abklärungen tätige und hernach neu verfüge. Dabei wird sie nicht nur den Grad der Arbeitsunfähigkeit im interessierenden Zeitraum näher zu prüfen haben, sondern darüber hinaus, ob der Versicherte wegen der Invalidität erst gar nie zureichende berufliche Kenntnisse im Sinne von <ref-law> hat erwerben können, was für das bei der Bestimmung des Invaliditätsgrads nach dem Einkommensvergleich beizuziehende Valideneinkommen von Bedeutung wäre. Denn während Dr. med. N._ die Verdachtsdiagnose "mit hoher Wahrscheinlichkeit" einer seit Jugendzeit bestehenden Aufmerksamkeitsdefizit-Hyperaktivitäts-Störung stellte, bezeichnete er weitere Abklärungen hierzu für erforderlich. Unklar ist dabei, ob er den Abklärungsbedarf in erster Linie im Erkennen der idealen Therapieform begründet sah oder aber, um feststellen zu können - und allein dies ist für das IV-Verfahren von Interesse -, ob diese Krankheit bereits zum Zeitpunkt der obligatorischen Schulzeit des Versicherten mit überwiegender Wahrscheinlichkeit vorhanden gewesen ist und dabei eine angemessene Ausbildung verunmöglichte. Für eine abschliessende Antwort bedarf es einer medizinischen Einschätzung. Eine Präzisierung seiner Aussage durch Dr. med. N._ könnte allenfalls bereits Klärung schaffen. Sollten schliesslich die zusätzlichen Abklärungen die Annahme der IV-Stelle einer Arbeitsunfähigkeit seit 23. April 2004 bestätigen, ohne dass das Valideneinkommen nach <ref-law> zu ermitteln wäre, müsste die von der Pensionskasse aufgeworfene, von der Vorinstanz bisher offen gelassene Frage nach dem sogenannten Soziallohn im Sinne von <ref-law> (<ref-ruling> S. 18) ebenfalls noch näher erörtert werden, da dem Versicherten mit Wirkung ab 1. Januar 2004 der über Jahre konstant gehaltene Lohn vom, letztlich hinter beiden bisherigen Arbeitgeberinnen stehenden Vater um gut 100 % erhöht wurde, obwohl die (gezeigte) Arbeitsleistung (nach wie vor und unverändert) rund 50 % der Norm entsprochen hatte.
6. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdegegnerin zu überbinden (Art. 65 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts Basel-Stadt vom 27. Januar 2009 und die Verfügung der IV-Stelle Basel-Stadt vom 12. September 2007 aufgehoben werden und die Sache an die IV-Stelle Basel-Stadt zurückgewiesen wird, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Rentenanspruch neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten für das bundesgerichtliche Verfahren von Fr. 500.- und für das vorangegangene Verfahren von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht Basel-Stadt und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. September 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Grünvogel