Sachverhalt:
A. S._ war ab August 1999 bei der Firma X._ GmbH, Zürich, tätig. Am 24. Oktober 2001/8. Februar 2002 schloss er mit der Firma X._ Inc., USA, einen Mitarbeiterbeteiligungsvertrag ("stock option agreement") nach Massgabe des Mitarbeiterbeteiligungsplanes ("1998 Equity Incentive Plan") und den dazugehörenden Allgemeinen Bedingungen ("Additional Terms and Conditions"). Laut diesem wurden ihm Optionen für 20'000 Aktien der Firma X._ Inc., zum Ausübungspreis ("exercise price") von $ 17.70 je Aktie eingeräumt; die Laufzeit der Optionen wurde auf 10 Jahre mit Beginn ("Vesting Commencement Date") am 24. Oktober 2001 und Ende ("expiration date") am 24. Oktober 2011 festgelegt; weiter wurde vereinbart, dass alle drei Monate ab Beginn der Laufzeit ("each quarter anniversary of the Vesting Commencement Date until fully vested") 5% der Optionen ausübbar ("vested") seien ("Vesting Schedule" i.V.m. Ziff. 2 der Additional Terms and Conditions: "this option does not permit exercise with respect to any unvested shares").
Die Firma X._ GmbH deklarierte in der AHV-Jahresabrechnung 2002 vom 31. Januar 2003 für S._ einen Jahresbruttolohn von Fr. 1'193'291.- und teilte ihm am 14. Februar 2003 mit, die paritätischen Sozialversicherungsbeiträge für den Wert der 20'000 Optionen im Zeitpunkt ihrer Zuteilung ("fair market value") von $ 11.69 je Option, d.h. von total Fr. 388'108.- seien mit der Ausgleichskasse im Jahre 2002 abgerechnet worden. Am 17. Oktober 2003 verlangte S._ einen Zusammenruf der in seinem individuellen Konto gemachten Eintragungen, welchen ihm die Ausgleichskasse am 29. Oktober 2003 zustellte. Er liess dagegen Einsprache erheben mit dem Begehren, der Eintrag im individuellen Konto für das Beitragsjahr 2002 sei auf Fr. 805'183.- zu reduzieren und die auf dem Einkommen aus Optionen von Fr. 388'108.- bezahlten Sozialversicherungsbeiträge in Höhe von Fr. 19'599.45 seien ihm zurückzuerstatten. Mit Verfügung vom 13. April 2004 wies die Ausgleichskasse das Berichtigungsbegehren ab. Daran hielt sie auf Einsprache hin fest (Einspracheentscheid vom 2. Dezember 2004).
B. Beschwerdeweise liess S._ sein Berichtigungsbegehren erneuern. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich lud die Firma X._ GmbH zum Verfahren bei und verlangte vom Beschwerdeführer die Edition des Mitarbeiterbeteiligungsvertrages ("stock option agreement") vom 24. Oktober 2001/8. Februar 2002. Mit Entscheid vom 12. April 2006 wies das Gericht die Beschwerde ab.
C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde lässt S._ beantragen, die Streitsache sei zur Festsetzung "des persönlichen AHV-Beitrages" für das Beitragsjahr 2002 an die Vorinstanz zurückzuweisen; eventuell sei dieser für das Beitragsjahr 2002 auf Fr. 40'661.75 festzusetzen.
Die Ausgleichskasse des Kantons Zürich hat auf eine Vernehmlassung verzichtet. Das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) schliesst auf Abweisung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde.
D. S._ ist am 15. August 2006 verstorben. Seine gesetzlichen Erben, J._ und V._, haben seine Rechtsvertreterin zur Weiterführung des Verfahrens bevollmächtigt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach OG (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.2 S. 395).
2. Streitig ist die AHV-rechtliche Beitragspflicht von S._ für das von ihm im Jahre 2002 erzielte Einkommen, soweit dieses auf den ihm mit Mitarbeiterbeteiligungsvertrag ("stock option agreement") vom 24. Oktober 2001/8. Februar 2002 zugeteilten 20'000 Mitarbeiteroptionen beruht. Der angefochtene Entscheid hat somit nicht die Bewilligung oder Verweigerung von Versicherungsleistungen zum Gegenstand. Das Bundesgericht prüft daher nur, ob das vorinstanzliche Gericht Bundesrecht verletzt hat, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, oder ob der rechtserhebliche Sachverhalt offensichtlich unrichtig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 132 i.V.m. Art. 104 lit. a und b sowie Art. 105 Abs. 2 OG).
Ferner ist Art. 114 Abs. 1 OG zu beachten, wonach das Bundesgericht in Abgabestreitigkeiten an die Parteibegehren nicht gebunden ist, wenn es im Prozess um die Verletzung von Bundesrecht oder um die unrichtige oder unvollständige Feststellung des Sachverhaltes geht.
3. In formellrechtlicher Hinsicht macht das BSV geltend, S._ habe spätestens am 14. Februar 2003 davon Kenntnis erlangt, dass die Sozialversicherungsbeiträge auf dem "Optionswert" von Fr. 388'108.- im Jahre 2002 mit der Ausgleichskasse abgerechnet worden seien, jedoch erst am 17. Oktober 2003 einen Auszug aus dem individuellen Konto verlangt. Die "Beitragszahlung" der Arbeitgeberin sei daher rechtsbeständig, weshalb darauf nur noch unter den Voraussetzungen einer Wiedererwägung zurückgekommen werden könne. Die Sozialversicherungsbeiträge auf dem Wert der im Jahre 2002 zugeteilten Optionen seien aber nicht zweifellos zu Unrecht erhoben worden.
3.1 Die Beiträge vom Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit sind bei jeder Lohnzahlung in Abzug zu bringen und vom Arbeitgeber zusammen mit dem Arbeitgeberbeitrag periodisch zu entrichten (<ref-law>). In der Regel werden die von den Arbeitgebern zu entrichtenden Beiträge im formlosen Verfahren nach <ref-law> eingefordert (<ref-law>). Dies gilt in Abweichung von <ref-law> auch für erhebliche Beiträge (<ref-law>). Werden Leistungen, Forderungen und Anordnungen in einem formlosen Verfahren (faktisches Verwaltungshandeln) behandelt, kann die betroffene Person gemäss <ref-law> den Erlass einer Verfügung verlangen.
Im hier zu beurteilenden Fall hat die Ausgleichskasse das Jahreseinkommen 2002 von S._ gestützt auf den von seiner Arbeitgeberfirma, X._ GmbH, für die Abrechnungsperiode 2002 am 31. Januar 2003 gemeldeten Jahreslohn ohne formelle Verfügung durch faktisches Verwaltungshandeln festgesetzt. Beim faktischen Verwaltungshandeln kann die in Frage stehende Leistung, Forderung oder Anordnung vom Betroffenen erst dann nicht mehr beanstandet werden, wenn es eine mit dem Ablauf der Beschwerdefrist bei formellen Verfügungen eintretende vergleichbare Rechtsbeständigkeit erlangt hat. Die Rechtsbeständigkeit kann als eingetreten gelten, wenn anzunehmen ist, der Betroffene habe sich mit der getroffenen Regelung abgefunden. Nach der Rechtsprechung ist dies dann der Fall, wenn er sich nicht innert einer nach den Umständen angemessenen Überlegungs- und Prüfungsfrist gegen die getroffene faktische Verfügung verwahrt. Vorher darf die Verwaltung unter Vorbehalt des Vertrauensschutzes grundsätzlich frei, d.h. ohne die Voraussetzungen einer Wiedererwägung oder prozessualen Revision auf ihre faktische Verfügung gleich wie während laufender Rechtsmittelfrist auf eine formelle Verfügung zurückkommen (<ref-ruling> E. 3 S. 368 f., 107 V 191 E. 1; vgl. auch <ref-ruling> E. 1a/aa S. 276 mit weiteren Hinweisen). Entgegen der vom BSV vertretenen Rechtsauffassung erlangt aber das faktische Verwaltungshandeln für die Behörde selbst bereits mit Ablauf einer Zeitspanne, die der Rechtsmittelfrist bei formellen Verfügungen entspricht, Rechtsbeständigkeit, sodass sie darauf nachher nur noch unter den Voraussetzungen der Wiedererwägung oder der prozessualen Revision zurückkommen darf (<ref-ruling> E. 1.2.1 S. 111).
In seiner Rechtsprechung zum faktischen Verwaltungshandeln der anerkannten Krankenkassen gemäss Art. 30 Abs. 1 aKUVG hat das Eidgenössische Versicherungsgericht regelmässig ein Zuwarten des betroffenen Versicherten während eines Jahres und etwas länger bis zur Mitteilung des Nicht-Einverständnisses mit der von der Kasse getroffenen Regelung als noch angemessene Überlegungs- und Prüfungsfrist erachtet, die nach den Prinzipien der Rechtssicherheit und des Vertrauensschutzes nicht zur Rechtsbeständigkeit einer faktischen Verfügung führte (RKUV 1988 Nr. KV 770 S. 252 f. E. 1c, K 70/87: 17 Monate; RKUV 1988 Nr. KV 783 S. 395 ff. E. 3a und b, K 84/87: 11 Monate; RKUV 1986 Nr. KV 690 E. 3c S. 391f., K 60 85: 14 Monate; RKUV 1981 Nr. 461 S. 207 E. 1b: 9 Monate; RKUV 1979 Nr. 379 S. 200 f E. 3: knapp 12 Monate).
3.2 Im vorliegenden Fall hat die Arbeitgeberin von S._ diesem am 14. Februar 2003 mitgeteilt, dass sie die Sozialversicherungsbeiträge auf einem Einkommen von Fr. 388'108.- aus der Zuteilung von 20'000 Optionen am 14. Oktober 2001 mit der Ausgleichskasse in der Abrechnungsperiode 2002 abgerechnet habe. Aus dieser Mitteilung der Arbeitgeberin ging für S._ noch nicht hervor, ob und in welcher Höhe die Ausgleichskasse Sozialversicherungsbeiträge für ihm zugeteilte Mitarbeiteroptionen als Bestandteil seines Jahreseinkommens 2002 festgesetzt hatte oder nicht. Das war erst mit der Zustellung des Auszuges aus dem individuellen Konto am 29. Oktober 2003 der Fall. Selbst wenn man aber die Zeitspanne von rund 9 Monaten zwischen der Mitteilung der Einkommensdeklaration für das Jahr 2002 durch die Arbeitgeberin und dem Berichtigungsbegehren von S._ vom 28. November 2003, mit dem er sich erstmals gegen die faktische Bemessung seines Jahreseinkommens 2002 zur Wehr setzte, als Überlegungs- und Prüfungsfrist ansieht, betrug diese deutlich weniger als ein Jahr. Einem Zuwarten von dieser Dauer kann unter Vertrauens- und Rechtssicherheitsgesichtspunkten noch nicht die Bedeutung beigemessen werden, dass der Betroffene sich mit der Beitragsfestsetzung definitiv abgefunden habe. Vielmehr ist die streitige Beitragsfestsetzung bei dieser Sachlage frei auf ihre Bundesrechtskonformität hin überprüfbar. Richtigerweise haben daher Vorinstanz und Ausgleichskasse nicht nur (wiedererwägungsweise) geprüft, ob die streitige Beitragserhebung zweifellos unrichtig war, sondern ob sie bei uneingeschränkter Kognition dem materiellen Bundesrecht entspricht. Ebenso hat das kantonale Gericht zutreffend nicht bloss die Voraussetzungen einer Berichtigung des im individuellen Konto von S._ eingetragenen Jahreseinkommens 2002 gemäss <ref-law> geprüft, welche nur beim Vorliegen eines Buchungsfehlers erfüllt wären (ZAK 1991 S. 373 ff. E. 2A mit Hinweisen, H 46/91).
4. Nach <ref-law> gilt als massgebender Lohn jedes Entgelt für in unselbstständiger Stellung auf bestimmte oder unbestimmte Zeit geleistete Arbeit. Die zum massgebenden Lohn gehörenden Bestandteile werden in <ref-law> beispielhaft näher aufgeführt.
Zum massgebenden Lohn im Sinne der AHV-Gesetzgebung gehören begrifflich sämtliche Bezüge des Arbeitnehmers und der Arbeitnehmerin, die wirtschaftlich mit dem Arbeitsverhältnis zusammenhängen, gleichgültig, ob dieses Verhältnis fortbesteht oder aufgelöst worden ist und ob die Leistungen geschuldet werden oder freiwillig erfolgen. Als beitragspflichtiges Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit gilt somit nicht nur unmittelbares Entgelt für geleistete Arbeit, sondern grundsätzlich jede Entschädigung oder Zuwendung, die sonst wie aus dem Arbeitsverhältnis bezogen wird, soweit sie nicht kraft ausdrücklicher gesetzlicher Vorschrift von der Beitragspflicht ausgenommen ist. Grundsätzlich unterliegen nur Einkünfte, die tatsächlich geflossen sind, der Beitragspflicht (<ref-ruling> E. 1.1 mit Hinweisen S. 446 f.).
Im Gegensatz zur Festsetzung der Beiträge auf dem Einkommen aus selbstständiger Erwerbstätigkeit (vgl. Art. 23 Abs. 1 und 4 AHVV) sind die Ausgleichskassen bei der Bemessung des Einkommens aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit - massgebender Lohn - nicht an die rechtskräftige kantonale Steuerveranlagung und die gestützt darauf gemachten Angaben der kantonalen Steuerbehörden gebunden. Da aber das AHV-Recht beim massgebenden Lohn gleich wie das Steuerrecht für die steuerbaren Einkünfte von Unselbstständigerwerbenden an das mit dem Arbeitsverhältnis zusammenhängende Einkommen anknüpft (vgl. <ref-law>), sollten sich die Ausgleichskassen bei der Beurteilung der Frage, ob ein Einkommensbestandteil massgebenden Lohn darstellt oder nicht, möglichst an die steuerrechtliche Betrachtungsweise halten, es sei denn, diese sei sachlich nicht vertretbar (<ref-ruling> E. 3b mit Hinweisen S. 179 f.; HANSPETER KÄSER, Unterstellung und Beitragswesen in der obligatorischen AHV, 2. Aufl., Bern 1996, S. 89 f. Rz. 3.68 und S. 167 f. Rz. 4.157 und 4.158).
5. 5.1 Gemäss <ref-law> gehört u.a. der Wert von Arbeitnehmeraktien, soweit dieser den Erwerbspreis übersteigt und der Arbeitnehmer über die Aktie verfügen kann, zum massgebenden Lohn; bei gebundenen Arbeitnehmeraktien bestimmen sich Wert und Zeitpunkt der Einkommensrealisierung nach den Vorschriften der direkten Bundessteuer (Art. 7 lit. c zweiter Halbsatz AHVV). Diese Regelung lässt offen, ob und in welchem Umfang Mitarbeiteroptionen, die von Arbeitnehmer- oder Mitarbeiteraktien zu unterscheiden sind, massgebender Lohn und damit beitragspflichtiges Einkommen von Unselbstständigerwerbenden sind.
5.2 Mit Mitarbeiteroptionen wird allen Arbeitnehmern oder einem bestimmten Kreis von Arbeitnehmern (des Kaders) die Möglichkeit eröffnet, sich am Erfolg des Unternehmens oder der Unternehmensgruppe (Konzern), zu welcher ihre Arbeitgeberfirma gehört, zu beteiligen, indem ihnen das Recht eingeräumt wird, während einer bestimmten Zeitspanne eine bestimmte Anzahl Aktien der arbeitgebenden oder dieser nahestehenden Gesellschaft zu einem im Voraus festgesetzten Preis zu erwerben oder zu veräussern. Dabei werden die Optionen an das Arbeitsverhältnis des Arbeitnehmers mit dem arbeitgebenden Unternehmen gekoppelt und sind durch dessen Bestand bedingt. Mit solchen Aktienoptionen für Mitarbeiter werden mehrere Zwecke verfolgt: Erhöhung der Attraktivität der Gesellschaft als Arbeitgeberin; Motivation der Mitarbeiter, den im Aktienkurs verkörperten Wert der Muttergesellschaft durch ihre Arbeit zu erhöhen; Bindung des Kaders an die Gesellschaft, jedenfalls bis zum Zeitpunkt der Ausübung der Option; Gleichschaltung der Ziele der Angestellten, der Aktionäre und des Managements (<ref-ruling> E. 4.1 S. 499 f. mit weiteren Literaturhinweisen; CHRISTOF HELBLING, Mitarbeiteraktien und Mitarbeiteroptionen in der Schweiz, 2. Aufl., Zürich 2003, S. 15/16 und 46 ff.; NATALIE PETER, US-amerikanische Mitarbeiterbeteiligungspläne im Einkommens- und Vermögenssteuerrecht der Schweiz, Diss. Zürich 2001, S. 10 ff.). Die Ausgestaltung der Mitarbeiteroptionen untersteht weitgehend der Vertragsfreiheit. Sie wird durch die vorrangig verfolgten Ziele bestimmt. So können die Optionen entgeltlich, vergünstigt oder unentgeltlich eingeräumt werden, bis zu einem bestimmten Verfalltag ("American style option") oder nur an einem bestimmten Verfalltag ("European style option") zur Ausübung berechtigen oder die Laufzeit kann mit einer Sperrfrist versehen sein. Das Aufleben des Rechts zum Bezug (gegebenenfalls zum Verkauf) der Aktien wird gemeinhin als Vesting bezeichnet (<ref-ruling>/501 E. 4.1; HELBLING, a.a.O., S. 162). Erst mit dem Ablauf der Vesting-Periode stehen die Optionen dem Mitarbeiter unentziehbar zu und werden ausübbar. Vor dem Vesting kann der Mitarbeiter seines Rechts auf die Option aus bestimmten Gründen wieder verlustig gehen; d.h. die Aktienoptionen sind bis zum Ablauf der Vesting-Periode auflösend bedingt (PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Zürich 2004, § 10 S. 1089 Rz. 546 und 548). Die Ausübbarkeit der Optionen kann allerdings je nach Ausgestaltung nach Ablauf der Vesting-Periode auch noch durch eine zusätzliche Sperrfrist eingeschränkt sein (BÖCKLI, a.a.O., § 10 S. 1025 Rz. 280 Fn. 387).
5.2 Mit Mitarbeiteroptionen wird allen Arbeitnehmern oder einem bestimmten Kreis von Arbeitnehmern (des Kaders) die Möglichkeit eröffnet, sich am Erfolg des Unternehmens oder der Unternehmensgruppe (Konzern), zu welcher ihre Arbeitgeberfirma gehört, zu beteiligen, indem ihnen das Recht eingeräumt wird, während einer bestimmten Zeitspanne eine bestimmte Anzahl Aktien der arbeitgebenden oder dieser nahestehenden Gesellschaft zu einem im Voraus festgesetzten Preis zu erwerben oder zu veräussern. Dabei werden die Optionen an das Arbeitsverhältnis des Arbeitnehmers mit dem arbeitgebenden Unternehmen gekoppelt und sind durch dessen Bestand bedingt. Mit solchen Aktienoptionen für Mitarbeiter werden mehrere Zwecke verfolgt: Erhöhung der Attraktivität der Gesellschaft als Arbeitgeberin; Motivation der Mitarbeiter, den im Aktienkurs verkörperten Wert der Muttergesellschaft durch ihre Arbeit zu erhöhen; Bindung des Kaders an die Gesellschaft, jedenfalls bis zum Zeitpunkt der Ausübung der Option; Gleichschaltung der Ziele der Angestellten, der Aktionäre und des Managements (<ref-ruling> E. 4.1 S. 499 f. mit weiteren Literaturhinweisen; CHRISTOF HELBLING, Mitarbeiteraktien und Mitarbeiteroptionen in der Schweiz, 2. Aufl., Zürich 2003, S. 15/16 und 46 ff.; NATALIE PETER, US-amerikanische Mitarbeiterbeteiligungspläne im Einkommens- und Vermögenssteuerrecht der Schweiz, Diss. Zürich 2001, S. 10 ff.). Die Ausgestaltung der Mitarbeiteroptionen untersteht weitgehend der Vertragsfreiheit. Sie wird durch die vorrangig verfolgten Ziele bestimmt. So können die Optionen entgeltlich, vergünstigt oder unentgeltlich eingeräumt werden, bis zu einem bestimmten Verfalltag ("American style option") oder nur an einem bestimmten Verfalltag ("European style option") zur Ausübung berechtigen oder die Laufzeit kann mit einer Sperrfrist versehen sein. Das Aufleben des Rechts zum Bezug (gegebenenfalls zum Verkauf) der Aktien wird gemeinhin als Vesting bezeichnet (<ref-ruling>/501 E. 4.1; HELBLING, a.a.O., S. 162). Erst mit dem Ablauf der Vesting-Periode stehen die Optionen dem Mitarbeiter unentziehbar zu und werden ausübbar. Vor dem Vesting kann der Mitarbeiter seines Rechts auf die Option aus bestimmten Gründen wieder verlustig gehen; d.h. die Aktienoptionen sind bis zum Ablauf der Vesting-Periode auflösend bedingt (PETER BÖCKLI, Schweizer Aktienrecht, 3. Aufl., Zürich 2004, § 10 S. 1089 Rz. 546 und 548). Die Ausübbarkeit der Optionen kann allerdings je nach Ausgestaltung nach Ablauf der Vesting-Periode auch noch durch eine zusätzliche Sperrfrist eingeschränkt sein (BÖCKLI, a.a.O., § 10 S. 1025 Rz. 280 Fn. 387).
5.3 5.3.1 Im Steuerrecht werden Einkünfte erst mit ihrem Zufluss einkommens- bzw. vermögenssteuerwirksam. Ein Einkommen wird steuerrechtlich in jenem Zeitpunkt als zugeflossen und damit als erzielt betrachtet, in dem der Steuerpflichtige Leistungen vereinnahmt oder einen festen Rechtsanspruch darauf erworben hat, über den er tatsächlich verfügen kann. Nur unbedingte Leistungsansprüche können als realisiertes Einkommen betrachtet werden (Urteil 2A.573/2002 vom 21. Mai 2001, E. 2.2 mit Hinweisen, StE 2003 B 22.2 Nr. 17). Bei Naturalleistungen ist der Eigentumserwerb für die Fixation des Realisierungszeitpunktes bestimmend. Das gilt auch für Mitarbeiteroptionen, die als Naturaleinkünfte steuerrechtlich zu den anderen geldwerten Leistungen aus dem Arbeitsverhältnis im Sinne von <ref-law> gehören (PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, Therwil/Basel 2001, Art. 17 N. 52; PETER, a.a.O., S. 83 und 92 f.).
Bezüglich des Zufluss- und Realisationszeitpunktes gelten für den massgebenden Lohn im AHV-Beitragsrecht dieselben Rechtsgrundsätze wie im Steuerrecht. Als realisiert gilt ein Entgelt AHV-rechtlich ebenfalls dann, wenn es einer Forderung entspricht, die einen wirtschaftlichen Wert darstellt und über die der Arbeitnehmer verfügen kann. Blosse Anwartschaften auf Lohn gelten nicht als realisiert (EVGE 1957 S. 36 f. E. 2 und S. 125 E. 2; 1960 S. 44/45 E. 1; Wegleitung des Bundesamtes für Sozialversicherungen über den massgebenden Lohn in der AHV, IV und EO [WML], Rz. 1010).
5.3.2 Die Eidgenössische Steuerverwaltung (EStV) hat ihre Praxis zum Zufluss- und Realisationszeitpunkt bei Mitarbeiteroptionen verschiedentlich geändert. Mit dem Kreisschreiben 5/1990 erliess die EStV erstmals Richtlinien zur Besteuerung von Mitarbeiteroptionen, die in Lehre und Praxis zu heftiger Kritik führten (HELBLING, a.a.O., S. 16 und 321 ff.), worauf die EStV ihre Praxis mit Kreisschreiben 5/1997 änderte. Dieses Kreisschreiben unterschied zwischen bewertbaren und nicht bewertbaren Optionen. Als nicht bewertbar galten Optionen mit einer Laufzeit von mehr als zehn Jahren, Optionen mit einer Verfügungssperre von mehr als fünf Jahren sowie Optionen mit zahlreichen individuellen Bedingungen. Bewertbare Optionen stellten gemäss Kreisschreiben im Zeitpunkt der Zuteilung steuerbares Einkommen dar, und zwar im Umfang der Differenz zwischen dem Abgabepreis und dem tatsächlichen Wert der Option bei Abgabe an den Mitarbeiter. Nicht bewertbare Optionen stellten demgegenüber im Zeitpunkt der Abgabe eine blosse Anwartschaft dar und waren damit einkommenssteuerrechtlich irrelevant (Ziff. 4.1 des Kreisschreibens 5/1997).
Nachdem das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 20. November 2002 (RB 2002 N. 96; vollständiger Urteilstext bei HELBLING, a.a.O., S. 440 ff.) entschieden hatte, dass der Erwerb von Optionen, die an eine Vesting-Periode gebunden sind, suspensiv bedingt im Sinne von <ref-law> erfolgt, d.h. der definitive Rechtserwerb erst nach Ablauf der Vesting-Periode eintritt, änderte die EStV ihre Praxis mit Rundschreiben vom 6. Mai 2003 erneut. In diesem Rundschreiben hat die EStV bezüglich "gevesteter" Mitarbeiteroptionen Folgendes festgehalten:
"Bis zum Ablauf der Vestingperiode ist der Rechtserwerb somit aufschiebend bedingt. Solange die Bedingung nicht eingetreten ist, liegt kein unwiderruflicher Rechtserwerb vor und es handelt sich folglich um eine blosse Anwartschaft. Die Besteuerung "gevesteter" Optionen im Zuteilungszeitpunkt ist deshalb nicht richtig.
Eine Prüfung der heute bestehenden Mitarbeiteroptionspläne im Lichte dieses Entscheids zeigte aber, dass "gevestete" Optionen in der Regel auch nach Ablauf der Vestingperiode noch nicht unwiderruflich erworben sind. Der unwiderrufliche Rechtserwerb wird meistens zusätzlich davon abhängig gemacht, dass der Mitarbeiter bis zur Ausübung der Optionen weiterhin bei der Unternehmung beschäftigt bleibt. Bis zur allfälligen Ausübung der Optionen hat der Mitarbeiter keine Möglichkeit, den darin verkörperten Wert zu realisieren, denn Mitarbeiteroptionen sind unveräusserlich. Sie führen nur dann zu einem Einkommen, wenn die Optionen auch tatsächlich ausgeübt werden können. Bis dahin handelt es sich weiterhin um eine blosse Anwartschaft. Eine Besteuerung nach Ablauf der Vestingperiode ist deshalb abzulehnen. Sie müsste auch deswegen unterbleiben, weil eine zutreffende objektive Bewertung "gevesteter" Optionen aufgrund der unterschiedlichen, individuellen Bedingungen und Umstände gar nicht zuverlässig möglich ist.
Falls es sich bei den "gevesteten" Optionen bis zur Ausübung der Optionen um blosse Anwartschaften handelt, hat die Einkommensbesteuerung erst bei Ausübung der Optionen entsprechend dem Kreisschreiben Nr. 5 vom 30. April 1997 zu erfolgen. Deshalb sind die zugeteilten Mitarbeiteroptionen auch bis zu ihrer Besteuerung im Wertschriftenverzeichnis pro memoria aufzulisten."
5.3.3 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die seit Mai 2003 geltende (einkommens-)steuerrechtliche Praxis bei Mitarbeiteroptionen mit Vesting-Klausel nicht darauf abstellt, wann die Optionen zugeteilt wurden oder zu welchem Zeitpunkt die Vesting-Periode abgelaufen ist. Entscheidend ist vielmehr, in welchem Zeitpunkt die Option effektiv ausgeübt wurde. Das ist auch unter dem Gesichtspunkt zutreffend, dass die Rechtsausübung unter Umständen nicht bloss durch eine Vesting-Klausel, sondern vom Eintritt weiterer Bedingungen abhängig sein kann, wie etwa dem Ablauf von Sperrfristen etc.. Aktuell ist der Bundesgesetzgeber seinerseits daran, die Besteuerung im Zeitpunkt der Ausübung der - gesperrten oder nicht börsenkotierten - Mitarbeiteroption auf Gesetzesstufe zu verankern (vgl. Botschaft zum Bundesgesetz über die Besteuerung von Mitarbeiterbeteiligungen, BBl 2005 575 ff., 589 f., 596 f.; Entwurf zum Bundesgesetz über die Besteuerung von Mitarbeiterbeteiligungen, BBl 2005 603 ff., insbesondere 608 [vgl. E-<ref-law>] sowie 606 [vgl. E-Art. 7b Abs. 3 Satz 1 StHG]).
5.3.3 Zusammenfassend ist festzuhalten, dass die seit Mai 2003 geltende (einkommens-)steuerrechtliche Praxis bei Mitarbeiteroptionen mit Vesting-Klausel nicht darauf abstellt, wann die Optionen zugeteilt wurden oder zu welchem Zeitpunkt die Vesting-Periode abgelaufen ist. Entscheidend ist vielmehr, in welchem Zeitpunkt die Option effektiv ausgeübt wurde. Das ist auch unter dem Gesichtspunkt zutreffend, dass die Rechtsausübung unter Umständen nicht bloss durch eine Vesting-Klausel, sondern vom Eintritt weiterer Bedingungen abhängig sein kann, wie etwa dem Ablauf von Sperrfristen etc.. Aktuell ist der Bundesgesetzgeber seinerseits daran, die Besteuerung im Zeitpunkt der Ausübung der - gesperrten oder nicht börsenkotierten - Mitarbeiteroption auf Gesetzesstufe zu verankern (vgl. Botschaft zum Bundesgesetz über die Besteuerung von Mitarbeiterbeteiligungen, BBl 2005 575 ff., 589 f., 596 f.; Entwurf zum Bundesgesetz über die Besteuerung von Mitarbeiterbeteiligungen, BBl 2005 603 ff., insbesondere 608 [vgl. E-<ref-law>] sowie 606 [vgl. E-Art. 7b Abs. 3 Satz 1 StHG]).
5.4 5.4.1 Das BSV hat die AHV-Beitragspflicht bezüglich Mitarbeiteroptionen in Rz. 2022.2 der Wegleitung über den massgebenden Lohn (WML) wie folgt geregelt:
"Mitarbeiteroptionen bilden im Zeitpunkt ihres Erwerbs massgebenden Lohn. Grundsätzlich unerheblich ist, ob es sich dabei um frei übertragbare oder gesperrte (d.h. solche, die während der Sperrfrist weder übertrag- noch ausübbar sind) Optionen handelt.
Optionen mit einer Laufzeit von über zehn Jahren oder mit einer Verfügungssperre von mehr als fünf Jahren bzw. mit zahlreichen individuellen Bedingungen werden normalerweise erst im Zeitpunkt der Ausübung verabgabt. Vorher sind sie in der Regel (objektiv) nicht bewertbar."
Mit dieser Verwaltungsweisung hat das BSV die Regelung des Kreisschreibens 5/1997 der EStV übernommen und damit die bis zum Rundschreiben vom 6. Mai 2003 geltende Praxis der Besteuerung von Mitarbeiteroptionen auch AHV-rechtlich als für massgeblich erklärt. Hingegen hat das BSV die WML nicht der mit dem Rundschreiben der EStV (vom 6. Mai 2003) vollzogenen Änderung der Steuerpraxis angepasst. Die Beschwerdegegnerin hat in ihrer Verfügung vom 13. April 2004 darauf hingewiesen, das BSV habe auf Anfrage hin mitgeteilt, die bisherige Praxis gelte weiterhin.
5.4.2 Verwaltungsweisungen richten sich an die Durchführungsstellen und sind für das Gericht - wie die Vorinstanz zutreffend erwog - nicht verbindlich. Dieses soll sie bei seiner Entscheidung aber berücksichtigen, sofern sie eine dem Einzelfall angepasste und gerecht werdende Auslegung der anwendbaren gesetzlichen Bestimmungen zulassen. Das Gericht weicht also nicht ohne triftigen Grund von Verwaltungsweisungen ab, wenn diese eine überzeugende Konkretisierung der rechtlichen Vorgaben darstellen. Insofern wird dem Bestreben der Verwaltung, durch interne Weisungen eine rechtsgleiche Gesetzesanwendung zu gewährleisten, Rechnung getragen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 45 f. und 130 V 163 E. 4.3.1 S. 172 f., je mit Hinweisen).
Aus dem Rundschreiben der EStV vom 6. Mai 2003 wird klar, dass die Bewertung von gevesteten und damit noch nicht ausgeübten Mitarbeiteroptionen im Zeitpunkt ihrer Zuteilung dazu führt, dass der Zufluss von noch nicht realisierbarem Einkommen aus dem Arbeitsverhältnis fingiert wird. Da der Zufluss- und Realisationszeitpunkt der Einkünfte aus steuerbarem Arbeitseinkommen im Sinne von <ref-law> mit demjenigen des massgebenden Lohnes gemäss <ref-law> - wie dargelegt (E. 5.3.1) - übereinstimmt, steht die AHV-Beitragspflicht auf dem Wert von gevesteten, noch nicht ausgeübten Mitarbeiteroptionen genauso im Widerspruch zur gesetzlichen Regelung des beitragspflichtigen Einkommens aus unselbständiger Erwerbstätigkeit wie im Steuerrecht. Die gegenteilige frühere Steuerpraxis, welche die EStV im Jahre 2003 aufgegeben hat, das BSV aber für das AHV-Beitragsrecht beibehalten will, ist gesetzwidrig. Es darf daran auch nicht in Form von sozialversicherungsrechtlichen Verwaltungsweisungen festgehalten werden. Diese sind vielmehr der bundesrechtskonformen Praxis der Steuerbehörden anzupassen.
5.4.3 Zusammenfassend ergibt sich, dass der kantonale Entscheid Bundesrecht verletzt (Art. 104 lit. a OG), indem die Vorinstanz, wie bereits die Verwaltung, beim Einkommen im Jahr 2002 den Wert der gesamten S._ am 24. Oktober 2001 zugeteilten 20'000 Mitarbeiteroptionen und nicht bloss die effektiv ausgeübten Mitarbeiteroptionen als beitragspflichtiges Erwerbseinkommen qualifizierte. Ob und insbesondere in welchem Umfang S._ im Jahre 2002 tatsächlich Mitarbeiteroptionen ausübte, lässt sich anhand der vorliegenden Akten nicht rechtsgenüglich beurteilen. Die Sache geht daher an die Verwaltung zurück, damit sie neu über die Beitragspflicht befinde und allfällig zuviel bezahlte Beiträge den gesetzlichen Erben des S._ bzw. dessen ehemaliger Arbeitgeberin zurückerstatte.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Verwaltungsgerichtsbeschwerde werden der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 12. April 2006 und der Einspracheentscheid vom 2. Dezember 2004 aufgehoben und die Sache an die Ausgleichskasse des Kantons Zürich zurückgewiesen, damit diese über das beitragspflichtige Jahreseinkommen 2002 von S._, wohnhaft gewesen in Y._, verstorben am 15. August 2006, im Sinne der Erwägungen neu befinde.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'500.- werden der Ausgleichskasse des Kantons Zürich auferlegt.
3. Der geleistete Kostenvorschuss in Höhe von Fr. 1'500.- wird den gesetzlichen Erben des Beschwerdeführers zurückerstattet.
4. Die Ausgleichskasse des Kantons Zürich hat den gesetzlichen Erben des Beschwerdeführers für das Verfahren vor dem Bundesgericht eine Parteientschädigung von insgesamt Fr. 2'500.- (einschliesslich Mehrwertsteuer) zu bezahlen.
5. Das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich wird über eine Parteientschädigung für das kantonale Verfahren entsprechend dem Ausgang des letztinstanzlichen Prozesses zu befinden haben.
6. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich, der Firma X._ GmbH und dem Bundesamt für Sozialversicherungen zugestellt.
Luzern, 15. Mai 2007
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Der Gerichtsschreiber:
i.V.