Sachverhalt:
A. A. und B.X._ übergaben im Jahr 2004 (aber rechtlich rückwirkend per 31. Januar 2003) ihren Landwirtschaftsbetrieb in A._ an ihren Sohn B._. Auf die gleiche Weise veräusserten sie ein Grundstück in C._ an ihren Sohn D._ und überführten sie ein unüberbautes Baulandgrundstück in A._ von ihrem Geschäfts- in ihr Privatvermögen.
B. Am 22. Mai 2008 veranlagte die Steuerkommission A._ die Eheleute X._ für die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 443'000.-- (wobei sie einen Kapitalgewinn aus der Beendigung der selbständigen Erwerbstätigkeit und der Hofübergabe von Fr. 387'680.-- zugrunde legte) und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 478'000.--. Diese Veranlagung bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau in den hier wesentlichen Punkten kantonal letztinstanzlich mit Urteil vom 1. November 2010.
C. Am 3. Januar 2011 haben die Eheleute X._ Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragen im Wesentlichen, das verwaltungsgerichtliche Urteil betreffend die Kantons- und Gemeindesteuern 2003 aufzuheben. Weiter seien bestimmte Feststellungen zu treffen.
D. Das Kantonale Steueramt Aargau und die Eidgenössische Steuerverwaltung schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das beantragt auch das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau im Hauptsächlichen; eventualiter stellt es den Antrag, die Angelegenheit zur weiteren Behandlung an die Steuerkommission A._ zu überweisen. Die Gemeinde A._ hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde ist grundsätzlich zulässig (vgl. Art. 82 ff. BGG in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]).
1.2 Gemäss Art. 42 Abs. 1 BGG hat die Rechtsschrift die Begehren und deren Begründung zu enthalten; im Rahmen der Begründung ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Vorbringen müssen sachbezogen sein, damit aus der Beschwerdeschrift ersichtlich ist, in welchen Punkten und weshalb der angefochtene Entscheid beanstandet wird. Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem Recht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; BGE 133 Il 249 E. 1.4.2 S. 254). Diesen Begründungsanforderungen genügt die Beschwerdeschrift nur teilweise. Soweit sie nicht erfüllt sind, kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Ohnehin nicht einzutreten ist auf den Antrag, es seien neben der Aufhebung des angefochtenen Urteils noch gewisse Feststellungen zu treffen, besteht doch hierfür kein schutzwürdiges Interesse (vgl. statt vieler <ref-ruling> E. 2c S. 303 f.).
1.3 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht geltend gemacht werden (Art. 95 lit. a BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (Art. 105 Abs. 1 BGG), es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig oder beruhe auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG (Art. 105 Abs. 2 bzw. Art. 97 Abs. 1 BGG).
1.4 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist daher weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder sie mit einer vom angefochtenen Entscheid abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140 mit Hinweis).
2. Das angefochtene Urteil befasst sich im Wesentlichen mit der Frage, wie die von den Beschwerdeführern vorgenommene Überführung eines Baulandgrundstückes von ihrem Geschäfts- in ihr Privatvermögen bei der kantonalen Einkommenssteuer zu beurteilen ist.
2.1 Das aargauische Steuergesetz vom 15. Januar 1998 (StG/AG) folgt im Grundsatz dem dualistischen System der Grundstückgewinnbesteuerung: Gewinne aus der Veräusserung von Geschäftsliegenschaften (bzw. aus deren Überführung ins Privatvermögen) unterliegen der Gewinn- oder Einkommenssteuer. Von der Grundstückgewinnsteuer erfasst werden solche Veräusserungsgewinne usw. nur, wenn sie nicht unter die Einkommens- oder Gewinnsteuer fallen (vgl. zum Ganzen auch StE 2011 B 42.25 Nr. 2 E. 2.1; StR 63/2008 864 E. 2):
2.1.1 Gemäss § 27 Abs. 2 StG/AG zählen zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit auch alle Kapitalgewinne aus Veräusserung, Verwertung oder buchmässiger Aufwertung von Geschäftsvermögen (was nach unbestrittener Praxis die Gewinne aus der Überführung ins Privatvermögen miteinschliesst). Laut Abs. 4 der gleichen Bestimmung werden Gewinne auf "land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken" nur bis zur Höhe der Anlagekosten zu den Einkünften aus selbständiger Erwerbstätigkeit gerechnet; soweit sie die Anlagekosten übersteigen, unterliegen sie der Grundstückgewinnsteuer (§ 106 StG/AG). Diese Bestimmungen harmonieren mit Art. 8 Abs. 1 bzw. Art. 12 Abs. 1 StHG und haben ihre Entsprechung in Art. 18 Abs. 2 und 4 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer (DBG, SR 642.11).
2.1.2 Aufgrund der eben genannten Bestimmungen nehmen die auf "land- und forstwirtschaftlichen Grundstücken" erzielten Veräusserungsgewinne eine Sonderstellung ein (vgl. Botschaft über die Steuerharmonisierung, BBl 1983 III 36 f. u. 162; siehe auch HANS ULRICH MEUTER, Die Besteuerung von Selbständigerwerbenden nach dem Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, unter Berücksichtigung der Land- und Forstwirtschaft, ZStP 2/1993, S. 74 ff., insb. S. 80). Zur Zeit des Bundesratsbeschlusses vom 9. Dezember 1940 über die Erhebung einer direkten Bundessteuer (BdBSt) waren die Landwirte regelmässig nicht eintragungs- bzw. buchführungs- und somit auch nicht kapitalgewinnsteuerpflichtig. Davon ist in der hier massgeblichen Regelung übriggeblieben, dass nur die wieder eingebrachten Abschreibungen der Einkommenssteuer von Bund und Kanton unterliegen, wogegen der eigentliche Wertzuwachsgewinn ausschliesslich der kantonalen bzw. kommunalen Grundstückgewinnsteuer unterliegt und auf Bundesebene nicht besteuert wird (vgl. Art. 16 Abs. 3 DBG). Das stellt eine privilegierte Ausnahmeregelung dar (vgl. MARKUS REICH, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/2a], N 64 zu Art. 18 DBG), die in der Lehre als sachlich fragwürdig eingestuft wird (vgl. u.a. PETER GURTNER, Änderungen bei der Kapitalgewinnbesteuerung Selbständigerwerbender, in: FS Raoul Oberson, Basel/Frankfurt am Main 1995, S. 45 f. Fn 5; MARIANNE KLÖTI-WEBER/JÜRG BAUR, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, 3. Aufl., Muri-Bern 2009, N 7a zu § 95 StG/AG; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 1. Teil, Therwil-Basel 2001, N. 183 zu Art. 18 DBG; BERNHARD ZWAHLEN, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht [I/1], 2. Aufl., Basel/Genf/München 2002, N 20 zu Art. 12 StHG).
2.2 Im Urteil 2C_539/2010 vom 15. Dezember 2010 hatte das Bundesgericht die Gelegenheit, sich mit der in der Lehre geforderten Begrenzung der für "land- und forstwirtschaftliche Grundstücke" geltenden Ausnahmeregelung näher zu befassen:
2.2.1 In E. 3.2 des Urteils (vgl. dort mit zahlreichen weiteren Hinweisen auf Rechtsprechung und Lehre) sind u.a. folgende Ausführungen zu finden, die uneingeschränkt auch für den vorliegenden Fall zu gelten haben: Der Begriff des "land- und forstwirtschaftlichen Grundstückes" wird in keiner der oben erwähnten Bestimmungen des Bundessteuerrechts definiert oder näher bestimmt (genauso wenig wie im hier allenfalls anwendbaren § 27 Abs. 4 StG/AG; siehe dazu auch die Botschaft des Regierungsrats vom 21. Mai 1997 zur Totalrevision der aargauischen Steuergesetze, 97.022968, S. 67). Eine solche Begriffsbestimmung kann sich nicht darauf beschränken, nur den steuerrechtlichen Belangen Rechnung zu tragen. Vielmehr hat sie namentlich auch folgende Gesetze (insbesondere deren Zielsetzungen sowie Interessenabwägungen) zu berücksichtigen: das Bundesgesetz über das bäuerliche Bodenrecht vom 4. Oktober 1991 (BGBB, SR 211.412.11), das Bundesgesetz über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 (RPG, SR 700) und das Bundesgesetz über die Landwirtschaft vom 29. April 1998 (LwG, SR 910.1).
Diesen Gesetzen ist u.a. der Zweck gemeinsam, das Eigentum des landwirtschaftlichen Bodens, der einen volkswirtschaftlich wesentlichen Produktionsfaktor darstellt, zu Gunsten landwirtschaftlicher Betriebe zu erhalten. Dieser Zweck hat die erforderliche Abstimmung wesentlich mitzuprägen, weshalb der steuerrechtliche Begriff des "land- und forstwirtschaftlichen Grundstückes" im Einklang mit dem Anwendungs- und Schutzbereich sowie den Veräusserungsbeschränkungen konkretisiert werden muss, wie sie sich aus dem bäuerlichen Bodenrecht ergeben. Dementsprechend kann von einem steuerlich privilegierten Grundstück nur dann gesprochen werden, wenn die für die Anwendung des BGBB gültigen Voraussetzungen erfüllt sind. Das ist nach Massgabe von Art. 2 Abs. 1 BGBB hauptsächlich dann der Fall, wenn es sich um einzelne oder zu einem landwirtschaftlichen Gewerbe gehörende Grundstücke handelt, die ausserhalb einer Bauzone nach Art. 15 RPG liegen und für welche die landwirtschaftliche Nutzung zulässig ist. Darüber hinaus gilt die Anwendung des BGBB (und somit auch die besagte steuerliche Ausnahmeregelung) für vier weitere, spezifisch in Art. 2 Abs. 2 BGBB genannte Fälle, nämlich:
a) Grundstücke und Grundstücksteile mit landwirtschaftlichen Gebäuden und Anlagen, einschliesslich angemessenem Umschwung, die in einer Bauzone liegen und zu einem landwirtschaftlichen Gewerbe gehören;
b) Waldgrundstücke, die zu einem landwirtschaftlichen Gewerbe gehören;
c) Grundstücke, die teilweise innerhalb einer Bauzone liegen, solange sie nicht entsprechend den Nutzungszonen aufgeteilt sind;
d) Grundstücke mit gemischter Nutzung, die nicht in einen landwirtschaftlichen und einen nichtlandwirtschaftlichen Teil aufgeteilt sind.
2.2.2 Gestützt auf diese Grundsätze erwog das Bundesgericht im genannten Urteil 2C_539/2010, dass das in jenem Verfahren angefochtene Urteil sich zu Unrecht allein auf das Raumplanungsgesetz gestützt und befunden hatte, für das strittige Grundstück müsse die Ausnahmeregelung von Art. 12 Abs. 1 StHG (und davon ausgehend ein Steueraufschub gemäss Art. 12 Abs. 3 lit. d StHG) schon deshalb verweigert werden, weil es in einer Bauzone liege. Unbestrittenermassen handelte es sich um ein Grundstück mit landwirtschaftlichen Gebäuden und Anlagen, einschliesslich angemessenem Umschwung, das also gemäss Art. 2 Abs. 2 lit. a BGBB unter zwei zusätzlichen Bedingungen in den Schutzbereich des bäuerlichen Bodenrechts fiel und somit den Begriff des "land- und forstwirtschaftlichen Grundstückes" erfüllte: Einerseits musste das Grundstück landwirtschaftlich genutzt sein (vgl. Art. 6 BGBB; siehe auch YVES DONZALLAZ, Traité de droit agraire suisse: droit public et droit privé, Tome 1 und 2, 2004 bzw. 2006 [Rz. durchgehend], Rz 3137), was im konkreten Fall unbestritten war. Andererseits war erforderlich, dass es zu einem landwirtschaftlichen Gewerbe gemäss Art. 7 BGBB gehörte (vgl. u.a. DONZALLAZ, a.a.O., Rz 3144); das war nicht rechtsgenüglich erstellt, weshalb die Sache zur entsprechenden Abklärung an die letzte kantonale Instanz zurückgewiesen wurde.
2.3 Aus diesen Grundsätzen und Erwägungen lassen sich für den vorliegenden Fall folgende Schlüsse ziehen:
2.3.1 Die Notwendigkeit, eine angemessene Begrenzung der steuerlich privilegierten Ausnahmeregelung von § 27 Abs. 4 StG/AG mit dem Schutzbereich und den Verfügungsbeschränkungen des bäuerlichen Bodenrechts in Einklang zu bringen, hat insbesondere im hier streitwesentlichen Spezialbereich von Art. 2 Abs. 2 BGBB zu gelten:
Vorliegend geht es unbestrittenermassen um ein unüberbautes und vollumfänglich in einer Bauzone gelegenes Grundstück, das aber nicht "angemessenen Umschwung" eines Grundstückes mit landwirtschaftlichen Gebäuden und Anlagen bildet (vgl. Art. 2 Abs. 2 lit. a u. c BGBB sowie oben E. 2.2.1). Im Zusammenhang mit einem solchen kann die privilegierte Ausnahmeregelung nicht gewährt werden, wenn von den drei im Fall 2C_539/2010 festgehaltenen Kriterien ausgegangen wird (vgl. dazu auch DONZALLAZ, a.a.O., Rz 3134 u. 3166). Die fehlende Überbauung schliesst die steuerliche Privilegierung von vornherein aus, ohne dass überhaupt noch zu prüfen wäre, ob das Grundstück landwirtschaftlich genutzt wird und zu einem landwirtschaftlichen Gewerbe gehört.
Eine solche Lösung weicht von der in bestimmten Kantonen bestehenden Praxis und der teilweise in der Lehre vertretenen - vorrangigen, u.U. sogar vollumfänglichen - Ausrichtung auf das Kriterium der tatsächlichen Nutzung ab (vgl. in diesem Sinne u.a. DANIELLE YERSIN, La distinction entre l'activité indépendante et la gestion de la fortune privée dans le domaine immobilier, ASA 67 S. 97 ff., insb. S. 109; FERDINAND ZUPPINGER, Grundstückgewinn- und Vermögenssteuer, ASA 61 S. 309 ff., insb. S. 313; siehe auch VGE ZH vom 25. Mai 2005 in StE 2006 B 42.38 Nr. 27 E. 2.2.; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2. Aufl., Zürich 2006, N 306 ff. zu § 216 StG/ZH und daran anschliessend KLÖTI-WEBER/BAUR, a.a.O., N 7a § 95 StG/AG).
Für die im Fall 2C_539/2010 als massgeblich erklärte Lösung sprechen indessen wesentliche Gesichtspunkte: Wie die Vorinstanz zu Recht hervorgehoben hat, ergibt sich die Notwendigkeit einer einheitlichen Begriffsbestimmung zwischen bäuerlichem Bodenrecht und Steuergesetzgebung schon aufgrund der anzustrebenden Einheit der Rechtsordnung sowie aus der zeitlichen Nähe zwischen den jeweiligen Erlassen. Angesichts dieser Nähe und der bedeutenden gemeinsamen Wertungsgesichtspunkte (vgl. oben E. 2.2.1) muss davon ausgegangen werden, dass im hier zu beurteilenden Teilbereich die Zielsetzungen und Interessenabwägungen des bäuerlichen Bodenrechts die Bestimmung und Konkretisierung der später ergangenen steuerrechtlichen Begriffe sowie Normen massgeblich mitzuprägen haben (vgl. dazu auch E. 4.3.1 des angefochtenen Urteils). Dazu kommt Folgendes: Die privilegierte Besteuerung der Wertzuwachsgewinne auf land- und forstwirtschaftlichen Geschäftsgrundstücken (und die damit verbundene Gleichstellung mit der privaten Grundstückgewinnbesteuerung) wird nicht nur allgemein als sachlich unbegründet eingestuft. Sie erweist sich ganz besonders für ein in der Bauzone gelegenes und unüberbautes Grundstück als fragwürdig, unterliegt ein solches doch nicht den Verfügungsbeschränkungen des bäuerlichen Bodenrechts. Dieser kaum gerechtfertigten Privilegierung wirkt die mit Art. 2 Abs. 2 BGBB harmonisierte Konkretisierung von § 27 StG/AG entgegen.
2.3.2 Hier hat die Vorinstanz, wie diejenige im Urteil 2C_539/2010 (vgl. oben E. 2.2.2), die steuerliche Sonderregelung schon deswegen ausgeschlossen, weil das Grundstück sich in der Bauzone befindet. Sie hat sich ausschliesslich auf Art. 2 Abs. 1 BGBB gestützt, aber die zusätzlichen vier Spezialfälle von Abs. 2 ausser Acht gelassen. Das ist zwar nach dem bisher Festgehaltenen unzutreffend, allerdings nur von der Begründung her, nicht aber im Ergebnis. Die steuerliche Erfassung durch die Ausnahmeregelung ist nicht deshalb zu verweigern, weil das Grundstück in der Bauzone liegt, sondern weil es als unüberbautes Grundstück vollumfänglich dort gelegen ist, ohne zum angemessenen Umschwung eines Grundstückes mit landwirtschaftlichen Gebäuden und Anlagen zu gehören. Mit derart substituierter Begründung (vgl. oben E. 1.4) kann das angefochtene Urteil somit diesbezüglich bestätigt werden. Wenn im Urteil 2C_539/2010 die Sache zu weiterer Abklärung zurückgewiesen werden musste, so erübrigt sich eine solche hier.
2.4 In steuersystematischer Hinsicht ist jedoch noch kurz auf das in StE 2011 B 42.25 Nr. 2 veröffentlichte Urteil 2C_708/2010 vom 28. Januar 2011 einzugehen, das ebenfalls den Kanton Aargau und dessen dualistisches System (vgl. oben E. 2.1 eingangs) betraf. Das Bundesgericht hielt fest, dass die Zuführung eines landwirtschaftlich genutzten Grundstücks in eine geschäftliche Nutzung (z.B. Liegenschaftenhandel) nicht ohne steuersystematische Realisation erfolgen darf. Es handelt sich um einen veräusserungsähnlichen Vorgang im Sinne von § 96 Abs. 2 lit. b StG/AG. Vorher unterliegt das Land der Grundstückgewinnsteuer, unter Berücksichtigung der maximalen Haltezeit. Einzig der seitherige Wertzuwachs darf einkommenssteuerlich erfasst werden. Dazwischen findet ein Systemwechsel statt, welcher im dualistischen System der Grundstückgewinnbesteuerung zwingend berücksichtigt werden muss. Nur auf diese Weise wird der vor dem Übergang aufgelaufene und der danach eingetretene Mehrwert je der sachlich richtigen Steuer zugeführt (vgl. dort insb. E. 2.5 u. 2.6).
Auch vorliegend kann allenfalls auf den Zeitpunkt der Einzonung in den Baubereich hin ein solcher Übergang von einem landwirtschaftlichen zu einem "normalen" Geschäftsvermögen angenommen werden. Im Fall 2C_708/2010 beruhte der Systemwechsel darauf, dass die Pflichtigen selber für ihr(e) Grundstück(e) in einem bestimmten Zeitpunkt eine Nutzungsänderung beschlossen und dann auch vollzogen. In einem Fall wie dem hier zu beurteilenden ergäbe sich der Übergang hingegen nicht aus einer kurz vor der streitigen (End-)Abrechnung getroffenen Entscheidung der Pflichtigen, sondern aus den rechtlichen Auswirkungen der gegebenenfalls lange zurückliegenden Umzonung.
Dieser Unterschied zum Fall 2C_708/2010 würde zwar auch hier nicht zwingend ausschliessen, dass übliches (und steuerlich nicht privilegiertes) Geschäftsvermögen bloss für die Zeitspanne zwischen Umzonung und nachmaliger Privatentnahme angenommen wird. Für die Zeit vor der Umzonung könnte an sich die privilegierte Ausnahmeregelung zum Zuge kommen. Das würde jedoch in einem Fall wie dem vorliegenden bedeuten, dass bei der Überführung ins Privatvermögen im Nachhinein noch für die Zeit bis zur Umzonung die Grundstückgewinnsteuer zu erheben wäre. Das brächte in zahlreichen Fällen kaum hinzunehmende Praktikabilitäts- und Umsetzungsprobleme mit sich, insbesondere angesichts der im bäuerlichen Bereich oft (sehr) langen Haltedauer der Grundstücke und bei lange zurückliegenden Umzonungen. Solche Probleme könnten sich u.a. dann ergeben, wenn für die frühere Grundstückbesteuerung nicht das jetzige Steuergesetz, sondern die bis Ende 2000 geltende und von der heutigen Rechtslage teilweise abweichende Regelung (vgl. dazu das Urteil 2C_380/2011 vom 1. November 2011, insb. E. 2.1, mit weiteren Hinweisen) anwendbar wäre. Zu bedeutend würden die Probleme auf jeden Fall dann, wenn die Umzonung noch vor dem Inkrafttreten des BGBB erfolgte.
Diese Probleme sind in dem hier wesentlichen Gesamtrahmen zu sehen, wonach eine fragwürdige Ausnahmeregelung angemessen eingegrenzt werden muss. Die Notwendigkeit einer solchen Eingrenzung ist nicht nur für das allgemeine Verhältnis zwischen § 27 Abs. 2 und 4 StG/AG von Belang, sondern auch im Zusammenhang mit der vorliegend massgeblichen spezifischen Frage, inwieweit eine steuersystematisch wünschbare, aber unter dem (hier zumindest ebenso bedeutenden) Gesichtspunkt der Koordination verschiedener Rechtsbereiche problematische Differenzierung doch noch berücksichtigt werden kann. In Anbetracht sämtlicher Gesichtspunkte drängt sich eine zwischen zwei Phasen unterscheidende steuerliche Erfassung (mit der Grundstückgewinnsteuer bis zur Umzonung, mit der Einkommenssteuer für den danach entstandenen Wertzuwachs) nur insoweit auf, als sie nicht erst im Nachhinein, z.B. hier im Zeitpunkt der Überführung ins Privatvermögen, zu geschehen hat, sondern schon im Zeitpunkt der Umzonung erfolgt (namentlich auf Verlangen des Pflichtigen). Das war vorliegend nicht der Fall. Deshalb erweist es sich auch in Anbetracht des Urteils 2C_708/2010 als zutreffend, dass die Vorinstanz ihre Beurteilung ausschliesslich auf § 27 Abs. 2 StG/AG gestützt hat.
2.5 In Anwendung von § 27 Abs. 2 StG/AG ist das Verwaltungsgericht von einem massgeblichen (und durch die Beschwerdeführer nicht bestrittenen) Verkehrswert von Fr. 500'000.-- ausgegangen. Davon hat es den für das betreffende Grundstück aufgeschlüsselten Teil des (soweit ersichtlich einzig verfügbaren) Gesamtbuchwertes abgezogen. Die Beschwerdeführer bringen gegen diese Berechnung ebenfalls nichts vor; inwiefern sie eine qualifiziert unzutreffende Sachverhaltsfeststellung (vgl. oben E. 1.3) darstellen würde, ist nicht erkennbar, so dass sie das Bundesgericht bindet. Auf dieser Grundlage hat die Vorinstanz für die Privatentnahme einen Kapitalgewinn von Fr. 446'243.-- festgehalten. Schon daraus ergibt sich ein höheres Einkommen als die von der Veranlagungsbehörde für sämtliche Immobilien erfassten steuerbaren Einkünfte von Fr. 387'680.--. In Anbetracht des Verbots einer reformatio in peius gemäss § 199 Abs. 2 StG/AG hat sich die Vorinstanz darauf beschränkt, die erstinstanzliche Veranlagung zu bestätigen. Das kann hier geschützt werden, ohne dass die Situation der beiden anderen Liegenschaften weiter zu prüfen wäre.
2.6 Was die Beschwerdeführer dagegen vorbringen, vermag ein anderes Ergebnis nicht zu rechtfertigen, soweit sich ihre Einwendungen überhaupt als zulässig erweisen (vgl. oben E. 1.2). Vergeblich machen sie geltend, das angefochtene Urteil laufe der bisherigen Praxis der Aargauer Steuerbehörden zuwider und verletze das Gebot von Treu und Glauben, den klaren Willen des Gesetzgebers, das Gebot der rechtsgleichen Behandlung sowie das Willkürverbot.
Wie das Verwaltungsgericht in seiner Vernehmlassung zu Recht festhält, hat es sich in der vorliegenden Streitsache zum erstenmal überhaupt mit der Frage auseinandersetzen müssen, wie der Begriff des land- und forstwirtschaftlichen Grundstücks angemessen zu konkretisieren ist. Dabei ist es an die bisherige, allfällig rechtswidrige Praxis der Steuerbehörden nicht gebunden gewesen. Es ist weiter nicht ersichtlich, welche Dispositionen die Beschwerdeführer im Hinblick auf die behauptete Praxis getroffen hätten. Schliesslich vermögen sie nicht darzutun, dass die Behörden nach dem angefochtenen Urteil nicht gewillt seien, die vom Verwaltungsgericht festgelegte Qualifikation land- und forstwirtschaftlicher Grundstücke anzuwenden und umzusetzen.
3. Gemäss § 51 Abs. 2 StG/AG werden landwirtschaftlich genutzte Grundstücke zum Ertragswert besteuert, wenn sie ausserhalb der Bauzone liegen oder zum landwirtschaftlichen Geschäftsvermögen der Eigentümerin oder des Eigentümers bzw. des anderen Eheteils gehören. Daraus folgt umgekehrt, dass landwirtschaftlich genutzte Grundstücke in einer Bauzone, die nicht zu einem landwirtschaftlichen Betrieb gehören, verkehrswertorientiert besteuert werden (vgl. BARBARA SRAMEK, Kommentar zum Aargauer Steuergesetz, a.a.O., N 34 zu § 51 StG). Diese höhere Verkehrswertbesteuerung soll u.a. der Hortung von eingezontem Bauland entgegenwirken; sie ist zumindest in einem Fall wie dem vorliegenden sachgerecht, wenn es im Wesentlichen um Grundstücke geht, die nicht dem Schutzbereich des BGBB unterstellt sind. Die Gesetzesbestimmung und ihre hier angefochtene Anwendung kollidieren demzufolge nicht mit dem bäuerlichen Bodenrecht. Es ist mit Art. 14 Abs. 2 StHG vereinbar, wenn solche Liegenschaften verkehrswertorientiert bewertet werden (vgl. dazu schon das Urteil 2P.270/1998 vom 13. Dezember 1999 E. 4, StPS 18 48). Demgegenüber erweist es sich als aktenwidrig, wenn die Beschwerdeführer behaupten, das ins Privatvermögen übergeführte Grundstück sei gemäss dem Ertragswert geschätzt worden (vgl. verkehrswertorientierte Schätzungsverfügung vom 7. Januar 2005, gültig ab 1.1.1999).
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde unbegründet und abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer unter Solidarhaft kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 2. Dezember 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Matter