A.- H._ est assurée pour les soins médicaux et pharmaceutiques en cas de maladie auprès de la caisse- maladie ASSURA. Au mois de juin 2000, elle a transmis à cette caisse une facture de la pharmacie X._ d'un montant de 4703 fr. 55. ASSURA a accepté de prendre en charge le montant facturé après déduction de la franchise annuelle de 400 fr. et d'une participation aux coûts (quote-part) de 430 fr. 30. Le montant en faveur de l'assurée s'élevait ainsi à 3873 fr. 25.
Le 26 juin 2000, au cours d'un entretien téléphonique, H._ a informé la caisse qu'elle avait obtenu de la pharmacie X._, sur présentation du décompte de prestations établi par son assureur, le remboursement de la participation aux coûts de 10 pour cent.
Par lettre du 30 juin 2000, ASSURA a informé son assurée qu'elle renonçait exceptionnellement à lui demander la restitution de la somme remboursée par la pharmacie X._. Cependant, à l'avenir, elle déduirait 10 pour cent des frais pharmaceutiques facturés par cette pharmacie.
Après un échange de correspondance avec son assurée, la caisse a rendu une décision, le 2 octobre 2000, par laquelle elle a confirmé sa position.
Saisie d'une opposition, elle l'a rejetée, par une nouvelle décision, du 3 janvier 2001. Cette décision précisait que dans le système mis en place par le groupe des "Pharmaciens solidaires" (auquel semble appartenir la pharmacie X._), l'assuré ne supportait plus la quote-part de 10 pour cent, ce qui était de nature à contourner la volonté du législateur de mettre à la charge de l'assuré cette participation aux coûts. Par conséquent, il se justifiait d'opérer une réduction de 10 pour cent sur les futurs remboursements de médicaments facturés à l'assurée par la pharmacie en question.
B.- H._ a recouru contre cette décision. Statuant le 12 juillet 2001, le Tribunal des assurances du canton de Vaud a admis le recours et a annulé les décisions précédentes. Il a considéré que le procédé mis en place par les "Pharmaciens solidaires" était contraire à la loi dans la mesure où il éludait les dispositions légales relatives à la participation aux coûts à la charge des assurés. Cependant, aucune disposition légale n'autorisait la caisse à déduire 10 pour cent des frais facturés par les "Pharmaciens solidaires" avant de calculer le montant de ses prestations.
C.- ASSURA interjette un recours de droit administratif dans lequel elle conclut à l'annulation du jugement cantonal et demande au Tribunal fédéral des assurances de constater que c'est à juste titre "que l'assureur déclare déduire, à l'avenir, de ses prestations, le montant de la quote-part de 10 % lorsqu'il est établi que l'assurée en obtient le remboursement sur présentation du décompte par la pharmacie X._".
H._ ne s'est pas déterminée sur le recours.
Quant à l'Office fédéral des assurances sociales, il propose de l'admettre.

Considérant en droit :
1.- Le Tribunal fédéral des assurances examine d'office les conditions de recevabilité du recours, sans égard aux conclusions ou aux arguments des parties. Son examen porte également sur les conditions formelles de validité et de régularité de la procédure administrative (voir par ex.
ATF 125 V 23 consid. 1a et la jurisprudence citée).
2.- Dans sa décision sur opposition, la caisse recourante n'a pas exigé de l'intimée le remboursement du montant versé à celle-ci par la pharmacie X._. Cette décision constitue en fait une déclaration d'intention relative à d'éventuels remboursements futurs par cette pharmacie et, plus généralement, par une pharmacie du groupe "Pharmaciens solidaires".
La question se pose donc de savoir si la recourante était en droit de rendre une telle décision en constatation, susceptible de recours, sur d'éventuels droits futurs de l'intimée. Le premier juge, qui a examiné cette question, l'a résolue par l'affirmative en se référant à l'arrêt <ref-ruling>. Il ressort en bref de cet arrêt que la décision de principe définissant l'attitude de l'autorité à l'avenir peut, sous certaines conditions, faire l'objet d'un recours de droit administratif au Tribunal fédéral.
a) La recevabilité d'une demande en constatation suppose un intérêt digne de protection, qui n'existe que lorsque le requérant a un intérêt actuel, de droit ou de fait, à la constatation immédiate de son droit, sans que s'y opposent de notables intérêts publics ou privés, et à condition que cet intérêt digne de protection ne puisse pas être préservé au moyen d'une décision formatrice, c'est-à-dire constitutive de droits ou d'obligations (<ref-ruling> sv. consid. 4a et les références; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2ème éd., 1998, p. 75 ch. 201). Les décisions en constatation ne peuvent avoir pour objet de trancher des questions de droit de manière théorique et dans l'abstrait.
Elles ont un caractère subsidiaire, c'est-à-dire qu'en principe elles ne sont prises qu'en cas d'impossibilité d'obtenir une décision formatrice (<ref-ruling> consid. 2c et les références, 119 V 13 consid. 2a).
En matière de prestations futures, l'existence d'un intérêt digne de protection est toutefois admise lorsque le justiciable serait enclin, en raison de l'ignorance de ses droits ou obligations, à prendre des dispositions ou au contraire à y renoncer avec le risque de subir un préjudice de ce fait (<ref-ruling> consid. 1). Dans le domaine de l'assurance-maladie plus précisément, l'intérêt digne de protection à la constatation immédiate de l'étendue de prestations assurées fait généralement défaut s'agissant d'une demande d'un requérant formée dans l'abstrait, indépendamment de la nécessité, plus ou moins imminente, d'un traitement médical ou d'un séjour hospitalier (<ref-ruling> consid. 1b).
b) Dans le cas particulier, on ne voit pas que l'intimée ait eu un intérêt actuel à obtenir une décision en constatation, dans la mesure où la caisse renonçait à exiger de sa part un quelconque remboursement. D'autant qu'il n'est pas certain que le problème se posera à nouveau dans le futur entre les parties et que, s'il se pose, ce sera en des termes identiques. C'est ainsi que le Parlement a adopté le 24 mars 2000 l'<ref-law>, entré en vigueur le 1er janvier 2001. Selon cette disposition, la participation aux coûts ne peut être assurée ni par une caisse-maladie, ni par une institution d'assurance privée; il est également interdit aux associations, aux fondations ou à d'autres institutions de prévoir la prise en charge des coûts. Par l'adoption de cette norme, le législateur, précisément, a voulu interdire aux personnes morales et aux autres institutions visées des pratiques semblables à la pratique ici en cause (message du Conseil fédéral concernant l'arrêté fédéral sur les subsides fédéraux dans l'assurance-maladie et la révision partielle de la loi fédérale sur l'assurance-maladie, FF 1999 I 774). La recourante, par ailleurs, ne prétend pas que des factures de pharmacie en suspens concernant l'intimée (établies avant ou après le 1er janvier 2001) devraient encore faire l'objet d'un remboursement.
Du reste, dans sa réponse au recours de droit cantonal, la recourante, après avoir exposé qu'elle avait renoncé à exiger de l'assurée le remboursement de la participation prise en charge par la pharmacie Victoria, a émis - à juste titre - des doutes sur l'intérêt de l'intimée à recourir, attendu qu'"à ce jour (23 mars 2001) aucune (nouvelle) facture émanant de la pharmacie X._ n'a été remise à l'assureur".
Enfin, les circonstances de l'espèce sont différentes de celles qui sont à la base de l'arrêt <ref-ruling>.
Dans cette affaire, l'autorité avait informé une société importatrice qu'elle ne lui délivrerait plus d'autorisations spéciales pour des convois routiers dont le poids et les dimensions excéderaient certaines limites. Cette décision touchait immédiatement et concrètement la société en question dans la mesure où elle se plaignait de ne plus pouvoir importer des baraquements préfabriqués de grandes dimensions. La décision pouvait donc faire l'objet d'un recours immédiat, sans que l'administré dût attendre le refus d'une autorisation particulière. En l'occurrence, la situation est tout à fait différente. La survenance de nouveaux litiges entre les mêmes parties n'est que virtuelle et le recours de droit administratif ne saurait donc être utilisé à la seule fin d'obtenir une solution à des problèmes juridiques abstraits.
3.- Dans ces conditions, la déclaration d'intention de la caisse ne pouvait pas faire l'objet d'une décision en constatation. Il convient donc d'annuler aussi bien le jugement attaqué que la décision sur opposition du 3 janvier 2001 (cf. <ref-ruling> consid. 3f in fine).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral des assurances,
prononce :
I. Le recours est admis en ce sens que le jugement du
Tribunal du 12 juillet 2001 et la décision sur
opposition de la caisse-maladie ASSURA du 3 janvier
2001 sont annulés.
II. Il n'est pas perçu de frais de justice.
III. Le présent arrêt sera communiqué aux parties, au Tribunal des assurances du canton de Vaud et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 17 janvier 2002
Au nom du
Tribunal fédéral des assurances
Le Président de
la IIe Chambre : La Greffière :