Faits:
A. Dès le 15 septembre 2005 et jusqu'au 30 septembre 2006, X._ a travaillé au service d'une banque de Genève dont Y._ est le directeur général. Sur instructions de ce dernier, un huissier de la banque s'est chargé de lui trouver une automobile. Les recherches de l'huissier ont abouti. Le 4 avril 2006, X._ a conclu par écrit un contrat avec un garage de Zoug, relatif à l'achat, par elle, d'un véhicule Mercedes CLK 320 au prix de 69'900 fr., plus 200 fr. de frais d'immatriculation. Pour le compte de l'acheteuse et en faveur du garage, le montant de 70'100 fr. fut viré d'un compte bancaire de Me Hervé Crausaz, avocat à Genève; celui-ci était le conseil de l'acheteuse dans un litige sans lien avec la présente affaire.
B. Le 23 février 2007, Y._ a ouvert action contre X._ devant le Tribunal de première instance du canton de Genève. Sa demande tendait au paiement de 50'000 fr. en capital, les intérêts étant réservés, à titre de remboursement de prêts. Le demandeur affirmait avoir remis à la défenderesse, à titre de prêts et en espèces, 35'000 fr. en mai 2006 et 15'000 fr. en juin de la même année.
La défenderesse a contesté ces allégations et dénié toute obligation; elle a conclu au rejet de l'action.
Le tribunal s'est prononcé le 8 juin 2008 après avoir interrogé les parties et entendu divers témoins. En dépit des dénégations de la défenderesse, il a constaté que le demandeur lui avait prêté 35'000 fr. le 4 avril 2006, pour l'achat du véhicule Mercedes CLK 320. Pour le surplus, le demandeur avait échoué dans la preuve d'un prêt supplémentaire de 15'000 francs. Le tribunal a donc condamné la défenderesse à rembourser 35'000 francs.
Statuant le 16 janvier 2009 sur l'appel de la défenderesse, la Cour de justice a confirmé le jugement.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile, la défenderesse requiert le Tribunal fédéral de réformer l'arrêt de la Cour de justice en ce sens que l'action soit entièrement rejetée.
Le demandeur conclut au rejet du recours, dans la mesure où celui-ci est recevable.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF), rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) et en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF). Son auteur a pris part à l'instance précédente et succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF). La valeur litigieuse excède le minimum légal de 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF). Introduit en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 al. 1 à 3 LTF), le recours est en principe recevable.
Le recours est ouvert pour violation du droit fédéral (art. 95 let. a LTF). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office, hormis les droits fondamentaux (art. 106 LTF). Il n'est pas lié par l'argumentation des parties et il apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254), et il ne se prononce sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 246; <ref-ruling> consid. 1.4.2). Le recours n'est pas recevable pour violation du droit cantonal, hormis les droits constitutionnels cantonaux (art. 95 let. c LTF) et certaines dispositions sans pertinence en matière civile (art. 95 let. d LTF).
Le Tribunal fédéral doit conduire son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (art. 105 al. 1 LTF); en règle générale, les allégations de fait et les moyens de preuve nouveaux sont irrecevables (art. 99 al. 1 LTF). Le tribunal peut compléter ou rectifier même d'office les constatations de fait qui se révèlent manifestement inexactes, c'est-à-dire arbitraires aux termes de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.1.2 p. 252), ou établies en violation du droit (art. 105 al. 2 LTF). La partie recourante est autorisée à attaquer des constatations de fait ainsi irrégulières si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF).
2. La défenderesse invoque l'art. 9 Cst. pour se plaindre d'une appréciation arbitraire des preuves et d'une application également arbitraire du droit cantonal de procédure.
Une décision est arbitraire, donc contraire à cette disposition constitutionnelle, lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si sa décision apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs ou en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision soient insoutenables; il faut encore que celle-ci soit arbitraire dans son résultat. Il ne suffit d'ailleurs pas non plus qu'une solution différente de celle retenue par l'autorité cantonale puisse être tenue pour également concevable ou apparaisse même préférable (<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 17). En ce qui concerne l'appréciation des preuves et la constatation des faits, l'autorité tombe dans l'arbitraire lorsqu'elle ne prend pas en considération, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, sur la base des éléments recueillis, elle parvient à des constatations insoutenables (<ref-ruling> consid. 2.1).
Selon la jurisprudence relative aux recours formés pour violation de droits constitutionnels (art. 106 al. 2 ou 116 LTF), celui qui se plaint d'arbitraire doit indiquer de façon précise en quoi la décision qu'il attaque est entachée d'un vice grave et indiscutable; à défaut, le grief est irrecevable (<ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 400).
3. La défenderesse invoque aussi l'art. 8 CC concernant le fardeau de la preuve dans les contestations soumises au droit civil fédéral. Selon cette disposition, chaque plaideur doit, si la loi ne prescrit le contraire, prouver les faits qu'il allègue pour en déduire son droit. Lorsque le juge ne parvient pas à constater un fait dont dépend le droit litigieux, il doit statuer au détriment de la partie qui aurait dû prouver ce même fait (<ref-ruling> consid. 2b p. 191/192; voir aussi <ref-ruling> consid. 4.5 p. 701/702; <ref-ruling> consid. 2.6 p. 24). L'art. 8 CC ne régit pas l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 226; <ref-ruling> consid. 2.6 p. 24/25) et il n'exclut pas non plus la preuve par indices (<ref-ruling> consid. 2a p. 291; voir aussi <ref-ruling> consid. 4.1 p. 703).
4. Selon la version des faits présentée par la défenderesse, le montant de 70'100 fr. provient essentiellement de la vente d'un véhicule qu'elle possédait en Russie et qu'elle a réalisé dans ce pays en 2003. Elle en a conservé la contre-valeur - 32'000 dollars - en espèces, déposée dans un coffre. Cette somme s'est ajoutée à d'autres économies, conservées de la même manière. Elle a ensuite déposé son capital auprès de Me Crausaz, lequel a effectué le virement en faveur du garage de Zoug. Elle a produit une quittance signée de Me Crausaz, au montant de 70'000 fr., reçu « à titre de dépôt », dépourvue de date.
La Cour de justice tient pour invraisemblable qu'une personne professionnellement qualifiée dans le domaine financier, telle la défenderesse, ait ainsi longuement thésaurisé la contre-valeur du véhicule censément vendu en Russie. A l'instar du premier juge, elle constate que le prix d'achat de 70'100 fr. a été couvert à concurrence de 35'000 fr. par un prêt du demandeur, reçu en espèces le 4 avril 2006, jour de la signature du contrat avec le garage. La Cour fonde son jugement sur les indices ci-après: le demandeur a présenté cette version-ci lors de son interrogatoire devant le Tribunal de première instance; il a prouvé par titre le prélèvement de 40'000 fr. ce même jour, auprès de la banque dont il est le directeur général; l'huissier de la banque, entendu en qualité de témoin, a déclaré que le demandeur l'a chargé de trouver un véhicule pour la défenderesse, que celle-ci lui a signalé ne pas pouvoir investir plus de 50'000 fr., et que le demandeur lui a ensuite précisé qu'au besoin, il compléterait le capital manquant par un prêt; l'huissier a remis le contrat d'achat non seulement à la défenderesse, mais aussi au demandeur alors que celui-ci n'y était pas partie; enfin, tous les témoins entendus ont déclaré avoir appris du demandeur, dans des circonstances diverses, que celui-ci avait prêté des fonds à la défenderesse.
Devant le Tribunal fédéral, celle-ci conteste la preuve du prélèvement de 40'000 fr. opéré par le demandeur le 4 avril 2006. Elle fait valoir que la pièce produite par son adverse partie, à l'audience du Tribunal de première instance, ne mentionne pas le nom du titulaire du compte ni celui de l'auteur du prélèvement. Néanmoins, il s'agit d'un document provenant de la banque que dirige le demandeur, relatif à une « opération de caisse », faisant était d'un retrait « en billet » (sic) de 40'000 francs. Il a été produit par le demandeur et aucun élément ne dénote que la somme aurait été retirée par une autre personne. L'appréciation de la Cour de justice, concernant la force probante de ce document, échappe donc au grief d'arbitraire.
Pour le surplus, la défenderesse souligne qu'il n'existe aucune preuve directe de la conclusion d'un contrat de prêt entre les parties, ni de la remise, par le demandeur, d'un montant de 35'000 fr. qu'elle aurait reçu en espèces le 4 avril 2006. Sans fournir aucune référence, elle affirme que les témoignages indirects sont « en principe non recevables en procédure civile ordinaire ». Elle fait état de diverses circonstances qui ne ressortent aucunement de la décision attaquée, telles que l'intérêt de la banque employeuse à ce que sa collaboratrice acquît un véhicule « présentable », ou les « démêlés judiciaires » qui ont divisé les parties dès la fin de la relation d'emploi. Rien de tout cela n'est de nature à révéler l'usage d'un moyen de preuve rigoureusement prohibé, ni une erreur indéniable dans l'appréciation de l'ensemble des preuves; cette argumentation est donc irrecevable au regard de l'art. 106 al. 2 LTF.
5. La défenderesse soutient que l'adverse partie n'a pas régulièrement allégué, devant le Tribunal de première instance, la remise de 35'000 fr. le 4 avril 2006; elle fait valoir que selon le mémoire introductif de l'action, le demandeur avait remis cette somme « en mai 2006 ». Elle se plaint d'une application arbitraire de l'art. 126 LPC gen. qui consacre, en droit de procédure civile genevois, l'obligation d'alléguer les faits au stade de l'instruction écrite.
Il est vrai que lors de l'administration des preuves, le demandeur s'est écarté de la version des faits qu'il avait présentée auparavant. Certains auteurs admettent cependant que si un fait pertinent se révèle au cours de l'interrogatoire des parties ou de l'audition des témoins, sans avoir été préalablement allégué dans les mémoires, le juge peut le prendre en considération à condition que les parties aient eu l'occasion de prendre position à son sujet (Bertossa/Gaillard/Guyet/Schmidt, Commentaire de la loi de procédure civile du canton de Genève, n° 5 ad art. 126 LPC). En l'occurrence, la défenderesse a pu déposer un mémoire complet après la clôture des mesures probatoires, intitulé « conclusions motivées »; elle s'y est exprimée en détail sur les nouvelles assertions du demandeur. Le grief d'arbitraire est donc, là aussi, privé de fondement.
6. La Cour de justice a constaté en fait que le montant de 35'000 fr. était remis à la défenderesse à titre de prêt. Il n'est donc pas nécessaire d'élucider l'objet du contrat par une interprétation des manifestations de volonté des parties. L'art. 18 al. 1 CO, qui régit cette interprétation et auquel la défenderesse se réfère également, se trouve ainsi hors de cause (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 611; <ref-ruling> consid. 3 p. 620, 129 III 664 consid. 3.1 p. 667).
7. Le recours se révèle en tous points mal fondé, dans la mesure où les griefs présentés sont recevables. A titre de partie qui succombe, son auteur doit acquitter l'émolument à percevoir par le Tribunal fédéral et les dépens auxquels l'autre partie peut prétendre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
2. La défenderesse acquittera un émolument judiciaire de 2'000 francs.
3. La défenderesse versera une indemnité de 2'500 fr. au demandeur, à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 19 mai 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La présidente: Le greffier:
Klett Thélin