Fatti:
A.
B._ e C._, rispettivamente quest'ultimo e A._, sono comproprietari di due quote di proprietà per piani, corrispondenti a due monolocali contigui situati al piano terreno del condominio "Residenza D._" che sorge sul fondo base part. yyy di X._. Il piano regolatore attualmente in vigore assegna il fondo alla zona residenziale estensiva R2.
B.
Nel corso del 2008, a seguito di forti temporali, i suddetti proprietari hanno completamente chiuso mediante delle vetrate i portici situati sul fronte sud davanti ai loro appartamenti. Constatato tale intervento e la mancanza di un'autorizzazione, con decisione del 1° settembre 2009 notificata a A._, il Municipio di X._ ha ordinato ai proprietari di presentare una domanda di costruzione a posteriori, come pure il calcolo dell'indice di sfruttamento e l'accordo della comunione dei comproprietari del condominio. Dopo avere ribadito vanamente a due riprese l'ordine, il 21 maggio 2010 il Municipio ha ordinato ai proprietari di rimuovere le vetrate, nel frattempo non approvate dall'assemblea dei comproprietari.
C.
Dopo una serie di atti che non occorre qui evocare, rilevato che i proprietari non avevano dato seguito alle disposizioni municipali, con decisione del 14 ottobre 2011 l'Esecutivo comunale ha ingiunto loro di rimuovere entro 60 giorni le vetrate in contestazione. Il provvedimento è stato confermato con risoluzione del 29 febbraio 2012 dal Consiglio di Stato, adito su ricorso degli interessati.
D.
Con sentenza del 13 giugno 2013 il Tribunale cantonale amministrativo ha respinto un ricorso dei proprietari contro la decisione governativa. Ha rilevato che l'intervento edilizio comportava un superamento dell'indice di sfruttamento massimo consentito e non poteva pertanto beneficiare di un permesso di costruzione. Ha quindi ritenuto giustificato e proporzionato il provvedimento di ripristino.
E.
I proprietari impugnano questa sentenza con un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo, in via principale, di annullarla e di imporre al Municipio di X._ l'avvio di una procedura edilizia in sanatoria. In via subordinata, chiedono che la causa sia rinviata alla Corte cantonale perché statuisca nuovamente dopo avere eseguito un sopralluogo ed assunto ulteriore documentazione del Comune. I ricorrenti fanno valere la violazione del diritto di essere sentiti, del divieto dell'arbitrio e del principio della proporzionalità.
F.
Non sono state chieste osservazioni sul merito del gravame, al quale il Giudice presidente ha conferito effetto sospensivo con decreto del 12 settembre 2013.

Diritto:
1.
Presentato tempestivamente contro una decisione finale dell'ultima istanza cantonale, che ha confermato l'ordine di ripristino emanato dal Municipio, il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile sotto il profilo degli art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d, 90 e 100 cpv. 1 in relazione con l'<ref-law>. I ricorrenti, che sono comproprietari degli appartamenti interessati dal provvedimento e hanno partecipato alla procedura dinanzi all'autorità inferiore, sono legittimati a ricorrere giusta l'<ref-law>.
2.
2.1. I ricorrenti rimproverano alla Corte cantonale di avere violato il loro diritto di essere sentiti e il divieto dell'arbitrio, per essersi rifiutata di eseguire un sopralluogo e di richiamare dal Comune di X._ tutti gli incarti concernenti eventuali domande di costruzione presentate dai condomini. Sostengono che tali prove avrebbero consentito sia di accertare nel dettaglio la situazione concreta dei portici, che non sarebbero chiusi completamente sui lati, sia di appurare eventuali ulteriori superamenti della superficie utile lorda (SUL) da parte di altri condomini, che avrebbero creato nei loro appartamenti dei soppalchi e posato vetrate analoghe a quelle litigiose.
2.2. Questa censura deve essere esaminata prioritariamente, poiché il diritto di essere sentito ha natura formale e la sua lesione comporta di regola l'annullamento della decisione impugnata, indipendentemente dalla fondatezza del gravame nel merito (<ref-ruling> consid. 2.2; <ref-ruling> consid. 2.2 e rinvii). La garanzia del diritto di essere sentito, sancito dall'<ref-law>, comprende tra l'altro il diritto per l'interessato di offrire mezzi di prova su punti rilevanti e di esigerne l'assunzione, di partecipare alla stessa e di potersi esprimere sulle relative risultanze, nella misura in cui possano influire sulla decisione. Tale diritto non impedisce tuttavia all'autorità cantonale di procedere a un apprezzamento anticipato delle prove richieste e di rinunciare ad assumerle, se è convinta che non possono condurla a modificare il suo giudizio. Nell'ambito di questa valutazione, le spetta un vasto margine di apprezzamento e il Tribunale federale interviene solo in caso di arbitrio (<ref-ruling> consid. 5.3; <ref-ruling> consid. 5.3; <ref-ruling> consid. 3). Né il principio inquisitorio, che regge il procedimento amministrativo, né l'art. 18 cpv. 1 della legge ticinese di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966 (LPamm) richiamato dai ricorrenti, che prevede tale principio, impediscono all'autorità di procedere all'apprezzamento anticipato delle prove richieste (cfr. Borghi/ Corti, Compendio di procedura amministrativa ticinese, 1997, n. 1a e b all'art. 18).
2.3. La Corte cantonale ha statuito sulla base dei documenti di causa, rilevando che la situazione dei luoghi e dell'oggetto della controversia risulta con sufficiente chiarezza dai piani e dalle fotografie agli atti. I ricorrenti sostengono, genericamente, che il sopralluogo consentirebbe di appurare dettagliatamente le caratteristiche dei portici, non completamente chiusi lateralmente. Tuttavia, la conformazione delle terrazze che danno sul giardino e la chiusura di quelle dei ricorrenti mediante le vetrate risultano effettivamente dalle fotografie e dai piani agli atti, ai quali fanno peraltro riferimento gli stessi ricorrenti, che si limitano a rilevare come le pareti portanti delle unità abitative non si prolunghino fino al limite del giardino. Il semplice fatto che i portici non siano chiusi lateralmente con delle pareti in muratura, non rende però manifestamente insostenibile l'accertamento della Corte cantonale, secondo cui quelli dei ricorrenti, essendo chiusi con le vetrate e direttamente collegati ai corrispondenti appartamenti, formano dei locali assimilabili a verande, che ampliano quindi la superficie destinata all'abitazione. Questo accertamento è anzi conforme agli atti e giustifica la decisione della precedente istanza di non esperire, in quanto superfluo, un sopralluogo.
La richiesta dei ricorrenti di richiamare ulteriori documenti dal Comune mira invece a dimostrare eventuali interventi abusivi commessi da altri condomini. Si tratta tuttavia di una circostanza irrilevante ai fini del giudizio, giacché, contrariamente a quanto sembrano ritenere, l'esistenza di pretesi abusi edilizi altrui non rende di per sé lecito quello in esame. La questione concerne semmai l'ipotesi di una parità di trattamento nell'illegalità, che la Corte cantonale ha tuttavia negato, spiegandone i motivi. Ha in particolare rilevato che non v'erano ragioni per riconoscere una prassi costante del Municipio di X._, dalla quale esso non sarebbe intenzionato a scostarsi, di autorizzare sistematicamente interventi edilizi non rispettosi dell'indice di sfruttamento. I ricorrenti non si confrontano puntualmente con questo aspetto e non fanno valere, con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF, che sarebbero date le condizioni poste dalla giurisprudenza per ammettere eccezionalmente una parità di trattamento nell'illegalità (cfr., al riguardo, <ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 5.6; <ref-ruling> consid. 9 pag. 44). Nelle esposte circostanze, i giudici cantonali, rifiutandosi di assumere le prove addotte dai ricorrenti, irrilevanti ai fini del giudizio, non hanno quindi violato né il loro diritto di essere sentiti né il divieto dell'arbitrio.
3.
3.1. I ricorrenti fanno valere l'applicazione arbitraria degli art. 43 cpv. 1 della legge edilizia cantonale, del 13 marzo 1991 (LE) e 46 del relativo regolamento di applicazione, del 9 dicembre 1992 (RLE). Sostengono che la Corte cantonale non avrebbe potuto avallare il provvedimento di ripristino senza preliminarmente ordinare l'avvio di una procedura volta al rilascio di una licenza edilizia in sanatoria.
3.2. L'arbitrio, vietato dall'<ref-law>, è ravvisabile quando la decisione impugnata risulta manifestamente insostenibile, in contraddizione palese con la situazione effettiva, gravemente lesiva di una norma o di un chiaro principio giuridico, o in contrasto intollerabile con il sentimento di giustizia e di equità. La decisione deve inoltre essere arbitraria nel suo risultato e non solo nella sua motivazione. Non risulta per contro arbitrio dal semplice fatto che anche un'altra soluzione potrebbe entrare in linea di conto o sarebbe addirittura preferibile (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 2.4 e rinvii).
3.3. Secondo l'art. 43 cpv. 1 LE, il Municipio ordina la demolizione o la rettifica delle opere eseguite in contrasto con la legge, i regolamenti edilizi o i piani regolatori, tranne il caso in cui le differenze siano minime e senza importanza per l'interesse pubblico. L'art. 46 RLE prevede che le violazioni formali della legge sono sanate mediante licenza posteriore, riservata la procedura di contravvenzione.
La Corte cantonale ha riconosciuto che di regola l'accertamento dell'esistenza e dei limiti della violazione deve essere esperito nell'ambito di una procedura edilizia in sanatoria. Ha nondimeno rilevato che, in virtù dei principi dell'economia processuale e del divieto del formalismo eccessivo, si può prescindere da tale procedura quando la violazione materiale è già stata precedentemente acclarata, quando il proprietario si rifiuta di dare seguito all'ordine di presentare una domanda di costruzione in sanatoria, oppure quando il contrasto insanabile con il diritto materiale è palese. In concreto, la Corte cantonale ha spiegato puntualmente per quali ragioni l'incremento della SUL, determinata dagli spazi formati con la chiusura della terrazza mediante le vetrate, comportava un superamento dell'indice di sfruttamento massimo. Ciò in base sia alle disposizioni pianificatorie comunali attualmente in vigore sia a quelle vigenti al momento della relativa realizzazione. La Corte cantonale non ha quindi ravvisato semplicemente una violazione formale della legge, ma ha esposto i motivi per cui l'intervento edilizio comportava una violazione materiale delle norme edilizie applicabili e non poteva quindi essere autorizzato. Ha peraltro rilevato che i proprietari non avevano mai manifestato l'intenzione di avviare una procedura edilizia in sanatoria, nonostante l'ordine in tal senso già precedentemente impartito dal Municipio perlomeno ad uno di loro.
I ricorrenti insistono semplicemente sul mancato svolgimento di una procedura edilizia in sanatoria, ma non si confrontano con la violazione del diritto materiale concretamente accertata dalla Corte cantonale. Adducono al riguardo argomentazioni di natura appellatoria, addebitando abusi edilizi anche ad altri condomini e sollevando dubbi generici circa l'esattezza della scheda del registro degli indici prodotta dal Municipio. Non mettono tuttavia seriamente in discussione gli accertamenti dei giudici cantonali, che hanno in particolare rilevato un sorpasso dell'indice di sfruttamento già al momento dell'approvazione del progetto di costruzione dell'immobile, la cui superficie superava di 4.80 m2 quella massima ammessa. Né tantomeno ne sostanziano l'arbitrio con una motivazione conforme agli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF. In tali circostanze, il semplice fatto che il contrasto con le norme edilizie non sia stato preliminarmente accertato nell'ambito di una procedura edilizia in sanatoria, non conduce di per sé a un risultato arbitrario. A maggior ragione, ove si consideri che nonostante l'ingiunzione del Municipio nei confronti di un comproprietario, i ricorrenti non hanno dato avvio a tale procedura.
4.
4.1. Essi ritengono infine l'ordine di ripristino lesivo del principio della proporzionalità, siccome l'intervento eseguito sarebbe poco invasivo e destinato a proteggere dalle intemperie anche le parti comuni del condominio, tutelando quindi pure gli interessi degli altri comproprietari. Sostengono che i lavori sarebbero stati necessari per conservare il valore dell'immobile, in conformità con le disposizioni del CC sulla proprietà per piani, che l'incremento della SUL sarebbe esiguo e che già ora i portici sarebbero parzialmente aperti sui lati.
4.2. Sollevando questa censura i ricorrenti si scostano dai fatti accertati dalla Corte cantonale, non inficiati d'arbitrio e pertanto vincolanti per il Tribunale federale (<ref-law>). Adducendo che i portici non sarebbero prevalentemente chiusi, i ricorrenti disattendono l'accertamento secondo cui la posa delle vetrate ha comportato la chiusura totale del portico sul fronte sud, formando spazi direttamente collegati ai retrostanti appartamenti, assimilabili a verande. Sottolineando che la superficie di tali spazi sarebbe limitata, i ricorrenti omettono poi di considerare che, secondo quanto stabilito dalla Corte cantonale, l'area abitabile dei monolocali risulta comunque aumentata di circa il 25 %. D'altra parte, la pretesa giustificazione dell'intervento sotto il profilo delle disposizioni del CC in materia di proprietà fondiaria e per piani, esula dall'oggetto del litigio, che concerne la conformità dell'opera al diritto edilizio cantonale e comunale. Laddove poi sostengono che le contestate vetrate tutelerebbero gli interessi di tutti i condomini, i ricorrenti non considerano la deliberazione negativa dell'assemblea dei comproprietari. Per quali ragioni, alla luce dei fatti effettivamente accertati, il provvedimento adottato dall'autorità eccederebbe i limiti dell'indispensabile non è quindi dato di vedere, né i ricorrenti lo spiegano.
5.
Ne segue che il ricorso deve essere respinto nella misura della sua ammissibilità. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza e sono pertanto poste a carico dei ricorrenti (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili all'opponente, che non è patrocinata da un avvocato e non è stata invitata a presentare una risposta sul merito del gravame.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1.
Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2.
Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3.
Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Municipio di X._, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.