Sachverhalt:
A. X._ (nachfolgend: Beschwerdeführer) vertrat als unentgeltlicher Rechtsbeistand Y._ im erstinstanzlich vor dem Gerichtspräsidium Z._ und zweitinstanzlich vor dem Obergericht des Kantons Aargau, 5. Zivilkammer, durchgeführten Eheschutzverfahren gegen A._. Mit Eingabe vom 11. April 2008 beantragte er vor Obergericht für das erstinstanzliche Verfahren eine Entschädigung von Fr. 5'610.80 und für das zweitinstanzliche Verfahren eine solche in Höhe von Fr. 4'182.20. Mit Verfügung vom 5. Mai 2008 setzte der Präsident der 5. Zivilkammer des Obergerichts das Honorar für das erstinstanzliche Verfahren auf Fr. 3'458.80 und für das zweitinstanzliche Verfahren auf Fr. 2'467.35 fest.
B. Mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde vom 9. Juni 2008 beantragt der Beschwerdeführer dem Bundesgericht die Zusprechung der von ihm ursprünglich verlangten Entschädigung, eventualiter die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuem Entscheid.
Es sind keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht überprüft von Amtes wegen und mit freier Kognition seine Zuständigkeit bzw. die Zulässigkeit der ihm unterbreiteten Beschwerden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 117 mit Hinweisen).
1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid (Art. 75 Abs. 1, Art. 90 BGG), mit dem die Entschädigung eines unentgeltlichen Rechtsbeistands für das kantonale Verfahren festgesetzt wird. Der Rechtsanwalt, der ein Mandat als unentgeltlicher Rechtsbeistand übernimmt, tritt zum Staat in ein Verhältnis ein, das vom kantonalen öffentlichen Recht bestimmt ist (dazu <ref-ruling> E. 2 S. 337 f.). Der Entscheid über dessen Entschädigung ist mithin öffentlich-rechtlicher Natur. Wenn jedoch - wie hier - der Rechtsanwalt in einem Zivilverfahren eingesetzt wird, ist die seine Entschädigung festlegende Verfügung als i.S.v. <ref-law> unmittelbar mit Zivilrecht in Zusammenhang stehender öffentlich-rechtlicher Entscheid zu betrachten und unterliegt grundsätzlich der Beschwerde in Zivilsachen (Urteil 5D_145/2007 vom 5. Februar 2008 E. 1.1).
1.2 Die angefochtene Verfügung ist selbständig ergangen; ein (verfahrensmässiger) Bezug zum Hauptverfahren besteht nicht. Es ist hier folglich von einer vermögensrechtlichen Angelegenheit auszugehen. Da der Streitwert weniger als Fr. 30'000.-- beträgt und keine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung geltend gemacht wird, ist die vorliegende Beschwerde, wie beantragt, als subsidiäre Verfassungsbeschwerde entgegenzunehmen (<ref-law>).
1.3 Zur Verfassungsbeschwerde berechtigt ist, wer am kantonalen Verfahren teilgenommen und ein rechtlich geschütztes Interesse an der Aufhebung oder Änderung des angefochtenen Entscheids hat (<ref-law>). Der amtlich bestellte Rechtsanwalt wird für seine Bemühungen direkt vom Staat entschädigt und ist insbesondere nicht befugt, sich von der durch ihn verbeiständeten Partei eine zusätzliche Entschädigung auszahlen zu lassen (<ref-ruling> E. 3b S. 325). Somit hat der Beschwerdeführer ein eigenes rechtlich geschütztes Interesse an der Abänderung der obergerichtlichen Verfügung (Urteil 5D_145/2007 vom 5. Februar 2008 E. 1.3). Auf seine Beschwerde ist auch aus dieser Sicht einzutreten.
1.4 Mit der Verfassungsbeschwerde kann die Verletzung verfassungsmässiger Rechte gerügt werden (<ref-law>). Das Bundesgericht prüft die Verletzung von Grundrechten nur insofern, als eine Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 117 i.V.m. <ref-law>). Das bedeutet, dass - entsprechend den altrechtlichen Begründungsanforderungen von Art. 90 Abs. 1 lit. b OG - klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 6 S. 397).
2. 2.1 Der Beschwerdeführer rügt zunächst, das Obergericht habe willkürlich angenommen, im zugrundeliegenden Eheschutzverfahren seien zwar unübliche Leistungen bzw. unüblicher Aufwand betrieben worden, dabei habe es sich jedoch um nicht mit dem Verfahren zusammenhängenden Aufwand gehandelt. Der getätigte, vor allem telefonische Aufwand habe seinen Ursprung in den sich stetig ändernden Verhältnissen gehabt.
2.2 Das Obergericht erwog, dass telefonische Kontakte in dieser Häufigkeit jedenfalls dann den Rahmen des objektiv notwendigen Aufwands bei Weitem sprengten, wenn - wie vorliegend - auf Staatskosten prozessiert werde. Es sei die Aufgabe des Rechtsvertreters, die Klientschaft darauf hinzuweisen, dass die unentgeltliche Rechtsvertretung nur die Kosten der objektiv notwendigen Vertretung umfasse.
2.3 Der Beschwerdeführer geht auf die wiedergegebene Argumentation der Vorinstanz mit keinem Wort ein, sondern beschränkt sich darauf, seinen Standpunkt zu wiederholen. Damit übt er appellatorische und damit unzulässige Kritik an der angefochtenen Verfügung. Im Übrigen ergibt sich weder aus der Beschwerdeschrift noch aus dem angefochtenen Entscheid, dass der Beschwerdeführer vorinstanzlich bereits geltend gemacht hat, der übermässige Telefonverkehr sei durch sich ständig wechselnde Verhältnisse bewirkt worden; damit bedient sich der Beschwerdeführer eines neuen und folglich unzulässigen Argumentes (<ref-law>).
2.4 Auf diese Rüge ist folglich nicht einzutreten.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer bemängelt weiter, dass das Obergericht in seiner bisherigen Rechtsprechung kaum definiert habe, was ein durchschnittliches Verfahren umfasse. Vorliegend hätten jedenfalls Unterlagen gewürdigt und mit der Klientin diskutiert werden müssen, ohne dass dies zu einer zuschlagsberechtigenden Eingabe an das Gericht geführt habe.
3.2 Diesem Einwand ist entgegenzuhalten, dass das Obergericht den behaupteten überdurchschnittlichen Aufwand durchaus berücksichtigt hat: Es hat dem Beschwerdeführer unter diesem Titel ausdrücklich einen Zuschlag von 20% zum Grundhonorar für die erste Instanz gewährt, ungeachtet dessen, dass dieser Mehraufwand nicht mit einer zusätzlichen Eingabe verbunden war. Damit hat das Obergericht zwar den gesamthaft geltend gemachten Mehraufwand nicht vollumfänglich berücksichtigt. Weil auf die dagegen gerichtete Rüge nicht eingetreten werden kann (s. oben, E. 2.4), ist dies jedoch ohne Belang. Damit ist gleichzeitig dargetan, dass das Obergericht den Begriff des durchschnittlichen Verfahrens negativ definiert hat: Es ist das Verfahren, in welchem sich keine besonderen Fragen stellen und sich folglich keine Zuschläge aufdrängen.
3.3 Diese Rüge erweist sich folglich als unbegründet.
4. 4.1 Der Beschwederführer anerkennt zwar, dass es sich beim Honorar des unentgeltlichen Rechtsvertreters in Zivilsachen nicht um ein Zeithonorar handelt. Dennoch vertritt er die Auffassung, dass in vielen Fällen anhand eines Aufwandblattes geprüft werden müsse, ob das Grundhonorar auch zu einer angemessenen Entschädigung führe.
4.2 Diese Kritik des Beschwerdeführers ist mit der Natur des Pauschalhonorars nicht vereinbar. Bei diesem ist der Grundbetrag grundsätzlich unabhängig vom konkreten Zeitaufwand, dafür gemessen an den konkret zur Beurteilung anstehenden Fragen festzusetzen. Richtig ist zwar, dass der effektive Zeitaufwand lediglich, aber immerhin im Rahmen des Tarifansatzes zu berücksichtigen ist (Urteil 5P.298/2006 vom 16. Januar 2007 E. 5.5.2 mit Hinweis auf Lorenz Höchli, Das Anwaltshonorar, 1991, S. 43). Das vom Anwalt eingereichte Aufwandblatt hat jedoch nicht die Bedeutung, die der Beschwerdeführer ihm beimisst: Andernfalls hätte es der Parteivertreter in der Hand, durch das Aufschreiben einer übermässigen Anzahl Stunden auf die Festsetzung des Grundhonorars Einfluss zu nehmen. Die Berücksichtigung des Aufwands erfolgt beim Pauschalhonorar in Form von gezielten Ab- und Zuschlägen, wenn und soweit die entsprechenden Voraussetzungen erfüllt sind. So ist vorliegend denn auch der obergerichtliche Kammerpräsident vorgegangen: Er hat zu Gunsten des Beschwerdeführers einen überdurchschnittlichen Aufwand insbesondere im Zusammenhang mit dem streitigen Besuchsrecht vor erster Instanz angenommen und das praxisgemäss geltende Grundhonorar von Fr. 2'500.-- um 20% erhöht (s. oben, E. 3.2).
4.3 Damit erweist sich die Willkürrüge als unbegründet.
5. 5.1 Schliesslich verweist der Beschwerdeführer auf <ref-ruling> und das ihn selbst betreffende Urteil 5D_145/2007 vom 5. Februar 2008 und vertritt die Auffassung, auch in einem Zivilverfahren müsse das für den unentgeltlichen Rechtsvertreter festzusetzende Honorar anhand des benötigten Aufwands dahin überprüft werden, ob es ein Stundenhonorar von Fr. 180.-- gewährleiste. Er rügt in diesem Zusammenhang eine Verletzung des Willkürverbots sowie der Wirtschaftsfreiheit (<ref-law>).
5.2 Diese Rüge leidet an demselben Mangel wie die vorhergehende Rüge: Der Beschwerdeführer kann sich nicht auf einen Zeitaufwand berufen, den das Obergericht ausdrücklich und willkürfrei als überrissen verworfen hat. Die im Aufwandblatt angegebene Anzahl Stunden ist folglich keine taugliche Grundlage für eine Überprüfung des vom Beschwerdeführer geltend gemachten Stundenansatzes. Vielmehr beruhen seine Berechnungen auf einer anderen Grundlage als derjenigen, von welcher die angefochtene Verfügung ausgeht.
5.3 Auch auf diese Rüge ist damit nicht einzutreten.
6. Im Ergebnis ist die Verfassungsbeschwerde abzuweisen, soweit auf sie eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfassungsbeschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer und dem Obergericht des Kantons Aargau, Zivilgericht, 5. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 16. Januar 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Rapp