Sachverhalt:
A. In der von Kanton und Stadt Zürich für Steuerforderungen gegen die X._ AG eingeleiteten Betreibung Nr. 139384 des Betreibungsamtes Zürich 6 erteilte das Bezirksgericht Zürich mit Urteil vom 10. Januar 2012 für Fr. 37'154.-- nebst 4,5 % seit 27. September 2011, für Fr. 1'257.05 und für Fr. 357.60 definitive Rechtsöffnung.
B. Am 30. Januar 2012 erhob die X._ AG dagegen eine Beschwerde, auf welche das Obergericht des Kantons Zürich mit Beschluss vom 27. Februar 2012 nicht eintrat mit der Begründung, diese sei verspätet.
C. Gegen den obergerichtlichen Beschluss erhob die X._ AG am 30. März 2012 eine Beschwerde in Zivilsachen mit den Begehren um dessen Aufhebung und Rückweisung der Sache an das Obergericht, eventualiter um Entscheid in der Sache selbst und Abweisung des Rechtsöffnungsbegehrens. Mit undatiertem Stempel hat das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet. Das Steueramt liess nicht von sich hören.

Erwägungen:
1. Das Obergericht hat gestützt auf das in der Gerichtsurkunde (GU) vermerkte Empfangsdatum erwogen, der erstinstanzliche Entscheid sei entgegen der Behauptung in der Beschwerde am 17. Januar 2012 zugestellt worden, womit die zehntägige Beschwerdefrist am 27. Januar 2012 (Freitag) abgelaufen und die am 30. Januar 2012 (Montag) der Post übergebene Beschwerde verspätet sei.
Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass die hierzu bevollmächtigte A._ die GU am 18. Januar 2012 in Empfang genommen, aber aus Versehen die Empfangsbestätigung der Gerichtsurkunde mit dem Datum des Vortages versehen habe. Die Beschwerdefrist sei deshalb erst am 28. Januar 2012 (Samstag) abgelaufen und habe sich auf den 30. Januar 2012 (Montag) erstreckt, womit die Beschwerde rechtzeitig eingereicht worden sei.
Als Beweis legt die Beschwerdeführerin je eine schriftliche Erklärung von A._ (wonach sie am 18. Januar 2012 um 8 Uhr das Postfach bei der Sihlpost geleert und die GU in Empfang genommen habe) und von B._ (wonach sie am 17. Januar 2012 um 8 Uhr das genannte Postfach geleert und keine GU in Empfang genommen habe) sowie eine Sendungsverfolgung für die GU mit der Nummer xxx vor, aus welcher sich ergibt, dass die Sendung am 17. Januar 2012 um 10:22 Uhr ins Postfach avisiert und am 18. Januar 2012 um 08:02 Uhr via Postfach zugestellt wurde. Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass es sich dabei um Dokumente handle, zu deren Vorlage erst der angefochtene Beschluss Anlass gegeben habe (<ref-law>).
2. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer Rechtsöffnungssache mit Fr. 30'000.-- übersteigendem Streitwert, womit die Beschwerde in Zivilsachen offen steht (Art. 72 Abs. 2 lit. a, Art. 74 Abs. 1 lit. b, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG), zumal die kantonalen Rechtsmittel insofern ausgeschöpft sind, als die Revision gemäss <ref-law> einen rechtskräftigen Entscheid voraussetzt und im Übrigen zweifelhaft erscheint, ob mit dem Track-&-Trace-Beleg im Sinn von <ref-law> nachträglich erhebliche Tatsachen in Erfahrung gebracht oder entscheidende Beweismittel gefunden wurden. Es liegt näher, den Track-&-Trace-Beleg als Dokument anzusehen, zu dessen Einreichung erst der Nichteintretensentscheid Anlass gegeben hat (<ref-law>), durfte doch die Beschwerdeführerin aufgrund ihrer - mangels Vernehmlassung unbestritten gebliebenen - Sachverhaltsdarstellung (tatsächliche Inempfangnahme der GU am 18. Januar 2012) davon ausgehen, dass ihre Beschwerde rechtzeitig war; insbesondere konnte sie aufgrund ihrer Sachverhaltsdarstellung, wonach die beauftragte Mitarbeiterin auf der GU aus Versehen den Vortag als Empfangsdatum angegeben hatte, nicht von sich aus auf die Idee kommen, dass sie bereits im Zusammenhang mit der Beschwerdeführung den Sachverhalt speziell erklären und auf die Track-&-Trace-Erfassung aufmerksam machen müsste.
3. Aufgrund des Gesagten darf die nachgereichte Sendungsverfolgung für die GU als zulässiges neues Beweismittel im Sinn von <ref-law> angesehen werden. Daraus ergibt sich mit hoher Plausibilität, dass die Sachverhaltsdarstellung der Beschwerdeführerin zutrifft, bedeutet doch "avisiert ins Postfach", dass eine Abholungseinladung ins Postfach gelegt wurde, mit welcher die eingeschriebene Sendung abgeholt werden kann, was offenbar am 18. Januar 2012 geschah und mit "zugestellt via Postfach" registriert wurde.
In rechtlicher Hinsicht ist klar, dass die GU nicht bereits mit der Avisierung, sondern erst mit ihrer Entgegennahme als fristauslösend zugestellt gilt (<ref-law>). In tatsächlicher Hinsicht ist indes nicht gänzlich ausgeschlossen, dass es sich anders verhalten haben könnte, als von der Beschwerdeführerin vorgetragen. Indes trifft das Bundesgericht selbst keine Nachforschungen über den wirklichen Sachverhalt. Hierzu ist vielmehr das Obergericht, welches die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen abzuklären hat, im Rahmen der Rückweisung berufen, soweit es die ins Recht gelegte Sendungsverfolgung anzweifeln sollte.
4. Zusammenfassend ergibt sich, dass der angefochtene Beschluss aufzuheben und die Sache zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückzuweisen ist.
Obwohl die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht durchdringt, hat sie ihre Vertretungskosten selbst zu tragen (<ref-law>), denn gemäss ihrer Darstellung beruht die Notwendigkeit der Rechtsverfolgung vor Bundesgericht auf einem eigenen Versehen. Zwar hat sie in ihrer kantonalen Beschwerde festgehalten, dass die Sendung am 18. Januar 2012 in Empfang genommen worden sei. Das Obergericht durfte aber auf das in der GU eingetragene Empfangsdatum abstellen und war nicht gehalten, von sich aus eine Sendungsverfolgung einzuholen. Immerhin rechtfertigt es sich aber angesichts der besonderen Umstände, auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. In Gutheissung der Beschwerde in Zivilsachen wird der Beschluss des Obergerichts Zürich vom 27. Februar 2012 aufgehoben und die Sache im Sinn der Erwägungen zur neuen Entscheidung an das Obergericht zurückgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juni 2012
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Escher
Der Gerichtsschreiber: Möckli