Art. 4 aBV (Verkehrsbeschränkung), hat sich ergeben:
A.- A.Y._ und B.Y._ sowie C.Y._ sind Miteigentümer (Stockwerkeigentum) einer Villa mit drei Wohnungen in der Gemeinde Sils im Engadin. Das Ferienhaus liegt an der Fexerstrasse zum Val Fex rund 400 m hinter dem Parkplatz Laret, welcher 1995 aufgehoben wurde.
Gemäss Art. 12 und 13 des kommunalen Reglementes vom 1. Mai 1980 über das Befahren von Gemeindestrassen und -wegen und von Gemeindeboden durch Motorfahrzeuge (Verkehrsreglement) dürfen Eigentümer von Ferienhäusern im Fextal die Fexerstrasse ab dem Parkplatz Laret nur während der Zwischensaison (mit Bewilligung) frei befahren, wogegen während der Sommersaison (Mitte Juni bis Mitte Oktober) und in der Wintersaison (Mitte Dezember bis Ende April) zeitliche Beschränkungen bestehen.
Mit Schreiben vom 23. September 1988 ersuchte der Vorstand der Gemeinde Sils i.E./Segl die Regierung des Kantons Graubünden um Übernahme der Fexerstrasse als kantonale Verbindungsstrasse. In der am 5. Juni 1989 verabschiedeten Botschaft der Regierung an den Grossen Rat des Kantons Graubünden wurde festgehalten, dass der Motorfahrzeugverkehr auf der Fexerstrasse bis dahin beschränkt und in einem Gemeindereglement näher geregelt sei. Mit Grossratsbeschluss vom 28. September 1989 wurde die Fexerstrasse vom Dorfplatz in Segl Maria bis zur Kirche Fex in Crasta als kantonale Verbindung anerkannt. Die Regierung wurde beauftragt, diesen Beschluss im Benehmen mit der Gemeinde zu vollziehen. Das bestehende allgemeine Fahrverbot wurde auf ein entsprechendes Gesuch der Gemeinde vom 1. Juli 1991 mit Verfügung des Justiz-, Polizei- Sanitätsdepartementes Graubünden vom 10. Oktober 1991 in ein Verbot für Motorwagen, Motorräder und Motorfahrräder umgewandelt. Ein Vollzugsbeschluss der Regierung zur Übernahme der Fexerstrasse als kantonale Verbindungsstrasse erfolgte indessen nicht. Der Gemeindevorstand von Sils fasste in der Folge am 7. September 1998 den Beschluss, auf das seinerzeitige Übernahmegesuch vom 23. September 1988 zurückzukommen und das Eigentum an der Fexerstrasse zu behalten. Mit Botschaft vom 20. Oktober 1998 beantragte die Regierung dem Grossen Rat die Aberkennung der Fexerstrasse als kantonale Verbindungsstrasse. Der Grosse Rat stimmte diesem Antrag am 31. März 1999 zu.
B.- A.Y._ und B.Y._ sowie C.Y._ stellten am 30. Oktober 1997 beim Gemeindevorstand das Gesuch, ihnen eine zeitlich nicht begrenzte Zufahrt zu ihren Liegenschaften zu bewilligen bzw. nach Verkehrsreglement zu gestatten, eventuell sei dieses Zufahrtsrecht auf je einen Wagen je Stockwerkeinheit zu beschränken. Zur Begründung machten sie im Wesentlichen geltend, die Aufhebung des Parkplatzes Laret und das Verbot für Motorwagen, Motorräder und Motorfahrräder auf dem rund 800 m langen und 70 Höhenmeter überwindenden Streckenabschnitt vom Dorfplatz zum Parkplatz Laret stelle für sie eine wesentliche Einschränkung ihrer Bewegungsfreiheit dar, könnten sie doch während der Sperrzeiten weder ihr Haus erreichen noch in die Nähe desselben fahren. Die Entfernung vom 1995 von der Gemeinde Sils i.E./ Segl erstellten Parkplatz bis zu ihrem Ferienhaus betrage sogar 1'600 m bei einem Höhenunterschied von 80 m.
Die Gemeinde Sils i.E./Segl wies das Gesuch am 17. Dezember 1997 ab. C.- Gegen diesen Entscheid erhoben die Geschwister Y._ Rekurs beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. Mit Entscheid vom 2. Februar 1999 hiess das Verwaltungsgericht den Rekurs in Bezug auf die von der Gemeinde erhobene Behandlungsgebühr gut; soweit weitergehend, wies es den Rekurs ab.
D.- Dagegen haben die Geschwister Y._ mit Eingabe vom 14. April 1999 beim Bundesgericht staatsrechtliche Beschwerde erhoben. Sie beantragen, den Entscheid des Verwaltungsgerichts, soweit die Verkehrsbeschränkung betreffend, aufzuheben.
Die Gemeinde Sils i.E./Segl und das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden beantragen, die staatsrechtliche Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Graubünden ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid, gegen den auch im Bund kein anderes Rechtsmittel zur Verfügung steht. Die staatsrechtliche Beschwerde ist somit zulässig (Art. 84 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 86 Abs. 1 und Art. 87 OG).
b) Die Beschwerdeführer, denen die freie Zufahrt zu ihrer Liegenschaft verwehrt ist, sind zur Erhebung der staatsrechtlichen Beschwerde legitimiert (Art. 88 OG; vgl. ZBl 96/1995 S. 508 E. 3b)).
c) Die staatsrechtliche Beschwerde muss die wesentlichen Tatsachen und eine kurzgefasste Darlegung darüber enthalten, welche verfassungsmässigen Rechte bzw. welche Rechtssätze inwiefern durch den angefochtenen Entscheid verletzt worden sind (Art. 90 Abs. 1 lit. b OG). Das Bundesgericht untersucht nicht von Amtes wegen, ob ein kantonaler Hoheitsakt verfassungswidrig ist, sondern prüft nur rechtsgenügend vorgebrachte und, soweit möglich, belegte Rügen (<ref-ruling> E. 2 S. 3/4; <ref-ruling> E. 1d S. 201). Der Beschwerdeführer hat sich mit der Begründung im angefochtenen Entscheid im Einzelnen auseinander zu setzen und zu erklären, welches geschriebene oder ungeschriebene verfassungsmässige Individualrecht verletzt worden sein soll. Auf bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. b). Wird eine Verletzung des Willkürverbots geltend gemacht, kann der Beschwerdeführer sich nicht damit begnügen, den angefochtenen Entscheid einfach als falsch oder willkürlich zu bezeichnen und ihm seine Sicht der Dinge gegenüberzustellen; er hat vielmehr anhand der angefochtenen Subsumtion im Einzelnen darzulegen, inwiefern der Entscheid an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 4b S. 11/12).
Soweit die vorliegende Beschwerde diesen Begründungsanforderungen nicht genügt, ist darauf nicht einzutreten.
2.- Die Beschwerdeführer beantragen die Durchführung eines Augenscheins.
Die Durchführung eines Augenscheins ist dann notwendig, wenn der für den bundesgerichtlichen Entscheid relevante Sachverhalt aus dem Schriftenwechsel und den übrigen Akten nicht genügend klar hervorgeht, was für den vorliegenden Fall nicht zutrifft.
3.- a) Die Beschwerdeführer berufen sich auf die persönliche Freiheit.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung schützt das - im Zeitpunkt des angefochtenen Entscheides noch ungeschriebene; vgl. nunmehr <ref-law> - Verfassungsrecht der persönlichen Freiheit als zentrales Freiheitsrecht und verfassungsrechtlicher Leitgrundsatz nicht nur die Bewegungsfreiheit und die körperliche Integrität, sondern darüber hinaus alle Freiheiten, die elementare Erscheinungen der Persönlichkeitsentfaltung darstellen. Die persönliche
Freiheit schützt den Bürger in seiner persönlichen Entfaltungsmöglichkeit und der ihm eigenen Fähigkeit, eine gewisse tatsächliche Begebenheit zu würdigen und danach zu handeln.
Das Bundesgericht hat wiederholt zum Ausdruck gebracht, dass nicht jeder beliebige Eingriff in den persönlichen Bereich des Bürgers die Berufung auf das ungeschriebene Grundrecht rechtfertige; namentlich habe die persönliche Freiheit nicht die Funktion einer allgemeinen Handlungsfreiheit, auf die sich der einzelne gegenüber jedem staatlichen Akt, der sich auf seine Lebensgestaltung auswirkt, berufen könne, und schütze daher nicht vor jeglichem physischen oder psychischen Missbehagen. Daher ist eine Grenzziehung des Schutzbereichs der persönlichen Freiheit notwendig und im Einzelfall angesichts von Art und Intensität der Beeinträchtigung zu suchen (<ref-ruling> E. 2a S. 86 f., mit Hinweisen).
Während der Sommersaison ist es den Beschwerdeführern durch die streitige Verkehrsbeschränkung verwehrt, die Fraktionsstrasse zwischen 09.00 Uhr und 17.00 Uhr zu befahren; während der Wintersaison besteht das Verbot zwischen 10.00 Uhr und 16.00 Uhr.
Die Möglichkeit des jederzeitigen Zugangs zur eigenen Ferienwohnung mit dem Auto kann nicht als elementare Erscheinung der Persönlichkeitsentfaltung angesehen werden; die streitige Verkehrsbeschränkung tangiert daher den Schutzbereich der persönlichen Freiheit nicht. Soweit sich die Beschwerdeführer auf die persönliche Freiheit berufen, erweist sich die staatsrechtliche Beschwerde als unbegründet.
b) Die Beschwerdeführer berufen sich ferner auf Art. 8 Ziff. 1 EMRK. Danach hat jedermann Anspruch auf Achtung seines Privatlebens. Diese Garantie deckt sich im hier zu beurteilenden Bereich mit derjenigen der persönlichen Freiheit und geht nicht darüber hinaus (vgl. <ref-ruling> E. 2c S. 87 f.). Soweit sich die Beschwerdeführer auf diese Bestimmung berufen, erweist sich die staatsrechtliche Beschwerde ebenfalls als unbegründet.
c) Inwieweit die fragliche Zufahrtsbeschränkung den Schutzbereich von Art. 5 EMRK (Recht auf Freiheit und Sicherheit) tangieren soll, wird nicht in einer den Begründungsanforderungen von Art. 90 OG genügenden Art dargelegt und ist im Übrigen auch nicht ersichtlich.
4.- Die Beschwerdeführer machen eine Verletzung der Eigentumsgarantie geltend. Ob die zeitliche Beschränkung der Zufahrtsmöglichkeiten überhaupt im Schutzbereich der im hier noch massgebenden Art. 22ter aBV verankerten Eigentumsgarantie (vgl. <ref-law>) liegt, kann offen bleiben (vgl. Urteil des Bundesgerichts vom 14. Oktober 1994 i.S. B. Hotel AG, C., G. Garage AG und S. Hotel AG gegen Gemeinden St. Moritz und Celerina, in ZBl 96/1995 S. 508 E. 3d), da ein Eingriff in dieses Grundrecht jedenfalls gerechtfertigt wäre:
a)aa) Die Beschwerdeführer kritisieren, dass das fragliche Verbot für Motorwagen auf der Fexerstrasse nur mittels Gemeindevorstandsbeschluss, nicht aber mittels Gemeindeversammlungsbeschluss erlassen worden sei. Zudem sei die Gemeinde zum Erlass dieses Verbots gar nicht zuständig gewesen, da die Fexerstrasse eine kantonale Verbindungsstrasse sei.
Die Umwandlung des bestehenden "allgemeinen Fahrverbotes in beiden Richtungen" in ein Verbot für Motorwagen, Motorräder und Motorfahrräder wurde am 10. Oktober 1991 nicht durch den Gemeindevorstand, sondern auf dessen Antrag vom kantonalen Justiz-, Polizei- und Sanitätsdepartement verfügt. Damit stösst die Argumentation der Beschwerdeführer zum vornherein ins Leere; sie tun auch nicht dar, inwieweit der Gemeindevorstand nicht antragsberechtigt gewesen sein sollte.
Wie sich zudem aus den Akten ergibt, wurde der Grossratsbeschluss vom 28. September 1989, der die Fexerstrasse vom Dorfplatz Sils bis zur Kirche Fex in Crasta als kantonale Verbindung anerkannte, durch die Regierung nie vollzogen, was schliesslich dazu führte, dass der betreffende Beschluss im Jahre 1999 wiederum aufgehoben wurde. Demzufolge verblieb trotz formaler Ermächtigung der Regierung, die kantonale Widmung zu vollziehen, das Eigentum an der Strasse bei der Gemeinde. Damit kann nur das kommunale Verkehrsreglement, wie es 1980 erlassen wurde, als gesetzliche Grundlage eines allfälligen Eingriffs in die
Eigentumsgarantie in Frage kommen.
bb) Nach Art. 3 Abs. 2 des Strassenverkehrsgesetzes vom 19. Dezember 1958 (SVG; SR 741. 01) sind die Kantone befugt, für bestimmte Strassen Fahrverbote, Verkehrsbeschränkungen und Anordnungen zur Regelung des Verkehrs zu erlassen. Sie können diese Befugnis den Gemeinden übertragen.
Gemäss Art. 10 Abs. 1 der Graubündner Ausführungsverordnung vom 27. September 1977 zum Bundesgesetz über den Strassenverkehr (GAVzSVG) hat der Halter eines Motorfahrzeugs auf den für den Motorfahrzeugverkehr gesperrten Strassen das Recht auf freie Fahrt zu seinem Wohnsitz oder Geschäft. Die Gemeinden können weiter gehende Ausnahmen beschliessen, die sie unter Wahrung des Grundsatzes der rechtsgleichen Behandlung in einem Gemeindeerlass zu regeln haben (Art. 10 Abs. 4 GAVzSVG). Gestützt darauf erliess die Gemeinde Sils i.E./Segl das Reglement über das Befahren von Gemeindestrassen und -wegen und von Gemeindeboden durch Motorfahrzeuge vom 1. Mai 1980 (Verkehrsreglement), welches aus "Gründen des Natur- und Heimatschutzes, der Bewirtschaftung von Wald und Boden, welche den Bestrebungen der Gemeinde entsprechen" (Art. 1 des Reglementes), unter anderem den Verkehr auf so genannten Fraktionsstrassen, zu denen die Fexerstrasse vom Parkplatz Laret an gehört (Art. 8 des Reglementes) beschränkt. Von behördlichen oder notfallmässigen Dienstfahrten (Art. 11 des Reglementes) abgesehen, ist die Zufahrt auf den Fraktionsstrassen nur mit Bewilligung zulässig. Motorfahrzeughalter, die gemäss <ref-law> ihren Wohnsitz in den betreffenden Fraktionen genommen haben, dürfen ohne zeitliche Beschränkung verkehren. Personen, welche im Einzugsbereich der Fraktionsstrassen Eigentümer oder Miteigentümer eines Wohnhauses bzw. einer Wohnung sind, Hotel- und Pensionsangestellte von Gastwirtschaftsbetrieben im Val Fex, die in Sils wohnen, sowie auswärts wohnende Kinder, deren Eltern in den Fraktionen Wohnsitz haben, dürfen die Strassen von Mitte Juni bis Mitte Oktober nur zwischen 17.00 und 09.00 Uhr, von Mitte Dezember bis Ende April von 16.00 bis 10.00 Uhr, in der Zwischensaison zeitlich unbeschränkt benützen (Art. 12 und 13 des Reglementes).
Dieses Reglement wurde von der Gemeindeversammlung am 1. Mai 1980 genehmigt und vom Justiz- und Polizeidepartement des Kantons Graubünden am 23. Juli 1980 zur Kenntnis genommen. Es besteht demzufolge für die streitige Verkehrsanordnung eine genügende formell-gesetzliche Grundlage.
b) Die Beschwerdeführer rügen, die Verkehrsbeschränkung sei unverhältnismässig; das Verkehrsreglement gehe von der teilweise unzutreffenden und unerheblichen Fiktion aus, dass es sich beim Val Fex um eines der schönsten Alpentäler handle, das vor Zerstörung bewahrt werden müsse. Das Verbot der wenigen Autobewegungen der Anstösser und Eigentümer zum Schutze der Wanderer und sonstiger Touristen sei unhaltbar. Dieses Interesse könne nicht gleichgesetzt werden mit den Interessen des Natur- und Heimatschutzes. Das Interesse der Wanderer und sonstiger Touristen sei durch das Verkehrsreglement nicht geschützt.
Die Sperrung der Strasse während bestimmten Zeiten hat in der Tat nicht nur den Zweck, den Motorfahrzeugverkehr im Val Fex gesamthaft zu verringern, sondern ebenso die Fexerstrasse vor allem zu jenen Zeiten von Motorfahrzeugen freizuhalten, während derer sievonWanderernhäufigbenutztwird(unveröffentlichtesUrteildesBundesgerichtsvom23. Juni1994i. S.Z.c.GemeindeSilsi. E.,6S.42/1994). Auch der Erholungstourismus liegt - neben dem Natur- und Heimatschutz - im öffentlichen Interesse. Von einer willkürlichen und sachwidrigen Argumentation kann daher nicht die Rede sein.
Die Sperrzeiten sind zudem zur Erreichung dieses Ziels geeignet und gehen nicht zu weit, wird doch die Zufahrtsmöglichkeit für die Beschwerdeführer nicht gänzlich verboten, sondern lediglich zeitlich beschränkt. Insgesamt überwiegt das öffentliche Interesse an der streitigen Zufahrtsbeschränkung das private Interesse der Beschwerdeführer, jederzeit mit dem Auto zu ihrem Grundstück gelangen zu können.
5.- a) Die Beschwerdeführer rügen eine rechtsungleiche Behandlung von ständigen Bewohnern, Ferienaufenthaltern und Ferienhauseigentümern. So wie die ständigen Bewohner des Tals seien auch die Ferienaufenthalter auf die ständige Benutzung der Strasse angewiesen. Die Hotel- und Pensionsgäste seien zudem durch keinerlei Restriktionen oder Verkehrsbeschränkungen in ihrer Bewegungsfreiheit gehindert. Mit den Fahrzeugen des Hotels könnten sie zu jeder Tageszeit herumfahren oder sich herumfahren lassen. Schliesslich würden die Ferienhauseigentümer der Maiensässfraktionen in der Gemeinde in ihren Fahrten zu ihren Liegenschaften zeitlich nicht eingeschränkt.
Ob diese Rügen den Anforderungen an die Begründung einer staatsrechtlichen Beschwerde genügen, ist fraglich, kann aber offen gelassen werden. Wie das Bundesgericht in einem Entscheid aus dem Jahre 1994 festgehalten hat (unveröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 24. Juni 1994 i.S. Z. c. Gemeinde Sils i.E.; 6P.22/1994), kann der Aufenthalt zu Erholungszwecken nicht mit der Situation der ständigen Taleinwohner verglichen werden, die dort ihre Erwerbstätigkeit ausüben, einkaufen, die Kinder zur Schule schicken sowie ihre sozialen Interessen wahrnehmen müssen und darauf angewiesen sind, auf dem Gemeindegebiet, und insbesondere auf der Fexerstrasse, möglichst ungehindert verkehren zu dürfen. Dasselbe gelte für die Hotelbetriebe, deren Lebensgrundlage stark beeinträchtigt werde, wenn sie ihre Gäste nicht befördern dürften und deren Fahrdienste zweifellos dazu beitragen würden, das Verkehrseinkommen zu vermindern, da die Gäste nicht mit ihren eigenen Fahrzeugen anreisen könnten. Im Unterschied zu den ständigen Einwohnern ist es, wie das Bundesgericht im erwähnten Entscheid weiter ausführt, den Ferienhausbewohnern durchaus zumutbar, ihre Fahrten zu Einkaufs- und Freizeitzwecken während der Ferien auf die ausreichend bemessenen Stunden ausserhalb der Sperrzeiten zu verlegen. Die Beschwerdeführer suchen das Val Fex in erster Linie für Ferien und zur Erholung auf und unterscheiden sich dadurch in ihrer Situation entscheidend von jener der im Tal wohnhaften Familien. Dass das Gemeindereglement nur den gemäss <ref-law> Ansässigen eine zeitlich unbeschränkte Zufahrt gewährt, ist demnach sachlich begründet und verletzt die Rechtsgleichheit nicht. Inwiefern die Situation der Eigentümer von Häusern in den Maiensässfraktionen mit der Verkehrs- und Tourismuslage im Val Fex vergleichbar ist, wird nicht näher ausgeführt, weshalb darauf nicht einzutreten ist. Im Übrigen ist ohnehin davon auszugehen, dass sich auf den Maiensässen viel weniger Touristen, Wanderer und Pferdekutschen aufhalten, als im Tal, wo sich auch die Hotels und Verpflegungsstätten für die Wanderer befinden.
b) Die Beschwerdeführer rügen im Weiteren eine rechtsungleiche Behandlung durch die Grenzziehung, wonach die Fexerstrasse vom Parkplatz Laret an einwärts als Fraktionsstrasse erklärt wird. Der Parkplatz Laret stehe etwa 400 m vor ihrem Haus entfernt. Vom Dorfplatz Sils bis zum Parkplatz Laret stünden an der Fexerstrasse nebst dem Hotel Waldhaus eine ganze Reihe von Häusern, deren Zugang unbeschränkt möglich sei. Die Frage der Grenze sei demnach ohne sachlichen und vernünftigen Grund gewählt worden. Entweder sei ein Fahrverbot ab dem Dorfkern oder erst beim eigentlichen Eintritt ins Val Fex gerechtfertigt.
Auch diese Einwendungen vermögen eine rechtsungleiche Behandlung nicht darzutun. Jeder Grenzziehung haftet zwangsläufig etwas Willkürliches an, ohne dass deswegen eine rechtsungleiche Behandlung vorliegen würde; das gilt auch für den vorliegenden Fall.
6.- Die staatsrechtliche Beschwerde erweist sich damit als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Entsprechend dem Verfahrensausgang haben die Beschwerdeführer die bundesgerichtlichen Kosten zu tragen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153 a OG). Sie haben zudem die Gemeinde Sils i.E./Segl für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000. -- wird den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftbarkeit auferlegt.
3.- Die Beschwerdeführer haben die Gemeinde Sils i.E./ Segl unter Solidarhaft für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Gemeinde Sils i.E./Segl sowie dem Verwaltungsgericht (Kammer 1) des Kantons Graubünden schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 17. April 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: