Faits:
A. Les 22 avril et 31 mai 2005, A._ a été victime, sur son lieu de travail, de deux agressions successives commises par deux individus armés qui l'ont menacée de mort pour se faire remettre la recette de la station-service.
Le 19 octobre 2005, le vice-président du Tribunal de première instance de la République et canton de Genève a refusé d'octroyer le bénéfice de l'assistance juridique à A._.
B. Par arrêt du 28 juin 2006, la Cour correctionnelle de la République et canton de Genève (ci-après: la Cour correctionnelle) a condamné le premier agresseur à trois ans d'emprisonnement pour trois brigandages, dont les deux relatés ci-dessus. Elle a octroyé à A._ un montant de 15'000 fr. à titre de réparation du tort moral, ses droits étant réservés pour le surplus. Une indemnité de 2'000 fr. lui a également été accordée à titre de participation aux honoraires d'avocat.
Le second agresseur a été condamné par la Cour correctionnelle le 23 mars 2007. Les droits de partie civile de A._ ont été réservés et une indemnité de 200 fr. lui a été allouée à titre de dépens.
C. Le 20 avril 2007, A._ a déposé une requête en indemnisation auprès de l'instance d'indemnisation de la loi fédérale sur l'aide aux victimes d'infractions (ci-après: Instance LAVI). Elle réclamait, au titre de dommage matériel, la prise en charge des honoraires de son avocat pour la procédure pénale, dont le montant, calculé au tarif de l'assistance juridique, s'élevait à 6'448 fr. 50. Elle concluait également au versement de 20'000 fr. à titre de réparation morale. Elle exigeait enfin le paiement d'une indemnité pour les frais indispensables à la procédure d'indemnisation.
Par ordonnance du 16 mai 2007, l'Instance LAVI a octroyé à A._ la somme de 2'200 fr. à titre d'indemnité de procédure, après avoir constaté que les sommes allouées par les arrêts de la Cour correctionnelle des 28 juin 2006 et 23 mars 2007 correspondaient au montant qui pouvait entrer en ligne de compte dans le cadre de l'indemnisation du préjudice LAVI. Elle lui a en outre accordé l'indemnité pour tort moral de 20'000 fr. réclamée. Elle n'a en revanche pas statué sur les conclusions relatives aux dépens pour la procédure d'indemnisation.
A._ a recouru le 20 juin 2007 contre ce prononcé auprès du Tribunal administratif de la République et canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) en se prévalant de l'<ref-ruling> selon lequel la spécificité du régime d'indemnisation LAVI justifiait que les frais d'avocat soient pris en compte au tarif de l'assistance juridique, à condition que l'intervention du mandataire ait été nécessaire et adéquate.
Par courrier du 2 octobre 2007, le juge délégué a transmis aux parties un arrêt du Tribunal fédéral du 12 juillet 2007 (<ref-ruling>) aux termes duquel, lorsque les dépens alloués à la victime par le juge pénal incluaient la couverture des frais d'avocat, cette dernière n'était plus légitimée à réclamer une indemnisation LAVI pour les honoraires d'avocat allant au-delà de cette somme. L'arrêt précisait que l'<ref-ruling> avait pu créer une certaine confusion, de sorte qu'il se justifiait, à titre exceptionnel, de renvoyer la cause au Tribunal administratif afin qu'il statue sur la demande selon la portée qui pouvait être donnée à ce dernier.
Au vu de cette jurisprudence, A._ a été invitée par le Tribunal administratif à indiquer la suite qu'elle entendait donner à son recours. Cette dernière a persisté dans ses conclusions, estimant pouvoir être mise au bénéfice de la solution exceptionnelle de l'<ref-ruling>.
Par arrêt du 22 janvier 2008, le Tribunal administratif a partiellement admis le recours. Il a refusé de traiter la demande selon la portée qui pouvait être donnée à l'<ref-ruling>, au motif que dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral avait insisté sur le caractère exceptionnel du cas d'espèce. Il ne lui appartenait ainsi pas de décider de l'opportunité de consacrer une telle exception à un cas similaire. Il a pour le surplus admis qu'en omettant de statuer sur les conclusions en allocation de dépens pour la procédure d'indemnisation, l'Instance LAVI avait commis un déni de justice formel. Il a lui-même fixé cette indemnité à 2'000 francs.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt rendu par le Tribunal administratif le 22 janvier 2008 en tant qu'il la déboute de ses conclusions en remboursement de ses frais d'avocat et de condamner l'Etat de Genève à lui verser 6'448 fr. 50 à ce titre. Subsidiairement, elle sollicite le renvoi du dossier à l'autorité cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle invoque le principe de la confiance, le droit à l'égalité de traitement et l'interdiction de l'arbitraire.
L'Instance LAVI a conclu au rejet du recours. Le Tribunal administratif n'a pas formulé d'observations. L'Office fédéral de la justice propose le rejet du recours. A._ a persisté dans ses conclusions.

Considérant en droit:
1. L'arrêt entrepris peut faire l'objet d'un recours en matière de droit public selon les <ref-law>. La recourante, dont il n'est pas contesté qu'elle a la qualité de victime LAVI, dispose de la qualité pour recourir (<ref-law>). Les autres conditions de recevabilité énoncées aux <ref-law> étant remplies, il y a lieu d'entrer en matière.
2. Comme le relève pertinemment la recourante, l'objet du litige se limite à déterminer si cette dernière peut être mise au bénéfice de la solution exceptionnelle retenue dans l'<ref-ruling>. Si tel ne devait pas être le cas, la recourante estime que les victimes induites en erreur dont la cause n'a été tranchée par le Tribunal administratif qu'après la publication de l'arrêt précité seraient injustement défavorisées.
Il ressort clairement du considérant 3.4 de l'<ref-ruling> que c'est la confusion que l'<ref-ruling> a pu créer chez les victimes qui constitue le critère déterminant pour permettre de renoncer à l'application immédiate de la nouvelle précision de jurisprudence.
En l'espèce, il est patent que l'<ref-ruling> n'avait pas encore été publié lorsque l'autorité pénale a statué sur les dépens et lorsque la recourante a attaqué l'ordonnance de l'Instance LAVI auprès du Tribunal administratif. Dans ces circonstances, il ne se justifie pas de traiter la recourante différemment de la victime dont la cause a donné lieu à l'<ref-ruling>. Par conséquent, il s'agit à nouveau, à titre exceptionnel, de renvoyer la cause au Tribunal administratif afin qu'il statue sur la demande d'indemnisation selon la portée qui pouvait être donnée à l'<ref-ruling>. L'autorité cantonale veillera en outre à respecter les principes qui ont été rappelés au considérant 6 de l'<ref-ruling>.
3. Il s'ensuit que le recours doit être admis et l'arrêt attaqué annulé, l'affaire étant renvoyée au Tribunal administratif pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il n'y a pas lieu de percevoir un émolument judiciaire, la procédure de recours étant gratuite dans ce domaine (<ref-ruling> consid. 3 p. 132; <ref-ruling> consid. 4b p. 219). La recourante, qui obtient gain de cause avec le concours d'un avocat, a droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis; l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée au Tribunal administratif de la République et canton de Genève pour nouvelle décision dans le sens des considérants.
2. Il n'est pas perçu d'émolument judiciaire.
3. Une indemnité de 1'500 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Genève.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Instance d'indemnisation de la loi fédérale sur l'aide aux victimes d'infractions (LAVI) et au Tribunal administratif de la République et canton de Genève ainsi qu'à l'Office fédéral de la justice.
Lausanne, le 6 août 2008
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Féraud Truttmann