Faits:
A. Le 21 avril 2009, le juge du district de l'Entremont a condamné X._ à six mois de privation de liberté sous déduction de la détention avant jugement, pour dommages à la propriété, menaces, contrainte et violation de domicile. Un traitement institutionnel en établissement pénitentiaire fermé a été ordonné.
B. Le 25 septembre 2009, la Cour pénale II du Tribunal cantonal valaisan a admis partiellement l'appel du condamné, sur la peine notamment. Le traitement institutionnel a cependant été maintenu. En résumé, le prononcé de la mesure repose sur les faits pertinents suivants.
B.a Dans le contexte de difficultés conjugales apparues en 2003, Y._ a dénoncé à plusieurs reprises son époux X._ pour violences domestiques et menaces. Ce dernier a notamment été placé en détention préventive à deux reprises entre juin 2006 et mai 2007 parce qu'il n'avait pas respecté l'injonction du juge d'instruction de ne pas se rendre à B._ où résidait son épouse. X._ a aussi été condamné sur appel le 18 mai 2008 pour différentes infractions au préjudice de son épouse, une tentative de mêler un enfant à un acte d'ordre sexuel et exhibitionnisme. Après sa sortie de prison, en mai 2007, et jusqu'en juin 2008, il a opéré une surveillance régulière, puis quasi quotidienne à partir de mai 2008, sur Y._ lorsqu'elle se trouvait à la maison, le soir et durant une partie de la nuit. En mai et juin 2008, il a proféré à plusieurs reprises des menaces de mort (« vous allez tous payer et vous allez bientôt vous retrouver au cimetière », « je vous coupe la tête quand vous sortirez », « je vais te tuer, tu n'as plus le droit de vivre ») et de faire exploser la maison à l'adresse de sa femme et de son fils. Il a admis être en possession d'armes à feu au Portugal. Il a aussi été établi qu'il avait acheté un fusil de chasse au mois de novembre 2005 en Suisse, soit un mois après qu'un médecin avait attesté du caractère sérieux des menaces de mort déjà proférées à l'époque.
B.b Dans un rapport du 1er octobre 2008, complété le 27 février 2009, le docteur C._, expert judiciaire, conclut que X._ souffre d'un trouble du développement de la personnalité avec une faiblesse d'esprit et des caractéristiques paranoïdes. Le trouble est sévère. Il s'est aggravé depuis une précédente expertise de 2005. Le comportement du recourant est en relation avec ce grave trouble mental et le risque de récidive élevé relativement aux infractions pour lesquelles X._ a déjà été poursuivi. Un traitement institutionnel en établissement fermé, consistant en la prescription de neuroleptiques par voie orale ou sous forme de dépôt s'impose. Ce traitement conserverait des chances de succès même s'il était ordonné contre la volonté de l'expertisé, qui n'est pas prêt à s'y soumettre.
B.c Par courrier du 9 mars 2009, le médecin-chef du service de médecine pénitentiaire a refusé de mettre en oeuvre ce traitement de manière anticipée à la demande du juge d'instruction. Selon ce praticien, l'état de santé psychique du détenu ne nécessite pas de neuroleptiques. Seul un antidépresseur lui a été prescrit en détention en raison d'un état anxieux et dépressif. En revanche, un encadrement investi comprenant notamment un soutien psychiatrique pourrait être utile.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il demande sa réforme, soit que la mesure ne soit pas prononcée. Il requiert, par ailleurs, l'assistance judiciaire et l'effet suspensif.
Il n'a pas été ordonné d'échange d'écritures.

Considérant en droit:
1. Conformément à l'<ref-law> le juge doit se fonder sur une expertise. Celle-ci se détermine sur la nécessité et les chances de succès d'un traitement, sur la vraisemblance que l'auteur commette d'autres infractions ainsi que la nature de celles-ci et les possibilités de faire exécuter la mesure.
Le recourant ne soutient pas que ces exigences formelles n'auraient pas été respectées. Il n'apparaît pas que tel soit le cas.
2. Le juge n'a pas à substituer son appréciation à celle de l'expert. Il ne peut s'écarter du résultat d'une expertise judiciaire sans motifs déterminants, soit lorsqu'aucune circonstance bien établie n'ébranle sérieusement la crédibilité du rapport (<ref-ruling> consid. 1c p. 160; <ref-ruling> consid. 8a p. 274). Le Tribunal fédéral n'examine ces questions d'appréciation des preuves que sous l'angle restreint de l'<ref-law>, soit essentiellement celui de l'arbitraire (cf. <ref-ruling> consid. 1.2.2).
Le recourant ne soulève expressément (<ref-law>) aucun grief d'arbitraire (art. 9 Cst.). Il se borne, sur certains points, à discuter le raisonnement de l'expert ou à opposer à l'appréciation de ce dernier d'autres pièces du dossier ainsi que des pièces nouvelles, dans une démarche de nature appellatoire. Ces griefs sont irrecevables dans cette mesure (<ref-ruling> consid. 6 p. 397), de même que les pièces produites pour la première fois devant le Tribunal fédéral, dont le recourant ne démontre pas qu'elles répondraient aux exigences de l'<ref-law>. Pour l'essentiel, son argumentation ne justifie donc pas que la cour de céans s'écarte de l'appréciation des preuves de l'autorité cantonale et des faits constatés par cette dernière (art. 105 al. 1 et 2 LTF). On se limitera dans la suite à la discussion des griefs de ce type qui n'apparaissent pas d'emblée irrecevables.
3. Aux termes de l'<ref-law>, lorsque l'auteur souffre d'un grave trouble mental, le juge peut ordonner un traitement institutionnel s'il a commis un crime ou un délit en relation avec ce trouble (let. a) et qu'il soit à prévoir que cette mesure le détournera de nouvelles infractions en relation avec ce dernier (let. b). Au lieu d'un traitement institutionnel, le juge ordonne un traitement ambulatoire à la double condition que l'auteur a commis un acte punissable en relation avec cet état et qu'il est à prévoir que ce traitement le détournera de nouvelles infractions en relation avec ce même état (<ref-law>).
3.1 L'arrêt entrepris constate que le recourant souffre d'un trouble mental grave (trouble de la personnalité paranoïaque; F70.0 [CIM-10]). Le recourant soutient que son comportement trouverait son origine dans la séparation de son couple et non dans une pathologie psychique.
L'existence du trouble, sa gravité et la corrélation avec la commission des délits est attestée par l'expertise judiciaire. L'autorité cantonale a considéré que ce dernier point n'était pas contesté, en d'autres termes que la corrélation était donnée. Il n'y a pas de raison de s'écarter de ces constatations de fait (v. supra consid. 2).
3.2 La dangerosité de l'auteur constitue une condition pour le prononcé de mesures. Les règles posées par la jurisprudence à ce jour peuvent être reprises (arrêt du Tribunal fédéral 6B_457/2007 du 12 novembre 2007, consid. 5.2). Présente ce caractère le délinquant dont l'état mental est si gravement atteint qu'il est fortement à craindre qu'il commette de nouvelles infractions. Lors de l'examen du risque de récidive, il convient de tenir compte de l'imminence et de la gravité du danger, ainsi que de la nature et de l'importance du bien juridique menacé. Lorsque des biens juridiques importants, tels que la vie ou l'intégrité corporelle, sont mis en péril, il faut se montrer moins exigeant quant à l'imminence et à la gravité du danger que lorsque des biens de moindre valeur, tels que la propriété ou le patrimoine, sont menacés. A cet égard, il convient de ne pas perdre de vue qu'il est par définition aléatoire et difficile d'évaluer le degré de dangerosité d'un individu. Mais, s'agissant de la décision sur le pronostic, le principe "in dubio pro reo" n'est pas applicable (<ref-ruling> consid. 2a p. 4 s.).
3.3 La cour cantonale s'est ralliée à l'avis de l'expert (arrêt entrepris, consid. 7b, p. 22), qui a souligné notamment un risque élevé que le recourant exécute ses menaces de mort.
3.3.1 Le recourant objecte qu'à ses yeux rien ne rendrait vraisemblable un tel passage à l'acte. Selon lui, les comportements qui lui ont été reprochés devaient être mis en relation avec le contexte de difficultés conjugales. Ces dernières auraient été résolues par le prononcé du divorce et le départ de son ex-épouse au Portugal, ce qui rendrait extrêmement faible le risque qu'il mette en danger la sécurité publique. Il relève aussi n'avoir pris aucune disposition pour préparer son passage à l'acte, alors qu'il aurait eu le temps de le faire. Enfin, la cour cantonale n'ayant pas ordonné d'expulsion, elle aurait considéré, en définitive, que l'ordre public n'était pas menacé.
On peut renvoyer à ce qui a été exposé en ce qui concerne l'origine des comportements du recourant (supra consid. 3.1).
Aucun élément du dossier ne confirme que le divorce du recourant aurait définitivement supprimé tout risque de violence. Le médecin des services pénitentiaires n'affirme, en particulier, rien de tel mais prône au contraire des mesures (un soutien psychiatrique en particulier) qui confirment la persistance d'un tel risque. Par ailleurs, le seul départ de l'ex-épouse du recourant au Portugal n'apporte, à lui seul, aucune garantie, le recourant disposant d'armes dans ce pays. Le recourant ne peut rien déduire non plus en sa faveur de l'arrêt 6S.250/2006, auquel il se réfère. Dans ce cas, qui avait trait à un internement selon l'ancien droit (ancien <ref-law>), le Tribunal fédéral a jugé que cette mesure ne pouvait être ordonnée au seul motif que l'auteur, qui n'avait jusque-là commis que des voies de fait, risquait de passer à l'acte en l'absence d'une expertise psychiatrique se prononçant sur ce risque. En l'espèce, l'expert affirme clairement le risque d'atteintes à la vie et à l'intégrité physique de tiers et relève aussi le danger de réitération de comportements à caractère sexuel (rapport, p. 9 et complément du 27 février 2009). Pour le surplus, l'expulsion ne figure plus au catalogue des peines et mesures du droit pénal suisse depuis le 1er janvier 2007. Le recourant ne peut rien déduire en sa faveur du fait qu'elle n'a pas été prononcée à son encontre.
3.3.2 Il soutient aussi en vain n'avoir commis que des délits dont certains ne seraient poursuivis que sur plainte.
La mesure ordonnée n'est pas un internement au sens de l'<ref-law>, mais un traitement institutionnel. La gravité de l'infraction qui donne lieu à la mesure, ne constitue pas une condition de cette dernière. C'est l'état de santé mental du recourant qui détermine sa nécessité (cf. <ref-ruling> consid. 2c/cc). Les actes commis ne constituent que des indices de la dangerosité que l'expert doit apprécier.
3.4 Le recourant conteste ensuite avoir besoin d'un traitement. Il se réfère à la prise de position du médecin du service pénitentiaire, pour en déduire qu'une éventuelle pathologie aurait évolué de telle manière que ce traitement ne serait plus indiqué. Ce dernier n'aurait, au demeurant, que des chances de succès infimes s'il était administré après l'exécution d'une peine d'emprisonnement, selon l'expert judiciaire lui-même. Enfin, comme le Tribunal cantonal n'avait pas ordonné l'exécution anticipée d'une médication forcée avant de statuer, il aurait considéré que ce traitement n'était pas nécessaire.
L'évolution positive du trouble mental alléguée par le recourant ne trouve pas appui dans le dossier de la cause. Le médecin du service pénitentiaire, qui apprécie la situation en détention préventive, ne fait pas état d'une telle modification et l'expert judiciaire, qui constate une aggravation, souligne, au contraire, que cette pathologie n'est pas de celles qui évoluent favorablement. La nécessité d'un traitement à base de neuroleptiques a certes été remise en cause par le médecin de l'administration. Mais, comme l'a relevé la cour cantonale, ce praticien et l'expert convergent sur la nécessité d'un traitement, tout au moins sous la forme d'un suivi psychiatrique. Il est vrai que l'expert estime faibles les chances de succès d'un traitement administré après l'exécution d'une peine privative de liberté (rapport, p. 13). Cette conclusion repose cependant sur la considération que le recourant n'a, de son propre chef, rien entrepris pour se soigner et ne s'est pas soucié de son traitement. On comprend ainsi que l'expert a voulu insister pour qu'un traitement soit commencé dans un cadre fermé avant qu'il puisse être poursuivi, le cas échéant, ambulatoirement (rapport, p. 8 s.). L'expert souligne, de la sorte, moins la nécessité d'une peine privative de liberté, que celle d'un traitement en milieu clos. Pour le surplus, la cour cantonale ayant, en définitive, délégué à l'autorité d'exécution des peines l'évaluation du besoin d'une médication forcée (v. infra consid. 3.5), le recourant ne peut rien déduire en sa faveur du fait que l'autorité précédente n'a pas ordonné l'exécution d'un tel traitement de manière anticipée.
3.5 Le recourant reproche à l'autorité cantonale de n'avoir pas précisé quel traitement était ordonné, soit d'avoir renoncé à dire si l'administration de neuroleptiques était nécessaire, cas échéant, sous contrainte.
3.5.1 L'expert s'est prononcé clairement en faveur de l'administration de neuroleptiques. Un traitement administré contre la volonté de l'intéressé conservait des chances de succès, même si elles ne pouvaient être quantifiées. La cour cantonale s'est ralliée à cet avis, mais en relevant qu'elle n'avait pas à trancher la question de la prescription de neuroleptiques, contestée par le Service pénitentiaire, dès lors que cette décision appartenait à l'autorité d'exécution (arrêt entrepris, consid. 7, p. 22).
3.5.2 Le juge pénal ne décrit pas nécessairement dans le détail le traitement ordonné. Il peut se contenter de préciser dans le dispositif du jugement le genre de mesure qu'il ordonne, pourvu que le but du traitement ainsi que ses modalités concrètes ressortent des considérants de la décision et des pièces médicales auxquelles ils se réfèrent (<ref-ruling> consid. 3.2, p. 51).
3.5.3 La cour cantonale a ordonné un traitement institutionnel en milieu fermé. Il ressort de ses considérants que les soins ainsi administrés doivent diminuer un risque de récidive considéré comme élevé en relation avec un trouble de la personnalité paranoïde. L'autorité précédente a, en revanche, renoncé à ordonner une médication forcée à base de neuroleptiques. Elle n'a donc pas suivi l'expert sur ce point précis, en relevant que cette prescription était contestée par le service psychiatrique pénitentiaire. Dans une telle hypothèse, soit lorsque, au moment d'ordonner la mesure, une médication forcée n'apparaît pas indispensable au juge, ce dernier n'a pas à l'ordonner. L'autorité pénitentiaire peut cependant, si la nécessité en apparaît lors de l'exécution de la mesure, l'ordonner (<ref-ruling> consid. 3.3, p. 52). On ne saurait donc reprocher à l'autorité cantonale de n'avoir pas pris une mesure dont la nécessité ne lui semblait pas suffisamment établie. Quant au contenu du traitement, la cour a relevé que l'expert et le médecin pénitentiaire convergeaient sur la nécessité de soins psychiatriques. Le dernier cité mentionne notamment un « soutien psychiatrique » et diverses mesures d'accompagnement. Ces éléments suffisent pour comprendre que de l'avis de la cour une prise en charge de ce type est nécessaire et que l'autorité d'exécution devra trancher, dans ce contexte, la question d'une médication spécifique, des neuroleptiques en particulier.
4. La décision du juge doit aussi respecter le principe de proportionnalité. Selon l'<ref-law>, le prononcé d'une mesure suppose que l'atteinte aux droits de la personnalité qui en résulte pour l'auteur ne soit pas disproportionnée au regard de la vraisemblance qu'il commette de nouvelles infractions et de leur gravité. Cette disposition postule la pesée de l'atteinte aux droits inhérente à la mesure ordonnée et de la dangerosité de l'auteur. D'autre part, l'<ref-law> rappelle que si plusieurs mesures s'avèrent appropriées, mais qu'une seule est nécessaire, le juge ordonne celle qui porte à l'auteur les atteintes les moins graves. En effet, eu égard à la gravité de l'atteinte à la liberté personnelle que constitue le traitement institutionnel, cas échéant dans un milieu fermé, cette mesure ne doit être ordonnée qu'à titre d'ultima ratio lorsque la dangerosité ne peut être écartée autrement (cf. déjà <ref-ruling> consid. 2a p. 113).
4.1 Le recourant fait grief à la cour cantonale de n'avoir pas examiné si une peine seule serait à même de le détourner de commettre de nouvelles infractions. Selon lui, d'autres mesures, moins contraignantes seraient envisageables. Il se déclare prêt à subir un traitement ambulatoire et relève que la confiscation de ses documents d'identité permettrait d'éviter toute infraction sur la personne de son ex-épouse. Il mentionne aussi l'expulsion judiciaire.
On renvoie sur ce dernier point au consid. 3.3.1 in fine.
Le recourant a continué à persécuter son ex-épouse même après avoir été placé en détention préventive à deux reprises, dont une fois pendant une durée de plus de cinq mois (du 28 novembre 2006 au 16 mai 2007). Il n'apparaît donc pas qu'une privation de liberté, même conséquente, et moins encore la peine pécuniaire prononcée, soient de nature à le détourner de nouvelles infractions.
L'expert motive, par ailleurs, son appréciation de l'aggravation de l'état mental du recourant en relevant notamment les actes qu'il a commis au mois de juin 2006 et qui ont conduit à sa condamnation pour tentative de mêler un enfant à un acte d'ordre sexuel et exhibitionnisme. Le risque ne porte donc pas exclusivement sur l'intégrité physique ou la vie de son épouse, mais aussi sur l'ordre public et l'intégrité sexuelle de tiers. La confiscation des documents d'identité ne résout donc rien de ce point de vue. Pour le surplus, le recourant évoque, dans ce contexte, son droit d'être entendu. Cette seule mention ne répond pas aux exigences de motivation accrues déduites de l'<ref-law>.
4.2 Selon le recourant, la cour cantonale aurait insuffisamment tenu compte de l'importance de l'atteinte à sa personnalité résultant d'un traitement institutionnel en milieu fermé, respectivement carcéral.
La cour cantonale a souligné, sur ce point, le risque élevé de récidive et l'importance des biens juridiques mis en danger, soit notamment la vie et l'intégrité physique. L'expert relève qu'il n'existe pas d'établissement psychiatrique approprié pour le type de trouble dont souffre le recourant (rapport, p. 12). Ces considérations permettent de justifier au regard des exigences du droit fédéral (cf. supra consid. 3.2) que l'exécution du traitement soit ordonnée en milieu carcéral.
5. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Ses conclusions étaient dénuées de chance de succès. Le recourant ne peut prétendre à l'assistance judiciaire (<ref-law> a contrario). Il supporte les frais de justice (<ref-law>), qui seront réduits pour tenir compte de sa situation financière. La requête d'effet suspensif est sans objet (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. L'assistance judiciaire est refusée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 800 fr., sont mis à la charge du recourant.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour pénale II.
Lausanne, le 10 mars 2010
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Favre Vallat