Sachverhalt:
Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons St. Gallen verbot X._ am 24. November 2008 vorsorglich das Führen von Motorfahrzeugen bis zur Abklärung der Fahreignung; einem allfälligen Rekurs entzog es die aufschiebende Wirkung. In der Folge wies die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen den dagegen erhobenen Rekurs am 5. Mai 2009 ab. In der Rechtsmittelbelehrung gab sie an, dass gegen ihr Urteil beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben werden könne.
X._ erhob entsprechend dieser Rechtsmittelbelehrung beim Bundesgericht am 5. Juni 2009 Beschwerde. Die Verwaltungsrekurskommission und das Bundesamt für Strassen ASTRA haben zur Beschwerde Vernehmlassungen eingereicht. Das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt hat auf eine Stellungnahme verzichtet. Mit Verfügung vom 30. Juni 2009 ist das Gesuch des Beschwerdeführers um Gewährung der aufschiebenden Wirkung abgewiesen worden.

Erwägungen:
Das Bundesgericht prüft seine Zuständigkeit und die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 96).
Nach <ref-law> setzen die Kantone in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten als unmittelbare Vorinstanzen des Bundesgerichts obere Gerichte ein.
Auf der Grundlage der Entscheide <ref-ruling> und Urteil 2C_360/2009 vom 23. Juni 2009 hat die I. öffentlich-rechtliche Abteilung mit Urteil 1C_346/2009 vom 6. November 2009 erkannt, dass die Verwaltungsrekurskommission des Kantons St. Gallen auch auf dem Gebiete der Massnahmen im Strassenverkehr kein oberes Gericht im Sinne von <ref-law> sei.
Bei dieser Sachlage ist das Bundesgericht nicht zuständig, die gegen den Entscheid der Verwaltungsrekurskommission erhobene Beschwerde zu beurteilen. Daran ändert der Umstand nichts, dass im Rahmen der Instruktion über das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung befunden worden ist.
Mit dem erwähnten Urteil 1C_346/2009 vom 6. November 2009 ist die Rechtslage geklärt worden. Somit kann die vorliegende Beschwerde im Verfahren gemäss <ref-law> behandelt werden.
Demnach kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Die Sache ist dem Verwaltungsgericht zur weitern Behandlung zu überweisen. Es sind keine Kosten zu erheben.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Beschwerde wird zur weitern Behandlung an das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen überwiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt, der Verwaltungsrekurskommission, Abteilung IV, und dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. November 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Steinmann