Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Nel novembre 2000 A._SA - ora in liquidazione - ha stipulato con B._, Ginevra, una polizza d'assicurazione xxx, valida dal 1° novembre 2000 al 30 giugno 2004, con la quale sono state assicurate - in particolare contro il rischio di furti e rapine a danno dell'assicurato e dei suoi viaggiatori in occasione di trasporti e viaggi d'affari - due collezioni d'oreficeria e accessori e tre collezioni di braccialetti di orologio.
L'attuale controversia trae origine dal rifiuto dell'assicurazione di dar seguito alla richiesta di liquidazione di sinistro formulata da A._SA in relazione a una rapina subita il 30 novembre 2001.
2. Stando a quanto affermato da A._SA, verso le 17.30 di quel giorno una vettura con a bordo tre individui, di cui uno armato, avrebbe intercettato il suo dipendente C._ all'imbocco dell'autostrada A5 in territorio di Zuchwil (Canton Soletta) e lo avrebbe derubato dell'intera collezione di gioielli ch'egli portava con sé. Nonostante siano stati ossequiati tutti gli obblighi fissati nel contratto di assicurazione - inoltro di una denuncia penale, immediato avviso del sinistro all'assicurazione e consegna della documentazione necessaria per la determinazione del danno - B._ ha rifiutato la liquidazione. Di qui la necessità di convenirla dinanzi alla Pretura del Distretto di Lugano, il 10 novembre 2003, con un'azione volta al pagamento di fr. 107'167.-- oltre interessi.
Con sentenza del 16 agosto 2006 il Segretario assessore della Pretura adita ha respinto la petizione, avendo A._SA fallito l'onere della prova sia in punto all'evento assicurato sia in punto all'ammontare del danno patito. Dalla lettura delle tavole processuali e in particolare delle dichiarazioni rese da C._ - l'unica persona che ha assistito ai fatti - è infatti emersa una serie di incongruenze che ha minato la credibilità della versione di questo teste e che, unita ad altre stranezze (come ad esempio l'assenza di testimoni in un tratto di strada molto trafficato), ha portato il giudice a considerare come tutt'altro che irragionevole la possibilità di un diverso svolgimento dei fatti, segnatamente l'ipotesi di una simulazione. A ogni modo, come anticipato, il giudice ha ritenuto che l'onere della prova era stato disatteso anche con riferimento alla dimostrazione del danno, dato che A._SA non ha prodotto agli atti le fatture da lei utilizzate per quantificare la propria pretesa.
3. L'impugnativa interposta dalla soccombente contro la pronunzia di primo grado è stata respinta dalla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino il 28 settembre 2007.
3.1 Rammentata la giurisprudenza del Tribunale federale secondo la quale il grado della prova del realizzarsi dell'evento assicurato nell'ambito di un'assicurazione contro i furti è ridotto alla verosimiglianza preponderante, la Corte ticinese, esaminati gli elementi risultanti dall'istruttoria, ha condiviso la conclusione del Segretario assessore. Le circostanze addotte nell'appello - lo stato d'animo di C._, la sua età avanzata, gli anni trascorsi tra i fatti e la sua deposizione - non hanno infatti smentito le contraddizioni e le stranezze evidenziate nel giudizio di primo grado.
3.2 I giudici della massima istanza cantonale hanno poi negato all'appellante la possibilità di prevalersi della clausola particolare contenuta nella polizza che estendeva la copertura assicurativa anche alle conseguenze del dolo del viaggiatore. Il fatto che l'esistenza dell'evento assicurato non sia stata ritenuta preponderantemente verosimile non prova in effetti ancora che la rapina dei preziosi, sempre che sia avvenuta, sia stata commessa da C._ o con la sua complicità.
3.3 Ma anche prescindendo da quanto appena esposto - hanno proseguito i giudici cantonali - l'appello sarebbe stato in ogni caso respinto, poiché il giudizio di primo grado in punto alla mancata prova del danno subito può senz'altro essere confermato.
4. Tempestivamente insorta dinanzi al Tribunale federale con un ricorso in materia civile fondato sulla violazione del diritto federale e la violazione del divieto dell'arbitrio nell'apprezzamento delle prove, la ricorrente postula la modifica della pronunzia cantonale nel senso di accogliere il suo appello e, di conseguenza, la petizione.
Nella risposta del 6 dicembre 2007 B._, asseverata l'inammissibilità del rimedio per motivazione carente, propone di respingere il gravame.
L'autorità cantonale ha invece rinunciato a presentare osservazioni.
5. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2, 629 consid. 2).
Interposto tempestivamente (<ref-law>) dalla parte soccombente in sede cantonale (<ref-law>) contro una decisione finale (<ref-law>) pronunciata dall'autorità ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario il cui valore litigioso supera fr. 30'000.-- (art. 74 cpv. 1 let. b LTF), il ricorso risulta ricevibile, perlomeno sotto questo profilo.
6. Nonostante il richiamo iniziale alla violazione del diritto federale, nel ricorso non viene contestata l'applicazione del diritto, segnatamente la ripartizione dell'onere probatorio (<ref-law>) e il giudizio sul grado di prova esigibile dalla ricorrente (verosimiglianza preponderante per il realizzarsi dell'evento assicurato e prova piena per l'ammontare del danno; su questo tema cfr. <ref-ruling> consid. 4.2.2 pag. 88 seg. con rinvii) bensì unicamente la valutazione del materiale probatorio, che ha condotto i giudici a concludere che la ricorrente ha disatteso l'onere della prova a suo carico (<ref-ruling> consid. 3 e 5).
L'apprezzamento delle prove eseguito dai giudici cantonali viene definito arbitrario.
6.1 Giovi allora rammentare che per giurisprudenza invalsa l'arbitrio, vietato dall'<ref-law>, non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 2.1 con rinvii).
Per quanto concerne più in particolare l'apprezzamento delle prove e l'accertamento dei fatti, il giudice - il quale in questo ambito dispone di un ampio margine di apprezzamento - incorre nell'arbitrio se misconosce manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, se omette senza valida ragione di tener conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure se ammette o nega un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 2.1).
6.2 Incombe alla parte che se ne prevale, dimostrare - con un'argomentazione dettagliata a precisa - che queste condizioni sono realizzate. L'onere di motivazione posto dall'<ref-law> per il caso in cui venga fatta valere la violazione di diritti costituzionali corrisponde infatti a quello che vigeva nel quadro del precedente ricorso di diritto pubblico in forza dell'art. 90 cpv. 1 lett. b OG (<ref-ruling> consid. 1.4).
Ciò significa che un gravame fondato sull'<ref-law>, com'è quello in esame, non può essere sorretto da argomentazioni con cui la parte ricorrente si limita a contrapporre il suo parere a quello dell'autorità cantonale, come se il Tribunale federale fosse una superiore giurisdizione di appello a cui compete di rivedere liberamente il fatto e il diritto e di ricercare la corretta applicazione delle norme invocate (<ref-ruling> consid. 1.3 pag. 261 seg. con rinvii), né può limitarsi a rinviare genericamente agli atti cantonali (<ref-ruling> consid. 2.3 pag. 387 seg.; <ref-ruling> consid. 4.10 pag. 302; <ref-ruling> consid. 2.1 pag. 120 con rinvii).
6.3 Come rilevato dall'opponente, l'allegato ricorsuale disattende ampiamente le regole appena descritte.
6.3.1 La ricorrente sostiene ad esempio di aver fornito tutte le prove atte a corroborare la tesi della rapina - conformemente al requisito della verosimiglianza preponderante - e rimprovera al Tribunale d'appello di aver fondato il giudizio sull'inattendibilità di C._ su semplici marginali incongruenze nelle sue deposizioni, ma non si confronta criticamente e dettagliatamente con le considerazioni esposte dall'autorità ticinese a questo riguardo né tantomeno con quelle del giudice di primo grado, richiamate nella sentenza impugnata. Di certo non basta, per sostanziare l'arbitrio, affermare genericamente che le dette incongruenze sarebbero non solo perfettamente comprensibili - considerati l'età del teste e il lasso di tempo intercorso fra la rapina e l'audizione nel procedimento civile - ma dimostrerebbero anche la buona fede del teste, che manifestamente non aveva preparato l'interrogatorio.
6.3.2 La ricorrente non ha più fortuna laddove definisce "del tutto illogica e insostenibile" la decisione dei giudici cantonali di negare l'applicabilità della clausola particolare della polizza che estendeva la copertura assicurativa anche alle conseguenze del dolo del viaggiatore. A suo modo di vedere, l'ipotesi della simulazione della rapina ritenuta dai giudici cantonali implicherebbe infatti necessariamente un coinvolgimento doloso di C._.
L'argomentazione ricorsuale potrebbe essere pertinente se la Corte ticinese avesse stabilito che la rapina è stata simulata, ma non è così. Essa si è limitata ad osservare che il solo fatto che la tesi della rapina non abbia trovato adeguata conferma non permette ancora di concludere che la stessa sia stata commessa da C._ o con la sua complicità, tantopiù che negli allegati di causa la ricorrente aveva negato una simile eventualità e che la questione non è stata sottoposta a prova né è emersa dall'istruttoria. La ricorrente omette di confrontarsi con questi argomenti.
6.3.3 Poco importa. I giudici ticinesi hanno infatti precisato che, quand'anche la rapina fosse stata provata, la petizione sarebbe stata in ogni caso respinta in assenza di prove concludenti sull'ammontare del danno.
Nemmeno su questo punto l'argomentazione ricorsuale soddisfa le esigenze di motivazione sopra descritte. A fronte di un'esposizione dettagliata - su due pagine - delle ragioni per le quali la produzione agli atti delle fatture utilizzate per quantificare il danno era indispensabile, la ricorrente si limita in sostanza ad affermare che la documentazione da lei consegnata alla controparte era completa, che l'opponente non avrebbe contestato l'entità del danno - ma dalla sentenza impugnata risulta il contrario - e a rinviare genericamente a prove rilevanti trascurate dai giudici cantonali.
6.3.4 In conclusione, nessuno degli argomenti addotti nel gravame è suscettibile di far apparire la sentenza impugnata arbitraria.
7. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso deve pertanto venire respinto.
Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 5'000.-- sono poste a carico della ricorrente, la quale rifonderà all'opponente fr. 6'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.