Erwägungen:
1. Die X._ AG unterliess es, in ihrer Steuererklärung 2007 die ihr von ihrem Verwaltungsratspräsidenten A._ (gemäss Angaben in dessen persönlicher Steuererklärung) übertragenen Lebensversicherungen seiner beiden Söhne aufzuführen, weshalb gegen sie ein Nach- und Strafsteuerverfahren bezüglich Staats- und Gemeindesteuern sowie direkte Bundessteuer 2007 eröffnet wurde. Am 10. Juni 2010 auferlegte das Kantonale Steueramt Zürich der X._ AG Nachsteuern von Fr. 7'063.20 (Staats- und Gemeindesteuern) und von Fr. 3'319.85 (direkte Bundessteuer), bestätigt durch Einspracheentscheid vom 4. März 2011. Mit Einzelrichterurteil vom 24. August 2011 hiess das Verwaltungsgericht die dagegen erhobenen Rechtsmittel (Rekurs betreffend Staats- und Gemeindesteuern, Beschwerde betreffend direkte Bundessteuer) teilweise gut, soweit es darauf eintrat; die Sache wurde an das kantonale Steueramt zur weiteren Untersuchung und zum Neuentscheid im Sinne der Erwägungen zurückgewiesen. Dagegen gelangte A._ namens der X._ AG mit Beschwerde vom 5. November 2011 ans Bundesgericht, das weder einen Schriftenwechsel noch sonstige Intruktionsmassnahmen angeordnet hat.
2. 2.1 Die namens der X._ AG eingereichte Beschwerdeschrift trägt allein die Unterschrift von A._; dieser ist zwar Verwaltungsratspräsident, verfügt jedoch nicht über das Einzelzeichnungsrecht. Es erübrigt sich indessen, eine Rechtsschrift, die von einem zweiten Kollektivzeichnungsberechtigten unterzeichnet ist, oder eine gültige Vollmacht der Beschwerdeführerin an A._ nachzufordern; die Beschwerde erweist sich nämlich ohnehin als offensichtlich unzulässig (<ref-law>).
2.2 Beim angefochtenen Urteil handelt es sich um einen Rückweisungsentscheid und mithin um einen Zwischenentscheid (<ref-ruling> E. 1.3 S. 127; <ref-ruling> E. 4 S. 480-482). Die dagegen gerichtete Beschwerde ist gemäss <ref-law> nur dann zulässig, wenn das Urteil einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Inwiefern das angefochtene Urteil für die Beschwerdeführerin einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken könnte, ist nicht ersichtlich. Was <ref-law> betrifft, macht die Beschwerdeführerin geltend, es liege klares bewiesenes Recht vor, das sofort zu einem Endentscheid zu ihren Gunsten mit definitiver Ablehnung des Nachsteuerverfahrens und damit zur Einsparung von weiterem Aufwand und Zeit führen würde. Sie verkennt dabei, dass der Rückweisungsentscheid mit fehlender Sachverhaltsermittlung bezüglich der Frage, welche Versicherungserträge konkret an sie zediert worden seien, begründet wird, wobei das Verwaltungsgericht nicht zuletzt der in der Beschwerde unter dem Titel "klares bewiesenes Recht" hervorgehobenen, anscheinend im Jahr 2002 erfolgten Zedierung der Erträge aus zwei (der insgesamt vier) betroffenen Versicherungsverträge massgeblich Rechnung trug. Wie der Rechtsstreit gestützt auf die vorliegende Beschwerdeschrift, die ohnehin den formellen Anforderungen von <ref-law> kaum genügen dürfte, vor Bundesgericht zu einem Abschluss gebracht werden könnte, bleibt unerfindlich. Auch die Eintretensvoraussetzung von <ref-law> ist nicht erfüllt.
2.3 Auf die Beschwerde ist mit Entscheid des Einzelrichters im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> nicht einzutreten.
2.4 Die Umstände rechtfertigen es, vorliegend auf die Erhebung von Gerichtskosten zu verzichten (Art. 66 Abs. 1 zweiter Satz BGG).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten, dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 2. Abteilung, Einzelrichter, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. November 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Feller