Faits:
A. Le 1er juin 2004, Y._ a été engagé, en qualité de cuisinier à 100%, par la société X._ SA, pour un salaire mensuel brut de 5'525 fr., payé douze fois l'an. L'horaire hebdomadaire de travail convenu était de 43 heures et la durée des vacances annuelles de quatre semaines. Les rapports de travail ont pris fin le 30 septembre 2005.
Du 22 juillet au 30 septembre 2005, l'employé a été en incapacité de travail totale pour cause de maladie.
B. B.a Le 23 juin 2006, Y._ a ouvert action contre X._ SA devant la Chambre des prud'hommes de l'arrondissement de la Sarine. Il requérait le paiement de 30'000 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 1er octobre 2005, à titre de treizième salaire, de dommages-intérêts pour des heures supplémentaires, de jours de repos et de vacances non prises et de solde d'indemnités journalières, le tout sous déduction de 7'612 fr.10 représentant deux mois de salaire reçus en trop. Le demandeur fondait ses prétentions sur la Convention collective nationale de travail pour les hôtels, restaurants et cafés, conclue le 6 juillet 1998, et ci-après la convention ou CCNT.
La défenderesse a conclu au rejet de la demande et, reconventionnellement, au paiement de deux salaires versés en trop et au remboursement de 3'455 fr.70 correspondant au dommage causé fautivement par l'employé au véhicule de l'entreprise.
B.b Le 27 août 2007, la Chambre des prud'hommes a rendu un jugement par défaut. Statuant le 21 février 2008, sur demande de relief présentée par la défenderesse, la Chambre des prud'hommes a condamné celle-ci à verser au demandeur le montant net de 1'231 fr.40 et le montant brut de 35'407 fr.30, avec intérêts à 5% l'an dès le 1er octobre 2005, sous déduction du montant net de 7'612 fr.10 plus intérêts à 5% l'an dès le 23 octobre 2005. La Chambre des prud'hommes a considéré que les relations contractuelles des parties étaient régies par la CCNT et a fait application de cette convention pour trancher le litige.
B.c La défenderesse a appelé de ce jugement, concluant à son annulation et au versement, par le demandeur, de la somme de 6'933 fr.20, avec intérêts à 5% l'an dès le 23 octobre 2005.
Statuant par arrêt du 26 septembre 2008, la IIe Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois a confirmé le jugement attaqué. Les magistrats cantonaux ont tout d'abord jugé que la convention était applicable aux parties et ont, sur cette base, rejeté les griefs fondés sur la non-application de la CCNT. Ils ont ensuite considéré que le grief se rapportant à l'établissement du nombre d'heures de travail effectuées par l'employé était irrecevable, à défaut d'être suffisamment motivé. Les juges ont enfin rejeté le moyen relatif à l'art. 8 CC, estimant qu'il remettait en cause l'appréciation des preuves et non pas l'application par les premiers juges des règles sur le fardeau de la preuve.
C. La défenderesse exerce un recours en matière civile. Elle conclut à l'annulation de l'arrêt entrepris et à ce que la partie adverse soit astreinte à lui verser le montant de 6'933 fr.20, avec intérêts à 5% l'an dès le 23 octobre 2005, sous suite de frais et dépens.
Le demandeur conclut au rejet du recours, dans la mesure de sa recevabilité.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours est dirigé contre un jugement final (art. 90 LTF), rendu en matière civile (art. 72 al. 1 LTF) et en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 LTF). Il est formé par une partie qui a pris part à l'instance précédente et succombé dans ses conclusions (art. 76 al. 1 LTF). La valeur litigieuse excède le minimum légal de 15'000 fr. prévu en matière de droit du travail (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. a LTF). Introduit en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes requises (art. 42 al. 1 à 3 LTF), le recours est en principe recevable.
1.2 Le recours en matière civile peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (art. 106 al. 1 LTF). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.1 p. 104). Il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours (art. 42 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254), et il ne se prononce sur la violation de droits fondamentaux que s'il se trouve saisi d'un grief invoqué et motivé de façon détaillée (art. 106 al. 2 LTF; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 88; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF (art. 105 al. 2 LTF). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 LTF).
2. Le litige porte sur l'assujettissement de la recourante à la CCNT, qui a fait l'objet d'un arrêté d'extension et qui renferme du droit privé fédéral (<ref-ruling> consid. 1 p. 207 ss). La recourante prétend que l'activité de traiteur n'entre pas dans le champ d'application de la convention étendue et que l'autorité inférieure a, à tort, retenu que les rapports de travail entre les parties étaient visés par cette convention.
Il convient donc de se demander si l'autorité cantonale a violé le droit fédéral, en considérant que la recourante tombait sous le champ d'application de l'art. 1 CCNT, à défaut d'y être expressément exclue par l'arrêté d'extension.
2.1 La décision d'extension permet l'application d'une convention aux employeurs et aux travailleurs qui appartiennent à la branche économique ou à la profession visée et ne sont pas liés par cette convention (cf. art. 1 al. 1 de la loi fédérale du 28 septembre 1956 permettant d'étendre le champ d'application de la convention collective de travail [LECCT; RS 221.215.311]). Pour savoir si une entreprise appartient à la branche économique ou à la profession visée et entre, de ce fait, dans le champ d'application de la CCNT étendue, il faut examiner de manière concrète l'activité généralement déployée par l'entreprise en cause. Les entreprises visées par la déclaration d'extension doivent offrir des biens ou des services de même nature que les entreprises qui sont soumises contractuellement à la CCNT; il doit exister un rapport de concurrence directe entre ces entreprises (<ref-ruling> consid. 6.3.2 p. 283).
Les dispositions concernant l'extension d'une convention ont un caractère normatif et sont en conséquence soumises aux règles régissant l'interprétation des textes de lois (<ref-ruling> consid. 2a p. 322; arrêt du Tribunal fédéral 4P.49/2006 du 24 avril 2006 consid. 3.3). Ainsi, ces dispositions doivent être interprétées en premier lieu selon leur lettre. Lorsque leur sens littéral est clair et univoque, l'autorité qui doit les appliquer est en principe liée (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 20; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 611).
2.2 Dans le cas d'espèce, il n'est pas remis en cause que l'activité essentielle de l'employeuse consiste à préparer et à livrer des mets prêts à être consommés et à l'emporter et que ces prestations sont proposées contre rémunération et accessibles à tout un chacun.
L'autorité cantonale a analysé l'assujettissement de la recourante à la CCNT étendue en fonction du domaine d'activité exercé par cette entreprise. Sur le vu de l'activité essentielle de la recourante, telle qu'indiquée ci-dessus, la juridiction cantonale a considéré comme étant certain que la recourante tombe sous le champ d'application de l'art. 1 CCNT, qui inclut notamment le catering et la vente à l'emporter. Les juges fribourgeois ont posé que l'art. 2 al. 1 par. 1 de l'arrêté du Conseil fédéral n'est pas exhaustif, à la différence du par. 2 qui énumère limitativement les établissements soustraits à l'application de la CCNT, et ont jugé qu'à défaut d'être expressément exclue de l'application de la CCNT par l'arrêté d'extension, la recourante y était soumise, son offre de services étant de même nature que d'autres établissements assujettis.
L'autorité cantonale a analysé l'assujettissement de la recourante à la CCNT étendue en fonction du domaine d'activité exercé par cette entreprise. Sur le vu de l'activité essentielle de la recourante, telle qu'indiquée ci-dessus, la juridiction cantonale a considéré comme étant certain que la recourante tombe sous le champ d'application de l'art. 1 CCNT, qui inclut notamment le catering et la vente à l'emporter. Les juges fribourgeois ont posé que l'art. 2 al. 1 par. 1 de l'arrêté du Conseil fédéral n'est pas exhaustif, à la différence du par. 2 qui énumère limitativement les établissements soustraits à l'application de la CCNT, et ont jugé qu'à défaut d'être expressément exclue de l'application de la CCNT par l'arrêté d'extension, la recourante y était soumise, son offre de services étant de même nature que d'autres établissements assujettis.
2.3 2.3.1 L'art. 1 de la CCNT, sous l'intitulé "Champ d'application", dispose, à son alinéa premier, que la convention collective s'applique à tous les employeurs et collaborateurs qui exercent une activité dans un établissement de l'hôtellerie ou de la restauration.
Par arrêté du Conseil fédéral du 19 novembre 1998, le champ d'application de la CCNT a été étendu (FF 1998 V 4856). Cette extension a déployé des effets à partir du 1er janvier 1999 jusqu'au 31 décembre 2002 (cf. art. 4 de l'arrêté), puis a été prolongée, la dernière prolongation datant du 17 décembre 2007 (FF 2007 8149). L'art. 2 al. 1 de cet arrêté détermine l'extension de la CCNT d'un point de vue géographique. L'art. 2 al. 2, 1er paragraphe, de l'arrêté prévoit que les clauses visées par l'arrêté d'extension s'appliquent aux employeurs et aux travailleurs (y compris les travailleurs occupés à temps partiel et les auxiliaires) des établissements servant des prestations dans le domaine de l'hôtellerie ou de la restauration; il est précisé que sont considérés comme tels, les établissements qui hébergent des personnes moyennant une prestation pécuniaire ou vendent des mets ou des boissons à consommer sur place. Par modification de l'arrêté d'extension, datée du 22 septembre 2005 et entrée en vigueur le 1er octobre 2005 - soit ultérieurement à la fin des rapports contractuels liant les parties -, la phrase suivante a été ajoutée au texte initial: « les entreprises livrant des mets prêts à être consommés sont assimilées aux restaurants et cafés ». L'art. 2 al. 2 énumère, aux paragraphes 2 et 3, les établissements, ainsi que les personnes et/ou fonctions, non soumis à l'arrêté d'extension.
2.3.2 Le texte de la CCNT ne mentionne pas expressément les traiteurs, comme prestataires de services assujettis à la convention. Quoi qu'il en soit, à la lecture de l'art. 1 al. 1 de la CCNT, il ressort que la convention s'applique « à tous les employés et collaborateurs qui exercent une activité dans un établissement de l'hôtellerie ou de la restauration » et que « sont notamment concernés tous les prestataires de services d'hôtellerie et de restauration accessibles à tout un chacun contre rémunération ».
Il sied tout d'abord d'observer que la recourante ne prétend pas ni ne cherche à démontrer que le champ d'application tel que défini à l'art. 1 de la CCNT n'aurait pas un sens clair. Au demeurant, on ne voit pas ce qui justifierait de ne pas inclure les traiteurs dans les prestataires de services du domaine de la restauration. Selon la définition qu'en donne le dictionnaire (Petit Robert), la restauration correspond au « métier de restaurateur, de traiteur, de préparateur de plats, de sandwichs, de crêpes ». Au reste, le Commentaire de la CCNT 1998, édité par l'Office de contrôle de la CCNT, donne lui-même comme exemple de prestations fournies par les prestataires de restauration soumis à la convention le catering et la vente à l'emporter (cf. également, BERNARD CLOËTTA ET AL., Guide pratique de la CCNT 98, 3e éd. 2003, p. 15). Rien ne laisse donc supposer que les traiteurs, dont l'activité consiste à préparer des repas ou des plats à emporter et à consommer chez-soi (Petit Robert), n'entrent pas dans le champ d'application de la CCNT. La recourante ne démontre en tout cas pas le contraire.
La convention étendue précise, quant à elle, la notion d'établissements servant des prestations dans le domaine de l'hôtellerie ou de la restauration, en mentionnant les établissements pouvant être « notamment » considérés comme tels. Le fait que parmi ces établissements figurent ceux qui vendent des mets ou des boissons « à consommer sur place » ne saurait à lui seul exclure l'activité de traiteur du domaine considéré. Il convient tout d'abord d'observer que le paragraphe de la clause en question traite des établissements assujettis à la convention étendue et non pas de ceux exclus du champ d'application. Par ailleurs, il découle de l'usage de l'adverbe « notamment » que la disposition considérée ne fournit qu'une énumération exemplative des établissements en cause. On ne saurait donc en déduire une volonté des auteurs de la CCT étendue de ne pas inclure les traiteurs dans les prestataires de services assujettis.
La recourante voit dans l'ajout apporté lors de la modification de la CCNT étendue de septembre 2005 l'indication que la CCNT de 1998 ne s'appliquait pas aux traiteurs et que, par conséquent, elle n'était pas assujettie à la convention étendue. C'est toutefois perdre de vue que si la déclaration d'extension permet d'étendre le champ d'application de la CCNT à tous les employeurs et travailleurs de la branche ou de la profession considérée, elle ne saurait élargir le champ d'application naturel qui a été assigné à la CCNT par ses signataires (arrêt du Tribunal fédéral 4C.409/1995 du 15 mai 1996 consid. 2a, in JAR 1997 265 p. 267; cf. ég. ARTHUR ANDERMATT ET AL., in Handbuch zum Kollektiven Arbeitsrecht, 2009, no 21 ad art. 1-21 AVEG; JEAN-FRITZ STÖCKLI, in Commentaire bernois, 1999, no 51 ad art. 356 CO et no 102 ad art. 356b CO; RÉMY WYLER, Droit du travail, 2e éd. 2008, p. 685; CHRISTIANE BRUNNER ET AL., in Commentaire du contrat de travail, 3e éd. 2004, no 12 ad art. 356 à 358 CO). Or, lorsque la recourante affirme que la modification de l'arrêté d'extension, opérée en septembre 2005, a étendu le champ d'application de la CCNT, en assimilant aux restaurants et cafés les entreprises livrant des mets prêts à être consommés, elle entre précisément dans ce dernier cas de figure, puisqu'elle élargit le champ d'application de la convention à un prestataire de services de restauration non soumis, à ses dires, à la convention. Dans la mesure où une telle extension est proscrite, le raisonnement de la recourante tombe à faux.
Par ailleurs, l'adjonction apportée en septembre 2005 ne peut que signifier, au regard de l'impossibilité d'étendre le champ d'application naturel de la convention, que les traiteurs entraient déjà dans le champ d'application de la CCNT et qu'il ne s'agit là que d'une précision apportée au texte initial.
Sur le vu de ce qui précède, l'autorité cantonale n'a pas enfreint le droit fédéral en considérant que la recourante était assujettie à la CCNT.
3. La recourante se plaint également d'une violation de l'art. 8 CC. A l'en croire, l'employé n'a pas prouvé avoir véritablement effectué les heures supplémentaires réclamées; il n'a de même pas établi les faits sur lesquels il fonde ses prétentions concernant les jours de vacances et de repos non pris et le droit au treizième salaire. La recourante reproche enfin à l'autorité cantonale d'avoir calculé le solde dû au titre des indemnités journalières de manière incorrecte et d'avoir ainsi enfreint l'art. 8 CC.
3.1 Pour toutes les prétentions fondées sur le droit civil fédéral, l'art. 8 CC, en l'absence de règles contraires, répartit le fardeau de la preuve et détermine, sur cette base, laquelle des parties doit assumer les conséquences de l'échec de la preuve (arrêt du Tribunal fédéral 4C.386/2006 du 18 avril 2007 consid. 4.1, non publié in <ref-ruling>; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 323). L'art. 8 CC ne prescrit cependant pas quelles sont les mesures probatoires qui doivent être ordonnées (<ref-ruling> consid. 2a p. 521 s.) et ne dicte pas au juge comment il doit former sa conviction (<ref-ruling> consid. 2d p. 25; <ref-ruling> consid. 3a p. 253). Ainsi, lorsque l'appréciation des preuves le convainc de la réalité ou de l'inexistence d'un fait, la question de la répartition du fardeau de la preuve ne se pose plus (<ref-ruling> consid. 2b/aa p. 277). Seul le moyen tiré d'une appréciation arbitraire des preuves est alors recevable, pour autant que le recours énonce le grief de manière suffisamment circonstanciée au sens de l'art. 106 al. 2 LTF.
3.2 L'autorité cantonale a tranché le grief de violation de l'art. 8 CC soulevé devant elle en jugeant que la critique n'avait pas de portée propre, dans la mesure où la recourante ne remettait pas en cause l'application par les premiers juges des règles sur le fardeau de la preuve, mais leur appréciation des preuves.
S'agissant des prétentions relatives aux heures supplémentaires et aux jours de repos et de vacances, la recourante reformule, dans le présent recours, exactement les mêmes critiques que celles soulevées devant la dernière instance cantonale, en faisant totalement fi des considérations émises par cette juridiction. En cela, le moyen est irrecevable. Au reste, le motif avancé par l'autorité cantonale pour nier toute violation de l'art. 8 CC est convaincant, puisque la question de la répartition du fardeau de la preuve ne se pose plus, lorsque l'appréciation des preuves a convaincu le juge qu'un fait est établi à satisfaction de droit ou réfuté. C'est en outre à tort que la recourante construit le raisonnement relatif au treizième salaire et aux indemnités journalières sur la non-application au cas d'espèce de la CCNT.
4. En définitive, le recours ne peut qu'être rejeté, dans la mesure de sa recevabilité.
5. Compte tenu de l'issue du recours, il convient de mettre les frais judiciaires à la charge de la recourante et de la condamner à verser à l'intimé une indemnité à titre de dépens (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de 2'500 fr., à payer à l'intimé à titre de dépens, est mise à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et au Tribunal cantonal de l'État de Fribourg, IIe Cour d'appel civil.
Lausanne, le 4 février 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: La Greffière:
Klett Crittin