Fatti:
A. V._, nata nel 1956, all'epoca dei fatti dipendente della ditta X._ SA e, in quanto tale, assicurata d'obbligo contro gli infortuni presso la Mobiliare Svizzera Società d'assicurazioni, in data 24 luglio 2003 è scivolata mentre stava scendendo le scale per entrare in piscina, riportando una contusione all'osso sacro e al coccige. Il caso è stato assunto dall'assicuratore infortuni, il quale ha corrisposto le prestazioni di legge.
Nonostante la persistenza dei dolori, la Mobiliare, mediante decisione del 10 giugno 2005, sostanzialmente confermata il 18 ottobre seguente anche in seguito all'opposizione interposta dall'interessata, ha negato, con effetto dal 1° giugno 2005, ogni ulteriore obbligo di prestazione per difetto del necessario nesso di causalità tra i disturbi lamentati e l'infortunio del 24 luglio 2003.
B. V._, patrocinata dall'avv. Michele Rusca, si è aggravata al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, il quale, disposti i propri accertamenti, tra i quali l'allestimento di una perizia medica giudiziaria, per pronuncia del 21 maggio 2007 ha accolto il gravame. Accertata l'esistenza di una relazione di causalità (naturale e adeguata) fra l'evento infortunistico e i disturbi accusati dall'insorgente, la Corte cantonale ha annullato la decisione su opposizione querelata e ha rinviato gli atti all'assicuratore infortuni per definire il diritto alle prestazioni dal profilo materiale e temporale.
C. Contestando il contenuto e l'attendibilità del referto peritale giudiziario, che non risponderebbe ai requisiti posti dalla giurisprudenza in materia, la Mobiliare, rappresentata dall'avv. Mattia A. Ferrari, ha interposto un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale, protestate spese e ripetibili, domanda l'annullamento del giudizio cantonale e il ripristino della decisione su opposizione.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1. La lite verte, in sostanza, sul tema di sapere se sussista, anche dopo il 1° giugno 2005, un nesso di causalità (naturale e adeguata) fra i disturbi lamentati da V._ e l'infortunio verificatosi il 24 luglio 2003.
2. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia il giudice di prime cure ha diffusamente esposto i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, evidenziando in particolare la necessità - indispensabile per ammettere l'obbligo prestativo dell'assicuratore infortuni - di stabilire un nesso di causalità naturale (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 181, 402 consid. 4.3.1 pag. 406 con riferimenti) e adeguata (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 181, 402 consid. 4.4.1 pag. 407 e i riferimenti ivi citati) tra l'evento infortunistico e il conseguente danno alla salute e rammentando i principi in materia di valutazione delle prove con particolare riferimento alla questione del valore probatorio attribuito ai referti peritali giudiziari (<ref-ruling> consid. 3b/aa pag. 352; <ref-ruling> consid. 1c pag. 160 e riferimenti). A tale esposizione può essere fatto riferimento e prestata adesione.
3. Basta pertanto qui ribadire che per determinarsi sull'esistenza di un rapporto di causalità naturale e sulla sua estinzione, il Tribunale deve ricorrere, in ambito medico, per necessità di cose, alle indicazioni del personale sanitario specializzato. Così, il giudice non si discosta, senza motivi impellenti, dalla valutazione di un perito giudiziario, il cui compito consiste per l'appunto nel fornire all'autorità giudiziaria le conoscenze specialistiche indispensabili per chiarire una determinata fattispecie dal profilo sanitario. Ragioni che possono indurre a non fondarsi su un tale referto sono ad esempio la presenza di affermazioni contraddittorie nella perizia stessa oppure l'esistenza di altri rapporti in grado di inficiarne la concludenza. In tale evenienza, la Corte giudicante può disporre una superperizia oppure scostarsi, senza necessità di ulteriori complementi, dalle conclusioni del referto peritale giudiziario (cfr. <ref-ruling> consid. 3b/aa pag. 353 e riferimenti).
4. Nel caso di specie, l'autorità giudiziaria cantonale, dopo avere proceduto a un'analisi degli atti medici all'inserto, ha pertinentemente ritenuto necessario disporre una perizia giudiziaria.
Esposta la pregressa situazione valetudinaria (anamnesi), preso atto delle dichiarazioni dell'assicurata e posta la diagnosi di coccigodinia posttraumatica, il perito dott. L._, capoclinica presso la clinica universitaria Y._, ha concluso con il grado di verosimiglianza preponderante richiesto in materia di assicurazioni sociali per l'esistenza di un nesso di causalità fra l'evento del 24 luglio 2003 e il danno alla salute anche dopo il 1° giugno 2005. Alla stessa conclusione è giunto in un successivo complemento di perizia anche il PD dott. H._, sostituto primario e responsabile della chirurgia vertebrale presso il citato nosocomio, dopo essere stato invitato dal primo giudice ad esprimersi su un parere del PD dott. K._, allegato dall'assicuratore infortuni.
5. Questa Corte non ravvisa alcun valido motivo per dipartirsi dalle chiare e convincenti conclusioni del dott. L._, in seguito confermate anche dal PD dott. H._, le quali, senza contraddizioni, rispondono a tutti i criteri posti dalla giurisprudenza in materia (consid. 3). Né sono suscettibili di modificare tale convincimento le censure, di ordine prevalentemente formale, sollevate dall'assicuratore insorgente.
Non può così essere seguita la tesi ricorsuale secondo cui la perizia giudiziaria sarebbe priva di ogni pertinenza per il motivo che il mandato peritale non è stato svolto dallo specialista designato dall'autorità giudiziaria cantonale (PD dott. H._), bensì da un medico in formazione cui quest'ultimo ha delegato l'incarico (dott. L._). Questa circostanza non è decisiva. In effetti, come il Tribunale federale delle assicurazioni ha già avuto occasione di precisare nell'ambito di una causa analoga (sentenza I 648/04 del 9 maggio 2005, consid. 4.1), è ammesso e riconosciuto che un mandato peritale affidato ad un primario o sostituto primario di un centro ospedaliero universitario possa essere delegato, ad esempio ad un capoclinica. Anche la circostanza che, in concreto, il PD dott. H._ non abbia controfirmato il referto peritale del dott. L._ non porta a giudizio diverso né toglie valore probatorio alla perizia stessa. Non si dimentichi poi che il PD dott. H._, pronunciandosi in un complemento peritale sulle valutazioni del PD dott. K._, critico nei confronti della perizia in oggetto, ha integralmente confermato le conclusioni cui era in precedenza pervenuto il dott. L._.
In esito alle suesposte considerazioni, l'autorità cantonale ben poteva - senza necessità di ricorrere a ulteriori accertamenti medici - fondare il proprio giudizio sulla perizia giudiziaria del dott. L._ e annullare la decisione su opposizione impugnata.
6. Ne segue che il ricorso, manifestamente infondato, dev'essere respinto secondo la procedura dell'<ref-law>. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 500.- sono poste a carico dell'assicuratore infortuni ricorrente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.