Sachverhalt:
A. Die Einwohnergemeindeversammlung von Strengelbach beschloss am 23. November 2007 eine Revision ihres Reglements über die Finanzierung von Erschliessungsanlagen vom 30. November 2001 (RFE). § 46 Abs. 1 und 2 RFE erhielt neu folgenden Wortlaut:
1Die Benützungsgebühr für die Abwasseranlage richtet sich nach dem Frischwasserverbrauch oder bei relevanten Abweichungen davon nach der Abwassermenge und wird pro m3 erhoben. Für Grosseinleiter gelten die Reduktionen gemäss Absatz 2.
2Grosseinleiter sind Abwassereinleiter mit einer jährlichen Abwassermenge von 50'000 m3 oder mehr.
Die Benützungsgebühr für Grosseinleiter wird wie folgt bemessen:
a) Die Gebühren für die Ableitung und Reinigung des Abwassers, die seitens des Abwasserverbands der Gemeinde in Rechnung gestellt werden, werden dem Grosseinleiter direkt weiterverrechnet.
b) Die Benützungsgebühr nach der Abwassermenge, abzüglich der bereits abgerechneten Gebühren seitens des Abwasserverbands (ein allfälliger Verschmutzungszuschlag wird nicht abgezogen), wird wie folgt bemessen:
- für die ersten 50'000 m3: keine Reduktion
- für die nächsten 50'000 m3: 15 % Reduktion
- 100'000 m3 und mehr: 30 % Reduktion
Die neue Bestimmung ist am 1. Oktober 2008 in Kraft getreten. Sie findet einzig auf die X._ AG Anwendung, die als ...-betrieb grosse Wassermengen benötigt. Um die durch die Reglementsänderung bewirkte Gebührenerhöhung zu mildern, gilt während dreier Jahre ab Inkrafttreten eine Übergangsregelung mit zusätzlichen Ermässigungen.
Die X._ AG focht die neue Regelung am 14. Juli 2008 mit einem Begehren um prinzipale Normenkontrolle beim Verwaltungsgericht des Kantons Aargau an. Dieses wies das Normkontrollbegehren am 13. März 2009 ab.
B. Die X._ AG beantragt dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 1. Mai 2009, das erwähnte Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben.
Die Einwohnergemeinde Strengelbach ersucht um Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
C. Die Beschwerdeführerin hat sich am 14. August 2009 unaufgefordert zur Vernehmlassung der Gemeinde Strengelbach geäussert, und diese hat zur Eingabe jener ebenfalls unaufgefordert Stellung genommen. Mit Rechtsschrift vom 30. Juli 2010 wies die Beschwerdeführerin ergänzend auf ein Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 18. November 1986 hin.
D. Die Praxis des Bundesgerichts ist bezüglich der Frist zur Einleitung eines kantonalen Normenkontrollverfahrens im Sinne der nachstehenden Erwägungen (E. 1.4) zu präzisieren. Insoweit hat die II. öffentlich-rechtliche Abteilung des Bundesgerichts gemäss <ref-law> die Zustimmung sämtlicher Abteilungen des Bundesgerichts eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerdeführerin ficht eine Bestimmung eines kommunalen Erlasses an. Nach <ref-law> ist gegen kantonale und damit auch gegen kommunale Erlasse die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig. Die Ausnahmen gemäss <ref-law> finden bei Beschwerden gegen Erlasse (abstrakte Normenkontrolle) keine Anwendung (Urteil des Bundesgerichts 2C_561/2007 vom 6. November 2008 E. 1.1.1, in: ZBl 110/2009 S. 571).
1.2 In der Beschwerdeschrift wird ausdrücklich nur der Antrag gestellt, den vorinstanzlichen Entscheid aufzuheben. Es ergibt sich indessen aus deren Begründung, dass die Beschwerdeführerin die Aufhebung des neu beschlossenen § 46 Abs. 1 und 2 RFE bzw. die Unterlassung von dessen Inkraftsetzung erreichen will. Insoweit ist von einem im Sinne von <ref-law> rechtsgenüglichen und zulässigen Begehren auf Aufhebung einer Norm auszugehen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 414 f.).
1.3 Die Beschwerde gegen einen Erlass ist gemäss <ref-law> innert 30 Tagen nach der nach dem kantonalen Recht massgebenden Veröffentlichung des Erlasses beim Bundesgericht einzureichen. Bei Änderung eines Regelwerks läuft die Beschwerdefrist nicht erneut für den gesamten Erlass, sondern grundsätzlich nur bezüglich der neuen oder geänderten Bestimmungen, so dass auch nur diese anfechtbar sind (vgl. <ref-ruling> E. 1b/aa S. 224 f. mit Hinweisen; zum BGG: Urteil 2C_462/2007 vom 11. September 2007 E. 2.2.2, in: StE 2008 A 21.2 Nr. 4).
1.3 Die Beschwerde gegen einen Erlass ist gemäss <ref-law> innert 30 Tagen nach der nach dem kantonalen Recht massgebenden Veröffentlichung des Erlasses beim Bundesgericht einzureichen. Bei Änderung eines Regelwerks läuft die Beschwerdefrist nicht erneut für den gesamten Erlass, sondern grundsätzlich nur bezüglich der neuen oder geänderten Bestimmungen, so dass auch nur diese anfechtbar sind (vgl. <ref-ruling> E. 1b/aa S. 224 f. mit Hinweisen; zum BGG: Urteil 2C_462/2007 vom 11. September 2007 E. 2.2.2, in: StE 2008 A 21.2 Nr. 4).
1.4 1.4.1 Kennt das kantonale Recht - wie hier - ein Verfahren der abstrakten Normenkontrolle, ist zunächst dieses zu durchlaufen (vgl. Art. 87 Abs. 2 in Verbindung mit <ref-law>). Das ist vorliegend geschehen. Die 30-tägige Frist (<ref-law>) zur Beschwerde an das Bundesgericht beginnt alsdann erst mit der Eröffnung des letztinstanzlichen kantonalen Normenkontrollentscheids (<ref-ruling> E. 1.1 S. 158). Die Beschwerdeführerin hat diese Frist eingehalten, da ihr der angefochtene Entscheid am 1. April 2009 zugestellt wurde.
1.4.2 Allerdings muss das kantonale Normenkontrollverfahren ebenfalls innert der von der kantonalen Gesetzgebung bestimmten Frist angehoben worden sein. Ist die Anfechtung eines Erlasses - wie im Kanton Aargau - "jederzeit" zulässig (§ 68 des hier noch massgeblichen Aargauer Gesetzes vom 9. Juli 1968 über die Verwaltungsrechtspflege bzw. § 70 der neuen Fassung vom 4. Dezember 2007), so ist diese nach der unter dem Bundesrechtspflegegesetz vom 16. Dezember 1943 (OG; BS 3 531) entwickelten Praxis innert einer "üblichen" Rechtsmittelfrist einzuleiten. Andernfalls kann beim Bundesgericht keine abstrakte, sondern nur noch eine inzidente bzw. akzessorische Normenkontrolle verlangt werden (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 318 ff.; <ref-ruling> E. 3 S. 214 f.; <ref-ruling> E. 2 S. 271 f.; <ref-ruling> E. 1.1 S. 158 f.). Es besteht kein Anlass, davon unter dem Regime des Bundesgerichtsgesetzes abzuweichen, zumal insoweit keine vom Bundesrechtspflegegesetz abweichende Regelung getroffen wurde (ebenso: HEINZ AEMISEGGER/KARIN SCHERRER, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2008, N. 3 zu <ref-law>).
1.4.3 Das Bundesgericht hat bisher aber nicht klargestellt, was unter einer "üblichen" Rechtsmittelfrist zu verstehen ist bzw. ab welchem Zeitpunkt diese läuft. Teils führte es aus, die abstrakte Normenkontrolle durch das Bundesgericht solle nicht mehr stattfinden, wenn das kantonale Normenkontrollverfahren "erst Monate oder Jahre nach der Publikation des angefochtenen Erlasses" bzw. "viele Monate oder gar Jahre nach Inkrafttreten des Erlasses" eingeleitet worden ist (<ref-ruling> E. 5c und e S. 319 f.: Anfechtung zwei Jahre nach Genehmigung eines Zonenplans; BGE <ref-ruling> E. 2 S. 272: Anfechtung rund zwanzig Jahre nach Inkrafttreten). Teils erklärte es zwar, der Betreffende müsse die Anfechtung auf kantonaler Ebene innert 30 Tagen einleiten, sofern er sich die Möglichkeit einer abstrakten Normenkontrolle durch das Bundesgericht vorbehalten wolle. Ab wann genau diese 30-tägige Frist zu laufen beginnen soll, präzisierte es jedoch nicht (BGE <ref-ruling> E. 3 S. 215). In einem späteren Entscheid hielt es fest, das kantonale Normenkontrollverfahren müsse "unmittelbar im Anschluss an den Erlass" der beanstandeten Bestimmung eingeleitet worden sein. Ein rund zweimonatiges Zuwarten schade nicht, wenn die Bestimmung noch der Genehmigung durch eine andere Behörde bedürfe. Wie es sich mit der "üblichen" Rechtsmittelfrist letztlich verhält, liess es aber ausdrücklich offen. Solange es an der konstitutiven Genehmigung fehle, sei die kantonale Anfechtung auf jeden Fall als rechtzeitig erfolgt zu betrachten (BGE <ref-ruling> E. 1.1 S. 159).
1.4.4 Die bisherige bundesgerichtliche Praxis lehnte eine zeitlich unbefristete abstrakte Normenkontrolle auf Bundesebene vor allem deshalb ab, weil ein Erlass beim Bundesgericht nur innert einer begrenzten Zeit direkt angefochten werden kann (vgl. Art. 89 OG und <ref-law>). Auch das Rechtsschutzbedürfnis des Bürgers verlangt nicht eine derartig weite Anfechtungsmöglichkeit, da sich dieser nach dem Inkrafttreten eines kantonalen Erlasses immer noch gegen einen konkreten Anwendungsakt zur Wehr setzen kann (vgl. <ref-ruling> E. 5a-c S. 318 ff.). Ausserdem verfolgt die abstrakte Normenkontrolle den Zweck, die Geltung unzulässiger Vorschriften zu verhindern. Dieser Zweck tritt zurück, wenn die beanstandeten Regelungen schon seit längerer Zeit angewendet werden.
Solange ein Erlass nicht in Kraft getreten ist, entfaltet er hingegen noch keine Rechtswirkungen für die Bürger. Die erwähnten Gründe, die gegen eine zeitlich unbegrenzte Zulassung der abstrakten Überprüfung von Erlassen durch das Bundesgericht sprechen, entfallen daher. Auch besteht vor dem Inkrafttreten des Erlasses noch keine Möglichkeit, einen Anwendungsakt anzufechten und dadurch eine inzidente Normenkontrolle zu erreichen.
Demzufolge rechtfertigt sich, die "übliche" Rechtsmittelfrist von 30 Tagen erst mit dem Inkrafttreten der beanstandeten Bestimmungen laufen zu lassen, wenn ein Kanton auf seiner Ebene keine anderen Fristen für die abstrakte Normenkontrolle vorsieht. Diese 30-tägige Frist soll die Betreffenden jedoch nicht daran hindern, das Verfahren beim kantonalen Gericht schon vor dem Inkrafttreten des Erlasses einzuleiten, soweit das im Kanton zulässig ist (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1.1 S. 159; <ref-ruling> E. 3 S. 214 f.).
1.4.5 Die angefochtene Reglementsbestimmung wurde am 23. November 2007 von der Einwohnergemeindeversammlung beschlossen. Die nach kantonalem Recht ab Veröffentlichung laufende Frist, um eine Urnenabstimmung zu verlangen (fakultatives Referendum) lief in der Folge unbenützt ab. Daher wurde der Beschluss der Gemeindeversammlung gemäss §§ 31 f. des Aargauer Gesetzes vom 19. Dezember 1978 über die Einwohnergemeinden rechtsgültig. Letztgenannter Umstand wurde am 3. bzw. 5. Januar 2008 amtlich mitgeteilt. Die interessierende Änderung des Reglements trat am 1. Oktober 2008 in Kraft, während die Beschwerdeführerin das kantonale Rechtsmittel am 14. Juli 2008 erhob.
1.4.6 Nach dem Dargelegten hat die Beschwerdeführerin das kantonale Normenkontrollverfahren rechtzeitig eingeleitet, da sie noch vor dem Inkrafttreten der angefochtenen Reglementsänderung an die Vorinstanz gelangt ist. Dass zwischen der Rechtsgültigkeit des Beschlusses der Gemeindeversammlung und der Anfechtung ungefähr ein halbes Jahr lag, schadet nicht. Solange die geänderten Bestimmungen nicht in Kraft getreten waren, bestand mangels abweichender kantonaler Fristenregelung keine Veranlassung, sie innert einer bestimmten Zeit anzufechten.
1.5 Die Beschwerdeführerin ist schliesslich auch zur Rechtsmittelerhebung befugt, da die angefochtene Norm für sie eine Gebührenbelastung zur Folge hätte (vgl. <ref-law>).
2. Die angefochtene Norm regelt die Benützungsgebühr für die Abwasserentsorgung. Die Beschwerdeführerin wendet sich nicht gegen die Erhebung einer solchen Benützungsgebühr, rügt hingegen deren Ausgestaltung. Nach ihrer Auffassung können mit einer Gebühr, die sich allein nach der Abwassermenge bemisst, wohl die Kosten für die Beseitigung des verschmutzten Abwassers finanziert werden, jedoch nicht der Aufwand für die neu erstellten Regenbehandlungsanlagen sowie für die Entsorgung des in die Kanalisation eingeleiteten Fremdwassers (Wasser von Strassen, Plätzen, Gebäuden und Bächen). Die angefochtene Norm verletze deshalb das Verursacherprinzip (<ref-law> sowie Art. 3a und 60a GSchG [SR 814.20]), das Äquivalenzprinzip, das Rechtsgleichheitsgebot (<ref-law> und § 10 KV/AG [SR 131.227]) und das Willkürverbot (<ref-law>).
3. In der Gemeinde Strengelbach haben die Benützungsgebühren für die Abwasserbeseitigung die kommunalen Aufwendungen in diesem Bereich zu 100 % zu decken (§ 45 RFE). Diese Abgaben dienen damit auch dazu, die umstrittenen Kosten für die Regenbehandlungsanlagen und die Fremdwasserbeseitigung zu finanzieren. Die Gemeinde erhebt zwar auch Erschliessungsbeiträge (§§ 40 f. RFE) und Anschlussgebühren (§§ 42 ff. RFE). Sie erklärt jedoch, dass die Erträge aus diesen Abgaben nicht für die Finanzierung der Regenbehandlungsanlagen und der Fremdwasserbeseitigung verwendet werden.
Die Benützungsgebühr bemisst sich gemäss der seit 1. Oktober 2008 geltenden Reglementsfassung grundsätzlich nach dem Frischwasserverbrauch, bei relevanten Abweichungen nach der Abwassermenge (§ 46 Abs. 1 RFE). Für Grosseinleiter mit einer jährlichen Abwassermenge von 50'000 m3 oder mehr, wozu zurzeit allein die Beschwerdeführerin zählt, gilt eine Sonderregelung. Danach bemisst sich die Benützungsgebühr nach der Abwassermenge. Davon ist jedoch zunächst die vom Abwasserverband Region Zofingen, dem die Gemeinde Strengelbach angehört, gesondert in Rechnung gestellte und von der Gemeinde dem Grosseinleiter direkt weiterverrechnete Gebühr abzuziehen. Auf dem verbleibenden Restbetrag werden bei Abwassermengen über 50'000 m3 bzw. über 100'000 m3 Gebührenreduktionen gewährt (§ 46 Abs. 2 RFE).
4. 4.1 Die Vorinstanz legt im angefochtenen Entscheid die Tragweite des Verursacher- und des Äquivalenzprinzips und die sich darauf beziehende bundesgerichtliche Rechtsprechung zutreffend dar. Sie verweist zu Recht auch darauf, dass die Gemeinden bei der Ausgestaltung ihrer Gebührenregelungen einen erheblichen Spielraum besitzen und ihnen das Bundesrecht nicht die Wahl eines bestimmten Systems oder bestimmter Bemessungskriterien vorschreibt (vgl. <ref-ruling> E. 5b/bb S. 55).
4.2 Nach der vor dem 1. Oktober 2008 geltenden Fassung von § 46 Abs. 2 RFE hatten Grossbetriebe wie die Beschwerdeführerin neben den vom Abwasserverband gesondert in Rechnung gestellten Kosten Benützungsgebühren für die kommunale Abwasserbeseitigung - wie die übrigen Abwassereinleiter - lediglich entsprechend dem Frischwasserbezug von der Gemeinde zu entrichten. Da die Beschwerdeführerin über eine eigene Quelle verfügt, benötigt sie nur wenig Frischwasser der Gemeinde und bezahlte daher für die Benützung des kommunalen Kanalisationsnetzes nur sehr geringe Gebühren, obwohl sie dieses Netz stark beansprucht. Die Vorinstanz erklärt zu Recht, dass diese frühere Regelung mit dem Verursacherprinzip und dem Gleichbehandlungsgebot nicht zu vereinbaren war. Nach der Rechtsprechung müssen die periodischen Benützungsgebühren für die Beseitigung des Abwassers der tatsächlichen Inanspruchnahme der Anlagen Rechnung tragen (vgl. Urteil 2C_417/2007 vom 11. Januar 2008 E. 5.2, in: URP 2008 S. 816 und die dortigen Hinweise). Zutreffend ist ebenfalls, wenn die Vorinstanz darauf hinweist, dass Grossbetriebe nach den genannten verfassungsrechtlichen Grundsätzen auch zur Tragung der Kosten heranzuziehen sind, welche durch die Abführung des Fremdwassers bei der Gemeinde anfallen. Denn gerade Industriebetriebe weisen regelmässig grössere versiegelte Flächen auf, von denen - soweit keine Versickerungsanlagen vorhanden sind - Fremdwasser in die Kanalisation gelangt.
4.3 Es ist demnach nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz zum Schluss gelangt, dass die Beschwerdegegnerin auch von Grossbetrieben Gebühren zur Finanzierung der Fremdwasserbeseitigung und der dafür benötigen Anlagen erheben darf. Die Beschwerdeführerin bestreitet dies im Grundsatz auch gar nicht, sondern wendet sich nur gegen eine Bemessung dieser Gebühren nach der Menge des eingeleiteten - verschmutzten - Abwassers. Die Vorinstanz spricht dieser Kritik eine gewisse Berechtigung nicht ab und räumt ausdrücklich ein, dass es verursachergerechter wäre, die Gebühr für die Kosten der Fremdwasserbeseitigung nach Flächen oder dem effektiven Anfall zu bemessen. Sie hält diesen Umstand jedoch aus Gründen der Praktikabilität nicht für ausschlaggebend. Bei einer gesamthaften Betrachtung betrage der Anteil, den die Beschwerdeführerin an die Kosten der kommunalen Abwasserbeseitigung zu bezahlen habe, weniger als 40 %, während von ihrem Betrieb rund 50 % der gesamten Abwassermenge der Gemeinde ausgehe.
5. Der Abwasserverband Region Zofingen stellt den angeschlossenen Gemeinden die Netzkosten und die Kosten für die Abwasserreinigungsanlage (ARA-Kosten) in Rechnung. Zu den Ersteren zählen der Aufwand für den Verbandskanal und für das Regenpufferbecken der Abwasserreinigungsanlage. Ebenfalls dazu gehören die Jahreskosten der Regenbehandlungsanlagen. Die ARA-Kosten gliedern sich in eine Position für Schmutzwasser und eine solche für Fremdwasser. Der Abwasserverband rechnet die Schmutzwasserkosten und die Netzkosten mit Ausnahme des Aufwands für die Regenbehandlungsanlagen für die Grossverteiler nach der eingeleiteten Schmutzwassermenge separat ab. Die Auslagen für die Regenbehandlungsanlagen werden den Gemeinden nach dem Überbauungsgrad des Gemeindegebiets - den sog. reduzierten Flächen -, jene für das Fremdwasser nach dessen Anteil an der gesamten eingeleiteten Wassermenge festgesetzt.
Nach den unbestrittenen Angaben im angefochtenen Entscheid betrugen die von der Gemeinde Strengelbach zu tragenden Kosten für die Regenbehandlungsanlagen im Jahr 2006 Fr. 83'827.-- und jene für das eingeleitete Fremdwasser Fr. 102'300.--. Nach §§ 45 und 46 RFE ist dieser Aufwand vollumfänglich mit Benützungsgebühren zu finanzieren, die - gemäss der ab dem 1. Oktober 2008 geltenden Reglementsfassung - nach dem Frischwasserbezug bzw. bei Grosseinleitern nach der eingeleiteten Schmutzwassermenge erhoben werden. Die Beschwerdeführerin macht geltend, dass sie diese Verlegung angesichts ihrer grossen Abwassermenge besonders hart treffe. Sie habe zur Folge, dass sie jährlich rund Fr. 25'000.-- an die Regenbehandlungsanlagen und rund Fr. 30'000.-- für die Fremdwasserentsorgung zu bezahlen habe. Die Aufstellung, welche die Gemeinde mit ihrer Vernehmlassung für das Jahr 2008 einreicht, bestätigen diese Beträge.
6. 6.1 Im Unterschied zu den übrigen Netz- und ARA-Kosten verteilt der Abwasserverband den Aufwand für die Regenbehandlungsanlagen und die Fremdwasserentsorgung nicht nach der Schmutzwasser- bzw. Frischwassermenge auf die Gemeinden, sondern nach der reduzierten Fläche bzw. deren prozentualen Anteil an der gesamten eingeleiteten Menge. Wie aus dem Bericht der Künzler&Partner AG vom 15. Mai 1996 hervorgeht, sollte damit eine verursachergerechte Kostenverteilung sichergestellt werden. Das hebt auch die Vorinstanz hervor. Sie weist ausserdem zu Recht darauf hin, dass Fremdwasser grundsätzlich nicht in die Kanalisation einzuleiten ist (<ref-law>) und durch eine verursachergerechte Kostenverrechnung ein Anreiz geschaffen werden sollte, solche Einleitungen möglichst gering zu halten.
6.2 Nach der Auffassung des Verwaltungsgerichts sollen diese Erwägungen bei der Verteilung der fraglichen Kosten auf die Benützer der Abwasserbeseitigungsanlagen nicht gelten. Es geht zwar zu Recht davon aus, dass das Bundesrecht - wie erwähnt - den Gemeinden die Verwendung bestimmter Bemessungskriterien bei der Gebührenerhebung nicht vorschreibt und sie deshalb nicht verpflichtet sind, die Kosten für die Fremdwasserbehandlung den Benützern in genau gleicher Weise weiterzuverrechnen, wie sie ihnen vom Abwasserverband in Rechnung gestellt werden. <ref-law> verlangt indessen, dass bei der Ausgestaltung der Abgaben die Art und die Menge des erzeugten Abwassers berücksichtigt werden. Das hauptsächlich aus Niederschlag bestehende Fremdwasser ist in der Regel unverschmutzt, so dass auch bei der an sich unerwünschten Einleitung in die Kanalisation nur geringfügige Betriebskosten entstehen. Es unterscheidet sich damit wesentlich vom Schmutzwasser, was gemäss <ref-law> bei der Bemessung der Benützungsgebühren nicht ausser Acht gelassen werden darf (vgl. auch HANS W. STUTZ, Schweizerisches Abwasserrecht, Zürich 2008, S. 195). Als Konsequenz davon verlangt das Bundesgericht in seiner bisherigen Rechtsprechung, dass für verschmutztes und unverschmutztes Abwasser unterschiedliche Verteilungsschlüssel vorzusehen sind. Es ist deshalb nicht zulässig, die Gebühren für die Beseitigung der beiden Abwasserarten nach dem gleichen mengenmässigen Tarif zu bestimmen (vgl. Urteil 2P.209/2003 vom 23. März 2004 E. 3.3, teilweise in: URP 2004 S. 211). Weiter hat das Bundesgericht einen Entscheid des Berner Verwaltungsgerichts bestätigt, in dem dieses die Erhebung einer Gebühr als bundesrechtswidrig erklärte, bei deren Bemessung eine Gemeinde auch unverschmutztes Abwasser berücksichtigte, das gar nicht in die Kanalisation, sondern in einen Bach eingeleitet wurde (Urteil 2P.144/2006 vom 27. Juli 2006, teilweise in: URP 2006 S. 807).
6.3 Wie bereits dargelegt dient die Benützungsgebühr gemäss § 46 RFE ebenfalls der Finanzierung der Beseitigung des Fremdwassers. Sie wird jedoch auch in diesem Umfang nach der Schmutzwassermenge bzw. dem Frischwasserverbrauch bemessen, lässt also sowohl die Menge des Fremdwassers als auch den Umstand, dass dieses nicht verschmutzt ist, völlig ausser Acht. Die Regelung verletzt deshalb <ref-law>. Mit Blick auf die Beschwerdeführerin verstösst sie aber auch gegen das Äquivalenzprinzip. Wie sich aus den Akten - insbesondere auch aus den Vernehmlassungsbeilagen der Gemeinde Strengelbach ergibt - stammen rund 30 % der gesamten kommunalen Abwassermenge von ihr (und nicht rund 50 %, wie das Verwaltungsgericht annimmt). Das hat zur Folge, dass sie nach § 46 RFE auch 30 % der kommunalen Kosten für die Fremdwasserbeseitigung zu tragen hat, obwohl offensichtlich ist, dass sie bei weitem nicht in diesem Umfang Fremdwasser in die Kanalisation einleitet. Die Höhe der Abgabe steht damit nicht in einem vernünftigen Verhältnis zum Wert der Leistung, welche die Gemeinde erbringt und verletzt deshalb das Äquivalenzprinzip (vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 52). Der Einwand der Gemeinde, dass bei Grosseinleitern die Abgabenlast durch Gewährung von Reduktionen bei grossen Abwassermengen gemildert werde, ändert daran nichts. Denn die Mengenrabatte betreffen die Benützungsgebühr insgesamt und stehen in keinem Zusammenhang zu den Fremdwassermengen, die von Grosseinleitern stammen. Ausserdem erweisen sie sich im Lichte des Verursacherprinzips als problematisch, weil dadurch grössere Schmutzwassereinleitungen finanziell begünstigt werden und damit ein Anreiz zur Verringerung der Abwassermengen entfällt.
7. 7.1 Die Vorinstanz und die Gemeinde Strengelbach verkennen nicht, dass § 46 RFE den Anforderungen des Verursacher- und des Äquivalenzprinzips nicht genügt, wenn die Fremdwasserkosten für sich allein betrachtet werden. Sie sind indessen der Auffassung, die genannten Prinzipien müssten nicht für alle Kostenstellen je einzeln eingehalten werden. Es genüge vielmehr, wenn sie bei einer gesamthaften Betrachtung respektiert würden. Die Beschwerdegegnerin verweist auch darauf, dass - nach Angaben in der Literatur (STUTZ, a.a.O, S. 193; ANDRÉ MÜLLER, Finanzierung der kommunalen Abwasserentsorgung aus ökonomischer Sicht, URP 1999 S. 515) - noch zahlreiche Schweizer Gemeinden aus praktischen Gründen lediglich eine mengenabhängige Abwassergebühr vorsähen.
7.2 Es braucht an dieser Stelle nicht generell beurteilt zu werden, ob eine mengenbezogene Einheitsgebühr für das Abwasser den bundesrechtlichen Anforderungen in allen Fällen widerspricht oder sich unter bestimmten Umständen - etwa in den Gemeinden mit homogenen Verhältnissen und lediglich geringen Fremdwasserkosten - rechtfertigen lässt. In der Gemeinde Strengelbach belaufen sich die Kosten für die Fremdwasserbeseitigung und die Regenbehandlungsanlagen auf jährlich rund Fr. 186'000.--. Das entspricht rund einem Viertel des gesamten Aufwands für die kommunale Abwasserbeseitigung. Wenn <ref-law> eine Differenzierung der Gebühren nach der Art des Abwassers verlangt, kann ein Anteil in dieser Grössenordnung nicht vernachlässigt werden. Das gilt auch mit Blick auf das Äquivalenzprinzip. Soweit die Kosten für einzelne staatliche Aufgaben feststehen und einen erheblichen Umfang annehmen, hat der einzelne Abgabepflichtige Anspruch darauf, dass der von ihm zu tragende Anteil in einer vernünftigen Relation zu der von ihm beanspruchten Leistung steht. Eine differenziertere Erhebung der Abwassergebühren ist auch unter praktischen Gesichtspunkten ohne weiteres möglich. So sind Regelungen weit verbreitet, die neben dem Mengenpreis auch eine besondere Abgabe für die Regenwasserentsorgung oder eine Grundgebühr vorsehen, die auch der Deckung der durch das Fremdwasser verursachten Kosten dient. Auch nach dem neuen Musterreglement "Finanzierung von Erschliessungsanlagen", welches das Departement Bau, Verkehr und Umwelt des Kantons Aargau im März 2010 erlassen hat und das im Internet abrufbar ist, setzen sich die Benützungsgebühren für die Abwasserentsorgung aus einer nach der Gebäude- und der entwässerten Hartfläche bemessenen Grundgebühr (§ 33) und einer mengenabhängigen Verbrauchsgebühr (§ 34) zusammen. Gemäss den dem Musterreglement beigefügten Erläuterungen sollen mit der Grundgebühr namentlich auch die Kosten der Ableitung des Meteorwassers gedeckt werden. Eine Aufteilung der Benützungsgebühren in eine Grundgebühr und einen Mengenpreis wird ausserdem von den Fachvereinigungen empfohlen (vgl. Richtlinie vom März 1994 über die Finanzierung auf Gemeinde- und Verbandsebene des Verbands Schweizer Abwasser- und Gewässerschutzfachleute [VSA] und des Schweizerischen Städteverbands/Fachorganisation für Entsorgung und Strassenunterhalt [FES], Module 11 und 12).
8. 8.1 Aus diesen Erwägungen verstösst § 46 Abs. 1 und 2 RFE gegen das Verursacher- und das Äquivalenzprinzip. Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen, und es sind der angefochtene Entscheid und § 46 Abs. 1 und 2 RFE aufzuheben. Zur Neuregelung der Kosten und Entschädigungen des vorinstanzlichen Verfahrens ist die Sache an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
8.2 Die bundesgerichtlichen Kosten sind bei diesem Verfahrensausgang und angesichts der auf dem Spiel stehenden Vermögensinteressen der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Diese hat überdies die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau vom 13. März 2009 und § 46 Abs. 1 und 2 des Reglements über die Finanzierung von Erschliessungsanlagen der Gemeinde Strengelbach vom 30. November 2001 in der Fassung vom 23. November 2007 werden aufgehoben.
Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten und Entschädigungen des vorinstanzlichen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 15'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 4. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. Oktober 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Merz