Sachverhalt:
A. A.a Am 19. Juli 2004 mandatierte die im Kunsthandel tätige X._ AG (Beklagte, Beschwerdeführerin) Rechtsanwalt A._ (Kläger, Beschwerdegegner), um für sie in diversen Angelegenheiten beratend und forensisch tätig zu werden. In der Folge betreute A._ die X._ AG intensiv und in zahlreichen Mandaten und es entstand dabei ein enges berufliches, sogar freundschaftliches Verhältnis mit deren Organ.
Die X._ AG leistete im Jahre 2004 Kostenvorschüsse in der Höhe von insgesamt Fr. 55'000.--; ab Januar 2005 blieben die monatlichen Honorarrechnungen jedoch mehrheitlich offen.
A.b Als Akonto seiner Honorarforderung händigte die X._ AG im Jahre 2005 oder 2006 A._ zwei Kunstwerke von B._ aus, wobei sich die Parteien einig waren, dass der Kaufpreis der Werke - der nicht bestimmt wurde - mit den Honorarforderungen verrechnet werden sollte. Die Kunstwerke befinden sich seit daher im Besitz von A._.
A.c Mit Schreiben vom 26. Oktober 2006 legte A._ sämtliche Mandate nieder und stellte der X._ AG für die offenen Honorarrechnungen in der Höhe von Fr. 112'124.70 Rechnung.
B. B.a Am 8. April 2009 reichte A._ beim ehemaligen Gerichtskreis XIII Obersimmental-Saanen eine Forderungsklage gegen die X._ AG ein, mit dem Begehren, die X._ AG sei zu verurteilen, ihm einen Betrag von Fr. 112'124.70 zuzüglich Zins zu 5 % seit dem 30. November 2005 zu bezahlen und es sei der Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. yyy._ des Betreibungsamtes Zug zu beseitigen und ihm die provisorische Rechtsöffnung zu erteilen.
Mit Entscheid vom 27. Mai 2011 verurteilte der Gerichtspräsident des Regionalgerichts Oberland die Beklagte zur Bezahlung von Fr. 110'234.70 nebst Zins zu 5 % seit dem 30. November 2005 und beseitigte den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. yyy._ des Betreibungsamtes Zug in diesem Umfang. Sodann verurteilte es den Kläger, die beiden Bilder von B._ der Beklagten zurück zu geben.
B.b Gegen dieses Urteil erhob sowohl der Kläger als auch die Beklagte Berufung an das Obergericht des Kantons Bern. Mit Entscheid vom 7. Februar 2012 hob das Obergericht die Dispositivziffer 3 (Rückgabe der beiden Bilder) des Urteils des Regionalgerichts Oberland auf und verurteilte die Beklagte, dem Kläger den Betrag von Fr. 110'684.70 nebst Zins zu 5 % seit dem 1. November 2006 zu bezahlen und beseitigte den Rechtsvorschlag in der Betreibung Nr. yyy._ des Betreibungsamtes Zug in diesem Umfang.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beklagte dem Bundesgericht, der Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 7. Februar 2012 sei aufzuheben und die Klage abzuweisen. Eventualiter sei die Streitsache zur Neubeurteilung oder Vervollständigung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Der Kläger beantragt die Abweisung der Beschwerde; die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht unaufgefordert eine Replik, der Beschwerdegegner eine Duplik eingereicht.
D. Mit Präsidialverfügung vom 4. April 2012 wurde der Beschwerde die aufschiebende Wirkung erteilt und mit Präsidialverfügung vom 30. April 2012 wurde das Gesuch um Sicherstellung des Beschwerdegegners abgewiesen.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
Das angefochtene Urteil des Obergerichts des Kantons Bern ist ein verfahrensabschliessender Endentscheid (<ref-law>) einer letzten kantonalen Instanz (<ref-law>). Der erforderliche Streitwert nach <ref-law> ist erreicht. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Beschwerde - unter Vorbehalt einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - einzutreten.
2. 2.1 In tatsächlicher Hinsicht legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 401).
Die Vorinstanz stellte fest, dass aus den von der Beschwerdeführerin eingereichten Dokumenten keine Rüge hinsichtlich der Art der Rechenschaftsablegung des Beschwerdegegners bzw. deren Detailgrads habe entnommen werden können. Die erste schriftliche Rüge seitens der Beschwerdeführerin sei erst im August 2006 erfolgt, womit erstellt sei, dass die Beschwerdeführerin die Leistungen des Beschwerdegegners zumindest bis im August 2006 vorbehaltlos angenommen habe. Die Beschwerdeführerin wendet demgegenüber ein, sie sei nur bis und mit Februar 2005 mit den Leistungen des Beschwerdegegners zufrieden gewesen. Sie habe sich bei jedem Erhalt einer monatlichen Honorarrechnung gefragt, weshalb diese so hoch ausgefallen sei. Aus ihrer Nichtbezahlung dieser Rechnungen müsse deshalb geschlossen werden, dass sie die Rechnungen des Beschwerdegegners betragsmässig nicht akzeptiert und insbesondere die Rechenschaftslegung des Beschwerdegegners nicht geduldet habe.
Damit vermag die Beschwerdeführerin keine Willkür in der Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz auszuweisen. Es mag sein, dass die Beschwerdeführerin die Höhe und den Bestand der monatlichen Honorarrechnungen des Beschwerdegegners nicht nachvollziehen konnte. Sie bringt aber nicht vor, dass sie die Rechnungen des Beschwerdegegners oder deren Detaillierungsgrad bereits vor Beendigung des Mandats während der gut zweijährigen Zusammenarbeit gerügt hätte. Allein die Behauptung, dass sie die monatlichen Rechnungen aus diesem Grund nicht bezahlt habe, lässt die vorinstanzliche Feststellung nicht willkürlich erscheinen.
2.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254; <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 389; <ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
3. Die Beschwerdeführerin rügt die durch den Beschwerdegegner geltend gemachte Honorarforderung. Sie macht einerseits geltend, der Beschwerdegegner habe in seiner Klageschrift den Substanziierungsanforderungen nicht genüge getan und sei andererseits den auftragsrechtlichen Rechenschaftsablegungspflichten nicht nachgekommen.
3.1 Die Beschwerdeführerin bringt vor, der Beschwerdegegner habe sich in seiner Klageschrift damit begnügt, bezüglich der Zusammensetzung seiner Honorarforderung auf seine Klagebeilagen zu verweisen. Er habe es unterlassen die einzelnen Honorarpositionen in seiner Klageschrift ausführlich und detailliert zu kommentieren, womit es ihr unmöglich gewesen sei, diese eingehend zu bestreiten.
3.1.1 Das erstinstanzliche Verfahren richtete sich noch nicht nach der am 1. Januar 2011 in Kraft getretenen Schweizerischen Zivilprozessordnung, sondern nach dem bernischen Gesetz vom 7. Juli 1918 über die Zivilprozessordnung (ZPO/BE, BSG 271.1; <ref-law>).
Die Vorinstanz hat festgestellt, dass sich der Beschwerdegegner in seiner Klageschrift tatsächlich sehr kurz gehalten habe. Nach dem kantonalen Prozessrecht habe es jedoch genügt, auf die Klagebeilagen zu verweisen; es sei daher nicht nötig gewesen, die zahlreichen Leistungen in der Klageschrift selbst detailliert zu beschreiben. Aus der eingehenden Bestreitung der einzelnen Positionen durch die Beschwerdeführerin in ihrer Klageantwort sei zudem ersichtlich, dass der Beschwerdegegner seiner Substanziierungspflicht genügt habe.
3.1.2 Da die Eidgenössische ZPO im erstinstanzlichen Verfahren noch nicht zur Anwendung gekommen ist, bestimmte grundsätzlich das kantonale Prozessrecht, wie der Sachverhalt zu ermitteln ist. Danach beurteilt sich auch, ob und wie weit die Verhandlungsmaxime greift, soweit nicht das Bundesrecht abweichendes normiert (<ref-ruling> E. 3a S. 201 und 594 E. 3a S. 595). Schreibt das kantonale Recht vor, der Richter dürfe seinem Urteil nur behauptete Tatsachen zugrunde legen, so kann es grundsätzlich auch die Anforderungen festlegen, welchen die Behauptung zu genügen hat. Dem Prozessrecht bleibt mithin grundsätzlich vorbehalten, die Anforderungen festzulegen, denen eine Behauptung in formeller Hinsicht zu genügen hat, und zu bestimmen, in welcher Form und bis zu welchem Zeitpunkt die Sachvorbringen in das Verfahren einzuführen sind (vgl. <ref-ruling> E. 2b, 2d und 3 S. 339 ff.). Zwar bestimmt Bundesrecht, wie weit ein Sachverhalt zu substanziieren ist, damit er unter die Bestimmungen des materiellen Rechts subsumiert werden kann (<ref-ruling> E. 2b S. 339). Es verletzt aber <ref-law> nicht, wenn das einschlägige Prozessrecht die Berücksichtigung von Tatsachen nicht von einer entsprechend substanziierten Behauptung abhängig macht. Gemäss <ref-law> sind die das behauptete Recht erzeugenden Tatsachen zu beweisen. Wie diese von den Parteien zu behaupten sind, regelt <ref-law> nicht (vgl. zum Ganzen: Urteil 4A_623/2011 vom 10. Februar 2012 E. 2.3).
3.1.3 Die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, inwiefern die Vorinstanz gegen die Regeln des kantonalen Prozessrechts verstossen haben soll, wenn sie in formaler Hinsicht nicht verlangte, dass die Substanziierung in der Rechtsschrift selbst zu erfolgen habe, sondern zuliess, dass sich diese aus einer Beilage ergebe, geschweige denn, dass die Anwendung des kantonalen Rechts willkürlich wäre. Die Beschwerdeführerin tut ebenso wenig dar, inwiefern die Feststellung der Vorinstanz, wonach eine eingehende Bestreitung der verschiedenen Honorarpositionen möglich war, willkürlich sein sollte. Von einer Verletzung von Bundesrecht kann keine Rede sein.
3.2 Die Beschwerdeführerin bringt sodann vor, die Vorinstanz habe <ref-law> verletzt. Die anwaltsrechtliche Rechnungsstellung erfordere eine chronologisch geführte Auflistung aller einzelnen Leistungen, welche ihrerseits mit einem bestimmten Zeitaufwand in Verbindung gebracht werden müsse. Diesen Grundsätzen habe die Rechnungsstellung des Beschwerdegegners nicht genüge getan; in Erfüllung der geforderten Rechenschaftslegung hätte vom Beschwerdegegner erwartet werden müssen, jede erbrachte Leistung einzeln mit der jeweiligen Dauer auszuweisen. Die Honorarrechnungen des Beschwerdegegners hätten der Beschwerdeführerin keine Überprüfung der Leistungen oder deren Angemessenheit erlaubt, deshalb habe sie die offene Honorarforderung nicht bezahlt.
3.2.1 Die Vorinstanz hat festgestellt, dass die vom Beschwerdegegner eingereichten monatlichen Honorarnoten sowie die "Winjur-Auszüge", angesichts der Vielzahl der dem Beschwerdegegner erteilten Mandate und von diesem erbrachten Leistungen, einen relativ hohen Detaillierungsgrad aufweisen würden; damit sei der Beschwerdegegner einer rechtsgenüglichen Rechenschaftsablegung nachgekommen. Zwischen den Parteien habe bis zur Beendigung des Mandates ein enges berufliches und nach Angaben der Geschäftsführerin der Beschwerdeführerin sogar ein freundschaftliches Verhältnis bestanden. Der Beschwerdegegner sei für die Beschwerdeführerin in einer Vielzahl von Mandaten tätig gewesen und habe diese nicht nur in juristischer Hinsicht, sondern generell in ihrer Arbeit unterstützt. Er sei von dieser als "100%-ige Vertrauensperson" betrachtet worden.
3.2.2 Nach <ref-law> ist der Beauftragte schuldig, auf Verlangen jederzeit über seine Geschäftsführung Rechenschaft abzulegen. Aus dieser Bestimmung ergibt sich die Pflicht des Anwaltes, auf Verlangen detailliert Rechnung zu stellen, wobei die einzelnen Bemühungen und die für jede einzelne derselben aufgewendete Zeit zu nennen ist (GIOVANNI ANDREA TESTA, Die zivil- und standesrechtlichen Pflichten des Rechtsanwaltes gegenüber dem Klienten, 2000, S. 201 mit Hinweisen; WALTER FELLMANN, in: Fellmann/Zindel [Hrsg.], Kommentar zum Anwaltsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 172 zu <ref-law>). Es genügt somit nicht, lediglich die Gesamtzeit für die erbrachten Leistungen zu nennen (WALTER FELLMANN, a.a.O., N. 172 zu <ref-law>). Die Rechenschaftspflicht des Beauftragten soll dem Auftraggeber die Kontrolle über seine Tätigkeiten ermöglichen; insbesondere soll die Rechenschaftspflicht dem Auftraggeber die Möglichkeit geben, dem Beauftragten die nötigen Weisungen zu erteilen oder den Auftrag nötigenfalls zu widerrufen (WALTER FELLMANN, Berner Kommentar, 1992, N. 14 zu <ref-law>).
Die Rechenschaftspflicht des Beauftragten nach <ref-law> findet ihre Grenzen jedoch im Grundsatz von Treu und Glauben. Ein Verstoss gegen diesen Grundsatz liegt beispielsweise dann vor, wenn der Auftraggeber jahrelang den Anspruch auf Rechenschaftsablegung nicht erhoben hat und auch nicht zu erkennen gegeben hat, dass er sich diesen für später vorbehält. Ebenso liegt ein Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben vor, wenn der vorgelegte Rechenschaftsbericht bzw. die Honorarrechnungen erst nach unangemessen langer Zeit überprüft und beanstandet wird (WALTER FELLMANN, a.a.O., N. 78 ff. zu <ref-law>).
3.2.3 Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz, hat die Beschwerdeführerin während zwei Jahren weder die Rechnungsstellung noch den Detaillierungsgrad der Rechnungen des Beschwerdegegners gerügt; auch nachdem sie begonnen hat, dem Beschwerdegegner unverhältnismässig hohe Honorarnoten bzw. die Unangemessenheit seines Aufwandes vorzuwerfen, hat sie die Art der Rechnungsstellung nicht beanstandet. Mit der Vorinstanz ist demnach davon auszugehen, dass die Beschwerdeführerin den Detailgrad der Rechnungen während der Dauer des Mandats akzeptiert hat. Demnach liegt ein Verstoss gegen den Grundsatz von Treu und Glauben vor, wenn die Beschwerdeführerin erst im Prozess vorbringt, die Rechnungsablegung des Beschwerdegegners sei mangelhaft bzw. ungenügend gewesen. Ohnehin hat die Vorinstanz festgestellt, dass die vom Beschwerdegegner eingereichten Honorarnoten sowie die "Winjur-Auszüge" einen relativ hohen Detaillierungsgrad aufweisen würden. Eine Verletzung von <ref-law> ist nicht ersichtlich.
3.3 Nach dem Gesagten liegt weder eine Verletzung der Substanziierungspflichten noch eine Verletzung von <ref-law> vor. Damit ist der vorinstanzliche Entscheid in Bezug auf das geschuldete Honorar zu bestätigen.
4. Die Beschwerdeführerin rügt sodann eine Verletzung der Regeln über den Vertragsschluss. Sie bringt vor, sie habe den Beschwerdegegner in ihrem Schreiben vom 4. November 2006 nach der Mandatsniederlegung darauf aufmerksam gemacht, dass sie ihm die Rechnung der B._-Bilder noch zustellen werde, was sie am 17. November 2006 auch getan habe. Seit Erhalt der Rechnung am 17. November 2006 bis zur Klageeinreichung am 8. April 2009 habe der Beschwerdegegner die Beschwerdeführerin jedoch weder darauf hingewiesen, dass er mit dem im Schreiben genannten Kaufpreis in der Höhe von Fr. 126'000.-- nicht einverstanden sei, noch habe er die Bilder der Beschwerdeführerin zurückgegeben. Aus seinem Stillschweigen müsse geschlossen werden, dass er mit dem genannten Kaufpreis einverstanden und damit ein Vertrag zustande gekommen sei. Indem die Vorinstanz jedoch erwogen habe, dass kein Kaufvertrag zustande gekommen sei, habe sie <ref-law> verletzt.
4.1 Die Vorinstanz hielt fest, es sei unbestritten, dass keine schriftliche Abrede über den Preis der beiden B._-Bilder bestehe. Unbestritten sei ebenfalls, dass der Beschwerdegegner auch nach Erhalt der Rechnung der Beschwerdeführerin vom 17. November 2006 im Besitz der Bilder sei und gegen den in der Rechnung genannten Betrag in der Höhe von Fr. 126'000.-- nicht umgehend opponiert habe.
Die Annahme eines stillschweigenden Akzeptes setze ein Vertrauensverhältnis zwischen den Parteien voraus, welches zwischen den Parteien zum Zeitpunkt der Rechnungsstellung nach der Mandatsniederlegung gerade nicht mehr bestanden habe; vielmehr sei zu diesem Zeitpunkt bereits Streit zwischen den Parteien ausgebrochen und es sei mit der Betreibung der angeblichen Forderung gedroht worden. Unter diesen Umständen habe die Beschwerdeführerin nicht davon ausgehen dürfen, der Beschwerdegegner habe stillschweigend die Offerte für die beiden B._-Bilder in der Höhe von Fr. 126'000.-- akzeptiert. Demnach sei kein Kaufvertrag zwischen den Parteien zustande gekommen und die Beschwerdeführerin habe den Bestand der von ihr behaupteten Verrechnungsforderung nicht dartun können.
4.2 Stillschweigen gilt nur als Zustimmung zu einem Antrag, wenn wegen der besonderen Natur des Geschäfts oder nach den Umständen eine ausdrückliche Annahme nicht zu erwarten ist und der Antrag nicht binnen angemessener Frist abgelehnt wird (<ref-law>). Die besondere Natur des Geschäfts wird unter anderem dann angenommen, wenn der Antrag für den Empfänger nur vorteilhaft ist oder zwischen den Parteien ein besonderes Vertrauensverhältnis aufgrund bestehender Geschäftsverbindung besteht (vgl. Urteil 4A_231/2010 E. 2.4.1; so auch EUGEN BUCHER, in: Basler Kommentar, Obligationenrecht I, N. 13 f. zu <ref-law>).
Im Regelfall bedeutet Stillschweigen zu erhaltener Offerte somit deren Ablehnung. So kann auch eine nicht erfolgte Antwort auf den Erhalt einer Rechnung nicht als Annahme des in der Rechnung genannten Betrages gewertet werden (<ref-ruling> E. 3b S. 502, vgl. auch Urteil 4A_231/2010 E. 2.4.1).
4.3 Nach den verbindlichen Feststellungen der Vorinstanz, hat das Vertrauensverhältnis zwischen den Parteien zum Zeitpunkt der Rechnungsstellung für die beiden B._-Bilder nicht mehr bestanden. Die Beschwerdeführerin bringt selber vor, dass der Grund, weshalb dem Beschwerdegegner nicht bereits zu einem früheren Zeitpunkt für die beiden Bilder Rechnung gestellt worden sei, auf der "vormaligen Geschäftsbeziehung" zwischen den Parteien gründe, aus welcher sich ein besonderes Vertrauensverhältnis ergeben habe. Demnach lag im Moment der Rechnungsstellung keine besondere Natur des Geschäfts vor, weshalb das Schweigen des Beschwerdegegners nicht als Zustimmung gewertet werden kann, womit zwischen den Parteien kein Kaufvertrag über die beiden B._-Bilder zustande gekommen ist.
5. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 6'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 7'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Zivilabteilung, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. September 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Die Gerichtsschreiberin: Reitze