Rechtsverweigerung (Stellung als Geschädigte), hat sich ergeben:
A.- Auf Strafanzeige von A._ und 29 weiteren Aktionären der Biber Holding AG führt die Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich eine Strafuntersuchung gegen die verantwortlichen Organe der Biber Holding AG in Konkurs wegen Verdachts der unwahren Angaben über kaufmännische Gewerbe (<ref-law>). Den Beschuldigten wird insbesondere vorgeworfen, die Anzeigeerstatter durch verschiedene unwahre Angaben in Mitteilungen an die Aktionäre, im Geschäftsbericht und der Bilanz für das Jahr 1995 zum Kauf von Aktien veranlasst zu haben.
Die Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich gewährte vorerst den Anzeigeerstattern die Stellung von Geschädigten. Anlässlich der bezirksanwaltschaftlichen Einvernahme vom 16. August 1999 erhob der Rechtsvertreter eines Angeschuldigten den Einwand, dass der Vertreter der Aktionäre keinen Anspruch auf Teilnahme an der Einvernahme habe, da der Öffentlichkeit - mithin den Anzeigern - bei einem abstrakten Gefährdungsdelikt keine Geschädigtenstellung zukommen könne. In der Folge verfügte der zuständige Bezirksanwalt am 16. August 1999 den Ausschluss des Rechtsbeistandes der Anzeigeerstatter von der weiteren Teilnahme an der Einvernahme des Angeschuldigten.
Gegen diese Verfügung reichten die Anzeigeerstatter am 16. August 1999 eine "Aufsichtsbeschwerde" und am 6. September 1999 einen Rekurs bei der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich ein. Diese vereinigte die beiden Eingaben, behandelte sie als Rekurs und wies ihn mit Entscheid vom 8. September 1999 ab.
B.- A._ und 29 weitere Aktionäre der Biber Holding AG führen mit Eingabe vom 13. Oktober 1999 staatsrechtliche Beschwerde sowohl gegen den Entscheid der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 8. September 1999 als auch gegen die Verfügung der Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich vom 16. August 1999. Sie stellten die Anträge, die angefochtenen Entscheide seien aufzuheben und es sei festzustellen, dass den von den Unterzeichneten der vorliegenden Beschwerde vertretenen Geschädigten alle Rechte eines Geschädigten gemäss § 10 sowie 395 ff. StPO zustehen.
C.- Die Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich und die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der bei ihm eingereichten Beschwerden von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-ruling> E. 1a mit Hinweisen).
a) Die Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich kam in ihrem angefochtenen Rekursentscheid zum Schluss, dass den Beschwerdeführern keine Geschädigtenstellung im Sinne von § 395 Abs. 1 Ziff. 2 des Gesetzes betreffend die Strafprozessordnung des Kantons Zürich vom 4. Mai 1919 (StPO) zukomme. Nach der Praxis des Bundesgerichts ist der durch eine angeblich strafbare Handlung Geschädigte zur Rüge befugt, er sei im kantonalen Verfahren zu Unrecht nicht als Geschädigter anerkannt und deshalb von den einem solchen zustehenden Rechten ausgeschlossen worden (<ref-ruling> E. 2a S. 222).
Demnach sind die Beschwerdeführer zur Rüge legitimiert, der angefochtene Entscheid verletze <ref-law> und bewirke eine Rechtsverweigerung.
b) Die staatsrechtliche Beschwerde ist von hier nicht vorliegenden Ausnahmen abgesehen rein kassatorischer Natur. Auf die vorliegende Beschwerde kann somit nicht eingetreten werden, soweit die Beschwerdeführer ein Feststellungsbegehren stellen (<ref-ruling> E. 4a S. 332 mit zahlreichen Hinweisen).
c) Nach Art. 86 OG ist die staatsrechtliche Beschwerde von hier nicht zutreffenden Ausnahmen abgesehen nur gegen letztinstanzliche Entscheide zulässig. Ein Entscheid einer unteren Instanz kann dabei mitangefochten werden, wenn entweder der letzten kantonalen Instanz nicht sämtliche vor Bundesgericht erhobenen Rügen unterbreitet werden konnten oder wenn solche Rügen zwar von der letzten kantonalen Instanz beurteilt wurden, jedoch mit einer engeren Prüfungsbefugnis, als sie dem Bundesgericht zusteht (<ref-ruling> E. 2b mit Hinweisen). Dies trifft vorliegend nicht zu. Auf die Beschwerde ist daher nicht einzutreten, soweit die Aufhebung der Verfügung der Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich vom 16. August 1999 beantragt wird.
2.- Die Beschwerdeführer werfen der Staatsanwaltschaft vor, sie verneine zu Unrecht die ihnen nach kantonalem Recht zustehende Geschädigtenstellung.
a) Im zürcherischen Strafverfahren gelten nach <ref-law> diejenigen Personen als Geschädigte, denen durch die fragliche Straftat unmittelbar ein Schaden zugefügt wurde oder zu erwachsen drohte. In Übereinstimmung mit der Regelung in anderen Kantonen ist als Geschädigter anzusehen, wer Träger des durch die Strafdrohung geschützten Rechtsguts ist, gegen das sich die Straftat ihrem Begriff nach richtet (vgl. <ref-ruling> E. 2). Bei Delikten, die primär allgemeine Interessen schützen, werden nur diejenigen als Geschädigte betrachtet, deren private Interessen dadurch unmittelbar mitbeeinträchtigt werden, weil diese Beeinträchtigung die unmittelbare Folge der tatbestandsmässigen Handlung ist (<ref-ruling> E. 3b; Niklaus Schmid, Strafprozessrecht, 3. Aufl. 1997, N. 508).
b) Die Staatsanwaltschaft geht in ihrem angefochtenen Entscheid davon aus, dass durch den Straftatbestand von <ref-law> das Vertrauen des Publikums in die Richtigkeit von Mitteilungen von Handelsgesellschaften und Genossenschaften und damit das öffentliche Interesse am Geschäftsbetrieb nach dem Grundsatz von Treu und Glauben geschützt werde. Da <ref-law> in erster Linie öffentlichen Interessen und nicht direkt dem Schutz von Individualgütern diene, könne es bei dieser Strafbestimmung grundsätzlich keine Geschädigten im Sinne von <ref-law> geben.
c) Das tatbestandsmässige Verhalten nach <ref-law> besteht darin, dass der Täter "in öffentlichen Bekanntmachungen oder in Berichten oder Vorlagen an die Gesamtheit der Gesellschafter oder Genossenschafter oder an die an einem andern Unternehmen Beteiligten unwahre oder unvollständige Angaben von erheblicher Bedeutung macht oder machen lässt, die einen andern zu schädigenden Vermögensverfügungen veranlassen können". Diese Bestimmung enthält einen Gefährdungstatbestand, durch den die Gesellschafter, Genossenschafter oder sonst an einem Unternehmen Beteiligten vor unwahren oder unvollständigen Angaben geschützt werden sollen, die zu geschäftlichen (Fehl-)Dispositionen Anlass geben könnten (Günter Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Besonderer Teil I, 5. Auflage 1995, § 16 N. 61). Die Vorschrift schützt somit das Vermögen vor der Gefährdung durch Fehldispositionen (Stefan Trechsel, Schweizerisches Strafgesetzbuch, Kurzkommentar, 2. Auflage 1997, Art. 152 N. 1; Georg Pfister, Unwahre Angaben über Handelsgesellschaften und Genossenschaften (<ref-law>) und das Verhältnis zum Betrug (<ref-law>), Diss. Zürich 1978, S. 33 ff.). Dementsprechend ist denn auch der Straftatbestand von <ref-law> im Strafgesetzbuch systematisch bei den strafbaren Handlungen gegen das Vermögen eingeordnet. Das schliesst nicht aus, dass neben dem Vermögen ebenfalls das öffentliche Interesse am Geschäftsbetrieb der Handelsgesellschaften und Genossenschaften nach dem Grundsatz von Treu und Glauben (Georg Pfister, a.a.O, S. 34), wie das die Staatsanwaltschaft in ihrem angefochtenen Entscheid geltend gemacht hat, geschütztes Rechtsgut von <ref-law> ist. Schliesslich kann auch dem von der Staatsanwaltschaft zitierten Bundesgerichtsentscheid (<ref-ruling> E. 5 S. 85) nicht entnommen werden, dass <ref-law> einzig den Schutz der Öffentlichkeit bezwecke. Der Entscheid äussert sich zur Frage, was eine öffentliche Mitteilung im Sinne von <ref-law> sei, nicht jedoch zur Frage des geschützten Rechtsgutes dieser Strafnorm.
d) Wie die Staatsanwaltschaft an sich zu Recht ausführt, handelt es sich bei der Strafnorm von <ref-law> um ein abstraktes Gefährdungsdelikt (BBl 1991 II 1033). Daraus lässt sich indessen nicht ableiten, <ref-law> diene nicht dem Schutz von Individualgütern bzw. es gebe insoweit keine Geschädigten im Sinne von <ref-law>. Mit dem Gefährdungstatbestand wird einzig der Schutz des Vermögens so weit vorverlegt, dass es keiner wirklichen Schädigung bedarf (Günter Stratenwerth, a.a.O., § 16 N. 61). Schliesslich ist es unerheblich, dass es bei dieser Strafnorm unter Umständen zu einer grossen Anzahl von Geschädigten kommen kann, welche allenfalls in das Verfahren einzubeziehen sind. Allfällige Praktikabilitätsüberlegungen dürfen die kantonalen Behörden nicht davon abhalten, die Geschädigtenstellung aufgrund von <ref-law> zu bestimmen.
e) Wie sich aus den vorstehenden Ausführungen ergibt, ist der Schluss der Staatsanwaltschaft, dass es beim Straftatbestand von <ref-law> grundsätzlich keine Geschädigten im Sinne von <ref-law> geben könne, willkürlich. Der angefochtene Entscheid ist daher in Gutheissung der Beschwerde aufzuheben.
3.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Kanton Zürich die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 159 Abs. 2 OG). Von der Erhebung von Kosten ist abzusehen (Art. 156 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die staatsrechtliche Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf eingetreten werden kann, und der Rekursentscheid der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich vom 8. September 1999 wird aufgehoben.
2.- Es werden keine Kosten erhoben.
3.- Der Kanton Zürich hat die Beschwerdeführer für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Beschwerdeführern, der Bezirksanwaltschaft III für den Kanton Zürich, Büro 13, und der Staatsanwaltschaft des Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 21. Januar 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: