Fatti:
A. Con decreto di accusa del 25 aprile 2003 il Procuratore pubblico metteva A.A._ in stato di accusa dinanzi alla Pretura penale del Cantone Ticino, ritenendola colpevole di ripetuta infrazione alla legge federale sugli stupefacenti per avere, come aiuto amministratrice e segretaria della C._SA, collaborato insieme con il marito, B.A._, alla conduzione di un'azienda che, senza autorizzazione, coltivava piantine di canapa destinate alla produzione di marijuana, in particolare occupandosi delle fatturazioni, degli stipendi e della tenuta del conto cassa dietro compenso di fr. 1'500.-- mensili lordi. Per questi fatti, ritenuti avvenuti a Sementina fra marzo 2002 e il 7 aprile 2003, il Procuratore pubblico proponeva la condanna di A.A._ a quarantacinque giorni di detenzione, sospesi condizionalmente per un periodo di prova di due anni, e ordinava la confisca di tutto quanto la polizia aveva sequestrato durante una perquisizione degli stabili della A._Sagl (dove avevano sede la stessa C._SA nonché la D._SA) avvenuta il 7 aprile 2003.
B. Statuendo sull'opposizione inoltrata da A.A._ contro il suddetto decreto di accusa, il Presidente della Pretura penale, con sentenza del 4 settembre 2003, confermava l'imputazione, la proposta di pena e la confisca.
C. L'8 marzo 2006 la Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino (CCRP) respingeva, nella misura della sua ammissibilità, il ricorso interposto da A.A._ contro la sentenza pretorile.
D. A.A._ insorge mediante ricorso di diritto pubblico e ricorso per cassazione contro la sentenza dell'ultima istanza cantonale di cui domanda con entrambi i gravami l'annullamento.
E. La CCRP ha dichiarato di rinunciare a presentare osservazioni ai ricorsi. Non sono state chieste altre osservazioni.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con libero potere d'esame l'ammissibilità dei rimedi esperiti, senza essere vincolato, in tale ambito, dagli argomenti delle parti o dalle loro conclusioni (<ref-ruling> consid. 2, 153 consid. 1; <ref-ruling> consid. 1 e rispettivi rinvii).
2. Date le impugnative e conformemente all'art. 275 cpv. 5 PP, conviene esaminare in primo luogo il ricorso di diritto pubblico, ribadendo che con esso può essere in particolare censurata la violazione dei diritti costituzionali dei cittadini (art. 84 cpv. 1 lett. a OG), mentre la violazione del diritto federale va fatta valere con ricorso per cassazione (art. 269 PP).
3. Ricorso di diritto pubblico (6P.99/2006)
3.1 Introdotto in tempo utile per violazione di diritti costituzionali, avverso una decisione finale della suprema istanza del Cantone, il ricorso è in linea di massima ammissibile in virtù degli art. 84 cpv. 1 lett. a, 86 cpv. 1 e 89 cpv. 1 OG. La legittimazione dell'insorgente giusta l'art. 88 OG è pacifica.
Il ricorso di diritto pubblico sottostà a severe esigenze di motivazione. Il ricorrente deve indicare, oltre ai fatti essenziali, i diritti costituzionali che pretende lesi e deve spiegare in cosa consiste la violazione (art. 90 cpv. 1 lett. b OG; sul cosiddetto "principio dell‘allegazione" in generale v. <ref-ruling> consid. 1c). In altri termini, il gravame deve sempre contenere una chiara ed esauriente motivazione giuridica dalla quale si possa dedurre se, ed in quale misura, la decisione impugnata leda i diritti costituzionali invocati dalla parte insorgente (<ref-ruling> consid. 3c e rinvii). Considerazioni meramente appellatorie o vaghe censure sono irricevibili (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1b; <ref-ruling> consid. 1c).
3.2 La ricorrente denuncia anzitutto un'arbitraria violazione dell'art. 250 CPP/TI. Il primo giudice, con il susseguente avallo della CCRP, avrebbe infatti modificato i fatti posti alla base del decreto di accusa senza che fossero date le condizioni previste da questa stessa disposizione procedurale. L'insorgente in particolare rileva come secondo il decreto di accusa essa avrebbe esclusivamente agito come aiuto amministratrice e segretaria della C._SA, occupandosi di fatturazioni, di stipendi e della tenuta del conto cassa, mentre l'accusa non le ha mai rimproverato di avere partecipato attivamente alla gestione della società. Il giudice del merito si sarebbe pertanto sostituito alla pubblica accusa imputandole fatti che non le sono mai stati opposti, nemmeno nella requisitoria. Ne consegue che l'accusata non ha potuto contestare i fatti posti a suo carico dalla Pretura penale nemmeno in sede di arringa difensiva, visto che solo nella motivazione scritta del giudizio impugnato è stato attribuito ad essa un ruolo qualificato nell'azienda. La ricorrente conclude che ciò costituisce una grave violazione dell'art. 250 CPP/TI e nel contempo lede manifestamente il suo diritto di essere sentita (ricorso pag. 5 e segg.).
3.2.1 A questo proposito l'ultima autorità cantonale afferma che la corretta applicazione del principio accusatorio non prescrive una corrispondenza necessariamente letterale tra un atto (o un decreto) di accusa e l'oggetto del giudizio. Nella fattispecie il primo giudice non avrebbe accertato fatti diversi da quelli enunciati dal Procuratore pubblico, ma avrebbe soltanto precisato, dopo avere valutato in base al suo libero apprezzamento le risultanze predibattimentali e dibattimentali, che concretamente l'accusata collaborava alla gestione dell'azienda agendo come un organo di fatto, in particolare curando la tenuta degli stipendi e del conto cassa, il che non poteva certo cogliere l'imputata di sorpresa, pregiudicando il suo diritto di difendersi (sentenza impugnata pag. 5 e seg.).
3.2.2 Il Tribunale federale esamina l'interpretazione e l'applicazione del diritto cantonale esclusivamente sotto il ristretto profilo dell'arbitrio (<ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2.1 e rinvii). Esso si discosta dalla soluzione ritenuta in sede cantonale solamente se essa si rivela insostenibile, in contraddizione manifesta con la situazione effettiva, oppure se è stata adottata violando un diritto certo. Inoltre, l'annullamento del giudizio impugnato si giustifica unicamente quando esso è arbitrario nel suo risultato e non solo nella sua motivazione (<ref-ruling> consid. 2.1 e rinvii).
3.2.3 L'art. 250 CPP/TI disciplina la procedura da seguire se nel dibattimento emergono nuovi fatti o si rende necessaria una nuova valutazione giuridica dei fatti. Questa disposizione prevede innanzitutto che se dai dibattimenti risulta che il fatto riveste un carattere giuridico diverso, punito con pena eguale o meno grave di quella prevista nell'atto di accusa, l'accusato non può essere condannato sulla base della mutata imputazione se la stessa non gli è stata indicata prima della discussione (cpv. 1). Se dai dibattimenti risulta, invece, che il fatto riveste un carattere giuridico più grave di quello contemplato nell'atto di accusa, su istanza del Procuratore pubblico ed anche d'ufficio la Corte deve ordinare un rimando del dibattimento, perché si faccia luogo alla presentazione di un nuovo atto d'accusa (cpv. 2). Non si fa luogo al rimando se la nuova imputazione non esorbita dalla competenza della Corte adita e se in pari tempo l'accusato, posto in grado, prima della discussione, di difendersi dall'imputazione più grave, rinuncia al rimando (cpv. 3). Lo stesso avviene quando, nel corso del dibattimento, l'accusato risulta colpevole di altro reato non contemplato nell'atto di accusa (cpv. 4).
3.2.4 Il processo penale moderno è basato sul principio accusatorio. Esso può pertanto essere celebrato soltanto se un'autorità distinta da quella giudicante ha dapprima raccolto, nell'ambito di una procedura preliminare, gli elementi di fatto e le prove rilevanti e ha in seguito sottoposto al giudizio di un giudice i reati contestati all'imputato in un atto d'accusa (v. adesso il Messaggio concernente l'unificazione del diritto processuale penale del 21 dicembre 2005, in FF 2006, pag. 1038). L'atto (rispettivamente il decreto) di accusa assolve dunque una doppia funzione: da un lato circoscrive l'oggetto del processo e del giudizio, dall'altro garantisce i diritti della difesa, in modo che l'imputato possa adeguatamente far valere le sue ragioni (<ref-ruling> consid. 2a pag. 21 e rinvii). In quanto espressione del diritto di essere sentito, contemplato all'<ref-law>, il principio accusatorio può essere anche dedotto dagli <ref-law> e 6 n. 3 CEDU, i quali non esplicano tuttavia portata distinta. Il principio accusatorio non impedisce all'autorità giudiziaria di scostarsi dai fatti o dalla qualificazione giuridica ritenuti nell'atto d'accusa, a condizione tuttavia che vengano rispettati i diritti della difesa (<ref-ruling> consid. 2a). Il principio è leso quando il giudice si fonda su una fattispecie diversa da quella indicata nell'atto di accusa, senza che l'imputato abbia avuto la possibilità di esprimersi sull'atto di accusa adeguatamente e tempestivamente completato o modificato (<ref-ruling> consid. 2c). Il contenuto del diritto di essere sentito è determinato in primo luogo dalle disposizioni cantonali di procedura, sindacabili da parte del Tribunale federale solamente sotto il ristretto profilo dell'arbitrio; in ogni caso l'autorità cantonale deve tuttavia osservare le garanzie minime dedotte direttamente dall'<ref-law>, del quale il Tribunale federale verifica liberamente il rispetto (<ref-ruling> consid. 3 pag. 194; <ref-ruling> consid. 2a pag. 22).
3.2.5 Nel caso concreto l'autorità cantonale non ha violato in maniera arbitraria l'art. 250 CPP/TI né mancato di osservare le garanzie minime dedotte dall'<ref-law> in ambito di principio accusatorio, visto che il giudice del merito non ha fatto altro che meglio precisare il tipo di collaborazione fornita dall'accusata alla conduzione aziendale della società C._SA senza però correggere o modificare il contenuto del decreto di accusa, di cui ha lasciato non a caso intatte sia l'imputazione che la proposta di pena. In questo senso la posizione dell'accusata non è stata aggravata o cambiata in sede pretorile. Il giudice di merito si è limitato a corroborare gli argomenti che avevano già permesso all'accusa di escludere che la ricorrente avesse solo un ruolo secondario nella vicenda. Non a caso nel decreto di accusa non viene fatto riferimento solo alla veste di segretaria della società C._SA ma anche alla sua funzione di aiuto amministratrice, nonché più ampiamente alla sua collaborazione alla conduzione aziendale, di per sé non in contraddizione con la conclusione pretorile, secondo cui essa agisse di fatto come un organo della società stessa. Non va del resto dimenticato che, come giustamente sottolinea la CCRP, l'identità tra atto di accusa e oggetto del giudizio non deve essere spinta all'eccesso, fino a esigere una letterale corrispondenza terminologica (sentenza impugnata pag. 3 e seg.). Nella fattispecie il giudice del merito non ha accertato fatti diversi da quelli enunciati dal Procuratore pubblico, ma ha semplicemente precisato i termini della collaborazione fornita all'azienda da parte dell'accusata, sulla base di risultanze predibattimentali e dibattimentali in ogni caso emerse garantendo alla ricorrente il diritto di essere sentita e di difendersi. Su questo punto l'impugnativa va pertanto disattesa.
3.3 La ricorrente censura poi di arbitrio l'accertamento stesso secondo cui essa avrebbe collaborato alla conduzione della C._SA, partecipando attivamente alla gestione (ricorso pag. 7 e segg.). In particolare essa sostiene che, contrariamente a quanto ritenuto nel giudizio impugnato, durante il pubblico dibattimento non ha mai affermato di aver svolto un ruolo attivo nella conduzione della società. Nel corso del suo interrogatorio sarebbe infatti emerso unicamente un ruolo confinato all'esecuzione di mansioni puntuali limitata alla classificazione delle fatture (ricorso pag. 8). Tali aspetti non basterebbero però a qualificare la ricorrente come un organo di fatto della società e tanto meno a ritenere che la stessa abbia gestito l'azienda assieme al marito. Nella valutazione globale degli indizi ritenuti dal primo giudice, la CCRP non avrebbe operato alcuna distinzione tra le informazioni a conoscenza della ricorrente e quanto da lei effettivamente compiuto per la gestione della società o nel suo interesse. Nella misura in cui dalla conoscenza di semplici particolari della vicenda si è dedotto un suo ruolo attivo nella gestione, il giudizio risulterebbe manifestamente infondato e basato su un complesso fattuale contraddittorio (ricorso pag. 9). Essa aggiunge che non è possibile dedurre il coinvolgimento nella gestione della società dal semplice fatto che essa fosse al corrente di circostanze ad essa relative, a maggior ragione considerando che il carattere famigliare della società presupponeva una certa facilità nell'apprendere fatti relativi alla gestione operata da terzi. Essa avrebbe ammesso unicamente di avere classato le fatture, di avere fatto la postina e di essersi recata un paio di volte alla settimana in banca. Essa avrebbe inoltre redatto le fatture relative alle prestazioni e alla fornitura di materiale della A._Sagl alla società C._SA. Dagli atti di causa non emergerebbe alcuna ulteriore attività della ricorrente in favore della società in discussione. Del resto la stessa circostanza per cui B.A._ le affidava il compito dei versamenti in banca e l'esecuzione dei pagamenti, denoterebbe come essa agisse su puntuale incarico del marito senza svolgere alcun ruolo nella gestione della società (ricorso pag. 11).
3.3.1 Nell'accertamento dei fatti e nella valutazione delle prove il giudice di merito dispone di un ampio potere di apprezzamento (<ref-ruling> consid. 4b e rinvii). La nozione di arbitrio in questo ambito, la cui incompatibilità con l'ordine giuridico è dettata dall'<ref-law>, è oggetto di una consolidata giurisprudenza, recentemente richiamata in <ref-ruling>, cui si può rinviare. In breve, un accertamento dei fatti o un apprezzamento delle prove è arbitrario solo quando il giudice ha manifestamente disatteso il senso e la rilevanza di un mezzo probatorio, ha omesso, senza fondati motivi, di tenere conto di una prova importante, idonea a influire sulla decisione presa, oppure quando, sulla base degli elementi raccolti, egli ha fatto delle deduzioni insostenibili (<ref-ruling> consid. 2.1 e rinvii).
3.3.2 La CCRP ha protetto gli accertamenti di fatto del giudice del merito, considerando in particolare come egli senza arbitrio poteva ritenere che l'accusata avesse svolto un ruolo di rilievo nella società pur essendo a conoscenza di quale fosse il prodotto finale. Insieme con il marito essa aveva cooperato alla gestione contabile e amministrativa della ditta, che sapeva essere stata creata fin dall'inizio per la produzione di talee di canapa, che sapeva passare il 35 % dei ricavi alla D._SA di Sementina, la quale a sua volta riforniva esclusivamente la C._SA di piante madri. Essa sapeva che le talee erano fatturate regolarmente e conosceva il prezzo cui le piantine venivano vendute al dettaglio, sapeva che la C._SA aveva un solo conto presso la banca E._, sapeva che all'inizio dell'attività essa aveva ricevuto fr. 100'000.-- dalla banca E._ di Sementina, sapeva che la società non aveva subito ispezioni fiscali e non aveva polizze assicurative. L'accusata aveva anche eseguito bonifici tra la C._SA e la A._Sagl, sapeva che le fatture della C._SA erano emesse dalla A._Sagl e sapeva che i fr. 100'000.-- necessari per fondare la C._SA provenivano da una cartella ipotecaria della A._Sagl. Infine essa depositava una o due volte la settimana notevoli somme di denaro sul conto della società. Per di più essa aveva firma individuale sull'unico conto intestato alla C._SA. La CCRP ha quindi concluso che in simili circostanze non si può dire che il primo giudice si sia sospinto in arbitrio rimproverando all'accusata di avere collaborato alla conduzione di un'azienda finalizzata alla produzione di marijuana (sentenza impugnata pag. 8).
3.3.3 La conclusione dell'ultima autorità cantonale merita tutela. La conoscenza da parte della ricorrente di tutta questa serie di informazioni precise e dettagliate sul funzionamento dell'azienda non è conciliabile con la sua affermazione già fatta in sede cantonale e qui ribadita nel ricorso di avere semplicemente classificato documenti e fatto da postina con un ruolo esclusivamente subalterno. Il notevole grado di informazione di cui beneficiava non è spiegabile con il semplice fatto che si trattasse di un'azienda a conduzione famigliare per cui era per lei normale accedere a informazioni del genere. Essa ha ammesso in particolare di essere stata informata di numerosi dettagli sia sulla produzione di talee, sui prezzi di vendita, sulla destinazione dei ricavi, sull'organizzazione finanziaria dell'azienda (v. verbale di interrogatorio 7 aprile 2003 dell'accusata), nonché di avere eseguito personalmente sia bonifici che ingenti e frequenti versamenti di denaro sul conto della società (verbale del dibattimento 4 settembre 2003, pag. 2), per cui, a fronte di questa grande mole di precise conoscenze, l'autorità cantonale poteva senza arbitrio concludere che essa, tramite la sua fattiva collaborazione, abbia intenzionalmente partecipato alla conduzione aziendale di una società come la C._SA, che aveva lo scopo di produrre e coltivare piantine di canapa destinate ad ottenere sostanza stupefacente.
3.3.4 Molte delle critiche sollevate in questo ambito dalla ricorrente sono peraltro tipiche più di un appello che di un ricorso di diritto pubblico. Più che allegare censure di arbitrio l'insorgente ripropone tutta una serie di critiche generiche alla ricostruzione dei fatti dell'autorità cantonale per ribadire la propria tesi difensiva secondo cui essa aveva un ruolo secondario nell'azienda. Facendo ciò essa omette però di considerare che per motivare l'arbitrio non basta criticare la ricostruzione dei fatti dell'autorità cantonale o contrapporle una versione propria, visto che l'accertamento dei fatti è considerato arbitrario solo se è manifestamente insostenibile, si trova in chiaro contrasto con la situazione fattuale, si fonda su una svista manifesta o contraddice in modo urtante il sentimento della giustizia e dell'equità (v. sopra consid. 3.3.1). Sotto questo profilo solo una parte delle doglianze sollevate dalla ricorrente possono essere considerate di natura costituzionale e quindi ricevibili giusta l'art. 90 cpv. 1 lett. b OG. Per il resto l'impugnativa, comunque infondata per i motivi esposti al consid. 3.3.3, va dichiarata pertanto inammissibile.
4. Ricorso per cassazione (6S.210/2006)
4.1 Il ricorso per cassazione può essere fondato unicamente sulla violazione del diritto federale (art. 269 cpv. 1 PP). Nella sua impugnativa il ricorrente deve esporre in modo conciso quali sono le norme del diritto federale violate dalla decisione impugnata e in cosa consiste la violazione. Non deve criticare accertamenti di fatto né addurre fatti nuovi né proporre eccezioni, impugnazioni, mezzi di prova nuovi, né prevalersi della violazione del diritto cantonale (art. 273 cpv. 1 lett. b PP).
4.2 A mente della ricorrente la CCRP avrebbe violato il diritto federale e meglio i dettami dei combinati <ref-law> e 18 cpv. 2 CP (ricorso pag. 4 e segg.). Essa premette che, per confermare il dolo eventuale con il quale l'agente avrebbe agito, la CCRP avrebbe dovuto provare che essa ha ritenuto possibile la realizzazione del risultato delittuoso (ovvero che le piante di canapa prodotte fossero destinate alla produzione di stupefacenti) e che essa abbia nonostante tutto deciso di agire e di proseguire nell'esecuzione degli atti che le sono stati contestati. Essa sostiene di non essere stata tuttavia in alcun modo cosciente del fatto che le sue azioni contribuissero alla realizzazione di un risultato delittuoso, visto che svolgeva unicamente delle mansioni puntuali limitate alla classificazione di fatture e all'esecuzione di pagamenti dei quali ignorava la causale (ricorso pag. 5).
4.3 Tutte le argomentazioni contenute nel ricorso per cassazione sono tese a contestare la consapevolezza della ricorrente del fatto che le sue azioni contribuissero alla realizzazione di un risultato delittuoso, ovvero che le piante di canapa prodotte fossero destinate alla produzione di stupefacenti. Proponendo tali censure nell'ambito di un ricorso per cassazione l'insorgente omette di considerare che ciò che l'autore sa, vuole o accetta come eventualità è un problema legato all'accertamento dei fatti e non una questione di diritto (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 183; <ref-ruling> consid. 5a). Già sotto questo profilo il ricorso si rivela dunque irricevibile giusta l'art. 273 cpv. 1 lett. b PP. L'inammissibilità del gravame emerge anche laddove la ricorrente sostiene che l'autorità cantonale avrebbe dedotto il suo dolo in maniera contraria al principio "in dubio pro reo", e dunque sollevando in questa sede una doglianza di tipo costituzionale chiaramente inammissibile alla luce dell'art. 269 PP. Sostenendo infine di avere svolto unicamente un ruolo subalterno, limitato alla classificazione di fatture e all'esecuzione di pagamenti, essa rimette in discussione accertamenti di fatto già giudicati corretti nell'esame delle censure costituzionali contenute nel parallelo ricorso di diritto pubblico. Anche su questo punto il ricorso per cassazione si rivela dunque inammissibile.
5. Sulle spese
Le spese relative ad entrambi i ricorsi seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1 OG; art. 278 cpv. 1 PP).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso di diritto pubblico è respinto.
2. Il ricorso per cassazione è inammissibile.
3. La tassa di giustizia di complessivi fr. 4'000.-- è posta a carico della ricorrente.
4. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Ministero pubblico e alla Corte di cassazione e di revisione penale del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.