Sachverhalt:
A. Die X._AG erhielt am 5. Oktober 1993 die kommunale Baubewilligung für den Betrieb eines Lager- und Umschlagplatzes für Industrieabfälle in Stäfa (Uerikon). Grundlage hierfür bildete das Konzept I. Die Baubewilligung stand unter ausdrücklichem Vorbehalt der notwendigen kantonalen Errichtungsbewilligung, welche von der damaligen Direktion der öffentlichen Bauten am 29. Dezember 1993 gestützt auf das überarbeitete Konzept II für einen Umschlagplatz für Industrieabfälle erteilt wurde (vgl. Entscheid der Baudirektion des Kantons Zürich vom 10. März 2011).
B. Seither haben sich sowohl die Betriebsverhältnisse als auch die rechtlichen Grundlagen geändert. Am 18. April 2007 erhielt die Betreiberin vom kantonalen Amt für Abfall, Wasser Energie und Luft (AWEL) eine bis Ende März 2008 befristetet provisorische Bewilligung zur Entgegennahme verschiedener Abfälle gemäss der eidgenössischen Verordnung über den Verkehr mit Abfällen vom 22. Juni 2005 (VeVA; SR 814.610). Darin verlangte das AWEL zusätzliche Angaben zu der von der X._AG ebenfalls nachgesuchten Bewilligung zur Entgegennahme von Altfahrzeugen. Die vorgelegten Unterlagen waren nicht ausreichend, weshalb die Betreiberin ermahnt wurde. Am 24. September 2008 reichte Letztere gewisse Angaben in Form eines Erweiterungsgesuchs nach. Dieses enthielt eine Liste von zusätzlich zur Entgegennahme beantragten Abfällen, ohne jedoch detailliertere Angaben im Sinn von <ref-law> zu machen. Nachdem der Betrieb die geforderten ergänzenden Unterlagen in der Folge nicht beibrachte, erkundigte sich das AWEL am 24. Februar 2010 nach dem Stand der Dinge. Am 13. April 2010 enthielt das Gesuch für die ordentliche Betriebsbewilligung schliesslich die notwendigen zusätzlichen Angaben.
Dem Gesuch wurde vom AWEL am 13. Juli 2010 entsprochen: Die Bewilligung zur Entgegennahme bestimmter Abfälle im Sinne der VeVA wurde unter Auflagen und Bedingungen bis zum 31. Juli 2015 erteilt.
C. Dagegen gelangte der Nachbar der X._AG, Y._, an die kantonale Baudirektion, welche seinen Rekurs am 10. März 2011 teilweise guthiess. Aufgehoben wurde einzig Auflage Ziff. 2 der Errichtungsbewilligung aus dem Jahr 1993, im Übrigen wurde der Rekurs abgewiesen.
D. Die Verfügung der Baudirektion focht Y._ beim Verwaltungsgericht des Kantons Zürich an. Im Rahmen dieses Verfahrens stellte die X._AG am 27. Mai 2011 das Gesuch, der Beschwerde sei die aufschiebende Wirkung zu entziehen. Die Abteilungspräsidentin i.V. des Verwaltungsgerichts wies das Gesuch am 14. Juli 2011 ab.
E. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten vom 17. August 2011 beantragt die X._AG dem Bundesgericht, in Aufhebung der Verfügung vom 14. Juli 2011 sei der Beschwerde von Y._ vor dem Verwaltungsgericht die aufschiebende Wirkung zu entziehen. Eventualiter sei die Angelegenheit im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurückzuweisen. Für die Dauer des bundesgerichtlichen Verfahrens ersucht die Beschwerdeführerin ebenfalls um Entzug der aufschiebenden Wirkung.
Y._ als privater Beschwerdegegner schliesst auf Abweisung der Beschwerde und des Gesuchs um Entzug der aufschiebenden Wirkung. Das AWEL hält an der erteilten Bewilligung fest und befürwortet den Entzug der aufschiebenden Wirkung. Es wird darin von der Baudirektion unterstützt, während das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden könne.
Der Beschwerdeführer hält in einer weiteren Eingabe an seinen Anträgen fest.

Erwägungen:
1. 1.1 Dem Beschwerdeverfahren liegt eine öffentlich-rechtliche Angelegenheit i.S.v. <ref-law> zu Grunde. Der angefochtene Entscheid schliesst das vorinstanzliche Verfahren nicht ab, sondern belässt der vor Verwaltungsgericht erhobenen Beschwerde die aufschiebende Wirkung. Es handelt sich somit um einen Zwischenentscheid (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 195), bei welchem die in <ref-law> genannten Eintretensvoraussetzungen erfüllt sein müssen.
1.2 Nach <ref-law> ist die Beschwerde gegen einen Zwischenentscheid nur zulässig, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b). Diese Eintretensvoraussetzungen sollen das Bundesgericht entlasten. Es soll sich möglichst nur einmal mit einer Sache befassen und sich überdies nicht bereits in einem frühen Verfahrensstadium ohne genügend umfassende Sachverhaltskenntnis teilweise materiell festlegen müssen. Können allfällige Nachteile in verhältnismässiger Weise auch noch mit einer bundesgerichtlichen Beurteilung nach Ausfällung des Endentscheids behoben werden, so tritt das Bundesgericht auf gegen Vor- und Zwischenentscheide gerichtete Beschwerden nicht ein.
1.3 Ein nicht wieder gutzumachender Nachteil rechtlicher Art, wie ihn <ref-law> verlangt, ist durch die Verweigerung der aufschiebenden Wirkung im vorinstanzlichen Verfahren nicht dargetan. Das Verbot, eine bewilligungspflichtige Tätigkeit auszuüben, bevor die Bewilligung rechtskräftig erteilt wurde, bewirkt keinen rechtlichen Nachteil. Die von der Beschwerdeführerin ins Feld geführten Nachteile wie finanzielle Einbussen und Kundenverluste sind tatsächlicher Natur. Sie sind, sollten sie eintreten, für die Beschwerdeführerin zweifelsohne unerfreulich, doch hat sie es sich selber zuzuschreiben, wenn sie Nachteile erleidet, weil sie eine bewilligungspflichtige Tätigkeit ohne Bewilligung ausübte. Daran ändert die lange Dauer des Bewilligungsverfahrens nichts, hätte es doch die Beschwerdeführerin in der Hand gehabt, vor Ablauf der provisorischen Bewilligung die nötigen Unterlagen gesetzeskonform beizubringen.
1.4 Wohl hat das Bundesgericht bei der Anwendung von <ref-law> auch schon drohende tatsächliche Nachteile wirtschaftlicher Art genügen lassen (vgl. <ref-ruling> E. 1.3.4 S. 35 f.). Ob die hier vorliegende Situation mit diesen Fällen vergleichbar ist, ist fraglich, kann mit Blick auf die nachfolgenden Erwägungen aber offen bleiben.
2. 2.1 Die Abteilungspräsidentin i.V. des Verwaltungsgerichts hat sich bei ihrem Entscheid auf §§ 55 und 25 des Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 24. Mai 1959 (VRG/ZH; LS 175.2) gestützt. Nach diesen Bestimmungen kommt der Beschwerde grundsätzlich die aufschiebende Wirkung zu. Der Vorsitzende der Beschwerdeinstanz kann aus besonderen Gründen gegenteilige Anordnungen treffen (§ 55 i.V.m. § 25 Abs. 1 und 3 VRG/ZH). Zwar ist die Verfügung vom 14. Juli 2011 relativ knapp gehalten. Die wesentliche Argumentationslinie lässt sich aber klar ablesen, und es wird hinreichend deutlich, dass und weshalb die Vorsitzende den Interessen der Beschwerdeführerin bei der hier gegebenen Ausgangslage keinen Vorrang eingeräumt hat. Eine Verletzung des Begründungsgebots (<ref-law>) ist darum vorab zu verneinen (statt vieler: <ref-ruling> E. 2b S. 102 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 149).
2.2 Auch was die materielle Begründung des Entscheids anbelangt, ist der Vorinstanz keine Verfassungswidrigkeit vorzuwerfen (<ref-law>). Es hätte der Beschwerdeführerin oblegen, besondere Gründe für den Entzug der aufschiebenden Wirkung geltend zu machen. Die Abteilungspräsidentin i.V. durfte willkürfrei zum Schluss gelangen, dass solche besondere Gründe mit Blick auf die einzubeziehenden Interessen nicht vorliegen. Nicht näher zu erläutern brauchte die Vorinstanz ihre Einschätzung, wonach die Beschwerde nicht von vornherein offensichtlich aussichtslos erscheine. Prognosen sind in diesem Verfahrensstadium jeweils schwierig zu treffen und spielen im Zusammenhang mit einstweiligen Anordnungen nach der Praxis des Bundesgerichts nur eine Rolle, wenn sie eindeutig sind; bei tatsächlichen oder rechtlichen Unklarheiten drängt sich hingegen Zurückhaltung auf, weil in diesem Fall die erforderlichen Entscheidgrundlagen im Hauptverfahren erst noch beschafft werden müssen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 155; <ref-ruling> E. 3 S. 138). Der Einwand des Beschwerdegegners im kantonalen Verfahren, wonach beim Betrieb eines Recyclingunternehmens neben den abfallrechtlichen Vorschriften auch baupolizeiliche sowie solche des Immissionsschutzes zu beachten seien (Beschwerde vom 14. April 2011 S. 13), ist jedenfalls nicht von vornherein von der Hand zu weisen. Entsprechend ist die summarische Beurteilung der rechtlichen Ausgangslage durch die Vorinstanz nicht zu beanstanden. Daran ändert auch das von der Beschwerdeführerin vor Bundesgericht erstmals eingereichte Schreiben des Amts für Wirtschaft und Arbeit zu Lärmmessungen auf dem Betriebsgrundstück nichts. Offen bleiben kann, ob es sich dabei um ein unzulässiges Novum (<ref-law>) handelt, da aus dem Bericht vom 9. September 2011 klar hervorgeht, dass weitere Abklärungen notwendig sind. Es ist nicht Aufgabe des Bundesgerichts, erstinstanzlich die Einhaltung der massgeblichen Grenzwerte zu beurteilen.
2.3 Unbehelflich ist der Vorwurf der Beschwerdeführerin, wonach die Vorinstanz den Sachverhalt falsch festgestellt habe, sind die bemängelten Feststellungen doch für den Verfahrensausgang nicht relevant (siehe <ref-law>). Massgebend für die Interessengewichtung ist nicht, ob die Beschwerdeführerin ihr Gesuch für eine Bewilligung letztendlich am 24. September 2008 (mit dem ersten unvollständigen Erweiterungsbegehren) oder doch erst am 13. April 2010 (mit dem letzten Antrag um Erweiterung) eingereicht hat. Ausschlaggebend ist, dass die schliesslich ausgestellte Bewilligung erst im Juli 2010 und nicht früher erteilt werden konnte - und dies aus Gründen, welche in erster Linie die Beschwerdeführerin zu vertreten hat.
2.4 Die von der Beschwerdeführerin angerufene Wirtschaftsfreiheit garantiert nicht, dass eine bewilligungspflichtige Tätigkeit bereits vor dem rechtskräftigen Abschluss des Bewilligungs- und anschliessend Rechtsmittelverfahrens ausgeübt werden darf. Über eine solche Bewilligung verfügte die Beschwerdeführerin bis anhin nicht, sondern über eine eingeschränktere Erlaubnis. Neu wurde 2010 (zusätzlich zu den 2007 provisorisch bis Ende März 2008 zugestandenen Abfällen) die Bewilligung für Altreifen (Code 16 01 03), für Altfahrzeuge, die weder Flüssigkeiten noch andere gefährliche Bestandteile enthalten (Code 16 01 06), für Bleibatterien und Bleiakkumulatoren (Code 16 06 01) und für quecksilberhaltige Leuchtmittel (Code 20 01 21) erteilt. Nur soweit eine bereits bewilligte Tätigkeit fortgesetzt werden soll, kann allenfalls über einen Anspruch auf Weiterführung diskutiert werden, wenn das Verfahren um Bewilligungserneuerung nicht rechtzeitig abgeschlossen werden kann. Eine (allenfalls vorübergehende) Einschränkung der Geschäftstätigkeit der Beschwerdeführerin mag Einbussen zur Folge haben, verstösst aber nicht in stossender Weise gegen den Gerechtigkeitsgedanken. Die Interessenabwägung, welche die Vorinstanz unter Berücksichtigung der im Spiel stehenden Umweltschutzanliegen und der nachbarlichen Interessen vorgenommen hat, ist nicht willkürlich. Die Beschwerdeführerin kann nur soweit Schutz für ihre gewerbliche Tätigkeit beanspruchen, als sie diese nicht eigenmächtig aufgenommen hat, sondern über die erforderlichen rechtskräftigen Bewilligungen verfügt.
2.5 Zusammenfassend ergibt sich, dass das Anliegen der Beschwerdeführerin zwar nachvollziehbar ist, der Vorinstanz aber keine verfassungswidrige Anwendung von §§ 55 und 25 VRG/ZH vorzuwerfen ist. Die Abteilungspräsidentin i.V. des Verwaltungsgerichts durfte willkürfrei davon ausgehen, dass keine besonderen Gründe für den Entzug der aufschiebenden Wirkung vorliegen. Es liegt an den Parteien, durch kooperative Mitwirkung im Beschwerdeverfahren zu einem beförderlichen Ausgang desselben beizutragen.
3. Mit Ausfällung dieses Urteils erübrigt sich ein Entscheid über die Gewährung der aufschiebenden Wirkung vor Bundesgericht.
4. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Verfahrensausgang trägt die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten (<ref-law>). Sie hat den Beschwerdegegner zudem angemessen für das bundesgerichtliche Verfahren zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den privaten Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Amt für Abfall, Wasser, Energie und Luft sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, Abteilungspräsidentin i. V., schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. September 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Die Gerichtsschreiberin: Scherrer Reber