Sachverhalt:
A. Mit öffentlich beurkundetem Kaufvertrag vom 10. März 2009 verkaufte Y._ die Liegenschaft "Unter dem Hollen, Parz.-Nr. 2928, Grundbuch Duggingen" für Fr. 135'800.-- an X._. Unter Ziff. 2 der Vertragsbestimmungen wurde festgehalten, dass der Kaufpreis bereits am 12. Januar 2009 bezahlt worden sei; der Käufer quittiere den Erhalt des Kaufpreises durch die Unterzeichnung des öffentlich beurkundeten Kaufvertrags. Die Parteien beabsichtigten, auf der Parzelle Nr. 2928 und der im Eigentum von Y._ verbliebenen Parzelle Nr. 2927 gemeinsam ein Doppeleinfamilienhaus zu bauen.
Am 28. Oktober 2010 reichte Y._ eine Strafanzeige gegen sich selber ein. Er habe im Kaufvertrag vom 10. März 2009 fälschlicherweise bestätigt, den Kaufpreis bereits erhalten zu haben. In Wirklichkeit sei vereinbart gewesen, dass X._ den Kaufpreis durch Arbeitsleistung beim Bau seines Hauses abzahle.
Am 13. Dezember 2010 verfügte das Besondere Untersuchungsrichteramt Basel-Landschaft im Rahmen des gegen Y._ und X._ eröffneten Strafverfahrens, im Hinblick auf eine mögliche Einziehung nach <ref-law> dürften mit sofortiger Wirkung ohne seine Zustimmung keine Verfügungen mehr über das Grundstück Nr. 2928 vorgenommen werden und wies die Bezirksschreiberei Laufen an, allfällige Grundbuchanmeldungen des Grundeigentümers abzuweisen.
Am 1. März 2011 verfügte die Staatsanwaltschaft (vormals Besonderes Untersuchungsrichteramt) Basel-Landschaft in Ergänzung zur Verfügung vom 13. Dezember 2010 die Beschlagnahme der Parzelle Nr. 2928 im Sinn von <ref-law> und wies das Grundbuchamt nach <ref-law> an, die Grundbuchsperre im Grundbuch vorzumerken (recte: anzumerken). Am 23. März 2011 erliess die Staatsanwaltschaft die gleiche Grundbuchsperre nochmals, wobei sie, anders als in der Verfügung vom 1. März 2011, neben Y._ auch X._ als Beschuldigten anführte. Das Grundbuchamt Laufen nahm die entsprechende Eintragung am 25. März 2011 vor.
Am 28. Juni 2011 wies das Kantonsgericht die Beschwerden von X._ gegen die Grundbuchsperre vom 1. bzw. 23. März 2011 ab.
B. Am 7. Juli 2011 hob die Staatsanwaltschaft die Grundbuchsperre auf mit der Begründung, der hinreichende Tatverdacht sei aufgrund des Beweisverfahrens dahingefallen. Sie wies das Grundbuchamt Laufen an, die entsprechende Anmerkung zu löschen.
Y._ focht diese Verfügung beim Kantonsgericht Basel-Landschaft an mit dem Antrag, sie aufzuheben.
Am 28. November 2011 hiess das Kantonsgericht die Beschwerde gut, hob die angefochtene Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 7. Juli 2011 auf und stellte fest, dass die mit Verfügung vom 1. bzw. 23. März 2011 angeordnete Grundbuchsperre weiterhin gelte.
C. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, den Beschluss des Kantonsgerichts vom 28. November 2011 aufzuheben und die Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 7. Juli 2011 zu bestätigen.
D. Y._ beantragt in seiner Vernehmlassung, die Beschwerde abzuweisen. Die Staatsanwaltschaft beantragt, die Beschwerde gutzuheissen, den Beschluss des Kantonsgerichts vom 28. November 2011 aufzuheben und die Verfügung der Staatsanwaltschaft vom 7. Juli 2011 zu bestätigen. Das Kantonsgericht beantragt unter Hinweis auf den angefochtenen Beschluss, die Beschwerde abzuweisen.
E. X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid, mit dem das Kantonsgericht die Weiterführung der Grundbuchsperre anordnete, schliesst das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht ab. Es handelt sich um einen selbstständig eröffneten Zwischenentscheid, gegen den die Beschwerde in Strafsachen zulässig ist, wenn er einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (Art. 78 ff., Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG). Das ist nach der bereits unter der Herrschaft des OG entwickelten Rechtsprechung bei der Beschlagnahme von Gegenständen der Fall, weil der Betroffene daran gehindert wird, frei über diese zu verfügen (Urteil 6B_217/2007 vom 23. August 2007 E. 2.4; <ref-ruling> E. 1). Als Eigentümer und Partei des kantonalen Verfahrens ist der Beschwerdeführer daher befugt, sich gegen die Grundbuchsperre zur Wehr zu setzen (<ref-law>). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, sodass auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. Zwangsmassnahmen können erlassen werden, wenn sie gesetzlich vorgesehen sind, ein hinreichender Tatverdacht besteht, die damit angestrebten Ziele durch mildere Massnahmen nicht erreicht werden können und die Bedeutung der Straftat die Zwangsmassnahme rechtfertigt (<ref-law>). Umstritten ist vorliegend einzig, ob die Grundbuchsperre durch einen hinreichenden Tatverdacht gerechtfertigt wird.
2.1 In seiner Selbstanzeige vom 28. Oktober 2010 behauptete der Beschwerdegegner, er habe im öffentlich beurkundeten Kaufvertrag vom 10. März 2009 den Erhalt des Kaufpreises von Fr. 135'800.-- zu Unrecht quittiert. In Wahrheit sei der Kaufpreis nicht bezahlt worden, es sei vielmehr verabredet gewesen, dass der Beschwerdeführer diesen durch Arbeitsleistungen am zu erstellenden Haus erbringe. Für das Kantonsgericht ist diese Selbstanzeige, mit der sich der Beschwerdegegner selber der Erschleichung einer falschen Beurkundung (<ref-law>) bezichtigt und für deren Einreichung er einen nachvollziehbaren Grund vorbringt - er habe Kenntnis davon bekommen, dass der Beschwerdeführer versuche, die umstrittene Parzelle zu verkaufen - ein gewichtiges Indiz dafür, dass der Kaufpreis entgegen der ausdrücklich als Quittung geltenden Ziffer 2 des Kaufvertrags nicht geleistet wurde.
Für die Darstellung des Beschwerdegegners spricht nach der Auffassung des Kantonsgerichts weiter, dass er im August 2009 elektronische Dokumente verfasste mit dem Titel "Schuldanerkennung und Abzahlungsvereinbarung", aus denen hervorgehe, dass er den Beschwerdeführer dazu habe bringen wollen, eine Schuldanerkennung über Fr. 135'000.-- zu unterschreiben und diese mittels Teilzahlungen von Fr. 1'000.-- bzw. mittels Gipser-, Maler- und Plattenlegearbeiten zu begleichen.
Als weiteres Indiz für die Darstellung des Beschwerdegegners spricht für das Kantonsgericht der Umstand, dass der Beschwerdeführer nicht nachweisen könne, dass er den Kaufpreis dem Beschwerdegegner am 12. Januar 2009 in bar übergeben habe. Bei einer Bargeldübergabe in dieser Grössenordnung sei zu erwarten, dass sie nur Zug um Zug gegen eine Empfangsbestätigung erfolge und nicht erst zwei Monate später im Kaufvertrag quittiert würde.
2.2 Der Beschwerdegegner hat im öffentlich beurkundeten Kaufvertrag vom 10. März 2009 den Erhalt des Kaufpreises quittiert; damit besteht die Vermutung, dass der Beschwerdeführer diesen vertragsgemäss bezahlt hat. Für das Kantonsgericht ist diese Vermutung durch in E. 2.1 angeführten Vorbringen des Beschwerdegegners erschüttert. Diese sind indessen keineswegs zwingend. Es erscheint zwar durchaus ungewöhnlich, dass der Beschwerdeführer den Kaufpreis in bar übergeben haben will, ohne im Gegenzug eine schriftliche Empfangsbestätigung zu verlangen. Es ist aber genauso wenig plausibel, dass der Beschwerdegegner im Kaufvertrag fälschlicherweise den Erhalt des Kaufpreises quittierte, allein gestützt auf das mündliche Versprechen des Käufers, diesen im Nachhinein durch Arbeiten beim Hausbau begleichen zu wollen. Für die Staatsanwaltschaft ist der Beschwerdegegner, den sie aus einem weiteren Strafverfahren kennt, bei dem es um die (eingestandene) Veruntreuung von mehreren Hunderttausend Franken zulasten seiner Kirchgemeinde geht, unglaubwürdig und seine Vorbringen dementsprechend wenig glaubhaft.
2.3 Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beweislage in dem Sinn nicht liquid ist, dass weder der Beschwerdeführer noch der Beschwerdegegner in der Lage sind, ihren jeweiligen Standpunkt - der Kaufpreis sei gemäss Ziff. 2 des öffentlich beurkundeten Vertrags bezahlt worden bzw. das sei nicht geschehen - ohne Weiterungen zu beweisen. Das bedeutet, dass vor der abschliessenden Beurteilung der Beweislage durch die Staatsanwaltschaft und dem gestützt darauf zu treffenden Entscheid über das weitere Schicksal des Strafverfahrens - Erlass eines Strafbefehls, Einstellung oder Anklageerhebung (<ref-law>) - der Verdacht, der Beschwerdeführer und der Beschwerdeführer hätten mit dem Kaufvertrag vom 10. März 2009 gemeinsam einen Notar eine "rechtlich erhebliche Tatsache unrichtig beurkunden lassen", nicht ausgeräumt ist. Das Kantonsgericht hat unter diesen Umständen kein Bundesrecht verletzt, indem es die Aufrechterhaltung der Grundbuchsperre jedenfalls bis zur angezeigten, baldigen Verfahrenserledigung durch die Staatsanwaltschaft anordnete. Die Beschwerde ist unbegründet.
3. Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Damit wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat zudem dem obsiegenden Beschwerdegegner eine angemessene Parteientschädigung zu bezahlen. (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Der Beschwerdeführer hat dem Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren eine Parteientschädigung von Fr. 1'500.-- zu bezahlen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Staatsanwaltschaft und dem Kantonsgericht Basel-Landschaft, Abteilung Strafrecht, sowie dem Grundbuchamt Laufen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. April 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Störi