Faits:
A. A.a X._, né en 1951, et Y._, née en 1953, se sont mariés en 1979. De cette union sont issus deux enfants, aujourd'hui majeurs.
A.b Une procédure de mesures protectrices de l'union conjugale a opposé les parties depuis le 25 mai 2010, dont l'objet principal était la contribution d'entretien due à l'épouse et l'attribution du domicile conjugal.
Suite aux recours des parties, la question de la contribution d'entretien a été définitivement tranchée par jugement du 23 février 2011, le Tribunal d'arrondissement de La Côte confirmant le prononcé de première instance du 5 octobre 2010 refusant toute contribution d'entretien en faveur de l'épouse. Il ressort de ces décisions que Y._ était alors au chômage depuis 2009, réalisait des revenus de 4'500 fr. par mois (indemnités de chômage, gains intermédiaires) et supportait des charges de 3'025 fr. 30 par mois, de sorte que son disponible était de 1'475 fr. environ. Quant à X._, sa situation financière était opaque et peu d'informations étaient disponibles à ce sujet. Actif notamment dans l'import-export de matériel sportif, il avait occupé plusieurs postes de chef d'entreprise et aussi créé une entreprise en raison individuelle "Z._", destinée à la représentation et au conseil de gestion pour diverses entreprises (cf. prononcé du 5 octobre 2010); au vu de ses revenus déclarés, ceux-ci s'élevaient mensuellement à 4'000 fr. et ses charges à 3'535 fr. 30, de sorte que son disponible était de 465 fr. environ.
La question de l'attribution du domicile conjugal a été définitivement tranchée par arrêt du 12 octobre 2011 (5A_575/2011), par lequel le Tribunal fédéral a rejeté le recours de X._ contre l'arrêt cantonal du 1er juillet 2011. En substance, il a considéré que l'autorité cantonale avait retenu, comme déjà le premier juge, que X._ n'avait pas d'intérêt professionnel à conserver le domicile. Dès lors, elle avait attribué le domicile conjugal en fonction du second critère pertinent en la matière, à savoir celui visant à déterminer à quel époux on pouvait le plus raisonnablement imposer de déménager, soit en l'occurrence l'époux. Or, le recourant n'avait pas démontré l'établissement arbitraire des faits selon lesquels le domicile conjugal ne lui servait pas de bureau et ne lui était pas nécessaire pour exercer une activité lucrative, qu'il n'était physiquement pas empêché de déménager et que son épouse se trouvait dans un état de santé psychique fragile de longue date, alors que la détérioration du sien paraissait plus ponctuel, de sorte qu'on pouvait lui imposer, plus qu'à son épouse, de déménager. Dès lors, le Tribunal fédéral a jugé que la décision attribuant le domicile conjugal à l'épouse ne violait pas l'art. 9 Cst.
X._ a été expulsé du domicile conjugal le 1er décembre 2011.
B. B.a Parallèlement à la procédure de mesures protectrices de l'union conjugale, X._ a ouvert une procédure de divorce le 25 mars 2010.
Dans le cadre de cette procédure, Y._ a requis le 9 juin 2011, à titre de mesures provisionnelles, une contribution d'entretien de 5'000 fr. par mois dès le 1er avril 2011. Le 20 septembre 2011, X._ a conclu au rejet de cette conclusion et, reconventionnellement, à l'attribution du domicile conjugal.
Par ordonnance du 19 mars 2012, la Présidente du Tribunal d'arrondissement de La Côte a condamné X._ à contribuer à l'entretien de son épouse par le versement d'un montant mensuel de 1'165 fr. pour les mois de juin et juillet 2011 et d'un montant mensuel de 120 fr. pour les mois d'août à novembre 2011. Elle a rejeté toutes autres ou plus amples conclusions. Pour allouer une contribution d'entretien à l'épouse, cette magistrate a considéré que les revenus et charges des parties s'étaient modifiés. S'agissant de l'épouse, elle a retenu que, ne touchant plus de prestations de chômage depuis le 31 mars 2011, celle-ci n'avait perçu aucun revenu entre le 1er avril et le 31 juillet 2011 et devait supporter des charges de 2'875 francs. En revanche, au bénéfice d'un contrat de durée déterminée pour l'année scolaire 2011-2012, elle gagnait, dès le 1er août 2012 [recte: 2011], 3'800 fr. par mois, de sorte que son disponible était de 925 fr. à partir de cette date. S'agissant de l'époux, elle a retenu que ses revenus, issus uniquement de son activité auprès de "Z._", étaient de l'ordre de 2'900 fr. par mois, selon le compte de pertes et profits 2010 de cette entreprise. Au vu de ses charges de 1'735 fr. 30, il bénéficiait d'un disponible de 1'165 fr. jusqu'au 30 novembre 2011, alors que, par la suite, ses charges étaient de 3'535 fr., notamment en raison des frais supplémentaires de logement, de sorte que celles-ci étaient plus élevées que ses revenus. Pour refuser de modifier l'attribution du domicile conjugal, la magistrate a retenu en substance que les éléments avancés au sujet de l'état de santé des époux et de l'activité professionnelle de X._ au domicile conjugal ne constituaient pas des éléments nouveaux justifiant de modifier les mesures protectrices de l'union conjugale prononcées le 5 octobre 2010.
B.b Par appel du 30 mars 2012, X._ a recouru contre cette décision. Il a conclu à la libération de toute contribution d'entretien en faveur de son épouse et à l'attribution du domicile conjugal. Par arrêt du 14 mai 2012, le Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois a rejeté cet appel.
C. Par acte posé le 5 juillet 2012, X._ interjette un recours en matière civile contre cet arrêt. Il conclut à sa réforme en ce sens qu'il soit libéré de toute contribution d'entretien en faveur de Y._, que la jouissance du domicile conjugal lui soit attribuée et qu'il soit imparti à Y._ un délai de 30 jours pour quitter le domicile conjugal. En substance, il se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits, au sens de l'art. 9 Cst.
Aucune observation n'a été requise.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre une décision finale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2), rendue en matière civile (<ref-law>), par une autorité de dernière instance cantonale statuant sur recours (art. 75 al. 1 et 2 LTF). De nature pécuniaire, la cause atteint la valeur litigieuse de 30'000 fr. Par ailleurs, le recours a été interjeté dans le délai (art. 46 al. 2 et 100 al. 1 LTF) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi, par une partie ayant pris part à la procédure devant l'autorité précédente et ayant un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée (<ref-law>). Le recours en matière civile est donc en principe recevable.
2. 2.1 La décision attaquée porte sur des mesures provisionnelles au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 5.1; 585 consid. 3.3), de sorte que la partie recourante ne peut dénoncer que la violation de ses droits constitutionnels. Le Tribunal fédéral n'examine de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés par le recourant ("principe de l'allégation", <ref-law>), c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de manière claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 3.2 et les références).
2.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Dans le contexte d'un recours soumis à l'<ref-law>, les art. 95, 97 et 105 al. 2 LTF ne s'appliquent pas directement (<ref-ruling> consid. 7.1; <ref-ruling> consid. 4.1); toutefois, l'application de l'art. 9 Cst. aboutit pratiquement au même résultat: le Tribunal fédéral ne corrige les constatations de fait que si elles sont arbitraires et ont une influence sur le résultat de la décision (arrêts 5A_567/2011 du 10 février 2012 consid. 2.2; 5A_909/2010 du 4 avril 2011 consid. 2.2). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2 ).
2.3 En vertu des principes de la bonne foi et de l'épuisement des griefs (<ref-law>), tous les moyens nouveaux sont exclus dans le recours en matière civile au sens de l'<ref-law>, que ceux-ci relèvent du fait ou du droit, sauf dans les cas où seule la motivation de la décision attaquée donne l'occasion de les soulever (<ref-ruling> consid. 2; arrêts 5A_577/2010 du 18 octobre 2010 consid. 1.2. publié in SJ 2011 I p. 101; 5A_871/2009 du 2 juin 2010 consid. 2).
3. En ce qui concerne l'attribution du domicile conjugal, le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits, au sens de l'art. 9 Cst.
3.1 Dans l'arrêt attaqué, l'autorité cantonale a retenu, en substance, que le recourant n'avait pas démontré l'existence d'un fait nouveau au sens de l'<ref-law>, de sorte que les mesures précédemment prises au sujet de l'attribution du domicile conjugal ne devaient pas être modifiées. A l'appui de cette affirmation, elle a relevé que le constat très prudent du premier juge ne permettait pas de retenir que l'état de santé de l'intimée s'était amélioré de façon essentielle et durable. Par ailleurs, aucun des éléments allégués au sujet de l'état de santé psychique du recourant, soit une dépression moyenne à sévère, ou de l'utilité professionnelle que représenterait le domicile conjugal pour lui, ne constituait un fait nouveau. Considérant que le revenu mensuel de 2'900 fr. du recourant était constitué du bénéfice de son entreprise individuelle "Z._", l'autorité cantonale a ajouté, à la suite du premier juge, que l'essentiel de l'activité professionnelle du recourant, soit la création graphique, le conseil et le consulting, pouvait dans tous les cas s'exercer depuis n'importe quel endroit.
3.2 En matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves, le Tribunal fédéral qui statue sur des mesures provisoires se montre réservé vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales. Il n'intervient du chef de l'art. 9 Cst. que si le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables; encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4.3; <ref-ruling> consid. 1.4.3; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 1b).
3.3 Le recourant s'en prend à l'état de fait tant en ce qui concerne l'état de santé des époux (cf. infra consid. 3.3.1) qu'en ce qui concerne l'utilité professionnelle que revêt pour lui le domicile conjugal (cf. infra consid. 3.3.2).
3.3.1
3.3.1.1 S'agissant de l'état de santé des époux, le recourant reproche à l'autorité cantonale de n'avoir pas retenu que celui de l'intimée avait changé de manière importante, puis qu'elle a pu reprendre un emploi en qualité d'enseignante secondaire auprès de l'Etat de Vaud. Il lui reproche également d'avoir pris en considération les certificats médicaux de l'intimée datant de 2010, alors que ceux-ci étaient antérieurs à la reprise de l'emploi, et de n'avoir pas compris la portée des certificats médicaux du 29 mars 2011 et du 5 août 2011, dont il ressort qu'il est, pour sa part, toujours en traitement, souffre toujours d'un état dépressif marqué, que son état psychique est des plus préoccupants et que ce qui lui reste de ressources psychiques continue à s'éroder de manière inquiétante. Enfin, le recourant reproche à l'autorité cantonale de n'avoir pas pris en considération les certificats médicaux du 9 septembre 2011 et du 21 décembre 2011 selon lesquels il s'est trouvé en incapacité de travail jusqu'au 31 janvier 2012 suite à une lésion à l'épaule, pièces qui démontreraient selon lui qu'il n'était pas en mesure d'effectuer un déménagement.
3.3.1.2 Par cette critique en grande partie appellatoire, car il ne fait qu'opposer sa propre appréciation des preuves à celle du magistrat précédent, le recourant ne démontre pas que l'autorité cantonale aurait arbitrairement retenu qu'il n'y a pas de fait nouveau relatif à l'état de santé des époux. L'état dépressif de chacun et, de ce fait, la difficile épreuve que représente un déménagement pour chacun d'eux sont très exactement les éléments qui ont été discutés lors du prononcé des mesures protectrices de l'union conjugale pour attribuer le domicile conjugal. Il n'est donc pas arbitraire de considérer que les éléments que le recourant rapporte, soit l'amélioration de l'état de santé de l'épouse qui a pu demeurer dans la maison familiale et la détérioration du sien alors qu'il a dû faire face à une expulsion, ne sont que la suite prévisible de la décision rendue et ne revêtent nullement l'importance et la durabilité d'un fait nouveau. Quant aux certificats médicaux attestant d'une lésion à l'épaule, sur la base desquels l'état de fait devrait être complété, le recourant ne désigne pas ces pièces avec précision en se référant au dossier cantonal et n'explique pas s'il les a introduites régulièrement et en temps utile dans la procédure cantonale. Les faits invoqués doivent être considérés comme nouveaux, et donc irrecevables (cf. supra consid. 2.3).
3.3.2
3.3.2.1 S'agissant de l'utilité professionnelle que représente le domicile conjugal, le recourant soutient avoir démontré que sa situation professionnelle a notablement changé, en produisant les pièces 109 et 110, dont il ressort qu'il a dû mettre le siège de la société A._ au domicile conjugal et que sa raison individuelle "Z._", s'y trouvait déjà depuis 1988. Par ailleurs, il reproche à l'autorité cantonale de n'avoir pas pris en considération la pièce 111 (des photographies), dont il ressort qu'il a besoin de place pour entreposer et présenter le matériel de ski qu'il fait fabriquer et d'un atelier pour préparer ce matériel, la pièce 114 dont il ressort que la société B._ SA a été déclarée en faillite puis radiée le 14 décembre 2010, la pièce 116, dont il ressort que la société C._ lui a demandé, par courrier du 4 février 2011, de retirer le matériel qu'il entreposait dans ses locaux, la pièce 112, soit un courrier d'un client daté du 11 janvier 2011, dont il ressort que l'exposition des skis et l'atelier au domicile conjugal sont très appréciés. Par ailleurs, le recourant reproche aussi à l'autorité cantonale de n'avoir pas pris en considération que son revenu mensuel, de l'ordre de 2'900 fr., ne lui permet manifestement pas de louer les locaux dont il a besoin pour ses activités professionnelles, d'où la nécessité de pouvoir continuer à disposer du domicile conjugal.
3.3.2.2 Dans sa critique, le recourant se borne à exposer l'utilité du domicile conjugal pour son activité de vente de matériel de ski, en particulier son besoin de disposer d'un local d'exposition et d'un atelier. Il ne s'attaque pas du tout à la constatation de l'autorité précédente selon laquelle l'essentiel de son activité professionnelle, qui seule lui rapporte un revenu de 2'900 fr. par mois, consiste en la création graphique, le conseil et le consulting, activité qui peut s'exercer "depuis n'importe quel endroit", ce qui comprend également le nouveau domicile du recourant étant précisé que, lors de la procédure de mesures protectrices de l'union conjugale, le recourant a lui-même prétendu recevoir ses clients dans son salon, qui était selon lui égale-ment son lieu de travail, de sorte qu'il n'est pas arbitraire de considérer que toute pièce habitable dans un appartement peut remplir à ses yeux cette fonction (cf. prononcé du 5 octobre 2010 p. 6). Or, cette motivation suffit à sceller le sort du litige, étant donné qu'elle conduit à retenir que, pour mener son activité professionnelle, le recourant n'a besoin ni d'un local commercial, ni de locaux propres à l'aménagement d'une halle d'exposition et d'un atelier, de sorte que le domicile conjugal ne lui est pas professionnellement utile. Dans tous les cas, alors que le litige en procédure de mesures protectrices de l'union conjugale a très exactement porté sur les éléments qu'il soulève et que les pièces auxquelles il se réfère, soit se rapportent à des faits antérieurs à la décision de mesures protectrices de l'union conjugale du 11 juillet 2011, soit ne comportent pas d'élément permettant de les situer dans le temps, le recourant n'expose absolument pas en quoi la constatation de l'autorité cantonale selon laquelle les faits allégués ne sont pas nouveaux serait arbitraire.
3.3.3 Au vu de ce qui précède, le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits doit être rejeté, pour autant qu'il soit recevable.
4. S'agissant de la contribution d'entretien, le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits relatifs à sa situation financière, au sens de l'art. 9 Cst. (cf. infra consid. 4.2). En réalité, il entend, par cette critique, se plaindre aussi d'application arbitraire de l'<ref-law>, le magistrat précédent ayant refusé d'administrer certaines preuves qu'il a considérées comme nouvelles (cf. infra consid. 4.1).
4. S'agissant de la contribution d'entretien, le recourant se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits relatifs à sa situation financière, au sens de l'art. 9 Cst. (cf. infra consid. 4.2). En réalité, il entend, par cette critique, se plaindre aussi d'application arbitraire de l'<ref-law>, le magistrat précédent ayant refusé d'administrer certaines preuves qu'il a considérées comme nouvelles (cf. infra consid. 4.1).
4.1 4.1.1 L'autorité cantonale a considéré que les pièces 137 à 148 ainsi que la pièce 150, que le recourant avait produites pour la première fois devant elle, n'étaient pas admissibles, car elles étaient antérieures à l'audience de première instance et le recourant ne démontrait pas que, malgré toute sa diligence, il n'avait pas pu les produire lors de ces débats.
4.1.2 Le recourant ne conteste pas que les pièces précitées existaient déjà lors de l'audience de première instance. En revanche, il soutient qu'il ne pouvait pas les produire car tous ses papiers avaient été éparpillés par les actes malveillants de son épouse, comme le démontreraient les diverses photos qu'il a produites au dossier.
4.1.3
4.1.3.1 Aux termes de l'<ref-law>, les parties ne peuvent pas invoquer de faits nouveaux en appel (<ref-law>), sous réserve de remplir les conditions cumulatives prévues par cette disposition, notamment s'ils ne pouvaient être invoqués ou produits devant la première instance bien que la partie qui s'en prévaut ait fait preuve de la diligence requise.
4.1.3.2 En l'espèce, par sa critique, le recourant ne démontre pas l'arbitraire de la décision. En effet, il ne prétend nullement qu'il n'avait pas accès aux pièces précitées mais, pour peu qu'on le comprenne, que celles-ci étaient en désordre; cette situation n'empêchait manifestement pas le recourant de les produire. Si, par sa critique ("actes malveillants"), le recourant entend en réalité prétendre que son épouse l'empêchait d'accéder aux pièces précitées, il ne peut pas non plus être suivi: les parties étant tenues de collaborer à l'administration des preuves, notamment en produisant les documents requis (<ref-law>), le recourant pouvait requérir devant le juge de première instance, à titre de preuves, la production par son épouse des pièces qu'elle conservait en sa seule possession.
Le grief d'application arbitraire de l'<ref-law> doit donc être rejeté.
Le grief d'application arbitraire de l'<ref-law> doit donc être rejeté.
4.2 4.2.1 L'autorité cantonale a retenu que la pièces 149, soit un décompte de A._ SA du mois de mars 2012, produite pour la première fois devant elle était recevable. Néanmoins, elle a considéré que cette pièce ne démontrait pas le fait allégué par le recourant selon lequel il aurait payé les charges relatives à l'entretien de la maison au moins jusqu'au mois de novembre 2011.
4.2.2 Le recourant affirme que les factures d'électricité lui étaient adressées et réglées par lui seul jusqu'au mois de novembre 2011.
4.2.3 Par cette critique appellatoire - elle se compose de pure affirmations et ne se rapporte pas à la motivation de l'arrêt attaqué -, le recourant ne démontre à nouveau pas que l'autorité cantonale a établi les faits de manière arbitraire. Il n'est en effet pas insoutenable de considérer qu'un simple décompte ne suffit pas à démontrer que le recourant s'est acquitté lui-même de la facture d'électricité.
Le grief d'arbitraire dans l'établissement des faits doit donc être rejeté.
5. En conséquence, le recours doit être rejeté, dans la mesure où il est recevable. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., seront supportés par le recourant, qui succombe (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à l'intimée, qui n'a pas été invitée à répondre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Juge délégué de la Cour d'appel civile.
Lausanne, le 5 septembre 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Achtari