Fatti:
A. A.a V._ è impiegato presso l'Amministrazione federale delle dogane (AFD) dal 1986 quale guardia di confine presso diversi valichi del Canton Ticino. Dal dicembre 2001 ha assunto la funzione di capogruppo presso la Centrale d'intervento di X._.
A.b In seguito alla riorganizzazione denominata "innova", nel cui ambito le funzioni di capogruppo e operatore presso la Centrale d'intervento, per cui aveva postulato nel corso del mese di luglio 2006, erano state riattribuite ad altri pretendenti, V._ è stato riassegnato al Posto internazionale di X._ in qualità di guardia di confine con effetto dal 1° gennaio 2007, in base al contratto sottoscritto il 23 novembre 2006.
A.c In occasione del colloquio intervenuto il 2 novembre 2006 V._ aveva nel frattempo informato il datore di lavoro di essere affetto, sin dal 1999, da vasocostrizione da freddo, e meglio da disturbi circolatori provocati dall'esposizione al freddo, che gli precludevano lo svolgimento di attività lavorativa all'esterno (statica e mobile). Per contro il medico curante aveva attestato una capacità lavorativa del 100% in attività da svolgere all'interno.
Gli accertamenti esperiti da "MedicalService", su richiesta del datore di lavoro, hanno confermato la diagnosi e attestato l'incapacità di svolgere integralmente la funzione di guardia di confine armata.
A.d Per i motivi suddetti in data 31 gennaio 2007 l'interessato ha chiesto il trasferimento al Posto guardie di confine di A._ rispettivamente alla Centrale d'impiego, che è stato respinto, in quanto ritenuto inadeguato al suo stato di salute.
In occasione del colloquio intervenuto il 2 maggio 2007, il datore di lavoro ha quindi proposto a V._ di effettuare una prova di lavoro consistente in attività all'esterno durante il periodo caldo (servizio statico) e all'interno durante quello freddo, alfine di verificarne la compatibilità con lo stato di salute. Il datore di lavoro si è pure impegnato ad informarsi sulla possibilità di trasferirlo presso il Servizio civile. La relativa richiesta è stata tuttavia respinta.
In data 1° giugno 2007 V._ ha contestato il provvedimento pronunciato in data 25 maggio 2007 dalla Regione guardie di confine IV tendente all'esecuzione della preannunciata prova di lavoro durante i mesi da giugno ad agosto, ritenuto inammissibile un servizio statico, che avrebbe accentuato i dolori alle estremità. Con certificato del 6 giugno 2007 pure il medico curante ha ribadito che il servizio esterno non era più adeguato sia d'estate che d'inverno.
Ritenuto l'interessato non più idoneo per il servizio di sorveglianza armato quale guardia di confine, il datore di lavoro ha quindi ulteriormente verificato, in seguito ad un colloquio intervenuto il 9 novembre 2007, in cui l'assicurato aveva chiesto di essere attribuito quale sovvrannumerario alla Centrale di intervento, invano, la possibilità di impiegarlo presso il Servizio civile rispettivamente, con compiti alternativi, nel Corpo guardie di confine presso la regione Y._ o presso il Posto internazionale.
Pure i concorsi interni inoltrati nel corso del 2007 (collaboratore della Sezione esercizio, nella funzione di capocancelleria, rispettivamente di impiegato amministrativo, operatore e segretario), non hanno prodotto l'esito sperato.
A.e Ritenuta l'impossibilità di reintegrare V._ in un'attività confacente, in data 18 settembre 2008 il Comando regione guardie di confine IV lo ha informato dell'intenzione di sciogliere il rapporto di lavoro, accordandogli il diritto di audizione.
Con decisione formale del 9 ottobre 2008 il Comando Regione Y._ ha quindi disdetto, con effetto dal 30 aprile 2009, il rapporto di lavoro concluso con V._. Dal canto suo in data 4 novembre 2008 l'interessato ha interposto opposizione tramite l'avv. Rosemarie Weibel. L'incarto è poi stato trasmesso alla Direzione generale delle dogane (DGD), la quale, con decisione del 24 aprile 2009, ha confermato il provvedimento amministrativo impugnato, togliendo l'effetto sospensivo ad un eventuale ricorso.
B. Avverso la citata decisione V._, sempre rappresentato dall'avv. Weibel, ha interposto ricorso di diritto amministrativo al Tribunale amministrativo federale con domanda di provvedimento supercautelare, postulando in ordine il conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso e nel merito l'annullamento della decisione di scioglimento del rapporto di lavoro del 9 ottobre 2008.
Con giudizio del 26 agosto 2009 il Tribunale amministrativo federale (TAF) ha respinto il ricorso, non ritenendo né arbitraria né inadeguata la decisione amministrativa impugnata.
C. Contro quest'ultima pronuncia, ancora rappresentato dall'avv. Weibel, V._ insorge con ricorso in materia di diritto pubblico con domanda supercautelare al Tribunale federale, chiedendo in ordine il conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso, e nel merito, l'accoglimento, con conseguente annullamento della decisione di scioglimento del rapporto di lavoro del 9 ottobre 2008. Dei motivi si dirà, se necessario, nei considerandi di diritto.
Chiamati a pronunciarsi, il TAF ha rinunciato ad esprimersi, mentre l'Amministrazione federale delle dogane ha proposto di respingere il ricorso.
Con decreto del 5 novembre 2009 il giudice delegato ha accolto la richiesta di attribuire effetto sospensivo al ricorso.

Diritto:
1. Oggetto del contendere è la liceità della disdetta del rapporto di lavoro pronunciata nei confronti di V._ dal Comando regione Y._ il 9 ottobre 2008 e confermata sia dalla DGD in data 24 aprile 2009 che dal TAF con la pronuncia impugnata.
1.1 Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere d'esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del rimedio esperito (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2 pag. 465, 630 consid. 2).
Secondo l'<ref-law> Il Tribunale federale giudica i ricorsi contro le decisioni pronunciate in cause di diritto pubblico. Per l'art. 83 lett. g LTF il ricorso è inammissibile tra l'altro contro le decisioni in ma-teria di rapporti di lavoro di diritto pubblico, in quanto concernano una controversia non patrimoniale, ma non la parità dei sessi.
1.2 In un caso analogo il Tribunale federale ha già decretato che, malgrado la ricorrente non avesse postulato il versamento di una somma di denaro, bensì di essere reintegrata nella funzione precedentemente esercitata, la pretesa perseguiva, seppure parzialmente, un fine economico e nella misura in cui l'oggetto litigioso poteva essere valutato in denaro, andava considerato di natura pecuniaria (sentenza 1C_116/2007 del 24 settembre 2007 consid. 2 e dottrina citata; cfr. anche sentenze 8C_411/2009 del 6 novembre 2009, 8C_322/2009 del 9 settembre 2009 e 8C_169/2009 del 28 luglio 2009 consid. 1.1).
1.3 Per l'<ref-law> in materia patrimoniale il ricorso è inammissibile nel campo dei rapporti di lavoro di diritto pubblico, se il valore litigioso è inferiore a 15'000 franchi. L'<ref-law> precisa che se nelle conclusioni non è chiesto il pagamento di una somma di denaro determinata, il Tribunale federale stabilisce il valore litigioso secondo il suo apprezzamento. Le rendite e prestazioni periodiche hanno il valore del capitale che rappresentano. Se la loro durata è incerta o illimitata, è considerato valore del capitale l'importo annuo della rendita o della prestazione moltiplicato per venti o, se si tratta di rendite vitalizie, il valore attuale del capitale corrispondente alla rendita (cpv. 4).
Poiché il salario annuo dell'assicurato era pari a fr. 87'334.- nel 2008 il ricorso è chiaramente ammissibile.
2. Il ricorso in materia di diritto pubblico (<ref-law>) può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. Pur applicando d'ufficio il diritto (<ref-law>), tenuto conto dell'esigenza di motivazione posta dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF - che se disattesa può anche comportare l'inammissibilità del gravame (<ref-law>) - il Tribunale federale esamina solamente le censure sollevate (<ref-ruling> consid. 2.2 pag. 550), mentre non è tenuto a vagliare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono, se quest'ultime non sono presentate in sede federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254).
Il Tribunale federale esamina la violazione di diritti fondamentali solo se tale censura è stata sollevata e motivata (<ref-law>). Ciò significa che il ricorrente deve dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che misura la decisione impugnata li leda (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 53, 65 consid. 1.3.1).
Per il resto, il Tribunale federale fonda la sua sentenza sui fatti accertati dall'autorità inferiore (<ref-law>). Può scostarsi da questo accertamento solo qualora esso sia avvenuto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> (<ref-law>). Chi intende scostarsi dai fatti stabiliti dall'autorità precedente deve spiegare in maniera circostanziata i motivi per cui ritiene realizzate le condizioni di una delle eccezioni previste dall'<ref-law>. In caso contrario, a meno di lacune manifeste da rettificare d'ufficio, non si può tener conto di uno stato di fatto diverso da quello posto a fondamento della decisione impugnata (<ref-ruling> consid. 1.4.3 pag. 254).
3. Il ricorrente fa valere in primo luogo una violazione del diritto di essere sentito ai sensi dell'<ref-law>, ribadendo quanto già addotto in prima sede e meglio che le decisioni amministrative e, quindi, anche il giudizio impugnato, sarebbero carenti nella motivazione per quanto riguarda l'asserita inidoneità ad assumere uno dei posti messi a concorso, in particolare circa le ragioni per cui altri candidati sarebbero stati maggiormente adatti per l'assunzione dei compiti previsti. Da tale irregolarità deriverebbe pure l'impossibilità, per il TAF, di esaminare correttamente l'adeguatezza del provvedimento.
3.1 Per costante giurisprudenza, dal diritto di essere sentito deve in particolare essere dedotto il diritto dell'interessato di esprimersi su tutti i punti essenziali di un procedimento prima della resa di una decisione sfavorevole nei suoi confronti (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 277; <ref-ruling> consid. 2a/aa pag. 16; <ref-ruling> consid. 3a pag. 51), di fornire prove riguardanti i fatti suscettibili di influire sul provvedimento, di poter prendere visione dell'incarto, di partecipare all'assunzione delle prove, di prenderne conoscenza e di determinarsi in proposito (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 370 e sentenze ivi citate). ll diritto di essere sentito di cui all'<ref-law> comprende anche l'obbligo per l'autorità di motivare le proprie decisioni. Tale obbligo ha lo scopo, da un lato, di porre la persona interessata nelle condizioni di comprendere le ragioni poste a fondamento del provvedimento, di rendersi conto della sua portata e di poterlo impugnare con cognizione di causa, e dall'altro, di permettere all'autorità di ricorso di esaminarne la fondatezza. Ciò non significa tuttavia che l'autorità è tenuta a pronunciarsi in modo esplicito ed esaustivo su tutte le argomentazioni addotte; essa si può infatti occupare delle sole circostanze rilevanti per il giudizio, e meglio atte ad influire sulla decisione (<ref-ruling> consid. 3.2 pag. 236; <ref-ruling> consid. 2a/aa pag. 16, 97 consid. 2b; <ref-ruling> consid. 2c pag. 372; <ref-ruling> consid. 2c pag. 14).
Va ancora rammentato che il Tribunale federale controlla l'applicazione dell'<ref-law>, determinandone il contenuto e la portata in funzione della situazione concreta e tenuto conto degli interessi in gioco (<ref-ruling> consid. 2d pag. 68 seg.). Vanno in particolare considerati, da un lato, il pregiudizio per la persona interessata, così come risulta dalla decisione che deve essere adottata, e, dall'altro, l'importanza e l'urgenza dell'intervento amministrativo (sentenza 2P.63/2003 del 29 luglio 2003 consid. 3.2). In generale, quanto più la decisione è suscettibile di pregiudicare la posizione dell'interessato, tanto più il diritto di essere sentito va accordato e riconosciuto ampiamente (cfr. <ref-ruling> consid. 2b/cc pag. 197; cfr. pure sentenza 2P.46/2006 del 7 giugno 2006 consid. 4.3 con riferimenti).
Il diritto di essere sentito infine è una garanzia costituzionale formale, la cui violazione implica l'annullamento della decisione impugnata, a prescindere dalle possibilità di successo nel merito (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 390; <ref-ruling> consid. 3d/aa pag. 437). Ai sensi della giurisprudenza, una violazione del diritto di essere sentito - nella misura in cui essa non sia di particolare momento - è da ritenersi sanata qualora l'interessato abbia la facoltà di esprimersi innanzi ad un'autorità di ricorso che gode di piena cognizione. La riparazione di un eventuale vizio deve comunque avvenire solo in via eccezionale (DTF <ref-ruling> consid. 3d/aa pag. 437). L'<ref-law> offre, a titolo sussidiario, una garanzia minima, mentre la portata di tale diritto è determinata in primo luogo dalle norme cantonali di procedura (DTF <ref-ruling> consid. 2a pag. 16; <ref-ruling> consid. 3a pag. 259).
3.2 Un attento esame degli atti rivela l'infondatezza della censura sollevata. Contrariamente a quanto dichiarato dal ricorrente, dalla decisione amministrativa del 24 aprile 2009, emanata dalla DGD, emergono infatti dettagliatamente i motivi per cui V._ non è stato attribuito ad uno dei posti rimessi a concorso nell'ambito della riorganizzazione denominata "innova", segnatamente in qualità di capogruppo rispettivamente di operatore presso la Centrale d'intervento di X._. Da un lato è stato infatti tenuto conto della valutazione personale del 2005 (valutazione globale B), non essendo ancora nota quella del 2006, dall'altro l'autorità preposta si è pronunciata nel corso del mese di ottobre tra l'altro ignorando i problemi di salute dell'interessato, che le sono stati comunicati solo nel corso del mese di novembre, posteriormente alla riattribuzione dei posti di lavoro. Tale circostanza, a detta del superiore di V._, avrebbe "addirittura potuto far riconsiderare la sua non attribuzione alla Centrale d'intervento".
Nel provvedimento citato sono pure stati spiegati i motivi per cui i posti di lavoro messi a concorso nel 2007 (capo cancelleria, impiegato amministrativo e operatore) sono stati attribuiti ad altri candidati, e meglio in due casi a concorrenti interni all'ufficio interessato, nel terzo a persona con migliori qualifiche. Approfonditamente è inoltre stata delucidata la ragione per cui non era possibile creare un posto supplementare per V._, essendo nel frattempo già stati introdotti quattro posti per casi di rigore nel Corpo guardie di confine regione Y._. In seguito, nell'ambito della procedura giudiziaria svoltasi di fronte al Tribunale amministrativo federale, è pure stato spiegato che il posto di segretario non era ancora stato assegnato, in quanto era stato ritenuto necessario pubblicare un concorso esterno.
Alla luce di quanto sopra esposto si deve concludere che la decisione amministrativa del 24 aprile 2009 è sufficientemente motivata e quindi non viola il diritto di essere sentito. In simili circostanze il tenore del provvedimento non poteva impedire al TAF di analizzarne l'adeguatezza.
4. 4.1 Il ricorrente sostiene poi che il TAF sarebbe incorso nell'arbitrio, poiché, in violazione dell'<ref-law>, avrebbe omesso di far uso del proprio potere di apprezzamento, e meglio, non solo si sarebbe limitato ad esercitarlo con riserva - attitudine che egli considera ammissibile, ritenuto l'ampio potere di apprezzamento di cui il datore di lavoro dispone in tale ambito -, bensì avrebbe tralasciato completamente di farne uso. In particolare il Tribunale adito non avrebbe esaminato le argomentazioni del ricorrente, secondo cui vi sarebbero numerose alternative per collaboratori con limitazioni, segnatamente avrebbe assunto acriticamente le motivazioni dell'amministrazione, senza esaminare le possibilità concrete di impiego e senza verificare le affermazioni delle autorità inferiori.
4.1.1 Per l'<ref-law>, applicabile al TAF in virtù dell'<ref-law>, detto Tribunale dispone di piena cognizione. Il ricorrente può infatti far valere la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento (lett. a), l'accertamento inesatto o incompleto di fatti giuridicamente rilevanti (lett. b) e l'inadeguatezza (censura non ammissibile quando un'autorità cantonale ha giudicato come autorità di ricorso, lett.c).
Secondo giurisprudenza un esercizio limitato, da parte di un'autorità giudicante, del potere cognitivo di cui dispone, ad esempio al controllo del diritto o addirittura dell'arbitrio, configura una violazione del diritto di essere sentito rispettivamente un diniego di giustizia formale (<ref-ruling> consid. 11.7.1 pag. 303 e la giurisprudenza ivi citata; <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 452; <ref-ruling> consid. 3b/aa pag. 242; sentenza 2C_426/2007 del 22 novembre 2007 consid. 4.3, apparsa in RDAF 2008 II pag. 20). Un'autorità giudiziaria che dispone di piena cognizione in materia di apprezzamento è tuttavia autorizzata a rispettare il margine di manovra di cui dispone l'istanza precedente. Essa deve infatti correggere una decisione inadeguata, può tuttavia rimettere a detta autorità la scelta tra diverse soluzioni idonee (DTF <ref-ruling> consid. 4.1 pag. 452; <ref-ruling> consid. 2c pag. 212; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, Basilea 2008, n. 2.153, 2.160) e quindi applicare una certa riserva nell'esercizio del proprio potere di apprezzamento (sentenza 1C_116/2007 del 24 settembre 2007 consid. 4.2; <ref-ruling> consid. 4a pag. 166; v. anche sentenza 2C_426/2007 succitata consid. 4.3).
4.1.2 Per giurisprudenza costante l'arbitrio (<ref-law>) non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione, bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 211 con rinvii).
In materia di apprezzamento delle prove e constatazione dei fatti l'autorità commette arbitrio se non considera senza motivi seri un mezzo di prova atto a modificare la decisione, quando si sbaglia chiaramente sul suo senso o sulla sua portata, o ancora quando fondandosi sugli elementi raccolti, trae delle conclusioni insostenibili (<ref-ruling> consid. 2.1 pag. 9).
Nell'ambito dell'accertamento dei fatti e della valutazione delle prove inoltre il giudice di merito dispone di un ampio potere di apprezzamento. Per censurare un asserito accertamento arbitrario dei fatti o un'asserita valutazione arbitraria delle prove non è sufficiente che il ricorrente critichi semplicemente la decisione impugnata o che contrapponga a quest'ultima un proprio accertamento o una propria valutazione, per quanto essi siano sostenibili o addirittura preferibili. Egli deve bensì dimostrare per quale motivo l'accertamento dei fatti o la valutazione delle prove da lui criticati sarebbero manifestamente insostenibili o in chiaro contrasto con la situazione di fatto, si fonderebbero su una svista manifesta o contraddirebbero in modo urtante il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 2a pag. 168; <ref-ruling> consid. 3a pag. 15; <ref-ruling> consid. 5a pag. 316; <ref-ruling> consid. 2b pag. 139 e riferimenti).
4.2 Preliminarmente all'esame di un'eventuale limitazione illecita, da parte del TAF, del proprio potere cognitivo, in relazione ad ulteriori possibilità di reimpiegare l'interessato (<ref-law>), dev'essere risolta la questione, contestata dall'assicurato, circa la sua inidoneità ad esercitare l'attività per cui era stato assunto. In effetti nel caso in cui detta capacità venga riconosciuta, la citata censura risulterebbe obsoleta, in quanto il licenziamento non sarebbe giustificato già alla luce dell'art. 12 cpv. 6 lett. c LPers.
In proposito il ricorrente sostiene di essere del tutto idoneo a svolgere l'attività pattuita, lavorando senza alcuna limitazione solo all'interno già dal 2001. L'inidoneità risulterebbe quindi indotta dallo stesso datore di lavoro tramite la riattribuzione intervenuta nel 2007.
4.2.1 Per l'<ref-law> il rapporto di lavoro di durata indeterminata può essere disdetto da ciascuna delle parti. Dopo il periodo di prova, il datore di lavoro può invocare, tra l'altro, il seguente motivo di disdetta ordinaria (cpv. 6): "c. incapacità, inattitudine o mancanza di disponibilità nell'effettuare il lavoro convenuto nel contratto di lavoro".
4.2.2 In casu, alfine di stabilire l'idoneità al servizio di V._ l'amministrazione, così come il TAF, hanno fatto riferimento alla funzione di guardia di confine (secondo l'art. 91 cpv. 2 e 100 segg. della legge federale sulle dogane del 18 marzo 2005, RS 631.0) riattribuitagli con effetto dal 1° gennaio 2007 in occasione della riorganizzazione "innova", adducendo che, alla luce degli accertamenti medici, l'assicurato non poteva più eseguire integralmente i compiti affidati ad una guardia di confine, segnatamente il servizio armato esterno.
Tale conclusione risulta conforme al diritto federale. Infatti non risulta da alcun atto né il ricorrente dimostra rispettivamente offre (o ha offerto in prima sede) mezzi di prova, secondo cui tra le parti sarebbe venuto in essere un accordo diverso da quello concluso nella regolare forma scritta con effetto dal 1° gennaio 2007, in base al quale egli, già dal 2001, sarebbe stato autorizzato a lavorare solo all'interno rispettivamente che gli fosse stata fatta una promessa in tal senso. Nel ricorso egli indica in particolare che il trasferimento sarebbe avvenuto con l'assicurazione del comandante e del capoposto allora in carica, secondo cui avrebbe svolto un lavoro amministrativo. Tale affermazione configura tuttavia un fatto nuovo inammissibile ai sensi dell'<ref-law>, in quanto non è stata fatta in prima sede. In tale occasione il ricorrente si era infatti limitato a dichiarare che l'ultimo lavoro contrattualmente pattuito riguardava un'attività all'interno. Lo stesso vale per l'affermazione secondo cui il TAF non avrebbe sentito i superiori suddetti. Tale richiesta non risulta agli atti in prima sede e quindi la domanda risulta inammissibile, in quanto nuova (<ref-law>).
Da quanto appena esposto emerge, tra l'altro, che neppure in relazione alla, presunta, mancata assunzione di prove, è stata commessa una violazione del diritto di essere sentito da parte del TAF, né può essere ravvisato un accertamento incompleto di fatti rilevanti.
Del resto l'accordo addotto dal ricorrente non sarebbe stato valido già solo per il fatto che necessitava la forma scritta (<ref-law>; Annie Rochat Pauchard, La nouvelle loi sur le personnel de la Confédération [LPers], in RDAT II-2001 pag. 556; Peter Hänni, Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Personalrecht des Bundes, pag. 18 n. 52). La circostanza, poi, non contestata, che il datore di lavoro è stato messo al corrente solo nel novembre 2006 dello stato di salute dell'interessato, permette di ritenere che il contratto concluso nel 2001, inerente la funzione di capogruppo, comprendesse i compiti usualmente eseguiti da una guardia di confine, seppur con una qualifica superiore, in quanto dal punto di vista del datore di lavoro, non vi era alcuna necessità di modificarli. Infine neppure il posto occupato a tutt'oggi alla cassa presso il Posto internazionale di X._ è determinante per determinare la sua idoneità, essendogli stato attribuito provvisoriamente, alfine di chiarire lo stato di salute.
In conclusione i compiti affidati all'interessato a partire dal 1° gennaio 2007, seppure provvisoriamente non esercitati, sono pertanto quelli di guardia di confine alla luce del contratto concluso nell'ambito della riorganizzazione denominata "innova" il 23 novembre 2006, così come indicato dalla Corte di prima istanza. Che egli sia inidoneo (per un caso di inidonietà si confronti sentenza 2A.62/2006 del 27 giugno 2006 consid. 4) a svolgere integralmente tale attività non è contestato da nessuna delle parti.
In conclusione i compiti affidati all'interessato a partire dal 1° gennaio 2007, seppure provvisoriamente non esercitati, sono pertanto quelli di guardia di confine alla luce del contratto concluso nell'ambito della riorganizzazione denominata "innova" il 23 novembre 2006, così come indicato dalla Corte di prima istanza. Che egli sia inidoneo (per un caso di inidonietà si confronti sentenza 2A.62/2006 del 27 giugno 2006 consid. 4) a svolgere integralmente tale attività non è contestato da nessuna delle parti.
4.3 4.3.1 Viste le considerazioni esposte al considerando precedente, va esaminato se la Corte di prime cure ha violato l'<ref-law>, secondo cui prima di recedere dal rapporto di lavoro senza colpa dell'impiegato interessato, il datore di lavoro esamina tutte le opportunità e possibilità ragionevolmente esigibili per continuare ad impiegare quest'ultimo.
Al riguardo il ricorrente sostiene che le richieste sottoposte al Servizio civile sarebbero state puramente formali, che non sono state cercate soluzioni alternative, ad esempio presso il traffico turistico, dove svolge attualmente i suoi compiti, rispettivamente presso altri settori quali la logistica, il backoffice e il servizio contabilità, precisando che la questione della sicurezza, trattandosi di una guardia senz'arma, non è sufficiente per giustificare il mancato reimpiego.
4.3.2 In concreto, alla luce dei fatti accertati dalla Corte di prime cure, di principio vincolanti per il Tribunale federale - il ricorrente non ha del resto indicato quali circostanze sarebbero manifestamente errate, rispettivamente in che cosa consisterebbe un accertamento incompleto di fatti rilevanti -, emerge che l'amministrazione si è ripetutamente adoperata alfine di reperire un lavoro adeguato. Conformemente al principio della proporzionalità, sancito dall'<ref-law> (si confronti FF 1999 136 secondo cui il rapporto di lavoro va riorganizzato in modo tale che la persona possa far fronte ai propri compiti; Harry Nötzli, Die Beendigung von Arbeitsverhältnissen im Bundespersonalrecht, Berna 2005, pag. 127 n. 203; Peter Hänni, op. cit., pag. 33 n. 88), all'interessato è stato in primo luogo proposto di effettuare una prova di lavoro sia presso il Posto internazionale di X._, sia presso il posto di X._ stazione, alternando attività esterna a attività interna durante i mesi caldi. Al riguardo va rilevato che se è vero che fin dall'inizio era chiaro, anche alla luce delle dichiarazioni del "MedicalService", che uno svolgimento integrale della funzione di guardia di confine non era più possibile e che tali prove prevedevano il servizio statico esterno, sconsigliato dagli specialisti, rispettivamente che è del tutto comprensibile la paura dell'interessato di incorrere nuovamente in disturbi già ripetutamente patiti, è pure vero che un tentativo si poteva ragionevolmente pretendere nella misura in cui, secondo la generale esperienza della vita, l'assicurato non sarebbe stato obbligato a rimanere completamente immobile (problema con cui l'assicurato è comunque confrontato anche all'interno, come indicato dal "MedicalService"); inoltre il lavoro esterno era previsto solo a temperature calde e costanti e poteva essere interrotto al bisogno, ritenuto che l'alternanza al servizio cassa doveva avvenire quando le condizioni ambientali erano consone allo stato di salute.
In secondo luogo, dopo aver discusso con l'interessato, il datore di lavoro ha preso contatto in due occasioni con il Servizio civile chiedendo di tener presente anche la funzione di revisore, per cui non aveva postulato, vista la sua formazione di impiegato di commercio. Al ricorrente è pure stato chiesto di ripresentare a fine anno la richiesta di trasferimento già inoltrata una prima volta e respinta (presso il Posto di Agno Aeroporto e la Centrale d'intervento). Purtroppo un'attività presso il Servizio civile non è stata ritenuta adeguata proprio a causa dello stato di salute dell'interessato e altresì in quanto l'ufficio disponeva già di un sovrannumero di revisori. Sfortunatamente infine l'interessato non ha potuto essere assunto nelle quattro diverse funzioni per cui nel frattempo si era candidato spontaneamente.
Non va inoltre dimenticato che per nulla irrilevante in relazione al fallito reimpiego dell'interessato è la circostanza che V._ non ha informato tempestivamente il proprio datore di lavoro, perlomeno in occasione della riorganizzazione "innova", del problema di salute che lo affliggeva già da anni. Tale fatto ha senz'altro concorso a precludergli la possibilità di vedersi attribuire uno dei posti per cui aveva presentato la propria candidatura presso la Centrale d'intervento, visto che il datore di lavoro non ne ha potuto tenere conto, malgrado avrebbe avuto i mezzi per farlo (si confrontino in proposito gli art. 4 cpv. 2 lett. g e f LPers, 8 e 11a OPers).
4.3.3 Alla luce di quanto sopra esposto non risulta che la Corte di prime cure abbia limitato illecitamente il proprio potere cognitivo (si confronti sentenza 8C_190/2010 del 19 marzo 2010 consid. 3.3), incorrendo in un diniego di giustizia rispettivamente nell'arbitrio. Al contrario dalla decisione impugnata emerge che la Corte di prime cure ha fatto uso del proprio potere di apprezzamento esaminando, pur senza sostituirsi all'istanza precedente (fatto tra l'altro non contestato dal ricorrente e corretto come già evidenziato; André Moser/Michael Beusch/Lorenz Kneubühler, op. cit., n. 2.160), anche l'adeguatezza. Dopo aver infatti analizzato in dettaglio i passi posti in atto dall'amministrazione nelle concrete circostanze, segnatamente le possibilità di modificare, adeguandoli, i compiti assegnati all'assicurato, rispettivamente di trasferirlo in altre mansioni presso altri uffici, così come preso atto dell'impossibilità, ben motivata, di non poter (più) creare nuovi posti di lavoro (di tipo amministrativo senz'arma), e del fatto di non aver preliminarmente potuto procedere diversamente al momento dell'attribuzione a causa della mancanza di informazioni sullo stato di salute dell'assicurato, il TAF ha concluso che la decisione di sciogliere il rapporto di lavoro non era inadeguata.

Al riguardo va del resto rilevato che, malgrado la legge sul personale federale offra una certa sicurezza per quanto concerne l'impiego e garantisca il diritto per il dipendente che il datore di lavoro esamini tutte le opportunità e possibilità ragionevolmente esigibili per continuare ad impiegarlo, prima di recedere dal contratto di lavoro, non è data alcuna garanzia del posto di lavoro (FF 1999 1364; Peter Hänni, op. cit., pag. 41 n. 112, pag. 33 n. 88; Annie Rochat Pauchard, op. cit., pag. 566). Inoltre il datore di lavoro deve poter porre un limite alla ricerca intrapresa per reperire una nuova attività. Certo è del tutto comprensibile che, dal punto di vista del ricorrente, la decisione amministrativa non appaia la migliore rispettivamente la più idonea; ciò non significa tuttavia che il provvedimento sia per questi motivi inadeguato, potendosi più di una soluzione rivelarsi idonea.
Ne consegue che la censura sollevata dal ricorrente è infondata.
5. Il ricorrente rinvia anche all'<ref-law> secondo cui i datori di lavoro impiegano il loro personale in modo adeguato, economico e socialmente responsabile; prendono le misure adeguate per garantire: le stesse opportunità ai disabili, il loro impiego e integrazione (lett. f); la protezione della personalità e della salute, nonché la sicurezza del personale sul posto di lavoro (lett. g). Emanato in virtù di quest'ultima lettera l'<ref-law>, a cui rinvia ripetutamente il ricorrente, prevede inoltre che nel caso di impedimento al lavoro dovuto a malattia o infortunio dell'impiegato, l'autorità competente secondo l'articolo 2 ricorre a tutte le possibilità sensate e ragionevolmente esigibili per reintegrare la persona interessata nel mondo del lavoro (provvedimenti d'integrazione). Nell'effettuare i suoi accertamenti essa coinvolge servizi specializzati. Per l'<ref-law> inoltre nel quadro definito dalle direttive del Consiglio federale, i Dipartimenti creano le condizioni adatte per impiegare disabili in modo mirato e provvedono a integrarli professionalmente in modo durevole. A tal fine possono avvalersi di specialisti e adottare programmi di promozione (cpv. 1). Il Dipartimento federale delle finanze (DFF) stanzia le risorse necessarie in un bilancio preventivo centralizzato (cpv.2).
Pure da questo punto di vista la decisione del Tribunale di prime cure non viola il diritto federale, non essendovi neppure in tal caso un diritto al posto di lavoro. In effetti la 5a revisione dell'AI non ha voluto imporre misure obbligatorie, bensì fornire nuovi strumenti volti a migliorare le buone prestazioni già offerte dai datori di lavoro (si confronti l'articolo "I datori di lavoro e la 5a revisione AI", pubblicato dall'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) il 19 marzo 2007, «http://www.bsv.admin.ch/dokumentation/gesetzgebung/00092/01581/index.html?lang=it»). Dal messaggio del Consiglio federale emerge pure, in relazione all'<ref-law>, che la legge fondamentalmente lascia piena libertà ai datori di lavoro per quel che riguarda l'applicazione operativa e quindi la scelta degli strumenti adeguati per conseguire gli obbiettivi (FF 1999 1353/54).
Del resto nelle circostanze concrete non appare inadeguata la decisione di non creare un posto ad hoc per V._, consistente nello svolgimento di compiti prettamente amministrativi, senza l'utilizzo dell'arma. L'amministrazione ha infatti addotto in maniera convincente i motivi per cui questa soluzione non risultava ammissibile in concreto, e meglio a causa del numero ridotto di posti amministrativi (di regola occupati da quadri), per il fatto di aver già creato in precedenza quattro posti simili (per altrettanti casi di rigore) e per questioni legate alla sicurezza a causa del mancato utilizzo dell'arma.
Anche da questo punto di vista le censure sollevate dal ricorrente risultano infondate e devono essere respinte.
6. Infine dev'essere ancora precisato che l'<ref-law> (misure in caso di ristrutturazioni), richiamato ripetutamente dal ricorrente, che si fonda sull'art. 12 lett. e LPers, non è applicabile in concreto, in quanto il licenziamento non è stato causato dalla ristrutturazione, nel cui ambito è stata attribuita a V._ la funzione di guardia di confine, bensì dalla malattia menzionata tardivamente.
7. 7.1 In conclusione, alla luce di quanto esposto ai considerandi precedenti, in quanto infondato, il ricorso in materia di diritto pubblico dev'essere respinto.
7.2 Visto l'esito della procedura le spese di fr. 3'000.- vanno poste a carico del ricorrente (<ref-law>), mentre non si assegnano spese ripetibili all'opponente (<ref-law>).
Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 3'000.- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione alle parti e al Tribunale amministrativo federale, Corte I.