Sachverhalt:
A. A.a L._, geboren 1951, war vom 2. August 1983 bis 31. Oktober 2003 (letzter effektiver Arbeitstag: 26. Februar 2003) bei der Firma P._ AG als angelernte Fotolaborantin tätig. Am 2. Februar 2004 meldete sie sich unter Hinweis auf Depression, Rückenschmerzen und Problemen an beiden Handgelenken bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich führte erwerbliche Abklärungen durch und holte Berichte ein des Dr. med. R._ vom 10. Februar 2004, des Dr. med. S._, Chirurgie FMH, vom 3. März 2004, sowie des Dr. med. A._, FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, vom 17. März 2004. Nach Stellungnahme ihres Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD; Dr. med. B._) vom 25. März 2004 verfügte die IV-Stelle am 13. August 2004 die Zusprechung einer ganzen Rente (bei einem Invaliditätsgrad von 100 %) vom 1. März bis 30. Juni 2004 sowie einer halben Rente (bei einem Invaliditätsgrad von 50 %) ab 1. Juli 2004.
A.b Am 12. Februar 2005 teilte Dr. med. G._, Psychiatrie und Psychotherapie FMH, der IV-Stelle mit, der Gesundheitszustand von L._ habe sich seit November 2003 verschlechtert; "aufgrund ihres psychischen Zustandsbildes" bestehe seither eine anhaltende vollständige Arbeitsunfähigkeit. Nach erneuten erwerblichen Abklärungen und Beizug von Berichten des Dr. med. D._, FMH für Innere Medizin, vom 3. März 2005, und des Chiropraktors Dr. H._ vom 12. April 2005, veranlasste die IV-Stelle eine Begutachtung im Zentrum X._ vom 20. November 2006. Nach durchgeführtem Vorbescheidverfahren, in dessen Rahmen L._ ein Kurzgutachten des Dr. med. G._ vom 1. März 2007 und ein Bericht des Chiropraktors Dr. H._ vom 20. Februar 2007 ins Recht legen liess, und nach Stellungnahme des RAD-Arztes Dr. med. C._ vom 23. März 2007, verfügte die IV-Stelle am 20. April 2007 die Einstellung der Invalidenrente auf Ende des folgenden Monats.
B. Die hiegegen erhobene Beschwerde der L._ wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 4. Februar 2009 ab.
C. L._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, es sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und ihr weiterhin eine halbe Invalidenrente zuzusprechen.
Die IV-Stelle schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Dabei legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann deren Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>; vgl. auch <ref-law>; Ausnahme: Beschwerden gemäss <ref-law> [<ref-law>]).
2. Das kantonale Gericht hat die für die Beurteilung des umstrittenen Anspruchs auf eine Invalidenrente massgebenden materiellrechtlichen ATSG- und IVG-Bestimmungen (je in der bis Ende 2007 gültig gewesenen Fassung) sowie die Rechtsprechung zur revisionsweisen Erhöhung, Herabsetzung oder Aufhebung laufender Invalidenrenten (<ref-ruling> E. 3.5 S. 349 ff.; vgl. auch <ref-ruling> E. 5 S. 110 ff.), zum revisionsrechtlich massgebenden Vergleichszeitraum (<ref-ruling> E. 5.4 S. 114) sowie zum Beweiswert und zur Würdigung der ärztlichen Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3 S. 352 ff., 122 V 157 E. 1b und 1c S. 158 ff., je mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 4.1 S. 400) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Streitig und zu prüfen ist die Aufhebung der ab 1. Juli 2004 zugesprochenen halben Invalidenrente und in diesem Zusammenhang lediglich die Frage, ob die Versicherte weiterhin aus psychischen Gründen rentenberechtigt ist.
3.1 Die Vorinstanz erwog, die Verfügungen vom 13. August 2004 beruhten "offensichtlich auf einer unvollständigen Sachverhaltsermittlung" und seien zweifellos unrichtig. Zum einen hätte die IV-Stelle nach Lage der damaligen Akten keinen invalidisierenden Gesundheitsschaden bejahen dürfen, da der behandelnde Psychiater Dr. med. A._ lediglich eine längere depressive Reaktion diagnostiziert habe. Zum anderen sei die Rentenherabsetzung einzig gestützt auf die Prognose des Dr. med. A._ verfügt worden, wonach ab April 2004 voraussichtlich wieder eine hälftige Arbeitsfähigkeit bestehe. Die IV-Stelle habe nicht abgeklärt, ob (und in welchem Umfang) die Arbeitsfähigkeit tatsächlich habe gesteigert werden können. In der Folge prüfte das kantonale Gericht, ob zum Zeitpunkt der angefochtenen renteneinstellenden Verfügung vom 20. April 2007 ein Leistungsanspruch bestanden hätte. Dabei kam es zum Schluss, die IV-Stelle habe zu Recht auf das Gutachten des Zentrums X._ vom 20. November 2006 abgestellt, so dass die Aufhebung der Rente nicht zu beanstanden sei.
3.2 Die Beschwerdeführerin bringt zunächst vor, das kantonale Gericht habe ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt, soweit es die Revisionsverfügung vom 20. April 2005 mit substituierter Begründung geschützt habe, ohne ihr vorgängig Gelegenheit zur Stellungnahme einzuräumen. Weiter rügt sie, die Vorinstanz verfalle in Willkür, soweit sie die Verfügungen vom 13. August 2004 als "zweifellos unrichtig" erachte; auch habe sie in bundesrechtswidriger Weise nicht abgeklärt, ob die Bedeutung der zweifellosen Unrichtigkeit von erheblicher Bedeutung sei.
4. 4.1 Soweit die Vorinstanz - nach Feststellung der zweifellosen Unrichtigkeit der ursprünglichen Verfügungen vom 13. August 2004 - die revisionsweise verfügte Rentenaufhebung mit substituierter Begründung geschützt hat, ist dieses Vorgehen, gestützt auf den Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen, nicht zu beanstanden (<ref-ruling> E. 2 S. 369). Die Versicherte rügt aber zu Recht, dass das kantonale Gericht ihr vorgängig hätte Gelegenheit zur Stellungnahme einräumen müssen (Urteil 9C_562/2008 vom 3. November 2008 E. 2.2 mit Hinweisen). Indem es dies unterliess, hat es den Anspruch der Beschwerdeführerin auf rechtliches Gehör verletzt. Gegen eine Heilung im bundesgerichtlichen Verfahren spricht die eingeschränkte Kognition des Bundesgerichtes in Bezug auf den vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt (<ref-law> sowie Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG) sowie der grundsätzliche Anspruch auf Einhaltung des Instanzenzuges (<ref-ruling> E. 2c in fine S. 417; Urteil 8C_241/ 2007 vom 9. Juni 2008 E. 1.3.2; hiezu das bereits angeführte Urteil 9C_562/2008 E. 6.1 mit Hinweisen).
4.2 Eine Gehörsverletzung führt indes nur dann zur Aufhebung des angefochtenen Erkenntnisses, wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Dadurch sollen unnötige Verfahrensverzögerungen verhindert werden (vgl. etwa Hansjörg Seiler/Nicolas von Werdt/Andreas Güngerich, Bundesgerichtsgesetz [BGG], Bern 2007, N 25 zu Art. 97). Der Nachweis, dass die Behebung des Mangels den Verfahrensausgang entscheidend beeinflussen kann, obliegt der Beschwerde führenden Person, wobei die Glaubhaftmachung eines anderen Entscheides in der Sache bei korrekter Vorgehensweise genügt. Ob dieser Nachweis erbracht ist, prüft das Bundesgericht auch in tatsächlicher Hinsicht, allenfalls nach Ergänzung oder Berichtigung des Sachverhalts, grundsätzlich frei (<ref-law>; Urteil 9C_562/2008 E. 6.1 mit Hinweisen).
5. Die Beschwerdeführerin stellt einzig ein reformatorisches Rechtsbegehren in der Sache, beantragt aber nicht die Rückweisung an die Vorinstanz. Sie macht sodann nicht geltend, bei Gewährung des Gehörsanspruches hätte das kantonale Gericht anders entschieden. Ein Einfluss der Gehörsverletzung auf den Verfahrensausgang kann aus den nachfolgend dargelegten Gründen auch ausgeschlossen werden.
5.1 Die rentenzusprechenden Verfügungen vom 13. August 2004 stützten sich nach den insoweit verbindlichen - und im Übrigen auch nicht bestrittenen - Feststellungen der Vorinstanz massgeblich auf den Arztbericht des damaligen behandelnden Psychiaters Dr. med. A._ vom 17. März 2004. Daraus geht hervor, dass die Beschwerdeführerin seit Januar 2003 an einer längeren depressiven Reaktion gelitten hatte. Dr. med. A._ führte aus, nachdem ihr Ehemann im Jahre 2002 nach Sizilien gezogen sei, um sich als Orangenbauer selbstständig zu machen, das Projekt aber gescheitert sei, wobei alle Ersparnisse des Ehepaares aufgebraucht worden seien, und nachdem die Versicherte im Jahre 2003 von ihrem Arbeitgeber, für welchen sie über 20 Jahre tätig gewesen war, die Kündigung erhalten habe, seien verschiedene psychosomatische Beschwerden aufgetreten. Auf Veranlassung des Hausarztes seien diese in einer psychiatrischen Behandlung angegangen worden. Die angegebenen Beschwerden (Traurigkeit, Kraftlosigkeit, Verarmungsängste, Schlaf- und Konzentrationsstörungen; starke Belastung durch die finanziellen Schwierigkeiten) hätten sich unter medikamentöser Therapie (mit dem Antidepressivum "Deroxat") langsam gebessert (innerhalb einiger Wochen). Er gehe davon aus, dass die depressiven Symptome unter einer psychiatrischen Behandlung mit Antidepressiva ganz ausheilten und bald wieder eine vollständige Arbeitsfähigkeit bestehe. Voraussichtlich werde er seine Patientin ab 1. April 2004 wieder zu 50 % arbeitsfähig schreiben und die Arbeitsfähigkeit in der Folge langsam weiter steigern. Dazu kam es indessen nicht, da die Beschwerdeführerin per 30. März 2004 zu Dr. med. G._ wechselte.
5.2 Psychische Störungen, welche durch soziale Umstände verursacht werden und bei Wegfall der Belastungsfaktoren wieder verschwinden, vermögen keinen Rentenanspruch zu begründen. Je stärker diese Faktoren im Einzelfall in den Vordergrund treten und das Beschwerdebild mitbestimmen, desto ausgeprägter muss eine davon zu unterscheidende fachärztlich festgestellte psychische Störung von Krankheitswert vorhanden sein (<ref-ruling> E. 5a S. 299). Psychosoziale und soziokulturelle Faktoren können sich nur dann und soweit - mittelbar - invaliditätsbegründend auswirken, als sie einen derart verselbstständigten Gesundheitsschaden aufrechterhalten oder seine - unabhängig von den invaliditätsfremden Elementen bestehenden - Folgen verschlimmern (Urteil 9C_578/2007 vom 13. Februar 2008 E. 2.2 in fine mit Hinweisen). In Würdigung, dass die zweifellos belastenden psychosozialen Faktoren - welche im Übrigen auch im Gutachten des Zentrums X._ eingehend thematisiert worden sind - nach Einschätzung des Dr. med. A._ (wie auch des Hausarztes Dr. med. R._) die depressive Reaktion massgeblich verursachten und diese sich unter adäquater medikamentöser Therapie bereits nach wenigen Wochen erheblich gebessert hatte, war das kantonale Gericht zu Recht davon ausgegangen, dass einzig gestützt auf die Beurteilung und relativ vage Prognose des Dr. med. A._ keine rechtskonforme Invaliditätsbemessung vorgenommen werden konnte. Dies gilt umso mehr, als auch die übrigen, im Zeitpunkt des Verfügungserlasses vom 13. August 2004 vorhanden gewesenen Akten keinen verselbstständigten anspruchsrelevanten (psychischen) Gesundheitsschaden ausweisen. Die Vorbringen der Versicherten, wonach nicht nur Dr. med. A._, sondern auch Dr. med. G._ von einer invalidisierenden psychischen Krankheit ausgegangen seien und sich eine solche auch dem Gutachten des Zentrums X._ entnehmen lasse, da die Gutachter von einer seit dem Jahre 2005 eingetretenen Besserung ausgingen, führen zu keiner anderen Beurteilung. Zum einen hat die Vorinstanz die Einschätzungen des behandelnden Dr. med. G._ pflichtgemäss gewürdigt und dabei auch dem Umstand Rechnung getragen, dass - im Hinblick auf einen möglichen Ziel- und Interessenkonflikt (Behandlung versus Begutachtung) - die Angaben eines behandelnden Spezialisten besonders sorgfältig zu würdigen sind (Urteil I 814/03 vom 5. April 2004 E. 2.4.2 mit Hinweis). Zum anderen kann dem Gutachten des Zentrums X._ vom 20. November 2006 in keiner Weise entnommen werden, dass bei Verfügungserlass im August 2004 eine anspruchsrelevante psychische Erkrankung vorgelegen hätte. Es gibt auch Verbesserungen des (psychischen) Gesundheitszustandes, die invaliditätsmässig und rentenrechtlich irrelevant sind.
5.3 Weitere Abklärungen vermöchten von vornherein nichts daran zu ändern, dass die ursprüngliche Rentenzusprechung auf keiner rechtsgenüglichen fachärztlichen Einschätzung der Arbeitsfähigkeit erfolgte. Der rechtserhebliche Sachverhalt war insofern unvollständig festgestellt, die Invaliditätsbemessung nicht rechtskonform und demzufolge auch im Ergebnis nicht vertretbar. Die Vorinstanz hat daher die zweifellose Unrichtigkeit der Verfügungen vom 13. August 2004 im wiedererwägungsrechtlichen Sinn bejaht, ohne Bundesrecht zu verletzen. Weil nach den zutreffenden Erwägungen im angefochtenen Entscheid einzig die Anspruchsberechtigung und allenfalls der Umfang des Anspruchs pro futuro (ab 1. Juni 2007) streitig und zu prüfen sind (vgl. das bereits mehrfach zitierte Urteil 9C_562/2008 E. 2.3 mit Hinweisen), braucht im Übrigen die Frage, ob möglicherweise ein allenfalls ergänzter Sachverhalt eine zuverlässige Beurteilung der Arbeitsfähigkeit im damaligen Zeitpunkt erlaubt hätte, nicht weiter geprüft zu werden. Unter diesen Umständen verstiesse eine Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur Gewährung des rechtlichen Gehörs und zu neuem Entscheid gegen die Prozessökonomie, weshalb davon abzusehen wäre, selbst wenn die Beschwerdeführerin eine solche beantragt hätte (BGer a.a.O. E. 6.2.2).
6. 6.1 Die erhebliche Bedeutung der Berichtigung, welche bei Dauerleistungen regelmässig gegeben ist (<ref-ruling> E. 1c S. 480 mit Hinweisen; Urteil 9C_655/2007 vom 4. Januar 2008 E. 2), hat die Vorinstanz zu Recht bejaht. Diesbezügliche Weiterungen erübrigen sich.
6.2 Nicht zu beanstanden ist die vorinstanzliche Würdigung des Gutachtens des Zentrums X._ vom 20. November 2006, gegen welche die Beschwerdeführerin letztinstanzlich auch keine substantiierten Rügen vorbringt. Gestützt auf das die rechtsprechungsgemässen Anforderungen erfüllende interdisziplinäre Gutachten (vgl. <ref-ruling> E. 3 S. 352 ff.) verfügte die Vorinstanz die Rentenaufhebung ohne Verstoss gegen Bundesrecht.
7. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdeführerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 16. September 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Meyer Bollinger Hammerle