Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die letztinstanzliche Zuständigkeit des Eidgenössischen Versicherungsgerichts zur Beurteilung der Leistungspflicht des Kantons St. Gallen im Zusammenhang mit der im August 1998 am Inselspital Bern durchgeführten periacetabulären Osteotomie links nach <ref-law> ist gegeben (<ref-ruling> Erw. 3c, 315 Erw. 3a). Da auch die übrigen formellen Voraussetzungen erfüllt sind, ist auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten.
2.- a) Gemäss <ref-law> übernimmt die obligatorische Krankenpflegeversicherung die Kosten für die Leistungen, die der Diagnose oder Behandlung einer Krankheit und ihrer Folgen dienen. Diese Leistungen umfassen nach Abs. 2 dieser Bestimmung u.a. die Untersuchungen, Behandlungen und Pflegemassnahmen, die stationär durchgeführt werden (lit. a) sowie den Aufenthalt in der allgemeinen Abteilung eines Spitals (lit. e). Voraussetzung für die Kostenübernahme sind neben dem Erfordernis der Zulassung zur Tätigkeit zu Lasten der obligatorischen Krankenpflegeversicherung (<ref-law>) u.a. Wirksamkeit, Zweckmässigkeit und Wirtschaftlichkeit der Leistungen (<ref-law>; vgl. <ref-ruling>).
Die Vergütung der Leistungen nach <ref-law> erfolgt nach Tarifen oder Preisen (<ref-law>). Diese werden in Verträgen zwischen Versicherern und Leistungserbringern vereinbart oder in den vom Gesetz bestimmten Fällen von der zuständigen Behörde (Kantonsregierung oder Bundesrat) festgesetzt (<ref-law>). Für Tarifverträge mit öffentlichen oder öffentlich subventionierten Spitälern im Sinne von Art. 39Abs. 1KVGimBesonderenhatdasGesetzinArt. 49KVGeineSpezialregelunggetroffen(vgl. dazuBotschaftdesBundesrates über die Revision der Krankenversicherung vom 6. November 1991, BBl 1992 I 93 ff., 127, 169 und 183 f., sowie Gebhard Eugster, Krankenversicherung, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, S. 156 ff.).
b) Die Versicherten können laut <ref-law> unter den zugelassenen Leistungserbringern, die für die Behandlung ihrer Krankheit geeignet sind, frei wählen (Abs. 1 Satz 1). Für die Kostenübernahme bei stationärer Behandlung gilt folgende Regelung: Der Versicherer muss die Kosten höchstens nach dem Tarif übernehmen, der im Wohnkanton der versicherten Person gilt (Abs. 1 Satz 3).
Beanspruchen Versicherte aus medizinischen Gründen einen anderen Leistungserbringer, so richtet sich die Kostenübernahme nach dem Tarif, der für diesen Leistungserbringer gilt (Abs. 2 Satz 1). Medizinische Gründe liegen bei einem Notfall vor oder wenn die erforderlichen Leistungen nicht im Wohnkanton oder in einem auf der Spitalliste des Wohnkantons nach <ref-law> aufgeführten ausserkantonalen Spital angeboten werden (Abs. 2 Satz 2 lit. b; vgl. im Verhältnis zum Ausland <ref-law> und <ref-law>).
Beansprucht die versicherte Person aus medizinischen Gründen die Dienste eines ausserhalb ihres Wohnkantons befindlichen öffentlichen oder öffentlich subventionierten Spitals, so übernimmt der Wohnkanton die Differenz zwischen den in Rechnung gestellten Kosten und den Tarifen des betreffenden Spitals für Einwohner und Einwohnerinnen des Kantons (Abs. 3 Satz 1).
3.- Die Vorinstanz hat die Verpflichtung des (Wohn-) Kantons St. Gallen zur Übernahme der Tarifdifferenz für die im August 1998 am Inselspital Bern durchgeführte periacetabuläre Osteotomie links mit der Begründung verneint, gemäss Angaben des Dr. med. G. von der Klinik für Orthopädische Chirurgie am Kantonsspital St. Gallen würden Beckenosteotomien auch dort durchgeführt. Dass dabei eine andere Methode (modifizierte Form der Tripel-Osteotomie nach Tönnis) angewandt werde als am Inselspital, sei nicht entscheidend. Zum einen könne nicht gesagt werden, dass die periacetabuläre Osteotomie einem höheren Stand der medizinischen Operationstechnik entspreche. Gemäss Prof. Dr. med. G._ hätten beide Arten von Beckenosteotomien ihre Risiken und Chancen. Zum andern handle es sich dabei nicht um lebenswichtige Eingriffe, weshalb auch der Wunsch des Versicherten, nach der von ihm bevorzugten Operationsmethode versorgt zu werden, nicht berücksichtigt werden könne. Ebenfalls keinen zureichenden medizinischen Grund im Sinne der <ref-law> bilde die Tatsache, dass das Inselspital Bern überdurchschnittliche Erfahrung mit Beckenosteotomien habe und die Operationszahlen im Kantonsspital St. Gallen tiefer seien. Es genüge, dass das kantonseigene Angebot in diesem Bereich als ausreichend bezeichnet werden könne. Dass das Kantonsspital St. Gallen auf dem Gebiet der Beckenosteotomien in der Schweiz nicht führend sei, bedeute nicht ein ungenügendes Angebot im Sinne von <ref-law>. Abgesehen davon liesse sich der Anspruch auf operative Versorgung durch eine einem bestimmten medizinischen Teilgebiet führende ausserkantonale Klinik mit den vom Gesetzgeber mit <ref-law> verfolgten Zielen nicht vereinbaren, da dies die Bildung medizinischer Zentren, die ihre Leistungen zum vollen Tarif verrechnen könnten, begünstigte und gleichzeitig das vorhandene stationäre Behandlungsangebot in den übrigen Kantonen vollständig unterlaufen würde. Aus den gleichen Gründen sei ein Wahlrecht bei einer in Bezug auf die Behandlungsart abweichenden second opinion eines Zweitarztes abzulehnen. Nichts zu Gunsten des Versicherten ergebe sich schliesslich daraus, dass Prof. Dr. med. G._ einen Operationserfolg wegen der fortgeschrittenen Hüftdysplasie als fragwürdig bezeichnet habe.
4.- a) Unter den "erforderlichen Leistungen" im Sinne von Art. 41 Abs. 2 (Satz 2) KVG sind die zur Behandlung der Krankheit gemäss medizinischer Indikation notwendigen und hinreichenden diagnostischen und therapeutischen Massnahmen zu verstehen, in Bezug auf welche die Voraussetzungen der Kostenübernahme im Rahmen der obligatorischen Krankenpflegeversicherung gegeben sind, die also insbesondere den Kriterien der Wirksamkeit, Zweckmässigkeit und Wirtschaftlichkeit gemäss <ref-law> genügen. Wann diese Leistungen im Wohnkanton oder in einem auf dessen Spitalliste aufgeführten ausserkantonalen Spital nicht angeboten werden ("ne peuvent être fournies" bzw. "non possono essere dispensate" in der französischen und italienischen Fassung), sagt das Gesetz nicht. Nicht weiter hilft sodann der unmittelbare Normzweck, wie er sich aus dem insoweit klaren Wortlaut und der Systematik der Kostenübernahmeordnung bei stationärer Behandlung gemäss <ref-law> ergibt.
b) In der Botschaft vom 6. November 1991 finden sich keine Ausführungen zum Begriff der medizinischen Gründe im Sinne von Art. 41 Abs. 2 und 3 KVG. Zum Zweck der Regelung des Art. 35 des Entwurfes "Wahl des Leistungserbringers und Kostenübernahme" (vgl. Zwischentitel vor <ref-law>) wird u.a. ausgeführt, es gehe um eine weit gehende Vereinheitlichung des Wahlrechts der Versicherten mit Bezug auf die verschiedenen Leistungserbringer, welches heute bald enger und bald weiter ausgestaltet sei, ohne dass hiefür stets zwingende sachliche Gründe ersichtlich seien. Im Weitern wird darauf hingewiesen, dass im Unterschied zum bisheri- gen Recht auch dann eine allerdings beschränkte Leistungspflicht besteht, wenn der Versicherte einen auswärtigen Leistungserbringer wähle, ohne dass dies medizinische Gründe erforderten (BBl 1992 I 168 f.). In den Räten bildeten die medizinischen Gründe im Sinne von Art. 41 Abs. 2 und 3 KVG nicht Diskussionsgegenstand (vgl. Amtl. Bull. 1992 S 1307 ff. und 1993 N 1857). Anzufügen bleibt, dass bei der Beratung des Vorentwurfs des Bundesamtes durch die Expertenkommission der Vertreter der Verwaltung u.a. ausführte, dass die vorgeschlagene Vereinheitlichung des Wahlrechts sich weit gehend an den heute für Heilanstalten geltenden Grundsätzen orientiere (Protokoll der Sitzungen vom 23./24. April 1990).
c) aa) Unter dem alten Recht (Art. 19bis KUVG) galt folgende Regelung: Die Versicherten hatten grundsätzlich freie Wahl der inländischen Heilanstalt (Abs. 1). Je nachdem, ob die Krankenkasse mit einer Heilanstalt am Wohnort des Versicherten oder in dessen Umgebung einen Vertrag abgeschlossen hatte oder nicht, bemassen sich ihre Leistun- gen, von hier nicht interessierenden Ausnahmen abgesehen, entweder mindestens nach den Taxen der allgemeinen Abteilung dieser Heilanstalt oder derjenigen öffentlichen Heilanstalt, die dem Wohnort des Versicherten innerhalb des gleichen Kantons am nächsten lag (Abs. 2-4). Musste sich der Versicherte aus medizinischen Gründen in eine bestimmte Heilanstalt begeben, hatte die Kasse ihre Leistungen nach den Taxen der allgemeinen Abteilung dieser Heilanstalt zu bemessen (Abs. 5). Ein medizinischer Grund war gegeben, wenn es keine Vertragsanstalt am Wohnort der versicherten Person oder in dessen Umgebung gab, welche in der Lage war, die indizierte Behandlung vorzunehmen, oder wenn es mit Blick auf die Dringlichkeit sich als gefährlich erwies, den Patienten in eine solche Anstalt zu transportieren (<ref-ruling> f. Erw. 2b mit Hinweis).
bb) Der Grundsatz der freien Wahl der Heilanstalt unterlag im Weitern dem allgemeinen Wirtschaftlichkeitsgebot (Art. 23 KUVG). Dies bedeutete einerseits, dass der spitalbedürftige Versicherte diejenige Heilanstalt oder Spitalabteilung zu wählen hatte, in die er vom medizinischen Standpunkt aus gehörte. Die Kasse hatte insbesondere aus der Grundversicherung nicht für Mehrkosten aufzukommen, die sich daraus ergaben, dass der Versicherte sich in eine für intensive Pflege und Behandlung spezialisierte und damit teure Klinik begab, obwohl er einer solchen Betreuung nicht bedurfte und ebenso gut in einer einfacher eingerichteten und daher weniger kostspieligen Heilanstalt fachgerecht hätte behandelt werden können (<ref-ruling> f. Erw. 3b/aa mit zahlreichen Hinweisen). Standen anderseits verschiedene Heilanstalten im Wahlrecht des Versicherten, hatte er sich nicht in jene mit den günstigsten Tarifen zu begeben (RKUV 1988 Nr. K 754 S. 10 Erw. 1b am Ende). Ob der Versicherte verpflichtet war, von mehreren unter dem Gesichtspunkt der medizinischen Gründe im Sinne von Art. 19bis Abs. 5 KUVG in Betracht fallenden Heilanstalten die kostengünstigste Behandlung zu wählen, war nach der Praxis des Eidgenössischen Versicherungsgerichts auf Grund der gesamten Umstände des konkreten Falles zu beurteilen. Dazu gehörten neben der Krankheit an sich, Art, Dringlichkeit, Intensität und Dauer der Behandlung, mögliche Komplikationen sowie alle für den Erfolg der Behandlung bedeutsamen Faktoren, das soziale Umfeld ebenso wie das Verhältnis zu den Ärzten und zum Pflegepersonal (RKUV 1986 Nr. K 691 S. 397 f. Erw. 2b, 1985 Nr. K 625 S. 116 ff. Erw. 2, 1984 Nr. K 563 S. 16 f. Erw. 2a). Dies konnte, musste aber nicht bedeuten, dass von den in Betracht fallenden Heilanstalten der Versicherte die verkehrsmässig am besten erreichbare zu wählen hatte, um in den Genuss der gesetzlich (und reglementarisch) maximalen Deckung zu kommen. Bei der Anwendung dieser Grundsätze galt es im Übrigen zu beachten, dass bei mehreren für die Behandlung einer Krankheit in Betracht fallenden (geeigneten und wissenschaftlich anerkannten) Methoden das Verhältnis zwischen Kosten und Nutzen der Massnahme im Sinne des zu erwartenden Heilerfolges ausschlaggebend war (vgl. <ref-ruling> f. Erw. 2b).
cc) Streitigkeiten darüber, ob der Aufenthalt in einer bestimmten Heilanstalt aus medizinischen Gründen notwendig ist oder nicht, waren jedenfalls letztinstanzlich selten. In RSKV 1979 Nr. 368 S. 117 stellte das Eidgenössische Versicherungsgericht fest, dass auch Notfälle zu den medizinischen Gründen im Sinne des Art. 19bis Abs. 5 KUVG zählen (vgl. zu diesem Begriff Eugster, a.a.O., Rz 318). Zur Begründung verwies es auf die Botschaft des Bundesrates vom 5. Juni 1961 zum Entwurf eines Bundesgesetzes betreffend die Änderung des ersten Titels des Bundesgesetzes über die Kranken- und Unfallversicherung, wo ausdrücklich als ein Anwendungsfall der Tatbestand des Notfalles erwähnt wird (RSKV 1979 Nr. 368 S. 121). An der gleichen Stelle wird weiter ganz allgemein ausgeführt, dass die Tarifunterschiede im Vergleich zu einer Vertragsanstalt oder der nächstgelegenen Heilanstalt zwar sehr beträchtlich sein können, insbesondere bei Hospitalisation in einer ausserkantonalen Heilanstalt. "Es schiene (...) aber unbillig, dass ein Versicherter der sich gezwungenermassen in einer bestimmten Heilanstalt behandeln lassen muss, selbst diese Tarifunterschiede zu tragen hätte. " (BBl 1961 I 1430). Diese im weiteren Gesetzgebungsverfahren nicht in Frage gestellten Ausführungen zeigen, dass dem Kostengesichtspunkt für die Frage der Auslegung des Begriffs der medizinischen Gründe im Sinne des Art. 19bis Abs. 5 KUVG grundsätzlich keine, zumindest keine vorrangige Bedeutung zukommen sollte.
In RSKV 1982 Nr. 499 S. 178 Erw. 2 stellte das Eidgenössische Versicherungsgericht sodann fest, dass ein nicht (mehr) gegebenes Vertrauensverhältnis zum behandelnden Arzt keine medizinische Begründung darstelle, um sich nicht in einer am Wohnort der versicherten Person oder in dessen Umgebung befindlichen Vertragsheilanstalt behandeln zu lassen. Im nicht veröffentlichen Urteil K. vom 12. Oktober 1999 (K 83/98) hat es den Grundsatz bestätigt, wonach ein fehlendes Vertrauensverhältnis zwischen Arzt und Patient für sich allein genommen keinen medizinischen Grund im Sinne von Art. 19bis Abs. 5 KUVG darstellt. Anders verhalte es sich indessen, wenn, wie im konkreten Fall, der im Wohnkanton der Versicherten für die medizinisch indizierte Hüftgelenksoperation einzig zur Verfügung stehende Arzt sich weigere, den Eingriff vorzunehmen. Die Unmöglichkeit, die Operation in der einzig möglichen kantonalen Heilanstalt ausführen zu lassen, stelle eine medizinische Zwangslage im Sinne von Art. 19bis Abs. 5 KUVG dar. Im nicht veröffentlichten Urteil J. vom 23. Januar 1986 (K 92/85) schliesslich hielt das Eidgenössische Versicherungsgericht fest, Art. 19bis Abs. 5 KUVG verlange nicht, dass die versicherte Person sich für die Behandlung in einer bestimmten Heilanstalt auf einen zwingenden medizinischen Grund berufen könne. Im konkreten Fall bejahte es bei einer im Kanton Freiburg wohnhaften Frau, welche sich einem Eingriff am Hüftgelenk unterziehen musste, die medizinische Begründetheit für die Vornahme des Eingriffs in Bern in der Nähe des Transplantationszentrums, dies mit Blick auf mögliche Komplikationen als Folge einer früheren Nierenverpflanzung (in diesem Sinne auch nicht veröffentlichtes Urteil L. vom 31. März 1995 [K 186/94]).
d) Wortlaut, Systematik und Entstehungsgeschichte zu <ref-law> zeigen, dass die Revision des Krankenversicherungsrechts an der altrechtlichen Konzeption der grundsätzlich freien Wahl der Heilanstalt resp. des Leistungserbringers Spital bei allenfalls masslich beschränkter Versicherungsdeckung, soweit nicht medizinische Gründe einen bestimmten ausserkantonalen Behandlungsort erfordern, nichts geänderthat(vgl. auchBGE125V452f. Erw.3amitHinweisenaufdieLehre). NeuistimWesentlicheneinzig, dass im Unterschied zu früher einheitlich der Wohnkanton der versicherten Person als räumlicher Bereich mit voller Kostenübernahme durch die obligatorische Krankenpflegeversicherung gilt, sowie die Differenzzahlungspflicht der Kantone im Rahmen von <ref-law>. Diese Neuerungen bieten indessen nicht Anlass, den Begriff der medizinischen Gründe gemäss Art. 41 Abs. 2 (Satz 2) lit. b KVG grundsätzlich anders zu interpretieren als im Rahmen des Art. 19bis Abs. 5 KUVG. Daran ändert die Zielsetzung des <ref-law> (Lastenausgleich zwischen Kantonen mit unterschiedlichen Spitalversorgungsgraden sowie verstärkte Koordination zwischen den Kantonen im Bereich der Spitalplanung [<ref-ruling> f. Erw. 3b/aa-cc]) nichts, zumal der Gesetzgeber gleichsam folgerichtig den für die Frage medizinischer Gründe massgebenden räumlichen Bereich mit maximaler Kostendeckung um die auf der Spitalliste des Wohnkantons aufgeführten ausserkantonalen Spitäler erweitert hat (Art. 41 Abs. 1 Satz 3 und Abs. 2 lit. b KVG). Mit anderen Worten, so wenig die planerischen Elemente die aus dem Krankenversicherungsgesetz und den dazugehörigen Verordnungen sich ergebenden Ansprüche der Versicherten tangieren (<ref-ruling> Erw. 3b), so wenig können die medizinischen Gründe als ein zusätzliches Instrument der Spitalfinanzierung und -planung verstanden und gehandhabt werden. Desgleichen gilt in sinngemässer Übernahme der altrechtlichen Ordnung (Erw. 4c/bb), dass bei medizinisch begründeter stationärer Behandlung ausserhalb des in <ref-law> umschriebenen räumlichen Bereichs der Umfang der Kostenübernahme durch die obligatorische Krankenpflegeversicherung sich grundsätzlich nach dem Gebot der Wirtschaftlichkeit der Leistungen gemäss <ref-law> richtet.
5.- Gibt es verschiedene Methoden oder Operationstechniken, welche objektiv den Erfolg der Behandlung der Krankheit erwarten lassen, mit anderen Worten als wirksam im Sinne von <ref-law> gelten (Eugster, a.a.O., Rz 185), ist für die Reihenfolge der Wahl unter dem Gesichtspunkt des Umfangs der Kostendeckung durch die obligatorische Krankenpflegeversicherung die Frage der Zweckmässigkeit der Massnahme von vorrangiger Bedeutung. Ob eine medizinische Behandlung zweckmässig ist, beurteilt sich nach dem diagnostischen oder therapeutischen Nutzen der Anwendung im Einzelfall unter Berücksichtigung der damit verbundenen Risiken. Nach der Verwaltungspraxis erfolgt die Beurteilung der Zweckmässigkeit auf Grund des Verhältnisses von Erfolg und Misserfolg (Fehlschlägen) einer Anwendung sowie der Häufigkeit von Komplikationen (Eugster, a.a.O., Rz 189, insbesondere Fn 398). Bestehen zwischen zwei alternativen Behandlungsmethoden vom medizinischen Standpunkt aus keine ins Gewicht fallenden Unterschiede in dem Sinne, dass sie unter dem Gesichtspunkt der Zweckmässigkeit mit Bezug auf den angestrebten Heilerfolg der möglichst vollständigen Beseitigung der körperlichen oder psychischen Beeinträchtigung (vgl. <ref-ruling> Erw. 2b) als gleichwertig zu bezeichnen sind, ist grundsätzlich die kostengünstigere und damit wirtschaftlichere Anwendung zu wählen (RKUV 1998 Nr. K 988 S. 1). Weist anderseits eine bestimmte Behandlungsmethode gegenüber andern Anwendungen Vorteile in diagnostischer und/oder therapeutischer Hinsicht auf, u.a. geringere Risiken, weniger Komplikationen, günstigere Prognose betreffend allfälliger Nebenwirkungen und Spätfolgen, kann dies die Übernahme der Kosten dieser teureren Applikation rechtfertigen (Maurer, Das neue Krankenversicherungsrecht, Basel/Frankfurt a.M. 1996, S. 52). Wird die in diesem Sinne zweckmässigere Behandlungsmethode innerhalb des in <ref-law> umschriebenen räumlichen Bereichs mit maximaler Kostendeckung durch die obligatorische Krankenpflegeversicherung nicht angeboten oder angewendet, kann dies unter Umständen einen medizinischen Grund für die Wahl eines anderen Leistungserbringers bedeuten. Nach Eugster (a.a.O., Fn 761) muss die auswärtige Behandlung gegenüber innerkantonalen Alternativen einen erheblichen diagnostischen oder therapeutischen Mehrwert aufweisen. Bloss minimale, schwer abschätzbare oder gar umstrittene Vorteile der auswärts praktizierten Anwendungen vermögen keinen medizinischen Grund im Sinne von <ref-law> abzugeben. Kommen mehrere auswärtige Behandlungsorte in Betracht, besteht nach dem Gebot der Wirtschaftlichkeit der Leistungen (<ref-law>) grundsätzlich nur mit Bezug auf das kostengünstigste Angebot volle Deckung im Rahmen der obligatorischen Krankenpflegeversicherung (Erw. 4c/bb am Ende).
6.- Es steht fest, dass von den zwei für die Behandlung der Hüftdysplasie links grundsätzlich in Betracht fallenden Operationstechniken (periacetabuläre Osteotomie resp. Tripel-Osteotomie nach Tönnis) im Wohnkanton St. Gallen des Beschwerdeführers lediglich die zweite in modifizierter Form angewendet wird. Dazu führte Prof. Dr. med. G._ von der Klinik für Orthopädische Chirurgie des Kantonsspitals St. Gallen in seinem Schreiben vom 21. Juli 1998 an den Kantonsarzt u.a. aus, sie hätten vorübergehend ebenfalls Erfahrungen mit der periacetabulären Osteotomie gemacht, seien aber wieder zur Tripel-Osteotomie nach Tönnis zurückgekehrt, weil sie das Komplika- tionsrisiko niedriger sähen und es auch genügend Literatur mit entsprechenden Resultaten über diese Methode gebe. In seiner Stellungnahme vom 24. Juli 1998 zur Einsprache gegen die kantonsarztamtliche Ablehnung des Kostengutsprachegesuchs äusserte sich Prof. Dr. med. G._ dahin gehend, es sei insbesondere auch unter dem Gesichtspunkt des Risikos einer Ischiadicusparese eine Ermessensfrage, welcher Technik der Vorzug gegeben werde. Die Resultate seien sicher vergleichbar. Er sehe aber kaum mehr eine Möglichkeit für ein gutes Resultat bei einer Operation in ihrer Klinik. Der Gesuchsteller würde sicher alles daran setzen, um beweisen zu können, dass der Eingriff in Bern sicher besser durchgeführt worden wäre. Zudem sei die jetzige Situation der Hüfte schon recht fortgeschritten und der Behandlungserfolg mit einer solchen Osteotomie zumindest fragwürdig. In diesem Zusammenhang ist zu erwähnen, dass Prof. Dr. med. G._ am 16. Juli 1998 in einem FAX-Schreiben an den Versicherten Bezug nehmend auf ein hier nicht weiter interessierendes Ereignis u.a. festhielt:
"Ich nehme an, dass sie kein Vertrauen in unsere Institution haben. Damit wäre ein Operationserfolg sowieso arg kompromittiert. " In seiner Antwort vom folgenden Tag führte der Beschwerdeführer aus, sein Misstrauen betreffe nicht die Institution als solche, sondern lediglich die am Kantonsspital St. Gallen praktizierte Beckenosteotomie und die damit vorhandene Erfahrung.
Es ist unklar, ob sich die von Prof. Dr. med. G._ geäusserten Zweifel am Behandlungserfolg auf die Osteotomie als solche beziehen oder damit lediglich die am Kantonsspital St. Gallen angewendete Operationstechnik (modifizierte Form der Tripel-Osteotomie nach Tönnis) gemeint ist. Trifft Letzteres zu, stellt sich die Frage, inwiefern die andere vom Beschwerdeführer bevorzugte periacetabuläre Osteotomie als zweckmässiger bezeichnet werden muss und, in diesem Zusammenhang ebenfalls von Bedeutung, ob Prof. Dr. med. G._ überhaupt bereit gewesen wäre, den Eingriff in seiner Klinik selber vorzunehmen oder vornehmen zu lassen. Je nachdem ist im Lichte der Rechtsprechung ein medizinischer Grund im Sinne von Art. 41 Abs. 2 (Satz 2) lit. b und Abs. 3 KVG gegeben. Es bedarf somit zusätzlicher Abklärungen durch die Vorinstanz, wobei neben einer Stellungnahme von Prof. Dr. med. G._ eine zweite fachärztliche Meinung einzuholen ist. Gelangt das kantonale Gericht gestützt auf seine Erhebungen zum Ergebnis, dass eine periacetabuläre Osteotomie medizinisch begründet war, stellt sich die weitere Frage, ob dieser Eingriff, welcher gemäss Vorbringen in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde nicht nur am Inselspital Bern vorgenommen wird, in einem anderen Spital kostengünstiger gewesen wäre. Bejahendenfalls bemisst sich die Differenzzahlungspflicht des Kantons St. Gallen nach den entsprechenden Tarifen.
Soweit die Anträge in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde weiter gehen, sind sie unbegründet. Insbesondere lässt sich aus dem verfassungsmässigen Recht der persönlichen Freiheit (<ref-law> und <ref-ruling> f. Erw. 3a) kein Recht auf freie Wahl der Therapie im Rahmen der obligatorischen Krankenpflegeversicherung ableiten. Was die erstmals vorgebrachte Kritik am kantonalen Kostengutspracheverfahren anbetrifft, ist sie als verspätet zu bezeichnen (<ref-ruling> f. Erw. 2b/aa), soweit überhaupt ein schutzwürdiges (Feststellungs-)Interesse an einer Prüfung des gerügten Mangels gegeben ist (Art. 103 lit. a OG; <ref-ruling> f. Erw. 2c), und demzufolge darauf nicht einzutreten.
7.- Das Verfahren ist kostenpflichtig. Als obsiegende Partei hat der Beschwerdeführer keine Gerichtskosten zu tragen. Sein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung im Sinne der Befreiung von den Gerichtskosten ist demzufolge gegenstandslos. Dem unterliegenden Kanton sind praxisgemäss keine Gerichtskosten aufzuerlegen (Art. 134 OG e contrario, Art. 156 Abs. 2 in Verbindung mit Art. 135 OG; <ref-ruling> Erw. 9).
Dem Begehren des Beschwerdeführers um Zusprechung einer Unkostenentschädigung für das Verfahren vor dem Eidgenössischen Versicherungsgericht ist nicht stattzugeben, da die Voraussetzungen hiefür nicht gegeben sind (<ref-ruling> f. Erw. 7, 132; vgl. auch <ref-ruling> Erw. 3, 113 Ib 357 oben).

Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird in dem Sinne gutgeheissen, dass der Entscheid vom 30. Juni 1999 aufgehoben und die Sache an das Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen zurückgewiesen wird, damit es nach weiteren Abklärungen im Sinne der Erwägungen über die Differenzzahlungspflicht des Kantons neu entscheide.
II.Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
III. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
IV.Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons St. Gallen und dem Bundesamt für Sozialversicherung zugestellt.
Luzern, 25. Juni 2001
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der I. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: