Sachverhalt:
A. Gestützt auf ausstehende Mehrwertsteuerforderungen gegenüber der X._ (nachfolgend Beschwerdeführerin) beantragte die Schweizerische Eidgenossenschaft, vertreten durch die Eidgenössische Steuerverwaltung, Hauptabteilung Mehrwertsteuer, (nachfolgend: Beschwerdegegnerin) mit Begehren vom 23. Mai 2008, es sei über die Beschwerdeführerin der Konkurs gemäss <ref-law> zu eröffnen.
Mit Entscheid vom 15. August 2008 wies der Gerichtspräsident 1 des Gerichtskreises XI Interlaken-Oberhasli das Gesuch ab.
B. Am 25. August 2008 erklärte die Beschwerdegegnerin beim Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 2. Zivilkammer, die Appellation gegen den Entscheid des Gerichtspräsidenten und beantragte, der Entscheid sei vollumfänglich aufzuheben und es sei über die Beschwerdeführerin der Konkurs ohne vorgängige Betreibung gemäss <ref-law> zu eröffnen.
Am 27. November 2008 eröffnete das Obergericht über die Beschwerdeführerin mit Wirkung ab 27. November 2008, 09:15 Uhr, den Konkurs.
C. Mit Beschwerde vom 24. Dezember 2008 beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht die Aufhebung des Entscheides des Obergerichts.
Es wurden keine Vernehmlassungen zur Sache eingeholt. Mit Verfügung vom 21. Januar 2009 wurde der Beschwerde antragsgemäss die aufschiebende Wirkung im Sinne der Erwägungen zuerkannt.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein letztinstanzlicher Entscheid in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen (Art. 72 Abs. 2 lit. a i.V.m. <ref-law>), welcher einen Endentscheid nach <ref-law> darstellt. Da sich die Beschwerde gegen einen Entscheid des Konkursrichters richtet, ist die Beschwerde in Zivilsachen unabhängig vom Erreichen eines Streitwerts zulässig (<ref-law>).
Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Der Beschwerdeführer kann die Feststellung des Sachverhalts rügen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, muss rechtsgenüglich darlegen, inwiefern die Voraussetzungen einer Ausnahme gemäss <ref-law> gegeben sind und das Verfahren bei rechtskonformer Ermittlung des Sachverhalts anders ausgegangen wäre; andernfalls kann ein Sachverhalt, der vom im angefochtenen Entscheid festgestellten abweicht, nicht berücksichtigt werden. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 351, 393 E. 7.1 S. 398, 462 E. 2.4 S. 466 f.).
2. Nach <ref-law> kann ein Gläubiger gegen einen der Konkursbetreibung unterliegenden Schuldner, der seine Zahlungen eingestellt hat, ohne vorgängige Betreibung beim Gericht die Konkurseröffnung verlangen. Eine Zahlungseinstellung i.S. dieser Bestimmung liegt vor, wenn der Schuldner nicht in der Lage ist, die unbestrittenen und fälligen Forderungen seiner Gläubiger zu erfüllen. Bloss vorübergehende Zahlungsschwierigkeiten reichen freilich nicht aus. Nicht erforderlich ist hingegen, dass der Schuldner sämtliche Zahlungen einstellt. Vielmehr genügt, dass die Zahlungsverweigerung einen wesentlichen Teil seiner geschäftlichen Aktivitäten betrifft oder der Schuldner einen Hauptgläubiger bzw. eine bestimmte Gläubigerkategorie nicht befriedigt (Urteile 5P.66/2004 vom 23. März 2004 E. 2; 5P.448/2000 vom 5. Februar 2001 E. 2a; 5P.412/1999 vom 17. Dezember 1999 E. 2b, in: SJ 2000 I S. 250; vgl. <ref-ruling> E. 4a S. 154). Insbesondere hat das Bundesgericht bereits wiederholt anerkannt, dass sich die Zahlungsunfähigkeit im Anstieg der unbezahlten öffentlichrechtlichen Forderungen äussern kann (Urteil 5P.412/1999 vom 17. Dezember 1999 E. 2b, in: SJ 2000 I S. 250).
3. Strittig ist vorliegend insbesondere die Geltendmachung des Vorsteuerabzugs durch die Beschwerdeführerin.
Nach <ref-law> (SR 641.20) kann die steuerpflichtige Person in ihrer Steuerabrechnung die von ihr auf der Einfuhr von Gegenständen der Eidgenössischen Zollverwaltung entrichtete oder zu entrichtende Steuer sowie die von ihr für die Einfuhr von Gegenständen deklarierte Steuer als Vorsteuer abziehen. Vorausgesetzt ist dabei, dass sie diese für einen in <ref-law> genannten geschäftlich begründeten Zweck verwendet.
4. Das Obergericht führte aus, dass sich die Beschwerdeführerin in der Vergangenheit von der Beschwerdegegnerin habe einschätzen lassen (Ermessenstaxation), da sie ihre Mehrwertsteuerabrechnung nicht eingereicht habe. Pro Jahr habe die Beschwerdegegnerin von der Beschwerdeführerin durchschnittlich Fr. 44'000.-- Mehrwertsteuer eingefordert. Die Beschwerdegegnerin sei offenbar davon ausgegangen, dass die Beschwerdeführerin, nach Abzug der Vorsteuern, einen Betrag von rund Fr. 44'000.-- pro Jahr bezahlen müsse. Die Beschwerdeführerin habe die inländische Mehrwertsteuer jedoch nie an die Beschwerdegegnerin bezahlt und habe sich betreiben lassen, woraus letztendlich immer Verlustscheine resultiert hätten.
Weiter erwog das Obergericht, es sei zwar grundsätzlich möglich, die bereits bei der Eidgenössischen Zollverwaltung bezahlte Mehrwertsteuer als Vorsteuer abzuziehen, die Beschwerdeführerin sei jedoch weder im Besitz einer Veranlagungsverfügung der Eidgenössischen Zollverwaltung, noch könne sie namhafte Vorsteuerabzüge auch nur glaubhaft machen.
Nach den von der Beschwerdeführerin eingereichten Rechnungen der Eidgenössischen Zollverwaltung der Monate September bis Dezember 2007 habe diese in diesem Zeitraum insgesamt Fr. 16'087.60 für die Mehrwertsteuer (für die Einfuhr) bezahlt. Auf das gesamte Jahr hochgerechnet ergebe sich ein Betrag von rund Fr. 48'000.--.
Demgegenüber mache die Beschwerdeführerin in ihrer Mehrwertsteuerabrechnung für die Periode 1. Januar 2007 bis 31. Dezember 2007 einen Betrag von Fr. 72'364.10 als Vorsteuerabzug geltend. Von der Beschwerdegegnerin werde jedoch weder die - nicht unterzeichnete - Mehrwertsteuerabrechnung für die Abrechnungsperiode 1. Januar 2007 bis 31. Dezember 2007 noch das an der Verhandlung vom 15. August 2008 nachgereichte, am 4. Juli 2007 unterzeichnete Formular für ebendiese Abrechnungsperiode anerkannt, weil solche Abrechnungen quartalsweise zu erstellen seien. Die vorgelegten Rechnungen genügten nicht, um den Vorsteuerabzug geltend zu machen. Ausserdem habe die Beschwerdeführerin jahrelang nichts unternommen, um allfällige Vorsteuerabzüge zu erwirken. Selbst wenn der von der Beschwerdeführerin geltend gemachte Betrag den der Eidgenössischen Zollverwaltung bezahlten Steuern entsprechen sollte, bleibe ungewiss, ob dieser Betrag vollumfänglich zum Abzug zugelassen würde.
Da die Beschwerdeführerin keine Zahlungen an die Beschwerdegegnerin geleistet habe, sei von einer Zahlungseinstellung auszugehen. Dem Betreibungsregisterauszug vom 10. April 2008 lasse sich entnehmen, dass im Zeitraum von 1. Januar 1992 bis 10. April 2008 74 offene Verlustscheine im Gesamtbetrag von Fr. 1'192'470.05 vorhanden seien. Zudem lägen im Zeitraum zwischen 1. Januar 2006 bis 10. April 2008 19 Betreibungen im Gesamtbetrag von Fr. 413'561.85 vor. Die Beschwerdeführerin habe somit rund Fr. 1,5 Mio. Schulden bzw. Beträge in dieser Höhe nicht beglichen. Es sei damit davon auszugehen, dass sie nur noch die für die Aufrechterhaltung des Betriebs notwendigen Zahlungen mache. Importe wären ihr nicht möglich, wenn die Mehrwertsteuer bei der Einfuhr nicht bezahlt würde. Die Bezahlung der Steuern hingegen, die anschliessend anfielen, sei zur Aufrechterhaltung des Betriebes nicht notwendig. Die Beschwerdeführerin befriedige somit einen Grossteil der Gläubiger, v.a. jedoch die öffentliche Hand, nicht.
5. Die Beschwerdeführerin wendet in grundsätzlicher Weise ein, dass die Beschwerdegegnerin, wenn diese mit der Höhe des von ihr geltend gemachten Betrags des Vorsteuerabzugs von Fr. 72'364.10 nicht einverstanden sei, im dafür vorgesehenen Verfahren die Richtigkeit der Deklaration der Beschwerdeführerin zu prüfen und deren Unrichtigkeit geltend zu machen habe. Dazu sei aber das Verfahren auf Konkurseröffnung ohne vorgängige Betreibung nicht der richtige Ort, da es hier nur darauf ankomme, ob die Zahlungen eingestellt worden seien.
Soweit die Beschwerdeführerin mit diesem Einwand der Beschwerdegegnerin die Beweislast für die Unrichtigkeit ihrer Deklaration auferlegen will, ist ihr ihrerseits entgegenzuhalten, dass es vorliegend um ein Konkursverfahren und nicht um ein Mehrwertsteuerverfahren geht und es nicht Aufgabe des Konkursrichters ist, umfassend zu prüfen, ob die Beschwerdegegnerin die von der Beschwerdeführerin behauptete Richtigkeit ihrer Deklaration zu entkräften vermochte.
Ausserdem verkennt die Beschwerdeführerin offensichtlich die Grundsätze des Verfahrens auf Konkurseröffnung ohne vorgängige Betreibung. Der antragstellende Gläubiger trägt für die Gläubigereigenschaft und den Konkursgrund die Beweislast, deren Beweismass sich gemäss <ref-law> nach dem summarischen Verfahren der Kantone richtet (Alexander Brunner, in: Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, SchKG II, 1998, N. 29 zu <ref-law>). Wie das Obergericht zutreffend ausgeführt hat, ist es der Gläubiger, der den Nachweis zu erbringen hat, dass ein kaufmännisch geführtes Unternehmen seine Zahlungen eingestellt hat (Brunner, a.a.O., N. 15 zu <ref-law>). Nachdem im kantonalen Verfahren nicht bestritten war, dass die Beschwerdeführerin ihre Mehrwertsteuerabrechnung nicht eingereicht und die inländische Mehrwertsteuer nie an die Beschwerdegegnerin bezahlt hat sowie dass sie sich hat betreiben lassen mit der Folge, dass daraus stets Verlustscheine resultiert haben, waren die Voraussetzungen für eine Konkurseröffnung ohne vorgängige Betreibung nach <ref-law> grundsätzlich erstellt (s. oben, E. 2). Es hätte an der Beschwerdeführerin gelegen, das Vorliegen einer Zahlungseinstellung zu entkräften. Darauf wird noch einzugehen sein (s. unten, E. 6 f.). Insofern geht der Einwand der Beschwerdeführerin, die Beschwerdegegnerin hätte im Rahmen eines anderen Verfahrens die Unrichtigkeit ihrer Deklaration geltend machen müssen, an der vorinstanzlichen Argumentation vorbei und ist darauf nicht einzutreten.
6. 6.1 In tatbeständlicher Hinsicht macht die Beschwerdeführerin geltend, sie habe bei jeder Einfuhr von Gegenständen Mehrwertsteuern an die Eidgenössische Zollverwaltung bezahlt, was sich aus den eingereichten Rechnungen der Oberzolldirektion ergebe. Ausserdem habe sie bei der Oberzolldirektion ein Depot eingerichtet. Was den Umfang der bereits bezahlten Steuern betrifft, sei die vorinstanzliche Hochrechnung des für das gesamte Jahr an die Zollverwaltung zu bezahlenden Betrags auf Fr. 48'000.-- nicht nachvollziehbar, da die Beschwerdeführerin v.a. Transporte im Bausektor ausführe, in welchem in den Wintermonaten bekannterweise geringere Umsätze erzielt würden als in den Sommermonaten. Vielmehr sei auf die von der Beschwerdeführerin erstellte Abrechnung abzustellen.
Damit äussert sich die Beschwerdeführerin ausführlich, bringt jedoch lediglich ihren Standpunkt wieder vor, ohne nachzuweisen, dass der gegenteilige Standpunkt der Vorinstanz geradezu unhaltbar wäre. Wie die Beschwerdeführerin vielmehr selbst ausführt, ist sie nicht in der Lage, den Umfang der angeblich an die Eidgenössische Zollverwaltung geleisteten Zahlungen zu beziffern. Folglich ist die Rüge betreffend die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz nicht genügend begründet (s. oben, E. 1) und ist auf sie nicht einzutreten.
6.2 Soweit sich die Beschwerdeführerin in rechtlicher Hinsicht gegen den obergerichtlichen Entscheid wendet, begründet sie nicht weiter, warum die Vorinstanz zu Unrecht davon ausgegangen sein soll, die von ihr eingereichten Unterlagen genügten zur Geltendmachung des Vorsteuerabzugs nach <ref-law> (s. oben, E. 3) nicht. Sie vermag somit nicht darzutun, weshalb dem Obergericht eine Verletzung von Bundesrecht vorzuwerfen sein soll, wenn dieses davon ausgegangen ist, die Voraussetzungen eines Vorsteuerabzuges im geltend gemachten Umfang seien nicht dargetan, die Anrechenbarkeit an die Mehrwertsteuerforderungen insoweit nicht erstellt und die Einstellung der Zahlungen i.S.v. <ref-law> demgemäss gegeben. Auch insoweit erweist sich die Beschwerde als ungenügend begründet und ist auf sie nicht einzutreten.
7. Schliesslich führt die Beschwerdeführerin an, neben den Steuerforderungen stünden v.a. Forderungen der Ausgleichskasse des Kantons Bern in Frage, deren Tilgung sie bereits vor der Vorinstanz durch Vorlage der Quittierung auf den Pfändungsurkunden bewiesen habe. Dabei verkennt sie, dass das Obergericht die Frage der Forderungen der Ausgleichskasse nicht in seine Erwägungen aufgenommen, sondern lediglich als Parteivorbringen der Beschwerdeführerin wiedergegeben hat. Im Übrigen ergäbe sich, selbst wenn der Einwand der Tilgung zu beachten wäre, lediglich eine geringe Reduktion der offenen Forderungen, was die grundsätzliche Richtigkeit der Annahme einer Zahlungseinstellung nicht in Frage zu stellen vermöchte.
8. Zusammenfassend ist auf die Beschwerde nicht einzutreten. Bei diesem Verfahrensausgang sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 2. Zivilkammer, sowie dem Betreibungs- und Konkursamt Berner Oberland, Dienststelle Interlaken, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Rapp