Stockwerkeigentum, hat sich ergeben:
A.- Die Stockwerkeigentümergemeinschaft "X._" wurde am 10. Juli 1968 begründet und umfasst das Grundstück Kat.-Nr. 2945 in Y._. Auf dem Grundstück stehen drei Gebäude, die Wohngebäude Weg Z._ 20 und 22 (Assek.- Nr. 614 und 613) und ein Garagentrakt (Assek.-Nr. 615).
B._ und A._ sind Mitglieder der Stockwerkeigentümergemeinschaft, Ersterer mit Sonderrecht an der Wohnung im Obergeschoss des Hauses Weg Z._ 20 (Wertquote 248/ 1000), der Zweite mit Sonderrecht an der ebenfalls nach Süden orientierten Erdgeschosswohnung des gleichen Hauses (Wertquote 217/1000). B._ erwarb seine Wohnung im Jahre 1968, A._ kaufte die seine auf Jahresbeginn 1973 von C._. Dieser hatte auf dem Dach des Traktes zwischen den Wohnhäusern, der in gemeinschaftlichem Eigentum steht, einen Dachgarten mit Plattenbelag, Mauerumrandung und Bepflanzung angelegt. Die Dachfläche des Zwischentraktes liegt (wie das Dach des anschliessenden Gebäudes Weg Z._ 22) auf gleichem Niveau wie A._s Erdgeschosswohnung und wird von diesem für sich allein als Dachterrasse in Anspruch genommen. A._ benutzt auch noch einen marginalen Teil des anschliessenden Daches für seine Zwecke. Gemäss Aufteilungsplan hat er nur an einem untergeordneten, an seinen Balkon angrenzenden Teil der Dachfläche ein besonderes Nutzungsrecht (im Aufteilungsplan rot umrandet).
Anlässlich einer Stockwerkeigentümerversammlung vom 4. November 1997 wurde über die Sanierung des Daches des Zwischentrakts diskutiert. A._ lehnte in diesem Zusammenhang eine persönliche Kostenpflicht auch insoweit ab, als für die Dachsanierung die Sitzplatzeinrichtungen vorübergehend beseitigt werden müssen.
B.- Am 27. November 1998 reichte B._ beim Bezirksgericht Zürich (1. Abteilung) Klage ein. Er beantragte, A._ sei zu verpflichten, die unberechtigte Nutzung gemeinschaftlicher Teile aufzugeben sowie die Bauteile zur Nutzung der Dachfläche als Terrasse zu entfernen, und es sei ihm zu verbieten, die ausserhalb des rot gekennzeichneten Bereichs liegenden Teile des Zwischentrakts und des Hauses Nr. 22 zu nutzen, zu betreten oder durch bauliche Massnahmen zu verändern.
Mit Urteil vom 21. Dezember 1999 wies das Bezirksgericht die Klage ab. Es erwog im Wesentlichen, dem Kläger (recte: Beklagten) sei das besondere Nutzungsrecht an der Dachfläche einstimmig durch mündlichen Beschluss erlaubt worden. Dieser sei unangefochten geblieben und noch immer verbindlich. Selbst wenn der Beschluss aber ungültig wäre, müsste das Klagebegehren als rechtsmissbräuchlich bezeichnet werden und könnte es nicht geschützt werden.
C.- Auf Berufung des Klägers hin hiess das Obergericht des Kantons Zürich (II. Zivilkammer) die Klage am 6. Oktober 2000 teilweise dahin gut, als es dem Beklagten untersagte, das Flachdach über den rot umrandeten Bereich hinaus als Dachterrasse zu benützen (Dispositivziffer 1 lit. a), und ihn verpflichtete, von diesem Bereich des Flachdaches alles Mobiliar und alle Pflanzen (einschliesslich Pflanzentröge) zu entfernen (Dispositivziffer 1 lit. b). Weitergehend wies es die Klage ab. In der Begründung führte es aus, die Willensbildung der Stockwerkeigentümergemeinschaft könne nur an einer Eigentümerversammlung oder durch schriftlichen Zirkulationsbeschluss erfolgen. Das mündlich erteilte Einverständnis habe nicht zu einer Erweiterung des besonderen Nutzungsrechts an der Dachfläche geführt, und es sei nicht rechtsmissbräuchlich, auf die bloss auf Zusehen hin erteilte Zustimmung zurückzukommen.
Ein Berichtigungs- bzw. Erläuterungsbegehren des Beklagten betreffend die Dispositivziffer 1 lit. a des zweitinstanzlichen Urteils wies das Obergericht mit Beschluss vom 27. Oktober 2000 ab.
D.- Der Beklagte beantragt dem Bundesgericht mit Berufung vom 13. November 2000, das Urteil vom 6. Oktober 2000 (insbesondere hinsichtlich der Dispositivziffer 1 lit. a und lit. b) und den Beschluss des Obergerichts aufzuheben und die Klage abzuweisen. Eventuell sei die Angelegenheit zur Aktenergänzung und neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen; subeventuell sei ihm nur zu verbieten, das Flachdach über den rot umrandeten Bereich hinaus ausschliesslich zu nutzen.
Der Kläger beantragt die Abweisung der Berufung, soweit darauf einzutreten sei. Das Obergericht des Kantons Zürich hat auf Gegenbemerkungen verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Gemäss den Feststellungen der Vorinstanz ist der Streitwert auf Fr. 24'000.-- zu veranschlagen, womit die Streitwertgrenze von Art. 46 OG überschritten ist. Angefochten ist ein letztinstanzlicher kantonaler Entscheid in einer Zivilrechtsstreitigkeit, gegen den kein ordentliches kantonales Rechtsmittel zur Verfügung steht (§ 285 Abs. 1 und 2 ZPO/ZH). Mithin liegt ein Endentscheid im Sinne von Art. 48 Abs. 1 OG vor und ist die Berufung zulässig. Die dreissigtägige Berufungsfrist ist eingehalten (Art. 54 Abs. 1 OG).
2.- Der Beklagte rügt, das Obergericht habe das Ergebnis der Beweisführung nicht vollständig festgestellt und deshalb gegen Art. 51 Abs. 1 lit. c OG verstossen. Es habe zu den Fragen, ob die umstrittene Dachfläche mit Zustimmung der übrigen Stockwerkeigentümer um- und ausgebaut und von seinem Rechtsvorgänger sowie später von ihm ausschliesslich genutzt worden sei, nichts festgestellt, obwohl die diesbezüglichen Sachbehauptungen rechtzeitig erhoben worden seien und bereits das Bezirksgericht dazu Beweis geführt habe. Die beiden Punkte seien in zweifacher Hinsicht von entscheidender Bedeutung:
Erstens könnten die Auswirkungen des Beschlusses über die Nutzung der Dachfläche nur beurteilt werden, nachdem über das Ergehen eines solchen Beschlusses befunden worden sei. Zweitens spiele es für die Beurteilung eines allfälligen Rechtsmissbrauchs eine Rolle, ob er und sein Rechtsvorgänger auf Grund eines Beschlusses oder eigenmächtig gehandelt hätten.
Der angefochtene Entscheid sei deshalb gestützt auf Art. 52 OG von Amtes wegen aufzuheben und die Sache zurückzuweisen, wenn das Bundesgericht den Sachverhalt nicht gemäss Art. 64 Abs. 2 OG selber vervollständige, was aus prozessökonomischen Gründen befürwortet werde.
a) Gemäss Art. 51 Abs. 1 lit. c OG hat die kantonale Behörde das Ergebnis der Beweisführung im Entscheid festzustellen.
Ob diese Voraussetzung erfüllt ist, prüft das Bundesgericht von Amtes wegen, und zwar vor der Eintretensfrage (Poudret/Sandoz-Monod, Commentaire de la loi fédérale d'organisation judiciaire, Bd. II, Bern 1990, N. 1 zu Art. 51 OG, S. 361). Die Notwendigkeit einer vollständigen und schlüssigen Sachverhaltsfeststellung ergibt sich insbesondere aus Art. 63 Abs. 2 OG, der das Bundesgericht an die tatsächlichen Feststellungen bindet. Diese sind ausreichend, wenn sie alle entscheidwesentlichen Sachumstände so klar, detailliert und widerspruchsfrei umfassen, dass die Überprüfung der Rechtsanwendung möglich ist (Poudret/Sandoz-Monod, a.a.O., N. 4 zu Art. 51 OG, S. 365). Wird in der Berufung selbst ein Vorgehen nach Art. 51 f. OG beantragt, so muss dargetan werden, dass der Mangel den Sachentscheid beeinflusst hat (Messmer/Imboden, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, Rz. 125 S.
168 Fn 29; zum Ganzen <ref-ruling> E. 1c S. 480).
Im Sachurteilsverfahren selbst kann das Bundesgericht eine Rückweisung nach Art. 64 Abs. 1 OG anordnen, wenn rechtserhebliche Tatsachen nicht festgestellt worden sind, deren Abnahme im vorinstanzlichen Verfahren prozesskonform und erfolglos verlangt worden ist oder die für die Überprüfung von Bundesrecht erforderlich sind und ohne die ein Berufungsurteil nicht gefällt werden kann (<ref-ruling> E. 5c/aa S. 357; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 1 S. 216; Poudret/Sandoz-Monod, a.a.O., N. 2.1 bis 2.3 zu Art. 64 OG; Messmer/Imboden, a.a.O. Rz. 127 S. 172 lit. a; zur Abgrenzung zu Art. 51 OG: Peter Münch, in: Prozessieren vor Bundesgericht [Herausg. Geiser/Münch], 2. Aufl. 1998, Rz.
4.67 S. 145 mit Fn 181).
b) Es trifft zu, dass das Obergericht nicht festgestellt hat, ob über den Ausbau und die Benützung der Dachfläche seinerzeit ein einstimmiger mündlicher Beschluss gefasst wurde. Falsch ist dagegen die Behauptung, die ausschliessliche Nutzung der ganzen Dachfläche des Zwischenbaus und eines marginalen Teils der Dachfläche des Hauses Weg Z._ 22 durch den Beklagten und vordem durch seinen Rechtsvorgänger sei ebenfalls nicht festgestellt worden; die entsprechenden Feststellungen finden sich in E. 1d (S. 6 f.) des angefochtenen Entscheids. Hinsichtlich der Beschlussfassung ist zudem festzuhalten, dass das Obergericht seine Beurteilung auch unter der Annahme vorgenommen hat, ein mündlicher Beschluss sei tatsächlich zu Stande gekommen, und zum Ergebnis gelangt ist, dieser Umstand würde nichts ändern (E. 3b S. 13 f. des angefochtenen Urteils). Feststellungen über das Zustandekommen eines solchen Beschlusses wären nur für den Fall erforderlich, dass das Bundesgericht zur Ansicht gelangt, ein mündlicher und ausserhalb einer Stockwerkeigentümerversammlung getroffener Beschluss sei gültig. Das Gleiche gilt für die Würdigung unter dem Gesichtswinkel von Art. 2 Abs. 2 ZGB, wenn Feststellungen zum rechtsmissbräuchlichen Verhalten des Klägers notwendig wären (vgl. a.a.O., E. 5b S. 21). Von Mängeln in der Sachverhaltsfeststellung gemäss Art. 51 lit. c OG, die den Sachentscheid beeinflusst hätten, kann hier nicht gesprochen werden, weil das Obergericht im jeweiligen Sachzusammenhang entweder ausreichend klare Feststellungen getroffen hat oder bewusst keine treffen wollte. Ob die Vorinstanz in rechtlicher Hinsicht erforderliche Feststellungen unterlassen hat und deshalb eine Rückweisung nach Art. 64 Abs. 1 OG angezeigt ist, wird im jeweiligen Sachzusammenhang geprüft (dazu E. 3d Abs. 1 und E. 4a hiernach).
3.- Das Obergericht ist davon ausgegangen, die interessierende Dachfläche sei ein gemeinschaftlicher Bauteil. Ein besonderes Nutzungsrecht daran bedürfe der Zustimmung der Eigentümerversammlung. Da für besondere Nutzungsrechte die zum Benutzungs- und Verwaltungsreglement (nachfolgend: BVR) gehörenden Aufteilungspläne massgebend seien, setze ein neues besonderes Nutzungsrecht (z.B. am Dachgarten) eine Reglementsänderung voraus. Gemäss Art. 20 und 24bis BVR fielen solche Änderungen in die Kompetenz der Stockwerkeigentümerversammlung.
Diese könne an einer Versammlung mit Protokollführung oder schriftlich, auf dem Zirkulationsweg, beschliessen.
Ein nicht an der Versammlung und bloss mündlich zustande gekommener Beschluss aber scheide aus, weil mündlich nur mit Protokollierung gültig beschlossen werden könne. Art. 26 BVR (schriftliche Zustimmung auf dem Zirkulationsweg) sei mehr als ein vertraglicher Formvorbehalt, auf den verzichtet werden könne. Auch bei kleinen Stockwerkeigentümergemeinschaften müsse mit Blick auf das Rechtssicherheitsgebot und die erforderliche Klarheit bezüglich des Fristenlaufs zur Anfechtung von Beschlüssen am Erfordernis der Schriftform festgehalten werden. Mit Blick auf diese Anforderungen habe sich aus einer seinerzeitigen Abrede unter den Stockwerkeigentümern keine Erweiterung der besonderen Nutzungsrechte des Beklagten ergeben können. Die umstrittene Mehrnutzung müsse deshalb als ungerechtfertigte Einwirkung im Sinne von Art. 641 Abs. 2 ZGB betrachtet und das Unterlassungsbegehren gutgeheissen werden.
Nach Auffassung des Beklagten hat das Obergericht den Grundsatz der Formfreiheit missachtet und dadurch Bundesrecht verletzt. Das Gesetz enthalte keinen gesetzlichen Formvorbehalt für Beschlüsse der Stockwerkeigentümergemeinschaft, und der Formvorbehalt gemäss Art. 20 ff. und Art. 26 BVR habe nur vertraglichen Charakter. Auf ihn könne verzichtet werden und sei auch verzichtet worden. Namhafte Lehrmeinungen, die das Obergericht missverstanden habe, bestätigten die Zulässigkeit mündlicher einstimmiger Beschlüsse. Hätte der Kläger den auch aus den Folgetatsachen hervorgehenden Beschluss nicht als verbindlich betrachten wollen, so hätte er Einspruch erheben müssen. Hierzu sei es längst zu spät. Auch Überlegungen um den Fristenlauf sprächen nicht gegen die Zulässigkeit der mündlichen Beschlussfassung, zumal ja Einstimmigkeit vorausgesetzt werde und eine Anfechtung deshalb regelmässig ausscheide.
a) Es ist zu Recht unbestritten geblieben, dass die Einräumung von besonderen Nutzungsrechten in die Kompetenz der Stockwerkeigentümerversammlung fällt (vgl. den nicht abschliessend zu verstehenden Katalog und den Wortlaut von Art. 712m Abs. 1 ZGB; Meier-Hayoz/Rey, Berner Kommentar, N.
44 ff. zu Art. 712g ZGB, N. 14, 20 ff. und 59 f. zu Art. 712m ZGB; Heinz Rey, Schweizerisches Stockwerkeigentum, Zürich 1999, Rz. 99 ff. und 279 f. S. 22 ff. und 75; Rolf Weber, Die Stockwerkeigentümergemeinschaft, Diss. Zürich 1979, S. 209, 244 f. und 309 f.; Christoph Müller, Zur Gemeinschaft der Stockwerkeigentümer, Diss. Zürich 1973, S. 87 f.; Kurt Müller, Der Verwalter von Liegenschaften mit Stockwerkeigentum, Diss. Zürich 1965, S. 51 und 71 f.). Soweit besondere Nutzungsrechte nicht schon im Begründungsakt oder im Reglement zugewiesen worden sind, können die Stockwerkeigentümer solche in einer Versammlung mündlich mit Protokoll oder auf dem Zirkulationsweg ausschliesslich schriftlich beschliessen (Art. 712m Abs. 1 und 2 i.V.m. Art. 66 Abs. 1 und 2 ZGB und Art. 712n Abs. 2 ZGB). Eine weitere Beschlussform lässt sich aus der gesetzlichen Regelung höchstens für den Fall ableiten, dass man die schriftliche Urabstimmung zulassen will, was im vorliegenden Fall mangels erfüllter Voraussetzungen aber offen bleiben kann (vgl. dazu Meier-Hayoz/Rey, a.a.O., N. 121 ff. zu Art. 712m ZGB und Rey, a.a.O., Rz. 336 ff. S.
89 f.).
b) Die Argumentation des Beklagten, die in Art. 26 BVR vorgesehene schriftliche Zustimmung sei einem vertraglichen Formvorbehalt gleichzusetzen, von dem einvernehmlich abgewichen werden könne, geht fehl:
Wohl kann Art. 11 Abs. 1 OR, wonach von der Formfreiheit von Verträgen auszugehen ist, gemäss Art. 7 ZGB auf andere zivilrechtliche Verhältnisse angewendet werden mit der Folge, dass die letztlich auf dem Zivilgesetzbuch basierende Formvorschrift von Art. 26 BVR im vorliegenden Fall nicht beachtet werden müsste. Jedoch verkennt der Beklagte, dass dem Gesetz vorliegendenfalls zwangslos Formvorschriften entnommen werden können, weil Art. 712m Abs. 2 i.V.m. Art. 66 Abs. 1 und 2 ZGB formlose Zirkularbeschlüsse nicht zulässt. Wo dem Gesetz klare Regeln entnommen werden können, ist ausgeschlossen, über Art. 7 ZGB Vorschriften des allgemeinen Teils des Obligationenrechts anzuwenden (Friedrich, Berner Kommentar, N. 35, 37 und 59 bis 64 zu Art. 7 ZGB; Hans Schmid, Basler Kommentar, ZGB Bd. I, N. 8 f. zu Art. 7 ZGB; Lieber, Zürcher Kommentar, N. 43 ff. und 57 zu Art. 7 ZGB). Bei diesem Ergebnis kann offen bleiben, ob gestützt auf eine für Verträge bestimmte Norm (Art. 11 Abs. 1 OR) von der reglementarischen Formvorschrift (Art. 26 BVR) im Einzelfall abgewichen werden kann, schreibt doch das Gesetz auch vor, wie das Reglement zu ändern ist (Art. 712g Abs. 3 Halbsatz 2 ZGB).
c) Der Beklagte will zwar aus der Auffassung von Weber, wonach das Protokoll für Beschlüsse der Eigentümerversammlung keine konstitutive Wirkung habe (a.a.O., S. 396 Ziff. 3), ableiten, das Gesetz erlaube nicht protokollierte mündliche Beschlüsse ausserhalb der Versammlung. Er interpretiert den genannten Autor jedoch falsch. Dieser hat an der angegebenen Stelle bloss ausgeführt, die unrichtige Protokollierung berühre die Wirksamkeit eines Beschlusses nicht.
Dass ein Protokoll überhaupt entbehrlich sei, sagt Weber nicht. Eine solche Meinung stünde denn auch im Widerspruch zu Art. 712n ZGB, der nicht nur eine Protokollierungspflicht, sondern auch eine Aufbewahrungspflicht vorsieht. Ebenso wenig verfängt der weitere Vorwurf des Beklagten an die Vorinstanz, sie habe die Autoren Meier-Hayoz/Rey falsch verstanden. Wenn diese Verfasser unter Hinweis auf Ch. Müller festgehalten haben, das schriftliche Verfahren könne einstimmig ausgeschlossen werden, weil der einzelne Stockwerkeigentümer keinen unentziehbaren Anspruch auf die Möglichkeit schriftlicher Stimmabgabe habe (Meier-Hayoz/Rey, a.a.O., N. 119 zu Art. 712m ZGB), so betrachten sie nicht die mündliche Stimmabgabe ausserhalb der Stockwerkeigentümerversammlung als zulässig, sondern bringen nur zum Ausdruck, dass die Stockwerkeigentümer sogar das schriftliche Zirkulationsverfahren ausschliessen können. Das ergibt sich bereits klar aus der Referenzstelle bei Ch. Müller (a.a.O., S. 106; vgl. ferner Meier-Hayoz/Rey, a.a.O., N. 32 ff. und N. 36 zu Art. 712n ZGB). Wie die Vorinstanz zutreffend ausgeführt hat (Urteil E. 3c S. 15), vermag ein mündlicher Beschluss ausserhalb einer Stockwerkeigentümerversammlung einen schriftlichen Zirkulationsbeschluss oder einen protokollierten und aufzubewahrenden Versammlungsbeschluss nicht zu ersetzen.
Die Möglichkeit, formlos Beschlüsse zu fassen, würde grundlegende Publizitätsinteressen namentlich der Rechtsnachfolger und Erwerber von dinglichen Rechten an Stockwerkeigentumsanteilen missachten, für die die Beschlüsse der Eigentümerversammlung zur Nutzungsordnung und Verwaltung verbindlich sind (Art. 649a ZGB analog; Meier-Hayoz/Rey, a.a.O., N.
32 f. und 37 zu Art. 712n ZGB; René Bösch, Basler Kommentar, ZGB Bd. II, N. 6 zu Art. 712n ZGB; Rey, a.a.O., Rz. 341 S. 90 f.). Dies wäre der Rechtssicherheit abträglich. Hinzu kämen Schwierigkeiten bei der Berechnung der Anfechtungsfrist (Art. 712m Abs. 2 ZGB i.V.m. Art. 75 ZGB). Gewiss können Mitglieder, die zugestimmt haben, Versammlungsbeschlüsse in der Regel nicht anfechten. Zur Anfechtung wegen Willensmängeln aber sind auch sie befugt (Rey, a.a.O., Rz. 344 S. 91 f.; Meier-Hayoz/Rey, a.a.O., N. 136 zu Art. 712m ZGB).
Das soziale Zusammenleben unter einem Dach ist grundsätzlich nicht unproblematisch (Meier-Hayoz/Rey, a.a.O., N. 6 und 42 f. vor Art. 712a ff. ZGB). Die Schriftlichkeit dient dem Rechtsfrieden, weil die Rechtslage mit Dokumenten klar dargelegt werden kann und damit Streitigkeiten unter Menschen vermieden werden können, die als Mitglieder einer Stockwerkeigentümergemeinschaft zwangsläufig nahe zusammenleben.
d) Es ergibt sich somit, dass die behauptete mündliche Zustimmung aller Stockwerkeigentümer dem Beklagten kein besonderes Nutzungsrecht an der umstrittenen Dachfläche verschaffen konnte, weshalb es nicht erforderlich ist, den Rückweisungsantrag des Beklagten so weit gutzuheissen (Art. 64 Abs. 1 OG), dass zu klären wäre, ob ein entsprechender Beschluss ausserhalb der Stockwerkeigentümerversammlung ergangen ist. Weil keine vom Gesetz zugelassene Beschlussvariante gewählt worden ist, kann sich bloss die Frage stellen, ob gar kein Beschluss oder ein nichtiger vorliegt. Denn der (Form-) Fehler ist jedenfalls so gravierend, dass er nicht bloss einen Anfechtungsgrund darstellen kann (Art. 712m Abs. 2 i.V.m. Art. 75 ZGB; Meier-Hayoz/Rey, a.a.O., N. 128 ff. und 146 ff. zu Art. 712m ZGB; Rey, a.a.O., Rz. 342 ff. S. 91 ff.; Weber, a.a.O., S. 402 ff.; Ch. Müller, a.a.O., S. 107 ff.).
Soweit der Beklagte sinngemäss geltend machen will, ihm sei ein vertragliches Benutzungsrecht an der seiner Stockwerkeigentumseinheit vorgelagerten Dachterrasse eingeräumt worden, ist auf seine Berufung mangels hinreichender Begründung (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 3 S. 749) nicht einzutreten. Bei diesem Ergebnis kann auch offen bleiben, wie der Umstand zu berücksichtigen wäre, dass der Beklagte sowohl auf der Seite der Benutzungsrechtgeber stünde als auch Benutzungsberechtigter wäre. Denn bei dieser Ausgangslage hätte für den Beklagten offensichtlich ein Interessenkonflikt bestanden (Art. 712g Abs. 1 i.V.m. Art. 647b Abs. 1 ZGB sowie Art. 712l und 712m Abs. 2 i.V.m. Art. 68 ZGB).
4.- Für den Fall, dass der vom Beklagten behauptete Beschluss keine Rechtsfolgen zeitigt und die Vorinstanz den Abwehranspruch des Klägers bundesrechtskonform bejaht hat, macht der Beklagte weiter geltend, die Berufung des Klägers auf den Formmangel sei rechtsmissbräuchlich und aus diesem Grunde nicht zu schützen. Rechtsmissbrauch liege vor, weil der Kläger selber dem Beschluss zugestimmt und dessen Umsetzung während Jahrzehnten geduldet habe, und weil er kein Interesse an der Aufgabe der ausschliesslichen Nutzung habe.
Die Immissionen aus der Dachterrassennutzung würden sich im Gegenteil in den erlaubten (rot umrandeten) Bereich nahe beim Haus und damit zum Schlafzimmer des Klägers hin verlagern.
Dieser habe einen allfälligen Abwehranspruch auch durch Untätigkeit und lange Duldung verwirkt. Sein Vorgehen sei rein schikanös.
Das Obergericht hat dazu ausgeführt, der Beklagte hätte aus den Aufteilungsplänen und dem im Grundbuch angemerkten BVR vor dem Kauf ersehen können, wie weit sein Benutzungsrecht gehe. Aus dem Umstand, dass der Kläger nicht schon früher gerichtlich vorgegangen sei, könne er daher nichts für sich ableiten. Zudem habe er selber den vorliegenden Prozess ausgelöst mit der Forderung, für die Räumung und Wiederherstellung des Dachgartens zwecks Sanierung des Flachdaches habe die Gesamtheit der Stockwerkeigentümer aufzukommen.
Eine auf blosses Zusehen hin erteilte Nutzungserlaubnis dürfe nach einer vernünftigen Zeitspanne, während der die baulichen Vorkehren hätten amortisiert werden können, zurückgenommen werden. Unverhältnismässig oder gar rechtsmissbräuchlich sei das Beharren auf einer reglementskonformen Nutzung des Stockwerkeigentums nicht.
a) Die Ausführungen des Obergerichts überzeugen.
Der Beklagte muss sich in der Tat das Wissen um den Umfang seines Benutzungsrechts entgegenhalten lassen. Auch wenn er davon ausgegangen ist, die nirgends festgehaltene und deshalb nur auf Zusehen erteilte Erlaubnis zur ausschliesslichen Nutzung der Dachfläche werde nicht zurückgezogen, musste er doch grundsätzlich jederzeit, jedenfalls aber nach Ablauf einer vernünftigen Amortisationsfrist, mit dem Entzug rechnen. Auch eine sehr lange widerspruchslose Duldung der Nutzung lässt das Zurückkommen auf die Bereitschaft zur Überlassung erst als rechtsmissbräuchlich erscheinen, wenn der Kläger beim Beklagten die bestimmte Erwartung geweckt hätte, er werde sein Recht nicht durchsetzen und dann (insoweit widersprüchlich) trotzdem auf seinem Recht beharrt hätte (Merz, Berner Kommentar, N. 512 ff. zu Art. 2 ZGB; Baumann, Zürcher Kommentar, N. 385, 391 ff., 399, 401, 407 ff. und 426 zu Art. 2 ZGB; Mayer-Maly, Basler Kommentar, ZGB Bd. I, N. 52 zu Art. 2 ZGB). Denn blosses Zuwarten mit der Rechtsausübung begründet noch nicht Rechtsmissbrauch (<ref-ruling> E. 10e/dd S. 453; <ref-ruling> E. 2 S. 275 Abs. 3). Allein mit der mündlichen, seitens des Klägers offenbar nur unter Vorbehalt erteilten Einwilligung erhielt der Beklagte somit keineswegs eine ihrer Natur nach unentziehbare Nutzungsbefugnis, deren Rücknahme rechtsmissbräuchlich wäre. Der Beklagte macht nicht mit den erforderlichen Aktenhinweisen geltend (Art. 64 Abs. 1 OG), er habe prozesskonform und erfolglos die Abnahme von Beweisen beantragt (<ref-ruling> E. 5c/aa S. 357; <ref-ruling> E. 2a), aus denen gefolgert werden könnte, der Beklagte habe darauf vertrauen dürfen, der Kläger werde seine Rechte nicht durchsetzen (<ref-ruling> E. 4c S. 578 f.).
Der Beklagte kann sich für den Rechtsmissbrauchsvorwurf an den Kläger auch nicht auf <ref-ruling> E. 4 S. 111 f. und 109 II 338 E. 2a S. 340 f. berufen, wo umstritten war, ob die Verletzung eines Rechts während so langer Zeit widerspruchslos geduldet wurde, dass der klägerische Anspruch als verwirkt betrachtet werden durfte. Denn in den beiden zitierten Entscheiden ging es um die Verletzung von immaterialgüterrechtlichen Unterlassungsansprüchen (so auch <ref-ruling> E. 4). Hier stehen auch nicht verjährbare obligationenrechtliche Forderungen, deren Durchsetzbarkeit von den Verjährungsvorschriften zeitlich begrenzt wird (Art. 60 Abs. 1, Art. 67 Abs. 1 und Art. 127 ff. OR), sondern unverjährbare sachenrechtliche Abwehransprüche in Frage mit der Folge, dass wegen Zeitablaufs nur sehr zurückhaltend auf Rechtsmissbrauch geschlossen werden kann, weil damit die Unverjährbarkeit unterlaufen werden könnte. Weiter ging es vorliegend um eine bis zum Entzug der Zustimmung geduldete und damit rechtmässige Nutzung und es wurde keine Verletzung hingenommen.
Schliesslich kann von Rechtsmissbrauch umso weniger die Rede sein, als der Beklagte - wie das Obergericht verbindlich festgestellt hat (Art. 63 Abs. 2 OG) - den Anlass für den Sinneswandel beim Kläger selber geboten hat.
Es kann auch nicht argumentiert werden, der Kläger dürfe sich wegen seiner Zustimmung nicht mehr auf den Formmangel berufen. Die Vorinstanz hat nirgends verbindlich festgestellt, eine allfällige Zustimmung der Stockwerkeigentümer habe sich nicht nur auf die (formlose) Überlassung der Dachfläche zur Verwendung als Terrasse, sondern auch auf die Nichteinhaltung der Form bezogen.
b) Endlich führt auch die Interessenlage nicht zu einer anderen Beurteilung:
Gewiss wird der Beklagte seine Aktivitäten im Rahmen der Terrassennutzung verlagern und unmittelbar beim Haus und unter dem Schlafzimmer des Klägers ausüben müssen. Indessen erlaubt die stark verkleinerte Terrasse naturgemäss nur noch verminderte Aktivitäten. Diese werden überdies zum Teil in den Bereich verdrängt, der durch den vorkragenden Balkon des Klägers abgeschirmt wird, was die Immissionen eher vermindern dürfte. Das und der Umstand, dass gemeinschaftliches Eigentum von einem einzelnen Stockwerkeigentümer ohne besonderen Rechtstitel nicht exklusiv benutzt werden soll, liegt im Interesse des Klägers mit der Folge, dass die Abwägung der beiderseitigen Interessen nicht krass zu Gunsten des Beklagten ausfallen kann (<ref-ruling> E. 2b a.A. und 2b/bb S. 203 f.; <ref-ruling> E. 4c S. 579). Weil die Rechtsausübung des Klägers nicht unnütz und somit auch nicht schikanös erscheint (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 203), hat die Vorinstanz auch unter diesem Gesichtswinkel Rechtsmissbrauch ohne Verletzung von Bundesrecht verneint.
5.- Für den Fall der Verneinung eines besonderen Nutzungsrechts bzw. einer anderweitigen geschützten Rechtsposition wirft der Beklagte dem Obergericht vor, es habe ihm die Benützung der Dachfläche als Terrasse auch im Rahmen einer gemeinschaftlichen Nutzung verboten, was bundesrechtswidrig sei. Das Dach sei als Dachgarten ausgestaltet und nutzbar; als gemeinschaftlicher Teil stehe es allen Stockwerkeigentümern zur gemeinsamen Nutzung offen. Auch ihm müsse zumindest eine solche Nutzung erlaubt sein. In Dispositivziffer 1 lit. a des angefochtenen Urteils werde sie aber ausgeschlossen, übrigens im Widerspruch zu den Erwägungen (in E. 4c S. 18 Mitte und E. 5b S. 20 unten). Er habe deshalb um Berichtigung des Urteils ersucht, doch habe das Obergericht sein Gesuch mit Beschluss vom 27. Oktober 2000 abgewiesen.
Soweit sich die Berufung gegen diesen Beschluss richtet, ist auf sie nicht einzutreten, weil der Beschluss vom 27. Oktober 2000 nicht an die Stelle des obergerichtlichen Urteils getreten ist, das noch immer den Endentscheid im Sinne von Art. 48 Abs. 1 OG darstellt (Poudret/Sandoz-Monod, N. 1.1.4.13 zu Art. 48 und N. 1.3 zu Art. 54 OG). Hingegen kann in der Sache dem beigepflichtet werden, was das Obergericht im erwähnten Beschluss (E. II S. 3) festgehalten hat.
Das Sachurteil ist weder unklar noch widersprüchlich. Das Obergericht hat dort zwar festgehalten, dass die Stockwerkeigentümer die gemeinschaftlichen Teile betreten dürften (Urteil E. 4c S. 18 Mitte). Laut dem dafür massgeblichen Begründungsakt sei das Flachdach aber nicht als Dachterrasse ausgestaltet (a.a.O., E. 5b S. 20 unten), weshalb auch nicht von einer gemeinschaftlichen Befugnis zur Terrassennutzung ausgegangen werden könne, die dem Beklagten offen stehe.
Insoweit verletzt das angefochtene Urteil Bundesrecht nicht: Es trifft zu, dass weder der Begründungsakt noch das BVR im interessierenden Bereich eine (gemeinschaftliche) Terrassennutzung vorsieht und daher auch nicht von einer solchen auszugehen ist. Dies umso weniger, als das angefochtene Urteil keine Feststellungen über die Zugangsmöglichkeiten enthält und der freie Zutritt aller Stockwerkeigentümer nicht einfach vorausgesetzt werden kann. Auch steht die bauliche Sanierung des Zwischentrakts und Flachdachs erst bevor. Es kann keineswegs als erstellt gelten, dass die heutige bauliche Ausgestaltung bestehen bleibt. Das Begehren des Beklagten stützt sich insofern auf Sachverhaltsumstände, die von der Vorinstanz nicht festgestellt worden sind (Weiterbestehen eines Dachgartens bzw. einer Terrasse mit Zugangsmöglichkeit für alle) und kann daher auch deshalb keinen Erfolg haben. Denn das Bundesgericht hat seinem Urteil - wie mehrfach erwähnt - die Feststellungen der letzten kantonalen Instanz über die tatsächlichen Verhältnisse zu Grunde zu legen (Art. 63 Abs. 2 OG). Die Berufung ist in diesem Punkt ebenfalls unbegründet und abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
6.- Dringt die Berufung nicht durch, unterliegt der Beklagte und wird kostenpflichtig. Er hat für die Gerichtsgebühr aufzukommen (Art. 156 Abs. 1 OG) und dem Kläger die Parteikosten zu ersetzen (Art. 159 Abs. 2 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts des Kantons Zürich (II. Zivilkammer) vom 6. Oktober 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird dem Beklagten auferlegt.
3.- Der Beklagte hat den Kläger für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 4'000.-- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Zürich (II. Zivilkammer) schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 21. Juni 2001
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: