Sachverhalt:
A. Die Burgergemeinde Bern ist Eigentümerin verschiedener Grundstücke, welche mit einem selbständigen und dauernden Baurecht belastet sind. In ihren Baurechtsverträgen vereinbart sie jeweils einen Vorbehalt für die Übertragung der Baurechte. Im derzeit gültigen Musterbaurechtsvertrag lautet die massgebliche Klausel wie folgt:
"Die rechtsgeschäftliche Übertragung bedarf der Genehmigung durch die Grundeigentümerin. Die Genehmigung kann verweigert werden:
- wenn der Übernehmer nicht alle Rechte und Pflichten aus diesem Vertrag übernimmt;
- wegen fehlender Kreditwürdigkeit des Erwerbers oder
- aus andern wichtigen Gründen."
B. Am 19. September 2006 gelangte die Burgergemeinde an das Kreisgrundbuchamt VIII Bern-Laupen mit dem Gesuch um Feststellung, dass jede Handänderung von im Grundbuch zu Lasten ihrer Grundstücke aufgenommenen selbständigen und dauernden Baurechte mit entsprechendem Genehmigungsvorbehalt ihrer Zustimmung bedürfe und ohne eine solche Zustimmung nicht im Grundbuch eingetragen werden dürfe. Mit Verfügung vom 12. Oktober 2006 trat das Grundbuchamt auf das Gesuch nicht ein, da die aufgeworfenen Fragen vom Zivilrichter zu beantworten seien und nicht Gegenstand einer Feststellungsverfügung sein könnten.
C. Gegen diesen Entscheid reichte die Burgergemeinde Beschwerde ein bei der Justiz-, Gemeinde- und Kirchendirektion des Kantons Bern (JGK) und erneuerte ihr Gesuch um Erlass einer Feststellungsverfügung. Die JGK kam zum Schluss, dass das Grundbuchamt zu Recht auf das Gesuch der Burgergemeinde nicht eingetreten sei, soweit es um die Frage der Zustimmung zur Handänderung des Baurechts gehe. Ob hingegen der Grundbucheintrag ohne eine solche Zustimmung erfolgen dürfe, stelle eine verwaltungsrechtliche Frage dar. Sie bejahte das Vorliegen eines schutzwürdigen Feststellungsinteresses. Die JGK verzichtete indes auf eine Rückweisung an die Vorinstanz und erwog in der Sache, dass das Grundbuchamt, dem die Handänderung eines Baurechts zum Eintrag vorgelegt werde, nicht zu prüfen habe, ob die Burgergemeinde als belastete Grundeigentümerin ihre Zustimmung dazu erteilt habe. Die Beschwerde wurde am 9. August 2007 abgewiesen.
D. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 6. September 2007 gelangte die Burgergemeinde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern. Sie beantragte die Aufhebung des Entscheides der JGK und die Feststellung, dass ohne ihre Zustimmung keine Handänderungen von zu ihren Lasten im Grundbuch als selbständig und dauernd aufgenommenen Baurechten eingetragen werden dürfen. Das Verwaltungsgericht wies die Beschwerde mit Urteil vom 16. Juli 2008 ab. Von der grundsätzlichen Übertragbarkeit der selbständigen und dauernden Baurechte ausgehend verwies es auf den rein obligatorischen Charakter von rechtsgeschäftlich begründeten Zustimmungserfordernissen, welche keine Verfügungsbeschränkungen im engeren Sinn darstellten. Das Grundbuchamt sei nicht gehalten, das Vorliegen derartiger Zustimmungen zu prüfen.
E. Die Burgergemeinde (nachfolgend: Beschwerdeführerin) ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 11. September 2008 an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragt die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts. Sodann will sie festgestellt haben, dass bei entsprechendem Vorbehalt im Baurechtsvertrag ohne ihre Zustimmung keine Handänderungen von im Grundbuch zu ihren Lasten eingetragenen selbständigen und dauernden Baurechten vorgenommen werden dürfen. Eventualiter sei die Sache zur neuen Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die JGK und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Justiz schliesst sich in seiner Vernehmlassung dem angefochtenen Urteil an. Die Beschwerdeführerin hat hierzu unaufgefordert Stellung bezogen.

Erwägungen:
1. Strittig ist, ob für die Handänderung von im Grundbuch eingetragenen selbständigen und dauernden Baurechten die Zustimmung des Grundeigentümers erforderlich ist. Es geht um eine Frage der Führung des Grundbuchs, welche öffentlich-rechtliche Angelegenheit in unmittelbarem Zusammenhang mit dem Zivilrecht steht (Art. 72 Abs. 2 lit. b Ziff. 2 BGG). Eine derartige Streitigkeit weist keinen Vermögenswert auf (vgl. Urteil 5A_35/2008 vom 10. Juni 2008 E. 2). Der kantonale Rechtsweg ist zudem im Hinblick auf die Eintretensvoraussetzungen nicht massgebend (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 1a). Die Beschwerde in Zivilsachen ist damit gegeben. Neue Beweise sind nur zulässig, soweit der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (Art. 99 Abs. 1 BGG). Inwiefern dies in Bezug auf die eingereichten Unterlagen, insbesondere den Grundbuchauszug und das damit verbundene Editionsbegehren der Fall sein sollte, legt die Beschwerdeführerin entgegen der ihr auferlegten Begründungspflicht (<ref-ruling> E. 3.) nicht dar. Diese Vorbringen sind somit nicht zu berücksichtigen.
2. Nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens bildet die Frage, ob der Beschwerdeführerin überhaupt ein schutzwürdiges Interesse am Erlass einer Feststellungsverfügung zustand. Auf jeden Fall bleibt die Zuständigkeit des Zivilrichters weiterhin gegeben, um im konkreten Bestreitungsfall die Voraussetzungen für die Übertragung eines selbständigen und dauernden Baurechts zu prüfen und - unter Einbezug des Baurechtsberechtigten sowie des allfälligen Erwerbers - einen verbindlichen Entscheid zu fällen.
3. 3.1 Die Vorinstanz befand, dass sich die Wirkung der hier interessierenden Genehmigungsvorbehalte nicht von deren Zulässigkeit trennen lasse. Zu prüfen sei indes einzig die Zulässigkeit von Genehmigungsvorbehalten mit dinglicher Wirkung. Nicht zu untersuchen seien demgegenüber solche rein obligatorischer Natur bzw. solche, die für das Grundbuchamt nicht verbindlich seien. Das Grundbuchamt habe nur das Verfügungsrecht und den Rechtsgrund sowie allfällige Zustimmungen eines Dritten oder einer Behörde zu prüfen. Die vertraglichen Genehmigungsvorbehalte aber habe es nur zu beachten, wenn sich daraus eine Beschränkung des Verfügungsrechts im Sinn von Art. 965 ZGB ergebe. Auch aus Art. 24 Abs. 1bis lit. a GBV ergebe sich keine gesetzliche Verpflichtung, das Vorliegen rein obligatorisch wirkender Zustimmungen zu prüfen. Eine Verfügungsbeschränkung gründe immer auf einer gesetzlichen Regelung oder einer rechtsgeschäftlichen Abmachung, welche die Entstehung eines im Gesetz vorgesehenen dinglichen oder realobligatorischen Rechts zum Gegenstand habe. Die diesbezüglichen Regelungen des ZGB seien abschliessend. Insbesondere fänden sich darin keine Beschränkungen der Übertragbarkeit von selbständigen und dauernden Baurechten. Auch Art. 779b ZGB biete keine derartige Grundlage, da diese Norm lediglich den für jeden Erwerber verbindlichen Umfang und Inhalt des Baurechts festlege. Zudem ergebe sich aus dem Gesetz keine dingliche oder realobligatorische Verstärkung allfälliger vertraglicher Genehmigungsvorbehalte. Damit bestehe keine vom Grundbuchamt zu beachtende Beschränkung der Verfügungsmacht des Baurechtsnehmers. Angesichts der ZGB- Revision von 1963, welche verschiedene Schutzinstrumente zu Gunsten des Grundeigentümers (wie Vorkaufsrecht und Heimfall) eingeführt habe, werde dessen Schutzbedürfnis bei der Übertragung von Baurechten Rechnung getragen. Dies sei noch nicht der Fall gewesen, als das Bundesgericht in seinem Entscheid 72 I 233 die Beschränkung der Übertragbarkeit von selbständigen und dauernden Baurechten als zulässig befunden habe. Für die Anerkennung von eintragungsfähigen Rechten praeter legem bestehe heute kein Raum mehr.
3.2 Demgegenüber vertritt die Beschwerdeführerin die Auffassung, dass die Ausgestaltung der Selbständigkeit bzw. die Übertragbarkeit nicht nur bei der Eintragung des Baurechtes, sondern auch bei einer späteren Übertragung vom Grundbuchamt zu prüfen sei. Sie beschlage die Verfügungsmacht. Die in BGE 72 I 233 begründete Rechtsprechung beanspruche nach wie vor Geltung und habe insbesondere durch die späteren ZGB-Revisionen keine Änderung erfahren. In der Lehre sei dieses Urteil mehrheitlich unterstützt worden. Es bestehe ein erhebliches praktisches Interesse, für die übertragbaren Baurechte einen Schutzmechanismus, insbesondere im Hinblick auf die Überbindung des Baurechtszinses, durch das vom Grundbuchamt zu prüfende Zustimmungserfordernis des Grundeigentümers beizubehalten.
3.3 Das Bundesamt für Justiz weist darauf hin, dass eine dingliche oder realobligatorische Einschränkung der Übertragbarkeit von selbständigen und dauernden Baurechten sich aus dem Hauptbuch ergeben müsse, damit das Grundbuchamt erkennen könne, dass die Zustimmung des Grundeigentümers für die Übertragung des Baurechts nötig sei. Seit der ZGB-Revision von 1963 lege Art. 779b ZGB fest, welche vertraglichen Bestimmungen für jeden Erwerber des Baurechts und des belasteten Grundstücks verbindlich seien und demnach dingliche Wirkung hätten. Vereinbarungen über die Beschränkung der Übertragbarkeit gehörten nicht zum gesetzlich geregelten Inhalt und Umfang des Baurechts. Sie führten daher nicht zu einer vom Grundbuchamt zu beachtenden Beschränkung des Verfügungsrechts im Sinn von Art. 24 Abs. 1bis GBV. Die laufende Teilrevision des Immobiliarsachenrechts sehe zudem die Möglichkeit vor, vertragliche Bestimmungen im Grundbuch vorzumerken und ihnen dadurch realobligatorische Wirkung zu verleihen.
4. 4.1 In einem Fall aus dem Jahre 1946 erwog das Bundesgericht, die Genehmigung zur Veräusserung eines Baurechts, welche nach Gutdünken verweigert werden könne, lasse sich mit Sinn und Zweck dieses Instituts nicht vereinbaren. Ein solches Baurecht wäre kein selbständiges Recht mehr. Es gestand den öffentlich-rechtlichen Körperschaften indes ein berechtigtes Interesse zu, den Rechtsverkehr mit den von ihnen begründeten Baurechten zu kontrollieren. Eine dingliche Veräusserungsbeschränkung in dem Sinn, als die Genehmigung aus bestimmten Gründen verweigert werden könne, wäre mit der Selbständigkeit des Baurechtes vereinbar und würde die Übertragbarkeit nicht in Frage stellen. Mit einer in diesem Sinn begrenzten dinglichen Veräusserungsbeschränkung könne das Baurecht im Grundbuch eingetragen werden (BGE 72 I 233 E. 2). Mit diesem Urteil stellte das Bundesgericht die Bedürfnisse des (öffentlich-rechtlichen) Grundeigentümers in den Vordergrund, welche Sichtweise von der damaligen Lehre unterstützt wurde (GUHL, Rechtsprechung des Bundesgerichts im Jahre 1946, in: ZBJV 83/1947, S. 49 f.).
4.2 Das aufkommende Engagement des Gemeinwesens im sozialen Wohnungsbau, wie es bei der Schaffung des ZGB noch nicht aktuell war, rief nach Schutzmechanismen für die vertragsgemässe Verwendung des Baurechts sowie die Zahlung der Baurechtszinsen. Der Gesetzgeber nahm in der Folge eine eigentümerfreundliche Haltung ein, welche er auch auf den privaten Grundstückverkehr ausdehnte (Botschaft vom 9. April 1963 zum Entwurf des Bundesgesetzes über die Änderung der Vorschriften des Zivilgesetzbuches und des Obligationenrechtes betreffend das Baurecht und den Grundstückverkehr, BBl 1963 I S. 970/971, S. 975, S. 977, S. 979). Neben einer einlässlichen Regelung des Heimfalls sah das Revisionsvorhaben von 1963 die Einführung des gesetzlichen Vorkaufsrechts des Grundeigentümers und des Baurechtsinhabers sowie des Pfandrechts des Grundeigentümers vor. Die Pflicht, Inhalt und Umfang des Baurechts vertraglich näher zu umschreiben, wurde nun ins Gesetz aufgenommen, da sie sich als nützlich erwies. Sie galten damit für jeden Grundeigentümer und Baurechtsberechtigten. Abweichende Vereinbarungen könnten, soweit sie zulässig sind, zur Vormerkung im Grundbuch zugelassen werden (BBl 1963 I S. 984 und S. 981). Der bundesrätliche Entwurf ist - mit gewissen Anpassungen - Gesetz geworden. Insbesondere wurde die Bestimmung über Inhalt und Umfang des Baurechts (E-Art. 779a ZGB) beibehalten, allerdings mit dem ausdrücklichen Zusatz, dass die vertraglichen Bestimmungen für jeden Erwerber des Baurechts und des belasteten Grundstücks verbindlich sind (Art. 779b ZGB).
4.3 Durch die Neuregelung des Baurechts hat die bisherige Lehre und Praxis an Bedeutung verloren. Insbesondere kann nicht mehr ohne weiteres auf den bundesgerichtlichen Entscheid aus dem Jahre 1946 (BGE 72 I 233 E. 2) abgestellt werden, wenn es um die Frage nach der Eintragung einer dinglichen Veräusserungsbeschränkung in das Grundbuch geht.
Der Gesetzgeber hat dem Bedürfnis des Grundeigentümers, bei der Übertragung des Baurechts seine Interessen zu wahren, namentlich durch die Schaffung des Vorkaufsrechts (Art. 682 Abs. 2 ZGB) Rechnung getragen. Im weiteren ist die Stellung des Grundeigentümers gestärkt worden durch die Möglichkeit des vorzeitigen Heimfalls wegen grober Überschreitung des dinglichen Rechts oder vertraglicher Verpflichtungen (Art. 779f ff. ZGB) und durch die Einführung des mittelbaren gesetzlichen Grundpfandrechtes zur Sicherung der Baurechtszinse (Art. 779i f. ZGB).
Soweit sich das Bundesgericht in seinem Entscheid aus dem Jahre 1946 in allgemeiner Weise an den Grundeigentümerinteressen der (öffentlich-rechtlichen) Körperschaften orientiert hatte, hat der Gesetzgeber durch die erwähnte Neuregelung des Baurechts diesen weitgehend Rechnung getragen. Eine andere Frage ist, ob sich die getroffenen Massnahmen im Hinblick auf die Mitsprache des Grundeigentümers bei der Übertragung von Baurechten als zweckdienlich erweisen. Dies mag zumindest in Bezug auf das hier im Vordergrund stehende Vorkaufsrecht nicht immer der Fall sein. Der Grundeigentümer, der beispielsweise zur Förderung von Wohnbau oder Gewerbe Baurechte einräumt, wird wenig oder kein Interesse an der Ausübung des Vorkaufsrechts und damit dem Erwerb der errichteten Liegenschaften haben. Will er auf die Übertragung der Baurechte Einfluss nehmen, so ist er auf einen Genehmigungsvorbehalt im Baurechtsvertrag angewiesen, dessen Einhaltung das Grundbuchamt im Einzelfall prüft. Davon zu unterscheiden ist, ob und inwieweit das Sachenrecht für die Durchsetzung dieses Bedürfnisses die entsprechenden Rechtsinstitute vorsieht. Soweit dies nicht der Fall ist, genügt ein allgemeiner Bezug auf die Grundeigentümerinteressen zumindest nach heutigem Verständnis ohnehin nicht mehr, zumal damit noch nichts über die Stellung des Baurechtsberechtigten gesagt ist. Eine Bezugnahme auf den im Jahre 1946 ergangenen Entscheid des Bundesgerichts, bei dem es um die Eintragung eines Baurechtsvertrages und nicht um die Übertragung des Baurechts ging, erübrigt sich damit auch aus dieser Sicht, ohne dass eine Praxisänderung vorzunehmen ist.
Die neuere Lehre nimmt nicht immer Bezug auf die Baurechtsrevision und auf die Rechtsnatur einer dinglichen Verfügungsbeschränkung. Dies ist denn auch zu Recht kritisiert worden (BACHMANN, Verfügungsbeschränkungen bei gebuchten selbständigen und dauernden Rechten, insbesondere Baurechten, Diss. Zürich 1993, S. 151/152). So geht ISLER nach wie vor unter Hinweis auf BGE 72 I 233 davon aus, dass eine Beschränkung der Übertragbarkeit von Baurechten unter bestimmten Voraussetzungen zulässig ist (Basler Kommentar, 3. Aufl. 2007, N. 28 zu Art. 779 ZGB), ohne zu den Grenzen dinglicher Verfügungsbeschränkungen Stellung zu nehmen. In diese Richtung und unter Bezugnahme auf BGE 72 I 233 geht auch SCHMID, allerdings mit dem Hinweis, dass sich die Beschränkung der Übertragbarkeit aus dem Hauptbuchblatt ergeben und der Grundbuchverwalter diese prüfen müsse (Basler Kommentar, 3. Aufl. 2007, N. 16 Art. 943 ZGB). Bachmann geht hingegen von der Selbständigkeit des Baurechts aus und betrachtet eine allfällige Verfügungsbeschränkung nicht als Bestandteil der gesetzlichen Umschreibung des Baurechts gemäss Art. 779b ZGB. Eine Vormerkung abweichender Abmachungen im Grundbuch ist seiner Ansicht nach nicht möglich (a.a.O., S. 156 ff.).
4.4 Grundbuchliche Verfügungen wie Eintragung, Änderung, Löschung dürfen nur auf Grund eines Ausweises über das Verfügungsrecht und den Rechtsgrund vorgenommen werden (Art. 965 Abs. 1 ZGB). Der Grundbuchbeamte prüft überdies das Vorliegen gesetzlich notwendiger Zustimmungen Dritter sowie behördlicher Bewilligungen. Zudem hat er Verfügungsbeschränkungen mit dinglicher oder realobligatorischer Wirkung zu beachten. Fehlt die erforderliche Zustimmung oder kantonalrechtliche Bewilligung, so ist die Anmeldung abzuweisen (Art. 24 Abs. 1bis lit. a und b GBV). Der Grundbuchbeamte muss sich nicht um die Einholung solcher Belege kümmern (Fasel, Kommentar zur Verordnung vom 22. Februar 1910 über das Grundbuch, 2008, N. 12 zu Art. 24 GBV). Fehlt eine eidgenössische Bewilligung, so wird die Anmeldung im Tagebuch eingetragen und Frist zur Nachreichung angesetzt (Art. 24a Abs. 1 GBV). Rechtsgeschäftliche Vereinbarungen beschränken das Verfügungsrecht nur in gesetzlich vorgesehenen Fällen, was aus dem Grundbuch durch eine Vormerkung erkennbar und damit vom Grundbuchbeamten überprüfbar sein muss (Art. 960 Abs. 1 Ziff. 3 ZGB). Die hier interessierende Zustimmung des Grundeigentümers zur Übertragung eines Baurechts gehört nach geltendem Recht nicht dazu. Ebenso wenig lässt sich aus der Umschreibung von Art. 779b ZGB ein vom Grundsatz der freien Übertragbarkeit abweichendes (gesetzliches) Zustimmungserfordernis ableiten, da die Person des Baurechtsberechtigten nicht zum Inhalt der Dienstbarkeit gehört (Bachmann, a.a.O., S. 148). Die Revisionsvorlage zum Immobiliarsachenrecht sieht nun die Möglichkeit vor, die Vormerkung rechtsgeschäftlicher Vereinbarungen im Grundbuch zu vereinbaren und damit diese gegenüber Rechtsnachfolgern durchzusetzen. Dies entspricht nach Ansicht des Gesetzgebers einem Bedürfnis der Vertragsparteien (Art. 779b E-ZGB; Botschaft vom 27. Juni 2007 zur Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches [Register-Schuldbrief und weitere Änderungen im Sachenrecht], BBl 2007 S. 5313). Damit erhalten vertragliche Abmachungen realobligatorischen Charakter und können insbesondere gegenüber dem Erwerber des Baurechts durchgesetzt werden. Das Bundesamt für Justiz scheint in seiner Vernehmlassung davon auszugehen, dass durch die Vormerkung der Vereinbarung über die Beschränkung der Übertragbarkeit eines Baurechts das Verfügungsrecht des Baurechtsberechtigten gemäss Art. 965 ZGB eingeschränkt wird, womit das Grundbuchamt die Handänderung nicht ohne Zustimmung des Grundeigentümers vornehmen dürfte. Die Tragweite einer solchen neuen Vormerkungsmöglichkeit kann indes erst nach Abschluss der Gesetzgebungsarbeiten beurteilt werden.
4.5 Zumindest nach dem zur Zeit geltenden Recht ist der Grundbuchbeamte weder berechtigt noch verpflichtet, die Übertragung eines selbständigen und dauernden Baurechtes von der Zustimmung des Grundeigentümers abhängig zu machen. Der Baurechtsberechtigte ist gegenüber dem Grundbuchamt allein verfügungsberechtigt und durch keinerlei rechtsgeschäftliche Abmachungen eingeschränkt. Wie die Vorinstanz zu Recht festhält, richtet sich die Übertragung eines selbständigen und dauernden Baurechts nach sachenrechtlichen Grundsätzen und die Bestimmungen über die Zession finden keine Anwendung. Soweit die Beschwerdeführerin ihre diesbezüglichen Vorbringen vor Bundesgericht erneuert, ist sie auf das angefochtene Urteil zu verweisen.
5. Der Beschwerde ist damit kein Erfolg beschieden. Ausgangsgemäss werden die Kosten der Beschwerdeführerin auferlegt (Art. 66 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und dem Bundesamt für Justiz, Eidgenössisches Amt für Grundbuch und Bodenrecht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. November 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Zbinden