(Zahlen des Zuschlagspreises; "Verrechnung"), hat sich ergeben:
A.- In der von der Bank K._ gegen A._ eingeleiteten Betreibung Nr. ... auf Grundpfandverwertung versteigerte das Betreibungsamt des Kantons Nidwalden auf Ersuchen des Betreibungsamtes Y._ bzw. des Konkursamtes des Amtes X._ am 6. Mai 1998 die A._ gehörenden Grundstücke Nrn. vvv und www (Eigentumswohnung bzw. Anteil an einer Boot-Einstellhalle) in S._. Die beiden Pfandobjekte wurden für gesamthaft Fr. 835'000.-- B._ zugeschlagen. Gemäss dem vom Konkursamt des Amtes X._ erstellten Verteilungsplan vom 10. November 1998 ergab sich ein (A._ zustehender) Überschuss von Fr. 35'445. 45 nebst dazugehörigen Zinsen von Fr. 253. 35.
B.- Als A._ vom Konkursamt des Amtes X._ die Auszahlung verlangte, erfuhr er, dass B._ nicht den ganzen Zuschlagspreis bezahlt, sondern einen Betrag von Fr. 35'000.-- durch "Verrechnung" getilgt hatte. B._ hatte sich dabei auf eine Forderung berufen, die der C._ AG in Z._ gegen A._ zugestanden habe und ihm von jener abgetreten worden sei.
Mit Eingabe vom 31. Mai 1999 erhob A._ beim Amtsgerichtspräsidium von Hochdorf als unterer Aufsichtsbehörde in Schuldbetreibungs- und Konkurssachen Beschwerde und beantragte, das Konkursamt des Amtes X._ sei anzuweisen, den Betrag von Fr. 35'000.-- nebst Zins zu 5 % seit
6. Mai 1998 bei B._ einzufordern und hernach ihm auszuzahlen.
Der Amtsgerichtspräsident III von Luzern-Land, an den die Sache zuständigkeitshalber weitergeleitet wurde, hiess die Beschwerde am 1. Oktober 1999 gut und wies das Konkursamt des Amtes X._ zur verlangten Einforderung an.
Den von B._ gegen diesen Entscheid eingereichten Beschwerdeweiterzug hiess das Obergericht (Schuldbetreibungs- und Konkurskommission) des Kantons Luzern als obere kantonale Aufsichtsbehörde am 25. Mai 2000 seinerseits gut und wies die Beschwerde A._s vom 31. Mai 1999 ab.
C.- A._ nahm den obergerichtlichen Entscheid am 20. Juni 2000 in Empfang und führt mit einer vom 30. Juni 2000 datierten und noch am gleichen Tag zur Post gebrachten Eingabe (rechtzeitig) Beschwerde an die Schuldbetreibungs- und Konkurskammer des Bundesgerichts. Er verlangt die Aufhebung des erwähnten Entscheids und erneuert das vor den kantonalen Instanzen gestellte Begehren um Auszahlung des bei B._ nachzufordernden Betrags von Fr. 35'000.-- nebst Zins.
Das Obergericht hat keine Bemerkungen zur Beschwerde angebracht (vgl. Art. 80 Abs. 1 OG). Der Beschwerdegegner B._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde, und das Betreibungsamt des Kantons Nidwalden hat die zur Vernehmlassung angesetzte Frist ungenützt verstreichen lassen.
Die Schuldbetreibungs- und Konkurskammer

zieht in Erwägung:
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1.- Der Preis für das in einer Grundpfandsteigerung zugeschlagene Grundstück ist bar zu zahlen (Art. 136 in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1 SchKG; für die Verwertung beweglicher Sachen gilt nach Art. 129 Abs. 1 SchKG das Gleiche).
Eine Ausnahme im Sinne einer unechten Verrechnung hat das Bundesgericht zugelassen in einem Fall, da der Ersteigerer einer gepfändeten Sache zugleich der einzige betreibende Gläubiger im betreffenden Vollstreckungsverfahren war und der Pflicht zur Zahlung des Steigerungspreises den der Betreibung zugrunde liegenden Forderungsanspruch entgegenhielt (BGE 79 III 20 ff.; vgl. auch BGE 59 III 77 E. 2 S. 82). Gleich zu behandeln wäre nach dem erstgenannten Urteil auch der Betreibungsgläubiger, der gegenüber allen andern nach Art. 110 (Abs. 2) SchKG das Vorrecht auf den Erlös geniesst (vgl.
BGE 79 III 20 E. 1 S. 23).
Zur Begründung der dargelegten Praxis beruft sich das Bundesgericht auf den allgemeinen Rechtsgrundsatz, wonach eine Leistung, durch die der Empfänger zu sofortiger Rückgewähr des Empfangenen verpflichtet würde, nicht erbracht zu werden brauche (BGE 79 III 20 E. 1 S. 22). Es hat wiederholt betont, dass eine Entbindung des Ersteigerers von der Barzahlung nur dann in Betracht falle, wenn ein Tatbestand der erwähnten Art in liquider Weise gegeben ist, d.h. ein unmittelbarer Anspruch auf Rückerstattung durch das mit der Steigerung betraute Amt besteht (BGE 79 III 20 E. 1 S. 23 und 119 S. 121; <ref-ruling> E. 2 S. 60).
2.- a) Die C._ AG, die dem Beschwerdegegner die dem Steigerungspreis entgegengehaltene Forderung abgetreten hat, war an der Grundpfandbetreibung ebenso wenig beteiligt wie der Beschwerdegegner selbst. Insbesondere kam den beiden nicht die Stellung eines Grundpfandgläubigers zu. Der Beschwerdegegner geht denn auch selbst nicht davon aus, dass der strittige Geldbetrag ihm im Falle der Bezahlung sogleich zurückzuerstatten wäre. Er beruft sich vielmehr darauf, dass das Geld - auf Grund einer andern, von ihm gegen den Beschwerdeführer angehobenen Betreibung - durch das Betreibungsamt gepfändet werden müsste bzw. er dessen Arrestierung verlangen könnte.
b) Wie der Beschwerdeführer zu Recht geltend macht, liegen nach dem Gesagten die Verhältnisse hier nicht so, dass der Beschwerdegegner in Abweichung vom gesetzlichen Grundsatz der Barzahlung davon entbunden werden dürfte, die (noch fehlenden) Fr. 35'000.-- effektiv zu erbringen. Aus den Umständen um die der Steigerung zugrunde liegenden Grundpfandbetreibung selbst ergibt sich nicht, dass das Betreibungsamt den Betrag, falls er vom Beschwerdegegner bezahlt würde, ohne weiteres und unverzüglich zurückzuerstatten hätte. Die nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts erforderliche Liquidität der Verhältnisse ist mit andern Worten nicht gegeben. Es kann nicht Sache des mit der Steigerung betrauten Amtes sein, unter Beizug der Akten anderer Betreibungsverfahren zu beurteilen, was zu geschehen hätte, wenn der Ersteigerer den zurückbehaltenen Geldbetrag zahlen würde. Abgesehen davon, konnte die Vorinstanz auch nach der Abklärung der Stellung des Beschwerdegegners in dem von ihm angerufenen andern den Beschwerdeführer betreffenden Betreibungsverfahren nicht zum Schluss gelangen, der Geldbetrag müsste nach seinem Eingang beim Amt gleich wieder dem Beschwerdegegner zurückbezahlt werden. Die obere kantonale Aufsichtsbehörde spricht ebenfalls nur von einer Pfändung.
c) Dass die Verwertungskosten gedeckt worden sind und die als einzige Gläubigerin an der hier in Frage stehenden Grundpfandbetreibung beteiligte Bank K._ ausdrücklich erklärt hat, dass sie befriedigt worden sei und der vom Beschwerdegegner gewünschten "Verrechnung" zustimme, vermag am Gesagten nichts zu ändern. Zu schützen sind nicht nur die Interessen der Gläubiger (und des Staates), sondern auch diejenigen des Betreibungsschuldners (bzw. des Pfandeigentümers).
Angesichts der Ausführungen der Vorinstanz hätte deren Entscheid sodann zur Folge, dass in einem andern Betreibungsverfahren eine Pfändung ausbliebe, ohne dass an jenem Verfahren allenfalls Beteiligte davon überhaupt Kenntnis erhielten, geschweige denn sich gegen eine allfällige Verletzung ihrer Rechte zur Wehr setzen könnten. Das Vorbringen des Beschwerdegegners, dem Beschwerdeführer fehle ein Rechtsschutzinteresse, ist deshalb von vornherein unbehelflich.
3.- a) Die Entbindung des Beschwerdegegners von der Pflicht zur Barzahlung ist nach dem Ausgeführten bundesrechtswidrig.
Der angefochtene Entscheid ist daher aufzuheben.
b) Der Beschwerdeführer hatte schon bei der unteren Aufsichtsbehörde verlangt, dass das Konkursamt des Amtes X._ angewiesen werde, den zur Deckung des vollen Steigerungspreises noch fehlenden Betrag von Fr. 35'000.-- nachzufordern. Der Amtsgerichtspräsident III von Luzern-Land hat dem Begehren in diesem Sinne stattgegeben.
aa) Die Einforderung des Zuschlagspreises ist Sache des (Betreibungs-)Amtes, das die Steigerung durchgeführt und den Zuschlag erteilt hat. Falls der Ersteigerer nicht rechtzeitig zahlt, hat dieses denn auch den Zuschlag rückgängig zu machen und eine neue Versteigerung anzuordnen (Art. 143 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 156 Abs. 1 SchKG). Der Beschwerdeführer hätte seine Beschwerde daher gegen das Betreibungsamt des Kantons Nidwalden (und nicht gegen das Konkursamt des Amtes X._) richten müssen. Dieser Mangel ist von der die Oberaufsicht ausübenden erkennenden Kammer (Art. 15 SchKG) von Amtes wegen zu berichtigen.
bb) Somit ist das Betreibungsamt des Kantons Nidwalden anzuweisen, dem Beschwerdegegner B._ - nach Massgabe des hier sinngemäss heranzuziehenden Art. 136 (am Ende) SchKG - Frist anzusetzen, um den noch ausstehenden Betrag samt Zins zu 5 % (vgl. Art. 143 Abs. 2 SchKG) zu zahlen. Sollte der Beschwerdegegner der Zahlungsaufforderung nicht nachkommen, hätte das Amt nach Art. 143 SchKG zu verfahren und namentlich den Zuschlag rückgängig zu machen.
In Anbetracht der von der Vorinstanz festgehaltenen Umstände ist indessen davon abzusehen, das Betreibungsamt zu einer (sofortigen) Auszahlung an den Beschwerdeführer anzuhalten.
Mit einer solchen Anordnung würde in unzulässiger Weise in ein anderes Betreibungsverfahren eingegriffen.
4.- Das Beschwerdeverfahren ist kostenlos (Art. 20a Abs. 1 SchKG), und nach Art. 62 Abs. 2 GebVSchKG ist die Zusprechung einer Parteientschädigung ausgeschlossen.

Demnach erkennt
die Schuldbetreibungs- und Konkurskammer:
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1.- a) Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid des Obergerichts (Schuldbetreibungs- und Konkurskommission) des Kantons Luzern als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs vom 25. Mai 2000 aufgehoben.
b) Das Betreibungsamt des Kantons Nidwalden wird angewiesen, dem Beschwerdegegner B._ Frist anzusetzen, um den Rest des Preises für die ihm am 6. Mai 1998 in der Grundpfandverwertung der Betreibung Nr. ... des Betreibungsamtes Y._ zugeschlagenen Grundstücke Nrn. vvv und www in S._ (Fr. 35'000.--) nebst Zins zu 5 % seit 6. Mai 1998 zu zahlen.
c) Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2.- Dem Beschwerdegegner wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
3.- Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Beschwerdegegner B._, vertreten durch Rechtsanwalt Josef Ulrich, Morgartenstrasse 17, 6003 Luzern, dem Betreibungsamt des Kantons Nidwalden, dem Konkursamt des Amtes X._ und dem Obergericht (Schuldbetreibungs- und Konkurskommission) des Kantons Luzern als oberer kantonaler Aufsichtsbehörde über Schuldbetreibung und Konkurs schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 22. August 2000
Im Namen der Schuldbetreibungs- und Konkurskammer
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: