Faits:
A. Le 1er avril 2008, un accrochage a eu lieu sur le parking de la gare du Locle entre le véhicule de X._, qui était alors accompagné de sa mère, et la voiture de Y._. Selon le rapport de police du 11 mai 2008, les agents dépêchés sur place ont rencontré les protagonistes de l'incident. Y._ leur a déclaré qu'il venait d'entrer dans son véhicule, sans avoir encore mis le moteur en marche. X._ et sa passagère ont confirmé que l'engin de Y._ n'était pas en mouvement, de sorte que les conducteurs ont finalement décidé de s'arranger à l'amiable.
Le 25 avril 2008, Y._ a déposé plainte contre l'autre conducteur, son assureur lui ayant fait part de difficultés dans le règlement des conséquences de la collision. Auditionnés par la police quelques jours plus tard, X._ et sa mère ont soutenu que l'engin de Y._ était en mouvement, le premier déclarant qu'il n'avait pas le souvenir d'avoir affirmé, le jour de l'accident, que l'autre véhicule était immobile et qu'il ne savait pas si cette voiture reculait ou non. X._ a déposé plainte contre Y._ pour diffamation et calomnie.
B. Par jugement du 9 septembre 2008, le Tribunal de police du district du Locle a condamné X._, pour infraction à la LCR, à 250 fr. d'amende, avec peine privative de liberté de substitution de 3 jours en cas de non paiement fautif. Il a libéré Y._ des fins de la poursuite pénale dirigée contre lui.
Par arrêt du 26 novembre 2008, la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal neuchâtelois a rejeté, dans la mesure de sa recevabilité, le pourvoi de X._.
C. Ce dernier dépose un recours en matière pénale au Tribunal fédéral. Invoquant l'arbitraire et une violation de la présomption d'innocence, il requiert son acquittement.

Considérant en droit:
1. Selon l'<ref-law>, seules les décisions prises par les autorités cantonales de dernière instance peuvent faire l'objet d'un recours en matière pénale. Dès lors, celui-ci est irrecevable dans la mesure où le recourant critique le jugement de première instance.
2. Le recourant conteste toute infraction et maintient que la voiture de Y._ était en mouvement, ce qui aurait causé l'accident. Invoquant l'arbitraire et la violation de la présomption d'innocence, il reproche à l'autorité cantonale d'avoir privilégié la version de l'autre partie, sans tenir compte de certains éléments et en appréciant les preuves de manière insoutenable.
2.1 Dans la mesure où, comme en l'espèce, l'appréciation des preuves est critiquée en référence avec le principe in dubio pro reo, celui-ci n'a pas de portée plus large que l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2a p. 41). Cette dernière notion a été rappelée récemment dans l'<ref-ruling> consid. 5.4 p. 148, auquel on peut donc se référer.
2.2 Les autorités cantonales ont été confrontées à deux versions des faits, la divergence déterminante portant sur la question de savoir si le véhicule de Y._ était en mouvement ou non au moment du choc. Elles ont admis la seconde hypothèse en se fondant essentiellement sur le témoignage d'un des policiers, qui était sur place le jour des faits, et qui, lors des débats, a confirmé la teneur du rapport de police du 11 mai 2008 et en particulier le fait que tant le recourant que sa passagère avaient déclaré que le véhicule de Y._ n'avait pas bougé, le recourant reconnaissant alors ses torts.
2.2.1 Le recourant reproche aux juges d'avoir écarté la version de sa mère sans pousser plus à fond les mesures d'instruction. Cette critique est vaine. En effet, d'une part, l'intéressé ne s'en prend pas aux motifs avancés par les magistrats pour mettre en doute la crédibilité de sa mère. D'autre part, les autorités se sont fondées sur des éléments pertinents et suffisants (cf. supra consid. 2.2) pour préférer une des versions des faits à l'autre et admettre que le véhicule de Y._ était à l'arrêt au moment de l'accident, de sorte que d'autres mesures d'instruction ne s'imposaient pas.
2.2.2 Se référant au rapport de police, le recourant conteste avoir reconnu, devant les agents, que la voiture de Y._ était à l'arrêt. Il se réfère également aux traces laissées par ce véhicule, lesquelles attesteraient que l'engin était bel et bien en marche au moment de l'accident.
Certes, il découle du rapport de police et du procès-verbal d'audition de Y._ (pièces n° 3/3 et 3/8) que le recourant n'a pas immédiatement admis que l'autre véhicule n'était pas en mouvement, raison pour laquelle d'ailleurs les protagonistes ont fait appel à la police. Reste que, selon les pièces du dossier (pièces n° 3/3 et 3/8), le recourant et sa mère ont, suite à l'intervention des agents, reconnu que l'engin de Y._ ne bougeait pas au moment de la collision. Partant, on ne discerne aucun arbitraire dans l'appréciation des preuves effectuées par les autorités cantonales.
Pour le reste, le recourant se réfère aux traces de ripages laissées par la voiture de la partie adverse. La Cour de cassation a exposé son appréciation sur cette question (arrêt consid. 2d). Or, l'intéressé n'indique pas en quoi celle-là serait manifestement insoutenable, de sorte que sa critique est irrecevable.
2.2.3 Le recourant reproche à la Cour de cassation d'avoir écarté des éléments pertinents tels que les intentions de déplacement prêtées au conducteur Y._ pour rendre visite à sa famille, les manoeuvres de dissimulation de la clé du véhicule imputée à ce dernier, la manière dont celui-ci avait parqué sa voiture ou encore la position des roues de cet engin.
Cette argumentation se réduit à nier le fait contesté en opposant sa propre appréciation des preuves à celle de l'autorité, ce qui ne suffit manifestement pas à faire admettre l'arbitraire allégué; le recours sur ce point ne satisfait pas aux exigences de motivation de l'<ref-law>, de sorte qu'il n'y a pas lieu d'entrer en matière.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le recourant, qui succombe, supportera les frais (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaire, fixés à 2'000 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de cassation pénale du Tribunal cantonal du canton de Neuchâtel.
Lausanne, le 30 janvier 2009
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Favre Bendani