Faits:
A. K._ a conclu les 20 décembre 1995 et 23 septembre 1997 deux contrats d'assurance sur la vie avec la Nationale Suisse Compagnie d'Assurance sur la Vie (aujourd'hui: Nationale Suisse Vie SA; ci-après: la Nationale Suisse), dont le siège est situé à Bottmingen dans le canton de Bâle-Campagne. Le premier contrat (police n° X._), qui revêtait la forme d'une assurance de capital en cas de décès, relevait de la prévoyance dite libre (pilier 3b), tandis que le second contrat (police n° Y._) ressortait à la prévoyance liée (pilier 3a).
Le 10 mai 1998, l'assuré a été victime d'un accident qui l'a contraint à cesser son activité professionnelle. La Nationale Suisse a versé du 27 juillet 1998 au 30 mars 2003 les prestations découlant des polices précitées pour un montant total de 172'210 fr. Invoquant une réticence commise par l'assuré, la Nationale Suisse a résilié les polices d'assurance par courriers des 14 août et 2 octobre 2003.
B. Le 20 novembre 2006, K._ a ouvert action en paiement contre la Nationale Suisse devant le Tribunal de première instance de la République et canton de Genève. Par jugement du 10 mai 2007, confirmé sur appel le 16 novembre 2007 par la Cour de justice de la République et canton de Genève, ce tribunal s'est déclaré incompétent pour connaître des prétentions découlant du contrat de prévoyance liée (police n° Y._).
C. K._ a ouvert action le 25 janvier 2008 devant le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève, en concluant à ce qu'il soit constaté que la résiliation de la police n° Y._ était nulle et à ce que la Nationale Suisse soit condamnée à verser jusqu'au 30 septembre 2025 la rente due selon cette police et à payer la somme de 115'930 fr. (avec intérêts à 5 % calculés dès la fin de chaque trimestre) au titre des prestations déjà échues. Dans sa réponse du 25 février 2008, la Nationale Suisse a conclu à l'irrecevabilité de la demande, motif pris que l'autorité saisie n'était pas compétente pour connaître de l'affaire. Par jugement incident du 2 octobre 2008, le Tribunal cantonal des assurances sociales s'est déclaré compétent à raison de la matière et du lieu.
D. La Nationale Suisse interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement dont elle demande l'annulation. Elle conclut à ce que le Tribunal fédéral constate l'incompétence à raison du lieu du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève pour connaître de la demande déposée le 25 janvier 2008 par K._ et transmette, en tant que besoin, l'affaire au Tribunal cantonal du canton de Bâle-Campagne. Elle assortit son recours d'une demande d'effet suspensif.
K._ conclut au rejet du recours, tandis que le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer.
E. Par ordonnance du 16 janvier 2009, le juge instructeur a accordé l'effet suspensif au recours.

Considérant en droit:
1. Conformément aux art. 82 et 92 al. 1 LTF, une décision incidente qui porte sur la compétence peut faire immédiatement l'objet d'un recours en matière de droit public. Celui-ci peut être formé pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments du recourant ou par la motivation de l'autorité précédente. Le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués, compte tenu de l'exigence de motivation prévue à l'<ref-law>, et ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>).
2. 2.1 Sous le titre « Contestations et prétentions en matière de responsabilité », l'<ref-law> a la teneur suivante:
1 Chaque canton désigne un tribunal qui connaît, en dernière instance cantonale, des contestations opposant institutions de prévoyance, employeurs et ayants droit. Ce tribunal est également compétent:
a. pour les contestations avec des institutions assurant le maintien de la prévoyance au sens des art. 4 al. 1 et 26 al. 1 LFLP;
b. pour les contestations avec des institutions lorsque ces contestations résultent de l'application de l'art. 82 al. 2;
c. pour les prétentions en matière de responsabilité selon l'art. 52;
d. pour le droit de recours selon l'art. 56a al. 1.
2 Les cantons doivent prévoir une procédure simple, rapide et, en principe, gratuite; le juge constatera les faits d'office.
3 Le for est au siège ou domicile suisse du défendeur ou au lieu de l'exploitation dans laquelle l'assuré a été engagé.
2.2 Par contrats de prévoyance liée, on entend les contrats spéciaux d'assurance de capital et de rentes sur la vie ou en cas d'invalidité ou de décès, y compris d'éventuelles assurances complémentaires en cas de décès par accident ou d'invalidité, qui sont conclus avec une institution d'assurance soumise à la surveillance des assurances ou avec une institution d'assurance de droit public satisfaisant aux exigences fixées à l'<ref-law> et qui sont affectés exclusivement et irrévocablement à la prévoyance (art. 1 al. 2 OPP 3). Il s'agit d'une forme de prévoyance reconnue par le Conseil fédéral en collaboration avec les cantons et fiscalement favorable au sens de l'<ref-law>. Bien que ces contrats soient régis matériellement par la LCA, les contestations résultant de leur application sont de la compétence de l'autorité cantonale désignée pour connaître des contestations opposant fondations ou institutions de prévoyance, employeurs et ayants droit (<ref-law>).
2.3 Selon la jurisprudence, les règles de compétence prévues à l'<ref-law>, en particulier les règles en matière de for de l'al. 3, ont un caractère impératif. Il n'est pas possible d'y déroger par le moyen d'une convention d'élection de for (<ref-ruling> consid. 3.4 p. 490 et les références; plus nuancé, consid. 4.4.9 p. 496).
3. 3.1 Se fondant sur le Message du 1er mars 2000 relatif à la révision de la loi sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (1re révision LPP; FF 2000 III 2495), le Tribunal cantonal des assurances sociales a considéré que l'extension de la compétence du tribunal prévu à l'<ref-law> aux litiges relevant de la prévoyance individuelle liée se justifiait par une volonté d'unifier la compétence matérielle, afin qu'une seule juridiction soit saisie du contentieux en matière de prévoyance professionnelle, de libre passage et de prévoyance individuelle liée. En revanche, il ne ressortait pas du message précité que le législateur ait entendu porter atteinte aux règles de compétence à raison du lieu prévues par la loi fédérale du 2 avril 1908 sur le contrat d'assurance (LCA; RS 221.229.1) et la loi fédérale du 24 mars 2000 sur les fors en matière civile (LFors; RS 272). Compte tenu de ce qui précédait, il convenait de se référer à l'art. 13 des conditions générales de la Nationale Suisse, lequel prévoyait un for alternatif au domicile du preneur d'assurance, respectivement de l'ayant droit, ou au siège de la Nationale Suisse. Il s'ensuivait que le Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève était compétent à raison du lieu.
3.2 La Nationale Suisse estime pour sa part que le tribunal compétent à raison du lieu est celui du canton où se situe son siège, soit celui du canton de Bâle-Campagne. A son avis, l'<ref-law> doit également s'appliquer aux litiges relatifs à la prévoyance individuelle liée. Dans la mesure où cette disposition prévoit des fors impératifs auxquels il ne peut être dérogé au moyen d'une clause d'élection de for, l'action ne peut être ouverte, conformément à la lettre de cette disposition, qu'au siège de la partie défenderesse.
4. La loi s'interprète pour elle-même, c'est-à-dire selon sa lettre, son esprit et son but ainsi que selon les valeurs sur lesquelles elle repose. Le juge s'appuiera sur la ratio legis, qu'il déterminera non pas d'après ses propres conceptions subjectives, mais à la lumière des intentions du législateur. Le but de l'interprétation est de rendre une décision juste d'un point de vue objectif, compte tenu de la structure normative, et doit aboutir à un résultat satisfaisant fondé sur la ratio legis. Ainsi, une norme dont le texte est à première vue clair peut être étendue par analogie à une situation qu'elle ne vise pas (extension téléologique) ou, au contraire, si sa teneur paraît trop large au regard de sa finalité, elle ne sera pas appliquée à une situation par interprétation téléologique restrictive (réduction téléologique). Si la prise en compte d'éléments historiques n'est pas déterminante pour l'interprétation, cette dernière doit néanmoins s'appuyer en principe sur la volonté du législateur et sur les jugements de valeur qui la sous-tendent de manière reconnaissable, tant il est vrai que l'interprétation des normes légales selon leur finalité ne peut se justifier par elle-même, mais doit au contraire être déduite des intentions du législateur qu'il s'agit d'établir à l'aide des méthodes d'interprétations habituelles (<ref-ruling> consid. 4.1 p. 657 et les arrêts cités).
5. 5.1 Selon le Message du 19 décembre 1975 à l'appui d'un projet de loi sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité, les règles en matière de procédure de la LPP devaient, d'une part, permettre la réalisation du droit matériel et éviter toute insécurité juridique, et, d'autre part, tenir compte du caractère particulier de la prévoyance professionnelle et du but de protection sociale que celle-ci vise. Pour les litiges entre assurés et institutions de prévoyance, la procédure, régie par le principe inquisitoire, devait être simple, rapide et gratuite, et comprendre deux degrés de juridiction. L'application de ces principes devait permettre d'assurer un certain parallélisme entre le premier et le deuxième pilier (FF 1976 I 179 ch. 424.1).
5.2 Quand bien même la prévoyance individuelle liée est régie matériellement par les dispositions de l'OPP 3 et de la LCA, le législateur a indiscutablement décidé de soumettre les litiges y relatifs aux règles de procédure définies à l'<ref-law>, auxquelles il ne saurait être dérogé par le moyen d'une convention d'élection de for (cf. supra consid. 2.3). Conformément à l'al. 2 de cette disposition, cette procédure est gouvernée par les principes de simplicité et de rapidité. L'application de ces principes, qui ont d'ailleurs une portée générale en droit fédéral des assurances sociales, doit permettre aux assurés d'accéder facilement au juge et d'obtenir une décision le plus rapidement possible et sans formalisme excessif (UELI KIESER, ATSG-Kommentar, 2e éd. 2009, n. 24 ss ad art. 61).
5.3 Au moment de l'entrée en vigueur de la LPP, la règle de compétence matérielle de l'<ref-law> était en parfaite adéquation avec la règle de compétence à raison du lieu de l'<ref-law>, puisque les contestations ne pouvaient opposer - ex lege - qu'institutions de prévoyance, employeurs et ayants droit. Au fil de l'évolution législative, la compétence matérielle de la juridiction cantonale désignée pour traiter des litiges en matière de prévoyance professionnelle a été étendue à de nouveaux objets de contestation, soit dans un premier temps aux prétentions en matière de responsabilité selon l'<ref-law> et au droit de recours selon l'<ref-law> (modification de la LPP du 21 juin 1996, RO 1996 3070), puis aux contestations avec des institutions assurant le maintien de la prévoyance au sens des art. 4 al. 1 et 26 al. 1 LFLP et aux contestations avec des institutions lorsque ces contestations résultent de l'application de l'<ref-law> (modification de la LPP du 3 octobre 2003 [1re révision LPP], RO 2004 1693). A l'occasion de ces modifications législatives, l'<ref-law> n'a pas donné lieu à discussion (Rapport du 24 août 1995 de la Commission de la sécurité sociale et de la santé publique du Conseil national en réponse à l'initiative parlementaire Rechsteiner, FF 1996 I 529; Message du 1er mars 2000 relatif à la révision de la loi sur la prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité [1re révision], FF 2000 III 2540 s. ch. 2.9.5 et 2557 s.). Ainsi a-t-il échappé au législateur que cette disposition, en tant qu'elle institue comme for alternatif le « lieu de l'exploitation dans laquelle l'assuré a été engagé », prévoyait un for qui n'était pas applicable dans le cadre d'un litige résultant de la prévoyance professionnelle liée. Ne disposant plus d'aucun choix de for, le preneur d'assurance souhaitant procéder contre son assurance se voyait ainsi contraint d'ouvrir action au lieu du siège de ce dernier (pour un problème similaire se posant dans le cadre des litiges en matière de responsabilité selon l'<ref-law>, voir <ref-ruling> consid. 4.4.6 p. 494).
5.4 Si la lettre de l'<ref-law> prescrit très clairement que le preneur d'assurance ne peut agir qu'au lieu du siège de son assureur, il ressort du but et de la systématique de cette disposition que la volonté du législateur est de faciliter dans la plus grande mesure possible l'accès des justiciables aux tribunaux (cf. supra consid. 5.1 et 5.2). En tant que la lettre de l'al. 3 contraint, le cas échéant, le preneur d'assurance à devoir agir en un lieu et dans une langue auxquels celui-ci ne peut raisonnablement s'attendre au moment de la conclusion du contrat d'assurance, elle n'est pas compatible avec le principe de simplicité défini à l'al. 2 et, plus généralement, avec la ratio legis de l'<ref-law>. Qui plus est, l'interprétation historique démontre que le maintien de cette disposition dans une teneur inchangée depuis son entrée en vigueur résulte bien plutôt d'une inadvertance manifeste du législateur que d'une volonté délibérée de restreindre l'accès au juge d'une certaine catégorie de justiciables (cf. supra consid. 5.3). Il découle ainsi de l'interprétation de l'<ref-law> qu'il y a lieu de reconnaître un for alternatif à celui du siège ou du domicile suisse du défendeur prévu à l'<ref-law> dans le cadre des litiges relatifs à la prévoyance individuelle liée. Le domicile du preneur d'assurance constitue à cet égard le point de rattachement qui permet de respecter au mieux les principes généraux de procédure applicables dans le droit des assurances sociales et les intentions du législateur (dans les autres branches des assurances sociales, voir <ref-law>, sous réserve des exceptions pouvant résulter de la législation spéciale).
5.5 De ce qui précède, il résulte que la compétence à raison du lieu du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève pour connaître du litige opposant les parties découle bien plutôt de l'interprétation de la loi que des conditions générales d'assurance de la recourante. Le recours doit par conséquent être rejeté et le jugement attaqué confirmé par substitution de motifs.
6. Vu l'issue du litige, les frais de la présente procédure sont mis à la charge de la recourante (<ref-law>). L'intimé a droit à une indemnité de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera à l'intimé la somme de 2'800 fr. à titre de dépens pour la dernière instance.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 30 mars 2009
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Piguet