Faits:
Faits:
A. Par jugement du 30 novembre 2004, le Tribunal correctionnel jurassien a condamné Y._ à une peine de trois ans de réclusion pour contraintes sexuelles (<ref-law>) et viol (<ref-law>). Il a adjugé à la victime l'action civile dans son principe et renvoyé les parties devant le juge civil pour fixer le montant de la réparation.
En résumé, le tribunal a retenu que, de décembre 1988 à mars 1998, Y._ avait procédé sur la personne de sa nièce X._, née le 29 décembre 1970, à l'acte sexuel et à des actes d'ordre sexuel (baisers, caresses sur le sexe et les seins, pénétrations vaginales avec les doigts et fellations). Les juges ont admis que le condamné n'avait pas usé de violence ni de menace envers la jeune fille, mais avait exercé sur elle des pressions d'ordre psychique.
En résumé, le tribunal a retenu que, de décembre 1988 à mars 1998, Y._ avait procédé sur la personne de sa nièce X._, née le 29 décembre 1970, à l'acte sexuel et à des actes d'ordre sexuel (baisers, caresses sur le sexe et les seins, pénétrations vaginales avec les doigts et fellations). Les juges ont admis que le condamné n'avait pas usé de violence ni de menace envers la jeune fille, mais avait exercé sur elle des pressions d'ordre psychique.
B. Statuant le 31 mai 2005 sur appels du condamné, de la victime et du Ministère public jurassien, la Cour pénale du Tribunal cantonal du canton du Jura a libéré Y._ de toute condamnation.
La cour cantonale a renoncé à donner suite aux préventions de viol et de contraintes sexuelles pour les faits commis antérieurement au 8 décembre 1992, en raison de la prescription de l'action pénale. Pour la période postérieure, soit du 9 décembre 1992 au mois de mars 1998, elle a nié la réalisation des éléments constitutifs de l'infraction de contrainte sexuelle, en particulier l'existence de pressions d'ordre psychique et de l'intention de l'auteur. Sur le plan des conclusions civiles, elle a renvoyé la victime à faire valoir devant le juge civil sa réclamation civile relative aux actes commis jusqu'au 8 décembre 1992 et l'a débouté du surplus de ses conclusions.
La cour cantonale a renoncé à donner suite aux préventions de viol et de contraintes sexuelles pour les faits commis antérieurement au 8 décembre 1992, en raison de la prescription de l'action pénale. Pour la période postérieure, soit du 9 décembre 1992 au mois de mars 1998, elle a nié la réalisation des éléments constitutifs de l'infraction de contrainte sexuelle, en particulier l'existence de pressions d'ordre psychique et de l'intention de l'auteur. Sur le plan des conclusions civiles, elle a renvoyé la victime à faire valoir devant le juge civil sa réclamation civile relative aux actes commis jusqu'au 8 décembre 1992 et l'a débouté du surplus de ses conclusions.
C. Contre cet arrêt cantonal, X._ dépose un recours de droit public et un pourvoi en nullité devant le Tribunal fédéral. Dans le recours de droit public, elle soutient que l'autorité cantonale a établi les faits de manière arbitraire (art. 9 Cst.). Dans le pourvoi, elle fait valoir que les faits reprochés à Y._ ne sont pas prescrits (<ref-law>) et qu'ils sont constitutifs de contrainte sexuelle (<ref-law>). Dans les deux recours, elle conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et sollicite l'assistance judiciaire.
Le Procureur général jurassien forme également un pourvoi en nullité, dans lequel il dénonce la violation des art. 71 let. b et 189 CP.
La Cour pénale du Tribunal cantonal jurassien conclut aux rejets des recours.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
I. Recours de droit public formé par la victime
I. Recours de droit public formé par la victime
1. 1.1 La loi fédérale du 4 octobre 1991 sur l'aide aux victimes d'infractions (LAVI; RS 312.5) ouvre aux personnes victimes d'une infraction au sens de l'<ref-law> les mêmes recours que le prévenu, soit notamment le recours de droit public. Ces recours ne sont cependant ouverts à la victime que si elle était déjà partie à la procédure auparavant et dans la mesure où cette sentence touche ses prétentions civiles ou peut avoir des effets sur le jugement de ces dernières (art. 8 al. 1 let. c LAVI).
En l'espèce, la recourante est victime au sens de la LAVI, puisqu'elle a subi une atteinte directe à son intégrité sexuelle (<ref-law>). En outre, elle a participé à la procédure auparavant en dénonçant les faits et en se constituant partie civile. Enfin, elle a fait valoir des prétentions civiles en réclamant une indemnité à titre de tort moral de 15'000 francs, plus intérêts, des dommages et intérêts par 2'923 fr. 10 et ses frais de mandataire. Les conditions posées par l'art. 8 al. 1 let. c LAVI sont donc réalisées, de sorte que la qualité pour recourir de la recourante doit être admise.
1.2 Le recours de droit public au Tribunal fédéral est ouvert contre une décision cantonale pour violation des droits constitutionnels des citoyens (art. 84 al. 1 let. a OJ). Il n'est en revanche pas ouvert pour se plaindre d'une violation du droit fédéral, qui peut donner lieu à un pourvoi en nullité (art. 269 al. 1 PPF). Un tel grief ne peut donc pas être invoqué dans le cadre d'un recours de droit public, qui est subsidiaire (art. 84 al. 2 OJ; art. 269 al. 2 PPF).
1.3 En vertu de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, l'acte de recours doit contenir, sous peine d'irrecevabilité (cf. <ref-ruling> consid. 4d p. 558), un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'examine ainsi que les griefs expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée, le principe jura novit curia étant inapplicable (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 31). Le justiciable qui exerce un recours de droit public pour arbitraire ne peut dès lors pas se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en procédure d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer son opinion à celle de l'autorité cantonale, mais il doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261/262; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 120; <ref-ruling> consid. 7a p. 312; <ref-ruling> consid. 1b p. 495 et les arrêts cités).
1.3 En vertu de l'art. 90 al. 1 let. b OJ, l'acte de recours doit contenir, sous peine d'irrecevabilité (cf. <ref-ruling> consid. 4d p. 558), un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et préciser en quoi consiste la violation. Saisi d'un recours de droit public, le Tribunal fédéral n'examine ainsi que les griefs expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée, le principe jura novit curia étant inapplicable (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 31). Le justiciable qui exerce un recours de droit public pour arbitraire ne peut dès lors pas se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en procédure d'appel, où l'autorité de recours jouit d'une libre cognition; il ne peut, en particulier, se contenter d'opposer son opinion à celle de l'autorité cantonale, mais il doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision repose sur une application de la loi ou une appréciation des preuves manifestement insoutenables (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261/262; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 120; <ref-ruling> consid. 7a p. 312; <ref-ruling> consid. 1b p. 495 et les arrêts cités).
2. La recourante se plaint d'arbitraire dans l'établissement des faits et dans l'appréciation des preuves.
Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité; à cet égard, le Tribunal fédéral ne s'écarte de la solution retenue par l'autorité cantonale de dernière instance que si elle apparaît insoutenable, en contradiction manifeste avec la situation effective, adoptée sans motifs objectifs et en violation d'un droit certain. En outre, il ne suffit pas que les motifs de la décision critiquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (<ref-ruling> consid. 2 p. 61).
Lorsque le recourant - comme c'est le cas en l'espèce - s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est entachée d'arbitraire que si le juge ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un moyen de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'il se trompe manifestement sur le sens et la portée d'un tel élément, ou encore lorsqu'il tire des déductions insoutenables à partir des éléments recueillis (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 2a p. 41; <ref-ruling> consid. 4a p. 211).
Lorsque le recourant - comme c'est le cas en l'espèce - s'en prend à l'appréciation des preuves et à l'établissement des faits, la décision n'est entachée d'arbitraire que si le juge ne prend pas en compte, sans raison sérieuse, un moyen de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'il se trompe manifestement sur le sens et la portée d'un tel élément, ou encore lorsqu'il tire des déductions insoutenables à partir des éléments recueillis (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 2a p. 41; <ref-ruling> consid. 4a p. 211).
3. En premier lieu, la recourante soutient que l'autorité cantonale aurait admis, de manière arbitraire, que l'intimé a pris une décision distincte à chaque fois qu'il procédait à des actes d'ordre sexuel. Les juges cantonaux auraient ainsi nié à tort l'existence d'une unité naturelle d'action entre les différents actes et fait partir arbitrairement la prescription de manière séparée pour chaque acte.
La recourante méconnaît cependant la définition de l'unité naturelle d'action en matière de prescription. Selon la jurisprudence récente, l'unité naturelle d'action est subordonnée à une double condition: les actes séparés doivent procéder, sur le plan subjectif, d'une décision unique et, objectivement, apparaître comme des événements formant un ensemble en raison de leur relation étroite dans le temps et dans l'espace (<ref-ruling> consid. 2.4.5 p. 94). L'autorité cantonale a considéré que les faits reprochés à l'intimé constituaient des actes séparés et ponctuels, accomplis à des moments différents et en des endroits divers et variés. Elle a ainsi déjà nié l'existence d'une unité naturelle d'action, en raison de la non réalisation de la condition objective. Non pertinent, le grief soulevé doit donc être écarté.
La recourante méconnaît cependant la définition de l'unité naturelle d'action en matière de prescription. Selon la jurisprudence récente, l'unité naturelle d'action est subordonnée à une double condition: les actes séparés doivent procéder, sur le plan subjectif, d'une décision unique et, objectivement, apparaître comme des événements formant un ensemble en raison de leur relation étroite dans le temps et dans l'espace (<ref-ruling> consid. 2.4.5 p. 94). L'autorité cantonale a considéré que les faits reprochés à l'intimé constituaient des actes séparés et ponctuels, accomplis à des moments différents et en des endroits divers et variés. Elle a ainsi déjà nié l'existence d'une unité naturelle d'action, en raison de la non réalisation de la condition objective. Non pertinent, le grief soulevé doit donc être écarté.
4. La recourante s'en prend ensuite à l'établissement des faits relatifs à l'infraction de la contrainte sexuelle. Elle soutient que l'autorité cantonale aurait arbitrairement apprécié les faits déterminants pour juger de l'existence de pressions d'ordre psychique selon l'<ref-law>.
4.1 La recourante qualifie d'abord d'arbitraire la constatation de fait cantonale selon laquelle elle ne pouvait demeurer totalement ignorante des questions sexuelles à l'âge de 22 ans.
L'argumentation de la recourante ne permet cependant pas de saisir en quoi cette constatation de fait serait arbitraire. La personnalité de la recourante (décrite comme renfermée, discrète et timide, ayant des difficultés à gérer la pensée abstraite, n'ayant reçu aucune instruction sexuelle et n'ayant pas eu de relations sexuelles avec des jeunes gens de son âge) peut impliquer une certaine naïveté dans le domaine sexuel, mais ne signifie pas encore que la recourante ait été dans l'ignorance totale de ces questions. En outre, on ne voit pas en quoi la personnalité de l'intimé et les problèmes que la recourante a rencontrés dans sa famille ont pu avoir une influence sur les connaissances de la recourante en matière de sexualité. Enfin, l'experte ne dit pas non plus que la recourante a ignoré complètement ces questions. En conséquence, le grief soulevé ne satisfait pas aux exigences de motivation posées à l'art. 90 al. 1 let. b OJ, de sorte qu'il est irrecevable.
4.2 La recourante se plaint que l'autorité cantonale a déduit arbitrairement de ses déclarations - selon lesquelles elle ignorait si elle aurait pu réagir différemment si le prévenu n'avait pas été son oncle - un indice subjectif que la différence d'âge et le lien de parenté ne constituaient pas des circonstances déterminantes de nature à entraver sa capacité de résister.
Les conclusions tirées par l'autorité cantonale n'apparaissent pas insoutenables. L'argumentation de la recourante - selon laquelle elle aurait des difficultés par rapport à la pensée abstraite et que sa réponse doit être comprise comme une ignorance de la réponse à donner à une question ressentie par elle comme complexe - est impropre à établir le caractère arbitraire des considérations cantonales. Le grief soulevé ne remplit pas les exigences de clarté et de précision posées à l'art. 90 al. 1 let. b OJ; il est donc irrecevable.
4.3 La recourante soutient que l'autorité cantonale a considéré, de manière arbitraire, que son état dépressif ne constituait pas un élément déterminant à l'âge adulte pour apprécier la contrainte psychique.
La recourante se borne à soutenir que cette conclusion est insoutenable en l'absence d'un avis médical, mais ne démontre pas l'arbitraire de cette considération. Son grief ne satisfait donc pas aux exigences de l'art. 90 al. 1 let. b OJ et est donc irrecevable.
4.4 Selon la recourante, l'autorité cantonale aurait fait preuve d'arbitraire en considérant que les craintes de la recourante que sa relation apparaisse sur la place publique ne présentaient plus la même intensité que celle qui avait pu effectivement exister quelques années auparavant.
L'autorité cantonale a expliqué que les craintes de la recourante devaient être moins intenses, d'une part, du fait que la recourante n'était plus une adolescente et, d'autre part, parce que des rumeurs circulaient déjà au village et étaient même parvenues jusqu'à sa mère. Elle n'a jamais nié que la recourante avait demandé à l'intimé de ne pas parler de leur relation ni déclaré que la recourante ne craignait pas que sa relation ne soit connue de tous. Elle a simplement affirmé que cette peur était moins intense que celle qui aurait pu exister lors de l'adolescence de la recourante. Ces considérations ne sont nullement arbitraires ou, à tout le moins, la recourante ne le démontre pas, de sorte que le grief soulevé doit être écarté.
4.5 La recourante fait valoir que l'autorité cantonale aurait versé dans l'arbitraire en écartant les menaces explicites formulées par l'intimé dans les lettres qu'il lui avait envoyées, au motif que la relation avait cessé déjà avant leur envoi. Pour la recourante, ces menaces seraient la preuve que l'intimé exerçait déjà des pressions pendant la période précédent la rupture.
Cette argumentation n'est que pure hypothèse. On pourrait aussi soutenir que le fait que la recourante n'a pas cédé au chantage de son oncle tend à démontrer une certaine force de caractère et, partant, qu'elle ne se trouvait pas dans une relation de dépendance face à lui. En tous les cas, l'autorité cantonale n'est pas tombée dans l'arbitraire en écartant les menaces figurant dans les lettres de l'intimé, au motif que l'intimé n'avait procédé à aucun acte d'ordre sexuel après l'envoi de la missive. Mal fondé, le grief soulevé doit être en conséquence rejeté.
4.6 Enfin, pour la recourante, l'autorité cantonale aurait arbitrairement estimé que sa capacité de refuser toute nouvelle relation sexuelle complète excluait toute dépendance psychique. Selon la recourante, ce n'est pas parce qu'elle a trouvé la force de refuser l'acte sexuel, qu'elle devait également pouvoir s'opposer aux autres actes d'ordre sexuel que lui imposait l'intimé.
Par son argumentation, la recourante ne fait qu'objecter au raisonnement de l'autorité cantonale une autre hypothèse, mais n'établit pas que la constatation de l'autorité cantonale est insoutenable. Insuffisamment motivé, le grief de la recourante est irrecevable (art. 90 al. 1 let. b OJ).
Par son argumentation, la recourante ne fait qu'objecter au raisonnement de l'autorité cantonale une autre hypothèse, mais n'établit pas que la constatation de l'autorité cantonale est insoutenable. Insuffisamment motivé, le grief de la recourante est irrecevable (art. 90 al. 1 let. b OJ).
5. La recourante reproche à l'autorité cantonale de s'être écartée de l'opinion de l'experte, selon laquelle la relation dominante de l'intimé, imposée vraisemblablement avant que la recourante ait son 16ème anniversaire, s'est poursuivie selon le même schéma comportemental jusqu'à l'âge adulte.
A l'instar des autres moyens de preuve, le juge apprécie librement la force probante de l'expertise. Cette liberté d'appréciation trouve sa limite dans l'interdiction de l'arbitraire. Si le juge n'est en principe pas lié par les conclusions de l'expert, il ne peut s'en défaire, à peine de violer l'art. 9 Cst., qu'en exposant les motifs déterminants et les circonstances bien établies qui lui commandent d'agir de la sorte (<ref-ruling> consid. 4 p. 57/58; <ref-ruling> consid. 2 p. 86; <ref-ruling> consid. 1c p. 160; <ref-ruling> consid. 1c p. 146/147). Le juge ne verse pas dans l'arbitraire s'il s'écarte des conclusions de l'expertise lorsque celle-ci contient des contradictions et qu'une détermination ultérieure de son auteur vient la contredire sur des points importants, ou lorsqu'elle se fonde sur des pièces et des témoignages dont le juge apprécie autrement la valeur probante ou la portée (<ref-ruling> consid. 3a in fine p. 130).
L'autorité cantonale a motivé les raisons qui l'ont poussée à s'écarter des conclusions de l'expertise. Elle a constaté que la thèse soutenue - selon laquelle la contrainte, constituée par une dépendance psychique de la recourante à l'égard de son oncle, se serait prolongée jusqu'à l'âge de 29 ans - repose sur des considérations générales de l'experte qui sont contredites, d'une part, par les déclarations de la recourante et, d'autre part, par le fait que celle-ci a su s'opposer aux relations sexuelles complètes. A cela s'ajoute qu'il n'est pas établi que la recourante a subi des actes d'ordre sexuel à l'âge de 16 ans. En effet, l'intimé n'a été renvoyé en jugement que pour des actes commis dès le 29 décembre 1988, alors que la recourante avait 18 ans. Les explications présentées par l'autorité cantonale sont défendables, de sorte que l'on ne saurait lui reprocher d'être tombée dans l'arbitraire en s'écartant des résultats de l'expertise. Mal fondé, le grief de la recourante doit être rejeté.
L'autorité cantonale a motivé les raisons qui l'ont poussée à s'écarter des conclusions de l'expertise. Elle a constaté que la thèse soutenue - selon laquelle la contrainte, constituée par une dépendance psychique de la recourante à l'égard de son oncle, se serait prolongée jusqu'à l'âge de 29 ans - repose sur des considérations générales de l'experte qui sont contredites, d'une part, par les déclarations de la recourante et, d'autre part, par le fait que celle-ci a su s'opposer aux relations sexuelles complètes. A cela s'ajoute qu'il n'est pas établi que la recourante a subi des actes d'ordre sexuel à l'âge de 16 ans. En effet, l'intimé n'a été renvoyé en jugement que pour des actes commis dès le 29 décembre 1988, alors que la recourante avait 18 ans. Les explications présentées par l'autorité cantonale sont défendables, de sorte que l'on ne saurait lui reprocher d'être tombée dans l'arbitraire en s'écartant des résultats de l'expertise. Mal fondé, le grief de la recourante doit être rejeté.
6. Enfin, sur la question de l'intention, la recourante reproche à l'autorité cantonale d'avoir retenu que son obéissance et sa passivité face aux actes de l'intimé ont permis à ce dernier de croire à l'existence d'une relation amoureuse partagée. Les juges cantonaux auraient écarté, de manière arbitraire, les déclarations de l'intimé et de la recourante, desquelles il résulterait manifestement que l'intimé ne pouvait que se rendre compte que la recourante était non consentante.
Les déclarations de l'intimé - avouant qu'il était mal à l'aise avec la recourante, qu'il lui a fait des avances, qu'au début il ne savait pas si elle était consentante, que finalement c'est allé trop loin - ne signifient pas que l'intimé a envisagé le fait que la recourante n'était pas consentante et a accepté de passer outre l'absence de consentement. Les déclarations de la recourante - selon lesquelles l'intimé a toujours insisté, lorsqu'elle voulait partir, la retenant par la parole en lui disant "reste ici, où veux-tu aller?, cela me soulage quand tu viens, cela me fait un bien fou" - sont également impropres à établir l'arbitraire des constatations cantonales. Enfin, le fait que l'intimé a indiqué en procédure avoir eu des rapport complets à plusieurs reprises, afin de normaliser sa relation avec la recourante, n'est pas non plus déterminant. En définitive, les constatations cantonales ne sont pas arbitraires ou, à tout le moins, la recourante ne le démontre pas, de sorte que le grief doit être écarté.
Les déclarations de l'intimé - avouant qu'il était mal à l'aise avec la recourante, qu'il lui a fait des avances, qu'au début il ne savait pas si elle était consentante, que finalement c'est allé trop loin - ne signifient pas que l'intimé a envisagé le fait que la recourante n'était pas consentante et a accepté de passer outre l'absence de consentement. Les déclarations de la recourante - selon lesquelles l'intimé a toujours insisté, lorsqu'elle voulait partir, la retenant par la parole en lui disant "reste ici, où veux-tu aller?, cela me soulage quand tu viens, cela me fait un bien fou" - sont également impropres à établir l'arbitraire des constatations cantonales. Enfin, le fait que l'intimé a indiqué en procédure avoir eu des rapport complets à plusieurs reprises, afin de normaliser sa relation avec la recourante, n'est pas non plus déterminant. En définitive, les constatations cantonales ne sont pas arbitraires ou, à tout le moins, la recourante ne le démontre pas, de sorte que le grief doit être écarté.
7. En définitive, le recours de droit public doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
Comme le recours était d'emblée dépourvu de toute chance de succès, la requête d'assistance judiciaire doit être rejetée (art. 152 al. 1 OJ). La recourante, qui succombe, doit supporter les frais (art. 156 al. OJ), qui sont fixés de manière réduite pour tenir compte de sa mauvaise situation financière.
Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité à l'intimé qui n'a pas déposé de mémoire dans la procédure devant le Tribunal fédéral.
II. Pourvois en nullité de la victime et du Ministère public jurassien
II. Pourvois en nullité de la victime et du Ministère public jurassien
8. 8.1 La victime et la substitute du Ministère public jurassien (ci-après: le Ministère public) ont déposé deux pourvois parallèles.
La légitimation pour recourir de la victime repose sur l'art. 270 let. e ch. 1 PPF.
L'art. 270 let. c PPF habilite l'accusateur public du canton à se pourvoir en nullité. L'accusateur public est la personne ou l'autorité qui, en vertu du droit cantonal, est chargée, en qualité de partie, de défendre l'intérêt public devant le juge pénal cantonal de dernière instance (<ref-ruling> consid. 1 p. 143). En l'occurrence, le droit jurassien institue, pour l'ensemble du territoire cantonal, un seul Ministère public, composé du procureur général et d'un substitut (art. 43 de la loi jurassienne d'organisation judiciaire du 23 février 2000; RS 181.1). Le substitut représente donc le Ministère public jurassien, qui est compétent pour tout le territoire jurassien, de sorte qu'il faut admettre sa qualité pour se pourvoir en nullité selon l'art. 270 let. c PPF.
8.2 Saisi d'un pourvoi en nullité, le Tribunal fédéral contrôle l'application du droit fédéral (art. 269 PPF) sur la base exclusive de l'état de fait définitivement arrêté par l'autorité cantonale (cf. art. 277bis et 273 al. 1 let. b PPF). Le raisonnement juridique doit se fonder sur les faits retenus dans la décision attaquée, dont le recourant ne peut s'écarter.
Le Tribunal fédéral n'est pas lié par les motifs invoqués, mais il ne peut aller au-delà des conclusions du recourant (art. 277bis PPF). Celles-ci, qui doivent être interprétées à la lumière de leur motivation, circonscrivent les points litigieux (<ref-ruling> consid. 1 p. 66).
Le Tribunal fédéral n'est pas lié par les motifs invoqués, mais il ne peut aller au-delà des conclusions du recourant (art. 277bis PPF). Celles-ci, qui doivent être interprétées à la lumière de leur motivation, circonscrivent les points litigieux (<ref-ruling> consid. 1 p. 66).
9. La recourante et le Ministère public dénoncent la violation de l'<ref-law>, aux termes duquel la prescription court du jour où le dernier acte a été commis, si l'activité coupable s'est exercée à plusieurs reprises. Selon eux, les actes reprochés à l'intimé, qui se sont étendus de décembre 1988 à mars 1998, constituent une unité d'action juridique et naturelle au sens de la nouvelle jurisprudence, de sorte que la prescription doit commencer à courir à partir du dernier acte commis, soit depuis mars 1998.
9.1 Pour déterminer si plusieurs infractions doivent être considérées comme une entité au sens de l'<ref-law>, c'est-à-dire comme une activité globale pour laquelle le délai de prescription commence à courir du jour où le dernier acte a été commis, l'ancienne jurisprudence se fondait sur la figure de l'unité sous l'angle de la prescription (verjährungsrechtliche Einheit). Plusieurs infractions devaient être considérées comme une entité, si elles étaient identiques ou analogues, si elles avaient été commises au préjudice du même bien juridiquement protégé et si elles procédaient d'un comportement durablement contraire à un devoir permanent de l'auteur, sans que l'on soit toutefois en présence d'un délit continu au sens de l'art. 71 let. c CP (art. 71 al. 3 aCP; <ref-ruling> consid. 1b p. 54).
Dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral a notamment observé que la notion de comportement durablement contraire à un devoir permanent n'avait pas toujours été appliquée de manière rigoureuse, en ce sens qu'il avait parfois été attribué trop peu de poids à l'exigence que ce devoir doit expressément, ou à tout le moins implicitement, faire partie des éléments constitutifs de l'infraction, ce qui avait conduit à étendre le champ d'application des dispositions sur la prescription. La notion de comportement durablement contraire à un devoir permanent constituait au demeurant un critère relativement vague et peu clair, rendant difficile une définition de l'unité de la prescription. Aussi, le Tribunal fédéral a-t-il décidé d'abandonner la figure de l'unité de la prescription (<ref-ruling> consid. 2.4.4 p. 93).
9.2 La suppression de cette figure n'implique cependant pas que l'on puisse renoncer à considérer que, dans certains cas, plusieurs actes délictueux forment juridiquement un tout. Dorénavant, plusieurs actes distincts doivent être considérés comme une entité, d'une part, en cas d'unité naturelle d'action et, d'autre part, en cas d'unité juridique d'action.
L'unité juridique d'action (tatbestandliche Handlungseinheit) existe lorsque le comportement défini par la norme présuppose, par définition, de fait ou typiquement, la commission d'actes séparés (mehraktige Delikte, tel le brigandage, <ref-law>), mais aussi lorsque la norme définit un comportement durable se composant de plusieurs actes (par exemple les délits de gestion fautive, <ref-law>, ou de services de renseignements politiques ou économiques, art. 272 et 273 CP) ou lorsqu'on se trouve en présence d'un délit continu (Dauerdelikt) (<ref-ruling> consid. 2.4.5 p. 93).
Il y aura unité naturelle d'action (natürliche Handlungseinheit), lorsque des actes séparés procèdent d'une décision unique et apparaissent objectivement comme des événements formant un ensemble en raison de leur relation étroite dans le temps et dans l'espace. Ainsi, l'unité naturelle d'action vise la commission répétée d'infractions - par exemple, une volée de coups - ou la commission d'une infraction par étapes successives - par exemple, le sprayage d'un mur avec des graffitis pendant plusieurs nuits successives -, une unité naturelle étant cependant exclue si un laps de temps assez long s'est écoulé entre les différents actes, quand bien même ceux-ci seraient liés entre eux (<ref-ruling> consid. 2.4.5 p. 94).
Il y aura unité naturelle d'action (natürliche Handlungseinheit), lorsque des actes séparés procèdent d'une décision unique et apparaissent objectivement comme des événements formant un ensemble en raison de leur relation étroite dans le temps et dans l'espace. Ainsi, l'unité naturelle d'action vise la commission répétée d'infractions - par exemple, une volée de coups - ou la commission d'une infraction par étapes successives - par exemple, le sprayage d'un mur avec des graffitis pendant plusieurs nuits successives -, une unité naturelle étant cependant exclue si un laps de temps assez long s'est écoulé entre les différents actes, quand bien même ceux-ci seraient liés entre eux (<ref-ruling> consid. 2.4.5 p. 94).
9.3 9.3.1 Pour la recourante et le Ministère public, les actes reprochés à l'intimé forment une unité juridique d'action. Ils soutiennent que la réalisation de l'infraction de contrainte sexuelle présuppose la commission d'actes séparés. En effet, selon eux, d'une manière typique, l'auteur devrait exercer son comportement dans la durée; il devrait d'abord créer les conditions d'une contrainte d'ordre psychologique, par un climat de confiance, l'exploitation d'un lien de dépendance de quelque nature, des pressions verbales, voire des menaces implicites ou explicites, de manière à créer la confusion mentale dans l'esprit de la victime et à obtenir son acceptation à des actes d'ordre sexuel sur une certaine durée.
Cette argumentation méconnaît la définition de l'unité juridique d'action. En effet, cette unité est donnée si le comportement qui est défini par la loi présuppose l'accomplissement d'actes séparés ou un comportement durable. En d'autres termes, la commission d'actes séparés ou le comportement durable doivent, expressément ou implicitement, ressortir de la définition légale de l'infraction. Les versions allemande ("wenn der Täter die strafbare Tätigkeit zu verschiedenen Zeiten ausführt") et italienne de l'<ref-law> ("se il reato è stato eseguito mediante atti successivi") montrent bien que c'est l'infraction elle-même qui doit être exercée en des moments différents.
Or, tel n'est pas le cas du crime de contrainte sexuelle, puisque l'infraction définie à l'<ref-law> est déjà réalisée par la commission d'un seul acte d'ordre sexuel. La loi prévoit en effet: "celui qui aura contraint (la victime) à subir un acte analogue à l'acte sexuel ou un autre acte d'ordre sexuel sera puni....". Le crime de contrainte sexuelle est donc un délit instantané, consommé par l'acte d'ordre sexuel. Il ne suppose ni un comportement durable composé de plusieurs actes séparés ni ne constitue un délit continu qui durerait pendant toute la liaison illicite. Le fait que les actes sexuels à l'égard des enfants sont souvent des actes répétés et planifiés qui durent pendant des mois, voire des années, ne modifie en rien la nature de l'infraction. L'unité juridique d'action n'est dès lors pas donnée, ni entre les différents actes d'ordre sexuel, ni entre les actes d'ordre sexuel et l'acte sexuel proprement dit.
9.3.2 Contrairement à ce que soutiennent la recourante et le Ministère public, les actes reprochés à l'intimé ne constituent pas non plus une unité d'action dite naturelle. Cette notion doit être interprétée restrictivement, pour éviter de réintroduire sous une autre forme la figure du délit successif ou celle d'unité du point de vue de la prescription. Elle ne sera donc admise qu'à la double condition que les faits punissables procèdent d'une décision unique et se traduisent, dans le temps et dans l'espace, par des actes suffisamment rapprochés pour former un tout (<ref-ruling> consid. 4a p. 93; <ref-ruling> consid. 3b p. 149). La durée sur laquelle s'étendront les actes punissables devra en règle générale être relativement limitée. Il n'y aura notamment pas unité naturelle d'action en cas de voies de fait, si l'auteur s'en prend à des personnes différentes ou à la même personne, mais à des intervalles assez grands, en raison d'une nouvelle décision (Stratenwerth, Schweizerisches Strafrecht, Allgemeiner Teil I: Die Straftat, Berne 1996, n. 10, § 19, p. 472).
En l'espèce, les actes reprochés à l'intimé sont certes tous de nature sexuelle, commis au préjudice de la même victime. Ils constituent néanmoins des actes séparés et ponctuels, qui se sont déroulés durant des années, accomplis souvent, dès 1990, en des endroits divers et variés. Vu que les différents actes ont eu lieu à des intervalles relativement espacés, sur une longue période et en des lieux différents, ils ne peuvent procéder que de décisions distinctes, et ce même si l'intimé considérait la recourante comme sa maîtresse. C'est donc à juste titre que l'autorité cantonale a nié l'existence d'une unité juridique naturelle au sens de la nouvelle jurisprudence.
9.3.3 Le Ministère public soutient encore que le raisonnement suivi par l'autorité cantonale irait à l'encontre de la tendance actuelle, qui consisterait à allonger les délais de prescription pour les infractions contre l'intégrité sexuelle des enfants (<ref-law>). En outre, il fait valoir que le raisonnement suivi ne tiendrait pas compte de la difficulté et du temps nécessaire à la victime pour dénoncer les faits, ce qui entraînera une inévitable "victimisation secondaire". Il se fonde à cet égard sur la doctrine médicale, un arrêt canadien et le message du Conseil fédéral relatif à la prescription en cas d'infractions contre l'intégrité sexuelle des enfants.
Cette argumentation tombe cependant à faux. D'abord, elle se réfère aux abus sexuels commis sur des enfants, alors que la recourante était une jeune adulte au moment des faits. En outre, elle méconnaît l'<ref-law>, qui prévoit que les enfants abusés pourront attaquer en justice l'auteur en tout cas jusqu'au jour de leur vingt-cinq ans (<ref-law>).
9.4 Les nouvelles dispositions sur la prescription, qui sont entrées en vigueur le 1er octobre 2002, ont modifié la durée du délai de prescription et son calcul. Conformément à l'<ref-law>, la nouvelle réglementation déploie ses effets pour les infractions commises après la date de son entrée en vigueur. Les infractions perpétrées sous l'empire de l'ancien droit seront en revanche jugées selon l'ancien droit, sous réserve de l'application de la lex mitior. En l'espèce, les faits reprochés à l'intimé ont été commis du 29 décembre 1988 au mois de mars 1998. L'ancien droit sera donc en principe applicable, à moins que la nouvelle loi soit plus favorable.
L'ancien droit fixe, pour une infraction punissable comme en l'espèce de la réclusion pour dix ans au plus ou de l'emprisonnement, la prescription (ordinaire) à dix ans (art. 70 al. 2 aCP). Il prévoit que la prescription est interrompue par tout acte d'instruction d'une autorité chargée de la poursuite ou par toute décision du juge dirigée contre l'auteur. A chaque interruption, un nouveau délai commence à courir; néanmoins, l'action pénale sera en tout cas prescrite lorsque le délai ordinaire sera dépassé de moitié, soit en l'espèce, après quinze ans (art. 72 ch. 2 aCP). En l'espèce, par ordonnance du 9 décembre 2002, le procureur général jurassien a ordonné l'ouverture de l'action publique contre l'intimé pour infractions contre l'intégrité sexuelle sur la personne de la recourante et a transmis le dossier à l'office des juges d'instruction pour poursuivre la procédure. Cet acte a interrompu la prescription, mais tous les faits imputés à l'intimé qui ont été commis avant le 9 décembre 1992 ont été atteints par la prescription ordinaire de dix ans.
Les nouvelles dispositions sur la prescription fixent le délai de prescription à quinze ans pour les délits frappés comme en l'espèce d'une peine de réclusion pour dix ans au plus ou d'emprisonnement, (<ref-law>). Elles suppriment par ailleurs la suspension et l'interruption et prévoient que la prescription ne court plus si, avant son échéance, un jugement de première instance a été rendu (<ref-law>). Le jugement de première instance ayant été prononcé le 30 novembre 2004, tous les faits commis avant le 30 novembre 1989 seraient donc prescrits selon le nouveau droit.
9.5 Au vu de ce qui précède, il faut admettre que la prescription court de manière séparée pour chaque acte sexuel. Le nouveau droit n'est pas plus favorable que l'ancien droit, de sorte que l'ancien droit est applicable et que tous les actes sexuels commis jusqu'au 8 décembre 1992 sont prescrits. Par ailleurs, la prescription absolue continue de courir, puisqu'un jugement d'acquittement n'interrompt pas le cours de la prescription au sens des art. 70 ss aCP (<ref-ruling> consid. 1 p. 81).
9.5 Au vu de ce qui précède, il faut admettre que la prescription court de manière séparée pour chaque acte sexuel. Le nouveau droit n'est pas plus favorable que l'ancien droit, de sorte que l'ancien droit est applicable et que tous les actes sexuels commis jusqu'au 8 décembre 1992 sont prescrits. Par ailleurs, la prescription absolue continue de courir, puisqu'un jugement d'acquittement n'interrompt pas le cours de la prescription au sens des art. 70 ss aCP (<ref-ruling> consid. 1 p. 81).
10. La recourante et le Ministère public soutiennent que l'intimé s'est rendu coupable de contrainte sexuelle sur la personne de la recourante, en exerçant sur elle une contrainte d'ordre psychique.
10.1 L'<ref-law> punit de la réclusion pour dix ans au plus ou de l'emprisonnement celui qui, notamment en usant de menace ou de violence envers une personne, en exerçant sur elle des pressions d'ordre psychique ou en la mettant hors d'état de résister, l'aura contrainte à subir un acte analogue à l'acte sexuel ou un autre acte sexuel.
La contrainte sexuelle est un délit de violence, qui suppose en règle générale une agression physique. En introduisant la notion de "pressions psychiques", le législateur a cependant aussi voulu viser le cas de la victime qui se trouve dans une situation sans espoir, sans pour autant que l'auteur ait recouru à la force physique ou à la violence. Ainsi, l'infériorité cognitive et la dépendance émotionnelle et sociale peuvent - en particulier chez les enfants et les adolescents - induire une pression psychique extraordinaire et, partant, une soumission comparable à la contrainte physique, les rendant incapables de s'opposer à des atteintes sexuelles. La jurisprudence parle de "violence structurelle", pour désigner cette forme de contrainte d'ordre psychique commise par l'instrumentalisation de liens sociaux. Pour que l'infraction soit réalisée, il faut cependant que la situation soit telle qu'on ne saurait attendre de l'enfant victime qu'il oppose une résistance; sa soumission doit, en d'autres termes, être compréhensible. L'exploitation de rapports généraux de dépendance ou d'amitié ou même la subordination comme telle de l'enfant à l'adulte ne suffisent en règle générale pas pour admettre une pression psychologique au sens de l'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 3c p. 160 s.).
Dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral a considéré que l'auteur qui avait, pendant cinq ans, commis des actes sexuels sur la fille de sa concubine, âgée initialement de dix ans, avait exercé sur la fillette une pression psychique, compte tenu du jeune âge de la victime et du fait qu'elle était légèrement débile. Dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral a retenu que l'auteur, qui avait abusé d'une enfant de dix ans, avait exploité sa supériorité générale qu'il tirait de son statut d'adulte, son autorité quasi-paternelle, ainsi que les sentiments amicaux et l'attachement que lui témoignait la fillette, et qu'il l'avait placée face à un conflit de conscience qui la paralysait et la mettait hors d'état de résister.
Développée pour les abus sexuels commis sur des enfants, cette jurisprudence vaut aussi pour les victimes adultes (<ref-ruling>). Ainsi, le Tribunal fédéral a considéré qu'un climat de psycho-terreur entre époux pouvait, même sans violence, exercer une telle influence sur la volonté que la victime considère, de manière compréhensible, qu'elle n'a pas de possibilité réelle de résister (<ref-ruling>). De manière générale, cependant, on peut attendre d'un adulte en pleine possession de ses facultés de discernement une résistance à de telles pressions supérieure à celle que peut offrir un enfant (<ref-ruling> consid. 2b p. 101).
Dans l'<ref-ruling>, le Tribunal fédéral a précisé la notion de "violence structurelle instrumentalisée" dans le sens où l'auteur doit utiliser les relations sociales comme moyen de pression pour obtenir les faveurs sexuelles de la part de la victime. Ainsi, la considération, selon laquelle la subordination cognitive et la dépendance émotionnelle et sociale peuvent produire une pression psychique doit être vue sous l'ange du délinquant sexuel, qui transforme cette pression en un moyen de contrainte pour parvenir à ses fins. Il ne suffit pas que l'auteur exploite une relation de pouvoir, privée ou sociale, préexistante, mais il doit encore créer concrètement une situation de contrainte ("tatsituative Zwangssituation"). Cela ne signifie cependant pas que l'auteur doive faire renaître cette situation de la même manière lors de chacun des actes subséquents. Il suffit, lorsque la victime résiste dans la mesure de ses possibilités, que l'auteur actualise alors sa pression pour qu'il puisse être admis que chacun des actes sexuels n'a pu être commis qu'en raison de cette violence structurelle réactualisée (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 111 s.).
10.2
10.2.1 Selon la recourante et le Ministère public, l'intimé aurait mis sa nièce sous contrainte psychologique alors qu'elle avait environ seize ans et aurait poursuivi cette relation de domination selon le même schéma comportemental jusqu'à l'âge adulte. En d'autres termes, l'intimé aurait réactualisé à l'âge adulte la pression créée alors que la recourante était âgée de seize ans en manifestant simplement son désir d'entretenir des relations d'ordre sexuel avec elle.
Cette argumentation repose cependant sur des faits qui ne figurent pas dans l'arrêt attaqué. En effet, l'autorité cantonale a écrit, à la page 20 (consid. 5.3.2), que le prévenu a commencé à commettre des actes d'ordre sexuel sur la recourante alors que celle-ci était encore jeune, éventuellement même quant elle était encore mineure et, à la page 28 (consid. 5.4), que l'intimé "a pu commettre les premiers actes d'ordre sexuel .... alors quelle avait environ 16 ans". Il ne s'agit que d'une hypothèse, que l'autorité cantonale n'a pas vérifiée, dès lors que l'intimé n'était renvoyé en jugement que pour des faits survenus dès le 29 décembre 1988. En conséquence, lorsque la recourante et le Ministère public soutiennent que l'intimé a créé une situation de dépendance alors que la recourante était encore une enfant et qu'il a prolongé cette relation à l'âge adulte, leur argumentation s'écarte de l'état de fait de l'arrêt attaqué, de sorte qu'elle est irrecevable.
10.2.2 L'arrêt attaqué constate que l'intimé a procédé, de décembre 1988 à mars 1998, à des actes d'ordre sexuel sur la recourante. Agée de dix-huit ans au début des faits, la recourante était donc une jeune adulte, et non plus une enfant, et ne souffrait par ailleurs d'aucun retard mental, même si elle présentait une personnalité empreinte de simplicité. Dans le cas d'adultes dotés de la capacité de discernement, la pression psychologique est admise restrictivement, en présence de circonstances particulières. En l'occurrence, la forte personnalité de l'intimé, la différence d'âge, le lien de parenté ainsi que les problèmes personnels et familiaux rencontrés par la recourante ne sauraient suffire pour établir une contrainte psychologique. L'arrêt attaqué ne retient pas au demeurant que la recourante se trouvait dans un état de sidération au moment des faits, comme le prétend le Ministère public. La recourante a su au contraire refuser l'acte sexuel proprement dit et a déclaré qu'elle ignorait si elle aurait pu réagir différemment si l'intimé n'avait pas été son oncle. La situation de la recourante n'est dès lors pas comparable avec celle de l'épouse résumée à l'<ref-ruling>, dont le mari avait installé un climat de psycho-terreur et qui se trouvait, de manière compréhensible, dans l'incapacité de résister.
10.2.3 En conséquence, l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en niant l'existence d'une contrainte sous la forme de pressions psychiques. Comme les éléments constitutifs du crime de contrainte sexuelle ne sont de toute façon pas réalisés, il n'est pas nécessaire de se prononcer sur le dernier grief concernant l'intention.
10.2.3 En conséquence, l'autorité cantonale n'a pas violé le droit fédéral en niant l'existence d'une contrainte sous la forme de pressions psychiques. Comme les éléments constitutifs du crime de contrainte sexuelle ne sont de toute façon pas réalisés, il n'est pas nécessaire de se prononcer sur le dernier grief concernant l'intention.
11. Au vu de ce qui précède, les deux pourvois doivent être rejetés.
La recourante, qui succombe, sera condamnée aux frais (art. 278 al. 1 PPF). Comme son pourvoi était d'emblée dépourvu de chances de succès, l'assistance judiciaire doit être refusée (art. 152 al. 1 OJ). Le montant de l'émolument judiciaire sera toutefois arrêté en tenant compte de sa situation financière.
Il n'est pas réclamé de frais au Ministère public qui succombe (art. 278 al. 2 PPF).
Il n'y a pas lieu d'allouer d'indemnité à l'intimé qui n'a pas déposé de mémoire dans la procédure devant le Tribunal fédéral.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de droit public de X._ est rejeté dans la mesure où il est recevable.
1. Le recours de droit public de X._ est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le pourvoi en nullité de X._ est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Le pourvoi en nullité de X._ est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Le pourvoi en nullité du Procureur général jurassien est rejeté dans la mesure où il est recevable.
3. Le pourvoi en nullité du Procureur général jurassien est rejeté dans la mesure où il est recevable.
4. Les requêtes d'assistance judiciaire de X._ sont rejetées.
4. Les requêtes d'assistance judiciaire de X._ sont rejetées.
5. Un émolument judiciaire de 1'600 francs est mis à la charge de X._.
5. Un émolument judiciaire de 1'600 francs est mis à la charge de X._.
6. Le présent arrêt est communiqué en copie aux mandataires des parties, au Procureur général du canton du Jura et au Tribunal cantonal jurassien, Cour pénale.
Lausanne, le 12 novembre 2005
Au nom de la Cour de cassation pénale
du Tribunal fédéral suisse
Le président: La greffière: