Der Einzelrichter zieht in Erwägung:
1. Das Obergericht des Kantons Luzern sprach die Beschwerdeführerin am 29. März 2001 im Zusammenhang mit einem Tötungsdelikt an ihrem Ehemann wegen Unzurechnungsfähigkeit von Schuld und Strafe frei, ordnete jedoch die Verwahrung nach Art. 43 Ziff. 1 Abs. 2 aStGB an. In Anwendung des neuen Rechts hob es am 13. September 2007 die altrechtliche Verwahrung auf und erliess stattdessen eine stationäre therapeutische Massnahme im Sinne von <ref-law>. Die von der Beschwerdeführerin dagegen erhobene Beschwerde in Strafsachen wies das Bundesgericht mit Urteil vom 4. März 2008 ab, soweit es darauf eintrat (6B_623/2007).
Am 26. Juli 2012 stellte die Oberstaatsanwaltschaft des Kantons Luzern dem Obergericht auf Empfehlung der Vollzugs- und Bewährungsdienste den Antrag auf Verlängerung der stationären Massnahme um fünf Jahre. Aufgrund der am 13. September 2012 ablaufenden Höchstdauer der stationären Massnahme ordnete das Obergericht Sicherheitshaft sinngemäss nach den Art. 225 und 226 StPO (<ref-law>) an. Da die Beschwerdeführerin nicht bereit war, auf eine Haftverhandlung zu verzichten, ordnete es die Sicherheitshaft bis zur Haftverhandlung am 19. September 2012 provisorisch an.
Gegen diesen Entscheid legte die Beschwerdeführerin am 14. September 2012 (Eingangsstempel: 18. September 2012) Beschwerde in Strafsachen beim Bundesgericht ein. Sie beantragt, es sei in Aufhebung des angefochtenen Entscheids von einer Haftverhandlung vor dem Obergericht abzusehen.
Das Obergericht des Kantons Luzern entschied über die Anordnung der Sicherheitshaft am 20. September 2012. Auf die Durchführung einer Haftverhandlung verzichtete es, nachdem sowohl die Oberstaatsanwaltschaft als auch die Beschwerdeführerin diesbezüglich ausdrücklich Antrag stellten. Da kein aktuelles praktisches Rechtsschutzinteresse an der Beurteilung des vorliegenden Verfahrens besteht und zu erwarten ist, dass sich die von der Beschwerdeführerin aufgeworfene verfahrensrechtliche Frage nicht mehr stellen wird, ist darauf nicht weiter einzugehen.
Zusammenfassend ergibt sich, dass die Beschwerde als gegenstandslos vom Geschäftsverzeichnis abzuschreiben ist.
2. Es sind keine Kosten zu erheben.

Demnach erkennt der Einzelrichter:
1. Die Beschwerde wird als gegenstandslos abgeschrieben.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Luzern, 4. Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. September 2012
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Einzelrichter: Schneider
Die Gerichtsschreiberin: Arquint Hill