Faits:
A. A.a X._, ressortissant suisse né en 1959, et dame X._, née en 1965, de nationalité camerounaise, se sont mariés le 13 mai 2005 à Fribourg.
Dame X._ a une fille, A._, née en 1991 au Cameroun. En 1995, dame X._ a quitté le Cameroun et a confié sa fille A._ à sa famille élargie. A._ n'a, depuis lors, jamais quitté le Cameroun.
A.b Le 13 décembre 2005, le Service de la population et des migrants du canton de Fribourg a refusé la demande de regroupement familial déposée par les époux X._ en faveur de A._. Cette décision a été confirmée par le Tribunal administratif fribourgeois en date du 26 avril 2006. Les époux X._ n'ont pas recouru contre cette décision.
A.c Le 7 septembre 2006, la Haute Cour de Fako-Buea (Cameroun) a prononcé l'adoption de A._ par X._.
B. Par décision du 31 juillet 2007, la Direction des institutions, de l'agriculture et des forêts du canton de Fribourg (ci-après DIAF) a rejeté la demande de transcription, dans les registres de l'état civil, de l'adoption prononcée au Cameroun.
Statuant le 4 juin 2008 sur recours des époux X._, le Tribunal administratif fribourgeois a confirmé la décision de la DIAF, jugeant que, conformément à l'<ref-law>, la compétence à raison du lieu des autorités camerounaises n'était pas donnée pour prononcer l'adoption.
C. Contre cette dernière décision, les époux X._ déposent un "recours" au Tribunal fédéral. Les recourants concluent à l'annulation de la décision querellée et à la transcription de la décision d'adoption camerounaise dans les registres d'état civil, subsidiairement au renvoi de l'affaire aux instances cantonales pour nouvelle décision.
Invités à se déterminer, la DIAF et le Tribunal administratif ont conclu au rejet du recours, renvoyant pour le surplus aux considérants de la décision attaquée. L'Office fédéral de l'état civil (ci-après OFEC) a, quant à lui, renoncé à formuler des observations.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 4).
1.2 La décision attaquée confirme une décision de première instance déboutant les recourants d'une demande de transcription, dans les registres suisses de l'état civil, d'une décision d'adoption prononcée à l'étranger. Il s'agit d'une décision finale, prise en matière civile, par un tribunal supérieur de dernière instance cantonale, dans une affaire non pécuniaire, de sorte que le recours des intéressés doit être traité comme un recours en matière civile (art. 90, 72 al. 2 let. b ch. 2 et 75 al. 1 LTF). Le recours a par ailleurs été interjeté en temps utile (<ref-law>).
1.3 Aux termes de l'<ref-law>, la qualité pour exercer un recours en matière civile suppose un intérêt juridique à l'annulation ou à la modification de la décision attaquée. Le recourant doit ainsi prétendre que l'arrêt attaqué viole une norme dont le but est de protéger ses intérêts et qui, par conséquent, lui accorde un droit subjectif (Message concernant la révision totale de l'organisation judiciaire fédérale du 28 février 2001, FF 2001 p. 4000 ss, p. 4111 et, à propos de l'art. 88 aOJ: Message, p. 4126). Si le Tribunal fédéral examine d'office la recevabilité des recours dont il est saisi, il incombe au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir lorsqu'ils ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (arrêt 5A_647/2007 du 25 mars 2008, consid. 1.2; <ref-ruling> consid. 1.1 et 400 consid. 2).
Si l'intérêt juridique est en l'espèce évident pour l'époux, il ne l'est pas pour l'épouse, qui n'est pas partie à l'adoption mais uniquement intéressée à sa transcription dans les registres suisses de l'état civil. Il appartenait donc aux recourants d'alléguer les faits propres à fonder la qualité pour recourir de l'épouse, exigence à laquelle ils n'ont pas satisfait. En tant qu'il est exercé par l'épouse, le recours est par conséquent irrecevable; il est en revanche recevable en tant qu'il est exercé par l'époux.
2. 2.1 Saisi d'un recours en matière civile, le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si ces faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>), et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Le recourant qui entend invoquer que les faits ont été établis de manière manifestement inexacte (<ref-law>), c'est-à-dire que les constatations de fait sont arbitraires au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.2.2), doit démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet la violation de l'interdiction de l'arbitraire que si ce grief a été invoqué et motivé par le recourant (<ref-law>), c'est-à-dire s'il a été expressément soulevé et exposé de façon claire et détaillée (principe d'allégation; <ref-ruling> consid. 1.4).
2.2 Le mémoire de recours doit contenir les conclusions et les motifs à l'appui de celles-ci (at. 42 al. 1 LTF). Les motifs doivent exposer succinctement en quoi l'arrêt attaqué viole le droit fédéral (<ref-law>).
Pour les griefs de violation du droit fédéral - à l'exclusion des droits constitutionnels (<ref-law>) - et du droit international (<ref-law>), l'exigence de motivation découlant de l'<ref-law> correspond à celle qui valait pour le recours en réforme (cf. art. 55 al. 1 let. c OJ; <ref-ruling> consid. 1.4). Il ne suffit donc pas que le recours soit motivé, mais il faut encore qu'il comporte des motifs à l'appui de chacune des conclusions formulées. Même s'il n'est pas indispensable que le recourant indique expressément les dispositions légales ou désigne les principes non écrits de droit qui auraient été violés, il faut qu'à la lecture de son exposé, on comprenne clairement quelles règles de droit auraient été, selon lui, transgressées par l'autorité cantonale (cf. à propos de l'art. 55 al. 1 let. c OJ: <ref-ruling> consid. 2a; <ref-ruling> consid. 3 et les références citées).
En revanche, pour les griefs de violation des droits constitutionnels et du droit cantonal, les exigences de motivation sont accrues. Conformément à l'<ref-law>, ceux-ci ne peuvent être examinés que s'ils sont invoqués et motivés par le recourant. Pour de tels griefs, l'exigence de motivation correspond à celle qui résultait de l'art. 90 al. 1 let. b OJ pour le recours de droit public (<ref-ruling> consid. 6; 639 consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.4). Si le recourant se plaint de la violation de tels droits, il doit satisfaire au principe d'allégation (Rügeprinzip, principio dell'allegazione). Il doit ainsi indiquer précisément quelle disposition constitutionnelle ou légale a été violée et démontrer, par une argumentation précise, en quoi consiste la violation. Le Tribunal fédéral n'examine en effet de tels griefs que s'ils ont été invoqués et motivés, c'est-à-dire s'ils ont été expressément soulevés et exposés de façon claire et détaillée (<ref-ruling> consid. 1.4; <ref-ruling> consid. 1.4.2).
3. 3.1 En substance, les recourants soutiennent que la mère biologique de l'enfant, épouse de l'adoptant, est partie à l'adoption. Se fondant sur un avis rédigé par une collaboratrice de l'OFEC, ils en déduisent l'application analogique de la jurisprudence publiée aux <ref-ruling>, soutenant que la nationalité camerounaise de la mère serait déterminante pour admettre la compétence des autorités camerounaises de prononcer l'adoption.
3.2 Se fondant sur l'<ref-law>, le Tribunal administratif a jugé que les autorités camerounaises n'étaient pas compétentes pour prononcer l'adoption. La jurisprudence fédérale invoquée par les recourants (<ref-ruling>), en tant qu'elle concernait une adoption conjointe par les deux époux, ne pouvait s'appliquer dans la présente situation qui, elle, concernait un cas d'adoption de l'enfant du conjoint. L'autorité cantonale inférieure n'avait donc pas violé le principe de l'égalité de traitement en refusant l'application analogique de la jurisprudence fédérale précitée au cas des recourants. L'adoptant étant de nationalité suisse et domicilié en Suisse, c'était uniquement au regard de la législation de ce pays qu'une adoption devait être prononcée. Il lui était ainsi possible d'ouvrir une procédure d'adoption en Suisse. Quant à la mère biologique de l'enfant, non partie à la procédure d'adoption, la seule procédure qui lui était ouverte était celle du regroupement familial, prévue par la loi fédérale sur les étrangers (LEtr; RS 142.20). Telle procédure avait d'ores et déjà été menée, puis refusée par le Tribunal administratif, dont la décision était entrée en force.
3.3 Il n'existe aucun traité bi- ou multilatéral liant la Suisse au Cameroun dans le domaine de l'adoption internationale, qu'il s'agisse de l'application du droit matériel ou de la reconnaissance et l'exécution des décisions étrangères. Les conditions de la reconnaissance en Suisse d'une décision d'adoption rendue au Cameroun sont par conséquent exclusivement régies par la LDIP.
Conformément à l'art. 32 al. 1 et 2 LDIP, une décision ou un acte étranger concernant l'état civil peut être transcrit, moyennant une décision de l'autorité cantonale de surveillance, lorsqu'il satisfait aux conditions générales prévues aux art. 25 à 27 LDIP. Ces dispositions prévoient qu'une décision étrangère est reconnue en Suisse pour autant que les autorités judiciaires ou administratives de l'Etat dont émane la décision étaient compétentes, que la décision n'est plus susceptible de recours ordinaire et qu'elle n'est pas manifestement incompatible avec l'ordre public suisse (<ref-ruling> consid. 2; David Uwyler/Sonja Hauser, in Basler Kommentar, Internationales Privatrecht, 2e éd. 2007, n. 7 ad <ref-law>).
Conformément à l'art. 32 al. 1 et 2 LDIP, une décision ou un acte étranger concernant l'état civil peut être transcrit, moyennant une décision de l'autorité cantonale de surveillance, lorsqu'il satisfait aux conditions générales prévues aux art. 25 à 27 LDIP. Ces dispositions prévoient qu'une décision étrangère est reconnue en Suisse pour autant que les autorités judiciaires ou administratives de l'Etat dont émane la décision étaient compétentes, que la décision n'est plus susceptible de recours ordinaire et qu'elle n'est pas manifestement incompatible avec l'ordre public suisse (<ref-ruling> consid. 2; David Uwyler/Sonja Hauser, in Basler Kommentar, Internationales Privatrecht, 2e éd. 2007, n. 7 ad <ref-law>).
3.4 3.4.1 La compétence de l'autorité qui a prononcé l'adoption à l'étranger est réglée par l'<ref-law>. Selon cette dernière disposition, les adoptions intervenues à l'étranger sont reconnues en Suisse lorsqu'elles ont été prononcées dans l'Etat du domicile ou dans l'Etat national de l'adoptant ou des époux adoptants. La jurisprudence donne à l'<ref-law> une large interprétation lorsque l'adoption est effectuée conjointement par un couple marié. Dans l'hypothèse d'une adoption conjointe par des époux, il suffit en effet que seul l'un des époux adoptants soit ressortissant de l'Etat dans lequel la décision d'adoption a été prononcée pour que la compétence de l'autorité étrangère soit donnée. C'est ainsi que, s'agissant d'un couple dont l'épouse est double nationale suisse et américaine et l'époux suisse, l'adoption conjointe prononcée par les autorités américaines doit être reconnue (<ref-ruling> consid. 5).
Selon un avis, émis par une collaboratrice de l'OFEC (NATALIE STRAESSLE, Adoption de l'enfant du conjoint en droit international privé, Revue de l'état civil (REC) 2003, p. 442 sv.), la jurisprudence précitée pourrait s'appliquer par analogie dans le cas d'une adoption de l'enfant du conjoint, soit lorsque seul l'un des époux serait partie à l'adoption. La nationalité du conjoint qui ne participe pas à la procédure d'adoption, mais qui serait lié à l'adopté par un lien de filiation biologique, fonderait ainsi la compétence à l'égard de l'époux suisse, domicilié en Suisse. Cet avis n'est pas partagé par la doctrine: seuls URWYLER et HAUSER le mentionnent, sans pourtant l'approuver (DAVID URWYLER/SONJA HAUSER, op. cit., n. 9 ad <ref-law>). Les auteurs s'accordent au contraire pour dire qu'une extension de la reconnaissance, en Suisse, de la compétence des autorités ayant prononcé une adoption à l'étranger n'est pas envisageable (DAVID URWYLER/SONJA HAUSER, op. cit. n. 6 ad <ref-law>; Kurt Siehr, in Zürcher Kommentar zum IPRG, 2e éd. 2004, n. 9 ad <ref-law>). La nationalité ou le domicile des personnes adoptantes reste en effet le point de rattachement qui permet d'appréhender au mieux l'intérêt de l'enfant. Dans l'hypothèse d'une adoption prononcée dans l'Etat de domicile ou de nationalité de l'adopté, sans qu'un rattachement soit possible du point de vue des adoptants, il reste la possibilité de demander l'adoption en Suisse (Kurt Siehr, op. cit., n. 9 ad <ref-law>).
3.4.2 La décision d'adoption dont les recourants demandent la reconnaissance en vue de sa transcription dans les registres de l'état civil n'est pas une décision d'adoption conjointe, mais une décision prononçant l'adoption de l'enfant du conjoint de l'adoptant. Un lien de filiation existe en effet d'ores et déjà entre l'adoptée et sa mère biologique, épouse de l'adoptant. La jurisprudence invoquée par les recourants (<ref-ruling>), en tant qu'elle élargit la portée de l'<ref-law> dans le cas d'une adoption conjointe, ne peut ainsi être appliquée par analogie à leur situation. L'épouse est certes intéressée à l'adoption de sa fille par son conjoint, mais toujours est-il que seul son époux possède la qualité d'adoptant. Les recourants ne peuvent ainsi se référer à la large interprétation que la jurisprudence donne à l'<ref-law> dans le cadre d'une situation qui n'est pas identique à la leur, et prétexter ainsi de la nationalité camerounaise de l'épouse, non partie à l'adoption, pour fonder la compétence des autorités camerounaises. Une telle interprétation va au-delà du texte légal selon lequel, lorsque seul un adoptant est partie à la procédure d'adoption, c'est son domicile ou sa nationalité qui fondent la compétence des autorités prononçant l'adoption.
L'avis d'une collaboratrice de l'OFEC ne peut par ailleurs être simplement transposé à la situation des recourants: faute de précisions, on ignore en effet les circonstances entourant le cas particulier sur lequel se fonde son auteur; cet avis n'a de plus pas été repris en doctrine et l'OFEC lui-même ne l'a pas confirmé: invité par le Tribunal de céans à se déterminer sur le présent recours, il a en effet renoncé à présenter des observations.
3.5 La compétence des autorités camerounaises n'étant pas reconnue en Suisse, l'examen de l'éventuelle conformité de leur décision avec l'ordre public suisse, devient sans objet. A cet égard, contrairement à ce qu'avancent les recourants, il est sans pertinence que le Tribunal administratif n'ait pas tenu compte de la circulaire de l'Office fédéral de la justice (ci-après OJF) du 20 décembre 2006 selon laquelle l'adoption étrangère d'un enfant par un couple de personnes de même sexe n'est pas contraire à l'ordre public suisse et peut être reconnue en Suisse.
4. Les recourants affirment aussi que la DIAF aurait dû prendre l'avis de l'OFEC avant de statuer, ce qu'elle n'a pas fait.
Conformément à l'art. 90 al. 5 de l'ordonnance du 28 avril 2004 sur l'état civil (OEC), les décisions cantonales rendues sur recours doivent être communiquées à l'OFEC à l'intention de l'OFJ. Les décisions rendues en première instance doivent également être communiquées à ces autorités si elles en font la demande. La décision cantonale aurait ainsi dû être communiquée à l'OFEC qui a qualité pour recourir (art. 90 al. 4 OEC). Le Tribunal de céans ayant cependant invité l'OFEC à se déterminer dans le cadre du présent recours, le vice est par conséquent réparé.
5. Les recourants estiment enfin qu'en refusant d'appliquer à leur situation la jurisprudence fédérale publiée aux <ref-ruling>, de même qu'en ne tenant pas compte des avis de l'OFEC et de l'OFJ, le Tribunal administratif aurait statué de manière arbitraire, violé les constitutions fribourgeoise et suisse ainsi que le droit fédéral et international et constaté enfin les faits de manière incomplète et inexacte. Le Tribunal administratif aurait ainsi créé une inégalité de traitement entre citoyens et enfants candidats à l'adoption, tout en bafouant l'intérêt supérieur de l'enfant et en omettant le droit au respect de la vie familiale des recourants.
Les recourants invoquent pêle-mêle la violation des constitutions fribourgeoise et suisse, celle de l'art. 7 de loi sur la nationalité (LN; RS 141.0), de même que celle du droit international, plus précisément des art. 8 CEDH, 3, 8, 9, 10 et 18 de la Convention du 20 novembre 1989 relative aux droits de l'enfant (CDE; RS 0.107) et 11 al. 1 de la Convention européenne du 24 avril 1967 en matière d'adoption des enfants (RS 0.211.221.310). Dans la mesure où leurs critiques consistent en une énumération non motivée des dispositions ou des législations prétendument violées, il n'y a pas lieu d'entrer en matière (cf. consid. 2).
Les recourants ne démontrent pas non plus l'arbitraire dans la constatation des faits, de sorte qu'ils ne sauraient reprocher au Tribunal administratif d'avoir constaté les faits de manière incomplète ou inexacte (cf. consid. 2).
Il convient enfin de souligner que les recourants ne peuvent se référer comme ils le font à leurs précédentes écritures: le Tribunal de céans ne tient compte que des griefs qui sont formulés dans le recours qui lui est adressé.
6. Il résulte de ce qui précède que le recours de l'épouse est irrecevable, tandis que celui de l'époux est rejeté, dans la mesure de sa recevabilité. Les frais judiciaires sont mis à la charge des recourants (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'accorder de dépens à l'intimée (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours de l'épouse est irrecevable.
2. Le recours de l'époux est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis solidairement à la charge des recourants.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Direction des institutions, de l'agriculture et des forêts, à l'Office fédéral de l'état civil et à la Cour administrative du Tribunal cantonal du canton de Fribourg.
Lausanne, le 5 décembre 2008
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Raselli de Poret