Sachverhalt:
A. Der 1956 geborene G._ war seit 1988 als Rangierangestellter, ab März 2003 im Hausdienst beim Unternehmen C._ erwerbstätig. Am 1. April 2004 meldete sich G._ unter Hinweis u.a. auf Rückenbeschwerden zum Bezug von Leistungen der Invalidenversicherung an. Die IV-Stelle des Kantons Aargau lehnte den Anspruch auf berufliche Massnahmen und Invalidenrente mit Verfügung vom 13. Oktober 2004 ab; dabei ging sie von einem Invaliditätsgrad von 33 Prozent aus.
Am 11. Mai 2007 machte G._ gegenüber der IV-Stelle unter Beilage verschiedener Arzt- und Klinikberichte eine Verschlechterung seines Gesundheitszustandes geltend und ersuchte um Prüfung der Rentenfrage. Die Verwaltung trat auf das Gesuch ein und veranlasste weitere medizinische Abklärungen (Gutachten des Rheumatologen Dr. J._ vom 16. Januar 2008 sowie des Psychiaters Dr. S._ vom 20. März 2008). Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens erkannte die IV-Stelle, seit der Rentenablehnung im Jahr 2004 sei keine Verschlechterung des Gesundheitszustands eingetreten; bei einem Invaliditätsgrad von nunmehr 32 Prozent bestehe nach wie vor kein Anspruch auf eine Invalidenrente (Verfügung vom 5. Juni 2008).
B. Das Versicherungsgericht des Kantons Aargau wies die dagegen erhobene Beschwerde ab (Entscheid vom 15. Oktober 2008).
C. G._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Rechtsbegehren, es sei ihm, nach Aufhebung des angefochtenen Entscheids und der strittigen Verfügung, eine Dreiviertelsrente zuzusprechen. Eventuell sei die Sache zur weiteren Abklärung an die Verwaltung zurückzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Dieses Verfahren betrifft eine Neuanmeldung nach vorausgegangener rechtskräftiger Rentenverweigerung (Verfügung vom 13. Oktober 2004; Art. 87 Abs. 4 in Verbindung mit Abs. 3 IVV; vgl. <ref-ruling>). Streitig ist, ob der Beschwerdeführer aufgrund einer bis zum Abschluss des neuen Verwaltungsverfahrens (Verfügung vom 5. Juni 2008; <ref-ruling> E. 2.1 S. 243) eingetretenen Verschlechterung seines Gesundheitszustands Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung erworben hat. Das kantonale Gericht hat die zur Beurteilung des Leistungsanspruchs einschlägigen Rechtsgrundlagen zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
1.2 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) kann wegen Rechtsverletzung gemäss <ref-law> erhoben werden.
1.2.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz nur berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 2 BGG).
1.2.2 Die aufgrund von medizinischen Untersuchungen gerichtlich festgestellte Arbeitsfähigkeit ist Entscheidung über eine Tatfrage. Dazu gehört auch die Frage, in welchem Umfang eine versicherte Person vom funktionellen Leistungsvermögen und vom Vorhandensein bzw. von der Verfügbarkeit psychischer Ressourcen her eine (Rest-) Arbeitsfähigkeit aufweist und ihr die Ausübung entsprechend profilierter Tätigkeiten zumutbar ist, es sei denn, andere als medizinische Gründe stünden der Bejahung der Zumutbarkeit im Einzelfall in invalidenversicherungsrechtlich erheblicher Weise entgegen. Soweit hingegen die Beurteilung der Zumutbarkeit von Arbeitsleistungen auf die allgemeine Lebenserfahrung gestützt wird, geht es um eine Rechtsfrage (vgl. dazu den auch unter der Herrschaft des BGG massgebenden <ref-ruling>). Tatfrage ist wiederum, ob sich eine Arbeitsfähigkeit in einem bestimmten Zeitraum rentenrevisionsrechtlich relevant (vgl. <ref-law>; Art. 87 Abs. 3 und 4 IVV) verändert hat. Rechtlicher Natur sind demgegenüber die - hier nicht interessierenden - Fragen, welche Vergleichszeitpunkte im Rahmen einer Neuanmeldung heranzuziehen und wie hohe Anforderungen an das Glaubhaftmachen im Sinne von <ref-law> zu stellen sind (Urteil I 692/06 vom 19. Dezember 2006 E. 3.1).
2. 2.1 Das kantonale Gericht gelangte nach einer ausführlichen Würdigung des medizinischen Dossiers - wie bereits die Verwaltung - zum Schluss, im Vergleich mit den medizinischen Unterlagen, welche für die Ablehnung des Rentenanspruchs im Oktober 2004 massgebend gewesen seien (Berichte der Rheumaklinik am Spital A._ vom 14. Juni 2004 sowie des Psychiaters Dr. H._ vom 7. August 2004), habe sich bis zum Abschluss des Neuanmeldungsverfahrens vor der IV-Stelle im Juni 2008 keine wesentliche Veränderung des Gesundheitszustands ergeben; es bestehe sowohl mit Bezug auf die körperlichen als auch auf die psychischen Befunde eine volle Arbeitsfähigkeit in einer leidensangepassten Tätigkeit. Für diese Festlegung stützt es sich vor allem auf die Administrativgutachten des Rheumatologen Dr. J._ vom 16. Januar 2008 sowie des Psychiaters Dr. S._ vom 20. März 2008. Beide Sachverständigen kommen aus Sicht ihres jeweiligen Zuständigkeitsbereichs zum Schluss, es bestehe kein Gesundheitsschaden, der die Leistungsfähigkeit des Versicherten auch mit Bezug auf Arbeiten vermindern würde, welche der verminderten Belastbarkeit infolge des rheumatologischen Befundes ("nicht näher spezifizierbares chronifiziertes Schmerzsyndrom im Bereiche der rechten Körperhälfte") Rechnung tragen. Der Beschwerdeführer beruft sich im Wesentlichen auf verschiedene andere Arztberichte, die seiner Auffassung nach eine Zunahme des Gesundheitsschadens belegen.
2.2 Vorauszuschicken ist, dass mit Blick auf das Erfordernis einer erheblichen Änderung tatsächlicher Natur die bloss andere Beurteilung eines im Wesentlichen unverändert gebliebenen Sachverhalts revisionsrechtlich bedeutungslos ist (<ref-ruling> E. 4a/bb S. 313; SVR 1996 IV Nr. 70 S. 204 E. 3a, I 124/94). Anders verhält es sich in Fällen, in denen sich ein Leiden - bei gleicher Diagnose - in seiner Intensität und in seinen Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit verändert hat (Urteil I 212/03 vom 28. August 2003 E. 2.2.3), wie es etwa bei der Chronifizierung psychischer Störungen zutreffen kann (ZAK 1989 S. 265, I 345/88).
Der Versicherte beanstandet zunächst, dass das kantonale Gericht die Schlussfolgerung des Gutachters Dr. S._, es bestehe kein invalidisierendes psychisches Leiden, derjenigen der Klinik B._ vorgezogen habe; hier wurde eine Arbeitsunfähigkeit von 50 Prozent wegen einer mittelgradigen depressiven Episode mit somatischen Symptomen und einer undifferenzierten Somatisierungsstörung attestiert (Austrittsbericht vom 11. Mai 2005). Das kantonale Gericht hat sich mit dieser Diskrepanz einlässlich auseinandergesetzt und festgehalten, das gutachtliche Abweichen von den Befunden der Klinik B._ sei nachvollziehbar begründet. Dem ist ohne weiteres beizupflichten. Anzufügen ist, dass im Bericht der Klinik B._ - der therapeutischen Zielsetzung des Klinikaufenthalts entsprechend - weitgehend auf der Grundlage der subjektiven Angaben des Versicherten argumentiert wird. Dementsprechend kann, anders als der Beschwerdeführer meint, aus dem Unterschied zwischen einer anderthalbstündigen gutachtlichen Untersuchung und einem dreiwöchigen Klinikaufenthalt für dessen Rechtsstandpunkt nichts hergeleitet werden, zumal ein weiterer Psychiater, welcher den Gesundheitszustand des Versicherten über längere Zeit hinweg verfolgen konnte, den Befund einer reaktiven Depression nicht mit einer Arbeitsunfähigkeit verbindet (Bericht des Dr. H._ vom 8. September 2007). Weitere Vorbringen, wonach - sinngemäss - die vorinstanzliche Würdigung der medizinischen Entscheidungsgrundlagen beweisrechtlich unhaltbar sei, sind weder in sich noch mit Blick auf die einschlägigen vorinstanzlichen Ausführungen, auf welche an dieser Stelle wiederum verwiesen werden kann, hinreichend begründet; es ist deshalb nicht näher darauf einzugehen (vgl. <ref-law>; <ref-ruling>).
Insgesamt ergibt sich, dass die Vorinstanz den rechtserheblichen Sachverhalt jedenfalls nicht offensichtlich unrichtig festgestellt hat. Ebenso wenig beruht die - für die Belange der Streitfrage vollständige - Sachverhaltsfeststellung auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> (vgl. oben E. 1). Daher besteht kein Grund für die im Eventualbegehren beantragte nähere Abklärung des medizinischen Status. Ohnehin lässt es die unterschiedliche Natur von Behandlungsauftrag des therapeutisch tätigen (Fach-)Arztes einerseits und Begutachtungsauftrag des amtlich bestellten fachmedizinischen Experten anderseits (<ref-ruling> E. 4 S. 175) nicht zu, ein Administrativ- oder Gerichtsgutachten stets in Frage zu stellen und zum Anlass weiterer Abklärungen zu nehmen, wenn behandelnde Ärzte zu anderslautenden Einschätzungen gelangen. Vorbehalten bleiben Fälle, in denen sich eine abweichende Beurteilung aufdrängt, weil die behandelnden Ärzte wichtige - und nicht rein subjektiver ärztlicher Interpretation entspringende - Aspekte benennen, die im Rahmen der Begutachtung unerkannt oder ungewürdigt geblieben sind (SVR 2008 IV Nr. 15 S. 44 E. 2.2.1 mit Hinweisen, I 514/06). Dies ist hier aber nicht der Fall.
3. Das Vorbringen, die Verwaltung habe das auf statistische Daten gemäss Schweizerischer Lohnstrukturerhebung abgestützte Invalideneinkommen ohne Abzug (im Sinne von <ref-ruling> E. 4.2.3 S. 481 und 126 V 75; zur Abgrenzung von Rechts- und Ermessensfragen: Urteil 9C_382/2007 vom 13. November 2007 E. 4.1) ermittelt, ist aktenwidrig. Aus der Verfügung vom 5. Juni 2008 ist ersichtlich, dass das angerechnete Invalideneinkommen um 10 Prozent herabgesetzt worden ist.
4. Die vorinstanzliche Schlussfolgerung, wonach die seitens der IV-Stelle verfügte Ablehnung des Anspruchs auf eine Invalidenrente nicht zu beanstanden sei, ist somit bundesrechtskonform; ein Invaliditätsgrad von unter 40 Prozent ist nicht rentenbegründend (Art. 28 Abs. 1 [in der bis 2007 geltenden Fassung] resp. Art. 28 Abs. 2 [in der seit 2008 geltenden Fassung] IVG).
5. Die Gerichtskosten werden dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei auferlegt (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Versicherungsgericht des Kantons Aargau und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 28. Januar 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Traub