Sachverhalt:
A. Gestützt auf die Ergebnisse einer Arbeitgeberkontrolle verpflichtete die Ausgleichskasse der Schweizer Maschinenindustrie die Firma A._ und die Firma B._ solidarisch, auf ihren früheren Kadermitarbeitern X._ und Y._ ausgerichteten Entgelten für das Jahr 1997 paritätische Beiträge von Fr. 134'332.40, zuzüglich Verzugszinsen, sowie für die Jahre 1998 bis 2001 paritätische Beiträge in der Höhe von Fr. 3'840'030.80 und Verzugszinsen von Fr. 748'461.65 nachzuzahlen (Verfügung vom 17. Dezember 2003). In teilweiser Gutheissung der hiegegen erhobenen Einsprache änderte die Ausgleichskasse ihre Verfügung dahin ab, dass die Firma A._ und die Firma B._ solidarisch verpflichtet wurden, für das Beitragsjahr 1997 paritätische Beiträge von Fr. 129'958.40, zuzüglich Verzugszinsen von Fr. 50'124.25, sowie für die Jahre 1998 bis 2001 paritätische Beiträge von Fr. 3'831'282.80, zuzüglich Verzugszinsen von Fr. 966'356.30, zu entrichten (Entscheid vom 11. Februar 2005).
B. Die von der Firma A._ und der Firma B._ hiegegen eingereichte Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 18. März 2008 ab.
C. Die Firma A._ und die Firma B._ (nachstehend: Firma A._) lassen Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit den Anträgen, unter teilweiser Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides seien sie in solidarischer Haftbarkeit zu verpflichten, für das Jahr 1997 paritätische Beiträge und Verwaltungskosten auf einer Lohnsumme von Fr. 126'828.- und für 1998 paritätische Beiträge und Verwaltungskosten auf einer Lohnsumme von Fr. 3'452'960.-, zuzüglich Verzugszinsen, nachzuzahlen.
Die Ausgleichskasse und das Bundesamt für Sozialversicherungen (BSV) verzichten auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
2. Die Beitragspflicht auf Zinsen und Zinseszinsen im Zusammenhang mit aufgeschobenen Bonuszahlungen an X._ ist nicht mehr streitig. Zu prüfen ist letztinstanzlich einzig noch, ob es sich bei den Bonuszahlungen an Y._, soweit sie von der Firma A._ in die Stiftung Z._ einbezahlt wurden, um massgebenden Lohn handelt (E. 3 und 4), und wie es sich diesbezüglich mit den Y._ bei dessen Ausscheiden aus der Firma A._ als Teil der Abgangsentschädigung überlassenen WAR (Warrant Appreciation Rights) verhält (E. 5).
3. 3.1 Nach Art. 5 Abs. 1 und Art. 14 Abs. 1 AHVG werden vom Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit, dem massgebenden Lohn, Beiträge erhoben. Als massgebender Lohn gemäss <ref-law> gilt jedes Entgelt für in unselbstständiger Stellung auf bestimmte oder unbestimmte Zeit geleistete Arbeit. Zum massgebenden Lohn gehören begrifflich sämtliche Bezüge der Arbeitnehmerin und des Arbeitnehmers, die wirtschaftlich mit dem Arbeitsverhältnis zusammenhängen, gleichgültig, ob dieses Verhältnis fortbesteht oder gelöst worden ist und ob die Leistungen geschuldet werden oder freiwillig erfolgen. Als beitragspflichtiges Einkommen aus unselbstständiger Erwerbstätigkeit gilt somit nicht nur unmittelbares Entgelt für geleistete Arbeit, sondern grundsätzlich jede Entschädigung oder Zuwendung, die sonstwie aus dem Arbeitsverhältnis bezogen wird, soweit sie nicht kraft ausdrücklicher gesetzlicher Vorschrift von der Beitragspflicht ausgenommen ist. Grundsätzlich unterliegen nur Einkünfte, die tatsächlich geflossen sind, der Beitragspflicht (<ref-ruling> E. 4 S. 558).
Nach <ref-law> kann der Bundesrat u.a. Sozialleistungen eines Arbeitgebers an seine Arbeitnehmer vom Einbezug in den massgebenden Lohn ausnehmen. Gestützt auf diese Delegationsnorm hat der Bundesrat <ref-law> erlassen. Lit. a dieser Verordnungsbestimmung sah in der bis 31. Dezember 1996 gültig gewesenen Fassung vor, dass übliche Aufwendungen des Arbeitgebers, die ausschliesslich und unwiderruflich der beruflichen Vorsorge für die Arbeitnehmer und ihre Hinterlassenen dienen, wie Einlagen in Personalvorsorgeeinrichtungen oder in Sparhefte, Prämienzahlungen für Einzel- und Gruppenlebensversicherungen, nicht zum massgebenden Lohn gehören (vgl. zu dieser Bestimmung KÄSER, Unterstellung und Beitragswesen in der obligatorischen AHV, 2. Aufl., Bern 1996, S. 176). <ref-law> in der revidierten, seit 1. Januar 1997 in Kraft stehenden Fassung bestimmt, dass reglementarische Beiträge des Arbeitgebers an Vorsorgeeinrichtungen, welche die Voraussetzungen der Steuerbefreiung nach dem DBG erfüllen, nicht zum massgebenden Lohn gehören. In AHI 1996 S. 270 ff. hat das BSV die Neuerungen erläutert. Es wies einleitend darauf hin, dass - wie im AHV-Beitragsrecht auch andernorts der Fall - eine Harmonisierung mit der Regelung im Steuerrecht angezeigt sei, und führte aus, dass die an die Vorsorgeeinrichtung geleisteten Beiträge aus steuerlicher Sicht den Vorsorgebedürfnissen der Betriebsangehörigen angemessen sein müssen, weshalb die Steuerbehörden offensichtlich übersetzte Zahlungen von Unternehmungen an Einrichtungen der beruflichen Vorsorge auf ihre Angemessenheit zum Vorsorgezweck überprüften. Weiter hielt das Bundesamt fest, eine Überprüfung der Angemessenheit der Zuwendungen an die Vorsorgeeinrichtungen könne auch bei den Unternehmungen erfolgen, welche aufgrund von <ref-law> ihre an die zweite Säule ihrer Arbeitnehmer geleisteten Beiträge als geschäftsmässig begründeten Aufwand steuerrechtlich zum Abzug bringen wollen. In der Praxis sei zur Überprüfung der Angemessenheit der beruflichen Vorsorge eine Faustregel (im Sinne einer "Unbedenklichkeitsregel") entwickelt worden, wonach bei einer Höhe der von Arbeitnehmer und Arbeitgeber zusammen erbrachten laufenden Beiträge von insgesamt rund 20 % des Bruttolohnes die Angemessenheit in der Regel noch nicht überschritten sei. In Rz. 2163 der Wegleitung über den massgebenden Lohn (WML) war bis Ende 2005 ebenfalls die Grenze von 20 % des massgebenden Lohnes enthalten.
3.2 Aus steuerrechtlicher Sicht muss im konkreten Einzelfall geprüft werden, ob eine Vorsorge noch angemessen ist oder ob eine Steuerumgehung vorliegt. Zum Grundsatz der Angemessenheit kann allgemein gesagt werden, der Vorsorgenehmer solle insgesamt kein höheres Einkommen als bei voller beruflicher Aktivität erzielen. Andererseits wird die Angemessenheit in der steuerrechtlichen Praxis auch über die Höhe der Beiträge beurteilt. Offensichtlich übersetzte Zahlungen werden von den Steuerbehörden auf ihre Angemessenheit zum Vorsorgezweck überprüft. Eine Vorsorge erscheint dann nicht mehr als angemessen, wenn durch Zuwendungen des Arbeitgebers an Vorsorgeeinrichtungen übermässig Kapital angesammelt wird, das die für die Ausrichtung angemessener Vorsorgeleistungen erforderliche Höhe eindeutig übersteigt und somit einzig der Gewinnminderung beim Unternehmen dient (LINDA PETER-SZERENYI, Der Begriff der Vorsorge im Steuerrecht, Zürich 2001, S. 88 ff.).
3.3 Wie das Bundesgericht in zwei neuesten Urteilen bekräftigt hat, soll um der Einheit und Widerspruchslosigkeit der gesamten Rechtsordnung willen eine unterschiedliche Betrachtungsweise der Steuerbehörde und der AHV-Verwaltung vermieden werden, ausser wenn dafür ausschlaggebende Gründe vorliegen (<ref-ruling> E. 2.3 S. 302). Insbesondere haben sich die Ausgleichskassen bei der Qualifikation gemeldeter Einkünfte in der Regel auf die Steuermeldung zu verlassen und eigene Abklärungen nur dann vorzunehmen, wenn sich ernsthafte Zweifel an der Richtigkeit der Steuermeldung ergeben (<ref-ruling> E. 3.3 S. 253 f.). Eine aufeinander abgestimmte Vorgehensweise ist nicht nur bei der Ermittlung des steuerbaren oder beitragspflichtigen Einkommens aus selbstständiger Erwerbstätigkeit (<ref-law>) oder beispielsweise bei der Abgrenzung zwischen privaten und geschäftlichen Schuldzinsen (Urteil 9C_471/2008 vom 10. November 2008) das Ziel.
Im Lichte der grundsätzlich anzustrebenden Harmonisierung von Steuer- und AHV-Beitragsrecht ist es angezeigt, in Anwendung von <ref-law> die steuerrechtlichen Grundsätze zur Angemessenheit der reglementarischen Beiträge heranzuziehen, welche die Arbeitgeberfirma und der Arbeitnehmer an Einrichtungen der beruflichen Vorsorge bezahlen, und sich an der Höhe der von den Steuerbehörden im konkreten Fall tatsächlich als angemessen erachteten Beiträge zu orientieren.
4. 4.1 Y._ hat in den Jahren 1996-1999 von der Firma A._ leistungsbezogene Boni erhalten. Davon flossen gemäss Art. 7 Abs. 3 des Reglements Firma A._ der Stiftung Z._ jeweils 70 % als ausserordentlicher Beitrag an die Vorsorgeeinrichtung. Die Vorinstanz erwog, es handle sich dabei um reglementarische Leistungen an eine von der Steuer befreite Vorsorgeeinrichtung. Indessen sei die weitere Voraussetzung gemäss <ref-law> nicht erfüllt, dass es sich um Beiträge des Arbeitgebers handle. Die Zuwendung müsse aus freien Mitteln des Arbeitgebers stammen und nicht aus solchen des Personals, beispielsweise infolge Verrechnung mit arbeitsvertraglichen Ansprüchen des Begünstigten. In einem solchen Fall sei von einer indirekten Lohnzahlung auszugehen. Bei der streitigen Vergütung handle es sich um eine dem Arbeitnehmer zustehende Entschädigung für seine Arbeitsleistung und damit um Lohnansprüche.
4.2 Dieser Betrachtung kann nicht gefolgt werden: Bonuszahlungen, auch wenn sie erfolgsabhängig sind, gelten grundsätzlich als versicherter Lohn im Sinne der beruflichen Vorsorge (Urteil B 120/06, in: SZS 2008 S. 364, E. 2), so auch hier. Der Arbeitgeber ist verpflichtet, mindestens die Hälfte der Beiträge zu leisten (<ref-law>). Wie die Vorinstanz selber festgestellt hat, entspricht es den reglementarischen Bestimmungen der Vorsorgeeinrichtung, dass der Arbeitgeber 70 % der Boni an die Vorsorgeeinrichtung überweist, was unbestritten erfolgt ist. Das unterscheidet den vorliegenden Fall vom Sachverhalt, der dem Urteil des Eidgenössischen Versicherungsgerichts H 181/00 vom 15. Dezember 2000 zugrunde lag, auf das sich die Vorinstanz beruft: In jenem Fall hatte die Arbeitgeberfirma für Kaderangehörige Zahlungen an die Vorsorgeeinrichtung geleistet, die durch Verrechnung mit arbeitsvertraglichen Ansprüchen des Begünstigten finanziert wurden (nicht ausbezahlter Lohn für zwei Monate sowie Teil einer vertraglich zugesicherten Salärpauschale). Es handelte sich damit um indirekte Lohnzahlungen, weil im Ergebnis der Arbeitnehmer Lohnanteile, auf deren Barauszahlung er Anspruch hatte, in die Vorsorgeeinrichtung einbezahlte. Hier verhält es sich anders: Der Arbeitnehmer hatte nie einen arbeitsvertraglichen Anspruch auf Barauszahlung des streitbetroffenen Betrags. Zwar handelt es sich bei den Bonuszahlungen des Arbeitgebers wirtschaftlich gesehen insgesamt (das heisst auch im Umfang der 70 %, die direkt an die Vorsorgeeinrichtung gingen) um Lohnaufwand. Das ist aber bei jedem Arbeitgeberbeitrag an die berufliche Vorsorge der Fall. Auch ist der Arbeitgeber jeweils arbeitsvertraglich verpflichtet, die reglementarisch vorgeschriebenen Beiträge an die Vorsorgeeinrichtung zu überweisen. So gesehen könnte jeder Arbeitgeberbeitrag an die Pensionskasse als indirekte Lohnzahlung qualifiziert werden, was aber zur Folge hätte, dass <ref-law> überhaupt nie zur Anwendung käme und dem Sinn dieser Bestimmung nicht entspricht.
4.3 Die streitbetroffenen Beiträge sind somit grundsätzlich als Arbeitgeberbeiträge im Sinne von <ref-law> zu betrachten. Dies gilt aber nur, soweit sie angemessen sind, was mit der steuerrechtlichen Betrachtung zu harmonisieren ist (vorne E. 3). Der angefochtene Entscheid enthält keine Feststellungen zur Frage, wie die Steuerbehörden die Bonuszahlungen der Firma A._, die zugunsten von Y._ zu 70 % in die gemäss Feststellungen der Vorinstanz im Sinne von <ref-law> nach DBG steuerbefreite Stiftung Z._ geflossen sind, behandelt haben. Die vorinstanzliche Sachverhaltsfeststellung ist daher unvollständig und beruht insoweit auf einer Bundesrechtsverletzung im Sinne von <ref-law>. Da sich auch den Akten keine hinreichend klaren Hinweise zur steuerrechtlichen Beurteilung der Bonuszahlungen entnehmen lassen, fällt eine Ergänzung des Sachverhalts durch das Bundesgericht im Sinne von <ref-law> ausser Betracht. Die Sache ist somit an die Ausgleichskasse zurückzuweisen, damit sie die erforderlichen Abklärungen bei der zuständigen Steuerbehörde treffe und hernach über die Beitragspflicht auf den von der Firma A._ für die Jahre 1996 bis 1999 zugunsten von Y._ an die Stiftung Z._ überwiesenen Beträge in der Höhe von 70 % der für diese Jahre ausgerichteten Boni im Sinne der Erwägungen neu entscheide.
5. 5.1 Im Jahr 2000 bezog Y._ im Rahmen des für Mitarbeitende in Schlüsselpositionen bestehenden Management Incentive Programms einen Teil seines Salärs in Form sogenannter "Warrant Appreciation Rights" (WAR). Die WAR ermächtigen zum Bezug einer Barabgeltung der Firma A._ in der Höhe des Marktpreises der entsprechenden Option am Ausübungstag. Sie sind für drei Jahre gesperrt. Steuerlich werden sie erst bei Ausübung erfasst. Bei Ausscheiden aus der Firma A._ Ende 2000 hätte Y._ die WAR zurückgeben müssen, da sie an die Mitarbeitereigenschaft geknüpft sind. Stattdessen wurde vereinbart, dass er sie seinem Wunsch entsprechend behalten könne. Ihr Wert wurde an die Abfindung angerechnet, die Y._ ausgerichtet wurde. Die Abrechnung vom 18. Dezember 2000 präsentierte sich wie folgt:
Severance pay für zwei Jahre Fr. 23'517'000.-
Bonusanteil Fr. 4'900'000.-
Total Anspruch Fr. 28'417'000.-
Rückerstattung zu viel bezogener WAR,
berechnet nach ihrem Wert Dezember 2000 - Fr. 7'341'250.-
bar ausbezahlt Fr. 21'075'750.-.
Streitig ist, ob es sich beim Betrag von Fr. 7'341'250.- um beitragspflichtiges Einkommen handelt.
5.2 Die Vorinstanz hielt fest, bei der Beendigung des Anstellungsverhältnisses sei im Rahmen der Abgangsregelung eine Bewertung der WAR vorgenommen worden. In dieser Höhe seien sie an die Abgangsentschädigung von Y._ angerechnet worden, womit das zu verabgabende Einkommen feststehe.
Die Beschwerdeführerinnen halten dafür, auf den WAR könnten erst bei Ausübung Beiträge erhoben werden, wie dies auch bei Optionen der Fall sei.
5.3 Dass es sich bei den WAR grundsätzlich um massgebenden Lohn handelt, steht ausser Frage. Zu prüfen ist, ob dieses Einkommen am Ende des Arbeitsverhältnisses realisiert war und daher der Beitragspflicht unterliegt.
Gemäss <ref-ruling> E. 5.3 S. 349 gelten Mitarbeiteroptionen ahv-rechtlich - wie im Übrigen auch steuerrechtlich - im Zeitpunkt ihrer Ausübung als realisiert. Im vorliegenden Fall verhielt es sich jedoch anders: Y._ hatte bei Beendigung des Arbeitsverhältnisses Ende 2000 vereinbarungsgemäss Anspruch auf eine Abfindung in der Höhe von Fr. 28'417'000.-. Dieser Betrag stellt massgebenden Lohn dar, und wurde teilweise so beglichen, dass Y._ die WAR, die er an sich beim Austritt hätte zurückgeben müssen, zu einem vertraglich festgelegten Anrechnungswert behalten konnte. Dies ändert nichts an der Höhe des massgebenden Lohnes, sondern betrifft lediglich die Modalitäten der Begleichung seines Anspruchs. Damit änderten auch die WAR ihren Charakter. Mit dem Ausscheiden aus der Firma A._ verloren die Mitarbeiter die Berechtigung, die WAR auszuüben, wie dies auch bei Mitarbeiteroptionen gilt, welche die Mitarbeitereigenschaft voraussetzen (<ref-ruling> E. 5.2 S. 348). Dies ist der wesentliche Grund dafür, dass es sich bei der Mitarbeiteroption um einen bedingten Anspruch handelt, der nicht bereits bei Ausgabe als realisiert betrachtet werden kann; denn bei Ausgabe der Optionen ist noch nicht klar, ob der Empfänger zum Zeitpunkt, in dem die Option ausgeübt werden kann, noch den für die Ausübung erforderlichen Mitarbeiterstatus haben wird. Wenn nun aber bei Ausscheiden aus der Firma vereinbart wird, dass der Mitarbeiter die Optionen behalten kann, entfällt diese Bedingung, wodurch die Mitarbeiteroption zu einer gewöhnlichen Option wird. Dies trifft hier auch auf die WAR zu. Y._ hatte durchaus die Möglichkeit, sich von diesen zu trennen. Er hätte die WAR bei Ausscheiden aus der Firma A._ zurückgeben und sich die ganze Abgangsentschädigung von Fr. 28'417'000.- bar auszahlen lassen können. Stattdessen wollte er die WAR behalten. Es verhält sich nicht anders, als wenn sich ein Arbeitnehmer einen Teil seines Gehalts anstatt in Bargeld in Form von Wertpapieren mit einer unsicheren Kursentwicklung oder von Optionen einer anderen Unternehmung auszahlen lässt. Das Risiko, dass der Wert sinkt oder die Option verloren geht, bevor sie ausgeübt werden kann, trägt der Arbeitnehmer. Dies ändert aber nichts daran, dass es sich um massgebenden Lohn handelt. Indem sich Y._ einen Teil der Abgangsentschädigung statt in bar in Form von WAR auszahlen liess, ist deren im Agreement vom Dezember 2000 vereinbarter Gegenwert von Fr. 7'341'250.- mit der Vorinstanz als massgebender Lohn der AHV-Beitragspflicht zu unterstellen.
6. Nach <ref-law> werden die Gerichtskosten in der Regel der unterliegenden Partei auferlegt.
Die Beschwerdeführerinnen obsiegen insoweit teilweise, als die Sache zu ergänzenden Abklärungen hinsichtlich der Beitragspflicht auf den in die Firma A._ Stiftung Z._ einbezahlten Bonusanteile an die Verwaltung zurückzuweisen ist, wogegen es bezüglich der Beitragsfestsetzung auf den von Y._ bei Beendigung des Arbeitsvertrages mit der Firma A._ behaltenen WAR beim angefochtenen Entscheid bleibt. Es ist daher gerechtfertigt, die Gerichtskosten je zur Hälfte den Beschwerdeführerinnen und der Ausgleichskasse aufzuerlegen. Die Ausgleichskasse hat den Beschwerdeführerinnen überdies eine reduzierte Parteientschädigung zu bezahlen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird in dem Sinne teilweise gutgeheissen, dass der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 18. März 2008 und der Einspracheentscheid vom 11. Februar 2005 aufgehoben werden, soweit sie die Beitragspflicht auf den 1996 bis 1999 von der Firma A._ zugunsten von Y._ an die Stiftung Z._ überwiesenen Boni betreffen. Die Sache wird an die Ausgleichskasse der Schweizer Maschinenindustrie zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, darüber neu verfüge. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 26'000.- werden den Beschwerdeführerinnen und der Beschwerdegegnerin je zur Hälfte auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerinnen für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 8000.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 14. April 2009
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Widmer