Sachverhalt:
A. Am 8. Mai 2008 entzog das Departement des Innern des Kantons Solothurn X._ den Führerausweis auf unbestimmte Zeit. Es erwog, die im Anschluss an eine Trunkenheitsfahrt vom 20. Juni 2007 (Blutalkoholgehalt von mindestens 2,28 Promille) angeordnete verkehrsmedizinische Untersuchung habe ergeben, dass er alkoholabhängig sei. Da X._ der Führerausweis bereits am 17. Mai 2006 wegen einer Trunkenheitsfahrt vom 14. April 2006 (Blutalkoholgehalt mindestens 1,87 Promille) für vier Monate entzogen worden war, auferlegte es ihm eine Sperrfrist von einem Jahr. Es führte aus, ein Gesuch um Wiedererteilung des Führerausweises werde nur Aussicht auf Erfolg haben, wenn er eine mindestens einjährige, durch Haarproben kontrollierte Totalabstinenz nachweisen könne, Beratungsgespräche mit einer Fachperson für Alkoholprobleme geführt und eine erneute verkehrsmedizinische Kontrolluntersuchung erfolgreich bestanden habe.
B. Am 12. Dezember 2008 stellte X._ ein Gesuch um Wiedererteilung des Führerausweises.
Am 7. April 2009 liess das Departement des Innern nach Einholung eines verkehrsmedizinischen Gutachtens X._ wieder als Motorfahrzeug- und Motorradführer zum Strassenverkehr zu und händigte ihm den Führerausweis unter der Auflage wieder aus, sich zum Nachweis der andauernden Alkoholabstinenz während der Dauer von 2 Jahren in Abständen von jeweils 6 Monaten einer verkehrsmedizinischen Kontrolluntersuchung inkl. Haarprobe zu unterziehen und sich zu diesem Zweck im August 2009, im Februar 2010, im August 2010 und im Februar 2011 zur Kontrolluntersuchung mit Haarprobe anzumelden.
Mit Beschwerde ans Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn beantragte X._, ihn von dieser Auflage zu befreien oder sie eventuell auf ein Jahr zu begrenzen. Dieses wies die Beschwerde am 23. Juni 2009 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._, den Entscheid des Verwaltungsgerichts aufzuheben und ihn von der Auflage zu befreien, eine zweijährige Alkoholabstinenz nachzuweisen.
D. Das Departement des Innern liess unter Verweis auf das Urteil des Verwaltungsgerichts auf Vernehmlassung verzichten. Das Bundesamt für Strassen (ASTRA) hält die verfügte Auflage in zeitlicher Hinsicht für verhältnismässig. Es frage sich indessen, ob dies auch für die Kontrolle der Abstinenz durch Haaranalysen zutreffe, da deren Kosten wohl ungleich höher seien als die Analysen von Blutproben. Zudem bestünden gegen die Kontrolle der Abstinenz durch Haaranalysen einige Bedenken, insbesondere weil diesbezüglich keine verbindlichen bundesrechtlichen Vorgaben betreffend die interne und externe Qualitätskontrolle der Laboratorien bestünden. Die Analysemethode sei zudem neu, bei der Interpretation der Ergebnisse müssten im Vergleich zu anderen biologischen Matrices viele Besonderheiten berücksichtigt werden; es bestehe ein dringender Bedarf nach vereinheitlichten Richtlinien für die Interpretation. Ein Abstinenzbeweis sei mit der Methode zudem nicht zu erbringen.
Das Verwaltungsgericht verzichtet auf eine Replik zur Vernehmlassung des ASTRA. X._ sieht seine Vorbringen durch das ASTRA bestätigt und hält an der Beschwerde fest. Zudem ersucht er, ihr aufschiebende Wirkung einzuräumen.
E. Am 8. Dezember 2009 erkannte der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Beschwerde aufschiebende Wirkung zu.

Erwägungen:
1. Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (<ref-law>). Der Beschwerdeführer rügt, das Verwaltungsgericht habe die persönliche Freiheit (<ref-law>) verletzt und die einschlägigen Bestimmungen des SVG unrichtig angewandt, was zulässig ist (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen sind erfüllt, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Nach <ref-law> kann der auf unbestimmte Zeit entzogene Führerausweis bedingt und unter Auflagen wiedererteilt werden, wenn eine allfällige gesetzliche oder verfügte Sperrfrist abgelaufen ist und die betroffene Person die Behebung des Mangels nachweist, der die Fahreignung ausgeschlossen hat. Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid gestützt auf das Fahreignungsgutachten vom 24. März 2009 des Instituts für forensische Psychiatrie und Psychotherapie IFPP in Langenthal erwogen, es könne jedenfalls für den Zeitraum von Mitte Juli bis Ende Dezember 2008 von einer labortechnisch ausgewiesenen Alkoholabstinenz ausgegangen werden. Weiter gehe der Gutachter von stabilen Verhältnissen und einer weiterhin andauernden Abstinenz aus, sodass aus verkehrsmedizinischer Sicht die Fahreignung bejaht werden könne, wenn dem Beschwerdeführer für mindestens zwei weitere Jahre eine halbjährlich durch Haaranalysen zu kontrollierende Totalabstinenz auferlegt werde. Das Gutachten sei schlüssig und vermöge zu überzeugen. Es bestehe insbesondere auch wegen der beim Beschwerdeführer bei den beiden Trunkenheitsfahrten gemessenen hohen Blutalkoholwerten nach wie vor eine gewisse Unsicherheit, ob die Alkoholabhängigkeit bereits nach einer einjährigen Abstinenz tatsächlich behoben sei. Der Beschwerdeführer habe denn auch an der Hauptverhandlung verlauten lassen, in Zukunft wieder mit einem Glas anstossen zu wollen. Diesen Bedenken könne mit einer zeitlich befristeten, ärztlich kontrollierten Abstinenz Rechnung getragen werden. Der mit dieser Auflage verbundene Eingriff in die Persönlichkeitsrechte des Beschwerdeführers sei im Interesse der Verkehrssicherheit gerechtfertigt, und deren Dauer liege nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung im Rahmen des Zulässigen. Die Haaranalyse sei besser geeignet als die Blutanalyse, eine Alkoholabstinenz nachzuweisen; die Methode sei vom Bundesgericht im Urteil 6A.8/2007 vom 1. Mai 2007 anerkannt worden.
2.2 Die Wiedererteilung des Führerausweises unter der Auflagen einer zweijährigen Totalabstinenz stellt einen Eingriff in die persönliche Freiheit im Sinn von <ref-law> dar, der nur zulässig ist, wenn er auf einer ausreichenden gesetzlichen Grundlage beruht, durch ein öffentliches Interesse gerechtfertigt und verhältnismässig ist (<ref-law>). Unbestritten ist, dass der Eingriff in <ref-law> über eine gesetzliche Grundlage verfügt und der Verkehrssicherheit dient, womit er offensichtlich im öffentlichen Interesse liegt. Bestritten ist einzig die Verhältnismässigkeit.
2.3 Der Beschwerdeführer rügt, die Auflage stelle einen unverhältnismässigen Eingriff in seine persönliche Freiheit dar. Eine weitere Totalabstinenz von zwei Jahren könne mit den Sicherheitserfordernissen des Strassenverkehrs nicht mehr begründet werden. Seine Fahreignung sei durch die nunmehr überwundene Trunksucht beeinträchtigt gewesen. Der gelegentliche Konsum von Alkohol sei hingegen unbedenklich. Verhältnismässig wäre daher allenfalls, von ihm für eine beschränkte Zeit den Nachweis fehlenden Alkoholmissbrauchs zu verlangen, der Nachweis einer zweijährigen Totalabstinenz gehe zu weit. Das Gutachten sei in diesem Punkt auch widersprüchlich. Einerseits werde ihm eine stabile Verhaltensänderung bescheinigt, anderseits werde ohne jegliche Begründung der Nachweis einer zweijährigen Totalabstinenz empfohlen. Falsch sei auch die Feststellung des Verwaltungsgerichts, ein milderes Mittel als die mit hohen Kosten verbundene Haaranalyse zum Nachweis der Abstinenz sei nicht ersichtlich. Der Zweck der Massnahme - die Gewährleistung der Verkehrssicherheit - erfordere nur den Nachweis, dass er keine verkehrsrelevanten Alkoholmissbräuche begehe, nicht aber, dass er völlig abstinent lebe.
2.4 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts kann die Wiedererteilung des Führerausweises nach einem Sicherungsentzug wegen Alkoholmissbrauchs je nach den konkreten Umständen für mehrere Jahre an Auflagen geknüpft werden. Es geht davon aus, dass die dauerhafte Überwindung der Sucht einer Behandlung und Kontrolle während 4-5 Jahren bedarf und hat nicht beanstandet, die Wiedererteilung grundsätzlich von einer dreijährigen Totalabstinenz abhängig zu machen (Urteil 6A.77/2004 vom 1. März 2005 E. 2.1 mit Hinweis auf das Merkblatt "Führerausweis und Alkohol: Nachweis der Alkoholabstinenz der Sicherheitsdirektion Zug und des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich).
Der Beschwerdeführer wurde innerhalb von rund 14 Monaten zweimal alkoholisiert am Steuer seines Wagens angetroffen, wobei er nicht bloss angetrunken, sondern mit einem Blutalkoholgehalt von mindestens 1,87 bzw. 2,28 Promillen (schwer) berauscht war. Bei der verkehrsmedizinischen Begutachtung wurde eine Alkoholsucht diagnostiziert. Dass unter diesen Umständen nach erst einjähriger Abstinenz eine erhebliche Rückfallgefahr besteht, gerade wenn der Beschwerdeführer, wie er angetönt hat, wieder gelegentlich "ein Glas" trinken möchte, liegt auf der Hand. Dass er in alkoholisiertem Zustand keine Gewähr bietet, auf das Lenken eines Fahrzeugs zu verzichten, ergibt sich bereits aus seinen beiden Trunkenheitsfahrten. Entgegen seiner Auffassung wäre daher die Auflage, Alkohol nur noch mässig zu konsumieren, nicht nur unpraktikabel, sondern auch ungeeignet, die Verkehrssicherheit zu gewährleisten. Die mit der Wiedererteilung des Führerausweises verbundene Auflage, zwei Jahre auf den Genuss von Alkohol völlig zu verzichten, ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden.
3. 3.1 Der Beschwerdeführer kritisiert die Auflage, die Abstinenz durch eine halbjährliche Haaranalyse kontrollieren zu lassen, wegen ihrer hohen Kosten als unverhältnismässig. Er begründet diese Rüge indessen nicht näher und kommt damit seiner für Verfassungsrügen geltenden qualifizierten Begründungspflicht nicht nach. Darauf ist nicht einzutreten.
Sie wäre im Übrigen auch unbegründet. Das IFPP verlangte vom Beschwerdeführer für die "Begutachtung inklusive Abstinenzkontrolle (Haaranalyse Alkohol)" am 10. Dezember 2008 1'240 Franken. Der Beschwerdeführer müsste somit für die ihm auferlegten vier Kontrollen mit Kosten von rund 5'000 Franken rechnen. Das ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden, selbst wenn noch Verwaltungsgebühren dazukommen sollten.
3.2 Anders als im Verfahren 1C_230/2009, in welchem das ASTRA keine Einwände gegen die Abstinenzkontrolle durch Haaranalyse vorbrachte, erhebt es nunmehr grundsätzliche Bedenken. Für Blutanalysen bestehe eine Liste der von ihm anerkannten Laboratorien, welche regelmässig auditiert würden und für die eine externe Qualitätskontrolle bestehe. Für die Haaranalyse bestünden dagegen keine verbindlichen bundesrechtlichen Vorschriften. In Deutschland bestehe zwar eine Richtlinie zur Anforderung an die Untersuchung von Haarproben (Anhang C zur Richtlinie der Gesellschaft für Toxikologische und Forensische Chemie vom 1. Juni 2009, unter: www.gtfch.org/cms/index.php/richtlinien), welche indessen für die Schweiz nicht verbindlich erklärt worden sei. Wegen der grossen Bedeutung der Haaranalyse bzw. der Konsequenzen der Resultate für die Betroffenen sollte die Untersuchung ausschliesslich entsprechend qualifizierten forensisch-toxikologischen Labors vorbehalten bleiben. Offenbar bestünden auch in Deutschland bisher keine einheitlichen Kriterien zur Durchführung und Interpretation der Haaranalyse, obwohl die wachsende Akzeptanz der Methode dringend eine Gleichbehandlung der Probanden durch die verschiedenen Begutachtungsstellen fordern würde. Die Analysemethode sei neu, es könne nicht auf langjährige Erfahrungswerte und Forschung zurückgegriffen werden. Selbst in der oben erwähnten Richtlinie werde darauf hingewiesen, dass bei dieser Methode viele Besonderheiten zu berücksichtigen seien. Es bestehe ein dringender Bedarf nach vereinheitlichten Richtlinien für die Interpretation. In der Literatur werde zudem darauf hingewiesen, dass mit der Haaranalyse ein Abstinenzbeweis nicht zu erbringen sei.
3.3 Das ASTRA bestreitet zu Recht nicht, dass mittels einer Haaranalyse zuverlässig der direkte Nachweis erbracht werden kann, dass eine Person während eines bestimmten Zeitraumes vor der Entnahme der Haarprobe Alkohol getrunken hat; die zuständigen Fachleute des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich hegen daran jedenfalls keine Zweifel (Bruno Liniger, Die forensisch-toxikologische Haaranalyse auf Ethylglucuronid - eine beweiskräftige Untersuchungsmethode zur Überprüfung des Alkoholkonsums in der verkehrsmedizinischen Begutachtung, in: René Schaffhauser [Hrsg.], Jahrbuch zum Strassenverkehrsrecht 2006, S. 41 ff.; Bruno Liniger und Markus Baumgartner, Zur Interpretation strittiger Laboranalysen-Befunde in der verkehrsmedizinischen Fahreignungsbegutachtung am Beispiel der chemisch-toxikologischen Haaranalytik, in: René Schaffhauser [Hrsg.], Jahrbuch zum Strassenverkehrsrecht 2008, S. 11 ff.), und die Methode erfreut sich in Deutschland zunehmender Verbreitung (Fritz Prags und Hans Sachs, Die Haarprobe als Untersuchungsmatrix zur toxikologischen Fahreignungsdiagnostik, in: www.gtfch.org/cms/images/stories/media/tb/tb2007/s084-099.pdf).
Nicht möglich ist offenbar der Nachweis, dass der Betroffene keinen Alkohol getrunken hat (Prags/Sachs a.a.O. S. 85; Anhang C a.a.O. S. 7); dies ist insofern ohne Bedeutung, als sich dieser Umstand nicht zum Nachteil des Betroffenen auswirken kann. Grundsätzliche Bedenken gegen den Einsatz dieser Methode für die verkehrsmedizinische Begutachtung sind somit fehl am Platz. Schwierig und forensisch-toxikologischen Fachleuten vorbehalten ist offenbar die Durchführung der Haaranalyse und die Interpretation der Ergebnisse. Erleichtert werden könnte diese durch ein standardisiertes Vorgehen, indem z.B. unter anderem alle Labors Haarproben gleicher Länge verwenden würden (Prags/Sachs a.a.O. S. 98). Es wäre daher wohl durchaus wünschbar, wenn das ASTRA entsprechende Regelungen erlassen (oder auch nur die erwähnte deutsche Richtlinie übernehmen) und allenfalls analog zur Blutanalyse auch Laboratorien zertifizieren würde. Das heisst allerdings nicht, dass eine Haaranalyse ohne solche Regelung nicht schlüssige Ergebnisse liefern könnte. Ohne standardisierte Vorgaben bietet sie dem Betroffenen, der sich mit dem Ergebnis nicht abfinden will, allenfalls mehr Angriffsflächen. Letztlich ändert dies aber nichts daran, dass eine Haaranalyse ein Beweismittel ist, das der freien Beweiswürdigung unterliegt und gegen das der Betroffene alle denkbaren Einwände erheben kann, wenn er der Auffassung ist, das Ergebnis der Analyse gebe sein Trinkverhalten unzutreffend wieder. Konkrete Einwände gegen das vorliegend mit der Haaranalyse beauftragte Labor bringt das ASTRA nicht vor. Es besteht somit kein Grund, vom Entscheid 6A.8/2007 vom 1. Mai 2007 abzuweichen, mit welchem die forensisch-toxikologische Haaranalyse auf Ethylglucuronid anerkannt wurde.
4. Die Beschwerde ist somit abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer kostenpflichtig (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen,soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Departement des Innern und dem Verwaltungsgericht des Kantons Solothurn sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. März 2010
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Störi