Fatti:
A. Fin dalla fine degli anni '60, A._, B._ e C._, figli di D._ e E._, sono stati iscritti a registro fondiario quali proprietari in ragione di un terzo ciascuno di alcune particelle, tra cui la xxx di Y._.
Tale fondo, adibito a prato e vigna, è stato per lungo tempo gravato da un diritto di usufrutto a favore dei genitori dei proprietari, venuto a cadere con la morte di D._. Nell'agosto 2009 è deceduta anche la comproprietaria C._, la cui quota risulta essere oggi di spettanza della comunione ereditaria composta da A._ e B._.
A partire dal 1969, la particella xxx è stata imposta in base al suo valore di reddito. Questo valore si attestava inizialmente a fr. 1'227.--, è salito a fr. 4'602.-- tra il 1995 e il 1999 ed ammontava infine a fr. 1'534.--. Il valore di stima è stato nel contempo gradualmente adattato fino a raggiungere, nel 2005, fr. 322'140.--, ciò che corrisponde ad un prezzo di fr. 420.-- al m2.
B. Il 9 febbraio 2010, A._ ha chiesto all'Ufficio circondariale di tassazione competente di procedere alla quantificazione della tassazione posticipata relativa ai fondi posseduti con la sorella B._, indicando che la richiesta era volta a regolare questioni successorie e una possibile cessazione della destinazione agricola degli immobili. Con scritto del 15 febbraio 2010, l'autorità fiscale ha stimato l'imposta dovuta in relazione a tali fondi in complessivi fr. 32'742.--.
Preso atto del suo cambiamento di destinazione, con decisione del 21 giugno 2011, l'Ufficio circondariale di tassazione ha stabilito l'imposta posticipata sulla sostanza relativa al fondo xxx di Y._. Esso ha calcolato l'imposta dovuta come segue:
Valore di stima
Valore di reddito
Differenza
Imposta annua (1o/oo)
Numero di anni
Ammontare dell'imposta
data
data
Fr.
1.1.1991-31.12.1994
103'545.--
1'534.--
102'111.--
102.--
4
408.--
1.1.1995-31.12.1996
498'550.--
4'602.--
493'948.--
494.--
2
988.--
1.1.1997-31.12.1998
398'840.--
4'602.--
394'238.--
394.--
2
788.--
1.1.1999-31.12.2004
348'985.--
4'602.--
344'383.--
344.--
6
2'066.--
1.1.2005.31.12.2010
322'140.--
1'534.--
320'606.--
321.--
6
1'924.--
Totale
20
6'174.--
Il reclamo interposto da A._ e B._ contro la decisione dell'Ufficio circondariale di tassazione è stato respinto il 7 settembre 2011; la decisione resa su reclamo è stata a sua volta confermata dalla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino con sentenza del 16 dicembre 2011.
Davanti a tutte le istanze cantonali A._ e B._ hanno senza successo sostenuto che, ai fini del calcolo dell'imposta, non dovessero essere considerati i valori di stima relativi ai 20 anni precedenti il cambiamento di destinazione (1991-2010), bensì quelli relativi ai primi 20 anni dopo l'inizio della tassazione in base al valore di reddito (1969-1988).
C. ll 1° febbraio 2012, A._ e B._ hanno impugnato il giudizio della Camera di diritto tributario con ricorso in materia di diritto pubblico davanti al Tribunale federale. Con tale atto, essi chiedono l'annullamento della decisione querelata sostenendone il carattere arbitrario.
Chiamate ad esprimersi, la Divisione delle contribuzioni del Canton Ticino, la Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello e l'Amministrazione federale delle contribuzioni hanno proposto di respingere il ricorso. Al 27 maggio 2012 risalgono le ulteriori osservazioni depositate dai ricorrenti, di cui verrà detto, per quanto necessario, più oltre.

Diritto:
1. 1.1 Il ricorso concerne una causa di diritto pubblico che non ricade sotto alcuna delle eccezioni di cui all'<ref-law> ed è diretto contro una decisione finale resa in ultima istanza cantonale da un Tribunale superiore (art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF). Esso è stato presentato in tempo utile dai destinatari del giudizio contestato (art. 46 cpv. 1 lett. c e 100 cpv. 1 LTF), con interesse al suo annullamento (<ref-law>). Il gravame è pertanto di principio ammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico giusta l'art. 82 segg. LTF in relazione con l'art. 73 della legge federale sull'armonizzazione delle imposte dirette dei Cantoni e dei Comuni del 14 dicembre 1990 [LAID; RS 642.14].
1.2 Con ricorso in materia di diritto pubblico può tra l'altro venir censurata la violazione del diritto federale (<ref-law>). Rispettate le condizioni di cui all'<ref-law>, il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio (<ref-law>) e può accogliere o respingere un ricorso anche per motivi diversi da quelli invocati o su cui si è fondata l'autorità precedente (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254).
Esigenze più severe si applicano in relazione alla violazione di diritti fondamentali. Il Tribunale federale esamina infatti simili censure soltanto se l'insorgente le ha sollevate in modo preciso (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 pag. 246). In caso di asserita violazione del divieto d'arbitrio, deve in particolare spiegare in che misura la decisione impugnata sia gravemente lesiva di una norma o di un principio giuridico indiscusso, oppure in contraddizione urtante con il sentimento di giustizia ed equità (<ref-ruling> consid. 6 pag. 397; <ref-ruling> consid. 1.4.2 pag. 254).
1.3 Nella fattispecie il rispetto dei requisiti esposti è per lo meno dubbio. Per i motivi che seguono, che portano al rigetto del ricorso, la questione della sufficiente motivazione del ricorso può comunque essere lasciata aperta.
2. 2.1 In ambito fiscale, il Tribunale federale dispone di pieno potere cognitivo non solo in materia di imposta federale diretta ma anche nella misura in cui si tratta di verificare se il diritto cantonale e la relativa applicazione da parte delle istanze inferiori rispettino i dettami della legge sull'armonizzazione fiscale in materia di imposta cantonale e comunale (<ref-ruling> consid. 1.2 pag. 713; <ref-ruling> consid. 3.1 pag. 205 seg.). Per gli ambiti in cui tale legge riserva ai Cantoni un certo margine di manovra, il potere cognitivo del Tribunale federale resta però limitato all'arbitrio (sentenza 2C_705/2011 del 26 aprile 2012 consid. 1.5.2 con rinvii).
2.2 Nel caso della riscossione di un'imposta complementare della sostanza giusta l'<ref-law>, la LAID riconosce ai Cantoni un margine di manovra in merito a più questioni (Rainer Zigerlig/Giudo Jud, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden, 2a ed., 2002, ad art. 14 n. 12 segg.). Essa conferisce ai Cantoni la facoltà di scelta in merito all'introduzione o meno di una simile imposta; decisa tale questione in modo affermativo, i Cantoni possono inoltre stabilire la durata dell'imposizione, fino ad un massimo di 20 anni, l'effettivo ambito d'applicazione così come ulteriori aspetti relativi all'applicazione stessa (art. 14 cpv. 2 frasi 2 e 3 LAID). Un margine di manovra dei Cantoni sussiste infine anche in relazione alla concretizzazione dei concetti di valore venale e di valore di reddito (<ref-ruling> consid. 3.6 pag. 214).
2.3 Nessuno degli aspetti evocati è però qui litigioso. In discussione è infatti solo la questione a sapere se, ai fini del calcolo dell'imposta, debbano essere considerati i 20 anni precedenti il cambiamento di destinazione (1991-2010), oppure i primi 20 anni dopo l'inizio della tassazione in base al valore di reddito (1969-1988).
Questo preciso punto non viene regolato nell'<ref-law> in maniera esplicita; come rilevato dalle istanze precedenti, esso risulta ciò nondimeno in modo chiaro dal senso e dallo scopo della norma citata, motivo per cui il Tribunale federale può nella fattispecie esaminare la concretizzazione e l'applicazione del diritto cantonale armonizzato non solo sotto l'angolo dell'arbitrio bensì liberamente.
3. 3.1 L'art. 308a cpv. 1 e 2 della legge tributaria del Cantone Ticino del 21 giugno 1994 [LT; RL/TI 10.2.1.1], che prevede appunto la riscossione di un'imposta separata sulla sostanza, è entrato in vigore il 1° gennaio 2009 (BU 2009, 84 segg.) ed ha il seguente tenore:
1 I proprietari di terreno utilizzato a scopo agricolo o forestale che, nella tassazione del periodo fiscale 2008, beneficiano della possibilità di essere imposti, per l'intera superficie posseduta, secondo il valore di reddito, al massimo di 2.- fr. il mq. mantengono questa agevolazione anche per i periodi fiscali successivi. I fabbricati sono invece imposti conformemente al capoverso 1 dell'art. 42.
2 Se il terreno è alienato interamente o in parte e se al momento della sua alienazione il valore di stima ufficiale è superiore a 2.- fr. il mq. o se cessa la destinazione agricola o forestale, la differenza fino al valore di stima ufficiale è colpita, senza deduzione alcuna di debiti, dall'imposta separata sulla sostanza, distinta da quelle ordinaria, che è calcolata per il tempo effettivo intercorso dall'inizio della tassazione secondo il valore di reddito, al massima però per 20 anni e prelevata a carico del venditore, senza interessi, con l'aliquota dell'1 per mille.
3.2 Come già ricordato, le autorità cantonali pronunciatesi sulla fattispecie hanno tutte deciso che ai fini dell'imposizione determinanti siano i 20 anni precedenti il cambiamento di destinazione (1.1.1991-31.12.2010). Anche davanti al Tribunale federale, i ricorrenti ritengono invece che il periodo di riferimento per il calcolo dell'imposta posticipata sia rappresentato dai primi 20 anni dall'inizio della tassazione agevolata in base al valore di reddito (1.1.1969-31.12.1988).
Così argomentando, essi si fondano direttamente sulla formulazione dell'art. 308a cpv.2 LT, in base al quale l'imposta separata sulla sostanza è calcolata:
[...] per il tempo effettivo intercorso dall'inizio della tassazione secondo il valore di reddito, al massimo però per 20 anni [...].
4. 4.1 Con riferimento all'argomentazione citata, occorre rilevare che il testo dell'art. 308a cpv. 2 LT appare a prima vista avvalorare la versione sostenuta dai ricorrenti. Il rapporto che intercorre tra durata massima e inizio dell'imposizione in base al valore di reddito permette tuttavia anche di sostenere che il legislatore volesse procedere alla tassazione complementare a partire dall'inizio della tassazione di favore solo quando questa si situa nei 20 anni previsti quale durata massima dalla norma stessa, calcolati dalla vendita o dal cambiamento di destinazione. La norma in questione è quindi in realtà meno chiara di quanto risulti ad una sua prima lettura.
4.2 Come ricordato anche nel giudizio impugnato, quando una norma si presta a più interpretazioni occorre delinearne la portata tenendo conto del suo senso e scopo (interpretazione teleologica), della relazione con altri disposti (interpretazione sistematica) e dei lavori preparatori (interpretazione storica). Applicando tali metodi, il Tribunale federale non ne privilegia uno in particolare, preferendo ispirarsi a un pluralismo interpretativo (<ref-ruling> consid. 4.1 pag. 236; <ref-ruling> consid. 5.2 pag. 311 con rinvii); nel caso siano possibili più interpretazioni, esso opta inoltre per quella che corrisponde al meglio alle prescrizioni di rango costituzionale (<ref-ruling> consid. 3 pag. 154 con rinvii). L'autorità chiamata ad applicare il diritto può d'altra parte distanziarsi dal testo di legge soltanto se sussistono motivi fondati per ritenere che la sua formulazione non rispecchi completamente il vero senso della norma (<ref-ruling> consid. 4 pag. 62 segg.; <ref-ruling> consid. 3b pag. 40 segg.; <ref-ruling> consid. 6d pag. 80 seg.).
4.3 Dal punto di vista della genesi legislativa, nel messaggio che ha portato all'introduzione della norma transitoria di cui all'art. 308a LT il Consiglio di Stato ha in via generale sostenuto che il vantaggio fiscale sin lì concesso ai proprietari di terreni utilizzati per l'agricoltura, ma di fatto inseriti in zone edificabili, non fosse più giustificato e ha ritenuto che tale trattamento di favore dovesse essere eliminato. Per questo motivo, esso ha proposto la soppressione dell'agevolazione a contare dall'introduzione della modifica della legge, chiedendo al Parlamento di mantenerla unicamente per coloro che già ne erano a beneficio (Messaggio del Dipartimento delle finanze ed economia del Cantone Ticino n. 6133 del 15 ottobre 2008, pag. 70 seg.).
Con l'introduzione del regime transitorio previsto dall'art. 308a LT - in sostituzione del regime precedente regolato dall'art. 43 LT, che è stato soppresso - il Governo ha quindi esplicitamente mirato al raggiungimento di una parità di trattamento tra i proprietari di immobili. Una parità che ha inteso ottenere eliminando la facoltà di far capo ad un'agevolazione a contare dall'introduzione della modifica legislativa, ma che va nel contempo ricercata quando chi già era a beneficio di un'agevolazione aliena un terreno o ne cambia la destinazione e che può essere per l'appunto garantita solo procedendo ad un'imposizione complementare che basi su dei valori recenti, conformemente a quanto previsto dalla soluzione della Corte cantonale.
4.4 Nella direzione dell'applicazione dell'art. 308 a LT qui osteggiata dai ricorrenti, richiamandosi direttamente al testo legale, conduce d'altra parte lo scopo che sottende alla norma citata.
A giustificare la riscossione a titolo complementare dell'imposta sulla sostanza ancora dovuta sono infatti un'alienazione o un cambiamento di destinazione: eventi ben precisi e situati nel tempo, cui si deve riferire anche l'imposizione e che impediscono pertanto pure di risalire senza limiti negli anni, così come auspicato nell'impugnativa. Venuto a cadere il trattamento preferenziale ancora in vigore, dovuto all'uso agricolo o forestale del fondo in questione, lo stesso viene poi imposto secondo il suo valore effettivo, nel rispetto della parità di trattamento di cui si è detto (sentenza 2P.270/1998 del 13 dicembre 1999 consid. 4; <ref-ruling> consid. 2.3 e 3 pag. 38 segg.; cfr. inoltre sempre il messaggio n. 6133, pag. 70 seg.).
4.5 Per quanto esposto, sussistono pertanto sufficienti motivi per ritenere che un'interpretazione strettamente fedele al testo, cui si richiamano i ricorrenti, non rispecchi necessariamente il vero senso dell'art. 308a cpv. 2 LT.
5. 5.1 Detto ciò, va però sottolineato che, nel suo giudizio, la Corte cantonale non si basa affatto sulla sola interpretazione dell'art. 308a cpv. 2 LT, ma sostiene la propria posizione richiamandosi direttamente all'<ref-law>: norma di rango superiore, che per la questione qui in discussione vincola il legislatore cantonale e che risulta di conseguenza determinante anche per la risoluzione della questione posta (precedente consid. 1.3).
5.2 In effetti, rinviando da un lato alle informazioni fiscali della Conferenza svizzera delle imposte, essa rileva correttamente che, sebbene la LAID non precisi esplicitamente da quale momento venga computata la durata massima per procedere all'imposizione complementare, l'art. 14 cpv. 2 ultima frase LAID si riferisce chiaramente agli ultimi vent'anni (querelato giudizio, consid. 2.3; Steuerinformationen der Schweizerischen Steuerkonferenz [SSK], Vermögenssteuer natürlicher Personen, stato al 1° gennaio 2010, pag. 22).
Ancora richiamandosi direttamente all'<ref-law> ed alle citate informazioni fiscali, da cui risulta anche la pratica degli altri Cantoni che prevedono il prelievo di un'imposta supplementare, ricorda d'altra parte in modo altrettanto pertinente che l'imposta è dovuta in presenza di un'alienazione o di un cambiamento di destinazione del fondo in questione (ZIGERLIG/JUD, op. cit., ad <ref-law> n. 14), motivo per cui il termine per l'imposizione complementare ("Nachbesteuerung", "imposition complémentaire") dev'essere necessariamente calcolato da quando si avvera un simile evento (querelato giudizio, consid. 2.3; Steuerinformationen SSK, pag. 22 seg.; con riferimento alla prassi vigente negli altri Cantoni cfr. inoltre: FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2a ed. 2006, ad art. 43 n. 4; HEINZ WEIDMANN/BENNO GROSSMANN/RAINER ZIGERLIG, Wegweiser durch das st. gallische Steuerrecht, 6a ed. 1999, pag. 218; art. 4 dell'ordinanza del Canton Berna del 18 ottobre 2000 sull'imposizione complementare dei terreni edificabili imposti al valore di reddito; RL/BE 661.312.60).
5.3 Anche nel caso, promulgando l'art. 308a cpv. 2 LT, avesse prospettato un'altra soluzione, all'impostazione prevista in modo vincolante dal diritto federale e segnatamente dall'<ref-law> si deve pertanto attenere pure il legislatore cantonale.
5.4 Preso atto delle argomentazioni addotte dalla Corte cantonale in relazione al tenore dell'<ref-law> - con cui i ricorrenti nemmeno veramente si confrontano, concentrandosi sull'art. 308a cpv. 2 LT -, per quanto ammissibili, pertinenti non possono evidentemente essere ritenute neanche le ulteriori ragioni da loro fatte valere a sostegno della censura d'arbitrio.
6. In conclusione, l'applicazione dell'art. 308a cpv. 2 LT alla fattispecie da parte della Corte cantonale, che tiene necessariamente conto della LAID, segnatamente delle disposizioni vincolanti in essa contenute in materia d'imposta supplementare, è quindi sorretta da motivi tutt'altro che insostenibili.
7. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso in materia di diritto pubblico è infondato e dev'essere respinto. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>). Non si assegnano ripetibili ad autorità vincenti (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'500.-- sono poste a carico dei ricorrenti, in solido.
3. Comunicazione ai ricorrenti, alla Divisione delle contribuzioni e alla Camera di diritto tributario del Tribunale d'appello del Cantone Ticino nonché all'Amministrazione federale delle contribuzioni, Divisione principale imposta federale diretta, imposta preventiva, tasse di bollo.