Sachverhalt:
A. A.X._ erlitt, als sie am 14. November 2009 ihr Auto in Langenthal lenkte, einen epileptischen Anfall und verursachte einen Verkehrsunfall. In Thunstetten informierte sie ihren Ehemann, B.X._, der die Kratzer am Auto mit blauer Farbe überstrich. Kurze Zeit später fuhr sie mit dem Fahrzeug nach Aarwangen, ohne die Polizei über den Unfall zu informieren.
B. Das Obergericht des Kantons Bern verurteilte A.X._ am 3. Dezember 2012 zweitinstanzlich wegen Fahrens in nicht fahrfähigem Zustand mit Motorfahrzeug und pflichtwidrigen Verhaltens nach Verkehrsunfall zu einer bedingten Geldstrafe von 20 Tagessätzen zu Fr. 30.--, einer Verbindungsbusse von Fr. 200.-- und einer Übertretungsbusse von Fr. 400.--. B.X._ büsste es wegen versuchter Begünstigung mit Fr. 300.--.
C. A.X._ und B.X._ führen Beschwerde in Strafsachen und beantragen, das angefochtene Urteil sei aufzuheben. Sie sei vom Vorwurf des Fahrens in nicht fahrfähigem Zustand mit Motorfahrzeug und er von der Anschuldigung der versuchten Begünstigung freizusprechen.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin rügt eine Aktenwidrigkeit. Sie habe ihren Ehemann in Thunstetten und nicht in Aarwangen angetroffen. Dieser Umstand ist für den Ausgang des Verfahrens belanglos, weshalb auf die Rüge nicht einzutreten ist.
2. Die Beschwerdeführerin wirft der Vorinstanz willkürliche Beweiswürdigung und Verletzung des Grundsatzes "in dubio pro reo" vor (Beschwerde S. 5 ff. Ziff. 3.). Diesem Grundsatz kommt in seiner von der Beschwerdeführerin angerufenen Funktion als Beweiswürdigungsregel im Verfahren vor dem Bundesgericht keine über das Willkürverbot von <ref-law> hinausgehende selbständige Bedeutung zu (<ref-ruling> E. 7 S. 81 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 41; je mit Hinweisen).
2.1 Die Beschwerdeführerin rügt, die Vorinstanz habe sich bei der Beurteilung ihrer Fahrfähigkeit medizinisches Fachwissen angemasst. Wie die Frage der Schuldfähigkeit bei Epilepsiepatienten (vgl. <ref-law>) könne auch diejenige der Fahrfähigkeit nach einem Anfall einzig von medizinischen Fachpersonen beantwortet werden. Das Gutachten äussere sich jedoch nur zur Einsichts- und Steuerungsfähigkeit der Beschwerdeführerin, weil die entsprechenden Ergänzungsfragen der Verteidigung nicht zugelassen worden seien. Mangels medizinischer Hinweise und weiterer Indizien lasse sich die Fahrunfähigkeit nicht beweisen.
2.2 Gemäss Gutachten war die Beschwerdeführerin bei ihrer Fahrt von Thunstetten nach Aarwangen nicht mehr durch eine sogenannte postiktale Phase als Folgeerscheinung des epileptischen Anfalls beeinträchtigt. Die Bewusstseinsstörung sei ab diesem Zeitpunkt bereits weitgehend abgeklungen und die kognitive bzw. psychische Leistungsfähigkeit der Beschwerdeführerin weitgehend normalisiert gewesen (Gutachten S. 13 ff.).
Da die kognitive bzw. psychische Leistungsfähigkeit bloss weitgehend normalisiert war, durfte die Vorinstanz willkürfrei schliessen, die Gesamtleistungsfähigkeit der Beschwerdeführerin sei zum Zeitpunkt der Fahrt noch nicht wieder vollumfänglich hergestellt gewesen. Die Vorinstanz masst sich damit nicht medizinisches Fachwissen an, sondern würdigt die Diagnose der Gutachterin rechtlich.
2.3 Gemäss Gutachten konnte anamnestisch nicht geklärt werden, wie lange die postiktale Phase bei der Beschwerdeführerin jeweils andauere (Gutachten S. 12). Ihr behandelnder Arzt hielt fest, Angaben über die Fahrtauglichkeit seien retrospektiv schwierig und würden sich auf die Aussagen der Beschwerdeführerin stützen (kantonale Akten, act. 033). Das von ihr geforderte Gutachten bzw. die Ergänzungsfragen könnten damit vorliegend nichts zur Beurteilung der Fahrfähigkeit beitragen. Demnach kann die Frage, ob bei Epilepsiepatienten stets ein Gutachten zur Fahrfähigkeit gemacht werden müsse, offen bleiben.
3. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen die Verwertung der Aussagen seiner Ehefrau. Ihre Aussagen vom 14. November 2009 seien in Verletzung von Art. 6 EMRK und Art. 448 i.V.m. Art. 143 der Schweizerischen Strafprozessordnung (StPO; SR 312.0) zustande gekommen (Beschwerde S. 10 ff. Ziff. 4.).
3.1 Das erstinstanzliche Urteil erging nach den Bestimmungen des Gesetzes über das Strafverfahren des Kantons Bern vom 15. März 1995 (StrV; BSG 321.1 [aufgehoben]; Art. 455 i.V.m. <ref-law>). Im Berufungsverfahren kam die Schweizerische Strafprozessordnung zur Anwendung (<ref-law>). Verfahrenshandlungen, die vor Inkrafttreten der StPO angeordnet oder durchgeführt wurden, behalten ihre Gültigkeit (<ref-law>), sofern sie im Einklang mit der Bundesverfassung und der EMRK vorgenommen wurden (vgl. HANSPETER USTER, in: Basler Kommentar, Strafprozessrecht, 2011, N. 3 zu <ref-law>).
3.2 Der Beschwerdeführer rügt, seine Ehefrau sei nicht über ihre strafprozessuale Stellung und ihr Aussage- und Zeugnisverweigerungsrecht nach Art. 125 i.V.m. Art. 113 StrV belehrt worden.
Die Vorinstanz folgt den Aussagen des einvernehmenden Polizisten. Dieser habe als Zeuge glaubhaft versichert, dass er die Ehefrau vor der Befragung gemäss den Bestimmungen des Gesetzes über das Strafverfahren auf ihre Rechte hingewiesen habe (Urteil S. 6 f. Ziff. II.c.). Inwiefern diese Würdigung willkürlich sein sollte, legt der Beschwerdeführer nicht dar.
<ref-law> ist nicht von Bedeutung, da die StPO im Zeitpunkt der Einvernahme noch nicht in Kraft war. Das kantonale Gesetz über das Strafverfahren sah keine Pflicht vor, die Belehrung schriftlich festzuhalten.
3.3 Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung von Art. 6 Abs. 3 lit. d EMRK. Er habe keine Gelegenheit gehabt, seiner Ehefrau Fragen zu stellen.
3.3.1 Dieser Anspruch ist ein besonderer Aspekt des Rechts auf ein faires Verfahren gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK. Eine belastende Zeugenaussage ist grundsätzlich nur verwertbar, wenn der Angeschuldigte wenigstens einmal während des Verfahrens angemessene und hinreichende Gelegenheit hatte, das Zeugnis in Zweifel zu ziehen und Fragen an den Belastungszeugen zu stellen (<ref-ruling> E. 2.2 S. 480 mit Hinweisen). Der Angeschuldigte muss namentlich in der Lage sein, die Glaubhaftigkeit einer Aussage prüfen und den Beweiswert in kontradiktorischer Weise auf die Probe und infrage stellen zu können (<ref-ruling> E. 2.2 S. 37 mit Hinweisen).
Dem Anspruch, den Belastungszeugen Fragen zu stellen, kommt grundsätzlich absoluter Charakter zu (<ref-ruling> E. 2.2 S. 481; <ref-ruling> E. 3.1 S. 154). Nach der Rechtsprechung des Europäischen Gerichtshofs für Menschenrechte (EGMR) kann jedoch auf eine Konfrontation des Angeschuldigten mit dem Belastungszeugen oder auf die Einräumung der Gelegenheit zu ergänzender Befragung des Zeugen unter besonderen Umständen verzichtet werden. So unter anderem, wenn der Belastungszeuge berechtigterweise das Zeugnis verweigerte. Erforderlich war in diesen Fällen jedoch, dass der Angeschuldigte zu den belastenden Aussagen hinreichend Stellung nehmen konnte, die Aussagen sorgfältig geprüft wurden und ein Schuldspruch nicht allein darauf abgestützt wurde (<ref-ruling> E. 2.2 S. 481 f. mit Hinweisen).
Im Urteil i.S. Al-Khawaja und Tahery gegen Grossbritannien vom 15. Dezember 2011 relativierte der EGMR seine bisherige Rechtsprechung insofern, als unter Umständen auch ein streitiges Zeugnis von ausschlaggebender Bedeutung ("preuve unique ou déterminante") ohne Konfrontation mit dem Belastungszeugen verwertbar sein kann, wenn ausreichend kompensierende Faktoren gegeben sind, um den Anspruch des Angeschuldigten auf ein faires Verfahren und die Überprüfung der Verlässlichkeit des Beweismittels zu gewährleisten (Al-Khawaja und Tahery gegen Grossbritannien, a.a.O., § 147, in: Plädoyer 2012 1 S. 65, Plaidoyer 2012 1 S. 56; vgl. dazu ARQUINT/SUMMERS, Al-Khawaja and Tahery v. UK, forumpoenale 2/2012 S. 112 ff.; FRANK MEYER, Die "sole or decisive"-Regel zur Würdigung nicht konfrontierter Zeugenaussagen - not so decisive anymore, HRRS 3/2012 S. 117 ff.; ANTJE DU BOIS-PEDAIN, Art. 6 Abs. 3 lit. d EMRK und der nicht verfügbare Zeuge: Weist der modifizierte Lucà-Test den Weg aus der Sackgasse?, HRRS 3/2012 S. 120 ff.). Diese Rechtsprechung hat der EGMR im Fall Pesukic gegen die Schweiz bestätigt (Pesukic gegen die Schweiz vom 6. Dezember 2012, § 43 ff., in: Pra 2013 Nr. 11 S. 80 ff., Plädoyer 2013 1 S. 68, Plaidoyer 2013 1 S. 56).
3.3.2 Die Ehefrau des Beschwerdeführers äusserte sich einzig anlässlich ihrer polizeilichen Einvernahme vom 14. November 2009 zum Tathergang. Diese Aussagen sind nicht bereits unverwertbar, weil der Beschwerdeführer keine Gelegenheit hatte, der Einvernahme beizuwohnen und Fragen zu stellen. Das Gesetz über das Strafverfahren des Kantons Bern und die Schweizerische Strafprozessordnung sehen kein Teilnahmerecht der Parteien bei polizeilichen Einvernahmen vor (vgl. Art. 104 Abs. 1 StrV; THOMAS MAURER, Das bernische Strafverfahren, 2. Aufl. 2003, S. 196; <ref-law>; Botschaft vom 21. Dezember 2005 zur Vereinheitlichung des Strafprozessrechts, BBl 2006 1187 Ziff. 2.4.1.3).
3.3.3 Bei den gerichtlichen Verhandlungen vom 16. März und 20. September 2011 hatte der Beschwerdeführer die Gelegenheit, seiner Ehefrau Fragen zu stellen (Urteil S. 7 Ziff. II.d.). Sie verweigerte die Aussage zur Anschuldigung gegen den Beschwerdeführer (kantonale Akten, act. 096 f., act. 156 f.). Folglich konnte dieser ihre Angaben nicht durch weitergehende Fragen auf ihren Beweiswert hin überprüfen und so Widersprüche aufzeigen (vgl. SCHLEIMINGER METTLER, Aktuelle Fragen zum Konfrontationsrecht, AJP 2012 S. 1069 ff., S. 1070 und 1073; Urteil des Kantonsgerichts des Kantons Graubünden vom 6. November 2012, SK1 12 40 E. 3c.; a.A.: REHBERG, Aussagen von Mitbeschuldigten als Beweismittel, in: Aktuelle Probleme der Kriminalitätsbekämpfung, ZStrR 1992 S. 186 ff., S. 193 ff.).
Den Behörden kann nicht vorgeworfen werden, dass der Beschwerdeführer seine Rechte nicht wahrnehmen konnte. Beide Ehepartner haben die Aussage offensichtlich in Absprache mit der gemeinsamen Verteidigung verweigert. Die Aussagen seiner Ehefrau bei der Polizei waren zwar ausschlaggebend für die Verurteilung des Beschwerdeführers, jedoch hat die Vorinstanz den Schuldspruch nicht isoliert auf ihre Aussagen abgestützt, sondern unter Beizug weiterer Beweismittel (telefonische Angaben des Beschwerdeführers, Fotografien des Fahrzeugs, Aussagen des Polizisten) deren Glaubhaftigkeit als erstellt erachtet (Urteil S. 12 Ziff. III.4.3.).
Diese kompensierenden Faktoren sind ausreichend, womit die polizeiliche Aussage der Ehefrau des Beschwerdeführers verwertbar war. Art. 6 Ziff. 3 lit. d EMRK wurde nicht verletzt.
4. Der Beschwerdeführer wendet sich gegen den Schuldspruch der versuchten Begünstigung. Selbst wenn er das beschädigte Karosserieteil mit blauer Farbe übermalt hätte, sei dies nicht entscheidend gewesen, um seine Ehefrau der Strafverfolgung zu entziehen. Der Unfall sei der Polizei um 09.15 Uhr von einer Passantin gemeldet worden. Bereits um 11.00 Uhr sei seine Ehefrau von der Polizei befragt worden. Damit sei den Strafverfolgungsbehörden rund zwei Stunden nach dem Unfallereignis die Urheberschaft bekannt gewesen. Auch habe der zuständige Polizeibeamte die Beschädigung am Unfallfahrzeug - trotz der Farbe - erkennen können. Damit seien keine Spuren oder Beweismittel beseitigt und die Strafverfolgung gegen seine Ehefrau nicht eingeschränkt oder verzögert worden. Dies müsse gemäss der Rechtsprechung des Bundesgerichts zum Tatbestand der Begünstigung nachgewiesen werden. Folglich sei bereits der objektive Tatbestand von <ref-law> nicht erfüllt. Da die Begünstigung ein Erfolgsdelikt sei, scheide auch die versuchte Begehung aus. Die Vorinstanz verletze Bundesrecht, wenn sie einen Schuldspruch über den Umweg des Versuchs herleite, obwohl die ihm vorgeworfene Handlung den objektiven Tatbestand der Begünstigung nicht erfülle (Beschwerde S. 17 f. Ziff. 5.3.).
Die Vorinstanz stellt fest, der Beschwerdeführer habe die Kratzer am Auto mit blauer Farbe übermalt (Urteil S. 12). Seine Handlung sei direkt darauf gerichtet gewesen, seine Ehefrau der Strafverfolgung zu entziehen. Er habe aus Erfahrung gewusst, dass ein Strafverfahren gegen seine Ehefrau den Entzug ihres Führerausweises zur Folge haben würde. Sein Verhalten sei als Beseitigen von Beweismitteln und Spuren zu werten. Daran ändere auch nichts, dass es letztlich nicht kausal gewesen sei (Urteil S. 15 Ziff. 2.2.).
Gemäss dem verbindlichen Sachverhalt (vgl. <ref-law>) hat der Beschwerdeführer aus seiner Sicht alles vorgekehrt, um eine Strafverfolgung seiner Ehefrau abzuwenden. Mit dem Übermalen der Kratzer wollte er verhindern, dass seine Frau als Unfallverursacherin entlarvt wird. Dass die Strafverfolgung durch sein Handeln nicht erschwert wurde, ist auf äussere, von ihm nicht beeinflussbare Umstände zurückzuführen.
Der Schuldspruch wegen versuchter Begünstigung verletzt kein Bundesrecht.
5. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang tragen die Beschwerdeführer die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens solidarisch (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Beschwerdeführern unter solidarischer Haftung zu gleichen Teilen auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Strafabteilung, 2. Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. Mai 2013
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Mathys
Die Gerichtsschreiberin: Andres