Faits:
A. H.Y._ et F.Y._, qui sont copropriétaires d'une villa à Marly (FR), ont entrepris de rénover cette maison et ont confié les travaux de chapes et de carrelage à l'entreprise X._ SA (ci-après: l'entrepreneur), qui les a exécutés durant l'été 1999. Le revêtement du sol du salon, de la cuisine, du hall d'entrée et du hall de nuit a été réalisé au moyen de dalles de marbre de Carrare, avec un polissage exécuté sur place.
En avril 2002, il a été constaté que le sol en marbre était fissuré de part et d'autre du salon. H.Y._ en a averti l'entrepreneur par lettre du 10 avril 2002, en lui demandant de remédier au défaut. Le lendemain, l'entrepreneur a répondu qu'il attendait le paiement du solde de sa facture et qu'il examinerait la question ensuite. Le 21 avril 2003, les maîtres de l'ouvrage ont requis et obtenu une expertise provisionnelle.
L'expert hors procès, qui a déposé son rapport le 29 avril 2004, a estimé les frais de réparation à 36'000 fr., montant ne comprenant pas les frais « secondaires », tels que déménagement, perte de jouissance de la villa pendant les travaux, repas à l'extérieur, etc.
A réception dudit rapport, les maîtres de l'ouvrage ont demandé à nouveau à l'entrepreneur, par courrier du 28 mai 2004, d'effectuer les travaux préconisés par cet expert. L'entrepreneur s'y est refusé par lettre du 9 juin 2004, rappelant que son solde de facture n'était pas payé et soutenant que plusieurs questions techniques devaient être tranchées par la justice.
B. Le 18 juin 2004, H.Y._ et F.Y._ ont déposé une demande en paiement auprès du Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine, concluant à la condamnation de X._ SA à leur verser en capital la somme de 30'199 fr.40, soit 36'000 fr. de frais de réparation, plus 4'000 fr. pour les frais de relogement, de déménagement et d'entreposage des meubles pendant les travaux, moins 9'800 fr.60 correspondant au solde de la facture de l'entrepreneur.
La défenderesse a conclu au rejet de la demande et a réclamé reconventionnellement le solde de sa facture, soit 9'800 fr.60, plus intérêts à 5% l'an dès le 22 novembre 1999.
Durant la procédure, une expertise judiciaire a été ordonnée. Les deux experts (l'expert commis à titre provisionnel et l'expert judiciaire) attribuent les fissures du marbre au chauffage par le sol; ils estiment en substance que la préparation du sol n'avait pas été adéquate pour la pose d'un marbre de Carrare.
Par jugement du 28 avril 2009, le Tribunal civil de l'arrondissement de la Sarine a admis l'action (en arrondissant le montant dû par la défenderesse à 30'199 fr. avec intérêts à 5% l'an dès le 18 juin 2004) et a rejeté la demande reconventionnelle.
Statuant sur appel de l'entreprise défenderesse, la Ire Cour d'appel civil du Tribunal cantonal fribourgeois, par arrêt du 16 décembre 2009, a confirmé le jugement attaqué. En substance, la cour cantonale a considéré qu'était établie l'existence d'un chef de responsabilité imputable à la défenderesse. Elle a ensuite admis que les demandeurs avaient opté dans un premier temps pour le droit à la réfection de l'ouvrage. La défenderesse ayant montré qu'elle n'entendait pas s'exécuter, les demandeurs ont derechef été au bénéfice des droits formateurs alternatifs de l'<ref-law> et ont pu réclamer des dommages-intérêts positifs. Les juges cantonaux ont ajouté que les demandeurs « auraient pu prendre les mêmes conclusions en optant pour la réduction du prix dès lors que celle-ci est présumée égale aux coûts de la réfection ». Comme les conditions de l'un et l'autre droit sont réalisées, ont-ils poursuivi, il convenait d'accueillir l'action, cela tant pour les frais de réparation que pour les frais accessoires (relogement, déménagement, entreposage des meubles).
C. X._ SA exerce un recours en matière civile au Tribunal fédéral. Elle conclut principalement à l'annulation de l'arrêt attaqué, au rejet de la demande et à l'admission de sa demande reconventionnelle; subsidiairement, elle requiert le renvoi de la cause à la cour cantonale pour nouveau jugement dans le sens des considérants.
Les intimés proposent le rejet du recours.

Considérant en droit:
1. 1.1 Interjeté par la partie qui a succombé dans ses conclusions libératoires et en paiement (<ref-law>) et dirigé contre un arrêt final (<ref-law>) rendu en matière civile (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>) dans une affaire pécuniaire dont la valeur litigieuse atteint le seuil de 30'000 fr. (<ref-law>), le recours est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai (<ref-law>) et la forme (<ref-law>) prévus par la loi.
1.2 Le recours peut être interjeté pour violation du droit, tel qu'il est délimité par les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours, ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Compte tenu de l'exigence de motivation contenue à l'art. 42 al. 1 et 2 LTF, sous peine d'irrecevabilité (<ref-law>), le Tribunal fédéral n'examine en principe que les griefs invoqués; il n'est pas tenu de traiter, comme le ferait une autorité de première instance, toutes les questions juridiques qui se posent, lorsque celles-ci ne sont plus discutées devant lui (<ref-ruling> consid. 1.4 p. 400). Par exception à la règle selon laquelle il applique le droit d'office, le Tribunal fédéral ne peut entrer en matière sur une violation d'un droit constitutionnel ou sur une question relevant du droit cantonal ou intercantonal que si le grief a été invoqué et motivé de manière précise par la partie recourante (<ref-law>).
1.3 Le Tribunal fédéral conduit son raisonnement juridique sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il ne peut s'en écarter que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - ce qui correspond à la notion d'arbitraire telle que l'entend l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 1.5 p. 130, 397 consid. 1.5) - ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
En l'espèce, les parties ne contestent pas l'état de fait dressé par la cour cantonale et le raisonnement juridique doit donc être mené sur cette base, étant observé que l'on ne discerne aucune inexactitude manifeste qui sauterait d'emblée aux yeux et justifierait une rectification d'office (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 6.2 p. 288). Aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>).
1.4 Le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties (<ref-law>). Toute conclusion nouvelle est irrecevable (<ref-law>).
2. 2.1 Il n'est pas contesté que les parties ont conclu un contrat d'entreprise (<ref-law>), que l'ouvrage livré était défectueux et que les intimés ont procédé, en temps utile, à la vérification et à l'avis des défauts (<ref-law>). Il n'y a pas lieu de revenir sur ces questions.
2.2 En cas de livraison d'un ouvrage défectueux, le maître a le choix, aux conditions de l'<ref-law>, d'exiger soit la réfection de l'ouvrage, soit l'annulation du contrat, soit la réduction du prix; le maître est lié par son choix, qui procède de l'exercice d'un droit formateur. S'il demande la réfection de l'ouvrage et obtient satisfaction, il ne saurait exercer l'action rédhibitoire ou minutoire (<ref-ruling> consid. 6a p. 41 s.). Le maître de l'ouvrage ne peut pas, en lieu et place des droits alternatifs qui lui sont octroyés par l'<ref-law>, soutenir qu'il y a mauvaise exécution du contrat et se prévaloir des <ref-law> (<ref-ruling> consid. 4b/cc p. 553). Le droit formateur ne peut être exercé que par celui auquel il appartient; le juge ne peut en principe pas suppléer une volonté qui n'a pas été manifestée (<ref-ruling> consid. 3.3 p. 444). La cour cantonale a manqué de rigueur dans son raisonnement en évoquant l'éventualité d'une action en diminution du prix, pour observer que les maîtres de l'ouvrage pourraient, par cette voie, obtenir le paiement des frais de réfection, puisque ceux-ci sont présumés correspondre à la moins-value (cf. à ce propos: <ref-ruling> consid. 4a p. 313 s.; <ref-ruling> consid. 3c p. 164). En effet, les maîtres de l'ouvrage n'ont jamais manifesté la volonté d'exercer une action en réduction du prix.
Il résulte des constatations cantonales - qui lient le Tribunal fédéral (<ref-law>) - que les maîtres de l'ouvrage ont opté en l'espèce pour une réparation de l'ouvrage par l'entrepreneur (<ref-law>). En adressant à l'entrepreneur cette manifestation de volonté, ils ont exercé un droit formateur et ils ont fait naître une obligation de faire à la charge de l'entrepreneur. Le choix effectué entre les diverses voies offertes par l'<ref-law> est en principe irrévocable (<ref-ruling> consid. 6a).
2.3 Malgré deux demandes successives, l'entrepreneur s'est refusé à exécuter les travaux de réparation demandés alors même que la réfection était possible sans dépenses excessives (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 5).
Les dispositions spéciales sur la garantie des défauts en matière de contrat d'entreprise ne régissent pas l'hypothèse où l'entrepreneur se refuse à exécuter son obligation de réparer l'ouvrage. Il faut donc se référer aux principes généraux en cas d'inexécution d'une obligation dans un contrat bilatéral (<ref-law>).
Dès lors que l'entrepreneur se refusait obstinément, sans espoir de changement, à exécuter sa prestation, il n'était pas nécessaire de lui fixer formellement un délai pour s'exécuter (<ref-law>). Les maîtres de l'ouvrage, en tant que créanciers de l'obligation de faire, pouvaient procéder directement selon l'<ref-law>.
2.4 Selon l'<ref-law>, le créancier peut persister à demander la prestation due, ainsi que des dommages-intérêts pour cause de retard (première hypothèse); il peut cependant, s'il en fait la déclaration immédiate, renoncer à exercer ce droit et réclamer des dommages-intérêts (positifs) pour cause d'inexécution (deuxième hypothèse); il peut aussi se départir du contrat (troisième hypothèse), ce qui revient à supprimer le rapport juridique avec effet rétroactif.
Il convient maintenant d'appliquer cette règle juridique au cas particulier où le maître de l'ouvrage a exercé son droit formateur à une réparation de l'ouvrage et qu'il y a inexécution de l'obligation de réfection incombant à l'entrepreneur. Si le maître de l'ouvrage choisit la résolution (troisième hypothèse), l'exercice de son droit formateur est annihilé avec effet rétroactif et la jurisprudence admet qu'il se retrouve placé dans la situation qui était la sienne avant l'exercice du droit formateur, de sorte qu'il peut à nouveau opter entre les voies ouvertes par l'<ref-law> et résilier le contrat d'entreprise ou demander une diminution du prix (<ref-ruling> consid. 6a p. 42). En l'espèce, les maîtres de l'ouvrage n'ont pas choisi l'une de ces voies.
Le maître de l'ouvrage peut aussi (c'est la première hypothèse de l'<ref-law>) continuer à solliciter de l'entrepreneur la réparation de l'ouvrage. Si ce dernier s'y refuse, il est en droit de demander l'exécution des travaux par un tiers aux frais de l'entrepreneur (<ref-law>), celui-ci devant, le cas échéant, procéder à l'avance des frais (<ref-ruling> consid. 4.2.2). La jurisprudence a également admis, en appliquant par analogie l'<ref-law>, que le maître de l'ouvrage pouvait faire exécuter les travaux par un tiers sans autorisation préalable du juge (<ref-ruling> consid. 7a p. 232/233). En l'espèce, les maîtres de l'ouvrage n'ont pas demandé l'exécution des travaux de réfection par un autre entrepreneur.
Il reste la deuxième faculté prévue à l'<ref-law>: le maître de l'ouvrage peut renoncer à son droit à une réparation de la part de l'entrepreneur et exiger de ce dernier des dommages-intérêts (positifs) pour inexécution de son obligation de faire (<ref-ruling> consid. 7a/bb p. 235 s.; <ref-ruling> consid. 2c p. 354; Pierre Engel, Contrats de droit suisse, 2e éd., 2000, p. 452; Peter Gauch, Le contrat d'entreprise, adaptation française par Benoît Carron, 1999, n° 1831 s., p. 509/510; Theodor Bühler, Commentaire zurichois, n° 149 ad <ref-law>; François Chaix, Commentaire romand, Code des obligations I, n° 51 ad <ref-law>; Bernard Corboz, Contrat d'entreprise III, les défauts de l'ouvrage, FJS 460, p. 16). Il faut alors fixer des dommages-intérêts compensatoires correspondant à la contre-valeur de la prestation gratuite que l'entrepreneur aurait dû fournir en exécutant son obligation de réparer l'ouvrage (cf. ATF <ref-ruling> consid. 2c p. 354). C'est manifestement la voie que les intimés ont choisie en déposant leur demande en justice.
2.5 Contrairement à ce qu'évoque la recourante, les intimés n'ont donc pas mélangé ou confondu les droits du maître en cas de défaut de l'ouvrage. Ils ont opté pour la réfection gratuite de l'ouvrage par l'entrepreneur et, n'ayant pas pu obtenir cette prestation, ils ont demandé des dommages-intérêts compensatoires pour inexécution de l'obligation de faire.
La recourante ne peut, sans violer le principe de la bonne foi (<ref-law>), faire valoir que les intimés auraient tardé à renoncer à la réfection pour demander des dommages-intérêts pour cause d'inexécution. En effet, la recourante ne prétend pas avoir envisagé de réparer l'ouvrage et elle ne saurait reprocher à sa partie adverse d'avoir longuement espéré (notamment en prenant des conclusions subsidiaires) recevoir la prestation à laquelle elle avait droit.
Comme on l'a vu, il s'agit de dommages-intérêts compensatoires, destinés à remplacer par une somme d'argent la prestation en nature que l'entrepreneur aurait dû fournir. Il ne s'agit donc pas de rembourser des frais et l'argument selon lequel les intimés n'ont assumé à ce jour aucuns frais de réparation est dépourvu de pertinence. Il ne s'agit pas non plus de dommages-intérêts ayant pour fonction de réparer un dommage consécutif au défaut (cf. art. 368 al. 1 et al. 2 in fine CO), à savoir un préjudice qui est causé par le défaut lui-même et ne peut pas être réparé par les trois voies principales ouvertes par l'<ref-law> (p. ex. si les infiltrations d'eau causées par un défaut endommagent les meubles appartenant au maître de l'ouvrage; cf. <ref-ruling> s.).
2.6 Les frais de réparation ont été évalués par l'expert à 36'000 fr., ce qui relève du fait et n'est pas contesté.
Il s'y ajoute un montant de 4'000 fr. pour des frais de relogement, de déménagement et d'entreposage des meubles. Ce montant, qui ressortit aussi au fait, n'est pas non plus remis en cause. La contre-valeur de l'obligation de réfection incombant à l'entrepreneur comprend tous les frais accessoires nécessaires pour exécuter les travaux de réfection proprement dits (<ref-ruling> consid. 5 p. 174; Gauch, op. cit., n°s 1718 p. 481, 1725 p. 483 et 1860 p. 515). De tels frais sont en conséquence assimilés aux frais de réparation et c'est à juste titre qu'ils ont été ajoutés par la cour cantonale.
Il restait à déduire le solde dû sur la facture de l'entrepreneur, ce qui n'est pas contesté.
Ainsi, l'arrêt attaqué ne viole en rien le droit fédéral et le recours doit être rejeté.
3. Les frais judiciaires et les dépens sont mis à la charge de la partie qui succombe (art. 66 al. 1 et 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. La recourante versera aux intimés, créanciers solidaires, une indemnité de 2'500 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties et à la Ire Cour d'appel civil du Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg.
Lausanne, le 1er avril 2010
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Le Greffier:
Klett Ramelet