Sachverhalt:
A. A.a Der Stadtrat von Zürich stellte am 10. März 2004 die Gebäude Vers.-Nr. 391 (Wohnhaus mit Stallscheune) und Vers.-Nr. 392 (Wagenschopf) auf dem Grundstück Kat.-Nr. AR3207 an der Altstetterstrasse 336 in Zürich-Albisrieden unter Schutz. Diese Gebäude stehen im Eigentum von X._ und Y._, Erbinnen des A._.
Gegen diesen Beschluss des Stadtrates rekurrierten X._ und Y._ bei der Baurekurskommission I des Kantons Zürich. Diese hob den Stadtratsbeschluss auf, da die Gebäude nicht schutzwürdig im Sinne von § 203 Abs. 1 lit. c des Gesetzes vom 7. September 1975 des Kantons Zürich über die Raumplanung und das öffentliche Baurecht (PBG/ZH) seien. Das Verwaltungsgericht bestätigte mit Urteil vom 12. Mai 2005 den Entscheid der Baurekurskommission und wies die Beschwerde der Stadt Zürich ab.
Mit Urteil 1P.504/2005 vom 2. Februar 2006 hiess das Bundesgericht die von der Stadt Zürich erhobene staatsrechtliche Beschwerde gut und hob den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 12. Mai 2005 auf. Das Bundesgericht erwog, dass die Unterschutzstellung der Gebäude durch den Stadtrat als vertretbar erscheine und das Verwaltungsgericht mit seiner eigenen Würdigung zu Unrecht in den Beurteilungsspielraum der kommunalen Behörde eingegriffen habe.
A.b In der Folge hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde der Stadt Zürich teilweise gut, hob den Entscheid der Baurekurskommission auf und wies die Sache, weil die Frage der Verhältnismässigkeit der Schutzmassnahme noch nicht geprüft war, zur ergänzenden Untersuchung und zum neuen Entscheid an die Vorinstanz zurück.
Die Baurekurskommission liess einen Fachbericht erstellen. Mit Entscheid vom 27. April 2007 wies sie den Rekurs von X._ und Y._ ab. Mit Entscheid vom 4. Oktober 2007 wies das Verwaltungsgericht die von den Eigentümerinnen erhobene Beschwerde ebenfalls ab. In der Urteilsbegründung hielt das Verwaltungsgericht Folgendes fest: Das Bundesgericht habe im Urteil 1P.504/2005 vom 2. Februar 2006 entschieden, dass die Unterschutzstellung der Gebäude der Beschwerdeführerinnen vertretbar sei. Im zweiten Rechtsgang sei deshalb nur noch zu beurteilen, ob die Denkmalschutzmassnahme verhältnismässig sei. Strittig sei einzig die Verhältnismässigkeit im engeren Sinn. Sodann nahm das Verwaltungsgericht Bezug auf die Schätzung des den Beschwerdeführerinnen durch die Denkmalschutzmassnahme anfallenden finanziellen Aufwandes im gerichtlich eingeholten Fachbericht. Dazu führte es aus, es seien vorliegend nur die Variante "Sanierung und Umbau mit Unterschutzstellung" und die Variante "Ersatzbau" miteinander zu vergleichen. Die weiteren, im Fachbericht geprüften Varianten würden ausser Betracht fallen, da sie renditemässig schlechter abschneiden würden. Bei der Verhältnismässigkeitsprüfung sei gestützt auf die Feststellungen der Baurekurskommission davon auszugehen, dass die Brutto-Rendite bei der Variante "Ersatzbau" 4.4 % und bei der Variante "Sanierung und Umbau mit Unterschutzstellung" 2.8 % betrage. Das Verwaltungsgericht bejahte unter den gegebenen Umständen die Verhältnismässigkeit der Unterschutzstellung der Gebäude.
Eine Minderheit der Kammer liess gestützt auf § 138 Abs. 4 des Gerichtsverfassungsgesetzes vom 13. Juni 1976 des Kantons Zürich ihre abweichende Ansicht mit Begründung in das Protokoll aufnehmen.
B. X._ und Y._ haben beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten erhoben. Sie beantragen die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts und die Verweigerung der Unterschutzstellung der betroffenen Gebäude. Eventualiter sei der angefochtene Entscheid aufzuheben und zwecks weiteren Abklärungen des Sachverhalts an die Vorinstanz zurückzuweisen.
C. Das Verwaltungsgericht hat auf Vernehmlassung verzichtet. Der Stadtrat beantragt Beschwerdeabweisung. Die Beschwerdeführerinnen nahmen unter Aufrechterhaltung ihrer Anträge nochmals Stellung.

Erwägungen:
1. Der angefochtene, kantonal letztinstanzliche Entscheid betrifft eine Massnahme des Denkmalschutzes. Hiergegen ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>) zulässig.
2. 2.1 Die Beschwerdeführerinnen machen eine Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör (<ref-law>) geltend. Sie bringen vor, das Verwaltungsgericht habe zu Unrecht eine Rüge nicht geprüft und nicht alle vorgetragenen Argumente gewürdigt.
2.2 Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88). Die Pflicht der Behörde, die vorgetragenen Argumente zu prüfen, besteht aber nur bezüglich prozesskonformer Vorbringen (<ref-ruling> E. 2 S. 242).
2.2 Das rechtliche Gehör nach <ref-law> verlangt, dass die Behörde die Vorbringen des vom Entscheid in seiner Rechtsstellung Betroffenen auch tatsächlich hört, prüft und in der Entscheidfindung berücksichtigt. Daraus folgt die Pflicht der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Dabei ist nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinandersetzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken (<ref-ruling> E. 4.1 S. 88). Die Pflicht der Behörde, die vorgetragenen Argumente zu prüfen, besteht aber nur bezüglich prozesskonformer Vorbringen (<ref-ruling> E. 2 S. 242).
2.3 2.3.1 Als erstes machen die Beschwerdeführerinnen geltend, das Verwaltungsgericht habe ihre Rüge, bei der Variante "Ersatzbau" könnte eine Brutto-Rendite von 5.53 % erzielt werden, zu Unrecht als nicht genügend substanziiert betrachtet.
Gemäss dem angefochtenen Urteil haben die Beschwerdeführerinnen lediglich auf den Bericht eines von ihr beigezogenen Experten verwiesen. Sie hätten jedoch nicht dargetan, inwieweit die Baurekurskommission, welche bei der Variante "Ersatzbau" gestützt auf das gerichtliche Gutachten (Fachbericht) von einer Brutto-Rendite von 4.4 % ausgehe, dieses Gutachten falsch gewürdigt hätte.
Diese Erwägung der Vorinstanz ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden. Der Einwand der Beschwerdeführerinnen, dass sich das ins Recht gelegte Privatgutachten aus sich selber erkläre und den Berechnungen der Baurekurskommission ohne Weiteres entgegengestellt werden könne, ist haltlos. Das Verwaltungsgericht durfte mangels hinreichender Substanziierung davon absehen, die Rüge zu prüfen.
2.3.2 Weiter beanstanden die Beschwerdeführerinnen, das Verwaltungsgericht sei auf ihr Vorbringen, es ergebe sich bereits aus dem gerichtlichen Fachbericht, dass die Unterschutzstellung der Gebäude offensichtlich unverhältnismässig sei, überhaupt nicht eingegangen.
Das Verwaltungsgericht führte aus, dass bei einem Vergleich der möglichen Renditen - 2.8 % bei der Variante "Sanierung und Umbau mit Unterschutzstellung", 4.4 % bei der Variante "Ersatzbau" - auffalle, dass diesbezüglich zwar ein erheblicher Unterschied bestehe, jedoch auch bei der Variante "Ersatzbau" keine genügende Rendite erreicht werden könnte. Selbst wenn sich bei einer Unterschutzstellung nur eine bescheidene Rendite erzielen liesse, würde sie sich unter den gegebenen Umständen nicht als unverhältnismässig erweisen.
Aus diesen Erwägungen ergibt sich unzweideutig, weshalb das Verwaltungsgericht die Unterschutzstellung als verhältnismässig betrachtete. Eine weitere Auseinandersetzung mit den Vorbringen der Beschwerdeführerinnen war demzufolge nicht erforderlich. Diesen ist es ohne Weiteres möglich, das Urteil im betreffenden Punkt anzufechten. Eine Verletzung der Begründungspflicht liegt damit nicht vor.
3. 3.1 Weiter rügen die Beschwerdeführerinnen eine Verletzung des Willkürverbots. Die Auffassung des Verwaltungsgerichts, wonach schon vor der Unterschutzstellung der Gebäude eine Unterhaltspflicht bestanden habe, sei offensichtlich unzutreffend. Eine Unterhaltspflicht sei gemäss § 228 Abs. 1 PBG/ZH nur gegeben, soweit die Sicherheit von Personen und Dritteigentum gewährleistet werden müsse. Offensichtlich fehl gehe auch der Hinweis des Verwaltungsgerichts auf seinen Entscheid vom 27. September 1996 (= BEZ 1996 Nr. 23), weil dort ein Gemeinwesen von der Unterschutzstellung betroffen gewesen sei, das seiner sich aus der Selbstbindung ergebenden Unterhaltspflicht nicht nachgekommen sei.
3.2 Nach der Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung dann vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid aber nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls vertretbar oder gar zutreffender wäre, genügt nicht (<ref-ruling> E. 1.2 S. 177, mit Hinweisen).
3.3 Gemäss § 228 Abs. 1 PBG/ZH sind Grundstücke, Bauten, Anlagen, Ausstattungen und Ausrüstungen zu unterhalten. Es dürfen weder Personen noch das Eigentum Dritter gefährdet werden. Gestützt auf den klaren Wortlaut dieser Bestimmung durfte das Verwaltungsgericht ohne Weiteres schliessen, dass die Beschwerdeführerinnen bereits vor der Unterschutzstellung ihrer Gebäude eine Unterhaltspflicht traf. Nichts anderes ergibt sich aus dem von den Beschwerdeführerinnen erwähnten Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 27. September 1996 (= BEZ 1996 Nr. 23), wonach das betroffene Gemeinwesen durch die Vernachlässigung des Gebäudeunterhalts nicht nur gegen die Unterhaltspflicht gemäss § 228 Abs. 1 PGB/ZH, sondern auch gegen § 204 Abs. 1 PBG/ZH verstossen habe. Laut letztgenannter Vorschrift hat das Gemeinwesen bei seiner Tätigkeit dafür zu sorgen, dass Schutzobjekte geschont und, wo das öffentliche Interesse an diesen überwiegt, ungeschmälert erhalten bleiben (Bindung des Gemeinwesens). Von Willkür kann damit nicht die Rede sein.
4. 4.1 Schliesslich bestreiten die Beschwerdeführerinnen die Verhältnismässigkeit der Unterschutzstellung der Gebäude. Das öffentliche Interesse an deren Erhaltung sei nicht gross, ansonsten die kantonalen Instanzen die Schutzwürdigkeit bereits im ersten Rechtsgang bejaht hätten. Das Bundesgericht habe im ersten Rechtsgang lediglich geprüft, ob die Würdigung der städtischen Baubehörden vertretbar sei und daher zu Recht zum Eingriff der Baurekurskommission geführt habe. Indem das Bundesgericht die Sichtweise des Stadtrats, dass die Gebäude wichtige baugeschichtliche Zeugen seien und siedlungsprägende Wirkung hätten, als vertretbar erachtet habe, habe es in keiner Weise erklärt, dass die Zeugenschaft besonders wichtig oder die ortsbildprägende Wirkung ausserordentlich gross sei. Zu Recht vertrete eine Minderheit des Verwaltungsgerichts die Auffassung, dass fraglich sei, wie weit das Interesse an den Konstruktionsmerkmalen von einer grösseren Öffentlichkeit getragen werde. Ausserdem machen die Beschwerdeführerinnen geltend, dass bei der Unterschutzstellung von Gebäuden mit verschiedenen Ellen gemessen werde, je nachdem, ob die öffentliche Hand oder Private Eigentümer der von der Massnahme betroffenen Liegenschaft sei.
4.2 Das Grundrecht der Eigentumsgarantie (<ref-law>) ist nicht absolut geschützt, sondern kann eingeschränkt werden, wenn der Eingriff verhältnismässig ist (<ref-law>). Das Verhältnismässigkeitsprinzip erfordert, dass die Grundrechtseinschränkung zur Erreichung des angestrebten Ziels geeignet und erforderlich ist und dem Betroffenen zugemutet werden kann (<ref-ruling> E. 6.2 S. 151 f., mit Hinweisen). Vorliegend ist einzig die Zumutbarkeit der Unterschutzstellung der Gebäude (Verhältnismässigkeit im engeren Sinn) umstritten.
4.3 Das Bundesgericht prüft frei, ob eine Eigentumsbeschränkung verhältnismässig ist. Es auferlegt sich aber Zurückhaltung, soweit die Beurteilung von einer Würdigung der örtlichen Verhältnisse abhängt, welche die kantonalen Behörden besser überblicken (<ref-ruling> E. 4.1 S. 344). Dies gilt insbesondere auf dem Gebiet des Denkmalschutzes. Es ist in erster Linie Sache der Kantone, darüber zu befinden, wie der Denkmalschutz umgesetzt wird (Urteil des Bundesgerichts 1A.9/2007 vom 4. Dezember 2007 E. 3.4).
4.4 Das Verwaltungsgericht stuft das öffentliche Interesse am Erhalt der Gebäude als hoch ein, weil diese sowohl wichtige baugeschichtliche Zeugen sind als auch eine siedlungsprägende Wirkung haben. Des Weitern könnten laut Verwaltungsgericht die Gebäude trotz der Denkmalschutzmassnahme mit Ausnahme einer Anbaute am Wagenschopf sinnvoll genutzt werden. Die Beschwerdeführerinnen würden denn auch bloss finanzielle Interessen gegen die Unterschutzstellung vorbringen, welche nach der Praxis des Bundesgerichts das öffentliche Interesse an einer Massnahme des Denkmalschutzes in der Regel nicht überwiegen würden. Eine Ausnahme bestehe nur dann, wenn die finanzielle Belastung durch die Unterschutzstellung unzumutbar würde. Dies treffe hier aber nicht zu. Bei der Variante "Ersatzbau" könne keine genügende Rendite erreicht werden. Unter diesen Umständen erweise sich eine Unterschutzstellung der Gebäude als verhältnismässig, selbst wenn sich in diesem Fall nur eine bescheidene Rendite erzielen lasse. Im Übrigen seien die Beschwerdeführerinnen bei einer Unterschutzstellung nicht gezwungen, in die Liegenschaft zu investieren, sondern müssten nur für den Unterhalt sorgen. Der dafür benötigte Geldbetrag falle wesentlich tiefer aus als derjenige, welcher für die Sanierung und den Umbau der Liegenschaft benötigt würde. Ferner sei zu beachten, dass der schlechte Zustand der Gebäude zu einem erheblichen Teil auf die Vernachlässigung des Unterhalts der Liegenschaft durch die Beschwerdeführerinnen zurückzuführen sei. Der durch diese Unterlassung entstandene Sanierungsaufwand sei bei der Prüfung der Verhältnismässigkeit der Schutzmassnahme nicht zu berücksichtigen.
4.5 Diese Abwägung der entgegenstehenden Interessen durch das Verwaltungsgericht ist verfassungsrechtlich nicht zu beanstanden. Die Frage, ob die Denkmalschutzmassnahme von einer breiteren Öffentlichkeit getragen wird, d.h. ein öffentliches Interesse an der Unterschutzstellung besteht, ist nicht mehr Streitgegenstand. Daran vermögen die Ausführungen der Beschwerdeführerinnen, die sich auf die Minderheitsmeinung der 3. Kammer, 3. Abteilung, des Verwaltungsgerichts abstützen, nichts zu ändern. Die Beschwerdeführerinnen stellen ferner nicht rechtsgenüglich in Abrede, dass eine sinnvolle Nutzung der Gebäude bei einer Unterschutzstellung nicht mehr möglich wäre. Das Bundesgericht, das sich in diesem Punkt Zurückhaltung auferlegt, hat keinen Grund, die diesbezüglichen Erwägungen des Verwaltungsgerichts in Zweifel zu ziehen. Im kantonalen Verfahren haben die Beschwerdeführerinnen nicht hinreichend substanziiert aufzuzeigen vermocht, dass bei der Variante "Ersatzbau" mit einer höheren Rendite zu rechnen wäre, weshalb dieses Argument im vorliegenden Zusammenhang nicht mehr zu beachten ist (vgl. E. 2.3.1 hiervor). Des Weitern hat das Verwaltungsgericht willkürfrei schliessen dürfen, dass die Beschwerdeführerinnen im Rahmen von § 228 Abs. 1 PBG/ZH für den Unterhalt der Gebäude zu sorgen haben (vgl. E. 3.3 hiervor). Dass der künftig anfallende Sanierungsaufwand infolge des vernachlässigten Gebäudeunterhalts bei der Prüfung der Zumutbarkeit der Unterschutzstellung der Gebäude nicht berücksichtigt wurde, ist nicht zu beanstanden. Das Verwaltungsgericht hat damit unter den gegebenen Umständen die öffentlichen Interessen an der Unterschutzstellung der Gebäude höher einstufen dürfen als die finanziellen Interessen der Beschwerdeführerinnen. Das Argument der Beschwerdeführerinnen, Privatpersonen würde in vergleichbaren Fällen mehr zugemutet als der öffentlichen Hand, ist haltlos. Eine Verletzung der Eigentumsgarantie infolge Unzumutbarkeit der Denkmalschutzmassnahme liegt nach dem Gesagten nicht vor.
5. Die Beschwerde erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen. Ausgangsgemäss haben die Beschwerdeführerinnen die Gerichtskosten zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und 5 BGG). Die Zusprechung einer Parteientschädigung fällt nicht in Betracht (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden den Beschwerdeführerinnen auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Beschwerdeführerinnen, der Stadt Zürich, Stadtrat, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 3. Abteilung, 3. Kammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. Juli 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Die Gerichtsschreiberin:
Aemisegger Schoder