Wasserkraftkonzession, hat sich ergeben:
A.- Am 15. November 1994 endete das Wasserkraftrecht der Sägerei Ryter AG an der Kander in Frutigen zufolge Zeitablaufs.
Da innert Nachfrist kein Gesuch um Erneuerung der Konzession eingereicht wurde, stellte die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE) am 26. März 1997 den Hinfall des Wasserkraftrechts fest und forderte die Konzessionärin zur Vornahme der nötigen Wiederherstellungsarbeiten auf. Diese Verfügung blieb unangefochten.
B.- Am 7. Februar 1998 reichte die Einfache Gesellschaft KW Zrydsbrügg, bestehend aus der Sägerei Ryter AG, dem Verein Energie Plus und dem Verein Energie TAG, ein Konzessionsgesuch für die Nutzung von 800 l/s des Wassers der Kander zwecks Erstellung und Betriebs eines neuen Kleinwasserkraftwerkes am Standort der stillgelegten Anlage ein.
Nach dem Projekt soll das Wasser am linken Ufer der Kander gefasst, durch einen gedeckten Oberwasserkanal der Zentrale zugeleitet und ca. 40 m unterhalb der Wehranlage wieder dem Wasserbett zugeführt werden, wobei das Wasser durch ein auf den bestehenden Unterbau der alten Wehranlage aufgesetztes Schlauchwehr gestaut werden soll. Zusammen mit dem Konzessionsgesuch reichte die Gesuchstellerin ein Baugesuch sowie Ausnahmegesuche für das Bauen ausserhalb der Bauzone und in der Uferschutzzone ein. Die Fischereipachtvereinigung Spiez erhob Einsprache gegen das Konzessionsgesuch. Sie bestritt die Wirtschaftlichkeit des Projektes und erachtete dieses als Gefahr für die Fische, namentlich für die stark gefährdete Seeforelle.
C.- Am 8. September 1998 erteilte das Wasser- und Energiewirtschaftsamt des Kantons Bern den Gesuchstellern die beantragte Konzession für 40 Jahre. Hiergegen erhob die Fischereipachtvereinigung Spiez Beschwerde bei der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE). Sie beantragte zur Hauptsache, die Konzession zu verweigern; eventualiter, Verbesserungen am Projekt vorzunehmen und den Nachweis der Funktionstüchtigkeit der geplanten Schutzmassnahmen zu erbringen. Die Bauherrschaft reichte im Laufe des Verfahrens eine Projektänderung bezüglich des Fischpasses ein (Verlegung flussaufwärts, so dass er unmittelbar unterhalb des Wehrs endet). Die Fischereipachtvereinigung opponierte dem Eintreten auf diese Projektänderung nicht, in der Sache blieb sie bei ihren Anträgen. Das Fischereiinspektorat erachtete die Projektänderung als indifferent bzw. als leichte Verbesserung, meldete aber im Gegensatz zu seiner früheren Stellungnahme grundsätzliche Opposition gegen die Konzessionierung an. Aufgrund eines von der Bauherrschaft eingereichten Gutachtens des Fischereibiologen H. Marrer zur Frage des angemessenen Rechenstababstandes verlangte die Fischereipachtvereinigung neu Massnahmen zur nachhaltigen Reduktion der Strömungsgeschwindigkeit im Bereich des Feinrechens.
Die BVE wies die Beschwerde am 16. September 1999 ab, soweit sie nicht gegenstandslos geworden war, und erteilte entsprechend der nachträglichen Projektänderung die Konzession mit zusätzlichen und präzisierten Auflagen. Technische Massnahmen zur Reduktion der Strömungsgeschwindigkeit im Bereich des Feinrechens erachtete sie nicht als erforderlich.
D.- Die Fischereipachtvereinigung beschwerte sich gegen diesen Entscheid beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern.
Sie blieb bei ihrer grundsätzlichen Opposition gegen das Projekt; im Eventualantrag verlangte sie technische Massnahmen zur Reduktion der Einlaufgeschwindigkeit beim Feinrechen, insbesondere eine Vergrösserung des Einlaufquerschnitts.
Damit solle sichergestellt werden, dass die Strömung nicht die Schwimmgeschwindigkeit namentlich der jüngeren Fische übersteige und den Fischen genügend Zeit bleibe, um sich auf die gegebenen Abstiegswege hin zu orientieren.
Im Einvernehmen der Parteien stellte die verwaltungsgerichtliche Instruktionsrichterin dem Experten Marrer weitere Fragen nach möglichen Projektoptimierungen. Dieser kam zum Ergebnis, dass die Vorteile eines (durch Verbreiterung oder Vertiefung) erweiterten Einlaufprofils die Nachteile für die Fische "leicht überwiegen". Weitere von der Fischereipachtvereinigung vorgeschlagene konkrete Verbesserungsansätze (elektrische Scheuchanlage; Verwendung des Feinrechens als Leitwehr; geringerer Stababstand am Feinrechen) erachtete der Experte entweder als nicht wirksam oder als überwiegend nachteilig. In einer abschliessenden Würdigung unterbreitete er einen eigenen Vorschlag: Danach sei beim Einlauf in den Zuführkanal anstatt des vorgesehenen Grobrechens ein mechanisches Leitwehr aus zur Hauptströmung leicht abgewinkelten Blechen anzubringen. Es sei abzusehen, dass dies eine Verbreiterung des Einlaufs gegenüber der bisherigen Planung bedinge. Diese Konstruktion zwinge das in die Einlaufkammer strömende Wasser zu einer s-förmigen Umlenkung, was zu grösseren Turbulenzen führe. Kontrolliert abwandernde Forellen würden diesem Strom nicht unvermittelt folgen, sondern sich in gebührendem Abstand in ruhigem Wasser neu orientieren. An jener Stelle sei eine zweite Leitströmung in Richtung Unterwasser zu erzeugen. Die Anlage sei im Detail noch zu planen.
Am 29. Juni 2000 hiess das Verwaltungsgericht die Beschwerde gut, hob den Entscheid der BVE auf und wies das Konzessionsgesuch ab.
E.- Mit Eingabe vom 3. September 2000 führt die Einfache Gesellschaft KW Zrydsbrügg "Beschwerde an das Bundesgericht" mit dem Rechtsbegehren:
"1. Der angefochtene Entscheid sei aufzuheben.
2. Die mit Gesamtentscheid vom 8. September 1998
erteilte Wasserkraftkonzession sei mit Art. 9
BGF vereinbar und mit der von der BVE genehmigten
Projektänderung zu bestätigen.
3. Die Parteikostenentschädigung sei angemessen zu
reduzieren.
unter Kosten- und Entschädigungsfolge.. "
F.- Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern schliesst explizit, das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft implizit auf Abweisung der Beschwerde. Die Fischereipachtvereinigung Spiez beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Die BVE hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Beschwerdeführer bezeichnen ihr Rechtsmittel als "Beschwerde an das Bundesgericht". Das Bundesgericht prüft frei und von Amtes wegen, ob und inwieweit ein bei ihm erhobenes Rechtsmittel als Verwaltungsgerichtsbeschwerde und/oder als staatsrechtliche Beschwerde entgegengenommen werden kann.
a) Das angefochtene Urteil hebt eine vom Wasser- und Energiewirtschaftsamt des Kantons Bern erteilte, durch die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion mit Entscheid vom 16. September 1999 (mit gewissen Änderungen) bestätigte Wasserkraftkonzession auf und weist das Konzessionsgesuch ab, da es den aus Art. 9 Abs. 1 lit. b und d des Bundesgesetzes vom 21. Juni 1991 über die Fischerei (BGF; SR 923. 0) folgenden fischereirechtlichen Anforderungen nicht genüge.
Der angefochtene Entscheid stützt sich insofern auf Bundesverwaltungsrecht und kann mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht angefochten werden (Art. 97 OG i.V.m.
<ref-law>). In diesem Verfahren können auch die von den Beschwerdeführern aufgeworfenen Fragen des kantonalen Verfahrensrechts mitbeurteilt werden (vgl. <ref-ruling> E. 2e S. 278 mit Hinweis).
b) Es liegt keiner der in Art. 99 ff. OG oder in der Spezialgesetzgebung vorgesehenen Ausschlussgründe vor.
Auf die Beschwerde ist daher grundsätzlich als Verwaltungsgerichtsbeschwerde einzutreten.
c) Nicht einzutreten ist allerdings auf den Antrag der Beschwerdeführer, den vorinstanzlichen Kostenspruch angemessen zu reduzieren: Die Beschwerdeführer legen mit keinem Wort dar, inwiefern die vom Verwaltungsgericht zugesprochene Parteikostenentschädigung auf einer willkürlichen Anwendung kantonalen Rechts beruhe oder in anderer Weise gegen Verfassungsrecht verstosse. Zwar gilt im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde Art. 90 OG nicht; ohne eine entsprechende, zumindest ansatzweise begründete Rüge besteht aber für das Bundesgericht keine Veranlassung, sich mit dem kantonalen Recht näher zu befassen (vgl. <ref-ruling> E. 6b/bb).
d) Die Beschwerdeführer können mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde die Verletzung von Bundesrecht sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes rügen (Art. 104 lit. a und b OG); die Rüge der Unangemessenheit (Art. 104 lit. c OG) ist im vorliegenden Sachzusammenhang nicht gegeben. Soweit die Verletzung selbständigen kantonalen Rechts gerügt wird, kann das Bundesgericht dessen Auslegung und Anwendung nur auf Willkür hin überprüfen (<ref-ruling> E. 2a S. 5 mit Hinweis). Da der angefochtene Entscheid von einer gerichtlichen Instanz ausgeht, ist das Bundesgericht an den festgestellten Sachverhalt gebunden, es sei denn, dieser sei offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden (Art. 105 Abs. 2 OG).
2.- Nach <ref-law> bedürfen Eingriffe in die Gewässer, ihren Wasserhaushalt oder ihren Verlauf sowie Eingriffe in die Ufer und den Grund von Gewässern einer Bewilligung der für die Fischerei zuständigen kantonalen Behörde, soweit sie die Interessen der Fischerei berühren können. Eine solche Bewilligung ist insbesondere erforderlich für die Nutzung der Wasserkräfte (<ref-law>). <ref-law> enthält die bei der Bewilligung von Neuanlagen zu berücksichtigenden Grundsätze, <ref-law> diejenigen für bestehende Anlagen. Unbestritten ist, dass vorliegend eine Neukonzessionierung in Frage steht. Die Vorinstanz hat daher für die Frage der fischereirechtlichen Bewilligung zu Recht den <ref-law> als anwendbar erachtet. Diese Bestimmung lautet:
Massnahmen für Neuanlagen
1. Die zur Erteilung der fischereirechtlichen Bewilligung
zuständigen Behörden haben unter Berücksichtigung
der natürlichen Gegebenheiten und allfälliger
anderer Interessen alle Massnahmen vorzuschreiben,
die geeignet sind:
a) günstige Lebensbedingungen für die Wassertiere
zu schaffen hinsichtlich:
1. der Mindestabflussmengen bei Wasserentnahmen,
2. der Ausbildung des Durchflussprofils,
3. der Beschaffenheit der Sohle und der Böschungen,
4. der Zahl und Gestaltung der Fischunterschlupfe,
5. der Wassertiefe und -temperatur,
6. der Fliessgeschwindigkeit;
b) die freie Fischwanderung sicherzustellen;
c) die natürliche Fortpflanzung zu ermöglichen;
d) zu verhindern, dass Fische und Krebse durch
bauliche Anlagen oder Maschinen getötet oder verletzt
werden.
2. Lassen sich bei den vorgesehenen Eingriffen in
die Gewässer, ihren Wasserhaushalt oder ihren Verlauf
sowie bei Eingriffen in die Ufer und den Grund
von Gewässern keine Massnahmen finden, die schwerwiegende
Beeinträchtigungen von Interessen der Fischerei
im Sinne von Artikel 1 verhindern können, so muss nach der Abwägung der Gesamtinteressenlage entschieden
werden.
3. Massnahmen nach Absatz 1 müssen bereits bei der
Projektierung der technischen Eingriffe vorgesehen
werden.
3.- Das Verwaltungsgericht erachtete es als unbestritten, dass die vom Experten vorgeschlagenen Massnahmen den Zielen des <ref-law> besser gerecht werden als die bisher projektierten Fischabwehrmassnahmen. Die Bauherrschaft wende auch nicht ein, dass diese Massnahmen wirtschaftlich nicht tragbar seien. Aus fischereirechtlicher Sicht komme daher eine Konzessionierung auf der Basis des Entscheides der BVE nicht in Frage. Solange wirtschaftlich tragbare Optimierungsmassnahmen im Sinne von Art. 9 Abs. 1 lit. b und d BGF möglich seien, bestehe kein Raum für eine weitergehende Interessenabwägung.
a) Die Beschwerdeführer stellen die Optimierbarkeit des Projekts gemäss Expertise nicht in Abrede; sie sind jedoch der Auffassung, dass die Vorschläge des Experten ohne eigentliche Projektänderung im Rahmen der Detailprojektierung umgesetzt werden könnten. Das Verwaltungsgericht nahm dagegen an, es handle sich um eine Projektänderung, die nach Art. 43 Abs. 4 des bernischen Dekrets vom 22. März 1994 über das Baubewilligungsverfahren (BewD) im Verfahren vor Verwaltungsgericht ausgeschlossen sei. Art. 43 BewD lautet:
Projektänderungen während des Verfahrens und während
der Bauausführung
1. Eine Projektänderung im Sinne dieser Bestimmung
liegt vor, wenn das Bauvorhaben in seinen Grundzügen
gleich bleibt.
2. Die Baubewilligungsbehörde kann nach Anhörung der
Beteiligten und der von der Projektänderung berührten
Dritten das Verfahren ohne erneute Veröffentlichung
fortsetzen bzw. die Änderung des bewilligten
Projekts ohne neues Baugesuchsverfahren gestatten,
wenn öffentliche oder wesentliche nachbarliche Interessen
nicht zusätzlich betroffen sind.
3. Erfolgt die Projektänderung im Baubeschwerdeverfahren,
sind die Gemeinde, die Gegenpartei und die
von der Projektänderung berührten Dritten anzuhören.
Die Beschwerdeinstanz kann die Sache zur Weiterbehandlung
an die Vorinstanz zurückweisen.
4. Im Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht
sind Projektänderungen ausgeschlossen. Vorbehalten
bleibt die Befugnis des Verwaltungsgerichts, die Sache
zwecks Prüfung einer Projektänderung an die Vorinstanz
zurückzuweisen oder das Beschwerdeverfahren
durch Vergleich zu erledigen.
5. Erfolgt die Projektänderung erst während der Bauausführung,
richtet sich die Zuständigkeit allein
nach der Änderung. Es ist das im Zeitpunkt der Einreichung
der Projektänderung geltende Recht anzuwenden.
b) Das Verwaltungsgericht ging davon aus, die Anpassung des Vorhabens an die Vorschläge des Experten bedinge zumindest teilweise eine neue Planung. Zwar bleibe das Kraftwerkskonzept in seinen Grundzügen gleich; die Änderungen des Fischabwehrkonzepts beträfen aber nicht nur nebensächliche Details; so bedinge das neue Abwehrkonzept etwa eine Verbreiterung des Einlaufs.
Die Beschwerdeführer bestreiten dies: Aus fischereirechtlicher Sicht sei eine Verbreiterung des Einlaufs nicht erforderlich; im Gegenteil: Die Wirkung der erzwungenen s-förmigen Umlenkung würde dadurch abgeschwächt. Aus energiewirtschaftlicher Sicht führe diese s-förmige Umlenkung allerdings zu einem hydraulischen Höhenverlust, welcher durch eine Verbreiterung des Einlaufquerschnitts teilweise kompensiert werden könne. Der Experte Marrer habe sich bei seinen Äusserungen von dieser energiewirtschaftlichen Überlegung leiten lassen. Die Beschwerdeführer bewerten jedoch den hydraulischen Höhenverlust als minimal und sind der Auffassung, dass auf eine Verbreiterung des Einlaufquerschnitts verzichtet werden könne.
Bezüglich der Einlaufbreite hält der Bericht Marrer vom 12. April 2000 auf S. 8 fest: "Es ist abzusehen, dass dies (d.h. das von ihm vorgeschlagene mechanische Leitwehr am Einlauf) eine Verbreiterung des Einlaufs gegenüber der Planung bedingt". Die Beschwerdeführer haben dieser Aussage in ihrer Stellungnahme vom 12. Mai 2000 nicht widersprochen.
Das Verwaltungsgericht durfte somit davon ausgehen, diese Aussage sei unbestritten und hatte keine Veranlassung, weitere Abklärungen vorzunehmen. Zudem bestätigen die Ausführungen der Beschwerdeführer, dass zumindest aus energiewirtschaftlicher Sicht durchaus ein Zusammenhang zwischen der Modifizierung des Leitsystems und der Einlaufbreite besteht, so dass selbst bei Verzicht auf die Verbreiterung des Einlaufs eine Änderung des Projekts im Sinne einer Kapazitätsverminderung vorliegen kann. Unter diesen Umständen ist die Sachverhaltsfeststellung des Verwaltungsgerichts weder offensichtlich unrichtig noch unvollständig. Sie ist daher im Folgenden zugrunde zu legen (Art. 105 Abs. 2 OG).
c) Geht man deshalb davon aus, dass das neue Fischabwehrsystem mit einer Verbreiterung des Einlaufs verbunden ist, ist es nicht willkürlich, dies als Projektänderung i.S.v. Art. 43 BewD zu betrachten. Die Beschwerdeführer haben diese Auffassung im verwaltungsgerichtlichen Verfahren selbst vertreten, haben sie doch in ihrer Beschwerdeantwort vom 25. November 1999 das Eventualbegehren der heutigen Beschwerdegegnerin, den Einlaufquerschnitt zur Verminderung der Fliessgeschwindigkeit zu vergrössern, als vor Verwaltungsgericht unzulässige Projektänderung bezeichnet.
d) Schliesslich ist zu berücksichtigen, dass die Vorschläge des Experten Marrer nicht ohne weiteres umgesetzt werden können, sondern die Anlage nach dessen eigener Aussage noch im Detail geplant werden muss. Gemäss <ref-law> müssen Massnahmen nach Abs. 1 bereits bei der Projektierung der technischen Eingriffe vorgesehen werden; damit soll eine enge Zusammenarbeit zwischen den mit der Projektierung beauftragten Stellen und den zuständigen Fischereibehörden zu einem möglichst frühen Zeitpunkt gewährleistet und verhindert werden, dass die zum Schutze der Wassertiere erforderlichen Massnahmen erst nach Bewilligungserteilung angeordnet werden, wenn bereits Sachzwänge geschaffen worden sind (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 152 f. zum damals geltenden Art. 25 Abs. 3 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1973 über die Fischerei; [FG]). Dann aber entspricht es auch <ref-law> zu verlangen, dass die Gesuchsteller - in Zusammenarbeit mit den zuständigen Fachstellen - ihr Projekt überarbeiten und darin die vom Experten vorgeschlagenen Fischabweisungsmassnahmen konkretisieren. Angesichts der Bedeutung der Kander als Aufstiegswasser für die stark gefährdete Seeforelle können diese Massnahmen nicht als unwesentliche Einzelheiten betrachtet werden, die einem Detailprojektierungsverfahren nach Konzessionserteilung vorbehalten werden könnten.
4.- Die Beschwerdeführer werfen dem Verwaltungsgericht ferner vor, es hätte - wie die kantonalen Instanzen vor ihm - eine Gesamtinteressenabwägung vornehmen und dabei das erhebliche öffentliche Interesse an der Nutzung einheimischer Wasserkraft berücksichtigen müssen.
a) Gemäss <ref-law> ist eine Gesamtinteressenabwägung jedoch erst dann vorzunehmen, wenn sich keine Massnahmen i.S.v. <ref-law> finden, die schwerwiegende Beeinträchtigungen von Interessen der Fischerei verhindern können. <ref-law> weist sachlich eine gewisse Verwandtschaft zu <ref-law> auf. Beiden Bestimmungen wohnt der Gedanke inne, dass das Mögliche vorzukehren ist, um Beeinträchtigungen der Umwelt zu vermeiden.
Zwar enthält <ref-law>, der auf den älteren Art. 25 Abs. 1 FG zurückgeht, keinen Hinweis auf das technisch und betrieblich Mögliche und das wirtschaftlich Tragbare; diese immanente Schranke ergibt sich aber letztlich auch aus dem Verhältnismässigkeitsgrundsatz.
Im vorliegenden Fall steht aufgrund des Gutachtens Marrer fest, dass weitere, technisch und betrieblich mögliche und wirtschaftlich tragbare Massnahmen zur Optimierung des Fischabwehrsystems möglich sind; dies wird auch von den Beschwerdeführern nicht bestritten. Dann aber scheitert die Erteilung der fischereirechtlichen Bewilligung bereits auf der Stufe von <ref-law>.
b) Eine Verpflichtung zur Vornahme einer Gesamtinteressenabwägung nach <ref-law> bestünde in dieser Situation allenfalls, wenn bereits feststünde, dass selbst bei optimaler Umsetzung der vom Experten vorgeschlagenen Massnahmen eine schwerwiegende Beeinträchtigung von Interessen der Fischerei verbleiben werde, und das Verwaltungsgericht bereits über die notwendigen Entscheidungsgrundlagen verfügte, um die Gesamtinteressenabwägung vorzunehmen. In diesem Fall wäre es ein Gebot der Fairness, die Interessenabwägung vorzunehmen, damit die Gesuchsteller wissen, ob es sich lohnt, das Projekt in dem vom Experten vorgeschlagenen Sinne abzuändern, oder ob von vornherein keine Aussicht auf Erteilung der Konzession besteht.
Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass es - auch bei Verwirklichung des vom Experten vorgeschlagenen Abwehrkonzepts - keinen absoluten Schutz für sämtliche in Richtung Thunersee migrierenden Fische gebe und es weiterhin zu Verletzungen und Tötungen von Seeforellen kommen werde.
Dies stelle eine schwerwiegende Beeinträchtigung von Interessen der Fischerei dar, sofern damit langfristig der Bestand der stark gefährdeten Seeforelle gefährdet werde. Definitive Aussagen zu diesen Fragen hielt das Verwaltungsgericht jedoch für verfrüht. Auch das BUWAL vertritt in seiner Vernehmlassung die Auffassung, dass erst nach der genauen Planung der Massnahmen und weiterer, im neuen Konzessionsverfahren vorzunehmender Untersuchungen beurteilt werden könne, ob schwerwiegende Nachteile für die Interessen der Fischerei verbleiben.
Wie bereits oben (E. 3c) dargelegt worden ist, müssen die vom Experten vorgeschlagenen Fischabweisungsmassnahmen noch im Detail geplant und anschliessend von den zuständigen Fachstellen begutachtet werden. Erst dann kann zuverlässig beurteilt werden, welche Nachteile trotz verbesserter Fischabweisung für die Fischerei verbleiben, ob der Bestand der Seeforelle langfristig gefährdet wird und damit eine schwerwiegende Beeinträchtigung der Interessen der Fischerei vorliegt, und ob eine allfällige Beeinträchtigung durch andere Interessen ausgeglichen werden kann. Die Durchführung dieser Verfahrens- und Prüfungsschritte war dem Verwaltungsgericht jedoch gemäss Art. 43 Abs. 4 BewD verwehrt (vgl. oben, E. 3). In dieser Situation konnte das Verwaltungsgericht lediglich - im Sinne eines obiter dictum - auf die auch bei Optimierung der Fischabwehrmassnahmen noch bestehenden Bedenken hinweisen, um nicht den falschen Eindruck zu erwecken, die Konzession werde nach Überarbeitung des Projekts mit Sicherheit erteilt werden können. Dass diese Bedenken nicht aus der Luft gegriffen sind, belegen die Ausführungen des BUWAL (S. 3 seiner Vernehmlassung) zu Art. 5 der Verordnung vom 24. November 1993 zum Bundesgesetz über die Fischerei (VBGF) i.V.m. Anh. 1 VBGF. Für eine abschliessende, verbindliche Gesamtinteressenabwägung fehlten dem Verwaltungsgericht dagegen die Entscheidgrundlagen.
5.- a) Die Beschwerdeführer werfen dem Verwaltungsgericht vor, "das öffentliche Interesse an der Wasserkraftnutzung nicht allzu stark" gewichtet zu haben und die "Fundamentalopposition" der Fischereipachtvereinigung auch insoweit unterstützt zu haben, als von einer Rückweisung der Sache an die Vorinstanz abgesehen wurde.
b) Das Verwaltungsgericht ging unter Hinweis auf Art. 43 Abs. 1 BewD davon aus, dass die vom Experten vorgeschlagenen Änderungen an sich ohne neues Baugesuchsverfahren auf ihre Rechtmässigkeit hin überprüft werden könnten, da das ursprüngliche Projekt in seinen Grundzügen gleich bleibe.
Andererseits hielt es fest, dass im Beschwerdeverfahren vor Verwaltungsgericht Projektänderungen ausgeschlossen seien (Art. 43 Abs. 3 Satz 1 BewD). Vorbehalten bleibe allerdings die Befugnis des Verwaltungsgerichts, die Sache zwecks Prüfung einer Projektänderung an die Vorinstanz zurückzuweisen oder das Beschwerdeverfahren durch Vergleich zu erledigen (Art. 43 Abs. 3 Satz 1 BewD). Das Verwaltungsgericht verneinte die Vergleichsmöglichkeit und die Voraussetzungen für eine Rückweisung. Eine solche komme praxisgemäss nur in Frage, wenn die Änderung ohne weiteres zur Folge hätte, dass sich der Streit über die im Beschwerdeverfahren zu entscheidenden Fragen erledige.
c) Es ist nicht ohne weiteres nachvollziehbar, weshalb das kantonale Recht im vorliegenden Fall eine Rückweisung an die Vor- oder die Erstinstanz ausschliessen soll.
Der Hinweis auf das nicht publizierte Urteil des Berner Verwaltungsgerichts vom 6. Juli 1995 (VGE 19451 i.S. K. AG) trägt nichts zur Klärung bei, weil dieses Präjudiz auf einer ganz anderen Prozesslage beruht. Auf die Sache kann jedoch nicht weiter eingegangen werden. Die Beschwerdeführer legen mit keinem Wort dar, inwiefern das Verwaltungsgericht nach kantonalem Verfahrensrecht zur Rückweisung verpflichtet gewesen wäre und weshalb ihr gegenteiliger Entscheid willkürlich oder anderweitig verfassungswidrig sein soll. Mangels entsprechender, zumindest ansatzweise begründeter Rügen hatte das Verwaltungsgericht auch keine Veranlassung, seine Praxis in der Vernehmlassung zusätzlich zu erläutern. Unter diesen Umständen ist es dem Bundesgericht nicht möglich zu prüfen, ob der Verzicht auf eine Rückweisung auf einer willkürlichen Handhabung des kantonalen Rechts beruht oder sonstwie gegen verfassungsmässige Rechte verstösst.
6.- Nach dem Gesagten ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen, soweit auf die einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Beschwerdeführer kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156, 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen soweit darauf einzutreten ist.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 4'000.-- wird den Beschwerdeführern auferlegt.
3.- Die Beschwerdeführer haben die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit insgesamt Fr. 1'500.-- zu entschädigen. Sie haften zu gleichen Teilen als Solidarschuldner.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien, der Einwohnergemeinde Frutigen, handelnd durch den Gemeinderat, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 29. Oktober 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: