Sachverhalt:
A. X._ ist seit 1. Juli 2009 Chef der Abteilung A._ und Vizedirektor im Bundesamt B._ des Eidg. Departementes Z._. Die Fachstelle für Personensicherheitsprüfungen im Bereich Informations- und Objektsicherheit (Fachstelle IOS; nachfolgend: Fachbehörde oder Beschwerdegegnerin) des Eidg. Departementes für Verteidigung, Bevölkerungsschutz und Sport (VBS) fand anlässlich von verschiedenen Überprüfungen im Auftrag des Eidg. Departementes Z._ in Bezug auf X._ wiederholt kein Sicherheitsrisiko. Nachdem in Zeitungsartikeln über seine damalige, aus N._ stammenden Lebenspartnerin berichtet worden war, beantragte die für die Einleitung einer Personen überprüfung zuständige Personaldienststelle des Bundesamtes B._ mit Zustimmung von X._ vom 11. August 2010 die Durchführung einer erneuten Sicherheitsprüfung. Nach Gewährung des rechtlichen Gehörs erliess die Fachbehörde am 4. November 2010 eine negative Risikoverfügung, wonach X._ als Sicherheitsrisiko erachtet und unter anderem empfohlen wurde, von seiner Weiterverwendung in der besonders sicherheitsempfindlichen Funktion als Chef der Abteilung A._ sei abzusehen.
B. Das Bundesverwaltungsgericht wies die von X._ gegen die negative Risikoverfügung erhobene Beschwerde mit Entscheid vom 20. September 2011 ab.
C. X._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten mit dem Antrag, der Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts sei aufzuheben und es sei eine positive Risikoverfügung zu erlassen; eventualiter sei die Sache an die Vorinstanz bzw. die Fachstelle IOS zur Sachverhaltsabklärung und neuem Entscheid zurückzuweisen. Weiter ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung.
D. Mit Verfügung vom 12. Januar 2012 wies der Instruktionsrichter das Gesuch um aufschiebende Wirkung ab, soweit es nicht gegenstandslos geworden war.

Erwägungen:
1. 1.1 Der gestützt auf die Art. 19 ff. des Bundesgesetzes vom 21. März 1997 über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit (BWIS; SR 120) ergangene, verfahrensabschliessende Beschwerdeentscheid des Bundesverwaltungsgerichts (86 Abs. 1 lit. a und <ref-law>) unterliegt der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>). Risikoverfügungen im Sinne von Art. 21 der Verordnung vom 19. Dezember 2001 über die Personensicherheitsprüfungen in der hier anwendbaren, bis 31. März 2011 gültig gewesenen Fassung (aPSPV; SR 120.4) werden nicht unter den Ausnahmekatalog von <ref-law>, speziell dessen lit. a subsumiert (HANSJÖRG SEILER, in: Bundesgerichtsgesetz, Seiler/von Werdt/Güngerich [Hrsg.], 2007, N. 17 zu <ref-law>; ALAIN WURZBURGER, in: Commentaire de la LTF, Corboz et al. [Hrsg.], 2009, N. 27 zu <ref-law>; THOMAS HÄBERLI, in: Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 24 zu <ref-law>; <ref-ruling>, Urteil 2A.705/2004 vom 16. März 2005 E. 1.1 zur analogen Bestimmung in Art. 100 Abs. 1 lit. a aOG). Da auch die übrigen Voraussetzungen erfüllt sind, ist auf die frist- und formgerechte Beschwerde einzutreten.
1.2 Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 2.5 S. 262; <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254).
2. Ziel der Personensicherheitsprüfung ist es, bei Personen, welche eine nach Art. 19 Abs. 1 lit. a bis e BWIS sensible Arbeit verrichten oder verrichten würden, Sicherheitsrisiken aufzudecken (BVGE 2009/43 E. 2.2 S. 610 mit Hinweisen). Der Bundesrat hat in der Botschaft dazu ausgeführt, eine der heikelsten und intensivsten Bedrohungen der inneren Sicherheit entstehe dann, wenn an besonders wichtigen Schlüsselpositionen eingesetzte Personen Verrat übten, gegen den Staat selber arbeiteten oder seine Institutionen auf rechtswidrige Art verändern wollten. Es sollten dort nur Personen eingesetzt werden, die nicht erpressbar seien und Gewähr böten, das ihnen entgegengebrachte Vertrauen nicht zu missbrauchen (Botschaft des Bundesrates zum Bundesgesetz über Massnahmen zur Wahrung der inneren Sicherheit und zur Volksinitiative "S.o.S. Schweiz ohne Schnüffelpolizei" vom 7. März 1994, BBl 1994 II 1127 ff., 1147, nachfolgend: Botschaft zum BWIS). Nach <ref-law> werden im Rahmen der Personensicherheitsprüfung sicherheitsrelevante Daten über die Lebensführung der betroffenen Person erhoben, insbesondere über ihre engen persönlichen Beziehungen und familiären Verhältnisse, ihre finanzielle Lage, ihre Beziehungen zum Ausland und Aktivitäten, welche die innere und äussere Sicherheit in rechtswidriger Weise gefährden könnten. Über die Ausübung verfassungsmässiger Rechte werden keine Daten erhoben. Als Sicherheitsrisiken gelten nach der Praxis der Vorinstanz insbesondere Terrorismus, verbotener Nachrichtendienst, gewalttätiger Extremismus, kriminelle Handlungen, Korruption, finanzielle Probleme, Abhängigkeiten, Erpressbarkeit und exzessiver Lebenswandel (vgl. dazu statt vieler: Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-102/2010 vom 20. April 2010 E. 4.4.1 mit Hinweisen).
3. Fest steht, dass der Beschwerdeführer im Januar 2010 eine Beziehung mit einer geschiedenen, aus N._ stammenden Schweizerin einging, dass er diese als private Begleitung auf eine Geschäftsreise zu Amtskollegen nach N._ mitnehmen wollte und seine neue Partnerin deshalb präventiv durch zwei seiner ihm amtsintern untergebenen Sicherheitsspezialisten überprüfen liess. Dies, nachdem in der Zeitung Q._ ein Artikel über die Nebentätigkeit seiner neuen Partnerin erschienen war. Sodann blieb zu Recht unbestritten, dass der Beschwerdeführer als Chef der Abteilung A._ und Vizedirektor des Bundesamtes B._ mit einer äusserst sicherheitsempfindlichen, politisch heiklen und verantwortungsvollen Funktion betraut ist, so dass die Schwelle, um von einem Sicherheitsrisiko ausgehen zu müssen, verhältnismässig tief anzusetzen ist.
4. Im Zusammenhang mit der strittigen Verfügung vom 4. November 2010, wonach X._ als Sicherheitsrisiko zu erachten sei, rügt der Beschwerdeführer vorweg eine bundesrechtswidrige Sachverhaltsfeststellung sowie eine Verletzung der Begründungspflicht.
4.1 Unter den gegebenen Umständen haben Beschwerdegegnerin und Vorinstanz - ohne den Anspruch des Beschwerdeführers auf rechtliches Gehör zu verletzen - zu Recht in zulässiger antizipierter Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 4b S. 94) auf die beantragten Zeugeneinvernahmen der beiden Untergebenen von X._ verzichtet, nachdem Letzterer diese beiden hinsichtlich seiner im Sommer 2010 bevorstehenden Reise nach N._ angesichts der beabsichtigten Begleitung durch seine neue Freundin mit Sicherheitsabklärungen beauftragt hatte. Denn weder das Bundesverwaltungsgericht noch die Fachbehörde stellten in Frage, dass die beiden, ihm amtsintern unterstellten Sicherheitsspezialisten in Bezug auf die neue Lebenspartnerin ihres Vorgesetzten im damaligen Zeitpunkt kein Sicherheitsrisiko festzustellen vermochten. Diesbezüglich erkannte die Vorinstanz einen Mangel an Sensibilität des Beschwerdeführers vielmehr darin, dass er die beiden Untergebenen letztlich zu rein privaten Zwecken in seinem persönlichen Interesse mit der Sicherheitsüberprüfung der neuen Lebenspartnerin beauftragt hatte, ohne selber den ihm direkt vorgesetzten Direktor des Bundesamtes B._ vorgängig darüber oder über seine beabsichtigte Reisebegleitung informiert zu haben. Wäre die Prüfung negativ verlaufen, hätte er sich entweder für seine Arbeitsstelle oder für seine neue Beziehung entscheiden müssen. Zudem setzte der Beschwerdeführer durch den Abklärungsauftrag seine Untergebenen einem potentiellen Loyalitätskonflikt aus. Nach dem Gesagten waren insoweit von zusätzlichen Abklärungsmassnahmen keine neuen entscheidwesentlichen Erkenntnisse zu erwarten, weshalb das Bundesverwaltungsgericht zu Recht in antizipierter Beweiswürdigung darauf verzichtet hat. Eine bundesrechtswidrige Sachverhaltsfeststellung liegt nicht vor.
4.2 Der Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> umfasst die Verpflichtung der Behörde, ihren Entscheid zu begründen. Die Begründungspflicht soll verhindern, dass sich die Behörde von unsachlichen Motiven leiten lässt (<ref-ruling> E. 3.1 S. 277). Es ist nicht erforderlich, dass sie sich mit allen Parteistandpunkten einlässlich auseinander setzt und jedes einzelne Vorbringen ausdrücklich widerlegt. Sie kann sich auf die für den Entscheid wesentlichen Punkte beschränken. Die Begründung muss so abgefasst sein, dass sich der Betroffene über die Tragweite des Entscheids Rechenschaft geben und ihn in voller Kenntnis der Sache an die höhere Instanz weiterziehen kann (<ref-ruling> E. 4.2 S. 355 mit Hinweis). Die Begründungspflicht bezieht sich in dem Sinne auf die materielle Entscheidfindung, als das Gericht begründen muss, weshalb es zu diesem oder jenem Entscheid in der Sache kommt. Der im vorinstanzlichen Verfahren gestellte Antrag auf besondere Anonymisierung bezog sich nicht auf die Sache selbst. Eine fehlende Begründung betreffend Anonymisierung kann daher auch nicht zu einer Aufhebung des angefochtenen Entscheides mangels Begründung führen. Inwieweit eine allenfalls mangelhafte Anonymisierung des angefochtenen Entscheides (vgl. dazu immerhin Art. 29 Abs. 2 VGG) tatsächlich ursächlich war für die beanstandete Medienberichterstattung und die Vorinstanz durch eine angeblich ausgelöste Medienkampagne dem Beschwerdeführer Schaden zugefügt haben soll, ist nicht Gegenstand dieses Verfahrens.
5. Im Weiteren wirft der Beschwerdeführer dem Bundesverwaltungsgericht eine rechtsfehlerhafte Anwendung des BWIS und der aPSPV vor, indem es das ihm zustehende Ermessen missbraucht und den Verhältnismässigkeitsgrundsatz missachtet habe.
5. Im Weiteren wirft der Beschwerdeführer dem Bundesverwaltungsgericht eine rechtsfehlerhafte Anwendung des BWIS und der aPSPV vor, indem es das ihm zustehende Ermessen missbraucht und den Verhältnismässigkeitsgrundsatz missachtet habe.
5.1 5.1.1 Eine Angemessenheitskontrolle ist dem Bundesgericht verwehrt; es hat nur zu prüfen, ob die Vorinstanz ihr Ermessen rechtsfehlerhaft (<ref-law>) ausgeübt, mithin überschritten, unterschritten oder missbraucht hat (<ref-ruling> E. 3.3 S. 399; Urteil 8C_644/2008 vom 19. August 2009 E. 6.1, nicht publ. in: <ref-ruling>, aber in: SVR 2010 IV Nr. 6 S. 13; vgl. auch <ref-ruling> E. 5.3 S. 328), was Willkür einschliesst (Urteil 8C_797/2010 vom 11. Januar 2011 E. 3 mit Hinweisen). Die Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts ist insoweit beschränkt. Es hat nicht sein eigenes Ermessen an die Stelle desjenigen der zuständigen Behörde zu setzen.
Gemäss <ref-ruling> E. 4.2 S. 157 hat das Bundesgericht im Rahmen einer Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten die Verhältnismässigkeit des angefochtenen Akts grundsätzlich mit freier Kognition zu prüfen. Aus dem genannten Entscheid geht jedoch auch hervor, dass ein gesetzlich eingeräumter Gestaltungsspielraum nicht auf dem Wege der Verhältnismässigkeitsprüfung unterlaufen werden darf (vgl. dazu auch <ref-ruling> E. 1b S. 2; Urteil 1C_232/2008 vom 16. September 2008 E. 5.1).
5.1.2 Die Vorinstanz ist als Bundesverwaltungsgericht nicht Fachbehörde, sondern richterliche Instanz. Als solche kann sie zwar die Verfügungen der Fachstelle für Personensicherheitsprüfungen ebenfalls auf Unangemessenheit hin überprüfen (Art. 37 VGG in Verbindung mit <ref-law>). Bei der Unangemessenheit geht es um die Frage, ob der zu überprüfende Entscheid, den die Verwaltungsbehörde nach dem ihr zustehenden Ermessen im Einklang mit den allgemeinen Rechtsprinzipien in einem konkreten Fall getroffen hat, nicht zweckmässigerweise anders hätte ausfallen sollen. Dies heisst aber nicht, dass sie ohne hinreichenden Grund ihr eigenes Gutdünken an die Stelle des Ermessens und des technischen Wissens der fachkundigen Verwaltungsbehörde setzen darf (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 342; <ref-ruling> E. 2). Sie hat auch nicht den Massstab für sicherheitsrelevante Bedenken selber zu definieren. Dies obliegt in erster Linie dem Bundesrat, dem Departement und den nachgeordneten Verwaltungsbehörden. Aufgabe der Justiz ist nur, zu überprüfen, ob die Exekutivbehörden bei der Konkretisierung des Sicherheitsrisikos bezogen auf eine bestimmte Funktion im Rahmen der delegierten Befugnisse geblieben sind und ob die Beurteilung im Einzelfall gemessen an diesem Massstab korrekt ist (vgl. Urteil 2A.705/2004 vom 16. März 2005 E. 3.1 mit Hinweis).
5.1.2 Die Vorinstanz ist als Bundesverwaltungsgericht nicht Fachbehörde, sondern richterliche Instanz. Als solche kann sie zwar die Verfügungen der Fachstelle für Personensicherheitsprüfungen ebenfalls auf Unangemessenheit hin überprüfen (Art. 37 VGG in Verbindung mit <ref-law>). Bei der Unangemessenheit geht es um die Frage, ob der zu überprüfende Entscheid, den die Verwaltungsbehörde nach dem ihr zustehenden Ermessen im Einklang mit den allgemeinen Rechtsprinzipien in einem konkreten Fall getroffen hat, nicht zweckmässigerweise anders hätte ausfallen sollen. Dies heisst aber nicht, dass sie ohne hinreichenden Grund ihr eigenes Gutdünken an die Stelle des Ermessens und des technischen Wissens der fachkundigen Verwaltungsbehörde setzen darf (vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 342; <ref-ruling> E. 2). Sie hat auch nicht den Massstab für sicherheitsrelevante Bedenken selber zu definieren. Dies obliegt in erster Linie dem Bundesrat, dem Departement und den nachgeordneten Verwaltungsbehörden. Aufgabe der Justiz ist nur, zu überprüfen, ob die Exekutivbehörden bei der Konkretisierung des Sicherheitsrisikos bezogen auf eine bestimmte Funktion im Rahmen der delegierten Befugnisse geblieben sind und ob die Beurteilung im Einzelfall gemessen an diesem Massstab korrekt ist (vgl. Urteil 2A.705/2004 vom 16. März 2005 E. 3.1 mit Hinweis).
5.2 5.2.1 Wie unbestritten feststeht (E. 3 hievor), ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer als Chef der Abteilung A._ und Vizedirektor des Bundesamtes B._ - im klaren Gegensatz zu den von ihm angeführten Beispielen aus der Praxis - mit einer ausserordentlich sicherheitsempfindlichen, politisch heiklen und verantwortungsvollen Führungsfunktion betraut ist, welche einer grossen öffentlichen und medialen Aufmerksamkeit ausgesetzt und dementsprechend exponiert ist. Im Rahmen der Beurteilung, ob eine Person ein Sicherheitsrisiko im Sinne des BWIS darstellt, ist stets eine Abwägung zu treffen zwischen der Sicherheitsempfindlichkeit der Funktion und dem konkreten Risiko, das von der betroffenen Person ausgeht. Je heikler eine Funktion ist, desto tiefer ist die Schwelle für ein Sicherheitsrisiko anzusetzen. Die Bejahung eines relevanten Sicherheitsrisikos im Sinne des BWIS kann nicht nur mit Blick auf konkret begangene Straftaten, sondern auch aufgrund der Summe mehrerer anderer Risikoquellen gerechtfertigt sein, selbst wenn einzelne davon für sich genommen kein relevantes Sicherheitsrisiko darstellen würden (vgl. auch Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-5050/2011 vom 12. Januar 2012 E. 5.2 und 5.3 mit Hinweisen).
5.2.2 Entgegen der Auffassung des Beschwerdeführers sind bei der Risikoprüfung nicht nur "harte Fakten" mitzuberücksichtigen, sondern auch aussagekräftige Erkenntnisse aus Befragungen, welche mitunter die Intimsphäre berühren können (vgl. <ref-ruling> E. 4.5 S. 479). Für den Entscheid der Fachbehörde über die Personensicherheitsprüfung ist nicht ausschlaggebend, ob die Person am Vorliegen eines allfälligen Sicherheitsrisikos ein Verschulden trifft oder nicht (so schon Urteil des Bundesverwaltungsgerichts A-7512/2006 vom 23. August 2007 E. 3.5 mit Hinweisen).
5.2.3 Weder Verwaltung noch Vorinstanz legten dem Beschwerdeführer in Bezug auf die einzelnen festgestellten Risikofaktoren ein Verschulden zur Last. Das Bundesverwaltungsgericht hat vielmehr nach umfassender Berücksichtigung der gesamten Umstände ausführlich und zutreffend dargelegt, weshalb es der Beschwerdeführer in seiner äusserst sicherheitsempfindlichen Funktion an der geforderten Sensibilität hinsichtlich eines ausreichenden Masses an Gefahrenbewusstsein und Risikoverhalten fehlen liess, so dass die Fachbehörde zu Recht ein Sicherheitsrisiko bejaht habe. Denn nachdem er im ersten Halbjahr 2010 seine neue, aus N._ stammende Lebenspartnerin kennen gelernt hatte, erfolgte die Beauftragung der amtsintern untergebenen Experten mit der Abklärung von Sicherheitsrisiken im Hinblick auf seine im Sommer 2010 bevorstehende Dienstreise nach N._, zu welcher er sich - als einziger Sitzungsteilnehmer aus der Schweiz - privat von seiner neuen Partnerin begleiten lassen wollte, gemäss vorinstanzlicher Feststellung ausschliesslich im persönlichen Interesse des Beschwerdeführers. Trotz dieser anfänglichen Zweifel hinsichtlich eines allfälligen Sicherheitsrisikos von Seiten seiner neuen Freundin liess er die seine Beziehung betreffenden Sicherheitsbedenken durch Abklärungen seiner Untergebenen aus dem Weg räumen, ohne seinen direkten Vorgesetzten - weder über die amtsinternen Sicherheitsabklärungen noch über die tatsächliche Begleitung seiner neuen Freundin zu dieser Dienstreise nach N._ - zu informieren.
5.2.4 Was der Beschwerdeführer hiegegen vorbringt, ist unbegründet und zeugt von seinem mangelnden Einsichtsvermögen hinsichtlich der - bei gesamthafter Würdigung der konkreten Umständen - von Verwaltung und Vorinstanz zu Recht beanstandeten ungenügenden Sensibilität in Bezug auf die kritisierten Aspekte seines Risikoverhaltens. Obwohl er "aus heutiger Sicht" sein Verhalten einzig in dem Punkt für die Zukunft korrigieren würde, als er in einem vergleichbaren Fall "seinen Vorgesetzten vorgängig von sich aus über derartige Begebenheiten [die Beauftragung von Untergebenen mit der Durchführung von Sicherheitsabklärungen gegenüber einer neuen Lebenspartnerin und die Begleitung durch seine Partnerin auf eine Geschäftsreise] informieren" würde, bestreitet er, hinsichtlich des erforderlichen Gefahrenbewusstseins und des entsprechenden Risikoverhaltens in der Vergangenheit ein Sicherheitsrisiko in Kauf genommen zu haben. Vielmehr sei ihm gerade "aufgrund seiner ausgeprägten Sensibilität für Risiken bewusst [gewesen], dass seine private Beziehung nicht unproblematisch sein könnte", weshalb er eben seine Untergebenen mit der erwähnten Sicherheitsabklärung beauftragt habe. Schliesslich ist unabhängig von der Existenz einer allfälligen bundesverwaltungsinternen Vorschrift betreffend Zulässigkeit, sich als Delegationsteilnehmer privat vom Lebenspartner oder der Lebenspartnerin auf eigene Kosten bei offiziellen Geschäftsreisen begleiten lassen zu können, festzuhalten, dass sich hiefür in Bezug auf die besondere, äusserst sicherheitsempfindliche Funktion des Beschwerdeführers jedenfalls keine ausdrückliche generelle Ermächtigung findet. Gerade mit Blick auf das kritisierte Risikoverhalten offenbart der Beschwerdeführer seine mangelnde Sensibilität, indem er davon auszugehen scheint, ihm sei in seiner besonders sicherheitsempfindlichen Funktion alles erlaubt, was nicht ausdrücklich verboten ist.
5.2.5 Zusammenfassend vermag der Beschwerdeführer nicht darzulegen, inwiefern das Bundesverwaltungsgericht die ihm zustehende Überprüfungsbefugnis bei der gesamthaften Würdigung der Risikofaktoren im Rahmen der Angemessenheitskontrolle (vgl. E. 5.2 hievor) bundesrechtswidrig ausgeübt haben soll. Ein qualifizierter Ermessensfehler (E. 5.1.1 hievor) ist jedenfalls nicht ersichtlich.
5.3 Der angefochtene Entscheid ist schliesslich auch nicht zu beanstanden, soweit die Vorinstanz eine Verletzung des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes in Bezug auf die strittige negative Risikoverfügung verneint hat. Der Beschwerdeführer argumentiert widersprüchlich, wenn er einerseits eine von ihm ausgehende Wiederholungsgefahr beziehungsweise die ihm zur Last gelegte fehlende Einsicht in Abrede stellt, andererseits gleichzeitig geltend macht, als mildere Massnahme hätten durch den Erlass einer positiven Risikoverfügung mit Auflagen die Risikofaktoren "('fehlende Einsicht' und 'Wiederholungsgefahr') ohne Weiteres und sofort ausgeschaltet" werden können. Unbegründet ist auch der Einwand, die strittige negative Risikoverfügung zerstöre unwiderruflich die berufliche Karriere des Beschwerdeführers, zumal die entscheidende Instanz im Sinne von Art. 23 aPSPV nicht an die Sicherheitsrisikobeurteilung der Beschwerdegegnerin gebunden ist (<ref-law> in Verbindung mit Art. 24 Abs. 1 aPSPV) und über eine allfällige Anordnung personalrechtlicher Sanktionen, welche nicht Gegenstand des hier zu beurteilenden Streites bildet, ohnehin in einem selbstständigen Verfahren (hier nach Art. 34 ff. BPG) zu entscheiden wäre. Denn auch der Vereinbarung zwischen dem Departementsvorsteher und dem Beschwerdeführer über den Bezug bezahlten Urlaubs vom 4. Oktober 2011 (insbesondere Ziff. 9) ist nicht zu entnehmen, dass Letzterer im Falle der Rechtsbeständigkeit der negativen Risikoverfügung zwingend von jeder Weiterbeschäftigung im öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnis mit dem Bund ausgeschlossen wird. Das Bundesverwaltungsgericht hat - wenn auch knapp, so doch ausreichend - dargelegt, weshalb angesichts der besonderen Umstände des konkret zu beurteilenden Verhaltens des Beschwerdeführers keine mildere Massnahme ersichtlich ist, welche ebenso wie der Erlass einer negativen Risikoverfügung zum angestrebten Ziel führen würde, das Schadenspotenzial in Bezug auf die besonders sicherheitsempfindliche Funktion des Beschwerdeführers möglichst klein zu halten.
6. Nach dem Gesagten ist der angefochtene Entscheid, mit welchem die Vorinstanz die von der Beschwerdegegnerin erlassene negative Risikoverfügung bestätigte, wonach die Fachbehörde zuhanden der entscheidenden Instanz im Sinne von Art. 23 aPSPV empfiehlt, von einer Weiterbeschäftigung des Beschwerdeführers als Chef der Abteilung A._ im Bundesamt B._ abzusehen, nicht zu beanstanden.
7. Bei diesem Verfahrensausgang hat der Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 2. Mai 2012
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Ursprung
Der Gerichtsschreiber: Hochuli