Fatti:
A. K._, nato nel 1950, al momento dei fatti impiegato in qualità di manovale presso la X._ SA e, in quanto tale, assicurato presso l'Istituto nazionale svizzero di assicurazione contro gli infortuni (INSAI), in data 31 maggio 2005 è rimasto vittima di un infortunio in seguito alla franatura del terreno circostante durante la posa di un tubo all'interno di uno scavo, con conseguente frattura instabile dell'anello pelvico con diastasi della sinfisi e apertura della sacro-iliaca a destra, frattura delle apofisi traverse L1, L2 e L3 a destra, nonché ematoma retro-peritoneale nel piccolo bacino (rapporto di uscita 11 luglio 2005 del Servizio di ortopedia-traumatologia dell'Ospedale Y._).
Dopo aver corrisposto le prestazioni di legge, l'INSAI, mediante decisione del 19 gennaio 2009, ha chiuso il caso assegnando all'assicurato una rendita di invalidità del 30% a partire dal 1° novembre 2008 e una indennità per menomazione dell'integrità (IMI) del 20%.
In seguito all'opposizione interposta dal sindacato Unia per conto dell'assicurato, l'assicuratore infortuni, in data 25 giugno 2010, ha riformato la sua decisione assegnandogli una rendita d'invalidità del 41% e un'IMI aggiuntiva del 10%, per tenere conto della disfunzione erettile.
B. K._, sempre rappresentato dall'Unia, si è aggravato al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino, postulando, in via principale, la condanna dell'INSAI al versamento di una rendita d'invalidità del 66%, con effetto dal 1° novembre 2008, nonché di un'IMI del 40% per i problemi di erezione, e, in via subordinata, l'esecuzione di una perizia specialistica che accerti le conseguenze del trauma sull'esigibilità lavorativa e quindi sulla rendita d'invalidità ed il grado complessivo di IMI.
Con giudizio 25 ottobre 2010, Il Tribunale di prima istanza, statuendo per giudice unico, ha parzialmente accolto il gravame, facendo obbligo all'INSAI di versare all'insorgente una rendita di invalidità del 45%. L'Istituto è stato inoltre condannato al pagamento di ripetibili, fissate in fr. 400.-.
C. L'INSAI interpone ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, al quale chiede, con protesta di spese e ripetibili, l'annullamento della pronuncia cantonale. Dei motivi si dirà nei considerandi.
L'assicurato e l'Ufficio federale della sanità pubblica hanno rinunciato a determinarsi.

Diritto:
1. 1.1 Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto, conformemente a quanto stabilito dagli art. 95 e 96 LTF. L'accertamento dei fatti può venir censurato solo se è stato svolto in modo manifestamente inesatto o in violazione del diritto ai sensi dell'<ref-law> e se l'eliminazione del vizio può essere determinante per l'esito del procedimento (art. 97 cpv. 1 e 105 cpv. 1 e 2 LTF). Se, tuttavia, il ricorso è diretto contro una decisione d'assegnazione o rifiuto di prestazioni pecuniarie dell'assicurazione militare o dell'assicurazione contro gli infortuni - come nel caso concreto - può essere censurato qualsiasi accertamento inesatto o incompleto dei fatti giuridicamente rilevanti (<ref-law>); il Tribunale federale in tal caso non è vincolato dall'accertamento dei fatti operato dall'autorità inferiore (<ref-law>).
1.2 Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Esso non è vincolato né dagli argomenti sollevati nel ricorso né dai motivi addotti dall'autorità inferiore; può dunque accogliere un ricorso per motivi diversi da quelli invocati dalla parte insorgente e respingerlo adottando un'argomentazione differente da quella esposta nel giudizio impugnato (v. <ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254 con riferimenti). Tenuto conto dell'esigenza di motivazione di cui all'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF, sotto pena d'inammissibilità (<ref-law>), il Tribunale federale esamina in linea di principio solo le censure sollevate, nella misura in cui le carenze giuridiche non risultano palesi (<ref-ruling> consid. 1.4.1 pag. 254); esso non è tenuto a esaminare, come lo farebbe un'autorità di prima istanza, tutte le questioni giuridiche che si pongono se queste ultime non sono più oggetto di discussione in sede federale.
2. Nei considerandi dell'impugnata pronuncia, cui si rinvia, l'autorità giudiziaria cantonale ha già compiutamente esposto le norme legali e i principi giurisprudenziali disciplinanti la materia, rammentando in particolare i presupposti che reggono il diritto a una rendita d'invalidità dell'assicurazione contro gli infortuni (<ref-law>), la nozione stessa d'invalidità (<ref-law>) come pure il metodo generale di confronto dei redditi (da valido e da invalido) per la determinazione del grado d'invalidità di assicurati esercitanti un'attività lucrativa (<ref-law>).
Unico oggetto del contendere è, in concreto, il metodo di calcolo utilizzato dal primo giudice per considerare le due riduzioni ritenute in ambito di reddito da invalido.
2.1 In particolare, l'Istituto ricorrente non contesta né l'entità dei due redditi raffrontati, ossia fr. 65'394.30 per il reddito da valido e fr. 59'978.88 per il reddito da invalido (e, quindi, la presa in considerazione del valore statistico), né, per quanto concerne quest'ultimo, la deduzione del 20% legata alla riduzione del rendimento e del 20% riferita alle circostanze del caso concreto. Controverso è unicamente il fatto che il primo giudice ha dedotto dal reddito da invalido direttamente la percentuale del 40%, ottenendo un risultato di fr. 35'987.32, mentre secondo l'INSAI si sarebbe dovuto procedere ad una riduzione del 20% in due fasi, giungendo così ad un salario di fr. 38'386.48.
2.2 L'INSAI nel ricorso fa riferimento alla sentenza <ref-ruling>, secondo la quale la questione di sapere se e in quale misura i salari statistici debbano essere ridotti dipende dall'insieme delle circostanze personali e professionali del caso concreto (limitazione addebitabile al danno alla salute, età, anni di servizio, nazionalità e tipo di permesso di dimora, grado di occupazione). Una deduzione globale del 25% dal salario statistico permette di tenere conto delle varie particolarità suscettibili di influire sul reddito del lavoro. Da tale sentenza emerge chiaramente come la Corte federale, nel calcolare il salario da invalido, abbia dapprima ridotto il dato statistico della percentuale dovuta all'incapacità di lavoro del 50%, e solo dal risultato intermedio ottenuto abbia ridotto ancora la percentuale del 15% dovuta alle circostanze del caso concreto (consid. 7a e 7b pag. 81 seg.).
In maniera analoga il Tribunale federale ha proceduto, fra altre, nella sentenza 8C_709/2008 del 3 aprile 2009. Anche in quella occasione la riduzione del reddito statistico da invalido è stata operata in due fasi (cfr. consid. 8-10).
2.3 In esito a quanto precede, il metodo di calcolo di deduzioni in due fasi del 20% applicato dall'INSAI risulta conforme alla giurisprudenza e merita pertanto di essere confermato. Ne segue che il ricorso dev'essere accolto e il giudizio impugnato annullato.
3. Le spese giudiziarie seguono la soccombenza (<ref-law>) e sono quindi poste a carico dell'opponente, sebbene quest'ultimo non abbia presentato una risposta.
Pur vincendo in causa, l'Istituto ricorrente non ha diritto a ripetibili poiché incaricato di compiti di diritto pubblico (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è accolto e il giudizio del Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino del 25 ottobre 2010 è annullato.
2. Le spese giudiziarie di fr. 750.- sono poste a carico dell'opponente.
3. Comunicazione alle parti, al Tribunale delle assicurazioni del Cantone Ticino e all'Ufficio federale della sanità pubblica.