Sachverhalt:
A. Die X._ AG ist seit dem 16. August 1961 im Handelsregister eingetragen. Sie hat zum Zweck die Fabrikation und den Vertrieb von Stärkungs- und Heilmitteln auf Hefe- und pflanzlicher Basis. Seit dem 1. Januar 1995 ist sie im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen.
Am 2. März 1994 ersuchte die X._ AG die Eidgenössische Steuerverwaltung um Bestätigung, dass mehrere von ihr hergestellte bzw. vertriebene Präparate ab dem Zeitpunkt der Einführung der Mehrwertsteuer mit dem ermässigten Mehrwertsteuersatz (von damals 2 %) besteuert würden, darunter auch die beim Bundesamt für Gesundheit als Speziallebensmittel registrierten "X._ Aufbaupräparate" (hergestellt aus Hefe und Wildpflanzen), flüssig und Tabletten.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung antwortete mit Schreiben vom 16. März 1994, die Umschreibung der dem reduzierten Mehrwertsteuersatz unterliegenden Medikamente sei noch offen. Es sei allerdings davon auszugehen, dass Präparate, die zum Einnehmen bestimmt seien und nicht mehr als 0,7 Volumenprozent Alkohol enthielten, als Ess- oder Trinkwaren mit dem reduzierten Mehrwertsteuersatz besteuert würden.
In einem weiteren Schreiben vom 17. Mai 1994 legte die X._ AG dar, das Aufbaupräparat sei seit 20 Jahren beim Bundesamt für Gesundheit als Speziallebensmittel registriert. Zu dessen Herstellung werde Pflanzenhefe plasmolysiert (im Gärvorgang verflüssigt), wobei ungefähr 2 % Gewichtsalkohol entstünden; ansonsten werde kein Alkohol beigegeben. Das Bundesamt für Gesundheit reihe das Aufbaupräparat als alkoholfreies Speziallebensmittel ein, da der Alkoholgehalt pro Einnahmedosis äusserst gering sei. Sie werde das Aufbaupräparat (flüssig und Tabletten) daher zum Mehrwertsteuersatz für Lebensmittel von 2 % abrechnen.
Im März 1999 führte die Eidgenössische Steuerverwaltung bei der X._ AG eine Kontrolle betreffend die Steuerperioden 1. Januar 1995 bis 31. Dezember 1998 durch. Weder die in diesem Zusammenhang ausgestellten zwei Ergänzungsabrechnungen noch die diesbezüglichen Weisungen an die Gesellschaft vom 10. März 1999 befassen sich mit dem Aufbaupräparat.
Nachdem die X._ AG die Eidgenössische Steuerverwaltung darauf hingewiesen hatte, dass bei einer weiteren Kontrolle bei einem ihrer Kunden das Aufbaupräparat nun dennoch als Heilmittel bezeichnet und aufgrund des Alkoholgehalts von ca. 2,5 Gewichtsprozenten dem Normalsteuersatz von 7,6 % unterstellt worden sei, teilte die Eidgenössische Steuerverwaltung der X._ AG am 14. Juli 2004 mit, eine Anerkennung des Aufbaupräparates als alkoholfreies Getränk, Essware oder Medikament sei nicht möglich, da dieses 2,5 Volumenprozent Alkohol enthalte. Am 28. Dezember 2004 erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung eine Ergänzungsabrechnung (1. Quartal 1999 bis 3. Quartal 2004), mit welcher sie der X._ AG die sich aus den beiden Steuersätzen ergebende Mehrwertsteuer-Differenz von Fr. 393'948.--, zuzüglich Verzugszins zu 5 % seit 30. August 2002, nachbelastete.
Auf Einsprache der Steuerpflichtigen hin bestätigte die Eidgenössische Steuerverwaltung mit Entscheid vom 25. August 2005 die Nachforderung.
Gegen den Einspracheentscheid erhob die X._ AG am 26. September 2005 Beschwerde bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission. Nachdem das Bundesverwaltungsgericht das Verfahren am 1. Januar 2007 übernommen hatte, hiess es die Beschwerde mit Entscheid vom 1. Oktober 2008 gut und stellte fest, dass die X._ AG die nachgeforderte Mehrwertsteuer nicht schulde.
B. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt die Eidgenössische Steuerverwaltung dem Bundesgericht im Hauptantrag, das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 1. Oktober 2008 aufzuheben und ihren Einspracheentscheid vom 25. August 2005 zu bestätigen.
Das Bundesverwaltungsgericht hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die X._ AG beantragt, die Beschwerde abzuweisen.

Erwägungen:
1. 1.1 Ein zweiter Schriftenwechsel wurde nicht angeordnet (vgl. Art. 102 Abs. 3 BGG). Ob auf die nach Ablauf der Vernehmlassungsfrist eingereichte Ergänzung der Vernehmlassung der Beschwerdegegnerin betreffend ein zusätzliches rechtliches Argument einzutreten ist, kann offen bleiben, da das Bundesgericht das Recht von Amtes wegen anwendet (Art. 106 Abs. 1 BGG).
1.2 Der angefochtene Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts betrifft eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts (Art. 82 lit. a BGG) und fällt unter keine der in Art. 83 BGG erwähnten Ausnahmen, weshalb er an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 86 Abs. 1 lit. a BGG); die Eidgenössische Steuerverwaltung ist zur Beschwerde legitimiert (Art. 89 Abs. 2 lit. a BGG in Verbindung mit Art. 45b Abs. 2 MWSTGV).
1.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substantiiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (<ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 393 E. 7.1, 462 E. 2.4). Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht (<ref-ruling> E. 4b S. 40). Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin erachtet das Dispositiv des angefochtenen Entscheides als falsch. Ihres Erachtens hätte die Beschwerde allenfalls teilweise gutgeheissen werden müssen. Die vollständige Gutheissung und die dementsprechende Auflage von Verfahrens- und Parteikosten verletze hingegen Art. 63 Abs. 1 und Art. 64 Abs. 1 VwVG (SR 172.021) in Verbindung mit Art. 7 Abs. 2 des Reglementes vom 21. Februar 2008 über die Kosten und Entschädigungen vor dem Bundesverwaltungsgericht (VGKE; SR 173.320.2).
2.2 Die Rüge ist unbegründet. Im Einspracheentscheid wurde zwar festgestellt, die Umsätze aus dem Verkauf des Aufbaupräparates seien zum Normalsatz von 7,5 % (bis 31. Dezember 2000) bzw. von 7,6 % (seit dem 1. Januar 2001) zu versteuern (Dispositiv Ziff. 2); zugleich wurde aber erkannt, die Beschwerdegegnerin habe die sich daraus ergebende Differenz von Fr. 393'948.-- zu bezahlen (Dispositiv Ziff. 3). Es handelt sich somit insgesamt um ein Leistungsurteil, womit allfällige, diesem zu Grunde liegende Feststellungen keinen selbständigen Charakter haben (vgl. BGE 126 II 300 E. 2c).
Die Vorinstanz ihrerseits ist zwar zum Schluss gekommen, das Aufbaupräparat hätte zum Normalsatz besteuert werden müssen; da jedoch die Beschwerdegegnerin nach Treu und Glauben davon habe ausgehen dürfen, sie müsse die Umsätze mit dem Aufbaupräparat nur zum reduzierten Satz versteuern, schulde sie die Mehrwertsteuer im geltend gemachten Umfang nicht. Die Vorinstanz hat bei diesem Ergebnis zu Recht die Beschwerde - mit welcher die Aufhebung des Einspracheentscheides und die Feststellung, dass das Aufbaupräparat in der Zeit vom 1. Januar 1999 bis 30. Juni 2004 zum reduzierten Steuersatz zu versteuern sei, verlangt worden war - vollständig gutgeheissen, denn auf Grund der Bejahung des Vertrauensschutzes durch die Vorinstanz unterliegen die in der fraglichen Zeit erzielten Umsätze ausnahmsweise eben nicht dem gemäss Einspracheentscheid (Dispositiv Ziff. 2) anwendbaren Normalsatz, der sonst richtigerweise auf dieses Produkt grundsätzlich anzuwenden wäre. Die zusätzliche Mehrwertsteuerforderung der Beschwerdeführerin wurde damit im vollen Umfang aufgehoben. Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin hätte das angefochtene Urteil daher nicht auf teilweise Gutheissung lauten müssen und ist somit auch nicht bereits aus diesem Grund aufzuheben.
Der Einwand der Beschwerdeführerin, die Vorinstanz habe ohne zeitliche Beschränkung festgehalten, dass das Aufbaupräparat zum Normalsatz zu besteuern sei, ist ebenfalls unbegründet. Denn Streitgegenstand bildete einzig die Besteuerung des Aufbauproduktes im Zeitraum vom 1. Januar 1999 bis 30. Juni 2004 gemäss Ergänzungsabrechnung vom 25. August 2005 bzw. die für diesen Zeitraum geschuldete Steuerdifferenz von Fr. 393'948.--.
2.3 Ist demnach von einem vollständigen Obsiegen der Beschwerdegegnerin auszugehen, verletzt auch die durch die Vorinstanz nach Ermessen festgesetzte Höhe der Parteientschädigung kein Bundesrecht. Die Berufung der Beschwerdeführerin auf die Regelung der Parteientschädigung vor Bundesgericht ist unbehelflich, da für das Bundesverwaltungsgericht keine Regelung mit Streitwerttarif besteht und der Aufwand des Anwaltes, als gewichtigster Kostenposten (André Moser und andere, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2008, § 4 Ziff. 4.75), vor der ersten gerichtlichen Instanz regelmässig erheblich höher ist als vor der letzten Instanz.
3. 3.1 Die Beschwerdeführerin rügt, das angefochtene Urteil verletze, weil die Voraussetzungen für die Berufung auf den Vertrauensschutz nicht erfüllt seien, Art. 9 BV "und daher" Art. 27 MWSTV bzw. Art. 36 MWSTG.
3.2 Die Beschwerdegegnerin ihrerseits wendet sich gegen die grundsätzliche Qualifikation ihres Aufbaupräparates durch die Vorinstanz als "alkoholisches Getränk" im Sinne des Mehrwertsteuerrechts. Es ist daher zunächst zu prüfen, ob die Vorinstanz insoweit Bundesrecht verletzt hat.
4. 4.1 Gemäss den beiden im fraglichen Zeitraum anwendbaren Bestimmungen (Art. 93 Abs. 1 MWSTG) von Art. 27 Abs. 1 lit. a Ziff. 1 MWSTV bzw. Art. 36 Abs. 1 lit. a Ziff. 2 MWSTG gilt für die Lieferung und den Eigenverbrauch von Ess- und Trinkwaren, ausgenommen alkoholische Getränke, ein reduzierter Mehrwertsteuersatz von 2 % bzw. 2,4 %; der reduzierte Steuersatz gilt nicht, wenn diese Waren im Rahmen von gastgewerblichen Leistungen abgegeben werden. Diese Regelung beruht auf dem sozialpolitischen Grundgedanken, dass Güter des täglichen Bedarfs geringer zu besteuern sind, weil sie zum Existenzbedarf gehören; sie waren unter der Herrschaft des Warenumsatzsteuerbeschlusses sogar steuerbefreit (vgl. Urteil 2A.68/2003 vom 31. August 2004 E. 2, in: ASA 76 S. 212 ff.; vgl. Urteil 2A.83/1991 vom 3. September 1991, E. 1b, in: ASA 60 S. 643 ff.). Der reduzierte Steuersatz bildet im Mehrwertsteuerrecht eine Ausnahme, die als solche restriktiv zu handhaben ist (Urteil 2A.68/2003 vom 31. August 2004 E. 3.4, in ASA 76 S. 212 ff.). Es ist daher gerechtfertigt, nur die eigentliche Grundversorgung - d.h. Essen und Trinken, soweit sie der Aufrechterhaltung lebensnotwendiger Funktionen des menschlichen Organismus dienen - steuerlich geringer zu belasten (vgl. MARTIN KOCHER, in: mwst.com, 2000, N 3 zu Art. 36 MWSTG).
Unter diesem Gesichtspunkt erscheint bereits fraglich, ob ein Aufbaupräparat überhaupt zu den von dieser Bestimmung erfassten Produkten der menschlichen Grundversorgung gezählt werden kann. Die Frage kann jedoch offenbleiben.
4.2 Weder Art. 27 MWSTV noch 36 MWSTG bestimmen, ab welchem Alkoholgehalt ein "alkoholisches Getränk" - und keine (alkoholfreie) Trinkware mehr - vorliegt.
4.3 Die Eidgenössische Steuerverwaltung liess nach der Einführung der Mehrwertsteuer (am 1. Januar 1995) für die Anwendung des reduzierten Mehrwertsteuersatzes noch einen Alkoholgehalt von 0,7 Volumenprozenten zu (Merkblatt Nr. 18 "über die zu 2% steuerbaren Ess- und Trinkwaren sowie Futtermittel" Ziff. 1.3 [MWSTV],: Merkblatt Nr. 07 "Ess- und Trinkwaren sowie Futtermittel", Ziff. 1.2.3 [MWSTG]).
Zuvor waren (unter der Geltung des Warenumsatzsteuerbeschlusses) alkoholfreie Getränke zu einem ermässigten Satz besteuert worden; von der Steuer ausdrücklich ausgenommen waren u.a. Esswaren und eine Reihe weiterer Lebensmittel; vorbehalten wurde bereits damals eine Erweiterung der sogenannten Freiliste auf die dem Sondersatz unterstellten Waren, namentlich die alkoholfreien Getränke (vgl. BBl 1957 575, insb. S. 578: "als Lebensmittel geltende Esswaren").
Unter diesen Umständen stellt die Vorinstanz in Bezug auf die mehrwertsteuerlich notwendige Abgrenzung von alkoholfreien gegenüber alkoholischen Getränken zu Recht auf die in der Lebensmittelgesetzgebung diesbezüglich vorgenommenen Unterscheidungen ab, die analog anwendbar sind (vgl. auch Martin Kocher, a.a.O., N 12 f.).
4.4 Die im hier in Frage stehenden Zeitraum noch anwendbare Lebensmittelverordnung vom 1. März 1995 (AS 1995 1491) schrieb vor, dass bei Getränken ein Alkoholgehalt von mehr als 0,5 Volumenprozenten auf der Verpackung oder Etikette anzugeben war, ergänzt durch das Symbol "% vol" (Art. 22 Abs. 1 lit. g aLMV); Nahrungsmittel waren bei einem Alkoholgehalt von mehr als 0,5 Massenprozenten als "alkoholhaltig" zu kennzeichnen (Art. 22 Abs. 1 lit. f aLMV). Zusätzlich wurde der zulässige Alkoholgehalt einzeln aufgeführter alkoholfreier Getränke, so etwa von Trauben- und Kernobstsaft, auf maximal 0,5 Volumenprozente festgelegt. Mit der am 1. Mai 2002 in Kraft getretenen Änderung vom 27. März 2002 wurde eine allgemeine Definition aufgenommen, nach welcher "übrige alkoholische Getränke" alle alkoholischen Getränke sind, welche einen Alkoholgehalt von mehr als 0,5 Volumenprozenten aufweisen und nicht in den Art. 336 bis 432 (aLMV) geregelt sind.
Besonders erwähnt waren auch Speziallebensmittel, d.h. Lebensmittel, die für eine besondere Ernährung bestimmt sind, namentlich Ergänzungsnahrungen (Art. 165 ff. aLMV); sie mussten alkoholfrei sein (Art. 166 Abs. 1 aLMV). Diese Bestimmung wurde (offenbar auf Anregung der Beschwerdegegnerin) ergänzt, indem nun seit dem 1. Mai 2002 Alkohol insoweit enthalten sein darf, als dieser aus Eigengärung herrührt und die aufgenommene Alkoholmenge bei bestimmungsgemässem Konsum des betreffenden Lebensmittels 1 Gramm pro Tagesration nicht überschreitet (AS 2002 608).
4.5 Die Vorinstanz hat demzufolge kein Bundesrecht verletzt, indem sie zum Schluss gekommen ist, die Eidgenössische Steuerverwaltung wende für Getränke mit einem Alkoholgehalt von mehr als 0,5 Volumenprozenten zu Recht den Normalsatz für die Mehrwertsteuer an. Es kann im Übrigen auf die ausführliche und zutreffende Begründung der Vorinstanz verwiesen werden (angefochtenes Urteil E. 2).
4.6 Der Einwand der Beschwerdegegnerin, das in Frage stehende Aufbaupräparat sei zwar flüssig, aber nach allgemeinem Sprachgebrauch kein Getränk, ist unbegründet. Schon aus dem Wortlaut von 27 Abs. 1 lit. a Ziff. 1 MWSTV bzw. Art. 36 Abs. 1 lit. a Ziff. 2 MWSTG ergibt sich klar, dass von den Trinkwaren die alkoholischen Getränke ausgenommen sind. Sowohl die französische als auch die italienische Fassung verwenden denn auch für beides denselben Begriff ("boissons" bzw. "bevande"), ohne noch weitere Unterscheidungen zu treffen. Die Folgerung der Vorinstanz, die Begriffe Trinkware und Getränk würden synonym verwendet, ist somit zutreffend. Sie durfte deshalb das flüssige Aufbaupräparat als Trinkware bezeichnen (angefochtenes Urteil E. 6.1). Ob diese in ihrer Konsistenz nun schnell oder "kaum fliesst", ist nicht massgebend. Es geht dabei lediglich um die Unterscheidung von festen und flüssigen Stoffen. Die Beschwerdegegnerin selber hat immer dargelegt, dass der Alkohol im Aufbaupräparat bei der "Verflüssigung" von Pflanzenhefe im Gärvorgang entstehe.
4.7 Die Vorinstanz durfte somit ohne Bundesrecht zu verletzen zum Schluss gelangen, das Aufbaupräparat sei mehrwertsteuerrechtlich als Trinkware und zwar - angesichts seines den Grenzwert von 0,5 Volumenprozenten übersteigenden Alkoholgehalts - als alkoholisches Getränk zu qualifizieren (angefochtenes Urteil E. 6.1).
5. 5.1 Die Vorinstanz ist in Anwendung des Grundsatzes von Treu und Glauben zum Schluss gelangt, die Beschwerdegegnerin habe davon ausgehen dürfen, das Aufbaupräparat sei zum reduzierten Mehrwertsteuersatz zu versteuern.
5.2 Der in Art. 9 BV verankerte Grundsatz von Treu und Glauben verleiht einer Person Anspruch auf Schutz des berechtigten Vertrauens in unrichtige Zusicherungen, Auskünfte, Mitteilungen oder Empfehlungen einer Behörde, wenn die Behörde in einer konkreten Situation mit Bezug auf bestimmte Personen gehandelt hat, die Behörde für die Erteilung der betreffenden Auskunft zuständig war, der Bürger die Unrichtigkeit der Auskunft nicht ohne Weiteres erkennen konnte, er im Vertrauen auf die Richtigkeit der Auskunft Dispositionen getroffen hat, die nicht ohne Nachteil rückgängig gemacht werden können, und die gesetzliche Ordnung seit der Auskunftserteilung keine Änderung erfahren hat (<ref-ruling> E. 6.1 S. 636 f.; Urteil 1C_242/2007 vom 11. Juni 2008 E. 3.3.1 S. 637).
Als Folge der Bedeutung des Legalitätsprinzips im Abgaberecht ist der Vertrauensschutz in diesem Bereich jedoch praxisgemäss nur mit Zurückhaltung zu gewähren (<ref-ruling> E. 6.1). Eine vom Gesetz abweichende Behandlung eines Steuerpflichtigen kann nur in Betracht fallen, wenn die Voraussetzungen des Vertrauensschutzes klar und eindeutig erfüllt sind. Einem Steuerpflichtigen darf aufgrund einer unrichtigen Auskunft oder einer bis anhin tolerierten gesetzwidrigen Behandlung nicht ein Vorteil erwachsen, der zu einer krassen Ungleichbehandlung führen würde (Urteil 2A.261/2001 vom 29. Oktober 2001 E. 2d/cc).
5.3 Die Beschwerdeführerin beanstandet, die Vorinstanz habe aus ihren auf dem Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 17. Mai 1994 handschriftlich angebrachten Notizen die falschen Schlüsse gezogen und sei somit von einem falschen Inhalt des Telefongesprächs vom 25. Mai 1994 ausgegangen.
5.4 Die Beschwerdegegnerin ersuchte die Beschwerdeführerin am 2. März 1994, ihr zu bestätigen, dass das beim Bundesamt für Gesundheit als Speziallebensmittel registrierte Aufbaupräparat (flüssig und Tabletten) sowie zwei weitere als Heilmittel registrierte Produkte zum Mehrwertsteuersatz von 2 % besteuert würden. Die Beschwerdeführerin antwortete mit Schreiben vom 16. März 1994, die Umschreibung der dem reduzierten Mehrwertsteuersatz unterliegenden Medikamente sei noch offen; es sei aber "schon heute davon auszugehen, dass Präparate, die zum Einnehmen bestimmt sind und nicht mehr als 0,7 Vol % Alkohol enthalten, als Ess- oder Trinkwaren zum Satz von 2 % besteuert werden".
Die Beschwerdegegnerin wandte sich in der Folge mit einem weiteren Schreiben vom 17. Mai 1994 mit detaillierten Fragen und Feststellungen an die Eidgenössische Steuerverwaltung. Dabei wies sie darauf hin, dass ihr Aufbaupräparat seit 20 Jahren beim Bundesamt für Gesundheit als Speziallebensmittel registriert sei. Zur Herstellung des Produktes werde Pflanzenhefe plasmolysiert, d.h. im Gärvorgang verflüssigt. Bei diesem Prozess entstünden ca. 2 Gew.% Alkohol; es werde jedoch kein Alkohol beigegeben. Vom Bundesamt werde das Aufbaupräparat als alkoholfreies Speziallebensmittel eingereiht, da die Alkoholmenge in der Einzeldosis äusserst gering sei. Man werde daher das flüssige Aufbaupräparat als Lebensmittel zu 2 % abrechnen; zum gleichen Satz würden die Aufbauhefetabletten - die Alternative zum flüssigen Aufbaupräparat - abgerechnet.
Dieses Schreiben wurde von der Verwaltung nicht schriftlich, sondern vom zuständigen Sachbearbeiter am 25. Mai 1994 telefonisch beantwortet.
5.5 Nach Auffassung der Vorinstanz zeigen die auf dem Schreiben vom zuständigen Sachbearbeiter der Beschwerdeführerin angebrachten Handnotizen, dass dieser die telefonische Auskunft am 25. Mai 1994 erteilt habe und Gegenstand der Auskunft der Mehrwertsteuersatz für das "Aufbauprodukt flüssig" gewesen sei. Es ergebe sich weiter, dass die Auskunft dahingehend gelautet habe, das "Aufbauprodukt flüssig" sei zum reduzierten Mehrwertsteuersatz (von seinerzeit 2 % für Lebensmittel) zu versteuern.
5.6 Diese Auslegung der Notizen und die daraus gezogenen Schlüsse können nicht als unhaltbar bezeichnet werden. Die Beweiswürdigung der Vorinstanz wird im Besonderen dadurch gestützt, dass im massgebenden Schreiben darauf hingewiesen wird, das flüssige Aufbaupräparat werde ebenfalls unter der Bezeichnung "E._ Aufbaumittel" für alle Tiere verkauft, hier als Alternative in Form von Granulat; die "obigen Erklärungen" gälten auch für dieses Produkt. Auch hier werde man beide Produkte zum Satz von 2 % abrechnen. Hier findet sich am Rand der Vermerk "i.O.". Derselbe Vermerk findet sich beim Hinweis auf die Hefetabletten.
Die Würdigung der Vorinstanz erscheint auch deshalb als zumindest haltbar, weil die Beschwerdeführerin die in der Folge zum reduzierten Satz vorgenommene Deklaration nie beanstandet hat; dies, obwohl sie - falls sie anderer Auffassung gewesen wäre - dazu allen Anlass gehabt hätte. Im März 1999 führte die Beschwerdeführerin sogar im Betrieb der Beschwerdegegnerin eine Kontrolle der Steuerperioden 1995 bis 1998 durch. Wie sich aus ihrem Bericht vom 10. März 1999 ergibt, fand dabei die Besteuerung des X._-Aufbaupräparates (flüssig und als Tabletten) und des E._ Aufbaumittels zum Steuersatz von 2 % ausdrücklich Erwähnung, wurde jedoch nicht beanstandet.
Wäre die Beschwerdeführerin tatsächlich davon ausgegangen, dass das Aufbauprodukt auf Grund seines Alkoholgehaltes dem normalen Mehrwertsteuersatz unterlag und ihre Auskunft entsprechend ausgefallen ist, hätte von ihr erwartet werden dürfen, dass sie dies der Beschwerdegegnerin spätestens nach Einreichung der gegebenenfalls unzutreffenden Deklarationen unverzüglich - unter Bezugnahme auf das Schreiben der Beschwerdegegnerin vom 17. Mai 1994 und ihre damalige telefonische Auskunft - schriftlich mitgeteilt hätte.
5.7 Gestützt darauf durfte die Vorinstanz ohne Willkür schliessen, aufgrund der Tatsache, dass das Präparat im Sinne der Lebensmittelgesetzgebung - trotz des Alkoholgehaltes - als Speziallebensmittel galt, habe die Beschwerdegegnerin davon ausgehen dürfen, dass es auch im Mehrwertsteuerrecht nicht als alkoholisches Getränk eingestuft würde, denn die Unrichtigkeit der Auskunft sei für die Beschwerdegegnerin nicht "ohne weiteres" erkennbar gewesen.
5.8 Auch die übrigen Voraussetzungen für eine Berufung auf den Grundsatz von Treu und Glauben hat die Vorinstanz als erfüllt betrachtet; es kann insoweit auf ihre zutreffenden Ausführungen verwiesen werden (angefochtenes Urteil E. 6.2).
6. Die Beschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen. Bei diesem Ausgang hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 66 BGG) und die Beschwerdegegnerin für dieses Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das Verfahren vor Bundesgericht mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Bundesverwaltungsgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. November 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Küng