Ritenuto in fatto :
A.- Romina Moser, già nominata a tempo pieno, insegna nelle scuole elementari di Pregassona. Nell'anno scolastico 1996/97 ha beneficiato di un congedo pagato di maternità e di un ulteriore congedo, non pagato, sino al termine dell'anno scolastico medesimo. Nei due anni scolastici successivi (1997/98 e 1998/99) le è stato concesso un congedo a metà tempo.
L'8 marzo 1999 la docente ha chiesto al Municipio di Pregassona di trasformare la sua nomina a tempo pieno in una a tempo parziale e subordinatamente di concederle un ulteriore congedo a metà tempo per l'anno scolastico 1999/2000. Con decisione del 29 aprile 1999 il Municipio ha respinto queste richieste. Romina Moser si è quindi rivolta all'Ufficio di conciliazione in materia di parità dei sessi, chiedendogli di accertare l'esistenza di una discriminazione secondo l'art. 3 della legge federale sulla parità dei sessi del 24 marzo 1995 (LPar; RS 151. 1). Il 14 giugno 1999 l'Ufficio ha dichiarato la mancata conciliazione tra le parti.
B.- Il 23 giugno 1999 Romina Moser ha impugnato la decisione municipale dinanzi al Consiglio di Stato del Cantone Ticino con un ricorso dichiarato, con giudizio del 15 settembre 1999, irricevibile perché tardivo. La docente si è allora aggravata dinanzi al Tribunale cantonale amministrativo, che, con sentenza del 28 aprile 2000, ha pronunciato l'irricevibilità del ricorso. La Corte cantonale ha considerato la decisione impugnata definitiva e precisato che la propria competenza non poteva fondarsi direttamente sull'art. 98a cpv. 1 OG. A titolo abbondanziale la Corte cantonale ha aggiunto che il Consiglio di Stato aveva rettamente considerato tardivo il ricorso contro l'atto municipale poiché la presentazione della domanda di conciliazione non annullava né sospendeva il termine per impugnarlo.
C.- Romina Moser impugna questa decisione con un ricorso di diritto amministrativo e un ricorso di diritto pubblico al Tribunale federale, contenuti in un unico atto.
Chiede l'annullamento della decisione impugnata e il rinvio degli atti alla Corte cantonale perché decida, in via principale, nel merito e, in via subordinata, sulla tempestività del ricorso al Consiglio di Stato. Fa valere una violazione della LPar e dell'art. 8 cpv. 3 Cost. , della preminenza del diritto federale, del divieto dell'arbitrio e dell'art. 98a OG. Lamenta inoltre una disparità di trattamento e un diniego di giustizia. Dei motivi si dirà, in quanto necessario, nei considerandi.
D.- Il Tribunale cantonale amministrativo si conferma nella sua sentenza. Il Consiglio di Stato e il Municipio di Pregassona si rimettono al giudizio del Tribunale federale, mentre il Dipartimento dell'istruzione e della cultura postula la reiezione del ricorso.
E' stato invitato a presentare osservazioni anche l'Ufficio federale per l'uguaglianza fra donna e uomo, cui sono stati intimati il ricorso e le risposte. Esso ha proposto di accogliere il ricorso di diritto amministrativo.
Alle parti è stata concessa la possibilità di esprimersi su questa presa di posizione; la ricorrente, il Consiglio di Stato e il Municipio di Pregassona hanno comunicato di non avere osservazioni, mentre il Dipartimento dell'istruzione e della cultura ha nuovamente chiesto di respingere il gravame.

Considerando in diritto :
1.- a) Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione l'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti, senza essere vincolato, in tale ambito, dagli argomenti delle parti o dalle loro conclusioni (<ref-ruling> consid. 1, 125 I 14 consid. 2a, 253 consid. 1a).
b) Quando, come in concreto, la parte ricorrente agisca simultaneamente attraverso la via del ricorso di diritto pubblico e attraverso quella del ricorso di diritto amministrativo - ciò che è possibile anche con un unico allegato (<ref-ruling> consid. 2a) - occorre, in base alla regola della sussidiarietà del ricorso di diritto pubblico enunciata all'art. 84 cpv. 2 OG, esaminare in primo luogo l'ammissibilità del ricorso di diritto amministrativo (<ref-ruling> consid. 2a, 125 I 14 consid. 2a, 123 II 231 consid. 1).
c) Secondo gli art. 97 e 98 lett. g OG, combinati con l'art. 5 PA, la via del ricorso di diritto amministrativo è aperta contro le decisioni delle autorità cantonali d'ultima istanza fondate sul diritto federale -oche avrebbero dovuto esserlo - sempre che non sia realizzata nessuna delle eccezioni previste agli art. 99 a 102 OG o nella legislazione speciale (<ref-ruling> consid. 2a, 124 I 223 consid. 1a/aa, 231 consid. 1a, 124 II 409 consid. 1a e 1d/dd). Il ricorso di diritto amministrativo è pure ammissibile contro le decisioni cantonali fondate nel medesimo tempo sul diritto federale e sul diritto cantonale, in quanto sia in discussione la violazione di norme di diritto federale direttamente applicabili (<ref-ruling> consid. 1d/dd, 123 II 231 consid. 2 e rinvii). Il ricorso di diritto amministrativo è pure ammissibile quando un'autorità cantonale di ultima istanza dichiara o conferma l'irricevibilità di un gravame, fondandosi sul diritto procedurale cantonale: e questo nel caso in cui essa avrebbe dovuto applicare il diritto materiale federale, se il gravame fosse stato ricevibile (<ref-ruling> consid. 2c, 121 II 190 consid. 3a erinvii).
La Corte cantonale si è dichiarata incompetente in base alla legge ticinese sull'ordinamento degli impiegati dello Stato e dei docenti, del 15 marzo 1995, e alla legge di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966 (LPamm), che non prevedono un ricorso davanti a essa in una procedura di questo genere. A titolo "puramente abbondanziale", ha comunque ritenuto fondata la decisione del Consiglio di Stato, che dichiarava irricevibile il ricorso perché tardivo: il procedimento conciliativo seguito dalla ricorrente in applicazione dell'art. 5 segg. della legge cantonale di applicazione della legge federale sulla parità dei sessi, del 27 giugno 1996 (LALPar) non modificherebbe in realtà il termine di ricorso.
2.- La LPar riserva ai Cantoni un vasto margine di autonomia nel disciplinamento della procedura conciliativa (e quindi anche nell'organizzazione degli uffici di conciliazione) prevedendola peraltro unicamente per le controversie di diritto privato (cfr. art. 11 LPar; FF 1993 I 987 segg. ; Margrith Bigler-Eggenberger in: Bigler-Eggenberger/ Kaufmann, Kommentar zum Gleichstellungsgesetz, Basilea 1997, n. 21 all'art. 13).
Dinanzi alle autorità cantonali la ricorrente ha chiesto di accertare una discriminazione fondata sul sesso secondo l'art. 3 LPar. Nell'ambito dei rapporti d'impiego di diritto pubblico la LPar costituisce diritto pubblico federale direttamente applicabile, la cui violazione può essere fatta valere con un ricorso di diritto amministrativo (art. 97 OG in relazione con l'art. 5 PA, art. 13 LPar; <ref-ruling> consid. 2b, 124 II 409 consid. 1d).
Qualora le autorità cantonali avessero ritenuto ricevibili i ricorsi della ricorrente, esse avrebbero dovuto applicare nel merito la LPar. Ne segue che il rimedio esperito deve essere trattato unicamente come ricorso di diritto amministrativo; il ricorso di diritto pubblico, sussidiario, è quindi inammissibile (art. 84 cpv. 2 OG; <ref-ruling> consid. 1a, 123 I 313 consid. 1a).
a) Con il ricorso di diritto amministrativo si può far valere la violazione del diritto federale, compreso l'eccesso o l'abuso del potere di apprezzamento. Il diritto federale ai sensi di tale disposizione comprende pure i diritti costituzionali dei cittadini e in tale contesto il potere d'esame del Tribunale federale è analogo a quello di cui esso beneficia nell'ambito di un ricorso di diritto pubblico (<ref-ruling> consid. 3, 123 II 385 consid. 3a, 122 IV 8 consid. 1b, 120 Ib 224 consid. 2a). La pretesa errata applicazione del diritto cantonale può essere censurata in quanto essa costituisca nel contempo una violazione di un diritto costituzionale (<ref-ruling> consid. 1b; cfr. anche decisione inedita del 10 marzo 2000 nella causa F.G.K, consid. 1a/bb; Alfred Kölz/Isabelle Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2a ed., Zurigo 1998, pag. 222 seg. , n. 622 e riferimenti).
b) L'art. 103 lett. a OG conferisce il diritto di ricorrere a chiunque sia toccato dalla decisione impugnata e abbia un interesse degno di protezione al suo annullamento o alla sua modificazione. Nel gravame la ricorrente rileva che il Municipio ha accolto con decisione del 22 maggio 2000 una sua richiesta di riduzione del rapporto di nomina a metà tempo: ci si può chiedere se essa disponga di un interesse giuridico pratico e attuale al ricorso. Visto l'esito dell'impugnativa, la questione della legittimazione non ha bisogno di essere esaminata oltre, e può essere lasciata indecisa.
3.- Il Tribunale amministrativo del Cantone Ticino ha dichiarato irricevibile, con la sentenza impugnata, il ricorso della docente, argomentando che la decisione del Consiglio di Stato era definitiva e che la sua competenza non poteva fondarsi direttamente sull'art. 98a cpv. 1 OG:
spetterebbe infatti al Parlamento il compito di designare l'autorità giudiziaria competente a statuire quale ultima istanza cantonale sui ricorsi fondati sulla LPar e relativi a rapporti di lavoro degli impiegati dello Stato e dei docenti.
La Corte cantonale ha precisato di non potersi sostituire al legislatore quando pure, obiettivamente, essa sarebbe l'autorità con le maggiori possibilità di essere designata.
a) L'art. 98a cpv. 1 OG fa obbligo ai Cantoni di istituire autorità giudiziarie di ultima istanza cantonale in quanto le decisioni di queste ultime siano direttamente impugnabili con un ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale. Quest'ultima evenienza si avvera in concreto (art. 97 cpv. 1, 98 lett. g OG; Kathrin Arioli /Felicitas Furrer Iseli, Die Anwendung des Gleichstellungsgesetzes auf öffentlichrechtliche Arbeitsverhältnisse, Basilea 1999, n. 272 e 399). A partire dal 15 febbraio 1997 (vedi n. 1 cpv. 1 delle disposizioni finali della novella legislativa introducente l'art. 98a OG), l'art. 98a OG si applica direttamente: questa norma comporta quindi la competenza di un'autorità giudiziaria cantonale quando pure manchino disposizioni cantonali in merito (<ref-ruling> consid. 7). La vertenza doveva pertanto essere decisa in ultima istanza cantonale da un Tribunale competente. Ciò non è avvenuto, la Corte cantonale avendo negato la propria competenza, e nessuna autorità giudiziaria essendosi occupata del ricorso interposto contro la decisione governativa.
b) La Corte cantonale ha invero succintamente aggiunto, a titolo puramente abbondanziale, che nel caso in cui fosse stata competente a evadere il ricorso, questo avrebbe dovuto essere respinto, perché la presentazione d'una domanda di conciliazione all'Ufficio di conciliazione in materia di parità dei sessi non annullerebbe né sospenderebbe il termine di impugnazione secondo l'art. 46 cpv. 1 LPamm.
Ora, benché l'art. 5 LALPar preveda che tutte le controversie sorte nell'ambito di un rapporto di lavoro pubblico o privato relative alle pretese di cui all'art. 5 LPar devono essere preventivamente e obbligatoriamente sottoposte all'esperimento di conciliazione dinanzi all'Ufficio di conciliazione in materia di parità dei sessi, la stessa legge cantonale non regola esplicitamente la conseguenza che comporta, in un caso come il presente, l'inoltro della domanda di conciliazione sulla decorrenza dei termini di impugnazione. La situazione giuridica non appare quindi del tutto chiara e ci si potrebbe chiedere se l'argomentazione abbondanziale della Corte cantonale a questo proposito risulti sostenibile. Tuttavia, viste le circostanze suesposte, in presenza di una motivazione succinta puramente abbondanziale, emanata da un'autorità dichiaratasi incompetente, il ricorso non può essere esaminato nel merito, essendo stato violato l'art. 98a OG.
Gli atti sono rinviati al Tribunale cantonale amministrativo, che ha pronunciato la decisione impugnata (v. <ref-ruling> consid. 8c). Sarà comunque compito delle autorità cantonali, che dispongono in questo ambito di un' ampia libertà decisionale, di operare le scelte che si impongono (<ref-ruling> consid. 3a).
4.- La tesi della ricorrente, secondo cui l'impugnata decisione governativa doveva essere esaminata da un' autorità giudiziaria cantonale in applicazione dell'art. 98a OG è quindi fondata. Il Tribunale federale non può comunque entrare nel merito del ricorso di diritto amministrativo, mancando una decisione dell'autorità cantonale giudiziaria competente. In tali circostanze, formalmente, il ricorso di diritto amministrativo dev'essere dichiarato inammissibile. Secondo l'art. 13 cpv. 5 LPar la procedura, per i rapporti di lavoro di diritto pubblico, è di massima gratuita. Questa regola vale anche quando, come è qui il caso, siano in discussione essenzialmente aspetti procedurali (cfr. sentenza inedita del 9 giugno 1998 nella causa D.S. consid. 3; cfr. anche <ref-ruling> consid. 2b concernente l'analoga situazione dell'art. 343 cpv. 3 CO). Si giustifica di assegnare alla ricorrente, per la procedura di diritto amministrativo, un'indennità per ripetibili di sede federale a carico dello Stato del Cantone Ticino (art. 159 cpv. 3 OG).

Per questi motivi
il Tribunale federale
pronuncia :
1. Il ricorso di diritto amministrativo è inammissibile.
2. Gli atti sono inviati al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.
3. Il ricorso di diritto pubblico è inammissibile.
4. Non si preleva una tassa di giustizia. Lo Stato del Cantone Ticino rifonderà alla ricorrente un'indennità ridotta di fr. 1500.-- per ripetibili della sede federale.
5. Comunicazione alla patrocinatrice della ricorrente, al Municipio di Pregassona, al Dipartimento dell' istruzione e della cultura, al Consiglio di Stato, al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino e all'Ufficio federale per l'uguaglianza fra donna e uomo.