Sachverhalt:
A. Der 1963 geborene L._ war als Mitinhaber und Chef-Automechaniker der Garage X._, bei der Schweizerischen Unfallversicherungsanstalt (SUVA) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als er am 15. März 2002 auf einer Treppe ausrutschte und sich dabei den rechten Fuss verletzte. Die Ultraschalluntersuchung vom 19. März 2002 im Spital Y._ ergab eine vollständige Ruptur der Achillessehne fünf Zentimeter über der Fusssohle. Nach einer anfänglichen Besserung kam es im Sommer 2002 zu einer erneuten partiellen Ruptur, so dass am 23. Mai 2003 eine operative Sanierung im Sinne einer sekundären Naht der Achillessehne durchgeführt wurde. Wegen anhaltenden Beschwerden wurde im März 2004 ein MRI angefertigt, welches ein narbig verändertes Gewebe der distalen Achillessehne zeigte; am 26. August 2004 wurde ein erneuter Versuch zur operativen Sanierung der Achillessehne unternommen. Aufgrund des am 6. Dezember 2004 angefertigten MRI der Lendenwirbelsäule wurde eine degenerative Diskopathie L3-S1 und eine kleine beginnende Hernie L4/5 median festgestellt. Am 24. März 2005 diagnostizierte Dr. med. B._ zudem eine zervikale Myelopathie bei medianer Diskushernie C6/C7. Mit Schreiben vom 4. Februar 2005 informierte die SUVA den Versicherten darüber, dass sie zur Ansicht gelangt sei, die noch bestehende Arbeitsunfähigkeit sei nicht mehr auf das Ereignis vom 15. März 2002 zurückzuführen und kündigte eine Leistungseinstellung per 31. Januar 2005 an. Da der Versicherte damit nicht einverstanden war, veranlasste die Versicherung eine interdisziplinäre fachärztliche Untersuchung. Mit Verfügung vom 6. Januar 2006 bestätigte die SUVA die Leistungseinstellung per 31. Januar 2005 und sprach dem Versicherten eine Integritätsentschädigung von 5% zu; gleichzeitig verneinte sie einen Anspruch des Versicherten auf eine Invalidenrente. Mit Einspracheentscheid vom 28. April 2006 hielt die SUVA an ihrer Verfügung fest.
B. Die von L._ hiegegen erhobene Beschwerde hiess das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. März 2007 in dem Sinne teilweise gut, dass der Einspracheentscheid insoweit aufgehoben wurde, als der Rentenanspruch verneint worden war und wies die Sache zur Neuverfügung über den Rentenanspruch nach Vornahme weiterer Abklärungen im Sinne der Erwägungen an die SUVA zurück. Im Übrigen wurde die Beschwerde abgewiesen.
C. Mit Beschwerde beantragt L._, es sei in teilweiser Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides festzustellen, dass neben der Achillessehneverletzung auch weitere der geklagten Beschwerden auf das Unfallereignis zurückzuführen seien, weshalb die SUVA zu verpflichten sei, auch diese in die Bestimmung der unfallbedingten Erwerbsunfähigkeit miteinzubeziehen. Im Weiteren beantragt er eine Integritätsentschädigung in der Höhe von mindestens 25%, eventualiter sei die Sache zu ergänzenden medizinischen Abklärungen an die Verwaltung zurückzuweisen. Gleichzeitig stellte er ein Gesuch um unentgeltliche Prozessführung.
Während die SUVA die Abweisung der Beschwerde beantragt, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Das BGG unterscheidet in Art. 90 bis 93 zwischen End-, Teil- sowie Vor- und Zwischenentscheiden und schafft damit eine für alle Verfahren einheitliche Terminologie.
Ein Endentscheid ist ein Entscheid, der das Verfahren prozessual abschliesst (<ref-law>), sei dies mit einem materiellen Entscheid oder Nichteintreten, z.B. mangels Zuständigkeit. Der Teilentscheid ist eine Variante des Endentscheids. Mit ihm wird über eines oder einige von mehreren Rechtsbegehren (objektive und subjektive Klagehäufung) abschliessend befunden. Es handelt sich dabei nicht um verschiedene materiellrechtliche Teilfragen eines Rechtsbegehrens, sondern um verschiedene Rechtsbegehren. Vor- und Zwischenentscheide sind alle Entscheide, die das Verfahren nicht abschliessen und daher weder End- noch Teilentscheid sind; sie können formell- und materiellrechtlicher Natur sein. Voraussetzung für die selbstständige Anfechtbarkeit von materiellrechtlicher Zwischenentscheiden ist gemäss <ref-law> zunächst, dass sie selbstständig eröffnet worden sind. Erforderlich ist sodann alternativ, dass der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gut zu machenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder dass die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b; <ref-ruling> E. 5.1 S. 482).
1.2 Insoweit das kantonale Gericht den Einspracheentscheid aufgehoben und die Sache zu weiteren Abklärungen im Sinne der Erwägungen an die Beschwerdegegnerin zurückgewiesen hat, damit diese anschliessend über den Rentenanspruch neu verfüge, liegt ein Rückweisungsentscheid vor. Ein solcher schliesst das Verfahren nicht ab und ist somit kein Endentscheid im Sinne des BGG. Es handelt sich dabei um einen Zwischenentscheid, der lediglich unter den Voraussetzungen von <ref-law> selbständig angefochten werden könnte (<ref-ruling> E. 4.1 und 4.2, S. 480 mit Hinweisen). Das Vorliegen dieser Voraussetzungen wurde weder dargetan, noch sind diese offensichtlich erfüllt. Auf die Beschwerde bezüglich der Invalidenrente ist somit nicht einzutreten.
1.3 Die Vorinstanz hat gleichzeitig entschieden, dass die Höhe der von der Beschwerdegegnerin zugesprochenen Integritätsentschädigung nicht zu beanstanden sei, und die Beschwerde des Versicherten diesbezüglich abgewiesen. Auch wenn die Integritätsentschädigung regelmässig gleichzeitig mit der Invalidenrente festzusetzen ist (<ref-law>), so handelt es sich bei der Integritätsentschädigung und bei der Invalidenrente um zwei deutlich voneinander zu trennende Ansprüche, über die grundsätzlich auch getrennt entschieden werden kann. Daraus folgt, dass der vorinstanzliche Entscheid bezüglich der Integritätsentschädigung als Teilentscheid im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren ist, gegen welchen eine Beschwerde zulässig ist. Auf die Beschwerde bezüglich der Integritätsentschädigung ist somit einzutreten.
2. 2.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
3. Das kantonale Gericht hat die gesetzlichen Bestimmungen über den Anspruch auf eine Integritätsentschädigung (Art. 24 f. UVG, <ref-law>) ebenso zutreffend dargelegt wie die Rechtsprechung zum vorausgesetzten Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall und dem eingetretenen Schaden (Krankheit, Invalidität, Tod; <ref-ruling> E. 3.1 S. 181 mit Hinweisen) und dem Dahinfallen des natürlichen Kausalzusammenhanges bei Erreichen des Status quo sine (RKUV 2000 U 363 S. 45 E. 2 [U 355/98]). Darauf wird verwiesen.
Zu ergänzen ist Folgendes: Der Sozialversicherungsprozess ist vom Untersuchungsgrundsatz beherrscht. Danach hat das Gericht von Amtes wegen für die richtige und vollständige Abklärung des rechtserheblichen Sachverhaltes zu sorgen. Dieser Grundsatz gilt indessen nicht uneingeschränkt; er findet sein Korrelat in den Mitwirkungspflichten der Parteien (<ref-ruling> E. 2 S. 195, 122 V 157 E. 1a S. 158, je mit Hinweisen). Die Verwaltung als verfügende Instanz und - im Beschwerdefall - das Gericht dürfen eine Tatsache nur dann als bewiesen annehmen, wenn sie von ihrem Bestehen überzeugt sind (Kummer, Grundriss des Zivilprozessrechts, 4. Aufl., Bern 1984, S. 136). Im Sozialversicherungsrecht hat das Gericht seinen Entscheid, sofern das Gesetz nicht etwas Abweichendes vorsieht, nach dem Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit zu fällen. Die blosse Möglichkeit eines bestimmten Sachverhalts genügt den Beweisanforderungen nicht. Das Gericht hat vielmehr jener Sachverhaltsdarstellung zu folgen, die es von allen möglichen Geschehensabläufen als die wahrscheinlichste würdigt (<ref-ruling> E. 5b S. 360, 125 V 193 E. 2 S. 195, je mit Hinweisen; vgl. 130 III 321 E. 3.2 und 3.3, S. 324). Diesbezüglich ist in beweisrechtlicher Hinsicht ergänzend festzustellen, dass für den Beweiswert ärztlicher Berichte und Gutachten entscheidend ist, ob der Bericht für die streitigen Belange umfassend ist, auf allseitigen Untersuchungen beruht, auch die geklagten Beschwerden berücksichtigt, in Kenntnis der Vorakten (Anamnese) abgegeben worden ist, in der Beurteilung der medizinischen Zusammenhänge und in der Beurteilung der medizinischen Situation einleuchtet und ob die Schlussfolgerungen begründet sind. Ausschlaggebend ist grundsätzlich weder die Herkunft eines Beweismittels noch die Bezeichnung als Bericht oder Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352, 122 V 157 E. 1c S. 160 mit Hinweisen). In Bezug auf Berichte von Hausärzten darf und soll das Gericht der Erfahrungstatsache Rechnung tragen, dass Hausärzte mitunter im Hinblick auf ihre auftragsrechtliche Vertrauensstellung in Zweifelsfällen eher zu Gunsten ihrer Patienten aussagen. Was Parteigutachten anbelangt, rechtfertigt der Umstand allein, dass eine ärztliche Stellungnahme von einer Partei eingeholt und in das Verfahren eingebracht wird, nicht Zweifel an ihrem Beweiswert (<ref-ruling> E. 3b S. 353 mit Hinweisen).
4. Im vorliegenden Fall ist unbestritten, dass die Verletzung der rechten Achillessehne des Versicherten und die dadurch eingeschränkte Kraft mit verminderter Exkursion am rechten oberen Sprunggelenk durch das Ereignis vom 15. März 2002 verursacht sind. Streitig und zu prüfen ist demgegenüber, ob dies auch für weitere vom Beschwerdeführer geklagte Beschwerden resp. Einschränkungen (fehlende Kraftentwicklung im rechten Vorfuss, Diskushernie C6/C7, Myelopathie, chronisches Lumbovertebralsyndrom, Coxarthrose) gilt.
5. 5.1 Der Beschwerdeführer rügt, die Vorinstanz und die Suva hätten zu Unrecht nicht seine gesamten gesundheitlichen Beschwerden im rechten Fuss als unfallkausal anerkannt. Aus den Akten gehe hervor, dass eine muskuläre Kraftentwicklung im rechten Vorfuss vollständig fehle.
5.1.1 Wie die Vorinstanz zu Recht erwägt, wurde von keinem Arzt je bezweifelt und ist unbestritten, dass die Beschwerden im Zusammenhang mit der Verletzung der rechten Achillessehne unfallkausal sind. Dem Bericht des Arztes der Klinik V._ Dr. med. M._, vom 29. August 2005 ist jedoch zu entnehmen, dass diese Verletzung lediglich für eine leichtgradige Reduktion der Kraftübertragung verantwortlich ist. Insofern der von der Rechtsvertreterin des Versicherten verfasste und durch Dr. med. S._, visierten Zusammenfassung eines Telefongespräches vom 24. Juli 2006 etwas anderes zu entnehmen ist, vermag sie im Vergleich mit der Meinung der Ärzte der Klinik V._, in welcher der Versicherte schon seit April 2003 in Behandlung steht, nicht zu überzeugen. Aus den übrigen bei den Akten liegenden medizinischen Stellungnahmen kann entgegen der Ansicht des Versicherten zur Frage der Unfallkausalität der fehlenden Kraftübertragung im Vorfuss nichts entnommen werden. Somit sind Verwaltung und kantonales Gericht zu Recht davon ausgegangen, dass die unfallbedingt etwas verlängerte Achillessehne ursächlich für eine Krafteinschränkung im Fuss, nicht aber für die vollständig fehlende Kraftentwicklung ist.
5.2 Der Beschwerdeführer macht weiter geltend, die Vorinstanz und die SUVA hätten zu Unrecht die Unfallkausalität der Diskushernie C6/C7 verneint.
5.2.1 Es entspricht einer medizinischen Erfahrungstatsache im Bereich des Unfallversicherungsrechts, dass praktisch alle Diskushernien bei Vorliegen degenerativer Bandscheibenveränderungen entstehen und ein Unfallereignis nur ausnahmsweise, unter besonderen Voraussetzungen, als eigentliche Ursache in Betracht fällt. Als weitgehend unfallbedingt kann eine Diskushernie betrachtet werden, wenn das Unfallereignis von besonderer Schwere und geeignet war, eine Schädigung der Bandscheibe herbeizuführen, und die Symptome der Diskushernie (vertebrales oder radikuläres Syndrom) unverzüglich und mit sofortiger Arbeitsunfähigkeit auftreten. In solchen Fällen hat die Unfallversicherung praxisgemäss auch für Rezidive und allfällige Operationen aufzukommen. Wird die Diskushernie durch den Unfall lediglich ausgelöst, nicht aber verursacht, übernimmt die Unfallversicherung den durch das Unfallereignis ausgelösten Beschwerdeschub, spätere Rezidive dagegen nur, wenn eindeutige Brückensymptome gegeben sind (RKUV 2000 Nr. U 379 S. 192 E. 2a [U 138/99] mit Hinweis auf das Urteil U 159/95 vom 26. August 1996, E. 1b).
5.2.2 Vorliegend kann offen bleiben, ob das Ereignis vom 15. März 2002 als schwerer Unfall im Sinne der zitierten Rechtsprechung zu qualifizieren ist. Die Einschätzung im Bericht vom 15. Dezember 2005 der SUVA-Ärzte Dres. med. A._, und B._, wonach die Diskushernie C6/C7 mit sehr hoher Wahrscheinlichkeit nicht durch den Unfall verursacht wurde, ist nachvollziehbar: Die Hernie wurde erst im Januar 2005, mithin fast drei Jahre nach dem Treppensturz diagnostiziert. In den umfangreichen medizinischen Akten finden sich keine Hinweise darauf, dass sich der Versicherte vor Januar 2005 über Beschwerden im Bereich der Halswirbelsäule beklagt hätte. Zudem war der Beschwerdeführer zwischen Juni 2002 und Januar 2005 zeitweise vollständig arbeitsfähig.
5.2.3 Tritt eine Diskushernie erst beinahe drei Jahre nach dem Unfall auf, kann auch nicht von einer traumatisch durch diesen ausgelösten degenerativen Hernie gesprochen werden.
5.3 Ist der natürliche Kausalzusammenhang zwischen dem Unfall vom 15. März 2002 und der Diskushernie C6/7 zu verneinen, entfällt er auch für die allenfalls bestehende, durch diese Hernie verursachte, Myelopathie.
5.4 Wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, legte kein Arzt je einen Zusammenhang zwischen der Achillessehnenproblematik im rechten Fuss des Versicherten und seinen Knie-, Hüft- und Rückenproblemen dar. Diese Probleme (chronisches Lumbovertebralsyndrom, Coxarthrose) sind zudem erst einige Jahre nach dem Unfall aufgetreten. Vor diesem Hintergrund erscheint die Beurteilung der SUVA-Ärzte nachvollziehbar, dass kein wahrscheinlicher Kausalzusammenhang besteht und die Beschwerden somit unfallfremd sind.
5.5 Die vom Versicherten erhobenen Einwände gegen die Beurteilung der Unfallkausalität durch die Ärzte der SUVA sind daher unbegründet. Entsprechend ist davon auszugehen, dass lediglich die Verletzung der Achillessehne rechts und die dadurch eingeschränkte Kraft mit verminderter Exkursion am rechten oberen Sprunggelenk unfallkausal ist. Die Höhe der zugesprochenen Integritätsentschädigung ist somit nicht zu beanstanden.
6. Die Gerichtskosten sind dem Beschwerdeführer als unterliegender Partei aufzuerlegen (<ref-law>). Seinem Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist stattzugeben, da die entsprechenden gesetzlichen Voraussetzungen erfüllt sind (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG). Es wird indessen ausdrücklich auf <ref-law> aufmerksam gemacht, wonach die begünstigte Partei der Gerichtskasse Ersatz zu leisten haben wird, wenn sie später dazu in der Lage ist.

erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt, indes vorläufig auf die Gerichtskasse genommen.
4. Rechtsanwältin Ursula Sintzel, Zürich, wird als unentgeltliche Anwältin des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihr für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Gerichtskasse eine Entschädigung von Fr. 2500.- ausgerichtet.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 18. Januar 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
i.V. Lustenberger Holzer