Sachverhalt:
A. Die Hilti Aktiengesellschaft, Schaan/FL (Klägerin, Beschwerdeführerin) ist Inhaberin der schweizerischen Farbmarke Rot (RAL 3020) CH 540 979 für Werkzeugkoffer aus Kunststoff für Bohrhämmer für Profis der Baubranche (internationale Klasse 20), die sie als durchgesetzte Marke beansprucht. Ausserdem hält sie die internationale dreidimensionale Marke IR 805 947 (3D) mit dem Farbanspruch rot (RAL 3020) für Metallkoffer (containers of metal for storage and transport/Conteneurs métalliques de stockage et de transport) für Handwerkzeug der Klassen 6, 7 und 20. Sie reichte am 2. September 2005 beim Handelsgericht des Kantons Bern Klage ein gegen die Milwaukee Electric Tool Corporation, Delaware/USA (Beklagte, Beschwerdegegnerin) mit den Begehren, der Beklagten sei zu verbieten, in der Schweiz Bohrhämmer zusammen mit Koffern mit einem unifarben in RAL 3020 gehaltenen Korpus, insbesondere mit Koffern gemäss nachstehender Abbildung (...), selber oder durch Dritte Profis der Baubranche anzubieten, in den Verkehr zu bringen oder solche Koffer zu bewerben (Ziffer 1), eventualiter: Der Beklagten sei zu verbieten, in der Schweiz Bohrhämmer, die teurer als CHF 500 sind, zusammen mit Koffern mit einem unifarben in RAL 3020 gehaltenen Korpus, insbesondere mit Koffern gemäss Abbildung unter Ziffer 1, selber oder durch Dritte anzubieten, in den Verkehr zu bringen oder solche Koffer zu bewerben (Ziffer 2). Die Beklagte erhob Widerklage mit dem Begehren, es sei festzustellen, dass die schweizerische Schutzausdehnung der internationalen Marke IR 805 947 für sämtliche beanspruchten Waren und Dienstleistungen nichtig ist. Nach Durchführung eines doppelten Schriftenwechsels und der Hauptverhandlung - in der die Klägerin ihre Rechtsbegehren änderte - wurde das Verfahren suspendiert; nach der Wiederaufnahme stellten die Parteien ihre Beweisanträge.
B. Am 1. Oktober 2007 erliess der Vizepräsident des Handelsgerichts des Kantons Bern folgenden Beschluss:
"1. Als relevante Verkehrskreise werden die Käufer und potentiellen Käufer von Bohrhämmern festgelegt.
2. Es werden zwei Umfragen, eine betreffend die Marke Rot für Koffer für Bohrhämmer für Profis sowie eine für die Marke "roter Koffer 3D", in der Schweiz bei den relevanten Verkehrskreisen durchgeführt.
3. Die Parteien werden aufgefordert, dem Gericht innert 30 Tagen Institute vorzuschlagen, die in der Lage sind entsprechende Umfragen durchzuführen.
4. Die Parteien werden aufgefordert, dem Gericht innert gleicher Frist Fragen für die demoskopischen Befragungen vorzuschlagen, wobei von den durch das Gericht in Ziffer 1 definierten Verkehrskreisen auszugehen ist.
5. Die übrigen Beweisanträge der Klägerin werden abgewiesen."
Zur Begründung von Ziffer 1 führte das Gericht aus, es sei für die Beurteilung der massgeblichen Verkehrskreise nicht einfach auf die Einschränkung in der Eintragung abzustellen, sondern diese seien danach zu umschreiben, welche Käufer oder Kunden die "objektiviert normativ" definierten Produkte abnähmen. Selbst wenn die Klägerin ihre Werkzeuge und damit auch die Koffer für Bohrhämmer über andere Verkaufskanäle vertreibe, sei nicht ausgeschlossen, dass die Werkzeuge auch durch Hobby-Handwerker erworben würden. Es müsse darauf abgestellt werden, wie die Bohrhämmer insgesamt verkauft würden und entsprechend sei der massgebliche Adressatenkreis zu definieren. Zu Ziffer 2 legte das Gericht dar, eine Umfrage sei notwendig zur Beantwortung der Frage der Verkehrsdurchsetzung, wobei zwei Umfragen durchzuführen seien, da eine Beeinflussung nicht ausgeschlossen werden könne, wenn in einer einzigen Umfrage die Durchsetzung des roten Koffers wie auch der abstrakten Frage der Farbe Rot für Koffer erhoben würde.
C. Mit Beschwerde in Zivilsachen vom 1. November 2007 stellt die Beschwerdeführerin vor Bundesgericht folgende Rechtsbegehren:
"1. Ziff. 1 des Beschlusses des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 1. Oktober 2007 sei aufzuheben, und es seien als relevanter Verkehrskreis Personen in Bauunternehmen (vorbereitende Baustellenarbeiten, Hoch- und Tiefbau, Bauinstallation, Ausbau- und Bauhilfsgewerbe) festzulegen, welche für die gewerbliche Anwendung geeignete Bohrhämmer beschaffen oder beschaffen könnten.
2. Eventualiter sei Ziff. 1 des Beschlusses des Handelsgerichts des Kantons Bern vom 1. Oktober 2007 aufzuheben und es sei die Sache zur erneuten Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
3. ..."
D. Die Beschwerdeführerin hält dafür, sie erleide durch den selbständig eröffneten Vor- bzw. Zwischenentscheid einen rechtlichen Nachteil; eventuell sei ihre Beschwerde auch ohne den Nachweis eines Nachteils rechtlicher Natur zulässig. Materiell rügt sie, die Vorinstanz habe Bundesrecht verletzt bei der Festlegung der massgeblichen Verkehrskreise, bei denen sich ihr Zeichen des Gemeinguts als Marke durchgesetzt haben müsse.
E. Das Handelsgericht des Kantons Bern beantragt in der Vernehmlassung, auf die Beschwerde sei einzutreten und diese sei abzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin stellt in der Antwort das Rechtsbegehren, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
F. Mit Verfügung vom 6. Dezember 2007 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung gewährt.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid ist in einer zivilrechtlichen Streitigkeit (<ref-law>) über eine Markenrechtssache ergangen, für welche das Bundesrecht (<ref-law>) eine einzige Instanz vorschreibt (Art. 74 Abs. 2 lit. b und Art. 75 Abs. 2 lit. a BGG). Die Beschwerdeführerin ist mit ihren Anträgen vor der Vorinstanz unterlegen (<ref-law>). Der angefochtene Entscheid schliesst jedoch das Verfahren nicht ab (<ref-law>). Es handelt sich um einen Vor- oder Zwischenentscheid, der weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betrifft. Gegen einen solchen Entscheid ist nach <ref-law> die Beschwerde zulässig, wenn entweder die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen könnte und damit ein bedeutender Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren erspart würde (<ref-law>) oder wenn der angefochtene Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (<ref-law>). Da bei Gutheissung der Beschwerde ein Entscheid über die Klage nicht herbeigeführt werden kann, sind die Voraussetzungen für die Anhandnahme der Beschwerde auch dann nicht gegeben, wenn die angeordnete Beweismassnahme zeitaufwändig und kostspielig ist. Die Beschwerdeführerin beruft sich zu Recht nicht auf die Voraussetzung von <ref-law>. Sie behauptet dagegen, die Beschwerde sei gemäss <ref-law> zulässig.
2. Selbständig eröffnete Vor- oder Zwischenentscheide können nach <ref-law> angefochten werden, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können.
2.1 Ein im Sinne von <ref-law> nicht wieder gutzumachender Nachteil muss nach der von sämtlichen Abteilungen des Bundesgerichts befolgten Rechtsprechung rechtlicher Natur und somit auch mit einem für die Beschwerde führende Partei günstigen Endentscheid nicht oder nicht vollständig behebbar sein (<ref-ruling> E. 2.3 S. 632; <ref-ruling> E. 4 S. 141; zur Publikation bestimmtes Urteil 1B_84/2007 vom 11. September 2007 E. 4; zur Publikation in BGE 133 V bestimmtes Urteil 9C_352/2007 vom 6. November 2007 E. 2.1; Urteil 4A_85/2007 vom 11. Juni 2007 E. 3.1). Dies entspricht der gesetzgeberischen Absicht, die für die altrechtliche staatsrechtliche Beschwerde geltende Regelung auch für die neuen Beschwerdeverfahren zu übernehmen (vgl. die Botschaft zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001, 4333 f. zu Art. 88 Entwurf). Das Bundesgericht bezieht die bisherige konstante Praxis dazu mit ein (Urteil 4A_92/2007 vom 8. Juni 2007 E. 2). Nach der Rechtsprechung zu Art. 87 Abs. 2 OG genügt die blosse Möglichkeit eines nicht wieder gutzumachenden Nachteils rechtlicher Natur (<ref-ruling> E. 1b S. 100). Dabei ist es nicht nötig, dass sich der Nachteil schon im kantonalen Verfahren durch einen günstigen Endentscheid beheben lässt. Es reicht aus, wenn er in einem anschliessenden bundesgerichtlichen Verfahren beseitigt werden kann (<ref-ruling> E. 1b S. 100 f.; <ref-ruling> E. 1 b S. 254, je mit Hinweis).
2.2 Der Beschwerdeführerin kann nicht gefolgt werden, wenn sie eine ausdehnende Interpretation des erforderlichen Nachteils auch auf rein tatsächliche Nachteile wie die Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens befürwortet. Denn grundsätzlich soll sich das Bundesgericht nur einmal mit einem Fall befassen müssen und diesen insgesamt beurteilen können (<ref-ruling> E. 2.1 S. 631 mit Hinweisen). Nur wenn prozessökonomische Gründe eine frühere Befassung zwingend gebieten und mit der Öffnung des Rechtswegs der Trölerei nicht grundsätzlich Vorschub geleistet wird, erscheint ein Zwischenverfahren gerechtfertigt. Sofern die besonderen gesetzlichen Voraussetzungen (sofort möglicher Endentscheid gemäss <ref-law>, vorweg zu bereinigende gerichtsorganisatorische Fragen gemäss <ref-law>) nicht vorliegen, ist daher an der restriktiven Praxis festzuhalten. Es bedarf eines rechtlichen Nachteils, der durch einen günstigen Entscheid in der Sache nicht mehr behoben werden kann.
2.3 Der angefochtene Beschluss hat eine Beweismassnahme zum Gegenstand. Es werden zwei demoskopische Gutachten angeordnet, die notorisch kostspielig und regelmässig auch zeitaufwändig sind. Diese Nachteile sind jedoch grundsätzlich rein tatsächlicher Art und daher nur im Rahmen der Voraussetzungen von <ref-law>, nicht jedoch nach <ref-law> beachtlich. Dass sodann - wie die Beschwerdeführerin vorbringt - mit der Verlängerung des Verfahrens die nach ihrer Ansicht markenverletzenden Produkte der Beschwerdegegnerin auf dem Markt weiterhin vertrieben werden und zu einer Markt- oder Zuordnungsverwirrung führen können, ist nicht als rechtlicher Nachteil im Sinne von <ref-law> zu qualifizieren. Denn zur Verhinderung derartiger Nachteile steht das Massnahmeverfahren nach <ref-law> zur Verfügung. Dass die Beschwerdeführerin in diesem Verfahren mit ihren Anträgen erfolglos blieb, vermag den Rechtsweg gegen Vor- oder Zwischenentscheide im Hauptverfahren nicht zu öffnen. Schliesslich ist auch entgegen der Ansicht der Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung nicht davon auszugehen, dass eine allfällige Wiederholung von Umfragen nach allgemeiner Erfahrung schon deshalb ausgeschlossen wäre, weil die früheren Befragungen bei zum Teil gleichen Verkehrskreisen das Resultat beeinflussen könnten. Selbst wenn teilweise dieselben Adressaten ein weiteres Mal befragt werden sollten, ist weder anzunehmen, dass sich diese nach einer gewissen Zeit wesentlich von der Fragestellung beeinflussen lassen, noch ist auszuschliessen, dass sich durch andere Einflüsse ihre Sensibilität gegenüber dem in Frage stehenden Produkt verändert hat. Soweit der Zeitpunkt der Umfrage für das Urteil nicht von erheblicher Bedeutung ist, kann daher nicht angenommen werden, die Beweismassnahme liesse sich im Falle eines für die Beschwerdeführerin günstigen Endentscheides nicht wiederholen und die Beschwerde müsse deshalb behandelt werden, weil sonst der Beweis vereitelt werden könnte.
2.4 Einen Nachteil im Sinne von <ref-law> erleidet die Beschwerdeführerin durch den angefochtenen Beschluss nicht.
3. Auf die Beschwerde kann nicht eingetreten werden. Die Gerichtskosten sind bei diesem Verfahrensausgang der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>). Sie hat ausserdem der Beschwerdegegnerin deren Parteikosten für das vorliegende Verfahren zu ersetzen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Handelsgericht, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 9. Januar 2008
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Corboz Hürlimann