Fatti:
A. La Procura della Repubblica presso il Tribunale di Palermo ha presentato, il 13 aprile 2005, una domanda di assistenza giudiziaria alla Svizzera nell'ambito di un procedimento penale aperto contro A._, B.B._ e altri per titolo di riciclaggio di denaro aggravato al fine di agevolare l'attività dell'organizzazione mafiosa Cosa Nostra. Dalla richiesta risulta che gli indagati avrebbero compiuto diverse operazioni finalizzate all'attività di riciclaggio tramite l'utilizzo di società italiane ed estere, tra cui banche svizzere. L'autorità estera ha quindi chiesto di acquisire la documentazione relativa alla relazione bancaria X._ SA presso la banca Y._ di Ginevra, come pure l'identificazione dei conti riconducibili a D._, A._, B.B._ e C.B._.
Mediante complemento del 19/20 giugno 2005 l'autorità estera ha chiesto il sequestro dei valori patrimoniali depositati sul conto X._ SA; il 25 luglio seguente essa ha inoltrato un ulteriore complemento.
B. Con decisione di entrata nel merito del 22 giugno 2005 il Ministero pubblico della Confederazione (MPC), al quale è stata delegata l'esecuzione della rogatoria, ha ordinato l'esecuzione delle postulate misure. Il MPC ha poi concesso alle persone interessate dai citati provvedimenti la facoltà di formulare eventuali osservazioni. Il 3 agosto 2005 il patrocinatore di D._, avv. Emanuele Verda, ha prodotto osservazioni, senza specificare tuttavia l'inutilità della documentazione bancaria sequestrata. Il legale, rilevato che il reato di riciclaggio contestato a D._ sarebbe stato derubricato, ha chiesto un riesame della decisione di entrata in materia. Con decisione del 14 ottobre 2005 il MPC ha ordinato la trasmissione all'Italia dei documenti bancari sequestrati.
C. La X._ SA impugna questa decisione, unitamente ai citati complementi, con un ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale. Chiede, in via principale, di annullarla e, in via subordinata, di rinviare gli atti al MPC, affinché inviti la Stato richiedente a fornire informazioni complementari sullo stato del procedimento penale estero, in particolare riguardo all'oggetto della rogatoria e alla fondatezza o no dei reati previsti dagli art. 648ter e 648bis CP italiano. Dei motivi si dirà, in quanto necessario, nei considerandi.
Il MPC propone di respingere il ricorso in quanto ammissibile, l'Ufficio federale di giustizia (UFG) di respingerlo. In replica la ricorrente si conferma nelle proprie allegazioni e conclusioni: in duplica il MPC e l'UFG ribadiscono le loro proposte.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio l'ammissibilità dei ricorsi che gli vengono sottoposti, senza essere vincolato, in tale ambito, dagli argomenti delle parti o dalle loro conclusioni (<ref-ruling> consid. 1.1).
1.2 Italia e Svizzera sono parti contraenti della Convenzione europea di assistenza giudiziaria in materia penale del 20 aprile 1959 (CEAG; RS 0.351.1) e dell'Accordo concluso il 10 settembre 1998 che la completa e ne agevola l'applicazione, entrato in vigore il 1° giugno 2003 (in seguito: l'Accordo, RS 0.351.945.41). La legge federale sull'assistenza internazionale in materia penale del 20 marzo 1981 (AIMP; RS 351.1) e la relativa ordinanza (OAIMP; RS 351.11) sono applicabili alle questioni che la prevalente Convenzione internazionale e l'Accordo non regolano espressamente o implicitamente, come pure quando il diritto nazionale sia più favorevole all'assistenza di quello convenzionale (<ref-law>, art. I cpv. 2 dell'Accordo; <ref-ruling> consid. 1, 124 II 180 consid. 1a), fatto salvo il rispetto die diritti fondamentali (<ref-ruling> consid. 7c).
1.3 Secondo la norma speciale dell'<ref-law>, il Tribunale federale non è vincolato dalle censure e dalle conclusioni delle parti; esso esamina liberamente se i presupposti per la concessione dell'assistenza sono adempiuti e in quale misura questa debba esser prestata (<ref-ruling> consid. 1d, 118 Ib 269 consid. 2e). Non è tuttavia tenuto, come lo sarebbe un'autorità di vigilanza, a verificare la conformità delle decisioni impugnate con l'insieme delle norme applicabili (<ref-ruling> consid. 1.4, 123 II 134 consid. 1d).
1.4 Interposto tempestivamente contro le decisioni incidentali e quella di chiusura parziale del MPC di trasmissione di documenti acquisiti in esecuzione di una domanda di assistenza e dei suoi complementi, il ricorso di diritto amministrativo, che contro la decisione di consegna ha effetto sospensivo per legge (art. 21 cpv. 4 lett. b e 80l cpv. 1 AIMP), è ricevibile sotto il profilo dell'art. 80g cpv. 1 e 2 in relazione con l'<ref-law>. La legittimazione della ricorrente, titolare del conto oggetto della criticata misura d'assistenza, è pacifica (<ref-law> in relazione con l'<ref-law>).
2. 2.1 La ricorrente fa valere in primo luogo che gli inquirenti italiani hanno assistito agli interrogatori, di cui contesta le modalità di esecuzione, di funzionari bancari, durante i quali sono stati ricostruiti i flussi finanziari operati con la relazione bancaria da lei detenuta e analizzati i rapporti economici tra gli indagati A._, B.B._ e altri: al suo dire, in violazione del diritto di essere sentita, non sarebbe stata informata di queste audizioni. Inoltre, non le sarebbero stati comunicati in tempo utile il complemento rogatoriale del 20 maggio 2005, quelli del 30 maggio e 19 luglio 2005, la decisione di entrata in materia del MPC del 22 giugno 2005 e la relativa domanda di assistenza giudiziaria: né, prima dell'inoltro del ricorso, essa avrebbe potuto avere accesso all'incarto e partecipare all'esecuzione della rogatoria.
2.2 Le critiche non reggono. In effetti sia la decisione di entrata nel merito sia quella incindentale del 26 luglio 2005 concernente il blocco del conto, qui non litigiosa, sono state notificate alla banca, oltre che all'avv. Emanuele Verda, patrocinatore dell'indagato D._.
Secondo la giurisprudenza, l'autorità di esecuzione, deve concedere al detentore la possibilità di addurre i motivi che si opporrebbero alla trasmissione di determinati atti e la facoltà di partecipare alla necessaria cernita (<ref-ruling> consid. 4.4 pag. 18). La cernita deve aver luogo anche qualora l'interessato rinunci ad esprimersi (<ref-ruling> consid. 4.3 e 4.4, 126 II 258 consid. 9b/aa pag. 262; cfr. anche <ref-ruling> consid. 4c/aa; Robert Zimmermann, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, 2a ed., Berna 2004, n. 271, 479-1, 479-2).
2.3 La ricorrente disconosce che la mancata notifica personale delle menzionate decisioni - questione sulla quale incentra gran parte del gravame - e, di riflesso, la non partecipazione agli atti di esecuzione della rogatoria, non sono imputabili al MPC. Infatti, dette decisioni, come espressamente rilevato dalla ricorrente riguardo alla decisione di chiusura che le è stata notificata e come risulta dagli atti, sono state comunicate alla banca che, in assenza di un divieto di comunicazione, poteva senz'altro informarla dell'inoltro della domanda di assistenza (<ref-law>). D'altra parte, la ricorrente non sostiene, o per lo meno non dimostra, che la banca non l'avrebbe effettivamente informata.
2.3.1 In effetti, secondo l'<ref-law> l'autorità di esecuzione notifica le sue decisioni all'avente diritto abitante in Svizzera (lett. a) e a quello residente all'estero se ha eletto domicilio in Svizzera (lett. b). Riguardo a quest'ultima fattispecie, l'<ref-law> precisa che, in caso contrario, le notificazioni potranno essere omesse. Infine, l'art. 80n dispone che il detentore di documenti, come nella fattispecie la banca, ha il diritto di informare il suo mandante dell'esistenza di una domanda e di tutti i fatti connessi, se l'autorità competente non l'ha esplicitamente vietato a titolo eccezionale (cpv. 1). Circostanza, questa, non realizzatasi in concreto.
2.3.2 Certo, sebbene la ricorrente non si esprima del tutto sulla questione, giova ricordare che l'intimazione di una decisione a un istituto bancario non equivale, di per sé, alla comunicazione al titolare del conto, poiché la banca non appare nei confronti dell'autorità quale rappresentante dei suoi clienti. Pertanto, il termine di ricorso non inizia a decorrere che dal momento in cui la banca informa il cliente dell'inchiesta condotta dall'autorità o delle misure prese nei suoi confronti. Dal canto suo, la banca, in virtù dei rapporti contrattuali che la legano al cliente e in particolare dell'obbligo di diligenza che scaturisce dai suoi doveri di mandataria, deve informare immediatamente il titolare della relazione posta sotto sequestro, affinché questi possa determinarsi tempestivamente sul da farsi (<ref-ruling> consid. 1.3, 124 II 124 consid. 2d/aa e 2d/bb, 125 II 65 consid. 2a, 120 Ib 183 consid. 3a pag. 186-187, 113 Ib 157 consid. 6 pag. 168; Zimmermann, op. cit., n. 174; Paolo Bernasconi, Rogatorie penali italo-svizzere, Milano 1997, pag. 301-303).
2.3.3 Tale soluzione non si applica se il cliente ha istruito la banca di non trasmettergli comunicazioni, ma di trattenerle a sua disposizione. Ora, come sottolineato dalla ricorrente - peraltro soltanto nella replica - in concreto esiste una convenzione "posta trattenuta" tra essa e la banca. In tal caso, secondo la giurisprudenza, ogni comunicazione pervenuta alla banca è opponibile al cliente come se egli l'avesse effettivamente ricevuta di persona e il termine per l'inoltro del rimedio di diritto inizia a decorrere dal momento in cui il cliente avrebbe ricevuto l'informazione dalla banca, se quest'ultima l'avesse comunicata senza ritardo (cosiddette convenzioni di "fermo banca"; <ref-ruling> consid. 2d/aa-cc, 130 IV 43 consid. 1.3, 120 Ib 183 consid. 3a; sentenza 1A.212/2003 del 30 agosto 2004, consid. I/7). La ricorrente non sostiene che la banca non le avrebbe comunicato la decisione di entrata in materia, né produce una siffatta conferma da parte dell'istituto di credito. Come si è visto, tale comunicazione le è pertanto opponibile. Si può quindi ritenere che la ricorrente ha avuto una conoscenza sufficiente della decisione di entrata in materia e che, pertanto, poteva partecipare agli atti di esecuzione.
La ricorrente parrebbe confondere infatti, mischiandole, due fattispecie diverse: segnatamente quella relativa alla notificazione di decisioni e al termine per impugnarle in presenza di una convenzione "fermo banca", da una parte, e la facoltà che dev'essere offerta al titolare del conto di partecipare concretamente ed effettivamente alla cernita dei documenti, dall'altra. Ora, la facoltà del titolare del conto di partecipare alla procedura non lo esime dall'eleggere domicilio in Svizzera, questione decisiva sulla quale la ricorrente non si esprime.
2.3.4 La ricorrente misconosce infine ch'essa non è legittimata a partecipare all'esecuzione di atti che concernono terzi, segnatamente i citati indagati (<ref-ruling> consid. 2d). Occorre anche ricordare che la sua facoltà di ricorrere, eccezionalmente, contro la decisione di interrogare funzionari di banca è assai limitata (al riguardo e sulle modalità di partecipazione di inquirenti esteri a una misura di esecuzione, v. <ref-ruling> consid. 2; sentenza 1A.217/2004 del 18 ottobre 2004, consid. 2.6, apparsa in RtiD I-2005 n. 42).
3. 3.1 Nel merito la ricorrente, richiamando articoli di giornale, accenna al fatto che l'autorità richiedente avrebbe ridimensionato e modificato la fattispecie di rilevanza penale, nonché la sua qualificazione giuridica. Ora, contrariamente all'assunto ricorsuale, i fatti posti a fondamento della rogatoria iniziale non sono sostanzialmente stati cambiati: la circostanza che nel prosieguo del procedimento nei confronti di imputati sia stata abbandonata un'accusa (segnatamente quella di riciclaggio), fatto peraltro non raro nel quadro penale, non comporta chiaramente l'inammissibilità della collaborazione internazionale riguardo alle rimanenti accuse.
Del resto, circa l'accusa di riciclaggio, occorre ricordare che, come precisato dalla ricorrente, il 4 aprile 2005, a seguito di segnalazioni dell'Ufficio di comunicazione in materia di riciclaggio di denaro, il MPC ha avviato un'indagine preliminare di polizia fondata sull'<ref-law> nei confronti di ignoti, ordinando la confisca, la perquisizione e il sequestro ai fini probatori, e il blocco del saldo attivo degli averi della ricorrente depositati sulla relazione litigiosa. Anche l'esistenza di sospetti sorti nell'ambito di un procedimento penale interno milita per la concessione della richiesta assistenza internazionale. Nella misura in cui la ricorrente critica lo svolgimento del parallelo procedimento penale svizzero, giova poi rilevare che queste censure esulano dall'oggetto del litigio.
3.2 Insistendo sull'abbandono dell'accusa per il reato di riciclaggio e ribadendo che le circostanze sulle quali l'autorità estera fonda i propri sospetti non sarebbero ancora chiare, Ia ricorrente disattende inoltre che spetterà al giudice straniero del merito esaminare se l'accusa potrà esibire le prove degli asseriti reati (<ref-ruling> consid. 2c), atteso che non emergono elementi atti a far ritenere che la rogatoria sia addirittura abusiva (cfr. <ref-ruling> consid. 7b). Contrariamente a quanto parrebbe sostenere la ricorrente, non spetta infatti all'auto-rità di esecuzione né al giudice svizzero dell'assistenza, nel quadro di una valutazione sommaria e «prima facie» dei mezzi di prova, esaminarne l'attendibilità e ancor meno valutarne compiutamente la portata. Trattandosi di una questione relativa alla valutazione delle prove, spetterà alle competenti autorità italiane risolverla (<ref-ruling> consid. 2b pag. 244, 118 Ib 547 consid. 3a in fine pag. 552). Per di più, l'assistenza dev'essere accordata non soltanto per raccogliere ulteriori prove a carico dei presunti autori dei reati, ma anche per acclarare, come nella fattispecie, se i reati fondatamente sospettati siano effettivamente stati commessi e per verificare se anche il conto della ricorrente sia stato utilizzato per i prospettati reati (cfr. <ref-ruling> consid. 3a pag. 552).
3.3 Nella decisione di chiusura il MPC, esprimendosi sulle eccezioni formulate dall'indagato D._ secondo cui il reato contestatogli di riciclaggio di denaro aggravato al fine di agevolare l'attività dell'organizzazione mafiosa Cosa Nostra sarebbe stato derubricato, ha inoltre rilevato che a carico del predetto e di altri inquisiti sussistono ancora sempre, secondo il complemento del 25 luglio 2005, le ipotesi di reato di cui all'art. 12quinquies della legge 7 agosto 1992 n. 356 (conversione in legge, con modificazioni del decreto legge 8 giugno 1992 n. 306, recante modifiche urgenti al nuovo codice di procedura penale e provvedimenti in contrasto alla criminalità mafiosa), nonché quelle del reato di impiego di denaro, beni o utilità di provenienza illecita ai sensi dell'art. 648ter CPI italiano.
Ora, la ricorrente non fa valere che il procedimento penale non proseguirebbe nei confronti di tutti gli imputati. Essa disattende pure che per l'esame della doppia punibilità è determinante il quesito di sapere se i fatti addotti nella domanda, eseguita la dovuta trasposizione, sarebbero punibili secondo il diritto svizzero e non tanto l'entità della pena poi pronunciata nei confronti di determinati inquisiti, tenendo conto se del caso anche delle attenuanti personali loro riconosciute (<ref-ruling> consid. 4 b/cc pag. 188). L'apertura di un'inchiesta in Svizzera dimostra senz'altro, fino a prova del contrario, la fondatezza dei criticati sospetti.
Riguardo alla citata derubricazione di un reato, la ricorrente disattende che una procedura d'assistenza aperta in Svizzera diventa priva di oggetto, trattandosi di materiale probatorio, solo quando lo Stato richiedente la ritiri espressamente; ciò che non si verifica in concreto. La giurisprudenza considera inoltre che la domanda diventa senza oggetto se il processo all'estero si è nel frattempo concluso con un giudizio definitivo; neppure ciò è qui il caso. Per di più, ricordato che l'autorità di esecuzione non deve esaminare se il procedimento penale estero segua effettivamente il suo corso (<ref-ruling> consid. 5a pag. 166; Zimmermann, op. cit., n. 168), nella fattispecie la ricorrente non sostiene né rende verosimile che il procedimento estero non lo proseguirebbe. Essa disattende infatti che l'assistenza giudiziaria può essere concessa anche quando è richiesta per la repressione di più reati e solo uno di essi sia punibile secondo il diritto svizzero (<ref-ruling> consid. 4b/cc pag. 188).
3.4 La ricorrente contesta, in maniera del tutto generica, che i fatti posti a fondamento della rogatoria non costituirebbero fattispecie penali per le quali l'assistenza è ammissibile. Essa si limita infatti ad accennare al fatto che il reato di cui all'art. 12quinquies della legge 7 agosto 1992, n. 356 - accusa ch'essa ammette espressamente essere stata mantenuta - non sarebbe previsto dal codice penale svizzero. Sostiene che nell'ordinamento giuridico svizzero l'intestazione fiduciaria di beni non sarebbe punibile se non quando essa sia strumentale a un atto di riciclaggio ai sensi dell'<ref-law>. Limitandosi ad addurre che l'autorità italiana avrebbe derubricato i reati indicati nella rogatoria a favore dell'<ref-law> italiano, ridimensionando e modificando la fattispecie di rilevanza penale, nonché la sua qualificazione giuridica, la ricorrente disconosce che i fatti in discussione sono oggetto d'inchiesta anche in Svizzera. La loro rilevanza penale non può quindi essere esclusa.
Del resto, in tale ambito. la ricorrente si limita a citare alcuni stralci di notizie apparse sui mass media, dalle quali risulterebbe che sulla base di una decisione 23 settembre 2005 emanata dal Tribunale di Palermo, da essa nemmeno prodotta, risulterebbe che nei confronti di A._ e B.B._ sarebbe stata abbandonata l'accusa di riciclaggio. Riprende pure il passaggio secondo cui la richiamata sentenza confermerebbe il sequestro delle azioni e di alcuni beni. Al riguardo precisa che non è dato di sapere a quale titolo siano stati mantenuti i sequestri in Italia. Ora, anche questa circostanza dimostra che il procedimento penale estero non è concluso. Non vi è quindi motivo per invitare l'autorità italiana a fornire informazioni complementari (<ref-law>). Con la citata argomentazione la ricorrente misconosce infatti che la concessione dell'assistenza non presuppone affatto che l'interessato, nei cui confronti la domanda è rivolta, coincida con l'inquisito o l'accusato nella procedura aperta nello Stato richiedente. In effetti, l'assistenza dev'essere prestata anche per acclarare se il reato fondatamente sospettato sia effettivamente stato commesso e non soltanto per scoprirne l'autore o raccogliere prove a suo carico (<ref-ruling> consid. 3a pag. 552).
La contestata trasmissione è giustificata, se del caso, anche allo scopo di permettere all'autorità estera di poter verificare l'asserita estraneità dei flussi finanziari oggetto d'inchiesta e valutare se, sulla base di queste nuove risultanze, l'ipotesi accusatoria è o meno fondata: l'utilità potenziale di queste informazioni è quindi data (<ref-ruling> consid. 9c, 122 II 367 consid. 2c). La ricorrente misconosce inoltre che l'autorità estera non deve provare la commissione del reato prospettato, ma soltanto esporre in modo sufficiente le circostanze e gli indizi sui quali fonda i propri sospetti. Come già ritenuto, spetterà al giudice straniero del merito, e non a quello svizzero dell'assistenza, esaminare se l'accusa potrà esibire o no le prove dell'asserito reato (<ref-ruling> consid. 2c).
3.5 Infatti, la questione di sapere se le informazioni richieste nell'ambito di una domanda di assistenza siano necessarie o utili per il procedimento estero dev'essere lasciata, di massima, all'apprezzamento delle autorità richiedenti. Lo Stato richiesto non dispone infatti dei mezzi necessari per pronunciarsi sull'opportunità di assumere determinate prove e non può sostituire il proprio potere di apprezzamento a quello dell'autorità estera che conduce le indagini: la richiesta di assunzione di prove può essere rifiutata solo se l'invocato principio, nella limitata misura in cui può esser applicato in procedure rette dalla CEAG (<ref-ruling> consid. 13d pag. 603, 113 Ib 157 consid. 5a pag. 165, 121 II 241 consid. 3c; Zimmermann, op. cit., n. 476), sia manifestamente disatteso (<ref-ruling> consid. 5c) o se la domanda appaia abusiva, le informazioni richieste essendo del tutto inidonee a far progredire le indagini (<ref-ruling> consid. 7b, 121 II 241 consid. 3a). Ciò, come si è visto, non si verifica in concreto.
Contrariamente all'assunto ricorsuale, tra la richiesta misura d'assistenza e l'oggetto del procedimento penale estero sussiste d'altra parte una relazione sufficiente (<ref-ruling> consid. 5.3, 125 II 65 consid. 6b/aa pag. 73, 122 II 367 consid. 2c). La consegna delle informazioni litigiose è giustificata e idonea a far progredire le indagini: la loro utilità potenziale è data. Né la domanda, tenuto conto anche delle indagini aperte in Svizzera, costituisce un'inammissibile ricerca indiscriminata di prove (v. su questo tema <ref-ruling> consid. 3.1, 125 II 65 consid. 6b/aa pag. 73, 122 II 367 consid. 2c, 118 Ib 547 consid. 3a).
4. Ne segue che il ricorso dev'essere respinto. Le spese seguono la soccombenza (art. 156 cpv. 1 OG).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è respinto.
2. La tassa di giustizia di fr. 5'000.-- è posta a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Ministero pubblico della Confederazione e all'Ufficio federale di giustizia, Divisione assistenza giudiziaria internazionale (B 158090).