Faits:
A. Au mois de mai ou de juin 2002, X._ et la société Y._ Sàrl ont conjointement pris à bail une petite entreprise de restauration rapide (fabrication et de vente de sandwiches) en ville de Genève, au prix de 3'000 fr. par mois. La bailleresse était la société Z._ Sàrl; après que celle-ci eut résilié le contrat, les locaux lui furent restitués vides de tout mobilier et équipement, le 20 mars 2003. On y entreprit immédiatement des travaux destinés à l'installation d'un salon de coiffure.
B. Le 28 janvier 2004, Z._ Sàrl a ouvert action contre X._ et Y._ Sàrl devant la commission de conciliation compétente puis devant le Tribunal des baux et loyers du canton de Genève. Les défendeurs devaient être condamnés solidairement à payer 74'874 fr.70, essentiellement à titre de dommages-intérêts, avec intérêts au taux de 5% par an dès le 11 avril 2003.
Le tribunal s'est prononcé le 5 novembre 2007; accueillant partiellement l'action, il a condamné les défendeurs à payer solidairement 38'832 fr., avec suite d'intérêts selon les conclusions de la demande.
Les deux défendeurs ont appelé du jugement et la demanderesse a usé de l'appel incident. La Chambre d'appel a statué le 3 novembre 2008; elle a réduit l'obligation solidaire des défendeurs à 31'548 fr.35 en capital. Selon ses constatations, l'équipement à eux remis comprenait divers appareils et machines (armoire à boissons, trancheuse à viande, réfrigérateur, etc.) dont la valeur résiduelle, à l'expiration du contrat, compte tenu de la valeur à neuf et d'un amortissement de dix pour cent par année, s'élevait à 19'824 fr.; en dépit d'une sommation de l'autre partie, ils n'ont pas restitué ces biens. Parmi d'autres chefs d'indemnisation, les défendeurs sont jugés débiteurs d'un montant égal à cette valeur résiduelle, à titre de dommages-intérêts.
C. Agissant par la voie du recours en matière civile, Y._ Sàrl requiert le Tribunal fédéral de réformer l'arrêt de la Chambre d'appel en ce sens qu'elle-même ne doit à la demanderesse que 11'724 fr.35, avec intérêts au taux de 5% par an dès le 11 avril 2003. Elle reconnaît cette obligation mais conteste devoir rembourser, de plus, la valeur des machines et appareils. Des conclusions subsidiaires tendent à l'annulation de l'arrêt et au renvoi de la cause à la Chambre d'appel pour nouvelle décision.
La demanderesse conclut au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Le recours est dirigé contre un jugement final (<ref-law>), rendu en matière civile (<ref-law>) et en dernière instance cantonale (<ref-law>). Il est formé par une partie qui a pris part à l'instance précédente et succombé dans ses conclusions (<ref-law>). Dans cette instance, la valeur litigieuse excédait le minimum légal ordinaire de 30'000 fr. (art. 51 al. 1 let. a et 74 al. 1 let. b LTF); il n'est donc pas nécessaire d'examiner si le minimum atténué de 15'000 fr. (<ref-law>) serait applicable en matière de droit du bail à ferme. Introduit en temps utile (<ref-law>) et dans les formes requises (art. 42 al. 1 à 3 LTF), le recours est en principe recevable.
Le recours est ouvert pour violation du droit fédéral (<ref-law>). Le Tribunal fédéral applique ce droit d'office, hormis les droits fondamentaux (<ref-law>). Il n'est pas lié par l'argumentation des parties et il apprécie librement la portée juridique des faits; il s'en tient cependant, d'ordinaire, aux questions juridiques que la partie recourante soulève dans la motivation du recours (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1 p. 254). Il conduit son raisonnement juridique sur la base des faits constatés dans la décision attaquée (<ref-law>).
2. Il est constant que les parties se sont liées par un contrat de bail à ferme, aux termes de l'<ref-law>, et que les défendeurs se sont obligés à rendre la chose à la fin de ce contrat, conformément à l'<ref-law>, avec tous les objets portés à l'inventaire, dans l'état où ils se trouveraient.
Les parties n'ont pas dressé l'inventaire prévu à l'<ref-law>; la Chambre d'appel constate néanmoins que le bail portait sur des machines et appareils dont la restitution était due, et dont la valeur s'élevait, à l'époque où cette restitution aurait dû s'accomplir, à 19'824 francs. L'autorité constate aussi que la demanderesse a interpellé chacun des défendeurs le 11 avril 2003, pour les sommer de restituer les objets au plus tard le 28 du même mois, et annoncer simultanément qu'à défaut de restitution, elle réclamerait des dommages-intérêts. Sa décision n'est pas contestée sur ce point.
A bon droit, sur la base de l'<ref-law>, la Chambre d'appel alloue à la demanderesse des dommages-intérêts correspondant à la valeur de remplacement des objets manquants, en tenant compte de leur dépréciation (Luc Thévenoz, in Commentaire romand, n° 34, let. a, ad <ref-law>; Franz Werro, même ouvrage, n° 14 ad <ref-law>).
Contrairement à l'opinion développée à l'appui du recours, la demanderesse n'avait aucun devoir de revendiquer ces objets, dont elle était censément - mais rien n'est établi à ce sujet - propriétaire, plutôt qu'exercer les droits à elle conférés par le contrat. Il n'y a pas lieu d'élucider dès à présent les moyens qui appartiendraient aux défendeurs si l'adverse partie s'avisait de faire valoir un droit réel après avoir obtenu les dommages-intérêts actuellement litigieux. La recourante se réfère aussi en vain à un précédent qui concernait une indemnité due au bailleur pour restitution tardive de la chose affermée (<ref-ruling>), car en l'espèce, les dommages-intérêts remplacent entièrement la restitution des machines et appareils. Le bailleur, après la restitution de la chose, est en principe libre d'en disposer à sa guise; il importe donc peu qu'un salon de coiffure soit désormais installé dans les locaux et que les machines et appareils de la sandwicherie n'y eussent trouvé aucune utilité. Enfin, les faits déterminants étant constatés, l'<ref-law>, qui concerne le fardeau de la preuve dans les contestations soumises au droit civil fédéral, est hors de cause (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 649; <ref-ruling> consid. 2b/aa in fine p. 277).
3. Le recours se révèle privé de fondement, ce qui conduit à son rejet. A titre de partie qui succombe, son auteur doit acquitter l'émolument à percevoir par le Tribunal fédéral et les dépens auxquels l'autre partie peut prétendre.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. La défenderesse acquittera un émolument judiciaire de 2'000 francs.
3. La défenderesse versera une indemnité de 2'500 fr. à la demanderesse, à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre d'appel en matière de baux et loyers du canton de Genève.
Lausanne, le 11 mars 2009
Au nom de la Ire Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La présidente: Le greffier:
Klett Thélin