Faits:
A. X._ a obtenu, par arrêté du 8 novembre 2006, une autorisation pour l'exploitation, en tant qu'indépendant, d'un taxi de service privé.
Le 7 mai 2008, le Service du commerce du canton de Genève, rattaché au Département de l'économie et de la santé, a infligé une amende de 200 fr. à X._ pour avoir, en date du 12 août 2007, circulé au volant de son taxi alors qu'il était en service, sur la voie réservée aux transports en commun et aux taxis de service public.
B. Par arrêt du 5 mai 2009, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) a rejeté le recours de l'intéressé. Il a retenu que le régime légal, qui n'autorisait pas les taxis de service privé, à la différence des taxis de service public, à rouler sur les voies réservées au bus, ne violait ni la liberté économique ni l'égalité de traitement. En outre, l'amende était fondée dans son principe et son montant.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, d'annuler l'arrêt du 5 mai 2009 du Tribunal administratif. Il invoque une violation de la liberté économique et de l'égalité de traitement.
Le Département de l'économie et de la santé, par son Conseiller d'Etat, conclut au rejet du recours. Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et dispositif de son arrêt.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le Tribunal fédéral examine d'office sa compétence (<ref-law>). Il contrôle donc librement la recevabilité des recours qui sont déposés devant lui (<ref-ruling> consid. 1 p. 24, 30 consid. 1 p. 31).
1.2 Au fond, le recourant conclut uniquement à l'annulation de l'arrêt attaqué. Or, le recours en matière de droit public n'est pas un recours en cassation mais en principe un recours en réforme (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 414). A la lecture du mémoire et en interprétant la conclusion, il apparaît toutefois que l'intéressé conteste la constitutionnalité des art. 19 al. 1 de la loi genevoise du 21 janvier 2005 sur les taxis et limousines (transport professionnel de personnes au moyen de voitures automobiles; ci-après: LTaxis ou la loi sur les taxis; RS/GE H 1 30) et 12 al. 1 du règlement d'exécution genevois du 4 mai 2005 de la loi sur les taxis et limousines (transport professionnel de personnes au moyen de voitures automobiles; ci-après: RTaxis; RS/GE H 1 30.01) pour obtenir l'annulation de l'amende de 200 fr. Comprise dans ce sens, la conclusion ne s'oppose pas à l'entrée en matière sur le recours.
2. Le recourant a été amendé sur la base de l'art. 45 LTaxis - disposition qui permet d'infliger une amende à toute personne ayant enfreint les dispositions de la loi ou du règlement en cause - pour avoir violé les art. 19 al. 1 LTaxis et 12 al. 1 RTaxis. L'intéressé ne prétend pas que l'art. 45 LTaxis ait été mal appliqué, mais que les art. 19 al. 1 LTaxis et 12 al. 1 RTaxis sont inconstitutionnels. Il se base pour cela sur un rapport du 13 mars 2008 du Conseiller d'Etat en charge du Département de l'économie et de la santé relatif à la procédure de consultation menée dans le cadre du projet de révision de la loi sur les taxis. Celui-ci évoque la suppression du numerus clausus relatif au nombre de permis de taxis de service public, ce qui permettrait de n'avoir plus qu'une seule catégorie de taxis, soit ceux de service public. Les taxis de service privé seraient ainsi transformés en taxis de service public. Le rapport mentionne, à l'appui de cette modification, que "l'expérience a démontré que la limite maximale de 600 unités fixée par l'étude menée en 1996 a connu une augmentation sensible (940 unités en 2007) sans que les désagréments alors évoqués (nombre excessif de taxis sur la voie publique, troubles manifestes de l'ordre public) à l'appui de cette hypothèse se soient effectivement réalisés". Selon le recourant, il n'y aurait ainsi plus d'intérêt public à interdire aux taxis de service privé d'emprunter les voies de circulation réservées aux transports en commun et aux taxis de service public, ainsi que de circuler dans les zones ou rues où la circulation est restreinte, et de faire usage des stations de taxis. Ces restrictions violeraient également le principe de proportionnalité et de l'égalité de traitement.
Le grief est recevable dans la mesure où la constitutionnalité d'une disposition de droit cantonal peut être examinée à titre préjudiciel, dans le cadre d'un contrôle concret de la norme, c'est-à-dire en rapport avec un acte d'application. Si cette norme s'avérait inconstitutionnelle, le Tribunal fédéral ne saurait toutefois, formellement, annuler celle-ci (cf. en matière de recours de droit public <ref-ruling> consid. 4 p. 54; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 315; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 170 et les arrêts cités) mais il pourrait uniquement modifier la décision qui l'applique.
3. 3.1 Selon l'art. 27 Cst., la liberté économique est garantie (al. 1); elle comprend notamment le libre choix de la profession, le libre accès à une activité économique lucrative privée et son libre exercice (al. 2). Cette liberté protège toute activité économique privée, exercée à titre professionnel et tendant à la production d'un gain ou d'un revenu (<ref-ruling> consid. 1 p. 176; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 135), telle que l'activité de chauffeur de taxi indépendant, même si celle-ci implique un usage accru du domaine public (<ref-ruling> consid. 3b p. 131; <ref-ruling> consid. 3 p. 136; <ref-ruling> consid. 2b/aa p. 398).
Aux termes de l'art. 36 Cst., toute restriction d'un droit fondamental doit être fondée sur une base légale; les restrictions graves doivent être prévues par une loi (al. 1). Toute restriction d'un droit fondamental doit être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui (al. 2) et proportionnée au but visé (al. 3). L'essence des droits fondamentaux est inviolable (al. 4).
3.2 Lorsqu'il a adopté la loi sur les taxis du 21 janvier 2005, le canton de Genève avait, notamment, pour objectifs de tarir la source de l'augmentation incessante des taxis sans permis de stationnement en étant moins permissif à leur égard, d'offrir un meilleur accès aux taxis avec permis de stationnement en permettant une rotation plus naturelle entre les exploitants, de mieux définir les compétences réciproques ainsi que les droits et obligations des taxis et des limousines et de mettre l'ensemble de la profession dans un cadre plus strict comprenant de meilleurs et plus clairs outils à disposition de l'autorité administrative (arrêt 2P.83/2005 du 26 janvier 2006). Ces buts ont été inscrits à l'art. 1 LTaxis.
Ainsi, la loi sur les taxis prévoit plusieurs types d'autorisations (art. 9 al. 1 LTaxis). Pour les indépendants, elle distingue, notamment, l'autorisation d'exploiter un taxi de service privé et celle d'exploiter un taxi de service public. S'agissant des taxis du service public, l'art. 20 LTaxis permet d'en limiter le nombre. La loi leur confère un droit d'usage accru du domaine public leur permettant de s'arrêter aux stations de taxis dans l'attente de clients et d'utiliser les voies réservées aux transports en commun, ainsi que d'emprunter les zones ou les rues dans lesquelles la circulation est restreinte (art. 19 al. 2 LTaxis et 12 al. 1 RTaxis). Le permis de service public est délivré contre le paiement d'une taxe unique (art. 21 al. 4 LTaxis). Cette taxe peut être fixée au maximum à 200'000 fr. (art. 21 al. 6 RTaxis). Elle est destinée à améliorer les conditions sociales de la profession de chauffeur de taxi et de réguler le nombre de permis (art. 21, 22 et 58 LTaxis). Elle est restituée à concurrence de 40'000 fr. au moins aux détenteurs qui cessent leur activité (art. 21 al. 6 LTaxis). Les véhicules du service public doivent revêtir une couleur jaune unique et des signes distinctifs tels qu'une bande en damier (art. 38 LTaxis et 63 RTaxis). Ils doivent répondre aux exigences d'équipement du droit fédéral (tachygraphe, compteur horokilométrique) pour le calcul du prix de la course. Les conducteurs doivent accepter toutes les courses (art. 39 al. 1 LTaxis) et sont soumis à une zone tarifaire unique (art. 42 al. 1 LTaxis et 68 et 69 RTaxis).
Le nombre de taxis du service privé n'est pas limité. Ceux-ci disposent d'un usage commun du domaine public tel que dévolu à la circulation et au stationnement de l'ensemble des véhicules, en respect des dispositions fédérales et cantonales en la matière. Ils ne peuvent, sous réserve d'exceptions, faire usage ni des stations de taxis, ni des voies réservées aux transports en commun, ni des zones ou des rues dans lesquelles la circulation est restreinte. Ils ne paient aucune taxe comparable à la taxe unique des taxis du service public; ils ne sont en revanche, comme on vient de le dire, pas autorisés à faire un usage accru du domaine public (art. 19 al. 1 LTaxis). Comme les taxis du service public, ils doivent répondre aux exigences d'équipement du droit fédéral. A l'inverse des taxis de service public, ils n'ont pas l'obligation d'accepter toutes les courses mais sont aussi soumis à une zone tarifaire unique et à des tarifs identiques à ceux des taxis du service public (art. 42 LTaxis et 68 et 69 RTaxis). Ils ne peuvent porter ni la couleur jaune ni les signes distinctifs des taxis de service public (art. 38 al. 3 LTaxis).
3.3 Le recourant s'en prend donc à la constitutionnalité des art. 19 al. 1 LTaxis et 12 al. 1 RTaxis qui interdit, notamment, l'utilisation des voies réservées aux transports publics par les taxis de service privé. Cette utilisation peut être comparée au stationnement des taxis sur les emplacements qui leur sont réservés. Ils représentent, en effet, tous deux un usage accru du domaine public. De même que l'usage des voies réservées aux transports publics, le stationnement sur les places particulières ne peut se faire que par les taxis de service public, à l'exclusion de ceux du service privé. Or, le Tribunal fédéral s'est déjà prononcé au sujet du stationnement des taxis sur les emplacements qui leur sont réservés (SJ 2001 I p. 65 consid. 2a, 2P.167/1999; arrêt 2P.258/2006 du 16 mars 2007 consid. 2.1.et 2.3). Il a, à cet égard, jugé que l'Etat était en principe habilité à réglementer un tel stationnement. Parmi les mesures admissibles au regard de l'art. 27 Cst., le législateur cantonal pouvait limiter le nombre de places réservées aux taxis, mais il devait veiller à ne pas restreindre de façon disproportionnée l'exploitation du service dans son ensemble. Il était en revanche admis que le nombre de places de stationnement ne pouvait être augmenté à volonté si l'on voulait éviter des querelles entre chauffeurs et des problèmes de circulation. Un danger sérieux de perturbation donnait déjà à la collectivité publique, propriétaire du domaine public, le droit de déterminer le nombre de bénéficiaires d'autorisation de se garer sur des places réservées aux taxis en fonction de la place disponible. Il n'était pas nécessaire pour cela d'apporter la preuve que la mise à la libre disposition de places de stationnement à tous les concurrents conduirait à une situation absolument intenable (ATF <ref-ruling> consid. 2 b/bb et 3p. 400ss; 97 Ia 653 consid. 5 b/bb p. 657). L'Etat pouvait aussi subordonner le permis de stationnement aux exigences de la circulation, à la place disponible, et même, dans une certaine mesure, aux besoins du public (ATF 79 I 334 consid. 3 p. 337).
A l'instar du stationnement des taxis sur les emplacements qui leur sont réservés, l'usage accru du domaine public que représente l'utilisation des voies de transports en commun justifie que l'Etat le limite en restreignant le nombre de taxis autorisés à y circuler, ceci afin d'éviter un engorgement de ces voies. Le nombre de taxis de service privé n'est pas limité et, dès lors, une recrudescence desdits taxis serait à même de surcharger les voies en cause. Un tel encombrement se ferait au détriment de l'intérêt public d'une bonne gestion du domaine public, notamment en ce qui concerne les transports en commun. En effet, des transports publics efficaces incitant tout un chacun à les utiliser est dans l'intérêt général. Il en va de même en matière de sécurité. L'intérêt public à disposer de voies réservées aux bus et à certains taxis qui ne soient pas engorgées afin de permettre, par exemple, le passage de la police, des pompiers ou des ambulances en cas d'urgence est évident. Dans ces conditions, si l'intérêt de la clientèle des taxis de service privé consiste bien à ce que ceux-ci puissent circuler dans les voies réservées aux transports publics, afin de ne pas perdre de temps dans la circulation, et ce surtout aux heures de pointe, il s'efface toutefois devant l'intérêt public susmentionné.
3.4 Le recourant invoque le rapport du 13 mars 2008 du Conseiller d'Etat en charge du Département de l'économie et de la santé relatif à la procédure de consultation menée dans le cadre du projet de révision de la loi sur les taxis qui mentionne que l'augmentation des taxis entre 1996 et 2007 n'a pas eu les conséquences redoutées, telles que le nombre excessif de taxis sur la voie publique et les troubles manifestes de l'ordre public. La question de savoir si la mise à disposition des voies de transports en commun, non seulement aux taxis de service public mais également à ceux de service privé, pourrait se faire sans entraver le bon fonctionnement des transports publics ou la sécurité n'est pas du ressort du Tribunal fédéral mais des autorités administratives et législatives cantonales. Suivre le recourant dans son raisonnement reviendrait ainsi à demander au Tribunal de céans de se substituer au législateur cantonal. En outre, le Tribunal fédéral doit se baser, pour rendre son jugement, sur la législation en vigueur et les travaux préparatoires qui y ont conduit. Il ne lui appartient pas d'anticiper une éventuelle modification législative.
Au vu de ce qui précède, la norme qui interdit aux taxis privés de circuler sur les voies réservées aux transports en commun des art. 19 al. 1 LTaxis et 12 al. 1 RTaxis ne viole pas l'art. 27 Cst. mais est une mesure rendue nécessaire par l'intérêt public. Elle est en outre proportionnée puisque seul un certain nombre de taxis, soit ceux du service privé, ne sont pas autorisés à faire usage des voies en cause.
4. 4.1 Selon le principe de l'égalité de traitement entre personnes appartenant à la même branche économique découlant de l'art. 27 Cst. (qui a à cet égard la même portée que l'art. 31 aCst., cf. Message du Conseil fédéral du 20 novembre 1996 relatif à une nouvelle Constitution fédérale, in FF 1997 I p. 1 ss, p. 176-178 et 298), les mesures qui causent une distorsion de la compétition entre concurrents directs, c'est-à-dire qui ne sont pas neutres sur le plan de la concurrence, sont interdites (<ref-ruling> consid. 9.2.2 p. 291). On entend par "concurrents directs", les membres de la même branche économique, qui s'adressent avec les mêmes offres au même public pour satisfaire les mêmes besoins. A cet égard, l'art. 27 Cst. offre une protection plus étendue que celle de l'art. 8 Cst. (art. 4 aCst.; sur cette notion cf. <ref-ruling> consid. 5.1 p. 125 et la jurisprudence citée). L'égalité de traitement entre concurrents n'est cependant pas absolue et autorise des différences, à condition que celles-ci reposent sur une base légale, qu'elles répondent à des critères objectifs et résultent du système lui-même; il est seulement exigé que les inégalités ainsi instaurées soient réduites au minimum nécessaire pour atteindre le but d'intérêt public poursuivi (<ref-ruling> consid. 4b/aa p. 435-436 et la jurisprudence citée).
4.2 La loi sur les taxis octroie des droits et impose des obligations variant selon le type d'autorisation d'exploiter un taxi (cf. consid. 3.2). La loi met notamment en place toute une série de mesures contraignantes, plus particulièrement pour les taxis de service public (cf. à cet égard JdT 2006 I 492, 2P.83/2005, not. consid. 3.5 non publié). En contre-partie, lesdits taxis sont autorisés à faire un usage accru du domaine public. A l'inverse, l'inconvénient que représente pour les taxis de service privé le fait de ne pouvoir utiliser les voies de circulation réservées aux transports en commun est compensé par un allégement des obligations à leur charge en comparaison de celles imposées aux taxis du service privé (recte: public). Ainsi, contrairement à l'avis du recourant, exprimé au demeurant dans une argumentation essentiellement appellatoire (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 261 ss) dont la recevabilité est douteuse, le statut des deux catégories de taxis et les droits et obligations en découlant sont suffisamment différents pour pouvoir instaurer une restriction, à l'encontre des taxis de service privé, dans l'utilisation des voies de circulation en cause dans le but de ne pas les surcharger. Par conséquent, le grief d'inégalité entre concurrents doit être rejeté.
5. Au vu de ce qui précède, le recours doit être rejeté. Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Un émolument judiciaire, arrêté à 2'500 fr., est mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Département de l'économie et de la santé et au Tribunal administratif du canton de Genève.
Lausanne, le 17 décembre 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
R. Müller E. Kurtoglu-Jolidon