Erwägungen:
1. Angefochten ist ein Entscheid des Obergerichts des Kantons Bern vom 31. August 2009, mit dem das Obergericht eine Beschwerde von X._ gegen Amtshandlungen der Gerichtspräsidentin 6b des Gerichtskreises VIII Bern-Laupen im Rahmen eines Aussöhnungsversuchs im Zusammenhang mit einer Unterhaltsklage seiner Tochter abwies. Das Obergericht hat zusammengefasst erwogen, die Beschränkung der Verhandlungszeit auf eine Stunde sei nicht zu beanstanden, da es sich lediglich um einen Einigungsversuch gehandelt habe. Soweit der Beschwerdeführer den Entzug der unentgeltlichen Rechtspflege kritisiere, so sei ihm persönlich nie die unentgeltliche Rechtspflege gewährt worden, weshalb er die Verfahrenskosten zu Recht zu tragen habe. Unbegründet sei auch der Vorwurf, Aussagen seien nicht protokolliert worden, zumal diese Aussagen keinen Einfluss auf die Unterhaltszahlungen gegenüber seiner Tochter gehabt hätten. Soweit der Beschwerdeführer beanstande, dass ihm gewisse Anmerkungen auf der Vereinbarung nicht erlaubt worden seien, sei darin ebensowenig eine Pflichtverletzung zu erblicken, da diese Aussagen keinen direkten Zusammenhang mit dem Kinderunterhalt aufgewiesen hätten. Im Übrigen könne eine einmal unterzeichnete Vereinbarung nicht einseitig ergänzt werden; die angeblich nicht aufgenommenen Aussagen beträfen das Scheidungsverfahren, nicht den Kinderunterhalt. Soweit der Beschwerdeführer von seiner Ex-Ehefrau Unterhaltsbeiträge zurückfordern wolle, habe er gegen diese ein entsprechendes Verfahren anzustrengen.
2. 2.1 Die Beschwerde hat einen Antrag zu enthalten, wobei neue Begehren unzulässig sind (<ref-law>). Die Beschwerde ist zu begründen (<ref-law>). Mit ihr ist in gedrängter Form durch Auseinandersetzung mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen, welche Vorschriften und warum sie vom Obergericht verletzt worden sein sollen. Allgemein gehaltene Einwände, die ohne aufgezeigten oder erkennbaren Zusammenhang mit bestimmten Entscheidungsgründen vorgebracht werden, genügen nicht (<ref-ruling> E. 3 S. 749; 5A_92/2008 vom 25. Juni 2008 E. 2.3). Verfassungsverletzungen werden nur geprüft, wenn sie gerügt und gehörig begründet werden (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287; <ref-ruling> E. 3.2. S. 88 mit Hinweisen). Aufgrund des für behauptete Verfassungsverletzungen geltenden Rügeprinzips sind neue rechtliche Vorbringen unzulässig (<ref-ruling> E. 2 S. 640).
2.2 Der Beschwerdeführer setzt sich nicht den obgenannten Ausführungen entsprechend mit den Erwägungen des angefochtenen Entscheids auseinander und sagt nicht, inwiefern das Obergericht damit Bundesrecht verletzt hat. Auf die offensichtlich unzulässige Beschwerde ist somit im vereinfachten Verfahren (<ref-law>) durch die Präsidentin der Abteilung unter Kostenfolge für den Beschwerdeführer (<ref-law>) nicht einzutreten.

Demnach erkennt die Präsidentin:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 1'000.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 2. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 20. Oktober 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Zbinden