Faits:
A. A.a C._ est titulaire d'un certificat fédéral de capacité de coiffeuse, obtenu en juin 1984. Elle travaillait à l'époque pour l'Ecole de coiffure X._ et était assurée au titre de la LAA par « La Suisse », Société d'assurances contre les accidents (ci-après : « La Suisse »). Le 6 août 1984, elle a été victime d'un accident de la circulation, lors duquel elle a notamment subi une fracture multifragmentaire du pilon tibial gauche. « La Suisse » a pris en charge les suites de l'accident.
Le 28 février 1986, C._ s'est soumise à une opération d'ablation du matériel d'ostéosynthèse, ainsi qu'à une toilette articulaire et un allongement de l'extenseur propre du gros orteil. Le 9 juin 1987, le docteur M._, chirurgien-orthopédiste, a constaté un blocage de la sous-astragalienne en position neutre. Dans un rapport du 6 avril 1988, il a également précisé que l'articulation de la cheville gauche présentait une importante arthrose post-traumatique, avec destruction de la partie antérieure du pilon.
C._ n'a pas repris son activité de coiffeuse après l'accident. Dans un premier temps, elle a présenté une longue période d'incapacité de travail. Elle a ensuite repris une activité salariée à 50 %, comme vendeuse, pour Y._ SA. Elle a également suivi un cours de dactylographie, qui lui a permis de trouver un emploi au service de Z._, dès le 1er septembre 1985. Par la suite, elle a suivi une formation de secrétaire, profession qu'elle a exercée auprès de plusieurs employeurs. Elle a notamment travaillé pour W._, de septembre 1994 à décembre 1999, pour un salaire brut de 69'651 fr. la dernière année. Licenciée à la fin de l'année 1999, elle a perçu des indemnités journalières de chômage de janvier 2000 à mai 2001.
Dans son activité de secrétaire, C._ a présenté plusieurs périodes d'incapacité de travail, notamment du 26 février au 31 mars 1986, puis du 22 septembre 1986 au 20 octobre 1986. Le docteur U._ a également attesté une incapacité de travail totale en raison d'une recrudescence des douleurs et d'une tuméfaction de la cheville, pour la période du 8 mars au 31 mai 1989. Dans un rapport d'expertise du 19 décembre 1990, réalisé sur mandat de « La Suisse », le docteur O._ a attesté une incapacité de travail de 67 % (2/3) dans l'activité de coiffeuse, et une pleine capacité de travail dans l'activité de secrétaire qu'elle avait exercée depuis l'accident. Il précisait qu'une arthrodèse de la cheville devait être envisagée en raison d'une arthrose post-traumatique et des douleurs qu'elle entraînait. Cette intervention n'aurait quasiment pas d'effet sur la mobilité de la cheville, qui était déjà très réduite. Le docteur O._ estimait à 25 % le taux d'atteinte à l'intégrité subi par C._. « La Suisse » a alloué des indemnités journalières pour ces différentes périodes d'incapacité de travail et a pris en charge les traitements médicaux. Par décision du 11 février 1991, elle a également alloué à C._ une indemnité pour une atteinte à l'intégrité de 25 %; elle a en revanche nié le droit à une rente d'invalidité.
A.b Parallèlement à ses activités professionnelles, C._ a suivi une formation de masseuse-réflexologue. Dès le mois d'avril 2001, elle a exercé cette profession à titre indépendant. Elle l'a toutefois interrompue le 10 mai suivant, en raison d'une nouvelle hospitalisation. Le 11 mai 2001, le docteur H._ lui a posé une prothèse totale de la cheville. Il a attesté une incapacité de travail totale pour une durée de six semaines au minimum. Par la suite, le docteur M._ a attesté une incapacité de travail de 75 % du 2 août au 30 septembre 2001, puis de 50 % du 1er octobre au 2 décembre 2001 et de 25 % du 3 décembre 2001 au 6 janvier 2002. Il a attesté une pleine capacité de travail dès le 7 janvier 2002. Lors d'une consultation du 11 mars 2002, il a constaté que C._ présentait un discret oedème résiduel, mais qu'elle marchait sans difficulté ni douleurs. Le pronostic semblait excellent, mais l'évolution à long terme des prothèses de cheville était encore mal connue (rapport du 9 avril 2002).
« La Suisse » a considéré qu'il s'agissait d'une rechute ou de séquelles tardives de l'accident du 6 août 1984. Elle a pris en charge le traitement médical et alloué des indemnités journalières. Le 23 janvier 2002, elle a convenu avec l'assurance de protection juridique de C._ d'attendre quelques mois avant de se prononcer sur l'atteinte à l'intégrité compte tenu de la pose d'une prothèse totale de la cheville. Le 8 mars 2002, toutefois, l'assurance de protection juridique a demandé à « La Suisse » de fixer le taux d'atteinte à l'intégrité, en précisant que l'état médical de la jambe était stable. Par lettres des 6 et 21 juin 2002, l'assurance-accidents a répondu qu'elle refusait de compléter l'atteinte à l'intégrité allouée en 1991; d'après les renseignements médicaux qu'elle avait obtenus, la prothèse totale de la cheville n'entraînait pas d'atteinte supplémentaire à l'intégrité. Le 25 octobre 2002, l'assurance de protection juridique a indiqué à « La Suisse » qu'elle classait le dossier; elle se référait à l'avis du docteur M._, qui avait estimé à 20 % le taux d'atteinte à l'intégrité présenté par l'assurée.
A.c Dans les années qui ont suivi, C._ a réalisé, comme masseuse-réflexologue indépendante, un chiffre d'affaire de 40'075 fr. en 2002 (pour un bénéfice d'exploitation de 22'103 fr. 75), 36'920 fr. en 2003 (bénéfice de 25'657 fr. 45), 36'370 fr. en 2004 (bénéfice de 22'197 fr. 55) et 44'118 fr. 10 en 2005 (bénéfice de 27'594 fr. 60). Dans le courant de l'année 2005, elle a toutefois souffert de douleurs dorsales qui ont entraîné une longue période d'incapacité de travail. Elle était au bénéfice d'une assurance d'indemnités journalières pour perte de gain auprès de CSS Assurances SA, qui lui a alloué les prestations convenues. L'assurée les a comptabilisées comme des produits de son activité indépendante.
En ce qui concerne la cheville, le docteur M._ a constaté un épisode d'inflammation - qui s'est finalement résorbée spontanément - à la fin de l'année 2002 (rapport du 21 janvier 2003). L'assurée ne l'a plus consulté pendant l'année 2003 (rapport du 18 novembre 2003 du docteur D._). Des radiographies de contrôle ont été réalisées les 23 août 2004 et 13 septembre 2005. Le 14 novembre 2005, C._ s'est également rendue à l'Hôpital V._, où elle avait été opérée pour la pose d'une prothèse totale de la cheville. Dans un rapport du 15 novembre 2005, le docteur H._ a notamment posé le diagnostic de syndrome algique latéral dans l'articulation tibio-tarsienne gauche. Il précisait que le processus de guérison avait d'abord été très favorable après la pose de la prothèse, mais qu'au cours des dernières années, un raidissement progressif avait été observé, avec récemment l'apparition de douleurs dans la partie extérieure et, dans une moindre mesure, dans la partie intérieure de la cheville. Le docteur H._ attribuait ces douleurs à des ossifications dans la zone des ligaments latéraux et proposait une nouvelle intervention chirurgicale. L'assurée y a provisoirement renoncé, au profit d'une tentative de décharge partielle par le port d'une orthèse. Le 13 mars 2006, toutefois, elle a consulté le docteur R._ en raison de douleurs et de blocages de la prothèse de la cheville. Le 10 août 2006, elle s'est finalement soumise à une intervention chirurgicale pratiquée par le docteur H._ (changement de prothèse de la cheville et ostéotomie de translation du calcaneum).
Helsana Accidents SA (ci-après : Helsana), qui avait entre-temps repris « La Suisse », a pris en charge le traitement médical et alloué des indemnités journalières. Elle a pris en considération une incapacité de travail totale dès le 26 juillet 2006, puis une incapacité de travail de 90 % dès le 16 avril 2007 et de 80 % à partir du 1er mai 2008. Dans un premier temps, elle a calculé le montant des indemnités journalières sur la base d'un gain assuré correspondant aux indemnités journalières de chômage perçues jusqu'à la rechute survenue en mai 2001 (soit un gain assuré de 48'457 fr. 40). Par décision du 13 septembre 2007, elle a toutefois revu ce calcul en se référant à un gain assuré de 36'920 fr. 80. Ce montant correspond au bénéfice d'exploitation réalisé par l'assurée en 2005 (27'594 fr. 60), auquel l'assurance-accidents a ajouté divers frais fixes résultant du compte d'exploitation et qu'elle acceptait de prendre également en considération. Sur la base de ce nouveau gain assuré, Helsana a réduit de 106 fr. 20 à 80 fr. 90 le montant de l'indemnité journalière pour une incapacité de travail totale. Elle a renoncé à exiger la restitution d'indemnités déjà versées.
C._ s'est opposée à cette décision, en demandant à Helsana de lui allouer une indemnité journalière de 160 fr. 90. Selon elle, l'assurance-accidents devait prendre en considération un gain assuré correspondant au dernier salaire AVS qu'elle avait réalisé avant la rechute survenue en 2001 (69'651 fr.), indexé à l'évolution du coût de la vie jusqu'en 2007, soit un revenu annuel de 73'412 fr. Les indemnités journalières arriérées dues par l'assurance-accidents, selon ce calcul, étaient de 19'492 fr. 30 au total.
Helsana a partiellement admis l'opposition et fixé à 90 fr. 40 le montant de l'indemnité journalière due à l'assurée, pour une incapacité de travail totale. Pour l'essentiel, elle maintenait les bases de calcul retenues dans la décision du 13 septembre 2007, en prenant toutefois en considération quelques frais fixes supplémentaires (décision sur opposition du 7 avril 2008).
B. C._ a déféré la cause au Tribunal des assurances sociales du canton de Genève, en concluant à la condamnation de l'assurance-accidents au paiement d'un montant de 19'492 fr. 30. Elle a également demandé à la juridiction cantonale de « constater que le gain mensuel que l'assurée pourrait réaliser sans invalidité est de Fr. 9'300.- » et de « réserver ses droits quant à la rectification des prestations perçues depuis 2001 ».
Par jugement du 10 novembre 2008, le Tribunal des assurances sociales du canton de Genève a rejeté le recours.
C. C._ interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle demande l'annulation. Elle conclut au renvoi de la cause à la juridiction cantonale pour « nouvelle instruction et établissement exact des faits », sous suite dépens. L'intimée conclut au rejet du recours, alors que l'Office fédéral de la santé publique a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le litige porte sur le droit de la recourante à des indemnités journalières de l'assurance-accidents pour la période courant dès le 26 juillet 2006. Il porte plus précisément sur le gain assuré à prendre en considération pour fixer le montant des indemnités journalières.
2. 2.1 La juridiction cantonale, se fondant sur l'<ref-law>, a confirmé le calcul effectué par l'intimée dans la décision sur opposition du 7 avril 2008, sur la base du compte d'exploitation établi par la recourante pour son activité indépendante en 2005.
2.2 La recourante soutient pour sa part qu'elle n'a jamais été guérie à la suite de la rechute annoncée en mai 2001. Il s'ensuit, selon elle, que l'incapacité de travail attestée dès le 26 juillet 2006 et l'intervention chirurgicale pratiquée le 10 août 2006 ne constituent pas une nouvelle rechute. Le gain assuré à prendre en considération correspondrait par conséquent au dernier salaire AVS perçu avant l'opération du 11 mai 2001.
La recourante ajoute que son revenu d'indépendante entre 2002 et 2005 était réduit, en raison de la persistance d'une incapacité de travail due à l'accident. Dans ce contexte, elle reproche aux premiers juges une constatation incomplète, voire inexacte, des faits. En raison de leur refus d'entendre divers témoins, elle soulève également le grief de violation du droit d'être entendue. Selon elle, ces témoins auraient pu attester la persistance d'une incapacité de travail d'origine accidentelle, entre 2002 et 2005. A l'appui de cette allégation, elle produit des attestations de divers thérapeutes qu'elle a consultés et dont elle souhaitait l'audition par les premiers juges (attestations de A._, thérapeute en drainage lymphatique manuel, B._, ostéopathe, E._, physiothérapeute, F._, thérapeute en techniques du toucher, et du docteur S._, spécialiste en médecine interne et maladies rhumatismales).
3. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend celui pour les parties de produire des preuves quant aux faits de nature à influer la décision et d'obtenir qu'il soit donné suite aux offres de preuves pertinentes (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 370; <ref-ruling> consid. 2c p. 578; <ref-ruling> consid. 3a p. 436). En revanche, une partie n'a pas droit à l'administration d'une preuve dépourvue de pertinence parce qu'elle porte sur une circonstance sans rapport avec le litige, ou qu'une appréciation anticipée des preuves déjà recueillies démontre qu'elle ne serait pas de nature à emporter la conviction de la juridiction saisie (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 429; <ref-ruling> consid. 6c/cc in fine p. 135). Dans la mesure où il porte sur le résultat de cette appréciation anticipée des preuves, le grief de violation du droit d'être entendu se confond avec celui de constatation inexacte ou incomplète des faits pertinents, également soulevé par la recourante. Il sera examiné avec le fond du litige.
4. Lorsque la décision qui fait l'objet du recours en matière de droit public concerne l'octroi ou le refus de prestations en espèces de l'assurance-accidents, le Tribunal fédéral n'est pas lié par les faits établis par l'autorité précédente, de sorte que le recours peut porter sur toute constatation incomplète ou erronée des faits (cf. art. 97 al. 2 et 105 al. 3 LTF). Néanmoins, aucun fait nouveau ni preuve nouvelle ne peut être présenté dans le recours au Tribunal fédéral, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (<ref-law>; sur l'application de cette disposition dans les procédures régies par les art. 97 al. 2 et 105 al. 3 LTF: <ref-ruling>).
En l'occurrence, il est douteux que les conditions posées par l'<ref-law> à l'admission d'un nouveau moyen de preuve soient remplies. Il convient toutefois de laisser la question ouverte, le recours étant mal fondé, pour les motifs exposés ci-après, même si l'on prend en considération les attestations produites par la recourante à l'appui de son recours devant le Tribunal fédéral.
5. 5.1 Aux termes de l'<ref-law>, l'assuré a droit au traitement médical approprié des lésions résultant de l'accident. S'il est totalement ou partiellement incapable de travailler (<ref-law>) à la suite de l'accident, il a droit à une indemnité journalière. Le droit à l'indemnité prend naissance le troisième jour qui suit celui de l'accident et s'éteint dès que l'assuré a recouvré sa pleine capacité de travail, dès qu'une rente est versée ou dès que l'assuré décède (<ref-law>). Enfin, si l'assuré est invalide (<ref-law>) à 10 % au moins par suite de l'accident, il a droit à une rente d'invalidité (<ref-law>). Le droit à la rente prend naissance dès qu'il n'y a plus lieu d'attendre de la continuation du traitement médical une sensible amélioration de l'état de l'assuré et que les éventuelles mesures de réadaptation de l'assurance-invalidité ont été menées à terme (art. 19 al. 1, 1ère phrase, LAA). Il faut en principe que l'état de l'assuré puisse être considéré comme stable d'un point de vue médical (JEAN-MAURICE FRÉSARD/MARGIT MOSER-SZELESS, L'assurance-accidents obligatoire, in : SBVR, 2ème éd., no 153 p. 895; ALFRED MAURER, Schweizerisches Unfallversicherungsrecht, 1985, p. 274 et 372).
5.2 Le droit au traitement médical et aux indemnités journalières cesse dès la naissance du droit à la rente au sens de l'<ref-law> (art. 19 al. 1, 2ème phrase, LAA). Il cesse également s'il n'y a plus lieu d'attendre de la continuation du traitement médical une sensible amélioration de l'état de santé de l'assuré et qu'aucune mesure de réadaptation de l'assurance-invalidité n'entre en considération, mais qu'aucune rente n'est allouée parce que l'assuré présente un taux d'invalidité inférieur au seuil de 10 % prévu par l'<ref-law> (cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 113 sv.; <ref-ruling> consid. 6.6.2 p. 64).
5.3 En cas de rechute ou de séquelle tardive, l'assuré peut à nouveau prétendre la prise en charge du traitement médical et, en cas d'incapacité de travail, le paiement d'indemnités journalières (<ref-law>; pour les titulaires d'une rente de l'assurance-accidents : <ref-law>). On parle de rechute ou de séquelle tardive lorsqu'une atteinte à la santé était guérie en apparence, mais non dans les faits. En cas de rechute, la même affection se manifeste à nouveau. Une séquelle tardive survient, en revanche, lorsqu'une atteinte apparemment guérie produit, au cours d'un laps de temps prolongé, des modifications organiques ou psychiques qui conduisent souvent à un état pathologique différent (<ref-ruling> consid. 3a p. 138; <ref-ruling> consid. 2c p. 296).
5.4 Le montant des indemnités journalières est calculé d'après le gain assuré (<ref-law>), c'est-à-dire, en principe, le dernier salaire que l'assuré a reçu avant l'accident (<ref-law>). Dans des cas spéciaux, il dépend des dispositions de l'OLAA édictées par le Conseil fédéral (<ref-law>). L'<ref-law> prévoit ainsi que le salaire déterminant en cas de rechute est celui que l'assuré a reçu juste avant celle-ci; toutefois, il ne saurait être inférieur à 10 % du montant maximum du gain journalier assuré, sauf pour les bénéficiaires de rentes de l'assurance sociale. Dans le même sens, l'art. 21 al. 1 et 3 LAA prévoit qu'en cas de rechute et de séquelles tardives après que la rente a été fixée, le bénéficiaire de la rente dont le gain diminue a droit à une indemnité journalière dont le montant est calculé sur la base du dernier gain réalisé avant le nouveau traitement médical. Cette disposition permet au titulaire d'une rente partielle de l'assurance-accidents qui a mis en valeur sa capacité résiduelle de gain de percevoir, outre la rente allouée initialement, une indemnité journalière calculée sur la base de son dernier revenu avant la rechute ou la séquelle tardive.
6. 6.1 Il ressort de ce qui précède que l'incapacité de travail de la recourante dès le 26 juillet 2006 doit être considérée comme une nouvelle rechute, indépendante de celle survenue en 2001, si, dans l'intervalle, le traitement médical a permis d'obtenir une relative stabilisation de l'état de santé, au point qu'il n'y avait plus lieu d'attendre de ce traitement une amélioration sensible de cet état de santé. Si tel est bien le cas, comme l'ont admis les premiers juges, l'<ref-law> implique en principe de fixer le gain assuré par rapport au revenu de l'assurée dans l'année qui a précédé cette nouvelle rechute, et non par rapport à celui qui a précédé la rechute survenue en 2001.
6. 6.1 Il ressort de ce qui précède que l'incapacité de travail de la recourante dès le 26 juillet 2006 doit être considérée comme une nouvelle rechute, indépendante de celle survenue en 2001, si, dans l'intervalle, le traitement médical a permis d'obtenir une relative stabilisation de l'état de santé, au point qu'il n'y avait plus lieu d'attendre de ce traitement une amélioration sensible de cet état de santé. Si tel est bien le cas, comme l'ont admis les premiers juges, l'<ref-law> implique en principe de fixer le gain assuré par rapport au revenu de l'assurée dans l'année qui a précédé cette nouvelle rechute, et non par rapport à celui qui a précédé la rechute survenue en 2001.
6.2 6.2.1 D'après les certificats médicaux au dossier, le docteur M._ n'a plus attesté d'incapacité de travail à partir de la mi-janvier 2002. A l'époque, « La Suisse » a donc cessé le paiement des indemnités journalières, sans que l'assurée le conteste. Par ailleurs, le 11 mars 2002, le docteur M._ a constaté que C._ présentait un discret oedème résiduel, mais qu'elle marchait sans difficulté. Dans un rapport du 1er octobre 2002, il a précisé que le traitement était terminé depuis le 6 mai 2002. Sur la base de ces renseignements, « La Suisse » était en droit de considérer que l'état de santé de l'assurée était stabilisé et qu'il n'y avait plus lieu d'attendre de la poursuite du traitement médical une sensible amélioration de cet état de santé. Cela vaut d'autant plus que l'assurance de protection juridique de l'assurée elle-même précisait, dans une lettre du 8 mars 2002 à l'assurance-accidents, que l'état de santé était stable et qu'il convenait de passer à l'examen du droit à une indemnité pour atteinte à l'intégrité.
6.2.2 C._ conteste, certes, la stabilisation de son état de santé en mai 2002, au motif que dans des rapports des 2 novembre 2004 et 15 novembre 2005, les docteurs G._ et H._ ont utilisé les termes « processus de guérison » (« Heilverlauf ») pour décrire l'évolution de son état de santé depuis l'opération; il n'ont pas expressément constaté une stabilisation ni précisé que la guérison était acquise. Toutefois, le docteur G._ s'est limité à répondre à une question de l'assurance-accidents relative au « processus de guérison » (« Heilverlauf ») en précisant que celui-ci se déroulait très bien. Le questionnaire lui avait été envoyé à la suite d'un simple contrôle médical en novembre 2004. Le docteur G._ n'a pas constaté de problème particulier et a proposé, pour seule mesure médicale, un contrôle et des radiographies dans un délai d'une année à deux ans. Le rapport de ce médecin confirme donc plutôt qu'il n'y avait plus lieu d'attendre du traitement médical une amélioration sensible de l'état de santé de l'assurée. Dans ces conditions, la seule utilisation des termes « processus de guérison » (« Heilverlauf) par le docteur H._, dans son rapport du 15 novembre 2005, ne permet pas de nier une stabilisation de l'état de santé de l'assurée dans les années qui ont précédé.
6.2.3 La recourante conteste également une stabilisation de son état de santé en alléguant une incapacité de travail persistante depuis l'année 2002. C'est dans le but d'établir une telle incapacité qu'elle avait demandé l'audition de plusieurs témoins par les premiers juges et qu'elle a produit, en instance fédérale, des attestations écrites établies par ces témoins. La persistance d'une incapacité de travail entre 2002 et 2005, à supposer qu'elle soit établie, ne signifie toutefois pas qu'il y avait lieu d'attendre de la continuation du traitement médical, pendant ce laps de temps, une amélioration sensible de l'état de santé de l'assurée.
Au demeurant, la recourante attribue notamment à des douleurs dorsales l'incapacité de travail alléguée. Or, selon un rapport d'expertise établi le 13 avril 2006 par le docteur N._, sur mandat de CSS Assurances SA, les douleurs décrites par l'assurée remontaient à « plus ou moins un an ». Le docteur N._ a précisé qu'« afin de réaliser les massages ou les drainages lymphatiques [...], Madame C._ prend des positions anti-physiologiques pendant des durées assez longues, qui la fatiguent et se répercutent par des douleurs. Ceci est d'autant plus important que Madame C._ n'a pas une musculature très développée, en particulier au niveau de la colonne cervicale et la colonne dorsale ». Les certificats médicaux établis à l'époque par le docteur L._ attestent par ailleurs une incapacité de travail pour cause de maladie, à partir du 8 avril 2005 seulement. Compte tenu de ces documents médicaux, force est de constater que les douleurs dorsales dont souffre la recourante - qu'elles soient d'origine accidentelle ou, comme c'est plus probable, d'origine maladive - ne l'ont pas empêchée d'exercer son activité lucrative indépendante avant le 8 avril 2005. Les moyens de preuve produits à l'appui du recours n'établissent pas le contraire et l'on voit mal que les témoins dont la recourante a proposé l'audition soient en mesure d'apporter un éclairage déterminant sur ce point.
6.2.4 Il s'ensuit que les premiers juges ont considéré à juste titre que les indemnités journalières litigieuses n'étaient pas dues au titre de la rechute survenue en 2001 déjà, contrairement à ce que soutient la recourante, mais au titre d'une nouvelle rechute.
7. 7.1 En réalité, par son argumentation relative à la persistance d'une incapacité de travail entre 2002 et 2005, la recourante semble surtout remettre en cause l'application de l'<ref-law> pour le calcul des indemnités journalières litigieuses, au motif qu'elle conduirait à une indemnisation insuffisante de sa perte de gain. Selon son raisonnement, prendre en considération le revenu réalisé immédiatement avant la rechute survenue en 2006 la pénaliserait, puisqu'elle ne disposait pas, à l'époque déjà, d'une pleine capacité de travail et de gain en raison de séquelles accidentelles. Par conséquent, il conviendrait de prendre en considération le gain qu'elle aurait pu réaliser dans son activité sans atteinte à la santé, plutôt que celui - réduit - qu'elle a effectivement obtenu.
7.2 Si la recourante estimait subir, entre 2002 et 2005, une incapacité de travail et de gain notable en raison des suites de l'accident assuré, il lui appartenait de demander à l'intimée d'examiner son droit à une rente de l'assurance-accidents. En cas d'admission de sa demande, l'assurance-accidents lui aurait alloué une rente, à laquelle se seraient ajoutées les indemnités journalières pour la rechute survenue en 2006 (cf. consid. 5.4 supra). En revanche, elle ne saurait prétendre aujourd'hui que la perte de gain alléguée soit compensée par la prise en considération d'un gain assuré supérieur au revenu qui a précédé immédiatement la rechute.
On observera, par ailleurs, que l'incapacité de travail subie en 2005 par la recourante en raison de douleurs dorsales n'a pas eu de répercussion négative sur le gain assuré pris en considération par l'intimée. Les premiers juges ont considéré que ces douleurs dorsales étaient d'origine maladive. Ils ont constaté que CSS Assurances SA avait alloué des indemnités journalières en raison de l'incapacité de travail. Compte tenu du montant de ces indemnités journalières - elles correspondaient au 80 % d'un salaire conventionnel de 45'000 fr., soit un montant supérieur au chiffre d'affaire de la recourante, dans son activité indépendante, lors de chacun des exercices comptables 2002, 2003 et 2004 - celles-ci couvraient totalement la perte de gain effectivement subie. La recourante ayant comptabilisé les indemnités versées par CSS Assurances SA comme un revenu de son activité indépendante, l'intimée les a intégrées dans le calcul du gain assuré. Celui-ci n'aurait donc pas été supérieur, selon toute vraisemblance, sans l'incapacité de travail attestée en 2005 en raison de douleurs dorsales.
Enfin, s'il fallait considérer, comme l'allègue la recourante, que ses maux de dos sont d'origine accidentelle, ceux-ci constitueraient des séquelles tardives de l'accident. Ils pourraient justifier la prise en charge d'un traitement médical et l'allocation d'indemnités journalières dès le mois d'avril 2005 déjà. Vu les résultats d'exploitation de la recourante pour son activité indépendante en 2004, ces indemnités seraient calculées sur la base d'un gain assuré inférieur à celui pris en considération par l'intimée. Cela étant, une reformatio in pejus du jugement entrepris, dans le sens d'une réduction du gain assuré pour le calcul des indemnités journalières litigieuses n'entre pas en considération (cf. <ref-law>). Il n'y a pas davantage lieu de se prononcer, dans la présente procédure, sur le droit de la recourante à des indemnités journalières pour la période antérieure au 26 juillet 2006, l'intimée n'ayant pas statué sur ce point dans la décision sur opposition du 7 avril 2008 (sur la notion de décision déterminant l'objet de la contestation pouvant être déféré en justice par voie de recours, cf. <ref-ruling> consid. 1a p. 414; ULRICH MEYER/ISABEL VON ZWEHL, L'objet du litige en procédure de droit administratif fédéral, in : Mélanges Pierre Moor, 2005 no 8 p. 439). La recourante n'a d'ailleurs conclu, ni en instance cantonale, ni en instance fédérale, à l'octroi d'indemnités journalières avant cette date. Elle s'est limitée à demander aux premiers juges de « réserver ses droits quant à la rectification des prestations perçues 2001 ». Dès lors qu'une telle réserve aurait été dépourvue de tout portée matérielle, les premiers juges n'avaient pas à entrer en matière sur cette conclusion, contrairement à ce qu'elle soutient.
8. Vu ce qui précède, le recours est mal fondé. La recourante supportera les frais de justice (<ref-law>) ainsi que ses propres dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 750 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales du canton de Genève et à l'Office fédéral de la santé publique.
Lucerne, le 1er décembre 2009
Au nom de la Ire Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Ursprung Métral