Sachverhalt:
A. Der Ortsverein der Zeugen Jehovas Spiez reichte am 18. Januar 2008 bei der Einwohnergemeinde Reichenbach im Kandertal ein Baugesuch ein für den Neubau eines eingeschossigen Versammlungs- und Schulungslokals an der "Alten Strasse" (Parzelle Nr. 3216 Gbbl Reichenbach) in der Gewerbezone G. Die Gemeinde wies das Baugesuch am 14. April 2008 ohne Publikation mangels Zonenkonformität ab.
B. Gegen die Bauabschlagsverfügung erhob der Ortsverein der Zeugen Jehovas Beschwerde an die Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion des Kantons Bern (BVE). Diese wies die Beschwerde am 22. September 2008 ab.
C. Dagegen reichte der Ortsverein der Zeugen Jehovas am 17. Oktober 2008 Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Bern ein, mit dem Antrag, das Baugesuch sei zu bewilligen. Das Verwaltungsgericht führte einen Augenschein durch. Am 17. Juni 2009 hiess es die Beschwerde teilweise gut, hob den Entscheid der BVE auf und wies die Sache zur Fortsetzung des Baubewilligungsverfahrens an die Gemeinde zurück.
D. Gegen den verwaltungsgerichtlichen Entscheid hat die Einwohnergemeinde Reichenbach im Kandertal am 21. August 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ans Bundesgericht erhoben. Sie beantragt, das Urteil des Verwaltungsgerichts sei aufzuheben und dem Bauvorhaben sei der Bauabschlag zu erteilen.
E. Der Ortsverein Spiez der Zeugen Jehovas und das Verwaltungsgericht schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die BVE hält an ihrer Auffassung fest, wonach die Auslegung der fraglichen Zonenvorschrift durch die Gemeinde rechtlich haltbar sei und sich im Rahmen der Gemeindeautonomie bewege; sie beantragt daher Gutheissung der Beschwerde.

Erwägungen:
1. Der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts schliesst das Verfahren nicht ab, sondern weist die Sache zur Fortsetzung des Baubewilligungsverfahrens an die Gemeinde zurück. Es handelt sich somit um einen Zwischenentscheid.
Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bedeutet es für eine Gemeinde, die eine Verletzung ihrer Autonomie geltend macht, einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law>, wenn sie einer von ihr als falsch erachteten Weisung Folge leisten muss, um später ihren eigenen Entscheid anzufechten (<ref-ruling> E. 1.2 S. 412 mit Hinweisen). Kann der Zwischenentscheid somit bereits nach lit. a angefochten werden, kann offen bleiben, ob auch die Voraussetzungen gemäss <ref-law> vorliegen.
Die Gemeinde Reichenbach wird durch den angefochtenen Entscheid in ihrer Eigenschaft als Trägerin hoheitlicher Gewalt getroffen und rügt die Verletzung der Gemeindeautonomie. Hierzu ist sie gemäss <ref-law> legitimiert. Auf die rechtzeitig erhobene Beschwerde ist daher einzutreten.
2. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung sind Gemeinden in einem Sachbereich autonom, wenn das kantonale Recht diesen nicht abschliessend ordnet, sondern ihn ganz oder teilweise der Gemeinde zur Regelung überlässt und ihr dabei eine relativ erhebliche Entscheidungsfreiheit einräumt. Der geschützte Autonomiebereich kann sich auf die Befugnis zum Erlass oder Vollzug eigener kommunaler Vorschriften beziehen oder einen entsprechenden Spielraum bei der Anwendung kantonalen oder eidgenössischen Rechts betreffen. Im Einzelnen ergibt sich der Umfang der kommunalen Autonomie aus dem für den entsprechenden Bereich anwendbaren kantonalen Verfassungs- und Gesetzesrecht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 130 f. mit Hinweisen).
Gemäss Art. 65 Abs. 1 des Berner Baugesetzes vom 9. Juni 1985 (BauG) sind die Gemeinden in ihrer Ortsplanung im Rahmen der Gesetzgebung und der übergeordneten Planung frei. Wie das Verwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid (E. 3.4) festgehalten hat, steht diesen nicht nur bei der Umschreibung der einzelnen Bauzonen ein grosser Ermessensspielraum zu, sondern ihnen wird auch bei der Anwendung von unbestimmten Rechtsbegriffen in eigenständigen kommunalen Vorschriften ein gewisser Beurteilungsspielraum zugestanden: Die Berner Rechtsmittelinstanzen auferlegen sich Zurückhaltung gegenüber der Auffassung der Gemeinde, indem sie sich auf die Prüfung beschränken, ob die von der Gemeinde geltend gemachte Auslegung rechtlich haltbar ist, ohne zu prüfen, ob eine andere Bedeutung der umstrittenen Bestimmung ebenfalls möglich und rechtlich vertretbar wäre.
Die Beschwerdeführerin verfügt somit über Autonomie bei der Beurteilung der Zonenkonformität eines Bauvorhabens. Sie kann daher gegenüber dem Entscheid des Verwaltungsgerichts geltend machen, dieses habe als kantonale Rechtsmittelinstanz die ihm zustehende Prüfungsbefugnis überschritten oder die den betreffenden Sachbereich ordnenden kommunalen, kantonalen oder bundesrechtlichen Normen falsch angewendet. Soweit es um die Handhabung von eidgenössischem oder kantonalem Verfassungsrecht geht, prüft das Bundesgericht den Entscheid der kantonalen Rechtsmittelinstanz mit freier Kognition; die Anwendung von Gesetzes- und Verordnungsrecht sowie die Feststellung des Sachverhalts beurteilt es hingegen nur unter dem Gesichtswinkel der Willkür (<ref-ruling> E. 1.1 S. 69 f. mit Hinweis).
3. Art. 40 des Baureglements der Gemeinde Reichenbach vom 29. Mai 2006 (BauR) hat folgenden Wortlaut:
1. Die Gewerbezone ist für Industrie- und Gewerbebauten bestimmt. Verkaufsgeschäfte sind zulässig. Vorbehalten bleiben Nutzungsbeschränkungen in Folge Lärmvorbelastung durch die Bahn gemäss Eintrag im Zonenplan sowie anderer Immissionen.
2. Im Übergangsbereich sind Betriebe, die zu stärkeren Einwirkungen führen, als sie in der Wohn- und Gewerbezone geduldet werden müssen, nicht zugelassen.
3. Wohnungen für das betriebsnotwendig an den Standort gebundene Personal sind zugelassen, sofern durch geeignete Vorkehren für wohnhygienisch tragbare Verhältnisse gesorgt wird.
4. [...]
4. Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass der Wortlaut von Art. 40 BauR nicht eindeutig sei: Zwar sei ein religiöses Versammlungs- und Schulungsgebäude kein typischer Industrie- oder Gewerbebau, in dem eine wirtschaftliche Tätigkeit ausgeübt werde; indes folge aus dem Wortlaut von Art. 40 BauR ebensowenig die Unzulässigkeit des geplanten Bauvorhabens. Es verwies auf die neuere Rechtsprechung und Literatur, die religiöse Bauten unter gewissen Voraussetzungen als in einer Gewerbezone (bzw. Wohn-Gewerbe-Zone bzw. GewerbeIndustriezone) als zulässig erachten (Urteil 1P.290/2003 vom 15. August 2003 E. 2.4 betr. muslimisches Versammlungszentrum in einer gemischten Wohn-/Gewerbezone; Entscheid der BVE vom 5. März 2004 E. 3c, in: BVR 2005 S. 334 ff., betr. Gemeindesaal einer evangelisch-freikirchlichen Gemeinde in der Wohn- und Gewerbezone; Verwaltungsgericht Luzern vom 5. Februar 2007 E. 3b in: LVGE 2007 II S. 224 E. 3, betr. Kirche, Glockenturm und Verwaltungsgebäude der mazedonisch autokephalen Kirche in der Gewerbezone; Verwaltungsgericht Solothurn vom 24. November 2006 E. 3b, in: SOG 2006 Nr. 19 S. 89 ff., betr. Minarett in der Gewerbezone; VGer SG vom 20. Juni 2005 E. 2b/dd, in: SGGVP 2005 Nr. 25 S. 128 ff., betr. muslimischen Gebetsraum mit Cafeteria in der Gewerbe-Industriezone; PETER PERREN, Zwischen Stuhl und Bank? Die Zonenkonformität ausgewählter Nutzungsarten, KPG-Bulletin 2004 S. 23 ff.; CHRISTOPH JÄGER, Kultusbauten im Planungs- und Baurecht, in: Raum & Umwelt 3/2007 S. 10).
4.1 Aus Entstehungsgeschichte und Systematik der Norm ergeben sich nach Auffassung des Verwaltungsgerichts keine eindeutigen Anhaltspunkte für ein enges oder weites Verständnis des Begriffs des Gewerbebetriebs. Insbesondere enthielten die von der Gemeinde eingereichten Unterlagen (Erläuterungsbericht zur Ortsplanungsrevision 2006; diverse Protokollauszüge der Gemeinderatssitzungen, der Einwohnergemeindeversammlung und von Einspracheverhandlungen) keinerlei Anhaltspunkte für die von der Gemeinde behauptete Absicht, in der neu geschaffenen Gewerbezone "Alte Strasse" nur solche Industrie- und Gewerbebetriebe zuzulassen, die Arbeitsplätze schaffen.
Das Verwaltungsgericht ging davon aus, dass die Gemeinde auch im vorliegend streitigen Bewilligungsverfahren nicht von vornherein die Schaffung von Arbeitsplätzen verlangt habe. Vielmehr habe sie den Vorbehalt zur Zonenkonformität in der Antwort auf die Voranfrage vom 15. Juni 2007 mit dem Schutz der Gläubigen vor Immissionen aus den Gewerbebetrieben der Umgebung begründet. Zudem habe die Gemeinde verschiedene Alternativstandorte vorgeschlagen, von denen drei ebenfalls in der Gewerbezone G liegen. Die Notwendigkeit der Schaffung von Arbeitsplätzen sei erstmals in der Verhandlung vom 4. Februar 2008 erwähnt worden.
Das Verwaltungsgericht untersuchte weiter die bisherige Bewilligungspraxis der Gemeinde. Zwar habe die Gemeinde noch keine spezifische Praxis zur Zonenkonformität religiöser Bauten in der Gewerbezone G entwickeln können, da die Anfrage der Beschwerdegegnerin die erste ihrer Art gewesen sei. Im Allgemeinen habe jedoch die Gemeinde den Kreis der in der Gewerbezone G zulässigen Nutzungen eher weit gezogen und dort auch Freizeit- bzw. Dienstleistungsnutzungen bewilligt (z.B. Reithalle, Pub).
4.2 Das Verwaltungsgericht gelangte zum Ergebnis, dass sich aus den herkömmlichen Auslegungselementen keine eindeutigen Anhaltspunkte für oder gegen ein enges oder weites Verständnis des Begriffs des Gewerbebetriebs ergeben. In dieser Situation sei die Gemeinde gestützt auf <ref-law> zur verfassungskonformen Auslegung verpflichtet. Dies müsse besonders dann geltend, wenn sie bereits andere nicht im engeren Sinn gewerbliche Bauvorhaben zugelassen habe und nicht eindeutig zu erkennen gebe, dass sie von der bisherigen Praxis abweichen wolle. Gehe eine Gemeinde von einem vergleichsweise weiten Gewerbebegriff aus, so fielen auch religiöse Bauten darunter.
Den Gemeinden stehe es frei, derartige Nutzungen in andere Bauzonen zu weisen, sei es durch die Schaffung besonderer Zonen ("Kultuszonen"), sei es mit einer engen gesetzlichen Umschreibung der in der Gewerbezone zulässigen Nutzungen oder mit einer einheitlichen, auf einer haltbaren Auslegung beruhenden Praxis zu einer offen formulierten Zonenvorschrift. Machten sie jedoch von diesen Möglichkeiten keinen Gebrauch, so seien sie gestützt auf Art. 35 und <ref-law> zur grundrechtskonformen Auslegung im Lichte der Glaubens- und Gewissensfreiheit verpflichtet. Eine andere Auslegung erweise sich - auch unter Berücksichtigung des kommunalen Beurteilungsspielraums - als rechtlich nicht mehr haltbar.
4.3 Das Verwaltungsgericht bejahte die Zonenkonformität des Versammlungs- und Schulungslokals auch unter dem Aspekt der Immissionen. Zwar sei die Zone G der Lärmempfindlichkeitsstufe IV zugeteilt. Art. 40 Abs. 1 BauR sehe jedoch nicht vor, dass in dieser Zone einzig (stark) störende Nutzungen zulässig seien; vielmehr seien neben Industriebetrieben ausdrücklich auch Gewerbebetriebe und Verkaufsgeschäfte aller Art zugelassen. Hinzu komme, dass Art. 40 Abs. 2 BauR im Übergangsbereich zur Wohn- und Gewerbezone (WG2) Betriebe für unzulässig erkläre, die "zu stärkeren Einwirkungen führen, als sie in der Wohn- und Gewerbezone geduldet werden müssen". Die Bauparzelle befinde sich im Übergangsbereich zur WG2, in welcher die Lärmempfindlichkeitsstufe III gelte. Jedenfalls in diesem Bereich müssten daher auch weniger lärmintensive Nutzungen zulässig bzw. zonenkonform sein.
Die Abweisung des Baugesuchs lasse sich auch nicht mit dem Argument rechtfertigen, dass der Betrieb des Versammlungs- und Schulungslokals durch den Lärm der Gewerbezone G gestört werden könnte. Im Übergangsbereich zur WG2 werde die Baute kaum stärkeren Lärmimmissionen ausgesetzt als eine Wohnliegenschaft in der WG2.
5. Unter Immissionsgesichtspunkten macht die Beschwerdeführerin geltend, die Gewerbezone G sei die Zone, in welcher Bauten mit den grössten baulichen Massen und dem grössten Lärm (Lärmempfindlichkeitsstufe IV) zulässig seien. Diese Zone sei im Jahre 2006 an der "Alten Strasse" bewusst für flächige, grössere und lärmige Arbeitsaktivitäten ausgeschieden worden und sei insoweit als Industriezone einzustufen. Dementsprechend lasse Art. 40 Abs. 3 BauR Wohnungen in der Zone G nur für betriebsnotwendig an den Standort gebundenes Personal zu. Die Beschwerdeführerin räumt ein, dass in der Zone G nicht ausschliesslich stark lärmige Betriebe zugelassen würden. Sie ist aber der Auffassung, ein religiöses Versammlungs- und Schulungslokal weise objektiv ein derart hohes Bedürfnis an Ruhe, Rücksichtnahme und Andacht auf, dass es nicht zonenkonform sei. Auch wenn der Beschwerdegegner heute das Gegenteil behauptet, seien Lärmprobleme in der Zukunft absehbar: Ein religiöser Kultusbau könne nicht konfliktfrei neben einer Steinbrechanlage, Stahlbearbeitungsbetrieben und dem Werkhof einer Bauunternehmung bestehen.
5.1 Der Beschwerdegegner macht dagegen geltend, die unmittelbare Umgebung der Bauparzelle werde nicht von Industriebetrieben, sondern von kleingewerblichen Betrieben, Verkaufsgeschäften und einer Reithalle geprägt, sowie von den Wohnhäusern auf der gegenüberliegenden Seite der "Alten Strasse". Im Übrigen seien die von den Zeugen Jehovas verwendeten Versammlungsbauten stark schallisoliert (Typ Minergie) und befänden sich in anderen Gemeinden an weit lärmintensiveren Standorten, ohne dass dies die religiösen Andachten stören würde. Hinzu komme, dass die Versammlungen der Zeugen Jehovas in den Abendstunden und an Samstagen stattfinden, d.h. zu Zeiten, in denen in der Regel auch die industriellen und gewerblichen Aktivitäten stark reduziert seien. Auch der spätabendliche Diskobetrieb des Pubs, der bereits zu Reklamationen der Anwohner der "Alten Strasse" Anlass gegeben habe, werde die geplanten Versammlungen nicht stören, da diese i.d.R. bereits um 21-21.30 Uhr beendet seien. Der Betrieb der ca. 100 m südlich liegenden Steinbrechanlage sei mit Rücksicht auf die angrenzende WG2 nur während 2-3 Tagen pro Jahr bewilligt worden und werde die Versammlungen in keiner Weise stören.
5.2 Zunächst ist klarzustellen, dass Gegenstand des vorliegenden Verfahrens ausschliesslich die Zonenkonformität des geplanten Versammlungs- und Schulungszentrums in der Gewerbezone G ist. Ob die einschlägigen Bestimmungen des Umweltschutzgesetzes eingehalten werden (insbes. <ref-law>), ist keine Frage der Zonenkonformität und wird im Baubewilligungsverfahren erst noch zu prüfen sein (so ausdrücklich angefochtener Entscheid E. 5.5 S. 20 oben).
5.3 Es ist unstreitig, dass die Zone G nicht nur stark störenden Betrieben vorbehalten ist, sondern dass darin Gewerbebauten und Verkaufsgeschäfte jeder Art zugelassen sind. Mithin handelt es sich nicht um eine reine Industriezone. Zwar ist die Zone der ES IV zugeordnet. Die Beschwerdeführerin bestreitet jedoch nicht, dass sich das Baugrundstück in der Übergangszone gemäss Art. 40 Abs. 2 BauR zur benachbarten WG2 befindet, in der die Immissionen durch die Rücksichtnahme auf die benachbarte Wohnnutzung beschränkt sind. Dies hat zur Folge, dass die Grenzwerte der ES IV nicht ausgeschöpft werden dürfen, sondern die Immissionen durch die - für die angrenzende WG2 geltende - ES III begrenzt werden. Sind somit im Bereich der Bauparzelle keine wesentlich stärkeren Einwirkungen zu befürchten als in der Wohn- und Gewerbezone, ist es nicht willkürlich, die Zonenkonformität eines Versammlungs- und Schulungszentrums unter dem raumplanerischen Aspekt des vorbeugenden Immissionsschutzes zu bejahen.
6. Auch die übrigen Rügen der Beschwerdeführerin erscheinen nicht geeignet, die Erwägungen des Verwaltungsgerichts zur Zonenkonformität als willkürlich erscheinen zu lassen.
6.1 Die Beschwerdeführerin hält an ihrer Behauptung fest, dass die Gewerbezone G an der "Alten Strasse" 2006 mit dem Zweck ausgeschieden wurde, Arbeitsplätze zu schaffen; sie bringt aber nichts zum Beleg für diese Auffassung vor.
6.2 Sie vertritt die Auffassung, die vom Verwaltungsgericht zitierte Rechtsprechung zur Zonenkonformität von religiösen Bauten betreffe nur Wohn- und Gewerbezone, nicht aber Industriezonen, und verweist in diesem Zusammenhang auf das bundesgerichtliche Urteil 1P.48/1991 vom 9. April 1991, in dem das Bundesgericht das Verbot eines Versammlungslokals der Zeugen Jehovas in einer Industriezone geschützt und die Wohnzone als geeignete Zone bezeichnet habe. In der Gewerbezone G sind aber nicht nur Industriebetriebe, sondern unstreitig auch mässig störende Gewerbebetriebe sowie Verkaufsgeschäfte zulässig, weshalb es sich gerade nicht um eine reine Industriezone handelt.
6.3 Auch die Erwägungen des Verwaltungsgerichts zur Bewilligungspraxis der Gemeinde lassen keine Willkür erkennen. Die Tatsache, dass die Beschwerdeführerin in der Gewerbezone G bereits eine Reithalle, ein Architekturbüro und ein Pub bewilligt hat, zeigt, dass sie den Begriff des Gewerbebetriebs nicht in einem engen technischen Sinn aufgefasst hat, sondern darunter auch Dienstleistungs-, Freizeit- und Gastgewerbebetriebe subsumiert hat.
7. Die Beschwerdeführerin macht weiter geltend, das Verwaltungsgericht habe die Gemeindeautonomie missachtet, indem es sich bei der Auslegung der kommunalen Zonenvorschriften nicht die gebotene Zurückhaltung auferlegt habe. Das Verwaltungsgericht habe nicht nachvollziehbar dargelegt, weshalb die von der Gemeinde vertretene Auslegung von Art. 40 BauR rechtlich nicht haltbar sei; vielmehr habe es eine andere mögliche und vertretbare Auslegung dieser Bestimmung vorgenommen und damit seine Prüfungsbefugnis überschritten.
7.1 Das Verwaltungsgericht hielt die enge Auslegung des Gewerbebegriffs durch die Beschwerdeführerin für rechtlich nicht vertretbar, weil zonenspezifische Regelungen verfassungskonform, unter Berücksichtigung der in <ref-law> verankerten Glaubens- und Gewissensfreiheit, auszulegen seien.
7.2 Gemäss <ref-law> müssen die Grundrechte in der ganzen Rechtsordnung zur Geltung kommen (Abs. 1); wer staatliche Aufgaben wahrnimmt, ist an die Grundrechte gebunden und verpflichtet, zu ihrer Verwirklichung beizutragen (Abs. 2). <ref-law> (wie auch Art. 9 EMRK und Art. 18 UNO-Pakt II) gewährleisten die Glaubens- und Gewissensfreiheit. Ausdrücklich gewährleistet ist insbesondere das Recht, seine Religion und weltanschauliche Überzeugung in Gemeinschaft mit anderen zu bekennen sowie religiösem Unterricht zu folgen. Hierzu sind die Mitglieder einer Religionsgemeinschaft auf geeignete Versammlungs- und Schulungsräume angewiesen. Bau und Nutzung von Kultusräumen liegen deshalb im Schutzbereich der Glaubens- und Gewissensfreiheit. Dies gewährt den Religionsgemeinschaften zwar keinen unbedingten Anspruch auf Bewilligung eines Baugesuchs; immerhin aber muss die baurechtliche Grundordnung einer Gemeinde so ausgestaltet bzw. gehandhabt werden, dass dadurch Glaubensgemeinschaften die Ausübung ihrer Religion nicht verunmöglicht wird (Peter Perren, a.a.O. S. 26; vgl. auch BERNHARD WALDMANN, Moscheebau und Gebetsruf, in: René Pahud de Mortanges/Erwin Tanner (Hrsg), Muslime und schweizerische Rechtsordnung, Zürich/Basel/Genf 2002, S. 228 f.).
7.3 Bereits in dem von der Beschwerdeführerin zitierten Urteil 1P.48/1991 vom 9. April 1991 E. 3 (in: RDAT 1992 I Nr. 40 S. 88) hat das Bundesgericht zum Ausdruck gebracht, dass die Gemeinde Nutzungszonen vorsehen müsse, in denen religiöse Vereinigungen ihren Tätigkeiten nachgehen können. Im Urteil 1A.69/2002 vom 19. März 2003 (E. 3.2-3.4, in: URP 2003 S. 353 und RDAF 2004 I S. 743, betr. vorsorgliche Lärmschutzmassnahmen für ein islamisches Kultur- und Religionszentrum) betonte das Bundesgericht die Notwendigkeit, das in <ref-law> gewährleistete Recht auf Religionsausübung im Baubewilligungsverfahren angemessen zu berücksichtigen. Im Urteil 1P.290/2003 vom 15. August 2003 (E. 2.4) bestätigte das Bundesgericht die Zonenkonformität eines islamischen Zentrums (mit Klassenräumen für arabischen Sprachunterricht) in der gemischten Wohn- und Gewerbezone; es führte aus, dass der Hinweis auf die fehlende Gewinnstrebigkeit nicht ausreiche, um einem Bauvorhaben die Zonenkonformität abzusprechen, sofern die Gemeinde generell von einem weiten Gewerbebegriff ausgehe.
Die in <ref-law> zum Ausdruck gebrachte Verpflichtung zur umfassenden Berücksichtigung der Grundrechte kommt insbesondere dann zum Tragen, wenn den rechtsanwendenden Behörden aufgrund offener Normen eigene Handlungsspielräume zukommen, namentlich wo Generalklauseln oder unbestimmte Gesetzesbegriffe die Zulässigkeit bestimmter Bauten regeln (REGINA KIENER/MATHIAS KUHN, Die bau- und planungsrechtliche Behandlung von Kultusbauten im Lichte der Glaubens- und Gewissensfreiheit, ZBl. 2003 S. 644). Dies ist bei der Beurteilung der Zonenkonformität von Kultusbauten der Fall, sofern das kommunale Baureglement (wie im vorliegenden Fall) keine klaren Vorgaben zur Zulässigkeit von Kultusbauten enthält und die in der Gewerbezone zulässigen Nutzungen nicht eng umschrieben sind bzw. von der Gemeinde bisher in einem eher weiten Sinne gehandhabt worden sind.
7.4 Die Beschwerdeführerin setzt sich mit dem Gebot der verfassungskonformen Auslegung nicht näher auseinander, weshalb bereits fraglich ist, ob ihre Beschwerde in diesem Punkt den Begründungsanforderungen gemäss <ref-law> genügt. Sie legt insbesondere nicht dar, dass sie dem Bedürfnis nach religiösen Bauten auf andere Weise Rechnung getragen habe, beispielsweise durch die Schaffung spezieller "Kultuszonen". Zwar hatte die Gemeinde ursprünglich (in ihrer Antwort auf die Voranfrage vom 15. Juni 2007) die Auffassung vertreten, dass Bauten für religiöse Zwecke nur in der Zone für öffentliche Nutzungen zulässig seien; in ihrer Beschwerde ans Bundesgericht räumt sie aber selbst ein, dass diese Zone für die öffentlich-rechtlich anerkannten Landeskirchen reserviert sei und vom Beschwerdegegner nicht beansprucht werden könne.
Die Beschwerdeführerin vertritt beiläufig die Auffassung, Kultusbauten gehörten von ihrer Bestimmung her in gemischte Wohn-/Gewerbezonen. Sie legt aber nicht dar, inwiefern abendliche und samstägliche Zusammenkünfte einer grösseren Anzahl Personen (50-100 gemäss Baugesuch) und der damit verbundene Motorfahrzeugverkehr mit einer Wohnnutzung besser verträglich wären als mit einer gewerblichen Nutzung. Das Argument der Gemeinde, dass die Versammlungsteilnehmer in der Gewerbezone zu viel Lärm ausgesetzt wären und das Zentrum aus diesem Grund in die Wohn-/Gewerbezone gehöre, überzeugt nicht, liegt doch das Bauvorhaben in der Übergangszone zur WG2, in der keine stärkeren Einwirkungen zulässig sind als sie in der Wohn- und Gewerbezone geduldet werden müssen (vgl. oben, E. 5.3).
7.5 Nach dem Gesagten durfte das Verwaltungsgericht die Auslegung von Art. 40 BauR als rechtlich nicht haltbar qualifizieren, weil dem Gebot der verfassungskonformen Auslegung nicht genügend Rechnung getragen wurde. Eine Verletzung der Gemeindeautonomie liegt nicht vor.
8. Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang wird die Beschwerdeführerin entschädigungspflichtig (<ref-law>); dagegen sind ihr keine Gerichtskosten aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Die Einwohnergemeinde Reichenbach im Kandertal hat den Ortsverein Spiez der Zeugen Jehovas für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion sowie dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 30. November 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber