Erwägungen:
1. Im Rahmen des gegen sie laufenden Strafverfahrens stellte X._ ein Ausstandsbegehren gegen die Präsidentin III des Bezirksgerichts Aarau. Diese überwies das Begehren zuständigkeitshalber an das Obergericht des Kantons Aargau. Dessen Beschwerdekammer in Strafsachen hat das Begehren mit Entscheid vom 10. Mai 2012 abgewiesen, soweit sie darauf eingetreten ist.
2. Mit Eingabe vom 14. Juni 2012 führt X._ Beschwerde in Strafsachen ans Bundesgericht mit dem Antrag, der obergerichtliche Entscheid vom 10. Mai 2012 sei aufzuheben.
Das Bundesgericht hat darauf verzichtet, Stellungnahmen zur Beschwerde einzuholen.
3. Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob bzw. inwieweit ein bei ihm eingereichtes Rechtsmittel zulässig ist (s. etwa <ref-ruling> E. 1 mit Hinweisen).
Nach <ref-law> ist die Beschwerde innert 30 Tagen nach der Eröffnung der vollständigen Ausfertigung des angefochtenen Entscheids beim Bundesgericht einzureichen. Diese gesetzliche Frist ist nicht erstreckbar (<ref-law>).
Nach den Angaben in der Beschwerde ist der angefochtene obergerichtliche Entscheid der Beschwerdeführerin am Montag, 14. Mai 2012 zugestellt worden (Beschwerde S. 3 oben). Also begann die Frist zur Anfechtung des Urteils am Dienstag, 15. Mai 2012 zu laufen (<ref-law>) und am Mittwoch, 13. Juni 2012 endete sie.
Die vom Donnerstag, 14. Juni 2012 datierte und an diesem Tag der Post übergebene Beschwerde ist daher verspätet eingereicht worden (vgl. <ref-law>), sodass auf sie nicht einzutreten ist.
Der Mangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
4. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend sind die bundesgerichtlichen Kosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (<ref-law>).

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdefühererin, dem Bezirksgericht Aarau, Präsidentin III, und dem Obergericht des Kantons Aargau, Beschwerdekammer in Strafsachen, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juni 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Bopp