Faits:
A. Par jugement du Tribunal correctionnel du 26 mai 2011, X._ a été reconnu coupable d'actes d'ordre sexuel avec des enfants, de contrainte sexuelle et de viol. Il a été condamné à une peine privative de liberté de six ans et demi.
B. Dans un arrêt du 14 novembre 2011, la Chambre pénale d'appel et de révision de la Cour de justice genevoise constate que l'appel de X._ contre ce jugement est réputé retiré conformément à l'<ref-law>, l'appelant, pourtant valablement cité à comparaître, ne s'étant pas présenté aux débats sans excuse valable et ne s'y étant pas fait représenter.
C. X._ forme un recours en matière pénale contre cet arrêt. Il conclut à l'annulation de l'arrêt attaqué et au renvoi de la cause à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau.
D. L'autorité cantonale a déclaré n'avoir pas d'observations à formuler.
Pour sa part, le Ministère public a conclu au rejet du recours.
L'intimée a conclu à ce que le recours soit déclaré irrecevable et, subsidiairement, à ce qu'il soit rejeté. Elle a en outre sollicité l'assistance judiciaire.
Intervenant à la suite des observations du Ministère public et de l'intimée, le recourant a déclaré persister dans les termes et conclusions de son recours.
Par ailleurs, l'intimée est intervenue pour faire valoir que la réplique du recourant devait selon elle être déclarée irrecevable. Enfin, à la suite de la communication de la réponse du Ministère public, elle réitère, avec suite de frais et dépens, ses conclusions tendant à ce que les observations du recourant soient déclarées irrecevables comme le recours lui-même. Subsidiairement, elle conclut au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt attaqué.

Considérant en droit:
1. C'est à tort que l'intimée sollicite que soient retranchées les déterminations sur déterminations déposées par le recourant dès lors qu'elles s'inscrivent dans l'exercice de son "droit de réplique" (<ref-ruling> consid. 2.3.2; <ref-ruling> consid. 2.3.1 et les références citées).
2. Le recourant se plaint d'une violation des art. 407 al. 1 let. a et 201 CPP au motif que le mandat de comparution à l'audience d'appel qui lui a été adressé ne le rendait pas attentif aux conséquences d'un défaut.
Conformément à l'<ref-law>, l'appel est réputé retiré si la partie qui l'a déclaré fait défaut aux débats d'appel sans excuse valable et ne se fait pas représenter. Une partie ne sera toutefois déclarée défaillante en application de cette disposition que si elle a été citée à comparaître régulièrement (MARLÈNE KISTLER VIANIN, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2010, n. 3 ad art. 407; LUZIUS EUGSTER, in Basler Kommentar StPO, n. 1 ad art. 407). L'art. 201 al. 2 let. f CPP prévoit l'obligation de mentionner, dans le mandat de comparution, les conséquences juridiques d'une absence non excusée. Au regard de cette disposition, la doctrine considère en particulier que la teneur de l'<ref-law>, qui permet notamment de sanctionner le défaillant d'une amende, doit être reprise (cf. GREGOR T. CHATTON, in Commentaire romand, Code de procédure pénale suisse, 2010, n. 25 ad art. 201). Il n'apparaît en revanche pas que la seule reprise de l'<ref-law>, qui réserve les dispositions régissant la procédure par défaut, serait suffisante. Compte tenu des conséquences qu'entraîne une absence non excusée, le contenu de l'<ref-law> doit être expressément mentionné. La formule utilisée par l'autorité cantonale en l'espèce ne satisfait donc pas aux exigences du droit fédéral. Cela ne signifie pas pour autant que la décision attaquée doit être annulée. En effet, le recourant était assisté d'un avocat, qui ne pouvait ignorer le contenu de l'<ref-law>. Dans de telles circonstances, même si la convocation était dûment adressée directement au recourant, avec une copie à son conseil (cf. <ref-law>), il ne peut être retenu que le recourant aurait ignoré les conséquences d'un défaut. Il ne le prétend d'ailleurs lui-même pas. Le grief est donc infondé. L'autorité cantonale est toutefois invitée à compléter à l'avenir sa formule de convocation afin qu'elle soit conforme au droit fédéral.
3. Le recourant soutient que c'est en violation de l'<ref-law> que l'autorité cantonale a considéré qu'il ne pouvait pas se prévaloir d'une excuse valable au sens de cette disposition.
Conformément à l'<ref-law>, l'appel est réputé retiré si la partie qui l'a déclaré fait défaut aux débats sans excuse valable et ne se fait pas représenter. La notion d'excuse valable est la même qu'à l'<ref-law>. Ainsi, conformément à la jurisprudence, l'absence est considérée comme valablement excusée en cas de force majeure, ce qui suppose une impossibilité objective de comparaître, ou d'impossibilité subjective, due à des circonstances personnelles ou à une erreur non imputable au défaillant (<ref-ruling> consid. 3a p. 216; <ref-ruling> consid. 1b p. 40 et les arrêts cités).
Il n'est pas nécessaire de trancher cette question car le recours doit de toute manière être admis pour les motifs qui seront exposés au considérant suivant.
4. Le recourant reproche à l'autorité cantonale d'avoir violé les <ref-law> en considérant que son mandataire ne le représentait pas alors qu'il s'agissait d'un cas de défense obligatoire.
L'<ref-law> définit les cas de défense obligatoire. En particulier, le prévenu doit avoir un défenseur lorsqu'il encourt une peine privative de liberté de plus d'un an (let. b). L'<ref-law> prévoit qu'en cas de défense obligatoire, la direction de la procédure pourvoit à ce que le prévenu soit assisté aussitôt d'un défenseur. Le prévenu ne peut pas renoncer à cette assistance (cf. <ref-ruling> consid. 2.1 p. 353; voir aussi MAURICE HARARI/TATIANA ALIBERTI, in Commentaire romand CPP, 2011, n. 3 ad art. 130 et n. 1 ad art. 131), laquelle peut le cas échéant lui être imposée contre sa volonté (NIKLAUS RUCKSTUHL, in Basler Kommentar StPO, 2011, n. 1 ad art. 130). Cette garantie est valable également durant la procédure de recours (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 287), de sorte que la défense obligatoire doit être assurée jusqu'à l'achèvement de celle-ci (voir NIKLAUS SCHMID, Schweizerische Strafprozessordnung, Praxiskommentar, 2009, n. 2 ad art. 130; MAURICE HARARI/TATIANA ALIBERTI, op. cit., n. 25 ad art. 131).
Vu la peine privative de liberté de six ans et demi prononcée à l'encontre du recourant, on se trouve dans un cas de défense nécessaire en vertu de l'<ref-law>. Par ailleurs, l'autorité a admis que le recourant n'était pas représenté, motif pour lequel elle a considéré le recours comme retiré en application de l'<ref-law>. En procédant de la sorte dans un cas de défense obligatoire, elle a donc violé les art. 130 et 131 CPP qui lui imposaient de prendre les mesures nécessaires pour que le recourant fût dûment représenté, le cas échéant en ordonnant une défense d'office en application de l'<ref-law>.
Dans ses observations, l'intimée fait valoir que lors de l'audience du 14 novembre 2011, le mandat du défenseur privé du recourant n'avait été ni retiré ni décliné, de sorte qu'il y avait lieu de considérer que le recourant était représenté à cette audience et que les débats pouvaient ainsi être tenus.
Même en considérant que le mandataire du recourant était légitimé à représenter ce dernier devant l'autorité cantonale, l'arrêt attaqué viole le droit fédéral car dans cette hypothèse l'autorité cantonale ne pouvait pas faire application de l'<ref-law> puisque le recourant était représenté à l'audience.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être admis, l'arrêt attaqué annulé et la cause renvoyée à l'autorité cantonale pour qu'elle statue à nouveau. Dans ces conditions, il n'est pas nécessaire d'examiner le dernier grief du recourant, tiré d'une violation de l'interdiction du formalisme excessif.
5. Les frais judiciaires sont mis pour la moitié à la charge de l'intimée qui succombe, le canton de Genève n'ayant pas à en supporter (art. 66 al. 1 et 4 LTF). Le recourant peut prétendre à une indemnité de dépens, à la charge, pour moitié chacun, d'une part du canton de Genève et, d'autre part, de l'intimée (art. 68 al. 1 et 2 LTF). Enfin, la demande d'assistance judiciaire de l'intimée pour ses observations doit être rejetée, ses conclusions étant dénuées de chances de succès (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité cantonale pour nouvelle décision.
2. La demande d'assistance judiciaire de l'intimée est rejetée.
3. Une partie des frais judiciaires, arrêtée à 2000 fr., est mise à la charge de l'intimée.
4. Le canton de Genève et l'intimée verseront chacun au recourant une indemnité de 1500 fr. à titre de dépens.
5. Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Chambre pénale de la Cour de justice du canton de Genève.
Lausanne, le 1er novembre 2012
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Paquier-Boinay