Faits:
A. La société coopérative X._, à A._, avait pour but d'assurer à ses membres, selon les principes de la mutualité et conformément à ses statuts, les prestations d'assurances LAMal, en cas de maladie, d'accident, dans la mesure où aucune assurance-accident n'en assumait la prise en charge, et de maternité. Par décision de l'assemblée générale du 9 juin 2000, la société coopérative a été dissoute et est entrée en liquidation. Dès le 1er janvier 2001, l'activité de la société coopérative a été reprise par la Fondation X._, dont le siège est à A._ et le but identique à celui de la société coopérative.
Depuis le 1er janvier 1996, X._ a également offert à ses assurés la palette intégrale des branches d'assurances complémentaires de la Y._, fonctionnant comme agence de cette dernière. A ce titre, X._ a perçu de la Y._ annuellement, dès le 1er janvier 1997 et jusqu'au 31 décembre 2003, un montant équivalant à 15% des cotisations encaissées, à titre d'indemnité couvrant les frais liés à la gestion des assurés, et un montant supplémentaire équivalant au 40% puis au 50%, dès le 1er janvier 2001, du résultat net des assurances complémentaires vendues par X._, soit:
Année
15% des primes
40%-50% du résultat net
1997
242'539.15
220'587.10
1998
214'768.20
120.386.20
1999
217'962.55
113'560.50
2000
214'367.40
57'857.05
2001
233'374.-
244'778.-
2002
242'537.-
339'318.-
2003
256'411.-
269'741.-
Par courrier du 7 octobre 2004, le Service cantonal des contributions a considéré que l'activité d'intermédiaire de X._ était assimilable à une prestation de service dont le bénéfice était imposable. Considérant qu'il fallait affecter 90% des prestations totales versées par la Y._ à la couverture des frais de fonctionnement liés à l'assurance complémentaire et retenir une marge bénéficiaire minimale de 10% des frais administratifs, il a fixé le bénéfice imposable de cette activité à 42'102 fr. pour 1997, 30'468 fr. pour 1998, 30'138 fr. pour 1999 et 24'747 fr. pour 2000. X._ s'est opposée cette prise de position et a réclamé l'exonération totale des montants versés par la Y._.
Par décision du 9 mai 2005, la Commission d'impôt des personnes morales a confirmé le contenu du courrier du 7 octobre 2004. Cette décision a été complétée par l'envoi de bordereaux datés du 20 mai 2005 fixant les montants d'impôts fédéral, cantonal et communal pour les années 1997 à 2003. Pour les trois dernières années, le montant repris a été fixé à 43'464 fr. pour 2001, à 52'890 fr. pour 2002 et à 47'827 fr. pour 2003.
Le 31 mai 2005, X._ a interjeté recours contre cette décision et les bordereaux auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôt du canton du Valais. Elle concluait à leur annulation.
Durant l'instruction du recours, la Commission cantonale de recours a avisé X._ qu'elle envisageait de modifier les bordereaux en défaveur de cette dernière, en soumettant la totalité de la part au bénéfice net à imposition. X._ a maintenu son recours.
B. Par décision du 22 octobre 2008, la Commission cantonale de recours a rejeté le recours en matière d'impôt fédéral direct ainsi qu'en matière d'impôts cantonal et communal et procédé à une modification du prononcé attaqué en défaveur de X._, les bénéfices nets imposables en matière d'impôt fédéral direct et d'impôts cantonaux et communaux étant arrêtés à 220'500 fr. pour 1997, 120'300 fr. pour 1998, 113'500 fr. pour 1999, 57'800 pour 2000, 244'700 fr. pour 2001, 339'300 fr. pour 2002 et 269'700 fr. pour 2003. Elle a jugé que les caisses-maladie sont exonérées pour ce qui a trait au domaine de l'assurance-maladie de base, à l'exclusion de l'assurance-maladie complémentaire. Lorsqu'elles pratiquaient les deux domaines, elles devaient tenir des comptabilités séparées pour chaque domaine. Les bénéfices en cause concernaient à l'évidence l'assurance-maladie complémentaire. X._ n'avait en outre pas prouvé que ces bénéfices étaient exclusivement affectés à l'assurance-maladie sociale. Ces bénéfices ne pouvaient par conséquent pas être exonérés. Enfin, la part de 15% des cotisations encaissées, versée par Y._, était destinée, en vertu des contrats, à couvrir les frais de gestion des assurés et représentait 69% voire plus de 100% des frais d'administration et de gestion totaux pour les deux types d'assurance (assurance obligatoire
et assurance complémentaire) de sorte qu'il fallait imposer intégrale- ment la part versée par la Y._ au titre de répartition du bénéfice net.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ a déposé deux mémoires auprès du Tribunal fédéral. En matière d'impôt fédéral direct (recours 2C_71/2009), elle demande, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision rendue le 22 octobre 2008 par la Commission cantonale de recours, de dire que les revenus versés par Y._ à X._ sont entièrement exonérés, subsidiairement de dire que l'imposition de ces revenus viole sa capacité contributive. En matière d'impôt cantonal et communal (recours 2C_73/2009), elle demande, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision rendue le 22 octobre 2008 par la Commission cantonale de recours, de dire que les revenus versés par Y._ à X._ sont entièrement exonérés, subsidiairement de dire que l'imposition de ces revenus viole sa capacité contributive. Elle se plaint de la violation des art. 8 et 9, 127 Cst., de l'<ref-law> ainsi que des <ref-law> et 80 LPGA.
L'Administration fédérale des contributions, le Service cantonal des contributions et la Commission cantonale de recours concluent au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Dirigés contre un même arrêt, les deux recours reposent sur le même état de fait, exposent une argumentation similaire et contiennent les mêmes conclusions. Il se justifie dès lors de joindre les causes par économie de procédure et de statuer sur les deux recours dans un seul arrêt (<ref-ruling> consid. 1 p. 60 s.).
2. 2.1 Le recours est dirigé contre une décision finale (art. 90 de la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral [LTF; RS 173.110]) rendue dans une cause de droit public (<ref-law>) par une autorité cantonale judiciaire supérieure de dernière instance (art. 86 al. 1 lettre d et al. 2 LTF; art. 150 al. 2 de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 [LF/VS; RSVS 642.1]), sans qu'aucune des exceptions prévues à l'<ref-law> ne soit réalisée, de sorte que, sous réserve des exigences légales de motivation et des motifs exposés ci-dessous (consid. 3), la voie du recours en matière de droit public est en principe ouverte.
2.2 Malgré son statut de fondation de droit privé chargée d'une tâche de droit public régie par l'Etat, la recourante, qui était partie à la procédure devant l'autorité précédente, est touchée dans ses intérêts comme une personne privée, de sorte qu'elle a qualité pour recourir (<ref-law>; arrêt 2A.623/1998 du 29 août 2000, consid. 2a in StE 2001 B 71.64 n° 5 = RDAF 2002 II p. 7).
3. 3.1 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), à moins que ces faits n'aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (cf. <ref-law>). La notion de "manifestement inexacte" de l'<ref-law> correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 7.1 p. 398).
La recourante fait référence à des circonstances qui ne ressortent pas des faits constatés par la Commission cantonale de recours, sans exposer conformément aux exigences de motivation de l'<ref-law> en quoi les constatations de l'arrêt attaqué sont manifestement inexactes. Dans ces conditions, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait qui diverge de celui retenu dans l'arrêt attaqué. Il est en particulier exclu de prendre en considération le fait que la recourante n'aurait jamais obtenu de l'Office fédéral des assurances privées l'autorisation de pratiquer l'assurance- maladie complémentaire. De même qu'il est exclu de prendre en considération le tableau établi par la recourante tendant à rétablir divers postes comptables (cf. mémoire de recours, p. 22 s.).
3.2 D'après l'<ref-law>, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Par conséquent, il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale.
D'après l'<ref-law> en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux ainsi que celle de dispositions de droit cantonal et intercantonal que si ces griefs ont été invoqués et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (ci-après: LHID ou loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14) laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.). Dans ces conditions, l'<ref-law> exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 67; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 143).
I. Impôt fédéral direct (recours 2C_71/2009)
4. La recourante se plaint de la violation des <ref-law> et 80 LPGA.
4.1 L'art. 56 lettre f de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD; RS 642.11) prévoit que les caisses indigènes d'assurance sociale notamment les caisses d'assurance-maladie, à l'exception des sociétés d'assurances concessionnaires, sont exonérées de l'impôt (fédéral direct).
L'<ref-law> (RO 1995 p. 1328 ss p. 1332), en vigueur du 1er janvier 1996 au 31 décembre 2002, prévoyait que "les assureurs sont exonérés des impôts directs de la Confédération, des cantons et des communes, de même que des impôts cantonaux et communaux sur les successions et les donations, dans la mesure où leurs ressources et leur fortune servent exclusivement à l'application de l'assurance-maladie sociale ainsi qu'au versement de prestations ou à la garantie de celles-ci". Cette disposition a été remplacée, dès le 1er janvier 2003, par l'art. 80 de la loi fédérale du 6 octobre 2000 sur la partie générale du droit des assurances sociales (LPGA; RS 830.1) qui contient une règle similaire.
4.2 Les <ref-law> et 80 al. 1 LPGA sont des dispositions postérieures à celles de l'art. 56 lettre f LIFD, dont elles s'écartent, notamment en restreignant l'exonération au seul domaine de l'assurance-maladie sociale, de sorte que les caisses-maladie qui pratiquent sous la même entité juridique aussi l'assurance complémentaire sont, pour ce qui concerne ce domaine, assujetties à l'impôt. Elles sont d'ailleurs obligées de tenir une comptabilité séparée pour les deux domaines en application de l'<ref-law>, ce qui en facilite l'imposition respectivement l'exonération (arrêt 2A.623/1998 du 29 août 2000 in StE 2001 B 71.64 n° 5; RDAF 2002 II p. 7, consid. 3 et 4).
La recourante ne conteste pas cette jurisprudence. Elle prétend en respecter les conditions. A son avis, en effet, les bénéfices provenant de l'activité qui consiste à vendre au nom et pour le compte de la Y._ des assurances complémentaires seraient exclusivement affectés à son activité d'assurance-maladie sociale de sorte qu'ils devraient être exonérés.
5. 5.1 Selon la lettre des <ref-law> et 80 al. 1 LPGA, les assureurs sont exonérés des impôts dans la mesure où leurs ressources et leur fortune servent exclusivement à l'application de l'assurance-maladie sociale ainsi qu'au versement de prestations ou à la garantie de celles-ci. L'affectation exclusive des ressources et de la fortune à l'assurance-maladie sociale ainsi qu'au versement de prestations ou à la garantie de celles-ci n'est pas l'unique condition pour obtenir l'exonération. Il convient encore de définir quelles sont les ressources visées par ces dispositions.
La LAMal prévoit un financement de l'assurance obligatoire des soins d'après le système de la répartition des dépenses (principe de mutualité), avec obligation pour les assureurs de constituer des réserves suffisantes en vue de garantir leur solvabilité à long terme (<ref-law> et 78 de l'Ordonnance du 27 juin 1995 sur l'assurance-maladie [OAMal; RS 832.102]). Le financement doit être autonome (<ref-law>); les assureurs doivent tenir un compte d'exploitation distinct pour l'assurance obligatoire des soins (<ref-law>; voir également <ref-law>) et présenter de manière séparée au bilan les réserves et les provisions qui lui sont destinées (<ref-law>). Cela signifie que l'assurance obligatoire ne peut être financée que par les ressources provenant de cette assurance et qu'à l'inverse, les ressources de l'assurance obligatoire ne doivent pas être utilisées pour le financement des assurances complémentaires (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 204 et les références citées). Les ressources de l'assurance-maladie obligatoire sont (cf. <ref-ruling> consid. 4.2 p. 42 s.; cf. aussi Gebhard Eugster, Krankenversicherung, in Schweizerisches Bundesverwaltungs-recht [SBVR] Soziale Sicherheit, n° 997 ss, p. 736) les primes des assurés, qui constituent la principale source de financement de l'assurance obligatoire des soins (<ref-law> et 89 à 92 OAMal), la participation aux coûts des assurés (<ref-law> et 103 à 105 OAMal), les subsides des pouvoirs publics pour la réduction des primes (art. 65 à 66a LAMal et 106 à 106a OAMal) et les prétentions récursoires de l'assureur (<ref-law> et 79 LAMal).
Les ressources des caisses-maladie qui offrent des prestations de l'assurance-maladie sociale étant limitées, les bénéfices qui proviennent de ressources autres que celles mentionnées par la LAMal ne peuvent bénéficier de l'exonération prévue par les <ref-law> et 80 al. 1 LPGA. En effet, si d'éventuels bénéfices qui ne proviennent pas des ressources prévues par la LAMal, notamment des excédents provenant des assurances complémentaires ou d'autres activités accessoires, n'étaient pas imposés auprès des caisses-maladie, ces dernières seraient injustement avantagées par rapport à leurs concurrents dans leur domaine d'activité respectif. Elles pourraient en outre offrir leurs prestations à meilleur prix en raison de leur exonération, ce qui constituerait un avantage concurrentiel indu (arrêt 2A.623/1998 du 29 août 2000 in StE 2001 B 71.64 n° 5; RDAF 2002 II p. 7, consid. 3 et 4).
5.2 En l'espèce, les bénéfices en cause sont des commissions d'intermédiaire, stipulées dans un contrat d'agence, qui proviennent indirectement de la perception de primes d'assurances-maladie complémentaires vendues par la recourante au nom et pour le compte de la Y._. De tels revenus n'entrent pas dans les ressources que la LAMal met à disposition des caisses-maladie. Ils ne peuvent par conséquent pas être exonérés. Dans ces conditions, c'est en vain que la recourante objecte - pour autant qu'une telle objection soit recevable en l'espèce (cf. consid. 3.1 ci-dessus) - n'avoir jamais sollicité ni reçu de l'Office fédéral des assurances privées l'autorisation de pratiquer également l'assurance-maladie complémentaire. C'est aussi en vain qu'elle affirme n'avoir jamais conclu de polices d'assurances complémentaires en son propre nom et pour son propre compte. Il suffit de constater qu'il s'agit de revenus provenant d'une activité accessoire, qui n'entrent pas dans les catégories de ressources prévues par la LAMal. Enfin, il n'est pas non plus nécessaire dans ces conditions d'examiner si ces bénéfices servent exclusivement à l'application de l'assurance-maladie sociale ainsi qu'au versement de prestations ou à la garantie de celles-ci. L'instance précédente a jugé au demeurant que la recourante n'avait pas suffisamment prouvé ce fait.
En jugeant que les bénéfices obtenus par la recourante au titre de commissions d'intermédiaire en contrepartie de la vente de polices d'assurance-maladie complémentaire au nom et pour le compte de la Y._ étaient soumis à imposition, l'instance précédente a correctement appliqué les <ref-law> et 80 al. 1 LPGA.
6. Invoquant les art. 8 et 127 Cst., la recourante soutient qu'en refusant l'exonération, l'instance précédente a violé le droit à l'égalité.
6.1 En matière fiscale, l'art. 8 al. 1 Cst. est concrétisé par les principes de la généralité et de l'égalité de l'imposition ainsi que par celui de l'imposition selon la capacité économique (art. 127 al. 2 Cst.). Le principe de la généralité de l'impôt exige que toute personne ou groupe de personnes doivent être imposés selon le même régime juridique: les exceptions qui ne reposent sur aucun motif objectif sont inadmissibles. Le principe de l'égalité de l'imposition exige d'imposer de la même manière les personnes qui se trouvent dans la même situation et d'imposer de manière différenciée les personnes qui se trouvent dans des situations de faits comportant des différences importantes. Cette formulation concrétise en substance le principe de l'égalité traitement ancré à l'art. 8 al. 1 Cst. (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 215 s. et les références citées).
6.2 La recourante soutient que les commissions d'intermédiaire en cause sont des revenus accessoires à traiter de la même façon que les revenus qu'une compagnie d'assurance de base peut tirer de ses fonds propres, c'est-à-dire les revenus provenant de valeurs mobilières (portefeuille-titres) ou de valeurs immobilières (immeubles de rapport). En l'espèce, il s'agirait de la valorisation de son fichier de clients auprès de la Y._. La recourante perd de vue que les commissions en cause ne constituent pas la rémunération de placements au titre de rendement de la fortune mobilière mais bien la rémunération d'une activité lucrative d'intermédiaire. De telles commissions n'ont rien de commun avec les revenus des placements autorisés par l'<ref-law>.
Enfin, la recourante estime qu'elle ne serait pas traitée de la même façon que les "autres assureurs actifs dans le domaine des assurances sociales" qui tirent des revenus de leur fortune ou d'une activité accessoire qu'ils affectent exclusivement aux assurances sociales. Formulée de manière toute générale sans que ne soit précisé à quels "autres assureurs actifs dans le domaine des assurances sociales" la recou- rante entend faire référence, cette affirmation est irrecevable parce qu'elle ne répond pas aux exigences de motivation accrues de l'<ref-law>.
Le grief de violation des art. 8 et 127 Cst. doit par conséquent être rejeté dans la mesure de sa recevabilité.
7. Selon la recourante, l'instance précédente a violé l'art. 58 al. 1 lettres a et b LIFD. Elle se plaint également de la violation du principe constitutionnel de l'imposition selon la capacité contributive. Tel qu'il est formulé, ce dernier grief ne revêt pas de portée propre par rapport à celui de violation de l'<ref-law> (Robert Danon, Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, n° 53 ad art. 57-58 LIFD).
7.1 Aux termes de l'art. 58 al. 1 lettres a et b LIFD, le bénéfice net imposable d'une personne morale comprend: le solde du compte de résultats, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial.
Selon le principe de l'autorité du bilan commercial, le bénéfice imposable des personnes morales repose sur le bénéfice tel qu'il ressort du compte de résultat établi selon les règles du droit commercial. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices particulières. L'autorité du bilan commercial (<ref-law>) tombe en revanche lorsque des normes impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (arrêt 2P.17/2007 du 23 août 2007 consid. 5.2; arrêt 2A.464/2006 du 15 janvier 2007 consid. 3; 2A.458/2002 du 15 octobre 2004 in StE 2005 B 72.15.2 n° 6; <ref-ruling> consid. 2c p. 115). Parmi les principes régissant l'établissement régulier des comptes figure l'exigence de clarté qui est concrétisée par l'interdiction de compensation entre actifs et passifs ainsi qu'entre charges et produits. Cette exigence est codifiée par l'art. 662a al. 2 ch 6 CO (Robert Danon, Commentaire romand de l'impôt fédéral direct, n° 8 et 9 ad art. 57-58 LIFD).
7.2 Dans l'arrêt attaqué, l'instance précédente a retenu, conformément à l'accord du 26 novembre 1997 intitulé "Accords particuliers au contrat d'agence" que les montants reçus par la recourante dans le cadre de son activité d'intermédiaire se décomposaient en deux par- ties: la première était constituée d'un versement par la Y._ de 15% des primes encaissées - au titre d'indemnités couvrant les frais liés à cette activité; la deuxième était constituée d'un pourcentage (40% puis 50%) du résultat net déterminé par la Y._ au titre de répartition du bénéfice.
La recourante objecte à cet égard avoir compensé le montant total de ses frais d'administration et les commissions de 15% reçues, de sorte que le solde du compte ferait "apparaître un montant de charge réduit proportionnellement". Sur ce point, pour autant qu'on la comprenne, la recourante tente d'une manière appellatoire de rétablir certains postes de sa comptabilité en éliminant les compensations indues qu'elle a effectuées, cherchant ainsi à démontrer que l'ensemble des commissions reçues par elle ne couvrait pas les frais totaux d'administration et de gestion, laissant même apparaître, selon ses calculs, des soldes négatifs très élevés. Faute d'être motivées conformément aux exigences de l'<ref-law>, ces allégations, qui s'écartent des faits retenus par l'instance précédente (<ref-law>), sont irrecevables.
Sur le fond, la recourante a admis avoir violé le principe comptable d'interdiction de compensation entre charges et produits. Ses comptes ne revêtent par conséquent plus l'autorité que confère en principe l'<ref-law> au bilan commercial. Dans ces conditions, l'instance précédente pouvait juger, sans violer l'<ref-law>, que l'attribution de 15% des primes encaissées l'était au titre d'indemnités couvrant les frais liés à cette activité. Elle pouvait également juger, sans violer l'<ref-law>, que l'attribution d'un pourcentage (40% puis 50%) du résultat net déterminé par la Y._ l'était au titre de répartition du bénéfice et constituait par conséquent un bénéfice net imposable. Il n'y a en effet aucune raison de diminuer ce bénéfice de frais d'administration et de fonctionnement organiquement liés aux activités de l'assurance-maladie sociale, la comptabilité relative de l'assurance-maladie obligatoire devant être établie de manière séparée (<ref-law>).
Mal fondé sur ce point, le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable.
II. Impôts cantonal et communal
8. Conformément à l'<ref-law>, sous réserve de l'art. 16, les cantons adaptent leur législation aux dispositions des titres deuxième
à sixième dans les huit ans qui suivent l'entrée en vigueur de la présente loi.
La présente cause concerne les périodes fiscales 1997 à 2003. La loi sur l'harmonisation fiscale ne trouve application que pour les périodes fiscales à partir du 1er janvier 2001, ce qui a une influence sur les exigences de motivation des griefs formulés par la recourante s'agissant de l'application du droit cantonal au périodes antérieures au 1er janvier 2001, soumises au droit fiscal cantonal non harmonisé (cf. consid. 4 ci-dessus).
9. 9.1 Dès lors que les bénéfices en cause ne peuvent être exonérés de l'impôt fédéral direct en application des <ref-law> (entré en vigueur le 1er janvier 1996) et 80 al. 1 LPGA (entré en vigueur le 1er janvier 2003), ils ne peuvent pas non plus être exonérés de l'impôt direct cantonal et communal. Les considérations développées ci-dessus s'y appliquent et valent pour toutes les périodes fiscales en cause (1997 à 2003).
9.2 Les art. 80 et 81 LF - qui prévoient que l'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net, qui comprend: le solde du compte de résultat, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir les dépenses justifiées par l'usage commercial - contiennent des dispositions sur l'établissement du bénéfice imposable des personnes morales qui respectent l'<ref-law> et dont la teneur correspond à celles de l'<ref-law>. Par conséquent, les développements consacrés à la détermination du bénéfice imposable sur le plan de l'impôt fédéral direct valent également pour l'impôt direct cantonal et communal des périodes fiscale 2001 à 2003.
9.3 Dans la mesure où ils sont motivés conformément aux exigences de l'<ref-law>, les griefs d'application arbitraire des art. 80 et 81 LF et de violation de l'art. 127 Cst. formulés en relation avec les périodes fiscales antérieures au 1er janvier 2001 doivent être rejetés pour les mêmes motifs que ceux qui ont été exposés ci-dessus, le grief de l'arbitraire se confondant avec celui de violation de ces mêmes dispositions (cf. consid. 7 ainsi que 9.2 ci-dessus).
10. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours en matière d'impôt fédéral direct et du recours en matière d'impôts directs cantonal et communal, dans la mesure où ils sont recevables.
Succombant, la recourante doit supporter un émolument judiciaire (art. 65 et 66 LTF). Elle n'a pas droit à des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Les recours en matière de droit public 2C_71/2009 et 2C_73/2009 sont joints.
2. Le recours en matière d'impôt fédéral direct est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
3. Le recours en matière d'impôts directs cantonal et communal est rejeté, dans la mesure où il est recevable.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 5'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Service cantonal des contributions et à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 10 juin 2009
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Müller Dubey