Sachverhalt:
A. F._, geboren 1969, war von 1. Juli 1996 bis 31. Dezember 2005 beim Service U._ als Supervisor angestellt und in dieser Eigenschaft bei den SWICA Versicherungen AG (nachfolgend: Swica) gegen die Folgen von Unfällen versichert. Am 23. Dezember 2004 wurde er in seinem stehenden Auto von hinten angefahren. Die Swica erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Mit Verfügung vom 20. Februar 2007, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 16. Mai 2007, stellte die Swica ihre Leistungen per 31. Oktober 2005 ein. Sie verzichtete jedoch in ihrer Verfügung auf die Rückforderung der noch bis Ende 2006 erbrachten Leistungen.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Obergericht des Kantons Schaffhausen mit Entscheid vom 24. Oktober 2008 ab.
C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Antrag, es seien der vorinstanzliche Entscheid aufzuheben und die Swica zu verpflichten, die ihm aus der obligatorischen Unfallversicherung und der Unfallversicherung in Ergänzung zum UVG zustehenden Leistungen zu erbringen. Eventualiter sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Swica schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Bundesamt für Gesundheit verzichtet auf eine Vernehmlassung.
D. Am 15. Januar 2009 liess F._ die Berichte des Dr. med. H._, Facharzt für Neurologie, vom 30. Dezember 2008 und des Osteopathen B._, Therapien/Rehabilitation, Spital X._, vom 9. Januar 2009 nachreichen.

Erwägungen:
1. 1.1 Im verwaltungsgerichtlichen Beschwerdeverfahren sind grundsätzlich nur Rechtsverhältnisse zu überprüfen und zu beurteilen, zu denen die zuständige Verwaltungsbehörde vorgängig verbindlich - in Form einer Verfügung - Stellung genommen hat. Insoweit bestimmt die Verfügung den beschwerdeweise weiterziehbaren Anfechtungsgegenstand. Umgekehrt fehlt es an einem Anfechtungsgegenstand und somit an einer Sachurteilsvoraussetzung, wenn und insoweit keine Verfügung ergangen ist (<ref-ruling> E. 2.1 S. 164 mit Hinweisen).
1.2 Zwar lehnt die Swica in ihrer Verfügung vom 20. Februar 2007 auch den Anspruch auf Leistungen aus der Unfallzusatzversicherung ab, doch handelt es sich dabei nicht um eine (öffentlich-rechtliche) Sozialversicherung, sondern um eine dem VVG unterstellte privatrechtliche Versicherung, weshalb dies nicht von der Verfügung erfasst sein konnte und der Versicherte sich dagegen auf dem nach Art. 85 Abs. 1 VAG vorgesehenen (Klage-)Weg hätte wehren müssen. Soweit er Leistungen in Ergänzung zur obligatorischen Unfallversicherung verlangt, kann somit darauf mangels Zuständigkeit und Anfechtungsgegenstand nicht eingetreten werden.
2. Die Vorinstanz hat die Grundsätze über die Leistungsvoraussetzung des adäquaten Kausalzusammenhangs (<ref-ruling> E. 3.2 S. 181 mit Hinweis), insbesondere bei Unfällen mit Schleudertrauma der Halswirbelsäule ohne organisch nachweisbare Funktionsausfälle (<ref-ruling>), die Anforderungen an einen ärztlichen Bericht sowie dessen beweisrechtliche Würdigung (<ref-ruling> E. 3a S. 352 mit Hinweis) zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
3. Der Versicherte macht geltend, die Vorinstanz habe den Anspruch auf rechtliches Gehör (<ref-law>), den Untersuchungsgrundsatz (<ref-law>) und das Willkürverbot (<ref-law>) verletzt. Die vorgebrachten Rügen zielen darauf ab, das Gutachten des Zentrums E._ vom 27. Oktober 2006 in Zweifel zu ziehen und zu erreichen, dass der Fall gestützt auf andere medizinische Berichte beurteilt wird. Diese Einwände sind jedoch unbehelflich. Denn die Vorinstanz setzte sich mit den verschiedenen ärztlichen Berichten auseinander und hat in ihrem Entscheid in E. 4c unter Verweis auf die Rechtsprechung begründet, weshalb sie dem Gutachten des Zentrums E._ vom 27. Oktober 2006 gefolgt ist und die Berichte des Hausarztes dieses nicht zu erschüttern vermögen. Zu Recht hat sie auch darauf hingewiesen, dass dem Zentrum E._ bei der Begutachtung die Berichte des Dr. med. K._, Facharzt für Otorhinolaryngologie, speziell Hals- und Gesichtschirurgie, vom 4. April 2005 und des PD Dr. med. S._, Chefarzt der Abteilung Rheumatologie/Rehabilitation, Spital X._, vom 25. Oktober 2005 zur Verfügung standen und im Gutachten mitberücksichtigt wurden. In diesem Zusammenhang ist auch festzuhalten, dass die Frage der Adäquanz eine Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 6.2.1 S. 117) und damit nicht von den Ärzten zu beantworten ist. Die Vorinstanz hat somit weder das rechtliche Gehör des Versicherten oder den Untersuchungsgrundsatz verletzt noch willkürlich gehandelt, indem sie im Rahmen der grundsätzlich zulässigen antizipierten Beweiswürdigung (SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27 E. 4b mit Hinweisen) kein Obergutachten eingeholt hat.
4. 4.1 Das Spital Y._ hat am Unfalltag eine HWS-Distorsion diagnostiziert und festgehalten, es habe keine Bewusstlosigkeit und keine Amnesie, jedoch eine Schreckreaktion vorgelegen und die neurologische Untersuchung sei unauffällig.
4.2 Dr. med. O._, Facharzt für Allgemeine Medizin, diagnostizierte am 4. Februar 2005 ein Beschleunigungstrauma der HWS am 23. Dezember 2004 mit anhaltender Schmerzsymptomatik und Schonhaltung bei eher ängstlicher Persönlichkeit und Möglichkeit zur Chronifizierung sowie posttraumatischer Belastungsstörung mit Schlafstörungen und Albträumen. Er empfahl eine baldige Neurorehabilitation in der Klinik Z._. Am 1. Juni 2005 hielt er fest, der Versicherte sei nicht zu überzeugen, eine verhaltenstherapeutische Therapie aufzunehmen. Es gehe ihm deutlich besser und er unternehme bezüglich seiner Mobilisation viel (Nordic Walking, Physiotherapie, Tai Chi usw.). Der Zustand sei stetig bessernd und es sei mit einer Aufnahme der Arbeitstätigkeit zu rechnen.
4.3 Gemäss dem unfallanalytischen Kurzgutachten vom 8. Juni 2005 bestand eine Kollisionsgeschwindigkeit von 37 bis 49 km/h und eine kollisionsbedingte Geschwindigkeitsänderung von 25 bis 37 km/h.
4.4 Im Austrittsbericht der Klinik Z._ vom 10. Juni 2005, wo sich der Versicherte vom 13. März bis 22. April 2005 aufhielt, wurde der Status nach HWS-Distorsionstrauma mit/bei zephalo-zerviko-brachialem sowie lumbospondylogenem Schmerzsyndrom bei beginnender Chronifizierung und Verdacht auf Somatisierungsstörung, Schwindel und kognitive Störungen, der Status nach linksthorakalem Schmerzsyndrom sowie Status nach CTS-Operation beidseits diagnostiziert. Es seien Physio-, Ergo-, Berufs- und Sporttherapien sowie eine orthoptische, eine neuropsychologische sowie eine Abklärung des Schwindels (Dr. med. K._) durchgeführt worden. Es bestehe ein beginnendes chronisches Schmerzsyndrom bei Somatisierungsstörung. Physiotherapie sei nur sinnvoll, wenn es gelinge, dem Versicherten eine Perspektivenverlagerung zu öffnen, welcher skeptisch gegenüber dem empfohlenen Behandlungskonzept sei.
4.5 Dr. med. A._, Facharzt für Neurologie, stellte am 18. Juli 2005 die Diagnose eines ausgeprägten Cervikalsyndroms bei Status nach Beschleunigungstrauma der HWS mit HWS-Distorsion. Klinisch stehe das Cervikalsyndrom im Vordergrund; es fehlten aber radikuläre Ausfälle und es bestünden keine neurologischen Symptome. Für die ungerichteten Schwindelzustände finde sich kein okulomotorisches oder vestibulo-okuläres Korrelat, auch keine cerebralen Ausfälle. Am 5. September 2005 beantwortete er die Fragen der Swica dahingehend, dass es dem Versicherten zumutbar sei, den Arbeitsweg als Lenker oder Beifahrer, allenfalls mit dem öffentlichen Verkehr zurückzulegen. Der Arbeitsweg sei kein Hindernisgrund, die Arbeit wiederaufzunehmen.
4.6 PD Dr. med. S._ stellte am 25. Oktober 2005 die Diagnose des Status nach HWS-Distorsionstrauma vom 23. Dezember 2004 mit/bei zervikospondylogenem und zervikozephalem Syndrom, mehrsegmentaler hypermobiler zervikaler Dysfunktion, thorako- und lumbospondologener Komponente sowie Status nach Karpaltunneloperation 1990 rechts und 2004 links. Die neuropsychologischen Beschwerden seien als zervikozephales Syndrom zu verstehen. Ob eine milde traumatische Hirnläsion erfolgt sei, lasse sich nicht sagen, da der Patient eine mehrminütige Amnesie angebe, aber im Bericht der Erstkonsultation eine Schreckreaktion bei Fehlen von Amnesie und Bewusstlosigkeit vermerkt sei. Psychologische Gespräche zur Unfallverarbeitung seien angebracht. Im Schreiben vom 18. November 2005 empfahl PD Dr. med. S._ zur Feststellung der zumutbaren Arbeitsfähigkeit die Einholung eines Gutachtens.
4.7 Das Gutachten des Zentrums E._ vom 27. Oktober 2006 beruht auf interdisziplinären Abklärungen; dabei wurden das psychiatrische (Dr. med. W._) und das neurologische Teilgutachten (Dr. med. I._) durch Fachärzte des Instituts C._ erstellt. Zusätzlich fand eine rheumatologische Untersuchung und eine Evaluation der funktionellen Leistungsfähigkeit statt. Die Gutachter diagnostizierten den Status nach HWS-Distorsionstrauma am 23. Dezember 2004 mit/bei chronischem cervicospondylogenem und cervicocephalem Syndrom, thorakovertebralen Beschwerden, einem lumbospondylogenen Syndrom, muskulärer Dysbalance und Dekonditionierung sowie eine Schmerzverarbeitungsstörung (ICD-10: F 45.4). Die angegebenen Beschwerden liessen sich in der klinischen Untersuchung nur schwer objektivieren, da eine deutliche Überlagerung durch die Schmerzverarbeitungsstörung bestehe. Aus psychiatrischer Sicht seien die Behandlungsmöglichkeiten noch nicht ausgeschöpft; aus rheumatologischer Sicht seien die Aspekte einer aktiv orientierten Therapie abzuwarten. Interdisziplinär bestehe für eine angepasste leichte bis mittelschwere Tätigkeit mit der Möglichkeit zur Wechselpositionierung und vermehrten Pausen von 1 bis 2 h/Tag eine Arbeitsfähigkeit von 80 %. Aus psychiatrischer Sicht sei mit 50 % zu beginnen und innert 6 Monaten schrittweise auf 80 % zu steigern.
5. Das Gutachten des Zentrums E._ vom 27. Oktober 2006 beruht auf einer umfassenden interdisziplinären Abklärung in den Fachbereichen Rheumatologie, Psychiatrie und Neurologie, berücksichtigt die geklagten Beschwerden sowie die vorbestehenden medizinischen Akten, insbesondere auch die Berichte des PD Dr. med. S._ vom 25. Oktober 2005 und des Dr. med. K._ vom 4. April 2005, und leuchtet in der Darlegung der medizinischen Zusammenhänge sowie der Begründung der medizinischen Beurteilung (Diagnosen, zumutbare Arbeitsfähigkeit) ein. Die Vorinstanz hat somit zu Recht auf dieses Gutachten abgestellt. Daran vermögen auch die Berichte des Dr. med. O._ nichts zu ändern, ist im Zweifelsfall doch der Erfahrungstatsache Rechnung zu tragen, dass er als Hausarzt im Hinblick auf seine vertrauensrechtliche Stellung eher zu Gunsten seines Patienten aussagt (<ref-ruling> E. 3b/cc S. 353 mit Hinweisen). Zudem steht das Gutachten des Zentrums E._ vom 27. Oktober 2006 in Einklang mit der Einschätzung der Klinik Z._ in ihrem Bericht vom 10. Juni 2005 anlässlich des mehrwöchigen Aufenthalts sowie des Neurologen Dr. med. A._. Im Rahmen der antizipierten Beweiswürdigung (SVR 2001 IV Nr. 10 S. 27 E. 4b mit Hinweisen) ist auf die Anordnung weiterer Abklärungen zu verzichten. Abgesehen davon, dass auf Grund der unterschiedlichen Natur von Begutachtungs- und Behandlungsauftrag ein Administrativgutachten nicht schon deshalb in Frage gestellt wird, weil die Gutachter zu einem anderen Ergebnis als die behandelnden Ärzte gelangen (Urteil I 844/06 vom 24. September 2007, E. 2.3.2. mit Hinweisen), sind angesichts des massgebenden Zeitpunkts des Sachverhalts (1. November 2005 resp. 16. Mai 2007) und des Novenverbots von <ref-law> (vgl. zur Unfallversicherung Urteil 8C_934/2008 vom 17. März 2009, E. 3), die Berichte des Dr. med. H._ und des Osteopathen nicht weiter zu berücksichtigen.
6. Der Versicherte rügt u.a. einen zu frühen Fallabschluss.
6.1 Nach konstanter Rechtsprechung hat ein Versicherer - sofern allfällige Eingliederungsmassnahmen der Invalidenversicherung abgeschlossen sind - die Heilbehandlung (und das Taggeld) nur solange zu gewähren, als von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung noch eine namhafte Besserung erwartet werden kann. Trifft dies nicht mehr zu, ist der Fall unter Einstellung der vorübergehenden Leistungen mit gleichzeitiger Prüfung des Anspruchs auf eine Invalidenrente und auf eine Integritätsentschädigung abzuschliessen (<ref-ruling> E. 4.1 S. 114 mit Hinweisen). Ist von der Fortsetzung der ärztlichen Behandlung keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes des Versicherten mehr zu erwarten und wird der Entscheid der IV-Stelle über die berufliche Eingliederung erst später gefällt, so hat die versicherte Person Anspruch auf eine Übergangsrente (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>). Wie jede Leistung der Unfallversicherung müssen für die Ausrichtung einer Übergangsrente der natürliche und adäquate Kausalzusammenhang gegeben sein. Der Voraussetzung des adäquaten Kausalzusammenhangs kommt dabei die Funktion einer Haftungsbegrenzung zu (<ref-ruling> E. 3.3 S. 182 mit Hinweisen).
6.2 Entgegen der Ansicht des Versicherten ist gestützt auf die massgebenden ärztlichen Berichte, insbesondere das Gutachten des Zentrums E._ vom 27. Oktober 2006, zwar das therapeutische Potential - nicht zuletzt infolge des Widerstands des Versicherten gegen die bereits im Frühjahr 2005 empfohlene Verhaltenstherapie (vgl. dazu Bericht des Dr. med. O._ vom 1. Juni 2005) - noch nicht ganz ausgeschöpft, doch ist keine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes im Sinne einer Steigerung seiner Arbeitsfähigkeit mehr zu erwarten. Da die IV-Stelle im Zeitpunkt der Leistungseinstellung noch nicht über den Anspruch auf Eingliederungsmassnahmen entschieden hat, stellt sich die Frage der Übergangsrente. Dazu müssen die Leistungsvoraussetzungen des natürlichen und adäquaten Kausalzusammenhangs gegeben sein (Urteil 8C_304/2008 vom 1. April 2009, E. 3). Der natürliche Kausalzusammenhang ist vorliegend nicht bestritten. Hingegen stellt sich die Swica auf den Standpunkt, die bei Leistungseinstellung noch bestehenden Beschwerden seien nicht mehr adäquat kausal zum Ereignis vom 23. Dezember 2004. Dies ist nachfolgend zu prüfen.
7. 7.1 Soweit der Versicherte geltend macht, seine Beschwerden seien objektiv ausgewiesen, weshalb sich nach der Rechtsprechung der adäquate Kausalzusammenhang mit dem natürlichen decke, kann ihm nicht gefolgt werden. Bei den sogenannten typischen Beschwerden nach einem Schleudertrauma der Halswirbelsäule handelt es sich in der Regel gerade um organisch nicht nachweisbare Leiden. So konnten denn auch die vom Versicherten geklagten Beschwerden gemäss den massgebenden ärztlichen Berichten nicht durch apparative oder bildgebende Abklärungen bestätigt werden (vgl. zur Objektivierung von Beschwerden Urteil 8C_413/2008 vom 5. Januar 2009, E. 2.1 mit Hinweisen).
7.2 Mit der Vorinstanz ist der Unfall nach der Rechtsprechung dem eigentlichen mittleren Bereich zuzuordnen. Was der Versicherte dagegen vorbringt, vermag nicht durchzudringen. Die Vorinstanz stellte bei der Beurteilung der Schwere des Unfallereignisses auf die durch das unfallanalytische Gutachten ermittelte kollisionsbedingte Geschwindigkeit ab; zudem stützte sie sich auf vergleichbare Fälle, welche nach der Rechtsprechung als Unfälle im eigentlichen mittleren Bereich zu qualifizieren sind (vgl. Urteile U 361/05 vom 16. August 2006, E. 5.1, 8C_257/2008 vom 4. September 2008, E. 3.3.2, sowie 8C_986/2008 vom 23. März 2009, E. 4.2, je mit Hinweisen). Daran vermögen auch die weiteren Einwände nichts zu ändern. Einerseits ist die geltend gemachte Bewusstlosigkeit nach dem Aufprall nicht erstellt; vielmehr ergibt sich aus dem vom Unfalltag datierenden Bericht des erstbehandelnden Spitals das Gegenteil. Gestützt auf den Grundsatz der Aussagen der ersten Stunde (<ref-ruling> E. 2a S. 47 mit Hinweisen) ist somit davon auszugehen, dass der Versicherte nach dem Unfall nicht bewusstlos war. Auch hat die Vorinstanz zutreffend festgestellt, dass strafrechtlich nicht von einer schweren Körperverletzung ausgegangen wurde; denn dem Unfallaufnahmeprotokoll der Kantonspolizei ist zu entnehmen, dass der Versicherte sich leicht verletzte und noch auf der Unfallstelle in der Lage war, eine Aussage zu machen. Zudem konnte er noch am Unfalltag das Spital wieder verlassen. Es ist auch nicht ersichtlich, inwiefern der Versicherte sich in einer schweren, unmittelbaren Lebensgefahr befand. Zudem spielt die Art der erlittenen Verletzungen für die Beurteilung der Schwere des Unfalls keine Rolle, sondern stellt eines der Kriterien zur Prüfung der Adäquanz (vgl. E. 7.3) dar. Somit ist die Qualifizierung als Unfall im eigentlich mittleren Bereich nicht zu beanstanden. Demnach müssen für die Bejahung des adäquaten Kausalzusammenhangs die in <ref-ruling> E. 10.3 S. 130 genannten Kriterien in gehäufter oder eines davon in besonders ausgeprägter Weise gegeben sein.
7.3 Mit dem kantonalen Gericht sind besonders dramatische Begleitumstände oder eine besondere Eindrücklichkeit des Unfalls zu verneinen. Denn für die Beurteilung dieses Kriteriums gelten objektive Massstäbe (RKUV 1999 U Nr. 335 S. 207 E. 3b/cc). Entgegen der Ansicht des Versicherten ist auch nicht erstellt, dass er nach dem Unfall bewusstlos geworden war (vgl. oben E. 7.2). Ein Schleudertrauma und die üblichen damit verbundenen Beschwerden reichen nicht aus, um das Kriterium der Schwere oder besonderen Art der erlittenen Verletzungen zu bejahen. Besondere Umstände, wie etwa eine beim Unfall eingenommene besondere Körperhaltung oder eine erheblich vorgeschädigte Wirbelsäule, sind jedoch nicht ausgewiesen, so dass dieses Kriterium nicht gegeben ist (<ref-ruling> E. 10.2.2 S. 127 mit Hinweisen). Zum Kriterium der fortgesetzt spezifischen, belastenden ärztlichen Behandlung macht der Versicherte folgende Therapien geltend: Physiotherapie, Tai Chi, Nordic-Walking, autogenes Training, Wassergymnastik, Crosstrainer, Fussreflexzonenmassage, Akupunktur, Thermalbadtherapien, Sauna. Zudem absolviere er Osteopathie, einschliesslich manualtherapeutischer Massnahmen, nehme verschiedene Medikamente ein und stehe in regelmässiger hausärztlicher Kontrolle. Aus den medizinischen Akten ergibt sich, dass er sich der wiederholt geäusserten Empfehlung zur Aufnahme einer Verhaltenstherapie und damit dem ärztlich vorgesehenen Behandlungskonzept widersetzte. Es kann offengelassen werden, ob dies insgesamt eine fortgesetzt spezifische, über das übliche Mass hinaus belastende ärztliche Behandlung darstellt, da das Kriterium jedenfalls nicht in ausgeprägter Weise vorliegen würde. Das Kriterium der erheblichen Beschwerden ist gegeben, wenn auch nicht in besonders ausgeprägter Weise. Eine ärztliche Fehlbehandlung ist ebenso wenig ausgewiesen wie ein schwieriger Heilungsverlauf und erhebliche Komplikationen. Für letzteres Kriterium genügt nicht, dass die geklagten Beschwerden andauern, sondern es werden besondere Gründe verlangt, die hier nicht ersichtlich sind (Urteil 8C_413/2008 vom 5. Januar 2009, E. 6.3.5 mit Hinweisen). Die Vorinstanz verneint in ihrem Entscheid schliesslich auch das Kriterium der "erheblichen Arbeitsunfähigkeit trotz ausgewiesener Anstrengungen". Da der Versicherte zwar in sporadischem telefonischem Kontakt mit seinem Arbeitgeber stand, aus den Akten jedoch weder Arbeitsversuche im angestammten Beruf noch irgendwelche Bemühungen um die Aufnahme einer anderen, den Beschwerden angepassten Tätigkeit ersichtlich sind, sondern er sich vielmehr den Bemühungen der Casemanager, mit dem Arbeitgeber baldmöglichst einen Arbeitsversuch zu starten, widersetzte (vgl. etwa die Berichte vom 23. Mai und 21. September 2005), ist das Ausmass einer allfälligen Arbeitsunfähigkeit unbeachtlich. Denn mangels ausreichender Anstrengungen ist im Ergebnis mit der Vorinstanz das Kriterium zu verneinen. Somit liegen die Kriterien weder gehäuft noch eines in besonders ausgeprägter Weise vor, so dass die Vorinstanz zu Recht die Adäquanz verneint und die Leistungseinstellung per 1. November 2005 bestätigt hat.
8. Das Verfahren ist kostenpflichtig. Der unterliegende Versicherte hat die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Schaffhausen und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 24. April 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Ursprung Riedi Hunold