Grundstückerwerb durch Personen im Ausland, hat sich ergeben:
A.- Der Bezirksrat Zürich stellte am 14. April 1994 sowie am 29. Februar und am 29. August 1996 fest, dass die in Zürich ansässige AG für A._ zum Eigentums- bzw.
Kaufrechtserwerb an verschiedenen Grundstücken in X._ (Kat. Nrn. 236, 274, 326, 327, 981, 982, 1091, 1430, 6204) sowie in Y._ (Grundbuchblätter 3089, 3090, 3098, 3118) keiner Bewilligung im Sinne des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1983 über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland (BewG; SR 211. 412.41) bedürfe. Gestützt auf die getroffenen Abklärungen sowie namentlich die Bestätigungen von Aktionären und Kontrollstellen ging der Bezirksrat davon aus, dass die Erwerberin weder direkt noch indirekt durch Personen mit Sitz im Ausland finanziell beherrscht sei.
B.- Am 20. März 1997 teilte die Bezirksanwaltschaft II für den Kanton Zürich dem Bezirksrat mit, nach ihren Ermittlungen werde die AG für A._ bereits seit Ende 1989 indirekt über die Aktionärin B._ & Cie. AG, O._, sowie deren Anteilsinhaberinnen C._ AG und D._ AG, je P._, durch im Ausland ansässige ausländische Staatsangehörige beherrscht. Der Bezirksrat verpflichtete hierauf die AG für A._ am 26. März 1997, hinsichtlich der obgenannten Grundstücksgeschäfte erneut ein Feststellungsgesuch einzureichen unter der Androhung des Widerrufs der früheren Beschlüsse im Unterlassungsfalle; vorsorglich wurde die Anmerkung von Grundbuchsperren angeordnet. Eine hiergegen eingereichte Beschwerde wies die Rekurskommission für Grunderwerb des Kantons Zürich am 27. November 1997 ab.
Auf das Gesuch der AG für A._ vom 30. Ju- ni 1998 hin stellte der Bezirksrat Zürich am 17. Dezember 1998 fest, dass die AG für A._ hinsichtlich der erstmals am 14. April 1994 sowie am 29. Februar und am 29. August 1996 geprüften Grundstücksgeschäfte der Bewilligungspflicht im Sinne des Bundesgesetzes über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland unterstehe, widerrief die ursprünglichen (negativen) Feststellungsentscheide und verweigerte die Bewilligungserteilung sowie die Aufhebung der am 26. März 1997 angeordneten Grundbuchsperren. Massgeblich beteiligt an der AG für A._ sei mit Anteilen von 49 % des Aktienkapitals (245 Namenaktien à Fr. 1'000.-- bzw.
25,78 % der Aktienstimmen) die B._ & Cie. AG, eine in O._ ansässige Immobiliengesellschaft im engeren Sinne, deren Anteile im Umfang von insgesamt rund 97 % des Aktienkapitals von der C._ AG sowie der D._ AG, je mit Sitz in P._, gehalten würden. Diese ihrerseits seien jedenfalls in der streitigen Periode je durch den Belgier Q._ sowie den Deutschen R._, beide in Belgien ansässig, beherrscht oder beherrschbar gewesen, zumal sich Beteiligungen von je zwei Dritteln des Aktienkapitals in ihrem Besitz befunden hätten, wobei letztlich unerheblich sei, ob zu Eigentum oder als Darlehenssicherheit begeben.
Dies führe dazu, dass indirekt auch die B._ & Cie. AG sowie die AG für A._ als von Personen im Ausland beherrscht einzustufen seien. Die Rekurskommission für Grunderwerb des Kantons Zürich bestätigte diesen Entscheid am 24. November 1999.
C.- Hiergegen hat die AG für A._ am 17. Januar 2000 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit den Anträgen, den angefochtenen Entscheid aufzuheben und festzustellen, dass für den Erwerb der fraglichen Grundstücke eine Bewilligung nicht erforderlich sei; die im Sinne vorsorglicher Massnahmen angeordneten Grundbuchsperren seien aufzuheben; eventualiter sei die Sache zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die Rekurskommission für Grunderwerb des Kantons Zürich und das Bundesamt für Justiz schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Der Bezirksrat Zürich und die Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Zürich haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
D.- Der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung wies am 28. Februar 2000 das Gesuch um aufschiebende Wirkung der vorliegenden Beschwerde ab.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Der angefochtene Beschluss der Rekurskommission für Grunderwerb des Kantons Zürich vom 24. November 1999 ist ein auf öffentliches Recht des Bundes gestützter, letztinstanzlicher kantonaler Entscheid, gegen den die Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht zulässig ist (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit <ref-law> und Art. 98 lit. g OG sowie <ref-law>).
b) Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann vorliegend die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts, nicht jedoch die Unangemessenheit des angefochtenen Entscheids gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG, Art. 104 lit. c OG e contrario). Da mit der Rekurskommission für Grunderwerb eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden hat, ist deren Sachverhaltsfeststellung für das Bundesgericht verbindlich, soweit der Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen ermittelt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
Die hinsichtlich des Sachverhalts eingeschränkte Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts führt auch dazu, dass die Möglichkeit, vor Bundesgericht neue Tatsachen und Beweismittel vorzutragen, weitgehend eingeschränkt ist. Nach der Rechtsprechung sind neue Beweismittel lediglich dann zulässig, wenn sie die Vorinstanz von Amtes wegen hätte erheben sollen und in der Nichtberücksichtigung eine Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften liegt (<ref-ruling> E. 3a S. 421; <ref-ruling> E. 1c S. 99, mit Hinweisen). Soweit die Beschwerdeführerin demnach vorliegend neue Akten einbringt, ist darauf nicht einzutreten.
2.- Mit dem Ziel, ausländische Investitionen zu erleichtern und damit der schweizerischen Wirtschaft wesentliche Impulse zu verleihen, wurde das Bundesgesetz vom 16. Dezember 1983 über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland (in Kraft seit 1. Januar 1985) mit Änderung vom 30. April 1997 per 1. Oktober 1997 revidiert (vgl. BBl 1997 II 1221 ff., 1244 f., 1262 ff., 1280 ff. und 1494 ff.). Nach ihren Schlussbestimmungen ist die Änderung auf Rechtsgeschäfte anwendbar, die vor ihrem Inkrafttreten abgeschlossen, aber noch nicht vollzogen worden oder noch nicht rechtskräftig entschieden sind. Beides ist vorliegend nicht der Fall: Die Feststellungsbeschlüsse vom 14. April 1994 und
29. Februar sowie 29. August 1996, mit denen der Bezirksrat eine Bewilligungspflicht der Beschwerdeführerin hinsichtlich der fraglichen Grundstücksgeschäfte verneint hatte, erwuchsen allesamt unangefochten in Rechtskraft und die Liegenschaftsgeschäfte wurden, soweit erforderlich, anerkanntermassen noch vor dem 1. Oktober 1997 grundbuchlich vollzogen.
Entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin ändert daran nichts, dass nunmehr zu prüfen ist, ob die fraglichen negativen Feststellungsbeschlüsse auf der Grundlage der durch eine Strafuntersuchung berichtigten relevanten Sachlage zu Recht widerrufen wurden und ob es sich rechtfertigte, der Beschwerdeführerin die nunmehr als erforderlich erkannte Bewilligung zu verweigern. Auf solche Verfahren soll, wie der Berichterstatter der ständerätlichen Kommission ausdrücklich erklärt hat, das neue Recht gerade nicht Anwendung finden (vgl. Votum Küchler, Amtliches Bulletin der Bundesversammlung, Ständerat, 107 [1997] 390), zumal durch die Gesetzesrevision nicht die nachträgliche Heilung bereits vollzogener Umgehungsgeschäfte erreicht werden können soll (vgl.
Hanspeter Geissmann/Felix Huber/Thomas Wetzel, Grundstückerwerb in der Schweiz durch Personen im Ausland, Von der Lex Friedrich zur Lex Koller, Überblick über die Revision 1997, Zürich 1998, N 234 S. 81). Auf den vorliegenden Sachverhalt ist demnach das alte Recht anzuwenden.
3.- Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen geltend, im angefochtenen Entscheid werde zu Unrecht davon ausgegangen, dass sie in der streitigen Periode durch Personen im Ausland beherrscht worden sei. Abgesehen davon, dass die B._ & Cie. AG bei Ergehen des ersten Feststellungsbeschlusses noch gar keine Gesellschaftsanteile gehalten habe, seien die Anteile an der D._ AG sowie der C._ AG als deren Mehrheitsaktionärinnen im Umfang von 98,19 % bzw. von 94,46 % des Aktienkapitals im Eigentum des Schweizers S._ gestanden. Dass sich je zwei Drittel die-ser Gesellschaftsanteile je zu gleichen Teilen in den von seinen ausländischen Geschäftspartnern Q._ sowie R._ angemieteten Bankschrankfächern (Kreditanstalt Z._ bzw. Raiffeisenbank Z._) befunden hätten, spreche nicht dagegen, zumal S._ diese Anteile, im Übrigen übereinstimmend mit den 1994 bis 1996 in den Generalversammlungsprotokollen festgehaltenen Verhältnissen, stets steuerlich deklariert habe und auch die Ausländer in den Befragungen durch die Strafverfolgungsbehörden nie ausgesagt hätten, selber Aktionäre der genannten Gesellschaften zu sein. Selbst wenn dies jedoch der Fall und damit indirekt auch von einer zu zwei Dritteln ausländischen Beherrschung der B._ & Cie. AG auszugehen gewesen wäre, hätte deren Beteiligung von 49 % an der Beschwerdeführerin lediglich anteilsmässig als ausländisch beeinflusst zu gelten, mithin 32,6 % des Aktienkapitals bzw. 17,19 % der Stimmen. Auch aus dem Umstand, dass die beiden ausländischen Geschäftspartner S._ insgesamt 20 Mio. Franken als so genanntes Venture capital zur Verfügung gestellt hätten, ergebe sich keine ausländische Beherrschung.
4.- a) Nach <ref-law> wird eine Bewilligung von Amtes wegen insbesondere widerrufen, wenn der Erwerber sie durch unrichtige Angaben erschlichen hat. Wurde gestützt auf solche Auskünfte das Nichtbestehen einer Bewilligungspflicht festgestellt, ist ebenfalls in Anwendung dieser Bestimmung die negative Feststellungsverfügung zu widerrufen und die Bewilligung zu verweigern (vgl. Urs Mühlebach/Hanspeter Geissmann, Lex F. Kommentar zum Bundesgesetz über den Erwerb von Grundstücken durch Personen im Ausland, Brugg/Baden 1986, N 3 zu Art. 25). Gemäss <ref-law> bedürfen Personen im Ausland für den Erwerb von Grundstücken einer Bewilligung der zuständigen kantonalen Behörden. Als Personen im Ausland gelten unter anderem juristische Personen, die ihren statutarischen sowie tatsächlichen Sitz in der Schweiz haben und in denen Personen im Ausland eine beherrschende Stellung innehaben (<ref-law>), mithin aufgrund ihrer finanziellen Beteiligung, ihres Stimmrechts oder aus anderen Gründen allein oder gemein-sam mit anderen Personen im Ausland die Verwaltung oder Geschäftsführung entscheidend beeinflussen können (<ref-law>). Dies wird insbesondere vermutet, wenn Personen im Ausland mehr als einen Drittel des Aktien- und gegebenenfalls des Partizipationsscheinkapitals besitzen, über mehr als einen Drittel der Stimmen in der Generalversammlung verfügen oder der Gesellschaft rückzahlbare Mittel zur Verfügung stellen, die mehr als die Hälfte der Differenz zwischen ihren Aktiven und ihren Schulden gegenüber nicht bewilligungspflichtigen Personen ausmachen (<ref-law>).
b) Es ist unstreitig, dass die B._ & Cie. AG im Umfang von 49 % des Aktienkapitals an der Beschwerdeführerin beteiligt ist und dass deren Anteile wiederum zu insgesamt rund 97 % von der C._ AG (ca. 48,6%) sowie von der D._ AG (ca. 48,4 %) gehalten werden (vgl. Aktionärsverzeichnis vom 19. März 1996). Im Rahmen einer gegen S._, Schweizer Bürger und Aktionär dieser beiden Gesellschaften, geführten Strafuntersuchung wurde festgestellt, dass seine beiden Geschäftspartner Q._, belgischer Staatsangehöriger, sowie R._, deutscher Staatsangehöriger, welche ihm anerkanntermassen ab 1989 bis 1996 so genanntes Venture capital von insgesamt mindestens 20 Mio. Franken überlassen hatten, am 26. Mai 1992 je ein Bank-Schrankfach bei der Kreditanstalt Z._ bzw.
Raiffeisenbank Z._ anmieteten. In jedem der beiden Fächer befanden sich Aktienzertifikate im Umfang von jeweils einem Drittel des Aktienkapitals der C._ AG sowie der D._ AG. S._ bestätigte im Verlaufe des Strafverfahrens denn auch die massgebliche Beteiligung seiner Geschäftsfreunde an diesen beiden Gesellschaften, nebst seiner eigenen sowie der Minderheitsbeteiligung der Kreditanstalt Z._. Die auf Verlangen der Volkswirtschaftsdirektion des Kantons Zürich im Nachgang zum Feststellungsbeschluss des Bezirksrates vom 29. Februar 1996 eingereichten Aktionärsverzeichnisse der C._ AG sowie der D._ AG, welche ihn angesichts der fast vernachlässigbaren Anteile der Kreditanstalt Z._ je praktisch als Alleinaktionär ausgewiesen hätten, seien unwahr.
Wird hievon ausgegangen, ergibt sich zwangsläufig, dass Personen im Ausland in der Beschwerdeführerin eine beherrschende Stellung innehaben: Als massgeblich beteiligten Anteilsinhabern steht Q._ und R._ die Möglichkeit offen, die C._ AG sowie die D._ AG zu kontrollieren und, da diese Gesellschaften ihrerseits zusammen zu rund 97 % an der B._ & Cie. AG beteiligt sind, zumindest indirekt auch diese. Zugunsten der demnach ebenfalls als Person im Ausland geltenden B._ & Cie. AG greift damit aufgrund ihrer Beteiligung von 49 % am Aktienkapital der Beschwerdeführerin die gesetzliche Vermutung, dass sie deren Verwaltung oder Geschäftsführung entscheidend zu beeinflussen vermag (<ref-law>), mit der Folge, dass bis zum Beweis des Gegenteils auch die Beschwerdeführerin als Person im Ausland zu gelten hat. Dieser Nachweis wurde indessen nicht erbracht. Insbesondere haben die kantonalen Behörden die von der Beschwerdeführerin vertretene Auffassung zu Recht verworfen, wonach der indirekte Einfluss der ausländischen Anteilsinhaber lediglich prozentual im Verhältnis zu den von diesen effektiv gehaltenen Anteilen an den vorgelagerten Gesellschaften zu messen und damit bloss ein Kapitalanteil von 31,65 % anzurechnen wäre.
Entscheidend ist allein, ob die jeweils vorgelagerten Gesellschaften ihrerseits als Personen im Ausland einzustufen sind und auf die nächstfolgende Gesellschaft einen beherrschenden Einfluss ausüben können.
c) Die Beschwerdeführerin bestreitet nun allerdings diese dem angefochtenen Entscheid zugrunde gelegten Eigentumsverhältnisse an der C._ AG und an der D._ AG. Wohl habe S._ in der gegen ihn geführten Strafuntersuchung entsprechend ausgesagt, doch sei dies bloss aus taktischen Gründen geschehen, um seine Haftentlassung nicht zu gefährden. Die Aktien dieser Gesellschaften hätten mit Ausnahme der an die Kreditanstalt Z._ veräusserten Anteile im fraglichen Zeitraum im Eigentum von S._ gestanden, wie er dies im Übrigen noch zu Beginn der Strafuntersuchung angegeben sowie auch steuerlich deklariert habe. In Anbetracht des Aussageverhaltens von S._ im gesamten Verlauf des Strafverfahrens sind diese Vorbringen indessen, ebenso wie die angeführten Generalversammlungsprotokolle, nicht geeignet, die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen erfolgt in Frage zu stellen und damit deren Verbindlichkeit für das Bundesgericht aufzuheben (vgl. Art. 105 Abs. 2 OG):
S._ hat zunächst nur zögerlich und ausweichend zu den Beteiligungsverhältnissen an den beiden Gesellschaften Stellung genommen, später dann aber eine massgebliche ausländische Beteiligung bestätigt und sich damit weiter belastet.
So führte er auf die Vorhalte, er habe im Zusammenhang mit Liegenschaftsgeschäften die ausländischen Beteiligungen Q._ und R._ verschleiert, vorerst aus: "Vielleicht gab es gar keine beherrschende Beteiligung durch Ausländer", und darauf, dass er gegenüber dem Bezirksrat erklärt habe, praktisch alleiniger Aktionär zu sein, während nach Erkenntnissen der Ermittlungsbehörden R._ ebenfalls beteiligt sei, gab er an: "Wenn ich das so erklärt habe, wird das auch so gewesen sein. " Bei einer späteren Einvernahme antwortete er auf die Fragen, wem die Aktien gehörten:
"Den Aktionären", ob er sie kenne: "Wahrscheinlich schon, ja," wie die Verteilung der Aktien sei: "Kein Kommentar", sowie auf den Vorhalt, dass sich je Anteile von zwei Dritteln am Aktienkapital der beiden Gesellschaften in ausländischer Hand befänden: " Das trifft nicht zu". In einer polizeilichen Einvernahme vom 8. Januar 1997 hat er dann aber ausgesagt, dass die Aktien unter Q._, R._ und ihm zu je einem Drittel aufgeteilt worden seien, wobei erstere sie gekauft hätten. Er bestätigte diese Aussage anlässlich der untersuchungsrichterlichen Befragung vom 7. März 1997, und zwar ausführlich, beispielsweise mit den Aussagen, die Beteiligungen von Q._ und R._ seien verheimlicht worden, da dies nur Involvierte hätten wissen müssen und auf diese Weise Probleme mit der T._ vermieden werden sollten, sowie dass man gewusst habe, mit dem Feuer zu spielen. Unstreitig ist ferner, dass von Q._ und R._ beträchtliche Summen von insgesamt mindestens 20 Mio. Franken zu S._ geflossen sind, was eine Beteiligung um so plausibler erscheinen lässt, zumal die Geldbeträge zumindest teilweise in S._ Firmengruppe eingeflossen sind und diese wiederum nach den Feststellungen des Bezirksrats durch die D._ AG sowie die C._ AG im Rahmen einer so genannten Zwillings-Holdingstruktur überdacht sein soll. Die blosse Bestreitung und die Behauptung, Q._ und R._ hätten die Aktien auf erstes Verlangen ohne weiteres herausgegeben, sind auch dann nicht geeignet, die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz als offensichtlich unrichtig erscheinen zu lassen, wenn sie von den beiden Geschäftspartnern S._ heute bestätigt würden.
d) Damit aber steht fest, dass die Feststellungsentscheide vom 29. Februar 1996 und vom 29. August 1996 zu Recht widerrufen wurden, weil damals über die Beteiligung der C._ AG und der D._ AG an der B._ & Cie. AG die Beschwerdeführerin ausländisch beherrscht war.
Bezüglich des Feststellungsentscheids vom 14. April 1994 wird in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde geltend gemacht, dass die B._ & Cie. AG damals an der Beschwerdeführerin noch nicht beteiligt war. Tatsächliche Feststellungen über die Beteiligungsverhältnisse zu jenem Zeitpunkt werden in den Entscheiden des Bezirksrats und der Rekurskommission nicht getroffen. In diesem Punkt ist die Sache daher an den Bezirksrat zurückzuweisen.
5.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist demnach teilweise gutzuheissen, der angefochtene Entscheid insoweit aufzuheben, als damit in Bestätigung des Beschlusses des Bezirksrats der Feststellungsentscheid vom 14. April 1994 aufgehoben wurde, und die Sache in diesem Punkt an den Bezirksrat zurückzuweisen, die Beschwerde im Übrigen aber abzuweisen.
Die Beschwerdeführerin obsiegt teilweise, so dass eine reduzierte Gerichtsgebühr zu erheben ist (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Die Zusprechung einer Parteientschädigung rechtfertigt sich indessen nicht (Art. 159 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen und der Entscheid der Rekurskommission für Grunderwerb des Kantons Zürich vom 24. November 1999 insoweit aufgehoben, als damit der Widerruf der Feststellungsverfügung vom 14. April 1994 bestätigt wurde. In diesem Punkt wird die Sache an den Bezirksrat Zürich zurückgewiesen.
Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abgewiesen.
2.- Der Beschwerdeführerin wird eine reduzierte Gerichtsgebühr von Fr. 7'000.-- auferlegt.
3.- Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Bezirksrat Zürich, der Volkswirtschaftsdirektion und der Rekurskommission für Grunderwerb des Kantons Zürich sowie dem Eidgenössischen Justiz- und Polizeidepartement schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 22. Mai 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: