Sachverhalt:
A.
Mit unangefochten in Rechtskraft erwachsener Verfügung vom 15. Januar 2010 ordnete die Kantonspolizei Basel-Stadt, Administrativmassnahmen, gegenüber X._ den vorsorglichen Entzug des Führerausweises an und sprach ein Fahrverbot für Motorfahrzeuge aus, für die ein Führerausweis nicht erforderlich ist. Nach Einholen eines verkehrsmedizinischen/verkehrspsychiatrischen Gutachtens der Universitären Psychiatrischen Kliniken Basel (UPK) vom 3. Mai 2010 verfügte sie am 5. Juli 2010 neben dem Fahrverbot den Sicherungsentzug auf unbestimmte Zeit rückwirkend ab 24. November 2009. Als Voraussetzung für die Aufhebung des Entzugs bzw. des Fahrverbots setzte sie eine mindestens 12 Monate dauernde, ärztlich kontrollierte und dokumentierte Drogenabstinenz sowie vor der Aufhebung des Entzugs eine verkehrsmedizinische/verkehrspsychiatrische Neubegutachtung fest. Den gegen die Verfügung vom 5. Juli 2010 erhobenen Rekurs wies das Justiz- und Sicherheitsdepartement des Kantons Basel-Stadt mit Entscheid vom 22. Mai 2012 ab, soweit es darauf eintrat.
B.
Die hiegegen erhobene Beschwerde wies das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht mit Entscheid vom 14. Februar 2013 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt X._ beantragen, in Aufhebung des angefochtenen Entscheides vom 14. Februar 2013 sei die Sache zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen und diese sei aufzufordern, ein Obergutachten in Auftrag zu geben. Ferner sei ihm die unentgeltliche Prozessführung zu gewähren.
Das Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt und Bundesamt für Strassen ASTRA schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Kantonspolizei Basel-Stadt lässt sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1.
Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Entscheid über einen Führerausweisentzug. Dagegen steht die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach Art. 82 ff. BGG offen; ein Ausnahmegrund ist nicht gegeben (Art. 83 BGG). Der Beschwerdeführer rügt die Verletzung von Bundesrecht, was zulässig ist (Art. 95 lit. a, Art. 97 Abs. 1 BGG).
2.
2.1. Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 i.V.m. Art. 105 Abs. 1-2 BGG).
2.2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich eine Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonalen verfassungsmässigen Rechten gerügt werden (Art. 95 BGG). Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten, insbesondere des Willkürverbots, gilt zudem eine qualifizierte Rügepflicht (Art. 106 Abs. 2 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 4.1 S. 235 mit Hinweisen). Auf ungenügend begründete Rügen und bloss allgemein gehaltene, appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (Art. 42 Abs. 2 Satz 1 BGG; vgl. <ref-ruling> E. 1.3 S. 262; <ref-ruling> E. 2.1 S. 120; je mit Hinweisen).
3.
Führerausweise dürfen nicht erteilt werden, wenn der Bewerber an einer die Fahreignung ausschliessenden Sucht leidet (Art. 14 Abs. 2 lit. c SVG in der bis zum 31. Dezember 2012 geltenden Fassung; vgl. auch Art. 14 Abs. 1 sowie Abs. 2 lit. c SVG in der seit dem 1. Januar 2013 geltenden Fassung). Der Führerausweis wird entzogen, wenn festgestellt wird, dass die gesetzlichen Voraussetzungen zur Erteilung nicht oder nicht mehr bestehen (Art. 16 Abs. 1 SVG). Wegen fehlender Fahreignung wird einer Person der Führerausweis auf unbestimmte Zeit entzogen, wenn sie an einer Sucht leidet, welche die Fahreignung ausschliesst (Art. 16d Abs. 1 lit. b SVG). Drogensucht wird bejaht, wenn die Abhängigkeit von Drogen derart ist, dass der Betroffene mehr als jede andere Person der Gefahr ausgesetzt ist, sich in einem Zustand ans Steuer eines Fahrzeugs zu setzen, der das sichere Führen nicht mehr gewährleistet. Allgemein darf auf fehlende Fahreignung geschlossen werden, wenn die Person nicht (mehr) in der Lage ist, Drogenkonsum und Strassenverkehr ausreichend auseinanderzuhalten, oder wenn die nahe liegende Gefahr besteht, dass sie im akuten Rauschzustand am motorisierten Strassenverkehr teilnimmt (<ref-ruling> E. 4.1 S. 86 f.; <ref-ruling> E. 3c S. 126 mit Hinweisen). Von Bedeutung sind die Konsumgewohnheiten der Person, ihre Vorgeschichte, ihr bisheriges Verhalten im Strassenverkehr und ihre Persönlichkeit (<ref-ruling> E. 4a mit Hinweisen).
4.
4.1. Der Beschwerdeführer rügt eine Rechtsverletzung bei der Sachverhaltsfeststellung. Ein verkehrsrelevanter Einfluss von Kokain am 24. November 2009 sei nicht erstellt. Aus dem Protokoll der ärztlichen Untersuchung vom 24. November 2009 und aus dem rechtsmedizinischen Gutachten vom 23. Dezember 2009 sei zu entnehmen, dass bei ihm am 24. November 2009 weder eine Alkoholeinwirkung noch eine Drogeneinwirkung merkbar gewesen sei. Sein Verhalten sei adäquat und er sei bei klarem Bewusstsein gewesen. Aus dem rechtsmedizinischen Gutachten vom 23. Dezember 2009 sei zudem zu entnehmen, dass in seinem Blut lediglich Kokain in einer Konzentration von 14.7 μg/L rechtsgenüglich nachgewiesen werden konnte. Gemäss diesem Gutachten könne ihm im Blut keine Betäubungsmittel nachgewiesen werden, da die Betäubungsmittelkonzentration unter dem Grenzwert, der in Art. 34 der Verordnung des ASTRA vom 22. Mai 2008 zur Strassenverkehrsordnung (VSKV-ASTRA SR 741.013.1) vorgegeben sei, gelegen habe. Diese Fakten liessen keinerlei Spielraum für die Feststellung im Gutachten der UPK vom 3. Mai 2012 zu, dass er zufolge Drogenkonsums am 24. November 2009 fahrunfähig gewesen sei. Die Entscheide der Vorinstanzen würden sich auf ein unvollständiges Gutachten stützen, das in tatsächlicher Hinsicht unzutreffende Ausführungen enthalte.
4.2. Das kantonale Gericht hat sich bereits mit diesen Einwendungen des Beschwerdeführers auseinandergesetzt. Es hat festgestellt, dass aus dem Bericht von Dr. med. A._, Notfallstation, die Einschätzung des Arztes entnommen werden könne, dass eine Drogeneinwirkung nicht bemerkbar sei. Immerhin würden aber ein leicht unsicherer Strichgang und eine unpräzise Finger-Finger-Probe konstatiert. Beides seien negative Anhaltspunkte bei der Feststellung einer relativen Fahrunfähigkeit aufgrund der Einnahme von Drogen. Bei der anschliessenden toxikologischen Untersuchung der am 24. November 2009 abgenommenen Proben seien im Urin Hinweise auf Kokain und im Blut ein Kokaingehalt von 21 μg/L plus/minus 6.3 μg/L sowie ein Benzoylecgoningehalt von 505 μg/L plus/minus 151 μg/L festgestellt worden. Benzoylecgonin sei ein inaktiver Metabolit von Kokain und somit ein Abbauprodukt nach seiner Einnahme. Gemäss der Beurteilung im rechtsmedizinischen Gutachten vom 23. Dezember 2009 spreche die im Blut nachgewiesene Kokain-Konzentration dafür, dass der letzte Kokain-Konsum des Rekurrenten Stunden vor der Blutentnahme stattgefunden habe, da Kokain innert kurzer Zeit verstoffwechselt werde und daher nur wenige Stunden nach einem Konsum in einer toxikologisch relevanten Konzentration im Blut nachgewiesen werden könne. Tatsächlich sei Kokain im Blut höchstens vier bis sechs Stunden nachweisbar. Die Blutentnahme habe gemäss dem Gutachten am 24. November 2009 um 18.15 Uhr stattgefunden. Zuvor sei der Beschwerdeführer gemäss dem Polizeirapport vom 24. November 2009 um ca. 16.00 Uhr auf die Polizeiwache Tannenfeld mit seinem Personenwagen vorgefahren. Daraus folge, dass die ursprüngliche Behauptung des Beschwerdeführers, letztmals zwei Tage vor seinem Erscheinen bei der Polizeiwache Kokain konsumiert zu haben, nicht der Wahrheit entsprechen könne. Im Rahmen der verkehrspsychiatrisch/verkehrspsychologischen Begutachtung habe der Beschwerdeführer denn auch eingeräumt, "dass es gut möglich sein könne, dass er kurz davor noch Kokain gesnifft habe" (Gutachten vom 3. Mai 2010 S. 5). Beim Schnupfen von Kokain trete die euphorische Wirkung nach 10 bis 20 Minuten ein und dauere 20 bis 120 Minuten. Diesem euphorischen Stadium folgten das Rauschstadium und das depressive Stadium. Aufgrund dieses Beweisergebnisses stehe fest, dass der Beschwerdeführer am 24. November 2009 "kokainintoxikiert" Auto gefahren ist. Die Vorinstanz liess offen, ob die Gutachter im rechtsmedizinischen Gutachten vom 23. Dezember 2009, auf welches im verkehrspsychiatrischen/verkehrspsychologischen Gutachten verwiesen wird, aufgrund des festgestellten Drogenkonsums vor der Fahrt und der leichten Schwankungen beim Strichgang sowie der unpräzisen Finger-Finger-Probe zu Recht von einer Fahrt in fahrunfähigem Zustand ausgegangen seien.
4.3. Mit diesen tatsächlichen Feststellungen setzt sich der Beschwerdeführer nicht in rechtsgenüglicher Weise auseinander. Das kantonale Gericht hat als Beweisergebnis festgehalten, dass der Beschwerdeführer am 24. November 2009 "kokainintoxikiert" Auto gefahren ist. Dagegen kann nicht einfach eingewendet werden, der Nachweis, dass er unter Kokaineinfluss gefahren sei, sei gestützt auf den Messwert, der nach Abzug der Toleranzmarge knapp unter dem in Art. 34 lit. c VSKV-ASTRA festgehaltenen Grenzwert liegt, nicht erbracht. Vielmehr hätte sich der Beschwerdeführer mit den tatsächlichen Feststellungen des kantonalen Gerichts und dessen Beweisergebnis auseinandersetzen müssen. Der Beschwerdeführer übersieht, dass in Bezug auf die in Art. 2 Abs. 2 der Verkehrsregelverordnung vom 13. November 1962 (VRV; SR 741.11) aufgeführten Substanzen - darunter Kokain - für das Führen von Fahrzeugen Nulltoleranz gilt (Urteil 1B_180/2012 vom 24. Mai 2012 E. 3.2). Das Führen eines Motorfahrzeugs unter dem Einfluss von Kokain ist unabhängig von der konsumierten Menge in jedem Fall verboten (Art. 2 Abs. 2 lit. c VRV). Daran ändert nichts, dass das ASTRA in Art. 34 lit. c VSKV-ASTRA einen Grenzwert für den Nachweis von Kokain im Blut festgelegt hat, ab welchem ein Messresultat als positiv gilt. Die in Art. 34 VSKV-ASTRA festgelegten Richtwerte dienen in erster Linie als Richtwert für den Straftatbestand des Fahrens in fahrunfähigem Zustand gemäss Art. 91 Abs. 2 SVG (vgl. Art. 2 Abs. 2 VRV). Für die Frage eines (vorsorglichen) Sicherungsentzugs ist dieser Wert hingegen von beschränkter Bedeutung. Als Anzeichen fehlender Fahreignung im Sinne von Art. 16d Abs. 1 lit. b SVG kann genügen, dass der Test positiv ausfiel (Urteil 1C_328/2013 vom 18. September 2013 E. 4.3.2). Die Feststellung des kantonalen Gerichts, der Beschwerdeführer sei am 24. November 2009 unter Kokaineinfluss gefahren, ist nach dem Gesagten weder aktenwidrig noch offensichtlich unrichtig.
4.4. Da das kantonale Gericht in bundesrechtskonformer Weise festgestellt hat, dass der Beschwerdeführer am 24. November 2009 unter Kokaineinfluss ein Auto gelenkt hat, lässt sich auch seine Schlussfolgerung, der Beschwerdeführer habe zumindest bei dieser Fahrt Drogenkonsum und Teilnahme am Strassenverkehr nicht trennen können, nicht beanstanden. Daran ändern die Einwendungen des Beschwerdeführers nichts. Die Vorinstanz hat im Übrigen zu Recht auf die Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin vom 23. Dezember 2009 und der UPK vom 3. Mai 2010 abgestellt und die Einholung eines Obergutachtens abgelehnt. Die beanstandete Feststellung in beiden Gutachten, der Beschwerdeführer habe am 24. November 2009 in fahrunfähigem Zustand einen Personenwagen gelenkt, ist im Lichte von Art. 2 Abs. 2 VRV angesichts der im Blut nachgewiesenen Konzentration von 14.7 μg/L und der Nulltoleranz nicht aktenwidrig. Angesichts der Schlussfolgerungen im Gutachten der UPK vom 3. Mai 2010, wonach beim Beschwerdeführer von einem verkehrsrelevanten Kokainmissbrauch (ICD-10 F 14.1) auszugehen ist und erhebliche Zweifel an der charakterlichen Eignung zum Führen von Motorfahrzeugen bestehen, steht der vorinstanzliche Entscheid in Einklang mit Art. 16d Abs. 1 lit. b SVG.
5.
Die Beschwerde ist somit abzuweisen. Der Beschwerdeführer ersucht um unentgeltliche Rechtspflege. Da die Voraussetzungen von Art. 64 Abs. 1 BGG erfüllt sind, kann seinem Gesuch entsprochen werden und ist von der Erhebung von Gerichtskosten abzusehen. Seinem Rechtsvertreter ist aus der Gerichtskasse eine Entschädigung auszurichten.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird abgewiesen.
2.
Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege wird gutgeheissen. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3.
Advokat Christian von Wartburg, wird für das bundesgerichtliche Verfahren als unentgeltlicher Rechtsbeistand eingesetzt und mit Fr. 1'500.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
4.
Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Kantonspolizei Basel-Stadt, Verkehrsabteilung / Administrativmassnahmen, dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht und dem Bundesamt für Strassen Sekretariat Administrativmassnahmen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 8. Januar 2014
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Nussbaumer