Sachverhalt:
A. Mit Verfügung des Untersuchungsrichteramts des Kantons Zug vom 14. Januar 2002 in drei gegen Y._ geführten Strafuntersuchungen wurde dieser gegen Hinterlegung einer Sicherheitsleistung von Fr. 600'000.-- aus der am 8. Oktober 2001 angeordneten Untersuchungshaft entlassen. Die Sicherheit wurde von der Ehefrau des Beschuldigten, X._, geleistet, durch Überweisung von Fr. 300'000.-- auf das Konto der Gerichtskasse Zug und mittels Übergabe von zwei Schuldbriefen über Fr. 200'000.-- bzw. Fr. 100'000.-- an das Untersuchungsrichteramt. In zwei separaten Verfahren wurde der Beschuldigte vom Obergericht des Kantons Zug rechtskräftig zu einer bedingten Freiheitsstrafe von 16 Monaten (Urteil vom 18. Dezember 2007) bzw. zu einer Freiheitsstrafe von vier Jahren und zwei Monaten (Urteil vom 16. Dezember 2008) verurteilt.
B. Am 23. März 2010 sprach das Strafgericht des Kantons Zug den Beschuldigten in einem dritten (separaten) Verfahren von der Anklage der qualifizierten Geldwäscherei frei. Gleichzeitig sprach es ihn des gewerbsmässigen Betruges schuldig und bestrafte ihn dafür mit einer Freiheitsstrafe von drei Jahren und sechs Monaten. Zudem auferlegte das Strafgericht dem Verurteilten eine Ersatzforderung des Staates in der Höhe von Fr. 500'000.-- sowie Verfahrenskosten in der Höhe von Fr. 54'302.20. Gegen dieses Strafurteil erhoben der Verurteilte Berufung und die Staatsanwaltschaft des Kantons Zug Anschlussberufung.
C. Der Verurteilte befindet sich seit dem 6. April 2010 im Strafvollzug. Mit Eingabe vom 31. März 2011 ans Obergericht des Kantons Zug beantragte die Ehefrau des Verurteilten (nachfolgend: Gesuchstellerin) die Freigabe der am 14. Januar 2002 hinterlegten Sicherheitsleistung (nebst Zinsen) im Betrag von insgesamt Fr. 600'000.--. Mit Verfügung vom 19. April 2011 trat der Vorsitzende der Strafrechtlichen Abteilung des Obergerichtes auf dieses Begehren (mangels Legitimation der Gesuchstellerin) nicht ein. Auf eine dagegen erhobene Beschwerde trat das Obergericht mit Präsidialverfügung vom 22. Juli 2011 nicht ein.
D. Mit Urteil vom 13. Januar 2012 hiess das Bundesgericht eine von der Gesuchstellerin gegen die obergerichtliche Verfügung vom 19. April 2011 erhobene Beschwerde gut. Es hob die Verfügung auf und wies die Streitsache zur materiellen Beurteilung des strafprozessualen Freigabegesuches an das Obergericht zurück (Verfahren 1B_278/2011).
E. Mit Berufungsurteil vom 22. März 2012 (betreffend die Anklage der qualifizierten Geldwäscherei und des gewerbsmässigen Betruges) wies das Obergericht des Kantons Zug, Strafrechtliche Abteilung, die Berufung des Angeklagten in den Hauptpunkten ab. Die Anschlussberufung der Staatsanwaltschaft hiess es im Hauptpunkt gut. Das Obergericht sprach den Angeklagten des gewerbsmässigen Betruges und der qualifizierten Geldwäscherei schuldig und bestrafte ihn mit einer Freiheitsstrafe von drei Jahren und sechs Monaten sowie einer bedingten Geldstrafe von Fr. 2'700.--. Zudem auferlegte das Obergericht dem Verurteilten eine Ersatzforderung des Staates in der Höhe von Fr. 300'000.-- sowie Verfahrenskosten in der Höhe von Fr. 55'558.95.
F. In seinem Berufungsurteil vom 22. März 2012 (Dispositiv Ziffern 12, 12.1 und 12.2) entschied das Obergericht, Strafrechtliche Abteilung, gleichzeitig wie folgt über das strafprozessuale Freigabegesuch vom 31. März 2011 betreffend Sicherheitsleistung:
Dispositiv Ziff. 12: "Die gestützt auf die Verfügung des Untersuchungsrichteramtes des Kantons Zug vom 14. Januar 2002 erbrachte Sicherheitsleistung wird - soweit nicht bereits rechtskräftig darüber verfügt worden ist - im Zeitpunkt des Strafantritts des Beschuldigten in vorliegendem Strafverfahren oder bei rechtskräftigem Abschluss dieses Strafverfahrens durch Einstellung oder Freispruch wie folgt herausgegeben:
12.1: Übergabe von zwei Schuldbriefen über CHF 100'000.00 und CHF 200'000.00, lastend auf den Grundstücken" der Gesuchstellerin, an diese "persönlich oder an einen von ihr bezeichneten Vertreter;
12.2: Überweisung von CHF 216'767.70 der Barkaution, zuzüglich Zins seit dem 14. Januar 2002, auf das Konto Nr. (...)" der Gesuchstellerin.
Diesen strafprozessualen Zwischenentscheid betreffend Sicherheitsleistung eröffnete das Obergericht der davon direktbetroffenen Gesuchstellerin selbständig.
G. Gegen den Entscheid des Obergerichts vom 22. März 2012 betreffend Sicherheitsleistung gelangte die Gesuchstellerin mit Beschwerde vom 15. Mai 2012 an das Bundesgericht. Sie beantragt die Aufhebung des angefochtenen Entscheides, die unverzügliche Freigabe der zwei Schuldbriefe (über Fr. 200'000.-- bzw. Fr. 100'000.--) sowie die Rückzahlung der von ihr geleisteten Barkaution von Fr. 300'000.--, zuzüglich einer angemessenen Verzinsung ab 14. Januar 2002.
Das Obergericht beantragt mit Stellungnahme vom 29. Mai 2012 die Abweisung der Beschwerde. Die Staatsanwaltschaft und der Beschuldigte haben keine Vernehmlassungen eingereicht. Die Beschwerdeführerin replizierte am 12. Juli 2012.

Erwägungen:
1. Beim Berufungsurteil des Obergerichtes vom 22. März 2012 handelt es sich zwar (für den Verurteilten) um einen Endentscheid in Strafsachen. Von der Beschwerdeführerin angefochten wird hier jedoch der - ihr als direktbetroffene Gesuchstellerin separat eröffnete - Zwangsmassnahmenentscheid betreffend Sicherheitsleistung (Dispositiv Ziffern 12, 12.1 und 12.2). Dabei handelt es sich (ihr gegenüber) um eine anfechtbare, selbständig eröffnete strafprozessuale Zwischenverfügung (vgl. Art. 93 Abs. 1 lit. a BGG i.V.m. Art. 239 Abs. 3 StPO).
Der strafprozessuale Entscheid betreffend Sicherheitsleistung wäre allerdings mit Vorteil auch formal in einer separaten Zwischenverfügung zu erlassen gewesen, anstatt als "Auszug" aus dem Berufungsurteil. Dies umso mehr, als die Beschwerdeführerin im Rubrum des Berufungsurteils gar nicht genannt wird. Daraus darf ihr hier jedenfalls kein Rechtsnachteil erwachsen.
Die Sachurteilsvoraussetzungen von Art. 78 ff. BGG sind grundsätzlich erfüllt und geben zu keinen weiteren Bemerkungen Anlass (vgl. dazu schon Urteil des Bundesgerichtes 1B_278/2011 vom 13. Januar 2012 E. 1.1-1.3). Art. 98 BGG ist bei Beschwerden gegen strafprozessuale Zwangsmassnahmen nicht anwendbar (<ref-ruling> E. 2.4 S. 346 mit Hinweisen).
2. Die das streitige Gesuch der Beschwerdeführerin vom 31. März 2011 (um Freigabe der Sicherheitsleistung) betreffenden kantonalen Entscheide, insbesondere die erstinstanzliche Verfügung vom 19. April 2011, erfolgten nach dem 1. Januar 2011, weshalb die neurechtlichen Bestimmungen der StPO anwendbar sind (Art. 454 Abs. 1 StPO; vgl. Urteil 1B_278/2011 vom 13. Januar 2012 E. 1.1).
3. Schon im bundesgerichtlichen Verfahren 1B_278/2011 hatte die Beschwerdeführerin Folgendes geltend gemacht: Am 3. Februar 2002 habe sie von einem auf sie lautenden Konto Fr. 300'000.-- an den damaligen Rechtsvertreter ihres beschuldigten Ehemanns überwiesen. Sie sei Inhaberin und wirtschaftlich Berechtigte ihres Kontos gewesen. Ihr Ehemann habe einzig eine beschränkte Vermögensverwaltungsvollmacht ausgeübt und sei nicht berechtigt gewesen, über das Konto zu verfügen. Der Rechtsvertreter habe die Fr. 300'000.-- alsdann an die Gerichtskasse weitergeleitet. Bezüglich des Schuldbriefs über Fr. 200'000.-- sei sie alleinige Schuldnerin, hinsichtlich des Schuldbriefs über Fr. 100'000.-- sei sie Miteigentümerin zur Hälfte und Solidarschuldnerin. Sie sei folglich als Kautionsstellerin zu qualifizieren. Aus Art. 239 Abs. 2 StPO ergebe sich "e contrario", dass eine von einer Drittperson geleistete Kaution nicht mit staatlichen Gegenforderungen verrechnet werden könne. Die von ihr erbrachte Sicherheitsleistung von insgesamt Fr. 600'000.-- sei ihr deshalb (zuzüglich einer angemessenen Verzinsung) herauszugeben. Unabhängig davon, von wem die Sicherheitsleistung erbracht wurde, sei diese (gestützt auf Art. 239 Abs. 1 lit. a StPO) aber auch deshalb freizugeben, weil der Haftgrund der Fluchtgefahr weggefallen sei, befinde sich doch der Beschuldigte seit dem 6. April 2010 im Strafvollzug.
4. In seinem Urteil 1B_278/2011 vom 13. Januar 2012 erwog das Bundesgericht Folgendes (E. 2.4-2.5):
"Gemäss dem im Zeitpunkt der Haftentlassung (...) massgebenden kantonalen Strafprozessrecht konnte anstelle der Untersuchungshaft als Ersatzmassnahme insbesondere eine Sicherheitsleistung angeordnet werden, welche sich nach der Schwere der dem Beschuldigten vorgeworfenen Tat und seinen persönlichen Verhältnissen bemass (vgl. § 18quater Abs. 1 Ziff. 1 und Abs. 2 aStPO/ZG). Die Leistung der Kaution durch Dritte war nicht explizit geregelt, aber auch nicht ausgeschlossen.
Die Berücksichtigung der persönlichen Verhältnisse bedeutet, dass einer beschuldigten Person, die über keine finanziellen Mittel verfügt, keine Sicherheitsleistung auferlegt werden kann. Leistet diesfalls ein Dritter die Sicherheit, sind dessen persönlichen Verhältnisse zur beschuldigten Person zu würdigen und ist die Sicherheitsleistung so hoch anzusetzen, dass sich die beschuldigte Person lieber dem Strafverfahren stellt, als dem Kautionssteller den Verlust der Kaution beizufügen. Je enger die Beziehung der beschuldigten Person zum Kautionssteller ist, desto eher ist anzunehmen, dass sie diesem den Verlust der Kaution nicht zumuten will (vgl. MATTHIAS HÄRRI, Basler Kommentar StPO, 2011, Art. 238 N. 12).
Mit Verfügung des (damaligen) Untersuchungsrichteramts vom 14. Januar 2002 wurde" der Beschuldigte "gegen Hinterlegung einer Sicherheitsleistung aus der Untersuchungshaft entlassen. Zur vermögensrechtlichen Situation erwog der zuständige Untersuchungsrichter insbesondere, dass" der Beschuldigte "und seine Ehefrau (die Beschwerdeführerin) über ein Vermögen von Fr. 1 Mio. verfügten (vgl. Verfügung vom 14. Januar 2002 E. 5; Gerichtsdossier 1 Ordner 1 1/39/1), wobei zwischen" dem Beschuldigten "und der Beschwerdeführerin seit dem 15. März 1989 Gütertrennung besteht (Gerichtsdossier 1 Ordner 1 1/39/2).
Aus den von der Beschwerdeführerin ihrem an die Vorinstanz gerichteten Gesuch vom 31. März 2011 um Freigabe der Sicherheitsleistung beigelegten Unterlagen ergibt sich, dass die geforderten Sicherheiten von ihr und nicht von ihrem Ehemann geleistet wurden: In einer undatierten Aktennotiz des Untersuchungsrichteramts wurde festgehalten, zwischen dem Untersuchungsrichteramt und dem damaligen Rechtsvertreter" des Beschuldigten "sei im Hinblick auf dessen Haftentlassung vereinbart worden, dass Fr. 300'000.-- auf das Konto der Gerichtskasse überwiesen würden, wobei mindestens ein Zahlungsauftrag ab dem Konto des Verteidigers vorliegen müsse (Gerichtsdossier 1 Ordner 1 1/39/6). In der Aktennotiz wurde zwar nicht festgestellt, von wem diese Mittel stammten, doch geht aus einer Bestätigung der" kontoführenden Bank "hervor, dass am 3. Februar 2002 ein Betrag von Fr. 300'000.-- vom Konto der Beschwerdeführerin auf das Konto des Rechtsvertreters ihres Ehemanns überwiesen wurde (Gerichtsdossier 1 Ordner 1 1/39/5). Am 11. Januar 2002 wurde alsdann die Zahlung über Fr. 300'000.-- zu Gunsten der Gerichtskasse in Auftrag gegeben (Gerichtsdossier 1 Ordner 1 1/39/7). Ferner war gemäss erwähnter Aktennotiz des Untersuchungsrichteramts vereinbart worden, dass vor der Haftentlassung" des Beschuldigten "zwei auf dem Stockwerkeigentum bzw. auf Miteigentumsanteilen der Beschwerdeführerin lastende Schuldbriefe von Fr. 200'000.-- bzw. 100'000.-- dem Untersuchungsrichteramt auszuhändigen seien. Die beiden Schuldbriefe wurden am 14. Januar 2002 dem Untersuchungsrichteramt übergeben (vgl. Gerichtsdossier 1 Ordner 1 1/39/3 und 1/39/6).
Diese Tatsachen waren der Vorinstanz somit bekannt, d.h. für sie war ersichtlich, dass die Kaution von der Beschwerdeführerin geleistet wurde. Die gegenteilige Feststellung in der angefochtenen Verfügung, der Beschuldigte sei als Kautionssteller anzusehen, ist unhaltbar."
Zusammenfassend stellte das Bundesgericht fest, dass die fraglichen Sicherheiten von Fr. 600'000.-- "von der Beschwerdeführerin geleistet wurden". Es wies die Streitsache zur materiellen Beurteilung des Gesuches um Freigabe der Sicherheitsleistung zurück an die Vorinstanz (Urteil 1B_278/2011 vom 13. Januar 2012 E. 3).
5. Im angefochtenen Entscheid vom 22. März 2012 erwägt das Obergericht unter anderem Folgendes: Zwar brauche hier die Anwesenheit des Beschuldigten (zur Sicherung des hängigen Strafverfahrens) nicht mehr sichergestellt zu werden. Ob und wann der Beschuldigte die noch nicht rechtskräftig ausgefällte Freiheitsstrafe (im hängigen letzten Verfahren) antreten werde, stehe jedoch nicht fest. Daher lasse sich heute noch nicht mit Gewissheit sagen, ob sich der Beschuldigte im Zeitpunkt des Verfahrensabschlusses im laufenden Strafvollzug befinden würde. Für den Fall, dass der Beschuldigte aus dem Strafvollzug entlassen und ihm ein weiterer Strafvollzug drohen würde, wäre von Fluchtgefahr auszugehen, welche die Aufrechterhaltung der Kaution (als Ersatzmassnahme für Sicherheitshaft) rechtfertige.
Zum Umfang der Sicherheitsleistung, welche "dereinst" an die Beschwerdeführerin herauszugeben sei, erwägt die Vorinstanz Folgendes: In zwei Strafurteilen, die am 3. Januar 2008 bzw. 20. Mai 2009 in Rechtskraft erwachsen seien, seien dem Verurteilten Verfahrenskosten sowie eine staatliche Ersatzforderung auferlegt und mit der Barkaution "verrechnet" worden. Auch im separaten Berufungsurteil vom 22. März 2012 habe das Obergericht dem Verurteilten Verfahrenskosten und eine Ersatzforderung auferlegt. Die gegenüber der Beschwerdeführerin - nach Ansicht des Obergerichtes - "rechtskräftig" erfolgte "Verrechnung" führe zum Abzug der betreffenden Beträge von der von ihr geleisteten Barkaution von Fr. 300'000.--. Der Saldo sei seit 14. Januar 2002 zu verzinsen. Gegenstand und Höhe der beiden (nach Ansicht der Vorinstanz "dereinst" an die Beschwerdeführerin herauszugebenden) Schuldscheine sind nicht streitig.
6. Die Beschwerdeführerin rügt (über das oben, in E. 3, bereits Dargelegte hinaus) insbesondere, der angefochtene Entscheid verletze Art. 239 Abs. 1 und 2 StPO.
7. 7.1 Bei Fluchtgefahr (Art. 221 Abs. 1 lit. a StPO) kann das zuständige Gericht als Ersatzmassnahme für strafprozessuale Haft die Leistung eines Geldbetrages vorsehen, der sicherstellen soll, dass die beschuldigte Person sich jederzeit zu Verfahrenshandlungen oder zum Antritt einer freiheitsentziehenden Sanktion einstellt (Art. 238 Abs. 1 StPO). Die Sicherheitsleistung ist (gemäss Art. 239 Abs. 1 StPO) freizugeben, wenn der Haftgrund weggefallen ist (lit. a), das Strafverfahren durch Einstellung oder Freispruch rechtskräftig abgeschlossen wurde (lit. b) oder die beschuldigte Person die freiheitsentziehende Sanktion angetreten hat (lit. c). Eine von der beschuldigten Person geleistete freizugebende Kaution kann zur Deckung der Geldstrafen, Bussen, Kosten und Entschädigungen verwendet werden, die der beschuldigten Person auferlegt worden sind (Art. 239 Abs. 2 StPO). Strafprozessuale Zwangsmassnahmen, insbesondere Ersatzmassnahmen für Untersuchungs- und Sicherheitshaft, dürfen im Übrigen nur angeordnet werden bzw. fortdauern, wenn die damit angestrebten Ziele nicht durch mildere Massnahmen erreicht werden können (Art. 197 Abs. 1 lit. c StPO). Zwangsmassnahmen, die in die Grundrechte nicht beschuldigter Personen eingreifen, sind besonders zurückhaltend einzusetzen (Art. 197 Abs. 2 StPO). Über die Freigabe der Sicherheitsleistung entscheidet die Behörde, bei der die Sache hängig ist oder zuletzt hängig war (Art. 239 Abs. 3 StPO).
7.2 Der Verurteilte befindet sich unbestrittenermassen seit 6. April 2010 im Strafvollzug, nämlich im ordentlichen Strafvollzug für damals bereits rechtskräftig erfolgte separate Verurteilungen. Bei dieser Sachlage ist der Verfahrenszweck der streitigen Zwangsmassnahme bereits durch Freiheitsentziehung (Strafvollzug) gesichert. Der blosse Umstand, das diese Freiheitsentziehung im Rahmen des (ordentlichen) Strafvollzuges für rechtskräftig gefällte Sanktionen erfolgt, ändert daran nichts. Die zusätzliche Aufrechterhaltung einer Sicherheitsleistung (als "Ersatzmassnahme" für eine den Verfahrenszweck bereits ausreichend sichernde Freiheitsentziehung) erscheint sachlich nicht notwendig und erweist sich als unverhältnismässig und gesetzwidrig (Art. 36 Abs. 3 i.V.m. Art. 10 Abs. 2 und Art. 26 f. BV; Art. 197 Abs. 1 lit. c und Abs. 2 i.V.m. Art. 239 Abs. 1 StPO). Dabei fällt neben der zeitlichen Länge (von mehr als 10 Jahren) und quantitativen Höhe der Zwangsmassnahme auch ins Gewicht, dass ihre Fortdauer die nicht beschuldigte Beschwerdeführerin trifft (vgl. Art. 197 Abs. 2 StPO). Ein strafprozessualer gesetzlicher Zwangsmassnahmengrund (im Sinne von Art. 239 Abs. 1 lit. a StPO) ist seit dem Strafantritt nicht mehr ersichtlich. Dies umso weniger, als selbst im letzten noch hängigen Verfahren bereits das begründete Berufungsurteil vorliegt. Fluchtgefahr (Art. 221 Abs. 1 lit. a i.V.m. Art. 239 Abs. 1 lit. a StPO) besteht angesichts des laufenden Freiheitsentzuges nicht mehr. Es kann offen bleiben, ob im vorliegenden Fall (neben Art. 239 Abs. 1 lit. a StPO) auch noch der selbständige Freigabegrund von Art. 239 Abs. 1 lit. c StPO erfüllt wäre.
7.3 Die hypothetische Frage, ob sich nach Abschluss des hängigen Strafvollzuges eventuell eine zusätzliche Massnahme (zur Sicherung eines allfälligen weiteren Strafantrittes vor Eintritt der Rechtskraft) aufdrängen könnte, stellt sich im gegenwärtigen Zeitpunkt nicht. Da sich der Beschuldigte ohnehin in staatlichem Gewahrsam befindet, wäre nötigenfalls (nämlich bei bevorstehender Entlassung aus dem Strafvollzug und konkreter Fluchtgefahr) auch die zwischenzeitliche Anordnung von Sicherheitshaft (oder evtl. von neuen angemessenen Ersatzmassnahmen) ohne Weiteres durchsetzbar (vgl. Art. 232 und Art. 440 i.V.m. Art. 237 StPO). Die strafprozessuale Sicherheitsleistung dient im Übrigen nicht der Gewährleistung einer möglichst "vollständigen" Strafvollzugsdauer, sondern der Sicherung des Strafverfahrens bis und mit Strafantritt (vgl. Art. 239 Abs. 1 lit. c StPO; <ref-ruling> E. 4.1 S. 68 mit Hinweisen). Ein verfahrenssichernder Strafantritt ist im vorliegenden Fall erfolgt. Auch unter diesem Gesichtspunkt erweist sich die Aufrechterhaltung der nun schon knapp elf Jahre andauernden empfindlichen Zwangsmassnahme zum Nachteil der (nicht beschuldigten) Beschwerdeführerin als bundesrechtswidrig.
7.4 Nach dem Gesagten ist die Sicherheitsleistung unverzüglich freizugeben.
7.5 Streitig ist schliesslich die Höhe der Kautionsfreigabe bzw. Rückleistung an die Beschwerdeführerin.
7.5.1 Wie das Bundesgericht bereits mit Urteil 1B_278/2011 vom 13. Januar 2012 festgestellt hat, übergab die Beschwerdeführerin der kantonalen Untersuchungsbehörde zwei Schuldbriefe über Fr. 200'000.-- bzw. Fr. 100'000.-- zu Kautionszwecken. Dass ihr diese wieder auszuhändigen sind, ist nicht streitig. Zusätzlich ist ihr aber auch die (per Banküberweisung auf das Konto der Gerichtskasse Zug) geleistete Barkaution von Fr. 300'000.-- (nebst angemessenem Zins seit dem 14. Januar 2002) umgehend rückzuerstatten:
7.5.2 Zwar möchte die Vorinstanz noch Verfahrenskosten und eine Ersatzforderung (gegenüber dem Verurteilten) verrechnungsweise in Abzug bringen und der Beschwerdeführerin (von der geleisteten Barkaution) nur einen reduzierten Betrag von Fr. 216'767.70 rücküberweisen. Für einen solchen Abzug besteht jedoch keine gesetzliche Grundlage. Die StPO sieht nur für Kautionen, die von der beschuldigten Person geleistet wurden, vor, dass sie zur Deckung von Geldstrafen, Bussen, Kosten und Entschädigungen, die der beschuldigten Person auferlegt worden sind, verwendet werden können (Art. 239 Abs. 2 StPO). Allfällige verrechenbare Forderungen (im Sinne von Art. 120 ff. OR) gegenüber der Beschwerdeführerin, etwa Einziehungsansprüche oder staatliche Ersatzforderungen (Art. 69-71 StGB), macht die Vorinstanz nicht geltend. Staatliche Forderungen gegenüber Dritten, etwa dem strafrechtlich Verurteilten, können mit dem der Beschwerdeführerin persönlich zustehenden gesetzlichen Freigabe- bzw. Rückvergütungsanspruch nicht "verrechnet" werden (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 68-70; Art. 239 Abs. 2 StPO). Dies gilt namentlich für Verfahrenskostenauflagen oder staatliche Ersatzforderungen gegenüber der verurteilten Person.
7.5.3 Das Vorbringen des Obergerichtes, in seinen (am 3. Januar 2008 bzw. 20. Mai 2009 rechtskräftig gewordenen) Urteilen vom 18. Dezember 2007 und 16. Dezember 2008 sei es noch fälschlich davon ausgegangen, Anspruchsberechtigter der geleisteten Barkaution sei der Verurteilte, lässt den hier zu beurteilenden Rückvergütungsanspruch der Beschwerdeführerin nicht dahinfallen (vgl. Urteil des Bundesgerichtes 1B_278/2011 vom 13. Januar 2012 E. 2.4-3). Das Obergericht bestreitet nicht, dass die Beschwerdeführerin an den fraglichen Strafverfahren gar nicht als Partei beteiligt gewesen war, weshalb ihr die Urteile auch nicht eröffnet wurden. Gesetzliche Forderungsansprüche der Beschwerdeführerin gegenüber der Staatskasse bildeten nicht Gegenstand der fraglichen Urteile; insofern können sie der Beschwerdeführerin gegenüber auch keine materielle Rechtskraft entfaltet haben. Im Übrigen räumt die Vorinstanz ein, dass es für die kantonalen Behörden von Anfang an, nämlich schon bei der Kautionsleistung (gemäss Verfügung vom 14. Januar 2002), "ersichtlich war, dass die Ehefrau des Beschuldigten die Kaution geleistet hatte" (angefochtener Entscheid, S. 4 E. 5.4.8).
7.5.4 Auf den strafprozessualen Rückvergütungsanspruch der Beschwerdeführerin ist im Übrigen neues Recht anwendbar (insbesondere Art. 239 Abs. 2 StPO), zumal ihr entsprechendes Gesuch vom 31. März 2011 datiert (vgl. oben, E. 2). Selbst bei altrechtlicher Beurteilung wäre darüber hinaus kein Verrechnungstitel gegenüber der Beschwerdeführerin ersichtlich (vgl. <ref-ruling> E. 4.4 S. 70; Art. 120 Abs. 1 OR), und der ursprüngliche Rechtsgrund für ihre Sicherheitsleistung wäre unterdessen weggefallen (vgl. Art. 62 Abs. 2 OR). Auch den altrechtlichen Bestimmungen des zugerischen Strafprozessrechts liesse sich (in verfassungskonformer Auslegung) nichts Abweichendes entnehmen.
8. Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen. Der angefochtene Entscheid ist aufzuheben und die Streitsache an die Vorinstanz zurückzuweisen zur unverzüglichen Freigabe der Sicherheitsleistung im Sinne der Erwägungen.
Gerichtskosten sind nicht zu erheben (Art. 66 Abs. 4 BGG). Der anwaltlich vertretenen Beschwerdeführerin ist eine angemessene Parteientschädigung zuzusprechen (Art. 68 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der angefochtene Entscheid vom 22. März 2012 (Dispositiv Ziffern 12, 12.1 und 12.2) des Obergerichts des Kantons Zug, Strafrechtliche Abteilung, wird aufgehoben, und die Sache wird an die Vorinstanz zurückgewiesen zur unverzüglichen Freigabe der Sicherheitsleistung im Sinne der Erwägungen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Der Kanton Zug hat der Beschwerdeführerin eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- (pauschal inkl. MWST) zu entrichten.
4. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten und dem Obergericht des Kantons Zug, Strafrechtliche Abteilung, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. November 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Forster