Faits :
A.
Le 11 septembre 1997, la Municipalité de Lonay a autorisé, avec dispense d'enquête publique, l'implantation d'une installation de téléphonie mobile sur la toiture du bâtiment construit sur la parcelle n° 770 au lieu-dit "Dessous le Motty", à la route de Denges 2. Par la suite, la société Swisscom (Suisse) SA (ci-après: Swisscom) a demandé l'autorisation de modifier l'installation existante en déposant auprès du Service de l'environnement et de l'énergie du canton de Vaud (SEVEN) une fiche de données spécifique au site; le projet consistait à ajouter l'UMTS sur la station existante. Selon cette fiche du 29 mai 2007, l'intensité des champs électriques respectait les valeurs limites de l'installation pour les lieux à utilisation sensible (LUS) les plus chargés à savoir: LUS 2: 4.35 V/m; LUS 4: 4.95 V/m; LUS 5: 4.82 V/m; LUS 6: 4.16 V/m; LUS 7: 4.91 V/m. Le SEVEN a donné un préavis favorable en constatant que le projet respectait la valeur limite de l'installation (5 V/m) ainsi que la valeur limite d'immission; le préavis précisait que des mesures devaient être effectuées après la mise en exploitation des installations dans la configuration définie (cf. synthèse de la Centrale des autorisations [CAMAC] n° 83117).
Après la mise en exploitation de l'antenne, Swisscom a, conformément au préavis du SEVEN, fait procéder le 17 mai 2010 à des mesures de réception par l'entreprise A._ SA qui ont révélé que les valeurs limites de l'installation n'étaient pas respectées dans deux lieux à utilisation sensible, soit les LUS 2 et 5. Le 23 juin 2010, Swisscom a informé le SEVEN de cette situation. Pour respecter la valeur limite définie par le droit fédéral, la société exploitante a proposé de réduire la puissance maximale des cellules 1G et 2G ainsi que la plage de tilt de la cellule 1G; les valeurs du champ électrique devaient ainsi être réduites de 5.39 V/m à 4.95 V/m pour le LUS 2 et de 6.11 V/m à 4.95 V/m pour le LUS 5. Swisscom transmettait au SEVEN le rapport des mesures effectuées sur la station de base en mai 2010, ainsi qu'une nouvelle fiche de données spécifique au site du 10 juin 2010 prenant en considération les éléments modifiés.
Le 30 juin 2010, le SEVEN a pris note des modifications apportées à l'installation qui faisaient ainsi partie des nouvelles caractéristiques maximales autorisées de l'antenne; il a accepté la nouvelle fiche de données spécifique au site datée du 10 juin 2010, l'installation étant dorénavant conforme aux exigences requises pour les LUS n° 2 et 5.
A la demande du SEVEN, l'entreprise B._ SA a contrôlé l'installation litigieuse le 13 décembre 2011. Lors de ce contrôle, l'entreprise a mesuré pour le LUS n° 5 un rayonnement non ionisant de 5.42 résultant des réglages actuels de la station, respectivement de 6.74 V/m pour une exploitation en régime autorisé. Sur la base de ce rapport, le SEVEN a, par décision du 6 janvier 2012, enjoint à Swisscom de prendre les mesures immédiates de correction afin de respecter la valeur limite de l'installation pour l'ensemble du voisinage de cette station de base.
Swisscom a recouru contre cette décision auprès de la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Tribunal cantonal). Celle-ci a tenu une audience à Lonay le 10 mai 2012, en présence de Swisscom, du SEVEN et de la Municipalité de Lonay. L'Office fédéral de l'environnement (OFEV) s'est déterminé dans le cadre de l'instruction devant l'instance précédente.
B.
Par arrêt du 1 er juillet 2013, le Tribunal cantonal a rejeté le recours et confirmé la décision du SEVEN au motif que la mesure effectuée en décembre 2011 - qui devait être qualifiée de mesure de réception et non pas de contrôle - relevait une différence importante par rapport à la valeur limite et au pronostic résultant de la nouvelle fiche de données spécifique au site élaborée après la première mesure de réception et ratifiée pas le SEVEN; l'instance précédente a en particulier retenu que, dans le domaine des limitations préventives des émissions, il fallait, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, se fonder sur la valeur mesurée, sans ajouter ou déduire l'incertitude de mesure (cf. arrêt 1C_132/2007 du 30 janvier 2008 consid. 4.4-4.6).
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, Swisscom demande au Tribunal fédéral de réformer l'arrêt du Tribunal cantonal en ce sens que la décision du 6 janvier 2012 du SEVEN est annulée.
La Division "Air climat et risques technologiques" de la Direction générale de l'environnement (DGE-ARC anciennement le SEVEN; observations des 24 septembre 2013 et 4 février 2014), l'Office fédéral de la communication (OFCOM; observations des 17 octobre 2013 et 4 février 2014), l'OFEV (observations des 19 décembre 2013 et 13 mars 2014) se sont déterminés. La Municipalité s'en remet à justice, s'agissant d'un débat très technique. Swisscom a répliqué le 18 février 2014.

Considérant en droit :
1.
La voie du recours en matière de droit public au sens de l'<ref-law> est ouverte contre une décision prise en dernière instance cantonale dans une contestation portant sur les conditions d'exploitation d'une installation de téléphonie mobile. En tant qu'exploitante de l'installation de communication mobile, Swisscom a qualité pour agir en vertu de l'<ref-law>. Les autres conditions de recevabilité du recours sont réunies, de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
2.
Saisi d'un recours en matière de droit public, le Tribunal fédéral examine librement la violation du droit fédéral, qui comprend les droits de nature constitutionnelle (cf. art. 95 let. a et 106 al. 1 LTF), sous réserve des exigences de motivation figurant aux art. 42 et 106 al. 2 LTF. Il y procède en se fondant sur les faits constatés par l'autorité précédente (cf. <ref-law>), sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>). Si le recourant entend s'écarter de ces constatations de fait, il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions de l'<ref-law> seraient réalisées et la correction du vice susceptible d'influer sur le sort de la cause (cf. <ref-law>; <ref-ruling> consid. 5.2.2 p. 322 s.). A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui qui est contenu dans l'arrêt attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques appellatoires concernant l'établissement des faits ou l'appréciation des preuves opérés par l'autorité précédente (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 356; <ref-ruling> consid. 3 p. 104 s. et les arrêts cités).
3.
La recourante invoque une violation du droit fédéral. A ses yeux, l'autorité aurait appliqué de façon erronée les principes de limitations préventives des rayonnements non ionisant tels qu'ils résultent des art. 11 et 12 de la loi sur la protection de l'environnement du 7 octobre 1983 (LPE, RS 814.01) et ses dispositions d'application, à savoir les art. 4 et 5 de l'ordonnance sur la protection contre le rayonnement non ionisant du 23 décembre 1999 (ORNI, RS 814.710), de même que les recommandations sur les mesures des stations de base pour téléphonie mobile édictées par l'OFEV et l'Office fédéral de métrologie et d'accréditation.
3.1.1. L'<ref-law> consacre le principe de la prévention en prescrivant de limiter les émissions dans la mesure que permettent l'état de la technique et les conditions d'exploitation et pour autant que cela soit économiquement supportable. Dans le domaine du rayonnement non ionisant, la limitation dite préventive - qui doit être ordonnée en premier lieu, indépendamment des nuisances existantes - est reprise à l'<ref-law>. Cette limitation fait l'objet d'une réglementation détaillée à l'annexe 1 de l'ORNI (par renvoi de l'<ref-law>), laquelle fixe notamment, pour les stations émettrices pour téléphonie mobile et raccordements téléphoniques sans fils (ch. 6 annexe 1 ORNI), des valeurs limites de l'installation (ch. 64 annexe 1 ORNI). Dans le cas d'espèce, la valeur limite de l'installation à respecter dans les lieux à utilisation sensible du voisinage (principalement les locaux dans lesquels des personnes séjournent régulièrement durant une période prolongée - <ref-law>) est de 5.0 V/m, compte tenu des gammes de fréquence utilisées (ch. 64 let. c annexe 1 ORNI).
3.1.2. Selon l'<ref-law>, l'autorité veille au respect des limitations des émissions (al. 1). Pour vérifier si la valeur limite de l'installation, au sens de l'annexe 1, n'est pas dépassée, elle procède ou fait procéder à des mesures ou à des calculs, ou elle se base sur des données provenant de tiers; l'OFEV recommande des méthodes de mesure et de calcul appropriées (al. 2). Conformément à cette délégation de compétence, l'OFEV a édicté, en 2002, deux recommandations d'exécution de l'ORNI, complétées, en 2003, par un projet de recommandation. La première (Recommandation d'exécution de l'ORNI - Stations de base pour téléphonie mobile et raccordements sans fil [WLL]; ci-après: recommandation d'exécution) concerne la problématique des installations émettrices avant leur mise en service. La seconde (Recommandation sur les mesures - Stations de base pour téléphonie mobile [GSM]; ci-après: recommandation GSM) ainsi que le projet (Recommandation sur les mesures - Stations de base pour téléphonie mobile [UMTS - FDD]; ci-après: recommandation UMTS) concernent le rayonnement émis par les stations de base après leur mise en service; ces deux dernières recommandations ont été élaborées en étroite collaboration avec l'institut national de métrologie (METAS).
La recommandation d'exécution contient des indications sur la manière d'évaluer, lors de la procédure d'autorisation, les installations émettrices avant leur mise en service. Elle précise les méthodes de calcul du RNI au stade de la planification: il s'agit soit d'un calcul de prévision, qui ne repose pas sur des mesures (ch. 2.3.1), soit d'une extrapolation d'une mesure de réception de RNI (ch. 2.3.2); dans les deux cas, on est en présence du résultat d'une opération de calcul. Les recommandations GSM et UMTS contiennent, quant à elles, des instructions sur la manière de mesurer et d'évaluer le rayonnement émis par les stations de base de téléphonie mobile des réseaux GSM et UMTS, après leur mise en service. A la différence de la recommandation d'exécution, les recommandations GSM et UMTS ne concernent pas un calcul, mais une mesure. Ces dernières recommandations distinguent encore les mesures de réception des mesures de contrôle. Les mesures de réception ont pour objectif de vérifier officiellement si la valeur limite de l'installation est respectée lorsque l'installation fonctionne dans le mode d'exploitation provoquant la plus grande charge potentielle, à savoir dans les conditions les moins favorables admises par l'autorisation; les recommandations parlent à ce propos de mode "déterminant" ou "critique". Les mesures de contrôle visent à constater la charge de RNI dans les conditions réelles d'exploitation de l'installation, à savoir au mode d'exploitation effectif (ch. 1 et 4.1 des recommandations GSM et UMTS).
3.2. Il ressort de l'arrêt entrepris que, lors de la mesure de réception réalisée par l'entreprise A._ SA en mai 2010, la valeur d'appréciation pour le LUS 5 a été mesurée à 6.11 V/m; une réduction de puissance de deux des antennes UMTS (cellules 1G et 2G) et du tilt de la cellule 1G a été proposée par la recourante afin de tendre vers une valeur d'appréciation de 4.95 V/m pour le LUS 5. Lors du contrôle de l'installation de téléphonie litigieuse effectué le 13 décembre 2011 à la demande du SEVEN, l'entreprise B._ ENV SA a mesuré pour le LUS 5 un rayonnement non ionisant de 5.42 V/m pour une exploitation au régime actuel et de 6.74 V/m pour une exploitation au régime autorisé, tous les services pris globalement.
En l'occurrence, le Tribunal cantonal a retenu que la mesure effectuée en décembre 2011 - qui devait être qualifiée de mesure de réception et non pas de contrôle - relevait une différence importante par rapport à la valeur limite d'installation et au pronostic résultant de la nouvelle fiche de données spécifique au site; selon l'instance précédente, le rayonnement mesuré dépassait de plus de 34 % la valeur limite. Fort de ce constat, elle a estimé, avec le SEVEN, qu'il convenait de corriger la puissance de l'installation de manière à permettre le respect de la valeur limite de l'installation pour l'ensemble du voisinage de la station de base.
3.3. La recourante remet en cause la légitimité de la mesure effectuée. Son argumentation consiste à affirmer qu'il conviendrait d'interpréter les recommandations de l'OFEV en ce sens qu'une mesure de réception ne s'imposerait qu'en cas de modification des conditions d'exploitation de l'installation en dehors des paramètres autorisés au sens du ch. 62 al. 5 de l'annexe 1 de l'ORNI ou en cas de changement dans l'environnement de l'installation, par exemple en cas de création d'un nouveau LUS avec un pronostic de rayonnement supérieur à 80 % de la valeur limite de l'installation; or tel ne serait pas le cas en l'espèce selon la recourante. A son avis, multiplier les mesures de réception serait de nature à remettre constamment en question les bases de gestion du réseau en lui faisant perdre toute pérennité; la mesure de réception prise lors de la mise en service d'une installation devrait constituer une référence valable et constante.
Selon les recommandations GSM et UMTS, une mesure de réception est en général ordonnée si, selon le calcul de prévision, le rayonnement subi en un LUS donné atteint 80% de la valeur limite de l'installation (cf. ch. 1). Les recommandations ne prescrivent pas systématiquement la réalisation d'une mesure de réception, après la mise en service d'une nouvelle installation ou d'une installation modifiée au sens de l'annexe 1 (cf. <ref-law>). On ne saurait toutefois en déduire, comme le fait la recourante, que la réalisation de toute nouvelle mesure de réception est exclue en dehors de ces cas de figure. En effet, pour que l'autorité puisse satisfaire à son devoir de surveillance déduit de l'<ref-law>, celle-ci doit pouvoir vérifier le respect de la valeur limite d'installation même lorsque les conditions d'exploitation de la station n'ont pas changé. Le respect de ces valeurs limites d'émission préventives doit permettre de maintenir le risque des effets nuisibles au plus bas niveau possible (cf. <ref-ruling> consid. 3b). En l'occurrence, la réalisation d'une seconde mesure de réception était d'autant moins critiquable que la première mesure avait mis en évidence un dépassement de la valeur limite d'installation pour les LUS 2 et 5 et que, à la suite de la correction apportée au mode d'exploitation de l'installation, la valeur d'appréciation restait très proche de la valeur limite. Dans ces circonstances, le SEVEN - qui jouit dans ce domaine d'un légitime pouvoir d'appréciation - était fondé à ordonner une seconde mesure de réception afin de contrôler le respect de ces valeurs limites pour l'émission de rayons non ionisants dont les effets - hormis les effets thermiques - sur la santé sont encore peu connus.
3.4. La recourante affirme ensuite que la mesure effectuée en décembre 2011 ne remplirait pas les conditions requises par la recommandation pour une mesure de réception; elle constituerait une mesure de contrôle. La recourante ne démontre toutefois pas le caractère arbitraire de l'appréciation de la cour cantonale qui a estimé que la mesure effectuée en décembre 2011 remplissait les critères des recommandations pour une mesure de réception (cf. ch 4 des recommandations GSM et UMTS). L'intéressée se contente en effet de relever que, à teneur du rapport, la mesure litigieuse a été prise "avec les réglages des élévations, azimut et puissance actuels"; elle en déduit que les antennes de l'installation n'étaient pas dirigées dans la direction la moins favorable comme l'exigeraient les recommandations (cf. ch. 4.1 des recommandations GSM et UMTS). Elle ne propose en l'occurrence aucune démonstration de ce qu'elle affirme, notamment en mettant en évidence les chiffres exposés dans le rapport de mesure. Sa critique, essentiellement appellatoire, est donc irrecevable.
Au demeurant, l'affirmation de la recourante est contredite par le rapport de mesure qui indique, dans sa partie consacrée aux paramètres d'exploitation de la station de base, que "pendant la mesure de réception, les antennes déterminantes ont été ajustées avec les tilts critiques"; l'axe d'émission pendant la mesure correspond en outre à l'axe d'émission critique selon la fiche de données spécifique au site. Dans ces circonstances, il n'y a pas lieu de s'écarter de l'appréciation de l'instance précédente selon laquelle la mesure satisfait aux conditions d'une mesure de réception. Au demeurant, comme le relève le SEVEN, il est manifeste qu'en cas de dépassement des normes dans un mode d'exploitation effectif, ce dépassement sera amplifié si les antennes sont orientées dans la direction de propagation critique.
La recourante soutient encore qu'il conviendrait, quelle que soit la nature de la mesure, de tenir compte d'une marge d'incertitude; ainsi, la mesure B._ ne différerait pas significativement de la mesure de réception faite le 17 mai 2010 par A._, laquelle a servi de base à la fiche de données spécifique au site. Sa critique tombe à faux. En effet, conformément à la jurisprudence du Tribunal fédéral, il convient, lors de l'examen du respect de la limitation préventive des émissions, de se fonder sur la valeur mesurée, sans ajouter ou déduire l'incertitude de mesure (cf. arrêt 1C_132/2007 du 30 janvier 2008 consid. 4.4-4.6 in RDAF 2009 I 536).
4.
La recourante fait enfin grief à la cour cantonale de ne pas avoir attendu pour appliquer la méthode statistique - qui serait apte à déterminer la limite entre la variation aléatoire et une modification réelle du rayonnement non ionisant - que l'OFEV a annoncée dans ses déterminations du 6 juillet 2012.
4.1. Comme relevé précédemment (cf. consid. 3.2 supra), les juges cantonaux ont estimé que le résultat de la deuxième mesure de réception s'écartait de manière importante de la valeur limite d'installation et du calcul de prévision résultant de la nouvelle fiche de données spécifique au site élaborée après la première mesure de réception et ratifiée par le SEVEN; ils rappelaient en outre qu'il convenait, selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, de se fonder sur la valeur mesurée sans ajouter ou déduire la proportion liée à l'incertitude de la mesure (cf. supra consid. 3.4). Dans ces circonstances, il était justifié de corriger la puissance de l'installation de manière à permettre le respect de la valeur limite de l'installation (cf. arrêt entrepris consid. 3d).
4.2. Compte tenu de l'incertitude entachant toute mesure du rayonnement non ionisant, il faut s'attendre à ce que des mesures répétées pour un même lieu par diverses personnes et au moyen d'un équipement différent conduisent à des résultats divergents (cf. ch. 4.8.1 des recommandations GSM et UMTS). De petites différences entre les résultats de différentes mesures ne peuvent donc représenter que des fluctuations statistiques dues à l'incertitude de mesure sans que les émissions aient en fait changé. En revanche, plus cet écart devient important, plus il est probable qu'une différence effective des immissions en soit la cause. Sur le vu de ces constatations, l'OFEV, l'OFCOM et la recourante s'accordent pour dire que la valeur d'appréciation d'une seconde mesure n'est pas déterminante du seul fait qu'elle est plus élevée que celle résultant de la première mesure. Si la valeur d'appréciation d'une deuxième mesure est plus élevée, mais ne dépasse pas un certain seuil - défini par rapport à une première mesure -, l'autorisation fondée sur la première mesure ne doit pas être remise en question pour des motifs de sécurité juridique pour le détenteur de l'installation. Il convient donc de déterminer à partir de quel écart entre la première mesure effectuée lors de l'installation et celle subséquente, il faut modifier les bases de l'autorisation délivrée à l'opérateur, les immissions étant alors considérées d'un point de vue juridique comme effectivement plus élevées.
4.3. En l'occurrence, la cour cantonale a arrêté son examen au simple constat que la seconde mesure dépassait de manière importante la valeur limite d'installation; elle en a déduit que cela justifiait - en soi - de corriger la puissance de l'installation (consid. 3d). Ce faisant les juges cantonaux ont ignoré l'incertitude statistique inhérente à la prise de plusieurs mesures. Or, dans ses différentes recommandations qui ont été rappelées ci-dessus, l'OFEV décrit ce phénomène statistique. Par ailleurs, tant cet office que l'OFCOM et la recourante admettent que, jusqu'à un certain seuil ("seuil de déclenchement"), une seconde mesure plus élevée ne doit pas conduire nécessairement à une modification des bases de l'autorisation délivrée à l'opérateur (cf. consid. 4.2 supra). En s'écartant sans autre explication des recommandations de l'Office spécialisé en la matière (<ref-law>), la cour cantonale a appliqué de manière schématique l'<ref-law> ainsi que les dispositions y relatives de l'ORNI. Ce faisant, elle a violé le droit fédéral et la décision attaquée doit être annulée sur ce point.
Devant le Tribunal fédéral, les parties exposent, pour la première fois dans la procédure, les méthodes statistiques qu'elles estiment aptes à déterminer la limite entre la variation aléatoire et une modification réelle du rayonnement. L'application de la méthode préconisée par l'OFEV - qu'elle n'a à ce jour pas entérinée dans des recommandations - conduit à admettre en l'espèce un seuil de déclenchement de 6.58 V/m, soit d'un niveau inférieur à la seconde mesure (6.74 V/m) : une limitation du mode d'exploitation devrait ainsi être ordonnée. L'OFCOM et la recourante, pour leur part, préconisent une méthode statistique conduisant à un seuil de déclenchement de 6.93 V/m, à savoir supérieur à la seconde mesure (6.74 V/m) : le mode d'exploitation de l'installation n'aurait dès lors pas à être modifié. Le choix d'une des méthodes plutôt que l'autre apparaît ainsi déterminant pour l'issue du présent litige. Savoir laquelle de ces méthodes prend au mieux en compte les buts prévus à l'<ref-law> nécessite un examen approfondi. Il n'appartient pas au Tribunal fédéral de procéder, en première instance, à une telle opération. Par ailleurs, en rejetant le recours, sans aborder la question - pourtant déterminante - de la méthode statistique applicable à la seconde mesure, la cour cantonale a contrevenu à son obligation de motiver ses décisions et, par ce biais, a violé l'<ref-law>, ce que le Tribunal fédéral peut examiner d'office (cf. <ref-law> et arrêt 1C_175/2012 du 19 juin 2012 consid. 2.3). Il convient dès lors de renvoyer l'affaire à la cour cantonale. Celle-ci, s'entourant au besoin des avis d'experts en matière de statistique ou de la détermination du METAS, appliquera au cas particulier, en fonction de tous les éléments déterminants, l'une des deux méthodes préconisées par les Offices fédéraux concernés.
5.
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission partielle du recours, dans la mesure où il est recevable. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à l'instance précédente pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Il appartiendra notamment à l'instance précédente de se prononcer à nouveau sur les frais cantonaux.
Il se justifie de mettre une partie des frais judiciaires, soit 3'000 fr., à la charge de la recourante qui succombe pour l'essentiel (art. 65 et 66 al. 1 LTF). Pour le même motif, une indemnité réduite sera allouée à la recourante à titre de dépens à la charge de l'Etat de Vaud (art. 68LTF). Les autres parties sont dispensées des frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :
1.
Le recours est partiellement admis, dans la mesure où il est recevable. L'arrêt attaqué est annulé et la cause renvoyée à la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal du canton de Vaud pour nouvelle décision.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 3'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Une indemnité de 1'000 fr. est allouée à la recourante à titre de dépens, à la charge de l'Etat de Vaud.
4.
Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à la Direction générale de l'environnement (DGE) du canton de Vaud, à la Municipalité de Lonay, à l'Office fédéral de la communication, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.
Lausanne, le 12 août 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Juge présidant : La Greffière :
Merkli Arn