Sachverhalt:
A. X._ befindet sich seit dem 28. Januar 2008 in Untersuchungshaft. Es wird ihm vorgeworfen, am 26. Januar 2008 in Zürich eine Person mit Messerstichen verletzt zu haben. X._ ist geständig, den Geschädigten verletzt zu haben, macht aber geltend, in Notwehr gehandelt zu haben.
B. Die Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich ersuchte am 22. April 2008 um Fortsetzung der Untersuchungshaft. Der Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich verlängerte mit Verfügung vom 26. April 2008 die Untersuchungshaft. Auf eine dagegen gerichtete Beschwerde X._s trat das Bundesgericht am 23. Mai 2008 mangels genügender Begründung nicht ein (1B_125/2008).
C. Am 2. Dezember 2008 stellte der amtliche Verteidiger X._s ein Haftentlassungsgesuch. Dieses wurde vom Haftrichter des Bezirksgerichts Zürich am 8. Dezember 2008 abgewiesen. Der Haftrichter bejahte den dringenden Tatverdacht der Körperverletzung bzw. der versuchten schweren Körperverletzung wie auch das Vorliegen der besonderen Haftgründe der Kollusions-, Flucht- und Wiederholungsgefahr.
D. Gegen diese Verfügung hat X._ - ohne Beizug seines amtlichen Verteidigers im kantonalen Verfahren - mit Eingabe vom 15. Dezember 2008 Beschwerde in Strafsachen erhoben. Er beantragt, das Strafverfahren gegen ihn sei mangels Beweisen einzustellen und er sei aus der Untersuchungshaft zu entlassen.
Die Staatsanwaltschaft und der Haftrichter haben auf eine Vernehmlassung verzichtet.
E. Mit Schreiben vom 23. Dezember 2008 ersuchte X._ um die Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege.

Erwägungen:
1. Nach <ref-law> ist in der Begründung einer Beschwerde in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt. Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten gilt der in <ref-law> verankerte Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen nicht; insofern besteht eine qualifizierte Rügepflicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254). Es ist fraglich, ob die Beschwerdeschrift diese Anforderungen erfüllt. Die Frage kann jedoch offen bleiben, wenn sich die Beschwerde jedenfalls als unbegründet erweist.
2. Zunächst macht der Beschwerdeführer geltend, er kenne das Haftentlassungsgesuch vom 2. Dezember 2008 nicht. Aus den Haftakten ergibt sich, dass dieses Gesuch von seinem amtlichen Verteidiger eingereicht worden ist. Ob er das Gesuch mit dem Beschwerdeführer abgesprochen hatte oder nicht, lässt sich den Akten nicht entnehmen. Die Frage braucht auch nicht geklärt zu werden, hat sich doch der Beschwerdeführer mit seiner Beschwerde gegen die Abweisung des Haftentlassungsgesuchs dieses zu eigen gemacht.
3. Gemäss § 58 Abs. 1 der Zürcher Strafprozessordnung (StPO/ZH) ist die Anordnung oder Aufrechterhaltung der Untersuchungshaft zulässig, wenn der Angeschuldigte eines Verbrechens oder Vergehens dringend verdächtigt wird und überdies Flucht-, Kollusions-, Wiederholungs- oder Ausführungsgefahr besteht.
Im vorliegenden Fall rügt der Beschwerdeführer ausschliesslich die Haftvoraussetzung des dringenden Tatverdachts. Er macht geltend, er habe in Notwehr gehandelt; zudem rügt er falsche Sachverhaltsangaben der Staatsanwaltschaft
3.1 Der Beschwerdeführer wirft der Staatsanwaltschaft vor, in ihrem Antrag auf Abweisung des Haftentlassungsgesuchs vom 3. Dezember 2008 fälschlicherweise behauptet zu haben, der Geschädigte habe einen 10 cm tiefen Stich in die Schulter erhalten; gemäss ärztlichem Befund sei der Stich nur 1 cm tief gewesen.
Dieser Einwand ist richtig: Gemäss Bericht des Stadtspitals Triemli Zürich wie auch gemäss Gutachten des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich betrug die Stichtiefe in der rechten Schulter nur ca. 1 cm.
Allerdings hat der Haftrichter diese Sachverhaltsdarstellung weder übernommen noch darauf verwiesen; vielmehr hielt er in seiner Verfügung vom 8. Dezember 2008 lediglich fest, dass die Haftvoraussetzung des dringenden Tatverdachts (abgesehen von der Frage der Notwehr) nicht bestritten werde.
Im Übrigen ändert die wesentlich geringere Stichtiefe in der Schulter auch nichts am Vorwurf der Körperverletzung, zumal die beiden anderen, potentiell gefährlicheren Stichwunden in der Flanke (Tiefe 8 cm) und in die Kniekehle von der Staatsanwaltschaft richtig dargestellt worden sind. Ist die Sachverhaltsrüge somit für den Ausgang des Verfahrens nicht erheblich, kann sie nicht zur Aufhebung des angefochtenen Entscheids führen (<ref-law>).
3.2 Im Wesentlichen macht der Beschwerdeführer geltend, er habe in Notwehr gehandelt, nachdem er vom Geschädigten und einer weiteren, ihm unbekannten Person bedroht und ins Gesicht geschlagen worden sei. Ursache hierfür sei seine Äusserung gewesen, er habe nichts gegen Kurden, wohl aber gegen Terroristen. Beide Angreifer seien grösser und jünger gewesen als er. Als der Geschädigte versucht habe, ihm mit dem Fuss ins Gesicht zu treten, habe er sich mit dem Taschenmesser verteidigt; er habe Angst um seine Zähne gehabt, da ihm schon einmal, im Jahre 1997 oder 1998, vier Zähne zerschlagen worden seien. Er habe den Geschädigten mit dem Taschenmesser in die Kniekehle gestochen; dennoch habe dieser nicht von ihm abgelassen, sondern ihn noch wütender angegriffen. Deshalb habe er ihn mit dem Taschenmesser in die Lende gestochen. Er habe jedoch nie die Absicht gehabt, ihn schwer zu verletzen.
Der Haftrichter führte dazu aus, es sei nicht seine Sache abschliessend zu beurteilen, ob der Beschwerdeführer in Notwehr gehandelt habe; im Rahmen des Haftverfahrens könne Notwehr nur berücksichtigt werden, wenn aufgrund der Aktenlage eine hohe Wahrscheinlichkeit dafür spräche, was nicht der Fall sei. Im Übrigen könne auch nicht ausgeschlossen werden, dass der Beschwerdeführer, sollte er tatsächlich in Notwehr gehandelt haben, einen Notwehrexzess begangen habe.
Es ist Sache des erkennenden Sachrichters, abschliessend zu beurteilen, ob der Beschwerdeführer in Notwehr gehandelt hat. Der Haftrichter muss nur - aber immerhin - prüfen, ob aufgrund der bisherigen Untersuchungsergebnisse genügend konkrete Anhaltspunkte für eine rechtswidrige Straftat und eine Beteiligung des Beschwerdeführers daran vorliegen. Dabei genügt der Nachweis von konkreten Verdachtsmomenten, wonach das inkriminierte Verhalten mit erheblicher Wahrscheinlichkeit die fraglichen Tatbestandsmerkmale erfüllen könnte (<ref-ruling> E. 3c S. 146); analoges muss für das Fehlen von Rechtfertigungsgründen gelten.
Im vorliegenden Fall behauptet der Beschwerdeführer, er sei vom Geschädigten und einer anderen Person angegriffen worden. Dies wird vom Geschädigten bestritten. Die von der Polizei befragten Zeugen und Auskunftspersonen sagten alle aus, sie seien erst während oder nach der Messerstecherei an den Tatort gekommen und hätten das vorhergehende Geschehen nicht beobachtet. Ein vom Beschwerdeführer genannter Entlastungszeuge namens "Sam" konnte bisher nicht identifiziert werden.
Damit hängt die Frage, ob die Körperverletzung durch Notwehr gerechtfertigt war, von der Würdigung der widersprüchlichen Aussagen des Geschädigten und des Beschwerdeführers ab. In dieser Situation ist es aus verfassungsrechtlicher Sicht nicht zu beanstanden, wenn der Haftrichter aufgrund der von ihm vorgenommenen Wahrscheinlichkeitsbeurteilung dem Einwand der Notwehr nicht folgt und deshalb den dringenden Tatverdacht einer Körperverletzung bzw. einer versuchten schweren Körperverletzung bejaht.
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft IV des Kantons Zürich und dem Bezirksgericht Zürich, Haftrichter, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Januar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber