Sachverhalt:
A. X._ hat an der Fakultät Y._ der Universität Basel habilitiert. Im Jahr 19.. wurde ihm die Titularprofessur verliehen. Ab 1999 erteilte ihm die Fakultät regelmässig einen zwei Wochenstunden umfassenden Lehrauftrag. Dies erfolgte jeweils mit dem Vermerk "ohne Remuneration". X._ bezog für die Lehraufträge eine Kollegiengeldentschädigung von Fr. 1000.- pro Semester. Nachdem X._ erfolglos eine "Verbesserung des Arbeitslohnes für seine Lehrtätigkeit" geltend gemacht hatte, verzichtete er im Jahr 2003 auf eine weitere Erneuerung des Lehrauftrags. Er machte sodann geltend, ihm sei für die Jahre 1999 bis 2003 Lohn im Gesamtbetrag von Fr. 64'000.- nebst Zins nachzuzahlen. Die Fakultät entschied am 17. März 2010, diese Ansprüche seien unbegründet. Den dagegen erhobenen Rekurs wies die Rekurskommission der Universität Basel mit Entscheid vom 16. November 2010 ab.
B. X._ rekurrierte beim Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht mit dem Rechtsbegehren, die Entscheide vom 17. März sowie 16. November 2010 seien aufzuheben und die Universität sei zu verpflichten, ihm als Lohnnachzahlung den Betrag von Fr. 64'000.- zuzüglich Zins zu 5 % seit 15. Oktober 2003 zu bezahlen. Das Appellationsgericht wies den Rekurs mit Entscheid vom 15. Oktober 2012 ab.
C. Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beantragt X._ die Aufhebung der erwähnten Entscheide sowie die Zusprechung des geltend gemachten Lohnes und Zinses; eventuell sei die Sache zur verbesserten Feststellung des Sachverhalts und neuen Entscheidung an die Vorinstanz zurückzuweisen.
Die vorinstanzlichen Akten wurden eingeholt. Ein Schriftenwechsel wurde nicht durchgeführt.

Erwägungen:
1. Das Bundesgericht prüft die Zulässigkeit der Beschwerde von Amtes wegen und mit freier Kognition (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 Ingress S. 369 mit Hinweis; <ref-ruling> E. 1 S. 340 mit Hinweisen).
Die Beschwerde richtet sich gegen einen Endentscheid einer letzten kantonalen Instanz, der nicht beim Bundesverwaltungsgericht angefochten werden kann (Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 90 BGG). Der angefochtene Entscheid betrifft die Frage, ob aufgrund der an der Universität Basel ausgeübten Lehraufträge ein Lohnanspruch besteht. Es handelt sich dabei aufgrund der Stellung der Universität als öffentlich-rechtliche Institution und da unstreitig keine privatrechtliche Grundlage für einen solchen Lohnanspruch vorliegt, um eine Angelegenheit des öffentlichen Rechts (<ref-law>). Der auf dem Gebiet der öffentlich-rechtlichen Arbeitsverhältnisse zu beachtende Ausschlussgrund (<ref-law>) ist nicht gegeben, da der Streit vermögensrechtlicher Natur ist und die Streitwertgrenze von Fr. 15'000.- (Art. 51 Abs. 1 lit. a, Art. 85 Abs. 1 lit. b BGG) erreicht wird. Die übrigen Voraussetzungen für das Eintreten auf die Beschwerde sind ebenfalls erfüllt.
2. 2.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht (einschliesslich der verfassungsmässigen Rechte) und von interkantonalem Recht gerügt werden (Art. 95 lit. a und e BGG). Im Gegensatz zu kantonalrechtlichen Bestimmungen, deren Verletzung - vorbehältlich politische Rechte umschreibender Normen (<ref-law>) - lediglich in Form der Verletzung von kantonalen verfassungsmässigen Rechten (<ref-law>) oder für den Fall gerügt werden kann, dass damit gleichzeitig Bundesrecht oder Völkerrecht verletzt wird (so etwa bei einer Verletzung von Grundrechten der Bundesverfassung (BV), insbesondere des Willkürverbotes [<ref-law>] oder des Rechtsgleichheitsgebotes [<ref-law>]), unterliegt die Geltendmachung der Verletzung interkantonalen Rechts hinsichtlich der bundesgerichtlichen Überprüfungsbefugnis keinen derartigen Einschränkungen (Urteile 8C_818/2010 vom 2. August 2011 E. 2.1 und 8C_260/2010 vom 12. Januar 2011 E. 2.2.1 mit Hinweisen).
2.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>), doch prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Rüge- und Begründungspflicht (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), nur die geltend gemachten Vorbringen, falls allfällige weitere rechtliche Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.6 S. 280 mit Hinweis).
Hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten sowie von kantonalem und interkantonalem Recht gilt eine qualifizierte Rügepflicht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.3 S. 60; <ref-ruling> E. 1.3.1 S. 68; je mit Hinweis; vgl. auch <ref-ruling> E. 3.2 S. 228; 274 E. 1.6 S. 280 f.; je mit Hinweis; 171 E. 1.4 S. 176 mit Hinweisen).
2.3 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den von der Vorinstanz festgestellten Sachverhalt zugrunde (<ref-law>). Von diesen tatsächlichen Feststellungen kann es nur dann abweichen, wenn sie offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruhen (<ref-law>) und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>).
3. Streitig ist, ob der Beschwerdeführer aus den in den Jahren 1999 bis 2003 an der Universität Basel ausgeführten Lehraufträgen Anspruch auf Lohn im Gesamtbetrag von Fr. 64'000.- (nebst Zins) hat.
Das kantonale Gericht hat dies gestützt auf die damals gültig gewesenen Rechtsgrundlagen verneint. Es hat im Wesentlichen erwogen, den Einwand des Beschwerdeführers, es habe von Beginn weg an einer gesetzlichen Grundlage für die Erteilung unentgeltlicher Lehraufträge gefehlt, habe bereits die Rekurskommission mit Hinweis auf § 18 des damals in Kraft gestandenen Gesetzes über die Universität Basel vom 8. November 1995 (nachfolgend: Universitätsgesetz) entkräftet. Sodann seien gemäss § 8 der Ordnung über die Pflichten und Rechte der Universitätslehrerinnen und Universitätslehrer vom 26. April 1989, welche bis 30. März 2007 in Kraft gestanden habe und auf den vorliegenden Fall anwendbar sei, ausserordentliche Professoren und Privatdozenten ohne Lehrauftrag verpflichtet, wissenschaftlich tätig zu bleiben und für jedes Semester wenigstens zwei Wochenstunden Vorlesungen in dem Wissenschaftsbereich, für den die venia docendi erteilt worden sei, durchzuführen, sofern wenigstens zwei Studierende daran teilnähmen. Der Beschwerdeführer sei aufgrund seiner damals eingereichten Habilitation von der Universität zum Privatdozenten ernannt worden. Entsprechend habe er jeweils einen Lehrauftrag in seinem Wissenschaftsbereich erhalten und ausgeführt. Dabei habe er, da er nicht zugleich bei der Universität Basel angestellt gewesen sei, als externer Lehrbeauftragter gegolten. Die Entschädigung für diese Lehrtätigkeit sei in der Verordnung betreffend die Kollegiengeldentschädigung für ausserordentliche Professoren, Ehrendozenten, Privatdozenten und emeritierte Dozenten ohne bezahlten Lehrauftrag vom 4. August 1980 (SG 164.620; nachfolgend: Verordnung Kollegiengeld) geregelt. § 1 dieser Verordnung laute: "Für Lehrveranstaltungen an der Universität Basel erhalten, unter Vorbehalt von § 2, die ausserordentlichen Professoren, die Ehrendozenten, die Privatdozenten und die emeritierten Dozenten ohne bezahlten Lehrauftrag eine Kollegiengeldentschädigung von Fr. 500.- für eine im Semester gelesene Wochenstunde, Fr. 40.- pro Einzelstunde bei Mitwirkung an gemeinsamen Lehrveranstaltungen. Die Entschädigung darf jedoch insgesamt Fr. 1000.- pro Semester nicht überschreiten." Gestützt auf diese Regelung habe der Beschwerdeführer jeweils kein Gehalt, sondern eine pauschale Entschädigung von Fr. 1000.- erhalten. Darüber hinaus bestehe kein Anspruch auf einen Lohn. Damit könne offen bleiben, ob der Beschwerdeführer bereits mit der Abhaltung seiner Vorlesungen resp. mit dem Erhalt der Kollegiengeldentschädigung auf eine Bezahlung nach den von ihm geforderten Ansätzen verzichtet habe.
4. Ein erstes Vorbringen in der Beschwerde geht dahin, die Fakultät habe sich bei der Behandlung des Lohnbegehrens zu viel Zeit gelassen. Der Beschwerdeführer leitet daraus aber keine Rechtsansprüche ab und legt auch nicht dar, inwiefern die gerügte Verfahrensdauer bei der Beurteilung des streitigen Lohn- und Zinsanspruchs bedeutsam sein soll. Damit hat es diesbezüglich sein Bewenden.
5. Der Beschwerdeführer macht geltend, die Beurteilung, wonach der von ihm ausgeübte Lehrauftrag keinen Lohnanspruch begründe, verletze das Lohngleichheitsgebot gemäss <ref-law> sowie Art. 3 und Art. 5 des Bundesgesetzes vom 24. März 1995 über die Gleichstellung von Frau und Mann (Gleichstellungsgesetz, GlG; SR 151.1). Diese Rügen sind im Rahmen von <ref-law> zu prüfen.
5.1 Die Vorinstanz hat sich im angefochtenen Entscheid zunächst mit dem - verfassungsrechtlich in <ref-law> geregelten - allgemeinen Gebot der rechtsgleichen Behandlung befasst. Sie ist zum Ergebnis gelangt, die vorgenommene Differenzierung bei der Entlöhnungsstruktur sei sachlich begründet und verstosse daher nicht gegen dieses Gebot.
Der Beschwerdeführer äussert sich zwar zu Aspekten der vorinstanzlichen Erwägungen. Er beruft sich dabei aber nicht auf die <ref-law>, sondern ausdrücklich nur auf <ref-law> sowie Art. 3 und <ref-law>, mithin auf den durch diese Bestimmungen gewährleisteten Schutz vor geschlechtsbezogener Diskriminierung. Darauf beschränkt sich daher auch die bundesgerichtliche Beurteilung.
5.2 <ref-law> und <ref-law> verbieten die direkte und indirekte Diskriminierung von Arbeitnehmenden aufgrund des Geschlechts, insbesondere auch hinsichtlich Entlöhnung. <ref-law> regelt die aus einer solchen Benachteiligung fliessenden Rechtsansprüche. <ref-law> sieht sodann eine Beweislasterleichterung vor, indem u.a. bezüglich der Entlöhnung eine Diskriminierung vermutet wird, wenn diese von der betroffenen Person glaubhaft gemacht wird.
Eine direkte Diskriminierung liegt vor, wenn sich eine Ungleichbehandlung ausdrücklich auf die Geschlechtszugehörigkeit oder auf ein Kriterium stützt, das nur von einem der beiden Geschlechter erfüllt werden kann, und sie sich nicht sachlich rechtfertigen lässt. Von einer indirekten Diskriminierung ist demgegenüber auszugehen, wenn eine formal geschlechtsneutrale Regelung im Ergebnis wesentlich mehr bzw. überwiegend Angehörige des einen Geschlechts ohne sachliche Rechtfertigung gegenüber jenen des anderen benachteiligt (<ref-ruling> E. 2a S. 79 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 5.5 S. 213 f. mit Hinweisen; MARGRITH BIGLER-EGGENBERGER, in: Die schweizerische Bundesverfassung, 2. Aufl. 2008, N. 92 zu <ref-law>; ELISABETH FREIVOGEL, in: Claudia Kaufmann/Sabine Steiger-Sackmann [Hrsg.], Kommentar zum Gleichstellungsgesetz, 2. Aufl. 2009, N. 5 und 8 zu <ref-law>).
5.2.1 Eine direkte Diskriminierung steht im vorliegenden Fall nicht zur Diskussion. Die Argumentation des Beschwerdeführers geht dahin, die Art und Weise, wie die entlöhnten und nicht entlöhnten Lehraufträge auf Männer und Frauen verteilt worden seien, benachteilige die männlichen Lehrbeauftragten. Geltend gemacht wird mithin eine indirekte Diskriminierung.
5.2.2 Das kantonale Gericht hat hiezu erwogen, die im Entscheid der Rekurskommission vom 16. Oktober 2010 enthaltene Liste zeige auf, wie die unentgeltlichen, halbentgeltlichen und entgeltlichen Lehraufträge in den Jahren 2001 bis 2003 an Männer und Frauen erteilt worden seien. Daraus ergebe sich, dass nicht nur stets mehr Männer als Frauen überhaupt Lehraufträge erhalten hätten, sondern dass auch durchwegs mehr Männern als Frauen halb- oder ganzentgeltliche Lehraufträge erteilt worden seien.
In der Beschwerde wird nichts vorgebracht, was diese Sachverhaltsfestzustellungen als offensichtlich unrichtig oder in anderer Weise rechtswidrig erscheinen liesse. Entsprechendes ergibt sich auch nicht aus den Beispielen von an Frauen erteilten, entlöhnten Lehraufträgen, welche der Beschwerdeführer - im Übrigen ohnehin in novenrechtlich unzulässiger Weise (<ref-law>) - anführt.
5.2.3 Die Vorinstanz hat sodann erkannt, demnach sei eine Diskriminierung von Männern weder glaubhaft gemacht noch in irgendeiner Weise erkennbar.
Diese Beurteilung ist rechtmässig. In der Beschwerde wird nicht nachvollziehbar dargelegt, inwiefern es sich anders verhalten sollte. Die Ausführungen zur Arbeitsplatzbewertung, zur Gleichwertigkeit der vom Beschwerdeführer sowie von Frauen geleisteten Arbeit und zu den erfolgten Aufgabenzuteilungen vermögen keine Benachteiligung von Männern darzutun. Soweit geltend gemacht wird, gerügt werde nicht eine Diskriminierung der Männer bei der Anstellung, sondern bei der Lohnfindung, ist festzuhalten, dass eine solche Benachteiligung bei der dargelegten Verteilung der entlöhnten und nicht entlöhnten Lehraufträge nicht glaubhaft erscheint.
<ref-law> und <ref-law> sind somit nicht verletzt. Damit kann offen bleiben, wie es sich bezüglich weiterer Begründungselemente im vorinstanzlichen Entscheid und den diesbezüglichen Einwänden in der Beschwerde verhält. Das gilt namentlich auch für das - ohnehin spekulative - Argument des Beschwerdeführers, die von ihm abgehaltenen Lehraufträge wären bei Durchführung durch eine Frau entlöhnt worden.
5.2.4 Der Beschwerdeführer rügt überdies, das kantonale Gericht habe bei der Beurteilung der Gleichstellungsthematik seinen Anspruch auf rechtliches Gehör nach <ref-law> verletzt. Er bezieht sich dabei auf seine Beweisanträge zur Frage der Gleichwertigkeit seiner Arbeit mit derjenigen von Frauen. Von solchen Beweismassnahmen ist indessen mit der Vorinstanz abzusehen, da sie keine entscheidrelevante neue Erkenntnisse erwarten lassen. Entgegen der in der Beschwerde vertretenen Auffassung setzt sich der angefochtene Entscheid auch hinreichend mit diesen Beweisbegehren auseinander. Eine Gehörsverletzung liegt somit nicht vor.
6. Vorgebracht wird sodann, das Gesetz betreffend Einreihung und Entlöhnung der Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Kantons Basel-Stadt vom 18. Januar 1995 (Lohngesetz; SG 164.100) mit Anhang 1 (Lohntabelle), die hiezu ergangene Verordnung betreffend Anwendbarkeit des Lohngesetzes auf nicht definitiv Beschäftigte oder nur nebenamtlich im Staatsdienst tätige Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter vom 16. Mai 1995 (SG 164.360; nachfolgend: Verordnung Nebenamt) und die Gehaltsordnung der Universität Basel vom 13. Dezember 2001 (in Kraft gestanden vom 1. Januar 2002 bis 19. Februar 2009; nachfolgend: Gehaltsordnung) mit Anhang 4 seien zu Unrecht nicht angewendet worden. Hingegen sei die Verordnung Kollegiengeld zu Unrecht angewendet worden.
6.1 Der Beschwerdeführer postuliert hiezu, "die beiden von Universitätsorganen erlassenen Verordnungen" stellten interkantonales Recht dar, weshalb die Beurteilung nach <ref-law> zu erfolgen habe. Welche Verordnungen damit gemeint sein sollen, ist nicht vollumfänglich nachvollziehbar, zumal nur die Gehaltsordnung von einem Universitätsorgan, dem Universitätsrat, verabschiedet wurde, nicht aber die übrigen Erlasse, einschliesslich der - regierungsrätlichen - Verordnung Kollegiengeld. Auch die Gehaltsordnung stellt indessen kein interkantonales Recht dar, wie gleich gezeigt wird.
6.1.1 Das interkantonale Recht im Sinne von <ref-law> umfasst zunächst die interkantonalen Vereinbarungen. Werden durch ein solches Konkordat interkantonale Organisationen oder Einrichtungen geschaffen, gelten auch die von deren Organen erlassenen Rechtsnormen als interkantonales Recht (Urteil 8C_818/2010 E. 2.2; Markus Schott: in Basler Kommentar zum Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N. 65 zu <ref-law> mit Hinweisen auf weitere Urteile).
6.1.2 Im erwähnten Urteil 8C_818/2010 konnte eine vom Universitätsrat der Universität Basel erlassene Personalordnung als interkantonales Recht betrachtet werden. Das Bundesgericht stellte hiebei namentlich darauf ab, dass die Universität Basel gemäss § 1 Abs. 2 des Vertrages zwischen den Kantonen Basel-Landschaft und Basel-Stadt über die gemeinsame Trägerschaft der Universität Basel vom 27. Juni 2006 (SG 442.400) eine bikantonale öffentlich-rechtliche Anstalt ist und damit als interkantonale Einrichtung zu betrachten sei (vgl. Urteil 8C_818/2010 E. 3.1).
Im vorliegenden Fall, welcher Ansprüche aus den Jahren 1999 bis 2003 beschlägt, kommt indessen nicht der - am 1. Januar 2007 in Kraft getretene - Vertrag vom 27. Juni 2006 zur Anwendung, sondern der - bis 31. Dezember 2006 in Kraft gestandene - Vertrag zwischen den Kantonen Basel-Stadt und Basel-Landschaft über die Beteiligung des Kantons Basel-Landschaft an der Universität Basel vom 30. März 1994. Gemäss dessen § 1 Abs. 3 war die Universität Basel eine öffentlich-rechtliche Anstalt des Kantons Basel-Stadt. Aufgrund dieser Regelung konnte die Universität somit noch nicht als interkantonale Einrichtung betrachtet werden. Es ist auch keine anderweitige Rechtsgrundlage ersichtlich, welche eine entsprechende Qualifizierung der Universität für jenen Zeitpunkt gestattete. Damit stellen die damals von ihren Organen erlassenen Regelungen, einschliesslich der Gehaltsordnung, kein interkantonales Recht im Sinne von <ref-law> dar. Gleiches gilt ohne Weiteres auch für die übrigen, nicht von Universitätsorganen, sondern von Gesetzgeber und Regierungsrat des Kantons Basel-Stadt verabschiedeten Erlasse.
6.1.3 Nach dem Gesagten sind die erwähnten Erlasse (E. 6 Ingress hievor) als kantonales Recht nur auf Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht, kantonalen verfassungsmässigen Rechten oder kantonalen politischen Rechten zu überprüfen (E. 2.1 hievor).
6.2 Der Beschwerdeführer macht für den Fall, dass interkantonales Recht verneint wird, geltend, der angefochtene Entscheid verletze Bundesrecht, indem die Nichtanwendung von Lohngesetz mit Anhang 1, Verordnung Nebenamt und Gehaltsordnung sowie die Anwendung der Verordnung Kollegiengeld willkürlich im Sinne von <ref-law> seien.
6.2.1 Gemäss <ref-law> hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist. Dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 4.3 S. 319 mit Hinweis; vgl. auch <ref-ruling> E. 7.1 S. 51 mit weiteren Hinweisen).
6.2.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, vor dem 1. Januar 2002 seien Lehraufträge nach Ansätzen entlöhnt worden, welche denjenigen der heutigen Gehaltsordnung entsprochen hätten. Die Rechtsgrundlage für den Arbeitslohn aus diesen Lehraufträgen habe dabei in einer "pro-rata" Anwendung des Lohngesetzes und der Verordnung Nebenamt auf die in Teilzeit beschäftigten Lehrbeauftragten bestanden. Eine Kategorie "nicht bezahlte Lehraufträge" sei nun aber weder im Lohngesetz und dessen Anhang 1 (Lohntabelle) noch in der Verordnung Nebenamt vorgesehen. Es bestehe keine Grundlage für eine selektive Anwendung der Erlasse auf einzelne Lehraufträge.
Das kantonale Gericht hat hiezu erwogen, das Lohngesetz und die Verordnung Nebenamt seien nur auf Mitarbeiter des Kantons anwendbar, nicht aber auf die bei der Universität Basel tätigen Lehrbeauftragten. Die Rechtsgrundlage für nicht entlöhnte Lehraufträge sieht die Vorinstanz in § 18 Universitätsgesetz (vgl. E. 3 hievor) und in der Verordnung Kollegiengeld. Diese Beurteilung ist jedenfalls nicht willkürlich. Dass eine "pro-rata Anwendung" der für das Kantonspersonal geltenden Bestimmungen nicht entlöhnte Lehraufträge ausgeschlossen hätte, ist nicht nachvollziehbar.
6.2.3 Vorgebracht wird weiter, für den Zeitraum ab 1. Januar 2002 bestimme § 3 Abs. 4 Gehaltsordnung, für die Lohnansätze der Lehrbeauftragten sei Anhang 4 massgebend. Auch im Anhang 4 werde von den Lohnansätzen der Lehrbeauftragten gesprochen. Damit könnten also nur alle Lehrbeauftragten gemeint sein. Die Lohnsätze der Gehaltsordnung dürften daher nicht selektiv angewendet werden. Aus der Verordnung Kollegiengeld ergebe sich nichts anderes.
Die Vorinstanz hat hiezu erwogen, die Gehaltsordnung und die Verordnung Kollegiengeld regelten zwei unterschiedliche Beschäftigungsformen. Anstellungen mit Beschäftigungsprozenten führten zu einem (Monats-)Gehalt, welches sich nach der Gehaltsordnung bestimme. Die nach wenigen Wochenstunden berechneten unbezahlten Lehraufträge hingegen führten gestützt auf die Verordnung Kollegiengeld zu einer nach Wochenstunden berechneten pauschalen Entschädigung, eigentlich einer Spesenentschädigung, welche am Ende des Semesters aufgrund einer Erklärung über die durchgeführten Lehrveranstaltungen ausbezahlt werde. Es bestehe ein gewichtiger sachlicher Unterschied zwischen mit wenigen Stunden beschäftigten Lehrbeauftragten und den entlöhnten Mitarbeitern, die in einem erheblich grösseren Umfang, mit Voll- oder Teilpensum, bei der Universität beschäftigt seien. Während die ersteren neben dem Lehrauftrag einer Hauptbeschäftigung mit einem Haupteinkommen nachgingen, im Falle des Beschwerdeführers im Rahmen einer Anwaltskanzlei, bezögen letztere ihr Haupteinkommen bei der Universität. Die beiden Ordnungen ergänzten sich insofern.
Dass das kantonale Gericht von einem Nebeneinander zweier Regelungen ausgeht, kann mit Blick auf die einzelnen Erlasse nicht als willkürlich betrachtet werden. Auch die Erwägungen zur sachlich begründeten Unterscheidung zwischen entlöhnten und nicht entlöhnten Lehrauftragen sind jedenfalls im Ergebnis nicht unhaltbar. Daran vermögen die in der Beschwerde postulierten Auslegungsvarianten einzelner Bestimmungen und die semantischen Überlegungen zur Umschreibung von Lehrfunktionen und Entlöhnungsmodi nichts zu ändern.
6.2.4 Die Willkürrügen sind somit ebenfalls unbegründet, was zur Abweisung der Beschwerde führt.
7. Die Kosten des Verfahrens sind vom unterliegenden Beschwerdeführer zu tragen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2000.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Appellationsgericht des Kantons Basel-Stadt als Verwaltungsgericht und dem Eidgenössischen Büro für die Gleichstellung von Frau und Mann schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 10. April 2013
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Der Gerichtsschreiber: Lanz