Sachverhalt:
A. Die Strafverfolgungsbehörden des Kantons Bern führen gegen den Algerier X._ eine Strafuntersuchung wegen Körperverletzung, evtl. versuchter vorsätzlicher Tötung. Sie verdächtigen ihn, am 4. Dezember 2012 an der Genfergasse in Bern den Libyer Y._ mit einem Sackmesser verletzt zu haben. Aufgrund des N-Ausweises von X._ gingen sie davon aus, dass er volljährig sei, weshalb die Untersuchung zunächst von der für erwachsene Beschuldigte zuständigen regionalen Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland geführt wurde.
An der staatsanwaltschaftlichen Einvernahme vom 5. Dezember 2012 behauptete X._, am 15. Dezember 1994 geboren worden und damit noch minderjährig zu sein. Das Verfahren wurde daraufhin der Jugendanwaltschaft, Dienststelle Bern-Mittelland, überwiesen. Das Gutachten zur Altersschätzung des Instituts für Rechtsmedizin der Universität Zürich (IRMZ) vom 18. Dezember 2012 kam zum Schluss, es sei zwar nicht gänzlich auszuschliessen, dass X._ im Zeitpunkt der Tat 17 Jahre und 11 Monate alt gewesen sei; mit überwiegender Wahrscheinlichkeit sei er aber über 18 Jahre alt gewesen.
Mit Verfügung vom 21. Dezember 2012 übernahm die regionale Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland das Verfahren erneut.
Mit Beschwerde an die Generalstaatsanwaltschaft beantragte X._, diese Verfügung aufzuheben und die Jugendanwaltschaft, Dienststelle Bern-Mittelland, zu verpflichten, das Verfahren gegen ihn zu führen.
Der stellvertretende Generalstaatsanwalt wies die Beschwerde am 7. Januar 2013 ab.
B. Mit Beschwerde in Strafsachen beantragt X._, diesen Entscheid der Generalstaatsanwaltschaft aufzuheben und die Jugendanwaltschaft zu verpflichten, das Verfahren zu übernehmen. Ausserdem ersucht er um unentgeltliche Rechtspflege.
Die Staatsanwaltschaft und die Jugendanwaltschaft verzichten auf Vernehmlassung. Letztere wies im Zusammenhang mit der örtlichen Zuständigkeit lediglich daraufhin, dass sich der gewöhnliche Aufenthalt von X._ im Sinn von Art. 10 Abs. 1 der Schweizerischen Jugendstrafprozessordnung in A._/FR (Centre B._) befinde. Der stellvertretende Generalstaatsanwalt beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei.
X._ hält in seiner Replik an der Beschwerde fest.

Erwägungen:
1. Mit dem angefochtenen Entscheid hat die Generalstaatsanwaltschaft im Sinn von <ref-law> kantonal letztinstanzlich entschieden, dass für das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer die Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland, nicht die Jugendstaatsanwaltschaft zuständig ist. Dagegen ist die Beschwerde in Strafsachen zulässig, und der Beschwerdeführer ist befugt, sie zu erheben (<ref-ruling> E. 1). Die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen geben zu keinen Bemerkungen Anlass, weshalb auf die Beschwerde einzutreten ist.
2. 2.1 Die Generalstaatsanwaltschaft hat erwogen, die Angaben des Beschwerdeführers zu seinem Alter seien widersprüchlich und unglaubhaft, weshalb darauf nicht abgestellt werden könne. Gestützt auf das Gutachten des IRMZ sei zurzeit davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer im Tatzeitpunkt volljährig gewesen. Darauf sei - unter Vorbehalt neuer Erkenntnisse - für die Bestimmung des innerkantonalen Gerichtsstands abzustellen.
2.2 Der Beschwerdeführer rügt, die Generalstaatsanwaltschaft habe den Grundsatz "in dubio pro reo" verletzt, weil sie trotz vorhandenen Zweifeln bei der Altersbestimmung nicht von der für ihn günstigsten Annahme ausgegangen sei, nämlich dass er zum Zeitpunkt der Tat noch nicht 18 Jahre alt gewesen sei.
Nach der aus <ref-law> fliessenden und in Art. 6 Ziff. 2 EMRK verankerten Maxime "in dubio pro reo" ist bis zum gesetzlichen Nachweis seiner Schuld zu vermuten, dass der einer strafbaren Handlung Beschuldigte unschuldig ist. Der Grundsatz "in dubio pro reo" bezieht sich als Beweiswürdigungs- und Beweislastregel allein auf die Beurteilung der Schuldfrage durch den Strafrichter (<ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 2b, c). Für Streitfragen, die das Verfahren betreffen, lässt sich daraus nichts ableiten (Urteil des Bundesgerichts 1P.109/2000 vom 26. April 2000 E. 1d).
Vorliegend ist einzig umstritten, ob das Verfahren gegen den Beschwerdeführer nach den Bestimmungen der für Erwachsene geltenden Schweizerischen Strafprozessordnung (vom 5. Oktober 2007; SR 312.0; StPO) oder der für Jugendliche geltenden Schweizerischen Jugendstrafprozessordnung (vom 20. März 2000; SR 312.1; JStPO) und damit von der Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland oder der Jugendanwaltschaft, Dienststelle Bern-Mittelland, zu führen ist. Für die Beurteilung dieser rein verfahrensrechtlichen Streitfrage ist der Grundsatz "in dubio pro reo" nicht anwendbar. Die Rüge, die Generalstaatsanwaltschaft habe ihn verletzt, ist damit unbegründet.
2.3 Der Beschwerdeführer wirft der Generalstaatsanwaltschaft eine offensichtlich unrichtige Tatsachenfeststellung im Sinn von <ref-law> vor. Davon kann indessen keine Rede sein. Der Beschwerdeführer hat gegenüber den Einwanderungs- und Strafverfolgungsbehörden sowie den Gutachtern des IRMZ bereits verschiedenste Geburtsdaten genannt und erklärt die Widersprüche wenig überzeugend mit angeblich unzureichenden Kenntnissen im Schreiben und Rechnen sowie Verständigungsschwierigkeiten mit den jeweiligen Dolmetschern. Auch das Gutachten zur Altersschätzung des IRMZ kommt nicht zu einem eindeutigen Ergebnis; danach ist zwar nicht gänzlich auszuschliessen, dass der Beschwerdeführer im Zeitpunkt der Tat knapp nicht volljährig war. Die Gutachter halten aber dafür, dass die Gesamtschau der Befunde eher auf ein Alter von 19 Jahren hinweist. Es ist unter diesen Umständen keineswegs willkürlich, für die Bestimmung der zuständigen Strafverfolgungsbehörde vorläufig - bis zum allfälligen Eintritt neuer Erkenntnisse - davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer im Zeitpunkt der Tat volljährig war.
Eine ganz andere, materiellrechtliche und unter Beachtung der Maxime "in dubio pro reo" zu beurteilende Frage ist, ob die Beweislage auch ausreichen würde, den Beschuldigten nach den Bestimmungen des für Erwachsene geltenden Strafrechts zu beurteilen oder nicht. Dieser dem Strafrichter vorbehaltene Entscheid wird durch das vorliegende Verfahren in keiner Weise präjudiziert.
3. Die Beschwerde erweist sich somit als unbegründet und ist abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beschwerdeführer an sich kostenpflichtig (<ref-law>). Er hat indessen ein Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung gestellt, welches gutzuheissen ist, da seine Bedürftigkeit ausgewiesen scheint und die Beschwerde nicht von vornherein aussichtslos war (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung wird gutgeheissen:
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Remo Gilomen wird für das bundesgerichtliche Verfahren als amtlicher Verteidiger eingesetzt und mit Fr. 2'000.-- aus der Bundesgerichtskasse entschädigt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Bern-Mittelland, der Jugendanwaltschaft, Dienststelle Bern-Mittelland, und der Generalstaatsanwaltschaft des Kantons Bern schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. April 2013
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Der Gerichtsschreiber: Störi