Sachverhalt:
A. Am 20. April 2000 reichte die MCI WorldCom AG bei der Eidgenössischen Kommunikationskommission ein Gesuch ein, mit dem sie die Festlegung der Bedingungen für bestimmte Interkonnektionsleistungen im Verhältnis zur Swisscom AG beantragte. Mit Verfügung vom 6. November 2003 gab die Kommunikationskommission diesem Interkonnektionsgesuch statt. Insbesondere verpflichtete sie die Swisscom AG, mit Wirkung ab dem 1. Januar 2000 einzeln definierte Interkonnektionsleistungen zu genau festgelegten Preisen für die Jahre 2000 bis 2003 anzubieten bzw. abzurechnen. Darüber hinaus traf sie ergänzende Anordnungen im Rahmen der Bedingungen der Interkonnektion.
Dagegen führten sowohl die Swisscom AG als auch die MCI WorldCom AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Bundesgericht. Dieses vereinigte die beiden Beschwerdeverfahren und hiess am 1. Oktober 2004 beide Verwaltungsgerichtsbeschwerden gut, hob die Verfügung der Kommunikationskommission vom 6. November 2003 auf und wies die Sache an diese zurück zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen (Verfahren 2A.587/2003 und 2A.588/2003). Das Bundesgericht führte dazu im Wesentlichen aus, den Parteien sei nochmals die Gelegenheit zur Akteneinsicht zu gewähren, wobei der Inhalt der Beweismittel wenigstens durch Zusammenfassungen zugänglich zu machen sei, wo Geheimhaltungsinteressen eine vollständige Akteneinsicht ausschlössen; weiter sei der in Zusammenarbeit mit einer externen fachkundigen Beratungsunternehmung erarbeitete Verfügungsantrag der Instruktionsbehörde, des Bundesamts für Kommunikation, den Parteien zur Stellungnahme vorzulegen; schliesslich sei die Verfügung in einer einheitlichen Fassung für beide Parteien mit gleicher Begründung und ohne Abdeckungen zu eröffnen.
In der Folge ergänzte die Kommunikationskommission das Verfahren im Sinne der bundesgerichtlichen Erwägungen und traf am 10. Juni 2005 eine erneute Verfügung zu den Bedingungen und namentlich den Preisen der Interkonnektion zwischen der - inzwischen anstelle der Swisscom AG in das Verfahren eingetretenen - Swisscom Fixnet AG und der MCI WorldCom AG; überdies auferlegte sie der ersten Verfahrenskosten von Fr. 1'008'594.-- und der zweiten solche von Fr. 112'066.--.
B. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht vom 13. Juli 2005 stellt die Swisscom Fixnet AG im Wesentlichen die folgenden Anträge:
"I. Hauptanträge
1. Ziff. 2 des Dispositivs der Verfügung sei aufzuheben und die Preise für die Interkonnektionsdienste der Beschwerdeführerin seien für die Jahre 2000-2003 gemäss dem dieser Beschwerde beigefügten Anhang 1 festzulegen.
2. Die Ziffern 4.2 und 4.5 des Dispositivs der Verfügung seien aufzuheben und die preisunabhängigen Interkonnektionsbedingungen seien, soweit in diesem Verfahren darüber entschieden werden kann, wie folgt festzulegen:
(Ziff. 3.2.3 Vertragsentwurf 4.1)
'Sollte die zuständige Behörde in einem ordentlichen Verfahren auf Begehren eines Dritten in einem rechtskräftigen Endentscheid die Preise bezüglich einer oder mehrerer von diesem Vertrag betroffenen Dienstleistungen neu festsetzen, so werden die entsprechenden Dienstleistungen reziprok zu den neuen Preisen ab dem Zeitpunkt der Rechtskraft des Endentscheides erbracht.'
(Ziff. 10.2 der Geschäftsbedingungen)
'Werden verbindliche Termine nicht eingehalten, so ist in jedem Fall eine angemessene Nachfrist zur nachträglichen Erfüllung anzusetzen. Dabei haften die Parteien für Schaden, sofern sie nicht beweisen, dass sie kein Verschulden trifft. Sie haften für jedes Verschulden und höchstens für den entstandenen Schaden, wobei die Haftung auf maximal CHF 50'000 je Schadenfall beschränkt wird. Ausgeschlossen ist in jedem Fall die Haftung für entgangenen Gewinn.'
3. Ansonsten sei das Interkonnektionsgesuch der Beschwerdegegnerin abzuweisen.
4. Ziffer 6 des Dispositivs der Verfügung sei aufzuheben und die Verfahrenskosten des erstinstanzlichen Verfahrens seien vollumfänglich der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen.
II. Eventualantrag
5. Soweit das Bundesgericht nicht in der Sache entscheiden sollte, sei die angefochtene Verfügung aufzuheben und die Sache an die Vorinstanz zur neuen Beurteilung zurückzuweisen.
..."
Zur Begründung führt die Swisscom Fixnet AG im Wesentlichen aus, die Kommunikationskommission habe wiederholt ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt und den Sachverhalt falsch festgestellt; sodann sei sie zu Unrecht davon ausgegangen, dass die Swisscom Fixnet AG auch bei den nationalen Interkonnektionsdiensten marktbeherrschend sei; weiter habe sie in verschiedenster Hinsicht etliche methodische Fehler begangen. Schliesslich sei die Kommunikationskommission nicht zuständig, auch Nebenleistungspflichten und Nebenpflichten des Interkonnektionsverhältnisses zu regeln; selbst wenn sie dafür zuständig sei, erweise sich der angefochtene Entscheid als bundesrechtswidrig, indem er insbesondere die erforderliche Branchen- und Marktüblichkeit missachte.
Die MCI WorldCom AG änderte in der Folge ihre Firma in MCI Communications Switzerland AG. Unter diesem Namen schliesst sie auf Abweisung der Beschwerde. Die Kommunikationskommission beantragt die teilweise Gutheissung der Beschwerde und die Aufhebung der Dispositivziffer 3 (richtig: 2) ihrer Verfügung unter gleichzeitiger Ersetzung der entsprechenden Preise durch einen neu berechneten Tarif, wobei sie zur Begründung anführt, es seien ihr reine Übertragungs- bzw. Rechenfehler unterlaufen; im Übrigen stellt die Kommunikationskommission Antrag auf Abweisung der Beschwerde. Mit ergänzender Stellungnahme schliesst sich die MCI Communications Switzerland AG dem Antrag der Kommunikationskommission an und beantragt ebenfalls die Ersetzung der verfügten Preise durch den neu berechneten Tarif. Die Swisscom Fixnet AG stellt kein ausdrückliches neues Rechtsbegehren, hält aber fest, die neuen Berechnungen litten wie der angefochtene Tarif an (den grundsätzlich gleichen) methodischen Mängeln und würden einzig die hohe Fehlerhaftigkeit der Verfügung der Kommunikationskommission belegen, weshalb die verfügten Preise insgesamt abzulehnen seien.
C. Mit Wirkung ab dem 1. März 2006 änderte die MCI Communications Switzerland AG ihre Firma erneut; sie heisst nunmehr Verizon Switzerland AG.
D. Mit verfahrensleitender Verfügung vom 25. August 2005 hat der Präsident der II. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts der Verwaltungsgerichtsbeschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. 1.1 Nach Art. 11 Abs. 1 des Fernmeldegesetzes vom 30. April 1997 (FMG; SR 784.10) müssen marktbeherrschende Anbieterinnen von Fernmeldediensten andern Anbieterinnen nach den Grundsätzen einer transparenten und kostenorientierten Preisgestaltung auf nichtdiskriminierende Weise Interkonnektion gewähren, wobei sie die Bedingungen und Preise für ihre einzelnen Interkonnektionsdienstleistungen gesondert auszuweisen haben.
1.2 Grundsätzlich werden die Bedingungen der Interkonnektion zwischen den beteiligten Unternehmungen direkt vereinbart. Eine behördliche Regelung ist gesetzlich nur subsidiär für den Fall vorgesehen, dass sich die Parteien nicht innert vernünftiger Frist einigen können. Gemäss <ref-law> verfügt die Eidgenössische Kommunikationskommission auf Antrag des Bundesamtes für Kommunikation die Interkonnektionsbedingungen nach markt- und branchenüblichen Grundsätzen, wenn innert drei Monaten zwischen dem zur Interkonnektion verpflichteten Anbieter und dem Anfrager keine Einigung zustande kommt. Art. 40 ff. der Verordnung vom 31. Oktober 2001 über Fernmeldedienste (Fernmeldediensteverordnung, FDV; SR 784.101.1) konkretisieren die gesetzliche Interkonnektionspflicht. <ref-law> regeln das Verfahren zum Abschluss von Interkonnektionsvereinbarungen und <ref-law> dasjenige zur Anordnung einer Verfügung auf Interkonnektion (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 16, mit Hinweisen).
1.3 Verfügungen der Kommunikationskommission in Anwendung von <ref-law> unterliegen sowohl in der Sache als auch im Kosten- und Entschädigungspunkt der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht (vgl. Art. 11 Abs. 4 und Art. 61 Abs. 1 FMG; <ref-ruling> E. 1.1 S. 49; <ref-ruling> E. 1.3; je mit Hinweisen). Zwar ist der angefochtene Entscheid teilweise als (Kosten)Tarif ausgestaltet; die Ausnahme von Art. 99 Abs. 1 lit. b OG greift insofern jedoch nicht, weil es nicht darum geht, einen (generell-abstrakten) Tarif festzusetzen oder zu genehmigen, sondern die Interkonnektionspreise im Einzelfall zwischen den Parteien festzulegen (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 255). Abgesehen davon ginge die spezialgesetzliche Bestimmung von <ref-law>, wonach die Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen Interkonnektionsentscheide generell zulässig ist, der allgemeinen Ausschlussnorm von Art. 99 Abs. 1 lit. b OG (im Sinne einer allfälligen Gegenausnahme) ohnehin vor. Die Beschwerdeführerin ist als direkte Adressatin des angefochtenen Entscheids zur Beschwerde befugt (<ref-law> i.V.m. Art. 103 lit. a OG). Auf die frist- und formgerecht eingereichte Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist damit einzutreten.
1.4 Streitgegenstand des vorliegenden Verfahrens sind hauptsächlich die Bedingungen der Interkonnektionsleistungen zwischen den beiden Parteien für die Jahre 2000-2003. Grundsätzlich nicht (mehr) strittig ist, ob die Voraussetzungen der Interkonnektion erfüllt sind, mit Ausnahme der Frage, ob die Swisscom Fixnet AG auch bei den nationalen Interkonnektionsdiensten marktbeherrschend ist. Abgesehen von dieser noch umstrittenen Teilfrage kann mit der Kommunikationskommission und den Parteien ohne weiteres davon ausgegangen werden, dass ein Interkonnektionstatbestand vorliegt. Im Vordergrund steht somit die Frage der festzulegenden Interkonnektionsbedingungen.
1.5 Das Bundesgericht wendet im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde das Bundesrecht von Amtes wegen an, d.h. es ist nicht an die Begründung der Parteien gebunden. Es kann die Beschwerde auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder den Entscheid mit einer Begründung bestätigen, die von jener der Vorinstanz abweicht. Hingegen darf das Bundesgericht weder zugunsten noch zuungunsten der Parteien über deren Begehren hinausgehen (Art. 114 Abs. 1 OG; <ref-ruling> E. 1.3 S. 50, mit Hinweisen).
2. 2.1 Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde können die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhaltes gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG). Nicht überprüfen kann das Bundesgericht die Angemessenheit des angefochtenen Entscheides, und zwar - trotz Art. 104 lit. c Ziff. 1 OG - auch nicht hinsichtlich der ebenfalls strittigen Verlegung der Verfahrenskosten (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 49 f.). Da es sich bei der Kommunikationskommission nicht um eine richterliche Behörde handelt, greift überdies die Kognitionsbeschränkung von Art. 105 Abs. 2 OG nicht (<ref-ruling> E. 1.2 S. 49; <ref-ruling> E. 3.1-3.3 S. 18 ff.).
2.2 Unabhängig davon kommt der Kommunikationskommission dennoch ein gewisser Beurteilungsspielraum zu. Zunächst gilt dies, soweit sie unbestimmte Gesetzesbegriffe anzuwenden hat. Zwar ist es grundsätzlich Aufgabe der Gerichte, derartige unbestimmte Gesetzesbegriffe im Einzelfall auszulegen und zu konkretisieren. Wenn aber die Gesetzesauslegung ergibt, dass der Gesetzgeber mit der offenen Normierung der Entscheidbehörde eine zu respektierende Entscheidungsbefugnis einräumen wollte, darf und muss das Gericht seine Kognition entsprechend einschränken. Dies rechtfertigt eine gewisse Zurückhaltung des Bundesgerichts wenigstens insoweit, als die Kommunikationskommission unbestimmte Gesetzesbegriffe auszulegen und anzuwenden hat. Es befreit das Bundesgericht aber nicht davon, die Rechtsanwendung unter Beachtung dieser Zurückhaltung auf ihre Vereinbarkeit mit Bundesrecht zu überprüfen. Sodann amtet die Kommunikationskommission in einem höchst technischen Bereich, in dem Fachfragen sowohl übermittlungstechnischer als auch ökonomischer Ausrichtung zu beantworten sind. Der Kommunikationskommission steht dabei - wie anderen Behördenkommissionen auch - ein eigentliches "technisches Ermessen" zu (<ref-ruling> E. 3.4 S. 20, mit Hinweis). Im Rahmen dieses "technischen Ermessens" darf der verfügenden Behörde bei der Beurteilung von ausgesprochenen Fachfragen ein gewisser Ermessens- und Beurteilungsspielraum belassen werden, soweit sie die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte geprüft und die erforderlichen Abklärungen sorgfältig und umfassend durchgeführt hat (vgl. <ref-ruling> E. 2.3.2 S. 683 f., mit Hinweisen). Eine solche Zurückhaltung in Fachfragen bzw. die Einräumung eines entsprechenden Ermessens verstösst entgegen der Ansicht der Swisscom Fixnet AG nicht gegen den Anspruch auf einen Entscheid durch ein Gericht gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK (vgl. Christoph Grabenwarter, Europäische Menschenrechtskonvention, 2. Aufl., München/Wien 2005, S. 295, Rz. 29), sofern im vorliegenden Zusammenhang überhaupt über zivilrechtliche Ansprüche im Sinne dieser Bestimmung zu befinden ist, was aber offen bleiben kann.
2.3 Gerade bei der inhaltlichen Festlegung von Interkonnektionsbedingungen stehen der Kommunikationskommission erhebliche Beurteilungsspielräume und ein grosses "technisches Ermessen" zu.
2.3.1 Nach <ref-law> obliegt es der interkonnektionspflichtigen Anbieterin, die Einhaltung der Kostenorientierung gemäss <ref-law> bzw. <ref-law> nachzuweisen. Vermag sie diesen Nachweis nicht zu erbringen, verfügt die Kommunikationskommission auf der Grundlage von markt- und branchenüblichen Vergleichswerten, so genannten Benchmarks (<ref-law> und <ref-law>; Peter R. Fischer/Oliver Sidler, B. Fernmelderecht, in: Koller/ Müller/Rhinow/Zimmerli [Hrsg.], Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Bd. V, Rolf H. Weber [Hrsg.], Informations- und Kommunikationsrecht, Teil 1, 2. Aufl., Basel/Genf/München 2003, S. 159, Rz. 166). Dieser Vorgang bezweckt letztlich die Beseitigung des Wettbewerbsvorteils, über den die pflichtige Anbieterin nur deshalb verfügt, weil sie den fraglichen Bereich des Telekommunikationsmarkts beherrscht. Die entsprechende Interkonnektionspflicht stellt somit einen Ausgleich zur Marktbeherrschung dar. Bei der Swisscom Fixnet AG gründet diese faktische Marktbeherrschung, soweit sie (noch) besteht, auf den früheren Vorrechten ihrer Rechtsvorgängerin als Monopolistin im Fernmeldewesen (vgl. Fischer/Sidler, a.a.O., S. 144, Rz. 135). Mit der Interkonnektionspflicht soll die marktbeherrschende Anbieterin nicht vom Wettbewerb ausgeschlossen oder "ausgeblutet" werden. Sie soll aber den aus ökonomischer und fernmelderechtlicher Sicht ungerechtfertigten Wettbewerbsvorteil, den sie aus der Marktbeherrschung zieht, im entsprechenden Umfang wieder verlieren und insoweit in die gleiche Lage wie ihre Konkurrentinnen versetzt werden. Gleichzeitig lässt sich dadurch - im umgekehrten Sinne - die erhebliche Marktzutrittsschranke für die Konkurrentinnen beseitigen (vgl. BBl 1996 1418 f.; Fischer/Sidler, a.a.O., S. 144, Rz. 135). Die Rechtsordnung versucht damit zu simulieren, dass die unter den konkurrierenden Anbieterinnen von Fernmeldedienstleistungen geltenden Interkonnektionsbedingungen unter funktionierenden Wettbewerbsverhältnissen zustande kommen. Von dieser Wettbewerbssituation sollen am Ende der Telekommunikationsmarkt als Ganzes und insbesondere die Endkunden der Fernmeldediensteanbieterinnen profitieren.
2.3.2 Wesentlicher Bestandteil der Interkonnektionsbedingungen sind die Interkonnektionspreise. Bereits <ref-law> schreibt vor, dass der Bund unter anderem für eine preiswerte Grundversorgung mit Fernmeldediensten in allen Landesgegenden zu sorgen hat. Obwohl im vorliegenden Verfahren grundsätzlich die (wettbewerbspolitische) Interkonnektionspflicht von <ref-law> und nicht die (versorgungspolitische) Interoperabilitätspflicht von <ref-law> im Bereich der Grundversorgung (dazu Fischer/Sidler, a.a.O., S. 145, Rz. 136, und S. 160 ff., Rz. 167 ff.) zur Anwendung gelangt, geht es zumindest teilweise auch um Dienste im Zusammenhang mit der fernmeldetechnischen Grundversorgung. Gemäss <ref-law> sind sodann die Interkonnektionspreise einer marktbeherrschenden Fernmeldediensteanbieterin kostenorientiert auszugestalten. Die Grundsätze einer solchen kostenorientierten Preisgestaltung werden in <ref-law> konkretisiert. Die Verordnung verwendet dabei verschiedene unbestimmte Rechtsbegriffe, die sich durch eine hohe technische Komplexität auszeichnen; bei der Auslegung dieser unbestimmten Rechtsbegriffe kommt der Kommunikationskommission zwangsläufig ein gewisser Beurteilungsspielraum zu. Dabei ist immerhin davon auszugehen, dass Kostenorientierung nicht Kostengleichheit bedeutet. Auch die marktbeherrschende Anbieterin darf auf ihren Investitionen einen Gewinn erzielen. Die Preise müssen sich aber an den Kosten ausrichten, und der Gewinn darf nicht übermässig sein; im Zweifel hat er den markt- und branchenüblichen Profiten für die fraglichen Interkonnektionsleistungen zu entsprechen (vgl. <ref-law>). Dass nicht einzig auf die tatsächlichen Kosten abgestellt werden kann, ergibt sich auch aus dem Erfordernis einer gewissen minimalen Kosteneffizienz. Die interkonnektionspflichtige Anbieterin kann sich nicht auf allenfalls ineffiziente eigene Kosten berufen. Vielmehr haben sich die Preise am Aufwand einer effizienten Anbieterin in einer funktionierenden Wettbewerbssituation auszurichten unter Berücksichtigung einer üblichen Gewinnmarge (vgl. <ref-law> sowie Fischer/Sidler, a.a.O., S. 159, Rz. 164). Nur ein solcher Ansatz macht unter Wettbewerbsgesichtspunkten Sinn. Da die Interkonnektionspreise nicht mit den tatsächlichen Kosten identisch sein, sondern sich lediglich an diesen ausrichten müssen, verlangt die Festsetzung kostenorientierter Preise auch nicht die vollständig gesicherte Erhebung der tatsächlichen Kosten, sondern lediglich eine auf objektiven Kriterien beruhende, nachvollziehbare Annäherung der Preise an diese Kosten mit Zuschlag einer üblichen Profitmarge.
2.3.3 Interkonnektionspreise verfügen regelmässig über eine Tarifstruktur, wie auch der vorliegende Fall zeigt. Dabei werden verschiedene Tarifposten wie nutzungsunabhängige und vermittelte Interkonnektionsdienste und bei diesen letzteren wiederum nationale und regionale Dienste unterschieden; hinzu kommen weitere Differenzierungen wie diejenige in Haupt-, Neben- und Nachttarife (Hoch- und Niedertarife). Eine solche Tarifstruktur beruht unvermeidbar auf Pauschalierungen. Auch dies bildet ein Charakteristikum von Interkonnektionsbedingungen, insbesondere der entsprechenden Preise. Solche Pauschalierungen bringen ebenso unausweichlich gewisse Abweichungen von den tatsächlichen Kosten mit sich, die zwar möglichst gering zu halten, im Übrigen aber als unvermeidlich in Kauf zu nehmen sind.
2.3.4 Schliesslich mangelt es der Markt- und Branchenüblichkeit der Interkonnektionsbedingungen an Eindeutigkeit. Insbesondere kann nicht lediglich ein genau bestimmter Preis als einzig markt- und branchenüblich ermittelt werden. Vielmehr lässt sich für diese Üblichkeit lediglich ein Rahmen - für Preise eine Marge mit Ober- und Untergrenze - festlegen, wobei es auch hier nahe liegt, auf die Leistungen effizienter Marktteilnehmer in einer funktionierenden Wettbewerbssituation abzustellen. Im freien Wettbewerb lassen sich zwar theoretisch für jedes Produkt optimale Marktbedingungen definieren, insbesondere geeignete Preise errechnen. Wenn der Wettbewerb spielt, ergibt der Markt aber Differenzen, welche die angestrebte Konkurrenzsituation erst schaffen und letztlich auch ausmachen. Markt- und branchenübliche Bedingungen sind damit zwangsläufig nicht eindeutig festgelegt, sondern bewegen sich in einer gewissen Bandbreite. Diese besteht auch bei einem grundsätzlich qualitativen und nicht quantitativen Ansatz, der auf die beste Praxis der konkurrierenden Marktteilnehmer ausgerichtet ist (Best-Practice-Ansatz), kann doch auch in diesem Falle nicht lediglich auf einen einzelnen Marktteilnehmer abgestellt werden. Üblichkeit lässt sich in diesem Sinne regelmässig nur über die Festlegung eines Rahmens definieren, der sich aus dem Vergleich einer repräsentativen Mehrzahl konkurrenzfähiger Anbieter ergibt, wobei insbesondere auf mit den hiesigen Verhältnissen vergleichbare Märkte abzustellen ist (vgl. zum letzten Punkt Fischer/Sidler, a.a.O., S. 159 f., Rz. 166). Dabei ist nicht einzig die Häufigkeit bzw. Beständigkeit einer bestimmten Regelung entscheidend, sondern diese muss auch mit dem Gesetzeszweck, insbesondere der Stossrichtung von <ref-law>, vereinbar sein.
2.3.5 Alle diese Zusammenhänge belegen die erheblichen Beurteilungs- und Ermessensspielräume der Kommunikationskommission bei der inhaltlichen Festlegung von Interkonnektionsbedingungen. Insbesondere belassen die Ermittlung und Bestimmung der Kostenorientierung der Preise sowie der Markt- und Branchenüblichkeit der Interkonnektionsbedingungen als Ganzes der Vorinstanz erhebliche Spielräume, in die das Bundesgericht nur mit Zurückhaltung eingreift. Als Ausgleich dazu misst das Bundesgericht bei Interkonnektionsstreitigkeiten den verfahrensrechtlichen Regeln besonderes Gewicht bei, um über hohe prozessuale Standards dafür zu sorgen, dass ein materiell möglichst einwandfreier Entscheid zustande kommt. In diesem Sinne hat das Bundesgericht in seinem Urteil 2A.587/2003 und 2A.588/2003 vom 1. Oktober 2004 (vgl. insbes. dessen E. 3.5) in gleicher Sache weitgehende verfahrensrechtliche Garantien verlangt.
3. 3.1 Die Swisscom Fixnet AG macht in verschiedener Hinsicht geltend, die Kommunikationskommission habe ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt bzw. den Sachverhalt falsch oder unvollständig festgestellt.
3.2 Die Vorinstanz hat die prozessualen Vorgaben des Bundesgerichts gemäss dessen Urteil vom 1. Oktober 2004 (bundesgerichtliche Verfahren 2A.587/2003 und 2A.588/2003) umgesetzt und die vom Bundesgericht verlangten Verfahrensschritte unter Beachtung der entsprechenden Anforderungen nachgeholt. Das bestreiten auch die Parteien an sich nicht. Soweit die Swisscom Fixnet AG noch immer wiederholt rügt, sie habe sich nicht vollständig zur Sache äussern können, verkennt sie den Charakter des Anspruchs auf rechtliches Gehör. Dieser verlangt nicht, dass die verfahrensbeteiligte Partei die Gelegenheit erhalten muss, sich zu jedem möglichen Ergebnis, das von der entscheidenden Behörde ins Auge gefasst wird, zu äussern. Die Behörde hat in diesem Sinne nicht ihre Begründung den Parteien vorweg zur Stellungnahme zu unterbreiten. Es genügt, dass sich die Parteien zu den Grundlagen des Entscheids, insbesondere zum Sachverhalt sowie zu den anwendbaren Rechtsnormen, vorweg äussern und ihre Standpunkte einbringen können. Über diese Gelegenheit haben die Parteien im vorliegenden Verfahren vollumfänglich verfügt. Sie konnten insbesondere zum Verfügungsantrag der Instruktionsbehörde, des Bundesamtes für Kommunikation, Stellung nehmen. Dass die Vorinstanz in der Folge teilweise von diesem Antrag abwich, stellt keine Verletzung des rechtlichen Gehörs dar, sondern kann (muss aber nicht) sogar die Folge desselben sein. Die Kommunikationskommission ist an den Verfügungsantrag ihrer Instruktionsbehörde nicht gebunden. Genauso wenig ist ersichtlich, inwiefern die Vorinstanz der Swisscom Fixnet AG in anderem Zusammenhang die Gelegenheit hätte gewähren müssen, sich zusätzlich zu äussern. Die sachlichen und rechtlichen Grundlagen waren den Parteien zur Genüge bekannt, und diese vermochten ihre Standpunkte ebenfalls rechtsgenüglich einzubringen. Der angefochtene Entscheid beruht weder auf nachträglich eingetretenen oder den Parteien unbekannten tatsächlichen Umständen noch auf neuen, unvorhersehbaren Rechtsgrundlagen. Es erübrigt sich daher, hier im Einzelnen auf jeden Zusammenhang einzugehen, bei dem die Swisscom Fixnet AG die Verletzung ihres Anspruchs auf rechtliches Gehör rügt.
3.3 Was die tatsächlichen Feststellungen der Kommunikationskommission betrifft, so hat diese zusammen mit dem Bundesamt für Kommunikation den Sachverhalt vertieft abgeklärt. Insbesondere hat sie versucht, die Kostenstruktur der Interkonnektionsleistungen der Swisscom Fixnet AG im Detail zu erheben. Die Festsetzung kostenorientierter Preise verlangt aber, wie dargelegt (vgl. E. 2.3.2 und 2.3.3), lediglich eine auf objektiven Kriterien beruhende, nachvollziehbare Annäherung an die tatsächlichen Kosten; die Festlegung eines Tarifes wiederum führt zwangsläufig zu gewissen Pauschalierungen. Insofern erweisen sich bestimmte vereinfachende Annahmen als zulässig, soweit sie objektiv begründet erscheinen. So durfte die Vorinstanz etwa ohne weiteres von einer objektiv erhärteten durchschnittlich definierten Trassenlänge für die Bestimmung der Kosten bei der Linientechnik ausgehen, ohne die entsprechenden Annahmen konkret im Detail nachprüfen zu müssen. Insgesamt haben die Kommunikationskommission bzw. ihre Instruktionsbehörde im vorliegenden Fall eher zu viel als zu wenig Aufwand betrieben, was den Parteien freilich nicht schadet. Immerhin lässt sich dabei berücksichtigen, dass es sich vorliegend hinsichtlich der inhaltlichen Ausgestaltung der Bedingungen und namentlich der Preise der Interkonnektion um einen Pilotprozess handelt. Die Kommunikationskommission verfügte dabei insbesondere nicht über einschlägige Erfahrungswerte. Es erscheint aber wenig sinnvoll, in jedem Interkonnektionsstreit einen vergleichbar grossen Aufwand wie im vorliegenden Fall zu betreiben, zumal die Interkonnektionsbedingungen eine zeitlich beschränkte Geltung haben und daher regelmässig neu ausgehandelt werden müssen, womit es den Parteien unbenommen ist, gegebenenfalls auch wieder ein neues Interkonnektionsgesuch zu stellen. Dem ist beim Entscheid über den erforderlichen Aufwand Rechnung zu tragen. Bereits aus diesem Grund ist damit den Rügen, die Kommunikationskommission habe den Sachverhalt unvollständig festgestellt, weitgehend die Basis entzogen. Dies gilt insbesondere, soweit die Swisscom Fixnet AG wiederholt die Notwendigkeit einer ergänzenden Abklärung der Sachumstände in Detailfragen geltend macht. Abgesehen davon vermögen die von der Swisscom Fixnet AG angeführten Gründe die Unvollständigkeit oder Unrichtigkeit der Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz in keiner Hinsicht schlüssig zu belegen.
3.4 Die Swisscom Fixnet AG macht sodann in verschiedenem Zusammenhang geltend, die Vorinstanz sei von den von ihr eingeholten Gutachten zu Unrecht abgewichen oder hätte dies in anderen Fragen auch tun müssen. Ergänzend verlangt die Swisscom Fixnet AG die Einholung zusätzlicher Gutachten zu verschiedenen weiteren tatsächlichen und rechtlichen Fragen.
3.4.1 <ref-law> sieht als Beweismittel unter anderem Gutachten von Sachverständigen vor. Mit solchen Expertisen wird gestützt auf besondere Sachkenntnis Bericht über die Sachverhaltsprüfung und -würdigung erstattet (Urteil des Bundesgerichts 2A.315/2001 vom 26. November 2001, E. 2c/aa). Dem Sachverständigen sind bloss Sach- und keine Rechtsfragen zu unterbreiten; die Beantwortung letzterer obliegt zwingend dem Gericht (<ref-ruling> E. 5.4.1 S. 345). Auch in Fachfragen darf das Gericht nicht ohne triftige Gründe von Gutachten abweichen und muss Abweichungen begründen. Ein Abweichen ist zulässig, wenn die Glaubwürdigkeit des Gutachtens durch die Umstände ernsthaft erschüttert ist. Bestehen Zweifel an der Richtigkeit des Gutachtens und wird dennoch keine ergänzende Abklärung angeordnet, kann sich dies als rechtswidrig erweisen (vgl. <ref-ruling> E. 5.4.2 S. 345 f.). Diese Grundsätze gelten im vorliegenden Zusammenhang nicht nur für das Bundesgericht, sondern in analoger Weise auch für die Kommunikationskommission als Verwaltungsbehörde.
3.4.2 Die Kommunikationskommission hat dort, wo sie Gutachten eingeholt hat, weitgehend auf diese abgestellt. Abweichungen wurden eingehend und in nachvollziehbarer Weise begründet. Triftige Gründe für die Notwendigkeit weitergehender Abweichungen sind nicht ersichtlich. Dies gilt namentlich für das Gutachten von Prof. Spremann zum branchenüblichen Kapitalertrag. Es trifft aber auch für die eingeholte Empfehlung des Preisüberwachers zu, und gilt ebenfalls, soweit sich die Vorinstanz zur Frage der Marktbeherrschung der Swisscom Fixnet AG auf die Stellungnahme der Wettbewerbskommission (gemäss Art. 11 Abs. 3 dritter Satz FMG; vgl. dazu auch E. 4.2) abgestützt hat bzw. davon abgewichen ist. Dabei fragt es sich zwar, ob diesen behördlichen Vernehmlassungen der Stellenwert eigentlicher Expertisen zukommt. Die Wettbewerbskommission ist zur Sachfrage der Marktbeherrschung jedoch zwingend zu konsultieren und dafür auch fachkundig und hat gegenüber den Parteien als neutral zu gelten, was rechtfertigt, die für Gutachten geltenden Grundsätze wenigstens sinngemäss anzuwenden. Analoges gilt für die Empfehlung des Preisüberwachers, auch wenn dieser nicht zwingend beigezogen zu werden braucht. Wie bei den angeblichen Mängeln bei der Sachverhaltsfeststellung vermag sich die Swisscom Fixnet AG auch hier nicht auf schlüssige konkrete Hinweise für die Unzulänglichkeit der Würdigung der vorliegenden Gutachten durch die Kommunikationskommission zu berufen. Die gleichen Grundsätze gelten übrigens auch für die von der Kommunikationskommission selbst eingeholte Studie der Londoner Beratungsfirma NERA (National Economic Research Associates) aus dem Jahre 1999 (so genannte NERA-Studie), deren Tragweite hier allerdings nicht mehr strittig ist.
Die Parteien konnten im Übrigen ihre Parteirechte im Zusammenhang mit der Einholung von Gutachten und behördlichen Stellungnahmen umfassend wahren.
3.4.3 Es bleibt in diesem Zusammenhang somit nur noch zu prüfen, ob die Einholung weiterer Gutachten erforderlich ist, wie die Swisscom Fixnet AG behauptet.
Von Vornherein unnötig ist der Beizug von Experten zur Auslegung der einschlägigen Bestimmungen des Fernmelderechts. Über die damit verbundenen Rechtsfragen entscheidet das Bundesgericht selbständig, und es wäre an allfällige Expertenmeinungen ohnehin nicht gebunden (vgl. <ref-ruling> E. 5.4.1 S. 345).
Was die zu beurteilenden Sachfragen betrifft, so ist von der einschlägigen Fachkunde der Vorinstanz auszugehen. Art. 56 Abs. 1 zweiter Satz FMG schreibt vor, dass sich die Kommunikationskommission aus unabhängigen Sachverständigen zusammensetzt. Überdies ist in Interkonnektionsstreitigkeiten das ebenfalls sachkundige Bundesamt für Kommunikation als Instruktionsbehörde tätig (vgl. Art. 11 Abs. 3 erster Satz FMG und <ref-law>). Im vorliegenden Fall hat die Vorinstanz darüber hinaus weitere Fachleute, insbesondere die WIK Consult GmbH, ein vom deutschen Bundesministerium für Wirtschaft und Arbeit getragenes Beratungsunternehmen, beigezogen. Deren Beizug ist vom Bundesgericht in seinem Entscheid vom 1. Oktober 2004 in gleicher Sache bei Beachtung bestimmter Kautelen als zulässig beurteilt worden (Urteil 2A.587/2003 und 2A.588/2003, E. 8). Die entsprechenden Auflagen wurden von der Kommunikationskommission erfüllt; insbesondere konnten sich die Parteien zum in Zusammenarbeit mit diesen Fachleuten ausgearbeiteten Antrag der Instruktionsbehörde äussern. An diesen Antrag war die selbst fachkundige Vorinstanz im Übrigen nicht gebunden; sie ist ihm dennoch weitgehend gefolgt und hat allfällige Abweichungen in nachvollziehbarer Weise begründet. Die Kommunikationskommission verfügte damit über das erforderliche Fachwissen. Es bestehen keine triftigen Hinweise für einen weiteren Bedarf an Expertisen.
3.5 Insgesamt ergibt sich demnach, dass der angefochtene Entscheid weder den Anspruch auf rechtliches Gehör der Swisscom Fixnet AG verletzt noch auf unzureichenden oder falschen Sachverhaltsfeststellungen beruht.
3.6 Nicht zu übersehen ist allerdings, dass die Begründung des angefochtenen Entscheides nicht durchwegs einfach zu verstehen ist, was wohl vor allem, aber nicht ausschliesslich mit der Komplexität des vorliegenden Falles zusammenhängt.
3.6.1 Gewiss hat sich die Vorinstanz bemüht, ihre Begründung übersichtlich zu strukturieren, und ist (auf insgesamt mehr als 190 Seiten) umfassend und detailliert auf die zu entscheidende Streitfrage eingegangen. Es ist jedoch kaum je klar, welche Auswirkungen die vorgenommenen tatsächlichen Feststellungen oder die rechtliche Beurteilung eines einzelnen Streitpunktes auf die Interkonnektionsbedingungen bzw. konkreter auf den hauptsächlich strittigen Tarif (Interkonnektionspreise) entfalten. In ihrer Vernehmlassung zur Beschwerde der Swisscom Fixnet AG führt die Kommunikationskommission immerhin aus, sie habe "Preisreduktionen im Umfang von rund 30 % bei einer Mehrheit der fraglichen Dienste" verfügt. Die Beschwerdeführerin bezeichnet die strittigen Interkonnektionsleistungen als "einen für die Geschäftstätigkeit von Swisscom zentralen Bereich mit mehreren CHF 100 Mio. Umsatz pro Jahr" und gibt als Beispiel an, es führe zu einem Umsatzverlust von rund 40 Millionen Franken, wenn nur schon "die Minutenpreise für den Zuführungsdienst Swisscom zu ausgewähltem Fernmeldedienstanbieter im Jahr 2001 um 0.01 Rappen zu tief verfügt" würden. Auch die Beschwerdegegnerin unterstreicht mehrfach die ökonomische Tragweite des vorliegenden Streitfalles als solche.
3.6.2 Es ist zwar nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz nicht direkt auf derartige Geschäftszahlen abgestellt hat, kommt es darauf beim Interkonnektionsentscheid doch nicht unmittelbar an. Sie vermögen immerhin einen Hinweis auf die Dimension des vorliegenden Streitfalles zu geben. Wichtig wäre insofern aber, dass aus der Entscheidbegründung hervorginge, welchen Einfluss ein jeweils übernommener Standpunkt bzw. ein jeweils gefällter Teilentscheid auf den Tarif hat. Wenn zwischen den Parteien zum Beispiel die Behandlung der so genannten "versunkenen Kosten" (insbesondere getätigte unrentable Infrastrukturinvestitionen) strittig ist, so wäre es sinnvoll, wenn sich aus der Begründung der Interkonnektionsverfügung ergeben würde, welchen Unterschied (wenigstens in Prozentpunkten) die Berücksichtigung oder die Nichtberücksichtigung solcher Kosten im Tarif konkret ausmacht. Solches ist aus der Begründung des angefochtenen Entscheids nicht unmittelbar ersichtlich. Auch die Parteien äussern sich in ihren Rechtsschriften kaum je dazu. Offenbar scheint dies auch für sie nicht ohne weiteres rekonstruierbar. Gänzlich ausgeschlossen ist es freilich nicht. Unter Zuhilfenahme der Angaben der Swisscom Fixnet AG (insbesondere ihres LRIC-Modells) sowie der Plausibilitätstabellen der Instruktionsbehörde (vgl. dazu E. 5.2) lassen sich die einzelnen Werte, wenn auch mühsam, wenigstens theoretisch errechnen, soweit Einsicht in diese Unterlagen besteht, was für die Beschwerdegegnerin wegen bestehender Geheimhaltungsinteressen der Beschwerdeführerin auch nicht uneingeschränkt der Fall ist.
3.6.3 Insgesamt kann die Begründung des angefochtenen Entscheids unter diesen Umständen zwar nicht als ungenügend und bundesrechtswidrig gelten. Statt umfangreichen theoretischen Erwägungen und einer (allzu) vertieften Analyse jeder einzelnen Detailfrage erwiesen sich Hinweise auf die konkreten Auswirkungen der geprüften Streitfragen allerdings regelmässig als dienlicher und hilfreicher. Nebst einem Vergleich zwischen den Plausibilitätsdaten und dem verfügten Preis kommt dabei subsidiär oder sogar zusätzlich auch ein solcher zwischen den bestehenden und den neu verfügten Preisen in Frage. Das würde von Vornherein durch keinen Konflikt mit allfälligen Geschäftsgeheimnissen beeinträchtigt und zugleich die Transparenz einer Interkonnektionsverfügung erhöhen. Die Kommunikationskommission wird ihre Begründungen künftig an diesen Anforderungen ausrichten können. Der vorliegend angefochtene Entscheid verstösst indessen nicht schon aus diesem Grunde gegen Bundesrecht.
4. 4.1 Die Swisscom Fixnet AG bestreitet, im Bereich der so genannten vermittelten Interkonnektionsdienste (Usage Charges; insbesondere eigentliche Vermittlungs- bzw. Zusammenschaltungsgebühren) nicht nur in regionaler, sondern auch in nationaler Hinsicht marktbeherrschend zu sein, wie die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid angenommen hat. Sie stellt damit insoweit in Frage, dass die gesetzlichen Voraussetzungen der Interkonnektionspflicht nach <ref-law> erfüllt sind.
4.2 Nach Art. 11 Abs. 3 dritter Satz FMG konsultiert die Kommunikationskommission die Wettbewerbskommission, wenn die Frage der Marktbeherrschung zu beurteilen ist. Dies hat die Vorinstanz im vorliegenden Fall getan. Aus rechtlicher Sicht erscheint es grundsätzlich zulässig, die Frage der Marktbeherrschung für die nationalen und regionalen Interkonnektionsdienste unterschiedlich zu beantworten. <ref-law> verlangt nicht zwingend, dass die Interkonnektionsleistungen als integrale Einheit beurteilt werden, sondern lässt es durchaus zu, die Marktbeherrschung für Teileinheiten des gesamten Interkonnektionsverhältnisses separat zu ermitteln, sofern sich eine solche Aufspaltung als sinnvoll erweist.
In tatsächlicher Hinsicht kann sich die Beschwerdeführerin in diesem Sinne für ihren Standpunkt grundsätzlich auf die Stellungnahme der Wettbewerbskommission berufen, welche die Marktbeherrschung für die nationalen Dienste verneinte und lediglich für die regionalen Dienste bejahte. Auch in diesem Zusammenhang hat die Kommunikationskommission jedoch überzeugend dargelegt, weshalb sie sich insoweit dem Standpunkt der Wettbewerbskommission nicht anschloss. Ohne triftige Gründe ist davon nicht abzuweichen. Einschlägige Hinweise, welche die Würdigung der Vorinstanz als unzulässig oder fragwürdig erscheinen liessen, sind nicht ersichtlich. Im Gegenteil erscheint es nachvollziehbar, dass im vorliegenden Fall die fraglichen Dienste derart miteinander verknüpft sind, dass sie integrierte Leistungen bilden, deren Aufspaltung wenig sinnvoll ist. Damit ist auch insofern an den tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid festzuhalten, und es ist nicht zu beanstanden, dass die Vorinstanz bei den nationalen gleich wie bei den regionalen vermittelten Diensten von der Marktbeherrschung der Swisscom Fixnet AG ausgegangen ist.
5. 5.1 Hauptstreitpunkt bilden die von der Vorinstanz verfügten Interkonnektionspreise. <ref-law> konkretisiert die kostenorientierte Preisgestaltung, wie sie <ref-law> für das Interkonnektionsverhältnis vorschreibt. Danach beruht die Festsetzung der Preise auf den Grundsätzen der Kostenrelevanz (Erfordernis eines kausalen Zusammenhangs der Kosten mit der Interkonnektion; <ref-law>), der langfristigen Zusatzkosten (long run incremental costs, LRIC; <ref-law>), eines konstanten Zusatzes (constant mark up) auf den relevanten gemeinsamen und Gemeinkosten (joint and common costs; <ref-law>) sowie eines branchenüblichen Kapitalertrags für die eingesetzten Investitionen (<ref-law>). Die Kosten haben den Aufwendungen und Investitionen einer effizienten Anbieterin zu entsprechen, ihre Berechnung muss auf einer aktuellen Grundlage erfolgen (forward looking), und die Netzkosten müssen den Wiederbeschaffungskosten (modern equivalent assets) entsprechen (<ref-law>). Schliesslich sind die Interkonnektionsdienstleistungen getrennt und entbündelt von den übrigen Diensten abzurechnen und in Rechnung zu stellen (<ref-law>; vgl. dazu Fischer/Sidler, a.a.O., S. 158 f., Rz. 164 f., sowie das Urteil des Bundesgerichts 2A.587/2003 und 2A.588/2003 vom 1. Oktober 2004, E. 5.1).
5.2 Die Kommunikationskommission hat ihr Vorgehen im angefochtenen Entscheid eingehend beschrieben. Im Wesentlichen verfolgte sie den folgenden Ansatz: Ausgangspunkt für die Preis- bzw. Kostenüberprüfung bildeten Kosten- und Modellinformationen der Swisscom Fixnet AG, insbesondere das von dieser erstellte und eingereichte Modell der langfristigen Zusatzkosten (LRIC-Modell). Dieses litt nach Ansicht der Vorinstanz allerdings an gewissen Unzulänglichkeiten. Die Kommunikationskommission hat das LRIC-Modell lediglich für die so genannten vermittelten Interkonnektionsdienste (Usage Charges; vgl. E. 4.1) als brauchbare Grundlage beurteilt, für die so genannten nutzungsunabhängigen Interkonnektionsdienste (Non Usage Charges; namentlich Bearbeitungsgebühren) jedoch als unvollständig und damit unbrauchbar erkannt. Für die vermittelten Interkonnektionsdienste erstellte das Bundesamt für Kommunikation auf der Basis des LRIC-Modells und eines als wahrscheinlich erachteten Referenzszenarios sowie ergänzt um weitere Beweismittel so genannte Plausibilitätstabellen in Form von Excel-Dateien. Diese Plausibilitätstabellen stellen ein objektiviertes, aus unabhängiger Sicht ergänztes Abbild des LRIC-Modells dar, das als Grundlage für die erforderlichen Preisberechnungen verwendet wurde. Erkannte Mängel wurden in dem Sinne beseitigt, dass die Kommunikationskommission unzulässige Preiskomponenten in Abzug brachte (so genannte Top-Down-Methode) oder vereinzelt fragwürdige Werte (namentlich im Bereich der so genannten Mehrwertdienste) durch Vergleichswerte (Benchmarking) ersetzte bzw. korrigierte. Die Preise für die nutzungsunabhängigen Interkonnektionsdienste legte die Vorinstanz vornehmlich auf der Grundlage solcher Vergleichswerte (Benchmarking) fest. Für die Berechnung des branchenüblichen Kapitalertrages stellte die Kommunikationskommission weitgehend auf das entsprechende Gutachten von Prof. Spremann sowie ergänzend auf die Empfehlungen des Preisüberwachers ab.
5.3 Obwohl die <ref-law> das Interkonnektionsverfahren in den Grundzügen regeln und die zu beachtenden Kriterien nennen, sind dem Gesetzes- und Verordnungsrecht nur wenige Hinweise auf die von den zuständigen Bundesbehörden anzuwendende Methode zur Berechnung der kostenorientierten Preise zu entnehmen. Die Verordnung schreibt immerhin den Rahmen des Modells vor, nach dem die Kostenallokation vorzunehmen ist, indem sie sich im Wesentlichen für eine auf dem Prinzip der Grenzkosten aufbauende Preisfestlegung auf der Grundlage der langfristigen Zusatzkosten verbunden mit einem konstanten Zuschlag für gemeinsame, Gemein- und Kapitalkosten ausspricht (vgl. <ref-law> sowie Fischer/Sidler, a.a.O., S. 158 f., Rz. 163). Wie die Vorinstanz und die Parteien darlegen, gibt es dabei jedoch verschiedene mögliche Ansatzpunkte und Vorgehensweisen zur Ermittlung der massgeblichen Preise. Im Vordergrund stehen zwei grundsätzliche Methoden: Ein erster Ansatz, die so genannte Top-Down-Methode, geht davon aus, dass die marktbeherrschende Anbieterin grundsätzlich selbst den Nachweis für die Kostenorientierung ihrer Preise zu erbringen hat (vgl. <ref-law>). Sie muss daher ihre Kostenstruktur offen legen. Diese Kosten werden von der Regulierungsbehörde in der Folge auf Massgeblichkeit überprüft und in dem Umfang gekürzt, in dem sie sich für die fraglichen Interkonnektionsleistungen unter dem Gesichtspunkt einer effizienten Anbieterin in einer funktionierenden Wettbewerbssituation ohne Marktbeherrschung nicht rechtfertigen lassen. Mit dem zweiten Ansatz, der so genannten Bottom-Up-Methode, werden die einzelnen Kostenkomponenten im Wesentlichen durch Vergleichswerte (Benchmarking) ermittelt und in der Folge zusammengezählt.
Abgesehen von den Grundregeln von <ref-law> sowie den Vorgaben gemäss <ref-law> zur kostenorientierten Preisgestaltung lässt sich Gesetz und Verordnung keine Vorschrift für eine bestimmte Methode entnehmen. Es steht daher im Ermessen der Regulierungsbehörde, methodisch so vorzugehen, wie ihr dies am geeignetsten erscheint. Dabei muss sie immerhin die gesetzlichen Grundsätze - bzw. den entsprechend vorgegebenen Rahmen - einhalten, eine für die Wahrung dieser Vorgaben taugliche und in sich konsistente Vorgehensweise wählen und diese Methode konsequent und in nachvollziehbarer Weise umsetzen. Die Kommunikationskommission hat dabei eine unabhängige, neutrale und möglichst objektive Haltung einzunehmen. Die Rechtsordnung sieht im Übrigen keine "Bestrafung" der marktbeherrschenden Anbieterin vor, wenn diese den ihr (nach <ref-law>) grundsätzlich obliegenden Nachweis kostenorientierter Preise nicht zu erbringen vermag. Diese darf daraus aber auch keinen Vorteil ziehen. Das unterstreicht zwar die Bedeutung des Erfordernisses der Geeignetheit der gewählten Methode bzw. der objektiven Nachvollziehbarkeit der verfügten Preise. Eine Beschränkung des behördlichen Ermessens ist damit aber nicht verbunden.
5.4 Grundsätzlich erscheinen sowohl der Top-Down- als auch der Bottom-Up-Ansatz als tauglich zur Ermittlung kostenorientierter Preise. Im theoretischen Idealfall führen beide Methoden zu einem vergleichbaren Preisrahmen, auch wenn praktische Schwierigkeiten bei der Ermittlung oder Bewertung der einen oder anderen Preiskomponente zu Unterschieden im Ergebnis führen können. Im Hinblick darauf, dass kostenorientierte Preise lediglich eine Annäherung an die tatsächlichen Kosten und nicht eine Identität damit verlangen, erweisen sich beide Methoden als zur Ermittlung kostenorientierter Preise grundsätzlich geeignet und damit bundesrechtskonform. Tendenziell zielt <ref-law> immerhin auf eine Senkung der Interkonnektionspreise hin, da damit der ungerechtfertigte Wettbewerbsvorteil ausgeglichen werden soll, der sich aus der Marktbeherrschung der verpflichteten Anbieterin ergibt. Der von der Vorinstanz verfügte strittige Tarif bewirkt denn auch insgesamt eine deutliche Preisreduktion (von durchschnittlich rund 30 %). Der Entscheid der Kommunikationskommission beruht auf objektiven Grundlagen, und es gibt keinerlei Anhaltspunkte dafür, dass sich die Regulierungsbehörde nicht neutral und unabhängig verhalten hat. Auch der Top-Down-Ansatz muss aber in sich konsistent angewendet werden. Darauf wird zurückzukommen sein (vgl. E. 5.8).
5.5 In methodischer Hinsicht kommen nicht nur beim grundsätzlichen Ansatz, sondern auch bei zahlreichen Teilfragen verschiedene mögliche Vorgehensweisen in Frage. Das Bundesrecht belässt der Regulierungsbehörde auch insoweit einen erheblichen Ermessensspielraum. So erweisen sich namentlich die Methodik der Umsetzung des LRIC-Modells der Beschwerdeführerin in Plausibilitätstabellen und das dabei verwendete Referenzszenario als nachvollziehbar und für die Ermittlung der strittigen Interkonnektionspreise geeignet. Ebenso wenig ist es zu beanstanden, wenn die Vorinstanz für die von ihr vorgenommenen Korrekturen auf einen hypothetischen Markteintreter abstellt, also die Kosten der marktbeherrschenden Anbieterin mit denjenigen vergleicht, die ein neuer effizienter Marktteilnehmer tragen müsste. Auch die Art und Weise, wie die Kommunikationskommission weitere Komponenten ermittelte, etwa Anpassungen am Mengen- und Preisgerüst vornahm oder die so genannten "versunkenen Kosten" (vgl. dazu auch E. 4.6.2) und die Wiederbeschaffungswerte berücksichtigte, erweisen sich weder als untauglich noch als inkonsistent. Soweit die Vorinstanz schliesslich zur Vergleichsmethode (Benchmarking) griff, um insbesondere die Markt- und Branchenüblichkeit von Kosten und Preisen abzuklären, scheint ihre Vorgehensweise ebenfalls nicht ungeeignet. Der Blick auf das Ausland erweist sich dabei als unerlässlich, lassen sich doch in der Schweiz kaum genügend - nicht von der Marktbeherrschung einer Konkurrentin beeinflusste - einschlägige Vergleichswerte finden. Zur Ermittlung massgeblicher ausländischer Vergleichswerte hat die Vorinstanz auf eine Mehrzahl von Ländern abgestellt, die sie als repräsentativ erachtete. Es ist nicht ersichtlich, dass diese Auswahl untauglich oder ungenügend wäre. Auch der Verzicht auf eine Kaufkraftbereinigung wurde von der Vorinstanz in nachvollziehbarer Weise begründet.
5.6 Was die Methode zur Berechnung des massgeblichen Kapitalertrags betrifft, so hat sich die Kommunikationskommission dafür weitgehend auf das Gutachten von Prof. Spremann sowie auf die Empfehlung des Preisüberwachers abgestützt. Ihre entsprechende Würdigung dieser Gutachten bzw. Stellungnahmen ist nicht zu beanstanden (vgl. E. 3.4.2). Insbesondere ist nachvollziehbar, dass die Vorinstanz von der Annahme eines relativ hohen Fremdkapitalanteils, wie er für einen hypothetischen Markteintreter wahrscheinlich ist, und nicht von einer ausserordentlich hohen Eigenkapitalquote ausging, wie sie die Beschwerdeführerin ausweist und die mit ihrer besonderen Entstehungsgeschichte zusammenhängt. Auch die übrigen Kritikpunkte lassen die Kapitalertragsberechnung der Vorinstanz nicht als unzulässig erscheinen. Dies gilt insbesondere für den von der Kommunikationskommission angenommenen Zinssatz bzw. für die von ihr angewandte Methode der Berücksichtigung der Kapitalkosten (unter Ausrichtung an den so genannten weighted average costs of capital, WACC; vgl. dazu Fischer/Sidler, a.a.O., S. 158 f., Rz. 163).
5.7 Damit erweisen sich die von der Beschwerdeführerin erhobenen methodischen Einwände als weitgehend unbegründet. In einer Hinsicht erscheint die Umsetzung des Top-Down-Ansatzes durch die Vorinstanz indessen fragwürdig. Darauf ist im Folgenden näher einzugehen.
5.7.1 Bei den vermittelten Interkonnektionsdiensten (Usage Charges) - soweit ersichtlich, mit Ausnahme der Mehrwertdienste - beruht der ermittelte Preis, wie dargelegt (vgl. E. 5.2), auf den angepassten Plausibilitätstabellen. Die Kommunikationskommission übernahm aber nicht die Kostenwerte der angepassten Plausibilitätstabellen, sondern berechnete einen Differenzwert (gesamthaften Anpassungsbedarf) zwischen den ursprünglichen und den von ihr korrigierten Plausibilitätstabellen (so genanntes Delta x). Diesen Differenzwert brachte sie von den strittigen Preisen der Swisscom Fixnet AG in Abzug. Sie begründet dies damit, die Beschwerdeführerin habe den ihr obliegenden Kostennachweis lediglich mit einer gewissen (tolerierbaren) Unschärfe (Abweichung) erbringen können; die gewählte Methode solle verhindern, dass diese Unschärfe die verfügten Preise verzerre.
Die Begründung der Vorinstanz überzeugt indessen nicht. Es ist keineswegs gesichert, dass die bisher von der Swisscom Fixnet AG verlangten Preise massgeblich auf den effektiven Kosten beruhten; im Gegenteil wird dies im vorliegenden Verfahren zumindest teilweise widerlegt. Die von der Vorinstanz angewandte Methode stellt sodann für die marktbeherrschende Anbieterin gerade nicht einen Anreiz für kostenorientierte Preise dar, sondern dürfte sie eher dazu anhalten, möglichst hohe Preise zu verlangen, um bei einer behördlichen Festsetzung der Interkonnektionspreise einen höheren Ausgangswert zu erzielen. Das ist nicht sinnvoll. Die von der Kommunikationskommission gewählte Methode erscheint insoweit denn auch in sich selbst nicht konsistent. Werden mit den korrigierten Plausibilitätstabellen die tatsächlichen Kosten wenigstens annäherungsweise ermittelt, muss dieser angepasste Wert die Grundlage für die Interkonnektionspreise bilden, die sich ja an diesen effektiven Kosten auszurichten haben. Es ist nicht einzusehen, dass hier auf die von der marktbeherrschenden Anbieterin verlangten Preise abzustellen wäre, die auf ganz anderen Zusammenhängen beruhen können.
Freilich erscheint insofern nicht klar, zu wessen Lasten bzw. Gunsten sich die Delta-x-Methode überwiegend auswirkt; soweit ersichtlich, lässt sich dies weder dem angefochtenen Entscheid noch den Rechtsschriften noch den übrigen vorhandenen Unterlagen entnehmen. Selbst die Beschwerdegegnerin hält in ihrer Vernehmlassung fest, die von der Kommunikationskommission angewandte Delta-x-Methode wirke "keineswegs einseitig zuungunsten der Beschwerdeführerin". Wie es sich damit verhält, kann hier jedoch dahingestellt bleiben. Die beschriebene Delta-x-Methode erweist sich so oder so zur Festlegung kostenorientierter Preise als untauglich und inkonsistent. Eine solche methodische Unzulänglichkeit ist durch das der Vorinstanz zustehende Ermessen nicht mehr gedeckt, weshalb der angefochtene Entscheid insoweit Bundesrecht verletzt.
5.7.2 Die Beschwerdeführerin stösst sich im Übrigen auch an den von der Vorinstanz in ihrer Vernehmlassung an das Bundesgericht vorgenommenen Korrekturen und leitet daraus ab, diese würden die Fehlerhaftigkeit des Vorgehens der Kommunikationskommission belegen. Die von der Vorinstanz korrigierten Fehler beruhen auf Unzulänglichkeiten bei der manuellen Übertragung der Preise aus den angepassten Plausibilitätstabellen in die Datei, die der Berechnung der effektiv verfügten Interkonnektionspreise diente. Ob hier ein Zusammenhang mit der als unzulässig erkannten Delta-x-Methode besteht, ist unklar, aber nicht gänzlich auszuschliessen. Freilich belegt dieser von der Vorinstanz anerkannte Korrekturbedarf nicht ein generelles Ungenügen oder eine allgemeine Unsorgfalt der Kommunikationskommission, wie die Swisscom Fixnet AG meint. Es handelt sich vielmehr um einen Fehler, der auf der Komplexität des Verfahrens beruht, nicht ohne weiteres erkennbar ist und von der Beschwerdeführerin, soweit ersichtlich, so nicht einmal geltend gemacht wurde. Die Fehlerhaftigkeit der verfügten Preise für die vermittelten Interkonnektionsdienste - denn nur diese beruhen ja auf den Plausibilitätstabellen und nur bei diesen können daher entsprechende Übertragungsfehler aufgetreten sein - unterstreicht aber die Notwendigkeit, die fraglichen Tarifposten einer nochmaligen Berechnung zu unterziehen. Nachdem die Delta-x-Methode als unzulässig erkannt worden ist, können die von der Kommunikationskommission vorgeschlagenen neu berechneten Preise ohnehin nicht ohne weiteres übernommen werden.
5.8 Soweit die Kommunikationskommission die Preise bei den vermittelten Interkonnektionsdiensten (Usage Charges) unter Verwendung des Delta-x-Ansatzes bestimmt hat, verletzt der angefochtene Entscheid (Dispositivziffer 2.1) somit Bundesrecht. Zwar scheint dies für alle entsprechenden Tarifposten ausser den Mehrwertdiensten zuzutreffen. Da dies aber nicht gänzlich klar ist, rechtfertigt es sich, den verfügten Tarif bei den vermittelten Interkonnektionsdiensten (Usage Charges) gesamthaft aufzuheben und zur Verbesserung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Diese wird dabei darzulegen haben, welche Tarifposten sie neu - gemäss den vorliegenden Erwägungen - direkt gestützt auf die korrigierten Plausibilitätstabellen abändert.
Allerdings wurde die Verfügung der Kommunikationskommission einzig von der Swisscom Fixnet AG angefochten, und das Bundesgericht kann nicht über deren Anträge hinaus gehen bzw. es gilt insofern das Verbot der reformatio in peius (vgl. Art. 114 Abs. 1 OG sowie E. 1.5). Die Vorinstanz wird daher die aufgehobenen Tarifposten lediglich insoweit abändern dürfen, als sich dies zugunsten der Beschwerdeführerin auswirkt; im Übrigen wird sie es bei den im angefochtenen Entscheid verfügten Preisen zu belassen haben. Auch eine Berichtigung im Sinne von <ref-law> kommt insoweit nicht in Betracht, handelt es sich doch nicht um reine Rechnungsfehler, sondern um Fehler in der Dateneingabe, die nicht in den Anwendungsbereich von <ref-law> fallen (vgl. ASA 55 512 E. 2 S. 514; Urteil des Bundesgerichts 2A.132/1996 vom 6. März 1997, E. 6b; André Moser, in: Moser/Uebersax, Prozessieren vor eidgenössischen Rekurskommissionen, Basel/Frankfurt a.M. 1998, Rz. 5.26). Diese Beschränkung gilt aber nur für die hier strittigen Interkonnektionspreise der Jahre 2000-2003. Aufgrund der von der Vorinstanz verfügten, unangefochten gebliebenen Reziprozitätsklausel (vgl. Ziffer 3 des Dispositivs des angefochtenen Entscheides) wird die Beschwerdegegnerin davon im Übrigen für von ihr im Interkonnektionsverhältnis erbrachte Gegenleistungen wenigstens teilweise auch mitprofitieren.
6. 6.1 Die Beschwerdeführerin behauptet, die Kommunikationskommission sei im Interkonnektionsverfahren einzig für vertragliche Hauptleistungspflichten wie die eigentliche Gewährung des Netzzuganges sowie die Festlegung des Interkonnektionspreises zuständig. Sie habe jedoch gestützt auf <ref-law> keine Kompetenz, auch Nebenleistungspflichten und Nebenpflichten anzuordnen, zu denen administrative, technische und rechtliche Fragen untergeordneter Bedeutung gehörten. Komme über vorbehaltene Nebenpunkte keine Einigung zustande, habe gemäss <ref-law> der Richter über diese nach der Natur des Geschäfts zu entscheiden, wobei nach Art. 11 Abs. 4 zweiter Satz FMG solche Streitigkeiten unter die Zivilgerichtsbarkeit fielen. Konkret ficht die Swisscom Fixnet AG ausdrücklich an, dass die Vorinstanz nicht angeordnet hat, Preisanpassungen bei Behördenentscheiden auf Begehren eines Dritten würden erst ab Rechtskraft der Verfügung gelten (Dispositivziffer 4.2); die Beschwerdeführerin stösst sich überdies daran, dass die Kommunikationskommission den Haftungsausschluss für entgangenen Gewinn nicht in die Interkonnektionsbedingungen aufgenommen hat (Dispositivziffer 4.5).
6.2 Zunächst erscheint der Standpunkt der Beschwerdeführerin widersprüchlich. Einerseits spricht sie der Vorinstanz die Zuständigkeit für die Regelung so genannter Nebenpunkte im Interkonnektionsverfahren ab; andererseits ficht sie diese Regelung nicht gesamthaft, sondern nur teilweise an und verlangt sogar die Aufnahme ergänzender Anordnungen in die Interkonnektionsverfügung, für die nach ihrer Ansicht doch gar nicht die Interkonnektionsbehörde, sondern der Zivilrichter zuständig sein soll. Diese Auffassung der Beschwerdeführerin geht jedoch ohnehin fehl. <ref-law> ist (bewusst) sehr offen formuliert. Die Kommunikationskommission ist zuständig, die Bedingungen für die Interkonnektion zu verfügen. Eine Einschränkung auf die Hauptpunkte besteht nicht. Zu den fraglichen Bedingungen zählen vielmehr sämtliche Punkte, die in einem sachlichen Zusammenhang zur Interkonnektion stehen. Dass dazu neben technischen Regelungen auch Bestimmungen zur Abwicklung des Vertragsverhältnisses (etwa zur Gewährleistung oder Haftung) gehören, ist in diesem Sinne sachlich begründet. <ref-law> geht insofern <ref-law> vor, bzw. die Regeln des allgemeinen Vertragsrechts greifen im Bereich der behördlich verfügten Interkonnektionsbedingungen nicht bzw. lediglich subsidiär. Damit wird das in <ref-law> vorgesehene Verhandlungsprimat nicht desavouiert und auch nicht eine behördliche ex-ante-Regulierung eingeführt, wie die Beschwerdeführerin behauptet. Vielmehr bleibt es dabei, dass die Interkonnektionspartner zunächst dreimonatige Verhandlungen - auch zu den Nebenpunkten der Interkonnektion - zu führen haben, bevor die Kommunikationskommission ex post und lediglich auf Gesuch hin tätig werden kann. Für die Nebenbestimmungen ist auch nicht der Zivilrichter zuständig. Seine Kompetenz für die Beurteilung von Streitigkeiten aus Interkonnektionsvereinbarungen und -entscheiden erstreckt sich lediglich auf die Frage der Auslegung und Durchsetzung gültig vereinbarter Bestimmungen bzw. rechtskräftiger Entscheide (vgl. BBl 1996 III 1427; Fischer/Sidler, a.a.O., S. 165, Rz. 179). Eine parallele Zuständigkeit der Interkonnektionsbehörde für die Hauptpunkte und der Zivilgerichte für die Nebenpunkte erschiene im Übrigen ohnehin nicht sinnvoll und höchst unpraktikabel und würde die Interkonnektion übermässig erschweren. Die Zuständigkeit der Kommunikationskommission für die hier strittigen Nebenpunkte der Interkonnektion erweist sich damit als gegeben. Dabei verfügt die Regulierungsbehörde über ein erhebliches Ermessen, sind doch der Rechtsordnung - noch weniger als bei der Preisgestaltung, wo das Gesetz immerhin die Kostenorientierung vorschreibt und die Verordnung dies teilweise konkretisiert - praktisch keine Vorgaben für die Nebenpunkte der Interkonnektion zu entnehmen, ausser dass sich ihre Festlegung (in Anwendung von <ref-law>) an den Grundsätzen der Markt- und Branchenüblichkeit auszurichten hat. Gesetz- und Verordnungsgeber haben hier der Kommunikationskommission einen grossen Entscheidungsspielraum eingeräumt, den das Bundesgericht entsprechend zu respektieren hat (vgl. E. 2.3).
6.3 Angesichts dieses Spielraumes ist nicht zu beanstanden, wenn die Vorinstanz für die Beurteilung der Markt- und Branchenüblichkeit der Nebenbestimmungen nicht lediglich auf die Häufigkeit bzw. Beständigkeit einer bestimmten Regelung, sondern auch auf deren sachliche Rechtfertigung und Praktikabilität abstellt. Darüber hinaus erscheint es zulässig, eine gewisse Vertragsgerechtigkeit anzustreben, sofern damit der Ausgleich der Marktbeherrschung bzw. eine Regelung bezweckt wird, wie sie unter Vertragspartnern mit gleicher oder zumindest ähnlicher Verhandlungsmacht zu erwarten ist. Ein solcher Ausgleich entspricht dem Gesetzeszweck von <ref-law> (vgl. E. 2.3.1). Die Kommunikationskommission hat sich an diese Grundsätze gehalten, weshalb ihre Würdigung der Markt- und Branchenüblichkeit bei den Nebenbedingungen der Interkonnektion grundsätzlich vor dem Bundesrecht standhält.
6.4 Die Beschwerdeführerin wendet sich dagegen, dass Preisanpassungen, die von der Regulierungsbehörde auf Begehren eines Dritten verfügt werden, rückwirkend auf den Beginn der Interkonnektionsbedingungen und nicht erst ab Rechtskraft der fraglichen Verfügung gelten sollen. Eine solche Rückwirkungsklausel entspricht indessen durchaus dem Gesetz und liegt im öffentlichen Interesse. Aufgrund des Gebots der Nichtdiskriminierung gemäss <ref-law> ist die marktbeherrschende Anbieterin verpflichtet, allen Konkurrentinnen dieselben Interkonnektionsbedingungen zu gewähren. Kleinere Interkonnektionspartner sind nicht ohne weiteres in der Lage, selbst ein aufwendiges Interkonnektionsverfahren zu führen, und darauf angewiesen, sich zeitgerecht dem Ergebnis der Interkonnektionsstreitigkeiten grösserer Konkurrenten anschliessen zu können. Gleichzeitig verringert eine Rückwirkungsklausel den Anreiz, Interkonnektionsverfahren aus finanziellen bzw. wettbewerbspolitischen Gründen zu verzögern. Wird die Rückwirkungsklausel im Sinne der Nichtdiskriminierung allen Interkonnektionspartnern einer marktbeherrschenden Anbieterin gewährt, wird damit für eine möglichst zeitige Umsetzung des Prinzips des funktionierenden Wettbewerbs unter vergleichbaren Bedingungen für alle Marktteilnehmer gesorgt. Dies entspricht der Zwecksetzung der Rechtsordnung, was auch die damit verbundene (indirekte) Drittwirkung des Interkonnektionsentscheides auf andere Interkonnektionsverhältnisse rechtfertigt. Erneut ist nicht ersichtlich, weshalb dadurch das Verhandlungsprimat nach <ref-law> in Frage gestellt sein bzw. inwiefern dadurch eine ex-ante-Regulierung eingeführt werden sollte, bringt die strittige Rückwirkungsklausel doch keine (prozessualen) Abweichungen von den entsprechenden Verfahrensbestimmungen mit sich.
6.5 Was sodann den von der Vorinstanz verfügten Verzicht auf einen Haftungsausschluss für entgangenen Gewinn betrifft, so verweist die Beschwerdeführerin auf die Häufigkeit bzw. Verbreitung von entsprechenden Klauseln in der Telekommunikationsbranche. Die Kommunikationskommission hat dies im angefochtenen Entscheid freilich durchaus berücksichtigt. Der Verzicht auf den Haftungsausschluss beruht jedoch auf einem anderen Grund: In der Regel hat vor allem die marktbeherrschende Anbieterin ein Interesse an einer Haftungsausschlussklausel, da sie versucht sein könnte, wesentliche Interkonnektionsbedingungen nicht strikt zu beachten, insbesondere entsprechende Termine nur verzögert einzuhalten, um möglichst lange (in ungerechtfertigter Weise) vom bestehenden Wettbewerbsvorteil zu profitieren. Das Risiko einer Haftung aus entgangenem Gewinn wirkt einem allfälligen solchen Verhalten entgegen, weshalb der Verzicht auf die von der Beschwerdeführerin verlangte Haftungsausschlussklausel mit dem Zweck von <ref-law> in Einklang steht, den ungerechtfertigten Wettbewerbsvorteil der marktbeherrschenden Anbieterin effizient und zeitgerecht zu beseitigen.
6.6 Die von der Beschwerdeführerin angefochtenen Nebenbedingungen der Interkonnektion sind demnach mit dem Bundesrecht vereinbar.
7. 7.1 Schliesslich ficht die Swisscom Fixnet AG die Höhe der ihr auferlegten Kosten für das vorinstanzliche Verfahren an. Aufgrund der teilweisen Rückweisung des strittigen Tarifs an die Vorinstanz zu neuem Entscheid wird diese darüber ohnehin neu zu befinden haben, weshalb die die Kosten regelnde Dispositivziffer 6 der angefochtenen Verfügung schon aus diesem Grunde aufzuheben ist. Im Hinblick auf die Neuregelung rechtfertigt sich aber ein ergänzender Hinweis.
7.2 Das Bundesgericht hat in einem kürzlich ergangenen Urteil die für die Erhebung, Verlegung und Bemessung der Kosten für das Interkonnektionsverfahren anwendbaren Rechtsregeln bereits näher konkretisiert (<ref-ruling> E. 3 und 4 S. 53 ff.). Danach entspricht es insbesondere der Rechtsordnung, die Entscheidgebühr nach Massgabe des Obsiegens bzw. Unterliegens zu verlegen und nach dem von der Kommunikationskommission und ihrer Instruktionsbehörde geleisteten Aufwand zu bemessen. Die vorliegend verfügte Gebühr hält sich weitgehend an die im genannten Urteil entwickelten Grundsätze. Der Entscheid des Bundesgerichts wurde zwar in der Literatur - im hier fraglichen Zusammenhang - insbesondere deshalb kritisiert, weil das Bundesgericht nicht aufgrund des bestehenden öffentlichen Interesses an der Fragestellung einen teilweisen Kostenerlass gewährt hat (vgl. <ref-ruling> E. 4.7 S. 59 ff.; Lorenzo Marazzotta, Interkonnnektion - keine Öffnung der letzten Meile nach geltendem Recht, in: Jusletter vom 3. April 2006, Rz. 23 ff.). Die Kommunikationskommission hatte die angefallenen Kosten aber aus ähnlichen Gründen bereits unter einem anderem Titel um die Hälfte reduziert, was das Bundesgericht als angebracht erachtete (vgl. insbes. <ref-ruling> E. 4.2-4.4 S. 56 ff.). Es besteht daher kein Anlass, auf diese Rechtsprechung zurückzukommen. Hingegen rügt die Swisscom Fixnet AG ausdrücklich, im Unterschied dazu habe die Vorinstanz im vorliegenden Fall lediglich eine Reduktion um einen Drittel vorgenommen. Dies überzeugt in der Tat nicht, was sogar die Beschwerdegegnerin (aus Gründen der Rechtsgleichheit) anerkennt. Im vorliegenden Fall handelt es sich ebenfalls um ein Pilotverfahren, in dem ein ausserordentlich grosser Aufwand zu leisten war, der auch noch in allfälligen künftigen Interkonnektionsstreitigkeiten von Nutzen sein wird. Der Aufwand bewegt sich eher im oberen Rahmen und wurde teilweise von den Behörden mitverursacht. Unter diesen Umständen rechtfertigt es sich auch vorliegend, im Rahmen der Festsetzung der Verfahrenskosten beim betriebenen Aufwand einen hälftigen Abzug zur Anwendung zu bringen. Die Kommunikationskommission wird dies bei der Neuverlegung der Kosten zu berücksichtigen haben.
8. 8.1 Zusammenfassend ergibt sich, dass der angefochtene Entscheid in der Sache weitgehend nicht zu beanstanden ist. Eine Ausnahme gilt lediglich insoweit, als die Vorinstanz bei der Ermittlung der festzulegenden Preise für die vermittelten Interkonnektionsdienste (Usage Charges) den auf der Grundlage der Plausibilitätstabellen berechneten Differenzwert (gesamthaften Anpassungsbedarf; so genanntes Delta x) von den strittigen Preisen der Swisscom Fixnet AG in Abzug brachte und nicht stattdessen auf die korrigierten Plausibilitätstabellen abstellte (vgl. E. 5.7). Die Kommunikationskommission wird die entsprechenden Tarifposten neu zu berechnen und soweit anzupassen haben, als sich ein Korrekturbedarf zugunsten der Beschwerdeführerin ergibt. Sodann wird die Vorinstanz auch über die Verfahrenskosten neu zu befinden haben, wobei sie bei der Berücksichtigung des betriebenen Aufwandes einen hälftigen Abzug zur Anwendung zu bringen haben wird (vgl. E. 7.2).
Demnach ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde insoweit teilweise gutzuheissen, und der angefochtene Entscheid ist im entsprechenden Umfang (Dispositivziffern 2.1 und 6) aufzuheben. Die Sache muss an die Kommunikationskommission zurückgewiesen werden zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen. Sollte es dabei möglich sein, einzig gestützt auf die in den Akten liegenden Unterlagen zu entscheiden, was nicht ausgeschlossen erscheint, müsste die Vorinstanz nicht zwingend ein ergänzendes Verfahren durchführen und die Parteien nochmals anhören. Vielmehr könnte sie diesfalls die noch offenen Interkonnektionspreise und Verfahrenskosten direkt neu verfügen. Im Übrigen ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen.
8.2 Die beschwerdeführende Swisscom Fixnet AG obsiegt nur zu einem kleinem Teil und unterliegt weitgehend. Es rechtfertigt sich daher, die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu vier Fünfteln der Beschwerdeführerin und zu einem Fünftel der Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (vgl. Art. 156 Abs. 1 und 3 OG). Überdies hat die Swisscom Fixnet AG der Verizon Switzerland AG für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung auszurichten (vgl. Art. 159 Abs. 1-3 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen, und die Ziffern 2.1 sowie 6 des Dispositivs der Verfügung der Eidgenössischen Kommunikationskommission vom 10. Juni 2005 werden aufgehoben. Die Sache wird insoweit an die Eidgenössische Kommunikationskommission zurückgewiesen zu neuem Entscheid im Sinne der Erwägungen. Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 50'000.-- wird der Beschwerdeführerin zu vier Fünfteln, ausmachend Fr. 40'000.--, und der Beschwerdegegnerin zu einem Fünftel, ausmachend Fr. 10'000.--, auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat der Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren eine reduzierte Parteientschädigung von Fr. 35'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und der Eidgenössischen Kommunikationskommission (ComCom) schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. April 2006
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: