Sachverhalt:
A. X._ und Y._ sind Eigentümer einer 5 1⁄2-Zimmerwohnung in R._ (GR), die sie für einen jährlichen Mietzins von Fr. 13'200.-- an ihre Tochter und deren Ehemann vermieten. Von der Steuerverwaltung des Kantons Graubünden wurden X._ und Y._ für die Kantons- und Gemeindesteuern der Steuerperiode 2006 veranlagt. Die Veranlagung enthielt im Einkommen eine Aufrechnung von Fr. 9'600.--, die der Differenz zwischen den deklarierten Mietzinserträgen (Fr. 13'200.--) und dem Eigenmietwert gemäss der amtlichen Schätzung vom 21. Dezember 1998 (Fr. 22'800.--) entsprach.
B. Gegen die definitive Veranlagungsverfügung erhoben die Steuerpflichtigen erfolglos Einsprache und beschwerten sich anschliessend beim Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden. In diesem Verfahren anerkannte die Steuerverwaltung aufgrund der von X._ und Y._ in der Zwischenzeit eingereichten amtlichen Schätzung vom 20. Juni 2008 einen steuerbaren Mietwert von Fr. 19'200.-- statt von Fr. 22'800.--. In der Folge wies das Verwaltungsgericht die Beschwerde mit Urteil vom 10. Oktober 2008 ab, "soweit sie nicht anerkannt worden ist". Im Weiteren auferlegte es die Gerichtskosten von insgesamt Fr. 1'766.-- vollumfänglich X._ und Y._. Eine Parteientschädigung sprach es den Steuerpflichtigen nicht zu.
C. Mit Eingabe vom 2. Dezember 2008 führen X._ und Y._ Beschwerde beim Bundesgericht. Die Beschwerde richtet sich ausschliesslich "gegen die ausweichende, damit aufwändige Behandlung der Beschwerde" sowie gegen die Auferlegung der Gerichtskosten durch die Vorinstanz: Die Beschwerdeführer beantragen sinngemäss, es sei die Kostenverlegung des verwaltungsgerichtlichen Entscheids dahingehend abzuändern, dass ihnen keine Gerichtskosten auferlegt würden. Zudem sei ihnen zumindest eine symbolische Parteientschädigung für das vorinstanzliche Verfahren zuzusprechen. Sie begründen ihre Anträge im Wesentlichen damit, dass die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden nie zum Anliegen einer "Reduktion des Eigenmietwertes in Richtung Marktwert" Stellung genommen habe. Erst nach dem Weiterzug der Angelegenheit an das Verwaltungsgericht und nach Kenntnis der neuen amtlichen Schätzung vom 20. Juni 2008 habe sie sich schliesslich bereit erklärt, den steuerbaren Eigenmietwert für die Steuerperiode 2006 herabzusetzen. Dies bestätige, dass die Beschwerde beim kantonalen Verwaltungsgericht begründet gewesen sei. Die Steuerverwaltung habe ihnen, den Beschwerdeführern, unnötigerweise grossen Aufwand verursacht.
Während die Eidgenössische Steuerverwaltung auf eine Vernehmlassung verzichtet, schliesst die Steuerverwaltung des Kantons Graubünden auf Abweisung der Beschwerde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann namentlich die Verletzung von Bundesrecht (einschliesslich der verfassungsmässigen Rechte) gerügt werden (<ref-law>). Die Anwendung von kantonalem Recht kann dagegen vom Bundesgericht nicht frei, sondern nur auf Verfassungskonformität hin überprüft werden (<ref-law> e contrario). Bezüglich der Verletzung von verfassungsmässigen Rechten gilt eine qualifizierte Rügepflicht: Das Bundesgericht tritt auf eine solche Rüge nur dann ein, wenn sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
2. Im vorliegenden Fall werden von den Beschwerdeführern die Kosten- und Entschädigungsfolgen des vorinstanzlichen Verfahrens gerügt. Diese richten sich jedoch ausschliesslich nach den einschlägigen Bestimmungen des kantonalen Prozessrechts und können daher, gemäss dem bereits Ausgeführten, einzig unter dem Aspekt einer Verletzung von verfassungsmässigen Rechten geprüft werden. Namentlich nicht frei überprüfbar ist demzufolge, ob es die kantonalen Gesetzesbestimmungen aufgrund der teilweisen Anerkennung der kantonalen Verwaltungsgerichtsbeschwerde durch die Steuerverwaltung geboten hätten, den Beschwerdeführern die Verfahrenskosten lediglich partiell zu auferlegen und ihnen eine Parteientschädigung auszurichten. Dass die kantonalen Gesetzesbestimmungen willkürlich angewendet worden seien oder dass in diesem Zusammenhang andere Grundrechte verletzt worden seien, wird von den Beschwerdeführern indessen nicht behauptet. Die Rüge genügt somit den Anforderungen von <ref-law> nicht.
3. Soweit die Kritik der Beschwerdeführer als generelle Beanstandung der Amtsführung der Steuerverwaltung des Kantons Graubünden zu verstehen ist, sei festgehalten, dass die allgemeine Aufsicht über den Vollzug der kantonalen Steuergesetzgebung nicht dem Bundesgericht obliegt, sondern der Kantonsregierung (vgl. Art. 164 Abs. 1 des Steuergesetzes des Kantons Graubünden vom 8. Juni 1986).
4. Nach dem Ausgeführten kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden. Entsprechend diesem Verfahrensausgang sind die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens den Beschwerdeführern unter Solidarhaft aufzuerlegen (Art. 65 f. BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 800.-- werden den Beschwerdeführern unter Solidarhaft auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 3. Kammer, und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 19. Juni 2009
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Müller Zähndler