Sachverhalt:
A. Die Gemeindeversammlung von Huttwil beschloss am 3. Dezember 2008 eine Änderung des kommunalen Abfallreglements vom 21. November 2001 (AR). Dessen Art. 13 Abs. 1 wurde hierbei dahingehend neu gefasst, dass künftig die Eigentümer der Liegenschaften zur Entrichtung der Abfallgrundgebühr verpflichtet sind. Die zuvor geltende Regelung erklärte die "Haushalte (bei Mietobjekten die Mieter) und die Gewerbebetriebe" als Abgabepflichtige. X._stellte an der Gemeindeversammlung einen Rückweisungsantrag, mit dem er eine Beschränkung der Abgabepflicht auf besetzte Wohnungen verlangte. Die Stimmberechtigten lehnten den Antrag ab. X._focht darauf die erwähnte Änderung des Abfallreglements erfolglos beim Regierungsstatthalter Trachselwald und schliesslich beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern an.
B. X._erhebt gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts vom 26. Mai 2009 Beschwerde beim Bundesgericht. Er beantragt, die Sache zu überprüfen und die mangelhafte Änderung des Abfallreglements zur Ergänzung an die kantonalen Behörden zurückzuweisen.
Der Gemeinderat Huttwil, das Regierungsstatthalteramt Trachselwald und das Verwaltungsgericht ersuchen um Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Das ebenfalls zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt erklärt, das revidierte Abfallreglement verstosse nicht gegen das Bundesrecht, stellt aber keinen förmlichen Antrag.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer ficht einen kommunalen Erlass an. Das in der Eingabe an das Bundesgericht nicht näher bezeichnete Rechtsmittel kann einzig als Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten entgegengenommen werden (<ref-law>). Als Eigentümer einer Liegenschaft in Huttwil ist der Beschwerdeführer von der angefochtenen Regelung zumindest virtuell betroffen und daher zur Rechtsmittelergreifung legitimiert. Die Begründung genügt den gesetzlichen Anforderungen nach Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG nicht in allen Teilen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 1.3 - 1.5 S. 67 f.; <ref-ruling> E. 2.1 - 2.3 S. 245 ff.). Soweit aus ihr aber klar hervorgeht, was der Beschwerdeführer erreichen und rügen will, ist auf sein Rechtsmittel einzutreten, zumal auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind (vgl. insb. Art. 86 Abs. 1 lit. d, Art. 87 Abs. 2, Art. 90 und 100 BGG).
2. 2.1 Die Entsorgung der Siedlungsabfälle obliegt im Kanton Bern den Gemeinden. Sie erheben zur Finanzierung Gebühren, deren Ausgestaltung den Grundsätzen des Umweltschutzgesetzes des Bundes (USG; SR 814.01) zu entsprechen hat (Art. 28 des bernischen Abfallgesetzes vom 18. Juni 2003). Wie die Vorinstanz zutreffend darlegt, muss sich die Erhebung der Abfallgebühren nach dem Verursacherprinzip richten (<ref-law>; vgl. auch <ref-law> und <ref-law>). Sie muss ausserdem den Grundsatz der Rechtsgleichheit beachten und darf nicht willkürlich sein (Art. 8 und 9 BV; dazu allg. <ref-ruling> E. 4.2 S. 6 f.; <ref-ruling> E. 5.4 S. 148, je mit Hinweisen).
2.2 Der Beschwerdeführer rügt sinngemäss eine Verletzung dieser bundesrechtlichen Grundsätze. Er macht geltend, es müsse bei der Erhebung der Abfallgrundgebühr dem Umstand Rechnung getragen werden, dass Wohnungen "vergängliche" Objekte seien. Es dürfe für unbewohnte Altwohnungen und renovationsbedürftige Wohnungen, die längere Zeit leer stünden, nicht in gleicher Weise wie für bewohnte Wohnungen eine Grundgebühr verlangt werden. Solche Wohnungen hätten keine Benützer mehr. Es sei deshalb willkürlich, dafür Grundgebühren zu verlangen, die nur von Benützern der Abfallentsorgung erhoben werden könnten. Das Abfallreglement hätte deshalb die Pflicht zur Entrichtung einer Grundgebühr auf "besetzte" Wohnungen beschränken müssen.
3. Nach Art. 13 Abs. 1 AR setzen sich die Abfallgebühren aus Grund- und Benützungsgebühren zusammen. Erstere werden pro Wohnung von deren Eigentümern erhoben. Gemäss Art. 13 Abs. 4 AR decken die Grundgebühren diejenigen Aufwendungen, die von allen Benutzern gleichermassen verursacht werden oder die im überwiegenden öffentlichen Interesse erfolgen.
Die kantonalen Behörden gehen zu Recht davon aus, dass es sich bei der fraglichen Abgabe um eine sog. Bereitstellungsgebühr handelt, die insbesondere für die blosse Aufrechterhaltung der Infrastruktur (Organisation der Einsammlung und des Transports sowie der Verwertung der Abfälle) zu bezahlen ist. Da die Grundgebühr damit der Deckung der Fixkosten dient, die unabhängig von der Abfallmenge anfallen, widerspricht es dem Verursacherprinzip nicht, wenn sie pro Wohnung zu bezahlen ist. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist es ebenfalls zulässig, Grundgebühren bei vermieteten Wohnungen nicht beim Mieter, sondern beim Liegenschaftseigentümer zu erheben, da er sie auf den Mieter überwälzen kann (Urteil 2A.403/1995 vom 28. Oktober 1996 E. 4b, in: URP 1997 S. 39; bestätigt im Urteil 2P.187/2006 vom 26. März 2007 E. 2.4).
Die Grundgebühr wird nach Art. 13 Abs. 1 AR unabhängig von der zu entsorgenden Abfallmenge bzw. von der effektiven Benützung der kommunalen Abfallentsorgung geschuldet. Die Abgabe muss demnach auch für Wohnungen mit nur wenig oder überhaupt keinem Abfall bezahlt werden. Damit wird dem Umstand Rechnung getragen, dass als Verursacher der Fixkosten der Infrastruktur alle Bewohner bzw. Eigentümer von Liegenschaften erscheinen, welche die Abfallentsorgung jederzeit benutzen können, auch wenn sie diese im Moment nicht gebrauchen (vgl. die erwähnten Urteile 2A.403/1995 E. 4b und 2P.187/2006 E. 2.4 sowie Urteil 2P.266/2003 vom 5. März 2004 E. 3.2, in: URP 2004 S. 197; Veronika Huber-Wälchli, Finanzierung und Entsorgung von Siedlungsabfällen durch kostendeckende und verursachergerechte Gebühren, URP 1999 S. 55; vgl. auch Ursula Brunner, Kommentar zum Umweltschutzgesetz, 2. Aufl., 8. Lieferung, 2001, N. 78 und 80 zu Art. 32a).
Es ist deshalb keineswegs willkürlich und auch nicht im Widerspruch zum Verursacherprinzip, die Abfallgrundgebühr für vorübergehend leer stehende Wohnungen zu erheben, wenn jederzeit mit deren erneuten Benützung zu rechnen ist. Als Benützer erscheinen diesfalls die Liegenschaftseigentümer, welche die Wohnung kurzfristig wieder einer Nutzung zuführen können und damit Kosten für die Bereitstellung der Infrastruktur mitverursachen.
Anders kann es sich demgegenüber bei Wohnungen verhalten, bei denen z.B. wegen eines bevorstehenden Abbruchs eine Weiterbenützung von vornherein nicht mehr in Betracht kommt oder bei denen aus anderen Gründen davon auszugehen ist, dass sie für längere Zeit leer stehen. Scheidet eine weitere Benützung der Infrastruktur zumindest in absehbarer Zeit aus, entfällt auch regelmässig die Pflicht zur Entrichtung der Grundgebühr nach Art. 13 AR. Es wäre zwar möglich, das Abfallreglement in diesem Sinn zu präzisieren. Erforderlich ist das aber nicht, da sich der Wegfall der Abgabepflicht insoweit zwanglos auch durch Auslegung der genannten Norm ergibt. Die vom Beschwerdeführer verlangte Einschränkung der Abgabepflicht auf besetzte Wohnungen geht über die erwähnten besonderen Fälle hinaus und erfasst namentlich auch die bloss vorübergehend leer stehenden Objekte. Für Letztere darf indessen - wie dargelegt - eine Grundgebühr erhoben werden.
Die angefochtene Regelung verstösst demnach weder gegen das Verursacherprinzip noch gegen die übrigen sinngemäss gerügten verfassungsmässigen Rechte.
4. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist demnach abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Verfahrensausgang sind die bundesgerichtlichen Kosten dem Beschwerdeführer aufzuerlegen (Art. 65 und 66 Abs. 1 BGG). Parteientschädigungen werden nicht geschuldet (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Einwohnergemeinde Huttwil, dem Regierungsstatthalteramt Trachselwald, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. April 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Zünd Merz