Faits:
A. A.a M._ travaillait en qualité de caissière pour la société X._ à raison de 30 heures par semaine depuis le 1er juillet 2005. Son salaire mensuel s'élevait à 2620 fr. par mois depuis le 1er mars 2007. Souffrant de polyarthrite rhumatoïde séropositive sévère, elle a déposé le 23 novembre 2007 une demande de prestations de l'assurance-invalidité sous forme d'un reclassement dans une nouvelle profession. L'office cantonal de l'assurance-invalidité de Genève (ci-après: l'OCAI) a recueilli des renseignements médicaux et procédé à une enquête économique sur le ménage (cf. rapport du 28 février 2008). Par décision du 16 avril 2008, l'OCAI a rejeté la demande de prestations de l'assurée. Il a considéré que celle-ci présentait un empêchement de 31,5 % dans son activité habituelle - ce qui conduisait à une perte de gain de 23 % vu son taux d'activité de 73 % - et de 42,5 % dans les activités ménagères exercées dans la mesure de 27 %, d'où une incapacité sur ce plan de 11,47 %. En application de la méthode mixte d'évaluation de l'invalidité, l'OCAI a fixé à 34,47 % le degré d'invalidité de l'assurée, lequel était insuffisant pour ouvrir droit à une rente. Quant aux mesures de reclassement, elles n'étaient pas envisageables car elles n'étaient pas de nature à améliorer la capacité de gain de l'assurée.
A.b L'assurée a recouru contre cette décision devant le Tribunal des assurances du canton de Genève en concluant, préalablement, à la mise en oeuvre d'une expertise rhumatologique et, principalement, à l'octroi d'une demi-rente d'invalidité ainsi qu'à la prise en charge de mesures professionnelles. Elle indiquait qu'une aggravation de son état de santé intervenue en automne 2007 l'avait contrainte à interrompre son activité, puis à se réorienter sur le plan professionnel. C'est ainsi que son employeur lui avait proposé un stage à l'accueil de Y._, où il était question de lui proposer un emploi fixe à 50 %.
Lors d'une audience du 27 novembre 2008, le tribunal cantonal des assurances sociales a entendu la doctoresse T._, cheffe de clinique au service de rhumatologie de l'Hôpital Z._, en qualité de témoin. Celle-ci a confirmé que la maladie dont souffrait l'assurée était évolutive, qu'elle progressait par poussées et engendrait une grande fatigue, laquelle avait une incidence sur la capacité de travail. Elle a également indiqué que dans sa nouvelle activité de caissière-réceptionniste à Y._ exercée à 50 % depuis le mois de février 2008, l'assurée était au maximum de ses capacités, compte tenu de l'asthénie engendrée par la maladie.
A.c Par écriture du 3 février 2009, l'OCAI a informé le tribunal cantonal qu'il acceptait de prendre en charge des cours d'anglais en tant que mesure professionnelle. Il a précisé cependant que le droit à une indemnité journalière n'était pas ouvert car l'assurée avait la possibilité de suivre ces cours en dehors de ses heures de travail. Invitée à se déterminer sur cette proposition, l'assurée s'est déclarée satisfaite par la proposition de l'OCAI mais a persisté dans ses conclusions concernant l'allocation d'une demi-rente d'invalidité. Elle alléguait qu'eu égard à son état de santé, les heures effectuées dans son travail de réceptionniste (20 heures 50 par semaine) correspondaient au maximum exigible. Dans cette nouvelle activité, elle réalisait un revenu mensuel de 1804 fr. (cf. courrier du 28 avril 2008 du responsable de gestion des ressources humaines chez X._ à N._). Par ailleurs, l'assurée contestait l'évaluation de son empêchement dans la sphère ménagère.
B. Par jugement du 29 octobre 2009, le Tribunal des assurances du canton de Genève a partiellement admis le recours interjeté par l'assurée en ce sens que M._ avait droit à la prise en charge de cours d'anglais (chiffre 2) ainsi qu'à un quart de rente d'invalidité à compter du 26 novembre 2008 (chiffre 3).
C. L'OCAI interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation partielle en ce sens que l'assurée n'a pas droit à un quart de rente d'invalidité à compter du 26 novembre 2008. Il conclut au maintien du jugement cantonal pour le surplus.
M._ conclut au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), sans être limité par les arguments de la partie recourante ou par la motivation de l'autorité précédente. Il fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (<ref-law>).
2. En instance fédérale, le litige ne porte plus que sur le droit de l'intimée à une rente d'invalidité à partir du mois de novembre 2008, singulièrement sur le taux d'invalidité fondant le droit à la prestation.
3. Les premiers juges ont considéré qu'eu égard aux circonstances du cas d'espèce (maladie dont souffrait l'intimée, absence de formation, limitations fonctionnelles importantes, rapports de travail particulièrement stables dans la nouvelle activité), l'intimée était réadaptée au mieux dans son activité de réceptionniste à 50 %. Ils ont par ailleurs confirmé le taux d'empêchement de 42,5 % présenté par celle-ci dans l'activité ménagère. Pour calculer le taux d'invalidité, les premiers juges ont retenu que sans atteinte à la santé, l'intimée aurait continué de travailler à 73 % (soit 30 heures par semaine, compte tenu d'un horaire hebdomadaire de 41 heures pour un plein temps), les 27 % restants étant consacrés aux activités ménagères. Ils ont fixé l'invalidité globale à 48 % selon la formule suivante : ([30 x 50] + [41 - 30] x 42,5) / 41 = 47,99.
4. 4.1 Sans contester la répartition des champs d'activité entre activité lucrative et accomplissement des tâches ménagères, ni l'évaluation des empêchements de l'intimée dans la part consacrée au ménage, l'office recourant soutient que dans le cadre de l'évaluation du taux d'invalidité dans la sphère professionnelle, la juridiction cantonale a omis de procéder à une comparaison des revenus. Or, avant son atteinte à la santé, l'intimée réalisait un revenu de 2620 fr. en tant que caissière à 73 %. Dans sa nouvelle activité de réceptionniste exercée à 50 %, elle réalise un revenu de 1804 fr. La perte de gain dans la sphère professionnelle s'élèverait par conséquent à 31 % ([2620 - 1804)] / 2620 x 100) et l'invalidité globale à 34 % selon la formule utilisée par les premiers juges : ([30 x 31]) + [41 - 30] x 42, 5) / 41.
4.2 Lorsqu'il y a lieu d'appliquer la méthode mixte d'évaluation, l'invalidité des assurés pour la part qu'ils consacrent à leur activité lucrative doit être évaluée selon la méthode ordinaire de comparaison des revenus (<ref-law>, dans sa teneur en vigueur depuis le 1er janvier 2008, en corrélation avec les <ref-law> et 16 LPGA). Concrètement, lorsque l'assuré ne peut plus exercer (ou plus dans une mesure suffisante) l'activité qu'il effectuait à temps partiel avant la survenance de l'atteinte à la santé, le revenu qu'il aurait pu obtenir effectivement dans cette activité (revenu sans invalidité) est comparé au revenu qu'il pourrait raisonnablement obtenir en dépit de son atteinte à la santé (revenu avec invalidité). Autrement dit, le dernier salaire que l'assuré aurait pu obtenir compte tenu de l'évolution vraisemblable de la situation jusqu'au prononcé de la décision litigieuse - et non celui qu'il aurait pu réaliser s'il avait pleinement utilisé ses possibilités de gain (<ref-ruling> consid. 5c/bb p. 157) - est comparé au gain hypothétique qu'il pourrait obtenir sur un marché équilibré du travail en mettant pleinement à profit sa capacité résiduelle dans un emploi adapté à son handicap (<ref-ruling> consid. 5a p. 154).
4.3 En l'espèce, l'omission des premiers juges de procéder à une comparaison des revenus pour calculer l'invalidité dans l'activité professionnelle résulte d'une mauvaise application des règles jurisprudentielles rappelées ci-avant (cf. consid. 4.2; cf. aussi arrêt 9C_91/2010 du 2 juillet 2010). Pour fixer le revenu sans invalidité de l'intimée, il y a lieu de prendre en considération le salaire qu'elle réalisait en tant que caissière à 73 %, soit 2620 fr. en 2007, lequel doit être adapté à l'évolution des salaires de 2007 à 2008 (+ 2,2 %; La Vie économique 5-2010 p. 87, tableau B 10.2 [commerce]), ce qui donne un revenu sans invalidité de 2678 fr. Quant au revenu d'invalide, il s'élève à 1804 fr. en 2008. La comparaison de ces revenus aboutit à une perte de gain de 874 fr., soit un taux d'invalidité dans l'activité professionnelle de 32,6 %. Ce taux, qui entre à raison de 73 % dans le degré global d'invalidité, est ajouté au taux d'empêchement de 42,5 % dans la sphère ménagère qui entre à raison de 27 % dans le degré d'invalidité global, lequel se monte à 35 % ([32,6 x 0,73] + [42,5 x 0,27]).
5. Au vu de ce qui précède, le recours doit être admis et la décision attaquée annulée. Succombant, l'intimée devrait en principe supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1, 1ère phrase, LTF); compte tenu des circonstances, il se justifie cependant de statuer sans frais (art. 66 al. 1, 2ème phrase, LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis et le chiffre 3 du jugement du Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève du 29 octobre 2009 est annulé.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, au Tribunal cantonal des assurances sociales de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 12 juillet 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz