Sachverhalt:
A. Die 1959 geborene R._ war als diplomierte Pflegefachfrau im Pflegeheim Y._, bei der ÖKK Kranken- und Unfallversicherungen AG (nachstehend: ÖKK) gegen die Folgen von Unfällen versichert, als sie am 4. Januar 2005 beim Auswechseln einer Glühbirne von einem Stuhl fiel und sich im Bereich von Nacken und Schulter verletzte. Die ÖKK anerkannte ihre Leistungspflicht für die Folgen dieses Ereignisses und erbrachte die gesetzlichen Leistungen. Das Arbeitsverhältnis mit dem Pflegeheim Y._ wurde von diesem per 30. Juni 2005 aufgelöst. Mit Verfügung vom 3. Oktober 2005 setzte die ÖKK das Taggeld der Versicherten per 1. November 2005 auf 50 % herab, per 1. Dezember 2005 wurden die Taggeldleistungen vollständig eingestellt. Mit Einspracheentscheid vom 4. April 2006 hielt die Versicherung an ihrer Verfügung fest.
B. Die von R._ hiegegen erhobene Beschwerde wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 8. Januar 2008 ab.
C. Mit Beschwerde beantragt R._, die Sache sei unter Aufhebung des Einsprache- und des kantonalen Gerichtsentscheid an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit diese über die Taggeldleistungen neu befinde.
Während die ÖKK auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Gesundheit auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Die Beschwerde kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 und Art. 96 BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen und es kann sie mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 140). Das Bundesgericht prüft grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen; es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu prüfen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen wurden. Es kann die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
1.2 Im Beschwerdeverfahren um die Zusprechung oder Verweigerung von Geldleistungen der Militär- oder Unfallversicherung ist das Bundesgericht nicht an die vorinstanzliche Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gebunden (Art. 97 Abs. 2 und Art. 105 Abs. 3 BGG).
2. 2.1 Das kantonale Gericht hat die Bestimmungen über den Anspruch auf ein Taggeld der Unfallversicherung (<ref-law>) bei Arbeitsunfähigkeit in Folge eines Unfalles (<ref-law> i.V.m. <ref-law>) ebenso zutreffend dargelegt wie die Grundsätze betreffend dem Beweiswert ärztlicher Berichte (<ref-ruling> E. 3a S. 352). Darauf wird verwiesen.
2.2 Ist die versicherte Person, die Taggeldleistungen bezieht, arbeitslos, so erbringt die Unfallversicherung gemäss <ref-law> die ganze Leistung, wenn die Arbeitsunfähigkeit mehr als 50 Prozent beträgt, und die halbe Leistung, wenn die Arbeitsunfähigkeit mehr als 25, aber höchstens 50 Prozent beträgt. Bei einer Arbeitsunfähigkeit von 25 und weniger Prozent besteht kein Taggeldanspruch. Bei dieser Norm handelt es sich rechtsprechungsgemäss um eine Koordinationsbestimmung zwischen der Unfall- und der Arbeitslosenversicherung. Deren Anwendung setzt das Zusammentreffen von Taggeldern der Unfallversicherung mit solchen der Arbeitslosenversicherung voraus. Diese Regelung greift daher nur dann Platz, wenn die versicherte Person bei der Arbeitslosenversicherung angemeldet ist (STEPHAN KÜBLER, Erfahrungsbericht aus der Unfallversicherung, in: René Schaffhauser/Ueli Kieser [Hrsg.], Sozialversicherungsrechtliche Leistungskoordination, St. Gallen 2006, S. 107 ff., S. 140 mit Hinweis auf das unveröffentlichte Urteil U 348/00 vom 2. April 2001, E. 3). Offengelassen hat die Rechtsprechung die auch vorliegend nicht zu prüfende Frage, inwieweit diese Bestimmung gesetzmässig ist (vgl. <ref-ruling> E. 3c. S. 128 f.).
2.3 Arbeitsunfähigkeit ist gemäss <ref-law> die durch eine Beeinträchtigung der körperlichen, geistigen oder psychischen Gesundheit bedingte, volle oder teilweise Unfähigkeit, im bisherigen Beruf oder Aufgabenbereich zumutbare Arbeit zu leisten. Bei langer Dauer wird auch die zumutbare Tätigkeit in einem anderen Beruf oder Aufgabenbereich berücksichtigt (vgl. betreffend der Anwendbarkeit dieses zweiten Satzes von <ref-law> auf die Unfallversicherung: JEAN-MAURICE FRÉSARD/MARGIT MOSER-SZELESS, L'assurance-accidents obligatoire, in: Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht [SBVR], Soziale Sicherheit, 2. Aufl., Basel 2007, Rz. 152 S. 895 mit Hinweisen, a. M.: UELI KIESER, ATSG-Kommentar, Zürich 2003, Art. 6 N 9, S. 86 f.). Steht fest, dass die versicherte Person unter dem Blickwinkel der Schadenminderungspflicht einen Berufswechsel vorzunehmen hat, so hat der Versicherungsträger sie dazu aufzufordern und ihr zur Anpassung an die veränderten Verhältnisse sowie zur Stellensuche eine angemessene Übergangsfrist einzuräumen, während welcher das bisherige Taggeld geschuldet bleibt (RKUV 2000 Nr. KV 112 S. 122 E. 3a [K 14/99] mit weiteren Hinweisen). Diese Übergangsfrist ist in der Regel auf drei bis fünf Monate zu bemessen (RKUV 2005 Nr. KV 342 S. 358 [K 42/05]).
3. 3.1 Streitig ist der Taggeldanspruch der Beschwerdeführerin ab dem 1. November 2005. Dabei liegt zu Recht ausser Streit, dass von einer Fortsetzung der ärztlichen Behandlung über diesen Zeitpunkt hinaus weiterhin eine namhafte Besserung des Gesundheitszustandes zu erwarten war. Zu prüfen ist jedoch, in welchem Umfang die Versicherte zwischen dem 1. November 2005 und dem 4. April 2006 (Datum des Einspracheentscheides) unfallbedingt arbeitsunfähig war.
3.2 Wie die Vorinstanz zutreffend erwogen hat, ist dem Gutachten des Dr. med. M._ vom 31. Januar 2006 für die streitigen Belange voller Beweiswert zuzuerkennen. Gemäss den Ausführungen des Gutachters war die Beschwerdeführerin in ihrer angestammten Tätigkeit als Pflegefachfrau am früheren Arbeitsort zu 100 % arbeitsunfähig, da ihr aufgrund des Unfalles das Heben pflegebedürftiger Patienten nicht mehr zumutbar war. Diese Aussage stimmt mit jener der Dr. med. E._ vom 26. September 2005 überein, wonach der Transfer von schweren Patienten nur mit einer Hilfsperson oder mit Hilfsmittel durchgeführt werden darf. In einer angepassten Tätigkeit wäre die Versicherte nach Ansicht von Dr. med. M._ in der Lage, bei einer 100%igen Anwesenheit am Arbeitsplatz eine Leistung von 75 % zu erzielen.
3.3 Aus den Akten ist nicht ersichtlich, dass die Beschwerdeführerin vor Erlass der angefochtenen Verfügung am 3. Oktober 2005 dazu aufgefordert worden wäre, sich eine Arbeit in einer ihrem Leiden angepassten Tätigkeit (ohne Notwendigkeit, pflegebedürftige Patienten zu heben) zu suchen. Somit sind die von der Rechtsprechung (vgl. E. 2.3 hievor) entwickelten Voraussetzung für die Anwendung von <ref-law> nicht erfüllt; die Arbeitsunfähigkeit ist weiterhin aufgrund von <ref-law> und somit aufgrund ihrer angestammten Tätigkeit am bisherigen Arbeitsplatz zu bestimmen. Da die Versicherte über den 1. November 2005 hinaus in ihrer angestammten Arbeitsstelle zu 100 % arbeitsunfähig war, hat sie weiterhin Anspruch auf ein volles Taggeld.
3.4 Nicht Gegenstand des vorliegenden Verfahrens und somit nicht zu prüfen ist die Frage, wie sich der Gesundheitszustand der Beschwerdeführerin nach dem 4. April 2006 weiterentwickelt hat und auf welchen Zeitpunkt hin allenfalls ein Fallabschluss vorzunehmen wäre.
3.5 Die Beschwerde ist demnach gutzuheissen und es ist festzustellen, dass die Versicherte auch über den 1. November 2005 hinaus Anspruch auf ein volles Taggeld zu Lasten der Unfallversicherung hat (vgl. auch <ref-law>).
4. Das Verfahren ist kostenpflichtig (<ref-law>). Als unterliegende Partei hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 5). Diese hat der Beschwerdeführerin überdies eine Parteientschädigung zu entrichten (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 8. Januar 2008 und der Einspracheentscheid der ÖKK Kranken- und Unfallversicherungen AG vom 4. April 2006 werden aufgehoben. Es wird festgestellt, dass die Beschwerdeführerin auch über den 1. November 2005 Anspruch auf ein Taggeld aufgrund einer Arbeitsunfähigkeit von 100 % hat.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 750.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Die Beschwerdegegnerin hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2500.- zu entschädigen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Gesundheit schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 20. August 2008
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Holzer