Faits:
A. X._ exerce une activité lucrative en raison individuelle. En annexe à sa déclaration d'impôt 2004, il a joint les comptes de son entreprise au 31 décembre 2004, lesquels faisaient état d'un bénéfice d'exploitation de 111'561 fr. 36. Etait déduit de ce bénéfice, au titre de "cotisations personnelles AVS, AI, APG", un montant de 36'883 fr. 20. Ce montant correspondait aux cotisations figurant dans les décisions de la Caisse de compensation du canton du Valais (ci-après: la Caisse de compensation) notifiées en 2005 (sous déduction d'un remboursement de ladite Caisse de 600 fr.): une décision du 3 février 2005, qui complétait une décision antérieure, portant sur les cotisations 2001 et mentionnant un solde à acquitter de 17'867 fr. 70, une deuxième décision du 3 février 2005 qui complétait également une décision antérieure concernant les cotisations 2002 et faisant état d'un solde à payer de 3'959 fr. 70 et une décision du 23 février 2005 fixant les cotisations 2004 à 15'656 fr. 40.
Dans sa décision de taxation du 14 septembre 2005 pour la période fiscale 2004, la Commission d'impôt de district (ci-après: la Commission d'impôt) n'a admis qu'un montant de 9'000 fr. comme déduction des cotisations aux assurances sociales. Celui-ci correspondait à "une provision de 10'648 fr. calculée sur le revenu de l'activité indépendante 2004 diminuée des intérêts de 2,5% sur le capital investi, et reprise de Fr. 1'648.- (trop déduit pour 2003)". Le revenu net imposable a été fixé à 91'579 fr. en matière d'impôt fédéral direct et à 92'639 fr. pour l'impôt cantonal et communal. Cette taxation a été confirmée par décision sur réclamation du 16 décembre 2005.
B. Par décision du 20 septembre 2006 notifiée le 16 août 2007, la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais (ci-après: la Commission cantonale de recours ou CCR) a admis le recours de X._ tant en ce qui concerne l'impôt fédéral direct que les impôts cantonal et communal. Elle a considéré en substance qu'en droit fiscal, les cotisations en matière d'assurances sociales présentaient un caractère privé et non commercial. La déduction de ces charges était d'ailleurs mentionnée dans les dispositions relatives aux déductions générales. Il s'ensuivait qu'elles ne pouvaient être considérées comme des frais justifiés par l'usage commercial. Ainsi, les principes dégagés par la jurisprudence du Tribunal fédéral en matière de comptabilisation des charges commerciales n'étaient pas directement applicables. En outre, la disposition légale topique précisait que seules les primes et cotisations "versées" étaient déductibles. Ainsi, le solde des cotisations en matière d'assurances sociales se rapportant aux années 2001 et 2002 et comptabilisé par le recourant dans l'exercice 2004 devait être considéré comme une charge de l'année 2004. Il en allait de même de la totalité des cotisations 2004, soit 15'055 fr. (15'655 fr. ./. remboursement de 600 fr.). La Commission cantonale de recours a fixé le revenu net imposable à 63'696 fr. pour l'impôt fédéral direct de la période fiscale 2004 et à 64'756 fr. pour les impôts cantonal et communal.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le Service cantonal des contributions du canton du Valais (ci-après: le Service des contributions) demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, en tant que l'impôt fédéral direct est concerné, d'admettre le recours, de confirmer le bien-fondé de la décision sur réclamation de la Commission d'impôt du 16 décembre 2005 et, en tant que les impôts cantonaux et communaux sont concernés, d'annuler la décision de la Commission cantonale de recours et de lui renvoyer la cause pour une nouvelle décision dans le sens des considérants.
X._ conclut, à titre principal, à l'irrecevabilité du recours et, à titre subsidiaire, au rejet de celui-ci. La Commission cantonale de recours conclut au rejet du recours. L'Administration fédérale des contributions conclut à l'admission du recours.

Considérant en droit:
1. Le Tribunal fédéral examine d'office et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis (<ref-ruling> consid. 4 p. 748).
La loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal fédéral (LTF; RS 173.110) est entrée en vigueur le 1er janvier 2007 (RO 2006 p. 1205 ss, p. 1242). L'arrêt attaqué ayant été rendu avant cette date, la procédure reste régie par la loi fédérale du 16 décembre 1943 d'organisation judiciaire (<ref-law>).
Le recours en matière de droit public (<ref-law>) déposé par le recourant n'est dès lors pas recevable en tant que tel. Il sera néanmoins accepté - la désignation erronée du recours ne nuisant pas au recourant - pour autant que les conditions de forme de l'une des voies de droit prévues par la loi fédérale du 16 décembre 1943 d'organisation judiciaire soient respectées (OJ; <ref-ruling> consid. 1b p. 509; <ref-ruling> consid. 1a p. 224).
I. Impôt fédéral direct
2. 2.1 La décision attaquée, qui n'a pas été portée devant le Tribunal cantonal du canton du Valais (ci-après: le Tribunal cantonal), émane de la Commission cantonale de recours. La question se pose de savoir si, conformément à la jurisprudence, cette décision a été rendue en dernière instance cantonale, selon les art. 97 OJ et 146 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD ou la loi sur l'impôt fédéral direct; RS 642.11). En effet, le Tribunal fédéral a jugé que l'<ref-law>, en relation avec l'art. 50 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID ou la loi fédérale sur l'harmonisation; RS 642.14), instaure un parallélisme des voies de recours en matière d'impôt fédéral direct et d'impôts cantonaux harmonisés. Ainsi, lorsqu'un canton a une double instance de recours pour les impôts cantonaux, il doit prévoir les mêmes voies de droit pour l'impôt fédéral direct (<ref-ruling>).
En application de cette jurisprudence, le canton du Valais, qui avait une double instance judiciaire en matière d'impôts cantonaux - l'art. 153bis de la loi fiscale valaisanne du 10 mars 1976 (ci-après: LF ou la loi fiscale valaisanne), en vigueur jusqu'au 30 juin 2007, prévoyait que les décisions de la Commission cantonale de recours étaient susceptibles de recours devant le Tribunal cantonal -, a d'abord ouvert la voie de recours au Tribunal cantonal aux recours portant sur l'impôt fédéral direct. Toutefois, cette disposition a été abrogée le 1er juillet 2007. Dès cette date, la Commission cantonale de recours statue, pour les impôts cantonaux, comme autorité précédant immédiatement le Tribunal fédéral (art. 150 LF); la voie de recours devant le Tribunal cantonal n'est donc plus ouverte ni pour les impôts cantonaux, ni pour l'impôt fédéral direct.
En l'espèce, la décision entreprise de la Commission cantonale de recours date du 20 septembre 2006, soit d'avant l'abrogation de l'art. 153bis LF, mais elle n'a été notifiée au recourant que le 16 août 2007. Dès lors, lorsque la décision a été rendue, elle devait être attaquée devant le Tribunal cantonal, alors qu'à la date de sa notification, la loi fiscale valaisanne avait été modifiée et ladite décision devait être attaquée directement devant le Tribunal fédéral. La loi fiscale valaisanne ne contient pas de disposition transitoire à ce sujet. D'après la jurisprudence, en l'absence de disposition contraire, les nouvelles règles de procédure doivent être appliquées dès leur entrée en vigueur (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 93), soit en l'espèce, le 1er juillet 2007. Lorsque l'intéressé a pu recourir, soit lorsqu'il a reçu la décision entreprise le 16 août 2007, le Tribunal cantonal n'était plus une autorité de recours compétente en matière fiscale. De plus, la Commission cantonale de recours indique à la fin de sa décision que celle-ci peut faire l'objet d'un recours au Tribunal fédéral. Elle ne mentionne plus le Tribunal cantonal. Ainsi, il y a lieu de considérer que la décision attaquée devant le Tribunal de céans est une décision rendue en dernière instance cantonale pour les impôts cantonaux et pour l'impôt fédéral direct et que le principe du parallélisme des voies de recours est respecté (art. 8 al. 3 de la loi valaisanne du 24 septembre 1997 d'application de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct).
2.2 Pour le surplus, déposé en temps utile et dans les formes prescrites par la loi contre un arrêt fondé sur le droit public fédéral, le présent recours est recevable en tant que recours de droit administratif, étant précisé que l'administration cantonale de l'impôt fédéral direct a qualité pour recourir (<ref-law>).
3. 3.1 Selon le recourant, les faits ont été établis de façon manifestement inexacte par la Commission cantonale de recours. La décision entreprise ne retiendrait pas, premièrement, que les cotisations sociales en cause concernent les années 2001 et 2002 et que leur déduction tombe ainsi dans la brèche de calcul due au passage, dans le canton du Valais, de la taxation praenumerando bisannuelle à la taxation postnumerando annuelle au 1er janvier 2003 et, deuxièmement, que les décisions fixant les cotisations ont été notifiées en 2005.
3.2 Contrairement à ce que prétend le recourant, la décision attaquée mentionne que les cotisations en cause concernent les années 2001 et 2002 (décision attaquée p. 7) et qu'elles ont été notifiées en 2005 (décision attaquée p. 7). Si elle ne parle pas de la brèche de calcul, c'est vraisemblablement que l'autorité intimée estimait cet élément non pertinent pour la présente affaire.
En réalité, l'intéressé critique non pas l'établissement des faits par l'autorité intimée mais lui reproche uniquement de n'avoir pas jugé décisifs certains éléments du dossier et de les avoir appréciés de façon erronée. Il s'en prend dès lors à l'appréciation juridique des faits et soulève ainsi une question de droit que le Tribunal fédéral revoit d'office et librement.
4. 4.1 La Commission cantonale de recours a jugé que les cotisations en matière d'assurances sociales présentent un caractère privé. Elle rappelle, en outre, que l'art. 33 al. 1 let. d LIFD précise que seules les primes et cotisations "versées" sont déductibles. Ainsi, dans la présente affaire, le solde des cotisations en matière d'assurances sociales se rapportant aux années 2001 et 2002 et comptabilisé par l'intimé dans l'exercice 2004 devait être considéré comme une charge de l'année 2004. Il en allait de même de la totalité des cotisations 2004, soit 15'055 fr. (15'655 fr. ./. remboursement de 600 fr.).
4.2 Dans son recours, le Service cantonal des contributions prétend que les cotisations en matière d'assurances sociales présentent un caractère commercial (<ref-law>). Elles auraient un lien direct avec le revenu de l'activité lucrative indépendante puisqu'elles sont calculées sur la base du revenu effectif acquis durant l'année de cotisation. Selon lui, le montant de la déduction pouvant être opérée au titre des cotisations serait "égal à celui des acomptes versés en relation avec l'exercice". Ainsi, seraient déductibles pendant l'exercice 2004, les paiements effectués en 2004 pour les cotisations 2004. En sus, la constitution d'une provision serait autorisée et justifiée par l'usage commercial. En l'espèce, le solde des cotisations 2001 et 2002, notifié en 2005, n'était pas déductible en 2004, seule une provision de 9'000 fr. pour les cotisations 2004 l'étant.
4.3 Quant à l'intimé, il tient une comptabilité commerciale et explique qu'il enregistre les cotisations AVS qui sont connues à la date du dépôt de ses comptes, seules les cotisations fixées par la Caisse de compensation dans des décisions étant enregistrées. Il aurait toujours procédé de cette façon.
4.4 En résumé, les différents montants concernant l'année en cause, soit 2004, sont les suivants:
4.4 En résumé, les différents montants concernant l'année en cause, soit 2004, sont les suivants:
fr. montant déduit par l'intimé 36'883.20*
montant admis par le fisc 9'000.--
montant admis par la CCR 36'883.20
montant notifié et acquitté par l'intimé 4'212.--
*= solde des cotisations 2001: 17'867.70 + solde des cotisations 2002: 3'959.70 + cotisations 2004: 15'656.40, ./. remboursement de 600.--
5. 5.1 Selon l'<ref-law>, quiconque a l'obligation de faire inscrire sa raison de commerce sur le registre du commerce doit posséder les livres exigés par la nature et l'étendue de ses affaires; il les tiendra exactement et de manière qu'ils révèlent à la fois la situation financière de l'entreprise, l'état des dettes et créances se rattachant à l'exploitation, de même que le résultat des exercices annuels. Cela n'exclut pas que des éléments privés y figurent, car le droit commercial ne l'interdit pas (Karl Käfer, Berner Kommentar, Band VIII, 2. Abteilung, Die kaufmännische Buchführung, Art. 957-964 OR, 1. Teilband, no 259 ad art. 957, p. 408; Gérald-Charles Bourquin, Le principe de sincérité du bilan, p. 373 ss).
Le compte d'exploitation et le bilan annuel sont dressés conformément aux principes généralement admis dans le commerce; ils doivent être complets, clairs et faciles à consulter, afin que les intéressés puissent se rendre compte aussi exactement que possible de la situation économique de l'entreprise (<ref-law>). Cette disposition consacre le principe de la sincérité du bilan, lequel suppose en règle générale de rattacher les charges et les produits à l'exercice qui les a vus naître (Gérald-Charles Bourquin, op. cit., p. 397, Manuel suisse d'audit 1998, tome 1, p. 59 ss).
Le principe de la continuité du bilan signifie que les comptes annuels doivent être établis chaque année selon les mêmes règles. Il est destiné à faciliter la comparaison des comptes annuels d'un exercice à l'autre. Ce principe revêt deux aspects: formellement, il signifie que la structure des comptes annuels et la désignation des postes ne doivent pas être modifiées; matériellement, il en résulte que les mêmes règles d'évaluation doivent être appliquées pour l'établissement des comptes des exercices successifs (Pierre Journot, Obligations comptables et révision des comptes, p. 56; Carl Helbling, L'analyse du bilan et du résultat, 7e éd., no 11, p. 24; Jean-Marc Rivier, in: Markus Reich/Martin Zweifel (éd.), Das schweizerische Steuerrecht, Eine Standortbestimmung, p. 408). Ainsi, une fois une méthode comptable choisie, l'intéressé doit s'y tenir.
Le principe de la réalisation veut qu'un revenu est réalisé lorsque le contribuable peut effectivement en disposer, lorsqu'il a acquis un droit ferme à un bien ou à une prestation. C'est au moment de la réalisation que la comptabilisation doit intervenir (Jean-Marc Rivier, op. cit., p. 412). Il en va de même des charges qui doivent être enregistrées dans l'exercice comptable auquel elles sont imputables. Elles peuvent être comptabilisées, soit à la date de la facture, soit au moment du paiement.
5.2 D'après l'<ref-law>, les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultats) de la période fiscale ou, à défaut d'une comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, un état des actifs et des passifs, un relevé des recettes et des dépenses ainsi que des prélèvements et apports privés.
L'<ref-law> ne précise pas les exigences auxquelles doivent répondre ces états et relevés, qui dépendent des circonstances du cas d'espèce, en particulier du type d'activité et de l'ampleur de cette dernière. Dans tous les cas, ils doivent être propres à garantir une saisie complète et fiable du revenu et de la fortune liés à l'activité lucrative indépendante et pouvoir être contrôlés dans des conditions raisonnables par les autorités fiscales (RF 62/2007 p. 369 ss consid. 3.4, 2A.300/2006; Archives 73 p. 656, 2A.272/2003; Martin Zweifel, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2b, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), n° 30 ss ad <ref-law> p. 260; cf. circulaire n° 2 de l'Administration fédérale des contributions publiée en janvier 1980 sur l'obligation de conserver les documents et pièces justificatives et d'établir des relevés et des états faite aux contribuables exerçant une activité lucrative indépendante, in Archives 48, p. 412).
5.3 Les art. 209 al. 1 et 2 et 210 LIFD définissent la période fiscale, l'année fiscale et la détermination du revenu. A l'instar du revenu imposable, qui se détermine d'après les revenus acquis durant la période de calcul (<ref-law>), les déductions sont soumises au principe de la périodicité et ne sont admises que lorsqu'elles trouvent leur cause dans des événements ayant lieu durant la période de calcul (Jean-Marc Rivier, Droit fiscal suisse, 1ère éd., L'imposition du revenu et de la fortune, p. 257).
Les autorités fiscales peuvent s'écarter de la comptabilité si elle est contraire à des dispositions impératives du droit commercial ou à des prescriptions du droit fiscal (cf. <ref-ruling> consid. 2c p. 115; RDAF 1998 II 374, 2P.14/1998; Archives 65 p. 51 consid. 3a p. 56, 2A.346/1992; et les références citées). Elles sont en particulier autorisées à y apporter des corrections dans le but de rétablir le bénéfice effectivement réalisé durant l'exercice en cause (Christoph Oesch, Die Vorgehensweise des Steuerkommissärs bei des steuerlichen Buch- und Betriebsprüfung, in: Revue fiscale 1989 p. 205 ss, p. 212; Walter Storck, Die steuerrechtlichen Korrekturnormen, in Revue fiscale 1960 p. 410 ss, p. 416).
5.4 Les cotisations se déterminent sur la base du revenu effectivement acquis pendant l'année de cotisation et du capital propre engagé au 31 décembre (art. 22 al. 2 du règlement fédéral du 31 octobre 1947 sur l'assurance-vieillesse et survivants [RAVS; RS 831.101]). Pour établir le revenu déterminant, les autorités fiscales cantonales se fondent sur la taxation passée en force de l'impôt fédéral direct (<ref-law>). Les cotisations définitives ne peuvent donc être déterminées, au plus tôt, que l'année suivant celle en cause. Pendant l'année de cotisation, les personnes tenues de payer des cotisations doivent verser périodiquement des acomptes de cotisations (<ref-law>).
Qu'elles soient considérées comme privées ou commerciales, les cotisations sociales d'un indépendant peuvent être comptabilisées, soit à la date de la facture, soit à celle du paiement, selon la méthode comptable choisie. Elles peuvent, de plus, faire l'objet d'une provision si le contribuable tient une comptabilité en partie double. L'autorité fiscale l'admet en l'espèce puisqu'elle veut que les acomptes soient comptabilisés durant l'année en cause et que l'intéressé provisionne ce qu'il pense encore devoir. L'année où la décision définitive fixant les cotisations est prise, un rectificatif, en plus ou en moins, sera donc passé dans les comptes. L'intéressé doit aussi pouvoir choisir une méthode plus simple (cf. Yves Noël, in Danielle Yersin/Yves Noël (éd.), Commentaire romand, Impôt fédéral direct, ad art. 28-31, no 3, p. 473) et enregistrer les cotisations, soit à la date de la facture (des acomptes et des décisions définitives), soit à la date du paiement, même si cela ne coïncide pas avec l'année pour laquelle les cotisations sont dues. Le contribuable doit pouvoir choisir une des méthodes admises et s'y tenir. Ainsi, dans la mesure où l'intéressé comptabilise les cotisations au moment où il reçoit les décisions de la Caisse de compensation, ce mode de faire doit être accepté, pour autant qu'il soit appliqué avec rigueur et constance.
Si une certaine liberté de choix doit être reconnue au contribuable s'agissant de la comptabilisation de ses cotisations d'assurances sociales, celle-ci ne doit pas conduire à un enregistrement à bien plaire de ces charges, variant à chaque exercice, sans motifs objectifs, rendant le contrôle de la déduction difficile si ce n'est impossible. Le fisc doit pouvoir vérifier sans recherches particulières que les cotisations sont attribuées aux exercices successifs selon les mêmes critères et ne sont déduites qu'une seule fois au total.
6. 6.1 En l'espèce, l'intimé a passé comme charges au compte de pertes et profits, au titre de cotisations sociales, 3'945 fr. lors de l'exercice 2002, 3'611 fr. 40 en 2003 et 36'883 fr. 20 lors de l'exercice 2004. Les 3'945 fr. enregistrés en 2002 correspondent au montant de la décision du 14 mars 2002 de la Caisse de compensation fixant l'acompte sur les cotisations 2002. Ils devaient être acquittés en quatre acomptes de 986 fr. 25, dont on ignore à quelle date ils ont été payés. En 2003, ont été chargés 3'611 fr. 40 correspondant, selon une attestation de la Caisse de compensation, aux cotisations facturées et débitées en 2003. Les 36'883 fr. 20 enregistrés lors de l'exercice litigieux 2004 correspondent (sous déduction d'un remboursement de cotisations de 600 fr. perçus par erreur) au solde des cotisations 2001 à acquitter de 17'867 fr. 70 ressortant de la décision du 3 février 2005, au solde à payer des cotisations 2002 de 3'959 fr. 70 selon la décision du 3 février 2005 et au total des cotisations 2004 de la décision du 23 février 2005 fixant les cotisations 2004 à 15'656 fr. 40 (cette décision fixe le total à 15'656 fr. 40 dont elle soustrait 4'212 fr. représentant le montant déjà acquitté selon une décision précédente et mentionne un solde dû de 11'444 fr. 40). Le montant de 36'883 fr. 20 a été passé comme charge et provisionné dans le compte passif "créanciers frais-généraux" d'un montant total de 45'401 fr. 83. Ceci signifie que lorsque l'intimé a reçu en 2005 les décisions susmentionnées, les comptes 2004 n'étant pas encore bouclés, il a provisionné les montants que les décisions lui imposaient d'acquitter en 2005.
6.2 L'intimé exploite une entreprise en la forme commerciale. Il s'agit d'une raison individuelle et non d'une société anonyme. Il est dès lors soumis aux seuls <ref-law> (et non aux <ref-law>; cf. Manuel suisse d'audit 1998, tome 1, p. 58) qui n'imposent pas de méthode comptable particulière (Gérald Bourquin, Comptabilité commerciale, in: L'Expert-comptable suisse, 1997, p. 889 ss, no 2.2.5, p. 892). Il a choisi, selon ses dires, de comptabiliser les cotisations AVS à réception des décisions de la Caisse de compensation. Les décisions en cause sont datées de 2005 et les montants qu'elles fixent sont tous payables dans les 30 jours - sous réserve des cotisations 2004 déjà payées en 2004, soit 4'212 fr. -. Ainsi, au regard de la méthode prétendument choisie, les soldes dus pour 2001, 2002 et 2004 auraient dû être comptabilisés en 2005. Seul le montant de 4'212 fr., soit le montant apparemment notifié et acquitté en 2004, pouvait l'être en 2004. La pratique de l'intimé n'a donc respecté ni le principe de la périodicité, ni celui de la continuité du bilan.
La décision de la Commission cantonale de recours n'est toutefois pas plus cohérente, même si l'on admettait ses considérations sur les conséquences fiscales de l'éventuel caractère privé des cotisations sociales et le caractère déterminant de la lettre de la loi, l'art. 33 al. 1 lettre d LIFD mentionnant les primes, cotisations et montants "versés": les décisions de la Caisse de compensation ayant été notifiées en 2005, les charges qu'elles fixaient ne pouvaient pas être déduites en 2004. Pendant cette année, seul le montant de 4'212 fr. concernant précisément les cotisations 2004 a été acquitté.
Quant au système décrit par le fisc, il est certes logique. Il ne peut toutefois pas être imposé à un indépendant qui n'est soumis qu'aux <ref-law>.
6.3 Au vu de ce qui précède, les cotisations comptabilisées par 36'883 fr. 20 lors de l'exercice 2004 n'ont pas été facturées cette année-là pas plus qu'elles n'ont été payées en 2004, sous réserve du montant précité de 4'212 fr. concernant les cotisations 2004 acquitté en 2004. Leur déduction ne saurait donc être autorisée. Le recours doit être admis et la décision attaquée annulée. La décision sur réclamation du 16 décembre 2005 qui admet la déduction d'une provision de 9'000 fr. en 2004 est plus avantageuse pour l'intimé que la seule déduction des cotisations 2004 et peut être confirmée. De toute façon, en vertu de l'<ref-law>, le Tribunal fédéral ne peut aller au-delà des conclusions des parties. Or, le recourant conclut à la confirmation de sa décision du 16 décembre 2005. Il appartiendra à l'intimé de choisir et soumettre à l'autorité fiscale la méthode comptable qu'il entend utiliser à l'avenir, et de s'y tenir.
II. Impôt cantonal et communal
7. La décision attaquée porte sur la déduction de cotisations AVS réglée à l'art. 9 al. 2 let. d LHID et à l'<ref-law>, si les cotisations font l'objet de provisions, et concerne la période fiscale 2004, soit une période postérieure à l'échéance du délai de l'<ref-law>, de sorte que la voie de recours de l'<ref-law> est ouverte.
La décision attaquée ayant été rendue avant le 1er janvier 2007, le recours de droit administratif est ouvert (<ref-law>).
La double instance de recours prévue pour les impôts cantonaux et communaux a été supprimée le 30 juin 2007 par l'abrogation de l'art. 153bis LF. Depuis lors, les décisions de la Commission cantonale de recours, qui étaient jusqu'alors susceptibles de recours au Tribunal cantonal, sont rendues en dernière instance cantonale (art. 150 LF). La décision entreprise ayant été notifiée le 16 août 2007, soit après l'abrogation susmentionnée, l'intéressé ne pouvait plus attaquer la décision en cause devant le Tribunal cantonal et celle-ci doit être considérée comme de dernière instance cantonale (cf. consid. 2).
8. L'art. 29 al. 1 let. d LF règle la déduction des cotisations sociales imposée par l'art. 9 al. 2 let. d LHID. La déduction des provisions est prévue aux art. 23 al. 1 et 2 et 25 al. 1 LF (<ref-law>). En outre, conformément à l'<ref-law>, l'art. 133 al. 2 LF, qui a pratiquement la même teneur que l'<ref-law>, prévoit que les personnes physiques dont le revenu provient d'une activité lucrative indépendante et les personnes morales doivent joindre à leur déclaration les extraits de comptes signés (bilan, compte de résultat) des années de calcul ou, à défaut d'une comptabilité tenue conformément à l'usage commercial, un état des actifs et passifs, un relevé des recettes et des dépenses, ainsi que des prélèvements et avoirs privés. L'<ref-law> précise encore que la tenue, la conservation et la production de ces documents est régi par les dispositions du code des obligations (art. 957 et 963 al. 2 CO). Cette règle s'impose également en droit valaisan, même si elle n'est pas expressément reprise par la loi.
Dès lors, les considérations développées ci-dessus (cf. consid. 4 à 6) s'appliquent également aux impôts cantonal et communal. Le recours doit être admis dans le sens des considérants et la décision attaquée annulée.
9. Au vu de ce qui précède, le présent recours est admis dans le sens des considérants en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct 2004 ainsi que les impôts cantonal et communal 2004 et la décision attaquée du 20 septembre 2006 est annulée. La décision sur réclamation du 16 décembre 2005 est confirmée dans la mesure où elle concerne l'impôt fédéral direct. Il appartiendra à l'autorité intimée de rendre une nouvelle décision concernant les impôts cantonal et communal et de régler à nouveau le sort des frais de la procédure cantonale.
Les frais judiciaires seront supportés par l'intimé (art. 153, 153a et 156 al. 3 OJ). Il n'est pas alloué de dépens (art. 159 al. 2 OJ).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans le sens des considérants en tant qu'il concerne l'impôt fédéral direct et la décision rendue le 20 septembre 2006 par la Commission cantonale de recours est annulée. La décision sur réclamation du 16 décembre 2005 est confirmée.
2. Le recours est admis dans le sens des considérants en tant qu'il concerne les impôts cantonal et communal et la décision rendue le 20 septembre 2006 par la Commission cantonale de recours est annulée.
3. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
4. Le présent arrêt est communiqué au Service cantonal des contributions du canton du Valais, au mandataire de l'intimé, à la Commission cantonale de recours en matière fiscale du canton du Valais et à l'Administration fédérale des contributions, Division juridique de l'impôt fédéral direct.
Lausanne, le 14 mars 2008
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
T. Merkli E. Kurtoglu-Jolidon