Faits:
A.
Les parcelles contiguës nos 8288 et 8294 de la commune de Vully-les-Lacs (VD) bordent le lac de Morat au lieu-dit "Les Garinettes" et supportent chacune une maison utilisée comme résidence secondaire. Elles sont traversées par le ruisseau des Ferrages qui, à cet endroit - soit en sa partie avale -, est actuellement sous terre et passe dans un tuyau de 600 mm de diamètre. La capacité hydraulique de ce tuyau est de 0,9 m3, ce qui correspond à un temps de retour d'une année; ce calcul est attesté par des débordements très fréquents à cet endroit. Dans le cadre d'une procédure d'adoption de deux plans partiels d'affectation, le Service vaudois des eaux, sols et assainissements (SESA) - actuellement Direction générale de l'environnement (DGE) - a délivré l'autorisation spéciale pour la remise à ciel ouvert du tronçon aval du ruisseau des Ferrages, et levé l'opposition formée conjointement par C._ et D._, propriétaires jusqu'en 2013 de la parcelle n° 8288, ainsi que B._, propriétaire de la parcelle n° 8294. Par décision du même jour, le Département vaudois de l'intérieur a approuvé les deux plans partiels d'affectation auxquels les propriétaires précités s'étaient également opposés.
B.
Par arrêt du 9 avril 2013, la Cour de droit administratif et public du Tribunal cantonal vaudois a partiellement admis le recours formé par les opposants contre la décision du SESA et l'a réformée en ce sens qu'y est ajoutée la condition que l'accès au garage sis sur la parcelle n° 8288 est garanti. Pour le surplus, elle a confirmé cette décision ainsi que les plans partiels d'affectation.
C.
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, C._, D._ et B._ demandent au Tribunal fédéral d'annuler cet arrêt et de renvoyer la cause à la cour cantonale pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Leurs griefs sont tous dirigés contre la décision du SESA. Le Tribunal cantonal renonce à se déterminer et conclut au rejet du recours. La DGE et la commune de Vully-les-Lacs déposent leurs observations et concluent au rejet du recours. Invité à se déterminer, l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) conclut lui aussi au rejet du recours. B._ et A._ SA, qui indique avoir nouvellement acquis la parcelle n° 8288, répliquent et persistent dans les conclusions prises lors du dépôt du recours. La DGE se détermine encore et le Service cantonal du développement territorial indique, après le délai qui lui avait été imparti, que les plans d'affectation concernés sont entrés en vigueur le 17 janvier 2014.

Considérant en droit:
1.
Le recours est formé contre un arrêt final rendu en dernière instance cantonale, dans une cause de droit public. Il est recevable au regard des art. 82 let. a, 86 al. 1 let. d et 90 LTF. Les recourants sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué, qui confirme en partie une décision de remise à ciel ouvert d'un cours d'eau traversant leurs parcelles.
Conformément à l'<ref-law>, par renvoi de l'<ref-law>, l'aliénation en cours d'instance de l'objet du litige ou la cession du droit litigieux n'influence pas la qualité pour agir ou pour défendre. Une personne peut toutefois se substituer à l'une des parties avec le consentement de l'autre (<ref-law>). En l'espèce, les déterminations déposées conjointement par B._ et la nouvelle propriétaire A._ SA ont été communiquées à la commune et aux services cantonaux concernés, qui ne s'y sont pas opposés. Il y a ainsi lieu d'en déduire leur consentement à la substitution de partie.
Les autres conditions de recevabilité sont réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière.
2.
Les recourants contestent la recevabilité des observations de l'OFEV, dès lors que la protection contre les crues incombe aux cantons.
En vertu de l'<ref-law>, si nécessaire, le Tribunal fédéral communique le recours à l'autorité précédente ainsi qu'aux éventuelles autres parties ou participants à la procédure ou aux autorités qui ont qualité pour recourir. Ce faisant, il leur impartit un délai pour se déterminer. L'<ref-law> confère la qualité pour former un recours à la Chancellerie fédérale, aux départements fédéraux ou, pour autant que le droit fédéral le prévoie, aux unités qui leur sont subordonnées, si l'acte attaqué est susceptible de violer la législation fédérale dans leur domaine d'attribution. A teneur de l'art. 67a de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux (LEaux; RS 814.20), l'office [fédéral de l'environnement] est habilité à user de toutes les voies de recours prévues par le droit fédéral et le droit cantonal contre les décisions rendues par des autorités cantonales en application de la loi ou de ses dispositions d'exécution. L'arrêt attaqué appliquant plusieurs dispositions de la LEaux, dont la portée est au demeurant précisément contestée par les recourants, l'OFEV avait qualité pour recourir contre l'arrêt attaqué, ce qui justifie que lui soit accordée l'occasion de se déterminer, conformément à l'<ref-law>. Le fait qu'il n'ait pas participé à l'instruction de la cause en instance cantonale est sans incidence sur la pertinence de son appréciation puisqu'il s'agit d'intervenir dans la présente procédure, dans laquelle le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>).
3.
Se référant à l'étude du bureau d'ingénieurs ayant établi la carte indicative des inondations du Canton de Vaud, les recourants affirment que, contrairement à ce qu'a retenu la cour cantonale, le danger d'inondation pour leurs parcelles est qualifié de faible. Or, l'arrêt attaqué indique que, "dans le secteur suivant le périmètre du PPA ["Les Garinettes"] en direction du lac, la partie sud est soumise à un risque fort et la partie nord à un risque faible" (p. 4). Cette description - qui ne détaille pas les risques en fonction des parcelles des recourants, dont l'une est en réalité à cheval sur les deux zones - est conforme à la carte illustrant le rapport. Que les abords immédiats du cours d'eau litigieux, en sa partie enterrée, soient sujets à un danger d'inondation de niveau de vraisemblance faible est au demeurant non décisif. Il ressort en effet clairement de l'arrêt attaqué que la problématique du risque d'inondation découle de la trop faible capacité hydraulique du tronçon enterré, dont les conséquences sont avant tout sensibles à l'entrée du tuyau - soit en amont des parcelles des recourants - et non nécessairement plus en aval.
Pour le reste, les recourants présentent dans leur écriture leur propre description des faits, sans toutefois expliquer en quoi les constatations de l'arrêt attaqué auraient été établies de manière manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law>, ni en quoi la correction du vice serait susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-law>). Dans un tel cas, le Tribunal fédéral ne prend pas ces éléments en considération dans la mesure où ils divergent de l'état de fait de l'arrêt attaqué.
4.
Les recourants se plaignent d'une atteinte à la garantie de la propriété. Ils font valoir que cette atteinte ne repose pas sur une base légale suffisante et ne respecte pas le principe de proportionnalité.
La garantie de la propriété ancrée à l'art. 26 al. 1 Cst. n'est pas absolue. Comme tout droit fondamental, elle peut être restreinte aux conditions fixées à l'art. 36 Cst. La restriction doit ainsi reposer sur une base légale, soit une loi au sens formel si la restriction est grave, être justifiée par un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité. Lorsque l'atteinte est grave, outre que la base légale doit être une loi au sens formel, celle-ci doit être claire est précise (<ref-ruling> consid. 3a p. 366; <ref-ruling> consid. 2a p. 336; <ref-ruling> consid. 3a p. 35). L 'atteinte au droit de propriété est tenue pour particulièrement grave lorsque la propriété foncière est enlevée de force ou lorsque des interdictions ou des prescriptions positives rendent impossible ou beaucoup plus difficile une utilisation du sol actuelle ou future conforme à sa destination (<ref-ruling> consid. 4.3. p. 637; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 340).
4.1. Les recourants font valoir que l'intervention litigieuse constitue une atteinte grave à leur droit de propriété et que les dispositions invoquées par la cour cantonale ne constituent pas une base légale suffisamment claire et précise pour justifier cette atteinte.
4.1.1. La cour cantonale a retenu que la restriction au droit de propriété reposait directement sur les art. 38 et 38a LEaux. L'<ref-law> prescrit que les cours d'eau ne doivent ni être couverts ni mis sous terre (al. 1), sous réserve d'exceptions exhaustivement énumérées (al. 2) dont le cas de réfection de tronçons couverts ou mis sous terre, dans la mesure où un écoulement à l'air libre ne peut pas être rétabli ou causerait d'importants préjudices à l'agriculture (let. e). L'<ref-law> enjoint les cantons de veiller à la revitalisation des eaux.
La cour cantonale s'est également référée aux art. 3 et 4 al. 2 de la loi fédérale du 21 juin 1991 sur l'aménagement des cours d'eau (LACE; RS 721.100) ainsi qu'au droit cantonal. La LACE a pour but de protéger des personnes et des biens matériels importants contre l'action dommageable des eaux. L'art. 3 LACE charge les cantons d'assurer la protection contre les crues en priorité par des mesures d'entretien et de planification (al. 1). Si cela ne suffit pas, ils prennent les autres mesures qui s'imposent telles que corrections, endiguements, réalisation de dépotoirs à alluvions et de bassins de rétention des crues ainsi que toutes les autres mesures propres à empêcher les mouvements de terrain (al. 2). Les mesures doivent être appréciées compte tenu de celles qui sont prises dans d'autres domaines, globalement et dans leur interaction (al. 3). L'art. 4 al. 2 LACE précise que, lors d'interventions dans les eaux, leur tracé naturel doit être autant que possible respecté ou, à défaut, reconstitué; les eaux et l'espace réservé aux eaux doivent être aménagés de façon à ce qu'ils puissent accueillir une faune et une flore diversifiée (let. a), que les interactions entre eaux superficielles et eaux souterraines soient maintenues autant que possible (let. b) et qu'une végétation adaptée à la station puisse croître sur les rives (let. c). En exécution de cette loi, l'art. 21 de l'ordonnance fédérale du 2 novembre 1994 sur l'aménagement des cours d'eau (OACE; RS 721.100.1) prévoit que les cantons désignent les zones dangereuses et, ce faisant, tiennent compte des zones dangereuses et de l'espace à réserver aux eaux conformément à l'<ref-law> dans leurs plans directeurs et dans leurs plans d'affectation ainsi que dans d'autres activités ayant des effets sur l'organisation du territoire. Les cantons analysent périodiquement les dangers découlant des eaux et l'efficacité des mesures mises en oeuvre pour se protéger des crues (art. 22 OACE).
Enfin, l'art. 2c al. 2 de la loi vaudoise du 3 décembre 1957 sur la police des eaux dépendant du domaine public (LPDP/VD; RSV 721.01) prévoit que, lors d'interventions dans les eaux, le tracé naturel est autant que possible respecté ou, à défaut, reconstitué.
4.1.2. En l'espèce, l'atteinte à la propriété des recourants consiste en une emprise, sur leurs parcelles, du ruisseau qui sera mis à ciel ouvert. Selon l'arrêt attaqué (p. 5), la largeur du lit sera de 1 m 20. Les recourants, qui évoquent une largeur "d'au moins 7 m", n'indiquent pas pourquoi ils avancent une telle emprise ni pourquoi il faudrait s'écarter de celle retenue par les premiers juges. C'est ainsi une emprise moyenne de soixante centimètres que le ruisseau aura sur toute la longueur de chacune des deux parcelles litigieuses. Il n'y aura aucune atteinte aux constructions existantes et la cour cantonale a pris soin de préciser la décision attaquée en ce sens que l'accès au garage non cadastré de la parcelle n° 8288 devra être garanti. Quant aux restrictions des limites de constructions découlant de la distance minimum au cours d'eau, elles ne constituent pas une aggravation de la situation existante: le droit fédéral prescrit déjà, dans l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux; RS 814.201), un espace réservé au cours d'eau de 11 mètres au minimum (<ref-law>) - 8 mètres plus la largeur du fond du lit existant selon les dispositions transitoires de la modification du 4 mai 2011 (al. 2 let. a) -, restrictions auxquelles sont également soumis les abords des cours d'eau enterrés, sauf renoncement de l'autorité cantonale (<ref-law>). Il est établi que les travaux entraîneront la disparition d'une partie de la végétation et des arbres existant sur les parcelles des recourants, plus particulièrement, selon les constatations de l'arrêt attaqué, sur la parcelle n° 8288. L'arrêt retient toutefois que tout ou partie de la végétation sera reconstituée à la fin des travaux. A l'instar de la cour cantonale, il y a lieu de reconnaître à l'opération une plus-value pour l'intérêt naturel et paysager des parcelles concernées. Dans ces circonstances, l'atteinte à la garantie de la propriété des recourants ne saurait être qualifiée de grave au sens de la jurisprudence précitée. Les exigences liées à la base légale sont ainsi réduites.
En outre, tous les terrains situés dans le cône de déjection du ruisseau des Ferrages sont inclus dans la carte cantonale indicative des dangers liés aux inondations (arrêt attaqué p. 4). L'étude du plan général d'évacuation des eaux de l'ancienne commune de Vallamand (devenue Vully-les-Lacs par fusion en 2011) fait état du sous-dimensionnement du tuyau par lequel s'écoule le ruisseau sous les parcelles des recourants (arrêt attaqué p. 5). C'est ainsi l'impératif de protection contre les crues qui dicte en premier lieu que la remise à ciel ouvert soit effectuée sans délai, parallèlement à l'adoption des deux plans partiels d'affectation. Les recourants semblent en effet perdre de vue que la renaturation prévue est liée aux mesures de planification territoriale prises par la commune. Il ne s'agit pas de protéger contre les crues (uniquement) leurs propres parcelles, mais tout le secteur en amont de leurs habitations, destiné à une affectation en zone à bâtir - en compensation du déclassement et de la délocalisation d'habitations sises en une zone instable ne pouvant plus être sécurisée. Or, dans un quartier d'habitation, une protection complète contre les crues centennales est imposée (Office fédéral des eaux et de la géologie, Protection contre les crues des cours d'eau - Directives de l'OFEG, Berne 2001, p. 16-17 et 44). A cet égard, les dispositions de la LACE, concrétisées par le droit cantonal ainsi que par les études de base, fondent l'intervention litigieuse. S'agissant d'une mesure qui ne saurait être qualifiée de grave restriction au droit de propriété des recourants, la base légale sur laquelle elle repose est suffisante.
Par surabondance, comme l'a retenu la cour cantonale, la LEaux, en particulier l'<ref-law> - que les recourants occultent totalement dans leur argumentation concentrée sur l'<ref-law> -, dont la formulation est claire et précise, constitue également une base légale propre à justifier les travaux de remise à ciel ouvert (cf. arrêt 1C_255/2013 du 24 juin 2013 consid. 2). L'absence d'un programme de mise en oeuvre, sur le plan cantonal, de l'<ref-law> ne saurait empêcher toute intervention allant dans ce sens, ce d'autant moins lorsque, comme en l'espèce, d'autres dispositions légales fondent directement la renaturation du cours d'eau.
4.2. Les recourants contestent ensuite la proportionnalité de la mesure. Ils allèguent qu'un redimensionnement de la canalisation existante serait également envisageable et bien moins dommageable pour eux.
4.2.1. Le principe de la proportionnalité exige que les mesures mises en oeuvre soient propres à atteindre le but visé (règle de l'aptitude) et que celui-ci ne puisse être atteint par une mesure moins contraignante (règle de la nécessité); il doit en outre y avoir un rapport raisonnable entre ce but et les intérêts compromis (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts) (<ref-ruling> consid. 3.1 p. 246). Le Tribunal fédéral vérifie librement les questions de l'intérêt public et de la proportionnalité, en s'imposant toutefois une certaine réserve lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales ou de trancher de pures questions d'appréciation (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 416; <ref-ruling> consid. 4.1 p. 344).
Selon la jurisprudence, la LACE fixe sans ambiguïté l'ordre de priorité des mesures à prendre entre mesures passives (en particulier en adaptant l'affectation actuelle ou projetée au danger) et mesures actives (intervention au niveau de la source du danger pour en minimiser le potentiel). La protection contre les dangers naturels doit prioritairement se faire par des mesures préventives, à savoir par un entretien approprié de cours d'eau et par des mesures d'aménagement du territoire, conformément à l'art. 3 LACE. Des mesures de protection actives n'ont leur raison d'être que lorsque l'entretien normal rationnel d'installations de protection existantes, les efforts d'aménagement du territoire ou la protection des objets ne permet pas d'atteindre les buts fixés (arrêt 1C_51/2011 du 11 janvier 2012 consid. 2.1).
4.2.2. En dépit de l'obligation de motivation accrue des griefs de violation des droits constitutionnels (<ref-law>), les recourants n'exposent pas en quoi leur dommage serait moindre avec un redimensionnement de la canalisation existante en lieu et place d'une renaturation du cours d'eau. La cour cantonale a certes admis que cette mesure permettrait également d'atteindre le but de protection contre les inondations (arrêt attaqué consid. 2c/cc p. 15 cité par les recourants), mais s'agissant du dommage, elle a considéré, au contraire de ce que prétendent les recourants, que les travaux d'agrandissement de la canalisation suggérés auraient également des impacts sur la végétation existante. Quant à la diminution de la surface constructible de leurs parcelles, cet argument ne convainc pas, au vu de la faible emprise du ruisseau sur leurs terrains et du fait que le cours d'eau enterré doit également être pris en considération pour la limite des constructions.
Quoi qu'il en soit, l'art. 38 al. 2 let. e LEaux prévoit exhaustivement les exceptions à l'interdiction de couverture ou mise sous terre des cours d'eau. Cette disposition, claire, n'autorise une réfection d'un tronçon couvert que dans la mesure où un écoulement à l'air libre ne peut pas être rétabli ou causerait d'importants préjudices à l'agriculture. Tel n'est assurément pas le cas en l'espèce. Le droit fédéral ne laisse ainsi pas place à la mesure alternative proposée par les recourants. Cette solution est par ailleurs conforme à l'art. 3 LACE. La LACE met elle-même au premier plan le souci de préservation ou de reconstitution du tracé naturel et des fonctions naturelles du cours d'eau. Il résulte du sens clair des différentes dispositions légales une nécessité de les appliquer de façon coordonnée, les mesures de protection contre les crues devant intégrer les impératifs de protection de la nature et du paysage, et inversement. Le cas d'espèce répond à cet égard précisément à la situation dans laquelle ni l'entretien normal de l'installation existante ni les efforts d'aménagement du territoire ne permettent d'atteindre les buts visés par la LACE. En effet, la création d'une nouvelle zone à bâtir en amont des parcelles des recourants répondait à des impératifs de sécurité exceptionnels (évacuation et déclassement d'un secteur devenu dangereux en raison du risque de glissement de terrain) impliquant la nécessité de trouver des terrains de remplacement globalement équivalents dans un délai raisonnable (arrêt attaqué consid. 5-6). Partant, une mesure active - en l'espèce, la remise à ciel ouvert du cours d'eau - s'impose, ni l'entretien normal de la canalisation existante, ni des mesures d'aménagement du territoire ne permettant d'atteindre les objectifs de prévention contre les crues.
5.
Les recourants voient enfin une inégalité de traitement dans le fait que l'autorité a renoncé à remettre à ciel ouvert une partie du ruisseau des Ferrages située en amont du tronçon litigieux, dans une zone de danger faible à moyen.
5.1. Une décision viole le principe de l'égalité lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou lorsqu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent au vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente. Il faut que le traitement différent ou semblable injustifié se rapporte à une situation de fait importante. Les situations comparées ne doivent pas nécessairement être identiques en tous points, mais leur similitude doit être établie en ce qui concerne les éléments de fait pertinents pour la décision à prendre (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 304; <ref-ruling> consid. 4.2 p. 399; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 125).
5.2. Sur le tronçon auquel les recourants comparent le tronçon litigieux, le ruisseau passe dans une canalisation existante d'un diamètre de 900 mm, qui permet d'écouler la crue centenaire (arrêt attaqué p. 5). La situation n'est ainsi pas semblable à celle du secteur qui les concerne, puisque le collecteur qui traverse les parcelles des recourants, fortement sous-dimensionné, n'est pas en mesure d'évacuer la crue centenaire (ni même des crues moins importantes). A cet égard, c'est le lieu d'insister sur le fait que le risque d'inondation lié au sous-dimensionnement de la canalisation litigieuse concerne principalement des surfaces situées dans les zones d'écoulement préférentiel définies par le terrain naturel et non uniquement les biens-fonds sis sur le tracé du ruisseau endigué. Que les parcelles des recourants soient entièrement ou en partie classées en zone de faible niveau de vraisemblance du danger d'inondation n'est dès lors en rien pertinent. Le grief est ainsi mal fondé.
6.
Il résulte de ce qui précède que le recours doit être rejeté, aux frais des recourants - y compris les substitués (<ref-law>) -, qui succombent (<ref-law>). Il n'y a pas lieu d'allouer de dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté.
2.
Les frais judiciaires, fixés à 3'000 fr., sont mis à la charge de B._, C._, D._ et A._ SA, solidairement entre eux.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et de la commune de Vully-les-Lacs, à la Direction générale de l'environnement du canton de Vaud, Ressources en eau et économie hydraulique, au Service du développement territorial du canton de Vaud, au Tribunal cantonal du canton de Vaud, Cour de droit administratif et public, et à l'Office fédéral de l'environnement, Division Droit.
Lausanne, le 24 avril 2014
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Sidi-Ali