Sachverhalt:
A. Am 16. Oktober 2009 reichte D._, Mitglied und Vertreter der Erbengemeinschaft X._, beim Gemeinderat Stetten eine Voranfrage zum Ausbau des Ober- und Dachgeschosses der Liegenschaft auf der Parzelle Nr. 207, Stetten, ein. Die Abteilung für Baubewilligungen des aargauischen Departements Bau, Verkehr und Umwelt (BVU) erwog am 26. November 2009, eine Erweiterung der Wohnnutzung sei nicht möglich, weshalb einem entsprechenden Vorhaben keine kantonale Zustimmung in Aussicht gestellt werden könne. Weiter hielt sie fest, bisher sei kein Gesuch für die Umnutzung und Fremdvermietung des ehemaligen Junghennenaufzuchtstalls auf derselben Parzelle eingereicht worden. Sie ersuchte deshalb den Gemeinderat, die entsprechenden Unterlagen bei D._ einzufordern und dem Kanton zuzustellen.
B. Aufgrund eines entsprechenden gemeinderätlichen Beschlusses vom 7. Dezember 2009, reichte die Erbengemeinschaft X._ ein Baugesuch für die Nutzungsänderung des Junghennenaufzuchtstalls ein. Gleichzeitig teilte D._ dem Gemeindeschreiber mit, er beabsichtige, das Dachgeschoss zu isolieren. Der Gemeinderat bewilligte am 29. März 2010 die Nutzungsänderung unter verschiedenen Auflagen und Bedingungen. Der zusätzlichen Isolation des Dachgeschosses (Estrich) wurde dagegen die Bewilligung versagt.
C. Anlässlich einer Baukontrolle vom 13. April 2010 stellte die kommunale Bauverwaltung fest, dass unbewilligte Isolationsarbeiten im Dachgeschoss des Wohnhauses im Gange waren; daraufhin verlangte der Gemeinderat mit superprovisorischer Verfügung vom 16. April 2010 die unverzügliche Einstellung der Bauarbeiten. Ein Gesuch der Erbengemeinschaft X._ um aufschiebende Wirkung wies der Regierungsrat des Kantons Aargau am 5. Mai 2010 in Bestätigung der Baueinstellung ab.
D. Auf Beschwerde der Erbengemeinschaft X._ hin, nahm der Regierungsrat am 1. September 2010 Vormerk davon, dass die Beschwerdeführerin die Entwässerungsleitung des Hühnerstalls ausser Betrieb nahm. Im Übrigen wies der Regierungsrat die Beschwerde ab, soweit er darauf eintrat. Für die Beseitigung der rechtswidrigen Isolation und die Wiederherstellung des rechtmässigen Zustands setzte er eine Frist von drei Monaten ab Rechtskraft seines Entscheids an.
E. Das daraufhin angerufene Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wies die Beschwerde mit Urteil vom 21. Januar 2011 ab.
Am 1. April 2011 beantragt die Erbengemeinschaft X._, bestehend aus A._, B._, C._ und D._, dem Bundesgericht mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten die Aufhebung des Verwaltungsgerichtsurteils und der Entscheide der Vorinstanzen. Es sei festzustellen, dass das Anbringen einer Innenisolation im rechtmässig erstellten, nach heutigen Vorgaben unzureichend isolierten Wohngebäude der Beschwerdeführerin nicht bewilligungspflichtig sei. Zur Neuregelung der Kostenfolgen sei die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen. Eventualiter beantragt die Beschwerdeführerin, die Sache sei in Aufhebung des angefochtenen Urteils und der Entscheide der Vorinstanzen zur Neubeurteilung im Sinne einer nachträglichen Bewilligungserteilung an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen. Subeventuell sei die Sache in Aufhebung des angefochtenen Urteils und der vorangegangenen Entscheidungen an den Gemeinderat zurückzuweisen, damit dieser in Beachtung des Verhältnismässigkeitsgrundsatzes eine andere Massnahme als den Rückbau zur Verhinderung einer Umnutzung des Estrichraums in Wohnzwecke verfüge. Mit einem weiteren Subeventualantrag fordert die Beschwerdeführerin die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zur weiteren Beweiserhebung.
Der Gemeinderat Stetten, das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau und das Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) verzichten allesamt auf eine Vernehmlassung.
Mit Verfügung vom 17. Mai 2011 hat der Präsident der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zuerkannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Dem angefochtenen Entscheid liegt ein Beschwerdeverfahren über eine baurechtliche Bewilligung zugrunde. Nach Art. 34 Abs. 1 RPG (SR 700) gelten für die Rechtsmittel an die Bundesbehörden die allgemeinen Bestimmungen über die Bundesrechtspflege. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten nach <ref-law> steht auf dem Gebiet des Raumplanungs- und Baurechts zur Verfügung. Das Bundesgerichtsgesetz enthält keinen Ausschlussgrund (<ref-law>). Angefochten ist ein Entscheid einer letzten kantonalen Instanz, welcher das Verfahren abschliesst (Art. 86 Abs. 1 lit. d; Art. 90 BGG). Die Beschwerdeführerin als Eigentümerin des streitbetroffenen Wohnhauses und Bauherrin der umstrittenen Dachisolation hat ein schützenswertes Interesse an der Aufhebung des angefochtenen Urteils. Auf die frist- und formgerecht eingereichte Beschwerde ist unter Vorbehalt der rechtsgenüglichen Begründung einzutreten.
1.2 Nicht zu hören ist die Beschwerdeführerin mit ihrem Begehren, die dem Urteil vorangegangenen kantonalen und kommunalen Entscheide aufzuheben. Als Folge des im Beschwerdeverfahren geltenden Devolutiveffekts hat das Urteil des Verwaltungsgerichts diese Entscheide ersetzt. Sie gelten inhaltlich als mitangefochten (vgl. <ref-ruling> E. 1.4 S. 144).
2. Vorab macht die Beschwerdeführerin eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend. Sie bemängelt, die Vorinstanz habe zu Unrecht auf die Erhebung weiterer Beweise (Abklärung der baulichen Ausstattung, Durchführung eines Augenscheins) verzichtet. Weiter rügt sie, das Verwaltungsgericht sei seiner Begründungspflicht nicht nachgekommen, weil es sich mit massgeblichen Rügen der Beschwerdeführerin nicht auseinander gesetzt habe.
2.1 Das rechtliche Gehör dient einerseits der Klärung des Sachverhalts, anderseits stellt es ein persönlichkeitsbezogenes Mitwirkungsrecht beim Erlass eines Entscheids dar, welcher in die Rechtsstellung des Einzelnen eingreift. Der Betroffene hat das Recht, sich vor Erlass eines in seine Rechtsstellung eingreifenden Entscheids zur Sache zu äussern. Dazu gehört insbesondere das Recht, Einsicht in die Akten zu nehmen, mit erheblichen Beweisanträgen gehört zu werden und an der Erhebung wesentlicher Beweise entweder mitzuwirken oder sich zumindest zum Beweisergebnis zu äussern, wenn dieses geeignet ist, den Entscheid zu beeinflussen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 277; <ref-ruling> E. 2b S. 56). Die Begründungspflicht soll verhindern, dass sich die Behörde von unsachlichen Motiven leiten lässt, und dem Betroffenen ermöglichen, die Verfügung gegebenenfalls sachgerecht anzufechten. Dies ist nur möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheides ein Bild machen können. In diesem Sinn müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf welche sich ihr Entscheid stützt. Dies bedeutet indessen nicht, dass sie sich ausdrücklich mit jeder tatbeständlichen Behauptung und jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzen muss. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 5.2 S. 236; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88; <ref-ruling> E. 3.1 S. 277; je mit Hinweisen).
2.2 Diesen Anforderungen wird der angefochtene Entscheid gerecht. Die Motivation des Verwaltungsgerichts geht hinlänglich daraus hervor und erlaubt es der Beschwerdeführerin, die Gründe für die Abweisung ihrer Begehren nachzuvollziehen. Ebenso wenig ist der Vorinstanz vorzuwerfen, dass sie auf die Durchführung eines Augenscheins verzichtet hat, zumal der rechtlich relevante Sachverhalt spätestens im Rahmen des regierungsrätlichen Beschwerdeverfahrens umfassend erhoben wurde. In den Akten findet sich eine dreiseitige Fotodokumentation, welche die Gegebenheiten, wie sie sich anlässlich des vom regierungsrätlichen Rechtsdiensts durchgeführten Augenscheins präsentierten, ausreichend wiedergibt (act. 59 des Regierungsrats). Die vom Verwaltungsgericht vorgenommene antizipierte Beweiswürdigung stellt keine Verletzung des rechtlichen Gehörs dar.
3. Das streitbetroffene Wohnhaus liegt ausserhalb Bauzone und wurde in der heutigen Form 1987 bewilligt. Unbestritten ist, dass es sich um kein landwirtschaftliches Gewerbe mehr handelt.
Die Beschwerdeführerin stellt zunächst die Bewilligungspflicht für die Innenisolation des Dachs in Abrede. Ein Bewilligungsverfahren werde nach § 30a der Allgemeinen Verordnung zum Baugesetz vom 23. Februar 1994 (AbauV/AG; SAR 713.111) nur für Aussenisolationen zur energetischen Sanierung von bestehenden Bauten und Anlagen verlangt, wobei das vereinfachtes Verfahren genüge.
3.1 Von Bundesrechts wegen sind gestützt auf Art. 22 Abs. 1 RPG Neubauten, Wiederaufbauten, Ersatzbauten, Umbauten, Anbauten, Zweckänderungen und Sanierungen, die über das übliche Mass einer Renovation hinausgehen, bewilligungspflichtig. Den Kantonen bleibt es vorbehalten, über den bundesrechtlichen Mindeststandard hinauszugehen und weitere Vorgänge der Bewilligungspflicht zu unterstellen. Zudem dürfen sie für bestimmte Bauvorhaben ein vereinfachtes Verfahren vorsehen (sog. kleine Baubewilligung) sowie Kleinstbauten einer blossen Anzeigepflicht unterstellen oder überhaupt von der Bewilligungspflicht ausnehmen, sofern sie keine nennenswerten Einflüsse auf Raum, Erschliessung und Umwelt bewirken (EJPD/BRP, Erläuterungen RPG, N. 7 f. zu Art. 22 RPG). Hingegen können die Kantone nicht von der Bewilligungspflicht ausnehmen, was nach Art. 22 RPG einer Bewilligung bedarf. Der Ausschluss der Bewilligungspflicht ist Gegenstand der Regelung von Art. 22 RPG und damit bundesrechtlich geordnet (ALEXANDER RUCH, Kommentar RPG, Zürich 1999, Art. 22 Rz. 4; Urteil 1C_12/2007 des Bundesgerichts vom 8. Januar 2008 E. 2.2; grundlegend <ref-ruling> E. 2b S. 315 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 3 S. 259; <ref-ruling> E. 3c S. 383 f.). Art. 22 Abs. 1 RPG umschreibt nicht näher, unter welchen Voraussetzungen die Änderung einer Baute oder Anlage bewilligungspflichtig ist. Nach der Rechtsprechung ist eine bauliche Massnahme dann dem Baubewilligungsverfahren zu unterwerfen, wenn mit der Realisierung der Baute oder Anlage im Allgemeinen, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge, so wichtige räumliche Folgen verbunden sind, dass ein Interesse der Öffentlichkeit oder der Nachbarn an einer vorgängigen Kontrolle besteht (BGE <ref-ruling> E. 3c S. 383 f. mit Hinweisen). Wenn diese Voraussetzung erfüllt ist, unterstehen auch reine Umnutzungen der Baubewilligungspflicht (<ref-ruling> E. 3a S. 226 mit Hinweisen; Urteil 1C_47/2008 des Bundesgerichts vom 8. August 2008, E. 2.5.1, publ. in: ZBl 111/2010 S. 397; 1A.216/2003 vom 16. März 2004, E. 2.1, erwähnt in: URP 2004 S. 349).
3.2 § 59 Abs. 1 des kantonalen Gesetzes über Raumentwicklung und Bauwesen vom 19. Januar 1993 (BauG/AG; SAR 713.100) statuiert die Bewilligungspflicht für alle Bauten und Anlagen und ihre im Hinblick auf die Anliegen der Raumentwicklung, des Umweltschutzes oder der Baupolizei wesentliche Umgestaltung, Erweiterung oder Zweckänderung sowie die Beseitigung von Gebäuden. Vorbehalten bleiben abweichende Zuständigkeitsregelungen des Bundesrechts und die Bestimmungen dieses Gesetzes über den Bau von öffentlichen Strassen und den Wasserbau. Die kantonale Regelung geht somit nicht weiter als Art. 22 RPG.
3.3 Das Verwaltungsgericht führt aus, es würde das Isolieren eines bis anhin nicht isolierten Daches kaum als Unterhalt bzw. Erneuerung qualifizieren, welche das übliche Mass einer Instandhaltung überschreite (E. 2.2 S. 6 des angefochtenen Entscheids). Der Zweck der Isolation bestehe im konkreten Fall aber nicht darin, das Dachgeschoss bzw. das Wohnhaus vor dem vorzeitigen Verfall oder der Unbenutzbarkeit der Baute vor Ablauf ihrer Lebensdauer zu schützen. Um das Dach zu isolieren, würden hier zwischen den Dachsparren Zelluloseflocken eingefügt und darauf eine Dampfbremse sowie eine Holzfaserplatte angebracht. Die Isolation solle im Estrichbereich eine klimatisch gemässigte Zwischenzone schaffen. Das Verwaltungsgericht zieht dazu in Erwägung, ein Dachgeschoss, welches über drei Fenster verfüge und mittels einer gut ausgebauten Treppe mit dem Obergeschoss verbunden sei, werde durch die geschilderten baulichen Massnahmen für Wohnzwecke nutzbar. Denkbar wäre für das Verwaltungsgericht eine Verwendung als Bastelraum, Büro, Liegeraum, Musikzimmer etc. Die entsprechende Nutzung könne fraglos auch den Lichtverhältnissen angepasst werden. Die bestehende Steckdose ermögliche überdies den Anschluss von Heizgeräten. Entscheidend sei, ob eine Verwendbarkeit für Wohnzwecke nach objektiven Gesichtspunkten gegeben sei. Das Verwaltungsgericht bejahte dies und erachtete die Arbeiten als baubewilligungspflichtige Veränderung. Dies gelte umso mehr, als eine nutzbare Fläche von 100 m2 entstehe und Isolationskosten von Fr. 40'000.-- üblicherweise nicht für einen Estrich ausgegeben würden, der bloss als Abstellkammer bzw. Möbellager genutzt werden solle.
3.4 Diese Ausführungen überzeugen. Wie die Fotos in den Akten (act. 59) zeigen, verfügt das Dachgeschoss bereits heute über drei Fenster, je ein Fenster auf der West- und der Ostseite sowie ein Dachfenster ungefähr in der Raummitte. Damit besteht eine für etliche Nutzungen bei Weitem ausreichende Belichtung. Kein Argument ist, dass die Fenster nicht den baurechtlichen Normen entsprechen, wie die Beschwerdeführerin vorbringt: Den potenziellen Nutzer dürfte kaum interessieren, ob gesetzliche Vorgaben eingehalten sind, solange er nur bei seinen Tätigkeiten genügend sieht. Auch ist das Dach grundsätzlich schon isoliert. Allerdings ist die Isolation des Estrich-Bodens offensichtlich ungenügend (Protokoll Augenschein S. 7, act. 53). Für diese scheinen keine Verbesserungen vorgesehen zu sein. Stattdessen findet eine umfangreiche Gesamtisolation des Dachs statt. Damit wird aufgrund der örtlichen Gegebenheiten objektiv gesehen bewohnbarer Raum geschaffen. Es kann insgesamt auf die zutreffenden Erwägungen in den bereits ergangenen Entscheiden verwiesen werden (je die E. 2 des Urteils vom 21. Januar 2011 und des Regierungsratsbeschlusses vom 1. September 2010). Wo zusätzlicher Wohnraum entsteht, sind Auswirkungen auf die Erschliessungssituation und die Umwelt nicht auszuschliessen. Dies wiederum hat die Bewilligungspflicht der baulichen Massnahmen zur Folge (siehe E. 3.1 hievor).
3.5 Insgesamt durften die kantonalen Behörden die Baubewilligungspflicht für die Dachisolation vorliegend bejahen. Die von der Beschwerdeführerin geplanten bzw. bereits ausgeführten Arbeiten sprengen den Rahmen einer einfachen Renovation.
4. Die Beschwerdeführerin beanstandet zunächst, das Verwaltungsgericht habe zu Unrecht die Anwendbarkeit von Art. 24c RPG verneint. In einem nächsten Schritt rügt sie eine Verletzung von <ref-law>: Eine isolierte Gebäudehülle gehöre zur zeitgemässen Wohnnutzung, könnten doch sonst nur Wohnbauten in der Bauzone den heutigen Anforderungen entsprechend nachisoliert werden.
4.1 Zunächst fragt es sich, unter welchem Rechtstitel die Bewilligungspflicht zu prüfen ist. Die kantonalen Behörden haben eine Anwendung von Art. 24c RPG einhellig ausgeschlossen.
Artikel 24c RPG ist ausschliesslich auf Bauten und Anlagen anwendbar, die seinerzeit in Übereinstimmung mit dem materiellen Recht erstellt oder geändert wurden, jedoch durch die nachträgliche Änderung von Erlassen oder Plänen zonenwidrig geworden sind (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 4.2.1 S. 398). Im vorliegenden Fall wurde das Wohnhaus nicht durch eine Rechtsänderung, sondern durch ein tatsächliches Verhalten der Beschwerdeführerin zonenwidrig, als die landwirtschaftliche Tätigkeit zu einem massgeblichen Teil aufgegeben wurde. Die kantonalen Instanzen haben daher zu Recht Art. 24c RPG nicht für anwendbar gehalten (Urteil 1C_391/2010 des Bundesgerichts vom 19. Januar 2011 E. 4.2).
4.2 Zu prüfen ist, ob die zusätzliche Isolation des Dachraums nach Art. 24d Abs. 1 RPG i.V.m. <ref-law> bewilligt werden kann. Gemäss Art. 24d Abs. 1 RPG kann das kantonale Recht in landwirtschaftlichen Wohnbauten, die in ihrer Substanz erhalten sind, landwirtschaftsfremde Wohnnutzungen zulassen, unter Beachtung der in Art. 24d Abs. 3 RPG genannten Voraussetzungen; insbesondere muss die äussere Erscheinung und die bauliche Grundstruktur im wesentlichen unverändert bleiben (Art. 24d Abs. 3 lit. b RPG). Erweiterungen sind grundsätzlich nur zulässig, wenn sie für eine zeitgemässe Wohnnutzung unumgänglich sind (<ref-law>). Einzig für altrechtliche landwirtschaftliche Wohnbauten, die schon rechtmässig bestanden, bevor das betreffende Grundstück Bestandteil des Nichtbaugebiets wurde, lässt <ref-law> weitergehende Erweiterungen innerhalb des bestehenden Gebäudevolumens zu, und zwar bis zu den Grenzen von Artikel 42 Absatz 3 lit. a und b RPV (vgl. Erläuterungen des Bundesamts für Raumentwicklung zu <ref-law> vom 23. August 2004). Dass die letztzitierte Bestimmung hier nicht einschlägig ist, wird auch von der Beschwerdeführerin nicht bestritten.
4.3 Das Verwaltungsgericht hat die Notwendigkeit der vorgesehenen bzw. bereits ausgeführten Massnahmen für eine zeitgemässe Wohnnutzung verneint. Es beharrt darauf, dass die Isolation eine Nutzung zu Wohnzwecken ermögliche. Die Beschwerdeführerin mache selber nicht geltend, die Wohnbaute genüge zeitgemässen Wohnansprüchen nicht. Am vorinstanzlichen Augenschein sei vielmehr bestätigt worden, dass das Wohnhaus über einen dem üblichen Wohnstandard entsprechenden Ausbau verfüge und zeitgemässes Wohnen ermögliche. Die Vorinstanz hält der Beschwerdeführerin zugute, die Dachisolation möge durchaus nützlich sein für die Aufbewahrung von Gerätschaften, welche empfindlich auf grosse Temperaturschwankungen reagieren würden. Entscheidend sei jedoch, dass die Nutzungserweiterung des Estrichs für eine zeitgemässe Wohnnutzung nicht unumgänglich sei.
4.4 In der Tat hat A._ anlässlich des Augenscheins auf entsprechende Frage hin bestätigt, das Wohnhaus verfüge "natürlich" über einen üblichen Ausbaustandard (Protokoll Augenschein S. 2, act. 56 unten). Die Frage nach der beabsichtigten Nutzung des Dachraums beantwortete der Lebenspartner von B._ damit, dass der Estrich heute als Abstellkammer gebraucht und dort auch manchmal Wäsche getrocknet werde. Ausbauabsichten wies der Befragte von sich. Der Estrich solle auch künftig vorwiegend als Abstellkammer benutzt werden, um z.B. doppelt vorhandene Möbel zu lagern. Auch ein TV-Gerät hätten sie zu viel. All diese Dinge seien bezüglich Temperaturschwankungen empfindlich (Protokoll Augenschein, act. 54). Für die genannten Zwecke scheint die beabsichtigte Isolation unverhältnismässig und übertrieben. Der Beschwerdeführerin ist zwar zuzugestehen, dass energiesparenden Massnahmen auch ausserhalb der Bauzone realisierbar sein sollten. Wie am Augenschein aber festgestellt wurde, ist es vor allem die Bodenisolation, welche mangelhaft ist. Ausgerechnet diese soll jedoch nicht erneuert werden, da dies nicht möglich sei (Protokoll Augenschein, act. 54). Ob andere Massnahmen zur Eindämmung des Wärmeverlusts geprüft wurden, ist nicht ersichtlich. Im vorliegenden Fall, in welchem zunächst eine Voranfrage zum Ausbau des Dachgeschosses gestellt wurde und nach deren Ablehnung nur noch Isolationsarbeiten beabsichtigt sind, ist es den kantonalen Instanzen nicht vorzuwerfen, wenn sie eine den Rahmen von <ref-law> sprengende Wohnnutzung verhindern wollen. Aufgrund der konkreten Situation auf dem Estrich - eine vorbestehende Isolation, drei Fenster, direkter Zugang aus dem unteren Geschoss über eine Treppe, Steckdose und elektrisches Licht - durfte eine Bewilligung für einen weitergehenden Ausbau verweigert werden.
5. Schliesslich wirft die Beschwerdeführerin den kantonalen Instanzen wegen des verlangten Rückbaus Unverhältnismässigkeit vor.
5.1 Ist eine Baute materiell gesetzeswidrig, hat das noch nicht zur Folge, dass sie abgebrochen werden muss (<ref-ruling> E. 4b S. 255). Auch in einem solchen Falle sind die allgemeinen verfassungs- und verwaltungsrechtlichen Grundsätze zu berücksichtigen. Zu ihnen gehören namentlich das öffentliche Interesse und die Verhältnismässigkeit. Diese Grundsätze rechtsstaatlichen Handelns werden in <ref-law> ausdrücklich festgehalten. Ob der verfügte Abbruch im öffentlichen Interesse liegt und verhältnismässig ist, prüft das Bundesgericht grundsätzlich frei. Allerdings auferlegt es sich eine gewisse Zurückhaltung, wenn es um die Beurteilung lokaler Gegebenheiten, welche die kommunalen und kantonalen Behörden besser kennen und überblicken als das Bundesgericht, und um ausgesprochene Ermessensfragen geht (<ref-ruling> E. 2a S. 353, 445 E. 3c S. 451, mit Hinweisen). Vor dem Grundsatz der Verhältnismässigkeit hält ein Grundrechtseingriff stand, wenn er zur Erreichung des angestrebten Ziels geeignet und erforderlich ist und das verfolgte Ziel in einem vernünftigen Verhältnis zu den eingesetzten Mitteln, d.h. den zu seiner Verwirklichung notwendigen Freiheitsbeschränkungen, steht (BGE 128 I 1 E. 3e/cc S. 15, mit Hinweisen). Ist die Abweichung vom Gesetz jedoch gering und vermögen die berührten allgemeinen Interessen den Schaden, der dem Eigentümer durch den Abbruch entstünde, nicht zu rechtfertigen, ist ein Beseitigungsbefehl unverhältnismässig (Urteil des Bundesgerichts 1A.301/2000 vom 28. Mai 2001, E. 6c S. 30). Grundsätzlich kann sich auch der Bauherr, der nicht gutgläubig gehandelt hat, gegenüber einem Abbruch- oder Wiederherstellungsbefehl auf den Grundsatz der Verhältnismässigkeit berufen. Er muss indessen in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, nämlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baurechtlichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustandes erhöhtes Gewicht beimessen und die dem Bauherrn erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Mass berücksichtigen (<ref-ruling> E. 4a S. 255; <ref-ruling> E. 6b S. 224).
5.2 Die Vorinstanzen werfen der Beschwerdeführerin insbesondere Bösgläubigkeit vor. Der Regierungsrat führt aus, nachdem der Gemeindeschreiber D._ mitgeteilt habe, die Dachisolation sei wahrscheinlich bewilligungspflichtig, habe die Beschwerdeführerin zumindest damit rechnen müssen, dass ein Baugesuch notwendig sei. Auf die erwähnte Mitteilung habe die Bauherrschaft mit Desinteresse reagiert und demnach nicht gutgläubig gehandelt. Das Verwaltungsgericht hat diese Einschätzung geschützt. Ob der Beschwerdeführerin Bösgläubigkeit unterstellt werden kann, kann mit Blick auf E. 5.3 hiernach grundsätzlich offen bleiben. Der Schluss liegt jedenfalls nahe, spätestens nachdem in der kommunalen Verfügung vom 29. März 2010 in Ziff. 3 des Entscheidsdispositiv klar festgehalten wurde, die zusätzliche Isolation des Estrichs werde nicht bewilligt. Die Beschwerdeführerin kann sich jedenfalls nicht darauf berufen, sie sei nach Rücksprache mit ihrem Architekten verunsichert gewesen, habe sich bei ihrem Anwalt erkundigt und gestützt auf dessen Auskunft gebaut. Wenn aufgrund einer behördlichen Verfügung erkennbar ist, dass sich rechtliche Probleme stellen, ist der Ausgang des Rechtsmittelverfahrens abzuwarten. Die Arbeiten hat die Bauherrschaft auf eigenes Risiko weiter geführt.
5.3 Hinzu kommt aber, dass die Beschwerdeführerin mit den Isolationsarbeiten und der damit verbundenen Schaffung von ca. 100 m2 zusätzlichem Wohnraum den wichtigen Grundsatz der Trennung zwischen Baugebiet und Nichtbaugebiet verletzt. Sie muss in Kauf nehmen, dass die Behörden aus grundsätzlichen Erwägungen, nämlich zum Schutz der Rechtsgleichheit und der baurechtlichen Ordnung, dem Interesse an der Wiederherstellung des gesetzmässigen Zustands erhöhtes Gewicht beilegen und die der Beschwerdeführerin erwachsenden Nachteile nicht oder nur in verringertem Masse berücksichtigen (<ref-ruling> E. 4a S. 255 mit Hinweisen: Urteil 1C_127/2008 des Bundesgerichts vom 4. Dezember 2008 E. 3.4, publ. in: URP 2009 S. 201).
5.4 Es ist den Vorinstanzen darum nicht vorzuwerfen, wenn sie andere Massnahmen wie etwa das Zumauern der Fenster oder die regelmässige Kontrolle durch die Bauverwaltung sinngemäss verworfen haben. Auch nach der Zumauerung der Fenster ist eine Nutzung als Hobby- oder etwa Fernsehraum mittels elektrischer Beleuchtung durchaus denkbar. Die vom Regierungsrat erwähnten Vollzugsschwierigkeiten bei Durchsetzung eines Nutzungsverbots durften ebenfalls in Betracht gezogen werden. Anlässlich des Augenscheins wurde eine solche Lösung offenbar diskutiert, die Parteien konnten sich aber nicht einigen (Protokoll Augenschein S. 9, act. 51). Es ist darum nicht zu beanstanden, dass das Verwaltungsgericht den vom Regierungsrat verhängten Rückbau geschützt hat. Dass damit übermässige Kosten verbunden wären, wurde nicht geltend gemacht.
6. Die Beschwerde ist demnach abzuweisen. Entsprechend hat die Beschwerdeführerin für die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens aufzukommen (<ref-law>). Parteientschädigungen sind keine zuzusprechen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Parteientschädigungen werden keine zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Gemeinderat Stetten, dem Regierungsrat und dem Verwaltungsgericht des Kantons Aargau, 3. Kammer, sowie dem Bundesamt für Raumentwicklung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Juli 2011
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Das präsidierende Mitglied: Aemisegger
Die Gerichtsschreiberin: Scherrer Reber