Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 15. November 2007 sprach die IV-Stelle des Kantons Zürich dem 1953 geborenen R._ rückwirkend ab 1. Februar 2005 eine ganze Rente der Invalidenversicherung zu. Die Winterthur-Columna (nachfolgend auch Vorsorgeeinrichtung genannt), bei der er als Angestellter (EDV-Analytiker) der X._ AG vom 18. Oktober 1999 bis 31. Januar 2004 berufsvorsorgeversichert gewesen war, verneinte einen Leistungsanspruch aus beruflicher Vorsorge (Schreiben vom 10. Dezember 2007).
B. Die von R._ gegen die Winterthur-Columna erhobene Klage, mit welcher er u.a. die Gewährung einer Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 100 % ab Oktober 2005 sowie eine Beitragsbefreiung beantragte, wies das Versicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 25. November 2009 ab.
C. R._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen und beantragen, es sei, in Aufhebung des angefochtenen Entscheids, die Beklagte zu verpflichten, ab 1. Februar 2005 eine Invalidenrente bei einem Invaliditätsgrad von 100 % zuzüglich eines Zinses ab Klageeinreichung von 5 % auf verfallene Leistungen zu erbringen. Zudem sei ab April 2003 die Beitragsbefreiung zu gewähren.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz hat die gesetzlichen Bestimmungen über Umfang (Art. 24 Abs. 1 BVG [in der bis 31. Dezember 2004 gültigen Fassung]) und Beginn des Rentenanspruchs (Art. 26 BVG in Verbindung mit <ref-law> [in der bis 31. Dezember 2007 gültigen Fassung]) korrekt dargelegt. Weiter erwähnt der angefochtene Entscheid Art. 23 BVG, gestützt auf welche Bestimmung diejenige Vorsorgeeinrichtung aus Invalidität leistungspflichtig wird, bei welcher der Gesuchsteller im Zeitpunkt des Eintritts der Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, versichert war (<ref-ruling> E. 1b S. 264). Zu verweisen ist sodann auf die vorinstanzlichen Ausführungen über die berufsvorsorgerechtlich relevante Arbeitsunfähigkeit, welche sich in einer sinnfälligen Einbusse an funktionellem Leistungsvermögen im bisherigen Beruf oder Aufgabenbereich manifestiert haben muss, wogegen eine erst nach Jahren rückwirkend festgelegte medizinisch-theoretische Arbeitsunfähigkeit nicht genügt (Urteil 9C_18/2009 vom 7. April 2009 E. 3.2.1, Urteil 9C_182/2007 vom 7. Dezember 2007 E. 4.1.3, publ. in: SVR 2008 BVG Nr. 31 S. 126). Schliesslich sind die Hinweise auf die grundsätzliche Bindungswirkung der Vorsorgeeinrichtungen an die Feststellungen der IV-Organe zur Rentenfestsetzung und die Umstände, welche die Bindungswirkung entfallen lassen, zu nennen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 273, Urteil 9C_414/2007 vom 25. Juli 2008 E. 2.4). Darauf ist zu verweisen.
2. Streitig und zu prüfen ist, ob die Arbeitsunfähigkeit, deren Ursache zur Invalidität geführt hat, eingetreten ist, als der Beschwerdeführer bei der Beschwerdegegnerin berufsvorsorgeversichert war.
2.1 Vorab schloss das kantonale Gericht mit Recht auf eine fehlende Bindung der Vorsorgeeinrichtung an die Feststellungen der IV-Organe; denn der Beschwerdeführer meldete sich am 21. Februar 2006 invalidenversicherungsrechtlich verspätet zum Leistungsbezug an, was rechtsprechungsgemäss für die weiter als 12 Monate zurückliegende Zeit (<ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 geltenden Fassung) die freie Überprüfbarkeit des leistungserheblichen Sachverhaltes durch die Vorsorgeeinrichtung bzw. das Berufsvorsorgegericht zur Folge hat (erwähntes Urteil 9C_414/2007 E. 2.4).
2.2 Das kantonale Gericht hat im Rahmen einer inhaltsbezogenen und objektiven bundesrechtskonformen Beweiswürdigung (<ref-ruling> E. 4.1 S. 400) zutreffend begründet, weshalb die später invalidisierende Arbeitsunfähigkeit nicht während der vom 18. Oktober 1999 bis 31. Januar 2004 dauernden Versicherungsdeckung eingetreten ist. Allseits unbestritten fehlen echtzeitliche ärztliche Arbeitsunfähigkeitsbescheinigungen, weshalb vorinstanzlich nach einer anderweitig nachgewiesenen gesundheitsbedingten sinnfälligen Einbusse im Leistungsvermögen zu fragen war, welche sich etwa in gehäuften und vom Arbeitgeber gemahnten Arbeitsausfällen manifestiert hat (Urteil 9C_127/2008 vom 11. August 2008 E. 2.3, Urteil des Eidg. Versicherungsgerichts B 75/01 vom 6. Februar 2003 E. 2.2, Urteil 9C_339/2007 vom 5. März 2008 E. 5.2 und 9C_182/2007 vom 7. Dezember 2007 E. 4.1.3 mit Hinweisen). Im Lichte der Akten durfte das kantonale Gericht eine in diesem Sinn ausgewiesene Arbeitsunfähigkeit verneinen, ohne in eine bundesrechtswidrige Beweiswürdigung (<ref-law>) oder eine offensichtlich unrichtige Sachverhaltsfeststellung zu verfallen (Art. 97 Abs. 1 und Art. 105 Abs. 1 BGG; Urteil 9C_270/2008 vom 12. August 2008 E. 2.2). Namentlich dringt der Beschwerdeführer mit der Sichtweise nicht durch, die Leistungsfähigkeit im Beruf sei durch das Verhalten gegenüber den Mitarbeitern und folglich wegen der Erkrankung (Borderline-Persönlichkeitsstörung ICD-10 F.60.0) beeinträchtigt gewesen. Denn Meinungsverschiedenheiten am Arbeitsplatz begründen für sich allein - unbesehen der zugrunde liegenden Erkrankung - keine Arbeitsunfähigkeit im rechtlichen Sinn, zumal unterschiedliche Ansichten im komplexen Tätigkeitsfeld des EDV-Programmierers keine Besonderheit sind. Allein dass sie der Beschwerdeführer häufig und aggressiv vortrug, macht ihn noch nicht arbeitsunfähig. Es bedarf auch in den Fällen der Persönlichkeitsstörungen einer nachgewiesenen funktionellen Leistungseinbusse (<ref-law>). Vor dem Hintergrund von Aktenstellen, welche dem Beschwerdeführer eine gute berufliche Leistung attestieren, durfte die Vorinstanz neben anderem auch das in dieser Hinsicht positive Arbeitszeugnis in Anschlag bringen und eine berufsvorsorgerechtlich relevante Arbeitsunfähigkeit ausschliessen. Der im E-Mail vom 15. Dezember 2000 nach einer nicht befolgten Weisung seitens des Arbeitgebers angedrohten Abmahnung kommt für die Leistungseinschätzung schon deshalb kein ausschlaggebendes Gewicht zu, weil aktenkundig nicht androhungsgemäss verfahren worden ist. Das kantonale Gericht lehnte sodann nachvollziehbar ein eingeschränktes berufliches Leistungsvermögen ungeachtet der lohnreduzierenden Änderungskündigung vom 19. September 2002 ab, welche der Arbeitgeber mit wirtschaftlichen Schwierigkeiten begründete. Trotz seiner nachgewiesenen Streitbarkeit stellte der Beschwerdeführer ausweislich der Akten den wirtschaftlichen Hintergrund der Lohnkürzung echtzeitlich und auch vor Bundesgericht nicht in Zweifel. Zudem beweist die Nennung des Arbeitsklimas als Grund für die Freistellung ab Oktober 2003 bis zum Ende des Arbeitsverhältnisses am 31. Dezember 2003 allein die Befürchtung des Arbeitgebers, die Auflösung des Arbeitsverhältnisses werde zum Anlass erneuter Auseinandersetzungen genommen. Sie besagt hingegen nichts über die erwartete Arbeitsleistung in fachlich-leistungsmässiger Hinsicht nach der Kündigung, was die Vorinstanz im Ergebnis bundesrechtskonform erkannt hat.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. Februar 2010
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Meyer Ettlin