Sachverhalt:
A. X._, geboren 1940, und Y._, geboren 1941, heirateten im Jahre 1995. Sie haben keine gemeinsamen Kinder. Mit Kaufvertrag vom 8. Dezember 1993 erwarben sie die Liegenschaft ... Grundbuchblatt Nr. 1353 zu hälftigem Miteigentum. Der Kaufpreis betrug Fr. 910'000.--.
B. Am 1. März 2004 verliess X._ den gemeinsamen Haushalt. Die Ehegatten unterzeichneten am 3. Juni 2004 eine Scheidungskonvention, mit welcher sie die Scheidung ihrer Ehe gestützt auf <ref-law> vorsahen und die Nebenfolgen regelten. Sie erklärten sich mit den heutigen Besitzverhältnissen als güterrechtlich auseinander gesetzt. Der Verkauf der gemeinsamen Liegenschaft in ... wurde zum bestmöglichsten Preis angestrebt und die Ablösung der hypothekarischen Belastung sowie die Rückzahlung eines Darlehens festgelegt. Eine Kaufpreisrestanz sollte bei X._ verbleiben, welche auch eine allfällige Grundstückgewinnsteuer zu übernehmen hatte. Y._ bevollmächtigte X._ mit dem Verkauf des Hauses und erteilte ihr entsprechend Vollmacht. Als Makler sollte A._ walten. Der Auszug von Y._ aus der von ihm noch genutzten Liegenschaft wurde im einzelnen festgelegt. Infolge ganz oder teilweisen Eintritts des Vorsorgefalles wurde auf die Teilung der Austrittsleistung aus der beruflichen Vorsorge verzichtet. Y._ verpflichtete sich bei Fälligkeit seiner Kaderversicherung einen Betrag von Fr. 30'000.-- an X._ zu leisten. Mit dieser Zahlung und der Veräusserung der gemeinsamen Liegenschaft erklärten sich die Ehegatten per Saldo aller Ansprüche als gegenseitig auseinander gesetzt und befriedigt, und zwar unabhängig vom Verkaufspreis der Liegenschaft. Beide Parteien verzichteten gegenseitig auf nachehelichen Unterhalt.
C. Am 18. Juni 2004 liessen die Parteien die Scheidungskonvention dem Gerichtspräsidenten des Gerichtskreises II Biel-Nidau zukommen, worauf dieser mit Verfügung vom 21. Juni 2004 festhielt, dass das Verfahren nach <ref-law> zur Anwendung gelange. Am 2. Juli 2004 unterzeichnete X._ für sich und kraft Vollmacht in der Scheidungskonvention für Y._ einen Kaufvertrag mit B._ und C._ über die Liegenschaft der Parteien in .... Der Kaufpreis wurde auf Fr. 888'000.-- festgesetzt und gemäss der Scheidungskonvention verwendet. Die X._ zustehende Kaufpreisrestanz betrug Fr. 565'319.95. Y._ wurde am 5. Juli 2004 vom beurkundenden Notar über den Kaufvertrag in Kenntnis gesetzt. Die Handänderung der verkauften Liegenschaft im Kreisgrundbuchamt II Biel-Nidau erfolgte am 6. Oktober 2004.
D. Am 6. Oktober 2004 widerrief X._ ihre Zustimmung zur Scheidungskonvention, hielt indes am gemeinsamen Scheidungsbegehren fest. Diese Erklärung bekräftigte sie anlässlich der gleichentags vor dem Gerichtspräsidenten des Gerichtskreises II Biel-Nidau anberaumten Anhörung der Parteien. Nach Ablauf der zweimonatigen Bedenkfrist bestätigten X._ und Y._ ihren Scheidungswillen. Mit Urteil vom 30. August 2007 schied der Gerichtspräsident die Ehe der Parteien und verpflichtete Y._ zur Zahlung von Fr. 30'000.-- als Entschädigung gemäss <ref-law> an X._ und stellte fest, dass die Ehegatten güterrechtlich auseinander gesetzt seien.
E. Gegen das erstinstanzliche Scheidungsurteil gelangten beide Seiten an das Obergericht des Kantons Bern. Y._ schloss in seiner Appellation auf Aufhebung der Entschädigungszahlung von Fr. 30'000.--. X._ machte in ihrer Appellation unter dem Titel Güterrecht eine Forderung von Fr. 213'544.-- plus Zinsen und in ihrer Anschlussappellation eine höhere Entschädigungszahlung geltend. Im Verlaufe des Verfahrens zogen beide Seiten ihre Anträge betreffend die Entschädigungszahlung zurück. Mit Urteil vom 27. März 2008 stellte das Obergericht fest, dass das erstinstanzliche Urteil im Scheidungspunkt und betreffend die Entschädigungszahlung in Rechtskraft erwachen sei und stellte im Übrigen fest, dass die Parteien güterrechtlich auseinander gesetzt seien.
F. X._ ist mit Beschwerde in Zivilsachen vom 4. Juni 2008 an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragt die Aufhebung des obergerichtlichen Urteils im güterrechtlichen Punkt und betreffend die Kosten- und Entschädigungsfolgen sowie die Rückweisung der Sache an die Erst- oder Vorinstanz zur Durchführung der güterrechtlichen Auseinandersetzung und zur Neuregelung der Kosten und Entschädigungen des kantonalen Verfahrens. Y._ schliesst auf Abweisung der Beschwerde. Das Obergericht hat auf Vernehmlassung verzichtet.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten sind die güterrechtlichen Folgen der Scheidung. Diese können dem Bundesgericht mit Beschwerde in Zivilsachen vorgetragen werden kann, zumal der erforderliche Streitwert von Fr. 30'000.-- klar überschritten wird (Art. 72 Abs. 1, Art. 74 Abs. 1 lit. b BGG). Das angefochtene Urteil ist letztinstanzlich ergangen (<ref-law>), womit dem Eintreten auf die fristgerecht erhobene Beschwerde nichts im Wege steht (<ref-law>).
1.2 Mit der Beschwerde kann insbesondere die Verletzung von Bundesrecht, Völkerrecht und kantonaler verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Auf die Vorbringen der Beschwerdeführerin ist nur soweit einzutreten, als sie den gesetzlichen Begründungsanforderungen genügen. Die Beschwerde nach <ref-law> hat nebst einem Antrag eine Begründung zu enthalten, in welcher in gedrängter Form dargelegt wird, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG; <ref-ruling> E. 1.3). Auch Verfassungsrügen sind in der Beschwerdeschrift vorzubringen und zu begründen (<ref-law>). Nicht zu berücksichtigen sind damit allgemeine Ausführungen sowie Ergänzungen zum Sachverhalt, die vom angefochtenen Urteil abweichen (<ref-law>), jedoch mit keiner konkreten Rüge verbunden sind. Diese Anforderungen gelten auch für die Stellungnahme des Beschwerdegegners.
1.3 Die Sprache des Verfahrens wird vom Bundesrecht abschliessend bestimmt. Sie richtet sich in der Regel nach dem angefochtenen Entscheid (<ref-law>). Vorliegend sind keine Gründe ersichtlich, anders zu verfahren.
2. Anlass zur vorliegenden Beschwerde gibt die Frage nach der Verbindlichkeit einer Konvention über die vermögensrechtlichen Folgen der Scheidung. Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen eine Verletzung von <ref-law> geltend. Sie habe die Scheidungskonvention nicht bestätigt, sondern sogar widerrufen, weshalb die Vorinstanz diese nicht hätte genehmigen dürfen und der Güterstand der Errungenschaftsbeteiligung nach den gesetzlichen Vorschriften hätte aufgelöst werden müssen.
2.1 Die Vorinstanz führte im Wesentlichen aus, die Scheidungskonvention bilde eine Voraussetzung des Scheidungsanspruchs. Sie stelle keinen gerichtlichen Vergleich dar, sondern bilde insofern einen privatrechtlichen Vertrag, als dass für seine Gültigkeit die übereinstimmenden Willenserklärungen beider Parteien vorliegen müssen. Der Vertrag sei angesichts der zweimonatigen Bedenkfrist nach <ref-law> mit dem Abschluss noch nicht bindend. Jeder Ehegatte könne in dieser Zeit auf seinen Scheidungsentschluss und sein Einverständnis zur Regelung der Scheidungsfolgen zurückkommen. Da beide Parteien die Scheidungskonvention bereits vor der ersten richterlichen Anhörung vollzogen hätten, habe das dem Schutz vor Übervorteilung dienende Bestätigungserfordernis jeden Sinn verloren. Der Scheidungsrichter habe daher den Parteien hinsichtlich der Nebenfolgen der Scheidung keine Bedenkfrist mehr ansetzen müssen. Der Widerruf der Scheidungsvereinbarung seitens der Ehefrau bleibe daher unbeachtlich. Zudem erweise sich deren Verhalten als rechtsmissbräuchlich, da sie gestützt auf die Konvention den Liegenschaftsverkauf bereits abgewickelt habe, welche Dispositionen nicht mehr ohne Nachteil zurückgenommen werden könnten. Zudem wolle sie die Konvention nur teilweise nicht gelten lassen, was nicht angehe.
2.2 Die Beschwerdeführerin hat ihr Einverständnis zur Regelung der Nebenfolgen der Scheidung in einer Konvention nicht während der in <ref-law> vorgesehenen Bedenkfrist widerrufen, sondern bereits zuvor, nämlich vor und während der richterlichen Anhörung. Aus dem zwingenden Charakter von <ref-law> folgt, dass sich die Ehegatten mit dem Abschluss der Scheidungsvereinbarung noch nicht endgültig verpflichten. Eine Verkürzung oder gar ein Verzicht auf die Bedenkfrist ist ausgeschlossen (FANKHAUSER, FamKommentar Scheidung, 2005, N. 40 zu <ref-law>; GLOOR, Basler Kommentar, 3. Aufl. 2006, N. 10 zu <ref-law>; RHINER, Die Scheidungsvoraussetzungen nach revidiertem Schweizerischen Recht [Art. 111-116 ZGB], Diss. Zürich 2000, S. 171). Können die Ehegatten bis Ablauf der Bedenkfrist auf ihren Scheidungswillen und die Regelung der Nebenfolgen zurückkommen, so muss eine Meinungsänderung schon vorher möglich sein. In der Botschaft über die Änderung des Schweizerischen Zivilgesetzbuches vom 15. November 1995 wird betont, dass bei der Scheidung auf gemeinsames Begehren, die Scheidungskonvention bis zur letzten Anhörung widerrufen werden könne. Nur bei der Scheidung auf Klage hin seien die Ehegatten wie bisher bereits vor der gerichtlichen Genehmigung mit dem Vertragsschluss an die Scheidungskonvention gebunden (BBl 1995 I S. 141). In der Lehre wird denn auch die Meinung vertreten, dass bei einem gemeinsamen Scheidungsbegehren die Scheidungskonvention von jedem Ehegatten jederzeit widerrufen werden könne, da nur so die Bestätigung nach <ref-law> Sinn mache (SUTTER/ FREIBURGHAUS, Kommentar zum neuen Scheidungsrecht, 1999, N. 14 zu Art. 111; SPÜHLER/SCHÜTT, Neues Scheidungsverfahrensrecht, AJP 1999, S. 1544; RHINER, a.a.O., S. 173). In die gleiche Richtung geht die Ansicht, die Scheidungskonvention werde erst mit der richterlichen Genehmigung verbindlich (BRÄM, Scheidung auf gemeinsames Begehren, AJP 1999, S. 1514). Demgegenüber wird teilweise auch die Meinung vertreten, die Ehegatten seien an die Scheidungskonvention wie an einen Vertrag gebunden und eine Anfechtung komme nur wegen Willensmängeln in Frage (BREITSCHMID, "Scheidungsplanung", AJP 1999, S. 1609).
Das Bundesgericht hielt bisher einzig fest, dass die mit dem gemeinsamen Scheidungsbegehren eingereichte Konvention von den Parteien jederzeit widerrufbar sei (Urteil 5C.270/2004 vom 14. Juli 2005 E. 3.1, in: FamPra.ch 2006 S. 438). In Anbetracht der Bedeutung, die der Bedenkfrist vom Gesetzgeber und von der Lehre beigemessen wird, muss jedem Ehegatten die Möglichkeit eingeräumt werden, bereits vor der richterlichen Anhörung auf die Scheidungskonvention zurückzukommen.
2.3 Zu prüfen bleibt, ob die Beschwerdeführerin angesichts des Verkaufs der ehelichen Liegenschaft ihre seinerzeitige Zustimmung zur Scheidungskonvention widerrufen und insbesondere die Durchführung der güterrechtlichen Auseinandersetzung verlangen kann. Nicht strittig ist hingegen die Gültigkeit des Kaufvertrages mit den Erwerbern. Mit dem Verkauf des gemeinsamen Hauses der Parteien, der Ablösung der Grundpfandschuld, der Tilgung der Darlehensschuld und der Entschädigung des Maklers sowie der Entgegennahme der Kaufpreisrestanz machte die Beschwerdeführerin nach Einreichung des Scheidungsbegehrens und der Scheidungskonvention von der darin eingeräumten Vollmacht des Beschwerdegegners Gebrauch. Anstelle der Liegenschaft tritt die nach Tilgung der Schulden verbleibende Kaufpreisrestanz. Ungeachtet des Abschlusses der Scheidungskonvention und des anschliessenden Verkaufs ihres Miteigentums unterstehen die Parteien jedoch bis zu dessen Auflösung immer noch dem ordentlichen Güterstand der Errungenschaftsbeteiligung. Ein Wechsel des Güterstandes hätte eines öffentlich-beurkundeten Ehevertrages bedurft (<ref-law>). Alsdann hätte die güterrechtliche Auseinandersetzung vorgenommen werden können. Mit dem Widerruf ihrer Zustimmung zur Scheidungskonvention brachte die Beschwerdeführerin lediglich zum Ausdruck, dass sie sich nicht mehr an die Saldoklausel betreffend allfällige güterrechtliche Ansprüche halten will. Ob ihr aufgrund der güterrechtlichen Qualifikation der bei Einreichung des Scheidungsbegehrens vorhandenen Vermögenswerte (<ref-law>), der Abgeltung allfälliger Investitionsbeiträge (<ref-law>) und der Hinzurechnungen (<ref-law>) ein Vorschlagsanteil zusteht, ist unabhängig vom zwischenzeitlichen Verkauf der gemeinsamen Liegenschaft zu beurteilen. Dieser Vorgang könnte höchstens unter dem Aspekt der Vermögensentäusserung nach <ref-law> Beachtung finden.
2.4 Damit kann der Vorinstanz nicht beigepflichtet werden, wenn sie die Parteien als güterrechtlich auseinandergesetzt erklärt, nur weil die Beschwerdeführerin einen Bestandteil des ehelichen Vermögens veräussert hat.
2.5 Im Vollzug einer wesentlichen Klausel der Scheidungsvereinbarung und deren späteren Widerruf könnte ein "venire contra factum proprium" erblickt werden. Nach der Rechtsprechung ist die Zustimmung zu einer Konvention und die nachträgliche Geltendmachung ihrer Ungültigkeit unter Berufung auf zwingendes Recht indes nur rechtsmissbräuchlich, wenn zusätzlich besondere Umstände vorliegen, welche von der Partei nachzuweisen sind, die sich auf den Rechtsmissbrauch beruft (<ref-ruling> E. 5.1 S. 497; <ref-ruling> E. 5.1 S. 443). Der Beschwerdegegner beharrt zwar auf dem Vertrauensschutz, macht aber keine besonderen Umstände geltend, welche die Berufung auf die Ungültigkeit der Konvention als offensichtlich treuwidrig erscheinen liessen. Rechtsmissbrauch ist demnach zu verneinen.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben. Die Sache ist zur Durchführung der güterrechtlichen Auseinandersetzung an die Erstinstanz zurückzuweisen. Angesichts des offenen Ausgangs in der Sache sind die Kosten zu halbieren und die Parteientschädigungen wettzuschlagen (<ref-law>, Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und die Ziffern 2 bis und mit 5 des Urteils des Obergerichts des Kantons Bern, Appellationshof, 1. Zivilkammer, vom 27 März 2008 werden aufgehoben.
2. Die Sache wird zu neuem Entscheid im Sinn der Erwägungen an den Gerichtspräsidenten 2 des Gerichtskreises II Biel-Nidau zurückgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
4. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Gerichtspräsidenten 2 des Gerichtskreises II Biel-Nidau und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, 1. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 25. November 2008
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Raselli Zbinden