Sachverhalt:
A. A.a Mit Urteil vom 31. März 2009 hiess der Gerichtspräsident Z._ des Gerichtskreises A._ im Verfahren um Erlass vorsorglicher Massnahmen gemäss Art. 137 Abs. 2 i.V.m. <ref-law> das Gesuch von Y._ um Abänderung der Trennungsvereinbarung vom 7. November 2005 gut und setzte den Unterhaltsbeitrag für seine Ehefrau X._ ab Zeitpunkt der Gesuchseinreichung (per Februar 2008) auf monatlich Fr. 242.-- und denjenigen für die gemeinsame Tochter B._ auf Fr. 482.-- fest. Zudem stellte er fest, dass Y._ in der Zeit von Februar 2008 bis März 2009 monatlich insgesamt Fr. 1'600.-- bezahlt hatte und die zu viel geleisteten Unterhaltsbeiträge an den neu geschuldeten Unterhaltsbeitrag angerechnet werden können. Die Gerichts- und Parteikosten wurden ausgangsgemäss X._ auferlegt sowie beiden Parteien die unentgeltliche Rechtspflege bewilligt.
A.b Gegen dieses Urteil erhob X._ Appellation beim Obergericht des Kantons Bern. Sie verlangte die Abweisung des Gesuchs um Erlass vorsorglicher Massnahmen und beantragte, der Appellation sei die aufschiebende Wirkung zu erteilen und Y._ sei das gewährte Recht auf unentgeltliche Rechtspflege in Bezug auf das Massnahmeverfahren zu entziehen.
Nachdem mit Referentenverfügung vom 30. April 2009 der Appellation antragsgemäss die aufschiebende Wirkung erteilt worden war, bestätigte das Obergericht mit Entscheid vom 10. Juni 2009 das erstinstanzliche Urteil und wies den Antrag auf Entzug der unentgeltlichen Rechtspflege ab. Zudem wurde X._ zur Bezahlung der Partei- und Gerichtskosten verurteilt.
B. X._ (fortan: Beschwerdeführerin) ist am 14. Juli 2009 mit subsidiärer Verfassungsbeschwerde an das Bundesgericht gelangt. Sie beantragt die Aufhebung des obergerichtlichen Entscheids sowie die Abweisung des Gesuchs um Erlass vorsorglicher Massnahmen. Eventualiter sei das Verfahren zur Neubeurteilung an das Obergericht zurückzuweisen. Zudem sei der Beschwerde die aufschiebende Wirkung zu erteilen und ihr die unentgeltliche Rechtspflege zu gewähren.
Das Obergericht und Y._ (fortan: Beschwerdegegner) sind nicht zur Vernehmlassung eingeladen worden. Das Gesuch um aufschiebende Wirkung wurde abgewiesen.

Erwägungen:
1. 2. Beim angefochtenen Entscheid des Obergerichts handelt es sich um eine vorsorgliche Massnahme für die Dauer des Scheidungsverfahrens (<ref-law>) und damit um eine Zivilsache im Sinn von <ref-law>. Entschieden hat das Obergericht als letzte kantonale Instanz (<ref-law>). Strittig ist einzig die Festsetzung der Unterhaltsbeiträge für die Beschwerdeführerin und die Tochter. Es liegt somit eine vermögensrechtliche Angelegenheit vor, deren Streitwert von mindestens Fr. 30'000.-- angesichts der Höhe und der unbestimmten Dauer der Unterhaltsbeiträge überschritten wird (Art. 74 Abs. 1 lit. b i.V.m. Art. 51 Abs. 1 und 4 BGG). Eine Auseinandersetzung mit den Ausführungen betreffend das Vorliegen einer Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung erübrigt sich somit.
3. Die Beschwerdeführerin bezeichnet ihre Eingabe - wohl als Folge der unpräzisen obergerichtlichen Rechtsmittelbelehrung - als subsidiäre Verfassungsbeschwerde. Da vorliegend die Beschwerde in Zivilsachen zur Verfügung steht, ist eine subsidiäre Verfassungsbeschwerde ausgeschlossen (<ref-law>). Die unrichtige Bezeichnung des Rechtsmittels schadet der Beschwerdeführerin jedoch nicht, da bezüglich des statthaften Rechtsmittels sämtliche formellen Voraussetzungen erfüllt sind und daher eine Konversion möglich ist (vgl. <ref-ruling> E. 1.2 S. 382 f.; <ref-ruling> E. 1.3 S. 296). Demnach ist die Eingabe als Beschwerde in Zivilsachen entgegenzunehmen.
4. Der angefochtene Entscheid betrifft schliesslich eine vorsorgliche Massnahme im Sinn von <ref-law>. Damit kann vorliegend einzig die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden, weshalb die Art. 95 und 97 BGG und auch <ref-law> nicht zur Anwendung gelangen (<ref-ruling> E. 5 S. 396 f., 398 E. 7.1; <ref-ruling> E. 3.3 S. 587, 588 E. 4.1). Die hier gegebenen Verhältnisse entsprechen denjenigen bei der subsidiären Verfassungsbeschwerde (<ref-law>; BGE <ref-ruling> E. 4.1 S. 588 f.). Die Beschwerdeführerin muss angeben, welches verfassungsmässige Recht verletzt wurde, und substanziert darlegen, worin die Verletzung besteht (vgl. der zu Art. 90 OG ergangene <ref-ruling> E. 2.1 S. 31). Das Bundesgericht kann die Verletzung eines Grundrechts nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzis vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 444). Wie bei der subsidiären Verfassungsbeschwerde (Art. 118 Abs. 2 und Art. 116 BGG) kommt eine Berichtigung oder Ergänzung der Sachverhaltsfeststellungen nur dann in Frage, wenn die kantonale Instanz verfassungsmässige Rechte verletzt hat, was die Beschwerdeführerin klar und detailliert geltend machen muss (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 3.2 S. 445).
5. Streitig ist das für die Unterhaltsberechnung massgebliche Einkommen des unterhaltsverpflichteten Beschwerdegegners.
6. Das Obergericht führt in seinem Entscheid aus, der Beschwerdegegner habe in seinem Gesuch um Erlass vorsorglicher Massnahmen in prägnanter Weise die massgebenden Sachvorbringen, nämlich dass sich seine finanzielle Situation aufgrund des Wegfalls der Neat-Tunnelbauarbeiten massgeblich verschlechtert habe, dargetan und in seinem Parteivortrag vor erster Instanz auch die massgebenden Voraussetzungen zur Abänderung von Unterhaltsbeiträgen erörtert. Eine Verletzung der Begründungspflicht liege nicht vor. Sodann sei das abgegebene Angebot eines Unterhaltsbeitrages von Fr. 1'000.-- im Rahmen der Vergleichsverhandlungen anlässlich der erstinstanzlichen Hauptverhandlung deponiert worden, weshalb dieser Vorschlag keine Modifikation des ursprünglichen Rechtsbegehrens bedeuten könne. Eine Verletzung von prozessualen Vorschriften sei nicht auszumachen und im Übrigen auch nicht substanziert dargetan worden.
In der Sache selbst sei darauf hinzuweisen, dass die Festsetzung von Massnahmen nach <ref-law> auf richterlichem Ermessen beruhe und der Entscheid über den Unterhalt nicht in einer einfachen Abrechnung mit gesetzlich vorgegebenen Rechenoperationen bestehe, sondern die gerichtliche Würdigung sämtlicher Umstände des konkreten Einzelfalls nach pflichtgemässem Ermessen verlange. Der Appellationshof weiche daher nicht ohne Not von den Erkenntnissen des Vorrichters ab. Die Beschwerdeführerin setze sich mit diesen Vorgaben des Appellationshofes überhaupt nicht auseinander. Zudem sei der Entscheid der ersten Instanz ohnehin vertretbar. So werde gestützt auf das Expertengutachten der C._ AG von einem aktuell massgeblichen Einkommen des Beschwerdegegners von monatlich Fr. 2'833.-- ausgegangen, wobei es sich um den nach Ansicht der Experten angemessenen gegenwärtigen und zukünftigen Unternehmerlohn handle. Der Trennungsvereinbarung sei ein Einkommen von Fr. 4'500.-- zugrunde gelegt worden. Vergleiche man diese beiden Einkommen miteinander, werde klar, dass sich die finanziellen Verhältnisse des Beschwerdegegners erheblich verändert hätten. Zudem ergebe sich aus der Trennungsvereinbarung nicht, dass man bei der Festsetzung der Berechnungsgrundlagen von einem hypothetischen Einkommen ausgegangen wäre. Schliesslich sei auch das vorinstanzlich berechnete Existenzminimum nicht zu kritisieren. Entgegen den Ausführungen der Beschwerdeführerin habe der Gerichtspräsident keine Besuchskosten von monatlich Fr. 50.-- berücksichtigt. Auch rechtfertige sich aufgrund der Tatsache, dass der Beschwerdegegner teilweise bei seinen Eltern esse, keine hälftige Reduktion des Grundbetrages. Eine Berücksichtigung der Steuern liege zudem im Ermessen der Vorinstanz, zumal diese auch bei der Beschwerdeführerin in Aufwand gebracht worden seien und der Beschwerdegegner angebe, dieser Zahlungspflicht nachzukommen.
7. Vorab kritisiert die Beschwerdeführerin in verschiedener Hinsicht den kantonalen Verfahrensablauf und die Prozessleitung. So bringt sie sinngemäss vor, der Beschwerdegegner habe im kantonalen Verfahren die Anforderungen an eine Rechtsschrift nicht erfüllt. Er habe sein Rechtsbegehren nicht substanziert vorgetragen und ungenügend begründet, inwiefern sich sein Einkommen tatsächlich gegenüber den Verhältnissen im Eheschutzverfahren unvorhersehbar, wesentlich und dauerhaft verschlechtert haben soll. Indem die kantonalen Instanzen dennoch auf das Gesuch des Beschwerdegegners eingetreten seien, hätten sie einschlägige zivilprozessuale Vorschriften verletzt. Weiter sei das Verfahren unnötig in die Länge gezogen worden. Der Richter hätte bereits aufgrund der beigezogenen Eheschutzakten sowie den ins Recht gelegten Saldi 2002 bis 2006 ein ausreichendes Bild gehabt, um über das Gesuch um vorsorgliche Massnahmen einen raschen und soliden Entscheid zu fällen. Das Einholen eines Gutachtens über die Verdienstmöglichkeiten des Beschwerdegegners sei für diesen Entscheid absolut unnötig und in verfassungswidriger Weise unverhältnismässig gewesen. Zudem habe der Beschwerdegegner in den Vergleichsverhandlungen einen Gesamtunterhaltsbeitrag von monatlich Fr. 1'100.-- offeriert. Später habe er ausgeführt, dass er maximal einen Betrag von Fr. 1'000.-- bezahlen könne. Indem das Obergericht in Übereinstimmung mit der ersten Instanz einen Unterhalt von lediglich Fr. 724.-- festgelegt habe, habe es den Grundsatz "ne eat iudex ultra petita partium" verletzt, da der Richter nicht über das hinausgehen darf, was die gesuchstellende Partei selber verlangt.
Zu den kantonalen Berechnungen des Einkommens und des Bedarfs des Beschwerdegegners führt die Beschwerdeführerin aus, es sei willkürlich, dass das Obergericht auf das gemäss Gutachten künftig zu erwartende Einkommen abgestellt habe, anstatt auf das durchschnittliche Einkommen der vorangehenden Jahre. Hinzu komme, dass man im Eheschutzverfahren bei der Festsetzung der Unterhaltsbeiträge ohnehin von einem höheren hypothetischen Einkommen des Beschwerdegegners ausgegangen sei. Der Beschwerdegegner hätte somit dafür sorgen müssen, seine Einkommenssituation zu verbessern. Auch esse der Beschwerdegegner täglich bei seinen Eltern, womit sich eine Reduktion seines Grundbetrages rechtfertige. Beträge für die Besuchskosten und für die Bezahlung der Steuern seien hingegen im Existenzminimum nicht zu berücksichtigen.
Weiter kritisiert die Beschwerdeführerin die rückwirkende Herabsetzung der Unterhaltsbeiträge und die Verrechnung der zu viel geleisteten Beiträge mit den neu geschuldeten sowie den kantonalen Kostenentscheid als willkürlich.
8. Die Beschwerdeführerin begnügt sich weitgehend damit, die Geschehnisse mit seitenlangen Ausführungen aus ihrer Sicht zu schildern und pauschale Kritik am bisherigen Verhalten der Behörden und dem Verfahrensablauf zu üben, ohne aber in nachvollziehbarer Weise eine Verletzung eines Grundrechts oder eine willkürliche Feststellung des Sachverhalts aufzuzeigen und zu rügen. Auch unterlässt sie es, sich mit dem obergerichtlichen Urteil auseinanderzusetzen und auf die einzelnen Erwägungen einzugehen. Stattdessen wiederholt sie auf weiten Strecken - meist wortwörtlich - ihre Ausführungen in den kantonalen Eingaben.
9. Im Einzelnen ist insbesondere darauf hinzuweisen, dass mit der Beschwerde in Zivilsachen die Verletzung von kantonalem Recht als solches nicht gerügt werden kann (vgl. <ref-law>) bzw. mit der Beschwerde gegen Entscheide über vorsorgliche Massnahmen ohnehin nur die Verletzung verfassungsmässiger Rechte geltend gemacht werden kann (vgl. <ref-law>). Somit verbliebe der Beschwerdeführerin einzig die Rüge der willkürlichen Anwendung von kantonalen prozessualen Vorschriften und damit eine Verletzung von <ref-law>. Eine willkürliche Anwendung der Prozessvorschriften wird jedoch vorliegend weder explizit geltend gemacht noch nachvollziehbar aufgezeigt. Auch hat die Beschwerdeführerin bereits vor Obergericht eine Verletzung der prozessualen Bestimmungen gerügt, worauf das Obergericht ihre Vorbringen einlässlich geprüft hat. Eine Auseinandersetzung mit den entsprechenden obergerichtlichen Urteilserwägungen fehlt jedoch in der Beschwerdebegründung. Betreffend den Vorwurf der Prozessverschleppung ist darauf hinzuweisen, dass die Beschwerdeführerin während des Prozesses in unveränderter Höhe Unterhaltsbeiträge beziehen konnte. Weiter übersieht die Beschwerdeführerin, dass das Gutachten zu den Einkommensverhältnissen des Beschwerdegegners im Scheidungsverfahren erstellt wurde und im vorliegenden Massnahmeverfahren lediglich beigezogen worden ist. Der Vorwurf, wonach das Einholen dieses Gutachtens im betreffenden Massnahmeverfahren unnötig und in verfassungswidriger Weise unverhältnismässig gewesen sein soll, geht somit fehl. Ohnehin handelt es sich bei diesem Vorwurf um ein neues und damit vor Bundesgericht unzulässiges Vorbringen (<ref-law>). Inwiefern das Abstellen auf das gemäss Gutachten künftig zu erwartende Einkommen zudem willkürlich sein und weshalb stattdessen auf das durchschnittliche Einkommen der vorangehenden Jahre abgestellt werden sollte, ist nicht nachvollziehbar. Auf die obergerichtlichen Ausführungen zur Berechnung des Existenzminimums betreffend die Anrechnung eines hypothetischen Einkommens sowie den Einbezug der Besuchskosten, der Kosten für die Verpflegung und der Steuern geht die Beschwerdeführerin mit keinem Wort ein. Das Gesagte gilt auch für die kantonalen Ausführungen betreffend die rückwirkende Herabsetzung der Unterhaltsbeiträge und die Verrechnung der zu viel geleisteten mit den neu geschuldeten Beiträge sowie den kantonalen Kostenentscheid. Anzumerken ist schliesslich, dass die neue Unterhaltsregelung ab Gesuchseinreichung und damit nicht rückwirkend gilt. Überdies hat der Beschwerdegegner während der Dauer des Verfahrens die gemäss Trennungsvereinbarung geschuldeten Beträge weiterbezahlt, womit eine Verrechnung mit künftigen Leistungen nicht unhaltbar erscheint.
Mit ihren Rügen und den allgemein gehaltenen Ausführungen kommt die Beschwerdeführerin den Begründungsanforderungen an eine Beschwerde vor Bundesgericht in keiner Weise nach (vgl. E. 1.3), weshalb auf ihre Beschwerde nicht eingetreten werden kann.
10. Ausgangsgemäss trägt die Beschwerdeführerin die Kosten (<ref-law>). Ihr Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege ist abzuweisen, da auf ihre Anträge mangels rechtsgenüglicher Begründung nicht einzutreten ist und diese somit von vornherein aussichtslos waren (<ref-law>). Weil der angefochtene Entscheid nicht geändert wird erfolgt zudem keine Neufestsetzung der kantonalen Verfahrens- und Parteikosten (Art. 67 und Art. 68 Abs. 5 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Das Gesuch der Beschwerdeführerin um unentgeltliche Rechtspflege wird abgewiesen.
3. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Bern, Appellationshof, I. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 22. September 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Die Gerichtsschreiberin
Hohl Gut