Sachverhalt:
A.
Die X._ GmbH (Klägerin, Beschwerdegegnerin) mit Sitz in I._ (Deutschland) ist als Technologie- und Dienstleistungsunternehmen insbesondere im Bereich der Kraftfahrzeugtechnik tätig. Sie ist Inhaberin des europäischen Patents EP xxx. Die Schweiz ist ein Benennungsland dieses Patents.
Die Schweizerische Eidgenossenschaft (Beklagte, Beschwerdeführerin) erhebt seit dem 1. Januar 2001 über die Eidgenössische Zollverwaltung die in <ref-law> vorgesehene leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (LSVA) nach den Bestimmungen des Bundesgesetzes vom 19. Dezember 1997 über eine leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (Schwerverkehrsabgabegesetz, SVAG; SR 641.81). Die Abgabe wird auf den im In- und Ausland immatrikulierten schweren Motorfahrzeugen und Anhängern für den Güter- oder den Personentransport erhoben (Art. 3 SVAG), wobei sich die Höhe der Abgabe nach dem höchstzulässigen Gesamtgewicht des Fahrzeugs und den gefahrenen Kilometern bemisst (Art. 6 Abs. 1 SVAG)
Bei den inländischen Fahrzeugen wird die Abgabe mit einem von der Zollverwaltung zugelassenen elektronischen Messgerät ermittelt. Das Erfassungsgerät (sog. On-Board-Unit) ermittelt und registriert die massgebende Fahrleistung; es wird von der Oberzolldirektion kostenlos abgegeben und ist vom Motorfahrzeughalter auf eigene Kosten einzubauen. Dabei wird das Erfassungsgerät mit dem Fahrtenschreiber des Fahrzeugs gekoppelt. Da insbesondere die inländischen Fahrzeuge sehr lange in der Schweiz unterwegs sein können, ohne jemals an die Landesgrenze zu kommen, stehen an gewissen Stellen des schweizerischen Autobahnnetzes ortsfeste Kontrollanlagen (sog. Baken), die mit den On-Board-Units kommunizieren. Für die in der Schweiz immatrikulierten Fahrzeuge ist die Installation einer On-Board-Unit obligatorisch; bei ausländischen Lastwagen kann das Gerät auf freiwilliger Basis eingesetzt werden. Die Fahrzeuge werden von den ortsfesten Kontrollanlagen erfasst, wobei die Daten der On-Board-Unit über eine Funkverbindung ausgelesen und mit den von der Anlage elektronisch gemessenen Daten automatisch verglichen werden.
Die beklagte Eidgenossenschaft führte im Jahre 1994 für die Entwicklung eines Systems zur Erfassung der Fahrleistung ein öffentlichrechtliches Submissionsverfahren durch. Auch die Klägerin nahm an diesem Verfahren teil und präsentierte ein entsprechendes Systemkonzept. Mit Verfügung vom 21. April 1999 ging der Zuschlag an das Konsortium Y._. Für die strassenseitige Infrastruktur nahm die Beklagte eine weitere öffentliche Ausschreibung vor, wobei die Klägerin bei dieser als Unterlieferantin einer der Bewerberinnen beteiligt war. Mit Verfügung vom 31. März 1999 ging der Zuschlag an die Z._ AG.
B.
B.a. Die X._ GmbH klagte am 12. Mai 2011 beim Handelsgericht des Kantons Zürich gegen die Schweizerische Eidgenossenschaft mit den folgenden (im Rahmen des Verfahrens abgeänderten) Rechtsbegehren:
"1. Es sei der Beklagten zu verbieten, ein System zum Erfassen der von einem Motorfahrzeug mit einem zulässigen Gesamtgewicht von mehr als 3.5 Tonnen in der Schweiz zurückgelegten Fahrstrecke zur Gebührenerhebung zu unterhalten und zu betreiben, das die folgenden Merkmale aufweist:
- Im Motorfahrzeug mit einem zulässigen Gesamtgewicht von mehr als 3.5 Tonnen ist ein Fahrzeuggerät installiert, das fortlaufend und unabhängig vom jeweiligen Ort die gefahrene Strecke messen kann,
- zwischen Fahrzeuggerät und Fahrtenschreiber besteht eine technische Verbindung, über die das Fahrzeuggerät Signale erhält, die zur Bestimmung der Wegstrecke dienen,
- an den Landesgrenzen und im Landesinnern sind Feststationen installiert, die die vom Fahrzeuggerät ausgesendeten Daten empfangen können,
- das Fahrzeuggerät kann beim Passieren einer Feststation den aktuellen Kilometerstand sowie eine eindeutige Identifikationsnummer an die Feststation übermitteln,
- d ie Feststationen leiten die empfangenen Daten zusammen mit Informationen über Einfahrt in oder Ausfahrt aus der Schweiz an eine Zentrale zur Erhebung der Gebühr weiter.
2. Das Verbot gemäss Rechtsbegehren 1. sei unter Androhung von angemessenen Vollstreckungsmassnahmen auszusprechen.
3. a) Die Beklagte sei zu verpflichten, der Klägerin den Betrag von CHF 62'466'022.85 samt Zinsen zum Satz von 5 Prozentpunkten seit dem 12. Mai 2011 zu bezahlen.
3.b) Eventualiter sei der Betrag, den die Beklagte an die Klägerin zu bezahlen
hat, gemäss <ref-law> nach richterlichem Ermessen zu schätzen.
3.c) Die Klage erfolgt unter dem Vorbehalt der Nachklage.
Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen (inkl. MWST soweit anfallend) zulasten der Beklagten."
Mit Beschluss vom 17. Januar 2012 überwies das Handelsgericht des Kanton Zürich das Verfahren an das Bundespatentgericht.
Die Klägerin wirft der Beklagen eine Verletzung von EP xxx vor und macht geltend, die schädigende Handlung bestehe im Betrieb des LSVA-Erfassungssystems. Verletzende Handlungen erfolgten unter anderem bei der Erfassung des Grenzübertritts von Fahrzeugen mit Fahrzeuggeräten durch fix installierte Bakenanlagen. An der Schweizer Landesgrenze seien mindestens 80 Zollämter mit Bakenanlagen ausgerüstet; zudem seien im Landesinnern zu Kontrollzwecken an Autobahnen 23 Bakenanlagen fix installiert. Die patentierte Erfindung beschreibe ein Mauterfassungssystem, wie es die Schweiz für die LSVA kenne.
Die Beschwerdeführerin bestritt die Zuständigkeit des Bundespatentgerichts und beantragte, es sei auf die Klage nicht einzutreten.
B.b. Mit Beschluss vom 7. Juni 2012 erklärte sich das Bundespatentgericht für zuständig und trat auf die Klage ein.
Das Gericht hielt fest, dass das Patentgesetz unter Hinweis auf das Enteignungsgesetz für die Enteignung ein öffentlichrechtliches Verfahren vorsehe (<ref-law>), wogegen ein Anspruch auf eine Zwangslizenz (<ref-law>) auf dem Zivilrechtsweg geltend zu machen sei. Sowohl die Enteignung als auch die Zwangslizenz setzten das Bestehen eines öffentlichen Interesses voraus, woraus zu schliessen sei, dass die Voraussetzung eines öffentlichen Interesses im Patentrecht nicht einzig entscheidendes Kriterium für die Abgrenzung zwischen einer streitigen Zivilsache und einer öffentlichrechtlichen Streitsache sein könne. Das Bundespatentgericht führte zudem aus, in Bezug auf die Frage, ob die Beklagte möglicherweise mit dem von ihr angewendeten LSVA-Erfassungssystem das Klagepatent verletze, sei sie nicht selber gegenüber der Klägerin hoheitlich tätig geworden. Weiter sei zu berücksichtigen, dass es Ziel des Patentgerichtsgesetzes sei, ein fachlich kompetentes Gericht über Streitigkeiten betreffend Nichtigkeit und Verletzung von Patenten entscheiden zu lassen; dies spreche dafür, dass das Bundespatentgericht für die vorliegende Streitigkeit zuständig sei, unabhängig davon, ob sich im konkreten Verfahren neben zivilrechtlichen allenfalls auch öffentlichrechtliche Fragen stellen.
Den von der Beklagten erhobenen Einwand, die Nutzung der LSVA-Erhebungsinfrastruktur sei hoheitlicher Natur, weshalb es sich bei der erhobenen Klage um eine öffentlichrechtliche Streitigkeit handle, wies das Bundespatentgericht zurück. Bei der Erhebung der LSVA handle es sich zwar um eine öffentlichrechtliche Aufgabe, die nach <ref-law> der Finanzierung der Verkehrsinfrastruktur diene. Die Beklagte handle somit in Bezug auf die abgabepflichtigen Personen hoheitlich, und sie begründe dabei öffentlichrechtliche Schuldverhältnisse, die sich nicht nach dem Obligationenrecht, sondern nach dem Schwerverkehrsabgabegesetz richteten. Auch bei der LSVA-Erhebungsinfrastruktur handle es sich um ein öffentliches Werk, das sicherstelle, dass die Abgabe entsprechend <ref-law> und Art. 1 SVAG leistungsabhängig erhoben werden kann. Insgesamt sei die LSVA-Erhebungsinfrastruktur (einschliesslich der On-Board-Units) Teil des Verwaltungsvermögens der Beklagten und diene ausschliesslich öffentlichen Zwecken. Die Erhebung von Steuern und Abgaben durch die Beklagte, insbesondere die Veranlagung und der Bezug der LSVA, stellten reine Eingriffsverwaltung und damit öffentlichrechtliches Handeln der Beklagten dar. Demgegenüber seien die mit Lieferanten abgeschlossenen Verträge im Hinblick auf die konkrete Erhebung von Steuern und Abgaben privatrechtlich. Mit der Klägerin sei davon auszugehen, dass vorweg eine allfällige Patentverletzung durch die Herstellerfirmen der LSVA-Erhebungsinfrastruktur erfolgt sei, die betreffend das Klagepatent über keine Lizenzvereinbarung mit der Klägerin verfügt hätten; mithin sei eine allfällige Verletzung des Klagepatents durch die vertragsmässige Erstellung der Anlagen durch die privaten Herstellerfirmen erfolgt und finde allenfalls ihre Fortsetzung mit dem Betrieb der Anlagen durch die Beklagte.
Das Bundespatentgericht hielt weiter dafür, es sei im zu beurteilenden Fall nicht von Bedeutung, dass die Beklagte gegenüber den abgabepflichtigen Personen hoheitlich auftritt; gegenüber der Klägerin sei sie nicht hoheitlich aufgetreten, indem sie etwa das Klagepatent enteignet hätte. Die Klägerin wiederum stütze sich auf das Ausschliesslichkeitsrecht gemäss <ref-law> und leite gegenüber der Beklagten aus einer Verletzung des Klagepatents nach <ref-law> zivilrechtliche Ansprüche ab. Sie trete der Beklagten damit aufgrund der von ihr behaupteten Patentverletzung - worauf im Sinne der doppelrelevanten Tatsachen allein abzustellen sei - als gleichgeordnetes Rechtssubjekt gegenüber. Ob die allenfalls verletzenden Handlungen der Beklagten auch gewerbsmässig im Sinne von <ref-law> seien, brauche (vorerst) nicht geprüft zu werden.
Das Bundespatentgericht stellte fest, dass die von der Beklagten im Rahmen der LSVA-Erhebung wahrgenommenen öffentlichen Interessen und Aufgaben in einem Spannungsverhältnis zum Ausschliesslichkeitsrecht des Patentinhabers gemäss <ref-law> stünden, der auf ein typisch privates Interesse gerichtet sei. Das Gericht wies insbesondere darauf hin, dass für die Beurteilung der sachlichen Zuständigkeit die von der Klägerin geltend gemachten Ansprüche massgeblich seien, die sich ausschliesslich auf das Patentgesetz stützten. Die Rechtsfolgen seien zivilrechtlicher Natur, womit im zu beurteilenden Fall von einer zivilrechtlichen Streitigkeit auszugehen sei. Zwar müssten etwa nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zum Nachbarrecht privatrechtliche Abwehransprüche dem vorrangigen öffentlichen Interesse (z.B. Betrieb eines konzessionierten Flughafens) weichen und stünden die Unterlassungs-, Beseitigungs- und Schadenersatzansprüche gemäss <ref-law> nicht zur Verfügung; an deren Stelle trete ein Anspruch auf Entschädigung für die Enteignung der nachbarrechtlichen Abwehransprüche gemäss Art. 5 Abs. 1 des Enteignungsgesetzes. In Bezug auf die Enteignungsentschädigung für patentrechtliche Verletzungsansprüche bestehe jedoch keine entsprechende Bestimmung im Enteignungsgesetz. Damit verblieben der Beklagten die Rechtsbehelfe in Art. 32 und <ref-law>; sie habe aber selber nicht behauptet, ein Enteignungsverfahren eingeleitet oder mit der Klägerin Verhandlungen betreffend eine Zwangslizenz geführt zu haben. Von der Beklagten sei überdies nicht dargetan und es lägen auch keine Gründe für eine entsprechende Annahme vor, dass im Patentgesetz eine Gesetzeslücke in Bezug auf eine entschädigungslose öffentlichrechtliche Eigentumsbeschränkung bestehe oder diese Lücke durch Analogieschluss aus anderen Gesetzen, insbesondere dem Enteignungsgesetz, gefüllt werden könnten. Daher sei auf die Klage einzutreten.
C.
Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Schweizerische Eidgenossenschaft dem Bundesgericht, es sei der Beschluss des Bundespatentgerichts vom 7. Juni 2012 aufzuheben, auf die Klage sei nicht einzutreten und es sei die Sache im Übrigen zur Verlegung der erstinstanzlichen Verfahrenskosten an das Bundespatentgericht zurückzuweisen.
Die Beschwerdegegnerin beantragt die Abweisung der Beschwerde. Die Vorinstanz hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Die Beschwerdeführerin hat dem Bundesgericht am 5. Oktober 2012 eine Replik, die Beschwerdegegnerin am 17. Oktober 2012 eine Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1.
Das Bundesgericht prüft von Amtes wegen und mit freier Kognition, ob ein Rechtsmittel zulässig ist (<ref-law>; <ref-ruling> E. 1 S. 417 mit Hinweisen).
1.1. Die Beschwerde in Zivilsachen ist zulässig gegen Entscheide in Zivilsachen (<ref-law>). Ob eine Zivilsache im Sinne dieser Bestimmung vorliegt, beurteilt sich nach der Rechtsnatur des Streitgegenstandes. Entscheidend ist, ob die Parteien nach ihren Rechtsbegehren und Sachvorbringen Ansprüche des Bundesprivatrechts erhoben haben und ebensolche objektiv streitig sind. Auch der Streit um die Frage, ob objektiv bundesprivatrechtliche Ansprüche erhoben werden, gilt als Zivilsache (<ref-ruling> E. 1.1.1 S. 485; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 1a S. 252; je mit Hinweisen). Die Beschwerdegegnerin stützt ihre Klageansprüche auf Bundesprivatrecht, während die Beschwerdeführerin die Zuständigkeit des Bundespatentgerichts mit dem Vorbringen bestreitet, die Streitsache sei nach öffentlichrechtlichen Normen zu beurteilen. Es handelt sich damit um eine Zivilsache im Sinne von <ref-law>.
Angefochten ist ein Zwischenentscheid des Bundespatentgerichts über die sachliche Zuständigkeit (Art. 75 Abs. 1 i.V.m. <ref-law>). Dagegen steht die Beschwerde in Zivilsachen offen. Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt einer hinreichenden Begründung (Art. 42 Abs. 2 und <ref-law>) - auf die Beschwerde einzutreten.
1.2. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist somit weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen oder eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen. Mit Blick auf die Begründungspflicht des Beschwerdeführers (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG) behandelt es aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind; es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 2.2.1; 133 II 249 E. 1.4.1; je mit Hinweisen). Eine qualifizierte Rügepflicht gilt hinsichtlich der Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht. Das Bundesgericht prüft eine solche Rüge nur insofern, als sie in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (<ref-law>).
2.
Die Beschwerdeführerin bestreitet die sachliche Zuständigkeit des Bundespatentgerichts. Sie wirft ihm vor, dem angefochtenen Beschluss einen falschen Streitgegenstand zugrunde gelegt, die Abgrenzung zwischen zivilrechtlichen und öffentlichrechtlichen Streitigkeiten rechtsfehlerhaft vorgenommen sowie die Schranken des Bundeszivilrechts - insbesondere des Patentgesetzes (PatG; SR 711) - verkannt zu haben.
2.1. Das Bundespatentgericht ist nach Art. 26 Abs. 1 lit. a des Bundesgesetzes vom 20. März 2009 über das Bundespatentgericht (Patentgerichtsgesetz, PatGG; SR 173.41) ausschliesslich zuständig für Bestandes- und Verletzungsklagen sowie Klagen auf Erteilung einer Lizenz betreffend Patente. Nach der Zuständigkeitsregelung des Patentgerichtsgesetzes sind nur diejenigen Klagen ausschliesslich vom Bundespatentgericht zu beurteilen, welche die Anwendung materiellen Patentrechts bedingen (Botschaft vom 7. Dezember 2007 zum Patentgerichtsgesetz, BBl 2007 483 Ziff. 2.4). Dazu gehören unter anderem Klagen auf Unterlassung oder Beseitigung (<ref-law>) und Klagen auf Schadenersatz (<ref-law>, der in Abs. 1 auf die allgemeinen Bestimmungen des Obligationenrechts verweist; vgl. PETER HEINRICH, Kommentar zu PatG/EPÜ, 2. Aufl. 2010, N. 5 zu <ref-law>; BBl 2007 482 Ziff. 2.4).
Zu beurteilen ist einerseits, ob das Bundespatentgericht gestützt auf diese Bestimmungen zuständig ist, über einen auf eine angebliche Patentrechtsverletzung des Bundes beim Betrieb seines LSVA-Erfassungssystems gestützten Unterlassungsanspruch zu befinden und andererseits, ob das Bundespatentgericht für die Beurteilung eines daraus abgeleiteten Schadenersatzanspruchs gegen den Bund zuständig ist.
2.2.
2.2.1. Soweit er nicht amtlich, sondern gewerblich tätig wird, ist der Staat den Regeln des Privatrechts und damit sowohl der privatrechtlichen Haftungsordnung (vgl. <ref-law>) als auch der Gesetzgebung zum Immaterialgüterrecht unterstellt wie ein nichtstaatliches Unternehmen (vgl. Tobias Jaag, Staats- und Beamtenhaftung, in: Heinrich Koller und andere [Hrsg.], Schweizerisches Bundesverwaltungsrecht, Bd. I/3, 2. Aufl. 2006, Rz. 25 f.; Lucas David und andere, Der Rechtsschutz im Immaterialgüter- und Wettbewerbsrecht, SIWR Bd. I/2, 3. Aufl. 2011, Rz. 251). Die Vorinstanz hat zutreffend festgehalten, dass die LSVA-Erhebungsinfrastruktur Teil des Verwaltungsvermögens der Beschwerdeführerin ist und ausschliesslich öffentlichen Zwecken dient. Die LSVA-Erhebungsinfrastruktur, deren Betrieb nach Auffassung der Beschwerdegegnerin ihr Patentrecht verletzen soll, dient unmittelbar der Erfüllung hoheitlicher Aufgaben. Zu Recht beruft sich denn auch die Beschwerdegegnerin nicht darauf, es handle sich beim strittigen Betrieb der technischen Infrastruktur zur Erhebung der LSVA um eine gewerbliche Tätigkeit der Beschwerdeführerin, die als solche allgemein der Privatrechtsordnung unterworfen wäre.
2.2.2. Öffentliche Beamte und Angestellte haften an sich auch für Tätigkeiten, die sie in Ausübung ihrer amtlichen Verrichtungen ausführen, nach Bundeszivilrecht (<ref-law>), sofern der Gesetzgeber keine abweichenden Bestimmungen festgesetzt hat (<ref-law>). Das Gemeinwesen selbst haftet aber für die Schädigung durch seine Funktionäre nur nach Massgabe des öffentlichen Rechts (<ref-law>), es sei denn, es handle sich um gewerbliche Verrichtungen, welche eine Organ- oder Geschäftsherrenhaftung auszulösen vermögen (<ref-law> bzw. <ref-law>; <ref-ruling> E. 3a S. 151; <ref-ruling> E. 3 S. 335 f.; <ref-ruling> E. 2b S. 184 f.; vgl. auch <ref-ruling> E. 1b S. 420 f.). Entsprechend hält auch Art. 11 Abs. 1 des Bundesgesetzes vom 14. März 1958 über die Verantwortlichkeit des Bundes sowie seiner Behördemitglieder und Beamten (VG; SR 170.32) fest, dass der Bund nach den privatrechtlichen Bestimmungen haftet, soweit er als Subjekt des Zivilrechts auftritt. Vorbehalten bleibt eine zivilrechtliche Verantwortlichkeit des Bundes sodann bei Tatbeständen, die unter die Haftpflichtbestimmungen anderer Erlasse fallen (vgl. Art. 3 Abs. 2 VG). Dazu gehören etwa die Bestimmungen der Spezialgesetzgebung über die Gefährdungshaftungen (z.B. Kernenergiehaftpflichtgesetz [KHG; SR 732.44], Elektrizitätsgesetz [EleG; SR 734.0], Eisenbahngesetz [EBG; SR 742.101], Strassenverkehrsgesetz [SVG; SR 741.01]), die nicht zwischen privatem und staatlichem Schädiger unterscheiden, sondern die Haftpflicht ausschliesslich an eine spezifische Betriebsgefahr anknüpfen. Im Sinne einer Ausnahme von der Haftung nach öffentlichem Recht zählt die Rechtsprechung dazu auch <ref-law> über die Tierhalterhaftpflicht (vgl. <ref-ruling> E. 1a S. 16; <ref-ruling> E. 2 S. 241 ff. mit einem Vorbehalt für jene Fälle, in denen ein Tier, so etwa ein Polizeihund, unmittelbar als "Werkzeug" für die Erfüllung hoheitlicher Aufgaben eingesetzt wird) sowie <ref-law> bezüglich der Werkeigentümerhaftpflicht von Bund, Kantonen und Gemeinden (vgl. <ref-ruling> E. 1 S. 66 f.; <ref-ruling> E. 1 S. 42 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 341; zur Haftung des Gemeinwesens etwa RolandBrehm, Berner Kommentar, 3. Aufl. 2006, N. 6 ff. zu <ref-law>). Unabhängig davon, ob der Bund öffentlichrechtlich oder privatrechtlich tätig ist, untersteht er in diesen Bereichen den Kausalhaftungen des Privatrechts (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2b und 2c S. 244 f.; Jaag, a.a.O., Rz. 29 ff.).
2.2.3. Die Beschwerdegegnerin richtet den von ihr eingeklagten Schadenersatz-, Bereicherungs- bzw. Gewinnherausgabeanspruch über Fr. 62'466'022.85, den sie auf Bundesprivatrecht (<ref-law> i.V.m. Art. 41 ff., Art. 62 ff. bzw. <ref-law>) stützt, nicht gegen einen Beamten oder Angestellten der Bundes, sondern unmittelbar gegen die Eidgenossenschaft. Eine solche privatrechtliche Haftung des Bundes kommt - abgesehen von den erwähnten Ausnahmen bestimmter Kausalhaftungen, die im konkreten Fall nicht zur Diskussion stehen - nur im Rahmen einer gewerblichen Tätigkeit in Betracht.
Im Hinblick auf die Anwendbarkeit des öffentlichen Verantwortlichkeitsrechts einerseits oder des privaten Haftungsrechts andererseits sowie den entsprechenden Rechtsweg ist entscheidend, ob das als widerrechtlich erachtete Verhalten des Staats in Erfüllung einer öffentlichen Aufgabe oder in Ausübung einer gewerblichen Tätigkeit erfolgte. Die Beschwerdeführerin bringt insoweit zu Recht vor, dass im vorliegenden Fall nicht auf ein irgendwie geartetes Rechtsverhältnis zwischen den Parteien oder auf das angeblich verletzte Rechtsgut bzw. die in der Klagebegründung angerufene Rechtsnorm abgestellt werden kann. Das staatliche Verantwortlichkeitsrecht bezweckt gerade eine allgemeine Haftungsordnung auch für diejenigen Fälle, in denen in Ausübung einer amtlichen Tätigkeit widerrechtlich Schaden verursacht wird, ohne dass ein vorbestehendes Rechtsverhältnis zur geschädigten Person bestehen würde. Ein solches ist nicht Voraussetzung der Staatshaftung (vgl. Art. 3 Abs. 1 VG). Entgegen dem angefochtenen Entscheid ist daher die Unterscheidung zwischen einem hoheitlichen Rechtsverhältnis gegenüber den Abgabepflichtigen und einem nichthoheitlichen Rechtsverhältnis der Beschwerdeführerin gegenüber der Beschwerdegegnerin für die zu beurteilende Frage nicht zielführend. Ausschlaggebend ist im Hinblick auf die massgebende Verantwortlichkeitsordnung vielmehr die Natur der angeblich haftungsbegründenden Tätigkeit des Gemeinwesens.
Zu Recht hat die Vorinstanz die Anwendbarkeit der privatrechtlichen Haftungsordnung nicht daraus abgeleitet, dass die Beschwerdeführerin zur Beschaffung der fraglichen LSVA-Erhebungsinfrastruktur mit Dritten privatrechtliche Verträge abgeschlossen hat. Aus dem Umstand, dass am Ende des Submissionsverfahrens mit dem berücksichtigten Anbieter ein privatrechtlicher Vertrag abgeschlossen wird, lässt sich keine allgemeine privatrechtliche Haftung des Gemeinwesens gegenüber nicht berücksichtigten Anbietern, geschweige denn gegenüber nur mittelbar beteiligten Dritten ableiten (vgl. nunmehr zur Staatshaftung vielmehr Art. 34 f. des Bundesgesetzes vom 16. Dezember 1994 über das öffentliche Beschaffungswesen [BöB; SR 172.056.1]; vgl. auch Galli und andere, a.a.O., Rz. 941 ff.). Nach den Feststellungen des angefochtenen Entscheids war die Beschwerdegegnerin nicht Lieferantin von Gütern und Dienstleistungen für die Beschwerdeführerin.
2.2.4. Der Betrieb der LSVA-Erhebungsinfrastruktur durch die Beschwerdeführerin, in deren Rahmen nach Ansicht der Beschwerdegegnerin ein Patent verletzt wird, dient unmittelbar der Erhebung von Abgaben und damit der Erfüllung hoheitlicher Aufgaben. Die strittige Verwendung der technischen Infrastruktur durch die Beschwerdeführerin zur Erfassung der erforderlichen Daten im Hinblick auf die zu erhebende leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe erfolgt unbestreitbar im Rahmen der Wahrnehmung einer öffentlichen Aufgabe. Eine gewerbliche Tätigkeit, die grundsätzlich Privaten wie Nichtprivaten offensteht und bei welcher etwa die Erzielung von Gewinn eine Rolle spielt, liegt beim fraglichen Betrieb der technischen Infrastruktur nicht vor (vgl. Ulrich Häfelin und andere, Allgemeines Verwaltungsrecht, 6. Aufl. 2010, Rz. 2270; <ref-ruling> E. 1a S. 78 mit Hinweisen). Die Beschwerdeführerin tritt beim Betrieb ihrer Erhebungsinfrastruktur nicht als Subjekt des Zivilrechts auf (vgl. Art. 11 Abs. 1 VG). Ebenso wenig liegt ein Fall eines privatrechtlichen Kausalhaftungstatbestands vor, dem der Bund ausnahmsweise auch bei Ausübung einer öffentlichrechtlichen Tätigkeit unterstehen würde (vgl. Art. 3 Abs. 2 VG).
Das Patentgesetz sieht keine besondere Verantwortlichkeitsordnung vor, die allgemein auch für das Gemeinwesen gelten würde, sondern verweist hinsichtlich der Schadenersatzklage vielmehr auf das Obligationenrecht (<ref-law>). Indem die Vorinstanz den behaupteten Sachverhalt der privatrechtlichen Haftungsordnung unterstellt wissen wollte und sich zur Beurteilung des gestützt auf die allgemeinen Bestimmungen des Obligationenrechts ( Art. 41 ff., Art. 62 ff. und <ref-law> )eingeklagten Schadenersatz-, Bereicherungs- bzw. Gewinnherausgabeanspruchs über Fr. 62'466'022.85 für zuständig erklärte, verletzte sie Bundesrecht im Sinne von <ref-law>. Die Haftung der Beschwerdeführerin beurteilt sich vielmehr nach dem Verantwortlichkeitsgesetz des Bundes, für dessen Anwendung das Bundespatentgericht nicht zuständig ist (vgl. Art. 10 VG).
2.3. Von der vermögensrechtlichen Verantwortlichkeit der Beschwerdeführerin zu unterscheiden ist die Frage, ob sie als Gemeinwesen eine Patentverletzung begehen und gegen sie eine auf das Patentgesetz gestützte Unterlassungsklage (<ref-law>) eingereicht werden kann, die nach Art. 26 Abs. 1 lit. a PatGG vom Bundespatentgericht zu beurteilen ist.
2.3.1. Im Gegensatz zur Staatshaftungsordnung besteht keine umfassende öffentlichrechtliche Regelung zum Umgang des Gemeinwesens mit gewerblichen Schutzrechten. Das Patentrecht ist Eigentum im Sinne von <ref-law> und als solches Schutzobjekt der verfassungsrechtlichen Eigentumsgarantie (<ref-ruling> E. 8a S. 148). Die aus dem Patent erwachsenden absoluten Rechte ergeben sich aus der Gesetzgebung zum Patentrecht, das dem Privatrecht zugeordnet wird. Wie öffentlichrechtliche Körperschaften Inhaber von Patenten sein können, haben sie im Gegenzug auch die sich aus dem Patentrecht ergebenden Beschränkungen zu beachten; sie dürfen sich bei ihrer Tätigkeit ebenso wenig wie Private über Schutzrechte Dritter hinwegsetzen (vgl. David und andere, a.a.O., Rz. 254; Heinrich, a.a.O., N. 47 zu <ref-law>). Die Beschwerdeführerin räumt denn auch zutreffend ein, dass es sich bei der Beurteilung des Bestands und der Verletzung des Patents um zivilrechtliche Fragen handelt.
Der Patentschutz gilt insoweit umfassend und ergibt sich auch für das Gemeinwesen aus den Bestimmungen des Patengesetzes über die Voraussetzungen und Wirkungen des Patents (vgl. <ref-law>) : Nach <ref-law> verschafft das Patent seinem Inhaber eine ausschliessliche Nutzungsbefugnis und damit das Recht, andere von der Benützung der Erfindung auszuschliessen. Dies schliesst ein, dass auch das hoheitlich handelnde Gemeinwesen nicht ohne Weiteres befugt ist, patentrechtlich geschützte Erfindungen ohne entsprechende Ermächtigung des Patentinhabers zu benutzen, selbst wenn dies in Verfolgung öffentlicher Interessen geschieht (vgl. David und andere, a.a.O., Rz. 254; rechtsvergleichend das Urteil des BGH vom 21. Februar 1989, publiziert in: Entscheidungen des Bundesgerichtshofes in Zivilsachen [BGHZ] 107 [1990] 46, 52). Das Gemeinwesen wird somit auch im Rahmen der Erfüllung öffentlicher Aufgaben vom Ausschliesslichkeitsrecht nach <ref-law> erfasst und ist insoweit grundsätzlich dem patentrechtlichen Unterlassungsanspruch (Art. 72 i.V.m. <ref-law>) ausgesetzt.
2.3.2. Soweit einzelne Schutzrechte dem Gemeinwesen hinderlich sind, hat der Gesetzgeber allfällige Interessenkollisionen zwischen Staat und privaten Schutzrechtsinhabern vorauszusehen und angemessen zu lösen ( David und andere, a.a.O., Rz. 254). Einschränkungen des Patentrechts aus Gründen des öffentlichen Interesses sind gesetzlich in <ref-law> (Enteignung) und Art. 40 (Lizenz im öffentlichen Interesse) ausdrücklich vorgesehen. Darin kommt zum Ausdruck, dass das Ausschliesslichkeitsrecht des Patentinhabers (<ref-law>) - und damit einhergehend der daraus erwachsende Unterlassungsanspruch (vgl. <ref-law>) - zugunsten des öffentlichen Interesses Einschränkungen unterliegen kann. Die Vorinstanz hat ausgehend von diesen Bestimmungen zutreffend erwogen, dass das Bestehen eines öffentlichen Interesses im Patentrecht nicht das entscheidende Kriterium im Hinblick auf den massgebenden Rechtsweg sein kann. Gerade die Möglichkeit der Einräumung einer Lizenz nach <ref-law> verdeutlicht, dass im Bereich des Patentschutzes nach dem Willen des Gesetzgebers mitunter öffentliche Interessen in einem Zivilverfahren zu beurteilen sind. Dies geht auch aus <ref-law> hervor, nach dem für die Einräumung einer solchen Lizenz, die als besondere Form der Enteignung verstanden werden kann ( Rudolf E. Blum/Mario M. Pedrazzini, Das Schweizerische Patentrecht, 2. Aufl. 1975, S. 614), bei öffentlichem, nicht gewerblichem Gebrauch weniger strenge Voraussetzungen gelten.
2.3.3. Die Schweiz hat sich nach Art. 31 des Abkommens über handelsbezogene Aspekte der Rechte an geistigem Eigentum (TRIPS; Anhang 1C zum Abkommen vom 15. April 1994 zur Errichtung der Welthandelsorganisation; SR 0.632.20) international dazu verpflichtet, nur staatsvertraglich begrenzte Ausnahmen von den ausschliesslichen Rechten aus dem Patent vorzusehen (Art. 30 TRIPS) und unter anderem bei einer Benutzung des Gegenstands eines Patents durch die Regierung ohne Erlaubnis des Rechtsinhabers diesem eine nach den Umständen des Einzelfalls angemessene Vergütung zu zahlen (Art. 31 lit. h TRIPS), wobei die Rechtsgültigkeit des Entscheids über die Erlaubnis zu einer solchen Benutzung sowie der Entscheid über die vorgesehene Vergütung der gerichtlichen Überprüfung unterliegen (Art. 31 lit. i und j TRIPS).
Die auch für die Lizenz im öffentlichen Interesse (<ref-law>) geltende Bestimmung von <ref-law> ist als Folge des TRIPS-Vertrags eingefügt worden ( Heinrich, a.a.O., N. 1 zu <ref-law>) und erwähnt in Abs. 1 Satz 2 in Übereinstimmung mit Art. 31 lit. b TRIPS, dass Bemühungen um Erteilung einer vertraglichen Lizenz zu angemessenen Marktbedingungen unter anderem nicht notwendig sind bei öffentlichem, nicht gewerblichem Gebrauch. Art. 31 TRIPS bezieht sich sodann ausdrücklich auch auf die Benutzung durch die Regierung oder von ihr ermächtigte Dritte; eine Zwangslizenz nach Art. 31 lit. b TRIPS kann demnach jeder natürlichen oder juristischen Person des privaten oder öffentlichen Rechts erteilt werden ( Focke Höhne, in: Jan Busche/Peter-Tobias Stoll (Hrsg.), TRIPs, Köln 2007, N. 13 zu Art. 31 TRIPS). Entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin ist nicht ersichtlich, weshalb nach dem gleichermassen offengehaltenen Wortlaut von <ref-law> das Gemeinwesen nicht zur Klage auf Erteilung einer Lizenz im öffentlichen Interesse legitimiert sein soll. Sie verkennt mit ihrem Vorbringen insbesondere, dass <ref-law> nicht darauf beschränkt ist, den anspruchsberechtigten Personen eine marktwirtschaftliche Tätigkeit im Schutzbereich eines Patents zu ermöglichen, sondern nach der gesetzlichen Regelung (<ref-law>) ausdrücklich auch bei öffentlichem, nicht gewerblichem Gebrauch zur Anwendung kommen kann.
Bei der Klage nach <ref-law> handelt es sich ungeachtet der Parteien um eine Zivilklage; zudem steht fest, dass zur Beurteilung der Voraussetzungen einer Lizenz im öffentlichen Interesse nach Art. 26 Abs. 1 lit. a PatGG das Bundespatentgericht ausschliesslich zuständig ist ( Heinrich, a.a.O., N. 8 zu <ref-law>).
2.3.4. Der Vergleich der Beschwerdeführerin mit den nachbarrechtlichen Abwehransprüchen des Grundeigentümers wegen übermässiger Immissionen (vgl. <ref-law>), die von einem öffentlichen Werk ausgehen, verfängt nicht. Zwar trifft zu, dass solche privatrechtlichen Abwehransprüche unter bestimmten Voraussetzungen dem vorrangigen öffentlichen Interesse weichen müssen und daher nicht zivilrechtlich durchgesetzt werden können, wobei an ihre Stelle ein Anspruch auf enteignungsrechtliche Entschädigung tritt (vgl. <ref-ruling> E. 5.1 S. 252 f. mit Hinweisen). Im vorliegenden Fall, dem eine angebliche Patentverletzung durch den Betrieb der LSVA-Erhebungsinfrastruktur zugrunde liegt, kann jedoch nicht von der Immissionsproblematik entsprechenden Verhältnissen ausgegangen werden. Die Einschränkung der Anwendbarkeit des Bundeszivilrechts hinsichtlich der nachbarrechtlichen Abwehransprüche des Grundeigentümers folgt aus der Erkenntnis, dass die ordentliche Nutzung von Grundstücken des Verwaltungsvermögens (z.B. durch Bahnanlagen, Strassen oder Flugplätze) regelmässig zu Immissionen führt, die unausweichliche Folgen ihrer Zweckbestimmung sind, weshalb sie von den davon betroffenen Grundeigentümern - gegebenenfalls gegen enteignungsrechtliche Entschädigung - geduldet werden müssen und auch der Rechtsweg an die Zivilgerichte eingeschränkt ist (vgl. <ref-ruling> E. 2.3 S. 52 f.). Eine mit Grundstücken vergleichbare Ausgangslage, bei der eine bestimmte Nutzung des Verwaltungsvermögens bzw. die Erfüllung einer öffentlichen Aufgabe unweigerlich mit Schutzrechtsverletzungen verbunden wäre, die im öffentlichen Interesse geduldet werden müssten, liegt bei Rechten an geistigem Eigentum, deren Grenzen - insbesondere bei Patentrechten - häufig nur mit Schwierigkeiten ermittelt werden können, nicht vor.
Die Beschwerdegegnerin macht daher zutreffend geltend, dass sich die bundesgerichtliche Rechtsprechung zu den privatrechtlichen Abwehrrechten des Nachbarrechts nicht auf die konkret zur Diskussion stehende Problematik allfälliger Schutzrechtsverletzungen durch das Gemeinwesen übertragen lässt. Das Bundesgericht hat im Übrigen ausdrücklich darauf hingewiesen, dass sich seine Rechtsprechung, die mit dem erheblichen öffentlichen Interesse am Strassen- und Schienenverkehr begründet wird, nicht ohne Weiteres auf andere Nutzungen von Strassen und Plätzen im Gemeingebrauch und schon gar nicht unbesehen auf das übrige Verwaltungsvermögen übertragen lässt (<ref-ruling> E. 2.3 S. 53). Der Vergleich der Beschwerdeführerin zeigt immerhin auf, dass auch die Gegenstände des Verwaltungsvermögens grundsätzlich dem Zivilrecht unterstehen und selbst im Nachbarrecht eine auf das Eigentum gestützte Unterlassungsklage gegen das Gemeinwesen vor dem Zivilgericht nicht in jedem Fall ausgeschlossen ist (<ref-ruling> E. 2.3 S. 52 f. mit Hinweisen).
2.3.5. Ob der Beschwerdegegnerin im konkreten Fall ein patentrechtlicher Unterlassungsanspruch (vgl. Art. 72 i.V.m. <ref-law>) zusteht, oder ob die von der Beschwerdeführerin im vorinstanzlichen Verfahren eingewendeten Einschränkungen des Patentschutzes einem solchen Anspruch aus Gründen des öffentlichen Interesses in - unmittelbarer oder gegebenenfalls analoger - Anwendung von <ref-law> entgegenstehen, beschlägt nicht die Frage der sachlichen Zuständigkeit des Bundespatentgerichts, sondern diejenige der Begründetheit der Klageanträge. Im Übrigen stellt die Beschwerdegegnerin zu Recht nicht in Frage, dass eine Lizenz im öffentlichen Interesse auch während der Patentverletzung gerichtlich durchgesetzt werden kann (vgl. Heinrich, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>; Andri Hess-Blumer, Patent Trolls, sic! 12/2009 S. 862 f.).
Ebenso wenig, wie im vorliegenden Verfahren zu entscheiden ist, ob tatsächlich ein patentrechtlicher Unterlassungsanspruch der Beschwerdegegnerin gegenüber der Beschwerdeführerin besteht, ist im bundesgerichtlichen Beschwerdeverfahren über die Zuständigkeitsfrage zu vertiefen, ob ein Unterlassungsanspruch als aus dem Patent hervorgehendes Recht gegebenenfalls nach <ref-law> enteignet werden könnte (vgl. Blum/Pedrazzini, a.a.O., S. 268 ff.).
2.3.6. Der Vorinstanz ist keine Bundesrechtsverletzung vorzuwerfen, soweit sie davon ausgegangen ist, dass der eingeklagte patentrechtliche Unterlassungsanspruch nach <ref-law> auch gegenüber der Beschwerdeführerin geltend gemacht werden kann. Das Bundespatentgericht ist zu dessen Beurteilung - im Gegensatz zum eingeklagten Ausgleichsanspruch, der sich auch in Bezug auf den Rechtsweg nach dem Verantwortlichkeitsgesetz richtet - nach Art. 26 Abs. 1 lit. a PatGG ausschliesslich zuständig.
3.
Die Beschwerde erweist sich als begründet, soweit sich die Vorinstanz zur Beurteilung des Klagebegehrens über Fr. 62'466'022.85 für zuständig erklärt hat. Soweit sie sich zur Beurteilung des Unterlassungsbegehrens als zuständig erachtete, erweist sich die Beschwerde demgegenüber als unbegründet.
Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens werden die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin, deren Vermögensinteressen betroffen sind, und der Beschwerdegegnerin je zur Hälfte auferlegt (Art. 66 Abs. 1 und 4 BGG). Auf die Zusprechung von Parteientschädigungen für das bundesgerichtliche Verfahren wird verzichtet (Art. 68 Abs. 1 und 3 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
In teilweiser Gutheissung der Beschwerde wird Dispositiv-Ziffer 1 des angefochtenen Beschlusses des Bundespatentgerichts vom 7. Juni 2012 aufgehoben und wie folgt neu gefasst:
"Auf Antrags-Ziffern 1 und 2 der Klage (Unterlassungsanspruch) wird eingetreten. Auf Antrags-Ziffer 3 (Ausgleichsanspruch) wird mangels Zuständigkeit nicht eingetreten."
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 20'000.-- werden den Parteien je zur Hälfte auferlegt.
3.
Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien und dem Bundespatentgericht schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 5. Februar 2013
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Leemann