Sachverhalt:
A. A.a Der 1965 geborene Z._ meldete sich im März und Juni 2004 bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Luzern zog verschiedene Arztberichte bei, aus denen hervorgeht, dass er im Wesentlichen unter psychischen Problemen leidet. Mit Verfügung vom 13. Juni 2006 sprach die IV-Stelle ihm rückwirkend ab 1. Oktober 2003 eine ganze Rente zu. Die Pensionskasse des Kantons Nidwalden liess am 12. Juli 2006 hiergegen Einsprache erheben. Mit Verfügungen vom 5. und 12. September 2006 berechnete die IV-Stelle die Invalidenrente neu und nahm eine Verrechnung vor.
A.b Die erhobenen Einsprachen, welche als Beschwerden an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern überwiesen wurden, hiess dieses mit Entscheid vom 8. Januar 2007 in dem Sinne gut, dass die IV-Stelle ergänzende Abklärungen in Bezug auf den Zeitpunkt des Eintritts der Arbeitsunfähigkeit vorzunehmen habe. Der Regionale Ärztliche Dienst (RAD) der IV-Stelle gab in einer Aktenbeurteilung vom 12. April 2007 an, es sei medizinisch nachvollziehbar und plausibel, von einer Arbeitsunfähigkeit von 100 % seit Oktober 2002 auszugehen. Mit Vorbescheid vom 3. Mai 2007 stellte die IV-Stelle wiederum eine ganze Rente ab 1. Oktober 2003 in Aussicht, woran sie mit Verfügungen vom 6. und 13. August 2007 festhielt.
B. Die dagegen erhobene Beschwerde wies das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern mit Entscheid vom 23. März 2009 ab.
C. Die Pensionskasse des Kantons Nidwalden lässt Beschwerde führen mit dem Antrag, unter Aufhebung des angefochtenen Entscheides sei die Sache an die IV-Stelle zur erneuten Abklärung und Überprüfung des Eintritts der Arbeitsunfähigkeit zurückzuweisen.
Während die IV-Stelle und das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern auf Abweisung der Beschwerde schliessen, lässt Z._ beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten. Das Bundesamt für Sozialversicherungen verzichtet auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. 1.1 Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zu Grunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
1.2 Die unvollständige Feststellung der rechtserheblichen Tatsachen sowie Nichtbeachtung des Untersuchungsgrundsatzes nach <ref-law> durch das kantonale Versicherungsgericht stellen eine Verletzung von Bundesrecht nach <ref-law> dar (Urteil 9C_802/2008 vom 22. Dezember 2008 E. 1.1 mit Hinweisen). Der Verzicht der Vorinstanz auf weitere Abklärungen oder Rückweisung der Sache an die IV-Stelle zu diesem Zwecke (antizipierte Beweiswürdigung; Urteil 9C_561/2007 vom 11. März 2008 E. 5.2.1) im Besonderen verletzt etwa dann Bundesrecht, wenn der festgestellte Sachverhalt unauflösbare Widersprüche enthält oder wenn eine entscheidwesentliche Tatfrage, wie namentlich Gesundheitszustand und Arbeitsfähigkeit einer versicherten Person, auf unvollständiger Beweisgrundlage beantwortet wird (Urteil 9C_410/2008 vom 8. September 2008 E. 3.3.1 mit Hinweisen). Im Übrigen ist die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz für das Bundesgericht verbindlich, wenn sie nicht offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG). Die konkrete Beweiswürdigung ist wie die darauf beruhende Sachverhaltsfeststellung ebenfalls nur unter diesem eingeschränkten Blickwinkel überprüfbar (Urteil 9C_801/2008 vom 6. Januar 2009 E. 2.2). Demgegenüber ist die richtige Anwendung der Beweiswürdigungsregeln durch das kantonale Versicherungsgericht nach <ref-law> eine Rechtsfrage und als solche im Rahmen der den Parteien obliegenden Begründungs- bzw. Rügepflicht (<ref-law> und <ref-law>; <ref-ruling> E. 1.4.1 und 1.4.2 S. 254) frei zu prüfen (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.; Urteil 9C_323/2009 vom 14. Juli 2009 E. 3).
2. Unbestritten ist der Anspruch des Versicherten auf eine ganze Rente der Invalidenversicherung gestützt auf einen Invaliditätsgrad von 88 %. Streitig und zu prüfen ist der Zeitpunkt der Eröffnung der Wartezeit und damit der Rentenbeginn (vgl. <ref-law> in der bis 31. Dezember 2007 gültig gewesenen Fassung, heute <ref-law>). Im angefochtenen Entscheid werden nebst den einschlägigen intertemporalrechtlichen Grundsätzen die Bestimmungen über den Begriff der Arbeitsunfähigkeit (<ref-law>), der Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>) und der Invalidität (<ref-law>), sowie die Voraussetzungen für den Beginn des Rentenanspruchs (aArt. 29 Abs. 1 IVG) und dessen Umfang (aArt. 28 Abs. 1 IVG), zutreffend dargelegt. Darauf wird verwiesen.
2.1 Unter relevanter Arbeitsunfähigkeit im Sinne von a<ref-law> ist eine Einbusse an funktionellem Leistungsvermögen im bisherigen Beruf oder Aufgabenbereich zu verstehen. Das heisst, es muss arbeitsrechtlich in Erscheinung treten, dass der Versicherte an Leistungsvermögen eingebüsst hat, so etwa durch einen Abfall der Leistungen mit entsprechender Feststellung oder gar Ermahnung des Arbeitgebers oder durch gehäufte, aus dem Rahmen fallende gesundheitlich bedingte Arbeitsausfälle. Mit anderen Worten: Die Leistungseinbusse muss in aller Regel dem seinerzeitigen Arbeitgeber aufgefallen sein. Eine erst nach Jahren rückwirkend festgelegte medizinisch-theoretische Arbeitsunfähigkeit genügt nicht (E. 4.2 des in SZS 2003 S. 434 zusammengefassten Urteils B 13/01 vom 5. Februar 2003; Urteil B 86/01 vom 28. Juli 2003 E. 5.3). Vielmehr muss der Zeitpunkt des Eintritts der Arbeitsunfähigkeit mit dem im Sozialversicherungsrecht üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5b S. 360 mit Hinweisen) echtzeitlich nachgewiesen sein. Dieser Nachweis darf nicht durch nachträgliche erwerbliche oder medizinische Annahmen und spekulative Überlegungen ersetzt werden (Urteil 9C_368/2008 vom 11. September 2008 E. 2 mit Hinweisen).
2.1 Unter relevanter Arbeitsunfähigkeit im Sinne von a<ref-law> ist eine Einbusse an funktionellem Leistungsvermögen im bisherigen Beruf oder Aufgabenbereich zu verstehen. Das heisst, es muss arbeitsrechtlich in Erscheinung treten, dass der Versicherte an Leistungsvermögen eingebüsst hat, so etwa durch einen Abfall der Leistungen mit entsprechender Feststellung oder gar Ermahnung des Arbeitgebers oder durch gehäufte, aus dem Rahmen fallende gesundheitlich bedingte Arbeitsausfälle. Mit anderen Worten: Die Leistungseinbusse muss in aller Regel dem seinerzeitigen Arbeitgeber aufgefallen sein. Eine erst nach Jahren rückwirkend festgelegte medizinisch-theoretische Arbeitsunfähigkeit genügt nicht (E. 4.2 des in SZS 2003 S. 434 zusammengefassten Urteils B 13/01 vom 5. Februar 2003; Urteil B 86/01 vom 28. Juli 2003 E. 5.3). Vielmehr muss der Zeitpunkt des Eintritts der Arbeitsunfähigkeit mit dem im Sozialversicherungsrecht üblichen Beweisgrad der überwiegenden Wahrscheinlichkeit (<ref-ruling> E. 5b S. 360 mit Hinweisen) echtzeitlich nachgewiesen sein. Dieser Nachweis darf nicht durch nachträgliche erwerbliche oder medizinische Annahmen und spekulative Überlegungen ersetzt werden (Urteil 9C_368/2008 vom 11. September 2008 E. 2 mit Hinweisen).
2.2 2.2.1 Die Vorinstanz ist mit Verweis auf die ärztlichen Berichte des behandelnden Psychiaters Dr. med. E._, der behandelnden Hausärztin Dr. med. K._ und der RAD-Ärzte von einer schweren Erkrankung des Versicherten mit einer vollständigen Arbeitsunfähigkeit ab 1. Oktober 2002 ausgegangen.
2.2.2 Die Beschwerdeführerin rügt, aufgrund der bisherigen Abklärungen sei eine Arbeitsunfähigkeit des Versicherten ab 1. Oktober 2002 nicht mit dem im Sozialversicherungsrecht üblichen Beweisgrad nachgewiesen. Die Sache sei daher an die Beschwerdegegnerin zur erneuten Abklärung zurückzuweisen.
2.3 Aus den medizinischen Akten ergibt sich hierzu das Folgende:
2.3.1 Dr. med. J._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, bei welchem der Versicherte vom 15. Oktober 2002 bis 19. Februar 2004 in Behandlung war, diagnostizierte im Arztbericht vom 10. September 2004 retrospektiv für die Zeit seiner Behandlung, mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit einen Verdacht auf narzisstische Persönlichkeitsstörung mit anankastischen und dependenten Zügen. Bei der Frage nach einer mindestens 20 %igen Arbeitsunfähigkeit in der zuletzt ausgeübten Tätigkeit vermerkte er, er habe den Versicherten während seiner Behandlungszeit nicht krankgeschrieben.
2.3.2 Dr. med. K._, Fachärztin für Allgemeine Medizin, bei welcher der Versicherte seit Mai 2001 in Behandlung war, bescheinigte im Arztbericht vom 20. Juni 2004 eine Arbeitsunfähigkeit von 100 % seit 1. Juni 2004. Mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit diagnostizierte sie schleichend seit Anfang 2002 eine schwere depressive Entwicklung mit zusätzlich erschwerender Komponente durch Hochtonschwerhörigkeit beidseits mit Tinnitus und Diskushernie L4/5. Zudem erwähnte sie Probleme, welche der Versicherte aufgrund seiner gesundheitlichen Befunde bereits bei seiner letzten Stelle im Jahr 2002 gehabt habe.
2.3.3 Ab 17. März 2004 befand sich der Versicherte bei Dr. med. E._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie, in Behandlung. Dieser diagnostizierte mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit eine ängstlich vermeidende Persönlichkeitsstörung (F60.6), eine mittelgradige depressive Episode (F32.10), eine lumbale Discushernie und einen Tinnitus. Auch er bescheinigte im Arztbericht vom 25. Juli 2004 ab 1. Juni 2004 eine 100 %ige Arbeitsunfähigkeit. Die Persönlichkeitsstörung des Versicherten sei als schwer einzustufen und die daraus entstandene vollständige Arbeitsunfähigkeit habe sich schleichend entwickelt. Die Festlegung des Beginns der Arbeitsunfähigkeit von 100 % bilde das absolute Minimum. Man dürfe davon ausgehen, dass der Versicherte bereits vor etlichen Jahren nicht mehr arbeitsfähig gewesen sei. Dies zeigten seine frustranen Arbeitsversuche. So habe er in seiner ganzen beruflichen Karriere höchstens zehn Monate an einem Arbeitsplatz verbleiben können, wenn man von den Ausbildungen absehe. Bei seiner letzten Arbeitsstelle von Mai bis Oktober 2002 habe der Versicherte während der Probezeit gefehlt, worauf man ihm einen befristeten Arbeitsvertrag angeboten habe, um die verpasste Zeit nachzuholen. Danach sei der Vertrag nicht verlängert worden. Es habe dort einen Konflikt mit dem stellvertretenden Vorgesetzten gegeben. Vonseiten der Leitung habe man ihm eine ganze Liste von Vorwürfen gemacht.
2.3.4 Am 3. April 2006 lud der RAD den Versicherten zu einem Triagegespräch ein. Dabei kamen die Ärzte zum Schluss, beim Versicherten liege eine Schizophrenia simplex (ICD 10 F 20.6) vor. Der Versicherte sei deshalb seit Oktober 2002 zu 100 % arbeitsunfähig.
2.3.4 Am 3. April 2006 lud der RAD den Versicherten zu einem Triagegespräch ein. Dabei kamen die Ärzte zum Schluss, beim Versicherten liege eine Schizophrenia simplex (ICD 10 F 20.6) vor. Der Versicherte sei deshalb seit Oktober 2002 zu 100 % arbeitsunfähig.
2.4 2.4.1 Den Berichten der beiden echtzeitlich behandelnden Ärzte Dres. med. K._ und J._ sowie des später ab März 2004 behandelnden Dr. med. E._ ist zu entnehmen, dass diese bei der Frage der Beschwerdegegnerin nach der medizinischen Arbeitsunfähigkeit eine solche erst ab 1. Juni 2004 bestätigten. Allerdings gingen alle von einer gewissen Einschränkung der Arbeitsfähigkeit bereits vor diesem Zeitpunkt aus, bezifferten diese aber nicht näher. Dies taten die Ärzte des RAD schliesslich zunächst in ihrer Beurteilung vom 3. April 2006. Im Gegensatz zu den anderen Ärzten diagnostizierten sie jedoch neu eine Schizophrenia simplex (ICD 10 F20.6). In diesem Zusammenhang ist darauf hinzuweisen, dass auf Stellungnahmen des RAD nur abgestellt werden kann, wenn sie den allgemeinen beweisrechtlichen Anforderungen an einen ärztlichen Bericht genügen (<ref-ruling> Erw. 3a; Urteil 9C_323/2009 vom 14. Juli 2009 E. 4.3.1), was vorliegend nicht der Fall ist. Die Stellungnahme des RAD vom 3. April 2006 besteht lediglich in einem Protokolleintrag (zum Beweiswert solcher Protokolleinträge vgl. Urteil 9C_622/2007 vom 9. September 2008 E. 2.2), welchem die wesentlichen, erforderlichen Merkmale eines Arztberichtes fehlen und aus dem die fachärztliche Qualifikation der beurteilenden Person nicht ersichtlich ist (vgl. dazu Urteil I 142/07 vom 20. November 2007 E. 3.2.3). Dies ist insofern von Bedeutung, als eine Schizophrenia simplex (ICD 10 F20.6) gemäss den diagnostischen Leitlinien nur sehr schwer sicher zu diagnostizieren ist und die Stellung dieser Diagnose nicht empfohlen wird (Dilling/Mombour/Schmidt, Internationale Klassifikation psychischer Störungen, ICD-10 Kapitel V [F], Klinisch-diagnostische Leitlinien, 6. Aufl. 2008, S. 121). Der Protokolleintrag vom 3. April 2006 stellt damit keine genügende Grundlage für eine von den übrigen Arztberichten abweichende Beurteilung und für die Bestimmung des Zeitpunktes des Eintritts der Arbeitsfähigkeit dar. Die Vorinstanz wies die Sache in der Folge denn auch zur ergänzenden Abklärung an die Beschwerdegegnerin zurück (Entscheid vom 8. Januar 2007).
2.4.2 Die Beschwerdegegnerin holte hierauf wiederum eine Stellungnahme des RAD ein. Mit Protokolleintrag vom 12. April 2007 bestätigten die Ärzte des RAD ihre frühere Beurteilung. Zur Begründung verwiesen sie auf die Befunde der Dres. med. J._ und E._. Sie setzten sich allerdings nicht mit der Beurteilung von Dr. med. J._, dem einzigen den Versicherten echtzeitlich, d.h. zum fraglichen Zeitpunkt im Oktober 2002 behandelnden Facharzt, auseinander. Zwar erwähnten sie, ab Oktober 2002 sei der Versicherte soweit auffällig gewesen, dass ab Januar 2003 eine Psychopharmaka-Therapie eingeleitet worden sei. Sie liessen jedoch unbeachtet, dass Dr. med. J._ in seinem Arztbericht vom 10. September 2004 dazu ausführte, er habe "trotz Fehlen einer zwingenden Indikation" im Januar/Februar 2003 vorübergehend das Antidepressivum Cipralex eingesetzt. Die fehlende begründete Auseinandersetzung mit der Beurteilung von Dr. med. J._ (ev. Nachfrage bei diesem) lässt die Stellungnahme der RAD-Ärzte daher als wenig schlüssig erscheinen. Diese verwiesen zudem auf "die Beurteilungen der letzten beiden Arbeitgeber", aus denen hervorgehe, dass der Versicherte wegen seiner Symptomatik arbeitslos geworden sei. Ausweislich der Akten liess sich jedoch lediglich der letzte Arbeitgeber des Versicherten, die Stiftung X._, mit Schreiben vom 12. Juni 2007 vernehmen. In diesem wurde eine krankheitsbedingte Arbeitsunfähigkeit vom 13. Juni bis 2. Juli 2007 (recte: 2002) bestätigt und lediglich allgemein angegeben, die qualitativen und quantitativen Leistungen des Versicherten hätten nicht den Vorstellungen entsprochen. Eine zweite Arbeitgeberbeurteilung, welche die RAD-Ärzte erwähnten, findet sich nicht in den Akten. Die in der Folge von der Arbeitslosenkasse GBI vom 1. Oktober 2002 bis anfangs Juni 2004 bestätigte Vermittlungsfähigkeit von 70 % spricht grundsätzlich gegen eine massgebliche Einschränkung während dieser Zeit (vgl. Urteil 8C_615/2007 vom 14. April 2008 E. 2.2.1). Sollte beim Versicherten allerdings eine Dissimulation vorliegen und selbst der damals behandelnde psychiatrische Facharzt die Erkrankung mit Auswirkungen auf die Arbeitsfähigkeit nicht bemerkt haben, wäre auch die von der Arbeitslosenkasse bescheinigte Vermittlungsfähigkeit unbeachtlich.
2.4.3 Soweit sich die RAD-Ärzte auf die Beurteilung von Dr. med. E._ beziehen, welcher den Versicherten erst ab März 2003 behandelte, gilt es darauf hinzuweisen, dass dieser auf Nachfrage der Rechtsvertreterin des Versicherten mit Schreiben vom 12. Januar 2008 angab, er habe mit "etlichen Jahren" in seinem Arztbericht vom 25. Juli 2004 ausdrücken wollen, dass er die Festlegung des Datums des Beginns der Arbeitsunfähigkeit der Invalidenversicherung habe überlassen wollen, weil eine sorgfältige Einschätzung die Kenntnis aller medizinischen Akten voraussetze. Damit gibt Dr. med. E._ an, dass er nur den Zeitraum ab Juni 2004 beurteilen könne, nicht jedoch denjenigen davor. Wenn er nachträglich nun bestätigt, dass der Beginn der Arbeitsunfähigkeit überwiegend wahrscheinlich am 1. Oktober 2002 eingetreten sei, so widerspricht er seinen zuvor gemachten Aussagen.
2.4.4 Zusammenfassend ergibt sich somit, dass der Beweiswert der medizinischen Aktenlage derart herabgesetzt ist, dass die Vorinstanz ihre Beurteilung unter Berücksichtigung des Untersuchungsgrundsatzes nicht darauf stützen durfte. Da sich in Bezug auf den Beginn der Arbeitsunfähigkeit kein schlüssiges Bild ergibt, kann darüber nicht materiell entschieden werden. Die Sache ist daher an die Beschwerdegegnerin zurückzuweisen, damit diese die Frage von einer unabhängigen fachärztlich-psychiatrischen Stelle unter Berücksichtigung sämtlicher Unterlagen abklären lässt und anschliessend neu verfügt.
3. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend hat die Beschwerdegegnerin die Gerichtskosten zu tragen (Art. 65 Abs. 4 lit. a sowie Art. 66 Abs. 1 BGG). Der obsiegenden Pensionskasse kann keine Parteientschädigung zugesprochen werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Luzern vom 23. März 2009 und die Verfügung der IV-Stelle Luzern vom 26. September 2006 werden aufgehoben. Die Sache wird an die IV-Stelle Luzern zurückgewiesen, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Beginn des Anspruchs auf Invalidenrente neu verfüge.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3. Es werden keine Parteientschädigungen zugesprochen.
4. Die Sache wird zur Neuverlegung der Kosten und der Parteientschädigung des vorangegangenen Verfahrens an das Verwaltungsgericht des Kantons Luzern zurückgewiesen.
5. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Luzern und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 17. September 2009
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Ursprung Kathriner