Erwägungen:
1. Mit Verfügung vom 3. Dezember 2008 entzog das Strassenverkehrs- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern X._ den Führerausweis für Motorfahrzeuge in Anwendung von <ref-law> vorsorglich und ordnete gleichzeitig die Zustellung eines Arztzeugnisses an, welches seine Fahrtauglichkeit bejahe. Einer allfälligen Beschwerde wurde die aufschiebende Wirkung entzogen.
Mit Beschwerde vom 10. Dezember 2008 wandte sich X._ an die Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern mit dem Begehren, die Verfügung sei aufzuheben.
Mit Entscheid vom 17. Dezember 2008 bestätigte die Rekurskommission die Verfügung vom 3. Dezember 2008 und sah davon ab, der Beschwerde aufschiebende Wirkung beizulegen.
2. Mit Eingabe vom 12. Januar 2009 führt X._ der Sache nach Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten (<ref-law>). Sinngemäss beantragt er die Aufhebung des Entscheids vom 17. Dezember 2008.
Das Bundesgericht hat davon abgesehen, Vernehmlassungen zur Beschwerde einzuholen.
3. Nach <ref-law> ist in der Beschwerdebegründung - unabhängig von der Art des nach BGG offenstehenden Rechtsmittels - in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Entscheid Recht verletzt (s. in diesem Zusammenhang auch <ref-ruling> insb. E. 1.4 S. 254). Die Bestimmungen von <ref-law> nennen die vor Bundesgericht zulässigen Beschwerdegründe.
Der Beschwerdeführer beanstandet den angefochtenen Entscheid auf ganz allgemeine Weise und hält dafür, der Führerausweisentzug sei nicht rechtsgültig. Dabei legt er indes nicht im Einzelnen dar, inwiefern die ihm zugrunde liegende Begründung bzw. der Entscheid im Ergebnis rechts- bzw. verfassungswidrig sein soll. Mangels einer hinreichenden Begründung ist daher auf die Beschwerde nicht einzutreten. Der Begründungsmangel ist offensichtlich, weshalb über die Beschwerde im vereinfachten Verfahren nach <ref-law> entschieden werden kann.
4. Unter den gegebenen Umständen rechtfertigt es sich, für das bundesgerichtliche Verfahren ausnahmsweise keine Kosten zu erheben.

Demnach erkennt der Präsident:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Strassenverkehr- und Schifffahrtsamt des Kantons Bern, der Rekurskommission des Kantons Bern für Massnahmen gegenüber Fahrzeugführern sowie dem Bundesamt für Strassen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 6. Februar 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Bopp