Erwägungen:
1. Die Staatsanwaltschaft Obwalden eröffnete am 19. November 2011 eine Strafuntersuchung gegen X._ wegen Widerhandlung gegen das Baugesetz und bestätigte die mündliche Anordnung des Durchsuchungs- und Sicherstellungsbefehls vom gleichen Tag. Mit Beschlagnahmebefehl vom 20. November 2011 verfügte die Staatsanwaltschaft gestützt auf <ref-law> die Beschlagnahme der beim Beschuldigten sichergestellten Baugeräte, so u.a. ein Kompressor, ein Abbauhammer mit Spitzeisen, ein Betonmischer, ein Spritzgerät und mehrere Schaufeln. Zur Begründung wurde ausgeführt, auf dem Heimwesen "Zun" in Ramersberg bestehe seit Jahren ein Baustopp. Der Beschuldigte habe sich mehrfach nicht daran gehalten und sei auch verschiedentlich angezeigt worden. Am 19. November 2011 sei einmal mehr festgestellt worden, dass der Beschuldigte mit Hilfe der polizeilich sichergestellten Gerätschaften Bauarbeiten auf dem Heimwesen "Zun" ausgeführt habe. Gegen den Beschlagnahmebefehl erhob X._ Beschwerde und beantragte die Herausgabe der beschlagnahmten Gegenstände. Der Präsident des Obergerichts des Kantons Obwalden wies mit Entscheid vom 8. März 2012 die Beschwerde ab und bestätigte den Beschlagnahmebefehl der Staatsanwaltschaft vom 20. November 2011.
2. X._ führt mit Eingabe vom 12. April 2012 Beschwerde in Strafsachen gegen den Entscheid des Präsidenten des Obergerichts des Kantons Obwalden. Da der angefochtene Entscheid der Beschwerde nicht beilag, forderte das Bundesgericht X._ mit Verfügung vom 13. April 2012 auf, den Entscheid des Obergerichtspräsidenten bis am 26. April 2012 nachzureichen, ansonsten die Rechtsschrift unbeachtet bleibe. Der Beschwerdeführer kam dieser Aufforderung innert Frist nach. Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.
3. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Zwischenentscheid, der das Strafverfahren gegen den Beschwerdeführer nicht abschliesst. Gegen Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen (vgl. <ref-law>), ist die Beschwerde ans Bundesgericht gemäss <ref-law> zulässig, wenn der Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken kann (lit. a) oder - was hier von vornherein ausser Betracht fällt - die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde (lit. b).
3.1 Von einem nicht wieder gutzumachenden Nachteil im Sinne von <ref-law> wird gesprochen, wenn dieser auch durch ein nachfolgendes günstiges Urteil nicht oder nicht mehr vollständig behoben werden kann (<ref-ruling> E. 1.2 S. 263 mit Hinweisen). Im Verfahren der Beschwerde in Strafsachen muss der nicht wieder gutzumachende Nachteil im Sinne von <ref-law> nicht bloss tatsächlicher, sondern rechtlicher Natur sein (<ref-ruling> E. 4 S. 95; <ref-ruling> E. 4 S. 141). Kein nicht wieder gutzumachender Nachteil im Sinne von <ref-law> ist anzunehmen, wenn es einer Partei bloss darum geht, eine Verlängerung oder Verteuerung des Verfahrens zu verhindern (<ref-ruling> E. 1.3.4 S. 36).
3.2 Es obliegt dem Beschwerdeführer, detailliert darzutun, dass die Eintretensvoraussetzungen von <ref-law> erfüllt sind, soweit deren Vorliegen nicht offensichtlich ist, was vorliegend nicht der Fall ist (vgl. dazu <ref-ruling> E. 1.2 in fine S. 429; <ref-ruling> E. 2.3.1 und 2.4.2). Der Beschwerdeführer legt mit dem Hinweis, die beschlagnahmten Werkzeuge würden (teilweise) nicht ihm gehören und er brauche sie in seinem Garten, nicht dar, inwiefern er durch den angefochtenen Entscheid einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil rechtlicher Natur im Sinne von <ref-law> erleiden könnte. Er kommt somit seiner Begründungsobliegenheit im Sinne von <ref-law> offensichtlich nicht nach. Aus diesem Grund kann auf die Beschwerde nicht eingetreten werden.
4. Auf eine Kostenauflage kann verzichtet werden (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Staatsanwaltschaft Obwalden und dem Obergericht des Kantons Obwalden, Präsident, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 7. Mai 2012
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Fonjallaz
Der Gerichtsschreiber: Pfäffli