Sachverhalt:
Sachverhalt:
A. B.X._ war Hauptaktionär und Mitarbeiter der X._ Bauunternehmung AG, C._. Diese plante und realisierte in den Jahren 1992 bis 1996 als Generalunternehmerin im Auftrag von B.X._ auf Grundstücken, die diesem gehörten, die Überbauung D._ in E._ mit acht Einfamilienhäusern und einem Mehrfamilienhaus. Die baustatischen Berechnungen wurden durch ein externes Ingenieurbüro ausgeführt. Trotz bekannter Probleme mit dem Baugrund wurde eine Flachfundation erstellt. Nach Fertigstellung senkten sich die Häuser 7 und 8 zur Ostseite und die Häuser 3 und 4 zur Südseite hin um 15 - 20 cm ab. Die Häuser gerieten in Schräglage. Zur Schadensbehebung mussten nachträglich Pfählungen vorgenommen werden. Die Kosten beliefen sich im Jahre 1999 auf Fr. 391'298.-- und im Jahre 2000 auf Fr. 34'595.-- und wurden durch die X._ Bauunternehmung AG bezahlt. Am 17. Juli 1999 verstarb B.X._. Seine Ehefrau, A.X._, ist seither Hauptaktionärin und Verwaltungsratspräsidentin.
Bei der Veranlagung der X._ Bauunternehmung AG für die Steuerjahre 1999 und 2000 anerkannte die Veranlagungsbehörde diese Kosten nicht als geschäftsmässig begründeten Aufwand. Sie war der Auffassung, dass die Kosten vom Grundeigentümer und nicht von der Gesellschaft zu tragen seien. Die Veranlagungsbehörde nahm eine entsprechende Aufrechnung beim steuerbaren Reingewinn vor. Die Veranlagungen ergingen am 21. Mai 2002 und erwuchsen unangefochten in Rechtskraft.
Am 18. Dezember 2002 wurde A.X._ die Eröffnung eines Nachsteuerverfahrens angezeigt. Mit Nachsteuerverfügung vom 8. Januar 2003 wurden ihr die von der X._ Bauunternehmung AG bezahlten Kosten der Schadensbehebung bei der direkten Bundessteuer 1999 und 2000 als Einkommen aufgerechnet. Die Nachsteuer belief sich auf insgesamt Fr. 22'063.05. Eine Einsprache wies die Steuerverwaltung am 23. April 2003 ab.
Am 18. Dezember 2002 wurde A.X._ die Eröffnung eines Nachsteuerverfahrens angezeigt. Mit Nachsteuerverfügung vom 8. Januar 2003 wurden ihr die von der X._ Bauunternehmung AG bezahlten Kosten der Schadensbehebung bei der direkten Bundessteuer 1999 und 2000 als Einkommen aufgerechnet. Die Nachsteuer belief sich auf insgesamt Fr. 22'063.05. Eine Einsprache wies die Steuerverwaltung am 23. April 2003 ab.
B. Mit Beschwerde und Rekurs bestritt A.X._, dass die Voraussetzungen für die Einleitung eines Nachsteuerverfahrens erfüllt seien. Zudem stellte sie die rechtliche Würdigung der Zahlungen der Gesellschaft als geldwerte Leistung in Frage.
Mit Urteil vom 7. Januar 2004 wies die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau die Beschwerde in Bezug auf die direkte Bundessteuer 1999 und 2000 ab.
Mit Urteil vom 7. Januar 2004 wies die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau die Beschwerde in Bezug auf die direkte Bundessteuer 1999 und 2000 ab.
C. Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde beantragt A.X._, der Entscheid der Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau vom 7. Januar 2004 betreffend die direkte Bundessteuer sei aufzuheben und die Steuerverwaltung sei anzuweisen, auf die Erhebung einer Nachsteuer für die direkte Bundessteuer 1999 und 2000 zu verzichten.
Die Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau beantragt, die Beschwerde sei abzuweisen. Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei. Die kantonale Steuerverwaltung liess sich nicht vernehmen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Die Beschwerdeführerin und die Eidgenössische Steuerverwaltung werfen die Frage auf, ob das Bundesgericht oder das kantonale Verwaltungsgericht zur Beurteilung der vorliegenden Beschwerde zuständig sei.
Im Entscheid <ref-ruling> ff. statuierte das Bundesgericht eine Verpflichtung der Kantone, für Beschwerden betreffend die direkte Bundessteuer und die harmonisierten kantonalen Steuern einen einheitlichen Instanzenzug zu schaffen. Sofern ein Kanton - wie Thurgau - für die Beurteilung der direkten kantonalen Steuern einen zweistufigen gerichtlichen Instanzenzug im Kanton vorsieht, muss er daher gestützt auf Art. 145 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer vom 14. Dezember 1990 (DBG; SR 642.11) denselben Rechtsmittelweg auch für die direkte Bundessteuer vorsehen (BGE a.a.O. E. 6.6 S. 80). Diese Rechtsprechung kommt hier indessen noch nicht zum Zug, da die Frist von acht Jahren ab dem 1. Januar 1993, die den Kantonen gemäss Art. 72 StHG zur Anpassung ihrer Gesetzgebung an die Vorgaben des Steuerharmonisierungsgesetzes (StHG; SR 642.14) offen stand, in den hier fraglichen Steuerjahren 1999 und 2000 noch nicht abgelaufen war.
Unbehelflich ist der Hinweis der Eidgenössischen Steuerverwaltung auf das Urteil 2A.196/2003 vom 29. Januar 2004, E. 1.2. Es besteht hier kein Anlass um zu entscheiden, ob dann, wenn ein Kanton den Wechsel von der zweijährigen Pränumerando- zur einjährigen Postnumerandobesteuerung gemäss Art. 16 StHG schon auf den 1. Januar 1999 vollzogen hat (wie Thurgau und Zürich) und daher auf Veranlagungen betreffend ausserordentliche Einkünfte im Sinne von Art. 16 in Verbindung mit Art. 69 Abs. 1 - 5 StHG die Verwaltungsgerichtsbeschwerde schon ab 1. Januar 1999 für die im Jahre 1997 und 1998 zugeflossenen ausserordentlichen Einkünfte Anwendung findet (Art. 69 Abs. 7 StHG in Verbindung mit Art. 73 Abs. 1 StHG, vgl. Urteil 2A.439/2002 vom 16. September 2003, in: StR 59/2004 S. 135 E. 1.2.2 = RDAF 2004 II S. 22; nicht publiziertes Urteil 2A.196/2003 vom 29. Januar 2004, E. 1.2), auch in den darauf folgenden Steuerjahren 1999 und 2000 die Verwaltungsgerichtsbeschwerde nach Art. 73 StHG für die kantonalen Steuern zulässig sein soll. Darauf läuft aber das Begehren der Eidgenössischen Steuerverwaltung hinaus, es sei die Parallelität der Verfahren im Falle der Kantone Zürich und Thurgau bereits ab 1. Januar 1999 durchzusetzen.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist nach dem Gesagten zulässig.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist nach dem Gesagten zulässig.
2. Die Beschwerdeführerin bestreitet die Nachbesteuerung insbesondere deshalb, weil die Kosten, welche die Gesellschaft für die Schadensbehebung aufwenden musste, geschäftsmässig begründet seien und eine geldwerte Leistung an die Beteiligungsinhaber nicht vorliege.
Steuerbar sind gemäss Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG insbesondere "alle geldwerten Vorteile aus Beteiligungen aller Art". Es ist unbestritten, dass die X._ Bauunternehmung AG die Überbauung als Generalunternehmerin im Auftrag ihres Hauptaktionärs auf Liegenschaften, welche diesem gehörten, ausführte. Aus dem Urteil des Bezirksgerichts F._ vom 7. Mai 2001 im Haftungsprozess, den die Bauunternehmung gegen das Ingenieurbüro angehoben hatte, geht klar hervor, dass alle Beteiligten über die Beschaffenheit des Baugrundes im Bilde waren. Das gilt namentlich für die damalige Klägerin (Bauunternehmung), welche in der Nähe bereits früher gebaut hatte. Die Gegend wird denn auch im Volksmund "G._" genannt. Trotzdem bestand die Klägerin darauf, die Bauten aus Kostengründen ohne Pfählung zu erstellen (Urteil S. 8 f.). Der Grundeigentümer B.X._, zugleich Hauptaktionär und Verantwortlicher der Bauunternehmung, hat selbst diesen Entscheid getragen. Das wird auch in der Verwaltungsgerichtsbeschwerde (S. 8) eingeräumt. Das dem Bundesgericht vorgelegte Schreiben von B.X._ vom 10. September 1998, wonach das Ingenieurbüro die Bauunternehmung bzw. den Grundeigentümer in Bezug auf die Flachfundation ohne Pfählung beruhigt haben soll, ist wenig beweiskräftig, nachdem (1) das Schreiben lange nach Vollendung der Häuser verfasst wurde, (2) das Datum der angeblichen Zusicherung seitens des Ingenieurs nicht erwähnt wird und (3) aus diesem Schreiben auch nicht hervorgeht, ob die angebliche Zusicherung vor oder nach den die Bodenbelastung erheblich verändernden Umgebungsarbeiten (vgl. das Privatgutachten der H._ und J._ AG, beratende Geologen und Ingenieure, vom 1. Februar 2001) abgegeben wurde. Nicht das bestellte Werk, sondern der vom Grundeigentümer zur Verfügung gestellte Baugrund erweist sich daher als mangelhaft, das heisst für diese Überbauung unter Berücksichtigung der Umgebungsarbeiten ungeeignet.
Ist aber bereits der Untergrund, das Baugrundstück, mangelhaft, hat der Grundeigentümer die nachteiligen Folgen zu tragen und entfällt die Haftung der Bauunternehmung gemäss Art. 365 Abs. 3 OR. Einer förmlichen Abmahnung seitens der Bauunternehmung im Sinne dieser Vorschrift bedurfte es vorliegend angesichts der Personalunion von Grundeigentümer (Besteller) und dem Verantwortlichen der Bauunternehmung nicht. Wenn die Bauunternehmung ihre Kosten für die Sanierung ihrem Hauptaktionär nicht weiterbelastete, erbrachte sie diesem offensichtlich eine geldwerte Leistung. Diese ist auf Empfängerseite nach Art. 20 DBG ebenfalls steuerbar (vgl. Peter Locher, Kommentar zum DBG, N 121 zu Art. 20 und 135 zu Art. 58 sowie dort zitierte Judikatur). Der Einwand der Beschwerdeführerin, es handle sich um geschäftsmässig begründeten Aufwand der Bauunternehmung, ist daher unzutreffend.
Ist aber bereits der Untergrund, das Baugrundstück, mangelhaft, hat der Grundeigentümer die nachteiligen Folgen zu tragen und entfällt die Haftung der Bauunternehmung gemäss Art. 365 Abs. 3 OR. Einer förmlichen Abmahnung seitens der Bauunternehmung im Sinne dieser Vorschrift bedurfte es vorliegend angesichts der Personalunion von Grundeigentümer (Besteller) und dem Verantwortlichen der Bauunternehmung nicht. Wenn die Bauunternehmung ihre Kosten für die Sanierung ihrem Hauptaktionär nicht weiterbelastete, erbrachte sie diesem offensichtlich eine geldwerte Leistung. Diese ist auf Empfängerseite nach Art. 20 DBG ebenfalls steuerbar (vgl. Peter Locher, Kommentar zum DBG, N 121 zu Art. 20 und 135 zu Art. 58 sowie dort zitierte Judikatur). Der Einwand der Beschwerdeführerin, es handle sich um geschäftsmässig begründeten Aufwand der Bauunternehmung, ist daher unzutreffend.
3. Dieser geldwerte Vorteil blieb auch dann steuerbar, als die X._ Bauunternehmung AG am 23. Mai 2002, nachdem die Veranlagungsbehörde die verdeckte Gewinnausschüttung aufgerechnet hatte, das Aktionärskonto der Erbengemeinschaft mit einer entsprechenden Rückforderung belastete. Das Einkommen ist periodengerecht in dem Jahr zu erfassen, in welchem es zufliesst bzw. realisiert wird. Wenn die Gesellschaft für ihren Aktionär unentgeltlich Aufwendungen tätigt, ohne von ihm ein Entgelt zu verlangen oder seinem Kreditorenkonto eine entsprechende Forderung zu verbuchen, hat sie damit auf eine Gegenleistung verzichtet. Nach ständiger Rechtsprechung kann eine Aktiengesellschaft, die ihrem Aktionär eine verdeckte Gewinnausschüttung hat zukommen lassen, die steuerlichen Folgen nicht einfach dadurch abwenden, dass sie nachträglich das Kreditorenkonto des Aktionärs belastet (ASA 52 569; Urteil 2A.102/1994 vom 12. Oktober 1995, E. 4, in: RDAF 52/1996 II S. 87; s. auch ASA 55 624 E. 6). Daran ändert nichts, wenn der Gesellschaft aufgrund von Art. 678 OR ein Rückerstattungsanspruch gegenüber dem begünstigten Aktionär zusteht, weil auch in diesem Fall die Forderung verbucht worden sein muss (<ref-ruling> E. 4a S. 27 f.; Locher, a.a.O., N 121 zu Art. 58; Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 93 zu Art. 58; Anton Widler, Verdeckte Gewinnausschüttung und der Rückerstattungsanspruch nach neuem Aktienrecht, Zürcher Steuerpraxis, 2/1993, S. 250 ff.; anderer Ansicht: Reto Heuberger, Die verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, Diss. Bern 2001, S. S. 250 f.).
3. Dieser geldwerte Vorteil blieb auch dann steuerbar, als die X._ Bauunternehmung AG am 23. Mai 2002, nachdem die Veranlagungsbehörde die verdeckte Gewinnausschüttung aufgerechnet hatte, das Aktionärskonto der Erbengemeinschaft mit einer entsprechenden Rückforderung belastete. Das Einkommen ist periodengerecht in dem Jahr zu erfassen, in welchem es zufliesst bzw. realisiert wird. Wenn die Gesellschaft für ihren Aktionär unentgeltlich Aufwendungen tätigt, ohne von ihm ein Entgelt zu verlangen oder seinem Kreditorenkonto eine entsprechende Forderung zu verbuchen, hat sie damit auf eine Gegenleistung verzichtet. Nach ständiger Rechtsprechung kann eine Aktiengesellschaft, die ihrem Aktionär eine verdeckte Gewinnausschüttung hat zukommen lassen, die steuerlichen Folgen nicht einfach dadurch abwenden, dass sie nachträglich das Kreditorenkonto des Aktionärs belastet (ASA 52 569; Urteil 2A.102/1994 vom 12. Oktober 1995, E. 4, in: RDAF 52/1996 II S. 87; s. auch ASA 55 624 E. 6). Daran ändert nichts, wenn der Gesellschaft aufgrund von Art. 678 OR ein Rückerstattungsanspruch gegenüber dem begünstigten Aktionär zusteht, weil auch in diesem Fall die Forderung verbucht worden sein muss (<ref-ruling> E. 4a S. 27 f.; Locher, a.a.O., N 121 zu Art. 58; Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 93 zu Art. 58; Anton Widler, Verdeckte Gewinnausschüttung und der Rückerstattungsanspruch nach neuem Aktienrecht, Zürcher Steuerpraxis, 2/1993, S. 250 ff.; anderer Ansicht: Reto Heuberger, Die verdeckte Gewinnausschüttung aus Sicht des Aktienrechts und des Gewinnsteuerrechts, Diss. Bern 2001, S. S. 250 f.).
4. Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass neue Tatsachen für die Einleitung eines Nachsteuerverfahrens im Sinne von Art. 151 DBG vorliegen würden.
4.1 Gemäss Art. 151 DBG wird eine Nachsteuer unter anderem dann eingefordert, wenn sich auf Grund von Tatsachen oder Beweismitteln ergibt, dass eine Veranlagung zu Unrecht unterblieben oder eine rechtskräftige Veranlagung unvollständig ist; die Tatsachen oder Beweismittel durften jedoch der Steuerbehörde nicht bekannt sein (Abs. 1). Hat der Steuerpflichtige Einkommen und Vermögen in seiner Steuererklärung vollständig und genau angegeben, kann keine Nachsteuer erhoben werden (ebenda Abs. 2).
Nicht bekannt sind Tatsachen und Beweismittel dann, wenn sie der Steuerbehörde im Zeitpunkt der Veranlagung bei Anwendung von gehöriger Sorgfalt nicht bekannt sein konnten. Die Veranlagungsbehörde darf aber grundsätzlich von der Richtigkeit und Vollständigkeit der vom Steuerpflichtigen gemachten Angaben ausgehen und ist zu weitergehenden Untersuchungen nur verpflichtet, wenn konkrete Anhaltspunkte bestehen, dass die Angaben unvollständig sein könnten (dazu ausführlich Vallender in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2b, N 7 ff. zu Art. 151 DBG; ferner Richner/Frei/Kaufmann, a.a.O., N 20 ff. zu Art. 151 mit Kasuistik; s. auch Urteil 2A.182/2002 vom 25. April 2002, E. 3.3, StE 2003 B 97.41 Nr. 15 = RDAF 2003 II S. 622).
4.2 Vorliegend begründet die Beschwerdeführerin ihren Einwand gegen die Zulässigkeit der Erhebung einer Nachsteuer im Wesentlichen damit, dass die Veranlagungsbehörde aus den der Steuererklärung beigelegten Unterlagen - namentlich den Bilanzen von B.X._ für das Jahr 1999 und 2000 sowie aus den Kontoblättern **.** für die Jahre 1999 und 2000 - nicht nur Kenntnis von der engen Verflechtung von B.X._ mit der X._ Bauunternehmung AG haben konnte, sondern dass sie auch hätte feststellen können, dass die Bauunternehmung die in Frage stehende Überbauung im Auftrag ihres Hauptaktionärs realisierte. Das mag zutreffen. Dennoch kann daraus nicht geschlossen werden, dass die Gesellschaft ihrem Aktionär geldwerte Vorteile in Form von nicht verrechnetem Aufwand zukommen liess. Diese Tatsache ergab sich erst aus der Prüfung der Steuerakten der Gesellschaft durch die für die Veranlagung dieser Gesellschaft zuständigen Behörde. Es gibt entgegen der Ansicht der Beschwerdeführerin auch keinen allgemeinen Grundsatz des Inhalts, dass für die Veranlagung des Hauptaktionärs die Akten beider Steuerpflichtigen - der Gesellschaft und des Beteiligungsinhabers - massgebend wären, auch wenn im Einzelfall der Beizug der Steuerakten der Gesellschaft angezeigt sein kann (vgl. Reimann/Zuppinger/Schärrer, Kommentar zum Zürcher Steuergesetz, Band III, N 35 zu § 102 StG).
Wie es sich damit im Einzelnen verhält, braucht hier indessen nicht abschliessend entschieden zu werden. Es genügt die Feststellung, dass auch der Beizug der Steuerakten der Gesellschaft am Wissensstand der für die Einschätzung der Beschwerdeführerin zuständigen Behörde nichts geändert hätte: Um zu erkennen, dass nicht die Gesellschaft für die Sanierung haftete, sondern ihr Hauptaktionär, hätte die Veranlagungsbehörde nämlich bereits die Veranlagung der Gesellschaft vorbereiten und durchführen müssen. Das konnte von ihr offensichtlich nicht verlangt werden.
Wie es sich damit im Einzelnen verhält, braucht hier indessen nicht abschliessend entschieden zu werden. Es genügt die Feststellung, dass auch der Beizug der Steuerakten der Gesellschaft am Wissensstand der für die Einschätzung der Beschwerdeführerin zuständigen Behörde nichts geändert hätte: Um zu erkennen, dass nicht die Gesellschaft für die Sanierung haftete, sondern ihr Hauptaktionär, hätte die Veranlagungsbehörde nämlich bereits die Veranlagung der Gesellschaft vorbereiten und durchführen müssen. Das konnte von ihr offensichtlich nicht verlangt werden.
5. Die Beschwerde erweist sich in allen Teilen als unbegründet, weshalb sie abzuweisen ist. Die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens sind der Beschwerdeführerin aufzuerlegen; Anspruch auf Parteientschädigung besteht nicht (Art. 156 Abs. 1 und 159 Abs. 2 2. Halbsatz OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
1. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
2. Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Steuerverwaltung und der Steuerrekurskommission des Kantons Thurgau sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 31. August 2005
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: