Faits:
A. Au 31 décembre 2005, X._, domicilié dans le canton de Genève était célibataire, mais vivait en concubinage avec sa partenaire, Y._, ressortissante kenyane et leur enfant commun, Z._, né en 2003. Y._ était déjà mère de deux autres enfants d'un premier lit, A._ née en 1993 et B._ né en 1997. Les intéressés se sont mariés le 3 mai 2006.
B. Par arrêt du 30 août 2011, la Cour de justice du canton de Genève a rejeté le recours de l'intéressé contre le jugement de Tribunal administratif de première instance du 4 avril 2011 portant sur l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2005. Il a jugé qu'en droit fiscal genevois, l'intéressé ne pouvait pas bénéficier de déductions pour charges de famille en faveur de A._ et B._. Il ne pouvait pas non plus déduire les frais liés à l'entretien de Y._, c'est-à-dire les primes d'assurance-maladie, les cotisations sociales et les frais de cours (2'832 fr, 437 fr. et 80 fr.) ni les frais de garde effectifs pour Z._ de 4'032 fr.
C. Par mémoire du 3 octobre 2011, X._ demande au Tribunal fédéral sous suite de dépens, de déclarer recevable son recours et de renvoyer la dossier à l'autorité de taxation pour une décision conforme aux dispositions de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14).
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. L'Administration fiscale cantonale et l'Administration fédérale des contributions concluent au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. Le recours porte sur une décision finale (art. 90 LTF) d'une autorité judiciaire supérieure ayant statué en dernière instance cantonale, rendue dans une cause de droit public et qui ne tombe pas sous le coup d'une clause d'exception de l'article 83 LTF. Le recours en matière de droit public est par conséquent ouvert (cf. art. 82 let. a et 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF en relation avec l'art. 73 LHID). Le recourant a participé à la procédure devant l'instance précédente, est particulièrement atteint par la décision entreprise en tant que contribuable et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification. Il a ainsi qualité pour recourir (cf. art. 89 al. 1 LTF). Déposé en temps utile et dans les formes requises (cf. art. 42 al. 1 et 2 et art. 100 al. 1 LTF), le recours est en principe recevable.
2. D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Cependant, lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal est limité à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 210), dont la violation doit être motivée conformément aux exigences accrues de l'art. 106 al. 2 LTF.
3. D'après l'arrêt attaqué, le litige porte sur l'impôt cantonal et communal de la période fiscale 2005 en particulier les déductions pour charges de famille en faveur de A._ et B._, la déduction des frais liés à l'entretien de Y._, c'est-à-dire les primes d'assurance-maladie, les cotisations sociales et les frais de cours (2'832 fr, 437 fr. et 80 fr.) ainsi que celle des frais de garde effectifs pour Z._ d'un montant de 4'032 fr.
En raison de l'exigence d'épuisement des instances cantonales (art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), le présent recours ne peut porter que sur ces trois points à l'exclusion de la question des frais professionnels, que le recourant remet en cause devant le Tribunal fédéral sans exposer concrètement en quoi le silence de l'instance précédente sur cette dernière question violerait le droit fédéral ou cantonal. Les griefs liés à la question des frais professionnels sont par conséquent irrecevables et semblent au demeurant avoir fait l'objet d'un acquiescement de l'Administration fiscale cantonale devant l'instance précédente, comme elle le rappelle dans ses observations sur recours.
4. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours peut critiquer les constatations de fait à la double condition que les faits aient été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF et que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause, ce que le recourant doit rendre vraisemblable par une argumentation répondant aux exigences des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF (cf. <ref-ruling> consid. 1.2 p. 511). La notion de "manifestement inexacte" figurant à l'art. 97 al. 1 LTF correspond à celle d'arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62).
Dans son mémoire, le recourant précise qu'il doit "relever une série d'inexactitudes" (mémoire, ch. 3) et se lance dans sa propre présentation des faits. Dans la mesure où il entend critiquer l'établissement des faits, il n'y a pas lieu d'examiner ses griefs du moment que les conditions de l'art. 97 al. 1 LTF, pour s'écarter des faits retenus par l'instance précédente ne sont pas réunies. Dans la mesure où il s'en prend à leur appréciation juridique, il soulève des questions de droit, qui sont examinées ci-dessous.
5. 5.1 Contrairement à l'art. 213 al. 1 let. b de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct (LIFD, RS 642.11; cf. dans la cause du recourant en matière d'impôt fédéral direct: arrêt 2C_421/2010 du 2 novembre 2010), l'art. 9 LHID ne précise pas à l'attention des cantons de définition harmonisée de la notion de "personnes nécessiteuses à charge" que le droit cantonal devrait respecter. L'art. 9 al. 4 LHID réserve en effet les déductions pour enfants et autres déductions sociales (arrêt 2C_162/2010 du 21 juillet 2010, consid. 4.1 et les références citées; cf. aussi <ref-ruling> consid. 4.2 p. 384 s.). Le législateur cantonal conserve par conséquent une grande marge de manoeuvre dans la mise en place des déductions sociales pour personnes à charge.
5.2 De même, en matière de frais de garde, l'art. 72c LHID, qui est une disposition transitoire (en vigueur depuis le 1er janvier 2001), permet aux cantons d'accorder une déduction pour les frais de garde des enfants pendant que les parents travaillent jusqu'à l'entrée en vigueur de la réforme de l'imposition du couple et de la famille (entrée en vigueur le 1er janvier 2011 (RO 2010 455, 458). Le législateur cantonal conserve par conséquent toute liberté, sous réserve des cautèles constitutionnelles, dans la mise en place des déductions pour les frais de garde (ULRICH CAVELTI, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 2e éd., Zweifel/Athanas Ed., Bâle 2002, n° 2 ad art. 72c LHID).
5.3 Les dispositions que le législateur cantonal adopte sur ces questions relèvent ainsi du droit cantonal autonome dont le Tribunal fédéral ne peut examiner l'interprétation et l'application que sous l'angle de l'arbitraire (cf. consid. 2 ci-dessus). Comme le recourant ne démontre pas concrètement conformément aux exigences accrues de motivation en quoi l'instance précédente aurait appliqué le droit cantonal de manière arbitraire sur ces questions, ses griefs sont irrecevables.
6. 6.1 D'après l'art. 3 al. 3 LHID, le revenu et la fortune des époux qui vivent en ménage commun s'additionnent, quel que soit le régime matrimonial. L'impôt des personnes mariées vivant en ménage commun doit être réduit de manière appropriée par rapport à celui des personnes seules. Cette même déduction est valable pour les contribuables, notamment, célibataires qui font ménage commun avec des enfants ou des personnes nécessiteuses et dont ils assurent pour l'essentiel l'entretien (art. 11 al. 1 LHID, dans sa version en vigueur pour la période fiscale 2005 et jusqu'au 31 décembre 2010 [cf. RO 2010 455]). L'instance précédente a à cet égard correctement exposé le droit applicable. Il peut être renvoyé aux considérants de l'arrêt attaqué sur ce point (art. 109 al. 3 LTF).
6.2 En l'espèce, le contribuable ne s'est marié qu'en 2006 et a été mis pour la période fiscale 2005 au bénéfice du barème B "couple marié ménage indépendant" afin de tenir compte de l'entretien de son fils Z._ dont il assurait l'entretien. C'est par conséquent à bon droit que l'instance précédente a refusé d'accorder au recourant les déductions qu'il faisait valoir (dans son chapitre fiscal) en relation avec la formation de sa partenaire, imposable séparément. Les griefs du recourant doivent être rejetés.
7. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Succombant, le recourant doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué au recourant, à l'Administration fiscale cantonale genevoise, à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, 1ère section, et à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 20 mars 2012
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
Le Greffier: Dubey