Fatti:
A. Il 23 novembre 2004 il Municipio di X._ ha rilasciato una licenza edilizia per un esercizio pubblico (11 camere da affittare) denominato C._: nell'immobile si trova pure un locale notturno e un bar. L'edificio è ubicato nella zona residenziale semiestensiva, nella quale è permessa la costruzione di abitazioni, alberghi e ristoranti, stabili commerciali amministrativi e artigianali con un'attività non molesta: è per contro vietata qualsiasi forma di immissione molesta. Il 28 aprile 2008, alla D._SA, proprietaria dell'immobile, è stata rilasciata la patente per l'esercizio pubblico costituito dalle camere in questione. Quale gestore figura la B._SA, mentre la gerenza è stata assunta da A._.
B. Il 27 maggio 2008 il Comando della polizia cantonale ha trasmesso al Municipio di X._ una copia del rapporto di esecuzione dei controlli, effettuati il 7 febbraio 2006 e il 3 marzo 2008 nei citati esercizi pubblici dal distaccamento speciale della Polizia cantonale preposto alla prevenzione della tratta e dello sfruttamento degli esseri umani. Dal rapporto risulta che nei primi due mesi del 2008 le camere sono state locate unicamente a giovani donne straniere sole, due delle quali erano state condannate per l'esercizio illecito della prostituzione. Richiamando questo rapporto, il 18 giugno 2008 il Municipio, ritenuta la presenza di un cambiamento di destinazione non autorizzato e non autorizzabile a posteriori, ha ordinato alla D._SA, rispettivamente alla B._SA e a A._ di sospendere immediatamente l'esercizio della prostituzione nelle camere da locare e di ripristinare l'uso autorizzato con la citata licenza del 2004. Il Municipio ha rilevato un evidente contrasto tra la destinazione abitativa autorizzata e quella instaurata abusivamente, ritenuta inconciliabile con la funzione essenzialmente residenziale della zona, poiché fonte di immissioni moleste. La decisione è stata dichiarata immediatamente esecutiva: a un eventuale ricorso è stato tolto preventivamente l'effetto sospensivo.
C. I due gerenti sono insorti al Consiglio di Stato del Cantone Ticino postulando, in via provvisionale, di conferire l'effetto sospensivo al gravame. Con decisione del 23 luglio 2008 il Presidente del Governo cantonale ha respinto la domanda provvisionale, ritenendo che l'interesse pubblico all'immediata esecutività del contestato provvedimento prevalesse sui loro. Adito dagli insorgenti, con giudizio del 22 agosto 2008, il Tribunale cantonale amministrativo ne ha respinto il ricorso.
D. Avverso questa sentenza A._ e la B._SA presentano, il 24 settembre 2008, un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiedono di annullarla e di rinviare la causa alla Corte cantonale per nuovo giudizio.
Non sono state chieste osservazioni al ricorso.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Il ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi dell'<ref-law>, tempestivo (<ref-law>) e diretto contro una decisione resa da un'autorità cantonale di ultima istanza (art. 86 cpv. 1 lett. d LTF) è, sotto questi aspetti, ammissibile.
1.3 I ricorrenti, tenuti a dimostrare la loro legittimazione (art. 42 cpv. 1 e 2 LTF; <ref-ruling> consid. 1), non si esprimono al riguardo. Certo, essi hanno partecipato al procedimento dinanzi all'autorità inferiore e la decisione municipale è rivolta anche nei loro confronti, per cui - di massima - si potrebbe ritenere ch'essi siano particolarmente toccati dalla decisione impugnata e abbiano un interesse degno di protezione al suo annullamento (art. 89 cpv. 1 lett. a-c LTF). Nella fattispecie, come si vedrà, è tuttavia dubbio se essi abbiano nondimeno un vantaggio pratico all'annullamento o alla modifica della decisione impugnata (<ref-ruling> consid. 2.2). Visto l'esito del gravame e ricordato che di massima sono legittimate a impugnare la decisione incidentale tutte le persone che hanno presentato un ricorso al quale è stato revocato l'effetto sospensivo, indipendentemente dalla loro legittimazione nel merito (<ref-ruling> consid. 1.3), la questione non dev'essere esaminata oltre.
2. 2.1 La decisione con la quale l'autorità accorda o nega l'effetto sospensivo a un ricorso diretto contro il rilascio di una licenza edilizia è una decisione incidentale, come a ragione rilevato dai ricorrenti (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 87). Eccettuati i casi disciplinati dall'<ref-law>, il ricorso contro siffatte decisioni, notificate separatamente, è ammissibile unicamente se possono causare un pregiudizio irreparabile o se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale consentendo di evitare una procedura probatoria defatigante o dispendiosa (art. 93 cpv. 1 lett. a e b LTF). L'adempimento di quest'ultima condizione non è addotto dai ricorrenti né esso è ravvisabile in concreto.
2.2 Si è per esempio in presenza di un pregiudizio irreparabile quando nell'ambito dell'esame di un ordine di demolizione nella valutazione dei contrapposti interessi appare che tale provvedimento potrebbe rivelarsi sproporzionato: in tal caso, il rifiuto di concedere l'effetto sospensivo è suscettibile di causare un danno irreparabile (<ref-ruling> consid. 2b; cfr. anche <ref-ruling> consid. 2b pag. 264; <ref-ruling> consid. 1 e 3, pregiudizio irreparabile negato nel caso di una baracca provvisoria costruita durante la procedura e che poteva essere eliminata senza costi eccessivi in caso di accoglimento del ricorso).
2.3 Circa il pregiudizio irreparabile, i ricorrenti richiamano la giurisprudenza relativa all'<ref-law> applicabile nell'ambito del ricorso in materia civile, dove il Tribunale federale ha considerato che il pregiudizio irreparabile ai sensi dell'<ref-law> dev'essere di carattere giuridico, come sotto l'egida dell'art. 87 cpv. 2 OG, dove un pregiudizio di mero fatto non era considerato irreparabile (<ref-ruling> consid. 2.3.1; sentenza 4A_137/2008 dell'11 aprile 2008 consid. 2.1). Anche nel quadro del ricorso in materia penale il pregiudizio irreparabile dev'essere di natura giuridica (<ref-ruling> consid. 4, concernente la mancata concessione dell'effetto sospensivo).
2.4 Certo, l'<ref-law> riprende la regola dell'art. 87 cpv. 2 OG applicabile in materia di ricorso di diritto pubblico (Messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale del 28 febbraio 2001, FF 2001 pag. 3890). Secondo la giurisprudenza relativa all'art. 87 cpv. 2 OG, un pregiudizio era irreparabile quando era suscettibile di provocare un danno di natura giuridica che una decisione favorevole nel merito non avrebbe permesso di eliminare completamente, segnatamente con il giudizio finale (<ref-ruling> consid. 1 pag. 59). Per contro, nell'ambito del ricorso di diritto amministrativo, l'impugnazione di una decisione incidentale o pregiudiziale non richiedeva l'esistenza di un danno di natura giuridica (art. 45 vPA in relazione con gli art. 97 OG e 5 PA; cfr. <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 153; <ref-ruling> consid. 1c pag. 100 e rinvii).
2.5 Ciò premesso, taluni autori sostengono che in materia amministrativa un pregiudizio di fatto sarebbe sufficiente (in questo senso: Felix Uhlmann in: Basler Kommentar - Bundesgerichtsgesetz, Basilea 2008, n. 4 all'art. 93; Heinz Aemisegger, Der Beschwerdegang in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, in Bernhard Ehrenzeller/Rainer J. Schweizer (ed.), Die Reorganisation der Bundesrechtspflege - Neuerungen und Auswirkungen in der Praxis, San Gallo 2006, pag. 126; cfr. <ref-ruling> consid. 5.2 pag. 483).
La questione non deve essere ulteriormente approfondita, poiché in concreto i ricorrenti non subiscono, come si vedrà, né un danno di natura giuridica né fattuale.
3. 3.1 La Corte cantonale ha ricordato che secondo l'art. 21 cpv. 4 della legge ticinese di procedura per le cause amministrative, del 19 aprile 1966 (LPamm), le decisioni provvisionali sono immediatamente esecutive: in tale, ambito, la prevalenza dell'interesse pubblico a una loro immediata esecutività sul contrapposto interesse di chi ne è gravato è infatti presunta per legge. L'interessato può nondimeno chiedere al presidente dell'autorità di ricorso di concedere l'effetto sospensivo, ma ciò, hanno rilevato i giudici cantonali, entra in considerazione soltanto in casi eccezionali, perché tale misura equivale in sostanza all'accoglimento nel merito dell'impugnativa. Essi hanno poi stabilito che in materia edilizia l'ordine di cessare immediatamente l'utilizzazione non autorizzata di un edificio può essere paragonato all'ordine di sospendere i lavori eseguiti senza o in contrasto con la licenza edilizia ai sensi dell'art. 42 della legge edilizia cantonale del 13 marzo 1991 (LE); l'ordine di adeguare l'uso di un'opera edilizia alla destinazione prevista dalla licenza accordata è riconducibile semmai, sempre secondo i giudici cantonali, a un provvedimento di ripristino retto dall'art. 43 LE, che esige anch'esso di ristabilire l'uso autorizzato.
3.2 Il Tribunale amministrativo ha ritenuto che l'ordine di sospendere l'esercizio della prostituzione nelle camere da locare costituisce una misura, fondata sull'ordinamento edilizio, volta a imporre la cessazione di un'utilizzazione dell'immobile non conforme alla destinazione autorizzata. Ha inoltre stabilito che il provvedimento cautelare è immediatamente esecutivo giusta l'art. 21 cpv. 4 LPamm, per cui la criticata decisione municipale di togliere l'effetto sospensivo ha valore meramente declaratorio. Esso ha poi ritenuto corretta la decisione del Presidente del Consiglio di Stato, poiché l'interesse pubblico a impedire che nelle more del procedimento di ricorso le camere vengano utilizzate abusivamente ai fini dell'esercizio della prostituzione prevale sull'interesse dei ricorrenti.
3.3 Le decisioni sull'effetto sospensivo costituiscono decisioni in materia di misure cautelari. I ricorrenti possono far valere pertanto solo la violazione di diritti costituzionali (<ref-law>). Essi devono quindi, conformemente alla previgente prassi relativa al ricorso di diritto pubblico (art. 90 cpv. 1 lett. b OG) dimostrare in maniera chiara e dettagliata in che modo siffatti diritti sarebbero stati lesi (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 3.2; <ref-ruling> consid. 1.5; <ref-ruling> consid. 6). L'atto ricorsuale non adempie chiaramente tali presupposti.
3.4 I ricorrenti insistono infatti soltanto sulla circostanza d'aver sempre contestato che presso l'esercizio pubblico in questione si esercitasse la prostituzione: al loro dire, una siffatta attività non risulterebbe dagli elementi probatori agli atti. Essi sostengono nondimeno che la mancata concessione dell'effetto sospensivo al ricorso potrebbe comportare il rischio di sospendere l'attività dell'esercizio pubblico, potendo causare loro un pregiudizio "non indifferente".
3.5 Ora mal si comprende, e i ricorrenti non tentano di spiegarlo, quale pregiudizio attuale e concreto subirebbero. Essi aggiungono semplicemente che intenderebbero evitare che il Tribunale federale neghi l'effetto sospensivo "per poi riscontrare, in un secondo tempo, ad attività ormai sospesa, che nell'esercizio pubblico non veniva esercitata la prostituzione". Affermano, che negando l'effetto sospensivo si sospenderebbe un'attività di esercente, la quale in un secondo tempo si rivelerebbe conforme alla destinazione della zona. Invocano inoltre la libertà economica. Al riguardo essi disattendono che, come a ragione stabilito dal Tribunale amministrativo, l'immediata esecutività del criticato ordine di ripristinare l'uso autorizzato dell'esercizio pubblico non arreca loro alcun pregiudizio: in effetti, per darvi seguito, essi non devono adottare alcun altro provvedimento all'infuori di quelli necessari per impedire che le camere vengano utilizzate come postribolo, misure alle quali essi sono già tenuti quali gestori (sulla ponderazione degli interessi nell'esame del mantenimento o della revoca dell'effetto sospensivo a un ricorso cfr. <ref-ruling> consid. 3).
3.6 I ricorrenti non contestano quest'argomentazione, posta - rettamente - a fondamento del giudizio impugnato. Ora, quando la decisione impugnata, come in concreto, si fonda su diverse motivazioni indipendenti e di per sé sufficienti per definire l'esito della causa, il ricorrente è tenuto, pena l'inammissibilità, a dimostrare che ognuna di esse viola il diritto (<ref-ruling>).
D'altra parte, il mancato conferimento dell'effetto sospensivo al ricorso contro il criticato ordine municipale non impedisce per nulla ai ricorrenti di utilizzare l'esercizio pubblico in questione conformemente alla licenza edilizia (uso quale affittacamere), per cui non si comprende, né essi lo spiegano, perché si esporrebbero al rischio di chiudere completamente la loro attività. Nelle descritte circostanze non è d'altra parte ravvisabile, come rettamente ritenuto dalla Corte cantonale, alcuna lesione della loro libertà economica (<ref-law>), ritenuto ch'essi possono continuare a sfruttare l'esercizio pubblico conformemente a quanto stabilito nella licenza edilizia, un'altra utilizzazione dovendo essere semmai autorizzata.
4. 4.1 Ne segue che, in assenza di un pregiudizio irreparabile, il ricorso non può essere esaminato nel merito. In tale circostanze la censura secondo cui i ricorrenti non hanno potuto accedere alla documentazione prodotta e replicare alle osservazioni del Comune, nelle quali esso si esprimeva anche sull'effetto sospensivo, non possono essere esaminate. Giova nondimeno rilevare che i ricorrenti, nell'ambito della causa di merito tutt'ora pendente, sulla base delle garanzie di un processo equo derivanti dall'<ref-law> e 6 n. 1 CEDU (diritto di essere sentito e di replica) hanno chiaramente la facoltà di prendere conoscenza di ogni presa di posizione inoltrata al Tribunale cantonale amministrativo e di potersi esprimere al proposito, indipendentemente dalla circostanza che contenga o no argomenti di fatto o di diritto nuovi o che si presti concretamente a influire sul giudizio (<ref-ruling> consid. 4.3, 98 consid. 2.2 e 2.3). Il diritto di replica fondato sull'<ref-law> vale per tutte le procedure giudiziarie, comprese quelle che non rientrano nel campo di applicazione dell'art. 6 n. 2 CEDU (<ref-ruling> consid. 4.6). Infine, le censure di merito rivolte contro la contestata risoluzione municipale esulano d'altra parte dall'oggetto del litigio, non essendo ancora state oggetto di giudizio nella sede cantonale.
4.2 Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti, al Consiglio di Stato e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.