Fatti:
A. Il 30 maggio 2006 l'Ufficio di esecuzioni di X._ ha notificato a A._, avvocato a Z._, un precetto esecutivo con il quale B._ gli chiedeva il pagamento di fr. 2'765'000.--. Secondo le indicazioni del creditore fr. 2'750'000.-- costituivano il risarcimento dei danni materiali e morali consecutivi d'un canto a un'irruzione avvenuta nell'ottobre 2002 nella casa ch'egli occupava a Y._, di proprietà del debitore, dall'altro all'inesecuzione del mandato di amministrazione patrimoniale ch'egli aveva affidato all'avvocato; i rimanenti fr. 15'000.-- consistevano di tasse di giustizia e ripetibili stabilite in diverse sentenze.
A._ ha dichiarato opposizione al precetto esecutivo e con petizione del 16 febbraio 2007 proposta davanti al foro del convenuto B._ - la Pretura di Lugano - ha chiesto di accertare ch'egli non fosse debitore del predetto importo e che l'esecuzione fosse di conseguenza dichiarata nulla e cancellata e non fosse comunicata a terzi. B._ si è opposto all'azione e in via riconvenzionale ha chiesto la condanna di A._ al pagamento di fr. 5'852'387.20 nonché il rigetto definito dell'opposizione. Tale somma si suddivideva nel risarcimento di fr. 552'387.20 per danni consecutivi all'irruzione dell'ottobre 2002 e di fr. 5'300'000.-- per danni subiti nell'ambito del mandato di gestione patrimoniale.
A._ ha eccepito l'incompetenza territoriale e la prescrizione dell'azione riconvenzionale di B._. La procedura è stata limitata a queste eccezioni.
B. Con sentenza del 30 luglio 2009 il Pretore ha respinto l'eccezione d'incompetenza e parzialmente quella di prescrizione, ossia limitatamente alle pretese derivanti dai fatti dell'ottobre 2002; ha invece dichiarato prescritta e respinto la riconvenzione nella misura in cui riguardava le pretese contrattuali.
Entrambe le parti hanno impugnato il giudizio: B._ ha chiesto che l'eccezione di prescrizione fosse respinta interamente mentre A._ ha ribadito sia l'incompetenza territoriale, sia la prescrizione completa delle pretese riconvenzionali.
La seconda Camera civile del Tribunale di appello ticinese si è pronunciata con sentenza del 18 giugno 2010. Essa ha accolto l'appello di B._, respingendo quindi l'eccezione di prescrizione per riguardo alle pretese contrattuali di B._, e ha "evaso ai sensi dei considerandi" quello di A._, confermando cioè l'infondatezza dell'eccezione d'incompetenza territoriale e annullando il dispositivo con il quale il Pretore aveva respinto l'eccezione di prescrizione delle pretese di risarcimento per i fatti dell'ottobre 2002; per quest'ultimo aspetto gli atti sono stati ritornati al Pretore "per la continuazione della procedura".
C. A._ insorge davanti al Tribunale federale con ricorso in materia civile del 20 agosto 2010: chiede l'accoglimento sia dell'eccezione di prescrizione delle pretese contrattuali, a conferma del giudizio del Pretore, sia dell'eccezione d'incompetenza territoriale. Il dispositivo con il quale la Corte d'appello ha ritornato gli atti al Pretore in merito all'eccezione di prescrizione delle pretese per i fatti dell'ottobre 2002 non è impugnato.
B._, con risposta 21 settembre 2010, propone che il ricorso sia respinto nella misura in cui fosse ammissibile. L'autorità cantonale non ha preso posizione.
Al ricorso è stato conferito effetto sospensivo con decreto del 14 settembre 2010.

Diritto:
1. Il Tribunale federale si pronuncia d'ufficio e con pieno potere di esame sulla propria competenza e sull'ammissibilità del gravame (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1 pag. 216 con rinvii).
1.1 Il ricorso, presentato dalla parte parzialmente soccombente nella sede cantonale (<ref-law>), è tempestivo (<ref-law>) ed è volto contro una sentenza emanata dall'autorità giudiziaria ticinese di ultima istanza (<ref-law>) in una causa civile di carattere pecuniario con valore litigioso superiore a fr. 30'000.-- (<ref-law>). Sotto questo profilo è pertanto ammissibile.
1.2 La sentenza impugnata è una decisione incidentale. In forza dell'<ref-law> essa può essere impugnata direttamente nella misura in cui riguarda la competenza territoriale del giudice ticinese. L'eccezione di prescrizione può invece essere esaminata subito soltanto alle condizioni poste dall'<ref-law>. Il ricorrente invoca la lett. b di questa norma, la quale ammette l'impugnazione se l'accoglimento del ricorso comporterebbe immediatamente una decisione finale e consentirebbe di evitare così una procedura probatoria defatigante o dispendiosa. Egli precisa che, qualora l'eccezione di prescrizione fosse confermata, si eviterebbe "una lunga, infinita e dispendiosa istruttoria sulla fantasiosa pretesa riconvenzionale di B._" il quale, nelle numerose altre cause pendenti e richiamate, avrebbe "chiesto l'assunzione di una valanga di prove".
L'opponente contesta l'adempimento di questi requisiti, asserendo che il ricorrente non dimostra la durata della procedura né le spese che si dovrebbero affrontare se il processo continuasse.
1.2.1 La prima condizione posta dall'<ref-law> è adempiuta: se l'eccezione di prescrizione fosse fondata, il Tribunale federale potrebbe respingere subito e definitivamente la pretesa oggetto di ricorso. Si tratterebbe invero soltanto di una decisione di merito parziale, poiché limitata all'azione contrattuale riconvenzionale, mentre l'azione di risarcimento per i fatti dell'ottobre 2002, per la quale la causa è stata ritornata al Pretore, rimarrebbe pendente. Tale circostanza non nuoce tuttavia all'applicazione dell'<ref-law> (<ref-law>; cfr. BERNARD CORBOZ, in: Commentaire de la LTF, 2009, n. 26 ad art. 93 e rif.).
1.2.2 La seconda condizione attiene all'economia processuale. La giurisprudenza vuole che sia la parte che se ne prevale a dovere allegare e dimostrare che, se la causa continuasse, l'istruttoria sarebbe defatigante o dispendiosa; essa deve in particolare indicare in modo dettagliato sia i fatti litigiosi, sia le prove che si renderebbero necessarie per chiarirli, sia le ragioni per le quali l'assunzione sarebbe lunga e costosa, a meno che tali circostanze non siano manifeste (<ref-ruling> consid. 1.3.2 pag. 430, 133 III 629 consid. 2.4.2 pag. 633 e rif.).
Su tutti questi aspetti l'atto di ricorso è scarno: il ricorrente si limita ad affermare che l'opponente, in altre procedure, ha chiesto "l'assunzione di una valanga di prove" ed elenca quelle concernenti una di esse, ma non dice nulla di questo processo. È vero che, essendo l'udienza preliminare e l'istruttoria state limitate alle eccezioni d'incompetenza e di prescrizione, le parti non hanno ancora potuto formulare in modo preciso le rispettive richieste di prove. Il ricorrente avrebbe però potuto spiegare quali sono le questioni di fatto litigiose e indicare perlomeno le prove delle quali lui chiederebbe l'assunzione se il processo continuasse.
Tenuto conto che, come osserva con ragione l'opponente, il ricorso immediato al Tribunale federale contro una decisione incidentale per motivi di economia processuale secondo l'<ref-law> ha carattere eccezionale e va ammesso in modo restrittivo (<ref-ruling> consid. 1.3.2 pag. 430) si deve costatare che nel caso in esame i presupposti non sono dati, poiché il ricorrente non ha fatto fronte all'onere di motivare che gli incombe e che, nello stadio attuale della procedura, non è possibile dare per scontati gli asseriti oneri straordinari della futura istruttoria.
1.2.3 Sul tema della prescrizione il ricorso è perciò inammissibile. Al ricorrente rimarrà nondimeno la possibilità di fare valere contro la decisione finale i propri argomenti a questo proposito (<ref-law>).
2. Davanti alle istanze cantonali il ricorrente ha motivato l'eccezione di incompetenza territoriale con l'assenza di connessione tra la sua azione di accertamento negativo e l'azione riconvenzionale proposta dal convenuto. La Corte cantonale ha respinto l'eccezione per applicazione dell'art. 6 cpv. 1 della legge sul foro del 24 marzo 2000 (LForo; RS 272). Ha osservato che questa norma esige una connessione materiale delle azioni, al pari degli <ref-law> e 6 n. 3 CL, allo scopo di evitare giudizi contraddittori e di favorire la liquidazione rapida ed efficace di vertenze correlate. Richiamando abbondantemente dottrina e prassi i giudici ticinesi hanno ricordato che, per essere proposte davanti al medesimo giudice, le due azioni non devono necessariamente essere dello stesso tipo o avere la stessa natura, ma devono fondarsi "sulla medesima causa fattuale o giuridica, cioè sulla stessa fattispecie o sullo stesso contratto". Nel caso in esame, hanno concluso, "non occorrono molte parole per affermare che le questioni oggetto delle due cause, pur non essendo del tutto identiche, si fondano sul medesimo complesso di fatti ai sensi dell'art. 6 cpv. 1 LForo".
Anche il ricorrente riprende passaggi di giurisprudenza e commentatori, dopo di che spiega che nel suo caso azione principale e riconvenzione "non poggiano sulla stessa fattispecie giuridica" e "non si riferiscono nemmeno alla stessa fattispecie materiale": l'azione principale ha per oggetto l'inesistenza del credito posto in esecuzione dal convenuto per un risarcimento dipendente, tra l'altro, dall'inesecuzione del mandato di amministrazione patrimoniale, mentre con l'azione riconvenzionale egli "sembra fare riferimento ad un deposito", senza peraltro sostanziare la propria pretesa. Il ricorrente ne conclude che potrebbe esservi connessione tutt'al più per la pretesa dipendente dai fatti dell'ottobre 2002, ma non per le altre, perlomeno non "per l'importo della riconvenzionale che supera quello posto in esecuzione di fr. 2'765'000.--". Il ricorrente ritiene infine che la sentenza del Tribunale d'appello sia "paradossale ed arbitraria" perché avallerebbe la grande disparità esistente tra la facilità con la quale la controparte ha potuto promuovere un'esecuzione e una riconvenzione milionarie senza nemmeno dovere sostanziare le proprie pretese e i mezzi di difesa a sua disposizione, che lo hanno costretto ad agire al foro del convenuto.
3. L'art. 6 cpv. 1 LForo stabilisce che la domanda riconvenzionale può essere proposta davanti al giudice della domanda principale se le due azioni sono materialmente connesse. Sul significato di questa nozione non v'è contestazione, giacché il ricorrente ripete in altra forma le considerazioni dell'autorità cantonale. Basta pertanto riassumere che la connessione materiale presuppone che le azioni principale e riconvenzionale abbiano il medesimo fondamento fattuale o giuridico, ciò che significa, in particolare, ch'esse debbono fondarsi sui medesimi fatti o sul medesimo contratto (<ref-ruling> consid. 3.1 pag. 232 e, per l'art. 6 n. 3 CL, <ref-ruling> consid. 5).
3.1 La sentenza cantonale accerta che, secondo le indicazioni del creditore riportate sul precetto esecutivo, la somma di fr. 2'750'000.-- vale risarcimento "a seguito della violazione di domicilio (e) della razzia compiuta dal detentore (l') 8/9 ottobre 2002 a Y._ e dell'inesecuzione del mandato di amministrazione patrimoniale"; con l'azione principale il ricorrente ha quindi chiesto l'accertamento dell'inesistenza di queste pretese. La sentenza accerta altresì che "con la domanda riconvenzionale il convenuto mira alla condanna dell'attore al pagamento di fr. 5'852'387'20, somma corrispondente ai danni cagionatigli nell'ambito del mandato di gestione patrimoniale da lui svolto e a seguito dei fatti accaduti l'8/9 ottobre 2002 a Y._".
È pertanto indiscutibile che le due azioni poggiano in parte sui medesimi fatti, ovvero nella misura in cui hanno per oggetto il risarcimento dei danni in relazione con gli accadimenti dell'ottobre 2002, e in parte sul medesimo contratto, laddove la causa del risarcimento è il mandato di amministrazione patrimoniale.
3.2 Per giustificare quella che definisce "fattispecie giuridica" diversa il ricorrente asserisce che con l'azione riconvenzionale il convenuto "sembra fare riferimento ad un rapporto di deposito", non a un mandato di amministrazione patrimoniale. Dimentica tuttavia che gli accertamenti di fatto del giudizio impugnato sono vincolanti, anche quelli riguardanti i fatti procedurali (sentenze 4A_210/2009 del 7 aprile 2010 consid. 2; 4A_272/2008 del 25 novembre 2008 consid. 5.1) e che per rimetterli in discussione davanti al Tribunale federale occorre quindi una motivazione qualificata (art. 105 cpv. 1 e 2 LTF; <ref-ruling> consid. 6.2 pag. 288). Una contestazione generica come quella proposta dal ricorrente, espressa persino nella forma dubitativa, non è ammissibile.
Anche l'argomento dell'insufficienza delle allegazioni e dei documenti concernenti il rapporto contrattuale - che curiosamente il ricorrente sviluppa nei passaggi ove vorrebbe spiegare la diversità della "fattispecie materiale" - è infondato (o prematuro) perché attiene al fondamento materiale dell'azione: l'ammissione della competenza in forza dell'art. 6 cpv. 1 LForo non è di pregiudizio alcuno per l'esame di merito che il giudice dovrà effettuare nel corso del processo che seguirà e nell'ambito del quale dovrà anche stabilire se il convenuto ha adempiuto il proprio onere di allegazione (per la prassi concernente l'esame di fatti di rilievo sia per la questione pregiudiziale della competenza, sia per il merito - la cosiddetta doppia rilevanza - si veda <ref-ruling>, in part. consid. 6.2.1 a pag. 34 con i riferimenti).
3.3 Ammettendo la connessione materiale di azione principale e riconvenzionale la Corte d'appello ticinese ha pertanto applicato correttamente l'art. 6 cpv. 1 LForo. E se è data la competenza territoriale nel senso di questa norma, non rimane spazio per correttivi di tipo equitativo, siano essi riferiti alla facilità con la quale la legislazione vigente permette a chi si pretende creditore di promuovere un'esecuzione contro l'asserito debitore, oppure al rispetto del foro naturale ordinario istituito dall'art. 3 LForo.
4. In conclusione il ricorso si avvera infondato, nella misura in cui è ammissibile.
Gli oneri processuali vanno caricati al ricorrente in conformità con gli art. 66 cpv. 1 e 68 cpv. 1 LTF.

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso in materia civile, nella misura in cui è ammissibile, è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 25'000.-- sono poste a carico del ricorrente, il quale rifonderà all'opponente fr. 30'000.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.