Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. 1.1 Il 25 gennaio 2011 l'Istanza arbitrale della Conferenza universitaria svizzera ha respinto il ricorso sottopostole il 24 novembre 2008 dalla A._SA, istituzione universitaria privata, e confermato la decisione con cui il 22 ottobre 2008 la Conferenza universitaria svizzera (CUS) aveva rifiutato a quest'ultima l'accreditamento di alcuni suoi cicli di studio.
1.2 Seguendo l'indicazione delle vie di diritto figurante nella decisione del 25 gennaio 2011 la A._SA ha presentato il 9 marzo 2011 dinanzi al Tribunale federale un ricorso in materia di diritto pubblico nel quale, oltre a contestare il merito della stessa, espone i suoi dubbi sull'autorità ricorsuale da adire.
Il Tribunale federale non ha ordinato uno scambio di allegati scritti.
2. 2.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con piena cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei gravami che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1 pag. 43; <ref-ruling> consid. 1 pag. 24; <ref-ruling> consid. 1.1 pag. 3; <ref-ruling> consid. 1 pag. 37 con rispettivi rinvii).
2.2 La decisione litigiosa è stata emanata nell'ambito di una vertenza relativa all'accreditamento di cicli di studio, quesito disciplinato dalla legislazione federale determinante in materia (cfr. art. 5 e 6 della legge federale sull'aiuto alle università e la cooperazione nel settore universitario [RS 414.20], Direttive per l'accreditamento del 28 giugno 2007 [RS 414.205.3] nonché art. 4 e 5 del Concordato intercantonale sulla coordinazione universitaria del 9 dicembre 1999). Essa è stata pronunciata in una causa di diritto pubblico ai sensi dell'<ref-law>, che non ricade sotto alcuna delle eccezioni previste dall'<ref-law>. Affinché il ricorso in materia di diritto pubblico sia ammissibile occorre tuttavia che il giudizio querelato sia stato pronunciato da una delle autorità elencate all'<ref-law>. Ora l'Istanza arbitrale della Conferenza universitaria svizzera non può all'evidenza essere annoverata tra una delle autorità di cui all'art. 86 cpv. 1 lett. a a c LTF. Essa non può nemmeno essere trattata alla stregua di un'autorità cantonale di ultima istanza ai sensi dell'art. 86 cpv. 1 lett. d e cpv. 2 LTF dato che non è instaurata dal diritto cantonale, ma poggia sul diritto federale.
È vero che l'art. 9 cifra 5 della Convenzione tra la Confederazione e i Cantoni universitari sulla cooperazione nel settore universitario del 14 dicembre 2000 (di seguito: Convenzione) prevede che "le decisioni dell'istanza d'arbitrato possono essere impugnate con ricorso di diritto amministrativo presso il Tribunale federale, conformemente all'art. 98 lett. e della legge federale del 16 dicembre 1943 sull'organizzazione giudiziaria". Sennonché quest'ultima legge è stata abrogata in seguito alla revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale; la sussistenza della cifra 5 è quindi molto verosimilmente dovuta ad un disguido, cioè al mancato adattamento della Convenzione al nuovo ordinamento. Rammentato poi che tra gli obiettivi perseguiti con la menzionata revisione vi era la creazione di un'istanza giudiziaria inferiore al Tribunale federale - il Tribunale amministrativo federale - al fine di concretizzare, tra l'altro, la garanzia della via giudiziaria senza aumentare il lavoro di questa Corte (cfr. Messaggio concernente la revisione totale dell'organizzazione giudiziaria federale del 28 febbraio 2001 in FF 2001 3764 segnatamente 3789) nonché osservato che il tenore dell'art. 98 lett. e vOG (il ricorso di diritto amministrativo è ammissibile [al Tribunale federale] contro le decisioni delle commissioni federali di ricorso o di arbitrato, compresi i tribunali arbitrali istituiti in virtù di contratti di diritto pubblico) e simile a quello dell'attuale art. 33 lett. g LTAF (il ricorso [al Tribunale amministrativo federale] è ammissibile contro le decisioni dei tribunali arbitrali costituiti in virtù di contratti di diritto pubblico sottoscritti dalla Confederazione [...]) ne discende che prima di adire il Tribunale federale la ricorrente deve rivolgersi al Tribunale amministrativo federale. La presente impugnativa è quindi inammissibile quale ricorso in materia di diritto pubblico, non essendo rivolta contro una decisione pronunciata da una delle autorità di cui all'<ref-law>.
2.3 La vertenza, la quale va evasa secondo la procedura semplificata di cui all'<ref-law>, va trasmessa al Tribunale amministrativo federale per motivi di competenza (<ref-law>).
In esito a quanto precede si rinuncia a prelevare spese giudiziarie (art. 66 cpv. 1 in fine LTF).

Per questi motivi, il Presidente pronuncia:
1. Il ricorso in materia di diritto pubblico è inammissibile e la causa viene trasmessa al Tribunale amministrativo federale per motivi di competenza.
2. Non si prelevano spese giudiziarie.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, alla Conferenza universitaria svizzera, all'Istanza arbitrale della Conferenza universitaria svizzera e al Tribunale amministrativo federale (con gli atti di causa).