Mietvertrag; Verrechnung, hat sich ergeben:
A.- Mit Vertrag vom 3. September 1993 vermietete die X._ AG (heute X._ AG in Liquidation; Klägerin) der Einzelfirma A._ Autokurier Service (Beklagter) Büro- und Lagerräume sowie Parkplätze. Im Verlauf des Jahres 1994 mietete der Beklagte weitere Parkplätze und Lagerräume dazu. Am 29. Juli 1997 fiel die Vermieterin in Konkurs. Am 25. Februar 1998 kündigte der Beklagte die Mietverträge auf den 30. Juni 1998 bzw. auf den 30. September 1998.
B.- Am 23. Dezember 1998 reichte die Klägerin beim Bezirksgericht Baden Klage ein und verlangte vom Beklagten Fr. 23'230. 10 nebst Zins für ausstehende Mietzinse im 2. und
3. Quartal 1998. Das Bezirksgericht hiess die Klage im Umfang von Fr. 8'230. 10 nebst Zins gut. Es erkannte, der Beklagte könne Fr. 15'000.-- zur Verrechnung bringen. Diesen Betrag hatte er der Vermieterin als Mietzinsdepot zukommen lassen, welche in Verletzung von <ref-law> das entgegengenommene Geld nicht auf ein auf den Beklagten lautendes Konto einzahlte.
C.- Auf Berufung der Klägerin hiess das Obergericht des Kantons Aargau die Klage gut und beseitigte in diesem Umfang den in der hängigen Betreibung erhobenen Rechtsvorschlag.
Gegen diesen Entscheid führt der Beklagte eidgenössische Berufung und verlangt, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und das Urteil des Bezirksgerichts zu bestätigen. Die Klägerin schliesst im Wesentlichen auf Bestätigung des angefochtenen Urteils.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.-Vor Bundesgericht ist nicht mehr streitig, dass es sich bei der Leistung von Fr. 15'000.-- vom April 1994 um eine Mietzinskaution handelt, die nicht entsprechend den Vorschriften von <ref-law> hinterlegt wurde. Das Obergericht ging davon aus, der Beklagte sei vor Konkurseröffnung gestützt auf <ref-law> in diesem Betrag zur Verrechnung berechtigt gewesen, oder er hätte auf ordnungsgemässe Hinterlegung oder Herausgabe klagen können. Da diese Ansprüche vor Konkurseröffnung entstanden seien, die durch die Verrechnung zu tilgenden Forderungen aber erst danach, sei die Verrechnung gemäss <ref-law> unzulässig.
2.- Gemäss <ref-law> ist die Verrechnung unzulässig, wenn der Gläubiger des Schuldners erst nach der Konkurseröffnung Schuldner desselben oder der Konkursmasse wird. Bei den Schulden, die der Beklagte durch Verrechnung zu tilgen gedenkt, handelt es sich um Mietzinse, die nach Konkurseröffnung aufgelaufen sind. Mietzinsforderungen entstehen mit Ablauf jeder Zahlungsperiode neu (<ref-ruling> E. 3b S. 67; bestätigt in <ref-ruling> E. 2b S. 66, wo es aber um die Unzulässigkeit der Verrechnung einer nur gegen den Schuldner persönlich bestehenden Schuld mit einer Forderung der Masse geht, vgl. Stäubli/Dubacher, Basler Kommentar, N. 15 zu <ref-law>). Der Beklagte ist somit erst nach Eröffnung des Konkurses Schuldner der Aktiengesellschaft in Liquidation beziehungsweise der Konkursmasse geworden. Er kann daher vor Konkurseröffnung gegen seine Vermieterin entstandene Forderungen nicht zur Verrechnung bringen (Jaeger/Walder/Kull/Kottmann, Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, 4. Aufl. , Zürich 1997/99, Bd.
II, N. 31 zu <ref-law>; Bise, La faillite du bailleur, in: 11e Séminaire sur le droit du bail, Neuchâtel 2000, S. 11; Amberg, Der Konkurs des Vermieters: Folgen für den Vermieter; Auswirkungen auf den Mietvertrag, in: Angst/ Cometta/Gasser [Hrsg. ], Schuldbetreibung und Konkurs im Wandel, Basel 2000, S. 180). Zulässig ist die Verrechnung dagegen, soweit dem Beklagten Ansprüche gegenüber der Konkursmasse zustehen, da <ref-law> insoweit einer Verrechnung nicht entgegen steht (Jaeger/Walder/ Kull/Kottmann, a.a.O., N. 2 zu <ref-law>; Stäubli/ Dubacher, a.a.O., N. 19 zu <ref-law>; Fritzsche/Walder, Schuldbetreibung und Konkurs nach schweizerischem Recht,
3. Aufl. , Zürich 1993, Bd. II, § 52 N. 21; Bise, a.a.O., S. 11). Ob der Beklagte aus der geleisteten Kaution derartige Rechte gegenüber der Konkursmasse ableiten kann, ist daher im Folgenden zu prüfen.
3.- a) Hinterlegt der Vermieter die Kaution gemäss den gesetzlichen Vorschriften auf einem Konto, welches auf den Namen des Mieters lautet, fällt die Kaution nicht in die Konkursmasse. Die daraus entstehenden Rechte werden im Konkurs von der Konkursverwaltung wahrgenommen und gehen bei Verwertung des Grundstücks auf den Erwerber über (<ref-law>; Higi, Zürcher Kommentar, N. 22 zu Art. 261-261a OR; Bise, a.a.O., S. 17; Amberg, a.a.O., S. 181). Dagegen fällt eine nicht ordnungsgemäss hinterlegte Kaution grundsätzlich in die Konkursmasse (SVIT-Kommentar, N. 16 und N. 27 zu <ref-law> mit Hinweis; Amberg, a.a.O., S. 181).
b) Damit stellt sich für den Mieter zunächst die Frage, ob für die Kaution ein Aussonderungsanspruch besteht und gegebenenfalls verrechnungsweise geltend gemacht werden kann. Infolge Vermengung des Mietzinsdepots mit anderen Geldern des Vermieters hat ein Eigentumswechsel stattgefunden (Amberg, a.a.O., S. 181). Das Hinterlegungsvertragsrecht, welches Anwendung findet, sofern der Vermieter die Kaution einfach in seinem Vermögen belässt (<ref-law>; mp 1997 S. 151), kennt keinen konkursrechtlichen Aussonderungsanspruch (Schönenberger, Zürcher Kommentar, N. 8 zu <ref-law>). Damit bleibt zu prüfen, ob sich der Beklagte auf <ref-law> berufen könnte. Welche Vermögenswerte gestützt auf diese Bestimmung vom Aussonderungsrecht er- fasst werden, ist umstritten (<ref-ruling> mit Hinweisen; Jaeger/Walder/Kull/Kottmann, a.a.O., N. 25 zu Art. 197; Handschin/Hunkeler, Basler Kommentar, N. 69 ff. zu <ref-law>; Russenberger, Basler Kommentar, N. 22 zu <ref-law>; Amonn/Gasser, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 6. Aufl. , Bern 1997, § 40 N. 29; Gilliéron, Poursuite pour dettes, faillite et concordat, 3. Aufl. , Lausanne 1993, S. 287 f.; Tschumy, La revendication de droits de nature à soustraire un bien à l'exécution forcée, Lausanne 1987, S. 147 ff. und S. 184 ff.). Sie kommt aber in jedem Fall nur zur Anwendung, wenn der auszusondernde Geldbetrag hinreichend individualisiert ist (Russenberger, a.a.O., N. 20 f. zu <ref-law> mit Hinweisen; Amonn/ Gasser, a.a.O., § 40 N. 32 und § 24 N. 16). Dass diese Voraussetzung erfüllt wäre, lässt sich den tatsächlichen Feststellungen des angefochtenen Entscheides nicht entnehmen.
Mithin ist ein Aussonderungsrecht von vornherein nicht gegeben, und der Beklagte macht denn auch kein solches geltend.
4.- Der Beklagte ist der Auffassung, mit dem Konkurs gehe das Mietverhältnis mit sämtlichen Rechten und Pflichten auf die Konkursmasse über. Sie sei daher zur Herausgabe der Kaution verpflichtet, weshalb <ref-law> eine Verrechnung nicht ausschliesse.
a) Nach <ref-law> werden mit Konkurseröffnung grundsätzlich sämtliche Konkursforderungen in Geldforderungen umgewandelt. Der Konkursverwaltung steht aber das Recht zu, vom Schuldner geschlossene Verträge zu erfüllen (<ref-law>). Für Mietverträge bestimmt indessen <ref-law>, der Erwerber trete in das Mietverhältnis ein, wenn dem Vermieter das Mietobjekt im Rahmen der Zwangsvollstreckung entzogen werde (vgl. Amonn/Gasser, a.a.O., § 42 N. 33). Daraus ergibt sich ohne weiteres, dass es im Gegensatz zu anderen zweiseitigen Verträgen nicht im Belieben der Konkursverwaltung steht, ob sie den Vertrag aufrechterhalten will. Die Masse braucht keinen Vertragseintritt im Sinne von <ref-law> zu erklären (Bise, a.a.O., S. 8; Amberg, a.a.O., S. 177; Gilliéron, a.a.O., S. 306; Colombara, L'annotation au registre foncier et la réalisation forcée des immeubles, Lausanne 1992, N. 723; Lorandi, Mietverträge im Konkurs des Vermieters, in: mp 1998 S. 119), sondern das Vertragsverhältnis dauert von Gesetzes wegen auch nach Konkurseröffnung fort und geht gemäss <ref-law> bei der Verwertung auf den Erwerber über, soweit der Mietvertrag im Verwertungsverfahren nicht im Rahmen des Doppelaufrufs abgelöst wird (zum Doppelaufruf vgl. <ref-ruling> ff.; Bise, a.a.O., S. 22 ff.; Amberg, a.a.O., S. 188 ff. mit Hinweisen).
b) Entgegen der Ansicht des Beklagten tritt jedoch die Konkursmasse, im Gegensatz zu einem allfälligen Erwerber in der Zwangsvollstreckung, nicht eigentlich in den Mietvertrag ein. Vertragspartner des Mieters bleibt formell der Schuldner (Gilliéron, Bailleur et locataire d'une chose immobilière dans l'exécution forcée, in: 7e Séminaire sur le droit du bail, Neuchâtel 1992, S. 22 f. mit Hinweisen; Colombara, a.a.O., N. 723). Da aber die Vermieterin mit Eröffnung des Konkurses über das Mietobjekt nicht mehr verfügungsberechtigt ist, muss der Mieter die Gebrauchsüberlassung gegenüber der Konkursverwaltung geltend machen (Amberg, a.a.O., S. 179). Der Anspruch richtet sich gegen die Konkursmasse als Sondervermögen, zu der das Mietobjekt gehört, und wird zu einer Schuld der Konkursmasse (Amberg, a.a.O., S. 177; Lorandi, a.a.O., S. 118 f.; Bise, a.a.O., S. 10). Im Gegenzug stehen dieser die ab Konkurseröffnung geschuldeten Mietzinse zu, welche zu Masseforderungen werden (<ref-ruling> E. 2b S. 66 mit Hinweis; Bise, a.a.O., S. 9; Amberg, a.a.O., S. 180; Lorandi, a.a.O., S. 119). Indessen bleibt das Mietverhältnis nach <ref-law> bei der Veräusserung im Rahmen der Zwangsvollstreckung bestehen und geht auf den Erwerber über. Soweit daraus Pflichten aus dem Mietvertrag auf den Erwerber übergehen, muss dem Mieter auch gestattet sein, die entsprechenden Forderungen gegenüber der Konkursmasse zu erheben, gegen die sich der Anspruch auf Gebrauchsüberlassung während des Konkursverfahrens richtet.
Es wäre weder sachgerecht noch praktikabel, derartige Forderungen zunächst als Konkursforderungen zu behandeln, um sie nach der Verwertung gegenüber dem Erwerber wiederaufleben zu lassen. Geht im Rahmen einer Veräusserung nach <ref-law> die Pflicht zur Hinterlegung der Kaution auf den Erwerber über, ist der Mieter zur Erhebung seines Anspruchs auch gegenüber der Konkursmasse berechtigt und ist die Verrechnung mit der Masse geschuldeten Mietzinsen zulässig.
Daher ist abzuklären, ob die Pflicht zur Hinterlegung nach <ref-law> auf den Erwerber übergeht.
c) aa) Bei der Veräusserung einer Liegenschaft bleibt der Mietvertrag bestehen, und der Käufer tritt von Gesetzes wegen in den Mietvertrag mit allen Rechten und Pflichten ein (Higi, a.a.O., N. 22 zu Art. 261-261a OR; SVIT-Kommentar, N. 9 zu Art. 261-261a OR), in die hängigen Prozesse nur, soweit sie Sachverhalte betreffen, die sich auch nach dem Parteiwechsel auf das Mietverhältnis auswirken könnten (Higi, a.a.O., N. 23 zu Art. 261-261a OR). Der Eintritt in das Vertragsverhältnis erfolgt nicht rückwirkend, und der Mieter kann nicht sämtliche Ansprüche, die er gegen den ehemaligen Vermieter besass, auch gegen den Übernehmer des Mietobjekts erheben (Guhl/Koller, Das Schweizerische Obligationenrecht, 9. Aufl. , Zürich 2000, § 44 N. 63; vgl. auch Bise, a.a.O., S. 12).
bb) Zur Erbringung der Kaution ist der Mieter verpflichtet (Higi, a.a.O., N. 9 zu <ref-law>), wogegen den Vermieter die Pflicht trifft, ein Konto auf den Namen des Mieters einzurichten und die vom Mieter erhaltene Kaution darauf einzuzahlen (Higi, a.a.O., N. 24 zu <ref-law>; SVIT-Kommentar, N. 14 zu <ref-law>). Dieser Hinterlegungsanspruch richtet sich daher nicht gegen den jeweiligen am Mietobjekt Berechtigten, sondern gegen jenen Vermieter, dem der Mieter das Geld anvertraut hat (BJM 1998 S. 310 ff.; vgl. auch Lachat/Stoll/Brunner, Mietrecht für die Praxis,
4. Aufl. , Zürich 1999, S. 485 Fn. 75; zweifelnd Guhl/Koller, a.a.O., § 44 N. 63). Dies ist gerechtfertigt, weil der Mieter die gesetzeskonforme Hinterlegung der Kaution sofort zu fordern und bei Verzug des Vermieters mit fälligen Mietzinsen zu verrechnen berechtigt ist (Higi, a.a.O., N. 30 zu <ref-law>; Lachat/Stoll/Brunner, a.a.O., S. 235; SVIT-Kommentar, N. 16 zu <ref-law>), und es nicht der Übernehmer der Mietsache zu vertreten hat, wenn sich der Mieter bislang nicht um die Hinterlegung der Kaution gekümmert hat.
Der Erwerber, der in ein bestehendes Mietverhältnis eintritt, kann den Mieter, der die Kaution bereits dem Veräusserer bezahlt und nicht zurückerhalten hat, nicht erneut zu deren Leistung anhalten (Bise, a.a.O., S. 17). Er muss sich diesbezüglich mit dem Veräusserer auseinander setzen.
Die Hinterlegungspflicht nach <ref-law> ist aber nicht auf Fälle beschränkt, in denen der Vermieter den Depotbetrag unmittelbar vom Mieter empfängt. Denkbar ist, dass der ursprüngliche Vermieter die vom Mieter entgegengenommene Kaution als solche dem Übernehmer der Liegenschaft zukommen lässt. Diesfalls hat der Mieter das Recht, die gesetzeskonforme Hinterlegung vom Übernehmer zu fordern.
Allerdings befreit die Geldübergabe an den Erwerber den Veräusserer im Verhältnis zum Mieter nicht. Die Hinterlegungspflicht des Veräusserers erlischt vielmehr erst mit deren Erfüllung, sei es durch den ursprünglichen oder den neuen Vermieter.
d) Daraus folgt, dass der Mieter in der Regel für die Geltendmachung seiner Rechte aus gesetzwidrig nicht hinterlegter Kaution im Konkurs des Vermieters auf die Kollokation angewiesen ist und die Pflicht zur Hinterlegung nicht der Konkursmasse obliegt. Die Verrechnung mit nach Konkurseröffnung anfallenden Mietzinsen ist deshalb nach <ref-law> ausgeschlossen (im Ergebnis ebenso Amberg, a.a.O., S. 182; Bise, a.a.O., S. 11 und 17).
5.-Was der Beklagte zur Begründung seines Verrechnungsanspruchs ausführt, dringt nicht durch.
a) Soweit sich der Beklagte darauf beruft, sein Anspruch auf die Mietkaution werde erst bei Beendigung des Mietverhältnisses und damit gegenüber der Konkursmasse fällig, verkennt er, dass der Anspruch des Mieters auf korrekte Hinterlegung der Kaution mit deren Übergabe an den Vermieter fällig wird (vgl. E. 4c/bb hievor). Was er möglicherweise anspricht, ist die bei Beendigung des Mietverhältnisses stattfindende Auseinandersetzung der Parteien über die Freigabe des Depots (<ref-law>), die aber nur im Falle korrekter Hinterlegung der Kaution zum Tragen kommt.
b) Ob allenfalls anders zu entscheiden wäre, wenn die Konkurseröffnung in die kurze Zeitspanne fiele, die dem Vermieter für die Eröffnung des Kautionskontos zugebilligt werden muss (Lachat/Stoll/Brunner, a.a.O., S. 235), und der Anspruch auf Hinterlegung vor Konkurseröffnung entsteht, jener auf Herausgabe und damit verbunden die Möglichkeit zur Verrechnung aber erst danach, kann offen bleiben, sind doch seit der Zahlung des Beklagten Jahre verstrichen.
6.- a) Der Beklagte wendet ein, bei <ref-law> handle es sich um eine Missbrauchsbestimmung. Da im zu beurteilenden Fall die Vermieterin und nicht der Beklagte gegen die zwingenden Bestimmungen des Mietrechts verstossen habe, sei die Anwendung von <ref-law> fragwürdig, zumal dadurch die Gläubigerbank, der die Geldleistung zugegangen sei, begünstigt würde.
b) Dem angefochtenen Entscheid ist nicht zu entnehmen, wem die als Kaution gedachte Summe zugeflossen ist.
Insoweit ist der Beklagte mit seinem Vorbringen in der Berufung nicht zu hören (Art. 55 Abs. 1 lit. c OG; <ref-ruling> E. 2b S. 12; 59 E. 2a S. 65). Das Verrechnungsverbot in <ref-law> gilt allgemein und absolut. Es setzt namentlich nicht voraus, dass dem Konkursgläubiger ein unredliches Verhalten zur Last fällt (<ref-ruling> E. 5d S. 110 f.; Amonn/Gasser, a.a.O., § 40 N. 46). Die Zulassung der Verrechnung im Konkurs zum vollen Betrag wird vom Gedanken geleitet, dass der Gläubiger nicht die volle Leistung soll erbringen müssen, wenn er selbst nur eine Konkursdividende erhält (Amonn/Gasser, a.a.O., § 40 N. 40). Soweit das Mietobjekt dem Mieter nach Konkurseröffnung weiter zur Verfügung steht und die Konkursmasse den aus dem Mietvertrag erwachsenden Pflichten vollständig nachkommt, erhält der Mieter die volle Gegenleistung für seine Mietzinszahlung, nicht bloss eine Dividende. Bei dieser Konstellation steht die Unzulässigkeit der Verrechnung fälliger Mietzinse mit einer vor Konkurseröffnung gegenüber der Aktiengesellschaft entstandenen Forderung im Einklang mit dem Zweck von <ref-law>.
7.- Die Berufung erweist sich als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat der Beklagte die Gerichtskosten zu tragen. Dagegen schuldet er der Klägerin, die nicht anwaltlich vertreten ist und der kein besonderer Aufwand entstanden ist, keine Parteientschädigung (Art. 159 OG; <ref-ruling> E. 5b S. 519 f.).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Obergerichts des Kantons Aargau (1. Zivilabteilung) vom 15. September 2000 wird bestätigt.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'000.-- wird dem Beklagten auferlegt.
3.- Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau (1. Zivilabteilung) schriftlich mitgeteilt.
_
Lausanne, 21. März 2001
Im Namen der I. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: