Faits:
A. Le 24 mars 2006, puis le 21 février 2007, le Juge d'instruction du canton de Genève a inculpé B._ notamment d'escroquerie, de gestion déloyale, de divers délits dans la faillite et d'infraction par métier à la loi fédérale sur la protection des marques, pour avoir notamment repris une licence et des marques détenues par le Laboratoire X._, déclaré en faillite le 29 janvier 2002. Le 19 mars 2010, A._, devenue partie civile, a demandé la saisie pénale d'un droit d'usufruit dont l'inculpé bénéficie sur une villa à Genève, ainsi que de trois créances, pour 3'000'000 fr. au total, reconnues judiciairement en faveur de l'inculpé à l'encontre de C._.
Par décision du 19 mai 2010, le Juge d'instruction a donné droit à cette demande considérant que l'intéressé avait reçu plus de 2'500'000 fr. entre 2006 et 2008, et plus de 277'000 fr. en 2009. Il était interdit au prévenu de réaliser ou de céder ses créances, ou de disposer de tout montant reçu en relation avec le droit d'usufruit.
B. Par ordonnance du 6 octobre 2010, la Chambre d'accusation genevoise a annulé la décision du 19 mai 2010. L'usufruit était un droit éminemment personnel, dont l'exercice n'avait pas été transféré à un tiers. La "saisie" ne pouvait faire l'objet d'une mesure d'exécution forcée. Quant aux créances à l'égard de C._ (vraisemblablement ayant droit économique de A._), leur réalisation en vue d'une éventuelle créance compensatrice n'était pas mise en péril; le séquestre avait ainsi pour seul effet de permettre au débiteur de s'opposer au recouvrement de la créance. Le montant d'une créance compensatrice ne dépendait pas du dommage subi par A._ ou des éventuelles prétentions élevées par Swissmedic.
C. Par acte du 8 novembre 2010, A._ forme un recours en matière pénale par lequel elle demande l'annulation de l'ordonnance de la Chambre d'accusation. Elle requiert l'effet suspensif, qui a été accordé par ordonnance du 6 décembre 2010.
La Chambre d'accusation se réfère à son ordonnance. Le Ministère public conclut à l'admission du recours. B._ conclut à l'irrecevabilité, subsidiairement au rejet du recours. La recourante a répliqué.

Considérant en droit:
1. L'ordonnance attaquée a été rendue avant l'entrée en vigueur du code fédéral de procédure pénale (CPP; RS 312.0). Le recours est dès lors traité selon l'ancien droit (<ref-law>).
1.1 Les décisions relatives aux séquestres ordonnés au cours d'une procédure pénale sont des décisions en matière pénale au sens de l'<ref-law>. L'arrêt attaqué a été rendu en dernière instance cantonale au sens de l'<ref-law>.
1.2 La levée du séquestre constitue une décision incidente. Elle est susceptible de causer un préjudice irréparable au sens de l'<ref-law>, puisque la libération des fonds et valeurs saisis pourrait en compromettre l'éventuelle confiscation.
1.3 La recourante a qualité de partie civile dans la procédure pénale. Elle a participé à la procédure devant la Chambre d'accusation. Dans la mesure où elle prétend à l'allocation en sa faveur des valeurs saisies, en application de l'<ref-law>, on peut admettre, au stade de la recevabilité en tout cas, qu'elle dispose d'un intérêt juridique au maintien des mesures de séquestre.
1.4 Conformément à l'<ref-law>, aucun fait nouveau ou preuve nouvelle ne peut être présenté à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente. Dès lors, les pièces nouvelles produites par l'intimé sont irrecevables et il n'en sera pas tenu compte.
1.5 Dans le cas d'un recours dirigé contre une mesure provisionnelle, seule peut être invoquée la violation de droits fondamentaux (<ref-law>; cf. <ref-ruling> consid. 1c p. 102). Lorsque de tels griefs sont soulevés, l'<ref-law> prévoit pour la motivation du recours des exigences qualifiées (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 88). Le recourant doit ainsi indiquer, dans l'acte de recours lui-même, quel droit constitutionnel aurait été violé et montrer, par une argumentation circonstanciée, en quoi consiste sa violation (cf. <ref-ruling> consid. 5 p. 187; <ref-ruling> consid. 1.4.2 p. 254; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 31, 258 consid. 1.3 p. 261). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (cf. <ref-ruling> consid. 4 p. 589; <ref-ruling> consid. 1.3 et les arrêts cités).
2. La recourante se plaint d'arbitraire dans l'application des art. 70, 71 et 73 CP ainsi que de l'<ref-law>/GE. Elle estime que le juge aurait l'obligation d'ordonner une créance compensatrice dans la mesure où il existe un acte illicite, qu'une confiscation ne peut plus être ordonnée et que le lésé n'a pas été entièrement dédommagé. Le fait que C._ est administratrice de A._ serait sans pertinence. La concomitance entre la confirmation des créances à l'encontre de C._ et la demande de séquestre pénal ne permettrait pas de déduire que le but de la recourante est d'entraver l'intimé dans la procédure de recouvrement. L'estimation des gains illicites à 3 millions de francs serait justifiée. Au contraire du droit d'usufruit, l'exercice de ce droit pourrait faire l'objet d'un séquestre. Sous l'angle de la vraisemblance, le séquestre devait être maintenu.
2.1 Selon la jurisprudence, la saisie d'un bien à titre de produit d'une infraction, au cours d'une enquête pénale, est admissible lorsque cette mesure est prévue par le droit de procédure applicable (en l'occurrence l'<ref-law>/GE), que l'origine délictueuse du bien est soupçonnée sur la base d'indices suffisants et qu'il devra vraisemblablement, dans la suite du procès, être restitué au lésé ou confisqué (<ref-ruling> consid. 3b p. 104/105, consid. 3d/aa p. 107). Tant que l'instruction n'est pas achevée, une simple probabilité suffit car, à l'instar de toute mesure provisionnelle, la saisie se rapporte à des prétentions encore incertaines. Le juge doit pouvoir décider rapidement du séquestre provisoire, ce qui exclut qu'il résolve des questions juridiques complexes ou qu'il attende d'être renseigné de manière exacte et complète sur les faits avant d'agir (<ref-ruling> consid. 3a p. 99; <ref-ruling> consid. III/1c p. 13; <ref-ruling> consid. 2c p. 327). Le séquestre pénal doit être maintenu tant que subsiste une probabilité de confiscation, respectivement de prononcé d'une créance compensatrice (SJ 1994 p. 90 et 102).
2.2 La levée de la saisie du droit d'usufruit est motivée par le fait qu'un tel droit n'est pas saisissable ni réalisable, ce que la recourante ne conteste pas. Il serait certes possible de saisir ce que l'intimé pourrait retirer en cas de cession de ce droit, ou les revenus de celui-ci (par exemple, les loyers en cas de mise en location de l'immeuble). Toutefois, la cour cantonale constate qu'aucune cession du droit n'est vraisemblable, l'acte de constitution de l'usufruit donnant plutôt à penser qu'il s'agirait d'un droit éminemment personnel. La recourante ne soutient pas que cette appréciation serait insoutenable, et elle ne prétend pas non plus que l'intimé percevrait un produit du droit d'usufruit qu'il y aurait lieu de saisir. La décision attaquée n'a donc rien d'arbitraire sur ce point.
2.3 S'agissant des créances, la cour cantonale a considéré, principalement, que celles-ci devraient être saisies en mains de C._, soit l'administratrice unique de la recourante et vraisemblablement son seul ayant droit économique, ce que la recourante ne conteste pas non plus. Dès lors, la saisie pénale paraissait avoir pour seul effet matériel d'empêcher le recouvrement par l'intimé des créances reconnues à l'encontre de C._, et non de garantir le paiement d'une créance compensatrice. Dans un tel contexte, une mesure conservatoire fondée sur le droit de procédure pénale n'apparaissait pas justifiée, ce que la cour cantonale pouvait également retenir sans arbitraire.
2.4 La cour cantonale s'est également interrogée sur l'évaluation des revenus illicites, en relevant que cette notion ne se confondait pas avec le montant des pertes éprouvées par la recourante. Elle a considéré que l'estimation faite par le juge d'instruction, sur la seule base des versements opérés au crédit des comptes dont disposait l'intimé, ne pouvait être approuvée. Rien ne démontre en effet que l'ensemble de ces entrées pourrait constituer le produit des infractions poursuivies. Après plus de cinq ans d'enquête, aucune évaluation globale des gains illicites n'a été avancée. Il n'est dès lors pas possible de trouver, même sous l'angle de la vraisemblance, une quelconque correspondance entre le montant des sommes saisies et celui des gains illicites. De ce point de vue également, la décision attaquée n'a rien d'arbitraire.
3. Sur le vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Conformément aux art. 66 al. 1 et 68 al. 2 LTF, les frais judiciaires sont mis à la charge de la recourante, de même que l'indemnité de dépens allouée à B._, qui obtient gain de cause.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3. Une indemnité de dépens de 2'000 fr. est allouée à l'intimé B._, à la charge de la recourante.
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des parties, au Procureur général et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 16 mars 2011
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Fonjallaz Kurz