Faits:
A. Arguant souffrir de troubles affectant la colonne vertébrale (hernie discale, arthrose), partiellement incapacitants dès le 1er mars 1999, totalement incapacitants dès le 1er septembre suivant, F._, né en 1953, qui travaillait d'ordinaire comme chauffeur poids lourds et comme machiniste, a requis des prestations de l'Office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après: l'office AI) le 19 avril 2000.
Se référant notamment aux informations recueillies auprès du médecin traitant (rapports du docteur V._, chirurgien, des 9 mai et 31 octobre 2000), de son service médical régional (rapport d'examen des docteurs G._, interniste et rhumatologue, et A._, psychiatre, du 25 février 2003) ainsi que de l'employeur (questionnaire du 6 juin 2000) et de son service de réadaptation (rapport du 21 novembre 2003), l'office AI a refusé de prester (décision du 9 février 2004). Ayant constaté que les affections mises en évidence pendant la procédure diminuaient de moitié la capacité de travail dans l'activité habituelle mais permettaient la pratique d'une activité adaptée (semi-sédentaire, sans port répétitif de charges de plus de 15 ou 20 kg ni travail sur engins instables, avec alternance des positions) à plein temps avec une baisse de rendement de 20 % et que l'intéressé avait affirmé ne pas pouvoir exercer un quelconque métier, il a comparé un revenu sans invalidité de 65'000 fr. à un revenu d'invalide de 39'130 fr. (basé sur 5 descriptions de postes de travail [DPT]), en a déduit un taux d'invalidité de 39,78 % n'ouvrant pas droit à une rente et a refusé l'octroi de mesures d'ordre professionnel.
Malgré les griefs soulevés par F._ dans son opposition (les douleurs aux bras auraient été ignorées; il aurait toujours consenti à suivre des mesures de réinsertion), qui ont cependant justifié la réalisation d'un examen psychiatrique duquel ressortait notamment que la baisse de rendement de 20 % retenue auparavant ne se légitimait plus (rapport de la doctoresse L._, psychiatre, du 15 juin 2005 en relation avec le rapport du service médical de l'administration du 1er juillet 2005), l'office AI a confirmé sa position (décision sur opposition du 29 septembre 2005). Le taux d'invalidité, déterminé par comparaison d'un revenu sans invalidité de 64'805 fr. réalisé en 2000 (selon le questionnaire pour l'employeur) et d'un revenu d'invalide de 50'075 fr. (tiré de l'Enquête suisse sur la structure des salaires 2000 [ESS], TA1, niveau de qualification 4, rapporté à un horaire hebdomadaire de 41,8 heures, réduit de 10 % pour tenir compte des circonstances particulières), a été arrêté à 23 %. Le refus des mesures d'ordre professionnel était motivé par le fait que l'assuré ne remplissait pas la condition subjective indispensable à l'octroi de ce droit.
B. L'intéressé a recouru contre cette décision au Tribunal des assurances du canton de Vaud (aujourd'hui, Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois). Considérant qu'il remplissait la condition subjective du droit à des mesures d'ordre professionnel et contestant l'estimation de sa capacité résiduelle de travail dans une activité adaptée (désormais totale au lieu d'être diminuée de 20 %) ainsi que le changement de méthode d'évaluation de l'invalidité en cours de procédure, il concluait à l'octroi d'une rente entière ou d'une demi-rente d'invalidité tant que des mesures de réadaptation n'avaient pas été réalisées.
La juridiction cantonale a partiellement admis le recours par jugement du 30 octobre 2008. Elle a réformé la décision entreprise, accordant à F._ un quart de rente depuis le 1er février 2000, et renvoyé la cause à l'administration afin qu'elle examine le droit à des mesures de reclassement. Elle a confirmé l'appréciation médicale du cas par l'office AI, écartant cependant le rapport de la doctoresse L._, qui avait justifié de retenir une pleine capacité de travail dans une activité adaptée, et non de 80 %, au moment de la décision sur opposition, ainsi que les conclusions des docteurs P._, interniste, E._, rhumatologue, et O._, psychiatre, Clinique X._ (rapport du 30 août 2007) qu'elle avait mandatés en cours de procédure, repris la comparaison des revenu en y intégrant ces paramètres et abouti à un degré d'invalidité de 40,8 %.
C. L'administration interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont elle requiert l'annulation, concluant à la confirmation de sa décision.
L'assuré et l'Office fédéral des assurances sociales ont renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le dispositif de l'acte attaqué est difficilement compréhensible. En effet, compte tenu du principe de la primauté de la réadaptation sur la rente (cf. notamment <ref-ruling> consid. 4; voir également arrêt du Tribunal fédéral 9C_602/2009 du 21 décembre 2009 consid. 4.1 et les références), il apparaît contradictoire d'octroyer une rente et de retourner simultanément la cause à l'autorité précédente pour qu'elle examine le droit à une mesure de reclassement dès lors que le résultat de la mise en oeuvre d'une telle mesure peut influencer l'octroi d'une rente. Un tel dispositif doit être interprété à la lumière des considérants du jugement qui le contient (cf. arrêt du Tribunal fédéral 5C.122/2003 du 3 juillet 2003 consid. 1.3 et les références).
1.2 En l'occurrence, la juridiction cantonale a conclu au renvoi du dossier pour examen du droit à des mesures de reclassement. Abstraction faite des termes utilisés pour désigner le droit à analyser, qui sont plutôt confus dans le sens où la mesure de reclassement est une des mesures spécifiques couvertes par la notion plus large de mesures d'ordre professionnel (cf. <ref-law>), on notera que les conditions d'octroi de mesures d'ordre professionnel, y compris par conséquent le reclassement dans une nouvelle profession, avaient été examinées par l'office recourant. Outre la possibilité de reprendre une activité adaptée, il avait été effectivement constaté par le service de réadaptation que l'intimé ne démontrait pas la motivation nécessaire à l'allocation de telles mesures lors de la décision sur opposition malgré l'existence d'un taux d'invalidité de 20 %. La seule déclaration postérieure à la décision litigieuse - qui délimite temporellement l'état de fait sur lequel se base le Tribunal fédéral pour apprécier la légalité des décisions attaquées (cf. <ref-ruling> consid. 1b p. 366 et les références) - selon laquelle l'assuré aurait toujours eu la "volonté interne" d'être réadapté, ne suffit pas à contredire ce qui précède et peut tout au plus être interprétée comme une nouvelle demande exigeant notamment d'examiner si l'intimé a changé d'attitude face à la reprise d'un emploi dans le sens où, déjà, il ne rejetterait plus l'idée même de pouvoir en exercer un en raison de l'existence d'atteintes à la santé.
1.3 Dès lors que l'allocation d'une rente et le renvoi simultané du dossier pour examen du droit à une mesure de reclassement paraît contradictoire, qu'il a échappé aux premiers juges que les conditions d'octroi de mesures d'ordre professionnel avaient déjà été discutées, puis tranchées, que l'allégation d'un changement ultérieur d'attitude ne prouve pas, ni ne rend suffisamment vraisemblable la réalité d'un tel changement sans néanmoins l'exclure absolument et que cette allégation intervient postérieurement à la décision litigieuse, il y a lieu de retenir que la juridiction cantonale a uniquement statué sur le droit à la rente, invitant pour le surplus l'administration à examiner une nouvelle demande de prestations. Seules restent donc litigieuses céans la détermination du revenu d'invalide et les répercussions que celle-ci peut avoir sur le droit à la rente.
2. Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit au sens des art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>), n'examine en principe que les griefs motivés (<ref-law>) et fonde son raisonnement sur les faits retenus par la juridiction de première instance (<ref-law>) sauf s'ils ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> auquel cas il peut les rectifier ou les compléter d'office (<ref-law>). Le recourant ne peut critiquer la constatation de faits importants pour le jugement de la cause que si ceux-ci ont été constatés en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de façon manifestement inexacte (<ref-law>).
3. 3.1 L'office recourant conteste le résultat de la comparaison des revenus. Il reproche en particulier aux premiers juges d'avoir concrètement omis d'adapter le revenu d'invalide, fondé sur l'ESS, à un horaire hebdomadaire moyen de travail de 41,8 heures durant l'année 2000.
3.2 Depuis longtemps, le Tribunal fédéral a concrétisé la méthode générale de comparaison des revenus prévue d'abord à l'<ref-law> jusqu'au 31 décembre 2002, puis à l'<ref-law>. Dans la mesure où les salaires tirés de l'ESS sont en principe déterminés en fonction d'un horaire de 40 heures par semaine, il a estimé qu'il fallait les rapporter à la durée hebdomadaire de travail durant l'année considérée (cf. <ref-ruling> consid. 3b/aa et bb p. 76 sv.).
3.3 Le jugement entrepris doit être rectifié au regard de ce qui précède. En fixant à 4'437 fr. par mois ou 53'244 fr. par année le salaire de référence, la juridiction cantonale n'a pas tenu compte du fait que les montants ressortant de l'ESS sont calculés sur la base d'un horaire de travail de 40 heures par semaine. Or, l'horaire hebdomadaire en 2000 était de 41,8 heures (La Vie économique 12/2009 p. 98 B 9.2), de sorte que le salaire annuel de référence doit être porté à 55'639,98 fr. On obtient dès lors un revenu d'invalide de 40'060,78 fr. compte tenu de la déduction de 10 % et de la capacité résiduelle de travail de 80 %. En comparant ce montant avec le revenu sans invalidité de 64'805 fr. (non contesté), on obtient un taux d'invalidité de 38,18 %, qu'il y a lieu d'arrondir à 38 % (<ref-ruling> consid. 3.2 p. 123).
4. Vu l'issue du litige, les frais judiciaires sont mis à la charge de l'intimé (<ref-law>) qui ne peut prétendre des dépens (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. Le jugement rendu le 30 octobre 2008 par le Tribunal des assurances du canton de Vaud est annulé au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge de l'intimé.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal vaudois et à l'Office fédéral des assurances sociales.
Lucerne, le 26 février 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Meyer Cretton