Rodungsbewilligung; Kiesabbau, hat sich ergeben:
A.- Die Kessler AG baut in Oberwangen seit 1906 Kies ab und betreibt dort ein Kieswerk mit Betonaufbereitungsanlagen.
Die Abbaubewilligungen wurden stets im Baubewilligungsverfahren erteilt. Im Jahre 1981 setzte im Gebiet Oberwangen die Kiesabbauplanung ein. Ende der 80er Jahre stellte die Kessler AG ein Abbaugesuch für die Etappen 8 bis 11. Weil das Ergebnis der Gesamtplanung damals noch fehlte, erhielt die Kessler AG am 31. Oktober 1989 lediglich für die Etappe 8 eine Abbaubewilligung. Diese ermöglichte den Kiesabbau bis Sommer 1998. Seither wird der Kies per Lastwagen von andern Standorten nach Oberwangen geführt und dort nur noch verarbeitet.
Die Kessler AG bemühte sich seit Anfang 1998, den Kiesabbau mit einer sog. Übergangsetappe bis zum Inkrafttreten der Überbauungsordnung "Abbau Schwerpunkt Wangental" weiterzuführen. Sie stellte zu diesem Zweck am 6. Februar 1998 ein Baugesuch für den Kiesabbau auf Parzelle Köniz Gbbl. Nr. 23, welche dem Kanton Bern gehört. Der Baueingabe war ein Umweltverträglichkeitsbericht beigelegt. Vor der Veröffentlichung des Baugesuchs holte die Gemeinde Köniz verschiedene Amtsberichte sowie eine Ausnahmebewilligung des Regierungsstatthalters für das Bauen ausserhalb der Bauzone ein. Der Regierungsstatthalter I von Bern erteilte am 8. September 1998 die Ausnahmebewilligung mit der Begründung, das Vorhaben erfordere einen Standort ausserhalb der Bauzone und sei daher standortgebunden. Es diene als Übergangslösung, bis die bereits ausgearbeitete Überbauungsordnung rechtskräftig werde. Der Kiesabbau widerspreche dieser Gesamtabbauplanung nicht, so dass die Bewilligung erteilt werden könne. Am 19. Oktober 1998 erhoben unter anderem die Erben von Rudolf Gilgen Einsprache gegen die Ausnahmebewilligung.
Am 15. Januar 1999 teilte Gertrud Gilgen dem Bauinspektorat von Köniz mit, dass ihr die Parzellen Köniz Gbbl.
Nrn. 4090 und 4226 als Alleineigentümerin übertragen worden seien und sie nun in eigenem Namen Einsprache führe. Am 17. Februar 1999 erteilte der Gemeinderat von Köniz die Baubewilligung in Form eines Gesamtentscheids für den Kiesabbau auf einer Fläche von 9'420 m2 mit anschliessender Wiederauffüllung als Übergangsetappe bis zum Erlass der Überbauungsordnung.
Mit Eingabe vom 26. März 1999 erhob Gertrud Gilgen Baubeschwerde bei der kantonalen Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion (BVE) mit dem Antrag, die Baubewilligung vom 17. Februar 1999 und die Ausnahmebewilligung vom 8. September 1998 seien aufzuheben. Am 9. Dezember 1999 hiess die BVE die Baubeschwerde gut, hob die Gesamtbewilligung vom 17. Februar 1999 auf und verweigerte die Bau- und Ausnahmebewilligung.
Gegen diesen Entscheid hat die Kessler AG Verwaltungsgerichtsbeschwerde beim Verwaltungsgericht des Kantons Bern erhoben mit dem Antrag, der angefochtene Entscheid sei aufzuheben und der Gesamtbauentscheid des Gemeinderats von Köniz vom 17. Februar 1999 sowie die Verfügung des Regierungsstatthalters I von Bern vom 8. September 1998 seien zu bestätigen. Am 10. Mai 2000 hat das Verwaltungsgericht einen Augenschein mit Instruktionsverhandlung durchgeführt.
Am 21. Mai 2000 haben die Stimmbürgerinnen und Stimmbürger von Köniz die Überbauungsordnung "Abbau Schwerpunkt Wangental" mit einem Ja-Stimmenanteil von etwas mehr als 70% angenommen. Auch das direkt betroffene Wangental hat der Vorlage mit ungefähr Zweidrittelmehrheit zugestimmt.
Mit Urteil vom 16. Juni 2000 hat das Verwaltungsgericht die Beschwerde der Kessler AG gutgeheissen, den Entscheid der BVE aufgehoben und den Gesamtbauentscheid vom 17. Februar 1999 bestätigt.
B.- Parallel zum Baubewilligungsverfahren wurde für die betroffene Kiesabbaufläche, welche im Wald liegt, ein waldrechtliches Ausnahmebewilligungsverfahren durchgeführt (Art. 5 des Waldgesetzes des Bundes vom 4. Oktober 1991 [WaG; SR 921. 0]). Gestützt auf ein Rodungsgesuch der Kessler AG erteilte das Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) am 13. April 1999 die waldrechtliche Ausnahmebewilligung zur Rodung von 10'260 m2 Wald auf Parzelle Köniz Gbbl. Nr. 23. Eine von Gertrud Gilgen gegen diese Ausnahmebewilligung erhobene Beschwerde wies das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) am 28. Januar 2000 ab. Das Departement begründete seinen Entscheid damit, dass die Beschwerdeführerin durch die angefochtene Bewilligung nicht mehr als jedermann berührt sei und sie somit nicht zur Beschwerde legitimiert sei.
C.- Gegen den Entscheid des UVEK vom 28. Januar 2000 hat Gertrud Gilgen am 1. März 2000 beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde erhoben. Sie beantragt, die Rodungsentscheide von BUWAL und UVEK seien aufzuheben und das Rodungsgesuch der Kessler AG abzuweisen.
Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde und staatsrechtlicher Beschwerde vom 23. August 2000 verlangt Gertrud Gilgen zudem, das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 16. Juni 2000 sei aufzuheben und der Gesamtentscheid für das Bauvorhaben sei in Bestätigung des Entscheids der BVE vom 9. Dezember 1999 zu verweigern.
D.- Die Kessler AG beantragt, die Beschwerden seien abzuweisen, soweit darauf eingetreten werde; das Urteil des Verwaltungsgerichts sowie die Rodungsbewilligung des BUWAL seien zu bestätigen. Die BVE unterstützt die Beschwerden gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts, während das Verwaltungsgericht die Abweisung der Beschwerden gegen seinen Entscheid beantragt, soweit darauf eingetreten werden könne.
Die Gemeinde Köniz schliesst sinngemäss auf Abweisung der Beschwerden. BUWAL und UVEK schliessen auf Abweisung der Beschwerde betreffend die waldrechtliche Ausnahmebewilligung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Die vorliegenden Beschwerden betreffen ein und denselben Rechtsstreit und führen zur Erörterung von Fragen, die in einem engen sachlichen Zusammenhang stehen. Sie sind deshalb in einem Urteil zu behandeln.
a) Die von der Beschwerdeführerin beanstandete raumplanerische sowie die waldrechtliche Ausnahmebewilligung stützen sich auf öffentliches Recht des Bundes (Art. 24 des Bundesgesetzes über die Raumplanung vom 22. Juni 1979 [RPG; SR 700] und <ref-law>). Die Anwendung dieser Vorschriften prüft das Bundesgericht im Rahmen der Verwaltungsgerichtsbeschwerde (Art. 97 ff. OG i.V.m. <ref-law>, Art. 34 Abs. 1 RPG, <ref-law>).
b) Die Beschwerdeführerin macht unter anderem geltend, die Vorinstanzen hätten ihre Beschwerdeberechtigung zu Unrecht verneint und damit Bundesrecht verletzt (Art. 104 lit. a OG). Sie hat als Partei im vorinstanzlichen Verfahren (<ref-law>) ein schutzwürdiges Interesse an der Aufhebung oder der Änderung der angefochtenen Entscheide und ist daher nach Art. 103 lit. a OG zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert (<ref-ruling> E. 1b). Auf die im Übrigen form- und fristgerecht eingereichten Verwaltungsgerichtsbeschwerden ist einzutreten.
c) Nachdem die Verwaltungsgerichtsbeschwerden zulässig sind, kann auf die subsidiäre staatsrechtliche Beschwerde nicht eingetreten werden (Art. 84 Abs. 2 OG).
2.- a) Das Verwaltungsgericht und das UVEK haben der Beschwerdeführerin die Einsprache- und Beschwerdebefugnis abgesprochen. Die Legitimation zur Beschwerde gegen Rodungsbewilligungen richtet sich nach <ref-law>, der wörtlich mit Art. 103 lit. a OG betreffend die Legitimation zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht übereinstimmt (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen). Ebenso richtet sich die Legitimation zur Anfechtung von Ausnahmebewilligungen im Sinne von Art. 24 RPG durch Private nachArt. 103 lit. a OG (<ref-ruling> E. 2a mit Hinweisen). Dem entspricht die im Kanton Bern geltende Regelung (Art. 79 lit. a des kantonalen Verwaltungsrechtspflegegesetzes vom 23. Mai 1989 [VRPG; BSG 155. 21] und Art. 35 Abs. 1 Bst. a des Baugesetzes vom 9. Juni 1985 [BauG; BSG 721. 0]).
b) Nach Art. 103 lit. a OG ist zur Erhebung einer Verwaltungsgerichtsbeschwerde legitimiert, wer durch den angefochtenen Entscheid berührt ist und ein schutzwürdiges Interesse an seiner Aufhebung oder Änderung hat. Dieses Interesse kann rechtlicher oder auch bloss tatsächlicher Natur sein und braucht mit dem Interesse, das durch die vom Beschwerdeführer als verletzt bezeichneten Normen geschützt wird, nicht übereinzustimmen. Immerhin wird verlangt, dass ein Beschwerdeführer durch den angefochtenen Entscheid stärker als jedermann betroffen ist und in einer besonderen, beachtenswerten, nahen Beziehung zur Streitsache steht. Ein schutzwürdiges Interesse liegt vor, wenn die tatsächliche oder rechtliche Situation des Beschwerdeführers durch den Ausgang des Verfahrens beeinflusst werden kann. Diese Anforderungen sollen die Popularbeschwerde ausschliessen.
(<ref-ruling> E. 2a S. 177 f.; <ref-ruling> E. 4b S. 386; <ref-ruling> E. 2a; <ref-ruling> E. 1b, je mit Hinweisen).
Die für die Legitimation erforderliche Beziehungsnähe zur Streitsache ist unter anderem dann gegeben, wenn der Bau oder Betrieb einer projektierten Anlage mit Sicherheit oder grosser Wahrscheinlichkeit zu Immissionen führt und der Beschwerdeführer durch diese - seien es Lärm-, Staub-, Erschütterungs-, Licht- oder andere Einwirkungen - betroffen wird. Sind solche Beeinträchtigungen zu erwarten, ändert auch der Umstand, dass eine grosse Anzahl von Personen betroffen ist, nichts an der Beschwerdebefugnis. So hat das Bundesgericht schon erkannt, dass bei grossflächigen Immissionen ein sehr weiter Kreis Betroffener zur Beschwerdeführung legitimiert sein kann, zum Beispiel die Anwohner eines Flughafens einschliesslich jener, die in der Verlängerung der Flugpisten wohnen (d.h. im Bereich der An- und Abflugschneisen; <ref-ruling> E. 3a S. 303 f.), oder all jene Personen, die von Schiesslärm betroffen sind, wenn sie den Lärm deutlich hören können und dadurch in ihrer Ruhe gestört werden (<ref-ruling>). In dicht besiedelten Gebieten kann somit grundsätzlich sehr vielen Personen die Beschwerdelegitimation zukommen, ohne dass von einer Popularbeschwerde gesprochen werden müsste (<ref-ruling> E. 2b S. 178; <ref-ruling> E. 1c S. 102).
c) Im vorliegenden Fall grenzt die Parzelle der Beschwerdeführerin direkt an die im Eigentum des Kantons Bern stehende Parzelle Nr. 23. Diese Waldparzelle ist mit 325'537 m2 sehr gross und mit ihren zwei markanten Hügelzügen stark coupiert. Die Distanz zwischen dem Bauvorhaben und den Parzellen der Beschwerdeführerin beträgt in der Luftlinie ungefähr 400 m. Es ist unbestritten, dass zwischen den Parzellen der Beschwerdeführerin und dem Bauvorhaben bzw. der bestehenden Kiesgrube weder Sicht- noch Hörkontakt besteht, weil eine bewaldete Geländerippe dazwischen liegt.
Auch das UVEK hat bezüglich der Rodung mit Recht festgehalten, diese habe weder direkte (auf die Liegenschaft bezogene) noch indirekte (auf die Erholung und Wohlfahrt) bezogene Auswirkungen auf die Beschwerdeführerin und ihre Liegenschaften.
Bei dieser Sachlage kann sich die Beschwerdebefugnis der Beschwerdeführerin nicht aus den Immissionen des Kiesabbaubetriebs selbst ergeben.
d) Zu prüfen ist weiter, ob die Einsprache- und Beschwerdebefugnis der Beschwerdeführerin aus den Immissionen des Zubringerverkehrs zur Kiesgrube abgeleitet werden kann. Das Verwaltungsgericht hat diesbezüglich festgehalten, der von ihm vorgenommene Augenschein habe gezeigt, dass der Lastwagenverkehr über die Kieswerkstrasse die Parzellen der Beschwerdeführerin kaum betreffe. Die Werkstrasse führe nicht unmittelbar an der Parzellengrenze vorbei, sondern befinde sich auf der Talseite ungefähr 60 m entfernt jenseits einer Böschung und eines Waldsaums. Man könne deshalb die Strasse nicht sehen und höre auch den Verkehr zur Kiesgrube kaum. Die Beschwerdeführerin sei durch das Vorhaben somit nicht mehr betroffen als die Allgemeinheit.
Die Beschwerdeführerin bestreitet die Feststellungen des Verwaltungsgerichts in tatsächlicher Hinsicht nicht.
Sie hält es für die Bejahung ihrer Einsprache- und Beschwerdebefugnis für ausreichend, dass der Kiesgrubenverkehr auf ihren Grundstücken gehört werden könne und der Lastwagenlärm je nach Jahreszeit, Windrichtung und Witterung stärker oder schwächer spürbar sei. Dieser Auffassung kann nicht zugestimmt werden. Das Bundesgericht hat bereits in <ref-ruling> ff. E. 3 S. 160 festgehalten, dass Immissionen aus dem Zubringerverkehr einer Anlage mit zunehmender Distanz zum Primärbetrieb in den allgemeinen Verkehrsimmissionen aufgehen können und damit die besondere Beziehungsnähe zur Streitsache unterbrochen werden kann. Die Immissionen aus dem Zubringerverkehr müssen für den Anwohner deutlich wahrnehmbar sein, damit er zur Beschwerde legitimiert ist (<ref-ruling> E. 1c S. 228 f.; <ref-ruling> E. 1c S. 102).
Diese Voraussetzung ist im vorliegenden Fall nicht gegeben.
Zwischen den Parzellen der Beschwerdeführerin und der Kieswerkstrasse besteht ein hinreichender Abstand und eine Böschung sowie ein kleiner Waldsaum, so dass die Immissionen aus dem Kiesgrubenverkehr für sie nicht mehr deutlich wahrnehmbar sind. Aus den unbestrittenen Ausführungen im verwaltungsgerichtlichen Urteil ergibt sich zudem, dass auf den Grundstücken der Beschwerdeführerin vor allem die Schallimmissionen aus dem übrigen, vom Grubenverkehr unabhängigen Verkehrsaufkommen (Autobahn A 12) sehr gut hörbar sind.
Unter diesen Umständen verstösst es nicht gegen Bundesrecht, der Beschwerdeführerin die Einsprache- und Beschwerdebefugnis abzusprechen.
e) Wurde die Einsprache- und Beschwerdebefugnis der Beschwerdeführerin von den Vorinstanzen zu Recht verneint, so kann das Bundesgericht auf die von der Beschwerdeführerin gegen den Gesamtentscheid vom 17. Februar 1999 und die Rodungsbewilligung vom 13. April 1999 erhobenen materiellen und verfahrensrechtlichen Rügen mangels Beschwerdelegitimation (Art. 103 lit. a OG) nicht eintreten.
3.- Zu prüfen ist indessen die Rüge, das Verwaltungsgericht habe die Kosten des Verfahrens vor der BVE sowie des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens zu Unrecht der Beschwerdeführerin auferlegt und sie zusätzlich - ebenfalls zu Unrecht - zur Bezahlung einer Parteientschädigung an die Kessler AG verpflichtet (<ref-ruling> E. 1b S. 277 ff.; <ref-ruling> E. 1c S. 146). Die Auslegung und Anwendung von kantonalem Verfahrensrecht prüft das Bundesgericht auch im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde auf Willkür hin (<ref-ruling> E. 10b S. 358; <ref-ruling> E. 1b S. 329 f., je mit Hinweisen).
a) Die Beschwerdeführerin beruft sich auf Art. 108 Abs. 1 und 3 VRPG, wonach sowohl die Verfahrens- als auch die Parteikosten der unterliegenden Partei aufzuerlegen sind, sofern nicht das prozessuale Verhalten einer Partei oder besondere Umstände eine andere Kostenregelung rechtfertigen.
Die Beschwerdeführerin erblickt besondere Umstände im Sinne der genannten Bestimmungen darin, dass das Verwaltungsgericht anerkannt habe, dass es sich beim umstrittenen Kiesabbau um ein planungspflichtiges Vorhaben handle. Der erforderliche Nutzungsplan sei von der Stimmbürgerschaft erst während des verwaltungsgerichtlichen Verfahrens erlassen worden, und er sei auch heute noch nicht rechtskräftig.
Daraus ergebe sich, dass die Beschwerde an die BVE zu Recht erhoben worden sei und nicht von einem vollumfänglichen Unterliegen der Beschwerdeführerin gesprochen werden könne.
b) Das Verwaltungsgericht führt im angefochtenen Entscheid aus, der Mangel der fehlenden Nutzungsplanung sei mit der Annahme der Überbauungsordnung in der Volksabstimmung vom 21. Mai 2000 geheilt worden. Trotzdem habe Gertrud Gilgen ihre Anträge im verwaltungsgerichtlichen Verfahren nicht geändert, sondern diese in ihrer Stellungnahme vom 31. Mai 2000 zum Protokoll des Augenscheins vom 10. Mai 2000 bestätigt. Bei dieser Sachlage gelte sie als unterliegende Partei, welche die entsprechenden Kostenfolgen zu tragen habe.
c) Das Bundesgericht kann die beanstandete Kostenregelung wie erwähnt (vorne E. 3) nur aufheben, wenn sie sich als willkürlich erweist. Willkürlich ist ein Entscheid nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre, sondern erst, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, zur tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Willkür liegt sodann nur vor, wenn nicht bloss die Begründung eines Entscheids, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 5 S. 250; <ref-ruling> E. 4a; <ref-ruling> E. 3a S. 66 f.).
Die kritisierte Kostenregelung kann nicht als willkürlich im Sinne der bundesgerichtlichen Rechtsprechung bezeichnet werden. Auch wenn die von der Beschwerdeführerin verlangte Korrektur der Kostenverlegung angesichts der Umstände der vorliegenden Angelegenheit im Lichte des Art. 108 VRPG vertretbar wäre, verstösst die vom Verwaltungsgericht beschlossene Kostenpflicht nicht gegen <ref-law>. Das Verwaltungsgericht hat mit haltbarer Begründung dargelegt, aus welchen Gründen es die umstrittene Kostenregelung getroffen hat. Die von der Beschwerdeführerin dagegen angeführte Kritik vermag den Willkürvorwurf nicht zu begründen.
4.- Zusammenfassend ergibt sich, dass auf die staatsrechtliche Beschwerde nicht eingetreten werden kann und die Verwaltungsgerichtsbeschwerden abzuweisen sind, soweit auf sie eingetreten werden kann.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 OG). Diese hat der anwaltlich vertretenen Beschwerdegegnerin zudem eine angemessene Parteientschädigung auszurichten (Art. 159 Abs. 2 und 5 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Auf die staatsrechtliche Beschwerde wird nicht eingetreten.
2.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerden werden abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
3.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 3'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
4.- Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000.-- zu entschädigen.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien, der Einwohnergemeinde Köniz, der Bau-, Verkehrs- und Energiedirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Verwaltungsrechtliche Abteilung, sowie dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft und dem Eidgenössischen Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 7. Februar 2001
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: