Faits:
A. Le 31 août 2009, aux alentours de 16h15, A._, circulait au volant de sa voiture sur la route du Golf en direction du centre de Crans-Montana. A la hauteur de l'immeuble "le Dom", le car qui le précédait s'est arrêté sur l'espace réservé à cet effet pour décharger des passagers, pour la plupart des enfants rentrant de l'école. Les photographies versées au dossier de police montrent qu'à cet endroit deux passages pour piétons équipés d'un îlot refuge sont situés de part et d'autre de la place d'arrêt aménagée en encoche. Alors qu'il doublait le car à l'arrêt, A._ "se trouva soudainement en présence" de B._, fillette de 7 ans qui traversait la route devant le bus quelques mètres avant le passage pour piétons. Celle-ci est venue heurter le véhicule de A._ à la hauteur du rétroviseur droit et s'est également fait rouler sur les pieds.
B. Le 24 août 2010, le Service de la circulation routière et de la navigation du canton du Valais (SCN) a retiré le permis de conduire de A._ pour une durée de trois mois dès le dépôt. Saisi d'un recours de l'intéressé, le Conseil d'Etat a confirmé cette décision le 11 janvier 2012.
Par arrêt du 28 juin 2012, la Cour de droit public du Tribunal cantonal du Valais a rejeté le recours formé par A._ contre la décision du Conseil d'Etat. En substance, les juges cantonaux ont considéré que A._ avait sérieusement mis en danger la sécurité d'autrui et n'avait pas fait preuve de l'attention accrue que la présence d'un autocar aux heures de sortie des écoles, stationné à proximité directe de deux passages pour piétons, requérait. Le Conseil d'Etat, en retenant une faute grave, avait fait preuve de sévérité compte tenu de l'allure réduite (10 km/h) à laquelle circulait l'automobiliste, mais n'avait pas abusé de son pouvoir d'appréciation.
C. Par acte du 5 septembre 2012, A._ recourt contre cet arrêt auprès du Tribunal fédéral. Il conclut à ce que la durée du retrait de permis soit réduite de trois à un mois.
Le Tribunal cantonal et le Service de la circulation routière et de la navigation renoncent à se déterminer. Le Conseil d'Etat et l'Office fédéral des routes se réfèrent aux considérants de l'arrêt attaqué et concluent au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. La voie du recours en matière de droit public, au sens des <ref-law>, est ouverte contre les décisions prises en dernière instance cantonale au sujet de mesures administratives de retrait du permis de conduire dans la mesure où aucun motif d'exclusion au sens de l'<ref-law> n'entre en considération. Déposé en temps utile (<ref-law>) et en la forme prévue (<ref-law>) par le destinataire de l'arrêt attaqué qui a un intérêt digne de protection à l'annulation ou à la modification de celui-ci (<ref-law>), le présent recours est recevable.
2. Le recourant se plaint d'une constatation inexacte des faits. L'arrêt cantonal méconnaîtrait que c'est la fillette qui serait venue heurter son véhicule à hauteur de sa portière et non l'inverse. Il ne serait en outre pas établi avec un degré de vraisemblance suffisant que son véhicule a roulé sur les pieds de l'enfant et, pour autant que cela se soit produit, ce ne pourrait être qu'avec la roue arrière droite et non la roue avant.
2.1 Le Tribunal fédéral statue en principe sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>), sous réserve des cas prévus à l'<ref-law>. Selon l'<ref-law>, il ne peut s'en écarter que si les constatations de ladite autorité ont été établies en violation du droit au sens de l'<ref-law> ou de façon manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire (<ref-law>), et pour autant que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause (<ref-ruling> consid. 4.1.2 p. 62; <ref-ruling> consid. 2.4 p. 314). Si le recourant entend se prévaloir de constatations de faits différentes de celles de l'autorité précédente (cf. <ref-law>), il doit expliquer de manière circonstanciée en quoi les conditions d'une exception prévue par l'<ref-law> seraient réalisées. A défaut, il n'est pas possible de tenir compte d'un état de fait divergent de celui retenu dans l'acte attaqué. En particulier, le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (<ref-ruling> consid. 3 p. 104 et les arrêts cités).
2.2 Le Tribunal cantonal a indiqué laisser indécise la question de savoir si la collision entre le véhicule et l'enfant était ou non liée à un comportement incorrect de celle-ci, considérant que cela ne déchargeait pas le recourant de tout manquement à ses devoirs de conducteur. L'état de fait de l'arrêt attaqué retient toutefois que, "d'après la reconstitution policière, l'enfant se serait dirigée en direction de l'îlot [refuge] depuis l'avant de [la] place [d'arrêt du bus] et, pénétrant sur la chaussée, se serait heurtée au véhicule conduit par A._, quelques mètres au-devant du passage pour piétons" (arrêt attaqué consid. A p. 2). Ainsi, les éléments figurant au dossier, en particulier le rapport de police selon lequel c'est bien la fillette qui a heurté le véhicule déjà engagé devant elle et non l'inverse, ont été pris en considération par la cour cantonale. Celle-ci a du reste expressément précisé qu'il n'était pas nécessaire de requérir le dossier pénal, celui-ci se fondant uniquement sur le rapport de police. Les faits tels qu'ils ressortent du rapport de police doivent donc être considérés comme établis par la Cour de droit public du Tribunal cantonal. Autre est la question de l'appréciation que celle-ci a ensuite livrée sur cet état de fait, examen qui relève du droit.
Se référant aux constatations de la police, le Tribunal cantonal a retenu que la fillette s'était fait rouler sur les pieds. Le rapport de police s'appuie sur les traces de pneus relevées sur les chaussures de la fillette, sur les déclarations de celle-ci et sur les observations du médecin qui l'a reçue en consultation à l'hôpital de Sion. Contrairement à ce qu'affirme le recourant, les photos des chaussures de l'enfant figurent au dossier en annexe au rapport de police. Il existe ainsi tout au plus une incertitude quant à savoir laquelle des roues - avant ou arrière - est passée sur les pieds de la fillette, mais non sur le fait même que cela s'est produit.
Il n'y a donc pas d'arbitraire dans la constatation des faits de l'arrêt attaqué.
3. Selon le recourant, l'arrêt cantonal viole les art. 16a, 16b, 16c, 26 al. 1, 31 al. 1, 32, ainsi que 33 al. 2 et 3 LCR.
3.1 Les juges cantonaux ont considéré que le recourant avait enfreint l'art. 33 al. 2 et 3 LCR car il n'avait pas fait preuve de l'attention accrue requise par les circonstances. Le bus arrêté le privant de visibilité sur la droite, le recourant aurait dû s'arrêter jusqu'à voir parfaitement pour anticiper la traversée brusque d'usagers de ce bus, notamment d'enfants, événement hautement probable selon les juges. Considérant que la vitesse certes modérée à laquelle circulait le recourant était inadaptée aux circonstances du fait que l'enfant avait été touchée, le Tribunal cantonal a par ailleurs implicitement constaté la violation de l'<ref-law>. Il a également retenu une perte de maîtrise au sens de l'<ref-law>, cette infraction étant toutefois absorbée par celle de l'<ref-law>. L'arrêt attaqué fait aussi référence à l'art. 26 al. 1 et 2 LCR, et relève que le principe de la confiance n'est pas applicable en l'espèce car la piétonne était une jeune enfant et descendait du bus qu'elle venait d'emprunter. Enfin, le Tribunal cantonal a jugé que, compte tenu de la violation des règles précitées, l'infraction ne pouvait être qualifiée de légère au sens de l'<ref-law>, seule une infraction moyennement grave ou grave au sens des art. 16b et 16c LCR entrant en considération. Au vu des circonstances et de la violation de l'<ref-law> qui est une règle fondamentale de la circulation, et en dépit de l'allure modérée de 10 km/h, les autorités précédentes n'avaient pas excédé leur important pouvoir d'appréciation, de sorte que l'infraction grave au sens de l'<ref-law> pouvait être retenue et le retrait du permis de conduire pour trois mois confirmé.
3.2 A teneur de l'<ref-law>, le conducteur devra rester constamment maître de son véhicule de façon à pouvoir se conformer au devoir de prudence. En vertu de l'<ref-law>, le conducteur facilitera aux piétons la traversée de la chaussée (al. 1). Avant les passages pour piétons, le conducteur circulera avec une prudence particulière et, au besoin, s'arrêtera pour laisser la priorité aux piétons qui se trouvent déjà sur le passage ou s'y engagent (al. 2). Aux endroits destinés à l'arrêt des véhicules des transports publics, le conducteur aura égard aux personnes qui montent dans ces véhicules ou en descendent (al. 3). Selon l'<ref-law>, la vitesse doit toujours être adaptée aux circonstances, notamment aux particularités du véhicule et du chargement, ainsi qu'aux conditions de la route, de la circulation et de la visibilité. L'art. 4 al. 3 de l'ordonnance du 13 novembre 1962 sur les règles de la circulation routière (OCR; RS 741.11) précise que le conducteur doit réduire sa vitesse et s'arrêter au besoin lorsque des enfants non attentifs à la circulation se trouvent sur la route ou à ses abords.
Le conducteur doit vouer à la route et au trafic toute l'attention possible, le degré de cette attention devant être apprécié au regard de toutes les circonstances, telles que la densité du trafic, la configuration des lieux, l'heure, la visibilité et les sources de danger prévisibles (<ref-ruling> consid. 3c/bb p. 44; <ref-ruling> consid. 2b p. 228; <ref-ruling> consid. 2b p. 104). La "prudence particulière" avant les passages pour piétons que doit adopter le conducteur selon l'<ref-law> signifie qu'il doit porter une attention accrue à ces passages protégés et à leurs abords par rapport au reste du trafic et être prêt à s'arrêter à temps si un piéton traverse la chaussée ou en manifeste la volonté (arrêt 1C_87/2009 du 11 août 2009 consid. 3.2 in JdT 2009 I 512; arrêt 6S.96/2006 du 3 avril 2006 consid. 2.2 in JdT 2006 I 439; cf. <ref-ruling> consid. 4b p. 291 s.; <ref-ruling> consid. 1a p. 285). Normalement, le conducteur n'est toutefois pas obligé de réduire sa vitesse à l'approche d'un passage pour piétons lorsque personne ne se trouve à proximité, s'il peut admettre qu'aucun piéton ne va surgir à l'improviste ou encore si on lui fait clairement comprendre qu'il a la priorité. La visibilité du conducteur doit néanmoins porter sur toute la chaussée et sur le trottoir à proximité du passage. Si le conducteur ne bénéficie pas d'une telle visibilité, il doit ralentir de manière à pouvoir accorder la priorité aux piétons dissimulés derrière l'obstacle (cf. arrêts 1C_504/2011 du 17 avril 2012 consid. 2.4; 6B_493/2011 du 12 décembre 2011 consid. 4.2.2; 6B_1070/2009 du 22 mars 2010 consid. 3.2 in RtiD 2010 II 143; 6S.96/2006 du 3 avril 2006 consid. 2.2 in JdT 2006 I 439). L'automobiliste doit notamment adapter sa vitesse à l'approche d'un arrêt de transport public où il peut s'attendre à ce que des gens s'élancent sur la chaussée pour attraper le bus, ce qui constitue un état de fait dangereux (<ref-ruling> consid. 2 p. 244 s.; arrêts 4A_479/2009 du 23 décembre 2009 consid. 5.2; 6S.96/2006 du 3 avril 2006 consid. 2.2).
L'<ref-law> prescrit que chacun doit se comporter, dans la circulation, de manière à ne pas gêner ni mettre en danger ceux qui utilisent la route conformément aux règles établies (al. 1). La jurisprudence a déduit de cette règle le principe de la confiance, qui permet à l'usager qui se comporte réglementairement d'attendre des autres usagers, aussi longtemps que des circonstances particulières ne doivent pas l'en dissuader, qu'ils se comportent également de manière conforme aux règles de la circulation, c'est-à-dire ne le gênent ni ne le mettent en danger (<ref-ruling> consid. 2b p. 87 et les références; arrêt 6S.325/2006 du 3 novembre 2006 consid. 2.2 publié in JdT 2006 I 434). Selon l'<ref-law>, une prudence particulière s'impose à l'égard des enfants, des infirmes et des personnes âgées, et de même s'il apparaît qu'un usager de la route va se comporter de manière incorrecte. Le principe de la confiance ne s'applique donc pas à l'égard de ces personnes (<ref-ruling> consid. 2 p. 239 s.; arrêt 6S.721/2001 du 18 février 2002 consid. 2b/aa). Au contraire, les jeunes enfants présentent souvent des excitations momentanées et des comportements spontanés et imprévisibles auxquels un conducteur doit toujours s'attendre; il doit dès lors se comporter en conséquence (arrêt 6S.721/2001 précité et les références citées).
3.3 Le rapport de police retient que la fillette est venue heurter le véhicule du recourant, qui se trouvait déjà devant elle sur la chaussée. Dans ces conditions, il est en effet discutable de parler d'une perte de maîtrise du véhicule car tel ne semble pas être le cas. On ne peut pas reprocher au recourant de ne pas avoir freiné à temps, puisque la fillette a surgi alors que le véhicule était déjà passé devant elle et qu'aucune man?uvre d'évitement n'aurait été possible. Cela étant, l'applicabilité de l'<ref-law> au cas d'espèce n'est pas décisive dès lors que, pour la cour cantonale, cette infraction devait être absorbée par la règle de l'<ref-law>. Le grief de la perte de maîtrise retenu à charge du recourant n'a ainsi pas de portée propre dans la mesure où les autres violations de la LCR doivent être confirmées.
3.3.1 Le bus déchargeait des enfants, ce que le recourant avait remarqué. Celui-ci ne peut donc se prévaloir du principe de la confiance énoncé ci-dessus. Il devait envisager l'hypothèse d'un comportement non conforme aux règles de la circulation de la part des écoliers. Constatant au surplus que le bus lui masquait partiellement la vue sur ce qui se passait sur le trottoir, le recourant ne pouvait s'avancer qu'avec une extrême prudence, de façon à pouvoir éviter tout enfant qui aurait surgi à l'improviste, même hors passage pour piétons. La cour cantonale n'a ainsi pas violé le droit fédéral en jugeant que le recourant ne pouvait se prévaloir de l'<ref-law> et que l'art. 26 al. 2 lui imposait un devoir de prudence accru.
3.3.2 On peut cependant difficilement reprocher au recourant de ne pas s'être arrêté au passage pour piétons. Il n'est en effet pas exclu qu'à la vitesse modérée à laquelle il circulait, il eût été en mesure de freiner pour laisser passer un enfant, même surgissant brusquement, sur le passage pour piétons, voire avant ce passage. On peut de même s'interroger sur le reproche qui lui est fait de n'avoir pas fait preuve de l'attention accrue que la situation requérait de lui. Le fait qu'il n'a pas aperçu la fillette lorsqu'elle est venue heurter son véhicule à hauteur du rétroviseur droit ne permet en tout cas pas de déduire un manque d'attention de sa part. Cela montre en revanche que la vitesse à laquelle il circulait était encore trop élevée pour le cas de figure particulier (présence d'enfants, sortant d'un bus, ce bus masquant la visibilité tant au recourant qu'aux enfants souhaitant traverser). En dépit de toute l'attention que le conducteur a pu porter aux abords de la route, il ne pouvait voir tout ce qui se passait à proximité de l'arrêt de bus, et il devait partir de l'idée que les usagers du bus qui venaient d'en sortir ne pouvaient le voir non plus. Dans ces circonstances, il devait s'arrêter ou, à tout le moins circuler au pas lors de son dépassement du bus. A une allure de 10 km/h, il roulait déjà à une vitesse inadaptée, en violation des art. 26 al. 1 et 32 al. 1 LCR, ainsi que 4 al. 3 OCR.
4. Le recourant considère que la cour cantonale aurait dû retenir une infraction moyennement grave et non grave aux règles de la LCR.
4.1 La LCR distingue les infractions légères, moyennement graves et graves (art. 16a-16c LCR). Selon l'<ref-law>, commet une infraction légère la personne qui, en violant les règles de la circulation, met légèrement en danger la sécurité d'autrui et à laquelle seule une faute bénigne peut être imputée. En cas d'infraction particulièrement légère, il est renoncé à toute mesure administrative (<ref-law>). Dans les autres cas, il ne peut être renoncé au retrait du permis du conducteur fautif au profit d'un avertissement seulement si, au cours des deux dernières années, le permis ne lui a pas été retiré et qu'aucune autre mesure administrative n'a été prononcée (art. 16a al. 2 et 3 LCR). Commet une infraction moyennement grave selon l'<ref-law> la personne qui, en violant les règles de la circulation, crée un danger pour la sécurité d'autrui ou en prend le risque. Dans cette hypothèse, le permis est retiré pour un mois au minimum (<ref-law>). Commet une infraction grave selon l'<ref-law> la personne qui, en violant gravement les règles de la circulation, met sérieusement en danger la sécurité d'autrui ou en prend le risque. Conformément à l'<ref-law>, le permis de conduire est retiré pour trois mois au minimum après une infraction grave. Le législateur conçoit l'<ref-law> comme l'élément dit de regroupement. Cette disposition n'est ainsi pas applicable aux infractions qui tombent sous le coup des art. 16a al. 1 let. a et 16c al. 1 let. a LCR. Dès lors, l'infraction est toujours considérée comme moyennement grave lorsque tous les éléments constitutifs qui permettent de la privilégier comme légère ou au contraire de la qualifier de grave ne sont pas réunis. Tel est par exemple le cas lorsque la faute est grave et la mise en danger bénigne ou, inversement, si la faute est légère et la mise en danger grave (<ref-ruling> consid. 2.2.2 p. 141; arrêt 6A.16/2006 du 6 avril 2006 consid. 2.1.1 in JdT 2006 I 442).
D'après la jurisprudence, la faute d'un conducteur qui a heurté une personne engagée sur un passage pour piétons en ne s'arrêtant pas à temps ne peut être qualifiée de légère (arrêts 1C_87/2009 du 11 août 2009; 6A.83/2000 du 31 octobre 2000; 6A.43/2000 du 22 août 2000). Le Tribunal fédéral a notamment confirmé que commettent une faute grave le conducteur qui, circulant à 30 km/h dans une zone à important trafic piétonnier et après avoir contourné un îlot de tram, renverse mortellement une dame âgée à quelques mètres d'un passage pour piétons (arrêt 1C_402/2009 du 17 février 2010), le motocycliste qui, de nuit et sur une chaussée mouillée, n'ayant remarqué que tardivement un piéton sur un passage sécurisé, effectue un freinage d'urgence entraînant la chute de sa moto qui renverse alors le piéton (arrêt 1C_87/2009 précité), de même que le conducteur qui, ébloui plusieurs fois par le soleil, continue de circuler à 55 km/h à l'intérieur d'une localité, en particulier sur un passage pour piétons, sans visibilité (arrêt 6S.628/2001 du 29 novembre 2001). Ont en revanche commis une faute moyennement grave le conducteur qui a démarré en faisant crisser les pneus lors du passage au vert du signal lumineux, sans prendre garde au feu orange clignotant et a renversé un piéton qui traversait normalement au feu vert sur un passage sécurisé (arrêt 1C_253/2012 du 29 août 2012), la conductrice qui n'a pas accordé la priorité à un piéton déjà engagé sur le passage protégé au motif qu'une camionnette lui masquait la vue (arrêt 1C_504/2011 17 avril 2012), l'automobiliste qui, ébloui par les phares d'un véhicule venant en sens inverse, n'a pas pu freiner à temps et a renversé un piéton qui avait déjà traversé plus de la moitié du passage protégé (arrêt 1C_594/2008 du 27 mai 2009), la conductrice inattentive qui a heurté une piétonne engagée sur un passage sécurisé peu après avoir bifurqué à gauche (arrêt 6A.83/2000 précité), ou encore le conducteur qui, à l'approche d'un carrefour, alors qu'il réduisait son allure et concentrait son attention sur les véhicules venant de sa gauche, a remarqué tardivement la piétonne qui avait traversé les trois quart d'un passage sécurisé, l'a heurtée et fait chuter (arrêt 6A.43/2000 précité).
4.2 A la différence de la plupart des cas précités, il ne s'agit pas ici d'un automobiliste qui a renversé un piéton se trouvant déjà sur un passage sécurisé ou sur la chaussée. Dans le cas d'espèce, c'est la piétonne qui, s'élançant brusquement sur la route, a heurté le véhicule du recourant, déjà engagé devant elle. Un freinage ne permettait plus d'éviter le heurt et, ainsi que cela a été relevé ci-dessus, il n'y a pas eu à proprement parler de perte de maîtrise du véhicule. Les infractions retenues - avoir circulé à une vitesse inadaptée, avoir mésestimé la prudence particulière que les circonstances imposaient et ne pas avoir fait preuve de prudence suffisante à l'abord d'un passage pour piétons - caractérisent une seule et même erreur, celle de ne pas avoir suffisamment ralenti, au besoin jusqu'à l'arrêt complet. Le recourant n'a pas fait preuve d'un comportement cavalier, d'un mépris pour les autres usagers de la route ou d'une pleine inconscience de la précarité de la situation. Il a perçu les particularités des circonstances et les a prises en considération puisqu'il a fortement ralenti son allure. Il l'a certes insuffisamment fait. Mais, au vu de son comportement, il est toutefois excessif de retenir une faute grave.
A juste titre la cour cantonale relève que la distinction entre une infraction moyennement grave et une infraction grave est difficile à établir. Cela signifie que la détermination de la gravité de l'infraction doit se faire de cas en cas et non qu'elle relève de l'opportunité. Déterminer la disposition applicable - l'<ref-law> ou 16c LCR - est une question de droit que le Tribunal cantonal, à l'instar du Tribunal fédéral (<ref-law>), devait revoir librement. Avec la cour cantonale, il y a lieu de constater la sévérité de l'appréciation des autorités intimées. Comparaison faite avec les cas exposés ci-dessus présentant des similitudes avec le cas d'espèce, il convient de retenir que le recourant a commis une faute moyennement grave. Cette appréciation donne lieu à l'application de l'art. 16b al. 2 let. a, en vertu duquel le permis de conduire est retiré pour un mois au minimum. Comme l'ont retenu implicitement les instances précédentes, il n'y a pas d'élément particulier qui justifierait de s'écarter du minimum légal. Le permis de conduire du recourant doit donc être retiré pour une durée d'un mois.
5. Il découle de ce qui précède que le recours doit être admis et l'arrêt du 28 juin 2012 réformé en ce sens que la durée du retrait de permis est ramenée à un mois. Le recourant, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens, à la charge du canton du Valais (<ref-law>). Il n'y a pas lieu de percevoir des frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis. L'arrêt attaqué est réformé en ce sens que le permis de conduire du recourant est retiré pour une durée d'un mois.
2. Il n'est pas perçu de frais judiciaires.
3. Une indemnité de 2'000 fr. est allouée au recourant, à titre de dépens, à la charge du canton du Valais.
4. La cause est renvoyée au Tribunal cantonal pour nouvelle décision sur les frais et dépens de la procédure cantonale.
5. Le présent arrêt est communiqué au mandataire du recourant, au Service de la circulation routière et de la navigation, au Conseil d'Etat et au Tribunal cantonal du canton du Valais, Cour de droit public, ainsi qu'à l'Office fédéral des routes.
Lausanne, le 17 décembre 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Sidi-Ali