Ritenuto in fatto e considerando in diritto:
1. Nel 1999 C._ e B._ hanno incaricato la A._SA di eseguire il rivestimento in piastrelle e in pietra naturale di una piscina esterna. L'ultimo intervento di tale impresa concernente il predetto appalto risale al 31 maggio 2001.
2. Poiché i committenti hanno unicamente pagato un acconto di fr. 15'000.--, l'appaltatrice ha chiesto con petizione 8 luglio 2008 al Pretore del distretto di Lugano di condannare C._ e B._ a versarle l'importo residuo di fr. 43'163.45. All'udienza del 27 novembre 2008 il Pretore ha disposto la discussione dell'eccezione di prescrizione - fondata sull'<ref-law> (lavori d'artigiani) - sollevata dai convenuti e ha respinto, perché ha ritenuto la prova irrilevante, la richiesta dell'attrice di ordinare, qualora egli "dovesse avere dei dubbi", una perizia per dimostrare che i lavori da lei effettuati "non hanno un mero e semplice carattere di manualità". Con sentenza 1° ottobre 2010 il Pretore ha accolto l'eccezione di prescrizione e ha respinto la petizione.
3. Il 9 marzo 2011 la II Camera civile del Tribunale di appello del Cantone Ticino ha respinto un appello dell'attrice. La Corte cantonale ha ritenuto infondata la lamentela dell'appellante concernente la mancata erezione della predetta perizia, indicando che questa era stata chiesta al Pretore per l'eventualità, non verificatasi, che egli avesse dei dubbi. I Giudici d'appello hanno poi confermato l'opinione del Pretore, richiamando la giurisprudenza di questo Tribunale ed apprezzando le prove agli atti e gli allegati delle parti, che in concreto i lavori svolti dall'appaltatrice erano dei lavori d'artigiani nel senso dell'<ref-law>.
4. Con ricorso in materia civile del 13 aprile 2011 la A._SA chiede al Tribunale federale di annullare la sentenza di appello, di ordinare la perizia e di rinviare l'incarto all'autorità inferiore per nuovo giudizio. Dei motivi del ricorso si dirà, per quanto necessario ai fini del presente giudizio, nei considerandi che seguono.
Con risposta 30 maggio 2011 C._ e B._ propongono che il ricorso sia dichiarato inammissibile e, per l'eventualità che sia considerato ricevibile, chiedono che sia respinto.
5. La sentenza impugnata è una decisione finale (<ref-law>) che è stata emanata dall'ultima istanza cantonale (<ref-law>) in una causa civile (<ref-law>) con un valore di lite manifestamente superiore al limite di fr. 30'000.-- previsto dall'<ref-law>. Il tempestivo (<ref-law>) ricorso inoltrato dalla parte soccombente (<ref-law>) è quindi in linea di principio ammissibile.
Si rivela per contro di primo acchito inammissibile, poiché non diretto contro la sentenza dell'ultima istanza cantonale, il rimprovero mosso al Pretore di aver violato l'<ref-law> per non aver motivato il suo rifiuto di assumere la perizia.
6. In linea di principio il Tribunale federale fonda il suo ragionamento giuridico sull'accertamento dei fatti svolto dall'autorità inferiore (<ref-law>) e può scostarsene o completarlo unicamente se è stato effettuato in violazione del diritto nel senso dell'<ref-law> o in modo manifestamente inesatto (<ref-law>). L'accertamento dei fatti contenuto nella sentenza impugnata può essere censurato alle stesse condizioni (<ref-law>). Poiché la definizione di "manifestamente inesatto" corrisponde a quella dell'arbitrio (<ref-ruling> consid. 1.2.2) e configura a sua volta la violazione di un diritto fondamentale (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 1.4.1), valgono le accresciute esigenze di motivazione poste dall'<ref-law>. Questa norma prevede che il Tribunale federale esamina le censure di violazione di diritti costituzionali soltanto se il ricorrente le solleva e motiva in modo circostanziato (<ref-ruling> consid. 2.5). Per lamentare con un'ammissibile censura la violazione del divieto dell'arbitrio non è segnatamente sufficiente formulare una critica meramente appellatoria (<ref-ruling> consid. 2.8).
Per quanto concerne più in particolare l'apprezzamento delle prove giova ricordare che il giudice - il quale in questo ambito dispone di un ampio potere discrezionale - incorre nell'arbitrio se misconosce manifestamente il senso e la portata di un mezzo di prova, se omette senza valida ragione di tenere conto di un elemento di prova importante, suscettibile di modificare l'esito della vertenza, oppure se ammette o nega un fatto ponendosi in aperto contrasto con gli atti di causa o interpretandoli in modo insostenibile (<ref-ruling> consid. 4.1.2 pag. 62; <ref-ruling> consid. 4.3 pag. 62; <ref-ruling> consid. 2.1).
7. Nelle cause che vertono - come in concreto - su una pretesa del diritto privato federale, il diritto alla prova è disciplinato dall'<ref-law> e non dall'<ref-law> (sentenza 5A_726/2009 del 30 aprile 2010 consid. 3, non pubblicato in <ref-ruling>). L'<ref-law> non esclude tuttavia che sulla base di un apprezzamento anticipato non arbitrario delle prove, il giudice rifiuti l'assunzione di ulteriori prove, perché non le ritiene idonee a dimostrare i fatti allegati o perché reputa che un'ulteriore istruttoria non modificherebbe il suo convincimento fondato sulle prove già amministrate (<ref-ruling> consid. 2.6; <ref-ruling> consid. 3c).
7.1 La ricorrente pare ritenere che la Corte cantonale non abbia considerato necessaria l'assunzione di una perizia sulla natura dei lavori effettuati unicamente perché essa si sarebbe limitata a chiederla per il caso in cui il Pretore avesse avuto dei dubbi e afferma che in questo modo la Corte cantonale avrebbe travisato quanto detto all'udienza del 27 novembre 2008. Essa afferma di aver domandato l'allestimento della perizia per l'eventualità, verificatasi in concreto, che il Giudice di prime cure non condividesse il suo convincimento che i lavori svolti non siano soggetti alla prescrizione quinquennale dell'<ref-law>.
7.2 In concreto non occorre approfondire tale questione, perché la Corte cantonale, basandosi sulle prove agli atti e sugli allegati dell'attrice qui ricorrente, è giunta alla conclusione che i lavori per cui questa pretende di essere pagata sono dei lavori di artigiani nel senso dell'<ref-law>. I giudici cantonali basandosi sull'offerta allestita dall'attrice e prodotta dai convenuti, sui bollettini di lavoro allestiti e prodotti dall'attrice, nonché sulla petizione e sulla replica in cui veniva indicato che l'appalto comprendeva "solamente la posa dei rivestimenti (piastrelle e pietra naturale)" hanno maturato il convincimento che in concreto si trattava di lavori "in cui la parte manuale è stata, se non esclusiva, in ogni caso preponderante, senza necessità di pianificazione e di coordinazione con altri artigiani".
7.3 Dalla descritta valutazione dell'incartamento della causa operata dalla Corte cantonale - contro la quale la ricorrente non formula alcuna critica che soddisfa le esigenze di motivazione dell'<ref-law> - emerge che i Giudici d'appello hanno ritenuto, sulla base di un apprezzamento anticipato non arbitrario delle prove, inutile l'assunzione della predetta perizia. Ne segue che l'argomentazione ricorsuale attinente ad una pretesa violazione del diritto alla prova si rivela infondata.
8. In queste circostanze si appalesa altrettanto inconsistente la pretesa violazione del divieto dell'arbitrio sollevata con riferimento all'<ref-law>/TI, norma che reca il titolo marginale "onere della prova". Infatti, ammesso che tale disposto abbia una portata propria rispetto all'<ref-law>, quando in base all'apprezzamento delle prove il giudice ritiene - come in concreto - provato un fatto (la preponderanza della parte manuale dei lavori eseguiti senza la necessità di coordinazione e pianificazione con altri artigiani), la questione dell'onere della prova diviene senza oggetto (<ref-ruling> consid. 3.4).
9. Da quanto precede discende che il ricorso si rivela, nella misura in cui risulta ammissibile, infondato e va come tale respinto. Le spese giudiziarie e le ripetibili seguono la soccombenza (art. 66 cpv. 1 e art. 68 cpv. 1 LTF).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico della ricorrente, che rifonderà agli opponenti complessivi fr. 2'500.-- per ripetibili della sede federale.
3. Comunicazione ai patrocinatori delle parti e alla II Camera civile del Tribunale d'appello del Cantone Ticino.