Sachverhalt:
A.
A._, geboren 1973, meldete sich im April 2012 unter Hinweis auf Methadon-Einnahme, Alkoholkonsum und Depression bei der Invalidenversicherung zum Leistungsbezug an. Die IV-Stelle des Kantons Zürich holte in der Folge einen Bericht der Klinik B._ vom 27. Juni 2012 sowie eine Stellungnahme des Dr. med. C._, Facharzt Arbeitsmedizin des Regionalen Ärztlichen Dienstes (RAD) vom 22. August 2012 ein. Nach Durchführung des Vorbescheidverfahrens wies die IV-Stelle mit Verfügung vom 29. Oktober 2012 den Anspruch auf Leistungen der Invalidenversicherung ab.
B.
Die dagegen erhobene Beschwerde, in deren Folge u.a. ein Arztbericht des med. pract. D._, Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie FMH, vom 18. April 2013 eingereicht wurde, wies das Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich mit Entscheid vom 30. Oktober 2013 ab.
C.
Mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten lässt der Versicherte beantragen, in Aufhebung des kantonalen Gerichtsentscheides sei die Sache an die Vorinstanz (eventualiter an die IV-Stelle) zurückzuweisen, damit sie ein unabhängiges psychiatrisches Gutachten in Auftrag gebe. Zudem wird um Gewährung der unentgeltlichen Rechtspflege ersucht.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1.
1.1. Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann wegen Rechtsverletzung gemäss Art. 95 f. BGG erhoben werden. Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Immerhin prüft es, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Es legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Es kann die Sachverhaltsfeststellung von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht (<ref-law>).
1.2. Bei den vorinstanzlichen Feststellungen zum Gesundheitszustand und zur Arbeitsfähigkeit der versicherten Person handelt es sich grundsätzlich um Entscheidungen über Tatfragen (<ref-ruling> E. 3.2 S. 397 ff.). Dagegen ist die Beachtung des Untersuchungsgrundsatzes und der Beweiswürdigungsregeln nach <ref-law> Rechtsfrage (<ref-ruling> E. 3.2 und 4 S. 397 ff.).
2.
Streitig und zu prüfen ist der Anspruch auf eine Rente der Invalidenversicherung und dabei die Frage, ob eine invaliditätsbegründende Gesundheitsschädigung vorliegt.
2.1. Das kantonale Gericht hat im angefochtenen Entscheid die Bestimmungen und Grundsätze über die Invalidität (<ref-law>; <ref-law>), die Erwerbsunfähigkeit (<ref-law>), die Aufgabe des Arztes oder der Ärztin im Rahmen der Invaliditätsbemessung (<ref-ruling> E. 4 S. 261), den Beweiswert und die Beweiswürdigung medizinischer Berichte und Gutachten (<ref-ruling> E. 3a S. 352) sowie die Rechtsprechung betreffend IV-rechtlicher Relevanz psychischer Gesundheitsschädigungen (<ref-ruling> E. 1.2 S. 50 mit Hinweisen) zutreffend wiedergegeben, worauf verwiesen wird.
2.2. Richtig festgehalten hat die Vorinstanz zudem, dass nach ständiger Rechtsprechung Alkoholismus, Medikamentenmissbrauch und Drogensucht keine Invalidität im Sinne des Gesetzes begründen. Vielmehr wird eine solche Sucht invalidenversicherungsrechtlich erst bedeutsam, wenn sie ihrerseits eine Krankheit oder einen Unfall bewirkt hat, in deren Folge ein körperlicher oder geistiger die Erwerbsfähigkeit beeinträchtigender Gesundheitsschaden eingetreten ist, oder aber wenn sie selber Folge eines körperlichen oder geistigen Gesundheitsschadens ist, welchem Krankheitswert zukommt (vgl. <ref-ruling> E. 3c S. 268; AHI 2002 S. 30, I 454/99 E. 2a). Dabei ist das ganze für die Alkoholsucht massgebende Ursachen- und Folgespektrum in eine Gesamtwürdigung einzubeziehen, was impliziert, dass einer allfälligen Wechselwirkung zwischen Suchtmittelabhängigkeit und psychischer Begleiterkrankung Rechnung zu tragen ist. Was die krankheitsbedingten Ursachen der Alkoholsucht betrifft, ist für die invalidenversicherungsrechtliche Relevanz der Abhängigkeit erforderlich, dass dem Alkoholismus eine ausreichend schwere und ihrer Natur nach für die Entwicklung einer Suchtkrankheit geeignete Gesundheitsstörung zugrunde liegt, welche zumindest eine erhebliche Teilursache der Alkoholsucht darstellt. Mit dem Erfordernis des Krankheitswerts einer allfälligen verursachenden psychischen Krankheit wird verlangt, dass diese die Arbeits- und Erwerbsfähigkeit einschränkt. Wenn der erforderliche Kausalzusammenhang zwischen Alkoholsucht und krankheitswertigem psychischem Gesundheitsschaden besteht, sind für die Frage der noch zumutbaren Erwerbstätigkeit die psychischen und die suchtbedingten Beeinträchtigungen gesamthaft zu berücksichtigen (vgl. Urteil 9C_701/2012 vom 10. April 2013 E. 2 mit Hinweisen sowie Urteil 9C_706/2012 vom 1. Juli 2013 E. 3.2 mit Hinweis auf I 169/06 vom 8. August 2006 E. 2.2). Die Frage nach der objektiv zu verstehenden Zumutbarkeit [einer Tätigkeit] beurteilt sich entscheidend nach dem, was der Arzt, im Kontext der Psychiater als Facharzt, dazu sagt (Ulrich Meyer, Bundesgesetz über die Invalidenversicherung [IVG], 2. Aufl. 2010, S. 20 mit Hinweisen).
3.
3.1. Nach Wiedergabe der medizinischen Akten, namentlich des von der IV-Stelle eingeholten Berichts der Klinik B._ vom 27. Juni 2012, der Stellungnahme des RAD-Arztes Dr. med. C._ vom 22. August 2012 und des vom Beschwerdeführer eingereichten Berichts des Psychiaters med. pract. D._ vom 18. April 2013 gelangte die Vorinstanz in Bestätigung der Verwaltung zum Schluss, dass von einer rein suchtbedingten Arbeitsunfähigkeit auszugehen sei, welche mangels nachweisbaren anderen Ursachen invalidenversicherungsrechtlich nicht relevant sei. Sie stützte sich dabei auf den Aktenbericht des RAD-Arztes Dr. med. C._, den sie, beruhend auf dem umfassenden Bericht der Klinik B._, als plausibel bezeichnete. Sie erwog, der RAD-Arzt habe nachvollziehbar festgestellt, dass von einem reinen Suchtgeschehen, beziehungsweise einer aktuell ausschliesslich alkoholbedingten vollen Arbeitsunfähigkeit auszugehen sei, wobei schwerwiegende psychiatrische Störungen zu verneinen seien. Die Einschätzung des Psychiaters med. pract. D._, welche (nach vielen Absagen) nur auf zwei Konsultationen beruhe, vermöge die Beurteilung des RAD-Arztes nicht in Frage zu stellen. Zudem seien Auswirkungen der 1993 im Militär erlittenen Unterschenkelverletzung, die keine längerdauernde Arbeitsunfähigkeit zur Folge hatte, auf den aktuellen Gesundheitszustand auszuschliessen, zumal sie vom Versicherten bei seiner IV-Anmeldung nicht einmal erwähnt worden seien.
3.2. Der Beschwerdeführer rügt eine Verletzung des Untersuchungsgrundsatzes. Er begründet dies u.a. damit, dass die Vorinstanz, obwohl ein Arztbericht des behandelnden Psychiaters vorliege, der eine klare psychiatrische Diagnose stelle und obwohl der Bericht der Klinik B._ ebenfalls den Verdacht auf eine psychiatrische Diagnose enthalte, ohne zusätzliche medizinischen Abklärungen auf den Bericht des RAD-Arztes abstellte, der kein Psychiater sei und den Beschwerdeführer zudem nie gesehen, geschweige denn jemals medizinisch untersucht habe.
4.
4.1. Im Bericht der Klinik B._ vom 27. Juni 2012 wie auch im Bericht des aktuell behandelnden Psychiaters med. pract. D._ sind Hinweise auf eine relevante psychisch bedingte Gesundheitsstörung enthalten. Der Bericht der Klinik B._ führt als Diagnosen mit Auswirkung auf die Arbeitsfähigkeit an: Verdacht auf nicht näher bezeichnete Persönlichkeitsstörung (ICD-10 F60.9), nicht näher bezeichnete depressive Störung (ICD-10 F33.9), psychische und Verhaltensstörungen durch Alkohol (ICD-10 F10.5) sowie makrozytäre Anämie bei Mangelernährung und chronischem Alkoholkonsum (ICD-10 D53.1). Laut diesem Bericht ist eine Persönlichkeitsakzentuierung bis -störung und eine depressive Erkrankung zu vermuten. Aufgrund der abwehrenden Haltung und des anhaltenden Alkoholkonsums könne diese Diagnose letztlich nicht mit Sicherheit festgelegt werden. Eine zuverlässige Beurteilung war mithin nicht möglich. Wenn der RAD-Arzt Dr. med. C._ daraus schloss, dass von einem reinen Suchtgeschehen, beziehungsweise einer aktuell ausschliesslich alkoholbedingten vollen Arbeitsunfähigkeit auszugehen sei, wobei schwerwiegende psychiatrische Störungen zu verneinen seien, kann dies entgegen der Vorinstanz nicht ohne weiteres als nachvollziehbar bezeichnet werden, zumal wie der Beschwerdeführer zu Recht einwendet, der RAD-Arzt nicht Psychiater ist und mithin nicht über die notwendige fachliche Qualifikation verfügt, um die psychiatrische Einschränkung abschliessend zu beurteilen. Entgegen dem Beschwerdeführer stellt hingegen auch der behandelnde Psychiater keine klare Diagnose, vielmehr spricht er von einer massiven Persönlichkeitsveränderung nach langjährigem Drogenmissbrauch. Seit ungefähr acht Jahren seien Drogen durch Methadon substituiert. Aufgrund der bestehenden medizinischen Aktenlage lässt sich damit entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht beurteilen, ob ein krankheitswertiger psychischer Gesundheitsschaden vorliegt und ob zur Alkoholsucht allenfalls ein Kausalzusammenhang besteht. Dabei wäre auch einer allfälligen Wechselwirkung zwischen Suchtmittelabhängigkeit und psychischer Begleiterkrankung Rechnung zu tragen (vgl. E. 2.2 hievor).
4.2. Bei dieser Sachlage ist eine umfassende psychiatrische Begutachtung erforderlich, um entscheiden zu können, ob der Beschwerdeführer an einer invalidenversicherungsrechtlich relevanten Gesundheitsstörung leidet oder nicht. Die Sache ist daher an die Vorinstanz zurückzuweisen, damit sie ein solches einholt und danach über die Beschwerde neu entscheidet.
5.
Die Rückweisung der Sache an die Vorinstanz oder an den Versicherungsträger zu weiterer Abklärung und neuem Entscheid (mit noch offenem Ausgang) gilt praxisgemäss als volles Obsiegen der Beschwerde führenden Partei im Sinne von Art. 66 Abs. 1 sowie Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG, unabhängig davon, ob sie überhaupt beantragt oder ob das entsprechende Begehren im Haupt- oder Eventualantrag gestellt wird (<ref-ruling> E. 7.1 S. 271). Entsprechend dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten daher der unterliegenden Beschwerdegegnerin aufzuerlegen (<ref-law>). Sie hat dem Beschwerdeführer überdies eine Parteientschädigung zu bezahlen (<ref-law>). Damit ist das Gesuch betreffend unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Beschwerde wird gutgeheissen. Der Entscheid des Sozialversicherungsgerichts des Kantons Zürich vom 30. Oktober 2013 wird aufgehoben. Die Sache wird zu neuer Entscheidung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2.
Die Gerichtskosten von Fr. 800.- werden der Beschwerdegegnerin auferlegt.
3.
Die Beschwerdegegnerin hat den Rechtsvertreter des Beschwerdeführers für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2800.- zu entschädigen.
4.
Dieses Urteil wird den Parteien, dem Sozialversicherungsgericht des Kantons Zürich und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 23. Mai 2014
Im Namen der I. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Leuzinger
Die Gerichtsschreiberin: Weber Peter