Sachverhalt:
A. Mit Verfügung vom 1. April 2009 (Nr. 5034339) veranlagte die Eidgenössische Oberzolldirektion (OZD) die Nutzfahrzeuge der Y._ SA für die leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (LSVA) für die Periode Januar 2009 und setzte diese auf total Fr. 257'997.60 fest. Dabei wandte sie den per 1. Januar 2008 erhöhten Abgabetarif an, wie er vom Bundesrat mit Änderung vom 12. September 2007 in der Schwerverkehrsabgabeverordnung festgelegt worden war, wobei - nach Ablauf der diesbezüglichen Übergangsfrist bis zum 31. Dezember 2008 - auch die in derselben Änderung vorgesehene Rückstufung der der EURO-3-Norm zuzuordnenden Fahrzeuge in eine teurere Abgabekategorie zum Tragen kam.
Mit Entscheid vom 16. Juli 2009 wies die OZD die seitens der Abgabepflichtigen hiegegen erhobene Einsprache ab.
B. Mit Urteil vom 20. August 2010 wies das Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, eine von der Y._ SA hiegegen am 6. August/10. September 2009 eingereichte Beschwerde ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Eingabe vom 29. September 2010 erhebt die Y._ SA beim Bundesgericht Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten. Sie beantragt, in Aufhebung des Urteils des Bundesverwaltungsgerichts vom 20. August 2010 sei die Veranlagung/Rechnung vom 1. April 2009 aufzuheben, soweit sie auf der per 1. Januar 2008 in Kraft getretenen Tariferhöhung der LSVA und auf der per 1. Januar 2009 in Kraft getretenen Abklassierung der EURO-3-Fahrzeuge beruhe, und es sei die Abgabe auf den Betrag zu reduzieren, der sich bei Anwendung des vor dem 1. Januar 2008 gültig gewesenen Tarifs der LSVA und der vor dem 1. Januar 2009 gültig gewesenen Klassierung der EURO-3-Fahrzeuge ergebe. Eventualiter sei das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts zu kassieren und die Streitsache an die Vorinstanz zurückzuweisen zwecks Ermittlung der vom Strassenverkehr den übrigen Strassenverkehrsteilnehmern verursachten Stauzeitkosten und gestützt auf das Ergebnis der Neubeurteilung der Beschwerde der Beschwerdeführerin vom 6. August/10. September 2009.
D. Mit Vernehmlassung vom 17. November 2010 beantragt die Oberzolldirektion, die Beschwerde abzuweisen. Dabei nimmt sie unter anderem Bezug auf eine neu eingereichte Studie von Ecoplan/Infras betreffend "Berechnungsmethodik und Prognose der externen Kosten des Schwerverkehrs" vom 18. August 2010. Die Beschwerdeführerin konnte im Rahmen des weiteren Schriftenwechsels mehrfach dazu Stellung nehmen. Mit nachträglicher Eingabe vom 19. September 2011 reichte sie zudem ein eigenes, im Auftrag des Schweizerischen Nutzfahrzeugverbands ASTAG erstelltes Gutachten der ProgTrans AG vom 31. August 2011 betreffend die Stauzeitkosten ein. Das Bundesverwaltungsgericht gibt Verzicht auf Vernehmlassung bekannt.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein Endentscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts, die unter keinen Ausschlussgrund gemäss <ref-law> fällt und daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht weitergezogen werden kann (Art. 82 lit. a, Art. 86 Abs. 1 lit. a und Art. 90 BGG). Als Abgabepflichtige ist die Beschwerdeführerin, welche am vorinstanzlichen Verfahren teilgenommen hat, zur Ergreifung dieses Rechtsmittels legitimiert (<ref-law>). Nicht einzutreten ist auf die Beschwerde jedoch insofern, als auch die Aufhebung der Veranlagungsverfügung der OZD vom 1. April 2009 beantragt wird. Diese ist durch das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts ersetzt worden (sog. Devolutiveffekt); sie gilt jedoch immerhin als inhaltlich mitangefochten (<ref-ruling> E. 1.4 S. 144 mit Hinweis).
1.2 Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an (<ref-law>). Es ist folglich weder an die in der Beschwerde geltend gemachten Argumente noch an die Erwägungen der Vorinstanz gebunden; es kann eine Beschwerde aus einem anderen als dem angerufenen Grund gutheissen, und es kann eine Beschwerde mit einer von der Argumentation der Vorinstanz abweichenden Begründung abweisen (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254 mit Hinweisen). Immerhin prüft das Bundesgericht, unter Berücksichtigung der allgemeinen Begründungspflicht der Beschwerde (Art. 42 Abs. 1 und 2 BGG), grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist jedenfalls nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4.1 S. 254). Heisst das Bundesgericht die Beschwerde gut, so entscheidet es gemäss <ref-law> in der Sache selbst oder weist diese zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurück. Es kann die Sache auch an die Behörde zurückweisen, die als erste Instanz entschieden hat. Das Bundesgericht hebt den angefochtenen Entscheid auf und weist die Sache zurück, wenn es aus vorab tatsächlichen, seltener rechtlichen Gründen nicht in der Lage ist, ein abschliessendes Urteil in der Sache zu sprechen und die blosse Kassation zur Erledigung des Streits nicht ausreicht. Diese Rückweisung kommt vor allem dann in Frage, wenn die tatsächliche Beurteilungsgrundlage fehlt, die Vorinstanz demnach den rechtserheblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig, unvollständig oder in Begehung einer Bundesrechtsverletzung festgestellt hat, ohne dass das Bundesgericht selber zur Vervollständigung des Sachverhalts schreitet (vgl. ULRICH MEYER/JOHANNA DORMANN, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011, N 15 zu <ref-law>).
2. 2.1 Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen geltend, die Abgabesätze, wie sie der Bundesrat gestützt auf Art. 8 des Bundesgesetzes vom 19. Dezember 1997 über eine leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (SVAG; SR 641.81) mit Änderung vom 12. September 2007 in Art. 14 der Verordnung vom 6. März 2000 über eine leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (SVAV; SR 641.811) festgelegt hat, missachteten die gesetzliche Kostendeckungsvorgabe von Art. 7 SVAG, wonach der Ertrag der Abgabe die ungedeckten Wegekosten und die Kosten zulasten der Allgemeinheit nicht übersteigen darf. Den Grund dafür erblickt die Beschwerdeführerin darin, dass dem Schwerverkehr als externe Kosten Stauzeitkosten in der Höhe von 204 Mio. Franken angelastet worden sind. Dieser Betrag, welcher einer Studie des Bundesamtes für Raumentwicklung (ARE) aus dem Jahr 2007 betreffend Staukosten des Strassenverkehrs in der Schweiz (Aktualisierung 2000/2005) entnommen sei, stelle nicht die vom Schwerverkehr den übrigen Verkehrsteilnehmern verursachten Stauzeitkosten dar, sondern entspreche - gerade umgekehrt - denjenigen Kosten, welche der Schwerverkehr aufgrund von Staus selber erlitten hätte und welche insofern bereits von diesem getragen würden. Es liege somit ein Sachverhaltsirrtum vor. Wissenschaftliche Erhebungen dazu, auf welchen Betrag sich die vom Schwerverkehr den übrigen Verkehrsteilnehmern verursachten Stauzeitkosten beliefen, fehlten demgegenüber. Infolgedessen dürfe diese Position bei der Berechnung der externen Kosten des Schwerverkehrs nicht miteinbezogen werden. Werde sie weggelassen, resultiere nicht eine Unter-, sondern eine mit dem Gesetz nicht zu vereinbarende Überdeckung, welche durch die Mehrerträge infolge Abklassierung der EURO-3-Norm Lastwagen noch akzentuiert würde, weshalb die LSVA nach den bis Ende 2007 gültigen, tieferen Abgabesätzen zu veranschlagen sei.
2.2 Der vorliegend für das Jahr 2009 zur Anwendung kommende Abgabetarif beruht - wie bereits im Jahr 2008 - auf den Abgabesätzen, welche der Bundesrat mit Änderung vom 12. September 2007 in Art. 14 Abs. 1 SVAV festgelegt hat. Zusätzlich werden die schweren Motorwagen, welche (nur) den Abgasvorschriften der EURO-3-Norm entsprechen, - nach Ablauf der diesbezüglichen Übergangsfrist auf Ende 2008 - nunmehr nach Massgabe der (teureren) Abgabekategorie 2 veranlagt (Art. 14 Abs. 2 SVAV in Verbindung mit Anhang 1 sowie Art. 62a SVAV). Die Erhöhung des LSVA-Tarifs auf das Jahr 2008 bildete mitsamt der Frage der Zulässigkeit des Einbezugs von Stauzeitkosten als zusätzliche Kategorie von externen Kosten des Schwerverkehrs Gegenstand eines bundesgerichtlichen Grundsatzentscheids (<ref-ruling> bzw. mit Bezug auf die heutige Beschwerdeführerin Urteil 2C_800/2009 vom 19. April 2010). Das Bundesgericht liess es in jenem Entscheid offen, in welchem Verhältnis das (spezialgesetzliche) Kostendeckungsprinzip von Art. 7 SVAG und die als eigentliche gesetzliche Grundlage der LSVA bzw. als Delegationsnorm und Rahmen für den vom Bundesrat zu erlassenden Tarif vorgesehene Bestimmung von Art. 8 SVAG im Einzelnen stehen, da sich aus der Kostendeckungsrechnung der Eidgenössischen Zollverwaltung ohnehin eine Unterdeckung ergab, womit die Schranke von Art. 7 SVAG so oder so eingehalten wurde. Die betreffende Rechnung, welche nebst Zahlen (Prognosen) für das Jahr 2008 auch solche für das hier streitige Folgejahr enthielt und insofern wiederum als Ausgangspunkt für die Beurteilung der erhobenen Rügen dienen kann, weist folgende Positionen aus:
Kostenunterdeckung Schwerverkehr (2008 und 2009) in Millionen Franken
Jahr
2008
2009
Ertrag LSVA
1409
1460
- Anrechenbare Einnahmen gem. Strassenrechnung
1343
1343
- Abzügl. zurechenbare Wegekosten gem. Strassenrechnung
-898
-898
- Abzügl. gutgeschriebener Anteil LSVA
-370
-370
Wegekosten (Unter- bzw. Überdeckung)
75
75
- Unfälle
65
65
- Lärm
246
246
- Gesundheitskosten durch Luftverschmutzung
551
551
- Gebäudeschäden durch Luftverschmutzung
91
91
- Klimakosten
153
153
- Natur und Landschaft
59
59
- Stau(zeit)kosten
204
204
- weitere Bereiche (Boden, Ernteausfälle etc.)
185
185
Externe Kosten
1554
1554
Total Kosten Unterdeckung Schwerverkehr
-70
-19
Die Rechnung für das Jahr 2009 geht - nicht zuletzt mit Blick auf den höheren Abgabesatz der EURO-3-Norm Fahrzeuge - von höheren Abgabenerträgen gegenüber dem Vorjahr aus. Die übrigen Positionen blieben demgegenüber betragsmässig unverändert, was namentlich auch für die Stauzeitkosten gilt, welche auf 204 Mio. Franken veranschlagt wurden. Auch für das Jahr 2009 weist die Rechnung - unter Einbezug der genannten Stauzeitkosten - im Ergebnis eine Unterdeckung auf, womit der vom Bundesrat festgelegte Abgabetarif (mitsamt der Abklassierung der EURO-3-Norm Fahrzeuge) mit der Kostendeckungsvorgabe von Art. 7 Abs. 1 SVAG im Einklang stände. Bei Ausklammerung der Stauzeitkosten läge demgegenüber, soweit von der Vollständigkeit und quantitativen Richtigkeit der übrigen Positionen in der obgenannten Kostendeckungsrechnung ausgegangen würde, eine Überdeckung vor.
2.3 Das Bundesverwaltungsgericht kam im angefochtenen Entscheid zum Ergebnis, dass sich das Bundesgericht im besagten Urteil (<ref-ruling>) sowohl mit der Berechnungsmethodik als auch mit den einzelnen Elementen und Positionen der Berechnungsgrundlage, namentlich mit dem Betrag von 204 Mio. Franken für die mutmasslichen Stauzeitkosten, auseinandergesetzt habe. Es habe den entscheidrelevanten Sachverhalt von Amtes wegen selber ermittelt und gewürdigt, und gestützt darauf nicht nur über die Frage der Berücksichtigung der Stauzeitkosten des Schwerverkehrs als externe Kosten, sondern auch darüber entschieden, in welcher Höhe jene Kosten zu berücksichtigen seien. Höchstrichterlich sei zwar über eine andere Abgabeperiode (1/2008) jedoch über die identische Rechtsfrage und identische massgebliche Sachverhaltselemente (Stauzeitkosten in der Höhe von 204 Mio. Franken) entschieden worden. Das Bundesverwaltungsgericht schloss insofern auf eine Präjudizwirkung des bundesgerichtlichen Urteils auch für die vorliegende Streitsache, woran die von der Beschwerdeführerin ins Feld geführten Beanstandungen am verwendeten Wert der Stauzeitkosten ("offensichtlicher Sachverhaltsirrtum") nichts zu ändern vermöchten.
3. 3.1 Im erwähnten Grundsatzurteil (<ref-ruling>) hat das Bundesgericht erkannt, dass es mit der gesetzlichen Konzeption der LSVA im Allgemeinen und mit den betreffenden Vorgaben von Art. 7 SVAG im Besonderen vereinbar sei, wenn der Verordnungsgeber im Rahmen der Deckungskostenrechnung im Hinblick auf die Festsetzung des Abgabetarifs auch jenen Anteil der innerhalb des gesamten Verkehrssystems entstehenden Stauzeitkosten als Kostenfaktor bei den externen Kosten des Schwerverkehrs miteinbezieht, welche der Schwerverkehr (das Kollektiv der von der LSVA erfassten Fahrzeugkategorien) bei allen übrigen Verkehrsteilnehmern (insbesondere beim Verkehr mit Personenwagen) verursacht (zit. BGE, E. 5). Es hat damit entschieden, dass in Bezug auf die Stauzeitkosten die externen Kosten aus Sicht der Verkehrsart (Schwerverkehr) und nicht aus Sicht des Verkehrsträgers (Strasse) zu ermitteln sind. Das Bundesgericht wies dabei aber ausdrücklich darauf hin, dass die in der Deckungskostenrechnung des Schwerverkehrs auf 204 Mio. Franken veranschlagten Stauzeitkosten im Verfahren ihrer Höhe nach nie substantiiert bestritten worden seien (zit. BGE, E. 5.6 S. 354). Entsprechend konnte dem betreffenden Entscheid für die vorliegende Streitsache zwar für die grundsätzliche Frage, inwieweit es generell zulässig sei, die erwähnte Kostenkategorie als externe Kosten des Schwerverkehrs in die Berechnung miteinzubeziehen, nicht jedoch - wie die Beschwerdeführerin mit Recht beanstandet und entgegen der Meinung der Vorinstanz - für die Frage der Höhe des genannten Kostenfaktors Präjudizwirkung zukommen.
3.2 Basierend auf seiner Auffassung, das Bundesgericht habe im Urteil vom 19. April 2010 präjudizierend über die Höhe der zu berücksichtigenden Stauzeitkosten entschieden, hat das Bundesverwaltungsgericht im angefochtenen Entscheid auf jegliche eigene Auseinandersetzung mit den Berechnungen, welche der bundesrätlichen Festsetzung der Abgabetarife zugrunde lagen, wie auch mit deren Kritik durch die Beschwerdeführerin und mit den eigenen Berechnungen der Letzteren, verzichtet.
3.3 Der im früheren Verfahren aufgrund der Kostendeckungsrechnung der Eidgenössischen Zollverwaltung als massgebliche Stauzeitkosten herangezogene Betrag von 204 Mio. Franken entstammt einer im Jahr 2007 vom ARE herausgegebenen Studie "Staukosten des Strassenverkehrs in der Schweiz - Aktualisierung 2000/2005"; er findet sich dort in einer Tabelle (Nr. 19, S. 80), welche mit "Zeitkosten 2000 und 2005" überschrieben ist, unter der Position "Total LW". Ob dieser Wert tatsächlich die vom Schwerverkehr den übrigen Verkehrsteilnehmern verursachten Stauzeitkosten bezeichnet, ist zweifelhaft. Unter Berücksichtigung des Kontextes jener Tabelle spricht - wie auch das Bundesverwaltungsgericht annimmt - einiges dafür, dass es sich dabei um die vom Schwerverkehr selber erlittenen Zeitkosten handeln könnte. Die diesbezüglichen Darlegungen der Beschwerdeführerin werden denn auch von der Oberzolldirektion nicht bestritten.
Der Beschwerdeführerin ist beizupflichten, wenn sie ausführt, es gehe nicht an, dem Schwerverkehr Stauzeitkostenanteile als externe Kosten zu überbürden, für welche er - wie dies im Falle der von ihm selbst erlittenen Stauzeitkosten der Fall ist - bereits selber aufgekommen ist (so auch bereits der zit. BGE, E. 5.5 S. 353). Indessen drängt sich der Schluss der Beschwerdeführerin, dass die Position der Stauzeitkosten deswegen zwingend aus der Kostendeckungsrechnung zu entfernen wäre, nicht auf, zumal - wie bereits ausgeführt - die Berücksichtigung eines Stauzeitkostenanteils (im Rahmen der massgeblichen Verursacherquote) als externe Kosten des Schwerverkehrs für zulässig erkannt wurde.
3.4 Als externe Kosten des Schwerverkehrs nach der Konzeption der LSVA kommt - wie erwähnt - nur jener Anteil aller innerhalb des gesamten Verkehrssystems erwirkten und erlittenen Stauzeitkosten in Betracht, welcher der Schwerverkehr den übrigen Verkehrsteilnehmern verursacht. Entscheidend ist mithin eine Betrachtung zwischen den Teilkollektiven Schwerverkehr - Nichtschwerverkehr, wobei die Asymmetrie der Betrachtungsweise (Irrelevanz der vom Nichtschwerverkehr dem Schwerverkehr verursachten Stauzeitkosten) Folge davon ist, dass eine Berücksichtigung erlittener Kosten des Schwerverkehrs gesetzlich nicht vorgesehen ist. Aus demselben Grund besteht auch eine Notwendigkeit, die Zeitkosten durch Strassenstaus näher zu quantifizieren und den genannten Teilkollektiven nach Massgabe ihrer Verursacheranteile zuzuordnen. Dass die diesbezügliche Zuordnung nach Kausalitäten zu den Fahrzeugkategorien bei Strassenstaus mit gewissen Schwierigkeiten verbunden sein dürfte und eine Quantifizierung nur schematisch und approximativ erfolgen kann, ändert nichts am Grundsatz, dass es sich bei jenen Stauzeitkosten, welche der Schwerverkehr den übrigen Verkehrsteilnehmern verursacht, aus Sicht der LSVA um relevante Kosten zulasten der Allgemeinheit (d.h. um vom Schwerverkehr verursachte und nicht von ihm selber getragene sog. externe Kosten) handelt. Sie sind daher bei der Überprüfung der Einhaltung der Kostendeckungsvorgaben, entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin, ungeachtet der nicht zu vermeidenden Unschärfen bei ihrer Ermittlung zu berücksichtigen.
3.5 Es stellt sich somit im Weiteren die Frage, ob der der Tarifierung zugrunde gelegte Ansatz von 204 Mio. Franken sich auf anderer Grundlage als haltbar erweist. Dabei ist vorweg klarzustellen, dass das Schwerverkehrsabgabegesetz vom Bundesrat bei der Tarifierung zwar verlangt, die externen Kosten nach dem jeweiligen Stand der wissenschaftlichen Erkenntnisse entsprechend nachzuführen (Art. 7 Abs. 3 SVAG) und nur Kostenbereiche zu erfassen, für deren Bestimmung zuverlässige Methoden und Grundlagendaten verfügbar sind. Die zu erfassenden Grundlagen dürfen indessen auch Gegenstand einer politischen Würdigung bilden (<ref-ruling> E. 5.3 S. 350). Auch legt das SVAG keine bestimmte Methodik fest, wie die Grundlagenbeschaffung auf der Basis wissenschaftlicher Erkenntnisse zu erfolgen hat. Bei der Tarifierung der LSVA handelt es sich nicht um einen Akt von Rechtsanwendung, bei welchem nur die vom Verwaltungsverfahrensrecht vorgesehenen förmlichen Beweismittel, namentlich durch (amts-)unabhängige Experten erarbeitete Gutachten, zulässig wären, sondern um Rechtsetzung, bei welcher sich die Verwaltung die notwendigen tatsächlichen Grundlagen bei vorhandenem technischem oder wissenschaftlichem Fachwissen auch selber erarbeiten kann.
3.6 Die Oberzolldirektion führt den Nachweis für die der Tarifierung zugrunde gelegten Stauzeitkosten insbesondere durch die vor Bundesgericht eingereichte, im Auftrag des ARE erstellte Studie von Ecoplan/Infras betreffend "Berechnungsmethodik und Prognose der externen Kosten des Schwerverkehrs", Schlussbericht vom 18. August 2010 (Ecoplan/Infras-Studie), welche für das Jahr 2008 von 269 Mio. Franken und für das vorliegend massgebliche Jahr 2009 von 254 Mio. Franken vom Schwerverkehr bei den übrigen Verkehrsteilnehmern verursachten Stauzeitkosten ausgeht (Tabelle 3-6, S. 29 bzw. Tabelle 4-2, S. 35). Entgegen der Meinung der Beschwerdeführerin handelt es sich bei dieser Studie, zu welcher sie im weiteren Schriftenwechsel Stellung nehmen konnte, inhaltlich nicht um ein unzulässiges Novum im Sinne von <ref-law>. Vielmehr hat die OZD die darin ausgewiesenen Beträge sowie die der Untersuchung zugrunde gelegten methodischen Ansätze bereits in das Verfahren vor Bundesverwaltungsgericht eingebracht und ausserdem ausdrücklich beantragt, dass im Falle der Fortführung des Verfahrens die Anfang September 2010 vorliegende definitive Fassung der Studie von der Vorinstanz zu den Akten zu nehmen sei (Stellungnahme der OZD an das Bundesverwaltungsgericht vom 3. August 2010, Ziff. 19 ff., insbesondere Ziff. 20 und 22). Darauf hat das Bundesverwaltungsgericht, welches die Sache am 20. August 2010 entschieden hat, verzichtet (vgl. E. 5.4 und 5.5 im angefochtenen Entscheid), womit es der OZD aus von ihr nicht zu vertretenden Gründen nicht möglich war, die Studie noch ins vorinstanzliche Verfahren einzubringen.
Die Beschwerdeführerin hat zu dieser Studie Stellung genommen und zudem ein eigenes Gutachten "Strassenverkehrsstau in der Schweiz, Bestandesaufnahme und Neuermittlung von Stauzeitverlusten und Stauzeitverlustkosten des Schwerverkehrs auf Schweizer Strassen", Schlussbericht vom 31. August 2011 (ProgTrans-Studie) ins Recht gelegt, welches in einem ersten Teil die genannte Studie kritisch analysiert und in einem zweiten Teil eine eigene Berechnung zur Ermittlung der vom Schwerverkehr verursachten Stauzeitkosten enthält.
3.6.1 Zur genannten Studie Ecoplan/Infras und zur Studie ProgTrans ist vorab festzuhalten, dass sich beide im Schnittbereich sachverhaltlicher Abklärungen - allerdings im Rahmen der Grundlagenbeschaffung für den Erlass von Verordnungsbestimmungen (vgl. dazu <ref-ruling> E. 11.3 S. 299 f.) - und Anwendung rechtlicher Regelungen bewegen. Zum einen äussern sie sich darüber, in welcher Weise die Abgrenzung der dem Schwerverkehr anzulastenden Stauzeitkosten der übrigen Verkehrsteilnehmer zu erfolgen hat und in welcher Weise der Einfluss des Schwerverkehrs auf die Staubildung zu berücksichtigen ist. Zum anderen enthalten sie Berechnungen von Stauzeiten, Stauzeitkosten und Gewichtung der Anteile von Schwerverkehr und übrigem (Strassen-)Verkehr.
3.6.2 Aufgrund des Hauptzwecks der leistungsabhängigen Schwerverkehrsabgabe, welcher darin besteht, dass der Schwerverkehr die ihm zurechenbaren Wegekosten und Kosten zulasten der Allgemeinheit langfristig deckt (Art. 1 LSVA), ergeben sich diverse rechtliche Folgerungen zur Vorgehensweise bei der Kostenberechnung betreffend Stauzeitkosten.
In erster Linie lässt sich daraus schliessen, dass bei den Modellüberlegungen von einem Vergleich der Strassenbenutzung ohne Schwerverkehr mit der Situation unter Einbezug des Schwerverkehrs auszugehen ist. Den Kostenanlastungsüberlegungen der Schwerverkehrsabgabeordnung liegt damit eine kausale Beziehung zwischen dem Schwerverkehr und den durch den Eintritt des Schwerverkehrs in das System verursachten Mehrkosten zugrunde: Zurechenbar sind sämtliche Stauzeitkosten, welche den übrigen Verkehrsteilnehmern entstehen, weil der Schwerverkehr zum Verkehrsgeschehen hinzutritt. Dies bedeutet, dass - entgegen den Überlegungen in der Studie der ProgTrans und den Vorbringen der Beschwerdeführerin - bei der Stauzeitenermittlung die Belastung durch den Schwerverkehr als Spitzenlast - und nicht in einer stochastischen Verteilung - zu berücksichtigen ist. Anders als in der Studie Ecoplan/Infras dargelegt, geht es bei dieser Frage überdies auch nicht darum, dem Schwerverkehr - ausgehend von der Prämisse, dass alle Verkehrsteilnehmer das gleiche "Grundrecht" auf Nutzung der Strasseninfrastruktur haben - bloss jene Kosten als Kosten zulasten der Allgemeinheit zu überbürden, welche auf die - gemessen am einzelnen Fahrzeug im Verhältnis zu Personenwagen - intensivere Inanspruchnahme der Infrastruktur (in der Studie als "gesteigerter Gemeingebrauch" bezeichnet) zurückgeht. Entgegen den Vorbringen der Beschwerdeführerin und den entsprechenden Überlegungen in der ProgTrans-Studie ist es sodann richtig, bei der Ermittlung solcher Kosten, welche im Zusammenhang mit Stauzeiten entstehen, auch nicht verkehrsbedingte Staus mitzuberücksichtigen, hat doch die Beteiligung des Schwerverkehrs - unabhängig von der Stauursache - unmittelbar eine Verlängerung von Staus und damit eine Erhöhung der daraus entstehenden Kosten zur Folge. Die Mehrkosten, welche unter Einbezug des Schwerverkehrs entstehen und welche nicht beim Schwerverkehr selber anfallen, sind sodann als Kosten des Schwerverkehrs zulasten der Allgemeinheit zu qualifizieren, welche von diesem zu decken sind.
Zu beachten ist im Übrigen in diesem Kontext, dass vorliegend die Festlegung der Abgabesätze gemäss Art. 14 SVAV (Fassung gemäss Änderung vom 12. September 2007) umstritten ist, die Rechtsmittelinstanzen demnach eine akzessorische Normenkontrolle der bundesrätlichen Verordnung vorzunehmen haben. Im Rahmen einer solchen Normenkontrolle prüfen die Gerichte lediglich, ob die Verordnung den Rahmen der im Gesetz delegierten Kompetenzen offensichtlich sprengt oder aus anderen Gründen gesetz- oder verfassungswidrig ist. Ein vom Gesetzgeber dem Bundesrat eingeräumter weiter Ermessensspielraum ist für die Gerichte verbindlich; sie dürfen ihr eigenes Ermessen nicht an die Stelle desjenigen des Bundesrats setzen. Ebenso trägt der Bundesrat alleine die Verantwortung für die Zweckmässigkeit der angeordneten Massnahmen (<ref-ruling> E. 5.1 S. 348 f. mit Hinweisen). Zudem ist daran zu erinnern, dass eine Rechtsmittelbehörde, die nach der gesetzlichen Ordnung mit freier Prüfung zu entscheiden hat, ihre Kognition einschränken darf, wenn die Natur der Streitsache dies sachlich rechtfertigt bzw. gebietet. Das ist - mit Blick auf den Erlass von Verfügungen - regelmässig dann der Fall, wenn die Rechtsanwendung technische Probleme oder Fachfragen betrifft, zu deren Beantwortung und Gewichtung die verfügende Behörde aufgrund ihres Spezialwissens besser geeignet ist, oder wenn sich Auslegungsfragen stellen, welche die Verwaltungsbehörde aufgrund ihrer örtlichen, sachlichen oder persönlichen Nähe sachgerechter zu beurteilen vermag als die Beschwerdeinstanz. Im Rahmen des so genannten "technischen Ermessens" darf der verfügenden Behörde bei der Beurteilung von ausgesprochenen Fachfragen daher ein gewisser Ermessens- und Beurteilungsspielraum belassen werden, soweit sie die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte geprüft und die erforderlichen Abklärungen sorgfältig und umfassend durchgeführt hat (<ref-ruling> E. 2.3.2 S. 683 f.; <ref-ruling> E. 8a S. 604; <ref-ruling> E. 3b). Vorliegend geht es zwar um Verordnungsgebung und nicht um den Erlass einer Verfügung. Zu beachten sind jedoch die bereits angesprochenen Schwierigkeiten bei der Ermittlung der Grundlagen für die vom Bundesrat zu erlassenden Tarife (vgl. E. 3.4). Der Umstand, dass dabei eine schematische und approximative Vorgehensweise unvermeidlich ist, sowie dass diverse Annahmen für die Berechnungen zu treffen sind, führt dazu, dass für den Bundesrat - analog der Situation beim Erlass von Verfügungen mit technischen Problemen und Fachfragen - ein erheblicher Ermessensspielraum besteht. In diesen haben die Rechtsmittelinstanzen grundsätzlich nicht einzugreifen, zumal er es auch zulässt, im Rahmen wissenschaftlicher Erkenntnisse Annahmen zu treffen und, gerade in Positionen wie der vorliegenden, die sich nicht mit absoluter Genauigkeit bestimmen lassen, selber Gewichtungen vorzunehmen.
3.6.3 Mit den beiden Studien wurden sodann Daten erhoben bzw. berechnet, welche als Grundlagen im Rahmen der Rechtsetzung (im Hinblick auf die Tarifierung auf Verordnungsstufe) zwar den Materialien zuzuordnen, jedoch - wie bereits erwähnt (vgl. E. 3.6.1) - im Ergebnis als Sachverhaltsabklärungen zu qualifizieren sind.
Die Studie Ecoplan/Infras legt ihren Berechnungen Staukosten von total 1'240 Mio. Franken zugrunde, wovon 204 Mio. Franken auf schwere Motorwagen (SMW, d.h. schwere Nutzfahrzeuge und Cars) und 1'036 Mio. Franken auf nicht-schwere Motorwagen (Nicht-SMW, d.h. Personenwagen, leichte Nutzfahrzeuge und Motorräder) entfallen (jeweils erlittene Staukosten). Errechnet wurden diese Staukosten gemäss Studie, indem ausgehend von den Stauzeiten für Personenwagen (PW) ein gewichteter Kostensatz von 28 Fr./h und für leichte und schwere Nutzfahrzeuge ein Wert von 116 Fr./h angenommen wurde. In der Studie ProgTrans wird dazu ausgeführt, relevant müsste der Durchschnittskostenansatz für leichte Motorwagen (LMW) einerseits - und damit für schwere Motorwagen andererseits - sein. Auf Anfrage habe vom Bundesamt für Raumentwicklung (ARE) in Erfahrung gebracht werden können, dass in der Studie Ecoplan/Infras mit einem Kostenansatz von 35 Fr./Fz-h für die LMW gerechnet worden sei. Die Autoren der ProgTrans-Studie bemängeln, dass in einer früheren Studie (ARE 2007) mit einem Ansatz von 31,15 Fr./Fz-h (für LMW) gerechnet worden sei und aus der Studie der Ecoplan/Infras nicht hervorgehe, weshalb nun andere Ansätze gewählt worden seien. In der ProgTrans-Studie wird im Weiteren darauf hingewiesen, dass die Studie von Ecoplan/Infras keine Angaben zum zugrunde gelegten Stauzeit-Mengengerüst (Fz-Staustunden/a) enthalte, was bewirke, dass keine einzige Ergebniszahl der Stauzeitkosten überprüft werden könne. Unklar erscheine weiter, inwieweit bei der Staukostenberechnung durch Ecoplan/Infras dem Umstand Rechnung getragen worden sei, dass der Schwerverkehr zu bestimmten Zeiten aufgrund des Sonntags-, Feiertags- und Nachtfahrverbotes erheblich eingeschränkt ist und entsprechend keinen Beitrag an Staus liefert. Schliesslich kommt die ProgTrans-Studie grundsätzlich zum Ergebnis, dass die Berechnungen gemäss Ecoplan/Infras-Studie nicht nachvollziehbar seien.
Zum andern enthält die ProgTrans-Studie in einem zweiten Teil eigene Berechnungen zu den Stauzeitkosten. Diese Berechnungen erscheinen insofern nicht einschlägig, als sie ebenfalls von unrichtigen Parametern ausgehen und beispielsweise Stauzeitkosten aus der Berechnung ausklammern, weil sie nicht-verkehrlich bedingt seien (vgl. dazu E. 3.6.2).
3.6.4 Aufgrund der vorgenannten Ausführungen (E. 3.6.2) ergibt sich, dass sowohl die von der Beschwerdeführerin eingereichte Studie von ProgTrans als auch jene von Ecoplan/Infras, auf welche sich die Oberzolldirektion stützt, ihren Berechnungen falsche theoretische Ansätze in Bezug auf die vom Schwerverkehr beim übrigen Verkehr verursachten und damit zu tragenden Stauzeitkosten zugrunde legten. Unabhängig davon, inwieweit die in der ProgTrans-Studie an jener von Ecoplan/Infras geäusserten Einwände (E. 3.6.3) zutreffend sind, bestehen insofern Zweifel an der Richtigkeit der bei der Ermittlung der Grundlagen verwendeten Parameter und demzufolge auch an der Schlüssigkeit der daraus berechneten Stauzeitkosten, somit an den sachverhaltlichen Grundlagen. Bei dieser Sachlage lässt sich - selbst unter Berücksichtigung der eingeschränkten Kognition und des dem Verordnungsgeber bei der Quantifizierung externer Kostenpositionen naturgemäss zukommenden Ermessensspielraums (vgl. E. 3.6.2) - nicht mit genügender Sicherheit feststellen, ob die angefochtenen Tarife die gesetzliche Kostendeckungsvorgabe von Art. 7 SVAG einhalten. Es ist daher unumgänglich, dass die aufgezeigten Unklarheiten geklärt und allfällig bestehende Differenzen in der Berechnungsweise bereinigt werden. Nachdem die Vorinstanz bisher mit dem Verweis auf die vermeintliche präjudizielle Wirkung des bundesgerichtlichen Urteils <ref-ruling> keine sachverhaltlichen Abklärungen vorgenommen hat, ist die Sache daher zu diesem Zwecke an sie zurückzuweisen (vgl. E. 1.2).
4. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gutzuheissen, soweit darauf eingetreten werden kann, und das angefochtene Urteil aufzuheben. Die Sache ist im Sinne der Erwägungen zur weiteren Abklärung und Neubeurteilung an das Bundesverwaltungsgericht zurückzuweisen.
Da die Oberzolldirektion bei diesem Ausgang des Verfahrens unterliegt, die Streitsache zu ihrem amtlichen Wirkungskreis gehört und Vermögensinteressen des Bundes berührt, hat sie die Kosten des bundesgerichtlichen Verfahrens zu tragen (Art. 66 Abs. 1 und Abs. 4 in Verbindung mit <ref-law>). Ausserdem hat die Oberzolldirektion die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren angemessen zu entschädigen (Art. 68 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts vom 20. August 2010 wird aufgehoben. Die Sache wird im Sinne der Erwägungen zur weiteren Abklärung und Neubeurteilung an das Bundesverwaltungsgericht zurückgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 10'000.-- werden der Oberzolldirektion auferlegt.
3. Die Oberzolldirektion hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 10'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Oberzolldirektion (OZD), Sektion LSVA 4, und dem Bundesverwaltungsgericht, Abteilung I, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 17. Dezember 2011
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Moser