Sachverhalt:
A. G._ war Gesellschafter und Geschäftsführer der Firma X._ GmbH (nachfolgend: Gesellschaft). Auf den 1. November 2002 trat er von seiner Funktion zurück. Die Ausgleichskasse des Kantons Bern (nachfolgend: Ausgleichskasse) erliess gegenüber der Gesellschaft am 5. Juni 2001, 17. April 2002, 15. April 2003 und 31. März 2004 Veranlagungsverfügungen für die AHV/IV/EO/ALV/FAK-Beiträge der Beitragsperioden 2000-2003 (Periode 2000: Fr. 7'796.25 veranlagt auf festgesetzter Lohnsumme von Fr. 50'000.-; 2001: Fr. 6'675.25 bei Fr. 40'000.-; 2002: Fr. 16'045.35 bei Fr. 100'000.-; 2003: Fr. 15'937.10 bei Fr. 100'000.-). Sämtliche Verfügungen erwuchsen in Rechtskraft. Da die Gesellschaft es trotz wiederholten Aufforderungen der Ausgleichskasse unterliess, Lohnbescheinigungen einzureichen und Beiträge zu bezahlen, verfügte die Ausgleichskasse - ebenfalls unbezahlt gebliebene - Ordnungsbussen von Fr. 150.- (Beitragsperiode 2000), Fr. 400.- (2001), Fr. 600.- (2002) und Fr. 1000.- (2003). Ab 2004 befand sich die Gesellschaft in Liquidation. Mit Verfügung vom 15. April 2004 forderte die Ausgleichskasse von G._ für entgangene AHV/IV/EO/ALV/FAK-Beiträge der Jahre 2000-2003, einschliesslich akzessorischer Forderungen, Schadenersatz im Gesamtbetrag von Fr. 48'244.25. Sie bestätigte dies mit Einspracheentscheid vom 6. Oktober 2004.
B. Soweit das Verwaltungsgericht des Kantons Bern auf die von G._ dagegen eingereichte Beschwerde eintrat, hiess es sie insofern teilweise gut, als es die Haftung infolge seines Ausscheidens aus der Gesellschaft auf die Jahre 2000-2002 begrenzte; es verurteilte ihn zu einer Schadenersatzzahlung von Fr. 29'652.80 (Entscheid vom 4. Dezember 2007). Soweit weiter gehend, wies es die Beschwerde ab.
C. G._ führt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten und beantragt, die Schadenersatzverfügung vom 15. April 2004 sei vollständig aufzuheben; der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern vom 4. Dezember 2007 sei aufzuheben und der Beschwerdeführer aus der Schadenersatzpflicht vollständig zu entlassen; die Beitragsveranlagungsverfügungen seien aufzuheben.
Die Ausgleichskasse beantragt Abweisung der Beschwerde. Vorinstanz und Bundesamt für Sozialversicherungen verzichten auf Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Die II. sozialrechtliche Abteilung ist zuständig zum Entscheid über die streitige Schadenersatzpflicht nach <ref-law> (<ref-law> sowie Art. 35 lit. a des Reglements für das Bundesgericht vom 20. November 2006 [BgerR]). Nach Art. 34 lit. e BgerR fällt die kantonale Sozialversicherung (insbesondere Familien- und Kinderzulagen) zwar in die Zuständigkeit der I. sozialrechtlichen Abteilung. Es ist indessen aus prozessökonomischen Gründen sinnvoll, dass die II. sozialrechtliche Abteilung auch über die Schadenersatzpflicht entscheidet, soweit sie entgangene Sozialversicherungsbeiträge nach kantonalem Recht betrifft (Urteil 9C_465/2007 vom 20. Dezember 2007).
2. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann unter anderem die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Artikel 95 beruht (Art. 105 Abs. 1 und 2 BGG).
3. Soweit die Aufhebung der unangefochten in Rechtskraft erwachsenen Veranlagungsverfügungen beantragt wird, ist auf die Beschwerde nicht einzutreten, denn das Zurückkommen auf formell rechtskräftige Verfügungen oder Einspracheentscheide wird beim Fehlen prozessualer Revisionsgründe (<ref-law>) auch nach In-Kraft-Treten des ATSG am 1. Januar 2003 in das Ermessen der Verwaltung gelegt (BBl 1991 II 262). Gemäss <ref-law> kann der Versicherungsträger auf formell rechtskräftige Verfügungen oder Einspracheentscheide zurückkommen, wenn diese zweifellos unrichtig sind und wenn ihre Berichtigung von erheblicher Bedeutung ist. Diese Bestimmung wurde in Anlehnung an die bis zum Inkrafttreten des ATSG von der Rechtsprechung entwickelten Kriterien (<ref-ruling> E. 2c S. 469 oben mit Hinweisen) abgefasst. Demnach kann die Verwaltung weder vom Betroffenen noch vom Gericht zu einer Wiedererwägung verhalten werden und besteht mithin kein gerichtlich durchsetzbarer Anspruch darauf (<ref-ruling> E. 4.1 S. 52 und E. 4.2.1 S. 54; <ref-ruling> E. 2a S. 12 mit Hinweisen; vgl. auch <ref-ruling> E. 1b/cc S. 479).
4. In rechtlicher Hinsicht hat die Vorinstanz die zur subsidiären Haftung der Organe eines Arbeitgebers nach <ref-law> ergangene Rechtsprechung und die dazu erforderlichen Voraussetzungen (Organstellung, Schaden, Widerrechtlichkeit, Verschulden, Kausalität, Nichtverwirkung) korrekt dargelegt. Sie hat zutreffend befunden, dass der Beschwerdeführer seine Sorgfaltspflicht als geschäftsführendes Organ der Gesellschaft in grobfahrlässiger Weise verletzte und auf Grund der Akten keine Anhaltspunkte für besondere Umstände bestanden, welche sein Verhalten rechtfertigen oder entschuldigen würden. Sie hat richtig erkannt, dass der adäquate Kausalzusammenhang zum entstandenen Schaden zu bejahen ist, da keine Anhaltspunkte dafür bestehen, dass der Beschwerdeführer in der korrekten Ausübung seiner Überwachungs- und Kontrollaufgaben behindert worden wäre oder ihm diese aus irgendwelchen Gründen nicht zuzumuten gewesen wären. Darum hat sie die Schadenersatzpflicht des Beschwerdeführers grundsätzlich zu Recht bejaht.
5. Zu beantworten bleibt die Frage, in welchem zeitlichen Rahmen der Beschwerdeführer ersatzpflichtig ist. Das kantonale Gericht hat für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>) festgestellt, dass der Beschwerdeführer am 1. November 2002 aus der Gesellschaft ausgeschieden ist. Ab diesem Zeitpunkt hat es ihn - anders als noch die Verwaltung - von der Ersatzpflicht ausgenommen und die Forderung soweit korrigiert.
5.1 Diese Anpassung ist grundsätzlich richtig, denn nach der Rechtsprechung ist für das Ende der Organstellung auf das Datum des tatsächlichen Ausscheidens abzustellen (anstelle vieler vgl. <ref-ruling> E. 4a sowie MARCO REICHMUTH, Die Haftung des Arbeitgebers und seiner Organe nach <ref-law>, Diss. Freiburg 2008, Rz. 244 f. mit Hinweisen) und haftet eine Person grundsätzlich nur für jenen Schaden, der durch die Nichtbezahlung von Beiträgen verursacht ist, die zu einem Zeitpunkt zur Zahlung anstanden, als sie eine formelle, materielle oder faktische Organstellung innehatte und somit disponieren sowie Zahlungen an die Ausgleichskasse veranlassen konnte (vgl. <ref-ruling> E. 5 S. 123 sowie MARCO REICHMUTH, a.a.O., Rz. 256 f. mit Hinweisen).
5.2 Der Beschwerdeführer bringt vor, die Gesellschaft habe in der fraglichen Zeit keine AHV-beitragspflichtigen Löhne bezahlt. Die Vorinstanz hat in diesem Zusammenhang auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung verwiesen, wonach die rechtskräftigen Beitragsverfügungen im Schadenersatzverfahren nicht mehr anfechtbar sind, ausser wenn sie zweifellos unrichtig sind oder ein Revisionsgrund vorliegt (AHI 1993 S. 172 E. 3a, ZAK 1991 S. 125 E. II/1b). Diese Rechtsprechung findet auch auf Personen Anwendung, denen im Zeitpunkt des Verfügungserlasses keine Organstellung mehr zukommt. Dies ist damit begründet worden, dass für das Unternehmen ungeachtet der personellen Zusammensetzung der Organe stets dasselbe Interesse bestehe, die Frage des Beitragsstatus korrekt beantwortet zu haben, weil es als Arbeitgeber von Gesetzes wegen der Schuldner der Beiträge und somit die Gefahr sehr gering sei, dass ein Verzicht der Firma, von der Anfechtungsbefugnis Gebrauch zu machen, auf sachfremden Motiven beruhe (SVR 2001 AHV Nr. 15 S. 51 [Urteil H 136/00 vom 29. Dezember 2000, E. 3b]). Es sei in diesem Zusammenhang zu berücksichtigen, dass jede juristische Person an der Abwehr ungerechtfertigter Nachzahlungsforderungen interessiert ist, einerseits weil sie keine Nichtschulden bezahlen wolle, andererseits weil die für die juristische Person handelnden Organe wegen der allfälligen persönlichen Haftung auch ein ganz besonderes Interesse daran hätten, ungerechtfertigte Zahlungen abzuwehren (Urteil H 14/00 vom 30. Juli 2001, E. 3d).
5.3 Gemäss Art. 6 Ziff. 1 EMRK hat jedermann ein Recht darauf, dass über Streitigkeiten in Bezug auf seine zivilrechtlichen Ansprüche und Verpflichtungen von einem unabhängigen und unparteiischen, auf Gesetz beruhenden Gericht entschieden wird. Entsprechend dem vom Europäischen Gerichtshof für Menschenrechte (EGMR) weit gefassten Begriff der "zivilrechtlichen" Ansprüche und Verpflichtungen hat das Eidgenössische Versicherungsgericht die prinzipielle Anwendbarkeit des Art. 6 Ziff. 1 EMRK für sämtliche Bereiche des Bundessozialversicherungsrechts - für Leistungs- ebenso wie für Beitragsstreitigkeiten - bejaht (vgl. <ref-ruling> E. 3.3 S. 70 mit Hinweisen). Am 1. Januar 2007 trat in Ergänzung zu Art. 6 Ziff. 1 EMRK die Rechtsweggarantie von <ref-law> in Kraft. Danach hat jede Person bei Rechtsstreitigkeiten Anspruch auf Beurteilung durch eine richterliche Behörde. Bund und Kantone können durch Gesetz die richterliche Beurteilung in Ausnahmefällen ausschliessen. Es wird damit garantiert, dass eine betroffene Person ein Gericht mit freier Rechts- und Sachverhaltsprüfung anrufen kann (KÄLIN/KIENER, Grundrechte, Bern 2007, S. 434; ANDREAS KLEY, in: Bernhard Ehrenzeller/Philippe Mastronardi/Rainer J. Schweizer/Klaus A. Vallender [Hrsg.], Die Schweizerische Bundesverfassung, St. Galler Kommentar, 2. Aufl. 2008, N. 15 zu <ref-law>, mit Hinweisen).
5.4 Die von einer Schadenersatzforderung betroffene Person muss auf Grund der Rechtsweggarantie die Möglichkeit haben, das Massliche der Beitragsforderungen, für die sie haftbar gemacht wird, zumindest einmal bei einer Gerichtsinstanz bestreiten zu können, die den Sachverhalt frei prüft. Solange sie noch Organ der Gesellschaft ist, hat sie die Möglichkeit, eine solche Beitragsverfügung anzufechten, sei es direkt für die Gesellschaft oder indirekt, indem sie innerhalb der Unternehmung darauf hinwirkt, dass die Verfügung angefochten und die Rechtslage geklärt wird. Anders verhält es sich, wenn die ins Recht gefasste Person im Zeitpunkt der betreffenden Beitragsverfügung nicht mehr Organ der Gesellschaft ist: Aus der Unternehmung ausgeschiedene frühere Organe haben bei späterer Zustellung der Beitragsverfügung in der Regel keine Möglichkeit, Einfluss darauf zu nehmen, dass die Gesellschaft die Verfügung anficht. Beitragsschuldnerin und damit Verfügungsadressatin ist die Gesellschaft. Ein ehemaliges Gesellschaftsorgan ist nicht legitimiert, die Beitragsforderung vor Gericht zu ziehen. Es ist auch nicht immer so, dass die noch vorhandenen Organe zum Beispiel einer Unternehmung, deren Firmentätigkeit eingeschlafen ist, sich noch ausreichend um die Verwaltung kümmern; darum wird etwa eine Beitragsverfügung nicht mehr angefochten, auch wenn dazu aller Grund bestehen würde, weil in der entsprechenden Periode tiefere als die veranlagten oder gar keine beitragspflichtigen Lohnzahlungen erfolgten. Die bisherige Rechtsprechung (oben E. 5.2) wonach rechtskräftige Beitragsverfügungen im Schadenersatzprozess masslich nur eingeschränkt überprüfbar sind, ist darum zu differenzieren:
5.5 Diese Rechtsprechung gilt weiterhin, soweit die Beitragsverfügungen zu einem Zeitpunkt ergangen sind, als die ins Recht gefasste Person noch eine formelle, materielle oder faktische Organstellung hatte und entsprechend auch eine Einwirkungsmöglichkeit in der beitragspflichtigen Gesellschaft bestand. War hingegen die ins Recht gefasste Person in diesem Zeitpunkt als Organ ausgeschieden und hatte sie demzufolge keine Möglichkeit mehr, in ihrer Organeigenschaft die Beitragsverfügung anzufechten oder anfechten zu lassen, muss die Beitragsverfügung im Rahmen des Schadenersatzverfahrens frei überprüfbar sein.
6. 6.1 Der Beschwerdeführer war bis Ende Oktober 2002 Organ der Gesellschaft, weshalb die im Juni 2001 und April 2002 eröffneten Beitragsverfügungen der Jahre 2000 und 2001 im dargestellten Rahmen verbindlich sind. Hinweise dafür, dass sie zweifellos unrichtig sind, finden sich in den Akten keine. In den unangefochten gebliebenen Verfügungen für die Abrechnungsperioden 2000 und 2001 ist eine Gesamtlohnsumme von Fr. 50'000.- und Fr. 40'000.- festgelegt worden. Bei einer im Handelsregister eingetragenen Gesellschaft mit Geschäftsführer, die ihre Tätigkeit eben erst aufgenommen hat, ist eine solche Lohnsumme weder als aussergewöhnlich tief noch als ausserordentlich hoch zu bezeichnen und erweckt mangels anderer Anhaltspunkte nicht und schon gar keine schwerwiegenden Zweifel an ihrer Richtigkeit.
6.2 Die Beitragsverfügung für das Jahr 2002 erging im April 2003 zu einem Zeitpunkt, da der Beschwerdeführer bereits aus der Gesellschaft ausgeschieden war. Darum ist sie im Rahmen des Schadenersatzverfahrens frei überprüfbar (oben E. 5.4). Bei voller Kognition ist nach der Aktenlage nicht überwiegend wahrscheinlich, dass die Gesellschaft im fraglichen Zeitraum Löhne ausbezahlt hat; es bestehen keine Anzeichen dafür, dass sie überhaupt eine Geschäftstätigkeit ausgeübt hat; Verlustscheine haben im Konkurs primär nur staatliche Gläubiger (Steuerbehörden, Sozialversicherer) ausgestellt erhalten. Was die Schadenersatzforderung für das Beitragsjahr 2002 betrifft, ist die Beschwerde somit gutzuheissen.
7. Nicht zu entschädigen hat der Beschwerdeführer zudem die von der Ausgleichskasse bei der Gesellschaft nicht einbringlichen Ordnungsbussen gemäss <ref-law>. Solche Ordnungsbussen entziehen sich dem Rückgriff nach <ref-law>, da Ordnungsbussen nicht Schadensbestandteil sind (Urteil H 194/96 vom 4. November 1996, E. 4c).
8. Die von der Vorinstanz gestützt auf die Kontoauszüge für das Bundesgericht verbindlich (<ref-law>) festgestellten Schadenersatzhöhen für die Beitragsperioden 2000 und 2001 sind somit um den Bussenbetrag von Fr. 150.- (2000) und Fr. 400.- (2001) zu reduzieren. Der vom Beschwerdeführer der Beschwerdegegnerin geschuldete Schadenersatz für die Beitragsausstände dieser zwei Jahre beläuft sich damit auf insgesamt Fr. 15'587.80 (= Fr. 8'661.90 + Fr. 6'925.90).
9. Bei diesem Ausgang des Verfahrens werden die Gerichtskosten beiden Parteien je zur Hälfte auferlegt (<ref-law>)

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist. Der Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, vom 4. Dezember 2007 wird aufgehoben und der Beschwerdeführer wird zu einer Schadenersatzzahlung von Fr. 15'587.80 verurteilt.
2. Von den Gerichtskosten von Fr. 500.- werden dem Beschwerdeführer Fr. 250.- und der Beschwerdegegnerin Fr. 250.- auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 8. Oktober 2008
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
i.V. Borella Schmutz