Faits:
A. En juillet 2004, X._, domiciliée dans le canton de Genève, a reçu de son employeur une indemnité de départ de 114'000.- fr. L'Administration fiscale cantonale du canton de Genève (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a considéré que ce montant avait un caractère de prévoyance et l'a imposé séparément, par bordereau du 25 avril 2006; les impôts cantonal et communal sur cette prestation se montaient à 4'932.45 fr.
X._ a élevé réclamation à l'encontre de ce bordereau. Etant mariée, elle demandait à ce que la prestation en cause soit taxée d'après le barème applicable aux personnes mariées et non d'après celui applicable aux personnes seules. En outre, elle estimait que le rabais d'impôt légal devait être pris en compte et réduire d'autant l'impôt dû.
Par décision du 15 juin 2006, l'Administration fiscale cantonale n'a pas admis la réclamation de X._.
La Commission cantonale de recours en matière d'impôts a rejeté le recours de l'intéressée le 22 juin 2009.
B. Par arrêt du 16 novembre 2010, le Tribunal administratif du canton de Genève (depuis le 1er janvier 2011: la Chambre administrative de la Cour de justice, ci-après: la Cour de justice) a également rejeté le recours de X._. En substance, il a retenu que la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; RS 642.14) laissait les cantons libres d'adopter "leur propre niveau d'imposition". L'application du barème A (personnes seules) aux prestations en capital perçues par un contribuable marié ne violait pas l'égalité de traitement, car ces prestations n'étaient imposées "qu'auprès du bénéficiaire, sans prise en compte d'éventuelles prestations en capital reçues par son conjoint". D'autre part, dans la mesure où les prestations en capital de la prévoyance professionnelle faisaient l'objet d'une imposition séparée privilégiée, elles n'étaient pas visées par les dispositions générales prévoyant le rabais d'impôt.
C. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, X._ demande au Tribunal fédéral, sous suite de dépens, de constater qu'elle doit être mise au bénéfice du barème applicable aux couples mariés et du rabais d'impôt, d'annuler le bordereau de taxation du 25 avril 2006 et d'inviter le fisc à en émettre un nouveau en tenant compte du barème susmentionné et du rabais d'impôt.
L'Administration fiscale cantonale conclut au rejet du recours. La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Selon l'Administration fédérale des contributions, le recours porte sur la question du taux d'imposition des prestations en capital de la prévoyance. Ce point n'étant pas réglé par la LHID, elle renonce à déposer des observations.

Considérant en droit:
1. 1.1 La conclusion tendant à l'annulation du bordereau d'impôt du 25 avril 2006 établi par l'Administration fiscale cantonale est irrecevable en raison de l'effet dévolutif du recours déposé auprès de la Cour de justice (art. 54 al. 1 de la loi genevoise du 4 octobre 2001 de procédure fiscale; RS/GE D 3 17).
1.2 Le Tribunal fédéral examine librement si le droit cantonal et son interprétation par les autorités cantonales respectent les exigences de la loi sur l'harmonisation fiscale. Toutefois, dans la mesure où le droit fédéral laisse une marge de manoeuvre au législateur cantonal, le pouvoir d'examen du Tribunal fédéral se limite à l'interdiction de l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 209 ss.). Dans ces cas, l'<ref-law> exige que l'acte de recours contienne, à peine d'irrecevabilité, un exposé succinct des droits constitutionnels ou des principes juridiques violés et précise en quoi consiste la violation. Lorsqu'il est saisi d'un recours, le Tribunal fédéral n'a donc pas à vérifier de lui-même si l'arrêt entrepris est en tous points conforme au droit et à l'équité. Il n'examine que les griefs d'ordre constitutionnel invoqués et suffisamment motivés dans l'acte de recours (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 67; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 143).
2. La disposition en cause est l'art. 18 de l'ancienne loi genevoise du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation des effets de la progression à froid (ci-après: aLIPP - V), en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009. Cette loi a été abrogée, le 1er janvier 2010, par la loi genevoise du 27 septembre 2009 sur l'imposition des personnes physiques (LIPP; RS/GE D 3 08; art. 69 al. 1 let. e LIPP). Il découle de l'art. 72 al. 1 LIPP que les impôts relatifs aux périodes fiscales antérieures à la période 2010 demeurent régis par les dispositions de l'ancien droit. Par conséquent, le litige portant sur la taxation d'une prestation en capital perçue en 2004, l'art. 18 aLIPP-V demeure applicable.
3. La recourante estime que l'art. 18 aLIPP-V viole l'<ref-law>, ainsi que les principes de l'égalité et de la généralité de l'impôt.
3.1 Le présent litige porte sur la compatibilité de l'art. 18 aLIPP-V avec l'<ref-law>. L'étendue de l'autonomie dont le législateur cantonal dispose dans le cadre de la loi fédérale d'harmonisation, singulièrement pour réglementer un domaine fiscal particulier, se détermine sur la base des méthodes et critères d'interprétation généralement applicables (<ref-ruling> consid. 3b p. 61; pour les méthodes d'interprétation: cf. <ref-ruling> consid. 4.1 p. 299; <ref-ruling> consid. 5.1 p. 217 et les arrêts cités).
3.2 L'<ref-law> prévoit:
"1 L'impôt des personnes mariées vivant en ménage commun doit être réduit de manière appropriée par rapport à celui des personnes vivants seules. (...)
"1 L'impôt des personnes mariées vivant en ménage commun doit être réduit de manière appropriée par rapport à celui des personnes vivants seules. (...)
... 3 Les prestations en capital provenant des institutions de prévoyance, ainsi que les sommes versées ensuite de décès, de dommages corporels permanents ou d'atteinte durable à la santé sont imposées séparément. Elles sont dans tous les cas soumises à un impôt annuel entier."
A également trait à ces prestations, l'<ref-law> selon lequel l'impôt sur les prestations mentionnées à l'<ref-law> est fixé pour la période fiscale au cours de laquelle les revenus ont été acquis. Lorsque plusieurs gains en capital sont réalisés la même année fiscale, l'impôt est calculé au taux applicable à l'ensemble de ces gains.
L'art. 18 aLIPP-V dispose:
"1 Les prestations en capital provenant des institutions de prévoyance ainsi que les sommes versées ensuite de décès, de dommages corporels permanents ou d'atteinte durable à la santé sont imposées séparément. Elles sont dans tous les cas soumises à un impôt annuel entier.
2 L'impôt est calculé sur la base du taux représentant le cinquième du barème inscrit à l'art. 11 (barème A). Pour déterminer ce taux, les diverses prestations telles que celles mentionnées à l'alinéa 1 sont additionnées."
Le barème A de l'art. 11 aLIPP-V est applicable aux personnes seules. Il est moins favorable que le barème B prévu à l'art. 12 aLIPP-V pour, notamment, les époux vivant en ménage commun. Les prestations perçues par les époux ne sont pas cumulées (imposition séparée des époux), tandis que celles touchées par chaque contribuable au cours de la période fiscale le sont (art. 18 al. 2 aLIPP).
3.3 Le législateur cantonal a donc repris mot pour mot l'<ref-law> à l'art. 18 al. 1 aLIPP-V. La recourante ne conteste d'ailleurs pas qu'en cela cette disposition cantonale respecte l'<ref-law>.
4. La recourante soutient toutefois que l'art. 18 al. 2 aLIPP-V qui ne renvoie qu'au seul barème A (personne seule) est contraire à l'<ref-law>, en tant que celui-ci prescrit que l'impôt des personnes mariées vivant en ménage commun doit être réduit de manière appropriée par rapport à celui des personnes vivant seules.
L'Administration fiscale cantonale indique que le législateur genevois a voulu traiter de manière égale tous les contribuables qui bénéficient d'une prestation en capital de la prévoyance, sans prendre en compte leur situation familiale. La LHID imposerait aux cantons de prévoir un barème différent pour les contribuables mariés uniquement en ce qui concerne l'impôt sur le revenu. Ladite Administration avance également que les cantons sont libres d'adopter leur propre niveau d'imposition dans le cadre de la LHID.
Il s'agit, dès lors, d'examiner si l'<ref-law> ne s'applique qu'à l'impôt sur le revenu au sens strict ou s'il s'applique également dans le cadre de l'imposition séparée des prestations en capital provenant d'institutions de prévoyance.
4.1 L'<ref-law> fait partie du chapitre 2 (art. 7 - 11 LHID) relatif à l'impôt sur le revenu. La section 1 de ce chapitre traite des "Revenus", la section 2 des "Déductions" et la section 3, qui ne comprend que l'<ref-law>, du "Calcul de l'impôt". Cette dernière section, bien qu'elle concerne le calcul de l'impôt, n'indique pas de taux. Ceux-ci sont, en effet, de la compétence des cantons. Toutefois, au premier alinéa, l'<ref-law> impose un impôt réduit pour les personnes mariées vivant en ménage commun. Il traite, aux autres alinéas, de cas dans lesquels une imposition particulière est prévue.
Il découle de l'<ref-law> que les prestations en capital provenant des institutions de prévoyance sont des revenus et qu'ils sont soumis à l'impôt sur le revenu. Ces prestations sont toutefois imposées séparément et elles sont soumises à un impôt annuel entier (<ref-law>). La ratio legis de cette imposition séparée est d'empêcher que ces revenus soient trop fortement imposés. En effet, un barème d'imposition progressif induirait, compte tenu des autres revenus, un taux d'imposition élevé. Une taxation séparée permet de casser la progressivité du taux (HANS-JÖRG MÜLLHAUPT, in: Marianne Klöti-Weber/Dave Siegrist/Dieter Weber, Kommentar zum Aargauer Steuer-gesetz, 3è éd., no 2 ad § 45 StG/AG). Avec l'imposition séparée des prestations en capital provenant de la prévoyance, la charge fiscale afférente aux prestations de la prévoyance est réduite. Une telle imposition est judicieuse en présence de revenus à caractère non périodique qui génèrent un montant extraordinaire (MARKUS REICH, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/1, Bundesgesetz über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG), 2è éd., 2002, [cité ci-après: Kom-mentar StHG], no 38 ad <ref-law>; voir aussi: IVO P. BAUMGARTNER, in: Martin Zweifel/Peter Athanas, Kommentar zum schweizerischen Steuerrecht, I/2a, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer (DBG), 2e éd., 2008 [cité ci-après: Kommentar DBG], no 1 ss ad <ref-law>; PETER LOCHER, Kommentar zum DBG, 2001, no 1 ad <ref-law>). En effet, un tel revenu conduit, en quelque sorte, à une distorsion de la capacité économique réelle du contribuable. Cette taxation séparée permet, de plus, d'atteindre le but de la taxation séparée de ces prestations qui est de leur réserver un traitement particulièrement favorable (Message sur l'harmonisation fiscale, FF 1983 III 104). Le corollaire de l'imposition séparée est que si, au cours d'une année fiscale, le contribuable touche plusieurs prestations en capital provenant de la prévoyance, elles sont additionnées et soumises dans leur totalité à l'impôt annuel (Circulaire no 7 du 26 avril 1993 de l'Administration fédérale des contributions sur le calcul dans le temps de l'impôt fédéral direct dû par les personnes physiques, Archives 62 324, ad art. 2; IVO P. BAUMGARTNER, Kommentar DBG, no 11 ad <ref-law>; GLADYS LAFFELY MAILLARD, in: Commentaire romand, Impôt fédéral direct, 2008 [cité ci-après: Commentaire romand], no 9 ad <ref-law>; PETER LOCHER, op. cit., no 3 ad <ref-law>; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar zum harmonisierten Zürcher Steuergesetz, 2è éd., [cité ci-après: Kommentar StG/ZH], no 38 ad § 37 StG/ZH; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar zum DBG, 2e éd.2009 [cité ci-après: Handkommentar DBG], no 32 ad <ref-law> ).
4.2 D'après l'<ref-law>, le revenu et la fortune des époux qui vivent en ménage commun s'additionnent (MAJA BAUER-BALMELLI/MARKUS NYFFENEGGER, Kommentar StHG, no 22 ss ad <ref-law>; MARKUS REICH, Kommentar StHG, no 6 ad <ref-law>; FELIX RICHNER/WALTER FREI/ STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar StG/ZH, no 17 ad § 7 StG/ZH; pour l'impôt fédéral direct cf.; CHRISTINE JAQUES, Commentaire romand, no 1 ss ad <ref-law>; PETER LOCHER, op. cit., no 3 ss ad <ref-law>; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Handkommentar DBG, no 24 ad <ref-law>; cf. aussi MARKUS REICH, Steuerrecht, no 6 ss ad § 12). Cette règle vaut, en principe, pour tous les revenus des époux qui sont soumis à l'impôt sur le revenu. Font seule exception, selon la formulation explicite de l'<ref-law>, les gains immobiliers. Cela implique donc que les prestations de la prévoyance touchées pendant une même année fiscale s'additionnent, indépendamment du fait qu'elles aient été perçues par l'un ou l'autre des époux (FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Kommentar StG/ZH, no 38 ad § 37 StG/ZH; IVO P. BAUMGARTNER, Kommentar DBG, no 11a ad <ref-law>; GLADYS LAFFELY MAILLARD, op. cit., no 9 ad <ref-law>; PETER LOCHER, op. cit., no 10 ad <ref-law>; FELIX RICHNER/WALTER FREI/STEFAN KAUFMANN/HANS ULRICH MEUTER, Hand-kommentar DBG, no 32 ad <ref-law>).
Il en résulte qu'une imposition séparée de chacun des époux, comme le prévoyait l'aLIPP-V pour les prestations en capital de la prévoyance, est contraire aux exigences de la LHID qui ordonne une taxation conjointe des époux dans le cadre de laquelle les revenus sont additionnés. La nouvelle LIPP, en vigueur depuis le 1er janvier 2010 (cf. supra consid. 2), va, d'ailleurs, dans ce sens. Elle prévoit, en effet, l'addition des prestations en capital de la prévoyance touchées par chacun des époux (cf. art. 45 LIPP).
4.3 L'<ref-law> prévoit que l'impôt des personnes mariées vivant en ménage commun doit être réduit de manière appropriée par rapport à celui des personnes vivant seules.
Si les cantons ont une certaine indépendance pour fixer les tarifs, l'exigence quant à l'allègement de l'impôt des personnes mariées vivant en ménage commun est absolue dans le cadre de l'imposition des revenus. Dès lors, compte tenu de ce qui précède, cet allégement doit également s'appliquer dans le cadre de l'imposition des prestations en capital de la prévoyance professionnelle qui sont, comme on l'a vu, des revenus. La compétence résiduelle des cantons en ce qui concerne l'imposition des prestations en capital de la prévoyance de l'<ref-law> réside dans la méthode choisie pour réduire l'impôt, ainsi que dans la fixation du taux d'imposition. Toutefois, dans ce cadre, ils doivent respecter le principe selon lequel l'imposition des époux faisant ménage commun doit être allégée par rapport à ce que paierait une personne seule.
4.4 Cette conclusion va dans le sens de la volonté du législateur de réaliser l'harmonisation fiscale qui vise un ajustement des législations cantonales avec la législation fédérale en matière d'impôt fédéral direct (harmonisation verticale) et celui des législations cantonales entre elles (harmonisation horizontale), ainsi que, notamment, une simplification de la taxation (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 72; <ref-ruling> consid. 6a p. 64).
En effet, au niveau fédéral, l'impôt annuel entier auquel sont soumises les prestations en capital provenant d'institutions de prévoyance professionnelle (art. 38 de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'impôt fédéral direct [LIFD; RS 642.11]) doit être calculé sur la base de taux équivalant au cinquième des barèmes de l'art. 214 al. 1 et 2 LIFD (avant le 1er janvier 2011, l'<ref-law> renvoyait au barème de l'<ref-law>). Or, l'<ref-law> (comme l'<ref-law>) prévoit un barème pour l'impôt sur le revenu plus favorable pour les époux vivant en ménage commun. Ainsi, au niveau fédéral, l'allégement voulu par le législateur dans le cadre de l'impôt sur le revenu pour les époux vivant en ménage commun est appliqué à l'impôt annuel entier des prestations en capital de la prévoyance professionnelle.
Il en va de même au niveau cantonal. En effet, la grande majorité des cantons imposent les prestations en capital de la prévoyance perçues par des couples mariés vivant en ménage commun de façon réduite. Conformément à leur autonomie en matière de tarif, ils y procèdent de différentes manières. Certains, à l'image des cantons d'Appenzell Rhodes-Intérieures (art. 40 al. 1 de la loi fiscale du 25 avril 1999), Neuchâtel (art. 42 al. 1 de la loi du 21 mars 2000 sur les contributions directes), Lucerne (§ 58 al. 2 de la loi fiscale du 22 novembre 1999) et Vaud (art. 49 al. 4 de la loi du 4 juillet 2000 sur les impôts directs), renvoient aux taux d'imposition ordinaire de l'impôt sur le revenu lesquels fixent forcément, en conformité avec l'<ref-law>, des taux réduits pour les personnes mariées vivant en ménage commun. D'autres, tels que les cantons d'Appenzell Rhodes-Extérieures (art. 41 al. 1 let. a de la loi fiscale du 21 mai 2000), Berne (art. 44 al. 2 de la loi du 21 mai 2000 sur les impôts), Fribourg (art. 39 al. 2bis de la loi du 6 juin 2000 sur les impôts cantonaux directs), Grisons (art. 40a de la loi fiscale du 8 juin 1986), Jura (art. 37 al. 2 de la loi d'impôt du 26 mai 1988) et St-Gall (art. 52 al. 2 de la loi fiscale du 9 avril 1998) prévoient directement, dans la disposition relative aux prestations en capital, un impôt réduit pour les personnes mariées vivant en ménage commun - notamment par le biais de taux plus favorables ou de déduction accordée sur le montant de la prestation perçue -.
4.5 En conclusion, d'un point de vue systématique et téléologique, il apparaît que, si l'<ref-law> impose une taxation séparée des prestations en cause consistant en un impôt annuel entier, on reste cependant dans le cadre de l'impôt sur le revenu au sens large, les prestations en capital de la prévoyance étant des revenus apériodiques que l'on extrait des autres revenus pour obtenir une imposition plus favorable. Dès lors, le principe ordonnant une imposition réduite pour les personnes mariées vivant en ménage commun par rapport aux personnes seules (<ref-law>) doit aussi s'appliquer dans le cadre de l'imposition des prestations en capital de la prévoyance. Au demeurant, la nouvelle LIPP (cf. art. 41 al. 2 LIPP applicable par renvoi de l'art. 45 al. 3 LIPP) a introduit une telle imposition allégée pour ces personnes.
4.6 Compte tenu de ce qui précède, le grief de la recourante tiré de la violation de la LHID par l'art. 18 al. 2 aLIPP-V, en tant que cette disposition ne renvoie qu'au barème pour personnes seules, doit être admis. L'imposition de la prestation en capital touchée par la recourante, mariée, doit être allégée par rapport à ce que paierait une personne seule. Dès lors que l'ancienne LIPP contenait un barème B, applicable au "couple marié, ménage indépendant", qui n'est pas en soi contesté par la recourante, il convient de l'appliquer à l'indemnité de départ touchée par celle-ci.
Le moyen étant admis, il n'y plus lieu d'examiner les griefs relatifs à la violation, par l'art. 18 al. 2 aLIPP-V, du principe de l'égalité de traitement, lequel au demeurant se confond avec celui de violation de l'<ref-law>, de la généralité de l'impôt, ainsi que de la violation de l'interdiction de l'arbitraire.
5. La recourante se plaint "De l'oubli de la composante du rabais d'impôt". Elle reproche au fisc de n'avoir pas tenu compte, dans le cadre de l'imposition de la prestation en capital en cause, de l'art. 14 aLIPP-V qui prévoit le rabais d'impôt.
Avec une telle argumentation, la recourante se plaint en fait de la violation du droit cantonal. Or, sauf dans les cas cités expressément par l'<ref-law>, le recours en matière de droit public ne peut pas être formé pour violation du droit cantonal en tant que tel. En revanche, il est toujours possible de faire valoir que la mauvaise application du droit cantonal constitue une violation du droit fédéral, en particulier qu'elle est arbitraire au sens de l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 4.3 p. 521/522; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 466). Il appartient toutefois au recourant d'invoquer ce grief et de le motiver d'une manière suffisante (cf. supra consid. 1.2). Tel n'est pas le cas en l'espèce. La recourante se contente d'expliquer pourquoi, selon elle, le rabais d'impôt devrait s'appliquer dans le cadre de l'imposition des prestations en capital de la prévoyance professionnelle. Elle ne mentionne d'ailleurs, à cet égard, ni l'arbitraire, ni l'art. 9 Cst.
Au demeurant, le Tribunal fédéral a jugé (arrêt 2C_272/2010 du 15 novembre 2010) le système du rabais d'impôt de l'art. 14 aLIPP-V - qui consiste à accorder une déduction non pas sur le revenu mais sur l'impôt lui-même - comme étant incompatible avec l'art. 9 al. 1 let. k LHID.
Les considérations qui précèdent conduisent à déclarer le grief relatif au rabais d'impôt irrecevable.
6. Compte tenu de ce qui précède, le recours est admis dans la mesure où il est recevable. L'arrêt attaqué est annulé en tant qu'il impose la prestation en capital perçue par la recourante, mariée, au même taux que celui applicable à une personne seule. La cause est renvoyée à l'Administration fiscale cantonale pour une nouvelle décision de taxation dans le sens des considérants. Il y a également lieu de renvoyer la cause à la Cour de justice pour qu'elle procède à une nouvelle répartition des frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant elle (<ref-law>).
La recourante succombant partiellement, de même que le canton de Genève, il y a lieu de répartir les frais judiciaires. La recourante en supportera un tiers et le canton de Genève, dont les intérêts pécuniaires sont en cause (art. 66 al. 1 et 4 LTF), les deux tiers. Le canton de Genève versera en outre une indemnité à titre de dépens à la recourante qui obtient partiellement gain de cause avec l'assistance d'un avocat (art. 68 al. 1 et 2 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis dans la mesure où il est recevable.
2. L'arrêt du Tribunal administratif du 16 novembre 2010 est annulé. La cause est renvoyée à l'Administration fiscale cantonale pour une nouvelle décision de taxation dans le sens des considérants.
3. L'affaire est renvoyée à la Cour de justice afin qu'elle fixe à nouveau les frais et dépens de la procédure qui s'est déroulée devant elle.
4. Les frais judiciaires, arrêtés à 1'500 fr., sont mis pour 1'000 fr. à la charge du canton de Genève et pour 500 fr. à la charge de la recourante.
5. Une indemnité de 1'500 fr., à payer à la recourante à titre de dépens, est mise à la charge du canton de Genève.
6. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, à l'Administration fiscale cantonale et à la Cour de justice du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des contributions.
Lausanne, le 8 décembre 2011
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Zünd
La Greffière: Kurtoglu-Jolidon