Sachverhalt:
A. Am 11. Dezember 2007 reichte die Y._ Film Production SA, nunmehr X._ Film Production SA (Beschwerdeführerin; Klägerin), mit Sitz in Genf gegen die Z._ AG (Beschwerdegegnerin; Beklagte) mit Sitz in Tägerwilen beim Obergericht des Kantons Thurgau Klage ein und stellte folgende Rechtsbegehren:
"A. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin eine Originalfassung des Weltvertriebsvertrags zwischen der Klägerin und der Beklagten vom 9. Februar 2005 betreffend den Spielfilm "A._" von B._ herauszugeben.
B. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin eine detaillierte Abrechnung über alle Einnahmen aus der durch die Beklagte vertraglich und ausservertraglich getätigten Verwertung des Langspielfilms "A._" von B._ schriftlich zu übermitteln sowie der Klägerin Einsicht und Prüfung der für diese Verwertung relevanten Bücher und Unterlagen der Beklagten durch eine branchenkundige Person zu gewähren.
C. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin den "Netto-Produzentenanteil" gemäss Art. 4.4 des Weltvertriebsvertrags zwischen der Klägerin und der Beklagten vom 9. Februar 2005 betreffend den Spielfilm "A._" von B._ für die dreimonatige Vertragsdauer vom 9. Februar 2005 bis zum 9. Mai 2005 zu bezahlen, samt Verzugszins von 5% seit dem 1. Juli 2005.
D. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin einen dem "Netto-Produzentenanteil" gemäss Art. 4.4 des Weltvertriebsvertrags zwischen der Klägerin und der Beklagten vom 9. Februar 2005 betreffend den Spielfilm "A._" von B._ gleichwertigen Anteil aus der Verwertung dieses Films aufgrund der vom 9. Mai 2005 bis 13. September 2006 abgeschlossenen einzelnen mündlichen Verwertungsverträgen zwischen den Parteien zu bezahlen, samt Verzugszins von 5% seit dem 1. Februar 2006.
E. Es sei die Beklagte zu verurteilen, der Klägerin sämtliche Einnahmen aus der von der Beklagten seit dem 13. September 2006 getätigten ausservertraglichen Verwertung des Spielfilms "A._" von B._ zu bezahlen, samt Verzugszins von 5% seit dem 1. Februar 2006.
[Ein Rechtsbegehren lit. F wurde nicht gestellt.]
G. Es sei der Beklagten unter Strafandrohung zu verbieten, jegliche Verwendung und Verwertung des Spielfilms "A._" von B._ zu tätigen, die nicht von der Klägerin genehmigt ist."
Die Beschwerdeführerin brachte zur Begründung ihrer Klage unter anderem vor, sie habe mit der Beschwerdegegnerin am 9. Februar 2005 einen Weltvertriebsvertrag abgeschlossen, in dem sich die Beschwerdegegnerin verpflichtet habe, für eine Dauer von drei Monaten den Spielfilm "A._" von B._ zu vertreiben. Die Beschwerdegegnerin habe die aus den getätigten Verkäufen des Films erzielten Erlöse, nach Abzug ihrer Kommission, nicht an die Beschwerdeführerin bezahlt und sich geweigert, sämtliche Dokumente beziehungsweise Gegenstände zurückzugeben, die ihr die Beschwerdeführerin zur Wahrnehmung der vertraglichen Pflichten übergeben habe. Die Beschwerdeführerin habe sich geweigert, den auf eine Dauer von drei Monaten beschränkten Weltvertriebsvertrag vom 9. Februar 2005 zu verlängern. Nach Ablauf der Vertragsdauer habe sie sich jedoch bereit erklärt, die Beschwerdegegnerin mittels punktuellen Einzelvereinbarungen auf nicht exklusiver Basis zu beauftragen, den Film zu vertreiben. Am 13. September 2006 habe sie der Beschwerdegegnerin mündlich mitgeteilt, dass sie keine weiteren vertraglichen Beziehungen mehr mit ihr wünsche.
Die Beschwerdegegnerin stellte in ihrer Klagantwort folgende Anträge:
"A. Es sei festzustellen, dass der zwischen der Klägerin und der Beklagten abgeschlossene Weltvertriebsvertrag vom 9. Februar/10. März 2005 gültig ist und die in Ziffer 3 schriftlich vereinbarte Vertragslaufzeit vom 10. März 2005 bis 10. März 2020 wirksam ist. Der Vertrag liegt sowohl der Klägerin als auch der Beklagten jeweils in einem Originalexemplar vor.
B. Es sei festzustellen, dass die als Beilage 7, 8 und 9 vorgelegten Abrechnungen sämtlich der Klägerin zweifelsfrei vorliegen.
C. Es sei die Klägerin zu verurteilen, Auskunft darüber zu erteilen, ob und gegebenenfalls in welchem Umfang von ihr selbst oder durch beauftragte Dritte die der Beklagten aus dem Weltvertriebsvertrag zustehenden Rechte während der Laufzeit des Weltvertriebsvertrags angeboten und gegebenenfalls verkauft wurden.
D. Es sei festzustellen, dass der Beklagten das von der Beklagten dem Anwalt der Klägerin mit Schreiben vom 9. Mai 2007 mitgeteilte Zurückbehalterecht zusteht.
E. Es sei die Klägerin zu verurteilen, der Beklagten den Schaden zu ersetzen für das ausserordentliche "Ruhenlassen" der Weltvertriebsaktivitäten sowie durch Dritte (Weltvertrieb) generierte Erlöse und somit entgangenen Gewinn für die Beklagte.
F. Es sind die Rechtsbegehren der Klägerin unter A, B, C, D, E und G aus der Klageschrift abzuweisen."
Die Beschwerdegegnerin machte geltend, der Weltvertriebsvertrag sei mit einer Laufzeit von 15 Jahren abgeschlossen worden und bis am 10. März 2020 gültig. Sie habe Vermarktungs- und Vertriebsaktivitäten vorgenommen, um den Film an Fernsehsender und Filmverleiher zu lizenzieren. Sie habe den Film in Erfüllung des Weltvertriebsvertrags insgesamt an drei Lizenznehmer weiterlizenziert. Die Beschwerdeführerin habe die der Beschwerdegegnerin zustehenden Rechte am Film im Sommer 2006 an einen Dritten weitergegeben. Der Beschwerdegegnerin stehe daher ein Schadenersatzanspruch zu, weshalb sie die bisherigen Erlöse einbehalten habe.
Mit Einschreiben vom 22. Mai 2008 wies der Obergerichtspräsident die Parteien darauf hin, dass mit der Klagantwort eigenständige materielle Begehren gestellt worden seien, die über den blossen Antrag auf Abweisung der Klage oder entsprechende Hilfsbegehren hinausgingen. Auf eine solche Widerklage könne das Obergericht in diesem Verfahren nicht eintreten, da sich die entsprechenden Begehren nur auf Vertragsrecht, nicht aber auf Urheberrecht stützten und somit im Sinn von § 89 Abs. 1 ZPO/TG nicht die gleiche Verfahrensart Anwendung finde. Zur Beurteilung solcher Ansprüche müsse der ordentliche Richter angerufen werden. Das Obergericht werde sich auch mit der Frage befassen müssen, ob schon die Klage entsprechende Rechtsbegehren enthalte, die nicht in die alleinige Zuständigkeit des Obergerichts fielen.
B. Mit Entscheid vom 27. Mai 2008 trat das Obergericht auf die klägerischen Rechtsbegehren A, C, D sowie B, soweit die vertragliche Verwertung des Spielfilms "A._" betreffend, sowie auf die Widerklage nicht ein. Mit Bezug auf die übrigen Rechtsbegehren wies es die Klage ab.
Das Obergericht erwog, nach § 49 Abs. 1 Ziff. 1 ZPO/TG beurteile das Obergericht als einzige kantonale Instanz unter anderem Streitigkeiten betreffend Urheberrecht. Vertragsklagen, die sich auf eine Nicht- oder Schlechterfüllung von Abtretungs-, Lizenz- oder Verlagsverträgen über Immaterialgüterrechte beziehen, seien demgegenüber nicht vor dem Obergericht, sondern vor den ordentlichen Zivilgerichten einzubringen (§§ 46 f. ZPO/TG). Urheberrechtlicher Natur seien nur die Anspruchsgrundlagen der klägerischen Rechtsbegehren E und G sowie B, soweit die ausservertragliche Verwertung betreffend. Die anderen klägerischen Rechtsbegehren stützten sich dagegen ausschliesslich auf den Weltvertriebsvertrag, ebenso die beiden selbständigen Rechtsbegehren C und E der Beklagten. Diesbezüglich fehle es an der sachlichen Zuständigkeit des Obergerichts, weshalb es auf diese Begehren nicht eintrat.
Soweit es auf die Klage eintrat, führte es aus, im Umfang, in dem die Beschwerdeführerin die ihr im Weltvertriebsvertrag eingeräumten Rechte ausübe, liege keine Verletzung der Urheberrechte der Beschwerdeführerin vor. Ob die Beschwerdeführerin gestützt auf ihr Urheberrecht am Film "A._" Ansprüche gegen die Beschwerdegegnerin erheben könne, hänge daher von der Geltungsdauer des Weltvertriebsvertrags ab. In Würdigung der eingereichten Unterlagen kam es zum Schluss, dass die Parteien eine Vertragsdauer von 15 Jahren vereinbart hatten. Der auf eine Dauer von fünfzehn Jahren abgeschlossene Lizenzvertrag sei weder durch Vertragsablauf noch durch Kündigung beendet worden. Der Beschwerdegegnerin stünden daher immer noch die ihr eingeräumten Rechte zu. Die Begehren der Beschwerdeführerin auf Abrechnung und Bezahlung von Einnahmen aus ausservertraglicher Verwertung des Spielfilms und auf Verbot der Verwendung und Verwertung des Spielfilms seien deshalb abzuweisen.
C. Die Beschwerdeführerin beantragt mit Beschwerde in Zivilsachen, den Entscheid des Obergerichts vom 27. Mai 2008 vollumfänglich aufzuheben. Es sei die Widerklage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Es sei die Sache zur vollumfänglichen Neubeurteilung an die zuständige Vorinstanz zurückzuweisen zwecks Stattgebung aller Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin gemäss ihrer Klagschrift vom 11. Dezember 2007. Eventualiter sei die Sache vollumfänglich durch das Bundesgericht neu zu beurteilen zwecks Stattgebung aller Rechtsbegehren der Beschwerdeführerin gemäss ihrer Klagschrift vom 11. Dezember 2007.
Die Beschwerdegegnerin beantragt, die Beschwerde abzuweisen, soweit überhaupt darauf einzutreten sei. Eventualiter und soweit auf Rechtsbegehren 2 der Beschwerdeführerin überhaupt eingetreten werde, sei das Verfahren zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen, subeventualiter die Widerklage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich gutzuheissen. Das Obergericht schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
Mit Eingaben vom 1. Juni 2009 bzw. vom 10. Juni 2009 reichten die Parteien unaufgefordert eine Replik bzw. eine Duplik ein. Die Beschwerdeführerin zog dabei ihr Rechtsbegehren 2 zurück, wonach die Widerklage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich abzuweisen sei, soweit darauf einzutreten sei.
D. Mit Schreiben vom 17. Februar 2009, beantragte die Beschwerdeführerin, zusätzlich zu den bereits gestellten Rechtsbegehren im vorliegenden Beschwerdeverfahren eine Berichtigung des Protokolls der Hauptverhandlung des Obergerichts vom 27. Mai 2008 zu erwirken.

Erwägungen:
1. 1.1 Das Schreiben der Beschwerdeführerin vom 17. Februar 2009 wurde nach Ablauf der Beschwerdefrist (2. Februar 2009) eingereicht. Auf den darin zusätzlich gestellten Antrag, eine Berichtigung des Protokolls der Hauptverhandlung des Obergerichts vom 27. Mai 2008 zu erwirken, ist wegen Verspätung nicht einzutreten.
1.2 Nachdem die Beschwerdeführerin ihr Rechtsbegehren 2, wonach die Widerklage der Beschwerdegegnerin vollumfänglich abzuweisen sei, soweit darauf einzutreten sei, zurückgezogen hat, entfällt eine diesbezügliche Beurteilung.
2. Die Beschwerde ist innert der Beschwerdefrist vollständig begründet einzureichen (Art. 42 Abs. 1 BGG). Eine Beschwerdeergänzung kommt einzig für Beschwerden auf dem Gebiet der internationalen Rechtshilfe in Strafsachen in Betracht (Art. 43 BGG). Eine Nachfrist zur Verbesserung einer ungenügenden Begründung wird nicht angesetzt (<ref-ruling> E. 2.4). Vor Bundesgericht findet zudem in der Regel nur ein Schriftenwechsel statt (Art. 102 Abs. 3 BGG). Reicht der Beschwerdeführer eine Replik ein (dazu <ref-ruling>), darf er diese nicht dazu verwenden, seine Beschwerde zu ergänzen oder zu verbessern (vgl. <ref-ruling> E. 3.3.4; <ref-ruling> E. 1d/aa, je mit Hinweisen).
Soweit die Beschwerdeführerin die Replik benutzt, um die Begründung der Beschwerde zu vertiefen bzw. zu verbessern oder dieselbe zu ergänzen, kann darauf nicht eingegangen werden. Das gilt auch für neu erhobene Rügen. So rügt sie erstmals in der Replik die Verletzung von Art. 6 EMRK und der Eigentumsgarantie nach Art. 26 BV und des von der Schweiz 1976 unterzeichneten Art. 1 des Zusatzprotokolls zur EMRK. Verspätet rügt sie sodann in der Replik, dass der angefochtene Entscheid keine Kosten- und Entschädigungsfolgen zulasten der Beschwerdegegnerin vorsehe, obwohl auf deren Widerklage nicht eingetreten worden sei. Damit kann die Beschwerdeführerin nicht gehört werden.
3. Beim angefochtenen Entscheid handelt es sich um einen Endentscheid (Art. 90 BGG). Er erging in Anwendung des URG bzw. lautet teilweise auf Nichteintreten mangels sachlicher Zuständigkeit. Art. 64 Abs. 3 URG schreibt für Zivilklagen im Urheberrecht eine einzige kantonale Instanz vor. Die Beschwerde in Zivilsachen ist demnach unabhängig vom Streitwert zulässig (Art. 74 Abs. 2 lit. b BGG). Da auch die übrigen Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind, ist - unter Vorbehalt zulässiger Beschwerdegründe (Art. 95 und 97 BGG) und einer rechtsgenüglichen Begründung (Art. 42 Abs. 2 und Art. 106 Abs. 2 BGG) - auf die Beschwerde einzutreten.
4. 4.1 Mit Beschwerde in Zivilsachen können Rechtsverletzungen gemäss Art. 95 und 96 BGG gerügt werden. Die Beschwerde ist hinreichend zu begründen, andernfalls wird darauf nicht eingetreten. In der Beschwerdeschrift ist in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt (Art. 42 Abs. 2 BGG). Die Verletzung von Grundrechten und von kantonalem und interkantonalem Recht kann das Bundesgericht nur insofern prüfen, als eine solche Rüge in der Beschwerde präzise vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 3.2). Macht der Beschwerdeführer eine Verletzung des Willkürverbots von Art. 9 BV geltend, genügt es nicht, wenn er einfach behauptet, der angefochtene Entscheid sei willkürlich; er hat vielmehr im Einzelnen aufzuzeigen, inwiefern dieser offensichtlich unhaltbar ist (<ref-ruling> E. 3 S. 352). Auf rein appellatorische Kritik am angefochtenen Entscheid tritt das Bundesgericht nicht ein (<ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 3.1 S. 399).
Unerlässlich ist im Hinblick auf Art. 42 Abs. 2 BGG, dass die Beschwerde auf die Begründung des angefochtenen Entscheids eingeht und im Einzelnen aufzeigt, worin eine Verletzung von Bundesrecht oder von internationalem Recht liegt. Der Beschwerdeführer soll in der Beschwerdeschrift nicht bloss die Rechtsstandpunkte, die er im kantonalen Verfahren eingenommen hat, erneut bekräftigen, sondern mit seiner Kritik an den als rechtsfehlerhaft erachteten Erwägungen der Vorinstanz ansetzen (<ref-ruling> E. 2.1 S. 245 f.; <ref-ruling> E. 1.4 S. 287; <ref-ruling> E. 3.3 ). Ferner hat die Begründung in der Beschwerdeschrift selbst zu erfolgen; blosse Verweise auf kantonale Akten sind unbeachtlich (vgl. <ref-ruling> E. 1d; <ref-ruling> E. 2; <ref-ruling> E. 3 S. 85). Kantonale Akten werden dabei nicht dadurch zu einem Teil der Beschwerdeschrift, dass sie dieser als Anhang beigefügt und nochmals unterzeichnet werden.
4.2 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.2.2).
Der Beschwerdeführer, der die Sachverhaltsfeststellungen der Vorinstanz anfechten will, kann sich nicht damit begnügen, den bestrittenen Feststellungen eigene tatsächliche Behauptungen gegenüberzustellen oder darzulegen, wie die Beweise seiner Ansicht nach zu würdigen gewesen wären. Vielmehr hat er klar und substanziiert aufzuzeigen, inwiefern die gerügten Feststellungen bzw. die Unterlassung von Feststellungen offensichtlich unrichtig sind oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruhen. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (vgl. <ref-ruling> E. 1.4.3; <ref-ruling> E. 1.3, 462 E. 2.4).
Soweit die Beschwerdeführerin in ihren Rechtsschriften vom vorinstanzlich festgestellten Sachverhalt abweicht oder diesen ergänzt, ohne substanziierte Sachverhaltsrügen zu erheben, kann sie nicht gehört werden.
5. Unter dem Titel "Staatsvertragskonforme Auslegung des relevanten Bundesrechts sowie des kantonalen Rechts" ersucht die Beschwerdeführerin das Bundesgericht zunächst darum, "einen Leitentscheid betreffend die Qualität von Urteilen kantonaler Instanzen im Bereich der Rechte an geistigem Eigentum zu fällen". Auf die diesbezüglichen allgemeinen Rechtserörterungen kann nicht eingetreten werden.
5.1 Die Beschwerdeführerin plädiert allgemein für eine staatsvertragskonforme Auslegung und eine inzidente Normenkontrolle der kantonalen Prozessordnungen auf ihre Vereinbarkeit mit dem TRIPS-Übereinkommen (Abkommen vom 15. April 1994 über handelsbezogene Aspekte der Rechte an geistigem Eigentum [Anhang 1C zum Abkommen zur Errichtung der Welthandelsorganisation; SR 0.632.20]), insbesondere dessen Art. 41. Sie konkretisiert an dieser Stelle aber nicht, welche Bestimmung des Landesrechts überhaupt einer Auslegung bedürfte und inwiefern sie staatsvertragskonform auszulegen wäre. Ebenso wenig bezeichnet sie die Bestimmung des im vorliegenden Verfahren anwendbaren Thurgauer Prozessrechts, die einer vorfrageweisen Kontrolle auf ihre Übereinstimmung mit dem TRIPS-Übereinkommen zu unterziehen wäre.
5.2 Schliesslich begründet sie auch nicht rechtsgenüglich (vgl. Erwägung 4.1 vorne), dass sie durch das Verfahren vor der Vorinstanz in Rechten verletzt worden wäre, die ihr das TRIPS-Übereinkommen einräumt, indem sie lediglich ausführt, die Qualität des angefochtenen Urteils und das ihm zugrunde liegende Verfahren entspreche in keiner Weise den Anforderungen von Art. 41 TRIPS-Übereinkommen. Hinsichtlich des Abweisungsentscheids sei es weder gerecht noch billig, hinsichtlich des Nichteintretensentscheids sei es unnötig kompliziert, kostspielig und bringe ungerechtfertigte Verzögerungen mit sich. Das sind plakative Behauptungen, wie auch die pauschale Ausführung, das angefochtene Urteil beinhalte "krass unrichtige bzw. unvollständige Feststellungen des Sachverhalts und grobschlächtig falsche bzw. irrelevante rechtliche Würdigungen des Streitfalles". Damit vermag die Beschwerdeführerin im konkreten Fall keine Verletzung von Verfahrensgrundsätzen zu begründen.
Ohnehin könnte sich die Beschwerdeführerin nur auf Art. 41 TRIPS-Übereinkommen berufen, wenn diese Bestimmung direkt anwendbar wäre. Ein von der Bundesversammlung genehmigter Staatsvertrag wird mit dem Austausch der Ratifikationsurkunden für die Vertragsstaaten völkerrechtlich verbindlich; er erlangt zusammen mit der völkerrechtlichen auch landesrechtliche Wirkung. Er kann vom Bürger vor Gericht angerufen bzw. von den Behörden als Grundlage einer Entscheidung herangezogen werden, wenn er unmittelbar anwendbar (self-executing) ist. Dies setzt voraus, dass die angerufene staatsvertragliche Regelung inhaltlich hinreichend bestimmt und klar ist, um im Einzelfall Grundlage eines Entscheides bilden zu können. Die erforderliche Bestimmtheit geht vor allem blossen Programmartikeln ab. Sie fehlt auch Bestimmungen, die eine Materie nur in Umrissen regeln, dem Vertragsstaat einen beträchtlichen Ermessens- oder Entscheidungsspielraum lassen oder blosse Leitgedanken enthalten, sich also nicht an die Verwaltungs- oder Justizbehörden, sondern an den Gesetzgeber richten (<ref-ruling> E. 3.2 S. 291; <ref-ruling> E. 2b; <ref-ruling> E. 3a S. 91; <ref-ruling> E. 4a, 120 Ia 1 E. 5b mit Hinweisen).
Ob diese Voraussetzungen auf Art. 41 TRIPS-Übereinkommen zutreffen, ist fraglich. Bereits der einleitende Wortlaut ("Die Mitglieder stellen sicher, dass ...") deutet an, dass sich die Norm im Sinne einer Rahmenbestimmung an die nationalen Gesetzgeber richtet. Auch wenn in der Folge gewisse Vorgaben für die Ausgestaltung der Rechtsschutzverfahren aufgestellt werden, verbleibt bei deren Umsetzung angesichts der zahlreichen auslegungsbedürftigen Formulierungen und allgemein gehaltenen Anforderungen - z.B. dass die Verfahren "gerecht und billig" sein müssen oder dass sie "weder unnötig kompliziert oder kostenspielig" sein und keine "ungerechtfertigten Verzögerungen" mit sich bringen dürfen - ein erheblicher Ermessensspielraum (vgl. Alesch Staehelin, Das TRIPs-Abkommen, 2. Aufl., 1999, S. 178-180; Raoul Duggal, TRIPs-Übereinkommen und internationales Urheberrecht, Köln/Berlin/München 2001, S. 78). Es erscheint daher nicht eindeutig, dass die Norm inhaltlich hinreichend bestimmt ist, um im Einzelfall justiziabel zu sein (siehe dazu etwa Alesch Staehelin, Zur Frage der unmittelbaren Anwendbarkeit der WTO/ TRIPs-Normen, AJP 1996 S. 1488 ff., insb. S. 1495 f. Fn. 76; Sascha Vander, in Busche/Stoll [Hrsg.], TRIPs Kommentar, Köln/Berlin/München 2007, N. 10-15 vor Art. 41-61 TRIPS-Übereinkommen). Vorliegend kann die Frage der direkten Anwendbarkeit von Art. 41 TRIPS-Übereinkommen offen gelassen werden, da die Beschwerdeführerin diesbezüglich ohnehin keine rechtsgenüglich begründete Rüge erhebt.
6. Nicht weiter einzugehen ist auf die Ausführungen, welche die Beschwerdeführerin unter dem Titel "Bedeutung des vorliegenden Verfahrens für die Beschwerdeführerin, für die schweizerische Filmbranche sowie für Inhaber und Nutzer von Rechten an geistigem Eigentum" macht. Teilweise erschöpfen sie sich in allgemeinen Erörterungen zur Filmbranche ohne Bezug zum konkreten Fall, teilweise beruhen sie auf einer unzulässigen Erweiterung des vorinstanzlich festgestellten Sachverhalts, womit die Beschwerdeführerin mangels substanziierter Sachverhaltsrügen nicht zu hören ist (vgl. Erwägung 4.2 vorne). Schliesslich erhebt die Beschwerdeführerin in diesem Zusammenhang wiederum keine zulässige Rüge und substanziiert namentlich nicht, dass und inwiefern die Beschwerdeführerin vorliegend kein "ordentlich funktionierendes öffentliches Gerichtswesen" zur Verfügung gehabt haben soll.
7. Die klägerischen Rechtsbegehren E und G sowie B, soweit die ausservertragliche Verwertung betreffend, beruhen auf Anspruchsgrundlagen urheberrechtlicher Natur. Die Vorinstanz trat deshalb auf diese Begehren ein, wies sie jedoch ab, im Wesentlichen mit der Begründung, dass die Parteien den Weltvertriebsvertrag für eine Dauer von 15 Jahren abgeschlossen hätten. Der Beschwerdegegnerin stünden daher immer noch die ihr eingeräumten Rechte zu.
Die Beschwerdeführerin rügt in diesem Zusammenhang "eine unrichtige Feststellung des Sachverhalts und daraus folgende Verletzungen von unmittelbar anwendbarem Staatsvertragsrecht, Bundesrecht und kantonalem Recht". Soweit sie zur Begründung auf die Ausführungen in ihrer Klagschrift verweist, kann darauf von vornherein nicht eingegangen werden (vgl. Erwägung 4.1).
7.1 Als unrichtige Feststellung des Sachverhalts kritisiert sie die Auffassung der Vorinstanz, dass sich aufgrund der eingereichten Unterlagen zweifellos ergebe, dass die Parteien eine Vertragsdauer von 15 Jahren vereinbart hätten.
Zu beachten ist, dass dem Sachgericht im Bereich der Beweiswürdigung ein erheblicher Ermessensspielraum zusteht. Das Bundesgericht greift auf Beschwerde hin nur ein, wenn das Sachgericht sein Ermessen missbraucht, insbesondere offensichtlich unhaltbare Schlüsse zieht, erhebliche Beweise übersieht oder solche willkürlich ausser Acht lässt (vgl. <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 2.1; <ref-ruling> E. 4b S. 40).
Die Vorinstanz gelangte nach einer sorgfältigen Würdigung der vorhandenen Akten zur beanstandeten Schlussfolgerung hinsichtlich der Vertragsdauer. Der Beschwerdeführerin gelingt es nicht, diese bzw. die dazu führende Beweiswürdigung der Vorinstanz als willkürlich auszuweisen:
Zunächst trifft es nicht zu, dass die Vorinstanz die Klagschrift in diesbezüglich wesentlichen Teilen schlicht ignoriert bzw. nicht rechtsgenügend berücksichtigt habe. Namentlich hat sie auch das Thema der "Schriftform" nicht übergangen. So hielt sie fest, beide Parteien hätten Kopien eines von beiden Parteien unterschriebenen auf jeder Seite mit Kürzeln versehenen Exemplars des Weltvertriebsvertrags eingereicht. Ebenso gab sie den von der Beschwerdeführerin eingenommenen Standpunkt wieder, wonach der Vertragstext von der Beschwerdegegnerin einseitig abgeändert worden sei und sie erstmals am 14. September 2006 Kenntnis vom veränderten Vertrag erhalten habe. Indessen verwarf sie den Standpunkt der Beschwerdeführerin als unglaubwürdig, wobei sie dies in durchaus nachvollziehbarer Weise und entgegen der Behauptung der Beschwerdeführerin nicht mit "surrealistisch anmutenden Argumenten" begründete. Die Beschwerdeführerin verfehlt die Begründungsanforderungen an eine Willkürrüge, wenn sie den Erwägungen der Vorinstanz lediglich unter Wiederholung des in der Klagschrift eingenommenen Standpunkts ihre eigene Sicht der Dinge entgegenhält und der Vorinstanz vorwirft, nicht entsprechend ihren Behauptungen entschieden zu haben.
Eine offensichtlich falsche Feststellung ist der Vorinstanz auch nicht unterlaufen, als sie ausführte, die Beschwerdeführerin habe geltend gemacht, der Vertragstext entspreche nicht dem tatsächlichen Parteiwillen und der Vertragstext sei von der Beschwerdegegnerin einseitig abgeändert worden. Aus den Punkten 8 bis 14 der Klagschrift, auf welche die Beschwerdeführerin verweist, geht hervor, dass auch sie eine Fotokopie des von der Beschwerdegegnerin einseitig abgeänderten Vertrags einreichte. Eine von beiden Parteien unterzeichnete Version des Vertrags mit einer Laufzeit von drei Monaten liegt nicht bei den Akten. Das Vorhandensein eines solches Schriftstücks wurde von der Beschwerdeführerin auch nicht behauptet.
7.2 Ebenso wenig zeigt die Beschwerdeführerin mit ihren Ausführungen zur rechtlichen Würdigung eine Rechtsverletzung auf. Es sind keine Anhaltspunkte dafür ersichtlich, dass der Vorinstanz entgangen wäre, dass der Vertragstext von der Beschwerdegegnerin abgeändert wurde und die Abänderung nur mit ihrem Kürzel versehen war. Sie schloss aber aus den bei den Akten liegenden Unterlagen, dass diese Abänderung auf einer mündlichen Einigung beruhte. Dass bereits für den Abschluss des Vertrags Schriftform vereinbart worden wäre und die Beschwerdeführerin dies vor der Vorinstanz geltend gemacht hätte, vermag sie nicht darzutun. Sie verwies in der Klage lediglich auf Art. 11.2 des Weltvertriebsvertrags, wonach Änderungen und Ergänzungen dieses Vertrags zu ihrer Rechtswirksamkeit der Schriftform bedürfen, ebenso die Abbedingung dieser Schriftform. Vorliegend ging es jedoch nicht um eine Änderung eines ursprünglich für drei Monate abgeschlossenen Vertrags, sondern um die Frage, für welche Dauer der Vertrag ursprünglich abgeschlossen worden war.
Aus diesem Grund ist auch nicht ersichtlich, was die Ausführungen der Beschwerdeführerin zur Chronologie des Vertragsabschlusses für eine Entscheidrelevanz besitzen. Das gleiche gilt für das "zusätzliche Beweisstück", das die von der Beschwerdeführerin behauptete Chronologie des Vertragsabschlusses untermauern soll, nämlich der in der Beilage zur E-Mail vom 2. Februar 2005 enthaltene ursprüngliche Vertragsentwurf der Beschwerdegegnerin. Inwiefern dieser am Entscheid etwas zu ändern vermöchte, ist weder dargetan noch ersichtlich. Ohnehin stösst der in diesem Zusammenhang erhobene Vorwurf einer schwerwiegenden Verletzung des rechtlichen Gehörs, weil die Vorinstanz den anlässlich der Hauptverhandlung vom 27. Mai 2008 zusammen mit der E-Mail vom 2. Februar 2005 in Papierform und auf CD eingereichten ursprünglichen Vertragsentwurf nicht zur Kenntnis genommen habe, was aus einer angeblich mangelhaften Protokollierung hervorgehe, ins Leere. Denn die E-Mail vom 2. Februar 2005 liegt samt Beilage (also mit dem ursprünglichen Vertragsentwurf) bei den Akten.
7.3 Der Beschwerdeführerin kann auch nicht gefolgt werden, wenn sie im Zusammenhang mit dem Erhalt der von der Beschwerdegegnerin gegengezeichneten Vertragsversion eine krasse Verletzung der Beweislastregel von Art. 8 ZGB rügt. Die Vorinstanz erachtete es in Würdigung der Akten, namentlich des im Nachgang zum Vertragsabschluss zwischen den Parteien erfolgten E-Mail-Verkehrs, für erwiesen, dass die Beschwerdeführerin ein unterzeichnetes Exemplar zurückerhalten habe. Angesichts des gefundenen Beweisergebnisses wird die Beweislastverteilung gegenstandslos (<ref-ruling> E. 2b/aa S. 277; <ref-ruling> E. 2a).
7.4 Zusammenfassend erweist sich die Beschwerde, soweit sie sich gegen die Abweisung der auf Urheberrecht gestützten Ansprüche richtet, als unbegründet und ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann.
8. 8.1 In Bezug auf das Nichteintreten des Obergerichts auf die Klage, soweit diese vertragliche Ansprüche zum Gegenstand hat, verlangt die Beschwerdeführerin zunächst, dass das Obergericht auf "der Kompetenzattraktion des Obergerichtspräsidenten zu behaften" sei. Sie habe ihre Klage betreffend "Ansprüche aus Lizenzvertrag und aus Verletzung von Immaterialgüterrechten" beim Friedensrichteramt Kreis Tägerwilen eingereicht, worauf eine Ladung für den 25. Februar 2008 erfolgt sei. Drei Tage später hätten die Parteien ein erneutes Schreiben des Friedensrichteramtes erhalten, wonach sie die erhaltene Ladung als nichtig betrachten könnten. Es finde kein Vermittlungsvorstand statt. Gemäss Auskunft des Obergerichtspräsidenten müsse in vorliegender Angelegenheit die Klage direkt beim Obergericht eingereicht werden.
Die Vorinstanz führte hierzu aus, dem Gerichtspräsidenten stünden nur unvollständige Angaben über den Prozessgegenstand zur Verfügung, weshalb zwangsläufig nur eine summarische Prüfung der sachlichen Zuständigkeit erfolgen könne. Damit werde nicht die Garantie abgegeben, dass auf die Klage tatsächlich eingetreten werde, zumal für den Erlass eines Nichteintretensentscheids das urteilende Gericht und nicht der Gerichtspräsident zuständig sei.
Dem ist zuzustimmen. Selbst wenn von einer unrichtigen behördlichen Auskunft auszugehen wäre, vermöchte eine solche keine Zuständigkeit zu begründen, die de lege nicht gegeben ist, sowenig wie eine fehlerhafte Rechtsmittelbelehrung ein gesetzlich nicht gegebenes Rechtsmittel schaffen kann (<ref-ruling> E. 1.5 in fine; <ref-ruling> E. 1 S. 541; <ref-ruling> E. 3 S. 26, je mit Hinweisen). Eine "Behaftung" der Vorinstanz auf einer vom Obergerichtspräsidenten gegenüber dem Friedensrichter allenfalls geäusserten Ansicht über die Zuständigkeit kommt daher nicht in Betracht. Ohnehin legt die Beschwerdeführerin nicht rechtsgenügend dar, dass sie im berechtigten Vertrauen auf eine ihr gegenüber geäusserte Auskunft nicht wieder rückgängig machbare Dispositionen getroffen und dadurch einen Rechtsnachteil erlitten hätte. Der pauschale Hinweis auf "einen verfahrensmässigen und finanziellen Nachteil" genügt nicht.
Überdies ist festzuhalten, dass die anwaltlich vertretene Beschwerdeführerin die unterschiedliche sachliche Zuständigkeit für Vertragsklagen und solche gestützt auf Urheberrecht aus der anwendbaren Thurgauer Zivilprozessordnung hätte ersehen können. Sie hätte demnach wissen müssen, dass keine einheitliche Zuständigkeit bestand. Trotzdem machte sie beiderlei Ansprüche in ein und derselben Klage anhängig.
Eine Verletzung von Art. 2 ZGB liegt somit nicht vor. Auf die unzulässige Rüge, kantonales Recht (§ 94 in fine ZPO/TG sowie öffentlichrechtliche Haftungsbestimmungen) sei verletzt, kann nicht eingetreten werden (Art. 95 BGG).
8.2 Die Beschwerdeführerin widerspricht sodann der Rechtsauffassung der Vorinstanz, dass für das vorliegende Verfahren allein § 49 Abs. 1 Ziff. 1 ZPO/TG massgebend sei und nicht Art. 5 der Schweizerischen Zivilprozessordnung, da dieselbe noch nicht in Kraft sei. Sie ist der Auffassung, die ratio legis von Art. 5 ZPO/CH, wonach auch Lizenzstreitigkeiten unter die exklusive Zuständigkeit des einzigen kantonalen Gerichts fallen, artikuliere die bereits heute für die Schweiz unmittelbar anwendbaren klaren und genauen verfahrensrechtlichen Vorschriften des TRIPS-Übereinkommens. Gerade das angefochtene Urteil verdeutliche die Zersplitterung eines komplexen Verfahrens. Eine derartige Zersplitterung müsse als "unnötig kompliziert oder kostspielig" (Art. 41 TRIPS-Übereinkommen) qualifiziert werden. Ferner bringe die Verfahrenszersplitterung in concreto "unangemessene Fristen oder ungerechtfertigte Verzögerungen" mit sich. Die Beschwerdeführerin ersucht das Bundesgericht, Art. 64 URG staatsvertragskonform hinsichtlich Art. 41 TRIPS-Übereinkommen auszulegen und daher den Nichteintretensentscheid aufzuheben.
Dem kann nicht gefolgt werden. Aus der in der Schweizerischen Zivilprozessordnung (BBl 2009 21; ZPO/CH) vorgesehenen Zuständigkeit einer einzigen kantonalen Instanz für Streitigkeiten im Zusammenhang mit geistigem Eigentum, einschliesslich der Streitigkeiten betreffend - u.a. - der Lizenzierung solcher Rechte (Art. 5 Abs. 1 lit. a ZPO/CH) kann nicht abgeleitet werden, dass de lege lata in den Kantonen allenfalls geltende unterschiedliche Zuständigkeiten rechtswidrig wären. Klagen über vertragliche Ansprüche fallen nicht unter Art. 64 URG (Barrelet/Egloff, Das neue Urheberrecht, 3. Aufl., 2008, N. 5 zu Art. 64 URG; Kamen Troller, Grundzüge des schweizerischen Immaterialgüterrechts, 2. Aufl., 2005, S. 408). Es ist daher bundesrechtlich zulässig, für Klagen über Lizenzverträge den ordentlichen Richter vorzusehen. Sodann besteht kein Anlass, Art. 64 URG in dem Sinn staatsvertragskonform auszulegen, dass eine einheitliche Zuständigkeit für Streitigkeiten aus Urheberrecht und solche aus Lizenzverträgen vorgesehen werden müsste. Das TRIPS-Übereinkommen ist auf Vertragsstreitigkeiten nicht anwendbar. Daran ändert auch der Hinweis der Beschwerdeführerin auf Art. 40 TRIPS-Übereinkommen nichts. Diese Bestimmung stellt Regeln zur Bekämpfung wettbewerbswidriger Praktiken in vertraglichen Lizenzen auf (Staehelin, a.a.O., S. 171), erstreckt aber nicht den Anwendungsbereich des TRIPS-Übereinkommens auf vertragliche Ansprüche. Demnach sind auch die Verfahrensvorschriften von Art. 41 TRIPS-Übereinkommen für Vertragsstreitigkeiten nicht massgebend, wobei ohnehin fraglich ist, ob diese Bestimmung self-executing ist (vgl. Erwägung 5.2 vorne).
Schliesslich ist in diesem Zusammenhang auch der Hinweis der Vorinstanz entgegen der Einwendungen der Beschwerdeführerin berechtigt, dass die Parteien gestützt auf § 49 Abs. 3 ZPO/TG die Möglichkeit hatten, vor Eintritt der Rechtshängigkeit auch für die vertraglichen Ansprüche die Zuständigkeit des Obergerichts zu vereinbaren. Auf diese Weise hätte die einheitliche Zuständigkeit des Obergerichts für die Klage der Beschwerdeführerin erreicht werden können. Es ist nicht dargetan, dass die Beschwerdeführerin vor Einreichung ihrer Klage nicht mit einer entsprechenden Anfrage an die Beschwerdegegnerin hätte gelangen können.
9. Die Beschwerdeführerin macht eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend, weil sie sich anlässlich der Hauptverhandlung vor der Vorinstanz vom 27. Mai 2008 nicht zum Schreiben des Obergerichtspräsidenten vom 22. Mai 2008 habe äussern können. In diesem werde "überraschend und widersprüchlich" die Frage der sachlichen Zuständigkeit mit folgendem Satz aufgeworfen: "Das Obergericht wird sich auch mit der Frage befassen müssen, ob schon in der Klage entsprechende Rechtsbegehren enthalten sind, die nicht in die alleinige Zuständigkeit des Obergerichts fallen." Dieses Einschreiben habe der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin erst am 30. Mai 2008 erhalten, am Tag, an dem die Abholfrist abgelaufen sei. An der Hauptverhandlung vom 27. Mai 2008 habe er somit noch keine Kenntnis davon gehabt, und der Obergerichtspräsident habe es auch nicht für nötig erachtet, nach der Begrüssung das Schreiben vom 22. Mai 2008 als Verhandlungsthema zu erwähnen. Der Rechtsvertreter habe sich daher in seiner zirka fünfminütigen Replik nicht zur Zuständigkeit geäussert. Mit seinem Fax vom 3. Juni 2008 sei er nicht gehört worden, da das Obergericht bereits entschieden habe.
Nach Art. 29 Abs. 2 BV haben die Parteien Anspruch auf rechtliches Gehör. Dies gilt vorab für Sachfragen, in beschränktem Umfange auch für deren rechtliche Beurteilung, namentlich wenn die Parteien mit einer überraschenden, unvorhersehbaren Rechtsanwendung konfrontiert werden sollen. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung besteht kein verfassungsrechtlicher Anspruch der Parteien, zur rechtlichen Würdigung der durch sie in den Prozess eingeführten Tatsachen noch besonders angehört zu werden. Ebenso wenig folgt aus dem Gehörsanspruch, dass die Parteien vorgängig auf den für den Entscheid wesentlichen Sachverhalt hinzuweisen wären. Eine Ausnahme besteht namentlich dann, wenn ein Gericht seinen Entscheid mit einem Rechtsgrund zu begründen beabsichtigt, auf den sich die beteiligten Parteien nicht berufen haben und mit dessen Erheblichkeit sie vernünftigerweise nicht rechnen mussten (<ref-ruling> E. 5 S. 39; <ref-ruling> E. 2c/aa S. 22).
Die Frage der Zuständigkeit des angerufenen Gerichts stellt sich in jedem Prozess. Diese Thematik kann nicht als überraschend bezeichnet werden, so dass die Parteien mit ihrer Behandlung nicht zu rechnen gehabt hätten. Die Beschwerdeführerin hatte daher ohne weiteres Anlass und im Rahmen ihrer Rechtsschriften und an der Hauptverhandlung auch Gelegenheit, sich zu dieser Frage zu äussern. Eines besonderen Hinweises seitens des Gerichts bedurfte es dazu nicht. Deshalb ist auch das Schreiben des Obergerichtspräsidenten vom 22. Mai 2008, mit dem dieser entgegenkommenderweise die Parteien auf die Frage der Zuständigkeit für die Widerklage und die Hauptklage aufmerksam machte, nicht ausschlaggebend. Es bedeutet daher keine Verletzung des rechtlichen Gehörs, dass sich die Beschwerdeführerin dazu nicht mehr äussern konnte, weil sie es erst nach der Hauptverhandlung entgegennahm. Wie erwähnt, hätte sie die Zuständigkeitsfrage auch ohne dies thematisieren können.
10. Auf den von der Beschwerdeführerin in pauschaler Weise erhobenen Vorwurf, die Vorinstanz habe diskriminierend gegen die Beschwerdeführerin als ausserkantonale Partei mit einem ausserkantonalen Parteivertreter geurteilt bzw. es bestehe der Anschein der Diskriminierung, kann nicht eingetreten werden. Konkrete Anhaltspunkte für eine Diskriminierung, etwa dass der Beschwerdeführerin nicht die gleichen Parteirechte wie der Beschwerdegegnerin zugestanden worden wären, werden nicht dargetan. Der Umstand, dass die Vorinstanz - nach Auffassung der Beschwerdeführerin - fehlerhaft urteilte, indem sie auf einen Teil ihrer Rechtsbegehren nicht eintrat und den anderen Teil abwies, indiziert jedenfalls noch keine Diskriminierung einer ausserkantonalen Partei.
11. Die Beschwerde ist abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Bei diesem Verfahrensausgang wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 66 Abs. 1 und Art. 68 Abs. 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 4'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat die Beschwerdegegnerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 5'000.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Thurgau schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 11. August 2009
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Klett Widmer