Sachverhalt:
A. X._ wird des Betrugs, der Urkundenfälschung usw. verdächtigt. Mit Haftverlängerungsverfügung vom 25. Juni 2009 verlängerte das Präsidium des Verfahrensgerichts in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft die Untersuchungshaft wegen Flucht- und Kollusionsgefahr um sechs Monate, d.h. bis zum 25. Dezember 2009.
B. X._ führt mit Eingabe vom 25. Juni 2009 Beschwerde in Strafsachen und beantragt, die Verfügung des Präsidiums des Verfahrensgerichts in Strafsachen und der Haftbefehl des Bezirksstatthalteramtes Arlesheim seien aufzuheben; er sei unter Auflagen aus der Haft zu entlassen.
Das Bundesgericht verzichtet auf die Einholung von Vernehmlassungen.

Erwägungen:
1. 1.1 Gemäss <ref-law> müssen Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, unter anderem die massgebenden Gründe tatsächlicher und rechtlicher Art enthalten, insbesondere die Angabe der angewendeten Gesetzesbestimmungen (lit. b). Das Bundesgericht kann nach <ref-law> einen Entscheid, der den Anforderungen von Absatz 1 nicht genügt, an die kantonale Behörde zur Verbesserung zurückweisen oder aufheben. Aus <ref-law> folgt, dass Entscheide, die der Beschwerde an das Bundesgericht unterliegen, klar den massgeblichen Sachverhalt und die rechtlichen Schlüsse, die daraus gezogen werden, angeben müssen. Dies ist von Bedeutung im Hinblick auf die unterschiedliche Überprüfungsbefugnis des Bundesgerichts bei Sachverhalts- und Rechtsfragen (Art. 95 und 97 BGG). Genügt der angefochtene Entscheid diesen Anforderungen nicht und ist deshalb das Bundesgericht nicht in der Lage, über die Sache zu befinden, ist er nach <ref-law> aufzuheben und die Angelegenheit an die kantonale Behörde zurückzuweisen, damit diese einen Entscheid treffe, der <ref-law> entspricht (Urteil 1B_61/2008 vom 3. April 2008 mit weiteren Hinweisen).
1.2 Die hier angefochtene Verfügung verweist in ihrer Begründung auf die gesetzlichen Bestimmungen über die Untersuchungshaft gemäss <ref-law>. Konkret geht das Präsidium von Flucht- und Kollusionsgefahr aus, ohne indessen darzulegen, gestützt auf welche Tatsachen und rechtlichen Überlegungen die genannten besonderen Haftgründe vorliegen sollten. Hinsichtlich des dringenden Tatverdachts verweist das Präsidium einzig auf die abstrakte Anschuldigung des Betrugs und der Urkundenfälschung, ohne die Tathandlung, welcher der Beschwerdeführer dringend verdächtigt wird, näher zu umschreiben. Die angefochtene Verfügung enthält somit zu den massgeblichen Fragen keine Begründung. Nach dem unter Ziffer 1.1 Ausgeführten ist die angefochtene Verfügung in Anwendung von <ref-law> aufzuheben und die Sache an das Präsidium des Verfahrensgerichts in Strafsachen zurückzuweisen, damit dieses einen Entscheid treffe, der den Anforderungen von <ref-law> genügt.
2. Das Präsidium des Verfahrensgerichts in Strafsachen wird unter Beachtung des besonderen Beschleunigungsprinzips in Haftsachen (<ref-law>, Art. 5 Ziff. 4 EMRK) neu zu verfügen haben. Da Haftgründe nicht offensichtlich fehlen, kommt die Haftentlassung durch das Bundesgericht nicht in Betracht. Der entsprechende Antrag ist abzuweisen.
3. Beim vorliegenden Ausgang des bundesgerichtlichen Verfahrens obsiegt oder unterliegt keine Partei (Urteil 1B_61/2008 vom 3. April 2008 mit Hinweisen). Gerichtskosten sind keine zu sprechen (<ref-law>). Damit wird das beim Bundesgericht gestellte Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege gegenstandslos. Der nicht anwaltlich vertretene Beschwerdeführer hat praxisgemäss keinen Anspruch auf eine Parteientschädigung.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Verfügung des Präsidiums des Verfahrensgerichts in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft vom 25. Juni 2009 wird aufgehoben und die Sache zum neuen Entscheid an dieses zurückgewiesen.
2. Das Gesuch um Haftentlassung wird abgewiesen.
3. Es werden keine Kosten erhoben.
4. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
5. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, dem Besonderen Untersuchungsrichteramt des Kantons Basel-Landschaft, dem Bezirksstatthalteramt Arlesheim und dem Präsidium des Verfahrensgerichts in Strafsachen des Kantons Basel-Landschaft schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 3. Juli 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Pfäffli