Fatti:
A. Con decisione di entrata in materia del 31 gennaio 2008 il Ministero pubblico della Confederazione (MPC) ha accolto una rogatoria presentata il 14 settembre 2007 dalla Procura della Repubblica presso il Tribunale di Perugia (Italia) e ha ordinato il sequestro di un conto, chiuso nel frattempo, intestato alla A._ presso la banca X._ di Ginevra e, il 6 marzo successivo, il sequestro del predetto conto (senza il blocco degli averi), trasferito nel frattempo presso la banca Y._, presumendo che la relazione sia stata utilizzata per i fatti oggetto della domanda estera. Mediante due decisioni di chiusura del 9 aprile 2008, il MPC ha ordinato la trasmissione all'autorità richiedente di documentazione bancaria relativa ai due menzionati conti.
B. Adita dalla titolare dei conti, con sentenza del 2 settembre 2008, la II Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale (II CRP) ne ha dichiarato il ricorso inammissibile siccome tardivo.
C. Avverso questo giudizio la A._ presenta un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Chiede in sostanza di concedere effetto sospensivo al gravame e di annullare la decisione impugnata nonché quelle di entrata in materia e di chiusura, di invitare l'Ufficio federale di giustizia a richiedere informazioni complementari allo Stato richiedente e, infine, di trasmettere soltanto determinati atti.
Non sono state chieste osservazioni.

Diritto:
1. 1.1 La presente decisione è redatta nella lingua della decisione impugnata, cioè in italiano (<ref-law>).
1.2 Conformemente all'<ref-law>, la Corte giudica nella composizione di tre giudici circa la non entrata nel merito su ricorsi soggetti alle condizioni dell'<ref-law> (<ref-ruling> consid. 1.2). La decisione è motivata sommariamente (<ref-law>).
1.3 La richiesta di concedere l'effetto sospensivo al ricorso è superflua, visto che il gravame ha effetto sospensivo per legge (art. 103 cpv. 2 lett. c).
1.4 Secondo l'<ref-law>, contro le decisioni emanate nel campo dell'assistenza giudiziaria internazionale in materia penale il ricorso è ammissibile soltanto se concerne, tra l'altro, un sequestro oppure la comunicazione di informazioni inerenti alla sfera segreta e si tratti di un caso particolarmente importante (cpv. 1). Si è segnatamente in presenza di un caso particolarmente importante laddove vi sono motivi per ritenere che sono stati violati elementari principi procedurali o che il procedimento all'estero presenta gravi lacune (cpv. 2). L'<ref-law> persegue lo scopo di limitare efficacemente l'accesso al Tribunale federale nell'ambito dell'assistenza giudiziaria in materia penale (<ref-ruling> consid. 3; <ref-ruling> consid. 1.3). Nella valutazione circa l'esistenza di un caso particolarmente importante giusta l'<ref-law>, che dev'essere ammesso in maniera restrittiva, il Tribunale federale dispone di un ampio potere di apprezzamento (cfr. <ref-ruling> consid. 1.3.1 e rinvio). Spetta al ricorrente spiegare perché la causa adempirebbe queste condizioni (art. 42 cpv. 2 secondo periodo LTF).
2. 2.1 La ricorrente sostiene che si sarebbe in presenza di una questione di principio relativa alla decorrenza del termine per impugnare una decisione di chiusura. La tesi non regge.
2. 2.1 La ricorrente sostiene che si sarebbe in presenza di una questione di principio relativa alla decorrenza del termine per impugnare una decisione di chiusura. La tesi non regge.
2.2 La II CRP, rilevato che il MPC non doveva notificare le sue decisioni direttamente alla ricorrente poiché non aveva eletto domicilio in Svizzera (<ref-law>), ha accertato che quest'ultima ha concluso con la propria banca una convenzione "fermo banca", escludendovi tuttavia, in maniera esplicita, gli atti giudiziari, i quali dovevano essere inoltrati all'ultimo indirizzo conosciuto della cliente. L'istanza precedente ha ritenuto che questa clausola imponeva alla banca, su base contrattuale e quindi sul piano interno, unicamente di avvisare immediatamente il cliente della notifica di una decisione giudiziaria, dandogli in tal modo la possibilità di reagire subito: detta clausola non muterebbe nulla alla prassi secondo cui la comunicazione effettuata alla banca è in tal caso opponibile al cliente. I rischi e le conseguenze legati alla mancata comunicazione alla banca di un recapito per la trasmissione di atti giudiziari dev'essere assunto di massima dal cliente: quest'ultimo deve quindi fornire alla banca le necessarie informazioni, che le permettano di informarlo rapidamente. La II CRP ha ritenuto che la ricorrente non ha fatto tutto il possibile per essere avvertita dalla banca di eventuali notifiche di atti giudiziari: l'istituto di credito, al quale non era stato imposto un divieto d'informare la cliente (<ref-law>), ha in effetti potuto rintracciarla solo un mese dopo la ricezione delle decisioni litigiose. La ricorrente deve sopportare pertanto le conseguenze della sua irreperibilità o eventuali errori commessi dalla sua banca. Nella fattispecie le decisioni di chiusura del 9 aprile 2008 sono state notificate il giorno seguente alla banca: il ricorso presentato alla II CRP il 29 maggio 2008 e impostato il giorno seguente è quindi stato ritenuto ampiamente tardivo.
2.3 La ricorrente, senza confrontarsi con questi argomenti, si limita ad addurre, in maniera del tutto generica, che si porrebbe la questione di sapere se la giurisprudenza sviluppata nei casi di "fermo banca" sia applicabile anche a quelle convenzioni nelle quali siano stati espressamente esclusi gli atti giudiziari o se questa prassi debba essere precisata.
Nella fattispecie il quesito non dev'essere esaminato oltre. In effetti la ricorrente nemmeno tenta di dimostrare ch'essa, conformemente a quanto imposto dalla giurisprudenza, avrebbe fornito alla banca le informazioni necessarie, segnatamente un suo recapito effettivo, per rintracciarla senza indugio. Spetta infatti al cliente indicare alla banca l'indirizzo ove può essere raggiunto nel modo più rapido e sicuro possibile e alla banca adottare i necessari provvedimenti per informare senza indugio il cliente dell'esistenza di decisioni che lo concernono (<ref-ruling> consid. 2d/cc pag. 129 e seg.; <ref-ruling> consid. 2.3; sentenza 1A.212/2003 del 30 agosto 2004 consid. I/7.1-7.4; Robert Zimmermann, La coopération judiciaire internationale en matière pénale, 2a ed., Berna 2004, n. 317-1). L'accenno ricorsuale alla volontà delle parti di escludere la notifica di atti giudiziari dalla citata clausola, non può infatti implicare che la ricorrente, in lesione del principio della buona fede processuale, possa reagire a suo piacimento, ritardando indebitamente l'esecuzione della rogatoria e disattendere la sicurezza del diritto. In concreto, il ritardo nell'impugnazione delle decisioni di chiusura è dovuto al fatto, non censurato dalla ricorrente e che vincola quindi il Tribunale federale (<ref-law>), ch'essa non ha fatto tutto il possibile per esserne avvertita dalla banca. L'esistenza dell'invocata convenzione nulla muta al riguardo. Da uno scritto del 13 maggio 2008 della banca risulta infatti ch'essa aveva cercato di contattare i responsabili della ricorrente già a partire dal 6 marzo 2008.
2.4 La ricorrente non sostiene che la banca non avrebbe fatto tutto il possibile per informarla tempestivamente delle criticate decisioni del MPC (<ref-ruling> consid. 2d/aa in fine). Il semplice accenno ricorsuale secondo cui la banca non l'avrebbe contattata all'indirizzo della società offshore indicata nei suoi schedari, allegazione peraltro nuova e quindi inammissibile (<ref-law>), non è decisivo, ritenuto che siffatti eventuali errori, come a ragione stabilito dalla II CRP, devono comunque essere sopportati dalla ricorrente.
Gli accenni, addotti a titolo abbondanziale dalla ricorrente, a sostegno della presenza di un caso particolarmente importante, in particolare l'asserita violazione del diritto di essere sentito, per la mancata possibilità di ricorrere, e le censure di merito, che esulano dall'oggetto del litigio, non devono pertanto essere esaminate.
3. 3.1 ll giudizio impugnato non si scosta dalla giurisprudenza costante, né si è in presenza, in concreto, di una questione giuridica di principio (<ref-ruling> consid. 1, 215 consid. 1.2 pag. 218). Il ricorso è quindi inammissibile.
3.2 Le spese seguono la soccombenza (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Il ricorso è inammissibile.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico della ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore della ricorrente, al Ministero pubblico della Confederazione, alla II Corte dei reclami penali del Tribunale penale federale e all'Ufficio federale di giustizia, Divisione assistenza giudiziaria internazionale (B 207399).