Fatti:
A. Con decisione dell'8 giugno 2007 la Sezione dei permessi e dell'immigrazione infliggeva a A._ una multa di fr. 100.--, oltre alla tassa di giustizia e alle spese, perché presso lo spaccio X._ situato alla fermata del bus Y._ a Lugano avveniva il consumo al banco di cibi e bevande, senza la necessaria autorizzazione da parte dell'Ufficio dei permessi. Questi fatti venivano accertati nel periodo compreso tra il 15 e il 28 agosto 2006.
B. Il 5 febbraio 2008, il Presidente della Pretura penale respingeva il ricorso interposto dal multato contro la suddetta decisione. Nella procedura adottata dalla Sezione dei permessi e dell'immigrazione il giudice non rilevava alcuna violazione delle garanzie procedurali, segnatamente del diritto di essere sentito e del dovere di motivazione. Quanto al merito, egli riteneva applicabile la legge sugli esercizi pubblici e indiscutibile l'infrazione rimproverata a A._.
C. Avverso la sentenza del Presidente della Pretura penale, A._ insorge al Tribunale federale con un ricorso sussidiario in materia costituzionale. Lamenta la violazione del diritto di essere sentito e dell'art. 7 CEDU e chiede l'annullamento della sentenza impugnata.
D. Non sono state chieste osservazioni al gravame.

Diritto:
1. Il Tribunale federale esamina d'ufficio e con pieno potere di cognizione la sua competenza (<ref-law>), rispettivamente l'ammissibilità dei rimedi giuridici che gli vengono sottoposti (<ref-ruling> consid. 1; <ref-ruling> consid. 2).
1.1 Ai sensi dell'<ref-law>, il Tribunale federale giudica i ricorsi contro le decisioni pronunciate in materia penale. La nozione di "decisioni pronunciate in materia penale" si estende a tutte le decisioni fondate sul diritto penale materiale o procedurale. Qualsiasi decisione in merito al procedimento o alla sentenza nell'ambito di un reato fondato sul diritto federale o su quello cantonale è di norma impugnabile mediante ricorso in materia penale (<ref-ruling> consid. 1.1). Con questo rimedio giuridico, il ricorrente può, tra l'altro, far valere la violazione del diritto federale - ivi compresa la violazione della costituzione federale (<ref-ruling> consid. 1.4.1) - nonché del diritto internazionale (art. 95 lett. a e b LTF).
1.2 Nell'ambito litigioso, il ricorrente è stato ritenuto colpevole di infrazione alla legge cantonale del 21 dicembre 1994 sugli esercizi pubblici (Les pubb/TI; RL 11.3.2.1). La decisione impugnata è fondata sul diritto penale cantonale (art. 66 Les pubb/TI). Questa è definitiva (cfr. art. 14 cpv. 2 della legge cantonale del 19 dicembre 1994 di procedura per le contravvenzioni; LPContr/TI; RL 3.3.3.4) ed è quindi di ultima istanza cantonale (<ref-law>). Il ricorrente, condannato al pagamento di una multa, è legittimato a ricorrere (<ref-law>). Interposto tempestivamente contro una decisione finale resa in materia penale, il ricorso ordinario è ammissibile anche sotto il profilo degli art. 78 cpv. 1, 90 e 100 cpv. 1 LTF.
1.3 A._ ha presentato un ricorso sussidiario in materia costituzionale. Giusta l'<ref-law>, il Tribunale federale giudica i ricorsi in materia costituzionale interposti contro le decisioni cantonali di ultima istanza laddove non sia ammissibile il ricorso ordinario secondo gli art. 72-89. Come visto, però, in concreto è proponibile il ricorso in materia penale ai sensi degli art. 78 segg. LTF. L'errata denominazione del rimedio giuridico non comporta alcun pregiudizio per il ricorrente, nella misura in cui il suo allegato ricorsuale adempie le esigenze formali del ricorso effettivamente esperibile (<ref-ruling> consid. 1.2).
2. Il ricorso può essere presentato per violazione del diritto, così come determinato dagli art. 95 e 96 LTF. Il Tribunale federale applica d'ufficio il diritto (<ref-law>). Ciononostante, tenuto conto dell'esigenza di motivazione posta dall'art. 42 cpv. 1 e 2 LTF - che, se disattesa, può comportare l'inammissibilità del gravame (<ref-law>) - in linea di principio il Tribunale federale esamina solamente le censure sollevate. Non può entrare nel merito sulla pretesa violazione di un diritto costituzionale o su questioni attinenti al diritto cantonale o intercantonale se la censura non è stata sollevata né motivata in modo preciso dalla parte ricorrente (<ref-law>; cfr. a questo proposito <ref-ruling> consid. 2; <ref-ruling> consid. 1.4).
3. 3.1 Il ricorrente lamenta anzitutto la violazione dell'art. 7 CEDU. Sostiene che la sua condanna non poggi su una base legale. Secondo l'art. 66 cpv. 2 lett. a Les pubb/TI, in caso di infrazioni alla Les pubb/TI e al regolamento di applicazione sono punibili il gestore, il gerente, il titolare della patente o i loro rappresentanti. A._ sarebbe semplicemente titolare di un negozio che vende bibite agli avventori che sono in attesa dei bus di linea nel centro di Lugano; egli non avrebbe mai inteso dare avvio a un esercizio pubblico. Ne consegue che, contrariamente a quanto ritenuto dal Presidente della Pretura penale, egli non può essere considerato come gestore di un esercizio pubblico, sicché non può essere condannato sulla base dell'art. 66 Les pubb/TI.
3.2 In realtà così com'è formulata, la censura del ricorrente non attiene tanto alla violazione del principio nullum crimen sine lege sancito all'art. 7 CEDU, quanto piuttosto all'arbitrio nell'interpretazione e applicazione del diritto cantonale. Egli, infatti, non contesta né la costituzionalità né la validità della Les pubb/TI, ma unicamente l'interpretazione del termine "gestore" ex art. 66 cpv. 2 lett. a Les pubb/TI effettuata dal giudice. La critica coincide quindi con la censura di arbitrio. Giovi allora rammentare che, per giurisprudenza invalsa, l'arbitrio non si realizza già qualora la soluzione proposta con il ricorso possa apparire sostenibile o addirittura migliore rispetto a quella contestata; il Tribunale federale annulla la pronunzia criticata solo se il giudice del merito ha emanato un giudizio che appare - e ciò non solo nella sua motivazione bensì anche nell'esito - manifestamente insostenibile, in aperto contrasto con la situazione reale, gravemente lesivo di una norma o di un principio giuridico chiaro e indiscusso oppure in contraddizione urtante con il sentimento della giustizia e dell'equità (<ref-ruling> consid. 3.1; <ref-ruling> consid. 2.1).
Trattandosi, in particolare, dell'applicazione del diritto cantonale occorre ben distinguere l'arbitrio dalla violazione della legge: per essere considerata come arbitraria la violazione della legge dev'essere manifesta e immediatamente riconoscibile. Il Tribunale federale non deve stabilire quale sarebbe l'interpretazione corretta da attribuire alla disposizione applicabile; deve unicamente decidere se l'interpretazione attribuitale dall'autorità cantonale sia sostenibile (<ref-ruling> consid. 5.1 pag. 18).
3.3 Lo scopo della Les pubb/TI è di disciplinare la conduzione degli esercizi pubblici, nel rispetto delle esigenze di sicurezza, di ordine pubblico e di protezione del consumatore (art. 1 cpv. 1 Les pubb/TI). Secondo l'art. 2 Les pubb/TI sono esercizi pubblici gli immobili o parti di essi, dove, a titolo professionale e a scopo di lucro diretto o indiretto, si alloggiano ospiti o si vendono cibi o bevande da consumare sul posto. Un esercizio pubblico può essere aperto e gestito se il proprietario dell'immobile è in possesso della patente corrispondente rispettivamente il gerente è in possesso del certificato di capacità corrispondente e dell'autorizzazione dipartimentale di cui all'art. 28 (art. 3 cpv. 1 Les pubb/TI). Giusta l'art. 66 cpv. 1 Les pubb/TI, le infrazioni alla legge e al regolamento di applicazione sono punite con una multa da un minimo di fr. 50.-- ad un massimo di fr. 10'000.--. Sono punibili il gestore, il gerente, il titolare della patente o i loro rappresentanti (art. 66 cpv. 2 lett. a Les pubb/TI).
3.4 Per il Presidente della Pretura penale il ricorrente, responsabile del negozio, può essere paragonato alla figura del gestore, vale a dire l'imprenditore o l'operatore economico responsabile della conduzione di un esercizio pubblico. Egli ha poi precisato che la nozione di immobili dell'art. 2 cpv. 2 Les pubb/TI non comprende solo gli edifici, ma pure le superfici non edificate destinate allo smercio di cibi e bevande da consumare sul posto. Per consumazione sul posto si deve intendere il soddisfacimento immediato di esigenze di ristorazione. L'immediatezza del consumo, continua il giudice, è data in particolare quando l'attrezzatura dello stabilimento o le modalità di smercio sono tali da escludere che i prodotti vengano asportati e consumati altrove. La vendita di bevande in tazze o bicchieri contraddistingue gli esercizi pubblici dalle altre attività commerciali, segnatamente dai negozi di generi alimentari che pure si occupano della vendita al pubblico di prodotti pronti per il consumo. Essendo stato accertato che nel negozio del ricorrente si servivano bevande in tazzine di porcellana e talvolta si intrattenevano gli avventori con pizzette, salatini e stuzzichini, per il Presidente della Pretura penale lo stabilimento in questione si distingue in modo marcato da un negozio di generi alimentari per assumere le connotazioni tipiche di un esercizio pubblico. Difatti le modalità di smercio adottate nella fattispecie non solo permettono il consumo sul posto, ma lo rendono addirittura inevitabile in quanto impediscono al cliente di allontanarsi. Sono quindi dati i presupposti per assoggettare l'attività del negozio all'obbligo della patente secondo la Les pubb/TI perché per le sue caratteristiche va considerato come una mescita aperta regolarmente ai sensi dell'art. 5 lett. l Les pubb e degli art. 7 n. 6 e 35 del regolamento del 3 dicembre 1996 della legge sugli esercizi pubblici (RLes pubb/TI; RL 11.3.2.1.1). Ne consegue che il ricorrente ha contravvenuto alla Les pubb/TI perché ha esercitato senza autorizzazione un'attività commerciale soggetta all'obbligo della patente secondo la Les pubb/TI.
3.5 Nelle argomentazioni della sentenza impugnata non si ravvisa nessuna interpretazione insostenibile del diritto cantonale. Anzi, la decisione contrastata resisterebbe anche a un libero esame. Contrariamente a quanto sostenuto nel gravame, dai fatti accertati in sede cantonale e qui non contestati, risulta che nel chiosco del ricorrente si serve del caffé in tazzine di porcellana, ciò che comporta il consumo della bevanda sul posto. Si tratta quindi chiaramente di un'attività che esula da quelle fornite da un semplice chiosco o negozio di bibite e che rientra invece tra quelle dell'esercizio pubblico giusta l'art. 2 Les pubb/TI, come rettamente ritenuto dal giudice ticinese. Il negozio in questione si configura come mescita aperta regolarmente ai sensi dell'art. 35 RLes pubb/TI e quindi come un esercizio pubblico soggetto all'obbligo della patente a norma dell'art. 5 lett. l Les pubb/TI. In simili circostanze, non è affatto arbitrario identificare nel ricorrente il gestore di un esercizio pubblico (cfr. art. 75 RLes pubb/TI) assoggettato al rispetto della Les pubb/TI. È sufficiente infatti gestire un'attività che nei fatti sottostà alla legge in questione, non essendo per contro necessario che il titolare ne venga dapprima riconosciuto formalmente gestore. La decisione impugnata resiste quindi senz'altro alla critica del ricorrente destituita di qualsiasi fondamento. Accertato sovranamente che l'insorgente, vendendo nel suo spaccio cibi e bevande da consumare sul posto, ha gestito, di fatto, un esercizio pubblico, l'autorità cantonale ha tratto le conseguenze previste dalla legge che sottopone tale attività ad autorizzazione e ne sanziona il mancato rispetto con una pena.
4. Il ricorrente lamenta poi la violazione degli art. 6 CEDU, 9, 29 cpv. 2 e 32 Cost. Sostiene che sia stato leso il suo diritto di essere sentito a seguito di un'applicazione arbitraria della legge. In sostanza ritiene che, contrariamente a quanto asserito dal Presidente della Pretura penale, all'accertamento di una presunta infrazione alla Les pubb/TI sia applicabile a titolo suppletivo la legge cantonale del 19 aprile 1966 di procedura per le cause amministrative (LPAmm/TI; RL 3.3.1.1) e non il codice cantonale del 19 dicembre 1994 di procedura penale (CPP/TI; RL 3.3.3.1). A sostegno della sua tesi, l'insorgente si richiama agli art. 62 Les pubb/TI e 1 cpv. 2 LPContr/TI. A mente del ricorrente, trovando applicazione la LPAmm/TI alla procedura in questione, le autorità avrebbero dovuto eseguire una visita in luogo giusta l'art. 19 cpv. 1 LPAmm/TI alla presenza di tutte le parti, ricorrente compreso. Di conseguenza, il rapporto di polizia del 29 agosto 2006, alla base delle constatazioni rimproverategli, sarebbe nullo essendo il risultato di un'ispezione in forma "discreta" effettuata dalla polizia comunale e quindi senza la partecipazione del diretto interessato.
Con tutta evidenza il ricorrente misconosce il limitato potere d'esame di questo Tribunale nel dirimere questioni di diritto cantonale (cfr. <ref-ruling> consid. 1). Infatti, nel sostenere l'applicabilità della LPAmm/TI invece del CPP/TI, egli argomenta liberamente come in una procedura d'appello. Introducendo la sua censura, lamenta un'applicazione arbitraria del diritto cantonale. Sennonché, nello sviluppare la sua critica, si limita a proporre la sua personale interpretazione del diritto cantonale e dimentica di sostanziare l'arbitrio, anzi egli non accenna neppure alla sentenza impugnata né alle ragioni per cui il giudice ha ritenuto applicabile a titolo suppletivo il CPP/TI. Su questo punto il gravame risulta così inammissibile.
Di transenna si rileva in questa sede che il ricorrente ha potuto esprimersi sugli addebiti mossigli sia davanti alla Sezione dei permessi e dell'immigrazione sia dinanzi al Presidente della Pretura penale prima che emanassero le loro decisioni. La raccolta di prove è avvenuta nel rispetto dei diritti altrui, sulla via pubblica. All'insorgente è stata in seguito data la possibilità di prendere posizione sui fatti rimproveratigli - che sostanzialmente non ha mai contestato - confrontandosi con le prove raccolte e formulando osservazioni. Si osservi ancora, a titolo abbondanziale, che giusta l'art. 11 cpv. 2 LPContr/TI con il ricorso alla Pretura penale è possibile proporre nuovi mezzi di prova. Orbene, se il ricorrente avesse ritenuto necessario effettuare una visita in luogo alla presenza di tutte le parti, non si vede perché egli non ne abbia fatto esplicita richiesta al Presidente della Pretura penale. In simili circostanze, dolersi ora del mancato confronto sul luogo di tutte le parti appare non solo tardivo, ma addirittura contrario alla buona fede.
5. Per le ragioni testé esposte, il ricorso in esame dev'essere respinto nella misura in cui è ammissibile. Le spese giudiziarie sono pertanto poste a carico del ricorrente soccombente (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 2'000.-- sono poste a carico del ricorrente.
3. Comunicazione al patrocinatore del ricorrente, alla Sezione dei permessi e dell'immigrazione e al Presidente della Pretura penale.