Sachverhalt:
A. A._ (Beschwerdeführerin) beabsichtigte 1997, ein Einfamilienhaus mit Einliegerwohnung zu errichten. Ihr Architekt zog für die Erarbeitung eines Heizungskonzepts B._ (Beschwerdegegner) bei, worauf die Heizugsfirma X._ gestützt auf das vom Beschwerdegegner erarbeitete Prinzipschema Heizung-Solar die Arbeiten ausführte. Nachdem die Beschwerdeführerin 1999 das Haus bezogen hatte, überhitzten sich nach ihren Angaben im Sommer die Sonnenkollektoren bei anhaltender Hitze, weil kein Pufferspeicher eingebaut worden sei, an welchen die Wärme hätte abgegeben werden können. Das Wohnhaus sei dadurch zu einem Backofen geworden und sie habe einen Hitzekollaps erlitten. Sie habe die Wärme durch Handbetrieb in diejenigen Räume leiten müssen, die noch Wärme benötigt hätten. Da der Beschwerdegegner die Mangelhaftigkeit des Baukonzepts stets bestritten habe, sei sie gezwungen gewesen, die Heizungsanlage sanieren zu lassen.
B. Am 30. Mai 2006 reichte die Beschwerdeführerin beim Bezirksgericht Zurzach Klage ein und verlangte vom Beschwerdegegner Fr. 40'000.-- nebst Zins und Kosten. Nachdem das Bezirksgericht die Klage am 24. Februar 2010 teilweise gutgeheissen und beide Parteien gegen dieses Urteil appelliert hatten, wies das Obergericht des Kantons Aargau die Klage am 20. Dezember 2011 ab. Mit Beschwerde in Zivilsachen beantragt die Beschwerdeführerin dem Bundesgericht, die Klage gutzuheissen. Der Beschwerdegegner schliesst auf kostenfällige Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten ist, während das Obergericht auf Vernehmlassung verzichtet. Obwohl kein weiterer Schriftenwechsel angeordnet wurde, haben die Parteien eine Replik und eine Duplik eingereicht.

Erwägungen:
1. Die Vorinstanz erkannte, die Parteien seien ursprünglich von einem Heizungskonzept mit einem Pufferspeicher und der Einbindung von Solarenergie ausgegangen. Nachdem die Beschwerdeführerin nicht behaupte, mit dem Vorschlag des Beschwerdegegners (Konzept ohne Pufferspeicher) nicht einverstanden gewesen zu sein, sei das Bezirksgericht zu Recht zum Schluss gekommen, das Weglassen des Pufferspeichers stelle keine Vertragsverletzung dar.
1.1 Die Vorinstanz zitiert sodann eine Passage aus dem in Auftrag gegebenen Gutachten, wonach ein Rückkühlsystem unverzichtbar sei. Sonst könne die Anlage nur betrieben werden, wenn die Bauherrschaft wesentliche Nachteile in Kauf nehme. Auf eine Zusatzfrage führte der Experte aus, ein Rückkühlsystem müsse nicht eingebaut werden, wenn man alle Fakten zur Stagnation nicht beachten wolle. Die Vorinstanz zitiert die Aussage des Zeugen, der die Anlage saniert hat, wonach das Hauptproblem die Überhitzung und der Frostschutzauswurf gewesen sei. Man habe ständig Überwärme ablassen müssen, entweder manuell oder ständig heisses Wasser brauchen müssen.
1.2 Die Vorinstanz hält fest, der Beschwerdegegner habe angegeben, sein Konzept sei ohne das (ursprünglich geplante, dann aber nicht verwirklichte) Schwimmbad im Sommer ein Problem. Das sei in der Expertise auch so beschrieben worden. Es gebe ein Problem mit der Überhitzung. Die Vorinstanz zitiert aber auch die Ausführungen des Beschwerdegegners, der unter Hinweis auf Fachliteratur dafür hält, der Überhitzungsschutz könne mit Abstellen und Verdampfen des Mediums gewährleistet werden.
1.3 Die Vorinstanz erkannte, es sei unbestritten, dass die Eigensicherheit der Solaranlage, d.h. der Schutz der Anlage vor einer Überhitzung, die zu einem Störfall und zur Beschädigung der Anlage führen könne, unabhängig vom Betrieb des Schwimmbads gewährleistet sein müsse. Für die im Appellationsverfahren noch im Streit stehende Frage sei somit entscheidend, ob das vom Beschwerdegegner geplante Heizungs- und Solarkonzept hinsichtlich der Eigensicherheit den bei der Planung im Jahr 1997/1998 geltenden anerkannten Regeln der Technik entsprochen hat. Der Experte habe dies zwar verneint, da schon dannzumal der Einbau einer Zweikreisanlage üblich gewesen sei. Eine Solaranlage ohne Speicher sei energetisch fraglich. Die Energieausbeute sei nicht optimal zu erreichen. Aus dieser Antwort lässt sich nach Auffassung der Vorinstanz allenfalls etwas bezüglich der nicht mehr interessierenden Energieeffizienz ableiten, nicht jedoch betreffend die Eigensicherheit des Heizungskonzepts. Die Vorinstanz stellte Widersprüche zwischen der Expertenmeinung und der eingereichten Fachliteratur (Klageantwortbeilage 15 und Duplikbeilage 18) fest, die im Verdampfen des Wärmeträgers einen möglichen Schutz vor Überhitzung sah. Es leuchte nicht ein, weshalb sich die Wärmeträgerflüssigkeit bei 160° C zersetzen sollte, wenn die Verdampfung bereits bei 140° C einsetze, der Dampf in das Expansionsgefäss gelange und erst bei Abkühlung (kondensiert) in die Anlage geführt werde.
1.4 Aus diesen Gründen leuchtete dem Gericht die Schlussfolgerung des Sachverständigen im Gutachten vom 22. Januar 2009, wonach das Konzept des Beschwerdegegners die Anforderungen an eine eigensichere Anlage nicht erfülle, nicht ein. In Würdigung der Zusatzfragen an den Experten, des Ergänzungsgutachtens sowie der persönlichen Befragung des Experten anlässlich der Appellationsverhandlung kam die Vorinstanz zum Schluss, das vom Beschwerdegegner konzipierte Expansionsgefäss habe den technischen Anforderungen entsprochen. Zur Überhitzung des Wärmeträgers sei es gekommen, weil die Verdampfung auch in den Rohren stattgefunden hatte, was nicht eine Folge des vom Beschwerdegegner zu verantwortenden Konzepts gewesen sei, sondern vielmehr der Installation bzw. der nicht korrekten Verrohrung, für die der Beschwerdegegner nicht zuständig gewesen sei. Daher liege kein vom Beschwerdegegner zu verantwortender Werkmangel vor.
2. Die Beschwerdeführerin macht im Wesentlichen geltend, vertraglich sei die Erstellung eins Pufferspeichers zwingend vereinbart und für die Tauglichkeit des Systems notwendig gewesen. Sie rügt eine Verletzung der Beratungs- und Abmahnungspflichten des Beschwerdegegners. Dieser habe selbst anerkannt, die Anlage führe ohne Schwimmbad im Sommer zu Problemen. Die Beschwerdeführerin zitiert Expertenantworten zu den Ergänzungsfragen des Obergerichts, welche sie mit Bezug auf die Mangelhaftigkeit des vorgeschlagenen Konzepts für eindeutig hält. Sie behauptet, die überdimensionierte Verrohrung sei gemäss der Expertise nicht dem ausführenden Unternehmer anzulasten. Auch aus der Klageantwortbeilage 15 und der Duplikbeilage 18, mit Blick auf welche die Vorinstanz die Auffassung des Gutachters in Zweifel gezogen hat, ergebe sich die Untauglichkeit des vom Beschwerdegegner vorgeschlagenen Systems. Sie schildert insgesamt unter Hinweis auf Beweismittel die Angelegenheit aus ihrer Sicht und wirft der Vorinstanz vor, die entsprechenden Umstände verkannt zu haben.
3. Nach <ref-law> ist in der Beschwerdeschrift in gedrängter Form darzulegen, inwiefern der angefochtene Akt Recht verletzt. Das Bundesgericht wendet das Recht zwar von Amtes wegen an (<ref-law>). Es prüft aber grundsätzlich nur die geltend gemachten Rügen, sofern die rechtlichen Mängel nicht geradezu offensichtlich sind. Es ist nicht gehalten, wie eine erstinstanzliche Behörde alle sich stellenden rechtlichen Fragen zu untersuchen, wenn diese vor Bundesgericht nicht mehr vorgetragen werden (<ref-ruling> E. 1.4 S. 400; <ref-ruling> E. 1.1 S. 105). Daher ist unerlässlich, dass auf die Begründung des angefochtenen Urteils eingegangen und dargetan wird, worin eine Verletzung von Bundesrecht liegen soll (<ref-ruling> E. 2.1 S. 246; <ref-ruling> E. 3.3 S. 60; <ref-ruling> E. 1.4). Soweit eine Verletzung von Grundrechten und kantonalem oder interkantonalem Recht geltend gemacht wird, findet der Grundsatz der Rechtsanwendung von Amtes wegen überdies keine Anwendung, sondern es gilt das Rügeprinzip (<ref-law>). Es ist im Einzelnen darzulegen, inwiefern verfassungsmässige Rechte missachtet wurden oder der Entscheid offensichtlich unhaltbar ist. Der Richter untersucht den angefochtenen Entscheid nicht von sich aus umfassend auf seine Verfassungsmässigkeit, sondern beschränkt sich auf die Prüfung der in der Beschwerde rechtsgenüglich vorgebrachten Rügen (<ref-law>; <ref-ruling> E. 6 S. 397 mit Hinweis).
3.1 Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (<ref-law>). Die Feststellung des Sachverhaltes kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (<ref-law>). "Offensichtlich unrichtig" bedeutet dabei "willkürlich" (<ref-ruling> E. 1.5 S. 130, 397 E. 1.5 S. 401; <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252). Willkürlich ist ein Entscheid nach konstanter Rechtsprechung nicht schon dann, wenn eine andere Lösung ebenfalls vertretbar erscheint oder gar vorzuziehen wäre. Das Bundesgericht hebt einen kantonalen Entscheid wegen Willkür vielmehr nur auf, wenn er offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Dabei genügt es nicht, wenn sich nur die Begründung des angefochtenen Entscheides als unhaltbar erweist. Eine Aufhebung rechtfertigt sich nur dann, wenn der Entscheid auch im Ergebnis verfassungswidrig ist (<ref-ruling> E. 2.2.2 S. 318 f.; <ref-ruling> E. 2.1 S. 9).
3.2 Soweit es um die Frage geht, ob der Sachverhalt willkürlich oder unter verfassungswidriger Verletzung einer kantonalen Verfahrensregel ermittelt worden ist, sind strenge Anforderungen an die Begründungspflicht der Beschwerde gerechtfertigt. Entsprechende Beanstandungen sind nach Massgabe von <ref-law> zu begründen. Demzufolge genügt es nicht, einen von den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz abweichenden Sachverhalt zu behaupten. Vielmehr ist in der Beschwerdeschrift nach den erwähnten gesetzlichen Erfordernissen darzulegen, inwiefern diese Feststellungen willkürlich bzw. unter Verletzung einer verfahrensrechtlichen Verfassungsvorschrift zustande gekommen sind. Auf eine Kritik an den tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz, die diesen Anforderungen nicht genügt, ist nicht einzutreten (BGE <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; <ref-ruling> E. 2.4 S. 466 f.)
3.3 Wer sich auf eine Ausnahme von der Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen der Vorinstanz beruft und den Sachverhalt gestützt darauf berichtigt oder ergänzt wissen will, hat mit Aktenhinweisen darzulegen, dass er entsprechende rechtsrelevante Tatsachen und taugliche Beweismittel bereits bei den Vorinstanzen prozesskonform in das Verfahren eingebracht hat (Urteile des Bundesgerichts 4A_275/2011 vom 20. Oktober 2011 E. 2, nicht publ. in: <ref-ruling>; 4A_214/2008 vom 9. Juli 2008 E. 1.2, nicht publ. in: <ref-ruling>; Botschaft vom 28. Februar 2001 zur Totalrevision der Bundesrechtspflege, BBl 2001 4339 Ziff. 4.1.4.3 zu Art. 93 E-BGG; vgl. auch <ref-ruling> E. 2a S. 485 f). Neue Vorbringen sind nur zulässig, soweit erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gibt (<ref-law>; <ref-ruling> E. 4.4.3 S. 129 mit Hinweisen), was wiederum näher darzulegen ist (<ref-ruling> E. 2.2.1 S. 226; <ref-ruling> E. 3 S. 395).
3.4 Das Bundesgericht ist keine letzte Appellationsinstanz, die von den Parteien mit vollkommenen Rechtsmitteln angerufen werden könnte (vgl. zit. Botschaft zum BGG, BBl 2001 4342 Ziff. 4.1.4.5 zu Art. 97 E-BGG). Es genügt nicht, dem Bundesgericht, ohne eine substanziierte Sachverhaltsrüge zu erheben, unter gelegentlichem Hinweis auf die Akten einfach einen über die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid hinausgehenden Sachverhalt zu unterbreiten, daraus vom angefochtenen Urteil abweichende Schlüsse zu ziehen und dieses als willkürlich zu bezeichnen. Ein derartiges Vorgehen verkennt die grundsätzliche Bindung des Bundesgerichts an die tatsächlichen Feststellungen im angefochtenen Entscheid (Art. 97 und 105 BGG). Es geht nicht an, in einer Beschwerde in Zivilsachen appellatorische Kritik an der Beweiswürdigung des kantonalen Gerichts zu üben und Ergänzungen bezüglich der tatsächlichen Feststellungen vorzunehmen, als ob dem Bundesgericht im Beschwerdeverfahren die freie Prüfung aller Tatfragen zukäme (<ref-ruling> E. 2.2 S. 246; <ref-ruling> E. 1.4.3 S. 254 f.; je mit Hinweisen).
4. Den dargelegten Begründungsanforderungen wird die Beschwerde nicht gerecht. Die Beschwerdeführerin beschränkt sich darauf, ihre eigene Auffassung darzulegen, ohne sich rechtsgenüglich mit der Argumentation der Vorinstanz auseinanderzusetzen.
4.1 Die Beschwerdeführerin behauptet mit Blick auf den Vertragstext und Gesprächsnotizen, die Erstellung eins Pufferspeichers sei zwingend vereinbart gewesen. Sie geht aber nicht auf die Feststellung der Vorinstanz ein, die Beschwerdeführerin behaupte nicht, mit dem Vorschlag des Beschwerdegegners (Konzept ohne Pufferspeicher) nicht einverstanden gewesen zu sein. Damit sind alle Ausführungen, die darauf aufbauen, dass die Erstellung des Pufferspeichers vereinbart war, nicht hinreichend begründet.
4.2 Die Beschwerdeführerin rügt eine Verletzung der Abmahnungs- und Beratungspflicht durch den Beschwerdegegner. Eine derartige Verletzung kann aber nur vorliegen, wenn das vom Beschwerdeführer vorgeschlagene Konzept untauglich war oder nicht dem damaligen technischen Standard entsprach. Dies hat die Vorinstanz aber verneint. Das erscheint zumindest mit Bezug auf die Energieausbeute nach den Ausführungen der Vorinstanz selbst zwar als problematisch. Diesbezüglich erhebt die Beschwerdeführerin aber weder eine hinreichend begründete Rüge noch geht sie auf die Argumentation der Vorinstanz ein, wonach dieser Aspekt im Appellationsverfahren nicht mehr im Streit stehe.
4.3 Damit bleibt die einzig entscheidende Frage, ob das vom Beschwerdegegner vorgeschlagene Konzept mangelhaft war, was die Vorinstanz in eingehender Würdigung der Beweise verneint hat. Diesbezüglich beschränkt sich die Beschwerdeführerin im Wesentlichen darauf, ihre eigene Auffassung derjenigen der Vorinstanz entgegenzusetzen. Für die hinreichende Begründung einer Willkürrüge genügt es indessen nicht, darzulegen wie die Beweismittel korrekt hätten gewürdigt werden müssen und die im Ergebnis abweichende Auffassung der Vorinstanz als falsch oder willkürlich zu bezeichnen. Vielmehr ist im Einzelnen darzulegen, weshalb die Beweiswürdigung der Vorinstanz auf gar keinen Fall zutreffen kann. Dies setzt eine eingehende Auseinandersetzung mit der Argumentation im angefochtenen Entscheid voraus. Daran fehlt es in der Beschwerde.
4.4 Auch die Vorinstanz geht davon aus, es sei zu Überhitzungen gekommen, so dass der diesbezüglichen Anerkennung der Probleme durch den Beschwerdegegner keine Bedeutung zukommt. Die Vorinstanz macht für die aufgetretenen Probleme aber die mangelhafte Verrohrung verantwortlich und nicht das vom Beschwerdegegner vorgeschlagene Konzept. Die Beschwerdeführerin rügt zwar mit Hinweis auf das Gutachten, auch die Verrohrung sei auf das Konzept des Beschwerdegegners zurückzuführen. Sie geht aber nicht auf die Argumentation der Vorinstanz ein, die mit Hinweis auf die Akten festhielt, die Frage, ob sich die Art der Verrohrung aus dem Konzept des Beschwerdegegners ergebe, sei vom Sachverständigen verneint worden.
4.5 Die Beschwerdeführerin erwähnt in ihrer Beschwerde immerhin die Klageantwortbeilage 15 und die Duplikbeilage 18, auf welche sich die Vorinstanz in ihrer Argumentation gestützt hat. Aber auch hier beschränkt sie sich im Wesentlichen darauf, aus den Beilagen von der Vorinstanz abweichende Schlüsse zu ziehen, ohne eine hinreichend begründete Willkürrüge zu erheben. So hält Duplikbeilage 18 fest, je nach Grösse und Zweck der Anlage müsse ein Konzept zur Minimierung des Betriebszustandes zur Stagnation vorhanden sein, und setzt ein entsprechendes Konzept nicht für alle Anlagen voraus. Daraus, dass in Klageantwortbeilage 15 ein Überhitzungsschutz für den Speicher gefordert wird, lässt sich insoweit nichts ableiten, als gerade kein derartiger Speicher vorgesehen war. Auch insoweit setzt sich die Beschwerdeführerin nicht hinreichend mit der Argumentation der Vorinstanz und den erwähnten Beilagen auseinander, ganz abgesehen davon, dass sie in ihre Argumentation immer wieder Tatsachen einfliessen lässt, wie die Einstellungen des Boilers, die Hitzeresistenz seiner Beschichtung und die Temperaturen, denen diese ausgesetzt gewesen sei, welche die Vorinstanz im angefochtenen Entscheid nicht festgestellt hat. Dass sie entsprechende Behauptungen im kantonalen Verfahren rechtzeitig und prozesskonform erhoben hätte oder erst der angefochtene Entscheid dazu Anlass gab, zeigt sie nicht auf, so dass auch insoweit die Begründungsanforderungen nicht erfüllt werden. Soweit sie Ausführungen zum (ursprünglich) geplanten Einbau eines Schwimmbads macht, verkennt sie, dass auch nach Auffassung der Vorinstanz die Eigensicherheit mit und ohne Schwimmbad gleichermassen gewährleistet sein muss. Die Vorinstanz kam in Würdigung der Beweismittel zum Schluss, dass das vorgeschlagene Konzept bei korrekter Verrohrung diese Anforderungen erfüllt hätte.
5. Die Beschwerdeführerin unterbreitet dem Bundesgericht ihre Kritik wie einem erstinstanzlichen Gericht oder einer Rechtsmittelinstanz, die den angefochtenen Entscheid in tatsächlicher und rechtlicher Hinsicht von Amtes wegen umfassend zu überprüfen hat. Auf die Argumentation der Vorinstanz geht sie kaum und jedenfalls nicht hinreichend ein. Damit verfehlt sie die Begründungsanforderungen (<ref-law> und 106 Abs. 2 BGG) auf der ganzen Linie. Nicht beachtlich ist insoweit die Beschwerdereplik. Die Beschwerde ist in der dafür vorgesehenen Frist (<ref-law>) zu begründen. Bemerkungen zu der Beschwerdeantwort sind nur zulässig, soweit erst diese selbst zu den Vorbringen Anlass gibt. Das ist mit Bezug auf die Argumentation der Vorinstanz nicht der Fall. Mangels hinreichender Begründung ist insgesamt auf die Beschwerde nicht einzutreten. Dem Ausgang des Verfahrens entsprechend wird die Beschwerdeführerin kosten- und entschädigungspflichtig.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Die Beschwerdeführerin hat den Beschwerdegegner für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Obergericht des Kantons Aargau Zivilgericht 1. Kammer schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 27. August 2012
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Klett
Der Gerichtsschreiber: Luczak