Bauhandwerkerpfandrecht, hat sich ergeben:
A.- Nachdem am 1. April 1996 beim Umbau des Restaurants Schnipo in Frauenfeld die Lüftungsanlage fertig gestellt worden war, erwirkte die Klimavent AG als Unternehmerin die vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts für den Betrag von Fr. 31'344. 10 nebst Zins auf der im Miteigentum der Siska Heuberger Holding AG und der BW Holding AG stehenden Stockwerkeinheit StWE-Blatt Nr. 387, Stammgrundstück E.Blatt 1824, Grundbuch Frauenfeld. Die Eintragung erfolgte am 28. Juni 1996.
B.-In der gegen die beiden Miteigentümerinnen erhobenen Klage verlangte die Klimavent AG, es sei zu Lasten der hälftigen Miteigentumsanteile an der Stockwerkeinheit je ein Bauhandwerkerpfandrecht von Fr. 13'060. 04 nebst Zins definitiv einzutragen. Mit Urteil vom 16. Mai 1998 gab das Bezirksgericht Frauenfeld diesem Begehren statt. Die gegen dieses Urteil eingereichte kantonale Berufung der Beklagten wies das Obergericht des Kantons Thurgau am 3. Juni 1998 ab.
C.- Die Beklagten haben eidgenössische Berufung erhoben, mit dem Begehren, die Ziffern 1 und 2 des obergerichtlichen Urteils aufzuheben und das Grundbuchamt Frauenfeld anzuweisen, die zu Lasten ihrer Miteigentumsanteile vorläufig eingetragenen Bauhandwerkerpfandrechte zu löschen. Klägerin und Obergericht beantragen Abweisung der Berufung.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Streitig ist im vorliegenden Fall, ob das innert der Dreimonatsfrist des <ref-law> vorläufig auf der Sache (dem Gesamtgrundstück; hier eine Stockwerkeinheit) selbst eingetragene Bauhandwerkerpfandrecht nach Ablauf der Frist aufgeteilt und auf seinen beiden Miteigentumsanteilen, je zu einer bestimmten Quote definitiv eingetragen werden kann. Klägerin und Obergericht erachten dies als zulässig.
Während das Zürcher Obergericht (ZR 87/1988 Nr. 16) diese Frage in seinem Entscheid vom 25. Februar 1986 - wenn auch ohne nähere Begründung - verneinte, äusserte sich das Bundesgericht, das sich mit diesem Fall danach beschäftigte, nicht dazu: Es schloss sich vielmehr der obergerichtlichen Eventualbegründung an, wonach sich die ursprüngliche Belastung der Gesamtliegenschaft als unzulässig erwies, weil Miteigentumsanteile bereits vor der Gesamtliegenschaft belastet worden waren (<ref-law>; <ref-ruling>).
2.- a) Miteigentumsanteile an Grundstücken sind Grundstücke im Sinne des Gesetzes (<ref-law>).
Gemäss <ref-law> hat jeder Miteigentümer für seinen Anteil die Rechte und Pflichten eines Eigentümers, und es kann dieser Anteil von ihm veräussert und verpfändet und von seinen Gläubigern gepfändet werden. Miteigentumsanteile an Grundstücken können als Grundstücke in das Grundbuch aufgenommen werden (<ref-law>). Beim Papiergrundbuch wird für den Miteigentumsanteil dann ein besonderes Blatt angelegt, wenn es im Interesse der Klarheit und der Übersichtlichkeit der Einträge liegt (Art. 10a Abs. 1 GBV; SR 211. 432.1); für Stockwerkeigentum ist ein besonderes Grundbuchblatt zwingend anzulegen (Art. 10a Abs. 2 GBV). Wird das Grundbuch mit elektronischer Datenverarbeitung geführt, so müssen die Anteile an selbstständigem Grundeigentum als Grundstücke im Grundbuch aufgenommen werden (Art. 111c GBV).
Ist für den Miteigentumsanteil beim Papiergrundbuch kein besonderes Blatt angelegt worden, sind die Miteigentümer mit einer Ziffer oder Litera zu bezeichnen (Art. 31 Abs. 1 lit. e GBV). Die Eintragung der Verpfändung von Miteigentumsanteilen soll in diesem Fall die Bezeichnung des verpfändeten Anteils in der Kolumne "Bemerkungen", z.B. "am Anteil Litera .... des NN" oder "am Anteil Ziffer ... des NN", enthalten (Art. 47 Abs. 1 GBV).
b) Miteigentumsanteile können mit Bauhandwerkerpfandrechten belastet werden (<ref-ruling> E. 3). Grundsätzlich hat der Bauunternehmer die Wahl, ob er die Gesamtliegenschaft oder die einzelnen Miteigentumsanteile - anteilsmässig - belasten will (Schumacher, Das Bauhandwerkerpfandrecht,
2. Aufl. Zürich 1982, S. 89, Rz. 354, vgl. <ref-ruling> E. 3). Beim Stockwerkeigentum als Sonderfall des Miteigentums können wertvermehrende Leistungen zum Zweck der individuellen Ausgestaltung der Stockwerkeinheit nur durch ein Baupfand auf dem jeweiligen Miteigentumsanteil gesichert werden (<ref-ruling> E. 4b; <ref-ruling> E. 4; <ref-ruling> E. 3a), während der Bauunternehmer für die Bauarbeiten an gemeinschaftlichen Bauteilen die Wahl behält, entweder die Gesamtliegenschaft zu belasten oder die Forderung auf die Stockwerkeinheiten aufzuteilen (Schumacher, a.a.O., S. 97, Rz. 383). Eingeschränkt ist das Wahlrecht freilich dadurch, dass die Sache selber nicht mehr mit Grundpfandrechten belastet werden kann, wenn an den Miteigentumsanteilen bereits Pfandrechte bestehen (<ref-law>), was auch für das Bauhandwerkerpfandrecht als mittelbares gesetzliches Pfandrecht gilt (<ref-ruling>).
c) aa) Nach <ref-law> hat die Eintragung des Pfandrechts der Handwerker und Unternehmer bis spätestens drei Monate nach der Vollendung ihrer Arbeit zu geschehen.
Die Eintragung muss tatsächlich erfolgt sein; es genügt nicht, sie innert Frist zu verlangen (<ref-ruling> E. 3a, mit Hinweisen auf die Lehre und frühere Rechtsprechung). Es handelt sich um eine Verwirkungsfrist, für deren Wahrung die vorläufige Eintragung in Gestalt einer Vormerkung (<ref-law>; Art. 22 Abs. 4 GBV) ausreicht (<ref-ruling> E. 3 S. 306; <ref-ruling> E. 3a). Die vorläufige Eintragung bewirkt, dass das durch die spätere definitive Eintragung geschaffene Pfandrecht in seinen Wirkungen auf den Tag der vorläufigen Eintragung zurückbezogen wird (<ref-law> i.V.m. <ref-law>; Homberger, Zürcher Kommentar, N. 40 zu <ref-law>); es geht den in der Zwischenzeit eingetragenen Pfandrechten im Range vor (Schumacher, a.a.O., S. 214 f., Rz. 740; Zobl, Das Bauhandwerkerpfandrecht de lege lata und de lege ferenda, ZSR 101/1982, II. Halbband, S. 160). Im Grundbuch wird die Vormerkung der vorläufigen Eintragung von Amtes wegen gelöscht (Art. 76 Abs. 1 GBV), während die endgültige Eintragung mit dem Datum der gelöschten Vormerkung versehen wird (Art. 76 Abs. 2 GBV).
bb) Bereits aus dem Zusammenhang zwischen vorläufiger und definitiver Eintragung des Pfandrechts folgt, dass das belastete Grundstück sowohl bei der vorläufigen als auch bei der definitiven Eintragung identisch sein muss. Dies ergibt sich aber auch aus einer anderen Überlegung:
Da das Pfandrecht an der Sache und jenes am Anteil rechtlich nicht den gleichen Gegenstand haben, kann es zwischen ihnen kein Rangverhältnis im Sinne von <ref-law> geben. Die Pfandrechte stehen vielmehr je unter sich in einem eigenen Rangverhältnis (<ref-ruling> E. 1 S. 571; Brunner/Wichtermann, Basler Kommentar, N. 31 zu <ref-law>). Das Pfandrecht ist mit dem Grundstück, an welchem es errichtet ist, fest verbunden. Eine Verlegung kann allenfalls bei einer Baulandumlegung erforderlich werden (<ref-ruling>; Schumacher, a.a.O., S. 83 f., Rz. 328 ff.). Hingegen ist es nicht möglich, die innert Frist erfolgte Vormerkung einer vorläufigen Eintragung auf ein anderes Grundstück zu übertragen, und zwar auch dann nicht, wenn die Vormerkung der vorläufigen Eintragung auf dem Gesamtgrundstück erfolgt, für die definitive Eintragung aber eine Verlegung auf die Miteigentumsanteile verlangt wird. Solches zuzulassen trüge dem Umstand nicht Rechnung, dass Miteigentumsanteile eigene, vom Gesamtgrundstück verschiedene Grundstücke sind.
cc) Eine Eintragung des Pfandrechts auf den beiden Miteigentumsanteilen der Beklagten ist bisher nicht erfolgt.
Die Frist von drei Monaten seit Vollendung der Arbeiten ist längst abgelaufen. Die Vormerkung der vorläufigen Eintragung auf der Stockwerkeinheit hat die Frist zwar für diese gewahrt; mit dem Klagebegehren wurde aber nicht die definitive Eintragung auf der Stockwerkeinheit, sondern auf den Miteigentumsanteilen an der Stockwerkeinheit verlangt, die eigene Grundstücke bilden. Da es sich zwischen der Stockwerkeinheit und den Miteigentumsanteilen um verschiedene Grundstücke handelt, ist die Frist nicht eingehalten (in diesem Sinne auch: Urteil des Zürcher Obergerichts, ZR 87/1988 Nr. 16; Gasser/Mäusli/Weber, in Münch/Karlen/Geiser [Hrsg. ], Beraten und Prozessieren in Bausachen, Basel 1998, S. 544 Rz. 13.22).
3.-a) Im angefochtenen Urteil und in den Gegenbemerkungen des Obergerichts wird unter Hinweis auf ein früheres Urteil (Rechenschaftsbericht 1980 Nr. 10) damit argumentiert, bei einem Gesamtpfandrecht könne nachträglich eine Aufteilung vorgenommen werden, selbst wenn es zu Unrecht provisorisch eingetragen worden sei. Damit wird indessen eine andere Situation beschrieben, als sie hier vorliegt. Bei einem Gesamtpfand (<ref-law>) werden alle betroffenen Grundstücke mit der gesamten Pfandsumme belastet (Art. 42 Abs. 1 GBV); auf den vorliegenden Fall bezogen wäre demnach die vorläufige Eintragung auf den beiden Miteigentumsanteilen unter Wahrung der Frist vorgenommen worden; wird es als zulässig erachtet, vom Gesamtpfand auf Teilpfandrechte überzugehen und eine Aufteilung vorzunehmen (so etwa: Schumacher, a.a.O., S. 101 f., Rz. 396), so ergibt sich - abgesehen von jenem der Zulässigkeit eines Gesamtpfandes (vgl. <ref-ruling>) - kein Problem bezüglich der Fristwahrung, weil jedes der in Frage stehenden Grundstücke rechtzeitig belastet worden ist.
b) Das Obergericht und die Klägerin erachten es als formalistisch, wenn ein rechtzeitig auf das Gesamtgrundstück eingetragenes Pfandrecht nach Ablauf der Eintragungsfrist nicht auf die Miteigentumsanteile übertragen und auf diesen definitiv eingetragen werden kann. Von der sachenrechtlichen Gestaltung der Rechtsverhältnisse kann allerdings nicht schon deshalb abgewichen werden, weil das Verwertungssubstrat das nämliche ist. Eine wirtschaftliche Betrachtungsweise wäre allenfalls dann möglich, wenn das Gesetz selber einen wirtschaftlichen Anknüpfungspunkt wählt, was hier nicht zutrifft, oder wenn eine Gesetzesumgehung bzw. ein Verstoss gegeben <ref-law> vorläge (Riemer, Wirtschaftliche Betrachtungsweise bei der Auslegung im Privatrecht?, in Festgabe Juristentag 1994, Zürich 1994, S. 134 ff.). Davon kann indes keine Rede sein, war es doch die Klägerin selber, die ohne Veranlassung der Beklagten zunächst das Gesamtgrundstück belasten liess, um das Pfandrecht später auf die Miteigentumsanteile übertragen zu wollen.
Das Obergericht übersieht auch die Probleme, welche eine solche Übertragung mit sich brächte. In der Zwischenzeit können nämlich weitere Pfandrechte eingetragen worden sein.
Es ist bereits ausgeführt worden, dass die Sache selber nicht mehr mit Grundpfandrechten belastet werden kann, wenn an den Miteigentumsanteilen bereits Pfandrechte bestehen (<ref-law>). Da das Pfandrecht an der Sache und jenes am Anteil rechtlich nicht den gleichen Gegenstand haben, kann es zwar kein Rangverhältnis zwischen ihnen geben (E. 2c/bb); weil sie aber über dasselbe Verwertungssubstrat verfügen, muss trotzdem nach dem Prinzip der Alterspriorität das ältere Pfandrecht dem jüngeren vorgehen. Um unüberwindbare Schwierigkeiten bei der Pfandverwertung zu vermeiden, haben Pfandrechtsbelastungen an der Sache so zu erfolgen, dass die Pfandrechte an den Anteilen nachgehen (<ref-ruling>). Könnte nun ein provisorisch auf der Sache eingetragenes Pfandrecht später auf die Miteigentumsanteile übertragen werden, so ginge ein in der Zwischenzeit noch zulässigerweise auf der Sache eingetragenes Pfandrecht dem auf die Miteigentumsanteile übertragenen früheren Pfandrecht nach, was mit <ref-law> nicht zu vereinbaren wäre. Ähnlich problematisch wäre es, wenn zwischenzeitlich weitere Eintragungen auf die Miteigentumsanteile erfolgt sein sollten. Ein Pfandrecht, das bei der Eintragung noch den ersten Rang belegt, stünde nach einer Übertragung des zuvor auf dem Gesamtgrundstück eingetragenen Pfandrechts plötzlich im zweiten Rang, was die jedem Grundstück eigene Rangordnung in der Pfandbelastung missachten würde (vgl. E. 2c/bb).
4.- Aufgrund dieser Ausführungen erweist sich die Berufung als begründet; sie ist daher gutzuheissen und das angefochtene Urteil aufzuheben, soweit es das Grundbuchamt Frauenfeld anweist, zu Lasten der hälftigen Miteigentumsanteile der Beklagten an der Stockwerkeinheit StWE-Blatt Nr. 387, Stammgrundstück E.Blatt 1824, Grundbuch Frauenfeld, ein Bauhandwerkerpfandrecht definitiv einzutragen. Das Grundbuchamt Frauenfeld ist ausserdem anzuhalten, die am 28. Juni 1996 erfolgte vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts zu Gunsten der Klägerin und zu Lasten der Stockwerkeinheit StWE-Blatt Nr. 387, Stammgrundstück E.Blatt 1824, Grundbuch Frauenfeld, zu löschen.
5.- Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Klägerin im bundesgerichtlichen Verfahren kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 OG; Art. 159 Abs. 2 OG). Zur Regelung der Kosten und Entschädigungen des kantonalen Verfahrens ist die Sache an das Obergericht zurückzuweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.-Die Berufung wird gutgeheissen. Das Urteil des Obergerichts des Kantons Thurgau vom 3. Juni 1999 wird aufgehoben, soweit das Grundbuchamt Frauenfeld angewiesen wird, zu Lasten der hälftigen Miteigentumsanteile der Beklagten an der Stockwerkeinheit StWE-Blatt Nr. 387, Stammgrundstück E. Blatt 1824, Grundbuch Frauenfeld, ein Bauhandwerkerpfandrecht definitiv einzutragen.
Das Grundbuchamt Frauenfeld wird angewiesen, die am 28. Juni 1996 erfolgte vorläufige Eintragung eines Bauhandwerkerpfandrechts zu Gunsten der Klägerin und zu Lasten der Stockwerkeinheit StWE-Blatt Nr. 387, Stammgrundstück E. Blatt 1824, Grundbuch Frauenfeld, zu löschen.
2.-Die Sache wird zur Neuverlegung der Gerichts- und Parteikosten des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
3.-Die Gerichtsgebühr von Fr. 2'500.-- wird der Klägerin auferlegt.
4.-Die Klägerin hat die Beklagten für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 2'500.-- zu entschädigen.
5.- Dieses Urteil wird den Parteien, dem Obergericht des Kantons Thurgau in voller Ausfertigung sowie im Dispositiv dem Grundbuchamt Frauenfeld mitgeteilt.
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Lausanne, 14. September 2000
Im Namen der II. Zivilabteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: