Faits:
A. Par décision du 5 octobre 2004, le Président du Tribunal pénal de l'arrondissement de la Gruyère (ci-après: le Président) a déclaré irrecevable une demande de récusation formée par A._ contre le Vice-président du Tribunal pénal de l'arrondissement de la Gruyère, dans le cadre d'une procédure de relief.
Le 8 octobre 2004 (avant la notification, le 12 octobre 2004, de la décision datée du 5 octobre 2004), A._ a demandé la récusation du Président, en relevant que celui-ci avait fonctionné comme "juge d'instruction dans le cadre de toute cette affaire" et s'était montré défavorable au recourant.
A._ a également formé un recours de droit public contre la décision du 5 octobre 2004. Celui-ci a été déclaré irrecevable par arrêt du 9 décembre 2004 (1P.657/2004), pour défaut de motivation; le recourant mentionnait sa demande de récusation, mais il n'en faisait pas un grief distinct à l'appui de son recours.
B. Par décision du 5 mai 2006, le Président du Tribunal pénal de la Broye a rejeté la demande de récusation: le magistrat n'était pas intervenu sur le fond, mais uniquement sur une question de procédure relative à la récusation d'un de ses collègues; l'identité du Président était connue du requérant dès réception de la copie d'une lettre de transmission adressée au Vice-président, le 29 septembre 2004; la demande de récusation, déposée après le prononcé de la décision, était sans objet; rien ne laissait enfin supposer un manque d'objectivité de la part du Président.
C. A._ forme un recours de droit public contre cette dernière décision, dont il demande l'annulation.
Le Président du Tribunal de la Broye a transmis le dossier, sans détermination; le Président conclut en substance au rejet du recours; le Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg estime qu'il n'existe pas de recours cantonal dans la mesure où la décision attaquée a été rendue après le rejet de la demande de relief, le 13 octobre 2004.

Le Tribunal fédéral considère en droit:
1. Le recours de droit public est formé en temps utile contre une décision rendue en dernière instance cantonale (selon les explications du Tribunal cantonal) et relative à une demande de récusation au sens de l'art. 87 al. 1 OJ.
2. La décision attaquée repose sur plusieurs motifs: le Président n'aurait pas fonctionné comme juge du fond, mais comme autorité de récusation; la demande avait été formée tardivement; subsidiairement, la décision attaquée retient qu'il n'existe aucun indice de partialité.
2.1 Le recourant prétend s'en prendre à chacun de ces motifs, ainsi que l'y oblige l'art. 90 al. 1 let. b OJ. Il estime que l'intervention précédente du Président, comme juge d'instruction, constituerait un motif de récusation d'ordre organique; il conteste la tardiveté de sa demande de récusation, en relevant qu'il n'a reçu copie de la lettre du 29 septembre 2004 du Président au Vice-président (l'informant de l'identité du magistrat appelé à statuer) que le 6 octobre suivant; il prétend enfin que l'autorité intimée n'aurait pas tenu compte de ses arguments relatifs à la partialité du Président, violant ainsi son droit d'être entendu.
2.2 La décision attaquée ne retient pas seulement que le recourant aurait agi tardivement alors qu'il connaissait les motifs de récusation, mais également que la demande serait devenue sans objet puisqu'elle a été formée après que le magistrat a rendu sa décision. Or, cette appréciation n'est pas critiquée par le recourant (art. 90 OJ). Elle n'est au demeurant pas critiquable. En effet, lorsque le juge a statué et mis ainsi un terme à la procédure, les motifs de récusation découverts après coup doivent être invoqués non pas dans une demande de récusation, mais dans le cadre d'une procédure de recours (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 122-123). En l'occurrence, le recourant a bien formé un recours de droit public contre la décision du Président, mais il n'a mentionné ses motifs de récusation qu'à titre indicatif (arrêt du 9 décembre 2004, consid. 2.3). Il n'en demeure pas moins que sa demande de récusation était sans objet, comme le retient à juste titre la décision attaquée.
3. Le recours doit par conséquent être rejeté pour cette raison, sans qu'il y ait lieu d'examiner les autres motifs soulevés par le recourant. Conformément à l'art. 156 al. 1 OJ, un émolument judiciaire est mis à la charge du recourant, qui succombe.

Par ces motifs, vu l'art. 36a OJ, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté, en tant qu'il est recevable.
2. Un émolument judiciaire de 1500 fr. est mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué en copie aux parties, au Tribunal cantonal de l'Etat de Fribourg et au Président du Tribunal pénal de la Broye.
Lausanne, le 8 août 2006
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le président: Le greffier: