Sachverhalt:
A. Die X._ AG (Klägerin) hat Sitz in B._ und betreibt eine Seilfabrik. A._ (Beklagter) ist Inhaber der vorliegend im Streit stehenden Immaterialgüterrechte. So lautet die Registrierung der Marke "Comcord" auf seinen Namen. Der Beklagte führte seine Geschäftstätigkeit über die Einzelfirma Y._ und gründete im September 1999 für die Herstellung sowie den Handel mit Kommunikationssystemen die Z._ AG, über die zwischenzeitlich der Konkurs durchgeführt wurde. Von 1998 bis am 22. Januar 2001 bestand zwischen den Parteien eine Zusammenarbeit im Hinblick auf die Entwicklung, die Herstellung und den Vertrieb eines mobilen Kommunikationssystems für Personengruppen, wie z.B. für Feuerwehren.
B. B.a Die Klägerin stellte mit Klage vom 11. April 2001 an das Handelsgericht des Kantons St. Gallen folgende Rechtsbegehren:
1. Das schweizerische Patent Nr. xxx sei als ungültig zu erklären.
2. Der Beklagte sei zu verpflichten, die schweizerische Marke 468'882 "Comcord" auf die Klägerin zu übertragen.
3. Eventuell, für den Fall der Abweisung des Rechtsbegehrens 2, sei festzustellen, dass die Klägerin an der schweizerischen Marke 468'882 "Comcord" ein Weiterbenützungsrecht gemäss <ref-law> besitzt.
Der Beklagte anerkannte das Klagebegehren 1. Im Übrigen schloss er auf Abweisung der Klage und erhob Widerklage mit folgenden Anträgen:
1. Es sei der Widerbeklagten, unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Haft oder Busse wegen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung i.S.v. <ref-law> im Widerhandlungsfalle und unter Androhung der Zwangsvollstreckung zu verbieten,
(a) das Zeichen "Comcord" zur Kennzeichnung von mobilen Kommunikationssystemen, Rettungsapparaten oder -instrumenten, elektronischen Schaltungen oder auf andere Weise im Geschäftsverkehr, insbesondere in Werbung auf Geschäftspapier oder im Zusammenhang mit elektrotechnischen Beratungen bzw. Wartungs- und Reparaturdienstleistungen für die vorgenannten Gegenstände, zu nutzen oder nutzen zu lassen;
(b) unter der Bezeichnung "Comcord" mobile Kommunikationssysteme, Rettungsapparate oder -instrumente oder elektronische Schaltungen in die Schweiz einzuführen, hier in Verkehr zu bringen oder anzubieten oder zu diesem Zwecke zu lagern.
2. Es seien mit der Bezeichnung "Comcord" versehene mobile Kommunikationssysteme, Rettungsapparate oder -instrumente oder elektronische Schaltungen, die sich im Besitz der Widerbeklagten befinden, gemäss <ref-law> einzuziehen und die unzulässige Kennzeichnung unkenntlich zu machen oder die Gegenstände zu vernichten.
3. Die Widerbeklagte sei zu verpflichten, dem Widerkläger darüber Auskunft zu erstatten, in welchem Umfang (Anzahl Gegenstände, Liefermengen, Preise, Rabatte) und an welche Personen widerrechtlich mit der Bezeichnung "Comcord" versehene mobile Kommunikationssysteme, Rettungsapparate oder -instrumente oder elektronische Schaltungen, deren Zubehör und Prospekte in der Zeitperiode seit dem 1. Januar 2001 in Verkehr gebracht oder angeboten wurden.
4. Die Widerbeklagte sei, nach Wahl des Widerklägers und aufgrund des Beweisverfahrens, zu verpflichten, (a) entweder dem Widerkläger den mit dem Vertrieb von widerrechtlich mit dem Zeichen "Comcord" gekennzeichneten Gegenständen oder dem Erbringen von Dienstleistungen unter dem Zeichen "Comcord" gemachten Gewinn, mindestens jedoch Fr. 30'000.--, herauszugeben oder (b) dem Widerkläger den aufgrund des Vertriebs von widerrechtlich mit dem Zeichen "Comcord" gekennzeichneten Gegenständen oder der Erbringung von Dienstleistungen unter dem Zeichen "Comcord" entstandenen Schaden zu ersetzen.
5. Die Widerbeklagte habe dem Widerkläger den diesem entstandenen Marktverwirrungsschaden in der Höhe von Fr. 50'000.-- zu erstatten.
6. Es sei der Widerbeklagten, unter Androhung der Bestrafung ihrer Organe mit Haft oder Busse wegen Ungehorsams gegen eine amtliche Verfügung i.S.v. <ref-law> im Widerhandlungsfalle und unter Androhung der Zwangsvollstreckung zu verbieten,
(a) ohne Zustimmung des Widerklägers Kommunikationsboxen, Hörsprechgarnituren oder mobile Kommunikationssysteme für Personengruppen gemäss Widerklagebeilage 15 zu vertreiben, herzustellen, herstellen zu lassen oder Dritten an solchen Rechte einzuräumen, wobei sich diese Produkte insbesondere durch folgende Merkmale kennzeichnen:
(i) gegenseitige Batteriespeisung und -unterstützung; (ii) optische Anzeige des Batterieladezustandes mittels Leuchtdioden (LED), kombiniert mit einem Lageschalter, der die Messschaltung aktiviert, wenn die Combox umgekehrt (auf den Kopf) gestellt wird; (iii) besonders einfache und störungssichere Schaltungstechnik insbesondere für die Messschaltung der Batterieanzeige, für die Kompensationsschaltung in Bezug auf die Anzahl angeschlossener Teilnehmer, die gegenseitige Batteriespeisung, die Schaltung für das Rückhören des eigenen Sprachsignals, (iv) spezielles Y-Anschlusssystem, d.h. ein Gerätestecker auf Combox und zwei parallele Kupplungen (Dosen) für den Seilanschluss; (v) Stecksystem analog Fabrikat Fischer bzw. ODU; (vi) Gehäusesystem Typ Bopla,
(b) eventualiter sei die Widerbeklagte, nach Wahl des Widerklägers und aufgrund des Beweisverfahrens, zu verpflichten:
(i) entweder dem Widerkläger den mit dem Vertrieb in Begehren 6a genannten Gegenständen gemachten Gewinn, mindestens jedoch Fr. 150'000.--, an den Widerkläger herauszugeben oder (ii) dem Widerkläger den aufgrund des Vertriebs von solchen Gegenständen entstandenen Schaden, mindestens jedoch Fr. 150'000.--, zu ersetzen oder (iii) dem Widerkläger eine angemessene Lizenzgebühr für die Nutzung der Entwicklung des Beklagten zu bezahlen.
Die Klägerin beantragte die Abweisung der Widerklage.
Mit Teilentscheid vom 25. Juni 2003 entschied das Handelsgericht Folgendes:
1. Das schweizerische Patent Nr. xxx für eine mobile Kommunikationsanlage für Personengruppen wird als ungültig erklärt.
2. Die Klage auf Übertragung der schweizerischen Marke Nr. 468'882 "Comcord" auf die Klägerin wird abgewiesen.
Die Klage auf Feststellung, dass die Klägerin an der schweizerischen Marke Nr. 468'882 "Comcord" ein Weiterbenützungsrecht gemäss <ref-law> besitze, wird abgewiesen.
3. Der Klägerin wird untersagt, das Zeichen "Comcord" zur Kennzeichnung von mobilen Kommunikationssystemen, Rettungsapparaten oder -instrumenten, elektronischen Schaltungen oder auf andere Weise im Geschäftsverkehr zu nutzen oder nutzen zu lassen sowie unter der Bezeichnung "Comcord" mobile Kommunikationssysteme, Rettungsapparate oder -instrumente oder elektrische Schaltungen in die Schweiz einzuführen, hier in Verkehr zu bringen oder anzubieten oder zu diesem Zweck zu lagern.
Die Klägerin wird verpflichtet, auf den in ihrem Besitz befindlichen mobilen Kommunikationssystemen (einschliesslich Seilen, Taschen, Verpackungen, Gebrauchsanweisungen, Prospekten und sonstigen Gegenständen, auf welchen das Zeichen "Comcord" angebracht ist) das Zeichen "Comcord" zu entfernen oder - falls eine Entfernung des Zeichens nicht möglich sein sollte - das Zeichen "Comcord" darauf unkenntlich zu machen.
Für den Fall der Missachtung dieser richterlichen Anordnungen wird der Klägerin bzw. ihren Organen die Überweisung an den Strafrichter zur Bestrafung mit Haft oder Busse wegen Ungehorsams im Sinne von <ref-law> angedroht.
4. Die Klägerin wird verpflichtet, dem Handelsgericht innert 20 Tagen darüber Auskunft zu erstatten, in welchem Umfang (Anzahl der Gegenstände, Liefermengen, Preise, Rabatte) und an welche Personen mobile Kommunikationssysteme, Rettungsapparate oder -instrumente oder elektronische Schaltungen nebst Zubehör mit der Bezeichnung "Comcord" seit dem 1. Januar 2001 geliefert oder angeboten wurden.
5. Es wird eine Expertise über die Entwicklung der mobilen Kommunikationssysteme der Parteien eingeholt, insbesondere über die Frage, ob und allenfalls inwieweit bei der Kommunikationsbox der Klägerin technische Merkmale der Kommunikationsbox des Beklagten Verwendung fanden.
Der Beklagte hat innert 20 Tagen einen Kostenvorschuss von Fr. 8'000.-- zu leisten. Innert gleicher Frist können die Parteien Expertenvorschläge einreichen.
Die Klägerin und der Beklagte werden verpflichtet, dem Handelsgericht innert 20 Tagen je ein vollständiges Exemplar ihrer mobilen Kommunikationssysteme (einschliesslich den Konstruktions- und Schaltplänen) einzureichen sowie ihren Entwicklungsaufwand im Zusammenhang mit der Entwicklung ihrer Kommunikationssysteme schriftlich auszuweisen.
Nach Durchführung der Expertise und der durch Ergänzungsfragen der Klägerin bedingten Einholung eines Ergänzungsgutachtens entschied das Handelsgericht an der Schlussverhandlung vom 29. November 2005 wie folgt:
1. Ziffer 6.a des Widerklagebegehrens wird abgewiesen.
2. Da die Klägerin und Widerbeklagte unlauter gehandelt hat, wird sie verpflichtet, dem Gericht innert 30 Tagen nach unbenutztem Ablauf der Frist für eine Berufung an das Bundesgericht für den Zeitraum bis Ende Juni 2001 nachfolgende Auskünfte bezüglich den Gestehungskosten und dem Vertrieb ihres Kommunikationssystems detailliert zu erteilen:
a) Anzahl und Zeitpunkt der Herstellung, Anzahl der Aufträge sowie Namen und Adressen der Hersteller, Lieferanten und Vorbesitzer;
Die einzelnen Lieferungen unter Angabe sämtlicher Lieferdaten (Menge, Zeiten/Daten, Preise, Rabatte und genaue Bezeichnungen sowie Namen und Adressen der gewerblichen Abnehmer);
b) Die einzelnen Angebote unter Angabe sämtlicher Angaben (Mengen, Zeiten/Daten, Preise, Rabatte und genaue Bezeichnungen sowie Namen und Adressen der Empfänger);
c) Werbeaufwand unter Angabe der Werbeträger, der Höhe der Auflage, Zeitraum und Gebiet der Verbreitung;
d) Gestehungskosten unter Angabe der einzelnen Kostenfaktoren (Anteil Combox und Anteil übrige Komponenten des Gesamtsystems) sowie erzielter Gewinn vor Abzug der Fixkosten oder variablen Gemeinkosten.
3. Zum gleichen Zeitpunkt (vgl. Ziff. 2 dieses Dispositivs) hat die Klägerin in Präzisierung ihres Schreibens vom 27. Oktober 2003 separat detailliert mit Datum auszuweisen, welche der Aufträge, Lieferungen, Angebote und Werbeaktionen bis heute gemäss vorstehenden Ziff. 2 lit. a-d des Dispositivs unter Verwendung der Marke "Comcord" erfolgt sind.
Weder der Entscheid vom 25. Juni 2003 noch derjenige vom 29. November 2005 wurde angefochten.
B.b Das Handelsgericht hatte schliesslich noch die Rechtsbegehren Ziffer 4, 5 und 6b der Widerklage des Beklagten zu beurteilen, nachdem die übrigen Rechtsbegehren bereits mit den Entscheiden vom 25. Juni 2003 bzw. 29. November 2005 erledigt worden waren. Der Beklagte übte sein Wahlrecht gemäss Ziffer 4 und 6b der Widerklagebegehren mit Eingabe vom 17. August 2006 aus und wählte die Berechnung des Schadenersatzes basierend auf dem ihm entgangenen Gewinn, wobei er beantragte, der gesamte Schadensbetrag sei vom Handelsgericht nach dessen Ermessen festzusetzen. Eventuell sei ihm der aufgrund der erteilten Auskünfte bezifferbare Schaden in der Höhe von Fr. 142'598.-- zu ersetzen, zuzüglich eines durch das Gericht ex aequo et bono zu bestimmenden Schadensbetrags (entgangener Gewinn für entgangene Aufträge sowie Marktverwirrungsschaden und verlorene Investitionen). Die Klägerin beantragte in ihrer Eingabe vom 22. September 2006, die noch hängigen Rechtsbegehren der Widerklage abzuweisen.
Das Handelsgericht verpflichtete die Klägerin am 14. Dezember 2006, dem Beklagten Fr. 25'000.-- zu bezahlen. Im Übrigen wies es die Widerklagebegehren Ziffer 4, 5 und 6b ab. Es verneinte den Kausalzusammenhang zwischen dem vom Beklagten geltend gemachten entgangenen Gewinn und den widerrechtlichen Handlungen der Klägerin. Zudem hielt es fest, es bestünden keine genügenden Hinweise dafür, dass dem Beklagten ein Schaden in Form eines entgangenen Gewinns entstanden sei. Die diesbezüglichen Schadenersatzforderungen seien mithin auch aus diesem Grund abzuweisen. Hingegen bejahte es einen Marktverwirrungsschaden des Beklagten und den diesbezüglichen Kausalzusammenhang. Es sprach dem Beklagten unter diesem Titel Fr. 25'000.-- zu, wie er es in seiner Eingabe vom 17. August 2006 als Minimum gefordert hatte.
C. Der Beklagte beantragt mit eidgenössischer Berufung, den Entscheid vom 14. Dezember 2006 aufzuheben, soweit das Handelsgericht die Widerklagebegehren Ziff. 4 und 6b abgewiesen habe. Die Klägerin sei zu verpflichten, ihm den aufgrund des Vertriebs der widerrechtlich mit dem Zeichen "Comcord" gekennzeichneten Gegenstände entstandenen Schaden, mindestens jedoch Fr. 125'732.--, zu ersetzen. Eventuell sei ihm der gesamte ihm entstandene Schadensbetrag vom Bundesgericht nach Ermessen festzusetzen und zuzusprechen.
Die Klägerin schliesst auf Abweisung der Berufung. Sie erhebt Anschlussberufung mit dem Antrag, das Widerklagebegehren 5 sei abzuweisen, soweit es über den Betrag von Fr. 5'000.-- hinausgehe. Die Widerklagebegehren 4 und 6b seien vollständig abzuweisen.
Der Beklagte beantragt, die Anschlussberufung in vollem Umfang abzuweisen.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1. Das Bundesgesetz über das Bundesgericht vom 17. Juni 2005 (BGG; SR 173.110) ist am 1. Januar 2007 in Kraft getreten (AS 2006 1205, 1243). Da der angefochtene Entscheid vorher ergangen ist, richtet sich das Verfahren noch nach dem OG (<ref-law>).
In der Antwort auf die Anschlussberufung ist ausschliesslich zur Anschlussberufung Stellung zu nehmen. Sie bietet jedoch keine Gelegenheit zu einem weiteren Schriftenwechsel (vgl. Art. 59 Abs. 4 OG). Dies verkennt der Beklagte, indem er seine Anschlussberufungsantwort über weite Strecken als Replik verfasste. Die diesbezüglichen Ausführungen haben unbeachtet zu bleiben, da kein zweiter Schriftenwechsel angeordnet wurde.
2. Die Vorinstanz hatte im angefochtenen Entscheid ausschliesslich über die Widerklagebegehren 4, 5 und 6b zu entscheiden, mithin über die vom Beklagten gestützt auf <ref-law> und <ref-law> geltend gemachten Schadenersatzforderungen. Die Haftungsvoraussetzungen der Widerrechtlichkeit und des Verschuldens hinsichtlich der Markenrechtsverletzung hatte sie bereits mit Entscheid vom 25. Juni 2003 und hinsichtlich der Verletzung des Lauterkeitsrechts mit Entscheid vom 29. November 2005 bejaht. Sie hielt demnach im angefochtenen Entscheid zusammenfassend fest, dass die Klägerin widerrechtlich und schuldhaft gehandelt habe, als sie die Marke "Comcord" nach Beendigung der Zusammenarbeit der Parteien zur Kennzeichnung eines Kommunikationssystems verwendet habe. Als widerrechtlich und schuldhaft erweise sich auch, dass die Klägerin vor Beendigung der Zusammenarbeit der Parteien die Herstellung eines Konkurrenzproduktes in Auftrag gegeben habe. Zu beurteilen blieben damit der Kausalzusammenhang und der Schaden.
Die Klägerin stellt in ihrer Berufungsantwort in Abrede, dass die Vorinstanz mit Entscheid vom 29. November 2005 rechtskräftig über die Frage eines unlauteren Handelns entschieden habe. Bei jenem Entscheid handle es sich bloss um einen prozessleitenden Entscheid im Rahmen des Beweisverfahrens. Die Vorinstanz hätte daher bezüglich unlauterem Wettbewerb die Frage der Widerrechtlichkeit prüfen müssen.
Wie es sich damit verhält, kann offen bleiben. Wie zu zeigen sein wird, hat die Vorinstanz den Schadenersatzanspruch des Beklagten bereits mangels Kausalzusammenhangs und Schadens ohne Bundesrechtsverletzung abgewiesen. Für die Anschlussberufung, die sich gegen die Zusprechung eines Marktverwirrungsschadens wendet, spielt die Frage der Widerrechtlichkeit in Form unlauteren Handelns der Klägerin ebenso keine Rolle, da die Vorinstanz den insofern zugesprochenen Schadenersatz aus der Markenverletzung ableitete.
3. Der Beklagte verlangte nach seiner mit Schreiben vom 17. August 2006 getroffenen Wahl Schadenersatz in Form von entgangenem Gewinn.
3.1 Entgangener Gewinn liegt vor, wenn sich das Vermögen des Geschädigten ohne die schädigende Handlung in Zukunft vergrössert hätte. Nach den Grundsätzen des Obligationenrechts ist nur dann Ersatz von entgangenem Gewinn geschuldet, wenn es sich um einen üblichen oder sonst wie sicher in Aussicht stehenden Gewinn handelt (<ref-ruling> E. 3.3.3 S. 384; <ref-ruling> E. 6 S. 401; Roland Brehm, Berner Kommentar, N. 70e zu <ref-law>; Heinz Rey, Ausservertragliches Haftpflichtrecht, 3. Aufl., Zürich 2003, N. 347 f.). Andernfalls fehlt es an der Voraussetzung des Schadens. Der Schutzrechtsinhaber hat bei Immaterialgüterrechtsverletzungen für die Zusprechung von Schadenersatz aus entgangenem Gewinn darzutun, dass er in der Lage gewesen wäre, den eingeklagten Gewinn zu erzielen, wenn die Verletzung nicht stattgefunden hätte (<ref-ruling> E. 3.4 S. 386; Reto M. Jenny, Die Eingriffskondiktion bei Immaterialgüterrechtsverletzungen, Diss. Zürich 2005, S. 72 und 77; Patrick Kohler, Vermögensausgleich bei Immaterialgüterrechtsverletzungen, Diss. Zürich 1999, S. 107). Misslingt dieser Nachweis, fehlt es am (natürlichen) Kausalzusammenhang. So namentlich, wenn der Schutzrechtsinhaber das Immaterialgut gar nicht nutzte oder es nicht zu verwerten gedachte oder wenn das Absatzgebiet des Verletzers dem Schutzrechtsinhaber nicht zugänglich war (Jenny, a.a.O., S. 72 mit Hinweisen).
3.2 Die Vorinstanz verneinte den Kausalzusammenhang zwischen den Handlungen der Klägerin und dem geltend gemachten entgangenen Gewinn aus der grundsätzlichen Überlegung, dass der Beklagte die Immaterialgüterrechte nicht entsprechend genutzt hatte. Selbst wenn davon auszugehen wäre, dass er wenigstens auf dem fraglichen Markt tätig werden wollte, sei nicht erwiesen, dass er in der Lage gewesen wäre, die fraglichen Umsätze bzw. Gewinne zu erzielen. Der Kausalzusammenhang sei somit nicht hinreichend dargetan, weshalb ein Ersatzanspruch für entgangenen Gewinn bereits aus diesem Grund zu verneinen sei.
Die Vorbringen des Beklagten hielt die Vorinstanz auch aus anderen Gründen für nicht stichhaltig. So prüfte sie, ob er seiner Pflicht nachgekommen sei, alle Umstände zu behaupten und zu beweisen, die für den Eintritt eines Schadens sprechen und dessen Abschätzung (nach <ref-law>) erlauben oder erleichtern würden. Dabei ging sie zutreffend davon aus, die blosse Möglichkeit einer Gewinnerzielung reiche für den Nachweis eines entgangenen Gewinns nicht aus, sondern der Schluss, dass tatsächlich ein Schaden aufgetreten sei, müsse sich dem Gericht mit einer gewissen Überzeugungskraft aufdrängen. Dies verneinte sie hinsichtlich aller vom Beklagten vorgebrachten Umstände: Der Business Plan der Klägerin vom Sommer 1999 habe sich als gänzlich unrealistisch erwiesen. Die in diesem Business Plan genannten Umsatzzahlen lieferten daher keinen hinreichenden Anhaltspunkt für einen entgangenen Gewinn des Beklagten. Das Gleiche gelte für die vom Beklagten angeführten Offerten. Konkrete Hinweise auf geplante Marktentwirrungsmassnahmen und auf die damit verbundenen Kosten fehlten, weshalb auch diesbezüglich kein entgangener Gewinn bejaht werden könnte. Ebenso wenig dränge sich ein Schaden gestützt auf die von der Klägerin erzielten Verkäufe auf. Es habe kein Konkurrenzverhältnis zwischen den Parteien bestanden, und ein Markteintritt des Beklagten sei überdies unwahrscheinlich. Damit sei nicht wahrscheinlich, dass der Beklagte bei Unterlassen der schädigenden Handlung durch die Klägerin die von dieser verkauften Einheiten selbst verkauft hätte.
3.3 Mit dem, was der Beklagte dagegen vorbringt, vermag er keine Bundesrechtsverletzung aufzuzeigen.
Er rügt als bundesrechtswidrig, insbesondere gegen <ref-law> und <ref-law> verstossend, "im Bereich immaterialgüterrechtlicher Schadensbestimmungen vom Schutzrechtsinhaber ein (ununterbrochenes) Konkurrenzverhältnis zum Verletzer oder (ununterbrochene) Nutzung, gar verstanden als Zwang zu Verkaufsverhandlungen im Markt, zu verlangen, wenn er seinen Schadensanspruch nicht wegen Unterbrechung des Kausalzusammenhangs grundsätzlich verwirken wolle".
Dieser Vorwurf wie auch die diesbezüglichen Ausführungen sind nicht nachvollziehbar und verfangen nicht. Die Vorinstanz verlangte nicht ein "ununterbrochenes Konkurrenzverhältnis zum Verletzer oder ununterbrochene Nutzung, gar verstanden als Zwang zu Verkaufsverhandlungen". Vielmehr ging sie von zutreffenden Anforderungen an den Schadensnachweis aus.
Der Beklagte forderte den Ersatz des entgangenen Gewinns, wobei er beantragte, den gesamten Schadensbetrag vom Handelsgericht nach Ermessen festzusetzen. Folglich hatte er darzutun, dass er in der Lage gewesen wäre, den eingeklagten Gewinn zu erzielen, wenn die Verletzung nicht stattgefunden hätte (vgl. Erwägung 3.1). Massgebende Zeitperiode war dabei diejenige nach Beendigung der Zusammenarbeit der Parteien. Es oblag dem Beklagten, alle Umstände, die für den Eintritt des Schadens - hier des entgangenen Gewinns - sprechen und dessen Abschätzung erlauben oder erleichtern, soweit möglich und zumutbar zu behaupten und zu beweisen, so dass der Eintritt des geltend gemachten Schadens nicht bloss als möglich, sondern als annähernd sicher erscheint (<ref-ruling> E. 3a S. 221 f. mit Hinweisen; Urteil 4C.468/2004 vom 27. Oktober 2005 E. 3.1). Diese Regeln hat die Vorinstanz ihrem Entscheid zu Recht zugrunde gelegt. In ihrem Schluss, es sei nicht erwiesen, dass der Beklagte in der Lage gewesen wäre, die fraglichen Umsätze bzw. Gewinne zu erzielen, liegt keine Bundesrechtsverletzung. Die Vorinstanz zog diesen Schluss in Würdigung der vom Beklagten ins Recht gelegten Offerten und dessen Vorbringen zu den Verkäufen der Klägerin. Sie traf mithin eine tatsächliche Feststellung zum fehlenden Schadenseintritt, an die das Bundesgericht im Berufungsverfahren grundsätzlich gebunden ist (Art. 63 Abs. 2 OG; <ref-ruling> E. 3b S. 223). Der Beklagte erhebt keine substantiierten Sachverhaltsrügen zum fehlenden Schadenseintritt und ist demzufolge mit seinen Einwendungen dagegen nicht zu hören (vgl. Art. 63 und 64 OG; <ref-ruling> E. 2.2; <ref-ruling> E. 2c).
Nicht zu beanstanden ist insbesondere die Ausführung der Vorinstanz, es seien keine Verkaufs- oder Marktaktivitäten des Beklagten aktenkundig, mit Ausnahme seiner verspäteten Bemühungen um die Offerte der Gruppe Rüstung. Wenn der Beklagte einwendet, als Nutzungshandlungen kämen nicht nur Verkäufe in Frage, sondern auch andere Nutzungshandlungen, so übergeht er, dass er vorgebracht hatte, zur Bestimmung des entgangenen Gewinns sei unter anderem auf die von der Klägerin erzielten Verkäufe abzustellen. Folglich durfte die Vorinstanz prüfen, ob es wahrscheinlich sei, dass der Beklagte anstelle der Klägerin die fragliche Anzahl Geräte verkauft hätte.
Auch kann keine Rede davon sein, dass die Vorinstanz einen ununterbrochenen immaterialgüterrechtlichen Nutzungszwang statuiert hätte. Sie prüfte vielmehr, ob anzunehmen sei, dass der Beklagte ohne die schädigende Handlung der Klägerin auf dem Markt aktiv geworden wäre. Dies verwarf sie jedoch in Würdigung der konkreten Umstände als höchst unwahrscheinlich, insbesondere mit Blick auf die angespannte finanzielle Situation des Beklagten, zumal dessen Z._ AG Konkurs anmelden musste. Dem Beklagten ist es nicht gelungen darzutun, dass er in der Lage gewesen wäre, den eingeklagten Gewinn zu erzielen, wenn die Verletzung nicht stattgefunden hätte.
Da die Vorinstanz den Schadenersatzanspruch für entgangenen Gewinn bereits aus diesem Grund ohne Bundesrechtsverletzung abweisen durfte, erübrigt es sich, auf die Kritik des Beklagten an den Eventualerwägungen der Vorinstanz einzugehen.
3.4 Die Berufung erweist sich dementsprechend als unbegründet und ist abzuweisen, soweit sie sich nicht in unzulässiger Weise gegen tatsächliche Feststellungen der Vorinstanz richtet und daher nicht auf sie einzutreten ist.
4. Die Klägerin richtet sich mit ihrer Anschlussberufung gegen die Zusprechung eines Marktverwirrungsschadens von Fr. 25'000.--.
4.1 Die Vorinstanz hielt zunächst fest, dass der Beklagte weder konkrete Marktentwirrungsmassnahmen geltend mache noch eine fortdauernde und messbare Ansehensminderung behaupte. Jedoch sei aus dem Begehren, den Schaden ermessensweise festzusetzen, zu folgern, dass über den konkret feststellbaren Schaden hinaus ein Anspruch geltend gemacht werde. Ein solcher sei zu bejahen, da der Beklagte aufgrund der Handlungen der Klägerin bei einem Markteintritt einen grösseren Marketingaufwand betreiben müsste, um sicherzustellen, dass die Marke und das Produkt ihm und nicht der Klägerin zugerechnet würden. Der adäquate Kausalzusammenhang zwischen dem geltend gemachten Marktverwirrungsschaden und der Handlung der Klägerin könne deshalb bejaht werden. Die Tatsache, dass die Marke ohne Massnahmen zur Marktentwirrung der Klägerin und nicht dem Beklagten zugerechnet werde, verringere den Wert der Marke und dürfte eine Veräusserung erheblich erschweren, wenn nicht gar verunmöglichen. Dieser Minderwert sei dem Beklagten zu ersetzen, wobei Fr. 25'000.-- als angemessen erschienen.
4.2 Die Klägerin wendet ein, nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge lasse der Sachverhalt des vorliegenden Falles nicht auf das Vorhandensein eines Schadens durch Marktverwirrung schliessen. Die Vorinstanz habe nämlich festgestellt, dass ein Markteintritt des Beklagten unwahrscheinlich und die Marke "Comcord" beim Publikum nicht bekannt gewesen sei. Es lasse sich daher nicht sagen, dass ein Markeninhaber, der seine Marke noch nicht gebraucht habe und auf dem Markt mit diesem Produkt gar nicht auftrete, Massnahmen zur Marktentwirrung treffen müsse. Für eine Schätzung des Schadens nach <ref-law> bestünden daher keine Anhaltspunkte. In den Akten fänden sich keine Angaben darüber, wie viel der Beklagte für eine Marktentwirrung hätte ausgeben müssen. Auf dieser Grundlage könnten dem Beklagten keine Fr. 25'000.-- zugesprochen werden. Die Klägerin habe sich jedoch schon vor der Vorinstanz bereit erklärt, sich gegen ein Urteil über eine Pauschalsumme von Fr. 5'000.-- für die vorübergehende Benützung der Marke "Comcord" nicht zur Wehr zu setzen.
4.3 Der Schaden ist vom Geschädigten grundsätzlich ziffernmässig nachzuweisen (<ref-law>). Ist das nicht möglich, ist der Schaden vom Richter "mit Rücksicht auf den gewöhnlichen Lauf der Dinge" abzuschätzen (<ref-law>). Diese Bestimmung bezieht sich sowohl auf das Vorhandensein wie auf die Höhe des Schadens. Dieser gilt als erwiesen, wenn sich genügend Anhaltspunkte ergeben, die geeignet sind, auf seinen Eintritt zu schliessen. Der Schluss muss sich mit einer gewissen Überzeugungskraft aufdrängen (<ref-ruling> E. 3.1 S. 381; <ref-ruling> E. 3a 221 f.). Im Berufungsverfahren kann das Bundesgericht insbesondere als Rechtsfrage prüfen, ob Umstände von der Art, wie sie der Geschädigte im kantonalen Verfahren vorgebracht hat, grundsätzlich geeignet sind, den Eintritt des geltend gemachten Schadens nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge als annähernd sicher erscheinen zu lassen (<ref-ruling> E. 3b S. 222 f.).
Unter den Begriff des Marktverwirrungsschadens fallen zum einen die Kosten für konkrete Marktentwirrungsmassnahmen (Rettungsaufwand), zum anderen der Minderwert des Unternehmens oder des Immaterialguts, der trotz Gegenmassnahmen verbleibt (Ansehensminderung; Carl Baudenbacher, Lauterkeitsrecht, Basel/Genf/München 2001, N. 219 ff. zu <ref-law>; Jenny, a.a.O., S. 58).
4.4 Vorliegend machte der Beklagte laut Vorinstanz weder konkrete Marktentwirrungsmassnahmen (z.B. Kosten für aufklärende Inserate) geltend noch behauptete er eine fortdauernde und messbare Ansehensminderung. Die Vorinstanz ging daher davon aus, der Schaden sei nicht konkret feststellbar, sondern ermessensweise zu schätzen. Dies ist grundsätzlich nicht zu beanstanden, kann doch der indirekte Schaden in der Regel nur geschätzt werden (Lucas David, Basler Kommentar, N. 38 zu <ref-law>; Urteil 4C.388/1997 vom 25. August 1998 E. 7b). Indem die Vorinstanz dann aber einen solchen, über den konkret feststellbaren Schaden hinausgehenden Marktverwirrungsschaden darin erblickte, dass der Beklagte aufgrund der Handlungen der Klägerin bei einem Markteintritt einen grösseren Marketingaufwand betreiben müsste, um sicherzustellen, dass die Marke und das Produkt ihm und nicht der Klägerin zugerechnet würden, widersprach sie sich selber und bejahte einen derartigen Schaden aufgrund einer reinen Hypothese ohne tatsächliche Grundlage, hielt sie doch zuvor fest, ein Markteintritt des Beklagten sei unwahrscheinlich. Die Klägerin rügt dies zu Recht. Zudem nannte die Vorinstanz keinerlei Anhaltspunkte für einen bei einem allfälligen Markteintritt zu treffenden erhöhten Marketingaufwand.
Sie sprach den ermessensweise auf Fr. 25'000.-- festgelegten Marktverwirrungsschaden deshalb zu, weil die Marke "Comcord" dadurch einen Minderwert erlitten habe, dass sie ohne Massnahmen zur Marktentwirrung der Klägerin und nicht dem Beklagten zugerechnet werde. Diesbezüglich kann jedoch in der Tat nicht nachvollzogen werden, wie nach dem gewöhnlichen Lauf der Dinge auf das Vorhandensein eines solchen Minderwerts geschlossen werden könnte. Denn nach den Feststellungen der Vorinstanz im Entscheid vom 25. Juni 2003 war die Marke "Comcord" vor der Markteinführung des Produkts der Klägerin auf dem Markt gar nicht präsent und haben die Kunden das System der Klägerin daher nicht wegen seines Markennamens "Comcord" gekauft, sondern vielmehr wegen dessen technischen Möglichkeiten und Qualitäten. Demnach ist nicht anzunehmen, dass die Marke "Comcord" auf dem Markt aufgrund der klägerischen Verkäufe, für welche die Benutzung des Markennamens gar nicht ausschlaggebend war, der Klägerin zugerechnet werde. Es fehlt mithin an Anhaltspunkten für eine Verwirrung des Marktes, welcher der Beklagte bei einem allfälligen Markteintritt durch geeignete Gegenmassnahmen begegnen müsste. Es sind keine Umstände dargelegt, die den Eintritt des geltend gemachten Marktverwirrungsschadens als annähernd sicher erscheinen liessen.
4.5 Die Anschlussberufung ist daher gutzuheissen und der geltend gemachte Ersatz eines Marktverwirrungsschadens abzuweisen. Hingegen ist dem Beklagten der von der Klägerin anerkannte Betrag von Fr. 5'000.-- für die vorübergehende Benützung der Marke "Comcord" zuzusprechen.
5. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist. Die Anschlussberufung wird gutgeheissen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird der Beklagte kosten- und entschädigungspflichtig (Art. 156 Abs. 1 und Art. 159 Abs. 2 OG). Die Sache ist sodann zur Neuverlegung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückzuweisen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Berufung wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Anschlussberufung wird gutgeheissen. Der Entscheid des Handelsgerichts des Kantons St. Gallen vom 14. Dezember 2006 wird aufgehoben und wie folgt neu gefasst:
"Die Klägerin wird verpflichtet, dem Beklagten Fr. 5'000.-- zu bezahlen. Im Übrigen werden die Widerklagebegehren Ziffer 4, 5 und 6b abgewiesen."
3. Die Sache wird zur Neuregelung der Kosten- und Entschädigungsfolgen des kantonalen Verfahrens an die Vorinstanz zurückgewiesen.
4. Die Gerichtsgebühr von Fr. 8'000.-- wird dem Beklagten auferlegt.
5. Der Beklagte hat die Klägerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 9'000.-- zu entschädigen.
6. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Handelsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 14. Mai 2007
Im Namen der I. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin: