Sachverhalt:
A. Gegenüber X._ bestätigte das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen kantonal letztinstanzlich einen bei der Staatssteuer 2006 steuerbaren Eigenmietwert von Fr. 59'100.-- (davon abziehbar Fr. 14'900.--) für ihre Landhausvilla in Jona.
B. X._ hat am 23. November 2009 Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht. Sie beantragt, das verwaltungsgerichtliche Urteil vom 15. Oktober 2009 aufzuheben und den Eigenmietwert ihrer Landhausvilla nicht zu besteuern, da diese im Jahr 2006 unbewohnt und zum Verkauf bestimmt gewesen sei. Eventuell sei die Sache zur Neubeurteilung und zur Abnahme zusätzlicher Beweise an das Verwaltungsgericht zurückzuweisen.
C. Das Kantonale Steueramt St. Gallen und das Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen schliessen auf Abweisung der Beschwerde. Die Eidgenössische Steuerverwaltung hat auf eine Stellungnahme verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Beschwerde ist zulässig (vgl. <ref-law> in Verbindung mit Art. 73 des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden [StHG, SR 642.14]).
2. 2.1 Bei der Staats- und der direkten Bundessteuer ist der Mietwert von Grundstücken bzw. Liegenschaft(steil)en steuerbar, soweit sie dem Pflichtigen aufgrund von Eigentum oder aufgrund eines unentgeltlichen Nutzungsrechts für den Eigengebrauch zur Verfügung stehen (vgl. Art. 34 Abs. 1 lit. b des Steuergesetzes des Kantons St. Gallen vom 9. April 1998 [StG, sGS 951.1]; Art. 7 Abs. 1 StHG; Art. 21 Abs. 1 lit. b des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG, SR 642.11]). Gemäss der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist der genannte Eigengebrauch dann nicht gegeben, wenn das Objekt leer steht, weil es nicht vermietet werden kann oder verkauft werden soll, aber trotz ernsthafter Bemühungen kein Käufer gefunden werden kann. Ebenfalls nicht zu besteuern ist der Eigenmietwert, wenn der Eigentümer, der aus seiner Villa weggezogen ist und sie unverzüglich veräussern will, sie bis zum Zustandekommen des Verkaufs unbewohnt lässt in der Meinung, so günstigere Bedingungen erzielen zu können. Eigengebrauch ist jedoch selbst dann anzunehmen, wenn der Eigentümer das Haus zwar nicht tatsächlich bewohnt, sich aber das Recht hiezu vorbehält, ohne es auszuüben; auch in einem solchen Fall hat er die Liegenschaft inne, weil er sie jederzeit beziehen kann (vgl. zum Ganzen u.a. BGE 72 I 223 E. 3 u. 4 S. 223 ff.; 75 I 246 E. 1 u. 2 S. 248 ff.; ASA 48 478 E. 3; siehe auch: <ref-ruling> E. 2.5.3 S. 421).
2.2 In Anwendung dieser Praxis hat das Verwaltungsgericht hier erwogen, dass sich eine Ausnahme von der Besteuerung des Eigenmietwerts nicht rechtfertige: Die Landhausvilla habe der Beschwerdeführerin im Jahr 2006 trotz der von ihr geltend gemachten Verkaufsbemühungen weiterhin zur Verfügung gestanden. Diese Bemühungen und deren Ernsthaftigkeit seien nicht genügend nachgewiesen.
Dafür hat sich die Vorinstanz auf eine Vielzahl von Indizien gestützt (vgl. E. 3.2 des angefochtenen Urteils), u.a auf die Aussagen der Beschwerdeführerin selber, wie sie anlässlich eines am 9. Mai 2008 mit dem zuständigen Steuerkommissär geführten Telefongesprächs gemacht und vom Beamten in einer Notiz vom gleichen Tag festgehalten wurden. Aus der Notiz geht hervor, die Pflichtige "rede sehr engagiert gegen den Wohnsitz in Jona". Die Landhausvilla sei nicht bewohnt und nur noch zu Verkaufszwecken teilweise möbliert; ein Makler, der ein Freund sei, sei mit der Veräusserung beauftragt worden und habe die Liegenschaft im Internet ausgeschrieben; die Villa sei schon mehreren Interessenten gezeigt worden, allerdings ohne Erfolg. Gleichzeitig lassen die aufgezeichneten Aussagen deutlich werden, dass verschiedene Aspekte nicht nur der Vertragsbeziehung zum Makler, sondern auch des gesamten Vorgehens beim Verkauf der Villa auf eher ungewöhnliche und kaum besonders professionell wirkende Weise gehandhabt wurden, u.a. unter Vernachlässigung mehrerer für Objekte der gehobenen Preiskategorie als üblich bzw. notwendig geltenden Dienstleistungen (z. B. nicht einmal Fotos im Internet, geschweige denn eine spezifische Verkaufsbroschüre). Das steht im Einklang mit einigen sonst noch wiedergegebenen Aussagen: Gegenüber möglichen Kaufinteressenten des Maklers werde die Villa nur nebenbei erwähnt, da es der Beschwerdeführerin und deren Lebenspartner insbesondere darum gehe, eine andere Villa zu verkaufen, welche dem Partner gehöre. Die Landhausvilla in Jona werde nur gegen einen angemessenen Preis verkauft und sei auch eine gute Kapitalanlage; die Beschwerdeführerin habe die liquiden Mittel auch nicht nötig; zudem möchte später die Tochter oder sie selber wieder dort wohnen; die Tochter rate ihr zwar davon ab, aber sie möchte allenfalls nochmals für einige Jahre nach Jona zurückkommen.
Nur schon aufgrund dieser in der Telefonnotiz festgehaltenen Aussagen hat das Verwaltungsgericht der Beschwerdeführerin die Ausnahme von der Besteuerung des Eigenmietwertes zu Recht verweigert. Von der Steuererhebung kann nur bei einer eindeutigen, professionell umgesetzten und klar belegten sowie konkretisierten Verkaufsabsicht abgesehen werden. Diese Erfordernisse sind hier nicht erfüllt. Die Vorinstanz hat annehmen dürfen, dass der Verkauf des Objekts nur halbherzig angegangen wurde und es der Beschwerdeführerin darum ging, die Besteuerung des Eigenmietwerts zu vermeiden, sich aber gleichzeitig sämtliche Optionen offen zu halten. Das kann den strengen Anforderungen der Rechtsprechung nicht genügen.
Die in der Telefonnotiz aufgezeichneten Aussagen können auch deshalb als massgeblich eingestuft werden, weil sie - soweit von Belang - von der Beschwerdeführerin nicht bestritten werden. Diese bezeichnet die Gesprächsaufzeichnung zwar als widersprüchlich und beanstandet einzelne Schlüsse, die das Verwaltungsgericht aus der Notiz gezogen hat (vgl. insb. Ziff. 22 der Beschwerdeschrift vor Bundesgericht). Gegen die hier wiedergegebenen und als wesentlich einzustufenden Aussagen (bzw. deren wahrheitsgetreue Aufzeichnung) wird indessen nichts vorgebracht, so dass sie als unbestritten zu gelten haben. Sie können tatsächlich als widersprüchlich gewertet werden, oder aber - wie die Vorinstanz das getan hat - als Ausdruck nur halbherziger Verkaufsbemühungen unter Offenhaltung sämtlicher Optionen.
2.3 Auch sonst vermag die Beschwerdeführerin nichts gegen das angefochtene Urteil einzuwenden, was ein anderes Ergebnis rechtfertigen würde.
Insbesondere muss nicht mehr speziell auf die von der Vorinstanz angeführten zusätzlichen Indizien eingegangen werden. Sie bestätigen nur noch weiter das Bild, das sich aus den unbestritten gebliebenen Aussagen der Beschwerdeführerin selber ergibt. Wenn das Verwaltungsgericht daraus gesamthaft den Schluss gezogen hat, dass die Liegenschaft der Beschwerdeführerin während der ganzen Steuerperiode 2006 für ihren Eigengebrauch zur Verfügung stand, so verstösst diese Auffassung selbst bei der hier gebotenen freien Überprüfung nicht gegen Bundesrecht (vgl. zum fehlenden Spielraum des kantonalen Gesetzgebers u.a. ASA 78 690 E. 1.3; StE 2009 B 44.13.5 Nr. 9 E. 2.1). Der so besteuerte Eigenmietwert stellt kein bloss fiktives Einkommen dar (siehe dazu z.B. ASA 63 155 E. 2a).
Es erübrigt sich auch eine nähere Auseinandersetzung mit der an sich zu engen Aussage des Verwaltungsgerichts, dass nur objektive, nicht aber subjektive Gründe für eine beschränkte Benützung beachtlich seien (vgl. E. 3.1 des angefochtenen Urteils). Im Rahmen der notwendigen Gesamtwürdigung aller Einzelaspekte hat die Vorinstanz den relevanten subjektiven Aspekten im Ergebnis genügend Rechnung getragen.
Ebenso hat ohne Verweigerung des rechtlichen Gehörs auf die Einvernahme insbesondere des Lebenspartners und des Maklers als Zeugen verzichtet werden können; diese Drittpersonen haben sich schriftlich ausgiebig zum Sachverhalt äussern können. Die Vorinstanz durfte daher ohne weiteres in sog. antizipierter Beweiswürdigung (vgl. <ref-ruling> E. 5.3 S. 148; <ref-ruling> E. 3 S. 157) auf die Abnahme der offerierten Beweismittel verzichten, genauso wie auf ein Verkehrswertgutachten. Die Vorinstanz nimmt im angefochtenen Urteil zu den angeführten Punkten ausführlich Stellung und würdigt sie differenziert. Diese Beweiswürdigung ist nicht schon deshalb willkürlich, weil sie zu einem anderen Ergebnis gelangt ist als das von der Beschwerdeführerin angestrebte. Gleichzeitig erweist sich der Vorwurf einer offensichtlich unrichtigen Sachverhaltsfeststellung (vgl. <ref-law>) als unbegründet.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde hinsichtlich des Haupt- und des Eventualantrags abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens wird die Beschwerdeführerin kostenpflichtig (vgl. Art. 65 f. BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt St. Gallen, dem Verwaltungsgericht des Kantons St. Gallen und der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 23. April 2010
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
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