Sachverhalt:
A. Das Grundstück Nr. 3652, Grundbuch G._, befindet sich in der Wohnzone und ist mit einem vom Eigentümer K._ selbst bewohnten Einfamilienhaus überbaut. Im Westen davon, getrennt durch eine Bahnlinie, liegen die Grundstücke Nrn. 5301 und 5760. Sie gehören zur Gewerbe-Industriezone und dienen mit ihren Gebäuden und Plätzen seit 1976 als Betriebsgelände der einstigen A._ AG, die aus der Kommanditgesellschaft "A._" hervorging, zur Hauptsache den Handel mit Altmetallen und deren Verwertung bezweckte und 1995 ihre Firma in "B._ AG" änderte. Heute ist als deren Hauptzweck "Handel mit, Transport, Lagerung und Aufbereitung von Altmetallen, Altglas und Gütern aller Art sowie Abbruch von Anlagen und Betrieb von Regionallagern mit Altglas" im Handelsregister eingetragen. Altglas wurde in G._ bisher noch nie umgeschlagen oder verarbeitet.
B. Im Zusammenhang mit einem Baubewilligungsverfahren anerkannte die Eigentümerin der Gewerbe-Industriegrundstücke Nrn. 5301 und 5760 vertraglich "eine Immissionsbeschränkung (<ref-law>) als Grunddienstbarkeit" zu Gunsten der jeweiligen Eigentümer der Wohnliegenschaften Nrn. 3652, 3654 und 3655. Die Verpflichtungen, die die jeweiligen Eigentümer der belasteten Grundstücke zur Beschränkung der Lärmemissionen durch den Recycling-Betrieb übernahmen, sind im Grunddienstbarkeitsvertrag vom 7. Mai 1981 unter anderem näher umschrieben, wie folgt:
1. Die jeweiligen Eigentümer der belasteten Grundstücke verpflichten sich, ausserhalb der Gebäude auf ihren Grundstücken keine störenden Arbeiten auszuführen und auch keine visuell störenden Materialien irgendwelcher Art zu lagern.
2. Das Beladen und Entladen von Eisenbahnwagen und Transportfahrzeugen jeglicher Art darf nur in geschlossenen Hallen vorgenommen werden.
3. ... [Verpflichtungen betreffend Tore eines Gebäudes, die heute nicht mehr bestehen.] ...
4. Die jeweiligen Eigentümer der Grundstücke Nr. 5301 und Nr. 5760 verpflichten sich, dafür zu sorgen, dass die auf die Grundstücke Nr. 3652, 3654 und 3655 eindringenden Immissionen die für diese Zone geltenden, gesetzlich festgelegten Grenzrichtwerte, zu keinem Zeitpunkt überschritten werden. ... [örtliche Bestimmung der Messpunkte] ...
Die Eintragung der Dienstbarkeit im Grundbuch erfolgte am 21. August 1981 mit dem Stichwort "Immissionsbeschränkung". In den Jahren danach wurden weiterhin betriebliche Immissionen beklagt und wurde verschiedentlich die Einhaltung der Grunddienstbarkeit angemahnt.
C. K._ erhob am 6. Dezember 2005 / 3. Februar 2006 Klage gegen die B._ AG und stellte gestützt auf die im Grundbuch eingetragene "Immissionsbeschränkung" verschiedene Unterlassungsbegehren (Ziff. 1a-c und Ziff. 2) unter Strafandrohung im Widerhandlungsfall (Ziff. 3). Die B._ AG schloss auf Abweisung der Klage. Das Kreisgericht P._ hiess die Klage teilweise gut. Im Berufungsverfahren beider Parteien erliess das Kantonsgericht St. Gallen neu folgenden Entscheid:
1. Auf das klägerische Rechtsbegehren Ziff. 1 wird, soweit es sich auf Glas bezieht, nicht eingetreten.
2. Das klägerische Rechtsbegehren Ziff. 2 (Tor Nordost-Ecke) wird abgewiesen.
3. Der Beklagten wird gerichtlich verboten, die folgenden Verrichtungen auf ihrem Betriebsgelände (Grundstücke Nr. 5301 und 5760 GB G._) im Freien zu tätigen:
a) Beladen, Entladen und Umladen von Metallteilen in bzw. aus Behältnissen aller Art (Mulden, Container etc.), welche dem Transport dienen, sowie Teilverrichtungen dieser Vorgänge;
b) Beladen, Entladen und Umladen von Metallteilen in bzw. aus Fahrzeugen aller Art (Eisenbahnwagen, Strassenfahrzeuge etc.) sowie Teilverrichtungen dieser Vorgänge;
c) Umschichten und Umschlagen von Metallteilen mit Betriebsvorrichtungen aller Art (Greifkran, Stapler etc.).
4. Für den Fall der Widerhandlung gegen die Anordnungen gemäss vorstehender Ziff. 3 wird den Organen der Beklagten die Bestrafung mit Busse gemäss <ref-law> oder <ref-law> angedroht.
Das Kantonsgericht regelte ferner die Kosten- und Entschädigungsfolgen des erst- und zweitinstanzlichen Verfahrens (Ziff. 5-7 des Entscheids vom 15. April 2008).
D. Auf Nichtigkeitsbeschwerde der B._ AG hin hob das Kassationsgericht des Kantons St. Gallen die Ziff. 3c und die Ziff. 5-7 des kantonsgerichtlichen Entscheids auf und wies die Sache zur Neubeurteilung im Sinne der Erwägungen an die Vorinstanz zurück. Willkür und eine Verletzung der Begründungspflicht erblickte das Kassationsgericht in der tatsächlichen Annahme, dass die Emissionen im Zusammenhang mit dem Umschichten und Umschlagen von Metallteilen mit Greifkran oder Stapler ausserhalb der Gebäude vergleichbar mit den nach Ziff. 2 des Grunddienstbarkeitsvertrags konkret verbotenen Belade- und Entladevorgängen im Freien seien. Diese Annahme sei weder begründet noch belegt worden, obwohl K._ im Berufungsverfahren zur hier interessierenden Ziff. 1c seines Rechtsbegehrens ausdrücklich einen Augenschein mit Demonstration der zu verbietenden Verrichtungen vor Ort als Beweis angeboten habe. Das Kassationsgericht überliess es der Vorinstanz, nach dem Grundsatz der freien Beweiswürdigung und dem Beweisrecht zu entscheiden, welche Beweiserhebungen sie gestützt auf die erfolgten Beweisanträge und vorhandenen Beweismittel durchführe und in welcher Weise (E. III/2 S. 7 ff. des Entscheids vom 17. Dezember 2008).
E. Dem Bundesgericht beantragt die B._ AG (hiernach: Beschwerdeführerin), Ziff. 3 bis 7 des kantonsgerichtlichen Entscheids aufzuheben und die Ziff. 1 und Ziff. 3 der Klagebegehren abzuweisen. Sie ersucht um aufschiebende Wirkung. Während das Kantonsgericht auf eine Stellungnahme verzichtet hat, schliesst K._ (fortan: Beschwerdegegner) auf Abweisung des Gesuchs. Die Präsidentin der II. zivilrechtlichen Abteilung hat der Beschwerde die aufschiebende Wirkung im Sinne der Erwägungen zuerkannt (Verfügung vom 2. April 2009). In der Sache sind die kantonalen Akten, hingegen keine Vernehmlassungen eingeholt worden.

Erwägungen:
1. Die Beschwerdeführerin ficht den Entscheid über die Dienstbarkeitsklage des Beschwerdegegners an. Ihre Beschwerde betrifft eine Zivilsache (<ref-law>) in einer vermögensrechtlichen Angelegenheit mit dem gesetzlich geforderten Mindeststreitwert (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1c/cc S. 492 f.). Die Beschwerdeführerin hat den Entscheid des Kassationsgerichts abgewartet, innert Frist (<ref-law>) dann aber nur den Entscheid des Kantonsgerichts angefochten. Dessen Anfechtung ist zulässig, soweit die Beschwerdeführerin Rügen vorbringt, die das Kassationsgericht nicht hat prüfen können oder mit engerer Kognition geprüft hat, als sie dem Bundesgericht im vorliegenden Verfahren zusteht (vgl. <ref-ruling> E. 1.1 S. 128). Von daher gesehen kann auf die Beschwerde eingetreten werden. Zu prüfen bleibt, ob ein anfechtbarer Entscheid im Sinne der <ref-law> vorliegt.
2. Streitig ist, ob und in welchem Umfang die eingeklagten Tätigkeiten von der Grunddienstbarkeit "Immissionsbeschränkung" erfasst werden und deshalb verboten sind. Über mehrere Unterlassungsbegehren ist kantonal letztinstanzlich entschieden worden, eines davon aber unbeurteilt geblieben. Nach Rückweisung durch das Kassationsgericht wird das Kantonsgericht über das Begehren des Beschwerdegegners, der Beschwerdeführerin das Umschichten und Umschlagen von Metallteilen mit Betriebsvorrichtungen aller Art (Greifkran, Stapler etc.) im Freien zu verbieten (Ziff. 1c der Rechtsbegehren), erst noch entscheiden müssen. Da der angefochtene Entscheid das Verfahren insoweit nicht abschliesst, ist er kein Endentscheid im Sinne von <ref-law> (vgl. zum Begriff: <ref-ruling> E. 3.1 S. 86; <ref-ruling> E. 1.1 S. 428).
3. Gemäss <ref-law> mit der Marginalie "Teilentscheide" ist die Beschwerde zulässig gegen einen Entscheid, der (a.) nur einen Teil der gestellten Begehren behandelt, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können, oder (b.) das Verfahren nur für einen Teil der Streitgenossen und Streitgenossinnen abschliesst. Da Streitgenossenschaft nicht in Frage steht, unterliegen die in Ziff. 3a und Ziff. 3b des angefochtenen Entscheids beurteilten Ziff. 1a und Ziff. 1b der Unterlassungsbegehren dann der Beschwerde, wenn sie unabhängig vom noch nicht entschiedenen Unterlassungsbegehren gemäss Ziff. 1c beurteilt werden können.
3.1 Ein Teilentscheid ist eine Variante des Endentscheids. Mit ihm wird über eines oder einige von mehreren Rechtsbegehren (objektive oder subjektive Klagenhäufung) abschliessend befunden. Es handelt sich dabei nicht um verschiedene materiellrechtliche Teilfragen eines Rechtsbegehrens, sondern um verschiedene Rechtsbegehren. Ein Entscheid, der nur einen Teil der gestellten Begehren behandelt, ist jedoch nur dann ein vor Bundesgericht anfechtbarer Teilentscheid, wenn diese Begehren unabhängig von den anderen beurteilt werden können (<ref-law>; vgl. <ref-ruling> E. 1.2.1 S. 217 mit Hinweisen).
3.2 Unabhängigkeit im Sinne von <ref-law> ist zum einen so zu verstehen, dass die gehäuften Begehren auch Gegenstand eines eigenen Prozesses hätten bilden können. Zum anderen erfordert die Unabhängigkeit, dass der angefochtene Entscheid einen Teil des gesamten Prozessgegenstands abschliessend beurteilt, so dass keine Gefahr besteht, dass das Schlussurteil über den verbliebenen Prozessgegenstand im Widerspruch zum bereits rechtskräftig ausgefällten Teilurteil steht (vgl. <ref-ruling> E. 1.2.2 und E. 1.2.3 S. 217 f. mit Hinweisen).
3.3 Die Voraussetzung der Unabhängigkeit im Sinne von <ref-law> ist hier nicht erfüllt. Sämtliche Unterlassungsbegehren stützen sich auf die im Grundbuch als "Immissionsbeschränkung" eingetragene Grunddienstbarkeit bzw. den ihr zugrunde liegenden Vertrag. Die Beschwerdeführerin verdeutlicht, dass es bei der Beurteilung aller drei Unterlassungsbegehren einheitlich um die Fragen geht, welche Tätigkeiten im Freien von der Grunddienstbarkeit erfasst werden und verboten sind (S. 11 ff. Ziff. 1 und 2) und wie der Dienstbarkeitsvertrag und dabei insbesondere der Begriff der Immissionsbeschränkung auszulegen ist (S. 14 ff. Ziff. 3-5 der Beschwerdeschrift). Die sofortige Entscheidung über zwei von drei Unterlassungsbegehren birgt damit die Gefahr in sich, dass der dereinst verfahrensabschliessende Entscheid über das noch nicht beurteilte dritte Unterlassungsbegehren in Widerspruch zu den hier vorweg zur Beurteilung angetragenen Teilentscheiden über die beiden anderen Unterlassungsbegehren geraten könnte, stellen sich für alle drei Unterlassungsbegehren doch die gleichen Fragen, die auch gleich entschieden werden müssen. Bei den Ziff. 3a und 3b des kantonsgerichtlichen Entscheids kann man nicht von Teilentscheiden im Sinne von <ref-law> sprechen, weil diese Begehren nicht unabhängig von Ziff. 3c beurteilt werden können. Den abweichenden Lehrmeinungen zur Voraussetzung der Unabhängigkeit gemäss <ref-law>, auf die sich die Beschwerdeführerin beruft (S. 3 f. Ziff. 4c der Beschwerdeschrift), ist das Bundesgericht nicht gefolgt (E. 3.2 soeben).
4. Die Beschwerdeführerin macht geltend, die Beschwerde sei auch unter dem Blickwinkel von <ref-law> zulässig (S. 4 f. Ziff. 4d der Beschwerdeschrift).
4.1 Liegt nach dem Gesagten (E. 3) kein anfechtbarer Teilentscheid vor, ist zu prüfen, ob die Voraussetzungen einer sofortigen Anfechtung im Sinne von <ref-law> erfüllt sind, was die Beschwerdeführerin aufzuzeigen hat (vgl. BGE <ref-ruling> E. 1.2 S. 429).
4.2 Die Beschwerdeführerin beruft sich auf <ref-law>, wonach die Beschwerde zulässig ist, wenn die Gutheissung der Beschwerde sofort einen Endentscheid herbeiführen und damit einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen würde. Mehr als den Wortlaut der Bestimmung wiederholt die Beschwerdeführerin indessen nicht. Sie erfüllt damit die formellen Anforderungen an die Begründung nicht (<ref-law>; <ref-ruling> E. 2.4.2 S. 633; <ref-ruling> E. 1.3.3 S. 141). Davon abgesehen ist aber auch nicht ersichtlich, inwiefern ein sofortiger Entscheid des Bundesgerichts einen bedeutenden Aufwand an Zeit oder Kosten für ein weitläufiges Beweisverfahren ersparen könnte. Wie die Beschwerdeführerin hervorhebt, liegt ein Gutachten betreffend Lärmimmissionen bereits im Recht (S. 23 Ziff. 4.3b/ii der Beschwerdeschrift). Dem Entscheid des Kassationsgerichts (E. III/2 S. 8) kann zudem entnommen werden, dass der beweispflichtige Beschwerdegegner dem Kantonsgericht einen Augenschein mit Demonstration der zu verbietenden Verrichtungen vor Ort als Beweismittel angeboten hat. Mit Blick darauf kann weder von einem zeitaufwändigen oder kostenträchtigen noch von einem weitläufigen Beweisverfahren ausgegangen werden (vgl. MESSMER/IMBODEN, Die eidgenössischen Rechtsmittel in Zivilsachen, Zürich 1992, S. 101 Anm. 29 mit Hinweisen).
4.3 Die Voraussetzungen für eine sofortige Anfechtung im Sinne von <ref-law> können - jedenfalls auf Grund der Vorbringen der Beschwerdeführerin - nicht als erfüllt betrachtet werden.
5. Aus den dargelegten Gründen kann auf die Beschwerde mangels anfechtbaren Entscheids nicht eingetreten werden. Die Beschwerdeführerin wird damit kostenpflichtig (<ref-law>). Eine Parteientschädigung ist nicht geschuldet, da keine Beschwerdeantworten eingeholt wurden und der Beschwerdegegner mit seinem Antrag betreffend die aufschiebende Wirkung unterlegen ist (vgl. <ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Auf die Beschwerde wird nicht eingetreten.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 5'000.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4. Dieses Urteil wird den Parteien sowie dem Kantonsgericht St. Gallen, I. Zivilkammer, und dem Kassationsgericht des Kantons St. Gallen schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 15. Mai 2009
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl von Roten