Faits:
A. Les époux A.X._ et B.X._ exercent tous deux la profession d'employés de banque à Genève. Dans leur déclaration fiscale 2005, ils ont porté en déduction, au chapitre des autres déductions sur le revenu (code 59.30), un montant de 3'640 fr. pour l'activité professionnelle du conjoint.
Le 26 février 2007, l'Administration fiscale cantonale genevoise (ci-après: l'Administration fiscale cantonale) a notifié aux contribuables le bordereau de l'impôt cantonal et communal 2005. Elle a refusé la défalcation du montant de 3'640 fr. pour le travail du conjoint mais a ajouté cette somme au montant déterminant le rabais d'impôt, qui s'en est trouvé accru d'autant. Suite à la réclamation des époux X._ du 20 mars 2007, l'Administration fiscale cantonale, par décision du 30 avril 2007, a maintenu la taxation litigieuse.
B. Par acte du 8 mai 2007, les contribuables ont interjeté recours auprès de la Commission cantonale de recours en matière d'impôts du canton de Genève, devenue depuis le 1er janvier 2009 la Commission cantonale de recours en matière administrative (ci-après: la Commission cantonale de recours). Statuant par décision du 4 mars 2009, celle-ci a admis le recours. Faisant sienne l'argumentation des contribuables, elle a considéré que la prise en compte du montant de 3'640 fr. pour le travail du conjoint ne devait pas intervenir dans la fixation du rabais d'impôt, comme le prévoyait le droit cantonal, mais devait venir en déduction du revenu, conformément à l'art. 9 al. 2 let. k de la loi fédérale du 14 décembre 1990 sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes (LHID; loi sur l'harmonisation fiscale; RS 642.14). Se fondant sur le principe de la force dérogatoire du droit fédéral, elle a retenu que le montant de 3'640 fr. pouvait être directement admis en déduction du revenu des contribuables.
C. Saisi d'un recours dirigé par l'Administration fiscale cantonale contre la décision de la Commission cantonale de recours du 4 mars 2009, le Tribunal administratif du canton de Genève (ci-après: le Tribunal administratif) l'a partiellement admis, par arrêt du 16 février 2010. Il a annulé la décision attaquée dans la mesure où elle prévoyait la déduction de la somme de 3'640 fr. du revenu des contribuables et a renvoyé le dossier à l'Administration fiscale cantonale pour nouvelle taxation. Le Tribunal administratif a retenu, en substance, qu'il résultait des travaux préparatoires de la loi sur l'harmonisation fiscale que la déduction prévue par l'art. 9 al. 2 let. k LHID devait s'appliquer au revenu ou au taux de l'impôt, mais pas au montant de l'impôt lui-même, que la réglementation des déductions sur le revenu au sens de l'art. 9 LHID présentait un caractère exhaustif et obligatoire pour les cantons, que la compétence de ceux-ci en matière de déduction pour double activité des conjoints était limitée au montant de la déduction, que le système genevois du rabais d'impôt en vigueur en 2005 n'était pas compatible avec l'art. 9 al. 2 let. k LHID et qu'il avait d'ailleurs été abandonné au profit de la méthode de la déduction sur le revenu dans la nouvelle loi cantonale entrée en vigueur le 1er janvier 2010. Pour le surplus, le Tribunal administratif a considéré que la Commission cantonale de recours ne pouvait pas se substituer au législateur cantonal en fixant elle-même le montant de la déduction pour travail du conjoint. En effet, l'application du droit fédéral en lieu et place du droit cantonal au sens de l'art. 72 al. 2 LHID n'était possible qu'à la condition que la loi sur l'harmonisation fiscale contienne une réglementation suffisamment précise pour lier directement l'autorité chargée d'appliquer la loi, que tel n'était pas le cas en l'espèce dès lors que l'art. 9 al. 2 let. k LHID prévoyait un renvoi au droit cantonal, chargé de déterminer le montant de la déduction, et qu'il appartenait au Conseil d'Etat genevois d'adopter, conformément à l'art. 72 al. 3 LHID, les mesures requises par la mise en oeuvre de la déduction pour double activité des conjoints.
D. Agissant par la voie du recours en matière de droit public, l'Administration fiscale cantonale demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du Tribunal administratif du 16 février 2010 et de confirmer sa décision de taxation du 30 avril 2007. Elle fait valoir que le système genevois du rabais d'impôt est conforme à la loi sur l'harmonisation fiscale.
Le Tribunal administratif persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Les intimés concluent, sous suite de dépens, au rejet du recours et à la confirmation de l'arrêt entrepris. La Commission cantonale de recours renonce à déposer des observations. L'Administration fédérale des contributions s'en rapporte à justice quant à la conformité du droit cantonal applicable avec l'art. 9 al. 2 let. k LHID.

Considérant en droit:
1. 1.1 En vertu de l'art. 89 al. 2 let. d LTF en relation avec l'art. 73 al. 1 et 2 LHID, l'Administration fiscale cantonale a qualité pour contester par la voie du recours en matière de droit public une décision portant sur une matière réglée dans les titres 2 à 5 et 6, chapitre 1 de cette dernière loi. Peu importe à cet égard qu'il s'agisse d'une matière réglée exhaustivement par la loi fédérale sur l'harmonisation ou d'un domaine dans lequel les cantons bénéficient d'une certaine marge de manoeuvre (<ref-ruling> consid. 2 p. 128 ss, 186 consid. 1.4 p. 189 s.)
En l'occurrence, le litige porte sur la conformité de la législation cantonale genevoise en matière de déduction pour double activité des conjoints avec l'art. 9 al. 2 let. k. LHID. Cette disposition fait partie du titre 2 de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale, de sorte que l'Administration fiscale cantonale a qualité pour recourir.
1.2 S'agissant des motifs de recours, l'Administration fiscale peut dénoncer la violation des droits constitutionnels, dont en particulier, comme elle le fait implicitement en l'espèce, l'interdiction de l'arbitraire ancrée à l'art. 9 Cst. (<ref-ruling> consid. 3 p. 131 ss).
1.3 La recourante prend des conclusions qui ne sont pas purement cassatoires, puisqu'elle demande la confirmation de sa décision de taxation du 30 avril 2007. De telles conclusions sont recevables, l'article 107 al. 2 LTF l'emportant sur l'art. 73 al. 3 LHID (<ref-ruling> consid. 1.5 p. 190 ss).
1.4 Au surplus, le recours est dirigé contre un arrêt de renvoi (cf. art. 93 LTF LTF) rendu par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (cf. art. 86 al. 1 let. d et al. 2 LTF), qui ordonne à l'Administration fiscale cantonale de procéder à une nouvelle taxation sans lui laisser de marge de manoeuvre. L'arrêt attaqué doit donc être considéré comme s'il s'agissait d'une décision finale (<ref-ruling> consid. 1.3 p. 127). En outre, la jurisprudence a admis que l'autorité qui voit sa décision initiale annulée et doit statuer à nouveau encourt un risque de préjudice irréparable au sens de l'art. 93 al. 1 let. a LTF lorsque le jugement incident lui donne des instructions, qu'elle entend contester, sur la manière de statuer sur certains aspects du rapport juridique litigieux. En effet, l'autorité ne pourra plus recourir contre sa propre décision après avoir suivi les instructions du jugement de renvoi avec lesquelles elle n'est pas d'accord. Elle doit donc pouvoir recourir immédiatement contre ce jugement (<ref-ruling> consid. 5.2 p. 483; arrêt 8C_89/2010 du 4 octobre 2010, consid. 4.1). Tel est le cas en l'espèce de sorte que le recours en matière de droit public est en principe recevable, puisqu'il a été déposé dans le délai et la forme prévus par la loi (cf. art. 42 et 100 al. 1 LTF) et que l'on ne se trouve pas dans l'un des cas d'exceptions mentionnés par l'art. 83 LTF (s'agissant par ailleurs de la portée de l'art. 73 al. 1 LHID en relation avec la loi sur le Tribunal fédéral, cf. <ref-ruling> consid. 1.3 p. 189).
1.5 D'après l'art. 106 al. 1 LTF, le Tribunal fédéral applique le droit d'office. Il examine en principe librement l'application du droit fédéral ainsi que la conformité du droit cantonal harmonisé et de son application par les instances cantonales aux dispositions de la loi fédérale sur l'harmonisation fiscale. Selon l'art. 106 al. 2 LTF, en revanche, le Tribunal fédéral n'examine la violation de dispositions de droit cantonal que si ces griefs ont été soulevés et motivés. Il en va de même lorsque les dispositions de la loi sur l'harmonisation fiscale laissent une certaine marge de manoeuvre aux cantons, l'examen de l'interprétation du droit cantonal étant alors limité à l'arbitraire (<ref-ruling> consid. 2 p. 209 s.).
2. 2.1 A teneur de l'art. 9 al. 1 LHID, les dépenses nécessaires à l'acquisition du revenu et les déductions générales sont défalquées de l'ensemble des revenus imposables. Selon la jurisprudence, cette définition des dépenses d'acquisition du revenu est claire, en dépit de son caractère général, et s'impose aux cantons (<ref-ruling> consid. 2.2 p. 290; <ref-ruling> consid. 4b p. 71 s.). Les déductions générales autorisées sont définies aux lettres a à k de l'alinéa 2 de cette disposition. L'alinéa 4 ne réserve le droit cantonal que pour les déductions pour enfants et autres déductions sociales.
L'art. 9 al. 2 let. k LHID prévoit une réduction sur le produit du travail qu'obtient l'un des conjoints lorsque son activité est indépendante de la profession, du commerce ou de l'entreprise de l'autre, jusqu'à concurrence d'un montant déterminé par le droit cantonal; une déduction analogue est accordée lorsque l'un des conjoints seconde l'autre de manière importante dans sa profession, son commerce ou son entreprise. Cette déduction est communément désignée par l'expression "déduction pour double activité des conjoints".
2.2 En droit cantonal genevois, la loi sur l'imposition des personnes physiques, votée par le Grand Conseil le 12 juin 2009 et acceptée en votation populaire le 27 septembre 2009 (LIPP; RSGE D 3 08) prévoit à son article 36 une déduction forfaitaire sur le produit du travail le plus bas qu'obtient l'un des conjoints exerçant tous deux une activité lucrative. Cette loi a remplacé au 1er janvier 2010 la loi du 22 septembre 2000 sur l'imposition des personnes physiques - Détermination du revenu net - Calcul de l'impôt et rabais d'impôt - Compensation de la progression à froid (LIPP-V; RSGE 3 16). C'est donc la LIPP-V qui est applicable au présent litige, qui concerne l'impôt cantonal et communal 2005.
Le projet de loi présenté le 21 mars 2000 par le Conseil d'Etat genevois prévoyait lui aussi une déduction sur le produit du travail de l'un des conjoints. A l'issue des débats parlementaires, le législatif cantonal a cependant préféré au système de la déduction sur le revenu celui du rabais d'impôt, également appelé crédit d'impôt, prévoyant une réduction non pas sur le revenu mais sur l'impôt lui-même. Ce mécanisme comportait une composante sociale en ce sens qu'il conférait au contribuable un avantage constant, à l'inverse de celui de la déduction du revenu, qui procurait un avantage croissant en fonction de l'augmentation du revenu imposable, compte tenu de la progressivité du taux d'impôt.
Le rabais d'impôt a été concrétisé à l'art. 14 LIPP-V, qui définit les quatre rubriques conditionnant son calcul; le montant déterminant de base (al. 1), le rabais additionnel pour les rentiers AVS/AI (al. 2), les charges de famille (al. 3) et les frais de garde (al. 4). A teneur de l'art. 14 al. 1 let. a, 1ère phrase LIPP-V, le rabais d'impôt comprend un montant déterminant de base pour chacun des époux vivant en ménage commun. Selon la deuxième phrase de cette disposition, le montant en question est augmenté de 3'640 fr. (montant en vigueur en 2005 pour les contribuables dont les revenus bruts du couple dépassaient 52'000 fr.) pour les époux vivant en ménage commun et exerçant tous deux une activité lucrative.
3. Le présent litige porte donc sur la compatibilité de l'art. 14 al. 1 let. a 2e phrase LIPP-V avec les exigences de l'art. 9 LHID et doit être résolu au regard du principe de la primauté du droit fédéral au sens de l'art. 49 al. 1 Cst. Selon cette disposition constitutionnelle, le droit fédéral prime le droit cantonal qui lui est contraire. Il en découle qu'en matière de droit public, dans les domaines que le législateur fédéral n'a pas entendu régler de façon exhaustive, les cantons n'ont la compétence d'édicter que des dispositions dont les buts et les moyens convergent avec ceux que prévoit le droit fédéral. Le principe de la primauté du droit fédéral fait en revanche obstacle à l'adoption ou à l'application de règles cantonales qui éludent les prescriptions du droit fédéral ou qui en contredisent le sens ou l'esprit, notamment par leur but ou par les moyens qu'elles mettent en oeuvre, ou encore qui empiètent sur des matières que le législateur fédéral a réglementées de façon complète. L'exhaustivité de la législation fédérale constitue donc le critère principal pour déterminer l'existence d'un conflit avec une règle cantonale (<ref-ruling> consid. 2.1 p. 108; <ref-ruling> consid. 3.2 p. 396; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 283).
3.1 La recourante, se fondant principalement sur l'opinion de Xavier Oberson (Droit fiscal suisse, 3e éd., Bâle 2007, p. 165 ch. 321 s.), fait valoir que le système de crédit d'impôt, bien que non expressément prévu par le LHID, est, quant à son principe, conforme à cette loi. En effet, comme il s'applique de manière uniforme à tous les contribuables imposés selon un barème déterminé, il ne constitue en réalité qu'un élément de ce barème et revient à exonérer de l'impôt un certain montant. Selon cette conception, le rabais d'impôt constitue une méthode permettant d'assurer la non-imposition d'un minimum vital. En outre, dans la mesure où il vient remplacer certaines déductions sociales, qui demeurent de la compétence des cantons en application de l'art. 1 al. 3 LHID, ceux-ci sont libres d'en fixer les modalités de calcul. Elle souligne également que la déduction sur le produit du travail des conjoints est, de par sa nature, plus apparentée à une déduction sociale. N'étant pas liée à des dépenses d'emploi du revenu, elle se distingue des autres déductions prévues à l'art. 9 al. 2 LHID qui visent des frais effectifs encourus par le contribuable. Compte tenu du caractère social de cette déduction, le canton de Genève pouvait l'aménager à sa guise, en particulier par le biais du système du rabais d'impôt. Enfin, il ressort de la genèse de la loi sur l'harmonisation que le législateur fédéral a laissé le choix aux cantons entre la déduction sur le revenu ou une déduction par le biais du taux d'imposition.
3.2 Selon la jurisprudence, il ressort tant de la lettre de l'art. 9 al. 2 LHID que des travaux préparatoires liés à cette disposition, d'une part, que les déductions autorisées sur le revenu sont réglées exhaustivement par le droit fédéral, d'autre part, que les cantons ont l'obligation de reprendre ces déductions dans leur législation (ATF <ref-ruling> consid. 4b p. 71 s.). Leur compétence résiduelle en matière de déduction pour double activité des conjoints se limite donc à la quotité de cette déduction, soit par le biais d'un montant fixe, soit au moyen d'un pourcentage du revenu, avec plafond. Comme le relève avec pertinence l'arrêt attaqué, l'opinion de Xavier Oberson, selon laquelle le rabais d'impôt serait, dans son principe, compatible avec la loi d'harmonisation, a trait au système du crédit d'impôt en général mais ne porte pas sur la problématique topique de la conformité de l'art. 14 al. 1 let. a 2e phrase LIPP-V avec l'art. 9 al. 2 LHID. Au demeurant, les experts mandatés par le canton de Genève (N. Soguel/J.-B. Eckert/J.-M. Huguenin/A. Semboglou; cf. arrêt attaqué, consid. 6a p. 10) pour évaluer le passage de la LIPP-V à la LIPP se sont expressément prononcés sur la conformité du droit cantonal au droit harmonisé à propos de l'aspect précis de la déduction pour double activité des conjoints. Ils sont arrivé à la conclusion que la déduction en cause devait être considérée comme une déduction générale n'entrant pas dans le champ de manoeuvre réservé au législateur cantonal par la loi sur l'harmonisation fiscale et qu'en l'introduisant dans le calcul du rabais d'impôt, le législateur genevois s'était éloigné du concept d'harmonisation verticale et avait modifié les modalités de déduction prévues exhaustivement par le droit fédéral. Il avait ainsi fait de la déduction pour la double activité des conjoints une déduction à caractère social, sans lien direct avec les revenus bruts du couple et avec les frais supplémentaires qu'elle est censée couvrir. C'est sur la foi de ces considérations que le législateur cantonal genevois a été amené à renoncer au système du rabais d'impôt au profit de la déduction du revenu brut.
C'est en outre en vain que la recourante allègue que le crédit d'impôt a pour vocation de se substituer à certaines déductions sociales reconnues en droit genevois, lesquelles demeurent de la compétence des cantons au sens de l'art. 1 al. 3 LHID. En effet, la déduction pour double activité des conjoints n'est pas considérée comme une déduction sociale relevant de la compétence tarifaire des cantons. A l'instar des autres déductions prévues à l'art. 9 al. 2 LHID, elle doit être qualifiée de déduction sociopolitique (ATF <ref-ruling> consid. 4c p. 72). Elle ne se réfère pas au statut social du contribuable permettant d'établir un équilibre équitable entre divers groupes de contribuables mais à des frais effectifs qu'engendre la double activité des conjoints, comme la nécessité d'engager du personnel de maison ou de recourir aux services d'une personne pouvant aider les enfants à accomplir leurs devoirs scolaires à domicile.
Enfin, la recourante ne saurait non plus se fonder utilement sur la genèse de la loi sur l'harmonisation fiscale pour démontrer la compatibilité de l'art. 14 al. 1 let. a, 2e phrase LIPP-V au droit harmonisé au motif que le législateur fédéral n'avait pas préconisé uniquement une déduction en francs sur le revenu. S'il ressort en effet des travaux préparatoires de la loi sur l'harmonisation fiscale que le projet de loi prévoyait soit une déduction flexible influant sur le taux d'imposition, soit une déduction fixe sur le revenu, le mécanisme d'une déduction fixe appliquée au montant de l'impôt lui-même a, en revanche, été expressément écarté par le Conseil fédéral. Celui-ci considérait en effet que ce système, inconnu tant de la Confédération que des cantons, irait à l'encontre des efforts entrepris en vue de l'harmonisation fiscale (Message du Conseil fédéral du 25 mai 1983 à l'Assemblée fédérale à l'appui d'un projet de loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes; FF 1983 III p. 37).
4. Les considérants qui précèdent conduisent au rejet du recours.
Succombant, l'Administration fiscale cantonale, dont l'intérêt patrimonial est en cause, doit supporter les frais judiciaires (art. 65 et 66 al. 1 et 4 LTF). En outre, elle versera aux intimés, solidairement entre eux, une indemnité à titre de dépens (art. 68 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 fr., sont mis à la charge de l'Administration fiscale cantonale genevoise.
3. L'Administration fiscale cantonale genevoise versera aux intimés, solidairement entre eux, une indemnité de 2'000 fr. à titre de dépens.
4. Le présent arrêt est communiqué au mandataire des intimés, à l'Administration fiscale cantonale, à la Commission cantonale de recours en matière administrative et au Tribunal administratif du canton de Genève, ainsi qu'à l'Administration fédérale des impôts.
Lausanne, le 15 novembre 2010
Au nom de la IIe Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Le Greffier:
Zünd Dubey