Fatti:
A. Il 22 febbraio 2011 Giuliano Bignasca, quale primo firmatario, ha depositato presso la Cancelleria dello Stato del Cantone Ticino, insieme ad altri proponenti, una domanda di iniziativa popolare cantonale denominata "Sgravi fiscali: primo atto", chiedente tre modifiche della legge tributaria cantonale. Il 10 maggio 2011 la Cancelleria ha accertato la riuscita dell'iniziativa e l'ha trasmessa al Gran Consiglio. Nella seduta del 20 dicembre 2012 il Parlamento cantonale ha respinto l'iniziativa, intitolandola "3 modifiche della Legge tributaria cantonale". Il 21 dicembre 2012 il Governo cantonale ha pubblicato il decreto legislativo, risolvendo che, qualora l'iniziativa non fosse stata ritirata entro 8 giorni, la stessa sarebbe stata posta in votazione il 3 marzo 2013 (Foglio ufficiale n. 103-104/2012 del 28 dicembre 2012, pag. 10039-10041).
B. Preso atto che, come richiesto il 7 dicembre 2012 dal Dipartimento delle istituzioni, il comitato promotore dell'iniziativa non aveva ancora trasmesso il testo con gli argomenti favorevoli alla stessa da inserire nell'opuscolo informativo accompagnante il materiale di voto, con risoluzione n. 5 del 10 gennaio 2013 il Consiglio di Stato ha fissato a Giuliano Bignasca un termine scadente il giorno seguente per consegnarlo. Con risoluzione n. 6 del 10 gennaio 2013 il Governo cantonale, adito da Giuliano Bignasca, ha accertato che la denominazione corretta dell'iniziativa è "Sgravi fiscali: primo atto" e non l'intitolazione data dal Parlamento. Ha confermato inoltre la data della votazione al 3 marzo successivo. Con decreto del 10 gennaio 2013, pubblicato nel Foglio ufficiale n. 4/2013 dell'11 gennaio 2013 (pag. 169 segg.), il Consiglio di Stato ha convocato le assemblee dei Comuni del Cantone per la votazione, tra altre, sull'iniziativa denominata "Sgravi fiscali: primo atto".
Con risoluzione definitiva n. 9 dell'11 gennaio 2013, l'Esecutivo cantonale ha parzialmente accolto un reclamo di Giuliano Bignasca, posticipando a mezzogiorno del 14 gennaio 2013 il termine per produrre il testo richiesto da inserire nell'opuscolo informativo e ha riconfermato la data dell'iniziativa.
C. Contro quest'ultima risoluzione, della quale postula l'annullamento, chiedendo in via cautelare di sospendere la votazione del 3 marzo 2013 sull'iniziativa "Sgravi fiscali: primo atto", Giuliano Bignasca è insorto al Tribunale cantonale amministrativo, che con giudizio del 17 gennaio 2013 ha dichiarato il gravame irricevibile per difetto di competenza. La Corte cantonale l'ha quindi trasmesso al Tribunale federale (<ref-law>; causa 1C_38/2013 decisa in data odierna). Con decreto presidenziale del 25 gennaio 2013 la domanda cautelare tendente al rinvio della votazione popolare contenuta nel ricorso è stata respinta.
D. Con istanza di conferimento dell'effetto sospensivo impostata il 25 gennaio 2013, Giuliano Bignasca, Attilio Bignasca, quest'ultimo per sé e in rappresentanza dei singoli membri del Gruppo parlamentare della Lega dei Ticinesi in Gran Consiglio, hanno chiesto di sospendere la votazione popolare. Il 31 gennaio 2013 hanno poi presentato il preannunciato atto di ricorso, denominato memoriale complementare (causa 1C_114/2013), con il quale impugnano due decisioni del Gran Consiglio, quattro risoluzioni del Consiglio di Stato e la citata sentenza del Tribunale cantonale amministrativo chiedendo di annullarle unitamente alla votazione del 3 marzo 2013 sull'iniziativa "3 modifiche della legge tributaria" e di rinviare la causa al Gran Consiglio per un nuovo esame parlamentare sull'iniziativa.
E. Con decreto presidenziale dell'8 febbraio 2013 la domanda cautelare è stata respinta. Il Tribunale federale non ha chiesto osservazioni al ricorso.

Diritto:
1. 1.1 Il Tribunale federale esamina d'ufficio la sua competenza (<ref-law>) e se e in che misura un ricorso può essere esaminato nel merito (<ref-ruling> consid. 1).
1.2 Nell'istanza di conferimento dell'effetto sospensivo, presentata in maniera inammissibile prima dell'inoltro del gravame, i ricorrenti precisano espressamente che "l'atto di ricorso nel merito seguirà tempestivamente", accennando alla causa 1C_38/2013 iniziata da Giuliano Bignasca e, al loro dire ma manifestamente a torto, da Attilio Bignasca e dai singoli membri del citato Gruppo parlamentare. D'altra parte, essi impugnano sette atti emanati da diverse autorità cantonali in gran parte differenti da quelli contestati nella causa 1C_38/2013, formulando inoltre altre conclusioni. Del resto, il ricorrente Giuliano Bignasca nel reclamo presentato l'11 gennaio 2013 al Consiglio di Stato precisava espressamente che le modalità del dibattito parlamentare sull'iniziativa sarebbero state oggetto di un ricorso da parte del citato Gruppo. Ritenuto che l'atto di ricorso nella causa 1C_114/2013 in esame, come si vedrà, è in larga misura inammissibile, si giustifica rinviare alle considerazioni esposte nell'altra causa.
1.3 I ricorrenti impugnano i seguenti atti:
1. Decisione del Gran Consiglio del 20 dicembre 2012 con la quale è stato rifiutato il rinvio ad altra seduta dell'iniziativa popolare "3 modifiche della legge tributaria cantonale";
2. Decreto del Gran Consiglio del 20 dicembre 2012 con il quale è stata respinta la citata iniziativa, pubblicato nel Foglio ufficiale n. 103-104/2012 del 28 dicembre 2012 pag. 10039-10041 (recte: 10040);
3. Risoluzione del Consiglio di Stato del 21 dicembre 2012 riguardante la messa al voto il 3 marzo 2013 della citata iniziativa;
4. Risoluzione del Consiglio di Stato n. 5 del 10 gennaio 2013;
5. Risoluzione del Consiglio di Stato n. 6 del 10 gennaio 2013;
6. Risoluzione del Consiglio di Stato n. 9 dell'11 gennaio 2013;
7. Sentenza del Tribunale amministrativo del 17 gennaio 2013.
1.4 La decisione del Gran Consiglio del 20 dicembre 2012 (atto impugnato 1) chiaramente non può essere impugnata, mentre mal si comprende la critica autonoma al decreto granconsiliare del 20 dicembre 2012 con la quale il Parlamento respinge, con corrispondente raccomandazione di voto, l'iniziativa (atto impugnato 2), ritenuto che decisiva ai fini ricorsuali è la risoluzione governativa del 21 dicembre 2012 di ordinarne la pubblicazione nel Foglio ufficiale e di porre in votazione popolare l'iniziativa (atto impugnato 3). La risoluzione governativa n. 5 (atto impugnato n. 4), ossia l'invito a Giuliano Bignasca di produrre il testo da inserire nell'opuscolo informativo con gli argomenti a favore dell'iniziativa, concerne solo quest'ultimo e i promotori ed è peraltro superata dalla risoluzione n. 9 che prorogava detto termine. Di massima anche la risoluzione governativa n. 6 (atto impugnato n. 5) e quella n. 9 (atto impugnato n. 6), con la quale il Governo cantonale ha statuito su un reclamo presentato unicamente da Giuliano Bignasca, non concernono gli altri ricorrenti che non sono pertanto chiaramente legittimati a impugnarle, ciò che vale anche per la sentenza della Corte cantonale adita solo da Giuliano Bignasca (atto impugnato n. 7).
Ne segue che nella misura in cui Attilio Bignasca e gli altri membri del citato Gruppo parlamentare impugnano atti adottati nell'ambito di procedimenti dinanzi all'autorità inferiore, ai quali non hanno partecipato, il ricorso è inammissibile per carenza di legittimazione (<ref-law>). Per quanto attiene invece alle critiche sollevate da Giuliano Bignasca, in particolare avverso la risoluzione governativa n. 9 e la sentenza della Corte cantonale, si rinvia alle considerazioni esposte nella causa 1C_38/2013, ritenuto che l'atto di ricorso in esame non aggiunge nulla di rilevante e decisivo al riguardo.
1.5 Nelle conclusioni i ricorrenti chiedono, oltre all'annullamento delle decisioni impugnate, anche quello della votazione del 3 marzo 2013 "3 modifiche della legge tributaria". Ora, come illustrato nel parallelo giudizio (consid. 3) e come risulta in maniera evidente e inconfutabile dagli atti di causa, oggetto della votazione popolare del 3 marzo 2013 è unicamente l'iniziativa "Sgravi fiscali: atto primo". Secondo l'<ref-law> il Tribunale federale non può andare oltre le conclusioni delle parti, per cui il petito che circoscrive la materia del contendere di per sé dovrebbe essere formulato in modo tale da poter erigersi a dispositivo della sentenza: ciò non potrebbe essere manifestamente il caso nella fattispecie, anche nell'ipotesi di un accoglimento del ricorso, il che evidenzia l'approssimazione con la quale è stato redatto (LAURENT MERZ, in: Basler Kommentar, Bundesgerichtsgesetz, 2a ed., 2011, n. 15 ad art. 42).
2. 2.1 I ricorrenti insistono su asseriti vizi intervenuti durante la discussione dell'iniziativa e sottolineano espressamente che l'oggetto del litigio è l'esame parlamentare dell'iniziativa, segnatamente la mancata concessione del rinvio dello stesso, nonché pretesi mancati approfondimenti e l'errata intitolazione. Quest'ultima censura è priva d'oggetto e di fondamento, ritenuto che, come già visto e noto ai ricorrenti, con l'impugnata risoluzione governativa n. 6 del 10 gennaio 2013 il Governo cantonale aveva ripreso la denominazione originale dell'iniziativa, censura che pertanto non riveste più alcuna portata (vedi causa 1C_38/2013 consid. 3).
Riguardo alla contestata maniera in cui il Gran Consiglio avrebbe trattato l'iniziativa e negato il rinvio del suo esame, tema centrale del gravame, misconoscendo del tutto le specifiche peculiarità del ricorso per violazione del diritto di voto, i ricorrenti disattendono che in tale ambito la legittimazione a ricorrere fa difetto anche a Giuliano Bignasca, per cui il gravame, sul punto principale, è chiaramente inammissibile.
2.2 In effetti, nel quadro di una delibera parlamentare, trattandosi di una votazione indiretta, come pure nel caso di decisioni interne adottate dal parlamento, il diritto di voto dei cittadini ai sensi dell'art. 82 lett. c LTF (e in precedenza dell'art. 85 lett. a OG) non può essere leso. L'accenno in tale contesto alla qualità di promotori dell'iniziativa e di parlamentari è ininfluente. Questa giurisprudenza è nota ai ricorrenti Attilio Bignasca e al citato Gruppo (sentenze nei loro confronti 1P.248/2005 del 27 aprile 2005 consid. 2.2.2-2.4 e consid. 3, in RtiD II-2005 n. 34 pag. 175, 1P.187/2005 del 17 marzo 2005 e 1C_186/2011 del 16 aprile 2012, consid. 2.2. in fine, cause nelle quali essi censuravano il modo in cui il Parlamento cantonale aveva approvato il rapporto della commissione parlamentare su un'iniziativa popolare, rispettivamente la revoca di un termine da parte del Presidente del Gran Consiglio; vedi inoltre sentenze 1P.31/2004 del 17 marzo 2005 consid. 1.6.2 e 2.3.1, in RtiD II-2005 n. 33 pag. 170, 1P.730/1999 del 9 giugno 2000 consid. 2, in RDAT II-2000 n. 65 pag. 246 e 1P.213/1997 del 20 giugno 1997 consid. 3, in RDAT II-1997 n. 180 pag. 54; <ref-ruling> consid. 2.1; <ref-ruling> consid. 2; GEROLD STEINMANN, in Bundesgerichtsgesetz (BGG), 2a ed. 2011, n. 84 all'art 82 e n. 73b all'art. 89).
2.3 I ricorrenti contestano poi le modalità di trattazione dell'iniziativa da parte del Governo, in particolare l'indizione della data della votazione al 3 marzo 2013 e il termine asseritamente molto breve concesso a Giuliano Bignasca per inoltrare il testo da inserire nell'opuscolo informativo. Sulla mancanza di fondamento di queste censure, che peraltro non si confrontano neppure con i termini stabiliti dalla normativa cantonale, si può rinviare alle considerazioni espresse nell'ambito della causa 1C_38/2013 (consid. 4 e 5).
2.4 I ricorrenti criticano anche la decisione di irricevibilità pronunciata dal Tribunale cantonale amministrativo. Ora, una decisione d'irricevibilità presa nell'ambito di votazioni dev'essere impugnata con un ricorso ai sensi dell'art. 82 lett. c LTF (<ref-ruling> consid. 2 inedito). Il fatto che il gravame in esame non sia stato intitolato in tal modo non implica conseguenze, rilevato ch'esso si fonda soltanto sull'art. 82 lett. c LTF (sentenza 1C_52/2010 del 21 aprile 2010 consid. 1.1). Come visto, i ricorrenti, tranne Giuliano Bignasca, non sono legittimati a contestare una decisione presa nell'ambito di una procedura alla quale non hanno partecipato. Sulla questione dell'esaurimento delle istanze cantonali, il Tribunale federale si è nondimeno espresso nell'ambito della parallela causa 1C_38/2013, cui pure si rinvia (consid. 1.2-1.5). Del resto, nell'atto di ricorso in esame, in maniera peraltro confusa e richiamando a sproposito determinate sentenze del Tribunale federale travisandone la portata, è addotta un'asserita lesione degli <ref-law>, 86 e 88 LTF, senza motivarla conformemente alle esigenze poste dagli art. 42 cpv. 2 e 106 cpv. 2 LTF (<ref-ruling> consid. 2 in fine inedito), requisiti noti ai ricorrenti (vedi da ultimo sentenza 1C_186/2011, citata, consid. 1.3 e rinvii).
3. Il ricorso, nella minima misura della sua ammissibilità, dev'essere pertanto respinto. Al riguardo, richiamando la <ref-ruling> consid. 4.1 i ricorrenti rilevano, manifestamente a torto, che si sarebbe in presenza di circostanze eccezionali, motivo per cui si potrebbe prescindere dal prelevare spese giudiziarie. In effetti, l'atto di ricorso, presentato da ricorrenti in gran parte privi di legittimazione e diretto contro decisioni chiaramente non impugnabili con un ricorso per violazione dei diritti politici, imporrebbe, semmai, non di ridurre ma di aumentare le spese giudiziarie (<ref-law>).

Per questi motivi, il Tribunale federale pronuncia:
1. Nella misura in cui è ammissibile, il ricorso è respinto.
2. Le spese giudiziarie di fr. 1'000.-- sono poste a carico dei ricorrenti.
3. Comunicazione ai ricorrenti, al Consiglio di Stato, per sé e in rappresentanza del Gran Consiglio, e al Tribunale amministrativo del Cantone Ticino.