(Mehrweggebinde, Übergangsrecht), hat sich ergeben:
A.- Die X._ AG, die den Handel mit Getränken betreibt, ist mit Wirkung ab 1. Januar 1995 im Register der Mehrwertsteuerpflichtigen eingetragen worden. Mit der Mehrwertsteuerabrechnung für das 1. Quartal 1995 reichte die Steuerpflichtige ein Inventar über die Mehrweggebinde (Flaschen, Harassen, Container) per 31. Dezember 1994 ein. Darin bezifferte sie den Wert dieser Gebinde mit Fr. 0.--. Im September 1995 führte die Eidgenössische Steuerverwaltung bei der Steuerpflichtigen eine Kontrolle durch, bei der der Gebindepark berechnet wurde. Mit Ergänzungsabrechnung Nr. 11669 vom 13. Dezember 1995 stellte die Eidgenössische Steuerverwaltung der Steuerpflichtigen die Eigenverbrauchssteuer für die am 31. Dezember 1994 vorhandenen Mehrweggebinde, die unter dem alten Recht gegen Grossistenerklärung steuerfrei bezogen werden konnten, wie folgt in Rechnung (Art. 84 Abs. 5 der Verordnung vom 22. Juni 1994 über die Mehrwertsteuer, MWSTV, SR 641. 201):
Fr. 1943520 Literflaschen zu Fr. -.43 835'713
1496072 3 dl Flaschen zu Fr. -.27 403'939
1152 1,5 l Flaschen PET zu Fr. -.68 783
241550 Harassen zu Fr. 7.34 1'772'977
192 Harassen blau PRTB zu Fr. 4.74 910
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3'014'322
Verkehrswert am 31.12.1994 (50%) 1'507'000
Steuerbar zum Satz von 6,5% 97'955
=========
(...)
B.- Die Steuerpflichtige führte Beschwerde bei der Eidgenössischen Steuerrekurskommission. Diese hiess mit Entscheid vom 19. Januar 1999 die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut, hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache zu neuer Beurteilung an die Eidgenössische Steuerverwaltung zurück.
(...)
C.- Die Eidgenössische Steuerverwaltung führt Verwaltungsgerichtsbeschwerde mit den Anträgen, der Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 19. Januar 1999 sei aufzuheben und der Einspracheentscheid vom 7. Juli 1997 sei zu bestätigen. Es sei festzustellen, dass Art. 14 Ziff. 21, Art. 30 Abs. 4 und Art. 84 Abs. 5 MWSTV verfassungsmässig seien.
(...)

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
2.- a) Unter der Herrschaft des Bundesratsbeschlusses über die Warenumsatzsteuer vom 29. Juli 1941 (WUStB) konnte der Grossist Waren für den Wiederverkauf (Art. 15 Abs. 3) gegen Grossistenerklärung steuerfrei beziehen (Art. 14 Abs. 1 lit. a und Abs. 2). Nach Art. 15 Abs. 5 WUStB galten auch Umschliessungen (Verpackung und andere Hilfsmaterialien), die der Lieferer mit der Ware abgab und die ihm nicht zurückgegeben wurden, als Teil der gelieferten Ware. Das Entgelt für die Umschliessung war Teil des Entgelts für die gelieferte Ware und teilte dessen Schicksal, das heisst es unterlag dem gleichen Steuersatz wie das übrige Entgelt. Der Grossist konnte somit auch Umschliessungsmaterial wie Kisten, Flaschen und anderes Verpackungsmaterial gegen Grossistenerklärung steuerfrei beziehen, sofern der Abnehmer nicht zur Rückgabe der Umschliessung verpflichtet war. Keine Umschliessungen nach Art. 15 Abs. 5 WUStB waren Leihgebinde, zu deren Rückgabe der Lieferer den Warenbezüger ausdrücklich verpflichtete (zum Beispiel durch eine Rückgabeklausel wie "die Umschliessung wird leihweise abgegeben"). Das Ausleihen der Umschliessung galt nicht als steuerbarer Vorgang, weshalb der dem Abnehmer gesondert in Rechnung gestellte Betrag für das nicht zurückgegebene Leihgebinde nicht als Lieferungsentgelt zu versteuern war. Der Grossist musste dafür die Leihgebinde steuerbelastet beziehen (Eidgenössische Steuerverwaltung, Wegleitung 1992 für Grossisten, Ziff. 24-26).
Nicht als Leihgebinde galten indessen Mehrweggebinde wie beispielsweise Flaschen oder Harassen, auf denen bei der Lieferung des umschlossenen Gegenstandes ein Depot (Pfandgeld) erhoben wurde, weil der Warenbezüger nicht ausdrücklich zur Rückgabe verpflichtet wurde. Sie wurden als Warenumschliessungen behandelt, die das gleiche steuerliche Schicksal wie die umschlossene Ware teilten, galten also als Teil der gelieferten Ware. Art. 15 Abs. 5 WUStB fand hier selbst dann Anwendung, wenn das Gebinde für mehrere Lieferungen verwendet wurde (sogenannte Pendelgebinde). Das bei der Rückgabe von Flaschen und Harassen erstattete Depot konnte aber als Entgeltsminderung behandelt und beim steuerbaren Entgelt abgezogen werden (Art. 22 Abs. 2 lit. b WUStB; vgl. Dieter Metzger, Handbuch der Warenumsatzsteuer, Muri/Bern 1983, Rz. 442, 643).
b) Anders als bei der Warenumsatzsteuer sind bei der Mehrwertsteuer Lieferungen von Mehrweggebinden, wenn sie zusammen mit dem darin enthaltenen Gegenstand abgegeben werden, von der Steuer ausgenommen, d.h. unecht befreit (Art. 14 Ziff. 21 MWSTV). Voraussetzung nach der Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung ist nur, dass die Abgabe des Mehrweggebindes separat fakturiert wird. Als Mehrweggebinde im Sinne dieser Bestimmung gelten nach der Praxis Umschliessungen (z.B. Flaschen, Harassen), die üblicherweise mehrmals verwendet werden und für die bei der Abgabe ein Depot (Pfand) verlangt wird, das bei der Rückgabe zurückzuerstatten ist (Wegleitung 1997 für Mehrwertsteuerpflichtige, Ziff. 410). Hingegen ist der Bezug von Mehrweggebinden durch den Getränkeabfüller von der Steuer nicht befreit. Dieser kann die Steuer auch nicht als Vorsteuer in seinen Steuerabrechnungen abziehen, weil Art. 13 MWSTV den Vorsteuerabzug für Gegenstände und Dienstleistungen, die für nach Art. 14 MWSTV von der Steuer ausgenommene Umsätze verwendet werden, ausschliesst. Für die Lieferungen von Mehrweggebinden ist das in Art. 30 Abs. 4 MWSTV noch ausdrücklich erwähnt (Wegleitung, a.a.O., Ziff. 411; s. auch Kommentar des Eidg. Finanzdepartements zur Verordnung über die Mehrwertsteuer vom 22. Juni 1994, ad Art. 30 Abs. 4).
c) Es ist offensichtlich, dass zur Anpassung dieser beiden Ordnungen beim Übergang vom alten zum neuen Recht eine Übergangsregelung gefunden werden musste. Diesem Zweck dient Art. 84 Abs. 5 MWSTV, wonach auf dem Marktwert der Mehrweggebinde per 31. Dezember 1994, die unter dem alten Recht steuerfrei bezogen wurden, die Mehrwertsteuer zu entrichten ist. Damit wird einerseits das Prinzip der einmaligen Besteuerung, wonach jede Ware von ihrer Produktion bis zum Konsum mindestens einmal mit der Steuer zu belasten ist, umgesetzt. Ohne Art. 84 Abs. 5 MWSTV wäre das nicht der Fall, weil die unter der Warenumsatzsteuer gegen Grossistenerklärung steuerfrei bezogenen Mehrweggebinde unter dem Geltungsbereich der Mehrwertsteuerverordnung für von der Steuer ausgenommene Zwecke verwendet werden und nicht mehr versteuert werden müssen. Andererseits gewährleistet sie eine rechtsgleiche Behandlung aller Steuerpflichtigen, weil der Grossist, der unter der Warenumsatzsteuer die Mehrweggebinde gegen Grossistenerklärung steuerfrei beziehen konnte, nicht besser gestellt wird als der Nichtgrossist, der diese Möglichkeit nicht hatte.
Dass diese Vorschrift keinen sachgerechten Ausgleich zwischen altem und neuem Recht bewirke, kann nicht gesagt werden. Sie hält sich im Rahmen von Art. 8 Abs. 3 der Übergangsbestimmungen (ÜbBest. ) der hier noch anwendbaren alten Bundesverfassung (BV) 1874/1993, der den Bundesrat ermächtigt, den Übergang von der Warenumsatzsteuer zur Mehrwertsteuer zu regeln, und der ihm einen gewissen Ermessensspielraum einräumt (vgl. <ref-ruling> E. 7 S. 393, 433 E. 8, besonders S. 446). Dass die Vorschrift willkürlich oder rechtsungleich wäre oder den Grundsatz der Gleichbehandlung der Gewerbegenossen oder der Wettbewerbsneutralität nicht beachten würde, wird zu Recht von keiner Seite geltend gemacht.
d) In der Lagerbesteuerung gemäss Art. 84 Abs. 5 MWSTV kann - entgegen der Auffassung der Beschwerdegegnerin - auch keine unzulässige Rückwirkung gesehen werden. Nach der bundesgerichtlichen Rechtsprechung ist eine Rückwirkung nicht gegeben, wenn der Gesetzgeber lediglich auf Verhältnisse abstellt, die zwar unter dem alten Recht eingetreten sind, beim Inkrafttreten des neuen Rechts aber noch andauern (<ref-ruling> E. 6, 101 Ia 82 E. 2). Art. 84 Abs. 5 MWSTV knüpft zwar für die Bemessung der Steuer an den Marktwert der steuerfrei bezogenen Waren am 31. Dezember 1994 an, also an altrechtliche Verhältnisse. Die Mehrwertsteuer entsteht jedoch nach dieser Vorschrift (in Verbindung mit Art. 17 MWSTV) nur, wenn die subjektive Steuerpflicht unter der Herrschaft des neuen Rechtes fortbesteht. Insofern liegt keine unzulässige (weil echte) Rückwirkung vor.
3.- Die Vorinstanz hat Art. 84 Abs. 5 MWSTV die Anwendung einzig deshalb versagt, weil die neue Ordnung, welche die Lieferung von Mehrweggebinden gegen Depot von der Steuer ausnehme und den Vorsteuerabzug nicht zulasse (Art. 14 Ziff. 21, Art. 30 Abs. 4 MWSTV), nach ihrer Ansicht verfassungswidrig sei; damit sei auch der Lagerbesteuerung nach Art. 84 Abs. 5 MWSTV die Grundlage entzogen. Die Vorinstanz hält dafür, die Aufzählung der in Art. 8 Abs. 2 lit. b ÜbBest. BV ohne Anrecht auf Vorsteuerabzug (unecht) befreiten Lieferungen und Dienstleistungen sei abschliessend, weshalb der Verordnungsgeber nicht befugt sei, in Art. 14 Ziff. 21 MWSTV eine zusätzliche Ausnahme zu schaffen. Wie es sich damit verhält, ist im Folgenden zu prüfen.
a) Gemäss Art. 41ter Abs. 1 lit. a und Abs. 3 BV kann der Bund eine Umsatzsteuer (Mehrwertsteuer) erheben. Deren Ausführung ist Sache der Bundesgesetzgebung (Art. 41ter Abs. 6 BV). Bis zum Inkrafttreten des Bundesgesetzes hat der Bundesrat die Ausführungsbestimmungen zur Mehrwertsteuer zu erlassen (Art. 8 Abs. 1 ÜbBest. BV), wobei ihm auch die Kompetenz zusteht, den Übergang von der Warenumsatzsteuer zur Umsatzsteuer zu regeln (Art. 8 Abs. 3 ÜbBest. BV). In Art. 8 Abs. 2 ÜbBest. BV hat der Verfassungsgeber Grundsätze aufgestellt, an welche der Bundesrat sich zu halten hat. Abgesehen davon steht dem Bundesrat, wie bereits in den parlamentarischen Beratungen zur neuen Finanzordnung unbestritten war, in Bezug auf die Ordnung der Mehrwertsteuer eine sehr weitgehende Rechtsetzungsbefugnis zu (AB 1993 N 331, 339). Eine vom Bundesrat in der Mehrwertsteuerverordnung getroffene Lösung, die sich im Rahmen des ihm vom Verfassungsgeber eingeräumten Ermessens hält, die in der Verfassung (besonders Art. 41ter Abs. 3 BV und Art. 8 Abs. 2 ÜbBest. BV) niedergelegten mehrwertsteuerrechtlichen Grundsätze beachtet und die Grundrechte, wie namentlich die Rechtsgleichheit und die Handels- und Gewerbefreiheit, respektiert, darf deshalb durch den Richter nicht korrigiert werden. Insoweit steht dem Bundesrat beim Erlass oder bei der Änderung der Mehrwertsteuerverordnung der gleiche politische Entscheidungsspielraum offen wie dem Gesetzgeber (<ref-ruling> E. 3a, 123 II 295 E. 3a, je mit Hinweisen). Diese Beschränkungen, denen sich das Bundesgericht bei der Überprüfung der Mehrwertsteuerverordnung unterzieht, gelten für die Eidgenössische Steuerrekurskommission in gleicher Weise.
b) Die Vorinstanz erachtet die in Art. 8 Abs. 2 lit. b ÜbBest. BV enthaltene Aufzählung, welche bestimmte Dienstleistungen und Umsätze, ohne Anspruch auf Vorsteuerabzug, von der Steuer ausnimmt, als abschliessend. Dies folge daraus, dass Ausnahmen von der Besteuerung der Grundlage in einem Gesetz im formellen Sinn bedürften und, da die Mehrwertsteuerverordnung kein formelles Gesetz sei, einzig in Art. 8 Abs. 2 lit. b ÜbBest. BV hätten angeordnet werden können. Der Bundesrat sei daher nicht befugt, in Art. 14 Ziff. 21 MWSTV die Abgabe von Mehrweggebinden als weiteren Umsatz von der Steuer auszunehmen.
Der Vorinstanz ist zuzustimmen, dass Art. 8 Abs. 2 lit. b ÜbBest. BV materiell Detailfragen regelt, die bis zum Inkrafttreten des Gesetzes gelten, und diese Regelung auch den Bundesrat bindet (<ref-ruling> E. 5a). Das bedeutet indessen nicht, dass der Bundesrat in der Mehrwertsteuerverordnung keine zusätzlichen Grundsätze über die Steuererhebung aufstellen darf. Die in Art. 8 Abs. 1 ÜbBest. BV enthaltene Rechtsetzungsdelegation zu Gunsten des Bundesrates umfasst den Erlass aller für eine gesetzmässige Steuererhebung nötigen Vorschriften materieller und formeller Art, namentlich auch in Bezug auf die Steuerpflicht (Regel, Ausnahmen, Beginn und Ende usw. , vgl. Bericht Matthey, AB 1993 N 331, 339; <ref-ruling> E. 3a). Mit dem Argument, bei der Mehrwertsteuerverordnung handle es sich nicht um ein Gesetz im formellen Sinn, kann die vom Bundesrat in Art. 14 Ziff. 21 MWSTV getroffene Lösung somit nicht als verfassungswidrig bezeichnet werden.
c) Die ihm vom Verfassungsgeber eingeräumte Kompetenz überschritten hätte der Bundesrat somit nur, wenn sich aus Art. 8 Abs. 2 lit. b ÜbBest. BV oder aus dem Zusammenhang mit anderen Verfassungsnormen der Wille des Verfassungsgebers ergäbe, dass die Liste der von der Steuer ausgenommenen Umsätze in Art. 8 Abs. 2 lit. b ÜbBest. BV abschliessend sei. Die Vorinstanz verweist auf die parlamentarischen Beratungen zu dieser Vorschrift, wo gefordert worden ist, die von der Eidgenössischen Steuerverwaltung vorgelegte Liste der Steuerausnahmen sei einzuschränken (Votum Nationalrätin Spoerry, AB 1993 N 399). Bei dieser Gelegenheit wurde aber auch gesagt, dass es einer Ausführungsverordnung des Bundesrates bedürfe, um diese Einschränkungen zu konkretisieren, und dass ein Vernehmlassungsverfahren durchzuführen sei (AB 1993 N 399). Das zeigt, dass selbst in den parlamentarischen Beratungen diese Liste nicht als definitiv betrachtet wurde (<ref-ruling> E. 5c S. 201).
Weder der Bundesbeschluss über die Finanzordnung vom 18. Juni 1993 (BBl 1993 II 877) noch der Entwurf vom 28. Oktober 1993 zur Verordnung des Bundesrates über die Mehrwertsteuer (E-MWSTV) enthielten in der Folge besondere Bestimmungen für die Warenumschliessungen oder Mehrweggebinde. Erst im Vernehmlassungsverfahren wurde von verschiedener Seite angeregt, für die Mehrweggebinde sei eine ausdrückliche Regelung vorzusehen (Bericht des Eidgenössischen Finanzdepartements über das Vernehmlassungsverfahren zum Verordnungsentwurf über die Mehrwertsteuer vom 28. Oktober 1993, ad Art. 5 Abs. 3 lit. c und Art. 13, in fine). Dabei kam zum Ausdruck, dass die bisherige Regelung gemäss Warenumsatzsteuerbeschluss unerwünscht sei, weil sie zu einem erheblichen administrativen Aufwand führe, und dass die Pfandgelder (Depots) auf Mehrweggebinden von der Steuer auszunehmen seien. Wurde aber die Steuerausnahmeliste selbst vom Parlament nicht als abschliessend betrachtet und das Vernehmlassungsverfahren vorbehalten, so hat der Bundesrat die ihm eingeräumte Rechtsetzungskompetenz nicht überschritten, wenn er gestützt auf die Ergebnisse des Vernehmlassungsverfahrens die Steuerausnahmeliste in Art. 14 MWSTV durch eine Ziff. 21 für Mehrweggebinde ergänzt hat.
4.- Art. 14 Ziff. 21 MWSTV hält sich nach dem Gesagten formell im Rahmen der dem Bundesrat eingeräumten Rechtsetzungskompetenz. Es kann sich daher nur fragen, ob die vom Bundesrat getroffene Lösung die in der Verfassung enthaltenen mehrwertsteuerrechtlichen Grundsätze beachtet und verfassungsmässig, insbesondere rechtsgleich und wettbewerbsneutral, gehandhabt werden kann.
a) Zur Rechtfertigung der vom Bundesrat erlassenen Ordnung (Art. 14 Ziff. 21, 30 Abs. 4 MWSTV) macht die Beschwerdeführerin Gründe der Praktikabilität und Akzeptanz geltend. Sie führt aus, da die Abgabe einer Warenumschliessung alle Kriterien einer Lieferung (Art. 5 MWSTV) erfülle, hätten nur zwei Lösungen offengestanden:
(1) Entweder werde die Lieferung der Warenumschliessung zusammen mit dem Gegenstand besteuert (mit Entgeltsminderung bei der Rücknahme des Gebindes durch den Lieferanten);
(2) oder dann werde bei der Lieferung des Gebindeinhaltes die Warenumschliessung von der Steuer ausgenommen.
Da die Lösung des Warenumsatzsteuerrechts (Lösung 1) von breiten Kreisen abgelehnt worden sei, habe sich der Bundesrat für die Lösung 2 entscheiden müssen.
Ob nur diese Möglichkeit offen stand, ist allerdings fraglich. In ausländischen Rechtsordnungen gelten vereinzelt (wie im ehemaligen Warenumsatzsteuerbeschluss) Depotgelder für Warenumschliessungen ebenfalls als Teil des Entgelts für die Warenlieferung. Die Beschwerdeführerin verweist auf die Umsatzsteuerrechte Deutschlands und Österreichs, wonach die Erstattung des Depotgeldes bei der Rücknahme des Leerguts zu einer Entgeltsminderung Anrecht gibt. Da dies in der Praxis zu umständlichen Abrechnungen führte, hat die deutsche Finanzverwaltung in der Umsatzsteuerrichtlinie Vereinfachungen zugelassen. Danach kann dem Unternehmer auf Antrag gestattet werden, bestimmte Saldorechnungen vorzunehmen (Abschn. 149 Abs. 8 Nr. 1, 2 UStR). Andere Erleichterungen sind auch ohne Antrag vorgesehen, wenn der Unternehmer bestimmte Leergutkonten führt oder nach einem Kautionsverfahren vorgeht und sichergestellt ist, dass im Endergebnis eine Abrechnung über die Warenumschliessungen stattfindet (Bunjes/Geist, Umsatzsteuergesetz, 5. Aufl. München 1997, § 10 N. 14; s. auch für Österreich Hans Georg Ruppe, Umsatzsteuergesetz 1994, Wien 1995, § 16 Tz. 39).
Entscheidend ist jedoch nicht, ob ähnliche Erleichterungen, wie ausländische Rechte sie vorsehen, sich auf die schweizerische Mehrwertsteuer hätten übertragen lassen. Die Frage kann hier vielmehr nur lauten, ob die in der Mehrwertsteuerverordnung vom Bundesrat aufgestellte Regel verfassungswidrig sei. Das ist zu verneinen. Der Bundesrat hat eine Lösung getroffen, die einfach und praktikabel ist und von den Verbänden im Vernehmlassungsverfahren gefordert wurde. Dass bei dieser Lösung die auf den Mehrweggebinden lastende Mehrwertsteuer nicht als Vorsteuer abgezogen werden kann, war für die Beteiligten auf Grund des Entwurfs zur Mehrwertsteuerverordnung voraussehbar (Art. 14 E-MWSTV), so dass sie sich darauf einstellen konnten.
b) Nach Ansicht der Beschwerdeführerin hat der Bundesrat die Regelung in Art. 14 Ziff. 21 (und Art. 30 Abs. 4) MWSTV aus Gründen der Vereinfachung getroffen, was nach Art. 8 Abs. 2 lit. l ÜbBest. BV zulässig sei.
Art. 8 Abs. 2 lit. l ÜbBest. BV erlaubt dem Bundesrat, Vereinfachungen anzuordnen, sofern sich daraus weder auf die Steuereinnahmen noch auf die Wettbewerbsverhältnisse in wesentlichem Ausmass Auswirkungen ergeben und wenn dadurch die Steuerabrechnung für andere Steuerpflichtige nicht übermässig erschwert wird. Die Vorinstanz legt zwar mit Recht dar, dass sich Vereinfachungen gemäss Art. 8 Abs. 2 lit. l ÜbBest. BV vor allem für die Steuerberechnung rechtfertigen, wenn die genaue Feststellung der für die Bemessung der Steuer massgebenden Tatsachen mit einem unverhältnismässigen Aufwand verbunden wäre (vgl. auch Bericht Matthey, AB 1993 N 336, 344; <ref-ruling> E. 8 S. 314 f.). Das schliesst indessen nicht aus, dass Vereinfachungen bei der Mehrwertsteuer sich auch auf andere Bereiche erstrecken können. Art. 8 Abs. 2 lit. l ÜbBest. BV steht einem solchen Vorgehen nicht entgegen. Die Beschränkung des Vorsteuerabzugs auf Geschäftsspesen für Verpflegung und Getränke gemäss Art. 30 Abs. 2 MWSTV (<ref-ruling> E. 8) oder die Steuerbefreiung von Beförderungen im Luftverkehr, wenn nur der Ankunfts- oder Abflugsort im Inland liegen (Art. 15 Abs. 2 lit. g MWSTV), sind Beispiele dafür. Im Mehrwertsteuergesetz sind solche Vereinfachungen wiederum vorgesehen, beispielsweise bei Transporten im grenzüberschreitenden Luft- und Eisenbahnverkehr (Art. 19 Abs. 3 des Bundesgesetzes über die Mehrwertsteuer vom 2. September 1999, MWSTG, BBl 1999 7479) oder bei Pfandgeldern auf Mehrweggebinden (Art. 33 Abs. 6 lit. b MWSTG). Es ist deshalb nicht einzusehen, weshalb der Bundesrat in der Mehrwertsteuerverordnung aus Gründen der Vereinfachung die Lieferung von Mehrweggebinden von der Steuer nicht sollte ausnehmen dürfen.
c) Die Lösung des Art. 14 Ziff. 21 MWSTV ist im Hinblick auf ihre Auswirkungen auf die Wettbewerbsverhältnisse neutral und benachteiligt andere Steuerpflichtige nicht. Sie gilt für alle Getränkehersteller, die Mehrweggebinde gegen ein Depotgeld abgeben, in gleicher Weise. Sie hat zwar den Nachteil, dass die auf den Mehrweggebinden lastenden Vorsteuern nicht abgezogen werden können. Diese fliessen vielmehr in den Preis für den Gebindeinhalt (Getränk) ein, dessen Lieferung der Steuer unterliegt. Insoweit dies der Fall ist, kommt es in der Tat zu einer Steuer auf der Steuer, zu einer taxe occulte, was im Mehrwertsteuersystem verpönt ist, aber nicht gänzlich beseitigt werden kann (<ref-ruling> E. 10 S. 450 f.). Gerade bei den ohne Anspruch auf Vorsteuerabzug von der Steuer ausgenommenen Umsätzen (Art. 8 Abs. 2 lit. b ÜbBest. BV) nimmt der Verfassungsgeber in Kauf, dass eine Vorsteuerbelastung beim Unternehmer bestehen bleibt (<ref-ruling> E. 6a S. 304).
Es ist auch keineswegs so, dass die gesamte Vorsteuerbelastung in die Berechnungsgrundlage für die Steuer, in den Getränkepreis, einfliesst. Wie die Beschwerdeführerin gestützt auf die Berechnungen der Beschwerdegegnerin in der Vernehmlassung (S. 10, 25) zutreffend ausführt, ist das Depot im Allgemeinen leicht höher als der Beschaffungswert der Flaschen, so dass der Getränkehersteller bei allen Flaschen, die nicht mehr zurückgegeben werden, einen Gewinn erzielt, der aus der Differenz zwischen dem Depot und dem Beschaffungswert besteht und der steuerfrei bleibt. Bei den in Umlauf befindlichen Flaschen erzielt der Getränkehersteller zudem im steuerfreien Bereich einen Zinsgewinn, weil er das Depot in Händen hält. Eine Verzinsung für das gebundene Kapital muss die Beschwerdegegnerin somit - entgegen ihren Behauptungen - nicht für den gesamten Gebindepark leisten, sondern nur für die Gebinde, die sich am Lager befinden.
d) Aus diesen Erwägungen folgt, dass die vom Bundesrat in Art. 14 Ziff. 21 und Art. 30 Abs. 4 MWSTV vorgesehene Lösung nicht verfassungswidrig ist. Mit dem Hinweis, diese Ordnung sei verfassungswidrig, durfte somit die Vorinstanz Art. 84 Abs. 5 MWSTV die Anwendung nicht versagen.
5.- Nach Art. 84 Abs. 5 MWSTV ist "auf dem Marktwert per 31. Dezember 1994 der Mehrweggebinde", die unter dem Warenumsatzsteuerrecht steuerfrei bezogen wurden, die Mehrwertsteuer geschuldet. Die Eidgenössische Steuerverwaltung bewertete die bei der Beschwerdegegnerin am 31. Dezember 1994 vorhandenen Gebinde mit 50 Prozent des Einstandspreises. Die Beschwerdegegnerin anerkennt als "an sich durchaus richtig", dass bei der Bemessung des Zeitwertes der Mehrweggebinde eine pauschale Formel zur Anwendung gelangen müsse. Den Ansatz von 50 Prozent des Einstandspreises bezeichnet sie jedoch als willkürlich, weil diese Formel auf die tatsächlichen Verhältnisse keine Rücksicht nehme. Sie beruft sich auf das Alter und den Zustand der Mehrweggebinde sowie auf die seitherige Entwicklung auf dem Getränkesektor. Ihre Vorbringen sind indessen nicht geeignet, die Berechnung der Beschwerdeführerin in Frage zu stellen.
Bei der Berechnung der Beschwerdeführerin handelt es sich, was auch die Beschwerdegegnerin anerkennt, um einen annäherungsweise ermittelten Wert, eine Schätzung, die deshalb Platz greift, weil der "Marktwert" im Sinne von Art. 84 Abs. 5 MWSTV sich nicht genau ermitteln lässt und weil die genaue Feststellung der für die Bemessung der Steuer massgebenden Tatsachen für die Beschwerdegegnerin mit einem unverhältnismässigen Aufwand verbunden wäre. Die Schätzung muss aber den wirklichen Verhältnissen möglichst nahe kommen. Der Beschwerdegegnerin stand offen, die Grundlagen dieser Schätzung zu entkräften, indem sie beispielsweise dargelegt hätte, weshalb das Ergebnis dieser Schätzung den wirklichen Verhältnissen nicht gerecht wird. Sie beruft sich auf das Alter und den Zustand der Gebinde sowie auf die seitherige Entwicklung auf dem Getränkemarkt, insbesondere auf die Tendenzen, die bisherigen Glasflaschen durch Plastikflaschen zu ersetzen, ohne aber konkrete Angaben zu machen. Die allgemeinen Hinweise auf die Statistiken der schweizerischen Glasindustrie sind nicht geeignet, diese Schätzungsgrundlage in Frage zu stellen. Hierfür bedürfte es genauerer Angaben zu den im Betrieb der Beschwerdegegnerin verwendeten Gebinde, deren durchschnittlichem Alter und ihrer konkreten Weiterverwendung im Betrieb. In Frage steht hier auch nicht der Marktwert zu einem beliebigen Zeitpunkt, sondern der Marktwert am 31. Dezember 1994. Da die Beschwerdegegnerin daraus, dass Glasflaschen sich heute praktisch nicht mehr im Umlauf befinden und das bereits Ende 1994 der Fall gewesen sein soll, Rechte ableitet, wäre es an ihr gewesen, ihre Behauptungen zu belegen. Fest steht jedenfalls, dass am Stichtag (31. Dezember 1994) Glasflaschen noch im Umlauf waren. Glasflaschen zu 3 dl werden heute noch verwendet. Unter diesen Umständen hat die Beschwerdegegnerin in Kauf zu nehmen, dass die Beschwerdeführerin das Gebindelager als nicht völlig wertlos, aber auch nicht als neuwertig, sondern mit einem mittleren Wert - hier 50% des Einstandswertes - einschätzte.
Diese Einschätzung ist auch nicht zu hoch. Der Wert von 50% wird dadurch relativiert, dass die Eidgenössische Steuerverwaltung offenbar nur die am Lager befindlichen Gebinde - unter Verzicht der im Umlauf befindlichen Gebinde - besteuert (vgl. Vernehmlassung an die Vorinstanz S. 7). Zu berücksichtigen ist auch, dass die Beschwerdegegnerin aus Kostengründen kaum Gebinde am Lager führt, die nicht mehr zu gebrauchen waren. Es handelt sich somit um eine bewusst zurückhaltende Schätzung, die geeignet ist, den von der Beschwerdegegnerin geltend gemachten Ablösungstendenzen bei den Getränkepackungen Rechnung zu tragen. Die Schätzung der Beschwerdeführerin ist zu bestätigen.

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, und der Entscheid der Eidgenössischen Steuerrekurskommission vom 19. Januar 1999 aufgehoben. Der Einspracheentscheid der Eidgenössischen Steuerverwaltung vom 7. Juli 1997 wird bestätigt.
Lausanne, 28. Januar 2000