Sachverhalt:
A. Die 1956 geborene F._ war seit August 2001 mit einem Pensum von 70 % als Sachbearbeiterin in der Buchhaltung der M._ AG tätig. Daneben arbeitete sie zu 30 % als selbstständige Buchhalterin. Am 8. Februar 2003 erlitt sie auf einem Betriebsausflug in Grindelwald einen Unfall mit einem Velogemel (Veloschlitten). Nachdem sich F._ im Dezember 2004 unter Hinweis auf eine Distorsion der Halswirbelsäule bei der Invalidenversicherung zum Rentenbezug angemeldet hatte, traf die IV-Stelle Nidwalden Abklärungen in erwerblicher sowie medizinischer Hinsicht und zog die Akten des Unfallversicherers Allianz Suisse bei. Mit Verfügung vom 15. Dezember 2005, bestätigt mit Einspracheentscheid vom 27. März 2006, lehnte die IV-Stelle das Rentengesuch ab. Das Versicherungsgericht des Kantons Nidwalden bestätigte auf Beschwerde hin mit Entscheid vom 30. April 2007 die ablehnende Betrachtungsweise der Verwaltung, worauf F._ mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten an das Bundesgericht gelangte. Dieses hiess die Beschwerde mit Urteil vom 30. Juli 2009 in dem Sinne gut, dass es den vorinstanzlichen Entscheid vom 30. April 2007 und den Einspracheentscheid vom 27. März 2006 aufhob und die Sache an die IV-Stelle zurückwies, damit sie, nach erfolgter Abklärung im Sinne der Erwägungen, über den Anspruch auf eine Invalidenrente neu verfüge (8C_437/2008). In Nachachtung dieses Rückweisungsurteils beauftragte die IV-Stelle die Medizinische Abklärungsstelle am Spital X._, ein interdisziplinäres Gutachten zu erstatten. Dieses datiert vom 30. März 2010. Gestützt auf die Erkenntnisse der Experten gelangte die IV-Stelle erneut zum Schluss, dass keine Invalidität vorliege. Demgemäss lehnte sie das Leistungsbegehren mit Verfügung vom 6. Juli 2010 wiederum ab.
B. Die hiegegen eingereichte Beschwerde, mit welcher die Versicherte zur Hauptsache die Zusprechung mindestens einer Viertelsrente beantragen liess und mit der sie ein Gutachten der Klinik für Neurologie, Spital Y._, vom 13. Juli 2010 ins Recht legte, wies das Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden mit Entscheid vom 28. März 2011 ab.
C. F._ lässt Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten führen mit dem Rechtsbegehren, unter Aufhebung des vorinstanzlichen Entscheides sei die Sache zu neuer Beurteilung an das kantonale Gericht zurückzuweisen; eventuell sei ihr mindestens eine Viertelsrente zuzusprechen.
Während die IV-Stelle auf Abweisung der Beschwerde schliesst, verzichtet das Bundesamt für Sozialversicherungen auf eine Vernehmlassung.

Erwägungen:
1. Mit der Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten kann u.a. die Verletzung von Bundesrecht gerügt werden (Art. 95 lit. a BGG), die Feststellung des Sachverhalts nur, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG). Das Bundesgericht legt seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat (Art. 105 Abs. 1 BGG). Es kann die Sachverhaltsfeststellung der Vorinstanz von Amtes wegen berichtigen oder ergänzen, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 beruht (Art. 105 Abs. 2 BGG).
2. 2.1 Die Vorinstanz hielt zunächst fest, das von der Versicherten aufgelegte Gutachten des Spitals Y._ beruhe auf Untersuchungen, die Mitte April und Anfang Mai 2010 erfolgten. In zeitlicher Hinsicht könne es mit Blick auf den Verfügungszeitpunkt vom 6. Juli 2010 in die Beurteilung miteinbezogen werden. Zu berücksichtigen sei jedoch, dass es sich bei der von der Personalvorsorgestiftung der M._ AG eingeholten, von der Beschwerdeführerin eingereichten Expertise des Spitals Y._ vom 13. Juli 2010 um ein Parteigutachten handelt, was im Rahmen der Beweiswürdigung zu beachten sei. Das kantonale Gericht gelangte in einlässlicher und sorgfältiger Würdigung des Gutachtens der MEDAS vom 30. März 2010, aber auch der vorgängig eingeholten Expertisen des Medizinischen Zentrums Z._ vom 15. September 2005 und des Schweizerischen Instituts für Versicherungsmedizin (SIVM) vom 21. Dezember 2006 sowie des Parteigutachtens des Spitals Y._ (vom 13. Juli 2010) zum Schluss, dass die Versicherte in ihrem angestammten Arbeitsbereich als Buchhalterin voll arbeitsfähig sei. Diese in erster Linie auf dem Gutachten der MEDAS basierende Folgerung werde weder durch die formellen Einwendungen gegen die MEDAS-Expertise noch die Kritik an der Beurteilung der Ärzte und deren Stellungnahmen zur Leistungsfähigkeit der Versicherten ernsthaft in Frage gestellt.
2.2 Die Beschwerdeführerin bestreitet, dass es sich beim Gutachten des Spitals Y._ um ein Parteigutachten handle und vertritt die Auffassung, die MEDAS sei keine unabhängige Gutachterstelle. Der Zeitaufwand für die Begutachtung sei unzureichend gewesen; bildgebende Untersuchungen seien unterblieben. Überdies habe die Vorinstanz zu Unrecht auf Dr. med. B._ vom Regionalen Ärztlichen Dienst (RAD) abgestellt, welcher als Internist nicht über die erforderlichen Kenntnisse zur Beurteilung der Einschränkungen der Beschwerdeführerin verfügte. Des Weiteren beanstandet die Versicherte die Expertise der MEDAS auch inhaltlich und kritisiert die Beweiswürdigung des kantonalen Gerichts.
3. 3.1 Soweit sich die Ausführungen der Beschwerdeführerin auf eine vom kantonalen Gericht abweichende Würdigung der Darlegungen der Experten und eine Beanstandung der Beurteilung der medizinischen Grundlagen durch die Vorinstanz beschränken, was für weite Teile der Rechtsschrift gilt, handelt es sich um eine im Rahmen der gesetzlichen Regelung unzulässige Kritik an der Beweiswürdigung des kantonalen Gerichts (E. 1 hievor), weshalb auf die entsprechenden Vorbringen nicht einzugehen ist. Dass die Vorinstanz den rechtserheblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig oder sonstwie in Verletzung von Bundesrecht festgelegt habe, vermag die Beschwerdeführerin nicht darzutun.
3.2 Die Versicherte macht sodann wiederholt geltend, bei der von der Personalvorsorgestiftung der M._ AG eingeholten Expertise des Spitals Y._ vom 13. Juli 2010 handle es sich entgegen der Auffassung der Vorinstanz nicht um ein Parteigutachten. Der Rechtsvertreter der Beschwerdeführerin habe die IV-Stelle nach
Eingang des Rückweisungsurteils des Bundesgerichts um gemeinsame Planung des Obergutachtens und eine einvernehmliche Lösung ersucht. Die Verwaltung habe dieser Bitte nicht entsprochen und stattdessen die Begutachtung in der MEDAS angeordnet.
In ihrer Vernehmlassung weist die Beschwerdegegnerin hinsichtlich der Behauptung, bei der Expertise des Spital Y._ handle es sich nicht um ein Privatgutachten, darauf hin, dass die Versicherte in der Beschwerde an die Vorinstanz die Übernahme der Gutachterkosten des Spitals Y._ durch die IV-Stelle beantragt hat. Dies zeige, dass es sich bei der Expertise vom 13. Juli 2010 nicht um ein selbstständig von der Pensionskasse der M._ AG in Auftrag gegebenes Gutachten handelte, wäre in diesem Fall doch nicht die Kostenvergütung durch die IV-Stelle beantragt worden. Diesen Vorbringen ist beizupflichten. Die Vorinstanz hat daher das Gutachten des Spitals Y._ zu Recht als Parteigutachten qualifiziert, woran die übrigen Vorbringen der Beschwerde nichts ändern.
3.3 Des Weiteren hat die Vorinstanz zu Recht auf die fachärztlichen Angaben der MEDAS vom 30. März 2010 abgestellt, wonach kein invalidisierender Befund vorliegt und die Beschwerdeführerin im angestammten Erwerbsbereich voll arbeitsfähig ist; die Anforderungen, die ein fachärztliches Gutachten nach der Rechtsprechung hinsichtlich Vollständigkeit, Nachvollziehbarkeit und Schlüssigkeit sowie Unabhängigkeit zu erfüllen hat, sind gegeben. Das Verwaltungsgericht hat sich auch mit dem Parteigutachten auseinandergesetzt und dabei festgestellt, dass dieses keine neuen, vom MEDAS-Gutachten abweichenden Befunde enthalte, sondern lediglich den gleichen Sachverhalt medizinisch anders beurteile. Ob eine Abklärungsstelle sodann zur Untersuchung Röntgenbilder anfertigt oder andere bildgebende Verfahren einsetzt oder nicht, liegt in ihrem Ermessen. Die Notwendigkeit, Röntgenaufnahmen zu veranlassen oder vergleichbare Methoden anzuwenden, haben die beteiligten Gutachter zu beurteilen. Das Fehlen bildgebender Untersuchungen lässt jedenfalls nicht auf unzureichende fachärztliche Abklärungen schliessen. Die Behauptung sodann, die MEDAS-Ärzte hätten für ihre Untersuchungen zu wenig Zeit aufgewendet, ist unbegründet. Wie die IV-Stelle des Weiteren zutreffend bemerkt, verfügten die Gutachter des Spitals Y._ nicht über die vollständigen Akten. Insbesondere hatten sie offenbar keine Kenntnis vom Inhalt des MEDAS-Gutachtens vom 30. März 2010, wie aus der Auflistung der medizinischen Akten in der Privatexpertise vom 13. Juli 2010 hervorgeht. Wenn die Beschwerdeführerin ferner den Bericht des RAD-Arztes Dr. B._ vom 13. April 2010 als ungenügend taxiert, ist ihr mit Verwaltung und Vorinstanz entgegen zu halten, dass dieser Arzt selbst keine Beurteilung abgegeben, sondern lediglich eine Synthese der vorhandenen medizinischen Aussagen vorgenommen hat.
4. Zu prüfen bleibt, ob sich durch das neueste, in <ref-ruling> publizierte Urteil 9C_243/2010 vom 28. Juni 2011, in welchem sich das Bundesgericht zur Einholung von Administrativ- und Gerichtsgutachten bei medizinischen Abklärungsstellen u.a. unter dem Aspekt der Wahrung eines fairen Verwaltungs- und Beschwerdeverfahrens geäussert hat, etwas an der Rechtmässigkeit des vorinstanzlichen Verfahrens und damit des angefochtenen Entscheides ändert.
4.1 In <ref-ruling> E. 6 S. 266 hat das Bundesgericht bestätigt, die Anwendbarkeit der von der Rechtsprechung erarbeiteten Grundsätze auf laufende Verfahren bedeute nicht, dass nach altem Verfahrensstandard eingeholte Gutachten ihren Beweiswert per se verlören. Vielmehr ist im Rahmen einer gesamthaften Prüfung des Einzelfalls mit seinen spezifischen Gegebenheiten und den erhobenen Rügen entscheidend, ob das abschliessende Abstellen auf die vorhandenen Beweisgrundlagen im angefochtenen Entscheid vor Bundesrecht stand hält.
4.2 Dies trifft hier zu. Die Beauftragung einer MEDAS ist verfassungskonform und rechtsprechungsgemäss auch mit der Europäischen Menschenrechtskonvention vereinbar (<ref-ruling> E. 2.1 bis 2.3 S. 229 ff.). Richtig ist wohl, dass das Bundesgericht in diesem Urteil in Änderung der Rechtsprechung erkannt hat, die MEDAS-Begutachtung müsse mittels erstinstanzlich anfechtbarer Zwischenverfügung angeordnet werden (E. 3.4.2.6 S. 256) und die versicherte Person sei befugt, vorgängig zu den Gutachterfragen Stellung zu nehmen und entsprechende Ergänzungsfragen zu stellen (E. 3.4.2.9 S. 258). Dass die Vorgehensweise der Verwaltung in diesen beiden Punkten mit den Vorgaben der am 28. Juni 2011 geänderten Rechtsprechung nicht übereinstimmt, steht fest. Aber abgesehen davon, dass der Begutachtungsauftrag an die MEDAS des Spitals X._ nicht mittels Zwischenverfügung erteilt wurde und die Beschwerdeführerin nicht vorgängig zu den Gutachterfragen Stellung beziehen und ihrerseits keine zusätzlichen Fragen unterbreiten konnte, wozu nach dem damaligen Stand der Rechtsprechung auch kein Anlass bestand, steht der angefochtene Gerichtsentscheid in Einklang mit der Rechtsprechung. Die gesamthafte Prüfung der massgebenden Umstände, unter Berücksichtigung der beschwerdeweise erhobenen Rügen, die in den vorstehenden Erwägungen erörtert und entkräftet wurden, zeigt, dass dem Entscheid des Verwaltungsgerichts, der abschliessend auf die vorhandenen Beweisgrundlagen, namentlich die nach altem Verfahrensstandard eingeholte Expertise der MEDAS, abstellt, keine Verletzung von Bundesrecht vorgeworfen werden kann.
4.3 Die beantragte Rückweisung der Sache an die Vorinstanz zu neuer Beurteilung erübrigt sich, da die vorhandenen Unterlagen einen Entscheid über den geltend gemachten Invalidenrentenanspruch erlauben. Weiterungen gestützt auf <ref-ruling> gemäss Vorbringen in der Beschwerde sind von Bundesrechts wegen letztlich deshalb nicht geboten, weil die gesundheitlichen Verhältnisse durch zahlreiche interdisziplinäre Gutachten aller involvierten medizinischen Fachrichtungen umfassend abgeklärt worden sind. Es ist - unter Berücksichtigung der gesamten umfangreichen medizinischen Aktenlage - nicht ersichtlich, was hier weitere Untersuchungen noch an zusätzlichen Erkenntnissen erbringen könnten, bestehen doch zwischen den verschiedenen Expertisen, einschliesslich jener von SIVM und Spital Y._, in Bezug auf Befunde und Diagnosen keine erheblichen Differenzen sondern nur teilweise unterschiedliche Stellungnahmen zur Arbeits(un)fähigkeit. Diesbezüglich gilt es aber zu beachten, dass auch das Spital Y._, auf dessen Gutachten die Beschwerdeführerin sich beruft, ganz klar von einer ab initio therapierbaren gesundheitlichen Beeinträchtigung ausgeht: es empfehle sich "eine zielgerichtete physikalische Therapie mit Muskellockerung sowie aktive Ausdauer- und Kraftförderung im oberen Rückenbereich" - eine solche Therapie habe schon 2004 anlässlich einer stationären Rehabilitation "einen guten Erfolg erbracht" -, daneben "Einleitung einer schmerzdistanzierenden Therapie mit einem geeigneten Präparat", begleitend hiezu "der Versuch eines stationären Schmerzmittelentzuges mit nachfolgender physikalischer und psychosomatischer Rehabilitation". Durch diese Massnahmen erscheine es "realistisch, dass im Zeitraum von 6 Monaten eine Steigerung der Arbeitsfähigkeit" (von aktuell 50 % im angestammten Beruf als Buchhalterin) "in 10 %-Schritten bis hin zu einer vollen Arbeitsfähigkeit erreicht werden kann", wobei schon im Zeitpunkt der Begutachtung in einer behinderungsangepassten Tätigkeit (mit freier Einteilung der Arbeitszeiten, verminderter Bildschirmarbeit sowie der freien Möglichkeit von Positionswechseln) "aktuell eine 75 %-ige Arbeitsfähigkeit" bestehe. Davon abgesehen, dass die Beschwerdeführerin aufgrund der Schadenminderungspflicht (Selbsteingliederung; <ref-ruling> E. 4a S. 28; vgl. auch SZS 2011 S. 504, 9C_228/2010) seit dem Unfall vom 8. Februar 2003 unter dem Gesichtspunkt der Invalidenrentenberechtigung zur Inanspruchnahme des verfügbaren medizinischen Therapieangebotes gehalten ist - wogegen ausweislich der Akten praktisch keine ärztliche Behandlung stattfindet -, kann bei einer Arbeitsfähigkeit von 75 % in zumutbaren Verweisungstätigkeiten unter Berücksichtigung des in der Verfügung vom 6. Juli 2010 erwähnten Einkommens ohne Behinderung (Fr. 79'068.--) offensichtlich kein rentenbegründender Invaliditätsgrad von mindestens 40 % (Art. 28 Abs. 2 IVG) erreicht werden (Prozentvergleich; <ref-ruling> E. 1 S. 30 f., 114 V 310 S. 312 E. 3a), umso weniger, als selbst bei einer Tätigkeit als Buchhalterin die vom Spital Y._ formulierten Anforderungen an einen geeigneten Arbeitsplatz erfüllt werden können.
5. Dem Prozessausgang entsprechend sind die Gerichtskosten der unterliegenden Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 66 Abs. 1 Satz 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, dem Verwaltungsgericht des Kantons Nidwalden, Abteilung Versicherungsgericht, und dem Bundesamt für Sozialversicherungen schriftlich mitgeteilt.
Luzern, 12. Oktober 2011
Im Namen der II. sozialrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Meyer
Der Gerichtsschreiber: Widmer