Altlastenvoruntersuchung, hat sich ergeben:
A.- Die Z._ AG ist Eigentümerin des Grundstücks Kat. Nr. 7219 in Regensdorf. Für das Grundstück besteht wie für die angrenzenden Grundstücke 7217, 7220 und 7221 gemäss kantonalem Kataster ein Altlastenverdacht (Verdachtsfläche D.18), da B._ in den 50er Jahren darauf eine Kiesgrube und Deponie betrieben hatte. Das kantonale Amt für Gewässerschutz und Wasserbau forderte mit Verfügung vom 19. September 1996 B._ auf, eine Altlasten-Voruntersuchung in Bezug auf die Verdachtsfläche D.18 durchführen zu lassen. Die Z._ AG wurde samt den übrigen Eigentümern und Mietern der beteiligten Grundstücke verpflichtet, die erforderlichen Abklärungen zu dulden. Auf Rekurs von B._ hin hob die Baudirektion des Kantons Zürich am 19. Mai 1998 dessen Verpflichtung auf und verpflichtete stattdessen die Eigentümer der betroffenen Grundstücke, worunter die Z._ AG hinsichtlich des Grundstücks Kat. Nr. 7219, eine Altlasten-Voruntersuchung durchzuführen.
B.-Die Z._ AG und eine weitere Grundeigentümerin erhoben dagegen zunächst erfolglos Rekurs an den Regierungsrat des Kantons Zürich und anschliessend Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich. Dieses wies die Beschwerde mit Urteil vom 7. Juli 1999 ab.
C.- Die Z._ AG erhebt Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, den angefochtenen Entscheid und damit Dispositiv Ziff. I, III und V der Verfügung der Baudirektion vom 19. Mai 1998 aufzuheben und die Angelegenheit zur Neubeurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen. Zudem beantragt sie die Erteilung der aufschiebenden Wirkung.
D.- Die Baudirektion und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich beantragen Abweisung der Beschwerde. Das gemäss Art. 110 Abs. 1 OG zur Vernehmlassung eingeladene Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft vertritt die Auffassung, die kantonalen Behörden hätten mit der Verpflichtung der Standortinhaberin ihren Ermessensspielraum nicht überschritten.
E.- Die Beschwerdeführerin äusserte sich dazu mit Schreiben vom 13. Januar 2000 und erneuerte ihren Antrag auf Gutheissung der Beschwerde.
F.- Mit Verfügung des Präsidenten der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des Bundesgerichts vom 14. Oktober 1999 wurde der Beschwerde aufschiebende Wirkung erteilt.

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Das angefochtene, kantonal letztinstanzliche Urteil stützt sich auf das Umweltschutzgesetz und die Verordnung vom 26. August 1998 über die Sanierung von belasteten Standorten (Altlasten-Verordnung, AltlV; SR 814. 680), mithin auf öffentliches Recht des Bundes. Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist zulässig (Art. 97 und Art. 98 lit. g OG). Die Beschwerdeführerin ist als Adressatin einer Verfügung, die sie zur Vornahme von Untersuchungshandlungen verpflichtet, zur Beschwerde legitimiert (Art. 103 lit. a OG). Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist einzutreten.
b) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, und die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden, nicht aber die Unangemessenheit (Art. 104 OG).
c) Nachdem als Vorinstanz eine richterliche Behörde entschieden hat, ist das Bundesgericht an die Feststellung des Sachverhalts gebunden, soweit dieser nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensbestimmungen festgestellt worden ist (Art. 105 Abs. 2 OG).
Weder im angefochtenen Urteil noch in den Akten finden sich Hinweise, dass die Beschwerdeführerin selber die allfällige Altlast verursacht haben könnte. Entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin hat das Verwaltungsgericht jedoch nicht festgestellt, dass, wenn eine Altlast vorliege, sie von B._ und von niemand anderem stammen könne. Es hat bloss ausgeführt, es bestünden erhebliche Anhaltspunkte dafür, dass der Betrieb von B._ Belastungen der Umwelt zur Folge gehabt habe; es sei indessen durchaus möglich und ohne Durchführung der Voruntersuchung nicht widerlegbar, dass B._ allfällige Belastungen des Standortes behoben habe; heute stehe nicht fest, ob tatsächlich eine Altlast vorliege oder nicht. Bei dieser Sachlage bleibe es unwesentlich, ob der Regierungsrat die Möglichkeit späterer Verschmutzungen offen gelassen habe. Das Grundstück könne auch schadstofffrei sein. Betreffend der benachbarten Parzelle 7217 sei ohnehin davon auszugehen, dass die Rechtsnachfolger von B._ ebenfalls als Verursacher in Betracht kommen.
Da gerichtsnotorisch nicht ausgeschlossen werden kann, dass die auf dem Grundstück der Beschwerdeführerin allenfalls befindlichen Altlasten von der Nachbarparzelle her eingesickert sein könnten und nach den Feststellungen des Verwaltungsgerichts diesbezüglich auch andere Verursacher als B._ in Frage kommen, steht somit entgegen der Darstellung der Beschwerdeführerin nicht fest, dass die allfällige Altlast von niemand anderem als von B._ stammen könnte.
Dass im Verfahren vor den kantonalen Behörden der Sachverhalt nicht mit letzter Klarheit abgeklärt werden konnte, liegt in der Natur der Sache. Es ist gerade der Zweck der angeordneten Voruntersuchungen herauszufinden, ob sich auf dem Grundstück der Beschwerdeführerin überhaupt eine zu sanierende Altlast befindet und allenfalls, wer diese verursacht hat. Die Frage ist, wer diese Voruntersuchung durchzuführen hat.
2.- a) Nach <ref-law> trägt, wer Massnahmen nach diesem Gesetz verursacht, dafür die Kosten. Dieser Grundsatz wird bezüglich der Sanierung von Altlasten in <ref-law> (in Kraft seit 1. Juli 1997) als lex specialis konkretisiert (Marco Zaugg, Altlasten - die neuen Bestimmungen, URP 1996 S. 481-496, 493). Abs. 1 wiederholt den Grundsatz von Art. 2; Abs. 2 präzisiert ihn: Mehrere Verursacher tragen die Kosten entsprechend ihren Anteilen an der Verursachung. In erster Linie trägt die Kosten, wer die Sanierung durch sein Verhalten verursacht hat (Verhaltensstörer). Wer lediglich als Inhaber der Deponie oder des Standortes beteiligt ist (Zustandsstörer), kommt erst subsidiär zum Zuge (AB 1994 S 478, Berichterstatter Schüle; Zaugg, a.a.O., S. 491 f.). Zudem kann er sich unter bestimmten Voraussetzungen von jeglicher Kostenpflicht befreien. Mit dieser Regelung wird dem Umstand Rechnung getragen, dass die Kostenpflicht für den unbeteiligten Zustandsstörer unverhältnismässig und unbillig sein kann (vgl. Urteil des Bundesgerichts vom 12. Februar 1986 i.S. T., ZBl 88/1987 S. 301, E. 1b; Hans W. Stutz/Mark Cummins, Die Sanierung von Altlasten, Zürich 1996, S. 205 f.; Michael Griesbeck, Die materielle Polizeipflicht des Zustandsstörers und die Kostentragungspflicht nach unmittelbarer Ausführung und Ersatzvornahme - dargestellt am Beispiel der Altlastenproblematik, Berlin 1991, S. 41, 47). Soweit weder Verhaltens- noch Zustandsstörer belangt werden können, sind die Kosten durch das Gemeinwesen zu tragen, wobei ein Teil dieser Aufwendungen aus den nach Art. 32e zu erhebenden Abgaben finanziert wird (Hans U. Liniger, Bauen im reglementierten Baugrund. Das Problem der Altlasten. Baurechtstagung 1999, Freiburg 1999, Band I, S. 49 ff., 78 f.; Jean-Baptiste Zufferey, Construire dans un sol réglementé, Journées du droit de la construction 1999, Fribourg 1999, Vol. I, S. 44 ff., 82 f.).
b) Art. 2 und 32d USG betreffen nur die Kostenpflicht, sagen aber nichts darüber aus, wer die entsprechenden Massnahmen zu treffen hat (vgl. <ref-ruling> E. 3b S. 410; Liniger, a.a.O., S. 72; Urs Ch. Nef, Die Kostenpflicht bei der Sanierung von historischen Altlasten, Festschrift Lendi, Zürich 1998, S. 389 ff., 393; Heribert Rausch, Kommentar USG, Zürich 1985, N 3 zu Art. 2; Stutz/ Cummins, a.a.O., S. 235; Zaugg, a.a.O., S. 489). Diese beiden Fragen sind zu trennen: Die Massnahmenpflicht bezweckt eine wirksame Durchsetzung des Umweltrechts, die Kostentragungspflicht eine möglichst gerechte Kostenanlastung (René A. Rhinow/Beat Krähenmann, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung, Ergänzungsband, Basel/Frankfurt 1990, Nr. 52.B.VII S. 162 f. und Nr. 135. B.III S. 427; Griesbeck, a.a.O., S. 104 ff.; vgl. auch Urteil des Bundesgerichts vom 26. Februar 1998 i.S. Gemeinde Thalwil, URP 1998 S. 152, E. 4d/bb).
c) Nach <ref-law> sorgen die Kantone dafür, dass Altlasten saniert werden. Das Gesetz äussert sich nicht ausdrücklich darüber, ob die Kantone diese Pflicht selber wahrzunehmen haben oder den Inhaber oder Dritte dazu verpflichten können. Nach den allgemeinen Grundsätzen des Polizei- und Umweltrechts obliegt die Pflicht zur Beseitigung polizeiwidriger Zustände dem Störer (<ref-ruling> E. 6a S. 70; Nef, a.a.O., S. 393; Hans Reinhard, Allgemeines Polizeirecht, Diss. Bern 1993, S. 175 ff.; Hans Rudolf Trüeb, Kommentar USG, Zürich 1998, N 15 ff. zu Art. 59). Das gilt auch für die Sanierung von Altlasten (<ref-ruling> E. 17a/bb S. 413; Stutz/Cummins, a.a.O., S. 235; Klaus A. Vallender/Reto Morell, Umweltrecht, Bern 1997, S. 303 Rz 16; Zaugg, a.a.O., S. 489). Als Störer kommen sowohl derjenige in Betracht, der den Schaden oder die Gefahr selbst oder durch das unter seiner Verantwortung erfolgende Verhalten Dritter unmittelbar verursacht hat (Verhaltensstörer), als auch derjenige, der über die Sache, die den ordnungswidrigen Zustand bewirkt, rechtliche oder tatsächliche Gewalt hat (Zustandsstörer); als solcher kommt in erster Linie der Eigentümer des zu sanierenden Grundstücks in Frage (<ref-ruling> E. 4c S. 414 f.; <ref-ruling> E. 2c/aa S. 50 f.; Hans Dubs, Wer soll das bezahlen? - Die Finanzierung der Sanierung, URP 1993 S. 289-299, 292 f.; Liniger, a.a.O., S. 74).
Das Bundesgericht hat in einem Urteil vom 26. Februar 1998 (URP 1998 S. 152, E. 4d und e) gestützt auf seine bisherige Rechtsprechung zum Störerprinzip im Umwelt- und Polizeirecht bezüglich der Untersuchungspflicht für Altlasten ausgeführt, bei einer Mehrzahl von Störern stehe der zuständigen Behörde bei der Auswahl des Pflichtigen ein Ermessensspielraum zu. Dabei komme dem Gesichtspunkt der Dringlichkeit erhebliche Bedeutung zu. Sei die Beseitigung der Gefahr dringlich, sei derjenige Störer zu belangen, der dem Gefahrenherd am nächsten stehe. Andernfalls könne eine differenzierte Regelung getroffen werden. Der Grundsatz der Lastengerechtigkeit verliere jedoch an Bedeutung, da der Sanierungspflichtige nach <ref-law> eine nachträgliche Verteilung der Kosten auf alle Verursacher verlangen könne. Die Behörde sei daher nicht verpflichtet, alle Störer anteilmässig oder in jedem Fall den hauptverantwortlichen Störer zur Realleistung heranzuziehen. Sie sei aber jedenfalls berechtigt, denjenigen mit der Untersuchung zu beauftragen, der als hauptverantwortlicher Verursacher erscheine und voraussichtlich den grössten Teil der Sanierungskosten tragen müsse.
d) Nach diesem Urteil hat der Bundesrat am 26. August 1998 die Altlasten-Verordnung erlassen. <ref-law> regelt die Pflicht zu Untersuchungs-, Überwachungs- und Sanierungsmassnahmen. Diese sind nach Abs. 1 vom Inhaber des belasteten Standortes durchzuführen. Gemäss Abs. 2 kann die Behörde zur Durchführung der Voruntersuchung, der Überwachungsmassnahmen oder der Detailuntersuchung Dritte verpflichten, wenn Grund zur Annahme besteht, dass diese die Belastung durch ihr Verhalten verursacht haben. Zur Ausarbeitung des Sanierungsprojekts und zur Durchführung der Sanierung kann die Behörde gemäss Abs. 3 Dritte verpflichten, wenn diese die Belastung des Standortes durch ihr Verhalten verursacht haben. <ref-law> geht somit davon aus, dass die Pflicht zur Vornahme der Sanierungshandlungen ungeachtet der in <ref-law> festgelegten Kostentragungspflicht primär dem Standortinhaber obliegt. Das Verwaltungsgericht hat erwogen, dass sich mit dem Inkrafttreten der Altlasten-Verordnung eine Neuerung gegenüber dem zitierten Bundesgerichtsurteil vom 26. Februar 1998 ergeben habe. Die Massnahmepflicht treffe nicht denjenigen, der am ehesten als Verursacher erscheine, sondern nach <ref-law> grundsätzlich den Standortinhaber. Diese Regelung sei allein schon aus Praktikabilitätsgründen die weitaus zweckmässigste. Der ausnahmsweise Beizug des Verhaltensstörers komme nur in Betracht, wenn dieser nach aller Voraussicht kostenpflichtig werde. Da nicht feststehe, ob tatsächlich eine Altlast vorliege, sei es deshalb vertretbar, von einer ausnahmsweisen Verpflichtung von B._ abzusehen.
e) Das Verwaltungsgericht hat damit <ref-law> zutreffend ausgelegt und angewendet. Es entspricht Wortlaut und Sinn dieser Vorschrift, dass als Grundsatz die Untersuchungspflicht dem Standortinhaber aufzuerlegen ist und nur ausnahmsweise Dritte beizuziehen sind (Jürg E. Hartmann/ Martin K. Eckert, Sanierungspflicht und Kostenverteilung bei der Sanierung von Altlasten, URP 1998 S. 603-633, 611 f., 615; Liniger, a.a.O., S. 74 f., Zufferey, a.a.O., S. 81 f.).
aa) Zwar ist die Praktikabilität entgegen der Ansicht des Verwaltungsgerichts und eines Teils der Lehre (Vallender/Morell, a.a.O., S. 303 Rz 16; Christoph Zäch, Diskussionsvotum: Zur Revision des USG bezüglich der Altlastenproblematik, URP 1993 S. 322-325, 324; Zaugg, a.a.O., S. 489) kein ausschlaggebendes Argument für die primäre Belangung des Standortinhabers: Der Standortinhaber ist in aller Regel ohnehin nicht in der Lage, die Untersuchungen selber durchzuführen, sondern er wird damit spezialisierte Unternehmen beauftragen müssen (Ursula Brunner, Altlasten und die Auskunftspflicht nach <ref-law>, URP 1997 S. 5-28, 21). Die Realhandlung des Sanierungspflichtigen erschöpft sich praktisch darin, einen entsprechenden Auftrag zu erteilen (Hartmann/Eckert, a.a.O., S. 626). Dies kann genau so gut von der Behörde oder von Dritten durchgeführt werden wie vom Standortinhaber. Zudem ist der Inhaber nach <ref-law> verpflichtet, auf seinem Grundstück die für den Vollzug des Gesetzes nötigen Abklärungen zu dulden, auch wenn diese von der Behörde oder von Dritten durchgeführt werden (Michael Budliger, Zur Kostenverteilung bei Altlastensanierung mit mehreren Verursachern, URP 1997 S. 296-311, 300).
bb) Hingegen ist es ein allgemeiner Grundsatz, dass der Eigentümer sowohl Nutzen als auch Lasten aus seinem Eigentum trägt. Ihm obliegt daher in erster Linie die Verantwortung für den polizeikonformen Zustand seines Eigentums. Daher ist in erster Linie der Eigentümer verpflichtet, Gefahren abzuwehren, die sich aus dem Vorhandensein gefährlicher Gegenstände auf seinem Grundstück ergeben, auch wenn diese ohne sein Dazutun dorthin gelangt sind (<ref-ruling> E. 4c S. 415; <ref-ruling> E. 2c/aa S. 50 f.; <ref-ruling> E. 2a S. 23; ZBl 98/1997 S. 280, E. 3a; ZBl 88/1987 S. 301, E. 1b; Max Imboden/René Rhinow, Schweizerische Verwaltungsrechtsprechung Band II, 5. Aufl. , Basel 1976, Nr. 135. B.I.b S. 998 f.; Pierre Moor, Droit administratif, Vol. 1, 2. Aufl. , Bern 1994, S. 425 f.; Reinhard, a.a.O., S. 186).
cc) Es steht mit diesen Grundsätzen im Einklang, wenn <ref-law> in erster Linie dem Standortinhaber die Untersuchungspflicht auferlegt und nur im Sinne einer Kann- Vorschrift die Behörde ermächtigt, Dritte zu verpflichten. Dies dient dem Interesse an einer einfachen Durchsetzung der Sanierung, was erschwert oder gar verunmöglicht würde, wenn bereits im Stadium der Voruntersuchung der hauptsächlich verantwortliche Verhaltensstörer belangt werden müsste. Das gleiche Ergebnis kann auch auf <ref-law> abgestützt werden: Die in dieser Bestimmung enthaltene Verpflichtung, die für den Vollzug erforderlichen Auskünfte zu erteilen und Abklärungen durchzuführen, trifft ebenfalls in erster Linie den Eigentümer der abzuklärenden Sache (Brunner, a.a.O., S. 20; Ursula Brunner, Kommentar USG, Zürich 1999, N 10 zu Art. 46). Er steht grundsätzlich der zu untersuchenden Sache näher als ein Dritter. Er hat zudem in der Regel auch ein Interesse daran, dass die Untersuchungen speditiv vorgenommen werden, da die ungeklärte Situation seine Nutzungs- und Verfügungsmöglichkeiten einschränken kann. Die primäre Belangung des Inhabers entspricht damit auch dem öffentlichen Interesse an einer wirksamen Sanierung der Altlasten.
f) Die Behörde ist allerdings nicht auf die Auswahl zwischen dem Standortinhaber und einem Dritten i.S.v. <ref-law> beschränkt: Sie kann auch selbst die Voruntersuchungen durchführen und anschliessend die Kosten von Amtes wegen gemäss <ref-law> auf die Verursacher aufteilen, und zwar unabhängig davon, ob die Voraussetzungen für eine Ersatzvornahme oder eine antizipierte Ersatzvornahme vorliegen (a.A. Peter Steiner, Die Umsetzung des Verursacherprinzips durch das Umweltschutzrecht, Zürich 1999, S. 304 und 307). Das dürfte vor allem dort geboten sein, wo die Durchführung von Voruntersuchungen dringlich ist. Aber auch in anderen Fällen kann eine solche Vorgehensweise vorteilhaft sein: Damit wird vermieden, dass - wie gerade der vorliegende Fall zeigt - der mit der Untersuchung beauftragte Standortinhaber aus der Befürchtung heraus, die Untersuchungskosten definitiv tragen zu müssen, unter Ausschöpfung aller rechtlichen Möglichkeiten dieser Pflicht auszuweichen versucht, wodurch sich die Durchführung der Untersuchungen verzögert (vgl. Liniger, a.a.O., S. 72 Anm. 115 und S. 79). Im vorliegenden Fall hat der Kanton Zürich jedoch nicht diesen Weg gewählt und war hierzu - angesichts der Regelung in <ref-law> und der Tatsache, dass die Durchführung der Voruntersuchung nicht von besonderer Dringlichkeit war - auch nicht verpflichtet.
g) Das Grundstück Kat. -Nr. 7219 ist als Standort einer ehemaligen Deponie mit hoher Wahrscheinlichkeit belastet (Art. 2 Abs. 1 lit. a und 5 Abs. 3 AltlV) und es besteht der Verdacht einer Altlast, d.h. der Verdacht, dass der Standort sanierungsbedürftig ist, weil er zu schädlichen oder lästigen Einwirkungen führen kann oder die konkrete Gefahr besteht, dass solche Einwirkungen entstehen (Art. 2 Abs. 2 und 3 AltlV). Die Beschwerdeführerin ist Eigentümerin des altlastenverdächtigen Grundstücks und damit grundsätzlich handlungspflichtig (<ref-law>). Gemäss <ref-law> "kann" zur Durchführung der Voruntersuchung auch ein Dritter verpflichtet werden, wenn Grund zur Annahme besteht, dass dieser die Belastung des Standorts durch sein Verhalten verursacht hat. Zumindest in diesem Zusammenhang muss es genügen, wenn Grund zur Annahme besteht, der Dritte habe eine Belastung des Standorts i.S.v. <ref-law> und damit den Altlastenverdacht verursacht, da vor Durchführung der Voruntersuchung noch gar nicht feststeht, dass eine Altlast vorliegt. Im vorliegenden Fall kommt deshalb B._ als Dritter in Betracht, da er als Betreiber der Kiesgrube den Verdacht einer Altlast verursacht hat.
h) Sowohl nach dem Wortlaut von <ref-law> als auch nach allgemeinen Grundsätzen (URP 1998 S. 152 E. 4d) liegt es im Ermessen der Behörde, ob anstelle des Standortinhabers ein Dritter verpflichtet werden soll. Die Ermessensbetätigung durch die Verwaltungsbehörden kann vom Bundesgericht nur überprüft werden, wenn sie rechtsfehlerhaft ist (Art. 104 lit. a und c OG). Es sind Fälle denkbar, in denen nur die Heranziehung des Dritten ermessensfehlerfrei ist und somit aus der Kann-Vorschrift eine Verpflichtung der Behörde zur Heranziehung des Dritten folgt. Eine derartige Konstellation ist z.B. denkbar, wenn die Verursachungssituation klar ist und bereits feststeht, dass der Dritte als hauptverantwortlicher Verursacher einer Altlast i.S.v. <ref-law> sämtliche Kosten tragen muss (vorausgesetzt, er ist auch tatsächlich in der Lage, die entsprechenden Massnahmen durchzuführen bzw. durchführen zu lassen).
Diese Voraussetzungen sind nach dem Ausgeführten (E. 1c) vorliegend nicht erfüllt: Es kann nicht ausgeschlossen werden, dass entweder gar keine Altlast vorliegt oder dass sie von Dritten stammen könnte. Zudem liegt die Tätigkeit von B._, aus welcher die allfällige Altlast stammen könnte, bereits Jahrzehnte zurück und hat dieser offenbar keine nähere Beziehung mehr zum Grundstück. Es ist unter diesen Umständen nicht rechtsfehlerhaft, wenn die Behörden die Untersuchungspflicht der Beschwerdeführerin auferlegt haben.
3.- Entgegen der Befürchtung der Beschwerdeführerin bedeutet dies nicht, dass sie die gesamten Kosten der Voruntersuchung endgültig tragen muss. Dies gilt unabhängig davon, ob die Voruntersuchung den Altlastenverdacht bestätigt (im Folgenden, E. 3a) oder nicht (E. 3b):
a) Schliessen sich an die Voruntersuchungen eigentliche Sanierungs- oder Überwachungsmassnahmen an, kann die Beschwerdeführerin gemäss <ref-law> den Erlass einer Kostenverteilungsverfügung verlangen. Dabei sind die Kosten in erster Linie denjenigen aufzuerlegen, welche die Sanierung durch ihr Verhalten verursacht haben (<ref-law>); unter den in Satz 3 lit. a-c genannten Voraussetzungen wird die Beschwerdeführerin als blosse Standortinhaberin ganz von der Kostenpflicht befreit. Das gilt nicht nur für die eigentlichen Sanierungskosten, sondern auch für die Untersuchungskosten (Urteil des Bundesgerichts vom 26. Februar 1998, URP 1998 S. 152, E. 4b), einschliesslich der Kosten für die Voruntersuchung (Brunner, a.a.O. [1997], S. 27; Hartmann/Eckert, a.a.O., S. 625; Hans W. Stutz, Die Kostentragung der Sanierung - <ref-law>, URP 1997, S. 758-782, 770 f.).
b) Entgegen den Erwägungen des Verwaltungsgerichts erscheint eine Überwälzung der Voruntersuchungskosten auf Dritte aber auch dann nicht ausgeschlossen, wenn sich der Altlastenverdacht nicht bestätigt, Sanierungsmassnahmen also nicht erforderlich sind:
aa) Das Verwaltungsgericht nahm an, wenn keine Altlast bestehe, seien auch keine Verhaltensstörer bzw. Verursacher gemäss <ref-law> vorhanden; dies bewirke, dass die aufgelaufenen Untersuchungskosten dem zur Untersuchung verpflichteten Standortinhaber verblieben. Darin könne keine Missachtung des Verursacherprinzips erblickt werden.
bb) Dieses Argument verkennt, dass die Pflicht zur Durchführung einer Voruntersuchung nicht durch das Vorhandensein einer Altlast ausgelöst wird (da gar nicht feststeht, ob eine solche vorliegt), sondern durch einen entsprechenden Verdacht. Störer ist deshalb sowohl der Inhaber des altlastenverdächtigen Grundstücks (Zustandsstörer, vgl. <ref-law>) als auch derjenige, der durch sein Verhalten den Altlastenverdacht geschaffen hat (Verhaltensstörer, vgl. <ref-law>), denn die Voruntersuchung wäre nicht erforderlich, wenn niemand durch entsprechende Aktivitäten auf dem Grundstück einen solchen Verdacht herbeigeführt hätte.
cc) Entgegen einer in der Lehre vertretenen Ansicht (Brunner, a.a.O. [1997], S. 25 ff.; Stutz, a.a.O., S. 771) sprechen gute Gründe dafür, eine Kostenverteilung analog <ref-law> auch in diesem Fall vorzunehmen und die Kosten zwischen mehreren Verursachern entsprechend ihrem Anteil an der Schaffung der Verdachtssituation aufzuteilen: Nach dem Willen des Gesetzgebers soll der blosse Zustandsstörer unter den in <ref-law> genannten Voraussetzungen von sämtlichen Kosten, die im Zusammenhang mit der Altlastensanierung anfallen, befreit werden. Erfüllt der Standortinhaber diese Voraussetzungen, können ihm daher keine Voruntersuchungskosten auferlegt werden. Es ist nicht einzusehen, weshalb diese Befreiung nur gelten soll, wenn tatsächlich eine Altlast vorhanden ist, nicht aber dann, wenn sich herausstellt, dass keine Altlast besteht. Der Eigentümer, auf dessen Grundstück sich keine Altlast befindet, wäre damit schlechter gestellt als derjenige, auf dessen Grundstück eine solche vorkommt. Das wäre in sich widersprüchlich und stünde im Gegensatz zu der gesetzgeberischen Wertung, welche den Befreiungstatbeständen von Art. 32d Abs. 2 zugrunde liegt.
dd) Gegen das Abstellen auf die Verursachung des Gefahrenverdachts liesse sich allerdings einwenden, dass bei der Kostenverteilung nach den tatsächlichen Umständen entschieden und berücksichtigt werden sollte, dass sich der - bei Anordnung der Voruntersuchung bestehende - Altlastenverdacht im Ergebnis nicht bestätigt hat (so Wolfgang Weiss, Der Gefahrerforschungseingriff bei Altlasten - Versuch einer Neubestimmung, NVwZ 1997 S. 737-744, 742; vgl. auch Urteil des deutschen Bundesgerichtshofs vom 12. März 1992, BGHZ 117, 303, 307 f.). Folgte man dieser Auffassung, wäre aber nicht nur der Verursacher des Altlastenverdachts, sondern erst recht der Inhaber des altlastenverdächtigen Grundstücks von der Kostenpflicht zu befreien (in diesem Sinne § 24 Abs. 1 Satz 2 des deutschen Gesetzes zum Schutz des Bodens vom 17. März 1998, wonach die Kosten den zur Untersuchung Herangezogenen zu erstatten sind, wenn sich der Verdacht nicht bestätigt und sie die den Verdacht begründenden Umstände nicht zu vertreten haben). Dagegen erscheint die Lösung des Verwaltungsgerichts widersprüchlich, das negative Ergebnis der Voruntersuchung nur dem Verhaltensstörer und nicht auch dem Standortinhaber zugute kommen zu lassen.
c) Im vorliegenden Fall braucht zu den aufgeworfenen Fragen - die im jetzigen Verfahrensstadium noch rein hypothetischer Natur sind - nicht abschliessend Stellung genommen zu werden. Festzuhalten ist lediglich, dass die Erwägungen des Verwaltungsgerichts über die Kostenpflicht teilweise (E. 5c des angefochtenen Urteils) nicht zutreffen und die Kostenpflicht der Beschwerdeführerin durch die angeordnete Voruntersuchung nicht präjudiziert wird. Da die angefochtene Verfügung jedoch einzig die Massnahmenpflicht regelt, besteht kein Anlass, sie bzw. das sie bestätigende Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben.
4.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde erweist sich somit als im Ergebnis unbegründet. Bei diesem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG). Da sich die Beschwerdeführerin aufgrund der teilweise unzutreffenden Erwägungen des Verwaltungsgerichts in guten Treuen zur Beschwerdeführung veranlasst sehen konnte, rechtfertigt es sich, nur eine reduzierte Gerichtsgebühr aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 3 OG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 1'500. -- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, der Baudirektion und dem Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, 4. Abteilung, 4. Kammer, sowie dem Bundesamt für Umwelt, Wald und Landschaft (BUWAL) schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 3. Mai 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: