Faits:
A. Le 10 novembre 2011, A._ a déposé une plainte pénale à l'encontre de son beau-fils, B._, pour vol, subsidiairement abus de confiance et violation de domicile. Cette plainte a été déposée dans un contexte de litige concernant la succession de feu C._, époux de la plaignante et père du prévenu. A._ a reproché à son beau-fils de s'être rendu sans droit sur la parcelle dont elle est l'usufruitière et d'y avoir dérobé une yole. Entendu par la police, B._ a déclaré avoir effectivement pris la yole pour l'amener dans un chantier naval, afin d'effectuer quelques réparations et veiller à son hivernage. Il a ajouté que cette embarcation lui avait été offerte par son père.
Le 22 février 2012, le Ministère public du canton de Genève (ci-après: le Ministère public) a rendu une ordonnance de non-entrée en matière fondée sur l'art. 310 al. 1 let. a et c du code de procédure pénale suisse (CPP; RS 312.0). Par arrêt du 22 mars 2012, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a rejeté le recours formé par A._ contre cette ordonnance.
B. Agissant par la voie du recours en matière pénale, A._ demande au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal et de renvoyer la cause à la Cour de justice pour qu'elle ordonne au Ministère public d'ouvrir une instruction à l'encontre de B._, d'auditionner notamment X._ et Y._ et d'entreprendre tous les actes d'instruction nécessaires à l'éclaircissement des faits pertinents, notamment la question de l'appartenance de la yole et du dessein d'enrichissement illégitime de B._. Elle se plaint notamment de la violation des <ref-law>, 139 et 52 CP et d'un établissement arbitraire des faits.
Le Ministère public et la Cour de justice renoncent à se déterminer et concluent au rejet du recours.

Considérant en droit:
1. L'arrêt attaqué confirme la non-entrée en matière de la procédure pénale ouverte à l'encontre de B._. Rendu en matière pénale (<ref-law>) par une autorité cantonale de dernière instance (<ref-law>), il met fin à la procédure pénale (<ref-law>). Partant, il peut faire l'objet d'un recours en matière pénale selon les <ref-law>.
1.1 Selon l'art. 81 al. 1 let. a et b ch. 5 LTF, la partie plaignante qui a participé à la procédure de dernière instance cantonale est habilitée à recourir au Tribunal fédéral, si la décision attaquée peut avoir des effets sur le jugement de ses prétentions civiles. Constituent de telles prétentions celles qui sont fondées sur le droit civil et doivent en conséquence être déduites ordinairement devant les tribunaux civils. Il s'agit principalement des prétentions en réparation du dommage et du tort moral au sens des <ref-law>.
1.2 Selon l'<ref-law>, il incombe notamment au recourant d'alléguer les faits qu'il considère comme propres à fonder sa qualité pour recourir lorsque ces faits ne ressortent pas à l'évidence de la décision attaquée ou du dossier de la cause (cf. <ref-ruling> consid. 1 p. 356, 249 consid. 1.1 p. 251).
Lorsque le recours est dirigé contre une décision de classement de l'action pénale ou de non-entrée en matière, il n'est pas nécessaire que la partie plaignante ait déjà pris des conclusions civiles (<ref-ruling> consid. 1.3.1 p. 248). En revanche, elle doit expliquer dans son mémoire quelles prétentions civiles elle entend faire valoir contre l'intimé à moins que, compte tenu notamment de la nature de l'infraction alléguée, l'on puisse déduire directement et sans ambiguïté quelles prétentions civiles pourraient être élevées et en quoi la décision attaquée pourrait influencer négativement leur jugement (<ref-ruling> consid. 2.4 p. 222 et les arrêts cités).
1.2.1 En l'espèce, la recourante n'indique pas quelles prétentions civiles relatives à l'infraction de violation de domicile (<ref-law>) elle entend faire valoir. On ne voit pas d'emblée et sans ambiguïté les prétentions civiles susceptibles d'être invoquées ni en quoi la décision de non-entrée en matière du Ministère public pourrait influencer négativement un jugement sur ce point. De l'aveu même de la recourante, l'acte constitutif de l'infraction de violation de domicile est "sans réel impact financier". La qualité pour agir ne saurait dès lors être reconnue à l'intéressée sur la base de l'art. 81 al. 1 let. b ch. 5 LTF. Les griefs liés à la constatation arbitraire des faits et à la violation des <ref-law> et 52 CP en lien avec l'<ref-law> sont donc irrecevables.
S'agissant de l'infraction de vol (<ref-law>), la recourante fait valoir qu'il lui est difficile d'articuler des prétentions civiles chiffrées, la yole, "d'une valeur certaine, ne [pouvant] à ce jour être estimée puisque B._ refuse de la restituer". Dans la mesure où la décision de non-entrée en matière pour vol peut avoir une incidence négative sur le jugement des prétentions civiles de la recourante, la qualité pour agir au sens de l'<ref-law> doit lui être reconnue pour l'infraction de vol uniquement.
2. La recourante se plaint d'une violation des <ref-law> et 139 CP. Elle prétend que la cour cantonale aurait dû conclure à la nécessité d'ouvrir une instruction pour établir les faits propres à éclaircir les questions de l'appartenance de la yole et du dessein d'enrichissement illégitime de B._.
2.1 Conformément à l'<ref-law>, le ministère public rend immédiatement une ordonnance de non-entrée en matière s'il ressort de la dénonciation ou du rapport de police que les éléments constitutifs de l'infraction ou les conditions à l'ouverture de l'action pénale ne sont manifestement pas réunis (let. a) ou qu'il y a lieu de renoncer à l'ouverture d'une poursuite pénale lorsque les conditions de l'<ref-law> sont remplies (let. c). Dans ce cadre, le ministère public et l'autorité cantonale de recours disposent d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal fédéral revoit avec retenue (cf. arrêt 1B_687/2011 du 27 mars 2012 consid. 4.1.2, destiné à la publication).
2.2 En l'occurrence, la Cour de justice a considéré que l'appartenance de l'esquif n'était pas clairement établie, en raison du litige successoral. Elle a toutefois écarté le dessein d'enrichissement illégitime, l'enlèvement du bateau étant destiné notamment à son entretien et à son hivernage. De surcroît et en tout état, elle a qualifié, sans commettre d'excès dans son pouvoir d'appréciation, l'absence de la yole - dont la recourante ne conteste pas ne pas se servir - d'événement de peu d'importance, ce qui pouvait amener le Ministère public à renoncer à entamer des poursuites pour vol contre B._ en application des <ref-law> et 310 al. 1 let. c CPP.
On cherche en vain dans le recours une argumentation visant à réfuter cette dernière motivation. La recourante ne prétend pas que les conditions pour une exemption de peine au sens de l'<ref-law> ne seraient pas réalisées en l'espèce; elle n'expose pas plus en quoi la cour cantonale aurait violé l'<ref-law> en lien avec l'art. 310 al. 1 let. c CPP en confirmant l'ordonnance de non-entrée en matière portant sur le prétendu vol de la yole. Faute de satisfaire aux exigences de motivation requises par la loi (<ref-law>), ce grief doit être déclaré irrecevable.
La recourante plaide encore en vain que d'autres infractions pourraient entrer en considération, soit l'appropriation illégitime commise au préjudice d'un proche (<ref-law>), la soustraction de chose mobilière (<ref-law>) et l'abus de confiance (<ref-law>). En effet, le raisonnement fondé sur l'<ref-law> en lien avec l'art. 310 al. 1 let. c CPP s'applique également aux infractions précitées.
3. Au vu de ce qui précède, le recours doit être déclaré irrecevable. La recourante, qui succombe, supportera les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est irrecevable.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'000 francs, sont mis à la charge de la recourante.
3. Le présent arrêt est communiqué au mandataire de la recourante, au Ministère public et à la Cour de justice du canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 2 juillet 2012
Au nom de la Ire Cour de droit public
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Fonjallaz
La Greffière: Tornay Schaller