Sachverhalt:
A. A.a Y._ (geb. 1961) und X._ (geb. 1962) sind die seit 2001 getrennten und seit dem 24. April 2003 geschiedenen Eltern des Sohnes Z._ (geb. 1997). Im Ehescheidungsurteil wurde Z._ antragsgemäss unter der gemeinsamen elterlichen Sorge belassen, aber in die Obhut des Vaters gestellt. Gegenwärtig wohnt Z._ beim Vater. Dieser ist seit mehreren Jahren in zweiter Ehe verheiratet. Im gleichen Haushalt lebt der ungefähr gleichaltrige Sohn der zweiten Ehefrau, der mit seinem eigenen Vater keinen Umgang mehr pflegt. Die Mutter wohnt als unmittelbare Nachbarin zusammen mit ihrer Lebenspartnerin und deren zwei wesentlich jüngeren Kindern.
A.b Im Sommer 2005 verlangte die Mutter beim zuständigen Gericht die vorsorgliche Regelung des persönlichen Verkehrs zwischen ihr und ihrem Sohn. In der Folge einigten sich die Eltern auf eine vorläufige Ordnung.
A.c Im November 2005 reichte die Mutter eine Klage auf Abänderung des Scheidungsurteils ein, und der Vater erhob Widerklage. Mit Entscheid vom 12. Februar 2008 änderte das Kantonsgericht St. Gallen das Scheidungsurteil ab und gab das Kind in die alleinige elterliche Sorge des Vaters. Es räumte der Mutter das Recht ein, mit Z._ jedes zweite Wochenende von Freitag bis Sonntag, jeden Montagabend, jährlich vier Wochen Ferien sowie die Hälfte der Doppelfeiertage zu verbringen. Eine früher angeordnete Besuchsrechtsbeistandschaft wurde beibehalten.
A.d Am 25. Juni 2009 verlangte der Vater die Abänderung des Besuchs- und Ferienrechts. Mit Beschluss vom 10. Februar 2010 reduzierte die Vormundschaftsbehörde See-Linth den Umfang des persönlichen Umgangs der Mutter auf ein Treffen pro Monat, jeweils am zweiten Freitag des Monats, für mindestens vier Stunden; das Umgangsrecht in den Ferien und an den Feiertagen hob die Vormundschaftsbehörde auf. Zudem lehnte sie es ab, die Eltern zu einer Mediation bzw. das Kind zu einer psychotherapeutischen Behandlung zu verpflichten. Sodann hob sie mit Beschluss vom 30. Juni 2010 auch die Besuchsrechtsbeistandschaft bedingungslos auf.
A.e Die von der Mutter gegen den Entscheid der Vormundschaftsbehörde vom 10. Februar 2010 erhobene Beschwerde wies das Departement des Innern des Kantons St. Gallen am 9. August 2010 ab.
B. Daraufhin gelangte die Mutter mit Berufung an das Kantonsgericht St. Gallen und beantragte, das Besuchsrecht sei wie im Entscheid des Kantonsgerichts St. Gallen vom 12. Februar 2008 festzulegen, zwischen den Eltern sei eine Mediation anzuordnen und eventuell sei ein neuer Besuchsrechtsbeistand einzusetzen. Mit Entscheid vom 25. Januar 2011 wies das Kantonsgericht die Berufung ab, soweit es darauf eintrat.
C. Mit Beschwerde vom 2. März 2011 gelangt X._ (nachfolgend Beschwerdeführerin) an das Bundesgericht und beantragt, das Besuchsrecht sei gemäss dem früheren Entscheid des Kantonsgerichts vom 12. Februar 2008 zu bestätigen, eventuell durch das Bundesgericht in angemessenem Umfang festzulegen. Ferner seien die Parteien zur konkreten Durchsetzung der mütterlichen Besuchsrechte unter Androhung der Straffolgen nach Art. 292 StGB zu einer Mediation zu verpflichten.
Mit Verfügung vom 4. März 2011 wurde das Gesuch um Gewährung der aufschiebenden Wirkung und den Erlass vorsorglicher Massnahmen abgewiesen.
In der Sache selbst wurden die Akten, aber keine Vernehmlassungen eingeholt.

Erwägungen:
1. 1.1 Angefochten ist ein kantonal letztinstanzlicher Endentscheid in einer nicht vermögensrechtlichen Zivilsache, wogegen die Beschwerde in Zivilsachen offen steht (Art. 72 Abs. 1, Art. 75 Abs. 1 und Art. 90 BGG). Nicht näher einzugehen ist daher auf die Ausführungen der Beschwerdeführerin, aus denen sie eine Rechtsfrage von grundsätzlicher Bedeutung im Sinne von Art. 74 Abs. 2 lit. a BGG ableitet.
1.2 Bei der Beschwerde in Zivilsachen sind in rechtlicher Hinsicht alle Rügen gemäss Art. 95 f. BGG zulässig, und das Bundesgericht wendet in diesem Bereich das Recht von Amtes wegen an (Art. 106 Abs. 1 BGG), was heisst, dass es behauptete Rechtsverletzungen (Art. 42 Abs. 2 BGG) mit freier Kognition prüft.
Auf die blosse Anregung der Beschwerdeführerin, das Bundesgericht möge von Amtes wegen prüfen, inwiefern direkt anwendbare Bestimmungen des Völkerrechts (namentlich Art. 6 Ziff. 1 EMRK, Art. 12 ff. UNO-Kinderrechtskonvention) durch das Vorgehen der Vorinstanzen und den angefochtenen Entscheid verletzt worden seien, ist mangels Begründung (Art. 42 Abs. 2 BGG) von vornherein nicht einzutreten.
1.3 Die Verletzung von Grundrechten prüft das Bundesgericht nur insofern, als eine solche Rüge in der Beschwerde vorgebracht und begründet worden ist (Art. 106 Abs. 2 BGG). Das bedeutet, dass klar und detailliert anhand der Erwägungen des angefochtenen Entscheids darzulegen ist, inwiefern verfassungsmässige Rechte verletzt worden sein sollen (<ref-ruling> E. 6 S. 397; <ref-ruling> E. 1.4.2 S. 254).
Nicht einzutreten ist daher auf die behaupteten Verstösse gegen Art. 10 Abs. 2 und Art. 14 BV, denn die Beschwerdeführerin hat nicht im Einzelnen aufgezeigt, welche Ansprüche sie aus welcher Bestimmung ableitet und inwiefern diese verletzt sein sollen.
1.4 Nach Art. 105 Abs. 1 BGG legt das Bundesgericht seinem Urteil den Sachverhalt zugrunde, den die Vorinstanz festgestellt hat. Die Feststellung des Sachverhalts kann nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig, d.h. willkürlich (BGE <ref-ruling> E. 1.2.2 S. 252) ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von Art. 95 BGG beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann (Art. 97 Abs. 1 BGG; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 22). Wird eine willkürliche Feststellung von Tatsachen geltend gemacht, ist - neben der Erheblichkeit der gerügten Tatsachenfeststellung für den Verfahrensausgang - klar und detailliert darzutun, inwiefern diese Feststellung offensichtlich unhaltbar sein soll, d.h. mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch stehe, auf einem offenkundigen Versehen beruhe oder sich sachlich in keiner Weise rechtfertigen lasse und der angefochtene Entscheid deshalb an einem qualifizierten und offensichtlichen Mangel leidet (<ref-ruling> E. 7.1 S. 398; <ref-ruling> E. 2.2 S. 246).
Soweit die Beschwerdeführerin in Ziff. 49 der Beschwerde behauptet, die Feststellung, wonach die beschränkte Besuchszeit Mutter und Kind nicht daran hindere, eine lebendige und positive Beziehung aufzubauen, sei nicht nachvollziehbar und deshalb willkürlich, belässt sie es bei einer appellatorischen Kritik, auf welche nicht eingetreten werden kann. Ebenfalls rein appellatorischer Natur sind die Ausführungen der Beschwerdeführerin hinsichtlich der Auslegung des Kindeswillens (Ziff. 65-71 der Beschwerde), denn sie begnügt sich damit, ihre eigene Sicht der Dinge darzulegen. Nicht einzutreten ist sodann auf die Rüge, das Kantonsgericht sei in Willkür verfallen (Ziff. 72 der Beschwerde), indem es A._ fälschlicherweise als Familientherapeuten bezeichnet habe, weil dieser in Tat und Wahrheit Sozialarbeiter FH/Systemischer Berater im Regionalen Beratungszentrum Rapperswil-Jona sei, denn die Beschwerdeführerin zeigt nicht auf, inwiefern jener nicht qualifiziert sein soll, Empfehlungen hinsichtlich der Ausgestaltung des Besuchsrechts abzugeben (s. dazu auch E. 5.2.2 hiernach). Nicht einzutreten ist schliesslich auf die in den Ziff. 80-85 der Beschwerde enthaltenen Vorwürfe der unrichtigen Sachverhaltsfeststellungen bzw. Beweiswürdigungen, denn die Beschwerdeführerin zeigt nicht klar und detailliert auf, worin der Einfluss auf den Ausgang des Verfahrens bestünde.
2. In verschiedener Hinsicht wird dem Kantonsgericht in der Beschwerde eine Verletzung des rechtlichen Gehörs (Art. 29 Abs. 2 BV) vorgeworfen; diese Rüge ist wegen der formellen Natur des Gehörsanspruchs (<ref-ruling> E. 2.2 S. 190) vorweg zu prüfen.
2.1 Zunächst rügt die Beschwerdeführerin, die Vormundschaftsbehörde habe ihr die Akten zur Anhörung des Sohnes vom 9. und 14. September 2009 gar nie zur Kenntnis gebracht. Sie habe das entsprechende Protokoll erst am 17. März 2010 vom Departement des Innern zur Kenntnis erhalten. Sodann sei ihr am 26. November 2010 vom Kantonsgericht die Stellungnahme der Vormundschaftsbehörde vom 23. November 2010 samt Beilagen zugestellt worden. Darunter habe sich ein Bericht "Z._" vom 4. Juli 2009 (ein von Z._ handschriftlich verfasster Bericht über den Ablauf eines Besuchsrechtswochenendes bei der Mutter) befunden. Von diesem habe sie erst nach dem Entscheid des Departements des Innern Kenntnis erhalten. Trotzdem habe das Kantonsgericht darin keine Verletzung des rechtlichen Gehörs zu erblicken vermocht.
Die Beschwerdeführerin hat die Verletzung des rechtlichen Gehörs durch die Vormundschaftsbehörde bereits vor dem Departement des Innern geltend gemacht. Dieses bejahte eine Verletzung, erachtete sie indes als geheilt. Gegebenenfalls hätte die Beschwerdeführerin dieses Ergebnis vor dem Kantonsgericht beanstanden müssen. Dass sie das getan hätte, behauptet sie indessen nicht, und ist auch nicht ersichtlich. Mangels Ausschöpfung des Instanzenzuges kann auf diese Rüge nicht eingetreten werden (<ref-ruling> E. 2 S. 640).
Sodann erwog das Kantonsgericht, die Mutter habe wohl eine Verletzung des rechtlichen Gehörs geltend gemacht, aber darauf verzichtet, gestützt auf diese Vorbringen Anträge zu stellen und letztlich bloss einen richterlichen Rüffel erwartet; das Kantonsgericht habe keinen erzieherischen Auftrag und sei nicht Aufsichtsbehörde, weshalb darauf nicht einzutreten sei. Die Beschwerdeführerin setzt sich nicht mit diesen Erwägungen auseinander und behauptet nichts, woraus auf das Gegenteil geschlossen werden müsste. Ebenso wenig zeigt sie auf, dass der fragliche Bericht bereits zu den Akten des Departements des Innern gehörte und damit Grundlage für dessen Entscheid war. Mithin kommt sie den Begründungsanforderungen nicht nach (E. 1.3 hiervor), weshalb nicht darauf einzutreten ist.
2.2 Weiter beanstandet die Beschwerdeführerin eine Verletzung des rechtlichen Gehörs, indem das Kantonsgericht für seinen Entscheid vom 25. Januar 2011 nicht mehr auf ihre Eingabe vom 10. Januar 2011 abgestellt habe, worin sie sich zu den mit Schreiben vom 26. November 2010 zugestellten Unterlagen geäussert habe.
Es trifft zwar zu, dass das Kantonsgericht die Eingabe der Beschwerdeführerin vom 10. Januar 2011 im schriftlich begründeten Entscheid nicht ausdrücklich erwähnt. Die Eingabe befindet sich allerdings als act. B/15 bei den Akten des Kantonsgerichts, und es hat jene am 11. Januar 2011 dem Vater und dem Sohn zur Kenntnis gebracht (kant. act. B/16). Mit Schreiben vom 14. Januar 2011 teilte das Kantonsgericht schliesslich mit, es erachte die Sache als spruchreif (kant. act. B/17). Mithin gibt es keine Anzeichen dafür, dass es die fragliche Eingabe unberücksichtigt gelassen hat. Vielmehr läuft der Vorwurf, das Kantonsgericht habe nicht auf die Eingabe vom 10. Januar 2011 abgestellt, auf eine Rüge der Verletzung der Begründungspflicht als Teilgehalt des rechtlichen Gehörs hinaus, was sogleich zu prüfen ist:
Die Begründung eines Entscheides muss so abgefasst sein, dass der Betroffene ihn gegebenenfalls sachgerecht anfechten kann. Dies ist nur möglich, wenn sowohl er wie auch die Rechtsmittelinstanz sich über die Tragweite des Entscheides ein Bild machen können. In diesem Sinn müssen wenigstens kurz die Überlegungen genannt werden, von denen sich die Behörde hat leiten lassen und auf welche sich ihr Entscheid stützt. Es ist jedoch nicht nötig, dass sich die Behörde mit jeder tatsächlichen Behauptung und mit jedem rechtlichen Einwand auseinandersetzt. Vielmehr kann sie sich auf die für den Entscheid wesentlichen Gesichtspunkte beschränken (<ref-ruling> E. 3.2 S. 236; <ref-ruling> E. 3.3 S. 445; <ref-ruling> E. 4.1 S. 88).
Entgegen dem Tenor der Ausführungen in der Beschwerde ergibt sich eine Verletzung der Begründungspflicht nicht bereits daraus, dass das Kantonsgericht nicht den Argumenten der Mutter gefolgt ist. Im angefochtenen Entscheid werden die zentralen Überlegungen, von denen das Kantonsgericht ausgegangen ist, genannt und in jeder Hinsicht verständlich und nachvollziehbar ausgeführt. Wie ihre 33-seitige Beschwerde zeigt, war die Beschwerdeführerin denn auch in der Lage, den Entscheid in allen Teilen sachgerecht anzufechten. Die Rüge der Verletzung der Begründungspflicht ist demnach unbegründet.
3. Das Kantonsgericht hat im Wesentlichen folgenden Sachverhalt festgestellt: Die Eltern hätten es seit der Trennung bis 2005 geschafft, einträchtig zusammenzuwirken und sich in Kinderbelangen abzusprechen. Seither führten sie einen eigentlichen Kampf um das Kind und liessen den Konflikt immer wieder eskalieren, indem sie Strafklagen erheben und sich ständig gegenseitig Vorwürfe machten. Im Mai 2008 hätten die Eltern versucht, mit einer Familienberatung eine Entlastung zu bewirken. Die Therapeutin habe schliesslich allerdings abgesagt, so dass die Beratung nur vorübergehend zu einer Beruhigung der Situation geführt habe. Folge dieser ständigen Konflikte sei eine zunehmende Einschränkung des Besuchsrechts der Mutter gewesen. Seit Herbst 2009 dürfe die Mutter den Jungen nur noch jeden zweiten Freitagabend im Monat für einige Stunden treffen. Diese Treffen fänden entgegen den Behauptungen der Mutter regelmässig und pünktlich statt. Hinzu komme, dass das frühere Besuchsrecht trotz klarer Regelungen nie unbeschwert habe ausgeübt werden können, sondern stets Schwierigkeiten bereitet habe. Termine seien nicht eingehalten oder kurzfristig verschoben worden, Besuchswochenenden übermässig verplant, Versprechen nicht eingehalten, jede Verspätung kleinlich gerügt und dem anderen Elternteil als Charakterfehler vorgehalten worden. Der Vater stehe der Lebensform der Mutter nicht unbefangen gegenüber. Im Gegenzug werfe die Mutter dem Vater vor, er entfremde das Kind. Auch das Verhältnis der Mutter zum Besuchsrechtsbeistand sei von Beginn weg belastet gewesen. Dieser habe zwar sorgfältige Besuchsrechtsregelungen ausgearbeitet und rasch das Vertrauen des Kindes gewonnen. Die Mutter habe sich aber vom Beistand in ihrer Lebensweise nicht akzeptiert gefühlt und ihr sei wiederholt allein die Rolle des Stör- oder Belastungsfaktors zugeschrieben worden.
Die langjährigen, belastenden Umstände seien für Z._ nicht ohne Folgen geblieben. Während er im Jahr 2005 noch einen ausgewogenen Kontakt zu beiden Eltern gewünscht habe, werde ein Jahr später beschrieben, dass er sich bei beiden Eltern wohl fühle, aber eine ansteigende Zerrissenheit zu spüren sei. Z._ habe immer mehr Mühe bekundet, die Lebensform der Mutter neben der des Vaters zu akzeptieren und zunehmend gewünscht, nur noch einer Familie, nämlich der des Vaters, anzugehören. Er habe wiederholt zum Ausdruck gebracht, das Besuchsrecht sei möglichst so zu belassen wie es heute sei, und es sei sicher nicht auszuweiten. Er könne den Besuchen bei der Mutter wenig Positives abgewinnen. Seine Ausführungen seien klar, nachvollziehbar, konstant, altersentsprechend und basierten auf seiner eigenen Erfahrungswelt. Die Besuche am Freitagabend würden von allen Beteiligten als rundum unbefriedigend erlebt. Und trotzdem schienen die seit Herbst 2009 reduzierten Besuche das Wohlbefinden von Z._ spürbar gefördert zu haben.
4. In rechtlicher Hinsicht ist vom Grundsatz auszugehen, wonach Eltern, denen die persönliche Sorge oder Obhut nicht zusteht, und unmündige Kinder gegenseitig Anspruch auf angemessenen persönlichen Verkehr haben (Art. 273 Abs. 1 ZGB). Dieser ist zwar als sog. Pflichtrecht ausgestaltet, dient aber in erster Linie dem Interesse des Kindes; oberste Richtschnur für die Ausgestaltung des persönlichen Verkehrs ist deshalb stets das Kindeswohl, das anhand der Umstände des konkreten Einzelfalles zu beurteilen ist (<ref-ruling> E. 3b S. 451; <ref-ruling> E. 2.1 S. 587 f.; <ref-ruling> E. 5 S. 212).
Auszugehen ist dabei von der kinderpsychologischen Erkenntnis, dass in der Regel eine Beziehung zu beiden Elternteilen wichtig ist, da sie bei der Entwicklung und Identitätsfindung des Kindes eine wichtige Rolle spielen kann (<ref-ruling> E. 3a S. 407; <ref-ruling> E. 4a S. 298; <ref-ruling> E. 2.2.2 S. 590). Wird jedoch das Wohl des Kindes durch den persönlichen Verkehr gefährdet, indem seine ungestörte körperliche, seelische oder sittliche Entfaltung bedroht ist, kann das Besuchsrecht beschränkt oder aufgehoben werden (Art. 274 Abs. 2 ZGB), wobei die gänzliche Aufhebung stets die ultima ratio bleiben muss (<ref-ruling> E. 3b S. 407).
Was das Kind anbelangt, so steht es nicht in dessen freiem Belieben, ob es persönliche Kontakte wünscht oder nicht; dies gilt namentlich dort, wo die ablehnende Haltung wesentlich durch die Einstellung der sorgeberechtigten Partei geprägt ist (Urteil 5A_341/2008 vom 23. Dezember 2008 E. 4.3). Indes ist der geäusserte Kindeswille in der Entscheidung zu berücksichtigen, und bei älteren Kindern ist er ein massgebliches Kriterium bei der Festsetzung des Besuchsrechts (Urteil 5C.250/2005 vom 3. Januar 2006 E. 3.2.1).
5. 5.1 Das Kantonsgericht erwog, die Beschränkung des Besuchsrechts sei nicht auf ein Fehlverhalten der Mutter zurückzuführen. Ebenso wenig leide Z._ an einem Parental Alienation Syndrome. Seine Überlegungen schienen in Anbetracht seines Alters und seiner Erlebniswelt nachvollziehbar. Seiner Denkweise sei zu entnehmen, dass er zum Vater, der präsenter sei und dessen Lebenswelt er besser verstehe, eine enge Vertrauensbeziehung aufgebaut habe, die ihm Schutz und Unterstützung verspreche, wogegen ihm eine Bindung an die abwesende Mutter mit ihrer eigenen Lebenswirklichkeit schwerer falle. Ohnehin sei zu berücksichtigen, dass selbst ein beeinflusster Wille beachtlich sei, und zwar schon deshalb, weil er für das Kind eine psychisch empfundene Realität bilde. Kinder erreichten gewöhnlich zwischen dem zehnten und dem zwölften Lebensjahr das Entwicklungsstadium der formallogischen Denkoperationen. Sie seien dann nicht mehr allein der Gegenwart verhaftet, sondern vermöchten die Vor- und Nachteile künftiger Lebenssituationen gegeneinander abzuwägen. Sie könnten es auch hinnehmen, dass Erwachsene unterschiedliche Standpunkte bezögen, und verstünden, dass es wichtig ist, sich dazu eine eigene Meinung zu bilden. Urteilsfähige Kinder könnten erwarten, dass ein gefestigter und nicht nur aus einer momentanen Laune heraus gefasster Entschluss als Ausfluss ihrer Persönlichkeit respektiert und in der Entscheidfindung berücksichtigt werde. Ihr Wille gelte als Akt beschränkter Eigenverantwortung, der zwar nicht allein massgeblich und kritisch zu hinterfragen sei, aber auch nicht ganz unbedeutend sein könne. Je älter und reifer die Kinder würden, je stabiler ihre Haltung sei und je nachdrücklicher diese vertreten werde, desto mehr sei darauf zu achten, bis schliesslich ein Besuchsrecht gegen ihren gefestigten Willen grundsätzlich nicht mehr vertretbar und wohl auch nicht mehr durchsetzbar sei. Dies widerspräche nämlich sowohl dem Zweck der Umgangsregelung als auch dem Persönlichkeitsrecht des Kindes. Der Hinweis der Mutter, Z._ könne sich gar nicht unbefangen äussern, weshalb seine Stimme nicht zu hören sei, erweise sich für Kinder in der Adoleszenz als sehr verletzend und sei eher geeignet, ihre Abwehrhaltung zu verstärken, als sie zur Selbständigkeit anzuleiten. Eine gerichtliche Verordnung gegen den Kindeswillen wirke sich im Übrigen auf das Mutter-Kind-Verhältnis regelmässig negativ aus und leite meist den endgültigen Abbruch der Beziehung ein. Viele Kinder, welche mit rigider gerichtlicher Verfügung oder unflexibler Elternvereinbarung zu Besuchen genötigt würden, brächen die Verbindung später ab. Ein Appell an die Selbstbestimmung könne dazu führen, dass das Kind im Laufe der Adoleszenz sein Urteil über die Eltern revidiere, die Parteinahme für einen Elternteil aufgebe und sich dem anderen freiwillig zuwende. Z._ habe mit seinen 13 bis 14 Jahren ein Alter erreicht, in dem er sich grundsätzlich eine eigene Meinung bilden könne, und die Folgen seines Entscheides für sich abzuschätzen vermöge. Es bestehe kein Anlass, daran zu zweifeln, dass der Junge, der einen reifen und bestimmten Eindruck mache, sich soweit entwickelt habe. Damit sei er im rechtlichen Sinne urteilsfähig geworden und sein Wille daher grundsätzlich zu respektieren.
5. 5.1 Das Kantonsgericht erwog, die Beschränkung des Besuchsrechts sei nicht auf ein Fehlverhalten der Mutter zurückzuführen. Ebenso wenig leide Z._ an einem Parental Alienation Syndrome. Seine Überlegungen schienen in Anbetracht seines Alters und seiner Erlebniswelt nachvollziehbar. Seiner Denkweise sei zu entnehmen, dass er zum Vater, der präsenter sei und dessen Lebenswelt er besser verstehe, eine enge Vertrauensbeziehung aufgebaut habe, die ihm Schutz und Unterstützung verspreche, wogegen ihm eine Bindung an die abwesende Mutter mit ihrer eigenen Lebenswirklichkeit schwerer falle. Ohnehin sei zu berücksichtigen, dass selbst ein beeinflusster Wille beachtlich sei, und zwar schon deshalb, weil er für das Kind eine psychisch empfundene Realität bilde. Kinder erreichten gewöhnlich zwischen dem zehnten und dem zwölften Lebensjahr das Entwicklungsstadium der formallogischen Denkoperationen. Sie seien dann nicht mehr allein der Gegenwart verhaftet, sondern vermöchten die Vor- und Nachteile künftiger Lebenssituationen gegeneinander abzuwägen. Sie könnten es auch hinnehmen, dass Erwachsene unterschiedliche Standpunkte bezögen, und verstünden, dass es wichtig ist, sich dazu eine eigene Meinung zu bilden. Urteilsfähige Kinder könnten erwarten, dass ein gefestigter und nicht nur aus einer momentanen Laune heraus gefasster Entschluss als Ausfluss ihrer Persönlichkeit respektiert und in der Entscheidfindung berücksichtigt werde. Ihr Wille gelte als Akt beschränkter Eigenverantwortung, der zwar nicht allein massgeblich und kritisch zu hinterfragen sei, aber auch nicht ganz unbedeutend sein könne. Je älter und reifer die Kinder würden, je stabiler ihre Haltung sei und je nachdrücklicher diese vertreten werde, desto mehr sei darauf zu achten, bis schliesslich ein Besuchsrecht gegen ihren gefestigten Willen grundsätzlich nicht mehr vertretbar und wohl auch nicht mehr durchsetzbar sei. Dies widerspräche nämlich sowohl dem Zweck der Umgangsregelung als auch dem Persönlichkeitsrecht des Kindes. Der Hinweis der Mutter, Z._ könne sich gar nicht unbefangen äussern, weshalb seine Stimme nicht zu hören sei, erweise sich für Kinder in der Adoleszenz als sehr verletzend und sei eher geeignet, ihre Abwehrhaltung zu verstärken, als sie zur Selbständigkeit anzuleiten. Eine gerichtliche Verordnung gegen den Kindeswillen wirke sich im Übrigen auf das Mutter-Kind-Verhältnis regelmässig negativ aus und leite meist den endgültigen Abbruch der Beziehung ein. Viele Kinder, welche mit rigider gerichtlicher Verfügung oder unflexibler Elternvereinbarung zu Besuchen genötigt würden, brächen die Verbindung später ab. Ein Appell an die Selbstbestimmung könne dazu führen, dass das Kind im Laufe der Adoleszenz sein Urteil über die Eltern revidiere, die Parteinahme für einen Elternteil aufgebe und sich dem anderen freiwillig zuwende. Z._ habe mit seinen 13 bis 14 Jahren ein Alter erreicht, in dem er sich grundsätzlich eine eigene Meinung bilden könne, und die Folgen seines Entscheides für sich abzuschätzen vermöge. Es bestehe kein Anlass, daran zu zweifeln, dass der Junge, der einen reifen und bestimmten Eindruck mache, sich soweit entwickelt habe. Damit sei er im rechtlichen Sinne urteilsfähig geworden und sein Wille daher grundsätzlich zu respektieren.
5.2 5.2.1 Unter dem Titel "Mangelhafte Ermittlung des Kindeswillens" wirft die Beschwerdeführerin dem Kantonsgericht eine Verletzung der Art. 144 Abs. 2, Art. 145 und Art. 314 Ziff. 1 ZGB vor. Wohl hätten die Vormundschaftsbehörde und nach dieser das Departement des Innern Z._ persönlich angehört, sich aber nicht ausreichend mit der tatsächlichen Situation befasst. Ein Abstützen auf die Berichte des Beistandes sei unzulässig. Da die Parteien die fraglichen Berichte unterschiedlich beurteilten, hätte das Kantonsgericht Z._ selber anhören, zumindest aber ein externes Gutachten über die Frage des Kindeswohls bei Beibehalt des bisherigen Besuchsrechts einholen müssen.
Weil es hier nicht um die Verletzung des verfassungsrechtlichen Anspruchs auf rechtliches Gehör, sondern um die Verletzung von Bestimmungen eines Bundesgesetzes geht, stellt die materielle Ausschöpfung des Instanzenzuges keine Zulässigkeitsvoraussetzung dar, weshalb die Rüge auch erstmals vor Bundesgericht vorgebracht werden kann.
Art. 144 Abs. 2 ZGB bestimmt, dass bei Anordnungen über Kinder diese in geeigneter Weise durch das Gericht oder durch eine beauftragte Drittperson persönlich anzuhören sind, soweit nicht ihr Alter oder andere wichtige Gründe dagegen sprechen. Diese Norm findet auf alle gerichtlichen Verfahren Anwendung, in denen Kinderbelange zu regeln sind (vgl. auch Art. 314 Ziff. 1 ZGB bezüglich Kindesschutzmassnahmen); sie gilt deshalb nicht nur im Scheidungs-, sondern auch im Eheschutzverfahren, bei vorsorglichen Massnahmen im Sinn von Art. 137 ZGB und im Abänderungsverfahren nach Art. 134 ZGB (vgl. <ref-ruling> E. 1.1). Sind die Voraussetzungen für die Anhörung des Kindes gegeben, lässt sie sich nicht durch antizipierte Beweiswürdigung umgehen (Urteil 5A_536/2007 vom 24. Januar 2008 E. 2.1). Selbst wenn der Anhörung des Kindes durch den Richter der Vorzug der Unmittelbarkeit innewohnt, besteht diesbezüglich indes keine absolute Pflicht (vgl. <ref-ruling> E. 4 S. 554), und schon gar nicht eine, die sich an alle Instanzen richtet; entscheidend ist vielmehr, dass die einmal vorgenommene Anhörung bzw. deren Ergebnis im Zeitpunkt der Verwertung noch aktuell ist (<ref-ruling> E. 4 S. 555). Dies ist Ausdruck des Gedankens, dass eine Anhörung um der Anhörung willen zu vermeiden ist und von wiederholten Anhörungen abgesehen werden kann, wo neue Erkenntnisse nicht zu erwarten sind (s. auch Urteil 5A_388/2008 vom 22. August 2008 E. 3, publ. in: FamPra.ch 2009 S. 249).
Die Beschwerdeführerin behauptet nicht, seit der Anhörung durch die Vormundschaftsbehörde bzw. durch das Departement des Innern hätten sich die Verhältnisse in einer Art verändert, welche eine erneute Anhörung (oder Begutachtung) erforderlich gemacht hätte. Ebenso wenig führt sie aus, inwiefern eine erneute Anhörung (oder Begutachtung) neue Erkenntnisse zu Tage fördern könnte. Schliesslich bestreitet sie den Inhalt von Z._ Willenskundgebungen nicht. Unter diesen Umständen kann dem Kantonsgericht keine Bundesrechtsverletzung vorgeworfen werden; die Rüge ist unbegründet.
5.2.2 Ausserdem beanstandet die Beschwerdeführerin, dass das Kantonsgericht allein auf den Kindeswillen abgestellt und dabei das Kindeswohl missachtet habe.
Dies trifft nicht zu. Das Kantonsgericht hat seinen Entscheid sowohl in tatsächlicher (s. E. 3 hiervor) als auch in rechtlicher Hinsicht (s. E. 5.1 hiervor) umfassend abgeklärt und begründet. In sorgfältiger Abwägung aller relevanten Kriterien ist es zum Schluss gekommen, dass es im Interesse nicht nur des Sohnes, sondern auch der Mutter sei, im gegenwärtigen Zeitpunkt das Besuchsrecht nicht wieder zu erweitern. Die von der Vormundschaftsbehörde festgelegte Besuchszeit entspreche einerseits dem Wunsch des Kindes und erlaube es ihm andererseits, das aktuell eher negative Mutterbild mit der Realität zu vergleichen sowie einen Kontakt zur Mutter zu pflegen. Das Umgangsrecht an einem Abend im Monat biete dem Jugendlichen Z._ genügend Zeit für eigene Pläne, für Schulaufgaben sowie Freizeitaktivitäten und festige dadurch seine Autonomie und Persönlichkeitsentwicklung. Ein solcher Besuchsrhythmus entspreche im Übrigen auch den Empfehlungen des Familientherapeuten, der mehrmals mit Eltern und Kind gesprochen habe. Ohnehin müssten es Mutter und Kind schaffen, die gemeinsamen vier Stunden im Monat befriedigend zu gestalten, bevor es ihnen zugemutet werden dürfe, noch mehr Zeit miteinander zu verbringen. Die von der Vormundschaftsbehörde festgelegten Besuchszeiten hinderten die Mutter und das Kind nicht daran, eine lebendige und positive Beziehung aufzubauen und schienen insgesamt angemessen, wobei es ausdrücklich erwünscht und für die Entwicklung des Kindes positiv sei, wenn Z._ seine Mutter zusätzlich freiwillig besuche. Davon, dass das Kantonsgericht ausschliesslich auf den Willen von Z._ abgestellt und das Kindeswohl missachtet hat, kann keine Rede sein; die Rüge ist unbegründet.
Bei diesem Ausgang erübrigt sich, auf die Ausführungen hinsichtlich der Wiederherstellung des Besuchsrechts gemäss dem früheren Entscheid des Kantonsgerichts vom 12. Februar 2008 einzugehen.
6. Den Antrag auf Anordnung einer Zwangsmediation zwischen den Eltern stellt die Beschwerdeführerin ausdrücklich in den Zusammenhang mit der Wiederherstellung der Besuchsrechtszeiten gemäss dem Entscheid des Kantonsgerichts vom 12. Februar 2008. Da der angefochtene Entscheid aus den in E. 2-5 dargelegten Gründen vor Verfassung und Gesetz standhält und die früheren Besuchsrechtszeiten nicht wiederhergestellt werden, erübrigen sich weitergehende Erörterungen zu diesem Begehren.
7. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf eingetreten werden kann. Die Beschwerdeführerin unterliegt und wird kostenpflichtig (Art. 66 Abs. 1 BGG). Dem Beschwerdegegner ist kein entschädigungspflichtiger Aufwand entstanden (Art. 68 Abs. 1 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 2'500.-- werden der Beschwerdeführerin auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, II. Zivilkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 29. März 2011
Im Namen der II. zivilrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Die Präsidentin: Der Gerichtsschreiber:
Hohl Schwander