A.- Le 21 mars 1988, l'Office fédéral des transports a approuvé les plans du prolongement de la ligne de chemin de fer Aigle-Ollon-Monthey-Champéry (AOMC) dans le village de Champéry; ce projet consistait à aménager une nouvelle voie ferrée le long de la route de la Fin, entre l'ancienne gare de Champéry et une nouvelle station à créer.
Auparavant, une procédure d'approbation des plans combinée avec une procédure d'expropriation avait été ouverte ("procédure combinée" au sens de l'art. 20 let. c de l'ordonnance sur les projets de construction de chemins de fer [RS 742. 142.1]) et le projet avait été mis à l'enquête publique conformément aux prescriptions de l'art. 30 de la loi fédérale sur l'expropriation (LEx, RS 711). Dans le délai fixé (en automne 1986), C._ avait formé opposition au nom des communautés des copropriétaires en PPE des parcelles nos aaa, bbb, ccc, ddd, eee et fff, biens-fonds où se trouvent plusieurs bâtiments résidentiels (immeubles Bel-Air et Val-Air) proches de la nouvelle voie de chemin de fer et de la route de la Fin; ces copropriétaires critiquaient alors la suppression d'un accès à cette route communale. Dans sa décision d'approbation des plans, l'Office fédéral des transports a considéré que l'opposition était devenue sans objet, vu un projet de nouvelle route communale entre l'ancienne gare (avec passage inférieur à cet endroit) et les quartiers résidentiels en aval de la nouvelle voie de chemin de fer.
Selon l'Office fédéral des transports, ce projet routier "ne fait pas partie de la procédure d'approbation des plans du prolongement du chemindeferetn'estdoncpasobjetdelaprésentedécision"(p. 12deladécisiondu21mars1988).
Les opposants n'ont pas recouru contre cette décision auprès du Département fédéral des transports, des communications et de l'énergie.
La Commission fédérale d'estimation du 3ème arrondissement, qui a traité les demandes des expropriés en relation avec le prolongement de la voie de chemin de fer, a pu clore les différentes procédures au plus tard en 1993.
B.- La commune de Champéry a engagé des procédures administratives en vue de la réalisation de nouvelles dessertes routières du quartier des immeubles Bel-Air et Val-Air.
En vertu de la législation cantonale sur l'expropriation, elle a obtenu en 1991 du Département cantonal des travaux publics l'autorisation de prise de possession immédiate des terrains nécessaires à cet effet. Dans l'intervalle, un accès par passage à niveau, qualifié de provisoire, a été aménagé entre la route de la Fin et le quartier précité.
En 1999, cette route communale n'était toujours pas construite.
C.- Par requête du 2 avril 1999 signée de leur avocat, les communautés des copropriétaires en PPE des parcelles nos aaa, bbb, ccc, ddd, eee et fff ont demandé à la Commission fédérale d'estimation du 3ème arrondissement d'ordonner à la Compagnie du Chemin de fer Aigle-Ollon-Monthey-Champéry, à titre d'indemnité en nature dans le cadre de l'expropriation des droits nécessaires pour la réalisation du prolongement de sa voie de chemin de fer à Champéry, de rétablir un accès suffisant aux parcelles des immeubles Bel-Air et Val-Air, en aval de ceux-ci.
Le Président de la Commission fédérale d'estimation a statué le 5 novembre 1999 sur cette requête, qu'il a déclarée irrecevable.
D.- Agissant - toujours conjointement - par la voie du recours de droit administratif, les communautés des copropriétaires en PPE des parcelles nos aaa, bbb, ccc, ddd, eee et fff demandent au Tribunal fédéral d'annuler ou de réformer la décision du Président de la Commission fédérale d'estimation; quant à l'injonction qui devrait selon eux être ensuite donnée à la Compagnie du Chemin de fer Aigle-Ollon-Monthey-Champéry (actuellement: la société anonyme Transports Publics du Chablais S.A.), ils reprennent leur conclusion présentée en première instance. Les recourants invoquent le droit à la protection de la bonne foi en faisant valoir que la compagnie de chemin de fer et la commune de Champéry leur avaient promis, dans le cadre d'un accord, l'aménagement de nouveaux accès par une route en aval de la voie prolongée; ils affirment que la solution actuelle du passage à niveau avec débouché sur la route de la Fin, qualifiée de provisoire mais effective depuis douze ans, serait dangereuse.
La société Transports Publics du Chablais S.A. s'est déterminée sur le recours, sans prendre de conclusions. Le Président de la Commission fédérale d'estimation a renoncé à répondre.

Considérant en droit :
1.- Les recourants prétendent à une indemnité d'expropriation en nature, sous la forme de l'aménagement d'un nouvel accès à leurs bâtiments. En s'adressant au Président de la Commission fédérale d'estimation, ils ne demandaient pas l'ouverture d'une nouvelle procédure d'expropriation selon la législation fédérale - seul l'expropriant peut du reste, sauf exceptions, présenter une requête dans ce sens (cf. <ref-ruling> consid. 5c/bb p. 554; <ref-ruling> consid. 2a p. 338; <ref-ruling> consid. 2 p. 125) - mais sollicitaient en quelque sorte une reprise de la procédure menée en relation avec l'approbation des plans du prolongement de la ligne AOMC en 1988.
2.-a) Même s'ils évoquent une réparation en nature (qui peut en certaines circonstances remplacer l'indemnité en argent - cf. art. 18 LEx), les recourants ne font pas valoir que le projet ferroviaire approuvé en 1988 aurait eu pour conséquence l'expropriation partielle de leurs droits de copropriétaires d'immeubles. Leur démarche consiste bien plutôt à présenter une demande fondée sur l'art. 7 al. 2 LEx, lequel dispose que lorsque l'exécution ou l'exploitation de l'entreprise de l'expropriant porte atteinte à des travaux publics existants (tels que voies, ponts, conduites, etc. ), l'expropriant est tenu de prendre toutes les mesures pour assurer l'utilisation de ces ouvrages, dans la mesure où l'intérêt public l'exige. Il ne s'agissait donc pas, pour le Président de la Commission fédérale d'estimation, de vérifier si les conditions de l'art. 41 LEx pour la production tardive de demandes d'indemnité étaient remplies le 2 avril 1999 - date du dépôt de la requête à l'origine de la décision attaquée -, mais de se prononcer sur la recevabilité d'une opposition ou requête concernant un projet soumis à la procédure combinée.
En effet, comme la requête litigieuse a été déposée après le délai fixé lors de la publication du projet (cf. art. 35 LEx), il appartenait au magistrat précité de statuer sur sa recevabilité, par une décision attaquable par la voie du recours de droit administratif (art. 19 de l'ordonnance concernant les commissions fédérales d'estimation, RS 711. 1). La décision sur le fond, le cas échéant, relève en revanche de l'autorité administrative compétente pour l'approbation des plans (cf. <ref-ruling> consid. 2 p. 283).
b) La décision attaquée mentionne l'opposition déposée en 1986 par Gilbert C._, au nom des recourants.
La décision de l'autorité compétente - en procédure combinée, l'Office fédéral des transports - à ce sujet n'a pas été contestée par la voie de recours ordinaire; elle est donc entrée en force et elle ne saurait ensuite faire l'objet d'un nouvel examen par le juge de l'expropriation. Au demeurant, ce n'est pas ce que, formellement, les recourants demandent.
L'objet de la requête du 2 avril 1999 est analogue, à plusieurs égards, à celui de l'opposition de 1986. Il ne se justifie cependant pas d'examiner plus avant en quoi la dernière intervention des recourants aurait sur le fond, le cas échéant, une portée indépendante de leur première opposition. Même dans l'hypothèse où la requête litigieuse contiendrait de nouveaux griefs ou arguments, il est manifeste que les délais fixés aux art. 39 et 40 LEx pour les oppositions ou requêtes tardives n'ont pas été observés. L'art. 39 LEx permet de formuler une opposition dans les trente jours dès la cessation de l'empêchement, au cas où l'opposant aurait été sans faute de sa part empêché de produire dans le délai ordinaire; or les recourants ne se prévalent d'aucun empêchement au sens de cette disposition. Quant à la possibilité réservée à l'art. 40 LEx, qui concerne spécifiquement les demandes tendant au rétablissement de chemins et renvoie ainsi implicitement à l'art. 7 LEx (cf. Heinz Hess/Heinrich Weibel, Das Enteignungsrecht des Bundes, Berne 1986, vol. I, n. 3 ad art. 40 LEx), elle n'était plus offerte en 1999, plusieurs années après la clôture de la procédure de conciliation, limite absolue pour une réclamation tardive. Les délais des art. 39 et 40 LEx sont des délais de péremption (<ref-ruling> consid. 1 p. 144). Dans ces circonstances, le Président de la Commission fédérale d'estimation était fondé à déclarer irrecevable, sur la base de ces dispositions, la requête qui lui était soumise.
La question d'une application par analogie de l'art. 41 LEx pourrait encore se poser. Celle-ci est admissible en cas de demande de mesures de protection contre les immissions (cf. art. 7 al. 3 LEx); il n'est en revanche pas certain qu'elle soit concevable pour une réclamation fondée sur l'art. 7 al. 2 LEx (cf. <ref-ruling> consid. 3b p. 283).
Quoi qu'il en soit, l'art. 41 al. 2 let. b LEx prévoit un délai de six mois dès la connaissance de l'atteinte ou du dommage non prévisibles au moment du dépôt des plans; or les problèmes d'accès au quartier des recourants - justifiant le cas échéant des mesures complémentaires dans le cadre du projet, soumis à la procédure fédérale, de prolongement de la voie ferrée - pouvaient objectivement être constatés nettement plus de six mois avant le 2 avril 1999. Même dans cette hypothèse, le prononcé d'irrecevabilité ne serait pas contraire au droit fédéral.
c) La décision attaquée ne se prononce pas sur le fond, ni sur les voies éventuellement ouvertes, devant d'autres autorités, pour obtenir l'exécution de décisions prises, par des autorités cantonales ou communales voire par l'administration fédérale, dans le contexte de l'amélioration des accès au quartier où se trouvent les bâtiments des recourants.
Leurs griefs, tirés du droit à la protection de la bonne foi, se rapportent plutôt à ces décisions-là. Ils sont sans pertinence pour la contrôle de la légalité du prononcé d'irrecevabilité entrepris.
3.- Il s'ensuit que le recours de droit administratif doit être rejeté. Compte tenu des griefs des recourants (cf. supra, consid. 2c), il était manifestement voué à l'échec; aussi convient-il de mettre à leur charge un émolument judiciaire, ainsi qu'une indemnité réduite due à la compagnie de chemin de fer intimée à titre de dépens (art.
116 al. 1, 2ème phrase LEx).

Par ces motifs,
le Tribunal fédéral :
1. Rejette le recours de droit administratif.
2. Met à la charge des recourants, solidairement entre eux:
a) un émolument judiciaire de 2'000 fr.;
b) une indemnité de 500 fr. à verser à la société intimée, à titre de dépens.
3. Communique le présent arrêt en copie aux mandataires des parties et à la Commission fédérale d'estimation du 3ème arrondissement.
_
Lausanne, le 22 mars 2000
JIA/col
Au nom de la Ie Cour de droit public
du TRIBUNAL FEDERAL SUISSE:
Le Président,
Le Greffier,