Sachverhalt:
A. Die Bundesanwaltschaft hat gegen X._ und weitere Personen Anklage wegen Beteiligung bzw. Unterstützung einer kriminellen Organisation (<ref-law>) und (eventuell) Geldwäscherei in einem schweren Fall (Art. 305bis Ziff. 1 und 2 lit. a und c StGB) erhoben. Die Hauptverhandlung vor der Strafkammer des Bundesstrafgerichts in Bellinzona beginnt am 1. April 2009.
B. Am 3. und 4. Februar 2009 stellten die Verteidiger von mitangeklagten Personen mehrere Verfahrensanträge. Unter anderem beantragten sie, die Anklageschrift dürfe erst nach der Beschlussfassung des Gerichts über Vorfragen am 1./2. April 2009 an die Presse ausgehändigt werden.
Am 10. Februar 2009 erliess der Präsident der Strafkammer eine prozessleitende Verfügung. Darin hiess er den Antrag, die Anklageschrift vor der Eröffnung der Hauptverhandlung nicht oder nur in begrenztem Umfang an die Presse auszuhändigen, insoweit gut, als lediglich die Seiten 1-4 und 205-233 vor der Eröffnung der Hauptverhandlung an die akkreditierte Presse herauszugeben seien (Disp.-Ziff. 5). Diese Verfügung wurde auch dem amtlichen Verteidiger von X._ zugestellt.
C. Dieser erhob dagegen am 13. März 2009 Beschwerde in Strafsachen an das Bundesgericht mit dem Antrag, Ziff. 5 der prozessleitenden Verfügung vom 10. Februar 2009 sei aufzuheben, und es sei die Herausgabe der Anklageschrift oder von Teilen davon vor Erledigung der Vorfragen zu verbieten. Zudem ersucht er um Gewährung der aufschiebenden Wirkung und um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung.
In derselben Eingabe erhob X._ auch Beschwerde gegen eine Verfügung des Präsidenten der Strafkammer vom 18. Februar 2009 betreffend Festlegung der Verfahrenssprache. Diese Beschwerde wird in einem gesonderten Verfahren (1B_75/2009) behandelt.
D. Der Präsident der Strafkammer und die Bundesanwaltschaft beantragen, auf die Beschwerde sei nicht einzutreten; eventualiter sei sie abzuweisen.
Die Vernehmlassungen wurden dem Beschwerdeführer zur Kenntnisnahme gebracht
E. Mit Verfügung vom 20. März 2009 wurde das Gesuch um aufschiebende Wirkung abgewiesen.

Erwägungen:
1. Prozessleitende Verfügungen des Präsidenten der Strafkammer des Bundesstrafgerichts sind Zwischenentscheide des Bundesstrafgerichts, gegen welche die Beschwerde in Strafsachen offensteht, sofern die allgemeinen Voraussetzungen gemäss Art. 92 f. BGG erfüllt sind (zur Publikation bestimmter Entscheid 1B_7/2009 vom 16. März 2009 E. 1). <ref-law> bezieht sich nur auf Entscheide der Beschwerdekammer des Bundesstrafgerichts und ist deshalb auf den vorliegenden Fall nicht anwendbar.
1.1 Gegen selbständig eröffnete Vor- und Zwischenentscheide, die weder die Zuständigkeit noch den Ausstand betreffen, ist die Beschwerde zulässig, wenn sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil bewirken können (<ref-law>; nur diese Bestimmung kommt vorliegend in Betracht). Für die Beschwerde in Strafsachen ist dabei ein Nachteil rechtlicher Natur erforderlich (<ref-ruling> E. 2.1 S. 45 mit Hinweisen), der auch durch einen dem Beschwerdeführer günstigen Endentscheid nicht (vollständig) wieder gutgemacht werden kann.
1.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, die Anklageschrift dürfe erst veröffentlicht werden, nachdem das urteilende Gericht über deren Rechtmässigkeit entschieden habe. Ansonsten drohe dem Beschwerdeführer eine schwerwiegende Verletzung der Persönlichkeitsrechte, die auch durch einen für ihn günstigen Endentscheid nicht wieder gutgemacht werden könnte.
Dagegen sind der Präsident der Strafkammer und die Bundesanwaltschaft der Auffassung, dass der Name des Beschwerdeführers und die grundsätzlich gegen ihn erhobene Anklage bereits öffentlich bekannt seien; dies gelte insbesondere auch für die ihm vorgeworfene Beteiligung an einer kriminellen Organisation (Camorra bzw. Sacra Corona Unità). Sie verweisen hierfür unter anderem auf Artikel, die in der Tessiner Presse erschienen sind.
1.3 Die Frage des nicht wieder gutzumachenden Nachteils kann jedoch - ebenso wie die Frage, ob noch ein aktuelles Interesse an der Beschwerdeführung besteht - offen bleiben, wenn die Beschwerde abzuweisen ist.
2. Der Beschwerdeführer weist darauf hin, dass die Rechtmässigkeit der Anklageschrift in der heutigen Fassung von allen Angeschuldigten bestritten werde und diese beabsichtigen, an der Hauptverhandlung vom 1./2. April deren Rückweisung zu beantragen. Es sei stossend und unhaltbar, die Anklageschrift (ganz oder teilweise) an die Presse herauszugeben, bevor über diesen Antrag entschieden worden sei.
Die vorzeitige Aushändigung der Anklageschrift an die Presse sei eine schwerwiegende Verletzung der Partei- und Persönlichkeitsrechte und verletze die Unschuldsvermutung, werde der Beschwerdeführer doch der Gefahr ausgesetzt, in den Medien und somit unwiderruflich mit Geschehnissen und Beschuldigungen in Verbindung gebracht zu werden, die möglicherweise (im Falle der Rückweisung der Anklageschrift) gar nicht zum Gegenstand des Prozesses würden. Zum jetztigen Zeitpunkt bestehe auch kein öffentliches Interesse an detaillierter Information durch auszugsweise Veröffentlichung der Anklageschrift: Werde die Anklageschrift vom 26. September 2008 als unzulässig zurückgewiesen, so werde diese nicht Gegenstand des publikumsöffentlichen Teils des Strafverfahrens.
2.1 Der Präsident der Strafkammer hat den Antrag des Beschwerdeführers teilweise gutgeheissen und angeordnet, dass nur ein Teil der Anklageschrift der akkreditierten Presse auszuhändigen sei. Er ging davon aus, dass eine vollständige Herausgabe vor dem gerichtlichen Zulassungsentscheid durch das Informationsrecht der Öffentlichkeit nicht gefordert sei. Die Zustellung des von ihm freigegebenen Teils der Rechtsschrift an die akkreditierte Presse sei dagegen Teil der Öffentlichkeit der Verhandlung. Eine weitere inhaltliche Zensur würde dem Prinzip der Justizkontrolle durch die Öffentlichkeit widersprechen. Die Frage, wie weit die Namen nicht öffentlich zu nennen seien, sei nicht eine solche des Gerichts, sondern der ethischen Grundsätze der Presse.
2.2 Gerichtsverhandlungen in Strafsachen sind grundsätzlich öffentlich (Art. 6 Ziff. 1 EMRK; <ref-law>). Für den Bürger soll ersichtlich sein, wie der Richter die ihm vom jeweiligen Wahlkörper übertragene Verantwortung wahrnimmt, und der Grundsatz der publikumsöffentlichen Verhandlung dient ganz allgemein einer transparenten Justiztätigkeit und Rechtsfindung. Da nicht jedermann jederzeit an beliebigen Gerichtsverhandlungen teilnehmen kann, übernehmen die Medien mit ihrer Gerichtsberichterstattung insofern eine wichtige Brückenfunktion, als sie die richterliche Tätigkeit einem grösseren Publikum zugänglich machen. Die Gerichtsberichterstattung dient damit einer verlängerten bzw. mittelbaren Gerichtsöffentlichkeit, und in diesem Sinn besteht an ihr ein erhebliches öffentliches Interesse (<ref-ruling> E. 3.2 S. 532).
Dem Informationsinteresse der Allgemeinheit steht allerdings das Schutzinteresse der Prozessbeteiligten gegenüber. Namentlich im Strafprozess kann die detaillierte Ausbreitung der persönlichen Verhältnisse in die Privat- oder gar Geheimsphäre des Angeschuldigten eingreifen (<ref-ruling> E. 3 S. 532 mit Hinweis). Schon die Tatsache, dass eine Person in den Medien einer schweren Straftat wie der Beteiligung an einer kriminellen Organisation verdächtigt wird bzw. über die Anklageerhebung gegen sie berichtet wird, kann für diese schwerwiegende Konsequenzen haben.
Der Richter muss daher das Interesse des Betroffenen auf Schutz seiner Persönlichkeit sorgfältig gegen dasjenige der Presse an der Erfüllung des Informationsauftrags, insbesondere des Wächteramts, abwägen. Bei diesem Vorgang steht dem Richter ein gewisses Ermessen zu. Eingriffe in die Persönlichkeitsrechte dürfen stets nur so weit reichen, als ein Informationsbedürfnis der Öffentlichkeit besteht (<ref-ruling> E. 3.1 S. 644; Entscheid 1C_258/2008 vom 20. November 2008 E. 5).
2.3 Im vorliegenden Fall wird den Angeklagten neben Geldwäscherei die Beteiligung an kriminellen Organisationen im Zusammenhang mit illegalem Zigarettenhandel vorgeworfen. Die diesbezüglichen Ermittlungen und Verhaftungen im Tessin und in Italien sorgten für Schlagzeilen in der Presse und führten zu Anfragen und Interpellationen im Parlament und einer Pressemitteilung des Eidgenössischen Finanzdepartements. Auch aufgrund der langen Dauer und des Umfangs des Untersuchungsverfahrens sowie der zahlreichen in diesem Zusammenhang geführten Rechtshilfeverfahren handelt es sich um einen bedeutenden Fall, weshalb das Informationsinteresse der Öffentlichkeit als gross einzuschätzen ist.
2.4 Es entspricht der Praxis des Bundesstrafgerichts, den akkreditierten Journalisten eine Kopie der Anklageschrift bzw. der Verteidigungsschrift jeweils einige Tage vor Verhandlungsbeginn abzugeben (Art. 9 Abs. 1 lit. a des Reglements über die Grundsätze der Information und die Akkreditierung für die Gerichtsberichterstattung am Bundesstrafgericht vom 29. August 2006; SR 173.711.33 [im Folgenden: Reglement]). Dies ermöglicht es den Journalisten, sich seriös auf die Hauptverhandlung vorzubereiten und dieser sachgerecht zu folgen. Das erscheint vor allem in komplexen Fällen wie dem vorliegenden, mit einem umfangreichen Anklagesachverhalt und einer Vielzahl von beteiligten Personen und Gesellschaften, sinnvoll.
Der Beschwerdeführer bestreitet die Gültigkeit von Art. 9 Abs. 1 lit. a Reglement, weil seit der Aufhebung der Art. 128-134 BStP durch Anh. Ziff. 9 des Strafgerichtsgesetzes vom 4. Oktober 2002 (AS 2003 S. 2150) keine Verteidigungsschrift mehr vorgesehen sei; die Abgabe nur der Anklageschrift wäre einseitig und würde den Grundsatz der Waffengleichheit verletzen. Das Reglement des Bundesstrafgerichts wurde jedoch nach Aufhebung der Art. 128 ff. BStP (per 1. April 2004) erlassen; der Hinweis auf die Verteidigungsschrift bezieht sich daher auf die Praxis des Bundesstrafgerichts, Verteidigungsschriften im Einzelfall zuzulassen. Diese Möglichkeit wurde auch dem Beschwerdeführer im vorliegenden Verfahren eingeräumt. Ohnehin haben die Angeklagen jederzeit die Möglichkeit, eine eigene Darstellung des Sachverhalts und des Verfahrens der Presse zu übermitteln.
2.5 Im vorliegenden Fall ist allerdings zu berücksichtigen, dass die Zulässigkeit der Anklageschrift von den Beschwerdeführern bestritten wird und darüber vom Gesamtgericht noch nicht entschieden worden ist. Dieser Umstand wurde vom Präsidenten der Strafkammer berücksichtigt und führte dazu, dass nur 33 Seiten der 233 Seiten umfassenden Anklageschrift freigegeben wurden.
Die zur Abgabe an die Presse freigegebenen Teile umfassen:
S. 1-4: Rubrum;
S. 205-227: Zusammenfassung der Tathandlungen der Angeklagten;
S. 228 f.: Beweismittel und Beschlagnahme;
S. 229: Sicherheiten;
230: Kosten und Auslagen;
231 ff.: Mitteilungen, Unterschriften, etc.
Von den freigegebenen Seiten der Anklageschrift befassen sich (abgesehen vom Rubrum und den Mitteilungen) nur drei (S. 207-209) mit dem Beschwerdeführer. Darin werden die ihm vorgeworfenen Tathandlungen knapp zusammengefasst und unter die anwendbaren Gesetzesbestimmungen subsumiert. Aus Formulierung und Kontext ist klar, dass es sich um eine Anklage handelt, die erst noch bewiesen werden muss; eine Vorverurteilung des Beschwerdeführers ist nicht ersichtlich.
Nicht an die Presse abgegeben werden somit die Anklageübersicht und die ausführliche einleitende Darstellung der kriminellen Organisationen und des Zigarettenschmuggels, die von den Verteidigern des Beschwerdeführers und des Mitangeklagten Y._ wegen Verletzung des Begründungsverbots (Art. 126 Abs. 2 BStP) als strafprozessual unzulässig beanstandet worden sind. Die übrigen Beanstandungen der Angeklagten betreffen formelle Mängel der Anklageschrift sowie der Aktenordnung (Paginierung, Verweise auf die Beilagen, etc.). Es ist nicht ersichtlich und wird vom Beschwerdeführer auch nicht dargelegt, inwiefern diese Mängel sein Persönlichkeitsrecht verletzen könnten.
Damit beschränkt sich die Abgabe an die Presse auf das Minimum dessen, das nötig ist, um den Prozessgegenstand korrekt zu erfassen. Damit wird - wie die Bundesanwaltschaft zu Recht hervorhebt - vermieden, dass Journalisten unter gerichtsnotorischem Zeitdruck am ersten Prozesstag fehlerhaft über die Anklage berichten, was auch für die Angeklagten unerwünscht wäre.
Die (teilweise) Abgabe des Anklagesachverhalts erfolgt nur an die akkreditierten Journalisten, die Gewähr für die Beachtung der in Art. 10 des Reglements enthaltenen Grundsätze der Gerichtsberichterstattung bieten (Art. 5 Abs. 1 Reglement).
2.6 Der Beschwerdeführer ist der Auffassung, sein Name dürfe auf keinen Fall der Presse bekannt gegeben werden, da er keine öffentliche Persönlichkeit sei. Damit verlangt er sinngemäss die Anonymisierung der den akkreditierten Journalisten herauszugebenden Teile der Anklageschrift.
Tatsächlich erfolgt die Berichterstattung über Strafverfahren in der Regel anonym, sofern es sich nicht um Personen der Zeitgeschichte handelt (<ref-ruling> E. 3 S. 533 mit Hinweisen). Dem entspricht Art. 10 Abs. 2 Reglement, wonach Namen nur genannt werden dürfen, wenn sie vom Bundesstrafgericht freigegeben werden oder die Betroffenen damit einverstanden sind.
Davon zu unterscheiden ist die Frage, ob schon die Anklageschrift, die an die akkreditierten Journalisten abgegeben wird, anonymisiert werden muss. Dies ist grundsätzlich zu verneinen. Die Anonymisierung würde das Verständnis des Anklagesachverhalts erschweren und es den akkreditierten Pressevertretern verunmöglichen, der Hauptverhandlung sachgerecht zu folgen und somit ihr Wächteramt wahrzunehmen. Zu diesem Zweck müssen die Medienvertreter in der Lage sein, die Angeklagten und deren Verteidiger in der Hauptverhandlung zu identifizieren und sie dem Anklagesachverhalt richtig zuzuordnen.
2.7 Zusammenfassend ist daher davon auszugehen, dass der Strafkammerpräsident sein Ermessen fehlerfrei ausgeübt hat, indem er die Abgabe zum Schutz des Persönlichkeitsrechts des Beschwerdeführers auf das für die Information der Öffentlichkeit Nötigste beschränkte.
3. Nach dem Gesagten ist die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Der Beschwerdeführer hat um unentgeltliche Rechtspflege und Verbeiständung ersucht. Die Beschwerde, die von seinem amtlichen Verteidiger im Bundesstrafverfahren erhoben wurde, war nicht von vornherein aussichtslos. Dem Gesuch ist daher zu entsprechen (Art. 64 Abs. 1 und 2 BGG).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Dem Beschwerdeführer wird die unentgeltliche Rechtspflege gewährt.
2.1 Es werden keine Kosten erhoben.
2.2 Rechtsanwalt Michele Naef, Bern, wird als amtlicher Vertreter des Beschwerdeführers bestellt, und es wird ihm für das bundesgerichtliche Verfahren aus der Bundesgerichtskasse ein Honorar von Fr. 1'500.-- ausgerichtet.
3. Dieses Urteil wird dem Beschwerdeführer, der Bundesanwaltschaft und dem Bundesstrafgericht, Präsident der Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 26. März 2009
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Die Gerichtsschreiberin:
Féraud Gerber