Faits:
A. A._, né en 1962, et dame A._, née en 1963, se sont mariés le 27 mai 1995. Deux enfants sont issus de leur union: B._, née en 1995, et C._, née en 1997.
Les parties se sont séparées le 1er septembre 2010.
B. Le 1er octobre 2010, l'épouse a requis des mesures protectrices de l'union conjugale. Lors de l'audience du 2 décembre 2010, les époux sont convenus de l'octroi de la garde des filles à la mère, le père jouissant d'un libre et large droit de visite, et de l'attribution à l'épouse de la jouissance du domicile conjugal.
B.a Par prononcé de mesures protectrices de l'union conjugale du 26 avril 2011, le Président du Tribunal civil de l'arrondissement de l'Est vaudois a ratifié la convention partielle des époux signée lors de l'audience, autorisé les époux à vivre séparés pour une durée d'un an, à savoir jusqu'au 1er septembre 2011, et condamné le mari à contribuer à l'entretien des siens à hauteur de 7'500 fr. par mois, allocations familiales en sus, dès le 1er octobre 2010, sous réserve des paiements déjà effectués pour l'entretien depuis lors.
B.b Statuant le 29 novembre 2011 sur appel et recours de l'épouse, le Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal vaudois (ci-après: le Juge délégué) a déclaré le recours irrecevable, partiellement admis l'appel et réformé le prononcé du Président du Tribunal d'arrondissement en ce sens que le mari contribue à l'entretien des siens par le versement d'une pension mensuelle de 8'500 fr., allocations familiales en sus, dès le 1er octobre 2010, sous réserve des paiements déjà effectués pour l'entretien depuis lors. L'arrêt complet a été notifié aux parties le 13 décembre 2011.
C. Par acte du 13 janvier 2012, l'époux exerce un recours constitutionnel subsidiaire au Tribunal fédéral. Il conclut principalement à la réforme de l'arrêt du Juge délégué, en ce sens qu'il est astreint à contribuer à l'entretien des siens par le versement d'une pension mensuelle de 7'800 fr., allocations familiales en sus, dès le 1er octobre 2010, sous réserve des paiements déjà effectués pour l'entretien depuis lors, subsidiairement, à sa réforme, en ce sens qu'il est astreint à contribuer à l'entretien des siens par le versement d'une pension mensuelle de 8'100 fr., allocations familiales en sus, dès le 1er octobre 2010, sous réserve des paiements déjà effectués pour l'entretien depuis lors, et, encore plus subsidiairement, à son annulation. A l'appui de ses conclusions, il soulève le grief d'application arbitraire du droit fédéral en relation avec l'établissement de son revenu, de ses frais de véhicule et du revenu de la fortune de son épouse. A titre préalable, l'époux sollicite l'octroi de l'effet suspensif à son recours.
Le 27 janvier 2012, l'intimée a acquiescé à la requête d'effet suspensif dans la mesure litigieuse, à savoir pour ce qui concerne la différence entre le montant fixé dans l'arrêt attaqué (8'500 fr.) et les conclusions du recours (7'800 fr.); l'autorité précédente s'en est remise à justice.
D. Par ordonnance du 2 février 2012, la Présidente de la Cour de céans a admis la requête d'effet suspensif pour les contributions d'entretien de la période du 1er octobre 2010 au 1er septembre 2011 qui excèdent le montant proposé dans les conclusions du recours constitutionnel subsidiaire, à savoir 7'800 fr., allocations familiales en sus, et rejeté la requête pour le surplus.
Invités à déposer des observations, l'intimée y a renoncé et le Juge délégué s'est référé aux considérants de son arrêt.

Considérant en droit:
1. 1.1 L'arrêt de mesures protectrices de l'union conjugale (art. 172 ss CC) est une décision en matière civile au sens de l'art. 72 al. 1 LTF; elle est finale selon l'art. 90 LTF (<ref-ruling> consid. 4 p. 395 s.).
1.2 Dès lors qu'il porte sur la condamnation au versement d'une contribution d'entretien en faveur de l'épouse et des enfants, le recours a pour objet une affaire pécuniaire, dont la valeur litigieuse est déterminée par les conclusions restées litigieuses devant l'autorité précédente (art. 51 al. 1 let. a LTF; arrêt 5A_791/2011 du 23 mars 2012 consid. 1.2). Ainsi que le recourant l'indique, celle-ci est en l'espèce inférieure à 30'000 fr. (8'500 - 7'800 = 700 fr. x 12 mois = 8'400 fr.), en sorte que la voie du recours en matière civile n'est pas ouverte, mais uniquement celle du recours constitutionnel subsidiaire au sens des art. 113 ss LTF (<ref-ruling> consid. 1.6 p. 275). Cela ne change d'ailleurs rien à la cognition de la Cour de céans, dès lors que les mesures protectrices de l'union conjugale sont considérées comme des mesures provisionnelles au sens de l'art. 98 LTF (<ref-ruling> consid. 5 p. 396), partant que seule la violation des droits constitutionnels peut être invoquée (art. 98 et 116 LTF) quel que soit le type de recours envisagé (arrêt 5A_791/2011 du 23 mars 2012 consid. 1.2; 5A_667/2010 du 10 décembre 2010 consid. 1.2; HOHL, Procédure civile, tome II, 2ème éd., 2010, n° 3057).
1.3 Le recours a en outre été déposé par une partie ayant succombé devant l'autorité précédente et ayant un intérêt à l'annulation ou à la modification de l'arrêt entrepris (art. 115 LTF), dans le délai (art. 46 al. 2 et 100 al. 1 LTF) et dans la forme (art. 42 LTF) prévus par la loi, contre une décision prise sur recours par un tribunal supérieur statuant en dernière instance cantonale (art. 75 al. 1 et 2, en relation avec l'art. 114 LTF). Le recours constitutionnel est ainsi en principe recevable au regard de ces dispositions.
2. Le recours constitutionnel peut être formé uniquement pour violation des droits constitutionnels (art. 116 LTF). Conformément à l'art. 106 al. 2 LTF (applicable en vertu du renvoi de l'art. 117 LTF), le Tribunal fédéral n'examine la violation de droits fondamentaux - notion qui englobe les droits constitutionnels (<ref-ruling> consid. 2) - que si un tel moyen a été invoqué et motivé par le recourant, à savoir exposé de manière claire et détaillée ("principe d'allégation", <ref-ruling> consid. 2.2 p. 246 et 349 consid. 3 p. 351 s., avec les arrêts cités). Il n'entre pas en matière sur les critiques de nature appellatoire (<ref-ruling> consid. 3. p. 399 s.). Lorsque le recourant se plaint d'arbitraire (art. 9 Cst.), il ne peut se borner à critiquer la décision attaquée comme il le ferait en instance d'appel, où l'autorité de recours dispose d'une libre cognition; il ne saurait se contenter d'opposer son opinion à celle de la juridiction précédente, mais doit démontrer, par une argumentation précise, que cette décision se fonde sur une application du droit manifestement insoutenable (<ref-ruling> consid. 3 p. 352 et les arrêts cités). Les critiques de nature appellatoire sont irrecevables (<ref-ruling> consid. 2 p. 591 s.). Les faits et moyens de preuve nouveaux sont prohibés, à moins de résulter de la décision de l'autorité précédente (art. 99 al. 1 et 117 LTF; <ref-ruling> consid. 5.2.4 p. 229; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 344).
3. Le recours a pour objet le montant de la contribution d'entretien allouée à l'épouse et aux enfants. Le recourant fait valoir que c'est de manière arbitraire que le juge précédent a partiellement admis l'appel de son épouse, critiquant en particulier la détermination de son revenu et de ses charges, ainsi que le revenu de la fortune de l'intimée.
3.1 Les contributions d'entretien se déterminent en fonction du revenu net du débirentier (arrêt 5A_58/2011 du 6 juin 2011 consid. 2.3.1). Le remboursement de frais par l'employeur fait partie du revenu, tant que ceux-ci ne correspondent pas à des dépenses effectives, supportées dans l'exercice de la profession (arrêts 5A_58/2011 du 6 juin 2011 consid. 2.3.1; 5A_686/2010 du 6 décembre 2010 consid. 2.3). Dire si une indemnité fait partie du salaire ou non est une question de droit. En revanche, la détermination du revenu effectif d'une partie est une question de fait et partant, d'appréciation des preuves (arrêts 5A_703/2011 du 7 mars 2012 consid. 4.1; 5A_795/2010 du 4 février 2011 consid. 3.2; 5A_468/2010 du 27 octobre 2010 consid. 5.2). Le point de savoir quelles sont les charges qu'une personne paie effectivement est également une question de fait (arrêts 5A_58/2011 du 6 juin 2011 consid. 2.3.1; 5A_55/2007 du 14 août 2007 consid. 7.1).
3.2 En matière de constatations de fait et d'appréciation des preuves dans le cadre de mesures provisoires, le Tribunal fédéral se montre réservé vu le large pouvoir qu'il reconnaît en ce domaine aux autorités cantonales. Il n'intervient, du chef de l'art. 9 Cst. (cf. supra consid. 2), que s'il apparaît que le juge du fait n'a manifestement pas compris le sens et la portée d'un moyen de preuve, a omis sans motifs objectifs de tenir compte de preuves pertinentes ou a opéré, sur la base des éléments recueillis, des déductions insoutenables (<ref-ruling> consid. 4.2 p. 560; <ref-ruling> consid. 4.3 p. 62; <ref-ruling> consid. 1.4.3 p. 254 s.; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 9; <ref-ruling> consid. 1b p. 30); encore faut-il que la correction du vice soit susceptible d'influer sur le sort de la cause.
4. S'agissant de la situation financière de l'épouse, le Juge délégué a constaté que l'épouse avait suivi une formation de bijoutière sans obtenir de CFC et possède un magasin de bijoux qu'elle exploite à titre d'indépendante en vendant ses créations. Cette activité est déficitaire, accusant une perte annuelle de 2'888 fr. en 2009. Le juge cantonal n'a pas retenu de capacité de gain hypothétique pour l'épouse; toutefois, il a invité celle-ci à chercher à l'avenir une activité lucrative dépendante au moins à mi-temps. Entre 2008 et 2010, les parents de l'épouse lui ont versé à trois reprises, un montant de l'ordre de 50'000 fr., le dernier sous le libellé "prêt héritage", et la fortune de l'épouse, constituée de comptes épargne, s'élève à 300'000 fr. Le rendement de cette fortune a été estimé par le premier juge à 150 fr. par mois, ce que l'autorité précédente a confirmé à défaut de pièces produites à ce sujet en deuxième instance. Les charges mensuelles de l'épouse et des deux enfants se montent à 6'437 fr. 30, comprenant les frais de base (1'350 fr. + 1'200 fr.), les charges de la maison familiale (2'200 fr.), les assurances-maladie (480 fr. 30), les frais de transport (250 fr.) et les impôts courants (957 fr.).
En ce qui concerne la situation de l'époux, le Juge délégué a retenu que celui-ci occupe le poste de directeur d'une succursale romande. En 2009, le revenu de l'époux s'est monté à 199'995 fr., comprenant un bonus de 30'000 fr. et en 2010 à 187'401 fr., bonus de 17'000 fr. compris, à savoir un revenu mensuel de 15'616 fr. Le juge précédent a précisé qu'il n'y avait pas lieu de déduire les allocations familiales de ce revenu parce qu'il n'était pas établi que celles-ci sont comprises dans le salaire, de même que la part privée de la voiture de service qui entre également dans le revenu. L'époux supporte des charges mensuelles de 5'553 fr. 30, à savoir 1'200 fr. de frais de base, 150 fr. pour le droit de visite, 1'980 fr. de loyer, 449 fr. 30 d'assurance-maladie, 208 fr. d'assurance-vie pour les enfants et 1'566 fr. d'impôts courants.
Le Juge délégué retient ainsi que les revenus des époux s'élèvent au total à 15'766 fr. par mois (15'616 fr. [salaire de l'époux] + 150 fr. [revenu de la fortune de l'épouse]). Les charges incompressibles des deux ménages se montant à 11'990 fr. 60 (6'437 fr. 30 [épouse et enfants] + 5'553 fr. 30 [mari]), l'excédent est de 3'775 fr. 40. Considérant que l'épouse a droit à la couverture de son découvert (6'287 fr.) et à une part de 60 % du solde disponible des époux (2'265 fr.), le Juge délégué a par conséquent fixé le montant de l'entretien mensuel en faveur de l'épouse et des enfants, dès le 1er octobre 2010, à 8'500 fr.
5. 5.1 S'agissant de l'établissement de son revenu et de ses charges, le recourant fait premièrement valoir que le refus du Juge délégué de déduire les allocations familiales de son revenu, au motif qu'il ne serait pas établi que ces dernières sont comprises dans le salaire, et la confirmation que celles-ci sont dues en sus de la contribution d'entretien, sont arbitraires. Ce raisonnement reviendrait à prendre deux fois en considération les allocations familiales. Au moyen de nouvelles pièces, à savoir une attestation du 29 décembre 2011 de son employeur et de directives figurant dans le Guide d'établissement du certificat de salaire et de l'attestation de rente, il entreprend de démontrer que son salaire comprend en l'espèce les allocations familiales. Il ressortirait en outre des décomptes mensuels de salaire de l'année 2010 que son revenu mensuel brut, hors allocations familiales et hors remboursement des frais de véhicule et d'assurance-maladie, s'élève à 14'583 fr. L'addition des allocations familiales, par 400 fr. par mois et l'annualisation de ce montant correspondraient ainsi au montant du salaire brut mentionné dans le certificat de salaire 2010, à savoir au chiffre retenu par le juge précédent. Il requiert en définitive, principalement, la correction du montant dû pour l'entretien des siens, subsidiairement, à ce que les allocations familiales ne soient pas dues en sus de la contribution d'entretien fixée par le Juge délégué.
Le recourant soutient deuxièmement que le Juge délégué ne pouvait pas inclure dans son revenu l'indemnité versée par l'employeur à titre de remboursement des frais de véhicule, à savoir 527 fr. 90, puis ne pas tenir compte de ce même montant dans ses charges incompressibles. Il soutient que l'usage d'un véhicule est nécessaire pour l'acquisition de son revenu et relève que le juge a d'ailleurs tenu compte de tels frais dans le minimum vital de son épouse, en sorte que ce coût doit être pris en considération dans ses charges.
5.2 Sous couvert d'arbitraire dans l'application du droit fédéral (art. 9 Cst.), le recourant - qui critique la détermination de son revenu réel et de ses charges effectives - se plaint en réalité d'arbitraire dans l'établissement des faits et l'appréciation des preuves (art. 9 Cst.).
5.2.1 A l'appui de son grief, le recourant produit en instance fédérale de nouvelles pièces tendant à établir que le salaire net reporté sur le certificat de salaire 2010 comprend les allocations familiales, dont il fait valoir qu'elles doivent être prises en considération car la décision attaquée a rendu pertinente la preuve de ce fait, alors que cette argumentation n'était pas prévisible. Or, il n'est en principe pas possible de se prévaloir devant le Tribunal fédéral de pièces qui n'ont pas été produites en procédure cantonale, alors qu'elles auraient pu l'être en temps utile (art. 99 al. 1 LTF; cf. supra consid. 2). Il ne suffit pas qu'un moyen de preuve ait été découvert après la décision attaquée pour justifier une telle exception, la tâche du Tribunal fédéral étant de dire si l'autorité précédente a ou non versé dans l'arbitraire, sur la base de la situation existant au moment où elle a rendu sa décision (<ref-ruling> consid. 3 p. 395; <ref-ruling> consid. 2.1 p. 343). La question de la recevabilité de ces nouvelles pièces au regard de la motivation de la décision entreprise peut cependant souffrir de demeurer indécise, dès lors que le dossier de la cause permet déjà d'établir si les allocations familiales sont incluses ou non dans le revenu de l'époux (cf. infra consid. 5.2.2).
5.2.2 Il ressort du dossier, singulièrement des décomptes de salaire pour l'année 2010 et du certificat de salaire 2009 (pièces 112 et 113), que le revenu net déterminant du recourant, à savoir 187'401 fr. pour l'année 2010, soit 15'616 fr. 75 par mois sur 12 mois, comprend les allocations familiales de 400 fr. par mois, ainsi que la participation de l'employeur aux frais de "valeur véhicule" et d'assurances-maladie, respectivement à concurrence de 527 fr. 90 et 500 fr. par mois. Eu égard aux points critiqués par le recourant, en tenant compte de ces composantes dans le revenu déterminant, le juge précédent a effectivement pris en considération deux fois le versement des allocations familiales et la participation de l'employeur aux frais de déplacement. Soit les allocations familiales et l'indemnisation pour l'usage du véhicule privé sont additionnées au revenu et comptabilisées comme charges puisque le recourant doit reverser à son épouse les allocations familiales en sus de l'entretien et supporte effectivement des frais de véhicule à des fins privées, soit l'on ne tient pas compte de ces composantes dans le revenu, mais les charges de l'époux sont directement réduites de la participation patronale pour les frais de déplacement et les allocations familiales sont versées au parent gardien de manière séparée du paiement de la contribution d'entretien. Le raisonnement du Juge délégué consistant à additionner toutes les composantes du revenu et à ne pas tenir compte ensuite de ces coûts est insoutenable, dès lors que le recourant reverse à son épouse les 400 fr. perçus à titre d'allocations familiales et que, selon le libellé du certificat de salaire (pièce 113), les frais de véhicule correspondent à la "part privée de la voiture de service", autrement dit que le recourant supporte effectivement des frais à ce titre. Par ailleurs, la situation des parties est suffisamment favorable pour couvrir les charges supplémentaires liées à l'existence de deux ménages, de sorte que des frais de véhicule devraient être pris en considération, ainsi que cela a été fait dans les charges de l'intimée (cf. supra consid. 4). Le grief est ainsi bien fondé.
6. Le recourant critique aussi le montant retenu par le Juge délégué au titre de revenu de la fortune de l'épouse, à savoir 150 fr. par mois, pour une fortune estimée à 300'000 fr. Il soutient que le juge précédent devait tenir compte d'un montant de 6'000 fr. par an correspondant à un intérêt de 2 % sur la fortune. Se fondant sur la jurisprudence fédérale (arrêts 5A_662/2008 et 5A_232/2011), il considère qu'il n'est pas arbitraire d'exiger de son épouse qu'elle place sa fortune à un taux de 3 %, à tout le moins que le montant retenu, correspondant à un taux de 0,6 % est arbitrairement bas.
Le Juge délégué a estimé à 150 fr. le rendement mensuel de la fortune de 300'000 fr. exposant que le capital est placé sous forme de comptes épargne et que l'on ne saurait en conséquence retenir que ces comptes procurent un intérêt supérieur (cf. supra consid. 3).
En se limitant à soutenir que le "revenu hypothétique de 0,6 % est arbitrairement bas", le recourant ne s'en prend pas efficacement à la décision attaquée de la cour cantonale qui a tenu compte du rendement effectif selon les taux d'intérêt de comptes d'épargne (cf. supra consid. 2). Le recourant, qui ne remet pas en cause le fait que la fortune de l'épouse est placée sur de tels comptes bancaires, part de la prémisse erronée que le rendement de la fortune retenu par le juge précédent est "un revenu hypothétique", ce qui doit être rejeté au vu de la motivation de l'arrêt entrepris. Il s'ensuit que la jurisprudence qu'il cite tendant à la détermination du taux de rendement acceptable dans l'hypothèse de la prise en considération d'un revenu de la fortune hypothétique n'est pas pertinente dans le cas d'espèce. La critique relative au revenu de l'intimée est ainsi mal fondée.
7. En conclusion, les allocations familiales doivent être déduites du salaire du recourant puisqu'elles sont versées en sus de la contribution d'entretien en vertu de la décision entreprise. En revanche, s'agissant des frais de véhicule, puisque la participation patronale aux primes d'assurances-maladie a été prise en compte dans le salaire, mais également dans les charges effectives - ce que les parties ne critiquent au demeurant pas -, il convient de la même manière, d'ajouter au montant des charges un poste pour les frais effectivement supportés par le recourant pour ses déplacements. L'arrêt entrepris ne contenant aucune constatation sur le coût mensuel supporté par le recourant pour ses trajets - l'indemnité versée par l'employeur étant forfaitaire -, la Cour de céans n'est pas en mesure de statuer sur ce point et de réformer l'arrêt. La cause doit ainsi être renvoyée au Juge délégué pour qu'il tienne compte des allocations familiales dans le sens précité et procède à l'instruction du montant consacré par l'époux à ses déplacements, en déterminant ainsi à nouveau le revenu et le montant des charges de celui-ci, partant, pour qu'il recalcule la contribution d'entretien sur ces nouvelles bases.
8. Vu ce qui précède, le recourant obtient gain de cause sur l'établissement de son revenu et de ses charges, son second grief étant écarté. Le recours est donc admis, l'arrêt attaqué annulé en tant qu'il concerne la contribution d'entretien et renvoyé en instance cantonale. L'intimée, bien qu'elle ait renoncé à déposer une réponse au fond, doit être considérée comme succombant partiellement (<ref-ruling> consid. 6b p. 3). En ce qui concerne la requête d'effet suspensif, admise seulement dans la mesure litigieuse, les deux parties obtiennent gain de cause. Vu l'issue du litige, il se justifie de partager les frais judiciaires et de les mettre par moitié à la charge de chacune des parties (art. 66 al. 1 LTF), les dépens de celles-ci devant par ailleurs être compensés (art. 68 al. 1 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est admis, l'arrêt attaqué est annulé et la cause est renvoyée à l'autorité précédente pour nouvelle instruction et décision au sens des considérants.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 2'500 fr., sont mis par moitié à la charge de chacune des parties.
3. Les dépens sont compensés.
4. Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Juge délégué de la Cour d'appel civile du Tribunal cantonal du canton de Vaud.
Lausanne, le 3 juillet 2012
Au nom de la IIe Cour de droit civil
du Tribunal fédéral suisse
La Présidente: Hohl
La Greffière: Carlin