Faits:
A. A._ a travaillé comme poseur d'isolation pour le compte de l'entreprise X._ Sàrl jusqu'au 23 février 2001. A partir de cette date et pour des raisons de santé, l'intéressé a travaillé comme administrateur de ladite société, dont il est l'un des deux associés-gérants. Le 8 avril 2002, il a déposé une demande de prestations de l'assurance-invalidité en vue de l'octroi d'une rente.
Dans un rapport non daté mais réceptionné par l'office de l'assurance-invalidité pour le canton de Vaud (ci-après : l'office AI) le 5 juin 2002, le docteur G._, généraliste et médecin traitant de l'assuré, a diagnostiqué une arthrose interarticulaire postérieure lombaire étagée et une discopathie L4-L5/L5-S1. Il a constaté que toute reprise d'activité physique augmentait les douleurs de manière importante, qu'une activité sédentaire exacerbait également les douleurs, obligeant l'assuré à changer souvent de position mais que ce dernier pouvait effectuer le travail administratif de son entreprise, lequel ne l'occupait qu'à 40 %.
A la demande de l'office AI, le docteur U._, spécialiste en médecine physique, réhabilitation et maladies rhumatismales, a examiné l'assuré. Dans son rapport d'expertise du 29 novembre 2004, il a diagnostiqué, avec répercussion sur la capacité de travail, des lombalgies chroniques (discopathie L4-L5, trouble dégénératif), des cervicalgies chroniques (discopathie C5-C6), des dorsalgies chroniques d'étiologie indéterminée, des scapulalgies droites chroniques (arthrose acromio-claviculaire), un syndrome douloureux chronique et une majoration des symptômes physiques pour des raisons psychologiques. Selon l'expert, ces affections ne réduisaient pas la capacité de travail de l'assuré dans son activité de directeur administratif, qui occupait 25 % de son temps, mais la diminuaient d'environ 50 % dans l'activité d'ouvrier pour laquelle un travail de force était exigé. L'expert a retenu les limitations fonctionnelles suivantes : pas de ports de charges de plus de 10-15kg, pas de longues positions assis-debout, pas de travail en porte-à-faux ni avec les bras au-dessus de 90°.
Le docteur O._, médecin auprès du Service médical régional de l'AI (SMR), a admis les conclusions de l'expert U._ en précisant que, dans l'activité habituelle de l'assuré où se mêlaient des travaux de bureau et sur le terrain, l'exigibilité était entière avec une diminution de rendement de 50 %. Dans une activité adaptée, la capacité de travail était entière dans la mesure où elle respectait les limitations fonctionnelles fixées par l'expert (cf. rapport du 4 février 2005).
Dans un rapport du 27 juin 2005, le Service de réadaptation de l'office AI a admis une capacité de travail entière dans une activité adaptée et réduite de moitié dans l'activité habituelle. Considérant le souhait de l'assuré de poursuivre une activité d'administrateur à 35 % dans sa société, le Service de réadaptation a renoncé à proposer des mesures car celles-ci n'auraient certainement pas permis d'améliorer significativement la capacité de gain de l'assuré à moyen et long terme.
Par courrier du 20 mars 2006, la société X._ Sàrl a informé l'office AI que A._ était occupé à raison de 30 à 40 % par l'activité d'administrateur et que ce pourcentage ne pouvait pas être augmenté.
Par projet d'acceptation de rente du 13 novembre 2006, l'office AI a reconnu à A._ un droit à un quart de rente avec un degré d'invalidité de 47 %, dès le 1er janvier 2002. Il a retenu que l'assuré était capable de travailler à 100 % dans une activité adaptée moyennant le respect de certaines limitations fonctionnelles et que celui-ci n'utilisait pas la totalité de sa capacité résiduelle de travail dans l'activité déployée pour son entreprise, raison pour laquelle le revenu d'invalide avait été calculé sur la base des données de l'enquête suisse sur la structure des salaires (ESS). Ce projet a été confirmé par décision du 15 novembre 2007.
B. A._ a recouru contre cette décision auprès de la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud, qui l'a débouté par jugement du 29 décembre 2008.
C. L'assuré interjette un recours en matière de droit public contre ce jugement, dont il demande l'annulation. Sous suite de frais et dépens, il conclut principalement à l'octroi de trois-quarts de rente; à titre subsidiaire, il conclut au renvoi de l'affaire à la juridiction cantonale, éventuellement à l'office AI, pour instruction complémentaire sous la forme d'une expertise pluridisciplinaire.
L'office AI conclut implicitement au rejet du recours, tandis que l'Office fédéral des assurances sociales a renoncé à se déterminer.

Considérant en droit:
1. 1.1 Le recours en matière de droit public (<ref-law>) peut être formé pour violation du droit selon les art. 95 et 96 LTF. Le Tribunal fédéral applique le droit d'office (<ref-law>). Il n'est donc limité ni par les arguments soulevés dans le recours ni par la motivation retenue par l'autorité précédente; il peut admettre un recours pour un autre motif que ceux qui ont été invoqués et il peut rejeter un recours en adoptant une argumentation différente de celle de l'autorité précédente (cf. <ref-ruling> consid. 1.4 p. 140).
1.2 Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (<ref-law>). Il peut cependant rectifier ou compléter d'office les constatations de l'autorité précédente si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte ou en violation du droit au sens de l'<ref-law> (<ref-law>).
2. Est litigieuse la question du droit du recourant à une rente d'invalidité, particulièrement le taux de celle-ci.
3. 3.1 A l'instar de l'office AI, les juges cantonaux ont retenu, sur la base de l'expertise U._ et de l'avis du docteur O._, que la capacité de travail du recourant était de 50 % dans son activité habituelle et de 100 % dans une activité adaptée.
3.2 Le recourant conteste que les premiers juges aient pu se fonder sur l'avis de l'expert U._, car il est en contradiction avec celui du docteur G._, qui retient 65 % d'incapacité de travail, et celui du docteur I._, médecin conseil de l'assurance perte de gain, qui est d'avis que la capacité de travail de l'assuré est de 50 % dans une activité légère. Selon lui, les juges n'ont pas expliqué pourquoi ils s'écartaient de ces avis médicaux.
4. 4.1 Selon le principe de la libre appréciation des preuves, le juge apprécie librement les preuves médicales qu'il a recueillies, sans être lié par des règles formelles, en procédant à une appréciation complète et rigoureuse des preuves. Le juge doit examiner objectivement tous les documents à disposition, quelle que soit la provenance, puis décider s'ils permettent de porter un jugement valable sur le droit litigieux. S'il existe des avis contradictoires, il ne peut trancher l'affaire sans indiquer les raisons pour lesquelles il se fonde sur une opinion plutôt qu'une autre. En ce qui concerne la valeur probante d'un rapport médical, ce qui est déterminant c'est que les points litigieux aient fait l'objet d'une étude circonstanciée, que le rapport se fonde sur des examens complets, qu'il prenne également en considération les plaintes exprimées par la personne examinée, qu'il ait été établi en pleine connaissance de l'anamnèse, que la description du contexte médical et l'appréciation de la situation médicale soient claires et enfin que les conclusions de l'expert soient dûment motivées. Au demeurant, l'élément déterminant pour la valeur probante n'est ni l'origine du moyen de preuve ni sa désignation comme rapport ou comme expertise, mais bel et bien son contenu (<ref-ruling> consid. 3a p. 352, 122 V 157 consid 1c p. 160 et les références).
4.2 En l'espèce, l'expertise du docteur U._, qui répond aux critères formels dégagés par la jurisprudence, a pleine valeur probante. Elle expose de façon convaincante les limitations fonctionnelles affectant l'assuré et les répercussions de celles-ci sur son activité d'administrateur et d'isoleur.
Le recourant conteste les conclusions de cette expertise en se fondant sur les avis des docteurs I._ et G._. Le docteur I._, médecin généraliste, fait état, dans ses rapports des 23 mai et 21 novembre 2002, de lombalgies aggravées à l'effort, qui empêchent le recourant d'exercer son activité de contremaître de chantier à plus de 50 %. Ce praticien laisse entendre qu'une reprise du travail dans l'activité habituelle est possible à 50 % dans la mesure où celle-ci est légère. La notion d'« activité légère » n'a pas été précisée par le docteur I._ mais elle peut être rapprochée des limitations fonctionnelles décrites par l'expert. L'appréciation du docteur I._ est donc identique à celle de l'expert. Le docteur G._, médecin traitant, (rapports non datés), retient que le recourant peut uniquement exercer son activité d'administrateur au taux réduit de 35 % afin de lui permettre de se reposer. Cet avis médical est isolé. Le docteur G._ est en effet le seul à nier toute capacité de travail résiduelle dans l'activité d'isoleur.
Au vu de ces éléments, rien ne permet de dire que l'autorité cantonale a retenu de manière insoutenable, voire arbitraire, en se fondant sur les avis de l'expert et du docteur O._, que la capacité de travail du recourant était entière dans une activité adaptée et dans son activité habituelle si l'on tient compte d'une diminution de rendement de 50 % pour cette dernière. Ces constatations de fait lient donc le Tribunal fédéral.
5. 5.1 Chez les assurés actifs, le degré d'invalidité doit être déterminé sur la base d'une comparaison des revenus. Pour cela, le revenu que l'assuré aurait pu obtenir s'il n'était pas invalide est comparé avec celui qu'il pourrait obtenir en exerçant l'activité qui peut raisonnablement être exigée de lui après les traitements et les mesures de réadaptation, sur un marché du travail équilibré (du 1er janvier 2004 au 31 décembre 2007: <ref-law> en corrélation avec l'<ref-law>; depuis le 1er janvier 2008: <ref-law> en corrélation avec l'<ref-law>). La comparaison des revenus s'effectue, en règle générale, en chiffrant aussi exactement que possible les montants de ces deux revenus et en les confrontant l'un avec l'autre, la différence permettant de calculer le taux d'invalidité. Dans la mesure où ces revenus ne peuvent être chiffrés exactement, ils doivent être estimés d'après les éléments connus dans le cas particulier, après quoi l'on compare entre elles les valeurs approximatives ainsi obtenues. Lorsqu'on procède à une évaluation, celle-ci ne doit pas nécessairement consister à chiffrer des valeurs approximatives; une comparaison de valeurs exprimées simplement en pour-cent peut aussi suffire. Le revenu hypothétique réalisable sans invalidité équivaut alors à 100 %, tandis que le revenu d'invalide est estimé à un pourcentage plus bas, la différence en pour-cent entre les deux valeurs exprimant le taux d'invalidité (comparaison en pour-cent; <ref-ruling> consid. 3a p. 313 et les références).
5.2 Si l'on ne peut déterminer ou évaluer sûrement les deux revenus en cause, il faut, en s'inspirant de la méthode spécifique pour personnes sans activité lucrative (du 1er janvier 2004 au 31 décembre 2007: <ref-law> en corrélation avec les <ref-law> et 8 al. 3 LPGA; depuis le 1er janvier 2008: <ref-law> en corrélation avec les <ref-law> et 8 al. 3 LPGA), procéder à une comparaison des activités et évaluer le degré d'invalidité d'après l'incidence de la capacité de rendement amoindrie sur la situation économique concrète (procédure extraordinaire d'évaluation de l'invalidité). La différence fondamentale entre la procédure extraordinaire d'évaluation et la méthode spécifique réside dans le fait que l'invalidité n'est pas évaluée directement sur la base d'une comparaison des activités; on commence par déterminer, au moyen de cette comparaison, quel est l'empêchement provoqué par la maladie ou l'infirmité, après quoi l'on apprécie séparément les effets de cet empêchement sur la capacité de gain. Une certaine diminution de la capacité de rendement fonctionnelle peut certes, dans le cas d'une personne active, entraîner une perte de gain de la même importance, mais n'a pas nécessairement cette conséquence. Si l'on voulait, dans le cas des personnes actives, se fonder exclusivement sur le résultat de la comparaison des activités, on violerait le principe légal selon lequel l'invalidité, pour cette catégorie d'assurés, doit être déterminée d'après l'incapacité de gain (<ref-ruling> consid. 1 p. 30 et les références, spéc. p. 31 in fine).
6. La juridiction cantonale a évalué l'invalidité du recourant en appliquant la méthode générale de comparaison des revenus. Elle a retenu comme salaire sans invalidité le revenu réalisé par le recourant en 2002, soit 97'500 fr. (cf. questionnaire d'employeur) et, après avoir admis que le recourant ne mettait pas totalement en valeur sa capacité résiduelle de travail dans l'activité exercée pour le compte de X._ Sàrl, elle a calculé le salaire d'invalide en se référant aux données salariales publiées par l'Office fédéral de la statistique dans l'ESS 2002 (57'008 fr. 07), en tenant compte d'un abattement de 10 %, soit 51'307 fr. 26. Partant, elle a confirmé le taux d'invalidité de 47 % fixé dans la décision litigieuse.
7. 7.1 Le recourant conteste, d'abord, l'utilisation de la méthode ordinaire de comparaison des revenus. Rappelant qu'il exerce au sein de l'entreprise X._ Sàrl une activité quasi-indépendante même si, formellement, il a le statut d'un salarié, il demande que soit appliquée la méthode extraordinaire d'évaluation de l'invalidité. Dans ce contexte, il estime avoir respecté son l'obligation de réduire le dommage, un changement d'activité dans une profession plus adaptée à ses limitations fonctionnelles n'étant pas exigible de sa part, notamment au vu de son âge.
7. 7.1 Le recourant conteste, d'abord, l'utilisation de la méthode ordinaire de comparaison des revenus. Rappelant qu'il exerce au sein de l'entreprise X._ Sàrl une activité quasi-indépendante même si, formellement, il a le statut d'un salarié, il demande que soit appliquée la méthode extraordinaire d'évaluation de l'invalidité. Dans ce contexte, il estime avoir respecté son l'obligation de réduire le dommage, un changement d'activité dans une profession plus adaptée à ses limitations fonctionnelles n'étant pas exigible de sa part, notamment au vu de son âge.
7.2 7.2.1 Dans le domaine de l'assurance-invalidité, on applique de manière générale le principe selon lequel un invalide doit, avant de requérir des prestations, entreprendre de son propre chef tout ce qu'on peut raisonnablement attendre de lui, pour atténuer le mieux possible les conséquences de son invalidité; c'est pourquoi un assuré n'a pas droit à une rente lorsqu'il serait en mesure, au besoin en changeant de profession d'obtenir un revenu excluant une invalidité ouvrant droit à une rente. La réadaptation par soi-même est un aspect de l'obligation de diminuer le dommage et prime aussi bien le droit à une rente que celui à des mesures de réadaptation. L'obligation de diminuer le dommage s'applique aux aspects de la vie les plus variés. Toutefois, le point de savoir si une mesure peut être exigée d'un assuré doit être examiné au regard de l'ensemble des circonstances objectives et subjectives du cas concret (<ref-ruling> consid. 4a p. 28 et les références). Par circonstances subjectives, il faut entendre en premier lieu l'importance de la capacité résiduelle de travail ainsi que les facteurs personnels tels que l'âge, la situation professionnelle concrète ou encore l'attachement au lieu de domicile. Parmi les circonstances objectives doivent notamment être pris en compte l'existence d'un marché du travail équilibré et la durée prévisible des rapports de travail (arrêts I 750/04 du 5 avril 2006 consid. 5.3, in SVR 2007 IV n° 1 p. 1; I 11/00 du 22 août 2001 consid. 5a/bb, in VSI 2001 p. 274).
7.2.2 Ainsi doit-on pouvoir exiger de celui qui requiert des prestations qu'il prenne toutes les mesures qu'un homme raisonnable prendrait dans la même situation s'il ne pouvait attendre aucune indemnisation de tiers. Parmi les exigences qui peuvent être posées à un assuré au titre de son obligation de réduire le dommage, l'administration ne doit pas se laisser guider uniquement par l'intérêt général à une gestion économique et rationnelle de l'assurance, mais doit également tenir compte de manière appropriée du droit de chacun au respect de ses droits fondamentaux. La question de savoir quel est l'intérêt qui doit l'emporter dans un cas particulier ne peut être tranchée de façon définitive. Cela étant, plus la mise à contribution de l'assureur est importante, plus les exigences posées à l'obligation de réduire le dommage devront être sévères. C'est le cas, par exemple, lorsque la renonciation à des mesures destinées à réduire le dommage conduirait à l'octroi d'une rente ou au reclassement dans une profession entièrement nouvelle. Conformément au principe de la proportionnalité, il convient en revanche de faire preuve de prudence dans l'invocation de l'obligation de réduire le dommage lorsqu'il s'agit d'allouer ou d'adapter certaines mesures d'ordre professionnel afin de tenir compte de circonstances nouvelles relevant de l'exercice par l'assuré de ses droits fondamentaux. Demeurent réservés les cas où les dispositions prises par l'assuré doivent être considérées, au regard des circonstances concrètes, comme étant tout simplement déraisonnables ou abusives (<ref-ruling> consid. 4d p. 32; MARC HÜRZELER, Prävention im Haftpflicht- und Sozialversicherungsrecht, in Prävention im Recht, 2007, p. 172 sv.).
7.2.3 Dans le cas d'un assuré de condition indépendante, on peut exiger, pour autant que la taille et l'organisation de son entreprise le permettent, qu'il réorganise son emploi du temps au sein de celle-ci en fonction de ses aptitudes résiduelles. Il ne faut toutefois pas perdre de vue que plus la taille de l'entreprise est petite, plus il sera difficile de parvenir à un résultat significatif sur le plan de la capacité de gain. Au regard du rôle secondaire des activités administratives et de direction au sein d'une entreprise artisanale, un transfert de tâches d'exploitation proprement dites vers des tâches de gestion ne permet en principe de compenser que de manière très limitée les répercussions économiques résultant de l'atteinte à la santé (arrêt 9C_580/2007 du 17 juin 2008 consid. 5.4). Aussi, lorsque l'activité exercée au sein de l'entreprise après la survenance de l'atteinte à la santé ne met pas pleinement en valeur la capacité de travail résiduelle de l'assuré, celui-ci peut être tenu, en fonction des circonstances objectives et subjectives du cas concret, de mettre fin à son activité indépendante au profit d'une activité salariée plus lucrative (arrêt 9C_236/2009 du 7 octobre 2009 consid. 4.3 et les références; voir également arrêt 8C_748/2008 du 10 juin 2009 consid. 4; s'agissant de la situation d'un agriculteur, voir arrêt I 38/06 du 7 juin 2006 consid. 3.2 et les références).
7.3 En l'espèce, si l'on suit le raisonnement du recourant, l'application de la méthode extraordinaire d'évaluation de l'invalidité conduirait à retenir un taux d'invalidité de 65 %. Ce taux résulterait du fait que le recourant ne pourrait travailler qu'à 35 % en tant qu'administrateur de son entreprise alors qu'auparavant il travaillait à 100 %, principalement dans la pose d'isolation et, accessoirement, dans des tâches administratives. Selon les constatations du tribunal cantonal, qui lient le Tribunal fédéral (cf. supra consid. 1.2), le recourant dispose en revanche d'une capacité résiduelle de travail entière dans toute activité adaptée à ses limitations fonctionnelles (cf. consid. 4.2). C'est dire que son activité d'administrateur ne lui permet de mettre à contribution qu'une faible part de sa capacité résiduelle de travail et de gain. Du reste, rien ne fait par ailleurs obstacle à ce que le recourant change d'activité professionnelle. Âgé de 47 ans au moment de la décision litigieuse, le recourant était encore loin d'avoir atteint l'âge à partir duquel la jurisprudence considère généralement qu'il n'existe plus de possibilité réaliste de mise en valeur de la capacité résiduelle de travail sur un marché de l'emploi supposé équilibré (cf. arrêts 9C_578/2009 du 29 décembre 2009 consid. 4.3.2, 9C_918/2008 du 28 mai 2009 consid. 4.2.2, 9C_437/2008 du 19 mai 2009 consid. 4 et I 819/04 du 27 mai 2005 consid. 2.2 et les références). Il ne semble par ailleurs pas que le choix de postes de travail exigibles soit si limité qu'il rende très incertaine la possibilité de trouver un emploi dans un lieu proche de son domicile. Dans ces circonstances, un changement d'activité professionnelle est donc raisonnablement exigible, compte tenu de la diminution du dommage que l'on peut en attendre. On ajoutera que l'exigibilité d'une nouvelle activité professionnelle à temps partiel n'est pas incompatible avec la poursuite par le recourant de son activité (réduite) en tant qu'administrateur. Par conséquent, l'obligation de réduire le dommage incombant au recourant n'implique pas nécessairement la cessation de son activité quasi-indépendante.
Il s'ensuit que les premiers juges ont appliqué à bon droit la méthode ordinaire de comparaison des revenus pour évaluer l'invalidité du recourant, la méthode extraordinaire ne pouvant trouver à s'appliquer en cas de changement d'activité professionnelle de l'assuré.
8. Le recourant conteste, en second lieu, les revenus avec et sans invalidité pris en compte par la juridiction cantonale.
8.1 Pour fixer le revenu sans invalidité, il faut établir ce que l'assuré aurait, au degré de la vraisemblance prépondérante, réellement pu obtenir au moment déterminant s'il n'était pas invalide. Le revenu sans invalidité doit être évalué de la manière la plus concrète possible; c'est pourquoi il se déduit en principe du salaire réalisé en dernier lieu par l'assuré avant l'atteinte à la santé, en tenant compte de l'évolution des salaires jusqu'au moment de la naissance du droit à la rente (<ref-ruling> consid. 4.3.1 p. 224 et la référence).
Les premiers juges ont pris en compte un revenu sans invalidité de 97'500 fr., lequel correspondait au dernier salaire réalisé par le recourant avant son atteinte à la santé, selon les renseignements fournis par l'employeur. Le recourant prétend qu'au vu de l'augmentation considérable du volume d'affaires de l'entreprise entre 2002 et 2006, la juridiction cantonale aurait dû prendre en compte un revenu sans invalidité de 110'000 fr. En l'espèce, il n'est pas établi au degré de la vraisemblance prépondérante que l'entreprise X._ aurait augmenté le salaire du recourant de 97'500 à 110'000 fr. entre 2002 et 2006 en raison de l'augmentation de son volume d'affaires. En tout état de cause, l'amélioration de la capacité de gain du recourant ne saurait se confondre avec l'augmentation du bénéfice d'exploitation de son entreprise, dans la mesure où ce raisonnement fait fi d'autres circonstances étrangères à l'invalidité qui peuvent avoir influencé celui-ci durant la même période, comme par exemple l'accroissement de la clientèle.
Les premiers juges ont pris en compte un revenu sans invalidité de 97'500 fr., lequel correspondait au dernier salaire réalisé par le recourant avant son atteinte à la santé, selon les renseignements fournis par l'employeur. Le recourant prétend qu'au vu de l'augmentation considérable du volume d'affaires de l'entreprise entre 2002 et 2006, la juridiction cantonale aurait dû prendre en compte un revenu sans invalidité de 110'000 fr. En l'espèce, il n'est pas établi au degré de la vraisemblance prépondérante que l'entreprise X._ aurait augmenté le salaire du recourant de 97'500 à 110'000 fr. entre 2002 et 2006 en raison de l'augmentation de son volume d'affaires. En tout état de cause, l'amélioration de la capacité de gain du recourant ne saurait se confondre avec l'augmentation du bénéfice d'exploitation de son entreprise, dans la mesure où ce raisonnement fait fi d'autres circonstances étrangères à l'invalidité qui peuvent avoir influencé celui-ci durant la même période, comme par exemple l'accroissement de la clientèle.
8.2 8.2.1 Pour fixer le revenu d'invalide du recourant, les premiers juges se sont fondés sur les données statistiques résultant de l'ESS. En l'occurrence, ils ont pris comme salaire de référence celui auquel pouvaient prétendre les hommes effectuant des activités simples et répétitives dans le secteur privé (production et services) en 2002, année de la naissance du droit à la rente, soit 4'557 fr. par mois, part au 13ème salaire comprise. Adapté à l'horaire de travail hebdomadaire moyen de 41,7 heures dans les entreprises suisses en 2002 et réduit de 10 % pour tenir compte des limitations fonctionnelles du recourant, le salaire hypothétique d'invalide du recourant fixé par la juridiction cantonale était de 51'307 fr. 26.
Le recourant prétend que le revenu d'invalide ne peut être évalué sur la base de statistiques salariales, selon la jurisprudence, qu'en l'absence d'un revenu effectivement réalisé. Or, dans la mesure où il exerçait une activité d'administrateur, c'est le revenu de cette activité que les premiers juges auraient dû prendre en compte au titre du revenu d'invalide.
8.2.2 De jurisprudence constante, le revenu d'invalide doit être évalué avant tout en fonction de la situation professionnelle concrète de l'intéressé. Si l'activité exercée après la survenance de l'atteinte à la santé repose sur des rapports de travail particulièrement stables, qu'elle met pleinement en valeur la capacité de travail résiduelle exigible et encore que le gain obtenu correspond au travail effectivement fourni et ne contient pas d'éléments de salaire social, c'est le revenu effectivement réalisé qui doit être pris en compte pour fixer le revenu d'invalide. En l'absence d'un revenu effectivement réalisé - soit lorsque l'assuré, après la survenance de l'atteinte à la santé, n'a pas repris d'activité lucrative ou alors aucune activité adaptée normalement exigible - le revenu d'invalide peut être évalué sur la base de statistiques sur les salaires moyens (<ref-ruling> consid. 3b p. 76, 117 V 18).
En l'espèce, dans la mesure où le recourant n'a pas repris d'activité lucrative raisonnablement exigible (cf. consid. 7.3) après la survenance de son atteinte à la santé (<ref-ruling> consid. 3 p. 76), les premiers juges étaient fondés à se référer aux données statistiques résultant de l'ESS pour déterminer le salaire d'invalide (activités simples et répétitives sans qualifications ou formation particulières).
9. 9.1 En dernier lieu, le recourant soulève le grief selon lequel l'autorité intimée ne pouvait pas, après avoir constaté que des mesures de réadaptation professionnelles ne permettraient pas d'améliorer sa capacité de gain, procéder malgré tout à une comparaison théorique des revenus en tenant compte d'une capacité de travail entière dans une activité adaptée.
9.2 Le droit à une mesure de réadaptation suppose qu'elle soit appropriée au but de la réadaptation poursuivi par l'assurance-invalidité, tant objectivement en ce qui concerne la mesure que sur le plan subjectif en ce qui concerne la personne de l'assuré (VSI 2002 p. 112 consid. 2 et les références).
Selon les constatations des premiers juges, le recourant désirait poursuivre son activité d'administrateur à 35 % et ne souhaitait pas bénéficier de mesures professionnelles. Sur le plan objectif, des mesures professionnelles n'étaient pas envisageables en raison de la faible scolarisation du recourant et du fait qu'il ne maîtrisait pas bien le français. En outre, l'activité d'administrateur ne pouvait pas être augmentée au sein de l'entreprise X._ et le recourant ne pouvait mettre en valeur ses compétences d'administrateur dans une autre entreprise car il s'était formé sur le tas et ce qu'il avait appris était directement lié au fonctionnement de l'entreprise X._. Par conséquent, la juridiction cantonale n'a pas violé le droit fédéral en considérant que la mise en oeuvre de mesures professionnelles n'était pas de nature à améliorer la capacité de gain du recourant. Dès lors que le recourant présente une capacité de travail exigible de 100 % dans une activité légère adaptée à ses limitations, les premiers juges étaient fondés à se référer aux données statistiques pour calculer le revenu d'invalide (cf. consid. 8.2.2 supra). Il résulte de ce qui précède que le recours est mal fondé.
10. La procédure est onéreuse (<ref-law>). Les frais judiciaires sont mis à la charge du recourant qui succombe (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais judiciaires, arrêtés à 500 fr., sont mis à la charge du recourant.
3. Le présent arrêt est communiqué aux parties, à la Cour des assurances sociales du Tribunal cantonal du canton de Vaud, à l'Office fédéral des assurances sociales et à la Caisse cantonale vaudoise de compensation AVS.
Lucerne, le 15 avril 2010
Au nom de la IIe Cour de droit social
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: La Greffière:
Meyer Fretz