Einsetzen eines Beobachters, hat sich ergeben:
A.- Die B._AG bezweckt die "Durchführung und Finanzierung von Finanzgeschäften und Kapitalanlagen aller Art", die "Durchführung und Beratung in Warentermingeschäften" sowie die "Finanzierung von und Beteiligung an Unternehmen und Gesellschaftsbereichen"; zudem kann sie "sämtliche Geschäfte tätigen, welche die wirtschaftliche Entwicklung des Unternehmens fördern" (Art. 2 der Statuten vom 13. Juli 1998). Einziges Mitglied des Verwaltungsrats ist Z._.
B.- Am 29. März 1999 holte die Eidgenössische Bankenkommission (Bankenkommission bzw. EBK) bei der B._AG nähere Auskünfte über deren Aktivitäten ein. Gestützt auf die ihr gelieferten Daten stellte sie am 29. April 1999 fest, dass die B._AG keine bewilligungspflichtige Tätigkeit im Sinne von Art. 3 der Verordnung vom 2. Dezember 1996 über die Börsen und den Effektenhandel (Börsenverordnung, BEHV; SR 954. 11) ausübe.
C.- Am 2. September 1999 erhielt die Bankenkommission durch einen Kunden der B._AG Kenntnis davon, dass im Rahmen von Aktienoptionsgeschäften in Deutschland diverse Einzahlungen in beträchtlicher Höhe - im Widerspruch zu den von der B._AG bisher gelieferten Informationen - an diese direkt erfolgt sein sollen. Die Bankenkommission erliess deshalb tags darauf folgende Verfügung:
"1. Die A._AG, Zürich, wird zur Beobachterin
der B._AG, Zürich, ernannt.
2. Das Mandat der A._AG als Beobachterin erstreckt
sich auf sämtliche Aktivitäten, die am
Sitz bzw. am Ort der effektiven Geschäftsführung
ausgeübt werden, sowie auf sämtliche Orte, wo
sich die Unterlagen der B._AG befinden.
3. Die A._AG ist berechtigt, in alle Geschäfte
der B._AG einzugreifen und ihren
Abschluss zu untersagen, wenn sie die Interessen
der Anleger beeinträchtigen.
4. Die A._AG ist berechtigt, Vermögenswerte,
die im Namen oder auf Rechnung der B._AG
bei Dritten im In- und Ausland deponiert worden
sind, vorsorglich zu blockieren, wenn die
Interessen der Anleger beeinträchtigt sind.
5. Die Organe der B._AG, namentlich der Verwaltungsrat
Z._ und der faktische Geschäftsleiter
D._, werden unter Androhung
der Haft oder Busse gemäss Art. 292 StGB verpflichtet,
der A._AG alle von ihr geforderten
Informationen und Unterlagen zu liefern
und ihr Zugang zu den Räumlichkeiten der
B._AG zu gewähren.
6. Die A._AG wird beauftragt, zuhanden der
Eidg. Bankenkommission einen Bericht über alle
am Sitz und in den Räumlichkeiten der
B._AG ausgeübten Geschäftstätigkeiten zu
verfassen. Dieser Bericht soll namentlich folgende
Punkte behandeln:
a) eine umfassende Bestandesaufnahme der Geschäftsaktivitäten
am Sitz und in den Räumlichkeiten der B._AG,
b) einen vollständigen Status der Gesellschaften,
die am Sitz und in den Räumlichkeiten
der B._AG tätig sind (Aktionäre, Organe,
Beteiligungen, usw. ),
c) die Geschäftsbeziehungen dieser Gesellschaften
zu anderen Gesellschaften,
d) allfällige Gefährdung der Interessen der einzelnen Anleger,
e) allfällige strafbare Handlungen.
7.Die Befugnis, den Inhalt des Beobachtermandates
zu präzisieren sowie diese Verfügung wieder aufzuheben,
wird an das Sekretariat der Eidg. Bankenkommission delegiert.
8. Die Beobachterin ist berechtigt, von der
B._AG einen Kostenvorschuss zu verlangen.
9.Die Ziffern 1 bis 8 dieses Dispositivs werden
sofort vollstreckt.
10. Die Kosten der Beobachterin werden der B._AG auferlegt.
11. Die Verfahrenskosten von Fr. 5'100. -- bestehend aus einer Spruchgebühr von Fr. 5'000. -- und den Schreibgebühren von Fr. 100. -- werden der B._AG auferlegt. Sie sind innert 30 Tagen zahlbar. "
D.- Die B._AG hat hiergegen am 4. Oktober 1999 (Posteingang: 7. Oktober 1999) beim Bundesgericht Verwaltungsgerichtsbeschwerde eingereicht mit folgenden Anträgen:
"Es sei die Verfügung des Präsidenten der Eidgenössischen
Bankenkommission vom 3. September 1999 betreffend
Einsetzung eines Beobachters vollumfänglich aufzuheben.
Eventualiter:
Es sei die Verfügung des Präsidenten der Eidgenössischen
Bankenkommission vom 3. September 1999 betreffend
Einsetzung eines Beobachters an die Vorinstanz
zur Feststellung des Sachverhaltes zurückzuweisen;
Subeventualiter:
Es seien Ziffer 9 und 10 der Verfügung des Präsidenten
der Eidgenössischen Bankenkommission vom
3. September 1999 betreffend Einsetzung eines Beobachters
aufzuheben und die Kosten auf die Staatskasse zu nehmen.
Alles unter Kosten- und Entschädigungsfolgen zu Lasten der Staatskasse. "
Die B._AG macht geltend, die Bankenkommission habe den Sachverhalt unzureichend abgeklärt, ihren Anspruch auf rechtliches Gehör verletzt sowie in willkürlicher und unverhältnismässiger Weise die Einsetzung des Beobachters angeordnet.
Die Eidgenössische Bankenkommission beantragt, die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abzuweisen.
E.- Am 24. September 1999 unterbreitete die A._AG der Bankenkommission ihren Bericht, worin sie unter anderem festhielt, dass sie keine Hinweise darauf habe finden können, dass die B._AG selber Kundengelder entgegengenommen oder mit Wertschriften für Dritte oder sich selber gehandelt hätte. Die Geschäftstätigkeit der B._AG beschränke sich im Wesentlichen auf die Identifikation von Investoren, die Einführung zu einem Broker und die Beratung der Kunden in Anlagefragen ("Introducing Broker"). Gestützt hierauf kam die Beobachterin zum Schluss: "Soweit wir feststellen konnten, betreibt die B._AG keine Geschäftstätigkeit, die einer Überwachung durch die EBK bedürfte". Die Bankenkommission erklärte deshalb am 7. Oktober 1999 das Beobachtermandat für beendet; gleichzeitig informierte sie die B._AG, dass sie "aufgrund der vom Beobachter gemachten Feststellungen [...] die Angelegenheit als erledigt [erachte], vorbehaltlich der von Ihnen angekündigten Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen die Beobachterverfügung vom 3. September 1999. "

Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- a) Zur Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist befugt, wer durch die angefochtene Verfügung berührt wird und ein schutzwürdiges Interesse an deren Aufhebung oder Änderung hat (Art. 103 lit. a OG). Ein solches liegt nur vor, wenn der Beschwerdeführer nicht bloss bei Einreichen seiner Beschwerde, sondern auch noch im Urteilszeitpunkt am Entscheid ein aktuelles und praktisches Interesse hat (<ref-ruling> E. 4 S. 287; <ref-ruling> E. 2a S. 58 f.). Dies ist hier - trotz des Schreibens der Bankenkommission vom 7. Oktober 1999, wonach die Sache für sie an sich erledigt sei - der Fall: Der Beschwerdeführerin wurden die Kosten für die Beobachtertätigkeit auferlegt, was sie als bundesrechtswidrig rügt; die von ihr aufgeworfenen Fragen sind zudem grundsätzlicher Natur und können sich jederzeit wieder stellen, ohne dass eine rechtzeitige gerichtliche Überprüfung möglich wäre, weshalb es sich auch rechtfertigt, vom Erfordernis des aktuellen Interesses abzusehen (vgl. hierzu BGE <ref-ruling> E. 2b S. 59).
b) Die Bankenkommission hat die A._AG als Beobachterin der B._AG eingesetzt und dieser relativ weitgehende Befugnisse eingeräumt (Möglichkeit zur Kontensperre bzw. zum Eingriff in die Geschäftstätigkeit). Die Beobachterin sollte die sachverhaltsmässigen Grundlagen zur Beantwortung der Frage erstellen, ob die Beschwerdeführerin tatsächlich einer unter das Börsengesetz fallenden Tätigkeit nachging oder nicht, und für die Dauer dieses Verfahrens die Kundeninteressen schützen. Entgegen der Rechtsmittelbelehrung handelte es sich hierbei nicht um einen End-, sondern um einen Zwischenentscheid im Sinne von Art. 45 Abs. 2 lit. d (Verfügung über Auskunfts-, Zeugnis- oder Editionspflicht; so unveröffentlichte E. 1 von <ref-ruling> ff. bezüglich der Anordnung einer ausserordentlichen Revision nach dem Bundesgesetz vom 8. November 1934 über die Banken und Sparkassen [BankG; SR 952. 0]) bzw. Art. 45 Abs. 2 lit. g VwVG (vorsorgliche Massnahmen), da das Unterstellungsverfahren damit nicht abgeschlossen, sondern lediglich ein Zwischenschritt auf dem Weg zu einer allfälligen Endverfügung getroffen wurde. Hiervon geht in ihrer neueren Praxis auch die Bankenkommission aus. Als Zwischenentscheid ist deren Verfügung deshalb nur insoweit anfechtbar, als auch gegen den Endentscheid die Verwaltungsgerichtsbeschwerde offenstünde (Art. 101 lit. a OG e contrario) und sie einen nicht wieder gutzumachenden Nachteil - zumindest wirtschaftlicher Natur - zur Folge haben kann (zu den Voraussetzungen der Anfechtung von Zwischenentscheiden: <ref-ruling> E. 1c S. 99/100; Peter Karlen, in: Geiser/Münch, Prozessieren vor Bundesgericht, 2. Aufl. , Basel 1998, Rz. 3.13 f.; Kölz/ Häner, Verwaltungsverfahren und Verwaltungsrechtspflege des Bundes, 2. Aufl. , Zürich 1998, Rz. 511 ff.). Diese Voraussetzungen sind hier erfüllt: In Anwendung des Börsengesetzes ergangene Verfügungen der Aufsichtsbehörde über dessen Anwendbarkeit bzw. über die entsprechenden Rechtsfolgen unterliegen unmittelbar der Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht (Art. 39 BEHG; Art. 97 in Verbindung mit Art. 98 lit. f OG und Art. 5 VwVG; <ref-ruling> E. 1 S. 69; nicht publizierte E. 2a des zur Veröffentlichung bestimmten Urteils vom 19. November 1999 i.S. X. c. EBK). Der Beschwerdeführerin drohte durch die Anordnung, ihre Geschäftstätigkeit von der bezeichneten Revisionsstelle überprüfen zu lassen und deren Vertretern unter Strafandrohung Zutritt zu ihren Geschäftsräumlichkeiten und Einblick in sämtliche Geschäftsunterlagen gewähren zu müssen, ein nicht wieder gutzumachender Nachteil, zumal die Bankenkommission damit weitgehende Sicherungsrechte verbunden hat. Diese Eingriffe könnten auch bei einem positiven Verfahrensausgang nicht ohne weiteres wieder gutgemacht werden, weil die Betroffene die damit verbundenen Kosten allenfalls selbst dann zu tragen hätte, wenn sie ihre Tätigkeit gesetzeskonform ausgeübt haben sollte, und da die nach aussen erkennbaren Abklärungen und damit verbundenen Sicherungsmassnahmen ihre Geschäftstätigkeit trotz bzw. gerade wegen des Fehlens einer Bewilligungspflicht nachhaltig negativ zu beeinflussen geeignet sind (vgl. <ref-ruling> E. 1b S. 416 f. bezüglich Abklärungen im Bereich von Anlagefonds; unveröffentlichte E. 1 von <ref-ruling> ff.). Auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist demnach einzutreten. Hieran ändert nichts, dass die Beschwerdeführerin ihre Eingabe nicht innert der für Zwischenentscheide geltenden Frist von zehn Tagen eingereicht hat (Art. 106 OG); ihr darf aus der falschen Rechtsmittelbelehrung kein Nachteil erwachsen (vgl. Art. 38 VwVG), und die Frage nach der Rechtsnatur der Verfügung der Bankenkommission war gestützt auf die gesetzlichen Grundlagen nicht ohne weiteres klar (vgl. <ref-ruling> E. 1b S. 362).
2.- a) Mit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens, gerügt werden (Art. 104 lit. a OG). Da die Bankenkommission nicht als richterliche Behörde im Sinne von Art. 105 Abs. 2 OG gilt (vgl. - zur altrechtlichen Fassung von Art. 105 Abs. 2 OG - <ref-ruling> E. 1b S. 78; <ref-ruling> E. 2a S. 57; <ref-ruling> E. 2a S. 274 f.; jüngst bestätigt im Entscheid vom 2. Februar 2000 i.S. X. c. EBK, E. 1g), ist das Bundesgericht an ihre Feststellung des Sachverhalts nicht gebunden (Art. 104 lit. b OG in Verbindung mit Art. 105 Abs. 2 OG). Ausgeschlossen ist indessen der Einwand, der angefochtene Entscheid sei unangemessen (vgl. Art. 104 lit. c OG).
b) Das Bundesgericht wendet die massgeblichen Normen der Börsen- und Bankengesetzgebung von Amtes wegen an; es auferlegt sich jedoch bei der Beurteilung von ausgesprochenen Fachfragen, zu deren Beantwortung die sachnähere Bankenkommission besser qualifiziert ist, eine gewisse Zurückhaltung. Es gesteht dieser im Rahmen des so genannten "technischen Ermessens" bei der Prüfung des Einzelfalls und bei der Anwendung unbestimmter Rechtsbegriffe einen gewissen Beurteilungsspielraum zu (<ref-ruling> E. 3a S. 148/149; <ref-ruling> E. 1b S. 78, 193 E. 2d S. 197; <ref-ruling> E. 2c S. 58; <ref-ruling> E. 1b S. 200; <ref-ruling> E. 5b S. 354; <ref-ruling> E. 3c S. 182/183).
3.- a) Der Eidgenössischen Bankenkommission ist die Aufsicht über das Bankenwesen, die Anlagefonds, das Börsenwesen, die Offenlegung bedeutender Beteiligungen und die öffentlichen Kaufangebote zur selbständigen Erledigung übertragen (Art. 23 Abs. 1 Satz 2 BankG; Fassung vom 24. März 1995). Zu ihrem Aufsichtsbereich gehört auch die Abklärung der Unterstellungs- und Bewilligungspflicht einer Unternehmung (Art. 1 und Art. 3 BankG; <ref-ruling> E. 3a S. 148 bzw. Art. 1 und Art. 10 BEHG). Die Bankenkommission trifft die zum Vollzug des Gesetzes bzw. seiner Ausführungsbestimmungen notwendigen Verfügungen und überwacht die Einhaltung der gesetzlichen und reglementarischen Vorschriften (Art. 35 Abs. 1 BEHG). Erhält sie von Verletzungen des Gesetzes oder von sonstigen Missständen Kenntnis, sorgt sie für deren Beseitigung und die Wiederherstellung des ordnungsgemässen Zustands; sie ist befugt, hierzu alle "notwendigen" Verfügungen zu treffen (Art. 35 Abs. 3 BEHG). Da die Bankenkommission damit allgemein über die Einhaltung der "gesetzlichen Vorschriften" zu wachen hat, ist die ihr übertragene Aufsicht nicht auf unterstellte Betriebe beschränkt. Soweit ihre Aufsichtspflicht reicht, ist sie berechtigt, generell die im Gesetz vorgesehenen Mittel zur Durchsetzung ihrer Aufsicht auch gegenüber Instituten (oder Personen) einzusetzen, deren Unterstellungspflicht strittig ist (bezüglich des Bankengesetzes: <ref-ruling> E. 3a S. 149; <ref-ruling> E. 3 S. 198; Bodmer/Kleiner/Lutz, Kommentar zum Bundesgesetz über die Banken und Sparkassen, 10. Nachlieferung 1999, Zürich, N 5 zu Art. 23bis). Dies gilt auch im Anwendungsbereich des Börsengesetzes (vgl. differenzierend Tomas Poledna, in: Kommentar zum schweizerischen Kapitalmarktrecht, Basel 1999, Rz. 15 zu Art. 35 BEHG; Küng/Huber/ Kuster, Kommentar zum Börsengesetz, Zürich 1998, Rzn. 12 - 15 zu Art. 35 BEHG): Liegen hinreichend konkrete Anhaltspunkte dafür vor, dass in Verletzung der Meldepflicht (vgl. Art. 10 BEHG in Verbindung mit Art. 17 Abs. 1 BEHV) eine bewilligungspflichtige Geschäftstätigkeit ausgeübt werden könnte, ist die Bankenkommission befugt bzw. verpflichtet (vgl. BGE <ref-ruling> E. 3 S. 58; <ref-ruling> E. 2 S. 408 f.), die erforderlichen Abklärungen einzuleiten und die nötigen Anordnungen zu treffen; diese können - obwohl die entsprechende Möglichkeit im Börsengesetz im Gegensatz etwa zur Regelung im Bundesgesetz vom 18. März 1994 über die Anlagefonds (SR 951. 31, Art. 58 Abs. 2) nicht ausdrücklich vorgesehen ist - bis zur Auflösung einer Unternehmung reichen, die unerlaubt einer zum Vornherein nicht bewilligungsfähigen Tätigkeit nachgeht (vgl. zur Publikation bestimmtes Urteil vom 19. November 1999 i.S. X. c. EBK, E. 6e; Poledna, a.a.O., Rz. 2 zu Art. 36 BEHG; a.M. Küng/Huber/Kuster, a.a.O., Rz. 11 ff. zu Art. 36 BEHG).
b) Welcher Auskünfte und Unterlagen die Eidgenössische Bankenkommission zur Wahrnehmung ihrer Aufsichtsfunktionen im Einzelfall bedarf, ist weitgehend ihrem "technischen Ermessen" anheimgestellt; das Bundesgericht greift in dieses nur bei eigentlichen Ermessensfehlern ein (vgl. BGE <ref-ruling> E. 2d S. 197; <ref-ruling> E. 2a S. 200; Peter Nobel, Auskunftsrechte und "technisches Ermessen" der Eidgenössischen Bankenkommission [EBK], in: recht 1985 S. 55). Bei der Wahl des geeigneten Mittels hat die Bankenkommission im Rahmen der allgemeinen Verwaltungsgrundsätze (Willkürverbot, Rechtsgleichheits- und Verhältnismässigkeitsgebot, Treu und Glauben) in erster Linie dem Hauptzweck der Banken- und Börsengesetzgebung, nämlich dem Schutz der Gläubiger und Anleger bzw. dem Funktionieren der Effektenmärkte (vgl. Art. 1 BEHG), Rechnung zu tragen (<ref-ruling> E. 3a S. 149); umgekehrt sollen sich die Auskünfte und die Herausgabe von Unterlagen auf das beschränken, was zur Erfüllung der Aufsichtstätigkeit und insbesondere der Abklärung der Unterstellungspflicht tatsächlich erforderlich ist (vgl. Poledna, a.a.O., Rz. 18 zu Art. 35 BEHG). Im Zweifelsfall legt das Bundesgericht die Auskunfts- und Mitwirkungspflicht des Betroffenen bei der Sachverhaltsfeststellung weit aus, da der präventive Beizug von genügenden und gesicherten Informationen im öffentlichen Interesse die frühzeitige Erkennung von Gesetzesverletzungen und sonstigen Missständen ermöglicht (<ref-ruling> E. 3a S. 149; Poledna, a.a.O., Rz. 18 zu Art. 35 BEHG; Bodmer/ Kleiner/Lutz, a.a.O., N 4 zu Art. 23bis BankG).
4.- Vor diesem Hintergrund sind das Einsetzen eines Beobachters und die zu dessen Gunsten angeordneten Auskunfts- und Unterstützungspflichten der Beschwerdeführerin (Ziffer 1, 2, 5 und 6 des Dispositivs) nicht zu beanstanden:
a) Die Bankenkommission hat in einer ersten Phase die Bewilligungspflicht der Geschäftstätigkeit der Beschwerdeführerin gestützt auf die ihr von dieser zur Verfügung gestellten Unterlagen beurteilt. In der Folge erhielt sie von einem deutschen Anwaltsbüro die Mitteilung, dass "von Januar 1999 bis April 1999" verschiedene Einzahlungen an die B._AG "erfolgten", die "an den Broker ED & F Man in London weitergeleitet wurden". Ob dieser Hinweis, dass die Beschwerdeführerin allenfalls doch gewerbsmässig in eigenem Namen für Rechnung von Kunden mit Effekten gehandelt oder Effekten dieser Kunden bei sich oder in eigenem Namen bei Dritten aufbewahrt haben könnte (vgl. Art. 3 Abs. 5 BEHV), bereits die Einsetzung eines Beobachters nötig gemacht hätte, erscheint zweifelhaft. Die weiteren Umstände rechtfertigten indessen gesamthaft dieses Vorgehen. Der einzige Verwaltungsrat der Beschwerdeführerin, Z._, stand aktenkundig in enger Verbindung mit einer anderen Firma, die im Börsenbereich illegal tätig geworden war und die durch die Bankenkommission liquidiert werden musste (P._AG). Soweit die Beschwerdeführerin die Rolle ihres Verwaltungsrats dabei zu relativieren und seine dortige Kooperationsbereitschaft zu unterstreichen versucht, verkennt sie, dass es mit Blick auf die Verflechtungen lediglich darum ging, abzuklären, ob ihre Aktivitäten wie jene der anderen Gesellschaft, in deren Zusammenhang der Name von Z._ genannt worden war, unter das Börsengesetz fielen; entgegen ihren Einwendungen waren damit keine persönlichen Unterstellungen gegenüber Z._ verbunden. Es ist nicht zu beanstanden, dass die Bankenkommission annahm, dieser sei "in sehr weitgehendem Masse" beratend für die P._AG tätig gewesen; die Beschwerdeführerin gesteht dies letztlich selber zu, wenn sie die Tätigkeit Z._s in dem Sinne umschreibt, dass dieser dort im Rahmen von Recherchen, Ausfüllen des Fragebogens und Gesprächen mit der Bankenkommission mitgewirkt habe. Damit war er auf jeden Fall kein unbeteiligter Dritter. Das ergibt sich letztlich auch aus dem zweiten Zwischenbericht der T._AG vom 24. Juni 1999 bezüglich der Liquidation der P._AG, wonach Z._ die Abrechnung über einen von ihm getätigten Bezug von US-Dollar 50'000. -- vorgelegt und eine Restanz von US-Dollar 40'299. 71 zurückerstattet habe. Was die von ihm getätigten Bezüge bzw. Kostenvorschüsse betreffe, sei Gegenstand weiterer Abklärungen; die Liquidatorin habe ihm gegenüber bereits weitere Forderungen geltend gemacht; bezüglich "des Fahrzeuges Porsche" seien ebenfalls noch Abklärungen im Gange. Lediglich ergänzend kann unter diesen Umständen noch darauf hingewiesen werden, dass die Bankenkommission, wie sie in ihrer Vernehmlassung glaubwürdig unterstreicht, bei Erlass der angefochtenen Verfügung über zusätzliche Informationen verfügte, wonach ein Kunde im Rahmen eines Vergleichs mit der Beschwerdeführerin verpflichtet worden war, über deren Aktivitäten ihr gegenüber Stillschweigen zu bewahren, was geeignet war, den Verdacht zu bestärken, dass die Beschwerdeführerin eine bewilligungspflichtige Tätigkeit ausüben könnte.
b) Insgesamt bestanden gestützt hierauf hinreichende, konkrete Anhaltspunkte dafür, dass die Tätigkeit der Beschwerdeführerin bewilligungspflichtig sein könnte. Die Bankenkommission war deshalb gehalten, die nötigen Abklärungen in die Wege zu leiten und gegebenenfalls den gesetzmässigen Zustand wiederherzustellen (vgl. Art. 35 Abs. 3 BEHG; vgl. Poledna, a.a.O., Rz. 12 zu Art. 35 BEHG). Nachdem die von der Beschwerdeführerin auf die Aufforderung der Bankenkommission hin gelieferten Auskünfte und Unterlagen im Widerspruch zu den übrigen Akten und Hinweisen standen, war ein weiteres schriftliches Auskunftsersuchen nicht geeignet, die bestehenden Zweifel wirksam zu beseitigen. Nur eine Kontrolle an Ort und Stelle erlaubte der Vorinstanz, sich im Interesse der zu schützenden Anleger und des Vertrauens in den Effektenmarkt nunmehr möglichst rasch ein objektives und vollständiges Bild über die tatsächliche Geschäftstätigkeit der B._AG zu machen. In Anbetracht der Umstände durfte sie davon ausgehen, dass diese nicht mit der gewünschten Offenheit zur Abklärung des Sachverhalts beitragen oder bei weiterem Zuwarten allenfalls - im schlimmsten Fall - gar Vermögenswerte dem Zugriff der Anleger entziehen könnte. Die Einsetzung eines Beobachters mit den entsprechenden Befugnissen war zur Abklärung, ob und wieweit die Beschwerdeführerin tatsächlich einer bewilligungspflichtigen Tätigkeit nachging, deshalb grundsätzlich sachlich gerechtfertigt sowie geeignet und erforderlich; von einem Ermessensmissbrauch bzw. voreiligen und willkürlichen Handeln kann - entgegen den Einwendungen der Beschwerdeführerin - nicht die Rede sein.
c) Zwar sieht das Börsengesetz die Möglichkeit der Abordnung eines Beobachters - im Gegensatz zum Bankengesetz (vgl. Art. 23quater) - nicht ausdrücklich vor, doch dürfte es sich hierbei um ein gesetzgeberisches Versehen handeln (in diesem Sinn Peter Nobel, Schweizerisches Finanzmarktrecht, Bern 1997, § 3 Rz. 178). Der Frage braucht hier indessen nicht weiter nachgegangen zu werden, da die Einsetzung des Beobachters so oder anders rechtmässig war: Nach Art. 35 Abs. 3 BEHG trifft die Bankenkommission generell die zur Wiederherstellung des ordnungsgemässen Zustandes und für die Beseitigung der Missstände "notwendigen Verfügungen", wobei die dort ausdrücklich genannten Massnahmen (Untersagen aller Zahlungen und Rechtsgeschäfte für kurze Zeit, vorübergehendes oder dauerndes Verbot der Tätigkeit im Effektenhandel) lediglich beispielhaft erwähnt sind (vgl. Poledna, a.a.O., Rz. 21 zu Art. 35 BEHG). Ist die Bankenkommission deshalb befugt, gestützt auf Art. 35 BEHG in Analogie zur bankenrechtlichen Praxis die Auflösung einer Gesellschaft anzuordnen, die unerlaubt eine zum Vornherein nicht bewilligungsfähige Tätigkeit als Effektenhändlerin ausübt, so ist sie auch berechtigt, die weniger weit reichende Einsetzung eines Beobachters zu verfügen, und zwar auch dann, wenn noch nicht feststeht, ob tatsächlich eine Gesetzesverletzung oder ein Missstand vorliegt. Es genügt, dass aufgrund der konkreten Umstände hierfür objektive Anhaltspunkte bestehen, wobei der Sachverhalt nur über eine Kontrolle an Ort und Stelle abschliessend erstellt werden kann. Der zu beseitigende Missstand liegt in diesem Fall in der widersprüchlichen Ausgangslage, die es im Interesse der mit dem Börsengesetz verfolgten Ziele (vgl. Art. 1 BEHG) zu klären gilt. Die Einsetzung eines Beobachters entspricht im Resultat - zumindest teilweise - einer ausserordentlichen Revision. Eine solche kann die Bankenkommission zur Sicherstellung der Börsengesetzkonformität der Geschäftstätigkeit eines Effektenhändlers gestützt auf Art. 31 BEHV vorsehen. Wie das Bundesgericht festgestellt hat, ist die Bankenkommission im bankenrechtlichen Unterstellungsverfahren bereits dann befugt, eine solche anzuordnen, wenn objektive Anhaltspunkte dafür bestehen, dass eine bewilligungspflichtige Tätigkeit ausgeübt werden könnte (<ref-ruling> ff.). Gestützt auf die zahlreichen Verweise auf das Bankenrecht und den sachlichen Zusammenhang zwischen diesem und dem Börsengesetz muss dies auch hier gelten (vgl. zur Publikation bestimmtes Urteil vom 19. November 1999 i.S. X. c. EBK, E. 6e). Nach Art. 23quater BankG kann die Bankenkommission einen Beobachter einsetzen, welcher die Tätigkeit der leitenden Organe der Bank - insbesondere die Durchführung der angeordneten Massnahmen - überwacht und ihr hierüber laufend Bericht erstattet. Zu diesem Zweck geniesst der Beobachter von Gesetzes wegen ein uneingeschränktes Recht zur Einsicht in die Geschäftstätigkeit, die Bücher und Akten der Bank. Die von der Bankenkommission in Ziffer 2, 5 und 6 des Dispositivs ihres Entscheids dem Beobachter eingeräumten Befugnisse entsprechen dieser Regelung, wobei deren Nichtbeachtung mit der Strafandrohung nach Art. 292 StGB verbunden werden durfte (vgl. Bodmer/Kleiner/ Lutz, a.a.O., N 16 zu Art. 23bis BankG).
d) Nicht zu beanstanden ist auch die Auferlegung der Verfahrenskosten und die Einräumung eines Rechts auf Kostenvorschuss zu Gunsten der als Beobachterin eingesetzten Revisionsstelle (Ziff. 8, 10 und 11 des Dispositivs): Nach Art. 17 BEHG hat der Effektenhändler die mit der Revision verbundenen Kosten zu tragen. Gemäss Art. 31 BEHV kann die Bankenkommission ihrerseits ausserordentliche Revisionen anordnen. Bezeichnet sie dabei die hierfür einzusetzende Revisionsstelle selber, so ist sie befugt, diese zu ermächtigen, vom Effektenhändler einen Kostenvorschuss zu verlangen. Die entsprechenden für anerkannte Effektenhändler vorgesehenen Regeln gelten auch für im Finanzbereich aktive Gesellschaften, bei denen objektive Anzeichen dafür bestehen, dass sie sich zu Unrecht den börsen- oder bankengesetzlichen Regelungen entziehen könnten, wobei die Frage nur durch eine ausserordentliche Revision bzw. die Einsetzung eines Beobachters hinreichend zuverlässig abgeklärt werden kann. Wie bereits dargelegt, ist die Bankenkommission befugt, im Rahmen der allgemeinen Verwaltungsgrundsätze zur Durchsetzung ihrer Aufsicht auch gegenüber nicht unterstellten Instituten (oder Personen) auf die im Gesetz vorgesehenen Mittel zurückzugreifen. Das Bundesgericht hat deshalb festgestellt, dass sie im Bankenbereich gestützt auf Art. 49 Abs. 2 BankV bzw. Art. 22 Abs. 1 und Art. 23bis BankG in Verbindung mit Art. 33 Abs. 2 VwVG vom Betroffenen verlangen kann, dass er die entsprechenden Kosten vorschiesst (<ref-ruling> E. 4b S. 152); das Gleiche gilt hier. Soweit die Beschwerdeführerin ohne weitere Begründung beantragt, es sei auch der Kostenspruch aufzuheben, ist neben den von der Bankenkommission in diesem Zusammenhang angerufenen Art. 11 und 12 der Verordnung vom 2. Dezember 1996 über die Erhebung von Abgaben und Gebühren durch die Eidgenössische Bankenkommission (EBK- Gebührenverordnung, EBK-GebV; SR 611. 014) überdies auf deren Art. 14 zu verweisen, wonach für Verfahren, die zusätzlichen Revisions- oder Kontrollaufwand verursachen und nicht mit einer Verfügung enden, eine Gebühr von höchstens 20'000 Franken erhoben werden kann, sofern der Gebührenpflichtige nach dieser Verordnung - wie hier - Anlass zur Untersuchung gegeben hat.
5.- a) Problematisch erscheinen indessen die Ziffern 3 und 4 des Dispositivs, wonach die Bankenkommission die Beobachterin ermächtigt, in alle Geschäfte der Beschwerdeführerin "einzugreifen und ihren Abschluss zu untersagen, wenn sie die Interessen der Anleger beeinträchtigen" (Ziff. 3 des Dispositivs), bzw. in diesem Fall auch Vermögenswerte, die im Namen oder auf Rechnung der Beschwerdeführerin im "In- und Ausland deponiert" sind, "vorsorglich zu blockieren" (Ziff. 4 des Dispositivs).
b) Diese Kompetenzdelegationen gehen zu weit und sind in dieser Form im Beweisverfahren hinsichtlich der Unterstellungsfrage unzulässig:
aa) Auch wenn das Börsengesetz ein mehrstufiges Aufsichtsverfahren vorsieht und die Revisionsstelle gemäss Art. 19 Abs. 1 BEHG prüft, ob der Effektenhändler seine gesetzlichen Pflichten erfüllt und die Bewilligungsvoraussetzungen sowie die internen Vorschriften einhält (vgl. Küng/ Huber/Kuster, a.a.O., Rz. 38 - 41 zu Art. 34 BEHG; Poledna, a.a.O., Rz. 13 zu Art. 35 BEHG; zur Bankenaufsicht: Bodmer/ Kleiner/Lutz, a.a.O., N 1a zu Art. 23bis BankG), ist es nach Art. 35 BEHG doch an der Aufsichtsbehörde, die notwendigen Verfügungen - auch vorsorglicher Natur - selber zu treffen. Stösst die Revisionsstelle bei der jährlichen Revision oder bei Zwischenrevisionen auf eine Verletzung gesetzlicher Vorschriften oder sonstige Missstände, setzt sie dem Effektenhändler eine angemessene Frist zur Herstellung des ordnungsgemässen Zustands mit einem entsprechenden Vermerk im Revisionsbericht (Art. 19 Abs. 4 BEHG). Sie benachrichtigt die Aufsichtsbehörde sofort, wenn die Frist nicht eingehalten wird, eine Fristansetzung als zwecklos erscheint, oder strafbare Handlungen bzw. schwere Missstände festgestellt werden (Art. 19 Abs. 5 BEHG). Kann die Revisionsstelle damit aber bereits gegenüber einem unterstellten Effektenhändler - abgesehen von der Fristansetzung - selber direkt keine weiteren Massnahmen anordnen, sondern nur die Aufsichtsbehörde informieren und dieser gegebenenfalls Antrag stellen, ist die Bankenkommission ihrerseits nicht berechtigt, ihre weitreichenden Aufsichtsbefugnisse im Rahmen einer ausserordentlichen Revision bzw. der Einsetzung eines Beobachters im Unterstellungsverfahren - und sei es auch nur teilweise und "vorsorglich" - an diesen zu delegieren. Die für die Verfahrensdauer notwendigen Anordnungen hat die Bankenkommission (allenfalls auf dessen Antrag hin) selber zu treffen; sie kann ihre verfahrensrechtlichen Kompetenzen insofern nicht ohne ausdrückliche gesetzliche Grundlage in den Ermessensbereich eines "Vollzugsgehilfen" delegieren (vgl. Küng/ Huber/Kuster, a.a.O., Rz. 41 zu Art. 34 BEHG). Dies ergibt sich bereits aus dem analog anzuwendenden Art. 23quater BankG, wonach der Beobachter gerade ausdrücklich nicht in die Geschäftstätigkeit der beobachteten Bank eingreifen darf (vgl. hierzu Bodmer/Kleiner/Lutz, a.a.O., N 3 zu Art. 23quater BankG). Enthält das Börsengesetz keine Regelung über die Einsetzung eines Beobachters und ist hierfür über Art. 35 BEHG analog auf jene im Bankengesetz zurückzugreifen, können die damit verbundenen Befugnisse nicht weiter gehen als die dort vorgesehenen.
bb) Hieran ändert nichts, dass es zweckmässig erscheinen mag, den entsprechenden Entscheid direkt dem Beobachter zu überlassen, der mit den Organen der betroffenen Firmen in Kontakt steht und mit den konkreten Verhältnissen rascher und besser vertraut sein dürfte. Das Vorgehen widerspricht der Gesetzessystematik, welche die "notwendigen" Verfügungen der Bankenkommission vorbehält. Es besteht insofern keine Gesetzeslücke, die in Anlehnung an den mutmasslichen Willen des Gesetzgebers durch den Richter zu füllen wäre (vgl. Art. 1 Abs. 2 ZGB). Verfügt die Bankenkommission bereits bei Einsetzung des Beobachters über hinreichend deutliche Anhaltspunkte dafür, dass Anlegerinteressen bedroht sein könnten, kann sie selber superprovisorisch für die Dauer der Abklärungen die nötigen Vorkehren treffen und auch Gelder und Konten vorsorglich blockieren. Auch ein vorsorgliches Verbot aller Geschäftsabschlüsse, welche Anlegerinteressen beeinträchtigen könnten, ist unter denselben Voraussetzungen denkbar. Im Rahmen der mit ihren Anordnungen verbundenen Interessenabwägung muss die Bankenkommission aber der Möglichkeit Rechnung tragen, dass die beobachtete Firma allenfalls - wie hier - tatsächlich keiner unterstellungspflichtigen Tätigkeit nachgeht und die getroffenen (vorsorglichen) Massnahmen sie in ihren Aktivitäten deshalb in ungerechtfertigter Weise massiv beeinträchtigen können. Sie hat deshalb flexibel und rasch zu reagieren und über eine erste möglicherweise kurzfristige superprovisorische Sperrung aller Konten oder Gelder bzw. Suspendierung der Geschäftstätigkeit hinaus - nach Gewährung des rechtlichen Gehörs (vgl. hierzu E. 6) - zu klären, ob und wieweit über das Beobachtermandat reichende Massnahmen zum Schutz gefährdeter Interessen tatsächlich vorsorglich weiterhin erforderlich sind. Dies ist in praktischer Hinsicht durchaus in einem vernünftigen Zeitrahmen möglich, kann der Präsident der Bankenkommission doch bei Dringlichkeit auf Antrag des Direktors des Sekretariats die Anordnungen gegebenenfalls in eigener Verantwortung treffen (vgl. Art. 9 Abs. 2 des Reglements vom 20. November 1997 über die Eidgenössische Bankenkommission, R-EBK; SR 952. 721; Küng/Huber/Kuster, a.a.O., Rz. 22 zu Art. 34 BEHG).
6.- a) Die Bankenkommission hat den angefochtenen Entscheid vorliegend - wie in anderen Fällen auch - gestützt auf Art. 30 Abs. 2 lit. e VwVG wegen zeitlicher Dringlichkeit ohne vorgängige Anhörung der Betroffenen erlassen. Aufgrund der mit Z._ beim Verfahren gegen die P._AG gemachten Erfahrungen sei davon auszugehen, dass er insbesondere über die Bewilligungspflicht der Effektenhändlertätigkeit im Bilde sei. Da die B._AG in ihrem Schreiben vom 26. April 1999 ausdrücklich verneint habe, Kundengelder entgegenzunehmen, dies aber gerade dem Verdacht der Bankenkommission entspreche, erscheine es ratsam, vorliegend im Interesse der Anleger zuerst Sicherungsmassnahmen anzuordnen, bevor die B._AG über die Vermutung, dass sie eine Effektenhändlertätigkeit ausübe, informiert und ihr hierzu das rechtliche Gehör gewährt werde.
b) Diese Begründung überzeugt nur teilweise und trägt den berechtigten Interessen der Betroffenen, wie der konkrete Fall zeigt, zu wenig Rechnung:
aa) Im Verfahren vor der Bankenkommission gilt das Bundesgesetz vom 20. Dezember 1968 über das Verwaltungsverfahren (vgl. <ref-ruling> E. 2 S. 93; Küng/Huber/Kuster, a.a.O., Rz. 17 zu Art. 35 BEHG; Bodmer/Kleiner/Lutz, a.a.O., N 7 zu Art. 23bis BankG). Nach dessen Art. 30 Abs. 1 hat die Behörde die Parteien anzuhören, bevor sie verfügt. Hiervon kann sie absehen bei Zwischenverfügungen, die nicht selbständig durch Beschwerde anfechtbar sind (Art. 30 Abs. 2 lit. a VwVG); falls eine Einsprachemöglichkeit besteht (Art. 30 Abs. 2 lit. b VwVG); wenn dem Begehren der Parteien voll entsprochen wird (Art. 30 Abs. 2 lit. c VwVG); bei Vollstreckungsverfügungen (Art. 30 Abs. 2 lit. d VwVG) sowie bei anderen Verfügungen in einem erstinstanzlichen Verfahren, soweit Gefahr im Verzug ist, die Parteien gegen die Verfügung Beschwerde führen können und ihnen keine andere Bestimmung des Bundesrechts einen Anspruch auf vorgängige Anhörung einräumt (Art. 30 Abs. 2 lit. e VwVG). Obwohl die Bankenkommission - wie sie zu Recht festhält - rasch gegen gesetzwidrige Zustände einschreiten muss, hat sie ihr Verfahren dennoch unter Beachtung der verfahrensrechtlichen Garantien der Betroffenen zu führen (nicht publizierte E. 4c/aa des zur Veröffentlichung bestimmten Urteils vom 19. November 1999 i.S. X.). Art. 30 Abs. 2 lit. e VwVG ermöglicht den Verzicht auf eine vorgängige Anhörung nur, wenn kumulativ einerseits Gefahr in Verzug ist und andererseits gegen die Verfügung ein verwaltungsinterner Beschwerdeweg mit voller Überprüfungsbefugnis offensteht; die Verwaltungsgerichtsbeschwerde genügt für den Verzicht auf eine Anhörung grundsätzlich nicht, auch wenn das Bundesgericht gegenüber den Kantonen im Rahmen seiner Rechtsprechung zu den aus Art. 4 aBV abgeleiteten verfahrensrechtlichen Minimalgarantien allenfalls weniger strenge Anforderungen gestellt hat (<ref-ruling> E. 5 S. 135 f.; Kölz/Häner, a.a.O., Rz. 315; Bodmer/Kleiner/ Lutz, a.a.O., N 14 zu Art. 23bis BankG; Peter Saladin, Das Verwaltungsverfahrensrecht des Bundes, Basel/Stuttgart 1979, 16.232, S. 142 f.; zu Art. 4 BV: Georg Müller, in: Kommentar BV, Rz. 107 zu Art. 4). Kann keine Rechtsmittelinstanz mit voller Kognition angerufen werden, ist bei Gefahr im Verzug im Rahmen von Art. 30 Abs. 2 lit. e VwVG die vorgesehene Massnahme allenfalls superprovisorisch anzuordnen und unmittelbar anschliessend das rechtliche Gehör dazu zu gewähren, worauf die Anordnung allenfalls als vorsorgliche Massnahme aufrechterhalten werden kann. Dieser Entscheid ist dann im Rahmen von Art. 45 Abs. 2 lit. g VwVG vor Bundesgericht wiederum mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde anfechtbar. Ist die Bankenkommission befugt, einen Beobachter einzusetzen, kann sie dies, falls Gefahr in Verzug ist, auch superprovisorisch tun; das Gleiche gilt hinsichtlich allfälliger weiterer Eingriffe in die Geschäftstätigkeit (faktische Kontensperre, Untersagen gewisser Geschäftsabschlüsse usw. ). Hernach hat sie die Anhörung zu diesen Massnahmen indessen unverzüglich nachzuholen. Nur so kann vermieden werden, dass systematisch im erstinstanzlichen Verfahren der Anspruch auf rechtliches Gehör missachtet wird und das Bundesgericht sich allenfalls mit neuen Einwänden beschäftigen muss, die das erstinstanzliche Verfahren zu beeinflussen bzw. zu verkürzen oder zu beendigen geeignet gewesen wären. Wie das Bundesgericht festgehalten hat, ist die Wahrung der Verfahrensrechte der Betroffenen von zentraler Bedeutung. Eine nachträgliche Heilung eines entsprechenden Mangels kommt nur ausnahmsweise in Frage; die erstinstanzliche Behörde darf nicht darauf vertrauen, dass von ihr missachtete Verfahrensrechte systematisch nachträglich geheilt werden, ansonsten die gerade für das erstinstanzliche Verfahren vorgesehenen prozessualen Garantien ihren Sinn verlieren (nicht publizierte E. 4c/aa in fine des zur Veröffentlichung bestimmten Urteils vom 19. November 1999 i.S. X. c. EBK; <ref-ruling> E. 2d, mit weiteren Hinweisen).
bb) Trotz dieser Ausführungen allgemeiner Art zur künftigen Verfahrensgestaltung kann eine allfällige Verletzung des Anspruchs auf rechtliches Gehör vorliegend durch das Verfahren vor Bundesgericht noch einmal als geheilt gelten, da keine eigentlichen Ermessensfragen zur Diskussion standen und der Sachverhalt vom Bundesgericht frei geprüft werden konnte, womit es sich nicht rechtfertigt, den angefochtenen Entscheid deshalb aufzuheben, zumal das Verfahren inzwischen auch abgeschlossen ist und die Bankenkommission keine weiteren Sanktionen vorgesehen hat: Die Einsetzung des Beobachters, wozu sich die Beschwerdeführerin in ihrer Verwaltungsgerichtsbeschwerde umfassend äussern konnte, war gestützt auf die vorliegenden Unterlagen sowohl als superprovisorische wie als eigentliche vorsorgliche Massnahme verhältnismässig und nicht bundesrechtswidrig. Es ist nicht ersichtlich, welche anderen geeigneten Massnahmen die Bankenkommission hätte treffen können, um die tatsächlichen Verhältnisse mit hinreichender Sicherheit abzuklären. Entgegen den Einwänden der Beschwerdeführerin hätte eine Rückfrage in Deutschland zwar allenfalls die "Beweiskraft" der entsprechenden Kundenbeschwerde relativiert, sie hätte indessen nicht auch die anderen Indizien beseitigen können. Ihre Beschwerde vermochte die übrigen von der Bankenkommission angeführten berechtigten Bedenken bezüglich der bisherigen Erklärungen zur tatsächlichen Geschäftstätigkeit nicht derart in Frage zu stellen, dass weitere Abklärungen an Ort und Stelle unverhältnismässig gewesen sind.
7.- a) Zusammenfassend ergibt sich somit, dass die vorliegende Beschwerde insoweit gutzuheissen ist, als sie sich gegen die Ziffern 3 und 4 des Dispositivs des angefochtenen Entscheids richtet; diese sind aufzuheben. Eine Rückweisung erübrigt sich, nachdem die Bankenkommission ihr Verfahren eingestellt hat und damit von ihrer Seite her keinerlei Beschränkungen der Geschäftstätigkeit der Beschwerdeführerin mehr bestehen. Im Übrigen ist die Beschwerde abzuweisen und die angefochtene Verfügung zu bestätigen.
b) Gemäss dem Ausgang des Verfahrens sind die Gerichtskosten im Umfange ihres Unterliegens der Beschwerdeführerin aufzuerlegen (Art. 156 Abs. 1 in Verbindung mit Art. 153 und Art. 153a OG); zudem ist ihr eine - reduzierte - Parteientschädigung zuzusprechen (vgl. Art. 159 OG). Bei der Festsetzung der Kosten und der Entschädigung ist der Tatsache Rechnung zu tragen, dass die Beschwerdeführerin ihren Anspruch auf rechtliches Gehör nur dank der vorliegenden Beschwerde wahren konnte (so auch unveröffentlichtes Urteil des Bundesgerichts vom 29. Oktober 1998 i.S. X. c. EBK, E. 3c).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird teilweise gutgeheissen, und die Ziffern 3 und 4 des Dispositivs der Verfügung des Präsidenten der Eidgenössischen Bankenkommission vom 3. September 1999 werden aufgehoben.
Im Übrigen wird die Verwaltungsgerichtsbeschwerde abgewiesen.
2.- Die reduzierte Gerichtsgebühr von Fr. 3'000. -- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Die Eidgenössische Bankenkommission hat die Beschwerdeführerin für das bundesgerichtliche Verfahren mit Fr. 3'000. -- zu entschädigen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin und der Eidgenössischen Bankenkommission schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 24. März 2000
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Der Gerichtsschreiber: