Sachverhalt:
A. Am 31. August 2004 liessen Y._ und Z._ bei der Gemeinde Tumegl/Tomils ein Baugesuch einreichen für einen Pferdeauslauf und einen Tür- und Fenstereinbau auf Parzellen 465 und 480. Die Gemeinde legte das Gesuch nicht öffentlich auf und bewilligte es am 14. Oktober 2004.
Die Nachbarn A. und B. X._ wiesen die Gemeinde erstmals am 24. Januar 2005 und danach mehrfach darauf hin, dass die Geruchsimmissionen ihres Erachtens unzumutbar und weitere bauliche und betriebliche Massnahmen, allenfalls ein Betriebsverbot, unabdingbar seien.
Im Anschluss an Einigungsgespräche zwischen den Parteien und der Gemeinde liessen Y._ und Z._ am 23. März 2005 ein Gesuch um Überdachung der Mistlege auf Parzelle 465 einreichen. Nach erfolgter öffentlicher Publikation und Auflage wurde das Gesuch von der Gemeinde am 23. Juni 2005 bewilligt.
B. Mit Entscheid vom 18. August 2006, mitgeteilt am 4. Dezember 2006, wies der Gemeindevorstand die als Einsprache behandelten Anliegen der Nachbarn betreffend Geruchsimmissionen ab.
C. Das Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden wies die Beschwerde von A. und B. X._ und weiterer Personen mit Urteil vom 15. Juni 2007 ab, nachdem es gleichentags einen Augenschein durchgeführt hatte. Es trat auf die Beschwerde nur insoweit ein, als sich die Parteien am kommunalen Verfahren beteiligt hatten und sich das Rechtsmittel auf den Streitgegenstand (Immissionsschutz) bezog. Zur Begründung wurde ausgeführt, die Einwände gegen die seit Herbst 2004 erteilten Baubewilligungen lägen ausserhalb des Streitgegenstandes und seien überdies verspätet. Der Abstand zwischen der Mistlege und dem Wohnhaus von A. und B. X._ sei ausreichend und die Geruchsimmissionen zumutbar. Auch der Tierlärm störe die Nachbarn in ihrem Wohlbefinden nicht erheblich. Die baulichen und betrieblichen Massnahmen würden zur Begrenzung von Geruch und Lärm ausreichen.
D. A. und B. X._ führen mit Eingabe vom 5. Oktober 2007 (berichtigt am 8. Oktober 2007) Beschwerde an das Bundesgericht. Sie beantragen, das Urteil des Verwaltungsgerichts vom 15. Juni 2007 und den Entscheid der Gemeinde vom 18. August 2006 aufzuheben. Die Gemeinde sei anzuweisen, das ordentliche Baubewilligungsverfahren bezüglich aller ab Herbst 2004 getätigten Umbauten auf den Parzellen 465 und 480 durchzuführen. Eventuell sei die landwirtschaftliche oder gewerbsmässige Pferdehaltung zu untersagen, es sei den Eigentümern der genannten Parzellen bzw. Y._ und Z._ zu untersagen, auf den Parzellen mehr als vier Pferde bzw. bei einem Offenstall mehr als zwei Pferde zu halten sowie ausserhalb der üblichen Arbeitszeiten am Tag Stallarbeiten auszuführen und die Pferde im Freien weiden zu lassen. Überdies seien sie zu verpflichten, die Mindestabstände von Tierhaltungsanlagen gemäss den Empfehlungen der Eidgenössischen Forschungsanstalt für Agrarwirtschaft und Landtechnik (im Folgenden: FAT-Empfehlungen) für den Auslauf der Pferde und für die Mistlege einzuhalten, alles unter Strafandrohung gemäss <ref-law>.
A. und B. X._ wenden sich zum einen gegen die Baubewilligungsverfahren. Im ersten Verfahren (Herbst 2004) sei eine Baupublikation unterblieben, überdies hätten sie damals im Ausland gelebt. Nach ihrer Rückkehr hätten sie zuerst nach aussergerichtlichen Lösungen gesucht. Das anschliessende Beschwerdeverfahren sei mangelhaft, namentlich weil die Zonenkonformität und Zweckänderung der Bauvorhaben sowie die Geruchsbelastung nicht geprüft worden seien. Zum anderen wehren sich A. und B. X._ gegen die Lärm- und Geruchsimmissionen der Pferdehaltung. Es sei zu berücksichtigen, dass die Pferdehaltung für Y._ und Z._ nicht Lebensunterhalt, sondern Nebenerwerb oder Freizeitbeschäftigung bedeute.
E. Die Gemeinde Tumegl/Tomils sowie das Verwaltungsgericht beantragen je Beschwerdeabweisung. Y._ und Z._ haben sich nicht vernehmen lassen.
Das kantonale Amt für Natur und Umwelt hat im Auftrag des Erziehungs-, Kultur- und Umweltschutzdepartements des Kantons Graubünden Stellung genommen. Es hat sich zur Anwendung der FAT-Empfehlungen teilweise abweichend vom Verwaltungsgericht geäussert. Das Amt könne jedoch nicht beurteilen, ob die Einhaltung des Mindestabstandes erfüllt sei, da ihm keine detaillierten Pläne und keine gesicherten Angaben zum Betrieb vorlägen.
F. Das als Bundesfachbehörde zur Stellungnahme eingeladene Bundesamt für Umwelt BAFU ist der Ansicht, der angefochtene Entscheid des Verwaltungsgerichts sei im Ergebnis bundesrechtskonform.
Die Stellungnahmen wurden den Parteien zugestellt.

Erwägungen:
1. 1.1 Das angefochtene, kantonal letztinstanzliche Urteil des Verwaltungsgerichts betrifft eine öffentlich-rechtliche Sache für welche die Beschwerde gemäss <ref-law> grundsätzlich zulässig ist. Die Beschwerdeführer sind als Teilnehmer am vorinstanzlichen Verfahren und als betroffene unmittelbare Nachbarn der Pferdehaltung zur Beschwerde legitimiert (<ref-law>).
1.2 Das Bundesgericht prüft eine Beschwerde auf Rechtsverletzungen hin (<ref-law>). Dabei prüft es insbesondere Verletzungen von Bundesrecht und - sofern dies genügend gerügt und begründet wird (<ref-law>) - Grundrechtsverletzungen. Soweit die Vorbringen in der Beschwerde nicht auf Bundesrechtsverletzungen bezogen werden können bzw. entsprechende Verfassungsrügen fehlen, ist darauf nicht einzutreten.
2. Ein Teil der Vorbringen der Beschwerde liegen ausserhalb des Streitgegenstandes.
Soweit die Beschwerdeführer die Baubewilligungsverfahren kritisieren, müssen sie sich entgegenhalten lassen, dass diese rechtskräftig abgeschlossen sind. Es ist verfassungsrechtlich vertretbar, wenn das Verwaltungsgericht schliesst, der Streitgegenstand sei auf immissionsrechtliche Fragen beschränkt. Zwar ist es durchaus verständlich, wenn die Beschwerdeführer erklären, mit ihrem Schreiben vom 24. Januar 2005 (behandelt als Einsprache) hätten sie - sinngemäss - ein nachträgliches Baubewilligungsverfahren beabsichtigt. Es ist aber nicht die einzig mögliche Deutung, da sie das nachträgliche Baubewilligungsverfahren nicht ausdrücklich beantragt haben. Es ist vertretbar, dass die Behörde dieses Schreiben anders gewürdigt hat. Mit dem angefochtenen Urteil bestätigte das Verwaltungsgericht einen Entscheid des Gemeindevorstands vom 18. August 2006. Dieser hatte festgestellt, die an einer Sitzung vereinbarten Massnahmen betreffend Geruch und Tierlärm seien umgesetzt worden und es werde auf die Anordnung weiterer Massnahmen verzichtet. Diesem Gemeindeentscheid waren namentlich die Einsprache der Beschwerdeführer vom 24. Januar 2005, die gemeinsame Sitzung vom 28. Februar 2005 und die Gesuche der Beschwerdeführer um Erlass zusätzlicher Massnahmen zur Eindämmung der Geruchsemissionen vom 14. Dezember 2005 und 8. Februar 2006 vorangegangen, ohne dass ein rechtsgenügliches Begehren um Durchführung eines ordentlichen Baubewilligungsverfahrens gestellt wurde. Daher konnte das Verwaltungsgericht den Streitgegenstand auf Lärm- und Geruchsimmissionen von rechtskräftig bewilligten Bauten im Zusammenhang mit der Pferdehaltung beschränken. Es musste sich nicht weiter zu den Baubewilligungsverfahren äussern und konnte auf eine Prüfung, ob das rechtliche Gehör bzw. andere Parteirechte der Beschwerdeführer in diesen Verfahren gewahrt wurden, verzichten. Auf die diesbezüglichen Vorbringen, namentlich auf die Gehörsrüge und auf das Rechtsbegehren Ziff. 2.2, wonach die Gemeinde anzuweisen sei, ein ordentliches Baubewilligungsverfahren durchzuführen, ist nicht einzutreten.
3. Hinsichtlich des Sachverhalts rügen die Beschwerdeführer, das Verwaltungsgericht habe im angefochtenen Urteil nur erwähnt, auf Parzelle 478 befinde sich ein Stall. Das ebenfalls auf dieser Parzelle stehende Wohnhaus habe das Gericht unterschlagen.
Auf die Sachverhaltsrüge ist nicht einzutreten, da keine Auswirkungen auf das Ergebnis des Verfahrens ersichtlich sind. Gemäss <ref-law> kann die Feststellung des Sachverhalts nur gerügt werden, wenn sie offensichtlich unrichtig ist oder auf einer Rechtsverletzung im Sinne von <ref-law> beruht und wenn die Behebung des Mangels für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein kann. Da das Verwaltungsgericht einen Augenschein durchgeführt hat, konnte es die am Standort befindlichen Wohnhäuser nicht übersehen. Zudem hat die Fachbehörde BAFU die Geruchsabstände aufgrund der Akten überprüft. Gemäss ihrer Stellungnahme ist der massgebliche Abstand von 16 m auch zum Wohnhaus auf Parzelle 478 eingehalten, so dass diesbezüglich keine Bundesrechtsverletzung vorliege. Auf diese Fachbeurteilung kann abgestellt werden, da keine entgegenstehenden triftigen Gründe ersichtlich sind. Demnach ist die fehlende Sachverhaltsangabe im angefochtenen Urteil für den Ausgang des Verfahrens nicht entscheidend. Gemäss <ref-law> ist die Sachverhaltsrüge unzulässig.
Dasselbe gilt für die weiteren Sachverhaltsrügen. Die Beschwerdeführer legen nicht dar, inwiefern die angeblichen Mängel für den Ausgang des Verfahrens entscheidend sein können. Insoweit ist auf die Beschwerde nicht einzutreten.
4. 4.1 Gemäss dem angefochtenen Urteil wurden die Parzellen 480 (Pferdestall, Wohnhaus) und 465 (Pferdeauslauf) bis ins Jahr 2000 landwirtschaftlich genutzt. Der Betrieb wurde danach vorübergehend stillgelegt. Die Beschwerdeführer sind Eigentümer der Nachbarparzellen.
4.2 Verfahrensgegenstand ist allein die Frage, ob der bestehende bauliche Zustand in einer Weise genutzt wird, welche unzumutbare Immissionen zur Folge hat. Die Vorinstanzen sind diesbezüglich zum Schluss gekommen, die Pferdehaltung sei aus immissionsrechtlicher Sicht zulässig. Das Verwaltungsgericht erachtete die Mistlege als zulässig, da den Betreibern der Mistlege die Bestandesgarantie zustehe. Als Folge der Einwendungen der Nachbarn sei die Mistlege baulich verändert worden (Überdachung, vollständige Einwandung, Baubewilligung vom 23. Juni 2005) und es würden betriebliche Massnahmen (regelmässiger Abtransport des Mistes) durchgeführt. Dies habe den immissionsrechtlichen Zustand eher verbessert und trage dem Vorsorgeprinzip gemäss Art. 11 Abs. 2 des eidgenössischen Umweltschutzgesetzes (USG, SR 814.01) angemessen Rechnung. Die FAT-Empfehlungen stünden, soweit sie überhaupt anwendbar seien, der bestehenden Situation nicht entgegen. Angesichts der baulichen und betrieblichen Massnahmen und nach Durchführung eines Augenscheins sei für das Verwaltungsgericht hinsichtlich der geltend gemachten Geruchsimmissionen keine Rechtsverletzung ersichtlich. Die Anordnung weitergehender Massnahmen - namentlich zeitlicher Art - rechtfertige sich nicht. Den lärmschutzrechtlichen Bedürfnissen der Nachbarn werde angemessen Rechnung getragen. Derzeit könne auf die Anordnung weiterer Massnahmen verzichtet werden. Sollte der geplante Elektrozaun nicht den gewünschten Erfolg bringen, könne die Gemeinde gegebenenfalls weitere bauliche und betriebliche Massnahmen in Betracht ziehen.
4.3 Das Verwaltungsgericht behandelt im angefochtenen Entscheid insbesondere das umweltrechtliche Vorsorgeprinzip, den Schutz vor Geruchsimmissionen und vor Lärm. Zum Lärmschutz führt das Verwaltungsgericht aus, die eidgenössische Lärmschutzverordnung (LSV, SR 814.41) sehe hinsichtlich des Tierlärms keine Grenzwerte vor. Gestützt auf das Vorsorgeprinzip und <ref-law> seien solche Emissionen im Einzelfall zu so begrenzen, dass die Bevölkerung in der Umgebung in ihrem Wohlbefinden nicht erheblich gestört werde. Die vorliegend getroffenen Massnahmen würden einstweilen ausreichen.
Die Vollzugsbehörde hat die Lärmimmissionen nach den Grundsätzen des USG zu beurteilen (<ref-law>; Urteil 1A.225/1995 vom 9. September 1997 E. 3c/d, in URP 1998 S. 162, RDAF 1998 I S. 352). Das Bundesgericht beschränkt sich auf eine Rechtskontrolle (<ref-law>) und übt bei der Würdigung von örtlichen Umständen, welche die kantonalen Behörden besser kennen, Zurückhaltung. Bezüglich der Behandlung des Lärms der Pferdehaltung ist im angefochtenen Urteil keine Rechtsverletzung ersichtlich.
Zu den Geruchsimmissionen führt die Fachbehörde BAFU aus, der massgebliche Abstand betrage 16 m und sei für beide Wohnhäuser (Parzellen 477 und 478) eingehalten. Lediglich für den Fall, dass der Stall (Parzelle 478) bewohnt würde, wäre der Mindestabstand unterschritten. Es wird in der Beschwerde jedoch nicht behauptet, dass dieser Stall bewohnt wäre. Bei den Darlegungen der Fachbehörde BAFU zu den Geruchsimmissionen handelt es sich um spezielle fachtechnische Ausführungen. Für das Bundesgericht besteht kein Anlass, von dieser Fachmeinung abzuweichen; es sind keine triftigen Gründe ersichtlich, die der Beurteilung durch das BAFU entgegenstehen. Der angefochtene Entscheid ist auch in diesem Punkt haltbar und die Eventualbegehren der Beschwerdeführer um Erlass von Verboten und Verpflichtungen unter Strafandrohung sind abzuweisen.
5. Die Beschwerdeführer rügen schliesslich eine willkürliche Anwendung des kommunalen Baugesetzes, namentlich hinsichtlich der Zonenkonformität und der Emissionen der Pferdehaltung.
5.1 Gemäss <ref-law> hat jede Person Anspruch darauf, von den staatlichen Organen ohne Willkür behandelt zu werden. Nach der ständigen Praxis des Bundesgerichts liegt Willkür in der Rechtsanwendung vor, wenn der angefochtene Entscheid offensichtlich unhaltbar ist, mit der tatsächlichen Situation in klarem Widerspruch steht, eine Norm oder einen unumstrittenen Rechtsgrundsatz krass verletzt oder in stossender Weise dem Gerechtigkeitsgedanken zuwiderläuft. Das Bundesgericht hebt einen Entscheid jedoch nur auf, wenn nicht bloss die Begründung, sondern auch das Ergebnis unhaltbar ist; dass eine andere Lösung ebenfalls als vertretbar oder gar zutreffender erscheint, genügt nicht (<ref-ruling> E. 5.1 S. 17 f.; <ref-ruling> E. 3.1 S. 473 f., je mit Hinweisen).
5.2 Das Verwaltungsgericht berücksichtigte, dass die Pferdeanlage innerhalb der Dorfzone liegt, in welcher gemäss kommunalem Baugesetz Landwirtschaftsbauten und mässig störende Gewerbebetriebe zugelassen sind. Es schloss, aufgrund der früheren landwirtschaftlichen Bewirtschaftung des Grundstücks der Beschwerdegegner und des ländlichen Charakters des Dorfes und seiner Umgebung müsse eine Pferdehaltung in der Dorfzone geduldet werden. Diese Überlegung ist nachvollziehbar. Überdies erweist sich der angefochtene Entscheid auch in immissionsrechtlicher Hinsicht als rechtmässig (hiervor E. 4). Daher kann nicht gesagt werden, das Verwaltungsgericht habe das kommunale Baugesetz in schlechterdings unhaltbarer Weise angewandt. Die Willkürrüge ist unbegründet.
6. 6.1 Die Beschwerdeführer beantragen, die am Augenschein anwesenden Personen seien als Zeugen zu befragen, da die Teilnehmerangabe im angefochtenen Urteil nicht zutreffe.
Die behauptete - und nicht bestrittene - Fehlangabe bezüglich der Teilnahme von drei Personen am Augenschein des Verwaltungsgerichts vom 15. Juni 2007 würde den Ausgang des Verfahrens nicht beeinflussen. Bei den betroffenen Personen handelt es sich um den Leiter des kommunalen Bauamtes sowie um den Rechtsvertreter und den Architekten der Bauherrschaft (Beschwerdegegner), nicht jedoch um Mitglieder des Verwaltungsgerichts. Ob die genannten Personen anwesend waren oder nicht, vermag den Ausgang des Verfahrens nicht zu verändern. Insbesondere wird nicht behauptet, die Gerichtsmitglieder seien nicht anwesend gewesen. Demnach ist der Antrag auf Zeugenbefragung mangels Erheblichkeit abzuweisen.
6.2 Ebenfalls abzuweisen ist der Antrag auf Durchführung eines Augenscheines durch das Bundesgericht. Der festgestellte Sachverhalt reicht zur Beurteilung der Beschwerde aus. Es besteht auch in dieser Hinsicht kein Anlass, weitere Beweise zu erheben.
7. Die Beschwerde ist nach dem Gesagten abzuweisen, soweit darauf einzutreten ist.
Bei diesem Ausgang des Verfahrens haben die Beschwerdeführer die Gerichtskosten zu bezahlen (<ref-law>); sie haften hierfür solidarisch (<ref-law>). Der Gemeinde ist keine Parteientschädigung zuzusprechen, da sie im amtlichen Wirkungskreis obsiegt (<ref-law>). Die privaten Beschwerdegegner haben vor Bundesgericht keine Anträge gestellt; sie sind nicht zu entschädigen.

Das Bundesgericht erkennt:
1. Die Beschwerde wird abgewiesen, soweit darauf einzutreten ist.
2. Die Gerichtskosten von Fr. 3'000.-- werden unter Solidarhaft den Beschwerdeführern auferlegt.
3. Dieses Urteil wird den Parteien, der Gemeinde Tumegl/Tomils, dem Erziehungs-, Kultur- und Umweltschutzdepartement, dem Verwaltungsgericht des Kantons Graubünden, 4. Kammer, und dem Bundesamt für Umwelt schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 21. Mai 2008
Im Namen der I. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Féraud Thönen