Sachverhalt:
A. A. und B.X._ ersuchten am 23. März 2008 um Erlass der rechtskräftig festgesetzten Kantons- und Gemeindesteuern sowie der direkten Bundessteuer für das Jahr 2005. Die Steuerverwaltung der Einwohnergemeinde W._ wies das Gesuch und die Steuerrekurskommission des Kantons Bern eine Beschwerde dagegen ab. Das Verwaltungsgericht des Kantons Bern trat in der Folge wegen Überschreitung der Rechtsmittelfrist auf die Beschwerde und auf das gegen diesen Entscheid gerichtete Revisionsbegehren nicht ein. Die gleichzeitig erhobene subsidiäre Verfassungsbeschwerde hiess das Bundesgericht, soweit es darauf eintrat, am 23. November 2010 jedoch gut und wies die Sache zum Neuentscheid an das Verwaltungsgericht zurück (Verfahren 2D_37/2010, 2D_42/2010). Gestützt auf den Rückweisungsentscheid urteilte das Verwaltungsgericht erneut; es wies die Beschwerde ab, erhob keine Gerichtskosten und schrieb infolgedessen das Gesuch um unentgeltliche Rechtspflege infolge Gegenstandslosigkeit ab. Dagegen haben A. und B.X._ subsidiäre Verfassungsbeschwerde erhoben. Das Bundesgericht hat diese am 16. Februar 2012 abgewiesen, soweit es darauf eintrat (Verfahren 2D_54/2011).
B. Mit Eingabe vom 10. April 2012 stellen A. und B.X._ ein Revisionsgesuch. Sie beantragen die Aufhebung der Ziff. 1 (Abweisung der Beschwerde), der Ziff. 2 (Abweisung der unentgeltlichen Rechtspflege), der Ziff. 3 (Gerichtskosten) des Urteils vom 16. Februar 2012 (2D_54/2011), den Erlass der dort auferlegten Kosten sowie die erneute Überprüfung des Entscheids 2D_54/2011 mit Rückweisung an die kantonale Vorinstanz. Schliesslich beantragen sie, dass auf die Erhebung von Kosten im Revisionsverfahren zu verzichten sei. Mit E-Mail vom 11. April 2012 ersuchen sie um aufschiebende Wirkung.
Auf die Einholung von Vernehmlassungen hat das Bundesgericht verzichtet.

Erwägungen:
1. Die Gesuchsteller berufen sich einerseits auf <ref-law>, welcher auf Art. 121 lit. b-d BGG verweist, und andererseits auf <ref-law>.
Die Revisionsfrist ist eingehalten (<ref-law>). Die anderen Sachurteilsvoraussetzungen sind grundsätzlich gegeben (vgl. <ref-law> und die Ausführungen dazu von ELISABETH ESCHER, in: Niggli/Uebersax/Wiprächtiger (Hrsg.), Bundesgerichtsgesetz, 2. Aufl. 2011). Ob die Gesuchsteller die Anforderungen von <ref-law> erfüllen, kann offengelassen werden, da das Revisionsgesuch ohnehin abzuweisen ist.
2. 2.1 Die Revision eines Entscheids des Bundesgerichts kann verlangt werden, wenn u.a. einzelne Anträge unbeurteilt geblieben sind (lit. c) und das Gericht in den Akten liegende erhebliche Tatsachen aus Versehen nicht berücksichtigt hat (Art. 121 lit. c und d BGG); nicht relevant ist hier in jedem Fall <ref-law>. Nach <ref-law> kann die Revision zudem verlangt werden in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten, wenn die ersuchende Partei nachträglich erhebliche Tatsachen erfährt oder entscheidende Beweismittel auffindet, die sie im früheren Verfahren nicht beibringen konnte, unter Ausschluss der Tatsachen und Beweismittel, die erst nach dem Entscheid entstanden sind.
2.2 Die Gesuchsteller rügen ausführlich, dass das Bundesgericht im Entscheid vom 16. Februar 2012 (2D_54/2011) ihrer besonderen Situation nicht genügend Rechnung getragen habe und das Urteil aus ihrer Sicht gegen verschiedene Verfassungsnormen verstosse; sie verlangen eine Neubeurteilung der strittigen Angelegenheit. Voraussetzung dafür bildet allerdings das Vorliegen verschiedener, oben dargestellter Revisionsgründe.
Die Gesuchsteller unterlassen es, darzulegen, welche Anträge unbeurteilt geblieben oder welche in den Akten liegende erhebliche Tatsachen aus Versehen nicht berücksichtigt worden sind. Die Revisionsgründe von Art. 121 lit. c und d BGG liegen somit nicht vor.
Die Gesuchsteller berufen sich sodann auf <ref-law> und führen einerseits die von ihnen als Rechnung bezeichnete Gutheissung des Stundungsgesuchs der Zentralen Inkassostelle der Gerichte des Kantons Zürich im Betrag von CHF 98'014.50 an. Diese enthält u.a. eine Addition aus verschiedenen, während Jahren angehäuften Gerichtskosten. Die erste Erfassung datiert bereits aus dem Jahre 2007, und die Gesuchsteller wussten schon seit längerer Zeit von diesen Ausständen. Insofern handelt es sich nicht um Tatsachen oder Beweismittel, die die Gesuchsteller im früheren Verfahren nicht beibringen konnten. Das Gleiche gilt auch für die nicht näher ausgeführten Prozessentschädigungen von CHF 109'800.-- an ihren ehemaligen Prozessvertreter.
Andererseits nennen sie die in einer Tageszeitung geschilderte Steuerschuld einer ehemaligen bernischen Regierungsrätin, welche nunmehr wieder fähig sei, ihre Schulden zu bezahlen, als Revisionsgrund. Ihre Situation wäre jener der ehemaligen Regierungsrätin gleichzustellen. Die Voraussetzungen, unter denen ein Gericht in einer formell rechtskräftig erledigten Sache erneut tätig werden darf oder muss, müssen die erledigte Sache selbst (Tatsachen, grobe Verfahrensfehler) betreffen. So sind nach <ref-law> deshalb im vorliegenden Fall nur Tatsachen oder Beweismittel gemeint, die Grundlage für einen Entscheid in Bezug auf den Steuererlass der Gesuchsteller bilden. Insofern ist nicht relevant, was in einer anderen Sache entschieden wurde. Somit ist auch der Revisionsgrund von <ref-law> nicht gegeben, und das Bundesgericht kann nicht in der Sache selbst neu entscheiden (e contrario <ref-law>).
3. Das Revisionsgesuch ist nach dem Gesagten abzuweisen. Bei diesem Verfahrensausgang ist das Gesuch um aufschiebende Wirkung gegenstandslos, und die unterliegenden Gesuchsteller wären solidarisch kostenpflichtig; in Anbetracht der besonderen Umstände wird auf die Erhebung der Kosten verzichtet (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Das Revisionsgesuch wird abgewiesen.
2. Es werden keine Gerichtskosten erhoben.
3. Dieses Urteil wird den Verfahrensbeteiligten schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 24. April 2012
Im Namen der II. öffentlich-rechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Zünd
Der Gerichtsschreiber: Errass