Faits:
A.
Par ordonnance du 28 janvier 2013, le Ministère public genevois a fixé l'indemnité de l'avocate Z._ pour la défense d'office du prévenu Y._ à 2812 fr. 50. Le ministère public l'a indemnisée au tarif collaborateur, y compris pour l'activité d'une durée de 6h15 que X._ avait déléguée à sa chef d'étude et employeur, l'avocate Z._. Cette indemnité n'incluait pas de montant correspondant à la TVA.
B.
X._ a recouru contre cette décision, soutenant que les heures effectuées par Me Z._ devaient être indemnisées au tarif de chef d'étude, TVA en sus, celle-ci y étant soumise. Dès lors que X._ exerçait une activité indépendante dans le cadre des nominations d'office, elle devait elle-même être indemnisée au tarif de chef d'étude. Si en revanche un tarif collaborateur devait être retenu, le montant devait être augmenté de la TVA conformément à un avis de l'administration fiscale des contributions.
Par arrêt du 18 avril 2013, la Chambre pénale de recours de la Cour de justice genevoise a rejeté le recours.
C.
X._ forme un recours en matière pénale au Tribunal fédéral contre cet arrêt. Elle conclut, sous suite de frais et dépens, à la réforme de la décision entreprise en ce sens que l'indemnité est fixée à 4600 fr., correspondant à 6h15 au tarif de 200 fr. de l'heure, plus TVA, pour l'activité déployée par Me Z._, 12h30 au tarif de 200 fr. de l'heure sans TVA pour l'activité déployée par elle-même et 20% de forfait téléphones et courriers. Subsidiairement, elle conclut à la réforme en ce sens que l'indemnité est fixée à 3645 fr., correspondant à 6h15 au tarif de 200 fr. de l'heure pour l'activité déployée par Me Z._, 12h30 au tarif de 125 fr. de l'heure pour l'activité déployée par elle-même et 20% de forfait téléphones et courriers, plus TVA sur l'entier du montant.

Considérant en droit:
1.
La décision attaquée a trait à la fixation d'une indemnité de défenseur d'office dans le cadre d'une défense pénale. Le recours en matière pénale est ouvert à cet égard (arrêts 6B_647/2012 du 10 décembre 2012 consid. 1; 6B_130/2007 du 11 octobre 2007 consid. 1.1). A noter que l'indemnité litigieuse a été fixée par une autorité de première instance dont la décision a ensuite fait l'objet d'un recours au plan cantonal. On ne se trouve donc pas dans l'hypothèse visée par l'<ref-law> qui prévoit un recours devant le Tribunal pénal fédéral lorsque l'indemnité pour la défense d'office est fixée par l'autorité de recours. Cette hypothèse concerne le cas où l'autorité de recours statue en première instance sur l'indemnité pour la procédure menée devant elle (cf. NIKLAUS RUCKSTUHL, in Basler Kommentar, Schweizerische Strafprozessordnung, 2011, n o 18 ad <ref-law>).
2.
La recourante se plaint d'une application arbitraire de l'art. 16 du Règlement sur l'assistance juridique et l'indemnisation des conseils juridiques et défenseurs d'office en matière civile, administrative et pénale (RAJ/GE; RSG E 2 05.04).
2.1. La violation du droit cantonal ne constitue pas un motif de recours en tant que tel (cf. <ref-law>). La partie recourante peut uniquement se plaindre de ce que l'application du droit cantonal par l'autorité précédente consacre une violation du droit fédéral au sens de l'<ref-law>, en particulier qu'elle est arbitraire (art. 9 Cst.; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 69; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 466; <ref-ruling> consid. 1.2.1 p. 251). Le Tribunal fédéral n'examine la violation arbitraire de dispositions de droit cantonal que si ce grief a été invoqué et motivé de manière précise (<ref-law>; <ref-ruling> consid. 2.2 p. 69; <ref-ruling> consid. 2.3 p. 466; <ref-ruling> consid. 1.4 p. 286 s.).
Pour qu'il y ait arbitraire, il ne suffit pas que la décision attaquée apparaisse discutable ou même critiquable; il faut qu'elle soit manifestement insoutenable et cela non seulement dans sa motivation mais aussi dans son résultat (<ref-ruling> consid. 6.1 p. 379 s.; <ref-ruling> consid. 1.3 p. 4 s.; <ref-ruling> consid. 5.4 p. 148; <ref-ruling> consid. 3.1 p. 153). En matière d'application du droit cantonal, l'arbitraire et la violation de la loi ne sauraient être confondus; une violation de la loi doit être manifeste et reconnue d'emblée pour être considérée comme arbitraire (<ref-ruling> consid. 5.1 p. 18).
2.2. En matière de fixation de l'indemnité du défenseur d'office dans une procédure pénale, l'<ref-law> prévoit que le défenseur d'office est indemnisé conformément au tarif des avocats de la Confédération ou du canton du for du procès. A Genève, l'art. 16 al. 1 RAJ/GE dispose que l'indemnité est calculée sur la base d'un tarif horaire de 125 fr. pour l'avocat collaborateur (let. b) et de 200 fr. pour l'avocat chef d'étude (let. c). Selon la jurisprudence, l'application d'un tarif horaire différencié à l'avocat indépendant et à l'avocat collaborateur est admissible (arrêts 6B_947/2008 du 16 janvier 2009 consid. 5 et 1P.28/2000 du 15 juin 2000 consid. 4).
2.3. En substance, la cour cantonale a retenu que la recourante avait personnellement été désignée comme avocate d'office et que son statut d'avocate collaboratrice impliquait, sur la base de l'art. 16 RAJ/GE, une rémunération horaire de 125 francs. La recourante avait soutenu, pièces à l'appui, qu'elle n'était pas en mesure de se rendre aux auditions menées par la police en raison d'audiences l'ayant retenue en d'autres lieux au même moment et qu'elle n'aurait ainsi pas eu d'autres choix que de se faire remplacer par sa chef d'étude. La cour cantonale a estimé que la recourante n'avait pas démontré la nécessité de déléguer à sa chef d'étude une partie de sa tâche. Cette nécessité découlait de l'art. 16 al. 2 RAJ/GE qui précisait que seules les heures nécessaires sont retenues. L'application de cette notion n'était pas sans rappeler les règles du mandat, notamment l'<ref-law>, selon lequel le mandant doit rembourser seulement les frais nécessaires à la bonne exécution du mandat. En l'espèce, la recourante n'invoquait ni ne démontrait avoir seulement tenté de faire déplacer l'une ou l'autre des audiences. Elle ne démontrait pas non plus avoir cherché à se faire remplacer par un avocat soumis au même tarif qu'elle. Elle n'avait ainsi pas démontré la nécessité de déléguer une partie de sa tâche et le tarif horaire de collaborateur devait lui être appliqué pour l'ensemble des heures facturées, y compris celles effectuées par sa chef d'étude.
2.4. La recourante conteste l'interprétation de l'art. 16 al. 2 RAJ/GE faite par la cour cantonale. Elle estime qu'il était arbitraire d'en déduire l'obligation de démontrer une nécessité pour déléguer des heures à un autre avocat. Elle se contente de l'affirmer sans démontrer en quoi le raisonnement de la cour cantonale serait arbitraire. A l'appui de son argumentation, elle se réfère à des instructions cantonales de septembre 2002 relatives à l'établissement de l'état de frais que doit présenter l'avocat pour la fixation de son indemnité comme défenseur d'office. Elle se limite à dire qu'il ressort de ces instructions que l'état de frais présenté par l'avocat doit spécifier le statut de l'avocat (chef d'étude, collaborateur, stagiaire) qui a accompli les opérations. Elle en déduit que lorsque un avocat collaborateur fait accomplir une opération à un chef d'étude, le tarif horaire relatif à celui-ci doit entrer en ligne de compte, sous peine de violer le RAJ/GE et les instructions susmentionnées, ce d'autant plus que lorsqu'un chef d'étude délègue une tâche à un collaborateur ou un stagiaire les heures effectuées par ces derniers sont indemnisées au tarif qui leur correspond. Ce faisant, la recourante ne fait qu'opposer sa propre appréciation à celle de la cour cantonale sans démontrer en quoi elle serait arbitraire. Insuffisamment motivé au regard des exigences accrues de l'<ref-law>, son grief est irrecevable.
2.5. La recourante soutient qu'il n'était pas possible de faire déplacer l'une ou l'autre des audiences auxquelles elle devait se rendre dès lors que l'agenda des tribunaux et ceux des policiers sont très chargés. Elle aurait tenté de faire déplacer des auditions par la police à plusieurs reprises dans d'autres affaires sans succès. Exiger qu'elle déplace l'une ou l'autre des audiences serait arbitraire, tout comme le fait d'exiger qu'elle se fasse remplacer par un autre avocat collaborateur. Elle soutient en effet qu'elle serait la seule collaboratrice dans son étude. Ce faisant, elle introduit des faits non constatés dans l'arrêt attaqué, dont elle n'établit pas qu'ils auraient été omis arbitrairement. Il n'y a pas lieu d'en tenir compte (cf. <ref-law>). L'argumentation de la recourante qui se distancie des faits constatés est irrecevable. Au demeurant, elle se réfère à d'autres affaires et ne démontre pas qu'en l'espèce elle aurait cherché à déplacer l'une ou l'autre des audiences ou auditions sans succès. Elle ne démontre ainsi pas qu'il était manifestement insoutenable de retenir que la nécessité de se faire remplacer par sa chef d'étude n'était pas établie et par conséquent qu'il était arbitraire d'appliquer le tarif collaborateur aux heures effectuées par sa chef d'étude. Insuffisamment motivé, son grief est irrecevable.
3.
3.1. La recourante soutient qu'elle devrait être rémunérée au tarif de chef d'étude dès lors que le Tribunal fédéral, dans un arrêt la concernant (arrêt 6B_638/2012 du 10 décembre 2012), avait estimé que l'avocat nommé d'office devait être considéré, pour le mandat en question, comme une personne indépendante.
3.2. La cour cantonale a exposé de manière détaillée de quelle manière il convenait d'interpréter les notions de « chef d'étude » et de « collaborateur » au sens de l'art. 16 al. 1 RAJ/GE, ainsi que les critères de distinction de ces deux fonctions. En substance, elle a retenu que, selon la jurisprudence fédérale (arrêts 6B_947/2008 du 16 janvier 2008 consid. 5; 1P.28/2000 du 15 juin 2000 consid. 4), le chef d'étude assumait la responsabilité financière de l'entreprise, avec toutes les responsabilités supplémentaires que comportait le statut d'indépendant (absences dues à la maladie, service militaire, vacances, risque d'insolvabilité de certains clients, mesures de prévoyance), alors que le collaborateur avait le statut de salarié et ne participait pas aux risques financiers de l'étude. Toutefois, on ne pouvait considérer simplement que la participation aux frais de l'étude emportait la qualification de chef d'étude. Le collaborateur pouvait s'engager à participer aux frais de l'étude à hauteur d'une certaine proportion des honoraires encaissés mais cela ne signifiait pas qu'il assumait la responsabilité financière dès lors que celle-ci était limitée, par définition, à cette part et ne dépendait pas des frais concrètement encourus par l'étude. En substance, le collaborateur n'assumait pas les pertes. La cour cantonale a retenu que la qualification d'indépendant au sens de la TVA n'était pas un critère pertinent pour la qualification de chef d'étude au sens du RAJ/GE. Même si les termes utilisés étaient voisins, il s'agissait de deux domaines du droit différents, de deux sources normatives distinctes et de deux niveaux législatifs séparés. On ne pouvait pas transposer aveuglément les termes utilisés dans une loi fiscale fédérale à un règlement d'assistance judiciaire cantonal, ainsi que tentait de le faire la recourante. De son aveu même, celle-ci ne disposait pas d'une indépendance et d'une responsabilité économique suffisantes puisqu'elle était subordonnée, en qualité d'employée, à un chef d'étude. Le tarif horaire applicable à la recourante était celui de collaborateur.
3.3. Selon la recourante, dès lors que l'on considère que l'avocat nommé d'office a une activité d'indépendant pour ce mandat, il devrait également assumer tous les frais et la responsabilité financière qui en découle. Il devrait payer les charges sociales sur les honoraires encaissés et bénéficier d'une assurance responsabilité civile professionnelle pour cette activité. Il devrait ainsi être rémunéré au tarif de chef d'étude. Ce faisant, la recourante se borne à proposer sa propre appréciation sans établir en quoi il était manifestement insoutenable de retenir que les notions d'indépendant au sens de la TVA et de chef d'étude ne se recoupaient pas et de déduire des éléments retenus qu'elle était une collaboratrice. Au demeurant, elle ne prétend, ni ne démontre qu'elle aurait elle-même assumé la responsabilité financière de l'étude dans laquelle elle travaille, ni qu'elle assumerait des frais généraux à cet égard, cette question ne s'examinant au surplus pas pour le mandat particulier, mais de manière générale (cf. arrêt 6B_947/2008 du 16 janvier 2009 consid. 5.2). Le grief est infondé dans la mesure où il est recevable.
4.
4.1. La recourante soutient que s'il est retenu qu'elle est collaboratrice de l'étude et indemnisée au tarif correspondant, la TVA devrait être ajoutée à son indemnité dès lors que les opérations réalisées sont imputées à Me Z._ qui est soumise à la TVA.
4.2. La cour cantonale, se fondant sur l'arrêt 6B_638/2012 du 10 décembre 2012 rendu dans une cause qui concernait déjà la recourante, a estimé, en substance, que les prestations fournies par la recourante l'avaient été de manière indépendante. Dès lors qu'elle n'était pas assujettie à la TVA, l'indemnité allouée ne pouvait pas être augmentée du montant correspondant à la TVA. Par surabondance, le prévenu dont la recourante avait été chargée de la défense était domicilié à l'étranger, ce qui impliquait de localiser à l'étranger les prestations accomplies et du même coup de les soustraire à la TVA.
4.3. C'est à bon droit que la cour cantonale s'est référée à la jurisprudence précitée. Il en ressort que lorsque l'avocat désigné comme défenseur d'office est assujetti à la TVA, l'autorité qui fixe sa rémunération doit prendre en compte l'accroissement des charges au titre de la TVA et doit augmenter proportionnellement l'indemnité allouée (arrêt 6B_638/2012 du 10 décembre 2012 consid. 3.4 et les références citées). Dans la situation spécifique de l'avocat désigné comme avocat d'office, il faut considérer que celui-ci exerce une activité indépendante découlant d'obligations légales, quand bien même il est salarié au sein de l'étude où il travaille. Les prestations qu'il fournit à ce titre n'ont pas à être imputées à l'employeur du point de vue de la TVA (arrêt 6B_638/2012 du 10 décembre 2012 consid. 3.7).
4.4. La recourante a personnellement été désignée comme avocate d'office du prévenu. Qu'elle ait été l'employée de Me Z._ ne change rien à la portée de la désignation. Il incombait à la recourante elle-même d'assumer le mandat d'office. Il s'ensuit que les prestations opérées par la recourante comme avocate d'office l'ont été de manière indépendante. Dès lors qu'elle n'est elle-même pas assujettie à la TVA, l'indemnité allouée ne saurait être augmentée du montant correspondant à la TVA.
Le courrier du 9 octobre 2012 de la Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée sur lequel se fonde la recourante ne lui est d'aucun secours. Il en ressort que si la recourante est effectivement une simple collaboratrice salariée par Me Z._ et n'exerce ainsi pas d'activité indépendante, les opérations qu'elle réalise sont imputées à celle-ci de sorte qu'elles sont soumises à la TVA. Cette prise de position de la Division principale fait suite à un courrier de Me Z._ qui ne figure pas au dossier. Quoi qu'il en soit, la Division principale paraît plutôt appréhender la situation de l'avocat collaborateur qui effectue une prestation pour le compte de l'avocat qui l'emploie. Le cas d'espèce implique toutefois une approche différente. En effet, la recourante n'a pas agi pour le compte de l'avocate qui l'emploie, mais dans le cadre d'une défense d'office pour laquelle elle avait été personnellement désignée.
4.5. La recourante fait grief à la cour cantonale de ne pas avoir ajouté la TVA relativement aux heures effectuées par sa chef d'étude qui est soumise à la TVA.
A cet égard, la cour cantonale s'est référée à son raisonnement au sujet de la rémunération de ces heures au tarif collaborateur et non chef d'étude (cf. supra consid. 2.3). Elle a relevé que la TVA réclamée par la recourante sur la part des prestations effectuées par sa chef d'étude consistait en des frais supplémentaires occasionnés par la délégation de l'exécution d'une partie du mandat. A supposer que la recourante eût exécuté le travail elle-même, aucune charge de TVA ne serait venue grever son état de frais. Il serait dès lors contraire au droit de faire supporter cette charge supplémentaire à l'Etat, alors que la diligence requise aurait permis de l'éviter.
A l'appui de son argumentation, la recourante se fonde sur la prémisse que Me Z._ devrait être rémunérée au tarif chef d'étude, dès lors qu'il était nécessaire de lui déléguer les tâches qu'elle a effectuées. Autrement dit, la recourante ne fait rien d'autre que d'anticiper l'éventuelle admission de son grief quant à l'indemnisation au tarif chef d'étude des heures effectuées par Me Z._, mais ne formule de la sorte aucun grief recevable sous l'angle des art. 42 al. 2 et 106 al. 2 LTF quant à l'application du droit cantonal ou fédéral. Son grief est irrecevable.
Dès lors que le premier argument de la cour cantonale pour refuser d'allouer la TVA sur les heures effectuées par Me Z._ n'est pas remis en cause valablement, il n'y a pas lieu d'examiner l'autre argument retenu par surabondance par la cour cantonale relatif au domicile à l'étranger du prévenu pour lequel la recourante a été désignée avocate d'office.
5.
Le recours doit être rejeté dans la mesure où il est recevable. La recourante, qui succombe, supporte les frais judiciaires (<ref-law>).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce:
1.
Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable.
2.
Les frais judiciaires, arrêtés à 2000 fr., sont mis à la charge de la recourante.
3.
Le présent arrêt est communiqué aux parties et à la Cour de justice de la République et canton de Genève, Chambre pénale de recours.
Lausanne, le 16 juillet 2013
Au nom de la Cour de droit pénal
du Tribunal fédéral suisse
Le Président: Mathys
La Greffière: Livet