Sachverhalt:
A. X._ war Verwaltungsratspräsident der A._ AG (einer am 8. Oktober 2002 ins Handelsregister eingetragenen Gesellschaft). Gründer dieser Gesellschaft waren die B._ AG (40%), die C._ AG (40%) und Z._ (20%). Nach dem Ausscheiden der B._ AG erhöhte die C._ AG ihren Anteil auf 80%. Die C._ AG war Lieferant und wichtigster Logistikdienstleister der A._ AG. Im Geschäftsjahr 2004 verzichtete die B._ AG gegenüber der A._ AG auf eine Forderung aus Lieferungen im Betrag von Fr. 300'000.--. X._ war der einzige Verwaltungsrat der C._ AG. Z._ war Geschäftsführer (CEO), Mitinhaber und Verwaltungsratsmitglied der A._ AG. D._ führte die Buchhaltung der A._ AG.
Mit Kaufvertrag vom 18./21. März 2005 verkaufte die C._ AG je 20% der A._ AG an Y._ sowie an die E._ AG (insgesamt 40% des Aktienkapitals). Am 26. September 2007 wurde über die A._ AG der Konkurs eröffnet.
Die Staatsanwaltschaft warf X._ mit Anklageschrift vom 24. Juni 2008 vor, er trage die Verantwortung, dass in der Jahresrechnung 2004 ein Forderungsverzicht der B._ AG (der früheren Aktionärin und zugleich Hauptlieferantin der A._ AG; kreisgerichtliches Urteil S. 5) über Fr. 300'000.-- als Minus-Aufwand (Negativ-Aufwand) anstelle eines ausserordentlichen Ertrages verbucht worden sei. Durch diesen Buchungsvorgang seien die Bezugskosten im Jahre 2004 um ca. 25% tiefer als den Tatsachen entsprechend ausgewiesen worden. Damit seien die Zukunftsaussichten der A._ AG in einem wesentlich besseren Licht erschienen. Indem X._ diese verfälschte Jahresrechnung 2004 am 11. April 2005 den Aktionären vorgelegt habe, habe er sich der unwahren Angaben über kaufmännische Gewerbe (<ref-law>) schuldig gemacht.
B. Das Kreisgericht St. Gallen sprach X._ am 23. März 2009 im Sinne der Anklage schuldig und verurteilte ihn zu einer bedingten Geldstrafe von 90 Tagessätzen zu Fr. 290.--. Es verwies die Zivilforderungen auf den Zivilweg.
Das Kreisgericht sah es als erstellt, dass der aus einem Forderungsverzicht entstandene Ertrag direkt in einem Aufwandkonto verbucht worden war. In seiner rechtlichen Beurteilung führte es aus, richtigerweise hätte der Forderungsverzicht als ausserordentlicher Ertrag ("neutraler Erfolg") verbucht werden müssen und hätte nicht mit einem Aufwandkonto verrechnet werden dürfen. Gemäss <ref-law> dürften Aufwand und Ertrag nicht verrechnet werden (Bruttoprinzip; Verrechnungsverbot). Damit werde aus der Jahresrechnung nicht ersichtlich, dass der "Warenaufwand" in Wahrheit um Fr. 180'000.-- und die "diversen Bezugskosten" um Fr. 120'000.-- höher ausgefallen seien. Nicht-wiederkehrende Ertragselemente seien gemäss <ref-law> unter der Position ausserordentlicher Ertrag zu verbuchen. Unter dem Gesichtspunkt der Bilanzklarheit sei es daher nicht zulässig, ausserordentliche Erträge im ordentlichen Ertrag auszuweisen. Die entsprechenden Angaben des Verwaltungsrats in der Jahresrechnung 2004 seien im Sinne von <ref-law> unwahr (kreisgerichtliches Urteil S. 7).
Das Kantonsgericht St. Gallen wies am 12. Mai 2010 die gegen den kreisgerichtlichen Entscheid erhobene Berufung von X._ ab.
C. X._ erhebt Beschwerde in Strafsachen und beantragt, den kantonsgerichtlichen Entscheid aufzuheben und ihn freizusprechen, eventualiter die Sache an die Vorinstanz zurückzuweisen.
In der Vernehmlassung verzichtete das Kantonsgericht auf eine Stellungnahme. Die Staatsanwaltschaft sowie die (am Berufungsverfahren beteiligten) Strafkläger liessen sich nicht vernehmen.

Erwägungen:
1. Der Beschwerdeführer macht unter anderem geltend, die Aussagen des Buchhalters D._ vor Kantonsgericht seien von der Vorinstanz nicht gewürdigt worden (unten E. 2). Er verweist dafür auf act. B37. Bei diesem Beleg handelt es sich um eine Compact Disc (CD). In den Akten findet sich kein Protokoll. Es wird auf diese CD verwiesen. Die Aussagen wurden nicht transkribiert. Es ist damit dem Beschwerdeführer nicht möglich, die Beschwerde in diesem Punkt entsprechend den Anforderungen von Art. 42 Abs. 2 und Art. 97 Abs. 1 BGG i.V.m. <ref-law> zu begründen. Im Rahmen der inzwischen in Kraft gesetzten Schweizerischen Strafprozessordnung wird dieses Vorgehen nicht mehr zulässig sein (Art. 76 ff. StPO). Weil der angefochtene Entscheid ohnehin aufgehoben wird, kann diese Frage offen bleiben. Bei der Neubeurteilung (unten E. 5) wird die Vorinstanz diese Aussagen berücksichtigen müssen.
2. Der Beschwerdeführer rügt eine offensichtlich unrichtige Feststellung des Sachverhalts. Er habe im Zeitpunkt der Vorlage der Jahresrechnung und bis zur Aufnahme der strafrechtlichen Ermittlungen keine Kenntnis vom Buchungsvorgang gehabt (act. G28, E2 S. 4, B12 S. 9 f. und 17, B34 S. 5). Das habe D._ an der Hauptverhandlung bestätigt (act. B37). Als die Kläger bezüglich des Jahresabschlusses nachgefragt hätten, habe D._ ihnen die Verbuchung dargelegt (act. B36). Die Vorinstanz habe die Aussagen des Buchhalters (act. B37) überhaupt nicht gewürdigt. Weiter bringt er vor, er habe den Klägern die Bilanz, die Erfolgsrechnung und sämtliche Bücher zur Verfügung gestellt, welche er vom Buchhalter und der Geschäftsleitung erhalten habe (act. E1 S. 5, B37). Die Kläger hätten über den gleichen Informationsstand verfügt wie er selber. Das Kontokorrent B._ AG und der Forderungsverzicht seien allgemein und auch den Klägern bekannt gewesen. Der Buchungsvorgang sei mit der Revisionsstelle abgesprochen worden. Dies sei aber in Verletzung von Art. 63 StPO/SG nicht geprüft worden. Die Verurteilung verletze die Unschuldsvermutung (<ref-law> und Art. 6 Ziff. 2 EMRK). Weiter rügt er eine Verletzung von Art. 12, 13 und 152 StGB.
3. Die Vorinstanz stellt fest, nach Angaben des Beschwerdeführers hätte sich in den Passiven der Bilanzen 2003 und 2004 unter der Position "Verbindlichkeiten aus Lief. + Leistungen" eine Forderung der B._ AG über rund Fr. 480'000.-- befunden. Davon habe die A._ AG Fr. 80'000.-- bezahlt. Fr. 100'000.-- seien von der C._ AG übernommen worden. Auf die verbleibenden Fr. 300'000.-- habe die B._ AG verzichtet. Davon seien Fr. 120'000.-- dem Konto "Bezugskosten" und Fr. 180'000.-- dem Konto "Warenaufwand" gutgeschrieben worden. Dieser Sachverhalt sei unbestritten (angefochtenes Urteil S. 4). Die Verrechnung eines ausserordentlichen bzw. neutralen Ertrags mit Aufwandpositionen verstosse gegen die gesetzlichen Rechnungslegungsvorschriften (angefochtenes Urteil S. 6). Diese Verbuchung habe die wirtschaftliche Lage der A._ AG beschönigt und sei geeignet gewesen, die Aktionäre zu Investitionen zu motivieren, statt aufgrund des sich aufdrängenden Konkurses eine sofortige Unternehmensschliessung ins Auge zu fassen (angefochtenes Urteil S. 10).
Dem Beschwerdeführer sei im Zeitpunkt der Vorlage der Jahresrechnung 2004 der Forderungsverzicht bekannt gewesen. "Gleiches muss auch hinsichtlich dessen Verbuchung gelten" (angefochtenes Urteil S. 11). Ihm habe die Unzulässigkeit dieser Verbuchung bewusst gewesen sein müssen, zumindest das Risiko einer Verfälschung der Jahresrechnung 2004. Indem er trotzdem ohne eingehende Prüfung seinen Buchhalter mit der Verbuchung betraut habe, habe er zumindest die Möglichkeit einer Verfälschung des Abschlusses 2004 in Kauf genommen. Ihm müsse die Erheblichkeit der Verbuchung bekannt gewesen sein. Unter diesen Umständen könne keine Rede davon sein, er habe sich lediglich auf die Fachkenntnisse der Revisionsstelle sowie seines Buchhalters verlassen. Er habe vorsätzlich, zumindest eventualvorsätzlich gehandelt.
4. Vorsätzlich begeht ein Verbrechen oder Vergehen, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt. Vorsätzlich handelt bereits, wer die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt (<ref-law>).
4.1 Der Beschwerdeführer muss somit eine strafbare Handlung, zumindest für möglich gehalten und in Kauf genommen haben.
Daraus aber, dass ihm der Forderungsverzicht und die Tatsache der Verbuchung bekannt gewesen sind, lässt sich nicht schon auf eine Kenntnis der Unzulässigkeit dieser Verbuchung schliessen. Der Forderungsverzicht war von Erheblichkeit und musste verbucht werden. Und aus der Tatsache, dass er den Buchhalter mit der Verbuchung betraute, folgt nicht ohne weiteres, dass er zumindest die Möglichkeit einer Verfälschung des Abschlusses 2004 in Kauf nahm. Es ergibt sich lediglich, dass der Beschwerdeführer den Buchhalter mit der Verbuchung des Forderungsverzichts betraut hatte.
4.2 Der Beschwerdeführer macht geltend, er habe keine Kenntnis vom Buchungsvorgang gehabt. Er behauptet also, die Art und Weise der Verbuchung nicht gekannt zu haben. Er verweist auf act. G28, E2 S. 4, B12 S. 9 f. und 17 sowie B34 S. 5.
Nach dem Verhandlungsprotokoll des Kreisgerichts vom 23. März 2009 erklärte der Beschwerdeführer, er habe erst im Verlaufe des Strafverfahrens von der Verbuchung Kenntnis erhalten (act. G28). Bei der Konfrontationseinvernahme mit Y._ durch das Untersuchungsrichteramt St. Gallen am 20. Dezember 2007 sagte er aus, er sei weder Buchhalter noch Finanzchef, habe die Verbuchung nicht selbst gemacht und könne sie deshalb auch nicht im Detail erklären (act. E2).
In der Berufungsbegründung an das Kantonsgericht St. Gallen führte er aus, D._ habe als Chefbuchhalter der Firma C._ AG auch die Buchhaltung der A._ AG unter sich gehabt. Es sei diesem gelungen, auf dem Verhandlungsweg mit der B._ AG die Kaufbedingung von Y._ zu erfüllen, nämlich die A._ AG von der bedrohlichen Darlehensforderung von Fr. 300'000.-- zu befreien. Er (der Beschwerdeführer) habe die Buchung also weder selbst gemacht noch dazu Weisung gegeben. Er habe dem Buchhalter vertrauen dürfen (act. B12). Im Plädoyer vor dem Kantonsgericht brachte er vor, er habe die Art dieser Verbuchung weder befohlen noch angeregt noch dazu angestiftet noch sie selber gemacht. Er habe davon nichts gewusst und nichts wissen müssen, denn als Verwaltungsrat sei er nicht verpflichtet gewesen, jede einzelne Buchung zu revidieren, denn dafür seien die Fachleute zuständig. Es habe ihm genügt, dass das Lieferantendarlehen von Fr. 480'000.-- entsprechend der Bedingung des Kaufinteressenten Y._ aufgrund der guten Verhandlungsarbeit von D._ beseitigt gewesen sei. Dass die Buchung korrekt erfolgt sei, darauf habe er vertrauen dürfen (act. B34).
Act. B37 betrifft die Befragung vor dem Kantonsgericht (CD). Act. B36 verweist auf eine Email vom 4. Oktober 2006, in welcher D._ die Verbuchung erläutert ("Gründe zur negativen Bruttomargenveränderung"): Aufgrund des Ausstieges der ehemaligen A._ AG Aktionärin, der B._ AG, sei mit ihr 2004 eine Verzichtserklärung auf einen Teil ihres "KK-Guthabens aus Warenlieferungen" erwirkt worden. Dies habe einen Erfolg zugunsten der Bruttomarge ergeben.
4.3 Die Vorinstanz stellt zur Verbuchung fest, "[d]amit habe man" die anlässlich der Vertragsverhandlungen gestellten Forderungen des Klägers an die Jahresrechnung erfüllen wollen, welcher aber vom Forderungsverzicht keine Kenntnisse gehabt habe (angefochtenes Urteil S. 12). Es handelte sich um komplexe Kaufvertragsverhandlungen. Nach Aussagen des Beschwerdeführers hatte die C._ AG damals 2,4 Mio. Fr. Darlehen in der A._ AG, und davon habe Y._ gleichberechtigt 50% beansprucht. Eine weitere Auflage sei gewesen, dass es in der A._ AG "keine Darlehen von Dritten hat. [...] Bedingung war, dass [die C._ AG] diese Bilanz bereinigt". Die Bilanzbereinigung habe Y._ von der C._ AG verlangt. "Innerhalb dieses Betrages, wo [die B._ AG] als Darlehensgeber[in] in den Kreditoren war, in dieser Gesamtbereinigung fielen diese Fr. 300'000,00, die waren da beinhaltet" (act. E2 S. 3 f.). In diesem Zusammenhang sei der Forderungsverzicht als Minus-Aufwand bei den Bezugskosten statt als ausserordentlicher Betrag verbucht worden (a.a.O.).
Die fragliche Bilanz wurde somit aufgrund von Bedingungen des Kaufinteressenten Y._ erstellt ("keine Darlehen von Dritten in der Bilanz"). Darlehensgeberin ("KK-Guthaben"; oben E. 4.2 letzter Abs.) war die frühere Hauptlieferantin und Aktionärin, die B._ AG. Mit ihr verhandelte der Buchhalter, und auf der Grundlage dieses Verhandlungserfolgs "bereinigte" er die Bilanz.
4.4 Es ist nicht nachvollziehbar, dass und weshalb diese Buchung vom Beschwerdeführer bzw. von ihm angestiftet oder aus eigenem Antrieb durch D._ bzw. von beiden gemeinsam mit strafbarem Vorsatz vorgenommen worden sein bzw. dass der Beschwerdeführer die "bereinigte" Bilanz am 11. April 2005 den Aktionären mit Täuschungsvorsatz vorgelegt haben sollte.
Der abstrakte Gefährdungstatbestand von <ref-law> schützt das Vermögen vor der Gefährdung durch Fehldispositionen infolge täuschender Informationen. Der Tatbestand erfasst auch nicht-öffentliche Mitteilungen wie die Jahresrechnung an die Gesamtheit der Gesellschafter (Urteil 6B_25/2008 vom 9. Oktober 2008 E. 4.3).
Die Vorinstanz stellt zu diesem objektiven Tatbestandsmerkmal der "Gesamtheit der Gesellschafter" gemäss <ref-law> fest, das Aktionariat der A._ AG habe zum fraglichen Zeitpunkt aus der C._ AG, Y._, der E._ AG und Z._ bestanden. Der Beschwerdeführer sei für die C._ AG und Y._ für die E._ AG einzelzeichnungsberechtigtes Verwaltungsratsmitglied gewesen. Damit sei die Mitteilung an die Gesamtheit der Aktionäre der A._ AG erfolgt (angefochtenes Urteil S. 7). Z._ war überdies Geschäftsführer (CEO) und Verwaltungsratsmitglied der A._ AG. Wie erwähnt, führte D._ die Buchhaltung der A._ AG.
Mit anderen Worten waren alle Aktionäre im massgeblichen Zeitpunkt in der A._ AG involviert. Die Darlehen in der Bilanz waren ihnen bekannt, und es war der Kaufinteressent Y._, der die Bedingung stellte, dass das Darlehen ("KK-Guthaben") der B._ AG aus der Bilanz genommen werden musste. Diese Aufgabe übernahm der Buchhalter D._. Er erreichte in Verhandlungen mit der B._ AG einen Forderungsverzicht und "bereinigte" in der Folge die Bilanz. Es ist aber nicht ersichtlich, wie das Darlehen einfach spurlos aus der Bilanz hätte "verschwinden" können. Und es lässt sich nicht ohne konkrete Indizien annehmen, der Beschwerdeführer hätte in dieser Weise die Bilanz "manipulieren" wollen, um dem Kaufinteressenten einen besseren Geschäftsgang vorzutäuschen, als er in Wirklichkeit war. Zwar stellt die Vorinstanz fest, der Kaufinteressent Y._ habe vom Forderungsverzicht keine Kenntnisse gehabt (oben E. 4.3). Aber er wusste um den Bestand des Darlehens, und es war seine Bedingung, dass dieses Darlehen nicht mehr in der Bilanz erscheine. Aufgrund des Forderungsverzichts stand die A._ AG im massgeblichen Zeitpunkt um Fr. 300'000.-- besser da. Allerdings wurde die bessere Bilanz nicht durch den Geschäftsgang, sondern durch einen Forderungsverzicht bewirkt, d.h. durch einen Verhandlungserfolg mit der B._ AG. Dieser Forderungsverzicht wurde mit dem Aufwandkonto verrechnet. Der Gesamtumsatz betrug rund Fr. 6'482'000.--, der Gesamtverlust Fr. 428'760,57. Das Gesamtergebnis wurde nicht unrichtig dargestellt (angefochtenes Urteil S. 7). Die Vorinstanz stellt aber fest, damit werde "einer aussenstehenden Person" vorenthalten, dass das Unternehmen im Rahmen der ordentlichen Geschäftstätigkeit einen erheblich grösseren Verlust erzielt habe, als dies aus der Erfolgsrechnung ersichtlich sei (angefochtenes Urteil S. 10).
4.5 Bestimmt es das Gesetz nicht ausdrücklich anders, so ist nur strafbar, wer ein Verbrechen oder Vergehen vorsätzlich begeht. Vorsätzlich handelt, wer die Tat mit Wissen und Willen ausführt. Vorsätzlich handelt bereits, wer die Verwirklichung der Tat für möglich hält und in Kauf nimmt (Art. 12 Abs. 1 und 2 StGB).
Es genügt somit nicht, dass die Bilanz nicht den Rechnungslegungsvorschriften entspricht. Der Täter muss vorsätzlich unwahre oder unvollständige Angaben von erheblicher Bedeutung machen oder machen lassen, die einen andern zu schädigenden Vermögensverfügungen veranlassen können (<ref-law> in Verbindung mit <ref-law>).
Die Vorinstanz begründet ein vorsätzliches Verhalten des Beschwerdeführers mit Annahmen und Folgerungen, zu denen die Feststellungen zum subjektiven Sachverhalt keine genügenden Grundlagen abgeben (vgl. Zusammenfassung oben E. 3, zweiter Abs.). Sie räumt zwar ein, es möge sein, dass der Beschwerdeführer seinen Buchhalter angewiesen habe, die entsprechenden Korrekturen der Bilanz auf legaler Basis zu vollziehen. Es sei für ihn aber ersichtlich gewesen, dass nur mit diesen leicht zu bewerkstelligenden und einfach nachvollziehbaren Buchungen der gewünschte Erfolg habe erzielt werden können. Er habe nicht darauf vertraut, dass die Korrekturen korrekt vollzogen werden (angefochtenes Urteil S. 13 f.).
Diese Erwägung ist einerseits widersprüchlich und vermag andererseits lediglich Fahrlässigkeit zu begründen. Denn fahrlässig handelt, wer die Folge seines Verhaltens aus pflichtwidriger Unvorsichtigkeit nicht bedenkt oder darauf nicht Rücksicht nimmt (<ref-law>). Nichts spricht dagegen, dass der Beschwerdeführer nicht durchaus auf eine korrekte Buchung durch seinen langjährig erprobten Buchhalter hätte vertrauen dürfen. Und es ist nicht nachvollziehbar, wie er mit Täuschungsvorsatz hätte handeln sollen, da er wusste, dass dem Geschäftsmann Y._ die hohen Darlehen bekannt waren. Suchte er dessen Willen zu entsprechen, lässt sich nicht gleichzeitig annehmen, er habe diesen täuschen wollen. Es trifft insoweit den Beschwerdeführer nur, aber immerhin, der Vorwurf, dass er die "bereinigte" Bilanz nicht auf Gesetzeskonformität überprüft hatte, bevor er sie den Aktionären vorlegte. Dabei handelt es sich für sich genommen um eine Sorgfaltswidrigkeit. Aus diesem Sachverhalt lässt sich unter den oben dargelegten Vertragsverhältnissen und Kaufvertragsverhandlungen nicht umstandslos auf Vorsatz schliessen, und sei es auch in der Form des Eventualvorsatzes. Ein Täuschungsvorsatz ergibt denn auch keinen Sinn, war doch der Gegenstand, über den hätte getäuscht werden sollen, gerade ein wesentlicher Bestandteil der Kaufvertragsverhandlungen und damit offenkundig. Unter diesen Umständen ist es auch nicht einsichtig, wie der Beschwerdeführer mit einem Täuschungserfolg hätte rechnen oder eine Täuschung auch bloss hätte in Kauf nehmen sollen.
5. Die Beschwerde ist gutzuheissen, soweit darauf einzutreten ist. Das angefochtene Urteil ist aufzuheben und die Sache zur näheren Abklärung des (subjektiven) Sachverhalts (vgl. <ref-ruling>) und zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückzuweisen (<ref-law>). Es sind keine Kosten zu erheben. Der Kanton St. Gallen hat den Beschwerdeführer zu entschädigen (<ref-law>).

Demnach erkennt das Bundesgericht:
1. Die Beschwerde wird gutgeheissen, soweit darauf einzutreten ist, das Urteil des Kantonsgerichts St. Gallen vom 12. Mai 2010 wird aufgehoben und die Sache zu neuer Beurteilung an die Vorinstanz zurückgewiesen.
2. Es werden keine Kosten erhoben.
3. Der Kanton St. Gallen hat dem Beschwerdeführer eine Parteientschädigung von Fr. 3'000.-- auszurichten.
4. Dieses Urteil wird den Parteien und dem Kantonsgericht St. Gallen, Strafkammer, schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 28. Februar 2011
Im Namen der Strafrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber:
Favre Briw